JP7475272B2 - ナンセンス変異依存rna分解機構に基づく状態および疾患の処置のためのアンチセンスオリゴマー - Google Patents

ナンセンス変異依存rna分解機構に基づく状態および疾患の処置のためのアンチセンスオリゴマー Download PDF

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Description

相互参照
[0001]本出願は、それぞれその全体が参照によって本明細書に組み込まれる、2017年10月23日に提出された米国仮出願第62/575,924号、および2018年5月4日に提出された米国仮出願第62/667,200号の利益を主張する。
[0002]遺伝子における選択的スプライシング事象は、異常なタンパク質発現をもたらし得る非生産的mRNA転写物をもたらす可能性があり、遺伝子における選択的スプライシング事象を標的とすることができる治療剤は、患者における機能性タンパク質の発現レベルを調節する、および/または異常なタンパク質発現を阻害することができる。そのような治療剤は、タンパク質欠損によって引き起こされる状態または疾患を処置するために使用することができる。
[0003]ある特定の実施形態において、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞によって標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって、治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法が本明細書に記載される。
[0004]ある特定の実施形態において、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって、疾患または状態を処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードする細胞中のmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、対象の細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法が本明細書に記載される。
[0005]一部の実施形態において、治療剤は、(a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、(b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または(c)(a)および(b)の組合せである。
[0006]一部の実施形態において、治療剤は、NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の、標的化部分の領域への結合に干渉する。一部の実施形態において、標的化部分はNMDエクソンの近位にある。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンの5’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンの5’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンの3’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンの3’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド下流にある。
[0007]一部の実施形態において、標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある。
[0008]一部の実施形態において、標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある。
[0009]一部の実施形態において、標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある。
[0010]一部の実施形態において、標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある。
[0011]一部の実施形態において、標的化部分は、標的タンパク質をコードするmRNAの2つの標準的なエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域はNMDエクソンを含有する。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンと少なくとも部分的に重複する。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する。一部の実施形態において、標的化部分は、5’NMDエクソン-イントロン接合部または3’NMDエクソン-イントロン接合部を含む。一部の実施形態において、標的化部分はNMDエクソン内にある。一部の実施形態において、標的化部分は、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む。
[0012]一部の実施形態において、標的タンパク質をコードするmRNAは、配列番号135~191からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、標的タンパク質をコードするmRNAは、配列番号1~5、12、19~21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55~57、および192~211からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。一部の実施形態において、mRNAの標的化部分は、配列番号135~191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、薬剤はアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOは、配列番号135~191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む。
[0013]一部の実施形態において、mRNAの標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある。
[0014]一部の実施形態において、mRNAの標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にある。
[0015]一部の実施形態において、mRNAの標的化部分は、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるエクソンのエクソン-イントロン接合部を含む。
[0016]一部の実施形態において、産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である。
[0017]一部の実施形態において、治療剤は、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除は、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルは、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルは、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。
[0018]一部の実施形態において、疾患または状態は、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘発される。
[0019]一部の実施形態において、疾患または状態は、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象は、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する。一部の実施形態において、疾患または状態は、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される。
[0020]一部の実施形態において、疾患または状態は、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象は、(i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または(ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である第1のアレル、および(iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または(iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である第2のアレルを有する。一部の実施形態において、疾患または状態は、アルポート症候群;神経セロイドリポフスチン症3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;メチルマロン酸尿症;プロピオン酸血症;網膜色素変性症59;テイ・サックス病;先天性無痛症;ならびに常染色体劣性HSAN2Dからなる群から選択される。
[0021]一部の実施形態において、治療剤は、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。一部の実施形態において、治療剤は、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害する。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除は、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを減少させる。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルは、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である。
[0022]一部の実施形態において、治療剤は、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルは、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である。
[0023]一部の実施形態において、疾患または状態は、標的タンパク質における機能獲得型変異によって誘発される。一部の実施形態において、対象は、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する。
[0024]一部の実施形態において、治療剤は、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる。一部の実施形態において、標的タンパク質はSCN8Aを含む。一部の実施形態において、疾患または状態は中枢神経系疾患を含む。一部の実施形態において、疾患または状態はてんかんを含む。一部の実施形態において、疾患または状態はドラベ症候群を含む。
[0025]一部の実施形態において、治療剤はアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む。一部の実施形態において、治療剤はアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む。
[0026]一部の実施形態において、治療剤はアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、各糖部分は修飾糖部分である。
[0027]一部の実施形態において、治療剤はアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーは、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる。
[0028]一部の実施形態において、治療剤はアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーは、mRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である。
[0029]一部の実施形態において、方法は、標的タンパク質のmRNAレベルまたは発現レベルを評価するステップをさらに含む。
[0030]一部の実施形態において、対象はヒトである。一部の実施形態において、対象は非ヒト動物である。一部の実施形態において、対象は胎児、胚、または小児である。一部の実施形態において、細胞はエクスビボである。一部の実施形態において、治療剤は、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される。一部の実施形態において、方法は、第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む。
[0031]一部の実施形態において、第2の治療剤は低分子である。一部の実施形態において、第2の治療剤はアンチセンスオリゴマーである。一部の実施形態において、第2の治療剤はイントロン保持を是正する。
[0032]一部の実施形態において、疾患または状態は、16p11.2欠失症候群;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経セロイドリポフスチン症3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;錐体桿体網膜ジストロフィー2;コルネリア・デ・ランゲ;常染色体優性難聴13;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;家族性熱性痙攣3B;先天性無痛症;常染色体劣性HSAN2D;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体優性精神遅滞1;常染色体優性精神遅滞5;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;NASH;神経線維腫症1型;神経線維腫症2型;視神経萎縮1型;プロピオン酸血症;網膜色素変性症18;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;テイ・サックス病;ならびにワーグナー症候群1からなる群から選択される。
参照による組込み
[0033]本明細書において言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、個々の各刊行物、特許、または特許出願が参照によって組み込まれることが具体的かつ個別的に指示される場合と同じ程度に、参照によって本明細書に組み込まれる。
[0034]本開示の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲において詳細に記載される。本開示の特徴および利点のより良好な理解は、本開示の原理が利用される例証的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、および添付の図面を参照することによって得られると予想される。
[0035]図1Aは、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有する標的mRNA(NMDエクソンmRNA)、および全長標的タンパク質または機能性RNAの発現を増加させるナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソンの治療剤媒介排除の概略図を示す。図1Aは、核および細胞質区画に分けられた細胞を示す。核において、標的遺伝子のmRNA前駆体転写物はスプライシングを受けてmRNAを生成し、このmRNAは、細胞質へ輸送され標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子に関して、mRNAのある部分は、細胞質において分解されるナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソンを含有し(NMDエクソンmRNA)、したがって標的タンパク質産生をもたらさない。 [0036]図1Bは、核および細胞質区画に分けられた同じ細胞の一例を示す。治療剤、例えばアンチセンスオリゴマー(ASO)を用いる処理は、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソンの排除を促進し、mRNAの増加を結果的にもたらし、mRNAはより高いレベルの標的タンパク質に翻訳される。 [0037]図2は、CD46遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CD46遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CD46遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 207770363 207783291において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0038]図3は、COL11A2遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、COL11A2遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、COL11A2遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr6 33181172 33184144において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0039]図4は、CR1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CR1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CR1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 207630622 207639396において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0040]図5は、CRX遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CRX遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CRX遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr19 47834545 47836242において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0041]図6は、DNAJC8遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、DNAJC8遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、DNAJC8遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 28229025 28232920において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0042]図7は、MYH14遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MYH14遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MYH14遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr19 50230625 50231929において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0043]図8は、SEMA3C遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SEMA3C遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SEMA3C遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr7 80789529 80798091において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0044]図9は、VCAN遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、VCAN遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、VCAN遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr5 83542270 83545536において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0045]図10は、OPAI遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、OPAI遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、OPAI遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr3 193626204 193631611において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0046]図11は、COL4A3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、COL4A3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、COL4A3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 227295318 227297673において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0047]図12は、DHDDS遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、DHDDS遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、DHDDS遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 26438286 26442730において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0048]図13は、CFH遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CFH遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CFH遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 196673964 196675988において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0049]図14は、AKT3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、AKT3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、AKT3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 243563849 243572925において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0050]図15は、TOPORS遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、TOPORS遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、TOPORS遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr9 32550970 32552433において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0051]図16は、PRPF3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、PRPF3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、PRPF3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 150325883 150328319において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0052]図17は、PRPF3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、PRPF3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、PRPF3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 150328468 150332683において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0053]図18は、NIPBL遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NIPBL遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NIPBL遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr5 37046201 37048501において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0054]図19は、CBS遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CBS遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CBS遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr21 43059305 43060440において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0055]図20は、PKP2遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、PKP2遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、PKP2遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr12 32879034 32896508において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0056]図21は、COL4A4遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、COL4A4遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、COL4A4遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 227144560 227147412において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0057]図22は、COL4A4遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、COL4A4遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、COL4A4遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 227012299 227022047において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0058]図23は、CYP2J2遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CYP2J2遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CYP2J2遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 59901104 59904870において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0059]図24は、PPARA遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、PPARA遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、PPARA遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr22 46198592 46215172において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0060]図25は、SEMA3D遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SEMA3D遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SEMA3D遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0061]図26は、ERN1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、ERN1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、ERN1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr17 64098242 64129975において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0062]図27は、GUCY2F遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、GUCY2F遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、GUCY2F遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chrX 109382213 109385183において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0063]図28は、GUCY2F遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、GUCY2F遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、GUCY2F遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chrx 109430397 109441350において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0064]図29は、SCN2A遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SCN2A遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SCN2A遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 165326986 165331329において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0065]図30は、SCN8A遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SCN8A遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SCN8A遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr12 51687221 51689004において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0066]図31は、SCN8A遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SCN8A遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SCN8A遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr12 51774364 51786541において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0067]図32は、SCN9A遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SCN9A遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SCN9A遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 166304123 166305791において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0068]図33は、CLN3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CLN3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CLN3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr16 28477879 28482104において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0069]図34は、MAPK3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MAPK3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MAPK3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr16 30114710 30116635において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0070]図35は、NF1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NF1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NF1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr17 31249120 31252937において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0071]図36は、MBD5遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MBD5遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MBD5遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 148502511 148510059において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0072]図37は、MBD5遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MBD5遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MBD5遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 148458873 148462581において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0073]図38は、MBD5遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MBD5遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MBD5遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 148490596 148502435において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0074]図39は、NF2遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NF2遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NF2遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr22 29604114 29636750において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0075]図40は、MYO6遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MYO6遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MYO6遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr6 75867107 75870646において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0076]図41は、SYNGAP1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SYNGAP1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SYNGAP1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr6 33447935 33451759において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0077]図42は、SIRT3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、SIRT3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、SIRT3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr11 224241 230451において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0078]図43は、CACNA1A遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CACNA1A遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CACNA1A遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr19 13235732 13241520において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0079]図44は、CHD2遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、CHD2遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、CHD2遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr15 92997404 92998498において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0080]図45は、NSD1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NSD1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NSD1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr5 177136032 177191883において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0081]図46は、NSD1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NSD1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NSD1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr5 177192021 177204119において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0082]図47は、NSD1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NSD1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NSD1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr5 177246798 177248180において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0083]図48は、NSD1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NSD1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NSD1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr5 177273786 177280564において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0084]図49は、EIF2AK3遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、EIF2AK3遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、EIF2AK3遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr2 88579641 88583429において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0085]図50は、GALE遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、GALE遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、GALE遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr1 23798232 23798614において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0086]図51は、HEXA遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、HEXA遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、HEXA遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr15 72356652 72375719において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0087]図52は、HEXA遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、HEXA遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、HEXA遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr15 72345552 72346234において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0088]図53は、NR1H4遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、NR1H4遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、NR1H4遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr12 100493403 100505574において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0089]図54は、STK11遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、STK11遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、STK11遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr19 1207204 1218416において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0090]図55は、STK11遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、STK11遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、STK11遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr19 1221341 1221948において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0091]図56は、PCCA遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、PCCA遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、PCCA遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr13 100302999 100307191において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0092]図57は、MUT遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、MUT遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、MUT遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr6 49435625 49440205において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0093]図58は、OPA1遺伝子における例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。RNA配列決定を使用する、OPA1遺伝子におけるNMD誘導エクソンの同定は、UCSCゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、OPA1遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。RNA配列決定読取りに対応するピークは、中段のパネルに示されるイントロンGRCh38/hg38:chr3 193593374 193614710において同定された。バイオインフォマティクス分析により、3’および5’スプライス部位に挟まれたエクソン様配列(下段のパネル、大文字で強調された配列)を同定した。このエクソンの包含は、未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をNMDの標的にする。 [0094]図59は、様々な細胞株におけるピューロマイシンまたはシクロヘキシミド処理を介したNMD誘導エクソンの確認を示す。水処理、DMSO処理、ピューロマイシン処理、またはシクロヘキシミド処理細胞に由来する総RNAを使用したRT-PCR分析により、AKT3遺伝子のNMD誘導エクソン8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)に対応するバンドの存在を確認した。 [0095]図60は、AKT3エクソン8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)領域を中心とした例示的なASO歩行を示す。AKT3エクソン8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)領域を中心として、3’スプライス部位の上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、エクソン8xの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的として実施したASO歩行のグラフィック表示を示す。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0096]図61は、逆転写Taqman-qPCRによって評価したAKT3エクソン8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)領域ASO歩行を示す。Shamと比べたAKT3産生mRNA産物の倍率変化のグラフをプロットする。 [0097]図62は、様々な細胞株におけるシクロヘキシミド処理を介したNMD誘導エクソンの確認を示す。DMSO処理またはシクロヘキシミド処理細胞に由来する総RNAを使用したRT-PCR分析により、PCCA遺伝子のNMD誘導エクソン14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)に対応するバンドの存在を確認した。 [0098]図63は、PCCAエクソン14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)領域を中心とした例示的なASO歩行を示す。PCCAエクソン14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)領域を中心として、3’スプライス部位の上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、エクソン14xの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的として実施したASO歩行のグラフィック表示を示す。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0099]図64は、逆転写Taqman-qPCRおよびRT-PCRによって評価したPCCAエクソン14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)領域ASO歩行を示す。Shamと比べたPCCA産生mRNA産物の倍率変化(灰色)およびNMDエクソン包含百分率の変化(黒色)のグラフをプロットする。 [0100]図65は、様々な細胞株におけるピューロマイシンまたはシクロヘキシミド処理を介したNMD誘導エクソンの確認、ならびに脳および網膜試料におけるNMD誘導エクソンの確認を示す。水処理、DMSO処理、ピューロマイシン処理、またはシクロヘキシミド処理細胞に由来する総RNAを使用したRT-PCR分析により、OPA1遺伝子のNMD誘導エクソン7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)に対応するバンドの存在を確認した。 [0101]図66は、OPA1エクソン7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)領域を中心とした例示的なASO歩行を示す。OPA1エクソン7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)領域を中心として、3’スプライス部位の上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、エクソン7xの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的として実施したASO歩行のグラフィック表示を示す。ASOは、一度に5ヌクレオチド、またはスプライス部位領域を横断する際は3ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0102]図67は、Taqman RT-qPCRによって評価したOPA1エクソン7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)領域ASO歩行を示す。Shamと比べたOPA1産生mRNA産物の倍率変化のグラフをプロットする。 図68は、Taqman RT-qPCRによって評価したOPA1エクソン7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)領域ASO歩行を示す。Shamと比べたOPA1産生mRNA産物の倍率変化のグラフをプロットする。 [0103]図69は、ReNCell VMにおけるシクロヘキシミド処理を介したNMD誘導エクソンの確認、およびヒト皮質とサル皮質の両方においてNMD誘導エクソンmRNA(NF1)が存在することの確認を示す。DMSO処理またはシクロヘキシミド処理細胞に由来する総RNAを使用したRT-PCR分析により、NF1遺伝子のNMD誘導エクソン31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)に対応するバンドの存在を確認した。 [0104]図70は、NF1エクソン31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)領域を中心とした例示的なASO歩行を示す。NF1エクソン31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)領域を中心として、3’スプライス部位の上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、エクソン31xの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的として実施したASO歩行のグラフィック表示を示す。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0105]図71は、RT-PCR(上段)およびRT-Taqman-qPCR(下段)によって評価したNF1エクソン31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)領域ASO歩行を示す。エクソン31xの減少を指示するRT-PCR結果、およびShamと比べたNF1産生mRNA産物の倍率変化のグラフを示す。 [0106]図72は、様々な細胞株におけるピューロマイシンまたはシクロヘキシミド処理を介したNMD誘導エクソンの確認を示す。水処理、DMSO処理、ピューロマイシン処理、またはシクロヘキシミド処理細胞に由来する総RNAを使用したRT-PCR分析により、SYNGAP1遺伝子のNMD誘導エクソン18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)に対応するバンドの存在を確認した。 [0107]図73は、SYNGAP1エクソン18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)領域を中心とした例示的なASO歩行を示す。SYNGAP1エクソン18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)領域を中心として、3’スプライス部位の上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、エクソン18xの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的として実施したASO歩行のグラフィック表示を示す。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0108]図74は、RT-PCR(上段)およびRT-Taqman-qPCR(下段)によって評価したSYNGAP1エクソン18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)領域ASO歩行を示す。エクソン18x包含%、およびShamと比べたSYNGAP1産生mRNA産物の倍率変化のグラフをプロットする(それぞれ上段および下段)。 [0109]図75は、シクロヘキシミド処理を介したNMD誘導エクソンの確認を示す。DMSO処理またはシクロヘキシミド処理細胞に由来する総RNAを使用したRT-PCR分析により、CHD2遺伝子のNMD誘導エクソン30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)に対応するバンドの存在を確認した。また、マウス、非ヒト霊長類、およびヒトに由来する皮質試料における、NMD誘導エクソン30xを含有するmRNAの存在を実証するRT-PCR分析も示す。 [0110]図76は、CHD2エクソン30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)領域を中心とした例示的なASO歩行を示す。CHD2エクソン30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)領域を中心として、3’スプライス部位の上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、エクソン30xの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的として実施したASO歩行のグラフィック表示を示す。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0111]図77は、RT-PCRによって評価したCHD2エクソン30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)領域ASO歩行を示す。NMD誘導エクソン30xを含有するmRNAの量の変化を実証するRT-PCR結果を示す。 [0112]図78は、異なるASOによって誘導された、CHD2非産生エクソン(エクソン30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261))およびCHD2産生mRNAのレベルの変化を示す。
[0113]ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1遺伝子における選択的スプライシング事象は、異常なタンパク質発現をもたらし得る非生産的mRNA転写物をもたらす可能性があり、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1遺伝子における選択的スプライシング事象を標的とすることができる治療剤は、DS患者における機能性タンパク質の発現レベルを調節する、および/または異常なタンパク質発現を阻害することができる。そのような治療剤は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質欠損によって引き起こされる状態を処置するために使用することができる。
[0114]非生産的mRNA転写物をもたらす可能性がある選択的スプライシング事象の1つは、mRNA転写物への、ナンセンス変異依存mRNA分解機構を誘導し得る追加のエクソンの包含である。本開示は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1の選択的スプライシングを調節して、タンパク質をコードする成熟mRNA、したがって、翻訳された機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の産生を増加させるための組成物および方法を提供する。これらの組成物および方法は、エクソンスキッピング、例えば偽エクソンスキッピングを引き起こし、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体の構成的スプライシングを促進することができるアンチセンスオリゴマー(ASO)を含む。様々な実施形態において、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質は、本開示の方法を使用して増加されて、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質欠損によって引き起こされる状態を処置することができる。
スプライシングおよびナンセンス変異依存mRNA分解機構
[0115]介在配列またはイントロンは、スプライソソームと称される、大きく、高度に動的なRNA-タンパク質複合体によって除去され、このことが一次転写物と、核内低分子RNA(snRNA)と、多数のタンパク質との間の複雑な相互作用を調整する。スプライソソームは、その都度各イントロン上に規則正しく集合し、U1 snRNAによる5’スプライス部位(5’ss)またはU2経路による3’スプライス部位(3’ss)の認識から開始し、U2経路は、U2補助因子(U2AF)の3’ss領域への結合に関与して、U2が分岐点配列(BPS)に結合することを容易にする。U2AFは、ポリピリミジントラクト(PPT)を結合する、U2AF2によってコードされる65kDのサブユニット(U2AF65)、および3‘ssにおいて高度に保存されたAGジヌクレオチドと相互作用し、U2AF65が結合することを安定化させる、U2AF1によってコードされる35kDのサブユニット(U2AF35)から構成される安定なヘテロ二量体である。正確なスプライシングは、BPS/PPTユニットおよび3’ss/5’ssに加えて、イントロンまたはエクソンスプライシングエンハンサーまたはサイレンサーとして公知の、スプライス部位認識を活性化または抑制する補助配列または構造を必要とする。これらのエレメントは、同じ配列を有するが本来の部位よりも10倍多い、高等真核生物のゲノムにおける非常に過剰な潜在的または偽部位の中から、真のスプライス部位が認識されることを可能にする。エレメントはしばしば制御機能を有するが、その活性化または抑制の厳密な機構は、十分に理解されていない。
[0116]スプライスするか否かの決定は、最も明確なスプライシングシグナルでさえ時折誤ってスプライスすることがあるように、典型的には、決定的な過程というよりはむしろ確率的な過程としてモデル化することができる。しかしながら、通常の条件下では、mRNA前駆体スプライシングは驚くほど高い忠実度で行われる。これは、部分的には、隣接するシス作用性補助エクソンおよびイントロンスプライシング制御エレメント(ESRまたはISR)の活性に起因すると考えられる。典型的には、これらの機能的エレメントは、スプライシングを刺激または阻害する能力に基づいて、それぞれエクソンまたはイントロンスプライシングエンハンサー(ESEもしくはISE)またはサイレンサー(ESSもしくはISS)のいずれかに分類される。現在、一部の補助的なシス作用性エレメントはスプライソソーム集合の動力学、例えばU1 snRNPと5’ssとの間における複合体の布置に影響を及ぼすことによって作用し得るという証拠が存在するが、多くのエレメントはトランス作用性RNA結合タンパク質(RBP)と協力して機能するという可能性は、非常に高いように思われる。例えば、RBPのセリンおよびアルギニンが豊富なファミリー(SRタンパク質)は、エクソンを定義することにおいて重要な役割を有するタンパク質の保存されたファミリーである。SRタンパク質は、プレスプライソソームの成分を隣接するスプライス部位に動員することによって、またはその近傍においてESSの効果を弱めることによってエクソン認識を促進する。ESSの抑制効果は、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質(hnRNP)ファミリーのメンバーによって媒介することができ、コアスプライシング因子の隣接するスプライス部位への動員を変更させることができる。サイレンサーエレメントは、スプライシング制御における役割に加えて、エクソンの典型的な空間を有するが機能的なオープンリーディングフレームを有しない数組のデコイイントロンスプライス部位である偽エクソンの抑制における役割を有することが示唆される。ESEおよびESSは、同族のトランス作用性RBPと共に、mRNAがその前駆体から組み立てられる方法、場所、および時を指定する1組のスプライシング統御因子における重要な成分の代表である。
[0117]エクソン-イントロン境界を示す配列は、ヒト遺伝子内に高頻度で生じ得る、様々な強さの退化したシグナル(degenerate signal)である。多エクソン遺伝子では、異なる対のスプライス部位が多くの異なる組合せで一緒に連結して、単一の遺伝子から多種多様な転写物を作り出すことができる。これは一般的に選択的mRNA前駆体スプライシングと称される。選択的スプライシングによって産生される大半のmRNAアイソフォームは、核から輸送され、機能性ポリペプチドに翻訳され得るが、単一の遺伝子に由来する異なるmRNAアイソフォームは、その翻訳効率に大きくばらつきがあることがある。エクソン接合部複合体の少なくとも50bp上流に未成熟終止コドン(PTC)を有するmRNAアイソフォームは、ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)経路による分解の標的となる可能性が高い。伝統的な(BPS/PPT/3’ss/5’ss)および補助的なスプライシングモチーフにおける変異は、異常なスプライシング、例えばエクソンスキッピング、または潜在的(もしくは偽)エクソン包含もしくはスプライス部位活性化を引き起こし、ヒトの罹患率および死亡率の重大な一因となることがある。異常なスプライシングパターンと選択的スプライシングパターンの両方は、エクソンおよびイントロンにおける天然のDNAバリアントの影響を受け得る。
[0118]エクソン-イントロン境界がコドンの3つの位置のいずれかで生じ得るということを考慮すると、選択的スプライシング事象のサブセットのみが標準的なオープンリーディングフレームを維持することができるということは明らかである。例えば、3で割り切れるエクソンのみが、リーディングフレームの一切の変更なしに、スキップされるか、またはmRNAに包含され得る。適合性のある相を有しないスプライシング事象は、フレームシフトを誘導し得る。下流の事象によって取り消されない限り、フレームシフトは確実に1つまたは複数のPTCをもたらし、おそらくNMDによるその後の分解を結果的にもたらす。NMDは、PTCを含有するmRNAを除外する翻訳連動機構である。NMDは、全ての真核生物に存在する監視経路として機能することができる。NMDは、未成熟停止コドンを含有するmRNA転写物を除外することによって、遺伝子発現における失敗を減らすことができる。これらの異常なmRNAの翻訳は、場合によっては、結果として生じるタンパク質の有害な機能獲得型または機能阻害活性をもたらし得る。NMDは、PTCを有する転写物だけでなく、多くの内在性の遺伝子から発現した幅広いmRNAアイソフォームも標的とし、このことは、NMDが細胞における定常状態のRNAレベルの微細な調整と大まかな調整の両方を駆動する主要制御因子であるということを示唆する。
[0119]NMD誘導エクソン(NIE)は、エクソン、またはイントロン内の領域である偽エクソンであり、成熟RNA転写物に包含される場合、NMD経路を活性化することができる。構成的スプライシング事象では、NIEを含有するイントロンは通例切り出されるが、選択的または異常なスプライシング事象の間では、イントロンまたはその部分(例えばNIE)は保持される場合がある。そのようなNIEを含有する成熟mRNA転写物は、NMD経路を誘導するフレームシフトのために、非生産的であり得る。成熟RNA転写物へのNIEの包含は、遺伝子発現を下方制御し得る。NIEを含有するmRNA転写物は、本開示において、「NIE含有mRNA」または「NMDエクソンmRNA」と称される場合がある。
[0120]潜在的(または偽スプライス部位)は、真のスプライス部位と同じスプライシング認識配列を有するが、スプライシング反応において使用されない。それらはヒトゲノムにおける真のスプライス部位よりも10倍多く、通常は、今のところ十分に理解されていない分子機構によって抑制される。潜在的5’スプライス部位は、コンセンサスなNNN/GUNNNNまたはNNN/GCNNNNを有し、ここで、Nは任意のヌクレオチドであり、/はエクソン-イントロン境界である。潜在的3’スプライス部位は、コンセンサスなNAG/Nを有する。これらのスプライス部位の活性化は、それらを本来のスプライス部位の最適なコンセンサス、すなわち、それぞれ、MAG/GURAGUおよびYAG/Gにより類似させる周囲のヌクレオチドによって正の影響を受け、ここで、MはCまたはAであり、RはGまたはAであり、YはCまたはUである。
[0121]スプライス部位およびその制御配列は、当業者であれば、例えばKralovicova,J.およびVorechovsky,I.(2007)Global control of aberrant splice site activation by auxiliary splicing sequences:evidence for a gradient in exon and intron definition.Nucleic Acids Res.、35、6399~6413(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2095810/pdf/gkm680.pdf)に列挙されている公的に利用可能な好適なアルゴリズムを使用して容易に同定することができる。
[0122]潜在的スプライス部位またはスプライシング制御配列は、U2AF等のRNA結合タンパク質に関して、NIEのスプライス部位と競合し得る。一部の実施形態において、薬剤は、潜在的スプライス部位またはスプライシング制御配列に結合して、RNA結合タンパク質の結合を妨げ、それにより、RNA結合タンパク質のNIEスプライス部位への結合に助力してもよい。
[0123]一部の実施形態において、潜在的スプライス部位は、NIEの5’または3’スプライス部位を含まない場合がある。一部の実施形態において、潜在的スプライス部位は、NIE5’スプライス部位の、少なくとも10ヌクレオチド、少なくとも20ヌクレオチド、少なくとも50ヌクレオチド、少なくとも100ヌクレオチド、または少なくとも200ヌクレオチド上流であり得る。一部の実施形態において、潜在的スプライス部位は、NIE3’スプライス部位の、少なくとも10ヌクレオチド、少なくとも20ヌクレオチド、少なくとも50ヌクレオチド、少なくとも100ヌクレオチド、少なくとも200ヌクレオチド下流であり得る。
標的転写物
[0124]一部の実施形態において、本開示の方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1遺伝子から転写されたmRNA前駆体におけるNIEの存在を活用する。機能性成熟ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNAを産生する、同定されたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE mRNA前駆体種のスプライシングは、NIEのエクソンスキッピングを刺激するASO等の治療剤を使用して誘導することができる。エクソンスキッピングの誘導は、NMD経路の阻害を結果的にもたらすことができる。結果として生じる成熟ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNAは、通常はNMD経路を活性化させることなく翻訳され、それにより患者の細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の量を増加させ、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1欠損に関連する状態または疾患、例えば、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5の症状を軽減することができる。
[0125]一部の実施形態において、本明細書に開示される方法または組成物を使用して処置または改善することができる疾患または状態は、治療剤が標的とする標的タンパク質(遺伝子)に直接関連しない。一部の実施形態において、本明細書で提供される治療剤は、疾患または状態に直接関連しないタンパク質(遺伝子)を標的とし得るが、その標的タンパク質(遺伝子)の発現の調節により、疾患または状態を処置または改善することができる。例えば、本明細書で提供される治療剤によってCD46、CFH、CR1、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、GUCY2F、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、またはAKT3等の遺伝子を標的とすることにより、眼疾患または状態を処置または改善することができる。一部の実施形態において、遺伝子CD46、CFH、CR1、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、GUCY2F、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、またはAKT3を標的とすることは、経路(眼)に適応があると言われる。一部の実施形態において、SCN8A等の遺伝子を標的とすることにより、中枢神経系疾患、例えばてんかん、例えばドラベ症候群を処置または改善することができる。一部の実施形態において、SCN8Aのような標的遺伝子は、経路(中枢神経系)または経路(中枢神経系、てんかん)に適応があると言われる。
[0126]様々な実施形態において、本開示は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA転写物を標的として、スプライシングまたはタンパク質発現レベルを調節することができる治療剤を提供する。治療剤は、低分子、ポリヌクレオチド、またはポリペプチドであり得る。一部の実施形態において、治療剤はASOである。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体の様々な領域または配列が、治療剤、例えばASOによって標的とされ得る。一部の実施形態において、ASOは、NIEを含有するABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のNIE内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のNIEの5’末端(3’ss)から上流(または5’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のNIEの3’末端(5’ss)から下流(または3’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のNIEの5’末端に隣り合うイントロン内にある配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のNIEの3’末端と隣り合うイントロン内にある配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のNIE-イントロン境界を含む配列を標的とする。NIE-イントロン境界は、イントロン配列とNIE領域との接合部を指してもよい。イントロン配列は、NIEの5’末端またはNIEの3’末端と隣り合っていてもよい。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX

、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のエクソン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のイントロン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物の、イントロンの一部分とエクソンの一部分の両方を含む配列を標的とする。
[0127]一部の実施形態において、ASOは、NIEの5’末端から約4から約300ヌクレオチド上流(または5’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、NIE領域の5’末端から約1から約20ヌクレオチド、約20から約50ヌクレオチド、約50から約100ヌクレオチド、約100から約150ヌクレオチド、約150から約200ヌクレオチド、約200から約250ヌクレオチド、または約250から約300ヌクレオチド上流(または5’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、NIEの5’末端から300ヌクレオチド超上流の配列を標的としてもよい。一部の実施形態において、ASOは、NIEの3’末端から約4から約300ヌクレオチド下流(または3’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、NIEの3’末端から約1から約20ヌクレオチド、約20から約50ヌクレオチド、約50から約100ヌクレオチド、約100から約150ヌクレオチド、約150から約200ヌクレオチド、約200から約250ヌクレオチド、または約250から約300ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、NIEの3’末端から300ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0128]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体転写物は、配列番号1~59または192~211のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE mRNA前駆体転写物は、配列番号60~191のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。
[0129]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体転写物(またはNMDエクソンmRNA)は、配列番号60~191のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体転写物(またはNMDエクソンmRNA)は、配列番号60~191のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列によってコードされる。一部の実施形態において、NMDエクソンmRNAの標的化部分は、配列番号60~191のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。
[0130]一部の実施形態において、ASOは、NIEエクソン8を含むABCB4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン8x、NIEエクソン9を含むASS1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン9x、NIEエクソン16を含むATP8B1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン16x、NIEエクソン1を含むBAG3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン31を含むCACNA1A NIE含有mRNA前駆体のエクソン31x、NIEエクソン36を含むCACNA1A NIE含有mRNA前駆体のエクソン36x、NIEエクソン37を含むCACNA1A NIE含有mRNA前駆体のエクソン37x、NIEエクソン3を含むCBS NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン12を含むCBS NIE含有mRNA前駆体のエクソン12x、NIEエクソン1を含むCD55 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン16を含むCDKL5 NIE含有mRNA前駆体のエクソン16x、NIEエクソン3を含むCFH NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン30を含むCHD2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン30x、NIEエクソン4を含むCHRNA7 NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン1を含むCISD2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン15を含むCLN3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン15x、NIEエクソン11を含むCOL4A3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン41を含むCOL4A3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン41x、NIEエクソン22を含むCOL4A4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン22x、NIEエクソン44を含むCOL4A4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン44x、NIEエクソン20を含むDEPDC5 NIE含有mRNA前駆体のエクソン20x、NIEエクソン2を含むDHDDS NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン3を含むELOVL4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン5を含むFAH NIE含有mRNA前駆体のエクソン5x、NIEエクソン4を含むFXN NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン4を含むGALE NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン3を含むGBE1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン11を含むGRIN2A NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン1を含むGRN NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン2を含むHEXA NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン2を含むKANSL1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン1を含むKCNQ2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン50を含むKMT2D NIE含有mRNA前駆体のエクソン50x、NIEエクソン8を含むMAPK3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン8x、NIEエクソン13を含むMBD5 NIE含有mRNA前駆体のエクソン13x、NIEエクソン2を含むMECP2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン11を含むMUT NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン31を含むNF1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン31x、NIEエクソン7を含むNIPBL NIE含有mRNA前駆体のエクソン7x、NIEエクソン38を含むNIPBL NIE含有mRNA前駆体のエクソン38x、NIEエクソン11を含むNSD1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン6を含むOPA1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン28を含むOPA1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン28x、NIEエクソン1を含むOPTN NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン1を含むPCCA NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン5を含むPCCB NIE含有mRNA前駆体のエクソン5x、NIEエクソン6を含むPCCB NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン4を含むPKP2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン23を含むPLCB1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン23x、NIEエクソン3を含むPRPF3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン9を含むPRPF31 NIE含有mRNA前駆体のエクソン9x、NIEエクソン1を含むRAI1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン5を含むRBFOX2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン5x、NIEエクソン13を含むSCN2A NIE含有mRNA前駆体のエクソン13x、NIEエクソン6を含むSCN3A NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン7を含むSCN3A NIE含有mRNA前駆体のエクソン7x、NIEエクソン4を含むSCN8A NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン6を含むSCN8A NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン20を含むSCN8A NIE含有mRNA前駆体のエクソン20x、NIEエクソン6を含むSCN9A NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン24を含むSHANK3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン24x、NIEエクソン3を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン6を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン9を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン9x、NIEエクソン11を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン13を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン13x、NIEエクソン1を含むSLC6A1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン12を含むSPTAN1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン12x、NIEエクソン10を含むTEK NIE含有mRNA前駆体のエクソン10x、NIEエクソン15を含むTEK NIE含有mRNA前駆体のエクソン15x、NIEエクソン1を含むTOPORS NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン11を含むTSC2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン30を含むTSC2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン30x、NIEエクソン1を含むUBE3A NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、またはNIEエクソン7を含むVCAN NIE含有mRNA前駆体のエクソン7xを標的とする。一部の実施形態において、ASOは、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 5168875

8 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070)を標的とする。
[0131]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの5’末端から約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流(または5’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、AKT3のGRCh38/hg38:chr1 243564388;CACNA1AのGRCh38/hg38:chr19 13236618;CBSのGRCh38/hg38:chr21 43060012;CD46のGRCh38/hg38:chr1 207775610;CFHのGRCh38/hg38:chr1 196675450;CHD2のGRCh38/hg38:chr15 92998149;CLN3のGRCh38/hg38:chr16 28479765;COL11A2のGRCh38/hg38:chr6 33183698;COL4A3のGRCh38/hg38:chr2 227296487;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227144833;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227015360;CR1のGRCh38/hg38:chr1 207637688;CRXのGRCh38/hg38:chr19 47835403;CYP2J2のGRCh38/hg38:chr1 59904516;DHDDSのGRCh38/hg38:chr1 26442335;DNAJC8のGRCh38/hg38:chr1 28230252;EIF2AK3のGRCh38/hg38:chr2 88582824;ERN1のGRCh38/hg38:chr17 64102804;GALEのGRCh38/hg38:chr1 23798484;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109383446;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109439175;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72362466;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72345776;MAPK3のGRCh38/hg38:chr16 30115645;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148460219;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148490695;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148505761;MUTのGRCh38/hg38:chr6 49436597;MYH14のGRCh38/hg38:chr19 50230825;MYO6のGRCh38/hg38:chr6 75867431;NF1のGRCh38/hg38:chr17 31249955;NF2のGRCh38/hg38:chr22 29628658;NIPBLのGRCh38/hg38:chr5 37048127;NR1H4のGRCh38/hg38:chr12 100499841;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177169394;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177200761;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177247924;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177275947;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193628509;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193603500;PCCAのGRCh38/hg38:chr13 100305751;PKP2のGRCh38/hg38:chr12 32894778;PPARAのGRCh38/hg38:chr22 46203575;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150327557;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150330401;SCN2AのGRCh38/hg38:chr2 165327155;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51688758;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51780202;SCN9AのGRCh38/hg38:chr2 166304329;SEMA3CのGRCh38/hg38:chr7 80794957;SEMA3DのGRCh38/hg38:chr7 85059541;SIRT3のGRCh38/hg38:chr11 226081;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1216268;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1221621;SYNGAP1のGRCh38/hg38:chr6 33448789;TOPORSのGRCh38/hg38:chr9 32551469;またはVCANのGRCh38/hg38:chr5 83544965から約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流(または5’側)の配列を標的とする。
[0132]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの5’末端から最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流(または5’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、AKT3のGRCh38/hg38:chr1 243564388;CACNA1AのGRCh38/hg38:chr19 13236618;CBSのGRCh38/hg38:chr21 43060012;CD46のGRCh38/hg38:chr1 207775610;CFHのGRCh38/hg38:chr1 196675450;CHD2のGRCh38/hg38:chr15 92998149;CLN3のGRCh38/hg38:chr16 28479765;COL11A2のGRCh38/hg38:chr6 33183698;COL4A3のGRCh38/hg38:chr2 227296487;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227144833;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227015360;CR1のGRCh38/hg38:chr1 207637688;CRXのGRCh38/hg38:chr19 47835403;CYP2J2のGRCh38/hg38:chr1 59904516;DHDDSのGRCh38/hg38:chr1 26442335;DNAJC8のGRCh38/hg38:chr1 28230252;EIF2AK3のGRCh38/hg38:chr2 88582824;ERN1のGRCh38/hg38:chr17 64102804;GALEのGRCh38/hg38:chr1 23798484;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109383446;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109439175;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72362466;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72345776;MAPK3のGRCh38/hg38:chr16 30115645;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148460219;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148490695;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148505761;MUTのGRCh38/hg38:chr6 49436597;MYH14のGRCh38/hg38:chr19 50230825;MYO6のGRCh38/hg38:chr6 75867431;NF1のGRCh38/hg38:chr17 31249955;NF2のGRCh38/hg38:chr22 29628658;NIPBLのGRCh38/hg38:chr5 37048127;NR1H4のGRCh38/hg38:chr12 100499841;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177169394;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177200761;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177247924;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177275947;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193628509;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193603500;PCCAのGRCh38/hg38:chr13 100305751;PKP2のGRCh38/hg38:chr12 32894778;PPARAのGRCh38/hg38:chr22 46203575;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150327557;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150330401;SCN2AのGRCh38/hg38:chr2 165327155;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51688758;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51780202;SCN9AのGRCh38/hg38:chr2 166304329;SEMA3CのGRCh38/hg38:chr7 80794957;SEMA3DのGRCh38/hg38:chr7 85059541;SIRT3のGRCh38/hg38:chr11 226081;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1216268;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1221621;SYNGAP1のGRCh38/hg38:chr6 33448789;TOPORSのGRCh38/hg38:chr9 32551469;またはVCANのGRCh38/hg38:chr5 83544965から最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流(または5’側)の配列を標的とする。
[0133]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの3’末端から約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流(または3’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、AKT3のGRCh38/hg38:chr1 243564285;CACNA1AのGRCh38/hg38:chr19 13236449;CBSのGRCh38/hg38:chr21 43059730;CD46のGRCh38/hg38:chr1 207775745;CFHのGRCh38/hg38:chr1 196675529;CHD2のGRCh38/hg38:chr15 92998261;CLN3のGRCh38/hg38:chr16 28479644;COL11A2のGRCh38/hg38:chr6 33183634;COL4A3のGRCh38/hg38:chr2 227296526;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227144653;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227015283;CR1のGRCh38/hg38:chr1 207637848;CRXのGRCh38/hg38:chr19 47835579;CYP2J2のGRCh38/hg38:chr1 59904366;DHDDSのGRCh38/hg38:chr1 26442372;DNAJC8のGRCh38/hg38:chr1 28230131;EIF2AK3のGRCh38/hg38:chr2 88582755;ERN1のGRCh38/hg38:chr17 64102673;GALEのGRCh38/hg38:chr1 23798311;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109383365;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109439038;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72362376;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72345677;MAPK3のGRCh38/hg38:chr16 30115595;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148460304;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148490787;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148505830;MUTのGRCh38/hg38:chr6 49436522;MYH14のGRCh38/hg38:chr19 50230999;MYO6のGRCh38/hg38:chr6 75867523;NF1のGRCh38/hg38:chr17 31250125;NF2のGRCh38/hg38:chr22 29628773;NIPBLのGRCh38/hg38:chr5 37048354;NR1H4のGRCh38/hg38:chr12 100500024;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177169559;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177200783;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177248079;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177276101;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193628616;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193603557;PCCAのGRCh38/hg38:chr13 100305834;PKP2のGRCh38/hg38:chr12 32894516;PPARAのGRCh38/hg38:chr22 46203752;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150327652;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150330498;SCN2AのGRCh38/hg38:chr2 165327202;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51688849;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51780271;SCN9AのGRCh38/hg38:chr2 166304238;SEMA3CのGRCh38/hg38:chr7 80794854;SEMA3DのGRCh38/hg38:chr7 85059498;SIRT3のGRCh38/hg38:chr11 225673;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1216398;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1221846;SYNGAP1のGRCh38/hg38:chr6 33448868;TOPORSのGRCh38/hg38:chr9 32551365;またはVCANのGRCh38/hg38:chr5 83545070から約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流(または3’側)の配列を標的とする。
[0134]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの3’末端から最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流(または3’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、AKT3のGRCh38/hg38:chr1 243564285;CACNA1AのGRCh38/hg38:chr19 13236449;CBSのGRCh38/hg38:chr21 43059730;CD46のGRCh38/hg38:chr1 207775745;CFHのGRCh38/hg38:chr1 196675529;CHD2のGRCh38/hg38:chr15 92998261;CLN3のGRCh38/hg38:chr16 28479644;COL11A2のGRCh38/hg38:chr6 33183634;COL4A3のGRCh38/hg38:chr2 227296526;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227144653;COL4A4のGRCh38/hg38:chr2 227015283;CR1のGRCh38/hg38:chr1 207637848;CRXのGRCh38/hg38:chr19 47835579;CYP2J2のGRCh38/hg38:chr1 59904366;DHDDSのGRCh38/hg38:chr1 26442372;DNAJC8のGRCh38/hg38:chr1 28230131;EIF2AK3のGRCh38/hg38:chr2 88582755;ERN1のGRCh38/hg38:chr17 64102673;GALEのGRCh38/hg38:chr1 23798311;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109383365;GUCY2FのGRCh38/hg38:chrX 109439038;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72362376;HEXAのGRCh38/hg38:chr15 72345677;MAPK3のGRCh38/hg38:chr16 30115595;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148460304;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148490787;MBD5のGRCh38/hg38:chr2 148505830;MUTのGRCh38/hg38:chr6 49436522;MYH14のGRCh38/hg38:chr19 50230999;MYO6のGRCh38/hg38:chr6 75867523;NF1のGRCh38/hg38:chr17 31250125;NF2のGRCh38/hg38:chr22 29628773;NIPBLのGRCh38/hg38:chr5 37048354;NR1H4のGRCh38/hg38:chr12 100500024;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177169559;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177200783;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177248079;NSD1のGRCh38/hg38:chr5 177276101;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193628616;OPA1のGRCh38/hg38:chr3 193603557;PCCAのGRCh38/hg38:chr13 100305834;PKP2のGRCh38/hg38:chr12 32894516;PPARAのGRCh38/hg38:chr22 46203752;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150327652;PRPF3のGRCh38/hg38:chr1 150330498;SCN2AのGRCh38/hg38:chr2 165327202;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51688849;SCN8AのGRCh38/hg38:chr12 51780271;SCN9AのGRCh38/hg38:chr2 166304238;SEMA3CのGRCh38/hg38:chr7 80794854;SEMA3DのGRCh38/hg38:chr7 85059498;SIRT3のGRCh38/hg38:chr11 225673;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1216398;STK11のGRCh38/hg38:chr19 1221846;SYNGAP1のGRCh38/hg38:chr6 33448868;TOPORSのGRCh38/hg38:chr9 32551365;またはVCANのGRCh38/hg38:chr5 83545070から最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流(または3’側)の配列を標的とする。
[0135]一部の実施形態において、ASOは、配列番号60~191のいずれか1つのNMDエクソンmRNAの標的化部分に対して相補的な配列を有する。
[0136]一部の実施形態において、ASOは、NIEの5’末端から上流の配列を標的とする。例えば、NIE(例えば、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7x)の5’末端から上流の配列を標的とするASOは、配列番号60~134のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的(complimentary)である配列を含む。例えば、NIE(例えば、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070))の5’末端から上流の配列を標的とするASOは、配列番号135~191のいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含むことができる。
[0137]一部の実施形態において、ASOは、エクソン-イントロン境界(または接合部)を含有する配列を標的とする。例えば、エクソン-イントロン境界を含有する配列を標的とするASOは、配列番号60~191のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含むことができる。一部の実施形態において、ASOは、NIEの3’末端から下流の配列を標的とする。例えば、NIE(例えば、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7x)の3’末端から下流の配列を標的とするASOは、配列番号60~134のいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含むことができる。例えば、NIE(例えば、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070))の3’末端から下流の配列を標的とするASOは、配列番号135~191のいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含むことができる。一部の実施形態において、ASOは、NIE内の配列を標的とする。
[0138]一部の実施形態において、ASOは、NIEエクソン8を含むABCB4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン8x、NIEエクソン9を含むASS1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン9x、NIEエクソン16を含むATP8B1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン16x、NIEエクソン1を含むBAG3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン31を含むCACNA1A NIE含有mRNA前駆体のエクソン31x、NIEエクソン36を含むCACNA1A NIE含有mRNA前駆体のエクソン36x、NIEエクソン37を含むCACNA1A NIE含有mRNA前駆体のエクソン37x、NIEエクソン3を含むCBS NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン12を含むCBS NIE含有mRNA前駆体のエクソン12x、NIEエクソン1を含むCD55 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン16を含むCDKL5 NIE含有mRNA前駆体のエクソン16x、NIEエクソン3を含むCFH NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン30を含むCHD2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン30x、NIEエクソン4を含むCHRNA7 NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン1を含むCISD2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン15を含むCLN3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン15x、NIEエクソン11を含むCOL4A3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン41を含むCOL4A3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン41x、NIEエクソン22を含むCOL4A4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン22x、NIEエクソン44を含むCOL4A4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン44x、NIEエクソン20を含むDEPDC5 NIE含有mRNA前駆体のエクソン20x、NIEエクソン2を含むDHDDS NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン3を含むELOVL4 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン5を含むFAH NIE含有mRNA前駆体のエクソン5x、NIEエクソン4を含むFXN NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン4を含むGALE NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン3を含むGBE1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン11を含むGRIN2A NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン1を含むGRN NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン2を含むHEXA NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン2を含むKANSL1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン1を含むKCNQ2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン50を含むKMT2D NIE含有mRNA前駆体のエクソン50x、NIEエクソン8を含むMAPK3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン8x、NIEエクソン13を含むMBD5 NIE含有mRNA前駆体のエクソン13x、NIEエクソン2を含むMECP2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン2x、NIEエクソン11を含むMUT NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン31を含むNF1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン31x、NIEエクソン7を含むNIPBL NIE含有mRNA前駆体のエクソン7x、NIEエクソン38を含むNIPBL NIE含有mRNA前駆体のエクソン38x、NIEエクソン11を含むNSD1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン6を含むOPA1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン28を含むOPA1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン28x、NIEエクソン1を含むOPTN NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン1を含むPCCA NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン5を含むPCCB NIE含有mRNA前駆体のエクソン5x、NIEエクソン6を含むPCCB NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン4を含むPKP2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン23を含むPLCB1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン23x、NIEエクソン3を含むPRPF3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン9を含むPRPF31 NIE含有mRNA前駆体のエクソン9x、NIEエクソン1を含むRAI1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン5を含むRBFOX2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン5x、NIEエクソン13を含むSCN2A NIE含有mRNA前駆体のエクソン13x、NIEエクソン6を含むSCN3A NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン7を含むSCN3A NIE含有mRNA前駆体のエクソン7x、NIEエクソン4を含むSCN8A NIE含有mRNA前駆体のエクソン4x、NIEエクソン6を含むSCN8A NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン20を含むSCN8A NIE含有mRNA前駆体のエクソン20x、NIEエクソン6を含むSCN9A NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン24を含むSHANK3 NIE含有mRNA前駆体のエクソン24x、NIEエクソン3を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン3x、NIEエクソン6を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン6x、NIEエクソン9を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン9x、NIEエクソン11を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン13を含むSLC25A13 NIE含有mRNA前駆体のエクソン13x、NIEエクソン1を含むSLC6A1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン12を含むSPTAN1 NIE含有mRNA前駆体のエクソン12x、NIEエクソン10を含むTEK NIE含有mRNA前駆体のエクソン10x、NIEエクソン15を含むTEK NIE含有mRNA前駆体のエクソン15x、NIEエクソン1を含むTOPORS NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、NIEエクソン11を含むTSC2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン11x、NIEエクソン30を含むTSC2 NIE含有mRNA前駆体のエクソン30x、NIEエクソン1を含むUBE3A NIE含有mRNA前駆体のエクソン1x、またはNIEエクソン7を含むVCAN NIE含有mRNA前駆体のエクソン7xを標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4 mRNA前駆体のエクソン8x、ASS1 mRNA前駆体のエクソン9x、ATP8B1 mRNA前駆体のエクソン16x、BAG3 mRNA前駆体のエクソン1x、CACNA1A mRNA前駆体のエクソン31x、CACNA1A mRNA前駆体のエクソン36x、CACNA1A mRNA前駆体のエクソン37x、CBS mRNA前駆体のエクソン3x、CBS mRNA前駆体のエクソン12x、CD55 mRNA前駆体のエクソン1x、CDKL5 mRNA前駆体のエクソン16x、CFH mRNA前駆体のエクソン3x、CHD2 mRNA前駆体のエクソン30x、CHRNA7 mRNA前駆体のエクソン4x、CISD2 mRNA前駆体のエクソン1x、CLN3 mRNA前駆体のエクソン15x、COL4A3 mRNA前駆体のエクソン11x、COL4A3 mRNA前駆体のエクソン41x、COL4A4 mRNA前駆体のエクソン22x、COL4A4 mRNA前駆体のエクソン44x、DEPDC5 mRNA前駆体のエクソン20x、DHDDS mRNA前駆体のエクソン2x、ELOVL4 mRNA前駆体のエクソン3x、FAH mRNA前駆体のエクソン5x、FXN mRNA前駆体のエクソン4x、GALE mRNA前駆体のエクソン4x、GBE1 mRNA前駆体のエクソン3x、GRIN2A mRNA前駆体のエクソン11x、GRN mRNA前駆体のエクソン1x、HEXA mRNA前駆体のエクソン2x、KANSL1 mRNA前駆体のエクソン2x、KCNQ2 mRNA前駆体のエクソン1x、KMT2D mRNA前駆体のエクソン50x、MAPK3 mRNA前駆体のエクソン8x、MBD5 mRNA前駆体のエクソン13x、MECP2 mRNA前駆体のエクソン2x、MUT mRNA前駆体のエクソン11x、NF1 mRNA前駆体のエクソン31x、NIPBL mRNA前駆体のエクソン7x、NIPBL mRNA前駆体のエクソン38x、NSD1 mRNA前駆体のエクソン11x、OPA1 mRNA前駆体のエクソン6x、OPA1 mRNA前駆体のエクソン28x、OPTN mRNA前駆体のエクソン1x、PCCA mRNA前駆体のエクソン1x、PCCB mRNA前駆体のエクソン5x、PCCB mRNA前駆体のエクソン6x、PKP2 mRNA前駆体のエクソン4x、PLCB1 mRNA前駆体のエクソン23x、PRPF3 mRNA前駆体のエクソン3x、PRPF31 mRNA前駆体のエクソン9x、RAI1 mRNA前駆体のエクソン1x、RBFOX2 mRNA前駆体のエクソン5x、SCN2A mRNA前駆体のエクソン13x、SCN3A mRNA前駆体のエクソン6x、SCN3A mRNA前駆体のエクソン7x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン4x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン6x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン20x、SCN9A mRNA前駆体のエクソン6x、SHANK3 mRNA前駆体のエクソン24x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン3x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン6x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン9x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン11x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン13x、SLC6A1 mRNA前駆体のエクソン1x、SPTAN1 mRNA前駆体のエクソン12x、TEK mRNA前駆体のエクソン10x、TEK mRNA前駆体のエクソン15x、TOPORS mRNA前駆体のエクソン1x、TSC2 mRNA前駆体のエクソン11x、TSC2 mRNA前駆体のエクソン30x、UBE3A mRNA前駆体のエクソン1x、またはVCAN mRNA前駆体のエクソン7xの5’末端から下流(または3’側)の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4 mRNA前駆体のエクソン8x、ASS1 mRNA前駆体のエクソン9x、ATP8B1 mRNA前駆体のエクソン16x、BAG3 mRNA前駆体のエクソン1x、CACNA1A mRNA前駆体のエクソン31x、CACNA1A mRNA前駆体のエクソン36x、CACNA1A mRNA前駆体のエクソン37x、CBS mRNA前駆体のエクソン3x、CBS mRNA前駆体のエクソン12x、CD55 mRNA前駆体のエクソン1x、CDKL5 mRNA前駆体のエクソン16x、CFH mRNA前駆体のエクソン3x、CHD2 mRNA前駆体のエクソン30x、CHRNA7 mRNA前駆体のエクソン4x、CISD2 mRNA前駆体のエクソン1x、CLN3 mRNA前駆体のエクソン15x、COL4A3 mRNA前駆体のエクソン11x、COL4A3 mRNA前駆体のエクソン41x、COL4A4 mRNA前駆体のエクソン22x、COL4A4 mRNA前駆体のエクソン44x、DEPDC5 mRNA前駆体のエクソン20x、DHDDS mRNA前駆体のエクソン2x、ELOVL4 mRNA前駆体のエクソン3x、FAH mRNA前駆体のエクソン5x、FXN mRNA前駆体のエクソン4x、GALE mRNA前駆体のエクソン4x、GBE1 mRNA前駆体のエクソン3x、GRIN2A mRNA前駆

体のエクソン11x、GRN mRNA前駆体のエクソン1x、HEXA mRNA前駆体のエクソン2x、KANSL1 mRNA前駆体のエクソン2x、KCNQ2 mRNA前駆体のエクソン1x、KMT2D mRNA前駆体のエクソン50x、MAPK3 mRNA前駆体のエクソン8x、MBD5 mRNA前駆体のエクソン13x、MECP2 mRNA前駆体のエクソン2x、MUT mRNA前駆体のエクソン11x、NF1 mRNA前駆体のエクソン31x、NIPBL mRNA前駆体のエクソン7x、NIPBL mRNA前駆体のエクソン38x、NSD1 mRNA前駆体のエクソン11x、OPA1 mRNA前駆体のエクソン6x、OPA1 mRNA前駆体のエクソン28x、OPTN mRNA前駆体のエクソン1x、PCCA mRNA前駆体のエクソン1x、PCCB mRNA前駆体のエクソン5x、PCCB mRNA前駆体のエクソン6x、PKP2 mRNA前駆体のエクソン4x、PLCB1 mRNA前駆体のエクソン23x、PRPF3 mRNA前駆体のエクソン3x、PRPF31 mRNA前駆体のエクソン9x、RAI1 mRNA前駆体のエクソン1x、RBFOX2 mRNA前駆体のエクソン5x、SCN2A mRNA前駆体のエクソン13x、SCN3A mRNA前駆体のエクソン6x、SCN3A mRNA前駆体のエクソン7x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン4x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン6x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン20x、SCN9A mRNA前駆体のエクソン6x、SHANK3 mRNA前駆体のエクソン24x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン3x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン6x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン9x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン11x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン13x、SLC6A1 mRNA前駆体のエクソン1x、SPTAN1 mRNA前駆体のエクソン12x、TEK mRNA前駆体のエクソン10x、TEK mRNA前駆体のエクソン15x、TOPORS mRNA前駆体のエクソン1x、TSC2 mRNA前駆体のエクソン11x、TSC2 mRNA前駆体のエクソン30x、UBE3A mRNA前駆体のエクソン1x、またはVCAN mRNA前駆体のエクソン7xの3’末端から上流(または5’側)のエクソン20x配列を標的とする。
[0139]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分は、イントロン1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50にある。一部の実施形態において、NIE mRNA前駆体の標的化部分に対するASOのハイブリダイゼーションは、イントロン1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50内の少なくとも1個のNIEのエクソンスキッピングを結果的にもたらし、その後にABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質産生を増加させる。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NIE含有mRNA前駆体の標的化部分は、ABCB4のイントロン8、ASS1のイントロン9、ATP8B1のイントロン16、BAG3のイントロン1、CACNA1Aのイントロン31、CACNA1Aのイントロン36、CACNA1Aのイントロン37、CBSのイントロン3、CBSのイントロン12、CD55のイントロン1、CDKL5のイントロン16、CFHのイントロン3、CHD2のイントロン30、CHRNA7のイントロン4、CISD2のイントロン1、CLN3のイントロン15、COL4A3のイントロン11、COL4A3のイントロン41、COL4A4のイントロン22、COL4A4のイントロン44、DEPDC5のイントロン20、DHDDSのイントロン2、ELOVL4のイントロン3、FAHのイントロン5、FNのイントロン4、GALEのイントロン4、GBE1のイントロン3、GRIN2Aのイントロン11、GRNのイントロン1、HEAのイントロン2、KANSL1のイントロン2、KMT2Dのイントロン50、MAPK3のイントロン8、MBD5のイントロン13、MECP2のイントロン2、MUTのイントロン11、NF1のイントロン31、NIPBLのイントロン7、NIPBLのイントロン38、NSD1のイントロン11、OPA1のイントロン6、OPA1のイントロン28、OPTNのイントロン1、PCCAのイントロン1、PCCBのイントロン5、PCCBのイントロン6、PKP2のイントロン4、PLCB1のイントロン23、PRPF3のイントロン3、PRPF31のイントロン9、RAI1のイントロン1、RBFO2のイントロン5、SCN2Aのイントロン13、SCN3Aのイントロン6、SCN3Aのイントロン7、SCN8Aのイントロン4、SCN8Aのイントロン6、SCN8Aのイントロン20、SCN9Aのイントロン6、SHANK3のイントロン24、SLC25A13のイントロン3、SLC25A13のイントロン6、SLC25A13のイントロン9、SLC25A13のイントロン11、SLC25A13のイントロン13、SLC6A1のイントロン1、SPTAN1のイントロン12、TEKのイントロン10、TEKのイントロン15、TOPORSのイントロン1、TSC2のイントロン11、TSC2のイントロン30、UBE3Aのイントロン1、またはVCANのイントロン7にある。一部の実施形態において、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、またはVCAN NIE含有mRNA前駆体の標的化部分は、AKT3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 243563849 243572925);CACNA1Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr19 13235731 13241520);CBSのイントロン(GRCh38/hg38:chr21 43059304 43060440);CD46のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 207770363 207783291);CFHのイントロン(GRCh38/hg38:chr1 196673963 196675988);CHD2のイントロン(GRCh38/hg38:chr15 92997404 92998498);CLN3のイントロン(GRCh38/hg38:chr16 28477878 28482104);COL11A2のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 33181172 33184144);COL4A3のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 227295317 227297673);COL4A4のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 227144559 227147412);COL4A4のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 227012299 227022047);CR1のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 207630622 207639396);CRXのイントロン(GRCh38/hg38:chr19 47834544 47836242);CYP2J2のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 59901104 59904870);DHDDSのイントロン(GRCh38/hg38:chr1 26438285 26442730);DNAJC8のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 28229025 28232920);EIF2AK3のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 88579641 88583429);ERN1のイントロン(GRCh38/hg38:chr17 64098242 64129975);GALEのイントロン(GRCh38/hg38:chr1 23798231 23798614);GUCY2Fのイントロン(GRCh38/hg38:chrx 109382213 109385183);GUCY2Fのイントロン(GRCh38/hg38:chrx 109430397 109441350);HEXAのイントロン(GRCh38/hg38:chr15 72356651 72375719);HEXAのイントロン(GRCh38/hg38:chr15 72345552 72346234);MAPK3のイントロン(GRCh38/hg38:chr16 30114709 30116635);MBD5のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 148458872 148462581);MBD5のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 148490595 148502435);MBD5のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 148502510 148510059);MUTのイントロン(GRCh38/hg38:chr6 49435625 49440205);MYH14のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 50230624 50231929);MYO6のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 75867106 75870646);NF1のイントロン(GRCh38/hg38:chr17 31249120 31252937);NF2のイントロン(GRCh38/hg38:chr22 29604113 29636750);NIPBLのイントロン(GRCh38/hg38:chr5 37046200 37048501);NR1H4のイントロン(GRCh38/hg38:chr12 100493403 100505574);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177136031 177191883);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177192020 177204119);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177246797 177248180);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177273785 177280564);OPA1のイントロン(GRCh38/hg38:chr3 193626203 193631611);OPA1のイントロン(GRCh38/hg38:chr3 193593374 193614710);PCCAのイントロン(GRCh38/hg38:chr13 100302999 100307191);PKP2のイントロン(GRCh38/hg38:chr12 32879033 32896508)

;PPARAのイントロン(GRCh38/hg38:chr22 46198592 46215172);PRPF3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 150325882 150328319);PRPF3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 150328467 150332683);SCN2Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr2 165326985 165331329);SCN8Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr12 51687220 51689004);SCN8Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr12 51774363 51786541);SCN9Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr2 166304122 166305791);SEMA3Cのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 80789529 80798091);SEMA3Dのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423);SIRT3のイントロン(GRCh38/hg38:chr11 224241 230451);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1207204 1218416);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1221341 1221948);SYNGAP1のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 33447934 33451759);TOPORSのイントロン(GRCh38/hg38:chr9 32550969 32552433);またはVCANのイントロン(GRCh38/hg38:chr5 83542269 83545536)である。
[0140]一部の実施形態において、本開示の方法および組成物は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導することによってABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1の発現を増加させるために使用される。一部の実施形態において、偽エクソンは、イントロン1~50のいずれかの内部の配列である。一部の実施形態において、偽エクソンは、イントロン1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50のいずれかの内部の配列である。一部の実施形態において、偽エクソンは、任意のABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1イントロンまたはその一部分であり得る。一部の実施形態において、偽エクソンは、ABCB4のイントロン8、ASS1のイントロン9、ATP8B1のイントロン16、BAG3のイントロン1、CACNA1Aのイントロン31、CACNA1Aのイントロン36、CACNA1Aのイントロン37、CBSのイントロン3、CBSのイントロン12、CD55のイントロン1、CDKL5のイントロン16、CFHのイントロン3、CHD2のイントロン30、CHRNA7のイントロン4、CISD2のイントロン1、CLN3のイントロン15、COL4A3のイントロン11、COL4A3のイントロン41、COL4A4のイントロン22、COL4A4のイントロン44、DEPDC5のイントロン20、DHDDSのイントロン2、ELOVL4のイントロン3、FAHのイントロン5、FNのイントロン4、GALEのイントロン4、GBE1のイントロン3、GRIN2Aのイントロン11、GRNのイントロン1、HEAのイントロン2、KANSL1のイントロン2、KMT2Dのイントロン50、MAPK3のイントロン8、MBD5のイントロン13、MECP2のイントロン2、MUTのイントロン11、NF1のイントロン31、NIPBLのイントロン7、NIPBLのイントロン38、NSD1のイントロン11、OPA1のイントロン6、OPA1のイントロン28、OPTNのイントロン1、PCCAのイントロン1、PCCBのイントロン5、PCCBのイントロン6、PKP2のイントロン4、PLCB1のイントロン23、PRPF3のイントロン3、PRPF31のイントロン9、RAI1のイントロン1、RBFO2のイントロン5、SCN2Aのイントロン13、SCN3Aのイントロン6、SCN3Aのイントロン7、SCN8Aのイントロン4、SCN8Aのイントロン6、SCN8Aのイントロン20、SCN9Aのイントロン6、SHANK3のイントロン24、SLC25A13のイントロン3、SLC25A13のイントロン6、SLC25A13のイントロン9、SLC25A13のイントロン11、SLC25A13のイントロン13、SLC6A1のイントロン1、SPTAN1のイントロン12、TEKのイントロン10、TEKのイントロン15、TOPORSのイントロン1、TSC2のイントロン11、TSC2のイントロン30、UBE3Aのイントロン1、またはVCANのイントロン7内にある。一部の実施形態において、偽エクソンは、AKT3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 243563849 243572925);CACNA1Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr19 13235731 13241520);CBSのイントロン(GRCh38/hg38:chr21 43059304 43060440);CD46のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 207770363 207783291);CFHのイントロン(GRCh38/hg38:chr1 196673963 196675988);CHD2のイントロン(GRCh38/hg38:chr15 92997404 92998498);CLN3のイントロン(GRCh38/hg38:chr16 28477878 28482104);COL11A2のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 33181172 33184144);COL4A3のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 227295317 227297673);COL4A4のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 227144559 227147412);COL4A4のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 227012299 227022047);CR1のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 207630622 207639396);CRXのイントロン(GRCh38/hg38:chr19 47834544 47836242);CYP2J2のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 59901104 59904870);DHDDSのイントロン(GRCh38/hg38:chr1 26438285 26442730);DNAJC8のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 28229025 28232920);EIF2AK3のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 88579641 88583429);ERN1のイントロン(GRCh38/hg38:chr17 64098242 64129975);GALEのイントロン(GRCh38/hg38:chr1 23798231 23798614);GUCY2Fのイントロン(GRCh38/hg38:chrx 109382213 109385183);GUCY2Fのイントロン(GRCh38/hg38:chrx 109430397 109441350);HEXAのイントロン(GRCh38/hg38:chr15 72356651 72375719);HEXAのイントロン(GRCh38/hg38:chr15 72345552 72346234);MAPK3のイントロン(GRCh38/hg38:chr16 30114709 30116635);MBD5のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 148458872 148462581);MBD5のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 148490595 148502435);MBD5のイントロン(GRCh38/hg38:chr2 148502510 148510059);MUTのイントロン(GRCh38/hg38:chr6 49435625 49440205);MYH14のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 50230624 50231929);MYO6のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 75867106 75870646);NF1のイントロン(GRCh38/hg38:chr17 31249120 31252937);NF2のイントロン(GRCh38/hg38:chr22 29604113 29636750);NIPBLのイントロン(GRCh38/hg38:chr5 37046200 37048501);NR1H4のイントロン(GRCh38/hg38:chr12 100493403 100505574);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177136031 177191883);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177192020 177204119);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177246797 177248180);NSD1のイントロン(GRCh38/hg38:chr5 177273785 177280564);OPA1のイントロン(GRCh38/hg38:chr3 193626203 193631611);OPA1のイントロン(GRCh38/hg38:chr3 193593374 193614710);PCCAのイントロン(GRCh38/hg38:chr13 100302999 100307191);PKP2のイントロン(GRCh38/hg38:chr12 32879033 32896508);PPARAのイントロン(GRCh38/hg38:chr22 46198592 46215172);PRPF3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 150325882 150328319);PRPF3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 150328467 150332683);SCN2Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr2 165326985 165331329);SCN8Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr12 51687220 51689004);SCN8Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr12 51774363 51786541);SCN9Aのイントロン(GRCh38/

hg38:chr2 166304122 166305791);SEMA3Cのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 80789529 80798091);SEMA3Dのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423);SIRT3のイントロン(GRCh38/hg38:chr11 224241 230451);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1207204 1218416);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1221341 1221948);SYNGAP1のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 33447934 33451759);TOPORSのイントロン(GRCh38/hg38:chr9 32550969 32552433);またはVCANのイントロン(GRCh38/hg38:chr5 83542269 83545536)内にある。
タンパク質発現
[0141]一部の実施形態において、本明細書に記載される方法は、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの産生を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「機能性」という用語は、処置される状態または疾患、例えば、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5のいずれか1つまたは複数の症状を取り除くのに必要なABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの活性または機能の量を指す。一部の実施形態において、方法は、部分機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの産生を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「部分機能性」という用語は、疾患または状態のいずれか1つまたは複数の症状を取り除くまたは防止するのに必要な活性または機能の量よりも少ない、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの活性または機能の任意の量を指す。一部の実施形態において、部分機能性タンパク質またはRNAは、完全機能性タンパク質またはRNAと比べて少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%低い活性を有し得る。
[0142]一部の実施形態において、方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体を有する対象の細胞によるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の活性の欠損量によって引き起こされるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5を有し、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の欠損量は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質のハプロ不全によって引き起こされる。そのような実施形態において、対象は、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第1のアレル、およびABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質が産生されない第2のアレルを有する。別のそのような実施形態において、対象は、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第1のアレル、および非機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SH

ANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第2のアレルを有する。別のそのような実施形態において、対象は、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第1のアレル、および部分機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第2のアレルを有する。これらの実施形態のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴマーは、第2のアレルから転写されたNIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合し、それによりmRNA前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導し、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする成熟mRNAのレベルの増加、および対象の細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現の増加を引き起こす。
[0143]一部の実施形態において、方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体を有する対象の細胞によるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の活性の欠損量によって引き起こされるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5を有し、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の欠損量は、常染色体劣性遺伝によって引き起こされる。
[0144]一部の実施形態において、方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体を有する対象の細胞によるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の活性の欠損量によって引き起こされるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5を有し、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の欠損量は、常染色体優性遺伝によって引き起こされる。
[0145]一部の実施形態において、方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体を有する対象の細胞によるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の活性の欠損量によって引き起こされるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5を有し、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の欠損量は、X連鎖優性遺伝によって引き起こされる。
[0146]関連する実施形態において、方法は、ASOを使用して、タンパク質または機能性RNAの発現を増加させる方法である。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体を有する対象の細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現を増加させるために使用することができ、対象は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の量または機能における欠損、例えば、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen-De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5を有する。
[0147]一部の実施形態において、疾患または状態の原因となるタンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体転写物は、本明細書に記載されるASOによって標的とされる。一部の実施形態において、疾患の原因とならないタンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体転写物は、ASOによって標的とされる。例えば、特定の経路における第1のタンパク質の変異または欠損の結果である疾患は、第2のタンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体を標的とし、それにより第2のタンパク質の産生を増加させることによって改善し得る。一部の実施形態において、第2のタンパク質の機能は、第1のタンパク質の変異または欠損(これは疾患または状態の原因となる)を補償することができる。
[0148]一部の実施形態において、対象は、
(a)(i)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質もしくは機能性RNAが産生されない
第1の変異アレル、および
(b)(i)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が産生されない
第2の変異アレル
を有し、NIE含有mRNA前駆体は、第1のアレルおよび/または第2のアレルから転写される。これらの実施形態において、ASOは、第1のアレルまたは第2のアレルから転写されたNIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合し、それによりNIE含有mRNA前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導し、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNAのレベルの増加、および対象の細胞における標的タンパク質または機能性RNAの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態において、NIE含有mRNA前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングの結果として生じる発現レベルの増加を有する標的タンパク質または機能性RNAは、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能(部分機能性)を有する形態であっても、同等の野生型タンパク質と比較して完全な機能(完全機能性)を有する形態であってもよい。
[0149]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNAのレベルは、対照細胞、例えば、アンチセンスオリゴマーを用いて処理されない細胞、またはABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合しないアンチセンスオリゴマーを用いて処理される細胞において産生されるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNAの量と比較した場合、1.1から10倍増加する。
[0150]一部の実施形態において、本開示の方法を使用して処置される対象は、1つのアレルから部分機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質を発現し、部分機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、または部分的遺伝子欠失によって引き起こされ得る。一部の実施形態において、本開示の方法を使用して処置される対象は、1つのアレルから非機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質を発現し、非機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質は、1つのアレルにおけるフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、部分的遺伝子欠失によって引き起こされ得る。一部の実施形態において、本開示の方法を使用して処置される対象は、1つのアレルにおけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1全遺伝子欠失を有する。
エクソン包含
[0151]本明細書で使用する場合、「NIE含有mRNA前駆体」は、少なくとも1個の偽エクソンを含有するmRNA前駆体転写物である。選択的または異常なスプライシングは、成熟mRNA転写物への少なくとも1個の偽エクソンの包含を結果的にもたらし得る。「成熟mRNA」および「完全スプライスmRNA」という用語は、本明細書では交換可能に使用されて、完全にプロセシングされたmRNAを表す。少なくとも1個の偽エクソンの包含は、非生産的mRNAとなり、成熟mRNAのNMDをもたらし得る。NIE含有成熟mRNAは、時折異常なタンパク質発現をもたらす場合がある。
[0152]一部の実施形態において、包含偽エクソンは、細胞における標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたNIE含有mRNA前駆体の集団において最も大量に存在する偽エクソンである。一部の実施形態において、包含偽エクソンは、細胞における標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたNIE含有mRNA前駆体の集団において最も大量に存在する偽エクソンであり、NIE含有mRNA前駆体の集団は、2個以上の包含偽エクソンを含む。一部の実施形態において、標的タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体の集団において最も大量に存在する偽エクソンを標的にするアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的にするかまたは結合する偽エクソンを含む、集団における1個または2個以上の偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導する。一部の実施形態において、標的化領域は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするNIE含有mRNA前駆体において最も大量に存在する偽エクソンである偽エクソンにある。
[0153]エクソン包含の程度は、エクソン包含率、例えば、所与の偽エクソンが包含されている転写物の百分率として表現することができる。簡潔に言えば、エクソン包含率は、エクソン包含を伴うRNA転写物の量の、エクソン包含を伴うRNA転写物の量の平均とエクソン排除を伴うRNA転写物の量の平均との合計に対する百分率として算出することができる。
[0154]一部の実施形態において、包含偽エクソンは、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、または少なくとも約50%の包含率という決定に基づいて、包含偽エクソンとして同定されるエクソンである。複数の実施形態において、包含偽エクソンは、約5%から約100%、約5%から約95%、約5%から約90%、約5%から約85%、約5%から約80%、約5%から約75%、約5%から約70%、約5%から約65%、約5%から約60%、約5%から約55%、約5%から約50%、約5%から約45%、約5%から約40%、約5%から約35%、約5%から約30%、約5%から約25%、約5%から約20%、約5%から約15%、約10%から約100%、約10%から約95%、約10%から約90%、約10%から約85%、約10%から約80%、約10%から約75%、約10%から約70%、約10%から約65%、約10%から約60%、約10%から約55%、約10%から約50%、約10%から約45%、約10%から約40%、約10%から約35%、約10%から約30%、約10%から約25%、約10%から約20%、約15%から約100%、約15%から約95%、約15%から約90%、約15%から約85%、約15%から約80%、約15%から約75%、約15%から約70%、約15%から約65%、約15%から約60%、約15%から約55%、約15%から約50%、約15%から約45%、約15%から約40%、約15%から約35%、約15%から約30%、約15%から約25%、約20%から約100%、約20%から約95%、約20%から約90%、約20%から約85%、約20%から約80%、約20%から約75%、約20%から約70%、約20%から約65%、約20%から約60%、約20%から約55%、約20%から約50%、約20%から約45%、約20%から約40%、約20%から約35%、約20%から約30%、約25%から約100%、約25%から約95%、約25%から約90%、約25%から約85%、約25%から約80%、約25%から約75%、約25%から約70%、約25%から約65%、約25%から約60%、約25%から約55%、約25%から約50%、約25%から約45%、約25%から約40%、または約25%から約35%の包含率という決定に基づいて、包含偽エクソンとして同定されるエクソンである。ENCODEデータ(例えば、Tilgnerら、2012、「Deep sequencing of subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the human genome but inefficient for lncRNAs」、Genome Research 22(9):1616~25によって記載されている)は、エクソン包含を同定することを補佐するために使用することができる。
[0155]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物の標的化部分に対して相補的であるASOと接触する細胞は、ASOの非存在/処理の非存在下における細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500、または1000%の、産生されるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の量の増加を結果的にもたらす。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーが接触する細胞によって産生されるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の総量は、対照化合物によって産生される標的タンパク質の量と比較して、約20%から約300%、約50%から約300%、約100%から約300%、約150%から約300%、約20%から約50%、約20%から約100%、約20%から約150%、約20%から約200%、約20%から約250%、約50%から約100%、約50%から約150%、約50%から約200%、約50%から約250%、約100%から約150%、約100%から約200%、約100%から約250%、約150%から約200%、約150%から約250%、約200%から約250%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約50%、少なくとも約100%、少なくとも約150%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、または少なくとも約300%増加する。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーが接触する細胞によって産生されるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の総量は、対照化合物によって産生される標的タンパク質の量と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。対照化合物は、例えば、mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[0156]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物の標的化部分に対して相補的であるASOと接触する細胞は、標的タンパク質をコードする成熟mRNAを含め、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1をコードするmRNAの量の増加を結果的にもたらす。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNA、またはABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質をコードする成熟mRNAの量は、ASOの非存在/処理の非存在下における細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500、または1000%増加する。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNA、またはアンチセンスオリゴマーが接触する細胞において産生されるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質をコードする成熟mRNAの総量は、未処理細胞、例えば、未処理細胞または対照化合物を用いて処理された細胞において産生される成熟RNAの量と比較して、約20%から約300%、約50%から約300%、約100%から約300%、約150%から約300%、約20%から約50%、約20%から約100%、約20%から約150%、約20%から約200%、約20%から約250%、約50%から約100%、約50%から約150%、約50%から約200%、約50%から約250%、約100%から約150%、約100%から約200%、約100%から約250%、約150%から約200%、約150%から約250%、約200%から約250%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約50%、少なくとも約100%、少なくとも約150%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、または少なくとも約300%増加する。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNA、またはアンチセンスオリゴマーが接触する細胞において産生されるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質をコードする成熟mRNAの総量は、未処理細胞、例えば、未処理細胞または対照化合物を用いて処理された細胞において産生される成熟RNAの量と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。対照化合物は、例えば、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、

SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[0157]NIEは任意の長さであり得る。一部の実施形態において、NIEはイントロンの完全な配列を含み、その場合、それはイントロン保持と称することができる。一部の実施形態において、NIEはイントロンの一部分であり得る。一部の実施形態において、NIEは、5’ss配列を含むイントロンの5’末端部分であり得る。一部の実施形態において、NIEは、3’ss配列を含むイントロンの3’末端部分であり得る。一部の実施形態において、NIEは、5’ss配列の包含を伴わないイントロン内の一部分であり得る。一部の実施形態において、NIEは、3’ss配列の包含を伴わないイントロン内の一部分であり得る。一部の実施形態において、NIEは、5’ss配列と3’ss配列のいずれの包含も伴わないイントロン内の一部分であり得る。一部の実施形態において、NIEは、5ヌクレオチドから10ヌクレオチド長まで、10ヌクレオチドから15ヌクレオチド長まで、15ヌクレオチドから20ヌクレオチド長まで、20ヌクレオチドから25ヌクレオチド長まで、25ヌクレオチドから30ヌクレオチド長まで、30ヌクレオチドから35ヌクレオチド長まで、35ヌクレオチドから40ヌクレオチド長まで、40ヌクレオチドから45ヌクレオチド長まで、45ヌクレオチドから50ヌクレオチド長まで、50ヌクレオチドから55ヌクレオチド長まで、55ヌクレオチドから60ヌクレオチド長まで、60ヌクレオチドから65ヌクレオチド長まで、65ヌクレオチドから70ヌクレオチド長まで、70ヌクレオチドから75ヌクレオチド長まで、75ヌクレオチドから80ヌクレオチド長まで、80ヌクレオチドから85ヌクレオチド長まで、85ヌクレオチドから90ヌクレオチド長まで、90ヌクレオチドから95ヌクレオチド長まで、または95ヌクレオチドから100ヌクレオチド長までであり得る。一部の実施形態において、NIEは、少なくとも10ヌクレオチド、少なくとも20ヌクレオチド、少なくとも30ヌクレオチド、少なくとも40ヌクレオチド、少なくとも50ヌクレオチド、少なくとも60核様体(nucleoids)、少なくとも70ヌクレオチド、少なくとも80ヌクレオチド長、少なくとも90ヌクレオチド、または少なくとも100ヌクレオチド長であり得る。一部の実施形態において、NIEは、100から200ヌクレオチド長まで、200から300ヌクレオチド長まで、300から400ヌクレオチド長まで、400から500ヌクレオチド長まで、500から600ヌクレオチド長まで、600から700ヌクレオチド長まで、700から800ヌクレオチド長まで、800から900ヌクレオチド長まで、900から1000ヌクレオチド長までであり得る。一部の実施形態において、NIEは1000ヌクレオチド長より長くてもよい。
[0158]偽エクソンの包含は、フレームシフト、および成熟mRNA転写物への未成熟終止コドン(PIC)の導入をもたらし、転写物をNMDの標的にし得る。NIEを含有する成熟mRNA転写物は、タンパク質発現をもたらさない非生産的mRNA転写物であり得る。PICは、NIEの下流の任意の位置に存在することができる。一部の実施形態において、PICは、NIEの下流の任意のエクソンに存在することができる。一部の実施形態において、PICは、NIE内に存在することができる。例えば、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN遺伝子によってコードされるmRNA転写物への、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの包含は、PICをmRNA転写物に誘導し得る。例えば、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、またはVCANによってコードされるmRNA転写物への、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070)の包含は、PICをmRNA転写物に誘導し得る。
治療剤
[0159]本開示の様々な実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1のタンパク質発現レベルを調節する治療剤を含む組成物および方法が提供される。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体の選択的スプライシングを調節する組成物および方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体のスプライシングにおいてエクソンスキッピングを誘導する、例えば、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体のスプライシングの間に偽エクソンのスキッピングを誘導する組成物および方法が本明細書で提供される。他の実施形態において、治療剤は、エクソンの包含を誘導してタンパク質発現レベルを減少させるために使用してもよい。
[0160]本明細書に開示される治療剤は、NIE抑制剤であり得る。治療剤はポリ核酸ポリマーを含んでもよい。
本開示の一態様によれば、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質欠損に関連する状態または疾患の処置または防止の方法であって、NIE抑制剤を対象に投与して機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、mRNA前駆体転写物の領域に結合して成熟転写物へのNIEの包含を減少させる、方法が本明細書で提供される。例えば、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質欠損に関連する状態の処置または防止の方法であって、NIE抑制剤を対象に投与して機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、mRNA前駆体転写物のNIE(例えば、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、もしくはVCANのエクソン7x)を含有するイントロンの領域、または同じイントロンにおけるNIE活性化制御配列に結合する、方法が本明細書で提供される。例えば、機能性AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、またはVCANタンパク質欠損に関連する状態の処置または防止の方法であって、NIE抑制剤を対象に投与して機能性AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、またはVCANタンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、mRNA前駆体転写物のNIE(例えば、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 312

50125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070))を含有するイントロンの領域、または同じイントロンにおけるNIE活性化制御配列に結合する、方法が本明細書で提供される。
[0161]成熟mRNAへのNIE包含を低下させることについて言及する場合、低下は、完全、例えば100%であっても、部分的であってもよい。低下は臨床的に有意であってもよい。低下/是正は、処置を有しない対象におけるNIE包含のレベルと比べたものであっても、同様の対象の集団におけるNIE包含の量と比べたものであってもよい。低下/是正は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも10%少ないNIE包含であり得る。低下は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも20%少ないNIE包含であり得る。低下は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも40%少ないNIE包含であり得る。低下は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも50%少ないNIE包含であり得る。低下は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも60%少ないNIE包含であり得る。低下は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも80%少ないNIE包含であり得る。低下は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも90%少ないNIE包含であり得る。
[0162]活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質レベルを増加させることについて言及する場合、増加は臨床的に有意であってもよい。増加は、処置を有しない対象における活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質のレベルと比べたものであっても、同様の対象の集団における活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の量と比べたものであってもよい。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも10%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも20%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも40%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも50%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも80%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも100%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも200%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。増加は、平均的な対象または処置前の対象と比べて少なくとも500%多い活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL

4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。
[0163]NIE抑制剤がポリ核酸ポリマーを含む複数の実施形態において、ポリ核酸ポリマーは約50ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約45ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約40ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約35ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約30ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約24ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約25ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約20ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約19ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約18ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約17ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約16ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約15ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約14ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約13ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約12ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約11ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約50ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約45ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約40ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約35ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約30ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約25ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約10から約20ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約15から約25ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約15から約30ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約12から約30ヌクレオチド長の間であり得る。
[0164]ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA転写物、例えば部分的にプロセシングされたmRNA転写物の標的配列に対して少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%相補的であり得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対して100%相補的であってもよい。
[0165]ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対して4つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対して3つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対して2つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対して1つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対してミスマッチを有しなくてもよい。
[0166]ポリ核酸ポリマーは、mRNA前駆体転写物の標的配列に特異的にハイブリダイズし得る。例えば、ポリ核酸ポリマーは、mRNA前駆体転写物の標的配列に対して91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、または100%の配列相補性を有し得る。ハイブリダイゼーションは、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で行われ得る。
[0167]ポリ核酸ポリマーは、配列番号60~191からなる群から選択される配列に対して少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%の配列同一性を有する配列を含む。ポリ核酸ポリマーは、配列番号60~191からなる群から選択される配列に対して100%の配列同一性を有する配列を含んでもよい。
[0168]ポリ核酸ポリマー配列について言及する場合、当業者は、1つまたは複数の置換が許容されてもよく、任意選択で2つの置換が配列において許容されてもよく、置換は、ポリ核酸ポリマー配列が、標的配列にハイブリダイズする能力、または、置換が標的配列にある場合は、標的配列として認識される能力を維持するようなものである、ということを理解するであろう。配列同一性の基準は、標準/初期パラメーターを使用するBLAST配列アラインメントによって決定してもよい。例えば、配列は、99%の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。他の実施形態において、配列は、98%の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。別の実施形態において、配列は、95%の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。別の実施形態において、配列は、90%の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。
アンチセンスオリゴマー
[0169]ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合することによってエクソンスキッピングを誘導するアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で提供される。本明細書で使用する場合、「ASO」および「アンチセンスオリゴマー」という用語は、交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対形成またはゆらぎ塩基対形成(G-U)によって標的核酸(例えば、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体)配列にハイブリダイズする核酸塩基を含むポリヌクレオチド等のオリゴマーを指す。ASOは、標的配列に対して相補的な厳密な配列または非常に高い相補性(例えば、標的配列を結合するのに十分で、スプライス部位でのスプライシングを増強する相補性)を有し得る。ASOは、標的核酸(例えば、mRNA前駆体転写物の標的化部分)に結合(ハイブリダイズ)し、生理的条件下でハイブリダイズしたままでいるように設計される。典型的には、ASOは、意図された(標的化)核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸ではない限られた数の配列(標的核酸以外の少数の部位)にハイブリダイズする。ASOの設計は、mRNA前駆体転写物の標的化部分の核酸配列の存在、または、ASOが他の部位を結合し、「オフターゲット」効果を引き起こす可能性が限定されるように、ゲノムもしくは細胞のmRNA前駆体もしくはトランスクリプトーム中の他の場所における十分に類似した核酸配列の存在を考慮してもよい。当技術分野で公知の、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる、「Reducing Nonsense-Mediated mRNA Decay」という名称の、WO2015/035091として公開されているPCT出願第PCT/US2014/054151号における任意のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用することができる。
[0170]一部の実施形態において、ASOは、標的核酸またはNIE含有mRNA前駆体の標的化部分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的」である。典型的には、そのようなハイブリダイゼーションは、37℃より実質的に高い、好ましくは少なくとも50℃、典型的には60℃からおよそ90℃の間のTで行われる。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に相当する。所与のイオン強度およびpHの場合、Tは、標的配列の50%が相補的なオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
[0171]オリゴマー、例えばオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが2本の一本鎖ポリヌクレオチド間で、逆平行配置で行われる場合、互いに対して「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドの鎖の一方との間で行われ得る場合、別のポリヌクレオチドに対して「相補的」であり得る。相補性(1本のポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度)は、一般に許容される塩基対形成則に従って、対向する鎖における互いに水素結合を形成することが予期される塩基の割合(例えば、百分率)の点から定量化可能である。アンチセンスオリゴマー(ASO)の配列は、ハイブリダイズする標的核酸の配列に対して100%相補的である必要はない。ある特定の実施形態において、ASOは、標的にする標的核酸配列内の標的領域に対して少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相補性を含み得る。例えば、オリゴマー化合物の20個の核酸塩基のうち18個が標的領域に対して相補的である、したがって特異的にハイブリダイズし得るASOであれば、90パーセントの相補性を表す。この例において、残りの非相補的な核酸塩基は、一緒にクラスター形成していても相補的な核酸塩基が間に散在していてもよく、互いに対しても相補的な核酸塩基に対しても連続的である必要はない。標的核酸の領域とのASOの相補率は、当技術分野で公知のBLASTプログラム(基本的局所アラインメント検索ツール)およびPowerBLASTプログラム(Altschulら、J.Mol.Biol.、1990、215、403~410;ZhangおよびMadden、Genome Res.、1997、7、649~656)を使用して慣例的に決定することができる。
[0172]ASOは標的配列における全ての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、ASOがハイブリダイズする核酸塩基は連続的であっても非連続的であってもよい。ASOは、介在または隣接するセグメントがハイブリダイゼーション事象(例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る)に関与しないように、mRNA前駆体転写物の1つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズしてもよい。ある特定の実施形態において、ASOは、標的mRNA前駆体転写物における非連続的な核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ASOは、ASOがハイブリダイズしない1個または複数個の核酸塩基によって分離される、mRNA前駆体転写物における核酸塩基にハイブリダイズすることができる。
[0173]本明細書に記載されるASOは、NIE含有mRNA前駆体の標的部分に存在する核酸塩基に対して相補的である核酸塩基を含む。ASOという用語には、オリゴヌクレオチド、および標的mRNAの相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、糖部分、例えばペプチド核酸(PNA)を含まない任意の他のオリゴマー分子が含まれる。ASOは、天然に存在するヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、修飾ヌクレオチド、または先行するものの2つもしくは3つの任意の組合せを含んでもよい。「天然に存在するヌクレオチド」という用語には、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドが含まれる。「修飾ヌクレオチド」という用語には、修飾もしくは置換糖基を有する、および/または修飾骨格を有するヌクレオチドが含まれる。一部の実施形態において、ASOの全てのヌクレオチドは修飾ヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性があるASOまたはASOの成分の化学修飾は、当業者に明白であり得、例えば、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第8,258,109B2号、米国特許第5,656,612号、米国特許公開第2012/0190728号、ならびにDiasおよびStein、Mol.Cancer Ther.2002、347~355に見出すことができる。
[0174]ASOの1個または複数個の核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシル等の任意の天然に存在する非修飾核酸塩基であっても、標的mRNA前駆体に存在する核酸塩基と水素結合することができるほど十分に非修飾核酸塩基に類似した任意の合成もしくは修飾核酸塩基であってもよい。修飾核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キサンチン、7-メチルグアニン、5,6-ジヒドロウラシル、5-メチルシトシン、および5-ヒドロキシメチルシトシン(hydroxymethoylcytosine)が挙げられる。
[0175]本明細書に記載されるASOはまた、オリゴマーの成分を接続する骨格構造も含む。「骨格構造」および「オリゴマー連結」という用語は、交換可能に使用することができ、ASOのモノマー間の接続を指す。天然に存在するオリゴヌクレオチドにおいて、骨格は、オリゴマーの糖部分を接続する3’-5’ホスホジエステル連結を含む。本明細書に記載されるASOの骨格構造またはオリゴマー連結としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホロアニラデート、およびホスホロアミデート等が挙げられる(が、これらに限定されない)。例えば、LaPlancheら、Nucleic Acids Res.14:9081(1986);Stecら、J.Am.Chem.Soc.106:6077(1984)、Steinら、Nucleic Acids Res.16:3209(1988)、Zonら、Anti-Cancer Drug Design 6:539(1991);Zonら、Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach、87~108ページ(F.Eckstein編、Oxford University Press、Oxford England(1991));Stecら、米国特許第5,151,510号;UhlmannおよびPeyman、Chemical Reviews 90:543(1990)を参照のこと。一部の実施形態において、ASOの骨格構造は、リンを含有せず、むしろペプチド結合を、例えば、ペプチド核酸(PNA)、またはカルバメート、アミド、ならびに鎖式および環式炭化水素基が挙げられる連結基に含有する。一部の実施形態において、骨格修飾はホスホチオエート連結である。一部の実施形態において、骨格修飾はホスホロアミデート連結である。
[0176]一部の実施形態において、ASO骨格のリンヌクレオチド間連結の各々における立体化学は無秩序である。一部の実施形態において、ASO骨格のリンヌクレオチド間連結の各々における立体化学は統御されており、無秩序ではない。例えば、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2014/0194610号、「Methods for the Synthesis of Functionalized Nucleic Acids」は、核酸オリゴマー中の各リン原子におけるキラリティーの掌性を独立して選択するための方法を記載している。一部の実施形態において、本明細書で表5および6に記載される任意のASOが挙げられるがこれらに限定されない、本開示の方法において使用されるASOは、無秩序ではないリンヌクレオチド間連結を有するASOを含む。一部の実施形態において、本開示の方法において使用される組成物は、純粋なジアステレオマーのASOを含む。一部の実施形態において、本開示の方法において使用される組成物は、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、約90%から約100%、約91%から約100%、約92%から約100%、約93%から約100%、約94%から約100%、約95%から約100%、約96%から約100%、約97%から約100%、約98%から約100%、または約99%から約100%のジアステレオマー純度を有するASOを含む。
[0177]一部の実施形態において、ASOは、リンヌクレオチド間連結においてRpおよびSp配置の無秩序ではない混合物を有する。例えば、RpおよびSpの混合は、アンチセンスオリゴヌクレオチドにおいて、良好な活性とヌクレアーゼ安定性との間の均衡を達成するために必要とされるということが示唆されている(参照によって本明細書に組み込まれる、Wanら、2014、「Synthesis, biophysical properties and biological activity of second generation antisense oligonucleotides containing chiral phosphorothioate linkages」、Nucleic Acids Research 42(22):13456~13468)。一部の実施形態において、本明細書で配列番号60~191に記載される任意のASOが挙げられるがこれらに限定されない、本開示の方法において使用されるASOは、約5~100%のRp、少なくとも約5%のRp、少なくとも約10%のRp、少なくとも約15%のRp、少なくとも約20%のRp、少なくとも約25%のRp、少なくとも約30%のRp、少なくとも約35%のRp、少なくとも約40%のRp、少なくとも約45%のRp、少なくとも約50%のRp、少なくとも約55%のRp、少なくとも約60%のRp、少なくとも約65%のRp、少なくとも約70%のRp、少なくとも約75%のRp、少なくとも約80%のRp、少なくとも約85%のRp、少なくとも約90%のRp、もしくは少なくとも約95%のRpとその残りのSp、または約100%のRpを含む。一部の実施形態において、配列番号60~191のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む本明細書に記載される任意のASOが挙げられるがこれらに限定されない、本開示の方法において使用されるASOは、約10%から約100%のRp、約15%から約100%のRp、約20%から約100%のRp、約25%から約100%のRp、約30%から約100%のRp、約35%から約100%のRp、約40%から約100%のRp、約45%から約100%のRp、約50%から約100%のRp、約55%から約100%のRp、約60%から約100%のRp、約65%から約100%のRp、約70%から約100%のRp、約75%から約100%のRp、約80%から約100%のRp、約85%から約100%のRp、約90%から約100%のRp、または約95%から約100%のRp、約20%から約80%のRp、約25%から約75%のRp、約30%から約70%のRp、約40%から約60%のRp、または約45%から約55%のRpとその残りのSpを含む。
[0178]一部の実施形態において、配列番号60~191のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む本明細書に記載される任意のASOが挙げられるがこれらに限定されない、本開示の方法において使用されるASOは、約5~100%のSp、少なくとも約5%のSp、少なくとも約10%のSp、少なくとも約15%のSp、少なくとも約20%のSp、少なくとも約25%のSp、少なくとも約30%のSp、少なくとも約35%のSp、少なくとも約40%のSp、少なくとも約45%のSp、少なくとも約50%のSp、少なくとも約55%のSp、少なくとも約60%のSp、少なくとも約65%のSp、少なくとも約70%のSp、少なくとも約75%のSp、少なくとも約80%のSp、少なくとも約85%のSp、少なくとも約90%のSp、もしくは少なくとも約95%のSpとその残りのRp、または約100%のSpを含む。複数の実施形態において、配列番号60~191のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む本明細書に記載される任意のASOが挙げられるがこれらに限定されない、本開示の方法において使用されるASOは、約10%から約100%のSp、約15%から約100%のSp、約20%から約100%のSp、約25%から約100%のSp、約30%から約100%のSp、約35%から約100%のSp、約40%から約100%のSp、約45%から約100%のSp、約50%から約100%のSp、約55%から約100%のSp、約60%から約100%のSp、約65%から約100%のSp、約70%から約100%のSp、約75%から約100%のSp、約80%から約100%のSp、約85%から約100%のSp、約90%から約100%のSp、または約95%から約100%のSp、約20%から約80%のSp、約25%から約75%のSp、約30%から約70%のSp、約40%から約60%のSp、または約45%から約55%のSpとその残りのRpを含む。
[0179]本明細書に記載される任意のASOは、天然に存在するヌクレオチドに存在するような、リボースもしくはデオキシリボースを含む糖部分、または修飾糖部分もしくは糖類似体、例えばモルホリン環を含有してもよい。修飾糖部分の非限定的な例としては、2’置換基、例えば2’-O-メチル(2’-O-Me)、2’-O-メトキシエチル(2’MOE)、2’-O-アミノエチル、2’F;N3’→P5’ホスホロアミデート、2’ジメチルアミノオキシエトキシ、2’ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-グアニジニウム(guanidinidium)、2’-O-グアニジニウムエチル、カルバメート修飾糖、および二環式修飾糖が挙げられる。一部の実施形態において、糖部分修飾は、2’-O-Me、2’F、および2’MOEから選択される。一部の実施形態において、糖部分修飾は、例えばロックド核酸(LNA)における追加の架橋結合である。一部の実施形態において、糖類似体は、モルホリン環、例えばホスホロジアミデートモルホリノ(PMO)を含有する。一部の実施形態において、糖部分は、リボフラノシル(ribofuransyl)または2’デオキシリボフラノシル(deoxyribofuransyl)修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、2’4’-拘束2’O-メチルオキシエチル(cMOE)修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、cEt 2’,4’拘束2’-OエチルBNA修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、トリシクロDNA(tcDNA)修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、エチレン核酸(ENA)修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、MCE修飾を含む。修飾は当技術分野で公知であり、例えば、この目的のために参照によって本明細書に組み込まれる、Jarverら、2014、「A Chemical View of Oligonucleotides for Exon Skipping and Related Drug Applications」、Nucleic Acid Therapeutics 24(1):37~47による文献に記載されている。
[0180]一部の実施形態において、ASOの各モノマーは同じ手段で修飾され、例えば、ASOの骨格の各連結がホスホロチオエート連結を含むか、または各リボース糖部分が2’O-メチル修飾を含む。ASOのモノマー成分の各々に存在するそのような修飾は、「均一修飾」と称される。一部の例において、異なる修飾の組合せが所望されてもよく、例えば、ASOは、ホスホロジアミデート連結とモルホリン環(モルホリノ)を含む糖部分との組合せを含んでもよい。ASOへの異なる修飾の組合せは、「混合修飾」または「混合化学」と称される。
[0181]一部の実施形態において、ASOは、1つまたは複数の骨格修飾を含む。一部の実施形態において、ASOは、1つまたは複数の糖部分修飾を含む。一部の実施形態において、ASOは、1つまたは複数の骨格修飾、および1つまたは複数の糖部分修飾を含む。一部の実施形態において、ASOは、2’MOE修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。一部の実施形態において、ASOは、ホスホロジアミデートモルホリノ(PMO)を含む。一部の実施形態において、ASOは、ペプチド核酸(PNA)を含む。本明細書に記載される任意のASOまたはASOの任意の成分(例えば、核酸塩基、糖部分、骨格)は、ASOの所望の特性もしくは活性を達成するため、またはASOの望まない特性もしくは活性を低下させるために修飾されてもよい。例えば、ASOまたは任意のASOの1つもしくは複数の成分は、mRNA前駆体転写物の標的配列に対する結合親和性を増強するため、任意の非標的配列への結合を低下させるため、細胞のヌクレアーゼ(すなわちRNアーゼH)による分解を低下させるため、細胞および/もしくは細胞の核へのASOの取込みを向上させるため、ASOの薬物動態もしくは薬力学を変更するため、ならびに/またはASOの半減期を調節するために修飾されてもよい。
[0182]一部の実施形態において、ASOは、2’-O-(2-メトキシエチル)(MOE)ホスホロチオエート修飾ヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成されるASOは、本明細書に開示される方法にとりわけよく適しており、そのような修飾を有するオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された抵抗性および増加したバイオアベイラビリティを有し、これにより、例えば本明細書に記載される一部の実施形態における経口送達に好適なものになる、ということが示されている。例えば、Gearyら、J Pharmacol Exp Ther.2001;296(3):890~7;Gearyら、J Pharmacol Exp Ther.2001;296(3):898~904を参照のこと。
[0183]ASOを合成する方法は、当業者に公知であろう。代替的にまたは付加的に、ASOは商業的供給業者から入手してもよい。
[0184]別段の定めのない限り、一本鎖核酸(例えば、mRNA前駆体転写物、オリゴヌクレオチド、ASO等)配列の左手末端は5’末端であり、一本鎖または二本鎖核酸配列の左手方向は5’方向と称される。同様に、核酸配列(一本鎖または二本鎖)の右手末端または方向は、3’末端または方向である。一般に、核酸中の基準点に対して5’側にある領域または配列は「上流」と称され、核酸中の基準点に対して3’側にある領域または配列は「下流」と称される。一般に、mRNAの5’方向または末端は、開始または出発コドンが位置する場所であり、3’末端または方向は、終止コドンが位置する場所である。一部の態様において、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは負の数によって明示されてもよく、基準点の下流にあるヌクレオチドは正の数によって明示されてもよい。例えば、基準点(例えば、mRNAにおけるエクソン-エクソン接合部)は「ゼロ」部位として明示されてもよく、その基準点に直に隣接する上流のヌクレオチドは「マイナス1」、例えば「-1」と明示され、その基準点に直に隣接する下流のヌクレオチドは「プラス1」、例えば「+1」と明示される。
[0185]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体における包含エクソンの5’スプライス部位(またはNIEの3’末端)の下流(3’方向)(例えば、5’スプライス部位に対して正の数によって明示される方向)にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的であ(り、結合す)る。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して約+1から約+500の領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して+6から+40,000のヌクレオチドの間の領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的であり得る。一部の態様において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して約+1から約+40,000、約+1から約+30,000、約+1から約+20,000、約+1から約+15,000、約+1から約+10,000、約+1から約+5,000、約+1から約+4,000、約+1から約+3,000、約+1から約+2,000、約+1から約+1,000、約+1から約+500、約+1から約+490、約+1から約+480、約+1から約+470、約+1から約+460、約+1から約+450、約+1から約+440、約+1から約+430、約+1から約+420、約+1から約+410、約+1から約+400、約+1から約+390、約+1から約+380、約+1から約+370、約+1から約+360、約+1から約+350、約+1から約+340、約+1から約+330、約+1から約+320、約+1から約+310、約+1から約+300、約+1から約+290、約+1から約+280、約+1から約+270、約+1から約+260、約+1から約+250、約+1から約+240、約+1から約+230、約+1から約+220、約+1から約+210、約+1から約+200、約+1から約+190、約+1から約+180、約+1から約+170、約+1から約+160、約+1から約+150、約+1から約+140、約+1から約+130、約+1から約+120、約+1から約+110、約+1から約+100、約+1から約+90、約+1から約+80、約+1から約+70、約+1から約+60、約+1から約+50、約+1から約+40、約+1から約+30、または約+1から約+20の領域内にある標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して約+1から約+100まで、約+100から約+200まで、約+200から約+300まで、約+300から約+400まで、または約+400から約+500までの領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[0186]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体における包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)の上流(5’方向)(例えば、5’スプライス部位に対して負の数によって明示される方向)にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的であ(り、結合す)る。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して約-4から約-270の領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して-1から-40,000のヌクレオチドの間の領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的であり得る。一部の態様において、ASOは、包含エクソンの5’スプライス部位(または3’末端)に対して約-1から約-40,000、約-1から約-30,000、約-1から約-20,000、約-1から約-15,000、約-1から約-10,000、約-1から約-5,000、約-1から約-4,000、約-1から約-3,000、約-1から約-2,000、約-1から約-1,000、約-1から約-500、約-1から約-490、約-1から約-480、約-1から約-470、約-1から約-460、約-1から約-450、約-1から約-440、約-1から約-430、約-1から約-420、約-1から約-410、約-1から約-400、約-1から約-390、約-1から約-380、約-1から約-370、約-1から約-360、約-1から約-350、約-1から約-340、約-1から約-330、約-1から約-320、約-1から約-310、約-1から約-300、約-1から約-290、約-1から約-280、約-1から約-270、約-1から約-260、約-1から約-250、約-1から約-240、約-1から約-230、約-1から約-220、約-1から約-210、約-1から約-200、約-1から約-190、約-1から約-180、約-1から約-170、約-1から約-160、約-1から約-150、約-1から約-140、約-1から約-130、約-1から約-120、約-1から約-110、約-1から約-100、約-1から約-90、約-1から約-80、約-1から約-70、約-1から約-60、約-1から約-50、約-1から約-40、約-1から約-30、または約-1から約-20の領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[0187]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体における包含エクソンの3’スプライス部位(または5’末端)の上流(5’方向)(例えば、負の数によって明示される方向)にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの3’スプライス部位(または5’末端)に対して約-1から約-500の領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの3’スプライス部位に対して-1から-40,000の領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ASOは、包含エクソンの3’スプライス部位に対して約-1から約-40,000、約-1から約-30,000、-1から約-20,000、約-1から約-15,000、約-1から約-10,000、約-1から約-5,000、約-1から約-4,000、約-1から約-3,000、約-1から約-2,000、約-1から約-1,000、約-1から約-500、約-1から約-490、約-1から約-480、約-1から約-470、約-1から約-460、約-1から約-450、約-1から約-440、約-1から約-430、約-1から約-420、約-1から約-410、約-1から約-400、約-1から約-390、約-1から約-380、約-1から約-370、約-1から約-360、約-1から約-350、約-1から約-340、約-1から約-330、約-1から約-320、約-1から約-310、約-1から約-300、約-1から約-290、約-1から約-280、約-1から約-270、約-1から約-260、約-1から約-250、約-1から約-240、約-1から約-230、約-1から約-220、約-1から約-210、約-1から約-200、約-1から約-190、約-1から約-180、約-1から約-170、約-1から約-160、約-1から約-150、約-1から約-140、約-1から約-130、約-1から約-120、約-1から約-110、約-1から約-100、約-1から約-90、約-1から約-80、約-1から約-70、約-1から約-60、約-1から約-50、約-1から約-40、約-1から約-30、または約-1から約-20の領域内にある標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ASOは、包含エクソンの3’スプライス部位に対して約-1から約-100まで、約-100から約-200まで、約-200から約-300まで、約-300から約-400まで、または約-400から約-500までの領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[0188]一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体における包含エクソンの3’スプライス部位(5’末端)の下流(3’方向)(例えば、正の数によって明示される方向)にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ASOは、包含エクソンの3’スプライス部位に対して約+1から約+40,000という領域内にある、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ASOは、包含エクソンの3’スプライス部位に対して約+1から約+40,000、約+1から約+30,000、約+1から約+20,000、約+1から約+15,000、約+1から約+10,000、約+1から約+5,000、約+1から約+4,000、約+1から約+3,000、約+1から約+2,000、約+1から約+1,000、約+1から約+500、約+1から約+490、約+1から約+480、約+1から約+470、約+1から約+460、約+1から約+450、約+1から約+440、約+1から約+430、約+1から約+420、約+1から約+410、約+1から約+400、約+1から約+390、約+1から約+380、約+1から約+370、約+1から約+360、約+1から約+350、約+1から約+340、約+1から約+330、約+1から約+320、約+1から約+310、約+1から約+300、約+1から約+290、約+1から約+280、約+1から約+270、約+1から約+260、約+1から約+250、約+1から約+240、約+1から約+230、約+1から約+220、約+1から約+210、約+1から約+200、約+1から約+190、約+1から約+180、約+1から約+170、約+1から約+160、約+1から約+150、約+1から約+140、約+1から約+130、約+1から約+120、約+1から約+110、約+1から約+100、約+1から約+90、約+1から約+80、約+1から約+70、約+1から約+60、約+1から約+50、約+1から約+40、約+1から約+30、または約+1から約+20、または約+1から約+10の領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[0189]一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分は、包含エクソンの5’スプライス部位(3’末端)に対して+100から包含エクソンの3’スプライス部位(5’末端)に対して-100の領域内にある。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分はNIE内にある。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的部分は、偽エクソンとイントロンとの境界を含む。
[0190]ASOは、特異的結合およびスプライシングの効果的な増強に好適な任意の長さであり得る。一部の実施形態において、ASOは、8から50核酸塩基からなる。例えば、ASOは、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、45、または50核酸塩基長であり得る。一部の実施形態において、ASOは、50核酸塩基超からなる。一部の実施形態において、ASOは、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、12から15核酸塩基、13から50核酸塩基、13から40核酸塩基、13から35核酸塩基、13から30核酸塩基、13から25核酸塩基、13から20核酸塩基、14から50核酸塩基、14から40核酸塩基、14から35核酸塩基、14から30核酸塩基、14から25核酸塩基、14から20核酸塩基、15から50核酸塩基、15から40核酸塩基、15から35核酸塩基、15から30核酸塩基、15から25核酸塩基、15から20核酸塩基、20から50核酸塩基、20から40核酸塩基、20から35核酸塩基、20から30核酸塩基、20から25核酸塩基、25から50核酸塩基、25から40核酸塩基、25から35核酸塩基、または25から30核酸塩基長までである。一部の実施形態において、ASOは18ヌクレオチド長である。一部の実施形態において、ASOは15ヌクレオチド長である。一部の実施形態において、ASOは25ヌクレオチド長である。
[0191]一部の実施形態において、異なる化学的性質を有するが、NIE含有mRNA前駆体の同じ標的化部分に対して相補的な2種以上のASOが使用される。一部の実施形態において、NIE含有mRNA前駆体の異なる標的化部分に対して相補的である2種以上のASOが使用される。
[0192]一部の実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の部分またはコンジュゲート、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞による取込みを増強する、標的化のための部分(targeting moiety)または他のコンジュゲートに化学的に連結する。そのような部分としては、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分としての脂質部分、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸が挙げられるが、これらに限定されない。親油性部分を含むオリゴヌクレオチド、および調製方法は、公開文献に記載されている。複数の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えばN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、N-Ac-グルコサミン(GluNAc)、もしくはマンノース(例えば、マンノース-6-ホスフェート)、脂質、またはポリ炭化水素化合物が挙げられるがこれらに限定されない部分とコンジュゲートする。コンジュゲートは、当技術分野で理解され、文献に記載されているように、例えばリンカーを使用して、糖、塩基、またはリン酸基のいくつかの位置のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの1個または複数個に連結することができる。リンカーとしては、二価または三価の分枝リンカーを挙げることができる。複数の実施形態において、コンジュゲートは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの3’末端に結合される。オリゴヌクレオチドコンジュゲートを調製する方法は、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる米国特許第8,450,467号、「Carbohydrate conjugates as delivery agents for oligonucleotides」に記載されている。
[0193]一部の実施形態において、ASOによって標的とされる核酸は、細胞、例えば真核細胞において発現するABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体である。一部の実施形態において、「細胞」という用語は細胞の集団を指してもよい。一部の実施形態において、細胞は対象中にある。一部の実施形態において、細胞は対象から単離される。一部の実施形態において、細胞はエクスビボである。一部の実施形態において、細胞は、状態または疾患関連細胞または細胞株である。一部の実施形態において、細胞はインビトロ(例えば、細胞培養物中)である。
医薬組成物
[0194]記載される組成物の薬剤および記載される方法のいずれかにおける使用のための薬剤、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物または製剤は、医薬業界において周知かつ公開文献に記載されている従来の技法に従って調製することができる。複数の実施形態において、対象を処置するための医薬組成物または製剤は、本明細書に記載されるような有効量の任意のアンチセンスオリゴマー、または薬学的に許容されるその塩、溶媒和物、水和物、もしくはエステルを含む。アンチセンスオリゴマーを含む医薬製剤は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体をさらに含んでもよい。
[0195]薬学的に許容される塩は、過度の毒性、刺激作用、アレルギー応答等を伴わないためにヒトおよび下等動物の組織との接触における使用に好適であり、合理的な利益/危険比に見合っている。(例えば、この目的のために参照によって本明細書に組み込まれるS.M.Bergeら、J.Pharmaceutical Sciences、66:1~19(1977)を参照のこと。塩は、化合物の最終単離および精製の間にインサイチュで、またはその遊離塩基形態を好適な有機酸と反応させることによって別個に調製することができる。薬学的に許容される非毒性酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸等の無機酸、または酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、もしくはマロン酸等の有機酸を用いて、あるいはイオン交換等の他の文書化された方法論を使用することによって形成されるアミノ基の塩である。他の薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、二グルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p-トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩等が挙げられる。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム等が挙げられる。さらなる薬学的に許容される塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルスルホン酸塩、およびアリールスルホン酸塩等の対イオンを使用して形成される、非毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。
[0196]一部の実施形態において、組成物は、これらに限定されないが、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、軟ゲル、坐剤、および浣腸剤等の多くの可能な剤形のいずれかに製剤化される。複数の実施形態において、組成物は、水性、非水性、または混合媒体中の懸濁剤として製剤化される。水性懸濁剤は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、および/またはデキストランが挙げられる、懸濁剤の粘度を増加させる物質をさらに含有してもよい。懸濁剤はまた、安定剤を含有してもよい。複数の実施形態において、本開示の医薬製剤または組成物としては、溶液、エマルション、マイクロエマルション、泡状物、またはリポソーム含有製剤(例えば、カチオン性または非カチオン性リポソーム)が挙げられるが、これらに限定されない。
[0197]本明細書に記載される医薬組成物または製剤は、適宜、当業者に周知または公開文献に記載されている、1種または複数種の浸透増強剤、担体、賦形剤、または他の活性もしくは不活性成分を含んでもよい。複数の実施形態において、リポソームとしては、立体的に安定化したリポソーム、例えば、1種または複数種の特殊化した脂質を含むリポソームも挙げられる。これらの特殊化した脂質は、増強した循環寿命を有するリポソームを結果的にもたらす。複数の実施形態において、立体的に安定化したリポソームは、1種もしくは複数種の糖脂質を含むか、または1種もしくは複数種の親水性ポリマー、例えばポリエチレングリコール(PEG)部分を用いて誘導体化される。一部の実施形態において、界面活性剤が医薬製剤または組成物に含まれる。薬物生成物、製剤、およびエマルションにおける界面活性剤の使用は、当技術分野で周知である。複数の実施形態において、本開示は、浸透増強剤を用いて、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達をもたらす、例えば、細胞膜を越える拡散を補佐する、および/または親油性の薬物の透過性を増強させる。一部の実施形態において、浸透増強剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート非界面活性剤である。
[0198]一部の実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。複数の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、別の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。
組合せ療法
[0199]一部の実施形態において、本開示に開示されるASOは、1種または複数種のさらなる治療剤と組み合わせて使用することができる。一部の実施形態において、1種または複数種のさらなる治療剤は低分子を含むことができる。例えば、1種または複数種のさらなる治療剤は、その全体が本明細書に参照によって組み込まれる、WO2016128343A1、WO2017053982A1、WO2016196386A1、WO201428459A1、WO201524876A2、WO2013119916A2、およびWO2014209841A2に記載されている低分子を含むことができる。一部の実施形態において、1種または複数種のさらなる治療剤は、イントロン保持を是正するために使用することができるASOを含む。
対象の処置
[0200]本明細書で提供される組成物のいずれも、個体に投与することができる。「個体」は、「対象」または「患者」と交換可能に使用することができる。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、または非ヒト霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、もしくはヒツジ等の動物であり得る。複数の実施形態において、個体はヒトである。複数の実施形態において、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態において、個体は別の真核性生物、例えば植物であり得る。一部の実施形態において、本明細書で提供される組成物は、細胞にエクスビボで投与される。
[0201]一部の実施形態において、本明細書で提供される組成物は、疾患または障害を処置する方法として個体に投与される。一部の実施形態において、個体は、遺伝子疾患、例えば本明細書に記載される疾患のいずれかを有する。一部の実施形態において、個体は、疾患、例えば本明細書に記載される疾患のいずれかを有する危険性がある。一部の実施形態において、個体は、不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有する増加した危険性がある。個体が不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有する「増加した危険性がある」場合、方法は防止または予防的処置を伴う。例えば、個体は、疾患の家族歴のためにそのような疾患または障害を有する増加した危険性がある場合がある。典型的には、そのような疾患または障害を有する増加した危険性がある個体は、予防的処置から(例えば、疾患または障害の発症または進行を防止するか、または遅延させることによって)恩恵を受ける。複数の実施形態において、胎児は子宮内で、例えばASO組成物を胎児に直接的または間接的に(例えば母親を介して)投与することによって処置される。
[0202]本開示のASOの好適な投与経路は、ASOの送達が所望される細胞型に応じて変えてもよい。複数の組織および器官は、ドラベ症候群による影響を受け、脳が最も著しく影響を受ける組織である。本開示のASOは、患者に非経口的に、例えば、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与され得る。
[0203]複数の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、主題のアンチセンスオリゴヌクレオチドの、血液脳関門を越える浸透を促進することができる1種または複数種の薬剤と共に、当技術分野で公知の任意の方法によって投与される。例えば、筋肉組織の運動ニューロンへのアデノウイルスベクターの投与による薬剤の送達は、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第6,632,427号、「Adenoviral-vector-mediated gene transfer into medullary motor neurons」に記載されている。脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質へのベクターの直接の送達は、例えば、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第6,756,523号、「Adenovirus vectors for the transfer of foreign genes into cells of the central nervous system particularly in brain」に記載されている。
[0204]一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい医薬的または薬力学的特性を提供する薬剤と連結またはコンジュゲートされる。複数の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を越える浸透または運搬を促進する当技術分野で公知の物質、例えばトランスフェリン受容体に対する抗体と結合される。複数の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ウイルスベクターと連結して、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするか、または血液脳関門を越える運搬を増加させる。複数の実施形態において、浸透圧による血液脳関門破壊は、糖、例えば、メソエリスリトール、キシリトール、D(+)ガラクトース、D(+)ラクトース、D(+)キシロース、ダルシトール、ミオイノシトール、L(-)フルクトース、D(-)マンニトール、D(+)グルコース、D(+)アラビノース、D(-)アラビノース、セロビオース、D(+)マルトース、D(+)ラフィノース、L(+)ラムノース、D(+)メリビオース、D(-)リボース、アドニトール、D(+)アラビトール、L(-)アラビトール、D(+)フコース、L(-)フコース、D(-)リキソース、L(+)リキソース、およびL(-)リキソース、またはアミノ酸、例えば、グルタミン、リシン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、およびタウリンの注入によって補助される。血液脳関門浸透を増強させるための方法および材料は、例えば、各々が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第9,193,969号、「Compositions and methods for selective delivery of oligonucleotide molecules to specific neuron types」、米国特許第4,866,042号、「Method for the delivery of genetic material across the blood brain barrier」、米国特許第6,294,520号、「Material for passage through the blood-brain barrier」、および米国特許第6,936,589号「Parenteral delivery systems」に記載されている。
[0205]一部の実施形態において、本開示のASOは、例えば、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第9,193,969号に記載されている方法を使用して、ドーパミン再取込み阻害薬(DRI)、選択的セロトニン再取込み阻害薬(SSRI)、ノルアドレナリン再取込み阻害薬(NRI)、ノルエピネフリン-ドーパミン再取込み阻害薬(NDRI)、およびセロトニン-ノルエピネフリン-ドーパミン再取込み阻害薬(SNDRI)と結合される。
[0206]一部の実施形態において、方法および組成物を使用して処置される対象は、状態の向上に関して、当技術分野で公知かつ記載されている任意の方法を使用して評価される。
エクソンスキッピングを誘導するさらなるASOを同定する方法
[0207]ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体のエクソンスキッピングを誘導するASOを同定または決定するための方法もまた、本開示の範囲内である。例えば、方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の偽エクソンスキッピングを誘導するASOを同定または決定するステップを含むことができる。mRNA前駆体の標的領域内の異なるヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするASOは、標的イントロンのスプライシングの速度および/または範囲を向上させるASOを同定または決定するためにスクリーニングされてもよい。一部の実施形態において、ASOは、スプライシングリプレッサー/サイレンサーの結合部位を遮断するか、またはその結合部位に干渉し得る。当技術分野で公知の任意の方法は、エクソンの標的領域にハイブリダイズした場合に所望の効果(例えば、偽エクソンスキッピング、タンパク質または機能性RNA産生)を結果的にもたらすASOを同定(決定)するために使用してもよい。これらの方法は、包含エクソンと隣り合うイントロンにおける、または非包含エクソンにおける標的化領域に結合することによって包含エクソンのエクソンスキッピングを誘導するASOを同定するためにも使用することができる。使用され得る方法の一例は以下に提供される。
[0208]ASO「歩行」と称される1ラウンドのスクリーニングは、mRNA前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計したASOを使用して実施することができる。例えば、ASO歩行に使用されるASOは、包含エクソンの3’スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド上流(例えば、標的/包含エクソンの上流に位置するエクソンの配列の一部分)から標的/包含エクソンの3’スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド下流まで、および/または包含エクソンの5’スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド上流から標的/包含エクソンの5’スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド下流(例えば、標的/包含エクソンの下流に位置するエクソンの配列の一部分)まで、5ヌクレオチドごとにタイリングすることができる。例えば、15ヌクレオチド長の第1のASOは、標的/包含エクソンの3’スプライス部位に対して+6から+20のヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするように設計してもよい。第2のASOは、標的/包含エクソンの3’スプライス部位に対して+11から+25のヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするように設計してもよい。ASOは、mRNA前駆体の標的領域にまたがるようなものとして設計される。複数の実施形態において、ASOはより綿密に、例えば、1、2、3、または4ヌクレオチドごとにタイリングすることができる。さらに、ASOは、5’スプライス部位の100ヌクレオチド下流から3’スプライス部位の100ヌクレオチド上流までタイリングすることができる。一部の実施形態において、ASOは、3’スプライス部位の約1,160ヌクレオチド上流から5’スプライス部位の約500ヌクレオチド下流までタイリングすることができる。一部の実施形態において、ASOは、3’スプライス部位の約500ヌクレオチド上流から3’スプライス部位の約1,920ヌクレオチド下流までタイリングすることができる。
[0209]1種もしくは複数種のASO、または対照ASO(標的領域にハイブリダイズすることが予期されていない配列であるスクランブル配列を有するASO)は、例えばトランスフェクションによって、標的mRNA前駆体(例えば、本明細書に記載されるNIE含有mRNA前駆体)を発現する疾患関連細胞株へ送達される。各々のASOのエクソンスキッピング効果は、当技術分野で公知の任意の方法によって、例えばスプライス接合部にまたがるプライマーを使用する逆転写(RT)-PCRによって、実施例4に記載されるように評価してもよい。ASO処理細胞における、包含エクソンを含有する(例えばNIEの隣り合うエクソンを含む)領域にまたがるプライマーを使用して産生された、対照ASO処理細胞と比較して長いRT-PCR産物の低下または非存在は、標的NIEのスプライシングが増強されたことを指示する。一部の実施形態において、エクソンスキッピング効率(もしくはNIEを含有するイントロンをスプライスするスプライシング効率)、スプライスされたmRNA前駆体のスプライスされていないmRNA前駆体に対する比、スプライシングの速度、またはスプライシングの範囲は、本明細書に記載されるASOを使用して向上し得る。標的mRNA前駆体によってコードされるタンパク質または機能性RNAの量もまた、各ASOが所望の効果を達成したか(例えば、機能性タンパク質産生を増強したか)否かを決定するために評価することができる。タンパク質産生を評価および/または定量化するための当技術分野で公知の任意の方法、例えばウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、およびELISAが使用され得る。
[0210]ASO「マイクロ歩行」と称される第2ラウンドのスクリーニングは、mRNA前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計したASOを使用して実施することができる。ASOマイクロ歩行に使用されるASOは、ASOとハイブリダイズした場合にエクソンスキッピング(またはNIEの増強されたスプライシング)を結果的にもたらすmRNA前駆体のヌクレオチド酸配列をさらに精製するために、1ヌクレオチドごとにタイリングされる。
[0211]標的イントロンのスプライシングを促進するASOによって定義された領域は、1ntステップの間隔で並べられたASO、およびより長い、典型的には18~25ntのASOを伴うASO「マイクロ歩行」によって、より詳細に探索される。
[0212]上でASO歩行に関して記載したように、ASOマイクロ歩行は、1種もしくは複数種のASO、または対照ASO(標的領域にハイブリダイズすることが予期されていない配列であるスクランブル配列を有するASO)を、例えばトランスフェクションによって、標的mRNA前駆体を発現する疾患関連細胞株へ送達することによって実施される。各々のASOのスプライシング誘導効果は、当技術分野で公知の任意の方法によって、例えばNIEにまたがるプライマーを使用する逆転写(RT)-PCRによって、本明細書に記載されるように評価してもよい(例えば実施例4を参照のこと)。ASO処理細胞における、NIEにまたがるプライマーを使用して産生された、対照ASO処理細胞と比較して長いRT-PCR産物の低下または非存在は、エクソンスキッピング(またはNIEを含有する標的イントロンのスプライシング)が増強されたことを指示する。一部の実施形態において、エクソンスキッピング効率(もしくはNIEを含有するイントロンをスプライスするスプライシング効率)、スプライスされたmRNA前駆体のスプライスされていないmRNA前駆体に対する比、スプライシングの速度、またはスプライシングの範囲は、本明細書に記載されるASOを使用して向上し得る。標的mRNA前駆体によってコードされるタンパク質または機能性RNAの量もまた、各ASOが所望の効果を達成したか(例えば、機能性タンパク質産生を増強したか)否かを決定するために評価することができる。タンパク質産生を評価および/または定量化するための当技術分野で公知の任意の方法、例えばウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、およびELISAが使用され得る。
[0213]mRNA前駆体の領域にハイブリダイズした場合にエクソンスキッピング(またはNIEを含有するイントロンの増強されたスプライシング)および増加したタンパク質産生を結果的にもたらすASOは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデル、または疾患のヒト化マウスモデルを使用して、インビボで試験してもよい。ASOの好適な投与経路は、疾患、および/またはASOの送達が所望される細胞型に応じて変えてもよい。ASOは、例えば、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与され得る。投与後、モデル動物の細胞、組織、および/または器官は、例えば当技術分野で公知かつ本明細書に記載されている方法によってスプライシング(例えば、効率、速度、範囲)およびタンパク質産生を評価することによってASO処置の効果を決定するために、評価することができる。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の任意の表現型指標または行動指標にもなり得る。
[0214]NMD阻害薬、例えば、シクロヘキシミドの存在下においてNMD誘導エクソンを同定またはバリデートする方法もまた本開示の範囲内である。例示的な方法は、実施例2に提供される。
具体的な実施形態(A)
[0215]実施形態A1。処置を必要とする対象におけるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群を、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有するmRNA(NMDエクソンmRNA)であり、標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAを有する対象の細胞による標的タンパク質または機能性RNAの発現を増加させることによって処置する方法であって、対象の細胞を、標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAの標的化部分に結合する治療剤と接触させるステップを含み、それによって、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAから排除され、それにより標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAのレベルが増加し、対象の細胞における標的タンパク質または機能性RNAの発現が増加する、方法。
[0216]実施形態A2。標的タンパク質が、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANである、実施形態A1に記載の方法。
[0217]実施形態A3。ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有するmRNA(NMDエクソンmRNA)であり、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするmRNAを有する細胞によってABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の発現を増加させる方法であって、細胞を、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするNMDエクソンmRNAの標的化部分に結合する薬剤と接触させるステップを含み、それによって、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするNMDエクソンmRNAから排除され、それによりABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするmRNAのレベルが増加し、細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の発現が増加する、方法。
[0218]実施形態A4。ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが、標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAから切り出される、実施形態A1からA3のいずれか1つに記載の方法。
[0219]実施形態A5。標的タンパク質が、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含まない、実施形態A1からA4のいずれか1つに記載の方法。
[0220]実施形態A6。標的タンパク質が全長標的タンパク質である、実施形態A1からA5のいずれか1つに記載の方法。
[0221]実施形態A7。薬剤が、NMDエクソンmRNAの標的化部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)である、実施形態A1からA6のいずれか1つに記載の方法。
[0222]実施形態A8。mRNAがmRNA前駆体である、実施形態A1からA7のいずれか1つに記載の方法。
[0223]実施形態A9。接触させるステップが治療剤をmRNAに接触させるステップを含み、mRNAが細胞の核にある、実施形態A1からA8のいずれか1つに記載の方法。
[0224]実施形態A10。標的タンパク質または機能性RNAが、対象における標的タンパク質または機能性RNAの欠損を是正する、実施形態A1からA9のいずれか1つに記載の方法。
[0225]実施形態A11。細胞が、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の欠損した量または活性によって引き起こされる状態を有する対象中にあるか、または由来する、実施形態A1からA10のいずれか1つに記載の方法。
[0226]実施形態A12。標的タンパク質の欠損量が、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されない第2のアレル、または非機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有し、アンチセンスオリゴマーが、第1のアレルから転写されたNMDエクソンmRNAの標的化部分に結合する、実施形態A1からA11のいずれか1つに記載の方法。
[0227]実施形態A13。対象が、標的タンパク質の量または機能における欠損の結果として生じる障害によって引き起こされる状態を有し、
(a)(i)標的タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)標的タンパク質が産生されない
第1の変異アレル、および
(b)(i)標的タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)標的タンパク質が産生されない
第2の変異アレル
を有し、対象が第1の変異アレル(a)(iii).を有する場合、第2の変異アレルが(b)(i)または(b)(ii)であり、対象が第2の変異アレル(b)(iii)を有する場合、第1の変異アレルが(a)(i)または(a)(ii)であり、NMDエクソンmRNAが、(a)(i)もしくは(a)(ii)である第1の変異アレル、および/または(b)(i)もしくは(b)(ii)である第2のアレルのいずれかから転写される、実施形態A1からA11のいずれか1つに記載の方法。
[0228]実施形態A14。標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、実施形態A13に記載の方法。
[0229]実施形態A15。標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して完全機能性である形態で産生される、実施形態A13に記載の方法。
[0230]実施形態A16。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある、実施形態A1からA15のいずれか1つに記載の方法。
[0231]実施形態A17。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流のいずれかにある、実施形態A1からA15のいずれか1つに記載の方法。
[0232]実施形態A18。NMDエクソンmRNAが、配列番号60~134のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態A1からA17のいずれか1つに記載の方法。
[0233]実施形態A19。NMDエクソンmRNAが、配列番号1~59に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態A1からA17のいずれか1つに記載の方法。
[0234]実施形態A20。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態A1からA17のいずれか1つに記載の方法。
[0235]実施形態A21。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、実施形態A1からA20のいずれか1つに記載の方法。
[0236]実施形態A22。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、以下のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン:ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7x内にある、実施形態A1からA15のいずれか1つに記載の方法。
[0237]実施形態A23。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、以下のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン:ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの上流または下流にある、実施形態A1からA15のいずれか1つに記載の方法。
[0238]実施形態A24。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xのエクソン-イントロン接合部を含む、実施形態A1からA15のいずれか1つに記載の方法。
[0239]実施形態A25。産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、実施形態A1からA24のいずれか1つに記載の方法。
[0240]実施形態A26。アンチセンスオリゴマーと接触した細胞において産生される標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAの総量が、対照細胞において産生される標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態A1からA25のいずれか1つに記載の方法。
[0241]実施形態A27。アンチセンスオリゴマーと接触した細胞において産生される標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAの総量が、対照細胞において産生される標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約20%から約300%、約50%から約300%、約100%から約300%、約150%から約300%、約20%から約50%、約20%から約100%、約20%から約150%、約20%から約200%、約20%から約250%、約50%から約100%、約50%から約150%、約50%から約200%、約50%から約250%、約100%から約150%、約100%から約200%、約100%から約250%、約150%から約200%、約150%から約250%、約200%から約250%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約50%、少なくとも約100%、少なくとも約150%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、または少なくとも約300%増加する、実施形態A1からA25のいずれか1つに記載の方法。
[0242]実施形態A28。アンチセンスオリゴマーと接触した細胞によって産生される標的タンパク質の総量が、対照細胞によって産生される標的タンパク質の総量と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態A1からA25のいずれか1つに記載の方法。
[0243]実施形態A29。アンチセンスオリゴマーと接触した細胞によって産生される標的タンパク質の総量が、対照細胞によって産生される標的タンパク質の総量と比較して、約20%から約300%、約50%から約300%、約100%から約300%、約150%から約300%、約20%から約50%、約20%から約100%、約20%から約150%、約20%から約200%、約20%から約250%、約50%から約100%、約50%から約150%、約50%から約200%、約50%から約250%、約100%から約150%、約100%から約200%、約100%から約250%、約150%から約200%、約150%から約250%、約200%から約250%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約50%、少なくとも約100%、少なくとも約150%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、または少なくとも約300%増加する、実施形態A1からA25のいずれか1つに記載の方法。
[0244]実施形態A30。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態A1から29のいずれか1つに記載の方法。
[0245]実施形態A31。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む、実施形態A1からA30のいずれか1つに記載の方法。
[0246]実施形態A32。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、実施形態A1からA31のいずれか1つに記載の方法。
[0247]実施形態A33。各糖部分が修飾糖部分である、実施形態A32に記載の方法。
[0248]実施形態A34。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、実施形態A1からA33のいずれか1つに記載の方法。
[0249]実施形態A35。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするNMDエクソンmRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、実施形態A1からA34のいずれか1つに記載の方法。
[0250]実施形態A36。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNAまたはタンパク質発現を評価するステップをさらに含む、実施形態A1からA35のいずれか1つに記載の方法。
[0251]実施形態A37。アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群が処置され、アンチセンスオリゴマーが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NMDエクソンmRNAの標的化部分に結合し、標的化部分が配列番号60~134から選択される配列内にある、実施形態A1からA36のいずれか1つに記載の方法。
[0252]実施形態A38。対象がヒトである、実施形態A1からA37のいずれか1つに記載の方法。
[0253]実施形態A39。対象が非ヒト動物である、実施形態A1からA38のいずれか1つに記載の方法。
[0254]実施形態A40。対象が胎児、胚、または小児である、実施形態A1からA39のいずれか1つに記載の方法。
[0255]実施形態A41。細胞がエクスビボである、実施形態A1からA40のいずれか1つに記載の方法。
[0256]実施形態A42。治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与される、実施形態A1からA41のいずれか1つに記載の方法。
[0257]実施形態A43。第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、実施形態A1からA42のいずれかに記載の方法。
[0258]実施形態A44。第2の治療剤が低分子である、実施形態A43に記載の方法。
[0259]実施形態A45。第2の治療剤がASOである、実施形態A43に記載の方法。
[0260]実施形態A46。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態A43からA45のいずれか1つに記載の方法。
[0261]実施形態A47。実施形態A1からA46のいずれかに記載の方法において使用されるアンチセンスオリゴマー。
[0262]実施形態A48。配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含むアンチセンスオリゴマー。
[0263]実施形態A49。実施形態A47またはA48に記載のアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含む医薬組成物。
[0264]実施形態A50。処置を必要とする対象を処置する方法であって、実施形態A49に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与するステップが、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によるものである、方法。
[0265]実施形態A51。細胞による標的タンパク質または機能性RNAの発現を増加させて、処置を必要とする対象における欠損タンパク質または欠損機能性RNAに関連するアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群を処置する方法における使用のための治療剤を含む組成物であって、欠損タンパク質または欠損機能性RNAが、対象において量または活性の点で欠損しており、標的タンパク質が、
(a)欠損タンパク質、または
(b)対象における欠損タンパク質を機能的に増大させるか、もしくは置き換える補償タンパク質
であり、機能性RNAが、
(c)欠損RNA、または
(d)対象における欠損機能性RNAを機能的に増大させるか、もしくは置き換える補償機能性RNA
であり、治療剤が、標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAからのナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの排除を増強し、それにより対象における標的タンパク質または機能性RNAの産生または活性を増加させる、組成物。
[0266]実施形態A52。状態の処置を必要とする対象におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質に関連する状態を処置する方法における使用のための治療剤を含む組成物であって、方法が、対象の細胞によるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の発現を増加させるステップを含み、細胞が、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有するmRNA(NMDエクソンmRNA)であり、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするmRNAを有し、方法が、細胞を治療剤と接触させるステップを含み、それによって、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするNMDエクソンmRNAから排除され、それによりABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするmRNAのレベルが増加し、対象の細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の発現が増加する、組成物。
[0267]実施形態A53。状態が疾患または障害である、実施形態A52に記載の組成物。
[0268]実施形態A54。疾患または障害が、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群である、実施形態A53に記載の組成物。
[0269]実施形態A55。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質およびNMDエクソンmRNAが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN遺伝子によってコードされる、実施形態A52から54のいずれか1つに記載の組成物。
[0270]実施形態A56。ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするNMDエクソンmRNAから切り出される、実施形態A51からA55のいずれか1つに記載の組成物。
[0271]実施形態A57。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質が、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含まない、実施形態A51からA56のいずれか1つに記載の組成物。
[0272]実施形態A58。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質が、全長ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質である、実施形態A51からA57のいずれか1つに記載の組成物。
[0273]実施形態A59。治療剤が、NMDエクソンmRNAの標的化部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)である、実施形態A51からA58のいずれか1つに記載の組成物。
[0274]実施形態A60。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にあるNMDエクソンmRNAの一部分を標的とする、実施形態A51からA59のいずれかに記載の組成物。
[0275]実施形態A61。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にあるNMDエクソンmRNAの一部分を標的とする、実施形態A51からA59のいずれかに記載の組成物。
[0276]実施形態A62。標的タンパク質が、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANである、実施形態A51からA61のいずれか1つに記載の組成物。
[0277]実施形態A63。NMDエクソンmRNAが、配列番号60~134のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態A62に記載の組成物。
[0278]実施形態A64。NMDエクソンmRNAが、配列番号1~59に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態A62に記載の組成物。
[0279]実施形態A65。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態A62に記載の組成物。
[0280]実施形態A66。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、以下のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン:ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7x内にある、実施形態A62からA65のいずれか1つに記載の組成物。
[0281]実施形態A67。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、以下のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン:ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの上流または下流にある、実施形態A62からA65のいずれか1つに記載の組成物。
[0282]実施形態A68。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xのエクソン-イントロン接合部を含む、実施形態A62からA65のいずれか1つに記載の組成物。
[0283]実施形態A69。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、実施形態A62からA68のいずれか1つに記載の組成物。
[0284]実施形態A70。標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAが、全長成熟mRNAまたは野生型成熟mRNAである、実施形態A51からA69のいずれか1つに記載の組成物。
[0285]実施形態A71。産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、実施形態A51からA70のいずれか1つに記載の組成物。
[0286]実施形態A72。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態A51からA71のいずれか1つに記載の組成物。
[0287]実施形態A73。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、前記アンチセンスオリゴマーがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、実施形態A51からA72のいずれかに記載の組成物。
[0288]実施形態A74。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む、実施形態A51からA73のいずれかに記載の組成物。
[0289]実施形態A75。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、実施形態A51からA74のいずれかに記載の組成物。
[0290]実施形態A76。各糖部分が修飾糖部分である、実施形態A75に記載の組成物。
[0291]実施形態A77。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、実施形態A51からA76のいずれかに記載の組成物。
[0292]実施形態A78。実施形態A51からA77に記載の組成物のいずれかの治療剤、および賦形剤を含む医薬組成物。
[0293]実施形態A79。処置を必要とする対象を処置する方法であって、実施形態A78に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与するステップが、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によるものである、方法。
[0294]実施形態A80。第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、実施形態A51からA79のいずれかに記載の方法。
[0295]実施形態A81。第2の治療剤が低分子である、実施形態A80に記載の方法。
[0296]実施形態A82。第2の治療剤がASOである、実施形態A80に記載の方法。
[0297]実施形態A83。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態A80からA82のいずれか1つに記載の方法。
[0298]実施形態A84。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマー、および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物であって、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物がナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含み、アンチセンスオリゴマーが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物からのナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの排除を誘導する、医薬組成物。
[0299]実施形態A85。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物が、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NMDエクソンmRNA転写物である、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0300]実施形態A86。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、以下のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン:ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7x内にある、実施形態A84またはA85に記載の医薬組成物。
[0301]実施形態A87。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、以下のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン:ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xの上流または下流にある、実施形態A84またはA85に記載の医薬組成物。
[0302]実施形態A88。NMDエクソンmRNAの標的化部分が、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7xのエクソン-イントロン接合部を含む、実施形態A84またはA85に記載の医薬組成物。
[0303]実施形態A89。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NMDエクソンmRNA転写物が、配列番号1~59のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態A84からA88のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[0304]実施形態A90。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NMDエクソンmRNA転写物が、配列番号60~134のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態A84またはA88に記載の医薬組成物。
[0305]実施形態A91。アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0306]実施形態A92。アンチセンスオリゴマーがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0307]実施形態A93。アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0308]実施形態A94。アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0309]実施形態A95。アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までを含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0310]実施形態A96。アンチセンスオリゴマーが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NMDエクソンmRNA転写物の標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、実施形態A84またはA85に記載の医薬組成物。
[0311]実施形態A97。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN NMDエクソンmRNA転写物の標的化部分が、配列番号60~134から選択される配列内にある、実施形態A84またはA85に記載の医薬組成物。
[0312]実施形態A98。アンチセンスオリゴマーが、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%配列同一であるヌクレオチド配列を含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0313]実施形態A99。アンチセンスオリゴマーが、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して同一であるヌクレオチド配列を含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0314]実施形態A100。髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射用に製剤化される、実施形態A84からA99のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[0315]実施形態A101。第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、実施形態A84からA100のいずれかに記載の方法。
[0316]実施形態A102。第2の治療剤が低分子である、実施形態A101に記載の方法。
[0317]実施形態A103。第2の治療剤がASOである、実施形態A101に記載の方法。
[0318]実施形態A104。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態A101からA103のいずれか1つに記載の方法。
[0319]実施形態A105。欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物のプロセシングを誘導し、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの除去を容易にして、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態をコードする完全にプロセシングされたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物を産生する方法であって、
(a)アンチセンスオリゴマーを対象の標的細胞に接触させるステップ、
(b)アンチセンスオリゴマーを欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物にハイブリダイズするステップであり、欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物が、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態をコードすることができ、少なくとも1個のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含む、ステップ、
(c)欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物から少なくとも1個のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを除去して、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態をコードする完全にプロセシングされたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物を産生するステップ、および
(d)完全にプロセシングされたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物からABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態を翻訳するステップ
を含む、方法。
[0320]実施形態A106。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の欠損した量または活性によって引き起こされる状態を有する対象を処置する方法であって、対象に、配列番号60~134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを投与するステップを含む、方法。
[0321]実施形態A107。処置を必要とする対象におけるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群を、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有するmRNA(NMDエクソンmRNA)であり、標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAを有する対象の細胞による標的タンパク質または機能性RNAの発現を増加させることによって処置する方法であって、対象の細胞を、標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それによって、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAから排除され、それにより標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAのレベルが増加し、対象の細胞における標的タンパク質または機能性RNAの発現が増加する、方法。
[0322]実施形態A108。ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有するmRNA(NMDエクソンmRNA)であり、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするmRNAを有する細胞によってABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の発現を増加させる方法であって、細胞を、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするNMDエクソンmRNAのスプライシングを調節する薬剤と接触させるステップを含み、それによって、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするNMDエクソンmRNAから排除され、それによりABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質をコードするmRNAのレベルが増加し、細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の発現が増加する、方法。
[0323]実施形態A109。薬剤が、
(a)標的タンパク質もしくは機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAの標的化部分に結合する、
(b)スプライソソームの1つもしくは複数の成分に結合する、または
(c)(a)および(b)の組合せ
である、実施形態A107またはA108に記載の方法。
さらなる具体的な実施形態
[0324]実施形態1。ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞による標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを調節して細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質がAKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[0325]実施形態2。疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードする細胞中のmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを調節して対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質がAKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[0326]実施形態3。治療剤が、
[0327](a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、
[0328](b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
[0329](c)(a)および(b)の組合せ
である、実施形態1または2に記載の方法。
[0330]実施形態4。治療剤が、NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の、標的化部分の領域への結合に干渉する、実施形態3に記載の方法。
[0331]実施形態5。標的化部分がNMDエクソンの近位にある、実施形態3または4に記載の方法。
[0332]実施形態6。標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、実施形態3から5のいずれか1つに記載の方法。
[0333]実施形態7。標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド上流にある、実施形態3から6のいずれか1つに記載の方法。
[0334]実施形態8。標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、実施形態3から5のいずれか1つに記載の方法。
[0335]実施形態9。標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド下流にある、実施形態3から5または8のいずれか1つに記載の方法。
[0336]実施形態10。標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、実施形態3から5のいずれか1つに記載の方法。
[0337]実施形態11。標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、実施形態3から5または10のいずれか1つに記載の方法。
[0338]実施形態12。標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、実施形態3から5のいずれか1つに記載の方法。
[0339]実施形態13。標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、実施形態3から5または12のいずれか1つに記載の方法。
[0340]実施形態14。標的化部分が、標的タンパク質をコードするmRNAの2つの標準的なエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がNMDエクソンを含有する、実施形態3から13のいずれか1つに記載の方法。
[0341]実施形態15。標的化部分が、NMDエクソンと少なくとも部分的に重複する、実施形態3から14のいずれか1つに記載の方法。
[0342]実施形態16。標的化部分が、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、実施形態3から15のいずれか1つに記載の方法。
[0343]実施形態17。標的化部分が、5’NMDエクソン-イントロン接合部または3’NMDエクソン-イントロン接合部を含む、実施形態3から16のいずれか1つに記載の方法。
[0344]実施形態18。標的化部分がNMDエクソン内にある、実施形態3から16のいずれか1つに記載の方法。
[0345]実施形態19。標的化部分が、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む、実施形態1から18のいずれか1つに記載の方法。
[0346]実施形態20。標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号135~191からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態1から19のいずれか1つに記載の方法。
[0347]実施形態21。標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号1~5、12、19~21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55~57、および192~211からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態1から20のいずれか1つに記載の方法。
[0348]実施形態22。mRNAの標的化部分が、配列番号135~191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態3から21のいずれか1つに記載の方法。
[0349]実施形態23。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号135~191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、実施形態1から22のいずれか1つに記載の方法。
[0350]実施形態24。mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある、実施形態3から23のいずれか1つに記載の方法。
[0351]実施形態25。mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にある、実施形態3から23のいずれか1つに記載の方法。
[0352]実施形態26。mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるエクソンのエクソン-イントロン接合部を含む、実施形態3から23のいずれか1つに記載の方法。
[0353]実施形態27。産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、実施形態1から26のいずれか1つに記載の方法。
[0354]実施形態28。治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する、実施形態1から27のいずれか1つに記載の方法。
[0355]実施形態29。治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態28に記載の方法。
[0356]実施形態30。治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる、実施形態28または29に記載の方法。
[0357]実施形態31。治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態28から30のいずれか1つに記載の方法。
[0358]実施形態32。治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、実施形態28から31のいずれか1つに記載の方法。
[0359]実施形態33。治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態28から32のいずれか1つに記載の方法。
[0360]実施形態34。疾患または状態が、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘発される、実施形態2から33のいずれか1つに記載の方法。
[0361]実施形態35。疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、実施形態34に記載の方法。
[0362]実施形態36。疾患または状態が、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される、実施形態2から35のいずれか1つに記載の方法。
[0363]実施形態37。疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象が、
[0364](i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
[0365](ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
[0366]第1のアレル、および
[0367](iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
[0368](iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
第2のアレルを有する、実施形態2から36のいずれか1つに記載の方法。
[0369]実施形態38。疾患または状態が、アルポート症候群;神経セロイドリポフスチン症3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;メチルマロン酸尿症;プロピオン酸血症;網膜色素変性症59;テイ・サックス病;先天性無痛症;ならびに常染色体劣性HSAN2Dからなる群から選択される、実施形態37に記載の方法。
[0370]実施形態39。治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、実施形態34から39のいずれか1つに記載の方法。
[0371]実施形態40。治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害する、実施形態1から27のいずれか1つに記載の方法。
[0372]実施形態41。治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、実施形態40に記載の方法。
[0373]実施形態42。治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを減少させる、実施形態40または41に記載の方法。
[0374]実施形態43。治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、実施形態40から42のいずれか1つに記載の方法。
[0375]実施形態44。治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、実施形態40から43のいずれか1つに記載の方法。
[0376]実施形態45。治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、実施形態40から44のいずれか1つに記載の方法。
[0377]実施形態46。疾患または状態が、標的タンパク質における機能獲得型変異によって誘発される、実施形態2から27または40から45のいずれか1つに記載の方法。
[0378]実施形態47。対象が、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する、実施形態46に記載の方法。
[0379]実施形態48。治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、実施形態46または47に記載の方法。
[0380]実施形態49。標的タンパク質がSCN8Aを含む、実施形態40に記載の方法。
[0381]実施形態50。疾患または状態が中枢神経系疾患を含む、実施形態49に記載の方法。
[0382]実施形態51。疾患または状態がてんかんを含む、実施形態50に記載の方法。
[0383]実施形態52。疾患または状態がドラベ症候群を含む、実施形態51に記載の方法。
[0384]実施形態53。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態1から52のいずれか1つに記載の方法。
[0385]実施形態54。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む、実施形態1から53のいずれか1つに記載の方法。
[0386]実施形態55。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、実施形態1から54のいずれか1つに記載の方法。
[0387]実施形態56。各糖部分が修飾糖部分である、実施形態55に記載の方法。
[0388]実施形態57。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、実施形態1から56のいずれか1つに記載の方法。
[0389]実施形態58。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、mRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、実施形態3から57のいずれか1つに記載の方法。
[0390]実施形態59。標的タンパク質のmRNAレベルまたは発現レベルを評価するステップをさらに含む、実施形態1から58のいずれか1つに記載の方法。
[0391]実施形態60。対象がヒトである、実施形態1から59のいずれか1つに記載の方法。
[0392]実施形態61。対象が非ヒト動物である、実施形態1から59のいずれか1つに記載の方法。
[0393]実施形態62。対象が胎児、胚、または小児である、実施形態2から60のいずれか1つに記載の方法。
[0394]実施形態63。細胞がエクスビボである、実施形態1から62のいずれか1つに記載の方法。
[0395]実施形態64。治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、実施形態2から62のいずれか1つに記載の方法。
[0396]実施形態65。第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、実施形態2から62または64のいずれか1つに記載の方法。
[0397]実施形態66。第2の治療剤が低分子である、実施形態1から65のいずれか1つに記載の方法。
[0398]実施形態67。第2の治療剤がアンチセンスオリゴマーである、実施形態1から65のいずれか1つに記載の方法。
[0399]実施形態68。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態1から67のいずれか1つに記載の方法。
[0400]実施形態69。疾患または状態が、16p11.2欠失症候群;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経セロイドリポフスチン症3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;錐体桿体網膜ジストロフィー2;コルネリア・デ・ランゲ;常染色体優性難聴13;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;家族性熱性痙攣3B;先天性無痛症;常染色体劣性HSAN2D;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体優性精神遅滞1;常染色体優性精神遅滞5;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;NASH;神経線維腫症1型;神経線維腫症2型;視神経萎縮1型;プロピオン酸血症;網膜色素変性症18;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;テイ・サックス病;ならびにワーグナー症候群1からなる群から選択される、実施形態2から68のいずれか1つに記載の方法。
[0401]本開示を以下の実施例によってより具体的に例証する。しかしながら、本開示はこれらの実施例によっていかなる形でも限定されないということが理解されるべきである。
実施例1
次世代配列決定を使用するRNAseqによる、転写物におけるNMD誘導エクソン包含事象の同定
[0402]全トランスクリプトームショットガン配列決定を、次世代配列決定を使用して実行して、本明細書に記載される遺伝子によって産生される転写物のスナップショットを明らかにし、NIE包含事象を同定する。この目的のために、ヒト細胞の核および細胞質画分に由来するポリA+RNAを単離し、cDNAライブラリーを、IlluminaのTruSeqストランドmRNAライブラリー調製キットを使用して構築する。ライブラリーをペアエンド配列決定し、ヒトゲノム(2009年2月、GRCh37/hg19アセンブリ)にマッピングされる100ヌクレオチドの読取りを結果として得る。図2~58は、様々な遺伝子における、異なる例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。
[0403]例示的な遺伝子およびイントロン配列を表1および表2にまとめる(配列番号は遺伝子番号によって表される対応するヌクレオチド配列を指示する)。各イントロンの配列を表3および表4にまとめる。
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実施例2
シクロヘキシミド処理を介したNIEの確認
[0404]DMSO処理またはピューロマイシンもしくはシクロヘキシミド処理ヒト細胞に由来する細胞質RNA、およびエクソンにおけるプライマーを使用するRT-PCR分析により、NMD誘導エクソンに対応するバンドの存在を確認することができる。産物の同一性を、配列決定によって確認する。バンドの密度測定分析を実施して、総転写物のNMDエクソン包含率を算出する。NMDを阻害するための、シクロヘキシミドまたはピューロマイシンを用いた細胞の処理は、細胞質画分におけるNMD誘導エクソンに対応する産物の増加をもたらすことができる。図59、62、65、69、72、および75はそれぞれ、シクロヘキシミドまたはピューロマイシン処理を使用した、様々な遺伝子転写物における例示的なNIEエクソンの確認を示す。
実施例3
NMDエクソン領域ASO歩行
[0405]ASO歩行を、NMDエクソン領域に関して、3’スプライス部位の直ぐ上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、NMDエクソンの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的とし、PS骨格の2’-MOE ASOを使用して実施する。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計する。図60、63、66、70、73、および76はそれぞれ、様々な例示的なNIEエクソン領域に関するASO歩行を示す。
実施例4
RT-PCRによって評価したNMDエクソン領域ASO歩行
[0406]ASO歩行配列は、例えばRT-PCRによって評価することができる。PAGEを使用して、無試薬取込みにより、模擬処理した(Sham)、SMN統御ASO処理した(SMN)、またはヒト細胞中20μMの濃度の、本明細書で記載されるようなNMDエクソン領域を標的とする2’-MOE ASOを用いて処理されたもののSYBRセーフ染色RT-PCR産物を示すことができる。NMDエクソン包含および全長に対応する産物を定量化し、NMDエクソン包含率をプロットする。全長産物を内部対照であるRPL32に対して正規化することができ、Shamと比べた倍率変化をプロットすることができる。図71および78はそれぞれ、例示的なNIEエクソン領域の様々な例示的なASO歩行のRT-PCRを介した評価を示す。
実施例5
RT-qPCRによって評価したNMDエクソン領域ASO歩行
[0407]RPL32に対して正規化したSYBRグリーンRT-qPCR増幅結果は、SYBRセーフRT-PCRによって評価することができ、Shamと比べた倍率変化としてプロットして、SYBRセーフRT-PCR結果を確認することができる同じASO取込み実験を使用して得ることができる。図61、64、67、68、71、74、77、および78はそれぞれ、例示的なNIEエクソン領域の様々な例示的なASO歩行のRT-qPCRを介した評価を示す。
実施例6
CXH処理細胞における選択されたASOの用量依存的効果
[0408]PAGEを使用して、RNAiMAXトランスフェクションにより、模擬処理した(Sham、RNAiMAXのみ)、またはマウスもしくはヒト細胞中30nM、80nM、および200nMの濃度の、NMDエクソンを標的とする2’-MOE ASOを用いて処理した細胞のSYBRセーフ染色RT-PCR産物を示すことができる。NMDエクソン包含および全長に対応する産物を定量化し、NMDエクソン包含率をプロットすることができる。全長産物を内部対照であるHPRTに対してさらに正規化することができ、Shamと比べた倍率変化をプロットすることができる。
実施例7
選択されたASOの硝子体内(IVT)注射
[0409]PBSを注射した(1μL)眼(-)、または10mMの濃度でASOもしくはCep290(陰性対照ASO、Gerardら、Mol.Ther.Nuc.Ac.、2015)2’-MOE ASOを注射した(1μL)眼(+)に由来するマウスのSYBRセーフ染色RT-PCR産物のPAGE。NMDエクソン包含および全長に対応する産物(を定量化し、NMDエクソン包含率をプロットすることができる。全長産物を内部対照であるGAPDHに対して正規化することができ、PBS注射と比べたASO注射の倍率変化をプロットすることができる。
実施例8
選択されたASOの脳室内(ICV)注射
[0410]注射していない(-、無ASO対照)、または300μgのCep290(陰性対照ASO、Gerardら、Mol.Ther.Nuc.Ac.、2015)、2’-MOE ASOを注射した脳に由来するマウスのSYBRセーフ染色RT-PCR産物のPAGE。NMDエクソン包含および全長に対応する産物を定量化することができ、NMDエクソン包含率をプロットすることができる。Taqman PCRを、NMDエクソン接合部にまたがる2個の異なるプローブを使用して実施してもよく、産物を内部対照であるGAPDHに対して正規化することができ、Cep290を注射した脳と比べたASOを注射した脳の倍率変化をプロットすることができる。
[0411]本開示の好ましい実施形態が本明細書に示され、記載されたが、そのような実施形態は例としてのみ提供されているということは、当業者には明らかであろう。今や数多くの変形例、変更例、および代用例が、本開示から逸脱することなく当業者には思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本開示の実施形態の様々な代替が本発明を実施する際に用いられてもよいということが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は本開示の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内の方法および構成、ならびにそれらの均等物はその範囲によって網羅される、ということが意図される。
本明細書は以下の発明の開示を包含する。
[1]ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞によって標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって、治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[2]対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって、疾患または状態を処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードする細胞中のmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、対象の細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[3]治療剤が、
(a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、
(b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
(c)(a)および(b)の組合せ
である、[1]または[2]に記載の方法。
[4]治療剤が、NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の、標的化部分の領域への結合に干渉する、[3]に記載の方法。
[5]標的化部分がNMDエクソンの近位にある、[3]に記載の方法。
[6]標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[7]標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[8]標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[9]標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[10]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[11]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[12]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[13]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[14]標的化部分が、標的タンパク質をコードするmRNAの2つの標準的なエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がNMDエクソンを含有する、[3]に記載の方法。
[15]標的化部分が、NMDエクソンと少なくとも部分的に重複する、[3]に記載の方法。
[16]標的化部分が、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、[3]に記載の方法。
[17]標的化部分が、5’NMDエクソン-イントロン接合部または3’NMDエクソン-イントロン接合部を含む、[3]に記載の方法。
[18]標的化部分がNMDエクソン内にある、[3]に記載の方法。
[19]標的化部分が、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む、[3]に記載の方法。
[20]標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号135~191からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[21]標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号1~5、12、19~21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55~57、および192~211からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、[1]または[2]に記載の方法。
[22]mRNAの標的化部分が、配列番号135~191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、[3]に記載の方法。
[23]薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号135~191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[24]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある、[3]に記載の方法。
[25]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にある、[3]に記載の方法。
[26]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるエクソンのエクソン-イントロン接合部を含む、[3]に記載の方法。
[27]産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、[1]または[2]に記載の方法。
[28]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する、[1]または[2]に記載の方法。
[29]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[30]治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる、[28]に記載の方法。
[31]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[32]治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、[28]に記載の方法。
[33]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[34]疾患または状態が、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘発される、[2]に記載の方法。
[35]疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、[34]に記載の方法。
[36]疾患または状態が、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される、[35]に記載の方法。
[37]疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象が、
(i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
(ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
第1のアレル、および
(iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
(iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
第2のアレルを有する、[34]に記載の方法。
[38]疾患または状態が、アルポート症候群;神経セロイドリポフスチン症3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;メチルマロン酸尿症;プロピオン酸血症;網膜色素変性症59;テイ・サックス病;先天性無痛症;ならびに常染色体劣性HSAN2Dからなる群から選択される、[37]に記載の方法。
[39]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、[34]に記載の方法。
[40]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害する、[1]または[2]に記載の方法。
[41]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[42]治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを減少させる、[40]に記載の方法。
[43]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[44]治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、[40]に記載の方法。
[45]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[46]疾患または状態が、標的タンパク質における機能獲得型変異によって誘発される、[2]に記載の方法。
[47]対象が、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する、[46]に記載の方法。
[48]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、[46]に記載の方法。
[49]標的タンパク質がSCN8Aを含む、[40]に記載の方法。
[50]疾患または状態が中枢神経系疾患を含む、[49]に記載の方法。
[51]疾患または状態がてんかんを含む、[50]に記載の方法。
[52]疾患または状態がドラベ症候群を含む、[51]に記載の方法。
[53]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[54]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[55]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[56]各糖部分が修飾糖部分である、[55]に記載の方法。
[57]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、[1]または[2]に記載の方法。
[58]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、mRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、[3]に記載の方法。
[59]標的タンパク質のmRNAレベルまたは発現レベルを評価するステップをさらに含む、[1]または[2]に記載の方法。
[60]対象がヒトである、[2]に記載の方法。
[61]対象が非ヒト動物である、[2]に記載の方法。
[62]対象が胎児、胚、または小児である、[2]に記載の方法。
[63]細胞がエクスビボである、[1]または[2]に記載の方法。
[64]治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、[2]に記載の方法。
[65]第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、[2]に記載の方法。
[66]第2の治療剤が低分子である、[65]に記載の方法。
[67]第2の治療剤がアンチセンスオリゴマーである、[65]に記載の方法。
[68]第2の治療剤がイントロン保持を是正する、[65]に記載の方法。
[69]疾患または状態が、16p11.2欠失症候群;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経セロイドリポフスチン症3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;錐体桿体網膜ジストロフィー2;コルネリア・デ・ランゲ;常染色体優性難聴13;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;家族性熱性痙攣3B;先天性無痛症;常染色体劣性HSAN2D;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体優性精神遅滞1;常染色体優性精神遅滞5;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;NASH;神経線維腫症1型;神経線維腫症2型;視神経萎縮1型;プロピオン酸血症;網膜色素変性症18;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;テイ・サックス病;ならびにワーグナー症候群1からなる群から選択される、[2]に記載の方法。

Claims (28)

  1. アンチセンスオリゴマー、および医薬として許容な賦形剤を含む医薬組成物であって、
    アンチセンスオリゴマーは、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み、標的タンパク質をコードするmRNA前駆体の標的化部位に結合し;
    NMDエクソンが、mRNA前駆体の選択的スプライシング事象の間に保持され、該NMDエクソンを含むプロセッシングされたmRNA転写物のナンセンス変異依存RNA分解を誘導するエクソンであり、
    アンチセンスオリゴマーはmRNA前駆体からのNMDエクソンの排除を促進し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させ、mRNA前駆体を含む細胞における標的タンパク質の発現を増加させ;
    標的タンパク質がOPA1であり、
    NMDエクソンがゲノム座標GRCh38/hg38:chr3 193628509
    193628616のペアにより特定され、
    mRNA前駆体の標的化部位が
    (a)NMDエクソン内にあり、
    (b)GRCh38/hg38:chr3 193628509から最大100ヌクレオチド上流(または5’方向)にありまたは
    (c)NMDエクソンの5’NMDエクソン-イントロン接合部または3’NMDエクソン-イントロン接合部を含み;および
    アンチセンスオリゴマーが、12~50のヌクレオチドからなり、配列番号173に対して少なくとも90%の相補性を有する、前記医薬組成物。
  2. アンチセンスオリゴマーと接触した細胞における、標的タンパク質をコードするmRNA前駆体からのNMDエクソンの排除が、アンチセンスオリゴマーと接触しない対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、少なくとも1.1倍に増加する、請求項1に記載の医薬組成物。
  3. アンチセンスオリゴマーと接触した細胞において生産される、標的タンパク質をコードするプロセッシングされたmRNAのレベルが、アンチセンスオリゴマーと接触しない対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、少なくとも1.1倍に増加する、請求項1または2に記載の医薬組成物。
  4. アンチセンスオリゴマーと接触した細胞において生産される標的タンパク質のレベルが、アンチセンスオリゴマーと接触しない対照細胞において生産される標的タンパク質のレベルと比較して、少なくとも1.1倍に増加する、請求項1~3のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  5. アンチセンスオリゴマーが、標的化部位の領域へのNMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合に干渉する、請求項1~4のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  6. 標的タンパク質をコードするmRNA前駆体が、配列番号173に対して少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  7. 標的タンパク質をコードするmRNA前駆体が、配列番号12に対して少なくとも90%の配列同一性を有する遺伝子配列にコードされている、請求項1~6のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  8. 標的化部分が、配列番号173の配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1~7のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  9. アンチセンスオリゴマーが、配列番号173の配列に対して100%相補的である配列を含む、請求項8に記載の医薬組成物。
  10. 標的化部分が、ゲノム座標のペアにより特定されるNMDエクソンと少なくとも部分的に重複する、請求項1~9のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  11. 標的化部分が、ゲノム座標のペアにより特定されるNMDエクソンのエクソン-イントロン接合部を含む、請求項1~9のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  12. 標的化部分がゲノム座標のペアにより特定されるNMDエクソン内にある、請求項1~9のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  13. 標的化部分が、ゲノム座標のペアにより特定されるNMDエクソンの5個以上の連続するヌクレオチドを含む、請求項1~9のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  14. 標的化部分が、GRCh38/hg38:chr3 193628509から最大10
    0ヌクレオチド上流(または5’方向)にある、請求項1~9のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  15. 産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項1~14のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  16. アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、請求項1~15のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  17. アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、または2’-O-メトキシエチル部分を含む、請求項1~15のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  18. アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、請求項1~15のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  19. 各糖部分が修飾糖部分である、請求項18に記載の医薬組成物。
  20. アンチセンスオリゴマーが、16~50のヌクレオチドからなる、請求項1~19のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  21. 疾患または状態の処置を必要とする対象における該処置において使用するための、請求項1~20のいずれか1項に記載の医薬組成物
  22. 疾患または状態が標的タンパク質の欠損した量または活性に関連する、請求項21に記載の医薬組成物。
  23. 疾患または状態が、標的タンパク質における機能喪失型変異に関連する、請求項21に記載の医薬組成物。
  24. 疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、請求項21に記載の医薬組成物。
  25. 疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象が、
    (i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
    (ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
    第1のアレルを有し、および
    (iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
    (iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
    第2のアレルを有する、請求項21に記載の医薬組成物。
  26. 疾患または状態が、視神経萎縮1型を含む、請求項21に記載の医薬組成物。
  27. 対象がヒトである、請求項21~26のいずれか1項に記載の組成物。
  28. 治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与される、請求項21~27のいずれか1項に記載の医薬組成物。
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