JP6788879B2 - 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 - Google Patents
末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6788879B2 JP6788879B2 JP2015126746A JP2015126746A JP6788879B2 JP 6788879 B2 JP6788879 B2 JP 6788879B2 JP 2015126746 A JP2015126746 A JP 2015126746A JP 2015126746 A JP2015126746 A JP 2015126746A JP 6788879 B2 JP6788879 B2 JP 6788879B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- base
- seq
- risk allele
- peripheral arterial
- risk
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000012360 testing method Methods 0.000 title claims description 30
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 title claims description 13
- 208000030613 peripheral artery disease Diseases 0.000 title description 28
- 238000010998 test method Methods 0.000 title description 4
- 208000005764 Peripheral Arterial Disease Diseases 0.000 claims description 75
- 208000030831 Peripheral arterial occlusive disease Diseases 0.000 claims description 73
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 58
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 40
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 31
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 31
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 28
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 26
- 102100036340 Importin-5 Human genes 0.000 claims description 22
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 21
- 101100019014 Homo sapiens IPO5 gene Proteins 0.000 claims description 17
- 101150088568 IPO5 gene Proteins 0.000 claims description 17
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 claims description 14
- 101001032092 Homo sapiens Histone deacetylase 9 Proteins 0.000 claims description 11
- 101150101369 Rap2a gene Proteins 0.000 claims description 9
- 101150062404 EDNRA gene Proteins 0.000 claims description 8
- 210000001367 artery Anatomy 0.000 claims description 8
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 8
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 8
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 8
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 7
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 5
- 206010003210 Arteriosclerosis Diseases 0.000 claims description 4
- 208000011775 arteriosclerosis disease Diseases 0.000 claims description 4
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 29
- 101000852539 Homo sapiens Importin-5 Proteins 0.000 description 15
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 14
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 13
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 13
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 13
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 12
- 101001130441 Homo sapiens Ras-related protein Rap-2a Proteins 0.000 description 11
- 102100031420 Ras-related protein Rap-2a Human genes 0.000 description 11
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 7
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 7
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 6
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 6
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 6
- 210000005119 human aortic smooth muscle cell Anatomy 0.000 description 6
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 6
- 208000031481 Pathologic Constriction Diseases 0.000 description 5
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 5
- 208000037804 stenosis Diseases 0.000 description 5
- 230000036262 stenosis Effects 0.000 description 5
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 5
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 5
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 210000003141 lower extremity Anatomy 0.000 description 4
- 238000003670 luciferase enzyme activity assay Methods 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 4
- 101100297347 Caenorhabditis elegans pgl-3 gene Proteins 0.000 description 3
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 3
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 3
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 3
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 3
- 230000017531 blood circulation Effects 0.000 description 3
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 3
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 3
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 3
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 3
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 3
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 3
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 2
- 208000032928 Dyslipidaemia Diseases 0.000 description 2
- 102000017914 EDNRA Human genes 0.000 description 2
- 101000967336 Homo sapiens Endothelin-1 receptor Proteins 0.000 description 2
- 208000017170 Lipid metabolism disease Diseases 0.000 description 2
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 2
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 2
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 230000036772 blood pressure Effects 0.000 description 2
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 210000001715 carotid artery Anatomy 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 2
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 2
- 210000004351 coronary vessel Anatomy 0.000 description 2
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 2
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 2
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 210000003414 extremity Anatomy 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 210000002200 mouth mucosa Anatomy 0.000 description 2
- 238000001543 one-way ANOVA Methods 0.000 description 2
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 2
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 2
- 210000001364 upper extremity Anatomy 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- 208000000575 Arteriosclerosis Obliterans Diseases 0.000 description 1
- 206010003694 Atrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 206010011703 Cyanosis Diseases 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 238000003718 Dual-Luciferase Reporter Assay System Methods 0.000 description 1
- 206010058314 Dysplasia Diseases 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 206010016326 Feeling cold Diseases 0.000 description 1
- 108090000331 Firefly luciferases Proteins 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 102100038720 Histone deacetylase 9 Human genes 0.000 description 1
- 208000031226 Hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 238000007397 LAMP assay Methods 0.000 description 1
- 241000254158 Lampyridae Species 0.000 description 1
- 206010028851 Necrosis Diseases 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 206010061876 Obstruction Diseases 0.000 description 1
- 206010033425 Pain in extremity Diseases 0.000 description 1
- 206010033546 Pallor Diseases 0.000 description 1
- 108010052090 Renilla Luciferases Proteins 0.000 description 1
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 206010043540 Thromboangiitis obliterans Diseases 0.000 description 1
- 208000025865 Ulcer Diseases 0.000 description 1
- 206010047115 Vasculitis Diseases 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003187 abdominal effect Effects 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 210000003423 ankle Anatomy 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 210000000702 aorta abdominal Anatomy 0.000 description 1
- 210000002376 aorta thoracic Anatomy 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 230000037444 atrophy Effects 0.000 description 1
- 230000036770 blood supply Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000002059 diagnostic imaging Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 210000003917 human chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001631 hypertensive effect Effects 0.000 description 1
- 210000003090 iliac artery Anatomy 0.000 description 1
- PGHMRUGBZOYCAA-ADZNBVRBSA-N ionomycin Chemical compound O1[C@H](C[C@H](O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)/C=C/C[C@@H](C)C[C@@H](C)C(/O)=C/C(=O)[C@@H](C)C[C@@H](C)C[C@@H](CCC(O)=O)C)CC[C@@]1(C)[C@@H]1O[C@](C)([C@@H](C)O)CC1 PGHMRUGBZOYCAA-ADZNBVRBSA-N 0.000 description 1
- PGHMRUGBZOYCAA-UHFFFAOYSA-N ionomycin Natural products O1C(CC(O)C(C)C(O)C(C)C=CCC(C)CC(C)C(O)=CC(=O)C(C)CC(C)CC(CCC(O)=O)C)CCC1(C)C1OC(C)(C(C)O)CC1 PGHMRUGBZOYCAA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000302 ischemic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 208000037805 labour Diseases 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 210000000713 mesentery Anatomy 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 230000001338 necrotic effect Effects 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 1
- 231100000862 numbness Toxicity 0.000 description 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 210000000329 smooth muscle myocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 210000003270 subclavian artery Anatomy 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 231100000397 ulcer Toxicity 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 208000019553 vascular disease Diseases 0.000 description 1
- 230000009278 visceral effect Effects 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Description
[1]被検者の第13染色体長腕32領域(13q32.2)のIPO5/RAP2A遺伝子近傍に存在する一塩基多型、第4染色体長腕31領域(4q31.2)のEDNRA遺伝子近傍に存在する一塩基多型、及び/若しくは第7染色体短腕21領域(7p21.1)のHDAC9遺伝子近傍に存在する一塩基多型、並びに/又はそれらの塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型を解析し、該解析結果に基づいて被検者の末梢動脈疾患を検査することを特徴とする、末梢動脈疾患の発症リスクおよび/または発症の有無の判定方法。
[2]前記一塩基多型が、配列番号1〜3から選ばれる1種又は2種以上の塩基配列の塩基番号101番目の塩基に相当する塩基、及び/又は該塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型である、[1]に記載の方法。
[3]前記末梢動脈疾患が、動脈硬化によるものである、[1]又は[2]に記載の方法。
[4]前記末梢動脈疾患が、四肢の動脈の狭窄又は閉塞を起こすものである、[1]〜[3]のいずれか一に記載の方法。
[5]被検者の第13染色体長腕32領域(13q32.2)のIPO5/RAP2A遺伝子近傍に存在する一塩基多型、第4染色体長腕31領域(4q31.2)のEDNRA遺伝子近傍に存在する一塩基多型、及び/若しくは第7染色体短腕21領域(7p21.1)のHDAC9遺伝子近傍に存在する一塩基多型、並びに/又はそれらの塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型を解析可能なポリヌクレオチドを含む、末梢動脈疾患検査用試薬。
[6]前記一塩基多型が、配列番号1〜3から選ばれる1種又は2種以上の塩基配列の塩基番号101番目の塩基に相当する塩基、及び/又は該塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型である、[5]に記載の試薬。
[7]配列番号1〜3から選ばれる塩基配列において、塩基番号101番目の塩基を含む10塩基以上の配列、又はその相補配列を有する末梢動脈疾患検査用プローブ。
[8]配列番号1〜3から選ばれる塩基配列において、塩基番号101番目の塩基を含む領域を増幅することのできる末梢動脈疾患検査用プライマー。
[9]IPO5遺伝子からのmRNAまたはタンパク質の発現量を測定する工程を含む、末梢動脈疾患の検査方法。
本発明の方法は、ヒトの第13染色体長腕32領域(13q32.2)、第4染色体長腕31領域(4q31.2)、及び第7染色体短腕21領域(7p21.1)に存在するSNPを解析し、該解析結果に基づいて被検者の末梢動脈疾患の発症リスク及び/又は発症の有無を検査することを特徴とする、末梢動脈疾患の発症リスク及び/又は発症の有無の判定方法である。すなわち、本発明において、「検査」とは末梢動脈疾患の発症リスク及び/又は発症の有無の検査を含む。本発明の方法においては、SNPの解析結果を、末梢動脈疾患の発症リスク及び/又は発症の有無と関連付ける。本発明の方法においては、SNPを検査する試料を被検者から得る工程をさらに含めても良い。
for Biotechnology InformationのdbSNPデータベース(http//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)の登録番号を示す。当該SNPを含む配列情報は、GenBank(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)等より入手可能である。IPO5遺伝子としては、例えば、GenBank
Accession No. NC_000013.11 の97953638〜98024296の領域が挙げられる。RAP2A遺伝子としては、例えば、GenBank Accession No. NC_000013.11の97434221〜97467998の領域が挙げられる。本発明における「IPO5/RAP2A遺伝子近傍」とは、IPO5遺伝子またはRAP2A遺伝子から250Kb以内の範囲を意味し、または、図3で示す通り、13番染色体の97.0〜97.3Mbの範囲を意味する。
ことができる。もしくは、30人程度から採取したDNAの塩基配列を解析し、連鎖不平衡にあるSNPを探索することにより同定してもよい。上記の塩基と連鎖不平衡にある塩基は、遺伝子型を考慮して解析した場合は、リスクアレルのホモ接合体 > リスクアレルと非リスクアレルのへテロ接合体 > 非リスクアレルのホモ接合体の順で末梢動脈疾患の可能性または発症リスクが高い。そのような連鎖不平衡にあるSNPとしては、たとえばrs9556806, rs9805548, rs9556797, rs9556795, rs4001162, rs9556799等が例示される。
)である場合には末梢動脈疾患の可能性又は発症リスクが高いと判定できる。また、遺伝子型を考慮して解析した場合は、CC>CT>TTの順で末梢動脈疾患の可能性または発症リスクが高い。よって、この塩基がCである被験者には、末梢動脈疾患の治療を行うことが考えられる。
ってどのタイプの多型であるかを決定することができる。
本発明は、被検者の第13染色体長腕32領域(13q32.2)のIPO5/RAP2A遺伝子近傍に存在する一塩基多型、第4染色体長腕31領域(4q31.2)のEDNRA遺伝子近傍に存在する一塩基多型、及び/若しくは第7染色体短腕21領域(7p21.1)のHDAC9遺伝子近傍に存在する一塩基多型、並びに/又はそれらの塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型を解析可能なポリヌクレオチドを含む、末梢動脈疾患を検査するための検査試薬を提供する。上記「<1>本発明の方法」において説明された事項は、本発明の検査用試薬の説明に全て適用される。当該ポリヌクレオチドとしては、プライマーやプローブなどが含まれるが、それらに限定されない。また、1つのSNPを検出可能なポリヌクレオチドを、単独で検査試薬に含めてもよいし、当該ポリヌクレオチドを複数含めてもよい。検査の精度を向上するために、複数のポリヌクレオチドにより複数のSNPを検査することが好ましい。さらに、非リスクアレルを検出可能なポリヌクレオチドを含めてもよい。
ローブの長さは、好ましくは10〜50塩基であり、より好ましくは15〜40塩基であり、さらに好ましくは20〜35塩基である。複数のプローブを含むセットとしてもよい。
本発明はまた、IPO5遺伝子のmRNAまたはタンパク質の発現量を測定する工程を含む、末梢動脈疾患の検査方法(検査データを得る方法)を提供する。上記「<1>本発明の方法」または「<2>本発明の検査用試薬」において説明された事項は、本項におけるIPO5遺伝子の発現量に基づく検査方法の説明に全て適用される。IPO5遺伝子のmRNAまたはタンパク質の発現量が健常人などの対照と比べて減少している場合、末梢動脈疾患に罹患している、または末梢動脈疾患の危険性が高いと判定することができる。本発明の検査方法においては、発現量を測定する試料を検査対象者から得る工程をさらに含めても良い。
<研究対象集団>
今回のGWAS及びフォローアップステージに使用された患者群と対照群のサンプルの多くは、バイオバンクジャパンから得られた(Nakamura, Y. (2007) The BioBank Japan Project. Clin Adv Hematol Oncol., 5, 696-697)。再現解析における患者群サンプルのサブセットは、東京医科大学病院、東京大学医学部付属病院及び関連病院から、2009年9月から2014年9月に得られた。
患者群サンプルはIllumina HumanHap610-Quad BeadChipにより遺伝子型解析され、対照群はIllumina HumanHap550v3により遺伝子型解析された。厳格なクオリティコントロール基準を適用し、785名の患者群と3,383名の対照群を、両方のBeadChipにおいて利用可能な431,754常染色体SNPについて検討した。GWASでは、SNPクオリティコントロール(患者群と対照群の両方において0.99以上のコールレート、及び対照群においてハーディワインバーグ平衡テストがP≧1.0×10-6)を適用した。全ての染色体上の431,754SNPが、そのクオリティコントロールフィルターをパスしたので、さらに解析された。
SNPとPADとの間の関連性解析は、コクラン・アーミテージの傾向検定により評価された。GWASの有意なレベルは、多重テストのためのボンフェローニ補正後において1.2 x 10-7(0.05/431,754)にセットされた。さらにGWASの結果を確認することを目的として、さらに1,150名の患者及び16,752名の対照群において再現解析をするために、コクラン・アーミテージの傾向検定のP値が最も有意であった500SNPが選択された。選択された500個のSNPの中で、145個のSNPが、Haploviewソフトウェアにより評価されたような他の選択されたマーカーと共に、強い連鎖不平衡の証拠(r2>0.8)を示した。
相違、冠疾患危険因子について検討された。定量的臨床パラメーターについては、one-way ANOVAにより検討された。
rs9584669(染色体部位 (NCBI build 38); 97,658,003-97,758,002)周辺の100kbの領域について、48名の患者サンプルを使用してSangerシークエンスを行った。総計249個のSNPが見つかったので、さらに48名のサンプルを使用して、再度シークエンスを行った。MAF≧0.05の191SNPを選択し、そして、25個のタグSNPを選んだ。また、Haploviewソフトウェアを使用して、連鎖不平衡(LD)パターンを解析し、LDブロックを決定した。全てのタグSNPについて、GWAS患者サンプル(n=750)及びGWAS対照群サンプル(n=2,418)を使用して、Invader assayを行った。統計解析は、Mantel-Haenszel法を使用して行われた。
ヒト大動脈平滑筋細胞(HASMC, Gibco(登録商標) Invitrogen cell culture)を平滑筋細胞メディウム(SMCM, ScienCell research laboratories)にて培養し、37℃、5%CO2の湿潤環境にて維持した。
染色体13q32.2上のIPO5/RAP2A領域にあるH3K27Acシークエンス(UCSC genome browser; http://genome.ucsc.edu)、及びH3K27Acシークエンスの遺伝子断片(染色体位置(NCBI build 38); 97,980,373-97,980,941:IPO5、97,428,261-97,428,846: RAP2A)を、pGL3 basic vector(プロメガ)のマルチプルクローニングサイトにクローニングした。空のpGL3 basic vectorと比較して、ルシフェラーゼ活性の顕著な増加が確認された。
一般的な統計解析には、R statistical environment version 2.10.0. または PLINK1.05(Purcell,S. et al. (2007) Am J Hum Genet., 81, 559-575)を使用した。LDマップは、Haploviewソフトウェアを使用して作成した(Barrett,J.C.,(2005)Bioinformatics.,
21, 263-265)。局所マップはLocus zoomソフトウェアを使用して作成した。
<GWAS>
新規なPAD感受性部位を同定するために、785名の患者及び3,383名の対照群を含む日本人集団においてPADについてのGWASを行った。集団階層化の存在を、主成分分析(PCA)を使用してHapMapサンプルとの比較により評価したところ、患者群及び対照群の全員がアジア人集団内に集まり、ほぼ全ての対象者が公知の二つの主な日本人一般的集団のクラスタ内に収まった(図1)。
染色体13q32上のIPO5/RAP2A部位を絞り込むために、当該部位のダイレクトシークエンスを行い、100kbのLD部位内にある249のSNPを同定した。さらなるファインマッピングのために、これらの中から、この部位を代表する24のタグSNPを選択した。これらタグSNPの関連解析から、rs9584669が最も強いP値を有することが明らかとなった(表5)。
この関連領域内にある7つのSNPのいずれもタンパク質のアミノ酸配列を変化させるものではなかったので、これらのSNPがIPO5及び/又はRAP2A発現に影響するかどうかを、ヒト大動脈平滑筋細胞(HASMC)におけるレポーター遺伝子解析を使用して調査した。この細胞を使用したのは、定量的RT-PCR実験において、IPO5及びRAP2AのどちらのmRNAも豊富に発現することが観察されたからである。図6は、IPO5プロモーターコンストラクトにおいて、rs9584669のSNPの非リスクアレルを含むクローンはリスクアレルを含むクローンと比べて約2.5倍大きい転写活性を有することを示している。他のIPO5プロモーターコンスト
ラクトとRAP2Aプロモーターコンストラクトにおいては、アレル間の差は観察されなかった(図7及び8)。これらの結果は、関連SNPがIPO5の転写レベルには影響するが、RAP2Aには影響しないことを示している。
配列番号2:rs6842241の前後100bpを含む配列
配列番号3:rs2074633の前後100bpを含む配列
配列番号4:rs9556806 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号5:rs9556806 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号6:rs9805548 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号7:rs9805548 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号8:rs9556797 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号9:rs9556797 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号10:rs9556795を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号11:rs9556795 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号12:rs4001162 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号13:rs4001162 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号14:rs9556799 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号15:rs9556799 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号16:rs9584669 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号17:rs9584669 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号18:rs9556806 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号19:rs9556806 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号20:rs9805548 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号21:rs9805548 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号22:rs9556797 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号23:rs9556797 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号24:rs9556795 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号25:rs9556795 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号26:rs4001162 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号27:rs4001162 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号28:rs9556799 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号29:rs9556799 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号30:rs9584669 を含むセンスオリゴヌクレオチド
配列番号31:rs9584669 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
配列番号32:IPO5遺伝子のmRNA配列
配列番号33:IPO5のアミノ酸配列
配列番号34:rs9556806の前後100bpを含む配列
配列番号35:rs9805548の前後100bpを含む配列
配列番号36:rs9556797の前後100bpを含む配列
配列番号37:rs9556795の前後100bpを含む配列
配列番号38:rs4001162の前後100bpを含む配列
配列番号39:rs9556799の前後100bpを含む配列
Claims (6)
- 被検者の第13染色体長腕32領域(13q32.2)のIPO5/RAP2A遺伝子近傍に存在する一塩基多型、第4染色体長腕31領域(4q31.2)のEDNRA遺伝子近傍に存在する一塩基多型、及び/若しくは第7染色体短腕21領域(7p21.1)のHDAC9遺伝子近傍に存在する一塩基多型、並びに/又はそれらの塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型を解析し、該解析結果に基づいて被検者の末梢動脈疾患を検査することを特徴とする、末梢動脈疾患の発症リスクおよび/または発症の有無の判定方法であって、
前記一塩基多型が、配列番号1〜3から選ばれる1種又は2種以上の塩基配列の塩基番号101番目の塩基に相当する塩基、及び/又は該塩基と連鎖不平衡の関係にある配列番号34〜39から選ばれる1種又は2種以上の塩基配列の塩基番号101番目の塩基に相当する塩基における一塩基多型であり、
配列番号1の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル)の場合;
配列番号2の101番目の塩基に相当する塩基がA(リスクアレル)の場合;
配列番号3の101番目の塩基に相当する塩基がG(リスクアレル)の場合;
配列番号34の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル)の場合;
配列番号35の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル)の場合;
配列番号36の101番目の塩基に相当する塩基がC(リスクアレル)の場合;
配列番号37の101番目の塩基に相当する塩基がA(リスクアレル)の場合;
配列番号38の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル)の場合;または、
配列番号39の101番目の塩基に相当する塩基がC(リスクアレル)の場合、
末梢動脈疾患の発症リスクまたは発症の可能性が高いと判定する、方法。 - 前記末梢動脈疾患が、動脈硬化によるものである、請求項1に記載の方法。
- 前記末梢動脈疾患が、四肢の動脈の狭窄又は閉塞を起こすものである、請求項1又は2に記載の方法。
- 被検者の第13染色体長腕32領域(13q32.2)のIPO5/RAP2A遺伝子近傍に存在する一塩基多型、第4染色体長腕31領域(4q31.2)のEDNRA遺伝子近傍に存在する一塩基多型、及び/若しくは第7染色体短腕21領域(7p21.1)のHDAC9遺伝子近傍に存在する一塩基多型、並
びに/又はそれらの塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型を解析可能なポリヌクレオチドを含む、末梢動脈疾患検査用試薬であって、
前記一塩基多型が、配列番号1〜3から選ばれる1種又は2種以上の塩基配列の塩基番号101番目の塩基に相当する塩基、及び/又は該塩基と連鎖不平衡の関係にある配列番号34〜39から選ばれる1種又は2種以上の塩基配列の塩基番号101番目の塩基に相当する塩基における一塩基多型であり、
配列番号1の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);
配列番号2の101番目の塩基に相当する塩基がA(リスクアレル);
配列番号3の101番目の塩基に相当する塩基がG(リスクアレル);
配列番号34の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);
配列番号35の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);
配列番号36の101番目の塩基に相当する塩基がC(リスクアレル);
配列番号37の101番目の塩基に相当する塩基がA(リスクアレル);
配列番号38の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);または、
配列番号39の101番目の塩基に相当する塩基がC(リスクアレル);
である、試薬。 - 配列番号1〜3及び34〜39から選ばれる塩基配列において、塩基番号101番目の塩基を含む15塩基以上の配列、又はその相補配列を有する末梢動脈疾患検査用プローブであって、
配列番号1の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);
配列番号2の101番目の塩基に相当する塩基がA(リスクアレル);
配列番号3の101番目の塩基に相当する塩基がG(リスクアレル);
配列番号34の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);
配列番号35の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);
配列番号36の101番目の塩基に相当する塩基がC(リスクアレル);
配列番号37の101番目の塩基に相当する塩基がA(リスクアレル);
配列番号38の101番目の塩基に相当する塩基がT(リスクアレル);または、
配列番号39の101番目の塩基に相当する塩基がC(リスクアレル);
である、プローブ。 - 配列番号1〜3及び34〜39から選ばれる塩基配列において、塩基番号101番目の塩基を含む領域を増幅することのできる末梢動脈疾患検査用プライマー。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2015126746A JP6788879B2 (ja) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2015126746A JP6788879B2 (ja) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017006074A JP2017006074A (ja) | 2017-01-12 |
JP6788879B2 true JP6788879B2 (ja) | 2020-11-25 |
Family
ID=57760313
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015126746A Active JP6788879B2 (ja) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6788879B2 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP7372251B2 (ja) * | 2017-11-02 | 2023-10-31 | プリベンシオ,インコーポレイテッド | 末梢動脈疾患、大動脈弁狭窄症についての診断および予後の方法、ならびにアウトカム |
-
2015
- 2015-06-24 JP JP2015126746A patent/JP6788879B2/ja active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2017006074A (ja) | 2017-01-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Elmore et al. | Identification of a genetic variant associated with abdominal aortic aneurysms on chromosome 3p12. 3 by genome wide association | |
KR20080084806A (ko) | 심혈관 기능 및 질환의 평가를 위한 방법 및 조성물 | |
JP2012187082A (ja) | 第6染色体短腕21.33領域の一塩基多型に基づく抗てんかん薬による薬疹リスクの検査方法 | |
Ibrahim et al. | Associations of galectin-3 expression and LGALS-3 (rs4652) gene variant with coronary artery disease risk in diabetics | |
JP5427352B2 (ja) | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 | |
KR101979633B1 (ko) | 대사증후군 예측 또는 진단용 snp 마커 및 이의 용도 | |
JP6788879B2 (ja) | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 | |
Sharda et al. | Chemokine receptor 5 (CCR5) deletion polymorphism in North Indian patients with coronary artery disease | |
KR102543907B1 (ko) | 치주질환 위험도 평가용 유전자 마커 | |
US10731219B1 (en) | Method for preventing progression to metabolic syndrome | |
JP5578536B2 (ja) | 高血圧の遺伝的リスク検出法 | |
JP5904501B2 (ja) | 2型糖尿病の検出方法 | |
US8236497B2 (en) | Methods of diagnosing cardiovascular disease | |
JP6516128B2 (ja) | 抗甲状腺薬誘発性無顆粒球症リスクを判定するための検査方法及び判定用キット | |
CN105189778A (zh) | 糖尿病肾脏疾病的新型生物标记及其用途 | |
KR102565803B1 (ko) | 고혈압에 대한 정보 제공 방법 및 이를 이용한 키트 | |
JP5818194B2 (ja) | ヒト染色体5p15.3上の一塩基多型に基づく動脈硬化性疾患の検査方法 | |
JP5489146B2 (ja) | 肥満の遺伝的リスク検出法 | |
EP2823054B1 (en) | Genetic factors in blood pressure | |
WO2005117859A2 (en) | Methods of diagnosing cardiovascular disease | |
JP4825956B2 (ja) | 気道粘膜炎症性疾患の罹患リスクの判定 | |
US8080374B2 (en) | Methods of diagnosing cardiovascular disease | |
CN104946738B (zh) | 内脏脂肪蓄积易感性的判定方法 | |
JP2021145608A (ja) | 治療抵抗性高血圧の検査方法 | |
KR20220025985A (ko) | 만성 감각신경성 이명 진단용 snp 마커 및 이를 이용한 진단 방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180620 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190604 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190729 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190930 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200212 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20200407 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200527 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20201013 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20201026 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6788879 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |