JP2021500041A - ナンセンス変異依存rna分解機構に基づく状態および疾患の処置のためのアンチセンスオリゴマー - Google Patents
ナンセンス変異依存rna分解機構に基づく状態および疾患の処置のためのアンチセンスオリゴマー Download PDFInfo
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Abstract
Description
[0001]本出願は、それぞれその全体が参照によって本明細書に組み込まれる、2017年10月23日に提出された米国仮出願第62/575,924号、および2018年5月4日に提出された米国仮出願第62/667,200号の利益を主張する。
[0017]一部の実施形態において、治療剤は、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除は、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルは、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルは、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する。
[0019]一部の実施形態において、疾患または状態は、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象は、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する。一部の実施形態において、疾患または状態は、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される。
[0030]一部の実施形態において、対象はヒトである。一部の実施形態において、対象は非ヒト動物である。一部の実施形態において、対象は胎児、胚、または小児である。一部の実施形態において、細胞はエクスビボである。一部の実施形態において、治療剤は、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される。一部の実施形態において、方法は、第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む。
参照による組込み
[0033]本明細書において言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、個々の各刊行物、特許、または特許出願が参照によって組み込まれることが具体的かつ個別的に指示される場合と同じ程度に、参照によって本明細書に組み込まれる。
スプライシングおよびナンセンス変異依存mRNA分解機構
[0115]介在配列またはイントロンは、スプライソソームと称される、大きく、高度に動的なRNA−タンパク質複合体によって除去され、このことが一次転写物と、核内低分子RNA(snRNA)と、多数のタンパク質との間の複雑な相互作用を調整する。スプライソソームは、その都度各イントロン上に規則正しく集合し、U1 snRNAによる5’スプライス部位(5’ss)またはU2経路による3’スプライス部位(3’ss)の認識から開始し、U2経路は、U2補助因子(U2AF)の3’ss領域への結合に関与して、U2が分岐点配列(BPS)に結合することを容易にする。U2AFは、ポリピリミジントラクト(PPT)を結合する、U2AF2によってコードされる65kDのサブユニット(U2AF65)、および3‘ssにおいて高度に保存されたAGジヌクレオチドと相互作用し、U2AF65が結合することを安定化させる、U2AF1によってコードされる35kDのサブユニット(U2AF35)から構成される安定なヘテロ二量体である。正確なスプライシングは、BPS/PPTユニットおよび3’ss/5’ssに加えて、イントロンまたはエクソンスプライシングエンハンサーまたはサイレンサーとして公知の、スプライス部位認識を活性化または抑制する補助配列または構造を必要とする。これらのエレメントは、同じ配列を有するが本来の部位よりも10倍多い、高等真核生物のゲノムにおける非常に過剰な潜在的または偽部位の中から、真のスプライス部位が認識されることを可能にする。エレメントはしばしば制御機能を有するが、その活性化または抑制の厳密な機構は、十分に理解されていない。
標的転写物
[0124]一部の実施形態において、本開示の方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1遺伝子から転写されたmRNA前駆体におけるNIEの存在を活用する。機能性成熟ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNAを産生する、同定されたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE mRNA前駆体種のスプライシングは、NIEのエクソンスキッピングを刺激するASO等の治療剤を使用して誘導することができる。エクソンスキッピングの誘導は、NMD経路の阻害を結果的にもたらすことができる。結果として生じる成熟ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNAは、通常はNMD経路を活性化させることなく翻訳され、それにより患者の細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の量を増加させ、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1欠損に関連する状態または疾患、例えば、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen−De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5の症状を軽減することができる。
、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のエクソン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物のイントロン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ASOは、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体転写物の、イントロンの一部分とエクソンの一部分の両方を含む配列を標的とする。
8 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070)を標的とする。
[0136]一部の実施形態において、ASOは、NIEの5’末端から上流の配列を標的とする。例えば、NIE(例えば、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、またはVCANのエクソン7x)の5’末端から上流の配列を標的とするASOは、配列番号60〜134のいずれか1つの少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的(complimentary)である配列を含む。例えば、NIE(例えば、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070))の5’末端から上流の配列を標的とするASOは、配列番号135〜191のいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含むことができる。
体のエクソン11x、GRN mRNA前駆体のエクソン1x、HEXA mRNA前駆体のエクソン2x、KANSL1 mRNA前駆体のエクソン2x、KCNQ2 mRNA前駆体のエクソン1x、KMT2D mRNA前駆体のエクソン50x、MAPK3 mRNA前駆体のエクソン8x、MBD5 mRNA前駆体のエクソン13x、MECP2 mRNA前駆体のエクソン2x、MUT mRNA前駆体のエクソン11x、NF1 mRNA前駆体のエクソン31x、NIPBL mRNA前駆体のエクソン7x、NIPBL mRNA前駆体のエクソン38x、NSD1 mRNA前駆体のエクソン11x、OPA1 mRNA前駆体のエクソン6x、OPA1 mRNA前駆体のエクソン28x、OPTN mRNA前駆体のエクソン1x、PCCA mRNA前駆体のエクソン1x、PCCB mRNA前駆体のエクソン5x、PCCB mRNA前駆体のエクソン6x、PKP2 mRNA前駆体のエクソン4x、PLCB1 mRNA前駆体のエクソン23x、PRPF3 mRNA前駆体のエクソン3x、PRPF31 mRNA前駆体のエクソン9x、RAI1 mRNA前駆体のエクソン1x、RBFOX2 mRNA前駆体のエクソン5x、SCN2A mRNA前駆体のエクソン13x、SCN3A mRNA前駆体のエクソン6x、SCN3A mRNA前駆体のエクソン7x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン4x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン6x、SCN8A mRNA前駆体のエクソン20x、SCN9A mRNA前駆体のエクソン6x、SHANK3 mRNA前駆体のエクソン24x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン3x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン6x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン9x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン11x、SLC25A13 mRNA前駆体のエクソン13x、SLC6A1 mRNA前駆体のエクソン1x、SPTAN1 mRNA前駆体のエクソン12x、TEK mRNA前駆体のエクソン10x、TEK mRNA前駆体のエクソン15x、TOPORS mRNA前駆体のエクソン1x、TSC2 mRNA前駆体のエクソン11x、TSC2 mRNA前駆体のエクソン30x、UBE3A mRNA前駆体のエクソン1x、またはVCAN mRNA前駆体のエクソン7xの3’末端から上流(または5’側)のエクソン20x配列を標的とする。
;PPARAのイントロン(GRCh38/hg38:chr22 46198592 46215172);PRPF3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 150325882 150328319);PRPF3のイントロン(GRCh38/hg38:chr1 150328467 150332683);SCN2Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr2 165326985 165331329);SCN8Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr12 51687220 51689004);SCN8Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr12 51774363 51786541);SCN9Aのイントロン(GRCh38/hg38:chr2 166304122 166305791);SEMA3Cのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 80789529 80798091);SEMA3Dのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423);SIRT3のイントロン(GRCh38/hg38:chr11 224241 230451);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1207204 1218416);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1221341 1221948);SYNGAP1のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 33447934 33451759);TOPORSのイントロン(GRCh38/hg38:chr9 32550969 32552433);またはVCANのイントロン(GRCh38/hg38:chr5 83542269 83545536)である。
hg38:chr2 166304122 166305791);SEMA3Cのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 80789529 80798091);SEMA3Dのイントロン(GRCh38/hg38:chr7 85055860 85065423);SIRT3のイントロン(GRCh38/hg38:chr11 224241 230451);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1207204 1218416);STK11のイントロン(GRCh38/hg38:chr19 1221341 1221948);SYNGAP1のイントロン(GRCh38/hg38:chr6 33447934 33451759);TOPORSのイントロン(GRCh38/hg38:chr9 32550969 32552433);またはVCANのイントロン(GRCh38/hg38:chr5 83542269 83545536)内にある。
タンパク質発現
[0141]一部の実施形態において、本明細書に記載される方法は、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの産生を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「機能性」という用語は、処置される状態または疾患、例えば、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイド(ceriod)リポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ(Koolen−De Vries)症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症(Propionic academia);網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;16p11.2欠失症候群;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;NASH;または常染色体優性精神遅滞5のいずれか1つまたは複数の症状を取り除くのに必要なABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの活性または機能の量を指す。一部の実施形態において、方法は、部分機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの産生を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「部分機能性」という用語は、疾患または状態のいずれか1つまたは複数の症状を取り除くまたは防止するのに必要な活性または機能の量よりも少ない、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質またはRNAの活性または機能の任意の量を指す。一部の実施形態において、部分機能性タンパク質またはRNAは、完全機能性タンパク質またはRNAと比べて少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%低い活性を有し得る。
ANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第2のアレルを有する。別のそのような実施形態において、対象は、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第1のアレル、および部分機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする第2のアレルを有する。これらの実施形態のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴマーは、第2のアレルから転写されたNIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合し、それによりmRNA前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導し、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードする成熟mRNAのレベルの増加、および対象の細胞におけるABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質の発現の増加を引き起こす。
(a)(i)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質もしくは機能性RNAが産生されない
第1の変異アレル、および
(b)(i)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、もしくはSYNGAP1タンパク質が産生されない
第2の変異アレル
を有し、NIE含有mRNA前駆体は、第1のアレルおよび/または第2のアレルから転写される。これらの実施形態において、ASOは、第1のアレルまたは第2のアレルから転写されたNIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合し、それによりNIE含有mRNA前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導し、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質をコードするmRNAのレベルの増加、および対象の細胞における標的タンパク質または機能性RNAの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態において、NIE含有mRNA前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングの結果として生じる発現レベルの増加を有する標的タンパク質または機能性RNAは、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能(部分機能性)を有する形態であっても、同等の野生型タンパク質と比較して完全な機能(完全機能性)を有する形態であってもよい。
エクソン包含
[0151]本明細書で使用する場合、「NIE含有mRNA前駆体」は、少なくとも1個の偽エクソンを含有するmRNA前駆体転写物である。選択的または異常なスプライシングは、成熟mRNA転写物への少なくとも1個の偽エクソンの包含を結果的にもたらし得る。「成熟mRNA」および「完全スプライスmRNA」という用語は、本明細書では交換可能に使用されて、完全にプロセシングされたmRNAを表す。少なくとも1個の偽エクソンの包含は、非生産的mRNAとなり、成熟mRNAのNMDをもたらし得る。NIE含有成熟mRNAは、時折異常なタンパク質発現をもたらす場合がある。
SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
治療剤
[0159]本開示の様々な実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1のタンパク質発現レベルを調節する治療剤を含む組成物および方法が提供される。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体の選択的スプライシングを調節する組成物および方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体のスプライシングにおいてエクソンスキッピングを誘導する、例えば、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 mRNA前駆体のスプライシングの間に偽エクソンのスキッピングを誘導する組成物および方法が本明細書で提供される。他の実施形態において、治療剤は、エクソンの包含を誘導してタンパク質発現レベルを減少させるために使用してもよい。
本開示の一態様によれば、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質欠損に関連する状態または疾患の処置または防止の方法であって、NIE抑制剤を対象に投与して機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、mRNA前駆体転写物の領域に結合して成熟転写物へのNIEの包含を減少させる、方法が本明細書で提供される。例えば、機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質欠損に関連する状態の処置または防止の方法であって、NIE抑制剤を対象に投与して機能性ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、mRNA前駆体転写物のNIE(例えば、ABCB4のエクソン8x、ASS1のエクソン9x、ATP8B1のエクソン16x、BAG3のエクソン1x、CACNA1Aのエクソン31x、CACNA1Aのエクソン36x、CACNA1Aのエクソン37x、CBSのエクソン3x、CBSのエクソン12x、CD55のエクソン1x、CDKL5のエクソン16x、CFHのエクソン3x、CHD2のエクソン30x、CHRNA7のエクソン4x、CISD2のエクソン1x、CLN3のエクソン15x、COL4A3のエクソン11x、COL4A3のエクソン41x、COL4A4のエクソン22x、COL4A4のエクソン44x、DEPDC5のエクソン20x、DHDDSのエクソン2x、ELOVL4のエクソン3x、FAHのエクソン5x、FXNのエクソン4x、GALEのエクソン4x、GBE1のエクソン3x、GRIN2Aのエクソン11x、GRNのエクソン1x、HEXAのエクソン2x、KANSL1のエクソン2x、KCNQ2のエクソン1x、KMT2Dのエクソン50x、MAPK3のエクソン8x、MBD5のエクソン13x、MECP2のエクソン2x、MUTのエクソン11x、NF1のエクソン31x、NIPBLのエクソン7x、NIPBLのエクソン38x、NSD1のエクソン11x、OPA1のエクソン6x、OPA1のエクソン28x、OPTNのエクソン1x、PCCAのエクソン1x、PCCBのエクソン5x、PCCBのエクソン6x、PKP2のエクソン4x、PLCB1のエクソン23x、PRPF3のエクソン3x、PRPF31のエクソン9x、RAI1のエクソン1x、RBFOX2のエクソン5x、SCN2Aのエクソン13x、SCN3Aのエクソン6x、SCN3Aのエクソン7x、SCN8Aのエクソン4x、SCN8Aのエクソン6x、SCN8Aのエクソン20x、SCN9Aのエクソン6x、SHANK3のエクソン24x、SLC25A13のエクソン3x、SLC25A13のエクソン6x、SLC25A13のエクソン9x、SLC25A13のエクソン11x、SLC25A13のエクソン13x、SLC6A1のエクソン1x、SPTAN1のエクソン12x、TEKのエクソン10x、TEKのエクソン15x、TOPORSのエクソン1x、TSC2のエクソン11x、TSC2のエクソン30x、UBE3Aのエクソン1x、もしくはVCANのエクソン7x)を含有するイントロンの領域、または同じイントロンにおけるNIE活性化制御配列に結合する、方法が本明細書で提供される。例えば、機能性AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、またはVCANタンパク質欠損に関連する状態の処置または防止の方法であって、NIE抑制剤を対象に投与して機能性AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、またはVCANタンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、mRNA前駆体転写物のNIE(例えば、AKT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388);CACNA1Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618);CBSのエクソン(GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012);CD46のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745);CFHのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529);CHD2のエクソン(GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261);CLN3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765);COL11A2のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698);COL4A3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833);COL4A4のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360);CR1のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848);CRXのエクソン(GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579);CYP2J2のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516);DHDDSのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372);DNAJC8のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252);EIF2AK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824);ERN1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804);GALEのエクソン(GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446);GUCY2Fのエクソン(GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466);HEXAのエクソン(GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776);MAPK3のエクソン(GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787);MBD5のエクソン(GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830);MUTのエクソン(GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597);MYH14のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999);MYO6のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523);NF1のエクソン(GRCh38/hg38:chr17 31249955 312
