KR101206028B1 - 유방암 특이적 다형성 서열을 이용한 유방암의 진단방법,유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 마이크로어레이 - Google Patents

유방암 특이적 다형성 서열을 이용한 유방암의 진단방법,유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 마이크로어레이 Download PDF

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Abstract

본 발명은 40 세 이하 또는 55 이상의 여성인 피검자로부터 핵산을 분리하고 상기 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 2 또는 표 4에 나타낸 하나 이상의 다형성 서열에서의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는 유방암의 진단 방법, 유방암에 특이적인 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이를 제공한다.
유방암, SNP, 다중좌 마커 (multilocus marker)

Description

유방암 특이적 다형성 서열을 이용한 유방암의 진단방법, 유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 마이크로어레이{Method for diagnosing a breast cancer using a breast cancer specific polymorphic sequence, polynucleotide specific to a breast cancer and microarray immobilized with the polynucleotide}
도 1은 표 8에 나타낸 각 연령군에서 특정한 다중좌 마커에 대한 Odds ratio를 그래프로 나타낸 것이다.
본 발명은 유방암 특이적인 다형성 서열을 이용한 유방암의 진단방법, 유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 마이크로어레이에 관한 것이다.
모든 생물의 게놈은 진화의 과정에서 자손의 서열에 변이체를 생기게 하는 자발적 돌연변이를 겪는다 (Gusella, Ann. Rev. Biochem. 55, 831-854(1986)). 변이체는 자손 형태에 비하여 진화적으로 이익 또는 불이익을 주거나 중성적일 수 있다. 어떤 경우는 변이체가 치사적 불이익을 주어 자손에게 전달되지 않는 경우도 있다. 다른 경우에는, 종에게 진화학적인 이익을 주고, 결국에는 종의 대부분에 DNA가 삽입되어 효과적으로 선조 형태가 된다. 많은 경우 이 선조 형태 및 변이체는 살아남아 종집단 중에 공존하게 된다. 서열의 복수 형태의 공존에 의하여, 다형(polymorphism)이 발생한다.
이러한 다형에는 RFLP (restriction fragment length polymorphism: 제한 단편 길이 다형), STR (short tandem repeats), SNP (single nucleotide polymorphism : 단일염기 다형) 등이 알려져 있다. 이중 SNP는 단일염기 다형으로서, 동일한 종의 개체 사이의 단일뉴클레오티드 변이의 형태를 취한다. 단일염기 다형은 코딩 영역 서열에 발생하는 경우, 다형 형태 중 어느 하나에 의하여 결함 있거나 변이된 단백질이 발현될 수도 있다. 다른 경우에는 비코딩 영역 서열에 단일염기 다형이 발생할 수 있다. 이들 중 일부는 결함 있거나 변이된 단백질의 발현을 초래할 수 있다 (예를 들면, 결함 있는 스플라이싱의 결과로서). 어떤 단일염기 다형은 표현형에 아무런 영향을 미치지 않을 수 있다.
단일염기 다형은 인간의 경우 약 1,000bp 마다 1회의 빈도로 발생하는 것으로 알려져 있다. 이들 단일염기 다형이 질병과 같은 표현형에 영향을 미치는 경우, 상기 단일 염기 다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드는 이러한 질병을 진단하는 데에 프라이머 또는 프로브로서 사용될 수 있다. 상기 단일염기 다형에 특이적으로 결합하는 모노클로날 항체 또한, 질병의 진단에 사용될 수 있다. 현재 여러 연구 기관에서 단일염기 분석 및 그 기능 분석에 관한 연구를 수행하고 있다. 이렇게 찾아낸 단일염기 다형의 염기서열 및 기타 실험결과를 데이터베이스화하여 공개, 누구나 접근하여 연구에 이용할 수 있도록 하고 있다.
그러나 이러한 단일염기 다형의 대부분은 단순히 인간의 게놈 또는 cDNA 상에 단일염기 다형이 존재한다는 것만을 발견하였을 뿐, 이들이 표현형에 미치는 영향을 밝힌 것은 아니다. 이들 중 일부에 대하여는 그 기능이 알려진 것도 있으나, 대부분이 알려지지 않았다.
유방암은 종래 X-레이, 초음파 진단, 생화학적 및 분자생물학적 방법에 의하여 진단할 수 있었다. 그 중 분자 생물학적 방법에 의한 유방암 진단의 경우, 조기 진단이 이루어지지 못하고 있는 실정이다. 현재 미리어드(Myriad)사에 의하여 BRCA1과 BRCA2 유전자에 있어서의 유방암과 관련된 약 3 내지 30개의 SNP 부위가 확인되었다.
종래 알려진 유방암 진단 방법은 모두 단일 SNP 마커를 이용하여는 것으로, 이들의 조합인 다중좌 마커 (multilocus marker)가 유방암과 연관성이 있는지 여부 및 그를 이용하여 유방암을 진단하는 방법은 밝혀진 바 없다.
본 발명의 목적은 유방암 특이적인 다형성 서열을 이용하여 40 세 이하 또는 55 세 이상의 피검체에 있어서 유방암을 진단하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 40 세 이하 또는 55 세 이상의 피검체에 있어서 유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 40 세 이하 또는 55 세 이상의 피검체에 있어서 유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 마이크로어레이를 제공하는 것이 다.
본 발명은 40 세 이하의 여성인 피검자로부터 핵산을 분리하고 상기 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 2에 나타낸 하나 이상의 다형성 서열에서의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단 방법을 제공한다.
표 2.
Figure 112005011817007-pat00001
표 2에 있어서, 명칭은 다형성 서열 ("SNP 마커"라고도 한다)의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI Genbank의 데이터베이스에 저장된 SNP의 확인번호 (identification number)로서, 상기 데이터베이스는 일반에게 개방되어 있기 때문에 당업자라면 누구나 접근가능하다. 본 발명에 있어서, rs 번호는 NCBI build 123에 근거한 것이나, 다형성 부위 외의 서열에서 일부의 변형이 있다하더라도 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다. A1 및 A2는 다형성 부위에서의 대 립인자를 나타내는 것이다.
본 발명의 일 구체예에서, 본 발명은 40 세 이하의 여성인 피검자로부터 핵산 분리하고 상기 핵산 중의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 1에 나타낸 하나 이상의 다중좌 마커에서의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단 방법을 제공한다.
표 1.
Figure 112005011817007-pat00002
표 1 중에서, 명칭은 다중좌 마커 (multilocus marker)의 명칭을 나타내고, 유전자형 (genotype pattern)은 = 의 좌측의 괄호안에 나타낸 복수의 단일염기 다형성 (SNP) 부위에서의 유전자형이 = 의 우측의 괄호안에 나타낸 유전자형을 나타내는 다중좌마커에서의 유전자형으로, =의 좌측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 2에 표시된 단일염기 다형성 마커의 명칭 SMBC_숫자 중 "숫자" 부분을 나타낸 것이고, =의 우측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 2에 나타낸 바와 같은 상기 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 유전자형을 나타내는 것으로, 0은 A1A1, 1은 A1A2, 2는 A2A2, 0-는 A1A2 또는 A2A2 및 2-는 A1A1 또는 A1A2 유전자형을 나타내고, 상기 A1 또는 A2 대립인자 (allele)는 표 2에 나타낸 각 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 염기서열을 나타내는 것으로 각각 하기 표 2에 나타낸 바와 같다. 표 2 및 표 3에 있어서, rs 번호는 NCBI Genbank의 데이터베이스에 저장된 SNP의 확인번호 (identification number)로서, 상기 데이터베이스는 일반에게 개방되어 있기 때문에 당업자라면 누구나 접근가능하다. 본 발명에 있어서, rs 번호는 NCBI build 123에 근거한 것이나, 다형성 부위 외의 서열에서 일부의 변형이 있다하더라도 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
표 2.
