CN111936163A - 用于治疗基于无义介导的rna衰变的病况和疾病的反义寡聚体 - Google Patents
用于治疗基于无义介导的rna衰变的病况和疾病的反义寡聚体 Download PDFInfo
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Abstract
基因中的可变剪接事件可导致非生产性mRNA转录物，其进而可导致异常的蛋白质表达，并且可靶向基因中的可变剪接事件的治疗剂可调节患者中功能性蛋白质的表达水平，并且/或者抑制异常蛋白质表达。此类治疗剂可用来治疗由蛋白质缺乏引起的病况或疾病。
Description
交叉引用
本申请要求2017年10月23日提交的第62/575,924号美国临时申请和2018年5月4日提交的第62/667,200号美国临时申请的权益，所述临时申请中的每一个均通过引用整体并入本文。
背景技术
基因中的可变剪接事件可导致非生产性mRNA转录物，其进而可导致异常的蛋白质表达，并且可靶向基因中的可变剪接事件的治疗剂可调节患者中功能性蛋白质的表达水平，并且/或者抑制异常蛋白质表达。此类治疗剂可用来治疗由蛋白质缺乏引起的病况或疾病。
发明内容
在某些实施方案中，本文描述了一种调节具有mRNA的细胞表达靶蛋白的方法，该mRNA包含无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子)并且编码靶蛋白，该方法包括使治疗剂与所述细胞接触，由此所述治疗剂调节从所述mRNA剪接所述NMD外显子，从而调节经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平，并调节靶蛋白在所述细胞中的表达，其中所述靶蛋白选自：AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS和VCAN蛋白。
在某些实施方案中，本文描述了一种通过调节有需要的受试者的细胞中靶蛋白的表达来治疗该受试者的疾病或病况的方法，该方法包括：使所述受试者的细胞与调节从所述细胞中的mRNA剪接无义介导的mRNA衰变诱导外显子(NMD外显子)的治疗剂接触，其中所述mRNA包含NMD外显子并且编码靶蛋白，从而调节经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平，并调节靶蛋白在所述受试者的细胞中的表达，其中所述靶蛋白选自：AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS和VCAN蛋白。
在一些实施方案中，所述治疗剂：(a)与编码靶蛋白的mRNA的靶向部分结合；(b)调节参与所述NMD外显子的剪接的因子的结合；或(c)(a)和(b)的组合。
在一些实施方案中，所述治疗剂干扰参与所述NMD外显子的剪接的因子与所述靶向部分的区域的结合。在一些实施方案中，所述靶向部分邻近所述NMD外显子。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NMD外显子5'末端上游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NMD外显子5'末端上游至少约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NMD外显子3'末端下游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NMD外显子3'末端下游至少约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。
在一些实施方案中，所述靶向部分处于选自下组的基因组位点上游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610；GRCh38/hg38:chr1 196675450；GRCh38/hg38:chr15 92998149；GRCh38/hg38:chr16 28479765；GRCh38/hg38:chr6 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487；GRCh38/hg38:chr2227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688；GRCh38/hg38:chr19 47835403；GRCh38/hg38:chr1 59904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335；GRCh38/hg38:chr1 28230252；GRCh38/hg38:chr2 88582824；GRCh38/hg38:chr17 64102804；GRCh38/hg38:chr1 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383446；GRCh38/hg38:chrX109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219；GRCh38/hg38:chr2 148490695；GRCh38/hg38:chr2 148505761；GRCh38/hg38:chr6 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825；GRCh38/hg38:chr6 75867431；GRCh38/hg38:chr17 31249955；GRCh38/hg38:chr2229628658；GRCh38/hg38:chr5 37048127；GRCh38/hg38:chr12 100499841；GRCh38/hg38:chr5 177169394；GRCh38/hg38:chr5 177200761；GRCh38/hg38:chr5 177247924；GRCh38/hg38:chr5 177275947；GRCh38/hg38:chr3 193628509；GRCh38/hg38:chr3 193603500；GRCh38/hg38:chr13 100305751；GRCh38/hg38:chr12 32894778；GRCh38/hg38:chr2246203575；GRCh38/hg38:chr1 150327557；GRCh38/hg38:chr1 150330401；GRCh38/hg38:chr2 165327155；GRCh38/hg38:chr12 51688758；GRCh38/hg38:chr12 51780202；GRCh38/hg38:chr2 166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794957；GRCh38/hg38:chr7 85059541；GRCh38/hg38:chr11 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268；GRCh38/hg38:chr19 1221621；GRCh38/hg38:chr6 33448789；GRCh38/hg38:chr9 32551469；和GRCh38/hg38:chr583544965。
在一些实施方案中，所述靶向部分处于选自下组的基因组位点上游约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564388；GRCh38/hg38:chr1913236618；GRCh38/hg38:chr21 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610；GRCh38/hg38:chr1 196675450；GRCh38/hg38:chr15 92998149；GRCh38/hg38:chr16 28479765；GRCh38/hg38:chr6 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487；GRCh38/hg38:chr2 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688；GRCh38/hg38:chr1947835403；GRCh38/hg38:chr1 59904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335；GRCh38/hg38:chr128230252；GRCh38/hg38:chr2 88582824；GRCh38/hg38:chr17 64102804；GRCh38/hg38:chr1 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219；GRCh38/hg38:chr2 148490695；GRCh38/hg38:chr2148505761；GRCh38/hg38:chr6 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825；GRCh38/hg38:chr6 75867431；GRCh38/hg38:chr17 31249955；GRCh38/hg38:chr22 29628658；GRCh38/hg38:chr5 37048127；GRCh38/hg38:chr12 100499841；GRCh38/hg38:chr5 177169394；GRCh38/hg38:chr5 177200761；GRCh38/hg38:chr5 177247924；GRCh38/hg38:chr5177275947；GRCh38/hg38:chr3 193628509；GRCh38/hg38:chr3 193603500；GRCh38/hg38:chr13 100305751；GRCh38/hg38:chr12 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575；GRCh38/hg38:chr1 150327557；GRCh38/hg38:chr1 150330401；GRCh38/hg38:chr2 165327155；GRCh38/hg38:chr12 51688758；GRCh38/hg38:chr12 51780202；GRCh38/hg38:chr2166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794957；GRCh38/hg38:chr7 85059541；GRCh38/hg38:chr11 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268；GRCh38/hg38:chr19 1221621；GRCh38/hg38:chr6 33448789；GRCh38/hg38:chr9 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965。
在一些实施方案中，所述靶向部分处于选自下组的基因组位点下游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564285；GRCh38/hg38:chr19 13236449；GRCh38/hg38:chr21 43059730；GRCh38/hg38:chr1 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644；GRCh38/hg38:chr6 33183634；GRCh38/hg38:chr2 227296526；GRCh38/hg38:chr2227144653；GRCh38/hg38:chr2 227015283；GRCh38/hg38:chr1 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366；GRCh38/hg38:chr1 26442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131；GRCh38/hg38:chr2 88582755；GRCh38/hg38:chr17 64102673；GRCh38/hg38:chr1 23798311；GRCh38/hg38:chrX 109383365；GRCh38/hg38:chrX109439038；GRCh38/hg38:chr15 72362376；GRCh38/hg38:chr15 72345677；GRCh38/hg38:chr16 30115595；GRCh38/hg38:chr2 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522；GRCh38/hg38:chr19 50230999；GRCh38/hg38:chr6 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31250125；GRCh38/hg38:chr2229628773；GRCh38/hg38:chr5 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516；GRCh38/hg38:chr2246203752；GRCh38/hg38:chr1 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688849；GRCh38/hg38:chr12 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238；GRCh38/hg38:chr7 80794854；GRCh38/hg38:chr7 85059498；GRCh38/hg38:chr11 225673；GRCh38/hg38:chr19 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365；和GRCh38/hg38:chr583545070。
在一些实施方案中，所述靶向部分处于选自下组的基因组位点下游约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564285；GRCh38/hg38:chr1913236449；GRCh38/hg38:chr21 43059730；GRCh38/hg38:chr1 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644；GRCh38/hg38:chr6 33183634；GRCh38/hg38:chr2 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653；GRCh38/hg38:chr2 227015283；GRCh38/hg38:chr1 207637848；GRCh38/hg38:chr1947835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366；GRCh38/hg38:chr1 26442372；GRCh38/hg38:chr128230131；GRCh38/hg38:chr2 88582755；GRCh38/hg38:chr17 64102673；GRCh38/hg38:chr1 23798311；GRCh38/hg38:chrX 109383365；GRCh38/hg38:chrX 109439038；GRCh38/hg38:chr15 72362376；GRCh38/hg38:chr15 72345677；GRCh38/hg38:chr16 30115595；GRCh38/hg38:chr2 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490787；GRCh38/hg38:chr2148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522；GRCh38/hg38:chr19 50230999；GRCh38/hg38:chr6 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31250125；GRCh38/hg38:chr22 29628773；GRCh38/hg38:chr5 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177248079；GRCh38/hg38:chr5177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516；GRCh38/hg38:chr22 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688849；GRCh38/hg38:chr12 51780271；GRCh38/hg38:chr2166304238；GRCh38/hg38:chr7 80794854；GRCh38/hg38:chr7 85059498；GRCh38/hg38:chr11 225673；GRCh38/hg38:chr19 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365；和GRCh38/hg38:chr5 83545070。
在一些实施方案中，所述靶向部分位于编码靶蛋白的mRNA的两个规范外显子区域之间的内含子区域中，并且其中所述内含子区域含有所述NMD外显子。在一些实施方案中，所述靶向部分与所述NMD外显子至少部分重叠。在一些实施方案中，所述靶向部分与所述NMD外显子上游或下游的内含子至少部分重叠。在一些实施方案中，所述靶向部分包含5’NMD外显子-内含子接合点或3’NMD外显子-内含子接合点。在一些实施方案中，所述靶向部分在所述NMD外显子内。在一些实施方案中，所述靶向部分包含所述NMD外显子的约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个或更多个连续核苷酸。
在一些实施方案中，所述编码靶蛋白的mRNA包含与选自SEQ ID NO:135-191的序列具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。在一些实施方案中，所述编码靶蛋白的mRNA由与选自SEQ ID NO:1-5、12、19-21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55-57和192-211的序列具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的基因序列所编码。在一些实施方案中，所述mRNA的靶向部分包含与含有选自SEQ ID NO:135-191的序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。在一些实施方案中，所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述ASO包含与选自SEQ ID NO:135-191的序列的至少8个连续核酸至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。
在一些实施方案中，所述mRNA的靶向部分在选自下组的无义介导的RNA衰变诱导外显子内：GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr19 1323644913236618；GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr15 9299814992998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765；GRCh38/hg38:chr6 3318363433183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579；GRCh38/hg38:chr1 5990436659904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372；GRCh38/hg38:chr1 2823013128230252；GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824；GRCh38/hg38:chr17 6410267364102804；GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383365109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr15 7236237672362466；GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776；GRCh38/hg38:chr16 3011559530115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490695148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr6 4943652249436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999；GRCh38/hg38:chr6 7586743175867523；GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125；GRCh38/hg38:chr22 2962865829628773；GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100499841100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200761177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177275947177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603500193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr12 3289451632894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327557150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327155165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849；GRCh38/hg38:chr12 5178020251780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329；GRCh38/hg38:chr7 8079485480794957；GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
在一些实施方案中，所述mRNA的靶向部分在选自下组的无义介导的RNA衰变诱导外显子的上游或下游：GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr1913236449 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr1592998149 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765；GRCh38/hg38:chr633183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2227144653 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579；GRCh38/hg38:chr159904366 59904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372；GRCh38/hg38:chr128230131 28230252；GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824；GRCh38/hg38:chr1764102673 64102804；GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX109383365 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr1572362376 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776；GRCh38/hg38:chr1630115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr649436522 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999；GRCh38/hg38:chr675867431 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125；GRCh38/hg38:chr2229628658 29628773；GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354；GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr1232894516 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849；GRCh38/hg38:chr1251780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329；GRCh38/hg38:chr780794854 80794957；GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
在一些实施方案中，所述mRNA的靶向部分包含选自下组的外显子的外显子-内含子接合点：GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr19 1323644913236618；GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr15 9299814992998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765；GRCh38/hg38:chr6 3318363433183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579；GRCh38/hg38:chr1 5990436659904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372；GRCh38/hg38:chr1 2823013128230252；GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824；GRCh38/hg38:chr17 6410267364102804；GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383365109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr15 7236237672362466；GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776；GRCh38/hg38:chr16 3011559530115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490695148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr6 4943652249436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999；GRCh38/hg38:chr6 7586743175867523；GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125；GRCh38/hg38:chr22 2962865829628773；GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100499841100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200761177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177275947177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603500193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr12 3289451632894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327557150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327155165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849；GRCh38/hg38:chr12 5178020251780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329；GRCh38/hg38:chr7 8079485480794957；GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
在一些实施方案中，所产生的靶蛋白为全长蛋白质或野生型蛋白质。
在一些实施方案中，所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除。在一些实施方案中，与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中，所述治疗剂增加所述细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平。在一些实施方案中，与对照细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中，所述治疗剂增加所述细胞中的靶蛋白的表达。在一些实施方案中，与对照细胞中产生的靶蛋白的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的靶蛋白的水平增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
在一些实施方案中，所述疾病或病况是由靶蛋白中的功能失去突变诱导的。
在一些实施方案中，所述疾病或病况与编码靶蛋白的基因的单倍性不足相关，并且其中所述受试者具有编码功能性靶蛋白的第一等位基因，以及不产生或以降低的水平产生靶蛋白的第二等位基因，或编码非功能性靶蛋白或部分功能性靶蛋白的第二等位基因。在一些实施方案中，所述疾病或病况选自：Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；家族性偏瘫性偏头痛1；2型发作性共济失调；童年发作型癫痫性脑病；Wagner综合征1；1型视神经萎缩；Alport综合征；心律失常性右心室发育不良9；1型神经纤维瘤病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；良性家族性婴幼儿惊厥3；伴或不伴小脑性共济失调的认知障碍；早期婴幼儿癫痫性脑病13；良性家族性婴幼儿惊厥5；途径(CNS)；16p11.2缺失综合征？；常染色体显性精神发育迟滞1；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；常染色体显性精神发育迟滞5；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；和家族性高热惊厥3B。
在一些实施方案中，所述疾病或病况与编码靶蛋白的基因的常染色体隐性突变相关，其中所述受试者具有第一编码等位基因，由其(i)不产生靶蛋白或者与野生型等位基因相比以降低的水平产生靶蛋白；或者(ii)产生的靶蛋白是与野生型等位基因相比是无功能性的或部分功能性的；以及第二等位基因，由其：(iii)与野生型等位基因相比以降低的水平产生靶蛋白，并且产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是至少部分功能性的；或者(iv)产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是部分功能性的。在一些实施方案中，所述疾病或病况选自：Alport综合征；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；半乳糖表异构酶缺乏；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；甲基丙二酸尿症；丙酸血症；色素性视网膜炎59；Tay-Sachs病；先天性痛觉缺失；和常染色体隐性HSAN2D。
在一些实施方案中，所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除，并且增加所述细胞中靶蛋白的表达。在一些实施方案中，所述治疗剂抑制所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除。在一些实施方案中，与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中，所述治疗剂降低所述细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平。在一些实施方案中，与对照细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
在一些实施方案中，所述治疗剂降低所述细胞中的靶蛋白的表达。在一些实施方案中，与对照细胞中产生的靶蛋白的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的靶蛋白的水平降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
在一些实施方案中，所述疾病或病况是由靶蛋白中的功能获得突变诱导的。在一些实施方案中，所述受试者具有以升高的水平产生靶蛋白的等位基因，或编码在细胞中表现出活性增加的突变靶蛋白的等位基因。
在一些实施方案中，所述治疗剂抑制所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除，并且降低所述细胞中靶蛋白的表达。在一些实施方案中，靶蛋白包括SCN8A。在一些实施方案中，该疾病或病况包括中枢神经系统疾病。在一些实施方案中，该疾病或病况包括癫痫。在一些实施方案中，该疾病或病况包括Dravet综合征。
在一些实施方案中，所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义低聚物包含骨架修饰，该骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。在一些实施方案中，所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含二氨基磷酸酯吗啉代、锁定核酸、肽核酸、2’-O-甲基、2’-氟或2’-O-甲氧基乙基部分。
在一些实施方案中，所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含至少一个修饰的糖部分。在一些实施方案中，每个糖部分是修饰的糖部分。
在一些实施方案中，所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。
在一些实施方案中，所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体与所述mRNA的靶向部分至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补。
在一些实施方案中，所述方法进一步包括评估靶蛋白的mRNA水平或表达水平。
在一些实施方案中，所述受试者是人。在一些实施方案中，所述受试者是非人类动物。在一些实施方案中，所述受试者是胎儿、胚胎或儿童。在一些实施方案中，所述细胞是离体的。在一些实施方案中，所述治疗剂通过所述受试者的鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射、玻璃体内或静脉内注射来施用。在一些实施方案中，所述方法进一步包括向所述受试者施用第二治疗剂。
在一些实施方案中，所述第二治疗剂是小分子。在一些实施方案中，所述第二治疗剂是反义寡聚体。在一些实施方案中，所述第二治疗剂纠正内含子保留。
在一些实施方案中，所述疾病或病况选自：16p11.2缺失综合征；Alport综合征；心律失常性右心室发育不良9；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；伴或不伴小脑性共济失调的认知障碍；早期婴幼儿癫痫性脑病13；良性家族性婴幼儿惊厥5；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；Cornelia de Lange；常染色体显性耳聋13；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；家族性高热惊厥3B；先天性痛觉缺失；常染色体隐性HSAN2D；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；良性家族性婴幼儿惊厥3；半乳糖表异构酶缺乏；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体显性精神发育迟滞1；常染色体显性精神发育迟滞5；甲基丙二酸尿症；家族性偏瘫性偏头痛1；2型发作性共济失调；NASH；1型神经纤维瘤病；2型神经纤维瘤病；1型视神经萎缩；丙酸血症；色素性视网膜炎18；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Tay-Sachs病；和Wagner综合征1。
援引并入
本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度犹如具体地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。
附图说明
本公开的新颖特征在所附权利要求书中具体阐述。通过参考以下对利用本公开的原理的说明性实施方案加以阐述的详细描述以及附图，将会对本公开的特征和优点获得更好的理解，在这些附图中：
图1描绘了含有无义介导的mRNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)的靶mRNA和治疗剂介导的无义介导的mRNA衰变诱导外显子的排除以增加全长靶蛋白或功能性RNA表达的示意图。图1A显示了分为细胞核和细胞质区室的细胞。在细胞核中，靶基因的前mRNA转录物经历剪接以生成mRNA，并且该mRNA被输出到细胞质并翻译为靶蛋白。对于该靶基因，mRNA的一些部分含有在细胞质中降解的无义介导的mRNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)，因此导致无靶蛋白产生。
图1B显示了分为细胞核和细胞质区室的相同细胞的实例。用诸如反义寡聚体(ASO)等治疗剂处理促进了无义介导的mRNA衰变诱导外显子的排除并导致mRNA的增加，该增加的mRNA继而翻译为更高水平的靶蛋白。
图2描绘了CD46基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CD46基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CD46基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1207770363 207783291中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图3描绘了COL11A2基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定COL11A2基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了COL11A2基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr6 33181172 33184144中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图4描绘了CR1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CR1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CR1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1 207630622207639396中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图5描绘了CRX基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CRX基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CRX基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr19 4783454547836242中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图6描绘了DNAJC8基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定DNAJC8基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了DNAJC8基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr128229025 28232920中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图7描绘了MYH14基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MYH14基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MYH14基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1950230625 50231929中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图8描绘了SEMA3C基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SEMA3C基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SEMA3C基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr780789529 80798091中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图9描绘了VCAN基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定VCAN基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了VCAN基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr583542270 83545536中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图10描绘了OPAI基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定OPAI基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了OPAI基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr3193626204 193631611中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图11描绘了COL4A3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定COL4A3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了COL4A3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2 227295318 227297673中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图12描绘了DHDDS基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定DHDDS基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了DHDDS基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr126438286 26442730中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图13描绘了CFH基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CFH基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CFH基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1 196673964196675988中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图14描绘了AKT3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定AKT3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了AKT3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1243563849 243572925中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图15描绘了TOPORS基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定TOPORS基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了TOPORS基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr9 32550970 32552433中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图16描绘了PRPF3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定PRPF3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了PRPF3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1150325883 150328319中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图17描绘了PRPF3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定PRPF3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了PRPF3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1150328468 150332683中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图18描绘了NIPBL基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NIPBL基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NIPBL基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr537046201 37048501中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图19描绘了CBS基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CBS基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CBS基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr21 4305930543060440中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图20描绘了PKP2基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定PKP2基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了PKP2基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1232879034 32896508中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图21描绘了COL4A4基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定COL4A4基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了COL4A4基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2 227144560 227147412中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图22描绘了COL4A4基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定COL4A4基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了COL4A4基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2 227012299 227022047中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图23描绘了CYP2J2基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CYP2J2基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CYP2J2基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1 59901104 59904870中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图24描绘了PPARA基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定PPARA基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了PPARA基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2246198592 46215172中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图25描绘了SEMA3D基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SEMA3D基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SEMA3D基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图26描绘了ERN1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定ERN1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了ERN1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1764098242 64129975中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图27描绘了GUCY2F基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定GUCY2F基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了GUCY2F基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chrX 109382213 109385183中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图28描绘了GUCY2F基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定GUCY2F基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了GUCY2F基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chrx 109430397 109441350中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图29描绘了SCN2A基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SCN2A基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SCN2A基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2165326986 165331329中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图30描绘了SCN8A基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SCN8A基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SCN8A基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1251687221 51689004中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图31描绘了SCN8A基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SCN8A基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SCN8A基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1251774364 51786541中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图32描绘了SCN9A基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SCN9A基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SCN9A基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2166304123 166305791中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图33描绘了CLN3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CLN3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CLN3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1628477879 28482104中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图34描绘了MAPK3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MAPK3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MAPK3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1630114710 30116635中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图35描绘了NF1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NF1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NF1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr17 3124912031252937中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图36描绘了MBD5基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MBD5基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MBD5基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2148502511 148510059中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图37描绘了MBD5基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MBD5基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MBD5基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2148458873 148462581中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图38描绘了MBD5基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MBD5基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MBD5基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2148490596 148502435中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图39描绘了NF2基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NF2基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NF2基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr22 2960411429636750中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图40描绘了MYO6基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MYO6基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MYO6基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr675867107 75870646中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图41描绘了SYNGAP1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SYNGAP1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SYNGAP1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr6 33447935 33451759中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图42描绘了SIRT3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定SIRT3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了SIRT3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr11224241 230451中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图43描绘了CACNA1A基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CACNA1A基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CACNA1A基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr19 13235732 13241520中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图44描绘了CHD2基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定CHD2基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了CHD2基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1592997404 92998498中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图45描绘了NSD1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NSD1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NSD1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr5177136032 177191883中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图46描绘了NSD1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NSD1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NSD1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr5177192021 177204119中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图47描绘了NSD1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NSD1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NSD1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr5177246798 177248180中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图48描绘了NSD1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NSD1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NSD1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr5177273786 177280564中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图49描绘了EIF2AK3基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定EIF2AK3基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了EIF2AK3基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr2 88579641 88583429中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图50描绘了GALE基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定GALE基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了GALE基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr123798232 23798614中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图51描绘了HEXA基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定HEXA基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了HEXA基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1572356652 72375719中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图52描绘了HEXA基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定HEXA基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了HEXA基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr1572345552 72346234中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图53描绘了NR1H4基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定NR1H4基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了NR1H4基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr12100493403 100505574中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图54描绘了STK11基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定STK11基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了STK11基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr191207204 1218416中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图55描绘了STK11基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定STK11基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了STK11基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr191221341 1221948中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图56描绘了PCCA基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定PCCA基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了PCCA基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr13100302999 100307191中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图57描绘了MUT基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定MUT基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了MUT基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr6 4943562549440205中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图58描绘了OPA1基因中示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。显示了使用RNA测序鉴定OPA1基因中的NMD诱导外显子，在UCSC基因组浏览器中可视化。上图按比例示出了OPA1基因的图示。对应于RNA测序读取的峰在内含子GRCh38/hg38:chr3193593374 193614710中鉴定，在中间的图中示出。生物信息学分析鉴定出侧翼为3'和5'剪接位点的外显子样序列(下图，以大写字母突出显示的序列)。包含该外显子导致引入提前终止密码子，使转录物成为NMD的靶标。
图59描绘了在各种细胞系中通过嘌呤霉素或环己酰亚胺处理确认NMD诱导外显子。使用来自水处理、DMSO处理、嘌呤霉素处理或环己酰亚胺处理的细胞的总RNA进行的RT-PCR分析证实了对应于AKT3基因的NMD诱导外显子8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285243564388)的条带的存在。
图60描绘了AKT3外显子8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)区域周围的示例性ASO步移。示出了针对3'剪接位点上游、3'剪接位点中、外显子8x、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的AKT3外显子8x(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)区域靶向序列周围进行的ASO步移的图示。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸来覆盖这些区域。
图61描绘了通过逆转录Taqman-qPCR评价的AKT3外显子8x(GRCh38/hg38:chr1243564285 243564388)区域ASO步移。绘制了AKT3生产性mRNA产物相对于Sham的变化倍数的图。
图62描绘了在各种细胞系中通过环己酰亚胺处理确认NMD诱导外显子。使用来自DMSO处理或环己酰亚胺处理的细胞的总RNA进行的RT-PCR分析证实了对应于PCCA基因的NMD诱导外显子14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)的条带的存在。
图63描绘了PCCA外显子14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)区域周围的示例性ASO步移。示出了针对3'剪接位点上游、3'剪接位点中、外显子14x、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的PCCA外显子14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)区域靶向序列周围进行的ASO步移的图示。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸来覆盖这些区域。
图64描绘了通过逆转录Taqman-qPCR和RT-PCR评价的PCCA外显子14x(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)区域ASO步移。绘制了PCCA生产性mRNA产物相对于Sham的变化倍数(灰色)和NMD外显子包含的变化百分比(黑色)的图。
图65描绘了在各种细胞系中通过嘌呤霉素或环己酰亚胺处理确认NMD诱导外显子，以及确认脑和视网膜样品中的NMD诱导外显子。使用来自水处理、DMSO处理、嘌呤霉素处理或环己酰亚胺处理的细胞的总RNA进行的RT-PCR分析证实了对应于OPA1基因的NMD诱导外显子7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)的条带的存在。
图66描绘了OPA1外显子7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)区域周围的示例性ASO步移。示出了针对3'剪接位点上游、3'剪接位点中、外显子7x、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的OPA1外显子7x(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)区域靶向序列周围进行的ASO步移的图示。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸或跨剪接位点区域移位3个核苷酸来覆盖这些区域。
图67和68描绘了通过Taqman RT-qPCR评价的OPA1外显子7x(GRCh38/hg38:chr3193628509 193628616)区域ASO步移。绘制了OPA1生产性mRNA产物相对于Sham的变化倍数的图。
图69描绘了在ReNCell VM中通过环己酰亚胺处理以及通过人和猴皮质中NMD诱导外显子mRNA(NF1)的存在确认NMD诱导外显子。使用来自DMSO处理或环己酰亚胺处理的细胞的总RNA进行的RT-PCR分析证实了对应于NF1基因的NMD诱导外显子31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)的条带的存在。
图70描绘了NF1外显子31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)区域周围的示例性ASO步移。示出了针对3'剪接位点上游、3'剪接位点中、外显子31x、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的NF1外显子31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)区域靶向序列周围进行的ASO步移的图示。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸来覆盖这些区域。
图71描绘了通过RT-PCR(上图)和RT-Taqman-qPCR(下图)评价的NF1外显子31x(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)区域ASO步移。示出了NF1生产性mRNA产物相对于Sham的变化倍数的图。
图72描绘了在各种细胞系中通过嘌呤霉素或环己酰亚胺处理确认NMD诱导外显子。使用来自水处理、DMSO处理、嘌呤霉素处理或环己酰亚胺处理的细胞的总RNA进行的RT-PCR分析证实了对应于SYNGAP1基因的NMD诱导外显子18x(GRCh38/hg38:chr6 3344878933448868)的条带的存在。
图73描绘了SYNGAP1外显子18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)区域周围的示例性ASO步移。示出了针对3'剪接位点上游、3'剪接位点中、外显子18x、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的SYNGAP1外显子18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)区域靶向序列周围进行的ASO步移的图示。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸来覆盖这些区域。
图74描绘了通过RT-PCR(上图)和Taqman-qPCR(下图)评价的SYNGAP1外显子18x(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)区域ASO步移。绘制了％外显子18x包含和SYNGAP1生产性mRNA产物相对于Sham的变化倍数的图(分别为上图和下图)。
图75描绘了通过环己酰亚胺处理确认NMD诱导外显子。使用来自DMSO处理或环己酰亚胺处理的细胞的总RNA进行的RT-PCR分析证实了对应于CHD2基因的NMD诱导外显子30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)的条带的存在。还示出了RT-PCR分析，其证明了在来自小鼠、非人灵长类动物和人的皮质样品中存在含有NMD诱导外显子30x的mRNA。
图76描绘了CHD2外显子30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)区域周围的示例性ASO步移。示出了针对3'剪接位点上游、3'剪接位点中、外显子30x、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的CHD2外显子30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)区域靶向序列周围进行的ASO步移的图示。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸来覆盖这些区域。
图77描绘了通过RT-PCR评价的CHD2外显子30x(GRCh38/hg38:chr15 9299814992998261)区域ASO步移。示出了RT-PCR结果，其显示了含有NMD诱导外显子30x的mRNA的量的变化。
图78描绘了由不同ASO诱导的CHD2非生产性外显子(外显子30x(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261))和CHD2生产性mRNA水平的变化。
具体实施方式
ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1基因中的可变剪接事件可导致非生产性mRNA转录物，其进而可导致异常的蛋白质表达，并且可靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1基因中的可变剪接事件的治疗剂可以调节DS患者中功能性蛋白质的表达水平，并且/或者抑制异常蛋白质表达。这类治疗剂可用来治疗由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白缺乏引起的病况。
可以导致非生产性mRNA转录物的可变剪接事件之一是在mRNA转录物中包含额外的外显子，它可以诱导无义介导的mRNA衰变。本公开提供了用于调节ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1的可变剪接以增加编码蛋白质的成熟mRNA以及因此翻译的功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的产生量的组合物和方法。这些组合物和方法包括反义寡聚体(ASO)，其可引起外显子跨越，例如伪外显子跨越，并促进ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的组成性剪接。在多个实施方案中，可以使用本公开的方法来增加功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白，以治疗由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白缺乏引起的病况。
剪接和无义介导的mRNA衰变
间插序列或内含子被称为剪接体的大型且高度动态的RNA蛋白质复合物去除，该复合物协调初级转录物、小核RNA(snRNA)和大量蛋白质之间的复杂相互作用。剪接体以有序的方式在每个内含子上专门装配，开始于U1 snRNA对5'剪接位点(5’ss)的识别或U2途径对3'剪接位点(3'ss)的识别，这涉及U2辅助因子(U2AF)与3'ss区域的结合，以促进U2与分支点序列(BPS)的结合。U2AF是一种稳定的异二聚体，由结合聚嘧啶束(PPT)的U2AF2编码的65kD亚单位(U2AF65)和与3’ss处高度保守的AG二核苷酸相互作用并稳定U2AF65结合的U2AF1编码的35kD亚单位(U2AF35)组成。除了BPS/PPT单元和3'ss/5'ss之外，准确的剪接还需要激活或阻抑剪接位点识别的辅助序列或结构，这被称为内含子或外显子剪接增强子或沉默子。这些元件使得真正的剪接位点可以在高等真核生物基因组中的大量过剩的隐蔽位点或伪位点中得到识别，这些隐蔽位点或伪位点具有相同的序列，但是数目比真正的位点多一个数量级。尽管它们通常具有调节功能，但对其激活或阻抑的确切机制知之甚少。
一般可以将是否进行剪接的决定建模为随机过程而不是确定性过程，使得即使是最明确的剪接信号有时也可能会不正确地剪接。然而，在正常条件下，前mRNA剪接以惊人的高保真度进行。这部分地归因于相邻顺式作用辅助外显子和内含子剪接调节元件(ESR或ISR)的活性。通常，这些功能元件根据其刺激或抑制剪接的能力而分别被分类为外显子或内含子剪接增强子(ESE或ISE)或沉默子(ESS或ISS)。尽管现在有证据表明某些辅助顺式作用元件可能通过影响剪接体装配的动力学如U1 snRNP与5'ss之间复合物的排列来发挥作用，但似乎许多元件很有可能与反式作用RNA结合蛋白(RBP)配合起作用。例如，富含丝氨酸和精氨酸的RBP(SR蛋白)家族是保守的蛋白质家族，它们在定义外显子中具有关键作用。SR蛋白通过将前剪接体的组分募集到相邻剪接位点或通过拮抗附近ESS的作用来促进外显子识别。ESS的阻抑作用可以由核内不均一核糖核蛋白(hnRNP)家族成员介导，并且可以改变核心剪接因子向相邻剪接位点的募集。除了其在剪接调节中的作用外，还提出沉默子元件在伪外显子的阻抑中起作用，伪外显子是数组具有典型外显子间距但没有功能性开放阅读框的诱饵内含子剪接位点。ESE和ESS，与它们的同源反式作用RBP协同，代表了一组剪接控制中的重要组成部分，这些剪接控制指定如何、在何处以及何时从其前体装配mRNA。
标记外显子-内含子边界的序列是不同强度的简并信号，这些信号可以在人类基因内高频率地发生。在多外显子基因中，不同的剪接位点对可以以许多不同的组合连接在一起，从而从单个基因创建出一系列多样的转录物。这通常被称为可变前mRNA剪接。尽管通过可变剪接产生的大多数mRNA同种型可以从细胞核输出并翻译为功能性多肽，但是来自单个基因的不同mRNA同种型在其翻译效率上可能有很大差异。在外显子连接复合物上游至少50bp处具有提前终止密码子(PTC)的那些mRNA同种型可能被无义介导的mRNA衰变(NMD)途径靶向以供降解。传统(BPS/PPT/3’ss/5’ss)和辅助剪接基序中的突变可导致异常剪接，如外显子跨越或隐蔽(或伪)外显子包含或剪接位点激活，并显著地助长了人类发病率和死亡率。异常剪接模式和可变剪接模式均可受到外显子和内含子中的天然DNA变异的影响。
鉴于外显子-内含子边界可以出现在密码子的三个位置中的任何一个位置，显然只有一部分可变剪接事件可以维持规范的开放阅读框。例如，只有可被3整除的外显子可以被跨越或包含在mRNA中而没有任何阅读框改变。没有兼容相的剪接事件将诱导移码。除非被下游事件逆转，否则移码肯定会导致一个或多个PTC，可能导致随后被NMD降解。NMD是一种翻译偶联机制，其消除含有PTC的mRNA。NMD可以作为存在于所有真核生物中的监督途径起作用。NMD可以通过消除含有提前终止密码子的mRNA转录物来减少基因表达中的错误。在一些情况下，这些异常mRNA的翻译可导致所得蛋白质的有害功能获得或显性失活活性。NMD不仅靶向具有PTC的转录物，而且还靶向从许多内源基因表达的大量mRNA同种型，提示NMD是驱动细胞中稳态RNA水平的微调和粗调的主要调节物。
诱导NMD的外显子(NIE)是作为内含子内的区域的外显子或伪外显子，并且如果包含在成熟RNA转录物中，则可以激活NMD途径。在组成性剪接事件中，通常会剪接出含有NIE的内含子，但内含子或其一部分(例如，NIE)可以在可变或异常剪接事件期间得到保留。含有这样的NIE的成熟mRNA转录物由于诱导NMD途径的移码而可能是非生产性的。在成熟RNA转录物中包含NIE可以下调基因表达。在本公开中，含有NIE的mRNA转录物可以被称为“含有NIE的mRNA”或“NMD外显子mRNA”。
隐蔽(或伪剪接位点)具有与真正的剪接位点相同的剪接识别序列，但不在剪接反应中使用。它们的数目比人类基因组中真正的剪接位点多一个数量级，并且通常被迄今尚未充分了解的分子机制所阻抑。隐蔽的5'剪接位点具有共有的NNN/GUNNNN或NNN/GCNNNN，其中N是任何核苷酸，而/是外显子-内含子边界。隐蔽的3'剪接位点具有共有的NAG/N。它们的激活受到周围核苷酸的正面影响，这些核苷酸使得它们更类似于真正剪接位点的最佳共有序列，分别是MAG/GURAGU和YAG/G，其中M为C或A，R为G或A，而Y为C或U。
技术人员可以使用可公开获得的合适的算法，例如在Kralovicova,J.和Vorechovsky,I.(2007)Global control of aberrant splice site activation byauxiliary splicing sequences:evidence for a gradient in exon and introndefinition.Nucleic Acids Res.,35,6399-6413(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2095810/pdf/gkm680.pdf)中列出的那些，容易地鉴定剪接位点及其调节序列。
隐蔽的剪接位点或剪接调节序列可以与NIE的剪接位点竞争RNA结合蛋白，如U2AF。在一些实施方案中，药剂可以与隐蔽的剪接位点或剪接调节序列结合，以防止RNA结合蛋白的结合，从而有利于RNA结合蛋白与NIE剪接位点的结合。
在一些实施方案中，隐蔽的剪接位点可以不包含NIE的5'或3'剪接位点。在一些实施方案中，隐蔽的剪接位点可以在NIE 5'剪接位点上游至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸或至少200个核苷酸处。在一些实施方案中，隐蔽的剪接位点可以在NIE 3'剪接位点下游至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少200个核苷酸处。
目标转录物
在一些实施方案中，本公开的方法利用了从ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1基因转录的前mRNA中NIE的存在。可以使用刺激NIE的外显子跨越的治疗剂如ASO来诱导所鉴定的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE前mRNA种类的剪接，以产生功能性成熟ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 mRNA。外显子跨越的诱导可导致NMD途径的抑制。所产生的成熟ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1mRNA可以在不激活NMD途径的情况下正常翻译，从而增加患者细胞中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量，并减轻与ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1缺乏相关的病况或疾病的症状，如Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症(Propionicacidemia)；原发性开角型青光眼；丙酸血症(Propionic academia)；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5。
在一些实施方案中，可用本文公开的方法或组合物治疗或改善的疾病或病况不与治疗剂所靶向的靶蛋白(基因)直接相关。在一些实施方案中，本文提供的治疗剂可靶向不与疾病或病况直接相关的蛋白质(基因)，但是对靶蛋白(基因)表达的调节可以治疗或改善该疾病或病况。例如，由本文提供的治疗剂靶向诸如CD46、CFH、CR1、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、GUCY2F、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3或AKT3等基因可以治疗或改善眼部疾病或病况。在一些实施方案中，靶向基因CD46、CFH、CR1、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、GUCY2F、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3或AKT3被认为指示途径(眼)。在一些实施方案中，靶向基因如SCN8A可以治疗或改善中枢神经系统疾病，例如，癫痫，例如，Dravet综合征。在一些实施方案中，这类靶基因如SCN8A被认为指示途径(中枢神经系统)或途径(中枢神经系统，癫痫)。
在多个实施方案中，本公开提供了可以靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 mRNA转录物以调节剪接或蛋白质表达水平的治疗剂。该治疗剂可以是小分子、多核苷酸或多肽。在一些实施方案中，该治疗剂是ASO。ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA上的各个区域或序列可以被治疗剂如ASO所靶向。在一些实施方案中，该ASO靶向含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的NIE内的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的NIE(3'ss)的5’末端上游(或5')的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的NIE(5'ss)的3’末端下游(或3')的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向位于ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的NIE的5'端侧翼的内含子内的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向位于ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的NIE的3'端侧翼的内含子内的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向包含ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的NIE-内含子边界的序列。NIE-内含子边界可以指内含子序列与NIE区域的接合处。内含子序列可以位于NIE的5'末端或NIE的3'末端的侧翼。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的外显子内的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的内含子内的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向既包含ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的内含子的一部分又包含其外显子的一部分的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向NIE的5’末端上游(或5')约4至约300个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向NIE区的5’末端上游(或5')约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO可靶向NIE的5'末端上游超过300个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向NIE的3'末端下游(或3')约4至约300个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向NIE的3’末端下游约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向NIE的3'末端下游超过300个核苷酸处的序列。
在一些实施方案中，所述含有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE的前mRNA转录物被与SEQ ID NO.1-59或192-211中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中，ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE前mRNA转录物包含与SEQ IDNO:60-191中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，含有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE的前mRNA转录物(或NMD外显子mRNA)包含与SEQ ID NO:60-191中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。在一些实施方案中，含有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE的前mRNA转录物(或NMD外显子mRNA)被与SEQ ID NO:60-191中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列编码。在一些实施方案中，所述NMD外显子mRNA的靶向部分包含与包含SEQ ID NO:60-191中任一个的至少8个连续核酸的区域具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向包含NIE外显子8的含ABCB4 NIE的前mRNA的外显子8x、包含NIE外显子9的含ASS1 NIE的前mRNA的外显子9x、包含NIE外显子16的含ATP8B1NIE的前mRNA的外显子16x、包含NIE外显子1的含BAG3 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子31的含CACNA1A NIE的前mRNA的外显子31x、包含NIE外显子36的含CACNA1A NIE的前mRNA的外显子36x、包含NIE外显子37的含CACNA1A NIE的前mRNA的外显子37x、包含NIE外显子3的含CBS NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子12的含CBS NIE的前mRNA的外显子12x、包含NIE外显子1的含CD55 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子16的含CDKL5 NIE的前mRNA的外显子16x、包含NIE外显子3的含CFH NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子30的含CHD2 NIE的前mRNA的外显子30x、包含NIE外显子4的含CHRNA7 NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子1的含CISD2 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子15的含CLN3NIE的前mRNA的外显子15x、包含NIE外显子11的含COL4A3 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子41的含COL4A3 NIE的前mRNA的外显子41x、包含NIE外显子22的含COL4A4 NIE的前mRNA的外显子22x、包含NIE外显子44的含COL4A4 NIE的前mRNA的外显子44x、包含NIE外显子20的含DEPDC5 NIE的前mRNA的外显子20x、包含NIE外显子2的含DHDDS NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子3的含ELOVL4 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子5的含FAHNIE的前mRNA的外显子5x、包含NIE外显子4的含FXN NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子4的含GALE NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子3的含GBE1 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子11的含GRIN2A NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子1的含GRN NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子2的含HEXA NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子2的含KANSL1 NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子1的含KCNQ2 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子50的含KMT2D NIE的前mRNA的外显子50x、包含NIE外显子8的含MAPK3NIE的前mRNA的外显子8x、包含NIE外显子13的含MBD5 NIE的前mRNA的外显子13x、包含NIE外显子2的含MECP2 NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子11的含MUT NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子31的含NF1 NIE的前mRNA的外显子31x、包含NIE外显子7的含NIPBLNIE的前mRNA的外显子7x、包含NIE外显子38的含NIPBL NIE的前mRNA的外显子38x、包含NIE外显子11的含NSD1 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子6的含OPA1 NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子28的含OPA1 NIE的前mRNA的外显子28x、包含NIE外显子1的含OPTN NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子1的含PCCA NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子5的含PCCB NIE的前mRNA的外显子5x、包含NIE外显子6的含PCCB NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子4的含PKP2 NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子23的含PLCB1 NIE的前mRNA的外显子23x、包含NIE外显子3的含PRPF3 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子9的含PRPF31 NIE的前mRNA的外显子9x、包含NIE外显子1的含RAI1 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子5的含RBFOX2 NIE的前mRNA的外显子5x、包含NIE外显子13的含SCN2A NIE的前mRNA的外显子13x、包含NIE外显子6的含SCN3A NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子7的含SCN3A NIE的前mRNA的外显子7x、包含NIE外显子4的含SCN8A NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子6的含SCN8A NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子20的含SCN8A NIE的前mRNA的外显子20x、包含NIE外显子6的含SCN9A NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子24的含SHANK3 NIE的前mRNA的外显子24x、包含NIE外显子3的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子6的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子9的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子9x、包含NIE外显子11的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子13的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子13x、包含NIE外显子1的含SLC6A1 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子12的含SPTAN1 NIE的前mRNA的外显子12x、包含NIE外显子10的含TEK NIE的前mRNA的外显子10x、包含NIE外显子15的含TEK NIE的前mRNA的外显子15x、包含NIE外显子1的含TOPORS NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子11的含TSC2 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子30的含TSC2 NIE的前mRNA的外显子30x、包含NIE外显子1的含UBE3A NIE的前mRNA的外显子1x或包含NIE外显子7的含VCAN NIE的前mRNA的外显子7x。在一些实施方案中，该ASO靶向AKT3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)；CACNA1A的外显子(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618)；CBS的外显子(GRCh38/hg38:chr21 4305973043060012)；CD46的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745)；CFH的外显子(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529)；CHD2的外显子(GRCh38/hg38:chr1592998149 92998261)；CLN3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765)；COL11A2的外显子(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698)；COL4A3的外显子(GRCh38/hg38:chr2227296487 227296526)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360)；CR1的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848)；CRX的外显子(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579)；CYP2J2的外显子(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516)；DHDDS的外显子(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372)；DNAJC8的外显子(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252)；EIF2AK3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824)；ERN1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804)；GALE的外显子(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 7236237672362466)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776)；MAPK3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148460219148460304)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830)；MUT的外显子(GRCh38/hg38:chr6 4943652249436597)；MYH14的外显子(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999)；MYO6的外显子(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523)；NF1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 3124995531250125)；NF2的外显子(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773)；NIPBL的外显子(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354)；NR1H4的外显子(GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5177247924 177248079)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557)；PCCA的外显子(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)；PKP2的外显子(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778)；PPARA的外显子(GRCh38/hg38:chr2246203575 46203752)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498)；SCN2A的外显子(GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271)；SCN9A的外显子(GRCh38/hg38:chr2166304238 166304329)；SEMA3C的外显子(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957)；SEMA3D的外显子(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541)；SIRT3的外显子(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846)；SYNGAP1的外显子(GRCh38/hg38:chr633448789 33448868)；TOPORS的外显子(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469)；VCAN的外显子(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070)。
在一些实施方案中，所述ASO靶向ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的5’末端上游(或5’)约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向AKT3的GRCh38/hg38:chr1 243564388、CACNA1A的GRCh38/hg38:chr19 13236618、CBS的GRCh38/hg38:chr21 43060012、CD46的GRCh38/hg38:chr1 207775610、CFH的GRCh38/hg38:chr1196675450、CHD2的GRCh38/hg38:chr1592998149、CLN3的GRCh38/hg38:chr16 28479765、COL11A2的GRCh38/hg38:chr6 33183698、COL4A3的GRCh38/hg38:chr2 227296487、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227144833、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227015360、CR1的GRCh38/hg38:chr1 207637688、CRX的GRCh38/hg38:chr19 47835403、CYP2J2的GRCh38/hg38:chr159904516、DHDDS的GRCh38/hg38:chr1 26442335、DNAJC8的GRCh38/hg38:chr1 28230252、EIF2AK3的GRCh38/hg38:chr2 88582824、ERN1的GRCh38/hg38:chr17 64102804、GALE的GRCh38/hg38:chr1 23798484、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109383446、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109439175、HEXA的GRCh38/hg38:chr15 72362466、HEXA的GRCh38/hg38:chr1572345776、MAPK3的GRCh38/hg38:chr16 30115645、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148460219、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148490695、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148505761、MUT的GRCh38/hg38:chr6 49436597、MYH14的GRCh38/hg38:chr19 50230825、MYO6的GRCh38/hg38:chr6 75867431、NF1的GRCh38/hg38:chr17 31249955、NF2的GRCh38/hg38:chr2229628658、NIPBL的GRCh38/hg38:chr5 37048127、NR1H4的GRCh38/hg38:chr12 100499841、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177169394、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177200761、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177247924、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177275947、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193628509、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193603500、PCCA的GRCh38/hg38:chr13100305751、PKP2的GRCh38/hg38:chr12 32894778、PPARA的GRCh38/hg38:chr22 46203575、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150327557、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150330401、SCN2A的GRCh38/hg38:chr2 165327155、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51688758、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51780202、SCN9A的GRCh38/hg38:chr2 166304329、SEMA3C的GRCh38/hg38:chr7 80794957、SEMA3D的GRCh38/hg38:chr7 85059541、SIRT3的GRCh38/hg38:chr11226081、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1216268、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1221621、SYNGAP1的GRCh38/hg38:chr6 33448789、TOPORS的GRCh38/hg38:chr9 32551469或VCAN的GRCh38/hg38:chr5 83544965的上游(或5’)约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的5’末端上游(或5’)至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向AKT3的GRCh38/hg38:chr1 243564388、CACNA1A的GRCh38/hg38:chr19 13236618、CBS的GRCh38/hg38:chr21 43060012、CD46的GRCh38/hg38:chr1 207775610、CFH的GRCh38/hg38:chr1196675450、CHD2的GRCh38/hg38:chr15 92998149、CLN3的GRCh38/hg38:chr16 28479765、COL11A2的GRCh38/hg38:chr6 33183698、COL4A3的GRCh38/hg38:chr2 227296487、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227144833、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227015360、CR1的GRCh38/hg38:chr1 207637688、CRX的GRCh38/hg38:chr19 47835403、CYP2J2的GRCh38/hg38:chr159904516、DHDDS的GRCh38/hg38:chr1 26442335、DNAJC8的GRCh38/hg38:chr1 28230252、EIF2AK3的GRCh38/hg38:chr2 88582824、ERN1的GRCh38/hg38:chr17 64102804、GALE的GRCh38/hg38:chr1 23798484、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109383446、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109439175、HEXA的GRCh38/hg38:chr15 72362466、HEXA的GRCh38/hg38:chr1572345776、MAPK3的GRCh38/hg38:chr16 30115645、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148460219、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148490695、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148505761、MUT的GRCh38/hg38:chr6 49436597、MYH14的GRCh38/hg38:chr19 50230825、MYO6的GRCh38/hg38:chr6 75867431、NF1的GRCh38/hg38:chr17 31249955、NF2的GRCh38/hg38:chr2229628658、NIPBL的GRCh38/hg38:chr5 37048127、NR1H4的GRCh38/hg38:chr12 100499841、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177169394、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177200761、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177247924、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177275947、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193628509、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193603500、PCCA的GRCh38/hg38:chr13100305751、PKP2的GRCh38/hg38:chr12 32894778、PPARA的GRCh38/hg38:chr2246203575、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150327557、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150330401、SCN2A的GRCh38/hg38:chr2 165327155、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51688758、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51780202、SCN9A的GRCh38/hg38:chr2 166304329、SEMA3C的GRCh38/hg38:chr7 80794957、SEMA3D的GRCh38/hg38:chr7 85059541、SIRT3的GRCh38/hg38:chr11226081、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1216268、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1221621、SYNGAP1的GRCh38/hg38:chr6 33448789、TOPORS的GRCh38/hg38:chr9 32551469或VCAN的GRCh38/hg38:chr5 83544965的上游(或5’)至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的3’末端下游(或3’)约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，所述ASO靶向AKT3的GRCh38/hg38:chr1 243564285、CACNA1A的GRCh38/hg38:chr19 13236449、CBS的GRCh38/hg38:chr21 43059730、CD46的GRCh38/hg38:chr1 207775745、CFH的GRCh38/hg38:chr1196675529、CHD2的GRCh38/hg38:chr15 92998261、CLN3的GRCh38/hg38:chr16 28479644、COL11A2的GRCh38/hg38:chr6 33183634、COL4A3的GRCh38/hg38:chr2 227296526、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227144653、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227015283、CR1的GRCh38/hg38:chr1 207637848、CRX的GRCh38/hg38:chr19 47835579、CYP2J2的GRCh38/hg38:chr159904366、DHDDS的GRCh38/hg38:chr1 26442372、DNAJC8的GRCh38/hg38:chr1 28230131、EIF2AK3的GRCh38/hg38:chr2 88582755、ERN1的GRCh38/hg38:chr17 64102673、GALE的GRCh38/hg38:chr1 23798311、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109383365、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109439038、HEXA的GRCh38/hg38:chr15 72362376、HEXA的GRCh38/hg38:chr1572345677、MAPK3的GRCh38/hg38:chr16 30115595、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148460304、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148490787、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148505830、MUT的GRCh38/hg38:chr6 49436522、MYH14的GRCh38/hg38:chr19 50230999、MYO6的GRCh38/hg38:chr6 75867523、NF1的GRCh38/hg38:chr17 31250125、NF2的GRCh38/hg38:chr2229628773、NIPBL的GRCh38/hg38:chr5 37048354、NR1H4的GRCh38/hg38:chr12 100500024、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177169559、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177200783、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177248079、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177276101、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193628616、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193603557、PCCA的GRCh38/hg38:chr13100305834、PKP2的GRCh38/hg38:chr12 32894516、PPARA的GRCh38/hg38:chr22 46203752、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150327652、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150330498、SCN2A的GRCh38/hg38:chr2 165327202、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51688849、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51780271、SCN9A的GRCh38/hg38:chr2 166304238、SEMA3C的GRCh38/hg38:chr7 80794854、SEMA3D的GRCh38/hg38:chr7 85059498、SIRT3的GRCh38/hg38:chr11225673、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1216398、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1221846、SYNGAP1的GRCh38/hg38:chr6 33448868、TOPORS的GRCh38/hg38:chr9 32551365或VCAN的GRCh38/hg38:chr5 83545070的下游(或3’)约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的3’末端下游(或3’)至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。在一些实施方案中，所述ASO靶向AKT3的GRCh38/hg38:chr1 243564285、CACNA1A的GRCh38/hg38:chr19 13236449、CBS的GRCh38/hg38:chr21 43059730、CD46的GRCh38/hg38:chr1 207775745、CFH的GRCh38/hg38:chr1 196675529、CHD2的GRCh38/hg38:chr15 92998261、CLN3的GRCh38/hg38:chr1628479644、COL11A2的GRCh38/hg38:chr6 33183634、COL4A3的GRCh38/hg38:chr2227296526、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2 227144653、COL4A4的GRCh38/hg38:chr2227015283、CR1的GRCh38/hg38:chr1 207637848、CRX的GRCh38/hg38:chr19 47835579、CYP2J2的GRCh38/hg38:chr1 59904366、DHDDS的GRCh38/hg38:chr1 26442372、DNAJC8的GRCh38/hg38:chr1 28230131、EIF2AK3的GRCh38/hg38:chr2 88582755、ERN1的GRCh38/hg38:chr17 64102673、GALE的GRCh38/hg38:chr1 23798311、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX109383365、GUCY2F的GRCh38/hg38:chrX 109439038、HEXA的GRCh38/hg38:chr1572362376、HEXA的GRCh38/hg38:chr15 72345677、MAPK3的GRCh38/hg38:chr16 30115595、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148460304、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148490787、MBD5的GRCh38/hg38:chr2 148505830、MUT的GRCh38/hg38:chr6 49436522、MYH14的GRCh38/hg38:chr19 50230999、MYO6的GRCh38/hg38:chr6 75867523、NF1的GRCh38/hg38:chr1731250125、NF2的GRCh38/hg38:chr22 29628773、NIPBL的GRCh38/hg38:chr5 37048354、NR1H4的GRCh38/hg38:chr12 100500024、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177169559、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177200783、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177248079、NSD1的GRCh38/hg38:chr5 177276101、OPA1的GRCh38/hg38:chr3 193628616、OPA1的GRCh38/hg38:chr3193603557、PCCA的GRCh38/hg38:chr13 100305834、PKP2的GRCh38/hg38:chr12 32894516、PPARA的GRCh38/hg38:chr22 46203752、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150327652、PRPF3的GRCh38/hg38:chr1 150330498、SCN2A的GRCh38/hg38:chr2 165327202、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51688849、SCN8A的GRCh38/hg38:chr12 51780271、SCN9A的GRCh38/hg38:chr2166304238、SEMA3C的GRCh38/hg38:chr7 80794854、SEMA3D的GRCh38/hg38:chr785059498、SIRT3的GRCh38/hg38:chr11 225673、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1216398、STK11的GRCh38/hg38:chr19 1221846、SYNGAP1的GRCh38/hg38:chr6 33448868、TOPORS的GRCh38/hg38:chr9 32551365或VCAN的GRCh38/hg38:chr5 83545070的下游(或3’)至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸处的序列。
在一些实施方案中，所述ASO具有与根据SEQ ID NO:60-191中任一个的NMD外显子mRNA的靶向部分互补的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向NIE的5'末端上游的序列。例如，靶向NIE的5’末端上游序列(例如ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x)的ASO包含与SEQ ID NO:60-134中任一个的至少8个连续核酸至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。例如，靶向NIE的5’末端上游序列(例如，AKT3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)；CACNA1A的外显子(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618)；CBS的外显子(GRCh38/hg38:chr214305973043060012)；CD46的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745)；CFH的外显子(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529)；CHD2的外显子(GRCh38/hg38:chr1592998149 92998261)；CLN3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765)；COL11A2的外显子(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698)；COL4A3的外显子(GRCh38/hg38:chr2227296487 227296526)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360)；CR1的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207637688207637848)；CRX的外显子(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579)；CYP2J2的外显子(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516)；DHDDS的外显子(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372)；DNAJC8的外显子(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252)；EIF2AK3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824)；ERN1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804)；GALE的外显子(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109439038109439175)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 7236237672362466)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776)；MAPK3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148460219148460304)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830)；MUT的外显子(GRCh38/hg38:chr6 4943652249436597)；MYH14的外显子(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999)；MYO6的外显子(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523)；NF1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 3124995531250125)；NF2的外显子(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773)；NIPBL的外显子(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354)；NR1H4的外显子(GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5177247924 177248079)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557)；PCCA的外显子(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)；PKP2的外显子(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778)；PPARA的外显子(GRCh38/hg38:chr2246203575 46203752)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498)；SCN2A的外显子(GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271)；SCN9A的外显子(GRCh38/hg38:chr2166304238 166304329)；SEMA3C的外显子(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957)；SEMA3D的外显子(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541)；SIRT3的外显子(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846)；SYNGAP1的外显子(GRCh38/hg38:chr633448789 33448868)；TOPORS的外显子(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469)；VCAN的外显子(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070)的ASO可包含与SEQ ID NO:135-191中的任一个具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向含有外显子-内含子边界(或接合点)的序列。例如，靶向含有外显子-内含子边界的序列的ASO可包含与SEQ ID NO:60-191中任一个的至少8个连续核酸至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向NIE的3'末端下游的序列。例如，靶向NIE的3’末端下游的序列(例如ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x)的ASO可包含与SEQ ID NO:60-134中的任一个具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。例如，靶向NIE的3’末端下游(例如，AKT3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)；CACNA1A的外显子(GRCh38/hg38:chr1913236449 13236618)；CBS的外显子(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012)；CD46的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745)；CFH的外显子(GRCh38/hg38:chr1196675450196675529)；CHD2的外显子(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)；CLN3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765)；COL11A2的外显子(GRCh38/hg38:chr633183634 33183698)；COL4A3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360)；CR1的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207637688207637848)；CRX的外显子(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579)；CYP2J2的外显子(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516)；DHDDS的外显子(GRCh38/hg38:chr1 2644233526442372)；DNAJC8的外显子(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252)；EIF2AK3 的外显子(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824)；ERN1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 6410267364102804)；GALE的外显子(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX109439038 109439175)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 7236237672362466)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776)；MAPK3的外显子(GRCh38/hg38:chr1630115595 30115645)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2148505761 148505830)；MUT的外显子(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597)；MYH14的外显子(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999)；MYO6的外显子(GRCh38/hg38:chr675867431 75867523)；NF1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)；NF2的外显子(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773)；NIPBL的外显子(GRCh38/hg38:chr537048127 37048354)；NR1H4的外显子(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5177200761 177200783)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3193628509 193628616)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557)；PCCA的外显子(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)；PKP2的外显子(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778)；PPARA的外显子(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498)；SCN2A的外显子(GRCh38/hg38:chr2 165327155165327202)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271)；SCN9A的外显子(GRCh38/hg38:chr2166304238 166304329)；SEMA3C的外显子(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957)；SEMA3D的外显子(GRCh38/hg38:chr7 8505949885059541)；SIRT3的外显子(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846)；SYNGAP1的外显子(GRCh38/hg38:chr633448789 33448868)；TOPORS的外显子(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469)；VCAN的外显子(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070))的ASO可包含与SEQ ID NO:135-191中的任一个具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。在一些实施方案中，ASO靶向NIE内的序列。
在一些实施方案中，所述ASO靶向包含NIE外显子8的含ABCB4 NIE的前mRNA的外显子8x、包含NIE外显子9的含ASS1 NIE的前mRNA的外显子9x、包含NIE外显子16的含ATP8B1NIE的前mRNA的外显子16x、包含NIE外显子1的含BAG3 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子31的含CACNA1A NIE的前mRNA的外显子31x、包含NIE外显子36的含CACNA1A NIE的前mRNA的外显子36x、包含NIE外显子37的含CACNA1A NIE的前mRNA的外显子37x、包含NIE外显子3的含CBS NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子12的含CBS NIE的前mRNA的外显子12x、包含NIE外显子1的含CD55 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子16的含CDKL5 NIE的前mRNA的外显子16x、包含NIE外显子3的含CFH NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子30的含CHD2 NIE的前mRNA的外显子30x、包含NIE外显子4的含CHRNA7 NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子1的含CISD2 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子15的含CLN3NIE的前mRNA的外显子15x、包含NIE外显子11的含COL4A3 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子41的含COL4A3 NIE的前mRNA的外显子41x、包含NIE外显子22的含COL4A4 NIE的前mRNA的外显子22x、包含NIE外显子44的含COL4A4 NIE的前mRNA的外显子44x、包含NIE外显子20的含DEPDC5 NIE的前mRNA的外显子20x、包含NIE外显子2的含DHDDS NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子3的含ELOVL4 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子5的含FAHNIE的前mRNA的外显子5x、包含NIE外显子4的含FXN NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子4的含GALE NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子3的含GBE1 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子11的含GRIN2A NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子1的含GRN NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子2的含HEXA NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子2的含KANSL1 NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子1的含KCNQ2 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子50的含KMT2D NIE的前mRNA的外显子50x、包含NIE外显子8的含MAPK3NIE的前mRNA的外显子8x、包含NIE外显子13的含MBD5 NIE的前mRNA的外显子13x、包含NIE外显子2的含MECP2 NIE的前mRNA的外显子2x、包含NIE外显子11的含MUT NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子31的含NF1 NIE的前mRNA的外显子31x、包含NIE外显子7的含NIPBLNIE的前mRNA的外显子7x、包含NIE外显子38的含NIPBL NIE的前mRNA的外显子38x、包含NIE外显子11的含NSD1 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子6的含OPA1 NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子28的含OPA1 NIE的前mRNA的外显子28x、包含NIE外显子1的含OPTN NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子1的含PCCA NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子5的含PCCB NIE的前mRNA的外显子5x、包含NIE外显子6的含PCCB NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子4的含PKP2 NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子23的含PLCB1 NIE的前mRNA的外显子23x、包含NIE外显子3的含PRPF3 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子9的含PRPF31 NIE的前mRNA的外显子9x、包含NIE外显子1的含RAI1 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子5的含RBFOX2 NIE的前mRNA的外显子5x、包含NIE外显子13的含SCN2A NIE的前mRNA的外显子13x、包含NIE外显子6的含SCN3A NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子7的含SCN3A NIE的前mRNA的外显子7x、包含NIE外显子4的含SCN8A NIE的前mRNA的外显子4x、包含NIE外显子6的含SCN8A NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子20的含SCN8A NIE的前mRNA的外显子20x、包含NIE外显子6的含SCN9A NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子24的含SHANK3 NIE的前mRNA的外显子24x、包含NIE外显子3的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子3x、包含NIE外显子6的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子6x、包含NIE外显子9的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子9x、包含NIE外显子11的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子13的含SLC25A13 NIE的前mRNA的外显子13x、包含NIE外显子1的含SLC6A1 NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子12的含SPTAN1 NIE的前mRNA的外显子12x、包含NIE外显子10的含TEK NIE的前mRNA的外显子10x、包含NIE外显子15的含TEK NIE的前mRNA的外显子15x、包含NIE外显子1的含TOPORS NIE的前mRNA的外显子1x、包含NIE外显子11的含TSC2 NIE的前mRNA的外显子11x、包含NIE外显子30的含TSC2 NIE的前mRNA的外显子30x、包含NIE外显子1的含UBE3A NIE的前mRNA的外显子1x或包含NIE外显子7的含VCAN NIE的前mRNA的外显子7x。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x前mRNA的5’末端下游(或3’)的序列。在一些实施方案中，该ASO靶向ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x前mRNA的3’末端上游(或5’)的外显子20x序列。
在一些实施方案中，含有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE的前mRNA的靶向部分在内含子1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50中。在一些实施方案中，ASO与NIE前mRNA的靶向部分的杂交导致内含子1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50内的至少一个NIE的外显子跨越，随后增加ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的产生量。在一些实施方案中，含有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN NIE的前mRNA的靶向部分在ABCB4的内含子8、ASS1的内含子9、ATP8B1的内含子16、BAG3的内含子1、CACNA1A的内含子31、CACNA1A的内含子36、CACNA1A的内含子37、CBS的内含子3、CBS的内含子12、CD55的内含子1、CDKL5的内含子16、CFH的内含子3、CHD2的内含子30、CHRNA7的内含子4、CISD2的内含子1、CLN3的内含子15、COL4A3的内含子11、COL4A3的内含子41、COL4A4的内含子22、COL4A4的内含子44、DEPDC5的内含子20、DHDDS的内含子2、ELOVL4的内含子3、FAH的内含子5、FN的内含子4、GALE的内含子4、GBE1的内含子3、GRIN2A的内含子11、GRN的内含子1、HEA的内含子2、KANSL1的内含子2、KMT2D的内含子50、MAPK3的内含子8、MBD5的内含子13、MECP2的内含子2、MUT的内含子11、NF1的内含子31、NIPBL的内含子7、NIPBL的内含子38、NSD1的内含子11、OPA1的内含子6、OPA1的内含子28、OPTN的内含子1、PCCA的内含子1、PCCB的内含子5、PCCB的内含子6、PKP2的内含子4、PLCB1的内含子23、PRPF3的内含子3、PRPF31的内含子9、RAI1的内含子1、RBFO2的内含子5、SCN2A的内含子13、SCN3A的内含子6、SCN3A的内含子7、SCN8A的内含子4、SCN8A的内含子6、SCN8A的内含子20、SCN9A的内含子6、SHANK3的内含子24、SLC25A13的内含子3、SLC25A13的内含子6、SLC25A13的内含子9、SLC25A13的内含子11、SLC25A13的内含子13、SLC6A1的内含子1、SPTAN1的内含子12、TEK的内含子10、TEK的内含子15、TOPORS的内含子1、TSC2的内含子11、TSC2的内含子30、UBE3A的内含子1或VCAN的内含子7中。在一些实施方案中，含有AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS或VCAN NIE的前mRNA的靶向部分是AKT3的内含子(GRCh38/hg38:chr1 243563849 243572925)；CACNA1A的内含子(GRCh38/hg38:chr19 13235731 13241520)；CBS的内含子(GRCh38/hg38:chr21 4305930443060440)；CD46的内含子(GRCh38/hg38:chr1 207770363 207783291)；CFH的内含子(GRCh38/hg38:chr1 196673963 196675988)；CHD2的内含子(GRCh38/hg38:chr1592997404 92998498)；CLN3的内含子(GRCh38/hg38:chr16 28477878 28482104)；COL11A2的内含子(GRCh38/hg38:chr6 33181172 33184144)；COL4A3的内含子(GRCh38/hg38:chr2227295317 227297673)；COL4A4的内含子(GRCh38/hg38:chr2 227144559 227147412)；COL4A4的内含子(GRCh38/hg38:chr2 227012299 227022047)；CR1的内含子(GRCh38/hg38:chr1 207630622 207639396)；CRX的内含子(GRCh38/hg38:chr19 47834544 47836242)；CYP2J2的内含子(GRCh38/hg38:chr1 59901104 59904870)；DHDDS的内含子(GRCh38/hg38:chr1 26438285 26442730)；DNAJC8的内含子(GRCh38/hg38:chr1 28229025 28232920)；EIF2AK3的内含子(GRCh38/hg38:chr2 88579641 88583429)；ERN1的内含子(GRCh38/hg38:chr17 64098242 64129975)；GALE的内含子(GRCh38/hg38:chr1 23798231 23798614)；GUCY2F的内含子(GRCh38/hg38:chrx 109382213 109385183)；GUCY2F的内含子(GRCh38/hg38:chrx 109430397 109441350)；HEXA的内含子(GRCh38/hg38:chr15 7235665172375719)；HEXA的内含子(GRCh38/hg38:chr15 72345552 72346234)；MAPK3的内含子(GRCh38/hg38:chr16 30114709 30116635)；MBD5的内含子(GRCh38/hg38:chr2 148458872148462581)；MBD5的内含子(GRCh38/hg38:chr2 148490595 148502435)；MBD5的内含子(GRCh38/hg38:chr2 148502510 148510059)；MUT的内含子(GRCh38/hg38:chr6 4943562549440205)；MYH14的内含子(GRCh38/hg38:chr19 50230624 50231929)；MYO6的内含子(GRCh38/hg38:chr6 75867106 75870646)；NF1的内含子(GRCh38/hg38:chr17 3124912031252937)；NF2的内含子(GRCh38/hg38:chr22 29604113 29636750)；NIPBL的内含子(GRCh38/hg38:chr5 37046200 37048501)；NR1H4的内含子(GRCh38/hg38:chr12100493403 100505574)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5 177136031 177191883)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5 177192020 177204119)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5177246797 177248180)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5 177273785 177280564)；OPA1的内含子(GRCh38/hg38:chr3 193626203 193631611)；OPA1的内含子(GRCh38/hg38:chr3193593374 193614710)；PCCA的内含子(GRCh38/hg38:chr13 100302999 100307191)；PKP2的内含子(GRCh38/hg38:chr12 32879033 32896508)；PPARA的内含子(GRCh38/hg38:chr2246198592 46215172)；PRPF3的内含子(GRCh38/hg38:chr1 150325882 150328319)；PRPF3的内含子(GRCh38/hg38:chr1 150328467 150332683)；SCN2A的内含子(GRCh38/hg38:chr2165326985 165331329)；SCN8A的内含子(GRCh38/hg38:chr12 51687220 51689004)；SCN8A的内含子(GRCh38/hg38:chr12 51774363 51786541)；SCN9A的内含子(GRCh38/hg38:chr2166304122 166305791)；SEMA3C的内含子(GRCh38/hg38:chr7 80789529 80798091)；SEMA3D的内含子(GRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423)；SIRT3的内含子(GRCh38/hg38:chr11 224241 230451)；STK11的内含子(GRCh38/hg38:chr19 1207204 1218416)；STK11的内含子(GRCh38/hg38:chr19 1221341 1221948)；SYNGAP1的内含子(GRCh38/hg38:chr633447934 33451759)；TOPORS的内含子(GRCh38/hg38:chr9 32550969 32552433)；或VCAN的内含子(GRCh38/hg38:chr5 83542269 83545536)。
在一些实施方案中，本公开的方法和组合物用来增加ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1的表达，这是通过诱导含有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1 NIE的前mRNA的伪外显子的外显子跨越。在一些实施方案中，该伪外显子是内含子1-50中的任一个内的序列。在一些实施方案中，该伪外显子是内含子1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50中的任一个内的序列。在一些实施方案中，该伪外显子可以是任何ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1内含子或其部分。在一些实施方案中，该伪外显子在ABCB4的内含子8、ASS1的内含子9、ATP8B1的内含子16、BAG3的内含子1、CACNA1A的内含子31、CACNA1A的内含子36、CACNA1A的内含子37、CBS的内含子3、CBS的内含子12、CD55的内含子1、CDKL5的内含子16、CFH的内含子3、CHD2的内含子30、CHRNA7的内含子4、CISD2的内含子1、CLN3的内含子15、COL4A3的内含子11、COL4A3的内含子41、COL4A4的内含子22、COL4A4的内含子44、DEPDC5的内含子20、DHDDS的内含子2、ELOVL4的内含子3、FAH的内含子5、FN的内含子4、GALE的内含子4、GBE1的内含子3、GRIN2A的内含子11、GRN的内含子1、HEA的内含子2、KANSL1的内含子2、KMT2D的内含子50、MAPK3的内含子8、MBD5的内含子13、MECP2的内含子2、MUT的内含子11、NF1的内含子31、NIPBL的内含子7、NIPBL的内含子38、NSD1的内含子11、OPA1的内含子6、OPA1的内含子28、OPTN的内含子1、PCCA的内含子1、PCCB的内含子5、PCCB的内含子6、PKP2的内含子4、PLCB1的内含子23、PRPF3的内含子3、PRPF31的内含子9、RAI1的内含子1、RBFO2的内含子5、SCN2A的内含子13、SCN3A的内含子6、SCN3A的内含子7、SCN8A的内含子4、SCN8A的内含子6、SCN8A的内含子20、SCN9A的内含子6、SHANK3的内含子24、SLC25A13的内含子3、SLC25A13的内含子6、SLC25A13的内含子9、SLC25A13的内含子11、SLC25A13的内含子13、SLC6A1的内含子1、SPTAN1的内含子12、TEK的内含子10、TEK的内含子15、TOPORS的内含子1、TSC2的内含子11、TSC2的内含子30、UBE3A的内含子1或VCAN的内含子7内。在一些实施方案中，该伪外显子在AKT3的内含子(GRCh38/hg38:chr1 243563849243572925)；CACNA1A的内含子(GRCh38/hg38:chr19 13235731 13241520)；CBS的内含子(GRCh38/hg38:chr21 43059304 43060440)；CD46的内含子(GRCh38/hg38:chr1 207770363207783291)；CFH的内含子(GRCh38/hg38:chr1 196673963 196675988)；CHD2的内含子(GRCh38/hg38:chr15 92997404 92998498)；CLN3的内含子(GRCh38/hg38:chr16 2847787828482104)；COL11A2的内含子(GRCh38/hg38:chr6 33181172 33184144)；COL4A3的内含子(GRCh38/hg38:chr2 227295317 227297673)；COL4A4的内含子(GRCh38/hg38:chr2227144559 227147412)；COL4A4的内含子(GRCh38/hg38:chr2 227012299 227022047)；CR1的内含子(GRCh38/hg38:chr1 207630622 207639396)；CRX的内含子(GRCh38/hg38:chr1947834544 47836242)；CYP2J2的内含子(GRCh38/hg38:chr1 59901104 59904870)；DHDDS的内含子(GRCh38/hg38:chr1 26438285 26442730)；DNAJC8的内含子(GRCh38/hg38:chr128229025 28232920)；EIF2AK3的内含子(GRCh38/hg38:chr2 88579641 88583429)；ERN1的内含子(GRCh38/hg38:chr17 64098242 64129975)；GALE的内含子(GRCh38/hg38:chr123798231 23798614)；GUCY2F的内含子(GRCh38/hg38:chrx 109382213 109385183)；GUCY2F的内含子(GRCh38/hg38:chrx 109430397 109441350)；HEXA的内含子(GRCh38/hg38:chr15 72356651 72375719)；HEXA的内含子(GRCh38/hg38:chr15 7234555272346234)；MAPK3的内含子(GRCh38/hg38:chr16 30114709 30116635)；MBD5的内含子(GRCh38/hg38:chr2 148458872 148462581)；MBD5的内含子(GRCh38/hg38:chr2148490595 148502435)；MBD5的内含子(GRCh38/hg38:chr2 148502510 148510059)；MUT的内含子(GRCh38/hg38:chr6 49435625 49440205)；MYH14的内含子(GRCh38/hg38:chr1950230624 50231929)；MYO6的内含子(GRCh38/hg38:chr6 75867106 75870646)；NF1的内含子(GRCh38/hg38:chr17 31249120 31252937)；NF2的内含子(GRCh38/hg38:chr2229604113 29636750)；NIPBL的内含子(GRCh38/hg38:chr5 37046200 37048501)；NR1H4的内含子(GRCh38/hg38:chr12 100493403 100505574)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5177136031 177191883)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5 177192020 177204119)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5 177246797 177248180)；NSD1的内含子(GRCh38/hg38:chr5177273785 177280564)；OPA1的内含子(GRCh38/hg38:chr3 193626203 193631611)；OPA1的内含子(GRCh38/hg38:chr3 193593374 193614710)；PCCA的内含子(GRCh38/hg38:chr13100302999 100307191)；PKP2的内含子(GRCh38/hg38:chr12 32879033 32896508)；PPARA的内含子(GRCh38/hg38:chr22 46198592 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蛋白质表达
在一些实施方案中，本文所述的方法用来增加功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白或RNA的产生量。如本文所用的，术语“功能性”是指消除所治疗病况或疾病的任何一种或多种症状所必需的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白或RNA的活性或功能量，该病况或疾病例如是Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5。在一些实施方案中，所述方法用来增加部分功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白或RNA的产生量。如本文所用的，术语“部分功能性”是指ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白或RNA的活性或功能的任何量低于消除或预防疾病或病况的任何一种或多种症状所需的活性或功能的量。在一些实施方案中，部分功能性蛋白质或RNA将具有比完全功能性蛋白质或RNA低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％或至少95％的活性。
在一些实施方案中，所述方法是一种增加具有编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的含有NIE的前mRNA的受试者细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的方法，其中该受试者患有Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5，上述疾病由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的活性量不足引起，并且其中该ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量不足由该ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的单倍性不足引起。在这样的实施方案中，该受试者具有编码功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的第一等位基因和不产生该ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的第二等位基因。在另一个这样的实施方案中，该受试者具有编码功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的第一等位基因和编码非功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的第二等位基因。在另一个这样的实施方案中，该受试者具有编码功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的第一等位基因和编码部分功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的第二等位基因。在这些实施方案中的任何实施方案中，所述反义寡聚体与从第二等位基因转录的含有NIE的前mRNA的靶向部分结合，从而诱导伪外显子从该前mRNA的外显子跨越，并引起编码功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的成熟mRNA的水平增加，以及受试者细胞中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的表达增加。
在一些实施方案中，所述方法是一种增加受试者细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的方法，该受试者细胞具有编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的含NIE的前mRNA，其中该受试者患有Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5，上述疾病由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的活性量不足引起，并且其中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量不足是由常染色体隐性遗传引起的。
在一些实施方案中，所述方法是一种增加受试者细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的方法，该受试者细胞具有编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的含NIE的前mRNA，其中该受试者患有Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5，上述疾病是由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的活性量不足引起的，并且其中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量不足是由常染色体显性遗传引起的。
在一些实施方案中，所述方法是一种增加受试者细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的方法，该受试者细胞具有编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的含NIE的前mRNA，其中该受试者患有Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5，上述疾病由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的活性量不足引起，并且其中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量不足是由X-连锁显性遗传引起的。
在相关的实施方案中，所述方法是一种利用ASO增加蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中，ASO可用来增加受试者细胞中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的表达，该受试者细胞具有编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的含NIE的前mRNA，其中该受试者在ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量或功能方面具有不足，例如，Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；16p11.2缺失综合征；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；NASH；或常染色体显性精神发育迟滞5。
在一些实施方案中，编码引起疾病或病况的蛋白质的含有NIE的前mRNA转录物被本文所述的ASO所靶向。在一些实施方案中，编码不引起疾病的蛋白质的含有NIE的前mRNA转录物被所述ASO所靶向。例如，作为特定途径中第一蛋白质突变或缺乏的结果的疾病可通过靶向编码第二蛋白质的含有NIE的前mRNA，从而增加该第二蛋白质的产生量来改善。在一些实施方案中，第二蛋白质的功能能够补偿第一蛋白质的突变或缺乏(其引起疾病或病况)。
在一些实施方案中，受试者具有：
(a)第一突变等位基因，由其
(i)产生ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的水平与由野生型等位基因产生相比降低，
(ii)产生与等价的野生型蛋白质相比功能降低的形式的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白，或者
(iii)不产生ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白或功能性RNA；以及
(b)第二突变等位基因，由其
(i)产生ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的水平与由野生型等位基因产生相比降低，
(ii)产生与等价的野生型蛋白质相比功能降低的形式的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白，或者
(iii)不产生ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白，并且
其中所述含有NIE的前mRNA由第一等位基因和/或第二等位基因转录。在这些实施方案中，所述ASO与由第一等位基因或第二等位基因转录的含有NIE的前mRNA的靶向部分结合，从而诱导伪外显子从该含有NIE的前mRNA的外显子跨越，并引起编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的mRNA的水平增加以及受试者细胞中靶蛋白或功能性RNA的表达增加。在这些实施方案中，由伪外显子从含有NIE的前mRNA的外显子跨越导致表达水平增加的靶蛋白或功能性RNA可以是与等价的野生型蛋白质相比功能降低的形式(部分功能性)，或与等价的野生型蛋白质相比具有完全功能的形式(完全功能性)。
在一些实施方案中，与编码在对照细胞(例如，未用反义寡聚体处理的细胞或用不与含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的细胞)中产生的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的mRNA的量相比，编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的mRNA的水平增加1.1至10倍。
在一些实施方案中，使用本公开的方法治疗的受试者从一个等位基因表达部分功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白，其中该部分功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白由移码突变、无义突变、错义突变或部分基因缺失所引起。在一些实施方案中，使用本公开的方法治疗的受试者从一个等位基因表达非功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白，其中该非功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白由一个等位基因中的移码突变、无义突变、错义突变、部分基因缺失所引起。在一些实施方案中，使用本公开的方法治疗的受试者在一个等位基因中具有ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1全基因缺失。
外显子包含
如本文所用的，“含有NIE的前mRNA”是含有至少一个伪外显子的前mRNA转录物。可变或异常剪接可导致在成熟mRNA转录物中包含至少一个伪外显子。术语“成熟mRNA”和“完全剪接的mRNA”在本文中可互换使用，用来描述完全加工的mRNA。包含至少一个伪外显子可以是非生产性mRNA，并且导致成熟mRNA的NMD。含有NIE的成熟mRNA有时可导致异常的蛋白质表达。
在一些实施方案中，所包括的伪外显子是从细胞中编码靶蛋白的基因转录的含有NIE的前mRNA群体中最丰富的伪外显子。在一些实施方案中，所包括的伪外显子是从细胞中编码靶蛋白的基因转录的含有NIE的前mRNA群体中最丰富的伪外显子，其中该含有NIE的前mRNA群体包含两个或更多个所包括的伪外显子。在一些实施方案中，靶向编码靶蛋白的含有NIE的前mRNA群体中最丰富的伪外显子的反义寡聚体诱导该群体中一个或两个或更多个伪外显子的外显子跨越，包括该反义寡聚体所靶向或结合的伪外显子。在一些实施方案中，所靶向的区域在伪外显子中，该伪外显子是编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的含有NIE的前mRNA中最丰富的伪外显子。
外显子包含的程度可以被表示为外显子包含百分比，例如，其中包括给定伪外显子的转录物的百分比。简言之，可以将外显子包含百分比计算为具有外显子包含的RNA转录物的量相对于具有外显子包含的RNA转录物的平均量加上具有外显子排除的RNA转录物的平均量之总和的百分比。
在一些实施方案中，所包括的伪外显子是基于确定至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％或至少约50％包含而被鉴定为所包括的伪外显子的外显子。在实施方案中，所包括的伪外显子是基于确定约5％至约100％、约5％至约95％、约5％至约90％、约5％至约85％、约5％至约80％、约5％至约75％、约5％至约70％、约5％至约65％、约5％至约60％、约5％至约55％、约5％至约50％、约5％至约45％、约5％至约40％、约5％至约35％、约5％至约30％、约5％至约25％、约5％至约20％、约5％至约15％、约10％至约100％、约10％至约95％、约10％至约90％、约10％至约85％、约10％至约80％、约10％至约75％、约10％至约70％、约10％至约65％、约10％至约60％、约10％至约55％、约10％至约50％、约10％至约45％、约10％至约40％、约10％至约35％、约10％至约30％、约10％至约25％、约10％至约20％、约15％至约100％、约15％至约95％、约15％至约90％、约15％至约85％、约15％至约80％、约15％至约75％、约15％至约70％、约15％至约65％、约15％至约60％、约15％至约55％、约15％至约50％、约15％至约45％、约15％至约40％、约15％至约35％、约15％至约30％、约15％至约25％、约20％至约100％、约20％至约95％、约20％至约90％、约20％至约85％、约20％至约80％、约20％至约75％、约20％至约70％、约20％至约65％、约20％至约60％、约20％至约55％、约20％至约50％、约20％至约45％、约20％至约40％、约20％至约35％、约20％至约30％、约25％至约100％、约25％至约95％、约25％至约90％、约25％至约85％、约25％至约80％、约25％至约75％、约25％至约70％、约25％至约65％、约25％至约60％、约25％至约55％、约25％至约50％、约25％至约45％、约25％至约40％或约25％至约35％包含而被鉴定为所包括的伪外显子的外显子。ENCODE数据(例如由Tilgner等人,2012,“Deep sequencingof subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the human genome but inefficient for lncRNAs,”GenomeResearch 22(9):1616-25描述的)可用来帮助鉴定外显子包含。
在一些实施方案中，使细胞接触与ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO，与在不存在该ASO/不存在处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比，导致所产生的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的量增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、80％、100％、150％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％或1000％。在一些实施方案中，与对照化合物产生的靶蛋白的量相比，该反义寡聚体所接触的细胞产生的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的总量增加约20％至约300％、约50％至约300％、约100％至约300％、约150％至约300％、约20％至约50％、约20％至约100％、约20％至约150％、约20％至约200％、约20％至约250％、约50％至约100％、约50％至约150％、约50％至约200％、约50％至约250％、约100％至约150％、约100％至约200％、约100％至约250％、约150％至约200％、约150％至约250％、约200％至约250％、至少约10％、至少约20％、至少约50％、至少约100％、至少约150％、至少约200％、至少约250％或至少约300％。在一些实施方案中，与对照化合物产生的靶蛋白的量相比，该反义寡聚体所接触的细胞产生的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的总量增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是，例如，不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中，使细胞接触与ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO，与在不存在该ASO/不存在处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比，导致编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1的mRNA(包括编码靶蛋白的成熟mRNA)的量增加。在一些实施方案中，与在不存在该ASO/不存在处理的情况下由细胞所产生的蛋白质的量相比，编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的mRNA的量，或编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的成熟mRNA的量增加至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000％。在一些实施方案中，与未处理的细胞例如未处理的细胞或用对照化合物处理的细胞中产生的成熟RNA的量相比，在反义寡聚体所接触的细胞中产生的编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的mRNA或编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的成熟mRNA的总量增加约20％至约300％、约50％至约300％、约100％至约300％、约150％至约300％、约20％至约50％、约20％至约100％、约20％至约150％、约20％至约200％、约20％至约250％、约50％至约100％、约50％至约150％、约50％至约200％、约50％至约250％、约100％至约150％、约100％至约200％、约100％至约250％、约150％至约200％、约150％至约250％、约200％至约250％、至少约10％、至少约20％、至少约50％、至少约100％、至少约150％、至少约200％、至少约250％或至少约300％。在一些实施方案中，与未处理的细胞例如未处理的细胞或用对照化合物处理的细胞中产生的成熟RNA的量相比，在反义寡聚体所接触的细胞中产生的编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的mRNA或编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的成熟mRNA的总量增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是，例如，不与含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
所述NIE可以是任何长度。在一些实施方案中，该NIE包含内含子的完整序列，在这种情况下，这可以被称为内含子保留。在一些实施方案中，该NIE可以是内含子的一部分。在一些实施方案中，该NIE可以是包括5'ss序列的内含子的5'末端部分。在一些实施方案中，该NIE可以是包括3'ss序列的内含子的3'末端部分。在一些实施方案中，该NIE可以是不包含5'ss序列的内含子内的一部分。在一些实施方案中，该NIE可以是不包含3'ss序列的内含子内的一部分。在一些实施方案中，该NIE可以是不包含5'ss或3’ss序列的内含子内的一部分。在一些实施方案中，该NIE的长度可以是5个核苷酸至10个核苷酸、10个核苷酸至15个核苷酸、15个核苷酸至20个核苷酸、20个核苷酸至25个核苷酸、25个核苷酸至30个核苷酸、30个核苷酸至35个核苷酸、35个核苷酸至40个核苷酸、40个核苷酸至45个核苷酸、45个核苷酸至50个核苷酸、50个核苷酸至55个核苷酸、55个核苷酸至60个核苷酸、60个核苷酸至65个核苷酸、65个核苷酸至70个核苷酸、70个核苷酸至75个核苷酸、75个核苷酸至80个核苷酸、80个核苷酸至85个核苷酸、85个核苷酸至90个核苷酸、90个核苷酸至95个核苷酸或95个核苷酸至100个核苷酸。在一些实施方案中，该NIE的长度可以是至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少60个核苷酸、至少70个核苷酸、至少80个核苷酸、至少90个核苷酸或至少100个核苷酸。在一些实施方案中，该NIE的长度可以是100至200个核苷酸、200至300个核苷酸、300至400个核苷酸、400至500个核苷酸、500至600个核苷酸、600至700个核苷酸、700至800个核苷酸、800至900个核苷酸、900至1,000个核苷酸。在一些实施方案中，该NIE的长度可以比1,000个核苷酸长。
伪外显子的包含可导致移码以及在成熟mRNA转录物中引入提前终止密码子(PIC)，从而使该转录物成为NMD的靶标。含有NIE的成熟mRNA转录物可以是不导致蛋白质表达的非生产性mRNA转录物。该PIC可以存在于NIE下游的任何位置。在一些实施方案中，该PIC可以存在于NIE下游的任何外显子中。在一些实施方案中，该PIC可以存在于NIE内。例如，在由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN基因编码的mRNA转录物中包含ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x可以诱导该mRNA转录物中的PIC。例如，在由AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS或VCAN编码的mRNA转录物中包含AKT3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388)；CACNA1A的外显子(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618)；CBS的外显子(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012)；CD46的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745)；CFH的外显子(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529)；CHD2的外显子(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)；CLN3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765)；COL11A2的外显子(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698)；COL4A3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227144653227144833)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360)；CR1的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848)；CRX的外显子(GRCh38/hg38:chr19 4783540347835579)；CYP2J2的外显子(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516)；DHDDS的外显子(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372)；DNAJC8的外显子(GRCh38/hg38:chr1 2823013128230252)；EIF2AK3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824)；ERN1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804)；GALE的外显子(GRCh38/hg38:chr1 2379831123798484)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr1572362376 72362466)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776)；MAPK3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2148460219 148460304)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830)；MUT的外显子(GRCh38/hg38:chr649436522 49436597)；MYH14的外显子(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999)；MYO6的外显子(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523)；NF1的外显子(GRCh38/hg38:chr1731249955 31250125)；NF2的外显子(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773)；NIPBL的外显子(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354)；NR1H4的外显子(GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5177247924 177248079)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557)；PCCA的外显子(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834)；PKP2的外显子(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778)；PPARA的外显子(GRCh38/hg38:chr2246203575 46203752)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498)；SCN2A的外显子(GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271)；SCN9A的外显子(GRCh38/hg38:chr2166304238 166304329)；SEMA3C的外显子(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957)；SEMA3D的外显子(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541)；SIRT3的外显子(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846)；SYNGAP1的外显子(GRCh38/hg38:chr633448789 33448868)；TOPORS的外显子(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469)；VCAN的外显子(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070)
治疗剂
在本公开的各个实施方案中，提供包含治疗剂的组合物和方法以调节ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，本文提供了组合物和方法，以调节ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的可变剪接。在一些实施方案中，本文提供了在ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA前mRNA的剪接中诱导外显子跨越，例如在ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的剪接期间诱导伪外显子的跨越的组合物和方法，在其他实施方案中，治疗剂可用来诱导外显子的包含，以便降低蛋白质表达水平。
本文公开的治疗剂可以是NIE阻抑剂。治疗剂可包含多核酸聚合物。
根据本公开的一个方面，提供了一种治疗或预防与功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白缺乏相关的病况或疾病的方法，其包括向受试者施用NIE阻抑剂，以提高功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白的水平，其中该阻抑剂与前mRNA转录物的区域结合，以降低成熟转录物中的NIE包含。例如，本文提供了一种治疗或预防与功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白缺乏相关的病况的方法，其包括向受试者施用NIE阻抑剂，以增加功能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的水平，其中该药剂与前mRNA转录物的含有NIE的内含子(例如，ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x)的区域结合，或与同一内含子中的NIE激活调节序列结合。例如，本文提供了一种治疗或预防与功能性AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS或VCAN蛋白缺乏相关的病况的方法，其其包括向受试者施用NIE阻抑剂，以增加功能性AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS或VCAN蛋白的水平，其中该药剂与前mRNA转录物的含有NIE的内含子(例如，AKT3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 243564285243564388)；CACNA1A的外显子(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618)；CBS的外显子(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012)；CD46的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207775610207775745)；CFH的外显子(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529)；CHD2的外显子(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261)；CLN3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 2847964428479765)；COL11A2的外显子(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698)；COL4A3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2227144653 227144833)；COL4A4的外显子(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360)；CR1的外显子(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848)；CRX的外显子(GRCh38/hg38:chr1947835403 47835579)；CYP2J2的外显子(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516)；DHDDS的外显子(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372)；DNAJC8的外显子(GRCh38/hg38:chr128230131 28230252)；EIF2AK3的外显子(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824)；ERN1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804)；GALE的外显子(GRCh38/hg38:chr123798311 23798484)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446)；GUCY2F的外显子(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466)；HEXA的外显子(GRCh38/hg38:chr15 7234567772345776)；MAPK3的外显子(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645)；MBD5 的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2148490695 148490787)；MBD5的外显子(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830)；MUT的外显子(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597)；MYH14的外显子(GRCh38/hg38:chr1950230825 50230999)；MYO6的外显子(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523)；NF1的外显子(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125)；NF2的外显子(GRCh38/hg38:chr2229628658 29628773)；NIPBL的外显子(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354)；NR1H4的外显子(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5177169394 177169559)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079)；NSD1的外显子(GRCh38/hg38:chr5177275947 177276101)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616)；OPA1的外显子(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557)；PCCA的外显子(GRCh38/hg38:chr13100305751 100305834)；PKP2的外显子(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778)；PPARA的外显子(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1150327557 150327652)；PRPF3的外显子(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498)；SCN2A的外显子(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849)；SCN8A的外显子(GRCh38/hg38:chr12 5178020251780271)；SCN9A 的外显子(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329)；SEMA3C的外显子(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957)；SEMA3D的外显子(GRCh38/hg38:chr7 8505949885059541)；SIRT3的外显子(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398)；STK11的外显子(GRCh38/hg38:chr19 12216211221846)；SYNGAP1的外显子(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868)；TOPORS的外显子(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469)；VCAN的外显子(GRCh38/hg38:chr5 8354496583545070))的区域结合，或与同一内含子中的NIE激活调节序列结合。
当提及减少成熟mRNA中的NIE包含时，该减少可以是完全的，例如100％，或者可以是部分的。该减少可以是临床上有意义的。该减少/纠正可以相对于未经治疗的受试者中的NIE包含水平，或者相对于相似受试者的群体中的NIE包含量。该减少/纠正可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低10％的NIE包含。该减少可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低20％的NIE包含。该减少可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低40％的NIE包含。该减少可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低50％的NIE包含。该减少可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低60％的NIE包含。该减少可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低80％的NIE包含。该减少可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少低90％的NIE包含。
当提及增加活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白水平时，该增加可以是临床上有意义的。该增加可以相对于未经治疗的受试者中的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白水平，或者相对于相似受试者的群体中的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白量。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多10％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多20％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多40％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多50％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多80％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多100％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多200％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。该增加可以是相对于普通受试者或治疗前的受试者至少多500％的活性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1蛋白。
在其中NIE阻抑剂包含多核酸聚合物的实施方案中，该多核酸聚合物的长度可以是约50个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约45个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约40个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约35个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约30个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约24个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约25个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约20个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约19个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约18个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约17个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约16个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约15个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约14个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约13个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约12个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约11个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约50个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约45个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约40个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约35个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约30个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约25个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约10个至约20个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约15个至约25个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约15个至约30个核苷酸。该多核酸聚合物的长度可以是约12个至约30个核苷酸。
该多核酸聚合物的序列可以与mRNA转录物的靶序列，例如部分加工的mRNA转录物至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％互补。该多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列100％互补。
该多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有4个或更少的错配。该多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有3个或更少的错配。该多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有2个或更少的错配。该多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有1个或更少的错配。该多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列不具有错配。
该多核酸聚合物可以与前mRNA转录物的靶序列特异性杂交。例如，该多核酸聚合物可以与前mRNA转录物的靶序列具有91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列互补性。该杂交可以在高严格性杂交条件下。
该多核酸聚合物包含与选自SEQ ID NO:60-191的序列具有至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％序列同一性的序列。该多核酸聚合物可以包含与选自SEQ ID NO:60-191的序列具有100％序列同一性的序列。
当提及多核酸聚合物序列时，技术人员将理解，在该序列中可以容许一个或多个置换，任选地两个置换，以使其保持与靶序列杂交的能力；或者在该置换处于靶序列中的情况下，被识别为靶序列的能力。可以通过BLAST序列比对，使用标准/默认参数，来确定对序列同一性的提及。例如，根据本公开，该序列可以具有99％的同一性并且仍然起作用。在其他实施方案中，根据本公开，该序列可以具有98％的同一性并且仍然起作用。在另一个实施方案中，根据本公开，该序列可以具有95％的同一性并且仍然起作用。在另一个实施方案中，根据本公开，该序列可以具有90％的同一性并且仍然起作用。
反义寡聚体
本文提供了一种包含反义寡聚体的组合物，该反义寡聚体通过与含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分结合而诱导外显子跨越。如本文所用的，术语“ASO”和“反义寡聚体”可互换使用，并且指包含核碱基的寡聚体如多核苷酸，该寡聚体通过Watson-Crick碱基配对或摆动碱基配对(G-U)与靶核酸(例如，含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA)序列杂交。ASO可具有互补于靶序列的确切序列或近似的互补性(例如，足以结合靶序列并加强剪接位点处的剪接的互补性)。将ASO设计为使得它们与靶核酸(例如，前mRNA转录物的靶向部分)结合(杂交)并在生理条件下保持杂交。通常，如果它们与预期(靶向)核酸序列之外的位点杂交，则它们与有限数目的非靶核酸的序列(除靶核酸之外的一些位点)杂交。ASO的设计可以考虑存在前mRNA转录物的靶向部分的核酸序列，或基因组或细胞前mRNA或转录组中其他位置上足够类似的核酸序列，使得ASO将结合其他位点并引起“脱靶”效应的可能性受到限制。本领域已知的，例如在作为WO 2015/035091公开的名称为“Reducing Nonsense-Mediated mRNA Decay”的PCT申请PCT/US2014/054151(其通过引用并入本文)中的任何反义寡聚体可用来实施本文所述的方法。
在一些实施方案中，ASO与靶核酸或含有NIE的前mRNA的靶向部分“特异性杂交”或对其为“特异性的”。通常，此类杂交的发生伴随着基本大于37℃，优选至少50℃，并且通常为60℃至约90℃的Tm。这样的杂交优选对应于严格杂交条件。在给定的离子强度和pH下，Tm为50％的靶序列与互补寡核苷酸杂交时的温度。
当杂交在两个单链多核苷酸之间以反平行构型发生时，寡聚体如寡核苷酸彼此“互补”。如果杂交可在第一多核苷酸的一条链与第二多核苷酸之间发生，则双链多核苷酸可以与另一个多核苷酸“互补”。互补性(一个多核苷酸与另一个多核苷酸互补的程度)是按照相对链中根据普遍接受的碱基配对原则预计彼此形成氢键的碱基的比例(例如，百分比)而可量化的。反义寡聚体(ASO)的序列不必与其靶核酸的序列100％互补才能杂交。在某些实施方案中，ASO可包含与其靶向的靶核酸序列内的靶区域至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列互补性。例如，寡聚体化合物的20个核碱基中的18个与靶区域互补并将因此特异性杂交的ASO将表现出90％的互补性。在该实例中，其余非互补的核碱基可以聚集在一起或散布于互补的核碱基，而不必彼此相接或与互补的核碱基相接。可以常规地使用BLAST程序(基本局部比对检索工具)和本领域已知的PowerBLAST程序(Altschul等人,J.Mol.Biol.,1990,215,403-410；Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649-656)来确定ASO与靶核酸的区域的互补性百分比。
ASO不需要与靶序列中的所有核碱基都杂交，并且与之杂交的核碱基可以是连续的或不连续的。ASO可以在前mRNA转录物的一个或多个区段上杂交，使得间插或相邻的区段不参与该杂交事件(例如，可形成环结构或发夹结构)。在某些实施方案中，ASO与目标前mRNA转录物中的不连续核碱基杂交。例如，ASO可以与前mRNA转录物中被不与ASO杂交的一个或多个核碱基隔开的核碱基杂交。
本文所述的ASO包含与在含有NIE的前mRNA的靶部分中存在的核碱基互补的核碱基。术语ASO体现为寡核苷酸以及其他任何包含能够与靶mRNA上的互补核碱基杂交的核碱基但不包含糖部分如肽核酸(PNA)的寡聚体分子。ASO可包含天然存在的核苷酸、核苷酸类似物、修饰的核苷酸或前述两个或三个的任意组合。术语“天然存在的核苷酸”包括脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸。术语“修饰的核苷酸”包括具有修饰的或取代的糖基团和/或具有修饰的骨架的核苷酸。在一些实施方案中，ASO的所有核苷酸都是修饰的核苷酸。与本文所述的方法和组合物相容的ASO的化学修饰或ASO的组分对于本领域技术人员将是显而易见的，并且可见于例如美国专利8,258,109B2、美国专利5,656,612、美国专利公开2012/0190728以及Dias和Stein,Mol.Cancer Ther.2002,347-355，其通过引用整体并入本文。
ASO的一个或多个核碱基可以是任何天然存在的、未修饰的核碱基，如腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶，或任何合成或修饰的核碱基，其十分类似于未修饰的核碱基，使其能够与靶前mRNA上存在的核碱基发生氢键键合。修饰的核碱基的实例包括但不限于次黄嘌呤、黄嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5,6-二氢尿嘧啶、5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。
本文所述的ASO还包含连接寡聚体的组分的骨架结构。术语“骨架结构”和“寡聚体连接”可互换使用，并指ASO的单体之间的连接。在天然存在的寡核苷酸中，骨架包含连接寡聚体的糖部分的3’-5’磷酸二酯键。本文所述的ASO的骨架结构或寡聚体连接可包括(但不限于)硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、phosphoroanilothioate、phosphoraniladate、氨基磷酸酯等。参见，例如，LaPlanche等人,Nucleic Acids Res.14:9081(1986)；Stec等人,J.Am.Chem.Soc.106:6077(1984)，Stein等人,Nucleic AcidsRes.16:3209(1988)，Zon等人,Anti-Cancer Drug Design 6:539(1991)；Zon等人,Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach,pp.87-108(F.Eckstein,Ed.,Oxford University Press,Oxford England(1991))；Stec等人，美国专利5,151,510；Uhlmann和Peyman,Chemical Reviews 90:543(1990)。在一些实施方案中，ASO的骨架结构不含磷而含有肽键，例如在肽核酸(PNA)中，或含有连接基团，包括氨基甲酸酯、酰胺以及直链和环状烃基团。在一些实施方案中，骨架修饰是硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，骨架修饰是氨基磷酸酯键。
在一些实施方案中，在ASO骨架的每个磷核苷酸间键处的立体化学是随机的。在一些实施方案中，在ASO骨架的每个磷核苷酸间键处的立体化学是受控的并且不是随机的。例如，公开号为2014/0194610的美国专利申请，“Methods for the Synthesis ofFunctionalized Nucleic Acids”(其通过引用并入本文)描述了用于独立选择核酸寡聚体中每个磷原子处手性(chirality)的偏性(handedness)的方法。在一些实施方案中，在本公开的方法中使用的ASO(包括但不限于本文表5和表6中所示的任何ASO)包括具有非随机的磷核苷酸间键的ASO。在一些实施方案中，在本公开的方法中使用的组合物包含纯的非对映异构ASO。在一些实施方案中，在本公开的方法中使用的组合物包含非对映异构体纯度为至少约90％、至少约91％、至少约92％、至少约93％、至少约94％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％、约100％、约90％至约100％、约91％至约100％、约92％至约100％、约93％至约100％、约94％至约100％、约95％至约100％、约96％至约100％、约97％至约100％、约98％至约100％或约99％至约100％的ASO。
在一些实施方案中，所述ASO在其磷核苷酸间键处具有Rp和Sp构型的非随机混合物。例如，已经提出，在反义寡核苷酸中需要Rp和Sp的混合物以实现良好活性与核酸酶稳定性之间的平衡(Wan等人,2014,“Synthesis,biophysical properties and biologicalactivity of second generation antisense oligonucleotides containing chiralphosphorothioate linkages,”Nucleic Acids Research 42(22):13456-13468，其通过引用并入本文)。在一些实施方案中，在本公开的方法中使用的ASO(包括但不限于本文SEQ IDNO:60-191中所示的任何ASO)包含约5％-100％Rp、至少约5％Rp、至少约10％Rp、至少约15％Rp、至少约20％Rp、至少约25％Rp、至少约30％Rp、至少约35％Rp、至少约40％Rp、至少约45％Rp、至少约50％Rp、至少约55％Rp、至少约60％Rp、至少约65％Rp、至少约70％Rp、至少约75％Rp、至少约80％Rp、至少约85％Rp、至少约90％Rp或至少约95％Rp(其余为Sp)，或约100％Rp。在一些实施方案中，在本公开的方法中使用的ASO，包括但不限于本文所示的任何ASO，包含与包含SEQ ID NO:60-191中任一个的至少8个连续核酸的区域具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列，包含约10％至约100％Rp、约15％至约100％Rp、约20％至约100％Rp、约25％至约100％Rp、约30％至约100％Rp、约35％至约100％Rp、约40％至约100％Rp、约45％至约100％Rp、约50％至约100％Rp、约55％至约100％Rp、约60％至约100％Rp、约65％至约100％Rp、约70％至约100％Rp、约75％至约100％Rp、约80％至约100％Rp、约85％至约100％Rp、约90％至约100％Rp或约95％至约100％Rp、约20％至约80％Rp、约25％至约75％Rp、约30％至约70％Rp、约40％至约60％Rp或约45％至约55％Rp，其余为Sp。
在一些实施方案中，在本公开的方法中使用的ASO，包括但不限于本文所示的任何ASO，包含与包含SEQ ID NO:60-191中任一个的至少8个连续核酸的区域具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列，包含约5％-100％Sp、至少约5％Sp、至少约10％Sp、至少约15％Sp、至少约20％Sp、至少约25％Sp、至少约30％Sp、至少约35％Sp、至少约40％Sp、至少约45％Sp、至少约50％Sp、至少约55％Sp、至少约60％Sp、至少约65％Sp、至少约70％Sp、至少约75％Sp、至少约80％Sp、至少约85％Sp、至少约90％Sp或至少约95％Sp(其余为Rp)，或约100％Sp。在实施方案中，在本公开的方法中使用的ASO，包括但不限于本文所示的任何ASO，包含与包含SEQ ID NO:60-191中任一个的至少8个连续核酸的区域具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列，包含约10％至约100％Sp、约15％至约100％Sp、约20％至约100％Sp、约25％至约100％Sp、约30％至约100％Sp、约35％至约100％Sp、约40％至约100％Sp、约45％至约100％Sp、约50％至约100％Sp、约55％至约100％Sp、约60％至约100％Sp、约65％至约100％Sp、约70％至约100％Sp、约75％至约100％Sp、约80％至约100％Sp、约85％至约100％Sp、约90％至约100％Sp或约95％至约100％Sp、约20％至约80％Sp、约25％至约75％Sp、约30％至约70％Sp、约40％至约60％Sp或约45％至约55％Sp，其余为Rp。
本文所述的任何ASO可含有包含如天然存在的核苷酸中存在的核糖或脱氧核糖的糖部分，或含有包括吗啉环在内的经修饰的糖部分或糖类似物。经修饰的糖部分的非限制性实例包括2’取代，如2’-O-甲基(2’-O-Me)、2’-O-甲氧基乙基(2’MOE)、2’-O-氨基乙基、2’F；N3’->P5’氨基磷酸酯、2’二甲基氨基氧基乙氧基、2’二甲基氨基乙氧基乙氧基、2’-胍、2’-O-胍乙基、氨基甲酸酯修饰的糖和双环修饰的糖。在一些实施方案中，该糖部分修饰选自2’-O-Me、2’F和2’MOE。在一些实施方案中，该糖部分修饰是额外的桥键，如在锁定核酸(LNA)中。在一些实施方案中，该糖类似物含有吗啉环，如二氨基磷酸酯吗啉代(PMO)。在一些实施方案中，该糖部分包含呋喃核糖基或2’呋喃脱氧核糖基修饰。在一些实施方案中，该糖部分包含2’4’-约束的2’O-甲基氧基乙基(cMOE)修饰。在一些实施方案中，该糖部分包含cEt 2’,4’约束的2’O-乙基BNA修饰。在一些实施方案中，该糖部分包含三环DNA(tcDNA)修饰。在一些实施方案中，该糖部分包含乙烯核酸(ENA)修饰。在一些实施方案中，该糖部分包含MCE修饰。修饰是本领域已知的并且描述在文献中，例如，Jarver等人,2014,“A ChemicalView of Oligonucleotides for Exon Skipping and Related Drug Applications,”Nucleic Acid Therapeutics 24(1):37-47，其为了本文中的目的通过引用并入本文。
在一些实施方案中，ASO的每个单体以相同的方式进行修饰，例如ASO的骨架的每个连接包含硫代磷酸酯键，或者每个核糖糖部分包含2’O-甲基修饰。存在于ASO的每个单体组分上的此类修饰被称为“均一修饰”。在一些实例中，可能需要不同修饰的组合，例如，ASO可包含二氨基磷酸酯键和含有吗啉环(吗啉代)的糖部分的组合。ASO的不同修饰的组合被称为“混合修饰”或“混合化学”。
在一些实施方案中，所述ASO包含一个或多个骨架修饰。在一些实施方案中，该ASO包含一个或多个糖部分修饰。在一些实施方案中，该ASO包含一个或多个骨架修饰和一个或多个糖部分修饰。在一些实施方案中，该ASO包含2’MOE修饰和硫代磷酸酯骨架。在一些实施方案中，该ASO包含二氨基磷酸酯吗啉代(PMO)。在一些实施方案中，该ASO包含肽核酸(PNA)。本文所述的任何ASO或ASO的任何组分(例如，核碱基、糖部分、骨架)均可被修饰，以便获得ASO的所需性质或活性，或减少ASO的不希望的性质或活性。例如，ASO或任何ASO的一种或多种组分可被修饰为增强对前mRNA转录物上的靶序列的结合亲和力；减少与任何非靶序列的结合；减少被细胞核酸酶(即，RNA酶H)的降解；改善ASO向细胞中和/或向细胞的细胞核中的吸收；改变ASO的药代动力学或药效学；以及/或者调节ASO的半衰期。
在一些实施方案中，所述ASO由2'-O-(2-甲氧基乙基)(MOE)硫代磷酸酯修饰的核苷酸组成。由此类核苷酸组成的ASO尤其适合于本文公开的方法；具有此类修饰的寡聚体已显示出具有显著增强的对核酸酶降解的抗性和增加的生物利用度，使得它们适合于例如在本文所述的一些实施方案中的口服递送。参见，例如，Geary等人,J Pharmacol ExpTher.2001；296(3):890-7；Geary等人,J Pharmacol Exp Ther.2001；296(3):898-904。
本领域技术人员会知晓合成ASO的方法。备选地或另外地，ASO可从商业来源获得。
除非另外指出，否则单链核酸(例如，前mRNA转录物、寡核苷酸、ASO等)序列的左手端为5’末端，并且单链或双链核酸序列的左手方向被称为5’方向。类似地，核酸序列(单链或双链)的右手端或右手方向为3’末端或3’方向。通常，核酸中在参考点的5’侧的区域或序列被称为“上游”，而核酸中在参考点的3’侧的区域或序列被称为“下游”。通常，mRNA的5’方向或5’末端是启动或起始密码子所处的位置，而3’末端或3’方向是终止密码子所处的位置。在一些方面，核酸中在参考点上游的核苷酸可以用负数表示，而在参考点下游的核苷酸则可以用正数表示。例如，参考点(例如，mRNA中的外显子-外显子接合点)可以被表示为“零”位点，并且与该参考点直接相邻且在其上游的核苷酸被表示为“负一”，例如，“-1”，而与该参考点直接相邻且在其下游的核苷酸被表示为“正一”，例如，“+1”。
在一些实施方案中，所述ASO互补于(且结合)含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA中所包括的外显子的5’剪接位点(或NIE的3’末端)的下游(在3’方向)(例如，相对于5’剪接位点的以正数表示的方向)。在一些实施方案中，该ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的约+1至约+500区域内。在一些实施方案中，该ASO可互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的+6至+40,000核苷酸之间的区域内。在一些方面，该ASO互补于在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的约+1至约+40,000、约+1至约+30,000、约+1至约+20,000、约+1至约+15,000、约+1至约+10,000、约+1至约+5,000、约+1至约+4,000、约+1至约+3,000、约+1至约+2,000、约+1至约+1,000、约+1至约+500、约+1至约+490、约+1至约+480、约+1至约+470、约+1至约+460、约+1至约+450、约+1至约+440、约+1至约+430、约+1至约+420、约+1至约+410、约+1至约+400、约+1至约+390、约+1至约+380、约+1至约+370、约+1至约+360、约+1至约+350、约+1至约+340、约+1至约+330、约+1至约+320、约+1至约+310、约+1至约+300、约+1至约+290、约+1至约+280、约+1至约+270、约+1至约+260、约+1至约+250、约+1至约+240、约+1至约+230、约+1至约+220、约+1至约+210、约+1至约+200、约+1至约+190、约+1至约+180、约+1至约+170、约+1至约+160、约+1至约+150、约+1至约+140、约+1至约+130、约+1至约+120、约+1至约+110、约+1至约+100、约+1至约+90、约+1至约+80、约+1至约+70、约+1至约+60、约+1至约+50、约+1至约+40、约+1至约+30或约+1至约+20区域内的靶向部分。在一些方面，该ASO互补于在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的约+1至约+100、约+100至约+200、约+200至约+300、约+300至约+400或约+400至约+500区域内的靶向部分。
在一些实施方案中，所述ASO互补于(且结合)含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA中所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的上游(在5’方向)(例如，相对于5’剪接位点的以负数表示的方向)。在一些实施方案中，该ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的约-4至约-270区域内。在一些实施方案中，该ASO可互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的-1至-40,000核苷酸之间的区域内。在一些方面，该ASO互补于在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(或3’末端)的约-1至约-40,000、约-1至约-30,000、约-1至约-20,000、约-1至约-15,000、约-1至约-10,000、约-1至约-5,000、约-1至约-4,000、约-1至约-3,000、约-1至约-2,000、约-1至约-1,000、约-1至约-500、约-1至约-490、约-1至约-480、约-1至约-470、约-1至约-460、约-1至约-450、约-1至约-440、约-1至约-430、约-1至约-420、约-1至约-410、约-1至约-400、约-1至约-390、约-1至约-380、约-1至约-370、约-1至约-360、约-1至约-350、约-1至约-340、约-1至约-330、约-1至约-320、约-1至约-310、约-1至约-300、约-1至约-290、约-1至约-280、约-1至约-270、约-1至约-260、约-1至约-250、约-1至约-240、约-1至约-230、约-1至约-220、约-1至约-210、约-1至约-200、约-1至约-190、约-1至约-180、约-1至约-170、约-1至约-160、约-1至约-150、约-1至约-140、约-1至约-130、约-1至约-120、约-1至约-110、约-1至约-100、约-1至约-90、约-1至约-80、约-1至约-70、约-1至约-60、约-1至约-50、约-1至约-40、约-1至约-30或约-1至约-20区域内的靶向部分。
在一些实施方案中，所述ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA中所包括的外显子的3’剪接位点(或5’末端)的上游(在5’方向)(例如，以负数表示的方向)。在一些实施方案中，该ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的3’剪接位点(或5’末端)的约-1至约-500区域内。在一些实施方案中，该ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的3’剪接位点的-1至-40,000区域内。在一些方面，该ASO互补于在相对于所包括的外显子的3’剪接位点的约-1至约-40,000、约-1至约-30,000、-1至约-20,000、约-1至约-15,000、约-1至约-10,000、约-1至约-5,000、约-1至约-4,000、约-1至约-3,000、约-1至约-2,000、约-1至约-1,000、约-1至约-500、约-1至约-490、约-1至约-480、约-1至约-470、约-1至约-460、约-1至约-450、约-1至约-440、约-1至约-430、约-1至约-420、约-1至约-410、约-1至约-400、约-1至约-390、约-1至约-380、约-1至约-370、约-1至约-360、约-1至约-350、约-1至约-340、约-1至约-330、约-1至约-320、约-1至约-310、约-1至约-300、约-1至约-290、约-1至约-280、约-1至约-270、约-1至约-260、约-1至约-250、约-1至约-240、约-1至约-230、约-1至约-220、约-1至约-210、约-1至约-200、约-1至约-190、约-1至约-180、约-1至约-170、约-1至约-160、约-1至约-150、约-1至约-140、约-1至约-130、约-1至约-120、约-1至约-110、约-1至约-100、约-1至约-90、约-1至约-80、约-1至约-70、约-1至约-60、约-1至约-50、约-1至约-40、约-1至约-30或约-1至约-20区域内的靶向部分。在一些方面，该ASO互补于在相对于所包括的外显子的3’剪接位点的约-1至约-100、约-100至约-200、约-200至约-300、约-300至约-400或约-400至约-500区域内的靶向部分。
在一些实施方案中，所述ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向序列，该靶向部分在含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA中所包括的外显子的3’剪接位点(5’末端)的下游(在3’方向)(例如，以正数表示的方向)。在一些实施方案中，该ASO互补于含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分，该靶向部分在相对于所包括的外显子的3’剪接位点的约+1至约+40,000区域内。在一些方面，该ASO互补于在相对于所包括的外显子的3’剪接位点的约+1至约+40,000、约+1至约+30,000、约+1至约+20,000、约+1至约+15,000、约+1至约+10,000、约+1至约+5,000、约+1至约+4,000、约+1至约+3,000、约+1至约+2,000、约+1至约+1,000、约+1至约+500、约+1至约+490、约+1至约+480、约+1至约+470、约+1至约+460、约+1至约+450、约+1至约+440、约+1至约+430、约+1至约+420、约+1至约+410、约+1至约+400、约+1至约+390、约+1至约+380、约+1至约+370、约+1至约+360、约+1至约+350、约+1至约+340、约+1至约+330、约+1至约+320、约+1至约+310、约+1至约+300、约+1至约+290、约+1至约+280、约+1至约+270、约+1至约+260、约+1至约+250、约+1至约+240、约+1至约+230、约+1至约+220、约+1至约+210、约+1至约+200、约+1至约+190、约+1至约+180、约+1至约+170、约+1至约+160、约+1至约+150、约+1至约+140、约+1至约+130、约+1至约+120、约+1至约+110、约+1至约+100、约+1至约+90、约+1至约+80、约+1至约+70、约+1至约+60、约+1至约+50、约+1至约+40、约+1至约+30或约+1至约+20或约+1至约+10区域内的靶向部分。
在一些实施方案中，含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分在相对于所包括的外显子的5’剪接位点(3’末端)的+100至相对于所包括的外显子的3’剪接位点(5’末端)的-100的区域内。在一些实施方案中，所述含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分在NIE内。在一些实施方案中，所述含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的靶向部分包含伪外显子和内含子边界。
所述ASO可以是适合于特异性结合和有效增强剪接的任何长度。在一些实施方案中，该ASO由8至50个核碱基组成。例如，该ASO的长度可以是8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、45或50个核碱基。在一些实施方案中，该ASO由多于50个核碱基组成。在一些实施方案中，该ASO的长度为8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基、12至15个核碱基、13至50个核碱基、13至40个核碱基、13至35个核碱基、13至30个核碱基、13至25个核碱基、13至20个核碱基、14至50个核碱基、14至40个核碱基、14至35个核碱基、14至30个核碱基、14至25个核碱基、14至20个核碱基、15至50个核碱基、15至40个核碱基、15至35个核碱基、15至30个核碱基、15至25个核碱基、15至20个核碱基、20至50个核碱基、20至40个核碱基、20至35个核碱基、20至30个核碱基、20至25个核碱基、25至50个核碱基、25至40个核碱基、25至35个核碱基或25至30个核碱基。在一些实施方案中，该ASO的长度为18个核苷酸。在一些实施方案中，该ASO的长度为15个核苷酸。在一些实施方案中，该ASO的长度为25个核苷酸。
在一些实施方案中，使用具有不同化学但与含有NIE的前mRNA的相同靶向部分互补的两个或更多个ASO。在一些实施方案中，使用与含有NIE的前mRNA的不同靶向部分互补的两个或更多个ASO。
在一些实施方案中，本公开的反义寡核苷酸经化学连接至一个或多个部分或缀合物，例如，增强该寡核苷酸的活性或细胞摄取的靶向部分或其他缀合物。此类部分包括但不限于脂质部分，例如，胆固醇部分、胆固醇基部分、脂肪链，例如，十二烷二醇或十一烷基残基、多胺或聚乙二醇链或金刚烷乙酸。在公开的文献中已经描述了包含亲脂性部分的寡核苷酸和制备方法。在实施方案中，该反义寡核苷酸与某部分缀合，该部分包括但不限于无碱基核苷酸、聚醚、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物，例如，N-乙酰基半乳糖胺(GalNAc)、N-Ac-葡糖胺(GluNAc)或甘露糖(例如，甘露糖-6-磷酸)、脂质或聚烃化合物。如本领域所理解的和文献中所描述的，例如可使用连接体将缀合物与构成反义寡核苷酸的任何核苷酸中的一个或多个在糖、碱基或磷酸基团上若干位置中的任何位置处连接。连接体可包括二价或三价分支连接体。在实施方案中，该缀合物附接至该反义寡核苷酸的3’末端。制备寡核苷酸缀合物的方法描述于例如美国专利8,450,467，“Carbohydrate conjugates as deliveryagents for oligonucleotides”中，其通过引用并入本文。
在一些实施方案中，被ASO所靶向的核酸是在细胞如真核细胞中表达的含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA。在一些实施方案中，术语“细胞”可指细胞群体。在一些实施方案中，该细胞在受试者中。在一些实施方案中，该细胞从受试者中分离。在一些实施方案中，该细胞是离体的。在一些实施方案中，该细胞是病况或疾病相关的细胞或细胞系。在一些实施方案中，该细胞是体外的(例如，在细胞培养物中)。
药物组合物
包含所述组合物的药剂，例如反义寡核苷酸且用于任何所述方法的药物组合物或制剂可根据制药工业中公知的和公开文献中描述的常规技术进行制备。在实施方案中，用于治疗受试者的药物组合物或制剂包含有效量的本文所述的任何反义寡聚体，或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物或酯。包含反义寡聚体的药物制剂可进一步包含药学上可接受的赋形剂、稀释剂或载体。
药学上可接受的盐适用于与人和低等动物的组织相接触而没有不当的毒性、刺激、变态反应等，并且对应合理的受益/风险比。参见，例如，S.M.Berge等人,J.Pharmaceutical Sciences,66:1-19(1977)，其为了此目的通过引用并入本文。所述盐可以在化合物的最终分离和纯化期间原位制备，或通过使游离碱形式与合适的有机酸反应而单独制备。药学上可接受的、无毒的酸加成盐的实例是氨基与诸如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸等无机酸或与诸如乙酸、草酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸等有机酸所形成的盐，或通过利用其他记录的方法如离子交换形成的盐。其他药学上可接受的盐包括己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡糖酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、氢碘酸盐、2-羟基-乙磺酸盐、乳糖醛酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐(pectinate)、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一酸盐、戊酸盐等。代表性的碱金属或碱土金属盐包括钠、锂、钾、钙、镁盐等。适当时，另外的药学上可接受的盐包括利用诸如卤离子、氢氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、低级烷基磺酸根和芳基磺酸根等抗衡离子与铵、季铵和胺阳离子形成的无毒盐。
在一些实施方案中，将组合物配制为许多可能剂型中的任何一种，例如但不限于片剂、胶囊、凝胶胶囊、液体糖浆、软凝胶、栓剂和灌肠剂。在实施方案中，将组合物在水性、非水性或混合介质中配制为悬浮液。水性悬浮液可进一步含有增加该悬浮液的粘度的物质，包括例如羧甲基纤维素钠、山梨醇和/或葡聚糖。该悬浮液还可以含有稳定剂。在实施方案中，本公开的药物制剂或组合物包括但不限于溶液、乳液、微乳液、泡沫或含脂质体的制剂(例如，阳离子型或非阳离子型脂质体)。
本文所述的药物组合物或制剂可包含适当的且本领域技术人员公知的或公开文献中描述的一种或多种渗透促进剂、载体、赋形剂或其他活性或非活性成分。在实施方案中，脂质体还包括空间稳定的脂质体，例如，包含一种或多种特化脂质的脂质体。这些特化脂质导致具有延长的循环寿命的脂质体。在实施方案中，空间稳定的脂质体包含一种或多种糖酯，或用一种或多种亲水性聚合物如聚乙二醇(PEG)部分来衍生化。在一些实施方案中，所述药物制剂或组合物中包含表面活性剂。在药物产品、制剂和乳液中使用表面活性剂是本领域公知的。在实施方案中，本公开采用渗透促进剂来实现反义寡核苷酸的有效递送，例如，以帮助跨细胞膜的扩散和/或加强亲脂性药物的渗透性。在一些实施方案中，该渗透促进剂是表面活性剂、脂肪酸、胆汁盐、螯合剂或非螯合非表面活性剂。
在一些实施方案中，所述药物制剂包含多种反义寡核苷酸。在实施方案中，该反义寡核苷酸与另一种药物或治疗剂联合施用。
联合疗法
在一些实施方案中，本公开中公开的ASO可以与一种或多种另外的治疗剂联合使用。在一些实施方案中，所述一种或多种另外的治疗剂可包含小分子。例如，所述一种或多种另外的治疗剂可包含WO2016128343A1、WO2017053982A1、WO2016196386A1、WO201428459A1、WO201524876A2、WO2013119916A2和WO2014209841A2中描述的小分子，这些申请通过引用整体并入本文。在一些实施方案中，所述一种或多种另外的治疗剂包含可用来纠正内含子保留的ASO。
受试者的治疗
可将本文提供的任何组合物施用于个体。“个体”可与“受试者”或“患者”互换使用。个体可以是哺乳动物，例如人或动物，如非人灵长类动物、啮齿动物、兔、大鼠、小鼠、马、驴、山羊、猫、狗、牛、猪或绵羊。在实施方案中，该个体是人。在实施方案中，该个体是胎儿、胚胎或儿童。在其他实施方案中，该个体可以是另一种真核生物体，如植物。在一些实施方案中，将本文提供的组合物施用于离体细胞。
在一些实施方案中，将本文提供的组合物施用于个体作为治疗疾病或病症的方法。在一些实施方案中，该个体患有遗传病，如本文所述的任何疾病。在一些实施方案中，该个体处于患有疾病如本文所述的任何疾病的风险中。在一些实施方案中，该个体患上由蛋白质的量不足或蛋白质的活性不足引起的疾病或病症的风险增加。如果个体患上由蛋白质的量不足或蛋白质的活性不足引起的疾病或病症的“风险增加”，则该方法包括预防性或防范性处理。例如，个体可能由于该疾病的家族史而导致患上这样的疾病或病症的的风险增加。通常，患上这样的疾病或病症的风险增加的个体受益于预防性处理(例如，通过预防或延迟该疾病或病症的发作或进展)。在实施方案中，在子宫内对胎儿进行治疗，例如通过直接或间接地(例如，通过母体)将ASO组合物施用于胎儿。
用于施用本公开的ASO的合适的途径可根据ASO需要递送至的细胞类型而不同。多种组织和器官受到Dravet综合征的影响，大脑是受影响最严重的组织。本公开的ASO可经肠胃外，例如通过鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射施用于患者。
在实施方案中，所述反义寡核苷酸通过本领域已知的任何方法与能够促进该反义寡核苷酸跨越血脑屏障渗透的一种或多种药剂一起施用。例如，美国专利6,632,427，“Adenoviral-vector-mediated gene transfer into medullary motor neurons”中描述了通过将腺病毒载体施用于肌肉组织中的运动神经元来递送药剂，其通过引用并入本文。例如，美国专利6,756,523，“Adenovirus vectors for the transfer of foreign genesinto cells of the central nervous system particularly in brain”中描述了将载体直接递送至脑，例如，纹状体、丘脑、海马体或黑质，其通过引用并入本文。
在一些实施方案中，所述反义寡核苷酸与提供所需药物或药效学性质的药剂连接或缀合。在实施方案中，该反义寡核苷酸与本领域已知的物质例如转铁蛋白受体的抗体偶联，以促进跨越血脑屏障的渗透或转运。在实施方案中，该反义寡核苷酸与病毒载体连接，例如，以使该反义化合物更有效或增加跨越血脑屏障的转运。在实施方案中，通过输注糖，例如内消旋赤藓醇、木糖醇、D(+)半乳糖、D(+)乳糖、D(+)木糖、卫矛醇、肌醇、L(-)果糖、D(-)甘露醇、D(+)葡萄糖、D(+)阿拉伯糖、D(-)阿拉伯糖、纤维二糖、D(+)麦芽糖、D(+)棉子糖、L(+)鼠李糖、D(+)蜜二糖、D(-)核糖、侧金盏花醇、D(+)阿拉伯糖醇、L(-)阿拉伯糖醇、D(+)岩藻糖、L(-)岩藻糖、D(-)来苏糖、L(+)来苏糖和L(-)来苏糖，或氨基酸，例如谷氨酰胺、赖氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酸、甘氨酸、组氨酸、亮氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、缬氨酸和牛磺酸，来帮助渗透性血脑屏障破坏。用于增强血脑屏障渗透的方法和材料描述于例如美国专利9,193,969，“Compositionsand methods for selective delivery of oligonucleotide molecules to specificneuron types”，美国专利4,866,042，“Method for the delivery of genetic materialacross the blood brain barrier”，美国专利6,294,520，“Material for passagethrough the blood-brain barrier”，以及美国专利6,936,589，“Parenteral deliverysystems”，上述每一个专利均通过引用并入本文。
在一些实施方案中，利用在例如美国专利9,193,969(其通过引用并入本文)中描述的方法，将本公开的ASO与多巴胺再摄取抑制剂(DRI)、选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)、去甲肾上腺素再摄取抑制剂(NRI)、去甲肾上腺素-多巴胺再摄取抑制剂(NDRI)和5-羟色胺-去甲肾上腺素-多巴胺再摄取抑制剂(SNDRI)偶联。
在一些实施方案中，利用本领域已知和描述的任何方法评价使用所述方法和组合物治疗的受试者的病况改善。
鉴定诱导外显子跨越的其他ASO的方法
公开的范围内还包括用于鉴定或确定诱导含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的外显子跨越的ASO的方法。例如，一种方法可以包括鉴定或确定诱导含有NIE的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2或SYNGAP1前mRNA的伪外显子跨越的ASO。可筛选与前mRNA的靶区域内的不同核苷酸特异性杂交的ASO，以鉴定或确定改善靶内含子的剪接速率和/或程度的ASO。在一些实施方案中，该ASO可以阻断或干扰剪接阻抑物/沉默子的结合位点。可利用本领域已知的任何方法来鉴定(确定)当与外显子的靶区域杂交时导致所需效果(例如，伪外显子跨越、蛋白质或功能性RNA产生)的ASO。这些方法还可用于鉴定通过与位于所包括的外显子侧翼的内含子中或非包括的外显子中的靶向区域结合而诱导所包括的外显子的外显子跨越的ASO。以下提供了可以使用的方法的实例。
被称为ASO“步移”的一轮筛选可采用被设计为与前mRNA的靶区域杂交的ASO来进行。例如，ASO步移中所用的ASO可从所包括的外显子的3’剪接位点上游约100个核苷酸(例如，位于目标/所包括的外显子上游的外显子序列的一部分)至该目标/所包括的外显子的3’剪接位点下游约100个核苷酸，和/或从所包括的外显子的5’剪接位点上游约100个核苷酸至该目标/所包括的外显子的5’剪接位点下游约100个核苷酸(例如，位于该目标/所包括的外显子下游的外显子序列的一部分)，以每5个核苷酸进行平铺。例如，长度为15个核苷酸的第一ASO可被设计为与相对于目标/所包括的外显子的3’剪接位点的+6至+20核苷酸特异性杂交。第二ASO可被设计为与相对于目标/所包括的外显子的3’剪接位点的+11至+25核苷酸特异性杂交。将ASO设计为跨越前mRNA的靶区域。在实施方案中，ASO可更紧密地平铺，例如，每1、2、3或4个核苷酸。此外，ASO可从5’剪接位点下游的100个核苷酸至3’剪接位点上游的100个核苷酸进行平铺。在一些实施方案中，ASO可从5’剪接位点上游的约1,160个核苷酸至3’剪接位点下游的约500个核苷酸进行平铺。在一些实施方案中，ASO可从3’剪接位点上游的约500个核苷酸至3’剪接位点下游的约1,920个核苷酸进行平铺。
例如，通过转染将一个或多个ASO或对照ASO(具有杂乱序列——预期不与靶区域杂交的序列——的ASO)递送至表达目标前mRNA(例如，本文所述的含有NIE的前mRNA)的疾病相关细胞系中。如实施例4所述，可通过本领域已知的任何方法，例如通过采用跨越剪接接合点的引物的逆转录酶(RT)-PCR，评估每个ASO的外显子跨越效果。与在对照ASO处理的细胞中相比，在ASO处理的细胞中采用跨越含有所包括的外显子(例如，包括NIE的侧翼外显子)的区域的引物所产生的更长RT-PCR产物的减少或不存在，表明靶NIE的剪接已经得到增强。在一些实施方案中，可利用本文所述的ASO来改善外显子跨越效率(或剪接含有NIE的内含子的剪接效率)、已剪接的与未剪接的前mRNA之比、剪接速率或剪接程度。还可以评估由目标前mRNA编码的蛋白质或功能性RNA的量，以确定每个ASO是否均获得了所需效果(例如，增强的功能性蛋白质产生)。可以使用本领域已知用于评估和/或量化蛋白质产生量的任何方法，如Western印迹法、流式细胞术、免疫荧光显微术和ELISA。
可使用被设计为与前mRNA的靶区域杂交的ASO来进行被称为ASO“微步移”的第二轮筛选。在ASO微步移中使用的ASO以每隔1个核苷酸进行平铺，以进一步精修当与ASO杂交时导致外显子跨越(或增强的NIE剪接)的前mRNA的核苷酸序列。
借助于ASO“微步移”——其涉及以1-nt步长间隔的ASO以及更长的ASO，一般为18-25nt，更详细地探讨了由促进靶内含子剪接的ASO所限定的区域。
如以上对于ASO步移所述，通过将一个或多个ASO或对照ASO(具有杂乱序列——预期不与靶区域杂交的序列——的ASO)例如通过转染递送至表达目标前mRNA的疾病相关细胞系中来进行ASO微步移。如本文所述(参见，例如，实施例4)，可通过本领域已知的任何方法，例如通过使用跨越NIE的引物的逆转录酶(RT)-PCR，来评估每个ASO的剪接诱导效果。与在对照ASO处理的细胞中相比，在ASO处理的细胞中使用跨越NIE的引物所产生的更长RT-PCR产物的减少或不存在，表明外显子跨越(或含有NIE的靶内含子的剪接)已经得到增强。在一些实施方案中，可利用本文所述的ASO来改善外显子跨越效率(或剪接含有NIE的内含子的剪接效率)、已剪接的与未剪接的前mRNA之比、剪接速率或剪接程度。还可以评估由目标前mRNA编码的蛋白质或功能性RNA的量，以确定每个ASO是否均获得了所需效果(例如，增强的功能性蛋白质产生)。可以使用本领域已知用于评估和/或量化蛋白质产生量的任何方法，如Western印迹法、流式细胞术、免疫荧光显微术和ELISA。
当与前mRNA的区域杂交时导致外显子跨越(或含有NIE的内含子的剪接增强)和蛋白质产生量增加的ASO，可利用动物模型，例如已敲入全长人类基因的转基因小鼠模型，或在疾病的人源化小鼠模型中进行体内测试。合适的ASO施用途径可根据需要递送ASO的疾病和/或细胞类型而不同。例如，可通过鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射来施用ASO。施用后，可以评估模型动物的细胞、组织和/或器官，以通过例如由本领域已知和本文所述的方法评价剪接(例如，效率、速率、程度)和蛋白质产生量来确定ASO治疗的效果。该动物模型还可以是疾病或疾病严重程度的任何表型或行为指示。
在本公开的范围内还包括在NMD抑制剂如环己酰亚胺的存在下鉴定或验证NMD诱导外显子的方法。实施例2中提供了示例性的方法。
具体实施方案(A)
实施方案A1.一种通过增加受试者细胞表达靶蛋白或功能性RNA来治疗有需要的受试者中的以下疾病的方法：Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia deLange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；途径(眼)；途径(中枢神经系统，癫痫)；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；或16p11.2缺失综合征，其中所述细胞具有mRNA，该mRNA含有无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)，并且其中该NMD外显子mRNA编码靶蛋白或功能性RNA，所述方法包括使受试者细胞接触与编码靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA的靶向部分结合的治疗剂，由此从编码靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA中排除无义介导的RNA衰变诱导外显子，从而增加编码靶蛋白或功能性RNA的mRNA的水平，并增加受试者细胞中靶蛋白或功能性RNA的表达。
实施方案A2.根据实施方案A1所述的方法，其中所述靶蛋白是ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN。
实施方案A3.一种增加具有mRNA的细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的方法，该mRNA含有无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)并且编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白，所述方法包括使细胞接触与编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的NMD外显子mRNA的靶向部分结合的药剂，由此从编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的NMD外显子mRNA中排除无义介导的RNA衰变诱导外显子，从而增加编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的mRNA的水平，并增加细胞中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的表达。
实施方案A4.根据实施方案A1至A3中任一项所述的方法，其中所述无义介导的RNA衰变诱导外显子从编码靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA中剪接出来。
实施方案A5.根据实施方案A1至A4中任一项所述的方法，其中所述靶蛋白不包含由所述无义介导的RNA衰变诱导外显子编码的氨基酸序列。
实施方案A6.根据实施方案A1至A5中任一项所述的方法，其中所述靶蛋白是全长靶蛋白。
实施方案A7.根据实施方案A1至A6中任一项所述的方法，其中所述药剂是与NMD外显子mRNA的靶向部分互补的反义寡聚体(ASO)。
实施方案A8.根据实施方案A1至A7中任一项所述的方法，其中所述mRNA是前mRNA。
实施方案A9.根据实施方案A1至A8中任一项所述的方法，其中所述接触包括使所述治疗剂与所述mRNA接触，其中所述mRNA在所述细胞的细胞核中。
实施方案A10.根据实施方案A1至A9中任一项所述的方法，其中所述靶蛋白或功能性RNA纠正所述受试者中所述靶蛋白或功能性RNA的缺乏。
实施方案A11.根据实施方案A1至A10中任一项所述的方法，其中所述细胞在受试者中或来自受试者，该受试者具有由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的量或活性不足引起的病况，
实施方案A12.根据权利要求A1至A11中任一项所述的方法，其中所述靶蛋白的量的缺乏由所述靶蛋白的单倍性不足所导致，其中所述受试者具有编码功能性靶蛋白的第一等位基因，以及不产生所述靶蛋白的第二等位基因，或编码非功能性靶蛋白的第二等位基因，并且其中所述反义寡聚体与由所述第一等位基因所转录的NMD外显子mRNA的靶向部分结合。
实施方案A13.根据实施方案A1至A11中任一项所述的方法，其中所述受试者患有由病症引起的病况，该病症由所述靶蛋白的量或功能不足所导致，其中所述受试者具有
(a)第一突变等位基因，由其
(i)产生所述靶蛋白的水平与由野生型等位基因产生相比降低，
(ii)产生与等价的野生型蛋白质相比功能降低的形式的所述靶蛋白，或者
(iii)不产生所述靶蛋白，以及
(b)第二突变等位基因，由其
(i)产生所述靶蛋白的水平与由野生型等位基因产生相比降低，
(ii)产生与等价的野生型蛋白质相比功能降低的形式的所述靶蛋白，或者
(iii)不产生所述靶蛋白，以及
其中当所述受试者具有第一突变等位基因(a)(iii)时，所述第二突变等位基因为(b)(i)或(b)(ii)，并且其中当所述受试者具有第二突变等位基因(b)(iii)时，所述第一突变等位基因为(a)(i)或(a)(ii)，并且其中所述NMD外显子mRNA由所述第一突变等位基因(a)(i)或(a)(ii)和/或所述第二等位基因(b)(i)或(b)(ii)转录。
实施方案A14.根据实施方案A13所述的方法，其中产生与所述等价的野生型蛋白质相比功能降低的形式的所述靶蛋白。
实施方案A15.根据实施方案A13所述的方法，其中产生与所述等价的野生型蛋白质相比为完全功能性形式的所述靶蛋白。
实施方案A16.根据实施方案A1至A15中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在所述无义介导的RNA衰变诱导外显子之内。
实施方案A17.根据实施方案A1至A15中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在所述无义介导的RNA衰变诱导外显子的上游或下游。
实施方案A18.根据实施方案A1至A17中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA包含与SEQ ID NO:60-134中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案A19.根据实施方案A1至A17中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA由与SEQ ID NO:1-59具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的基因序列编码。
实施方案A20.根据实施方案A1至A17中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案A21.根据实施方案A1至A20中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述ASO包含与SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。
实施方案A22.根据实施方案A1至A15中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在无义介导的RNA衰变诱导的ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x内。
实施方案A23.根据实施方案A1至A15中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在无义介导的RNA衰变诱导的ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的上游或下游。
实施方案A24.根据实施方案A1至A15中任一项所述的方法，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分包含ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的外显子-内含子接合点。
实施方案A25.根据实施方案A1至A24中任一项所述的方法，其中所产生的靶蛋白是全长蛋白质或野生型蛋白质。
实施方案A26.根据实施方案A1至A25中任一项所述的方法，其中与编码在对照细胞中产生的靶蛋白或功能性RNA的mRNA的总量相比，编码在与所述反义寡聚体接触的细胞中产生的靶蛋白或功能性RNA的mRNA的总量增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案A27.根据实施方案A1至A25中任一项所述的方法，其中与编码在对照细胞中产生的靶蛋白或功能性RNA的mRNA的总量相比，编码在与所述反义寡聚体接触的细胞中产生的靶蛋白或功能性RNA的mRNA的总量增加约20％至约300％、约50％至约300％、约100％至约300％、约150％至约300％、约20％至约50％、约20％至约100％、约20％至约150％、约20％至约200％、约20％至约250％、约50％至约100％、约50％至约150％、约50％至约200％、约50％至约250％、约100％至约150％、约100％至约200％、约100％至约250％、约150％至约200％、约150％至约250％、约200％至约250％、至少约10％、至少约20％、至少约50％、至少约100％、至少约150％、至少约200％、至少约250％或至少约300％。
实施方案A28.根据实施方案A1至A25中任一项所述的方法，其中与对照细胞中产生的靶蛋白的总量相比，在与所述反义寡聚体接触的细胞中产生的靶蛋白的总量增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案A29.根据实施方案A1至A25中任一项所述的方法，其中与对照细胞产生的靶蛋白的总量相比，与所述反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白的总量增加约20％至约300％、约50％至约300％、约100％至约300％、约150％至约300％、约20％至约50％、约20％至约100％、约20％至约150％、约20％至约200％、约20％至约250％、约50％至约100％、约50％至约150％、约50％至约200％、约50％至约250％、约100％至约150％、约100％至约200％、约100％至约250％、约150％至约200％、约150％至约250％、约200％至约250％、至少约10％、至少约20％、至少约50％、至少约100％、至少约150％、至少约200％、至少约250％或至少约300％。
实施方案A30.根据实施方案A1至29中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义低聚物包含骨架修饰，该骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。
实施方案A31.根据实施方案A1至A30中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含二氨基磷酸酯吗啉代、锁定核酸、肽核酸、2’-O-甲基、2’-氟或2’-O-甲氧基乙基部分。
实施方案A32.根据实施方案A1至A31中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含至少一个修饰的糖部分。
实施方案A33.根据实施方案A32所述的方法，其中每个糖部分均为经修饰的糖部分。
实施方案A34.根据实施方案A1至A33中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。
实施方案A35.根据实施方案A1至A34中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体与编码所述蛋白质的NMD外显子mRNA的靶向部分至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补。
实施方案A36.根据实施方案A1至A35中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括评估ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA或蛋白质表达。
实施方案A37.根据实施方案A1至A36中任一项所述的方法，其中治疗Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；途径(眼)；途径(中枢神经系统，癫痫)；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；或16p11.2缺失综合征，并且其中所述反义寡聚体结合ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCANNMD外显子mRNA的靶向部分，其中该靶向部分在选自SEQ ID NO:60-134的序列内。
实施方案A38.根据实施方案A1至A37中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
实施方案A39.根据实施方案A1至A38中任一项所述的方法，其中所述受试者是非人类动物。
实施方案A40.根据实施方案A1至A39中任一项所述的方法，其中所述受试者是胎儿、胚胎或儿童。
实施方案A41.根据权利要求A1至A40中任一项所述的方法，其中所述细胞是离体的。
实施方案A42.根据实施方案A1至A41中任一项所述的方法，其中所述治疗剂通过所述受试者的鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射来施用。
实施方案A43.根据实施方案A1至A42中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述受试者施用第二治疗剂。
实施方案A44.根据实施方案A43所述的方法，其中所述第二治疗剂是小分子。
实施方案A45.根据实施方案A43所述的方法，其中所述第二治疗剂是ASO。
实施方案A46.根据实施方案A43至A45中任一项所述的方法，其中所述第二治疗剂纠正内含子保留。
实施方案A47.在实施方案A1至A46中任一项的方法中使用的反义寡聚体。
实施方案A48.一种反义寡聚体，其包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案A49.一种药物组合物，其包含实施方案A47至A48的反义寡聚体和赋形剂。
实施方案A50.一种治疗有需要的受试者的方法，其包括向该受试者施用实施方案A49的药物组合物，其中所述施用是通过鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射。
实施方案A51.一种组合物，其包含用于增加细胞表达功能性RNA以治疗有需要的受试者中以下疾病的方法中的治疗剂：Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；途径(眼)；途径(中枢神经系统，癫痫)；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；或16p11.2缺失综合征，上述疾病与蛋白质不足或功能性RNA不足相关，其中蛋白质不足或功能性RNA不足是受试者中的量或活性不足，其中所述靶蛋白是：
(a)所述缺乏蛋白质；或
(b)在功能上增加或代替所述受试者中的缺乏蛋白质的补偿蛋白质；
并且其中所述功能性RNA为：
(c)所述缺乏RNA；或
(d)在功能上增加或代替所述受试者中的缺乏功能性RNA的补偿功能性RNA；
其中所述治疗剂增强从编码所述靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA中排除无义介导的RNA衰变诱导外显子，从而增加所述受试者中所述靶蛋白或功能性RNA的产生或活性。
实施方案A52.一种组合物，其包含用于治疗有需要的受试者中与ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白相关的病况的方法中的治疗剂，所述方法包括增加受试者细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的步骤，其中所述细胞具有mRNA，该mRNA含有无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)并且编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白，所述方法包括使所述细胞接触所述治疗剂，由此从编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的NMD外显子mRNA中排除无义介导的RNA衰变诱导外显子，从而增加编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的mRNA的水平，并且增加所述受试者细胞中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的表达。
实施方案A53.根据权利要求A52所述的组合物，其中所述病况为疾病或病症。
实施方案A54.根据权利要求A53所述的组合物，其中所述疾病或病症是Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia de Lange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；原发性先天性青光眼3，E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；肌阵挛性偏头痛；家族性偏瘫型癫痫1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；途径(眼)；途径(中枢神经系统，癫痫)；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；或16p11.2缺失综合征.
实施方案A55.根据权利要求A52至54中任一项所述的组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白和NMD外显子mRNA由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN基因编码。
实施方案A56.根据权利要求A51至A55中任一项所述的组合物，其中所述无义介导的RNA衰变诱导外显子从编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的NMD外显子mRNA中剪接出来。
实施方案A57.根据权利要求A51至A56中任一项所述的组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白不包含由所述无义介导的RNA衰变诱导外显子编码的氨基酸序列。
实施方案A58.根据权利要求A51至A57中任一项所述的组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白是全长ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白。
实施方案A59.根据实施方案A51至A58中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是与NMD外显子mRNA的靶向部分互补的反义寡聚体(ASO)。
实施方案A60.根据实施方案A51至A59中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体靶向在所述无义介导的RNA衰变诱导外显子内的NMD外显子mRNA的一部分。
实施方案A61.根据实施方案A51至A59中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体靶向在所述无义介导的RNA衰变诱导外显子上游或下游的NMD外显子mRNA的一部分。
实施方案A62.根据权利要求A51至A61中任一项所述的组合物，其中所述靶蛋白是ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN。
实施方案A63.根据权利要求A62所述的组合物，其中所述NMD外显子mRNA包含与SEQ ID NO：60-134中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案A64.根据实施方案A62所述的组合物，其中所述NMD外显子mRNA由与SEQID NO:1-59具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的基因序列编码。
实施方案A65.根据实施方案A62所述的组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案A66.根据权利要求A62至A65中任一项所述的组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在无义介导的RNA衰变诱导的ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x内。
实施方案A67.根据权利要求A62至A65中任一项所述的组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在无义介导的RNA衰变诱导的ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的上游或下游。
实施方案A68.根据权利要求A62至A65中任一项所述的组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分包含ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的外显子-内含子接合点。
实施方案A69.根据实施方案A62至A68中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述ASO包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。
实施方案A70.根据实施方案A51至A69中任一项所述的组合物，其中所述编码所述靶蛋白或功能性RNA的mRNA是全长成熟mRNA或野生型成熟mRNA。
实施方案A71.根据实施方案A51至A70中任一项所述的组合物，其中所产生的靶蛋白是全长蛋白质或野生型蛋白质。
实施方案A72.根据实施方案A51至A71中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义低聚物包含骨架修饰，该骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。
实施方案A73.根据实施方案A51至A72中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体是反义寡核苷酸。
实施方案A74.根据实施方案A51至A73中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含二氨基磷酸酯吗啉代、锁定核酸、肽核酸、2’-O-甲基、2’-氟或2’-O-甲氧基乙基部分。
实施方案A75.根据实施方案A51至A74中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含至少一个修饰的糖部分。
实施方案A76.根据实施方案A75所述的组合物，其中每个糖部分是修饰的糖部分。
实施方案A77.根据实施方案A51至A76中任一项所述的组合物，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。
实施方案A78.一种药物组合物，其包含实施方案A51至A77的任何组合物的治疗剂和赋形剂。
实施方案A79.一种治疗有需要的受试者的方法，其包括向该受试者施用实施方案A78的药物组合物，其中所述施用是通过鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射。
实施方案A80.根据实施方案A51至A79中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述受试者施用第二治疗剂。
实施方案A81.根据实施方案A80所述的方法，其中所述第二治疗剂是小分子。
实施方案A82.根据实施方案A80所述的方法，其中所述第二治疗剂是ASO。
实施方案A83.根据实施方案A80至A82中任一项所述的方法，其中所述第二治疗剂纠正内含子保留。
实施方案A84.一种药物组合物，其包含：与ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCANmRNA转录物的靶序列杂交的反义寡聚体，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物包含无义介导的RNA衰变诱导外显子，其中该反义寡聚体诱导无义介导的RNA衰变诱导外显子从ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物中的排除；并且包含药物上可接受的赋形剂。
实施方案A85.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物是ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN NMD外显子mRNA转录物。
实施方案A86.根据实施方案A84或A85所述的药物组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在无义介导的RNA衰变诱导的ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x内。
实施方案A87.根据实施方案A84或A85所述的药物组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分在无义介导的RNA衰变诱导的ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的上游或下游。
实施方案A88.根据实施方案A84或A85所述的药物组合物，其中所述NMD外显子mRNA的靶向部分包含ABCB4的外显子8x、ASS1的外显子9x、ATP8B1的外显子16x、BAG3的外显子1x、CACNA1A的外显子31x、CACNA1A的外显子36x、CACNA1A的外显子37x、CBS的外显子3x、CBS的外显子12x、CD55的外显子1x、CDKL5的外显子16x、CFH的外显子3x、CHD2的外显子30x、CHRNA7的外显子4x、CISD2的外显子1x、CLN3的外显子15x、COL4A3的外显子11x、COL4A3的外显子41x、COL4A4的外显子22x、COL4A4的外显子44x、DEPDC5的外显子20x、DHDDS的外显子2x、ELOVL4的外显子3x、FAH的外显子5x、FXN的外显子4x、GALE的外显子4x、GBE1的外显子3x、GRIN2A的外显子11x、GRN的外显子1x、HEXA的外显子2x、KANSL1的外显子2x、KCNQ2的外显子1x、KMT2D的外显子50x、MAPK3的外显子8x、MBD5的外显子13x、MECP2的外显子2x、MUT的外显子11x、NF1的外显子31x、NIPBL的外显子7x、NIPBL的外显子38x、NSD1的外显子11x、OPA1的外显子6x、OPA1的外显子28x、OPTN的外显子1x、PCCA的外显子1x、PCCB的外显子5x、PCCB的外显子6x、PKP2的外显子4x、PLCB1的外显子23x、PRPF3的外显子3x、PRPF31的外显子9x、RAI1的外显子1x、RBFOX2的外显子5x、SCN2A的外显子13x、SCN3A的外显子6x、SCN3A的外显子7x、SCN8A的外显子4x、SCN8A的外显子6x、SCN8A的外显子20x、SCN9A的外显子6x、SHANK3的外显子24x、SLC25A13的外显子3x、SLC25A13的外显子6x、SLC25A13的外显子9x、SLC25A13的外显子11x、SLC25A13的外显子13x、SLC6A1的外显子1x、SPTAN1的外显子12x、TEK的外显子10x、TEK的外显子15x、TOPORS的外显子1x、TSC2的外显子11x、TSC2的外显子30x、UBE3A的外显子1x或VCAN的外显子7x的外显子-内含子接合点。
实施方案A88.根据实施方案A84至A88中任一项所述的药物组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN NMD外显子mRNA转录物是由与SEQ ID NO:1-59中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的基因序列编码的。
实施方案A90.根据实施方案A84至A88中任一项所述的药物组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN NMD外显子mRNA转录物包含与SEQ ID NO:60-134中的任一个具有至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的序列。
实施方案A91.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体包含骨架修饰，该骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。
实施方案A92.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体是反义寡核苷酸。
实施方案A93.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体包含二氨基磷酸酯吗啉代、锁定核酸、肽核酸、2’-O-甲基、2’-氟或2’-O-甲氧基乙基部分。
实施方案A94.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体包含至少一个修饰的糖部分。
实施方案A95.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体包含8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基。
实施方案A96.根据实施方案A84或A85所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补于ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN NMD外显子mRNA转录物的靶向部分。
实施方案A97.根据实施方案A84或A85所述的药物组合物，其中所述ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN NMD外显子mRNA转录物的靶向部分在选自SEQ ID NO:60-134的序列内。
实施方案A98.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域具有至少约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核苷酸序列。
实施方案A99.根据实施方案A84所述的药物组合物，其中所述反义寡聚体包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域相同的核苷酸序列。
实施方案A100.根据实施方案A84至A99中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物被配制用于鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射。
实施方案A101.根据实施方案A84至A100中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述受试者施用第二治疗剂。
实施方案A102.根据实施方案A101所述的方法，其中所述第二治疗剂是小分子。
实施方案A103.根据实施方案A101所述的方法，其中所述第二治疗剂是ASO。
实施方案A104.根据实施方案A101至A103中任一项所述的方法，其中所述第二治疗剂纠正内含子保留。
实施方案A105.一种诱导缺陷ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物的加工的方法，以促进去除无义介导的RNA衰变诱导外显子，以产生完全加工的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物，该转录物编码功能性形式的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白，所述方法包括：
(a)使反义寡聚体与受试者的靶细胞接触；
(b)使反义寡聚体与缺陷的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物杂交，其中所述缺陷ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物能够编码功能性形式的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白，并且包含至少一个无义介导的RNA衰变诱导外显子；
(c)从所述缺陷的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物中去除所述至少一个无义介导的RNA衰变诱导外显子，以产生完全加工的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCANmRNA转录物，该转录物编码功能性形式的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白；以及
(d)从完全加工的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN mRNA转录物翻译所述功能性形式的ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白。
实施方案A106.一种治疗具有病况的受试者的方法，该病况由ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的量或活性不足引起，所述方法包括向该受试者施用反义寡聚体，该反义寡聚体包含与包含SEQ ID NO:60-134的至少8个连续核酸的区域具有至少约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核苷酸序列。
实施方案A107.一种通过增加受试者细胞表达靶蛋白或功能性RNA治疗有需要的受试者中的以下疾病的方法：Alport综合征；肌萎缩侧索硬化(ALS)；Angelman综合征；原发进行性失语；心律失常性右心室发育不良9；自闭症谱系障碍；扩张型心肌病，1HH；肌原纤维肌病6；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；妊娠肝内胆汁淤积3；进行性家族性肝内胆汁淤积1；II型瓜氨酸血症；1型瓜氨酸血症；认知损害伴或不伴大脑性共济失调；Cornelia deLange；早发型癫痫性脑病；癫痫失语谱；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；早期婴幼儿癫痫性脑病12；早期婴幼儿癫痫性脑病13；早期婴幼儿癫痫性脑病2；2型发作性共济失调；家族性局灶性癫痫；家族性高热惊厥3B；Friedreich共济失调；保留反射的Friedreich共济失调；半乳糖表异构酶缺乏；青光眼3、原发性先天性、E；糖原贮积病IV；GRN相关的额颞叶痴呆；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体隐性HSAN2D；先天性痛觉缺失；Kabuki综合征；Koolen-De Vries综合征；常染色体显性精神发育迟滞1；甲基丙二酸尿症；偏头痛、肌阵挛性癫痫；家族性偏瘫型、1；1型神经纤维瘤病；阿片类药物成瘾；1型视神经萎缩；途径(眼)；途径(中枢神经系统，癫痫)；Phelan-McDermid综合征；丙酸血症；原发性开角型青光眼；丙酸血症；色素性视网膜炎11；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；色素性视网膜炎59；Rett综合征；良性家族性婴幼儿惊厥3；良性家族性婴幼儿惊厥5；Smith-Magenis综合征；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Stargardt病3；Tay-Sachs病；结节性硬化症；I型酪氨酸血症；Wagner综合征1；West综合征；Wolfram综合征2/NAFLD；15q13.3微缺失；或16p11.2缺失综合征，其中所述细胞具有mRNA，该mRNA含有无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)，并且其中该NMD外显子mRNA编码靶蛋白或功能性RNA，所述方法包括使受试者细胞接触调节编码靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA的剪接的治疗剂，由此从编码靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA中排除无义介导的RNA衰变诱导外显子，从而增加编码靶蛋白或功能性RNA的mRNA的水平，并增加受试者细胞中靶蛋白或功能性RNA的表达。
实施方案A108.一种增加具有mRNA的细胞表达ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的方法，该mRNA含有无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)并且编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白，所述方法包括使细胞接触调节编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的NMD外显子mRNA的剪接的药剂，由此从编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的的NMD外显子mRNA中排除无义介导的RNA衰变诱导外显子，从而增加编码ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的mRNA的水平，并增加细胞中ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A或VCAN蛋白的表达。
实施方案A109.根据实施方案A107或A108所述的方法，其中所述药剂
(a)与编码所述靶蛋白或功能性RNA的NMD外显子mRNA的靶向部分结合；
(b)与剪接体的一种或多种组分结合；或者
(c)(a)和(b)的组合。
具体实施方案
实施方案1.一种调节具有mRNA的细胞表达靶蛋白的方法，该mRNA包含无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子)并且编码靶蛋白，该方法包括使治疗剂与所述细胞接触，由此所述治疗剂调节从所述mRNA剪接所述NMD外显子，从而调节经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平，并调节靶蛋白在所述细胞中的表达，其中所述靶蛋白选自：AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS和VCAN蛋白。
实施方案2.一种通过调节有需要的受试者的细胞中靶蛋白的表达来治疗该受试者的疾病或病况的方法，该方法包括：使所述受试者的细胞与调节从所述细胞中的mRNA剪接无义介导的mRNA衰变诱导外显子(NMD外显子)的治疗剂接触，其中所述mRNA包含NMD外显子并且编码靶蛋白，从而调节经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平，并调节靶蛋白在所述受试者的细胞中的表达，其中所述靶蛋白选自：AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS和VCAN蛋白。
实施方案3.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述治疗剂
(a)与编码所述靶蛋白的mRNA的靶向部分结合；
(b)调节参与所述NMD外显子的剪接的因子的结合；或
(c)(a)和(b)的组合。
实施方案4.根据实施方案3所述的方法，其中所述治疗剂干扰参与所述NMD外显子的剪接的因子与所述靶向部分的区域的结合。
实施方案5.根据实施方案3或4所述的方法，其中所述靶向部分邻近所述NMD外显子。
实施方案6.根据实施方案3至5中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子5'末端上游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。
实施方案7.根据实施方案3至6中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子5'末端上游至少约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。
实施方案8.根据实施方案3至5中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子3'末端下游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。
实施方案9.根据实施方案3至5或8中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子3'末端下游至少约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。
实施方案10.根据实施方案3至5中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点上游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610；GRCh38/hg38:chr1 196675450；GRCh38/hg38:chr1592998149；GRCh38/hg38:chr16 28479765；GRCh38/hg38:chr6 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487；GRCh38/hg38:chr2 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688；GRCh38/hg38:chr19 47835403；GRCh38/hg38:chr1 59904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335；GRCh38/hg38:chr1 28230252；GRCh38/hg38:chr288582824；GRCh38/hg38:chr17 64102804；GRCh38/hg38:chr1 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219；GRCh38/hg38:chr2 148490695；GRCh38/hg38:chr2 148505761；GRCh38/hg38:chr649436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825；GRCh38/hg38:chr6 75867431；GRCh38/hg38:chr17 31249955；GRCh38/hg38:chr22 29628658；GRCh38/hg38:chr5 37048127；GRCh38/hg38:chr12 100499841；GRCh38/hg38:chr5 177169394；GRCh38/hg38:chr5 177200761；GRCh38/hg38:chr5 177247924；GRCh38/hg38:chr5 177275947；GRCh38/hg38:chr3193628509；GRCh38/hg38:chr3 193603500；GRCh38/hg38:chr13 100305751；GRCh38/hg38:chr12 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575；GRCh38/hg38:chr1 150327557；GRCh38/hg38:chr1 150330401；GRCh38/hg38:chr2 165327155；GRCh38/hg38:chr12 51688758；GRCh38/hg38:chr12 51780202；GRCh38/hg38:chr2 166304329；GRCh38/hg38:chr780794957；GRCh38/hg38:chr7 85059541；GRCh38/hg38:chr11 226081；GRCh38/hg38:chr191216268；GRCh38/hg38:chr19 1221621；GRCh38/hg38:chr6 33448789；GRCh38/hg38:chr932551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965。
实施方案11.根据实施方案3至5或10中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点上游约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610；GRCh38/hg38:chr1 196675450；GRCh38/hg38:chr1592998149；GRCh38/hg38:chr16 28479765；GRCh38/hg38:chr6 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487；GRCh38/hg38:chr2 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688；GRCh38/hg38:chr19 47835403；GRCh38/hg38:chr1 59904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335；GRCh38/hg38:chr1 28230252；GRCh38/hg38:chr288582824；GRCh38/hg38:chr17 64102804；GRCh38/hg38:chr1 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219；GRCh38/hg38:chr2 148490695；GRCh38/hg38:chr2 148505761；GRCh38/hg38:chr649436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825；GRCh38/hg38:chr6 75867431；GRCh38/hg38:chr17 31249955；GRCh38/hg38:chr22 29628658；GRCh38/hg38:chr5 37048127；GRCh38/hg38:chr12 100499841；GRCh38/hg38:chr5 177169394；GRCh38/hg38:chr5 177200761；GRCh38/hg38:chr5 177247924；GRCh38/hg38:chr5 177275947；GRCh38/hg38:chr3193628509；GRCh38/hg38:chr3 193603500；GRCh38/hg38:chr13 100305751；GRCh38/hg38:chr12 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575；GRCh38/hg38:chr1 150327557；GRCh38/hg38:chr1 150330401；GRCh38/hg38:chr2 165327155；GRCh38/hg38:chr12 51688758；GRCh38/hg38:chr12 51780202；GRCh38/hg38:chr2 166304329；GRCh38/hg38:chr780794957；GRCh38/hg38:chr7 85059541；GRCh38/hg38:chr11 226081；GRCh38/hg38:chr191216268；GRCh38/hg38:chr19 1221621；GRCh38/hg38:chr6 33448789；GRCh38/hg38:chr932551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965。
实施方案12.根据实施方案3至5中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点下游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564285；GRCh38/hg38:chr19 13236449；GRCh38/hg38:chr21 43059730；GRCh38/hg38:chr1 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675529；GRCh38/hg38:chr1592998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644；GRCh38/hg38:chr6 33183634；GRCh38/hg38:chr2 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653；GRCh38/hg38:chr2 227015283；GRCh38/hg38:chr1 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366；GRCh38/hg38:chr1 26442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131；GRCh38/hg38:chr288582755；GRCh38/hg38:chr17 64102673；GRCh38/hg38:chr1 23798311；GRCh38/hg38:chrX 109383365；GRCh38/hg38:chrX 109439038；GRCh38/hg38:chr15 72362376；GRCh38/hg38:chr15 72345677；GRCh38/hg38:chr16 30115595；GRCh38/hg38:chr2 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505830；GRCh38/hg38:chr649436522；GRCh38/hg38:chr19 50230999；GRCh38/hg38:chr6 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31250125；GRCh38/hg38:chr22 29628773；GRCh38/hg38:chr5 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177276101；GRCh38/hg38:chr3193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516；GRCh38/hg38:chr22 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688849；GRCh38/hg38:chr12 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238；GRCh38/hg38:chr780794854；GRCh38/hg38:chr7 85059498；GRCh38/hg38:chr11 225673；GRCh38/hg38:chr191216398；GRCh38/hg38:chr19 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448868；GRCh38/hg38:chr932551365；和GRCh38/hg38:chr5 83545070。
实施方案13.根据实施方案3至5或12中任一项所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点下游约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564285；GRCh38/hg38:chr19 13236449；GRCh38/hg38:chr21 43059730；GRCh38/hg38:chr1 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675529；GRCh38/hg38:chr1592998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644；GRCh38/hg38:chr6 33183634；GRCh38/hg38:chr2 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653；GRCh38/hg38:chr2 227015283；GRCh38/hg38:chr1 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366；GRCh38/hg38:chr1 26442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131；GRCh38/hg38:chr288582755；GRCh38/hg38:chr17 64102673；GRCh38/hg38:chr1 23798311；GRCh38/hg38:chrX 109383365；GRCh38/hg38:chrX 109439038；GRCh38/hg38:chr15 72362376；GRCh38/hg38:chr15 72345677；GRCh38/hg38:chr16 30115595；GRCh38/hg38:chr2 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505830；GRCh38/hg38:chr649436522；GRCh38/hg38:chr19 50230999；GRCh38/hg38:chr6 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31250125；GRCh38/hg38:chr22 29628773；GRCh38/hg38:chr5 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177276101；GRCh38/hg38:chr3193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516；GRCh38/hg38:chr22 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688849；GRCh38/hg38:chr12 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238；GRCh38/hg38:chr780794854；GRCh38/hg38:chr7 85059498；GRCh38/hg38:chr11 225673；GRCh38/hg38:chr191216398；GRCh38/hg38:chr19 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448868；GRCh38/hg38:chr932551365；和GRCh38/hg38:chr5 83545070。
实施方案14.根据实施方案3至13中任一项所述的方法，其中所述靶向部分位于编码靶蛋白的mRNA的两个规范外显子区域之间的内含子区域中，并且其中所述内含子区域含有所述NMD外显子。
实施方案15.根据实施方案3至14中任一项所述的方法，其中所述靶向部分与所述NMD外显子至少部分重叠。
实施方案16.根据实施方案3至15中任一项所述的方法，其中所述靶向部分与所述NMD外显子上游或下游的内含子至少部分重叠。
实施方案17.根据实施方案3至16中任一项所述的方法，其中所述靶向部分包含5’NMD外显子-内含子接合点或3’NMD外显子-内含子接合点。
实施方案18.根据实施方案3至16中任一项所述的方法，其中所述靶向部分在所述NMD外显子内。
实施方案19.根据实施方案1至18中任一项所述的方法，其中所述靶向部分包含所述NMD外显子的约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个或更多个连续核苷酸。
实施方案20.根据实施方案1至19中任一项所述的方法，其中所述编码靶蛋白的mRNA包含与选自SEQ ID NO:135-191的序列具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案21.根据实施方案1至20中任一项所述的方法，其中所述编码靶蛋白的mRNA由与选自SEQ ID NO:1-5、12、19-21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55-57和192-211的序列具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的基因序列所编码。
实施方案22.根据实施方案3至21中任一项所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分包含与含有选自SEQ ID NO:135-191的序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
实施方案23.根据实施方案1至22中任一项所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述ASO包含与选自SEQ ID NO:135-191的序列的至少8个连续核酸至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。
实施方案24.根据实施方案3至23中任一项所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分在选自下组的无义介导的RNA衰变诱导外显子内：GRCh38/hg38:chr1 243564285243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618；GRCh38/hg38:chr21 4305973043060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261；GRCh38/hg38:chr16 2847964428479765；GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr19 4783540347835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516；GRCh38/hg38:chr1 2644233526442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252；GRCh38/hg38:chr2 8858275588582824；GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804；GRCh38/hg38:chr1 2379831123798484；GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466；GRCh38/hg38:chr15 7234567772345776；GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597；GRCh38/hg38:chr19 5023082550230999；GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523；GRCh38/hg38:chr17 3124995531250125；GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773；GRCh38/hg38:chr5 3704812737048354；GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924177248079；GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778；GRCh38/hg38:chr22 4620357546203752；GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr12 5168875851688849；GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957；GRCh38/hg38:chr7 8505949885059541；GRCh38/hg38:chr11 225673 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
实施方案25.根据实施方案3至23中任一项所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分在选自下组的无义介导的RNA衰变诱导外显子的上游或下游：GRCh38/hg38:chr1243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618；GRCh38/hg38:chr2143059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261；GRCh38/hg38:chr1628479644 28479765；GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833；GRCh38/hg38:chr2227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr1947835403 47835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516；GRCh38/hg38:chr126442335 26442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252；GRCh38/hg38:chr288582755 88582824；GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804；GRCh38/hg38:chr123798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446；GRCh38/hg38:chrX109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466；GRCh38/hg38:chr1572345677 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597；GRCh38/hg38:chr1950230825 50230999；GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523；GRCh38/hg38:chr1731249955 31250125；GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773；GRCh38/hg38:chr537048127 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778；GRCh38/hg38:chr2246203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr1251688758 51688849；GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2166304238166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957；GRCh38/hg38:chr785059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673 226081；GRCh38/hg38:chr19 12162681216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
实施方案26.根据实施方案3至23中任一项所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分包含选自下组的外显子的外显子-内含子接合点：GRCh38/hg38:chr1 243564285243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618；GRCh38/hg38:chr21 4305973043060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261；GRCh38/hg38:chr16 2847964428479765；GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr19 4783540347835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516；GRCh38/hg38:chr1 2644233526442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252；GRCh38/hg38:chr2 8858275588582824；GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804；GRCh38/hg38:chr1 2379831123798484；GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466；GRCh38/hg38:chr15 7234567772345776；GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597；GRCh38/hg38:chr19 5023082550230999；GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523；GRCh38/hg38:chr17 3124995531250125；GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773；GRCh38/hg38:chr5 3704812737048354；GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924177248079；GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778；GRCh38/hg38:chr22 4620357546203752；GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr12 5168875851688849；GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957；GRCh38/hg38:chr7 8505949885059541；GRCh38/hg38:chr11 225673 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
实施方案27.根据实施方案1至26中任一项所述的方法，其中所产生的靶蛋白是全长蛋白质或野生型蛋白质。
实施方案28.根据实施方案1至27中任一项所述的方法，其中所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除。
实施方案29.根据实施方案28所述的方法，其中与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案30.根据实施方案28或29所述的方法，其中所述治疗剂增加所述细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平。
实施方案31.根据实施方案28至30中任一项所述的方法，其中与对照细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案32.根据实施方案28至31中任一项所述的方法，其中所述治疗剂增加所述细胞中的靶蛋白的表达。
实施方案33.根据实施方案28至32中任一项所述的方法，其中与对照细胞中产生的靶蛋白的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的靶蛋白的水平增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案34.根据实施方案2至33中任一项所述的方法，其中所述疾病或病况是由靶蛋白中的功能失去突变诱导的。
实施方案35.根据实施方案34所述的方法，其中所述疾病或病况与编码靶蛋白的基因的单倍性不足相关，并且其中所述受试者具有编码功能性靶蛋白的第一等位基因，以及不产生或以降低的水平产生靶蛋白的第二等位基因，或编码非功能性靶蛋白或部分功能性靶蛋白的第二等位基因。
实施方案36.根据实施方案2至35中任一项所述的方法，其中所述疾病或病况选自：Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；家族性偏瘫性偏头痛1；2型发作性共济失调；童年发作型癫痫性脑病；Wagner综合征1；1型视神经萎缩；Alport综合征；心律失常性右心室发育不良9；1型神经纤维瘤病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；良性家族性婴幼儿惊厥3；伴或不伴小脑性共济失调的认知障碍；早期婴幼儿癫痫性脑病13；良性家族性婴幼儿惊厥5；途径(CNS)；16p11.2缺失综合征？；常染色体显性精神发育迟滞1；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；常染色体显性精神发育迟滞5；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；和家族性高热惊厥3B。
实施方案37.根据实施方案2至36中任一项所述的方法，其中所述疾病或病况与编码靶蛋白的基因的常染色体隐性突变相关，其中所述受试者具有第一编码等位基因，由其
(i)不产生靶蛋白或者与野生型等位基因相比以降低的水平产生靶蛋白；或
(ii)产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是非功能性的或部分功能性的，以及
第二等位基因，由其
(iii)与野生型等位基因相比以降低的水平产生靶蛋白，并且产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是至少部分功能性的；或者
(iv)产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是部分功能性的。
实施方案38.根据实施方案37所述的方法，其中所述疾病或病况选自：Alport综合征；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；半乳糖表异构酶缺乏；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；甲基丙二酸尿症；丙酸血症；色素性视网膜炎59；Tay-Sachs病；先天性痛觉缺失；和常染色体隐性HSAN2D。
实施方案39.根据实施方案34至39中任一项所述的方法，其中所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除，并且增加所述细胞中靶蛋白的表达。
实施方案40.根据实施方案1至27中任一项所述的方法，其中所述治疗剂抑制所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除。
实施方案41.根据实施方案40所述的方法，其中与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案42.根据实施方案40或41所述的方法，其中所述治疗剂降低所述细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平。
实施方案43.根据实施方案40至42中任一项所述的方法，其中与对照细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中的所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案44.根据实施方案40至43中任一项所述的方法，其中所述治疗剂降低所述细胞中的靶蛋白的表达。
实施方案45.根据实施方案40至44中任一项所述的方法，其中与对照细胞中产生的靶蛋白的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的靶蛋白的水平降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
实施方案46.根据实施方案2至27或40至45中任一项所述的方法，其中所述疾病或病况是由靶蛋白中的功能获得突变诱导的。
实施方案47.根据实施方案46所述的方法，其中所述受试者具有以升高的水平产生靶蛋白的等位基因，或编码在细胞中表现出活性增加的突变靶蛋白的等位基因。
实施方案48.根据实施方案46或47所述的方法，其中所述治疗剂抑制所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除，并且降低所述细胞中靶蛋白的表达。
实施方案49.根据实施方案40所述的方法，其中所述靶蛋白包括SCN8A。
实施方案50.根据实施方案49所述的方法，其中所述疾病或病况包括中枢神经系统疾病。
实施方案51.根据实施方案50所述的方法，其中所述疾病或病况包括癫痫。
实施方案52.根据实施方案51所述的方法，其中所述疾病或病况包括Dravet综合征。
实施方案53.根据实施方案1至52中任一项所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义低聚物包含骨架修饰，该骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。
实施方案54.根据实施方案1至53中任一项所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含二氨基磷酸酯吗啉代、锁定核酸、肽核酸、2’-O-甲基、2’-氟或2’-O-甲氧基乙基部分。
实施方案55.根据实施方案1至54中任一项所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含至少一个修饰的糖部分。
实施方案56.根据实施方案55所述的方法，其中每个糖部分均为经修饰的糖部分。
实施方案57.根据实施方案1至56中任一项所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。
实施方案58.根据实施方案3至57中任一项所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体与所述mRNA的靶向部分至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补。
实施方案59.根据实施方案1至58中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括评估靶蛋白的mRNA水平或表达水平。
实施方案60.根据实施方案1至59中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
实施方案61.根据实施方案1至59中任一项所述的方法，其中所述受试者是非人类动物。
实施方案62.根据实施方案2至60中任一项所述的方法，其中所述受试者是胎儿、胚胎或儿童。
实施方案63.根据权利要求1至62中任一项所述的方法，其中所述细胞是离体的。
实施方案64.根据实施方案2至62中任一项所述的方法，其中所述治疗剂通过所述受试者的鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射、玻璃体内或静脉内注射来施用。
实施方案65.根据实施方案2至62或64中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述受试者施用第二治疗剂。
实施方案66.根据实施方案1至65中任一项所述的方法，其中所述第二治疗剂是小分子。
实施方案67.根据实施方案1至65中任一项所述的方法，其中所述第二治疗剂是反义寡聚体。
实施方案68.根据实施方案1至67中任一项所述的方法，其中所述第二治疗剂纠正内含子保留。
实施方案69.根据实施方案2至68中任一项所述的方法，其中所述疾病或病况选自：16p11.2缺失综合征；Alport综合征；心律失常性右心室发育不良9；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；伴或不伴小脑性共济失调的认知障碍；早期婴幼儿癫痫性脑病13；良性家族性婴幼儿惊厥5；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；Cornelia de Lange；常染色体显性耳聋13；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；家族性高热惊厥3B；先天性痛觉缺失；常染色体隐性HSAN2D；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；良性家族性婴幼儿惊厥3；半乳糖表异构酶缺乏；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体显性精神发育迟滞1；常染色体显性精神发育迟滞5；甲基丙二酸尿症；家族性偏瘫性偏头痛1；2型发作性共济失调；NASH；1型神经纤维瘤病；2型神经纤维瘤病；1型视神经萎缩；丙酸血症；色素性视网膜炎18；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Tay-Sachs病；和Wagner综合征1。
实施例
本公开将通过以下实施例更具体地加以说明。然而，应当理解，本公开不以任何方式由这些实施例来限制。
实施例1：使用下一代测序通过RNAseq鉴定转录物中的NMD诱导外显子包含事件
使用下一代测序进行全转录组鸟枪法测序，以显示由本文所述基因产生的转录物的快照，从而鉴定NIE包含事件。为此，从人细胞的细胞核和细胞质部分中分离出多聚A+RNA，并使用Illumina的TruSeq Stranded mRNA文库制备试剂盒来构建cDNA文库。对该文库进行对-端测序，从而产生定位到人类基因组的100个核苷酸的读取(2009年2月，GRCh37/hg19装配体)。图2-58描绘了各种基因中不同示例性无义介导的mRNA衰变(NMD)诱导外显子的鉴定。
示例性基因和内含子序列总结在表1和表2中(SEQ ID NO指示由Gene ID No代表的相应的核苷酸序列。各个内含子的序列总结于表3和表4中。
表1.示例性靶基因序列的列表
表2.示例性靶基因序列的列表
表3.前mRNA转录物中示例性靶内含子的序列
表4.示例性靶基因内含子序列
实施例2：通过环己酰亚胺处理确认NIE
使用来自DMSO处理的或嘌呤霉素或环己酰亚胺处理的人细胞的细胞质RNA以及外显子中的引物进行的RT-PCR分析，可以证实存在对应于NMD诱导外显子的条带。通过测序确认了产物的身份。对条带进行光密度测定分析，以计算总转录物的NMD外显子包含百分比。用环己酰亚胺或嘌呤霉素处理细胞以抑制NMD可导致细胞质部分中对应于NMD诱导外显子的产物增多。图59、62、65、69、72和75描绘了分别使用环己酰亚胺或嘌呤霉素处理确认各种基因转录物中的示例性NIE外显子。
实施例3：NMD外显子区域ASO步移
使用2′-MOE ASO、PS骨架，针对3'剪接位点直接上游、3'剪接位点中、NMD外显子、5'剪接位点中和5'剪接位点下游的NMD外显子区域靶向序列进行ASO步移。将ASO设计为通过一次移位5个核苷酸来覆盖这些区域。图60、63、66、70、73和76描绘了分别对于各个示例性NIE外显子区域的ASO步移。
实施例4：通过RT-PCR评价的NMD外显子区域ASO步移
ASO步移序列可以通过例如RT-PCR来评价。PAGE可用来显示通过gymnotic摄取，在人细胞中以20μM的浓度，进行模拟处理(Sham)、SMN对照ASO处理(SMN)或用靶向NMD外显子区域的2'-MOE ASO处理的SYBR-safe染色的RT-PCR产物。将对应于NMD外显子包含和全长的产物进行定量，并且绘出NMD外显子包含百分比。全长产物可以相对于RPL32内部对照进行归一化，并且可以绘出相对于Sham的变化倍数。图71和78描绘了分别沿示例性NIE外显子区域的各种示例性ASO步移经由RT-PCR的评价。
实施例5：通过RT-qPCR评价的NMD外显子区域ASO步移
相对于RPL32进行归一化的SYBR-green RT-qPCR扩增结果可以使用相同ASO摄取实验获得，可以通过SYBR-safe RT-PCR评价，并且可以以相对于Sham的变化倍数作图，以确认SYBR-safe RT-PCR结果。图61、64、67、68、71、74、77和78描绘了分别沿示例性NIE外显子区域的各种示例性ASO步移经由RT-qPCR的评价。
实施例6：所选ASO在CXH处理的细胞中的剂量依赖性作用。
PAGE可用来显示通过RNAiMAX转染，在小鼠或人细胞中以30nM、80nM和200nM的浓度，进行模拟处理(Sham，单独的RNAiMAX)或用靶向NMD外显子的2'-MOE ASO处理的SYBR-safe染色的RT-PCR产物。将对应于NMD外显子包含和全长的产物进行定量，并且可以绘出NMD外显子包含百分比。全长产物可以相对于RPL32内部对照进行归一化，并且可以绘出相对于Sham的变化倍数。
实施例7：所选ASO的玻璃体内(IVT)注射。
来自以10mM浓度注射PBS(1μL)(-)或者注射ASO或Cep290(阴性对照ASO；Gerard等人,Mol.Ther.Nuc.Ac.,2015)2′-MOE ASO(1μL)(+)的小鼠的SYBR-safe染色的RT-PCR产物的PAGE。将对应于NMD外显子包含和全长的产物进行定量，并且可以绘出NMD外显子包含百分比。全长产物可以相对于GAPDH内部对照进行归一化，并且可以绘出注射ASO相对于注射PBS的变化倍数。
实施例8：所选ASO的脑室内(ICV)注射。
来自未注射(-，无ASO对照)或者注射300μg Cep290(阴性对照ASO；Gerard等人,Mol.Ther.Nuc.Ac.,2015)、2′-MOE ASO的脑的小鼠的SYBR-safe染色的RT-PCR产物的PAGE。对应于NMD外显子包含和全长的产物可以进行定量，并且可以绘出NMD外显子包含的百分比。可以使用跨越NMD外显子接合点的两种不同的探针进行Taqman PCR，并且可以将产物相对于GAPDH内部对照进行归一化，并且可以绘出注射ASO的脑相对于注射Cep290的脑的变化倍数。
虽然本文已经示出并描述了本公开的优选实施方案，但对于本领域技术人员明显的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。在不脱离本公开内容的情况下，本领域技术人员将会想到许多变化、改变和替换。应当理解，在实施本公开中可以采用本文所述本公开的实施方案的各种替代方案。旨在以所附权利要求书限定本公开的范围，并且由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同物。
Claims (69)
1.一种调节具有mRNA的细胞表达靶蛋白的方法，该mRNA包含无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子)并且编码靶蛋白，该方法包括使治疗剂与所述细胞接触，由此所述治疗剂调节从所述mRNA剪接所述NMD外显子，从而调节经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平，并调节靶蛋白在所述细胞中的表达，其中所述靶蛋白选自：AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS和VCAN蛋白。
2.一种通过调节有需要的受试者的细胞中靶蛋白的表达来治疗该受试者的疾病或病况的方法，该方法包括：使所述受试者的细胞与调节从所述细胞中的mRNA剪接无义介导的mRNA衰变诱导外显子(NMD外显子)的治疗剂接触，其中所述mRNA包含NMD外显子并且编码靶蛋白，从而调节经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平，并调节靶蛋白在所述受试者的细胞中的表达，其中所述靶蛋白选自：AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS和VCAN蛋白。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂
(a)与编码所述靶蛋白的mRNA的靶向部分结合；
(b)调节参与所述NMD外显子的剪接的因子的结合；或
(c)(a)和(b)的组合。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述治疗剂干扰参与所述NMD外显子的剪接的因子与所述靶向部分的区域的结合。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分邻近所述NMD外显子。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子5'末端上游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。
7.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子5'末端上游至少约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。
8.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子3'末端下游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。
9.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于所述NMD外显子3'末端下游至少约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。
10.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点上游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43060012；GRCh38/hg38:chr1207775610；GRCh38/hg38:chr1 196675450；GRCh38/hg38:chr15 92998149；GRCh38/hg38:chr16 28479765；GRCh38/hg38:chr6 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487；GRCh38/hg38:chr2 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688；GRCh38/hg38:chr19 47835403；GRCh38/hg38:chr1 59904516；GRCh38/hg38:chr126442335；GRCh38/hg38:chr1 28230252；GRCh38/hg38:chr2 88582824；GRCh38/hg38:chr17 64102804；GRCh38/hg38:chr1 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219；GRCh38/hg38:chr2148490695；GRCh38/hg38:chr2 148505761；GRCh38/hg38:chr6 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825；GRCh38/hg38:chr6 75867431；GRCh38/hg38:chr17 31249955；GRCh38/hg38:chr22 29628658；GRCh38/hg38:chr5 37048127；GRCh38/hg38:chr12 100499841；GRCh38/hg38:chr5 177169394；GRCh38/hg38:chr5 177200761；GRCh38/hg38:chr5177247924；GRCh38/hg38:chr5 177275947；GRCh38/hg38:chr3 193628509；GRCh38/hg38:chr3 193603500；GRCh38/hg38:chr13 100305751；GRCh38/hg38:chr12 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575；GRCh38/hg38:chr1 150327557；GRCh38/hg38:chr1 150330401；GRCh38/hg38:chr2 165327155；GRCh38/hg38:chr12 51688758；GRCh38/hg38:chr1251780202；GRCh38/hg38:chr2 166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794957；GRCh38/hg38:chr7 85059541；GRCh38/hg38:chr11 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268；GRCh38/hg38:chr19 1221621；GRCh38/hg38:chr6 33448789；GRCh38/hg38:chr9 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965。
11.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点上游约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564388；GRCh38/hg38:chr19 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610；GRCh38/hg38:chr1 196675450；GRCh38/hg38:chr15 92998149；GRCh38/hg38:chr1628479765；GRCh38/hg38:chr6 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487；GRCh38/hg38:chr2 227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015360；GRCh38/hg38:chr1 207637688；GRCh38/hg38:chr19 47835403；GRCh38/hg38:chr1 59904516；GRCh38/hg38:chr1 26442335；GRCh38/hg38:chr1 28230252；GRCh38/hg38:chr2 88582824；GRCh38/hg38:chr1764102804；GRCh38/hg38:chr1 23798484；GRCh38/hg38:chrX 109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439175；GRCh38/hg38:chr15 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345776；GRCh38/hg38:chr16 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219；GRCh38/hg38:chr2 148490695；GRCh38/hg38:chr2 148505761；GRCh38/hg38:chr6 49436597；GRCh38/hg38:chr1950230825；GRCh38/hg38:chr6 75867431；GRCh38/hg38:chr17 31249955；GRCh38/hg38:chr22 29628658；GRCh38/hg38:chr5 37048127；GRCh38/hg38:chr12 100499841；GRCh38/hg38:chr5 177169394；GRCh38/hg38:chr5 177200761；GRCh38/hg38:chr5 177247924；GRCh38/hg38:chr5 177275947；GRCh38/hg38:chr3 193628509；GRCh38/hg38:chr3193603500；GRCh38/hg38:chr13 100305751；GRCh38/hg38:chr12 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575；GRCh38/hg38:chr1 150327557；GRCh38/hg38:chr1 150330401；GRCh38/hg38:chr2 165327155；GRCh38/hg38:chr12 51688758；GRCh38/hg38:chr12 51780202；GRCh38/hg38:chr2 166304329；GRCh38/hg38:chr7 80794957；GRCh38/hg38:chr785059541；GRCh38/hg38:chr11 226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268；GRCh38/hg38:chr191221621；GRCh38/hg38:chr6 33448789；GRCh38/hg38:chr9 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965。
12.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点下游至多约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564285；GRCh38/hg38:chr19 13236449；GRCh38/hg38:chr21 43059730；GRCh38/hg38:chr1207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644；GRCh38/hg38:chr6 33183634；GRCh38/hg38:chr2 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653；GRCh38/hg38:chr2 227015283；GRCh38/hg38:chr1 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366；GRCh38/hg38:chr126442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131；GRCh38/hg38:chr2 88582755；GRCh38/hg38:chr17 64102673；GRCh38/hg38:chr1 23798311；GRCh38/hg38:chrX 109383365；GRCh38/hg38:chrX 109439038；GRCh38/hg38:chr15 72362376；GRCh38/hg38:chr15 72345677；GRCh38/hg38:chr16 30115595；GRCh38/hg38:chr2 148460304；GRCh38/hg38:chr2148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522；GRCh38/hg38:chr19 50230999；GRCh38/hg38:chr6 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31250125；GRCh38/hg38:chr22 29628773；GRCh38/hg38:chr5 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200783；GRCh38/hg38:chr5177248079；GRCh38/hg38:chr5 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628616；GRCh38/hg38:chr3 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516；GRCh38/hg38:chr22 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688849；GRCh38/hg38:chr1251780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238；GRCh38/hg38:chr7 80794854；GRCh38/hg38:chr7 85059498；GRCh38/hg38:chr11 225673；GRCh38/hg38:chr19 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365；和GRCh38/hg38:chr5 83545070。
13.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶向部分处于选自下组的基因组位点下游约1500个核苷酸、约1000个核苷酸、约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸：GRCh38/hg38:chr1 243564285；GRCh38/hg38:chr19 13236449；GRCh38/hg38:chr21 43059730；GRCh38/hg38:chr1 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998261；GRCh38/hg38:chr1628479644；GRCh38/hg38:chr6 33183634；GRCh38/hg38:chr2 227296526；GRCh38/hg38:chr2 227144653；GRCh38/hg38:chr2 227015283；GRCh38/hg38:chr1 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835579；GRCh38/hg38:chr1 59904366；GRCh38/hg38:chr1 26442372；GRCh38/hg38:chr1 28230131；GRCh38/hg38:chr2 88582755；GRCh38/hg38:chr1764102673；GRCh38/hg38:chr1 23798311；GRCh38/hg38:chrX 109383365；GRCh38/hg38:chrX 109439038；GRCh38/hg38:chr15 72362376；GRCh38/hg38:chr15 72345677；GRCh38/hg38:chr16 30115595；GRCh38/hg38:chr2 148460304；GRCh38/hg38:chr2 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505830；GRCh38/hg38:chr6 49436522；GRCh38/hg38:chr1950230999；GRCh38/hg38:chr6 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31250125；GRCh38/hg38:chr22 29628773；GRCh38/hg38:chr5 37048354；GRCh38/hg38:chr12 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169559；GRCh38/hg38:chr5 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177248079；GRCh38/hg38:chr5 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628616；GRCh38/hg38:chr3193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305834；GRCh38/hg38:chr12 32894516；GRCh38/hg38:chr22 46203752；GRCh38/hg38:chr1 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330498；GRCh38/hg38:chr2 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688849；GRCh38/hg38:chr12 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238；GRCh38/hg38:chr7 80794854；GRCh38/hg38:chr785059498；GRCh38/hg38:chr11 225673；GRCh38/hg38:chr19 1216398；GRCh38/hg38:chr191221846；GRCh38/hg38:chr6 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365；和GRCh38/hg38:chr5 83545070。
14.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分位于编码靶蛋白的mRNA的两个规范外显子区域之间的内含子区域中，并且其中所述内含子区域含有所述NMD外显子。
15.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分与所述NMD外显子至少部分重叠。
16.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分与所述NMD外显子上游或下游的内含子至少部分重叠。
17.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分包含5’NMD外显子-内含子接合点或3’NMD外显子-内含子接合点。
18.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分在所述NMD外显子内。
19.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶向部分包含所述NMD外显子的约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个或更多个连续核苷酸。
20.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述编码靶蛋白的mRNA包含与选自SEQ IDNO:135-191的序列具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
21.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述编码靶蛋白的mRNA由与选自SEQ ID NO:1-5、12、19-21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55-57和192-211的序列具有至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的基因序列所编码。
22.根据权利要求3所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO:135-191的序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80％、85％、90％、95％、97％或100％序列同一性的序列。
23.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述药剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述ASO包含与选自SEQ ID NO:135-191的序列的至少8个连续核酸至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％互补的序列。
24.根据权利要求3所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分在选自下组的无义介导的RNA衰变诱导外显子内：GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr1913236449 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr1592998149 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765；GRCh38/hg38:chr633183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2227144653227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579；GRCh38/hg38:chr159904366 59904516；GRCh38/hg38:chr1 2644233526442372；GRCh38/hg38:chr1 2823013128230252；GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824；GRCh38/hg38:chr17 6410267364102804；GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX109383365109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr1572362376 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776；GRCh38/hg38:chr1630115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr649436522 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999；GRCh38/hg38:chr675867431 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125；GRCh38/hg38:chr2229628658 29628773；GRCh38/hg38:chr5 3704812737048354；GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr1232894516 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849；GRCh38/hg38:chr1251780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329；GRCh38/hg38:chr78079485480794957；GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
25.根据权利要求3所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分在选自下组的无义介导的RNA衰变诱导外显子的上游或下游：GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr19 1323644913236618；GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765；GRCh38/hg38:chr633183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2227144653227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579；GRCh38/hg38:chr159904366 59904516；GRCh38/hg38:chr1 2644233526442372；GRCh38/hg38:chr1 2823013128230252；GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824；GRCh38/hg38:chr17 6410267364102804；GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX109383365109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr1572362376 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776；GRCh38/hg38:chr1630115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr649436522 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999；GRCh38/hg38:chr675867431 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125；GRCh38/hg38:chr2229628658 29628773；GRCh38/hg38:chr5 3704812737048354；GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr1232894516 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849；GRCh38/hg38:chr1251780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329；GRCh38/hg38:chr78079485480794957；GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
26.根据权利要求3所述的方法，其中所述mRNA的靶向部分包含选自下组的外显子的外显子-内含子接合点：GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388；GRCh38/hg38:chr1913236449 13236618；GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012；GRCh38/hg38:chr1207775610 207775745；GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529；GRCh38/hg38:chr1592998149 92998261；GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765；GRCh38/hg38:chr633183634 33183698；GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526；GRCh38/hg38:chr2227144653227144833；GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360；GRCh38/hg38:chr1207637688 207637848；GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579；GRCh38/hg38:chr159904366 59904516；GRCh38/hg38:chr1 2644233526442372；GRCh38/hg38:chr1 2823013128230252；GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824；GRCh38/hg38:chr17 6410267364102804；GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484；GRCh38/hg38:chrX109383365109383446；GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175；GRCh38/hg38:chr1572362376 72362466；GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776；GRCh38/hg38:chr1630115595 30115645；GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304；GRCh38/hg38:chr2148490695 148490787；GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830；GRCh38/hg38:chr649436522 49436597；GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999；GRCh38/hg38:chr675867431 75867523；GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125；GRCh38/hg38:chr2229628658 29628773；GRCh38/hg38:chr5 3704812737048354；GRCh38/hg38:chr12100499841 100500024；GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559；GRCh38/hg38:chr5177200761 177200783；GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079；GRCh38/hg38:chr5177275947 177276101；GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616；GRCh38/hg38:chr3193603500 193603557；GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834；GRCh38/hg38:chr1232894516 32894778；GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752；GRCh38/hg38:chr1150327557 150327652；GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498；GRCh38/hg38:chr2165327155 165327202；GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849；GRCh38/hg38:chr1251780202 51780271；GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329；GRCh38/hg38:chr78079485480794957；GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541；GRCh38/hg38:chr11 225673226081；GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398；GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846；GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868；GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469；和GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070。
27.根据权利要求1或2所述的方法，其中所产生的靶蛋白是全长蛋白质或野生型蛋白质。
28.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除。
29.根据权利要求28所述的方法，其中与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
30.根据权利要求28所述的方法，其中所述治疗剂增加所述细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平。
31.根据权利要求28所述的方法，其中与对照细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
32.根据权利要求28所述的方法，其中所述治疗剂增加所述细胞中的靶蛋白的表达。
33.根据权利要求28所述的方法，其中与对照细胞中产生的靶蛋白的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的靶蛋白的水平增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
34.根据权利要求2所述的方法，其中所述疾病或病况是由靶蛋白中的功能失去突变诱导的。
35.根据权利要求34所述的方法，其中所述疾病或病况与编码靶蛋白的基因的单倍性不足相关，并且其中所述受试者具有编码功能性靶蛋白的第一等位基因，以及不产生或以降低的水平产生靶蛋白的第二等位基因，或编码非功能性靶蛋白或部分功能性靶蛋白的第二等位基因。
36.根据权利要求35所述的方法，其中所述疾病或病况选自：Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；家族性偏瘫性偏头痛1；2型发作性共济失调；童年发作型癫痫性脑病；Wagner综合征1；1型视神经萎缩；Alport综合征；心律失常性右心室发育不良9；1型神经纤维瘤病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；良性家族性婴幼儿惊厥3；伴或不伴小脑性共济失调的认知障碍；早期婴幼儿癫痫性脑病13；良性家族性婴幼儿惊厥5；途径(CNS)；16p11.2缺失综合征？；常染色体显性精神发育迟滞1；色素性视网膜炎18；色素性视网膜炎31；常染色体显性耳聋13；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；常染色体显性耳聋22；2型神经纤维瘤病；常染色体显性精神发育迟滞5；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；和家族性高热惊厥3B。
37.根据权利要求34所述的方法，其中所述疾病或病况与编码靶蛋白的基因的常染色体隐性突变相关，其中所述受试者具有第一编码等位基因，由其
(i)不产生靶蛋白或者与野生型等位基因相比以降低的水平产生靶蛋白；或
(ii)产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是非功能性的或部分功能性的，以及
第二等位基因，由其
(iii)与野生型等位基因相比以降低的水平产生靶蛋白，并且产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是至少部分功能性的；或者
(iv)产生的靶蛋白与野生型等位基因相比是部分功能性的。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述疾病或病况选自：Alport综合征；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；半乳糖表异构酶缺乏；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；甲基丙二酸尿症；丙酸血症；色素性视网膜炎59；Tay-Sachs病；先天性痛觉缺失；和常染色体隐性HSAN2D。
39.根据权利要求34所述的方法，其中所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除，并且增加所述细胞中靶蛋白的表达。
40.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂抑制所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除。
41.根据权利要求40所述的方法，其中与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
42.根据权利要求40所述的方法，其中所述治疗剂降低所述细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平。
43.根据权利要求40所述的方法，其中与对照细胞中所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述经加工的编码靶蛋白的mRNA的水平降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
44.根据权利要求40所述的方法，其中所述治疗剂降低所述细胞中的靶蛋白的表达。
45.根据权利要求40所述的方法，其中与对照细胞中产生的靶蛋白的水平相比，在与所述治疗剂接触的细胞中产生的靶蛋白的水平降低约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
46.根据权利要求2所述的方法，其中所述疾病或病况是由靶蛋白中的功能获得突变诱导的。
47.根据权利要求46所述的方法，其中所述受试者具有以升高的水平产生靶蛋白的等位基因，或编码在细胞中表现出活性增加的突变靶蛋白的等位基因。
48.根据权利要求46所述的方法，其中所述治疗剂抑制所述NMD外显子从所述经加工的编码靶蛋白的mRNA中的排除，并且降低所述细胞中靶蛋白的表达。
49.根据权利要求40所述的方法，其中所述靶蛋白包括SCN8A。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述疾病或病况包括中枢神经系统疾病。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述疾病或病况包括癫痫。
52.根据权利要求51所述的方法，其中所述疾病或病况包括Dravet综合征。
53.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义低聚物包含骨架修饰，该骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。
54.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含二氨基磷酸酯吗啉代、锁定核酸、肽核酸、2’-O-甲基、2’-氟或2’-O-甲氧基乙基部分。
55.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体包含至少一个修饰的糖部分。
56.根据权利要求55所述的方法，其中每个糖部分均为经修饰的糖部分。
57.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。
58.根据权利要求3所述的方法，其中所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)，并且其中所述反义寡聚体与所述mRNA的靶向部分至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补。
59.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述方法进一步包括评估靶蛋白的mRNA水平或表达水平。
60.根据权利要求2所述的方法，其中所述受试者是人。
61.根据权利要求2所述的方法，其中所述受试者是非人类动物。
62.根据权利要求2所述的方法，其中所述受试者是胎儿、胚胎或儿童。
63.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述细胞是离体的。
64.根据权利要求2所述的方法，其中所述治疗剂通过所述受试者的鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射、玻璃体内或静脉内注射来施用。
65.根据权利要求2所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述受试者施用第二治疗剂。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述第二治疗剂是小分子。
67.根据权利要求65所述的方法，其中所述第二治疗剂是反义寡聚体。
68.根据权利要求65所述的方法，其中所述第二治疗剂纠正内含子保留。
69.根据权利要求2所述的方法，其中所述疾病或病况选自：16p11.2缺失综合征；Alport综合征；心律失常性右心室发育不良9；神经元蜡样质脂褐质沉积病3；伴或不伴小脑性共济失调的认知障碍；早期婴幼儿癫痫性脑病13；良性家族性婴幼儿惊厥5；视锥-视杆视网膜营养性萎缩-2；Cornelia de Lange；常染色体显性耳聋13；常染色体显性耳聋4A；周围神经病、肌病、声嘶和听力损失；7型全身性癫痫伴高热惊厥+；家族性高热惊厥3B；先天性痛觉缺失；常染色体隐性HSAN2D；童年发作型癫痫性脑病；早期婴幼儿癫痫性脑病11；良性家族性婴幼儿惊厥3；半乳糖表异构酶缺乏；B6反应型和非反应型同型胱氨酸尿症；常染色体显性精神发育迟滞1；常染色体显性精神发育迟滞5；甲基丙二酸尿症；家族性偏瘫性偏头痛1；2型发作性共济失调；NASH；1型神经纤维瘤病；2型神经纤维瘤病；1型视神经萎缩；丙酸血症；色素性视网膜炎18；Sotos综合征1；Beckwith-Wiedemann综合征；Tay-Sachs病；和Wagner综合征1。
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