50125);NF2のエクソン(GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773);NIPBLのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354);NR1H4のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079);NSD1のエクソン(GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616);OPA1のエクソン(GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557);PCCAのエクソン(GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834);PKP2のエクソン(GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778);PPARAのエクソン(GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652);PRPF3のエクソン(GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498);SCN2Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849);SCN8Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271);SCN9Aのエクソン(GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329);SEMA3Cのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957);SEMA3Dのエクソン(GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541);SIRT3のエクソン(GRCh38/hg38:chr11 225673 226081);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398);STK11のエクソン(GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846);SYNGAP1のエクソン(GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868);TOPORSのエクソン(GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469);VCANのエクソン(GRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070))を含有するイントロンの領域、または同じイントロンにおけるNIE活性化制御配列に結合する、方法が本明細書で提供される。
4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1タンパク質であり得る。
アンチセンスオリゴマー
[0169]ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の標的化部分に結合することによってエクソンスキッピングを誘導するアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で提供される。本明細書で使用する場合、「ASO」および「アンチセンスオリゴマー」という用語は、交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対形成またはゆらぎ塩基対形成(G−U)によって標的核酸(例えば、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体)配列にハイブリダイズする核酸塩基を含むポリヌクレオチド等のオリゴマーを指す。ASOは、標的配列に対して相補的な厳密な配列または非常に高い相補性(例えば、標的配列を結合するのに十分で、スプライス部位でのスプライシングを増強する相補性)を有し得る。ASOは、標的核酸(例えば、mRNA前駆体転写物の標的化部分)に結合(ハイブリダイズ)し、生理的条件下でハイブリダイズしたままでいるように設計される。典型的には、ASOは、意図された(標的化)核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸ではない限られた数の配列(標的核酸以外の少数の部位)にハイブリダイズする。ASOの設計は、mRNA前駆体転写物の標的化部分の核酸配列の存在、または、ASOが他の部位を結合し、「オフターゲット」効果を引き起こす可能性が限定されるように、ゲノムもしくは細胞のmRNA前駆体もしくはトランスクリプトーム中の他の場所における十分に類似した核酸配列の存在を考慮してもよい。当技術分野で公知の、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる、「Reducing Nonsense−Mediated mRNA Decay」という名称の、WO2015/035091として公開されているPCT出願第PCT/US2014/054151号における任意のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用することができる。
[0184]別段の定めのない限り、一本鎖核酸(例えば、mRNA前駆体転写物、オリゴヌクレオチド、ASO等)配列の左手末端は5’末端であり、一本鎖または二本鎖核酸配列の左手方向は5’方向と称される。同様に、核酸配列(一本鎖または二本鎖)の右手末端または方向は、3’末端または方向である。一般に、核酸中の基準点に対して5’側にある領域または配列は「上流」と称され、核酸中の基準点に対して3’側にある領域または配列は「下流」と称される。一般に、mRNAの5’方向または末端は、開始または出発コドンが位置する場所であり、3’末端または方向は、終止コドンが位置する場所である。一部の態様において、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは負の数によって明示されてもよく、基準点の下流にあるヌクレオチドは正の数によって明示されてもよい。例えば、基準点(例えば、mRNAにおけるエクソン−エクソン接合部)は「ゼロ」部位として明示されてもよく、その基準点に直に隣接する上流のヌクレオチドは「マイナス1」、例えば「−1」と明示され、その基準点に直に隣接する下流のヌクレオチドは「プラス1」、例えば「+1」と明示される。
医薬組成物
[0194]記載される組成物の薬剤および記載される方法のいずれかにおける使用のための薬剤、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物または製剤は、医薬業界において周知かつ公開文献に記載されている従来の技法に従って調製することができる。複数の実施形態において、対象を処置するための医薬組成物または製剤は、本明細書に記載されるような有効量の任意のアンチセンスオリゴマー、または薬学的に許容されるその塩、溶媒和物、水和物、もしくはエステルを含む。アンチセンスオリゴマーを含む医薬製剤は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体をさらに含んでもよい。
組合せ療法
[0199]一部の実施形態において、本開示に開示されるASOは、1種または複数種のさらなる治療剤と組み合わせて使用することができる。一部の実施形態において、1種または複数種のさらなる治療剤は低分子を含むことができる。例えば、1種または複数種のさらなる治療剤は、その全体が本明細書に参照によって組み込まれる、WO2016128343A1、WO2017053982A1、WO2016196386A1、WO201428459A1、WO201524876A2、WO2013119916A2、およびWO2014209841A2に記載されている低分子を含むことができる。一部の実施形態において、1種または複数種のさらなる治療剤は、イントロン保持を是正するために使用することができるASOを含む。
対象の処置
[0200]本明細書で提供される組成物のいずれも、個体に投与することができる。「個体」は、「対象」または「患者」と交換可能に使用することができる。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、または非ヒト霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、もしくはヒツジ等の動物であり得る。複数の実施形態において、個体はヒトである。複数の実施形態において、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態において、個体は別の真核性生物、例えば植物であり得る。一部の実施形態において、本明細書で提供される組成物は、細胞にエクスビボで投与される。
エクソンスキッピングを誘導するさらなるASOを同定する方法
[0207]ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体のエクソンスキッピングを誘導するASOを同定または決定するための方法もまた、本開示の範囲内である。例えば、方法は、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、VCAN、AKT3、CD46、COL11A2、CR1、CRX、DNAJC8、MYH14、MYO6、NF2、SEMA3C、SEMA3D、EIF2AK3、ERN1、GUCY2F、SIRT3、NR1H4、STK11、PPARA、CYP2J2、またはSYNGAP1 NIE含有mRNA前駆体の偽エクソンスキッピングを誘導するASOを同定または決定するステップを含むことができる。mRNA前駆体の標的領域内の異なるヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするASOは、標的イントロンのスプライシングの速度および/または範囲を向上させるASOを同定または決定するためにスクリーニングされてもよい。一部の実施形態において、ASOは、スプライシングリプレッサー/サイレンサーの結合部位を遮断するか、またはその結合部位に干渉し得る。当技術分野で公知の任意の方法は、エクソンの標的領域にハイブリダイズした場合に所望の効果(例えば、偽エクソンスキッピング、タンパク質または機能性RNA産生)を結果的にもたらすASOを同定(決定)するために使用してもよい。これらの方法は、包含エクソンと隣り合うイントロンにおける、または非包含エクソンにおける標的化領域に結合することによって包含エクソンのエクソンスキッピングを誘導するASOを同定するためにも使用することができる。使用され得る方法の一例は以下に提供される。
具体的な実施形態(A)
[0215]実施形態A1。処置を必要とする対象におけるアルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群を、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含有するmRNA(NMDエクソンmRNA)であり、標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAを有する対象の細胞による標的タンパク質または機能性RNAの発現を増加させることによって処置する方法であって、対象の細胞を、標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAの標的化部分に結合する治療剤と接触させるステップを含み、それによって、ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンが標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAから排除され、それにより標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAのレベルが増加し、対象の細胞における標的タンパク質または機能性RNAの発現が増加する、方法。
[0221]実施形態A7。薬剤が、NMDエクソンmRNAの標的化部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)である、実施形態A1からA6のいずれか1つに記載の方法。
[0223]実施形態A9。接触させるステップが治療剤をmRNAに接触させるステップを含み、mRNAが細胞の核にある、実施形態A1からA8のいずれか1つに記載の方法。
(a)(i)標的タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)標的タンパク質が産生されない
第1の変異アレル、および
(b)(i)標的タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低下したレベルで産生される、
(ii)標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生される、または
(iii)標的タンパク質が産生されない
第2の変異アレル
を有し、対象が第1の変異アレル(a)(iii).を有する場合、第2の変異アレルが(b)(i)または(b)(ii)であり、対象が第2の変異アレル(b)(iii)を有する場合、第1の変異アレルが(a)(i)または(a)(ii)であり、NMDエクソンmRNAが、(a)(i)もしくは(a)(ii)である第1の変異アレル、および/または(b)(i)もしくは(b)(ii)である第2のアレルのいずれかから転写される、実施形態A1からA11のいずれか1つに記載の方法。
[0229]実施形態A15。標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して完全機能性である形態で産生される、実施形態A13に記載の方法。
[0240]実施形態A26。アンチセンスオリゴマーと接触した細胞において産生される標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAの総量が、対照細胞において産生される標的タンパク質または機能性RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態A1からA25のいずれか1つに記載の方法。
[0248]実施形態A34。薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、実施形態A1からA33のいずれか1つに記載の方法。
[0253]実施形態A39。対象が非ヒト動物である、実施形態A1からA38のいずれか1つに記載の方法。
[0255]実施形態A41。細胞がエクスビボである、実施形態A1からA40のいずれか1つに記載の方法。
[0258]実施形態A44。第2の治療剤が低分子である、実施形態A43に記載の方法。
[0260]実施形態A46。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態A43からA45のいずれか1つに記載の方法。
[0262]実施形態A48。配列番号60〜134の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含むアンチセンスオリゴマー。
[0264]実施形態A50。処置を必要とする対象を処置する方法であって、実施形態A49に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与するステップが、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によるものである、方法。
(a)欠損タンパク質、または
(b)対象における欠損タンパク質を機能的に増大させるか、もしくは置き換える補償タンパク質
であり、機能性RNAが、
(c)欠損RNA、または
(d)対象における欠損機能性RNAを機能的に増大させるか、もしくは置き換える補償機能性RNA
であり、治療剤が、標的タンパク質または機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAからのナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの排除を増強し、それにより対象における標的タンパク質または機能性RNAの産生または活性を増加させる、組成物。
[0268]実施形態A54。疾患または障害が、アルポート症候群;筋萎縮性側索硬化症(ALS);アンジェルマン症候群;原発性進行性失語症;不整脈原性右室異形成症9;自閉症スペクトラム障害;拡張型心筋症1HH;筋原線維性ミオパチー6;神経セロイドリポフスチン症3;妊娠性肝内胆汁うっ滞症3;進行性家族性肝内胆汁うっ滞症1;シトルリン血症II型;シトルリン血症1型;大脳性運動失調症を伴うもしくは伴わない認知機能障害;コルネリア・デ・ランゲ;早期発症てんかん性脳症;てんかん・失語症スペクトラム;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;早期乳児てんかん性脳症12;早期乳児てんかん性脳症13;早期乳児てんかん性脳症2;発作性運動失調症2型;家族性焦点性てんかん;家族性熱性痙攣3B;フリードライヒ運動失調症;反射の保持を伴うフリードライヒ運動失調症;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;原発先天緑内障3E;糖原病IV;GRN関連前頭側頭型認知症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体劣性HSAN2D;先天性無痛症;歌舞伎症候群;クーレン・デ・ブリーズ症候群;常染色体優性精神遅滞1;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;ミオクロニー脱力てんかん;神経線維腫症1型;オピオイド依存症;視神経萎縮1型;経路(眼);経路(中枢神経系、てんかん);フェラン・マクダーミド症候群;プロピオン酸血症;原発開放隅角緑内障;プロピオン酸血症;網膜色素変性症11;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;網膜色素変性症59;レット症候群;良性家族性乳児発作3;良性家族性乳児発作5;スミス・マゲニス症候群;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;シュタルガルト病3;テイ・サックス病;結節性硬化症;チロシン血症I型;ワーグナー症候群1;ウエスト症候群;ウォルフラム症候群2/NAFLD;15q13.3微小欠失;または16p11.2欠失症候群である、実施形態A53に記載の組成物。
[0286]実施形態A72。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態A51からA71のいずれか1つに記載の組成物。
[0291]実施形態A77。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、実施形態A51からA76のいずれかに記載の組成物。
[0293]実施形態A79。処置を必要とする対象を処置する方法であって、実施形態A78に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与するステップが、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によるものである、方法。
[0295]実施形態A81。第2の治療剤が低分子である、実施形態A80に記載の方法。
[0297]実施形態A83。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態A80からA82のいずれか1つに記載の方法。
[0306]実施形態A92。アンチセンスオリゴマーがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0309]実施形態A95。アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までを含む、実施形態A84に記載の医薬組成物。
[0316]実施形態A102。第2の治療剤が低分子である、実施形態A101に記載の方法。
[0318]実施形態A104。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態A101からA103のいずれか1つに記載の方法。
(a)アンチセンスオリゴマーを対象の標的細胞に接触させるステップ、
(b)アンチセンスオリゴマーを欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物にハイブリダイズするステップであり、欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物が、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態をコードすることができ、少なくとも1個のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを含む、ステップ、
(c)欠損ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物から少なくとも1個のナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンを除去して、ABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態をコードする完全にプロセシングされたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物を産生するステップ、および
(d)完全にプロセシングされたABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCAN mRNA転写物からABCB4、ASS1、ATP8B1、BAG3、CACNA1A、CBS、CD55、CDKL5、CFH、CHD2、CHRNA7、CISD2、CLN3、COL4A3、COL4A4、DEPDC5、DHDDS、ELOVL4、FAH、FXN、GALE、GBE1、GRIN2A、GRN、HEXA、KANSL1、KCNQ2、KMT2D、MAPK3、MBD5、MECP2、MUT、NF1、NIPBL、NSD1、OPA1、OPTN、PCCA、PCCB、PKP2、PLCB1、PRPF3、PRPF31、RAI1、RBFOX2、SCN2A、SCN3A、SCN8A、SCN9A、SHANK3、SLC25A13、SLC6A1、SPTAN1、TEK、TOPORS、TSC2、UBE3A、またはVCANタンパク質の機能的形態を翻訳するステップ
を含む、方法。
(a)標的タンパク質もしくは機能性RNAをコードするNMDエクソンmRNAの標的化部分に結合する、
(b)スプライソソームの1つもしくは複数の成分に結合する、または
(c)(a)および(b)の組合せ
である、実施形態A107またはA108に記載の方法。
さらなる具体的な実施形態
[0324]実施形態1。ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞による標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを調節して細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質がAKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[0327](a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、
[0328](b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
[0329](c)(a)および(b)の組合せ
である、実施形態1または2に記載の方法。
[0331]実施形態5。標的化部分がNMDエクソンの近位にある、実施形態3または4に記載の方法。
[0342]実施形態16。標的化部分が、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、実施形態3から15のいずれか1つに記載の方法。
[0345]実施形態19。標的化部分が、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む、実施形態1から18のいずれか1つに記載の方法。
[0354]実施形態28。治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する、実施形態1から27のいずれか1つに記載の方法。
[0357]実施形態31。治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態28から30のいずれか1つに記載の方法。
[0359]実施形態33。治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、実施形態28から32のいずれか1つに記載の方法。
[0361]実施形態35。疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、実施形態34に記載の方法。
[0364](i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
[0365](ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
[0366]第1のアレル、および
[0367](iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
[0368](iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
第2のアレルを有する、実施形態2から36のいずれか1つに記載の方法。
[0374]実施形態43。治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、実施形態40から42のいずれか1つに記載の方法。
[0376]実施形態45。治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、実施形態40から44のいずれか1つに記載の方法。
[0378]実施形態47。対象が、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する、実施形態46に記載の方法。
[0381]実施形態50。疾患または状態が中枢神経系疾患を含む、実施形態49に記載の方法。
[0383]実施形態52。疾患または状態がドラベ症候群を含む、実施形態51に記載の方法。
[0388]実施形態57。治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、実施形態1から56のいずれか1つに記載の方法。
[0391]実施形態60。対象がヒトである、実施形態1から59のいずれか1つに記載の方法。
[0393]実施形態62。対象が胎児、胚、または小児である、実施形態2から60のいずれか1つに記載の方法。
[0395]実施形態64。治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、実施形態2から62のいずれか1つに記載の方法。
[0397]実施形態66。第2の治療剤が低分子である、実施形態1から65のいずれか1つに記載の方法。
[0399]実施形態68。第2の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態1から67のいずれか1つに記載の方法。
次世代配列決定を使用するRNAseqによる、転写物におけるNMD誘導エクソン包含事象の同定
[0402]全トランスクリプトームショットガン配列決定を、次世代配列決定を使用して実行して、本明細書に記載される遺伝子によって産生される転写物のスナップショットを明らかにし、NIE包含事象を同定する。この目的のために、ヒト細胞の核および細胞質画分に由来するポリA+RNAを単離し、cDNAライブラリーを、IlluminaのTruSeqストランドmRNAライブラリー調製キットを使用して構築する。ライブラリーをペアエンド配列決定し、ヒトゲノム(2009年2月、GRCh37/hg19アセンブリ)にマッピングされる100ヌクレオチドの読取りを結果として得る。図2〜58は、様々な遺伝子における、異なる例示的なナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)誘導エクソンの同定を示す。
シクロヘキシミド処理を介したNIEの確認
[0404]DMSO処理またはピューロマイシンもしくはシクロヘキシミド処理ヒト細胞に由来する細胞質RNA、およびエクソンにおけるプライマーを使用するRT−PCR分析により、NMD誘導エクソンに対応するバンドの存在を確認することができる。産物の同一性を、配列決定によって確認する。バンドの密度測定分析を実施して、総転写物のNMDエクソン包含率を算出する。NMDを阻害するための、シクロヘキシミドまたはピューロマイシンを用いた細胞の処理は、細胞質画分におけるNMD誘導エクソンに対応する産物の増加をもたらすことができる。図59、62、65、69、72、および75はそれぞれ、シクロヘキシミドまたはピューロマイシン処理を使用した、様々な遺伝子転写物における例示的なNIEエクソンの確認を示す。
NMDエクソン領域ASO歩行
[0405]ASO歩行を、NMDエクソン領域に関して、3’スプライス部位の直ぐ上流の配列、3’スプライス部位を横断する配列、NMDエクソンの配列、5’スプライス部位を横断する配列、および5’スプライス部位の下流の配列を標的とし、PS骨格の2’−MOE ASOを使用して実施する。ASOは、一度に5ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計する。図60、63、66、70、73、および76はそれぞれ、様々な例示的なNIEエクソン領域に関するASO歩行を示す。
RT−PCRによって評価したNMDエクソン領域ASO歩行
[0406]ASO歩行配列は、例えばRT−PCRによって評価することができる。PAGEを使用して、無試薬取込みにより、模擬処理した(Sham)、SMN統御ASO処理した(SMN)、またはヒト細胞中20μMの濃度の、本明細書で記載されるようなNMDエクソン領域を標的とする2’−MOE ASOを用いて処理されたもののSYBRセーフ染色RT−PCR産物を示すことができる。NMDエクソン包含および全長に対応する産物を定量化し、NMDエクソン包含率をプロットする。全長産物を内部対照であるRPL32に対して正規化することができ、Shamと比べた倍率変化をプロットすることができる。図71および78はそれぞれ、例示的なNIEエクソン領域の様々な例示的なASO歩行のRT−PCRを介した評価を示す。
RT−qPCRによって評価したNMDエクソン領域ASO歩行
[0407]RPL32に対して正規化したSYBRグリーンRT−qPCR増幅結果は、SYBRセーフRT−PCRによって評価することができ、Shamと比べた倍率変化としてプロットして、SYBRセーフRT−PCR結果を確認することができる同じASO取込み実験を使用して得ることができる。図61、64、67、68、71、74、77、および78はそれぞれ、例示的なNIEエクソン領域の様々な例示的なASO歩行のRT−qPCRを介した評価を示す。
CXH処理細胞における選択されたASOの用量依存的効果
[0408]PAGEを使用して、RNAiMAXトランスフェクションにより、模擬処理した(Sham、RNAiMAXのみ)、またはマウスもしくはヒト細胞中30nM、80nM、および200nMの濃度の、NMDエクソンを標的とする2’−MOE ASOを用いて処理した細胞のSYBRセーフ染色RT−PCR産物を示すことができる。NMDエクソン包含および全長に対応する産物を定量化し、NMDエクソン包含率をプロットすることができる。全長産物を内部対照であるHPRTに対してさらに正規化することができ、Shamと比べた倍率変化をプロットすることができる。
選択されたASOの硝子体内(IVT)注射
[0409]PBSを注射した(1μL)眼(−)、または10mMの濃度でASOもしくはCep290(陰性対照ASO、Gerardら、Mol.Ther.Nuc.Ac.、2015)2’−MOE ASOを注射した(1μL)眼(+)に由来するマウスのSYBRセーフ染色RT−PCR産物のPAGE。NMDエクソン包含および全長に対応する産物(を定量化し、NMDエクソン包含率をプロットすることができる。全長産物を内部対照であるGAPDHに対して正規化することができ、PBS注射と比べたASO注射の倍率変化をプロットすることができる。
選択されたASOの脳室内(ICV)注射
[0410]注射していない(−、無ASO対照)、または300μgのCep290(陰性対照ASO、Gerardら、Mol.Ther.Nuc.Ac.、2015)、2’−MOE ASOを注射した脳に由来するマウスのSYBRセーフ染色RT−PCR産物のPAGE。NMDエクソン包含および全長に対応する産物を定量化することができ、NMDエクソン包含率をプロットすることができる。Taqman PCRを、NMDエクソン接合部にまたがる2個の異なるプローブを使用して実施してもよく、産物を内部対照であるGAPDHに対して正規化することができ、Cep290を注射した脳と比べたASOを注射した脳の倍率変化をプロットすることができる。
Claims (69)
- ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞によって標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって、治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
- 対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって、疾患または状態を処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードする細胞中のmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、対象の細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
- 治療剤が、
(a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、
(b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
(c)(a)および(b)の組合せ
である、請求項1または2に記載の方法。 - 治療剤が、NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の、標的化部分の領域への結合に干渉する、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分がNMDエクソンの近位にある、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド上流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド下流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、請求項5に記載の方法。
- 標的化部分が、標的タンパク質をコードするmRNAの2つの標準的なエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がNMDエクソンを含有する、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンと少なくとも部分的に重複する、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分が、5’NMDエクソン−イントロン接合部または3’NMDエクソン−イントロン接合部を含む、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分がNMDエクソン内にある、請求項3に記載の方法。
- 標的化部分が、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む、請求項3に記載の方法。
- 標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号135〜191からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号1〜5、12、19〜21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55〜57、および192〜211からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項1または2に記載の方法。
- mRNAの標的化部分が、配列番号135〜191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、請求項3に記載の方法。
- 薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号135〜191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、請求項1または2に記載の方法。
- mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある、請求項3に記載の方法。
- mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にある、請求項3に記載の方法。
- mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるエクソンのエクソン−イントロン接合部を含む、請求項3に記載の方法。
- 産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、請求項28に記載の方法。
- 治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる、請求項28に記載の方法。
- 治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、請求項28に記載の方法。
- 治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、請求項28に記載の方法。
- 治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、請求項28に記載の方法。
- 疾患または状態が、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘発される、請求項2に記載の方法。
- 疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、請求項34に記載の方法。
- 疾患または状態が、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される、請求項35に記載の方法。
- 疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象が、
(i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
(ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
第1のアレル、および
(iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
(iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
第2のアレルを有する、請求項34に記載の方法。 - 疾患または状態が、アルポート症候群;神経セロイドリポフスチン症3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;メチルマロン酸尿症;プロピオン酸血症;網膜色素変性症59;テイ・サックス病;先天性無痛症;ならびに常染色体劣性HSAN2Dからなる群から選択される、請求項37に記載の方法。
- 治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、請求項34に記載の方法。
- 治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害する、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、請求項40に記載の方法。
- 治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを減少させる、請求項40に記載の方法。
- 治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、請求項40に記載の方法。
- 治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、請求項40に記載の方法。
- 治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、請求項40に記載の方法。
- 疾患または状態が、標的タンパク質における機能獲得型変異によって誘発される、請求項2に記載の方法。
- 対象が、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する、請求項46に記載の方法。
- 治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、請求項46に記載の方法。
- 標的タンパク質がSCN8Aを含む、請求項40に記載の方法。
- 疾患または状態が中枢神経系疾患を含む、請求項49に記載の方法。
- 疾患または状態がてんかんを含む、請求項50に記載の方法。
- 疾患または状態がドラベ症候群を含む、請求項51に記載の方法。
- 治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、または2’−O−メトキシエチル部分を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 各糖部分が修飾糖部分である、請求項55に記載の方法。
- 治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、mRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、請求項3に記載の方法。
- 標的タンパク質のmRNAレベルまたは発現レベルを評価するステップをさらに含む、請求項1または2に記載の方法。
- 対象がヒトである、請求項2に記載の方法。
- 対象が非ヒト動物である、請求項2に記載の方法。
- 対象が胎児、胚、または小児である、請求項2に記載の方法。
- 細胞がエクスビボである、請求項1または2に記載の方法。
- 治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、請求項2に記載の方法。
- 第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、請求項2に記載の方法。
- 第2の治療剤が低分子である、請求項65に記載の方法。
- 第2の治療剤がアンチセンスオリゴマーである、請求項65に記載の方法。
- 第2の治療剤がイントロン保持を是正する、請求項65に記載の方法。
- 疾患または状態が、16p11.2欠失症候群;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経セロイドリポフスチン症3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;錐体桿体網膜ジストロフィー2;コルネリア・デ・ランゲ;常染色体優性難聴13;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;家族性熱性痙攣3B;先天性無痛症;常染色体劣性HSAN2D;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体優性精神遅滞1;常染色体優性精神遅滞5;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;NASH;神経線維腫症1型;神経線維腫症2型;視神経萎縮1型;プロピオン酸血症;網膜色素変性症18;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;テイ・サックス病;ならびにワーグナー症候群1からなる群から選択される、請求項2に記載の方法。
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