JP6827148B2 - 状態および疾患の処置のためのアンチセンスオリゴマー - Google Patents

状態および疾患の処置のためのアンチセンスオリゴマー Download PDF

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Description

相互参照
[0001]本出願は、各々その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、２０１７年８月２５日に提出された米国仮出願第６２／５５０，４６２号、２０１７年１０月２３日に提出された米国仮出願第６２／５７５，９０１号、２０１８年５月４日に提出された米国仮出願第６２／６６７，３５６号、２０１８年５月１５日に提出された米国仮出願第６２／６７１，７４５号の利益を主張する。
[0002]神経系障害は、ニューロンの興奮性、ニューロンの相互作用、および脳機能全般を媒介するイオンチャネルの機能が妨害されることを特徴とするチャネル病に関連することが多い。ニューロンの電位依存性（ｖｏｌｔａｇｅ ｇａｔｅｄ）ナトリウムチャネルの細孔形成アルファサブユニットをコードするＳＣＮ１Ａ−ＳＣＮ２Ａ−ＳＣＮ３Ａ遺伝子クラスターの部分であるＳＣＮ１Ａ遺伝子における変異は、ドラベ症候群（ＤＳ）等の疾患および状態の疾患番号の発生に関連する（Ｍｉｌｌｅｒら、１９９３〜２０１５、ＧｅｎｅＲｅｖｉｅｗｓ、Ｐａｇｏｎ ＲＡら編、Ｓｅａｔｔｌｅ（ＷＡ）：Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、Ｓｅａｔｔｌｅ、Ｂｏｏｋｓｈｅｌｆ ＩＤ：ＮＢＫ１３１８、およびＭｕｌｌｅｙら、２００５、Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．２５：５３５〜５４２ページ）。
[0003]ある特定の実施形態において、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン（ｎｏｎ−ｓｅｎｓｅ ｍｅｄｉａｔｅｄ ＲＮＡ ｄｅｃａｙ−ｉｎｄｕｃｉｎｇ ｅｘｏｎ）を含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）であって、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡを有する細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって治療剤がＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンのスプライシングを調節し、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、方法が本明細書に開示される。一部の実施形態において、治療剤が、（ａ）ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する、（ｂ）ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または（ｃ）（ａ）および（ｂ）の組合せである。一部の実施形態において、治療剤は、標的化部分の領域からのＮＭＤエクソンのスプライシングに関与する因子の結合に干渉する。一部の実施形態において、標的化部分がＮＭＤエクソンの近位にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの５’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの５’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの３’末端の、最大約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの３’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの２つのカノニカルな（ｃａｎｏｎｉｃａｌ）エクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域はＮＭＤエクソンを含有する。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンと少なくとも部分的に重複する。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの上流のイントロンと少なくとも部分的に重複する。一部の実施形態において、標的化部分は、５’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部または３’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部を含む。一部の実施形態において、標的化部分はＮＭＤエクソン内にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡは、配列番号２または７〜１０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡは、配列番号１または３〜６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、配列番号２または７〜１０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、治療剤が、アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜６７、２１０〜２５６、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号４２〜５０または２３１〜２３９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流または下流にある。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜３８、５３〜６７、２１０〜２２７、または２４２〜２５６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、ＳＣＮ１Ａのエクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号３９〜４１、５１、５２、２２８〜２３０、２４０、または２４１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、治療剤は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進する。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量は、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３



から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害する。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを減少させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量は、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも１つの修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、各糖部分は修飾糖部分である。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までからなる。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。一部の実施形態において、方法は、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡまたはタンパク質発現をアセスメントするステップをさらに含む。一部の実施形態において、細胞はエクスビボである。
[0004]ある特定の実施形態において、それを必要とする対象における疾患または状態を、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節することによって処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソン（ＮＭＤエクソン）を含有しＳＣＮ１Ａをコードする細胞中のｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、方法が本明細書に開示される。一部の実施形態において、治療剤が、（ａ）ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する、（ｂ）ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または（ｃ）（ａ）および（ｂ）の組合せである。一部の実施形態において、治療剤は、標的化部分の領域からのＮＭＤエクソンのスプライシングに関与する因子の結合に干渉する。一部の実施形態において、標的化部分がＮＭＤエクソンの近位にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの５’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの５’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの３’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの３’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの２つのカノニカルなエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域はＮＭＤエクソンを含有する。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンと少なくとも部分的に重複する。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの上流のイントロンと少なくとも部分的に重複する。一部の実施形態において、標的化部分は、５’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部または３’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部を含む。一部の実施形態において、標的化部分はＮＭＤエクソン内にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ＮＭＤエクソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡは、配列番号２または７〜１０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡは、配列番号１または３〜６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、最大約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、最大約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、標的化部分は、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、配列番号２または７〜１０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜６７、２１０〜２５６、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号４２〜５０または２３１〜２３９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流または下流にある。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜３８、５３〜６７、２１０〜２２７、または２４２〜２５６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、ＳＣＮ１Ａのエクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号３９〜４１、５１、５２、２２８〜２３０、２４０、または２４１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。一部の実施形態において、治療剤は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進する。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量は、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくと



も約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。一部の実施形態において、治療剤は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害する。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを減少させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量は、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。一部の実施形態において、治療剤は、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させる。一部の実施形態において、治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量は、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、各糖部分は修飾糖部分である。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までからなる。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。一部の実施形態において、方法は、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡまたはタンパク質発現をアセスメントするステップをさらに含む。一部の実施形態において、疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される。一部の実施形態において、疾患または状態が、ＳＣＮ１Ａ遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第１のアレル、およびＳＣＮ１Ａが産生されないか、もしくは低減したレベルで産生される第２のアレル、または非機能性ＳＣＮ１Ａもしくは部分機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第２のアレルを有する。一部の実施形態において、疾患または状態が脳症である。一部の実施形態において、脳症はてんかん性脳症である。一部の実施形態において、疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ｅｐｉｌｅｐｓｙ， ｇｅｎｅｒａｌｉｚｅｄ， ｗｉｔｈ ｆｅｂｒｉｌｅ ｓｅｉｚｕｒｅｓ ｐｌｕｓ）（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；自閉症；または乳児悪性焦点移動性部分発作である。一部の実施形態において、ＧＥＦＳ＋は全般てんかん熱性痙攣プラス２型である。一部の実施形態において、熱性痙攣は家族性熱性痙攣３Ａである。一部の実施形態において、ＳＭＥＢは、全般性棘波を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−ＳＷ）、ミオクロニー発作を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｍ）、ＳＭＥＩの特徴を２つ以上欠くＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｏ）、または全般性強直間代発作を伴う難治性小児てんかん（ＩＣＥＧＴＣ）である。一部の実施形態において、治療剤は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を増加させる。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２２〜２４、２６、２７、２９〜３５、３７〜６２、６４〜６７、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である配列を含む。一部の実施形態において、疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異によって誘発される。一部の実施形態において、対象は、ＳＣＮ１Ａが増加したレベルで産生されるアレル、または細胞におけるＮａｖ１．１の増加した活性を誘導する変異ＳＣＮ１Ａをコードするアレルを有する。一部の実施形態において、疾患または状態が片頭痛である。一部の実施形態において、片頭痛は家族性片麻痺性片頭痛３である。一部の実施形態において、疾患または状態がＮａｖ１．１素因性てんかんである。一部の実施形態において、治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を減少させる。一部の実施形態において、治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１、２５、２８、３６、または６３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む。一部の実施形態において、対象はヒトである。一部の実施形態において、対象は非ヒト動物である。一部の実施形態において、対象は胎児、胚、または小児である。一部の実施形態において、治療剤は、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される。一部の実施形態において、方法は、第２の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態において、第２の治療剤は低分子である。一部の実施形態において、第２の治療剤はＡＳＯである。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号１１５〜１６１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む。一部の実施形態において、第２の治療剤はイントロン保持を是正する。一部の実施形態において、疾患または状態が、アルツハイマー病、ＳＣＮ２Ａ脳症、ＳＣＮ８Ａ脳症、またはＳＣＮ５Ａ不整脈（ａｒｒｈｙｔｈｍｉａ）である。一部の実施形態において、疾患または状態が、アルツハイマー病、ＳＣＮ２Ａ脳症、ＳＣＮ８Ａ脳症、またはＳＣＮ５Ａ不整脈である。一部の実施形態において、細胞はエクスビボである。
参照による組込み
[0005]本明細書において言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、個々の各刊行物、特許、または特許出願が参照によって組み込まれることが具体的かつ個別的に指示される場合と同じ程度に、参照によって本明細書に組み込まれる。
[0006]本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲において詳細に記載される。本発明の特徴および利点のより良好な理解は、本発明の原理が利用される例証的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、および添付の図面を参照することによって得られるだろう。本明細書は以下の発明の開示を包含する：
［１］ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）であって、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡを有する細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって治療剤がＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンのスプライシングを調節し、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、方法。
［２］疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節することによって処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソン（ＮＭＤエクソン）を含有しＳＣＮ１Ａをコードする細胞中のｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、方法。
［３］治療剤が、
（ａ）ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する、
（ｂ）ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
（ｃ）（ａ）および（ｂ）の組合せ
である、［１］または［２］に記載の方法。
［４］治療剤が、標的化部分の領域からのＮＭＤエクソンのスプライシングに関与する因子の結合に干渉する、［３］に記載の方法。
［５］標的化部分がＮＭＤエクソンの近位にある、［３］に記載の方法。
［６］標的化部分が、ＮＭＤエクソンの５’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、［５］に記載の方法。
［７］標的化部分が、ＮＭＤエクソンの５’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、［５］に記載の方法。
［８］標的化部分が、ＮＭＤエクソンの３’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、［５］に記載の方法。
［９］標的化部分が、ＮＭＤエクソンの３’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、［５］に記載の方法。
［１０］標的化部分が、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの２つのカノニカルなエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がＮＭＤエクソンを含有する、［３］に記載の方法。
［１１］標的化部分が、ＮＭＤエクソンと少なくとも部分的に重複する、［３］に記載の方法。
［１２］標的化部分が、ＮＭＤエクソンの上流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、［３］に記載の方法。
［１３］標的化部分が、５’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部または３’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部を含む、［３］に記載の方法。
［１４］標的化部分がＮＭＤエクソン内にある、［３］に記載の方法。
［１５］標的化部分が、ＮＭＤエクソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む、［３］に記載の方法。
［１６］ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号２または７〜１０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、［１］または［２］に記載の方法。
［１７］ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号１または３〜６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、［１］または［２］に記載の方法。
［１８］標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、［５］に記載の方法。
［１９］標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、［５］に記載の方法。
［２０］標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、［５］に記載の方法。
［２１］標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、［５］に記載の方法。
［２２］ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、配列番号２または７〜１０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、［３］に記載の方法。
［２３］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜６７、２１０〜２５６、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、［１］または［２］に記載の方法。
［２４］ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある、［３］に記載の方法。
［２５］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号４２〜５０、または２３１〜２３９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、［２４］に記載の方法。
［２６］ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流または下流にある、［３］に記載の方法。
［２７］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜３８、５３〜６７、２１０〜２２７、または２４２〜２５６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、［２６］に記載の方法。
［２８］ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのエクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む、［３］に記載の方法。
［２９］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号３９〜４１、５１、５２、２２８〜２３０、２４０、または２４１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、［２８］に記載の方法。
［３０］治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進する、［１］または［２］に記載の方法。
［３１］治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、［３０］に記載の方法。
［３２］治療剤が、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させる、［３０］に記載の方法。
［３３］治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、［３０］に記載の方法。
［３４］治療剤が、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる、［３０］に記載の方法。
［３５］治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量が、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、［３０］に記載の方法。
［３６］疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される、［２］に記載の方法。
［３７］疾患または状態が、ＳＣＮ１Ａ遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第１のアレル、およびＳＣＮ１Ａが産生されないか、もしくは低減したレベルで産生される第２のアレル、または非機能性ＳＣＮ１Ａもしくは部分機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第２のアレルを有する、［３６］に記載の方法。
［３８］疾患または状態が脳症である、［３６］に記載の方法。
［３９］脳症がてんかん性脳症である、［３８］に記載の方法。
［４０］疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；自閉症；または乳児悪性焦点移動性部分発作である、［３６］に記載の方法。
［４１］ＧＥＦＳ＋が全般てんかん熱性痙攣プラス２型である、［４０］に記載の方法。
［４２］熱性痙攣が家族性熱性痙攣３Ａである、［４０］に記載の方法。
［４３］ＳＭＥＢが、全般性棘波を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−ＳＷ）、ミオクロニー発作を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｍ）、ＳＭＥＩの特徴を２つ以上欠くＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｏ）、または全般性強直間代発作を伴う難治性小児てんかん（ＩＣＥＧＴＣ）である、［４０］に記載の方法。
［４４］治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を増加させる、［３６］に記載の方法。
［４５］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２２〜２４、２６、２７、２９〜３５、３７〜６２、６４〜６７、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、［３６］に記載の方法。
［４６］治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害する、［１］または［２］に記載の方法。
［４７］治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する、［４６］に記載の方法。
［４８］治療剤が、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを減少させる、［４６］に記載の方法。
［４９］治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する、［４６］に記載の方法。
［５０］治療剤が、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させる、［４６］に記載の方法。
［５１］治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量が、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する、［４６］に記載の方法。
［５２］疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異によって誘発される、［２］に記載の方法。
［５３］対象が、ＳＣＮ１Ａが増加したレベルで産生されるアレル、または細胞におけるＮａｖ１．１の増加した活性を誘導する変異ＳＣＮ１Ａをコードするアレルを有する、［５２］に記載の方法。
［５４］疾患または状態が片頭痛である、［５２］に記載の方法。
［５５］片頭痛が家族性片麻痺性片頭痛３である、［５４］に記載の方法。
［５６］疾患または状態がＮａｖ１．１素因性てんかんである、［２］に記載の方法。
［５７］治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を減少させる、［５２］に記載の方法。
［５８］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１、２５、２８、３６、または６３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、［５２］に記載の方法。
［５９］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、［１］または［２］に記載の方法。
［６０］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、［１］または［２］に記載の方法。
［６１］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも１つの修飾糖部分を含む、［１］または［２］に記載の方法。
［６２］各糖部分が修飾糖部分である、［６１］に記載の方法。
［６３］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までからなる、［１］または［２］に記載の方法。
［６４］治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、［３］に記載の方法。
［６５］ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡまたはタンパク質発現をアセスメントするステップをさらに含む、［１］に記載の方法。
［６６］対象がヒトである、［２］に記載の方法。
［６７］対象が非ヒト動物である、［２］に記載の方法。
［６８］対象が胎児、胚、または小児である、［２］に記載の方法。
［６９］細胞がエクスビボである、［１］または［２］に記載の方法。
［７０］治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、［２］に記載の方法。
［７１］第２の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、［２］に記載の方法。
［７２］第２の治療剤が低分子である、［７１］に記載の方法。
［７３］第２の治療剤がＡＳＯである、［７１］に記載の方法。
［７４］ＡＳＯが、配列番号１１５〜１６１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、［７３］に記載の方法。
［７５］第２の治療剤がイントロン保持を是正する、［７１］に記載の方法。
［７６］疾患または状態が、アルツハイマー病、ＳＣＮ２Ａ脳症、ＳＣＮ８Ａ脳症、またはＳＣＮ５Ａ不整脈である、［２］に記載の方法。
［７７］疾患または状態が、アルツハイマー病、ＳＣＮ２Ａ脳症、ＳＣＮ８Ａ脳症、またはＳＣＮ５Ａ不整脈である、［３０］、［３２］、または［３４］に記載の方法。
