KR20110034297A - 내인성 아토피 피부염 진단용 마커 및 그의 용도 - Google Patents
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Abstract
하나 이상의 구체예는 내인성 아토피 피부염의 발명과 연관된 SNP 마커, 상기 마커를 포함하는 마이크로어레이 및 키트, 및 상기 마커를 이용하여 내인성 아토피 피부염 발병의 변경된 위험도를 갖는 개체를 확인하는 방법을 제공한다.
내인성 아토피 피부염, SNP
Description
하나이상의 구체예는 내인성 아토피 피부염 진단용 마커, 그를 포함하는 조성물, 마이크로어레이, 키트 및 그의 용도에 관한 것이다.
아토피 피부염 (atopic dermatitis: AD)은 전세계적으로 퍼져있는 일반적이고, 만성적인 염증성의 피부 질환이다. 아토피 피부염에서, 피부는 건조하고, 쉽게 자극을 받으며, 알러지 반응에서 즉각 과민반응 (immediate hypersensitivity)을 일으키고, 종종 두껍게 되고, 보통 붉어지며, 자주 감염되며, 종종 분비물을 배출하고 (exudatvie), 특히 가렵다 (itchy). 아토피 피부염은 특이적 알러지원 (allergen)에 노출되는 경우 즉각 과민반응을 일으키는, IgE 항체를 형성할 수 있는 특징을 가지고 있다. 이러한 표현형의 발현은 복수 개의 유전적 인자가 관여하는 것으로 알려져 있다. 아토피 민감성 유전자에는 여러 HLA 클라스 II 분자들, IL-4 수용체 단백질, IgG 고친화성 수용체 단백질이 포함된다.
아토피 피부염은 외인성 아토피 피부염 (extrinsic type AD)과 내인성 아토피 피부염 (비알러지성, intrinsic type AD)으로 구분할 수 있다. 외인성 아토피 피부염은 혈청 IgE 수준이 높고 알러겐 특이적 IgE가 존재하는 알러지 인자와 연관된 아토피 피부염이다. 내인성 아토피 피부염은 혈청 IgE 수준이 정상이나 외인성 아토피 피부염과 비슷한 피부 병흔 (skin lesion) 및 분포 양상을 나타내는 비알러지성 아토피 피부염이다. 내인성 아토피 피부염 환자는 전체 아토피 피부염 환자의 10~45%를 차지하는 것으로 보고되고 있다.
상기한 바와 같이, 내인성 아토피 피부염은 알러지성 아토피 피부염과 증상은 동일하나 혈청 IgE 수준이 정상범위로 낮고 알러겐 특이적 IgE가 검출되지 않아 유전자 검사를 통한 고위험군에 대한 조기 진단을 통한 예방적 관리가 중요하다.
일 구체예는, 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병과 연관성을 갖는 폴리뉴클레오티드, 및 이를 포함하는 마이크로어레이, 조성물 및 키트를 제공한다.
다른 일 구체예는, 개체의 내인성 아토피 피부염 발병의 변경된 위험도를 갖는 대상을 확인하는 방법을 제공한다.
일 구체예는, 서열번호 1 내지 9의 뉴클레오티드 서열로 구성된 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드의 SNP 위치를 포함하고 상기 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드로서, 상기 SNP 위치는 101번째 뉴클레오티드인 개체의 내인성 아토피 피부염 발병 위험을 진단하기 위한 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
"내인성 아토피 피부염 (intrinsic atopic dermatitis: IAD)"란 당업자에게 널리 알려진 의미로 사용된다. 상기 내인성 아토피 피부염은 만성 또는 재발성 피부질환으로서, 가려움증, 피부 건조증, 및/또는 특징적인 습진을 수반하는 것일 수 있다. "내인상 아토피 피부염 발병 위험"이란 내인성 아토피 피부염 발병의 상대적인 위험일 수 있다. 예를 들면, 상기 위험은 발병의 확률이 정상인 군에 비하여 증가되어 있는지, 또는 감소되어 있는지를 나타내는 것일 수 있다. 또한, 상기 위험은 특정 대립인자 또는 유전형을 갖는 개체가 다른 특정 대립인자 또는 유전형을 갖는 개체에 비하여 아토피 피부염 발병의 확률이 증가되어 있는지 또는 감소되어 있는지를 나타내는 것일 수 있다. 상기 개체는 인간일 수 있다. 예를 들면, 상기 인간은 한국인일 수 있다.
"폴리뉴클레오티드"란 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 단일가닥 또는 이중가닥 형태일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 상보적 뉴클레오티드에 수소 결합에 의하여 혼성화될 수 있는 성질을 갖는 것이면, 천연 뉴클레오티드로 구성된 것뿐만 아니라, 천연 뉴클레오티드, 천연 뉴클레오티드의 유사체, 천연 뉴클레오티드의 당, 염기 또는 인산 부위가 변형되어 있는 뉴클레오티드 및 이들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다 (Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York (1980); Uhlman 및 Peyman, Chemical Reviews, 90:543-584 (1990)). 상기 폴리뉴클레오티드는 PNA를 포함한다. 또한, 상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면, 분석 반응에서 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그가 결합되어 있는 복합체의 검출의 편이를 위하여, 검출가능한 표지 (예, Cy3, Cy5 형광성 물질)가 부착, 예를 들면, 3'말단 또는 5'말단에 부착되어 있는 것일 수 있다.
