JP5427352B2 - ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 - Google Patents
ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5427352B2 JP5427352B2 JP2007298045A JP2007298045A JP5427352B2 JP 5427352 B2 JP5427352 B2 JP 5427352B2 JP 2007298045 A JP2007298045 A JP 2007298045A JP 2007298045 A JP2007298045 A JP 2007298045A JP 5427352 B2 JP5427352 B2 JP 5427352B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- gene
- single nucleotide
- nucleotide polymorphism
- body fat
- polymorphism
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/172—Haplotypes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/02—Nutritional disorders
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/50—Determining the risk of developing a disease
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
(a)SLC25A24遺伝子のイントロン2に存在するSNP識別番号:rs491785の一塩基多型A/G、
(b)ODZ3遺伝子のイントロン21に存在するSNP識別番号:rs10520541の一塩基多型C/G、
(c)KIAA1797遺伝子のイントロン13に存在するSNP識別番号:rs10511684の一塩基多型A/G、
(d)DLD遺伝子のイントロン2に存在するSNP識別番号:rs2237682の一塩基多型C/G、
(e)LOC441282遺伝子のイントロン9に存在するSNP識別番号:rs6955887の一塩基多型T/C、
(f)ONECUT2遺伝子のイントロン2に存在するSNP識別番号:rs4940770の一塩基多型G/C、
(g)NPAS3遺伝子のイントロン6に存在するSNP識別番号:rs1887068の一塩基多型T/G、
(h)ACCN1遺伝子のイントロン7に存在するSNP識別番号:rs2074215の一塩基多型C/T、
(i)TGM2遺伝子の5’上流領域に存在するSNP識別番号:rs761002の一塩基多型C/T、
(j)FAM44B遺伝子のイントロンに存在するSNP識別番号:rs258862の一塩基多型C/T、
(k)ESRRG遺伝子のイントロン1に存在するSNP識別番号:rs867410の一塩基多型G/A、
(l)LRP1B遺伝子のイントロン51に存在するSNP識別番号:rs2171107の一塩基多型T/G、
(m)FGF10遺伝子のイントロンに存在するSNP識別番号:rs10512844の一塩基多型C/T、
(n)KIAA1600遺伝子のイントロンに存在するSNP識別番号:rs7897937の一塩基多型A/G、
(o)AFTPH遺伝子のイントロンに存在するSNP識別番号:rs9309361の一塩基多型C/T、及び
(p)DAPK1遺伝子のイントロン2に存在するSNP識別番号:rs1475524の一塩基多型T/C。
多型部位を含む種々のオリゴヌクレオチドプローブをマイクロアレイ上に配置したDNAチップ(遺伝子チップ)を用いて、PCR増幅させた蛍光標識cDNAやcRNAとハイブリダイゼーションを行なう。オリゴヌクレオチドを光リソグラフィー技術により、アレイ上で合成し、1チップ上に数千から数十万個のプローブを配置させたもの(アフィメトリクス社製、GenChip(登録商標)等)や、予め調製したcDNAやオリゴヌクレオチドをピン又はインクジェット方式によりガラス上に固定化する方法等が知られている。
ダイレクトシークエンス法は、遺伝子多型部位を含むDNA断片をPCR増幅した後、増幅されたDNAのヌクレオチド配列を直接ジデオキシ法により解析する方法である(Biotechniques, 11, 246-249 (1991))。この方法で用いられるPCRプライマーは、好ましくは、多型部位を含む約0.05〜4kbのDNA断片を増幅するための、15〜30merのオリゴヌクレオチドである。また、シークエンスプライマーとしては、好ましくは、多型部位から50〜300ヌクレオチド程度5'末端側の位置に相当する15〜30merのオリゴヌクレオチドを用いる。
TaqManPCR法は、蛍光標識したアレル特異的オリゴヌクレオチド(TaqManプローブ)とTaqDNAポリメラーゼによるPCRを利用した方法である(Genet. Anal., 14, 143-149 (1999), J. Clin. Microbiol., 34, 2933-2936 (1996))。この方法で用いられるPCRプライマーは、通常多型部位を含む約0.05〜2kbのDNA断片を増幅するための、15〜30merのオリゴヌクレオチドである。また、TaqManプローブは、多型部位を含む13〜20塩基程度のオリゴヌクレオチドであり、5'末端は蛍光レポーター色素によって標識されており、3'末端はクエンチャー(消光物質)によって標識されている。このプローブを用いることにより、野生型と変異型のヌクレオチド変化の検出が可能である。
55〜83歳の閉経後の女性253名の血液よりDNAを抽出し、遺伝子多型を決定した。対象とした遺伝子は、アフィメトリクス社のGeneChip Mapping 100K Setに含まれる、5万SNPについて、同社GeneChip Mapping Assay法を用いて決定した。全身体脂肪量はDEXA法(二重エネルギーX線吸収測定法)により測定した。年齢補正を行った全身体脂肪量との相関解析を行い、体脂肪量と関連するSNPsを選択した。本解析によって選択されたSNPsについて対象者数を増やし、再解析を行った。
本実施例では、次の式:
を用いて修正した体脂肪を年齢補正した体脂肪率として扱う。
この体脂肪率は、観測で得られた体脂肪率と、体脂肪率の年齢による線形モデルを考え、最小二乗法によって得られた予測値
との差である。つまり、%FATZは、%FATから年齢に依存する部分を取り除いたものであり、年齢に依存しない量として扱うことができる。
Claims (4)
- ヒト被験者のゲノムDNAを含む試料を用いて、
(イ)SLC25A24遺伝子のイントロン2に存在するSNP識別番号:rs491785の一塩基多型A/G、
