TW202242113A - 用於治療與多囊蛋白表現相關之病況及疾病之組合物 - Google Patents

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Abstract

基因中之選擇式剪接事件可導致非生產性mRNA轉錄本，其又可導致蛋白質表現異常，且可靶向基因中之該等選擇式剪接事件的治療劑可調節患者中功能蛋白之表現量及/或抑制異常蛋白質表現。此類治療劑可用於治療由蛋白質缺乏所引起的病況或疾病。

Description

用於治療與多囊蛋白表現相關之病況及疾病之組合物
基因中之選擇式剪接事件可導致非生產性mRNA轉錄本，其又可導致蛋白質表現異常，且可靶向基因中之該等選擇式剪接事件的治療劑可調節患者中功能蛋白之表現量及/或抑制異常蛋白質表現。此類治療劑可用於治療由蛋白質缺乏所引起的病況或疾病。
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有從目標基因轉錄且包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)之前mRNA，該方法包含：使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，從而調節自前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
在某些實施例中，本文描述一種藉由調節個體之細胞中目標蛋白質的表現為有此需要之個體治療疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：使藥劑或編碼該藥劑之載體與該個體之細胞接觸，其中該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含該NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節個體之細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2之量或活性缺乏相關之疾病或病況。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白1之量或活性缺乏相關之疾病或病況。
在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2在功能上加強、補償、替換或在功能上相互作用之蛋白質之量或活性缺乏相關的疾病或病況。
在一些實施例中，藥劑：(a)結合於前mRNA之目標部分；(b)調節涉及NMD外顯子剪接之因子的結合；或(c) (a)與(b)之組合。
在一些實施例中，藥劑干擾涉及NMD外顯子剪接之因子與目標部分之區域的結合。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分接近NMD外顯子。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之5'末端上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之5'末端上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之3'末端下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之3'末端下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於前mRNA之兩個典型外顯子區域之間的內含子區域中，且其中內含子區域含有NMD外顯子。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分與NMD外顯子至少部分重疊。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分與在NMD外顯子上游或下游之內含子至少部分重疊。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含5' NMD外顯子-內含子接合處或3' NMD外顯子-內含子接合處。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在NMD外顯子內。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含NMD外顯子之約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。
在一些實施例中，NMD外顯子包含與選自由表2中所列出之序列組成之群的序列具有至少80%、至少90%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，NMD外顯子包含選自由表2中所列出之序列組成之群的序列。
在一些實施例中，前mRNA包含與選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，前mRNA由與選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的基因序列編碼。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含與包含選自由表2或表3中所列出之序列組成之群之序列的至少8個相連核酸之區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中ASO包含與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列之至少8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個或18個相連核酸具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140內。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140上游或下游。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140之外顯子-內含子接合處。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2為全長多囊蛋白2或野生型多囊蛋白2。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2與野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2與全長野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
在一些實施例中，藥劑促進NMD外顯子自前mRNA除去，藉此調節自前mRNA加工且缺乏NMD外顯子之經加工mRNA之含量。
在一些實施例中，與在對照細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子相比，與藥劑接觸之細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，該方法使得細胞中之經加工mRNA之含量增加。
在一些實施例中，與對照細胞中經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，藥劑增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，與對照細胞中產生之目標蛋白質之含量相比，目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，含有NMD外顯子之經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。在一些實施例中，提前終止密碼子(PTC)在NMD外顯子下游。在一些實施例中，NMD外顯子包含提前終止密碼子(PTC)。
在一些實施例中，疾病或病況與目標基因或目標蛋白質中之功能損失型突變相關。
在一些實施例中，疾病或病況與目標基因之單倍體不足相關，且其中個體具有編碼功能性多囊蛋白2之第一對偶基因，及不產生或以降低之水準產生多囊蛋白2的第二對偶基因，或編碼非功能性多囊蛋白2或部分功能性多囊蛋白2之第二對偶基因。
在一些實施例中，一個或兩個對偶基因為減效對偶基因或部分功能性的。
在一些實施例中，疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。
在一些實施例中，疾病或病況與 PKD1或 PKD2基因之突變相關，其中個體具有第一對偶基因，其中：(i)與野生型對偶基因相比，不產生或以降低之水準產生目標蛋白質；或(ii)產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為非功能性或部分功能性的，及第二對偶基因，其中：(iii)與野生型對偶基因相比，以降低之水準產生目標蛋白質，且產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為至少部分功能性；或(iv)產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為部分功能性的。
在一些實施例中，疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。
在一些實施例中，突變為減效對偶基因突變。
在一些實施例中，藥劑促進自前mRNA除去NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工且缺乏NMD外顯子之經加工mRNA的含量且增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基、鎖核酸、肽核酸、2'-O-甲基部分、2'-氟部分或2'-O-甲氧基乙基部分。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包含至少一個經修飾之糖部分。
在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物與前mRNA之目標部分至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
在一些實施例中，該方法包含使編碼藥劑之載體與細胞接觸。
在一些實施例中，藥劑為包含反義寡聚物之聚核苷酸。
在一些實施例中，載體為病毒載體。
在一些實施例中，病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
在一些實施例中，聚核苷酸進一步包含經修飾之snRNA。
在一些實施例中，經修飾之人類snRNA為經修飾之U1 snRNA或經修飾之U7 snRNA。
在一些實施例中，經修飾之人類snRNA為經修飾之U7 snRNA，且其中反義寡聚物具有與表4或表5中所列出之序列至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%一致的序列。
在一些實施例中，該方法進一步包含評估目標蛋白質之經加工mRNA含量或表現量。
在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，個體為非人類動物。
在一些實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。
在一些實施例中，細胞為離體的。
在一些實施例中，藥劑藉由鞘內注射、腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、皮下注射、玻璃體內或靜脈內注射向個體投與。
在一些實施例中，該方法進一步包含向個體投與第二治療劑。
在一些實施例中，第二治療劑為小分子。
在一些實施例中，第二治療劑為反義寡聚物。
在一些實施例中，第二治療劑校正內含子保留。
在一些實施例中，該方法治療疾病或病況。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含藥劑或編碼藥劑之載體，該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工之經加工mRNA之含量，且調節具有前mRNA之細胞中目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含藥劑或編碼藥劑之載體，該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含NMD外顯子，藉此藉由調節自前mRNA加工之經加工mRNA之含量且調節個體之細胞中目標蛋白質之表現而治療有需要之個體之疾病或病況，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所述之組合物；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體，其中該藥劑在包含從目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5’剪接位點，其中由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工；且其中目標基因為 PKD2。
在一些實施例中，藥劑藉由預防或減少選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前RNA之加工。
在一些實施例中，藥劑藉由促進或增加典型5'剪接位點處之剪接來調節前RNA之加工。
在一些實施例中，調節選擇性5’剪接位點處之前mRNA之剪接來增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。
在一些實施例中，藥劑為小分子。
在一些實施例中，藥劑為多肽。
在一些實施例中，多肽為核酸結合蛋白。
在一些實施例中，核酸結合蛋白含有TAL-效應子或鋅指結合域。
在一些實施例中，核酸結合蛋白為Cas家族蛋白。
在一些實施例中，多肽伴有一或多種核酸分子或與其複合。
在一些實施例中，藥劑為與前mRNA之目標區域互補的反義寡聚物(ASO)。
在一些實施例中，藥劑與編碼目標蛋白質之前mRNA之目標區域至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
在一些實施例中，藥劑包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。
在一些實施例中，藥劑包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基。
在一些實施例中，藥劑包含鎖核酸。
在一些實施例中，藥劑包含肽核酸。
在一些實施例中，藥劑包含2'-O-甲基。
在一些實施例中，藥劑包含2'-氟或2'-O-甲氧基乙基部分。
在一些實施例中，藥劑包含至少一個經修飾之糖部分。
在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物，且其中藥劑由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
在一些實施例中，組合物包含編碼藥劑之載體。
在一些實施例中，藥劑為包含反義寡聚物之聚核苷酸。
在一些實施例中，載體為病毒載體。
在一些實施例中，病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
在一些實施例中，聚核苷酸進一步包含經修飾之snRNA。
在一些實施例中，經修飾之人類snRNA為經修飾之U1 snRNA或經修飾之U7 snRNA。
在一些實施例中，經修飾之人類snRNA為經修飾之U7 snRNA，且其中反義寡聚物具有與表4或表5中所列出之序列至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%一致的序列。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含編碼根據如本文所述之組合物之藥劑的核酸分子。
在一些實施例中，核酸分子併入至病毒遞送系統中。
在一些實施例中，病毒遞送系統為腺病毒相關載體。
在一些實施例中，病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞包含從目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA，該方法包含：使無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體與該細胞接觸，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5’剪接位點，其中由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工，藉此調節目標蛋白質之表現；且其中目標基因為 PKD2。
在一些實施例中，藥劑：(a)結合於前mRNA之目標部分；(b)調節涉及選擇性5’剪接位點處之剪接之因子的結合；或(c) (a)與(b)之組合。
在一些實施例中，藥劑干擾涉及選擇性5’剪接位點處之剪接之因子與目標部分之區域的結合。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分接近選擇性5’剪接位點。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4 88036480之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於典型5'剪接位點與選擇性5’剪接位點之間的區域中。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於藉由選擇性5’剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域中。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分與選擇性5’剪接位點至少部分重疊。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分與在選擇性5’剪接位點上游或下游之區域至少部分重疊。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在藉由選擇性5’剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域內。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含藉由選擇性5’剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域的約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於兩個典型外顯子中之一者中。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於跨越內含子與典型外顯子之區域中。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，細胞中之目標蛋白質含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，對前mRNA剪接之調節增加產生編碼目標蛋白質之經加工mRNA。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，目標蛋白質為蛋白質之典型同功型。
在一些實施例中，由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。
在一些實施例中，NSASS調節劑為如本文所述之組合物。
在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所述之組合物；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該個體投與醫藥組合物至有需要之個體，其中該醫藥組合物包含：包含無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體的組合物，其中該藥劑在包含從目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5’剪接位點，其中前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接引起選擇式剪接之mRNA的無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工；且其中該目標基因為 PKD2；及醫藥學上可接受之賦形劑。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該個體投與如本文所述之醫藥組合物。
在一些實施例中，疾病為伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。
在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2或多囊蛋白1之量或活性缺乏相關之疾病或病況。
在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2在功能上加強、補償、替換或在功能上相互作用之蛋白質之量或活性缺乏相關的疾病或病況。
在一些實施例中，疾病或病況由目標蛋白質之量或活性缺乏引起。
在一些實施例中，藥劑增加細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，藥劑增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，細胞中之目標蛋白質含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，該方法進一步包含評估目標蛋白質之mRNA含量或表現量。
在一些實施例中，該方法進一步包含針對與疾病相關之至少一種基因突變評估個體之基因體。
在一些實施例中，至少一種基因突變在與疾病相關之基因之基因座內。
在一些實施例中，至少一種基因突變在與疾病所相關之基因之表現相關的基因座內。
在一些實施例中，至少一種基因突變在 PKD2基因之基因座內。
在一些實施例中，至少一種基因突變在與 PKD2基因表現相關之基因座內。
在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，個體為非人類動物。
在一些實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。
在一些實施例中，該細胞或該等細胞為離體的，或在離體之組織或器官中。
在一些實施例中，藥劑係藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向個體投與。
在一些實施例中，該方法治療疾病或病況。
在某些實施例中，本文描述一種用於如本文所述之方法中的治療劑。
在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所述之治療劑及醫藥學上可接受之賦形劑。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向該個體投與如本文所述之醫藥組合物。
在一些實施例中，該方法治療個體。
在某些實施例中，本文描述一種增加具有經加工mRNA之細胞中多囊蛋白2蛋白之表現的方法，該經加工mRNA編碼多囊蛋白2蛋白且包含抑制經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與細胞接觸，其中該藥劑調節轉譯調控元件之結構，藉此增加細胞中多囊蛋白2蛋白之表現。
在某些實施例中，本文描述一種增加具有經加工mRNA之細胞中多囊蛋白2蛋白之表現的方法，該經加工mRNA編碼多囊蛋白2蛋白且包含抑制經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與細胞接觸，其中該藥劑(a)結合於經加工mRNA之目標部分；(b)調節轉譯調控元件與涉及經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合，藉此增加細胞中多囊蛋白2蛋白之表現。
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞中多囊蛋白2蛋白之表現的方法，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑包含與選自由表4或表5之序列組成之群之序列具有至少80%序列一致性的反義寡聚物。
在某些實施例中，本文描述一種包含藥劑或編碼該藥劑之載體的組合物，其中該藥劑包含與選自由表4或表5之序列組成之群之序列具有至少80%序列一致性的反義寡聚物。
在某些實施例中，本文描述一種編碼藥劑之載體的組合物，其中該藥劑包括包含與選自由表4或表5之序列組成之群之序列具有至少80%序列一致性之序列的聚核酸。
在某些實施例中，本文描述一種包含藥劑之組合物，其中該藥劑包含結合於編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之目標部分的反義寡聚物，其中該經加工mRNA之目標部分包含經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸或在經加工mRNA之5'UTR內。
在某些實施例中，本文描述一種包含編碼藥劑之載體的組合物，其中該藥劑包括包含結合於編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之目標部分的序列的聚核酸，其中該經加工mRNA之目標部分包含經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸或在經加工mRNA之5'UTR內。
在某些實施例中，本文描述一種包含藥劑之組合物，其中該藥劑調節編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之轉譯調控元件的結構，藉此增加多囊蛋白2蛋白之表現，且其中該轉譯調控元件抑制經加工mRNA之轉譯。
在某些實施例中，本文描述一種包含編碼藥劑之載體之組合物，其中該藥劑調節編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之轉譯調控元件的結構，藉此增加多囊蛋白2蛋白之表現，且其中該轉譯調控元件抑制經加工mRNA之轉譯。
在某些實施例中，本文描述一種包含藥劑之組合物，其中該藥劑增加細胞中經加工mRNA之轉譯，其中該經加工mRNA編碼多囊蛋白2蛋白且包含抑制經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，其中該藥劑調節轉譯調控元件之結構，藉此增加經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率，其中該藥劑(a)結合於經加工mRNA之目標部分；(b)調節轉譯調控元件與涉及經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合。
在某些實施例中，本文描述一種包含編碼藥劑之載體的組合物，其中該藥劑增加細胞中經加工mRNA之轉譯，其中該經加工mRNA編碼多囊蛋白2蛋白且包含抑制經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，其中該藥劑調節轉譯調控元件之結構，藉此增加經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率，其中該藥劑(a)結合於經加工mRNA之目標部分；(b)調節轉譯調控元件與涉及經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合。
在某些實施例中，本文描述一種增加具有經加工mRNA之細胞中目標蛋白質之表現的方法，該經加工mRNA編碼目標蛋白質且包含抑制經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含將以下遞送至細胞中：(1)第一藥劑或編碼第一藥劑之第一核酸序列；及(2)第二藥劑或編碼第二藥劑之第二核酸序列，其中該第一藥劑調節自編碼目標蛋白質之目標基因轉錄之前mRNA的剪接，且其中第二藥劑調節編碼目標蛋白質之經加工mRNA之轉譯調控元件的結構，藉此增加細胞中目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2。
在某些實施例中，本文描述一種增加具有經加工mRNA之細胞中目標蛋白質之表現的方法，該經加工mRNA編碼目標蛋白質且包含抑制經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含將以下遞送至細胞中：(1)第一藥劑或編碼第一藥劑之第一核酸序列；及(2)第二藥劑或編碼第二藥劑之第二核酸序列，其中該第一藥劑調節自編碼目標蛋白質之目標基因轉錄之前mRNA的剪接，且其中第二藥劑(a)結合於經加工mRNA之目標部分；(b)調節轉譯調控元件與涉及經加工mRNA轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合，藉此增加細胞中目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2。在一些實施例中，藥劑調節轉譯調控元件之結構。在一些實施例中，藥劑：(a)結合於經加工mRNA之目標部分；(b)調節轉譯調控元件與涉及經加工mRNA轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合。在一些實施例中，轉譯調控元件為經加工mRNA之5'非轉譯區(5'UTR)中。在一些實施例中，轉譯調控元件包含經加工mRNA之5' UTR之至少一部分。在一些實施例中，轉譯調控元件包含二級mRNA結構，該二級mRNA結構涉及與經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸的鹼基配對。在一些實施例中，藥劑抑制與經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸的鹼基配對。在一些實施例中，mRNA二級結構包含莖、莖環、鳥嘌呤四聯體或其任何組合。在一些實施例中，藥劑不結合於主要起始密碼子。在一些實施例中，藥劑結合於主要起始密碼子之至少一個核苷酸。在一些實施例中，藥劑抑制或減少包含經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸的二級mRNA結構的形成。在一些實施例中，藥劑抑制或減少經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸與經加工mRNA之另一核苷酸的鹼基配對，視情況其中另一核苷酸為經加工mRNA之5'UTR之另一核苷酸。在一些實施例中，轉譯調控元件包含上游開放閱讀框架(uORF)之至少一部分。在一些實施例中，藥劑促進涉及uORF之至少部分之二級mRNA結構的形成。在一些實施例中，轉譯調控元件包含上游起始密碼子。在一些實施例中，藥劑促進涉及與上游起始密碼子之至少一個核苷酸之鹼基配對的二級mRNA結構之形成。在一些實施例中，藥劑不結合於上游起始密碼子。在一些實施例中，藥劑結合於上游起始密碼子。在一些實施例中，藥劑促進或增加包含上游起始密碼子之至少一個核苷酸之二級mRNA結構的形成。在一些實施例中，藥劑促進或增加上游起始密碼子之至少一個核苷酸與經加工mRNA之另一核苷酸的鹼基配對，視情況其中另一核苷酸為經加工mRNA之5'UTR之另一核苷酸。在一些實施例中，轉譯調控元件包含藉由經加工mRNA之富G序列形成之鳥嘌呤四聯體。在一些實施例中，藥劑抑制鳥嘌呤四聯體之形成。在一些實施例中，富G序列包含經加工mRNA之5'非轉譯區(5' UTR)之至少一部分。在一些實施例中，富G序列存在於經加工mRNA之5'非轉譯區(5'UTR)中。在一些實施例中，富G序列包含根據式Gx-N1-7-Gx-N1-7-Gx-N1-7-Gx之序列，其中x ≥ 3且N為A、C、G或U。在一些實施例中，富G序列包含序列GGGAGCCGGGCUGGGGCUCACACGGGGG。在一些實施例中，Gx序列中之至少一個、兩個、三個或所有四個經結構化，存在於二級結構中，或與另一核苷酸進行鹼基配對，視情況其中另一核苷酸為C或U。在一些實施例中，藥劑使鳥嘌呤四聯體鬆弛、促進其變形或抑制或減少其形成。在一些實施例中，藥劑使鳥嘌呤四聯體之Gx序列中之至少一個、兩個、三個或所有四個鬆弛、促進其變形或抑制或減少其鹼基配對或結構。在一些實施例中，經加工mRNA之目標部分在經加工mRNA之5'UTR內。在一些實施例中，經加工mRNA之目標部分具有與選自由表3中之序列組成之群的序列之至少8個相連核苷酸具有至少80%序列一致性的序列。在一些實施例中，經加工mRNA之目標部分包含緊接經加工mRNA之主要起始密碼子下游之密碼子上游的至少一個核苷酸。在一些實施例中，經加工mRNA之目標部分為經加工mRNA之主要起始密碼子上游之至少20個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、100個、110個、120個、150個、160個、180個或200個核苷酸。在一些實施例中，經加工mRNA之目標部分為主要起始密碼子上游之約20個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、100個、110個、120個、150個、160個、180個、200個或220個核苷酸。在一些實施例中，經加工mRNA具有與選自由表3中之序列組成之群的序列具有至少80%序列一致性的序列。在一些實施例中，藥劑包含反義寡聚物。在一些實施例中，反義寡聚物與選自由表4或表5中之序列組成之群的序列具有至少80%序列一致性。在一些實施例中，轉譯調控元件藉由抑制經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率來抑制經加工mRNA之轉譯。在一些實施例中，藥劑藉由增加經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率來增加細胞中多囊蛋白2蛋白之表現。在一些實施例中，反義寡聚物與選自由表4或表5中之序列組成之群的序列具有約100%序列一致性。在一些實施例中，反義寡聚物與選自由表4或表5中之序列組成之群的序列具有至少80%序列一致性。在一些實施例中，反義寡聚物與選自由表4或表5中之序列組成之群的序列具有約100%序列一致性。在一些實施例中，藥劑調節調控經加工mRNA之轉譯之一或多種因子的結合。在一些實施例中，反義寡聚物包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。在一些實施例中，反義寡聚物包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基、鎖核酸、肽核酸、2'-O-甲基、2'-氟部分或2'-O-甲氧基乙基部分。在一些實施例中，反義寡聚物包含至少一個經修飾之糖部分。在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。在一些實施例中，反義寡聚物由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。在一些實施例中，載體包含編碼藥劑之病毒載體。在一些實施例中，病毒載體包含腺病毒載體、腺相關病毒(AAV)載體、慢病毒載體、單純疱疹病毒(HSV)病毒載體或反轉錄病毒載體。在一些實施例中，藥劑進一步包含細胞穿透肽。在一些實施例中，藥劑包含結合於反義寡聚物之細胞穿透肽。在一些實施例中，反義寡聚物為二胺基磷酸酯N-嗎啉基寡聚物。在一些實施例中，藥劑包含基因編輯分子或編碼基因體編輯分子之聚核苷酸。在一些實施例中，藥劑包含結合於以下各者之目標模體的聚核酸聚合物：(i)經加工mRNA轉錄本、(ii)自其中加工經加工mRNA轉錄本之前mRNA、或(iii)編碼前mRNA之基因。在一些實施例中，基因編輯分子包含CRISPR-Cas9或其功能等效物，及/或結合於以下各者之目標模體的聚核酸聚合物：(i)經加工mRNA轉錄本、(ii)自其中加工經加工mRNA轉錄本之前mRNA、或(iii)編碼前mRNA之基因。在一些實施例中，結合於目標模體之聚核酸聚合物包含嚮導RNA (gRNA)。在一些實施例中，藥劑增加細胞中多囊蛋白2蛋白之表現。在一些實施例中，細胞中編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA的轉譯效率及/或轉譯速率增加。在一些實施例中，與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的細胞中編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA的轉譯效率及/或轉譯速率與未與藥劑或編碼藥劑之載體接觸之對照細胞中經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率相比增加。在一些實施例中，與未與藥劑或編碼藥劑之載體接觸之對照細胞中經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率相比與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的細胞中編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA的轉譯效率及/或轉譯速率增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的細胞中編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA的轉譯效率及/或轉譯速率與缺乏藥劑相比增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的細胞中表現之多囊蛋白2蛋白之含量與未與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的對照細胞中多囊蛋白2蛋白之含量相比增加。在一些實施例中，與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的細胞中表現之多囊蛋白2蛋白之含量與未與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的對照細胞中多囊蛋白2蛋白之含量相比增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，與藥劑或編碼藥劑之載體接觸的細胞中表現之多囊蛋白2蛋白之含量與缺乏藥劑相比增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，自經加工mRNA轉譯之多囊蛋白2蛋白為功能性多囊蛋白2蛋白。在一些實施例中，多囊蛋白2蛋白為完全功能性的。在一些實施例中，自經加工mRNA轉譯之多囊蛋白2蛋白為野生型多囊蛋白2蛋白。在一些實施例中，自經加工mRNA轉譯之多囊蛋白2蛋白為全長多囊蛋白2蛋白。在一些實施例中，經加工mRNA轉錄本為突變之經加工mRNA轉錄本。在一些實施例中，經加工mRNA轉錄本不為突變之經加工mRNA轉錄本。在一些實施例中，經加工mRNA自作為突變前mRNA之前mRNA加工。在一些實施例中，經加工mRNA自不為突變前mRNA之前mRNA加工。在一些實施例中，藥劑為治療劑。
在一些實施例中，藉由遞送以下各者增加細胞中表現之目標蛋白質之含量：(1)第一藥劑或編碼第一藥劑之第一核酸序列；及(2)第二藥劑或編碼第二藥劑之第二核酸序列。在一些實施例中，與對照細胞相比，細胞中表現之目標蛋白質之含量增加。在一些實施例中，對照細胞為尚未與第一藥劑接觸且尚未與第二藥劑接觸之細胞，或其中對照細胞為尚未遞送編碼第一藥劑之第一核酸序列且尚未遞送編碼第二藥劑之第二核酸序列的細胞。在一些實施例中，對照細胞為尚未與第一藥劑接觸且已與第二藥劑接觸之細胞，或其中對照細胞為尚未遞送編碼第一藥劑之第一核酸序列且已遞送編碼第二藥劑之第二核酸序列的細胞。在一些實施例中，對照細胞為尚未與第二藥劑接觸且已與第一藥劑接觸之細胞，或其中對照細胞為尚未遞送編碼第二藥劑之第二核酸序列且已遞送編碼第一藥劑之第一核酸序列的細胞。在一些實施例中，與對照細胞相比，細胞中表現之目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，(1)遞送第一藥劑或編碼第一藥劑之第一核酸序列及(2)遞送第二藥劑或編碼第二藥劑之第二核酸序列的細胞中表現之目標蛋白質之含量與缺乏第一藥劑或第二藥劑相比增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，(1)遞送第一藥劑或編碼第一藥劑之第一核酸序列及(2)遞送第二藥劑或編碼第二藥劑之第二核酸序列的細胞中表現之目標蛋白質之含量與缺乏第一藥劑或第二藥劑相比增加至少約1.5倍。
本文亦提供一種醫藥組合物，其包含本文所揭示之治療劑及醫藥學上可接受之載劑或賦形劑。
本文亦提供一種醫藥組合物，其包含編碼本文所揭示之治療劑之載體及醫藥學上可接受之載劑或賦形劑。
本文亦提供一種醫藥組合物，其包含本文所揭示之組合物及醫藥學上可接受之賦形劑。 以引用的方式併入
本說明書中所提及之所有公開案、專利及專利申請案均以引用的方式併入本文中，其引用的程度如同特定且個別地指示各個別的公開案、專利或專利申請案以引用的方式併入一般。
交叉引用
本申請案主張2021年2月3日申請的美國臨時申請案第63/145,288號之權益，該臨時申請案以全文引用的方式併入本文中。
本說明書之某些特定細節按順序闡述以提供對各個實施例之透徹理解。然而，熟習此項技術者應理解，本發明可在無此等細節下實踐。在其他情況下，未展示或詳細描述熟知結構以避免不必要地混淆實施例之描述。除非上下文另有要求，否則在本說明書及隨後申請專利範圍中，詞語「包含(comprise)」及其變化形式(諸如「包含(comprises及comprising)」)應視為開放的包涵含義，亦即視為「包括(但不限於)」。另外，本文中所提供之標題僅為方便起見，而不解釋所主張之揭示內容之範疇或含義。
除非上下文另外明確規定，否則如本說明書及隨附申請專利範圍中所使用，單數形式「一(a/an)」及「該」包括複數個提及物。亦應注意，除非上下文明確規定，否則術語「或」通常以其包括「及/或」之含義採用。
如本文所用之座標係指基因體參考組裝GRCh38 (基因體研究聯盟人類建構(Genome Research Consortium human build) 38) (亦稱為Hg38 (人類基因體建構38))之座標。
除非另外定義，否則本文所用之所有技術及科學術語均具有與一般熟習本發明所屬領域者通常所理解相同的含義。儘管與本文所述之方法及材料類似或等效的方法及材料可用於實踐或測試本發明，但下文描述合適方法及材料。
PKD2基因中之選擇式剪接事件可導致非生產性mRNA轉錄本，其又可導致蛋白質表現降低，且可靶向 PKD2基因中之選擇式剪接事件的治療劑可調節(例如，增加)患者中功能蛋白之表現量。此類治療劑可用於治療由多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏所引起的病況。
可導致非生產性mRNA轉錄本之選擇式剪接事件之一為可誘導無意義介導之mRNA衰變的mRNA轉錄本中額外外顯子之包括。本發明亦提供用於調節自 PKD2前mRNA剪接額外外顯子以增加編碼蛋白質之成熟mRNA之產生，且因此增加經轉譯之功能性多囊蛋白2之產生的組合物及方法。舉例而言，本文所提供之組合物及方法可促進自 PKD2前mRNA除去額外外顯子，藉此調節自前mRNA加工且缺乏額外外顯子之經加工mRNA的含量。
可導致非生產性mRNA轉錄本之另一選擇式剪接事件為選擇性5’剪接位點事件。例如，由選擇性5’剪接位點(例如，典型5'ss下游)處之剪接產生的外顯子可產生比對應典型外顯子長的外顯子。例如，由選擇性5’剪接位點處之剪接產生的內含子可比對應典型內含子短。本發明提供用於調節 PKD2前mRNA之選擇式剪接以增加編碼蛋白質之成熟mRNA之產生，且因此增加經轉譯之功能性多囊蛋白2之產生的組合物及方法。例如，本文所提供之組合物及方法可藉由防止或減少選擇性5’剪接位點處之剪接來調節 PKD2前mRNA之加工。
此等組合物及方法包括可促進 PKD2前mRNA之組成性剪接的反義寡聚物(ASO)。在各種實施例中，可使用本發明之方法增加功能性多囊蛋白2以治療由多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏所引起之病況。
如本文中所提及之「多囊蛋白2」亦稱為APC2、PKD4、Pc-2、TRPP2、多囊性腎病2、瞬時受體電位陽離子通道，包括具有或維持多囊蛋白2活性(例如，至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%活性)的多囊蛋白2之任一重組或天然存在形式或其變異體或同源物。在一些態樣中，跨越序列之整個序列或一部分(例如，50、100、150 200個連續胺基酸部分)，與天然存在之多囊蛋白2相比，變異體或同源物具有至少40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性。在一些實施例中，多囊蛋白2與藉由UniProt參考號Q13563鑑別之蛋白質或與其具有實質一致性之變異體或同源物實質上一致。
體染色體顯性多囊性腎病(ADPKD)係一種常見的遺傳疾病，其佔末期腎病之8-10%。ADPKD為遺傳異質性的，其中基因座定位至染色體16p13.3 ( PKD1) (1)及染色體4q21-23 ( PKD2)。多囊蛋白1 (由 PKD1編碼)及多囊蛋白2 (由PKD2編碼)之預測結構及其相似疾病概況暗示其涉及將細胞外黏附事件與離子輸送改變相關聯之共同信號傳導路徑。已證實多囊蛋白1及多囊蛋白2經由其C端胞質尾區相互作用。此相互作用引起多囊蛋白1上調，但多囊蛋白2不上調。多囊蛋白2之胞質尾區經由不同於與多囊蛋白1相互作用所需之域的區域形成均二聚體，但多囊蛋白1並不如此。此等結果與如下機制一致，其中多囊蛋白2中之突變可能經由在正常腎小管生成中發揮作用之共同信號傳導路徑之獨特分子病變，阻礙多囊蛋白1之功能且藉此導致與多囊蛋白1類似之疾病呈現。資料支持如下想法：多囊蛋白1及多囊蛋白2參與防止囊腫形成之共同信號傳導路徑(Tsiokas等人, PNAS, 1997年6月, 94 (13) 6965-6970，以全文引用之方式併入本文中)。資料亦支持如下想法：多囊蛋白1及多囊蛋白2表現參與調控通常在自噬下調且細胞死亡增加之長期饑餓期間發生之轉變的共同信號傳導路徑；多囊蛋白1及多囊蛋白2可調控將自mIMCD存活至死亡饑餓之此轉變，自存活至死亡(Decuypere等人, Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 13511)。另外，雖然已知PKD1/PKD2之劑量變化在ADPKD發病機制中為重要的，但對如何調控PKD1/PKD2表現仍然知之甚少；儘管有證據證明PKD2中之上游開放閱讀框架(uORF)可阻遏PKD2轉譯(Tang等人, FASEB J. 2013年12月; 27(12):4998-5009)。
術語「無意義介導之RNA衰變外顯子」(或「NSE」或「NMD外顯子」)及「NMD誘導外顯子」(或NIE)可互換使用且可指可活化成熟RNA轉錄本中之NMD路徑(若存在)之外顯子(例如，非典型外顯子)。在組成性剪接事件中，含有NIE之內含子通常被剪接掉，但內含子或其一部分(例如NIE)可在選擇性或異常剪接事件期間保留。含有NIE之成熟mRNA轉錄本歸因於誘導NMD途徑之框移而可為非生產性的。在一些實施例中，NMD外顯子為含有提前終止密碼子(或提前終止密碼子(PTC))或促進含有NMD外顯子之成熟RNA轉錄本降解之其他序列的外顯子。成熟RNA轉錄本中包括NIE可下調基因表現。在一些實施例中，NMD外顯子為自選擇式剪接事件產生之外顯子。例如，NMD外顯子可自選擇性5’剪接位點事件產生之外顯子。例如，NMD外顯子可為含有典型外顯子及與典型外顯子相鄰之內含子之至少一部分的外顯子。例如，NMD外顯子可為含有整個典型外顯子及緊鄰典型外顯子下游之內含子之至少一部分的外顯子。在一些實施例中，NMD外顯子為內含子(例如，典型內含子)內之區域。
選擇式剪接可引起至少一個NSE包括在成熟mRNA轉錄本中。術語「成熟mRNA」及「完全剪接mRNA」在本文中可互換使用以描述經完全加工之mRNA。含有NMD外顯子之成熟mRNA可為非生產性mRNA且引起成熟mRNA之NMD。含有NIE之成熟mRNA有時可引起蛋白質表現與來自不含NIE之對應成熟mRNA的蛋白質表現相比減少。
假剪接位點具有與真正剪接位點相同的剪接識別序列但不用於剪接反應。該等假剪接位點在數目上比人類基因體中之真正剪接位點多出一數量級，且通常由迄今尚不清楚之分子機制遏制。隱蔽5'剪接位點具有共有序列NNN/GUNNNN或NNN/GCNNNN，其中N為任何核苷酸，且/為外顯子-內含子邊界。隱蔽3'剪接位點具有共有序列NAG/N。該等隱蔽剪接位點之活化受周圍核苷酸正面影響，該等周圍核苷酸使得該等隱蔽剪接位點分別更類似於真實剪接位點之最佳共有序列，亦即MAG/GURAGU及YAG/G，其中M為C或A，R為G或A，且Y為C或U。
剪接位點及其調控序列可由熟習此項技術者使用公開可用之適合演算法容易地鑑別，該等演算法列舉於例如Kralovicova, J.及Vorechovsky, I. (2007) Global control of aberrant splice site activation by auxiliary splicing sequences: evidence for a gradient in exon and intron definition. Nucleic Acids Res., 35, 6399-6413, (ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2095810/pdf/gkm680.pdf)中。 剪接及無意義介導之 mRNA 衰變
介入序列或內含子由被稱為剪接體的較大且高度動態的RNA-蛋白質複合物移除，該RNA-蛋白質複合物協調初級轉錄本、小核RNA (snRNA)與多種蛋白質之間的複雜相互作用。剪接體按有序方式針對各內含子專門組裝，自藉由U1 snRNA識別5'剪接位點(5'ss)或藉由U2路徑識別3'剪接位點(3'ss)開始，該U2路徑涉及將U2輔助因子(U2AF)結合於3'ss區以促進U2結合於分支點序列(branch point sequence；BPS)。U2AF係一種由以下構成之穩定雜二聚體：經U2AF2編碼之65 kD次單元(U2AF65)，其結合多嘧啶串(polypyrimidine tract；PPT)；及經U2AF1編碼之35 kD次單元(U2AF35)，其與3'ss處高度保守之AG二核苷酸相互作用且使U2AF65結合穩定。除BPS/PPT單元及3'ss/5'ss以外，精確剪接亦需要活化或遏制剪接位點識別之輔助序列或結構，該等輔助序列或結構被稱為內含子或外顯子剪接強化子或沉默子。此等元件允許在高等真核生物之基因體中之大量多餘隱蔽位點或假位點中識別出真正的剪接位點，該等隱蔽位點或假位點具有相同序列但在數目上比真實位點多出一數量級。儘管該等隱蔽位點或假位點通常具有調控功能，但其活化或遏制之確切機制還不清楚。
是否進行剪接之決策通常可模型化為隨機過程而非確定性過程，使得甚至最明確之剪接信號有時亦可能不正確地剪接。然而，在正常條件下，前mRNA剪接出人意料地以高保真度進行。此部分歸因於鄰近的順式作用輔助外顯子及內含子剪接調控元件(ESR或ISR)之活性。通常，此等功能元件分別基於其刺激或抑制剪接之能力而分類為外顯子或內含子剪接強化子(ESE或ISE)或沉默子(ESS或ISS)。儘管目前有證據表明一些輔助順式作用元件可藉由影響剪接體組裝之動力學，例如藉由影響U1 snRNP與5'ss之間的複合物之配置而起作用，但似乎很有可能多種元件與反式作用RNA結合蛋白(RNA-binding protein；RBP)共同作用。舉例而言，富含絲胺酸及精胺酸之RBP (SR蛋白)家族係在界定外顯子方面具有關鍵作用的保守蛋白質家族。SR蛋白藉由將剪接體前體之組分募集至鄰近剪接位點或藉由拮抗附近ESS之作用而促進外顯子識別。ESS之遏制作用可藉由核內不均一核糖核蛋白(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein；hnRNP)家族之成員介導，且可改變核心剪接因子至鄰近剪接位點之募集。沉默子元件除了在剪接調控方面具有作用以外，亦表明在假外顯子之遏制方面具有作用，該等假外顯子為具有外顯子之典型間距但不具有功能性開放閱讀框架的誘餌內含子剪接位點集合。與其同源反式作用RBP協作的ESE及ESS表示剪接控制集合中之重要組分，該剪接控制集合指定由mRNA之前體組裝mRNA的方式、位置及時間。
標記外顯子-內含子邊界之序列為具有變化強度之簡併信號，該等信號在人類基因內之出現頻率高。在多外顯子基因中，不同對之剪接位點可按許多不同組合連接在一起，從而自單一基因產生一系列不同的轉錄本。此通常被稱為選擇性前mRNA剪接。儘管由選擇式剪接產生的大部分mRNA同功異型物可自細胞核輸出且轉譯成功能性多肽，但來自單一基因的不同mRNA同功異型物之轉譯效率可變化極大。在外顯子接合複合物上游至少50 bp處具有提前終止密碼子(PTC)或提前終止密碼子的彼等mRNA同功異型物可能被靶向以藉由無意義介導之mRNA衰變(NMD)路徑進行降解。傳統剪接模體(BPS/PPT/3'ss/5'ss)及輔助剪接模體之突變可導致異常剪接，諸如外顯子跳躍或隱蔽(或假)外顯子包括或剪接位點活化，且顯著提高人類發病率及死亡率。異常剪接模式及選擇式剪接模式兩者均可受外顯子及內含子之天然DNA變異體影響。
鑒於外顯子-內含子邊界可出現於密碼子之三個位置中之任一者處，清楚僅選擇式剪接事件之子集可維持典型開放閱讀框架。舉例而言，僅可被3整除之外顯子可在閱讀框架無任何改變之情況下跳躍或包括於mRNA中。不具有相容相位之剪接事件將誘導框移。除非由下游事件逆轉，否則框移當然可導致一或多個PTC，可能導致後續NMD降解。NMD係一種轉譯偶聯機制，其消除含有PTC之mRNA。NMD可充當所有真核生物中存在之監視路徑。NMD可藉由消除含有提前終止密碼子或PTC之mRNA轉錄本來減少基因表現誤差。在一些情況下，此等異常mRNA之轉譯可引起所得蛋白質之有害功能獲得型或顯性負活性。NMD不僅靶向PTC之轉錄本，且亦靶向自許多內源基因表現之各種mRNA同功異型物，此表明NMD為驅動細胞中之穩態RNA含量之微調及粗調的主調節因子。 目標基因
本發明提供用於調節目標之選擇式剪接以調節編碼功能蛋白之成熟mRNA之產生，且因此調節經轉譯之功能性目標蛋白質之產生的組合物和方法，其中該目標為 PKD2。此等組合物及方法包括反義寡聚物(ASO)，該反義寡聚物可促進目標前mRNA之典型剪接，其中該目標為 PKD2。在各種實施例中，可使用本發明方法增加功能性目標蛋白質以治療由目標蛋白質缺乏所引起之病況，其中該目標係選自由 PKD2組成之群。
在一些實施例中，本發明之方法用於增加功能性目標蛋白質產生以治療有需要之個體之病況，其中該目標為 PKD2。在一些實施例中，個體患有目標蛋白質相對於野生型不一定缺乏，但目標蛋白質增加可減輕病況之病況，其中該目標為 PKD2。在一些實施例中，病況由偶發性突變引起。在一些實施例中，本發明之方法用於降低功能性目標蛋白質產生以治療有需要之個體之病況，其中該目標為 PKD2。在一些實施例中，本發明之方法用於調節功能性目標蛋白質產生以治療有需要之個體之病況，其中該目標為 PKD2。 目標轉錄本
在一些實施例中，本發明之方法利用自 PKD2基因轉錄之前mRNA中NIE之存在。可使用刺激NIE跳躍之治療劑，諸如ASO來誘導所鑑別之 PKD2NIE前mRNA物種的剪接以產生功能性成熟 PKD2mRNA。所得到之成熟 PKD2mRNA可正常轉譯，無需活化NMD路徑，藉此增加患者細胞中多囊蛋白2之量且緩解與PKD2缺乏相關之病況或疾病之症狀，諸如伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。
可使用促進目標NSE前mRNA在典型剪接位點處之組成性剪接的治療劑，諸如ASO來誘導所鑑別之目標NSE前mRNA轉錄本之典型剪接以產生功能性成熟目標mRNA。在一些實施例中，所得到之功能性成熟目標mRNA可正常轉譯，藉此增加患者細胞中功能性目標蛋白質之量且預防目標相關之疾病之症狀。
在各種實施例中，本發明提供一種治療劑，其可靶向 PKD2前mRNA以調節剪接或蛋白質表現量。治療劑可為小分子、核酸寡聚物或多肽。在一些實施例中，治療劑為ASO。諸如ASO之治療劑可靶向 PKD2前mRNA上之各種區域或序列。在一些實施例中，ASO靶向自 PKD2基因轉錄之 PKD2NSE前mRNA。在一些實施例中，ASO靶向自包含無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)之 PKD2基因轉錄之 PKD2NSE前mRNA。在一些實施例中，NSE包含 PKD2前mRNA轉錄本之典型內含子3 ( PKD2前mRNA轉錄本之典型外顯子3下游之內含子)的一部分。在一些實施例中，NSE包含 PKD2前mRNA轉錄本之整個典型外顯子3。在一些實施例中，NSE包含 PKD2前mRNA轉錄本之典型內含子3的一部分及 PKD2前mRNA轉錄本之整個典型外顯子3。在一些實施例中，NSE因異常剪接而包括在 PKD2前mRNA轉錄本中。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之NSE內之序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之外顯子3或4內之序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之外顯子3後內含子3之5'剪接位點上游(或5')的外顯子序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之外顯子3前內含子2之3'剪接位點下游(或3')的外顯子序列。在一些實施例中，ASO靶向在側接 PKD2前mRNA轉錄本之NSE之3'末端之內含子內的序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4內之序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4之3'剪接位點上游(或5')的內含子序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4之5'剪接位點下游(或3')的內含子序列。在一些實施例中，ASO靶向在側接 PKD2前mRNA轉錄本之NSE之5'末端之內含子內的序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4內之序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4內之序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4之3'剪接位點上游(或5')的內含子序列。在一些實施例中，ASO靶向在 PKD2前mRNA轉錄本之內含子2或3或4之5'剪接位點下游(或3')的內含子序列。在一些實施例中，ASO靶向包含 PKD2前mRNA轉錄本之外顯子-內含子邊界之序列。在一些實施例中，外顯子為NSE。外顯子-內含子邊界可指內含子序列與外顯子序列之接合處。在一些實施例中，內含子序列可側接NSE之5'末端，或外顯子之3'末端。在一些實施例中，ASO靶向包含內含子之一部分及外顯子之一部分的序列。
在一些實施例中，可使用本文所揭示之方法或組合物治療或改善之疾病或病況不與治療劑所靶向之目標蛋白質(基因)直接相關。在一些實施例中，本文提供之治療劑可靶向不與疾病或病況直接相關之蛋白質(基因)，但調節目標蛋白質(基因)之表現可治療或改善疾病或病況。例如，本文提供之治療劑靶向如 PKD2之基因可治療或改善伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。在一些實施例中，稱諸如 PKD2之目標基因指示用於路徑(腎臟)。在一些實施例中，稱諸如 PKD2之目標基因指示用於路徑(伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病或體染色體顯性多囊性腎病)。在一些實施例中，稱諸如 PKD2之目標基因指示用於路徑(顱內動脈瘤)。
在各種實施例中，本發明提供一種治療劑，其可靶向 PKD2前mRNA轉錄本以調節剪接或蛋白質表現量。治療劑可為小分子、聚核苷酸或多肽。在一些實施例中，治療劑為ASO。諸如ASO之治療劑可靶向 PKD2前mRNA上之各種區域或序列。在一些實施例中，ASO靶向含有NIE之 PKD2前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA轉錄本之NIE內之序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA轉錄本之NIE之5'末端上游(或5')的序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA轉錄本之NIE之3'末端下游(或3')的序列。在一些實施例中，ASO靶向在側接 PKD2前mRNA轉錄本之NIE之5'末端之內含子內的序列。在一些實施例中，ASO靶向在側接 PKD2前mRNA轉錄本之NIE之3'末端之內含子內的序列。在一些實施例中，ASO靶向包含 PKD2前mRNA轉錄本之NIE-內含子邊界之序列。NIE-內含子邊界可指內含子序列與NIE區域之接合處。內含子序列可側接NIE之5'末端，或NIE之3'末端。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA轉錄本之外顯子內之序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA轉錄本之內含子內之序列。在一些實施例中，ASO靶向包含 PKD2前mRNA轉錄本之內含子之一部分及外顯子之一部分的序列。
在一些實施例中，ASO靶向NIE之5'末端上游(或5')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向NIE區域之5'末端上游(或5')約1至約20個核苷酸、約20至約50個核苷酸、約50至約100個核苷酸、約100至約150個核苷酸、約150至約200個核苷酸、約200至約250個核苷酸或約250至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO可靶向NIE之5'末端上游超過300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向NIE之3'末端下游(或3')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向NIE之3'末端下游約1至約20個核苷酸、約20至約50個核苷酸、約50至約100個核苷酸、約100至約150個核苷酸、約150至約200個核苷酸、約200至約250個核苷酸或約250至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向NIE之3'末端下游超過300個核苷酸之序列。
在一些實施例中，本文所揭示之ASO靶向自 PKD2基因體序列轉錄之NSE前mRNA。在一些實施例中，ASO靶向來自包含 PKD2基因體序列之NSE之基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向來自包含側接 PKD2基因體序列之NSE之3'末端之內含子及側接NSE之5'末端之內含子的基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含選自由表3之前mRNA轉錄本組成之群之序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含 PKD2前mRNA序列之NSE之前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含側接 PKD2前mRNA序列之NSE之3'末端之內含子的前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含側接 PKD2前mRNA序列之NSE之5'末端之內含子的序列。在一些實施例中，轉錄本係選自由表3之轉錄本組成之群。
在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA轉錄本由與表2或表3中所列出之任一序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的基因序列編碼。在一些實施例中，PKD2 NIE前mRNA轉錄本包含與表2或表3中所列出之任一序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA轉錄本包含與表2或表3中所列出之任一序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA轉錄本由與表2或表3中所列出之任一序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的基因序列編碼。在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含與包含表2或表3中所列出之任一序列之至少8個相連核酸具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，前mRNA轉錄本包含與本文所述之 PKD2前mRNA轉錄本之前mRNA轉錄本或其互補序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，選自由 PKD2前mRNA組成之群的前mRNA之目標部分包含與包含表2或表3之前mRNA轉錄本之序列或其互補序列的至少8個相連核酸之區域具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中， PKD2前mRNA之前mRNA之目標部分包含與表2或表3之序列或其互補序列之至少8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個或20個相連核酸互補的序列。
在一些實施例中，本文所揭示之ASO靶向自 PKD2基因體序列轉錄之NSE前mRNA。在一些實施例中，ASO靶向來自包含NSE之 PKD2基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，NSE包含外顯子3。在一些實施例中，NSE為PKD2轉錄本之第三外顯子。在一些實施例中，ASO靶向來自包含外顯子3或4之 PKD2基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向來自包含側接NSE之3'末端之內含子及側接NSE之5'末端之內含子的 PKD2基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，側接NSE之3'末端之內含子為內含子3且側接NSE之5'末端之內含子為內含子2。在一些實施例中，ASO靶向來自包含內含子2、外顯子3及內含子3之 PKD2基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含外顯子3及外顯子4之NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含NSE之 PKD2前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含外顯子3之 PKD2前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含側接NSE之3'末端之內含子的 PKD2前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含內含子3之 PKD2前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含側接NSE之5'末端之內含子的 PKD2前mRNA序列。
在一些實施例中， PKD2前mRNA轉錄本由與Ensembl參考號ENSG00000118762.8或其互補序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之基因序列編碼。在一些實施例中， PKD2前mRNA轉錄本包含與本文所述之 PKD2前mRNA轉錄本或其互補序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分包含與包含表3序列之序列或其互補序列之至少8個相連核酸的區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分包含與包含選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列或其互補序列之至少8個相連核酸的區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，ASO包含與表4之任一序列或其互補序列至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%一致的序列。
在一些實施例中，本文所揭示之ASO靶向自目標基因體序列轉錄之NSE前mRNA。在一些實施例中，ASO靶向來自包含NSE之目標基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向來自包含側接NSE之3'末端之內含子及側接NSE之5'末端之內含子的目標基因體序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含選自表3之前mRNA轉錄本序列之序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含選自如由Ensembl參考號表示的表3之前mRNA轉錄本序列之序列的NSE前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向包含NSE之目標前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含側接NSE之3'末端之內含子的目標前mRNA序列。在一些實施例中，ASO靶向包含側接NSE之5'末端之內含子的目標前mRNA序列。在一些實施例中，轉錄本係選自由表3之轉錄本序列組成之群。在一些實施例中，轉錄本係選自由如由Ensembl參考號表示之表3之轉錄本序列組成之群。
在一些實施例中，目標前mRNA轉錄本由與如由Ensembl參考號表示之基因序列或其互補序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的基因序列編碼。在一些實施例中，目標前mRNA轉錄本包含與本文所述之目標前mRNA轉錄本或其互補序列具有至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，目標前mRNA之目標部分包含與包含表2序列或表3序列或其互補序列之至少8個相連核酸的區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，目標前mRNA之目標部分包含與包含如由Ensembl參考號表示之表3序列或表2序列或其互補序列之至少8個相連核酸的區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，目標前mRNA之目標部分包含與表2或表3之序列或其互補序列之至少8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個或20個相連核酸互補的序列。
在一些實施例中，ASO靶向包含NSE之 PKD2前mRNA之外顯子3。在一些實施例中，ASO靶向內含子3之5'剪接位點下游(或3')約2個核苷酸至內含子2之3'剪接位點上游(或5')約4個核苷酸的序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子3之5'剪接位點上游(或5')約2個核苷酸至內含子2之3'剪接位點下游(或3')約4個核苷酸的序列。在一些實施例中，ASO具有根據表4中所列出之任一序列或其互補序列的序列。
在一些實施例中，ASO靶向包含NSE之 PKD2前mRNA之內含子3。在一些實施例中，ASO靶向內含子3之3'剪接位點上游(或5')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子3之3'剪接位點下游(或3')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子3之5'剪接位點上游(或5')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子3之5'剪接位點下游(或3')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子2之3'剪接位點上游(或5')約6至約100個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子2之3'剪接位點下游(或3')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子2之5'剪接位點上游(或5')約6至約100個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO靶向內含子2之5'剪接位點下游(或3')約4至約300個核苷酸之序列。在一些實施例中，ASO具有根據表4之任一序列或其互補序列的序列。
在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分在內含子2、3或4中。在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分在外顯子2、3、4或5中。在一些實施例中，ASO與NSE前mRNA之目標部分的雜交引起典型外顯子3之包括，且隨後增加多囊蛋白2之產生。在一些實施例中，ASO與NSE前mRNA之目標部分的雜交引起典型外顯子之包括，且隨後減少多囊蛋白2之產生。在一些實施例中，ASO與NSE前mRNA之目標部分的雜交引起典型外顯子之包括或除去，且隨後調節多囊蛋白2之產生。在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分在外顯子3或4中。在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分在內含子2中。在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分在內含子3中。
在一些實施例中，ASO靶向包含NSE外顯子2之 PKD2含NIE之前mRNA的外顯子2x。
在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140)。
在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之外顯子2x之5'末端上游(或5')約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140上游(或5')約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。
在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之外顯子2x之5'末端上游(或5')至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140上游(或5')至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。
在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之外顯子2x之3'末端下游(或3')約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140下游(或3')約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。
在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之外顯子2x之3'末端下游(或3')至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2之GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140下游(或3')至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸的序列。
在一些實施例中，ASO具有與根據表2或表3中所列出之任一序列之前mRNA的目標部分互補的序列。
在一些實施例中，ASO靶向NIE之5'末端上游的序列。例如，靶向NIE之5'末端(例如， PKD2之外顯子2x)上游之序列的ASO包含與表2或表3中所列出之任一序列之至少8個相連核酸至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%互補的序列。例如，靶向NIE之5'末端(例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游之序列的ASO可包含與表2或表3中所列出之任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，ASO靶向含有外顯子-內含子邊界(或接合處)的序列。例如，靶向含有外顯子-內含子邊界之序列的ASO可包含與表2或表3中所列出之任一序列之至少8個相連核酸至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%互補的序列。在一些實施例中，ASO靶向NIE之3'末端下游的序列。例如，靶向NIE之3'末端(例如， PKD2之外顯子2x)下游之序列的ASO可包含與表2或表3中所列出之任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。例如，靶向NIE之3'端(例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))下游之序列的ASO可包含與表2或表3中所列出之任一序列具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，ASO靶向NIE內之序列。
在一些實施例中，ASO靶向包含NSE外顯子2之 PKD2含NIE之前mRNA的外顯子2x。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA之外顯子2x之5'末端下游(或3')的序列。在一些實施例中，ASO靶向 PKD2前mRNA之外顯子2x之3'末端上游(或5')的外顯子2x序列。
在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA之目標部分在內含子1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33,34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50中。在一些實施例中，ASO與NIE前mRNA之目標部分的雜交引起內含子1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33,34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50內NIE之至少一者之外顯子跳躍，且隨後增加多囊蛋白2產生。在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA之目標部分在 PKD2之內含子2中。在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA之目標部分為 PKD2之內含子(GRCh38/ hg38:chr4 88019572 88036219)。
在一些實施例中，本發明之方法及組合物用於藉由誘導 PKD2含NIE之前mRNA之NIE的外顯子跳躍來增加PKD2之表現。在一些實施例中，NIE為內含子1-50中之任一者內的序列。在一些實施例中，NIE為內含子1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33,34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50中之任一者內的序列。在一些實施例中，NIE可為任何 PKD2內含子或其一部分。在一些實施例中，NIE在 PKD2之內含子2內。在一些實施例中，NIE在 PKD2之內含子(GRCh38/ hg38:chr4 88019572 88036219)內。 蛋白質表現
在一些實施例中，兩個對偶基因中均發生突變。在一些實施例中，兩個對偶基因中之一者中發生突變。在一些實施例中，兩個對偶基因中之一者中發生額外突變。在一些實施例中，在與第一突變相同之對偶基因中發生額外突變。在其他實施例中，發生之額外突變為反式突變。
在一些實施例中，本文所述之方法用於增加功能性多囊蛋白2蛋白或RNA之產生。如本文所用，術語「功能性」係指消除所治療之病況或疾病，例如伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤之任一或多種症狀所需的多囊蛋白2蛋白或RNA之活性或功能之量。在一些實施例中，方法用於增加部分功能性多囊蛋白2蛋白或RNA之產生。如本文所用，術語「部分功能性」係指少於消除或預防疾病或病況之任一或多種症狀所需之活性或功能之量的多囊蛋白2蛋白或RNA之活性或功能之任何量。在一些實施例中，部分功能性蛋白質或RNA將具有相對於完全功能性蛋白質或RNA低至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%的活性。
在一些實施例中，該方法為一種增加具有編碼多囊蛋白2之含NIE之前mRNA的個體細胞對多囊蛋白2之表現的方法，其中該個體患有由多囊蛋白2之活性之量缺乏所引起的伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤，且其中多囊蛋白2之量缺乏由多囊蛋白2之單倍體不足引起。在此類實施例中，個體具有編碼功能性多囊蛋白2之第一對偶基因及不產生多囊蛋白2之第二對偶基因。在另一此類實施例中，個體具有編碼功能性多囊蛋白2之第一對偶基因及編碼非功能性多囊蛋白2之第二對偶基因。在另一此類實施例中，個體具有編碼功能性多囊蛋白2之第一對偶基因及編碼部分功能性多囊蛋白2之第二對偶基因。在此等實施例中之任一者中，反義寡聚物結合於自第二對偶基因轉錄之含NIE之前mRNA的目標部分，藉此誘導NIE自前mRNA之外顯子跳躍，且使得編碼功能性多囊蛋白2之成熟mRNA的含量增加，及多囊蛋白2在個體細胞中之表現增加。
在一些實施例中，該方法為一種減少具有編碼目標蛋白質之NSE前mRNA之個體細胞對目標蛋白質之表現的方法，其中該個體患有由過量目標蛋白質活性所引起之疾病，其中過量目標蛋白質由突變引起，且其中目標為選自由 PKD2組成之群的任一者。在一些實施例中，反義寡聚物結合於自攜帶突變之對偶基因轉錄之NSE前mRNA的目標部分，藉此增加NSE選擇式剪接至前mRNA中，且使得編碼功能性目標蛋白質之成熟mRNA的含量降低，及目標蛋白質在個體細胞中之表現降低。在相關實施例中，該方法為一種使用ASO降低功能性蛋白質或功能性RNA之表現的方法。在一些實施例中，ASO用於降低具有編碼目標蛋白質之NSE前mRNA之個體細胞中目標蛋白質之表現，其中該個體具有過量之目標蛋白質之量或功能。
在一些實施例中，該方法為一種調節具有編碼目標蛋白質之NSE前mRNA之個體細胞對目標蛋白質之表現的方法，其中該個體患有由目標蛋白質活性缺乏或過量所引起之疾病，其中目標蛋白質缺乏或過量由突變引起，且其中目標為選自由 PKD2組成之群的任一者。在一些實施例中，反義寡聚物結合於自攜帶突變之對偶基因轉錄之NSE前mRNA的目標部分，藉此調節NSE選擇式剪接至前mRNA中，且調節編碼功能性目標蛋白質之成熟mRNA的含量，且調節目標蛋白質在個體細胞中之表現。在相關實施例中，該方法為一種使用ASO調節功能性蛋白質或功能性RNA之表現的方法。在一些實施例中，ASO用於調節具有編碼目標蛋白質之NSE前mRNA之個體細胞中目標蛋白質之表現，其中該個體之目標蛋白質之量或功能異常。
在一些實施例中，該方法為一種增加具有編碼多囊蛋白2之含NIE之前mRNA的個體細胞對多囊蛋白2之表現的方法，其中該個體患有由多囊蛋白2之活性之量缺乏所引起的伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤，且其中多囊蛋白2之量缺乏由體染色體隱性遺傳引起。
在一些實施例中，該方法為一種增加具有編碼多囊蛋白2之含NIE之前mRNA的個體細胞對多囊蛋白2之表現的方法，其中該個體患有由多囊蛋白2之活性之量缺乏所引起的伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤，且其中多囊蛋白2之量缺乏由體染色體主要遺傳引起。
在一些實施例中，該方法為一種增加具有編碼多囊蛋白2之含NIE之前mRNA的個體細胞對多囊蛋白2之表現的方法，其中該個體患有由多囊蛋白2之活性之量缺乏所引起的伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤，且其中多囊蛋白2之量缺乏由X性聯顯性隱性遺傳引起。
在相關實施例中，方法為一種使用ASO增加蛋白質或功能性RNA之表現的方法。在一些實施例中，ASO可用於增加具有編碼多囊蛋白2之含NIE之前mRNA的個體細胞對多囊蛋白2之表現，其中該個體具有多囊蛋白2之量或功能缺乏，例如伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。
在一些實施例中，本文所述之ASO靶向編碼導致該疾病或病況之蛋白質的含NIE之前mRNA轉錄本。在一些實施例中，ASO靶向編碼不導致該疾病之蛋白質的含NIE之前mRNA轉錄本。舉例而言，由特定路徑中第一蛋白質之突變或缺乏引起的疾病可藉由靶向編碼第二蛋白質之含NIE之前mRNA來改善，藉此增加第二蛋白質之產生。在一些實施例中，第二蛋白質之功能能夠補償第一蛋白質之突變或缺乏(該突變或缺乏導致該疾病或病況)。在一些實施例中，個體具有(a)第一對偶基因，其為野生型；及(b)第二對偶基因，其為突變對偶基因，其中(i)以相比於自野生型對偶基因之產生降低之水準產生多囊蛋白2，(ii)多囊蛋白2呈與同等野生型蛋白質相比功能減少之形式產生，或(iii)不產生多囊蛋白2或功能性RNA。
在一些實施例中，個體具有： (a)第一突變對偶基因，其中  (i)    多囊蛋白2以與自野生型對偶基因之產生相比降低的水準產生， (ii)   多囊蛋白2以與同等野生型蛋白質相比功能減少之形式產生，或 (iii)  不產生多囊蛋白2或功能性RNA；及 (b)第二突變型對偶基因，其中 (i)    多囊蛋白2以與自野生型對偶基因之產生相比降低的水準產生， (ii)   多囊蛋白2以與同等野生型蛋白質相比功能減少之形式產生，或 (iii)  不產生多囊蛋白2，且 其中含NIE之前mRNA自第一對偶基因及/或第二對偶基因轉錄，且其中當個體具有第一突變對偶基因(a)(iii)時，第二突變對偶基因不為(b)(iii)，且其中當個體具有第二突變對偶基因(b)(iii)時，第一突變對偶基因不為(a)(iii)。在此等實施例中，ASO結合於自第一對偶基因或第二對偶基因轉錄之含NIE之前mRNA的目標部分，藉此誘導NIE自含NIE之前mRNA之外顯子跳躍，且使得編碼多囊蛋白2之mRNA的含量增加，及目標蛋白質或功能性RNA在個體細胞中之表現增加。在此等實施例中，具有由NIE自含NIE之前mRNA之外顯子跳躍引起之表現量增加的目標蛋白質或功能性RNA可呈與同等野生型蛋白相比功能減少(部分功能性)或與同等野生型蛋白相比具有完全功能(完全功能性)的形式。
在一些實施例中，當與對照細胞，例如未用反義寡聚物處理之細胞或用不結合於 PKD2含NIE之前mRNA之目標部分的反義寡聚物處理之細胞中產生的編碼多囊蛋白2之mRNA之量相比時，編碼多囊蛋白2之mRNA之含量增加1.1至10倍。
在一些實施例中，使用本發明之方法治療之個體自一個對偶基因表現部分功能性多囊蛋白2，其中部分功能性多囊蛋白2可由框移突變、無意義突變、錯義突變或部分基因缺失引起。在一些實施例中，使用本發明之方法治療之個體自一個對偶基因表現非功能性多囊蛋白2，其中非功能性多囊蛋白2可由一個對偶基因中之框移突變、無意義突變、錯義突變、部分基因缺失引起。在一些實施例中，使用本發明之方法治療之個體在一個對偶基因中具有 PKD2全基因缺失。 外顯子包括
在一些實施例中，所包括之NIE為自編碼細胞中之目標蛋白質之基因轉錄的含NIE之前mRNA群體中最豐富之NIE。在一些實施例中，所包括之NIE為自編碼細胞中之目標蛋白質之基因轉錄的含NIE之前mRNA群體中最豐富之NIE，其中含NIE之前mRNA群體包含兩個或更多個所包括之NIE。在一些實施例中，靶向編碼目標蛋白質之含NIE之前mRNA群體中的最豐富NIE之反義寡聚物誘導該群體中一或兩個或更多個NIE，包括反義寡聚物所靶向或結合之NIE的外顯子跳躍。在一些實施例中，目標區域在作為編碼多囊蛋白2之含NIE之前mRNA中的最豐富NIE之NIE中。
外顯子包括之程度可表示為外顯子包括百分比，例如包括給定NIE之轉錄本的百分比。簡言之，外顯子包括百分比可計算為具有外顯子包括之RNA轉錄本之量相對於具有外顯子包括之RNA轉錄本之量的平均值加上具有外顯子除去之RNA轉錄本之量的平均值之和的百分比。
NSE可由於額外鹼基對中之剪接而產生。
