KR20230150973A

KR20230150973A - 폴리시스틴 발현과 관련된 병태 및 질환의 치료용 조성물

Info

Publication number: KR20230150973A
Application number: KR1020237029596A
Authority: KR
Inventors: 이사벨 아즈나레즈; 제이콥 알버트 카흐
Original assignee: 스톡 테라퓨틱스, 인크.
Priority date: 2021-02-03
Filing date: 2022-02-03
Publication date: 2023-10-31
Also published as: CN117413061A; WO2022169947A3; WO2022169947A2; AR124809A1; CA3207341A1; JP2024507717A; US20240117353A1; AU2022215577A1; TW202242113A; EP4288543A2; BR112023015636A2

Abstract

유전자의 대체 스플라이싱 이벤트는 비정상적인 단백질 발현을 초래할 수 있는 비-생산적인 mRNA 전사체로 이어질 수 있으며, 유전자의 대체 스플라이싱 이벤트를 표적으로 할 수 있는 치료제는 환자의 기능성 단백질의 발현 수준을 조절하고/하거나 비정상적인 단백질 발현을 억제할 수 있다. 이러한 치료제는 단백질 결핍에 의해 야기된 병태 또는 질환을 치료하는 데 사용될 수 있다.

Description

폴리시스틴 발현과 관련된 병태 및 질환의 치료용 조성물

상호 참조

본 출원은 2021년 2월 3일에 출원된 미국 가출원 제63/145,288호의 이익을 주장하며, 전체 내용이 참조로 본원에 포함된다.

서열 목록

본 출원은 ASCII 형식으로 전자적으로 제출된 서열 목록을 포함하며, 이는 전체 내용이 참고로 포함된다. 2022년 3월 11일에 생성된 해당 ASCII 복사본의 이름은 47991-732_601_SL.txt이고 크기는 331,023바이트이다.

유전자의 대체 스플라이싱 이벤트(alternative splicing event)는 비정상적인 단백질 발현을 초래할 수 있는 비-생산적인 mRNA 전사체로 이어질 수 있으며, 유전자의 대체 스플라이싱 이벤트를 표적으로 할 수 있는 치료제는 환자의 기능성 단백질의 발현 수준을 조절하고/하거나 비정상적인 단백질 발현을 억제할 수 있다. 이러한 치료제는 단백질 결핍에 의해 야기된 병태 또는 질환을 치료하는 데 사용될 수 있다.

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)을 포함하는 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 제제 또는 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시켜, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하는 단계, 및 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 단계를 포함한다.

특정 구현예에서, 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 제제 또는 제제를 인코딩하는 벡터를 대상체의 세포에 접촉시켜, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터의 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절 단계, 및 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 1의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2가 기능적으로 증강, 보상, 대체 또는 기능적으로 상호작용하는 단백질의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다.

일부 구현예에서, 제제는 (a) 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다.

일부 구현예에서, 제제는 NMD 엑손의 표적화 부분의 영역에 대한 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 방해한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손에 근접한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 5' 말단의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 5' 5' 말단의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 3' 말단 다운스트림의 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 3' 말단 다운스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위 다운스트림의 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위 다운스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 프리-mRNA의 2개의 정규 엑손 영역 사이의 인트론 영역에 위치하고, 인트론 영역은 NMD 엑손을 함유한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손과 적어도 부분적으로 중첩된다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 업스트림 또는 다운스트림 인트론과 적어도 부분적으로 중첩된다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 5' NMD 엑손-인트론 접합부 또는 3' NMD 엑손-인트론 접합부를 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손 내에 있다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 그 초과 개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.

일부 구현예에서, NMD 엑손은 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 90% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, NMD 엑손은 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 유전자 서열에 의해 인코딩된다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, ASO는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 또는 18개의 연속 핵산에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성인 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140 내에 있다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140의 업스트림 또는 다운스트림이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140의 엑손-인트론 접합부를 포함한다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 전장 폴리시스틴 2 또는 야생형 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 야생형 폴리시스틴 2에 비해 적어도 부분적으로 기능적이다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 전장 야생형 폴리시스틴 2에 비해 적어도 부분적으로 기능적이다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 NMD 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절한다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제는 대조군 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제에 비해 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다.

일부 구현예에서, 방법은 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다.

일부 구현예에서, 제제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 생산된 표적 단백질의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다.

일부 구현예에서, NMD 엑손을 함유하는 프로세싱된 mRNA는 조기 종결 코돈(PTC)을 포함한다. 일부 구현예에서, 조기 종결 코돈(PTC)은 NMD 엑손의 다운스트림이다. 일부 구현예에서, NMD 엑손은 조기 종결 코돈(PTC)을 포함한다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 유전자 또는 표적 단백질의 기능 상실 돌연변이와 연관된다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 유전자의 반가불충분성과 연관되고, 대상체는 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제1 대립유전자 및 폴리시스틴 2가 생산되지 않거나 감소된 수준으로 생산되는 제2 대립유전자, 또는 비기능성 폴리시스틴 2 또는 부분적 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제2 대립유전자를 가지고 있다.

일부 구현예에서, 하나 또는 둘 모두의 대립유전자는 하이포모르프이거나 부분적으로 기능적이다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 및 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 PKD1 또는 PKD2 유전자의 돌연변이와 연관되며, 여기서 대상체는 제 (i) 표적 단백질은 생산되지 않거나 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되거나; 또는 (ii) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 비기능적이거나 부분적으로 기능적인 제1 대립유전자 인코딩, 및 (iii) 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되고 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 적어도 부분적으로 기능적임; 또는 (iv) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 부분적으로 기능적인 제2 대립유전자를 갖는다.

일부 구현예에서, 돌연변이는 하이포모르픽 돌연변이이다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 NMD 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 세포의 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고 안티센스 올리고머는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 포스포로디아미데이트 모폴리노, 잠금 핵산, 펩티드 핵산, 2'-O-메틸, 2'-플루오로, 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고 안티센스 올리고머는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함한다.

일부 구현예에서, 각각의 당 모이어티는 변형된 당 모이어티이다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어진다.

일부 구현예에서, 제제가 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 프리-mRNA의 표적화 부분에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보적이다.

일부 구현예에서, 방법은 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 것을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머를 포함하는 폴리뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 벡터는 바이러스 벡터이다.

일부 구현예에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 연관 바이러스 벡터이다.

일부 구현예에서, 폴리뉴클레오티드는 변형된 snRNA를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 변형된 인간 snRNA는 변형된 U1 snRNA 또는 변형된 U7 snRNA이다.

일부 구현예에서, 변형된 인간 snRNA는 변형된 U7 snRNA이고 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5에 열거된 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, 표적 단백질의 프로세싱된 mRNA 수준 또는 발현 수준을 평가하는 것을 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.

한 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다.

일부 구현예에서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동이다.

일부 구현예에서, 세포는 생체 외의 것이다.

일부 구현예에서, 제제는 대상체의 척수강내 주사, 뇌실심내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사, 유리체내 또는 정맥내 주사에 의해 투여된다.

일부 구현예에서, 방법은 대상체에게 제2 치료제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.

특정 구현예에서, 제2 치료제는 소분자이다.

일부 구현예에서, 제2 치료제는 안티센스 올리고머이다.

일부 구현예에서, 제2 치료제는 인트론 체류를 수정한다.

일부 구현예에서, 방법은 질환 또는 병태를 치료한다.

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고, 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 조성물이 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요한 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하는, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 조성물이 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 조성물; 및 약제학적으로 허용되는 부형제 및/또는 전달 비히클을 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 넌센스 매개된 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2이다.

일부 구현예에서, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 방지하거나 감소시킴으로써 프리-RNA의 프로세싱을 조절한다.

일부 구현예에서, 제제는 정규 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 촉진하거나 증가시킴으로써 프리-RNA의 프로세싱을 조절한다.

일부 구현예에서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하는 것은 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산된 프로세싱된 mRNA는 조기 종결 코돈(PTC)을 포함한다.

다양한 구현예에서, 제제는 소분자이다.

일부 구현예에서, 제제는 폴리펩티드이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 핵산 결합 단백질이다.

일부 구현예에서, 핵산 결합 단백질은 TAL-이펙터 또는 징크 핑거 결합 도메인을 함유한다.

일부 구현예에서, 핵산 결합 단백질은 Cas 계열 단백질이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 하나 이상의 핵산 분자와 동반되거나 복합화된다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적인 안티센스 올리고머(ASO)이다.

일부 구현예에서, 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA의 표적화 영역에 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보적이다.

일부 구현예에서, 제제는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 포스포로디아미데이트 모폴리노를 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 잠금 핵산을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 펩티드 핵산을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 2'-O-메틸을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 2'-플루오로 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머이고, 여기서 제제는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어진다.

일부 구현예에서, 조성물은 제제를 인코딩하는 벡터를 포함한다.

일부 구현예에서, 벡터는 바이러스 벡터이다.

특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 조성물에 따른 제제를 인코딩하는 핵산 분자를 포함하는 조성물이 본원에 기재된다.

일부 구현예에서, 핵산 분자는 바이러스 전달 시스템에 통합된다.

일부 구현예에서, 바이러스 전달 시스템은 아데노바이러스 연관 벡터이다.

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되고, 상기 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 세포에 접촉시키는 것을 포함하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 표적 유전자는 PKD2이다.

일부 구현예에서, 제제는 (a) 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다.

일부 구현예에서, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 관여하는 인자가 표적화 부분의 영역에 결합하는 것을 방해한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에 근접한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4 88036480의 게놈 부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480의 게놈 부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480의 게놈 부위의 다운스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480의 게놈 부위의 다운스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 정규 5' 스플라이스-부위와 대체 5' 스플라이스-부위 사이의 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위와 적어도 부분적으로 중첩된다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림 또는 다운스트림 영역과 적어도 부분적으로 중첩된다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역 내에 있다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역의 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 그 초과 개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 2개의 정규 엑손 중 하나에 위치한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 및 정규 엑손 모두에 걸쳐 있는 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 세포 내 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 스플라이싱의 조정은 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 생산을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 단백질의 정규 동형이다.

일부 구현예에서, NSASS 조절제는 본원에 기재된 바와 같은 조성물이다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 감소가 필요한 대상체에게 약제학적 조성물을 투여하는 것을 포함하고, 약제학적 조성물은 넌센스 매개된 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터로서, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱은 대안적으로 스플라이싱된 mRNA의 넌센스 매개된 RNA 붕괴를 초래하고, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2인, 바이러스 벡터 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함한다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 본원에 기재된 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 질환은 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 또는 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 단백질의 결핍된 양 또는 활성에 의해 야기된다.

일부 구현예에서, 제제는 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 표적 단백질의 mRNA 수준 또는 발현 수준을 평가하는 것을 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 방법은 질환과 연관된 적어도 하나의 유전적 돌연변이에 대해 대상체의 게놈을 평가하는 것을 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 질환과 연관된 유전자의 유전자좌 내에 있다.

일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 질환과 연관된 유전자의 발현과 연관된 유전자좌 내에 있다.

일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD2 유전자 좌 내에 있다.

일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD2 유전자 발현과 연관된 유전자좌 내에 있다.

일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.

한 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다.

일부 구현예에서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동이다.

일부 구현예에서, 세포 또는 세포들은 생체외, 또는 생체외 조직 또는 기관에 있다.

일부 구현예에서, 제제는 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 투여된다.

일부 구현예에서, 방법은 질환 또는 병태를 치료한다.

특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 방법에 사용하기 위한 치료제가 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 치료제 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되고, 방법은 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 본원에 기재된 약제학적 조성물을 투여하는 것을 포함한다.

일부 구현예에서, 방법은 대상체를 치료한다.

특정 구현예에서, 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키는 방법이 본원에 기재되고, 방ㅂ1ㅓㅂ은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 것을 포함하며, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시킨다.

특정 구현예에서, 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키는 방법이 본원에 기재되었고, 방법은 제제 또는 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 단계, 이로써 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가하는 단계를 포함하며, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다.

특정 구현예에서, 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되고, 방법은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 것을 포함하며, 제제는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 안티센스 올리고머를 포함한다.

특정 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 안티센스 올리고머를 포함한다.

특정 구현예에서, 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 다핵산을 포함한다.

특정 구현예에서, 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하는 안티센스 올리고머를 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 5' UTR 내에 있다.

특정 구현예에서, 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하는 서열을 포함하는 다핵산을 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 5' UTR 내에 있다.

특정 구현예에서, 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키고, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제한다.

특정 구현예에서, 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키고, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제한다.

특정 구현예에서, 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 세포에서 프로세싱된 mRNA의 번역을 증가시키고, 프로세싱된 mRNA는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하고, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 번역 효율성 및/또는 프로세싱된 mRNA의 번역 속도를 증가시키고, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다.

특정 구현예에서, 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 세포에서 프로세싱된 mRNA의 번역을 증가시키고, 프로세싱된 mRNA는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하고, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 번역 효율성 및/또는 프로세싱된 mRNA의 번역 속도를 증가시키고, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 방법이 본 명세서 기재되고, 방법은 세포 내로 (1) 제1 제제 또는 이 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 이 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열을 전달하는 단계 및 이로써 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 단계를 포함하며, 제1 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 표적 유전자로부터 전사되는 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하고, 제2 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 조절 요소의 구조를 조절하며, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 방법이 본 명세서 기재되고, 방법은 세포 내로 (1) 제1 제제 또는 이 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 이 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열을 전달하는 단계, 이로써 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 단계를 포함하며, 제1 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 표적 유전자로부터 전사되는 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하고, 제2 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하는 제2 제제; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이며, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다. 일부 구현예에서, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절한다. 일부 구현예에서, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 5' 비번역 영역(5' UTR)에 있다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 5' UTR의 적어도 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드와의 염기쌍 형성을 수반하는 이차 mRNA 구조를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드와의 염기쌍 형성을 억제한다. 일부 구현예에서, mRNA 이차 구조는 스템, 스템 루프, 구아닌 사중체, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 주요 시작 코돈에 결합하지 않는다. 일부 구현예에서, 제제는 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드에 결합한다. 일부 구현예에서, 제제는 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함하는 이차 mRNA 구조의 형성을 억제하거나 감소시킨다. 일부 구현예에서, 제제는 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드와 프로세싱된 mRNA의 또 다른 뉴클레오티드과의 염기쌍 형성을 억제하거나 감시시킬 수 있고, 임의로 또 다른 뉴클레오티드는 프로세싱된 mRNA의 5' UTR의 또 다른 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 업스트림 열린 해독틀(uORF)의 적어도 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 uORF의 적어도 일부를 수반하는 이차 mRNA 구조의 형성을 촉진한다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 업스트림 시작 코돈을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 업스트림 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드와의 염기쌍 형성을 수반하는 이차 mRNA 구조의 형성을 촉진한다. 일부 구현예에서, 제제는 업스트림 시작 코돈에 결합하지 않는다. 일부 구현예에서, 제제는 업스트림 시작 코돈에 결합한다. 일부 구현예에서, 제제는 업스트림 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함하는 이차 mRNA 구조의 형성을 촉진하거나 증가시킨다. 일부 구현예에서, 제제는 업스트림 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드와 프로세싱된 mRNA의 또 다른 뉴클레오티드와의 염기쌍 형성을 촉진하거나 증가시키고, 임의로 또 다른 뉴클레오티드는 프로세싱된 mRNA의 5' UTR의 또 다른 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 G 풍부 서열에 의해 형성된 구아닌 사중체를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 구아닌 사중체의 형성을 억제한다. 일부 구현예에서, G 풍부 서열은 프로세싱된 mRNA의 5' 비번역 영역(5' UTR)의 적어도 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, G 풍부 서열은 프로세싱된 mRNA의 5' 비번역 영역(5' UTR)에 존재한다. 일부 구현예에서, G 풍부 서열은 식 Gx-N1-7-Gx-N1-7-Gx-N1-7-Gx(서열번호: 227)에 따른 서열을 포함하며, 여기서 x ≥ 3이고 N은 A, C, G 또는 U이다. 일부 구현예에서, G 풍부 서열은 서열 GGGAGCCGGGCUGGGGCUCACACGGGGG(서열번호: 228)를 포함한다. 일부 구현예에서, Gx 서열의 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두는 구조화되거나, 이차 구조로 존재하거나, 또 다른 뉴클레오티드와 염기 쌍을 이루며, 임의로 또 다른 뉴클레오티드는 C 또는 U이다. 일부 구현예에서, 제제는 구아닌 사중체를 완화하거나, 변형을 촉진하거나, 형성을 억제 또는 감소시킨다. 일부 구현예에서, 제제는 구아닌 사중체의 Gx 서열 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두의 염기쌍 형성 또는 구조를 완화하거나, 변형을 촉진하거나, 억제 또는 감소시킨다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 5' UTR 내에 있다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 표 3의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8개의 연속 뉴클레오티드에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈으로부터 바로 다운스트림인 코돈의 업스트림에 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 업스트림에 있는 적어도 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 150, 160, 180, 또는 200개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 주요 시작 코돈의 업스트림에 있는 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 150, 160, 180, 200, 또는 220개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA는 표 3의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머를 포함한다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도를 억제함으로써 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제한다. 일부 구현예에서, 제제는 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도를 증가시킴으로써 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 약 100% 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 약 100% 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 제제는 프로세싱된 mRNA의 번역을 조절하는 하나 이상의 인자의 결합을 조절한다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 포스포로디아미데이트 모폴리노, 잠금 핵산, 펩티드 핵산, 2'-O-메틸 모이어티, 2'-플루오로 모이어티, 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 당 모이어티는 변형된 당 모이어티이다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어진다. 일부 구현예에서, 벡터는 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 벡터, 아데노 연관 바이러스 (AAV) 벡터, 렌티바이러스 벡터, 단순 포진 바이러스 (HSV) 바이러스 벡터, 또는 레트로바이러스 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 세포 침투 펩티드를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머에 접합된 세포 침투 펩티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 포스포로디아미데이트 모폴리노 올리고머이다. 일부 구현예에서, 제제는 유전자 편집 분자 또는 게놈 편집 분자를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 (i) 프로세싱된 mRNA 전사체, (ii) 프로세싱된 mRNA 전사체가 프로세싱된 프리-mRNA, 또는 (iii) 프리-mRNA를 인코딩하는 유전자의 표적 모티프에 결합하는 다핵산 폴리머를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 편집 분자는 CRISPR-Cas9 또는 이의 기능성 등가물, 및/또는 (i) 프로세싱된 mRNA 전사체, (ii) 프로세싱된 mRNA 전사체가 프로세싱된 프리-mRNA, 또는 (iii) 프리-mRNA를 인코딩하는 유전자의 표적 모티프에 결합하는 다핵산 폴리머를 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 모티프에 결합하는 다핵산 폴리머는 가이드 RNA(gRNA)를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 세포에서 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도가 증가된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉된 세포에서 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도는 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉하지 않은 대조군 세포에서 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도에 비해 증가된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉한 세포에서 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도는 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉하지 않은 대조군 세포에서 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도와 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉한 세포에서 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 효율 및/또는 번역 속도는 제제의 부재와 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉된 세포에서 발현된 폴리시스틴 2 단백질의 수준은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉하지 않은 대조군 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 수준과 비교하여 증가된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉된 세포에서 발현되는 폴리시스틴 2 단백질의 수준은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉하지 않은 대조군 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터와 접촉된 세포에서 발현되는 폴리시스틴 2 단백질의 수준은 제제의 부재와 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 번역된 폴리시스틴 2 단백질은 기능성 폴리시스틴 2 단백질이다. 일부 구현예에서, 폴리시스틴 2 단백질은 완전히 기능적이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 번역된 폴리시스틴 2 단백질은 야생형 폴리시스틴 2 단백질이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 번역된 폴리시스틴 2 단백질은 전장 폴리시스틴 2 단백질이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사체는 돌연변이체 프로세싱된 mRNA 전사체이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사체는 돌연변이체 프로세싱된 mRNA 전사체가 아니다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA는 돌연변이체 프리-mRNA인 프리-mRNA로부터 프로세싱된다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA는 돌연변이체 프리-mRNA가 아닌 프리-mRNA로부터 프로세싱된다. 일부 구현예에서, 제제는 치료제이다.

일부 구현예에서, 세포에서 발현되는 표적 단백질의 수준은 (1) 제1 제제 또는 이 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 이 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열의 전달에 의해 증가된다. 일부 구현예에서, 세포에서 발현되는 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에 비해 증가된다. 일부 구현예에서, 대조군 세포는 제1 제제와 접촉하지 않고 제2 제제와 접촉하지 않은 세포이거나, 또는 여기서 대조군 세포는 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열이 전달되지 않았고 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열이 전달되지 않은 세포이다. 일부 구현예에서, 대조군 세포는 제1 제제와 접촉하지 않고 제2 제제와 접촉하지 않은 세포이거나, 또는 여기서 대조군 세포는 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열이 전달되었고 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열이 전달된 세포이다. 일부 구현예에서, 대조군 세포는 제2 제제와 접촉하지 않고 제1 제제와 접촉하지 않은 세포이거나, 또는 여기서 대조군 세포는 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열이 전달되었고 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열이 전달된 세포이다. 일부 구현예에서, 세포에서 발현되는 표적 단백질의 수준은 대조군 세포와 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, (1) 제1 제제 또는 이 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 이 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열이 전달되는 세포에서 발현되는 표적 단백질의 수준은 제1 제제 또는 제2 제제의 부재와 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, (1) 제1 제제 또는 이 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 이 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열이 전달되는 세포에서 발현되는 표적 단백질의 수준은 제1 제제 또는 제2 제제의 부재와 비교하여 적어도 약 1.5배까지 증가된다.

또한 본원에 개시된 치료제 및 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 제공된다.

또한 본원에 개시된 치료제를 인코딩하는 벡터 및 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 제공된다.

또한 본원에 개시된 조성물 및 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 제공된다.

참고에 의한 포함

본 명세서에 언급된 모든 간행물, 특허 및 특허 출원은 각각의 개별 간행물, 특허 또는 특허 출원이 구체적이고 개별적으로 참고로 포함되는 것으로 표시된 것과 동일한 정도로 본원에 참조로 포함된다.

본 발명의 새로운 특징은 특히 첨부된 청구범위에 기재되어 있다. 본 발명의 특징 및 장점에 대한 더 나은 이해는 본 발명의 원리가 활용되는 예시적인 구현예를 설명하는 다음의 상세한 설명 및 첨부된 도면을 참조함으로써 얻어질 것이다:
도 1a 및 도 1b는 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손) 및 기능성 RNA 또는 전장 표적 단백질의 발현을 증가시키기 위한 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손의 치료제 매개 배제를 함유하는 표적 프리-mRNA의 도식적 표현을 도시한다. 도 1a는 핵 구획과 세포질 구획으로 나누어진 세포를 보여준다. 핵에서, 표적 유전자의 프리-mRNA 전사체는 스플라이싱을 거쳐 mRNA를 생성하고, 이 mRNA는 세포질로 내보내지고 표적 단백질로 번역된다. 이 표적 유전자의 경우, mRNA의 일부 분획에는 세포질에서 분해되는 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손 mRNA)이 함유되어 있어 표적 단백질 생산이 이루어지지 않는다. 도 1b는 핵 및 세포질 구획으로 나누어진 동일한 세포의 예를 보여준다. 안티센스 올리고머(ASO)와 같은 치료제로 치료하면 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손의 배제를 촉진하고 기능적(생산적) mRNA를 증가시키고, 이는 더 높은 수준의 표적 단백질로 번역된다.
도 2는 PKD2 NMD(넌센스 매개 mRNA 붕괴) 유도 엑손 포함 이벤트를 도시한다. NMD 유도 엑손 포함 이벤트: NMD 유도 엑손 포함 이벤트(chr4:88031085-88031140)를 함유하는 PKD2 유전자(엑손은 직사각형이고 인트론은 화살촉이 있는 선) 영역의 UCSC 게놈 브라우저 스냅샷은 음영 영역과 상단의 검은색 막대로 표시된다. 4개의 대표적인 인간 신장 샘플 및 사이클로헥시미드(CHX) 또는 DMSO 대조군으로 처리된 혼합 신장 상피 세포의 RNA 시퀀싱 흔적이 표시된다.
도 3은 PKD2 NMD 유도 alt 5'ss 이벤트를 도시한다. NMD 유도 alt 5'ss의 이벤트: NMD 유도 대체 5' 스플라이스 부위 이벤트(chr4:88036355-88036480)를 함유하는 PKD2 유전자(엑손은 직사각형이고 인트론은 화살촉이 있는 선) 영역의 UCSC 게놈 브라우저 스냅샷은 음영 영역과 상단의 검은색 막대로 표시된다. 4개의 대표적인 인간 신장 샘플 및 사이클로헥시미드(CHX) 또는 DMSO 대조군으로 처리된 혼합 신장 상피 세포의 RNA 시퀀싱 흔적이 표시된다. *alt_5 ss는 대체 5' 스플라이스 부위를 지칭한다.
도 4a 내지 도 4c는 NMD 유도 이벤트의 검정을 도시한다. 도 4a는 NMD 유도 엑손(chr4 88031085 88031140) 이벤트의 도식적 표현을 보여준다. 도 4b는 대체 5' 스플라이스 부위(Alt 5'ss)(chr4 88036354 88036480) 이벤트의 도식적 표현을 보여준다. *alt_5 ss는 대체 5' 스플라이스 부위를 지칭한다. 이 예에서, 대체 5' 스플라이스-부위(alt 5' ss)에서 스플라이싱으로 인해 생성된 엑손은 정규 엑손 3 (검은색 막대) 외에 대체 5' 스플라이스-부위(회색 막대)에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역을 함유하고, 따라서 해당 정규 엑손 3(검은색 막대)보다 길다. 일관되게 대체 5' 스플라이스-부위(alt 5' ss)에서 스플라이싱으로 인한 인트론은 해당 정규 인트론 3보다 짧다. 도 4c는 DMSO(-) 또는 시클로헥시미드(CHX)(+)로 처리된 인간 신장 혼합 상피 세포 및 인간 신장 피질 상피 세포로부터의 RNA를 사용한 RT-PCR을 보여준다. 프라이머는 엑손 2와 4에 위치하였다.
도 5는 NMD 엑손 포함 이벤트에 대한 ASO 워크 디자인(walk design)을 도시한다. 음영 처리된 뉴클레오티드는 NMD 유도 엑손 2X에 해당한다. 도 5는 출현 순서대로 각각 서열 번호 263-265를 개시한다.
도 6a 및 6b는 Alt 5'ss 이벤트에 대한 ASO 워크 디자인을 도시한다. 음영 처리된 뉴클레오티드는 표시된 Alt 5'ss의 선택으로 인해 발생하는 연장된 엑손 3의 일부에 해당한다. *alt_5 ss는 대체 5' 스플라이스 부위를 지칭한다. 도 6은 출현 순서대로 각각 서열 번호 266-270를 개시한다.
도 7a는 80nM에서 표시된 ASO로 24시간 동안 형질감염된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 6a 및 6b의 매크로워크 참조).
도 7b는 80nM에서 표시된 ASO로 24시간 동안 형질감염된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 비생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 6a 및 6b의 매크로워크 참조).
도 8a는 80nM에서 표시된 ASO로 24시간 동안 형질감염된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 5의 매크로워크 참조).
도 8b는 80nM에서 표시된 ASO로 24시간 동안 형질감염된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 비생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 5의 매크로워크 참조).
도 9a 내지 도 9e는 생산적인 mRNA 및 단백질 생산을 증가시키기 위해 2개의 이벤트를 표적으로 하는 ASO를 예시한다. 도 9a는 비생산적 엑손 포함 NMD 이벤트 활용에 대한 ASO 조합의 효과를 도시한다. 도 9b는 ASO 조합을 사용한 EX2-EX3 생산적인 mRNA의 발현을 도시한다. 도 9c는 비생산적인 대체 5'ss NMD 이벤트 활용에 대한 ASO 조합의 효과를 도시한다. 도 9d는 ASO 조합을 사용한 EX3-EX4 생산적인 mRNA의 발현을 도시한다. 도 9e는 ASO 조합으로 처리한 후 폴리시스틴 2(PKD2) 단백질 웨스턴 블롯의 정량화를 도시한다.
도 10은 PKD2의 업스트림 열린 해독틀 매크로워크를 예시한다. 음영 처리된 뉴클레오티드는 각각 업스트림 열린 해독틀과 표준 시작 코돈에 해당한다. 도10은 서열번호: 271을 개시한다.

다양한 구현예에 대한 철저한 이해를 제공하기 위해 이 설명의 특정 세부 사항이 제시된다. 그러나, 당업자는 본 발명이 이러한 세부사항 없이 실시될 수 있음을 이해할 것이다. 다른 경우에, 구현예의 설명을 불필요하게 모호하게 하는 것을 피하기 위해 잘 알려진 구조는 상세하게 도시되거나 기재되지 않았다. 문맥상 달리 요구되지 않는 한, 명세서 및 청구범위 전체에 걸쳐 단어 "포함하다(comprise)" 및 그의 변형, 예컨대, "포함하다(comprises)" 및 "포함하는(comprising)"은 개방적이고 포괄적인 의미로 해석되어야 하지만 이에 제한되지 않는다. 또한, 여기에 제공된 제목은 편의를 위한 것이며 청구된 개시 내용의 범위 또는 의미를 해석하지 않는다.

본 명세서 및 첨부된 청구범위에 사용된 바와 같이, 단수형 "a", "an" 및 "the"는 내용이 달리 명백하게 지시하지 않는 한 복수의 지시 대상을 포함한다. 또한 "또는"이라는 용어는 전형적으로 내용이 달리 명시하지 않는 한 "및/또는"을 포함하는 의미로 사용된다는 점에 유의해야 한다.

본원에서 사용되는 좌표는 Hg38(인간 게놈 빌드 38)로도 알려진 게놈 참조 어셈블리 GRCh38(Genome Research Consortium 인간 빌드 38)의 좌표를 지칭한다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 기술분야에 통상의 지식을 갖는 사람에 의해 전형적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 본원에 기재된 것과 유사하거나 동등한 방법 및 물질이 본 개시내용의 실시 또는 테스트에 사용될 수 있지만, 적합한 방법 및 물질이 하기에 기재되어 있다.

PKD2 유전자의 대체 스플라이싱 이벤트는 감소된 단백질 발현을 초래할 수 있는 비-생산적인 mRNA 전사체로 이어질 수 있으며, PKD2 유전자의 대체 스플라이싱 이벤트를 표적으로 할 수 있는 치료제는 환자의 기능성 단백질의 발현 수준을 조절(예를 들어, 증가)할 수 있다. 이러한 치료제는 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍에 의해 야기된 병태를 치료하는 데 사용될 수 있다.

비생산적인 mRNA 전사체로 이어질 수 있는 대체 스플라이싱 이벤트 중 하나는 넌센스 매개 mRNA 붕괴를 유도할 수 있는 mRNA 전사체에 여분의 엑손을 포함하는 것이다. 본 개시내용은 또한 PKD2 프리-mRNA로부터 여분의 엑손의 스플라이싱을 조절하여 단백질 코딩 성숙 mRNA의 생산, 따라서 번역된 기능성 폴리시스틴 2의 생산을 증가시키기 위한 조성물 및 방법을 제공한다. 예를 들어, 본원에서 제공되는 조성물 및 방법은 PKD2 프리-mRNA로부터 여분의 엑손의 배제를 촉진할 수 있고, 이로써 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 여분의 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절할 수 있다.

비생산적인 mRNA 전사체로 이어질 수 있는 또 다른 대체 스플라이싱 이벤트는 대체 5' 스플라이스 부위 이벤트이다. 예를 들어, 대체 5' 스플라이스-부위(예를 들어, 정규 5' ss의 다운스트림)에서 스플라이싱으로 인해 발생하는 엑손은 해당 정규 엑손보다 더 긴 엑손을 초래할 수 있다. 예를 들어, 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱으로 인한 인트론은 해당 정규 인트론보다 짧을 수 있다. 본 개시내용은 PKD2 프리-mRNA의 대체 스플라이싱을 조정하여 단백질 코딩 성숙 mRNA의 생산, 따라서 번역된 기능성 폴리시스틴 2를 증가시키기 위한 조성물 및 방법을 제공한다. 예를 들어, 본원에서 제공되는 조성물 및 방법은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 방지하거나 감소시킴으로써 PKD2 프리-mRNA의 프로세싱을 조절할 수 있다.

이들 조성물 및 방법은 PKD2 프리-mRNA의 구성적 스플라이싱을 촉진할 수 있는 안티센스 올리고머(ASO)를 포함한다. 다양한 구현예에서, 기능성 폴리시스틴 2는 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍에 의해 야기된 병태를 치료하기 위해 개시내용의 방법을 사용하여 증가될 수 있다.

본원에서 언급된 바와 같이 APC2, PKD4, Pc-2, TRPP2, 다낭성 신장 질환 2, 일시적 수용체 전위 양이온 채널로도 알려진 "폴리시스틴 2"는 폴리시스틴 2 활성을 갖거나 유지하는 임의의 재조합 또는 자연 발생 형태의 폴리시스틴 2 또는 이의 변이체 또는 동형체를 포함한다 (예를 들어, 적어도 40% 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 활성). 일부 양태에서, 변이체 또는 동형체는 자연 발생 폴리시스틴 2에 비해 전체 서열 또는 서열의 일부(예를 들어, 50, 100, 150 또는 200개의 연속 아미노산 부분)에 걸쳐 적어도 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 폴리시스틴 2는 UniProt 참조 번호 Q13563으로 확인되는 단백질 또는 실질적 동일성을 갖는 변이체 또는 동형체와 실질적으로 동일하다.