(ロ)LOC441282遺伝子のイントロン9に存在するSNP識別番号:rs6955887の一塩基多型T/C、及び、
(ハ)NPAS3遺伝子のイントロン6に存在するSNP識別番号:rs1887068の一塩基多型T/G、
からなる群より選択される何れか1又は複数の一塩基多型(SNP)を検出すること、
ここで当該遺伝子多型又はその組み合わせは、前記被験者の成人後における体脂肪量が増加しやすいか否かを示唆する、並びに、
前記被験者の遺伝子多型について、
(i)前記(イ)の一塩基多型の少なくとも1つの対立遺伝子がG、
(ii)前記(ロ)の一塩基多型の少なくとも1つの対立遺伝子がT、
及び/又は
(iii)前記(ハ)の一塩基多型の遺伝子型がTT、
であるとき、前記被験者の成人後における体脂肪量が増加しやすいと判定すること
を含む、当該被験者における肥満の素因の有無を判定する方法。 - 前記遺伝子多型の検出が、RFLP法、PCR−SSCP法、アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、ダイレクトシークエンス法、TaqMan(商標)PCR法、インベーダー(登録商標)法、MALDI−TOF/MS法、モレキュラー・ビーコン(商標)法、RCA法、UCAN(商標)法、及びDNAチップ若しくはDNAマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法から成る群より選択される何れかの方法を用いて行われることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記ヒト被験者が日本人であることを特徴とする請求項1又は2に記載の方法。
- 前記日本人が女性であることを特徴とする請求項3に記載の方法。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2007298045A JP5427352B2 (ja) | 2007-11-16 | 2007-11-16 | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 |
PCT/JP2008/070457 WO2009063843A1 (ja) | 2007-11-16 | 2008-11-11 | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2007298045A JP5427352B2 (ja) | 2007-11-16 | 2007-11-16 | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009118803A JP2009118803A (ja) | 2009-06-04 |
JP5427352B2 true JP5427352B2 (ja) | 2014-02-26 |
Family
ID=40638692
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007298045A Expired - Fee Related JP5427352B2 (ja) | 2007-11-16 | 2007-11-16 | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP5427352B2 (ja) |
WO (1) | WO2009063843A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8877443B2 (en) | 2009-05-15 | 2014-11-04 | The University Of Tokyo | Method and kit for evaluation of predisposition to development of obesity, anti-obesity agent and method for screening thereof, non-human animal, adipose tissue, adipocyte, method for production of transgenic mouse, antigen, and antibody |
JP5954724B2 (ja) * | 2011-07-25 | 2016-07-20 | 国立研究開発法人理化学研究所 | 第6染色体短腕22領域または第9染色体長腕21領域の一塩基多型に基づく肥満の検査方法 |
ITPD20110258A1 (it) * | 2011-08-03 | 2013-02-04 | Univ Cagliari | Metodo per la valutazione farmacogenetica della risposta al trattamento con sali di litio nel disturbo bipolare |
CN113699115B (zh) * | 2021-08-13 | 2023-09-22 | 中山大学附属第八医院(深圳福田) | Dapk1在调控人骨髓来源msc的成脂分化能力中的用途 |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP3979572B2 (ja) * | 2002-03-19 | 2007-09-19 | 株式会社ファルマデザイン | 高トリグリセリド血症、肥満及び高血圧症に対する易罹患性の判定方法 |
JP2006136267A (ja) * | 2004-11-15 | 2006-06-01 | Japan Health Science Foundation | 遺伝子診断法による太りやすさの判定方法、および抗肥満薬のスクリーニング方法 |
EP1736553A1 (en) * | 2005-06-17 | 2006-12-27 | Centre National De La Recherche Scientifique | ENPP1 (PC-1) gene haplotype associated with the risk of obesity and type 2 diabetes and their applications |
WO2007071824A1 (en) * | 2005-12-20 | 2007-06-28 | Oy Jurilab Ltd | Novel genes and markers associated with high-density lipoprotein -cholesterol (hdl-c) |
JP5167539B2 (ja) * | 2006-01-27 | 2013-03-21 | 国立大学法人金沢大学 | 遺伝子多型およびその用途 |
