CN105189778A - 糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用途 - Google Patents

糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用途 Download PDF

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Abstract

公开了用于检测、预防或治疗受试者中病患的方法、试剂盒或阵列。所述方法包括将多态性序列作为来自所述受试者的样品中的生物标记，从而确定所述受试者患有糖尿病肾脏并发症、糖尿病肾脏疾病或心血管疾病，处于糖尿病肾脏并发症、糖尿病肾脏疾病或心血管疾病的风险中或疑似患有糖尿病肾脏并发症、糖尿病肾脏疾病或心血管疾病。还公开了所述多态性序列用于治疗糖尿病肾脏并发症、糖尿病肾脏疾病或心血管疾病的方法或用途。具体地说，所述多态性选自DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rs10199869和PDE11A基因中的rs16865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rs1241486以及STXBP6基因中的rs1241499。

Description

糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用途
发明领域
本发明涉及用于诊断或检测受试者中病患，具体地说，糖尿病肾脏并发症的遗传易感性的方法、试剂盒和阵列。
发明背景
糖尿病处于亚洲的流行病之中[1,2]。根据国际糖尿病联盟(IDF)和世界卫生组织(WHO)，目前全世界2.85亿人受到糖尿病的影响，其中60％来自亚洲[3]。来自中国的最新流行病学数据表明10％，即1亿人受到影响，其中显著比例的青少年已经患有该疾病[4]。随着发病年龄的日益年轻化，由于生产力损失和卫生保健支出而引起的财务问题为巨大的。在2004年，中国在糖尿病上的总的直接花费估计为57,6490亿RMB(US$69.7亿)或7.57％的国家总计医疗保健支出[5]。因此，在中国预防糖尿病和糖尿病并发症已经被确定为医疗保健的头等大事。
与欧洲或其它族群相比，在亚洲人群中存在增加风险的糖尿病肾脏并发症[6,7]。具有蛋白尿的中国人糖尿病肾脏疾病为晚期肾衰竭、心血管并发症和死亡的主要预测器并且为与糖尿病相关的增加医疗保健负担的主要贡献者，所述蛋白尿反映了广泛的血管损伤。糖尿病视网膜病变为发达国家中失明的主要原因，并且与糖尿病肾病共有类似的致病途径。除了年龄、性别和病程之外，常见的风险因素诸如血压、异常脂质、肥胖和高血糖与糖尿病蛋白尿相互作用而产生每年事件率为2-5％的心-肾并发症[8]。
虽然仅很少的遗传因素已经一致地显示与糖尿病肾脏疾病[9,10]或糖尿病视网膜病变[11]相关，但糖尿病肾病和糖尿病肾脏并发症显示中等至高等的遗传可能性。预测这些并发症的遗传因素的鉴定可促进用于治疗的高风险受试者的早期鉴定以及提供药物治疗的新型靶标。
鉴定糖尿病并发症的遗传因素的传统策略主要利用了候选基因方法。使用该方法，早期研究已经产生醛糖还原酶基因的多态性与糖尿病肾病[12]和糖尿病视网膜病变[12,13]相关的鉴定。其它研究已经支持了晚期糖化终产物(RAGE)[14]基因以及血管紧张素I转化酶基因[15]涉及形成糖尿病肾脏并发症的作用。也已经发现这些遗传因素中的一些与糖尿病眼并发症的存在相关。重要的是，仅很少的研究在中国人口中进行，此外，大多数研究受到仅包含相对中等的样本大小的限制[10]。
另一传统的方法为通过使用大的受累家族的连锁分析。迄今为止，主要在欧洲人群中的研究已经鉴定与2型糖尿病的肾脏并发症相关的若干常见的连锁峰，包括在染色体18q22-23、7q35-35、7p15和10q26上的那些[9]。重要的是，一些这些区域内的变体已经一致地显示与糖尿病肾脏并发症相关，如在染色体7p14上的EngulfmentandCellMotility1(ELMO1)基因内的多态性的情况[9,10]。
最近，全基因组关联研究(GWAS)的使用已经改革了与不同的常见多基因病症相关的遗传标记的发现。该方法已经导致超过60个与2型糖尿病相关的基因座的成功鉴定，从而经常产生新的生物见解[16]。虽然该强大的方法已经成功地鉴定与非糖尿病人群的肾损害相关的若干遗传基因座[17-19]，但仅很少的研究在具有糖尿病肾脏并发症的患者中进行，并且仅非常少的公布的研究已经针对非裔美国人或其它人群的2型糖尿病的肾脏并发症进行[20]。
在香港中国人2型糖尿病患者中，40％的患者为非肥胖的(身体质量指数：BMI<25kg/m2)并且具有与高的糖化血红蛋白(Alc)相关的低的血浆C肽水平(其反映胰腺β细胞储备)[21]。在这些糖尿病患者中，低的BMI与增加的肾功能障碍风险相关[8]，所述肾功能障碍很强地预测CVD和相关死亡[22]。使用自1995年以来香港糖尿病登记处登记的8000名中国糖尿病患者，超出3000名患者已经死亡或发展成主要的临床事件(癌症、肾衰竭、心脏病、中风)[23][24]。
随着高血糖的发病，代谢环境、细胞生长以及钠和水体内平衡存在干扰，导致广泛的内皮功能障碍和增加的血栓形成趋势。使用一组已知增加心血管风险的候选基因，我们已经证明表型-基因型在预测肾疾病中的复杂的相互作用[25]。使用随访平均8年时段的一个1500名2型糖尿病患者的前瞻性群组，我们能够证明这些风险变体的累加效应，具有10种或更多种风险变体的受试者(特别是在具有低BMI的那些中)中CVD的风险增加5-10倍。然而，多重治疗目标(包括血糖、血压、血脂)的获得以及RAS抑制剂的使用可将2型糖尿病患者中的心-肾终点的风险降低50-70％[26][27]。
概述
本文公开的一个方面涉及用于检测或诊断受试者中病患的方法，所述方法包括
从受试者的样品中获得核酸分子，
确定至少一种多态性序列是否存在于所述样品中，
其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其约2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域、NELL1及其2kb侧翼区域、MPPED2及其2kb侧翼区域、MON2及其2kb侧翼区域、STXBP6及其2kb侧翼区域、醛糖还原酶(ALR2)及其2kb侧翼区域、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)及其2kb侧翼区域，
并且其中存在多态性序列表明受试者患有选自以下的病患，处于选自以下的病患的风险中或疑似患有以下的病患：糖尿病肾脏并发症，糖尿病肾脏疾病，糖尿病肾病或糖尿病晚期肾病，由于2型糖尿病或1型糖尿病而引起的心血管疾病(CVD)诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞。
在本文公开的方法的一个实施方案中，在所述方法中检测的多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
在另一实施方案中，在本文公开的方法中检测的多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
在本文公开的方法的其它实施方案中，在本文描述的方法中检测的来自受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
在本文公开的方法的一些实施方案中，在方法中检测的核酸分子选自DNA、RNA、mRNA。
本文公开的另一方面涉及用于诊断受试者中病患的阵列或诊断试剂盒，其包含，
用于检测受试者的样品中的至少一种多态性序列的试剂，其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域、NELL1及其2kb侧翼区域、MPPED2及其2kb侧翼区域、MON2及其2kb侧翼区域、STXBP6及其2kb侧翼区域、醛糖还原酶(ALR2)及其2kb侧翼区域、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)及其2kb侧翼区域，以及
使用试剂盒的说明书，其包括用法说明，这提示存在多态性序列表明受试者患有选自以下的病患、处于选自以下的病患的风险中或疑似患有选自以下的病患：糖尿病肾脏并发症，糖尿病肾脏疾病，糖尿病肾病，糖尿病晚期肾病，由于2型糖尿病而引起的心血管疾病诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞。
在本文公开的阵列或试剂盒的实施方案中，包含在其中的试剂选自在基于PCR的技术中使用的试剂、至少一种用于延伸在MassARRAY平台上通过MALDI-TOF质谱检测的多重产物的引物、一种或多种用于杂交所述多态性序列的探针。
在本文公开的阵列或试剂盒的一个实施方案中，用阵列或试剂盒检测的多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
在另一实施方案中，用本文公开的阵列或试剂盒检测的多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和/或
至少一种选自在表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
在本文公开的阵列或试剂盒的又一实施方案中，用阵列或试剂盒检测的多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rs10493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
在本文公开的阵列或试剂盒的其它实施方案中，在本文描述的方法中检测的来自受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，用阵列或试剂盒检测的核酸分子选自DNA、RNA、mRNA。
在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，它们可用于进行本文公开的方法。
本文公开的另一方面提供用于治疗或预防受试者中选自以下的病患的方法：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞。用于治疗或预防如本文公开的病患的方法包括向受试者施用抵消任何所述多态性在受试者中的作用的化合物。
在用于治疗受试者的病患的方法的实施方案中，化合物包括用于抑制至少一种本文公开的SNP的药剂(其选自抑制性RNA、抗体、反义核酸或用于抑制本文公开的SNP的其它药剂)，以及用于降低血压、葡萄糖控制、脂质参数的药剂或药物和用于调节肾素-血管紧张素系统的那些。
本文公开的另一方面提供用于抑制至少一种、两种或三种SNP或多态性的试剂在制备用于治疗或预防受试者中选自以下的病患的药物中的用途：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞，所述SNP或多态性选自DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486和STXBP6基因中的rsl241499。
本文公开的另一方面提供用于抑制至少一种、两种或三种SNP或多态性的试剂在用于治疗或预防受试者中选自以下的病患中的用途：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞，所述SNP或多态性选自DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486和STXBP6基因中的rsl241499。
附图简述
图1示出来自糖尿病肾脏疾病的全基因组关联研究的曼哈顿图(manhattanplot)。
图2示出DLGAP3rs7555884与CKD的关联(显性模型)。
图3示出PDE11Arsl6865645与CKD的关联(显性模型)。
图4示出CRIM1rs2666136与CKD的关联(显性模型)。
图5示出与糖尿病肾脏疾病相关的DLGAP3rs7555884、PDE11Arsl6865645和CRIM1rs2666136的联合分析，其中年龄、性别和DM持续时间被调整。与在这3个基因座未携带任何风险变体的受试者(N＝512)相比，携带1、2或3个风险变体的受试者(分别为系1、2和3)在随访期具有逐渐增加的形成糖尿病肾脏疾病的风险，分别为HR1.214(CI0.979-1.51)、HR1.493(CI1.204-1.851)和HR1.699(CI1.306-2.21)。
图6示出与糖尿病肾脏疾病相关的DLGAP3rs7555884、PDE11Arsl6865645和CRIM1rs2666136的累加效应(显性模型)，其包括针对多个基线临床变量的调整，所述多个基线临床变量包括患者的性别、患者的年龄、糖尿病的持续时间、吸烟状态、BMI、HbAlc、收缩压、舒张压、糖尿病视网膜病变的存在、周围神经病变、周围血管疾病、冠心病史、中风史、基线eGFR、降脂药剂的使用、抗高血压药剂的使用、ACEI/ARB的使用、口服降葡萄糖药剂的使用、胰岛素的使用、Ln甘油三酯、Ln基线白蛋白/肌酸酐比和基线LDL水平。
图7示出在3469名患有2型糖尿病的中国受试者的前瞻性群组中，对于形成糖尿病肾脏疾病的风险而言，遗传风险变体的数目与获得的A1c、BP和胆固醇治疗靶标之间的相互作用
详述
定义
本文使用的术语“患者”、“个体”和“受试者”，可交替使用，并不限于人，而旨在包括人之外的所有脊椎动物。在本文公开的一些实施方案中，术语“患者”、“个体”和“受试者”是指亚洲祖先，包括中国祖先或血统。在其它实施方案中，患者为糖尿病患者，诸如中国祖先的2型糖尿病患者。
如本文所用，“基因”意指足以编码具有期望功能的转录物或蛋白质的任何量的核酸物质。因此，其包括但不限于基因组DNA、cDNA、RNA和在其它方面进行基因工程以在期望条件下实现期望水平的表达的核酸。因此，其包括融合基因(编码融合蛋白质)，完整的基因组基因以及融合至异源启动子、操纵子、增强子和/或其它转录调节序列的DNA序列。所述术语是指含有基因的全部转录区和所有调控区的整体。包括基因的所有外显子和内含子序列的基因的转录区包含交替剪接的外显子和内含子，因此除了基因的多肽编码区之外，基因的转录区还含有在转录的RNA中存在的调控区以及5'和3'非翻译区。
如本文所用，术语“多态性序列”、“单核苷酸多态性”、“SNP”和“基因多态性”为当在基因组序列中的核苷酸，如腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)或鸟嘌呤(G)改变成另一核苷酸时出现的DNA序列变异或遗传变体。SNP是DNA序列中的偶然变异；绝大多数的DNA序列在所有人之间是相同的，特别在特定祖先或血统中。SNP或其它变体也可以见于未含有基因的基因组区。其表示负责人之间遗传变异性的基因组热点。术语SNP可与术语“遗传变体”或“变体”交替使用，其存在于群体的至少一个个体中的特定遗传基因座处并且不同于绝大多数DNA序列中的相应参考类型。
如本申请中所用，除非上下文中另外明确指定，否则单数形式“一种/一个(a)”、“一种/一个(an)”和“该(the)”包括复数指代物。具体地说，除非上下文另外要求，否则在使用不定冠词的情况下，说明书应被理解为涵盖复数以及单数。
在整个说明书中提及的“一个实施方案”或“实施方案”或“在另一实施方案中”或“一些实施方案”或“在某些实施方案中”意指结合该实施方案描述的具体的指示物特征、结构或特点包括在至少一个实施方案中。因此，在整个说明书的不同地方出现的短语“在一个实施方案中”或“在实施方案中”或“在另一实施方案中”或“在一些实施方案中”不必全部指同一实施方案。而且，具体的特征、结构或特点可以任何适合的方式组合在一个或多个实施方案中。
实施方案详述
本申请的发明人已经在中国糖尿病患者中完成糖尿病肾脏疾病的首次全基因组关联并鉴定了与糖尿病肾脏并发症的形成相关的一组遗传标记。这些标记提供一种方法，凭其处于糖尿病肾脏并发症风险的受试者可在疾病的早期得以鉴定并靶向用于强化治疗以预防疾病的进展。除了疾病预测和个体化用药之外，这些标记还提供用于治疗和预防糖尿病肾脏并发症以及其它血管并发症的未来药物开发的新型靶标。
本申请的发明人令人惊讶地发现一些遗传变体，诸如在DLGAP3、CRIMl、PDE11A、MPPED2、MON2和STXBP6及其约2kb的侧翼区域中的那些，可单独地或组合其中的至少两者使用以：
优先用于个性化治疗的风险分级，从而降低糖尿病-相关的共病的风险，所述糖尿病-相关的共病包括但不限于在患有糖尿病或处于糖尿病的风险的受试者中的糖尿病肾脏并发症和CVD；
预测受试者中糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、晚期肾病的风险或需要透析，随后强化治疗并使用早期药物治疗(尤其为胰岛素、RAS抑制剂、他汀类、降脂药剂、抗高血压药剂)，同时定期监测用于降低这些威胁生命的事件的风险的治疗目标的获得；
预测处于风险的受试者中的CVD的风险，随后强化生活方式更改以减少可更改的风险因素(诸如吸烟、肥胖、脂质、血压)，并使用早期药物治疗(尤其为胰岛素、RAS抑制剂、他汀类、降脂药剂、抗高血压药剂)，同时定期监测用于降低这些威胁生命的事件的风险的治疗目标的获得；和/或
鉴定可以从药理学药剂中受益的受试者，所述药理学药剂调节DLGAP3、CRIMl、PDE11A、MPPED2、MON2或STZBP6的途径以降低糖尿病-相关的并发症的风险。