상염색체 우성 다낭성 신장 질환(ADPKD)은 말기 신장 질환의 8~10%를 차지하는 흔한 유전 질환이다. ADPKD는 염색체 16p13.3(PKD1)(1) 및 염색체 4q21-23(PKD2)에 맵핑된 유전자좌를 가진 유 전적으로 이질적이다. 폴리시스틴 1(PKD1에 의해 인코딩됨) 및 폴리시스틴 2(PKD2에 의해 인코딩됨)의 예측된 구조 및 유사한 질환 프로파일은 세포외 접착 이벤트를 이온 수송의 변경과 연결하는 공통 신호전달 경로에 관여함을 시사한다. 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2는 C 말단 세포질 꼬리를 통해 상호 작용하는 것으로 입증되었다. 이 상호작용은 폴리시스틴 1의 상향 조절을 초래했지만 폴리시스틴 2는 상향 조절하지 않았다. 폴리시스틴 1이 아닌 폴리시스틴 2의 세포질 꼬리는 폴리시스틴 1과의 상호 작용에 필요한 도메인과 다른 영역을 통해 동종이량체를 형성하였다. 이러한 결과는 폴리시스틴 2의 돌연변이는 폴리시스틴 1의 기능을 방해하여 정상적인 세뇨관생성에서 작동하는 공통 신호전달 전달 경로의 뚜렷한 분자 병변을 통해 폴리시스틴 1과 유사한 질환 발현을 초래할 수 있는 메커니즘과 일치한다. 데이터는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2가 낭종 형성을 방지하는 공통 신호전달 경로에 참여한다는 생각을 뒷받침한다(Tsiokas 등, PNAS, Jun 1997, 94(13) 6965-6970, 이의 전체 내용은 참조로 본원에 포함됨). 데이터는 또한 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 발현이 자가포식이 하향 조절되고 세포사가 증가하는 더 긴 기아 기간 동안 전형적으로 발생하는 전이를 조절하는 공통 신호전달 경로에 참여한다는 생각을 뒷받침하고; 폴리시스틴 1 및 폴리시스틴 2는 생존에서 사망까지의 mIMCD에서 생존에서 사망 기아로의 이러한 전이를 조절할 수 있다(Decuypere, 등, Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 13511). 또한, PKD1/PKD2의 복용량 변화가 ADPKD 병인에 중요한 것으로 알려져 있지만, PKD1/PKD2 발현이 어떻게 조절되는지는 잘 이해되지 않고 있지만; PKD2 번역을 억제할 수 있는 PKD2의 업스트림 열린 해독틀(uORF)에 대한 증거가 있다(Tang, 등, FASEB J. 2013 Dec; 27(12):4998-5009).

용어 "넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손"(또는 "NSE" 또는 "NMD 엑손") 및 "NMD 유도 엑손"(또는 NIE)은 상호교환적으로 사용되며 성숙 RNA 전사체에 존재하는 경우 NMD 경로를 활성화할 수 있는 엑손 (예를 들어, 비정규 엑손)을 지칭할 수 있다. 구성적 스플라이싱 이벤트에서, NIE를 함유하는 인트론은 전형적으로 스플라이싱되지만, 인트론 또는 그 일부(예를 들어, NIE)는 대체 또는 비정상적인 스플라이싱 이벤트 동안 유지될 수 있다. NIE를 함유하는 성숙 mRNA 전사체는 예를 들어 NMD 경로를 유도하는 프레임 이동으로 인해 비-생산적일 수 있다. 일부 구현예에서, NMD 엑손은 조기 종결 코돈(또는 조기 종결 코돈(PTC)) 또는 NMD 엑손을 함유하는 성숙 RNA 전사체의 분해를 촉진하는 다른 서열을 함유하는 엑손이다. 성숙 RNA 전사체에 NIE를 포함시키면 유전자 발현이 하향 조절될 수 있다. 일부 구현예에서, NMD 엑손은 대체 스플라이싱 이벤트로부터 생성된 엑손이다. 예를 들어, NMD 엑손은 대체 5' 스플라이스 부위 이벤트에서 생성된 엑손일 수 있다. 예를 들어, NMD 엑손은 정규 엑손 및 정규 엑손에 인접한 인트론의 적어도 일부를 함유하는 엑손일 수 있다. 예를 들어, NMD 엑손은 전체 정규 엑손 및 정규 엑손 바로 다운스트림인 인트론의 적어도 일부를 함유하는 엑손일 수 있다. 일부 구현예에서 NMD 엑손은 인트론(예를 들어, 정규 인트론) 내의 영역이다.

대체 스플라이싱은 성숙 mRNA 전사체에 적어도 하나의 NSE를 포함시킬 수 있다. 용어 "성숙 mRNA" 및 "완전히 스플라이싱된 mRNA"는 완전히 프로세싱된 mRNA를 설명하기 위해 본원에서 상호교환적으로 사용된다. NMD 엑손을 함유하는 성숙 mRNA는 비-생산적인 mRNA일 수 있고 성숙 mRNA의 NMD로 이어질 수 있다. NIE 함유 성숙 mRNA는 때때로 NIE를 함유하지 않는 상응하는 성숙 mRNA로부터의 단백질 발현과 비교하여 감소된 단백질 발현을 야기할 수 있다.

가짜(pseudo) 스플라이스 부위는 진정한 스플라이스 부위와 동일한 스플라이싱 인식 서열을 갖지만 스플라이싱 반응에는 사용되지 않는다. 그들은 인간 게놈의 진정항 스플라이스 부위보다 훨씬 더 많으며 전형적으로 지금까지 제대로 이해되지 않은 분자 메커니즘에 의해 억제된다. 숨겨진 5' 스플라이스 부위는 공통 NNN/GUNNNN 또는 NNN/GCNNNN을 가지며, 여기서 N은 임의의 뉴클레오티드이고/이거나 엑손-인트론 경계이다. 숨겨진 3' 스플라이스 부위에는 공통 NAG/N이 있다. 이들의 활성화는 M이 C 또는 A, R이 G 또는 A, Y가 C 또는 U인 각각 MAG/GURAGU 및 YAG/G와 같은 진본 스플라이스 부위의 최적 공통과 더 유사하게 만드는 주변 뉴클레오티드에 의해 긍정적으로 영향을 받는다.

스플라이스 부위 및 그 조절 서열은 예를 들어 문헌[Kralovicova, J. and Vorechovsky, I. (2007) Global control of aberrant splice site activation by auxiliary splicing sequences: evidence for a gradient in exon and intron definition. Nucleic Acids Res., 35, 6399-6413, (ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2095810/pdf/gkm680.pdf)]에 나열된 공개적으로 이용 가능한 적합한 알고리즘을 사용하여 당업자에 의해 쉽게 식별될 수 있다.

스플라이싱 및 넌센스 매개 mRNA 붕괴

개재 서열 또는 인트론은 일차 전사체, 작은 핵 RNA(snRNA) 및 다수의 단백질 사이의 복잡한 상호 작용을 조율하는 스플라이세오좀(spliceosome)이라고 하는 크고 매우 동적 RNA-단백질 복합체에 의해 제거된다. 스플라이세오좀은 U2가 분기점 서열(BPS)에 결합하는 것을 촉진하기 위해 U2 보조 인자(U2AF)를 3'ss 영역에 결합하는 것을 수반하는, U1 snRNA에 의한 5' 스플라이스 부위(5'ss) 또는 U2 경로에 의한 3' 스플라이스 부위(3'ss)의 인식으로 시작으로 정렬된 방식으로 각 인트론에 즉석 조립된다. U2AF는 폴리피리미딘 트랙(PPT)에 결합하는 U2AF2로 인코딩된 65-kD 서브유닛(U2AF65) 및 3'ss에서 고도로 보존된 AG 디뉴클레오티드와 상호 작용하고 U2AF65 결합을 안정화하는 U2AF1로 인코딩된 35-kD 서브유닛(U2AF35)으로 구성된 안정적인 이종이량체이다. BPS/PPT 장치 및 3'ss/5'ss 외에도, 정확한 스플라이싱에는 인트론 또는 엑손 스플라이싱 인핸서 또는 사일런서로 알려진 스플라이스 부위 인식을 활성화하거나 억제하는 보조 서열 또는 구조가 필요하다. 이러한 요소를 통해 진정한 스플라이스 부위가 동일한 서열을 갖지만 크기 순서로 진본 부위보다 훨씬 더 많은 고등 진핵생물의 게놈에 있는 숨겨진 또는 가짜 부위의 엄청난 과잉 중에서 인식될 수 있다. 종종 조절 기능이 있지만 활성화 또는 억제의 정확한 메커니즘은 잘 알려져 있지 않다.

스플라이싱할지 여부에 대한 결정은 전형적으로 가장 정의된 스플라이싱 신호조차도 때때로 부정확하게 스플라이싱할 수 있는 결정론적 프로세스가 아닌 확률론적 프로세스로 모델링될 수 있다. 그러나 정상적인 조건에서, 프리-mRNA 스플라이싱은 놀라울 정도로 높은 충실도로 진행된다. 이는 부분적으로 인접한 시스 작용 보조 엑손 및 인트론 스플라이싱 조절 요소(ESR 또는 ISR)의 활동에 기인한다. 전형적으로 이러한 기능성 요소는 각각 스플라이싱을 자극하거나 억제하는 능력에 따라 엑손 또는 인트론 스플라이싱 인핸서(ESE 또는 ISE) 또는 사일런서(ESS 또는 ISS)로 분류된다. 일부 보조 시스-작용 요소가 U1 snRNP와 5'ss 사이의 복합체 배열과 같은 스플라이세오좀 어셈블리의 동역학에 영향을 미침으로써 작용할 수 있다는 증거가 있지만, 많은 요소가 트랜스-작용 RNA-결합 단백질(RBP)과 함께 기능할 가능성이 매우 높는 것으로 보인다. 예를 들어, 세린- 및 아르기닌 풍부 계열의 RBP (SR 단백질)은 엑손을 정의하는 데 중요한 역할을 하는 보존된 단백질 계열이다. SR 단백질은 프리-스플라이세오좀의 구성 요소를 인접한 스플라이스 부위로 동원하거나 부근에서 ESS의 효과를 길항함으로써 엑손 인식을 촉진한다. ESS의 억제 효과는 이종 핵 리보핵단백질(hnRNP) 계열의 구성원에 의해 매개될 수 있으며 인접한 스플라이스 부위에 대한 코어 스플라이싱 인자의 동원을 변경할 수 있다. 스플라이싱 조절에서의 역할 외에도, 사일런서 요소는 엑손의 전형적인 간격을 갖지만 기능성 열린 해독틀이 없는 미끼 인트론 스플라이스 부위 세트인 가짜 엑손을 억제하는 역할을 하는 것으로 제안된다. ESE 및 ESS는 동족 트랜스 작용 RBP와 협력하여 mRNA가 전구체에서 조립되는 방법, 위치 및 시기를 지정하는 일련의 스플라이싱 제어에서 중요한 구성 요소를 나타낸다.

엑손-인트론 경계를 표시하는 서열은 인간 유전자 내에서 높은 빈도로 발생할 수 있는 다양한 강도의 축퇴 신호이다. 다중 엑손 유전자에서, 상이한 쌍의 스플라이스 부위는 다양한 조합으로 함께 연결되어 단일 유전자에서 다양한 전사체 배열을 생성할 수 있다. 이것은 전형적으로 대체 프리-mRNA 스플라이싱이라고 한다. 대체 스플라이싱에 의해 생산된 대부분의 mRNA 동형은 핵에서 내보내져 기능성 폴리펩티드로 번역될 수 있지만, 단일 유전자의 상이한 mRNA 동형은 번역 효율이 크게 다를 수 있다. 조기 종료 코돈(PTC) 또는 엑손 접합 복합체의 최소 50bp 업스트림에 있는 조기 정지 코돈을 갖는 mRNA 동형은 넌센스 매개 mRNA 붕괴(NMD) 경로에 의한 분해의 표적이 될 가능성이 높다. 기존의 (BPS/PPT/3'ss/5'ss) 및 보조 스플라이싱 모티프의 돌연변이는 엑손 스킵핑 또는 숨겨진(또는 가짜) 엑손 포함 또는 스플라이스-부위 활성화와 같은 비정상적인 스플라이싱을 야기할 수 있으며 인간의 이환을과 사망률에 크게 기여할 수 있다. 비정상적인 및 대체 스플라이싱 패턴 모두 엑손 및 인트론의 천연 DNA 변이체에 의해 영향을 받을 수 있다.

엑손-인트론 경계가 코돈의 세 위치 중 어느 곳에서나 발생할 수 있다는 점을 감안할 때, 대체 스플라이싱 이벤트의 서브세트만이 정규 열린 해독틀을 유지할 수 있음이 분명하다. 예를 들어, 3으로 균등하게 나눌 수 있는 엑손만 스킵핑하거나 해독틀의 변경 없이 mRNA에 포함할 수 있다. 호환 가능한 단계가 없는 스플라이싱 이벤트는 프레임 이동을 유도한다. 다운스트림 이벤트에 의해 역전되지 않는 한, 프레임 이동은 확실히 하나 이상의 PTC로 이어질 수 있으며, 아마도 NMD에 의한 후속 분해로 이어질 수 있다. NMD는 PTC를 함유하는 mRNA를 제거하는 번역 커플링 메커니즘이다. NMD는 모든 진핵생물에 존재하는 감시 경로로 기능할 수 있다. NMD는 조기 정지 코돈 또는 PTC를 함유하는 mRNA 전사체을 제거하여 유전자 발현 오류를 줄일 수 있다. 이러한 비정상적인 mRNA의 번역은 어떤 경우에는 생성된 단백질의 유해한 기능 획득 또는 우세한 음성 활성으로 이어질 수 있다. NMD는 PTC가 있는 전사체뿐만 아니라 많은 내인성 유전자에서 발현되는 광범위한 mRNA 동형을 대상으로 하며, 이는 NMD가 세포의 정상 상태 RNA 수준에서 미세 조정과 조립 조정을 모두 유도하는 마스터 조절자임을 시사한다.

표적 유전자

본 개시내용은 기능성 단백질 코딩 성숙 mRNA의 생산을 조절하고 따라서 기능성 표적 단백질을 번역하기 위해 표적의 대체 스플라이싱을 조절하기 위한 조성물 및 방법을 제공하고, 여기서 표적은 PKD2이다. 이들 조성물 및 방법은 표적 프리-mRNA의 정규 스플라이싱을 촉진할 수 있는 안티센스 올리고머(ASO)를 포함하며, 표적은 PKD2이다. 다양한 구체예에서, 기능성 표적 단백질은 표적 단백질 결핍에 의해 야기된 병태를 치료하기 위해 본 개시내용의 방법을 사용하여 증가될 수 있으며, 여기서 표적은 PKD2로 구성된 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 필요로 하는 대상체에서 병태를 치료하기 위해 기능성 표적 단백질 생산을 증가시키는데 사용되며, 여기서 표적은 PKD2이다. 일부 구현예에서, 대상체는 표적 단백질이 야생형에 비해 반드시 결핍되지는 않지만 그럼에도 불구하고 표적 단백질의 증가가 병태를 완화시키는 병태를 가지며, 여기서 표적은 PKD2이다. 일부 구현예에서, 병태는 산발적 돌연변이에 의해 야기된다. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 기능성 표적 단백질 생산을 감소시켜 이를 필요로 하는 대상체에서 병태를 치료하는데 사용되며, 여기서 표적은 PKD2이다. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 기능성 표적 단백질 생산을 조절하여 이를 필요로 하는 대상체에서 병태를 치료하는데 사용되며, 여기서 표적은 PKD2이다.

표적 전사체

일부 구현예에서, 본 개시내용의 방법은 PKD2 유전자로부터 전사된 프리-mRNA에서 NIE의 존재를 활용한다. 기능성 성숙 PKD2 mRNA를 생성하기 위한 확인된 PKD2 NIE 프리-mRNA 종의 스플라이싱은 NIE의 스킵핑을 자극하는 ASO와 같은 치료제를 사용하여 유도될 수 있다. 생성된 성숙 PKD2 mRNA는 NMD 경로를 활성화하지 않고 정상적으로 번역될 수 있으므로 환자의 세포에서 폴리시스틴 2의 양이 증가하고 PKD2 결핍과 관련된 병태 또는 질환, 예를 들어 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환, 및 두개내 동맥류의 증상을 완화한다.

기능적이고 성숙 표적 mRNA를 생산하기 위한 확인된 표적 NSE 프리-mRNA 전사체의 정규 스플라이싱은 정규 스플라이스 부위에서 표적 NSE 프리-mRNA의 구성적 스플라이싱을 촉진하는 ASO와 같은 치료제를 사용하여 유도될 수 있다. 일부 구현예에서, 생성된 기능성 성숙 표적 mRNA는 정상적으로 번역될 수 있고, 이로써 환자의 세포에서 기능성 표적 단백질의 양을 증가시키고 표적 연관 질환의 증상을 예방할 수 있다.

다양한 구현예에서, 본 개시내용은 스플라이싱 또는 단백질 발현 수준을 조절하기 위해 PKD2 프리-mRNA를 표적화할 수 있는 치료제를 제공한다. 치료제는 소분자, 핵산 올리고머 또는 폴리펩티드일 수 있다. 일부 구현예에서, 치료제는 ASO이다. PKD2 프리-mRNA에 대한 다양한 영역 또는 서열은 ASO와 같은 치료제에 의해 표적화될 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 유전자로부터 전사된 PKD2 NSE 프리-mRNA를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE)을 포함하는 PKD2 유전자로부터 전사된 PKD2 NSE 프리-mRNA를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, NSE는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 정규 인트론 3의 일부(PKD2 프리-mRNA 전사체의 정규 엑손 3의 다운스트림 인트론)를 포함한다. 일부 구현예에서, NSE는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 전체 정규 엑손 3을 포함한다. 일부 구현예에서, NSE는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 정규 인트론 3의 일부와 PKD2 프리-mRNA 전사체의 전체 정규 엑손 3만을 포함한다. 일부 구현예에서, NSE는 비정상적인 스플라이싱으로 인해 PKD2 프리-mRNA 전사체에 포함된다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NSE 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 엑손 3 또는 4 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 엑손 3 다음 인트론 3의 5' 스플라이스 부위로부터 업스트림(또는 5')의 엑손 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 엑손 3 앞에 있는 인트론 2의 3' 스플라이스 부위로부터 다운스트림 (또는 3')의 엑손 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4의 3' 스플라이스 부위로부터 업스트림 (또는 5')의 인트론 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4의 5' 스플라이스 부위로부터 다운스트림 (또는 3')의 인트론 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4의 3' 스플라이스 부위로부터 업스트림 (또는 5')의 인트론 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 2 또는 3 또는 4의 5' 스플라이스 부위로부터 다운스트림 (또는 3')의 인트론 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 엑손-인트론 경계를 포함하는 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 엑손은 NSE이다. 엑손-인트론 경계는 엑손 서열과 인트론 서열의 접합부를 지칭할 수 있다. 일부 구현예에서, 인트론 서열은 NSE의 5' 말단 또는 엑손의 3' 말단에 측접할 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론의 일부와 엑손의 일부를 모두 포함하는 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법 또는 조성물을 사용하여 치료 또는 개선될 수 있는 질환 또는 병태는 치료제가 표적으로 하는 표적 단백질(유전자)과 직접적으로 연관되지 않는다. 일부 구현예에서, 본원에서 제공되는 치료제는 질환 또는 병태와 직접적으로 연관되지 않은 단백질(유전자)을 표적으로 할 수 있지만, 표적 단백질(유전자)의 발현 조절은 질환 또는 병태를 치료 또는 개선할 수 있다. 예를 들어, 본원에서 제공되는 치료제에 의한 PKD2와 같은 유전자의 표적화는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 또는 두개내 동맥류을 치료 또는 개선할 수 있다. 일부 구현예에서, PKD2와 같은 이러한 표적 유전자는 경로(신장)에 대해 지시된다고 한다. 일부 구현예에서, PKD2와 같은 이러한 표적 유전자는 경로(다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 또는 상염색체 우성 다낭성 신장 질환)에 대해 지시된다고 한다. 일부 구현예에서, PKD2와 같은 이러한 표적 유전자는 경로(두개내 동맥류)에 대해 지시된다고 한다.

다양한 구현예에서, 본 개시내용은 스플라이싱 또는 단백질 발현 수준을 조절하기 위해 PKD2 프리-mRNA 전사체를 표적화할 수 있는 치료제를 제공한다. 치료제는 소분자, 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드일 수 있다. 일부 구현예에서, 치료제는 ASO이다. PKD2 프리-mRNA에 대한 다양한 영역 또는 서열은 ASO와 같은 치료제에 의해 표적화될 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE를 함유하는 PKD2 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NIE 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NIE의 5' 말단으로부터 업스트림(또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NIE의 3' 말단으로부터 다운스트림(또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NIE의 5' 말단에 측접하는 인트론 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NIE의 3' 말단에 측접하는 인트론 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 NIE-인트론 경계를 포함하는 서열을 표적으로 한다. NIE-인트론 경계는 인트론 서열과 NIE 영역의 접합부를 의미할 수 있다. 인트론 서열은 NIE의 5' 말단 또는 NIE의 3' 말단에 측접할 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 엑손 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론 내의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 전사체의 인트론의 일부와 엑손의 일부를 모두 포함하는 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 NIE의 5' 말단으로부터 업스트림(또는 5')에 있는 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE 영역의 5' 말단으로부터 업스트림(또는 5')에 있는 약 1 내지 약 20개의 뉴클레오티드, 약 20 내지 약 50개의 뉴클레오티드, 약 50 내지 약 100개의 뉴클레오티드, 약 100 내지 약 150개의 뉴클레오티드, 약 150 내지 약 200개의 뉴클레오티드, 약 200 내지 약 250개의 뉴클레오티드, 또는 약 250 내지 약 300개의 뉴클레오티드의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE의 5' 말단으로부터 업스트림에 있는 300개 초과의 뉴클레오티드의 서열을 표적으로 할 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE의 3' 말단으로부터 다운스트림(또는 3')에 있는 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE의 3' 말단으로부터 다운스트림에 있는 약 1 내지 약 20개의 뉴클레오티드, 약 20 내지 약 50개의 뉴클레오티드, 약 50 내지 약 100개의 뉴클레오티드, 약 100 내지 약 150개의 뉴클레오티드, 약 150 내지 약 200개의 뉴클레오티드, 약 200 내지 약 250개의 뉴클레오티드, 또는 약 250 내지 약 300개의 뉴클레오티드의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE의 3' 말단으로부터 다운스트림에 있는 300개 초과의 뉴클레오티드의 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 ASO는 PKD2 게놈 서열로부터 전사된 NSE 프리-mRNA를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 게놈 서열의 NSE를 포함하는 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 게놈 서열의 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론 및 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 표 3의 프리-mRNA 전사체로 이루어진 군으로부터 선택된 서열을 포함하는 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 서열의 NSE를 포함하는 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 서열의 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA 서열의 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 전사체는 표 3의 전사체로 이루어진 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA 전사체는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 유전자 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, PKD2 NIE 프리-mRNA 전사체는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA 전사체는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA 전사체는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA 전사체는 본원에 기재된 PKD2 프리-mRNA 전사체의 프리-mRNA 전사체 또는 이의 보체에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA로 이루어진 군으로부터 선택된 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3의 프리-mRNA 전사체 또는 이의 보체의 서열의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3의 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20 연속 핵산 또는 이의 보체에 상보적인 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 ASO는 PKD2 게놈 서열로부터 전사된 NSE 프리-mRNA를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE를 포함하는 PKD2 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서 NSE는 엑손 3을 포함한다. 일부 구현예에서 NSE는 PKD2 전사체의 제3 엑손이다. 일부 구현예에서, ASO는 엑손 3 또는 4를 포함하는 PKD2 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론 및 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 PKD2 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론은 인트론 3이고 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론은 인트론 2이다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 2, 엑손 3 및 인트론 3을 포함하는 PKD2 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 엑손 3 및 엑손 4를 포함하는 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE를 포함하는 PKD2 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 엑손 3을 포함하는 PKD2 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 PKD2 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3을 포함하는 PKD2 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 PKD2 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA 전사체는 Ensembl 참조 번호 ENSG00000118762.8 또는 이의 보체에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 유전자 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA 전사체는 본원에 기재된 PKD2 프리-mRNA 전사체 또는 이의 보체에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 3의 서열 또는 이의 보체의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 또는 이의 보체로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, ASO는 표 4의 서열 또는 이의 보체 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 동일한 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 ASO는 표적 게놈 서열로부터 전사된 NSE 프리-mRNA를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE를 포함하는 표적 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론 및 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 표적 게놈 서열로부터의 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 표 3의 프리-mRNA 전사체 서열로부터 선택된 서열을 포함하는 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 Ensembl 참조 번호로 제시되는 표 3의 프리-mRNA 전사체 서열로부터 선택된 서열을 포함하는 NSE 프리-mRNA 전사체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE를 포함하는 표적 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE의 3' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 표적 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 NSE의 5' 말단에 측접하는 인트론을 포함하는 표적 프리-mRNA 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 전사체는 표 3의 전사체 서열로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 전사체는 Ensembl 참조 번호에 의해 제시된 바와 같이 표 3의 전사체 서열로 이루어진 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 표적 프리-mRNA 전사체는 Ensembl 참조 번호에 의해 제시된 바와 같은 유전자 서열 또는 이의 보체에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 유전자 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 표적 프리-mRNA 전사체는 본원에 기재된 표적 프리-mRNA 전사체 또는 이의 보체에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 표적 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2의 서열 또는 표 3의 서열 또는 이의 보체의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 프리-mRNA의 표적화 부분은 Ensembl 참조 번호에 의해 제시된 바와 같은 표 3의 서열 또는 표 2의 서열 또는 이의 보체의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3의 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20 연속 핵산 또는 이의 보체에 상보적인 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, ASO는 NSE를 포함하는 PKD2 프리-mRNA의 엑손 3을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3의 5' 스플라이스 부위로부터 약 2개의 뉴클레오티드 다운스트림(또는 3') 내지 인트론 2의 3' 스플라이스 부위로부터 약 4개의 뉴클레오티드 업스트림(또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3의 5' 스플라이스 부위로부터 약 2개의 뉴클레오티드 업스트림(또는 5') 내지 인트론 2의 3' 스플라이스 부위로부터 약 4개의 뉴클레오티드 다운스트림(또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 표 4에 열거된 서열 중 어느 하나 또는 이의 보체에 따른 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, ASO는 NSE를 포함하는 PKD2 프리-mRNA의 인트론 3을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3의 3' 스플라이스 부위로부터 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드 업스트림(또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3의 3' 스플라이스 부위로부터 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드 다운스트림(또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3의 5' 스플라이스 부위로부터 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드 업스트림(또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 3의 5' 스플라이스 부위로부터 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드 다운스트림(또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 2의 3' 스플라이스 부위로부터 약 6 내지 약 100개의 뉴클레오티드 업스트림(또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 2의 3' 스플라이스 부위로부터 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드 다운스트림(또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 2의 5' 스플라이스 부위로부터 약 6 내지 약 100개의 뉴클레오티드 업스트림(또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 인트론 2의 5' 스플라이스 부위로부터 약 4 내지 약 300개의 뉴클레오티드 다운스트림(또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 표 4의 임의의 서열 또는 이의 보체에 따른 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 2, 3 또는 4에 있다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 엑손 2, 3, 4 또는 5에 있다. 일부 구현예에서, NSE 프리-mRNA의 표적화 부분에 대한 ASO의 혼성화는 정규 엑손 3의 포함을 초래하고, 이어서 폴리시스틴 2 생산을 증가시킨다. 일부 구현예에서, NSE 프리-mRNA의 표적화 부분에 대한 ASO의 혼성화는 정규 엑손의 배제를 초래하고, 이어서 폴리시스틴 2 생산을 감소시킨다. 일부 구현예에서, NSE 프리-mRNA의 표적화 부분에 대한 ASO의 혼성화는 정규 엑손의 포함 또는 배제를 초래하고, 이어서 폴리시스틴 2 생산을 조절한다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 엑손 3 또는 4에 있다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 2에 있다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 3에 있다.

일부 구현예에서, ASO는 NIE 엑손 2를 포함하는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 엑손 2x를 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140)을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 엑손 2x의 5' 말단으로부터 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 업스트림 (또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140으로부터 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 업스트림 (또는 5')의 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 엑손 2x의 5' 말단으로부터 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 업스트림 (또는 5')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140으로부터 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 업스트림 (또는 5')의 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 엑손 2x의 3' 말단으로부터 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 다운스트림 (또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140으로부터 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 다운스트림 (또는 3')의 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 엑손 2x의 3' 말단으로부터 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 다운스트림 (또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140으로부터 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드 다운스트림 (또는 3')의 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 임의의 하나에 따른 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적인 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, ASO는 NIE의 5' 말단으로부터 업스트림의 서열을 표적으로 한다. 예를 들어, NIE(예를 들어, PKD2의 엑손 2x)의 5' 말단으로부터 업스트림의 서열을 표적으로 하는 ASO는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나의 적어도 8개의 연속 핵산에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 상보적인 서열을 포함한다. 예를 들어, NIE(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 5' 말단으로부터 업스트림의 서열을 표적으로 하는 ASO는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, ASO는 엑손-인트론 경계(또는 접합부)를 함유하는 서열을 표적으로 한다. 예를 들어, 엑손-인트론 경계를 함유하는 서열을 표적으로 하는 ASO는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나의 적어도 8개의 연속 핵산에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 상보적인 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE의 3' 말단으로부터 다운스트림의 서열을 표적으로 한다. 예를 들어, NIE(예를 들어, PKD2의 엑손 2x)의 3' 말단으로부터 다운스트림의 서열을 표적으로 하는 ASO는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 예를 들어, NIE(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 3' 말단으로부터 다운스트림의 서열을 표적으로 하는 ASO는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열 중 어느 하나에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 NIE 내의 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, ASO는 NIE 엑손 2를 포함하는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 엑손 2x를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA의 엑손 2x의 5' 말단으로부터 다운스트림 (또는 3')의 서열을 표적으로 한다. 일부 구현예에서, ASO는 PKD2 프리-mRNA의 엑손 2x의 3' 말단으로부터 업스트림(또는 5')의 엑손 2x 서열을 표적으로 한다.

일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33,34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50에 있다. 일부 구현예에서, NIE 프리-mRNA의 표적화 부분에 대한 ASO의 혼성화는 인트론 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33,34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50 내의 NIE 중 적어도 하나의 엑손 스킵핑을 초래하고, 그리고 이후에 폴리시스틴 2 생산을 증가시킨다. 일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분은 PKD2의 인트론 2에 있다. 일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분은 PKD2의 인트론(GRCh38/ hg38:chr4 88019572 88036219)에 있다.

일부 구현예에서, 본 개시내용의 방법 및 조성물은 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 NIE의 엑손 스킵핑을 유도함으로써 PKD2의 발현을 증가시키는데 사용된다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론 1-50 중 임의의 것 내의 서열이다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33,34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50 중 임의의 것 내의 서열이다. 일부 구현예에서, NIE는 임의의 PKD2 인트론 또는 이의 일부일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 PKD2의 인트론 2 내에 있다. 일부 구현예에서, NIE는 PKD2의 인트론(GRCh38/ hg38:chr4 88019572 88036219) 내에 있다.

단백질 발현

일부 구현예에서, 돌연변이는 2개의 대립유전자 모두에서 발생한다. 일부 구현예에서, 돌연변이는 2개의 대립유전자 중 하나에서 발생한다. 일부 구현예에서, 추가 돌연변이는 2개의 대립유전자 중 하나에서 발생한다. 일부 구현예에서, 추가 돌연변이는 제1 돌연변이와 동일한 대립유전자에서 발생한다. 다른 구현예에서, 발생하는 추가적인 돌연변이는 트랜스 돌연변이이다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 방법은 기능성 폴리시스틴 2 단백질 또는 RNA의 생산을 증가시키기 위해 사용된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "기능적"은 치료된 병태 또는 질환, 예를 들어 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 및 두개내 동맥류의 임의의 하나 이상의 증상을 제거하는데 필요한 폴리시스틴 2 단백질 또는 RNA의 활성 또는 기능의 양을 지칭한다. 일부 구현예에서, 방법은 부분적으로 기능적인 폴리시스틴 2 단백질 또는 RNA의 생산을 증가시키기 위해 사용된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, "부분적으로 기능적인"이라는 용어는 질환 또는 병태의 임의의 하나 이상의 증상을 제거하거나 예방하는 데 필요한 활성 또는 기능의 양보다 적은 폴리시스틴 2 단백질 또는 RNA의 활성 또는 기능의 양을 지칭한다. 일부 구현예에서, 부분적으로 기능적인 단백질 또는 RNA는 완전 기능성 단백질 또는 RNA에 비해 활성이 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 적을 것이다.

일부 구현예에서, 방법은 폴리시스틴 2를 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에 의한 폴리시스틴 2의 발현을 증가시키는 방법이며, 여기서 대상체는 폴리시스틴 2의 결핍된 양에 의해 야기되는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 또는 두개내 동맥류을 가지고 있고, 여기서 폴리시스틴 2의 결핍된 양은 폴리시스틴 2의 반가불충분성에 의해 야기된다. 이러한 구현예에서, 대상체는 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제1 대립유전자 및 폴리시스틴 2가 생산되지 않는 제2 대립유전자를 갖는다. 또 다른 이러한 구현예에서, 대상체는 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제1 대립유전자 및 비기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제2 대립유전자을 갖는다. 또 다른 이러한 구현예에서, 대상체는 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제1 대립유전자 및 부분적 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제2 대립유전자을 갖는다. 임의의 이들 구현예에서, 안티센스 올리고머는 제2 대립유전자로부터 전사된 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하여, 프리-mRNA로부터 NIE의 엑손 스킵핑을 유도하고 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 성숙 mRNA 수준의 증가를 유발하고 대상체의 세포에서 폴리시스틴 2의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 방법은 표적 단백질을 인코딩하는 NSE 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에 의한 표적 단백질의 발현을 감소시키는 방법이며, 여기서 대상체는 표적 단백질의 과잉량의 활성에 의해 발생하는 질환을 갖고 있고, 표적 단백질의 과잉량의 발현은 돌연변이에 의해 발생하고, 표적은 PKD2로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나이다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 돌연변이를 수반하는 대립유전자로부터 전사된 NSE 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하여, 프리-mRNA로의 NSE의 교대 스플라이싱을 증가시키고, 기능성 표적 단백질을 인코딩하는 성숙 mRNA 수준의 감소 및 대상체의 세포 내 표적 단백질의 발현 감소를 유발한다. 관련 구현예에서, 방법은 기능성 단백질 또는 기능성 RNA의 발현을 감소시키기 위해 ASO를 사용하는 방법이다. 일부 구현예에서, ASO는 표적 단백질을 인코딩하는 NSE 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 감소시키기 위해 사용되며, 여기서 대상체는 표적 단백질의 양 또는 기능이 과량이다.