상기 폴리뉴클레오티드는 SNP 부위에서 단일 뉴클레오티드 다형을 나타내는 것이다. 따라서, 하나의 단일가닥 폴리뉴클레오티드가 아토피 피부염의 발병 위험과 연관되어 있는 경우, 상기 단일가닥 폴리뉴클레오티드에 상보적인 폴리뉴클레오티드도 당연히 아토피 피부염의 발병 위험과 연관되어 있는 것을 판단될 수 있다. 따라서, 일 구체예에 따른 폴리뉴클레오티드는, 하나의 특정한 서열을 가진 아토피 피부염의 발병 위험과 연관되어 있는 단일가닥 폴리뉴클레오티드 및 그에 상보적인 서열을 가진 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들면, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드는 101번째 (SNP 위치) 뉴클레오티드가 "C 또는 T"이다. 이 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는, 101번째 (SNP 위치)의 "C 또는 T" 뉴클레오티드를 포함하고 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드 뿐만 아니라, 101번째 (SNP 위치)에 대응되는 위치에 "G 또는 A" 뉴클레오티드를 갖는 상보적인 단일가닥 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 이러한 측면에서, 본 명세서의 모든 서열은 NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov, national center for biotechnology information) 젠뱅크 (GENEBANK)에 등록된 SNP의 rs번호로 확인되는 플랑킹 서열 (flanking sequence)로 나타낸다.
SNP (single nucleotide polymorphism)란 당업계에 통상적으로 알려진 의미로 사용된다. SNP는 집단 내의 게놈에 존재하는 단일 뉴클레오티드 다형을 나타낼 수 있다. 상기 SNP는 집단 내의 SNP의 소수 대립인자의 빈도가 1%이상인 것일 수 있다.
상기 폴리뉴클레오티드는 길이가 10 내지 100 뉴클레오티드인 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 폴리뉴클레오티드는 길이가 10 내지 50 뉴클레오티드, 또는 10 내지 30 뉴클레오티드인 것일 수 있다.
상기 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브일 수 있다. "프라이머"란 중합효소에 의한 뉴클레오티드의 중합반응에서, 개시점으로 작용할 수 있는 단일가닥의 폴리뉴클레오티드를 말한다. 예를 들면, 상기 프라이머는 적합한 온도 및 적합 한 완충액 내에서 적합한 조건 (즉, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합반응 효소의 존재) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일가닥의 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 인자, 예를 들면, 온도와 프라이머의 용도에 따라 달라질 수 있다. 상기 프라이머는 길이가 15 내지 30 뉴클레오티드인 것일 수 있다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 하이브리드 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다.
프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 상보성을 가지면 충분하다. 따라서, 상기 프라이머는 상기한 폴리뉴클레오티드 자체 뿐만 아니라, 상기한 폴리뉴클레오티드에 특이적으로 혼성화하는 서열로서 중합반응에서 개시점으로 작용할 수 있는 것도 포함된다. 예를 들면, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에 완벽하게 상보적인 서열뿐만 아니라, 이 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 상보성을 갖는 서열일 수 있다. 프라이머의 설계는 주어진 증폭하고자 하는 표적핵산의 서열을 참조하여 당업자에 의해 용이하게 실시할 수 있다. 예를 들면, 상업적으로 구입가능한 프라이머 설계용 프로그램을 사용하여 설계할 수 있다. 상기 상업적으로 구입가능한 프라이머 설계용 프로그램의 예는 PRIMER 3 프로그램이 포함된다.
상기 폴리뉴클레오티드가 PCR 프라이머로서 사용되는 경우, 상기 폴리뉴클레오티드에 더하여, 그의 상보적 가닥에 특이적으로 결합하는 프라이머를 포함할 수 있다.
"프로브"란 특정 표적 서열에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오티드를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 단일가닥 형태일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 상보적 뉴클레오티드에 수소 결합에 의하여 혼성화될 수 있는 성질을 갖는 것이면, 천연 뉴클레오티드로 구성된 것뿐만 아니라, 천연 뉴클레오티드, 천연 뉴클레오티드의 유사체, 천연 뉴클레오티드의 당, 염기 또는 인산 부위가 변형되어 있는 뉴클레오티드 및 이들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 PNA를 포함한다. 또한, 상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면, 분석 반응에서 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그가 결합되어 있는 복합체의 검출의 편이를 위하여, 검출가능한 표지 (예, Cy3, Cy5 형광성 물질)가 부착, 예를 들면, 3'말단 또는 5'말단에 부착되어 있는 것일 수 있다.
상기 프로브는, SNP 부위를 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드에 완전 상보적인 서열일 수 있다. 또한, 상기 프로브는, SNP 부위를 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 상보적인 서열을 갖는 것일 수 있다. 또한, 상기 프로브는, SNP 부위를 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적 혼성화를 손상되지 않는 범위 내에서, 변형된 뉴클레오티드를 갖는 것일 수 있다. 상기 프로브의 예는, SNP 부위를 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드에 완전 상보적인 서열로 이루어진 완전 매치 프로브 (perfect match probe) 및 SNP 부위를 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드에 대하여, 상기 SNP 부위를 제외한 모든 서열에 대하여 완전 상보적인 서열을 갖는 프로브로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다.
상기 프라이머 및 프로브를 사용하여 SNP 부위에 특정한 대립인자를 가진 뉴클레오티드 서열을 증폭하거나 그 존재를 확인할 수 있다.
상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호 1 내지 9의 뉴클레오티드 서열로 구성된 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 조합물일 수 있다.
다른 구체예는, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 조성물을 제공한다.
상기 조성물에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드, 개체 및 내인성 아토피 피부염에 대하여는 상기한 바와 같다. 상기 조성물은 고상 조성물 또는 액상 조성물일 수 있다. 상기 액상 조성물은 상기 폴리뉴클레오티드를 적절한 액체 매질 중에 포함할 수 있다. 상기 액상 매질은 당업계에서 폴리뉴클레오티드의 액상 매질로 사용되는 임의의 것일 수 있다. 또한, 상기 액상 매질은 상기 조성물를 사용하고자 하는 목적에 따라 적절하게 선택될 수 있다. 예를 들면, 상기 액상 매질은 물, PCR 버퍼 및 혼성화 버퍼로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다.
다른 구체예는, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 마이크로어레이를 제공한다.
상기 폴리뉴클레오티드, 개체 및 내인성 아토피 피부염에 대하여는, 상기한 바와 같다. "마이크로어레이"란 기판 표면의 구분된 영역에 상기 폴리뉴클레오티드가 높은 밀도로 고정화되어 있는 것을 의미한다. 상기 마이크로어레이는, 상기 영역이 예를 들면 400/cm2 이상, 103/cm2, 또는 104/cm2의 밀도로 기판 상에 배열되어 있는 것일 수 있다.
다른 구체예는, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 키트를 제공한다.
상기 폴리뉴클레오티드, 개체 및 아토피 피부염에 대하여는, 상기한 바와 같다. 상기 폴리뉴클레오티드는 기판 표면 상의 구분된 영역에 고밀도로 배열되어 있는 마이크로어레이 형태일 수 있다.
상기 키트는 상기 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭하고, 증폭 산물의 존재 유무를 통하여, 개체의 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 키트일 수 있다. 이 경우, 상기 키트는 상기 폴리뉴클레오티드를 프라이머로서 포함하는 동시에, 증폭에 필요한 시약을 포함할 수 있다. 상기 증폭 시약은 예를 들면, dNTP, 폴리머라제, 및 적절한 버퍼를 포함할 수 있다. 상기 프라이머는 예를 들면, SNP 부위에 해당하는 뉴클레오티드 서열이 프라이머의 3' 말단 뉴클레오티드를 형성하고, 상기 3' 말단 뉴클레오티드는 상기 SNP 부위의 뉴클레오티드에 상보적이거나 (특이적 프라이머) 상보적이지 않은 것 (비특이적 프라이머)으로 이루어진 것일 수 있다. 상기 비특이적 프라이머는 상기 3' 말단 뉴클레오티드뿐만 아니라 다른 부위에도 상보적이지 않은 서열을 포함할 수 있다. 상기 키트는 또한, 사용 설명서를 포 함할 수 있다. 상기 사용 설명서는 예를 들면, 상기 특이적 프라이머를 사용한 증폭 반응에서 표적 서열이 증폭되고, 상기 비특이적 프라이머를 사용한 증폭 반응에서 표적 서열이 증폭되지 않는 경우, 증폭에 사용된 시료 중에서 내인성 아토피 피부염과 연관된 표적 서열이 존재하는 것으로 결정하고, 그 결과로부터 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 결정하는 것에 대한 설명을 포함한, 결과 판정에 대한 설명을 포함할 수 있다.
상기 키트는, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그로부터 유래된 프로브를 시료 중의 핵산과 혼성화시키고, 그 혼성화 결과로부터 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 키트일 수 있다. 이 경우, 상기 키트는, 상기 프로브 및 혼성화에 필요한 시약을 포함할 수 있다. 혼성화에 필요한 시약이란 예를 들면, 혼성화 버퍼가 포함될 수 있다. 상기 핵산은 증폭 또는 증폭되지 않은 것일 수 있다. 따라서, 상기 키트는 핵산의 증폭에 필요한 시약을 더 포함할 수 있다. 상기 핵산은 검출가능한 표지로 표지될 수 있다. 상기 키트는, 상기 폴리뉴클레오티드에 완전 상보적인 프로브 (perferct match probe) 또는 상기 폴리뉴클레오티드에 있어서, SNP 부위를 제외한 모든 부위에서 상보적인 미스매치 프로브 (mismatch probe)를 포함할 수 있다. 상기 프로브는 기판 상의 복수 개의 구분된 영역에 고정되어 있는 마이크로어레이의 형태일 수 있다. 상기 키트는 또한, 사용 설명서를 포함할 수 있다. 상기 사용 설명서는 예를 들면, 상기 완전 상보적인 프로브를 사용한 혼성화 반응에서 표적 서열이 검출되고, 상기 미스매치 프로브를 사용한 혼성화 반응에서 표적 서열이 검출되지 않는 경우, 시료 중에서 내인성 아토피 피부염과 연관 된 서열이 존재하는 것으로 결정하고, 그 결과로부터 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 결정하는 것에 대한 설명을 포함한, 결과 판정에 대한 설명을 포함할 수 있다.
다른 구체예는, 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; 및
상기한 폴리뉴클레오티드의 SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정하는 단계를 포함하는 내인성 아토피 피부염 발병의 변경된 위험도를 갖는 개체를 확인하는 방법을 제공한다.
상기 방법은, 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계를 포함한다. 개체로부터 핵산을 분리하는 방법은 당업계에 알려져 있다. 예를 들면, 조직 또는 세포로부터 DNA를 직접적으로 분리하거나 PCR과 같은 핵산 증폭 방법에 의하여 특정한 영역을 증폭함으로써 분리될 수 있다. 상기 분리된 핵산 시료에는 순수하게 분리된 핵산뿐만 아니라 조 분리된 핵산, 예를 들면, 핵산을 포함하는 세포 파쇄물도 포함한다. 상기 핵산 증폭 방법에는 PCR, 리가제 연쇄반응 (LCR), 전사증폭 (transcription amplification), 자기 유지 서열 복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)가 포함된다. 상기 분리된 핵산은, DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 DNA에는 게놈 DNA, cDNA 또는 재조합 DNA일 수 있다. 상기 RNA는 mRNA 일 수 있다.
상기 방법은, 또한, 상기한 폴리뉴클레오티드의 SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정하는 단계를 포함한다.
SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정하는 것은 알려져 있다. 예를 들면, 알려진 핵산의 뉴클레오티드 서열 결정 방법 (sequencing method)에 의하여 SNP 위치의 뉴클레오티드를 직접적으로 결정할 수 있다. 뉴클레오티드 서열 결정 방법에는 상거 (또는 디데옥시) 방법 또는 막삼-길버트 (화학 절단) 방법이 포함될 수 있다. 또한, SNP 위치의 서열을 포함하는 프로브를 대상 폴리뉴클레오티드와 혼성화시키고, 혼성화 결과를 분석함으로써, SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정할 수 있다. 혼성화 정도는 예를 들면, 검출가능한 표지를 대상 핵산에 표지하고, 혼성화된 대상 핵산을 검출함으로써 확인되거나, 전기적 방법 등에 의하여 확인될 수 있다. 또한, 단일염기 연장 (single base primer extension: SBE) 방법이 이용될 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 SNP 부위의 폴리뉴클레오티드를 결정하는 단계는 상기 폴리뉴클레오티드가 고정화되어 있는 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화시키는 단계; 및 상기 혼성화 결과를 검출하는 단계를 포함하는 것일 수 있다.
또한, 상기 방법은, 상기 SNP 부위의 뉴클레오티드를 결정한 결과 위험 대립인자가 존재하는 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정하는 단계를 포함할 수 있다.
"위험 대립인자 (risk allele)"란 기준 대립인자를 소수대립인자 a로 하여 질병군에서의 a의 빈도가 정상군에서의 a의 발현 빈도 보다 큰 경우에는 a를 위험 대립인자로 하고, 그 반대의 경우에는 A를 위험 대립인자로 할 수 있다. 개체가 위험 대립인자를 많이 가질수록 내인성 아토피 피부염의 발병 가능성이 높을 수 있다. 예를 들면, 서열번호 1,7,8 및 9의 경우 101번째에서 소수 대립인자 a가 존재하는 경우, 상기 대상을 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 높은 위험군에 속하 는 것으로 판정하거나, 서열번호 2,3,4,5및 6의 경우 101째에서 소수 대립인자 a가 존재하는 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 낮은 군 또는 주 대립인자 A가 존재하는 경우 내인성 아토피 피부염 발명의 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정할 수 있다. 대립인자 A 및 a에 대하여는 표 1에 나타낸 바와 같다. 예를 들면, 결정된 SNP 부위의 뉴클레오티드가 서열번호 1의 SNP 부위에 대하여 T, 서열번호 7의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 8의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 9의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 2의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 3의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 4의 SNP 부위에 대하여 C, 서열번호 5의 SNP 부위에 대하여 T 및 서열번호 6의 SNP 부위에 대하여 T로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드인 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정할 수 있다. 또한, 결정된 SNP 부위의 뉴클레오티드가 서열번호 1의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 7의 SNP 부위에 대하여 T, 서열번호 8의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 9의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 2의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 3의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 4의 SNP 부위에 대하여 T, 서열번호 5의 SNP 부위에 대하여 A 및 서열번호 6의 SNP 부위에 대하여 C로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드인 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 낮은 군에 속하는 것으로 판정할 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 개체는 인간일 수 있다. 상기 인간은 한국인일 수 있다. 상기 방법에 있어서, "변경된 위험도"란 내인성 아토피 피부염 발병의 상대적인 위험도일 수 있다. 예를 들면, 상기 위험도는 발병의 확률이 정상인 군에 비 하여 증가되어 있는지, 또는 감소되어 있는지를 나타내는 것일 수 있다. 또한, 상기 위험도는 특정 대립인자 또는 유전형을 갖는 개체가 다른 특정 대립인자 또는 유전형을 갖는 개체에 비하여 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 증가되어 있는지 또는 감소되어 있는지를 나타내는 것일 수 있다.
표 1.
표 1은 내인성 아토피 피부염 환자 212명과 정상인 473명에 대한 SNP 부위의 유전형의 빈도 및 소수대립인자 빈도를 나타내는 표이다. 표 1에 나타낸 SNP의 서 열 내 위치는 101번째이다.
표 1에 있어서, rs 번호는 NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov, national center for biotechnology information) 젠뱅크 (GENEBANK)에 등록된 SNP의 번호로서, 상기 서열번호에 나타낸 서열은 SNP를 포함하는 이들 서열의 일부를 나타낸 것이다. 당업자라면, rs 번호를 참조하여 SNP의 위치 및 서열을 용이하게 확인할 수 있다. 표 1에서, 서열번호로 표시되는 서열은 NCBI 젠뱅크 등록번호 (rs 번호)에 의하여 나타내어지는 서열을 일부로서 SNP 부위를 포함하는 서열이다.
표 1에 있어서, MA는 소수 대립인자 (minor allele)을 나타내며, SNP는 SNP 위치에서의 유전형 (genotype) 또는 MAF를 나타낸다. MAF_X (minor allele frequency)는 소수 대립인자 X의 빈도를 나타낸다. 질병군 (intrinsic atopic dermatitis) 및 정상군 (normal)은 각각 내인성 아토피 피부염 환자군 및 정상군에서 유전형 빈도 또는 MAF를 나타낸다.
표 1에 있어서, "p-값"은 상기 SNP의 유전형의 분포가 정상인과 환자군에서 주어진 모형에서 유의하게 차이가 나는지에 대한 검증의 결과인 p-값 (p-value)을 의미한다. "OR (95% CI)"은 유전형을 기준으로 정상인군 중에서 해당 SNP를 가질 확률에 대한 환자군 중에서 해당 SNP를 가질 확률인 오즈비 (odds ratio)를 나타내는 것으로, 괄호 안은 해당 오즈비에 대한 상하 5% 에러 범위를 고려한 95% 신뢰구간의 하한 및 상한을 의미한다. 각 오즈비가 1 보다 큰 경우에는 해당 SNP의 소수 대립인자와 내인성 아토피 피부염의 연관성이 발병 위험을 증가시키는 효과를 나타내는 것이고 1보다 작은 경우에는 해당 소수 대립인자와 내인성 아토피 피부염의 연관성이 발병 위험을 낮추는 효과를 나타내는 것이다.
즉, 오즈비가 1 보다 큰 경우는 해당 SNP의 소수 대립인자가 내인성 아토피 피부염에 대한 위험인자로 작용하며 오즈비가 1 보다 작은 경우에는 해당 SNP의 소수 대립인자가 아토피 피부염에 대한 보호인자로 작용하는 반면, 주 대립인자가 내인성 아토피 피부염의 위험 인자로 작용하는 것이다.
표 1에 있어서, 유의 모델은 각 SNP의 소수 대립인자가 내인성 아토피 피부염 발병과의 연관성을 나타내는 유전 모델로 우성 모델 (dominant)은 AA 유전형을 가지는 사람에 비해, Aa 또는 aa 유전형을 가지는 경우 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소할 수 있는 경우를 나타내는 것이다. 즉 소수 대립인자가 하나 또는 두 개 존재할 때 소수 대립인자가 하나도 없는 경우보다 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소할 수 있다.
열성 모델 (recessive)은 AA, Aa 유전형을 가지는 사람에 비해 aa 유전형을 가지는 경우 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소할 수 있는 것으로 소수 대립인자를 두 개 다 가질 경우에만 연관성을 나타내는 것이다.
공우성 모델 (codominant)은 AA 유전형에 비해 Aa 유전형을 가질 때 또는 Aa 유전형에 비해 aa를 가질 때 OR 만큼 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소하는 특성을 나타내는 것이다.
대립인자 모델 (Allele)은 A 대립인자에 비해 a 대립인자를 가질 때 OR 만큼 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소하는 특성을 나타내는 것이다.
하나 이상의 구체예에 따른, 상기 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 조성물, 마이크로어레이 및 그를 포함하는 키트는 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 신속하고, 효율적으로 진단하는데 사용될 수 있다.
또한, 다른 구체예에 따른, 내인성 아토피 피부염 발병의 변경된 위험도를 갖는 개체를 확인하는 방법에 따르면, 개체가 내인성 아토피 피부염 발병의 변경된 위험도를 갖는지 여부를 효율적으로 확인할 수 있다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 환자군과 정상군에서 SNP 위치의 대립인자 빈도 분석을 통한 내인성 아토피 피부염과 연관된 SNP 마커의 선별
본 실시예서는 내인성 아토피 피부염 환자와 정상인의 게놈에 있어서, SNP 위치의 대립인자 빈도를 분석하고, 그 결과로부터 내인성 아토피 피부염과 연관된 SNP 마커를 선발하였다.
(1) 실험 대상의 분류
본 실시예에서는, 총 1,118명, 아토피 피부염 환자 212명 (여자: 45.3%, 평균나이: 13.56세)과 473명의 정상 대조군 (여자: 36.6%, 평균나이: 23.23세)을 모 집하였다.
내인성 아토피 피부염 (atopic dermatitis, AD) 환자의 시료는 삼성 의료원 (서울, 한국)에서 진단 받은 비천식성 아토피 환자로부터 수집하였다. 내인성 아토피 피부염은 환자에게서 혈청 IgE 수준이 정상범위로 낮고 알러겐 특이적 IgE가 검출되지 않는 경우, 내인성 아토피 피부염으로 판정하였다.
정상 대조군은 아토피 피부염에 의한 피부 상해 병력이 없는 의대 학생들 및 지원자들로부터 모집하였다.
(2) 편광 검출을 통한 유전형 분석
게놈 DNA는 상업적으로 구입가능한 DNA 분리 키트 (Gentra Genomic DNA purification kit, Minneapolis, MN, USA)를 사용하여 제조사에서 제공한 프로토콜에 따라 5 ㎖의 혈액으로부터 추출하였다. 상기 DNA 중 SNP 부위의 유전형의 확인은 GenomeLabTM SNPstream® system (Ultra-high throughput; UHT system)을 사용하여 수행하였다. 상기 시스템은 멀티플렉스 PCR과 관련한 태그 어레이 단일 염기 확장 유전자 확인 기술 (Beckman Coulter, Fullerton, CA, USA) 및 이에 따른 SNPstream 소프트웨어를 이용한 것이다.
상기 UHT 시스템을 이용한 SNP 부위의 유전형 (genotype) 분석을 요약하면, 다음과 같다. 먼저, 게놈 DNA로부터 표 1에 나타낸 9개 SNP 부위를 둘러싸는 서열을 PCR에 의하여 증폭하였다. PCR은 표 2에 나타낸 PCR 프라이머 쌍을 프라이머로 사용하고, 게놈 DNA를 주형으로 하고 Taq Gold 폴리머라제를 중합효소로 사용하여, 384 웰 프레이트의 각 웰에서 동시에 수행하였다. 열순환은 95℃에서 30초, 55℃에서 30초 및 72℃에서 1분을 34회 반복하였다.
표 2.
| 표적 서열 (서열번호) |
포워드 PCR 프라이머 |
리버스 PCR 프라이머 |
SNP-IT 프라이머 |
| 1 | 10 | 11 | 12 |
| 2 | 13 | 14 | 15 |
| 3 | 16 | 17 | 18 |
| 4 | 19 | 20 | 21 |
| 5 | 22 | 23 | 24 |
| 6 | 25 | 26 | 27 |
| 7 | 28 | 29 | 30 |
| 8 | 31 | 32 | 33 |
| 9 | 34 | 35 | 36 |
다음으로, 상기 SNP에 대하여 바로 옆까지 어닐링하는 프라이머 (이하 "SNP-IT 프라이머"라고도 함)를 사용하여, 단일 염기 프라이머 연장 반응 (SNP-IT 반응이라고도 함)을 수행하였다. 각 SNP에 대한 SNP-IT 프라이머의 서열은 표 2에 나타낸 바와 같다. SNP-IT 프라이머는 프라이머의 5'말단에 "태그 (tag)" 서열을 포함한다. 이 태그 서열은 다중 (multiplex) SNP-IT 분석의 마지막 단계에서 고상에 고정된 상보적인 프로브 핵산 (이하 "태그 프로브 (tag probe)"라고 함)에 어닐링된다. SNP-IT 반응은 먼저 SNP-IT 프라이머에 대하여 비상보적인 가닥을 엑소뉴클레아제를 사용하여 절단하였다. 다음으로, 각각 달리 형광 표지된 4개의 종결 디데옥시뉴클레오시드 트리포스페이트, SNP-IT 프라이머 및 DNA 폴리머라제의 존재하에서 단일 염기 연장 반응을 384웰 플레이트의 각 웰에서 수행하였다. 열순환은 94℃에서 20초, 및 40℃에서 11초를 45회 반복하였다.
다음으로, 384웰을 포함하고 있는 SNPstream® Tag Array plate의 각 웰에 상기 단일 염기 연장 반응의 산물을 첨가하고 혼성화시켰다. 혼성화는 흡한 배양기에서 42℃에서 약 2 시간 동안 배양하여 이루어졌다. 상기 SNPstream®Tag Array plate의 각 웰의 표면에 16개의 구분된 영역이 있으며, 이 구분된 영역에는 태그 서열을 포함하는 태그 프로브가 고정되어 있다. 이 중 4개는 대조군 서열에 상보적인 태그 서열을 가지고 있으며, 12개는 12개의 단일 염기 연장 반응 산물에 상보적인 태그 서열을 가지고 있다. 각 SNP는 웰 위치에 의하여 구분된다.
다음으로, 혼성화 결과는 SNPstream® UHT Array ImagerTM를 이용하여 상기 상기 SNPstream® Tag Array plate의 각 웰의 표면에 16개의 구분된 영역에 여기광을 가하고, 그로부터 나오는 방사광을 측정함으로써 측정된 하였다. 측정된 광 강도는 SNPstream® UHT computer에 저장하고, 통계 분석하였다.
(3) 통계 분석
본 발명자들은 카이제곱검정 (chi-square test)을 사용하여 개별 변이체들이 시료의 각 유전자 자리 (locus)에서 하디-바인베르그 평형 (Hardy-Weinberg equilibrium, HWE) 법칙을 따르는지 여부를 결정하였다. 개별 SNP들에 있어서 대립인자 효과 (부가적인 대립인자 효과) 및 유전형 효과는 성별 및 나이를 공변량으로 한 로지스틱 회귀 분석 모델을 사용하여 시험하였다. p값이 0.05미만인 것을 유의 성이 있는 것으로 판단하였다. 오즈비 (odds ratio) 또한 로지스틱 회귀 분석 방법을 통해 측정하였다. 통계 분석은 SAS 9.1 (SAS Institute Inc., NC, USA) 및 R 통계 언어 (http://www.r-project.org)를 사용하여 수행하였다.
(4) 분석 결과
분석 결과는 표 1에 나타내었다. 표 1에 나타낸 바와 같이, 내인성 아토피 피부염과 연관된 9개의 SNP 마커를 확인하였다. 상기 9개의 SNP 마커는 내인성 아토피 피부염 환자와 정상인 사이에서 대립인자 또는 유전형의 출현 빈도가 유의하게 달랐다. 상기 9개의 SNP 마커는 서열번호 서열번호 4 및 6은 우성 (dominant) 유의 모델을 따르고, 서열번호 7은 열성 (recessive) 유의 모델을 따르며 서열번호 1,2,3 및 9는 공우성 (codominant) 유의 모델을 따르고, 서열번호 5 및 8은 대립인자 (allele)유의 모델을 따른다.
표 1에 있어서, 유의 모델은 각 SNP의 소수 대립인자가 내인성 아토피 피부염 발병과의 연관성을 나타내는 유전 모델로 우성 모델 (dominant)은 AA 유전형을 가지는 사람에 비해, Aa 또는 aa 유전형을 가지는 경우 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소할 수 있는 경우를 나타내는 것이다. 즉 소수 대립인자가 하나 또는 두 개 존재할 때 소수 대립인자가 하나도 없는 경우보다 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소할 수 있다.
열성 모델 (recessive)은 AA, Aa 유전형을 가지는 사람에 비해 aa 유전형을 가지는 경우 내인성아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소할 수 있는 것으로 소수 대립인자를 두 개 다 가질 경우에만 연관성을 나타내는 것이다.
공우성 모델 (codominant)은 AA 유전형에 비해 Aa 유전형을 가질 때 또는 Aa 유전형에 비해 aa를 가질 때 OR 만큼 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소하는 특성을 나타내는 것이다.
대립인자 모델(Allele)은 AA유전형에 비해 a 대립인자가 하나씩 증가할 때 마다 OR만큼의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험이 증가 또는 감소하는 특성을 나타내는 것이다.
또한 상기 9개의 SNP 마커는 아토피 피부염의 또 다른 종류인 외인성 아토피 피부염에 대한 통계분석에서는 정상인에 비해 소수 대립인자의 발현빈도가 모든 유전 모델에서 유의한 차이가 없음이 확인되어 내인성 아토피 피부염에만 유의적인 마커로 작용함을 확인하였다.
<110> DNA LINK, INC
<120> Marker for diagnosing intrinsic atopic dermatitis and use thereof
<130> PN085228
<160> 36
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> k represents g or t
<400> 1
gtcaaactga acattgtcat aatacatgcc ggttgacacc aatcctctgc tcttccagcc 60
caggccttcc cttacgaggt ttaaaaacat gctgaagggt kgaagctacc aagggtcttc 120
tggtgttttt ctcccttcct ctgaagtgca taattattct gtttactgga agattttcaa 180
cacaaaggaa attaacttct c 201
<210> 2
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> r represents a or g
<400> 2
taaatttcaa gccttgtcct ttcgtaaata gtcattgcaa agacaaagaa ggtgtattta 60
acaaacttga attgtttcca ggtcacccat ttgctgtagc rgtgtttgag gattatgtgt 120
ggttctcaga ttgggctatg ccatcagtaa tgagagtaaa caagaggact ggcaaagata 180
gagtacgtct ccaaggcagc a 201
<210> 3
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> r represents a or g
<400> 3
tactaaaatt taagtacttg tgtgggagag aagaaatatg aagataacta ggaacataac 60
tttagatgtt taaggcagtc ttttctgcag aactcaaaat rctttccaga cagtgtttca 120
ctctttccaa ggttctgtga ggtagagggt gtgtgtgtgt ttgtgtgtgt gtgtgtgtgt 180
gtgtgtgtgt gtgtgtgtat g 201
<210> 4
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> y represents c or t
<400> 4
ggggtgtggg atagaaggca ggtgtccttg aatcatgacc tagcctcagc atccctctaa 60
attagttgca tgtaacccaa tctcccccac ctaggcttca ytgtgtttca atctttttga 120
ataaagcggg ccatctttct ttctgtgtgt gaccttggag ttacacataa gcagaataga 180
tgtgcatcta ttctccatct a 201
<210> 5
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> w represents a or t
<400> 5
tcctgggcta aagagatcct cccatttcaa cttccagagc agctgggaca acaggcgctt 60
gccaccacac ctggctaatt ttcttatttt aatttaattt wattttattt tttgggacag 120
agtggagtct caaaaaccaa gctggagtgc agtggtgcga tctcgactca ctgcaatctc 180
tgcctcccgg gttcaagcga t 201
<210> 6
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> y represents c or t
<400> 6
tggcttcagg gtaagaactg attaagaagg aaaaagggaa ggccctgcag aggaggacta 60
tgagcaaggc tggtaggatg agcgtaccat ggactatcca yaaactcatt gggatattaa 120
ggtcaaaagt agccatgtgg catctccatt ggacagcagc aagttccaac tagaaaaatc 180
tcgggaaata cttcatgatt a 201
<210> 7
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> k represents g or t
<400> 7
caaagcagag aaaacacacc ccctcggtgc tttcctttac ttatgggaga cgtggaatgc 60
tttgcactat tccagcaaca agattcagga ggaacatcga kaaattggag ggaaccacca 120
gggctgctgt gtggaaaggc tgaaggccag agaagcagag gcacaggagg gcagaagagg 180
aaggcaaagg aaggtctcag c 201
<210> 8
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> r represents a or g
<400> 8
gtggttgggc ctgacggatt taaaccagct aaaaggtcag agccaaaata agtgctattc 60
cctaatggaa acctccctaa atttctaaaa cactgtgtac rtgcccttca aaatttgata 120
aagattcact aacaaaacag tttttcttaa ttgaattttc catgtctact acactttctg 180
aaaaataaaa ctgtttgtgt g 201
<210> 9
<211> 201
<212> DNA
<213> homo sapiens
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> r represents a or g
<400> 9
accaccgtcc cctcagccgc tcaagccaag caccctgggg ttctccttgc ttcctccttc 60
ccctcactct tcaaagccaa tccatccaga agtcctgtcc rttctaactc caggacacat 120
ccgtgcatct ccattcctgg ccctcctgcg gagccagctg tgtccttgcc ggctctgtga 180
catcctcccg cggactgctg t 201
<210> 10
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 10
cagcccaggc cttccctta 19
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 11
ttcagaggaa gggagaaaaa c 21
<210> 12
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 12
agagcgagtg acgcatacta gaggtttaaa aacatgctga agggt 45
<210> 13
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 13
aaggtgtatt taacaaactt gaattg 26
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 14
atggcatagc ccaatctg 18
<210> 15
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 15
gcggtaggtt cccgacatat ttccaggtca cccatttgct gtagc 45
<210> 16
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 16