因此，本文公开的一个方面涉及用于检测或诊断受试者中病患的方法，所述方法包括
从受试者的样品中获得核酸分子，
确定至少一种多态性序列是否存在于所述样品中，
其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域、NELL1及其2kb侧翼区域、MPPED2及其2kb侧翼区域、MON2及其2kb侧翼区域、STXBP6及其2kb侧翼区域、醛糖还原酶(ALR2)及其2kb侧翼区域、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)及其2kb侧翼区域，
并且其中存在多态性序列表明受试者患有选自以下的病患，处于选自以下的病患的风险中或疑似患有以下的病患：糖尿病肾脏并发症，糖尿病肾脏疾病，糖尿病肾病或糖尿病晚期肾病，由于2型糖尿病而引起的心血管疾病(CVD)诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞。
在本文公开的方法的一个实施方案中，在所述方法中检测的多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
在另一实施方案中，在本文公开的所述方法中检测的多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
表A
在本文公开的方法的又一实施方案中，在所述方法中检测的多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rsl0493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
在本文公开的方法的其它实施方案中，在本文描述的方法中检测的来自受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
在本文公开的方法的一些实施方案中，在所述方法中检测的核酸分子选自DNA、RNA、mRNA。
在实施方案中，本文公开的方法还包括用于获得来自受试者的含有至少一种多核苷酸的样品的步骤。在其它实施方案中，方法可在体外进行，在此已经收集样品并且样品在受试者的外部。在一些实施方案中，通过体外提取和/或纯化来自受试者的样品获得核酸。
本文公开的另一方面涉及用于诊断受试者中病患的阵列或诊断试剂盒，其包含，
用于检测受试者的样品中的至少一种多态性序列的试剂，其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域、NELL1及其2kb侧翼区域、MPPED2及其2kb侧翼区域、MON2及其2kb侧翼区域、STXBP6及其2kb侧翼区域、醛糖还原酶(ALR2)及其2kb侧翼区域、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)及其2kb侧翼区域，以及
使用试剂盒的说明书，其包括用法说明，这提示存在多态性序列表明受试者患有选自以下的病患、处于选自以下的病患的风险中或疑似患有选自以下的病患：糖尿病肾脏并发症，糖尿病肾脏疾病，糖尿病肾病，糖尿病晚期肾病，由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞。
在本文公开的阵列或试剂盒的实施方案中，包含在其中的试剂选自在基于PCR的技术中使用的试剂、至少一种用于延伸在MassARRAY平台上通过MALDI-TOF质谱检测的多重产物的引物、一种或多种用于杂交所述多态性序列的探针。
在本文公开的阵列或试剂盒的一个实施方案中，通过阵列或试剂盒检测的多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
在另一实施方案中，通过本文公开的阵列或试剂盒检测的多态性序列为：
至少一种、两种或三种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499，和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
在本文公开的阵列或试剂盒的又一实施方案中，通过阵列或试剂盒检测的多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rs10493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，所述受试者为亚洲血统或中国血统。
在本文公开的方法的其它实施方案中，通过本文描述的阵列或试剂盒检测的来自受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
在本文公开的阵列或试剂盒的一些实施方案中，通过阵列或试剂盒检测的核酸分子选自DNA、RNA、mRNA。
在一些实施方案中，本文公开的试剂盒(如诊断试剂盒或试剂盒)或阵列包含试剂或材料以及用于评估一种或多种SNP以进行风险评估、糖尿病相关的并发症的诊断或预后以及优化治疗建议的任选的方案或说明书。试剂盒中有用的试剂和材料可包括但不限于至少一种选自以下的试剂：PCR引物、如本文描述的杂交探针和引物(如标记的探针或引物)、等位基因特异性寡核苷酸、用于基因分型SNP标记的试剂、用于检测标记分子的试剂、限制性酶(如，用于RFLP分析)、DNA聚合酶、RNA聚合酶、DNA连接酶、标记酶、结合改变的或未改变的(天然)多肽的抗体、用于扩增来自选定的一种或多种SNP的核酸片段的方法、用于分析一种或多种糖尿病-并发症或由于2型糖尿病而引起的心血管疾病或ESRD相关的SNP的核酸序列的方法、或用于分析通过包含此类SNP的基因编码的多肽的一个或多个氨基酸残基的序列的方法等。
在一个实施方案中，用于诊断受试者中对糖尿病-相关的并发症或由于2型糖尿病而引起的心血管疾病的易感性的试剂盒或阵列包含用于检测个体核酸的一种或多种SNP标记中存在的核苷酸的引物和试剂，所述SNP标记选自DLGPAP3基因的遗传变体rsl0493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
本文公开的另一方面提供用于治疗或预防受试者中选自以下的病患的方法：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞。用于治疗或预防如本文公开的病患的方法包括向受试者施用抵消本文公开的任何多态性或SNP在受试者中的作用的化合物。
在用于治疗受试者的病患的方法的实施方案中，化合物包括用于抑制至少一种本文公开的SNP的药剂，其选自抑制性RNA、抗体、反义核酸或用于抑制本文公开的SNP的其它药剂；以及用于降低血压、葡萄糖控制、脂质参数的药剂或药物和用于调节肾素-血管紧张素系统的那些。
在本文公开的方法的一个实施方案中，多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因、CRIM1基因、PDE11A基因、NELL1基因、MPPED2基因、MON2基因、STXBP6基因、醛糖还原酶(ALR2)基因、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)基因以及以上基因的2kb侧翼区域；或者，DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
在本文公开的方法的另一实施方案中，多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rs1241499和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
在本文公开的方法的又一实施方案中，多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rsl0493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
在本文公开的方法的其它实施方案中，在本文描述的方法中检测的来自受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
在本文公开的方法的一些实施方案中，核酸分子选自DNA、cDNA、RNA、mRNA。
本文公开的另一方面提供用于抑制至少一种、两种或三种SNP或多态性的试剂在制备用于治疗或预防受试者中选自以下的病患的药物中的用途：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞，所述SNP或多态性选自DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486和STXBP6基因中的rsl241499。
本文公开的另一方面提供抑制至少一种、两种或三种SNP或多态性的试剂用于治疗或预防受试者中选自以下的病患中的用途：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞，所述SNP或多态性选自DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486和STXBP6基因中的rsl241499。
在本文公开的用途的一个实施方案中，在所述用途中的多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因、CRIM1基因、PDE11A基因、NELL1基因、MPPED2基因、MON2基因、STXBP6基因、醛糖还原酶(ALR2)基因、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)基因以及以上基因的2kb侧翼区域；或者，DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
在本文公开的用途的另一实施方案中，多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中rs1241499的和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
在本文公开的用途的又一实施方案中，多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rsl0493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
在本文公开的用途的一些实施方案中，受试者为亚洲血统或中国血统。
在本文公开的用途的其它实施方案中，来自受试者的样品为血液、唾液或其它组织。
虽然在注释当前人基因组构建时SNP的数值染色体位置仍可以变化，但分配至SNP的SNP识别信息诸如可变等位基因和侧翼核苷酸序列将保持相同。本领域技术人员将容易地认识到，在个体核酸的本文所示的一种或多种SNP中存在的核苷酸的分析，可通过能够使用在现有技术中分配给本文公开所列出的SNP的rsID的序列信息确定存在于多态性位点的核苷酸的任何方法或技术进行。还应理解在本领域中存在于多态性中的核苷酸可由核酸链或两条链确定。
样品的制备
本文公开的相关基因中的遗传变体或SNP的存在由受试者的样品确定。
核酸序列可为DNA或RNA。在一些实施方案中，对于基因组DNA的测定，可使用含有基因组DNA的几乎任何生物样品(如不纯的红细胞)。基因组DNA可便利地从例如但不限于血液、精液、唾液、眼泪、尿、排泄物、汗、口腔细胞、皮肤或毛发中提取或纯化。对于使用cDNA或mRNA的测定，靶标核酸必须从表达靶序列的细胞或组织中获得。
本文描述的许多方法需要从靶标样品扩增DNA。这可通过本领域已知的任何方法实现，但优选为聚合酶链式反应(PCR)。应对每个反应确定优化进行PCR的条件并且可通过本领域技术人员无需过度实验来实现。通常，进行PCR的方法可见于Ausbel等编辑,ShortProtocolsinMolecularBiology,第3版增刊,Wiley,1995；和Innis等编辑,PCRProtocols,AcademicPress,1990。
其它扩增方法包括连接酶链式反应(LCR)(参见,Wu和Wallace,Genomics,4:560-569,1989；Landegren等,Science,241:1077-1080,1988)、转录扩增(Kwoh等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,86:1173-1177,1989)、自我持续序列复制(Guatelli等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,87:1874-1878,1990)和基于核酸的序列扩增(NASBA)。后两个扩增方法涉及基于等温转录的等温反应，其分别产生比率为约30或100至1的单链RNA(ssRNA)和双链DNA(dsDNA)作为扩增产物。
多态性检测
多态性检测是出于诊断或流行病学目的而确定哪种形式的多态性存在于个体中。检测技术包括测序、基于PCR的技术或涉及在MassARRAY平台(Sequenom,SanDiego,California)上通过MALDI-TOF质谱检测的多重产物的引物延伸的方法。已经开发了若干方法来检测已知的SNP。这些测定中的许多已经由Landegren等,GenomeRes.,8:769-776,1998进行了综述，在此将仅进行简短地综述。
一种类型的测定已经被称为阵列杂交测定，它的一个实例为多重等位基因特异性诊断测定(MASDA)(美国专利第5,834,181号；Shuber等,Hum.Molec.Genet.,6:337-347,1997)。
影响限制位点的SNP的高通量筛选可通过微孔板阵列诊断凝胶电泳(MADGE)实现(Day和Humphries,Anal.Biochem.,222:389-395,1994)。
SNP的另外的测定取决于聚合酶和连接酶的错配差别。这已经允许在各种被称为特异性等位基因的PCR扩增(PASA)(Sommer等,MayoClin.Proc,64:1361-13721989；Sarker等,Anal.Biochem.1990)、等位基因特异性扩增(ASA)、等位基因特异性PCR和扩增阻滞突变系统(ARMS)(Newton等,Nuc.AcidsRes.,1989；Nichols等,Genomics,1989；Wu等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989)的方法中通过使用特别设计的寡核苷酸将PCR用于迅速检测DNA中的单碱基变化。
在用于检测SNP的被称为微测序的另一方法中，通过聚合酶将特定核苷酸靶标依赖性地加入至紧接单引物的下游(3')用于确定存在哪一个等位基因(美国专利第5,846,710号)。
以上讨论的用于检测SNP的方法仅为示例性的并且不意在为详尽的。本领域技术人员将能够设想在本发明的范围和精神内的用于检测SNP的其它方法。这些方法可单独地或组合地用于检测本文公开的SNP。
SNP
在本发明中，选自DLGAP3基因[染色体1NC_000001.10]CRIM1基因[染色体2NC_000002.11]PDE11A基因[染色体2NC_000002.11]NELL1基因[染色体11NC_000011.9]MPPED2基因[染色体11NC_000011.9]MON2基因[染色体12NC_000012.11]STXBP6基因[染色体14NC_000014.8]和/或以上基因的约2kb的侧翼区域的至少一种基因和/或基因的相关区域被选定以确定本文公开的多态性或SNP，诸如DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIMl基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和/或表A中列出的风险变体(SNP)，从而用于确定对如本文描述的疾病、病症或病患的易感性。如本文描述的方法、试剂盒和阵列涉及在DLGAP3基因中的rsl0493064、在CRIM1基因中的rsl0199869和在PDE11A基因中的rsl6865645、在NELL1基因中的rsl459865、在MPPED2基因中的rs559519、在MON2基因中的rs7953138、在STXBP6基因中的rsl241486、在STXBP6基因中的rsl241499和/或表A中列出的风险变体(SNP)的遗传基因座处检测SNP。在一个实施方案中，如本文描述的方法、试剂盒和阵列涉及在包括以下至少一个、至少两个或至少三个的遗传基因座处检测SNP：DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIMl基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和表A中列出的风险变体(SNP)。
SNP与疾病、病患或病症的遗传易感性相关，所述疾病、病患或病症包括但不限于非胰岛素依赖性糖尿病、胰岛素依赖性糖尿病、由于非胰岛素依赖性糖尿病而引起的晚期肾疾病、由于非胰岛素依赖性糖尿病而引起的高血压、由于非胰岛素依赖性糖尿病的高血压而引起的晚期肾疾病、由于非胰岛素依赖性糖尿病而引起的动脉粥样硬化周围性血管疾病以及由于胰岛素依赖性糖尿病而引起的晚期肾疾病。
虽然本文公开的方法或试剂盒可在由患有糖尿病或未患有糖尿病的受试者获得的样品中进行，但优选将所述方法或试剂盒在患有2型糖尿病的受试者中进行。受试者可为亚洲血统，包括中国血统。
患晚期肾疾病的风险随着基因及其相关区域内风险SNP数目的增加而增加。例如，与在这3个基因座，即DLGAP3rs7555884、PDE11Arsl6865645和CRIMlrs2666136(N＝512)未携带任何风险变体的受试者相比，携带1、2或3个风险变体的受试者(分别为系1、2和3)在随访期间具有逐渐增加的形成糖尿病肾脏疾病的风险，分别为HR1.214(CI0.979-1.51)、HR1.493(CI1.204-1.851)和HR1.699(CI1.306-2.21)。
应理解可使用上文提及的一种或多种基因型以形成阵列，其与其它已知的临床、生化和遗传结合使用，用于预测糖尿病并发症(包括中国祖先或世界其它族群的糖尿病患者中的肾病和ESRD)的风险，并且这些基因型或其等同的阵列可用于鉴定用于使用多层面的方法(包括强化监测、药物治疗和非药物治疗)进行风险更改的处于糖尿病和/或糖尿病ESRD风险的受试者。
用以下实施例将进一步描述本发明。
实施例
方法
收集受试者的血液样品的生物样品用于DNA的基因分型以检测如下文提及的变体或SNP。依据标准的方案从白细胞中提取DNA。进行感兴趣的遗传变体的基因分型。通过用Illumina610Quad阵列的基因分型进行全基因组关联研究。使用涉及在MassARRAY平台(Sequenom,USA)上通过MALDI-TOF质谱检测的多重产物的引物延伸的方法，进行通过从头合成的基因分型而重复变体的另外的基因分型。
进展至糖尿病肾脏疾病的全基因组关联研究
使用香港糖尿病登记处，鉴定了巢式病例对照研究群组。鉴定四百名患有2型糖尿病而无糖尿病肾脏疾病(糖尿病肾脏疾病被定义为eGFR<60ml/kg/m2同时无其它显著的肾疾病史的糖尿病)的中国受试者。对照被定义为在8年的随访期中值之后保持无糖尿病肾脏疾病的2型糖尿病病例。进展至糖尿病肾脏疾病的年龄-和性别-相配的T2DM病例被鉴定为病例。使用Illumina610Quad阵列进行基因分型。研究参与者的基线特点在表1中列出：
表1.形成糖尿病肾脏并发症的全基因组关联研究的发现群组中的受试者的基线特点
来源于卡方检验；Wilcoxon两样本检验
中值(第25个至第75个四分位数)或％(N)；
表2.鉴定自形成糖尿病肾脏疾病的全基因组关联研究的发现阶段的与形成糖尿病肾脏疾病相关的基因区域
表3.新鉴定的基因区域的已知生物学功能
使用p<10-5的阈值，总共8个新型基因组区域示出与形成糖尿病肾脏疾病暗示性关联。鉴定的变体连同r2>0.8的合适的代用品(proxy)在来自香港糖尿病登记处的中国T2DM的4701例连续病例的重复群组中基因分型，其中1011名患者在随访期间形成糖尿病肾脏疾病。
表4.重复群组的临床特点
视情况，数据表示为平均值±SD或中值(第25-75个百分位数)或数值(％)。
DLGPA3、CRIM1和PDE11A遗传变体预测患有2型糖尿病的中国受试者中糖尿病肾脏疾病的形成或肾脏功能的下降
在包括患有2型糖尿病的中国受试者的前瞻性群组中(N＝4701)，发现在DLGPA3、CRIM1和PDE11A中的遗传变体鉴定了处于形成糖尿病肾脏并发症和肾功能障碍风险的那些(图2-4)。
在包括以上遗传变体的组合的分析中，我们鉴定遗传变体的数目在预测患有2型糖尿病的患者随后的糖尿病肾脏并发症增加的风险中的累加效应。
如图5所示，与在这3个基因座未携带任何风险变体的受试者(N＝512)相比，携带1、2或3个风险变体的受试者在随访期具有逐渐增加的形成糖尿病肾脏疾病的风险，分别为HR1.214(CI0.979-1.51)、HR1.493(CI1.204-1.851)和HR1.699(CI1.306-2.21)。这证明遗传变体在预测患有T2DM的中国患者的随后的糖尿病肾脏并发症的风险中的累加效应。
在其中包括糖尿病肾脏并发症的传统的风险因素的回归模型中，在描述的遗传因素与糖尿病肾脏疾病的随后的风险之间保持非常强的独立关联(图6)。该回归模型包括针对多个基线临床变量的调整，所述基线临床变量包括患者的性别、年龄、糖尿病的持续时间、吸烟状态、BMI、HbAlc、收缩压、舒张压、糖尿病视网膜病变的存在、周围神经病变、周围血管疾病、冠心病史、中风史、基线eGFR、降脂药剂的使用、抗高血压药剂的使用、ACEI/ARB的使用、口服降葡萄糖药剂的使用、胰岛素的使用、Ln甘油三酯、Ln基线白蛋白/肌酸酐比率和基线LDL水平。
图7示出在3469名患有2型糖尿病的中国受试者的前瞻性群组中，对于形成糖尿病肾脏疾病的风险而言，遗传风险变体的数目与获得的A1c、BP和胆固醇治疗靶标之间的相互作用。
我们检查在3469名患有2型糖尿病的受试者的前瞻性群组中，在形成慢性肾脏疾病(CKD)的风险上，遗传变体(包括DLGAP3rs7555884、PDE11Ars16865645和CRIM1rs2666136)与获得的临床风险因素靶标之间的相互作用。在随访期间，880名受试者进展至慢性肾脏疾病。基于存在的风险变体的数目(8-20个变体、21-23个变体和24-36个变体)以及也根据获得的风险因素治疗靶标(HbAlc<7，血压<130/80，LDL-胆固醇<2.6mmol/l)的数目受试者被分成三分位数。与参照组相比(8-20个风险变体，获得2-3个治疗靶标)，具有相同数目的风险变体但仅获得1个治疗靶标或未获得治疗靶标的受试者已经显著地增加形成CKD的风险(分别为HR1.82和HR2.268，p<0.001)。除了在获得2-3个治疗靶标的组中，风险变体数目的增加与形成CKD的风险的增加相关。当与参照组相比时，如果获得2-3个治疗靶标，则形成CKD的风险在具有8-20个风险变体或21-23个风险变体的受试者中得到改善。
该分析强调了遗传变体与临床风险因素控制的相互作用，指出尽管存在增加的遗传风险，但如果实施适当强化管理以控制临床风险因素，则会降低形成肾脏并发症的风险。这强调了使用遗传标记以赋予医疗保健专业人员以及患者力图实现更好的风险因素管理以便降低形成糖尿病肾脏并发症的风险的实用性。
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Claims (19)

1.用于检测或诊断受试者中病患的方法，所述方法包括
从来自所述受试者的样品中获得核酸分子，
确定至少一种多态性序列是否存在于所述样品中，
其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域、NELL1及其2kb侧翼区域、MPPED2及其2kb侧翼区域、MON2及其2kb侧翼区域、STXBP6及其2kb侧翼区域、醛糖还原酶(ALR2)及其2kb侧翼区域、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)及其2kb侧翼区域，
并且其中存在多态性序列表明所述受试者患有选自以下的病患，处于选自以下的病患的风险中或疑似患有以下的病患：糖尿病肾脏并发症、糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病或糖尿病晚期肾病。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多态性序列处于至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rsl0493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述受试者为亚洲血统或中国血统。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中来自所述受试者的所述样品为血液、唾液或其它组织。
7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述核酸分子选自DNA、RNA、mRNA。
8.用于诊断受试者中病患的阵列或诊断试剂盒，其包含，
用于检测所述受试者的样品中的至少一种多态性序列的试剂，其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域、NELL1及其2kb侧翼区域、MPPED2及其2kb侧翼区域、MON2及其2kb侧翼区域、STXBP6及其2kb侧翼区域、醛糖还原酶(ALR2)及其2kb侧翼区域、蛋白激酶Cβ(PRKCB1)及其2kb侧翼区域，以及
使用所述试剂盒的说明书，其中存在多态性序列表明所述受试者患有选自以下的病患、处于选自以下的病患的风险中或疑似患有选自以下的病患：糖尿病肾脏并发症、糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病或糖尿病晚期肾病。
9.根据权利要求8所述的阵列或试剂盒，其中所述试剂选自：在基于PCR的技术中使用的试剂、至少一种用于延伸在MassARRAY平台上通过MALDI-TOF质谱检测的多重产物的引物、一种或多种用于杂交所述多态性序列的探针。
10.根据权利要求9所述的阵列或试剂盒，其中所述多态性序列在至少一种选自以下的基因内：DLGAP3基因及其2kb侧翼区域、CRIM1基因及其2kb侧翼区域、PDE11A基因及其2kb侧翼区域。
11.根据权利要求8所述的阵列或试剂盒，其中所述多态性序列为
至少一种选自以下的多态性：DLGAP3基因中的rs10493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486、STXBP6基因中的rsl241499和/或
至少一种选自表A中列出的风险变体(SNP)的风险变体。
12.根据权利要求8所述的阵列或试剂盒，其中所述多态性序列为至少一种或两种或所有选自以下的遗传变体：DLGPAP3基因的遗传变体rs10493064、CRIM1基因的遗传变体rsl0199869和PDE11A基因的遗传变体rsl6865645。
13.根据权利要求8至12中任一项所述的阵列或试剂盒，其中所述受试者为亚洲血统或中国血统。
14.根据权利要求8至13中任一项所述的阵列或试剂盒，其中来自所述受试者的所述样品为血液、唾液或其它组织。
15.根据权利要求8至14中任一项所述的阵列或试剂盒，其中所述核苷酸分子选自DNA、RNA、mRNA。
16.用于治疗或预防受试者中选自的病患的方法：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞，所述方法包括向受试者施用抵消任何所述多态性在受试者中的作用的化合物。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述化合物包括用于抑制至少一种SNP的药剂，其选自抑制性RNA、抗体、反义核酸或用于抑制SNP的其它药剂；以及用于降低血压、葡萄糖控制、脂质参数的药剂或药物和用于调节肾素-血管紧张素系统的那些。
18.抑制至少一种、两种或三种SNP或多态性的试剂用于治疗或预防受试者中选自以下的病患中的用途：糖尿病肾脏并发症，包括糖尿病肾脏疾病、糖尿病肾病、糖尿病晚期肾病；由于2型糖尿病而引起的心血管疾病，诸如动脉粥样硬化周围性血管疾病、高血压、缺血性心肌病和心肌梗塞，所述SNP或多态性选自DLGAP3基因中的rsl0493064、CRIM1基因中的rsl0199869和PDE11A基因中的rsl6865645、NELL1基因中的rsl459865、MPPED2基因中的rs559519、MON2基因中的rs7953138、STXBP6基因中的rsl241486和STXBP6基因中的rsl241499。
19.根据权利要求18所述的用途，其中所述试剂包括用于抑制至少一种SNP或多态性的药剂，其选自抑制性RNA、抗体、反义核酸或用于抑制SNP的其它药剂；以及用于降低血压、葡萄糖控制、脂质参数的药剂或药物和用于调节肾素-血管紧张素系统的那些。
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