KR20080084806A - 심혈관 기능 및 질환의 평가를 위한 방법 및 조성물 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 유전자 다형의 분석을 사용하여 흡연자 및 비흡연자에서 급성 관상동맥 증후군(ACS)의 발생 위험을 평가하는 방법을 제공한다. 또한, 본 발명은 피험자의 ACS 발생 위험을 평가하는데 사용되는 유전자 다형의 용도에 관한 것이다. 또한, 상기 평가에 적당한 뉴클레오티드 프로브 및 프라이머, 키트 및 마이크로어레이가 제공된다.

Description

심혈관 기능 및 질환의 평가를 위한 방법 및 조성물{METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE ASSESSMENT OF CARDIOVASCULAR FUNCTION AND DISORDERS}
본 발명은 혈관 기능 및/또는 질환의 평가를 위한 방법에 관한 것이며, 특히 유전자 다형 및 변화된 유전자 발현을 분석하여 관상 동맥 질환 및 특히 급성 관상동맥 증후군(ACS)에 걸리기 쉬운 소질 및/또는 이러한 질환의 심각성을 진단하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한 ACS-관련 관동맥 기능 손상에 걸리기 쉬운 소질 및/또는 이러한 질환의 심각성을 진단하는 방법에 관한 것이다.
관상 심장 질환 또는 동맥 경화성 심장 질환으로도 알려져 있는 관상 동맥 질환(CAD)은 미국에서 사망의 주요한 원인이다. 미국 심장 학회에 따르면 미국내에서 약 매 29 초 마다 누군가 CAD-관련 증상으로 고통받으며, 약 매 분마다 누군가는 이러한 증상으로 사망한다. 40세 이후 관상 심장 질환이 있는 생애 위험은 남성에게는 49 %이고, 여성에게는 32 %이다. 또한 미국내에서 CAD에 들어가는 총 연간 비용은 대략 미국 달러로 $130 조이다.
CAD의 기초가 되는 심혈관 질환은 실제로 이러한 질환의 환자에서처럼 2개의 군으로 나눌 수 있다. 이것으로 상기 질환에는 여러 병인이 있다는 것을 알 수 있다. 이후에 "안정형 CAD"라고 나타낸 질환의 첫번째 군은 사실상 퇴화되며, 후발성 및 운동성 협심증을 포함한다. 통상적으로 안정형 CAD로 노인들이 고생하며, 나이(65세 이상), 고혈압, 당뇨, 고콜레스테롤 수준(특히, 고 LDL 콜레스테롤 및 고 HDL 콜레스테롤), 신체적 활동 또는 운동 부족 및 비만과 관련이 있다.
이후에 급성 관상동맥 증후군(ACS)이라고 나타낸 질환의 두번째 군은 염증, 플라크 불안정성 및/또는 흡연과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. ACS는 심근경색증 및 분안정한 협심증을 포함한다. 본 출원인은 어떠한 이론에 한정하지 않고 안정형 CAD에서 보다 더욱 더 유전적인 위험 인자가 ACS에 감수성 및/또는 ACS의 심각성에 중요하다는 것을 믿고 있다.
또한 본 출원인은 어떠한 이론에 한정하지 않고 안정형 CAD와 관련된 바이오마커가 ACS의 위험과 관련이 있거나 또는 ACS의 위험을 예보하거나, 및 그 반대라고는 생각하지 않는다.
급성 관상동맥 증후군(ACS)의 피험자의 발병 위험, 또는 특히 피험자가 흡연자인 경우에는 ACS-관련 혈관 기능 손상의 발병 위험을 평가하기 위해 사용할 수 있는 바이오마커를 가지는 것이 바람직하며 유리할 것이다.
본 발명에서는 우선 이러한 바이오마커와 상기 질환의 발병 위험을 평가하기 위한 방법에서 이러한 바이오마커의 용도를 나타냈다.
본 발명에서는 우선 급성 관상동맥 증후군(ACS)의 피험자에서의 발병 위험과 유전자형 사이의 관련성을 결정하는 방법을 나타냈다. 여기서 사용하는 것과 같이 ACS는 이에 제한하지는 않지만 심근경색증, 불안정형 협심증 및 관련된 급성 관상동맥 증후군을 포함한다.
따라서 하나의 측면에 따르면 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 다형의 존재 또는 부재를 피험자에게서 추출한 시료에서 분석하는 단계를 포함하는 피험자에서 ACS 발병 위험을 측정하는 방법을 제공하며, 하기 다형 중 1개 이상의 존재 또는 부재는 피험자에서의 ACS의 발병 위험을 나타낸다:
키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자 중의 -82 A/G;
섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자 중의 Ser52Ser(223 C/T);
인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자 중의 Q576R A/G;
열충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자 중의 HOM T2437C;
인터루킨 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자 중의 874 A/T;
인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자 중의 -589 C/T;
인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자 중의 -1084 A/G(-1082);
수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자 중의 Arg213Gly C/G;
마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자 중의 459 C/T;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 Asn 125 Ser A/G;
케모카인(CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자 중의 I249V C/T;
카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자 중의 Gly 881 Arg G/C; 또는
메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자 중의 372 T/C.
1개 이상의 다형은 직접적으로 검출하거나, 또는 상기 1개 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1개 이상의 다형을 삭제하여 검출할 수 있다.
연쇄 불평형(LD)은 유전적 현상이며, 2개 이상의 돌연변이 또는 다형은 함께 유전되는 유전적으로 아주 근접하다. 상기는 유전자형에서 존재하는 1개의 다형의 검출로 다른 것의 존재를 추축한다는 것을 의미한다(Reich DE 등; Linkage disequilibrium in the human genome, Nature 2001, 411:199-204).
본 방법은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 추가 다형의 존재를 상기 피험자에서 추출한 시료에서 분석하는 단계를 추가로 포함할 수 있다:
변이 성장 인자 β1(TGFβ1)을 코딩하는 유전자 중의 -509 C/T;
림포톡신 α(LTA)를 코딩하는 유전자 중의 Thr26Asn A/C;
톨유사 수용체 4(TLR4)를 코딩하는 유전자 중의 Asp299Gly A/G;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 Thr399Ile C/T;
B-세포 저해제-유사 1 중의 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서의 핵 인자(NFKBIL1)를 코딩하는 유전자 중의 -63 T/A;
혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(PDGFRA)를 코딩하는 유전자 중의 -1630 Ins/Del(AACTT/Del);
매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자 중의 -1607 1G/2G(Del/G);
혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자 중의 12 IN 5C/T;
글루타메이트-시스테인 리가아제 변경유전자 서브유니트(GCLM)를 코딩하는 유전자 중의 -588 C/T;
후각 수용체 유사체 OR13G1(OR13G1)을 코딩하는 유전자 중의 Ile132Val A/G;
알파 1-항트립신(α1-AT)을 코딩하는 유전자 중의 Glu288Val A/T(M/S);
세포내 부착 분자 1(ICAM1)을 코딩하는 유전자 중의 K469E A/G;
HLA-B 관련 트란스크립트 1(BAT1)을 코딩하는 유전자 중의 -23 C/G;
산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자 중의 Glu298Asp G/T;
플라즈미노겐 활성 저해제 1(PAI-1)을 코딩하는 유전자 중의 -688 4G/5G; 또는
매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자 중의 -181 A/G.
또한 1개 이상의 추가 다형의 검출은 직접, 또는 1개 이상의 추가 다형과 연쇄 불평형인 다형을 검출하여 실행할 수 있다.
하기로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 다형의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낼 수 있다:
FGF2를 코딩하는 유전자 중의 상기 Ser52Ser(233 C/T) CC 유전자형;
IL4RA를 코딩하는 유전자 중의 상기 Q576R A/G AA 유전자형;
LTA를 코딩하는 유전자 중의 상기 Thr26Asn A/C CC 유전자형;
HSP70을 코딩하는 유전자 중의 상기 Hom T2437C CC 또는 CT 유전자형;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 상기 Asp299Gly A/G AG 또는 GG 유전자형;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 상기 Thr399Ile C/T CT 또는 TT 유전자형;
IFNG를 코딩하는 유전자 중의 874 A/T TT 유전자형;
NFKBIL1을 코딩하는 유전자 중의 상기 -63 T/A AA 유전자형;
PDGFRA를 코딩하는 유전자 중의 상기 -1630 Ins/Del(AACTT/Del) Ins/Del 또는 Del/Del 유전자형;
IL-4를 코딩하는 유전자 중의 상기 -589 C/T CT 또는 TT 유전자형;
GCLM을 코딩하는 유전자 중의 상기 -588 C/T CC 유전자형;
IL-10을 코딩하는 유전자 중의 상기 -1084 A/G GG 유전자형;
ICAM1을 코딩하는 유전자 중의 상기 K469E A/G AA 유전자형;
BAT1을 코딩하는 유전자 중의 상기 -23 C/G GG 유전자형;
NOS3을 코딩하는 유전자 중의 상기 Glu298Asp G/T GG 유전자형;
SOD3을 코딩하는 유전자 중의 상기 Arg213Gly C/G CG 또는 GG 유전자형;
PAI-1을 코딩하는 유전자 중의 상기 -668 4G/5G 5G5G 유전자형;
MMP7을 코딩하는 유전자 중의 상기 -181 A/G GG 유전자형;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 상기 Asn 125 Ser AG 또는 GG 유전자형; 또는
TIMP1을 코딩하는 유전자 중의 상기 372 T/C TT 유전자형.
하기로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 다형의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낼 수 있다:
CMA1을 코딩하는 유전자 중의 상기 -1903 A/G GG 유전자형;
TGFB1을 코딩하는 유전자 중의 상기 -509 C/T CC 유전자형;
MMP12를 코딩하는 유전자 중의 상기 -82 A/G GG 유전자형;
FGF2를 코딩하는 유전자 중의 상기 Ser52Ser(223 C/T) CT 또는 TT 유전자형;
IL4RA를 코딩하는 유전자 중의 상기 Q576R A/G GG 유전자형;
HSP70을 코딩하는 유전자 중의 상기 Hom T243C TT 유전자형;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 상기 Asp299Gly A/G AA 유전자형;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 상기 Thr399Ile C/T CC 유전자형;
PDGFRA를 코딩하는 유전자 중의 상기 -1630 Ins/Del(AACTT/Del) Ins Ins (AACTT AACTT) 유전자형;
IL4를 코딩하는 유전자 중의 상기 -589 C/T CC 유전자형;
MMP1을 코딩하는 유전자 중의 상기 -1607 1G/2G (Del/G) Del Del (IG IG) 유전자형;
PDGFA를 코딩하는 유전자 중의 상기 12 IN5 C/T TT 유전자형;
GCLM을 코딩하는 유전자 중의 상기 -588 C/T CT 또는 TT 유전자형;
OR13G1을 코딩하는 유전자 중의 상기 Ilel32Val A/G AA 유전자형;
αl-AT를 코딩하는 유전자 중의 상기 Glu288Val A/T (M/S) AT 또는 TT (MS or SS) 유전자형;
MIPlA를 코딩하는 유전자 중의 상기 +459 C/T 인트론 1 CT 또는 TT 유전자형;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 상기 Asn 125 Ser AA 유전자형;
CX3CR1을 코딩하는 유전자 중의 상기 I249V TT 유전자형;
NOD2를 코딩하는 유전자 중의 상기 GIy 881 Arg G/C CC 또는 CG 유전자형; 또는
TIMPl을 코딩하는 유전자 중의 상기 372 T/C CC 유전자형.
본 발명의 방법은 특히 흡연자(현재 흡연자와 과거 흡연자 둘 다)에게 유용하다.
본 발명의 방법은 다형의 2개의 카테고리- 즉 ACS 발병 위험을 감소시키는 것과 관련된 것["보호성 다형(protective polymorphisms)"이라고 할 수 있음] 및 ACS 발병 위험을 증가시키는 것과 관련된 것["민감상 다형(susceptibility polymorphisms)"이라고 할 수 있음]을 규명하기에 적합할 것이다.
따라서 본 발명은 적어도 피험자에서의 ACS의 발병 위험을 평가하는 방법을 추가 제공하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:
ACS 발병 위험을 감소시키는 것과 관련된 1개 이상의 보호성 다형의 존재 또는 부재를 측정하는 단계; 및
1개 이상의 보호성 다형의 부재시에 ACS의 발병 위험을 증가시키는 것과 관련된 1개 이상의 감수성 다형의 존재 또는 부재를 측정하는 단계(상기 1개 이상의 보호성 다형의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타내며, 1개 이상의 감수성 다형의 존재와 함께 1개 이상의 보호성 다형의 부재는 ACS의 발병 위험이 증가한 것을 나타냄).
바람직하게 상기 1개 이상의 보호성 다형은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다.
상기 1개 이상의 감수성 다형은 하기로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 바람직한 형태에서 2개 이상의 보호성 다형의 존재는 ACS의 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
본 발명의 추가의 바람직한 형태에서 2개 이상의 감수성 다형의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
본 발명의 또 다른 바람직한 형태에서 1개 이상의 감수성 다형의 존재에 관계없이 2개 이상의 보호성 다형의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
또 다른 측면에서 본 발명은 피험자에서 ACS 발병 위험을 측정하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 피험자에서 취한 시료의 1개 이상의 유전자 시험의 결과를 수득하는 단계 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택한 1개 이상의 다형의 존재 또는 부재 결과를 분석하는 단계를 포함한다:
키마세 1(CMA1)을 코딩하는 유전자 중의 -1903 A/G;
매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자 중의 -82 A/G;
섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자 중의 Ser52Ser (223 C/T);
인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자 중의 Q576R A/G;
열충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자 중의 HOM T2437C;
인터루킨 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자 중의 874 A/T;
인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자 중의 -589 C/T;
인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자 중의 -1084 A/G(-1082);
수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자 중의 Arg213Gly C/G;
마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIPlA)를 코딩하는 유전자 중의 459 C/T 인트론 I;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 Asn 125 Ser A/G;
케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자 중의 I249V C/T;
카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자 중의 GIy 881 Arg G/C; 또는
메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)을 코딩하는 유전자 중의 372 T/C; 또는
상기 다형 중 임의의 1개 이상과 연쇄 불균형인 1개 이상의 다형(상기 다형 중 1개 이상의 존재 또는 부재가 나타내는 결과는 피험자에서 ACS 발병 위험을 나타낸다.
추가의 측면에서 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 2개 이상의 다형 또는 상기 다형 중 임의의 1개 이상과 연쇄 불평형인 1개 이상의 다형을 분석하는 단계를 포함하는 피험자에서 ACS 발병 위험을 측정하는 방법을 제공한다:
키마세 1(CMA1)을 코딩하는 유전자 중의 -1903 A/G;
매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)을 코딩하는 유전자 중의 -82 A/G;
섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자 중의 Ser52Ser (223 C/T);
인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자 중의 Q576R A/G;
열충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자 중의 HOM T2437C;
인터루킨 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자 중의 874 A/T;
인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자 중의 -589 C/T;
인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자 중의 -1084 A/G (-1082);
수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자 중의 Arg213Gly C/G;
마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIPlA)를 코딩하는 유전자 중의 459 C/T 인트론 I;
변이 성장 인자 β1(TGFB1)을 코딩하는 유전자 중의 -509 C/T;
림포톡신 α(LTA)를 코딩하는 유전자 중의 Thr26Asn A/C;
톨유사 수용체 4(TLR4)를 코딩하는 유전자 중의 Asp299Gly A/G;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 Thr399Ile C/T;
B-세포 저해제-유사 1에서 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서의 핵 인자(NFKBIL1)를 코딩하는 유전자 중의 -63 T/A;
혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(PDGFRA)를 코딩하는 유전자 중의 -1630 Ins/Del (AACTT/Del);
매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자 중의 -1607 1G/2G (Del/G);
혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자 중의 12 IN 5 C/T;
글루타메이트-시스테인 리가아제 변경유전자 서브유니트(GCLM)를 코딩하는 유전자 중의 -588 C/T;
후각 수용체 유사체 OR13G1(OR13G1)을 코딩하는 유전자 중의 Ilel32Val A/G;
알파 1-항트립신(αl-AT)을 코딩하는 유전자 중의 Glu288Val A/T (M/S);
세포내 부착 분자 1(ICAM1)을 코딩하는 유전자 중의 K469E A/G;
HLA-B 관련 트란스크립트 1(BAT1)을 코딩하는 유전자 중의 -23 C/G;
산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자 중의 Glu298Asp G/T;
플라즈미노겐 활성 저해제 1(PAI-1)을 코딩하는 유전자 중의 -668 4G/5G; 또는
매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자 중의 - 181 A/G;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 Asn 125 Ser A/G;
케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자 중의 I249V C/T;
카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자 중의 GIy 881 Arg G/C; 또는
메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)을 코딩하는 유전자 중의 372 T/C.
다양한 실시양태에서, 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 IL4RA를 코딩하는 유전자의 코돈 576에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 글루타민의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
상기 위치에서 알기닌의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 LTA를 코딩하는 유전자의 코돈 26에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산의 분석 단계를 포함한다.
상기 위치에서 트레오닌의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
상기 위치에서 아스파라긴의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 TLR4를 코딩하는 유전자의 코돈 299에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산의 분석 단계를 포함한다.
상기 위치에서 글리신의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
상기 위치에서 아스파르테이트의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 TLR4를 코딩하는 유전자의 코돈 399에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산의 분석 단계를 포함한다.
상기 위치에서 이소루이신의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 의미한다.
상기 위치에서 트레오닌의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 의미한다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 OR13G1을 코딩하는 유전자의 코돈 132에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 이소루이신의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 α1-AT를 코딩하는 유전자의 코돈 288에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 글루타메이트의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 ICAM1을 코딩하는 유전자의 코돈 496에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 라이신의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 NOS3을 코딩하는 유전자의 코돈 298에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 글루타메이트의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
상기 위치에서 아스파르테이트의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 SOD3을 코딩하는 유전자의 코돈 213을 맵핑하는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 글리신의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 카텝신 G를 코딩하는 유전자의 코돈 125에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 세린의 존재는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
상기 위치에서 아스파라긴의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 CX3CR1을 코딩하는 유전자의 코돈 249에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 이소루이신의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
다양한 실시양태에서 상기 방법 중 임의의 1개 이상은 NOD2를 코딩하는 유전자의 코돈 881에 맵핑되는 위치에 존재하는 아미노산을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 위치에서 알기닌의 존재는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다.
본 발명의 바람직한 형태에서 여기에 기재된 방법은 ACS 발병 위험과 관련되 1개 이상의 전염병 위험 인자를 포함하는 1개 이상의 위험 인자의 분석과 함께 실행한다. 이러한 전염병 위험 인자는 이에 제한하지는 않지만 흡연, 또는 담배, 연기, 나이, 성별 및 ACS 가족력에 노출을 포함한다.
추가의 측면에서 본 발명은 피험자에서 ACS 발병 위험을 평가하는데 1개 이상의 다형 또는 상기 다형 중 1개 이상과 연쇄 불평형인 1개 이상의 다형을 사용하는 것을 제공하며, 상기 1개 이상의 다형은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다:
키마세 1(CMA1)을 코딩하는 유전자 중의 -1903 A/G;
매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자 중의 -82 A/G;
섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자 중의 Ser52Ser (223 C/T);
인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자 중의 Q576R A/G;
열충격 단백질 70(HSP70)을 코딩하는 유전자 중의 HOM T2437C;
인터루킨 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자 중의 874 A/T;
인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자 중의 -589 C/T;
인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자 중의 -1084 A/G (-1082);
수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자 중의 Arg213Gly C/G;
마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자 중의 459 C/T 인트론 I;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 Asn 125 Ser A/G;
케모카인 (CX3C 모피프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자 중의 I249V C/T;
카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자 중의 GIy 881 Arg G/C; 또는
메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)을 코딩하는 유전자 중의 372 T/C.
선택적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 추가 다형 또는 상기 다형 중 임의의 1개 이상과 연쇄 불평형인 1개 이상의 다형의 사용과 함께 상기를 사용할 수 있다:
변이 성장 인자 βl(TGFBl)을 코딩하는 유전자 중의 -509 C/T;
림포톡신 α(LTA)를 코딩하는 유전자 중의 Thr26Asn A/C;
톨유사 수용체 4(TLR4)를 코딩하는 유전자 중의 Asp299Gly A/G;
TLR4를 코딩하는 유전자 중의 Thr399Ile C/T;
B-세포 저해제-유사 1에서 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서의 핵 인자(NFKBIL1)을 코딩하는 유전자 중의 -63 T/A;
혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(PDGFRA)를 코딩하는 유전자 중의 -1630 Ins/Del (AACTT/Del);
매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자 중의 -1607 1G/2G (Del/G);
혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자 중의 12 IN 5 C/T;
글루타메이트-시스테인 리가아제 변경유전자 서브유니트(GCLM)를 코딩하는 유전자 중의 -588 C/T;
후각 수용체 유사체 OR13G1(OR13G1)을 코딩하는 유전자 중의 Ile132VaI A/G;
알파 1-항트립신(αl-AT)을 코딩하는 유전자 중의 Glu288Val A/T (M/S);
세포내 부착 분자 1(ICAM1)을 코딩하는 유전자 중의 K469E A/G;
HLA-B 관련 트란스크립트 1(BAT1)을 코딩하는 유전자 중의 -23 C/G;
산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자 중의 Glu298Asp G/T;
플라즈미노겐 활성 저해제 1(PAI-1)을 코딩하는 유전자 중의 -668 4G/5G;
매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자 중의 -181 A/G.
또다른 측면에서, 본 발명은 본원에 기술된 본 발명의 바람직한 방법에 사용되기 위한 뉴클레오티드 프로브(probes) 및/또는 프라이머(primers) 세트를 제공한다. 바람직하게는, 상기 뉴클레오티드 프로브 및/또는 프라이머는 상기 유전자의 다형 영역을 스팬(span)하거나 또는 스팬하는데 사용될 수 있는 것이다. 또한, 본원에 기술된 프로브 및/또는 프라이머 중 하나의 서열을 포함하며, 서열번호 1 내지 서열번호 124 중 하나의 서열을 포함하는 1개 이상의 뉴클레오티드 프로브 및/또는 프라이머를 제공한다.
부가적 측면에서, 본 발명은 본 발명의 방법에 사용되는 핵산 마이크로어레이(nucleic acid microarray)를 제공하며, 마이크로어레이는 본원에 기술된 1 이상의 감수성 또는 보호성 다형을 코딩하는 핵산 서열 또는 이에 상보 서열로 하이브리다이징(hybridizing)할 수 있는 핵산 서열을 나타내는 기질을 포함한다.
또다른 측면에서, 본 발명은 본 발명의 방법에 사용하기위한 항체 마이크로어레이를 제공하며, 마이크로어레이는 본원에 기술된 바와 같은 감수성 또는 보호성 다형과 조합되는 경우 상향조절(upregulation) 또는 하향조절(downregulation)되는 유전자의 발현 생성물에 결합할 수 있는 항체를 나타내는 기질을 포함한다.
부가적 측면에서, 본 발명은 상기 피험자에서 보호성 다형의 존재 및/또는 작용 효과를 유전자형 또는 표현형으로 복제하는(replicating) 단계를 포함하는 증가된 ACS 발병 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법을 제공한다.
부가적 측면에서, 본 발명은 증가된 ACS 발병 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 피험자는 유전자 발현을 상향조절하거나 또는 하향조절하여 발현된 유전자 생성물의 생리활성 농도가 피험자의 나이 및 성별의 통상의 범위를 벗어나게 하는 검출가능한 감수성 다형을 가지며, 상기 방법은 피험자의 나이 및 성별의 통상의 범위내로 유전자 발현 생성물의 생리활성 농도를 회복시키는(restoring) 단계를 포함한다.
부가적 측면에서, 본 발명은 상기 피험자에서 보호성 다형의 존재 및/또는 작용 효과를 유전자형 또는 표현형으로 되돌리는(reversing) 단계를 포함하는 증가된 ACS 발병 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법을 제공한다.
부가적 측면에서, 본 발명은 증가된 ACS 발병 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법을 제공하며, MMP12를 코딩하는 유전자의 프로모터내 -82 A/G 다형에서 GG 유전자형의 존재가 측정되며, 상기 방법은 상기 피험자에게서 MMP12 활성을 조정할 수 있는 제제를 피험자에게 투여하는 단계를 포함한다.
하나의 실시양태에서 상기 제제는 1개 이상의 메탈로프로티나제의 조직 저해제(TIMPs)의 활성 또는 발현, 바람직하게는 TIMP1, TIMP2, TIMP3 또는 TIMP4 중1개 이상의 활성 또는 발현을 증가시킬 수 있는 제제이다. 추가의 실시양태에서 상기 제제는 1개 이상이 막 결합 MMP의 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있는 제제이다. 추가의 실시양태에서 상기 제제는 MMP 저해제이며, 바람직하게 상기 MMP 저해제는 4,5-디히드록시안타퀴논-2-카르복실산(AQCA), 안트라퀴닐-머캅토에티아민, 안트라퀴닐-아닐린 히드록사메이트 및 이들의 유도체로 이루어진 군으로부터 선택된다.
부가적 측면에서, 본 발명은 증가된 ACS 발병 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법을 제공하며, TIMP1을 코딩하는 유전자 중의 372 T/C 다형에서 CC 유전자형의 존재가 측정되며, 상기 방법은 상기 피험자에게서 TIMP1 활성을 조정할 수 있는 제제를 피험자에게 투여하는 단계를 포함한다.
하나의 실시양태에서 상기 제제는 TIMP1의 활성 또는 발현을 증가시킬 수 있는 제제이다.
부가적 측면에서, 본 발명은 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물을 스크리닝(screening)하는 방법을 제공하며, 감수성 또는 보호성 다형과 결합되는 경우 발현이 상향조절되거나 또는 하향조절되며(상기 다형과 결합되지 않는 경우 상기 유전자의 발현 수준과 비교해서), 상기 방법은 하기의 단계를 포함하며:
유전자 발현의 상향조절 또는 하향조절과 관련된 것으로 측정된 감수성 또는 보호성 다형을 포함하는 세포를 후보 화합물과 접촉시키는 단계; 및
상기 후보 화합물의 접촉 이후에 상기 유전자 발현을 측정하는 단계;
접촉 단계 이전과 비교하여 접촉 단계 이후의 발현 수준의 변화는 상기 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물의 능력을 나타낸다.
바람직하게, 상기 세포는 예비스크리닝되어 상기 다형의 존재가 확인된 사람의 심혈관 상피 세포이다.
바람직하게, 상기 세포는 상기 유전자 발현의 상향조절과 결합된 감수성 다형을 포함하며, 상기 유전자 발현을 하향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝한다.
선택적으로, 상기 세포는 상기 유전자 발현의 하향조절과 결합된 감수성 다형을 포함하며, 상기 유전자 발현을 상향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝한다.
또다른 실시양태에서, 상기 세포는 상기 유전자 발현의 상향조절과 결합된 보호성 다형을 포함하며, 상기 유전자 발현을 추가로 상향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝한다.
선택적으로, 상기 세포는 상기 유전자 발현의 하향조절과 결합된 보호성 다형을 포함하며, 상기 유전자 발현을 추가로 하향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝한다.
또다른 측면에서, 본 발명은 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물을 스크리닝하는 방법을 제공하며, 감수성 또는 보호성 다형과 결합되는 경우 발현이 상향조절되거나 또는 하향조절되며, 상기 방법은 하기 단계들을 포함하며:
유전자를 포함하는 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계(감수성 또는 보호성 다형과 조합되는 경우 발현이 상향조절되거나 또는 하향조절되지만, 상기 세포에서 발현은 상향조절되지도 하향조절되지도 않음); 및
상기 후보 화합물의 접촉 이후에 상기 유전자의 발현을 측정하는 단계;
접촉 단계 이전과 비교하여 접촉 단계 이후의 발현 수준의 변화는 상기 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물 능력을 나타낸다.
바람직하게, 상기 유전자 발현을 세포에서 상향조절하는 후보 물질에 대해서 스크리닝하는 경우 감수성 다형과 결합될 때 유전자 발현을 하향조절한다.
바람직하게, 상기 세포는 예비스크리닝되어 상기 유전자의 발현의 존재 및 발현의 기본 수준이 확인된 사람의 심혈관 상피 세포이다.
선택적으로, 유전자 발현은 감수성 다형과 결합되는 경우 상향조절되며, 상기 유전자의 발현을 상기 세포에서 하향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝한다.
또다른 실시양태에서, 유전자 발현은 보호성 다형과 결합되는 경우 상향조절되며, 상기 유전자의 발현을 상기 세포에서 상향조절하는 화합물에 대해서 스크리닝한다.
선택적으로, 유전자 발현은 보호성 다형과 결합되는 경우 하향조절되며, 상기 유전자의 발현을 상기 세포에서 하향조절하는 화합물에 대해서 스크리닝한다.
부가적 측면에서, 본 발명은 ACS가 발병할 위험이 있거나 또는 ACS로 고생하는 피험자의 예방법 또는 치료법에 대한 반응성을 평가하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 유전자 발현 생성물의 생리활성 농도를 피험자의 나이 및 성별의 통상의 범위내로 회복시키는 단계를 포함하며, 상기 방법은 상기 피험자에서 존재시에 유전자의 발현을 상향조절하거나 또는 하향조절하여 발현된 유전자 생성물의 생리활성 농도가 통상의 범위 밖에 있게 되는 감수성 다형의 존재를 검출하는 단계를 포함하며, 상기 다형의 존재의 검출은 상기 치료에 대한 피험자의 반응성을 나타낸다.
부가적 측면에서, 본 발명은 피험자의 ACS 발병 위험을 평가하기 위한 키트(kit)를 제공하며, 상기 키트는 본원에 기술된 1개 이상의 다형의 존재 여부에 대해서 상기 피험자로부터 유래된 시료를 분석하는 수단을 포함한다.
도 1: 11 SNP 패널로부터 유래된 SNP 스코어에 대해 플롯팅된 ACS의 빈도수를 나타내는 그래프이다.
도 2: 15 SNP 패널로부터 유래된 SNP 스코어에 대해 플롯팅된 ACS의 빈도수를 나타내는 그래프이다.
도 3: 11 SNP 패널로부터 유래된 SNP 스코어에 따라 ACS를 가지는 로그 오즈(log odds)를 나타내는 그래프이다.
도 4: 대체된 11 SNP 패널로부터 유래된 SNP 스코어에 대한 ACS의 빈도수를 나타내는 그래프이다.
케이스-대조군 연구(case-control study)를 사용하여, ACS가 발병된 흡연자 및 혈액 제공자 대조군(blood donor controls)에서 후보 유전자의 수개의 유전자 변이체(다형)의 빈도수를 비교하였다. 상기 대부분의 후보 유전자는 유전자 발현에서의 작용 효과 또는 단백질 기능을 확인하였다(또는 확인할 수 있을 것이다). 특히, 혈액 제공자 대조군, 내성 흡연자 및 ACS에 걸린 피험자 사이에서의 다형 빈도수를 비교하였다.
여기에 기재된 하나의 실시양태에서, 20개의 감수성 유전자 다형 및 20개의 보호성 유전자 다형을 규명하였다. 이는 하기와 같다.
Figure 112008041256369-PCT00001
감수성 유전자 다형이 존재하는 경우는 ACS 발병 위험이 증가한 것을 나타낸다. 대조적으로, 보호성 유전자 다형이 존재하는 경우는 ACS 발병 위험이 감소한 것을 나타낸다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "ACS 발병 위험(risk of developing ACS)"은 마찬가지로 위험이 적용된 피험자에게서 ACS가 발병할 것을 의미하며, 질병이 개시될 경향과 가능성을 포함한다. 따라서, 용어 "증가된 ACS 발병 위험(increased risk of developing ACS)"은 증가된 위험을 갖는 피험자가 유전적 경향 또는 ACS를 발병시키는 경향을 포함하는 것을 의미한다. 상기는 상기 피험자들에게서 실제로 특정 시기에 ACS가 발병될 것임을 의미하지 않으며, 다만 피험자인 그 또는 그녀는 감소된 ACS 위험과 관련된 다형을 가지거나 또는 증가된 ACS와 관련된 다형을 가지지 않은 통상의 개체와 비교하여 ACS가 발병될 가능성이 더 높다는 것을 의미한다. 증가된 ACS 발병 위험을 갖는 피험자는 평가시에 ACS가 될 경향을 갖는 사람, 가령 평가시에 이들의 심혈관 기능과는 관계없이 경향 또는 편향을 갖는, 예를들면 통상의 심혈관 기능을 갖지만 유전적으로 ACS가 될 경향이 있는 피험자, 흡연을 하고 있는 사람이라면 ACS에 걸릴 수 있는 심혈관 기능이 약간 감소된 피험자, 및 평가시에 ACS와 일관된 불량한 심혈관 기능을 갖는 가능한 초기 ACS 피험자를 포함한다.
유사하게, 용어 "감소된 ACS 발병 위험(decreased risk of developing ACS)"은 감소된 위험을 갖는 피험자가 유전적 경향이 낮거나 또는 ACS가 발병될 경향이 감소된 것을 포함하는 것을 의미한다. 상기는 상기 피험자들이 특정 시기에 ACS가 발병되지 않을 것이라는 것을 의미하지는 않으며, 다만 피험자인 그 또는 그녀는 증가된 ACS와 결합된 1개 이상의 다형을 포함하거나 또는 감소된 ACS와 결합된 다형을 포함하지 않는 통상의 개체와 비교하여 ACS 발병이 낮다는 것을 의미한다.
본 발명에서, 용어 "다형(polymorphism)"은 반복된 뉴클레오티드 유닛의 가변 수를 갖거나 또는 뉴클레오티드 서열이 상이한 염색체 자리(chromosomal locus)의 2 이상의 선택적 형태(가령, 대립유전자 또는 유전자 마커)의 랜덤 돌연변이(random mutation)에 기여할 수 있는 것보다 더 큰 비율에서 동일한 개체에서 발생되는 것을 의미하는 것으로 이해될 것이다(통상 1% 이상). www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/publicat/97pr/09gloss.html#p 참조. 따라서, 본원에 사용된 용어 "다형"은 단일 뉴클레오티드 치환, 삽입 및 뉴클레오티드 결실, 반복 서열[가령, 마이크로새털라이트(microsatellites)], 및 유전자의 전부 또는 일부 부재[예컨대, 널 돌연변이(null mutations)]를 포함하는 유전자 변이로 이해된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "다형"은 유전자형 및 하플로 타입(haplotype)을 포함한다. 유전자형은 특정 위치 또는 위치 세트에서의 유전자 조성물이다. 하플로 타입은 재조합에 의해서 쉽게 분리될 수 없는 하나의 염색체상에 존재하는 밀접하게 연결된 유전자 마커 세트이며, 함께 유전되는 경향이 있으며, 연쇄 불평형일 수 있다. 하플로 타입은 SNP와 같은 다형 패턴에 의해서 확인될 수 있다. 유사하게, 본 명세서에서 용어 "단일 뉴클레오티드 다형" 또는 "SNP"는 단일 염기 뉴클레오티드 치환 및 짧은 결실 및 삽입 다형을 포함한다.
피험자의 감소되거나 또는 증가된 ACS 발병 위험은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 다형 또는 상기 1개 이상의 군과 연쇄 불평형인 1개 이상의 다형의 존재에 대해서 피험자로부터 유래된 시료를 분석함으로써 진단할 수 있다:
키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자 중의 -1903 A/G;
매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자 중의 -82 A/G;
섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자 중의 Ser52Ser(223 C/T);
인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자 중의 Q576R A/G;
열충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자 중의 HOM T2437C;
인터루킨 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자 중의 874 A/T;
인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자 중의 -589 C/T;
인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자 중의 -1084 A/G(-1082);
수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자 중의 Arg213Gly C/G;
마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자 중의 459 C/T;
카텝신 G를 코딩하는 유전자 중의 Asn 125 Ser A/G;
케모카인(CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자 중의 I249V C/T;
카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자 중의 Gly 881 Arg G/C; 또는
메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자 중의 372 T/C.
상기 다형은 상기에 기술된 남아 있는 다형을 포함하는 피험자의 ACS 발병 위험을 나타내는 다른 다형과 조합하거나, 또는 2개 이상의 다형의 조합으로 분석할 수 있다.
더 높은 처리로 보정될 수 있고 가령 마이크로어레이를 사용할 수 있는 것을 포함하며, 다형의 조합을 포함하는 분석이 바람직하다.
상기 다형의 조합된 효과의 통계적 분석으로 본 발명의 유전자 분석을 대상 의 위험 비율을 측정하고, 특히 더 높은 ACS 발병 위험의 피험자를 확인하기위해 사용할 수 있다는 것을 알 수 있다. 상기 조합된 분석은 감수성 다형만의 조합, 보호성 다형만의 조합, 또는 상기 둘의 조합일 수 있다. 분석은 단계별로 실시될 수 있으며, 보호성 다형의 존재 여부의 분석이 먼저 실시되며, 그후 보호성 다형이 존재하지 않으면 감수성 다형의 분석이 실시된다.
그러므로, 본원에 기술된 바와 같이 흡연자와 비흡연자의 잘 정의된 그룹에서 상기 다형들의 빈도수의 전체적인 분석을 통해서, ACS 발병에서 특정 단백질이 관여할 가능성이 있으며 흡연자는 손상된 심혈관 기능 및 예방 목적에 대한 ACS와 관련된 증가된 ACS 발병 위험이 있는 것을 확인하기위한 능력을 향상시킬 수 있다.
본 결과는 처음으로 ACS가 발병된 소수의 흡연자가 본원에 정의된 바와 같이 1개 이상의 감수성 다형 및 전혀 존재하지 않거나 일부 존재하는 보호성 다형을 갖기 때문에 이와 같이 실시하여 나타난다. 흡연의 자극 및 산화 효과 손상과 함께 1개 이상의 감수성 다형의 존재가 상기 흡연자 그룹을 ACS가 발병될 감수성이 매우 높게되는 것으로 사료된다. 부가의 위험 인자, 가령 가족력, 나이, 체중, 총흡연량 등은 피험자의 위험 프로필에 영향을 주며, 본원에 기술된 유전자 분석과 조합하여 평가될 수 있다.
1개 이상의 다형은 직접 검출되거나 또는 상기 1개 이상의 다형과 연쇄 불평형 상태에 있는 1개 이상의 다형의 검출에 의해서 검출될 수 있다. 상기에서 기술된 바와 같이, 연쇄 불평형은 2개 이상의 돌연변이 또는 다형이 유전적 근접성이 있어 함께 유전되는 유전적 현상이다. 상기는 유전자형에서 존재하는 하나의 다형 의 검출로 다른 것의 존재를 추론할 수 있다는 것을 의미한다. (Reich DE et al; Linkage disequilibrium in the human genome, Nature 2001, 411:199-204.)
연쇄 불평형에 있는 것으로 보고된 본원에 기술된 다형 예는 본원에 존재하며, 실시예 2와 표 33에 기재한 것과 같이 MMP12 -82 A/G 및 MMP1 -1607 1G/2G(Del/G) 다형, LTA Thr26Asn A/C 및 NFKBIL1 -63 T/A 다형, 및 TLR4 Asp299Gly A/G 및 Thr399Ile C/T 다형을 포함한다.
증가된 또는 감소된 ACS 발병 위험과 결합된 1개 이상의 다른 다형과 연쇄 불평형에 있는 다형은 ACS 발병 위험에 대한 생체표지로서의 용도를 제공하는 것을 알 수 있다. 본원에 존재하는 데이터에서는 연쇄 불평형에서 SNP에 대한 빈도수가 매우 유사한 것을 보여준다. 따라서, 상기 유전적으로 연결된 SNP는 원래 SNP로부터 계산된 것과 상응하는 위험 수준을 유도하기위해 조합된 다형 분석에서 사용될 수 있다. LD에서의 SNP가 다른 것을 위해 치환되는 이러한 분석의 예는 실시예 2에 존재한다.
그러므로, 본원에 명시된 다형과 연쇄 불평형인 1개 이상의 다형은 예를들면 공공의 데이터 베이스를 사용하여 확인될 수 있다는 것이 명백할 것이다. 본원에 명시된 다형과 연쇄 불평형에 있는 것으로 보고된 다형의 예는 표 35에 개시되어 있다.
또한, 다양한 명명법은 주어진 다형에 대해서 존재할 수 있다는 것이 명백할 것이다. 예를들면, SOD3을 코딩하는 유전자 중의 Arg 213 Gly로서 나타내는 다형은 Arg 312 Gln, +760 G/C, 및 Arg 231 Gly (rs1799895)로서 다양하게 나타내는 것 으로 사료된다. 본원에 기술된 바와 같이 감수성 또는 보호성 다형으로 나타내는 경우, 상기 대체 명명법은 본 발명에 의해서 이해된다.
본 발명의 방법은 ACS와 관련된 상기 다형의 검출 및 규명을 우선적으로 설명한다. 상기 다형은 단일 뉴클레오티드 다형인 것이 통상적이다. 일반적 용어에서, 단일 뉴클레오티드 다형(SNP)은 단일 염기 변화 또는 포인트 돌연변이에 의해 개체들 사이에서 유전자 변이가 발생된다. SNP는 사람의 게놈(genome)에서 대략 매 100 내지 300 염기당 1개가 나타나며, 코딩 또는 비(非)코딩 영역에서 발생할 수 있다. 유전자 코드의 과잉에 의해서 코딩 영역에서 SNP는 단백질 생성물의 아미노산 서열을 변경시키거나 또는 변경시키지 않을 수 있다. 예를들면 비코딩 영역에서 SNP는 예를들면 조절 영역, 가령 프로모터, 전사 인자 결합 부위, 처리 부위, 리보좀 결합 부위, 영향 유전자 전사, 처리 및 해독을 변형시킴으로써 유전자 발현을 변경시킬 수 있다.
SNP는 대규모 결합 유전 연구를 용이하게 할 수 있으며, 최근에는 SNP 발견 및 검출에 많은 관심을 가지고 있다. SNP는 예를 들면 질병 경향 및 심각도, 웰리스 경향(wellness propensity) 및 예를 들면 약물 반응에 역효과를 주는 감수성을 포함하는 약물 반응과 같은 다수의 포현형 특성(잠재 특성을 포함)에 대한 마커로서의 큰 가능성을 보여준다. 개체가 특정 SNP를 갖는 지식과 결합된 표현형 특성과 특성 SNP를 조합하는 지식은 진단, 예방 및 치료 용도의 목적으로 하며 질병 관리에 유용하며 질병 상태의 이해를 향상시키며, 더 효과적인 처리, 가령 개인 처리 요양법의 발견을 궁극적으로 이용할 수 있다.
실제로, 다수의 데이터베이스가 공지된 SNP를 구성하고, 및 상기 SNP에 있어서 SNP와 결합된 생물학적 영향을 구성하였다. 예를들면, NCBI SNP 데이터베이스 "dbSNP"는 NCBI의 Entrez 시스템에 통합되며, PubMed 및 GenBank와 같은 다른 Entrez 데이터베이스와 동일한 접근법을 사용하여 질문할 수 있다. 상기 데이터베이스는 사람의 게놈 서열상에 매핑된 150만 이상의 SNP에 대해서 기록되었다. 각 dbSNP 진입은 다형의 서열(예를들면, 주변 서열), (개체군 또는 개체에 의한) 다형의 발생 빈도, 및 실험 방법(들), 프로토콜 및 변이를 분석하는데 사용된 조건을 포함하며, 특정 표현형과 SNP를 결합하는 정보를 포함할 수 있다.
건강과 웰니스(wellness)에 가능한 효과때문에 적어도 일부에서, SNP를 신뢰할 수 있고 빠르게 확인할 수 있는 방법을 개발하려는 노력을 하여 왔고 계속되어야 한다. 이는 3×109 염기쌍의 하플로이드(haploid) 게놈을 갖는 사람 게놈 DNA의 복잡성 및 이의 관련된 민감성 및 특징적인 요건 때문에 간단한 일이 아니다.
당분야에 잘 공지되어 있는 SNP를 검출하기위한 유전자형 접근법은 DNA 시퀀싱(sequencing)을 포함하며, 상기 방법은 프라이머 또는 프로브의 교잡(hybridization)에 특이적인 대립유전자(allele), 다형에 가깝게 또는 인접하게 결합된 프라이머에 뉴클레오티드의 혼입에 특이적인 대립유전자[종종, "단일 염기 연장(single base extension)", 또는 "미니시퀀싱(minisequencing)"이라 함], 올리고뉴클레오티드의 대립유전자-특이적 결찰(결합)[결찰 연관 반응(ligation chain reaction) 또는 결찰 자물쇠 탐침(ligation padlock probes)], 제한 효소(제한 절 편 길이 다형 분석 또는 RFLP) 또는 화학제 또는 기타 제제에 의한 올리고뉴클레오티드 또는 PCR 생성물의 대립유전자-특이적 분해, 전기영동 또는 크로마토그래피 이동성에서 대립유전자-의존성 차이의 해상도, 침습 구조 특이성 효소를 포함하는 구조 특이적 효소에 의해서, 또는 질량 분광계를 필요로 한다. 또한, 아미노산 변이의 분석은 SNP가 코딩 영역에 놓여 있고 아미노산을 변화시킬 수 있다.
DNA 시퀀싱은 SNP를 직접 측정 및 확인할 수 있다. 특이성 및 정확성에서의 잇점은 전체 게놈에서 고유한 어려움, 또는 표적의 서브게놈, 시퀀싱에 의해서 스크리닝에 목적이 있다.
미니-시퀀싱(mini-sequencing)은 조사하에 시험 시료상에 SNP 부위에 인접한 DNA 서열로 프라이머가 교잡된다. 상기 프라이머는 모두 4개의 상이한 태그된(tagged) 형광 디데옥시뉴클레오티드(A, C, G, 또는 T) 및 DNA 폴리머라제(polymerase)를 사용하여 하나의 뉴클레오티드씩 연장된다. 4개의 뉴클레오티드 중 하나(동종인 경우) 또는 4개의 뉴클레오티드 중 2개(이종인 경우)가 혼입된다. 혼입된 염기는 SNP 위치에서 뉴클레오티드에 상보적이다.
SNP 검출에 현재 사용되는 다수의 방법은 부위-특이적 및/또는 대립유전자-특이적 교잡을 포함한다. 상기 방법은 흥미있는 SNP를 포함하는 표적 서열에 올리고뉴클레오티드를 구별적으로 결합시키는 것과 크게 관련이 있다. Affymetrix (Santa Clara, Calif.) 및 Nanogen Inc. (San Diego, Calif.)의 기술은 특이 잘 알려져 있으며, 단일 염기 미스매치를 포함하는 DNA 듀플렉스(duplexes)는 완전 염기쌍인 듀플렉스보다 덜 안정하다. 매치된 듀플렉스의 존재는 형광(fluorescence)에 의해서 검출된다.
부위-특이적 교잡에 의해서 SNP를 검출 또는 확인하는 대부분의 방법은 민감성 및 특이성을 증가시키기위해 PCR과 같은 방법에 의해서 표적을 증폭시키는 것이 요구된다(예를 들면, 미국 특허 제5,679,524호, PCT 공보 WO 98/59066, PCT 공보 WO 95/12607을 참조). 미국 출원 20050059030(본원에 이의 전문이 통합됨)에서는 표적 서열에 대해 선택적으로 풍부하도록 이전의 증폭 또는 복잡성 감소가 없고, 효소 반응을 사용하지 않고 전체 사람의 DNA에서 단일 뉴클레오티드 다형을 검출하는 방법을 기술하고 있다. 상기 방법은 2개의 교잡 경우를 포함하는 단일-단계 교잡을 사용한다: 캡쳐 프로브로 표적 서열의 제1 위치의 교잡 및 검출 프로브로 표적 서열의 제2 위치의 교잡. 상기 2개의 교잡 경우는 동일한 반응에서 발생하며, 교잡이 일어나는 순서는 중요하지 않다.
미국 출원 20050042608 (본원에 이의 전문이 통합됨)에서는 Thorp 등 (미국 특허 제5,871,918호)의 핵산 교잡의 전기화학적 검출 방법의 변형을 기술하고 있다. 간단하게, 캡쳐 프로브가 디자인되었으며, 각각은 상이한 SNP 염기 및 SNP 염기의 각 면에서 프로브 염기의 서열을 갖는다. 프로브 염기는 SNP 부위에 인접한 상응하는 표적 서열에 상보적이다. 각 캡쳐 프로브는 기질의 전도성 작업 표면상에 비전도성 외부층을 갖는 상이한 전극에 고정된다. 각 캡쳐 프로브와 핵산 표적 사이의 교잡 정도는 각 전극에서 산화-환원 반응을 검출하고, 전이 금속 착물을 사용함으로써 검출된다. 상이한 전극에서 산화율에서의 차이는 선택된 핵산 표적이 선택된 SNP 부위에서 단일 뉴클레오티드 다형을 갖는지의 여부를 측정하는데 사용 된다.
MEGATYPETM 기술을 사용하는 Lynx 치료법(Hayward, Calif.)의 기술은 게놈 물질의 작거나 또는 큰 풀(pool)로부터 동시에 다수의 SNP의 유전자형이다. 상기 기술은 형광적으로 표지된 프로브를 사용하여 2개의 개체군의 수집된 게놈을 비교하며, 2개의 개체군을 구별하는 DNA 절편 스패닝 SNP를 검출 및 회복할 수 있으며, 종래의 SNP 매핑 또는 지식은 요구되지 않는다.
SNP를 검출 및 확인하는 다수의 다른 방법이 존재한다. 상기는 예를들면 SNP로 교잡되는 프로브를 측정하기위해 질량 분광계를 사용하는 것을 포함한다. 상기 기술은 질량 코드 태그를 사용하여 1일당 수개의 시료에서 1일당 40,000 SNP의 높은 처리력으로 얼마나 빠르게 실시될 수 있는지에 대해서 다양하다. 바람직한 예로는 본 발명의 다형을 포함하는 핵산 서열의 질량 분광계 측정을 사용하며, 예를들면 COX2 유전자 또는 상보 서열의 프로모터를 포함한다. 상기 질량 분광계 방법은 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지되어 있으며, 본 발명의 유전자형 방법은 본 발명의 다형의 질량 분광 검출, 예를들면 본 발명의 COX2 프로모터 다형을 조절하기위해 보정가능하다.
SNP는 또한 결찰-비트 분석(ligation-bit analysis)에 의해서 측정될 수 있다. 상기 분석은 프라이머들 사이에 하나의 뉴클레오티드 간격(gap)을 갖는 표적으로 교잡되는 2개의 프라이머를 요구한다. 4개의 뉴클레오티드 각각은 DNA 폴리머라제, 리가아제, 표적 DNA 및 프라이머를 포함하는 개별의 반응 혼합물에 첨가된 다. 폴리머라제는 SNP에 상보적인 제1 프라이머의 3' 말단에 뉴클레오티드를 첨가한 후, 리가아제는 2개의 인접한 프라이머를 결찰한다. 시료를 가열하자마자, 결찰이 발생되면 교잡된 더 큰 프라이머가 남아 있으며, 시그날, 예를들면 형광이 검출된다. 상기 방법에 대한 부가적 토의는 미국 특허 제5,919,626호, 제5,945,283호, 제5,242,794호 및 제5,952,174호에서 볼 수 있다.
미국 특허 제6,821,733호 (본원에 이의 전문이 통합됨)에서는 하기 단계들을 포함하는 2개의 핵산 분자의 서열에서의 차이를 검출하기위한 방법을 기술하고 있다: 4방향 착물을 형성하고 분지쇄 이동(branch migration)을 위한 조건하에 2개의 핵산들을 접촉하는 단계; 검출 분자가 트레이서 분자(tracer molecule) 또는 4방향 착물을 결합시킬 수 있는 조건하에 4방향 착물을 트레이서 분자 및 검출 분자와 접촉시키는 단계; 및 4방향 착물에 노출시키기 이전 및 이후에 검출 분자에 트레이서 분자의 결합을 측정하는 단계. 검출 분자에 결합하기위한 트레이서 분자와 4방향 착물의 경쟁은 2개의 핵산들 사이의 차이를 나타낸다.
단백질계 및 프로테오믹스계 접근법은 다형 검출 및 분석에 적당하다. 발현 단백질 또는 발현 단백질에서 변이와 결합된 다형은 상기 단백질들을 분석함으로써 직접 검출될 수 있다. 전형적으로 상기는 예를들면 겔 전기영동 또는 HPLC에 의해서 시료내 다양한 단백질의 분리, 및 NMR 또는 단백질 시퀀싱, 가령 화학적 시퀀싱 또는 더 우세한 질량 분광계에 의해서 이로부터 유래된 단백질 또는 펩티드를 확인하는 것을 필요로 한다. 프로테오믹스 방법은 당분야에 잘 알려져 있으며, 자동화 에 대한 큰 가능성을 갖는다. 예를들면, 통합된 시스템, 가령 ProteomIQTM 시스템(Proteome Systems제)은 시료 조제, 단백질 분리, 영상 획득(image acquisition) 및 분리, 단백질 처리, 질량 분광계, 및 바이오인포매틱스(bioinformatics) 기술을 조합하여 프로테오믹스 분석에 높은 처리력 플랫폼을 제공한다.
단백질 확인의 대부분의 프로테오믹스 방법은 이온 트랩 질량분석법(ion trap mass spectrometry), 액체 크로마토그래피(liquid chromatography, LC) 및 LC/MSn 질량 분석법, 기체 크로마토그래피(gas chromatography, GC) 질량 분석법, 푸리에 변환-이온 사이클론 공명-질량 분광기(Fourier transform-ion cyclotron resonance-mass spectrometer, FT-MS), MALDI-TOF 질량 분광기, 및 ESI 질량 분광기, 및 이들의 유도체를 포함하는 질량 분석기를 사용한다. 질량 분석 방법은 또한 단백질의 후-해독 변형(post-translational modification), 가령 포스포릴화 또는 글리코실화의 측정에 유용하며, 그러므로 단백질의 후해독 변형에서 변이와 결합된 다형을 측정하는데 사용된다.
조합된 기술이 잘 알려져 있으며, 예를들면 단백질 처리 장치, 가령 선택된 단백질 스팟상에 직접 효소 또는 화학제를 제트함으로써 2-D PAGE 겔을 막으로 전기블로팅된 단백질 시료의 계내 효소적 또는 화학적 소화하는 압전 프린팅 기술(piezoelectric printing technology)을 포함하는 "화학적 잉크젯 프린터(Chemical InkJet Printer)"를 포함한다. 계내에서 단백질의 소화 및 배양 이후에, 막을 펩티드 분석을 위해 질량 분광계에 직접 넣을 수 있다.
핵산의 구조적 변이성에 관련된 다수의 방법이 SNP를 검출하기위해서 개발되었다.
예를들면, 단일 가닥 구조적 다형(SSCP, Orita et a1, PNAS 1989 86:2766-2770)은 특정 조건하에 용액내 2차 구조를 형성하기위해 단일-가닥 핵산의 역량과 관련된 방법이다. 상기 2차 구조는 염기 조성물에 의존하며, 단일 뉴클레오티드 치환에 의해서 변경되어, 비변성 조건하에 전기 영동 이동성에서 차이가 발생된다. 다양한 다형은 방사성 레이블된 경우 오토라디오그래피(autoradiography)에 의해서, 밴드의 실버 스테이닝(silver staining)에 의해서, 검출가능하게 레이블된 프로브 절편과 교잡 또는 연이어 검출된 형광 PCR 프라이머의 사용에 의해서, 예를들면 자동화 DNA 시퀀서에 의해서 검출된다.
SSCP의 변형은 당분야에 공지되어 있으며, 상이한 겔 실행 조건을 사용하며, 가령 예를들면 상이한 온도, 또는 첨가제의 부가, 및 상이한 겔 매트릭스의 사용을 포함한다. SSCP상에 다른 변이는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지되어 있으며, RNA-SSCP, 제한 엔도뉴클레아제 핑거프린팅-SSCP, 디데옥시 핑거프린팅(디데옥시 시퀀싱과 SSCP 사이의 하이브리드), 이방향 디데옥시 핑거프린팅(디데옥시 말단 반응은 2개의 반대 프라이머로 동시에 실시함), 및 형광 PCR-SSCP (PCR 생성물은 다수의 형광 염료에 의해서 내부 레이블되며, 제한 효소에 의해서 소화되고, SSCP에 의해서 소화되며, 형광 염료를 검출할 수 있는 자동 DNA 시퀀서에서 분석됨)를 포함한다.
상이한 핵산 구조의 가변 이동성을 사용하는 다른 방법은 변성 준위 겔 전기 영동(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, DGGE), 온도 준위 겔 전기영동(Temperature Gradient Gel Electrophoresis, TGGE), 및 헤테로듀플렉스 분석(Heteroduplex Analysis, HET)을 포함한다. 여기서, 이중 가닥 DNA(예를들면, 염기쌍 미스매치에 의해서)의 용해에서 변화는 전기 영동 이동성에서 변화된다. 상기 이동성 전이는 뉴클레오티드 변이를 검출하는데 사용된다.
변성 고압 액체 크로마토그래피(HPLC)는 상이한 속도에서 HPLC 컬럼으로부터 용리됨으로써 미스매치된 뉴클레오티드와 SNP를 검출할 수 있는 호모듀플렉스(homoduplexes) 및 헤테로듀플렉스(heteroduplexes)를 검출하기위해 상기에 기술된 분리 방법(가령, 겔 전기영동)에 대체예인 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지된 HPLC 방법을 사용하여 SNP를 검출하는데 사용되는 부가의 방법이다.
SNP를 검출하는데 부가적 방법은 화학적 분해제 및 뉴클레오티드분해 효소를 포함하는 다양한 제제에 의해서 분해에 대한 단일가닥 및 이중가닥 핵산의 상이한 감수성에 의존한다. 예를들면, RNase A에 의해서 RNA:DNA 헤테로듀플렉스내에서 미스매치 분해, 예를들면 분해효소 I에 의해서 단일가닥 DNA와 이중가닥 DNA사이의 정션에서 헤어핀 루프의 5' 말단의 박테리오파지 T4 엔도뉴클레아제 YII 또는 T7 엔도뉴클레아제 I의 분해, 및 Maxam-Gilbert 시퀀싱 화학에 통상 사용되는 화학제에 의해서 헤테로듀플렉스내에서 미스페어된 뉴클레오티드의 변형은 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 알려져 있다.
부가의 예로는 해독의 미성숙 말단 및 감소된 크기의 단백질 생성물로 유도된 변이에 의해서 발생된 정지 코돈을 분해하는데 사용되며, 미스매치된 결합 단백 질을 사용하는 단백질 해독 시험(Protein Translation Test, PTT)을 포함한다. 변이는 예를들면 MutS 단백질, 에스케리치아 콜리(Escherichia coli) DNA 미스매치 회복 시스템, 또는 사람 hMSH2 및 GTBP 단백질을 미스매치된 염기를 포함하는 이중가닥 DNA 헤테로듀플렉스에 결합시킴으로써 검출된다. 그후 DNA 듀플렉스는 미스매치된 결합 단백질과 배양되고, 변이는 이동성 전이 분석(mobility shift assay)에 의해서 검출된다. 예를들면, 단일 분석은 헤테로듀플렉스에 미스매치 결합 단백질의 결합이 엑소뉴클레아제 분해로부터 헤테로듀플렉스를 보호한다는 사실에 기초한다.
당분야의 통상의 지식을 가진 사람은 특정 SNP, 특히 프로모터와 같이 유전자의 조절 영역에서 발생되는 경우 SNP가 유전자의 변경된 발현과 결합될 수 있다는 것을 알 수 있다. 유전자의 변경된 발현은 SNP가 단백질-코딩 유전자의 코팅 영역에 위치하는 경우, 예를들면 SNP가 용도를 변경시키는 코돈 및 상이하게 풍부한 tRNA와 결합되는 경우 수득될 수 있다. 상기 변경된 발현은 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지된 방법에 의해서 측정될 수 있으며, 상기 SNP를 검출하기위해서 사용될 수 있다. 유사하게, SNP가 유전자의 코딩 영역에서 발생되며, 유사하지 않게 아미노산 치환되며, 가령 치환은 유전자 생성물의 기능에서 변화된다. 유사하게, 유전자 생성물이 RNA인 경우, 상기 SNP는 RNA 유전자 생성물에서 기능이 변화된다. 예를들면 활성 또는 관능성 분석에서 평가되는 바와 같이 기능의 변화는 상기 SNP를 검출하기위해서 사용될 수 있다.
SNP를 검출하고 확인하는 방법은 본 발명의 방법에 사용하도록 보정가능하 다.
물론, 본 발명에 따른 SNP를 검출하고 확인하기위해서, 시험될 물질을 포함하는 시료를 피험자로부터 수득한다. 상기 시료는 표적 SNP를 포함하는 시료(또는 표적 폴리펩티드, 가능한 경우에)이며, 체액(혈액, 소변, 타액 등) 생체 검사 또는 다른 조직 조제로부터 수득된다.
DNA 또는 RNA는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 알려져 있는 수 많은 방법에 따른 시료로부터 분리될 수 있다. 예를들면, 핵산의 정제 방법은 Tijssen; Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology: Hybridization with nucleic acid probes Part 1: Theory and Nucleic acid preparation, Elsevier, New York, N.Y. 1993, 뿐만 아니라 Maniatis, T., Fritsch, E. F. and Sambrook, J., Molecular Cloning Manual 1989에 기술되어 있다.
다형/SNP의 존재 또는 부재를 검출하는데 돕기위해서, 핵산 프로브 및/또는 프라이머가 제공될 수 있다. 상기 프로브는 다형의 존재 또는 부재를 입증하기위한 염색체 변화에 특이적인 핵산 서열을 가지며, 바람직하게는 표적 다형과 조합되는 경우 검출가능한 시그날을 방출하는 서열로 레이블된다.
핵산 프로브는 게놈 DNA 또는 cDNA 또는 mRNA, 또는 RNA-유사 또는 DNA-유사 물질, 가령 펩티드 핵산, 분지쇄형 DNAs 등일 수 있다. 상기 프로브는 센스(sense) 또는 안티센스(antisense) 폴리뉴클레오티드 프로브일 수 있다. 표적 폴리뉴클레오티드가 이중가닥이며, 프로브는 센스 또는 안티센스 가닥일 수 있다. 표적 폴리뉴클레오티드가 단일-가닥인 경우, 프로브는 상보적 단일 가닥이다.
상기 프로브는 다양한 합성 또는 효소 도식도에 의해서 제조될 수 있으며, 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 공지되어 있다. 상기 프로브는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지된 화학적 방법을 사용하여 전부 또는 일부 합성될 수 있다(Caruthers et al., Nucleic Acids Res., Symp. Ser., 215-233 (1980)). 선택적으로, 상기 프로브는 효소적으로 전부 또는 일부 생성될 수 있다.
뉴클레오티드 유사체는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지된 방법에 의해서 프로브로 혼입될 수 있다. 상기 요건은 혼입된 뉴클레오티드 유사체가 표적 폴리뉴클레오티드 서열과 염기쌍을 제공해야 한다. 예를들면, 특정 구아닌 뉴클레오티드는 히포크산틴으로 치환될 수 있으며, 염기쌍은 시토신 잔기를 갖는다. 그러나, 상기 염기쌍은 구아닌과 시토신 사이의 것보다 덜 안정하다. 선택적으로, 아데닌 뉴클레오티드는 2,6-디아미노퓨린으로 치환될 수 있으며, 아데닌과 티미딘 사이의 것보다 강한 염기쌍을 형성할 수 있다.
부가적으로, 프로브는 화학적 또는 효소적으로 유도체화된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 전형적인 화학적 변형은 아실기, 알킬기, 아릴기 또는 아미노기에 의한 유도체화를 포함한다.
상기 프로브는 기질상에 고정될 수 있다. 바람직한 기질은 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 화이버, 자기 또는 비(非)자기 비드, 겔, 터빙(tubing), 플레이트, 폴리머, 마이크로입자 및 모세관을 포함하는 적당하게 견고하거나 또는 반-견고한 지지체이다. 상기 기질은 다양한 표면 형태, 가령, 웰(well), 트렌 치(trench), 핀, 채널 및 포어(pore)를 가지며, 여기에 폴리뉴클레오티드가 결합된다. 바람직하게, 상기 기질은 광학적으로 투명하다.
또한, 상기 프로브는 기질에 직접 결합되지 않지만, 연결기를 통해서 기질에 결합될 수 있다. 상기 연결기는 부착된 프로브에 노출되도록 약 6개 내지 50개의 원자 길이를 갖는다. 바람직한 연결기는 에틸렌 글리콜 올리고머, 디아민, 이산 등을 포함한다. 기질 표면에서 반응기는 기질에 연결기를 결합시키기위해 연결기의 말단 부분들 중 하나와 반응한다. 그 후 연결기의 다른 말단 부분은 프로브를 결합시키기위해 관능화된다.
상기 프로브는 기질 표면상에 프로브 합성에 대한 시약을 분산시키거나 또는 기질 표면상에 실행된 DNA 절편 또는 클론을 분산시킴으로써 기질에 부착될 수 있다. 전형적인 분산제는 기질에 대해서 마이크로피펫의 위치를 조절하기위해 로보트 시스템으로 기질로 마이크로피펫 송달 용액을 포함한다. 상기는 시약이 동시에 반응 영역에 송달될 수 있도록 다수의 분산제일 수 있다.
핵산 마이크로어레이가 바람직하다. 상기 마이크로어레이(핵산 칩을 포함함)는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 알려져 있다(예를들면, 미국 특허 제5,578,832호; 제5,861,242호; 제6,183,698호; 제6,287,850호; 제6,291,183호; 제6,297,018호; 제6,306,643호; 및 제6,308,170호 참조, 각각은 참고문으로 통합됨).
선택적으로, 항체 마이크로어레이가 제조될 수 있다. 상기 마이크로어레이의 제조는 본질적으로 하기에 기술되어 있다: Schweitzer & Kingsmore, "Measuring proteins on microarrays", Curr Opin Biotechnol 2002; 13(1): 14-9; Avseekno et al., "Immobilization of proteins in immunochemical microarrays fabricated by electrospray deposition", Anal Chem 2001 15; 73(24): 6047-52; Huang, "Detection of multiple proteins in an antibody-based protein microarray system, Immunol Methods 2001 1; 255 (1-2): 1-13.
본 발명은 본 발명에 따라 사용되는 키트의 제조 방법에 관한 것이다. 적당한 키트는 적당한 컨테이너 및 포장 물질, 튜브, 바이얼, 및 개별 포장된(shrink-wrapped) 및 블로우 성형된(blow-molded) 포장에 사용되는 본 발명에 따른 용어의 다양한 시약을 포함한다.
본 발명에 따른 예시적 키트에 포함되기에 적당한 물질은 하기로 이루어진 것을 하나 이상 포함한다: 흥미 있는 유전자 다형을 플랭크하는 DNA 또는 cDNA 서열 영역에 어닐링하는 유전자 특이적 PCR 프라이머 쌍(올리고누클레오티드) PCR을 실시하기위한 요건 없이 게놈 DNA 또는 cDNA에서 특이적 서열 영역을 증폭시킬 수 있는 시약; PCR 또는 비-PCR 증폭에 의해서 증폭된 서열 영역에서 다양한 가능한 대립유전자들사이에서 차이를 요구하는 시약(예를들면, 제한 엔도뉴클레아제, 다형의 하나의 대립유전자에 우세하게 어닐링되는 올리고뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드로부터 시그날을 증폭시키고 대립유전자의 차이를 더욱 크게 만드는 효소 또는 형광 화학기를 포함하도록 변형된 것을 포함함); 다양한 대립유전자로부터 유래된 물리적으로 개별의 생성물에 요구되는 시약(예를들면, 전기영동, HPLC 컬럼, SSCP 겔, 포름아미드 겔 또는 MALDI-TOF에 대한 매트릭스 지지체에 사용되는 아가로스 또는 폴리아크릴아미드 및 완충액).
본 발명의 방법은 ACS와 관련되어 공지된 다른 위험 인자의 분석과 결합하여 실시될 수 있는 것이 이해될 것이다. 상기 위험 인자는 증가된 ACS 발병 위험과 결합된 역학적 위험 인자를 포함한다. 상기 위험 인자는 이에 한정되는 것은 아니지만, 흡연 및/또는 담배 연기에 노출되는 것, 나이, 성별 및 가족력을 포함한다. 상기 위험 인자는 피험자의 ACS 발병 위험을 평가하는 경우 본원에 기술된 바와 같은 1개 이상의 다형의 분석을 증대하기위해서 사용될 수 있다.
본 발명의 예방 방법은 주어진 피험자에 대해서 도시된 바와 같이 적당하게 평가되는 치료적 개입 및/또는 치료 요양한다. 상기 중 가장 간단한 방법은 피험자가 현재 흡연자이고 라이프스타일을 변화시킴에 의하며, 본 발명의 방법은 담배를 끊는 것이다.
예방 또는 치료 방법은 상기 다형(들)의 생물학적 효과 및 다형(들)의 특성에 의해서 예측할 것이다. 예를들면, 감수성 다형은 유전자의 발현에 변화와 결합되며, 예방 또는 치료는 상기 유전자의 통상의 발현의 회복에 관한 것이며, 예를들면 상기 유전자의 발현을 조절할 수 있는 제제를 투여함으로써 실시된다. 다형은 감소된 유전자 발현과 관련되는 경우, 치료법은 상기 유전자의 발현을 증가시킬 수 있는 제제의 투여를 포함하며, 반대로 다형은 증가된 유전자의 발현과 관련되는 경우, 치료법은 상기 유전자의 발현을 감소시킬 수 있는 제제를 투여하는 것이다. 유전자 발현을 조절하는데 유용한 방법은 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 잘 알려져 있다. 예를들면, 다형이 상향조절된 유전자 발현과 결합되는 경우, 예를들면 RNAi 또는 안티센스 방법을 사용하는 치료법은 풍부한 mRNA를 감소시켜서 상기 유전자의 발현을 감소시키는 것이다. 선택적으로, 치료법은 예를들면 상기 유전자 생성물의 활성을 조절함으로써 상기 유전자의 비정상적인 발현을 보정하는 방법에 관한 것이다.
감수성 다형은 감소된 유전자 생성물 기능 또는 감소된 유전자 생성물의 발현 수준과 결합되는 경우, 예방법 또는 치료법은 상기 기능을 증대 또는 대체하거나, 또는 상기 유전자 생성물 또는 이의 관능성 유사체를 투여함으로써 피험자에서 유전자 생성물의 양을 보충하는 것을 포함한다. 예를 들면, 다형이 감소된 효소 기능과 결합되는 경우, 치료법은 피험자에게 활성 효소 또는 효소 유사체를 투여하는 것을 포함한다. 유사하게, 다형이 증가된 유전자 생성물 기능과 결합이 되는 경우, 예방법 및 치료법은 피험자에서 상기 유전자 생성물의 수준을 감소시킬 수 있는 제제 또는 유전자 생성물의 저해제를 투여함으로써 상기 기능을 감소시키는 것을 포함할 수 있다. 예를들면, SNP 대립 유전자 또는 유전자형은 증가된 효소 기능과 결합되는 경우, 치료법은 피험자에게 효소 저해제를 투여하는 것을 포함할 수 있다.
마찬가지로, 보호성 다형은 특정 유전자의 상향 조절 또는 효소 또는 다른 단백질의 발현과 결합되는 경우, 치료법은 내성 유전자형이 결여된 개체에서 상향조절 또는 발현을 모방하고/하거나 상기 개체에 효소 또는 다른 단백질을 송달하는 것에 관한 것이다. 또한, 보호성 다형이 특정 유전자의 하향조절, 또는 효소 또는 다른 단백질의 감소되거나 또는 제거된 발현과 결합된 경우, 목적하는 치료법은 보호성 유전자형이 부족한 개체에서 상기 조건을 모방하는 것에 관한 것이다.
상기에 확인된 다양한 다형과 ACS에 대한 피험자의 감수성 사이의 관계는 후보 치료법의 디자인 및/또는 스크리닝에 사용한다. 이는 특히 감수성 다형 또는 보호성 다형사이의 결합이 유전자 발현의 상향조절 또는 하향조절에 의해서 명시된 경우이다. 상기 예에서, 상기 상향조절 또는 하향조절에 있어서 후보 치료법의 효과는 쉽게 검출가능하다.
예를들면, 하나의 실시양태에서, 존재하는 사람의 심혈관 기관 및 세포 배양은 상기에 개시된 바와 같이 다형에 대해서 스크리닝한다. (사람의 심혈관 기관 및 세포 배양에 대한 정보에 대해서, 예를들면 Clare Wise ED., Epithelial Cell Culutre Protocols, 2002, ISBN 0896038939, Humana Press Inc. NJ; Endothelial Cell Culture, Roy Bicknell, ED., 1996, ISBN 0521550246, Cambridge University Press, UK; Cell Culture Models of Biological Barriers, Claus-Michael Lehr ED., 2002, ISBN 0415277248, Taylor and Francis, UK 참조; 각각은 이의 전문이 참고문으로 통합됨). 관련된 유전자형 군을 나타내는 배양은 다형이 존재하는 상향조절되거나 또는 하향조절되는 유전자의 발현에 있어서 추정적으로 "통상"인 배양액과 함께 선택된다.
상기 배양의 시료는 후보 치료적 화합물의 라이브러리에 노출되고, 하기에 대해서 스크리닝된다: (a) 감수성 유전자형에서 통상 상향조절되는 유전자의 하향조절; (b) 감수성 유전자형에서 통상 하향조절되는 유전자의 상향조절. 감수성 유전자형을 갖는 배양에서 유전자의 조절 및/또는 작용을 변경할 수 있는 능력에 대해서 화합물을 선택한다.
유사하게, 다형은 피험자에 대해서 통상 범위를 벗어나는 발현된 유전자 생성물의 생리 활성 농도(나이 및 성별로 보정함)로 존재하는 경우 및 통상의 범위내로 발현된 유전자 생성물의 수준을 회복하기위한 예방적 또는 치료적 접근법을 나타내며, 개체는 회복 접근법으로부터 유익함을 측정하도록 스크리닝될 수 있다. 상기 스크리닝은 본원에 기술된 방법 중 어느 하나에 의해서 피험자에서 다형의 존재 또는 부재를 검출하는 것을 포함하며, 상기 다형이 존재하는 피험자는 치료법에 유익한지가 개별적으로 확인된다.
본 발명은 하기의 비제한적인 실시예를 참고로 더 상세하게 설명될 것이다.
실시예 1
케이스 관련 연구
도입
케이스-대조군 관련 연구는 중요한 위험 인자에 대한 매칭이 중요한 대조군 그룹의 선택에 신중해야 한다. 상기 연구에서, ACS로 진단받은 흡연자 및 ACS로 진단받지 않은 흡연자가 비교된다. 상기 독특한 대조군 그룹은 ACS 위험이 제로인 흡연자, 예를 들면 흡연자는 ACS로 발전되지 않는 사람을 미리 선택하는 것은 상대적으로 불가능하다. 긴 흡연기간 및 통상의 심혈관 기능을 가진 흡연자는 흡연자의 "저위험" 그룹으로 사용되며, 출원인은 흡연자의 더 낮은 위험 그룹을 확인하기위한 현재의 지식으로 가능하지 않은 것으로 사료된다. 본 출원인은 특정 이론에 한정되지 않고 상기 접근법이 증가된 ACS 발생 위험을 제공할 수 있는 저침투 고빈도 다형들을 엄격하게 비교하였다. 또한, 본 출원인은 특정이론에 한정되지 않고 통상의 심혈관 기능을 가진 흡연자 그룹이 대조군 그룹으로 사용된다면 분명할 수 있는 ACS로부터의 보호도를 제공하는 다형이 존재할 수 있는 것으로 믿어진다. 그러므로, ACS를 가진 흡연자는 통상의 심혈관 기능을 갖지만 ACS로 진단되지 않은 흡연자와 비교하여 다형 빈도가 더 낮을 것으로 기대된다.
최소 15년의 흡연기간을 가지며 급성 관상동맥 증후군(ACS, 급성 심근경색증 및 불안정형 협심증을 포함함)으로 진단된 유럽인 수십명의 피험자가 모집되었다. 피험자들은 하기의 기준을 만족한다: 3차 의료 기관에서 임상 증상[병력, ECG, 심장 바이오마커 분석(cardiac biomarker assays)]에 기초하여 ACS로 진단됨. ACS를 가진 피험자는 관상 동맥의 죽종 질환(atheromatous disease)의 존재를 확인하는 관상동맥 조영술(coronary angiograms)을 실시한다. ACS를 가진 질환자는 40-60세이며 유럽인이다. 148명의 피험자가 모집되었으며, 이중 85%가 남성이고, 평균 FEV1/FVC (± 1SD)가 74% (±8)이며, 예측된 비율로서 평균 FEV1은 94(±15)이다. 평균 나이, 1일 흡연량 및 총흡연량은 각각 50세(±3), 22 개피/일(±8) 및 년 31팩(±11)이다. 최소 1년당 15팩을 피우며 앙기나(angina), 가슴 통증, 심장마비로 고생하지 않으며 과거 허혈성 심장병을 진단받지 않은 460명의 유럽인 피험자가 연구되었다. 상기 대조군 그룹은 이전의 흡연자 또는 현재의 흡연자인 지원자로부터 모집되었으며, 이중 55%가 남자이며, 평균 FEV1/FVC (±1SD)가 75%(±9)이며, 예측된 비율로서 평균 FEV1은 98(±12)이다. 평균 나이, 1일 흡연량 및 총흡연량은 각각 60세(±10), 23개피/일(±11) 및 1년당 40팩(±21)이다.
상기 연구는 내성 흡연자와 비교하여 급성 관상동맥 증후군에서 더 큰 빈도 로 발견되는 다형은 생명을 위협하는 급성 관상동맥 증후군의 발생에 대한 증가된 감수성을 반응하는 것을 보여준다. 유사하게, 급성 관상동맥 증후군 질환자와 비교하여 내성 흡연자에서 더 큰 빈도로 발견된 다형은 보호성 역할을 반영할 수 있다.
Figure 112008041256369-PCT00002
제노타이핑 방법(Genotyping Methods)
시쿼놈 오토플렉스 질량 분석기(Sequenom Autoflex Mass Spectrometer)를 사용하여 다형 제노타이핑 방법
게놈 DNA는 전체 혈액 시료로부터 추출된다(Maniatis,T., Fritsch, E. F. and Sambrook, J., Molecular Cloning Manual. 1989). 정제된 게놈 DNA는 96 웰 플레이트로 분획되며(10 ng/㎕ 농도), 하기의 서열, 증폭 조건 및 방법을 사용하여 SequenomTM 시스템(SequenomTM Autoflex Mass Spectrometer and Samsung 24 pin nanodispenser)에서 유전자형을 검사한다.
하기의 조건이 PCR 멀티플렉스 반응에 사용된다: 최종 농도는 1Ox 완충액 15 mM MgCl2 1.25x, 25mM MgCl2 1.625mM, dNTP 믹스 25 mM 50OuM, 프라이머 4 uM 10OnM, Taq 폴리머라제(Quiagen hot start) 0.15U/반응, 게놈 DNA 10 ng/ul에 대해서 이다. 사이클링 기간은 15분동안 95 ℃이며, 3분의 연장된 연장 시간이 마감되었다(45 사이클에 대해서 15 s동안 5℃, 56℃ 30s, 72℃ 30s). 본 발명자들은 30분동안 35 ℃에서 배양된 쉬림프 알칼리 포스파타제(SAP) 처리(PCR 반응에 대한 2 ㎕ 내지 5 ㎕)를 사용하며, 반응을 연장시키며(SAP 처리 이후에 2 ㎕ 내지 7 ㎕를 첨가함) 반응당 부피는 다음과 같다: 물, 0.76ul; hME 10x 종결 완충액, 0.2ul; hME 프라이머(lO uM), 1ul; MassEXTEND 효소, 0.04ul. SNP와 후보 유전자의 완전한 이름에 대해서는 표 1 내지 표 26을 참조한다.
Figure 112008041256369-PCT00003
Figure 112008041256369-PCT00004
Figure 112008041256369-PCT00005
Figure 112008041256369-PCT00006
결과
Figure 112008041256369-PCT00008
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형 GG 대 AG/AA, 오드 비율(Odds ratio, OR)=1.9, 95% 신뢰 한계(confidence limits) 1.2-3.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=8.23, p=0.004,
GG 유전자형=감수성
대립유전자 G 대 A, ACS 대 내성 흡연자 대조군, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계 1.1-1.9, χ2 (Mantel-Haenszel)=6.52, p=0.01,
G 대립유전자=감수성
Figure 112008041256369-PCT00009
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형 CC 대 CT/TT, 오드 비율(OR)=1.5, 95% 신뢰 한계 1.0-2.2, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.96, p=0.05,
CC 유전자형=감수성
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 대립유전자. C 대 T, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계 1.0-1.8, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.79, p=0.05,
C 대립유전자=감수성
Figure 112008041256369-PCT00010
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. GG 대 AA/AG, 오드 비율(OR)=3.2, 95% 신뢰 한계 0.8-13, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.76, p=0.05,
GG 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00011
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CT/TT 대 CC, 오드 비율(OR)=1.5, 95% 신뢰 한계 0.9-2.5, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.1, p=0.08,
CT/TT 유전자형=감수성(CC 보호성)
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 대립유전자. T 대 C, 오드 비율(OR)=1.5, 95% 신뢰 한계 0.9-2.3, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.24, p=0.07,
T 대립유전자=감수성
Figure 112008041256369-PCT00012
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. GG 대 AA/AG, 오드 비율(OR)=2.71, 95% 신뢰 한계 1.1-6.9, χ2 (Mantel-Haenszel)=5.52, p=0.02,
GG 유전자형=감수성
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AA 대 AG/GG, 오드 비율(OR)=0.47, 95% 신뢰 한계 0.07-1.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.45, p=0.05,
AA 유전자형=보호성
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 대립유전자. G 대 A, 오드 비율(OR)=1.5, 95% 신뢰 한계 1.1-2.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=5.56, p=0.02,
G 대립유전자=감수성
Figure 112008041256369-PCT00013
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CC 대 AA/AC, 오드 비율(OR)=0.66, 95% 신뢰 한계 0.4-1.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=4.28, p=0.04,
CC 유전자형 =보호성
LTA Thr26Asn A/C는 NFKBIL1 -63 T/A와 연쇄 불평형(linkage disequilibrium)이다.
Figure 112008041256369-PCT00014
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CC/CT 대 TT, 오드 비율(OR)=0.66, 95% 신뢰 한계 0.43-1.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=4.33, p=0.04,
CC/CT 유전자형=보호성 (TT=감수성)
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 대립유전자 C 대 T, 오드 비율(OR)=0.65, 95% 신뢰 한계 0.5-0.9, χ2 (Mantel-Haenszel)=5.75, p=0.02,
C 대립유전자=보호성
Figure 112008041256369-PCT00015
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AG/GG 대 AA, 오드 비율(OR)=0.54, 95% 신뢰 한계 0.3-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.27, p=0.07,
AG/GG 유전자형=보호성 (AA=감수성)
TLR4 Asp299Gly A/G는 TLR4 Thr399Ile C/T와 연쇄 불평형이다.
Figure 112008041256369-PCT00016
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CT/TT 대 CC, 오드 비율(OR)=0.54, 95% 신뢰 한계 0.3-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.67, p=0.06,
CT/TT 유전자형=보호성 (CC=감수성)
TLR4 Thr399Ile C/T와 TLR4 Asp 299Gly A/G와 연쇄 불평형이다.
Figure 112008041256369-PCT00017
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. TT 대 AA/AT, 오드 비율(OR)=0.57, 95% 신뢰 한계 0.3-0.96, χ2 (Mantel-Haenszel)=4.98, p=0.03,
TT 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00018
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AA 대 AT/TT, 오드 비율(OR)=0.73, 95% 신뢰 한계 0.5-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.66, p=0.10,
AA 유전자형=보호성
NFKBIL1 -63 T/A는 LTA Thr26Asn과 연쇄 불평형이다.
Figure 112008041256369-PCT00019
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. ID/DD 대 II, 오드 비율(OR)=0.68, 95% 신뢰 한계 0.5-1.0, χ2 (Mantel-Haenszel)= 3.69, p=0.05,
ID/DD 유전자형=보호성 (II 감수성)
Figure 112008041256369-PCT00020
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CT/TT 대 CC, 오드 비율(OR)=0.68, 95% 신뢰 한계 0.42-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.57, p=0.11,
CT/TT 유전자형=보호성 (CC=감수성)
Figure 112008041256369-PCT00021
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. 1G1G 대 1G2G/2G2G, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계 0.9-2.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.44, p=0.12,
1G1G 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00022
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. TT 대 CT/CC, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계 0.9-2.2, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.21, p=0.14,
TT 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00023
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CT/TT 대 CC, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계 0.9-2.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.34, p=0.13,
CT/TT 유전자형=감수성 (CC 보호성)
Figure 112008041256369-PCT00024
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AA 대 AG/GG, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계 0.9-2.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.20, p=0.14,
AA 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00025
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. GG 대 AA/AG, 오드 비율(OR)=0.74, 95% 신뢰 한계 0.5-1.2, χ2 (Mantel-Haenszel)=1.74, p=0.19,
GG 유전자형 =보호성
Figure 112008041256369-PCT00026
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AT/TT 대 AA, 오드 비율(OR)=1.5, 95% 신뢰 한계 0.8-2.7, χ2 (Mantel-Haenszel)=1.95, p=0.16,
AT/TT 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00027
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AA 대 AG/GG, 오드 비율(OR)=0.70, 95% 신뢰 한계 0.5-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.91, p=0.09,
AA 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00028
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. GG 대 CC/CG, 오드 비율(OR)=0.71, 95% 신뢰 한계 0.5-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.88, p=0.09,
GG 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00029
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. GG 대 GT/TT, 오드 비율(OR)=0.72, 95% 신뢰 한계 0.5-1.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.79, p=0.09,
GG 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00030
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CG/GG 대 CC, 오드 비율(OR)=0.23, 95% 신뢰 한계 0.01-1.7, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.31, p=0.13,
CG/GG 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00031
# PAI-1 -675 4G/5G 다형과 동일함
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. 5G5G 대 4G5G/4G4G, 오드 비율(OR)=0.72, 95% 신뢰 한계 0.4-1.2, χ2 (Mantel-Haenszel)=1.7, p=0.19,
5G5G 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00032
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CT/TT 대 CC, 오드 비율(OR)=1.31, 95% 신뢰 한계 0.9-2.0, χ2 (Mantel-Haenszel)=1.81, p=0.18,
CT/TT 유전자형=감수성
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 대립유전자. T 대 C, 오드 비율(OR)=1.33, 95% 신뢰 한계 0.9-1.9, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.87, p=0.09,
T 대립유전자=감수성
Figure 112008041256369-PCT00033
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. GG 대 AA/AG, 오드 비율(OR)=0.70, 95% 신뢰 한계 0.4-1.2, χ2 (Mantel-Haenszel)=1.73, p=0.19,
GG 유전자형=보호성
Figure 112008041256369-PCT00034
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. AG/GG 대 AA, 오드 비율(OR)=0.58, 95% 신뢰 한계=0.27-1.22, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.36, p=0.12,
AG/GG 유전자형=보호성 (AA 감수성)
Figure 112008041256369-PCT00035
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. TT 대 CC/CT, 오드 비율(OR)=1.5, 95% 신뢰 한계=0.82-2.81, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.04, p=0.15,
TT 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00036
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CC/CG 대 GG, 오드 비율(OR)=2.1, 95% 신뢰 한계=0.662-6.6, χ2 (Mantel-Haenszel)=2.05, p=0.15,
CC/CG 유전자형=감수성
Figure 112008041256369-PCT00037
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. TT 대 CT/CC, 오드 비율(OR)=0.27, 95% 신뢰 한계=0.13-0.54, χ2 (Mantel-Haenszel)=16.42, p=0.00005,
TT 유전자형=보호성
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 유전자형. CC 대 CT/TT, 오드 비율(OR)=1.4, 95% 신뢰 한계=1.0-2.1, χ2 (Mantel-Haenszel)=3.61, p=0.06,
CC 유전자형=감수성
ACS 대 내성 흡연자 대조군에 있어서 대립유전자 T 대 C, 오드 비율(OR)=0.61, 95% 신뢰 한계=0.45-0.81, χ2 (Mantel-Haenszel)=12.64, p=0.0004,
T 대립유전자=보호성
하기 표 30은 본원에서 확인된 보호성 SNP 및 감수성 SNP의 요약을 나타낸다. 선택된 감수성 SNP는 S1 내지 S13으로 확인되며, 선택된 보호성 SNP는 P1 내지 P16으로 확인된다. 진하게 표시된 부분은 하기에 기술된 바와 같이 SNP 스코어를 생성하기위해 사용된 SNP 패널에 포함된다.
Figure 112008041256369-PCT00038
본원에 기술된 바와 같이, S3은 S6를 가진 LD에 있으며, P1은 P11을 가진 LD에 있고, P3은 P3.1을 가진 LD에 있다. 그러므로, 상기 SNP는 SNP 스코어를 유도하는 경우 패널에서 함께 사용되지 않는다.
하기 표 31은 SNP 스코어를 참고하여 ACS 질환자와 흡연자 대조군의 분포를 보여준다. 각각의 개체에 있어서 SNP 스코어는 표 30에 개시된 바와 같이 SNPs S1-S5 및 P1-P6으로 구성된 11 SNP 패널의 조합 분석으로 결정된다. 각각의 감수성 SNP는 +1의 값으로 할당되며, 각 보호성 SNP는 -1의 값으로 할당된다. 도 1은 상기 데이터를 그래프로 나타내었다.
Figure 112008041256369-PCT00039
하기 표 32는 더 큰 15 SNP, 패널을 참고로 결정된 SNP 스코어에 따른 ACS 질환자 및 흡연자 대조군의 분포를 나타낸다. 상기 15 SNP 패널은 표 30에 개시된 바와 같이 SNPs S1-S5 및 P1-PlO으로 구성된다. 다시, 각 감수성 SNP는 +1의 값으로 할당되며, 각 보호성 SNP는 -1의 값으로 할당된다. 도 2는 표 32에 개시된 데이터를 그래프로 나타내었다.
Figure 112008041256369-PCT00040
토의
상기 결과는 수개의 다형이 증가되거나 또는 감소된 ACS 발생 위험과 관련이 있다는 것을 보여준다. 이들 개체에 있어서 특징적인 값을 갖는 개개의 다형의 결합은 허용가능한 질병 예측을 제공하는 것과는 다르다. 그러나, 결합에서 상기 다형은 감수성 피험자와 내성을 가진 피험자(예를들면, ACS가 발생된 흡연자와 상응하는 흡연 노출을 갖는 최소의 위험을 갖는 흡연자)와 구별된다. 상기 다형은 유전자 발현을 변경하여 단백질을 합성하는 프로모터 다형과, 염증, 매트릭스 리모델링 및 사이토킨 활성을 포함하는 과정에 중심을 이루는 단백질을 코딩하는 다수의 유전자에서 아미노산 서열(및 유사한 발현 및/또는 기능)을 변경하는 것이 알려져 있는 외래 다형을 나타낸다.
ACS에 걸린 흡연자 및 ACS를 갖지 않은 매칭된 흡연자(흡연에도 불구하고 ACS에 있어서는 가장 낮은 위험)와 비교하여, 수개의 다형은 대조군 그룹에서 발견되는 것보다 굉장히 많거나 또는 적은 빈도로 발견된다. ACS 질환자의 작은 그룹에 의해서, 차이(P=0.06-0.25)에 대한 경향이 있는 다형은 분석에서 포함되며, 조합된 분석에서 가장 큰 차이를 갖는 다형만을 사용하였다.
Figure 112008041256369-PCT00041
키마제 1 유전자의 -1903 A/G 다형의 분석에서, GG 유전자형이 감수성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=1.9, P=0.004)에서 더 큰 것이 발견되었다(표 1 참조). G 대립유전자는 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연 그룹(OR=1.4, p=0.01)과 비교하여 ACS 그룹에서 상당히 큰 것을 발견하였다(표 1).
Figure 112008041256369-PCT00042
TGFB 1 유전자에서 -509 C/T의 분석에서, CC 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.5, p=0.05)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 2 참조). C 대립유전자는 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.4, p=0.05)과 비교하여 ACS 그룹에서 상당히 더 큰 것을 발견하였다(표 2).
Figure 112008041256369-PCT00043
MMP 12 유전자에서 -82 A/G 다형의 분석에서, GG 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=3.2, p=0.05)과 비교하여 ACS 그룹내 더 큰 것을 발견하였다(표 3 참조).
Figure 112008041256369-PCT00044
FGF2 유전자의 Ser52Ser (223 C/T) 다형의 분석에서, CT 및 TT 유전자형은 각각 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.5, p=0.08)과 비교하여 ACS 그룹내 더 큰 것을 발견하였다. T 대립유전자는 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.5, p=0.07)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다. 대조적으로, CC 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 것이 발견되었다(표 4).
Figure 112008041256369-PCT00045
IL4RA 유전자의 Q576R A/G 다형의 분석에서, GG 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=2.71, p=0.02)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 5 참조). G 대립유전자는 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.5, p=0.02)과 비교하여 ACS 그룹에서 상당히 더 큰 것을 발견하였다(표 5). 대조적으로, AA 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.47, p=0.05)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 5 참조).
Figure 112008041256369-PCT00046
LTA 유전자의 Thr26Asn A/C 다형의 분석에서, CC 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.66, p=0.04)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 6 참조).
Figure 112008041256369-PCT00047
HSP 70 유전자의 HOM T2437C C/T 다형의 분석에서, CC 및 CT 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.66, p=0.04)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 7 참조). C 대립유전자는 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.65, p=0.02)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다. 대조적으로, TT 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 7 참조).
Figure 112008041256369-PCT00048
TLR4 유전자의 Asp299Gly A/G 다형의 분석에서, AG 및 GG 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.54, p=0.07)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 8a 참조). 대조적으로, AA 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 8a 참조).
Figure 112008041256369-PCT00049
TLR4 유전자의 Thr399Ile C/T 다형의 분석에서, CT 및 TT 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=O.54, p=0.06)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 8b 참조). 대조적으로, CC 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 8b).
Figure 112008041256369-PCT00050
IFNG 유전자의 874 A/T 다형의 분석에서, TT 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=O.57, p=0.03)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 9 참조).
Figure 112008041256369-PCT00051
NFKBIL1 유전자의 -63 T/A 다형의 분석에서, AA 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.73, p=0.10)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 10 참조).
Figure 112008041256369-PCT00052
PDGFRA 유전자의 -1630 Ins/Del (AACTT/Del) 다형의 분석에서, Ins Del 및 Del Del 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=O.68, p=0.05)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 11). 대조적으로, Ins Ins는 감수성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 11 참조).
Figure 112008041256369-PCT00053
IL-4 유전자의 -589 C/T 다형의 분석에서, CT 및 TT 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.68, p=0.11)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 12 참조). 대조적으로, CC 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 12).
Figure 112008041256369-PCT00054
MMP1 유전자의 -1607 1G/2G 다형의 분석에서, 1G1G 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.4, p=0.12)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 13 참조).
Figure 112008041256369-PCT00055
PDGFA 유전자의 12 IN 5 C/T 다형의 분석에서, TT 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.4, p=0.14)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 14 참조).
Figure 112008041256369-PCT00056
GCLM 유전자내 -588 C/T 다형의 분석에서, CT 및 TT 유전자형은 각각 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.4, p=0.13)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 15 참조). 대조적으로, CC 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 15 참조).
Figure 112008041256369-PCT00057
OR13G1 유전자의 Ile132Val A/G 다형의 분석에서, AA 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.4, p=0.14)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 16).
Figure 112008041256369-PCT00058
Il-10 유전자의 -1084 A/G 다형의 분석에서, GG 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.74, p=0.19)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 17 참조).
Figure 112008041256369-PCT00059
α1-AT 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S) 다형의 분석에서, AT 및 TT 유전자형은 각각 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.5, P=O.16)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 18 참조).
Figure 112008041256369-PCT00060
ICAM1 유전자에서 K469E A/G 다형의 분석에서, AA 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.70, p=0.09)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 19 참조).
Figure 112008041256369-PCT00061
BAT1 유전자의 -23 C/G 다형의 분석에서, GG 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.71, p=0.09)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 20 참조).
Figure 112008041256369-PCT00062
산화질소 생성효소 3 유전자의 Glu298Asp (G/T) 다형의 분석에서, GG 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.72, p=0.09)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 21 참조).
Figure 112008041256369-PCT00063
SOD3 유전자의 Arg213Gly C/G 다형의 분석에서, CG 및 GG 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.23, p=0.13)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 22 참조).
Figure 112008041256369-PCT00064
PAI-1 유전자의 -668 Del/G (4G/5G) 다형의 분석에서, 5G5G 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.72, p=0.19)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 23 참조).
Figure 112008041256369-PCT00065
MIP1A 유전자의 459 C/T 다형의 분석에서, CT 및 TT 유전자형은 각각 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.31, p=0.18)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 24 참조). T 대립유전자는 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.33, p=0.09)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 24).
Figure 112008041256369-PCT00066
MMP7 유전자의 -181 A/G 다형의 분석에서, GG 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.70, p=0.19)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 25 참조).
Figure 112008041256369-PCT00067
카테스핀 G 유전자의 Asn125Ser A/G 다형의 분석에서, AG 및 GG 유전자형은 각각 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.58, P=O.12)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 26 참조). 대조적으로, AA 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 것을 발견하였다(표 26).
Figure 112008041256369-PCT00068
CX3CR1 유전자의 I249 V C/T 다형의 분석에서, TT 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.5, p=0.15)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 27).
Figure 112008041256369-PCT00069
N0D2 유전자에서 Gly881 Arg G/C 다형의 분석에서, CC 및 CG 유전자형은 각각 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=2.1, p=0.15)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 28 참조).
Figure 112008041256369-PCT00070
TIMP1 유전자의 372 T/C 다형의 분석에서, TT 유전자형은 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.27, p=0.00005)와 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 29 참조). T 대립유전자는 또한 보호성 역할과 일치하는 ACS 그룹(OR=0.61, p=0.0004)과 비교하여 내성 흡연자 그룹에서 상당히 더 큰 것을 발견하였다(표 29). 대조적으로, CC 유전자형은 감수성 역할과 일치하는 내성 흡연자 그룹(OR=1.4, p=0.06)과 비교하여 ACS 그룹에서 더 큰 것을 발견하였다(표 29 참조).
ACS에 대한 경향은 담배 연기를 포함하는 다양한 공기 오염물에 대해 노출된 기간을 포함하며 개체의 유전자 메이크업 및 다른 인자의 조합된 효과의 결과인 것으로 받아들여진다. 유사하게, ACS는 수개의 혈관 질환을 포함하는 것으로 받아들여진다. 본원에서 데이터는 수개의 유전자가 ACS 발생에 원인이 되는 것으로 나타낸다. 맥관 구조의 손상을 촉진하거나 보호하는 것이 조합된 다수의 유전자 돌연변이 작업은 ACS에 대한 높은 내성 또는 감수성에서 포함될 수 있다.
개체의 다형의 분석으로부터, 20개의 감수성 유전자형 및 20개의 보호성 유전자형이 확인되었고 내성 흡연자로 구성된 흡연자 그룹 및 ACS를 가진 그룹에서 이들의 빈도에 대해 분석하였다. 이전에 정의된 알고리듬에서, 감수성 유전자형의 존재는 +1이며, 보호성 유전자형의 존재는 -1이고, ACS SNP 스코어는 각 피험자에 대해서 발생되어진다. 11 SNP 패널에 대한 참고로 발생된 ACS SNP 스코어는 ACS를 갖는 빈도에 관한 것이다. 예를들면, ACS를 가질 가능성은 SNP 스코어 +2를 갖는 흡연자에서 58%로부터 SNP 스코어 -4 이하를 갖는 흡연자에서 5%로 감소된다(표 31 및 도 1 참조). 표 30에 개시된 바와 같이 SNP S1-S5 및 P1-P10으로 구성된 15 SNP 패널에 의한 추가의 분석에서, ACS를 가질 가능성은 SNP 스코어 2 이상을 갖는 흡연자에서 84%로부터 SNP 스코어 -6 이하를 갖는 흡연자에서 0%로 감소된다(표 32 및 도 2 참조).
또한, ACS를 가진 로그 오드(log odd)는 ACS SNP와 직접 관련이 있으며, SNP 스코어가 더 커지면, 급성 관상동맥 증후군의 가능성이 더 커진다(도 3 참조). C 통계량(시험의 민감성 및 특이성을 최적화하는 수신기 오퍼레이터 곡선의 곡선하 면적과 동일함)의 예비 분석으로부터, C 통계량 값은 하기와 같다: SNP 스코어 단독=0.65, SNP 스코어/나이=0.74, SNP 스코어/BMI/성=0.78 및 SNP 스코어/BMI/성/나이=0.93.
그러므로, ACS SNP 스코어는 독립적으로 ACS와 결합되며, 단독으로 또는 ACS의 위험을 평가하기위한 비(非)유전성 위험 인자 및 급성 관상동맥 증상과 결합하여 사용될 수 있다.
상기 발견은 본 발명의 방법이 증상이 나타나기 전에 개체에서 ACS를 예측할 수 있음을 나타낸다.
그러므로, 상기 발견은 본원에서 기술된 바와 같이 치료적 중재 및/또는 치료 요양에 대한 기회를 나타낸다. 간단하게, 상기 중재 또는 요양은 피험자에게서 라이프사이클을 변경하도록 하는 것을 포함하며, 치료 방법은 정상 돌연변이 유전자 발현 또는 유전자 생성물 기능에 관한 것이다. 예를들면, 본원에 기술된 바와 같이, PAI-1 유전자의 프로모터에서 -675 5G5G 유전자형이 감소된 ACS 발생 위험과 관련되어 있다. 5G 대립유전자는 증가된 억제자 단백질의 결합 및 감소된 유전자 전사와 관련되어 있다. -675 4G4G 유전자형을 갖는 개체에 있어서 적당한 치료법은 억제자의 수준을 증가시키고/시키거나 억제자의 결합을 향상시킬 수 있는 제제를 투여하고 전사에 있어서 하향조절 효과를 증대시킬 수 있다. 선택적 치료법으로는 유전자 요법, 예를들면 -675 4G4G 유전자형을 갖는 PAI-1 유전자를 결합하기위한 증가된 친화성을 갖는 억제자를 코딩하는 유전자의 1 이상의 부가의 카피를 도입하는 것을 포함한다. 또다른 실시예에서, 본원에서 개시된 바와 같이, MMP12를 코딩하는 유전자의 프로모터에서 -82 A/G GG 유전자형은 ACS에 대한 감수성과 관련이 있다. 다수의 매트릭스 메탈로프로티나제의 저해제가 US 6,600,057(이의 전문이 본원에 통합됨)에서 기술된 바와 같이 공지되어 있으며, 가령 TIMP1, TIMP2, TIMP3 및 TIMP4를 포함하는 메탈로프로티나제의 조직 저해제(TIMP)를 포함하며, MMP와 비활성 착체를 형성하며, 통상의 프로테나제 조절제는 MMP 작용을 방지하며, 분비된 MMP의 프로엔자임 형태를 활성화하는 막 결합 MMP(MT-MMP) 및 4,5-디히드록시안트라퀴논-2-카르복실산(AQCA) 및 이들의 유도체와 같은 화합물을 포함하는 MMP 유전자 발현 조절제를 포함한다. -82 A/G GG 유전자형을 포함하는 것으로 알려져 있는 피험자에서 적당한 요법은 MMP12를 코딩하는 유전자의 발현을 감소시킬 수 있는 제제를 투여하거나 또는 MMP12의 활성을 감소시킬 수 있는 제제를 투여하거나, 예를들면 1 이상의 TIMP의 발현 또는 활성을 증가시킬 수 있는 제제를 투여하거나, 또는 1 이상의 막 결합 MMP 또는 다른 MMP12의 활성인자의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있는 제제를 투여할 수 있다. 예를들면, 적당한 치료법은 MMP1 저해제, 가령 4,5-디히드록시안트라퀴논-2-카르복실산(AQCA), 안트라퀴닐-머캅토에틸아민, 안트라퀴닐-알라닌 히드록사메이트, 또는 이들의 유도체를 피험자에게 투여하는 것이다. 유사하게, TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C CC 유전자형은 ACS에 대한 감수성과 관련이 있다. 372 T/C CC 유전자형을 포함하는 것으로 공지된 피험자에서 적당한 치료법은 TIMP1를 코딩하는 유전자의 발현을 조절하고, 바람직하게는 증가시킬 수 있는 제제를 투여할 수 있다.
또다른 실시예에서, 주어진 감수성 유전자형은 보호성 유전자형이 관찰된 것에 대해서 증가된 유전자 발현과 관련이 있다. 감수성 유전자형을 포함하는 것으로 공지된 피험자에서 적당한 치료법은 유전자의 발현을 감소시킬 수 있는 제제, 예를들면 안티센스 또는 RNAi 방법을 사용하여 투여할 수 있다. 선택적으로 적당한 치료법은 유전자 생성물의 저해제를 피험자에게 투여할 수 있다. 또다른 실시예에서, 유전자의 프로모터내에 존재하는 감수성 유전자형은 증가된 억제제 단백질의 결합 및 감소된 유전자 전사와 관련이 있다. 적당한 치료법은 억제제 수준을 감소시키고/시키거나 억제제의 결합을 방지하여 전사에서 하향조절 효과를 경감시킬 수 있는 제제를 투여하는 것이다. 선택적 치료법은 유전자 치료법, 예를들면 억제제 결합에 있어서 감소된 친화성을 갖는 유전자의 1 이상의 부가의 카피(copy)를 도입하는 것을 포함할 수 있다(예를들면, 보호성 유전자형을 갖는 유전자 카피).
상기 치료법에 사용되기에 적당한 방법 및 제제는 당분야에 잘 알려져 있으며, 본원에서 토의되었다.
본원에서 기술된 바와 같은 감수성 및 보호성 다형의 확인은 예방 및/또는 치료 방법에서 이들의 효과를 평가하기위해서 후보 화합물을 스크린할 기회를 제공한다. 상기 스크리닝 방법은 후보 화합물의 범위가 감수성 다형의 유전자형 또는 표현형 효과를 역행 또는 대항하는 역량, 또는 보호성 다형의 유전자형 또는 표현형 효과를 모방 또는 복제하는 역량을 갖는 것을 확인하는 단계를 포함한다.
또한, 이용가능한 예방 또는 치료 접근법에 대해 피험자의 반응을 평가하는 방법이 제공된다. 상기 방법은 이용가능한 치료적 접근법은 피험자의 통상의 나이 및 성별의 범위내에 있도록 과량이거나 또는 결핍된 발현된 유전자의 생성물의 생리 활성 농도를 복구시키는 것을 포함한다. 상기 경우에, 상기 방법은 상기 과량이거나 결핍된 상태를 극복하기위해서 유전자 발현을 상향조절하거나 또는 하향조절하는 경우 감수성 다형의 존재 여부를 검출하는 단계를 포함하며, 상기 다형이 존재하는 피험자는 치료에 더 반응한다.
실시예 2
본 실시예는 ACS의 위험과 관련이 있는 본원에서 확인된 SNP를 연쇄 불평형에서 SNP로 치환하며, 상기 SNP는 SNP 스코어를 유도하는 상응하는 용도를 갖는 것을 보여준다. 여기서, 선택적 SNP가 사용되어 LD내 SNP가 본원에서 인용된 특이적 SNP로 치환되는 경우 SNP 스코어를 유도할 수 있다. 상기를 설명하기위해서, TLR4 Asp299Gly A/G SNP는 11 SNP 패널에서 TLR4 Thr399Ile C/T SNP로 치환된다. 상기 2개의 SNP는 연쇄 불평형에 있다고 보고되었다(Asp299Gly 다형의 G 대립유전자는 Thr399Ile 다형의 T 대립유전자와 거의 항상 반복적으로 함께 분리됨). 상기 함께 분리하는 것은 하기 표 33에 개시되어 있으며, Asp299Gly 다형과 Thr399Ile 다형의 유전자형들 사이의 99% 일치성이 있다(제노타이핑 "실패(fails)"는 배제됨).
Figure 112008041256369-PCT00071
표 34는 TLR4 Asp299Gly SNP는 11 SNP 패널에 있어서 TLR4 Thr399Ile SNP로 대체되는 경우 ACS와 대조군에서 SNP 스코어의 분포를 나타낸다. 상기 SNP 스코어를 유도하는 경우, 상기는 AG/GG 유전자형(보호성=+1)에 대한 스코어를 CT/TT 유전자형(보호성=+1)에 대한 스코어로 치환하는 것을 의미하며, 상기 스코어를 후자로 계산하는 것을 의미한다. 표 34에서 색칠한 칸은 표 31에 개시된 상응하는 그룹에 대한 차이를 확인한다. 도 4에 도시된 그래프는 스코어를 그래프로 나타낸 것이며, 이는 도 1의 것과 유사하다.
Figure 112008041256369-PCT00072
그러므로, SNP 스코어를 유도하기위해서 본원에서 사용된 SNP를 갖는 LD내에 있는 SNP는 LD내 SNP로 치환되어 임상적으로 의미있는 스코어를 유도한다.
하기 표 35는 표 30에 명시된 다형과 연쇄 불평형인 다형의 대표적인 예를 나타낸다. 상기 다형의 예로는 공공의 데이터베이스를 사용하여 위치되며, 예를들면 www.hapmap.org.에서 이용할 수 있다. 명시된 다형은 괄호에서 나타내었다. 당분야의 통상의 지식을 가진 사람은 인식할 수 있으며, 제공된 rs 수는 각 다형에 대해서 독특한 식별자이다.
상기 결과는 본원에서 인용된 SNP를 갖는 LD내 SNP, 가령 표 35에서의 SNP가 유사한 임상 용도로 SNP 스코어에서 사용될 수 있는 것을 볼 수 있다.
Figure 112008041256369-PCT00073
Figure 112008041256369-PCT00074
Figure 112008041256369-PCT00075
Figure 112008041256369-PCT00076
Figure 112008041256369-PCT00077
Figure 112008041256369-PCT00078
Figure 112008041256369-PCT00079
Figure 112008041256369-PCT00080
Figure 112008041256369-PCT00081
본 발명은 피험자의 ACS 발생 위험을 평가하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 증가되거나 또는 감소된 ACS 발생 위험과 관련된 것으로 본원에 개시된 다형의 분석, 또는 상기 분석으로부터 수득된 결과의 분석을 포함한다. 피험자의 위험을 평가하는데 증가되거나 또는 감소된 ACS 발생 위험과 관련된 것으로 본원에 개시된 다형의 용도가 제공되며, 상기 평가에 적당한 뉴클레오티드 프로브 및 프라이머, 키트 및 마이크로어레이에 사용된다. 본원에 개시된 다형을 갖는 피험자를 치료하는 방법을 제공한다. 또한, 본원에 개시된 다형과 관련된 유전자의 발현을 조절할 수 있는 화합물을 스크리닝하는 방법을 제공한다.
본원에 참고되거나 또는 언급된 모든 특허, 공보, 과학 문헌 및 기타 문헌 및 물질은 본 발명이 관련된 당분야의 통상의 지식을 가진 사람의 수준의 지표이며, 상기 참고된 문헌 및 물질은 개별적으로 전문에 통합되거나 또는 본원에 전문이 개시될 수 있는 경우 동일한 정도로 통합된다. 출원인은 상기 특허, 공보, 과학 문헌, 웹 사이트, 전자적으로 이용가능한 정보, 및 다른 참고 물질 또는 문헌으로부터의 모든 물질 및 정보를 본 명세서에 통합시킬 수 있다.
본원에 명시된 특정 방법 및 조성물은 다양한 실시양태 또는 바람직한 실시양태의 대표적이며, 단지 예시적이며, 본 발명의 범위를 제한하지 않는다. 기타 목적, 측면, 실시예 및 실시양태가 본 명세서의 의견에 따라 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 이해될 수 있으며, 청구의 범위에 의해서 정의된 바와 같이 본 발명의 정신안에 포함된다. 다양한 치환 및 변형은 본 발명의 범위 및 정신으로부 터 벗어나지 않고 본원에 기술된 방법으로 제조될 수 있다는 것은 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게는 명백할 것이다. 본원에 개시된 설명적 방법은 요소 또는 요소들, 또는 제한 또는 제한들의 부재하에 예측할 수 있으며, 본질적으로 본원에 명시적으로 개시하지 않았다. 그러므로, 예를들면 본원의 예에서, 본 발명의 실시양태 또는 실시예에서, 용어인 "포함하는(comprising)", "본질적으로 구성된(consisting essentially of)" 및 "구성되는(consisting of)"는 명세서에서 다른 2개의 용어들 중 하나로 대체되며, 그러므로 다른 범위를 갖는 본 발명의 다양한 선택적 실시양태의 부가의 실시예를 나타낸다. 또한, 용어인 "포함하는(comprising)", "갖는(including)", "함유하는(containing)" 등은 제한 없이 광범위하게 해석될 수 있다. 본원에 설명적으로 개시된 방법 및 공정은 상이한 단계 순서로 실시될 수 있으며, 이들은 본원 및 청구의 범위에 명시된 단계의 순서를 필수적으로 제한하지 않는다. 본원 및 첨부된 청구의 범위에 사용된 바와 같이, 단수 형태 "a", "an" 및 "the"는 달리 명시하지 않는 한 복수 형태를 포함한다. 그러므로, 예를들면 "숙주 세포(host cell)"는 상기 숙주 세포들의 복수 형태를 포함한다(예를들면, 배양 또는 개체). 본원에 명시된 바와 같은 특정 실시예 또는 실시양태 또는 방법에 본 발명이 제한되는 것으로 해석될 수 없다. 본 특허는 출원인에 의해서 쓰여진 의견서에서 광범위하게 채택된 자격 또는 조건 없이 상기 명시가 달리 언급되지 않는 한 특허청의 심사관 또는 기타 직원에 의해서 만들어진 의견에 의해서 제한되는 것으로 해석될 수 없다.
사용된 용어 및 표현은 명세서에서 사용되었으며, 이에 제한되지 않으며, 본 원에 개시된 특징, 또는 이의 일부에 균등하게 배제하기위해서 상기 용어 및 발현을 사용하지만, 다양한 변형은 청구된 본 발명의 범위안에서 가능하다. 그러므로, 본 발명은 바람직한 실시양태 및 선택적 특징에 의해서 명시적으로 개시되었음에도 불구하고, 본원에 개시된 개념의 변형 또는 변화는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에 의해서 실시될 수 있으며, 변형 및 변이는 첨부된 청구의 범위에 의해서 정의된 바와 같이 본 발명의 범위안에서 고려될 수 있다.
SEQUENCE LISTING <110> Synergenz Bioscience Limited <120> Methods and Compositions for the Assessment of Cardiovascular Function and Disorders <130> 550282 <150> NZ 543520 <151> 2005-11-10 <150> NZ 543985 <151> 2005-12-06 <150> NZ 549951 <151> 2005-09-15 <160> 124 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 1 acgttggatg aaggctctga agacctgttc 30 <210> 2 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 2 acgttggatg atccggatta tcgggaagag 30 <210> 3 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 3 acgttggatg cttggtgatg atatcgtggg 30 <210> 4 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 4 acgttggatg tcttcttcct gcctgatgag 30 <210> 5 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 5 acgttggatg aaacggtcgc ttcgacgtg 29 <210> 6 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 6 acgttggatg gggcagaagg aagagttc 28 <210> 7 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial <220> 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ggtggttcat aa 22 <210> 62 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 62 ccacacatat ggtggttcat aac 23 <210> 63 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 63 tagatcaagg gatgatatca act 23 <210> 64 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 64 tagatcaagg gatgatatca acta 24 <210> 65 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 65 catacttaga ctactacctc gatg 24 <210> 66 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 66 catacttaga ctactacctc gatga 25 <210> 67 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 67 ctttcctctt acctatccct acttcccc 28 <210> 68 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 68 ctttcctctt acctatccct acttccccc 29 <210> 69 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 69 acattcacgg tcacct 16 <210> 70 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> Synthetic <400> 70 acattcacgg tcacctc 17 <210> 71 <211> 16 <212> DNA <213> 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Claims (50)

  1. 피험자의 급성 관상동맥 증후군(ACS) 발생 위험을 측정하는 방법으로서,
    상기 방법은 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형(polymorphism) 또는 상기 1 이상의 다형과 연쇄 불평형(linkage disequilibrium)인 1 이상의 다형의 존재 여부에 대해 피험자로부터의 시료를 분석하는 단계를 포함하며:
    키마제 1 (CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP 12)를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G;
    섬유아세포 성장 인자 2(Fibroblast growth factor 2, FGF2)를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T);
    인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G;
    열충격 단백질(Heat Shock Protein 70, HSP 70)을 코딩하는 유전자에서 HOM T2437C;
    인터루킨 γ(IFNG)을 코딩하는 유전자에서 874 A/T;
    인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T;
    인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G (-1082);
    수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G;
    마크로파지 염증 단백질 1 알파(Macrophage inflammatory protein 1 alpha, MIP1A)를 코딩하는 유전자에서 459 C/T 인트론 I;
    카텝신(Cathepsin) G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser A/G;
    케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자에서 I249V C/T;
    카스파제(Caspase)(NOD2)를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C; 또는
    메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(Tissue inhibitor of metalloproteinase 1, TIMP1)를 코딩하는 유전자에서 372 T/C;
    상기 1 이상의 다형의 존재 여부는 피험자의 ACS 발생 위험의 지표(indicative)인 것을 특징으로 하는 방법.
  2. 제 1 항에 있어서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형의 존재는 감소된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법:
    FGF2를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T) CC 유전자형;
    IL4RA를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G AA 유전자형;
    HSP70을 코딩하는 유전자에서 Hom T2437C CC 또는 CT 유전자형;
    IFNG를 코딩하는 유전자에서 874 A/T TT 유전자형;
    IL-4를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T CT 또는 TT 유전자형;
    IL-10을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G GG 유전자형;
    SOD3을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G CG 또는 GG 유전자형;
    카텝신 G을 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AG 또는 GG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C TT 유전자형.
  3. 제 1 항에 있어서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형의 존재는 증가된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법:
    CMA1을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G GG 유전자형;
    MMP12를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G GG 유전자형;
    MIP1A를 코딩하는 유전자에서 +459 C/T 인트론 1 CT 또는 TT 유전자형;
    카텝신 G을 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AA 유전자형;
    CX3CR1을 코딩하는 유전자에서 I249V TT 유전자형;
    N0D2를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C CC 또는 CG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C CC 유전자형.
  4. 제 1 항에 있어서,
    상기 방법은 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형 또는 상기 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형의 존재 여부에 대해 상기 시료를 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법:
    변이 성장 인자 β1(Transforming growth factor β1, TGFB1)을 코딩하는 유전자에서 -509 C/T;
    림포톡신 α(Lymphotoxin α, LTA)를 코딩하는 유전자에서 Thr26Asn A/C;
    톨 유사 수용체 4(Toll-like Receptor 4, TLR4)를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T;
    B 세포 저해제형 1에서 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서의 핵 인자(Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor-like 1, NFKBIL1)를 코딩하는 유전자에서 -63 T/A;
    혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(Platelet derived growth factor receptor alpha, PDGFRA)를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del);
    매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자에서 -1607 1G/2G (Del/G);
    혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자에서 12 IN 5 C/T;
    글루타메이트-시스테인 리가아제 변형유전자 서브유니트(Glutamate-cysteine ligase modifier subunit, GCLM)를 코딩하는 유전자에서 -588 C/T;
    후각 수용체 유사체 OR13G1(Olfactory receptor analogue OR13G1, 0R13G1)을 코딩하는 유전자에서 Ile132Val A/G;
    알파 1-안티트립신(α1-AT)을 코딩하는 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S);
    세포내 접촉 분자 1(Intracellular adhesion molecule 1, ICAM1)을 코딩하는 유전자에서 K469E A/G;
    HLA-B 관련 트란스크립트 1(HLA-B associated transcript 1, BAT1)을 코딩하는 유전자에서 -23 C/G;
    산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자에서 Glu298Asp G/T;
    플라스미노겐 활성 저해제(Plasminogen activator inhibitor 1, PAI-1)를 코딩하는 유전자에서 -668 4G/5G; 또는
    매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자에서 -181 A/G
  5. 제 4 항에 있어서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형의 존재는 감소된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법:
    FGF2를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T) CC 유전자형;
    IL4RA를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G AA 유전자형;
    LTA를 코딩하는 유전자에서 Thr26Asn A/C CC 유전자형;
    HSP70을 코딩하는 유전자에서 Hom T2437C CC 또는 CT 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G AG 또는 GG 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T CT 또는 TT 유전자형;
    IFNG를 코딩하는 유전자에서 874 A/T TT 유전자형;
    NFKBIL1을 코딩하는 유전자에서 -63 T/A AA 유전자형;
    PDGFRA를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del) Ins/Del 또는 Del/Del 유전자형;
    IL-4를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T CT 또는 TT 유전자형;
    GCLM을 코딩하는 유전자에서 -588 C/T CC 유전자형;
    IL-10을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G GG 유전자형;
    ICAM1을 코딩하는 유전자에서 K469E A/G AA 유전자형;
    BAT1을 코딩하는 유전자에서 -23 C/G GG 유전자형;
    NOS3을 코딩하는 유전자에서 Glu298Asp G/T GG 유전자형;
    SOD3을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G CG 또는 GG 유전자형;
    PAI-1을 코딩하는 유전자에서 -668 4G/5G 5G5G 유전자형;
    MMP7을 코딩하는 유전자에서 -181 A/G GG 유전자형;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AG 또는 GG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C TT 유전자형.
  6. 제 4 항 또는 제 5 항에 있어서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형의 존재는 증가된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법:
    CMA1을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G GG 유전자형;
    TGFB1을 코딩하는 유전자에서 -509 C/T CC 유전자형;
    MMP12를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G GG 유전자형;
    FGF2를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T) CT 또는 TT 유전자형;
    IL4RA를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G GG 유전자형;
    HSP70을 코딩하는 유전자에서 Hom T2437C TT 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G AA 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T CC 유전자형;
    PDGFRA를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del) Ins Ins (AACTT AACTT) 유전자형;
    IL4를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T CC 유전자형;
    MMP1을 코딩하는 유전자에서 -1607 1G/2G (Del/G) Del Del (1G 1G) 유전자형;
    PDGFA를 코딩하는 유전자에서 12 IN5 C/T TT 유전자형;
    GCLM을 코딩하는 유전자에서 -588 C/T CT 또는 TT 유전자형;
    OR13G1을 코딩하는 유전자에서 Ile132Val A/G AA 유전자형;
    α1-AT를 코딩하는 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S) AT 또는 TT (MS 또는 SS) 유전자형;
    MIP1A를 코딩하는 유전자에서 +459 C/T 인트론 1 CT 또는 TT 유전자형;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AA 유전자형;
    CX3CR1을 코딩하는 유전자에서 I249V TT 유전자형;
    N0D2를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C CC 또는 CG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C CC 유전자형.
  7. 피험자의 ACS 발생 위험을 평가하는 방법으로서,
    상기 방법은
    (i) 감소된 ACS 발생 위험과 관련된 1 이상의 보호성 다형(protective polymorphism)의 존재 여부를 측정하는 단계; 및
    (ii) 1 이상의 보호성 다형의 부재하에, 증가된 ACS 발생 위험과 관련된 1 이상의 감수성 다형(susceptibility polymorphism)의 존재 여부를 측정하는 단계를 포함하며;
    상기 1 이상의 보호성 다형의 존재는 감소된 ACS 발생 위험의 지표이며, 1 이상의 보호성 다형의 부재와 1 이상의 감수성 다형의 존재의 조합은 증가된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  8. 제 7 항에 있어서,
    1 이상의 보호성 다형은 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 방법:
    FGF2를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T) CC 유전자형;
    IL4RA를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G AA 유전자형;
    LTA를 코딩하는 유전자에서 Thr26Asn A/C CC 유전자형;
    HSP70을 코딩하는 유전자에서 Hom T2437C CC 또는 CT 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G AG 또는 GG 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T CT 또는 TT 유전자형;
    IFNG를 코딩하는 유전자에서 874 A/T TT 유전자형;
    NFKBIL1을 코딩하는 유전자에서 -63 T/A AA 유전자형;
    PDGFRA를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del) Ins/Del 또는 Del/Del 유전자형;
    IL-4를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T CT 또는 TT 유전자형;
    GCLM을 코딩하는 유전자에서 -588 C/T CC 유전자형;
    IL-10을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G GG 유전자형;
    ICAM1을 코딩하는 유전자에서 K469E A/G AA 유전자형;
    BAT1을 코딩하는 유전자에서 -23 C/G GG 유전자형;
    NOS3을 코딩하는 유전자에서 Glu298Asp G/T GG 유전자형;
    SOD3을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G CG 또는 GG 유전자형;
    PAI-1을 코딩하는 유전자에서 -668 4G/5G 5G5G 유전자형;
    MMP7을 코딩하는 유전자에서 -181 A/G GG 유전자형;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AG 또는 GG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C TT 유전자형.
  9. 제 7 항 또는 제 8 항에 있어서,
    1 이상의 감수성 다형은 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 유전자형인 것을 특징으로 하는 방법:
    CMA1을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G GG 유전자형;
    TGFB1을 코딩하는 유전자에서 -509 C/T CC 유전자형;
    MMP12를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G GG 유전자형;
    FGF2를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T) CT 또는 TT 유전자형;
    IL4RA를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G GG 유전자형;
    HSP70을 코딩하는 유전자에서 Hom T2437C TT 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G AA 유전자형;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T CC 유전자형;
    PDGFRA를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del) Ins Ins (AACTT AACTT) 유전자형;
    IL4를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T CC 유전자형;
    MMP1을 코딩하는 유전자에서 -1607 1G/2G (Del/G) Del Del (1G 1G) 유전자형;
    PDGFA를 코딩하는 유전자에서 12 IN5 C/T TT 유전자형;
    GCLM을 코딩하는 유전자에서 -588 C/T CT 또는 TT 유전자형;
    OR13G1을 코딩하는 유전자에서 Ile132Val A/G AA 유전자형;
    α1-AT를 코딩하는 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S) AT 또는 TT (MS 또는 SS) 유전자형;
    MIP1A를 코딩하는 유전자에서 +459 C/T 인트론 1 CT 또는 TT 유전자형;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AA 유전자형;
    CX3CR1을 코딩하는 유전자에서 I249V TT 유전자형;
    NOD2를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C CC 또는 CG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C CC 유전자형.
  10. 제 7 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 있어서,
    1 이상의 감수성 다형의 존재에 관계 없이 2 이상의 보호성 다형의 존재는 감소된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  11. 제 7 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 있어서,
    보호성 다형의 부재하에 1 이상의 감수성 다형의 존재는 증가된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  12. 제 7 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 있어서,
    2 이상의 감수성 다형의 존재는 증가된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  13. 피험자의 ACS 발생 위험을 측정하는 방법으로서,
    상기 방법은 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 2 이상의 다형 또는 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형의 존재에 대해 피험자로부터의 시료를 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법:
    키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G;
    섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser(223 C/T);
    인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G;
    열충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자에서 HOM T2437C;
    인터페론 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자에서 874 A/T;
    인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T;
    인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G (-1082);
    수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G;
    마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자에서 459 C/T 인트론 I;
    카텝신 G을 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser A/G;
    케모카인(CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자에서 I249V C/T;
    카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C;
    메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자에서 372 T/C;
    변이 성장 인자 β1(TGFB1)을 코딩하는 유전자에서 -509 C/T;
    림포톡신 α(LTA)를 코딩하는 유전자에서 Thr26Asn A/C;
    톨 유사 수용체 4(TLR4)를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T;
    B-세포 저해제형 1에서 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서(NFKBIL1)를 코딩하는 유전자에서 -63 T/A;
    혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(PDGFRA)를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del);
    매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자에서 -1607 1G/2G (Del/G);
    혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자에서 12 IN 5 C/T;
    글루타메이트-시스테인 리가아제 변형유전자 서브유니트(GCLM)를 코딩하는 유전자에서 -588 C/T;
    후각 수용체 유사체 OR13G1(OR13G1)을 코딩하는 유전자에서 Ile132Val A/G;
    알파 1-안티트립신(α1-AT)을 코딩하는 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S);
    세포내 접촉 분자 1(ICAM1)을 코딩하는 유전자에서 K469E A/G;
    HLA-B 관련 트란스크립트 1(BAT1)을 코딩하는 유전자에서 -23 C/G;
    산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자에서 Glu298Asp G/T;
    플라스미노겐 활성 저해제 1(PAI-1)을 코딩하는 유전자에서 -668 4G/5G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자에서 -181 A/G.
  14. 제 1 항 내지 제 13 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방법은 1 이상의 역학적 위험 인자를 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  15. 피험자의 ACS 발생 위험을 측정하는 방법으로서,
    상기 방법은
    (i) 상기 피험자로부터의 시료의 1 이상의 유전자 시험의 결과를 수득하는 단계; 및
    (ii) 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형 또는 상기 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형의 존재 여부에 대한 결과를 분석하는 단계를 포함하며:
    키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G;
    섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser(223 C/T);
    인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G;
    열 충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자에서 HOM T2437C;
    인터페론 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자에서 874 A/T;
    인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T;
    인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G (-1082);
    수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G;
    마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자에서 459 C/T 인트론 I;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser A/G;
    케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자에서 I249V C/T;
    카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C; 또는
    메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자에서 372 T/C;
    상기 1 이상의 다형의 존재 여부를 나타내는 결과는 피험자의 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  16. 제 15 항에 있어서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형의 존재를 나타내는 결과는 감소된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법:
    FGF2를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T) CC 유전자형;
    IL4RA를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G AA 유전자형;
    HSP70을 코딩하는 유전자에서 Hom T2437C CC 또는 CT 유전자형;
    IFNG를 코딩하는 유전자에서 874 A/T TT 유전자형;
    IL-4를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T CT 또는 TT 유전자형;
    IL-1O을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G GG 유전자형;
    SOD3을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G CG 또는 GG 유전자형;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AG 또는 GG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C TT 유전자형.
  17. 제 15 항에 있어서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형의 존재를 나타내는 결과는 증가된 ACS 발생 위험의 지표인 것을 특징으로 하는 방법:
    CMA1을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G GG 유전자형;
    MMP12를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G GG 유전자형;
    MIP1A를 코딩하는 유전자에서 +459 C/T 인트론 1 CT 또는 TT 유전자형;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser AA 유전자형;
    CX3CR1을 코딩하는 유전자에서 I249V TT 유전자형;
    NOD2를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C CC 또는 CG 유전자형; 또는
    TIMP1을 코딩하는 유전자에서 372 T/C CC 유전자형.
  18. 제 1 항 내지 제 17 항 중 어느 한 항에 따른 방법에 사용되는 1 이상의 뉴클레오티드 프로브(probe) 및/또는 프라이머(primer)로서,
    1 이상의 뉴클레오티드 프로브 및/또는 프라이머는 분석될 다형이 존재하는 유전자의 다형 영역을 스팬(span)하거나 또는 스팬하는데 사용될 수 있는 것을 특징으로 하는 1 이상의 뉴클레오티드 프로브 및/또는 프라이머.
  19. 제 18 항에 있어서,
    서열번호 1 내지 서열번호 124 중 어느 하나의 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 1 이상의 뉴클레오티드 프로브 및/또는 프라이머.
  20. 제 1 항에 따른 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형을 코딩하는 핵산 서열 또는 이의 상보 서열로 교잡(hybridizing)할 수 있는 핵산 서열을 제공하는 매트릭스를 포함하는 것을 특징으로 하는 핵산 마이크로어레이(microarray).
  21. 피험자의 ACS 발생 위험을 평가하는데 사용되는 1 이상의 다형의 용도로서,
    상기 1 이상의 다형은 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형 또는 상기 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 1 이상의 다형의 용도:
    키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G;
    섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T);
    인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G;
    열 충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자에서 HOM T2437C;
    인터페론 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자에서 874 A/T;
    인터루킨 4(IL-4)을 코딩하는 유전자에서 -589 C/T;
    인터루킨 10(IL-10)을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G (-1082);
    수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G;
    마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자에서 459 C/T 인트론 I;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser A/G;
    케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자에서 I249V C/T;
    카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C; 또는
    메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자에서 372 T/C.
  22. 제 21 항에 있어서,
    상기 용도는 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형 또는 상기 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형을 사용하는 것과 공동으로 사용하는 것을 특징으로 하는 용도:
    변이 성장 인자 β1(TGFB1)을 코딩하는 유전자에서 -509 C/T;
    림포독신 α(LTA)을 코딩하는 유전자에서 Thr26Asn A/C;
    톨 유사 수용체 4(TLR4)를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T;
    B-세포 저해제형 1에서 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서의 핵 인자(NFKBIL1)를 코딩하는 유전자에서 -63 T/A;
    혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(PDGFRA)를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del);
    매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자에서 -1607 1G/2G (Del/G);
    혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자에서 12 IN 5 C/T;
    글루타메이트-시스테인 리가아제 변형유전자 서브유니트(GCLM)를 코딩하는 유전자에서 -588 C/T;
    후각 수용체 유사체 OR13G1(OR13G1)을 코딩하는 유전자에서 Ilel32Val A/G;
    알파 1-안티트립신(αl-AT)을 코딩하는 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S);
    세포내 접촉 분자 1(ICAM1)을 코딩하는 유전자에서 K469E A/G;
    HLA-B 관련 트란스크립트 1(BAT1)을 코딩하는 유전자에서 -23 C/G;
    산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자에서 Glu298Asp G/T;
    플라스미노겐 활성 저해제 1(PAI-1)을 코딩하는 유전자에서 -668 4G/5G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자에서 -181 A/G.
  23. 증가된 ACS 발생 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법으로서,
    상기 피험자에서 제 8 항에서 정의된 그룹으로부터 선택된 보호성 다형의 존재 및/또는 작용효과를 유전자형 또는 표현형으로 복제하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  24. 증가된 ACS 발생 위험을 갖는 피험자를 치료하는 방법으로서,
    상기 피험자는 제 9 항에 정의된 그룹으로부터 선택되고 유전자 발현을 상향조절하거나 또는 하향조절하여 발현된 유전자 생성물의 생리 활성 농도가 피험자의 나이 및 성별의 통상의 범위를 벗어나게 하는 검출가능한 감수성 다형을 가지며, 상기 방법은 피험자의 나이 및 성별의 통상의 범위내로 유전자 발현 생성물의 생리 활성 농도를 회복시키는(restoring) 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  25. 피험자의 ACS 발생 위험을 측정하는 방법으로서,
    하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 2 이상의 다형 또는 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형을 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법:
    키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G;
    섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T);
    인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G;
    열 충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자에서 HOM T2437C;
    인터페론 γ(IFNG)을 코딩하는 유전자에서 874 A/T;
    인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T;
    인터루킨 10 (IL-1O)을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G (-1082);
    수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G;
    마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자에서 459 C/T 인트론 I;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser A/G;
    케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자에서 I249V C/T;
    카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C; 또는
    메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자에서 372 T/C;
    변이 성장 인자 β1(TGFB1)을 코딩하는 유전자에서 -509 C/T;
    림포톡신 α(LTA)를 코딩하는 유전자에서 Thr26Asn A/C;
    톨 유사 수용체 4(TLR4)를 코딩하는 유전자에서 Asp299Gly A/G;
    TLR4를 코딩하는 유전자에서 Thr399Ile C/T;
    B-세포 저해제형 1내 카파 라이트 폴리펩티드 유전자 인핸서의 핵 인자(NFKBIL1)를 코딩하는 유전자에서 -63 T/A;
    혈소판 유래 성장 인자 수용체 알파(PDGFRA)를 코딩하는 유전자에서 -1630 Ins/Del (AACTT/Del);
    매트릭스 메탈로프로티나제 1(MMP1)을 코딩하는 유전자에서 -1607 1G/2G (Del/G);
    혈소판 유래 성장 인자 알파(PDGFA)를 코딩하는 유전자에서 12 IN 5 C/T;
    글루타메이트-시스테인 리가아제 변형유전자 서브유니트(GCLM)를 코딩하는 유전자에서 -588 C/T;
    후각 수용체 유사체 OR13G1(OR13G1)을 코딩하는 유전자에서 Ile132Val A/G;
    알파 1-안티트립신(α1-AT)를 코딩하는 유전자에서 Glu288Val A/T (M/S);
    세포내 접촉 분자 1(ICAM1)을 코딩하는 유전자에서 K469E A/G;
    HLA-B 관련 트란스크립트 1(BAT1)을 코딩하는 유전자에서 -23 C/G;
    산화질소 생성효소 3(NOS3)을 코딩하는 유전자에서 Glu298Asp G/T;
    플라스미노겐 활성 저해제 1(PAI-1)을 코딩하는 유전자에서 -668 4G/5G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 7(MMP7)을 코딩하는 유전자에서 -181 A/G.
  26. 제 1 항 내지 제 17 항 또는 제 25 항 중 어느 한 항에 기재된 방법에 사용되는 항체 마이크로어레이로서,
    마이크로어레이는 제 2 항 또는 제 3 항에 정의된 감수성 다형 또는 보호성 다형과 결합하는 경우 발현이 상향조절되거나 또는 하향조절되는 유전자 발현 생성물에 결합될 수 있는 항체를 제공하는 매트릭스를 포함하는 것을 특징으로 하는 항체 마이크로어레이.
  27. 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물을 스크리닝(screening)하는 방법으로서,
    상기 발현은 제 2 항 또는 제 3 항에서 정의된 그룹으로부터 선택된 감수성 다형 또는 보호성 다형과 결합되는 경우 상향조절되거나 또는 하향조절되며, 상기 방법은 유전자의 발현을 상향조절하거나 또는 하향조절하는 것과 관련된 것으로 측정된 감수성 다형 또는 보호성 다형을 포함하는 세포와 후보 화합물을 접촉하는 단계; 및 상기 후보 화합물의 접촉 이후에 상기 유전자의 발현을 측정하는 단계를 포함하며; 접촉 단계 이전과 비교하여 접촉 단계 이후에 발현 수준에서 변화는 상기 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물 역량의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  28. 제 27 항에 있어서,
    상기 세포는 예비스크리닝되어 상기 다형의 존재가 확인된 사람의 혈관 세포 인 것을 특징으로 하는 방법.
  29. 제 27 항에 있어서,
    상기 세포는 예비스크리닝되어 상기 다형의 존재가 확인된 사람의 혈관 상피 세포인 것을 특징으로 하는 방법.
  30. 제 27 항 내지 제 29 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포는 상기 유전자 발현의 상향조절과 관련된 감수성 다형을 포함하며, 상기 유전자의 발현을 하향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  31. 제 27 항 내지 제 29 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포는 상기 유전자 발현의 하향조절과 관련된 감수성 다형을 포함하며, 상기 유전자의 발현을 상향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  32. 제 27 항 내지 제 29 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포는 상기 유전자 발현의 상향조절과 관련된 보호성 다형을 포함하며, 상기 유전자의 발현을 추가로 상향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  33. 제 27 항 내지 제 29 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포는 상기 유전자 발현의 하향조절과 관련된 보호성 다형을 포함하며, 상기 유전자의 발현을 추가로 하향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  34. 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물을 스크리닝하는 방법으로서,
    상기 발현은 제 2 항 또는 제 3 항에서 정의된 그룹으로부터 선택된 감수성 다형 또는 보호성 다형과 결합되는 경우 상향조절되거나 또는 하향조절되며, 상기 방법은 후보 화합물을 그 발현은 감수성 다형 또는 보호성 다형과 관련되는 경우 상향조절되거나 또는 하향조절되지만, 세포에서 발현은 상향조절되거나 또는 하향조절되지 않는 유전자를 포함하는 세포와 접촉하는 단계; 및
    상기 후보 화합물과 접촉한 이후에 상기 유전자의 발현을 측정하는 단계를 포함하며;
    접촉 단계 이전과 비교하여 접촉 단계 이후에 발현 수준에서 변화는 상기 유전자의 발현 및/또는 활성을 조절하는 화합물 역량의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  35. 제 34 항에 있어서,
    상기 세포는 예비스크리닝되어 상기 유전자의 발현의 존재 및 발현의 기준 수준이 확인된 사람의 혈관 세포인 것을 특징으로 하는 방법.
  36. 제 34 항에 있어서,
    상기 세포는 예비스크리닝되어 상기 유전자의 발현의 존재 및 발현의 기준 수준이 확인된 사람의 혈관 상피 세포인 것을 특징으로 하는 방법.
  37. 제 34 항 내지 제 36 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 유전자의 발현은 감수성 다형과 결합되는 경우 하향조절되며, 상기 세포에서 상기 유전자의 발현을 상향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  38. 제 34 항 내지 제 36 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 유전자의 발현은 감수성 다형과 결합되는 경우 상향조절되며, 상기 세포에서 상기 유전자의 발현을 하향조절하는 후보 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  39. 제 34 항 내지 제 36 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 유전자의 발현은 보호성 다형과 결합되는 경우 상향조절되며, 상기 세포에서 상기 유전자의 발현을 상향조절하는 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  40. 제 34 항 내지 제 36 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 유전자의 발현은 보호성 다형과 결합되는 경우 하향조절되며, 상기 세포에서 상기 유전자의 발현을 하향조절하는 화합물에 대해서 스크리닝하는 것을 특징으로 하는 방법.
  41. ACS가 될 경향이 있거나 또는 ACS로 진단된 피험자가 예방 및 치료에 대한 반응을 평가하는 방법으로서,
    상기 치료는 유전자 발현 생성물의 생리 활성 농도를 피험자의 나이 및 성별의 통상의 범위내로 회복시키는 단계를 포함하며, 상기 방법은 상기 피험자에서 존재시에 유전자의 발현을 상향조절하거나 또는 하향조절하여 발현된 유전자 생성물의 생리 활성 농도가 통상의 범위 밖에 있게 되는 제 3 항에 따른 그룹으로부터 선택되는 감수성 다형의 존재를 검출하는 단계를 포함하며, 상기 다형의 존재의 검출은 상기 치료에 대한 피험자의 반응의 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  42. 질환자의 ACS 발생 위험을 평가하기 위한 키트(kit)로서,
    상기 키트는 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된 1 이상의 다형 또는 상기 1 이상의 다형과 연쇄 불평형인 1 이상의 다형의 존재 여부에 대해서 피험자로부터의 시료를 분석하는 수단을 포함하는 것을 특징으로 하는 키트:
    키마제 1(CMA1)을 코딩하는 유전자에서 -1903 A/G;
    매트릭스 메탈로프로티나제 12(MMP12)를 코딩하는 유전자에서 -82 A/G;
    섬유아세포 성장 인자 2(FGF2)를 코딩하는 유전자에서 Ser52Ser (223 C/T);
    인터루킨 4 수용체 알파(IL4RA)를 코딩하는 유전자에서 Q576R A/G;
    열 충격 단백질 70(HSP 70)을 코딩하는 유전자에서 HOM T2437C;
    인터페론 γ(IFNG)를 코딩하는 유전자에서 874 A/T;
    인터루킨 4(IL-4)를 코딩하는 유전자에서 -589 C/T;
    인터루킨 10(IL-1O)을 코딩하는 유전자에서 -1084 A/G (-1082);
    수퍼옥사이드 디스뮤타제 3(SOD3)을 코딩하는 유전자에서 Arg213Gly C/G;
    마크로파지 염증 단백질 1 알파(MIP1A)를 코딩하는 유전자에서 459 C/T 인트론 I;
    카텝신 G를 코딩하는 유전자에서 Asn 125 Ser A/G;
    케모카인 (CX3C 모티프) 수용체 1(CX3CR1)을 코딩하는 유전자에서 I249V C/T;
    카스파제(NOD2)를 코딩하는 유전자에서 Gly 881 Arg G/C; 또는
    메탈로프로티나제 1의 조직 저해제(TIMP1)를 코딩하는 유전자에서 372 T/C.
  43. 증가된 ACS 발생 위험을 갖고 MMP12를 코딩하는 유전자의 프로모터내에 존재하는 -82 A/G 다형에서 GG 유전형의 존재가 측정된 피험자의 치료 방법으로서,
    상기 방법은 상기 피험자에서 MMP12 활성을 조절할 수 있는 제제를 상기 피험자에게 투여하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  44. 제 43 항에 있어서,
    상기 제제는 1 이상의 메탈로프로티나제의 조직 저해제의 발현 또는 활성을 증가시킬 수 있는 제제인 것을 특징으로 하는 방법.
  45. 제 44 항에 있어서,
    상기 메탈로프로티나제의 조직 저해제는 TIMP1, TIMP2, TIMP3 및 TIMP4로 구성된 그룹으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 방법.
  46. 제 43 항에 있어서,
    상기 제제는 1 이상의 막 결합 MMP(membrane bound MMP)의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있는 제제인 것을 특징으로 하는 방법.
  47. 제 46 항에 있어서,
    상기 제제는 MMP 저해제인 것을 특징으로 하는 방법.
  48. 제 47 항에 있어서,
    상기 MMP 저해제는 4,5-디히드록시안타퀴논-2-카르복실산(AQCA), 안트라퀴닐-머캅토에틸아민, 안트라퀴닐-알라닌 히드록사메이트 및 이들의 유도체로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 방법.
  49. 증가된 ACS 발생 위험을 갖고 TIMP1을 코딩하는 유전자내 372 T/C 다형에서 CC 유전자형의 존재가 측정된 피험자를 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은 상기 피험자에서 TIMP1 활성을 조절할 수 있는 제제를 피험자에게 투여하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  50. 제 49 항에 있어서,
    상기 제제는 TIMP1의 발현 또는 활성을 증가시킬 수 있는 제제인 것을 특징으로 하는 방법.
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