WO2007128884A1 (en) * | 2006-05-09 | 2007-11-15 | Oy Jurilab Ltd | Novel genes and markers in type 2 diabetes and obesity |
-
2007
- 2007-11-16 JP JP2007298045A patent/JP5427352B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2008
- 2008-11-11 WO PCT/JP2008/070457 patent/WO2009063843A1/ja active Application Filing
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2009063843A1 (ja) | 2009-05-22 |
JP2009118803A (ja) | 2009-06-04 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR102464372B1 (ko) | Rnaset2를 통한 염증성 장 질환의 진단 방법 | |
EP2438193B1 (en) | Methods for breast cancer risk assessment | |
US20060177847A1 (en) | Markers for metabolic syndrome obesity and insulin resistance | |
KR101546058B1 (ko) | 대사증후군 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
JP5427352B2 (ja) | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 | |
JP2004113094A (ja) | 高血圧のリスク診断方法 | |
KR101646189B1 (ko) | 내인성 아토피 피부염 진단용 마커 및 그의 용도 | |
US10731219B1 (en) | Method for preventing progression to metabolic syndrome | |
CN105189778A (zh) | 糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用途 | |
JP5904501B2 (ja) | 2型糖尿病の検出方法 | |
EP2436763B1 (en) | Method for assessing lymph node metastasis of cancer or the risk thereof, and rapid assessment kit for said method | |
JP2006254735A (ja) | 糖尿病疾患感受性遺伝子、及び糖尿病罹患の難易を検出する方法 | |
KR101546069B1 (ko) | 대사증후군 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
JP6788879B2 (ja) | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 | |
JP6017117B2 (ja) | 炎症性腸疾患患者におけるアザチオプリン(azt)の血中濃度の安定性を予測するジェネティックバイオマーカー | |
KR20230036504A (ko) | 근감소증 진단용 마커 및 이의 용도 | |
WO2010141362A1 (en) | Compositions and methods for diagnosing the occurrence or likelihood of occurrence of testicular germ cell cancer | |
JP4859088B2 (ja) | 2型糖尿病に関連するヒトwnt5b遺伝子多型の検出方法及びキット | |
JP4998874B2 (ja) | 炎症性疾患の判定方法 | |
WO2015037681A1 (ja) | 抗甲状腺薬誘発性無顆粒球症リスクを判定するための検査方法及び判定用キット | |
WO2007038155A2 (en) | Methods of diagnosing cardiovascular disease | |
JP2006254739A (ja) | 糖尿病疾患感受性遺伝子、及び糖尿病罹患の難易を検出する方法 | |
KR20240057772A (ko) | 우울증 진단용 단일염기다형성 및 이의 용도 | |
KR101546070B1 (ko) | 대사증후군 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
KR20230036926A (ko) | 비타민 d 결핍증 진단용 단일염기다형성 및 이의 용도 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20101109 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20120525 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20120525 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20120525 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20120525 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121218 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130218 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20130528 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130828 |
|
A911 | Transfer of reconsideration by examiner before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20130904 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20131105 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20131202 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |