JP2024507717A - ポリシスチン発現に関連する状態及び疾患の治療のための組成物 - Google Patents

ポリシスチン発現に関連する状態及び疾患の治療のための組成物 Download PDF

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Abstract

遺伝子における選択的スプライシングイベントは、非生産的なｍＲＮＡ転写物をもたらし、ひいては異常なタンパク質発現を引き起こす可能性がある。遺伝子における選択的スプライシングイベントを標的化することができる治療剤は、患者における機能的なタンパク質の発現レベルを調節し、及び／または異常なタンパク質発現を阻害することができる。このような治療剤は、タンパク質の欠損によって引き起こされる状態または疾患の治療に使用することができる。【選択図】 図１Ａ

Description

相互参照
[0001]本出願は、２０２１年２月３日に出願された米国仮特許出願第６３／１４５，２８８号による利益を主張し、当該仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。当該ＡＳＣＩＩコピーは２０２２年３月１１日に作成され、名称は４７９９１－７３２＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔであり、サイズは３３１，０２３バイトである。
[0002]遺伝子における選択的スプライシングイベントは、非生産的なｍＲＮＡ転写物をもたらし、ひいては異常なタンパク質発現を引き起こす可能性がある。遺伝子における選択的スプライシングイベントを標的化することができる治療剤は、患者における機能的なタンパク質の発現レベルを調節し、及び／または異常なタンパク質発現を阻害することができる。このような治療剤は、タンパク質の欠損によって引き起こされる状態または疾患の治療に使用することができる。
[0003]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、それにより、薬剤が、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、方法である。
[0004]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを対象の細胞に接触させることを含み、それにより、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、方法である。
[0005]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[0006]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン１の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。
[0007]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２が機能的に増強、補填、置換、または機能的に相互作用するタンパク質の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。
[0008]いくつかの実施形態では、薬剤は、（ａ）プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである。
[0009]いくつかの実施形態では、薬剤は、標的化部分の領域へのＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を妨害する。
[0010]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの近位にある。
[0011]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの５’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[0012]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの５’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。
[0013]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの３’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[0014]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの３’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[0015]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[0016]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。
[0017]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[0018]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[0019]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、プレｍＲＮＡの２つのカノニカルエキソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域はＮＭＤエキソンを含有する。
[0020]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンと少なくとも部分的に重複する。
[0021]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する。
[0022]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、５’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションまたは３’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションを含む。
[0023]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソン内にある。
[0024]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。
[0025]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[0026]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列を含む。
[0027]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[0028]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
[0029]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[0030]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、または１８個の連続する核酸に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[0031]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０内にある。
[0032]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０の上流または下流にある。
[0033]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０のエキソン－イントロンジャンクションを含む。
[0034]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、完全長ポリシスチン２または野生型ポリシスチン２である。
[0035]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である。
[0036]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、完全長野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である。
[0037]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を促進し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされＮＭＤエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節する。
[0038]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除は、対照細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[0039]いくつかの実施形態では、この方法は、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルの増加をもたらす。
[0040]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[0041]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[0042]いくつかの実施形態では、標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[0043]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンを含有するプロセシングｍＲＮＡは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。いくつかの実施形態では、早期終止コドン（ＰＴＣ）は、ＮＭＤエキソンの下流にある。いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。
[0044]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的遺伝子または標的タンパク質における機能喪失変異と関連する。
[0045]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的遺伝子のハプロ不全に関連し、対象は、機能的なポリシスチン２をコードする第１のアレルと、ポリシスチン２が生成されないもしくは低減したレベルで生成される第２のアレル、または非機能的なポリシスチン２もしくは部分的に機能的なポリシスチン２をコードする第２のアレルとを有する。
[0046]いくつかの実施形態では、一方または両方のアレルが、ハイポモルフまたは部分的に機能的である。
[0047]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される。
[0048]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ＰＫＤ１遺伝子またはＰＫＤ２遺伝子の変異に関連し、対象は、コードする第１のアレルであって、第１のアレルから（ｉ）標的タンパク質が生成されない、もしくは野生型アレルと比較して低減したレベルで生成される、または（ｉｉ）生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して非機能的である、もしくは部分的に機能的である、第１のアレルと、第２のアレルであって、第２のアレルから（ｉｉｉ）標的タンパク質が、野生型アレルと比較して低減したレベルで生成され、生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して少なくとも部分的に機能的である、または（ｉｖ）生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して部分的に機能的である、第２のアレルとを有する。
[0049]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される。
[0050]いくつかの実施形態では、変異はハイポモルフ変異である。
[0051]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を促進することにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされＮＭＤエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[0052]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。
[0053]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。
[0054]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。
[0055]いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。
[0056]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる。
[0057]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、プレｍＲＮＡの標的化部分に対し少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
[0058]いくつかの実施形態では、この方法は、薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含む。
[0059]いくつかの実施形態では、薬剤は、アンチセンスオリゴマーを含むポリヌクレオチドである。
[0060]いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。
[0061]いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはアデノウイルス関連ウイルスベクターである。
[0062]いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、修飾ｓｎＲＮＡをさらに含む。
[0063]いくつかの実施形態では、修飾ヒトｓｎＲＮＡは、修飾Ｕ１ ｓｎＲＮＡまたは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡである。
[0064]いくつかの実施形態では、修飾ヒトｓｎＲＮＡは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡであり、アンチセンスオリゴマーは、表４または表５に列挙された配列に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を有する。
[0065]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のプロセシングｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。
[0066]いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
[0067]いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。
[0068]いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。
[0069]いくつかの実施形態では、細胞はｅｘ ｖｉｖｏである。
[0070]いくつかの実施形態では、薬剤は、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与される。
[0071]いくつかの実施形態では、この方法は、第２の治療剤を対象に投与することをさらに含む。
[0072]いくつかの実施形態では、第２の治療剤は小分子である。
[0073]いくつかの実施形態では、第２の治療剤はアンチセンスオリゴマーである。
[0074]いくつかの実施形態では、第２の治療剤は、イントロン保持を補正する。
[0075]いくつかの実施形態では、この方法は、疾患または状態を治療する。
[0076]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤または薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、プレｍＲＮＡを有する細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、組成物である。
[0077]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤または薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、疾患または状態の治療を、それを必要とする対象において、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行い、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、組成物である。
[0078]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物である。
[0079]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物であって、薬剤が、標的遺伝子から転写され標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞における標的タンパク質の発現を調節し、プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２である、組成物である。
[0080]いくつかの実施形態では、薬剤は、カノニカル５’スプライス部位におけるスプライシングを防止するか、または減少させることにより、プレＲＮＡのプロセシングを調節する。
[0081]いくつかの実施形態では、薬剤は、カノニカル５’スプライス部位におけるスプライシングを促進するか、または増加させることにより、プレＲＮＡのプロセシングを調節する。
[0082]いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[0083]いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。
[0084]いくつかの実施形態では、薬剤は小分子である。
[0085]いくつかの実施形態では、薬剤はポリペプチドである。
[0086]いくつかの実施形態では、ポリペプチドは核酸結合タンパク質である。
[0087]いくつかの実施形態では、核酸結合タンパク質は、ＴＡＬ－エフェクターまたはジンクフィンガー結合ドメインを含有する。
[0088]いくつかの実施形態では、核酸結合タンパク質はＣａｓファミリータンパク質である。
[0089]いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、１つまたは複数の核酸分子を伴うか、またはそれらと複合体化する。
[0090]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である。
[0091]いくつかの実施形態では、薬剤は、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡの標的化領域に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
[0092]いくつかの実施形態では、薬剤は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。
[0093]いくつかの実施形態では、薬剤は、ホスホロジアミデートモルホリノを含む。
[0094]いくつかの実施形態では、薬剤は、ロックド核酸を含む。
[0095]いくつかの実施形態では、薬剤は、ペプチド核酸を含む。
[0096]いくつかの実施形態では、薬剤は、２’－Ｏ－メチルを含む。
[0097]いくつかの実施形態では、薬剤は、２’－フルオロまたは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。
[0098]いくつかの実施形態では、薬剤は、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。
[0099]いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。
[00100]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマーであり、薬剤は、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる。
[00101]いくつかの実施形態では、組成物は、薬剤をコードするベクターを含む。
[00102]いくつかの実施形態では、薬剤は、アンチセンスオリゴマーを含むポリヌクレオチドである。
[00103]いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。
[00104]いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはアデノウイルス関連ウイルスベクターである。
[00105]いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、修飾ｓｎＲＮＡをさらに含む。
[00106]いくつかの実施形態では、修飾ヒトｓｎＲＮＡは、修飾Ｕ１ ｓｎＲＮＡまたは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡである。
[00107]いくつかの実施形態では、修飾ヒトｓｎＲＮＡは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡであり、アンチセンスオリゴマーは、表４または表５に列挙された配列に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を有する。
[00108]本明細書に記載されるのは、ある特定の実施形態では、本明細書に記載の組成物による薬剤をコードする核酸分子を含む組成物である。
[00109]いくつかの実施形態では、核酸分子は、ウイルス送達系に組み込まれる。
[00110]いくつかの実施形態では、ウイルス送達系はアデノウイルス関連ベクターである。
[00111]いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはアデノウイルス関連ウイルスベクターである。
[00112]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写され前記標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う方法であって、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または薬剤をコードするウイルスベクターを細胞に接触させることを含み、プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、それにより標的タンパク質の発現を調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２である、方法である。
[00113]いくつかの実施形態では、薬剤は、（ａ）プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）選択的５’スプライス部位におけるスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである。
[00114]いくつかの実施形態では、薬剤は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングに関与する因子と標的化部分の領域との結合を妨害する。
[00115]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位の近位にある。
[00116]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[00117]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。
[00118]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00119]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[00120]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[00121]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[00122]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00123]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00124]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、カノニカル５’スプライス部位と選択的５’スプライス部位との間の領域に位置する。
[00125]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域に位置する。
[00126]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位と少なくとも部分的に重複する。
[00127]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位の上流または下流にある領域と少なくとも部分的に重複する。
[00128]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域内にある。
[00129]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域の約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。
[00130]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域に位置する。
[00131]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、２つのカノニカルエキソンの一方に位置する。
[00132]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置する。
[00133]いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00134]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡのスプライシングの調節は、標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの生成を増加させる。
[00135]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00136]いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、タンパク質のカノニカルアイソフォームである。
[00137]いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。
[00138]いくつかの実施形態では、ＮＳＡＳＳ調節剤は、本明細書に記載の組成物である。
[00139]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物である。
[00140]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、対象に、それを必要とする対象に対する医薬組成物を投与することを含み、当該医薬組成物が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または当該薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物を含み、当該薬剤が、標的遺伝子から転写され標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞における標的タンパク質の発現を調節し、プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、選択的スプライシングされたｍＲＮＡのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構をもたらし、当該薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２である、前記組成物と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、方法である。
[00141]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、方法である。
[00142]いくつかの実施形態では、疾患は、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤である。
[00143]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２またはポリシスチン１の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。
[00144]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２が機能的に増強、補填、置換、または機能的に相互作用するタンパク質の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。
[00145]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質の量または活性の欠損によって引き起こされる。
[00146]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルを増加させる。
[00147]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00148]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00149]いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00150]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。
[00151]いくつかの実施形態では、この方法は、疾患に関連する少なくとも１つの遺伝子変異について対象のゲノムを評価することをさらに含む。
[00152]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、疾患に関連する遺伝子の座位内にある。
[00153]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、疾患に関連する遺伝子の発現に関連する座位内にある。
[00154]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ２座位内にある。
[00155]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ２遺伝子発現に関連する座位内にある。
[00156]いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
[00157]いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。
[00158]いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。
[00159]いくつかの実施形態では、細胞（単数または複数）は、ｅｘ ｖｉｖｏ、または組織、またはｅｘ ｖｉｖｏの器官にある。
[00160]いくつかの実施形態では、薬剤は、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、対象に投与される。
[00161]いくつかの実施形態では、この方法は、疾患または状態を治療する。
[00162]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の方法で使用するための治療剤である。
[00163]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の治療剤と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物である。
[00164]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、対象に投与することを含む、方法である。
[00165]いくつかの実施形態では、この方法は、対象を治療する。
[00166]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、ポリシスチン２タンパク質の発現の増加を、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、薬剤が翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、細胞におけるポリシスチン２タンパク質の発現を増加させる、方法である。
[00167]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、ポリシスチン２タンパク質の発現の増加を、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、薬剤が、（ａ）プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）翻訳調節エレメントとプロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せであり、それにより、細胞におけるポリシスチン２タンパク質の発現を増加させる、方法である。
[00168]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、細胞におけるポリシスチン２タンパク質の発現を調節する方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、薬剤が、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有するアンチセンスオリゴマーを含む、方法である。
[00169]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤または薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有するアンチセンスオリゴマーを含む、組成物である。
[00170]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を含むポリ核酸を含む、組成物である。
[00171]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤を含む組成物であって、薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するアンチセンスオリゴマーを含み、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分が、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドを含む、またはプロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲ内にある、組成物である。
[00172]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合する配列を含むポリ核酸を含み、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分が、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドを含むか、またはプロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲ内にある、組成物である。
[00173]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤を含む組成物であって、薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、ポリシスチン２タンパク質の発現を増加させ、翻訳調節エレメントが、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する、組成物である。
[00174]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、ポリシスチン２タンパク質の発現を増加させ、翻訳調節エレメントが、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する、組成物である。
[00175]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤を含む組成物であって、薬剤が、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡの翻訳を増加させ、プロセシングｍＲＮＡが、ポリシスチン２タンパク質をコードし、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含み、薬剤が、翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、プロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度を増加させ、薬剤が、（ａ）プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）翻訳調節エレメントとプロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである、組成物である。
[00176]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡの翻訳を増加させ、プロセシングｍＲＮＡは、ポリシスチン２タンパク質をコードし、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含み、薬剤が、翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、プロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度を増加させ、薬剤が、（ａ）プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）翻訳調節エレメントとプロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである、組成物である。
[00177]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の増加を、標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、当該方法が、細胞に、（１）第１の薬剤または第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または第２の薬剤をコードする第２の核酸配列を送達することを含み、第１の薬剤が、標的タンパク質をコードする標的遺伝子から転写されるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節し、第２の薬剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させ、標的タンパク質がポリシスチン２である、方法である。
[00178]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の増加を、標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、当該方法が、細胞に、（１）第１の薬剤または第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または第２の薬剤をコードする第２の核酸配列を送達することを含み、第１の薬剤が、標的タンパク質をコードする標的遺伝子から転写されるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節し、第２の薬剤が、（ａ）プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）翻訳調節エレメントとプロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せであり、それにより、細胞における標的タンパク質の発現を増加させ、標的タンパク質がポリシスチン２である、方法である。いくつかの実施形態では、薬剤は、翻訳調節エレメントの構造を調節する。いくつかの実施形態では、薬剤は、（ａ）プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）翻訳調節エレメントとプロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、プロセシングｍＲＮＡの５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）にある。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、プロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲの少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドとの塩基対形成を伴う二次ｍＲＮＡ構造を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドとの塩基対形成を阻害する。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡの二次構造は、ステム、ステムループ、グアニン四重鎖、またはこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、主な開始コドンに結合しない。いくつかの実施形態では、薬剤は、主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドに結合する。いくつかの実施形態では、薬剤は、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドを含む二次ｍＲＮＡ構造の形成を阻害または低減する。いくつかの実施形態では、薬剤は、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドと、プロセシングｍＲＮＡの別のヌクレオチドとの塩基対形成を、阻害または低減し、任意選択で、この別のヌクレオチドは、プロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲの別のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、上流オープンリーディングフレーム（ｕＯＲＦ）の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、ｕＯＲＦの少なくとも一部を伴う二次ｍＲＮＡ構造の形成を促進する。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、上流の開始コドンを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、上流の開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドとの塩基対形成を伴う二次ｍＲＮＡ構造の形成を促進する。いくつかの実施形態では、薬剤は、上流の開始コドンに結合しない。いくつかの実施形態では、薬剤は、上流の開始コドンに結合する。いくつかの実施形態では、薬剤は、上流の開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドを含む二次ｍＲＮＡ構造の形成を促進するか、または増加させる。いくつかの実施形態では、薬剤は、上流の開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドと、プロセシングｍＲＮＡの別のヌクレオチドとの塩基対形成を促進または増加させ、任意選択で、この別のヌクレオチドは、プロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲの別のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、プロセシングｍＲＮＡのＧリッチ配列によって形成されるグアニン四重鎖を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、グアニン四重鎖の形成を阻害する。いくつかの実施形態では、Ｇリッチ配列は、プロセシングｍＲＮＡの５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、Ｇリッチ配列は、プロセシングｍＲＮＡの５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）に存在する。いくつかの実施形態では、Ｇリッチ配列は、式Ｇｘ－Ｎ１－７－Ｇｘ－Ｎ１－７－Ｇｘ－Ｎ１－７－Ｇｘ（配列番号２２７）による配列を含み、式中、ｘ≧３であり、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＵである。いくつかの実施形態では、Ｇリッチ配列は、配列ＧＧＧＡＧＣＣＧＧＧＣＵＧＧＧＧＣＵＣＡＣＡＣＧＧＧＧＧ（配列番号２２８）を含む。いくつかの実施形態では、Ｇｘ配列の少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが、構造化されているか、二次構造に存在するか、または別のヌクレオチドと塩基対を形成し、任意選択で、別のヌクレオチドは、ＣまたはＵである。いくつかの実施形態では、薬剤は、グアニン四重鎖をほどくか、その変形を促進するか、またはその形成を阻害もしくは低減する。いくつかの実施形態では、薬剤は、グアニン四重鎖のＧｘ配列の少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全ての塩基対形成または構造をほどくか、その変形を促進するか、または阻害もしくは低減する。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分は、プロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲ内にある。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分は、表３の配列からなる群より選択される配列の少なくとも８つの連続ヌクレオチドに対し少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分は、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンのすぐ下流にあるコドンの上流にある少なくとも１つのヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分は、プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンから少なくとも２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１５０、１６０、１８０、または２００ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡの標的化部分は、主な開始コドンから約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１５０、１６０、１８０、２００、または２２０ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡは、表３の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、薬剤は、アンチセンスオリゴマーを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、翻訳調節エレメントは、プロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度を阻害することにより、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する。いくつかの実施形態では、薬剤は、プロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度を増加させることにより、細胞におけるポリシスチン２タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し約１００％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し約１００％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、薬剤は、プロセシングｍＲＮＡの翻訳を調節する１つまたは複数の因子の結合を調節する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル部分、２’－フルオロ部分、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、
または１２～１５個の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態では、ベクターは、薬剤をコードするウイルスベクターを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、レンチウイルスベクター、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ウイルスベクター、またはレトロウイルスベクターを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞透過性ペプチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、アンチセンスオリゴマーとコンジュゲートした細胞透過性ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、遺伝子編集分子またはゲノム編集分子をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、（ｉ）プロセシングｍＲＮＡ転写物、（ｉｉ）プロセシングｍＲＮＡ転写物がプロセシングされるプレｍＲＮＡ、または（ｉｉｉ）プレｍＲＮＡをコードする遺伝子、の標的モチーフに結合するポリ核酸ポリマーを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子編集分子は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９もしくはその機能的等価物、及び／または（ｉ）プロセシングｍＲＮＡ転写物、（ｉｉ）プロセシングｍＲＮＡ転写物がプロセシングされるプレｍＲＮＡ、もしくは（ｉｉｉ）プレｍＲＮＡをコードする遺伝子、の標的モチーフに結合するポリ核酸ポリマーを含む。いくつかの実施形態では、標的モチーフに結合するポリ核酸ポリマーは、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞におけるポリシスチン２タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、細胞におけるポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度が増加する。いくつかの実施形態では、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させた細胞におけるポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度は、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させていない対照細胞におけるプロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度と比較して増加する。いくつかの実施形態では、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させた細胞におけるポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度は、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させていない対照細胞におけるプロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させた細胞におけるポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度は、薬剤が存在しない場合と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させた細胞において発現するポリシスチン２タンパク質のレベルは、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させていない対照細胞におけるポリシスチン２タンパク質のレベルと比較して増加する。いくつかの実施形態では、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させた細胞において発現するポリシスチン２タンパク質のレベルは、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させていない対照細胞におけるポリシスチン２タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、薬剤または薬剤をコードするベクターと接触させた細胞において発現するポリシスチン２タンパク質のレベルは、薬剤が存在しない場合と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから翻訳されるポリシスチン２タンパク質は、機能的なポリシスチン２タンパク質である。いくつかの実施形態では、ポリシスチン２タンパク質は完全に機能的である。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから翻訳されるポリシスチン２タンパク質は、野生型ポリシスチン２タンパク質である。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから翻訳されるポリシスチン２タンパク質は、完全長ポリシスチン２タンパク質である。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡ転写物は、変異プロセシングｍＲＮＡ転写物である。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡ転写物は、変異プロセシングｍＲＮＡ転写物ではない。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡは、変異プレｍＲＮＡであるプレｍＲＮＡからプロセシングされる。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡは、変異プレｍＲＮＡではないプレｍＲＮＡからプロセシングされる。いくつかの実施形態では、薬剤は治療剤である。
[00179]いくつかの実施形態では、細胞において発現する標的タンパク質のレベルは、（１）第１の薬剤または第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または第２の薬剤をコードする第２の核酸配列の送達によって増加する。いくつかの実施形態では、細胞において発現する標的タンパク質のレベルは、対照細胞と比較して増加する。いくつかの実施形態では、対照細胞は、第１の薬剤と接触させておらず、第２の薬剤と接触させていない細胞であるか、または対照細胞は、第１の薬剤をコードする第１の核酸配列が送達されておらず、第２の薬剤をコードする第２の核酸配列が送達されていない細胞である。いくつかの実施形態では、対照細胞は、第１の薬剤と接触させておらず、第２の薬剤と接触させている細胞であるか、または対照細胞は、第１の薬剤をコードする第１の核酸配列が送達されておらず、第２の薬剤をコードする第２の核酸配列が送達されている細胞である。いくつかの実施形態では、対照細胞は、第２の薬剤と接触させておらず、第１の薬剤と接触させている細胞であるか、または対照細胞は、第２の薬剤をコードする第２の核酸配列が送達されておらず、第１の薬剤をコードする第１の核酸配列が送達されている細胞である。いくつかの実施形態では、細胞において発現する標的タンパク質のレベルは、対照細胞と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、（１）第１の薬剤または第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または第２の薬剤をコードする第２の核酸配列が送達される細胞において発現する標的タンパク質のレベルは、第１の薬剤または第２の薬剤が存在しない場合と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、（１）第１の薬剤または第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または第２の薬剤をコードする第２の核酸配列が送達される細胞において発現する標的タンパク質のレベルは、第１の薬剤または第２の薬剤が存在しない場合と比較して、少なくとも約１．５倍増加する。
[00180]また、本明細書では、本明細書で開示する治療剤と、薬学的に許容される担体または賦形剤とを含む、医薬組成物も提供される。
[00181]また、本明細書では、本明細書で開示する治療剤をコードするベクターと、薬学的に許容される担体または賦形剤とを含む、医薬組成物も提供される。
[00182]また、本明細書では、本明細書で開示する組成物と、薬学的に許容される担体または賦形剤とを含む、医薬組成物も提供される。
参照による援用
[00183]本明細書に記載される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が、明確かつ個別に参照により組み込まれることが示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
[00184]本開示の新規の特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本開示の特徴及び利点については、本開示の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明と、添付の図面とを参照することにより、より良好な理解が得られるであろう。
[00185]ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含有する標的プレｍＲＮＡ、及び機能的なＲＮＡまたは完全長標的タンパク質の発現を増加させるためのナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソンの治療剤媒介性排除の概略図を示している。Ａは、核及び細胞質コンパートメントに分割された細胞を示している。核内では、標的遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物がスプライシングに供されてｍＲＮＡを生成し、このｍＲＮＡは細胞質に輸送され、標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子については、ｍＲＮＡの一部が、細胞質内で分解されるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソンｍＲＮＡ）を含有し、そのため標的タンパク質は生成されない。Ｂは、核及び細胞質コンパートメントに分割された同じ細胞の例を示している。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）などの治療剤で処置することで、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソンの排除が促進され、機能的（生産的）なｍＲＮＡが増加し、ひいてはこれが高レベルの標的タンパク質に翻訳される。 [00186]ＰＫＤ２ ＮＭＤ（ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構）誘導エキソン包含イベントを示している。ＮＭＤ誘導エキソン包含イベント：上部で影付き領域及び黒色バーにより示されたＮＭＤ誘導選択的エキソン包含部位イベント（ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０）を含むＰＫＤ２遺伝子内の領域のＵＣＳＣゲノムブラウザースナップショット（エキソンは長方形、イントロンは矢印付き線）。４つの代表的なヒト腎臓試料及びシクロヘキシミド（ＣＨＸ）またはＤＭＳＯ対照で処置した混合腎上皮細胞からのＲＮＡシークエンシングトレースが示されている。 [00187]ＰＫＤ２ ＮＭＤ誘導選択的５’ｓｓイベントを示している。ＮＭＤ誘導選択的５’ｓｓイベント：上部で影付き領域及び黒色バーにより示されたＮＭＤ誘導選択的５’スプライス部位イベント（ｃｈｒ４：８８０３６３５５－８８０３６４８０）を含むＰＫＤ２遺伝子内の領域のＵＣＳＣゲノムブラウザースナップショット（エキソンは長方形、イントロンは矢印付き線）。４つの代表的なヒト腎臓試料及びシクロヘキシミド（ＣＨＸ）またはＤＭＳＯ対照で処置した混合腎上皮細胞からのＲＮＡシークエンシングトレースが示されている。＊選択的＿５ｓｓは、選択的５’スプライス部位を指す。 [00188]ＮＭＤ誘導イベントの検証を示している。Ａは、ＮＭＤ誘導エキソン（ｃｈｒ４ ８８０３１０８５ ８８０３１１４０）イベントの概略図を示している。Ｂは、選択的５’スプライス部位（選択的５’ｓｓ）（ｃｈｒ４ ８８０３６３５４ ８８０３６４８０）イベントの概略図を示している。＊選択的５ｓｓは選択的５’スプライス部位を指す。この例では、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングから生じるエキソン（選択的５’ｓｓ）は、カノニカルエキソン３（黒色バー）に加えて、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域（灰色バー）を含有するため、対応するカノニカルエキソン３（黒色バー）よりも長い。一貫して、選択的５’スプライス部位（選択的５’ｓｓ）でのスプライシングから生じるイントロンは、対応するカノニカルイントロン３よりも短い。Ｃは、ＤＭＳＯ（－）またはシクロヘキシミド（ＣＨＸ）（＋）のいずれかで処置したヒト腎混合上皮細胞及びヒト腎皮質上皮細胞からのＲＮＡを用いたＲＴ－ＰＣＲを示している。プライマーをエキソン２及び４に配置した。 [00189]ＮＭＤエキソン包含イベントにおけるＡＳＯウォーク設計を示している。影付きのヌクレオチドは、ＮＭＤ誘導エキソン２Ｘに相当する。図５は、表示順にそれぞれ配列番号２６３～２６５を開示している。 [00190]選択的５’ｓｓイベントにおけるＡＳＯウォーク設計を示している。影付きのヌクレオチドは、示された選択的５’ｓｓの選択によって生じる拡張されたエキソン３の一部に相当する。＊選択的５ｓｓは選択的５’スプライス部位を指す。図６は、表示順にそれぞれ配列番号２６６～２７０を開示している。 選択的５’ｓｓイベントにおけるＡＳＯウォーク設計を示している。影付きのヌクレオチドは、示された選択的５’ｓｓの選択によって生じる拡張されたエキソン３の一部に相当する。＊選択的５ｓｓは選択的５’スプライス部位を指す。図６は、表示順にそれぞれ配列番号２６６～２７０を開示している。 [00191]８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図６Ａ～Ｂのマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いた生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。 [00192]８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図６Ａ～Ｂのマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いた非生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。 [00193]８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図５のマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いた生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。 [00194]８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図５のマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いた非生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。 [00195]Ａ～Ｅは、生産的ｍＲＮＡ及びタンパク質生成を増加させるための２つのイベントを標的化するＡＳＯを示している。Ａは、非生産的エキソン包含ＮＭＤイベント利用に対するＡＳＯの組合せの効果を示している。Ｂは、ＡＳＯの組合せによるＥＸ２－ＥＸ３生産的ｍＲＮＡの発現を示している。Ｃは、非生産的選択的５’ｓｓ ＮＭＤイベント利用に対するＡＳＯの組合せの効果を示している。Ｄは、ＡＳＯの組合せによるＥＸ３－ＥＸ４生産的ｍＲＮＡの発現を示している。Ｅは、ＡＳＯの組合せによる治療後のポリシスチン２（ＰＫＤ２）タンパク質のウエスタンブロットの定量化を示している。 [00196]ＰＫＤ２の上流オープンリーディングフレームマクロウォークを示している。影付きのヌクレオチドはそれぞれ、上流のオープンリーディングフレーム及びカノニカル開始コドンに相当する。図１０は、配列番号２７１を開示している。
[00197]本説明のある特定の詳細は、様々な実施形態を十分に理解するために記載するものである。ただし、当業者であれば、これらの詳細がなくても本開示が実施され得ることを理解するであろう。他の場合には、実施形態の説明が不必要に不明瞭になるのを回避するため、周知されている構造は示さず、詳細な説明も行っていない。文脈上他の意味が要求されない限り、本明細書及びそれに続く特許請求の範囲の全体において、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という語及びその変化形、例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、開放的かつ包括的な意味で解釈するものとし、すなわち、「～を含むが、これらに限定されない」という意味で解釈するものとする。さらに、本明細書で示す見出しは便宜のためであり、特許請求する開示の範囲または意味を解釈するものではない。
[00198]本明細書及び付属の特許請求の範囲で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、内容による別段の明確な定めがない限り、複数の指示対象を含む。また、「または」という用語は、文脈による別段の明確な定めがない限り、概して、「及び／または」を含めた意味で用いられることにも留意されたい。
[00199]本明細書で使用する場合、座標とは、ゲノム参照アセンブリＧＲＣｈ３８（Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ｈｕｍａｎ ｂｕｉｌｄ ３８）（別名Ｈｇ３８（Ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｂｕｉｌｄ ３８））の座標を指す。
[00200]別段の定義がない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有するものとする。本開示の実施または試験を行う際は本明細書に記載の方法及び材料と同様または同等のものを使用することができるが、好適な方法及び材料について以下に記載する。
[00201]ＰＫＤ２遺伝子の選択的スプライシングイベントは、非生産的なｍＲＮＡ転写物をもたらし、ひいてはタンパク質の発現低下をもたらす可能性があり、ＰＫＤ２遺伝子の選択的スプライシングイベントを標的化することができる治療剤は、患者における機能的なタンパク質の発現レベルを調節する（例えば、増加させる）ことができる。このような治療剤は、ポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損によって引き起こされる状態を治療するために使用することができる。
[00202]非生産的なｍＲＮＡ転写物をもたらし得る選択的スプライシングイベントの１つは、過剰なエキソンがｍＲＮＡ転写物に含まれることであり、これはナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を誘導し得る。本開示はまた、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡからの過剰なエキソンのスプライシングを調節して、タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの生成、よって翻訳された機能的なポリシスチン２の生成を増加させるための組成物及び方法も提供する。例えば、本明細書で提供される組成物及び方法は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡからの過剰なエキソンの排除を促進し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされ、過剰なエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節することができる。
[00203]非生産的なｍＲＮＡ転写物をもたらし得る別の選択的スプライシングイベントは、選択的５’スプライス部位イベントである。例えば、選択的５’スプライス部位（例えば、カノニカル５’ｓｓの下流）におけるスプライシングによって生じたエキソンは、対応するカノニカルエキソンよりも長いエキソンとなり得る。例えば、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって生じたイントロンは、対応するカノニカルイントロンよりも短いことがある。本開示は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの選択的スプライシングを調節して、タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの生成を増加させ、よって翻訳された機能的なポリシスチン２の生成を増加させるための組成物及び方法を提供する。例えば、本明細書で提供される組成物及び方法は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを防止または減少させることにより、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのプロセシングを調節することができる。
[00204]これらの組成物及び方法は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの構成的スプライシングを促進することができるアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含む。様々な実施形態では、機能的なポリシスチン２は、本開示の方法を用いて増加させて、ポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損によって引き起こされる状態を治療することができる。
[00205]「ポリシスチン２」（別名ＡＰＣ２、ＰＫＤ４、Ｐｃ－２、ＴＲＰＰ２、多発性嚢胞腎２、一過性受容体電位カチオンチャネル）は、本明細書で言及されるように、ポリシスチン２活性（例えば、少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の活性）を有するまたは維持する、ポリシスチン２またはそのバリアントもしくはホモログの組換え形態または天然形態のいずれかを含む。いくつかの態様では、バリアントまたはホモログは、配列全体または配列の一部（例えば、５０、１００、１５０または２００の連続するアミノ酸部分）にわたって、天然に存在するポリシスチン２と比較して少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有する、いくつかの実施形態では、ポリシスチン２は、ＵｎｉＰｒｏｔ参照番号Ｑ１３５６３によって特定されるタンパク質、またはこれと実質的な同一性を有するバリアントもしくはホモログと実質的に同一である。
[00206]常染色体優性多発性嚢胞腎（ＡＤＰＫＤ）は、末期腎疾患の８～１０％を占める一般的な遺伝性疾患である。ＡＤＰＫＤは遺伝的に不均質であり、座位は染色体１６ｐ１３．３（ＰＫＤ１）（１）及び染色体４ｑ２１－２３（ＰＫＤ２）にマッピングされている。ポリシスチン１（ＰＫＤ１によってコードされる）及びポリシスチン２（ＰＫＤ２によってコードされる）の予測される構造、ならびにそれらの類似する疾患プロファイルからは、細胞外接着イベントをイオン輸送における変化と結び付ける共通のシグナル伝達経路への関与が示唆される。ポリシスチン１及びポリシスチン２は、それらのＣ末端の細胞質尾部を通じて相互作用することが示されている。この相互作用の結果、ポリシスチン１は上方調節されたが、ポリシスチン２は上方調節されなかった。ポリシスチン２の細胞質尾部は（ポリシスチン１は該当しない）、ポリシスチン１との相互作用に要するドメインとは異なる領域を介してホモ二量体を形成した。これらの結果は、ポリシスチン２における変異がポリシスチン１の機能を阻害し、それにより、正常な管形成で機能する共通のシグナル伝達経路の異なる分子病変を通じてポリシスチン１と同様の疾患提示をもたらすという機構と整合する。ポリシスチン１及びポリシスチン２が、嚢胞形成を防止する共通のシグナル伝達経路に関与するという考えが、データによって支持されている（Ｔｓｉｏｋａｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，Ｊｕｎ １９９７，９４（１３）６９６５－６９７０；参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。また、ポリシスチン１及びポリシスチン２の発現が、オートファジーが下方調節され細胞死が増加する長い飢餓期間中に一般的に生じる移行を調節する共通のシグナル伝達経路に関与し、ポリシスチン１及びポリシスチン２が、このｍＩＭＣＤにおける生存から死の飢餓への移行を調節することができるという考えも、データによって支持されている（Ｄｅｃｕｙｐｅｒｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｓｃｉ．２０２１，２２，１３５１１）。さらに、ＰＫＤ１／ＰＫＤ２における用量変化がＡＤＰＫＤの病因に重要であることは知られているが、ＰＫＤ１／ＰＫＤ２発現がどのように調節されているかについては依然として十分に理解されていない。ただし、ＰＫＤ２には、ＰＫＤ２翻訳を抑制することができる上流オープンリーディングフレーム（ｕＯＲＦ）があるという証拠が存在する（Ｔａｎｇ，ｅｔ ａｌ．，ＦＡＳＥＢ Ｊ．２０１３ Ｄｅｃ；２７（１２）：４９９８－５００９）。
[00207]「ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン」（または「ＮＳＥ」もしくは「ＮＭＤエキソン」）及び「ＮＭＤ誘導エキソン」（またはＮＩＥ）という用語は互換的に使用され、成熟ＲＮＡ転写物中に存在する場合、ＮＭＤ経路を活性化することができるエキソン（例えば、非カノニカルエキソン）を指すことができる。構成的スプライシングイベントでは、ＮＩＥを含有するイントロンは通常スプライシングアウトされるが、選択的または異常スプライシングイベント時には、イントロンまたはその一部（例えばＮＩＥ）が保持されることがある。ＮＩＥを含有する成熟ｍＲＮＡ転写物は、例えば、ＮＭＤ経路を誘導するフレームシフトにより非生産的であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、早期停止コドン（もしくは早期終止コドン（ＰＴＣ））またはＮＭＤエキソンを含有する成熟ＲＮＡ転写物の分解を促進する他の配列を含むエキソンである。成熟ＲＮＡ転写物にＮＩＥが含まれることで、遺伝子発現が下方調節される可能性がある。いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、選択的スプライシングイベントから生じたエキソンである。例えば、ＮＭＤエキソンは、選択的５’スプライス部位イベントから生じたエキソンであり得る。例えば、ＮＭＤエキソンは、カノニカルエキソンと、カノニカルエキソンに隣接するイントロンの少なくとも一部とを含有するエキソンであり得る。例えば、ＮＭＤエキソンは、カノニカルエキソン全体と、カノニカルエキソンからすぐ下流にあるイントロンの少なくとも一部とを含有するエキソンであり得る。いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、イントロン（例えば、カノニカルイントロン）内の領域である。
[00208]選択的スプライシングの結果、成熟ｍＲＮＡ転写物に少なくとも１つのＮＳＥが含まれることになり得る。「成熟ｍＲＮＡ」及び「完全スプライシングｍＲＮＡ」という用語は、本明細書では完全にプロセシングされたｍＲＮＡを表すために互換的に使用される。ＮＭＤエキソンを含有する成熟ｍＲＮＡは非生産的なｍＲＮＡとなり、成熟ｍＲＮＡのＮＭＤをもたらす可能性がある。ＮＩＥ含有成熟ｍＲＮＡは、ＮＩＥを含まない対応する成熟ｍＲＮＡからのタンパク質発現と比較して、時としてタンパク質発現の低減をもたらすことがある。
[00209]偽スプライス部位は、真のスプライス部位と同じスプライシング認識配列を持つが、スプライシング反応では使用されない。これらのスプライス部位は、ヒトゲノムの真のスプライス部位の数よりも一桁多く、これまでのところ十分に理解されていない分子機構によって抑制されている。潜在的５’スプライス部位は、コンセンサスなＮＮＮ／ＧＵＮＮＮＮまたはＮＮＮ／ＧＣＮＮＮＮ（ここで、Ｎは任意のヌクレオチドであり、／はエキソン－イントロン境界である）を有する。潜在的３’スプライス部位は、コンセンサスなＮＡＧ／Ｎを有する。これらのスプライス部位の活性化は、それらを本来のスプライス部位の最適なコンセンサス、すなわち、それぞれ、ＭＡＧ／ＧＵＲＡＧＵ及びＹＡＧ／Ｇにより類似させる周囲のヌクレオチドによって正の影響を受け、ここで、ＭはＣまたはＡであり、ＲはＧまたはＡであり、ＹはＣまたはＵである。
[00210]スプライス部位及びその調節配列は、当業者により、例えば、Ｋｒａｌｏｖｉｃｏｖａ，Ｊ．ａｎｄ Ｖｏｒｅｃｈｏｖｓｋｙ，Ｉ．（２００７）Ｇｌｏｂａｌ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ａｂｅｒｒａｎｔ ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｂｙ ａｕｘｉｌｉａｒｙ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ａ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｉｎ ｅｘｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｒｏｎ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，３５，６３９９－６４１３（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｍｃ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／ＰＭＣ２０９５８１０／ｐｄｆ／ｇｋｍ６８０．ｐｄｆ）に列挙された、公的に入手可能な好適なアルゴリズムを用いて容易に特定することができる。
スプライシング及びナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構
[00211]介在配列またはイントロンは、スプライソソームと称される巨大で非常に動的なＲＮＡタンパク質複合体によって除去される。このスプライソソームは、一次転写物、核内小分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、及び多数のタンパク質の間の複雑な相互作用を編成する。スプライソソームは、Ｕ１ ｓｎＲＮＡによる５’スプライス部位（５’ｓｓ）の認識またはＵ２経路による３’スプライス部位（３’ｓｓ）の認識（Ｕ２補助因子（Ｕ２ＡＦ）が３’ｓｓ領域に結合して、分岐点配列（ＢＰＳ：ｂｒａｎｃｈ ｐｏｉｎｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）に対するＵ２結合を促進することを伴う）から始まり、各イントロン上で秩序的にアドホックに組み立てられる。Ｕ２ＡＦは、ポリピリミジントラクト（ＰＰＴ）に結合する、Ｕ２ＡＦ２によってコードされる６５ｋＤのサブユニット（Ｕ２ＡＦ６５）、及び３‘ｓｓにおいて高度に保存されたＡＧジヌクレオチドと相互作用し、Ｕ２ＡＦ６５が結合することを安定化させる、Ｕ２ＡＦ１によってコードされる３５ｋＤのサブユニット（Ｕ２ＡＦ３５）から構成される安定なヘテロ二量体である。正確なスプライシングは、ＢＰＳ／ＰＰＴユニット及び３’ｓｓ／５’ｓｓに加えて、イントロンまたはエキソンスプライシングエンハンサーまたはサイレンサーとして既知の、スプライス部位認識を活性化または抑制する補助配列または構造を必要とする。これらのエレメントにより、真のスプライス部位を、同じ配列を有するが本来の部位の数を一桁上回る高等真核生物のゲノムにおける非常に過剰な潜在的または偽部位の中から認識することが可能になる。エレメントは、多くの場合制御機能を有するが、その活性化または抑制の正確な機構は、十分に理解されていない。
[00212]スプライスするか否かの決定は、最も明確なスプライシングシグナルでも、誤ってスプライスする可能性があるように、典型的には、決定論的プロセスではなく確率的プロセスとしてモデル化することができる。しかし、通常の条件下では、プレｍＲＮＡスプライシングは驚くほど高い忠実度で進行する。これは、部分的には、隣接するシス作用性補助エキソン及びイントロンスプライシング制御エレメント（ＥＳＲまたはＩＳＲ）の活性に起因する。典型的には、これらの機能的エレメントは、スプライシングを刺激または阻害する能力に基づいて、それぞれエキソンもしくはイントロンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥもしくはＩＳＥ）またはサイレンサー（ＥＳＳもしくはＩＳＳ）のいずれかに分類される。一部の補助的なシス作用性エレメントは、スプライソソーム集合の動力学、例えばＵ１ ｓｎＲＮＰと５’ｓｓとの間における複合体の布置に影響を及ぼすことによって作用し得るというエビデンスが存在するが、多くのエレメントはトランス作用性ＲＮＡ結合タンパク質（ＲＢＰ）と協力して機能するという可能性は、非常に高いように思われる。例えば、セリン及びアルギニンが豊富なＲＢＰのファミリー（ＳＲタンパク質）は、エキソンの定義において重要な役割を果たす保存されたタンパク質のファミリーである。ＳＲタンパク質は、プレスプライソソームの成分を隣接するスプライス部位に動員することによって、またはその近傍においてＥＳＳの効果に拮抗することによって、エキソン認識を促進する。ＥＳＳの抑制効果は、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質（ｈｎＲＮＰ）ファミリーのメンバーによって媒介することができ、コアスプライシング因子の隣接するスプライス部位への動員を変更することができる。サイレンサーエレメントは、スプライシング制御における役割に加えて、エキソンの典型的な間隔を有するが機能的オープンリーディングフレームを有していない数組のデコイイントロンスプライス部位である偽エキソンの抑制において役割を有することが示唆される。ＥＳＥ及びＥＳＳは、その同族であるトランス作用ＲＢＰと協働して、ｍＲＮＡがその前駆体からいつ、どこで、どのように組み立てられるかを指定するスプライシング制御セットの重要な構成要素に相当する。
[00213]エキソン－イントロン境界に印を付ける配列は、ヒトの遺伝子内で高頻度で生じ得る様々な強度の縮重シグナルである。マルチエキソン遺伝子では、異なる対のスプライス部位が多くの異なる組合せで一緒に連結して、単一の遺伝子から多種多様な転写物を作出することができる。これは一般的に、選択的プレｍＲＮＡスプライシングと呼ばれる。選択的スプライシングによって生成されるほとんどのｍＲＮＡアイソフォームは核から輸送され、機能的ポリペプチドに翻訳され得るが、単一の遺伝子からの異なるｍＲＮＡアイソフォームは、その翻訳効率が大きく変動することがある。エキソンジャンクション複合体から少なくとも５０ｂｐ上流に早期終止コドン（ＰＴＣ）または早期停止コドンを伴うｍＲＮＡアイソフォームは、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路による分解について標的化される可能性がある。従来的（ＢＰＳ／ＰＰＴ／３’ｓｓ／５’ｓｓ）及び補助的なスプライシングモチーフの変異は、エキソンスキッピングまたは潜在的（もしくは偽）エキソン包含またはスプライス部位活性化などの異常スプライシングを引き起こし、ヒトの罹患率及び死亡率に顕著に寄与し得る。異常スプライシングパターン及び選択的スプライシングパターンの両方が、エキソンやイントロンにおける天然のＤＮＡバリアントによる影響を受け得る。
[00214]エキソン－イントロン境界がコドンの３つの位置のいずれかで生じ得ることを考慮すると、選択的スプライシングイベントのサブセットのみがカノニカルなオープンリーディングフレームを維持することができることは明らかである。例えば、３で均等に割り切れるエキソンのみが、スキップされるか、またはこれをリーディングフレームの一切の変更なしにｍＲＮＡに含めることができる。適合性のあるフェーズを有しないスプライシングイベントは、フレームシフトを誘導し得る。下流のイベントによって取り消されない限り、フレームシフトは確実に１つまたは複数のＰＴＣをもたらし、おそらくＮＭＤによるその後の分解を結果的にもたらす可能性がある。ＮＭＤは、ＰＴＣを含有するｍＲＮＡを除外する翻訳連動機構（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ）である。ＮＭＤは、全ての真核生物に存在する監視経路として機能することができる。ＮＭＤは、早期停止コドンまたはＰＴＣを含有するｍＲＮＡ転写物を除去することにより、遺伝子発現のエラーを低減することができる。これらの異常なｍＲＮＡが翻訳されると、場合によっては、生じたタンパク質の有害な機能獲得またはドミナントネガティブ活性につながることがある。ＮＭＤは、ＰＴＣを有する転写物だけでなく、多くの内在性遺伝子から発現する広範囲のｍＲＮＡアイソフォームも標的化することから、ＮＭＤが、細胞における定常状態ＲＮＡレベルの微調整及び粗調整の両方を駆動するマスター調節物質であることが示唆される。
標的遺伝子
[00215]本開示は、標的の選択的スプライシングを調節して、機能的なタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの生成を調節し、よって翻訳された機能的な標的タンパク質の生成を調節するための組成物及び方法を提供し、ここで、標的はＰＫＤ２である。これらの組成物及び方法は、標的プレｍＲＮＡのカノニカルスプライシングを促進することができるアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含み、ここで、標的はＰＫＤ２である。様々な実施形態では、機能的な標的タンパク質は、本開示の方法を用いて増加させて、標的タンパク質の欠損によって引き起こされる状態を治療することができ、ここで、標的は、ＰＫＤ２からなる群より選択される。
[00216]いくつかの実施形態では、本発明の方法は、機能的な標的タンパク質の生成を増加させて、状態の治療を、それを必要とする対象において行うために使用され、ここで、標的はＰＫＤ２である。いくつかの実施形態では、対象は、標的タンパク質が野生型と比較して必ずしも欠損しているわけではないが、それにもかかわらず標的タンパク質の増加によって状態が軽減される状態を有し、ここで、標的はＰＫＤ２である。いくつかの実施形態では、状態は、散発性変異によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、機能的な標的タンパク質の生成を低減して、状態の治療を、それを必要とする対象において行うために使用され、ここで、標的はＰＫＤ２である。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、機能的な標的タンパク質の生成を調節して、状態の治療を、それを必要とする対象において行うために使用され、ここで、標的はＰＫＤ２である。
標的転写物
[00217]いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ＰＫＤ２遺伝子から転写されるプレｍＲＮＡにおけるＮＩＥの存在を活用する。機能的な成熟ＰＫＤ２ ｍＲＮＡを生成するための特定されたＰＫＤ２ ＮＩＥプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、ＮＩＥのスキッピングを刺激する治療剤（例えば、ＡＳＯ）を用いて、誘導することができる。得られた成熟ＰＫＤ２ ｍＲＮＡは、ＮＭＤ経路を活性化せずに正常に翻訳され、それにより、患者の細胞におけるポリシスチン２の量を増加させ、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤などのＰＫＤ２欠損に関連する状態または疾患の症状を緩和することができる。
[00218]機能的な成熟標的ｍＲＮＡを生成するための特定された標的ＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物のカノニカルスプライシングは、カノニカルスプライス部位における標的ＮＳＥプレｍＲＮＡの構成的スプライシングを促進する治療剤（例えば、ＡＳＯ）を用いて、誘導することができる。いくつかの実施形態では、得られた機能的な成熟標的ｍＲＮＡは正常に翻訳され、それにより、患者の細胞における機能的な標的タンパク質の量を増加させ、標的関連疾患の症状を予防する。
[00219]様々な実施形態では、本開示は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡを標的化して、スプライシングまたはタンパク質発現レベルを調節することができる治療剤を提供する。治療剤は、小分子、核酸オリゴマー、またはポリペプチドであり得る。いくつかの実施形態では、治療剤はＡＳＯである。ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ上の様々な領域または配列は、ＡＳＯなどの治療剤によって標的化することができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２遺伝子から転写されるＰＫＤ２ ＮＳＥプレｍＲＮＡを標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）を含むＰＫＤ２遺伝子から転写されるＰＫＤ２ ＮＳＥプレｍＲＮＡを標的化する。いくつかの実施形態では、ＮＳＥは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のカノニカルイントロン３（ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のカノニカルエキソン３の下流にあるイントロン）の一部を含む。いくつかの実施形態では、ＮＳＥは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のカノニカルエキソン３全体を含む。いくつかの実施形態では、ＮＳＥは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のカノニカルイントロン３の一部のみ及びＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のカノニカルエキソン３全体を含む。いくつかの実施形態では、ＮＳＥは、異常なスプライシングによりＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物に含まれる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＳＥ内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のエキソン３または４内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のエキソン３に続くイントロン３の５’スプライス部位から上流（または５’側）のエキソン配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のエキソン３に先行するイントロン２の３’スプライス部位から下流（または３’側）のエキソン配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＳＥの３’末端に隣接するイントロン内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４の３’スプライス部位から上流（または５’側）のイントロン配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４の５’スプライス部位から下流（または３’側）のイントロン配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＳＥの５’末端に隣接するイントロン内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４の３’スプライス部位から上流（または５’側）のイントロン配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン２または３または４の５’スプライス部位から下流（または３’側）のイントロン配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のエキソン－イントロン境界を含む配列を標的化する。いくつかの実施形態では、エキソンはＮＳＥである。エキソン－イントロン境界は、エキソン配列及びイントロン配列のジャンクションを指すことがある。いくつかの実施形態では、イントロン配列は、ＮＳＥの５’末端またはエキソンの３’末端に隣接し得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロンの一部とエキソンの一部の両方を含む配列を標的化する。
[00220]いくつかの実施形態では、本明細書で開示する方法または組成物を用いて治療または緩和することができる疾患または状態は、治療剤が標的化する標的タンパク質（遺伝子）に直接関連しない。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される治療剤は、疾患または状態に直接関連しないタンパク質（遺伝子）を標的化し得るが、標的タンパク質（遺伝子）の発現の調節が、疾患または状態を治療または緩和することができる。例えば、本明細書で提供される治療剤によるＰＫＤ２のような遺伝子の標的化が、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤を治療または緩和することができる。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２のような標的遺伝子は、経路（Ｐａｔｈｗａｙ）（腎臓）に適応されると言われている。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２のような標的遺伝子は、経路（多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、または常染色体優性多発性嚢胞腎）に適応されると言われている。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２のような標的遺伝子は、経路（頭蓋内動脈瘤）に適応されると言われている。
[00221]様々な実施形態では、本開示は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物を標的化して、スプライシングまたはタンパク質発現レベルを調節することができる治療剤を提供する。治療剤は、小分子、ポリヌクレオチド、またはポリペプチドであり得る。いくつかの実施形態では、治療剤はＡＳＯである。ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ上の様々な領域または配列は、ＡＳＯなどの治療剤によって標的化することができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥを含有するＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥ内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥの５’末端から上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥの３’末端から下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥの５’末端に隣接するイントロン内にある配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥの３’末端に隣接するイントロン内にある配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥ－イントロン境界を含む配列を標的化する。ＮＩＥ－イントロン境界は、イントロン配列及びＮＩＥ領域のジャンクションを指すことがある。イントロン配列は、ＮＩＥの５’末端またはＮＩＥの３’末端に隣接し得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のエキソン内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロン内の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物のイントロンの一部及びエキソンの一部の両方を含む配列を標的化する。
[00222]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から約４～約３００ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥ領域の５’末端から約１～約２０ヌクレオチド、約２０～約５０ヌクレオチド、約５０～約１００ヌクレオチド、約１００～約１５０ヌクレオチド、約１５０～約２００ヌクレオチド、約２００～約２５０ヌクレオチド、または約２５０～約３００ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から３００ヌクレオチド超上流にある配列を標的化することがある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から約４～約３００ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から約１～約２０ヌクレオチド、約２０～約５０ヌクレオチド、約５０～約１００ヌクレオチド、約１００～約１５０ヌクレオチド、約１５０～約２００ヌクレオチド、約２００～約２５０ヌクレオチド、または約２５０～約３００ヌクレオチド下流にある配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から３００ヌクレオチド超下流にある配列を標的化する。
[00223]いくつかの実施形態では、本明細書で開示するＡＳＯは、ＰＫＤ２ゲノム配列から転写されるＮＳＥプレｍＲＮＡを標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ゲノム配列のＮＳＥを含むゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ゲノム配列のＮＳＥの３’末端に隣接するイントロン及びＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンを含むゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、表３のプレｍＲＮＡ転写物からなる群より選択される配列を含むＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列のＮＳＥを含むプレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列のＮＳＥの３’末端に隣接するイントロンを含むプレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列のＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンを含むプレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、転写物は表３の転写物からなる群より選択される。
[00224]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ転写物は、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥプレｍＲＮＡ転写物は、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00225]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ転写物は、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ転写物は、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つの少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00226]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡ転写物は、本明細書に記載のＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物またはその相補配列のプレｍＲＮＡ転写物に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡからなる群より選択されるプレｍＲＮＡの標的化部分は、表２もしくは表３のプレｍＲＮＡ転写物の配列またはその相補配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２もしくは表３の配列またはその相補配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続する核酸に対し相補的な配列を含む。
[00227]いくつかの実施形態では、本明細書で開示するＡＳＯは、ＰＫＤ２ゲノム配列から転写されるＮＳＥプレｍＲＮＡを標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥを含むＰＫＤ２ゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＮＳＥは、エキソン３を含む。いくつかの実施形態では、ＮＳＥは、ＰＫＤ２転写物の第３のエキソンである。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、エキソン３または４を含むＰＫＤ２ゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥの３’末端に隣接するイントロン及びＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンを含むＰＫＤ２ゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＮＳＥの３’末端に隣接するイントロンはイントロン３であり、ＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンはイントロン２である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン２、エキソン３、及びイントロン３を含むＰＫＤ２ゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、エキソン３及びエキソン４を含むＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥを含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、エキソン３を含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥの３’末端に隣接するイントロンを含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３を含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンを含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡ配列を標的化する。
[00228]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物は、Ｅｎｓｅｍｂｌ参照番号ＥＮＳＧ０００００１１８７６２．８またはその相補配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物は、本明細書に記載のＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物またはその相補配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00229]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、表３の配列またはその相補配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２または表３に列挙された配列またはその相補配列からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、表４の配列またはその相補配列のいずれか１つに対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％同一である配列を含む。
[00230]いくつかの実施形態では、本明細書で開示するＡＳＯは、標的ゲノム配列から転写されるＮＳＥプレｍＲＮＡを標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥを含む標的ゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥの３’末端に隣接するイントロン及びＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンを含む標的ゲノム配列からのＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、表３のプレｍＲＮＡ転写物配列から選択される配列を含むＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、Ｅｎｓｅｍｂｌ参照番号によって表される表３のプレｍＲＮＡ転写物配列から選択される配列を含むＮＳＥプレｍＲＮＡ転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥを含む標的プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥの３’末端に隣接するイントロンを含む標的プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥの５’末端に隣接するイントロンを含む標的プレｍＲＮＡ配列を標的化する。いくつかの実施形態では、転写物は、表３の転写物配列からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、転写物は、Ｅｎｓｅｍｂｌ参照番号によって表される表３の転写物配列からなる群より選択される。
[00231]いくつかの実施形態では、標的プレｍＲＮＡ転写物は、Ｅｎｓｅｍｂｌ参照番号によって表される遺伝子配列またはその相補配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、標的プレｍＲＮＡ転写物は、本明細書に記載の標的プレｍＲＮＡ転写物またはその相補配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00232]いくつかの実施形態では、標的プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２の配列もしくは表３の配列またはその相補配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、標的プレｍＲＮＡの標的化部分は、Ｅｎｓｅｍｂｌ参照番号によって表される表３の配列もしくは表２の配列またはその相補配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、標的プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２もしくは表３の配列またはその相補配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続する核酸に対し相補的な配列を含む。
[00233]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥを含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡのエキソン３を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３の５’スプライス部位から約２ヌクレオチド下流（または３’側）～イントロン２の３’スプライス部位から約４ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３の５’スプライス部位から約２ヌクレオチド上流（または５’側）～イントロン２の３’スプライス部位から約４ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、表４に列挙された配列のいずれか１つまたはその相補配列に従う配列を有する。
[00234]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＳＥを含むＰＫＤ２プレｍＲＮＡのイントロン３を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３の３’スプライス部位から約４～約３００ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３の３’スプライス部位から約４～約３００ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３の５’スプライス部位から約４～約３００ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン３の５’スプライス部位から約４～約３００ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン２の３’スプライス部位から約６～約１００ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン２の３’スプライス部位から約４～約３００ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン２の５’スプライス部位から約６～約１００ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、イントロン２の５’スプライス部位から約４～約３００ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、表４の任意の配列またはその相補配列に従う配列を有する。
[00235]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、イントロン２、３、または４にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、エキソン２、３、４、または５にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯとＮＳＥプレｍＲＮＡの標的化部分とのハイブリダイゼーションは、カノニカルエキソン３の包含をもたらし、続いてポリシスチン２の生成を増加させる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯとＮＳＥプレｍＲＮＡの標的化部分とのハイブリダイゼーションは、カノニカルエキソンの排除をもたらし、続いてポリシスチン２の生成を減少させる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯとＮＳＥプレｍＲＮＡの標的化部分とのハイブリダイゼーションは、カノニカルエキソンの包含または排除をもたらし、続いてポリシスチン２の生成を調節する。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、エキソン３または４にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分はイントロン２にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分はイントロン３にある。
[00236]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥエキソン２を含むＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡのエキソン２ｘを標的化する。
[00237]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）を標的化する。
[00238]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のエキソン２ｘの５’末端から約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０から約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。
[00239]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のエキソン２ｘの５’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流（または５’側）の配列を標的化する。
[00240]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のエキソン２ｘの３’末端から約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０から約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。
[00241]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のエキソン２ｘの３’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流（または３’側）の配列を標的化する。
[00242]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに従うプレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的な配列を有する。
[00243]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの５’末端から上流にある配列を標的化する。例えば、ＮＩＥ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ）の５’末端から上流の配列を標的化するＡＳＯは、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つの少なくとも８個の連続する核酸に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む。例えば、ＰＫＤ２のＮＩＥ（例えば、エキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０））の５’末端から上流の配列を標的化するＡＳＯは、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。
[00244]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、エキソン－イントロン境界（またはジャンクション）を含有する配列を標的化する。例えば、エキソン－イントロン境界を含有する配列を標的化するＡＳＯは、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つの少なくとも８つの連続する核酸に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥの３’末端から下流の配列を標的化する。例えば、ＮＩＥ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ）の３’末端から下流の配列を標的化するＡＳＯは、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。例えば、ＰＫＤ２のＮＩＥ（例えば、エキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０））の３’末端から下流の配列を標的化するＡＳＯは、表２または表３に列挙された配列のいずれか１つに対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥ内の配列を標的化する。
[00245]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＮＩＥエキソン２を含むＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡのエキソン２ｘを標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのエキソン２ｘの５’末端から下流（または３’側）の配列を標的化する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのエキソン２ｘの３’末端から上流（または５’側）のエキソン２ｘ配列を標的化する。
[00246]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分は、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯとＮＩＥプレｍＲＮＡの標的化部分とのハイブリダイゼーションは、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０内のＮＩＥの少なくとも１つのエキソンスキッピングをもたらし、続いてポリシスチン２生成を増加させる。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＰＫＤ２のイントロン２にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＰＫＤ２のイントロン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０１９５７２ ８８０３６２１９）である。
[00247]いくつかの実施形態では、本開示の方法及び組成物は、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡのＮＩＥのエキソンスキッピングを誘導することにより、ＰＫＤ２の発現を増加させるために使用される。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロン１～５０のいずれか内にある配列である。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０のいずれか内にある配列である。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、任意のＰＫＤ２イントロンまたはその一部であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、ＰＫＤ２のイントロン２内にある。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、ＰＫＤ２のイントロン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０１９５７２ ８８０３６２１９）内にある。
タンパク質発現
[00248]いくつかの実施形態では、変異は、両方のアレルに生じる。いくつかの実施形態では、変異は、２つのアレルの一方に生じる。いくつかの実施形態では、さらなる変異が、２つのアレルの一方に生じる。いくつかの実施形態では、さらなる変異は、第１の変異と同じアレルに生じる。他の実施形態では、さらなる変異はトランス変異である。
[00249]いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、機能的なポリシスチン２タンパク質またはＲＮＡの生成を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「機能的」という用語は、治療される状態または疾患、例えば、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤のいずれか１つまたは複数の症状を除去するのに必要なポリシスチン２タンパク質またはＲＮＡの活性または機能の量を指す。いくつかの実施形態では、この方法は、部分的に機能的なポリシスチン２タンパク質またはＲＮＡの生成を増加させるために使用される。本明細書で使用する場合、「部分的に機能的」という用語は、疾患または状態の任意の１つまたは複数の症状を除去または予防するのに必要な活性または機能の量よりも少ない、ポリシスチン２タンパク質またはＲＮＡの活性または機能の任意の量を指す。いくつかの実施形態では、部分的に機能的なタンパク質またはＲＮＡは、完全に機能的なタンパク質またはＲＮＡに対し少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％少ない活性を有する。
[00250]いくつかの実施形態では、この方法は、ポリシスチン２をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡを有する対象の細胞によるポリシスチン２の発現を増加させる方法であって、対象が、ポリシスチン２の活性の量の欠損によって引き起こされる、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤を有し、ポリシスチン２の量の欠損が、ポリシスチン２のハプロ不全によって引き起こされる、方法である。このような実施形態では、対象は、機能的なポリシスチン２をコードする第１のアレルと、ポリシスチン２が生成されない第２のアレルとを有する。別のこのような実施形態では、対象は、機能的なポリシスチン２をコードする第１のアレルと、非機能的なポリシスチン２をコードする第２のアレルとを有する。別のこのような実施形態では、対象は、機能的なポリシスチン２をコードする第１のアレルと、部分的に機能的なポリシスチン２をコードする第２のアレルとを有する。これらの実施形態のいずれかにおいて、アンチセンスオリゴマーは、第２のアレルから転写されたＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に結合し、それにより、プレｍＲＮＡからのＮＩＥのエキソンスキッピングを誘導し、機能的なポリシスチン２をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞におけるポリシスチン２の発現の増加を引き起こす。
[00251]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質をコードするＮＳＥプレｍＲＮＡを有する対象の細胞による標的タンパク質の発現を減少させる方法であって、対象が、標的タンパク質の活性の量の過剰によって引き起こされる疾患を有し、標的タンパク質の量の過剰が、変異によって引き起こされ、標的が、ＰＫＤ２からなる群より選択されるいずれか１つである、方法である。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、変異を保有するアレルから転写されるＮＳＥプレｍＲＮＡの標的化部分に結合し、それにより、プレｍＲＮＡへのＮＳＥの選択的スプライシングを増加させ、機能的な標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの減少と、対象の細胞における標的タンパク質の発現の減少とを引き起こす。関連する実施形態では、この方法は、機能的なタンパク質または機能的なＲＮＡの発現を減少させるためにＡＳＯを使用する方法である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的タンパク質をコードするＮＳＥプレｍＲＮＡを有する対象の細胞における標的タンパク質の発現を減少させるために使用され、ここで、対象は、標的タンパク質の量または機能が過剰である。
[00252]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質をコードするＮＳＥプレｍＲＮＡを有する対象の細胞による標的タンパク質の発現を調節する方法であって、対象が、標的タンパク質の活性の量の欠損または過剰によって引き起こされる疾患を有し、標的タンパク質の量の欠損または過剰が、変異によって引き起こされ、標的が、ＰＫＤ２からなる群より選択されるいずれか１つである、方法である。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、変異を保有するアレルから転写されるＮＳＥプレｍＲＮＡの標的化部分に結合し、それにより、プレｍＲＮＡへのＮＳＥの選択的スプライシングを調節し、機能的な標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの調節と、対象の細胞における標的タンパク質の発現の調節とを引き起こす。関連する実施形態では、この方法は、機能的なタンパク質または機能的なＲＮＡの発現を調節するためにＡＳＯを使用する方法である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的タンパク質をコードするＮＳＥプレｍＲＮＡを有する対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節するために使用され、ここで、対象は、標的タンパク質の量または機能が異常である。
[00253]いくつかの実施形態では、この方法は、ポリシスチン２をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡを有する対象の細胞によるポリシスチン２の発現を増加させる方法であって、対象が、ポリシスチン２の活性の量の欠損によって引き起こされる、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤を有し、ポリシスチン２の量の欠損が、常染色体劣性遺伝によって引き起こされる、方法である。
[00254]いくつかの実施形態では、この方法は、ポリシスチン２をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡを有する対象の細胞によるポリシスチン２の発現を増加させる方法であって、対象は、ポリシスチン２の活性の量の欠損によって引き起こされる、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤を有し、ポリシスチン２の量の欠損が、常染色体優性遺伝によって引き起こされる、方法である。
[00255]いくつかの実施形態では、この方法は、ポリシスチン２をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡを有する対象の細胞によるポリシスチン２の発現を増加させる方法であって、対象は、ポリシスチン２の活性の量の欠損によって引き起こされる、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤を有し、ポリシスチン２の量の欠損が、Ｘ連鎖優性遺伝によって引き起こされる、方法である。
[00256]関連する実施形態では、この方法は、タンパク質または機能的なＲＮＡの発現を増加させるためにＡＳＯを使用する方法である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ポリシスチン２をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡを有する対象の細胞においてポリシスチン２の発現を増加させるために使用することができ、対象は、ポリシスチン２の量または機能において欠損を有し、例えば、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤を有する。
[00257]いくつかの実施形態では、疾患または状態の原因となるタンパク質をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ転写物が、本明細書に記載のＡＳＯによって標的化される。いくつかの実施形態では、疾患の原因ではないタンパク質をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ転写物が、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の変異または欠損の結果である疾患は、第２のタンパク質をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡを標的化し、それにより、第２のタンパク質の生成を増加させることにより、緩和することができる。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、（疾患または状態の原因となる）第１のタンパク質の変異または欠損を補填することができる。いくつかの実施形態では、対象は、（ａ）野生型である第１のアレルと、（ｂ）（ｉ）ポリシスチン２が、野生型アレルからの生成と比較して低減したレベルで生成されるか、（ｉｉ）ポリシスチン２が、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態で生成されるか、または（ｉｉｉ）ポリシスチン２もしくは機能的なＲＮＡが生成されない変異アレルである、第２のアレルとを有する。
[00258]いくつかの実施形態では、対象は、
（ａ）第１の変異アレルであって、
（ｉ）ポリシスチン２が、野生型アレルからの生成と比較して、低減したレベルで生成されるか、
（ｉｉ）ポリシスチン２が、同等の野生型タンパク質と比較して、低減した機能を有する形態で生成されるか、または
（ｉｉｉ）ポリシスチン２もしくは機能的なＲＮＡが生成されない、第１の変異アレルと、
（ｂ）第２の変異アレルであって、
（ｉ）ポリシスチン２が、野生型アレルからの生成と比較して、低減したレベルで生成されるか、
（ｉｉ）ポリシスチン２が、同等の野生型タンパク質と比較して、低減した機能を有する形態で生成されるか、または
（ｉｉｉ）ポリシスチン２が生成されない、第２の変異アレルとを有し、
ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡは、第１のアレル及び／または第２のアレルから転写され、対象が第１の変異アレル（ａ）（ｉｉｉ）を有する場合、第２の変異アレルは（ｂ）（ｉｉｉ）ではなく、対象が第２の変異アレル（ｂ）（ｉｉｉ）を有する場合、第１の変異アレルは（ａ）（ｉｉｉ）ではない。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１のアレルまたは第２のアレルから転写されたＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に結合し、それにより、ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡからＮＩＥのエキソンスキッピングを誘導し、対象の細胞におけるポリシスチン２をコードするｍＲＮＡのレベルの増加、及び標的タンパク質または機能的なＲＮＡの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態では、ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡからのＮＩＥのエキソンスキッピングから生じる発現レベルの増加を有する標的タンパク質または機能的なＲＮＡは、同等の野生型タンパク質と比較して低減した機能を有する形態（部分的に機能的）、または同等の野生型タンパク質と比較して完全な機能を有する形態（完全に機能的）のいずれかをとり得る。
[00259]いくつかの実施形態では、ポリシスチン２をコードするｍＲＮＡのレベルは、対照細胞（例えば、アンチセンスオリゴマーで処置されないもの、またはＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に結合しないアンチセンスオリゴマーで処置されるもの）において生成されるポリシスチン２をコードするｍＲＮＡの量と比較して、１．１～１０倍増加する。
[00260]いくつかの実施形態では、本開示の方法を用いて治療される対象は、１つのアレルから部分的に機能的なポリシスチン２を発現し、ここで、部分的に機能的なポリシスチン２は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、または部分的な遺伝子欠失によって引き起こされ得る。いくつかの実施形態では、本開示の方法を用いて治療される対象は、１つのアレルから非機能的なポリシスチン２を発現し、ここで、非機能的なポリシスチン２は、１つのアレルにおけるフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、部分的遺伝子欠失によって引き起こされ得る。いくつかの実施形態では、本開示の方法を用いて治療される対象は、１つのアレルにおけるＰＫＤ２全遺伝子欠失を有する。
エキソン包含
[00261]いくつかの実施形態では、包含ＮＩＥは、細胞における標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの集団において最も豊富なＮＩＥである。いくつかの実施形態では、包含ＮＩＥは、細胞における標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの集団において最も豊富なＮＩＥであり、ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの集団は、２つ以上の包含ＮＩＥを含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの集団における最も豊富なＮＩＥに対し標的化されたアンチセンスオリゴマーは、集団における１つまたは２つ以上のＮＩＥ（アンチセンスオリゴマーが標的化されるか、または結合するＮＩＥを含む）のエキソンスキッピングを誘導する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、ポリシスチン２をコードするＮＩＥ含有プレｍＲＮＡにおいて最も豊富なＮＩＥにある。
[00262]エキソン包含の程度は、エキソン包含パーセント（例えば、所与のＮＩＥが含まれる転写物のパーセンテージ）として表すことができる。簡潔に説明すると、エキソン包含パーセントは、エキソン包含を伴うＲＮＡ転写物の量の平均とエキソン排除を伴うＲＮＡ転写物の量の平均との和に対する、エキソン包含を伴うＲＮＡ転写物の量のパーセンテージとして計算することができる。
[00263]ＮＳＥは、さらなる塩基対におけるスプライシングの結果として生じることがある。
[00264]選択的スプライシングの程度は、選択的スプライシングのパーセンテージ（例えば、所与のＮＳＥが含まれる転写物のパーセンテージ）として表すことができる。簡潔に説明すると、選択的スプライシングパーセントは、ＮＳＥを伴うＲＮＡ転写物の量の平均とカノニカルエキソンのみを伴うＲＮＡ転写物の量の平均との和に対する、ＮＳＥを伴うＲＮＡ転写物の量のパーセンテージとして計算することができる。
[00265]いくつかの実施形態では、包含ＮＩＥは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、または少なくとも約５０％の包含の判定に基づいて包含ＮＩＥとして特定されるエキソンである。実施形態では、含有ＮＩＥは、約５％～約１００％、約５％～約９５％、約５％～約９０％、約５％～約８５％、約５％～約８０％、約５％～約７５％、約５％～約７０％、約５％～約６５％、約５％～約６０％、約５％～約５５％、約５％～約５０％、約５％～約４５％、約５％～約４０％、約５％～約３５％、約５％～約３０％、約５％～約２５％、約５％～約２０％、約５％～約１５％、約１０％～約１００％、約１０％～約９５％、約１０％～約９０％、約１０％～約８５％、約１０％～約８０％、約１０％～約７５％、約１０％～約７０％、約１０％～約６５％、約１０％～約６０％、約１０％～約５５％、約１０％～約５０％、約１０％～約４５％、約１０％～約４０％、約１０％～約３５％、約１０％～約３０％、約１０％～約２５％、約１０％～約２０％、約１５％～約１００％、約１５％～約９５％、約１５％～約９０％、約１５％～約８５％、約１５％～約８０％、約１５％～約７５％、約１５％～約７０％、約１５％～約６５％、約１５％～約６０％、約１５％～約５５％、約１５％～約５０％、約１５％～約４５％、約１５％～約４０％、約１５％～約３５％、約１５％～約３０％、約１５％～約２５％、約２０％～約１００％、約２０％～約９５％、約２０％～約９０％、約２０％～約８５％、約２０％～約８０％、約２０％～約７５％、約２０％～約７０％、約２０％～約６５％、約２０％～約６０％、約２０％～約５５％、約２０％～約５０％、約２０％～約４５％、約２０％～約４０％、約２０％～約３５％、約２０％～約３０％、約２５％～約１００％、約２５％～約９５％、約２５％～約９０％、約２５％～約８５％、約２５％～約８０％、約２５％～約７５％、約２５％～約７０％、約２５％～約６５％、約２５％～約６０％、約２５％～約５５％、約２５％～約５０％、約２５％～約４５％、約２５％～約４０％、または約２５％～約３５％の包含の判定に基づいて包含ＮＩＥとして特定されるエキソンである。ＥＮＣＯＤＥデータ（例えば、Ｔｉｌｇｎｅｒ，ｅｔ ａｌ．，２０１２，“Ｄｅｅｐ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ ＲＮＡ ｆｒａｃｔｉｏｎｓ ｓｈｏｗｓ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｔｏ ｂｅ ｐｒｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ ｃｏ－ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｂｕｔ ｉｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｌｎｃＲＮＡｓ，”Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２２（９）：１６１６－２５に記載）を使用して、エキソン包含の特定に役立てることができる。
[00266]いくつかの実施形態では、細胞を、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物の標的化部分に対し相補的なＡＳＯに接触させると、結果的に、ＡＳＯが存在しない場合／治療が存在しない場合に細胞によって生成されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％、生成されるポリシスチン２の量が増加する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞によって生成されるポリシスチン２の総量は、対照化合物によって生成される標的タンパク質の量と比較して、約２０％～約３００％、約５０％～約３００％、約１００％～約３００％、約１５０％～約３００％、約２０％～約５０％、約２０％～約１００％、約２０％～約１５０％、約２０％～約２００％、約２０％～約２５０％、約５０％～約１００％、約５０％～約１５０％、約５０％～約２００％、約５０％～約２５０％、約１００％～約１５０％、約１００％～約２００％、約１００％～約２５０％、約１５０％～約２００％、約１５０％～約２５０％、約２００％～約２５０％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約５０％、少なくとも約１００％、少なくとも約１５０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２５０％、または少なくとも約３００％増加する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞によって生成されるポリシスチン２の総量は、対照化合物によって生成される標的タンパク質の量と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00267]いくつかの実施形態では、細胞を、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物の標的化部分に対し相補的なＡＳＯに接触させると、結果的に、ＰＫＤ２をコードするｍＲＮＡ（標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含む）の量が増加する。いくつかの実施形態では、ポリシスチン２をコードするｍＲＮＡまたはポリシスチン２をコードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯが存在しない場合／治療が存在しない場合に細胞によって生成されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞において生成されるポリシスチン２をコードするｍＲＮＡまたはポリシスチン２をコードする成熟ｍＲＮＡの総量は、無処置細胞（例えば、無処置細胞または対照化合物で処置された細胞）において生成される成熟ＲＮＡの量と比較して、約２０％～約３００％、約５０％～約３００％、約１００％～約３００％、約１５０％～約３００％、約２０％～約５０％、約２０％～約１００％、約２０％～約１５０％、約２０％～約２００％、約２０％～約２５０％、約５０％～約１００％、約５０％～約１５０％、約５０％～約２００％、約５０％～約２５０％、約１００％～約１５０％、約１００％～約２００％、約１００％～約２５０％、約１５０％～約２００％、約１５０％～約２５０％、約２００％～約２５０％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約５０％、少なくとも約１００％、少なくとも約１５０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２５０％、または少なくとも約３００％増加する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞において生成されるポリシスチン２をコードするｍＲＮＡまたはポリシスチン２をコードする成熟ｍＲＮＡの総量は、無処置細胞（例えば、無処置細胞または対照化合物で処置された細胞）において生成される成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00268]いくつかの実施形態では、細胞を、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡ転写物の標的化部分に相補的なＡＳＯに接触させると、結果的に、ＡＳＯが存在しない場合／治療が存在しない場合に細胞によって生成されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００％、生成されるポリシスチン２の量が減少する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞によって生成されるポリシスチン２の総量は、対照化合物によって生成される標的タンパク質の量と比較して、約２０％～約１００％、約５０％～約１００％、約２０％～約５０％、または約２０％～約１００％減少する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを接触させた細胞によって生成されるポリシスチン２の総量は、対照化合物によって生成される標的タンパク質の量と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍減少する。対照化合物は、例えば、プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的でないオリゴヌクレオチドであり得る。
[00269]いくつかの実施形態では、ポリシスチン２をコードするｍＲＮＡのレベルは、対照細胞（例えば、アンチセンスオリゴマーで処置されないもの、またはＰＫＤ２含有プレｍＲＮＡの標的化部分に結合しないアンチセンスオリゴマーで処置されるもの）において生成されるポリシスチン２をコードするｍＲＮＡの量と比較して、１．１～１０倍減少する。
[00270]いくつかの実施形態では、ポリシスチン２をコードするｍＲＮＡのレベルは、対照細胞（例えば、アンチセンスオリゴマーで処置されないもの、またはＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分に結合しないアンチセンスオリゴマーで処置されるもの）において生成されるポリシスチン２をコードするｍＲＮＡの量と比較して、１．１～１０倍減少する。
[00271]本発明のいくつかの実施形態では、対象はＰＫＤ２における変異を有し得る。ミスセンスバリアント、ナンセンスバリアント、一塩基及び二塩基の挿入及び欠失、複合体の挿入／欠失、ならびにスプライス部位バリアントを含む様々な病原性バリアントが、ＰＫＤ２欠損を引き起こすことが報告されている。この病原性バリアントの存在下では、転写物のおよそ２％～５％が正しくスプライシングされ、酵素活性の残存がもたらされる。いくつかの実施形態では、疾患は、切断されたタンパク質または立体構造の変化もしくは活性の低減を伴うタンパク質を生成するＰＫＤ２病原性バリアントによって引き起こされるＰＫＤ２の機能喪失に起因する。
[00272]いくつかの実施形態では、当技術分野において既知であり、上記のように説明される任意のＰＫＤ２変異を有する対象は、本明細書に記載の方法及び組成物を用いて治療することができる。いくつかの実施形態では、変異は、任意のＰＫＤ２イントロンまたはエキソン内にある。いくつかの実施形態では、変異は、ＰＫＤ２エキソン２、３、または４内にある。
[00273]ＮＩＥは任意の長さをとり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥはイントロンの全配列を含まない。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロンの全塩基配列と、イントロンの上流にあるエキソンの全塩基配列と、イントロンの下流にあるエキソンの全塩基配列とを含む。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロンの一部であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、カノニカルイントロン配列の５’末端部分を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、カノニカルイントロンのカノニカル５’ｓｓ配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、カノニカルイントロンの３’末端部分を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、カノニカルイントロンのカノニカル３’ｓｓ配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロンのカノニカル５’ｓｓ配列を含まないイントロン内の一部であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロンのカノニカル３’ｓｓ配列を含まないイントロン内の一部であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、イントロンのカノニカル５’ｓｓ配列またはカノニカル３’ｓｓ配列のいずれも含まないイントロン内の一部であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、５ヌクレオチド～１０ヌクレオチド長、１０ヌクレオチド～１５ヌクレオチド長、１５ヌクレオチド～２０ヌクレオチド長、２０ヌクレオチド～２５ヌクレオチド長、２５ヌクレオチド～３０ヌクレオチド長、３０ヌクレオチド～３５ヌクレオチド長、３５ヌクレオチド～４０ヌクレオチド長、４０ヌクレオチド～４５ヌクレオチド長、４５ヌクレオチド～５０ヌクレオチド長、５０ヌクレオチド～５５ヌクレオチド長、５５ヌクレオチド～６０ヌクレオチド長、６０ヌクレオチド～６５ヌクレオチド長、６５ヌクレオチド～７０ヌクレオチド長、７０ヌクレオチド～７５ヌクレオチド長、７５ヌクレオチド～８０ヌクレオチド長、８０ヌクレオチド～８５ヌクレオチド長、８５ヌクレオチド～９０ヌクレオチド長、９０ヌクレオチド～９５ヌクレオチド長、または９５ヌクレオチド～１００ヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、少なくとも１０ヌクレオチド長、少なくとも２０ヌクレオチド長、少なくとも３０ヌクレオチド長、少なくとも４０ヌクレオチド長、少なくとも５０ヌクレオチド長、少なくとも６０ヌクレオチド長、少なくとも７０ヌクレオチド長、少なくとも８０ヌクレオチド長、少なくとも９０ヌクレオチド長、または少なくとも１００ヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、１００～２００ヌクレオチド長、２００～３００ヌクレオチド長、３００～４００ヌクレオチド長、４００～５００ヌクレオチド長、５００～６００ヌクレオチド長、６００～７００ヌクレオチド長、７００～８００ヌクレオチド長、８００～９００ヌクレオチド長、９００～１，０００ヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＩＥは、１，０００ヌクレオチド長より長いことがある。
[00274]ＮＩＥが含まれることで、フレームシフト及び成熟ｍＲＮＡ転写物における早期終止コドン（ＰＴＣ）（または早期停止コドン）の導入につながり、転写物がＮＭＤの標的となり得る。ＮＩＥを含有する成熟ｍＲＮＡ転写物は、タンパク質発現をもたらさない非生産的なｍＲＮＡ転写物であり得る。ＰＴＣは、ＮＩＥの下流の任意の位置に存在し得る。いくつかの実施形態では、ＰＴＣは、ＮＩＥの下流の任意のエキソンに存在し得る。いくつかの実施形態では、ＰＴＣは、ＮＩＥ内に存在し得る。例えば、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ転写物にＰＫＤ２プレｍＲＮＡのエキソン２ｘが含まれると、ｍＲＮＡ転写物中にＰＴＣが誘導され得る。例えば、ＰＫＤ２によってコードされるｍＲＮＡ転写物にＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）が含まれる場合である。
治療剤
[00275]いくつかの実施形態では、本明細書で使用する場合、薬剤とは治療剤を指す。いくつかの実施形態では、本明細書で使用する場合、治療剤とは薬剤を指す。
[00276]本開示の様々な実施形態では、ＰＫＤ２のタンパク質発現レベルを調節するための、治療剤を含む組成物及び方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの選択的スプライシングを調節するための組成物及び方法である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのスプライシングでエキソンスキッピングを誘導するための、例えば、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのスプライシング時にＮＭＤエキソンのスキッピングを誘導するための、組成物及び方法である。他の実施形態では、治療剤は、タンパク質発現レベルを減少させるために、エキソン包含を誘導するために使用することができる。
[00277]本明細書に開示される治療剤は、ＮＩＥリプレッサー剤であり得る。治療剤は、ポリ核酸ポリマーを含むことができる。本明細書で開示する治療剤は、選択的スプライシング抑制剤であり得る。いくつかの実施形態では、治療剤は、ポリ核酸ポリマーを含むことができる。他の実施形態では、治療剤は、小分子を含むことができる。他の実施形態では、治療剤は、ポリペプチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、治療剤は、核酸分子との複合体化を伴うまたは伴わない、核酸結合タンパク質である。他の実施形態では、治療剤は、別の治療剤をコードする核酸分子である。さらなる実施形態では、治療剤は、ウイルス送達系（例えば、アデノウイルス関連ベクター）に組み込まれる。
[00278]本開示の１つの態様によれば、本明細書で提供されるのは、機能的なポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損に関連する状態または疾患の治療または予防の方法であって、ＮＩＥ抑制剤を対象に投与して、機能的なポリシスチン２のレベルを増加させることを含み、当該薬剤が、プレｍＲＮＡ転写物の領域に結合して、成熟転写物におけるＮＩＥ包含を減少させる、方法である。例えば、本明細書で提供されるのは、機能的なポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損に関連する状態の治療または予防の方法であって、ＮＩＥ抑制剤を対象に投与して、機能的なポリシスチン２のレベルを増加させることを含み、当該薬剤が、プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ）を含有するイントロンの領域または同じイントロン内のＮＩＥ活性化調節配列に結合する、方法である。例えば、本明細書で提供されるのは、機能的なポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損に関連する状態の治療または予防の方法であって、ＮＩＥ抑制剤を対象に投与して、機能的なポリシスチン２のレベルを増加させることを含み、当該薬剤が、プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥを含むイントロンの領域（例えば、プレｍＲＮＡ転写物のＮＩＥを含むイントロンの領域（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））または同じイントロン内のＮＩＥ活性化調節配列に結合する、方法である。別の例として、本明細書で提供されるのは、機能的なポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損に関連する状態の治療または予防の方法であって、選択的スプライシング抑制剤を対象に投与して、機能的なポリシスチン２のレベルを増加させることを含み、当該薬剤が、プレｍＲＮＡ転写物のエキソンまたはイントロン（例えば、ヒトＰＫＤ２遺伝子のエキソン３または４、イントロン２、３、または４）の領域に結合する、方法である。
[00279]本開示の１つの態様によれば、本明細書で提供されるのは、機能的なポリシスチン２またはポリシスチン１の欠損に関連する状態の治療または予防の方法であって、選択的スプライシング抑制剤を対象に投与して、機能的なポリシスチン２のレベルを増加させることを含み、当該薬剤が、プレｍＲＮＡ転写物の領域に結合して、成熟転写物におけるＮＳＥの包含を減少させる、方法である。
[00280]代替的に、例えば、本明細書で提供されるのは、機能的な標的タンパク質の過剰発現に関連する状態の治療または予防の方法であって、選択的スプライシング抑制剤を対象に投与して、機能的な標的タンパク質のレベルを減少させることを含み、当該薬剤が、プレｍＲＮＡ転写物のエキソンまたはイントロンの領域に結合し、標的タンパク質がポリシスチン２である、方法である。
[00281]成熟ｍＲＮＡ内のＮＩＥ包含の低減について言及されている場合、この低減は完全なもの、例えば１００％であっても、部分的であってもよい。低減は、臨床的に有意であってもよい。低減／補正は、治療を伴わない対象におけるＮＩＥ包含のレベルと比較したものであっても、同様の対象の集団におけるＮＩＥ包含の量と比較したものであってもよい。低減／補正は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも１０％少ないことであり得る。低減は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも２０％少ないことであり得る。低減は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも４０％少ないことであり得る。低減は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも５０％少ないことであり得る。低減は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも６０％少ないことであり得る。低減は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも８０％少ないことであり得る。低減は、ＮＩＥ包含が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも９０％少ないことであり得る。
[00282]活性ポリシスチン２のレベルの増加について言及されている場合、この増加は臨床的に有意であり得る。増加は、治療を受けていない対象における活性ポリシスチン２のレベルに対する相対的なものであっても、類似の対象の集団における活性ポリシスチン２の量に対する相対的なものであってもよい。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも１０％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも２０％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも４０％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも５０％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも８０％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも１００％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも２００％多いことであり得る。増加は、活性ポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも５００％多いことであり得る。
[00283]機能的なポリシスチン２のレベルの減少について言及されている場合、この減少は臨床的に有意であり得る。減少は、治療を受けていない対象における機能的なポリシスチン２のレベルに対する相対的なものであっても、類似の対象の集団における機能的なポリシスチン２の量に対する相対的なものであってもよい。減少は、機能的なポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも１０％少ないことであり得る。減少は、機能的なポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも２０％少ないことであり得る。減少は、機能的なポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも４０％少ないことであり得る。減少は、機能的なポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも５０％少ないことであり得る。減少は、機能的なポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも８０％少ないことであり得る。減少は、機能的なポリシスチン２が、平均的な対象または治療前の対象と比較して少なくとも１００％少ないことであり得る。
[00284]ＮＩＥ抑制剤がポリ核酸ポリマーを含む実施形態では、ポリ核酸ポリマーは、約５０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約４５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約４０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約３５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約３０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約２４ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約２５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約２０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１９ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１８ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１７ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１６ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１４ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１３ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１２ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１１ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約５０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約４５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約４０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約３５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約３０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約２５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約２０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１５～約２５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１５～約３０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１２～約３０ヌクレオチド長の間であり得る。
[00285]選択的スプライシング抑制剤がポリ核酸ポリマーを含む実施形態では、ポリ核酸ポリマーは、約５０ヌクレオチド長であり得る。選択的スプライシング調節剤がポリ核酸ポリマーを含む実施形態では、ポリ核酸ポリマーは、約５０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約４５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約４０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約３５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約３０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約２４ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約２５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約２０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１９ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１８ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１７ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１６ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１５ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１４ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１３ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１２ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１１ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０ヌクレオチド長であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約５０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約４５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約４０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約３５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約３０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約２５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１０～約２０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１５～約２５ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１５～約３０ヌクレオチド長の間であり得る。ポリ核酸ポリマーは、約１２～約３０ヌクレオチド長の間であり得る。
[00286]ポリ核酸ポリマーの配列は、ｍＲＮＡ転写物の標的配列、例えば、部分的にプロセシングされたｍＲＮＡ転写物に、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％相補的であり得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に１００％相補的であり得る。
[00287]ポリ核酸ポリマーの配列は、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対して４つ以下のミスマッチを有し得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対して３つ以下のミスマッチを有し得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対して２つ以下のミスマッチを有し得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対して１つ以下のミスマッチを有し得る。ポリ核酸ポリマーの配列は、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対してミスマッチを有しない場合がある。
[00288]ポリ核酸ポリマーは、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対し特異的にハイブリダイズすることができる。例えば、ポリ核酸ポリマーは、プレｍＲＮＡ転写物の標的配列に対し９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％の配列相補性を有することができる。ハイブリダイゼーションは、ハイストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下であり得る。
[00289]ポリ核酸ポリマーは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％の配列同一性を有する配列を含む。ポリ核酸ポリマーは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し１００％の配列同一性を有する配列を含むことができる。ポリ核酸ポリマーは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％の配列同一性を有する配列である。ポリ核酸ポリマーは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し１００％の配列同一性を有する配列である。
[00290]ポリ核酸ポリマーの配列に言及する場合、当業者は、標的配列とハイブリダイズする能力を維持するように、または置換が標的配列にある場合は標的配列として認識される能力を維持するように、配列内で１つまたは複数の置換が許容され得ること、任意選択で２つの置換が許容され得ることを理解するであろう。配列同一性の基準は、標準／初期パラメーターを使用するＢＬＡＳＴ配列アラインメントによって決定してもよい。例えば、配列は、９９％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。他の実施形態では、配列は、９８％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。別の実施形態では、配列は、９５％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。別の実施形態では、配列は、９０％の同一性を有し、なおも本開示に従って機能することができる。
アンチセンスオリゴマー
[00291]本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に結合することによりエキソンスキッピングを誘導するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明細書で使用する場合、「ＡＳＯ」及び「アンチセンスオリゴマー」という用語は互換的に使用され、ワトソン－クリック塩基対形成またはゆらぎ塩基対形成（Ｇ－Ｕ）によって標的核酸（例えば、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ）配列とハイブリダイズする核酸塩基を含む、ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に対し正確な配列相補性を有することもあれば、およその相補性（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位におけるスプライシングを増強するのに十分な相補性）を有することもある。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、プレｍＲＮＡ転写物の標的化部分）に結合（ハイブリダイズ）し、生理学的条件下でハイブリダイズしたままであるように設計されている。典型的には、ＡＳＯは、意図した（標的化された）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ＡＳＯが他の部位に結合して「オフターゲット」効果を引き起こす可能性が制限されるように、プレｍＲＮＡ転写物の標的化部分の核酸配列の出現、またはゲノムもしくは細胞プレｍＲＮＡもしくはトランスクリプトーム内の他の部位における十分に類似した核酸配列の出現が考慮され得る。当技術分野において既知の任意のアンチセンスオリゴマー（例えば、ＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されたＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１号（表題「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ Ｎｏｎｓｅｎｓｅ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ Ｄｅｃａｙ」）（参照により本明細書に組み込まれる）におけるもの）を、本明細書に記載の方法を実施するために使用することができる。
[00292]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的核酸またはＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に「特異的にハイブリダイズ」するか、または「特異的」である。典型的には、このようなハイブリダイゼーションは、実質的に３７℃より高い、好ましくは少なくとも５０℃、典型的には６０℃～およそ９０℃の間のＴｍで生じる。このようなハイブリダイゼーションは、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に対応する。所与のイオン強度及びｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
[00293]オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、２つの一本鎖ポリヌクレオチド間で逆平行配置でハイブリダイゼーションが生じる場合、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、第１及び第２のポリヌクレオチドの鎖の一方との間でハイブリダイゼーションが生じ得る場合、他方のポリヌクレオチドに対し「相補的」である。相補性（一方のポリヌクレオチドが他方のポリヌクレオチドに対し相補的である程度）は、一般に受け入れられている塩基対形成規則に従って、対向鎖における塩基が互いに水素結合を形成することが予想される割合（例えば、パーセンテージ）の観点から定量化可能である。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相補的である必要はない。ある特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的化される標的核酸配列内の標的領域に対する、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば、オリゴマー化合物の２０核酸塩基中１８核酸塩基が標的領域に相補的であり、したがって特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を示す。この例では、残りの非相補的核酸塩基は、ともにクラスタ化していても、残りの非相補的核酸塩基に相補的核酸塩基が散在していてもよく、互いに連続している必要も、相補的核酸塩基と連続している必要もない。ＡＳＯの、標的核酸の領域との相補性パーセントは、ＢＬＡＳＴプログラム（基本局所配列検索ツール（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌｓ））、及び当技術分野において既知であるＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を使用して、定型的に決定され得る。
[00294]ＡＳＯは、標的配列内の全ての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、ＡＳＯがハイブリダイズする核酸塩基は、連続していても非連続であってもよい。ＡＳＯは、介在セグメントまたは隣接セグメントがハイブリダイゼーションイベントに関与しないように、プレｍＲＮＡ転写物の１つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズしてもよい（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。ある特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的プレｍＲＮＡ転写物中の非連続核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、プレｍＲＮＡ転写物中の、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つまたは複数の核酸塩基（複数可）によって隔てられている核酸塩基とハイブリダイズすることができる。
[00295]本明細書に記載のＡＳＯは、ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的部分に存在する核酸塩基に対し相補的な核酸塩基を含む。ＡＳＯという用語は、オリゴヌクレオチドと、標的ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基とハイブリダイズ可能な核酸塩基を含むが糖部分を含まない任意の他のオリゴマー分子（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ））とを包含する。ＡＳＯは、天然に存在するヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾ヌクレオチド、または前述の２つもしくは３つの任意の組合せを含むことができる。「天然に存在するヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドを含む。「修飾ヌクレオチド」という用語は、修飾または置換された糖基及び／または修飾された骨格を有するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドの全てが修飾ヌクレオチドである。本明細書に記載の方法及び組成物に適合するＡＳＯまたはＡＳＯの成分の化学修飾は、当業者には明らかであり、例えば、米国特許第８，２５８，１０９ Ｂ２号、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開第２０１２／０１９０７２８号、及びＤｉａｓ ａｎｄ Ｓｔｅｉｎ，Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ．２００２，３４７－３５５（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に見出すことができる。
[00296]ＡＳＯの１つまたは複数の核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ウラシルなどの任意の天然に存在する非修飾核酸塩基であってもよく、標的プレｍＲＮＡ上に存在する核酸塩基と水素結合可能であるように十分に非修飾核酸塩基に類似する任意の合成または修飾核酸塩基であってもよい。修飾核酸塩基の例としては、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメチルシトシンが挙げられるが、これらに限定されない。
[00297]本明細書に記載のＡＳＯは、オリゴマーの成分を接続する主鎖構造も含む。「主鎖構造」及び「オリゴマー結合」という用語は、交換可能に使用することができ、ＡＳＯのモノマー間の接続を指すことができる。天然に存在するオリゴヌクレオチドでは、主鎖はオリゴマーの糖部分を接続する３’－５’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載のＡＳＯの主鎖構造またはオリゴマー結合には、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｎｉｌｏｔｈｉｏａｔｅ）、ホスホルアニリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌｉｄａｔｅ）、ホスホルアミデートなどが含まれ得る（ただしこれらに限定されない）。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：９０８１（１９８６）；Ｓｔｅｃ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０６：６０７７（１９８４），Ｓｔｅｉｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：３２０９（１９８８），Ｚｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉ－Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ６：５３９（１９９１）；Ｚｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｐｐ．８７－１０８（Ｆ．Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ（１９９１））；Ｓｔｅｃ，ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，１５１，５１０号；Ｕｈｌｍａｎｎ ａｎｄ Ｐｅｙｍａｎ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ９０：５４３（１９９０）を参照。いくつかの実施形態では、ＡＳＯの主鎖構造は、リンを含有せず、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、またはカルバメート、アミド、ならびに直鎖状及び環状炭化水素基を含む連結基におけるペプチド結合を含有する。いくつかの実施形態では、主鎖修飾は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、主鎖修飾は、ホスホルアミデート結合である。
[00298]いくつかの実施形態では、ＡＳＯ主鎖のリンヌクレオチド間結合のそれぞれにおける立体化学は、ランダムである。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ主鎖のリンヌクレオチド間結合のそれぞれにおける立体化学は制御されており、ランダムではない。例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０１９４６１０号「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴマー中の各リン原子におけるキラリティーの掌性を独立して選択するための方法を記載している。いくつかの実施形態では、本明細書において表５及び６に記述されているＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本開示の方法で使用されるＡＳＯは、ランダムではないリンヌクレオチド間結合を有するＡＳＯを含む。いくつかの実施形態では、本開示の方法で使用される組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。いくつかの実施形態では、本開示の方法で使用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、約１００％、約９０％～約１００％、約９１％～約１００％、約９２％～約１００％、約９３％～約１００％、約９４％～約１００％、約９５％～約１００％、約９６％～約１００％、約９７％～約１００％、約９８％～約１００％、または約９９％～約１００％のジアステレオマー純度を有するＡＳＯを含む。
[00299]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間結合において、Ｒｐ及びＳｐ配置の非ランダム混合物を有する。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドには、良好な活性及びヌクレアーゼ安定性のバランスを達成するためにＲｐ及びＳｐの混合が求められることが示唆されている（Ｗａｎ，ｅｔ ａｌ．，２０１４，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｃｈｉｒａｌ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４２（２２）：１３４５６－１３４６８（参照により本明細書に組み込まれる））。いくつかの実施形態では、配列番号６０～１９１における本明細書に記載のＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本開示の方法で使用されるＡＳＯは、約５～１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少なくとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なくとも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５０％のＲｐ．少なくとも約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、もしくは少なくとも約９５％のＲｐを含み、残りはＳｐであるか、または約１００％のＲｐを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本開示の方法で使用されるＡＳＯは、配列番号６０～１９１のいずれか１つの少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、または約１００％の配列同一性を有する配列を含み、約１０％～約１００％のＲｐ、約１５％～約１００％のＲｐ、約２０％～約１００％のＲｐ、約２５％～約１００％のＲｐ、約３０％～約１００％のＲｐ、約３５％～約１００％のＲｐ、約４０％～約１００％のＲｐ、約４５％～約１００％のＲｐ、約５０％～約１００％のＲｐ、約５５％～約１００％のＲｐ、約６０％～約１００％のＲｐ、約６５％～約１００％のＲｐ、約７０％～約１００％のＲｐ、約７５％～約１００％のＲｐ、約８０％～約１００％のＲｐ、約８５％～約１００％のＲｐ、約９０％～約１００％のＲｐ、または約９５％～約１００％のＲｐ、約２０％～約８０％のＲｐ、約２５％～約７５％のＲｐ、約３０％～約７０％のＲｐ、約４０％～約６０％のＲｐ、または約４５％～約５５％のＲｐを含み、残りはＳｐである。
[00300]いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本開示の方法で使用されるＡＳＯは、配列番号６０～１９１のいずれか１つの少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含み、約５～１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ、少なくとも約１０％のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、少なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少なくとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なくとも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくとも約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、もしくは少なくとも約９５％のＳｐを含み、残りはＲｐであるか、または約１００％のＳｐを含む。実施形態では、本明細書に記載のＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本開示の方法で使用されるＡＳＯは、配列番号６０～１９１のいずれか１つの少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、または約１００％の配列同一性を有する配列を含み、約１０％～約１００％のＳｐ、約１５％～約１００％のＳｐ、約２０％～約１００％のＳｐ、約２５％～約１００％のＳｐ、約３０％～約１００％のＳｐ、約３５％～約１００％のＳｐ、約４０％～約１００％のＳｐ、約４５％～約１００％のＳｐ、約５０％～約１００％のＳｐ、約５５％～約１００％のＳｐ、約６０％～約１００％のＳｐ、約６５％～約１００％のＳｐ、約７０％～約１００％のＳｐ、約７５％～約１００％のＳｐ、約８０％～約１００％のＳｐ、約８５％～約１００％のＳｐ、約９０％～約１００％のＳｐ、または約９５％～約１００％のＳｐ、約２０％～約８０％のＳｐ、約２５％～約７５％のＳｐ、約３０％～約７０％のＳｐ、約４０％～約６０％のＳｐ、または約４５％～約５５％のＳｐを含み、残りはＲｐである。
[00301]本明細書に記載のいずれのＡＳＯも、天然に存在するヌクレオチドに存在するようなリボースもしくはデオキシリボースを含む糖部分、または修飾糖部分もしくは糖アナログ（モルホリン環を含む）を含有することができる。修飾糖部分の非限定的な例には、２’置換基、例として２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－Ｍｅ）、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’－＞Ｐ５’ホスホルアミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－グアニジニジウム（２’－ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’－Ｏ－グアニジニウムエチル、カルバメート修飾糖、及び二環式修飾糖、が含まれる。いくつかの実施形態では、糖部分修飾は、２’－Ｏ－Ｍｅ、２’Ｆ、及び２’ＭＯＥから選択される。いくつかの実施形態では、糖部分修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）などの追加の架橋結合である。いくつかの実施形態では、糖類似体は、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモルホリン環を含有している。いくつかの実施形態では、糖部分は、リボフラノシル（ｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｙｌ）または２’デオキシリボフラノシル（２’ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｙｌ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、２’４’拘束２’Ｏ－メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、ｃＥｔ２’，４’拘束２’－ＯエチルＢＮＡ修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分はＭＣＥ修飾を含む。修飾は当技術分野において既知であり、文献、例えば、この目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Ｊａｒｖｅｒ，ｅｔ ａｌ．，２０１４，“Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）：３７－４７に記載されている。
[00302]いくつかの実施形態では、ＡＳＯの各モノマーは同じ方法で修飾され、例えば、ＡＳＯの主鎖の各結合はホスホロチオエート結合を含むか、または各リボース糖部分は２’Ｏ－メチル修飾を含む。ＡＳＯのモノマー成分のそれぞれに存在するこのような修飾は、「均一修飾」と呼ばれる。いくつかの例では、異なる修飾の組合せが望まれる場合があり、例えば、ＡＳＯは、ホスホロジアミデート結合とモルホリン環（モルホリノ）を含む糖部分との組合せを含み得る。ＡＳＯに対する異なる修飾の組合せは、「混合修飾」または「混合化学」と呼ばれる。
[00303]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つまたは複数の主鎖修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つまたは複数の糖部分修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つまたは複数の主鎖修飾及び１つまたは複数の糖部分修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２’ＭＯＥ修飾及びホスホロチオエート主鎖を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載のＡＳＯのいずれかまたはＡＳＯの任意の成分（例えば、核酸塩基、糖部分、主鎖）を、ＡＳＯの所望の特性もしくは活性を達成するため、またはＡＳＯの望ましくない特性もしくは活性を低減するために修飾することができる。例えば、ＡＳＯまたは任意のＡＳＯの１つまたは複数の成分は、プレｍＲＮＡ転写物上の標的配列への結合親和性を増強するように；任意の非標的配列への結合を低減するように；細胞ヌクレアーゼ（すなわち、ＲＮａｓｅ Ｈ）による分解を低減するように；細胞及び／または細胞の核へのＡＳＯの取込みを改善するように；ＡＳＯの薬物動態または薬力学を変更するように；及び／またはＡＳＯの半減期を調節するように；修飾することができる。
[00304]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）ホスホロチオエート修飾ヌクレオチドから構成される。そのようなヌクレオチドで構成されたＡＳＯは、本明細書に開示されている方法に特に良好に適しており；そのような修飾を有するオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する抵抗性が著しく増強され、生物学的利用能が増加することが示されており、これにより、例えば、本明細書に記載のいくつかの実施形態における経口送達に好適となる。例えば、Ｇｅａｒｙ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．２００１；２９６（３）：８９０－７；Ｇｅａｒｙ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．２００１；２９６（３）：８９８－９０４を参照。
[00305]ＡＳＯを合成する方法は、当業者に既知であろう。代替的または追加的に、ＡＳＯは商業的供給源から入手することができる。
[00306]特に明記しない限り、一本鎖核酸（例えば、プレｍＲＮＡ転写物、オリゴヌクレオチド、ＡＳＯなど）配列の左手端は５’末端であり、一本鎖または二本鎖核酸配列の左手方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右手端または右手方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対して５’側にある領域または配列は「上流」と呼ばれ、核酸の基準点に対し３’側にある領域または配列は「下流」と呼ばれる。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端は、開始（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ）コドンまたは読み始め（ｓｔａｒｔ）コドンが位置する場所であり、３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。いくつかの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定することができるが、一方、基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定することができる。例えば、基準点（例えば、ｍＲＮＡのエキソン間ジャンクション）を「ゼロ」部位に指定し、基準点に直接隣接し上流にあるヌクレオチドを「マイナス１」、例えば「－１」に指定し、基準点に直接隣接し下流にあるヌクレオチドを「プラス１」、例えば「＋１」に指定することができる。
[00307]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡにおける包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位の下流（３’方向）（例えば、５’スプライス部位に対し正の数によって指定される方向）にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である（そしてそれに結合する）。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対し約＋１～約＋５００の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対しヌクレオチド＋６～＋４０，０００の間の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的であり得る。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対し約＋１～約＋４０，０００、約＋１～約＋３０，０００、約＋１～約＋２０，０００、約＋１～約＋１５，０００、約＋１～約＋１０，０００、約＋１～約＋５，０００、約＋１～約＋４，０００、約＋１～約＋３，０００、約＋１～約＋２，０００、約＋１～約＋１，０００、約＋１～約＋５００、約＋１～約＋４９０、約＋１～約＋４８０、約＋１～約＋４７０、約＋１～約＋４６０、約＋１～約＋４５０、約＋１～約＋４４０、約＋１～約＋４３０、約＋１～約＋４２０、約＋１～約＋４１０、約＋１～約＋４００、約＋１～約＋３９０、約＋１～約＋３８０、約＋１～約＋３７０、約＋１～約＋３６０、約＋１～約＋３５０、約＋１～約＋３４０、約＋１～約＋３３０、約＋１～約＋３２０、約＋１～約＋３１０、約＋１～約＋３００、約＋１～約＋２９０、約＋１～約＋２８０、約＋１～約＋２７０、約＋１～約＋２６０、約＋１～約＋２５０、約＋１～約＋２４０、約＋１～約＋２３０、約＋１～約＋２２０、約＋１～約＋２１０、約＋１～約＋２００、約＋１～約＋１９０、約＋１～約＋１８０、約＋１～約＋１７０、約＋１～約＋１６０、約＋１～約＋１５０、約＋１～約＋１４０、約＋１～約＋１３０、約＋１～約＋１２０、約＋１～約＋１１０、約＋１～約＋１００、約＋１～約＋９０、約＋１～約＋８０、約＋１～約＋７０、約＋１～約＋６０、約＋１～約＋５０、約＋１～約＋４０、約＋１～約＋３０、または約＋１～約＋２０の領域内にある標的化部分に対し相補的である。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対し約＋１～約＋１００、約＋１００～約＋２００、約＋２００～約＋３００、約＋３００～約＋４００、または約＋４００～約＋５００の領域内にある標的化部分に対し相補的である。
[00308]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡにおける包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位の上流（５’方向）（例えば、５’スプライス部位に対し負の数によって指定される方向）にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である（そしてそれに結合する）。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対し約－４～約－２７０の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対しヌクレオチド－１～－４０，０００の間の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的であり得る。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対し約－１～約－４０，０００、約－１～約－３０，０００、約－１～約－２０，０００、約－１～約－１５，０００、約－１～約－１０，０００、約－１～約－５，０００、約－１～約－４，０００、約－１～約－３，０００、約－１～約－２，０００、約－１～約－１，０００、約－１～約－５００、約－１～約－４９０、約－１～約－４８０、約－１～約－４７０、約－１～約－４６０、約－１～約－４５０、約－１～約－４４０、約－１～約－４３０、約－１～約－４２０、約－１～約－４１０、約－１～約－４００、約－１～約－３９０、約－１～約－３８０、約－１～約－３７０、約－１～約－３６０、約－１～約－３５０、約－１～約－３４０、約－１～約－３３０、約－１～約－３２０、約－１～約－３１０、約－１～約－３００、約－１～約－２９０、約－１～約－２８０、約－１～約－２７０、約－１～約－２６０、約－１～約－２５０、約－１～約－２４０、約－１～約－２３０、約－１～約－２２０、約－１～約－２１０、約－１～約－２００、約－１～約－１９０、約－１～約－１８０、約－１～約－１７０、約－１～約－１６０、約－１～約－１５０、約－１～約－１４０、約－１～約－１３０、約－１～約－１２０、約－１～約－１１０、約－１～約－１００、約－１～約－９０、約－１～約－８０、約－１～約－７０、約－１～約－６０、約－１～約－５０、約－１～約－４０、約－１～約－３０、または約－１～約－２０の領域内にある標的化部分に対し相補的である。
[00309]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡにおける包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位の上流（５’方向）（例えば、負の数によって指定される方向）にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約－１～約－５００の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し－１～－４０，０００の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約－１～約－４０，０００、約－１～約－３０，０００、－１～約－２０，０００、約－１～約－１５，０００、約－１～約－１０，０００、約－１～約－５，０００、約－１～約－４，０００、約－１～約－３，０００、約－１～約－２，０００、約－１～約－１，０００、約－１～約－５００、約－１～約－４９０、約－１～約－４８０、約－１～約－４７０、約－１～約－４６０、約－１～約－４５０、約－１～約－４４０、約－１～約－４３０、約－１～約－４２０、約－１～約－４１０、約－１～約－４００、約－１～約－３９０、約－１～約－３８０、約－１～約－３７０、約－１～約－３６０、約－１～約－３５０、約－１～約－３４０、約－１～約－３３０、約－１～約－３２０、約－１～約－３１０、約－１～約－３００、約－１～約－２９０、約－１～約－２８０、約－１～約－２７０、約－１～約－２６０、約－１～約－２５０、約－１～約－２４０、約－１～約－２３０、約－１～約－２２０、約－１～約－２１０、約－１～約－２００、約－１～約－１９０、約－１～約－１８０、約－１～約－１７０、約－１～約－１６０、約－１～約－１５０、約－１～約－１４０、約－１～約－１３０、約－１～約－１２０、約－１～約－１１０、約－１～約－１００、約－１～約－９０、約－１～約－８０、約－１～約－７０、約－１～約－６０、約－１～約－５０、約－１～約－４０、約－１～約－３０、または約－１～約－２０の領域内にある標的化部分に対し相補的である。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約－１～約－１００、約－１００～約－２００、約－２００～約－３００、約－３００～約－４００、または約－４００～約－５００の領域内にある標的化部分に対し相補的である。
[00310]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡにおける包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位の下流（３’方向）（例えば、正の数によって指定される方向）にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約＋１～約＋４０，０００の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約＋１～約＋４０，０００、約＋１～約＋３０，０００、約＋１～約＋２０，０００、約＋１～約＋１５，０００、約＋１～約＋１０，０００、約＋１～約＋５，０００、約＋１～約＋４，０００、約＋１～約＋３，０００、約＋１～約＋２，０００、約＋１～約＋１，０００、約＋１～約＋５００、約＋１～約＋４９０、約＋１～約＋４８０、約＋１～約＋４７０、約＋１～約＋４６０、約＋１～約＋４５０、約＋１～約＋４４０、約＋１～約＋４３０、約＋１～約＋４２０、約＋１～約＋４１０、約＋１～約＋４００、約＋１～約＋３９０、約＋１～約＋３８０、約＋１～約＋３７０、約＋１～約＋３６０、約＋１～約＋３５０、約＋１～約＋３４０、約＋１～約＋３３０、約＋１～約＋３２０、約＋１～約＋３１０、約＋１～約＋３００、約＋１～約＋２９０、約＋１～約＋２８０、約＋１～約＋２７０、約＋１～約＋２６０、約＋１～約＋２５０、約＋１～約＋２４０、約＋１～約＋２３０、約＋１～約＋２２０、約＋１～約＋２１０、約＋１～約＋２００、約＋１～約＋１９０、約＋１～約＋１８０、約＋１～約＋１７０、約＋１～約＋１６０、約＋１～約＋１５０、約＋１～約＋１４０、約＋１～約＋１３０、約＋１～約＋１２０、約＋１～約＋１１０、約＋１～約＋１００、約＋１～約＋９０、約＋１～約＋８０、約＋１～約＋７０、約＋１～約＋６０、約＋１～約＋５０、約＋１～約＋４０、約＋１～約＋３０、約＋１～約＋２０、または約＋１～約＋１０の領域内にある標的化部分に対し相補的である。
[00311]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＳＥの５’末端に対し－４ｅから、ＮＳＥの３’末端に対し＋２ｅまでの領域内にある。
[00312]いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡにおける包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位の上流（５’方向）（例えば、正の数によって指定される方向）にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約＋１～約＋４０，０００の領域内にあるＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分に対し相補的である。いくつかの態様では、ＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し約＋１～約＋４０，０００、約＋１～約＋３０，０００、約＋１～約＋２０，０００、約＋１～約＋１５，０００、約＋１～約＋１０，０００、約＋１～約＋５，０００、約＋１～約＋４，０００、約＋１～約＋３，０００、約＋１～約＋２，０００、約＋１～約＋１，０００、約＋１～約＋５００、約＋１～約＋４９０、約＋１～約＋４８０、約＋１～約＋４７０、約＋１～約＋４６０、約＋１～約＋４５０、約＋１～約＋４４０、約＋１～約＋４３０、約＋１～約＋４２０、約＋１～約＋４１０、約＋１～約＋４００、約＋１～約＋３９０、約＋１～約＋３８０、約＋１～約＋３７０、約＋１～約＋３６０、約＋１～約＋３５０、約＋１～約＋３４０、約＋１～約＋３３０、約＋１～約＋３２０、約＋１～約＋３１０、約＋１～約＋３００、約＋１～約＋２９０、約＋１～約＋２８０、約＋１～約＋２７０、約＋１～約＋２６０、約＋１～約＋２５０、約＋１～約＋２４０、約＋１～約＋２３０、約＋１～約＋２２０、約＋１～約＋２１０、約＋１～約＋２００、約＋１～約＋１９０、約＋１～約＋１８０、約＋１～約＋１７０、約＋１～約＋１６０、約＋１～約＋１５０、約＋１～約＋１４０、約＋１～約＋１３０、約＋１～約＋１２０、約＋１～約＋１１０、約＋１～約＋１００、約＋１～約＋９０、約＋１～約＋８０、約＋１～約＋７０、約＋１～約＋６０、約＋１～約＋５０、約＋１～約＋４０、約＋１～約＋３０、約＋１～約＋２０、または約＋１～約＋１０の領域内にある標的化部分に対し相補的である。
[00313]いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分は、包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位に対し＋１００から、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し－１００までの領域内にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的化部分はＮＩＥ内にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの標的部分は、ＮＩＥ及びイントロン境界を含む。
[00314]ＡＳＯは、特異的な結合及び効果的なスプライシング増強に適した任意の長さをとることができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、８～５０核酸塩基からなる。例えば、ＡＳＯは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、４５、または５０核酸塩基長であってもよい。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、５０を超える核酸塩基からなる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、８～５０核酸塩基、８～４０核酸塩基、８～３５核酸塩基、８～３０核酸塩基、８～２５核酸塩基、８～２０核酸塩基、８～１５核酸塩基、９～５０核酸塩基、９～４０核酸塩基、９～３５核酸塩基、９～３０核酸塩基、９～２５核酸塩基、９～２０核酸塩基、９～１５核酸塩基、１０～５０核酸塩基、１０～４０核酸塩基、１０～３５核酸塩基、１０～３０核酸塩基、１０～２５核酸塩基、１０～２０核酸塩基、１０～１５核酸塩基、１１～５０核酸塩基、１１～４０核酸塩基、１１～３５核酸塩基、１１～３０核酸塩基、１１～２５核酸塩基、１１～２０核酸塩基、１１～１５核酸塩基、１２～５０核酸塩基、１２～４０核酸塩基、１２～３５核酸塩基、１２～３０核酸塩基、１２～２５核酸塩基、１２～２０核酸塩基、１２～１５核酸塩基、１３～５０核酸塩基、１３～４０核酸塩基、１３～３５核酸塩基、１３～３０核酸塩基、１３～２５核酸塩基、１３～２０核酸塩基、１４～５０核酸塩基、１４～４０核酸塩基、１４～３５核酸塩基、１４～３０核酸塩基、１４～２５核酸塩基、１４～２０核酸塩基、１５～５０核酸塩基、１５～４０核酸塩基、１５～３５核酸塩基、１５～３０核酸塩基、１５～２５核酸塩基、１５～２０核酸塩基、２０～５０核酸塩基、２０～４０核酸塩基、２０～３５核酸塩基、２０～３０核酸塩基、２０～２５核酸塩基、２５～５０核酸塩基、２５～４０核酸塩基、２５～３５核酸塩基、または２５～３０核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１８ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１５ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２５ヌクレオチド長である。
[00315]いくつかの実施形態では、異なる化学的性質を有するが、ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの同じ標的化部分に対し相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。いくつかの実施形態では、ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡの異なる標的化部分に対し相補的な２つ以上のＡＳＯが使用される。
[00316]いくつかの実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の部位またはコンジュゲート（例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取込みを増強する標的指向部位または他のコンジュゲート）に化学的に結合する。このような部分としては、脂質部分、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基、ポリアミン、またはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸が挙げられるが、これらに限定されない。親油性部分を含むオリゴヌクレオチド及びその調製方法は、公開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃ－グルコサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、もしくはマンノース（例えば、マンノース－６－リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含むがこれらに限定されない部分とコンジュゲートする。当技術分野で理解され文献に記載されているように、コンジュゲートは、糖、塩基、またはリン酸基上のいくつかの位置のいずれかにおいて、例えばリンカーを用いて、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つまたは複数に結合することができる。リンカーは、二価または三価の分岐リンカーを含むことができる。実施形態では、コンジュゲートは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に付着している。オリゴヌクレオチドコンジュゲートを調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号“Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ”に記載されている（参照により本明細書に組み込まれる）。
[00317]いくつかの実施形態では、ＡＳＯによって標的化される核酸は、真核細胞などの細胞で発現するＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、「細胞」という用語は、細胞の集団を指すことがある。いくつかの実施形態では、細胞は対象にある。いくつかの実施形態では、細胞は対象から単離される。いくつかの実施形態では、細胞はｅｘ ｖｉｖｏである。いくつかの実施形態では、細胞は、状態もしくは疾患関連細胞または細胞株である。いくつかの実施形態では、細胞はｉｎ ｖｉｔｒｏ（例えば、細胞培養）である。
[00318]いくつかの実施形態では、本明細書で開示するプレｍＲＮＡを標的化するＡＳＯは、表４に列挙された配列からなる群より選択される。
医薬組成物
[00319]記載された組成物の薬剤、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、記載された方法のいずれかで使用するための医薬組成物または製剤は、医薬業界において周知であり、公開文献に記載されている従来の技術に従って調製することができる。実施形態では、対象を治療するための医薬組成物または製剤は、本明細書に記載の任意のアンチセンスオリゴマー、またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物、もしくはエステルの有効量を含む。アンチセンスオリゴマーを含む医薬製剤は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体をさらに含むことができる。
[00320]薬学的に許容される塩は、過度の毒性、刺激、アレルギー応答などを伴わずにヒト及びより下等な動物の組織に接触して使用するのに適しており、妥当な利益／リスク比に対応している。（例えば、この目的のために参照によって本明細書に組み込まれるＳ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６６：１－１９（１９７７）を参照。塩は、化合物の最終単離及び精製の間にｉｎ ｓｉｔｕで、またはその遊離塩基形態を好適な有機酸と反応させることによって別個に調製することができる。薬学的に許容される非毒性酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、及び過塩素酸などの無機酸を用いて、または酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、もしくはマロン酸などの有機酸を用いて、あるいはイオン交換などの他の文書化された方法論を使用することによって形成されるアミノ基の塩である。他の薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的なアルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。さらなる薬学的に許容される塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボキシレート、サルフェート、ホスフェート、ニトレート、低級アルキルスルホネート、及びアリールスルホネートなどの対イオンを使用して形成される、非毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。
[00321]いくつかの実施形態では、組成物は、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、ソフトゲル、坐剤、及び浣腸剤などであるがこれらに限定されない多くの可能な剤形のいずれかに製剤化される。実施形態では、組成物は、水性、非水性、または混合媒体中の懸濁液として製剤化される。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、及び／またはデキストランを含む、懸濁液の粘度を増加させる物質をさらに含有し得る。懸濁液はまた、安定剤を含有してもよい。実施形態では、本発明の医薬製剤または組成物は、溶液、エマルジョン、マイクロエマルジョン、発泡体、またはリポソーム含有製剤（例えば、カチオン性または非カチオン性リポソーム）を含むが、これらに限定されない。
[00322]本発明に記載の医薬組成物または製剤は、必要に応じて、当業者に周知であるか、または公開文献に記載されている、１つもしくは複数の浸透促進剤、担体、賦形剤、または他の活性もしくは不活性成分を含んでもよい。実施形態では、リポソームにはまた、立体的に安定化したリポソーム、例えば、１つまたは複数の特殊化された脂質を含むリポソームが含まれる。これらの特殊化された脂質によって、循環寿命が向上したリポソームがもたらされる。実施形態では、立体的に安定化したリポソームは、１つまたは複数の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つまたは複数の親水性ポリマーで誘導体化される。いくつかの実施形態では、界面活性剤が、医薬製剤または組成物に含まれる。医薬品、製剤、及びエマルジョンにおける界面活性剤の使用は、当技術分野において周知である。実施形態では、本開示は浸透促進剤を用いて、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達に影響を及ぼし、例えば、細胞膜を横断する拡散を補助し、及び／または親油性薬物の透過性を増強する。いくつかの実施形態では、浸透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート非界面活性剤である。
[00323]いくつかの実施形態では、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、別の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。
併用療法
[00324]いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、１つまたは複数のＮＳＥ調節剤を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、２つ以上のＮＳＥ調節剤を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的な１つまたは複数のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的な２つ以上のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの同じ標的化領域に対し相補的な１つまたは複数のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの同じ標的化領域に対し相補的な２つ以上のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの異なる標的化領域に対し相補的な１つまたは複数のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの異なる標的化領域に対し相補的な２つ以上のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、表４の１つまたは複数のＡＳＯを含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、表４の２つ以上のＡＳＯを含む組成物である。
[00325]いくつかの実施形態では、本開示で開示する治療剤（例えば、ＡＳＯ）は、１つまたは複数のさらなる治療剤と組み合わせて使用することができる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のさらなる治療剤は、小分子を含むことができる。例えば、１つまたは複数のさらなる治療剤は、ＷＯ２０１６１２８３４３Ａ１、ＷＯ２０１７０５３９８２Ａ１、ＷＯ２０１６１９６３８６Ａ１、ＷＯ２０１４２８４５９Ａ１、ＷＯ２０１５２４８７６Ａ２、ＷＯ２０１３１１９９１６Ａ２、及びＷＯ２０１４２０９８４１Ａ２（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載の小分子を含むことができる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のさらなる治療剤は、トルバプタン（Ｊｙｎａｒｑｕｅ（登録商標）；Ｓａｍｓｃａ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のさらなる治療剤は、イントロン保持を補正するために使用することができるＡＳＯを含む。
対象の治療
[00326]本明細書で提供される組成物のいずれも、個体に投与することができる。「個体」は、「対象」または「患者」と交換可能に使用することができる。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、または非ヒト霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、もしくはヒツジなどの動物であり得る。実施形態では、個体はヒトである。実施形態では、個体は、胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は、別の真核生物（例えば、植物）であってもよい。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、ｅｘ ｖｉｖｏで細胞に投与される。
[00327]いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、疾患または障害を治療する方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記載の疾患のいずれかなどの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記載の疾患のいずれかなどの疾患を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個体は、不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有するリスクが増加している。個体が、不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有する「リスクが増加している」場合、この方法は予防（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）または予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）治療を伴う。例えば、個体は、疾患の家族歴のためにそのような疾患または障害を有するリスクが増加している場合がある。典型的には、そのような疾患または障害を有するリスクが増加している個体は、予防的治療から（例えば、疾患または障害の発症または進行を予防または遅延させることによって）利益を得る。実施形態では、胎児は、例えば、ＡＳＯ組成物を直接的または間接的に（例えば、母親を介して）胎児に投与することにより、子宮内で治療される。
[00328]本開示のＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて異なり得る。本開示のＡＳＯは、非経口的に、例えば、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により、患者に投与することができる。
[00329]実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において既知の任意の方法により、血液脳関門を横断して主題のアンチセンスオリゴヌクレオチドの浸透を促進可能な１つまたは複数の薬剤とともに投与される。例えば、筋肉組織中の運動ニューロンへのアデノウイルスベクターの投与による薬剤の送達が、米国特許第６，６３２，４２７号「Ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ－ｖｅｃｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。ベクターの、脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質への直接の送達は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒａｉｎ」に記載されている。
[00330]いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬学的または薬力学的特性を提供する薬剤と連結またはコンジュゲートされる。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門の透過または輸送を促進することが当技術分野において既知である物質、例えば、トランスフェリン受容体に対する抗体に結合する。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ウイルスベクターと連結して、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするか、または血液脳関門を通過する輸送を増加させる。実施形態では、浸透圧性血液脳関門破壊は、糖、例えば、メソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（＋）キシロース、ダルシトール、ミオイノシトール、Ｌ（－）フルクトース、Ｄ（－）マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（－）アラビノース、セロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋）メリビオース、Ｄ（－）リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（－）アラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（－）フコース、Ｄ（－）リキソース、Ｌ（＋）リキソース、及びＬ（－）リキソース、またはアミノ酸、例えば、グルタミン、リシン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、及びタウリンの注入によって補助される。血液脳関門の透過を増強するための方法及び材料は、例えば、米国特許第９，１９３，９６９号「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｔｏ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｎｅｕｒｏｎ ｔｙｐｅｓ」、米国特許第４，８６６，０４２号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号「Ｍａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ－ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、及び米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」（各々が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。
[00331]いくつかの実施形態では、本開示のＡＳＯは、例えば、米国特許第９，１９３，９６９号（参照により本明細書に組み込まれる）に記載の方法を用いて、ドーパミン再取込み阻害剤（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取込み阻害剤（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取込み阻害剤（ＮＲＩ）、ノルエピネフリン－ドーパミン再取込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、及びセロトニン－ノルエピネフリン－ドーパミン再取込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）に結合させる。
[00332]いくつかの実施形態では、この方法及び組成物を用いて治療される対象は、当技術分野において既知であり説明されている任意の方法を用いて、状態の改善を評価される。
[00333]いくつかの場合では、治療剤は、修飾ｓｎＲＮＡ（例えば、修飾ヒトｓｎＲＮＡ）を含む。いくつかの場合では、治療剤は、修飾ｓｎＲＮＡをコードするベクター（例えば、ウイルスベクター）を含む。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは修飾Ｕ１ ｓｎＲＮＡである（例えば、Ａｌａｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２０１２，Ｖｏｌ．２１，Ｎｏ．１１ ２３８９－２３９８を参照）。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡである（例えば、Ｇａｄｇｉｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｇｅｎｅ Ｍｅｄ．２０２１；２３：ｅ３３２１を参照）。修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡは、当技術分野において既知の任意の方法（Ｍｅｙｅｒ，Ｋ．；Ｓｃｈｕｍｐｅｒｌｉ，Ｄａｎｉｅｌ（２０１２），Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ ｏｆ Ｕ７ Ｓｍａｌｌ Ｎｕｃｌｅａｒ ＲＮＡ ａｓ Ｍｏｄｕｌａｔｏｒｓ ｏｆ Ｐｒｅ－ｍＲＮＡ Ｓｐｌｉｃｉｎｇ．Ｉｎ：Ｓｔａｍｍ，Ｓｔｅｆａｎ；Ｓｍｉｔｈ，Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒ Ｗ．Ｊ．；Ｌｕｈｒｍａｎｎ，Ｒｅｉｎｈａｒｄ（ｅｄｓ．）Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｐｒｅ－ｍＲＮＡ Ｓｐｌｉｃｉｎｇ：Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（ｐｐ．４８１－４９４），Ｃｈｉｃｈｅｓｔｅｒ：Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ １０．１００２／９７８３５２７６３６７７８．ｃｈ４５（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されている方法を含む）によって作製することができる。いくつかの実施形態では、修飾Ｕ７（ｓｍＯＰＴ）は、ＷＴ Ｕ７と競合しない（Ｓｔｅｆａｎｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，１９９５）。
[00334]いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ｓｍＯＰＴ修飾を含む。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、配列ＡＡＵＵＵＵＵＧＧＡＧ（配列番号２２９）を含むことができる。例えば、配列ＡＡＵＵＵＵＵＧＧＡＧ（配列番号２２９）は、野生型Ｕ７ ｓｎＲＮＡにおける配列ＡＡＵＵＵＧＵＣＵＡＧ（配列番号２３０）を置き換えて、修飾Ｕ＆ｓｎＲＮＡ（ｓｍＯＰＴ）を生成することができる。いくつかの実施形態では、Ｕ７ ｓｎＲＮＡのｓｍＯＰＴ修飾は、粒子をヒストンプレｍＲＮＡプロセシングにおいて機能的に不活性にする（Ｓｔｅｆａｎｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，１９９５）。いくつかの実施形態では、修飾Ｕ７（ｓｍＯＰＴ）は、核内で安定的に、ＷＴ Ｕ７よりも高いレベルで発現する（Ｓｔｅｆａｎｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，１９９５）。いくつかの実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１ ｓｎＲＮＰ標的化配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ７ ｓｎＲＮＰ標的化配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｎＲＮＡは、修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＰ標的化配列を含み、修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＰ標的化配列は、ｓｍＯＰＴを含む。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡとハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２ ｍＲＮＡとハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。
[00335]いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡまたはプロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの標的領域、例えば、ＮＭＤエキソンの排除を調節するＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的領域、選択的５’ｓｓにおけるスプライシングを調節するＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的領域、またはＰＫＤ２ ｍＲＮＡの翻訳を調節するプロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの標的領域、例えば、５’ＵＴＲ標的領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、本明細書で開示するＡＳＯの１つまたは２つ以上の配列を含む一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、変異を有するＰＫＤ２プレｍＲＮＡ（例えば、変異を有するＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡ）の配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡの２つ以上の標的領域とハイブリダイズする２つ以上の配列を含む一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡの少なくとも８個の連続する核酸とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、本明細書で開示するＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡの標的領域のいずれかとハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡの２つ以上の標的領域とハイブリダイズする２つ以上の配列を含む一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プレｍＲＮＡ転写物のＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０））を含有するイントロンの１つもしくは２つ以上の配列とハイブリダイズするか、または同じイントロン中のＮＭＤエキソン活性化調節配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン内の領域またはＮＭＤエキソンの上流もしくは下流にある領域（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡとハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている５’領域を有する。いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２ ＮＭＤエキソン含有プレｍＲＮＡとハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている３’領域を有する。
[00336]いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソンの排除を調節するＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン及びＮＭＤエキソンの上流にあるイントロン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））と重複する領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン及びＮＭＤエキソンの下流にあるイントロン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））と重複する領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の下流にあるイントロン配列に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の下流にあるイントロン配列の３’スプライス部位に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の下流にあるイントロン配列の５’スプライス部位に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の上流にあるイントロン配列に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の上流にあるイントロン配列のスプライス部位に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の上流にあるイントロン配列の３’スプライス部位に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のエキソン２ｘ（例えば、ＰＫＤ２のエキソン（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０）））の上流にあるイントロン配列の５’スプライス部位に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。
[00337]いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、選択的５’ｓｓにおけるスプライシングを調節するＰＫＤ２プレｍＲＮＡの標的領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのイントロンの選択的５’ｓｓ（例えば、ＰＫＤ２のイントロン３の選択的５’ｓｓ（例えば、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０３６４８０））と重複する領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのイントロンの選択的５’ｓｓ及び選択的５’ｓｓの上流にあるＮＭＤエキソン（例えば、ＰＫＤ２のイントロン３の選択的５’ｓｓ（例えば、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０３６４８０）ならびに選択的５’ｓｓの上流にあるＮＭＤエキソン（例えば、エキソン２））と重複する領域とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのイントロンの選択的５’ｓｓの下流にあるイントロン配列（例えば、ＰＫＤ２のイントロン３の選択的５’ｓｓ（例えば、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０３６４８０）の下流にあるイントロン配列）に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのイントロンの選択的５’ｓｓの上流にあるＮＭＤエキソン（例えば、選択的エキソン）の配列（例えば、ＰＫＤ２のイントロン３の選択的５’ｓｓ（例えば、ＰＫＤ２のＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０３６４８０）の上流にあるＮＭＤエキソン（例えば、選択的エキソン）の配列）に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、ＮＭＤエキソン（例えば、選択的エキソン）の下流にあるイントロンの選択的５’スプライス部位（例えば、ＮＭＤエキソン（例えば、選択的エキソン）の下流にあるＰＫＤ２のイントロン３（例えば、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０３６４８０）の選択的５’スプライス部位）に対し相補的な一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。
[00338]いくつかの実施形態では、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの翻訳を調節するＰＫＤ２ ｍＲＮＡの標的領域（例えば、５’ＵＴＲ標的領域）とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾されている。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの５’ＵＴＲ配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの上流オープンリーディングフレーム開始コドンとハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの上流オープンリーディングフレーム開始コドンの上流にある配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの上流オープンリーディングフレーム開始コドンの下流にある配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡのカノニカルオープンリーディングフレーム開始コドンの上流にある配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの第１の上流オープンリーディングフレーム開始コドンの下流及びプロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの第２の上流オープンリーディングフレーム開始コドンの上流にある配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの第１の上流オープンリーディングフレーム開始コドンの上流及びプロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの第２の上流オープンリーディングフレーム開始コドンの上流にある配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。例えば、修飾ｓｎＲＮＡは、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの第１の上流オープンリーディングフレーム開始コドンの上流、プロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡの第２の上流オープンリーディングフレーム開始コドンの上流、及びプロセシングＰＫＤ２ ｍＲＮＡのカノニカルオープンリーディングフレーム開始コドンの上流にある配列とハイブリダイズする一本鎖ヌクレオチド配列を含むように修飾することができる。
エキソンスキッピングを誘導するさらなるＡＳＯを特定する方法
[00339]また、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡのエキソンスキッピングを誘導するＡＳＯを特定または決定するための方法も、本開示の範囲内である。例えば、方法は、ＰＫＤ２ ＮＩＥ含有プレｍＲＮＡのＮＩＥスキッピングを誘導するＡＳＯを特定または決定することを含むことができる。プレｍＲＮＡの標的領域内の異なるヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするＡＳＯをスクリーニングして、標的イントロンのスプライシングの速度及び／または程度を改善するＡＳＯを特定または決定することができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、スプライシングリプレッサー（複数可）／サイレンサーの結合部位（複数可）を遮断または妨害することができる。当技術分野において既知の任意の方法を使用して、エキソンの標的領域とハイブリダイズすると、所望の効果（例えば、ＮＩＥスキッピング、タンパク質または機能的なＲＮＡ生成）をもたらすＡＳＯを特定（決定）することができる。これらの方法はまた、包含エキソンに隣接するイントロン、または非包含エキソンの標的化領域に結合することにより、包含エキソンのエキソンスキッピングを誘導するＡＳＯを特定するために使用することもできる。使用できる方法の一例を、以下に提供する。
[00340]プレｍＲＮＡの標的領域とハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを用いて、ＡＳＯ「ウォーク」と称されるスクリーニングのラウンドを実施することができる。例えば、ＡＳＯウォークで使用されるＡＳＯは、包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流（例えば、標的／包含エキソンの上流に位置するイントロンの配列の一部）から、標的／包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで、及び／または包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流から、標的／包含エキソンに続くイントロンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで（例えば、標的／包含エキソンの下流に位置するイントロンの配列の一部）、５ヌクレオチドごとにタイル表示することができる。例えば、１５ヌクレオチド長の第１のＡＳＯは、標的／包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し＋６～＋２０のヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするように設計することができる。第２のＡＳＯは、標的／包含エキソンに先行するイントロンの３’スプライス部位に対し、＋１１～＋２５のヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするように設計することができる。ＡＳＯは、プレｍＲＮＡの標的領域にまたがるように設計されている。実施形態では、ＡＳＯは、より密接に、例えば、１、２、３、または４ヌクレオチドごとにタイル表示することができる。さらに、ＡＳＯは、５’スプライス部位の１００ヌクレオチド下流から３’スプライス部位の１００ヌクレオチド上流までタイル表示することができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位の約１，１６０ヌクレオチド上流から５’スプライス部位の約５００ヌクレオチド下流までタイル表示することができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位の約５００ヌクレオチド上流から３’スプライス部位の約１，９２０ヌクレオチド下流までタイル表示することができる。
[00341]１つまたは複数のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（スクランブル配列、標的領域とハイブリダイズすることが予想されない配列を有するＡＳＯ）が、例えば形質移入により、標的プレｍＲＮＡ（例えば、本明細書に記載のＮＩＥ含有プレｍＲＮＡ）を発現する疾患関連細胞株に送達される。各ＡＳＯのエキソンスキッピング効果は、当技術分野において既知の任意の方法で、例えば、実施例４に記載のようなスプライスジャンクションにまたがるプライマーを用いた逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲにより、評価することができる。ＡＳＯ処置細胞において、包含エキソンを含む領域（例えば、ＮＩＥの隣接エキソンを含む）にまたがるプライマーを用いて生成される長いＲＴ－ＰＣＲ産物が、対照ＡＳＯ処置細胞と比較して低減するか、または存在しなければ、標的ＮＩＥのスプライシングが増強されたことが示される。いくつかの実施形態では、エキソンスキッピング効率（またはＮＩＥを含有するイントロンをスプライシングするスプライシング効率）、スプライシング：非スプライシングプレｍＲＮＡの比、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載のＡＳＯを用いて改善することができる。標的プレｍＲＮＡによってコードされるタンパク質または機能的なＲＮＡの量もまた、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、機能的なタンパク質生成の増強）を達成したかどうかを決定するために評価することができる。ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、及びＥＬＩＳＡなどの、タンパク質生成を評価及び／または定量化するための当技術分野において既知である任意の方法を使用することができる。
[00342]プレｍＲＮＡの標的領域とハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを用いて、ＡＳＯ「マイクロウォーク」と称されるスクリーニングの第２ラウンドを実施することができる。ＡＳＯマイクロウォークで使用されるＡＳＯを１ヌクレオチドごとにタイル表示して、ＡＳＯとハイブリダイズしたときにエキソンスキッピング（またはＮＩＥのスプライシング増強）をもたらすプレｍＲＮＡのヌクレオチド酸配列をさらに精密化する。
[00343]標的イントロンのスプライシングを促進するＡＳＯによって規定される領域は、ＡＳＯ「マイクロウォーク」によってより詳細に探索され、これは１－ｎｔステップで間隔を空けたＡＳＯ及びより長いＡＳＯ（通常１８～２５ｎｔ）を伴う。
[00344]上記でＡＳＯウォークについて記載したように、ＡＳＯマイクロウォークは、例えば形質移入により、標的プレｍＲＮＡを発現する疾患関連細胞株に、１つまたは複数のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（スクランブル配列、標的領域とハイブリダイズしないと予想される配列を有するＡＳＯ）を送達することによって実施される。各ＡＳＯのスプライシング誘導効果は、当技術分野において既知の任意の方法で、例えば、本明細書に記載のＮＩＥにまたがるプライマーを用いた逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲ（例えば、実施例４を参照）により、評価することができる。ＡＳＯ処置細胞において、ＮＩＥにまたがるプライマーを用いて生成されるより長いＲＴ－ＰＣＲ産物が、対照のＡＳＯ処置細胞と比較して低減するか、または存在しなければ、エキソンスキッピング（またはＮＩＥを含有する標的イントロンのスプライシング）が増強されたことが示される。いくつかの実施形態では、エキソンスキッピング効率（またはＮＩＥを含有するイントロンをスプライシングするスプライシング効率）、スプライシング：非スプライシングプレｍＲＮＡの比、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載のＡＳＯを用いて改善することができる。標的プレｍＲＮＡによってコードされるタンパク質または機能的なＲＮＡの量もまた、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、機能的なタンパク質生成の増強）を達成したかどうかを決定するために評価することができる。ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、及びＥＬＩＳＡなどの、タンパク質生成を評価及び／または定量化するための当技術分野において既知である任意の方法を使用することができる。
[00345]プレｍＲＮＡの領域とハイブリダイズしたときにエキソンスキッピング（またはＮＩＥを含有するイントロンのスプライシング増強）及びタンパク質生成の増加をもたらすＡＳＯは、動物モデル、例えば、完全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを用いて、ｉｎ ｖｉｖｏで試験することができる。ＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が所望される疾患及び／または細胞型に応じて異なり得る。ＡＳＯは、例えば、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与することができる。投与した後、モデル動物の細胞、組織、及び／または器官は、例えば、スプライシング（例えば、効率、速度、程度）及びタンパク質生成を評価することにより、当技術分野において既知であり、本明細書に記載される方法によって評価して、ＡＳＯ治療の効果を定量することができる。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の任意の表現型指標または行動指標にもなり得る。
[00346]ＮＭＤ阻害剤、例えば、シクロヘキシミドの存在下でＮＭＤ誘導エキソンを特定または検証する方法もまた本開示の範囲内である。例示的な方法を実施例２に示す。
[00347]代表的な遺伝子を表１にまとめる。各イントロンの配列を表２にまとめる。
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Figure 2024507717000076
Figure 2024507717000077
Figure 2024507717000078
[00348]本開示を、以下の実施例によってより具体的に例証する。ただし、本開示が、いかなる形でもこれらの実施例によって限定されるものではないことを理解されたい。
実施例１： 次世代シークエンシングを用いたＲＮＡｓｅｑによる転写物におけるＮＭＤ誘導エキソン包含イベントの特定
[00349]次世代シークエンシングを用いて全トランスクリプトームショットガンシークエンシングを行って、ＮＩＥ包含イベントを特定するために本明細書に記載の遺伝子によって生成された転写物のスナップショットを明らかにした。この目的のために、ヒト細胞の核及び細胞質画分からポリＡ＋ＲＮＡを単離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡ ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐ Ｋｉｔを用いてｃＤＮＡライブラリーを構築した。ライブラリーをペアエンドシークエンシングして、ヒトゲノムにマッピングされる１００ヌクレオチドのリードを得る（Ｇｒｃｈ３８／ｈｇ３８アセンブリ）。図２は、ＰＫＤ２遺伝子における、異なる例示的なナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）誘導エキソンの特定を示している。
実施例２： シクロヘキシミド処置によるＮＩＥの確認
[00350]ＤＭＳＯ処置またはシクロヘキシミド処置したヒト腎混合上皮細胞及びヒト腎皮質上皮細胞からの細胞質ＲＮＡならびにエキソンにおけるプライマーを用いたＲＴ－ＰＣＲ解析により、ＮＭＤ誘導エキソンに対応するバンドの存在を確認することができる。産物の内容をシークエンシングによって確認した。バンドのデンシトメトリー解析を実施して、全転写物におけるＮＭＤエキソン包含パーセントを算出した。ＮＭＤを阻害するために細胞をシクロヘキシミドで処置することで、細胞質画分中のＮＭＤ誘導エキソンに対応する産物の増加につながり得る。図４Ｂは、シクロヘキシミド処置を用いた様々な遺伝子転写物における例示的なＮＩＥエキソンの確認をそれぞれ示している。
実施例３： ＮＭＤエキソン領域ＡＳＯウォーク
[00351]ＡＳＯを用いて、３’スプライス部位のすぐ上流、３’スプライス部位を横断する、ＮＭＤエキソン、５’スプライス部位を横断する、及び５’スプライス部位の下流のＮＭＤエキソン領域標的指向配列について、ＡＳＯウォークを実施した。ＡＳＯは、一度に５ヌクレオチドずつシフトすることによってこれらの領域を網羅するように設計する。図５は、例示的なＮＩＥエキソン領域におけるＡＳＯウォークを示している。
実施例４： ＲＴ－ＰＣＲにより評価するＮＭＤエキソン領域ＡＳＯウォーク
[00352]ＡＳＯウォーク配列は、例えばＲＴ－ＰＣＲによって評価することができる。ＰＡＧＥを使用して、本明細書に記載のＮＭＤエキソン領域を標的化するＡＳＯで処置したヒト細胞のＳＹＢＲ－ｓａｆｅ染色ＲＴ－ＰＣＲ産物を、ｇｙｍｎｏｔｉｃ取込み、形質移入、またはヌクレオフェクションによって示すことができる。ＮＭＤエキソン包含及び完全長に対応する産物を定量化し、ＮＭＤエキソン包含パーセントをプロットする。完全長産物は、内部ｍＲＮＡ対照を基準に正規化することができ、対照に対する倍数変化をプロットすることができる。図７Ａは、８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図６Ａ～Ｂのマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いて、プローブベースＲＴ－ｑＰＣＲ（実施例５を参照、ＲＰＬ３２を基準に正規化）によって評価した生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。図７Ｂは、８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図６Ａ～Ｂのマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いて、プローブベースＲＴ－ｑＰＣＲ（実施例５を参照、ＲＰＬ３２を基準に正規化）によって評価した非生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。図８Ａは、８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図５のマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いて、プローブベースＲＴ－ｑＰＣＲ（実施例５を参照、ＲＰＬ３２を基準に正規化）によって評価した生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。図８Ｂは、８０ｎＭの示されたＡＳＯ（図５のマクロウォークを参照）で２４時間形質移入した初代腎混合上皮細胞を用いて、プローブベースＲＴ－ｑＰＣＲ（実施例５を参照、ＲＰＬ３２を基準に正規化）によって評価した非生産的なＰＫＤ２ ｍＲＮＡの変化を示している。
実施例５： ＲＴ－ｑＰＣＲにより評価するＮＭＤエキソン領域ＡＳＯウォーク
[00353]ＲＴ－ｑＰＣＲにより評価することができる同じＡＳＯ取込み実験を用いて、内部ｍＲＮＡ対照を基準に正規化したＳＹＢＲ－ｇｒｅｅｎまたは任意のプローブベースＲＴ－ｑＰＣＲ増幅結果を得ることができ、シャムに対する倍数変化としてプロットしてＲＴ－ｑＰＣＲの結果を確認することができる。
実施例６： ＣＸＨ処置細胞における選択ＡＳＯの用量依存的効果
[00354]ＰＡＧＥを使用して、ＲＮＡｉＭＡＸ形質移入によるマウスまたはヒト細胞において、モックで処置した（シャム、ＲＮＡｉＭＡＸ単独）、または３０ｎＭ、８０ｎＭ、２００ｎＭ濃度のＮＭＤエキソンを標的化するＡＳＯで処置したＳＹＢＲ－ｓａｆｅ染色ＲＴ－ＰＣＲ産物を示すことができる。ＮＭＤエキソン包含及び完全長に対応する産物を定量化し、ＮＭＤエキソン包含パーセントをプロットすることができる。完全長産物はまた、ＨＰＲＴ内部対照を基準に正規化することもでき、シャムに対する倍数変化をプロットすることができる。
実施例７： 選択ＡＳＯの注入
[00355]ＰＢＳ注入（１μＬ）（－）、またはＡＳＯもしくはＣｅｐ２９０（陰性対照ＡＳＯ；Ｇｅｒａｒｄ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｎｕｃ．Ａｃ．，２０１５）、様々な濃度の２’－ＡＳＯ注入（１μＬ）（＋）からのマウスのＳＹＢＲ－ｓａｆｅ染色ＲＴ－ＰＣＲ産物のＰＡＧＥ。ＮＭＤエキソン包含及び完全長に対応する産物を定量化し、ＮＭＤエキソン包含パーセントをプロットすることができる。完全長産物は、ＧＡＰＤＨ内部対照を基準に正規化することができ、注入ＰＢＳに対する注入ＡＳＯの倍数変化をプロットすることができる。
実施例８： 次世代シークエンシングを用いたＲＮＡｓｅｑによる転写物におけるＮＭＤ誘導選択的スプライシングイベントの特定
[00356]ヒト肝臓、腎臓、中枢神経系（ＣＮＳ）、及び眼球の組織に由来する８３件の公的に入手可能なＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－ｓｅｑ）データセットを解析することにより、ＡＳＯによりアクセス可能であることが既知である器官における非生産的なＡＳイベントを特定した。コンピューター解析により、合計１３，１２１件の様々なタイプの非生産的ＡＳイベントを含む７，８１９種のユニークな遺伝子が発見された。これらの遺伝子をＯｒｐｈａｎｅｔ（ｗｗｗ．ｏｒｐｈａ．ｎｅｔ／）などの遺伝子疾患データベースと相互参照することにより、非生産的なＡＳイベントを有する１，２６５種の疾患関連遺伝子を特定した。多くのＮＭＤ感受性転写物は、解析組織内で効率的に分解され、ＲＮＡｓｅｑでは検出できないため、非生産的なＡＳイベントを伴う遺伝子は、これまで特定された遺伝子よりも多く存在する。図３は、ＰＫＤ２遺伝子における、異なる例示的なナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）誘導選択的スプライシングイベントの特定を示している。
実施例９： シクロヘキシミド処置による選択的スプライシングの確認
[00357]ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ予測を検証し、標的化可能な非生産的なＡＳイベントの存在量を定量化するために、ＮＭＤを阻害することが知られている翻訳阻害剤のシクロヘキシミド（ＣＨＸ）で細胞を処置した。予想されたように、逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲ解析では、ＤＭＳＯ処置細胞と比較して、ＣＨＸ処置を行うと、予測される非生産的なＰＫＤ２スプライシングイベントが様々な細胞株において一貫して増加することが示された。この増加は、これらの非生産的なＡＳイベントがＮＭＤによる転写物の分解につながることを示している。図４Ｂは、シクロヘキシミド処置を用いた様々な遺伝子転写物における例示的なＮＩＥエキソンの確認をそれぞれ示している。
実施例１０： ＰＫＤ２エキソン、選択的５’ｓｓ、及び５’ＵＴＲ領域ＡＳＯウォーク
[00358]ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写物の非生産的なＡＳイベントを防止し、及び／または翻訳を調節するＡＳＯを特定するために、最初の系統的なＡＳＯウォークを、関心対象となるＡＳイベントまたはＰＫＤ２の５’ＵＴＲに沿って５－ｎｔステップで実施した。図５は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのＮＭＤエキソンＡＳイベントに沿った系統的なＡＳＯウォークを示している。図６Ａ及び６Ｂは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの選択的５’ｓｓ ＡＳイベントに沿った系統的なＡＳＯウォークを示している。図１０は、ＰＫＤ２ ｍＲＮＡの５’ＵＴＲに沿った系統的なＡＳＯウォークを示している。これらのＡＳＯは、均一なホスホロチオエート骨格及び２’リボース位置におけるメトキシエチルを有し得る（２’ＭＯＥ－ＰＳ）。これらの修飾は、高い親和性でＲＮＡに結合することを可能にし、ヌクレアーゼ及びＲＮａｓｅ Ｈ切断の両方に対する標的ＲＮＡ－ＡＳＯ複合体の耐性を付与することが以前に示されている。形質移入細胞からのＲＴ－ＰＣＲ解析により、ＰＫＤ２ ｍＲＮＡにおけるＡＳを低減し、生産的なｍＲＮＡを増加させるか、またはＰＫＤ２の翻訳を促進するいくつかのＡＳＯを特定する。観察されたＰＫＤ２生産的ｍＲＮＡの増加は、ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲによって確認される。観察されたＰＫＤ２翻訳の増加は、ウエスタンブロッティングによって確認される。ＡＳの倍数変化を生産的なｍＲＮＡの増加（ｑＰＣＲ）に対しプロットして、ＡＳＯが機構に従って機能していることを示すことができる。観察されたＰＫＤ２翻訳の増加は、ウエスタンブロッティングによって確認される。翻訳の倍数変化をポリシスチン２タンパク質の増加（ウエスタンブロッティング）に対しプロットするこして、ＡＳＯが機構に従って機能していることを示すことができる。これらの結果は、遺伝子発現の上方調節が、ＡＳＯによる非生産的なＡＳの防止によって達成され得ることを強く示唆するものと予想される。
実施例１１： 用量依存的に細胞タンパク質発現を増加させるためのＡＳＯの使用
[00359]望ましい上方調節レベルは標的遺伝子及び疾患によって異なるため、最初のウォーキングから選択したポジティブＡＳＯヒットを使用して、生産的なｍＲＮＡの増加が非生産的なＡＳイベント全体において滴定され得るかどうかを判定する。濃度を漸増させた例示的なＰＫＤ２ ＡＳＯを細胞に形質移入して、用量依存的な上方調節を実証する。濃度は、ＡＳＯの効力に基づいて選択する。ＲＴ－ＰＣＲの結果からは、同じそれぞれの用量で形質移入した非標的指向ＡＳＯ対照と比較して、ＰＫＤ２における非生産的な選択的３’ｓｓ選択の用量依存的減少が示される。逆に、非標的指向ＡＳＯ対照と比較して、生産的なｍＲＮＡの用量依存的な増加が、ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲによる測定において観察される。生産的なｍＲＮＡにおける観察された上方調節が、タンパク質レベルでの用量依存的増加につながるかどうかを判定するため、濃度を漸増させた標的指向ＡＳＯを用いた形質移入細胞からの抽出物においてポリシスチン２を測定する。最初に、ＰＫＤ２に対する抗体を、タンパク質発現の低分子干渉（ｓｉ）ＲＮＡ媒介性ノックダウン及びウエスタンブロット解析によって検証する。選択したＡＳＯで形質移入した細胞からの抽出物のイムノブロッティングの結果は、ポリシスチン２の用量依存的な増加を示すものと予想される。非標的指向ＡＳＯ対照は、タンパク質レベルにおいて有意な効果を示さないものと予想される。総合すると、データからは、様々なタイプの非生産的なＡＳイベントを標的化するＡＳＯが、生産的なｍＲＮＡにおける滴定可能な増加をもたらし、結果的にタンパク質発現の増加をもたらすことを示すものと予想される。ＴＡＮＧＯ ＡＳＯ媒介性タンパク質上方調節の滴定可能な性質からは、タンパク質のレベルを厳密に制御し、過剰発現のリスクを低減できることを示唆するものと予想される。ＴＡＮＧＯ技術のこのような側面は、常染色体優性ハプロ不全疾患の対処に特に適合するものと予想される。
実施例１２： ｉｎ ｖｉｖｏでのＴＡＮＧＯアプローチの検証
[00360]ＴＡＮＧＯ機構のｉｎ ｖｉｖｏでの適用性を証明するために、ＰＫＤ２の非生産的なエキソン封入イベントを標的化するＡＳＯウォークからポジティブヒットを選択することができる。ヒトＰＫＤ２遺伝子における非生産的なＡＳイベントはマウスでも生じ、配列レベルで高度に保存されており（データは示さず）、マウスにおけるヒト標的指向ＡＳＯの試験が可能となる。ここで提示する他のＡＳＯと同様に、濃度を漸増させたＰＫＤ２ ＡＳＯのｇｙｍｎｏｔｉｃ（フリー）取込みは、非標的指向ＡＳＯ対照と比較して、ＡＳの用量依存的減少及び生産的なｍＲＮＡの逆相関的増加につながる。観察されたＡＳＯの効果をｉｎ ｖｉｖｏで再現できるかどうかを確認するために、ＡＳＯをマウスにまたはＰＢＳをマウスに注射により投与する。ＲＮＡ及びタンパク質は、注射から５日後の処置マウスから抽出することができる。ＲＴ－ＰＣＲ解析を行って、ＡＳＯ処置マウスにおいて、対照のＰＢＳコホートと比較した明確な標的の関与と、非生産的エキソン包含の一貫した低減とを示すことができる。この低減は、ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲにより測定される生産的なｍＲＮＡのほぼ４倍の増加に効果的に変換することができる。同時に、ウエスタンブロットによるタンパク質の増加は、検証済みの抗体を用いて検出することができる。これらのデータは、非生産的なＡＳイベントを活用してタンパク質発現を上方調節するＴＡＮＧＯアプローチの概念のｉｎ ｖｉｖｏでの証拠をもたらす。
実施例１３： 遺伝性疾患の治療のためのＴＡＮＧＯ（核遺伝子出力の標的化増強（Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ａｕｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅａｒ Ｇｅｎｅ Ｏｕｔｐｕｔ））
[00361]ＴＡＮＧＯ（核遺伝子出力の標的化増強）は、プレｍＲＮＡスプライシングのアンチセンス媒介性調節を活用する新規の技術であり、タンパク質発現を増加させるために開発された。ＴＡＮＧＯは、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）による転写物の分解、または核内保持のいずれかにつながる天然に存在する非生産的スプライシングイベントを防止する。そうすることにより、ＴＡＮＧＯは生産的なｍＲＮＡの生成を増加させ、その結果、完全長の完全に機能的なタンパク質を増加させる。ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡｓｅｑ）データセットのバイオインフォマティクス解析を行って、非生産的イベントを特定した。タンパク質コード遺伝子の５０％超で非生産的なイベントが認められた。このうちおよそ２，９００件が疾患関連のものである。ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ予測を検証するため、様々なタイプのＮＭＤ誘導非生産的選択的スプライシング（ＡＳ）イベント（カセットエキソン、選択的スプライス部位、及び選択的イントロン）を代表する標的（例えば、ＰＫＤ２）を選択し、ＮＭＤを阻害することが知られている翻訳阻害剤のシクロヘキシミド（ＣＨＸ）で細胞を処置することにより、その存在量を定量化した。選択した標的のＲＴ－ＰＣＲ解析を実施し、ＤＭＳＯ処置細胞と比較して、ＣＨＸ処置を行った際の非生産的なｍＲＮＡの増加が観察された。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）は、３つのタイプのＮＭＤ誘導非生産的ＡＳイベントを標的化するように設計されており、ＴＡＮＧＯ ＡＳＯは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで用量依存的に生産的ｍＲＮＡとタンパク質を増加させるようにスプライシングを調節できるものと予想される。ＴＡＮＧＯの機構と整合して、ＡＳＯ媒介性上方調節のレベルは、標的化されたＮＭＤ誘導イベントの存在量に正比例することが観察されるものと予想される。さらに、ＰＫＤ２の非生産的なＡＳイベントを標的化するＴＡＮＧＯ ＡＳＯを野生型マウスに注射すると、生産的なｍＲＮＡ及びポリシスチン２の増加につながるものと予想される。ＴＡＮＧＯは天然に存在する非生産的なＡＳを活用するため、この新規のアプローチは、野生型またはハイポモルフアレルからの遺伝子発現を上方調節するために用いることができ、これは遺伝性疾患の治療にユニークな戦略をもたらす可能性がある。ＴＡＮＧＯは、遺伝性てんかんなどの常染色体優性ハプロ不全疾患の治療の開発に適用されている。野生型アレルからの発現を増加させるＴＡＮＧＯ ＡＳＯは、欠損タンパク質の生理的レベルを回復させるために使用することができる。
実施例１４： 転写物データベース及びＮＭＤジャンクションのラベリング：
[00362]アノテーション付き転写物をＧＥＮＣＯＤＥ（ｖ．２８）及びＲＥＦＳＥＱ（ＵＣＳＣ経由）からダウンロードする。各々のアノテーション付きエキソン間ジャンクションは、「コーディング」または「ＮＭＤ」と表示される。ジャンクションが「ｎｏｎｓｅｎｓｅ＿ｍｅｄｉａｔｅｄ＿ｄｅｃａｙ」（ＧＥＮＣＯＤＥ）または「ＮＲ」（ＲＥＦＳＥＱ）と表示された転写物にのみ排他的に認められる場合のみ、このジャンクションは「ＮＭＤ」と表示される。
ＲＮＡ－ｓｅｑライブラリープロセシング：
[00363]全てのＲＮＡ－ｓｅｑ試料を、ＳＴＡＲ１ｖ２．６．１ｂを用いてｈｇ３８ゲノム及び複合転写物データベースにアラインメントして、スプライスジャンクションカウントを生成する。
推定上のＮＭＤ誘導スプライシングイベントの特定及び定量化：
[00364]全ての試料をＳＵＰＰＡ２２にかけて、アノテーション付きの選択的スプライシングイベントを定義する。次に、各タイプの選択的スプライシングを表示及び定量化するために、以下のように異なるアプローチを使用する：
エキソン包含（ＥＩ）とエキソンスキッピング（ＥＳ）： 「スキップされたエキソン」イベントをＳＵＰＰＡから解析して、各イベントの包含及びスキッピングジャンクションを得る。スキッピングジャンクションが「ＮＭＤ」と表示されている場合、イベントは「ＥＳ＿ＮＭＤ」と表示される。包含ジャンクションのいずれかが「ＮＭＤ」と表示されている場合、イベントは「ＥＩ＿ＮＭＤ」と表示される。他の場合は、イベントは「カセットエキソン」と表示される。包含及びスキッピングジャンクションのカウントをＳＴＡＲの出力から取得し、これらのカウントを、同じ選択的スプライシングされたエキソンを共有する全てのイベントにわたり合計する。
包含の最終的なＰＳＩは次のように計算する：
Figure 2024507717000079
 包含イベントの場合、ΨＥＩ＿ＮＭＤ＝Ψとなる。
スキップイベントの場合、ΨＥＳ＿ＮＭＤ＝１－Ψとなる。
選択的３′及び５′スプライス部位（Ａ３及びＡ５）： Ａ３及びＡ５イベントをＳＵＰＰＡから解析して、各選択的イベントに対応するジャンクションを得る。長いまたは短いジャンクションのいずれかが「ＮＭＤ」と表示されている場合、ＮＭＤイベントが報告される。両方のジャンクションがＮＭＤを報告した場合、その領域内に複雑なスプライシングが存在する可能性があるため、報告されない。スプライスジャンクションカウントは、ＳＴＡＲ出力から取得される。ＰＳＩは以下のように報告される：
Figure 2024507717000080
 選択的イントロンイベント（ＡＩ）： 保持されたイントロンイベントをＳＵＰＰＡから解析して、選択的イントロンイベントのリストを得る。イベントジャンクションがＮＭＤと表示されている場合、ＡＩイベントはＮＭＤと表示される。ＰＳＩを計算するために、ＡＩが位置するエキソンの発現レベルを、その３′及び５′スプライス部位を使用する全てのジャンクション（ならびに同じＡＩイベントを含む他の全ての親エキソン）を合計することにより推定する。すると、ＡＩジャンクションの使用率は
Figure 2024507717000081
 の範囲に収まる。これは、ＡＩジャンクションの完全な使用（その結果、イントロン保持はなし）は、エキソンジャンクション及びＡＩジャンクションにおけるカウントが同様になることで達成されるためである（完全なイントロン保持の場合、ジャンクションのリード数は０になる）。Ψを計算するには、ジャンクションカウントを正規化してこの範囲が［０，１］になるようにする：
Figure 2024507717000082
疾患関連性のアノテーション：
[00365]Ｏｒｐｈａｄａｔａ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｏｒｐｈａｄａｔａ．ｏｒｇ）（Ｏｒｐｈａｎｅｔの公開データリポジトリ）からの遺伝子－疾患関連データをダウンロードする。全ての遺伝子記号エイリアスを網羅するようにアノテーションを拡張した。
実施例１５： シクロヘキシミド（ＣＨＸ）による処置、細胞培養、及び形質移入
[00366]非生産的なｍＲＮＡの存在量を測定するために、細胞を、ＤＭＳＯに溶解した５０μｇ／ｍｌのＣＨＸ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）と３時間インキュベートする。
[00367]例えば、１０％のＦＢＳを含むＥＭＥＭ中で細胞を成長させ、１×１０５個の細胞を２４ウェルプレートに播種し、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をメーカーの指示に従って用いて、最初のスクリーニングのために８０ｎＭのＡＳＯで、または１、５、２５ｎＭの選択したＡＳＯでリバーストランスフェクションを行う。形質移入から２４時間後にＲＮｅａｓｙ ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて全ＲＮＡを抽出し、ＩｍＰｒｏｍ－ＩＩ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いてｃＤＮＡを合成する。形質移入から４８時間後に、ＲＩＰＡ緩衝液（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）で全タンパク質を抽出する。
[00368]別の例としては、１０％のＦＢＳを含むＥＭＥＭ中でＨＥＫ２９３細胞を成長させ、７×１０５個の細胞を６ウェルプレートに播種し、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をメーカーの指示に従って用いて、３０、６０、及び１２０ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）でリバーストランスフェクションを行う。形質移入から２４時間後にＲＮｅａｓｙ ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて全ＲＮＡを抽出し、ＩｍＰｒｏｍ－ＩＩ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いてｃＤＮＡを合成する。形質移入から４８時間後に、ＲＩＰＡ緩衝液（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）で全タンパク質を抽出する。
[00369]別の例としては、１０％のＦＢＳを含むＤＭＥＭ中でＨｕｈ７細胞を成長させ、１×１０５個の細胞を１２ウェルプレートに播種し、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をメーカーの指示に従って用いて、５、２０、または８０ｎＭのＡＳＯでリバーストランスフェクションを行う。ＲＴ－ＰＣＲ解析のために、細胞を、形質移入から２１時間後にＤＭＳＯ中５０μｇ／ｍＬのＣＨＸ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）で３時間処置する。形質移入から２４時間後にＲＮｅａｓｙ ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて全ＲＮＡを抽出し、ＩｍＰｒｏｍ－ＩＩ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いてｃＤＮＡを合成する。形質移入から４８時間後に、ＲＩＰＡ緩衝液（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）で全タンパク質を抽出する。
[00370]別の例として、ＲｅＮｃｅｌｌ ＶＭ細胞を、ラミニンコートしたフラスコ（２Ｄ培養）上で２０ｎｇ／ｍＬのｂＦＧＦ及びＥＧＦを各々含有する完全ＮＳＣ培地中で、約９０％コンフルエントになるまで成長させる。次に、細胞をアキュターゼ処置によって剥離し、ＰＢＳで洗浄し、超低接着表面２４ウェルポリスチレンプレートに入った完全ＮＳＣ培地中で、ｇｙｍｎｏｔｉｃ（フリー）取込みのために３、８、２０μＭのＡＳＯとともに培養する。培地にＡＳＯを加えてから７２時間後にＲＮｅａｓｙ ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて全ＲＮＡを抽出し、ＩｍＰｒｏｍ－ＩＩ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いてｃＤＮＡを合成する。
実施例１６： ｑＰＣＲ及びＲＴ－ＰＣＲアッセイ
[00371]生産的なｍＲＮＡの発現解析のために、ＰＫＤ２に対しＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳＣ）を実施する。ＳＹＢＲ ｇｒｅｅｎ ｑＰＣＲまたはプローブベースｑＰＣＲを、ヒトＰＫＤ２に対し、フォワードプライマー、リバースプライマー、及びプローブを用いて実施する。サイクリング条件は、例えば、変性については９５℃で３０秒、アニーリングについては６０℃で３０秒、伸長については７２℃で６０秒で、３０サイクルとする。別の例では、サイクリング条件は、変性については９５℃で３０秒、アニーリングについては５５℃で３０秒、伸長については７２℃で３０秒で、２９サイクルとした。別の例では、サイクリング条件は、変性については９５℃で３０秒、アニーリングについては５５℃で３０秒、伸長については７２℃で７５秒で、２８サイクルとした。別の例では、サイクリング条件は、変性については９５℃で３０秒、アニーリングについては５６℃で３０秒、伸長については７２℃で７５秒とし、２８サイクルとした。ＰＣＲ産物を５％ポリアクリルアミドゲル上で分離し、Ｍｕｌｔｉ Ｇａｕｇｅ ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ ２．３で定量化する。
実施例１７： ウエスタンブロッティング
[00372]Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｓｓａｙ ｋｉｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を用いた比色アッセイにより、タンパク質抽出物を定量化する。
[00373]例えば、イムノブロッティングは、２５μｇのライセートで行われる。別の例としては、イムノブロッティングは、６０μｇのライセートで行われる。別の例としては、イムノブロッティングは、１２０μｇのライセートで行われる。別の例としては、イムノブロッティングは、３０μｇのライセートで行われる。一次抗体及び二次抗体を購入する。Ｔｙｐｈｏｏｎ ＲＬＡ ９０００ ｉｍａｇｅｒ（Ｇｅｎｅｒａｌ Ｅｌｅｃｔｒｉｃ）を用いてブロットをスキャンする。Ｍｕｌｔｉ Ｇａｕｇｅ ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ ２．３を用いてデンシトメトリー解析を行う。
実施例１８： フローサイトメトリー
[00374]細胞をＦＡＣＳ緩衝液中の培養プレートから引き上げる。細胞をＡＰＣ抗体（１：２５０）で染色する。１５，０００個の細胞からのデータをＧｕａｖａ Ｅａｓｙｃｙｔｅ １２ＨＴ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）フローサイトメーターで収集する。蛍光マイナス１を使用してポジティブゲートを決定する。
実施例１９： ＰＫＤ２エキソン領域及び５’ＵＴＲベクター化ＡＳＯウォーク
[00375]非生産的なＡＳイベントを防止し得るベクター化ＡＳＯを特定するために、系統的なベクター化ＡＳＯウォークを、関心対象となるＡＳイベントに沿って５－ｎｔまたは２－ｎｔステップで実施することができる。これらのベクター化ＡＳＯは、ＡＳＯ配列を標的指向配列として含有する修飾Ｕ１ ｓｎＲＮＡまたはＵ７ ｓｎＲＮＡとしてベクターから発現することができる。図５は、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡのＮＭＤエキソンＡＳイベントに沿った系統的なベクター化ＡＳＯウォークを示している。図６Ａ及び６Ｂは、ＰＫＤ２プレｍＲＮＡの選択的５’ｓｓ ＡＳイベントに沿った系統的なベクター化ＡＳＯウォークを示している。図１０は、ＰＫＤ２ ｍＲＮＡの５’ＵＴＲに沿った系統的なベクター化ＡＳＯウォークを示している。ベクター化ＡＳＯは、修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡとして発現する。形質移入細胞株からのＲＴ－ＰＣＲ解析により、ＰＫＤ２ ｍＲＮＡにおけるＡＳの低減と、生産的なｍＲＮＡの増加につながるいくつかのベクター化ＡＳＯを特定することができる。観察されたＰＫＤ２生産的ｍＲＮＡの増加は、ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲによって確認することができる。ＡＳの倍数変化を生産的なｍＲＮＡの増加（ｑＰＣＲ）に対しプロットして、ベクター化ＡＳＯが機構に従って機能していることを示すことができる。
[00376]本発明の好ましい実施形態が本明細書で示され説明されてきたが、このような実施形態が単に例として提供されていることは、当業者には明らかであろう。当業者には、本発明から逸脱することなく多数の変形形態、変化、及び置換えが想到されよう。本発明を実施する際には、本明細書に記載の本発明の実施形態に対する様々な代替物が用いられ得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義し、それにより、これらの請求項の範囲内の方法及び構造ならびにその等価物が網羅されることが意図されている。
例示的な実施形態Ｉ
[00377]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、それにより、薬剤が、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質がポリシスチン２であり、標的遺伝子がＰＫＤ２遺伝子である、方法である。
[00378]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行う方法であって、対象の細胞を薬剤または薬剤をコードするベクターに接触させることを含み、それにより、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質がポリシスチン２であり、標的遺伝子がＰＫＤ２遺伝子である、方法である。
[00379]いくつかの実施形態では、薬剤は、（ａ）プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである。
[00380]いくつかの実施形態では、薬剤は、標的化部分の領域へのＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を妨害する。
[00381]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの近位にある。
[00382]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの５’末端の最長で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[00383]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの５’末端の少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。
[00384]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの３’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00385]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの３’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[00386]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[00387]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。
[00388]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00389]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00390]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、プレｍＲＮＡの２つのカノニカルエキソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域はＮＭＤエキソンを含有する。
[00391]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンと少なくとも部分的に重複する。
[00392]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの上流または下流にあるイントロンと少なくとも部分的に重複する。
[00393]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、５’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションまたは３’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションを含む。
[00394]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソン内にある。
[00395]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。
[00396]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00397]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列を含む。
[00398]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00399]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
[00400]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
[00401]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続する核酸に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む。
[00402]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０内にある。
[00403]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０の上流または下流にある。
[00404]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０のエキソン－イントロンジャンクションを含む。
[00405]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、完全長ポリシスチン２または野生型ポリシスチン２である。
[00406]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である。
[00407]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、完全長野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である。
[00408]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を促進する。
[00409]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除は、対照細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00410]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルを増加させる。
[00411]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00412]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00413]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプレｍＲＮＡから発現する標的タンパク質のレベルは、対照細胞において生成された標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00414]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質の機能喪失変異によって誘導される。
[00415]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象は、機能的な標的タンパク質をコードする第１のアレルと、標的タンパク質が生成されないもしくは低減したレベルで生成される第２のアレル、または非機能的な標的タンパク質もしくは部分的に機能的な標的タンパク質をコードする第２のアレルとを有する。
[00416] いくつかの実施形態では、疾患または状態は、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される。
[00417]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象は、コードする第１のアレルであって、第１のアレルから（ｉ）標的タンパク質が生成されない、もしくは野生型アレルと比較して低減したレベルで生成される、または（ｉｉ）生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して非機能的である、もしくは部分的に機能的である、第１のアレルと、第２のアレルであって、第２のアレルから（ｉｉｉ）標的タンパク質が、野生型アレルと比較して低減したレベルで生成され、生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して少なくとも部分的に機能的である、または（ｉｖ）生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して部分的に機能的である、第２のアレルとを有する。
[00418]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される。
[00419]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00420]いくつかの実施形態では、薬剤は、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を阻害する。
[00421]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除は、対照細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍減少する。
[00422]いくつかの実施形態では、薬剤は細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルを減少させる。
[00423]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍減少する。
[00424]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる。
[00425]いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプレｍＲＮＡから発現する標的タンパク質のレベルは、対照細胞において生成された標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍減少する。
[00426]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質における機能獲得変異によって誘導される。
[00427]いくつかの実施形態では、対象は、標的タンパク質が増加したレベルで生成されるアレル、または細胞内で増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する。
[00428]いくつかの実施形態では、薬剤は、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる。
[00429]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。
[00430]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。
[00431]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。
[00432]いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。
[00433]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる。
[00434]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、プレｍＲＮＡの標的化部分に対し少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
[00435]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。
[00436]いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
[00437]いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。
[00438]いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。
[00439]いくつかの実施形態では、細胞はｅｘ ｖｉｖｏである。
[00440]いくつかの実施形態では、薬剤は、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与される。
[00441]いくつかの実施形態では、この方法は、第２の治療剤を対象に投与することをさらに含む。
[00442]いくつかの実施形態では、第２の治療剤は小分子である。
[00443]いくつかの実施形態では、第２の治療剤はアンチセンスオリゴマーである。
[00444]いくつかの実施形態では、第２の治療剤は、イントロン保持を補正する。
[00445]いくつかの実施形態では、この方法は、疾患または状態を治療する。
[00446]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、プレｍＲＮＡ内の標的モチーフと相互作用して、プロセシングｍＲＮＡ転写物からのＮＳＥの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物中のカノニカルエキソンの包含を調節する、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤を含む組成物であって、標的モチーフが、（ｉ）２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域、（ｉｉ）２つのカノニカルエキソンのうちの一方、または（ｉｉｉ）イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置し、ＮＳＥが、（ａ）カノニカルエキソンの一部のみ、または（ｂ）カノニカルエキソン及びカノニカルエキソンに隣接するイントロンの少なくとも一部を含み、ＮＳＥ調節剤が、プレｍＲＮＡ転写物からのＮＳＥの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節する、組成物である。
[00447]いくつかの実施形態では、ＮＳＥ調節剤は、プレｍＲＮＡ転写物からのＮＳＥの排除を促進し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を促進する。
[00448]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡ転写物は標的タンパク質をコードし、ＮＳＥ調節剤は、プレｍＲＮＡを含有する細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00449]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00450]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、プレｍＲＮＡ内の標的モチーフと相互作用して、プレｍＲＮＡの選択的５’または３’スプライス部位におけるスプライシングを調節し、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節する、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的５’または３’スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤を含む組成物であって、標的モチーフが、（ｉ）２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域、（ｉｉ）２つのカノニカルエキソンのうちの一方、または（ｉｉｉ）イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置し、プレｍＲＮＡの選択的５’または３’スプライス部位におけるスプライシングを調節することが、プレｍＲＮＡ転写物からのエキソンの排除を調節し、エキソンが、（ａ）カノニカルエキソンの一部のみ、または（ｂ）カノニカルエキソン及びカノニカルエキソンに隣接するイントロンの少なくとも一部を含み、ＮＳＡＳＳ調節剤が、プレｍＲＮＡ転写物からのエキソンの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節する、組成物である。
[00451]いくつかの実施形態では、ＮＳＡＳＳ調節剤は、プレｍＲＮＡ転写物からの選択的５’または３’スプライス部位におけるスプライシングから生じるエキソンの排除を促進し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を促進する。
[00452]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡ転写物は標的タンパク質をコードし、ＮＳＡＳＳ調節剤は、プレｍＲＮＡを含有する細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00453]いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＰＫＤ２からなる群より選択される。
[00454]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤を含む組成物であって、プレｍＲＮＡが、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の上流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の下流及びイントロン内に選択的５’スプライス部位を含む選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンを含み、ＮＳＥ調節剤が、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、細胞における標的細胞の発現を調節する、組成物である。
[00455]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はＰＫＤ２である。
[00456]いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00457]いくつかの実施形態では、選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンは、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の上流及びカノニカルエキソン内に選択的５’スプライス部位を含む。
[00458]いくつかの実施形態では、選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンは、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の下流及びイントロン内に選択的５’スプライス部位を含む。
[00459]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的５’または３’スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤を含む組成物であって、プレｍＲＮＡが、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の上流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の下流及びイントロン内に選択的５’スプライス部位を含むエキソンを含み、ＮＳＡＳＳ調節剤が、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、細胞における標的タンパク質の発現を調節する、組成物である。
[00460]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00461]いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00462]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の上流及びカノニカルエキソン内に選択的５’スプライス部位を含むエキソンを含む。
[00463]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の下流及びイントロン内に選択的５’スプライス部位を含むエキソンを含む。
[00464]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤を含む組成物であって、プレｍＲＮＡが、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の下流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の上流及びイントロン内に選択的３’スプライス部位を含む選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンを含み、ＮＳＥ調節剤が、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、細胞における標的細胞の発現を調節する、組成物である。
[00465]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00466]いくつかの実施形態では、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00467]いくつかの実施形態では、選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンは、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の下流及びカノニカルエキソン内に選択的３’スプライス部位を含む。
[00468]いくつかの実施形態では、選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）エキソンは、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の上流及びイントロン内に選択的３’スプライス部位を含む。
[00469]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的５’または３’スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤を含む組成物であって、プレｍＲＮＡが、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の下流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の上流及びイントロン内に選択的３’スプライス部位を含むエキソンを含み、ＮＳＡＳＳ調節剤が、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、細胞における標的タンパク質の発現を調節する、組成物である。
[00470]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00471]いくつかの実施形態では、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00472]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の下流及びカノニカルエキソン内に選択的３’スプライス部位を含むエキソンを含む。
[00473]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の上流及びイントロン内に選択的３’スプライス部位を含むエキソンを含む。
[00474]いくつかの実施形態では、薬剤は小分子である。
[00475]いくつかの実施形態では、薬剤はポリペプチドである。
[00476]いくつかの実施形態では、ポリペプチドは核酸結合タンパク質である。
[00477]いくつかの実施形態では、核酸結合タンパク質は、ＴＡＬ－エフェクターまたはジンクフィンガー結合ドメインを含有する。
[00478]いくつかの実施形態では、核酸結合タンパク質はＣａｓファミリータンパク質である。
[00479]いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、１つまたは複数の核酸分子を伴うか、またはそれらと複合体化する。
[00480]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である。
[00481]いくつかの実施形態では、薬剤は、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡの標的化領域に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
[00482]いくつかの実施形態では、薬剤は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。
[00483]いくつかの実施形態では、薬剤は、ホスホロジアミデートモルホリノを含む。
[00484]いくつかの実施形態では、薬剤は、ロックド核酸を含む。
[00485]いくつかの実施形態では、薬剤は、ペプチド核酸を含む。
[00486]いくつかの実施形態では、薬剤は、２’－Ｏ－メチルを含む。
[00487]いくつかの実施形態では、薬剤は、２’－フルオロまたは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。
[00488]いくつかの実施形態では、薬剤は、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。
[00489]いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。
[00490]いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマーであり、薬剤は、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる。
[00491]本明細書に記載されるのは、ある特定の実施形態では、本明細書で提供される組成物による薬剤をコードする核酸分子を含む組成物である。
[00492]いくつかの実施形態では、核酸分子は、ウイルス送達系に組み込まれる。
[00493]いくつかの実施形態では、ウイルス送達系はアデノウイルス関連ベクターである。
[00494]本明細書では、ある特定の実施形態では、タンパク質発現を調節する方法であって、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤をプレｍＲＮＡ内の標的モチーフに接触させることを含み、ＮＳＥが、（ｉ）カノニカルエキソンの一部のみ、または（ｉｉ）カノニカルエキソン及び当該カノニカルエキソンに隣接するイントロンの少なくとも一部を含み、プレｍＲＮＡがプロセシングされて、プロセシングｍＲＮＡ転写物を形成し、ＮＳＥ調節剤が、プレｍＲＮＡ転写物からのＮＳＥの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物が翻訳され、ＮＳＥの排除及びカノニカルエキソンの包含が、カノニカルエキソンの代わりにＮＳＥを含む同等のｍＲＮＡ転写物の標的タンパク質発現と比較して、標的タンパク質発現を調節する、方法である。
[00495]いくつかの実施形態では、標的モチーフは、２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域に位置する。
[00496]いくつかの実施形態では、標的モチーフは、２つのカノニカルエキソンのうちの一方に位置する。
[00497]いくつかの実施形態では、標的モチーフは、イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置する。
[00498]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00499]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを有する細胞によって行う方法であって、プレｍＲＮＡが、カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の下流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに先行するイントロンを基準として３’スプライス部位の上流及びイントロン内に選択的３’スプライス部位を含む選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンを含み、当該方法が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤を細胞に接触させることを含み、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤が、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、標的細胞の発現を調節する、方法である。
[00500]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00501]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを有する細胞によって行う方法であって、プレｍＲＮＡが、カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の上流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の下流及びイントロン内に選択的５’スプライス部位を含む選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンを含み、当該方法が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤を細胞に接触させることを含み、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤が、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、標的細胞の発現を調節する、方法である。
[00502]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00503]いくつかの実施形態では、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤は、プレｍＲＮＡの標的化部分に結合する。
[00504]いくつかの実施形態では、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤は、ＮＳＥまたはＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子に結合する。
[00505]いくつかの実施形態では、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤は、ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の活性を阻害する。
[00506]いくつかの実施形態では、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤は、プレｍＲＮＡの標的化部分の領域に対するＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を妨害する。
[00507]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡのスプライシングの調節は、標的タンパク質の発現を増加させる。
[00508]いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00509]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡのスプライシングの調節は、標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの生成を増加させる。
[00510]いくつかの実施形態では、治療剤と接触させた細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00511]いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、タンパク質のカノニカルアイソフォームである。
[00512]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00513]いくつかの実施形態では、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤は、本明細書で提供される組成物である。
[00514]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書で提供される組成物を含む治療剤と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物である。
[00515]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、対象に、それを必要とする対象に対する本明細書で提供される医薬組成物を投与することを含む、方法である。
[00516]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、（ａ）プレｍＲＮＡ内の標的モチーフと相互作用して、プロセシングｍＲＮＡ転写物からのＮＳＥの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節する、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤であって、
[00517]ＮＳＥが、（ｉ）カノニカルエキソンの一部のみ、または（ｉｉ）カノニカルエキソン及びカノニカルエキソンに隣接するイントロンの少なくとも一部を含む、ＮＳＥ調節剤と、（ｂ）薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物を対象に投与することを含み、疾患または状態が、ＮＳＥ調節剤の投与により、プロセシングｍＲＮＡ転写物から翻訳される標的タンパク質の発現を調節することにより、対象において治療または予防される、方法である。
[00518]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00519]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行う方法であって、対象の細胞が、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを有し、プレｍＲＮＡが、（ａ）カノニカルエキソンの５’末端に隣接するカノニカルイントロンが先行するカノニカルエキソンと、（ｂ）カノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の下流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに先行するイントロンを基準としてカノニカル３’スプライス部位の上流及びカノニカルイントロン内に選択的３’スプライス部位を含む、選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導（ＮＭＤ）エキソンとを含み、当該方法が、治療剤を細胞に接触させることを含み、治療剤が、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的３’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節する、方法である。
[00520]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00521]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行う方法であって、対象の細胞が、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを有し、プレｍＲＮＡが、（ａ）カノニカルエキソンの３’末端に隣接するカノニカルイントロンが続くカノニカルエキソンと、（ｂ）カノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の上流及びカノニカルエキソン内、またはカノニカルエキソンに続くイントロンを基準としてカノニカル５’スプライス部位の下流及びカノニカルイントロン内に選択的５’スプライス部位を含む、選択的ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）エキソンとを含み、当該方法が、治療剤を細胞に接触させることを含み、治療剤が、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡからのｍＲＮＡ転写物のプロセシングを調節し、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節する、方法である。
[00522]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。
[00523]いくつかの実施形態では、疾患は、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤である。
[00524]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質の量または活性の欠損によって引き起こされる。
[00525]いくつかの実施形態では、治療剤は、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルを増加させる。
[00526]いくつかの実施形態では、治療剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。
[00527]いくつかの実施形態では、治療剤と接触させた細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00528]いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00529]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。
[00530]いくつかの実施形態では、この方法は、疾患に関連する少なくとも１つの遺伝子変異について対象のゲノムを評価することをさらに含む。
[00531]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、疾患に関連する遺伝子の座位内にある。
[00532]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、疾患に関連する遺伝子の発現に関連する座位内にある。
[00533]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ２座位内にある。
[00534]いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ２遺伝子発現に関連する座位内にある。
[00535]いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
[00536]いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。
[00537]いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。
[00538]いくつかの実施形態では、細胞（単数または複数）は、ｅｘ ｖｉｖｏ、または組織、またはｅｘ ｖｉｖｏの器官にある。
[00539]いくつかの実施形態では、治療剤は、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、対象に投与される。
[00540]いくつかの実施形態では、この方法は、疾患または状態を治療する。
[00541]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書で提供される方法で使用するための治療剤である。
[00542]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書で提供される治療剤と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物である。
[00543]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、本明細書で提供される医薬組成物を、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、対象に投与することを含む、方法である。
[00544]いくつかの実施形態では、この方法は、対象を治療する。
[00545]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的遺伝子から転写されるプレｍＲＮＡ内の標的モチーフと相互作用して、プロセシングｍＲＮＡ転写物からのＮＳＡＥの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節する、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構エキソン（ＮＳＥ）調節剤または当該薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物であって、標的モチーフが、（ｉ）２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域、（ｉｉ）２つのカノニカルエキソンのうちの一方、または（ｉｉｉ）イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置し、ＮＳＡＥが、（ａ）カノニカルエキソンの一部のみ、または（ｂ）カノニカルエキソン及びカノニカルエキソンに隣接するイントロンの少なくとも一部を含み、ＮＳＡＥ調節剤が、プロセシングｍＲＮＡ転写物からのＮＳＡＥの排除を調節し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２遺伝子である、組成物である。
[00546]いくつかの実施形態では、ＮＳＡＥ調節剤は、プロセシングｍＲＮＡ転写物からのＮＳＡＥの排除を促進し、プロセシングｍＲＮＡ転写物におけるカノニカルエキソンの包含を促進する。
[00547]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡ転写物は標的タンパク質をコードし、ＮＳＡＥ調節剤は、プレｍＲＮＡを含有する細胞における標的タンパク質の発現を増加させ、ここで、標的タンパク質はＰＫＤ２である。
例示的な実施形態ＩＩ
[00548]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、それにより、薬剤が、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、方法である。
[00549]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行う方法であって、薬剤または薬剤をコードするベクターを対象の細胞に接触させることを含み、それにより、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、方法である。
[00550]いくつかの実施形態では、標的タンパク質はポリシスチン２である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン１の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２が機能的に増強、補填、置換、または機能的に相互作用するタンパク質の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。
[00551]いくつかの実施形態では、薬剤は、（ａ）プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を妨害する。
[00552]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの近位にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの５’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの５’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの３’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの３’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[00553]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。
[00554]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、プレｍＲＮＡの２つのカノニカルエキソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域はＮＭＤエキソンを含有する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンと少なくとも部分的に重複する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、５’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションまたは３’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションを含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソン内にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＮＭＤエキソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。
[00555]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡは、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、表２または表３に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、ＡＳＯは、表４に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個の連続する核酸に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０内にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０の上流または下流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０のエキソン－イントロンジャンクションを含む。
[00556]いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、完全長ポリシスチン２または野生型ポリシスチン２である。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２は、野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である。いくつかの実施形態では、プロセシングｍＲＮＡから発現されるポリシスチン２は、完全長野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である。
[00557]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を促進し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされ、ＮＭＤエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節する。いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除は、対照細胞におけるプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、この方法は、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞におけるプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00558]いくつかの実施形態では、ＮＭＤエキソンは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的遺伝子または標的タンパク質における機能喪失変異と関連する。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的遺伝子のハプロ不全に関連し、対象は、機能的なポリシスチン２をコードする第１のアレルと、ポリシスチン２が生成されないもしくは低減したレベルで生成される第２のアレル、または非機能的なポリシスチン２もしくは部分的に機能的なポリシスチン２をコードする第２のアレルとを有する。いくつかの実施形態では、一方または両方のアレルは、ハイポモルフまたは部分的に機能的である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ＰＫＤ１遺伝子またはＰＫＤ２遺伝子の変異に関連し、対象は、コードする第１のアレルであって、第１のアレルから（ｉ）標的タンパク質が生成されない、もしくは野生型アレルと比較して低減したレベルで生成される、または（ｉｉ）生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して非機能的である、もしくは部分的に機能的である、第１のアレルと、第２のアレルであって、第２のアレルから（ｉｉｉ）標的タンパク質が、野生型アレルと比較して低減したレベルで生成され、生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して少なくとも部分的に機能的である、または（ｉｖ）生成される標的タンパク質が、野生型アレルと比較して部分的に機能的である、第２のアレルとを有する。
[00559]いくつかの実施形態では、疾患または状態は、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、変異はハイポモルフ変異である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ＰＫＤ２遺伝子の変異に関連する。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ＰＫＤ１遺伝子の変異に関連する。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン２と相互作用するポリシスチン１の領域における変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を妨害する変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を弱める変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を低減する変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を遮断する変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン２と相互作用するポリシスチン１の領域における変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を妨害する変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を弱める変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を低減する変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を遮断する変異である。
[00560]いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンの排除を促進することにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされＮＭＤエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、アンチセンスオリゴマーは、プレｍＲＮＡの標的化部分に対し少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
[00561]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のプロセシングｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。いくつかの実施形態では、細胞はｅｘ ｖｉｖｏである。いくつかの実施形態では、薬剤は、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、第２の治療剤を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の治療剤は小分子である。いくつかの実施形態では、第２の治療剤はアンチセンスオリゴマーである。いくつかの実施形態では、第２の治療剤は、イントロン保持を補正する。いくつかの実施形態では、この方法は、疾患または状態を治療する。
[00562]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤または薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、プレｍＲＮＡを有する細胞における標的タンパク質の発現を調節し、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、組成物である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、薬剤または薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからのＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、疾患または状態の治療を、それを必要とする対象において、プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行い、標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、組成物である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物であって、薬剤が、標的遺伝子から転写され標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞における標的タンパク質の発現を調節し、プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２である、組成物である。
[00563]いくつかの実施形態では、薬剤は、カノニカル５’スプライス部位におけるスプライシングを防止するか、または減少させることにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節する。いくつかの実施形態では、薬剤は、カノニカル５’スプライス部位におけるスプライシングを促進または増加させることにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節する。いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節することは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。
[00564]いくつかの実施形態では、薬剤は小分子である。いくつかの実施形態では、薬剤はポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは核酸結合タンパク質である。いくつかの実施形態では、核酸結合タンパク質は、ＴＡＬ－エフェクターまたはジンクフィンガー結合ドメインを含有する。いくつかの実施形態では、核酸結合タンパク質はＣａｓファミリータンパク質である。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、１つまたは複数の核酸分子を伴うか、またはそれらと複合体化する。いくつかの実施形態では、薬剤は、プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である。いくつかの実施形態では、薬剤は、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡの標的化領域に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、ホスホロジアミデートモルホリノを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、ロックド核酸を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、ペプチド核酸を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、２’－Ｏ－メチルを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、２’－フルオロまたは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。いくつかの実施形態では、薬剤はアンチセンスオリゴマーであり、薬剤は、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる。
[00565]本明細書に記載されるのは、ある特定の実施形態では、本明細書に記載の組成物による薬剤をコードする核酸分子を含む組成物である。いくつかの実施形態では、核酸分子は、ウイルス送達系に組み込まれる。いくつかの実施形態では、ウイルス送達系はアデノウイルス関連ベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはアデノウイルス関連ウイルスベクターである。
[00566]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写され前記標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う方法であって、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または薬剤をコードするウイルスベクターを細胞に接触させることを含み、プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、それにより標的タンパク質の発現を調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２である、方法である。
[00567]いくつかの実施形態では、薬剤は、（ａ）プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）選択的５’スプライス部位におけるスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである。いくつかの実施形態では、薬剤は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングに関与する因子と標的化部分の領域との結合を妨害する。
[00568]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位の近位にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[00569]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある。
[00570]いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、カノニカル５’スプライス部位と選択的５’スプライス部位との間の領域に位置する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域に位置する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位と少なくとも部分的に重複する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位の上流または下流にある領域と少なくとも部分的に重複する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域内にある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングによって拡張されたエキソン領域の約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域に位置する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、２つのカノニカルエキソンの一方に位置する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡの標的化部分は、イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置する。
[00571]いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡのスプライシングの調節は、標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの生成を増加させる。いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00572]いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、タンパク質のカノニカルアイソフォームである。いくつかの実施形態では、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡは、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む。いくつかの実施形態では、ＮＳＡＳＳ調節剤は、本明細書に記載の組成物である。
[00573]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物である。
[00574]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、対象に、それを必要とする対象に対する医薬組成物を投与することを含み、当該医薬組成物が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または当該薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物を含み、当該薬剤が、標的遺伝子から転写され標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞における標的タンパク質の発現を調節し、プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、選択的５’スプライス部位におけるプレｍＲＮＡのスプライシングが、選択的スプライシングされたｍＲＮＡのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構をもたらし、当該薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、標的遺伝子がＰＫＤ２である、前記組成物と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、方法である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、方法である。
[00575]いくつかの実施形態では、疾患は、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン１の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、ポリシスチン２が機能的に増強、補填、置換、または機能的に相互作用するタンパク質の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質の量または活性の欠損によって引き起こされる。
[00576]いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルを増加させる。いくつかの実施形態では、薬剤と接触させた細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態では、薬剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。
[00577]いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、疾患に関連する少なくとも１つの遺伝子変異について対象のゲノムを評価することをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、疾患に関連する遺伝子の座位内にある。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、疾患に関連する遺伝子の発現に関連する座位内にある。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ２座位内にある。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ１座位内にある。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子変異は、ＰＫＤ２遺伝子発現に関連する座位内にある。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン２と相互作用するポリシスチン１の領域における変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を妨害する変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を弱める変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を低減する変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を遮断する変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン２と相互作用するポリシスチン１の領域における変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を妨害する変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を弱める変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を低減する変異である。いくつかの実施形態では、ＰＫＤ１における変異は、ポリシスチン１及びポリシスチン２の間の相互作用を遮断する変異である。
[00578]いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。いくつかの実施形態では、細胞（単数または複数）は、ｅｘ ｖｉｖｏ、または組織、またはｅｘ ｖｉｖｏの器官にある。いくつかの実施形態では、薬剤は、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、対象に投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、疾患または状態を治療する。
[00579]ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の方法で使用するための治療剤である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、本明細書に記載の治療剤と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、対象に投与することを含む、方法である。いくつかの実施形態では、この方法は、対象を治療する。

Claims (184)

  1. 標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または前記薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることを含み、それにより、前記薬剤が、前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記細胞における前記標的タンパク質の前記発現を調節し、前記標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、前記方法。
  2. 疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において、前記対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行う方法であって、薬剤または前記薬剤をコードするベクターを前記対象の前記細胞に接触させることを含み、それにより、前記薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記対象の前記細胞における前記標的タンパク質の発現を調節し、前記標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、前記方法。
  3. 前記標的タンパク質がポリシスチン２である、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記疾患または前記状態が、ポリシスチン２の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である、請求項２に記載の方法。
  5. 前記疾患または前記状態が、ポリシスチン１の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である、請求項２に記載の方法。
  6. 前記疾患または前記状態が、ポリシスチン２が機能的に増強、補填、置換、または機能的に相互作用するタンパク質の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である、請求項３に記載の方法。
  7. 前記薬剤が、
    （ａ）前記プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、
    （ｂ）前記ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または
    （ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
  8. 前記薬剤が、前記ＮＭＤエキソンのスプライシングに関与する前記因子の結合を妨害する、請求項７に記載の方法。
  9. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの近位にある、請求項７に記載の方法。
  10. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの５’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、請求項７に記載の方法。
  11. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの５’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、請求項７に記載の方法。
  12. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの３’末端から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、請求項７に記載の方法。
  13. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの３’末端から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、請求項７に記載の方法。
  14. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、請求項７に記載の方法。
  15. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、請求項７に記載の方法。
  16. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、請求項７に記載の方法。
  17. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１１４０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、請求項７に記載の方法。
  18. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記プレｍＲＮＡの２つのカノニカルエキソン領域の間のイントロン領域に位置し、前記イントロン領域が前記ＮＭＤエキソンを含有する、請求項７に記載の方法。
  19. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンと少なくとも部分的に重複する、請求項７に記載の方法。
  20. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの上流または下流にあるイントロンと少なくとも部分的に重複する、請求項７に記載の方法。
  21. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、５’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションまたは３’ＮＭＤエキソン－イントロンジャンクションを含む、請求項７に記載の方法。
  22. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソン内にある、請求項７に記載の方法。
  23. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記ＮＭＤエキソンの約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
  24. 前記ＮＭＤエキソンが、表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～２３のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記ＮＭＤエキソンが、表３に列挙された配列からなる群より選択される配列を含む、請求項１～２３のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記プレｍＲＮＡが、表３に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項７に記載の方法。
  27. 前記プレｍＲＮＡが、表２に列挙された配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項７に記載の方法。
  28. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、表３に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続する核酸を含む領域に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項７に記載の方法。
  29. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記ＡＳＯが、表４または表５に列挙された配列からなる群より選択される配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、または１８個の連続する核酸に対し少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項７に記載の方法。
  30. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０内にある、請求項７に記載の方法。
  31. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５－８８０３１１４０の上流または下流にある、請求項７に記載の方法。
  32. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソンＧＲＣｈ３８／ ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３１０８５ ８８０３１１４０のエキソン－イントロンジャンクションを含む、請求項７に記載の方法。
  33. 前記プロセシングｍＲＮＡから発現する前記ポリシスチン２が、完全長ポリシスチン２または野生型ポリシスチン２である、請求項３に記載の方法。
  34. 前記プロセシングｍＲＮＡから発現する前記ポリシスチン２が、野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である、請求項３に記載の方法。
  35. 前記プロセシングｍＲＮＡから発現するポリシスチン２が、完全長野生型ポリシスチン２と比較して少なくとも部分的に機能的である、請求項３に記載の方法。
  36. 前記薬剤が、前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンの排除を促進し、それにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされ前記ＮＭＤエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節する、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
  37. 前記薬剤と接触させた前記細胞における前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンの前記排除が、対照細胞における前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンの排除と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記方法が、前記細胞における前記プロセシングｍＲＮＡのレベルの増加をもたらす、請求項１～３７のいずれか１項に記載の方法。
  39. 前記薬剤と接触させた前記細胞における前記プロセシングｍＲＮＡのレベルが、対照細胞における前記プロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記薬剤が、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させる、請求項１～３７のいずれか１項に記載の方法。
  41. 前記標的タンパク質のレベルが、対照細胞における前記標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記ＮＭＤエキソンが早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む、請求項１～４１のいずれか１項に記載の方法。
  43. 前記疾患または前記状態が、前記標的遺伝子または前記標的タンパク質における機能喪失変異に関連する、請求項２に記載の方法。
  44. 前記疾患または前記状態が、前記標的遺伝子のハプロ不全に関連し、前記対象が、機能的なポリシスチン２をコードする第１のアレルと、ポリシスチン２が生成されないもしくは低減したレベルで生成される第２のアレル、または非機能的なポリシスチン２もしくは部分的に機能的なポリシスチン２をコードする第２のアレルとを有する、請求項４３に記載の方法。
  45. 一方または両方のアレルが、ハイポモルフまたは部分的に機能的である、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記疾患または前記状態が、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される、請求項２または４４に記載の方法。
  47. 前記疾患または前記状態が、ＰＫＤ１遺伝子またはＰＫＤ２遺伝子の変異に関連し、前記対象が、第１のアレルであって、前記第１のアレルから
    （ｉ）前記標的タンパク質が、生成されない、もしくは野生型アレルと比較して低減したレベルで生成される、または
    （ｉｉ）生成される前記標的タンパク質が、非機能的である、もしくは野生型アレルと比較して部分的に機能的である、前記第１のアレルと、
    第２のアレルであって、前記第２のアレルから
    （ｉｉｉ）前記標的タンパク質が、野生型アレルと比較して低減したレベルで生成され、生成される前記標的タンパク質が、野生型アレルと比較して少なくとも部分的に機能的である、または
    （ｉｖ）生成される前記標的タンパク質が、野生型アレルと比較して部分的に機能的である、前記第２のアレルとを有する、請求項２または４３に記載の方法。
  48. 前記疾患または前記状態が、多発性肝嚢胞を伴うまたは伴わない多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、及び頭蓋内動脈瘤からなる群より選択される、請求項４７に記載の方法。
  49. 前記変異がハイポモルフ変異である、請求項４７に記載の方法。
  50. 前記疾患または前記状態が、ＰＫＤ２遺伝子の変異に関連する、請求項４７に記載の方法。
  51. 前記疾患または前記状態が、ＰＫＤ１遺伝子の変異に関連する、請求項４７に記載の方法。
  52. 前記薬剤が、前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンの排除を促進することにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされ前記ＮＭＤエキソンを欠くプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させる、請求項４３に記載の方法。
  53. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む、請求項１または２に記載の方法。
  54. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む、請求項１または２に記載の方法。
  55. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記アンチセンスオリゴマーが、少なくとも１つの修飾糖部分を含む、請求項１または２に記載の方法。
  56. 各糖部分が、修飾糖部分である、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記アンチセンスオリゴマーが、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる、請求項１または２に記載の方法。
  58. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記アンチセンスオリゴマーが、前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分に対し少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項７に記載の方法。
  59. 前記薬剤をコードするベクターを前記細胞に接触させることを含む、請求項１または２に記載の方法。
  60. 前記薬剤が、アンチセンスオリゴマーを含むポリヌクレオチドである、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記ベクターがウイルスベクターである、請求項５９に記載の方法。
  62. 前記ウイルスベクターがアデノウイルス関連ウイルスベクターである、請求項６１に記載の組成物。
  63. 前記ポリヌクレオチドが、修飾ｓｎＲＮＡをさらに含む、請求項５９に記載の方法。
  64. 前記修飾ヒトｓｎＲＮＡが、修飾Ｕ１ ｓｎＲＮＡまたは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡである、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記修飾ヒトｓｎＲＮＡが修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡであり、前記アンチセンスオリゴマーが、表４または表５に列挙された配列に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を有する、請求項６３に記載の方法。
  66. 前記方法が、前記標的タンパク質のプロセシングｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
  67. 前記対象がヒトである、請求項２に記載の方法。
  68. 前記対象が非ヒト動物である、請求項２に記載の方法。
  69. 前記対象が、胎児、胚、または小児である、請求項２に記載の方法。
  70. 前記細胞がｅｘ ｖｉｖｏである、請求項１または２に記載の方法。
  71. 前記薬剤が、前記対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内注射、または静脈内注射によって投与される、請求項２に記載の方法。
  72. 前記方法が、第２の治療剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
  73. 前記第２の治療剤が小分子である、請求項７２に記載の方法。
  74. 前記第２の治療剤がアンチセンスオリゴマーである、請求項７２に記載の方法。
  75. 前記第２の治療剤が、イントロン保持を補正する、請求項７２に記載の方法。
  76. ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または前記薬剤をコードするウイルスベクターを、前記細胞に接触させることをさらに含み、前記プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流にある選択的５’スプライス部位を含み、前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、前記薬剤が、前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、それにより前記標的タンパク質の発現を調節し、前記標的遺伝子がＰＫＤ２である、請求項１～７５のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記方法が、前記疾患または前記状態を治療する、請求項１～７６のいずれか１項に記載の方法。
  78. 薬剤または前記薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記プレｍＲＮＡを有する細胞における標的タンパク質の発現を調節し、前記標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、前記組成物。
  79. 薬剤または薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、標的遺伝子から転写されナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含むプレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、疾患または状態の治療を、それを必要とする対象において、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって行い、前記標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、前記組成物。
  80. 請求項７８～７９のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物。
  81. ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または前記薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、標的遺伝子から転写され前記標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞における標的タンパク質の発現を調節し、前記プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、前記薬剤が、前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、前記標的遺伝子がＰＫＤ２である、前記組成物。
  82. 前記薬剤が、前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを防止するか、または減少させることにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節する、請求項８１に記載の組成物。
  83. 前記薬剤が、前記カノニカル５’スプライス部位におけるスプライシングを促進するか、または増加させることにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節する、請求項８１または８２に記載の組成物。
  84. 前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングを調節することが、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させる、請求項８１に記載の組成物。
  85. 前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングによって生成される前記プロセシングｍＲＮＡが、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む、請求項８１～８４のいずれか１項に記載の組成物。
  86. 前記薬剤が小分子である、請求項８１～８５のいずれか１項に記載の組成物。
  87. 前記薬剤がポリペプチドである、請求項８１～８５のいずれか１項に記載の組成物。
  88. 前記ポリペプチドが核酸結合タンパク質である、請求項８７に記載の組成物。
  89. 前記核酸結合タンパク質が、ＴＡＬ－エフェクターまたはジンクフィンガー結合ドメインを含有する、請求項８８に記載の組成物。
  90. 前記核酸結合タンパク質がＣａｓファミリータンパク質である、請求項８８に記載の組成物。
  91. 前記ポリペプチドが、１つまたは複数の核酸分子を伴う、またはそれらと複合体化されている、請求項８８に記載の組成物。
  92. 前記薬剤が、前記プレｍＲＮＡの標的化領域に対し相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である、請求項８１～８５のいずれか１項に記載の組成物。
  93. 前記薬剤が、前記標的タンパク質をコードする前記プレｍＲＮＡの前記標的化領域に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項９２に記載の組成物。
  94. 前記薬剤が、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む主鎖修飾を含む、請求項９２または９３に記載の組成物。
  95. 前記薬剤がホスホロジアミデートモルホリノを含む、請求項９２～９４のいずれか１項に記載の組成物。
  96. 前記薬剤がロックド核酸を含む、請求項９２～９５のいずれか１項に記載の組成物。
  97. 前記薬剤がペプチド核酸を含む、請求項９２～９６のいずれか１項に記載の組成物。
  98. 前記薬剤が２’－Ｏ－メチルを含む、請求項９２～９６のいずれか１項に記載の組成物。
  99. 前記薬剤が、２’－フルオロまたは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む、請求項９２～９８のいずれか１項に記載の組成物。
  100. 前記薬剤が、少なくとも１つの修飾糖部分を含む、請求項９２～９９のいずれか１項に記載の組成物。
  101. 各糖部分が修飾糖部分である、請求項１００に記載の組成物。
  102. 前記薬剤がアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であり、前記薬剤が、８～５０個の核酸塩基、８～４０個の核酸塩基、８～３５個の核酸塩基、８～３０個の核酸塩基、８～２５個の核酸塩基、８～２０個の核酸塩基、８～１５個の核酸塩基、９～５０個の核酸塩基、９～４０個の核酸塩基、９～３５個の核酸塩基、９～３０個の核酸塩基、９～２５個の核酸塩基、９～２０個の核酸塩基、９～１５個の核酸塩基、１０～５０個の核酸塩基、１０～４０個の核酸塩基、１０～３５個の核酸塩基、１０～３０個の核酸塩基、１０～２５個の核酸塩基、１０～２０個の核酸塩基、１０～１５個の核酸塩基、１１～５０個の核酸塩基、１１～４０個の核酸塩基、１１～３５個の核酸塩基、１１～３０個の核酸塩基、１１～２５個の核酸塩基、１１～２０個の核酸塩基、１１～１５個の核酸塩基、１２～５０個の核酸塩基、１２～４０個の核酸塩基、１２～３５個の核酸塩基、１２～３０個の核酸塩基、１２～２５個の核酸塩基、１２～２０個の核酸塩基、または１２～１５個の核酸塩基からなる、請求項８１～８５または９２～１０１のいずれか１項に記載の方法、
  103. 前記組成物が、前記薬剤をコードするベクターを含む、請求項７８、７９、及び８１のいずれか１項に記載の組成物。
  104. 前記薬剤が、アンチセンスオリゴマーを含むポリヌクレオチドである、請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記ベクターがウイルスベクターである、請求項１０３に記載の方法。
  106. 前記ウイルスベクターがアデノウイルス関連ウイルスベクターである、請求項１０５に記載の組成物。
  107. 前記ポリヌクレオチドが修飾ｓｎＲＮＡをさらに含む、請求項１０３に記載の組成物。
  108. 前記修飾ヒトｓｎＲＮＡが、修飾Ｕ１ ｓｎＲＮＡまたは修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡである、請求項１０７に記載の組成物。
  109. 前記修飾ヒトｓｎＲＮＡが修飾Ｕ７ ｓｎＲＮＡであり、前記アンチセンスオリゴマーが、表４または表５に列挙された配列に対し少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を有する、請求項１０７に記載の組成物。
  110. 請求項８１～８５または８７～１０９のいずれか１項に記載の組成物による薬剤をコードする核酸分子を含む、組成物。
  111. 前記核酸分子が、ウイルス送達系に組み込まれる、請求項１１０に記載の組成物。
  112. 前記ウイルス送達系がアデノウイルス関連ベクターである、請求項１１１に記載の組成物。
  113. 前記ウイルスベクターがアデノウイルス関連ウイルスベクターである、請求項８１に記載の組成物。
  114. 標的タンパク質の発現の調節を、標的遺伝子から転写され前記標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞において行う方法であって、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または前記薬剤をコードするウイルスベクターを前記細胞に接触させることを含み、前記プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、前記薬剤が、前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、それにより前記標的タンパク質の発現を調節し、
    前記標的遺伝子がＰＫＤ２である、前記方法。
  115. 前記薬剤が、
    （ａ）前記プレｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、
    （ｂ）前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングに関与する因子の結合を調節するか、または
    （ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである、請求項１１４に記載の方法。
  116. 前記薬剤が、選択的５’スプライス部位におけるスプライシングに関与する前記因子と前記標的化部分の領域との結合を妨害する、請求項１１５に記載の方法。
  117. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位の近位にある、請求項１１５～１１６のいずれか１項に記載の方法。
  118. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  119. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  120. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  121. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  122. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４ ８８０３６４８０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド上流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  123. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド上流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  124. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から最大で約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド下流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  125. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８：ｃｈｒ４：８８０３６４８０のゲノム部位から少なくとも約１５００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約７０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約５ヌクレオチド、約４ヌクレオチド、約２ヌクレオチド、約１ヌクレオチド下流にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  126. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記カノニカル５’スプライス部位と前記選択的５’スプライス部位との間の領域に位置する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  127. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位における前記スプライシングによって拡張されたエキソン領域に位置する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  128. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位と少なくとも部分的に重複する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  129. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位の上流または下流にある領域と少なくとも部分的に重複する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  130. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位における前記スプライシングによって拡張されたエキソン領域内にある、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  131. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記選択的５’スプライス部位における前記スプライシングによって拡張されたエキソン領域の約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の連続するヌクレオチドを含む、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  132. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、２つのカノニカルエキソン間のイントロン領域に位置する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  133. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、２つのカノニカルエキソンの一方に位置する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  134. 前記プレｍＲＮＡの前記標的化部分が、イントロン及びカノニカルエキソンの両方にまたがる領域に位置する、請求項１１５～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  135. 前記細胞における前記標的タンパク質のレベルが、対照細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項１１４に記載の方法。
  136. 前記プレｍＲＮＡのスプライシングの調節が、前記標的タンパク質をコードする前記プロセシングｍＲＮＡの生成を増加させる、請求項１１４～１３５のいずれか１項に記載の方法。
  137. 前記薬剤と接触させた前記細胞における前記標的タンパク質をコードする前記プロセシングｍＲＮＡのレベルが、対照細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項１３６に記載の方法。
  138. 前記標的タンパク質が、前記タンパク質のカノニカルアイソフォームである、請求項１１４～１３７のいずれか１項に記載の方法。
  139. 前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングによって生成される前記プロセシングｍＲＮＡが、早期終止コドン（ＰＴＣ）を含む、請求項１１４～１３８のいずれか１項に記載の組成物。
  140. 前記方法が、第２の薬剤または前記第２の薬剤をコードするベクターを細胞に接触させることをさらに含み、前記プレｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含み、それにより、前記第２の薬剤が、前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を調節し、前記標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、請求項１１４～１３９のいずれか１項に記載の方法。
  141. 前記ＮＳＡＳＳ調節剤が、請求項８１～１１３のいずれか１項に記載の組成物である、請求項１１４～１４０のいずれか１項に記載の方法。
  142. 請求項８１～１１３のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤及び／または送達ビヒクルとを含む、医薬組成物。
  143. 疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、前記方法が、前記対象に、それを必要とする対象に対する医薬組成物を投与することを含み、前記医薬組成物が、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構選択的スプライス部位（ＮＳＡＳＳ）調節剤または前記薬剤をコードするウイルスベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、標的遺伝子から転写され標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡを含む細胞における前記標的タンパク質の発現を調節し、
    前記プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングが、前記選択的スプライシングされたｍＲＮＡのナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構をもたらし、前記薬剤が、前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、前記標的遺伝子がＰＫＤ２である、前記組成物と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、前記方法。
  144. 疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、請求項８１に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  145. 前記疾患が、多発性肝嚢胞を伴うもしくは伴わない多発性嚢胞腎多発性嚢胞腎、常染色体優性多発性嚢胞腎、または頭蓋内動脈瘤である、請求項１４３～１４４のいずれか１項に記載の方法。
  146. 前記疾患または前記状態が、ポリシスチン２の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である、請求項１４３～１４４のいずれか１項に記載の方法。
  147. 前記疾患または前記状態が、ポリシスチン１の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である、請求項１４３～１４４のいずれか１項に記載の方法。
  148. 前記疾患または前記状態が、ポリシスチン２が機能的に増強、補填、置換、または機能的に相互作用するタンパク質の量または活性の欠損に関連する疾患または状態である、請求項１４３～１４４のいずれか１項に記載の方法。
  149. 前記疾患または前記状態が、前記標的タンパク質の量または活性の欠損によって引き起こされる、請求項１４３～１４８のいずれか１項に記載の方法。
  150. 前記薬剤が、前記細胞における前記標的タンパク質をコードする前記プロセシングｍＲＮＡのレベルを増加させる、請求項１４３～１４９のいずれか１項に記載の方法。
  151. 前記薬剤と接触させた前記細胞における前記標的タンパク質をコードする前記プロセシングｍＲＮＡのレベルが、対照細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項１５０に記載の方法。
  152. 前記薬剤が、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させる、請求項１４３～１５１のいずれか１項に記載の方法。
  153. 前記細胞における前記標的タンパク質のレベルが、対照細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項１５２に記載の方法。
  154. 前記方法が、前記標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む、請求項１４３～１５３のいずれか１項に記載の方法。
  155. 前記方法が、前記疾患に関連する少なくとも１つの遺伝子変異について前記対象のゲノムを評価することをさらに含む、請求項１４３～１５４のいずれか１項に記載の方法。
  156. 少なくとも１つの遺伝子変異が、前記疾患に関連する遺伝子の座位内にある、請求項１５５に記載の方法。
  157. 少なくとも１つの遺伝子変異が、前記疾患に関連する遺伝子の発現に関連する座位内にある、請求項１５５に記載の方法。
  158. 少なくとも１つの遺伝子変異が、前記ＰＫＤ２遺伝子の座位内にある、請求項１５５に記載の方法。
  159. 少なくとも１つの遺伝子変異が、前記ＰＫＤ１遺伝子の座位内にある、請求項１５５に記載の方法。
  160. 少なくとも１つの遺伝子変異が、ＰＫＤ２遺伝子発現に関連する座位内にある、請求項１５５に記載の方法。
  161. 前記対象がヒトである、請求項１４３～１６０のいずれか１項に記載の方法。
  162. 前記対象が非ヒト動物である、請求項１４３～１６０のいずれか１項に記載の方法。
  163. 前記対象が、胎児、胚、または小児である、請求項１４３～１６０のいずれか１項に記載の方法。
  164. 前記細胞（単数または複数）が、ｅｘ ｖｉｖｏ、または組織、またはｅｘ ｖｉｖｏの器官にある、請求項１４３～１６３のいずれか１項に記載の方法。
  165. 前記薬剤が、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、前記対象に投与される、請求項１４３～１６４のいずれか１項に記載の方法。
  166. 前記方法が、前記疾患または前記状態を治療する、請求項１４３～１６５のいずれか１項に記載の方法。
  167. 請求項１４３～１６６のいずれか１項に記載の方法で使用するための、治療剤。
  168. 請求項１６７に記載の治療剤と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
  169. 疾患または状態の治療またはその発症の可能性の低減を、それを必要とする対象において行う方法であって、請求項１６８に記載の医薬組成物を、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、前記対象に投与することを含む、前記方法。
  170. 前記方法が、前記対象を治療する、請求項１６９に記載の方法。
  171. 標的タンパク質の発現の増加を、前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、（１）第１の薬剤または前記第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または前記第２の薬剤をコードする第２の核酸配列を、前記細胞に送達することを含み、
    前記プレｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構誘導エキソン（ＮＭＤエキソン）を含み、それにより、前記第１の薬剤が、前記プレｍＲＮＡからの前記ＮＭＤエキソンのスプライシングを調節し、それにより、前記プレｍＲＮＡからプロセシングされるプロセシングｍＲＮＡのレベルを調節し、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を調節し、
    前記プレｍＲＮＡが、カノニカル５’スプライス部位の下流に選択的５’スプライス部位を含み、前記選択的５’スプライス部位における前記プレｍＲＮＡのスプライシングによって生成されるプロセシングｍＲＮＡが、ナンセンス変異依存ＲＮＡ分解機構に供され、前記第２の薬剤が、前記選択的５’スプライス部位におけるスプライシングを調節することにより、前記プレｍＲＮＡのプロセシングを調節し、それにより、前記標的タンパク質の発現を調節し、
    前記標的タンパク質が、ＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、前記方法。
  172. 薬剤または前記薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有するアンチセンスオリゴマーを含む、前記組成物。
  173. 薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を含むポリ核酸を含む、前記組成物。
  174. ポリシスチン２タンパク質の発現の増加を、前記ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、前記プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または前記薬剤をコードするベクターを前記細胞に接触させることを含み、前記薬剤が前記翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、前記細胞における前記ポリシスチン２タンパク質の発現を増加させる、前記方法。
  175. ポリシスチン２タンパク質の発現の増加を、前記ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、前記プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、薬剤または前記薬剤をコードするベクターを前記細胞に接触させることを含み、前記薬剤が、（ａ）前記プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）前記翻訳調節エレメントと前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せであり、それにより、前記細胞における前記ポリシスチン２タンパク質の発現を増加させる、前記方法。
  176. 細胞におけるポリシスチン２タンパク質の発現を調節する方法であって、薬剤または前記薬剤をコードするベクターを前記細胞に接触させることを含み、前記薬剤が、表４または表５の配列からなる群より選択される配列に対し少なくとも８０％の配列同一性を有するアンチセンスオリゴマーを含む、前記方法。
  177. 薬剤を含む組成物であって、前記薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するアンチセンスオリゴマーを含み、前記プロセシングｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドを含む、または前記プロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲ内にある、前記組成物。
  178. 薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合する配列を含むポリ核酸を含み、前記プロセシングｍＲＮＡの前記標的化部分が、前記プロセシングｍＲＮＡの主な開始コドンの少なくとも１つのヌクレオチドを含むか、または前記プロセシングｍＲＮＡの５’ＵＴＲ内にある、前記組成物。
  179. 薬剤を含む組成物であって、前記薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、前記ポリシスチン２タンパク質の発現を増加させ、前記翻訳調節エレメントが、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する、前記組成物。
  180. 薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、ポリシスチン２タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡの翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、前記ポリシスチン２タンパク質の発現を増加させ、前記翻訳調節エレメントが、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する、前記組成物。
  181. 薬剤を含む組成物であって、前記薬剤が、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡの翻訳を増加させ、前記プロセシングｍＲＮＡが、ポリシスチン２タンパク質をコードし、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含み、前記薬剤が、前記翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度を増加させ、前記薬剤が、（ａ）前記プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）前記翻訳調節エレメントと前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである、前記組成物。
  182. 薬剤をコードするベクターを含む組成物であって、前記薬剤が、細胞におけるプロセシングｍＲＮＡの翻訳を増加させ、前記プロセシングｍＲＮＡが、ポリシスチン２タンパク質をコードし、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含み、前記薬剤が、前記翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳効率及び／または翻訳速度を増加させ、前記薬剤が、（ａ）前記プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）前記翻訳調節エレメントと前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せである、前記組成物。
  183. 標的タンパク質の発現の増加を、前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、前記プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、前記方法が、前記細胞に、（１）第１の薬剤または前記第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または前記第２の薬剤をコードする第２の核酸配列を送達することを含み、前記第１の薬剤が、前記標的タンパク質をコードする標的遺伝子から転写されるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節し、前記第２の薬剤が、前記標的タンパク質をコードする前記プロセシングｍＲＮＡの前記翻訳調節エレメントの構造を調節し、それにより、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させ、前記標的タンパク質がポリシスチン２である、前記方法。
  184. 標的タンパク質の発現の増加を、前記標的タンパク質をコードするプロセシングｍＲＮＡであって、前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳を阻害する翻訳調節エレメントを含む、前記プロセシングｍＲＮＡを有する細胞において行う方法であって、前記方法が、前記細胞に、（１）第１の薬剤または前記第１の薬剤をコードする第１の核酸配列、及び（２）第２の薬剤または前記第２の薬剤をコードする第２の核酸配列を送達することを含み、前記第１の薬剤が、前記標的タンパク質をコードする標的遺伝子から転写されるプレｍＲＮＡのスプライシングを調節し、前記第２の薬剤が、（ａ）前記プロセシングｍＲＮＡの標的化部分に結合するか、（ｂ）前記翻訳調節エレメントと前記プロセシングｍＲＮＡの翻訳に関与する因子との相互作用を調節するか、または（ｃ）（ａ）と（ｂ）との組合せであり、それにより、前記細胞における前記標的タンパク質の発現を増加させ、前記標的タンパク質がポリシスチン２である、前記方法。
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