[0007]ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有する標的ｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）、および全長標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソンの治療剤媒介排除の概略図である。核および細胞質区画に分けられた細胞を示す。核において、標的遺伝子のｍＲＮＡ前駆体転写物はスプライシングを受けてｍＲＮＡを生成し、このｍＲＮＡは、細胞質へ輸送され標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子に関して、ｍＲＮＡの一部の画分は、細胞質において分解されるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有し（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）、したがって標的タンパク質産生をもたらさない。 ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有する標的ｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）、および全長標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソンの治療剤媒介排除の概略図である。核および細胞質区画に分けられた同じ細胞の一例を示す。治療剤、例えばアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を用いる処理は、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソンの排除を促進し、ｍＲＮＡの増加を結果的にもたらし、次に、ｍＲＮＡはより高いレベルの標的タンパク質に翻訳される。 ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有する標的ｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）、および全長標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソンの治療剤媒介排除の概略図である。ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソンの治療用ＡＳＯ媒介排除の概略図であり、これが非生産的ｍＲＮＡを生産的ｍＲＮＡに変え、生産的ｍＲＮＡに由来する全長標的タンパク質の発現を増加させる。 [0008]ＳＣＮ１Ａ遺伝子における例示的なナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）誘導エクソンの同定を示す図である。比較ゲノミクスを使用する、ＳＣＮ１Ａ遺伝子におけるＮＭＤ誘導エクソンの同定は、ＵＣＳＣゲノムブラウザにおいて可視化されて示される。上段のパネルは、ＳＣＮ１Ａ遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。１００の脊椎動物種にわたる保存レベルがピークとして示される。最も高いピークはエクソン（黒四角）に対応し、イントロン（矢印線）の大部分に関しては、ピークは観察されない。保存のピークは、中段のパネルに示されるイントロン２０（ＮＭ＿００６９２０）において同定された。保存された配列の検査により、３’および５’スプライス部位（下線の配列）に挟まれた６４ｂｐのエクソン様配列（下段のパネル、灰色で強調された配列）を同定した。このエクソンの包含は、フレームシフト、およびエクソン２１への未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をＮＭＤの標的にする。 [0009]図３Ａは、シクロヘキシミド処理を介したＮＭＤ誘導エクソンの確認を示すグラフである。ＤＭＳＯ処理（ＣＨＸ−）またはシクロヘキシミド処理（ＣＨＸ＋）Ｎｅｕｒｏ ２Ａ（マウス神経系前駆細胞）に由来する細胞質ＲＮＡ、ならびにエクソン２１および下流のエクソンにおけるプライマーを使用するＲＴ−ＰＣＲ分析により、ＮＭＤ誘導エクソン（２１ｘ）に対応するバンドの存在を確認した。産物の同一性を、配列決定によって確認した。バンドの密度測定分析を実施して、総ＳＣＮ１Ａ転写物のエクソン２１ｘ包含パーセントを算出した。ＮＭＤを阻害するための、シクロヘキシミドを用いたＮｅｕｒｏ ２Ａの処理（ＣＨＸ＋）は、細胞質画分においてＮＭＤ誘導エクソン２１ｘに対応する産物の２倍の増加をもたらした（薄い灰色の棒、すなわちＣＨＸ−対濃い灰色の棒、すなわちＣＨＸ＋を参照のこと）。 [0010]図３Ｂは、シクロヘキシミド処理を介したＮＭＤ誘導エクソンの確認を示すグラフである。ＤＭＳＯ処理（ＣＨＸ−）またはシクロヘキシミド処理（ＣＨＸ＋）ＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭ（ヒト神経系前駆細胞）に由来する細胞質ＲＮＡ、ならびにエクソン２０およびエクソン２３におけるプライマーを使用するＲＴ−ＰＣＲ分析により、ＮＭＤ誘導エクソン（２０ｘ）に対応するバンドの存在を確認した。産物の同一性を、配列決定によって確認した。バンドの密度測定分析を実施して、総ＳＣＮ１Ａ転写物のエクソン２０ｘ包含パーセントを算出した。ＮＭＤを阻害するための、シクロヘキシミドを用いたＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭの処理（ＣＨＸ＋）は、細胞質画分においてＮＭＤ誘導エクソン２０ｘに対応する産物の２倍の増加をもたらした（薄い灰色の棒、すなわちＣＨＸ−対濃い灰色の棒、すなわちＣＨＸ＋を参照のこと）。 [0011]例示的なＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯ歩行を示す図である。ＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域に関して、３’スプライス部位の上流の配列、３’スプライス部位を横断する配列、エクソン２０ｘ、５’スプライス部位を横断する配列、および５’スプライス部位の下流の配列を標的とし、ＰＳ骨格の２’−ＭＯＥ ＡＳＯを使用して実施したＡＳＯ歩行のグラフィック表示を示す。ＡＳＯは、一度に５ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。 [0012]ＲＴ−ＰＣＲによって評価したＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯ歩行を示す図である。代表的なＰＡＧＥは、無試薬取込み（ｇｙｍｎｏｔｉｃ ｕｐｔａｋｅ）により、模擬処理した（Ｓｈａｍ）、ＳＭＮ対照ＡＳＯ処理した（ＳＭＮ）、またはＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭ細胞中２０μＭの濃度の、本明細書で実施例および図４の説明に記載されるようなエクソン２０ｘ領域を標的とする２’−ＭＯＥ ＡＳＯを用いて処理したＳＣＮ１ＡのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物を示す。エクソン２０ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２０ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。 [0013]図５Ａのデータからエクソン２０ｘ包含パーセントをプロットしたグラフである。黒線は、Ｓｈａｍについては変化がないことを指し示す。 [0014]内部対照であるＲＰＬ３２に対して正規化した全長産物のグラフであり、Ｓｈａｍと比べた変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、およびＳｈａｍについては変化がないことを指し示す。 [0015]ＲＴ−ｑＰＣＲによって評価した例示的なＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯ歩行を示すグラフである。図５に示されるのと同じＡＳＯ取込み実験を使用して得て、ＳＹＢＲセーフＲＴ−ＰＣＲによって評価した、ＲＰＬ３２に対して正規化したＳＹＢＲグリーンＲＴ−ｑＰＣＲ ＳＣＮ１Ａ増幅結果を、Ｓｈａｍと比べた変化倍数としてプロットし、ＳＹＢＲセーフＲＴ−ＰＣＲ結果を確認する。黒線は、１の比（Ｓｈａｍについては変化がないこと）を指し示す。 [0016]図７Ａは、電位依存性（ｖｏｌｔａｇｅ−ｇａｉｔｅｄ）ナトリウムチャネルアルファサブユニットメンバーの一部のメンバーに関する表である。矢印は図７Ｂにおける棒の色に対応する。Ｘは、発現が検出されなかったことを表す。 [0017]図７Ｂは、標的選択性を評価するためにＳＣＮ１Ａ、ＳＣＮ２Ａ、ＳＣＮ３Ａ、ＳＣＮ８Ａ、およびＳＣＮ９ＡのＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲによってアセスメントした、選択されたＡＳＯを示すグラフである。Ｅｘ２０ｘ＋１、ＩＶＳ２０ｘ＋１８、およびＩＶＳ２０ｘ＋３３ ＡＳＯを使用して得た、ＲＰＬ３２に対して正規化したＴａｑｍａｎ−ｑＰＣＲ増幅結果を、Ｓｈａｍと比べた変化倍数としてプロットする。黒線は、１の比（ｓｈａｍについては変化がないこと）を指し示す。 [0018]図８Ａは、ＣＸＨ処理細胞における選択されたＡＳＯの例示的な用量依存的効果を示す図である。ＲＮＡｉＭＡＸトランスフェクションにより、模擬処理した（Ｓｈａｍ、ＲＮＡｉＭＡＸのみ）、またはＮｅｕｒｏ ２Ａ（マウス神経芽細胞腫）細胞中３０ｎＭ、８０ｎＭ、および２００ｎＭの濃度の、エクソン２１ｘ（マウス命名法、ヒトエクソン２０ｘに対応）を標的とするＥｘ２１ｘ＋１ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを用いて処理したマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物を示す代表的なＰＡＧＥを示す。Ｅｘ２１ｘ＋１（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２０ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２０ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。 [0019]図８Ｂは、図７Ａのデータからエクソン２０ｘ包含をプロットしたグラフである。黒線は、Ｓｈａｍについては変化がないことを指し示す。 [0020]図８Ｃは、内部対照であるＨｐｒｔに対して正規化した全長産物の例示的なグラフであり、Ｓｈａｍと比べた変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、およびＳｈａｍについては変化がないことを指し示す。 [0021]図９Ａは、Ｃ５７ＢＬ６Ｊマウス（雄、３カ月齢）における、選択されたＡＳＯの硝子体内（ＩＶＴ）注射の例示的な結果を示す図である。ＰＢＳを注射した（１μＬ）左眼（−）、または１０ｍＭの濃度のＩＶＳ２０ｘ−２１、Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、ＩＶＳ２１ｘ＋３３、もしくはＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ、Ｇｅｒａｒｄら、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．、２０１５）２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した（１μＬ）右眼（＋）に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥゲルを示す。Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、およびＩＶＳ２１ｘ＋３３（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１、ＩＶＳ２０ｘ＋１８、およびＩＶＳ２０ｘ＋３３（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。 [0022]図９Ｂは、図９Ａのデータからエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフである。白色の棒はＡＳＯを注射した眼に対応し、灰色の棒はＰＢＳを注射した眼に対応し、各群においてｎ＝５。 [0023]図９Ｃは、全長産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化したグラフであり、ＰＢＳを注射した眼と比べたＡＳＯを注射した眼の変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、およびＰＢＳについては変化がないこと、各群においてｎ＝５を指し示す。 [0024]図１０Ａは、Ｃ５７ＢＬ６Ｊマウス（雄、３カ月齢）における、選択されたＡＳＯの脳室内（ＩＣＶ）注射の例示的な結果を示す図である。注射していない（−、無ＡＳＯ対照）、または３００μｇのＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ、Ｇｅｒａｒｄら、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．、２０１５）、Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、ＩＶＳ２１ｘ＋３３ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した脳に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥゲルを示す。Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、およびＩＶＳ２１ｘ＋３３（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１、ＩＶＳ２０ｘ＋１８、およびＩＶＳ２０ｘ＋３３（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。 [0025]図１０Ｂは、図１０Ａのデータからエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフであり、ｎ＝６（各標的ＡＳＯ）、ｎ＝５（Ｃｅｐ２９０ ＡＳＯ）、ｎ＝１（注射していない、無ＡＳＯ対照）を示す。 [0026]図１０Ｃは、エクソン２１と２２との接合部にまたがる２個の異なるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフである。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、Ｃｅｐ２９０を注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、およびＣｅｐ２９０については変化がないこと、ｎ＝６（各標的ＡＳＯ）、ｎ＝５（Ｃｅｐ２９０ ＡＳＯ）、ｎ＝１（注射していない、無ＡＳＯ対照）を指し示す。 [0027]図１１Ａは、Ｃ５７ＢＬ６Ｊマウス（雄、３カ月齢）における、選択されたＡＳＯの脳室内（ＩＣＶ）注射の例示的な結果を示す図である。３００ｕｇのＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ、Ｇｅｒａｒｄら、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．、２０１５）、または３３ｕｇ、１００ｕｇ、および３００ｕｇのＥｘ２１ｘ＋１ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した脳に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥゲル。Ｅｘ２１ｘ＋１（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。 [0028]図１１Ｂは、図１１Ａのデータからエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフであり、ｎ＝５（各群）を示す。 [0029]図１１Ｃは、エクソン２１と２２との接合部にまたがる２個の異なるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフである。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、Ｃｅｐ２９０を注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、およびＣｅｐ２９０については変化がないこと、ｎ＝５（各群）を指し示す。 [0030]図１２Ａは、Ｃ５７ＢＬ６Ｊマウス（出生後２日目）における、選択されたＡＳＯの脳室内（ＩＣＶ）注射の例示的な結果を示す図である。注射していない（−、無ＡＳＯ対照）、または２０μｇのＥｘ２１ｘ＋１ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した脳に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥゲルを示す。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。Ｅｘ２１ｘ＋１（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１（ヒト命名法）とは同一である。 [0031]図１２Ｂは、図１２Ａのデータからエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフであり、ｎ＝４（各群）を示す。 [0032]図１２Ｃは、エクソン２１と２２との接合部にまたがる２個の異なるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフである。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、無ＡＳＯ対照脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、および無ＡＳＯ対照については変化がないこと、ｎ＝４（各群）を指し示す。 [0033]図１３Ａは、指し示されたマウスＣＮＳ試料におけるエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフである。 [0034]図１３Ｂは、指し示されたヒトＣＮＳ試料におけるエクソン２０ｘ包含パーセントをプロットしたグラフである。 [0035]図１４Ａは、指し示された用量におけるエクソン２１ｘ包含の減少パーセントをプロットしたグラフである。 [0036]図１４Ｂは、指し示された用量におけるＳｃｎ１ａ ｍＲＮＡの増加パーセントをプロットしたグラフである。 [0037]図１４Ｃは、指し示された用量におけるＮａｖ１．１タンパク質レベルの増加パーセントをプロットしたグラフである。 [0038]図１５Ａは、指し示された用量におけるエクソン２１ｘ包含の減少パーセントをプロットしたグラフである。 [0039]図１５Ｂは、指し示された用量におけるＳｃｎ１ａ ｍＲＮＡの増加パーセントをプロットしたグラフである。 [0040]出生後２日目のマウスにＩＣＶ注射を介して１０ｕｇ用量で投与され、注射後５日目に、標的選択性をアセスメントするためにＳＣＮ１Ａ、ＳＣＮ２Ａ、ＳＣＮ３Ａ、ＳＣＮ４Ａ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＣＮ７Ａ、ＳＣＮ８Ａ、ＳＣＮ９Ａ、ＳＣＮ１０Ａ、およびＳＣＮ１１ＡのＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲによって評価した、選択されたＳｃｎ１ａ標的ＡＳＯを示すグラフである。Ｅｘ２０ｘ＋１ ＡＳＯを使用して得た、Ｇａｐｄｈに対して正規化したＴａｑｍａｎ−ｑＰＣＲ増幅結果を、ＰＢＳを注射したマウスと比べた変化倍数としてプロットする。 [0041]野生型（ＷＴ）、または１２９Ｓ−Ｓｃｎ１ａｔｍ１Ｋｅａ×Ｃ５７ＢＬ／６Ｊの交配によるヘテロ接合型ドラベマウス（ＨＥＴ）Ｆ１マウスへの、指し示された用量での選択されたＡＳＯの出生後２日目における脳室内（ＩＣＶ）注射に関する、注射３日後の例示的な結果を示すグラフである。[0042]図１７Ａは、エクソン２１および２２にまたがるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフである。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、ＰＢＳを注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。 [0043]図１７Ｂは、抗Ｎａｖ１．１抗体を使用して実施したウェスタンブロットの結果のグラフである。産物をポンソー染色バンドに対して正規化し、ＰＢＳを注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。 [0044]自由取込みを介したＲｅｎＣｅｌｌにおけるＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯマイクロ歩行の例示的な結果のグラフである。ＡＳＯは、一度に１ヌクレオチド移動することによって（６〜４１）、またはＡＳＯ１７の長さを減少させることによって（１〜５）、図６において以前に同定した３種類の標的ＡＳＯ（星印によって示す）の周囲の領域を網羅するように設計した。グラフは、ＳＹＢＲグリーンｑＰＣＲによって測定された、エクソン２０ｘ包含パーセントを示す。黒線は、無ＡＳＯ（−）については変化がないことを指し示す。 [0045]ＳＣＮ１Ａ標的ＡＳＯの注射後のマウスの冠状脳切片におけるＳｃｎ１ａ ｍＲＮＡレベルの経時的な増加をプロットしたグラフである。示されるように、Ｓｃｎ１ａ ｍＲＮＡレベルの増加は、注射後少なくとも８０日間維持された。 [0046]ドラベマウスモデルにおける、ＳＣＮ１Ａ標的ＡＳＯによってもたらされる１００％の生存利益を実証する例示的な生存曲線のグラフである。＋／＋はＷＴ遺伝子型を表し、＋／−は１２９Ｓ−ｓｃｎ１ａｔｍ１Ｋｅａヘテロ接合遺伝子型（ドラベマウスモデル）を表し、ＡはＰＢＳ処置を表し、ＢはＡＳＯ処置を表す。示されるように、Ａ＋／−群のマウス（ＰＢＳ処置を受けたドラベマウス）は出生後約１６日目から死亡し始めたが、Ｂ＋／−（ＡＳＯ処置を受けたドラベマウス）群を含め、他の３群の全てのマウスは少なくとも出生後３５日目まで生存した。
スプライシングおよびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構
[0047]介在配列またはイントロンは、スプライソソームと称される、大きく、高度に動的なＲＮＡ−タンパク質複合体によって除去され、このことが一次転写物と、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）と、多数のタンパク質との間の複雑な相互作用を調整する。スプライソソームは、その都度各イントロン上に規則正しく集合し、Ｕ１ ｓｎＲＮＡによる５’スプライス部位（５’ｓｓ）またはＵ２経路による３’スプライス部位（３’ｓｓ）の認識から開始し、Ｕ２経路では、Ｕ２補助因子（Ｕ２ＡＦ）が３’ｓｓ領域に結合して、Ｕ２が分岐点配列（ＢＰＳ）に結合することを容易にする。Ｕ２ＡＦは、ポリピリミジントラクト（ＰＰＴ）に結合するＵ２ＡＦ２によってコードされる６５ｋＤのサブユニット（Ｕ２ＡＦ６５）、および３‘ｓｓにおいて高度に保存されたＡＧジヌクレオチドと相互作用し、Ｕ２ＡＦ６５結合を安定化させる、Ｕ２ＡＦ１によってコードされる３５ｋＤのサブユニット（Ｕ２ＡＦ３５）から構成される安定なヘテロ二量体である。正確なスプライシングは、ＢＰＳ／ＰＰＴユニットおよび３’ｓｓ／５’ｓｓに加えて、イントロンまたはエクソンスプライシングエンハンサーもしくはサイレンサーとして公知の、スプライス部位認識を活性化または抑制する補助配列または構造を必要とする。これらのエレメントは、同じ配列を有するが本来の部位よりも１０倍多い、高等真核生物のゲノムにおける非常に過剰な潜在的または偽部位の中から、真のスプライス部位が認識されることを可能にする。エレメントはしばしば制御機能を有するが、その活性化または抑制の厳密な機構は、十分に理解されていない。
[0048]スプライスするか否かの決定は、最も明確なスプライシングシグナルでさえ時折誤ってスプライスすることがあるように、典型的には、決定的な過程というよりはむしろ確率的な過程としてモデル化することができる。しかしながら、通常の条件下では、ｍＲＮＡ前駆体スプライシングは驚くほど高い忠実度で行われる。これは、部分的には、隣接するｃｉｓ作用性補助エクソンおよびイントロンのスプライシング制御エレメント（ＥＳＲまたはＩＳＲ）の活性に起因すると考えられる。典型的には、これらの機能的エレメントは、スプライシングを刺激または阻害する能力に基づいて、それぞれエクソンまたはイントロンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥまたはＩＳＥ）またはサイレンサー（ＥＳＳまたはＩＳＳ）のいずれかに分類される。現在、一部の補助的なｃｉｓ作用性エレメントはスプライソソーム集合の動力学、例えばＵ１ ｓｎＲＮＰと５’ｓｓとの間における複合体の布置に影響を及ぼすことによって作用し得るという証拠が存在するが、多くのエレメントはｔｒａｎｓ作用性ＲＮＡ結合タンパク質（ＲＢＰ）と協調的に機能するという可能性は、非常に高いように思われる。例えば、ＲＢＰのセリンおよびアルギニンが豊富なファミリー（ＳＲタンパク質）は、エクソンを規定することにおいて重要な役割を有するタンパク質の保存されたファミリーである。ＳＲタンパク質は、プレスプライソソームの成分を隣接するスプライス部位に動員することによって、またはその近傍においてＥＳＳの効果を弱めることによってエクソン認識を促進する。ＥＳＳの抑制効果は、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質（ｈｎＲＮＰ）ファミリーのメンバーによって媒介されることがあり、コアスプライシング因子の隣接するスプライス部位への動員を変更させることができる。サイレンサーエレメントは、スプライシング制御における役割に加えて、エクソンの典型的な間隔を有するが機能的なオープンリーディングフレームを有しない数組のデコイイントロンスプライス部位である偽エクソンの抑制における役割を有することが示唆される。ＥＳＥおよびＥＳＳは、それらの同族のｔｒａｎｓ作用性ＲＢＰと共に、ｍＲＮＡがその前駆体から組み立てられる方法、場所、および時を指定する１組のスプライシング統御因子における重要な成分の代表である。
[0049]エクソン−イントロン境界を示す配列は、ヒト遺伝子内に高頻度で生じ得る、様々な強さの縮重したシグナルである。多エクソン遺伝子では、異なる対のスプライス部位が多くの異なる組合せで互いに連結して、単一の遺伝子から多種多様な転写物を作り出すことができる。これは一般的に選択的ｍＲＮＡ前駆体スプライシングと称される。選択的スプライシングによって産生される大半のｍＲＮＡアイソフォームは、核から輸送され、機能性ポリペプチドに翻訳されることができるが、単一の遺伝子に由来する異なるｍＲＮＡアイソフォームは、その翻訳効率に大きくばらつきがあることがある。エクソン接合部複合体の少なくとも５０ｂｐ上流に未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するそれらのｍＲＮＡアイソフォームは、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路による分解の標的となる可能性が高い。伝統的な（ＢＰＳ／ＰＰＴ／３’ｓｓ／５’ｓｓ）および補助的なスプライシングモチーフにおける変異は、異常なスプライシング、例えばエクソンスキッピング、または潜在的（または偽）エクソン包含もしくはスプライス部位活性化を引き起こし、ヒトの罹患率および死亡率の重大な一因となることがある。異常なスプライシングパターンと選択的スプライシングパターンはいずれも、エクソンおよびイントロンにおける天然のＤＮＡバリアントによって影響を及ぼされ得る。
[0050]エクソン−イントロン境界がコドンの３つの位置のいずれかで生じ得ることを考慮すると、選択的スプライシング事象のサブセットのみがカノニカルなオープンリーディングフレームを維持することができることは明らかである。例えば、３で割り切れるエクソンのみが、リーディングフレームの一切の変更なしに、スキップされるか、またはｍＲＮＡに包含されることができる。適合性のあるフェーズを有しないスプライシング事象は、フレームシフトを誘導し得る。下流の事象によって取り消されない限り、フレームシフトは確実に１つまたは複数のＰＴＣをもたらし、おそらくＮＭＤによるその後の分解を結果的にもたらすだろう。ＮＭＤは、ＰＴＣを含有するｍＲＮＡを除外する翻訳連動機構（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ）である。ＮＭＤは、全ての真核生物に存在する監視経路として機能することができる。ＮＭＤは、未成熟停止コドンを含有するｍＲＮＡ転写物を除外することによって、遺伝子発現における失敗を減らすことができる。これらの異常なｍＲＮＡの翻訳は、場合によっては、生じたタンパク質の有害な機能獲得型またはドミナントネガティブ活性をもたらし得る。ＮＭＤは、ＰＴＣを有する転写物だけでなく、多くの内在性の遺伝子から発現した幅広いｍＲＮＡアイソフォームも標的とし、このことは、ＮＭＤが細胞における定常状態のＲＮＡレベルの微細な調整と大まかな調整の両方を駆動する主要制御因子であることを示唆する。
[0051]ＮＭＤ誘導エクソン（ＮＩＥ）は、エクソン、またはイントロン内の領域である偽エクソンであり、成熟ＲＮＡ転写物に包含される場合、ＮＭＤ経路を活性化することができる。構成的スプライシング事象では、ＮＩＥを含有するイントロンは通例切り出されるが、選択的または異常なスプライシング事象の間では、イントロンまたはその部分（例えばＮＩＥ）は保持されることがある。そのようなＮＩＥを含有する成熟ｍＲＮＡ転写物は、ＮＭＤ経路を誘導するフレームシフトのために、非生産的であり得る。成熟ＲＮＡ転写物へのＮＩＥの包含は、遺伝子発現を下方制御し得る。ＮＩＥを含有するｍＲＮＡ転写物は、本開示において、「ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ」または「ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ」と称される場合がある。
[0052]潜在的（または偽スプライス部位）は、真のスプライス部位と同じスプライシング認識配列を有するが、スプライシング反応において使用されない。それらはヒトゲノムにおける真のスプライス部位よりも１０倍多く、通常は、今のところ十分に理解されていない分子機構によって抑制される。潜在的５’スプライス部位は、コンセンサスなＮＮＮ／ＧＵＮＮＮＮまたはＮＮＮ／ＧＣＮＮＮＮを有し、ここで、Ｎは任意のヌクレオチドであり、／Ｎはエクソン−イントロン境界である。潜在的３’スプライス部位は、コンセンサスなＮＡＧ／Ｎを有する。それらの活性化は、それらを本来のスプライス部位の最適なコンセンサス、すなわち、それぞれ、ＭＡＧ／ＧＵＲＡＧＵおよびＹＡＧ／Ｇにより類似させる周囲のヌクレオチドによって正に影響を及ぼされ、ここで、ＭはＣまたはＡであり、ＲはＧまたはＡであり、ＹはＣまたはＵである。
[0053]スプライス部位およびその制御配列は、当業者であれば、例えばＫｒａｌｏｖｉｃｏｖａ、Ｊ．およびＶｏｒｅｃｈｏｖｓｋｙ、Ｉ．（２００７）Ｇｌｏｂａｌ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ａｂｅｒｒａｎｔ ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｂｙ ａｕｘｉｌｉａｒｙ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ａ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｉｎ ｅｘｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｒｏｎ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ。Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、３５、６３９９〜６４１３ページ、（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｍｃ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／ＰＭＣ２０９５８１０／ｐｄｆ／ｇｋｍ６８０．ｐｄｆ）に列挙されている公的に利用可能な好適なアルゴリズムを使用して容易に同定することができる。
[0054]潜在的スプライス部位またはスプライシング制御配列は、Ｕ２ＡＦ等のＲＮＡ結合タンパク質に関して、ＮＩＥのスプライス部位と競合し得る。一実施形態において、薬剤は、潜在的スプライス部位またはスプライシング制御配列に結合して、ＲＮＡ結合タンパク質の結合を妨げ、それによりＮＩＥスプライス部位の利用を有利にしてもよい。
[0055]一実施形態において、潜在的スプライス部位は、ＮＩＥの５’または３’スプライス部位を含まない場合がある。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ５’スプライス部位の少なくとも１０ヌクレオチド上流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ５’スプライス部位の少なくとも２０ヌクレオチド上流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ５’スプライス部位の少なくとも５０ヌクレオチド上流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ５’スプライス部位の少なくとも１００ヌクレオチド上流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ５’スプライス部位の少なくとも２００ヌクレオチド上流であり得る。
[0056]潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ３’スプライス部位の少なくとも１０ヌクレオチド下流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ３’スプライス部位の少なくとも２０ヌクレオチド下流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ３’スプライス部位の少なくとも５０ヌクレオチド下流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ３’スプライス部位の少なくとも１００ヌクレオチド下流であり得る。潜在的スプライス部位は、ＮＩＥ３’スプライス部位の少なくとも２００ヌクレオチド下流であり得る。
標的転写物
[0057]一部の実施形態において、本開示の方法は、ＳＣＮ１Ａ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体におけるＮＩＥの存在を活用する。機能性成熟ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡを産生する、同定されたＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ ｍＲＮＡ前駆体種のスプライシングは、ＮＩＥのエクソンスキッピングを刺激するＡＳＯ等の治療剤を使用して誘導することができる。エクソンスキッピングの誘導は、ＮＭＤ経路の阻害を結果的にもたらすことができる。生じた成熟ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡは、通常はＮＭＤ経路を活性化させることなく翻訳され、それにより患者の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の量を増加させ、ＳＣＮ１Ａ欠損に関連する状態、例えばドラベ症候群（ＤＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病；またはＳＵＤＥＰの症状を軽減することができる。
[0058]様々な実施形態において、本開示は、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物を標的として、スプライシングまたはタンパク質発現レベルを調節する、例えば、増強または阻害することができる治療剤を提供する。治療剤は、低分子、ポリヌクレオチド、またはポリペプチドであり得る。一部の実施形態において、治療剤はＡＳＯである。ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体の様々な領域または配列が、治療剤、例えばＡＳＯによって標的化され得る。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥを含有するＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥ内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥの５’末端（３’ｓｓ）から上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥの３’末端（５’ｓｓ）から下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥの５’末端に隣り合うイントロン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥの３’末端と隣り合うイントロン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥ−イントロン境界を含む配列を標的とする。ＮＩＥ−イントロン境界は、イントロン配列とＮＩＥ領域との接合部を指す場合がある。イントロン配列は、ＮＩＥの５’末端またはＮＩＥの３’末端と隣り合っていてもよい。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のエクソン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物のイントロン内の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、イントロンの一部分とエクソンの一部分との両方を含む配列を標的とする。
[0059]一部の実施形態において、本明細書に記載される治療剤は、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合を調節する。
[0060]一部の実施形態において、本明細書に記載される治療剤が、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合に干渉する。
[0061]一部の実施形態において、本明細書に記載される治療剤は、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合を妨げる。
[0062]一部の実施形態において、治療剤は、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの２つのカノニカルなエクソン領域の間のイントロン領域に位置する標的化部分を標的とし、イントロン領域はＮＭＤエクソンを含有する。
[0063]一部の実施形態において、治療剤は、ＮＭＤエクソンと少なくとも部分的に重複する標的化部分を標的とする。
[0064]一部の実施形態において、治療剤は、ＮＭＤエクソンの上流のイントロンと少なくとも部分的に重複する標的化部分を標的とする。
[0065]一部の実施形態において、治療剤は、ＮＭＤエクソン内の標的化部分を標的とする。
[0066]一部の実施形態において、治療剤は、ＮＭＤエクソンの少なくとも約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む標的化部分を標的とする。一部の実施形態において、治療剤は、ＮＭＤエクソンの最大で約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む標的化部分を標的とする。一部の実施形態において、治療剤は、ＮＭＤエクソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む標的化部分を標的とする。
[0067]一部の実施形態において、治療剤が、ＮＭＤエクソンの近位にある標的化部分を標的とする。
[0068]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥ領域の５’末端から約１から約２０ヌクレオチド、約２０から約５０ヌクレオチド、約５０から約１００ヌクレオチド、約１００から約１５０ヌクレオチド、約１５０から約２００ヌクレオチド、約２００から約２５０ヌクレオチド、約２５０から約３００、約２５０から約３００ヌクレオチド、約３５０から約４００ヌクレオチド、約４５０から約５００ヌクレオチド、約５５０から約６００ヌクレオチド、約６５０から約７００ヌクレオチド、約７５０から約８００ヌクレオチド、約８５０から約９００ヌクレオチド、約９５０から約１０００ヌクレオチド、約１０５０から約１１００ヌクレオチド、約１１５０から約１２００ヌクレオチド、約１２５０から約１３００ヌクレオチド、約１３５０から約１４００ヌクレオチド、または約１４５０から約１５００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から３００ヌクレオチド超上流の配列を標的としてもよい。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から約１から約２０ヌクレオチド、約２０から約５０ヌクレオチド、約５０から約１００ヌクレオチド、約１００から約１５０ヌクレオチド、約１５０から約２００ヌクレオチド、約２００から約２５０ヌクレオチド、約２５０から約３００ヌクレオチド、約３５０から約４００ヌクレオチド、約４５０から約５００ヌクレオチド、約５５０から約６００ヌクレオチド、約６５０から約７００ヌクレオチド、約７５０から約８００ヌクレオチド、約８５０から約９００ヌクレオチド、約９５０から約１０００ヌクレオチド、約１０５０から約１１００ヌクレオチド、約１１５０から約１２００ヌクレオチド、約１２５０から約１３００ヌクレオチド、約１３５０から約１４００ヌクレオチド、または約１４５０から約１５００ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から３００ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0069]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥ領域の５’末端から少なくとも約１ヌクレオチド、少なくとも約１０ヌクレオチド、少なくとも約２０ヌクレオチド、少なくとも約５０ヌクレオチド、少なくとも約８０ヌクレオチド、少なくとも約８５ヌクレオチド、少なくとも約９０ヌクレオチド、少なくとも約９５ヌクレオチド、少なくとも約９６ヌクレオチド、少なくとも約９７ヌクレオチド、少なくとも約９８ヌクレオチド、少なくとも約９９ヌクレオチド、少なくとも約１００ヌクレオチド、少なくとも約１０１ヌクレオチド、少なくとも約１０２ヌクレオチド、少なくとも約１０３ヌクレオチド、少なくとも約１０４ヌクレオチド、少なくとも約１０５ヌクレオチド、少なくとも約１１０ヌクレオチド、少なくとも約１２０ヌクレオチド、少なくとも約１５０ヌクレオチド、少なくとも約２００ヌクレオチド、少なくとも約３００ヌクレオチド、少なくとも約４００ヌクレオチド、少なくとも約５００ヌクレオチド、少なくとも約６００ヌクレオチド、少なくとも約７００ヌクレオチド、少なくとも約８００ヌクレオチド、少なくとも約９００ヌクレオチド、または少なくとも約１０００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から少なくとも約１ヌクレオチド、少なくとも約１０ヌクレオチド、少なくとも約２０ヌクレオチド、少なくとも約５０ヌクレオチド、少なくとも約８０ヌクレオチド、少なくとも約８５ヌクレオチド、少なくとも約９０ヌクレオチド、少なくとも約９５ヌクレオチド、少なくとも約９６ヌクレオチド、少なくとも約９７ヌクレオチド、少なくとも約９８ヌクレオチド、少なくとも約９９ヌクレオチド、少なくとも約１００ヌクレオチド、少なくとも約１０１ヌクレオチド、少なくとも約１０２ヌクレオチド、少なくとも約１０３ヌクレオチド、少なくとも約１０４ヌクレオチド、少なくとも約１０５ヌクレオチド、少なくとも約１１０ヌクレオチド、少なくとも約１２０ヌクレオチド、少なくとも約１５０ヌクレオチド、少なくとも約２００ヌクレオチド、少なくとも約３００ヌクレオチド、少なくとも約４００ヌクレオチド、少なくとも約５００ヌクレオチド、少なくとも約６００ヌクレオチド、少なくとも約７００ヌクレオチド、少なくとも約８００ヌクレオチド、少なくとも約９００ヌクレオチド、または少なくとも約１０００ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から３００ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0070]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥ領域の５’末端から最大で約１０ヌクレオチド、最大で約２０ヌクレオチド、最大約５０ヌクレオチド、最大約８０ヌクレオチド、最大約８５ヌクレオチド、最大約９０ヌクレオチド、最大約９５ヌクレオチド、最大約９６ヌクレオチド、最大約９７ヌクレオチド、最大約９８ヌクレオチド、最大約９９ヌクレオチド、最大約１００ヌクレオチド、最大約１０１ヌクレオチド、最大約１０２ヌクレオチド、最大約１０３ヌクレオチド、最大約１０４ヌクレオチド、最大約１０５ヌクレオチド、最大約１１０ヌクレオチド、最大約１２０ヌクレオチド、最大約１５０ヌクレオチド、最大約２００ヌクレオチド、最大約３００ヌクレオチド、最大約４００ヌクレオチド、最大約５００ヌクレオチド、最大約６００ヌクレオチド、最大約７００ヌクレオチド、最大約８００ヌクレオチド、最大約９００ヌクレオチド、最大約１０００ヌクレオチド、最大約１１００ヌクレオチド、最大約１２００ヌクレオチド、最大約１３００ヌクレオチド、最大で約１４００ヌクレオチド、または最大で約１５００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から最大で約１０ヌクレオチド、最大約２０ヌクレオチド、最大約５０ヌクレオチド、最大約８０ヌクレオチド、最大約８５ヌクレオチド、最大約９０ヌクレオチド、最大約９５ヌクレオチド、最大約９６ヌクレオチド、最大約９７ヌクレオチド、最大約９８ヌクレオチド、最大約９９ヌクレオチド、最大約１００ヌクレオチド、最大約１０１ヌクレオチド、最大約１０２ヌクレオチド、最大約１０３ヌクレオチド、最大約１０４ヌクレオチド、最大約１０５ヌクレオチド、最大約１１０ヌクレオチド、最大約１２０ヌクレオチド、最大約１５０ヌクレオチド、最大約２００ヌクレオチド、最大約３００ヌクレオチド、最大約４００ヌクレオチド、最大約５００ヌクレオチド、最大約６００ヌクレオチド、最大約７００ヌクレオチド、最大約８００ヌクレオチド、最大約９００ヌクレオチド、または最大約１０００ヌクレオチド、最大約１１００ヌクレオチド、最大約１２００ヌクレオチド、最大約１３００ヌクレオチド、最大で約１４００ヌクレオチド、または最大で約１５００ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から３００ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0071]一部の実施形態において、本明細書に記載されるようなＮＩＥは、図２に示されるように、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０とＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３との間に位置する。一部の実施形態において、ＮＩＥの５’末端は、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３に位置する。一部の実施形態において、ＮＩＥの３’末端は、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０に位置する。
[0072]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から約１から約２０ヌクレオチド、約２０から約５０ヌクレオチド、約５０から約１００ヌクレオチド、約１００から約１５０ヌクレオチド、約１５０から約２００ヌクレオチド、約２００から約２５０ヌクレオチド、約２５０から約３００、約２５０から約３００ヌクレオチド、約３５０から約４００ヌクレオチド、約４５０から約５００ヌクレオチド、約５５０から約６００ヌクレオチド、約６５０から約７００ヌクレオチド、約７５０から約８００ヌクレオチド、約８５０から約９００ヌクレオチド、約９５０から約１０００ヌクレオチド、約１０５０から約１１００ヌクレオチド、約１１５０から約１２００ヌクレオチド、約１２５０から約１３００ヌクレオチド、約１３５０から約１４００ヌクレオチド、または約１４５０から約１５００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から３００ヌクレオチド超上流の配列を標的としてもよい。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から約１から約２０ヌクレオチド、約２０から約５０ヌクレオチド、約５０から約１００ヌクレオチド、約１００から約１５０ヌクレオチド、約１５０から約２００ヌクレオチド、約２００から約２５０ヌクレオチド、約２５０から約３００ヌクレオチド、約３５０から約４００ヌクレオチド、約４５０から約５００ヌクレオチド、約５５０から約６００ヌクレオチド、約６５０から約７００ヌクレオチド、約７５０から約８００ヌクレオチド、約８５０から約９００ヌクレオチド、約９５０から約１０００ヌクレオチド、約１０５０から約１１００ヌクレオチド、約１１５０から約１２００ヌクレオチド、約１２５０から約１３００ヌクレオチド、約１３５０から約１４００ヌクレオチド、または約１４５０から約１５００ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から３００ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0073]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から少なくとも約１ヌクレオチド、少なくとも約１０ヌクレオチド、少なくとも約２０ヌクレオチド、少なくとも約５０ヌクレオチド、少なくとも約８０ヌクレオチド、少なくとも約８５ヌクレオチド、少なくとも約９０ヌクレオチド、少なくとも約９５ヌクレオチド、少なくとも約９６ヌクレオチド、少なくとも約９７ヌクレオチド、少なくとも約９８ヌクレオチド、少なくとも約９９ヌクレオチド、少なくとも約１００ヌクレオチド、少なくとも約１０１ヌクレオチド、少なくとも約１０２ヌクレオチド、少なくとも約１０３ヌクレオチド、少なくとも約１０４ヌクレオチド、少なくとも約１０５ヌクレオチド、少なくとも約１１０ヌクレオチド、少なくとも約１２０ヌクレオチド、少なくとも約１５０ヌクレオチド、少なくとも約２００ヌクレオチド、少なくとも約３００ヌクレオチド、少なくとも約４００ヌクレオチド、少なくとも約５００ヌクレオチド、少なくとも約６００ヌクレオチド、少なくとも約７００ヌクレオチド、少なくとも約８００ヌクレオチド、少なくとも約９００ヌクレオチド、または少なくとも約１０００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から少なくとも約１ヌクレオチド、少なくとも約１０ヌクレオチド、少なくとも約２０ヌクレオチド、少なくとも約５０ヌクレオチド、少なくとも約８０ヌクレオチド、少なくとも約８５ヌクレオチド、少なくとも約９０ヌクレオチド、少なくとも約９５ヌクレオチド、少なくとも約９６ヌクレオチド、少なくとも約９７ヌクレオチド、少なくとも約９８ヌクレオチド、少なくとも約９９ヌクレオチド、少なくとも約１００ヌクレオチド、少なくとも約１０１ヌクレオチド、少なくとも約１０２ヌクレオチド、少なくとも約１０３ヌクレオチド、少なくとも約１０４ヌクレオチド、少なくとも約１０５ヌクレオチド、少なくとも約１１０ヌクレオチド、少なくとも約１２０ヌクレオチド、少なくとも約１５０ヌクレオチド、少なくとも約２００ヌクレオチド、少なくとも約３００ヌクレオチド、少なくとも約４００ヌクレオチド、少なくとも約５００ヌクレオチド、少なくとも約６００ヌクレオチド、少なくとも約７００ヌクレオチド、少なくとも約８００ヌクレオチド、少なくとも約９００ヌクレオチド、または少なくとも約１０００ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から３００ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0074]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３から最大で約１０ヌクレオチド、最大約２０ヌクレオチド、最大約５０ヌクレオチド、最大約８０ヌクレオチド、最大約８５ヌクレオチド、最大約９０ヌクレオチド、最大約９５ヌクレオチド、最大約９６ヌクレオチド、最大約９７ヌクレオチド、最大約９８ヌクレオチド、最大約９９ヌクレオチド、最大約１００ヌクレオチド、最大約１０１ヌクレオチド、最大約１０２ヌクレオチド、最大約１０３ヌクレオチド、最大約１０４ヌクレオチド、最大約１０５ヌクレオチド、最大約１１０ヌクレオチド、最大約１２０ヌクレオチド、最大約１５０ヌクレオチド、最大約２００ヌクレオチド、最大約３００ヌクレオチド、最大約４００ヌクレオチド、最大約５００ヌクレオチド、最大約６００ヌクレオチド、最大約７００ヌクレオチド、最大約８００ヌクレオチド、最大約９００ヌクレオチド、最大約１０００ヌクレオチド、最大約１１００ヌクレオチド、最大約１２００ヌクレオチド、最大約１３００ヌクレオチド、最大約１４００ヌクレオチド、または最大で約１５００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から最大で約１０ヌクレオチド、最大約２０ヌクレオチド、最大約５０ヌクレオチド、最大約８０ヌクレオチド、最大約８５ヌクレオチド、最大約９０ヌクレオチド、最大約９５ヌクレオチド、最大約９６ヌクレオチド、最大約９７ヌクレオチド、最大約９８ヌクレオチド、最大約９９ヌクレオチド、最大約１００ヌクレオチド、最大約１０１ヌクレオチド、最大約１０２ヌクレオチド、最大約１０３ヌクレオチド、最大約１０４ヌクレオチド、最大約１０５ヌクレオチド、最大約１１０ヌクレオチド、最大約１２０ヌクレオチド、最大約１５０ヌクレオチド、最大約２００ヌクレオチド、最大約３００ヌクレオチド、最大約４００ヌクレオチド、最大約５００ヌクレオチド、最大約６００ヌクレオチド、最大約７００ヌクレオチド、最大約８００ヌクレオチド、最大約９００ヌクレオチド、または最大約１０００ヌクレオチド、最大約１１００ヌクレオチド、最大約１２００ヌクレオチド、最大約１３００ヌクレオチド、最大約１４００ヌクレオチド、または最大で約１５００ヌクレオチド下流の配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０から３００ヌクレオチド超下流の配列を標的とする。
[0075]本明細書で実施例に記載されるように、ＳＣＮ１Ａ遺伝子（配列番号１）をＮＩＥに関して分析し、イントロン２０（配列番号４）の一部分（この部分は本開示全体にわたってエクソン２０ｘと称される）の包含を観察した。一部の実施形態において、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａゲノム配列から転写されたＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体（配列番号２）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、イントロン２０の一部分を含むＳＣＮ１Ａゲノム配列に由来するＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、エクソン２０ｘ（配列番号６）を含むＳＣＮ１Ａゲノム配列に由来するＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号２または１２のＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥを含む配列番号２または１２のＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、エクソン２０ｘを含む配列番号２のＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物（配列番号１０）を標的とする。一部の実施形態において、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体配列（配列番号２または１２）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥを含むＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体配列（配列番号１０または２０）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号７〜１０または１７〜２０のいずれか１つに記載のＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体配列を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号２１〜６７に記載のいずれか１つの配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号６８〜１１４のいずれか１つに記載の配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号１１５〜２０９のいずれか１つに記載の配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号２１０〜２５６のいずれか１つに記載の配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号２５７〜３０３のいずれか１つに記載の配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号３０４〜３４１のいずれか１つに記載の配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号３４２〜３７９のいずれか１つに記載の配列を有する。
[0076]一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物は、配列番号１または１１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ ｍＲＮＡ前駆体転写物は、配列番号２〜１０および１２〜２０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[0077]一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物（またはＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）は、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物（またはＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）は、配列番号１、３〜６、１１、および１３〜１６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列によってコードされる。一部の実施形態において、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分は、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[0078]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥエクソン２０ｘを含むＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体のエクソン２０を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥエクソン２０ｘの下流のエクソン２１配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、エクソン２０ｘの５’末端から約４から約３００ヌクレオチド上流の配列（または５’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、エクソン２０ｘの３’末端から約４から約３００ヌクレオチド下流の配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号２１〜６７のいずれか１つに記載の配列を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、配列番号２１０〜２５６のいずれか１つに記載の配列を有する。
[0079]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から上流の配列を標的とする。例えば、ＮＩＥ（例えば、ヒトＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２０ｘ、またはマウスＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２１ｘ）の５’末端から上流の配列を標的とするＡＳＯは、配列番号２１〜３８のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。別の例では、ＮＩＥ（例えば、ヒトＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２０ｘ、またはマウスＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２１ｘ）の５’末端から上流の配列を標的とするＡＳＯは、配列番号６８〜８５のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。一部の実施形態において、ＡＳＯは、エクソン−イントロン境界（または接合部）を含有する配列を標的とする。例えば、エクソン−イントロン境界を含有する配列を標的とするＡＳＯは、配列番号３９〜４１、５１、５２、２２８〜２３０、２４０、または２４１のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。別の例では、エクソン−イントロン境界を含有する配列を標的とするＡＳＯは、配列番号８６〜８８、および９８〜９９のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から下流の配列を標的とする。例えば、ＮＩＥ（例えば、ヒトＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２０ｘ、またはマウスＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２１ｘ）の３’末端から下流の配列を標的とするＡＳＯは、配列番号５３〜６７のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。別の例では、ＮＩＥ（例えば、ヒトＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２０ｘ、またはマウスＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２１ｘ）の３’末端から下流の配列を標的とするＡＳＯは、配列番号１００〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＮＩＥ内の配列を標的とする。例えば、ＮＩＥ（例えば、ヒトＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２０ｘ、またはマウスＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２１ｘ）内の配列を標的とするＡＳＯは、配列番号４２〜５０、または２３１〜２３９のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。別の例では、ＮＩＥ（例えばヒトＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２０ｘ、またはマウスＳＣＮ１Ａにおけるエクソン２１ｘ）内の配列を標的とするＡＳＯは、配列番号８９〜９７のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。
[0080]一部の実施形態において、ＡＳＯは、エクソン２０ｘを含むＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン２０ｘを標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体のエクソン２０ｘの５’末端から下流のエクソン２０ｘ配列（または３’）を標的とする。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体のエクソン２０ｘの３’末端から上流のエクソン２０ｘ配列（または５’）を標的とする。
[0081]一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分は、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５（イントロンの番号付けは、ＮＭ＿００６９２０のｍＲＮＡ配列に対応する）にある。一部の実施形態において、ＮＩＥ ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対するＡＳＯのハイブリダイゼーションは、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５内の少なくとも１個のＮＩＥのエクソンスキッピングを結果的にもたらし、その後にＳＣＮ１Ａタンパク質産生を増加させる。一部の実施形態において、ＮＩＥ ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対するＡＳＯのハイブリダイゼーションは、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５内の少なくとも１個のＮＩＥのエクソンスキッピングを阻害または遮断し、その後にＳＣＮ１Ａタンパク質産生を減少させる。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分はイントロン２０にある。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づいて、またはＮＭ＿００６９２０、ＮＭ＿００１２０２４３５、ＮＭ＿００１１６５９６４、もしくはＮＭ＿００１１６５９６３のｍＲＮＡ配列に関して提供された番号を使用して、任意のアイソフォームにおける対応するイントロン番号を決定することができる。当業者はまた、本明細書で提供されるイントロン配列に基づいて、またはＮＭ＿００６９２０、ＮＭ＿００１２０２４３５、ＮＭ＿００１１６５９６４、もしくはＮＭ＿００１１６５９６３のｍＲＮＡ配列に関して提供されたイントロン番号を使用して、本発明の方法を使用して標的とするための任意のＳＣＮ１Ａアイソフォームにおける隣り合うエクソンの配列を決定することもできる。
[0082]一部の実施形態において、本開示の方法および組成物は、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導または阻害することによってＳＣＮ１Ａの発現を調節する、例えば、増加または減少させるために使用される。一部の実施形態において、偽エクソンは、イントロン１〜２５のいずれかの内部の配列である。一部の実施形態において、偽エクソンは、イントロン２、４、６、１３、１４、１５、１６、１７、１８、２０、２１、２２、２３、２４、および２５のいずれかの内部の配列である。一部の実施形態において、偽エクソンは、イントロン１５、１８、および１９のいずれかの内部の配列である。一部の実施形態において、偽エクソンは、任意のＳＣＮ１Ａイントロンまたはその一部分であり得る。一部の実施形態において、偽エクソンはイントロン２０内にある。本明細書で使用されるＳＣＮ１Ａイントロンの番号付けは、ＮＭ＿００６９２０のｍＲＮＡ配列に対応する。イントロンの番号付けは、異なるＳＣＮ１Ａアイソフォーム配列を参照する場合、変化し得ることが理解される。
ＳＣＮ１Ａタンパク質
[0083]ＳＣＮ１Ａ遺伝子は、電位依存性ナトリウムチャネルのアルファサブユニット、Ｎａｖ１．１とも称され得るＳＣＮ１Ａ（ナトリウムチャネル、電位依存性、Ｉ型、アルファサブユニット）タンパク質をコードすることができる。上にも記載されているように、ＤＳにおけるＳＣＮ１Ａ変異はタンパク質全体にわたり広がる。１００超の新規な変異が遺伝子全体にわたって同定されており、より衰弱性の変異はデノボに生じたものである。これらは、短縮型（４７％）、ミスセンス（４３％）、欠失（３％）、およびスプライス部位変異（７％）のものを含む。ＳＣＮ１Ａ変異を保有する対象の百分率は３３から１００％の間でばらつきがある。変異の大部分は新規な変化（８８％）である。
[0084]一部の実施形態において、本明細書に記載される方法は、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質の産生を調節する、例えば、増加または減少させるために使用される。本明細書で使用する場合、「機能性」という用語は、処置される状態、例えば、ドラベ症候群；全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病；またはＳＵＤＥＰのいずれか１つまたは複数の症状を除外するのに必要なＳＣＮ１Ａタンパク質の活性または機能の量を指す。一部の実施形態において、方法は、部分機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質の産生を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「部分機能性」という用語は、疾患または状態のいずれか１つまたは複数の症状を除外または防止するのに必要な活性または機能の量よりも少ない、ＳＣＮ１Ａタンパク質の活性または機能の任意の量を指す。一部の実施形態において、部分機能性タンパク質またはＲＮＡは、完全機能性タンパク質またはＲＮＡと比べて少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低い活性を有し得る。
[0085]一部の実施形態において、方法は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体を有する対象の細胞によるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる方法であり、対象は、ＳＣＮ１Ａタンパク質の活性の欠損量によって引き起こされたドラベ症候群を有し、ＳＣＮ１Ａタンパク質の欠損量は、ＳＣＮ１Ａタンパク質のハプロ不全によって引き起こされる。そのような実施形態において、対象は、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１のアレル、およびＳＣＮ１Ａタンパク質が産生されない第２のアレルを有する。別のそのような実施形態において、対象は、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１のアレル、および非機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第２のアレルを有する。別のそのような実施形態において、対象は、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１のアレル、および部分機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第２のアレルを有する。これらの実施形態のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴマーは、第２のアレルから転写されたＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に結合し、それによりｍＲＮＡ前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導し、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、および対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現の増加を引き起こす。
[0086]関連する実施形態において、方法は、ＡＳＯを使用して、タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させる方法である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体を有する対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させるために使用され、対象は、ＳＣＮ１Ａタンパク質の量または機能における欠損、例えば、ドラベ症候群（ＤＳ）（ＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；または自閉症を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させるために使用され、対象は、ＳＣＮ８Ａタンパク質の量または機能における欠損、例えば早期乳児てんかん性脳症１３を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させるために使用され、対象は、ＳＣＮ５Ａタンパク質の量または機能における欠損、例えば洞不全症候群１を有する。
[0087]一部の実施形態において、疾患または状態の原因となるタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物は、本明細書に記載されるＡＳＯによって標的とされる。一部の実施形態において、疾患の原因とならないタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体転写物は、ＡＳＯによって標的とされる。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の変異または欠損の結果である疾患は、第２のタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体を標的とし、それにより第２のタンパク質の産生を増加させることによって改善し得る。一部の実施形態において、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパク質の変異または欠損（これは疾患または状態の原因となる）を補償することができる。
[0088]一部の実施形態において、対象は、
（ａ） （ｉ）ＳＣＮ１Ａタンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低減したレベルで産生される、
（ｉｉ）ＳＣＮ１Ａタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態で産生される、または
（ｉｉｉ）ＳＣＮ１Ａタンパク質もしくは機能性ＲＮＡが産生されない
第１の変異アレル、および
（ｂ） （ｉ）ＳＣＮ１Ａタンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低減したレベルで産生される、
（ｉｉ）ＳＣＮ１Ａタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態で産生される、または
（ｉｉｉ）ＳＣＮ１Ａタンパク質が産生されない
第２の変異アレル
を有し、ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体は、第１のアレルおよび／または第２のアレルから転写される。これらの実施形態において、ＡＳＯは、第１のアレルまたは第２のアレルから転写されたＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に結合し、それによりＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導し、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルの増加、および対象の細胞における標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態において、ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングの結果として生じる発現レベルの増加を有する標的タンパク質または機能性ＲＮＡは、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能（部分機能性）を有するか、または同等の野生型タンパク質と比較して完全な機能（完全機能性）を有する形態である。
[0089]一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルは、対照細胞、例えば、アンチセンスオリゴマーを用いて処理されない細胞、またはＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に結合しないアンチセンスオリゴマーを用いて処理される細胞において産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡの量と比較した場合、１．１から１０倍増加する。
[0090]一部の実施形態において、本開示の方法を使用して処置される対象は、１つのアレルから部分機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質を発現し、部分機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、または部分的遺伝子欠失によって引き起こされる。一部の実施形態において、本発明の方法を使用して処置される対象は、１つのアレルから非機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質を発現し、非機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質は、１つのアレルにおけるフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、部分的遺伝子欠失によって引き起こされる。一部の実施形態において、本発明の方法を使用して処置される対象は、１つのアレルにおけるＳＣＮ１Ａ全遺伝子欠失を有する。
[0091]一部の実施形態において、方法は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体を有する対象の細胞によるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させる方法であり、対象は、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異を有する。そのような実施形態において、対象は、ＳＣＮ１Ａが上昇した量産生されるアレル、または細胞におけるＮａｖ１．１の増加した活性を誘導する変異ＳＣＮ１Ａをコードするアレルを有する。一部の実施形態において、Ｎａｖ１．１の増加した活性は、変異Ｎａｖ１．１チャネルによって媒介される延長性もしくはほぼ持続性のナトリウム電流、速い不活性化の緩徐化、定常状態不活性化の正のシフト、反復刺激の間のより高いチャネル利用度、増加した非不活性化脱分極誘導性持続性ナトリウム電流、不活性化への遅延した移行、速い不活性化からの迅速な回復、および／またはより低い温度でのインキュベーションもしくは相互作用するタンパク質の共発現によるフォールディング欠陥のレスキューを特徴とする。これらの実施形態のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴマーは、第２のアレルから転写されたＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に結合し、それによりｍＲＮＡ前駆体からの偽エクソンのエクソンスキッピングを阻害または遮断し、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの減少、および対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現の減少を引き起こす。
[0092]関連する実施形態において、方法は、ＡＳＯを使用して、タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を減少させる方法である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体を有する対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させるために使用される。一部の実施形態において、対象は、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異、例えば、片頭痛を有する。一部の実施形態において、ＡＳＯは、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させるために使用され、対象は、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異、例えば、家族性片麻痺性片頭痛３を有する。
[0093]一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルは、対照細胞、例えば、アンチセンスオリゴマーを用いて処理されない細胞、またはＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に結合しないアンチセンスオリゴマーを用いて処理される細胞において産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡの量と比較した場合、１．１分の１から１０分の１に減少する。
[0094]一部の実施形態において、本開示の方法を使用して処置される対象は、１つのアレルから変異ＳＣＮ１Ａタンパク質を発現し、変異ＳＣＮ１Ａタンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、または部分的遺伝子欠失によって引き起こされ、変異ＳＣＮ１Ａタンパク質は、Ｎａｖ１．１の上昇した活性レベルを引き起こす。一部の実施形態において、本開示の方法を使用して処置される対象は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、または部分的遺伝子欠失のために、１つのアレルから上昇した量のＳＣＮ１Ａタンパク質を発現する。
[0095]本発明の実施形態において、対象は、ＳＣＮ１Ａにおける変異を有し得る。ＳＣＮ１Ａにおける変異は、前記遺伝子全体にわたって広がり得る。ＳＣＮ１Ａタンパク質は、４つのドメインからなり得る。前記ＳＣＮ１Ａドメインは、膜貫通セグメントを有し得る。前記ＳＣＮ１Ａタンパク質における変異は、前記タンパク質全体にわたって生じてもよい。前記ＳＣＮ１Ａタンパク質は、少なくとも２つのアイソフォームからなってもよい。ＳＣＮ１Ａにおける変異は、Ｒ９３１Ｃ、Ｒ９４６Ｃ、Ｍ９３４Ｉ、Ｒ１６４８Ｃ、またはＲ１６４８Ｈを含んでもよい。場合によっては、変異は、ＳＣＮ１Ａタンパク質のＣ末端において観察され得る。ＳＣＮ１Ａタンパク質における変異は、前記ＳＣＮ１Ａタンパク質の最初の３つのドメインのセグメント５と６との間のループにおいても見出され得る。場合によっては、変異はＳＣＮ１Ａタンパク質のＮ末端において観察され得る。ＳＣＮ１Ａ内の例示的な変異としては、Ｒ２２２Ｘ、Ｒ７１２Ｘ、Ｉ２２７Ｓ、Ｒ１８９２Ｘ、Ｗ９５２Ｘ、Ｒ１２４５Ｘ、Ｒ１４０７Ｘ、Ｗ１４３４Ｒ、ｃ．４３３８＋１Ｇ＞Ａ、Ｓ１５１６Ｘ、Ｌ１６７０ｆｓＸ１６７８、またはＫ１８４６ｆｓＸ１８５６が挙げられるが、これらに限定されない。本発明の標的とすることができる変異はまた、イオンチャネルの細孔をコードしてもよい。
[0096]一部の実施形態において、本明細書に記載される方法および組成物は、ＤＳを処置するために使用することができる。他の実施形態において、本明細書に記載される方法および組成物は、乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）を処置するために使用することができる。他の実施形態において、本明細書に記載される方法および組成物は、境界型ドラベ症候群；全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；家族性片麻痺性片頭痛３；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病、またはＳＵＤＥＰを処置するために使用することができる。本明細書に記載される方法および組成物は、境界型ＳＭＥＩを処置するためにも使用することができる。さらに、本明細書に記載される方法および組成物は、全般性てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）を処置するために使用することができる。ＧＥＦＳ＋は、ＳＣＮ１ＢまたはＧＡＢＲＧ２等のてんかん関連性イオンチャネルサブユニットにおける変異に関連してもよい。本明細書に記載される方法および組成物は、ナトリウムチャネル病を処置するためにも使用することができる。ナトリウムチャネル病は、ＳＣＮ１Ａにおける変異に関連してもよい。ナトリウムチャネル病はまた、ＳＣＮ１Ａのサブユニット、例えばベータサブユニット、ＳＣＮ１Ｂに関連してもよい。場合によっては、ＳＣＮ１Ａ変異に関連するさらなる疾患もまた、本開示を用いて処置することができる。ＳＣＮ１Ａ変異に関連する、関係のあるＳＣＮ１Ａ疾患としては、非定型先天性筋強直症、高カリウム性周期性四肢麻痺、および先天性筋緊張症が挙げられるが、これらに限定されない。
[0097]一部の実施形態において、当業者に公知かつ上で参照した文献に（例えば、Ｈａｍｄａｎら、２００９、Ｍｕｌｌｅｙら、２００５によって）記載されている任意のＳＣＮ１Ａ変異を有する対象は、本明細書に記載される方法および組成物を使用して処置することができる。一部の実施形態において、変異は、任意のＳＣＮ１Ａイントロンまたはエクソン内にある。
エクソン包含
[0098]本明細書で使用する場合、「ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体」は、少なくとも１個の偽エクソンを含有するｍＲＮＡ前駆体転写物である。選択的または異常なスプライシングは、成熟ｍＲＮＡ転写物への少なくとも１個の偽エクソンの包含を結果的にもたらすことができる。「成熟ｍＲＮＡ」および「完全スプライスｍＲＮＡ」という用語は、本明細書では交換可能に使用されて、完全にプロセシングされたｍＲＮＡを表す。少なくとも１個の偽エクソンの包含は、非生産的ｍＲＮＡとなり、成熟ｍＲＮＡのＮＭＤをもたらし得る。ＮＩＥ含有成熟ｍＲＮＡは、時折異常なタンパク質発現をもたらす場合がある。