일부 구현예에서, 방법은 표적 단백질을 인코딩하는 NSE 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에 의한 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이며, 여기서 대상체는 표적 단백질의 결핍 또는 과잉 양의 활성에 의해 발생하는 질환을 갖고 있고, 표적 단백질의 결핍 또는 과잉 양의 발현은 돌연변이에 의해 발생하고, 표적은 PKD2로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나이다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 돌연변이를 수반하는 대립유전자로부터 전사된 NSE 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하여, 프리-mRNA로의 NSE의 교대 스플라이싱을 조절하고, 기능성 표적 단백질을 인코딩하는 성숙 mRNA 수준의 조절 및 대상체의 세포 내 표적 단백질의 발현 조절을 유발한다. 관련 구현예에서, 방법은 기능성 단백질 또는 기능성 RNA의 발현을 조절하기 위해 ASO를 사용하는 방법이다. 일부 구현예에서, ASO는 표적 단백질을 인코딩하는 NSE 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하기 위해 사용되며, 여기서 대상체는 표적 단백질의 양 또는 기능이 비정상적인 양이다.

일부 구현예에서, 방법은 폴리시스틴 2를 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에 의한 폴리시스틴 2의 발현을 증가시키는 방법이며, 여기서 대상체는 폴리시스틴 2의 결핍된 양에 의해 야기되는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 또는 두개내 동맥류을 가지고 있고, 여기서 폴리시스틴 2의 결핍된 양은 상염색체 열성 유전에 의해 야기된다.

일부 구현예에서, 방법은 폴리시스틴 2를 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에 의한 폴리시스틴 2의 발현을 증가시키는 방법이며, 여기서 대상체는 폴리시스틴 2의 결핍된 양에 의해 야기되는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 또는 두개내 동맥류을 가지고 있고, 여기서 폴리시스틴 2의 결핍된 양은 상염색체 우성 유전에 의해 야기된다.

일부 구현예에서, 방법은 폴리시스틴 2를 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에 의한 폴리시스틴 2의 발현을 증가시키는 방법이며, 여기서 대상체는 폴리시스틴 2의 결핍된 양에 의해 야기되는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 또는 두개내 동맥류을 가지고 있고, 여기서 폴리시스틴 2의 결핍된 양은 X 연관 우성 유전에 의해 야기된다.

관련 구현예에서, 방법은 단백질 또는 기능성 RNA의 발현을 증가시키기 위해 ASO를 사용하는 방법이다. 일부 구현예에서, ASO는 폴리시스틴 2를 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA를 갖는 대상체의 세포에서 폴리시스틴 2의 발현을 증가시키기 위해 사용될 수 있으며, 여기서 대상체는 폴리시스틴 2의 양 또는 기능에서 결핍, 예를 들어, 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우세한 다낭성 신장 질환, 또는 두개내 동맥류을 갖는다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태의 원인이 되는 단백질을 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA 전사체는 본원에 기재된 ASO에 의해 표적화된다. 일부 구현예에서, 질환의 원인이 아닌 단백질을 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA 전사체는 ASO에 의해 표적화된다. 예를 들어, 특정 경로에서 제1 단백질의 돌연변이 또는 결핍의 결과인 질환은 제2 단백질을 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA를 표적으로 하여 제2 단백질의 생산을 증가시킴으로써 개선될 수 있다. 일부 구현예에서, 제2 단백질의 기능은 제1 단백질의 돌연변이 또는 결핍(질환 또는 병태의 원인임)을 보상할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 (a) 야생형인 제1 대립유전자, 및 (b) (i) 폴리시스틴 2가 야생형 대립유전자로부터의 생산에 비해 감소된 수준으로 생산되고, (ii) 폴리시스틴 2가 동등한 야생형 단백질에 비해 기능이 감소된 형태로 생산되거나, 또는 (iii) 폴리시스틴 2 또는 기능성 RNA가 생산되지 않는 돌연변이 대립유전자인 제2 대립유전자를 갖는다.

일부 구현예에서, 대상체는 하기를 갖는다:

(a) 하기인 제1 돌연변이 대립유전자

(i) 폴리시스틴 2는 야생형 대립유전자로부터의 생산에 비해 감소된 수준으로 생산되며,

(ii) 폴리시스틴 2는 동등한 야생형 단백질에 비해 기능이 감소된 형태로 생산되거나,

(iii) 폴리시스틴 2 또는 기능성 RNA가 생산되지 않음; 그리고

(b) 하기인 제2 돌연변이 대립유전자

(iii) 폴리시스틴 2는 생산되지 않음

NIE 함유 프리-mRNA는 제1 대립유전자 및/또는 제2 대립유전자로부터 전사되고, 대상체가 제1 돌연변이 대립유전자 (a)(iii)를 가질 때 제2 돌연변이 대립유전자는 (b)(iii)가 아니며, 대상체가 제2 돌연변이 대립유전자 (b)(iii)를 가질 때 제1 돌연변이 대립유전자는 (a)(iii)가 아니다. 이들 구현예에서, ASO는 제1 대립유전자 또는 제2 대립유전자로부터 전사된 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하여, NIE 함유 프리-mRNA로부터 NIE의 엑손 스킵핑을 유도하고 대상체의 세포에서 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 수준 증가 및 표적 단백질 또는 기능성 RNA의 발현 증가를 유발한다. 이들 구현예에서, NIE 함유 프리-mRNA로부터 NIE의 엑손 스킵핑(exon skipping)으로 인해 발현 수준이 증가된 표적 단백질 또는 기능성 RNA는 동등한 야생형 단백질에 비해 기능(부분적 기능성)이 감소된 형태, 또는 동등한 야생형 단백질과 비교하여 전체 기능(완전한 기능)을 갖는 형태일 수 있다.

일부 구현예에서, 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 수준은 대조군 세포, 예를 들어 안티센스 올리고머로 처리되지 않은 것 또는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하지 않는 안티센스 올리고머로 처리된 것에서 생산되는 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 양과 비교할 때 1.1 내지 10배 증가된다.

일부 구현예에서, 본 개시내용의 방법을 사용하여 치료된 대상체는 하나의 대립유전자로부터 부분적 기능성 폴리시스틴 2를 발현하며, 여기서 부분적 기능성 폴리시스틴 2는 틀이동 돌연변이, 넌센스 돌연변이, 미스센스 돌연변이 또는 부분 유전자 결실에 의해 야기될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 방법을 사용하여 치료된 대상체는 하나의 대립유전자로부터 비기능성 폴리시스틴 2를 발현하며, 여기서 비기능성 폴리시스틴 2는 하나의 대립유전자에서 틀이동 돌연변이, 넌센스 돌연변이, 미스센스 돌연변이, 부분 유전자 결실에 의해 야기될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 방법을 사용하여 치료된 대상체는 하나의 대립유전자에서 PKD2 전체 유전자 결실을 갖는다.

엑손 포함

일부 구현예에서, 포함된 NIE는 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 유전자로부터 전사된 NIE 함유 프리-mRNA의 집단에서 가장 풍부한 NIE이다. 일부 구현예에서, 포함된 NIE는 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 유전자로부터 전사된 NIE 함유 프리-mRNA의 집단에서 가장 풍부한 NIE이고, NIE 함유 프리-mRNA의 집단은 2개 이상의 포함된 NIE를 함유한다. 일부 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA의 집단에서 가장 풍부한 NIE를 표적으로 하는 안티센스 올리고머는 안티센스 올리고머가 표적이 되거나 결합되는 NIE를 포함하여 집단에서 하나 또는 둘 이상의 NIE의 엑손 스킵핑을 유도한다. 일부 구현예에서, 표적화된 영역은 폴리시스틴 2를 인코딩하는 NIE 함유 프리-mRNA에서 가장 풍부한 NIE인 NIE에 있다.

엑손 포함 정도는 엑손 포함 백분율, 예를 들어 주어진 NIE가 포함된 전사체의 백분율로 표현될 수 있다. 요컨대, 엑손 포함 백분율은 엑손 포함 RNA 전사체 양의 평균과 엑손 제외 RNA 전사체 양의 평균의 합에 대한 엑손 포함 RNA 전사체 양의 백분율로 계산할 수 있다.

NSE는 추가 염기 쌍의 스플라이싱의 결과로 생성될 수 있다.

대체 스플라이싱의 정도는 대체 스플라이싱의 백분율, 예를 들어 주어진 NSE가 포함된 전사체의 백분율-나이로 표현될 수 있다. 요약하면 퍼센트 대체 스플라이싱은 NSE가 있는 RNA 전사체 양의 평균과 정규 엑손만 있는 RNA 전사체 양의 평균의 합에 대해 NSE가 있는 RNA 전사체의 양의 퍼센트로 계산할 수 있다.

일부 구현예에서, 포함된 NIE는 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 또는 적어도 약 50% 포함의 결정에 기초한 포함된 NIE로 확인되는 엑손이다. 구현예에서, 포함된 NIE는 약 5% 내지 약 100%, 약 5% 내지 약 95%, 약 5% 내지 약 90%, 약 5% 내지 약 85%, 약 5% 내지 약 80%, 약 5% 내지 약 75%, 약 5% 내지 약 70%, 약 5% 내지 약 65%, 약 5% 내지 약 60%, 약 5% 내지 약 55%, 약 5% 내지 약 50%, 약 5% 내지 약 45%, 약 5% 내지 약 40%, 약 5% 내지 약 35%, 약 5% 내지 약 30%, 약 5% 내지 약 25%, 약 5% 내지 약 20%, 약 5% 내지 약 15%, 약 10% 내지 약 100%, 약 10% 내지 약 95%, 약 10% 내지 약 90%, 약 10% 내지 약 85%, 약 10% 내지 약 80%, 약 10% 내지 약 75%, 약 10% 내지 약 70%, 약 10% 내지 약 65%, 약 10% 내지 약 60%, 약 10% 내지 약 55%, 약 10% 내지 약 50%, 약 10% 내지 약 45%, 약 10% 내지 약 40%, 약 10% 내지 약 35%, 약 10% 내지 약 30%, 약 10% 내지 약 25%, 약 10% 내지 약 20%, 약 15% 내지 약 100%, 약 15% 내지 약 95%, 약 15% 내지 약 90%, 약 15% 내지 약 85%, 약 15% 내지 약 80%, 약 15% 내지 약 75%, 약 15% 내지 약 70%, 약 15% 내지 약 65%, 약 15% 내지 약 60%, 약 15% 내지 약 55%, 약 15% 내지 약 50%, 약 15% 내지 약 45%, 약 15% 내지 약 40%, 약 15% 내지 약 35%, 약 15% 내지 약 30%, 약 15% 내지 약 25%, 약 20% 내지 약 100%, 약 20% 내지 약 95%, 약 20% 내지 약 90%, 약 20% 내지 약 85%, 약 20% 내지 약 80%, 약 20% 내지 약 75%, 약 20% 내지 약 70%, 약 20% 내지 약 65%, 약 20% 내지 약 60%, 약 20% 내지 약 55%, 약 20% 내지 약 50%, 약 20% 내지 약 45%, 약 20% 내지 약 40%, 약 20% 내지 약 35%, 약 20% 내지 약 30%, 약 25% 내지 약 100%, 약 25% 내지 약 95%, 약 25% 내지 약 90%, 약 25% 내지 약 85%, 약 25% 내지 약 80%, 약 25% 내지 약 75%, 약 25% 내지 약 70%, 약 25% 내지 약 65%, 약 25% 내지 약 60%, 약 25% 내지 약 55%, 약 25% 내지 약 50%, 약 25% 내지 약 45%, 약 25% 내지 약 40%, 또는 약 25% 내지 약 35% 포함의 결정에 기초한 포함된 NIE로 확인되는 엑손이다. ENCODE 데이터(예를 들어, 문헌[Tilgner, 등, 2012, "Deep sequencing of subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the human genome but inefficient for lncRNAs," Genome Research 22(9):1616-25]에 기재됨)는 엑손 포함을 확인하는 데 도움을 주기 위해 사용할 수 있다.

일부 구현예에서, 세포를 PKD2 프리-mRNA 전사체의 표적화 부분에 상보적인 ASO와 접촉시키는 것은 ASO 부재/처리 부재 시 세포에 의해 생성된 단백질의 양과 비교하여 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 80, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 또는 1000%까지 생성된 폴리시스틴 2의 양을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 접촉되는 세포에 의해 생산된 폴리시스틴 2의 총량은 대조군 화합물에 의해 생성된 표적 단백질의 양과 비교하여 약 20% 내지 약 300%, 약 50% 내지 약 300%, 약 100% 내지 약 300%, 약 150% 내지 약 300%, 약 20% 내지 약 50%, 약 20% 내지 약 100%, 약 20% 내지 약 150%, 약 20% 내지 약 200%, 약 20% 내지 약 250%, 약 50% 내지 약 100%, 약 50% 내지 약 150%, 약 50% 내지 약 200%, 약 50% 내지 약 250%, 약 100% 내지 약 150%, 약 100% 내지 약 200%, 약 100% 내지 약 250%, 약 150% 내지 약 200%, 약 150% 내지 약 250%, 약 200% 내지 약 250%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 50%, 적어도 약 100%, 적어도 약 150%, 적어도 약 200%, 적어도 약 250%, 또는 적어도 약 300% 증가된다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 접촉되는 세포에 의해 생성된 폴리시스틴 2의 총량은 대조군 화합물에 의해 생성된 표적 단백질의 양과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다. 대조군 화합물은 예를 들어 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이지 않은 올리고뉴클레오티드일 수 있다.

일부 구현예에서, 세포를 PKD2 프리-mRNA 전사체의 표적화 부분에 상보적인 ASO와 접촉시키는 것은 표적 단백질을 인코딩하는 성숙 mRNA를 포함하여 PKD2를 인코딩하는 mRNA의 양을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA, 또는 폴리시스틴 2를 인코딩하는 성숙 mRNA의 양은 ASO 부재/처리 부재 시 세포에 의해 생성된 단백질의 양과 비교하여 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 80, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 또는 1000%까지 증가된다. 일부 구현예에서, 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA, 또는 안티센스 올리고머는 접촉되는 세포에서 생산된 폴리시스틴 2를 인코딩하는 성숙 mRNA의 총량은 처리되지 않은 세포, 예를 들어, 처리되지 않은 세포 또는 대조군 화합물로 처리된 세포에서 생산된 성숙 RNA의 양과 비교하여 약 20% 내지 약 300%, 약 50% 내지 약 300%, 약 100% 내지 약 300%, 약 150% 내지 약 300%, 약 20% 내지 약 50%, 약 20% 내지 약 100%, 약 20% 내지 약 150%, 약 20% 내지 약 200%, 약 20% 내지 약 250%, 약 50% 내지 약 100%, 약 50% 내지 약 150%, 약 50% 내지 약 200%, 약 50% 내지 약 250%, 약 100% 내지 약 150%, 약 100% 내지 약 200%, 약 100% 내지 약 250%, 약 150% 내지 약 200%, 약 150% 내지 약 250%, 약 200% 내지 약 250%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 50%, 적어도 약 100%, 적어도 약 150%, 적어도 약 200%, 적어도 약 250%, 또는 적어도 약 300% 증가된다. 일부 구현예에서, 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA, 또는 안티센스 올리고머는 접촉되는 세포에서 생산된 폴리시스틴 2를 인코딩하는 성숙 mRNA의 총량은 처리되지 않은 세포, 예를 들어, 처리되지 않은 세포 또는 대조군 화합물로 처리된 세포에서 생산된 성숙 RNA의 양과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다 대조군 화합물은 예를 들어 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이지 않은 올리고뉴클레오티드일 수 있다.

일부 구현예에서, 세포를 PKD2 프리-mRNA 전사체의 표적화 부분에 상보적인 ASO와 접촉시키는 것은 ASO 부재/처리 부재 시 세포에 의해 생성된 단백질의 양과 비교하여 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 80, 100%까지 생성된 폴리시스틴 2의 양을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 접촉되는 세포에 의해 생성된 폴리시스틴 2의 총량은 대조군 화합물에 의해 생성된 표적 단백질의 양과 비교하여 약 20% 내지 약 100%, 약 50% 내지 약 100%, 약 20% 내지 약 50%, 또는 약 20% 내지 약 100% 감소된다. 일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 접촉되는 세포에 의해 생성된 폴리시스틴 2의 총량은 대조군 화합물에 의해 생성된 표적 단백질의 양과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 감소된다. 대조군 화합물은 예를 들어 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이지 않은 올리고뉴클레오티드일 수 있다.

일부 구현예에서, 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 수준은 대조군 세포, 예를 들어 안티센스 올리고머로 처리되지 않은 것 또는 PKD2 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하지 않는 안티센스 올리고머로 처리된 것에서 생산되는 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 양과 비교할 때 1.1 내지 10배 감소된다.

일부 구현예에서, 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 수준은 대조군 세포, 예를 들어 안티센스 올리고머로 처리되지 않은 것 또는 PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하지 않는 안티센스 올리고머로 처리된 것에서 생산되는 폴리시스틴 2를 인코딩하는 mRNA의 양과 비교할 때 1.1 내지 10배 감소된다.

본 발명의 일부 구현예에서, 대상체는 PKD2에서 돌연변이를 가질 수 있다. 미스센스 변이체, 넌센스 변이체, 단일- 및 이중-뉴클레오티드 삽입 및 결실, 복합 삽입/결실, 및 스플라이스 부위 변이체를 비롯한 다양한 병원성 변이가 PKD2 결핍을 야기하는 것으로 보고되었다. 이 병원성 변이체가 존재하는 경우, 전사체의 약 2%-5%가 올바르게 스플라이싱되어 잔류 효소 활성이 허용된다. 일부 구현예에서, 질환은 절단된 단백질 또는 입체형태가 변경되거나 활성이 감소된 단백질을 생성하는 PKD2 병원성 변이체에 의해 야기되는 PKD2 기능의 손실로부터 발생한다.

일부 구현예에서, 당업계에 공지되고 상기 기재된 임의의 PKD2 돌연변이를 갖는 대상체는 본원에 기재된 방법 및 조성물을 사용하여 치료될 수 있다. 일부 구현예에서, 돌연변이는 임의의 PKD2 인트론 또는 엑손 내에 있다. 일부 구현예에서, 돌연변이는 PKD2 엑손 2, 3 또는 4 내에 있다.

NIE는 임의의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론의 전체 서열을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론의 전체 서열 및 인트론 업스트림의 엑손의 전체 서열 및 인트론 다운스트림의 엑손의 전체 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론의 일부일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 정규 인트론 서열의 5' 말단 부분을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 정규 인트론의 정규 5'ss 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 정규 인트론의 3' 말단 부분을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 정규 인트론의 정규 3'ss 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론의 정규 5'ss 서열을 포함하지 않고 인트론 내의 부분일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론의 정규 3'ss 서열을 포함하지 않고 인트론 내의 부분일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 인트론의 정규 5'ss 서열 또는 표준 3'ss 서열을 포함하지 않는 인트론 내의 부분일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 길이가 5개의 뉴클레오티드 내지 10개의 뉴클레오티드, 10개의 뉴클레오티드 내지 15개의 뉴클레오티드, 15개의 뉴클레오티드 내지 20개의 뉴클레오티드, 20개의 뉴클레오티드 내지 25개의 뉴클레오티드, 25개의 뉴클레오티드 내지 30개의 뉴클레오티드, 30개의 뉴클레오티드 내지 35개의 뉴클레오티드, 35개의 뉴클레오티드 내지 40개의 뉴클레오티드, 40개의 뉴클레오티드 내지 45개의 뉴클레오티드, 45개의 뉴클레오티드 내지 50개의 뉴클레오티드, 50개의 뉴클레오티드 내지 55개의 뉴클레오티드, 55개의 뉴클레오티드 내지 60개의 뉴클레오티드, 60개의 뉴클레오티드 내지 65개의 뉴클레오티드, 65개의 뉴클레오티드 내지 70개의 뉴클레오티드, 70개의 뉴클레오티드 내지 75개의 뉴클레오티드, 75개의 뉴클레오티드 내지 80개의 뉴클레오티드, 80개의 뉴클레오티드 내지 85개의 뉴클레오티드, 85개의 뉴클레오티드 내지 90개의 뉴클레오티드, 90개의 뉴클레오티드 내지 95개의 뉴클레오티드, 또는 95개의 뉴클레오티드 내지 100개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 길이가 적어도 10개의 뉴클레오티드, 적어도 20개의 뉴클레오티드, 적어도 30개의 뉴클레오티드, 적어도 40개의 뉴클레오티드, 적어도 50개의 뉴클레오티드, 적어도 60개의 뉴클레오티드, 적어도 70개의 뉴클레오티드, 적어도 80개의 뉴클레오티드, 적어도 90개의 뉴클레오티드, 또는 적어도 100개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 길이가 100 내지 200개의 뉴클레오티드, 200 내지 300개의 뉴클레오티드, 300 내지 400개의 뉴클레오티드, 400 내지 500개의 뉴클레오티드, 500 내지 600개의 뉴클레오티드, 600 내지 700개의 뉴클레오티드, 700 내지 800개의 뉴클레오티드, 800 내지 900개의 뉴클레오티드, 900 내지 1,000개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 구현예에서, NIE는 길이가 1,000개 초과의 뉴클레오티드일 수 있다.

NIE의 포함은 전사체를 NMD의 표적으로 만드는 성숙 mRNA 전사체에서 틀이동 및 조기 종결 코돈(PTC)(또는 조기 종결 코돈)의 도입으로 이어질 수 있다. NIE를 함유하는 성숙 mRNA 전사체는 단백질 발현을 일으키지 않는 비-생산적인 mRNA 전사체일 수 있다. PTC는 NIE의 다운스트림 위치에 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, PTC는 NIE의 임의의 엑손 다운스트림에 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, PTC는 NIE 내에 존재할 수 있다. 예를 들어, PKD2 유전자에 의해 인코딩된 mRNA 전사체에 PKD2 프리-mRNA의 엑손 2x가 포함되면 mRNA 전사체에서 PTC를 유도할 수 있다. 예를 들어, PKD2에 의해 인코딩된 mRNA 전사체에 PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140)이 포함된다.

치료제

일부 구현예에서, 본원에 사용된 제제는 치료제를 지칭한다. 일부 구현예에서, 본원에 사용된 치료제는 제제를 지칭한다.

본 개시내용의 다양한 구현예에서, PKD2의 단백질 발현 수준을 조절하기 위해 치료제를 포함하는 조성물 및 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 대체 스플라이싱을 조절하기 위한 조성물 및 방법이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 스플라이싱에서 엑손 스킵핑을 유도하기 위한, 예를 들어, PKD2 프리-mRNA의 스플라이싱 동안 NMD 엑손의 스킵핑을 유도하기 위한 조성물 및 방법이 본원에서 제공된다. 다른 구현예에서, 치료제는 단백질 발현 수준을 감소시키기 위해 엑손의 포함을 유도하는데 사용될 수 있다.

본원에 개시된 치료제는 NIE 억제제일 수 있다. 치료제는 다핵산 폴리머를 포함할 수 있다. 본원에 개시된 치료제는 대체 스플라이싱 억제제일 수 있다. 일부 구현예에서, 치료제는 다핵산 폴리머를 포함할 수 있다. 다른 구현예에서, 치료제는 소분자를 포함할 수 있다. 다른 구현예에서, 치료제는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 치료제는 핵산 분자와 복합체를 형성하거나 복합체를 형성하지 않는 핵산 결합 단백질이다. 다른 구현예에서, 치료제는 또 다른 치료제를 인코딩하는 핵산 분자이다. 추가 구현예에서, 치료제는 아데노바이러스 연관 벡터와 같은 바이러스 전달 시스템에 통합된다.

본 발명의 한 양태에 따르면, 기능성 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍과 연관된 병태 또는 질환의 치료 또는 예방 방법이 본원에 제공되며, 방법은 기능성 폴리시스틴 2의 수준을 증가시키기 위해 대상체에게 NIE 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 제제는 성숙 전사체에서 NIE의 포함을 감소시키기 위해 프리-mRNA 전사체의 영역에 결합한다. 예를 들어, 기능성 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍과 연관된 병태의 치료 또는 예방 방법이 본원에 제공되며, 방법은 기능성 폴리시스틴 2의 수준을 증가시키기 위해 대상체에게 NIE 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 제제는 프리-mRNA 전사체의 NIE(예를 들어, PKD2의 엑손 2x)를 함유하는 인트론의 영역 또는 동일한 인트론 내의 NIE-활성화 조절 서열에 결합한다. 예를 들어, 기능성 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍과 연관된 병태의 치료 또는 예방 방법이 본원에 제공되며, 방법은 기능성 폴리시스틴 2의 수준을 증가시키기 위해 대상체에게 NIE 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 제제는 프리-mRNA 전사체의 NIE(예를 들어, PKD2의 엑손 (GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))를 함유하는 인트론의 영역 또는 동일한 인트론 내의 NIE-활성화 조절 서열에 결합한다. 추가로 예를 들어, 기능성 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍과 연관된 병태의 치료 또는 예방 방법이 본원에 제공되며, 방법은 기능성 폴리시스틴 2의 수준을 증가시키기 위해 대상체에게 대체 스플라이싱 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 제제는 프리-mRNA 전사체의 엑손 또는 인트론(예를 들어, 인간 PKD2 유전자의 엑손 3 또는 4, 인트론 2, 3 또는 4)의 영역에 결합한다.

본 발명의 한 양태에 따르면, 기능성 폴리시스틴 2 또는 폴리시스틴 1 결핍과 연관된 병태의 치료 또는 예방 방법이 본원에 제공되며, 방법은 기능성 폴리시스틴 2의 수준을 증가시키기 위해 대상체에게 대체 스플라이싱 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 제제는 성숙 전사체에서 NSE의 포함을 감소시키기 위해 프리-mRNA 전사체의 영역에 결합한다.

대안적으로, 기능성 표적 단백질 과발현과 연관된 병태의 치료 또는 예방 방법이 본원에 제공되며, 방법은 기능성 표적 단백질의 수준을 감소시키기 위해 대상체에게 대체 스플라이싱 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 제제는 프리-mRNA 전사체의 엑손 또는 인트론 영역에 결합하며, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

성숙 mRNA에서 NIE 포함을 감소시키는 것을 언급하는 경우, 감소는 완전할 수 있고, 예를 들어 100%일 수 있거나 부분적일 수 있다. 감소는 임상적으로 유의적일 수 있다. 감소/보정은 치료를 받지 않은 대상체에서 NIE 포함 수준에 상대적이거나 유사한 대상체의 집단에서 NIE 포함의 양에 상대적일 수 있다. 감소/보정은 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 10% 더 적을 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 20% 적을 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 40% 적을 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 50% 적을 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 60% 적을 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 80% 적을 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 NIE 포함이 적어도 90% 적을 수 있다.

활성 폴리시스틴 2 수치 증가에 대한 언급이 있는 경우, 증가는 임상적으로 유의적일 수 있다. 증가는 치료를 받지 않은 대상체에서 활성 폴리시스틴 2의 수준에 상대적이거나 유사한 대상체의 집단에서 활성 폴리시스틴 2의 양에 상대적일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 10% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 20% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 40% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 50% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 80% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 100% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 200% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다. 증가는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 500% 초과 활성의 폴리시스틴 2일 수 있다.

기능성 폴리시스틴 2 수준의 감소에 대해 언급한 경우, 그 감소는 임상적으로 유의적일 수 있다. 감소는 치료를 받지 않은 대상체에서 기능성 폴리시스틴 2의 수준에 상대적이거나 유사한 대상체의 집단에서 기능성 폴리시스틴 2의 양에 상대적일 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 10% 적은 기능성 폴리시스틴 2일 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 20% 적은 기능성 폴리시스틴 2일 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 40% 적은 기능성 폴리시스틴 2일 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 50% 적은 기능성 폴리시스틴 2일 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 80% 적은 기능성 폴리시스틴 2일 수 있다. 감소는 평균 대상체 또는 치료 전 대상체에 비해 적어도 100% 적은 기능성 폴리시스틴 2일 수 있다.

NIE 억제제가 다핵산 폴리머를 포함하는 구현예에서, 다핵산 폴리머는 길이가 약 50개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 45개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 40개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 35개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 24개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 20개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 19개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 18개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 17개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 16개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 15개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 14개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 13개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 12개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 11개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 50개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 45개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 40개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 35개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10 내지 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 20개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 15개 내지 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 15개 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 12개 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다.

대체 스플라이싱 억제제가 다핵산 폴리머를 포함하는 구현예에서, 다핵산 폴리머는 길이가 약 50개의 뉴클레오티드일 수 있다. 대체 스플라이싱 조절제가 다핵산 폴리머를 포함하는 구현예에서, 다핵산 폴리머는 길이가 약 50개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 45개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 40개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 35개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 24개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 20개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 19개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 18개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 17개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 16개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 15개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 14개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 13개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 12개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 11개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 50개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 45개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 40개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 35개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10 내지 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 10개 내지 약 20개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 15개 내지 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 15개 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 다핵산 폴리머는 길이가 약 12개 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다.

다핵산 폴리머의 서열은 mRNA 전사체, 예를 들어 부분적으로 프로세싱된 mRNA 전사체의 표적 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 상보적이다. 다핵산 폴리머의 서열은 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 100% 상보적일 수 있다.

다핵산 폴리머의 서열은 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 대해 4개 이하의 미스매치를 가질 수 있다. 다핵산 폴리머의 서열은 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 대해 3개 이하의 미스매치를 가질 수 있다. 다핵산 폴리머의 서열은 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 대해 2개 이하의 미스매치를 가질 수 있다. 다핵산 폴리머의 서열은 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 대해 1개 이하의 미스매치를 가질 수 있다. 다핵산 폴리머의 서열은 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 대한 미스매치를 갖지 않을 수 있다.

다핵산 폴리머는 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있다. 예를 들어, 다핵산 폴리머는 프리-mRNA 전사체의 표적 서열에 대해 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% 또는 100% 서열 상보성을 가질 수 있다. 혼성화는 매우 엄격한 혼성화 조건 하에서 이루어질 수 있다.

다핵산 폴리머는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 다핵산 폴리머는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열과 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 다핵산 폴리머는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 서열 동일성을 갖는 서열이다. 다핵산 폴리머는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열과 100% 서열 동일성을 갖는 서열이다.

다핵산 폴리머 서열에 대한 언급이 있는 경우, 당업자는 하나 이상의 치환이 허용될 수 있고, 임의로 2개의 치환이 표적 서열에 혼성화하는 능력을 유지하도록 서열에서 허용될 수 있거나; 또는 치환이 표적 서열에 있는 경우, 능력은 표적 서열로 인식됨을 이해할 것이다. 서열 동일성에 대한 참조는 표준/디폴트 매개변수를 사용하여 BLAST 서열 정렬에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, 서열은 99% 동일성을 가질 수 있고 여전히 본 개시내용에 따라 기능할 수 있다. 다른 구현예에서, 서열은 98% 동일성을 가질 수 있고 여전히 본 개시내용에 따라 기능할 수 있다. 또 다른 구현예에서, 서열은 95% 동일성을 가질 수 있고 여전히 본 개시내용에 따라 기능할 수 있다. 또 다른 구현예에서, 서열은 90% 동일성을 가질 수 있고 여전히 본 개시내용에 따라 기능할 수 있다.

안티센스 올리고머

PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합함으로써 엑손 스킵핑을 유도하는 안티센스 올리고머를 포함하는 조성물이 본원에서 제공된다. 본원에서 사용되는 용어 "ASO" 및 "안티센스 올리고머"는 상호교환적으로 사용되며 왓슨-크릭 염기쌍 형성 또는 워블 염기쌍 형성 (G-U)에 의해 표적 핵산(예를 들어, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA) 서열에 혼성화하는 핵염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드와 같은 올리고머를 지칭한다. ASO는 표적 서열에 상보적인 정확한 서열 또는 거의 상보성(예를 들어, 표적 서열에 결합하고 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 향상시키기에 충분한 상보성)을 가질 수 있다. ASO는 표적 핵산(예를 들어, 프리-mRNA 전사체의 표적화 부분)에 결합(혼성화)하고 생리학적 조건 하에서 혼성화된 상태를 유지하도록 설계된다. 전형적으로 의도한 (표적화된) 핵산 서열이 아닌 다른 부위에 혼성화되면 표적 핵산이 아닌 제한된 수의 서열(표적 핵산 이외의 일부 부위)에 혼성화한다. ASO의 설계는 프리-mRNA 전사체의 표적화 부분의 핵산 서열 또는 게놈 또는 세포 프리-mRNA 또는 전사체의 다른 위치에서 충분히 유사한 핵산 서열의 발생을 고려할 수 있고, 이로써 ASO가 다른 부위에 결합하여 "표적외" 효과를 유발할 가능성은 제한된다. 예를 들어 WO 2015/035091로 공개된 "Reducing Nonsense-Mediated mRNA Decay"라는 제목의 PCT 출원 번호 PCT/US2014/054151에서 당업계에 공지된 임의의 안티센스 올리고머는 본원에 참조로 포함되며 본원에서 기재된 방법을 실시하는 데 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, ASO는 표적 핵산 또는 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 "특이적으로 혼성화"하거나 "특이적"이다. 전형적으로, 이러한 혼성화는 실질적으로 37℃ 초과, 바람직하게는 적어도 50℃, 전형적으로 60℃ 내지 약 90℃ 사이의 T_m으로 발생한다. 이러한 혼성화는 바람직하게는 엄격한 혼성화 조건에 해당한다. 주어진 이온 강도 및 pH에서, T_m은 표적 서열의 50%가 상보적인 올리고뉴클레오티드에 혼성화되는 온도이다.

올리고뉴클레오티드와 같은 올리고머는 혼성화가 2개의 단일 가닥 폴리뉴클레오티드 사이에 역평행 배열로 발생할 때 서로 "상보적"이다. 이중 가닥 폴리뉴클레오티드는 제1 폴리뉴클레오티드의 가닥 중 하나와 제2 가닥 사이에 혼성화가 발생할 수 있는 경우 다른 폴리뉴클레오티드에 대해 "상보적"일 수 있다. 상보성(하나의 폴리뉴클레오티드가 다른 폴리뉴클레오티드와 상보적인 정도)은 일반적으로 허용되는 염기쌍 형성 규칙에 따라 서로 수소 결합을 형성할 것으로 예상되는 대향 가닥의 염기 비율(예를 들어, 백분율)로 정량화할 수 있다. 안티센스 올리고머(ASO)의 서열은 혼성화하기 위해 표적 핵산의 서열에 100% 상보적일 필요는 없다. 특정 구현예에서, ASO는 표적화되는 표적 핵산 서열 내의 표적 영역에 대한 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 상보성을 갖는다. 예를 들어, 올리고머 화합물의 20개 핵염기 중 18개가 표적 영역에 상보적이어서 특이적으로 혼성화되는 ASO는 90% 상보성을 나타낼 것이다. 이 예에서, 나머지 비-상보적 핵염기는 함께 클러스터링되거나 상보적 핵염기와 산재될 수 있으며 서로 또는 상보적 핵염기에 연속할 필요는 없다. 표적 핵산 영역과 ASO의 퍼센트 상보성은 당업계에 공지된 BLAST 프로그램(기본 로컬 정렬 검색 도구) 및 PowerBLAST 프로그램을 사용하여 일상적으로 결정될 수 있다(Altschul, 등, J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656).

ASO는 표적 서열의 모든 핵염기에 혼성화할 필요는 없으며 혼성화하는 핵염기는 연속하거나 비연속적일 수 있다. ASO는 프리-mRNA 전사체의 하나 이상의 세그먼트에 걸쳐 혼성화할 수 있으므로, 개재 또는 인접 세그먼트가 혼성화 이벤트에 관여하지 않는다(예를 들어, 루프 구조 또는 헤어핀 구조가 형성될 수 있음). 특정 구현예에서, ASO는 표적 프리-mRNA 전사체에서 비연속적 핵염기에 혼성화한다. 예를 들어, ASO는 ASO가 혼성화하지 않는 하나 이상의 핵염기(들)에 의해 분리된 프리-mRNA 전사체의 핵염기에 혼성화할 수 있다.

본원에 기재된 ASO는 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 존재하는 핵염기에 상보적인 핵염기를 포함한다. 용어 ASO는 표적 mRNA 상의 상보적 핵염기에 혼성화할 수 있는 핵염기를 포함하지만 펩티드 핵산(PNA)과 같은 당 모이어티를 포함하지 않는 임의의 다른 올리고머 분자 올리고뉴클레오티드 및를 구현한다. ASO는 자연 발생 뉴클레오티드, 뉴클레오티드 유사체, 변형된 뉴클레오티드, 또는 이들 중 2개 또는 3개의 임의의 조합을 포함할 수 있다. "자연 발생 뉴클레오티드"라는 용어는 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드를 포함한다. 용어 "변형된 뉴클레오티드"는 변형되거나 치환된 당 그룹 및/또는 변형된 백본을 갖는 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, ASO의 모든 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드이다. 본원에 기재된 방법 및 조성물과 상용성인 ASO 또는 ASO의 성분의 화학적 변형은 당업자에게 명백할 것이며, 예를 들어 본원에 그 전문이 참조로 포함된 문헌[미국 특허 제8,258,109 B2호, 미국 특허 제5,656,612호, 미국 특허 공개 제2012/0190728호, 및 Dias and Stein, Mol. Cancer Ther. 2002, 347-355]에 찾을 수 있다.

ASO의 하나 이상의 핵염기는 아데닌, 구아닌, 시토신, 티민 및 우라실과 같은 임의의 자연 발생 비변형 핵염기, 또는 표적 프리-mRNA에 존재하는 핵염기와 수소 결합할 수 있도록 변형되지 않은 핵염기와 충분히 유사한 임의의 합성 또는 변형된 핵염기일 수 있다. 변형된 핵염기의 예는 하이포크산틴, 크산틴, 7-메틸구아닌, 5,6-디하이드로유라실, 5-메틸시토신 및 5-하이드록시메토일시토신을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

본원에 기재된 ASO는 또한 올리고머의 성분을 연결하는 백본 구조를 포함한다. "백본 구조" 및 "올리고머 연결"이라는 용어는 상호교환적으로 사용될 수 있으며 ASO의 모노머 사이의 연결을 지칭한다. 자연 발생 올리고뉴클레오티드에서, 백본은 올리고머의 당 모이어티를 연결하는 3'-5' 포스포디에스테르 연결을 포함한다. 본원에 기재된 ASO의 백본 구조 또는 올리고머 연결은 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포로셀레노에이트, 포스포로디셀레노에이트, 포스포로아닐로티오에이트, 포스포라닐라데이트, 포스포르아미데이트 등을 (비제한적으로) 포함할 수 있다. 예를 들어, 문헌[LaPlanche, 등, Nucleic Acids Res. 14:9081 (1986); Stec, 등, J. Am. Chem. Soc. 106:6077 (1984), Stein, 등, Nucleic Acids Res. 16:3209 (1988), Zon, 등, Anti-Cancer Drug Design 6:539 (1991); Zon, 등, Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, pp. 87-108 (F. Eckstein, Ed., Oxford University Press, Oxford England (1991)); Stec, 등, 미국 특허 제5,151,510호; Uhlmann 및 Peyman, Chemical Reviews 90:543 (1990)] 참조. 일부 구현예에서, ASO의 백본 구조는 인을 함유하지 않고 오히려 예를 들어 펩티드 핵산(PNA)에서 펩티드 결합, 또는 카바메이트, 아미드, 선형 및 고리형 탄화수소 기를 포함하는 연결기를 함유한다. 일부 구현예에서, 백본 변형은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 구현예에서, 백본 변형은 포스포르아미데이트 연결이다.

일부 구현예에서, ASO 백본의 각각의 인 뉴클레오티드간 연결에서의 입체화학은 무작위적이다. 일부 구현예에서, ASO 백본의 각각의 인 뉴클레오티드간 연결에서의 입체화학은 조절되며 랜덤하지 않다. 예를 들어, 미국 특허 출원 공개 제2014/0194610호, "Methods for the Synthesis of Functionalized Nucleic Acids"(본원에 참조로 포함됨)는 핵산 올리고머의 각 인 원자에서 키랄성의 손잡이(handedness)를 독립적으로 선택하는 방법을 기재한다. 일부 구현예에서, 본원의 표 5 및 6에 기재된 임의의 ASO를 포함하나 이에 제한되지 않는 본 개시내용의 방법에 사용되는 ASO는 무작위가 아닌 인 뉴클레오티드간 연결을 갖는 ASO를 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법에 사용되는 조성물은 순수한 부분입체이성질체 ASO를 포함한다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 방법에 사용되는 조성물은 적어도 약 90%, 적어도 약 91%, 적어도 약 92%, 적어도 약 93%, 적어도 약 94%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 약 100%, 약 90% 내지 약 100%, 약 91% 내지 약 100%, 약 92% 내지 약 100%, 약 93% 내지 약 100%, 약 94% 내지 약 100%, 약 95% 내지 약 100%, 약 96% 내지 약 100%, 약 97% 내지 약 100%, 약 98% 내지 약 100%, 또는 약 99% 내지 약 100%의 부분입체이성질체 순도를 갖는 ASO를 포함한다.

일부 구현예에서, ASO는 그의 인 뉴클레오티드간 연결에서 Rp 및 Sp 배열의 비무작위 혼합물을 갖는다. 예를 들어, 양호한 활성과 뉴클레아제 안정성 사이의 균형을 달성하기 위해 안티센스 올리고뉴클레오티드에 Rp와 Sp의 혼합이 필요하다는 것이 제안되었다(문헌[Wan, 등, 2014, "Synthesis, biophysical properties and biological activity of second-generation antisense oligonucleotides containing chiral phosphorothioate linkages," Nucleic Acids Research 42(22): 13456-13468], 이는 본원에 참조로 포함됨). 일부 구현예에서, 본원의 서열번호: 60-191에 기재된 임의의 ASO를 포함하지만 이에 제한되지 않는 본 개시내용의 방법에 사용되는 ASO는 약 5 내지 100% Rp, 적어도 약 5% Rp, 적어도 약 10% Rp, 적어도 약 15% Rp, 적어도 약 20% Rp, 적어도 약 25% Rp, 적어도 약 30% Rp, 적어도 약 35% Rp, 적어도 약 40% Rp, 적어도 약 45% Rp, 적어도 약 50% Rp, 적어도 약 55% Rp, 적어도 약 60% Rp, 적어도 약 65% Rp, 적어도 약 70% Rp, 적어도 약 75% Rp, 적어도 약 80% Rp, 적어도 약 85% Rp, 적어도 약 90% Rp, 또는 적어도 약 95% Rp을 나머지 Sp, 또는 약 100% Rp와 함께 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제시된 임의의 ASO를 포함하나 이에 제한되지 않는 본 개시내용의 방법에 사용되는 ASO는 서열번호: 60-191 중 어느 하나의 적어도 8개의 인접한 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하고, 약 10% 내지 약 100% Rp, 약 15% 내지 약 100% Rp, 약 20% 내지 약 100% Rp, 약 25% 내지 약 100% Rp, 약 30% 내지 약 100% Rp, 약 35% 내지 약 100% Rp, 약 40% 내지 약 100% Rp, 약 45% 내지 약 100% Rp, 약 50% 내지 약 100% Rp, 약 55% 내지 약 100% Rp, 약 60% 내지 약 100% Rp, 약 65% 내지 약 100% Rp, 약 70% 내지 약 100% Rp, 약 75% 내지 약 100% Rp, 약 80% 내지 약 100% Rp, 약 85% 내지 약 100% Rp, 약 90% 내지 약 100% Rp, 또는 약 95% 내지 약 100% Rp, 약 20% 내지 약 80% Rp, 약 25% 내지 약 75% Rp, 약 30% 내지 약 70% Rp, 약 40% 내지 약 60% Rp, 또는 약 45% 내지 약 55% Rp을, 나머지 Sp와 함께 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 제시된 임의의 ASO를 포함하나 이에 제한되지 않는 본 개시내용의 방법에 사용되는 ASO는 서열번호: 60-191 중 어느 하나의 적어도 8개의 인접한 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하고 약 5 내지 100% Sp, 적어도 약 5% Sp, 적어도 약 10% Sp, 적어도 약 15% Sp, 적어도 약 20% Sp, 적어도 약 25% Sp, 적어도 약 30% Sp, 적어도 약 35% Sp, 적어도 약 40% Sp, 적어도 약 45% Sp, 적어도 약 50% Sp, 적어도 약 55% Sp, 적어도 약 60% Sp, 적어도 약 65% Sp, 적어도 약 70% Sp, 적어도 약 75% Sp, 적어도 약 80% Sp, 적어도 약 85% Sp, 적어도 약 90% Sp, 또는 적어도 약 95% Sp를 나머지 Rp, 또는 약 100% Sp와 함께 포함한다. 구현예에서, 본원에 제시된 임의의 ASO를 포함하나 이에 제한되지 않는 본 개시내용의 방법에 사용되는 ASO는 약 10% 내지 약 100% Sp, 약 15% 내지 약 100% Sp, 약 20% 내지 약 100% Sp, 약 25% 내지 약 100% Sp, 약 30% 내지 약 100% Sp, 약 35% 내지 약 100% Sp, 약 40% 내지 약 100% Sp, 약 45% 내지 약 100% Sp, 약 50% 내지 약 100% Sp, 약 55% 내지 약 100% Sp, 약 60% 내지 약 100% Sp, 약 65% 내지 약 100% Sp, 약 70% 내지 약 100% Sp, 약 75% 내지 약 100% Sp, 약 80% 내지 약 100% Sp, 약 85% 내지 약 100% Sp, 약 90% 내지 약 100% Sp, 또는 약 95% 내지 약 100% Sp, 약 20% 내지 약 80% Sp, 약 25% 내지 약 75% Sp, 약 30% 내지 약 70% Sp, 약 40% 내지 약 60% Sp, 또는 약 45% 내지 약 55% Sp를 나머지 Rp와 함께 포함한다.

본원에 기재된 임의의 ASO는 자연 발생 뉴클레오티드에 존재하는 리보스 또는 데옥시리보스를 포함하는 당 모이어티, 또는 모폴린 고리를 포함하는 변형된 당 모이어티 또는 당 유사체를 함유할 수 있다. 변형된 당 모이어티의 비제한적 예는 2' 치환 예컨대 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'MOE), 2'-O-아미노에틸, 2'F; N3'->P5' 포스포르아미데이트, 2'디메틸아미노옥시에톡시, 2'디메틸아미노에톡시에톡시, 2'-구아니디니듐, 2'-O-구아니디늄 에틸, 카바메이트 변형된 당, 및 바이사이클릭 변형된 당을 포함한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티 변형은 2'-O-Me, 2'F 및 2'MOE로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 당 모이어티 변형은 잠금 핵산(LNA)에서와 같은 여분의 다리 결합이다. 일부 구체예에서 당 유사체는 포스포로디아미데이트 모폴리노(PMO)와 같은 모폴린 고리를 함유한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티는 리보푸란실 또는 2'데옥시리보푸란실 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티는 2'4'-구속된 2'O-메틸옥시에틸(cMOE) 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티는 cEt 2',4' 구속된 2'-O 에틸 BNA 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티는 트리사이클로DNA(tcDNA) 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티는 에틸렌 핵산(ENA) 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 당 모이어티는 MCE 변형을 포함한다. 변형은 당업계에 공지되어 있고 예를 들어 이 목적을 위해 본원에 참조로 포함되는 문헌[Jarver, 등, 2014, "A Chemical View of Oligonucleotides for Exon Skipping and Related Drug Applications," Nucleic Acid Therapeutics 24(1): 37-47]에 기재되어 있다.

일부 구현예에서, ASO의 각각의 모노머는 동일한 방식으로 변형되는데, 예를 들어 ASO 백본의 각각의 연결은 포스포로티오에이트 연결을 포함하거나 각각의 리보스 당 모이어티는 2'O-메틸 변형을 포함한다. ASO의 각 모노머 성분에 존재하는 이러한 변형을 "균일한 변형"이라고 한다. 일부 예에서, 상이한 변형의 조합이 바람직할 수 있는데, 예를 들어 ASO는 포스포로디아미데이트 연결 및 모폴린 고리(모폴리노)를 포함하는 당 모이어티의 조합을 포함할 수 있다. ASO에 대한 다양한 변형의 조합을 "혼합 변형" 또는 "혼합 화학"이라고 한다.

일부 구현예에서, ASO는 하나 이상의 백본 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, ASO는 하나 이상의 당 모이어티 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, ASO는 하나 이상의 백본 변형 및 하나 이상의 당 모이어티 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, ASO는 2'MOE 변형 및 포스포로티오에이트 백본을 포함한다. 일부 구현예에서, ASO는 포스포로디아미데이트 모폴리노(PMO)를 포함한다. 일부 구현예에서, ASO는 펩티드 핵산(PNA)을 포함한다. 본원에 기재된 임의의 ASO 또는 ASO의 임의의 성분(예를 들어, 핵염기, 당 모이어티, 백본)은 ASO의 원하는 특성 또는 활성을 달성하거나 ASO의 바람직하지 않은 특성 또는 활성을 감소시키기 위해 변형될 수 있다. 예를 들어, ASO 또는 임의의 ASO의 하나 이상의 성분은 프리-mRNA 전사체 상의 표적 서열에 대한 결합 친화도를 향상시키고; 임의의 비-표적 서열에 대한 결합을 감소시키고; 세포 뉴클레아제(즉, RNase H)에 의한 분해를 감소시키고; ASO의 세포 및/또는 세포 핵으로의 흡수를 개선하고; ASO의 약동학 또는 약력학을 변경시키고/거나; ASO의 반감기를 조절하기 위해 변형될 수 있다.

일부 구현예에서, ASO는 2'-O-(2-메톡시에틸)(MOE) 포스포로티오에이트 변형 뉴클레오티드로 구성된다. 이러한 뉴클레오티드로 구성된 ASO는 특히 본원에 개시된 방법에 매우 적합하며; 이러한 변형을 갖는 올리고머는 뉴클레아제 분해에 대한 상당히 향상된 저항성 및 증가된 생체이용률을 갖는 것으로 나타났으며, 예를 들어 본원에 기재된 일부 구현예에서 경구 전달에 적합하도록 한다. 예를 들어, 문헌[Geary, 등, J Pharmacol Exp Ther. 2001; 296(3):890-7; Geary, 등, J Pharmacol Exp Ther. 2001; 296(3):898-904] 참조.

ASO를 합성하는 방법은 당업자에게 공지될 것이다. 대안으로 또는 추가로 ASO는 상업적 공급원으로부터 얻을 수 있다.

달리 명시되지 않는 한, 단일 가닥 핵산(예를 들어, 프리-mRNA 전사체, 올리고뉴클레오티드, ASO 등) 서열의 왼쪽 말단은 5' 말단이고, 단일 또는 이중 가닥 핵산의 왼쪽 방향은 5' 방향으로 지칭된다. 마찬가지로, 핵산 서열(단일 또는 이중 가닥)의 오른쪽 말단 또는 방향은 3' 말단 또는 방향이다. 전형적으로, 핵산의 기준점에 대해 5'인 영역 또는 서열은 "업스트림"로 지칭되고, 핵산의 기준점에 대해 3'인 영역 또는 서열은 "다운스트림"으로 지칭된다. " 전형적으로 mRNA의 5' 방향 또는 말단은 개시 또는 시작 코돈이 있는 곳이고 3' 말단 또는 방향은 종료 코돈이 있는 곳이다. 일부 양태에서, 핵산에서 기준점의 업스트림에 있는 뉴클레오티드는 음수로 지정될 수 있는 반면, 기준점의 다운스트림에 있는 뉴클레오티드는 양수로 지정될 수 있다. 예를 들어, 기준점(예를 들어, mRNA의 엑손-엑손 접합부)은 "제로" 부위로 지정될 수 있고, 기준점의 바로 인접하고 업스트림에 있는 뉴클레오티드는 "마이너스 1", 예를 들어 "-1"이고, 기준점에 직접 인접하고 다운스트림에 있는 뉴클레오티드는 "플러스 1", 예를 들어 "+1"로 지정된다.

일부 구현예에서, ASO는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA에 포함된 엑손 다음 인트론의 5' 스플라이스 부위의 다운스트림(3' 방향)에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적 부분에 상보적이고(그리고 결합한다) (예를 들어, 5' 스플라이스 부위를 기준으로 양수로 지정된 방향). 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 비해 약 +1 내지 약 +500의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이다. 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 비해 뉴클레오티드 +6과 +40,000 사이의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적일 수 있다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 대해 약 +1 내지 약 +40,000, 약 +1 내지 약 +30,000, 약 +1 내지 약 +20,000, 약 +1 내지 약 +15,000, 약 +1 내지 약 +10,000, 약 +1 내지 약 +5,000, 약 +1 내지 약 +4,000, 약 +1 내지 약 +3,000, 약 +1 내지 약 +2,000, 약 +1 내지 약 +1,000, 약 +1 내지 약 +500, 약 +1 내지 약 +490, 약 +1 내지 약 +480, 약 +1 내지 약 +470, 약 +1 내지 약 +460, 약 +1 내지 약 +450, 약 +1 내지 약 +440, 약 +1 내지 약 +430, 약 +1 내지 약 +420, 약 +1 내지 약 +410, 약 +1 내지 약 +400, 약 +1 내지 약 +390, 약 +1 내지 약 +380, 약 +1 내지 약 +370, 약 +1 내지 약 +360, 약 +1 내지 약 +350, 약 +1 내지 약 +340, 약 +1 내지 약 +330, 약 +1 내지 약 +320, 약 +1 내지 약 +310, 약 +1 내지 약 +300, 약 +1 내지 약 +290, 약 +1 내지 약 +280, 약 +1 내지 약 +270, 약 +1 내지 약 +260, 약 +1 내지 약 +250, 약 +1 내지 약 +240, 약 +1 내지 약 +230, 약 +1 내지 약 +220, 약 +1 내지 약 +210, 약 +1 내지 약 +200, 약 +1 내지 약 +190, 약 +1 내지 약 +180, 약 +1 내지 약 +170, 약 +1 내지 약 +160, 약 +1 내지 약 +150, 약 +1 내지 약 +140, 약 +1 내지 약 +130, 약 +1 내지 약 +120, 약 +1 내지 약 +110, 약 +1 내지 약 +100, 약 +1 내지 약 +90, 약 +1 내지 약 +80, 약 +1 내지 약 +70, 약 +1 내지 약 +60, 약 +1 내지 약 +50, 약 +1 내지 약 +40, 약 +1 내지 약 +30, 또는 약 +1 내지 약 +20의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 대해 약 +1 내지 약 +100, 약 +100 내지 약 +200, 약 +200 내지 약 +300, 약 +300 내지 약 +400, 또는 약 +400 내지 약 +500의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다.

일부 구현예에서, ASO는 (예를 들어, 5' 스플라이스 부위를 기준으로 음수로 지정된 방향)으로 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA에 포함된 엑손 다음 인트론의 5' 스플라이스 부위의 다운스트림(5' 방향)에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이고(그리고 결합한다). 일부 구현예에서, ASO는 내포된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 비해 약 약 -4 내지 약 -270의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이다. 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 비해 뉴클레오티드 -1과 -40,000 사이의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적일 수 있다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 대해 약 -1 내지 약 -40,000, 약 -1 내지 약 -30,000, 약 -1 내지 약 -20,000, 약 -1 내지 약 -15,000, 약 -1 내지 약 -10,000, 약 -1 내지 약 -5,000, 약 -1 내지 약 -4,000, 약 -1 내지 약 -3,000, 약 -1 내지 약 -2,000, 약 -1 내지 약 -1,000, 약 -1 내지 약 -500, 약 -1 내지 약 -490, 약 -1 내지 약 -480, 약 -1 내지 약 -470, 약 -1 내지 약 -460, 약 -1 내지 약 -450, 약 -1 내지 약 -440, 약 -1 내지 약 -430, 약 -1 내지 약 -420, 약 -1 내지 약 -410, 약 -1 내지 약 -400, 약 -1 내지 약 -390, 약 -1 내지 약 -380, 약 -1 내지 약 -370, 약 -1 내지 약 -360, 약 -1 내지 약 -350, 약 -1 내지 약 -340, 약 -1 내지 약 -330, 약 -1 내지 약 -320, 약 -1 내지 약 -310, 약 -1 내지 약 -300, 약 -1 내지 약 -290, 약 -1 내지 약 -280, 약 -1 내지 약 -270, 약 -1 내지 약 -260, 약 -1 내지 약 -250, 약 -1 내지 약 -240, 약 -1 내지 약 -230, 약 -1 내지 약 -220, 약 -1 내지 약 -210, 약 -1 내지 약 -200, 약 -1 내지 약 -190, 약 -1 내지 약 -180, 약 -1 내지 약 -170, 약 -1 내지 약 -160, 약 -1 내지 약 -150, 약 -1 내지 약 -140, 약 -1 내지 약 -130, 약 -1 내지 약 -120, 약 -1 내지 약 -110, 약 -1 내지 약 -100, 약 -1 내지 약 -90, 약 -1 내지 약 -80, 약 -1 내지 약 -70, 약 -1 내지 약 -60, 약 -1 내지 약 -50, 약 -1 내지 약 -40, 약 -1 내지 약 -30, 또는 약 -1 내지 약 -20의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다.

일부 구현예에서, ASO는 (예를 들어, 음수로 지정된 방향)으로 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA에 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위의 업스트림(5' 방향)에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적이다. 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 비해 약 -1 내지 약 -500의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이다. 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 비해 -1 내지 -40,000의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 대해 약 -1 내지 약 -40,000, 약 -1 내지 약 -30,000, 약 -1 내지 약 -20,000, 약 -1 내지 약 -15,000, 약 -1 내지 약 -10,000, 약 -1 내지 약 -5,000, 약 -1 내지 약 -4,000, 약 -1 내지 약 -3,000, 약 -1 내지 약 -2,000, 약 -1 내지 약 -1,000, 약 -1 내지 약 -500, 약 -1 내지 약 -490, 약 -1 내지 약 -480, 약 -1 내지 약 -470, 약 -1 내지 약 -460, 약 -1 내지 약 -450, 약 -1 내지 약 -440, 약 -1 내지 약 -430, 약 -1 내지 약 -420, 약 -1 내지 약 -410, 약 -1 내지 약 -400, 약 -1 내지 약 -390, 약 -1 내지 약 -380, 약 -1 내지 약 -370, 약 -1 내지 약 -360, 약 -1 내지 약 -350, 약 -1 내지 약 -340, 약 -1 내지 약 -330, 약 -1 내지 약 -320, 약 -1 내지 약 -310, 약 -1 내지 약 -300, 약 -1 내지 약 -290, 약 -1 내지 약 -280, 약 -1 내지 약 -270, 약 -1 내지 약 -260, 약 -1 내지 약 -250, 약 -1 내지 약 -240, 약 -1 내지 약 -230, 약 -1 내지 약 -220, 약 -1 내지 약 -210, 약 -1 내지 약 -200, 약 -1 내지 약 -190, 약 -1 내지 약 -180, 약 -1 내지 약 -170, 약 -1 내지 약 -160, 약 -1 내지 약 -150, 약 -1 내지 약 -140, 약 -1 내지 약 -130, 약 -1 내지 약 -120, 약 -1 내지 약 -110, 약 -1 내지 약 -100, 약 -1 내지 약 -90, 약 -1 내지 약 -80, 약 -1 내지 약 -70, 약 -1 내지 약 -60, 약 -1 내지 약 -50, 약 -1 내지 약 -40, 약 -1 내지 약 -30, 또는 약 -1 내지 약 -20의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 대해 약 -1 내지 약 -100, 약 -100 내지 약 -200, 약 -200 내지 약 -300, 약 -300 내지 약 -400, 또는 약 -400 내지 약 -500의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다.

일부 구현예에서, ASO는 (예를 들어, 양수로 지정된 방향)으로 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA에 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위의 다운스트림(3' 방향)에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적이다. 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 비해 약 +1 내지 약 +40,000의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 대해 약 +1 내지 약 +40,000, 약 +1 내지 약 +30,000, 약 +1 내지 약 +20,000, 약 +1 내지 약 +15,000, 약 +1 내지 약 +10,000, 약 +1 내지 약 +5,000, 약 +1 내지 약 +4,000, 약 +1 내지 약 +3,000, 약 +1 내지 약 +2,000, 약 +1 내지 약 +1,000, 약 +1 내지 약 +500, 약 +1 내지 약 +490, 약 +1 내지 약 +480, 약 +1 내지 약 +470, 약 +1 내지 약 +460, 약 +1 내지 약 +450, 약 +1 내지 약 +440, 약 +1 내지 약 +430, 약 +1 내지 약 +420, 약 +1 내지 약 +410, 약 +1 내지 약 +400, 약 +1 내지 약 +390, 약 +1 내지 약 +380, 약 +1 내지 약 +370, 약 +1 내지 약 +360, 약 +1 내지 약 +350, 약 +1 내지 약 +340, 약 +1 내지 약 +330, 약 +1 내지 약 +320, 약 +1 내지 약 +310, 약 +1 내지 약 +300, 약 +1 내지 약 +290, 약 +1 내지 약 +280, 약 +1 내지 약 +270, 약 +1 내지 약 +260, 약 +1 내지 약 +250, 약 +1 내지 약 +240, 약 +1 내지 약 +230, 약 +1 내지 약 +220, 약 +1 내지 약 +210, 약 +1 내지 약 +200, 약 +1 내지 약 +190, 약 +1 내지 약 +180, 약 +1 내지 약 +170, 약 +1 내지 약 +160, 약 +1 내지 약 +150, 약 +1 내지 약 +140, 약 +1 내지 약 +130, 약 +1 내지 약 +120, 약 +1 내지 약 +110, 약 +1 내지 약 +100, 약 +1 내지 약 +90, 약 +1 내지 약 +80, 약 +1 내지 약 +70, 약 +1 내지 약 +60, 약 +1 내지 약 +50, 약 +1 내지 약 +40, 약 +1 내지 약 +30, 또는 약 +1 내지 약 +20, 또는 약 +1 내지 약 +10의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다.

일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 부분은 NSE의 5' 말단에 대해 -4e 내지 NSE의 3' 말단에 대해 +2e의 영역 내에 있다.

일부 구현예에서, ASO는 (예를 들어, 양수로 지정된 방향)으로 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA에 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위의 업스트림(5' 방향)에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적이다. 일부 구현예에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 비해 약 +1 내지 약 +40,000의 영역 내에 있는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분에 상보적이다. 일부 양태에서, ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 대해 약 +1 내지 약 +40,000, 약 +1 내지 약 +30,000, 약 +1 내지 약 +20,000, 약 +1 내지 약 +15,000, 약 +1 내지 약 +10,000, 약 +1 내지 약 +5,000, 약 +1 내지 약 +4,000, 약 +1 내지 약 +3,000, 약 +1 내지 약 +2,000, 약 +1 내지 약 +1,000, 약 +1 내지 약 +500, 약 +1 내지 약 +490, 약 +1 내지 약 +480, 약 +1 내지 약 +470, 약 +1 내지 약 +460, 약 +1 내지 약 +450, 약 +1 내지 약 +440, 약 +1 내지 약 +430, 약 +1 내지 약 +420, 약 +1 내지 약 +410, 약 +1 내지 약 +400, 약 +1 내지 약 +390, 약 +1 내지 약 +380, 약 +1 내지 약 +370, 약 +1 내지 약 +360, 약 +1 내지 약 +350, 약 +1 내지 약 +340, 약 +1 내지 약 +330, 약 +1 내지 약 +320, 약 +1 내지 약 +310, 약 +1 내지 약 +300, 약 +1 내지 약 +290, 약 +1 내지 약 +280, 약 +1 내지 약 +270, 약 +1 내지 약 +260, 약 +1 내지 약 +250, 약 +1 내지 약 +240, 약 +1 내지 약 +230, 약 +1 내지 약 +220, 약 +1 내지 약 +210, 약 +1 내지 약 +200, 약 +1 내지 약 +190, 약 +1 내지 약 +180, 약 +1 내지 약 +170, 약 +1 내지 약 +160, 약 +1 내지 약 +150, 약 +1 내지 약 +140, 약 +1 내지 약 +130, 약 +1 내지 약 +120, 약 +1 내지 약 +110, 약 +1 내지 약 +100, 약 +1 내지 약 +90, 약 +1 내지 약 +80, 약 +1 내지 약 +70, 약 +1 내지 약 +60, 약 +1 내지 약 +50, 약 +1 내지 약 +40, 약 +1 내지 약 +30, 또는 약 +1 내지 약 +20, 또는 약 +1 내지 약 +10의 영역 내에 있는 표적화 부분에 상보적이다.

일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분은 포함된 엑손 다음의 인트론의 5' 스플라이스 부위에 대해 +100 내지 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 대해 -100의 영역 내에 있다. 일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분은 NIE 내에 있다. 일부 구현예에서, PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 표적화 부분은 NIE 및 인트론 경계를 포함한다.

ASO는 특이적 결합 및 스플라이싱의 효과적인 향상에 적합한 임의의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 8 내지 50개의 핵염기로 구성된다. 예를 들어, ASO는 길이가 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 40, 45, 또는 50개의 핵염기일 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 50개 초과의 핵염기로 구성된다. 일부 구현예에서, ASO는 길이가 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 12 내지 15개의 핵염기, 13 내지 50개의 핵염기, 13 내지 40개의 핵염기, 13 내지 35개의 핵염기, 13 내지 30개의 핵염기, 13 내지 25개의 핵염기, 13 내지 20개의 핵염기, 14 내지 50개의 핵염기, 14 내지 40개의 핵염기, 14 내지 35개의 핵염기, 14 내지 30개의 핵염기, 14 내지 25개의 핵염기, 14 내지 20개의 핵염기, 15 내지 50개의 핵염기, 15 내지 40개의 핵염기, 15 내지 35개의 핵염기, 15 내지 30개의 핵염기, 15 내지 25개의 핵염기, 15 내지 20개의 핵염기, 20 내지 50개의 핵염기, 20 내지 40개의 핵염기, 20 내지 35개의 핵염기, 20 내지 30개의 핵염기, 20 내지 25개의 핵염기, 25 내지 50개의 핵염기, 25 내지 40개의 핵염기, 25 내지 35개의 핵염기, 또는 25 내지 30개의 핵염기이다. 일부 구현예에서, ASO는 길이가 18개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, ASO는 길이가 15개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, ASO는 길이가 25개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 화학적 성질은 다르지만 프리-NIE 함유 프리-mRNA의 동일한 표적화 부분에 대해 상보적인 2개 이상의 ASO가 사용된다. 일부 구현예에서, NIE 함유 프리-mRNA의 상이한 표적화 부분에 상보적인 2개 이상의 ASO가 사용된다.

일부 구현예에서, 본 개시내용의 안티센스 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 모이어티 또는 접합체, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 활성 또는 세포 흡수를 향상시키는 표적화 모이어티 또는 다른 접합체에 화학적으로 연결된다. 이러한 모이어티는 지질 모이어티, 예를 들어 콜레스테롤 모이어티, 콜레스테릴 모이어티, 지방족 사슬, 예를 들어 도데칸디올 또는 운데실 잔기, 폴리아민 또는 폴리에틸렌 글리콜 사슬 또는 아다만탄 아세트산을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 친유성 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 제조 방법은 공개된 문헌에 기술되어 있다. 구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 무염기성 뉴클레오티드, 폴리에테르, 폴리아민, 폴리아미드, 펩티드, 탄수화물, 예를 들어, N-아세틸갈락토사민 (GalNAc), N-Ac-글루코사민 (GluNAc), 또는 만노스 (예를 들어, 만노스-6-포스페이트), 지질, 또는 다탄화수소 화합물을 포함하지만 이에 제한되지 않는 모이어티와 접합된다. 접합체는 예를 들어 링커를 사용하여 관련 기술분야에서 이해되고 문헌에 기재된 바와 같이 당, 염기 또는 포스페이트 기 상의 임의의 여러 위치에서 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 임의의 뉴클레오티드 중 하나 이상에 연결될 수 있다. 링커는 2가 또는 3가 분지형 링커를 포함할 수 있다. 구현예에서, 접합체는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에 부착된다. 올리고뉴클레오티드 접합체를 제조하는 방법은 예를 들어 본원에 참조로 포함된 문헌[미국 특허 제8,450,467호의 "Carbohydrate conjugates as delivery agents for oligonucleotides"]에 기재되어 있다.

일부 구현예에서, ASO에 의해 표적화되는 핵산은 진핵 세포와 같은 세포에서 발현되는 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA이다. 일부 구현예에서, 용어 "세포"는 세포의 개체군을 의미할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 대상체에 있다. 일부 구현예에서, 세포는 대상체로부터 단리된다. 일부 구현예에서, 세포는 생체 외의 것이다. 일부 구현예에서, 세포는 병태 또는 질환 관련 세포 또는 세포주이다. 일부 구현예에서, 세포는 시험관 내(예를 들어, 세포 배양물)의 것이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 프리-mRNA를 표적으로 하는 ASO는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된다.

약제학적 조성물

기재된 조성물의 제제, 예를 들어 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하고 임의의 기재된 방법에 사용하기 위한 약제학적 조성물 또는 제형은 약제학적 산업에 잘 알려져 있고 공개된 문헌에 기재된 통상적인 기술에 따라 제조될 수 있다. 구현예에서, 대상체를 치료하기 위한 약제학적 조성물 또는 제형은 본원에 기재된 바와 같은 임의의 안티센스 올리고머, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염, 용매화물, 수화물 또는 에스테르의 유효량을 포함한다. 안티센스 올리고머를 포함하는 약제학적 제형은 약제학적으로 허용되는 부형제, 희석제 또는 담체를 추가로 포함할 수 있다.

약제학적으로 허용되는 염은 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응 등 없이 인간 및 하등 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합하며 합리적인 유익/위험 비율에 상응한다. (예를 들어, 이러한 목적을 위해 본원에 참조로 포함된 문헌[S. M. Berge, 등, J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)]를 참조한다. 염은 화합물의 최종 단리 및 정제 동안 또는 유리 염기 형태를 적절한 유기산과 반응시켜 별도로 제조된 수 있다. 약제학적으로 허용 가능한 무독성 산 부가 염의 예는 무기 산 예컨대 염산, 브롬화수소산, 인산, 황산 및 과염소산으로 형성되거나 또는 유기 산 예컨대 아세트산, 옥살산, 말레산, 타르타르산, 시트르산, 석신산 또는 말론산으로 또는 다른 문서로 기록된 방법 예컨대 이온 교환을 사용하여 형성된 아미노 기의 염이다. 다른 약제학적으로 허용되는 염은 아디페이트, 알기네이트, 아스코르베이트, 아스파르테이트, 벤젠설포네이트, 벤조에이트, 바이설페이트, 보레이트, 부티레이트, 캄포레이트, 캄포르설포네이트, 시트레이트, 사이클로펜탄프로피오네이트, 디글루코네이트, 도데실설페이트, 에탄설포네이트, 포르메이트, 푸마레이트, 글루코헵토네이트, 글리세로포스페이트, 글루코네이트, 헤미설페이트, 헵타노에이트, 헥사노에이트, 하이드로아이오다이드, 2-하이드록시-에탄설포네이트, 락토바이오네이트, 락테이트, 라우레이트, 라우릴 설페이트, 말레이트, 말레에이트, 말로네이트, 메탄설포네이트, 2-나프탈렌설포네이트, 니코티네이트, 니트레이트, 올레에이트, 옥살레이트, 팔미테이트, 파모에이트, 펙티네이트, 퍼설페이트, 3-페닐프로피오네이트, 포스페이트, 피크레이트, 피발레이트, 프로피오네이트, 스테아레이트, 석시네이트, 설페이트, 타르트레이트, 티오시아네이트, p-톨루엔설포네이트, 운데카노에이트, 발레레이트 염, 등을 포함한다. 대표적인 알칼리 또는 알칼리 토금속 염은 나트륨, 리튬, 칼륨, 칼슘, 마그네슘 등을 포함한다. 추가의 약제학적으로 허용되는 염은 적절한 경우 무독성 암모늄, 사차 암모늄, 및 할라이드, 수산화물, 카복실레이트, 설페이트, 포스페이트, 니트레이트, 저급 알킬 설포네이트 및 아릴 설포네이트와 같은 반대이온을 사용하여 형성된 아민 양이온을 포함한다.

일부 구현예에서, 조성물은 정제, 캡슐, 겔 캡슐, 액체 시럽, 연질 겔, 좌약, 및 관장제와 같으나 이에 제한되지 않는 임의의 많은 가능한 복용 형태로 제형화된다. 구현예에서, 조성물은 수성, 비-수성 또는 혼합 매질에서 현탁액으로 제형화된다. 수성 현탁액은 예를 들어 나트륨 카복시메틸셀룰로오스, 소르비톨 및/또는 덱스트란을 비롯한 현탁액의 점도를 증가시키는 물질을 추가로 함유할 수 있다. 현탁액에는 안정화제가 함유될 수도 있다. 구현예에서, 본 개시내용의 약제학적 제형 또는 조성물은 용액, 에멀젼, 마이크로에멀젼, 포움 또는 리포솜-함유 제형 (예를 들어, 양이온성 또는 비-양이온성 리포솜)을 함유하지만 이에 제한되지 않는다.

본원에 기재된 약제학적 조성물 또는 제형은 하나 이상의 침투 증진제, 담체, 부형제 또는 적절하고 당업자에게 잘 알려져 있거나 공개된 문헌에 기재된 다른 활성 또는 불활성 성분을 포함할 수 있다. 구현예에서, 리포솜은 또한 입체적으로 안정화된 리포솜, 예를 들어, 하나 이상의 특화된 지질을 포함하는 리포솜을 포함한다. 이러한 특화된 지질은 순환 수명이 향상된 리포솜을 생성한다. 구현예에서, 입체적으로 안정화된 리포솜은 하나 이상의 당지질을 포함하거나 폴리에틸렌 글리콜(PEG) 모이어티와 같은 하나 이상의 친수성 폴리머로 유도체화된다. 일부 구현예에서, 계면활성제는 약제학적 제형 또는 조성물에 포함된다. 의약품, 제형 및 에멀젼 내의 계면활성제의 사용은 당업계에 잘 알려져 있다. 구현예에서, 본 개시내용은 안티센스 올리고뉴클레오티드의 효율적인 전달에 영향을 미치기 위해, 예를 들어, 세포막을 통한 확산을 돕고/하거나 친유성 약물의 투과성을 향상시키기 위해 침투 증진제를 사용한다. 일부 구현예에서, 침투 증진제는 계면활성제, 지방산, 담즙산염, 킬레이트제, 또는 비-킬레이트 비-계면활성제이다.

일부 구현예에서, 약제학적 제형은 다수의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 다른 약물 또는 치료제와 함께 투여된다.

병용 요법

일부 구현예에서, 1개 이상의 NSE 조절 제제를 포함하는 조성물이 본명세서에 제공된다. 일부 구현예에서, 2개 이상의 NSE 조절 제제를 포함하는 조성물이 본명세서에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적인 1개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적인 2개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 동일한 표적화 영역에 상보적인 1개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 동일한 표적화 영역에 상보적인 2개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 상이한 표적화 영역에 상보적인 1개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, PKD2 프리-mRNA의 상이한 표적화 영역에 상보적인 2개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 표 4의 1개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 표 4의 2개 이상의 ASO를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다.

일부 구현예에서, 본 개시내용에 개시된 치료제(예를 들어, ASO)는 하나 이상의 추가 치료제와 함께 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 치료제는 소분자를 포함할 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 추가 치료제는 WO2016128343A1, WO2017053982A1, WO2016196386A1, WO201428459A1, WO201524876A2, WO2013119916A2, 및 WO2014209841A2에 기재된 소분자를 포함할 수 있으며, 이들은 그 전체가 본원에 참조로 포함된다 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 치료제는 톨밥탄(Jynarque®, Samsca)을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 치료제는 인트론 체류를 수정하기 위해 사용될 수 있는 ASO를 포함한다.

대상체의 치료

본원에 제공된 임의의 조성물은 개체에게 투여될 수 있다. "개체"는 "대상체" 또는 "환자"와 상호교환가능하게 사용될 수 있다. 개체는 포유동물, 예를 들어 인간 또는 비-인간 영장류, 설치류, 토끼, 랫트, 마우스, 말, 당나귀, 염소, 고양이, 소, 돼지, 또는 양과 같은 동물일 수 있다. 실시예에서, 개체는 인간이다. 실시예에서, 개체는 태아, 배아 또는 아동이다. 다른 구체예에서, 개체는 식물과 같은 또 다른 진핵 유기체일 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 조성물은 생체 외 세포에 투여된다.

일부 구현예에서, 본원에 제공된 조성물은 질환 또는 장애를 치료하는 방법으로서 개체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 개체는 본원에 기재된 임의의 질환과 같은 유전적 질환을 갖는다. 일부 구현예에서, 개체는 본원에 기재된 임의의 질환과 같은 질환을 가질 위험이 있다. 일부 구현예에서, 개체는 불충분한 양의 단백질 또는 불충분한 단백질 활성에 의해 야기되는 질환 또는 장애를 가질 위험이 증가된다. 개체가 불충분한 양의 단백질 또는 불충분한 단백질 활성을 야기하는 질환 또는 장애를 가질 "위험이 증가된" 경우, 이 방법은 예방적(preventative) 또는 예방적(prophylactic) 치료를 포함한다. 예를 들어, 개체는 질환의 가족력으로 인해 그러한 질환 또는 장애를 가질 위험이 증가할 수 있다. 전형적으로, 그러한 질환 또는 장애를 가질 위험이 증가된 개체는 (예를 들어, 질환 또는 장애의 개시 또는 진행을 예방하거나 지연시킴으로써) 예방적 치료로부터 이익을 얻는다. 구현예에서, 태아는 예를 들어 ASO 조성물을 태아에게 직접적으로 또는 간접적으로(예를 들어, 산모를 통해) 투여함으로써 자궁 내에서 치료된다.

본 발명의 ASO의 투여에 적합한 경로는 ASO의 전달이 요구되는 세포 유형에 따라 달라질 수 있다. 본 개시내용의 ASO는 비경구적으로, 예를 들어 척수강내 주사, 뇌실심내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사 또는 정맥내 주사에 의해 환자에게 투여될 수 있다.

구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 혈액-뇌 장벽을 가로지르는 대상 안티센스 올리고뉴클레오티드의 침투를 촉진할 수 있는 하나 이상의 제제와 함께 투여된다. 예를 들어, 근육 조직의 운동 뉴런에 대한 아데노바이러스 벡터의 투여에 의한 제제의 전달은 문헌[미국 특허 제6,632,427호, "Adenoviral-vector-mediated gene transfer into medullary motor neurons"]에 기재되어 있고, 이는 본원에 참조로 포함된다. 뇌, 예를 들어 선조체, 시상, 해마 또는 흑질로의 직접 벡터 전달은 예를 들어 문헌[미국 특허 제6,756,523호, "Adenovirus vectors for the transfer of foreign genes into cells of the central nervous system particularly in brain]에 기재되어 있고, 이는 본원에 참조로 포함된다.

일부 구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 바람직한 약제학적 또는 약력학적 특성을 제공하는 제제와 연결되거나 접합된다. 구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 혈액-뇌 장벽을 가로질러 침투 또는 수송을 촉진하는 것으로 당업계에 공지된 물질, 예를 들어 트랜스페린 수용체에 대한 항체에 커플링된다. 구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 바이러스 벡터와 연결되어, 예를 들어 안티센스 화합물을 더 효과적으로 만들거나 혈액-뇌 장벽을 가로지르는 수송을 증가시킨다. 구현예에서, 삼투성 혈액 뇌 장벽 파괴는 당, 예를 들어, 메소 에리트리톨, 자일리톨, D(+) 갈락토스, D(+) 락토스, D(+) 자일로스, 둘시톨, 미오-이노시톨, L(-) 푸룩토스, D(-) 만니톨, D(+) 글루코스, D(+) 아라비노오스, D(-) 아라비노오스, 셀로비오스, D(+) 말토스, D(+) 라피노스, L(+) 람노오스, D(+) 멜리바이오스, D(-) 리보스, 아도니톨, D(+) 아라비톨, L(-) 아라비톨, D(+) 푸코스, L(-) 푸코스, D(-) 릭소스, L(+) 릭소스, 및 L(-) 릭소스, 또는 아미노산, 예를 들어, 글루타민, 라이신, 아르기닌, 아스파라긴, 아스파르트산, 시스테인, 글루탐산, 글리신, 히스티딘, 류신, 메티오닌, 페닐알라닌, 프롤린, 세린, 트레오닌, 티로신, 발린, 및 타우린의 주입에 의해 지원된다. 혈액 뇌 장벽 침투를 향상시키기 위한 방법 및 물질은 예를 들어 문헌[미국 특허 제9,193,969호, "Compositions and methods for selective delivery of oligonucleotide molecules to specific neuron types", 미국 특허 제4,866,042호, "Method for the delivery of genetic material across the blood brain barrier", 미국 특허 제6,294,520호, "Material for passage through the blood-brain barrier", 및 미국 특허 제6,936,589호, "Parenteral delivery systems"]에 기재되어 있고, 각각 본원에 참조로 포함된다.

일부 구현예에서, 본 개시내용의 ASO는 예를 들어, 본원에 참조로 포함된 미국 특허 제9,193,969호에 기재된 방법을 사용하여 도파민 재흡수 억제제 (DRI), 선택적 세로토닌 재흡수 억제제 (SSRI), 노르아드레날린 재흡수 억제제 (NRI), 노르에피네프린-도파민 재흡수 억제제 (NDRI), 및 세로토닌-노르에피네프린-도파민 재흡수 억제제 (SNDRI)에 커플링된다.

일부 구현예에서, 방법 및 조성물을 사용하여 치료된 대상체는 당업계에 공지되고 기재된 임의의 방법을 사용하여 병태 개선에 대해 평가된다.

일부 경우에, 치료제는 변형된 인간 snRNA와 같은 변형된 snRNA를 포함한다. 일부 경우에, 치료제는 변형된 snRNA를 인코딩하는 바이러스 벡터와 같은 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 변형된 U1 snRNA이다(예를 들어, 문헌[Alanis 등, Human Molecular Genetics, 2012, Vol. 21, No. 11 2389-2398] 참조). 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 변형된 U7 snRNA이다(예를 들어, 문헌[Gadgil 등, J Gene Med. 2021;23:e3321] 참조). 변형된 U7 snRNA는 전체 내용이 참조로 여기에 포함된 문헌[Meyer, K.; (2012), Antisense Derivatives of U7 Small Nuclear RNA as Modulators of Pre-mRNA Splicing. In: Stamm, Stefan; Smith, Christopher W. J.; (eds.) Alternative Pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols (pp. 481-494), Chichester: John Wiley & Sons 10.1002/9783527636778.ch45]에 기재된 방법을 포함하는 당업계에 공지된 임의의 방법으로 만들 수 있다. 일부 구현예에서, 변형된 U7(smOPT)은 WT U7과 경쟁하지 않는다(Stefanovic 등, 1995).

일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 smOPT 변형을 포함한다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 서열 AAUUUUUGGAG(서열번호: 229)를 포함할 수 있다. 예를 들어, 서열 AAUUUUUGGAG(서열번호: 229)는 야생형 U7 snRNA의 서열 AAUUUGUCUAG(서열번호: 230)를 대체하여 변형된 U& snRNA(smOPT)를 생성할 수 있다. 일부 구현예에서, U7 snRNA의 smOPT 변형은 입자를 히스톤 프리-mRNA 프로세싱에서 기능적으로 불활성으로 만든다(Stefanovic 등, 1995). 일부 구현예에서, 변형된 U7(smOPT)은 WT U7보다 더 높은 수준으로 핵에서 안정적으로 발현된다(Stefanovic 등, 1995). 일부 구현예에서, snRNA는 U1 snRNP 표적화 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, snRNA는 U7 snRNP 표적화 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, snRNA는 변형된 U7 snRNP 표적화 서열을 포함하고 여기서 변형된 U7 snRNP 표적화 서열은 smOPT를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 프리-mRNA에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 mRNA에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다.

일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 프리-mRNA 또는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 표적 영역, 예컨대 NMD 엑손의 배제를 조절하는 PKD2 프리-mRNA의 표적 영역, 대체 5' ss에서 스플라이싱을 조절하는 PKD2 프리-mRNA의 표적 영역, 또는 5' UTR 표적 영역과 같은 PKD2 mRNA의 번역을 조절하는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 표적 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 본원에 개시된 ASO의 1 또는 2 또는 그 초과 개의 서열을 포함하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 돌연변이를 갖는 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA와 같은 돌연변이를 갖는 PKD2 프리-mRNA의 서열에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형되었다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA의 2개 이상의 표적 영역에 혼성화하는 2개 이상의 서열을 함유하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형되었다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA의 적어도 8개의 연연 핵산에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 본원에 개시된 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA의 임의의 표적 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형되었다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA의 2개 이상의 표적 영역에 혼성화하는 2개 이상의 서열을 함유하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형되었다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프리-mRNA 전사체의 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))을 함유하는 인트론의 1 또는 2 또는 그 초과 개의 서열의 서열 또는 동일한 인트론에서 NMD 엑손 활성화 조절 서열에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손 내의 영역 또는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 업스트림 또는 다운스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형된 5' 영역을 갖는다. 일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 PKD2 NMD 엑손 함유 프리-mRNA에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 함유하도록 변형된 3' 영역을 갖는다.

일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 NMD 엑손의 배제를 조정하는 PKD2 프리-mRNA의 표적 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다. 예를 들어, 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손 및 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))) 업스트림의 인트론과 겹치는 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손 및 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))) 다운스트림의 인트론과 겹치는 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 다운스트림에 있는 인트론 서열에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 다운스트림에 있는 인트론 서열의 3' 스플라이스 부위에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 다운스트림에 있는 인트론 서열의 5' 스플라이스 부위에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 업스트림에 있는 인트론 서열에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 업스트림에 있는 인트론 서열의 스플라이스 부위에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 업스트림에 있는 인트론 서열의 3' 스플라이스 부위에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, PKD2의 엑손 2x(예를 들어, PKD2의 엑손(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))의 업스트림에 있는 인트론 서열의 5' 스플라이스 부위에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다.

일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 대체 5' ss에서 스플라이싱을 조절하는 PKD2 프리-mRNA의 표적 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 PKD2 프리-mRNA의 인트론(예를 들어, PKD2의 인트론 3의 대체 5' ss(예를 들어, PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4 88036480))의 대체 5' ss와 중첩되는 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 PKD2 프리-mRNA의 인트론의 대체 5' ss 및 대체 5' ss의 NMD 엑손 업스트림(예를 들어, PKD2의 인트론 3의 대체 5' ss(예를 들어, PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4 88036480) 및 대체 5' ss의 NMD 엑손 업스트림(예를 들어, 엑손 2))과 중첩되는 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 PKD2 프리-mRNA의 인트론의 대체 5' ss의 다운스트림에 있는 인트론 서열의 대체 5' ss(예를 들어, PKD2의 인트론 3(예를 들어, PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4 88036480)의 다운스트림에 있는 인트론 서열)에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 PKD2 프리-mRNA의 인트론의 대체 5' ss의 업스트림에 있는 NMD 엑손(예를 들어, 선택적 엑손)의 서열(예를 들어, PKD2의 인트론 3의 대체 5' ss(예를 들어, PKD2의 GRCh38/ hg38: chr4 88036480))의 업스트림에 있는 NMD 엑손(예를 들어, 선택적 엑손)의 서열)에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 NMD 엑손(예를 들어, 선택적 엑손)의 다운스트림에 있는 인트론의 대체 5' 스플라이스 부위(예를 들어, NMD 엑손(예를 들어, 선택적 엑손)의 다운스트림에 있는 PKD2의 인트론 3(예를 들어, GRCh38/ hg38: chr4 88036480)의 대체 5' 스플라이스 부위)에 상보적인 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다.

일부 구현예에서, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 번역을 조절하는 PKD2 mRNA의 표적 영역, 예컨대 5' UTR 표적 영역에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형되었다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 5' UTR 서열에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 서열 업스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 서열 다운스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 정규 열린 해독틀 시작 코돈의 서열 업스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 제1 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 서열 다운스트림 및 프로세싱된 PKD2 mRNA의 제2 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 업스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 제1 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 서열 업스트림 및 프로세싱된 PKD2 mRNA의 제2 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 업스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 변형된 snRNA는 프로세싱된 PKD2 mRNA의 제1 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 서열 업스트림, 프로세싱된 PKD2 mRNA의 제2 업스트림 열린 해독틀 시작 코돈의 업스트림 및 프로세싱된 PKD2 mRNA의 정식 열린 해독틀 시작 코돈의 업스트림에 혼성화하는 단일 가닥 뉴클레오티드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다.

엑손 스킵핑을 유도하는 추가 ASO를 확인하는 방법

또한 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 엑손 스킵핑을 유도하는 ASO를 확인하거나 결정하는 방법은 본 개시내용의 범위 내에 있다. 예를 들어, 방법은 PKD2 NIE 함유 프리-mRNA의 NIE 스킵핑을 유도하는 ASO를 확인하거나 결정하는 것을 포함할 수 있다. 프리-mRNA의 표적 영역 내의 상이한 뉴클레오티드에 특이적으로 혼성화하는 ASO는 표적 인트론의 스플라이싱 속도 및/또는 정도를 개선하는 ASO를 확인하거나 결정하기 위해 스크리닝될 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 스플라이싱 억제제(들)/사일런서의 결합 부위(들)를 차단하거나 방해할 수 있다. 당업계에 공지된 임의의 방법을 사용하여 엑손의 표적 영역에 혼성화될 때 원하는 효과(예를 들어, NIE 스킵핑, 단백질 또는 기능성 RNA 생산)를 초래하는 ASO를 확인(결정)할 수 있다. 이들 방법은 또한 포함된 엑손에 측접하는 인트론 또는 포함되지 않은 엑손에서 표적화 영역에 결합함으로써 포함된 엑손의 엑손 스킵핑을 유도하는 ASO를 확인하기 위해 사용될 수 있다. 사용할 수 있는 방법의 예는 아래에 제공된다.

ASO "워크(walk)"라고 하는 한 라운드의 스크리닝은 프리-mRNA의 표적 영역에 혼성화하도록 설계된 ASO를 사용하여 수행될 수 있다. 예를 들어, ASO 워크에 사용되는 ASO는 포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위의 약 100개 뉴클레오티드 업스트림(예를 들어, 표적/포함된 엑손의 업스트림에 위치한 인트론 서열의 일부)에서 표적/포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위의 약 100개 뉴클레오티드 다운스트림 및/또는 포함된 엑손 다음 인트론의 5' 스플라이스 부위의 약 100개 뉴클레오티드 업스트림에서 표적/포함된 엑손 다음 인트론의 5' 스플라이스 부위의 약 100개 뉴클레오티드 다운스트림(예를 들어, 표적/포함된 엑손의 다운스트림에 위치한 인트론 서열의 일부)의 5개의 뉴클레오티드마다 타일링될 수 있다. 예를 들어, 길이가 15개의 뉴클레오티드인 제1 ASO는 표적/포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 비해 +6 내지 +20개의 뉴클레오티드에 특이적으로 혼성화하도록 설계될 수 있다. 제2 ASO는 표적/포함된 엑손 앞에 있는 인트론의 3' 스플라이스 부위에 비해 +11 내지 +25개의 뉴클레오티드에 특이적으로 혼성화하도록 설계될 수 있다. ASO는 프리-mRNA의 표적 영역에 걸치는 것과 같이 설계된다. 실시예에서, ASO는 예를 들어 1, 2, 3 또는 4개의 뉴클레오티드마다 더 가깝게 타일링될 수 있다. 또한, ASO는 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 있는 100개의 뉴클레오티드에서 3' 스플라이스 부위의 업스트림에 있는 100개의 뉴클레오티드까지 타일링될 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 3' 스플라이스 부위의 약 1,160개의 뉴클레오티드 업스트림에서 5' 스플라이스 부위의 약 500개의 뉴클레오티드 다운스트림까지 타일링될 수 있다. 일부 구현예에서, ASO는 3' 스플라이스 부위의 업스트림에 있는 약 500개의 뉴클레오티드에서 3' 스플라이스 부위의 다운스트림에 있는 약 1,920개의 뉴클레오티드까지 타일링될 수 있다.

하나 이상의 ASO, 또는 대조군 ASO(표적 영역에 혼성화할 것으로 예상되지 않는 스크램블된 서열을 갖는 ASO)는 예를 들어 형질감염에 의해 표적 프리-mRNA(예를 들어, NIE 함유 프리-mRNA)를 발현하는 질환 관련 세포주로 전달된다. 각각의 ASO의 엑손 스킵핑 효과는 당업계에 공지된 임의의 방법, 예를 들어 실시예 4에 기재된 바와 같이 스플라이스 접합부에 걸치는 프라이머를 사용하는 역전사효소(RT)-PCR에 의해 평가될 수 있다. 대조군 ASO 처리 세포에 비해 ASO 처리 세포에서 포함된 엑손(예를 들어, NIE의 측접 엑손 포함)을 함유하는 영역에 걸친 프라이머를 사용하여 생산된 더 긴 RT-PCR 생성물의 감소 또는 부재는 표적 NIE의 스플라이싱이 향상되었음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 엑손 스킵핑 효율(또는 NIE를 함유하는 인트론을 스플라이싱하기 위한 스플라이싱 효율), 스플라이싱된 대 스플라이싱되지 않은 프리-mRNA의 비율, 스플라이싱 속도 또는 스플라이싱 정도는 본원에 기재된 ASO를 사용하여 개선될 수 있다. 표적 프리-mRNA에 의해 인코딩되는 단백질 또는 기능성 RNA의 양은 또한 각각의 ASO가 원하는 효과(예를 들어, 향상된 기능성 단백질 생산)를 달성했는지 여부를 결정하기 위해 평가될 수 있다. 단백질 생산을 평가 및/또는 정량화하기 위해 당업계에 공지된 임의의 방법, 예를 들어 웨스턴 블롯팅, 유동 세포측정법, 면역형광 현미경검사 및 ELISA가 사용될 수 있다.

ASO "마이크로-워크(micro-walk)"라고 하는 제2 라운드의 스크리닝은 프리-mRNA의 표적 영역에 혼성화하도록 설계된 ASO를 사용하여 수행될 수 있다. ASO 마이크로 워크에 사용되는 ASO는 ASO와 혼성화될 때 엑손 스킵핑(또는 NIE의 향상된 스플라이싱)를 초래하는 프리-mRNA의 뉴클레오티드 산 서열을 추가로 정제하기 위해 1개의 뉴클레오티드마다 타일링된다.

표적 인트론의 스플라이싱을 촉진하는 ASO에 의해 정의된 영역은 ASO "마이크로 워크"를 통해 1-nt 간격으로 배치된 ASO와 더 긴 ASO, 전형적으로 18-25 nt를 포함하여 더 자세히 조사된다.

상기 ASO 워크에 대해 기재된 바와 같이, ASO 마이크로 워크는 예를 들어 하나 이상의 ASO 또는 대조군 ASO(표적 영역에 혼성화될 것으로 예상되지 않는 스크램블된 서열을 갖는 ASO)를 전달함으로써, 예를 들어 표적 프리-mRNA를 발현하는 질환 관련 세포주로의 형질감염시킴으로써 수행된다. 각각의 ASO의 스플라이싱 유도 효과는 당업계에 공지된 임의의 방법, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 NIE에 걸친 프라이머를 사용하는 역전사효소(RT)-PCR에 의해 평가될 수 있다(예를 들어, 실시예 4 참조). 대조군 ASO 처리 세포에 비해 ASO 처리 세포에서 NIE에 걸친 프라이머를 사용하여 생성된 더 긴 RT-PCR 생성물의 감소 또는 부재는 엑손 스킵핑(또는 NIE를 함유하는 표적 인트론의 스플라이싱)이 향상되었음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 엑손 스킵핑 효율(또는 NIE를 함유하는 인트론을 스플라이싱하기 위한 스플라이싱 효율), 스플라이싱된 대 스플라이싱되지 않은 프리-mRNA의 비율, 스플라이싱 속도 또는 스플라이싱 정도는 본원에 기재된 ASO를 사용하여 개선될 수 있다. 표적 프리-mRNA에 의해 인코딩되는 단백질 또는 기능성 RNA의 양은 또한 각각의 ASO가 원하는 효과(예를 들어, 향상된 기능성 단백질 생산)를 달성했는지 여부를 결정하기 위해 평가될 수 있다. 단백질 생산을 평가 및/또는 정량화하기 위해 당업계에 공지된 임의의 방법, 예를 들어 웨스턴 블롯팅, 유동 세포측정법, 면역형광 현미경검사 및 ELISA가 사용될 수 있다.

프리-mRNA의 영역에 혼성화될 때 엑손 스킵핑(또는 NIE를 함유하는 인트론의 강화된 스플라이싱) 및 증가된 단백질 생산을 초래하는 ASO는 동물 모델, 예를 들어 전장 인간 유전자가 노크인된 형질전환 마우스 모델 또는 질환의 인간화 마우스 모델을 사용하여 생체내 시험될 수 있다. ASO의 적절한 투여 경로는 ASO의 전달이 요구되는 질환 및/또는 세포 유형에 따라 달라질 수 있다. ASO는 예를 들어 척수강내 주사, 뇌실심내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사 또는 정맥내 주사에 의해 투여될 수 있다. 투여 후, 모델 동물의 세포, 조직 및/또는 기관은 예를 들어 당업계에 공지되고 본원에 기재된 방법에 의해 스플라이싱(예를 들어, 효율, 속도, 정도) 및 단백질 생산을 평가함으로써 ASO 치료의 효과를 결정하기 위해 평가될 수 있다. 동물 모델은 또한 질환 또는 질환 중증도의 표현형 또는 행동 지표일 수 있다.

또한 본 개시내용의 범위 내에는 NMD 억제제, 예를 들어 시클로헥시미드의 존재 하에 NMD 유도 엑손을 확인하거나 입증하는 방법이 있다. 예시적인 방법이 실시예 2에 제공된다.

예시적인 유전자는 표 1에 요약되어 있다. 각 인트론의 서열은 표 2에 요약되어 있다.

실시예

본 개시는 하기 실시예에 의해 더욱 구체적으로 예시될 것이다. 그러나, 본 개시는 임의의 방식으로 이러한 실시예에 의해 제한되지 않는 것으로 이해되어야 한다.

실시예 1: 차세대 시퀀싱을 이용한 RNAseq에 의한 전사체에서의 NMD 유도 엑손 포함 이벤트의 확인

NIE 포함 이벤트를 확인하기 위해 본원에 기재된 유전자에 의해 생산된 전사체의 스냅샷(snapshot)을 나타내기 위해 차세대 시퀀싱을 사용하여 전체 전사체 샷건 시퀀싱을 수행하였다. 이러한 목적을 위해, 인간 세포의 핵 및 세포질 분획으로부터의 폴리A+ RNA를 단리하고, Illumina의 TruSeq Stranded mRNA 라이브러리 Prep Kit를 사용하여 cDNA 라이브러리를 작제하였다. 라이브러리를 페어-말단 시퀀싱하여(pair-end sequenced) 인간 게놈(Grch38/ hg38 어셈블리)에 맵핑된 100-뉴클레오티드 리드를 생성하였다. 도 2는 PKD2 유전자에서 상이한 예시적인 넌센스-매개 mRNA 붕괴(NMD) 유도 엑손의 확인을 도시한다.

실시예 2: 사이클로헥시미드 처리를 통한 NIE의 확인

DMSO-처리 또는 사이클로헥시미드-처리된 인간 신장 혼합 상피 세포 및 인간 신장 피질 상피 세포 및 엑손의 프라이머로부터의 세포질 RNA를 사용한 RT-PCR 분석은 NMD 유도 엑손에 상응하는 밴드의 존재를 확인할 수 있다. 생성물의 동일성을 시퀀싱에 의해 확인하였다. 밴드의 밀도측정 분석을 수행하여 총 전사체의 NMD 엑손 포함 백분율을 계산하였다. NMD를 억제하기 위해 사이클로헥시미드로 세포를 처리하면 세포질 분획에서 NMD 유도 엑손에 상응하는 생성물이 증가할 수 있다. 도 4b는 각각 사이클로헥시미드 처리를 사용한 다양한 유전자 전사체에서 예시적인 NIE 엑손의 확인을 도시한다.

실시예 3: NMD 엑손 영역 ASO 워크

ASO를 사용하여 3' 스플라이스 부위의 바로 업스트림에, 3' 스플라이스 부위에 걸쳐, NMD 엑손에 걸쳐, 5' 스플라이스 부위에 걸쳐, 및 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 있는 NMD 엑손 영역 표적화 서열에 대해 ASO 워크(walk)를 수행하였다. 한 번에 5개의 뉴클레오티드를 이동시킴으로써 이러한 영역을 덮도록 ASO를 설계하였다. 도 5는 예시적인 NIE 엑손 영역에 대한 ASO 워크를 도시한다.

실시예 4: RT-PCR에 의해 평가된 NMD 엑손 영역 ASO 워크

ASO 워크 서열을 예를 들어, RT-PCR에 의해 평가할 수 있다. 짐노틱 섭취(gymnotic uptake), 트랜스펙션 또는 뉴클레오펙션에 의해 인간 세포에서 본원에 기재된 바와 같은 NMD 엑손 영역을 표적화하는 ASO로 처리된 인간 세포의 SYBR-안전하게 염색된 RT-PCR 생성물을 나타내기 위해 PAGE를 사용할 수 있다. NMD 엑손 포함 및 전장에 상응하는 생성물을 정량화하고, NMD 엑손 포함 백분율을 플롯팅하였다. 전장 생성물을 내부 mRNA 대조군으로 정규화할 수 있으며, 대조군에 대한 배수-변화를 플롯팅할 수 있다. 도 7a는 80 nM에서 명시된 ASO로 24시간 동안 트랜스펙션된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 프로브-기반 RT-qPCR(실시예 5 참조, RPL32로 정규화됨)에 의해 평가된 바와 같은 생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 6a 및 6b의 매크로워크(macrowalk) 참조). 도 7b는 80 nM에서 명시된 ASO로 24시간 동안 트랜스펙션된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 프로브-기반 RT-qPCR(실시예 5 참조, RPL32로 정규화됨)에 의해 평가된 바와 같은 비생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 6a 및 6b의 매크로워크 참조). 도 8a는 80 nM에서 명시된 ASO로 24시간 동안 트랜스펙션된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 프로브-기반 RT-qPCR(실시예 5 참조, RPL32로 정규화됨)에 의해 평가된 바와 같은 생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 5의 매크로워크 참조). 도 8b는 80 nM에서 명시된 ASO로 24시간 동안 트랜스펙션된 일차 신장 혼합 상피 세포를 사용하여 프로브-기반 RT-qPCR(실시예 5 참조, RPL32로 정규화됨)에 의해 평가된 바와 같은 비생산적인 PKD2 mRNA의 변화를 도시한다(도 5의 매크로워크 참조).

실시예 5: RT-qPCR에 의해 평가된 NMD 엑손 영역 ASO 워크

내부 mRNA 대조군으로 정규화된 SYBR-그린 또는 임의의 프로브-기반 RT-qPCR 증폭 결과를, RT-qPCR에 의해 평가될 수 있고 RT-qPCR 결과를 확인하기 위해 Sham에 대한 배수 변화로서 플롯팅될 수 있는 동일한 ASO 섭취 실험을 사용하여, 획득할 수 있다.

실시예 6: CXH-처리된 세포에서 선택된 ASO의 용량-의존적 효과

RNAiMAX 트랜스펙션에 의해 마우스 또는 인간 세포에서 모의-처리된(Sham, RNAiMAX 단독), 또는 30 nM, 80 nM, 및 200 nM 농도에서 NMD 엑손을 표적화하는 ASO로 처리된 SYBR-안전하게 염색된 RT-PCR 생성물을 나타내기 위해 PAGE를 사용할 수 있다. NMD 엑손 포함 및 전장에 상응하는 생성물을 정량화하고, NMD 엑손 포함 백분율을 플롯팅할 수 있다. 전장 생성물을 또한 HPRT 내부 대조군으로 정규화할 수 있으며, Sham에 대한 배수-변화를 플롯팅할 수 있다.

실시예 7: 선택된 ASO의 주입

다양한 농도에서 PBS-주사된(1 ㎕)(-) 또는 ASO 또는 Cep290(음성 대조군 ASO; Gerard et al, Mol. Ther. Nuc. Ac., 2015) 2'-ASO-주사된(1 ㎕)(+) 것으로부터의 마우스의 SYBR-안전하게 염색된 RT-PCR 생성물의 PAGE를 수행하였다. NMD 엑손 포함 및 전장에 상응하는 생성물을 정량화하고, NMD 엑손 포함 백분율을 플롯팅할 수 있다. 전장 생성물을 GAPDH 내부 대조군으로 정규화할 수 있으며, PBS-주사된 것에 비해 ASO-주사된 것의 배수-변화를 플롯팅할 수 있다.

실시예 8: 차세대 시퀀싱을 이용한 RNAseq에 의한 전사체에서 NMD 유도 대안적인 스플라이싱 이벤트의 확인

ASO에 의해 접근 가능한 것으로 알려진 장기에서의 비생산적인 AS 이벤트를, 인간 간, 신장, 중추 신경계(CNS), 및 안구 조직으로부터의 83개의 공개적으로 이용 가능한 RNA-시퀀싱(RNA-seq) 데이터세트를 분석함으로써 확인하였다. 전산 분석은 다양한 유형의 총 13,121개의 비생산적인 AS 이벤트를 함유하는 7,819개의 고유 유전자를 발견하였다. 이러한 유전자를 Orphanet(www.orpha.net/)와 같은 유전 질환 데이터베이스와 상호-참조함으로써, 비생산적인 AS 이벤트를 갖는 1,265개의 질환-관련 유전자를 확인하였다. 많은 NMD-민감성 전사체는 분석된 조직에서 효율적으로 분해되고 RNAseq에 의해 검출할 수 없기 때문에, 지금까지 확인된 것보다 비생산적인 AS 이벤트를 갖는 유전자가 더 많이 존재한다. 도 3은 PKD2 유전자에서 상이한 예시적인 넌센스-매개 mRNA 붕괴(NMD) 유도 대안적인 스플라이싱 이벤트의 확인을 도시한다.

실시예 9: 사이클로헥시미드 처리를 통한 대안적 스플라이싱의 확인

인-실리코 예측을 검증하고 잠재적으로 표적화 가능한 비생산적인 AS 이벤트의 존재비를 정량화하기 위해, 세포를 NMD를 억제하는 것으로 알려진 번역 억제제인 사이클로헥시미드(CHX)로 처리하였다. 예상대로, 역전사효소(RT)-PCR 분석은 DMSO-처리된 세포와 비교하여 CHX 처리시 다양한 세포주에서 예측된 비생산적인 PKD2 스플라이싱 이벤트의 일관된 증가를 나타내었다. 증가는 이러한 비생산적인 AS 이벤트가 NMD에 의한 전사체 분해를 초래한다는 것을 나타낸다. 도 4b는 각각 사이클로헥시미드 처리를 사용한 다양한 유전자 전사체에서 예시적인 NIE 엑손의 확인을 도시한다.

실시예 10: PKD2 엑손, 대안적인 5' ss 및 5'UTR 영역 ASO 워크

비생산적인 AS 이벤트를 방지하고/하거나 PKD2 mRNA 전사체의 번역을 조절할 수 있는 ASO를 확인하기 위해, 관심 AS 이벤트 또는 PKD2의 5' UTR을 따라 5-nt 단계로 초기 체계적인 ASO 워크를 수행하였다. 도 5는 PKD2 프리-mRNA의 NMD 엑손 AS 이벤트를 따른 체계적인 ASO 워크를 도시한다. 도 6a 및 6b는 PKD2 프리-mRNA의 대안적인 5' ss AS 이벤트를 따른 체계적인 ASO 워크를 도시한다. 도 10은 PKD2 mRNA의 5' UTR을 따른 체계적인 ASO 워크를 도시한다. 이러한 ASO는 2' 리보스 위치에서 균일한 포스포로티오에이트 백본 및 메톡시에틸을 가질 수 있다(2'MOE-PS). 이러한 변형은 이전에 높은 친화성으로 RNA에 대한 결합을 허용하고 표적 RNA-ASO 복합체의 뉴클레아제 및 RNase H 절단 둘 모두에 대한 내성을 부여하는 것으로 나타났다. 트랜스펙션된 세포로부터의 RT-PCR 분석은 PKD2 mRNA에서 AS를 감소시키고 생산적인 mRNA를 증가시키거나 PKD2의 번역을 촉진하는 여러 ASO를 확인한다. PKD2 생산적인 mRNA의 관찰된 증가는 TaqMan qPCR에 의해 확인된다. PKD2 번역의 관찰된 증가는 웨스턴 블롯팅에 의해 확인된다. AS의 배수 변화를 생산적 mRNA(qPCR)의 증가에 대해 플롯팅하여 ASO가 기전에서 기능하고 있음을 입증할 수 있다. PKD2 번역의 관찰된 증가는 웨스턴 블롯팅에 의해 확인된다. 번역의 배수 변화를 폴리시스틴 2 단백질의 증가에 대해 플롯팅하여(웨스턴 블롯팅), ASO가 기전에 대해 기능하고 있음을 입증할 수 있다. 이러한 결과는 유전자 발현 상향조절이 ASO로 비생산적인 AS를 방지함으로써 달성될 수 있음을 강력하게 시사할 것으로 예상된다.

실시예 11: 용량-의존적 방식으로 세포 단백질 발현을 증가시키기 위한 ASO의 사용

바람직한 상향조절 수준은 표적 유전자 및 질환마다 다양하기 때문에, 초기 워크로부터 선택된 양성 ASO 히트를 사용하여 생산적인 mRNA의 증가가 비생산적인 AS 이벤트에 걸쳐 적정될 수 있는지 여부를 결정한다. 예시적인 PKD2 ASO를 용량-의존적 상향조절을 입증하기 위해 증가하는 농도로 세포에서 트랜스펙션하였다. 농도를 ASO의 역가에 기초하여 선택하였다. RT-PCR 결과는 동일한 개개 용량으로 트랜스펙션된 비-표적화 ASO 대조군과 비교하여 PKD2에서 비생산적인 대안적인 3'ss 선택의 용량-의존적 감소를 보여준다. 역으로, 생산적 mRNA의 용량-의존적 증가는 비-표적화 ASO 대조군과 비교하여 TaqMan qPCR에 의해 측정시 관찰된다. 생산적인 mRNA에서 관찰된 상향조절이 단백질 수준의 용량-의존적 증가로 해석되는지 여부를 결정하기 위해, 폴리시스틴 2를 표적화 ASO의 농도를 증가시키면서 트랜스펙션된 세포로부터의 추출물에서 측정하였다. 먼저, PKD2에 대한 항체를 단백질 발현의 짧은 간섭 (si)RNA-매개 녹다운 및 웨스턴 블롯 분석에 의해 검증하였다. 선택된 ASO로 트랜스펙션된 세포로부터의 추출물의 면역블롯팅 결과는 폴리시스틴 2의 용량-의존적 증가를 나타낼 것으로 예상된다. 비-표적화 ASO 대조군은 단백질 수준에 유의한 영향을 미치지 않을 것으로 예상된다. 전체적으로, 데이터는 다양한 유형의 비생산적인 AS 이벤트를 표적화하는 ASO가 생산적인 mRNA의 적정 가능한 증가를 초래하여 단백질 발현의 증가를 초래함을 나타낼 것으로 예상된다. TANGO ASO-매개 단백질 상향조절의 적정 가능한 특성은 단백질 수준을 엄격하게 제어하고 과발현의 위험을 감소시킬 수 있음을 시사할 것으로 예상된다. TANGO 기술의 이러한 측면은 상염색체 우성 반수체 불충분 질환을 해결하는데 특히 적합할 것으로 예상된다.

실시예 12: 생체내 TANGO 접근법의 검증

생체내 TANGO 기전의 적용 가능성을 입증하기 위해, PKD2에서 비생산적인 엑손 포함 이벤트를 표적화하는 ASO 워크로부터 양성 히트를 선택할 수 있다. 인간 PKD2 유전자에서 비생산적인 AS 이벤트는 또한 마우스에서 발생하고 서열 수준에서 고도로 보존되어(데이터는 제시되지 않음), 마우스에서 인간 표적화 ASO를 시험할 수 있다. 본원에 제시된 다른 ASO와 유사하게, PKD2 ASO의 증가하는 농도의 짐노틱(자유) 섭취는 비-표적화 ASO 대조군과 비교하여 AS의 용량-의존적 감소 및 세포에서 생산적 mRNA의 역상관된 증가를 초래한다. ASO의 관찰된 효과가 생체내에서 요약될 수 있는지 확인하기 위해, ASO를 마우스에 투여하거나 PBS를 주사를 통해 마우스에 투여하였다. RNA 및 단백질을 주사 5일 후에 처리된 마우스로부터 추출할 수 있다. RT-PCR 분석은 대조군 PBS 코호트와 비교하여 ASO-처리된 마우스에서 명확한 표적 관여 및 비생산적인 엑손 내포의 일관된 감소를 나타내기 위해 수행될 수 있다. 이러한 감소는 TaqMan qPCR에 의해 측정된 생산적 mRNA의 대략 4배 증가로 효과적으로 번역될 수 있다. 동시에, 웨스턴 블롯에 의한 단백질의 증가를 검증된 항체를 사용하여 검출할 수 있다. 이러한 데이터는 비생산적인 AS 이벤트를 이용함으로써 단백질 발현을 상향조절하기 위한 TANGO 접근법의 개념의 생체내 증거를 제공한다.

실시예 13: 유전 질환의 치료를 위한 TANGO(Targeted Augmentation of Nuclear Gene Output)

단백질 발현을 증가시키기 위해 프리-mRNA 스플라이싱의 안티센스-매개 조절을 이용하는 신규한 기술인 TANGO(Targeted Augmentation of Nuclear Gene Output)를 개발하였다. TANGO는 넌센스-매개 mRNA 붕괴(NMD) 또는 핵 보유에 의한 전사체 분해를 초래하는 자연 발생 비생산적인 스플라이싱 이벤트를 방지한다. 이렇게 함으로써, TANGO는 생산적인 mRNA의 생성을 증가시켜, 전장의 완전한 기능 단백질의 증가를 초래한다. 비생산적인 이벤트를 확인하기 위해 RNA 시퀀싱(RNAseq) 데이터세트의 생물정보학적 분석을 수행하였다. 비생산적인 이벤트는 단백질-코딩 유전자의 50% 초과에서 발견되었으며, 이 중 대략 2,900개는 질환-관련된다. 인-실리코 예측을 검증하기 위해, 다양한 유형의 NMD 유도, 비생산적인 대안적 스플라이싱(AS) 이벤트(카세트 엑손, 대안적인 스플라이스 부위, 및 대안적인 인트론)를 나타내는 표적(예를 들어, PKD2)을, NMD를 억제하는 것으로 알려진 번역 억제제인 사이클로헥시미드(CHX)로 세포를 처리함으로써 선택하고 이들의 존재비를 정량하였다. 선택된 표적의 RT-PCR 분석을 수행하였고, DMSO-처리된 세포와 비교하여 CHX 처리시 비생산적인 mRNA의 증가를 관찰하였다. 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)는 3가지 유형의 NMD 유도, 비생산적인 AS 이벤트를 표적화하도록 설계되며, TANGO ASO는 시험관내에서 용량-의존적 방식으로 생산적인 mRNA 및 단백질을 증가시키기 위해 스플라이싱을 조절할 수 있을 것으로 예상된다. TANGO 기전과 일치하게, ASO-매개된 상향조절의 수준은 표적화된 NMD 유도 이벤트의 존재비에 정비례하는 것으로 관찰될 것으로 예상된다. 또한, PKD2에서 비생산적인 AS 이벤트를 표적화하는 TANGO ASO의 야생형 마우스에의 주사는 생산적인 mRNA 및 폴리시스틴 2의 증가를 초래할 것으로 예상된다. TANGO가 자연 발생 비생산적인 AS를 이용함에 따라, 이러한 신규한 접근법은 야생형 또는 저형성 대립유전자로부터 유전자 발현을 상향조절하는 데 이용될 수 있어, 유전 질환을 치료하기 위한 잠재적으로 독특한 전략을 제공한다. TANGO는 유전적 간질과 같은 상염색체 우성 반수체부전 질환에 대한 치료를 개발하기 위해 적용되고 있다. 야생형 대립유전자로부터 발현을 증가시키는 TANGO ASO는 결핍된 단백질의 생리학적 수준을 회복시키는 데 사용될 수 있다.

실시예 14: NMD 접합부의 전사체 데이터베이스 및 라벨링:

주석이 달린 전사체를 GENCODE(v. 28) 및 REFSEQ(UCSC를 통해)로부터 다운로딩하였다. 각각의 주석이 달린 엑손-엑손 접합부는 "코딩" 또는 "NMD"로 라벨링된다. 접합부는 "넌센스_매개_붕괴"(GENCODE) 또는 "NR"(REFSEQ)로 라벨링된 전사체에서 독점적으로 발견되는 경우에만 "NMD"로 라벨링된다.

RNA-seq 라이브러리 프로세싱:

스플라이스 접합부 카운트를 생성하기 위해 모든 RNA-seq 샘플을 STAR¹ v2.6.1b를 사용하여 hg38 게놈 및 조합된 전사체 데이터베이스에 정렬하였다.

추정되는 NMD 유도 스플라이싱 이벤트의 확인 및 정량:

모든 샘플을 SUPPA2²를 통해 진행시켜 주석이 달린 대안적인 스플라이싱 이벤트를 규정하였다. 이후, 하기와 같이 대안적 스플라이싱의 각 유형을 라벨링하고 정량화하기 위해 상이한 접근법을 사용하였다:

엑손 내포( EI ) 및 엑손 스킵핑 ( ES ): "스킵핑된 엑손" 이벤트를 SUPPA로부터 분석하여 각 이벤트에 대한 포함 및 스킵핑 접합부를 수득하였다. 스킵핑 접합부가 "NMD"로 라벨링된 경우, 이벤트는 "ES_NMD"로 라벨링된다. 포함 접합부 중 하나가 "NMD"로 라벨링된 경우, 이벤트는 "EI_NMD"로 라벨링된다. 그 외에는, 이벤트는 "카세트 엑손"으로 라벨링된다. 포함 및 스킵핑 접합부 카운트는 STAR 출력으로부터 검색되며, 이러한 카운트는 동일한 대안적으로 스플라이싱된 엑손을 공유하는 모든 이벤트에 걸쳐 합산된다.

포함에 대한 최종 PSI는 로 계산된다.

내포 이벤트의 경우, .

스킵핑 이벤트의 경우, .

대안적인 3' 및 5' 스플라이스 부위(A3 및 A5): A3 및 A5 이벤트는 SUPPA로부터 분석되어 각각의 대안적인 이벤트에 상응하는 접합부를 수득한다. 긴 또는 짧은 접합부가 "NMD"로 라벨링되는 경우, NMD 이벤트가 보고된다. 둘 접합부 모두가 NMD를 보고하는 경우, 이는 그러한 영역에 복잡한 스플라이싱이 있을 가능성이 있기 때문에 보고되지 않는다. 스플라이스 접합부 카운트를 STAR 출력으로부터 검색하였다. PSI는 로 보고된다.

대안적인 인트론 이벤트(AI): 보유된 인트론 이벤트를 SUPPA로부터 분석하여 대안적인 인트론 이벤트의 목록을 획득하였다. 이벤트 접합부가 NMD로 라벨링된 경우, AI 이벤트를 NMD로 라벨링하였다. PSI를 계산하기 위해, 이의 3' 및 5' 스플라이스 부위(및 동일한 AI 이벤트를 함유하는 다른 모든 모 엑손)를 사용하여 모든 접합부를 합산함으로써 AI가 위치된 엑손의 발현 수준을 추정하였다. AI 접합부의 사용은 이후 범위 [0, ]에 속할 것이며, 이는 AI 접합부의 완전한 사용(이는 인트론 보유를 초래하지 않음)이 엑손 접합부 및 AI 접합부에서 유사한 카운트로 달성되기 때문이다(전체 인트론 보유는 접합부에 대해 0 판독을 가짐). Ψ를 계산하기 위해, 이러한 범위가 이제 이 되도록 접합부 카운트를 정규화하였다.

질환 관련성 주석 :

Orphanet의 공개적으로 이용 가능한 데이터 저장소인 Orphadata(http://www.orphadata.org)로부터 유전자-질환 연관 데이터를 다운로딩하였다. 주석을 모든 유전자 기호 별칭을 포함하도록 확장하였다.

실시예 15: 사이클로헥시미드(CHX)로의 처리, 세포 배양, 및 트랜스펙션

비생산적 mRNA의 존재비를 결정하기 위해, 세포를 DMSO에 용해된 50 ㎍/ml의 CHX(Cell Signaling Technology)와 함께 3시간 동안 인큐베이션하였다.

예를 들어, 세포를 10% FBS를 갖는 EMEM 중에서 성장시키고, 1×10⁵개의 세포를 24-웰 플레이트에 시딩하고, 초기 스크리닝을 위해 80 nM ASO 또는 제조사의 지침에 따라 Lipofectamine RNAiMax 시약(Invitrogen)을 사용하여 1, 5, 25 nM의 선택된 ASO로 역-트랜스펙션하였다. 트랜스펙션 24시간 후에 RNeasy 미니 키트(Qiagen)를 사용하여 총 RNA를 추출하고, ImProm-II 역전사효소(Promega)로 cDNA를 합성하였다. 트랜스펙션 48시간 후에 총 단백질을 RIPA 완충제(Cell Signaling Technology)로 추출하였다.

또 다른 예로서, HEK293 세포를 10% FBS를 갖는 EMEM 중에서 성장시키고, 7×10⁵개의 세포를 6-웰 플레이트에 시딩하고, 제조사의 지침에 따라 Lipofectamine RNAiMax 시약(Invitrogen)을 사용하여 30, 60, 및 120 nM의 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)로 역-트랜스펙션하였다. 트랜스펙션 24시간 후에 RNeasy 미니 키트(Qiagen)를 사용하여 총 RNA를 추출하고, ImProm-II 역전사효소(Promega)로 cDNA를 합성하였다. 트랜스펙션 48시간 후에 총 단백질을 RIPA 완충제(Cell Signaling Technology)로 추출하였다.

또 다른 예로서, Huh7 세포를 10% FBS를 갖는 DMEM 중에서 성장시키고, 1×10⁵개의 세포를 12-웰 플레이트에 시딩하고, 제조사의 지침에 따라 Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen)를 사용하여 5, 20, 또는 80 nM ASO로 역-트랜스펙션하였다. RT-PCR 분석을 위해, 세포를 트랜스펙션 3시간 내지 21시간 후에 DMSO 중 50 ㎍/mL의 CHX(Cell Signaling Technology)로 처리하였다. 트랜스펙션 24시간 후에 RNeasy 미니 키트(Qiagen)를 사용하여 총 RNA를 추출하고, ImProm-II 역전사효소(Promega)로 cDNA를 합성하였다. 트랜스펙션 48시간 후에 총 단백질을 RIPA 완충제(Cell Signaling Technology)로 추출하였다.

또 다른 예로서, ReNcell VM 세포를 약 90% 컨플루언시(confluency)에 도달할 때까지 라미닌 코팅된 플라스크(2D 배양)에서 각각 20 ng/mL의 bFGF 및 EGF를 함유하는 완전한 NSC 배지에서 성장시켰다. 이후, 세포를 아큐타제 처리에 의해 분리하고, PBS로 세척하고, 김노틱(유리) 섭취를 위해 3, 8, 20 μM ASO를 갖는 초저 부착 표면 24-웰 폴리스티렌 플레이트에서 완전 NSC 배지 중에서 배양하였다. 총 RNA를 배지에 ASO 첨가 72시간 후에 RNeasy 미니 키트(Qiagen)를 사용하여 추출하고, cDNA를 ImProm-II 역전사효소(Promega)로 합성하였다.

실시예 16: qPCR 및 RT-PCR 검정

생산적인 mRNA의 발현 분석을 위해, PKD2에 대해 TaqMan qPCR(Thermo Fisher SC)을 수행하였다. SYBR 그린 qPCR 또는 프로브-기반 qPCR을 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머, 및 프로브를 갖는 인간 PKD2에 대해 수행하였다. 사이클링 조건은, 예를 들어, 30 사이클 동안 변성을 위해 95℃에서 30초, 어닐링을 위해 60℃에서 30초 및 연장을 위해 72℃에서 60초였다. 또 다른 예로서, 사이클링 조건은 29 사이클 동안 변성을 위해 95℃에서 30초, 어닐링을 위해 55℃에서 30초, 및 연장을 위해 72℃에서 30초였다. 또 다른 예로서, 사이클링 조건은 28 사이클 동안 변성을 위해 95℃에서 30초, 어닐링을 위해 55℃에서 30초, 및 연장을 위해 72℃에서 75초였다. 또 다른 예로서, 사이클링 조건은 28 사이클 동안 변성을 위해 95℃에서 30초, 어닐링을 위해 56℃에서 30초, 및 연장을 위해 72℃에서 75초였다. PCR 생성물을 5% 폴리아크릴아미드 겔에서 분리하고, Multi Gauge 소프트웨어 버전 2.3으로 정량화하였다.

실시예 17: 웨스턴 블롯팅

단백질 추출물을 Pierce BCA 단백질 검정 키트(ThermoFisher)를 사용하여 비색 검정에 의해 정량화하였다.

예를 들어, 면역블롯팅을 25 ㎍의 용해물로 수행하였다. 또 다른 예로서, 면역블롯팅을 60 ㎍의 용해물로 수행하였다. 또 다른 예로서, 면역블롯팅을 120 ㎍의 용해물로 수행하였다. 또 다른 예로서, 면역블롯팅을 30 ㎍의 용해물로 수행하였다. 일차 항체 및 이차 항체를 구입하였다. 블롯을 Typhoon RLA 9000 이미저(General Electric)를 사용하여 스캔하였다. 밀도측정 분석을 Multi Gauge 소프트웨어 버전 2.3을 사용하여 수행하였다.

실시예 18: 유세포 분석

FACS 완충제에서 배양 플레이트로부터 세포를 리프팅하였다. 세포를 APC-항체(1:250)로 염색하였다. 15,000개 세포로부터의 데이터를 Guava Easycyte 12HT(EMD Millipore) 유세포 분석기에서 수집하였다. 형광 마이너스 1을 사용하여 포지티브 게이트를 결정하였다.

실시예 19: PKD2 엑손 영역 및 5'UTR 벡터화된 ASO 워크

비생산적인 AS 이벤트를 방지할 수 있는 벡터화된 ASO를 확인하기 위해, 체계적인 벡터화된 ASO 워크를 관심 AS 이벤트를 따라 5-nt 또는 2-nt 단계로 수행할 수 있다. 이러한 벡터화된 ASO를 벡터로부터, 이의 표적화 서열로서 ASO 서열을 함유하는 변형된 U1 snRNA 또는 U7 snRNA로서 발현할 수 있다. 도 5는 PKD2 프리-mRNA의 NMD 엑손 AS 이벤트를 따른 체계적인 벡터화된 ASO 워크를 도시한다. 도 6a 및 6b는 PKD2 프리-mRNA의 대안적인 5' ss AS 이벤트를 따른 체계적인 벡터화된 ASO 워크를 보여준다. 도 10은 PKD2 mRNA의 5' UTR을 따른 체계적인 벡터화된 ASO 워크를 도시한다. 벡터화된 ASO는 변형된 U7 snRNA로 발현된다. 트랜스펙션된 세포주로부터의 RT-PCR 분석은 PKD2 mRNA에서 감소된 AS 및 생산적인 mRNA의 증가를 초래하는 여러 벡터화된 ASO를 확인할 수 있다. PKD2 생산적인 mRNA의 관찰된 증가는 TaqMan qPCR에 의해 확인될 수 있다. AS의 배수 변화는 생산적 mRNA(qPCR)의 증가에 대해 플롯팅되어 벡터화된 ASO가 기전에 대해 기능하고 있음을 입증할 수 있다.

본 발명의 바람직한 구현예가 여기에서 도시되고 설명되었지만, 이러한 구현예는 단지 예로서 제공된다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 이제 본 발명을 벗어나지 않고 당업자에게 수많은 변형, 변경 및 대체가 일어날 것이다. 본원에 기재된 본 발명의 구현예에 대한 다양한 대안이 본 발명을 실시하는데 사용될 수 있음을 이해해야 한다. 다음 청구범위는 본 발명의 범위를 정의하고 이들 청구범위 및 그 등가물 범위 내의 방법 및 구조를 포괄하도록 의도된다.

예시적인 구현예 I

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)을 포함하는 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시켜, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하는 단계, 및 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계로서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이고 표적 유전자는 PKD2 유전자인 단계를 포함한다.

특정 구현예에서, 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 대상체의 세포에 접촉시켜, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터의 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절 단계, 및 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계로서 표적 단백질은 폴리시스틴 2이고 표적 유전자는 PKD2 유전자인 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위 다운스트림의 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, NMD 엑손은 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 90% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, NMD 엑손은 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, ASO는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8개의 연속 핵산에 상보적인 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성인 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140 내에 있다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140의 업스트림 또는 다운스트림이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140의 엑손-인트론 접합부를 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진한다.

일부 구현예에서, 제제는 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프리-mRNA로부터 발현된 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 생산된 표적 단백질의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 단백질의 기능 상실 돌연변이에 의해 유도된다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 단백질을 인코딩하는 유전자의 반가불충분성과 연관되고, 여기서 대상체는 기능성 표적 단백질을 인코딩하는 제1 대립유전자, 및 표적 단백질이 생산되지 않거나 감소된 수준으로 생산되는 제2 대립유전자, 또는 비기능성 표적 단백질 또는 부분 기능성 표적 단백질을 인코딩하는 제2 대립유전자를 갖는다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 단백질을 인코딩하는 유전자의 상염색체 열성 돌연변이와 연관되며, 여기서 대상체는 제 (i) 표적 단백질은 생산되지 않거나 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되거나; 또는 (ii) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 비기능적이거나 부분적으로 기능적인 제1 대립유전자 인코딩, 및 (iii) 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되고 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 적어도 부분적으로 기능적임; 또는 (iv) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 부분적으로 기능적인 제2 대립유전자를 갖는다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진하고 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 억제한다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제는 대조군 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제에 비해 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 감소된다.

일부 구현예에서, 제제는 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준을 감소시킨다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 감소된다.

일부 구현예에서, 제제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 감소시킨다.

일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프리-mRNA로부터 발현된 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 발현된 표적 단백질의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 감소된다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 단백질의 기능 이득 돌연변이에 의해 유도된다.

일부 구현예에서, 대상체는 표적 단백질이 증가된 수준으로 생성되는 대립유전자, 또는 세포에서 증가된 활성을 나타내는 돌연변이 표적 단백질을 인코딩하는 대립유전자를 갖는다.

일부 구현예에서, 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 억제하고 세포에서 표적 단백질의 발현을 감소시킨다.

일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.

한 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다.

일부 구현예에서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동이다.

일부 구현예에서, 세포는 생체 외의 것이다.

특정 구현예에서, 제2 치료제는 소분자이다.

일부 구현예에서, 제2 치료제는 안티센스 올리고머이다.

일부 구현예에서, 제2 치료제는 인트론 체류를 수정한다.

일부 구현예에서, 방법은 질환 또는 병태를 치료한다.

특정 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사물로부터 NSE의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사체에 정규 엑손의 포함을 조절하기 위해 프리-mRNA 내의 표적 모티프와 상호작용하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되어 있고, 여기서 표적 모티프는 (i) 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역, (ii) 2개의 정규 엑손 중 하나, 또는 (iii) 인트론 및 정규 엑손 둘 다에 걸쳐 있는 영역에 위치하고; 여기서 NSE는 (a) 정규 엑손의 일부만, 또는 (b) 정규 엑손 및 정규 엑손에 인접한 인트론의 적어도 일부를 포함하고; 여기서 NSE 조절 제제는 프리-mRNA 전사체로부터 NSE의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함를 조절한다.

일부 구현예에서, NSE 조절 제제는 프리-mRNA 전사체로부터 NSE의 배제를 촉진하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함을 촉진한다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사체는 표적 단백질을 인코딩하고 NSE 조절 제제는 프리-mRNA를 함유하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

특정 구현예에서, 프리-mRNA의 대체 5' 또는 3' 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 조절하고 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA 전사체에 정규 엑손의 포함을 조절하기 위해 프리-mRNA 내의 표적 모티프와 상호작용하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 5' 또는 3' 스플라이스 부위(NSASS) 조절 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 여기서 표적 모티프는 (i) 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역, (ii) 2개의 정규 엑손 중 하나, 또는 (iii) 인트론 및 정규 엑손 둘 다에 걸쳐 있는 영역에 위치하고; 여기서 프리-mRNA의 대체 5' 또는 3' 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 조절하는 것은 프리-mRNA 전사체로부터 엑손의 배제를 조절하고, 여기서 엑손은 (a) 정규 엑손의 일부만, 또는 (b) 정규 엑손 및 정규 엑손에 인접한 인트론의 적어도 일부를 포함하고; 여기서 NSASS 조절 제제는 프리-mRNA 전사체로부터 엑손의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함를 조절한다.

일부 구현예에서, NSASS 조절 제제는 프리-mRNA 전사체로부터 대체 5' 또는 3' 스플라이스 부위에서의 스플라이싱으로 인한 엑손의 배제를 촉진하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함을 촉진한다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사체는 표적 단백질을 인코딩하고 NSASS 조절 제제는 프리-mRNA를 함유하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 PKD2로 이루어진 군으로부터 선택된다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 여기서 프리-mRNA는 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내에 있는 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 업스트림, 또는 정규 엑손 다음 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 표준 5' 스플라이스 부위 다운스트림의 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하는 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손을 포함하고; 여기서 NSE 조절 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사체의 프로세싱을 조절하고, 여기서 대체 5' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 PKD2이다.

일부 구현예에서, 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱은 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손은 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내의 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 업스트림의 정규 5' 스플라이스 부위를 포함한다.

일부 구현예에서, 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손은 정규 엑손 다음 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 다운스트림의 정규 5' 스플라이스 부위를 포함한다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 5' 또는 3' 스플라이스 부위 (NSASS) 조절 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 여기서 프리-mRNA는 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내에 있는 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 업스트림, 또는 정규 엑손 다음 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 표준 5' 스플라이스 부위 다운스트림의 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하는 엑손을 포함하고; 여기서 NSASS 조절 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사체의 프로세싱을 조절하고, 여기서 대체 5' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA는 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내의 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 업스트림의 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하는 엑손을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA는 정규 엑손 다음 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 다운스트림의 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하는 엑손을 포함한다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 여기서 프리-mRNA는 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내에 있는 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림, 또는 정규 엑손 앞 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손을 포함하고; 여기서 NSE 조절 제제는 대체 3' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사체의 프로세싱을 조절하고, 여기서 대체 3' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 대체 3' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱은 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손은 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 다운스트림의 정규 3' 스플라이스 부위를 포함한다.

일부 구현예에서, 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손은 정규 엑손 앞 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림의 정규 3' 스플라이스 부위를 포함한다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 5' 또는 3' 스플라이스 부위 (NSASS) 조절 제제를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 여기서 프리-mRNA는 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내에 있는 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 다운스트림, 또는 정규 엑손 앞 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 엑손을 포함하고; 여기서 NSASS 조절 제제는 대체 3' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사체의 프로세싱을 조절하고, 여기서 대체 3' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA는 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 다운스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 엑손을 포함한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA는 정규 엑손 앞 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 엑손을 포함한다.

다양한 구현예에서, 제제는 소분자이다.

일부 구현예에서, 제제는 폴리펩티드이다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 핵산 결합 단백질이다.

일부 구현예에서, 핵산 결합 단백질은 Cas 계열 단백질이다.

일부 구현예에서, 제제는 잠금 핵산을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 펩티드 핵산을 포함한다.

일부 구현예에서, 제제는 2'-O-메틸을 포함한다.

특정 구현예에서, 본원에 제공된 바와 같은 조성물에 따른 제제를 인코딩하는 핵산 분자를 포함하는 조성물이 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 본원에 기재술된 단백질 발현 조절 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제를 프리-mRNA 내의 표적 모티프에 접촉시키는 단계를 포함하고, 여기서 NSE는 (i) 정규 엑손의 일부만, 또는 (ii) 정규 엑손 및 정규 엑손에 인접한 인트론의 적어도 일부를 포함하고; 여기서 프리-mRNA는 프로세싱되어 프로세싱된 mRNA 전사체를 형성하고, 여기서 NSE 조절 제제는 프리-mRNA 전사체로부터 NSE의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함을 조절하고; 그리고 프로세싱된 mRNA 전사체는 번역되고, 여기서 NSE의 배제 및 정규 엑손의 포함은 정규 엑손 대신에 NSE를 포함하는 동등한 mRNA 전사체의 표적 단백질 발현에 비해 표적 단백질 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 모티프는 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 표적 모티프는 2개의 정규 엑손 중 하나에 위치한다.

일부 구현예에서, 표적 모티프는 인트론 및 정규 엑손 모두에 걸친 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 갖는 세포에 의한 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되고, 여기서 프리-mRNA는 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내에 있는 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림, 또는 정규 엑손 앞 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 3' 스플라이스 부위 업스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손을 포함하고; 이 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제를 세포에 접촉시키는 것을 포함하며, 여기서 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 대체 3' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사물의 프로세싱을 조절하고, 여기서 대체 3' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

특정 구현예에서, 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 갖는 세포에 의한 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되고, 여기서 프리-mRNA는 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내에 있는 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 업스트림, 또는 정규 엑손 다음 및 인트론 내의 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 다운스트림의 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하는 대체 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손을 포함하고; 이 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제를 세포에 접촉시키는 것을 포함하며, 여기서 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사물의 프로세싱을 조절하고, 여기서 대체 5' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합한다.

일부 구현예에서, 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 NSE 또는 NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자에 결합한다.

일부 구현예에서, 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 활성을 억제한다.

일부 구현예에서, 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 프리-mRNA의 표적화 부분의 영역에 대한 NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 방해한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 스플라이싱의 조절은 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 치료제와 접촉된 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 단백질의 정규 동형이다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제는 본원에 제공된 바와 같은 조성물이다.

특정 구현예에서, 본원에 제공된 바와 같은 조성물을 포함하는 치료제; 및 약제학적으로 허용되는 부형제 및/또는 전달 비히클을 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 제공된다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 본원에 제공된 약제학적 조성물을 감소가 필요한 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되고, 상기 방법은 (a) 프로세싱된 mRNA 전사제로부터 NSE의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사제에서 정규 엑손의 포함을 조절하기 위해 프리-mRNA 내의 표적 모티프와 상호작용하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손(NSE) 조절 제제로서,

NSE는 (i) 정규 엑손의 일부만, 또는 (ii) 정규 엑손 및 정규 엑손에 인접한 인트론의 적어도 일부를 포함하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손 (NSE) 조절 제제; 및 (b) 약제학적으로 허용되는 부형제 및/또는 전달 비히클을 포함하는 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 포함하고, 여기서 질환 또는 병태는 프로세싱된 mRNA로부터 번역된 표적 단백질의 발현의 조절에 의해 NSE 조절 제제의 투여에 의해 대상체에서 치료되거나 예방된다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

특정 구현예에서, 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되고, 대상체의 세포는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 갖고, 여기서 프리-mRNA는 (a) 정규 엑손의 5' 말단에 측접하는 정규 인트론 앞에 있는 정규 엑손; 및 (b) 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내의 인트론과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 다운스트림, 또는 정규 엑손 앞 및 정규 엑손 내의 인트론 과 관련하여 정규 3' 스플라이스 부위 업스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 대체 넌센스 매개된 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손을 포함하고, 이 방법은 치료제를 세포에 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 치료제는 대체 3' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사체의 프로세싱을 조절하고, 대체 3' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

특정 구현예에서, 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되고, 대상체의 세포는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 갖고, 여기서 프리-mRNA는 (a) 정규 엑손의 3' 말단에 측접하는 정규 인트론이 뒤따르는 정규 엑손; 및 (b) 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내의 인트론과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 업스트림, 또는 정규 엑손 다음 및 정규 엑손 내의 인트론 과 관련하여 정규 5' 스플라이스 부위 다운스트림의 대체 3' 스플라이스 부위를 포함하는 대체 넌센스 매개된 RNA 붕괴 유도(NMD) 엑손을 포함하고, 이 방법은 치료제를 세포에 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 치료제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA로부터의 mRNA 전사체의 프로세싱을 조절하고, 대체 5' 스플라이스 부위에서의 프리-mRNA의 스플라이싱은 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절한다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다.

일부 구현예에서, 치료제는 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 치료제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.

한 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다.

일부 구현예에서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동이다.

일부 구현예에서, 치료제는 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 투여된다.

일부 구현예에서, 방법은 질환 또는 병태를 치료한다.

특정 구현예에서, 본원에 제공된 바와 같은 방법에 사용하기 위한 치료제가 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 본원에 제공된 바와 같은 치료제 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 기재된다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 제공되고, 방법은 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 본원에 기재된 약제학적 조성물을 투여하는 것을 포함한다.

일부 구현예에서, 방법은 대상체를 치료한다.

특정 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사물로부터 NSE의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사체에 정규 엑손의 포함을 조절하기 위해 표적 유전자로부터 전사된 프리-mRNA 내의 표적 모티프와 상호작용하는 넌센스 매개 RNA 붕괴 엑손 (NSE) 조절 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 표적 모티프는 (i) 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역, (ii) 2개의 정규 엑손 중 하나, 또는 (iii) 인트론 및 정규 엑손 둘 다에 걸쳐 있는 영역에 위치하고; 여기서 NSAE는 (a) 정규 엑손의 일부만, 또는 (b) 정규 엑손 및 정규 엑손에 인접한 인트론의 적어도 일부를 포함하고; 여기서 NSAE 조절 제제는 프로세싱된 mRNA 전사체로부터 NSAE의 배제를 조절하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함를 조절하고; 표적 유전자는 PKD2 유전자이다.

일부 구현예에서, NSAE 조절 제제는 프로세싱된 mRNA 전사체로부터 NSAE의 배제를 촉진하고 프로세싱된 mRNA 전사체에서 정규 엑손의 포함을 촉진한다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA 전사체는 표적 단백질을 인코딩하고 NSAE 조절 제제는 프리-mRNA를 함유하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키고, 표적 단백질은 PKD2이다.

예시적인 구현예 II

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)을 포함하는 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시켜, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하는 단계, 및 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 단계를 포함한다.

특정 구현예에서, 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 이를 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태는 발병할 가능성을 치료하거나 감소시키는 방법이 기재되며, 이는 제제 또는 벡터를 접촉시키는 단계를 포함한다. 대상체의 세포에 제제를 인코딩하고, 이에 의해 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 비-센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하며, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩된다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 1의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2가 기능적으로 증강, 보상, 대체 또는 기능적으로 상호작용하는 단백질의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다.

일부 구현예에서, 제제는 (a) 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다. 일부 구현예에서, 제제는 NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 방해한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손에 근접한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 5' 말단의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 5' 5' 말단의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 3' 말단 다운스트림의 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 3' 말단 다운스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위 다운스트림의 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위 다운스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 프리-mRNA의 2개의 정규 엑손 영역 사이의 인트론 영역에 위치하고, 인트론 영역은 NMD 엑손을 함유한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손과 적어도 부분적으로 중첩된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 업스트림 또는 다운스트림 인트론과 적어도 부분적으로 중첩된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 5' NMD 엑손-인트론 접합부 또는 3' NMD 엑손-인트론 접합부를 포함한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손 내에 있다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 그 초과 개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.

일부 구현예에서, NMD 엑손은 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 90% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, NMD 엑손은 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 유전자 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 2 또는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, ASO는 표 4에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 또는 18개의 연속 핵산에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성인 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140 내에 있다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140의 업스트림 또는 다운스트림이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140의 엑손-인트론 접합부를 포함한다.

일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 전장 폴리시스틴 2 또는 야생형 폴리시스틴 2이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 야생형 폴리시스틴 2에 비해 적어도 부분적으로 기능적이다. 일부 구현예에서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 전장 야생형 폴리시스틴 2에 비해 적어도 부분적으로 기능적이다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절하고 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 NMD 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절한다. 일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제는 대조군 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제에 비해 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 방법은 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 제제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 생산된 표적 단백질의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가된다.

일부 구현예에서, NMD 엑손은 조기 종결 코돈(PTC)을 포함한다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 유전자 또는 표적 단백질의 기능 상실 돌연변이와 연관된다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 유전자의 반가불충분성과 연관되고, 대상체는 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제1 대립유전자 및 폴리시스틴 2가 생산되지 않거나 감소된 수준으로 생산되는 제2 대립유전자, 또는 비기능성 폴리시스틴 2 또는 부분적 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제2 대립유전자를 가지고 있다. 일부 구현예에서, 하나 또는 둘 모두의 대립유전자는 하이포모르프이거나 부분적으로 기능적이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 및 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 PKD1 또는 PKD2 유전자의 돌연변이와 연관되며, 여기서 대상체는 제 (i) 표적 단백질은 생산되지 않거나 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되거나; 또는 (ii) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 비기능적이거나 부분적으로 기능적인 제1 대립유전자 인코딩, 및 (iii) 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되고 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 적어도 부분적으로 기능적임; 또는 (iv) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 부분적으로 기능적인 제2 대립유전자를 갖는다.

일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 및 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 돌연변이는 하이포모르픽 돌연변이이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 PKD2 유전자의 돌연변이와 연관된다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 PKD1 유전자의 돌연변이와 연관된다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 2와 상호작용하는 폴리시스틴 1 영역의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 방해하는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 약화시키는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 감소시키는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 차단하는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 2와 상호작용하는 폴리시스틴 1 영역의 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 방해하는 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 약화시키는 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 감소시키는 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 차단하는 돌연변이이다.

일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 NMD 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 세포의 표적 단백질의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고 안티센스 올리고머는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 포스포로디아미데이트 모폴리노, 잠금 핵산, 펩티드 핵산, 2'-O-메틸, 2'-플루오로, 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고 안티센스 올리고머는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 당 모이어티는 변형된 당 모이어티이다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어진다. 일부 구현예에서, 제제가 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 프리-mRNA의 표적화 부분에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보적이다.

일부 구현예에서, 표적 단백질의 프로세싱된 mRNA 수준 또는 발현 수준을 평가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 한 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다. 일부 구현예에서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동이다. 일부 구현예에서, 세포는 생체 외의 것이다. 일부 구현예에서, 제제는 대상체의 척수강내 주사, 뇌실심내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사, 유리체내 또는 정맥내 주사에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체에게 제2 치료제를 투여하는 것을 추가로 포함한다. 특정 구현예에서, 제2 치료제는 소분자이다. 일부 구현예에서, 제2 치료제는 안티센스 올리고머이다. 일부 구현예에서, 제2 치료제는 인트론 체류를 수정한다. 일부 구현예에서, 방법은 질환 또는 병태를 치료한다.

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고, 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 조성물이 본원에 기재된다. 특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요한 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하는, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 조성물이 본원에 기재된다. 특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 조성물; 및 약제학적으로 허용되는 부형제 및/또는 전달 비히클을 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 기재된다. 특정 구현예에서, 넌센스 매개된 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 포함하는 조성물이 본원에 기재되고, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 조절하여 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2이다.

일부 구현예에서, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 방지하거나 감소시킴으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절한다. 일부 구현예에서, 제제는 정규 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 촉진하거나 증가시킴으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절한다. 일부 구현예에서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하는 것은 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산된 프로세싱된 mRNA는 조기 종결 코돈(PTC)을 포함한다.

다양한 구현예에서, 제제는 소분자이다. 일부 구현예에서, 제제는 폴리펩티드이다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 핵산 결합 단백질이다. 일부 구현예에서, 핵산 결합 단백질은 TAL-이펙터 또는 징크 핑거 결합 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, 핵산 결합 단백질은 Cas 계열 단백질이다. 일부 구현예에서, 폴리펩티드는 하나 이상의 핵산 분자와 동반되거나 복합화된다. 일부 구현예에서, 제제는 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적인 안티센스 올리고머(ASO)이다. 일부 구현예에서, 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA의 표적화 영역에 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보적이다. 일부 구현예에서, 제제는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 포스포로디아미데이트 모폴리노를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 잠금 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 펩티드 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 2'-O-메틸을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 2'-플루오로 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 당 모이어티는 변형된 당 모이어티이다. 일부 구현예에서, 제제는 안티센스 올리고머이고, 여기서 제제는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어진다.

특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 조성물에 따른 제제를 인코딩하는 핵산 분자를 포함하는 조성물이 본원에 기재된다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 바이러스 전달 시스템에 통합된다. 일부 구현예에서, 바이러스 전달 시스템은 아데노바이러스 연관 벡터이다. 일부 구현예에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 연관 바이러스 벡터이다.

특정 구현예에서, 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법이 본원에 기재되고, 상기 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 세포에 접촉시키는 것을 포함하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 조절하여 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 표적 유전자는 PKD2이다.

일부 구현예에서, 제제는 (a) 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이다. 일부 구현예에서, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 관여하는 인자가 표적화 부분의 영역에 결합하는 것을 방해한다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에 근접한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위 다운스트림의 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위 다운스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4 88036480의 게놈 부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480의 게놈 부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480의 게놈 부위 다운스트림의 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480의 게놈 부위 다운스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드이다.

일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 정규 5' 스플라이스-부위와 대체 5' 스플라이스-부위 사이의 영역에 위치한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역에 위치한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위와 적어도 부분적으로 중첩된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림 또는 다운스트림 영역과 적어도 부분적으로 중첩된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역 내에 있다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역의 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 그 초과 개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역에 위치한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 2개의 정규 엑손 중 하나에 위치한다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 및 정규 엑손 모두에 걸쳐 있는 영역에 위치한다.

일부 구현예에서, 세포 내 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다. 일부 구현예에서, 프리-mRNA의 스플라이싱의 조정은 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 생산을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다.

일부 구현예에서, 표적 단백질은 단백질의 정규 동형이다. 일부 구현예에서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산된 프로세싱된 mRNA는 조기 종결 코돈(PTC)을 포함한다. 일부 구현예에서, NSASS 조절제는 본원에 기재된 바와 같은 조성물이다.

특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 감소가 필요한 대상체에게 약제학적 조성물을 투여하는 것을 포함하고, 약제학적 조성물은 넌센스 매개된 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터로서, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스 부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱은 대안적으로 스플라이싱된 mRNA의 넌센스 매개된 RNA 붕괴를 초래하고, 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 조절하여 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2인, 바이러스 벡터 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함한다. 특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되어 있고, 방법은 본원에 기재된 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 질환은 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 또는 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 1의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2가 기능적으로 증강, 보상, 대체 또는 기능적으로 상호작용하는 단백질의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 병태는 표적 단백질의 결핍된 양 또는 활성에 의해 야기된다.

일부 구현예에서, 제제는 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 제제와 접촉된 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다. 일부 구현예에서, 제제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 세포 내 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가된다.

일부 구현예에서, 표적 단백질의 mRNA 수준 또는 발현 수준을 평가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 질환과 연관된 적어도 하나의 유전적 돌연변이에 대해 대상체의 게놈을 평가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 질환과 연관된 유전자의 유전자좌 내에 있다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 질환과 연관된 유전자의 발현과 연관된 유전자좌 내에 있다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD2 유전자 좌 내에 있다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD1 유전자 좌 내에 있다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD2 유전자 발현과 연관된 유전자좌 내에 있다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 2와 상호작용하는 폴리시스틴 1 영역의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 방해하는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 약화시키는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 감소시키는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 차단하는 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 2와 상호작용하는 폴리시스틴 1 영역의 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 방해하는 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 약화시키는 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 감소시키는 돌연변이이다. 일부 구현예에서, PKD1의 돌연변이는 폴리시스틴 1과 폴리시스틴 2 사이의 상호작용을 차단하는 돌연변이이다.

일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 한 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다. 일부 구현예에서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동이다. 일부 구현예에서, 세포 또는 세포들은 생체외, 또는 생체외 조직 또는 기관에 있다. 일부 구현예에서, 제제는 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 방법은 질환 또는 병태를 치료한다.

특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 방법에 사용하기 위한 치료제가 본원에 기재된다. 특정 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 치료제 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물이 본원에 기재된다. 특정 구현예에서, 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법이 본원에 기재되고, 방법은 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 본원에 기재된 약제학적 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체를 치료한다.

SEQUENCE LISTING <110> STOKE THERAPEUTICS, INC. <120> COMPOSITIONS FOR TREATMENT OF CONDITIONS AND DISEASES ASSOCIATED WITH POLYCYSTIN EXPRESSION <130> 47991-732.601 <140> PCT/US2022/015074 <141> 2022-02-03 <150> 63/145,288 <151> 2021-02-03 <160> 271 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 1 gtactttcaa agttattt 18 <210> 2 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2 gagaggtact ttcaaagt 18 <210> 3 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 3 tgatagagag gtactttc 18 <210> 4 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 4 ttctgtgata gagaggta 18 <210> 5 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial 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Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 55 cacatcacca tgaagttg 18 <210> 56 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 56 actttcacat caccatga 18 <210> 57 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 57 gtatcacttt cacatcac 18 <210> 58 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 58 aatgtgtatc actttcac 18 <210> 59 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 59 tatagaatgt gtatcact 18 <210> 60 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 60 gtttctatag aatgtgta 18 <210> 61 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 61 gtgtggtttc tatagaat 18 <210> 62 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 62 tgaaagtgtg gtttctat 18 <210> 63 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 63 aaaattgaaa gtgtggtt 18 <210> 64 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 64 aattcaaaat tgaaagtg 18 <210> 65 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 65 accaaaattc aaaattga 18 <210> 66 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 66 aaaagaccaa aattcaaa 18 <210> 67 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 67 ctggaaaaag 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 80 tcgcttaccc tcataatc 18 <210> 81 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 81 attggtcgct taccctca 18 <210> 82 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 82 agagtattgg tcgcttac 18 <210> 83 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 83 actgtagagt attggtcg 18 <210> 84 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 84 aatacactgt agagtatt 18 <210> 85 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 85 aatacaatac actgtaga 18 <210> 86 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 86 ctggcaatac aatacact 18 <210> 87 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 87 accatctggc aatacaat 18 <210> 88 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 88 gcaaaaccat ctggcaat 18 <210> 89 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 89 gttgggcaaa accatctg 18 <210> 90 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 90 ggctagttgg gcaaaacc 18 <210> 91 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 91 cattaggcta gttgggca 18 <210> 92 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 92 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Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 105 gccatgttcc tttcttcc 18 <210> 106 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 106 gagccatgtt cctttctt 18 <210> 107 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 107 aggagccatg ttcctttc 18 <210> 108 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 108 tcaggagcca tgttcctt 18 <210> 109 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 109 cctcaggagc catgttcc 18 <210> 110 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 110 cgcctcagga gccatgtt 18 <210> 111 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 111 tgcgcctcag gagccatg 18 <210> 112 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 112 tgtgcgcctc aggagcca 18 <210> 113 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 113 ctgtgcgcct caggagcc 18 <210> 114 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 114 guacuuucaa aguuauuu 18 <210> 115 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 115 gagagguacu uucaaagu 18 <210> 116 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 116 ugauagagag guacuuuc 18 <210> 117 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 117 uucugugaua gagaggua 18 <210> 118 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 118 caauuuucug ugauagag 18 <210> 119 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 119 augaacaauu uucuguga 18 <210> 120 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 120 gccaaaugaa caauuuuc 18 <210> 121 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 121 augaagccaa augaacaa 18 <210> 122 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 122 aaaugaugaa gccaaaug 18 <210> 123 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic 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136 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 136 acaacucacc auaacuua 18 <210> 137 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 137 uucuaacaac ucaccaua 18 <210> 138 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 138 guaacuucua acaacuca 18 <210> 139 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 139 gaacaguaac uucuaaca 18 <210> 140 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 140 aguaggaaca guaacuuc 18 <210> 141 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 141 uugagaguag gaacagua 18 <210> 142 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 142 acccccuuug agaguagg 18 <210> 143 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 143 aguuuacccc cuuugaga 18 <210> 144 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 144 auguuaguuu acccccuu 18 <210> 145 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 145 ucucaauguu aguuuacc 18 <210> 146 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 146 aaaguucuca auguuagu 18 <210> 147 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 147 caggcaaagu ucucaaug 18 <210> 148 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 148 aggcacaggc aaaguucu 18 <210> 149 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 149 gugcaaggca caggcaaa 18 <210> 150 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 150 gcacagugca aggcacag 18 <210> 151 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 151 acucagcaca gugcaagg 18 <210> 152 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 152 gaaacacuca gcacagug 18 <210> 153 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 153 gauaugaaac acucagca 18 <210> 154 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 154 gguaagauau gaaacacu 18 <210> 155 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 155 aauaagguaa gauaugaa 18 <210> 156 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 156 aauuaaauaa gguaagau 18 <210> 157 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 157 auagaaauua aauaaggu 18 <210> 158 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 158 agacuauaga aauuaaau 18 <210> 159 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 159 gaguuagacu auagaaau 18 <210> 160 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 160 uuauagaguu agacuaua 18 <210> 161 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 161 uuaccuuaua gaguuaga 18 <210> 162 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 162 aguacuuacc uuauagag 18 <210> 163 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 163 auaaaucgaa ccaucgua 18 <210> 164 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 164 aaaucauaaa ucgaacca 18 <210> 165 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 165 uugaaaaauc auaaaucg 18 <210> 166 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 166 ugaaguugaa aaaucaua 18 <210> 167 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 167 caccaugaag uugaaaaa 18 <210> 168 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 168 cacaucacca ugaaguug 18 <210> 169 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 169 acuuucacau caccauga 18 <210> 170 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 170 guaucacuuu cacaucac 18 <210> 171 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 171 aauguguauc acuuucac 18 <210> 172 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 172 uauagaaugu 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 185 cucuaucuuu agaguaug 18 <210> 186 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 186 uguggcucua ucuuuaga 18 <210> 187 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 187 ggaucugugg cucuaucu 18 <210> 188 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 188 gacugggauc uguggcuc 18 <210> 189 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 189 acauggcuga cugggauc 18 <210> 190 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 190 uaaucacaug gcugacug 18 <210> 191 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 191 ccucauaauc acauggcu 18 <210> 192 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 192 uacccucaua aucacaug 18 <210> 193 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 193 ucgcuuaccc ucauaauc 18 <210> 194 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 194 auuggucgcu uacccuca 18 <210> 195 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 195 agaguauugg ucgcuuac 18 <210> 196 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 196 acuguagagu auuggucg 18 <210> 197 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 197 aauacacugu agaguauu 18 <210> 198 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 198 aauacaauac acuguaga 18 <210> 199 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 199 cuggcaauac aauacacu 18 <210> 200 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 200 accaucuggc aauacaau 18 <210> 201 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 201 gcaaaaccau cuggcaau 18 <210> 202 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 202 guugggcaaa accaucug 18 <210> 203 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 203 ggcuaguugg gcaaaacc 18 <210> 204 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 204 cauuaggcua guugggca 18 <210> 205 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 205 acuuacauua ggcuaguu 18 <210> 206 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 206 agaauacuua cauuaggc 18 <210> 207 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 207 uguuuagaau acuuacau 18 <210> 208 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 208 aaacauguuu agaauacu 18 <210> 209 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 209 accuuaaaca uguuuaga 18 <210> 210 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 210 ggccuaccuu aaacaugu 18 <210> 211 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 211 agccuggccu accuuaaa 18 <210> 212 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 212 agcuuagccu ggccuacc 18 <210> 213 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 213 uuucuucccg gcgcccgc 18 <210> 214 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 214 ccuuucuucc cggcgccc 18 <210> 215 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 215 uuccuuucuu cccggcgc 18 <210> 216 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 216 uguuccuuuc uucccggc 18 <210> 217 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 217 cauguuccuu ucuucccg 18 <210> 218 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 218 gccauguucc uuucuucc 18 <210> 219 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 219 gagccauguu ccuuucuu 18 <210> 220 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 220 aggagccaug uuccuuuc 18 <210> 221 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 221 ucaggagcca uguuccuu 18 <210> 222 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 222 ccucaggagc cauguucc 18 <210> 223 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 223 cgccucagga gccauguu 18 <210> 224 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 224 ugcgccucag gagccaug 18 <210> 225 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 225 ugugcgccuc aggagcca 18 <210> 226 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 226 cugugcgccu caggagcc 18 <210> 227 <211> 33 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(3) <223> This region may encompass 1-3 nucleotides <220> <221> modified_base <222> (4)..(10) <223> a, c, g, or u <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> This region may encompass 1-7 nucleotides <220> <221> misc_feature <222> (11)..(13) <223> This region may encompass 1-3 nucleotides <220> <221> modified_base <222> (14)..(20) <223> a, c, g, or u <220> <221> misc_feature <222> (14)..(20) <223> This region may encompass 1-7 nucleotides <220> <221> misc_feature <222> (21)..(23) <223> This region may encompass 1-3 nucleotides <220> <221> modified_base <222> (24)..(30) <223> a, c, g, or u <220> <221> misc_feature <222> (24)..(30) <223> This region may encompass 1-7 nucleotides <220> <221> misc_feature <222> (31)..(33) <223> This region may encompass 1-3 nucleotides <220> <223> See specification as filed for detailed description of substitutions and preferred embodiments <400> 227 gggnnnnnnn gggnnnnnnn gggnnnnnnn ggg 33 <210> 228 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 228 gggagccggg cuggggcuca cacggggg 28 <210> 229 <211> 11 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 229 aauuuuugga g 11 <210> 230 <211> 11 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 230 aauuugucua g 11 <210> 231 <211> 32765 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 231 aggcggcggc gggcgccggg aagaaaggaa catggctcct gaggcgcaca gcgccgagcg 60 cggcgccgcg cacccgcgcg ccggacgcca gtgaccgcga tggtgaactc cagtcgcgtg 120 cagcctcagc agcccgggga cgccaagcgg ccgcccgcgc cccgcgcgcc ggacccgggc 180 cggctgatgg ctggctgcgc ggccgtgggc gccagcctcg ccgccccggg cggcctctgc 240 gagcagcggg gcctggagat cgagatgcag cgcatccggc aggcggccgc gcgggacccc 300 ccggccggag ccgcggcctc cccttctcct ccgctctcgt cgtgctcccg gcaggcgtgg 360 agccgcgata accccggctt cgaggccgag gaggaggagg aggaggtgga aggggaagaa 420 ggcggaatgg tggtggagat ggacgtagag tggcgcccgg gcagccggag gtcggccgcc 480 tcctcggccg tgagctccgt gggcgcgcgg agccgggggc ttgggggcta ccacggcgcg 540 ggccacccga gcgggaggcg gcgccggcga gaggaccagg gcccgccgtg ccccagccca 600 gtcggcggcg gggacccgct gcatcgccac ctccccctgg aagggcagcc gccccgagtg 660 gcctgggcgg agaggctggt tcgcgggctg cgaggtaaga gcgcgcgacc cgcagcggca 720 gatgcacgaa ccagaacggc cggcgccggc cggggccatc gcccgctgcg gcagctcccc 780 gggctccatc tcgcatcccc tctgcgttcc gcctcccttg gaagcgcatt ccccacctcc 840 gctagtgctg ccctatttcc ggtacccagc gcggaattcc actgctcttt tgttggtgca 900 tatttattgg atacctcctt cttcaggata tgtcaccata gtctttttta ctgaaaatta 960 gtgaaagcct aattagagtg aaagagtaca tctgggtttt gttttttttt ttcttgtaga 1020 ggaaaaaatg aacattactt gtgtaactga tggtagttgc aactgcatat ttgccaatgt 1080 cacaaaatct aaaggaaaat gttatagtca cccgtggttt ccttcttgcc tggacactcc 1140 attgtcccgg gctgaaaagg gtagcagtac agtgcatata atgtcaagtt gtgggaggag 1200 tgtggcagat tgtcattggt gcattttttt ggtgatgtgt gtggttgttt tgaggagtgg 1260 gagctgttaa gaacaccaca aatagaataa aataatatcg tgaagttatt tggccgtttc 1320 taattctaga catttttcta aaaacagttg caaaggaaag attacattgt tttaaaaaaa 1380 tttgaagtat gtttttaaat aactaaatta atgttctttg aaattccacc aaaatgatga 1440 agtcaccaga tagcagctga taaatgtgtc tgagcccagt gcgcccagct ctacaaaagg 1500 cagaagagga attttcaaat ttgccagtgc ccagtaagag gacatgaatt ttctagtacc 1560 agaggaaatt ctctttttac aaattttgtc agaggtatcc ttgggaaagt atttcatttg 1620 cttttaccct ccaaattatt ttaatctata tttttaagag tttccattct cagttgagtt 1680 tttcttgttc ttctccttct gtcagttttg aaagtcttgc acaaaaacaa tccaggtgtt 1740 gttacagcag tgtgattaaa accaggtcag gcctacactg aaatcccagt tccaccactc 1800 attagctgta cgaccttgag caagttactt atcctctctg atacccaatt tttggatttt 1860 tttttttttt aaagagatga tcataacgct taggacttga ctctttggga gaattaagtg 1920 agttaagaca taaaatgtgc agcatgtatt tgtcatgtta ttagcgcttc agaaatataa 1980 atgtaaacat tttggtactt cgtttatgga gattcttata ctagttaatt ttattaaaag 2040 catgatgggg aacagaagat ccttttcgga taacctgtgt gagtaaatta ataaaacact 2100 aacacttttt aagattcaaa actggattaa ttatgttatt ttacaccatt taaaatgtgc 2160 atttaaaaaa tattcactga agtgagagag aagttccttt taagttaata aataatggta 2220 agttgcatga tccttttaac 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900 gctgttggat ggggtggccg aggatgaaag gctgggtcgt gacagtgaaa tccataggga 960 acagatggaa cggctagtac gtgaagagtt ggaacgctgg gaatccgatg atgcagcttc 1020 ccagatcagt catggtttag gcacgccagt gggactaaat ggtcaacctc gccccagaag 1080 ctcccgccca tcttcctccc aatctacaga aggcatggaa ggtgcaggtg gaaatgggag 1140 ttctaatgtc cacgtatgat atgtgtgttt cagtatgtgt gtttctaata agtgaggaag 1200 tggctgtcct gaattgctgt aacaagcaca ctatttatat gccctgacca ccataggatg 1260 ctagtctttg tgaccgattg ctaatcttct gcactttaat ttattttata taaactttac 1320 ccatggttca aagatttttt tttctttttc tcatataaga aa 1362 <210> 250 <211> 1554 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 250 acagttcaac aatatagctg ctgtcacagt attttttgtc tggattaagc tcttcaaatt 60 catcaatttt aacaggacca tgagccagct ctcgacaacc atgtctcgat gtgccaaaga 120 cctgtttggc tttgctatta tgttcttcat tattttccta gcgtatgctc agttggcata 180 ccttgtcttt ggcactcagg tcgatgactt cagtactttc caagagtgta taatatgttt 240 ttggctatca tcaatgatac ttactctgaa gtgaaatctg acttggcaca gcagaaagct 300 gaaatggaac tctcagatct tatcagaaag ggctaccata aagctttggt caaactaaaa 360 ctgaaaaaaa ataccgtgga tgacatttca gagagtctgc ggcaaggagg aggcaagtta 420 aactttgacg aacttcgaca agatctcaaa gggtgagaat catgcttcct gaggttctga 480 aaaattcctg cttctaaaga taaattcctg gtgataagag tatttctagc ccaagggctc 540 atacagatac tttttttttt tttttccaga ggcaggtatc tttctggaac atgttataag 600 aggaaaactt gcccccattt ggtgatttct cctttcctcc tgcattttga tgtctctgtg 660 ttgagggtga actgggtaca aggaatgatt tttatctgta tcctctctct aatttcagga 720 agggccatac tgatgcagag attgaggcaa tattcacaaa gtacgaccaa gatggagacc 780 aagaactgac cgaacatgaa catcagcaga tgagagacga cttggagaaa gagagggagg 840 acctggattt ggatcacagt tctttaccac gtcccatgag cagccgaagt ttccctcgaa 900 gcctggatga ctctgaggag gatgacgatg aagatagcgg acatagctcc agaaggaggg 960 gaagcatttc tagtggcgtt tcttacgaag agtttcaagt cctggtgaga cgagtggacc 1020 ggatggagca ttccatcggc agcatagtgt ccaagattga cgccgtgatc gtgaagctag 1080 agattatgga gcgagccaaa ctgaagagga gggaggtgct gggaaggctg ttggatgggg 1140 tggccgagga tgaaaggctg ggtcgtgaca gtgaaatcca tagggaacag atggaacggc 1200 tagtacgtga agagttggaa cgctgggaat ccgatgatgc agcttcccag atcagtcatg 1260 gtttaggcac gccagtggga ctaaatggtc aacctcgccc cagaagctcc cgcccatctt 1320 cctcccaatc tacagaaggc atggaaggtg caggtggaaa tgggagttct aatgtccacg 1380 tatgatatgt gtgtttcagt atgtgtgttt ctaataagtg aggaagtggc tgtcctgaat 1440 tgctgtaaca agcacactat ttatatgccc tgaccaccat aggatgctag tctttgtgac 1500 cgattgctaa tcttctgcac tttaatttat tttatataaa ctttacccat ggtt 1554 <210> 251 <211> 99 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 251 aggcggcggc gggcgccggg aagaaaggaa catggctcct gaggcgcaca gcgccgagcg 60 cggcgccgcg cacccgcgcg ccggacgcca gtgaccgcg 99 <210> 252 <211> 341 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 252 cccacaucgc cugccacuac uuaaguccga uucacuucgg cuuuagcucc aagccuuuaa 60 ucucgcgaag cucuuuuuuu uuuuuuaaca acauaggagc ugugauuggc uguuuucagc 120 caaucagcac ugacucauuu gcauagccuu uacaagcggu cacaaacuca agaaacgagc 180 gguuuuaaua gucuuuuaga auauuguuua ucgaaccgaa uaaggaacug ugcuuuguga 240 uucacauauc aguggagggg uguggaaaug gcaccuugau cucacccuca ucgaaagugg 300 aguugauguc cuucccuggc ucgcuacaga cgcacuuccg c 341 <210> 253 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 253 aaguguuaca gcucuuuuag 20 <210> 254 <211> 42 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 254 aauuugucua gcagguuuuc ugacuucggu cggaaaaccc cu 42 <210> 255 <211> 42 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 255 aauuuuugga gcagguuuuc ugacuucggu cggaaaaccc cu 42 <210> 256 <211> 168 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 256 cccaauuuca cuggucuaca augaaagcaa aacaguucuc uuccccgcuc cccggugugu 60 gagaggggcu uugauccuuc ucugguuucc uaggaaacgc guaugugcua gagccacgcu 120 cugagacuuc cgccucgugc ggucccgcuu ccuuucugcc uccucugg 168 <210> 257 <211> 571 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 257 cccacaucgc cugccacuac uuaaguccga uucacuucgg cuuuagcucc aagccuuuaa 60 ucucgcgaag cucuuuuuuu uuuuuuaaca acauaggagc ugugauuggc uguuuucagc 120 caaucagcac ugacucauuu gcauagccuu uacaagcggu cacaaacuca agaaacgagc 180 gguuuuaaua gucuuuuaga auauuguuua ucgaaccgaa uaaggaacug ugcuuuguga 240 uucacauauc aguggagggg uguggaaaug gcaccuugau cucacccuca ucgaaagugg 300 aguugauguc cuucccuggc ucgcuacaga cgcacuuccg caaguguuac agcucuuuua 360 gaauuugucu agcagguuuu cugacuucgg ucggaaaacc ccucccaauu ucacuggucu 420 acaaugaaag caaaacaguu cucuuccccg cuccccggug ugugagaggg gcuuugaucc 480 uucucugguu uccuaggaaa cgcguaugug cuagagccac gcucugagac uuccgccucg 540 ugcggucccg cuuccuuucu gccuccucug g 571 <210> 258 <211> 571 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 258 cccacaucgc cugccacuac uuaaguccga uucacuucgg cuuuagcucc aagccuuuaa 60 ucucgcgaag cucuuuuuuu uuuuuuaaca acauaggagc ugugauuggc uguuuucagc 120 caaucagcac ugacucauuu gcauagccuu uacaagcggu cacaaacuca agaaacgagc 180 gguuuuaaua gucuuuuaga auauuguuua ucgaaccgaa uaaggaacug ugcuuuguga 240 uucacauauc aguggagggg uguggaaaug gcaccuugau cucacccuca ucgaaagugg 300 aguugauguc cuucccuggc ucgcuacaga cgcacuuccg caaguguuac agcucuuuua 360 gaauuuuugg agcagguuuu cugacuucgg ucggaaaacc ccucccaauu ucacuggucu 420 acaaugaaag caaaacaguu cucuuccccg cuccccggug ugugagaggg gcuuugaucc 480 uucucugguu uccuaggaaa cgcguaugug cuagagccac gcucugagac uuccgccucg 540 ugcggucccg cuuccuuucu gccuccucug g 571 <210> 259 <211> 210 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 259 aauuuuugga gcagguuuuc ugacuucggu cggaaaaccc cucccaauuu cacuggucua 60 caaugaaagc aaaacaguuc ucuuccccgc uccccggugu gugagagggg cuuugauccu 120 ucucugguuu ccuaggaaac gcguaugugc uagagccacg cucugagacu uccgccucgu 180 gcggucccgc uuccuuucug ccuccucugg 210 <210> 260 <211> 569 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 260 cccacaucgc cugccacuac uuaaguccga uucacuucgg cuuuagcucc aagccuuuaa 60 ucucgcgaag cucuuuuuuu uuuuuuaaca acauaggagc ugugauuggc uguuuucagc 120 caaucagcac ugacucauuu gcauagccuu uacaagcggu cacaaacuca agaaacgagc 180 gguuuuaaua gucuuuuaga auauuguuua ucgaaccgaa uaaggaacug ugcuuuguga 240 uucacauauc aguggagggg uguggaaaug gcaccuugau cucacccuca ucgaaagugg 300 aguugauguc cuucccuggc ucgcuacaga cgcacuuccg cguacuuuca aaguuauuua 360 auuuuuggag cagguuuucu gacuucgguc ggaaaacccc ucccaauuuc acuggucuac 420 aaugaaagca aaacaguucu cuuccccgcu ccccggugug ugagaggggc uuugauccuu 480 cucugguuuc cuaggaaacg cguaugugcu agagccacgc ucugagacuu ccgccucgug 540 cggucccgcu uccuuucugc cuccucugg 569 <210> 261 <211> 569 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 261 cccacaucgc cugccacuac uuaaguccga uucacuucgg cuuuagcucc aagccuuuaa 60 ucucgcgaag cucuuuuuuu uuuuuuaaca acauaggagc ugugauuggc uguuuucagc 120 caaucagcac ugacucauuu gcauagccuu uacaagcggu cacaaacuca agaaacgagc 180 gguuuuaaua gucuuuuaga auauuguuua ucgaaccgaa uaaggaacug ugcuuuguga 240 uucacauauc aguggagggg uguggaaaug gcaccuugau cucacccuca ucgaaagugg 300 aguugauguc cuucccuggc ucgcuacaga cgcacuuccg cauaaaucga accaucguaa 360 auuuuuggag cagguuuucu gacuucgguc ggaaaacccc ucccaauuuc acuggucuac 420 aaugaaagca aaacaguucu cuuccccgcu ccccggugug ugagaggggc uuugauccuu 480 cucugguuuc cuaggaaacg cguaugugcu agagccacgc ucugagacuu ccgccucgug 540 cggucccgcu uccuuucugc cuccucugg 569 <210> 262 <211> 569 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 262 cccacaucgc cugccacuac uuaaguccga uucacuucgg cuuuagcucc aagccuuuaa 60 ucucgcgaag cucuuuuuuu uuuuuuaaca acauaggagc ugugauuggc uguuuucagc 120 caaucagcac ugacucauuu gcauagccuu uacaagcggu cacaaacuca agaaacgagc 180 gguuuuaaua gucuuuuaga auauuguuua ucgaaccgaa uaaggaacug ugcuuuguga 240 uucacauauc aguggagggg uguggaaaug gcaccuugau cucacccuca ucgaaagugg 300 aguugauguc cuucccuggc ucgcuacaga cgcacuuccg cuuucuuccc ggcgcccgca 360 auuuuuggag cagguuuucu gacuucgguc ggaaaacccc ucccaauuuc acuggucuac 420 aaugaaagca aaacaguucu cuuccccgcu ccccggugug ugagaggggc uuugauccuu 480 cucugguuuc cuaggaaacg cguaugugcu agagccacgc ucugagacuu ccgccucgug 540 cggucccgcu uccuuucugc cuccucugg 569 <210> 263 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 263 ttacgatggt tcgatttatg atttttcaac ttcatggtga tgtgaaagtg atacacattc 60 tatagaaacc acactttcaa ttttgaattt tggtcttttt ccaggctacc atactctaaa 120 g 121 <210> 264 <211> 94 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 264 tggtcttttt ccaggctacc atactctaaa gatagagcca cagatcccag tcagccatgt 60 gattatgagg gtaagcgacc aatactctac agtg 94 <210> 265 <211> 116 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 265 gattatgagg gtaagcgacc aatactctac agtgtattgt attgccagat ggttttgccc 60 aactagccta atgtaagtat tctaaacatg tttaaggtag gccaggctaa gctgtg 116 <210> 266 <211> 108 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 266 ggaaggtatt tgcaaataac tttgaaagta cctctctatc acagaaaatt gttcatttgg 60 cttcatcatt tcaatgcatg agtatcgaca ggacctgctt tgcattta 108 <210> 267 <211> 97 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 267 acctgctttg catttaacac tgtgtgagac gtaagttatg gtgagttgtt agaagttact 60 gttcctactc tcaaaggggg taaactaaca ttgagaa 97 <210> 268 <211> 102 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 268 aaactaacat tgagaacttt gcctgtgcct tgcactgtgc tgagtgtttc atatcttacc 60 ttatttaatt tctatagtct aactctataa ggtaagtact aa 102 <210> 269 <211> 150 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 269 aaggtatttg caaataactt tgaaagtacc tctctatcac agaaaattgt tcatttggct 60 tcatcatttc aatgcatgag tatcgacagg acctgctttg catttaacac tgtgtgagac 120 gtaagttatg gtgagttgtt agaagttact 150 <210> 270 <211> 146 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 270 tatggtgagt tgttagaagt tactgttcct actctcaaag ggggtaaact aacattgaga 60 actttgcctg tgccttgcac tgtgctgagt gtttcatatc ttaccttatt taatttctat 120 agtctaactc tataaggtaa gtacta 146 <210> 271 <211> 98 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 271 ggcggcgggc gccgggaaga aaggaacatg gctcctgagg cgcacagcgc cgagcgcggc 60 gccgcgcacc cgcgcgccgg acgccagtga ccgcgatg 98