Figure 112005011817007-pat00003
본 발명은 또한, 55 세 이상의 여성인 피검자로부터 핵산을 분리하고 상기 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 4에 나타낸 하나 이상의 다형성 서열에서의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 뉴클레오티드를 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단 방법을 제공한다.
표 4.
Figure 112005011817007-pat00004
표 4의 명칭, rs 번호, A1 및 A2는 상기 표 2에서 설명한 바와 같다.
본 발명의 일 구체예에서, 55 세 이상의 여성인 피검자로부터 핵산을 분리하고 상기 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 3에 나타낸 하나 이상의 다중좌 마커에서의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단 방법을 제공한다.
표 3.
Figure 112005011817007-pat00005
표 3 중에서, 명칭은 다중좌 마커 (multilocus marker)의 명칭을 나타내고, 유전자형 (genotype pattern)은 = 의 좌측의 괄호안에 나타낸 복수의 단일염기 다형성 (SNP) 부위에서의 유전자형이 = 의 우측의 괄호안에 나타낸 유전자형을 나타내는 다중좌마커에서의 유전자형으로, =의 좌측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 4에 표시된 단일염기 다형성 마커의 명칭 SMBC_숫자 중 "숫자" 부분을 나타낸 것이고, =의 우측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 2에 나타낸 바와 같은 상기 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 유전자형을 나타내는 것으로, 0은 A1A1, 1 은 A1A2, 2는 A2A2, 0-는 A1A2 또는 A2A2 및 2-는 A1A1 또는 A1A2 유전자형을 나타내고, 상기 A1 또는 A2 대립인자 (allele)는 표 4에 나타낸 각 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 염기서열을 나타내는 것으로 각각 하기 표 4에 나타낸 바와 같다.
표 4.
Figure 112005011817007-pat00006
본 발명에 있어서, 피검자는 다양한 인종에 속하는 개체일 수 있으나, 바람직하게는 황인종, 더욱 바람직하게는 한국인 여성이다.
본 발명의 방법에 있어서, 핵산이란 뉴클레오티드의 연속체로서 DNA, RNA 및 이들의 유도체가 포함된다. DNA에는 생체 DNA, 합성 또는 반합성 DNA 및 mRNA로부터 합성되는 cDNA를 포함하는 의미이다.
본 발명에 있어서, 피검체로부터 핵산을 분리하는 방법은 당업계에 알려진 방법을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 조직 또는 세포로부터 핵산을 직접적 으로 정제하거나 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 특정한 영역을 특이적으로 증폭하고 이를 분리함으로써 이루어질 수 있다. 피검체로부터 핵산을 얻는 단계는 더욱 구체적으로 예를 들면, PCR 증폭법, 리가제 연쇄 반응(LCR) (Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification) (Kwoh 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제 (Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)이 사용될 수 있다.
분리된 핵산의 염기서열의 결정은 당업계에 알려진 다양한 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 디데옥시 법에 의하여 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나 다형성 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 핵산과 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있다. 혼성화의 정도는 예를 들면, 검출가능한 표지를 표적 핵산에 표지하여, 혼성화된 표적 핵산만을 특이적으로 검출함으로써 이루어질 수 있으나, 그외 전기적 신호 검출방법 등이 사용될 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 있어서, 상기 다형성 부위에서의 염기서열의 결정은 상기 표 3 또는 표 4에 나타낸 단일염기다형성 마커의 다형성 부위의 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 프로브로서 기판에 고정화되어 있는 마이크로어레이에 상기 피검자로부터 유래된 핵산의 단편을 혼성화시키는 단계; 및 상기 혼성화 정도를 측정하는 단계를 포함하는 방법에 의하여 이루어지는 것이다.
마이크로어레이란 표적 핵산에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브가 특정한 영역에 고정화되어 있는 기판으로서, 대량으로 빠르게 다양한 생물학적 분석을 하는데 널리 사용되고 있다. 프로브의 길이는 특별히 한정되지 않으나, 바람직하게는 10 내지 100 bp의 것이다. 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 본 발명의 방법도 이들 알려진 마이크로어레이 제조방법에 의하여 제조되는 것을 이용할 수 있다. 또한, 마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질 예를 들면 Cy3 및 Cy5와 같은 물질을 포함하는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.
염기서열 분석 결과, 피검자로부터 분리된 핵산 중에 위험 대립인자 (risk allele)이 하나 이상 존재하는 경우, 피검자가 유방암 환자이거나 유방암에 걸릴 위험이 높은 것으로 결정할 수 있다. 본 발명의 일 구체예는 염기서열 분석 결과, 피검자로부터 분리된 핵산 중에 표 1 및 표 3에 나타낸 하나 이상의 다중좌 마커가 존재하는 경우, 피검자가 유방암 환자이거나 유방암에 걸릴 위험이 높은 것으로 결정하는 단계를 포함한다.
본 발명에 있어서, "다중좌 마커 (multilocus marker)"란 복수 개의 다형성 부위에서의 특정한 유전자형이 유방암과 연관성을 나타내는 경우, 상기 유전자형을 다중좌 마커라고 한다. 본 발명에 있어서, 다형성 서열 (polymorphic sequence)이란 뉴클레오티드 서열 중에 단일염기 다형을 나타내는 다형성 부위 (polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 다형성 부위 (polymorphic site)란 다형성 서열 중 단일염기 다형이 일어나는 부위를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
본 발명은 또한, 하기 표 2의 다형성 서열로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로서, 각각 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
표 2.
Figure 112005011817007-pat00007
표 2에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
본 발명의 상기 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 40 세 이하의 여성인 피검 체에 있어서 유방암과 특이적으로 연관되어 있다. 따라서, 상기 폴리뉴클레오티드는 유방암을 진단 또는 치료하는데 유용하게 사용될 수 있다. 바람직하게는, 상기 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 상기 표 1에 나타낸 40 세 이하의 여성인 피검체에 특이적인 다중좌에 포함되어 있는 각 SNP 마커로부터 선택된 폴리뉴클레오티드이다. 이들 폴리뉴클레오티드는 프라이머 및 프로브 등으로 사용될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다. 프로브 사용되는 경우, 용액 중에서 사용되거나 고체 기판 상에 고정되어 사용될 수 있다. 고체 기판 상에 고정화되어 사용되는 상기 프로브는 미세한 특정한 영역에 어레이 상으로 배열되어 있는 형태 즉, 마이크로어레이 형태로 사용될 수 있다.
따라서, 본 발명은 또한, 상기 표 2의 다형성 서열로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로서, 각각 다형성 부위 (101 번재 뉴클레오티드)를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드가 고체 기판상에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 제공한다. 마이크로어레이에 대하여는 당업계에 잘 알려져 있으며, 당업자라면 용이하게 상기 폴리뉴클레오티드를 이용하여 마이크로어레이를 제작할 수 있다.
본 발명은 또한, 상기 표 2의 다형성 서열로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로서, 각각 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드 및 사용 지침서가 포함된 유방암 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트에 있어서, 키트에 포함된 폴리뉴클레오티드에 대하여는 상기 한 바와 같다. 또한, 사용 지침서는 사용 목적에 따라 당업자가 이해할 수 있도록 사용 과정 및 성분 등이 기재된 것이다. 상기 키트는 예를 들면, 피검체로부터 분리된 핵산 시료에 상기 폴리뉴클레오티드를 프로브로 하여 혼성화시키고, 그로부터 발생하는 신호를 이용하여 혼성화 정도를 측정함으로써, 다형성 부위에 특정한 대립인자의 유무를 판별하는데 사용될 수 있다. 상기 특정한 대립인자의 유무 또는 유전자형의 유무에 근거하여 피검체가 유방암에 걸릴 위험성 또는 유방암 환자인지를 판별할 수 있다.
본 발명은 또한, 하기 표 4의 다형성 서열로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로서, 각각 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
표 4.
Figure 112005011817007-pat00008
표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠 뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
본 발명의 상기 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 55 세 이상의 여성인 피검체에 있어서 유방암과 특이적으로 연관되어 있다. 따라서, 상기 폴리뉴클레오티드는 유방암을 진단 또는 치료하는데 유용하게 사용될 수 있다. 바람직하게는, 상기 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는 상기 표 3에 나타낸 55 세 이상의 여성인 피검체에 특이적인 다중좌에 포함되어 있는 각 SNP 마커로부터 선택된 폴리뉴클레오티드이다. 이들 폴리뉴클레오티드는 프라이머 및 프로브 등으로 사용될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다. 프로브 사용되는 경우, 용액 중에서 사용되거나 고체 기판 상에 고정되어 사용될 수 있다. 고체 기판 상에 고정화되어 사용되는 상기 프로브는 미세한 특정한 영역에 어레이 상으로 배열되어 있는 형태 즉, 마이크로어레이 형태로 사용될 수 있다.
따라서, 본 발명은 또한, 상기 표 4의 다형성 서열로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로서, 각각 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드가 고체 기판상에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 제공한다. 마이크로어레이에 대하여는 당업계에 잘 알려져 있으며, 당업자라면 용이하게 상기 폴리뉴클레오티드를 이용하여 마이크로어레이를 제작할 수 있다.
본 발명은 또한, 상기 표 4의 다형성 서열로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로서, 각각 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드 및 사용 지침서가 포함된 유방암 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트에 있어서, 키트에 포함된 폴리뉴클레오티드에 대하여는 상기한 바와 같다. 또한, 사용 지침서는 사용 목적에 따라 당업자가 이해할 수 있도록 사용 과정 및 성분 등이 기재된 것이다. 상기 키트는 예를 들면, 피검체로부터 분리된 핵산 시료에 상기 폴리뉴클레오티드를 프로브로 하여 혼성화시키고, 그로부터 발생하는 신호를 이용하여 혼성화 정도를 측정함으로써, 다형성 부위에 특정한 대립인자의 유무를 판별하는데 사용될 수 있다. 상기 특정한 대립인자의 유무 또는 유전자형의 유무에 근거하여 피검체가 유방암에 걸릴 위험성 또는 유방암 환자인지를 판별할 수 있다.
본 발명에 있어서 표 2 및 4에 나타난 각 다형성 서열 (SNP 마커) 및 이들의 2이상의 조합은 유방암과 연관성이 있는 것이다. 특히, 상기 표 1과 3의 다중좌 마커는 유방암과 연관성이 있는 것이다. 이는 유방암 환자와 정상인으로부터 수집된 혈액으로부터 얻어진 DNA를 서열 분석한 결과를 통하여 확인할 수 있었다. 종래 유방암은 폐경기의 여부에 따라 발병률이 다르게 나타나는 것으로 알려져 있기 때문에, 각 개체의 다중좌에 있어서의 유전자형의 분석은 폐경기 연령을 전후로 하여 3개의 나이군으로 나누어 분석하였다. 한국인에 있어서, 평균적 폐경 연령은 47.6세이며 이행기는 약 4년인 것으로 알려져 있기 때문에, 연령 구분은 40 세 이하, 41 세 이상 54세 이하, 55 세 이상으로 구분하였다. 분석에 사용된 각 연령군별 개체의 수는 다음 표 5와 같다.
표 5.
군 환자 정상인 합계
40세 이하 87 90 177
41세 이상 54세 이하 117 120 237
55세 이상 96 90 186
분석 결과, 각 다중좌 마커의 환자군 및 정상군에서의 출현 빈도 및 Odds ratio 및 95% 신뢰구간은 다음과 같다. 하기 표 6은 40 세 이하의 연령군에서 결과를 나타내는 것으로서, 환자군에서만 특이적으로 출현하고 Odds ratio가 모두 38 이상으로 유방암과 양성적 (positive) 연관성이 있음을 알 수 있다.
표 6.
Figure 112005011817007-pat00009
표 6에서 명칭 및 유전자형 (GP)은 상기 표 1 및 3에 나타낸 바와 같다. # case 및 # control는 각각 환자군 및 정상군에서의 출현 빈도를 나타낸다. OR 및 95% CI는 Odds ratio 및 95 % 신뢰구간을 나타낸다. 표 6에서 환자군에서 Y01 내지 Y16의 다중좌 마커 중 어느 하나를 만족시키는 환자의 수는 조사된 총 87명 중 73명이었다 (84 %).
하기 표 7은 55 세 이상의 연령군에서 결과를 나타내는 것으로서, 환자군에 서만 특이적으로 출현하고 Odds ratio가 모두 26 이상으로 유방암과 양성적 (positive) 연관성이 있음을 알 수 있다.
표 7.
Figure 112005011817007-pat00010
표 7 중 명칭, 유전자형, OR 및 95% CI는 상기한 바와 같다. 표 7에서 환자군에서 O01 내지 O24의 다중좌 마커 중 어느 하나를 만족시키는 환자의 수는 조사된 총 96명 중 91명이었다 (94 %).
본 발명에 있어서, 상기 각 연령군에 있어서 상기 각 다중좌 마커 Y01 내지 Y16 및 O01 내지 O24에 해당되는 개체의 수는 다음 표 8에 나타낸 바와 같다.
표 8.
Figure 112005011817007-pat00011
상기 표 8에서 Young, Middle 및 Old는 각각 40 세 이하, 41 세 이상 54 세 이하 및 55 세 이상의 연령군으로부터 유래된 시료를 나타내고, OR은 Odds ratio를 나타내고, # case 및 # control은 각각 환자군 및 정상군에 해당하는 개체의 수를 나타낸다. 도 1은 상기 표 8에 나타낸 각 연령군에서 특정한 다중좌 마커에 대한 Odds ratio를 그래프로 나타낸 것이다. 도 1에 나타낸 바와 같이, Y01 내지 Y16 다중좌 마커는 40 세 이하의 연령군에서 유방암과 연관된 특이적 마커이고, O01 내지 O24는 55 세 이상의 연령군에서 유방암과 연관된 특이적 마커임을 알 수 있다.
하기 표 9는 40 세 이하의 연령군에서 상기 Y01 내지 Y16 다중좌 마커에 포함된 각 단일염기 다형성 마커 (SNP marker)에 대하여 chi-square 분석 및 Odds Ratio를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
표 9.
Figure 112005011817007-pat00012
상기 표 9에 나타낸 바와 같이, 각 단일염기다형성 마커는 유방암과 연관성이 있음을 알 수 있다. 표 9에서 명칭은 단일염기다형성 마커의 명칭이고, Delta는 질병군에서의 대립인자의 빈도와 정상군에서의 대립인자의 빈도의 차이의 절대값을 나타내는 것으로, 정상군에서의 A2 대립인자의 빈도는 (정상군에서의 A2A2 유전자형의 빈도x2 + 정상군에서의 A1A2 유전자형의 빈도)/(정상군에서의 샘플 수 x2)이다. Chi_exact_pValue는 p-value of Fisher's exact test of chi-square test를 나타내는 것으로, 유전자형 수의 값이 5 보다 작은 값이 포함되는 경우 일반 카이제곱 검정 결과가 부정확할 수 있으므로, Fisher's exact test를 통해 보다 정확한 통계적 유의성 (p-value)을 검정하는데 사용되는 변수이다. 본 발명에서는 p-value가 0.05 이하인 경우 질병군과 정상군의 유전자형이 같지 않다. 즉, 유의하다고 판단하였다. OR (odds ratio)은 정상군 중에서 위험 대립인자를 가질 확률에 대한 질병군 중에서 위험 대립인자를 가질 확률의 비율을 나타낸다. 본 발명에서는 Mantel-Haenszel odds ratio 방법을 사용하였다. CI (confidence interval)는 오즈 비율의 95% 신뢰구간을 나타내는 것으로, (하한 신뢰구간, 상한 신뢰구간)을 나타낸다. 신뢰구간이 1을 포함하는 경우에는 질병과의 연관성을 유의하다고 판단할 수 없다. HWE 상태는 하아디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium)의 상태를 나타내는 것으로, con_HWE는 정상군에서 하아디-와인버그 평형 여부를 나타내는 것이다. 카이제곱 (df=1) 검정에서 chi-value = 6.63 (p-value =0.01, df=1)을 기준으로, 6.63 보다 큰 경우에는 하아디-와인버그 비평형 HWD (Hardy-Weinberg Disequilibrium)으로, 6.63 보다 작은 경우에는 하아디-와인버그 평형 HWE (Hardy-Weinberg Equilibrium)으로 판단하였다.
하기 표 10은 55 세 이상의 연령군에서 상기 O01 내지 O24 다중좌 마커에 포 함된 각 단일염기 다형성 마커 (SNP marker)에 대하여 chi-square 분석 및 Odds Ratio를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
표 10.
Figure 112005011817007-pat00013
상기 표 10에 나타낸 바와 같이, 각 단일염기다형성 마커는 유방암과 연관성이 있음을 알 수 있다.
하기 표 11은 본 발명의 Y01 내지 Y16 및 O01 내지 O24 다중좌 마커에 포함된 각 단일염기 다형성 마커 (SNP marker)에 대한 정보를 나타낸 것이다.
표 11.
Figure 112005011817007-pat00014
표 11 (계속).
Figure 112005011817007-pat00015
실시예
본 실시예에서는 한국인에 있어서, 평균적 폐경 연령은 47.6세이며 이행기는 약 4년인 것으로 알려져 있기 때문에, 연령 구분은 40 세 이하, 41 세 이상 54 세 이하, 55 세 이상으로 구분하여 각 개체의 혈액으로부터 DNA를 분리하고, 단일염기 다형의 출현빈도를 분석하였다. 분석에 사용된 각 연령군별 개체의 수는 다음 표 5와 같다.
표 5.
군 환자 정상인 합계
40세 이하 87 90 177
41세 이상 54세 이하 117 120 237
55세 이상 96 90 186
환자군은 유방암 환자로 판명되어 치료 중인 개체이고, 정상인은 동일 연령 대에 해당하면서 아직 유방암의 증상이 없는 개체이다. 본 실시예에 선택된 단일염기 다형은 공개된 데이터베이스 (NCBI dbSNP: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)로부터 선택된 것이다 (표 2 및 표 4 참조). 분석은 선택된 단일염기 다형 주변의 서열을 이용한 프라이머를 이용하여 시료 중의 단일염기 서열을 분석하였다.
1. DNA 시료의 준비
유방암 환자 및 정상인으로부터 수집한 혈액으로부터 DNA를 추출하였다. DNA 추출은 공지의 추출 방법 (Molecular cloning : A Laboratory Manual, p 392, Sambrook, Fritsch and Maniatis, 2nd edition, Cold Spring Harbor Press, 1989)과 상업용 키트 (Centra system)의 설명서에 따라 이루어졌다. 추출된 DNA 중 순도가 UV 측정치 (260/280nm)가 최소 1.7 이상되는 것만을 선별하여 사용하였다.
2. 표적 DNA의 증폭
분석하고자 하는 단일염기 다형이 포함된 일정한 DNA 영역인 표적 DNA를 PCR을 이용하여 증폭하였다. PCR 방법은 통상적인 방법으로 진행하였으며, 그 조건은 다음과 같았다. 먼저, 표적 게놈 DNA를 2.5 ng/ml로 준비하였다. 다음으로 하기의 PCR 반응액을 준비하였다.
물(HPLC 급) 2.24㎕
10x 버퍼 (15 mM MgCl2, 25 mM MgCl2 함유) 0.5㎕
dNTP 믹스(GIBCO)(25 mM/각) 0.04㎕
Taq pol(HotStar)(5U/㎕) 0.02㎕
전위/후위 프라이머 믹스 (1μM/각) 0.02㎕
DNA 1.00㎕
총 반응 부피 5.00㎕
여기서, 상기 전위 및 후위 프라이머는 공지의 데이데이터 베이스의 단일염기 다형의 상류와 하류로부터, 적당한 위치에서 선택하였다. 상기 프라이머를 표 12에 정리하였다.
열 순환 반응은, 95 ℃에서 15분 동안 유지하고, 95 ℃에서 30초, 56 ℃에서 30초, 72 ℃에서 1분을 45회 반복하고, 72 ℃에서 3분 동안 유지한 후, 4 ℃에 보관하였다.
3. 증폭된 표적 DNA 중의 단일염기 다형의 분석
표적 DNA 단편 중의 단일염기 다형의 분석은 시쿼넘 (Sequenom)사의 균질적 MassExtension (homogeneous MassExtension : 이하 hME라고도 한다) 기법을 이용하였다. 상기 MassExtension 기법의 원리는 다음과 같다. 먼저, 표적 DNA 단편 중의 단일염기 다형 바로 전까지의 염기에 상보적인 프라이머 (연장용 프라이머 (extension primer)라고도 한다.)를 제작한다. 다음으로, 상기 프라이머를 표적 DNA 단편에 혼성화시키고, DNA 중합 반응을 일으킨다. 이 때, 반응액 중에 대상 단일염기 다형 대립인자 중 제1 대립인자 염기 (예를 들면, A 대립인자)에 상보적인 염기가 첨가된 후 반응이 멈추도록 하는 시약 (예를 들면, ddTTP)을 포함시킨다. 그 결과, 표적 DNA 단편에 제1 대립인자 (예를 들면, A 대립인자)가 존재하는 경우에는, 상기 제1 대립인자에 상보적인 염기 (예를 들면, T) 하나만이 첨가된 산물이 얻어진다. 반면, 표적 DNA 단편에 제2 대립인자 (예를 들면, G 대립인자)가 존재하는 경우에는, 상기 제2 대립인자에 상보적인 염기 (예를 들면, C)가 첨가된 가장 근접한 제1 대립인자 염기 (예를 들면, A)까지 연장된 산물을 얻게 된다. 이렇게 얻어진 상기 프라이머로부터 연장된 산물의 길이를 질량 분석을 통하여 결정함으로써, 표적 DNA에 존재하는 대립인자의 종류를 결정할 수 있다. 구체적인 실험조건은 다음과 같았다.
먼저, 상기 PCR 산물로부터 결합되지 않는 dNTP를 제거하였다. 이를 위하여 순수 1.53㎕, HME 버퍼 0.17㎕, SAP (shrimp alkaline phosphatase) 0.30㎕를 1.5 ml 튜브에 넣고 혼합하여 SAP 효소 용액을 준비하였다. 상기 튜브를 5,000 rpm에서 10 초 동안 원심분리하였다. 그 후, PCR 산물을 상기 SAP 용액 튜브에 넣고, 밀봉한 다음 37 ℃에서 20분, 85 ℃에서 5분 동안 유지한 후, 4 ℃에 보관하였다.
다음으로, 상기 표적 DNA 산물을 주형으로 하여 균질적 연장 반응을 실시하였다. 반응액은 다음과 같았다.
물(나노급 순수) 1.728㎕
hME 연장 믹스 (2.25 mM d/ddNTPs를 포함하는 10x버퍼) 0.200㎕
연장 프라이머 (각 100μM) 0.054㎕
Thermosequenase(32U/㎕) 0.018㎕
총부피 2.00㎕
상기 반응액을 잘 혼합한 후, 스핀다운 원심분리하였다. 상기 반응액이 든 튜브 또는 플레이트를 잘 밀봉한 다음, 94 ℃에서 2분 동안 유지한 다음, 94 ℃에서 5초, 52 ℃에서 5초, 72 ℃에서 5초를 40회 반복 한 다음, 4 ℃에 보관하였다. 이렇게 얻어진 균질적 연장 반응 산물을 레진 (SpectroCLEAN)을 사용하여 세척하였다.
얻어진 연장 반응 산물을 질량 분석 방법 중 MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption and Ionization-Time of Flight)를 이용하여 다형성 부위의 서열을 분석하였다. 상기 MALDI-TOF는 분석하고자 하는 물질이 레이저 빔을 받으면, 이온화된 매트릭스 (matrix)와 함께 비행하여 진공상태에서 반대편에 있는 검출기까지 날아가는 데 걸린 시간을 계산하여 질량을 분석해내는 원리에 의하여 작동한다. 질량이 작은 물질은 검출기에 빨리 도달하게 되는데, 이렇게 얻어지는 질량의 차이와 이미 알고 있는 단일염기 다형의 서열을 근거로 하여 표적 DNA의 단일염기 다형의 서열을 결정할 수 있는 것이다. 표적 서열의 증폭 및 extension 반응에 사용된 프라이머는 하기 표 12에 나타낸 바와 같다.
표 12.
마커 명칭 표적 DNA 증폭용 프라이머 (서열번호) 연장 프라이머
(서열번호)
전위 프라이머 후위 프라이머
SMBC_001 38 39 40
SMBC_003 41 42 43
SMBC_005 44 45 46
SMBC_006 47 48 49
SMBC_008 50 51 52
SMBC_009 53 54 55
SMBC_010 56 57 58
SMBC_011 59 60 61
SMBC_013 62 63 64
SMBC_014 65 66 67
SMBC_016 68 69 70
SMBC_018 71 72 73
SMBC_020 74 75 76
SMBC_022 77 78 79
SMBC_025 80 81 82
SMBC_026 83 84 85
SMBC_031 86 87 88
SMBC_034 89 90 91
SMBC_035 92 93 94
SMBC_037 95 96 97
SMBC_042 98 99 100
SMBC_046 101 102 103
SMBC_048 104 105 106
SMBC_054 107 108 109
SMBC_056 110 111 112
SMBC_060 113 114 115
SMBC_061 116 117 118
SMBC_062 119 120 121
SMBC_064 122 123 124
SMBC_068 125 126 127
SMBC_071 128 129 130
SMBC_072 131 132 133
SMBC_076 134 135 136
SMBC_083 137 138 139
SMBC_084 140 141 142
SMBC_087 143 144 145
SMBC_089 146 147 148
상기와 같은 MALDI-TOF를 사용한 표적 DNA의 다형성 부위의 서열을 결정한 결과 및 그의 정상인 및 유방암 환자에서의 출현 빈도 분석의 결과는 표 6 내지 11에 나타내었다. 이 때, 각 대립인자는 각 개체에 있어서 동형접합자 (homozygote) 또는 이형접합자 (heterozygote)의 형태로 존재할 수 있다. 멘델의 유전법칙과 하 디-와인버그 (Hardy-Weinberg) 법칙에 의하면, 집단을 구성하는 대립인자의 조성은 일정한 빈도로 유지되며, 통계적으로 유의한 경우 생물학적 기능상의 의미를 부여할 수 있다.
본 발명에 의하여 유방암과 연관성이 있는 것으로 확인된 단일 SNP 마커 및 다중 SNP 마커는 개체가 유방암에 걸릴 확률이 높은지 낮은지를 결정하는데 사용될 수 있다. 또한, 개체가 상기 SNP 마커를 포함하는지 여부에 따라 개체를 여러 서브타입으로 분류하고, 각 서브타입에 따른 유방암 치료 또는 예방 약품의 민감도를 연구하는데 이용될 수 있다. 그외 상기 SNP 마커는 유방암 예후 예측 및 검증, 유방암 예방약 및 치료약의 개발 등에 활용될 수 있다.
본 발명의 방법에 의하면, 40 세 이하 또는 55 세 이상의 피검자에 대하여 유방암의 존재 또는 위험의 존재 여부를 용이하게 결정할 수 있다.
본 발명의 폴리뉴클레오티드 및 마이크로어레이에 의하면, 40 세 이하 또는 55 세 이상의 피검자에 대하여 유방암의 존재 또는 위험의 존재 여부를 분석하는데 있어서 유용하게 사용될 수 있다.
<110> Samsung Electronics Co. Ltd. <120> Method for diagnosing a breast cancer using a multilocus marker, polynucleotide specific <130> PN059585 <160> 148 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 1 cagtgcttca ttccaagcct gccagcccac gtgatggcct gcgcccgttc acctgctccg 60 acatgtcccg ggccaggaac ttgaggtggg tgatggcggg naacttgtcc ttgcggttga 120 ggtcggtggt gcagcgcatg aacagggagg gcaggatctc cgtgtcgata cggcacttct 180 cgctcaccac gctcacgcac a 201 <210> 2 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 2 gagagtgact gtgcctcatt atatacagat atcagagatg ttcactgtga accactccaa 60 taggttgcct ttcctgaaag ttgtttggga tgttttgctc ngcatgaagt gtttgtttgc 120 cttattcctg cccaaactga gagataacta gtgtgatgtg attcagattt aagacatggc 180 ctgtcataga caatcaaaat g 201 <210> 3 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 3 agttcaaggg catttaaaga ctcccttcat gtactctggt agggaaaatc atgttcagat 60 tttagatcta caaggctcac tggaggtgct taactaacac ncattagttt agaatgacat 120 ggagacagga acttcccaaa ggagggggca cttgggtgtt ccaatctaag ttcaaataca 180 tttttcccta cttgaaacgt t 201 <210> 4 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 4 taccctcctt ttaacctttt aggttaaact ttgatgataa agttatgtta aagaaaatag 60 aaatagataa taaagtatca gatgaagagg ataaaacatc ngaaggacaa gaaagaaaac 120 catcaggatc atctcagaat agaatacgag attcagaata tgaaattcaa cgacaagcta 180 aaaaaagttt ttcaacattg t 201 <210> 5 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 5 ccatgatcag aaatagcagt cccagaacat tcaagattac ttgaatatgc aactttgctg 60 aattgactgt agtcagtgac tgaagaattc attagtactc ngaagcactc tggtgcttgc 120 agacttcaag aactattttt atacccaagc tacaataatt tgtttagacc ctcagtctcc 180 tccctaatac tgtctctagg g 201 <210> 6 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 6 gaaaagcagc ttacttactg ttttttggtc cctggctcaa ctcatcttgc cactctttgg 60 gagcaagagt ctcagaagca tctttctcag gaatgcaatc nctcttctaa gctaagtgcg 120 taaaatatcc atcaagacaa cgagaacaag tagggataca cacctgaact tcatcatcct 180 ttcggatggg catggatcgc a 201 <210> 7 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 7 ctccaatgtg aggctctcca tggctggccc catccaccac ccatcagtcc gcccagctca 60 cacccactct ctgatttcct gcatgtcagg ctgcctggaa ngaccctccc tctctcccac 120 ctgggcactt tctgagactt ctctttagaa gccttccctt actcttctca aatttaccta 180 gttaacattc atgcatcctt c 201 <210> 8 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 8 aaagtgcagt ttattccaac atgttcaggt aatttattca ttattttcaa ccattattaa 60 aagacttgcc tgggggttta ggaaaacaaa ccttatgttt nagtaactta gtttttgaaa 120 acatgaatta tgagaatgag aaaatgaata gttatcagtg cactgagatt tacgtaacta 180 cctttccttg gtggtggctt t 201 <210> 9 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 9 aagagctgga ctctggagtc agaaaggtct gagttcaaat cccacccctg ctgctgagag 60 agtggcacag ggcagtttca ccactgtgag cttgttcctc ntctgtgaac tgaataataa 120 accctgcttt ccagaaaaga ggcgcacaga gaggacttta tcatagggcc cacgatgagc 180 tcccggggtc ngagcganag a 201 <210> 10 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 10 aggtgggcgg cctggcngcg gtgagggcct cctgcctgga ctttctgccc ctgccctgca 60 cagtgcccgc ttcggtcact ggcacaagaa caaggctggc ntagaagccc gggcgggccc 120 ccggctcatc gtgtatgtca tgggcggtgt ggccatgtca gagatgaggg ccgcctacga 180 ggtgaccagg gccaccgagg g 201 <210> 11 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 11 acctaccagg tcctatgctt ggtgaactga attctaaagg caaaaaaggt ttaggataaa 60 tattctgaat gccaattagc ccaaagcaat gaaaaagcaa ncaaggccct tactctaact 120 cttttttatg tctaagtgat ataattattc ccttacacac ccttctactc tgtcacacac 180 acaattagga ccttgtatct a 201 <210> 12 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 12 gggagctctc cttgtgacac ctctccaagc tcctggtaac tttgtagcaa acagcaaggg 60 ctcacccacc ttcgtggtct tcaaaccgca ccccaagctc nggcaggatg ttgtcccgca 120 gggcatcgct gagctgcaga atctcaggga ctgtaggaga agcagagcag ttccctcaga 180 catggaggag ccagggccca c 201 <210> 13 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 13 gcttggattc agggtagaag aaangattag agaaggtcct acaatgcatt ttggtgtaag 60 tttttaagtg gcctatatca ttacaaaagg agtcatgatc ncccttttta ataattgcag 120 aaccccaatt ttccttttgt actttttgtc atggggtgat atcagattca tcacatgtaa 180 atgacaagta aaagagacat t 201 <210> 14 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 14 gcggccgccc ttctccgctt actgttcccg gctccccgca ggccgggtgc tcgcagccgg 60 gctggctatg cctcgcctgg cagcccagag cgccgctccc ngggaacagc acacaaaggc 120 agcctcccct ggcctctagc ccttaggctt ctgtagctca gttctttccc cacacccctc 180 ccccaagaaa ttctgggggc c 201 <210> 15 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 15 gtgaggcctt cagcaagagc tgcggcccac ggacatttgg tacccagcag ctgctgcgaa 60 gacgaccgtc ggggctgagg gttactcgct gctgcttctg ngccggtacc tcccatttcc 120 tcggcccaga gggtctgctc cgggaacttt ttgcagttcg ctgaggtcca aggcggggtg 180 gctgccaccc agtcagggct n 201 <210> 16 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 16 atgtccgcgt tgtcataccc actgtcgctt ccgcagctgg tgtgattggc ccgtgccatg 60 tgccttcatg aacagttgtg ataatggcaa tgtcagtagc naacatgagg gcagatgtgc 120 agaggcagcg aggccccatc tctgaagctg agtctttgag gctggcaagg cccaggctgg 180 ctcaccctgg ctctgacgcc a 201 <210> 17 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation 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catttgccac t 201 <210> 20 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 20 gagaagcttc gcgtaggccc cagggtcccg agccccgagt ctcgagcgca gaatcagggg 60 tgccaatgct ctcctccgcg cccccgagcg ctcgccttgg ncatgcgggc cgccccaccg 120 ggatgagggc gctcnggccg gacgctgggg ccccgggttc tcgccccgcc ccgccctcgg 180 ggattcagag gggccgggag g 201 <210> 21 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 21 tgcccngcct gtagggctcg gggacctcca gccggctgga gccgagagaa cgcatggagc 60 ccacctatca gctgtcccgc tggaccccgg tcatcaagga ngtaatggag gtactgggtg 120 gcaggtcagg gtgggggcca gccctccgca tcggctggcg gctcagcctc cctcctgctg 180 aggtgctaag cctcagggct t 201 <210> 22 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 22 agtcattcct tgtacctgtc tcccaacccc tggcagccac taatctgctt tctgtcccta 60 tgaattaaaa ttgtgtactt taaaccatat aataaaaata ntgcagatca gtgatattct 120 ccagaatgtt aatgggcata ctgcaaagtt ttttattttt ttattttttt ttttttgaga 180 cagtgtctcn ctctgccacc c 201 <210> 23 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or G, polymorphic site <400> 23 cttggaaata tgtttttaga ttaggcttac agtattataa agcatatttt tctttgagaa 60 ngctaaaaac cttagaaaga cacttgtact tacatgtcaa nacataactc ataattgcat 120 ttcgaaggaa gggaatgtta ttcacaacgt tccaaaatcc cttgaagtgg gtaagtatgt 180 agtgcactgt gtttggagtg g 201 <210> 24 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 24 ggtggcccgc cggtttctga gccttctgcc ctgcggggac acggtctgca ccctgcccgc 60 ggccacggac catgaccatg accctccaca ccaaagcatc ngggatggcc ctactgcatc 120 agatccaagg gaacgagctg gagcccctga accgtccgca gctcaagatc cccctggagc 180 ggcccctggg cgaggtgtac c 201 <210> 25 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 25 atagacatgg ttcatataaa taaataaata tgatcattag acttctacag ttcagtcgaa 60 cgttctttta gtagtactgt gggattgata tcatctagtc nggancggga agaacttgca 120 ttgatggtga ctgttttaat gagctctgga tctggaacac tgaatgaagt aaagggacag 180 cccttcacgt tattgcagat g 201 <210> 26 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 26 aggagacgga ccaaagccac ttggccactg cgggctctac ttcatcgcat tccttgcaaa 60 agtattacat cacgggggag gcagagggtt tccctgccac ngtctgagag ctccctggct 120 cccacacggt tcagataatc cctgctgcat tttaccctca tcatgcacca ctttagccaa 180 attctgtctc ctgcatacac t 201 <210> 27 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 27 aggtgtcttc cttggaatct tgagacaaca tcactgcaag caagaagcag acatctattg 60 ctaaactaaa gttgaatttt tgtatctact ccttttcccc ntttctgggc atggctcttg 120 gtagatttag cagcaattta gagagcctgg gggagtgtag gaagaccaca ggtttcacca 180 gtgcatagcc catctgtaga a 201 <210> 28 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) 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gatggtgtcc tcgctgattg tgccatccct actgggacct gcaggaaaca 180 naggcaaaaa acacttgctt a 201 <210> 34 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 34 agagcatctc cttggacctt tcacagntaa gttactcaaa tgcttcaatt tcaaatattt 60 caaaatttag atttctattt ggtatatccc catgttaatt nactttatat gctgtagaat 120 aatactaaat ttcaacttaa gatggatttt atgccttttt tgctaaatga gaagttgggc 180 ttactaaggt ttcatggatc t 201 <210> 35 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=A or G, polymorphic site <400> 35 ctgatggagc agatggccac cctggaggct cagccttgct aaatcagaca tttaaatccc 60 gtaatccttg gtgagaggct gccgaggggg aagcagccca ntcctagaag caggggaggn 120 agagaacctt gtgccagccg tggccggagg ggaggaggga cggttggttc ctgagttatg 180 aatggagcca ccccctccct t 201 <210> 36 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or T, polymorphic site <400> 36 ttagcctcca attcacagat acctggatgg agcttatctt tcttactagg agggattatc 60 agtggaaatc tgtggtgtat gttggaataa atatcgaata naaattttga tcgaaattat 120 tcagaagcgg ccgggcgcgg tgcctcacgc cttgtaatcc cttcactttg ggagatcaag 180 gcggggggaa tcacctgagg t 201 <210> 37 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> n=C or G, polymorphic site <400> 37 agctgggact acaggcgcca ggaggaattc ttatttgagc ttttagttaa ggaaaacagt 60 acagcttgaa agaggaactg ctcaaaagaa tgagtcagtc nctactcacg ctggggagac 120 cctcttgatg agagttttac aggattactc acgaacggcc caggcagggg ccttactagt 180 aagcacgttt tgggaagtcc t 201 <210> 38 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 38 acgttggatg tatcgacacg gagatcctgc 30 <210> 39 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 39 acgttggatg aggaacttga ggtgggtgat 30 <210> 40 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 40 aaccgcaagg acaagtt 17 <210> 41 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 41 acgttggatg tgggcaggaa taaggcaaac 30 <210> 42 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tcttgaagtc tgcaagcacc 30 <210> 51 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 51 acgttggatg gcaactttgc tgaattgact g 31 <210> 52 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 52 aagcaccaga gtgcttc 17 <210> 53 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 53 acgttggatg gcaagagtct cagaagcatc 30 <210> 54 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 54 acgttggatg ccctacttgt tctcgttgtc 30 <210> 55 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 55 atctttctca ggaatgcaat c 21 <210> 56 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 56 acgttggatg acccactctc tgatttcctg 30 <210> 57 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 57 acgttggatg aagtctcaga aagtgcccag 30 <210> 58 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 58 gcatgtcagg ctgcctggaa 20 <210> 59 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 59 acgttggatg cagtgcactg ataactattc 30 <210> 60 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 60 acgttggatg gggtttagga aaacaaacct 30 <210> 61 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 61 catgttttca aaaactaagt tact 24 <210> 62 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 62 acgttggatg gataaagtcc tctctgtgcg 30 <210> 63 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 63 acgttggatg gtttcaccac tgtgagcttg 30 <210> 64 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 64 agggtttatt attcagttca caga 24 <210> 65 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 65 acgttggatg gtcactggca caagaacaag 30 <210> 66 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 66 acgttggatg cccatgacat acacgatgag 30 <210> 67 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 67 acaagaacaa ggctggc 17 <210> 68 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 68 acgttggatg ccaattagcc caaagcaatg 30 <210> 69 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 69 acgttggatg agtagaaggg tgtgtaaggg 30 <210> 70 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 70 cccaaagcaa tgaaaaagca a 21 <210> 71 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 71 acgttggatg accttcgtgg tcttcaaacc 30 <210> 72 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 72 acgttggatg tacagtccct gagattctgc 30 <210> 73 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 73 tcaaaccgca ccccaagctc 20 <210> 74 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 74 acgttggatg aaggaaaatt ggggttctgc 30 <210> 75 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 75 acgttggatg ggtgtaagtt tttaagtggc c 31 <210> 76 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 76 gttctgcaat tattaaaaag gg 22 <210> 77 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 77 acgttggatg ctgagctaca gaagcctaag 30 <210> 78 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 78 acgttggatg ctatgcctcg cctggcagc 29 <210> 79 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 79 tgcctttgtg tgctgttccc 20 <210> 80 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 80 acgttggatg aaaaagttcc cggagcagac 30 <210> 81 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 81 acgttggatg ctgagggtta ctcgctgctg 30 <210> 82 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 82 ggaaatggga ggtaccggc 19 <210> 83 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 83 acgttggatg ccatgtgcct tcatgaacag 30 <210> 84 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 84 acgttggatg agactcagct tcagagatgg 30 <210> 85 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 85 aatggcaatg tcagtagc 18 <210> 86 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 86 acgttggatg atcatgaaga aggagcccac 30 <210> 87 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 87 acgttggatg atgtggtggc tggcattgtg 30 <210> 88 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 88 tggggacagg aagaggaaa 19 <210> 89 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 89 acgttggatg tttgtggcag agctctaaag 30 <210> 90 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 90 acgttggatg aggcatcctc tttgtctttg 30 <210> 91 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 91 ggcagagctc taaagaaatg act 23 <210> 92 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 92 acgttggatg aaggctgttc atgagaaggc 30 <210> 93 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 93 acgttggatg cacaacactg aataattaat g 31 <210> 94 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 94 atgagaaggc cttgaaaag 19 <210> 95 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 95 acgttggatg agcgccctca tcccggtgg 29 <210> 96 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 96 acgttggatg agtctcgagc gcagaatcag 30 <210> 97 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 97 gtggggcggc ccgcatg 17 <210> 98 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 98 acgttggatg tgacctgcca cccagtacct 30 <210> 99 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 99 acgttggatg aacgcatgga gcccacctat 30 <210> 100 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 100 cccagtacct ccattac 17 <210> 101 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 101 acgttggatg tgcccattaa cattctggag 30 <210> 102 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 102 acgttggatg atctgctttc tgtccctatg 30 <210> 103 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 103 ggagaatatc actgatctgc a 21 <210> 104 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 104 acgttggatg ccttagaaag acacttgtac 30 <210> 105 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 105 acgttggatg attcccttcc ttcgaaatgc 30 <210> 106 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 106 cacttgtact tacatgtcaa 20 <210> 107 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 107 acgttggatg accatgaccc tccacaccaa 30 <210> 108 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 108 acgttggatg tcgttccctt ggatctgatg 30 <210> 109 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 109 ctccacacca aagcatc 17 <210> 110 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 110 acgttggatg agacttctac agttcagtcg 30 <210> 111 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 111 acgttggatg ccatcaatgc aagttcttcc 30 <210> 112 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 112 tgtgggattg atatcatcta gtc 23 <210> 113 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 113 acgttggatg ttatctgaac cgtgtgggag 30 <210> 114 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 114 acgttggatg catcgcattc cttgcaaaag 30 <210> 115 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 115 gccagggagc tctcagac 18 <210> 116 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 116 acgttggatg gcaagcaaga agcagacatc 30 <210> 117 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 117 acgttggatg aatctaccaa gagccatgcc 30 <210> 118 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 118 atctactcct tttcccc 17 <210> 119 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 119 acgttggatg agagcaaagc catgccagag 30 <210> 120 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 120 acgttggatg cacagctccc aacagctcag 30 <210> 121 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 121 gagagacacg gtcagggg 18 <210> 122 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 122 acgttggatg gaaaactatt gcaggaaaaa 30 <210> 123 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 123 acgttggatg ccacatattg atggttggtg 30 <210> 124 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 124 actattgcag gaaaaaaaac ta 22 <210> 125 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 125 acgttggatg agatggtcag tgccttgttg 30 <210> 126 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 126 acgttggatg aagcttcact gaagggtctg 30 <210> 127 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 127 ttggatgctg agccccc 17 <210> 128 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 128 acgttggatg aatcctctgg cacacaccca 30 <210> 129 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 129 acgttggatg gacccggagc ctgcggtct 29 <210> 130 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 130 cccgcgaggt ttaggac 17 <210> 131 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 131 acgttggatg atagtggggt cgtattcgtc 30 <210> 132 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 132 acgttggatg atataagctg gtggtggtgg 30 <210> 133 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 133 tcgtattcgt ccacaaa 17 <210> 134 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 134 acgttggatg tccatttcct ccttcatccg 30 <210> 135 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 135 acgttggatg agtagggatg gcacaatcag 30 <210> 136 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 136 cttcatccgc catctcagtt t 21 <210> 137 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 137 acgttggatg ctatttggta tatccccatg 30 <210> 138 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 138 acgttggatg gcaaaaaagg cataaaatcc 30 <210> 139 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 139 atttggtata tccccatgtt aatt 24 <210> 140 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 140 acgttggatg acggctggca caaggttctc 30 <210> 141 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 141 acgttggatg taatccttgg tgagaggctg 30 <210> 142 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 142 cctcccctgc ttctagga 18 <210> 143 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 143 acgttggatg ctaggaggga ttatcagtgg 30 <210> 144 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 144 acgttggatg gccgcttctg aataatttcg 30 <210> 145 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 145 gtatgttgga ataaatatcg aata 24 <210> 146 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 146 acgttggatg actctcatca agagggtctc 30 <210> 147 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 147 acgttggatg cagcttgaaa gaggaactgc 30 <210> 148 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 148 ggtctcccca gcgtgagtag 20

Claims (15)

  1. 40 세 이하의 여성인 피검자로부터 분리된 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 2에 나타낸 SMBC_013의 다형성 서열의 다형성 부위 (101번째 뉴클레오티드)에서의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단을 위한 데이터를 얻는 방법:
    표 2.
    Figure 112011075344481-pat00025
    표 2에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  2. 제1항에 있어서, 40 세 이하의 여성인 피검자로부터 분리된 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 1에 나타낸 Y01의 다중좌 마커에서의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단을 위한 데이터를 얻는 방법:
    표 1.
    Figure 112011075344481-pat00026
    표 1 중에서, 명칭은 다중좌 마커 (multilocus marker)의 명칭을 나타내고, 유전자형 (genotype pattern)은 = 의 좌측의 괄호안에 나타낸 복수의 단일염기 다형성 (SNP) 부위에서의 유전자형이 = 의 우측의 괄호안에 나타낸 유전자형을 나타내는 다중좌마커에서의 유전자형으로, =의 좌측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 2에 표시된 단일염기 다형성 마커의 명칭 SMBC_숫자 중 "숫자" 부분을 나타낸 것이고, =의 우측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 2에 나타낸 바와 같은 상기 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 유전자형을 나타내는 것으로, 0은 A1A1, 1은 A1A2, 2는 A2A2, 0-는 A1A2 또는 A2A2 및 2-는 A1A1 또는 A1A2 유전자형을 나타내고, 상기 A1 또는 A2 대립인자 (allele)는 표 2에 나타낸 각 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 염기서열을 나타내는 것으로 각각 하기 표 2에 나타낸 바와 같으며,
    표 2.
    Figure 112011075344481-pat00027
    표 2에 있어서, 명칭은 마커 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  3. 55 세 이상의 여성인 피검자로부터 분리된 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 4에 나타낸 SMBC_013의 다형성 서열에서의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단을 위한 데이터를 얻는 방법:
    표 4.
    Figure 112011075344481-pat00028
    표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  4. 55 세 이상의 여성인 피검자로부터 분리된 핵산 중의 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계로서, 하기 표 3에 나타낸 다중좌 마커 중 O14, O15, O22 및 O23 중 하나 이상의 다중좌 마커에서의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단을 위한 데이터를 얻는 방법:
    표 3.
    Figure 112011075344481-pat00029
    표 3 중에서, 명칭은 다중좌 마커 (multilocus marker)의 명칭을 나타내고, 유전자형 (genotype pattern)은 = 의 좌측의 괄호안에 나타낸 복수의 단일염기 다형성 (SNP) 부위에서의 유전자형이 = 의 우측의 괄호안에 나타낸 유전자형을 나타내는 다중좌마커에서의 유전자형으로, =의 좌측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 4에 표시된 단일염기 다형성 마커의 명칭 SMBC_숫자 중 "숫자" 부분을 나타낸 것이고, =의 우측의 괄호안에 표시된 숫자는 하기 표 4에 나타낸 바와 같은 상기 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 유전자형을 나타내는 것으로, 0은 A1A1, 1은 A1A2, 2는 A2A2, 0-는 A1A2 또는 A2A2 및 2-는 A1A1 또는 A1A2 유전자형을 나타내고, 상기 A1 또는 A2 대립인자 (allele)는 표 4에 나타낸 각 단일염기 다형성 마커의 다형성 부위에서의 염기서열을 나타내는 것으로 각각 하기 표 4에 나타낸 바와 같으며,
    표 4.
    Figure 112011075344481-pat00030
    표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  5. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 다형성 부위에서의 염기서열의 결정은 상기 표 2에 나타낸 다형성 서열의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 프로브로서 기판에 고정화되어 있는 마이크로어레이에 상기 피검자로부터 유래된 폴리뉴클레오티드의 단편을 혼성화시키는 단계; 및
    상기 혼성화 정도를 측정하는 단계를 포함하는 방법에 의하여 이루어지는 것인 방법.
  6. 제2항에 있어서, 상기 표 1에 나타낸 Y01의 다중좌 마커가 존재하는지를 결정하는 단계를 더 포함하는 방법.
  7. 삭제
  8. 하기 표 2에 나타낸 SMBC_013의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 유방암 진단용 마이크로어레이:
    표 2.
    Figure 112011075344481-pat00031
    표 2에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다..
  9. 제8항에 있어서, 하기 표 4의 다형성 서열 SMBC_013, SMBC_025, SMBC_034 및 SMBC_062의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 유방암 진단용 마이크로어레이:
    표 4.
    Figure 112011075344481-pat00032
    표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  10. 제8항에 있어서, 하기 표 4의 다형성 서열 SMBC_013, SMBC_016, SMBC_061, SMBC_084 및 SMBC_087; SMBC_013, SMBC_034, SMBC_046, SMBC_061 및 SMBC_084; SMBC_011, SMBC_013, SMBC_018, SMBC_020 및 SMBC_054; 및 SMBC_013, SMBC_034, SMBC_054, SMBC_061 및 SMBC_084; 중 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 유방암 진단용 마이크로어레이:
    표 4.
    Figure 112011075344481-pat00033
    표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  11. 하기 표 2에 나타낸 SMBC_013의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 유방암 진단용 키트:
    표 2.
    Figure 112011075344481-pat00034
    표 2에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다..
  12. 제11항에 있어서, 하기 표 4의 다형성 서열 SMBC_013, SMBC_025, SMBC_034 및 SMBC_062의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 유방암 진단용 키트:
    표 4.
    Figure 112011075344481-pat00035
    표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  13. 제11항에 있어서, 하기 표 4의 다형성 서열 SMBC_013, SMBC_016, SMBC_061, SMBC_084 및 SMBC_087; SMBC_013, SMBC_034, SMBC_046, SMBC_061 및 SMBC_084; SMBC_011, SMBC_013, SMBC_018, SMBC_020 및 SMBC_054; 및 SMBC_013, SMBC_034, SMBC_054, SMBC_061 및 SMBC_084; 중 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 유방암 진단용 키트:
    표 4.
    Figure 112011075344481-pat00036
    표 4에 있어서, 명칭은 다형성 서열의 명칭을 나타내고, rs 번호는 NCBI 젠뱅크 확인 번호를 나타내고, A1과 A2는 다형성 부위에서의 대립인자를 나타낸다.
  14. 제3항 또는 제4항에 있어서, 상기 다형성 부위에서의 염기서열의 결정은 상기 표 4에 나타낸 다형성 서열의 다형성 부위 (101 번째 뉴클레오티드)의 뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 프로브로서 기판에 고정화되어 있는 마이크로어레이에 상기 피검자로부터 유래된 폴리뉴클레오티드의 단편을 혼성화시키는 단계; 및
    상기 혼성화 정도를 측정하는 단계를 포함하는 방법에 의하여 이루어지는 것인 방법.
  15. 제4항에 있어서, 상기 표 3에 나타낸 다중좌 마커 중 O14, O15, O22 및 O23 중 하나이상의 다중좌 마커가 존재하는지를 결정하는 단계를 더 포함하는 방법.
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