[0099]一部の実施形態において、包含偽エクソン（ｉｎｃｌｕｄｅｄ ｐｓｅｕｄｏ−ｅｘｏｎ）は、細胞における標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も大量に存在する偽エクソンである。一部の実施形態において、包含偽エクソンは、細胞における標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も大量に存在する偽エクソンであり、ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の集団は、２個以上の包含偽エクソンを含む。一部の実施形態において、標的タンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も大量に存在する偽エクソンを標的にするアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的にするかまたは結合する偽エクソンを含む、集団における１個または２個以上の偽エクソンのエクソンスキッピングを誘導する。実施形態において、標的化領域は、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体において最も大量に存在する偽エクソンである偽エクソンにある。
[00100]エクソン包含の程度は、エクソン包含率、例えば、所与の偽エクソンが包含されている転写物の百分率として表現することができる。簡潔に述べれば、エクソン包含パーセントは、エクソン包含を有するＲＮＡ転写物の量の、エクソン包含を有するＲＮＡ転写物の量の平均とエクソン排除を有するＲＮＡ転写物の量の平均との合計に対する百分率として算出することができる。
[00101]一部の実施形態において、包含偽エクソンは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、または少なくとも約５０％の包含率という決定に基づいて、包含偽エクソンとして同定されるエクソンである。実施形態において、包含偽エクソンは、約５％から約１００％、約５％から約９５％、約５％から約９０％、約５％から約８５％、約５％から約８０％、約５％から約７５％、約５％から約７０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約５５％、約５％から約５０％、約５％から約４５％、約５％から約４０％、約５％から約３５％、約５％から約３０％、約５％から約２５％、約５％から約２０％、約５％から約１５％、約１０％から約１００％、約１０％から約９５％、約１０％から約９０％、約１０％から約８５％、約１０％から約８０％、約１０％から約７５％、約１０％から約７０％、約１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約５５％、約１０％から約５０％、約１０％から約４５％、約１０％から約４０％、約１０％から約３５％、約１０％から約３０％、約１０％から約２５％、約１０％から約２０％、約１５％から約１００％、約１５％から約９５％、約１５％から約９０％、約１５％から約８５％、約１５％から約８０％、約１５％から約７５％、約１５％から約７０％、約１５％から約６５％、約１５％から約６０％、約１５％から約５５％、約１５％から約５０％、約１５％から約４５％、約１５％から約４０％、約１５％から約３５％、約１５％から約３０％、約１５％から約２５％、約２０％から約１００％、約２０％から約９５％、約２０％から約９０％、約２０％から約８５％、約２０％から約８０％、約２０％から約７５％、約２０％から約７０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約５５％、約２０％から約５０％、約２０％から約４５％、約２０％から約４０％、約２０％から約３５％、約２０％から約３０％、約２５％から約１００％、約２５％から約９５％、約２５％から約９０％、約２５％から約８５％、約２５％から約８０％、約２５％から約７５％、約２５％から約７０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約５５％、約２５％から約５０％、約２５％から約４５％、約２５％から約４０％、または約２５％から約３５％の包含率という決定に基づいて、包含偽エクソンとして同定されるエクソンである。ＥＮＣＯＤＥデータ（例えば、Ｔｉｌｇｎｅｒら、２０１２、「Ｄｅｅｐ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ ＲＮＡ ｆｒａｃｔｉｏｎｓ ｓｈｏｗｓ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｔｏ ｂｅ ｐｒｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ ｃｏ−ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｂｕｔ ｉｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｌｎｃＲＮＡｓ」、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２２（９）：１６１６〜２５ページによって記載されている）は、エクソン包含の同定を補佐するために使用することができる。
[00102]一部の実施形態において、細胞を、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的化部分に対して相補的であるＡＳＯと接触させることは、ＡＳＯの非存在／処理の非存在下における細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％の、産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質の量の増加を結果的にもたらす。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞によって産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質の総量は、対照化合物によって産生される標的タンパク質の量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00103]一部の実施形態において、細胞を、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的化部分に対して相補的であるＡＳＯと接触させることは、ＡＳＯの非存在／処理の非存在下における細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％の、産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質の量の減少を結果的にもたらす。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞によって産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質の総量は、対照化合物によって産生される標的タンパク質の量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。対照化合物は、例えば、ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00104]一部の実施形態において、細胞を、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的化部分に対して相補的であるＡＳＯと接触させることは、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含め、ＳＣＮ１ＡをコードするｍＲＮＡの量の増加を結果的にもたらす。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの非存在／処理の非存在下における細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはアンチセンスオリゴマーを接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの総量は、未処理細胞、例えば、未処理細胞または対照化合物を用いて処理された細胞において産生される成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00105]一部の実施形態において、細胞を、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的化部分に対して相補的であるＡＳＯと接触させることは、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含め、ＳＣＮ１ＡをコードするｍＲＮＡの量の減少を結果的にもたらす。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの非存在／処理の非存在下における細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％減少する。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはアンチセンスオリゴマーを接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの総量は、未処理細胞、例えば、未処理細胞または対照化合物を用いて処理された細胞において産生される成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する。対照化合物は、例えば、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00106]ＮＩＥは任意の長さであり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥはイントロンの完全な配列を含み、その場合、それはイントロン保持と称することができる。一部の実施形態において、ＮＩＥはイントロンの一部分であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、５’ｓｓ配列を含むイントロンの５’末端部分であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、３’ｓｓ配列を含むイントロンの３’末端部分であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、５’ｓｓ配列の包含を伴わないイントロン内の一部分であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、３’ｓｓ配列の包含を伴わないイントロン内の一部分であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、５’ｓｓまたは３’ｓｓ配列のいずれかの包含も伴わないイントロン内の一部分であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、５ヌクレオチドから１０ヌクレオチド長まで、１０ヌクレオチドから１５ヌクレオチド長まで、１５ヌクレオチドから２０ヌクレオチド長まで、２０ヌクレオチドから２５ヌクレオチド長まで、２５ヌクレオチドから３０ヌクレオチド長まで、３０ヌクレオチドから３５ヌクレオチド長まで、３５ヌクレオチドから４０ヌクレオチド長まで、４０ヌクレオチドから４５ヌクレオチド長まで、４５ヌクレオチドから５０ヌクレオチド長まで、５０ヌクレオチドから５５ヌクレオチド長まで、５５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド長まで、６０ヌクレオチドから６５ヌクレオチド長まで、６５ヌクレオチドから７０ヌクレオチド長まで、７０ヌクレオチドから７５ヌクレオチド長まで、７５ヌクレオチドから８０ヌクレオチド長まで、８０ヌクレオチドから８５ヌクレオチド長まで、８５ヌクレオチドから９０ヌクレオチド長まで、９０ヌクレオチドから９５ヌクレオチド長まで、または９５ヌクレオチドから１００ヌクレオチド長までであり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも２０ヌクレオチド、少なくとも３０ヌクレオチド、少なくとも４０ヌクレオチド、少なくとも５０ヌクレオチド、少なくとも６０核様体（ｎｕｃｌｅｏｉｄｓ）、少なくとも７０ヌクレオチド、少なくとも８０ヌクレオチド長、少なくとも９０ヌクレオチド、または少なくとも１００ヌクレオチド長であり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは、１００から２００ヌクレオチド長まで、２００から３００ヌクレオチド長まで、３００から４００ヌクレオチド長まで、４００から５００ヌクレオチド長まで、５００から６００ヌクレオチド長まで、６００から７００ヌクレオチド長まで、７００から８００ヌクレオチド長まで、８００から９００ヌクレオチド長まで、９００から１，０００ヌクレオチド長までであり得る。一部の実施形態において、ＮＩＥは１，０００ヌクレオチド長より長くてもよい。
[00107]偽エクソンの包含は、フレームシフト、および成熟ｍＲＮＡ転写物への未成熟終止コドン（ＰＩＣ）の導入をもたらし、転写物をＮＭＤの標的にし得る。ＮＩＥを含有する成熟ｍＲＮＡ転写物は、タンパク質発現をもたらさない非生産的ｍＲＮＡ転写物であり得る。ＰＩＣは、ＮＩＥの下流の任意の位置に存在することができる。一部の実施形態において、ＰＩＣは、ＮＩＥの下流の任意のエクソンに存在することができる。一部の実施形態において、ＰＩＣは、ＮＩＥ内に存在することができる。例えば、ＳＣＮ１Ａ遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ転写物へのエクソン２０ｘの包含は、ＰＩＣをｍＲＮＡ転写物に、例えば、ＰＩＣをｍＲＮＡ転写物のエクソン２１に誘導し得る。
治療剤
[00108]本開示の様々な実施形態において、ＳＣＮ１Ａのタンパク質発現レベルを調節する治療剤を含む組成物および方法が提供される。一部の実施形態において、ＳＣＮＡ１ ｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節する組成物および方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングにおいてエクソンスキッピングを誘導する、例えば、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングの間に偽エクソンのスキッピングを誘導する組成物および方法が本明細書で提供される。他の実施形態において、治療剤は、エクソンの包含を誘導してタンパク質発現レベルを減少させるために使用してもよい。
[00109]一部の実施形態において、本明細書に開示される治療剤は、低分子、ポリペプチド、またはポリ核酸ポリマーである。一部の例において、治療剤は低分子である。一部の例において、治療剤はポリペプチドである。一部の例において、治療剤はポリ核酸ポリマーである。場合によっては、治療剤は抑制剤である。さらなる場合、治療剤は促進剤である。
[00110]本明細書に開示される治療剤は、ＮＩＥ抑制剤であり得る。治療剤はポリ核酸ポリマーを含んでもよい。
[00111]本開示の一態様によれば、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質欠損に関連する状態の処置または防止の方法であって、ＮＩＥ抑制剤を対象に投与して機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、ｍＲＮＡ前駆体転写物の領域に結合して成熟転写物へのＮＩＥの包含を減少させる、方法が本明細書で提供される。例えば、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質欠損に関連する状態の処置または防止の方法であって、ＮＩＥ抑制剤を対象に投与して機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質のレベルを増加させるステップを含み、薬剤が、ｍＲＮＡ前駆体転写物のＮＩＥを含有するイントロン（例えば、ヒトＳＣＮ１Ａ遺伝子におけるイントロン２０）の領域、または同じイントロンにおけるＮＩＥ活性化制御配列に結合する、方法が本明細書で提供される。
[00112]成熟ｍＲＮＡへのＮＩＥ包含を低減させることについて言及する場合、低減は、完全、例えば１００％であっても、部分的であってもよい。低減は臨床的に有意であってもよい。低減／是正は、処置を有しない対象におけるＮＩＥ包含のレベルと比べたものであっても、同様の対象の集団におけるＮＩＥ包含の量と比べたものであってもよい。低減／是正は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも１０％少ないＮＩＥ包含であり得る。低減は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも２０％少ないＮＩＥ包含であり得る。低減は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも４０％少ないＮＩＥ包含であり得る。低減は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも５０％少ないＮＩＥ包含であり得る。低減は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも６０％少ないＮＩＥ包含であり得る。低減は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも８０％少ないＮＩＥ包含であり得る。低減は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも９０％少ないＮＩＥ包含であり得る。
[00113]活性ＳＣＮ１Ａタンパク質レベルを増加させることについて言及する場合、増加は臨床的に有意であってもよい。増加は、処置を有しない対象における活性ＳＣＮ１Ａタンパク質のレベルと比べたものであっても、同様の対象の集団における活性ＳＣＮ１Ａタンパク質の量と比べたものであってもよい。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも１０％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも２０％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも４０％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも５０％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも８０％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも１００％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも２００％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。増加は、平均的な対象、または処置前の対象と比べて少なくとも５００％多い活性ＳＣＮ１Ａタンパク質であり得る。
[00114]ＮＩＥ抑制剤がポリ核酸ポリマーを含む実施形態において、ポリ核酸ポリマーは約５０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約４５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約４０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約３５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約３０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約２４ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約２５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約２０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１９ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１８ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１７ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１６ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１４ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１３ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１２ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１１ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約５０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約４５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約４０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約３５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約３０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約２５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１０から約２０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１５から約２５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１５から約３０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは約１２から約３０ヌクレオチド長の間であり得る。
[00115]ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ転写物、例えば部分的にプロセシングされたｍＲＮＡ転写物の標的配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％相補的であり得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対して１００％相補的であってもよい。
[00116]ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対して４つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対して３つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対して２つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対して１つ以下のミスマッチを有してもよい。ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対してミスマッチを有しなくてもよい。
[00117]ポリ核酸ポリマーは、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に特異的にハイブリダイズし得る。例えば、ポリ核酸ポリマーは、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対して９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％の配列相補性を有し得る。ハイブリダイゼーションは、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で行われ得る。
[00118]ポリ核酸ポリマーは、配列番号２１〜６７からなる群から選択される配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％の配列同一性を有する配列を有し得る。ポリ核酸ポリマーは、配列番号２１〜６７からなる群から選択される配列に対して１００％の配列同一性を有する配列を有してもよい。一部の例において、ポリ核酸ポリマーは、配列番号６８〜１１４からなる群から選択される配列に対して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％の配列同一性を有する配列を有し得る。場合によっては、ポリ核酸ポリマーは、配列番号６８〜１１４からなる群から選択される配列に対して１００％の配列同一性を有する配列を有してもよい。
[00119]ポリ核酸ポリマー配列について言及する場合、当業者は、１つまたは複数の置換が許容されてもよく、任意選択で２つの置換が配列において許容されてもよく、置換は、ポリ核酸ポリマー配列が、標的配列にハイブリダイズする能力、または、置換が標的配列にある場合は、標的配列として認識される能力を維持するようなものであることを理解するだろう。配列同一性の基準は、標準／初期パラメーターを使用するＢＬＡＳＴ配列アラインメントによって決定してもよい。例えば、配列は、９９％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。他の実施形態において、配列は、９８％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。別の実施形態において、配列は、９５％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。別の実施形態において、配列は、９０％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。
アンチセンスオリゴマー
[00120]ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に結合することによってエクソンスキッピングを誘導するアンチセンスオリゴマー含む組成物が本明細書で提供される。本明細書で使用する場合、「ＡＳＯ」および「アンチセンスオリゴマー」という用語は、交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対形成またはゆらぎ塩基対形成（Ｇ−Ｕ）によって標的核酸（例えば、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体）配列にハイブリダイズする核酸塩基を含むポリヌクレオチド等のオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に対して相補的な厳密な配列または非常に高い相補性（ｎｅａｒ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ）（例えば、標的配列に結合するのに十分で、スプライス部位でのスプライシングを増強する相補性）を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的化部分）に結合（ハイブリダイズ）し、生理的条件下でハイブリダイズしたままでいるように設計される。典型的には、ＡＳＯは、意図された（標的化）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、限られた数の、標的核酸ではない配列（標的核酸以外の少数の部位）にハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ＡＳＯが他の部位に結合し、「オフターゲット」効果を引き起こす可能性が限定されるように、ゲノムまたは細胞のｍＲＮＡ前駆体もしくはトランスクリプトーム中の他の場所における、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的化部分の核酸配列または十分に類似した核酸配列の存在を考慮に入れることができる。当技術分野で公知の、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる、「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ Ｎｏｎｓｅｎｓｅ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ Ｄｅｃａｙ」という名称の、ＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されているＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１における任意のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用することができる。
[00121]一部の実施形態において、ＡＳＯは、標的核酸またはＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的」である。典型的には、そのようなハイブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高い、好ましくは少なくとも５０℃、典型的には６０℃からおよそ９０℃の間のＴｍで行われる。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に相当する。所与のイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的なオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
[00122]オリゴマー、例えばオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが２本の一本鎖ポリヌクレオチド間で、逆平行配置で行われる場合、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の一方と第２のポリヌクレオチドとの間で行われ得る場合、別のポリヌクレオチドに対して「相補的」であり得る。相補性（１本のポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）は、一般に許容される塩基対形成則に従って、互いに水素結合を形成することが予期される対向する鎖における塩基の割合（例えば、百分率）の点から定量化可能である。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズする標的核酸の配列に対して１００％相補的である必要はない。ある特定の実施形態において、ＡＳＯは、標的にする標的核酸配列内の標的領域に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば、オリゴマー化合物の２０個の核酸塩基のうち１８個が標的領域に対して相補的である、したがって特異的にハイブリダイズし得るＡＳＯであれば、９０パーセントの相補性を表す。この例において、残りの非相補的な核酸塩基は、一緒にクラスター形成していても相補的な核酸塩基が間に散在していてもよく、互いに対しても相補的な核酸塩基に対しても連続的である必要はない。標的核酸の領域とのＡＳＯの相補パーセントは、当技術分野で公知のＢＬＡＳＴプログラム（基本的局所アラインメント検索ツール）およびＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、１９９０、２１５、４０３〜４１０ページ、ＺｈａｎｇおよびＭａｄｄｅｎ、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．、１９９７、７、６４９〜６５６ページ）を使用して慣例的に決定することができる。
[00123]ＡＳＯは標的配列における全ての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、ＡＳＯがハイブリダイズする核酸塩基は連続的であっても非連続的であってもよい。ＡＳＯは、介在または隣接するセグメントがハイブリダイゼーション事象（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）に関与しないように、ｍＲＮＡ前駆体転写物の１つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズしてもよい。ある特定の実施形態において、ＡＳＯは、標的ｍＲＮＡ前駆体転写物における非連続的な核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１個または複数の核酸塩基によって分離している、ｍＲＮＡ前駆体転写物における核酸塩基にハイブリダイズすることができる。
[00124]本明細書に記載されるＡＳＯは、ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に存在する核酸塩基に対して相補的である核酸塩基を含む。ＡＳＯという用語には、オリゴヌクレオチド、および標的ｍＲＮＡの相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、糖部分、例えばペプチド核酸（ＰＮＡ）を含まない任意の他のオリゴマー分子が含まれる。ＡＳＯは、天然に存在するヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、修飾ヌクレオチド、または先行するものの２つもしくは３つの任意の組合せを含んでもよい。「天然に存在するヌクレオチド」という用語には、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドが含まれる。「修飾ヌクレオチド」という用語には、修飾もしくは置換糖基を有する、および／または修飾骨格を有するヌクレオチドが含まれる。一部の実施形態において、ＡＳＯの全てのヌクレオチドは修飾ヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性があるＡＳＯまたはＡＳＯの成分の化学修飾は、当業者に明白であり得、例えば、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第８，２５８，１０９Ｂ２号、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開第２０１２／０１９０７２８号、ならびにＤｉａｓおよびＳｔｅｉｎ、Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ．２００２、３４７〜３５５ページに見出され得る。
[00125]ＡＳＯの１個または複数の核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシル等の任意の天然に存在する非修飾核酸塩基であっても、標的ｍＲＮＡ前駆体に存在する核酸塩基と水素結合することができるほど十分に非修飾核酸塩基に類似した任意の合成もしくは修飾核酸塩基であってもよい。修飾核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キサンチン、７−メチルグアニン、５，６−ジヒドロウラシル、５−メチルシトシン、および５−ヒドロキシメチルシトシン（ｈｙｄｒｏｘｙｍｅｔｈｏｙｌｃｙｔｏｓｉｎｅ）が挙げられる。
[00126]本明細書に記載されるＡＳＯはまた、オリゴマーの成分を接続する骨格構造も含む。「骨格構造」および「オリゴマー連結」という用語は、交換可能に使用することができ、ＡＳＯのモノマー間の接続を指す。天然に存在するオリゴヌクレオチドにおいて、骨格は、オリゴマーの糖部分を接続する３’−５’ホスホジエステル連結を含む。本明細書に記載されるＡＳＯの骨格構造またはオリゴマー連結としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホロアニラデート、およびホスホロアミデート等が挙げられる（が、これらに限定されない）。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：９０８１ページ（１９８６）；Ｓｔｅｃら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０６：６０７７ページ（１９８４）、Ｓｔｅｉｎら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：３２０９ページ（１９８８）、Ｚｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ６：５３９ページ（１９９１）；Ｚｏｎら、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ、８７〜１０８ページ（Ｆ．Ｅｃｋｓｔｅｉｎ編、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ（１９９１））；Ｓｔｅｃら、米国特許第５，１５１，５１０号；ＵｈｌｍａｎｎおよびＰｅｙｍａｎ、Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ９０：５４３（１９９０）を参照のこと。一部の実施形態において、ＡＳＯの骨格構造は、リンを含有せず、むしろ、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、またはカルバメート、アミド、ならびに直鎖状および環式炭化水素基が挙げられる連結基にペプチド結合を含有する。一部の実施形態において、骨格修飾はホスホチオエート連結である。一部の実施形態において、骨格修飾はホスホロアミデート連結である。
[00127]実施形態において、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間連結（ｐｈｏｓｐｈｏｒｕｓ ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｌｉｎｋａｇｅ）の各々における立体化学はランダムである。実施形態において、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間連結の各々における立体化学は統御されており、ランダムではない。例えば、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０１９４６１０号、「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴマー中の各リン原子におけるキラリティーの掌性を独立して選択するための方法を記載している。実施形態において、本明細書で表５および６に記載される任意のＡＳＯが挙げられるがこれらに限定されない、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、ランダムではないリンヌクレオチド間連結を有するＡＳＯを含む。実施形態において、本発明の方法において使用される組成物は、純粋なジアステレオマーのＡＳＯを含む。実施形態において、本発明の方法において使用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、約１００％、約９０％から約１００％、約９１％から約１００％、約９２％から約１００％、約９３％から約１００％、約９４％から約１００％、約９５％から約１００％、約９６％から約１００％、約９７％から約１００％、約９８％から約１００％、または約９９％から約１００％のジアステレオマー純度を有するＡＳＯを含む。
[00128]実施形態において、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間連結においてＲｐおよびＳｐ配置のランダムではない混合物を有する。例えば、ＲｐおよびＳｐの混合は、アンチセンスオリゴヌクレオチドにおいて、良好な活性とヌクレアーゼ安定性との間の均衡を達成するために必要とされることが示唆されている（参照によって本明細書に組み込まれる、Ｗａｎら、２０１４、「Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｃｈｉｒａｌ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ」、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４２（２２）：１３４５６〜１３４６８ページ）。実施形態において、本明細書で配列番号２１〜１１４に記載される任意のＡＳＯが挙げられるがこれらに限定されない、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約５〜１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少なくとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なくとも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５０％のＲｐ、少なくとも約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、もしくは少なくとも約９５％のＲｐとその残りのＳｐ、または約１００％のＲｐを含む。実施形態において、本明細書で配列番号２１〜１１４に記載される任意のＡＳＯが挙げられるがこれらに限定されない、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約１０％から約１００％のＲｐ、約１５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約１００％のＲｐ、約２５％から約１００％のＲｐ、約３０％から約１００％のＲｐ、約３５％から約１００％のＲｐ、約４０％から約１００％のＲｐ、約４５％から約１００％のＲｐ、約５０％から約１００％のＲｐ、約５５％から約１００％のＲｐ、約６０％から約１００％のＲｐ、約６５％から約１００％のＲｐ、約７０％から約１００％のＲｐ、約７５％から約１００％のＲｐ、約８０％から約１００％のＲｐ、約８５％から約１００％のＲｐ、約９０％から約１００％のＲｐ、または約９５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約８０％のＲｐ、約２５％から約７５％のＲｐ、約３０％から約７０％のＲｐ、約４０％から約６０％のＲｐ、または約４５％から約５５％のＲｐとその残りのＳｐを含む。
[00129]実施形態において、本明細書で配列番号２１〜１１４に記載される任意のＡＳＯが挙げられるがこれらに限定されない、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約５〜１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ、少なくとも約１０％のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、少なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少なくとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なくとも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくとも約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、もしくは少なくとも約９５％のＳｐとその残りのＲｐ、または約１００％のＳｐを含む。実施形態において、本明細書で配列番号２１〜１１４に記載される任意のＡＳＯが挙げられるがこれらに限定されない、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約１０％から約１００％のＳｐ、約１５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約１００％のＳｐ、約２５％から約１００％のＳｐ、約３０％から約１００％のＳｐ、約３５％から約１００％のＳｐ、約４０％から約１００％のＳｐ、約４５％から約１００％のＳｐ、約５０％から約１００％のＳｐ、約５５％から約１００％のＳｐ、約６０％から約１００％のＳｐ、約６５％から約１００％のＳｐ、約７０％から約１００％のＳｐ、約７５％から約１００％のＳｐ、約８０％から約１００％のＳｐ、約８５％から約１００％のＳｐ、約９０％から約１００％のＳｐ、または約９５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約８０％のＳｐ、約２５％から約７５％のＳｐ、約３０％から約７０％のＳｐ、約４０％から約６０％のＳｐ、または約４５％から約５５％のＳｐとその残りのＲｐを含む。
[00130]本明細書に記載される任意のＡＳＯは、天然に存在するヌクレオチドに存在するような、リボースもしくはデオキシリボースを含む糖部分、または、モルホリン環を含む、修飾糖部分もしくは糖類似体を含有してもよい。修飾糖部分の非限定的な例としては、２’置換基、例えば２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’−Ｏ−アミノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’−Ｏ−グアニジニウムエチル、カルバメート修飾糖、および二環式修飾糖が挙げられる。一部の実施形態において、糖部分修飾は、２’−Ｏ−Ｍｅ、２’Ｆ、および２’ＭＯＥから選択される。一部の実施形態において、糖部分修飾は、例えばロックド核酸（ＬＮＡ）における追加の架橋結合である。一部の実施形態において、糖類似体は、モルホリン環、例えばホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含有する。一部の実施形態において、糖部分は、リボフラノシル（ｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｙｌ）または２’デオキシリボフラノシル（ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｙｌ）修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、２’４’−拘束２’Ｏ−メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、ｃＥｔ ２’，４’拘束２’−ＯエチルＢＮＡ修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。一部の実施形態において、糖部分は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当技術分野で公知であり、文献、例えば、この目的のために参照によって本明細書に組み込まれる、Ｊａｒｖｅｒら、２０１４、「Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）：３７〜４７ページに記載されている。
[00131]一部の実施形態において、ＡＳＯの各モノマーは同同様に修飾され、例えば、ＡＳＯの骨格の各連結がホスホロチオエート連結を含むか、または各リボース糖部分が２’−Ｏ−メチル修飾を含む。ＡＳＯのモノマー成分の各々に存在するそのような修飾は、「均一修飾」と称される。一部の例において、異なる修飾の組合せが所望されてもよく、例えば、ＡＳＯは、ホスホロジアミデート連結とモルホリン環（モルホリノ）を含む糖部分との組合せを含んでもよい。ＡＳＯへの異なる修飾の組合せは、「混合修飾」または「混合化学」と称される。
[00132]一部の実施形態において、ＡＳＯは、１つまたは複数の骨格修飾を含む。一部の実施形態において、ＡＳＯは、１つまたは複数の糖部分修飾を含む。一部の実施形態において、ＡＳＯは、１つまたは複数の骨格修飾、および１つまたは複数の糖部分修飾を含む。一部の実施形態において、ＡＳＯは、２’ＭＯＥ修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。一部の実施形態において、ＡＳＯは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載されるＡＳＯのいずれか、またはＡＳＯの任意の成分（例えば、核酸塩基、糖部分、骨格）は、ＡＳＯの所望の特性もしくは活性を達成するため、またはＡＳＯの望ましくない特性もしくは活性を低減させるために修飾されてもよい。例えば、ＡＳＯまたは任意のＡＳＯの１つもしくは複数の成分は、ｍＲＮＡ前駆体転写物の標的配列に対する結合親和性を増強するため、任意の非標的配列への結合を低減させるため、細胞のヌクレアーゼ（すなわちＲＮアーゼＨ）による分解を低減させるため、細胞内および／もしくは細胞の核内へのＡＳＯの取込みを向上させるため、ＡＳＯの薬物動態もしくは薬力学を変更するため、ならびに／またはＡＳＯの半減期を調節するために修飾されてもよい。
[00133]一部の実施形態において、ＡＳＯは、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）（ＭＯＥ）ホスホロチオエート修飾ヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成されるＡＳＯは、本明細書に開示される方法にとりわけよく適しており、そのような修飾を有するオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された抵抗性および増加したバイオアベイラビリティを有し、これにより、例えば本明細書に記載される一部の実施形態における経口送達に好適なものになることが示されている。例えば、Ｇｅａｒｙら、Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．２００１；２９６（３）：８９０〜７ページ、Ｇｅａｒｙら、Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．２００１；２９６（３）：８９８〜９０４ページを参照のこと。
[00134]ＡＳＯを合成する方法は、当業者に公知である。代替的にまたは付加的に、ＡＳＯは商業的供給業者から入手してもよい。
[00135]別段の定めのない限り、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体転写物、オリゴヌクレオチド、ＡＳＯ等）配列の左手末端は５’末端であり、一本鎖または二本鎖核酸配列の左手方向は５’方向と称される。同様に、核酸配列（一本または二本鎖）の右手末端または方向は、３’末端または方向である。一般に、核酸中の基準点に対して５’側にある領域または配列は「上流」と称され、核酸中の基準点に対して３’側にある領域または配列は「下流」と称される。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または末端は、開始または出発コドンが位置する場所であり、３’末端または方向は、終止コドンが位置する場所である。一部の態様において、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは負の数によって明示されてもよく、基準点の下流にあるヌクレオチドは正の数によって明示されてもよい。例えば、基準点（例えば、ｍＲＮＡにおけるエクソン−エクソン接合部）は「ゼロ」部位として明示されてもよく、その際、基準点に直に隣接する上流のヌクレオチドは「マイナス１」、例えば「−１」と明示され、基準点に直に隣接する下流のヌクレオチドは「プラス１」、例えば「＋１」と明示される。
[00136]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体における包含エクソンの５’スプライス部位（またはＮＩＥの３’末端）の下流（３’方向）（例えば、５’スプライス部位に対して正の数によって明示される方向）にある、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である（および結合する）。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して約＋１から約＋５００の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して＋６から＋４９６のヌクレオチドの間の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的であり得る。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して約＋１から約＋５００、約＋１から約＋４９０、約＋１から約＋４８０、約＋１から約＋４７０、約＋１から約＋４６０、約＋１から約＋４５０、約＋１から約＋４４０、約＋１から約＋４３０、約＋１から約＋４２０、約＋１から約＋４１０、約＋１から約＋４００、約＋１から約＋３９０、約＋１から約＋３８０、約＋１から約＋３７０、約＋１から約＋３６０、約＋１から約＋３５０、約＋１から約＋３４０、約＋１から約＋３３０、約＋１から約＋３２０、約＋１から約＋３１０、約＋１から約＋３００、約＋１から約＋２９０、約＋１から約＋２８０、約＋１から約＋２７０、約＋１から約＋２６０、約＋１から約＋２５０、約＋１から約＋２４０、約＋１から約＋２３０、約＋１から約＋２２０、約＋１から約＋２１０、約＋１から約＋２００、約＋１から約＋１９０、約＋１から約＋１８０、約＋１から約＋１７０、約＋１から約＋１６０、約＋１から約＋１５０、約＋１から約＋１４０、約＋１から約＋１３０、約＋１から約＋１２０、約＋１から約＋１１０、約＋１から約＋１００、約＋１から約＋９０、約＋１から約＋８０、約＋１から約＋７０、約＋１から約＋６０、約＋１から約＋５０、約＋１から約＋４０、約＋１から約＋３０、または約＋１から約＋２０の領域内にある標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して約＋１から約＋１００まで、約＋１００から約＋２００まで、約＋２００から約＋３００まで、約＋３００から約＋４００まで、または約＋４００から約＋５００までの領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[00137]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体における包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）の上流（５’方向）（例えば、５’スプライス部位に対して負の数によって明示される方向）にある、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である（または結合する）。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して約−４から約−２７０の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して−１から−２６４のヌクレオチドの間の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的であり得る。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して約−１から約−２７０、約−１から約−２６０、約−１から約−２５０、約−１から約−２４０、約−１から約−２３０、約−１から約−２２０、約−１から約−２１０、約−１から約−２００、約−１から約−１９０、約−１から約−１８０、約−１から約−１７０、約−１から約−１６０、約−１から約−１５０、約−１から約−１４０、約−１から約−１３０、約−１から約−１２０、約−１から約−１１０、約−１から約−１００、約−１から約−９０、約−１から約−８０、約−１から約−７０、約−１から約−６０、約−１から約−５０、約−１から約−４０、約−１から約−３０、または約−１から約−２０の領域内にある標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの５’スプライス部位（または３’末端）に対して約−１から約−５０まで、約−５０から約−１００まで、約−１００から約−１５０まで、約−１５０から約−２００まで、または約−２００から約−２５０までの領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[00138]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体における包含エクソンの３’スプライス部位（または５’末端）の上流（５’方向）（例えば、負の数によって明示される方向）にある、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位（または５’末端）に対して約−１から約−５００の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位に対して−１から−４９６の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位に対して約−１から約−５００、約−１から約−４９０、約−１から約−４８０、約−１から約−４７０、約−１から約−４６０、約−１から約−４５０、約−１から約−４４０、約−１から約−４３０、約−１から約−４２０、約−１から約−４１０、約−１から約−４００、約−１から約−３９０、約−１から約−３８０、約−１から約−３７０、約−１から約−３６０、約−１から約−３５０、約−１から約−３４０、約−１から約−３３０、約−１から約−３２０、約−１から約−３１０、約−１から約−３００、約−１から約−２９０、約−１から約−２８０、約−１から約−２７０、約−１から約−２６０、約−１から約−２５０、約−１から約−２４０、約−１から約−２３０、約−１から約−２２０、約−１から約−２１０、約−１から約−２００、約−１から約−１９０、約−１から約−１８０、約−１から約−１７０、約−１から約−１６０、約−１から約−１５０、約−１から約−１４０、約−１から約−１３０、約−１から約−１２０、約−１から約−１１０、約−１から約−１００、約−１から約−９０、約−１から約−８０、約−１から約−７０、約−１から約−６０、約−１から約−５０、約−１から約−４０、または約−１から約−３０の領域内にある標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位に対して約−１から約−１００まで、約−１００から約−２００まで、約−２００から約−３００まで、約−３００から約−４００まで、または約−４００から約−５００までの領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[00139]一部の実施形態において、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体における包含エクソンの３’スプライス部位（５’末端）の下流（３’方向）（例えば、正の数によって明示される方向）にある、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の実施形態において、ＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位に対して約＋１から約＋１００の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分に対して相補的である。一部の態様において、ＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位に対して約＋１から約＋９０、約＋１から約＋８０、約＋１から約＋７０、約＋１から約＋６０、約＋１から約＋５０、約＋１から約＋４０、約＋１から約＋３０、約＋１から約＋２０、または約＋１から約＋１０の領域内にある標的化部分に対して相補的である。
[00140]一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分は、包含エクソンの５’スプライス部位（３’末端）に対して＋１００から包含エクソンの３’スプライス部位（５’末端）に対して−１００の領域内にある。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分はＮＩＥ内にある。一部の実施形態において、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の標的化部分は、偽エクソンとイントロンとの境界を含む。
[00141]ＡＳＯは、特異的結合およびスプライシングの効果的な増強に好適な任意の長さであり得る。一部の実施形態において、ＡＳＯは、８から５０核酸塩基からなる。例えば、ＡＳＯは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、４５、または５０核酸塩基長であり得る。一部の実施形態において、ＡＳＯは、５０核酸塩基超からなる。一部の実施形態において、ＡＳＯは、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、１２から１５核酸塩基、１３から５０核酸塩基、１３から４０核酸塩基、１３から３５核酸塩基、１３から３０核酸塩基、１３から２５核酸塩基、１３から２０核酸塩基、１４から５０核酸塩基、１４から４０核酸塩基、１４から３５核酸塩基、１４から３０核酸塩基、１４から２５核酸塩基、１４から２０核酸塩基、１５から５０核酸塩基、１５から４０核酸塩基、１５から３５核酸塩基、１５から３０核酸塩基、１５から２５核酸塩基、１５から２０核酸塩基、２０から５０核酸塩基、２０から４０核酸塩基、２０から３５核酸塩基、２０から３０核酸塩基、２０から２５核酸塩基、２５から５０核酸塩基、２５から４０核酸塩基、２５から３５核酸塩基、または２５から３０核酸塩基長までである。一部の実施形態において、ＡＳＯは１８ヌクレオチド長である。一部の実施形態において、ＡＳＯは１５ヌクレオチド長である。一部の実施形態において、ＡＳＯは２５ヌクレオチド長である。
[00142]一部の実施形態において、異なる化学的性質を有するが、ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の同じ標的化部分に対して相補的な２種以上のＡＳＯが使用される。一部の実施形態において、ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の異なる標的化部分に対して相補的である２種以上のＡＳＯが使用される。
[00143]実施形態において、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の部分またはコンジュゲート、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞の取込みを増強する、標的とする部分または他のコンジュゲートに化学的に連結する。そのような部分としては、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分としての脂質部分、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸が挙げられるが、これらに限定されない。親油性部分を含むオリゴヌクレオチド、および調製方法は、公開文献に記載されている。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えばＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ−Ａｃ−グルコサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、もしくはマンノース（例えば、マンノース−６−ホスフェート）、脂質、またはポリ炭化水素化合物が挙げられるがこれらに限定されない部分とコンジュゲートする。コンジュゲートは、当技術分野で理解され、文献に記載されているように、例えばリンカーを使用して、糖、塩基、またはリン酸基のいくつかの位置のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１個または複数に連結することができる。リンカーとしては、二価または三価の分枝リンカーを挙げることができる。実施形態において、コンジュゲートは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合される。オリゴヌクレオチドコンジュゲートを調製する方法は、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる米国特許第８，４５０，４６７号、「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載されている。
[00144]一部の実施形態において、ＡＳＯによって標的とされる核酸は、細胞、例えば真核細胞において発現するＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体である。一部の実施形態において、「細胞」という用語は細胞の集団を指す場合がある。一部の実施形態において、細胞は対象中にある。一部の実施形態において、細胞は対象から単離される。一部の実施形態において、細胞はエクスビボである。一部の実施形態において、細胞は、状態または疾患関連細胞または細胞株である。一部の実施形態において、細胞はインビトロ（例えば、細胞培養物中）である。
医薬組成物
[00145]記載される組成物の、および記載される方法のいずれかにおける使用のための薬剤、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物または製剤は、医薬業界において周知かつ公開文献に記載されている従来の技法に従って調製することができる。実施形態において、対象を処置するための医薬組成物または製剤は、本明細書に記載されるような有効量の任意のアンチセンスオリゴマー、または薬学的に許容されるその塩、溶媒和物、水和物、またはエステルを含む。アンチセンスオリゴマーを含む医薬製剤は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体をさらに含んでもよい。
[00146]薬学的に許容される塩は、過度の毒性、刺激作用、アレルギー応答等を伴わないためにヒトおよび下等動物の組織との接触における使用に好適であり、妥当な利益／危険比に相当する。（例えば、この目的のために参照によって本明細書に組み込まれるＳ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅら、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、６６：１〜１９ページ（１９７７）を参照のこと。塩は、化合物の最終単離および精製の間にインサイチュで、または遊離塩基官能基を好適な有機酸と反応させることによって別個に調製することができる。薬学的に許容される非毒性酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸等の無機酸、または酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、もしくはマロン酸等の有機酸を用いて、あるいはイオン交換等の他の文書化された方法論を使用することによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、二グルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パルモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩等が挙げられる。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム等が挙げられる。さらなる薬学的に許容される塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルスルホン酸塩、およびアリールスルホン酸塩等の対イオンを使用して形成された、非毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。
[00147]実施形態において、組成物は、これらに限定されないが、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、軟ゲル、坐剤、および浣腸剤等の多くの可能な剤形のいずれかに製剤化される。実施形態において、組成物は、水性、非水性、または混合媒体中の懸濁剤として製剤化される。水性懸濁剤は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、および／またはデキストランを含む、懸濁剤の粘度を増加させる物質をさらに含有してもよい。懸濁剤はまた、安定剤を含有してもよい。実施形態において、本発明の医薬製剤または組成物としては、溶液、エマルション、マイクロエマルション、泡状物、またはリポソーム含有製剤（例えば、カチオン性または非カチオン性リポソーム）が挙げられるが、これらに限定されない。
[00148]本明細書に記載される医薬組成物または製剤は、適宜、当業者に周知または公開文献に記載されている、１種または複数の浸透増強剤、担体、賦形剤、または他の活性もしくは不活性成分を含んでもよい。実施形態において、リポソームとしては、立体的に安定化したリポソーム、例えば、１種または複数の特殊化した脂質を含むリポソームも挙げられる。これらの特殊化した脂質は、増強した循環寿命を有するリポソームを結果的にもたらす。実施形態において、立体的に安定化したリポソームは、１種もしくは複数の糖脂質を含むか、または１種もしくは複数の親水性ポリマー、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分を用いて誘導体化される。実施形態において、界面活性剤が医薬製剤または組成物に含まれる。薬物生成物、製剤、およびエマルションにおける界面活性剤の使用は、当技術分野で周知である。実施形態において、本発明は、浸透増強剤を用いて、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達をもたらす、例えば、細胞膜を越える拡散を助ける、および／または親油性の薬物の透過性を増強させる。実施形態において、浸透増強剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート非界面活性剤である。
[00149]実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、別の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。
組合せ療法
[00150]一部の実施形態において、本開示に開示されるＡＳＯは、１種または複数のさらなる治療剤と組み合わせて使用することができる。一部の実施形態において、１種または複数のさらなる治療剤は低分子を含むことができる。例えば、１種または複数のさらなる治療剤は、その全体が本明細書に参照によって組み込まれる、ＷＯ２０１６１２８３４３Ａ１、ＷＯ２０１７０５３９８２Ａ１、ＷＯ２０１６１９６３８６Ａ１、ＷＯ２０１４２８４５９Ａ１、ＷＯ２０１５２４８７６Ａ２、ＷＯ２０１３１１９９１６Ａ２、およびＷＯ２０１４２０９８４１Ａ２に記載されている低分子を含むことができる。一部の実施形態において、１種または複数のさらなる治療剤は、イントロン保持を是正するために使用することができるＡＳＯを含む。一部の実施形態において、１種または複数の他の薬剤は、表１ａまたは表１ｂに列挙されているＡＳＯから選択される。
対象の処置
[00151]本明細書で提供される組成物のいずれも、個体に投与することができる。「個体」は、「対象」または「患者」と交換可能に使用することができる。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、または非ヒト霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、もしくはヒツジ等の動物であり得る。実施形態において、個体はヒトである。実施形態において、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態において、個体は別の真核性生物、例えば植物であり得る。一部の実施形態において、本明細書で提供される組成物は、細胞にエクスビボで投与される。
[00152]一部の実施形態において、本明細書で提供される組成物は、疾患または障害を処置する方法として個体に投与される。一部の実施形態において、個体は、遺伝子疾患、例えば本明細書に記載される疾患のいずれかを有する。一部の実施形態において、個体は、疾患、例えば本明細書に記載される疾患のいずれかを有する危険がある。一部の実施形態において、個体は、不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有する増加した危険がある。個体が不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有する「増加した危険がある」場合、方法は防止または予防的処置を伴う。例えば、個体は、疾患の家族歴のために、そのような疾患または障害を有する増加した危険がある場合がある。典型的には、そのような疾患または障害を有する増加した危険がある個体は、予防的処置から（例えば、疾患または障害の発症または進行を防止するか、または遅延させることによって）恩恵を受ける。実施形態において、胎児は、子宮内で、例えば、ＡＳＯ組成物を胎児に直接的にまたは間接的に（例えば母親を介して）投与することによって処置される。
[00153]本発明のＡＳＯの好適な投与経路は、ＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて変えてもよい。複数の組織および器官は、ドラベ症候群；全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；家族性片麻痺性片頭痛３；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病、またはＳＵＤＥＰによる影響を受け、脳が最も著しく影響を受ける組織である。本発明のＡＳＯは、患者に非経口的に、例えば、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与され得る。
[00154]一部の実施形態において、疾患または状態が、Ｎａｖ１．１（ＳＣＮ１Ａ遺伝子によってコードされるタンパク質）における変異によって誘発される。一部の例において、変異はＮａｖ１．１における機能喪失型変異である。場合によっては、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異は、野生型Ｎａｖ１．１の機能と比べてＮａｖ１．１の機能を（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％またはそれ以上）減少させるか、または損なわせる、１つまたは複数の変異を含む。場合によっては、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異は、疾患表現型を結果的にもたらす１つまたは複数の変異を含む。例示的な機能喪失型変異としては、Ｒ８５９Ｃ、Ｔ８７５Ｍ、Ｖ１３５３Ｌ、Ｉ１６５６Ｍ、Ｒ１６５７Ｃ、Ａ１６８５Ｖ、Ｍ１８４１Ｔ、およびＲ１９１６Ｇが挙げられるが、これらに限定されない。
[00155]他の例において、変異はＮａｖ１．１における機能獲得型変異である。そのような場合、機能獲得型変異は、野生型Ｎａｖ１．１の機能と比べてＮａｖ１．１の活性化を（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ以上）延長する、１つまたは複数の変異を含む。そのような場合、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異は、疾患表現型を結果的にもたらす１つまたは複数の変異を含む。例示的な機能獲得型変異としては、Ｄ１８８Ｖ、Ｗ１２０４Ｒ、Ｒ１６４８Ｈ、およびＤ１８６６Ｙが挙げられるが、これらに限定されない。
[00156]一部の実施形態において、疾患または状態が脳症である。場合によっては、脳症はＮａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される。
[00157]一部の実施形態において、脳症はてんかん性脳症である。例示的なてんかん性脳症としては、ドラベ症候群（ＤＳ）（乳児重症ミオクロニーてんかんまたはＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；または洞不全症候群１が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態において、疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）（乳児重症ミオクロニーてんかんまたはＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；および洞不全症候群１から任意選択で選択されるてんかん性脳症である。
[00158]一部の例において、ＧＥＦＳ＋は全般てんかん熱性痙攣プラス２型である。
[00159]一部の例において、熱性痙攣は家族性熱性痙攣３Ａである。
[00160]一部の例において、ＳＭＥＢは、全般性棘波を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−ＳＷ）、ミオクロニー発作を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｍ）、ＳＭＥＩの特徴を２つ以上欠くＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｏ）、または全般性強直間代発作を伴う難治性小児てんかん（ＩＣＥＧＴＣ）である。
[00161]一部の実施形態において、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される疾患または状態としては、ドラベ症候群（ＤＳ）（ＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；自閉症；または乳児悪性焦点移動性部分発作が挙げられるが、これらに限定されない。
[00162]一部の実施形態において、疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異によって誘発される。Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異に関連する例示的な疾患または状態としては片頭痛が挙げられるが、これらに限定されない。一部の例において、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異によって誘発される疾患または状態が片頭痛である。
[00163]一部の例において、片頭痛が家族性片麻痺性片頭痛３である。
[00164]一部の実施形態において、疾患または状態がＮａｖ１．１素因性てんかんである。Ｎａｖ１．１素因性てんかんは、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異、またはＮａｖ１．１における機能獲得型変異を含んでもよい。場合によっては、Ｎａｖ１．１素因性てんかんは、１つまたは複数の遺伝性変異を含む。他の場合、Ｎａｖ１．１素因性てんかんは、１つまたは複数のデノボ変異を含む。場合によっては、Ｎａｖ１．１素因性てんかんとしては、ドラベ症候群（ＤＳ）（乳児重症ミオクロニーてんかんもしくはＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；または乳児悪性焦点移動性部分発作が挙げられる。場合によっては、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異に関連するＮａｖ１．１素因性てんかんとしては、ドラベ症候群（ＤＳ）（乳児重症ミオクロニーてんかんまたはＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）、乳児悪性焦点移動性部分発作が挙げられる。
[00165]一部の実施形態において、疾患または状態が、ＳＣＮ１Ａ遺伝子のハプロ不全に関連する。ＳＣＮ１Ａ遺伝子のハプロ不全に関連する例示的な疾患または状態としては、ドラベ症候群（ＤＳ）（ＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；または乳児悪性焦点移動性部分発作が挙げられるが、これらに限定されない。場合によっては、疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）（ＳＭＥＩとしても公知）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；早期乳児ＳＣＮ１Ａ脳症；早期乳児てんかん性脳症（ＥＩＥＥ）；または乳児悪性焦点移動性部分発作である。
[00166]場合によっては、疾患または状態がドラベ症候群（ＤＳ）である。
[00167]ドラベ症候群（ＤＳ）、別名、乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）は、人生の最初の年に現れるてんかん性脳症である。ドラベ症候群は、臨床診断が患者のおよそ７０〜８０％におけるナトリウムチャネル遺伝子変異という所見によって支持される、ますます認識されているてんかん性脳症である。イオンチャネル遺伝子の変異は、一連のてんかん症候群の病因において主要な役割を果たしており、その結果、一部のてんかんはチャネル病と見なされている。電位依存性ナトリウムチャネル（ＶＧＳＣ）はニューロンの興奮性において不可欠な役割を果たしており、したがって、ＤＳに関連する多くの変異がＶＧＳＣサブユニットをコードする遺伝子において同定されているということは驚くべきことではない。疾患は、例えば、どちらも本明細書に参照によって組み込まれる、Ｍｕｌｌｅｙら、２００５、およびＯＭＩＭ＃６０７２０８（Ｏｎｌｉｎｅ Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎ、Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、１９６６〜２０１５）における疾患の説明によって記載されている。
[00168]７０％から８０％の間の患者は、ナトリウムチャネルα１サブユニット遺伝子（ＳＣＮ１Ａ）異常を保有し、短縮型変異は、約４０％を占め、発作発症のより早い年齢と著しい相関を有する。配列変異は、約７０％の症例に見出され、短縮型（４０％）およびミスセンス変異（４０％）を含み、残りはスプライス部位変化である。大半の変異はデノボなものであるが、家族性変異が、５〜１０％の症例において生じ、通例、本質的にミスセンスである。残りのＳＣＮ１Ａ変異は、スプライス部位およびミスセンス変異を含み、それらの大半は、ナトリウムチャネルの細孔形成領域に分類される。現在、５００を超える変異がＤＳに関連しており、遺伝子にランダムに分布している（Ｍｕｌｌｅｙら、Ｎｅｕｒｏｌ．２００６、６７、１０９４〜１０９５ページ）。
[00169]ＳＣＮ１Ａ遺伝子は、ヒト染色体２ｑ２４上のナトリウムチャネル遺伝子のクラスターに位置し、ニューロンの電位依存性ナトリウムチャネルのＮａｖ１．１として公知の細孔形成αサブユニットをコードする。ＳＣＮ１Ａ遺伝子は、ゲノムＤＮＡのおよそ１００ｋｂに及び、２６個のエクソンを含む。ＳＣＮ１Ａタンパク質は４つのドメインからなり、各々は６つの膜貫通セグメントを有する。エクソン１１のドメイン１と２との間の細胞質ループにおける１１個のアミノ酸の有無が異なる、長いおよび短いアイソフォームを結果的にもたらす２つのスプライスバリアントが同定されている（参照によって本明細書に組み込まれるＭｉｌｌｅｒら、１９９３〜２０１５、およびＭｕｌｌｅｙら、２００５、２５、５３５〜５４２ページ）。
[00170]ＳＣＮ１Ａ遺伝子における選択的スプライシング事象は、異常なタンパク質発現をもたらし得る非生産的ｍＲＮＡ転写物をもたらす可能性があり、ＳＣＮ１Ａ遺伝子における選択的スプライシング事象を標的とすることができる治療剤は、ＤＳ患者における機能性タンパク質の発現レベルを調節する、および／または異常なタンパク質発現を阻害することができる。そのような治療剤は、ＳＣＮ１Ａタンパク質欠損によって引き起こされる状態を処置するために使用することができる。
[00171]非生産的ｍＲＮＡ転写物をもたらす可能性がある選択的スプライシング事象の１つは、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を誘導し得る、ｍＲＮＡ転写物への追加のエクソンの包含である。本開示は、ＳＣＮ１Ａの選択的スプライシングを調節して、タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ、したがって、翻訳された機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質の産生を増加させるための組成物および方法を提供する。これらの組成物および方法は、エクソンスキッピングを引き起こし、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ前駆体の構成的スプライシングを促進することができるアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含む。様々な実施形態において、機能性ＳＣＮ１Ａタンパク質を、本開示の方法を使用して増加させて、ＳＣＮ１Ａタンパク質欠損によって引き起こされる状態を処置することができる。
[00172]場合によっては、疾患または状態がＳＭＥＢである。
[00173]場合によっては、疾患または状態がＧＥＦＳ＋である。
[00174]場合によっては、疾患または状態が熱性痙攣（例えば、家族性熱性痙攣３Ａ）である。
[00175]場合によっては、疾患または状態が自閉症（自閉症スペクトラム障害またはＡＳＤとしても公知）である。
[00176]場合によっては、疾患または状態が片頭痛（例えば、家族性片麻痺性片頭痛３）である。
[00177]場合によっては、疾患または状態がアルツハイマー病である。
[00178]一部の実施形態において、疾患または状態がＳＣＮ２Ａ脳症である。
[00179]一部の実施形態において、疾患または状態がＳＣＮ８Ａ脳症である。
[00180]一部の実施形態において、疾患または状態がＳＣＮ５Ａ不整脈である。
[00181]実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を越える対象のアンチセンスオリゴヌクレオチドの浸透を促進することができる１種または複数の薬剤と共に、当技術分野で公知の任意の方法によって投与される。例えば、筋肉組織の運動ニューロンへのアデノウイルスベクターの投与による薬剤の送達は、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，６３２，４２７号、「Ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ−ｖｅｃｔｏｒ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質へのベクターの直接の送達は、例えば、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，７５６，５２３号、「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒａｉｎ」に記載されている。
[00182]実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい医薬的または薬力学的特性を提供する薬剤と連結またはコンジュゲートされる。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を越える浸透または運搬を促進する、当技術分野で公知の物質、例えばトランスフェリン受容体に対する抗体とカップリングされる。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ウイルスベクターと連結して、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするか、または血液脳関門を越える運搬を増加させる。複数の実施形態において、浸透圧による血液脳関門破壊は、糖、例えば、メソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（＋）キシロース、ダルシトール、ミオイノシトール、Ｌ（−）フルクトース、Ｄ（−）マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（−）アラビノース、セロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋）メリビオース、Ｄ（−）リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（−）アラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（−）フコース、Ｄ（−）リキソース、Ｌ（＋）リキソース、およびＬ（−）リキソース、またはアミノ酸、例えば、グルタミン、リシン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、およびタウリンの注入によって補助される。血液脳関門浸透を増強させるための方法および材料は、例えば、各々が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第９，１９３，９６９号、「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｔｏ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｎｅｕｒｏｎ ｔｙｐｅｓ」、米国特許第４，８６６，０４２号、「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号、「Ｍａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ−ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、および米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されている。
[00183]実施形態において、本発明のＡＳＯは、例えば、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第９，１９３，９６９号に記載されている方法を使用して、ドーパミン再取込み阻害薬（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取込み阻害薬（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取込み阻害薬（ＮＲＩ）、ノルエピネフリン−ドーパミン再取込み阻害薬（ＮＤＲＩ）、およびセロトニン−ノルエピネフリン−ドーパミン再取込み阻害薬（ＳＮＤＲＩ）とカップリングされる。
[00184]実施形態において、方法および組成物を使用して処置される対象は、状態の向上に関して、当技術分野で公知かつ記載されている任意の方法を使用して評価される。
エクソンスキッピングを誘導するさらなるＡＳＯを同定する方法
[00185]ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体のエクソンスキッピング誘導するＡＳＯを同定または決定するための方法もまた、本開示の範囲内である。例えば、方法は、ＳＣＮ１Ａ ＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体の偽エクソンスキッピング誘導するＡＳＯを同定または決定するステップを含むことができる。ｍＲＮＡ前駆体の標的領域内の異なるヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、標的イントロンのスプライシングの速度および／または範囲を向上させるＡＳＯを同定または決定するためにスクリーニングされてもよい。一部の実施形態において、ＡＳＯは、スプライシングリプレッサー／サイレンサーの結合部位を遮断または干渉してもよい。当技術分野で公知の任意の方法は、エクソンの標的領域にハイブリダイズした場合に所望の効果（例えば、偽エクソンスキッピング、タンパク質または機能性ＲＮＡ産生）を結果的にもたらすＡＳＯを同定（決定）するために使用してもよい。これらの方法は、包含エクソンまたは非包含エクソンと隣り合うイントロンにおける標的化領域に結合することによって包含エクソンのエクソンスキッピングを誘導するＡＳＯを同定するためにも使用することができる。使用され得る方法の一例は以下に提供される。
[00186]ＡＳＯ「歩行」と称される１ラウンドのスクリーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実施してもよい。例えば、ＡＳＯ歩行に使用されるＡＳＯは、包含エクソンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流（例えば、標的／包含エクソンの上流に位置するエクソンの配列の一部分）から標的／包含エクソンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで、および／または包含エクソンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流から標的／包含エクソンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流（例えば、標的／包含エクソンの下流に位置するエクソンの配列の一部分）まで、５ヌクレオチドごとにタイリングすることができる。例えば、１５ヌクレオチド長の第１のＡＳＯは、標的／包含エクソンの３’スプライス部位に対して＋６から＋２０のヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするように設計されてもよい。第２のＡＳＯは、標的／包含エクソンの３’スプライス部位に対して＋１１から＋２５のヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするように設計されてもよい。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にまたがるようなものとして設計される。実施形態において、ＡＳＯはより綿密に、例えば、１、２、３、または４ヌクレオチドごとにタイリングすることができる。さらに、ＡＳＯは、５’スプライス部位の１００ヌクレオチド下流から３’スプライス部位の１００ヌクレオチド上流までタイリングすることができる。一部の実施形態において、ＡＳＯは、３’スプライス部位の約１，１６０ヌクレオチド上流から５’スプライス部位の約５００ヌクレオチド下流までタイリングすることができる。一部の実施形態において、ＡＳＯは、３’スプライス部位の約５００ヌクレオチド上流から３’スプライス部位の約１，９２０ヌクレオチド下流までタイリングすることができる。
[00187]１種もしくは複数のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズすることが予期されていない配列であるスクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体（例えば、本明細書に記載されるＮＩＥ含有ｍＲＮＡ前駆体）を発現する疾患関連細胞株へ送達される。各々のＡＳＯのエクソンスキッピング効果は、当技術分野で公知の任意の方法によって、例えばスプライス接合部にまたがるプライマーを使用する逆転写（ＲＴ）−ＰＣＲによって、実施例４に記載されるようにアセスメントしてもよい。ＡＳＯ処理細胞における、包含エクソンを含有する（例えばＮＩＥの隣り合うエクソンを含む）領域にまたがるプライマーを使用して産生された、対照ＡＳＯ処理細胞と比較してより長いＲＴ−ＰＣＲ産物の低減または非存在は、標的ＮＩＥのスプライシングが増強されたことを指し示す。一部の実施形態において、エクソンスキッピング効率（またはＮＩＥを含有するイントロンをスプライスするスプライシング効率）、スプライスされたｍＲＮＡ前駆体のスプライスされていないｍＲＮＡ前駆体に対する比、スプライシングの速度、またはスプライシングの範囲は、本明細書に記載されるＡＳＯを使用して向上させ得る。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコードされるタンパク質または機能性ＲＮＡの量もまた、各ＡＳＯが所望の効果を達成したか（例えば、機能性タンパク質産生を増強したか）否かを決定するためにアセスメントすることができる。タンパク質産生をアセスメントおよび／または定量化するための当技術分野で公知の任意の方法、例えばウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、およびＥＬＩＳＡが使用され得る。
[00188]ＡＳＯ「マイクロ歩行」と称される第２ラウンドのスクリーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実施してもよい。ＡＳＯマイクロ歩行に使用されるＡＳＯは、ＡＳＯとハイブリダイズした場合にエクソンスキッピング（またはＮＩＥの増強されたスプライシング）を結果的にもたらすｍＲＮＡ前駆体のヌクレオチド酸配列をさらに改良するために、１ヌクレオチドごとにタイリングされる。
[00189]標的イントロンのスプライシングを促進するＡＳＯによって規定された領域は、１ｎｔステップの間隔で並べられたＡＳＯを伴うＡＳＯ「マイクロ歩行」、およびより長い、典型的には１８〜２５ｎｔのＡＳＯによって、より詳細に探索される。
[00190]上でＡＳＯ歩行に関して記載されたように、ＡＳＯマイクロ歩行は、１種もしくは複数のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズすることが予期されない配列であるスクランブル配列を有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体を発現する疾患関連細胞株へ送達することによって実施される。各々のＡＳＯのスプライシング誘導効果は、当技術分野で公知の任意の方法によって、例えばＮＩＥにまたがるプライマーを使用する逆転写（ＲＴ）−ＰＣＲによって、本明細書に記載されるようにアセスメントしてもよい（例えば実施例４を参照のこと）。ＡＳＯ処理細胞における、ＮＩＥにまたがるプライマーを使用して産生された、対照ＡＳＯ処理細胞におけるものと比較してより長いＲＴ−ＰＣＲ産物の低減または非存在は、エクソンスキッピング（またはＮＩＥを含有する標的イントロンのスプライシング）が増強されたことを指し示す。一部の実施形態において、エクソンスキッピング効率（またはＮＩＥを含有するイントロンをスプライスするスプライシング効率）、スプライスされたｍＲＮＡ前駆体のスプライスされていないｍＲＮＡ前駆体に対する比、スプライシングの速度、またはスプライシングの範囲は、本明細書に記載されるＡＳＯを使用して向上させ得る。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコードされるタンパク質または機能性ＲＮＡの量もまた、各ＡＳＯが所望の効果を達成したか（例えば、機能性タンパク質産生を増強したか）否かを決定するためにアセスメントすることができる。タンパク質産生をアセスメントおよび／または定量化するための当技術分野で公知の任意の方法、例えばウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、およびＥＬＩＳＡが使用され得る。
[00191]ｍＲＮＡ前駆体の領域にハイブリダイズした場合にエクソンスキッピング（またはＮＩＥを含有するイントロンの増強されたスプライシング）および増加したタンパク質産生を結果的にもたらすＡＳＯは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデル、または疾患のヒト化マウスモデルを使用して、インビボで試験してもよい。ＡＳＯの好適な投与経路は、疾患、および／またはＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて変えてもよい。ＡＳＯは、例えば、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与され得る。投与後、モデル動物の細胞、組織、および／または器官は、ＡＳＯ処置の効果を決定するために、例えば当技術分野で公知かつ本明細書に記載されている方法によってスプライシング（効率、速度、範囲）およびタンパク質産生を評価することによって、アセスメントすることができる。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の任意の表現型または行動指標にもなり得る。
[00192]本明細書で様々な例に記載されるように、ヒトＳＣＮ１Ａ遺伝子におけるエクソン２０ｘは、マウスＳＣＮ１Ａ遺伝子におけるエクソン２１ｘと同等である。
[00193]ＮＭＤ阻害剤、例えば、シクロヘキシミドの存在下においてＮＭＤ誘導エクソンを同定またはバリデートする方法もまた本開示の範囲内である。例示的な方法は、図３および実施例２に提供される。
[00194]具体的な実施形態
[00195]実施形態１。ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）であって、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡを有する細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって治療剤がＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンのスプライシングを調節し、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、方法。
[00196]実施形態２。それを必要とする対象における疾患または状態を、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節することによって処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エクソン（ＮＭＤエクソン）を含有しＳＣＮ１Ａをコードする細胞中のｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、方法。
[00197]実施形態３。治療剤が、
（ａ）ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する、
（ｂ）ＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
（ｃ）（ａ）および（ｂ）の組合せ
である、実施形態１または２に記載の方法。
[00198]実施形態４。治療剤が、標的化部分の領域からのＮＭＤエクソンのスプライシングに関与する因子の結合に干渉する、実施形態３に記載の方法。
[00199]実施形態５。標的化部分がＮＭＤエクソンの近位にある、実施形態３または４に記載の方法。
[00200]実施形態６。標的化部分が、ＮＭＤエクソンの５’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、実施形態３から５のいずれか１つに記載の方法。
[00201]実施形態７。標的化部分が、ＮＭＤエクソンの５’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、実施形態３から６のいずれか１つに記載の方法。
[00202]実施形態８。標的化部分が、ＮＭＤエクソンの３’末端の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、実施形態３から５のいずれか１つに記載の方法。
[00203]実施形態９。標的化部分が、ＮＭＤエクソンの３’末端の、少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、実施形態３から５、または８のいずれか１つに記載の方法。
[00204]実施形態１０。標的化部分が、ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの２つのカノニカルなエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がＮＭＤエクソンを含有する、実施形態３から９のいずれか１つに記載の方法。
[00205]実施形態１１。標的化部分が、ＮＭＤエクソンと少なくとも部分的に重複する、実施形態３から１０のいずれか１つに記載の方法。
[00206]実施形態１２。標的化部分が、ＮＭＤエクソンの上流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、実施形態３から１１のいずれか１つに記載の方法。
[00207]実施形態１３。標的化部分が、５’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部または３’ＮＭＤエクソン−イントロン接合部を含む、実施形態３から１２のいずれか１つに記載の方法。
[00208]実施形態１４。標的化部分がＮＭＤエクソン内にある、実施形態３から１３のいずれか１つに記載の方法。
[00209]実施形態１５。標的化部分が、ＮＭＤエクソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む、実施形態３から１４のいずれか１つに記載の方法。
[00210]実施形態１６。ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号２または７〜１０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態１から１５のいずれか１つに記載の方法。
[00211]実施形態１７。ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号１または３〜６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態１から１６のいずれか１つに記載の方法。
[00212]実施形態１８。標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、実施形態３から１７のいずれか１つに記載の方法。
[00213]実施形態１９。標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，８０３の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、実施形態３から１８のいずれか１つに記載の方法。
[00214]実施形態２０。標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、実施形態３から１７のいずれか１つに記載の方法。
[00215]実施形態２１。標的化部分が、ゲノム部位ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９：ｃｈｒ２：１６６，８６３，７４０の、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、実施形態３から１７、または２０のいずれか１つに記載の方法。
[00216]実施形態２２。ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、配列番号２または７〜１０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態３から２１のいずれか１つに記載の方法。
[00217]実施形態２３。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜６７、２１０〜２５６、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態２２に記載の方法。
[00218]実施形態２４。ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある、実施形態３から２１のいずれか１つに記載の方法。
[00219]実施形態２５。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号４２〜５０、または２３１〜２３９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態２４に記載の方法。
[00220]実施形態２６。ＳＣＮ１ＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流または下流にある、実施形態３から２１のいずれか１つに記載の方法。
[00221]実施形態２７。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜３８、５３〜６７、２１０〜２２７、または２４２〜２５６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態２６に記載の方法。
[00222]実施形態２８。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのエクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む、実施形態３から２１のいずれか１つに記載の方法。
[00223]実施形態２９。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号３９〜４１、５１、５２、２２８〜２３０、２４０、または２４１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態２８に記載の方法。
[00224]実施形態３０。治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進する、実施形態１から２９のいずれか１つに記載の方法。
[00225]実施形態３１。治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、実施形態３０に記載の方法。
[00226]実施形態３２。治療剤が、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させる、実施形態３０または３１に記載の方法。
[00227]実施形態３３。治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、実施形態３０から３２のいずれか１つに記載の方法。
[00228]実施形態３４。治療剤が、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる、実施形態３０から３３のいずれか１つに記載の方法。
[00229]実施形態３５。治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量が、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、実施形態３０から３４のいずれか１つに記載の方法。
[00230]実施形態３６。疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される、実施形態２から３５のいずれか１つに記載の方法。
[00231]実施形態３７。疾患または状態が、ＳＣＮ１Ａ遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第１のアレル、およびＳＣＮ１Ａが産生されないか、もしくは低減したレベルで産生される第２のアレル、または非機能性ＳＣＮ１Ａもしくは部分機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第２のアレルを有する、実施形態２から３６のいずれか１つに記載の方法。
[00232]実施形態３８。疾患または状態が脳症である、実施形態２から３７のいずれか１つに記載の方法。
[00233]実施形態３９。脳症がてんかん性脳症である、実施形態３８に記載の方法。
[00234]実施形態４０。疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；自閉症；または乳児悪性焦点移動性部分発作である、実施形態２から３７のいずれか１つに記載の方法。
[00235]実施形態４１。ＧＥＦＳ＋が全般てんかん熱性痙攣プラス２型である、実施形態４０に記載の方法。
[00236]実施形態４２。熱性痙攣が家族性熱性痙攣３Ａである、実施形態４０に記載の方法。
[00237]実施形態４３。ＳＭＥＢが、全般性棘波を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−ＳＷ）、ミオクロニー発作を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｍ）、ＳＭＥＩの特徴を２つ以上欠くＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｏ）、または全般性強直間代発作を伴う難治性小児てんかん（ＩＣＥＧＴＣ）である、実施形態４０に記載の方法。
[00238]実施形態４４。治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を増加させる、実施形態１から４３のいずれか１つに記載の方法。
[00239]実施形態４５。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２２〜２４、２６、２７、２９〜３５、３７〜６２、６４〜６７、または３０４〜３７９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、実施形態１から４４のいずれか１つに記載の方法。
[00240]実施形態４６。治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害する、実施形態１から２９のいずれか１つに記載の方法。
[00241]実施形態４７。治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する、実施形態４６に記載の方法。
[00242]実施形態４８。治療剤が、細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを減少させる、実施形態４６または４７に記載の方法。
[00243]実施形態４９。治療剤と接触させた細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの量が、対照細胞における、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する、実施形態４６から４８のいずれか１つに記載の方法。
[00244]実施形態５０。治療剤が、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を減少させる、実施形態４６から４９のいずれか１つに記載の方法。
[00245]実施形態５１。治療剤と接触させた細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの量が、対照細胞において産生されるＳＣＮ１Ａの総量と比較して、約１．１分の１から約１０分の１、約１．５分の１から約１０分の１、約２分の１から約１０分の１、約３分の１から約１０分の１、約４分の１から約１０分の１、約１．１分の１から約５分の１、約１．１分の１から約６分の１、約１．１分の１から約７分の１、約１．１分の１から約８分の１、約１．１分の１から約９分の１、約２分の１から約５分の１、約２分の１から約６分の１、約２分の１から約７分の１、約２分の１から約８分の１、約２分の１から約９分の１、約３分の１から約６分の１、約３分の１から約７分の１、約３分の１から約８分の１、約３分の１から約９分の１、約４分の１から約７分の１、約４分の１から約８分の１、約４分の１から約９分の１、少なくとも約１．１分の１、少なくとも約１．５分の１、少なくとも約２分の１、少なくとも約２．５分の１、少なくとも約３分の１、少なくとも約３．５分の１、少なくとも約４分の１、少なくとも約５分の１、または少なくとも約１０分の１に減少する、実施形態４６から５０のいずれか１つに記載の方法。
[00246]実施形態５２。疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異によって誘発される、実施形態２から２９、または４６から４９のいずれか１つに記載の方法。
[00247]実施形態５３。対象が、ＳＣＮ１Ａが増加したレベルで産生されるアレル、または細胞におけるＮａｖ１．１の増加した活性を誘導する変異ＳＣＮ１Ａをコードするアレルを有する、実施形態５２に記載の方法。
[00248]実施形態５４。疾患または状態が片頭痛である、実施形態５２または５３に記載の方法。
[00249]実施形態５５。片頭痛が家族性片麻痺性片頭痛３である、実施形態５４に記載の方法。
[00250]実施形態５６。疾患または状態がＮａｖ１．１素因性てんかんである、実施形態２から４９のいずれか１つに記載の方法。
[00251]実施形態５７。治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を減少させる、実施形態４６から５６のいずれか１つに記載の方法。
[00252]実施形態５８。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１、２５、２８、３６、または６３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、実施形態４６から５７のいずれか１つに記載の方法。
[00253]実施形態５９。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態１から５８のいずれか１つに記載の方法。
[00254]実施形態６０。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、実施形態１から５９のいずれか１つに記載の方法。
[00255]実施形態６１。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも１つの修飾糖部分を含む、実施形態１から６０のいずれか１つに記載の方法。
[00256]実施形態６２。各糖部分が修飾糖部分である、実施形態６１に記載の方法。
[00257]実施形態６３。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までからなる、実施形態１から６２のいずれか１つに記載の方法。
[00258]実施形態６４。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、実施形態３から６３のいずれか１つに記載の方法。
[00259]実施形態６５。ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡまたはタンパク質発現をアセスメントするステップをさらに含む、実施形態１から６４のいずれか１つに記載の方法。
[00260]実施形態６６。対象がヒトである、実施形態２から６５のいずれか１つに記載の方法。
[00261]実施形態６７。対象が非ヒト動物である、実施形態２から６５のいずれか１つに記載の方法。
[00262]実施形態６８。対象が胎児、胚、または小児である、実施形態２から６５のいずれか１つに記載の方法。
[00263]実施形態６９。細胞がエクスビボである、実施形態１から６８のいずれか１つに記載の方法。
[00264]実施形態７０。治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、実施形態２から６９のいずれか１つに記載の方法。
[00265]実施形態７１。第２の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、実施形態２から６５のいずれか１つに記載の方法。
[00266]実施形態７２。第２の治療剤が低分子である、実施形態７１に記載の方法。
[00267]実施形態７３。第２の治療剤がＡＳＯである、実施形態７１に記載の方法。
[00268]実施形態７４。ＡＳＯが、配列番号１１５〜１６１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、実施形態７３に記載の方法。
[00269]実施形態７５。第２の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態７１に記載の方法。
[00270]実施形態７６。疾患または状態が、アルツハイマー病、ＳＣＮ２Ａ脳症、ＳＣＮ８Ａ脳症、またはＳＣＮ５Ａ不整脈である、実施形態２から６５のいずれか１つに記載の方法。
[00271]実施形態７７。疾患または状態が、アルツハイマー病、ＳＣＮ２Ａ脳症、ＳＣＮ８Ａ脳症、またはＳＣＮ５Ａ不整脈である、実施形態３０、３２、または３４に記載の方法。
[00272]実施形態７８。それを必要とする対象における、ドラベ症候群（ＤＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；家族性片麻痺性片頭痛３；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病、またはてんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）を、対象の細胞による標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させることによって処置する方法であって、細胞がナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）を有し、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードし、方法が、対象の細胞を、標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する治療剤と接触させるステップを含み、それによってナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンが標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから排除され、それにより標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させ、対象の細胞における標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
[00273]実施形態７９。標的タンパク質がＳＣＮ１Ａである、実施形態７８に記載の方法。
[00274]実施形態８０。ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）であって、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡを有する細胞によるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる方法であって、細胞を、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する薬剤と接触させるステップを含み、それによってナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンがＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから排除され、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる、方法。
[00275]実施形態８１。それを必要とする対象における疾患または状態を、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させることによって処置する方法であって、対象の細胞を、ＳＣＮ１Ａタンパク質または機能性ＳＣＮ１Ａ ＲＮＡをコードするナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する治療剤と接触させるステップを含み、それによってナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンがＳＣＮ１Ａタンパク質または機能性ＳＣＮ１Ａ ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから排除され、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質または機能性ＳＣＮ１Ａ ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させ、対照の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質または機能性ＳＣＮ１Ａ ＲＮＡの発現を増加させ、疾患または状態が、ＳＣＮ１Ａ遺伝子以外の遺伝子の変異、ＳＣＮ１Ａ遺伝子以外の遺伝子によってコードされるタンパク質の異常な発現、またはＳＣＮ１Ａ遺伝子以外の遺伝子によってコードされるＲＮＡの異常な発現に関連する、方法。
[00276]実施形態８２。疾患または状態の症状が、約２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、またはそれ以下に低減する、実施形態８１に記載の方法。
[00277]実施形態８３。疾患または状態の症状が、ＳＣＮ１Ａタンパク質の発現の増加と共に、約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％低減する、実施形態８１または８２に記載の方法。
[00278]実施形態８４。疾患または状態の進行が、ＳＣＮ１Ａタンパク質の発現の増加と共に、約２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、またはそれ以下に低減する、実施形態８１から８３のいずれか１つに記載の方法。
[00279]実施形態８５。疾患または状態の進行が、ＳＣＮ１Ａタンパク質の発現の増加と共に、約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％低減する、実施形態８１から８４のいずれか１つに記載の方法。
[00280]実施形態８６。ＳＣＮ１Ａタンパク質または機能性ＳＣＮ１Ａ ＲＮＡの発現を増加させることが、ＳＣＮ１Ａ遺伝子以外の遺伝子の変異、ＳＣＮ１Ａ遺伝子以外の遺伝子によってコードされるタンパク質の異常な発現、またはＳＣＮ１Ａ遺伝子以外の遺伝子によってコードされるＲＮＡの異常な発現を補償する、実施形態８１から８５のいずれか１つに記載の方法。
[00281]実施形態８７。疾患または状態が早期乳児てんかん性脳症（ｅｎｃｅｐｈａｌｏｐｈａｔｈｙ）１３である、実施形態８１から８６のいずれか１つに記載の方法。
[00282]実施形態８８。対象がＳＣＮ８Ａ遺伝子における変異を有する、実施形態８１から８７のいずれか１つに記載の方法。
[00283]実施形態８９。疾患または状態が洞不全症候群１である、実施形態８１から８６のいずれか１つに記載の方法。
[00284]実施形態９０。対象がＳＣＮ５Ａ遺伝子における変異を有する、実施形態８１から８６、または８８のいずれか１つに記載の方法。
[00285]実施形態９１。疾患または状態がアルツハイマー病である、実施形態８１から８６のいずれか１つに記載の方法。
[00286]実施形態９２。それを必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象にアンチセンスオリゴマーを含む組成物を投与するステップを含み、アンチセンスオリゴマーが、ＳＣＮ１Ａのイントロン２０に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である、少なくとも８個の連続的なヌクレオチドの配列を含む、方法。
[00287]実施形態９３。それを必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象にアンチセンスオリゴマーを含む組成物を投与するステップを含み、アンチセンスオリゴマーが、配列番号７〜１０のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である、少なくとも８個の連続的なヌクレオチドの配列を含む、方法。
[00288]実施形態９４。ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンが、標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから切り出される、実施形態７８から９３のいずれか１つに記載の方法。
[00289]実施形態９５。標的タンパク質が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含まない、実施形態７８から９４のいずれか１つに記載の方法。
[00290]実施形態９６。標的タンパク質が全長標的タンパク質である、実施形態７８から９５のいずれか１つに記載の方法。
[00291]実施形態９７。薬剤が、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である、実施形態７８から９６のいずれか１つに記載の方法。
[00292]実施形態９８。ｍＲＮＡがｍＲＮＡ前駆体である、実施形態７８から９７のいずれか１つに記載の方法。
[00293]実施形態９９。接触させるステップが治療剤をｍＲＮＡに接触させるステップを含み、ｍＲＮＡが細胞の核にある、実施形態７８から９８のいずれか１つに記載の方法。
[00294]実施形態１００。標的タンパク質または機能性ＲＮＡが、対象における標的タンパク質または機能性ＲＮＡの欠損を是正する、実施形態７８から９９のいずれか１つに記載の方法。
[00295]実施形態１０１。細胞が、ＳＣＮ１Ａタンパク質の欠損した量または活性によって引き起こされる状態を有する対象中にあるか、または由来する、実施形態７８から１００のいずれか１つに記載の方法。
[00296]実施形態１０２。標的タンパク質の欠損量が、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第１のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低減したレベルで産生される第２のアレル、または非機能性もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第２のアレルを有し、アンチセンスオリゴマーが、第１のアレルから転写されたＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する、実施形態７８から１０１のいずれか１つに記載の方法。
[00297]実施形態１０３。対象が、標的タンパク質の量または機能における欠損の結果として生じる障害によって引き起こされる状態を有し、
（ａ） （ｉ）標的タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低減したレベルで産生される、
（ｉｉ）標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態で産生される、または
（ｉｉｉ）標的タンパク質が産生されない
第１の変異アレル、および
（ｂ） （ｉ）標的タンパク質が、野生型アレルからの産生と比較して低減したレベルで産生される、
（ｉｉ）標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態で産生される、または
（ｉｉｉ）標的タンパク質が産生されない
第２の変異アレル
を有し、対象が第１の変異アレル（ａ）（ｉｉｉ）．を有する場合、第２の変異アレルが（ｂ）（ｉ）または（ｂ）（ｉｉ）であり、対象が第２の変異アレル（ｂ）（ｉｉｉ）を有する場合、第１の変異アレルが（ａ）（ｉ）または（ａ）（ｉｉ）であり、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、（ａ）（ｉ）もしくは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異アレル、および／または（ｂ）（ｉ）もしくは（ｂ）（ｉｉ）である第２のアレルから転写される、実施形態７８から１０１のいずれか１つに記載の方法。
[00298]実施形態１０４。標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態で産生される、実施形態１０３に記載の方法。
[00299]実施形態１０５。標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して完全機能性である形態で産生される、実施形態１０３に記載の方法。
[00300]実施形態１０６。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン内にある、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00301]実施形態１０７。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンの上流または下流のいずれかにある、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00302]実施形態１０８。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態７８から１０７のいずれか１つに記載の方法。
[00303]実施形態１０９。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号１、３〜６、１１、および１３〜１６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態７８から１０７のいずれか１つに記載の方法。
[00304]実施形態１１０。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態７８から１０７のいずれか１つに記載の方法。
[00305]実施形態１１１。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態７８から１１０のいずれか１つに記載の方法。
[00306]実施形態１１２。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00307]実施形態１１３。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号４２〜５０、または２３１〜２３９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１１２に記載の方法。
[00308]実施形態１１４。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流または下流にある、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00309]実施形態１１５。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜３８、５３〜６７、２１０〜２２７、または２４２〜２５６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１１４に記載の方法。
[00310]実施形態１１６。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、ＳＣＮ１Ａのエクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00311]実施形態１１７。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号３９〜４１、５１、５２、２２８〜２３０、２４０、または２４１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１１６に記載の方法。
[00312]実施形態１１８。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、Ｓｃｎ１ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２１ｘ内にある、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00313]実施形態１１９。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号８９〜９７のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１１８に記載の方法。
[00314]実施形態１２０。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、Ｓｃｎ１ａのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２１ｘの上流または下流のいずれかにある、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00315]実施形態１２１。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号６８〜８５および１００〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１２０に記載の方法。
[00316]実施形態１２２。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、Ｓｃｎ１ａのエクソン２１ｘのエクソン−イントロン接合部を含む、実施形態７８から１０５のいずれか１つに記載の方法。
[00317]実施形態１２３。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号８６〜８８および９８〜９９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１２２に記載の方法。
[00318]実施形態１２４。産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、実施形態７８から１２３のいずれか１つに記載の方法。
[00319]実施形態１２５。アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において産生される標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量が、対照細胞において産生される標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、実施形態７８から１２４のいずれか１つに記載の方法。
[00320]実施形態１２６。アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって産生される標的タンパク質の総量が、対照細胞によって産生される標的タンパク質の総量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、約４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、実施形態７８から１２４のいずれか１つに記載の方法。
[00321]実施形態１２７。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態７８から１２６のいずれか１つに記載の方法。
[00322]実施形態１２８。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、実施形態７８から１２７のいずれか１つに記載の方法。
[00323]実施形態１２９。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも１つの修飾糖部分を含む、実施形態７８から１２８のいずれか１つに記載の方法。
[00324]実施形態１３０。各糖部分が修飾糖部分である、実施形態１２９に記載の方法。
[00325]実施形態１３１。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までからなる、実施形態７８から１３０のいずれか１つに記載の方法。
[00326]実施形態１３２。薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、実施形態７８から１３１のいずれか１つに記載の方法。
[00327]実施形態１３３。ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡまたはタンパク質発現をアセスメントするステップをさらに含む、実施形態７８から１３２のいずれか１つに記載の方法。
[00328]実施形態１３４。ドラベ症候群；全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；家族性片麻痺性片頭痛３；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病、またはてんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）が処置され、アンチセンスオリゴマーがＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合し、標的化部分が、配列番号７〜１０および１７〜２０から選択される配列内にある、実施形態１から１３３のいずれか１つに記載の方法。
[00329]実施形態１３５。対象がヒトである、実施形態７８から１３４のいずれか１つに記載の方法。
[00330]実施形態１３６。対象が非ヒト動物である、実施形態７８から１３５のいずれか１つに記載の方法。
[00331]実施形態１３７。対象が胎児、胚、または小児である、実施形態７８から１３６のいずれか１つに記載の方法。
[00332]実施形態１３８。細胞がエクスビボである、実施形態７８から１３７のいずれか１つに記載の方法。
[00333]実施形態１３９。治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与される、実施形態７８から１３８のいずれか１つに記載の方法。
[00334]実施形態１４０。第２の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、実施形態７８から１３９のいずれかに記載の方法。
[00335]実施形態１４１。第２の治療剤が低分子である、実施形態１４０に記載の方法。
[00336]実施形態１４２。第２の治療剤がＡＳＯである、実施形態１４０に記載の方法。
[00337]実施形態１４３。ＡＳＯが、配列番号１１５〜１６１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１４２に記載の方法。
[00338]実施形態１４４。第２の治療剤がイントロン保持を是正する、実施形態１４０から１４２のいずれか１つに記載の方法。
[00339]実施形態１４５。実施形態７８から１４４のいずれかに記載の方法において使用されるようなアンチセンスオリゴマー。
[00340]実施形態１４６。配列番号２１〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、アンチセンスオリゴマー。
[00341]実施形態１４７。実施形態１４５または１４６のアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含む、医薬組成物。
[00342]実施形態１４８。それを必要とする対象を処置する方法であって、実施形態１４７の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与するステップが、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射による、方法。
[00343]実施形態１４９。細胞による標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させて、それを必要とする対象における欠損タンパク質または欠損機能性ＲＮＡに関連する疾患または状態を処置する方法における使用のための治療剤を含む組成物であって、欠損タンパク質または欠損機能性ＲＮＡが、対象における量または活性において欠損しており、標的タンパク質が、
（ａ）欠損タンパク質、または
（ｂ）対象における欠損タンパク質を機能的に増大させるか、もしくは置き換える補償タンパク質
であり、機能性ＲＮＡが、
（ｃ）欠損ＲＮＡ、または
（ｄ）対象における欠損機能性ＲＮＡを機能的に増大させるか、もしくは置き換える補償機能性ＲＮＡ
であり、
[00344]治療剤が、標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡからのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンの排除を増強し、それにより対象における標的タンパク質または機能性ＲＮＡの産生または活性を増加させる、組成物。
[00345]実施形態１５０。それを必要とする対象における疾患または状態を処置する方法における使用のための治療剤を含む組成物であって、方法が、対象の細胞によるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節するステップを含み、細胞が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）であって、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡを有し、方法が、細胞を治療剤と接触させるステップを含み、それによってＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡからのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンの排除が調節され、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を調節する、組成物。
[00346]実施形態１５１。疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；自閉症；または家族性片麻痺性片頭痛３；およびアルツハイマー病からなる群から選択される、実施形態１５０に記載の組成物。
[00347]実施形態１５２。ＳＣＮ１Ａタンパク質およびＮＭＤエクソンｍＲＮＡがＳＣＮ１Ａ遺伝子によってコードされる、実施形態１５０または１５１に記載の組成物。
[00348]実施形態１５３。ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンが、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから切り出される、実施形態１４９から１５２のいずれか１つに記載の組成物。
[00349]実施形態１５４。ＳＣＮ１Ａタンパク質が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含まない、実施形態１４９から１５３のいずれか１つに記載の組成物。
[00350]実施形態１５５。ＳＣＮ１Ａタンパク質が全長ＳＣＮ１Ａタンパク質である、実施形態１４９から１５４のいずれか１つに記載の組成物。
[00351]実施形態１５６。治療剤が、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である、実施形態１４９から１５５のいずれか１つに記載の組成物。
[00352]実施形態１５７。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン内にあるＮＭＤエクソンｍＲＮＡの一部分を標的とする、実施形態１４９から１５６のいずれかに記載の組成物。
[00353]実施形態１５８。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンの上流または下流にあるＮＭＤエクソンｍＲＮＡの一部分を標的とする、実施形態１４９から１５６のいずれかに記載の組成物。
[00354]実施形態１５９。標的タンパク質がＳＣＮ１Ａである、実施形態１４９から１５８のいずれか１つに記載の組成物。
[00355]実施形態１６０。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態１５９に記載の組成物。
[00356]実施形態１６１。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが、配列番号１、３〜６、１１、および１３〜１６に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態１５９に記載の組成物。
[00357]実施形態１６２。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０の少なくとも８個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態１５９に記載の組成物。
[00358]実施形態１６３。ＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分が、（ｉ）ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある、（ｉｉ）ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流もしくは下流にある、または（ｉｉｉ）ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む、実施形態１５９から１６２のいずれか１つに記載の組成物。
[00359]実施形態１６４。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１５９から１６３のいずれか１つに記載の組成物。
[00360]実施形態１６５。疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される、実施形態１４９から１６４のいずれか１つに記載の組成物。
[00361]実施形態１６６。疾患または状態が、ＳＣＮ１Ａ遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第１のアレル、およびＳＣＮ１Ａが産生されないか、もしくは低減したレベルで産生される第２のアレル、または非機能性ＳＣＮ１Ａもしくは部分機能性ＳＣＮ１Ａをコードする第２のアレルを有する、実施形態１４９から１６５のいずれか１つに記載の組成物。
[00362]実施形態１６７。疾患または状態が、任意選択でＮａｖ１．１における機能喪失型変異によって誘発される脳症である、実施形態１４９から１６６のいずれか１つに記載の組成物。
[00363]実施形態１６８。脳症がてんかん性脳症である、実施形態１６７に記載の組成物。
[00364]実施形態１６９。疾患または状態が、ドラベ症候群（ＤＳ）；乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）境界型（ＳＭＥＢ）；熱性痙攣（ＦＳ）；全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＥＦＳ＋）；早期乳児てんかん性脳症１３；潜因性全般てんかん；潜因性焦点てんかん；ミオクロニー失立てんかん；レノックス・ガストー症候群；ウエスト症候群；特発性スパズム；早期ミオクロニー脳症；進行性ミオクロニーてんかん；小児交互性片麻痺；未分類てんかん性脳症；てんかんにおける予期せぬ突然死（ＳＵＤＥＰ）；洞不全症候群１；自閉症；または乳児悪性焦点移動性部分発作である、実施形態１６５または１６６に記載の組成物。
[00365]実施形態１７０。ＧＥＦＳ＋が全般てんかん熱性痙攣プラス２型である、実施形態１６８に記載の組成物。
[00366]実施形態１７１。熱性痙攣が家族性熱性痙攣３Ａである、実施形態１６８に記載の組成物。
[00367]実施形態１７２。ＳＭＥＢが、全般性棘波を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−ＳＷ）、ミオクロニー発作を伴わないＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｍ）、ＳＭＥＩの特徴を２つ以上欠くＳＭＥＢ（ＳＭＥＢ−Ｏ）、または全般性強直間代発作を伴う難治性小児てんかん（ＩＣＥＧＴＣ）である、実施形態１６８に記載の組成物。
[00368]実施形態１７３。治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を促進し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を増加させる、実施形態１６５から１７２のいずれか１つに記載の組成物。
[00369]実施形態１７４。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２２〜２４、２６、２７、２９〜３５、３７〜６２、または６４〜６７のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、実施形態１６５から１７３のいずれか１つに記載の組成物。
[00370]実施形態１７５。疾患または状態が、Ｎａｖ１．１における機能獲得型変異によって誘発される、実施形態１４９から１６４のいずれか１つに記載の組成物。
[00371]実施形態１７６。対象が、ＳＣＮ１Ａが増加したレベルで産生されるアレル、または細胞におけるＮａｖ１．１の増加した活性を誘導する変異ＳＣＮ１Ａをコードするアレルを有する、実施形態１４９から１６４、または１７５のいずれか１つに記載の組成物。
[00372]実施形態１７７。疾患または状態が片頭痛である、実施形態１４９から１６４、１７５、または１７６のいずれか１つに記載の組成物。
[00373]実施形態１７８。片頭痛が家族性片麻痺性片頭痛３である、実施形態１７７に記載の組成物。
[00374]実施形態１７９。疾患または状態がＮａｖ１．１素因性てんかんである、実施形態１４９から１６４、１７５、または１７６のいずれか１つに記載の組成物。
[00375]実施形態１８０。治療剤が、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡからのＮＭＤエクソンの排除を阻害し、細胞におけるＳＣＮ１Ａの発現を減少させる、実施形態１４９から１６４、または１７５から１７９のいずれか１つに記載の組成物。
[00376]実施形態１８１。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯが、配列番号２１、２５、２８、３６、または６３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である配列を含む、実施形態１４９から１６４、または１７５から１８０のいずれか１つに記載の組成物。
[00377]実施形態１８２。標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡが、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである、実施形態１４９から１８１のいずれか１つに記載の組成物。
[00378]実施形態１８３。産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、実施形態１４９から１８２のいずれか１つに記載の組成物。
[00379]実施形態１８４。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態１４９から１８３のいずれか１つに記載の組成物。
[00380]実施形態１８５。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記アンチセンスオリゴマーがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、実施形態１４９から１８４のいずれかに記載の組成物。
[00381]実施形態１８６。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、実施形態１４９から１８５のいずれかに記載の組成物。
[00382]実施形態１８７。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも１つの修飾糖部分を含む、実施形態１４９から１８６のいずれかに記載の組成物。
[00383]実施形態１８８。各糖部分が修飾糖部分である、実施形態１８７に記載の組成物。
[00384]実施形態１８９。治療剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までからなる、実施形態１４９から１８８のいずれかに記載の組成物。
[00385]実施形態１９０。アンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、アンチセンスオリゴマーが、ＳＣＮ１Ａのイントロン２０に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である、少なくとも８個の連続的なヌクレオチドの配列を含む、組成物。
[00386]実施形態１９１。アンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、アンチセンスオリゴマーが、配列番号７〜１０のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的である、少なくとも８個の連続的なヌクレオチドの配列を含む、組成物。
[00387]実施形態１９２。実施形態１４９から１９１に記載の組成物のいずれかの治療剤、および賦形剤を含む、医薬組成物。
[00388]実施形態１９３。それを必要とする対象を処置する方法であって、実施形態１９２の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与するステップが、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射による、方法。
[00389]実施形態１９４。ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマー、および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物であって、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物がナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含み、アンチセンスオリゴマーが、ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物からのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンの排除を誘導する、医薬組成物。
[00390]実施形態１９５。ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物がＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ転写物である、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00391]実施形態１９６。ＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ転写物の標的化部分が、（ｉ）ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘ内にある、（ｉｉ）ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘの上流もしくは下流にある、または（ｉｉｉ）ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン２０ｘのエクソン−イントロン接合部を含む、実施形態１９４または１９５に記載の医薬組成物。
[00392]実施形態１９７。ＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ転写物が、配列番号１、３〜６、１１、および１３〜１６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、実施形態１９４または１９６に記載の医薬組成物。
[00393]実施形態１９８。ＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ転写物が、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、実施形態１９４または１９６に記載の医薬組成物。
[00394]実施形態１９９。アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00395]実施形態２００。アンチセンスオリゴマーがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00396]実施形態２０１。アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00397]実施形態２０２。アンチセンスオリゴマーが少なくとも１つの修飾糖部分を含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00398]実施形態２０３。アンチセンスオリゴマーが、８から５０核酸塩基、８から４０核酸塩基、８から３５核酸塩基、８から３０核酸塩基、８から２５核酸塩基、８から２０核酸塩基、８から１５核酸塩基、９から５０核酸塩基、９から４０核酸塩基、９から３５核酸塩基、９から３０核酸塩基、９から２５核酸塩基、９から２０核酸塩基、９から１５核酸塩基、１０から５０核酸塩基、１０から４０核酸塩基、１０から３５核酸塩基、１０から３０核酸塩基、１０から２５核酸塩基、１０から２０核酸塩基、１０から１５核酸塩基、１１から５０核酸塩基、１１から４０核酸塩基、１１から３５核酸塩基、１１から３０核酸塩基、１１から２５核酸塩基、１１から２０核酸塩基、１１から１５核酸塩基、１２から５０核酸塩基、１２から４０核酸塩基、１２から３５核酸塩基、１２から３０核酸塩基、１２から２５核酸塩基、１２から２０核酸塩基、または１２から１５核酸塩基までを含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00399]実施形態２０４。アンチセンスオリゴマーが、ＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ転写物の標的化部分に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、実施形態１９４または１９５に記載の医薬組成物。
[00400]実施形態２０５。ＳＣＮ１Ａ ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ転写物の標的化部分が、配列番号２、７〜１０、１２、および１７〜２０から選択される配列内にある、実施形態１９４または１９５に記載の医薬組成物。
[00401]実施形態２０６。アンチセンスオリゴマーが、配列番号２１〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00402]実施形態２０７。アンチセンスオリゴマーが、配列番号２１〜１１４から選択されるヌクレオチド配列を含む、実施形態１９４に記載の医薬組成物。
[00403]実施形態２０８。髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射用に製剤化される、実施形態１９４から２０７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
[00404]実施形態２０９。欠損ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物のプロセシングを誘導し、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンの除去を容易にして、ＳＣＮ１Ａタンパク質の機能的形態をコードする完全にプロセシングされたＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物を産生する方法であって、
[00405]（ａ）アンチセンスオリゴマーを対象の標的細胞に接触させるステップ、
[00406]（ｂ）アンチセンスオリゴマーを欠損ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物にハイブリダイズするステップであって、欠損ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物が、ＳＣＮ１Ａタンパク質の機能的形態をコードすることができ、少なくとも１個のナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含む、ステップ、
[00407]（ｃ）欠損ＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物から少なくとも１個のナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを除去して、ＳＣＮ１Ａタンパク質の機能的形態をコードする完全にプロセシングされたＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物を産生するステップ、および
[00408]（ｄ）完全にプロセシングされたＳＣＮ１Ａ ｍＲＮＡ転写物からＳＣＮ１Ａタンパク質の機能的形態を翻訳するステップ
を含む方法。
[00409]実施形態２１０。ＳＣＮ１Ａタンパク質の欠損した量または活性によって引き起こされる状態を有する対象を処置する方法であって、対象に、配列番号２４〜１１４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを投与するステップを含む方法。
[00410]実施形態２１１。細胞による標的タンパク質または機能性ＲＮＡの遺伝子発現を増加させる薬剤をスクリーニングする方法であって、細胞が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）を有し、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードし、方法が、
（ａ）ＮＭＤエクソンｍＲＮＡを標的とする試験薬剤を第１の細胞に接触させるステップ、
（ｂ）対照薬剤を第２の細胞に接触させるステップ、
（ｃ）第１の細胞における第１のレベルを決定するステップであって、第１のレベルが、（ｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含まない、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるＲＮＡ転写物、または（ｉｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含まない、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるタンパク質のレベルである、ステップ、
（ｄ）第２の細胞における第２のレベルを決定するステップであって、第２のレベルが、（ｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含まない、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるＲＮＡ転写物、または（ｉｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含まない、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるタンパク質のレベルである、ステップ
（第１のレベルが第２のレベルより高い）、および
（ｅ）試験薬剤を選択するステップ
を含む、方法。
[00411]実施形態２１２。細胞による標的タンパク質または機能性ＲＮＡの遺伝子発現を増加させる薬剤をスクリーニングする方法であって、細胞が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）を有し、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードし、方法が、
（ａ）ＮＭＤエクソンｍＲＮＡを標的とする試験薬剤を第１の細胞に接触させるステップ、
（ｂ）対照薬剤を第２の細胞に接触させるステップ、
（ｃ）第１の細胞における第１のレベルを決定するステップであって、第１のレベルが、（ｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含む、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるＲＮＡ転写物、または（ｉｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含む、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるタンパク質のレベルである、ステップ、
（ｄ）第２の細胞における第２のレベルを決定するステップであって、第２のレベルが、（ｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含む、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるＲＮＡ転写物、または（ｉｉ）ＲＮＡ分解機構誘導エクソンによってコードされるアミノ酸配列を含む、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるタンパク質のレベルである、ステップ
（第１のレベルが第２のレベルより低い）、および
（ｅ）試験薬剤を選択するステップ
を含む、方法。
[00412]実施形態２１３。タンパク質合成阻害薬を第１の細胞および第２の細胞に接触させるステップを含み、第１のレベルが、ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含む、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるＲＮＡ転写物のレベルであり、第２のレベルが、ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含む、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡによってコードされるＲＮＡ転写物のレベルである、実施形態２１１または２１２に記載の方法。
[00413]実施形態２１４。それを必要とする対象における、ドラベ症候群（ＤＳ）、全般てんかん熱性痙攣プラス２型；家族性熱性痙攣３Ａ；家族性片麻痺性片頭痛３；自閉症；早期乳児てんかん性脳症１３；洞不全症候群１；アルツハイマー病、またはＳＵＤＥＰ（てんかんにおける予期せぬ突然死）を、対象の細胞による標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させることによって処置する方法であって、細胞がナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）を有し、ＮＭＤエクソンｍＲＮＡが標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードし、方法が、対象の細胞を、標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それによってナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンが標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから排除され、それにより標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させ、対象の細胞における標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
[00414]実施形態２１５。ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンを含有するｍＲＮＡ（ＮＭＤエクソンｍＲＮＡ）であって、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡを有する細胞によるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる方法であって、細胞を、ＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡのスプライシングを調節する薬剤と接触させるステップを含み、それによってナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソンがＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡから排除され、それによりＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞におけるＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる、方法。
[00415]実施形態２１６。薬剤が、
（ａ）標的タンパク質もしくは機能性ＲＮＡをコードするＮＭＤエクソンｍＲＮＡの標的化部分に結合する、
（ｂ）スプライソソームの１つもしくは複数の成分に結合する、または
（ｃ）（ａ）および（ｂ）の組合せ
である、実施形態２１４または２１５に記載の方法。
[00416]本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され、記載されたが、そのような実施形態は例としてのみ提供されているということは、当業者には明らかであろう。今や数多くの変形、変更、および代用が、本発明から逸脱することなく当業者には思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替が本発明を実施する際に用いられてもよいことが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物はそれによって網羅されることが意図される。
[00417]本発明は以下の実施例によってより具体的に例証されるだろう。しかしながら、本発明はこれらの実施例によっていかなる形でも限定されないことが理解されるべきである。
実施例１
次世代配列決定を使用するＲＮＡｓｅｑによる、ＳＣＮ１Ａ転写物におけるＮＭＤ誘導エクソン包含事象の同定
[00418]全トランスクリプトームショットガン配列決定を、次世代配列決定を使用して実行して、ＳＣＮ１Ａ遺伝子によって産生された転写物のスナップショットを明らかにし、ＮＩＥ包含事象を同定した。この目的のために、ＨＣＮ（ヒト皮質ニューロン）の核および細胞質画分に由来するポリＡ＋ＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡライブラリーを、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑストランドｍＲＮＡライブラリー調製キットを使用して構築した。ライブラリーをペアエンド配列決定し、ヒトゲノム（２００９年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）にマッピングされる１００ヌクレオチドの読取りを結果として得た。ＳＣＮ１Ａに関する配列決定結果を図２に示す。簡潔に述べれば、図２は、ＵＣＳＣゲノムブラウザを使用して可視化した、マッピングされた読取り（ＵＣＳＣゲノムインフォマティクスグループ（Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ、１１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ、ＣＡ ９５０６４）によって稼働され、例えば、Ｒｏｓｅｎｂｌｏｏｍら、２０１５、「Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａｂａｓｅ：２０１５ ｕｐｄａｔｅ」、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４３、Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ、ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｕ１１７７によって記載されている）を示し、読取りのカバレッジおよび数はピークシグナルによって推測することができる。ピークの高さは、特定の領域における読取りの密度によって示される発現のレベルを指し示す。上段のパネルは、ＳＣＮ１Ａ遺伝子の縮尺通りのグラフィック表示を示す。１００の脊椎動物種にわたる保存レベルがピークとして示される。最も高いピークはエクソン（黒四角）に対応し、イントロン（矢印線）の大部分に関しては、ピークは観察されない。保存のピークは、中段のパネルに示されるイントロン２０（ＮＭ＿００６９２０）において同定された。保存された配列の検査により、３’および５’スプライス部位（下線の配列）に挟まれた６４ｂｐのエクソン様配列（下段のパネル、灰色で強調された配列）を同定した。このエクソンの包含は、フレームシフト、およびエクソン２１への未成熟終止コドンの導入をもたらし、転写物をＮＭＤの標的にする。
[00419]例示的なＳＣＮ１Ａ遺伝子、ｍＲＮＡ前駆体、エクソン、およびイントロン配列を表２にまとめる。各エクソンまたはイントロンの配列を表３にまとめる。
実施例２
シクロヘキシミド処理を介したＮＩＥの確認
[00420]ＤＭＳＯ処理（ＣＨＸ−）またはシクロヘキシミド処理（ＣＨＸ＋）マウスＮｅｕｒｏ ２Ａ細胞（図３Ａ）およびＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭ（ヒト神経前駆細胞）（図３Ｂ）に由来する細胞質ＲＮＡ、ならびにエクソン２０およびエクソン２３におけるプライマーを使用するＲＴ−ＰＣＲ分析により、ＮＭＤ誘導エクソン（２０ｘ）に対応するバンドの存在を確認した。産物の同一性を、配列決定によって確認した。バンドの密度測定分析を実施して、総ＳＣＮ１Ａ転写物のエクソン２０ｘ包含パーセントを算出した。ＮＭＤを阻害するための、シクロヘキシミドを用いたＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭの処理（ＣＨＸ＋）は、細胞質画分においてＮＭＤ誘導エクソン２０ｘに対応する産物の２倍の増加をもたらした（薄い灰色の棒、ＣＨＸ−対濃い灰色の棒、ＣＨＸ＋を参照のこと）。
実施例３
ＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯ歩行
[00421]ＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域に関して、３’スプライス部位の直ぐ上流の配列、３’スプライス部位を横断する配列、エクソン２０ｘ、５’スプライス部位を横断する配列、および５’スプライス部位の下流の配列を標的とし、ＰＳ骨格の２’−ＭＯＥ ＡＳＯを使用して実施したＡＳＯ歩行のグラフィック表示を図４に示す。ＡＳＯは、一度に５ヌクレオチド移動することによってこれらの領域を網羅するように設計した。ＳＣＮ１Ａを標的とするＡＳＯの一覧を表４にまとめる。ＡＳＯの配列を表５ａおよび表５ｂ、ならびに表６ａおよび表６ｂにまとめる。
実施例４
ＲＴ−ＰＣＲによって評価したＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯ歩行
[00422]ＡＳＯ歩行配列は、例えばＲＴ−ＰＣＲによって評価することができる。図５Ａにおいて、代表的なＰＡＧＥは、無試薬取込みにより、模擬処理した（Ｓｈａｍ）、ＳＭＮ対照ＡＳＯ処理した（ＳＭＮ）、またはＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭ細胞中２０μＭの濃度の、本明細書で実施例３および図４の説明に記載されるようなエクソン２０ｘ領域を標的とする２’−ＭＯＥ ＡＳＯを用いて処理したＳＣＮ１ＡのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物を示す。エクソン２０ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２０ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化し、エクソン２０ｘ包含パーセントを棒グラフにプロットする（図５Ｂ）。黒線は、Ｓｈａｍについては変化がないことを指し示す。全長産物を内部対照であるＲＰＬ３２に対してさらに正規化し、Ｓｈａｍと比べた変化倍数を棒グラフにプロットする（図５Ｃ）。黒線は、１の比、およびＳｈａｍについては変化がないことを指し示す。
実施例５
ＲＴ−ｑＰＣＲによって評価したＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯ歩行。
[00423]図６に示すように、同じＡＳＯ取込み実験を使用して得て、ＳＹＢＲセーフＲＴ−ＰＣＲによって評価した、ＲＰＬ３２に対して正規化したＳＹＢＲグリーンＲＴ−ｑＰＣＲ ＳＣＮ１Ａ増幅結果を、Ｓｈａｍと比べた変化倍数としてプロットし、ＳＹＢＲセーフＲＴ−ＰＣＲ結果を確認する。黒線は、１の比（Ｓｈａｍについては変化がないこと）を指し示す。
実施例６
ＣＸＨ処理細胞における選択されたＡＳＯの用量依存的効果。
[00424]図８Ａにおいて、代表的なＰＡＧＥは、ＲＮＡｉＭＡＸトランスフェクションにより、模擬処理した（Ｓｈａｍ、ＲＮＡｉＭＡＸのみ）、またはＮｅｕｒｏ ２Ａ（マウス神経芽細胞腫）細胞中３０ｎＭ、８０ｎＭ、および２００ｎＭの濃度の、エクソン２１ｘ（マウス命名法、ヒトエクソン２０ｘに対応）を標的とするＥｘ２１ｘ＋１ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを用いて処理したマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物を示す。Ｅｘ２１ｘ＋１（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化し、エクソン２１ｘ包含パーセントを棒グラフにプロットする（図８Ｂ）。全長産物を内部対照であるＨＰＲＴに対してさらに正規化し、Ｓｈａｍと比べた変化倍数を棒グラフにプロットする（図８Ｃ）。黒線は、１の比、およびＳｈａｍについては変化がないことを指し示す。
実施例７
選択されたＡＳＯの硝子体内（ＩＶＴ）注射。
[00425]図９Ａは、ＰＢＳを注射した（１μＬ）左眼（−）、または１０ｍＭの濃度でＩＶＳ２０ｘ−２１、Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、ＩＶＳ２１ｘ＋３３、もしくはＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ、Ｇｅｒａｒｄら、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．、２０１５）２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した（１μＬ）右眼（＋）に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥを示す。Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、およびＩＶＳ２１ｘ＋３３（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１、ＩＶＳ２０ｘ＋１８、およびＩＶＳ２０ｘ＋３３（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化し、エクソン２１ｘ包含パーセントを図９Ｂにプロットする。白色の棒はＡＳＯを注射した眼に対応し、灰色の棒はＰＢＳを注射した眼に対応する、各群においてｎ＝５。全長産物を内部対照であるＧＡＰＤＨに対して正規化し、ＰＢＳを注射した眼と比べたＡＳＯを注射した眼の変化倍数を図９Ｃにプロットする。黒線は、１の比、およびＰＢＳについては変化がないことを指し示す、各群においてｎ＝５。
実施例８
選択されたＡＳＯの脳室内（ＩＣＶ）注射。
[00426]図１０Ａは、注射していない（−、無ＡＳＯ対照）、または３００μｇのＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ、Ｇｅｒａｒｄら、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．、２０１５）、Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、ＩＶＳ２１ｘ＋３３ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した脳に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥを示す。Ｅｘ２１ｘ＋１、ＩＶＳ２１ｘ＋１８、およびＩＶＳ２１ｘ＋３３（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１、ＩＶＳ２０ｘ＋１８、およびＩＶＳ２０ｘ＋３３（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化し、エクソン２１ｘ包含パーセントを図１０Ｂの棒グラフにプロットし、ｎ＝６（各標的ＡＳＯ）、ｎ＝５（Ｃｅｐ２９０ ＡＳＯ）、ｎ＝１（注射していない、無ＡＳＯ対照）であった。Ｔａｑｍａｎ ＰＣＲを、エクソン２１と２２との接合部にまたがる２個の異なるプローブを使用して実施し、産物を内部対照であるＧＡＰＤＨに対して正規化し、Ｃｅｐ２９０を注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数を図１０Ｃの棒グラフにプロットした。黒線は、１の比、およびＣｅｐ２９０については変化がないことを指し示す、ｎ＝６（各標的ＡＳＯ）、ｎ＝５（Ｃｅｐ２９０ ＡＳＯ）、ｎ＝１（注射していない、無ＡＳＯ対照）。
[00427]図１１は、Ｃ５７ＢＬ６Ｊマウス（雄、３カ月齢）における、選択されたＡＳＯのＩＣＶ注射の例示的な用量依存的応答を示す。図１１Ａは、３００ｕｇのＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ、Ｇｅｒａｒｄら、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．、２０１５）、または３３ｕｇ、１００ｕｇ、および３００ｕｇのＥｘ２１ｘ＋１ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した脳に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥゲルを示す。Ｅｘ２１ｘ＋１（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１（ヒト命名法）とは同一である。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。図１１Ｂは、図１１Ａのデータからエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフを示す、ｎ＝５（各群）。図１１Ｃは、エクソン２１と２２との接合部にまたがる２個の異なるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフを示す。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、Ｃｅｐ２９０を注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、およびＣｅｐ２９０については変化がないことを指し示す、ｎ＝５（各群）。
[00428]図１２は、Ｃ５７ＢＬ６Ｊマウス（出生後２日目）における、選択されたＡＳＯのＩＣＶ注射の例示的な結果を示す。図１２Ａは、注射していない（−、無ＡＳＯ対照）、または２０μｇのＥｘ２１ｘ＋１ ２’−ＭＯＥ ＡＳＯを注射した脳に由来するマウスＳｃｎ１ａのＳＹＢＲセーフ染色ＲＴ−ＰＣＲ産物のＰＡＧＥゲルを示す。エクソン２１ｘ包含（上段のバンド）および全長（エクソン２１ｘ排除、下段のバンド）に対応する２種類の産物を定量化した。Ｅｘ２１ｘ＋１（マウス命名法）とＥｘ２０ｘ＋１（ヒト命名法）とは同一である。図１２Ｂは、図１２Ａのデータからエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフを示す、ｎ＝４（各群）。図１２Ｃは、エクソン２１と２２との接合部にまたがる２個の異なるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフを示す。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、無ＡＳＯ対照脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。黒線は、１の比、および無ＡＳＯ対照については変化がないことを指し示す、ｎ＝４（各群）。
[00429]実施例９
ドラベ症候群の処置のための核遺伝子産生量の標的とされた増大（Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ａｕｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅａｒ Ｇｅｎｅ Ｏｕｔｐｕｔ）
[00430]ドラベ症候群（ＤＳ）は、重度の発作、認知および運動機能障害、ならびに死を特徴とする壊滅的な小児性遺伝子疾患である。ＤＳの主な原因は、電位依存性ナトリウムチャネルアルファサブユニット１型（Ｎａｖ１．１）の減少した発現である。ＳＣＮ１Ａ非生産的スプライシング事象は、ヒトとマウスとの間で保存さる。図１３Ａは、指し示されたマウスＣＮＳ試料におけるエクソン２１ｘ包含パーセントをプロットしたグラフを示す。図１３Ｂは、指し示されたヒトＣＮＳ試料におけるエクソン２０ｘ包含パーセントをプロットしたグラフを示す。この研究において、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）療法を利用して、生産的Ｓｃｎ１ａ ｍＲＮＡを増加させ、その結果、Ｎａｖ１．１タンパク質のレベルを回復した。
[00431]図１４Ａは、指示された用量におけるエクソン２１ｘ包含の減少パーセントをプロットしたグラフを示す（群当たりｎ＝３〜６）。図１４Ｂは、指示された用量におけるＳｃｎ１ａ ｍＲＮＡの増加パーセントをプロットしたグラフを示す（群当たりｎ＝３〜６）。図１４Ｃは、指示された用量におけるＮａｖ１．１タンパク質レベルの増加パーセントをプロットしたグラフを示す（群当たりｎ＝２）。
[00432]図１５Ａは、指示された用量におけるエクソン２１ｘ包含の減少パーセントをプロットしたグラフを示す（群当たりｎ＝４）。図１５Ｂは、指示された用量におけるＳｃｎ１ａ ｍＲＮＡの増加パーセントをプロットしたグラフを示す（群当たりｎ＝４）。
[00433]図１６は、出生後２日目のマウスにＩＣＶ注射を介して１０ｕｇ用量で投与され、注射後５日目に、標的選択性をアセスメントするためにＳＣＮ１Ａ、ＳＣＮ２Ａ、ＳＣＮ３Ａ、ＳＣＮ４Ａ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＣＮ７Ａ、ＳＣＮ８Ａ、ＳＣＮ９Ａ、ＳＣＮ１０Ａ、およびＳＣＮ１１ＡのＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲによって評価した、選択されたＳｃｎ１ａ標的ＡＳＯを示す。Ｅｘ２０ｘ＋１ ＡＳＯを使用して得た、Ｇａｐｄｈに対して正規化したＴａｑｍａｎ−ｑＰＣＲ増幅結果を、ＰＢＳを注射したマウスと比べた変化倍数としてプロットする（群当たりｎ＝３〜６）。
[00434]図１７は、野生型（ＷＴ）、または１２９Ｓ−Ｓｃｎ１ａｔｍ１Ｋｅａ×Ｃ５７ＢＬ／６Ｊの交配によるヘテロ接合型ドラベマウス（ＨＥＴ）Ｆ１マウスへの、指示された用量での選択されたＡＳＯの出生後２日目における脳室内（ＩＣＶ）注射からの、注射３日後の例示的な結果を示す（群当たりｎ＝９〜１４）。図１７Ａは、エクソン２１および２２にまたがるプローブを使用して実施したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲアッセイの結果のグラフを示す。産物を内部対照であるＧａｐｄｈに対して正規化し、ＰＢＳを注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。図１７Ｂは、抗Ｎａｖ１．１抗体を使用して実施したウェスタンブロットの結果のグラフを示す。産物をポンソー染色バンドに対して正規化し、ＰＢＳを注射した脳と比べたＡＳＯを注射した脳の変化倍数をプロットする。
[00435]図１９は、ＳＣＮ１Ａ標的ＡＳＯのＩＣＶ注射後のマウスの冠状脳切片におけるＳｃｎ１ａ ｍＲＮＡレベルの経時的な増加をプロットしたグラフである。示されるように、Ｔａｑｍａｎ ｑＰＣＲによって定量化された、Ｓｃｎ１ａ ｍＲＮＡレベルの増加は、注射後少なくとも８０日間維持された（群当たりｎ＝３〜９）。
[00436]図２０は、ドラベマウスモデルにおける、ＳＣＮ１Ａ標的ＡＳＯによってもたらされる１００％の生存利益を実証する例示的な生存曲線である。ＷＴ、および１２９Ｓ−ｓｃｎ１ａｔｍ１Ｋｅａ×Ｃ５７ＢＬ／６Ｊの交配によるＦ１子孫であるヘテロ接合型ドラベマウス（＋／−）に、２０μｇのＰＢＳまたはＡＳＯの単回用量のＩＣＶ注射を盲検的に（ＡまたはＢとして示される処置）出生後２日目に受けさせ、それらの生存をモニターした。示されるように、Ａ＋／−群のマウス（ＰＢＳ処置を受けたドラベマウス）は出生後約１６日目から死亡し始めたが、Ｂ＋／−（ＡＳＯ処置を受けたドラベマウス）群を含め、他の３群の全てのマウスは出生後少なくとも３５日生存した（群当たりｎ＝３２〜３９）。
[00437]図１８は、自由取込みを介したＲｅｎＣｅｌｌにおけるＳＣＮ１Ａエクソン２０ｘ領域ＡＳＯマイクロ歩行の例示的な結果を示す。ＡＳＯは、一度に１ヌクレオチド移動することによって（６〜４１）、またはＡＳＯ１７の長さを減少させることによって（１〜５）、図６において以前に同定した３種類の標的ＡＳＯ（星印によって示す）の周囲の領域を網羅するように設計した。グラフは、ＳＹＢＲグリーンｑＰＣＲによって測定された、エクソン２０ｘ包含パーセントを示す。黒線は、無ＡＳＯ（−）については変化がないことを指し示す。
[00438]ＡＳＯの配列を表７ａおよび表７ｂにまとめる。
[00439]本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され、記載されたが、そのような実施形態は例としてのみ提供されているということは、当業者には明らかであろう。今や数多くの変形、変更、および代用が、本発明から逸脱することなく当業者には思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替が本発明を実施する際に用いられてもよいことが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物はそれによって網羅されることが意図される。

Claims (56)

  1. 配列番号３２〜３５，３９，４０，４２〜４５，４９〜５１，５４〜５９，６６，２２１〜２２４，２２８，２２９，２３１〜２３４，２３８〜２４０，２４３〜２４８，２５５，３０４〜３０８，３１２〜３１６，３１８〜３２４，３２６〜３３５，３３７〜３４６，３５０〜３５４，３５６〜３６２，３６４〜３７３および３７５〜３７９からなる群から選択される配列からなるアンチセンスオリゴマー。
  2. 配列番号３２〜３５，３９，４０，４２〜４５，４９〜５１，５４〜５９および６６からなる群から選択される配列からなる、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  3. 配列番号２２１〜２２４，２２８，２２９，２３１〜２３４，２３８〜２４０，２４３〜２４８，および２５５からなる群から選択される配列からなる、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  4. 配列番号３０４〜３０８，３１２〜３１６，３１８〜３２４，３２６〜３３５，３３７〜３４６，３５０〜３５４，３５６〜３６２，３６４〜３７３および３７５〜３７９からなる群から選択される配列からなる、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  5. ２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載のアンチセンスオリゴマー。
  6. 各ヌクレオチドが２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項５に記載のアンチセンスオリゴマー。
  7. アンチセンスオリゴマーが、骨格修飾、修飾糖部分、またはその組み合わせを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載のアンチセンスオリゴマー。
  8. アンチセンスオリゴマーを含むポリヌクレオチドをコードするウイルスベクターを含む組成物であって、アンチセンスオリゴマーが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エクソン（ＮＭＤエクソン）を含有しＮａｖ１．１をコードするｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、それによってアンチセンスオリゴマーが該ｍＲＮＡ前駆体からのＮＭＤエクソンの排除を促進する、組成物であって、アンチセンスオリゴマーが配列番号３２〜３５，３９，４０，４２〜４５，４９〜５１，５４〜５９，６６，２２１〜２２４，２２８，２２９，２３１〜２３４，２３８〜２４０，２４３〜２４８，２５５，３０４〜３０８，３１２〜３１６，３１８〜３２４，３２６〜３３５，３３７〜３４６，３５０〜３５４，３５６〜３６２，３６４〜３７３および３７５〜３７９からなる群から選択される配列からなる、前記組成物。
  9. 配列番号３２，３３，４２，４３，５４〜５７，２２１，２２２，２３１，２３２，２４３〜２４６，３０４〜３０８，３１３，３１４，３１８，３２０，３２１，３２７，３２９，３３０，および３３１からなる群から選択される配列からなる、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  10. 配列番号４２，５４，２３１，２４３，３０６〜３０８，３３０，３４５〜３４６，および３６８からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  11. 配列番号３２または２２１の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  12. 配列番号３３または２２２の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  13. 配列番号４２または２３１の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  14. 配列番号４３または２３２の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  15. 配列番号４４または２３３の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  16. 配列番号５１または２４０の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  17. 配列番号５４または２４３の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  18. 配列番号５５または２４４の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  19. 配列番号５６または２４５の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  20. 配列番号５７または２４６の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  21. 配列番号５８または２４７の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  22. 配列番号５９または２４８の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  23. 配列番号３０４または３４２の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  24. 配列番号３０５または３４３の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  25. 配列番号３０６または３４４の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  26. 配列番号３０７または３４５の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  27. 配列番号３０８または３４６の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  28. 配列番号３１２または３５０の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  29. 配列番号３１３または３５１の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  30. 配列番号３１４または３５２の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  31. 配列番号３１５または３５３の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  32. 配列番号３１６または３５４の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  33. 配列番号３１８または３５６の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  34. 配列番号３１９または３５７の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  35. 配列番号３２０または３５８の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  36. 配列番号３２１または３５９の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  37. 配列番号３２２または３６０の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  38. 配列番号３２３または３６１の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  39. 配列番号３２４または３６２の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  40. 配列番号３２６または３６４の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  41. 配列番号３２７または３６５の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  42. 配列番号３２８または３６６の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  43. 配列番号３２９または３６７の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  44. 配列番号３３０または３６８の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  45. 配列番号３３１または３６９の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  46. 配列番号３３２または３７０の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  47. 配列番号３３３または３７１の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  48. 配列番号３３４または３７２の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  49. 配列番号３３５または３７３の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  50. 配列番号３３７または３７５の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  51. 配列番号３３８または３７６の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  52. 配列番号３３９または３７７の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  53. 配列番号３４０または３７８の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  54. 配列番号３４１または３７９の配列である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。
  55. ２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１０〜５４のいずれか１項に記載のアンチセンスオリゴマー。
  56. 各ヌクレオチドが２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１０〜５４のいずれか１項に記載のアンチセンスオリゴマー。
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