Claims

표적 유전자로부터 전사되고 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)을 포함하는 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법으로서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시켜, 제제가 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하는 단계, 및 세포에서 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계를 포함하는, 방법.
대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법으로서, 제제 또는 이 제제를 인코딩하는 벡터를 대상체의 세포에 접촉시켜, 제제가 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터의 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 처리되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하는 단계, 및 세포에서 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는 표적 단백질의 발현을 조절하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 표적 단백질은 폴리시스틴 2인, 방법.
제2항에 있어서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태인, 방법.
제2항에 있어서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 1의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태인, 방법.
제3항에 있어서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2가 기능적으로 증강, 보상, 대체 또는 기능적으로 상호작용하는 단백질의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태인, 방법.
제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 하기인, 방법:
(a) 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합함;
(b) NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 조절함; 또는
(c) (a)와 (b)의 조합.
제7항에 있어서, 제제는 NMD 엑손의 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 방해하는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손에 근접한 것인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 5' 말단의 업스트림(upstream)에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 5' 말단의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 3' 말단의 다운스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 3' 말단의 다운스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031085의 게놈 부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위의 다운스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88031140의 게놈 부위의 다운스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 프리-mRNA의 2개의 정규 엑손 영역 사이의 인트론 영역에 위치하고, 인트론 영역은 NMD 엑손을 함유하는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손과 적어도 부분적으로 중첩되는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 업스트림 또는 다운스트림 인트론과 적어도 부분적으로 중첩되는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 5' NMD 엑손-인트론 접합 또는 3' NMD 엑손-인트론 접합을 포함하는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손 내에 있는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 NMD 엑손의 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 그 초과 개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, NMD 엑손은 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 90% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, 방법.
제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, NMD 엑손은 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열을 포함하는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA는 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA는 표 2에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 유전자 서열에 의해 인코딩되는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 표 3에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8개의 연속 핵산을 포함하는 영역에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 97% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, 방법.
제7항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, ASO는 표 4 또는 표 5에 열거된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 또는 18개의 연속 핵산에 대해 적어도 약 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 또는 100% 서열 동일성인 서열을 포함하는, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140내에 있는 것인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140의 업스트림 또는 다운스트림인, 방법.
제7항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손 GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140의 엑손-인트론 접합부를 포함하는, 방법.
제3항에 있어서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현되는 폴리시스틴 2는 전장 폴리시스틴 2 또는 야생형 폴리시스틴 2인, 방법.
제3항에 있어서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 야생형 폴리시스틴 2에 비해 적어도 부분적으로 기능적인 것인, 방법.
제3항에 있어서, 프로세싱된 mRNA로부터 발현된 폴리시스틴 2는 전장 야생형 폴리시스틴 2에 비해 적어도 부분적으로 기능적인 것인, 방법.
제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절하고 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 NMD 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하는, 방법.
제36항에 있어서, 제제와 접촉된 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제는 대조군 세포에서 프리-mRNA로부터의 NMD 엑손의 배제에 비해 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가되는, 방법.
제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시키는, 방법.
제38항에 있어서, 제제와 접촉된 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가되는, 방법.
제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는, 방법.
제40항에 있어서, 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 생산된 표적 단백질의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배까지 증가되는, 방법.
제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, NMD 엑손은 조기 종결 코돈(PTC)을 포함하는, 방법.
제2항에 있어서, 질환 또는 병태는 표적 유전자 또는 표적 단백질의 기능 상실 돌연변이와 연관된 것인, 방법.
제43항에 있어서, 질환 또는 병태는 표적 유전자의 반가불충분성(haploinsufficiency)과 연관되고, 대상체는 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제1 대립유전자 및 폴리시스틴 2가 생산되지 않거나 감소된 수준으로 생산되는 제2 대립유전자, 또는 비기능성 폴리시스틴 2 또는 부분적 기능성 폴리시스틴 2를 인코딩하는 제2 대립유전자를 가지는, 방법.
제44항에 있어서, 하나 또는 둘 모두의 대립유전자는 하이포모르프이거나 부분적으로 기능적인 것인, 방법.
제2항 또는 제44항에 있어서, 질환 또는 병태는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 및 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제2항 또는 제43항에 있어서, 질환 또는 병태는 PKD1 또는 PKD2 유전자의 돌연변이와 연관되고, 대상체는,
하기 표적 단백질을 인코딩하는 제1 대립유전자:
(i) 표적 단백질은 생산되지 않거나 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산됨; 또는
(ii) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 비기능적이거나 부분적으로 기능적임, 및
하기 표적 단백질을 인코딩하는 제2 대립유전자를 갖는 방법:
(iii) 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 감소된 수준으로 생산되고 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 적어도 부분적으로 기능적임; 또는
(iv) 생산된 표적 단백질은 야생형 대립유전자에 비해 부분적으로 기능적임.
제47항에 있어서, 질환 또는 병태는 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 및 두개내 동맥류로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제47항에 있어서, 돌연변이는 하이포모르픽(hypomorphic) 돌연변이인, 방법.
제47항에 있어서, 질환 또는 병태는 PKD2 유전자의 돌연변이와 연관된 것인, 방법.
제47항에 있어서, 질환 또는 병태는 PKD1 유전자의 돌연변이와 연관된 것인, 방법.
제43항에 있어서, 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 배제를 촉진함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되고 NMD 엑손이 결여된 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 세포의 표적 단백질의 발현을 증가시키는, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고 안티센스 올리고머는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함하는, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 포스포로디아미데이트 모폴리노, 잠금 핵산, 펩티드 핵산, 2'-O-메틸, 2'-플루오로, 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함하는, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고 안티센스 올리고머는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함하는, 방법.
제55항에 있어서, 각각의 당 모이어티는 변형된 당 모이어티인, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어지는, 방법.
제7항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머(ASO)이고, 안티센스 올리고머는 프리-mRNA의 표적화 부분에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보적인 것인, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 포함하는, 방법.
제59항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머를 포함하는 폴리뉴클레오티드인, 방법.
제59항에 있어서, 벡터는 바이러스 벡터인, 방법.
제61항에 있어서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 연관 바이러스 벡터인, 조성물.
제59항에 있어서, 폴리뉴클레오티드는 변형된 snRNA를 추가로 포함하는, 방법.
제63항에 있어서, 변형된 인간 snRNA는 변형된 U1 snRNA 또는 변형된 U7 snRNA인, 방법.
제63항에 있어서, 변형된 인간 snRNA는 변형된 U7 snRNA이고 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5에 열거된 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 서열을 갖는, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 표적 단백질의 프로세싱된 mRNA 수준 또는 발현 수준을 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제2항에 있어서, 대상체는 인간인, 방법.
제2항에 있어서, 대상체는 비-인간 동물인, 방법.
제2항에 있어서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동인, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 세포는 생체 외인 것인, 방법.
제2항에 있어서, 제제는 대상체의 척수강내 주사, 뇌실심내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사, 유리체내 또는 정맥내 주사에 의해 투여되는, 방법.
제2항에 있어서, 대상체에게 제2 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제72항에 있어서, 제2 치료제는 소분자인, 방법.
제72항에 있어서, 제2 치료제는 안티센스 올리고머인, 방법.
제72항에 있어서, 제2 치료제는 인트론 체류를 수정하는 것인, 방법.
제1항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 추가로 포함하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2인, 방법.
제1항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 질환 또는 병태를 치료하는, 방법.
조성물로서, 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 넌센스 매개 mRNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고, 프리-mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하며, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는, 조성물.
조성물로서, 표적 유전자로부터 전사되고 NMD 엑손을 포함하는 프리-mRNA로부터 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고 대상체의 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 필요한 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하는, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하며, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는, 조성물.
제78항 또는 제79항의 조성물; 및 약제학적으로 허용되는 부형제 및/또는 전달 비히클을 포함하는, 약제학적 조성물.
넌센스 매개된 RNA 붕괴 대체 스플라이스-부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 포함하는 조성물로서, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2인, 방법.
제81항에 있어서, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 방지하거나 감소시킴으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하는, 조성물.
제81항 또는 제82항에 있어서, 제제는 정규 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 촉진하거나 증가시킴으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하는, 조성물.
제81항에 있어서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하는 것은 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는, 조성물.
제81항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산된 프로세싱된 mRNA는 조기 종결 코돈(PTC)을 포함하는, 조성물.
제81항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 소분자인, 조성물.
제81항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 폴리펩티드인, 조성물.
제87항에 있어서, 폴리펩티드는 핵산 결합 단백질인, 조성물.
제88항에 있어서, 핵산 결합 단백질은 TAL-이펙터 또는 징크 핑거 결합 도메인을 함유하는, 조성물.
제88항에 있어서, 핵산 결합 단백질은 Cas 계열 단백질인, 조성물.
제88항에 있어서, 폴리펩티드는 하나 이상의 핵산 분자를 수반하거나 또는 이와 복합화되는 것인, 조성물.
제81항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 프리-mRNA의 표적화 영역에 상보적인 안티센스 올리고머(ASO)인, 조성물.
제92항에 있어서, 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA의 표적화 영역에 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보적인, 조성물.
제92항 또는 제93항에 있어서, 제제는 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포로디아미데이트 연결을 포함하는 백본 변형을 포함하는, 조성물.
제92항 내지 제94항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 포스포로디아미데이트 모폴리노를 포함하는, 조성물.
제92항 내지 제95항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 잠금 핵산을 포함하는, 조성물.
제92항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 펩티드 핵산을 포함하는, 조성물.
제92항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 2'-O-메틸을 포함하는, 조성물.
제92항 내지 제98항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 2'-플루오로, 또는 2'-O-메톡시에틸 모이어티를 포함하는, 조성물.
제92항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 적어도 하나의 변형된 당 모이어티를 포함하는, 조성물.
제100항에 있어서, 각각의 당 모이어티는 변형된 당 모이어티인, 조성물.
제81항 내지 제85항 또는 제92항 내지 제101항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머이고, 제제는 8 내지 50개의 핵염기, 8 내지 40개의 핵염기, 8 내지 35개의 핵염기, 8 내지 30개의 핵염기, 8 내지 25개의 핵염기, 8 내지 20개의 핵염기, 8 내지 15개의 핵염기, 9 내지 50개의 핵염기, 9 내지 40개의 핵염기, 9 내지 35개의 핵염기, 9 내지 30개의 핵염기, 9 내지 25개의 핵염기, 9 내지 20개의 핵염기, 9 내지 15개의 핵염기, 10 내지 50개의 핵염기, 10 내지 40개의 핵염기, 10 내지 35개의 핵염기, 10 내지 30개의 핵염기, 10 내지 25개의 핵염기, 10 내지 20개의 핵염기, 10 내지 15개의 핵염기, 11 내지 50개의 핵염기, 11 내지 40개의 핵염기, 11 내지 35개의 핵염기, 11 내지 30개의 핵염기, 11 내지 25개의 핵염기, 11 내지 20개의 핵염기, 11 내지 15개의 핵염기, 12 내지 50개의 핵염기, 12 내지 40개의 핵염기, 12 내지 35개의 핵염기, 12 내지 30개의 핵염기, 12 내지 25개의 핵염기, 12 내지 20개의 핵염기, 또는 12 내지 15개의 핵염기로 이루어지는, 조성물.
제78항, 제79항 및 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는, 조성물.
제103항에 있어서, 제제는 안티센스 올리고머를 포함하는 폴리뉴클레오티드인, 방법.
제103항에 있어서, 벡터는 바이러스 벡터인, 방법.
제105항에 있어서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 연관 바이러스 벡터인, 조성물.
제103항에 있어서, 폴리뉴클레오티드는 변형된 snRNA를 추가로 포함하는, 조성물.
제107항에 있어서, 변형된 인간 snRNA는 변형된 U1 snRNA 또는 변형된 U7 snRNA인, 조성물.
제107항에 있어서, 변형된 인간 snRNA는 변형된 U7 snRNA이고 안티센스 올리고머는 표 4 또는 표 5에 열거된 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 서열을 갖는, 조성물.
제81항 내지 제85항 또는 제87항 내지 제109항 중 어느 한 항의 조성물에 따른 제제를 인코딩하는 핵산 분자를 포함하는, 조성물.
제110항에 있어서, 핵산 분자는 바이러스 전달 시스템에 혼입되는 것인, 조성물.
제111항에 있어서, 바이러스 전달 시스템은 아데노바이러스 연관 벡터인, 조성물.
제81항에 있어서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 연관 바이러스 벡터인, 조성물.
표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하는 방법으로서, 상기 방법은 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 포함하고, 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스 부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고
여기서 표적 유전자는 PKD2인, 방법.
제114항에 있어서, 제제는 하기인, 방법:
(a) 프리-mRNA의 표적화 부분에 결합함;
(b) 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 관여하는 인자의 결합을 조절함; 또는
(c) (a)와 (b)의 조합.
제115항에 있어서, 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 관여하는 인자가 표적화 부분의 영역에 결합하는 것을 방해하는, 방법.
제115항 또는 제116항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에 근접한 것인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4 88036480의 게놈 부위의 업스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480 업스트림의 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4 88036480의 게놈 부위의 다운스트림에 있는 최대 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 GRCh38/ hg38: chr4:88036480 유전자 부위의 다운스트림에 있는 적어도 약 1500개의 뉴클레오티드, 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 800개의 뉴클레오티드, 약 700개의 뉴클레오티드, 약 600개의 뉴클레오티드, 약 500개의 뉴클레오티드, 약 400개의 뉴클레오티드, 약 300개의 뉴클레오티드, 약 200개의 뉴클레오티드, 약 100개의 뉴클레오티드, 약 80개의 뉴클레오티드, 약 70개의 뉴클레오티드, 약 60개의 뉴클레오티드, 약 50개의 뉴클레오티드, 약 40개의 뉴클레오티드, 약 30개의 뉴클레오티드, 약 20개의 뉴클레오티드, 약 10개의 뉴클레오티드, 약 5개의 뉴클레오티드, 약 4개의 뉴클레오티드, 약 2개의 뉴클레오티드, 약 1개의 뉴클레오티드인, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 정규 5' 스플라이스-부위와 대체 5' 스플라이스-부위 사이의 영역에 위치하는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역에 위치하는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위와 적어도 부분적으로 중첩되는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위의 업스트림 또는 다운스트림 영역과 적어도 부분적으로 중첩되는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역 내에 있는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱에 의해 연장된 엑손 영역의 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 그 초과 개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 2개의 정규 엑손 사이의 인트론 영역에 위치하는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 2개의 정규 엑손 중 하나에 위치하는, 방법.
제115항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 표적화 부분은 인트론 및 정규 엑손 모두에 걸친 영역에 위치하는, 방법.
제114항에 있어서, 세포 내 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가되는, 방법.
제114항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, 프리-mRNA의 스플라이싱의 조절은 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 생산을 증가시키는, 방법.
제136항에 있어서, 제제와 접촉된 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가되는, 방법.
제114항 내지 제137항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 단백질은 단백질의 정규 동형인, 방법.
제114항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산된 프로세싱된 mRNA는 조기 종결 코돈(PTC)을 포함하는, 방법.
제114항 내지 제139항 중 어느 한 항에 있어서, 방법은 제2 제제 또는 이 제2 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 추가로 포함하고, 프리-mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)을 포함하여, 이로써 제2 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절하고, 이로써 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고, 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고, 표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는, 방법.
제114항 내지 제140항 중 어느 한 항에 있어서, NSASS 조절제가 제81항 내지 제113항 중 어느 한 항의 조성물인, 방법.
제81항 내지 제113항 중 어느 한 항의 조성물; 및 약제학적으로 허용되는 부형제 및/또는 전달 비히클을 포함하는, 약제학적 조성물.
필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법으로서, 방법은 약제학적 조성물을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하고, 약제학적 조성물은 넌센스 매개 RNA 붕괴 대체 스플라이스 부위(NSASS) 조절제 또는 이 제제를 인코딩하는 바이러스 벡터를 포함하는 조성물; 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하고, 제제는 표적 유전자로부터 전사되고 표적 단백질을 인코딩하는 프리-mRNA를 포함하는 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고,
여기서 프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스 부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱은 대안적으로 스플라이싱된 mRNA의 넌센스 매개 RNA 붕괴를 초래하고, 제제는 대체 5' 스플라이스 부위에서 스플라이싱을 조절함으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고; 그리고 표적 유전자는 PKD2인, 방법.
필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법으로서, 제81항의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
제143항 또는 제144항에 있어서, 질환은 다낭성 간 질환을 수반하거나 수반하지 않는 다낭성 신장 질환, 상염색체 우성 다낭성 신장 질환 또는 두개내 동맥류인, 방법.
제143항 또는 제144항에 있어서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태인, 방법.
제143항 또는 제144항에 있어서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 1의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태인, 방법.
제143항 또는 제144항에 있어서, 질환 또는 병태는 폴리시스틴 2가 기능적으로 증강, 보상, 대체 또는 기능적으로 상호작용하는 단백질의 양 또는 활성의 결핍과 연관된 질환 또는 병태인, 방법.
제143항 내지 제148항 중 어느 한 항에 있어서, 질환 또는 병태는 표적 단백질의 결핍된 양 또는 활성에 의해 야기되는, 방법.
제143항 내지 제149항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준을 증가시키는, 방법.
제150항에 있어서, 제제와 접촉된 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가되는, 방법.
제143항 내지 제151항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는, 방법.
제152항에 있어서, 세포 내 표적 단백질의 수준은 대조군 세포에서 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 수준과 비교하여 약 1.1 내지 약 10배, 약 1.5 내지 약 10배, 약 2 내지 약 10배, 약 3 내지 약 10배, 약 4 내지 약 10배, 약 1.1 내지 약 5배, 약 1.1 내지 약 6배, 약 1.1 내지 약 7배, 약 1.1 내지 약 8배, 약 1.1 내지 약 9배, 약 2 내지 약 5배, 약 2 내지 약 6배, 약 2 내지 약 7배, 약 2 내지 약 8배, 약 2 내지 약 9배, 약 3 내지 약 6배, 약 3 내지 약 7배, 약 3 내지 약 8배, 약 3 내지 약 9배, 약 4 내지 약 7배, 약 4 내지 약 8배, 약 4 내지 약 9배, 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 5배, 또는 적어도 약 10배 증가되는, 방법.
제143항 내지 제153항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 단백질의 mRNA 수준 또는 발현 수준을 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제143항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 질환과 연관된 적어도 하나의 유전적 돌연변이에 대해 대상체의 게놈을 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제155항에 있어서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 질환과 연관된 유전자의 유전자좌 내에 있는 것인, 방법.
제155항에 있어서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 질환과 연관된 유전자의 발현과 연관된 유전자좌 내에 있는 것인, 방법.
제155항에 있어서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD2 유전자좌 내에 있는 것인, 방법.
제155항에 있어서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD1 유전자좌 내에 있는 것인, 방법.
제155항에 있어서, 적어도 하나의 유전적 돌연변이는 PKD2 유전자 발현과 연관된 유전자좌 내에 있는 것인, 방법.
제143항 내지 제160항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 인간인, 방법.
제143항 내지 제160항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 비-인간 동물인, 방법.
제143항 내지 제160항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 태아, 배아 또는 아동인, 방법.
제143항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 세포 또는 세포들이 생체외, 또는 생체외 조직 또는 기관에 있는 것인, 방법.
제143항 내지 제164항 중 어느 한 항에 있어서, 제제는 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 투여되는, 방법.
제143항 내지 제165항 중 어느 한 항에 있어서, 질환 또는 병태를 치료하는, 방법.
제143항 내지 제166항 중 어느 한 항의 방법에 사용하기 위한 치료제.
제167항의 치료제 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물.
필요로 하는 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 그 발병 가능성을 감소시키는 방법으로서, 뇌심실내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 척추강내 주사, 피하 주사, 경구 투여, 활막 주사, 유리체내 투여, 망막하 주사, 국소 적용, 이식, 또는 정맥내 주사에 의해 대상체에게 제168항의 약제학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
제169항에 있어서, 대상체를 치료하는, 방법.
표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 방법으로서, 세포 내로 (1) 제1 제제 또는 상기 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 상기 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열을 전달하는 단계를 포함하고,
프리-mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴 유도 엑손(NMD 엑손)을 포함하여, 이로써 제1 제제는 프리-mRNA로부터 NMD 엑손의 스플라이싱을 조절함으로써, 프리-mRNA로부터 프로세싱되는 프로세싱된 mRNA의 수준을 조절하고, 세포에서 표적 단백질의 발현을 조절하고; 그리고
프리-mRNA는 정규 5' 스플라이스-부위의 다운스트림에 대체 5' 스플라이스-부위를 포함하고, 대체 5' 스플라이스-부위에서 프리-mRNA의 스플라이싱에 의해 생산되는 프로세싱된 mRNA는 넌센스 매개 RNA 붕괴를 거치고, 제2 제제는 대체 5' 스플라이스-부위에서 스플라이싱을 조절하여 표적 단백질의 발현을 조절함으로써 프리-mRNA의 프로세싱을 조절하고;
표적 단백질은 PKD2 유전자에 의해 인코딩되는, 방법.
제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 제제는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 안티센스 올리고머를 포함하는, 조성물.
제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 제제는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 다핵산을 포함하는, 조성물.
폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키는 방법으로서, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 포함하며, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키는, 방법.
폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키는 방법으로서, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 포함하며, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합으로 세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키는, 방법.
세포에서 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 조절하는 방법으로서, 제제 또는 상기 제제를 인코딩하는 벡터를 세포에 접촉시키는 단계를 포함하며, 제제는 표 4 또는 표 5의 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 안티센스 올리고머를 포함하는, 방법.
제제를 포함하는 조성물로서, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하는 안티센스 올리고머를 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 5' UTR 내에 있는 것인, 조성물.
제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하는 서열을 포함하는 다핵산을 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분은 프로세싱된 mRNA의 주요 시작 코돈의 적어도 하나의 뉴클레오티드를 포함하고, 프로세싱된 mRNA의 5' UTR 내에 있는 것인, 조성물.
제제를 포함하는 조성물로서, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키고, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는, 조성물.
제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 제제는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 폴리시스틴 2 단백질의 발현을 증가시키고, 번역 조절 요소는 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는, 조성물.
제제를 포함하는 조성물로서, 제제는 세포에서 프로세싱된 mRNA의 번역을 증가시키고, 프로세싱된 mRNA는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하고, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 번역 효율성 및/또는 프로세싱된 mRNA의 번역 속도를 증가시키고, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합인, 조성물.
제제를 인코딩하는 벡터를 포함하는 조성물로서, 제제는 세포에서 프로세싱된 mRNA의 번역을 증가시키고, 프로세싱된 mRNA는 폴리시스틴 2 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하고, 제제는 번역 조절 요소의 구조를 조절함으로써 번역 효율성 및/또는 프로세싱된 mRNA의 번역 속도를 증가시키고, 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적화 부분에 결합하고; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합인, 조성물.
표적 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 방법으로서, 세포 내로 (1) 제1 제제 또는 상기 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 상기 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열을 전달하는 단계 및 이로써 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 단계를 포함하며, 제1 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 표적 유전자로부터 전사되는 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하고, 제2 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 프로세싱된 mRNA의 번역 조절 요소의 구조를 조절하며, 표적 단백질은 폴리시스틴 2인, 방법.
표적 단백질을 인코딩하고 프로세싱된 mRNA의 번역을 억제하는 번역 조절 요소를 포함하는 프로세싱된 mRNA를 갖는 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 방법으로서, 세포 내로 (1) 제1 제제 또는 상기 제1 제제를 인코딩하는 제1 핵산 서열, 및 (2) 제2 제제 또는 상기 제2 제제를 인코딩하는 제2 핵산 서열을 전달하는 단계 및 이로써 세포에서 표적 단백질의 발현을 증가시키는 단계를 포함하며, 제1 제제는 표적 단백질을 인코딩하는 표적 유전자로부터 전사되는 프리-mRNA의 스플라이싱을 조절하고, 제2 제제는 (a) 프로세싱된 mRNA의 표적 부분에 결합하거나; (b) 프로세싱된 mRNA의 번역에 관여하는 인자와 번역 조절 요소의 상호작용을 조절하거나; 또는 (c) (a)와 (b)의 조합이며, 표적 단백질은 폴리시스틴 2인, 방법.