accctctacc tcacagaacc tt 22
<210> 17
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 17
ttgtgtggga gagaagaaat atg 23
<210> 18
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 18
gacctgggtg tcgataccta aaagagtgaa acactrtctg gaaag 45
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 19
agcatccctc taaattagtt gc 22
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 20
tagatgcaca tctattctgc ttatg 25
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 21
gcggtaggtt cccgacatat cccaatctcc cccacctagg cttca 45
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<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 22
ygcttgccac cacacctg 18
<210> 23
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 23
tcyagcttgg tttttgagac tc 22
<210> 24
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 24
gacctgggtg tcgataccta taattttctt attttaattt aattt 45
<210> 25
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 25
agaggaggac tatgagcaag g 21
<210> 26
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 26
aatggagatg ccacatgg 18
<210> 27
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 27
gcggtaggtt cccgacatat ttgaccttaa tatcccaatg agttt 45
<210> 28
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 28
ccttcagcct ttccacac 18
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 29
aaagcagaga aaacacaccc 20
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<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 30
agagcgagtg acgcatacta cagccctggt ggttccctcc aattt 45
<210> 31
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 31
aaaataagtg ctattcccta atgga 25
<210> 32
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 32
tagtagacat ggaaaattca attaagaa 28
<210> 33
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 33
agggtctcta cgctgacgat cctaaatttc taaaacactg tgtac 45
<210> 34
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> forward primer
<400> 34
ttcctccttc ccctcact 18
<210> 35
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> reverse primer
<400> 35
agggccagga atggagat 18
<210> 36
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SNP-IT primer
<400> 36
agatagagtc gatgccagct gccaatccat ccagaagtcc tgtcc 45
Claims (10)
- 서열번호 1 내지 9의 뉴클레오티드 서열로 구성된 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드의 SNP 위치를 포함하고 상기 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드로서, 상기 SNP 위치는 서열번호 1 내지 9의 경우 101번째 뉴클레오티드인 개체의 내인성 아토피 피부염 발병 위험을 진단하기 위한 폴리뉴클레오티드.
- 제1항에 있어서, 길이가 10 내지 100 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항에 있어서, 프라이머 또는 프로브인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 조성물.
- 제1항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 마이크로어레이.
- 제1항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 개체의 내인성 아토피 피부염의 발병 위험을 진단하기 위한 키트.
- 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; 및제1항에 정의된 폴리뉴클레오티드의 SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정하는 단계를 포함하는 내인성 아토피 피부염 발병의 변경된 위험도를 갖는 개체를 확인하는 방법.
- 제7항에 있어서, 상기 SNP 부위의 뉴클레오티드를 결정한 결과 위험 대립인자가 존재하는 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정하는 단계를 포함하는 방법.
- 제7항에 있어서, 결정된 SNP 부위의 뉴클레오티드가 서열번호 1의 SNP 부위에 대하여 T, 서열번호 7의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 8의 SNP 부위에 대하여G, 서열번호 9의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 2의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 3의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 4의 SNP 부위에 대하여 C, 서열번호 5의 SNP 부위에 대하여 T 및 서열번호 6의 SNP 부위에 대하여 T로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드인 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정하는 단계를 포함하는 방법.
- 제7항에 있어서, 결정된 SNP 부위의 뉴클레오티드가 서열번호 1의 SNP 부위 에 대하여 G, 서열번호 7의 SNP 부위에 대하여 T, 서열번호 8의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 9의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 2의 SNP 부위에 대하여 G, 서열번호 3의 SNP 부위에 대하여 A, 서열번호 4의 SNP 부위에 대하여 T, 서열번호 5의 SNP 부위에 대하여 A 및 서열번호 6의 SNP 부위에 대하여 C로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드인 경우, 상기 개체를 내인성 아토피 피부염 발병의 확률이 낮은 군에 속하는 것으로 판정하는 단계를 포함하는 방법.
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| KR1020090091781A KR101646189B1 (ko) | 2009-09-28 | 2009-09-28 | 내인성 아토피 피부염 진단용 마커 및 그의 용도 |
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Cited By (4)
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|---|---|---|---|---|
| KR20160001185A (ko) | 2014-06-26 | 2016-01-06 | 을지대학교 산학협력단 | 비침습적 샘플채취 방법을 이용한 아토피 피부염 환자의 피부장벽 단백질 일라이저 진단키트 |
| KR20170026710A (ko) | 2015-08-26 | 2017-03-09 | 연세대학교 산학협력단 | 알레르기 행진에 대한 신규 바이오마커 및 그의 용도 |
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- 2009-09-28 KR KR1020090091781A patent/KR101646189B1/ko active IP Right Grant
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