選擇式剪接程度可表示為選擇式剪接百分比，例如包括給定NSE之轉錄本的百分比。簡言之，選擇式剪接百分比可計算為具有NSE之RNA轉錄本之量相對於具有外顯子包括之RNA轉錄本之量的平均值加上僅具有典型外顯子之RNA轉錄本之量的平均值之和的百分比。
在一些實施例中，所包括之NIE為基於至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約30%、至少約35%、至少約40%、至少約45%或至少約50%包括之確定而鑑別為所包括之NIE的外顯子。在實施例中，所包括之NIE為基於約5%至約100%、約5%至約95%、約5%至約90%、約5%至約85%、約5%至約80%、約5%至約75%、約5%至約70%、約5%至約65%、約5%至約60%、約5%至約55%、約5%至約50%、約5%至約45%、約5%至約40%、約5%至約35%、約5%至約30%、約5%至約25%、約5%至約20%、約5%至約15%、約10%至約100%、約10%至約95%、約10%至約90%、約10%至約85%、約10%至約80%、約10%至約75%、約10%至約70%、約10%至約65%、約10%至約60%、約10%至約55%、約10%至約50%、約10%至約45%、約10%至約40%、約10%至約35%、約10%至約30%、約10%至約25%、約10%至約20%、約15%至約100%、約15%至約95%、約15%至約90%、約15%至約85%、約15%至約80%、約15%至約75%、約15%至約70%、約15%至約65%、約15%至約60%、約15%至約55%、約15%至約50%、約15%至約45%、約15%至約40%、約15%至約35%、約15%至約30%、約15%至約25%、約20%至約100%、約20%至約95%、約20%至約90%、約20%至約85%、約20%至約80%、約20%至約75%、約20%至約70%、約20%至約65%、約20%至約60%、約20%至約55%、約20%至約50%、約20%至約45%、約20%至約40%、約20%至約35%、約20%至約30%、約25%至約100%、約25%至約95%、約25%至約90%、約25%至約85%、約25%至約80%、約25%至約75%、約25%至約70%、約25%至約65%、約25%至約60%、約25%至約55%、約25%至約50%、約25%至約45%、約25%至約40%或約25%至約35%包括之確定而鑑別為所包括之NIE的外顯子。ENCODE資料(由例如Tilgner等人, 2012, 「Deep sequencing of subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the human genome but inefficient for lncRNAs」, Genome Research 22(9):1616-25描述)可用於幫助鑑別外顯子包括。
在一些實施例中，細胞接觸與 PKD2前mRNA轉錄本之目標部分互補之ASO引起所產生之多囊蛋白2之量與在ASO不存在/處理不存在下由細胞產生之蛋白質之量相比增加至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、80%、100%、150%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%或1000%。在一些實施例中，由反義寡聚物所接觸之細胞產生之多囊蛋白2之總量與由對照化合物產生之目標蛋白質之量相比增加約20%至約300%、約50%至約300%、約100%至約300%、約150%至約300%、約20%至約50%、約20%至約100%、約20%至約150%、約20%至約200%、約20%至約250%、約50%至約100%、約50%至約150%、約50%至約200%、約50%至約250%、約100%至約150%、約100%至約200%、約100%至約250%、約150%至約200%、約150%至約250%、約200%至約250%、至少約10%、至少約20%、至少約50%、至少約100%、至少約150%、至少約200%、至少約250%或至少約300%。在一些實施例中，由反義寡聚物所接觸之細胞產生之多囊蛋白2之總量與由對照化合物產生之目標蛋白質之量相比增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。對照化合物可為例如與前mRNA之目標部分不互補的寡核苷酸。
在一些實施例中，細胞接觸與 PKD2前mRNA轉錄本之目標部分互補之ASO引起編碼 PKD2之mRNA，包括編碼目標蛋白質之成熟mRNA的量增加。在一些實施例中，編碼多囊蛋白2之mRNA或編碼多囊蛋白2之成熟mRNA之量與在ASO不存在/處理不存在下由細胞產生之蛋白質之量相比增加至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、80%、100%、150%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%或1000%。在一些實施例中，在反義寡聚物所接觸之細胞中產生之編碼多囊蛋白2之mRNA或編碼多囊蛋白2之成熟mRNA的總量與未處理細胞,例如未處理細胞或用對照化合物處理之細胞中產生之成熟RNA之量相比增加約20%至約300%、約50%至約300%、約100%至約300%、約150%至約300%、約20%至約50%、約20%至約100%、約20%至約150%、約20%至約200%、約20%至約250%、約50%至約100%、約50%至約150%、約50%至約200%、約50%至約250%、約100%至約150%、約100%至約200%、約100%至約250%、約150%至約200%、約150%至約250%、約200%至約250%、至少約10%、至少約20%、至少約50%、至少約100%、至少約150%、至少約200%、至少約250%或至少約300%。在一些實施例中，在反義寡聚物所接觸之細胞中產生之編碼多囊蛋白2之mRNA或編碼多囊蛋白2之成熟mRNA的總量與未處理細胞,例如未處理細胞或用對照化合物處理之細胞中產生之成熟RNA之量相比增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。對照化合物可為例如與 PKD2含NIE之前mRNA之目標部分不互補的寡核苷酸。
在一些實施例中，細胞接觸與 PKD2前mRNA轉錄本之目標部分互補之ASO引起所產生之多囊蛋白2之量與在ASO不存在/處理不存在下由細胞產生之蛋白質之量相比降低至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、80%、100%。在一些實施例中，由反義寡聚物所接觸之細胞產生之多囊蛋白2的總量與由對照化合物產生之目標蛋白質之量相比降低約20%至約100%、約50%至約100%、約20%至約50%或約20%至約100%。在一些實施例中，由反義寡聚物所接觸之細胞產生之多囊蛋白2的總量與由對照化合物產生之目標蛋白質之量相比降低約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。對照化合物可為例如與前mRNA之目標部分不互補的寡核苷酸。
在一些實施例中，與對照細胞，例如未用反義寡聚物處理之細胞或用不結合於 PKD2前mRNA之目標部分之反義寡聚物處理之細胞中產生的編碼多囊蛋白2之mRNA之量相比，編碼多囊蛋白2之mRNA之含量降低1.1至10倍。
在一些實施例中，與對照細胞，例如未用反義寡聚物處理之細胞或用不結合於 PKD2前mRNA之目標部分之反義寡聚物處理之細胞中產生的編碼多囊蛋白2之mRNA之量相比，編碼多囊蛋白2之mRNA之含量降低1.1至10倍。
在本發明之一些實施例中，個體可具有 PKD2之突變。已報導多種引起 PKD2缺乏之病原性變異體，包括錯義變異體、無意義變異體、單一及雙重核苷酸插入及缺失、複合插入/缺失及剪接位點變異體。在此病原性變異體存在下，考慮到殘餘酶活性，大約2%-5%轉錄本經正確剪接。在一些實施例中，疾病由 PKD2之功能損失引起，該 PKD2之功能損失由產生截短蛋白質或具有改變之構形或降低之活性之蛋白質的 PKD2病原性變異體引起。
在一些實施例中，可使用本文所述之方法及組合物治療具有此項技術中已知且如上所述之任何 PKD2突變的個體。在一些實施例中，突變在任何 PKD2內含子或外顯子內。在一些實施例中，突變在 PKD2外顯子2、3或4內。
NIE可為任何長度。在一些實施例中，NIE不包含內含子之完整序列。在一些實施例中，NIE包含內含子之完整序列及內含子上游外顯子之完整序列及內含子下游外顯子之完整序列。在一些實施例中，NIE可為內含子之一部分。在一些實施例中，NIE可包含典型內含子序列之5'末端部分。在一些實施例中，NIE可包含典型內含子之典型5'ss序列。在一些實施例中，NIE可包含典型內含子之3'末端部分。在一些實施例中，NIE可包含典型內含子之典型3'ss序列。在一些實施例中，NIE可為內含子內不包括內含子之典型5'ss序列的部分。在一些實施例中，NIE可為內含子內不包括內含子之典型3'ss序列的部分。在一些實施例中，NIE可為內含子內不包括內含子之典型5'ss序列或典型3'ss序列的部分。在一些實施例中，NIE可為5個核苷酸至10個核苷酸長、10個核苷酸至15個核苷酸長、15個核苷酸至20個核苷酸長、20個核苷酸至25個核苷酸長、25個核苷酸至30個核苷酸長、30個核苷酸至35個核苷酸長、35個核苷酸至40個核苷酸長、40個核苷酸至45個核苷酸長、45個核苷酸至50個核苷酸長、50個核苷酸至55個核苷酸長、55個核苷酸至60個核苷酸長、60個核苷酸至65個核苷酸長、65個核苷酸至70個核苷酸長、70個核苷酸至75個核苷酸長、75個核苷酸至80個核苷酸長、80個核苷酸至85個核苷酸長、85個核苷酸至90個核苷酸長、90個核苷酸至95個核苷酸長或95個核苷酸至100個核苷酸長。在一些實施例中，NIE可為至少10個核苷酸、至少20個核苷酸、至少30個核苷酸、至少40個核苷酸、至少50個核苷酸、至少60個核苷酸、至少70個核苷酸、至少80個核苷酸長、至少90個核苷酸或至少100個核苷酸長。在一些實施例中，NIE可為100至200個核苷酸長、200至300個核苷酸長、300至400個核苷酸長、400至500個核苷酸長、500至600個核苷酸長、600至700個核苷酸長、700至800個核苷酸長、800至900個核苷酸長、900至1,000個核苷酸長。在一些實施例中，NIE可長於1,000個核苷酸。
NIE之包括可引起提前終止密碼子(PTC) (或提前終止密碼子)之框移及引入成熟mRNA轉錄本中，使得轉錄本成為NMD之目標。含NIE之成熟mRNA轉錄本可為不引起蛋白質表現之非生產性mRNA轉錄本。PTC可存在於NIE下游之任何位置。在一些實施例中，PTC可存在於NIE下游之任何外顯子中。在一些實施例中，PTC可存在於NIE內。例如，由 PKD2基因編碼之mRNA轉錄本中 PKD2前mRNA之外顯子2x之包括可誘導mRNA轉錄本中之PTC。例如，由 PKD2編碼之mRNA轉錄本中 PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140)之包括。 治療劑
在一些實施例中，如本文所用之藥劑係指治療劑。在一些實施例中，如本文所用之治療劑係指藥劑。
在本發明之各種實施例中，提供包含治療劑之組合物及方法以調節 PKD2之蛋白質表現量。在一些實施例中，本文提供調節 PKD2前mRNA之選擇式剪接的組合物及方法。在一些實施例中，本文提供在 PKD2前mRNA剪接中誘導外顯子跳躍，例如在 PKD2前mRNA剪接期間誘導NMD外顯子跳躍的組合物及方法。在其他實施例中，治療劑可用於誘導外顯子之包括以降低蛋白質表現量。
本文揭示之治療劑可為NIE遏制劑。治療劑可包含聚核酸聚合物。本文揭示之治療劑可為選擇式剪接遏制劑。在一些實施例中，治療劑可包含聚核酸聚合物。在其他實施例中，治療劑可包含小分子。在其他實施例中，治療劑可包含多肽。在一些實施例中，治療劑為核酸結合蛋白，與或未與核酸分子複合。在其他實施例中，治療劑為編碼另一治療劑之核酸分子。在其他實施例中，治療劑併入至諸如腺病毒相關載體之病毒遞送系統中。
根據本發明之一個態樣，本文提供一種治療或預防與功能性多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏相關之病況或疾病的方法，其包含向個體投與NIE遏制劑以增加功能性多囊蛋白2之含量，其中該藥劑結合於前mRNA轉錄本之區域以減少成熟轉錄本中之NIE包括。例如，本文提供一種治療或預防與功能性多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏相關之病況的方法，其包含向個體投與NIE遏制劑以增加功能性多囊蛋白2之含量，其中該藥劑結合於前mRNA轉錄本之含NIE (例如， PKD2之外顯子2x)之內含子區域或結合於同一內含子中之活化NIE之調控序列。例如，本文提供一種治療或預防與功能性多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏相關之病況的方法，其包含向個體投與NIE遏制劑以增加功能性多囊蛋白2之含量，其中該藥劑結合於前mRNA轉錄本之含NIE (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))之內含子區域或結合於同一內含子中之活化NIE之調控序列。另舉例而言，本文提供一種治療或預防與功能性多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏相關之病況的方法，其包含向個體投與選擇式剪接遏制劑以增加功能性多囊蛋白2之含量，其中該藥劑結合於前mRNA轉錄本之外顯子或內含子之區域(例如，人類 PKD2基因中之外顯子3或4、內含子2、3或4)。
根據本發明之一個態樣，本文提供一種治療或預防與功能性多囊蛋白2或多囊蛋白1缺乏相關之病況的方法，其包含向個體投與選擇式剪接遏制劑以增加功能性多囊蛋白2之含量，其中該藥劑結合於前mRNA轉錄本之區域以減少成熟轉錄本中之NSE包括。
或者，例如，本文提供一種治療或預防與功能性目標蛋白質過度表現相關之病況的方法，其包含向個體投與選擇式剪接遏制劑以降低功能性目標蛋白質之含量，其中該藥劑結合於前mRNA轉錄本之外顯子或內含子之區域，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2。
當提及減少成熟mRNA中之NIE包括時，該減少可為完全的，例如100%，或可為部分的。減少可為臨床上顯著的。減少/校正可相對於無處理之個體中之NIE包括的水準，或相對於類似個體群體中之NIE包括之量。減少/校正可為相對於普通個體或在治療之前的個體，NIE包括少至少10%。減少可為相對於普通個體或在治療之前的個體，NIE包括少至少20%。減少可為相對於普通個體或在治療之前的個體，NIE包括少至少40%。減少可為相對於普通個體或在治療之前的個體少至少50%之NIE包括。減少可為相對於普通個體或在治療之前的個體，NIE包括少至少60%。減少可為相對於普通個體或在治療之前的個體，NIE包括少至少80%。減少可為相對於普通個體或在治療之前的個體，NIE包括少至少90%。
在提及增加活性多囊蛋白2含量時，增加可為臨床上顯著的。增加可相對於無處理之個體中之活性多囊蛋白2含量，或相對於類似個體群體中之活性多囊蛋白2之量。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少10%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少20%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少40%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少50%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少80%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少100%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少200%。增加可為相對於普通個體或治療之前的個體，活性多囊蛋白2多至少500%。
在提及降低功能性多囊蛋白2含量時，降低可為臨床上顯著的。降低可相對於無處理之個體中之功能性多囊蛋白2含量，或相對於類似個體群體中之功能性多囊蛋白2之量。降低可為相對於普通個體或治療之前的個體，功能性多囊蛋白2少至少10%。降低可為相對於普通個體或治療之前的個體，功能性多囊蛋白2少至少20%。降低可為相對於普通個體或治療之前的個體，功能性多囊蛋白2少至少40%。降低可為相對於普通個體或治療之前的個體，功能性多囊蛋白2少至少50%。降低可為相對於普通個體或治療之前的個體，功能性多囊蛋白2少至少80%。降低可為相對於普通個體或治療之前的個體，功能性多囊蛋白2少至少100%。
在其中NIE遏制劑包含聚核酸聚合物之實施例中，聚核酸聚合物之長度可為約50個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約45個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約40個核苷酸。聚核酸聚合物可為約35個核苷酸長。聚核酸聚合物之長度可為約30個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約24個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約25個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約20個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約19個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約18個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約17個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約16個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約15個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約14個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約13個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約12個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約11個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約10個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約50個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約45個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約40個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約35個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約30個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約25個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約20個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約15與約25個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約15與約30個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約12與約30個核苷酸之間。
在其中選擇式剪接遏制劑包含聚核酸聚合物之實施例中，聚核酸聚合物之長度可為約50個核苷酸。在其中選擇式剪接調節劑包含聚核酸聚合物之實施例中，聚核酸聚合物之長度可為約50個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約45個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約40個核苷酸。聚核酸聚合物可為約35個核苷酸長。聚核酸聚合物可為約30個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約24個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約25個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約20個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約19個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約18個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約17個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約16個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約15個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約14個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約13個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約12個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約11個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可為約10個核苷酸。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約50個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約45個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約40個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約35個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約30個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約25個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約10與約20個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約15與約25個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約15與約30個核苷酸之間。聚核酸聚合物之長度可介於約12與約30個核苷酸之間。
聚核酸聚合物之序列可與mRNA轉錄本(例如，部分經加工mRNA轉錄本)之目標序列至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%互補。聚核酸聚合物之序列可與前mRNA轉錄本之目標序列100%互補。
聚核酸聚合物之序列可與前mRNA轉錄本之目標序列具有4個或更少錯配。聚核酸聚合物之序列可與前mRNA轉錄本之目標序列具有3個或更少錯配。聚核酸聚合物之序列可與前mRNA轉錄本之目標序列具有2個或更少錯配。聚核酸聚合物之序列可與前mRNA轉錄本之目標序列具有1個或更少錯配。聚核酸聚合物之序列可與前mRNA轉錄本之目標序列不具有錯配。
聚核酸聚合物可與前mRNA轉錄本之目標序列特異性雜交。舉例而言，聚核酸聚合物可與前mRNA轉錄本之目標序列具有91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5 %或100%序列互補性。雜交可在高度嚴格雜交條件下進行。
聚核酸聚合物包含與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%序列一致性的序列。聚核酸聚合物可包含與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列具有100%序列一致性的序列。聚核酸聚合物為與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%序列一致性的序列。聚核酸聚合物為與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列具有100%序列一致性的序列。
當提及聚核酸聚合物序列時，熟習此項技術者應理解，該序列中可允許一或多個取代，視情況可允許兩個取代，使得該序列維持與目標序列雜交之能力；或在取代位於目標序列中時，維持被識別為目標序列之能力。可藉由BLAST序列比對使用標準/預設參數來確定對序列一致性之提及。舉例而言，序列可具有99%一致性且仍根據本發明起作用。在其他實施例中，序列可具有98%一致性且仍根據本發明起作用。在另一實施例中，序列可具有95%一致性且仍根據本發明起作用。在另一實施例中，序列可具有90%一致性且仍根據本發明起作用。 反義寡聚物
本文提供一種組合物，其包含藉由結合於 PKD2含NIE之前mRNA之目標部分來誘導外顯子跳躍的反義寡聚物。如本文所用，術語「ASO」與「反義寡聚物」可互換使用且係指諸如聚核苷酸之寡聚物，其包含藉由華特生-克里克(Watson-Crick)鹼基配對或擺動鹼基配對(G-U)與目標核酸(例如 PKD2含NIE之前mRNA)序列雜交之核鹼基。ASO可具有與目標序列互補或近乎互補(例如，足以結合目標序列且增強剪接位點處之剪接的互補性)之準確序列。ASO經設計成使得其與目標核酸(例如，前mRNA轉錄本之目標部分)結合(雜交)且在生理條件下保持雜交。通常，若ASO與除預期(目標)核酸序列以外之位點雜交，則該等ASO與並非目標核酸之有限數目之序列雜交(與除目標核酸以外之一些位點雜交)。ASO之設計可考慮基因體或細胞前mRNA或總轉錄本中之其他位置中前mRNA轉錄本之目標部分之核酸序列或者足夠相似之核酸序列的存在，使得ASO將結合其他位點且導致「脫靶」效應之可能性受到限制。此項技術中，例如PCT申請案第PCT/US2014/054151號(公佈為WO 2015/035091，標題為「Reducing Nonsense-Mediated mRNA Decay」，以引用之方式併入本文中)中已知之任何反義寡聚物可用於實踐本文所述之方法。
在一些實施例中，ASO與含NIE之前mRNA之目標核酸或目標部分「特異性雜交」或對其「具有特異性」。通常，此雜交在實質上大於37℃、較佳至少50℃且通常在60℃至大約90℃之間的T m下發生。此類雜交較佳對應於嚴格雜交條件。在給定離子強度及pH下，T m為50%目標序列與互補寡核苷酸雜交之溫度。
當兩個單股聚核苷酸之間發生反向平行組態之雜交時，寡聚物(諸如寡核苷酸)彼此「互補」。若第一聚核苷酸之股中之一者與第二聚核苷酸之股中之一者之間可發生雜交，則雙股聚核苷酸可與另一聚核苷酸「互補」。互補性(一種聚核苷酸與另一種聚核苷酸互補之程度)可依據相對立之股中根據普遍接受之鹼基配對規則預期彼此形成氫鍵的鹼基之比例(例如，百分比)加以定量。反義寡聚物(ASO)之序列無需與同其雜交之目標核酸的序列100%互補。在某些實施例中，ASO可與其所靶向之目標核酸序列內之目標區域具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列互補性。舉例而言，寡聚化合物之18/20核鹼基與目標區域互補且將因此特異性雜交之ASO將呈現90%互補性。在此實例中，剩餘非互補核鹼基可集中在一起或穿插有互補核鹼基，且不一定彼此鄰接或與互補核鹼基鄰接。通常可使用此項技術中已知之BLAST程式(基礎局部比對搜尋工具)或PowerBLAST程式來確定ASO與目標核酸之一區域的互補百分比(Altschul等人，J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410；Zhang及Madden，Genome Res., 1997, 7, 649-656)。
ASO無需與目標序列中之所有核鹼基雜交，且不與ASO雜交之核鹼基可為連續或非連續的。ASO可在前mRNA轉錄本之一或多個區段上雜交，使得間插或相鄰區段不參與雜交事件(例如，可形成環結構或髮夾結構)。在某些實施例中，ASO與目標前mRNA轉錄本中之非連續核鹼基雜交。舉例而言，ASO可與前mRNA轉錄本中藉由不與該ASO雜交之一或多個核鹼基間隔開的核鹼基雜交。
本文所述之ASO包含與含NIE之前mRNA之目標部分中存在之核鹼基互補的核鹼基。術語ASO體現寡核苷酸及包含能夠與目標mRNA上之互補核鹼基雜交之核鹼基但不包含糖部分的任何其他寡聚分子，諸如肽核酸(PNA)。ASO可包含天然產生之核苷酸、核苷酸類似物、經修飾之核苷酸或前述兩者或三者之任何組合。術語「天然存在之核苷酸」包括去氧核糖核苷酸及核糖核苷酸。術語「經修飾之核苷酸」包括具有經修飾或經取代之糖基團及/或具有經修飾之主鏈的核苷酸。在一些實施例中，ASO之所有核苷酸皆為經修飾之核苷酸。與本文所述之方法及組合物相容的ASO或ASO組分之化學修飾將為熟習此項技術者顯而易見的，且可見於例如以下文獻中：美國專利第8,258,109 B2號；美國專利第5,656,612號；美國專利公開案第2012/0190728號；及Dias及Stein，Mol. Cancer Ther. 2002, 347-355，該等文獻以全文引用之方式併入本文中。
ASO之一或多個核鹼基可為任何天然產生的未經修飾之核鹼基，諸如腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶及尿嘧啶，或為任何合成或經修飾之核鹼基，其與未經修飾之核鹼基足夠相似使得其能夠與目標前mRNA上存在之核鹼基形成氫鍵。經修飾之核鹼基之實例包括(但不限於)次黃嘌呤、黃嘌呤、7-甲基鳥嘌呤、5,6-二氫尿嘧啶、5-甲基胞嘧啶及5-羥甲氧基胞嘧啶。
本文所述之ASO亦包含連接寡聚物之組分的主鏈結構。術語「主鏈結構」與「寡聚物鍵聯」可互換使用，且係指ASO之單體之間的連接。在天然產生之寡核苷酸中，主鏈包含連接寡聚物之糖部分的3'-5'磷酸二酯鍵聯。本文所述之ASO之主鏈結構或寡聚物鍵聯可包括(但不限於)硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、苯胺硫代磷酸酯、苯胺磷酸酯、胺基磷酸酯及其類似者。參見例如LaPlanche等人, Nucleic Acids Res. 14:9081 (1986)；Stec等人, , J. Am. Chem. Soc. 106:6077 (1984)；Stein等人, Nucleic Acids Res. 16:3209 (1988)；Zon等人, Anti-Cancer Drug Design 6:539 (1991)；Zon等人, Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, 第87-108頁(F. Eckstein,編輯, Oxford University Press, Oxford England (1991))；Stec等人, 美國專利第5,151,510號；Uhlmann及Peyman, Chemical Reviews 90:543 (1990)。在一些實施例中，ASO之主鏈結構不含磷，而是含有肽鍵(例如在肽核酸(PNA)中)，或含有包括胺基甲酸酯、醯胺以及直鏈及環狀烴基之鍵聯基團。在一些實施例中，主鏈修飾為硫代磷酸酯鍵聯。在一些實施例中，主鏈修飾為胺基磷酸酯鍵聯。
在一些實施例中，ASO主鏈之磷核苷酸間鍵聯中之每一者處的立體化學係隨機的。在一些實施例中，ASO主鏈之磷核苷酸間鍵聯中之每一者處的立體化學係受控而非隨機的。舉例而言，以引用之方式併入本文中的美國專利申請公開案第2014/0194610號(「Methods for the Synthesis of Functionalized Nucleic Acids」)描述用於獨立地選擇核酸寡聚物中之各磷原子處之對掌性傾向的方法。在一些實施例中，本發明方法中使用之ASO (包括(但不限於)本文表5及表6中所闡述之ASO中之任一者)包含具有並非隨機之磷核苷酸間鍵聯之ASO。在一些實施例中，本發明方法中使用之組合物包含純非對映異構體ASO。在一些實施例中，本發明方法中使用之組合物包含具有以下非對映異構體純度之ASO：至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、至少約99%、約100%、約90%至約100%、約91%至約100%、約92%至約100%、約93%至約100%、約94%至約100%、約95%至約100%、約96%至約100%、約97%至約100%、約98%至約100%、或約99%至約100%。
在一些實施例中，ASO在其磷核苷酸間鍵聯處具有Rp及Sp組態之非隨機混合。舉例而言，已提出，反義寡核苷酸中需要Rp及Sp之混合以在良好活性與核酸酶穩定性之間獲得平衡(Wan等人, 2014, 「Synthesis, biophysical properties and biological activity of second generation antisense oligonucleotides containing chiral phosphorothioate linkages」, Nucleic Acids Research 42(22): 13456-13468，以引用之方式併入本文中)。在一些實施例中，本發明方法中所用之ASO (包括但不限於在本文之SEQ ID NO: 60-191中所闡述之ASO中之任一者)包含約5-100% Rp，包含至少約5% Rp、至少約10% Rp、至少約15% Rp、至少約20% Rp、至少約25% Rp、至少約30% Rp、至少約35% Rp、至少約40% Rp、至少約45% Rp、至少約50% Rp、至少約55% Rp、至少約60% Rp、至少約65% Rp、至少約70% Rp、至少約75% Rp、至少約80% Rp、至少約85% Rp、至少約90% Rp或至少約95% Rp，其餘為Sp；或包含約100% Rp。在一些實施例中，本發明方法中所用之ASO (包括但不限於包含與包含SEQ ID NO: 60-191中之任一者之至少8個相連核酸的區域具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性之序列的本文所闡述之ASO中之任一者)包含約10%至約100% Rp、約15%至約100% Rp、約20%至約100% Rp、約25%至約100% Rp、約30%至約100% Rp、約35%至約100% Rp、約40%至約100% Rp、約45%至約100% Rp、約50%至約100% Rp、約55%至約100% Rp、約60%至約100% Rp、約65%至約100% Rp、約70%至約100% Rp、約75%至約100% Rp、約80%至約100% Rp、約85%至約100% Rp、約90%至約100% Rp、或約95%至約100% Rp、約20%至約80% Rp、約25%至約75% Rp、約30%至約70% Rp、約40%至約60% Rp、或約45%至約55% Rp，其餘為Sp。
在一些實施例中，本發明方法中所用之ASO (包括但不限於包含與包含SEQ ID NO: 60-191中之任一者之至少8個相連核酸的區域具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列的本文所闡述之ASO中之任一者)包含約5-100% Sp，包含至少約5% Sp、至少約10% Sp、至少約15% Sp、至少約20% Sp、至少約25% Sp、至少約30% Sp、至少約35% Sp、至少約40% Sp、至少約45% Sp、至少約50% Sp、至少約55% Sp、至少約60% Sp、至少約65% Sp、至少約70% Sp、至少約75% Sp、至少約80% Sp、至少約85% Sp、至少約90% Sp或至少約95% Sp，其餘為Rp；或包含約100% Sp。在實施例中，本發明方法中所用之ASO (包括但不限於包含與包含SEQ ID NO: 60-191中之任一者之至少8個相連核酸的區域具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性之序列的本文所闡述之ASO中之任一者)包含約10%至約100% Sp、約15%至約100% Sp、約20%至約100% Sp、約25%至約100% Sp、約30%至約100% Sp、約35%至約100% Sp、約40%至約100% Sp、約45%至約100% Sp、約50%至約100% Sp、約55%至約100% Sp、約60%至約100% Sp、約65%至約100% Sp、約70%至約100% Sp、約75%至約100% Sp、約80%至約100% Sp、約85%至約100% Sp、約90%至約100% Sp、或約95%至約100% Sp、約20%至約80% Sp、約25%至約75% Sp、約30%至約70% Sp、約40%至約60% Sp、或約45%至約55% Sp，其餘為Rp。
本文所述之ASO中之任一者可含有包含核糖或去氧核糖之糖部分(如天然存在之核苷酸中存在的)，或含有經修飾之糖部分或糖類似物(包括嗎啉環)。經修飾之糖部分之非限制性實例包括2'取代，諸如2'-O-甲基(2'-O-Me)、2'-O-甲氧基乙基(2'MOE)、2'-O-胺基乙基、2'F；N3'-＞P5'胺基磷酸酯、2'二甲胺基氧基乙氧基、2'二甲胺基乙氧基乙氧基、2'-鈲、2'-O-乙基鈲、經胺基甲酸酯修飾之糖及經雙環修飾之糖。在一些實施例中，糖部分修飾係選自2'-O-Me、2'F及2'MOE。在一些實施例中，糖部分修飾為額外橋鍵，諸如在鎖核酸(LNA)中。在一些實施例中，糖類似物含有嗎啉環，諸如二胺基磷酸酯(N-嗎啉基) (PMO)。在一些實施例中，糖部分包含呋喃核糖基或2'去氧呋喃核糖基修飾。在一些實施例中，糖部分包含2'4'受約束之2'O-甲基氧基乙基(cMOE)修飾。在一些實施例中，糖部分包含cEt 2',4'受約束之2'-O乙基BNA修飾。在一些實施例中，糖部分包含三環DNA (tcDNA)修飾。在一些實施例中，糖部分包含伸乙基核酸(ENA)修飾。在一些實施例中，糖部分包含MCE修飾。修飾為此項技術中已知的，且描述於例如如下文獻中：Jarver等人, 2014, 「A Chemical View of Oligonucleotides for Exon Skipping and Related Drug Applications」, Nucleic Acid Therapeutics 24(1): 37-47，出於此目的以引用的方式併入本文中。
在一些實施例中，ASO之各單體以相同方式進行修飾，例如ASO之主鏈之各鍵聯包含硫代磷酸酯鍵聯或各核糖部分包含2'O-甲基修飾。存在於ASO之單體組分中之每一者上的此類修飾稱為「均一修飾」。在一些實例中，可能需要不同修飾之組合，例如ASO可包含二胺基磷酸酯鍵聯與包含嗎啉環(N-嗎啉基)之糖部分的組合。針對ASO之不同修飾之組合稱為「混合修飾」或「混合化學性質」。
在一些實施例中，ASO包含一或多個主鏈修飾。在一些實施例中，ASO包含一或多個糖部分修飾。在一些實施例中，ASO包含一或多個主鏈修飾及一或多個糖部分修飾。在一些實施例中，ASO包含2'MOE修飾及硫代磷酸酯主鏈。在一些實施例中，ASO包含二胺基磷酸酯(N-嗎啉基) (PMO)。在一些實施例中，ASO包含肽核酸(PNA)。本文所述之ASO之任一者或ASO之任何組分(例如，核鹼基、糖部分、主鏈)可經修飾以獲得ASO之所需性質或活性或減少ASO之非所需性質或活性。舉例而言，ASO或任何ASO之一或多種組分可經修飾以：增強與前mRNA轉錄本上之目標序列之結合親和力；減少與任何非目標序列之結合；減少細胞核酸酶(亦即，RNase H)對其之降解；改良ASO至細胞中及/或至細胞核中之攝取；改變ASO之藥物動力學或藥效學；及/或調節ASO之半衰期。
在一些實施例中，ASO由經2'-O-(2-甲氧基乙基) (MOE)硫代磷酸酯修飾之核苷酸構成。由此類核苷酸構成之ASO尤其適合於本文中所揭示之方法；具有此類修飾之寡聚物已展現具有顯著增強的抗核酸酶降解性及增加之生物可用性，使得其在本文所述之一些實施例中例如適合於經口遞送。參見例如Geary等人, J Pharmacol Exp Ther. 2001; 296(3):890-7；Geary等人, J Pharmacol Exp Ther. 2001; 296(3):898-904。
合成ASO之方法將為熟習此項技術者所已知。或者或另外，ASO可自市售來源獲得。
除非另外規定，否則單股核酸(例如前mRNA轉錄本、寡核苷酸、ASO等)序列之左側端為5'末端，且單股或雙股核酸序列之左側方向稱為5'方向。類似地，核酸序列(單股或雙股)之右側端或右側方向為3'末端或3'方向。一般而言，核酸中在參考點5'之區域或序列稱為「上游」，且核酸中在參考點3'之區域或序列稱為「下游」。一般而言，mRNA之5'方向或端為起始密碼子(initiation codon/start codon)所處位置，而3'末端或方向為終止密碼子所處位置。在一些態樣中，核酸中參考點上游之核苷酸可由負數表示，而參考點下游之核苷酸可由正數表示。舉例而言，參考點(例如，mRNA中之外顯子-外顯子接合處)可表示為「零」位點，且與該參考點直接相鄰且在其上游之核苷酸表示為「減一」，例如「-1」，而與該參考點直接相鄰且在其下游之核苷酸表示為「加一」，例如「+1」。
在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補(且與其結合)，該目標部分在 PKD2含NIE之前mRNA中包括之外顯子後內含子之5'剪接位點下游(沿3'方向) (例如由相對於5'剪接位點之正數指示之方向)。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點約+1至約+500的區域內。在一些實施例中，ASO可與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點核苷酸+6與+40,000之間的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點約+1至約+40,000、約+1至約+30,000、約+1至約+20,000、約+1至約+15,000、約+1至約+10,000、約+1至約+5,000、約+1至約+4,000、約+1至約+3,000、約+1至約+2,000、約+1至約+1,000、約+1至約+500、約+1至約+490、約+1至約+480、約+1至約+470、約+1至約+460、約+1至約+450、約+1至約+440、約+1至約+430、約+1至約+420、約+1至約+410、約+1至約+400、約+1至約+390、約+1至約+380、約+1至約+370、約+1至約+360、約+1至約+350、約+1至約+340、約+1至約+330、約+1至約+320、約+1至約+310、約+1至約+300、約+1至約+290、約+1至約+280、約+1至約+270、約+1至約+260、約+1至約+250、約+1至約+240、約+1至約+230、約+1至約+220、約+1至約+210、約+1至約+200、約+1至約+190、約+1至約+180、約+1至約+170、約+1至約+160、約+1至約+150、約+1至約+140、約+1至約+130、約+1至約+120、約+1至約+110、約+1至約+100、約+1至約+90、約+1至約+80、約+1至約+70、約+1至約+60、約+1至約+50、約+1至約+40、約+1至約+30或約+1至約+20的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點約+1至約+100、約+100至約+200、約+200至約+300、約+300至約+400或約+400至約+500的區域內。
在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補(且與其結合)，該目標部分在 PKD2含NIE之前mRNA中所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點上游(沿5'方向) (例如由相對於5'剪接位點之負數指示之方向)。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點約-4至約-270之區域內。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點介於核苷酸-1與-40,000之間的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點約-1至約-40,000、約-1至約-30,000、約-1至約-20,000、約-1至約-15,000、約-1至約-10,000、約-1至約-5,000、約-1至約-4,000、約-1至約-3,000、約-1至約-2,000、約-1至約-1,000、約-1至約-500、約-1至約-490、約-1至約-480、約-1至約-470、約-1至約-460、約-1至約-450、約-1至約-440、約-1至約-430、約-1至約-420、約-1至約-410、約-1至約-400、約-1至約-390、約-1至約-380、約-1至約-370、約-1至約-360、約-1至約-350、約-1至約-340、約-1至約-330、約-1至約-320、約-1至約-310、約-1至約-300、約-1至約-290、約-1至約-280、約-1至約-270、約-1至約-260、約-1至約-250、約-1至約-240、約-1至約-230、約-1至約-220、約-1至約-210、約-1至約-200、約-1至約-190、約-1至約-180、約-1至約-170、約-1至約-160、約-1至約-150、約-1至約-140、約-1至約-130、約-1至約-120、約-1至約-110、約-1至約-100、約-1至約-90、約-1至約-80、約-1至約-70、約-1至約-60、約-1至約-50、約-1至約-40、約-1至約-30或約-1至約-20的區域內。
在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在PKD2含NIE之前mRNA中所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點上游(沿5'方向) (例如在由負數指示之方向上)。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點約-1至約-500的區域內。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點約-1至約-40,000的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之3'剪接位點約-1至約-40,000、約-1至約-30,000, -1至約-20,000、約-1至約-15,000、約-1至約-10,000、約-1至約-5,000、約-1至約-4,000、約-1至約-3,000、約-1至約-2,000、約-1至約-1,000、約-1至約-500、約-1至約-490、約-1至約-480、約-1至約-470、約-1至約-460、約-1至約-450、約-1至約-440、約-1至約-430、約-1至約-420、約-1至約-410、約-1至約-400、約-1至約-390、約-1至約-380、約-1至約-370、約-1至約-360、約-1至約-350、約-1至約-340、約-1至約-330、約-1至約-320、約-1至約-310、約-1至約-300、約-1至約-290、約-1至約-280、約-1至約-270、約-1至約-260、約-1至約-250、約-1至約-240、約-1至約-230、約-1至約-220、約-1至約-210、約-1至約-200、約-1至約-190、約-1至約-180、約-1至約-170、約-1至約-160、約-1至約-150、約-1至約-140、約-1至約-130、約-1至約-120、約-1至約-110、約-1至約-100、約-1至約-90、約-1至約-80、約-1至約-70、約-1至約-60、約-1至約-50、約-1至約-40、約-1至約-30或約-1至約-20的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之3'剪接位點約-1至約-100、約-100至約-200、約-200至約-300、約-300至約-400或約-400至約-500的區域內。
在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在 PKD2含NIE之前mRNA中所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點下游(沿3'方向) (例如在由正數指示之方向上)。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點約+1至約+40,000的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之3'剪接位點約+1至約+40,000、約+1至約+30,000、約+1至約+20,000、約+1至約+15,000、約+1至約+10,000、約+1至約+5,000、約+1至約+4,000、約+1至約+3,000、約+1至約+2,000、約+1至約+1,000、約+1至約+500、約+1至約+490、約+1至約+480、約+1至約+470、約+1至約+460、約+1至約+450、約+1至約+440、約+1至約+430、約+1至約+420、約+1至約+410、約+1至約+400、約+1至約+390、約+1至約+380、約+1至約+370、約+1至約+360、約+1至約+350、約+1至約+340、約+1至約+330、約+1至約+320、約+1至約+310、約+1至約+300、約+1至約+290、約+1至約+280、約+1至約+270、約+1至約+260、約+1至約+250、約+1至約+240、約+1至約+230、約+1至約+220、約+1至約+210、約+1至約+200、約+1至約+190、約+1至約+180、約+1至約+170、約+1至約+160、約+1至約+150、約+1至約+140、約+1至約+130、約+1至約+120、約+1至約+110、約+1至約+100、約+1至約+90、約+1至約+80、約+1至約+70、約+1至約+60、約+1至約+50、約+1至約+40、約+1至約+30或約+1至約+20或約+1至約+10的區域內。
在一些實施例中， PKD2前mRNA之目標部分在相對於NSE之5'末端-4e至相對於NSE之3'末端+2e的區域內。
在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在 PKD2含NIE之前mRNA中所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點上游(沿5'方向) (例如在由正數指示之方向上)。在一些實施例中，ASO與 PKD2含NIE之前mRNA的目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點約+1至約+40,000的區域內。在一些態樣中，ASO與目標部分互補，該目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之3'剪接位點約+1至約+40,000、約+1至約+30,000、約+1至約+20,000、約+1至約+15,000、約+1至約+10,000、約+1至約+5,000、約+1至約+4,000、約+1至約+3,000、約+1至約+2,000、約+1至約+1,000、約+1至約+500、約+1至約+490、約+1至約+480、約+1至約+470、約+1至約+460、約+1至約+450、約+1至約+440、約+1至約+430、約+1至約+420、約+1至約+410、約+1至約+400、約+1至約+390、約+1至約+380、約+1至約+370、約+1至約+360、約+1至約+350、約+1至約+340、約+1至約+330、約+1至約+320、約+1至約+310、約+1至約+300、約+1至約+290、約+1至約+280、約+1至約+270、約+1至約+260、約+1至約+250、約+1至約+240、約+1至約+230、約+1至約+220、約+1至約+210、約+1至約+200、約+1至約+190、約+1至約+180、約+1至約+170、約+1至約+160、約+1至約+150、約+1至約+140、約+1至約+130、約+1至約+120、約+1至約+110、約+1至約+100、約+1至約+90、約+1至約+80、約+1至約+70、約+1至約+60、約+1至約+50、約+1至約+40、約+1至約+30或約+1至約+20或約+1至約+10的區域內。
在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA的目標部分在相對於所包括之外顯子後內含子之5'剪接位點+100至相對於所包括之外顯子前內含子之3'剪接位點-100的區域內。在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA之目標部分在NIE中。在一些實施例中， PKD2含NIE之前mRNA之目標部分包含NIE及內含子邊界。
ASO可具有適合於特異性結合且有效增強剪接之任何長度。在一些實施例中，ASO由8至50個核鹼基組成。舉例而言，ASO之長度可為8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、45或50個核鹼基。在一些實施例中，ASO由超過50個核鹼基組成。在一些實施例中，ASO為8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基、12至15個核鹼基、13至50個核鹼基、13至40個核鹼基、13至35個核鹼基、13至30個核鹼基、13至25個核鹼基、13至20個核鹼基、14至50個核鹼基、14至40個核鹼基、14至35個核鹼基、14至30個核鹼基、14至25個核鹼基、14至20個核鹼基、15至50個核鹼基、15至40個核鹼基、15至35個核鹼基、15至30個核鹼基、15至25個核鹼基、15至20個核鹼基、20至50個核鹼基、20至40個核鹼基、20至35個核鹼基、20至30個核鹼基、20至25個核鹼基、25至50個核鹼基、25至40個核鹼基、25至35個核鹼基、或25至30個核鹼基長。在一些實施例中，ASO之長度為18個核苷酸。在一些實施例中，ASO之長度為15個核苷酸。在一些實施例中，ASO之長度為25個核苷酸。
在一些實施例中，使用具有不同化學性質但與含NIE之前mRNA之同一目標部分互補的兩種或更多種ASO。在一些實施例中，使用與含NIE之前mRNA之不同目標部分互補的兩種或更多種ASO。
在一些實施例中，本發明之反義寡核苷酸與一或多個部分或結合物，例如目標部分或增強寡核苷酸之活性或細胞攝取的另一結合物化學連接。此類部分包括(但不限於)脂質部分，例如作為膽固醇部分、膽固醇基部分、脂族鏈(例如十二烷二醇或十一烷基殘基)、多元胺或聚乙二醇鏈或金剛烷乙酸。包含親脂性部分之寡核苷酸及製備方法已描述於所公佈文獻中。在實施例中，反義寡核苷酸與包括(但不限於)以下之部分結合：無鹼基核苷酸、聚醚、多元胺、聚醯胺、肽、碳水化合物(例如N-乙醯基半乳胺糖(GalNAc)、N-Ac-葡糖胺(GluNAc)或甘露糖(例如甘露糖-6-磷酸))、脂質或多烴化合物。如此項技術中所理解以及文獻中所描述，結合物可例如使用連接子在糖、鹼基或磷酸基團上之若干位置中之任一者處與構成反義寡核苷酸之任何核苷酸中之一或多者連接。連接子可包括二價或三價分支鏈連接子。在實施例中，結合物附接至反義寡核苷酸之3'末端。製備寡核苷酸結合物之方法例如描述於以引用之方式併入本文中的美國專利第8,450,467號, 「Carbohydrate conjugates as delivery agents for oligonucleotides」中。
在一些實施例中，待ASO靶向之核酸為在細胞(諸如真核細胞)中表現之PKD2含NIE之前mRNA。在一些實施例中，術語「細胞」可指細胞群體。在一些實施例中，細胞在個體中。在一些實施例中，細胞自個體分離。在一些實施例中，細胞為離體的。在一些實施例中，細胞為病況或疾病相關之細胞或細胞株。在一些實施例中，細胞為活體外細胞(例如在細胞培養物中)。
在一些實施例中，本文揭示之靶向前mRNA之ASO係選自由表4中所列出之序列組成之群。 醫藥組合物
包含所描述組合物之藥劑(例如反義寡核苷酸)且適用於所描述方法中之任一者的醫藥組合物或調配物可根據醫藥行業中熟知以及所公佈文獻中描述的習知技術來製備。在實施例中，用於治療個體之醫藥組合物或調配物包含有效量的如本文所述之任何反義寡聚物或其醫藥學上可接受之鹽、溶劑合物、水合物或酯。包含反義寡聚物之醫藥調配物可進一步包含醫藥學上可接受之賦形劑、稀釋劑或載劑。
醫藥學上可接受之鹽適於與人類及低等動物之組織接觸使用而無異常毒性、刺激、過敏反應等，且具有合理效益/風險比。(參見例如S. M. Berge等人, J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)，出於此目的以引用的方式併入本文中。該等鹽可在化合物之最終分離及純化期間原位製備，或藉由使游離鹼形式與適合有機酸反應而單獨製備。醫藥學上可接受之無毒性酸加成鹽之實例為用無機酸(諸如鹽酸、氫溴酸、磷酸、硫酸及過氯酸)或用有機酸(諸如乙酸、草酸、順丁烯二酸、酒石酸、檸檬酸、丁二酸或丙二酸)或藉由使用其他所記載方法(諸如離子交換)形成的胺基之鹽。其他醫藥學上可接受之鹽包括己二酸鹽、海藻酸鹽、抗壞血酸鹽、天冬胺酸鹽、苯磺酸鹽、苯甲酸鹽、硫酸氫鹽、硼酸鹽、丁酸鹽、樟腦酸鹽、樟腦磺酸鹽、檸檬酸鹽、環戊烷丙酸鹽、二葡糖酸鹽、十二烷基硫酸鹽、乙磺酸鹽、甲酸鹽、反丁烯二酸鹽、葡庚糖酸鹽、甘油磷酸鹽、葡糖酸鹽、半硫酸鹽、庚酸鹽、己酸鹽、氫碘酸鹽、2-羥基-乙磺酸鹽、乳糖酸鹽、乳酸鹽、月桂酸鹽、月桂基硫酸鹽、蘋果酸鹽、馬來酸鹽、丙二酸鹽、甲磺酸鹽、2-萘磺酸鹽、菸鹼酸鹽、硝酸鹽、油酸鹽、草酸鹽、棕櫚酸鹽、雙羥萘酸鹽、果膠酸鹽、過硫酸鹽、3-苯基丙酸鹽、磷酸鹽、苦味酸鹽、特戊酸鹽、丙酸鹽、硬脂酸鹽、琥珀酸鹽、硫酸鹽、酒石酸鹽、硫氰酸鹽、對甲苯磺酸鹽、十一烷酸鹽、戊酸鹽及其類似鹽。代表性鹼金屬或鹼土金屬鹽包括鈉鹽、鋰鹽、鉀鹽、鈣鹽、鎂鹽及其類似物。其他醫藥學上可接受之鹽包括適當時無毒性銨、四級銨及使用相對離子(諸如鹵離子、氫氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、低碳烷基磺酸根及芳基磺酸根)形成之胺陽離子。
在一些實施例中，組合物調配成許多可能劑型中之任一者，諸如(但不限於)錠劑、膠囊、凝膠膠囊、液體糖漿、軟凝膠、栓劑及灌腸劑。在實施例中，組合物在水性、非水性或混合介質中調配成懸浮液。水性懸浮液可進一步含有提高懸浮液黏度之物質，包括(例如)羧甲基纖維素鈉、山梨糖醇及/或聚葡萄糖。懸浮液亦可含有穩定劑。在實施例中，本發明之醫藥調配物或組合物包括(但不限於)溶液、乳液、微乳液、泡沫或含有脂質體之調配物(例如，陽離子性或非陽離子性脂質體)。
視需要且如熟習此項技術者熟知或如所公佈文獻中所描述，本文所述之醫藥組合物或調配物可包含一或多種穿透增強劑、載劑、賦形劑或其他活性或非活性成分。在實施例中，脂質體亦包括空間穩定型脂質體，例如包含一或多種特化脂質之脂質體。此等特化脂質產生循環壽命增加之脂質體。在實施例中，空間穩定型脂質體包含一或多種糖脂，或藉由一或多種親水性聚合物(諸如聚乙二醇(PEG)部分)衍生。在一些實施例中，醫藥調配物或組合物中包括界面活性劑。界面活性劑在藥品、調配物及乳液中的用途為此項技術中所熟知。在實施例中，本發明採用穿透增強劑實現反義寡核苷酸之有效遞送，例如幫助擴散越過細胞膜及/或增強親脂性藥物之滲透性。在一些實施例中，穿透增強劑為界面活性劑、脂肪酸、膽汁鹽、螯合劑或非螯合性非界面活性劑。
在一些實施例中，醫藥調配物包含多種反義寡核苷酸。在實施例中，反義寡核苷酸與另一藥物或治療劑組合投與。 組合療法
在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含一或多種NSE調節劑。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含兩種或更多種NSE調節劑。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含一或多種與 PKD2前mRNA之目標區域互補之ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含兩種或更多種與 PKD2前mRNA之目標區域互補之ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含一或多種與 PKD2前mRNA之同一目標區域互補之ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含兩種或更多種與 PKD2前mRNA之同一目標區域互補之ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含一或多種與 PKD2前mRNA之不同目標區域互補之ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含兩種或更多種與 PKD2前mRNA之不同目標區域互補之ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含表4之一或多種ASO。在一些實施例中，本文提供一種組合物，其包含表4中之兩種及更多種ASO。
在一些實施例中，本發明中所揭示之治療劑(例如，ASO)可與一或多種額外治療劑組合使用。在一些實施例中，一或多種額外治療劑可包含小分子。舉例而言，一或多種額外治療劑可包含WO2016128343A1、WO2017053982A1、WO2016196386A1、WO201428459A1、WO201524876A2、WO2013119916A2及WO2014209841A2中所描述之小分子，該等文獻以全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，一或多種額外治療劑可包含托伐普坦(tolvaptan，Jynarque®，Samsca)。在一些實施例中，一或多種其他治療劑包含可用於調整內含子保留之ASO。 個體治療
可向個體投與本文提供之組合物中之任一者。「個體(individual)」可與「個體(subject)」或「患者」互換使用。個體可為哺乳動物，例如人類或動物，諸如非人類靈長類動物、嚙齒動物、兔、大鼠、小鼠、馬、驢、山羊、貓、狗、母牛、豬或綿羊。在實施例中，個體為人類。在實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。在其他實施例中，個體可為另一真核生物體，諸如植物。在一些實施例中，本文所提供之組合物投與至離體細胞。
在一些實施例中，作為治療疾病或病症之方法，向個體投與本文提供之組合物。在一些實施例中，個體患有遺傳疾病，諸如本文所述之疾病中之任一者。在一些實施例中，個體具有患上疾病之風險，該疾病諸如本文所述之疾病中之任一者。在一些實施例中，個體患上由蛋白質之量缺乏或蛋白質之活性不足引起之疾病或病症之風險增加。若個體患上由蛋白質之量缺乏或蛋白質之活性不足引起之疾病或病症之「風險增加」，則該方法涉及預防性或防治性治療。舉例而言，個體可由於家族病史而患上此類疾病或病症之風險增加。通常，患上此類疾病或病症之風險增加的個體受益於防治性治療(例如藉由阻止或延遲疾病或病症之發作或進展)。在實施例中，例如藉由直接或間接地(例如經由母親)向胎兒投與ASO組合物而在子宮內治療胎兒。
適用於投與本發明之ASO的途徑可視ASO需要遞送至之細胞類型而變化。本發明之ASO可以非經腸方式，例如藉由鞘內注射、腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、皮下注射或靜脈內注射向患者投與。
在實施例中，反義寡核苷酸藉由此項技術中已知之任何方法與一或多種能夠促進本發明反義寡核苷酸跨血腦屏障之穿透的藥劑一起投與。舉例而言，藉由向肌肉組織中之運動神經元投與腺病毒載體進行的藥劑遞送描述於以引用的方式併入本文中的美國專利第6,632,427號，「Adenoviral-vector-mediated gene transfer into medullary motor neurons」中。載體向大腦(例如紋狀體、丘腦、海馬區或黑質)之直接遞送描述於例如以引用的方式併入本文中的美國專利第6,756,523號，「Adenovirus vectors for the transfer of foreign genes into cells of the central nervous system particularly in brain」中。
在一些實施例中，反義寡核苷酸與提供所需醫藥學或藥力學性質之藥劑連接或結合。在實施例中，反義寡核苷酸與此項技術中已知用於促進跨血腦屏障之穿透或轉運的物質(例如，針對運鐵蛋白受體之抗體)偶合。在實施例中，反義寡核苷酸與病毒載體連接，例如以使反義化合物更有效或增加跨血腦屏障之轉運。在實施例中，藉由輸注糖或胺基酸來輔助滲透性血腦屏障破壞，該等糖例如內消旋赤藻糖醇、木糖醇、D(+)半乳糖、D(+)乳糖、D(+)木糖、衛矛醇、肌醇、L(-)果糖、D(-)甘露糖醇、D(+)葡萄糖、D(+)阿拉伯糖、D(-)阿拉伯糖、纖維二糖、D(+)麥芽糖、D(+)棉子糖、L(+)鼠李糖、D(+)蜜二糖、D(-)核糖、福壽草醇、D(+)阿拉伯糖醇、L(-)阿拉伯糖醇、D(+)岩藻糖、L(-)岩藻糖、D(-)來蘇糖、L(+)來蘇糖及L(-)來蘇糖；該等胺基酸例如麩醯胺酸、離胺酸、精胺酸、天冬醯胺酸、天冬胺酸、半胱胺酸、麩胺酸、甘胺酸、組胺酸、白胺酸、甲硫胺酸、苯丙胺酸、脯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、纈胺酸及牛磺酸。用於增強血腦屏障穿透之方法及材料描述於例如以下文獻中：美國專利第9,193,969號，「Compositions and methods for selective delivery of oligonucleotide molecules to specific neuron types」；美國專利第4,866,042號，「Method for the delivery of genetic material across the blood brain barrier」；美國專利第6,294,520號，「Material for passage through the blood-brain barrier」；及美國專利第6,936,589號，「Parenteral delivery systems」，每一文獻以引用之方式併入本文中。
在一些實施例中，本發明之ASO使用例如以引用之方式併入本文中的美國專利第9,193,969號中所描述之方法與以下各者偶合：多巴胺再吸收抑制劑(DRI)、選擇性血清素再吸收抑制劑(SSRI)、去甲腎上腺素再吸收抑制劑(NRI)、去甲腎上腺素-多巴胺再吸收抑制劑(NDRI)及血清素-去甲腎上腺素-多巴胺再吸收抑制劑(SNDRI)。
在一些實施例中，使用此項技術中已知且描述之任何方法來評估使用該等方法及組合物治療之個體的病況改善。
在一些情況下，治療劑包含經修飾之snRNA，諸如經修飾之人類snRNA。在一些情況下，治療劑包含編碼經修飾之snRNA之載體，諸如病毒載體。在一些實施例中，經修飾之snRNA為經修飾之U1 snRNA (參見例如Alanis等人, Human Molecular Genetics, 2012, 第21卷, 第11期 2389-2398)。在一些實施例中，經修飾之snRNA為經修飾之U7 snRNA (參見例如Gadgil等人, J Gene Med. 2021;23:e3321)。經修飾之U7 snRNA可藉由此項技術中已知之任何方法，包括以下文獻中描述之方法製備：Meyer, K.; Schümperli, Daniel (2012), Antisense Derivatives of U7 Small Nuclear RNA as Modulators of Pre-mRNA Splicing. Stamm, Stefan; Smith, Christopher W. J.; Lührmann, Reinhard (編輯) Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols (第481-494頁), Chichester: John Wiley & Sons 10.1002/9783527636778.ch45，以全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，經修飾之U7 (smOPT)不與WT U7 (Stefanovic等人, 1995)競爭。
在一些實施例中，經修飾之snRNA包含smOPT修飾。例如，經修飾之snRNA可包含序列AAUUUUUGGAG。例如，序列AAUUUUUGGAG可替換野生型U7 snRNA中之序列AAUUUGUCUAG以產生經修飾之U& snRNA (smOPT)。在一些實施例中，在組蛋白前mRNA加工中U7 snRNA之smOPT修飾使粒子在功能上非活性(Stefanovic等人, 1995)。在一些實施例中，經修飾之U7 (smOPT)在細胞核中穩定表現且表現量比WT U7高(Stefanovic等人, 1995)。在一些實施例中，snRNA包含U1 snRNP目標序列。在一些實施例中，snRNA包含U7 snRNP目標序列。在一些實施例中，snRNA包含經修飾之U7 snRNP目標序列且其中經修飾之U7 snRNP目標序列包含smOPT。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與 PKD2前mRNA雜交之單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與 PKD2mRNA雜交之單股核苷酸序列。
在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與 PKD2前mRNA或經加工 PKD2mRNA之目標區域，諸如調節NMD外顯子之除去的 PKD2前mRNA之目標區域、調節選擇性5'ss處之剪接的 PKD2前mRNA之目標區域、或調節 PKD2mRNA轉譯之經加工 PKD2mRNA之目標區域，諸如5'UTR目標區域雜交的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包括包含本文所揭示之ASO之一或兩個或更多個序列的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與具有突變之 PKD2前mRNA，諸如具有突變之 PKD2含NMD外顯子之前mRNA的序列雜交的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包括包含與 PKD2含NMD外顯子之前mRNA之兩個或更多個目標區域雜交的兩個或更多個序列的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與 PKD2含NMD外顯子之前mRNA之至少8個相連核酸雜交的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與本文所揭示之 PKD2含NMD外顯子之前mRNA的任一目標區域雜交的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包括包含與 PKD2含NMD外顯子之前mRNA之兩個或更多個目標區域雜交的兩個或更多個序列的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與前mRNA轉錄本之含有NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))之內含子的一或兩個或更多個序列或相同內含子中之NMD外顯子活化調控序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子內或NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游或下游之區域雜交的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA具有5'區域，該區域已經修飾以包含與PKD2含 NMD外顯子之前mRNA雜交的單股核苷酸序列。在一些實施例中，經修飾之snRNA具有3'區域，該區域已經修飾以包含與 PKD2含NMD外顯子之前mRNA雜交的單股核苷酸序列。
在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與調節NMD外顯子之除去的 PKD2前mRNA之目標區域雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與如下區域雜交的單股核苷酸序列，該區域與NMD外顯子或NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游之內含子重疊。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與如下區域雜交的單股核苷酸序列，該區域與NMD外顯子或NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))下游之內含子重疊。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))下游之內含子序列互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))下游之內含子序列之3'剪接位點雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))下游之內含子序列之5'剪接位點互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如，PKD2之外顯子2x (例如，PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游之內含子序列互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如，PKD2之外顯子2x (例如，PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游之內含子序列之剪接位點互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游之內含子序列之3'剪接位點互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如， PKD2之外顯子2x (例如， PKD2之外顯子(GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140))上游之內含子序列之5'剪接位點互補的單股核苷酸序列。
在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與調節選擇性5'ss處之剪接的 PKD2前mRNA之目標區域雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與如下區域雜交的單股核苷酸序列，該區域與 PKD2前mRNA之內含子之選擇性5'ss(例如， PKD2之內含子3 (例如， PKD2之GRCh38/ hg38: chr4 88036480)之選擇性5'ss)重疊。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與如下區域雜交之單股核苷酸序列，該區域與 PKD2前mRNA之內含子之選擇性5'ss及選擇性5'ss上游之NMD外顯子重疊(例如， PKD2之內含子3 (例如， PKD2之GRCh38/ hg38: chr4 88036480)之選擇性5'ss及選擇性5'ss上游之NMD外顯子(例如，外顯子2))。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與 PKD2前mRNA之內含子之選擇性5'ss下游的內含子序列(例如，在PKD2之內含子3 (例如， PKD2之GRCh38/ hg38: chr4 88036480)之選擇性5'ss下游的內含子序列)互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與 PKD2前mRNA之內含子之選擇性5'ss上游之NMD外顯子(例如，選擇性外顯子)之序列(例如，在 PKD2之內含子3 (例如， PKD2之GRCh38/ hg38: chr4 88036480)之選擇性5'ss上游的NMD外顯子(例如，選擇性外顯子)之序列)互補的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與NMD外顯子(例如，選擇性外顯子)下游之內含子之選擇性5’剪接位點(例如，在NMD外顯子(例如，選擇性外顯子)下游之 PKD2之內含子3 (例如，GRCh38/ hg38: chr4 88036480)之選擇性5’剪接位點)互補的單股核苷酸序列。
在一些實施例中，經修飾之snRNA已經修飾以包含與調節經加工 PKD2mRNA之轉譯的 PKD2mRNA之目標區域，諸如5'UTR目標區域雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之5' UTR序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之上游開放閱讀框架起始密碼子雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之上游開放閱讀框架起始密碼子上游之序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之上游開放閱讀框架起始密碼子下游之序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之典型開放閱讀框架起始密碼子上游之序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之第一上游開放閱讀框架起始密碼子下游及經加工 PKD2mRNA之第二上游開放閱讀框架起始密碼子上游之序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之第一上游開放閱讀框架起始密碼子上游及經加工 PKD2mRNA之第二上游開放閱讀框架起始密碼子上游之序列雜交的單股核苷酸序列。例如，經修飾之snRNA可經修飾以包含與經加工 PKD2mRNA之第一上游開放閱讀框架起始密碼子上游、經加工 PKD2mRNA之第二上游開放閱讀框架起始密碼子上游及經加工 PKD2mRNA之典型開放閱讀框架起始密碼子上游之序列雜交的單股核苷酸序列。 鑑別誘導外顯子跳躍之額外 ASO 的方法
本發明之範疇內亦包括用於鑑別或確定誘導PKD2含NIE之前mRNA之外顯子跳躍的ASO的方法。舉例而言，方法可包含鑑別或確定誘導 PKD2含NIE之前mRNA之NIE跳躍的ASO。與前mRNA之目標區域內之不同核苷酸特異性雜交的ASO可經篩選以鑑別或確定改良目標內含子之剪接速率及/或程度的ASO。在一些實施例中，ASO可阻斷或干擾剪接抑制子/緘默子之結合位點。此項技術中已知之任何方法可用於鑑別(確定)當與外顯子之目標區域雜交時引起所需作用(例如，NIE跳躍、蛋白質或功能性RNA產生)之ASO。此等方法亦可用於鑑別藉由與在側接包括之外顯子的內含子中或在未包括之外顯子中的目標區域結合而誘導包括之外顯子之外顯子跳躍的ASO。下文提供可使用之方法之實例。
可使用經設計以與前mRNA之目標區域雜交的ASO進行一輪篩選，稱為ASO「步移(walk)」。舉例而言，ASO步移中使用之ASO可自所包括之外顯子前的內含子之3'剪接位點上游的大約100個核苷酸至目標/所包括之外顯子前的內含子之3'剪接位點下游大約100個核苷酸(例如，位於目標/所包括之外顯子上游之內含子的序列之一部分)，及/或自所包括之外顯子後的內含子之5'剪接位點上游的大約100個核苷酸至目標/所包括之外顯子後的內含子之5'剪接位點下游大約100個核苷酸(例如，位於目標/所包括之外顯子下游之內含子的序列之一部分)每5個核苷酸進行覆瓦(tiled)。舉例而言，長度為15個核苷酸之第一ASO可經設計以與相對於目標/所包括之外顯子前的內含子之3'剪接位點+6至+20的核苷酸特異性雜交。第二ASO可經設計以與相對於目標/所包括之外顯子前的內含子之3'剪接位點+11至+25的核苷酸特異性雜交。ASO經設計為跨越前mRNA之目標區域。在實施例中，ASO可更緊密地進行覆瓦，例如每1、2、3或4個核苷酸。另外，ASO可自5'剪接位點下游100個核苷酸至3'剪接位點上游100個核苷酸進行覆瓦。在一些實施例中，ASO可自3'剪接位點上游約1,160個核苷酸至5'剪接位點下游約500個核苷酸進行覆瓦。在一些實施例中，ASO可自3'剪接位點上游約500個核苷酸至3'剪接位點下游約1,920個核苷酸進行覆瓦。
例如藉由轉染將一或多種ASO，或對照ASO (具有加擾序列(預期不與目標區域雜交之序列)之ASO)遞送至表現目標前mRNA(例如，本文所述之含NIE之前mRNA)之疾病相關細胞株中。可藉由此項技術中已知之任何方法，例如藉由反轉錄酶(RT)-PCR，使用跨越剪接接合點之引子評估ASO中之每一者的外顯子跳躍作用，如 實例 4中所述。與對照ASO處理之細胞相比，在ASO處理之細胞中，使用跨越含有所包括之外顯子(例如包括NIE之側接外顯子)之區域的引子產生之較長RT-PCR產物的減少或不存在來指示目標NIE之剪接已增強。在一些實施例中，可使用本文所述之ASO改良外顯子跳躍效率(或剪接含有NIE之內含子的剪接效率)、經剪接與未經剪接之前mRNA之比值、剪接速率或剪接程度。亦可評估由目標前mRNA編碼之蛋白質或功能性RNA的量，以確定各ASO是否達成所需作用(例如增強之功能蛋白產生)。可使用此項技術中已知用於評估及/或定量蛋白質產生之任何方法，諸如西方墨點法、流動式細胞測量術、免疫螢光顯微鏡及ELISA。
可使用經設計以與前mRNA之目標區域雜交的ASO進行第二輪篩選，稱為ASO「微步移」。ASO微步移中所用之ASO每1個核苷酸覆瓦一次，以進一步細化當與ASO雜交時導致外顯子跳躍(或NIE之剪接增強)之前mRNA的核苷酸序列。
由ASO界定之促進目標內含子剪接之區域係藉助於ASO「微步移」更詳細地研究，該微步移涉及間隔為1 nt步長之ASO，以及通常為18-25 nt之較長ASO。
如上文針對ASO步移所描述，例如藉由轉染將一或多種ASO，或對照ASO (具有加擾序列(預期不與目標區域雜交之序列)的ASO)遞送至表現目標前mRNA之疾病相關細胞株中來進行ASO微步移。可藉由此項技術中已知之任何方法，例如藉由反轉錄酶(RT)-PCR，使用跨越NIE之引子評估ASO中之每一者的剪接誘導作用，如本文所述(參見例如 實例 4)。與對照ASO處理之細胞相比，在ASO處理之細胞中，使用跨越NIE之引子產生之較長RT-PCR產物的減少或不存在指示外顯子跳躍(或含有NIE之目標內含子的剪接)已增強。在一些實施例中，可使用本文所述之ASO改良外顯子跳躍效率(或剪接含有NIE之內含子的剪接效率)、經剪接與未經剪接前mRNA之比、剪接速率或剪接程度。亦可評估由目標前mRNA編碼之蛋白質或功能性RNA的量，以確定各ASO是否達成所需作用(例如增強之功能蛋白產生)。可使用此項技術中已知用於評估及/或定量蛋白質產生之任何方法，諸如西方墨點法、流動式細胞測量術、免疫螢光顯微鏡及ELISA。
當與前mRNA之區域雜交時導致外顯子跳躍(或含有NIE之內含子的剪接增強)及蛋白質產生增加之ASO可使用動物模型在活體內進行測試，動物模型例如為其中全長人類基因已經嵌入之轉殖基因小鼠模型，或人類化小鼠疾病模型。用於投與ASO之適合途徑可視需要遞送ASO之疾病及/或細胞類型而變化。ASO可例如藉由鞘內注射、腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、皮下注射或靜脈內注射來投與。在投與之後，可藉由例如藉由此項技術中已知及本文所述之方法評估剪接(例如，效率、速率、程度)及蛋白質產生來評估模型動物之細胞、組織及/或器官以確定ASO處理之作用。動物模型亦可為疾病或疾病嚴重性之任何表型或行為指示。
本發明之範疇內亦包括用於在NMD抑制劑，例如環己醯亞胺存在下鑑別或驗證NMD誘導外顯子之方法。示例性方法提供於 實例 2中。
示例性基因概述於 表 1中。各內含子之序列概述於 表 2中。 表 1.示例性目標基因序列之清單
基因符號 基因 ID No. 疾病 OMIM 遺傳學
PKD2 5311 伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。 613095 單倍體不足，功能損失型
表 2. PKD2序列
PKD2
基因體序列 AGGCGGCGGCGGGCGCCGGGAAGAAAGGAACATGGCTCCTGAGGCGCACAGCGCCGAGCGCGGCGCCGCGCACCCGCGCGCCGGACGCCAGTGACCGCGATGGTGAACTCCAGTCGCGTGCAGCCTCAGCAGCCCGGGGACGCCAAGCGGCCGCCCGCGCCCCGCGCGCCGGACCCGGGCCGGCTGATGGCTGGCTGCGCGGCCGTGGGCGCCAGCCTCGCCGCCCCGGGCGGCCTCTGCGAGCAGCGGGGCCTGGAGATCGAGATGCAGCGCATCCGGCAGGCGGCCGCGCGGGACCCCCCGGCCGGAGCCGCGGCCTCCCCTTCTCCTCCGCTCTCGTCGTGCTCCCGGCAGGCGTGGAGCCGCGATAACCCCGGCTTCGAGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGAAGGGGAAGAAGGCGGAATGGTGGTGGAGATGGACGTAGAGTGGCGCCCGGGCAGCCGGAGGTCGGCCGCCTCCTCGGCCGTGAGCTCCGTGGGCGCGCGGAGCCGGGGGCTTGGGGGCTACCACGGCGCGGGCCACCCGAGCGGGAGGCGGCGCCGGCGAGAGGACCAGGGCCCGCCGTGCCCCAGCCCAGTCGGCGGCGGGGACCCGCTGCATCGCCACCTCCCCCTGGAAGGGCAGCCGCCCCGAGTGGCCTGGGCGGAGAGGCTGGTTCGCGGGCTGCGAGGTAAGAGCGCGCGACCCGCAGCGGCAGATGCACGAACCAGAACGGCCGGCGCCGGCCGGGGCCATCGCCCGCTGCGGCAGCTCCCCGGGCTCCATCTCGCATCCCCTCTGCGTTCCGCCTCCCTTGGAAGCGCATTCCCCACCTCCGCTAGTGCTGCCCTATTTCCGGTACCCAGCGCGGAATTCCACTGCTCTTTTGTTGGTGCATATTTATTGGATACCTCCTTCTTCAGGATATGTCACCATAGTCTTTTTTACTGAAAATTAGTGAAAGCCTAATTAGAGTGAAAGAGTACATCTGGGTTTTGTTTTTTTTTTTCTTGTAGAGGAAAAAATGAACATTACTTGTGTAACTGATGGTAGTTGCAACTGCATATTTGCCAATGTCACAAAATCTAAAGGAAAATGTTATAGTCACCCGTGGTTTCCTTCTTGCCTGGACACTCCATTGTCCCGGGCTGAAAAGGGTAGCAGTACAGTGCATATAATGTCAAGTTGTGGGAGGAGTGTGGCAGATTGTCATTGGTGCATTTTTTTGGTGATGTGTGTGGTTGTTTTGAGGAGTGGGAGCTGTTAAGAACACCACAAATAGAATAAAATAATATCGTGAAGTTATTTGGCCGTTTCTAATTCTAGACATTTTTCTAAAAACAGTTGCAAAGGAAAGATTACATTGTTTTAAAAAAATTTGAAGTATGTTTTTAAATAACTAAATTAATGTTCTTTGAAATTCCACCAAAATGATGAAGTCACCAGATAGCAGCTGATAAATGTGTCTGAGCCCAGTGCGCCCAGCTCTACAAAAGGCAGAAGAGGAATTTTCAAATTTGCCAGTGCCCAGTAAGAGGACATGAATTTTCTAGTACCAGAGGAAATTCTCTTTTTACAAATTTTGTCAGAGGTATCCTTGGGAAAGTATTTCATTTGCTTTTACCCTCCAAATTATTTTAATCTATATTTTTAAGAGTTTCCATTCTCAGTTGAGTTTTTCTTGTTCTTCTCCTTCTGTCAGTTTTGAAAGTCTTGCACAAAAACAATCCAGGTGTTGTTACAGCAGTGTGATTAAAACCAGGTCAGGCCTACACTGAAATCCCAGTTCCACCACTCATTAGCTGTACGACCTTGAGCAAGTTACTTATCCTCTCTGATACCCAATTTTTGGATTTTTTTTTTTTTTAAAGAGATGATCATAACGCTTAGGACTTGACTCTTTGGGAGAATTAAGTGAGTTAAGACATAAAATGTGCAGCATGTATTTGTCATGTTATTAGCGCTTCAGAAATATAAATGTAAACATTTTGGTACTTCGTTTATGGAGATTCTTATACTAGTTAATTTTATTAAAAGCATGATGGGGAACAGAAGATCCTTTTCGGATAACCTGTGTGAGTAAATTAATAAAACACTAACACTTTTTAAGATTCAAAACTGGATTAATTATGTTATTTTACACCATTTAAAATGTGCATTTAAAAAATATTCACTGAAGTGAGAGAGAAGTTCCTTTTAAGTTAATAAATAATGGTAAGTTGCATGATCCTTTTAACTCAGTTTAAGCATTTGATAACACCCCTAACCTTGTTTGAATAAACTCAATAACAGAATATAGAGAAATAAAATATATATTTCATATGAGTATGTATGTAAATTTATTTCTTTTAAAGGAAAATTTCAGGAAACAAAATGAATAAGCTCATAGTCATAAAACCTCTAGCCAAAGTGTGTCAATGGTCTGATTTGTAGGAGAGCAGACTCAGGAATCGGGAATTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGTCGGGGTTTCACTCTGTCACTGAGGCTGGAGTGCGGGGAAGCAAACGTAGCTCACTGCGGCCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCTGCCCTCCCACCTCAGCTTCCCAAGTAGTTGGGATTACAGGTGCAAGCTGCTGCTCCTAGCTGAAAAGTTTTAATTATATAAAATGTTTAAATAAATTGTTATTCCTTTCTTTTATGAAGAAATATAATTGATATTCTTGTCACTTATTAAATAAGCAACATTTTAAAATGTTTAGCACCTACTGTGAAGATAGCACTGTGCTAGCTGCTATGAATAAACTAGAATAGCATATCACTGTTTTCCTATGGACAAAAACCCAGAAATGTAAAATAAATAGCCATGAATGGGTTGAGATTCCCCCTGCCCCCTTTGGATACTGATGACAGAAATCTTATATGCACTATGTAAGCAGTGCCCTAGGATCAGAACAGAAAGTAACTTGCAATTTTTAAAGGTGGGAGAAATGACTGAAGTTTGGAGTGGTCAGGAGTTTCCCTGGAAGTCTCTTGCCTTTGTGACTTTGTATAGCTCCCTCAAACTACCTGAGCCTGAGCTCCTCATTTATAAAATGGAAGAATTGAACCTAGCTTCCAAGGTCCTTTCTAGCTTCACCATGCTCTGGTCTGTTGTTTAATGACATGAATCCAAGATGGACAACAAATGGTCGATTTTGCTCCTTCTACAGTAAATAGATCTATCTTCTTAGCAGAAGTAAAATAGTAAAGAAAGAAGACATGTTTGAGGCCTGTTGAGGCCTGTTTGCTGTATGCATTGTATCTAATCAAGGAATTGAGAATGTAGCCCTAAATATTAGGAAGGAGTTGAAAGTTTCTGAGCAGGAACAGAACATGCTGAAAGGAAATTGTGTCAGCAGCATGGTGTACAGGAGAGCTTGGCAGAGAGAAAGGAGGCAAGAAGACCTGTGGGAGGCAGCCAGTAAGGAGGTGAAGAGGGCCTGGACCAAAGGAAGCCAAGGATGACCGAAAGATTTAAAGATGAAGCCCAGATTTAAAAGTATCCTCAAGTATTTGTTTATTCTTTTCTTAGCAAATTCTTTTTAGTACAAAGATAAAATATGGCACTCTGAGTCATAAAATTTTCTGAATTTCAGAAGTTGAATGTTTTTCTGAATGTATCAACCTGTTAAAGTCAGTTCCTGTTTGTTATTTTAGGCGTATATTCTTGGGCTTTTTTTTTTTTTTCCTAGAGAAACTATGAAGTACTAGCTGTGCAAGTCAGGGTGGGCTAAGCTGCTAAAACAGATACCTCCCTCCCCTTCAATACCCTGAAGAACAAGAAGTTAATTTTTTGCTCGTGTAACATTTTAGAGAGGGTATTCCAGGTTGAATACCTGGAATAATGAATGAAATAATAAGTCGACTCTTATTTCTCCTAAAATAATTGGATCTTGACATTGAAATTGGTGTGCTGATTGTATTTAATAAGTGACCTCCAATGCAGTTATTTCATTTTGCCATACTTTATGTAATTTTTATTTTTTCTGCCTTCCCTTTCGATGTCTAAAGGGAAGCATAATTAGTTATTGGAAAGGTTATTGAGACTTAAAAAAAGATTTGAACATGGCTTTGGTTGATGCTACCACACAGAAACTGCAAACATCCAACTCACCGCTCTTAGTTGCTGTTCATGATAGTCTATGCACAGTGACTGATGAATTTAGCCTGTCTTGAGGCTTCAGAACTTAGTCTTATGTCATCACGAGCAGAGCTTTATCCTAAATTACAGGTTTTCAATGGGGGGGGGGGGGAGGGGCAGTTTTGCCCCTCAGGGGACATTTGGCAATCTCTGGAGACATTTTTGATTGTCATACCTGGGGGGATGCCCCTGGCATCTCCTGGGTTGAGGTTAAGGATGCTGCTAATCTACAATGCACAGTACAGCCACCCCACACACACACACTACAAAGCATTCTCCCACCCAAATTGCCAGGAGTGAGGACTTTGAGAAACCCTGCCCTAGACTGTTAAATTCAAAAGGAAATAATGGTTTATTGCTCACAGTGTGCCAGGCACTGTGTTAAACTCCTTATATTCATAGTTTTGTTTTTATCCTCACAACAACCTGTGAAGAAAGAACTCTCATCCGTCACCACTTTACTGTTGAGGGCACTAAGCCTTCTAAAGGTTAAATGACTTGCCCAGGGCCGCAACTATTAGATGTTGCAGTCAGGATTTAATTCCAGGCACTTTGTGTTCAAAGTGTTTCTCATCCACTGTGCTATATGCCAGTAGTGCCCAAACCTAACTTTAGCCAGCAATTGTCTGCATCTCTTCAGTTTATGAACATTTATTTATTAGGACATGCAGGATAATCATACCAACACAGTCCGTGTATCCAGAATTCTAATTGATCTAGGGAGTGGGAGAGCCTGCCTCTCTATTTTTTTTAAATTGGTGTGAAATATACATAACATAAAATTGGCCATTTTAACCATTTTAAGTATATAATTGAGTGACATTAGGTAGATTTATTATA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選擇式剪接位點事件
典型外顯子 chr4 88036220 88036353 TGACCTACGGCATGATGAGCTCCAATGTGTACTACTACACCCGGATGATGTCACAGCTCTTCCTAGACACCCCCGTGTCCAAAACGGAGAAAACTAACTTTAAAACTCTGTCTTCCATGGAAGACTTCTGGAAG
典型內含子 chr4 88036354 88038250 gtatttgcaaataactttgaaagtacctctctatcacagaaaattgttcatttggcttcatcatttcaatgcatgagtatcgacaggacctgctttgcatttaacactgtgtgagacgtaagttatggtgagttgttagaagttactgttcctactctcaaagggggtaaactaacattgagaactttgcctgtgccttgcactgtgctgagtgtttcatatcttaccttatttaatttctatagtctaactctataaggtaagtactaagactatgccctagtttgttaatgaggaaaatgagattcaggatgtttaaatgcgtatggtcacatggctagggaacaagaaaaattgatttttttctagcctgacagctacttcatcctagtttgtaattcattccatgagtcaagattcaataaatatttattgagaatctcctagaatgtaaggccaatgaagggcagtgtggttcttctgtcttgcttcgccttttgtgttttgtctctttgttgatgatggcatgtatccccagctcttagaacagtgcttgattcaaagtaagcacattctttcaaaggtctgctgttggtggggcttggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggaggattgctttagcccaggattttgaaaccagctgggcacaacatagtatgactttgtctctccaaaaaagttaaagaattagcagggtgtggtggtacacacctgcagtcccagctactcaggaggctgaggtgggagaatcacttgagcgattgcttgaggtcaaggctgcagtgagccatggccatgctactgcattccagctggggcaacagagtgagaccctttctcaaaaaaaatcccccccaaaaaaaaacccaaaaacaaacaaaaaaggtctgctgttgtgaagttcaacccaatccagccccttcccaagttgtcacaaattccaacgtagttaacagtataccaatgagtgataccacaggaaaaatattaaactgatctgagggatatggggcttggaatctaagaaaattggaagggaaattgaaaaggaaattattatttctccttggggagatagtttctaaaattcttactacaccctggggtcagagctgttgattttaaggatagagacaactgagtcacaggaaactattcatatataaaagtacctggcatccaaaaccacacttgtataatatgaatctttcaccatctgagtagggcaaatcagtctatctctgttgatcatctgacaaggatagcacactgagaaatagatctgtcttccctacaggcatagctagttgtacaaactaacaagagacttttgtatacacattccatgatgataaatgccaatcactaaagggacgaggagggattggagagttcaccatacagcaaaatagtccagacaggtgaaaggtctatcaaatgccaggctggtaatcaaaactgtagccttttctctaaacaaagtttagaaccatgattgtgtgggacattattttaataagggaaagtgcagttaatcatgaccccacctttagtccaagaacaaaaatcagagctgccacgtattaagtacccactctgtgccaggtgcagtaactatgcaaaagatgggttttccagatgcaagaaccttggttcagaggaccctgctcaaggcctcatagctaacaaatgatggggcaagatgctatcccaaatctctctgacaacaaaactcattcttatcactctactattttcatagagttgccaaatgcttggttatgcaaacgatgcaggcaggggcaagacagcggctgagcttggaactttttcagagatgtttcctttgcttttag
由alt 5' ss chr4 88036220 88036480處之剪接產生的外顯子 TGACCTACGGCATGATGAGCTCCAATGTGTACTACTACACCCGGATGATGTCACAGCTCTTCCTAGACACCCCCGTGTCCAAAACGGAGAAAACTAACTTTAAAACTCTGTCTTCCATGGAAGACTTCTGGAAGGTATTTGCAAATAACTTTGAAAGTACCTCTCTATCACAGAAAATTGTTCATTTGGCTTCATCATTTCAATGCATGAGTATCGACAGGACCTGCTTTGCATTTAACACTGTGTGAGACGTAAGTTATG
由alt 5' ss chr4 88036481 88038250處之剪接產生的內含子 gtgagttgttagaagttactgttcctactctcaaagggggtaaactaacattgagaactttgcctgtgccttgcactgtgctgagtgtttcatatcttaccttatttaatttctatagtctaactctataaggtaagtactaagactatgccctagtttgttaatgaggaaaatgagattcaggatgtttaaatgcgtatggtcacatggctagggaacaagaaaaattgatttttttctagcctgacagctacttcatcctagtttgtaattcattccatgagtcaagattcaataaatatttattgagaatctcctagaatgtaaggccaatgaagggcagtgtggttcttctgtcttgcttcgccttttgtgttttgtctctttgttgatgatggcatgtatccccagctcttagaacagtgcttgattcaaagtaagcacattctttcaaaggtctgctgttggtggggcttggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggaggattgctttagcccaggattttgaaaccagctgggcacaacatagtatgactttgtctctccaaaaaagttaaagaattagcagggtgtggtggtacacacctgcagtcccagctactcaggaggctgaggtgggagaatcacttgagcgattgcttgaggtcaaggctgcagtgagccatggccatgctactgcattccagctggggcaacagagtgagaccctttctcaaaaaaaatcccccccaaaaaaaaacccaaaaacaaacaaaaaaggtctgctgttgtgaagttcaacccaatccagccccttcccaagttgtcacaaattccaacgtagttaacagtataccaatgagtgataccacaggaaaaatattaaactgatctgagggatatggggcttggaatctaagaaaattggaagggaaattgaaaaggaaattattatttctccttggggagatagtttctaaaattcttactacaccctggggtcagagctgttgattttaaggatagagacaactgagtcacaggaaactattcatatataaaagtacctggcatccaaaaccacacttgtataatatgaatctttcaccatctgagtagggcaaatcagtctatctctgttgatcatctgacaaggatagcacactgagaaatagatctgtcttccctacaggcatagctagttgtacaaactaacaagagacttttgtatacacattccatgatgataaatgccaatcactaaagggacgaggagggattggagagttcaccatacagcaaaatagtccagacaggtgaaaggtctatcaaatgccaggctggtaatcaaaactgtagccttttctctaaacaaagtttagaaccatgattgtgtgggacattattttaataagggaaagtgcagttaatcatgaccccacctttagtccaagaacaaaaatcagagctgccacgtattaagtacccactctgtgccaggtgcagtaactatgcaaaagatgggttttccagatgcaagaaccttggttcagaggaccctgctcaaggcctcatagctaacaaatgatggggcaagatgctatcccaaatctctctgacaacaaaactcattcttatcactctactattttcatagagttgccaaatgcttggttatgcaaacgatgcaggcaggggcaagacagcggctgagcttggaactttttcagagatgtttcctttgcttttag
NMD 外顯子事件
NMD外顯子 chr4 88031085 88031140 GCTACCATACTCTAAAGATAGAGCCACAGATCCCAGTCAGCCATGTGATTATGAGG
含有NMD外顯子 chr4 88019572 88036219之典型內含子 gtaagtagaatatttccttgcactaatgggaaagttttgaaaagatttgacctatccaaatcataattaaaaggaagtgtgtatgcaccagaggggcaactgggaagttaccttcttacctttgtttttaattctaatatttttatttgggcatttgtttattgactatcttcctatggtagaatgcaagctttataagagaagggacgtgatttgttctctgctgtacccccatttcccaaaactgcagatggcaacagaaggctctgaaaaatatataagaaagaatttttctaattgtgactaaattgtgaccaaatgctaagtgactgtggacttgcgtttaacacaggacgggagaggcaaagagttcaattccaatttagaatttggtcaagttctcttctgcactctggtaaacattaattaaaaatcagcattatctgaccagccagttcatcgtcagtggtggtgattttcactatgagatacgcgtggcaacttgccagacaccaagaaaccaagttagaggatttttgtattagattccttaacaatgaatacagtatcaccattattacagtatcatcattattgtcatactattattatatcagttaacataaagtctgcataagaattgtttccagaaaaatgactttccaaatttaactttcaggaaatacaaataatgctactaatattgcttttattggcgtatacatgtaatatccccttcttttggatttggatatgttgtgtcattgcctcattttaattcattatttcttctcaatctttaataattgctggacttttactccacaagaaacttgctataggcccatctctttcgtcttctttccttctttcagttcgtcttcccatcctctggtagggggaggggagggatgcctgagcgagagactagctgtaggaaccatttgtctcaaagtccagaaagccacaggtgatggatttgtcctctgaatcaaagggcgttcgatgatggatttctgtcatgtctcatctaaagtcttcacgagaacagatgaggaagcagttttatgaccccagagcctcctaccaaactcctctgagaaaaggtttccttttttttttttttttttaaattagagacagagtcttgatctgtttcacaggccggagtgcagtggcacaatcatagctcactgcagcctcgagctcctaggcttcagtgatcctcccacctcagtcacccacgtagctgggactacagctgcacaccaccatgcccagctaacttttaaaacatttttgtagaggtggggtctcactttgctgcctatactggtctccagctcctagcttcaagtgatcctcctgccttggaagttctgggattataggcatgagccactgcacccagcctggatgtgatatttttatgttttaaattgttagagtttagaaacttgagattgagtttgctgcctgcattaaaatgatgcttaaacattaaactgcagtggccttaaatattaacaagttgattagaattactaagttcttttcaagctttacatatacagacaaatttcttatgcaaaatagaaggtaacccctgtacgtaagtctagaatttcagcagtccccaaaactgactgagcattagaatcactctgattttaaaatacatatgtggttttccgagatctactaacagagcctccataatgtagcctagagaaacgagttttcagatgtagtgataaatttggaaggtaagtcagagaagtaagctgaagacagagttttaggaaatatgcctaaagtcacataatgaattggttttcttgtttatttgagaatattgtcgctttttgttctttttcatgcaaatcacattttatttcttatgtgagtagctatatatttaaaaattttgtttttggaatattgtagaatctctacttaagaaagtatcttagcagtcatatggtctgacctcactgaatgctaaattctctttaaaacatccgtctcagatggttactcatactgcctctgattgaacaagagtcccaggttaagggacttacttctttgaaatcgttcatttcatttttctacagctatgttagaaagttcgtccttagcagtgaagccagagtctatctcttataacttctacccagttgcaccctccaagcctacctataccaagtatcttttttccacgttgcttttccaattcagctcttcgcaagtttggagacaaatacctaatctcctctaagccttctccaggttaagcctttccagttcatccagctgttgattatgtgattggagacacaagtttgagtaactcccatgatggaaagtccctctggtgaatgttctgttcatcagagtccctaagaaagcacatgagcctcaccatggtgagtggggccatgagattcctaaaccagacactacactgtggcttgtgcaacctaccatggccagactcatgaggctgtttcatcatataaataattccttagtctcttcaccaaaaactgtgaagcactgtgtcccccagctgtatgtgagctagcctgggaccatagtggaggactcctctttcaaccctgttaaatttcatcttgttaggatctgcccatttttccattctgttgaaattatcttggaactggattcattcatctcacatcagctactccccgaagcctcacagtatcagcagagttattatctctatccatatccttgtaaattattaaactaaaaaagattggtctaagaacatcagtccattaatcaaggctctttggttggagttcacttcattatattatcatccagctcagagtgttcataaacaagatgataggaaagacttttccaaatgcctgtctgagtaattcccccattcctgtgatctgtgagctgttgaccagattaaaaaggaagtgagaataaccaggcaagatttactcctagcaaaaccttactggcttctagtgactgagtcctttccctattgcttaccagctatctttttaattactagttttaaaatcttgccagcaatgtcaatatcaaatgaccaagaatatcaaactcattactctgtatgtaaatgagatagtgtacttacccctatggcttaagtattaggctgttcttgcattgccctaaatacctgagactgggtaatttataaaaaaagaggtttggccaggcactgtggatcaggcctgtaatctcagcactttgtcaggctgaagcaggtgtaatggtgagccaagagttcaaacttagcctggacaacaaggtgaaaccccctctctgcaaaaaatacaaaaattatctgggcatggtggcatgcacctgtagtcccagccacccaggaggctgaggtgggaaaattgtttgaagctgggagtcagtgattgcagtgagccatgattgcaacactgcactccatccagcctgggcgacagagcaagaccctgtctcaaaaaataaataaatgaataaataaataaaataaataaataaatagaaaagaaaaagaaagaaaagagatttatttgcctcatggttctgcaggctgtaagggaagcatagctccagcatctgcttctggggaggcctcaggaagctgttactcatggcagaaggtgaagcaggagcttgcacatcatgtggcaaaagcaggagcaagagagagagaatggggcagggaagaagccccacacttttaaatgaccagatcgcatgagaaatcactcgttacctcaaggacagtaccaagaggatggtactaaattcctgagaaatccacccccatgatctgatcacctcgtaccaggccccgccttcagcattggggattatgtttcaacatgagatttggatggggacaacatccaaactatatcaccttgcatagtaggtagggttttaaaaagcagtttggcacagtaagaaaagtacagattttttttgcatcagacagacctgagttaaaatcccagcttcactgctaacatgctaggtaaatgtgggcaagttaattaacatttctaagcctttgtttcctcactggtaaaacaagtatttggaaatatcattgtgaagattagaaataatacatgaaaagatcctaggatgctgtctgtcatacagtagtagtagtaagaagttattcttgccaaagattgttgagaatggcagaattatctcagttctaagagctatagtttctaattatttgagcctagactcagattcatttggagcagctaactgctcaccaagagcttattttccatcttaccaatgaggttatgtgccctgtgtttttaaaatcagtctacttaaccaagagaacagaaatgacatgagaattaagtaatctcactttctctgttatttaggatttattcctactcaaaacctgagagttgctatgaattcaccattaaagcacttattaatatacatgggttactgttataaatagcaatagtattgctattgtgtgagttaggtgttgaagttcaagaaaggaataaagaatatttagaagatctttgaaaacagtgtctgggtacggtggctcatgcctgtaatctcagcactttgggaggccgaggcaggcagatcacttgaggtcacgagttcaagaccagcctgggcaacttggcgagacctcgtctctacaagatatacaaaaattagccgggtatgttggcatgcacctgtaatcccagctacttaggaggctgaagcacaagaatcacttgaacctgggaagcagaggttgcagtgagccaagattgtaccactgcactccagcctgggcaatagagcaacactctgtctcgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaagaaggaaggaaggaaagaaaaaaaaaggaaaaaatgcaaggaaggtatttggtgaatctataataataaaaatgtatttgt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表 3. 示例性 PKD2前mRNA轉錄本之序列及mRNA轉錄本序列
PKD2
前mRNA轉錄本 前mrna ENST00000237596.7 AGGCGGCGGCGGGCGCCGGGAAGAAAGGAACATGGCTCCTGAGGCGCACAGCGCCGAGCGCGGCGCCGCGCACCCGCGCGCCGGACGCCAGTGACCGCGATGGTGAACTCCAGTCGCGTGCAGCCTCAGCAGCCCGGGGACGCCAAGCGGCCGCCCGCGCCCCGCGCGCCGGACCCGGGCCGGCTGATGGCTGGCTGCGCGGCCGTGGGCGCCAGCCTCGCCGCCCCGGGCGGCCTCTGCGAGCAGCGGGGCCTGGAGATCGAGATGCAGCGCATCCGGCAGGCGGCCGCGCGGGACCCCCCGGCCGGAGCCGCGGCCTCCCCTTCTCCTCCGCTCTCGTCGTGCTCCCGGCAGGCGTGGAGCCGCGATAACCCCGGCTTCGAGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGAAGGGGAAGAAGGCGGAATGGTGGTGGAGATGGACGTAGAGTGGCGCCCGGGCAGCCGGAGGTCGGCCGCCTCCTCGGCCGTGAGCTCCGTGGGCGCGCGGAGCCGGGGGCTTGGGGGCTACCACGGCGCGGGCCACCCGAGCGGGAGGCGGCGCCGGCGAGAGGACCAGGGCCCGCCGTGCCCCAGCCCAGTCGGCGGCGGGGACCCGCTGCATCGCCACCTCCCCCTGGAAGGGCAGCCGCCCCGAGTGGCCTGGGCGGAGAGGCTGGTTCGCGGGCTGCGAGgtaagagcgcgcgacccgcagcggcagatgcacgaaccagaacggccggcgccggccggggccatcgcccgctgcggcagctccccgggctccatctcgcatcccctctgcgttccgcctcccttggaagcgcattccccacctccgctagtgctgccctatttccggtacccagcgcggaattccactgctcttttgttggtgcatatttattggatacctccttcttcaggatatgtcaccatagtcttttttactgaaaattagtgaaagcctaattagagtgaaagagtacatctgggttttgtttttttttttcttgtagaggaaaaaatgaacattacttgtgtaactgatggtagttgcaactgcatatttgccaatgtcacaaaatctaaaggaaaatgttatagtcacccgtggtttccttcttgcctggacactccattgtcccgggctgaaaagggtagcagtacagtgcatataatgtcaagttgtgggaggagtgtggcagattgtcattggtgcatttttttggtgatgtgtgtggttgttttgaggagtgggagctgttaagaacaccacaaatagaataaaataatatcgtgaagttatttggccgtttctaattctagacatttttctaaaaacagttgcaaaggaaagattacattgttttaaaaaaatttgaagtatgtttttaaataactaaattaatgttctttgaaattccaccaaaatgatgaagtcaccagatagcagctgataaatgtgtctgagcccagtgcgcccagctctacaaaaggcagaagaggaattttcaaatttgccagtgcccagtaagaggacatgaattttctagtaccagaggaaattctctttttacaaattttgtcagaggtatccttgggaaagtatttcatttgcttttaccctccaaattattttaatctatatttttaagagtttccattctcagttgagtttttcttgttcttctccttctgtcagttttgaaagtcttgcacaaaaacaatccaggtgttgttacagcagtgtgattaaaaccaggtcaggcctacactgaaatcccagttccaccactcattagctgtacgaccttgagcaagttacttatcctctctgatacccaatttttggattttttttttttttaaagagatgatcataacgcttaggacttgactctttgggagaattaagtgagttaagacataaaatgtgcagcatgtatttgtcatgttattagcgcttcagaaatataaatgtaaacattttggtacttcgtttatggagattcttatactagttaattttattaaaagcatgatggggaacagaagatccttttcggataacctgtgtgagtaaattaataaaacactaacactttttaagattcaaaactggattaattatgttattttacaccatttaaaatgtgcatttaaaaaatattcactgaagtgagagagaagttccttttaagttaataaataatggtaagttgcatgatccttttaactcagtttaagcatttgataacacccctaaccttgtttgaataaactcaataacagaatatagagaaataaaatatatatttcatatgagtatgtatgtaaatttatttcttttaaaggaaaatttcaggaaacaaaatgaataagctcatagtcataaaacctctagccaaagtgtgtcaatggtctgatttgtaggagagcagactcaggaatcgggaattttttttttttttttaagagtcggggtttcactctgtcactgaggctggagtgcggggaagcaaacgtagctcactgcggcctcaaactcctgggctcaagctgccctcccacctcagcttcccaagtagttgggattacaggtgcaagctgctgctcctagctgaaaagttttaattatataaaatgtttaaataaattgttattcctttcttttatgaagaaatataattgatattcttgtcacttattaaataagcaacattttaaaatgtttagcacctactgtgaagatagcactgtgctagctgctatgaataaactagaatagcatatcactgttttcctatggacaaaaacccagaaatgtaaaataaatagccatgaatgggttgagattccccctgccccctttggatactgatgacagaaatcttatatgcactatgtaagcagtgccctaggatcagaacagaaagtaacttgcaatttttaaaggtgggagaaatgactgaagtttggagtggtcaggagtttccctggaagtctcttgcctttgtgactttgtatagctccctcaaactacctgagcctgagctcctcatttataaaatggaagaattgaacctagcttccaaggtcctttctagcttcaccatgctctggtctgttgtttaatgacatgaatccaagatggacaacaaatggtcgattttgctccttctacagtaaatagatctatcttcttagcagaagtaaaatagtaaagaaagaagacatgtttgaggcctgttgaggcctgtttgctgtatgcattgtatctaatcaaggaattgagaatgtagccctaaatattaggaaggagttgaaagtttctgagcaggaacagaacatgctgaaaggaaattgtgtcagcagcatggtgtacaggagagcttggcagagagaaaggaggcaagaagacctgtgggaggcagccagtaaggaggtgaagagggcctggaccaaaggaagccaaggatgaccgaaagatttaaagatgaagcccagatttaaaagtatcctcaagtatttgtttattcttttcttagcaaattctttttagtacaaagataaaatatggcactctgagtcataaaattttctgaatttcagaagttgaatgtttttctgaatgtatcaacctgttaaagtcagttcctgtttgttattttaggcgtatattcttgggcttttttttttttttcctagagaaactatgaagtactagctgtgcaagtcagggtgggctaagctgctaaaacagatacctccctccccttcaataccctgaagaacaagaagttaattttttgctcgtgtaacattttagagagggtattccaggttgaatacctggaataatgaatgaaataataagtcgactcttatttctcctaaaataattggatcttgacattgaaattggtgtgctgattgtatttaataagtgacctccaatgcagttatttcattttgccatactttatgtaatttttattttttctgccttccctttcgatgtctaaagggaagcataattagttattggaaaggttattgagacttaaaaaaagatttgaacatggctttggttgatgctaccacacagaaactgcaaacatccaactcaccgctcttagttgctgttcatgatagtctatgcacagtgactgatgaatttagcctgtcttgaggcttcagaacttagtcttatgtcatcacgagcagagctttatcctaaattacaggttttcaatgggggggggggggaggggcagttttgcccctcaggggacatttggcaatctctggagacatttttgattgtcatacctggggggatgcccctggcatctcctgggttgaggttaaggatgctgctaatctacaatgcacagtacagccaccccacacacacacactacaaagcattctcccacccaaattgccaggagtgaggactttgagaaaccctgccctagactgttaaattcaaaaggaaataatggtttattgctcacagtgtgccaggcactgtgttaaactccttatattcatagttttgtttttatcctcacaacaacctgtgaagaaagaactctcatccgtcaccactttactgttgagggcactaagccttctaaaggttaaatgacttgcccagggccgcaactattagatgttgcagtcaggatttaattccaggcactttgtgttcaaagtgtttctcatccactgtgctatatgccagtagtgcccaaacctaactttagccagcaattgtctgcatctcttcagtttatgaacatttatttattaggacatgcaggataatcataccaacacagtccgtgtatccagaattctaattgatctagggagtgggagagcctgcctctctattttttttaaattggtgtgaaatatacataacataaaattggccattttaaccattttaagtatataattgagtgacattaggtagatttattata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前mrna ENST00000502363.1 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前mrna ENST00000506367.1 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前mrna ENST00000508588.5 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前mrna ENST00000511337.5 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前mrna ENST00000512858.1 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轉錄本 轉錄本ENST00000237596.7 AGGCGGCGGCGGGCGCCGGGAAGAAAGGAACATGGCTCCTGAGGCGCACAGCGCCGAGCGCGGCGCCGCGCACCCGCGCGCCGGACGCCAGTGACCGCGATGGTGAACTCCAGTCGCGTGCAGCCTCAGCAGCCCGGGGACGCCAAGCGGCCGCCCGCGCCCCGCGCGCCGGACCCGGGCCGGCTGATGGCTGGCTGCGCGGCCGTGGGCGCCAGCCTCGCCGCCCCGGGCGGCCTCTGCGAGCAGCGGGGCCTGGAGATCGAGATGCAGCGCATCCGGCAGGCGGCCGCGCGGGACCCCCCGGCCGGAGCCGCGGCCTCCCCTTCTCCTCCGCTCTCGTCGTGCTCCCGGCAGGCGTGGAGCCGCGATAACCCCGGCTTCGAGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGAAGGGGAAGAAGGCGGAATGGTGGTGGAGATGGACGTAGAGTGGCGCCCGGGCAGCCGGAGGTCGGCCGCCTCCTCGGCCGTGAGCTCCGTGGGCGCGCGGAGCCGGGGGCTTGGGGGCTACCACGGCGCGGGCCACCCGAGCGGGAGGCGGCGCCGGCGAGAGGACCAGGGCCCGCCGTGCCCCAGCCCAGTCGGCGGCGGGGACCCGCTGCATCGCCACCTCCCCCTGGAAGGGCAGCCGCCCCGAGTGGCCTGGGCGGAGAGGCTGGTTCGCGGGCTGCGAGGTCTCTGGGGAACAAGACTCATGGAGGAAAGCAGCACTAACCGAGAGAAATACCTTAAAAGTGTTTTACGGGAACTGGTCACATACCTCCTTTTTCTCATAGTCTTGTGCATCTTGACCTACGGCATGATGAGCTCCAATGTGTACTACTACACCCGGATGATGTCACAGCTCTTCCTAGACACCCCCGTGTCCAAAACGGAGAAAACTAACTTTAAAACTCTGTCTTCCATGGAAGACTTCTGGAAGTTCACAGAAGGCTCCTTATTGGATGGGCTGTACTGGAAGATGCAGCCCAGCAACCAGACTGAAGCTGACAACCGAAGTTTCATCTTCTATGAGAACCTGCTGTTAGGGGTTCCACGAATACGGCAACTCCGAGTCAGAAATGGATCCTGCTCTATCCCCCAGGACTTGAGAGATGAAATTAAAGAGTGCTATGATGTCTACTCTGTCAGTAGTGAAGATAGGGCTCCCTTTGGGCCCCGAAATGGAACCGCTTGGATCTACACAAGTGAAAAAGACTTGAATGGTAGTAGCCACTGGGGAATCATTGCAACTTATAGTGGAGCTGGCTATTATCTGGATTTGTCAAGAACAAGAGAGGAAACAGCTGCACAAGTTGCTAGCCTCAAGAAAAATGTCTGGCTGGACCGAGGAACCAGGGCAACTTTTATTGACTTCTCAGTGTACAACGCCAACATTAACCTGTTCTGTGTGGTCAGGTTATTGGTTGAATTCCCAGCAACAGGTGGTGTGATTCCATCTTGGCAATTTCAGCCTTTAAAGCTGATCCGATATGTCACAACTTTTGATTTCTTCCTGGCAGCCTGTGAGATTATCTTTTGTTTCTTTATCTTTTACTATGTGGTGGAAGAGATATTGGAAATTCGCATTCACAAACTACACTATTTCAGGAGTTTCTGGAATTGTCTGGATGTTGTGATCGTTGTGCTGTCAGTGGTAGCTATAGGAATTAACATATACAGAACATCAAATGTGGAGGTGCTACTACAGTTTCTGGAAGATCAAAATACTTTCCCCAACTTTGAGCATCTGGCATATTGGCAGATACAGTTCAACAATATAGCTGCTGTCACAGTATTTTTTGTCTGGATTAAGCTCTTCAAATTCATCAATTTTAACAGGACCATGAGCCAGCTCTCGACAACCATGTCTCGATGTGCCAAAGACCTGTTTGGCTTTGCTATTATGTTCTTCATTATTTTCCTAGCGTATGCTCAGTTGGCATACCTTGTCTTTGGCACTCAGGTCGATGACTTCAGTACTTTCCAAGAGTGTATCTTCACTCAATTCCGTATCATTTTGGGCGATATCAACTTTGCAGAGATTGAGGAAGCTAATCGAGTTTTGGGACCAATTTATTTCACTACATTTGTGTTCTTTATGTTCTTCATTCTTTTGAATATGTTTTTGGCTATCATCAATGATACTTACTCTGAAGTGAAATCTGACTTGGCACAGCAGAAAGCTGAAATGGAACTCTCAGATCTTATCAGAAAGGGCTACCATAAAGCTTTGGTCAAACTAAAACTGAAAAAAAATACCGTGGATGACATTTCAGAGAGTCTGCGGCAAGGAGGAGGCAAGTTAAACTTTGACGAACTTCGACAAGATCTCAAAGGGAAGGGCCATACTGATGCAGAGATTGAGGCAATATTCACAAAGTACGACCAAGATGGAGACCAAGAACTGACCGAACATGAACATCAGCAGATGAGAGACGACTTGGAGAAAGAGAGGGAGGACCTGGATTTGGATCACAGTTCTTTACCACGTCCCATGAGCAGCCGAAGTTTCCCTCGAAGCCTGGATGACTCTGAGGAGGATGACGATGAAGATAGCGGACATAGCTCCAGAAGGAGGGGAAGCATTTCTAGTGGCGTTTCTTACGAAGAGTTTCAAGTCCTGGTGAGACGAGTGGACCGGATGGAGCATTCCATCGGCAGCATAGTGTCCAAGATTGACGCCGTGATCGTGAAGCTAGAGATTATGGAGCGAGCCAAACTGAAGAGGAGGGAGGTGCTGGGAAGGCTGTTGGATGGGGTGGCCGAGGATGAAAGGCTGGGTCGTGACAGTGAAATCCATAGGGAACAGATGGAACGGCTAGTACGTGAAGAGTTGGAACGCTGGGAATCCGATGATGCAGCTTCCCAGATCAGTCATGGTTTAGGCACGCCAGTGGGACTAAATGGTCAACCTCGCCCCAGAAGCTCCCGCCCATCTTCCTCCCAATCTACAGAAGGCATGGAAGGTGCAGGTGGAAATGGGAGTTCTAATGTCCACGTATGATATGTGTGTTTCAGTATGTGTGTTTCTAATAAGTGAGGAAGTGGCTGTCCTGAATTGCTGTAACAAGCACACTATTTATATGCCCTGACCACCATAGGATGCTAGTCTTTGTGACCGATTGCTAATCTTCTGCACTTTAATTTATTTTATATAAACTTTACCCATGGTTCAAAGATTTTTTTTTCTTTTTCTCATATAAGAAATCTAGGTGTAAATATTGAGTACAGAAAAAAAATCTTCATGATGTGTATTGAGCGGTACGCCCAGTTGCCACCATGACTGAGTCTTCTCAGTTGACAATGAAGTAGCCTTTTAAAGCTAGAAAACTGTCAAAGGGCTTCTGAGTTTCATTTCCAGTCACAAAAATCAGTATTGTTATTTTTTTCCAAGAGTGTGAAGGAAAATGGGGCATTCCTTTCCACTCTGGCATAGTTCATGAGCTTAATACATAGCTTTCTTTTAAGAAAGGAGCCTTTTTTTTCAACTAGCTTCCTGGGGTAAACTTTTCTAAAAGATAAAATGGAAAGGAACTCCAAACTATGATAGAATCTGTGTGAATGGTTAAGATGAATGTTAAATACTATGCTTTTTTGTAAGTTGATCGTATCTGATGTCTGTGGGACTAACTGTATCACTTAATTTTTACCTTATTTTGGCTCTAATTTGAATAAGCTGAGTAAAACCACCAAAGATCAGTTATAGGATAAAATGGCATCTCTAACCATAACACAGGAGAATTGGAAGGAGCCCTAAGTTGTCACTCAGTTTAATTTCTTTTAATGGTTAGTTTAGCCTAAAGATTTATCTGCATATTCTTTTTCCCATGTGGCTCTACTCATTTGCAACTGAATTTAATGTTATAACTCATCTAGTGAGACCAACTTACTAAATTTTTAGTATGCACTGAAAGTTTTTATCCAACAATTATGTTCATTTTAAGCAAAATTTTAAGAAAGTTTTGAAATTCATAAAGCATTTGGTTTTAAACTATTTTAAGAATATAGTACTCGGTCAGGTATGACGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAAACAGGCGAATCACTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACCAACATGGGCAATGTGGCGAAACTCCATCTCTACAAAAAATGCAAAAATAAAAAATATAGTACTCAAGTATTCTTGATCCTGTGTTTCAAAACTAGAATTTGTAATGCAAATGGAGCTCAGTCTAATAAAAAAGAGGTTTTGGTATTAAAAGTTCATACATTAGACAGTATCAGCCAAAATTTGAGTTAGCAACACTGTTTTCTTTACGAGAGGGTCTCACCCAAATTTATGGGGAGAAATCTATTTCTCAAAAAAAAAAATCTTCTTTTACAGAAATGTTGAGTAAGGTGACATTTTGAGCGCTAATAAGCAAAAGAGCATGCAGTGCTGTTGAATAACCCTCACTTGGAGAACCAAGAGAATCCTGTCGTTTAATGCTATATTTTAATTTCACAAGTTGTTCATTTAACTGGTAGAATGTCAGTCCAATCTCCAATGAGAACATGAGCAAATAGACCTTTCCAGGTTGAAAGTGAAACATACTGGGTTTCTGTAAGTTTTTCCTCATGGCTTCATCTCTATCTTTACTTTCTCTTGAATATGCTACACAAAGTTCTTTATTACTACATACTAAAGTTTGCATTCCAGGGATATTGACTGTACATATTTATGTATATGTACCATGTTGTTACATGTAAACAAACTTCAATTTGAAGTGCAGCTATTATGTGGTATCCATGTGTATCGACCATGTGCCATATATCAATTATGGTCACTAGAAAGTCTCTTTATGATACTTTTTATTGTACTGTTTTTCATTTCACTTGCAAAATTTTGCAGAATTCCTCCTTTCTACCCATAAATTACATATATTTTTCTTCTTTAGTCATGGAGAACTCCCCCCCTCATCTCTTCCCTATTATCTTTCCCTGTGTACTGGTATTATTAAAAAGACATTACATACGCAAGTCTTTCTCGACAATCAAGAATGTTATTAATGTGTAATACTGAGCACTTTACTTCTTAATAAAAACTTGATATAGTAGCA
轉錄本ENST00000502363.1 ATGTCTTCTCTCTCTTACAGCTCTTCAAATTCATCAATTTTAACAGGACCATGAGCCAGCTCTCGACAACCATGTCTCGATGTGCCAAAGACCTGTTTGGCTTTGCTATTATGTTCTTCATTATTTTCCTAGCGTATGCTCAGTTGGCATACCTTGTCTTTGGCACTCAGGTCGATGACTTCAGTACTTTCCAAGAGTGTATCTTCACTCAATTCCGTATCATTTTGGGCGATATCAACTTTGCAGAGATTGAGGAAGCTAATCGAGTTTTGGGACCAATTTATTTCACTACATTTGTGTTCTTTATGTTCTTCATTCTTTTGAATATGTTTTTGGCTATCATCAATGATACTTACTCTGAAGTGAAATCTGACTTGGCACAGCAGAAAGCTGAAATGGAACTCTCAGATCTTATCAGAAAGGGCTACCATAAAGCTTTGGTCAAACTAAAACTGAAAAAAAATACCGTGGATGACATTTCAGAGAGTCTGCGGCAAGGAGGAGGCAAGTTAAACTTTGACGAACTTCGACAAGATCTCAAAGGGAAGGGCCATACTGATGCAGAGATTGAGGCAATATTCACAAAGTACGACCAAGATGGAGACCAAGAACTGACCGAACATGAACATCAGCAGATGAGAGACGACTTGGAGAAAGAGAGGGAGGACCTGGATTTGGATCACAGTTCTTTACCACGTCCCATGAGCAGCCGAAGTTTCCCTCGAAGCCTGGATGACTCTGAGGAGGATGACGATGAAGATAGCGGACATAGCTCCAGAAGGAGGGGAAGCATTTCTAGTGGCGTTTCTTACGAAGAGTTTCAAGTCCTGGTGAGACGAGTGGACCGGATGGAGCATTCCATCGGCAGCATAGTGTCCAAGATTGACGCCGTGATCGTGAAGCTAGAGATTATGGAGCGAGCCAAACTGAAGAGGAGGGAGGTGCTGGGAAGGCTGTTGGATGGGGTGGCCGAGGATGAAAGGCTGGGTCGTGACAGTGAAATCCATAGGGAACAGATGGAACGGCTAGTACGTGAAGAGTTGGAACGCTGGGAATCCGATGATGCAGCTTCCCAGATCAGTCATGGTTTAGGCACGCCAGTGGGACTAAATGGTCAACCTCGCCCCAGAAGCTCCCGCCCATCTTCCTCCCAATCTACAGAAGGCATGGAAGGTGCAGGTGGAAATGGGAGTTCTAATGTCCACGTATGATATGTGTGTTT
轉錄本ENST00000506367.1 GAATGATAGGGGAAAGGAAGGCAAGGGTGAGAGAAGACCTTGTGTGAATTTGTCCAAAATGTTTATCCACAGGAACAATCCCTTTGTGAAGGCTGCTGGTATGTGAATGTGTGCCGGTTCCCTTGGGGCGTTCATTTGGATCTTTCTGTGTTCCAGTGACCTACGGCATGATGAGCTCCAATGTGTACTACTACACCCGGATGATGTCACAGCTCTTCCTAGACACCCCCGTGTCCAAAACGGAGAAAACTAACTTTAAAACTCTGTCTTCCATGGAAGACTTCTGGAAGTTCACAGAAGGCTCCTTATTGGATGGGCTGTACTGGAAGATGCAGCCCAGCAACCAGACTGAAGCTGACAACCGAAGTTTCATCTTCTATGAGAACCTGCTGTTAGGGGTTCCACGAATACGGCAACTCCGAGTCAGAAATGGATCCTGCTCTATCCCCCAGGACTTGAGAGATGAAATTAAAGAGTGCTATGATGTCTACTCTGTCAGTAGTGAAGATAGGGCTCCCTTTGGGCCCCGAAATGGAACCGCTTGGATCTACACAAGTGAAAAAGACTTGAATGGTAGTAGCCACTGGGGAATCATTGCAACTTATAGTGGAGCTGGCTATTATCTGGATTTGTCAAGAACAAGAGAGGAAACAGCTGCACAAGTTGCTAGCCTCAAGAAAAATGTCTGGCTGG
轉錄本ENST00000506727.1 CCAGTCGGCGGCGGGGACCCGCTGCATCGCCACCTCCCCCTGGAAGGGCAGCCGCCCCGAGTGGCCTGGGCGGAGAGGCTGGTTCGCGGGCTGCGAGGTCTCTGGGGAACAAGACTCATGGAGGAAAGCAGCACTAACCGAGAGAAATACCTTAAAAGTGTTTTACGGGAACTGGTCACATACCTCCTTTTTCTCATAGTCTTGTGCATCTGAACAATCCCTTTGTGAAGGCTGCTGGTATGTGAATGTGTGCCGGTTCCCTTGGGGCGTTCATTTGGATCTTTCTGTGTTCCAGTGACCTACGGCATGATGAGCTCCAATGTGTACTACTACACCCGGATGATGTCACAGCTCTTCCTAGACACCCCCGTGTCCAAAACGGAGAAAACTAACTTTAAAACTCTGTCTTCCATGGAAGACTTCTGGAAGTTCACAGAAGGCTCCTTATTGGATGGGCTGTACTGGAAGATGCAGCCCAGCAACCAGACTGAAGCTGACAACCGAAGTTTCATCTTCTATGAGAACCTGCTGTTAGGGGTTCCACGAATAC
轉錄本ENST00000508588.5 AATGGTAGTAGCCACTGGGGAATCATTGCAACTTATAGTGGAGCTGGCTATTATCTGGATTTGTCAAGAACAAGAGAGGAAACAGCTGCACAAGTTGCTAGCCTCAAGAAAAATGTCTGGCTGGACCGAGGAACCAGGGCAACTTTTATTGACTTCTCAGTGTACAACGCCAACATTAACCTGTTCTGTGTGGTCAGCTGTCAGTGGTAGCTATAGGAATTAACATATACAGAACATCAAATGTGGAGGTGCTACTACAGTTTCTGGAAGATCAAAATACTTTCCCCAACTTTGAGCATCTGGCATATTGGCAGATACAGTTCAACAATATAGCTGCTGTCACAGTATTTTTTGTCTGGATTAAGCTCTTCAAATTCATCAATTTTAACAGGACCATGAGCCAGCTCTCGACAACCATGTCTCGATGTGCCAAAGACCTGTTTGGCTTTGCTATTATGTTCTTCATTATTTTCCTAGCGTATGCTCAGTTGGCATACCTTGTCTTTGGCACTCAGGTCGATGACTTCAGTACTTTCCAAGAGTGTATCTTCACTCAATTCCGTATCATTTTGGGCGATATCAACTTTGCAGAGATTGAGGAAGCTAATCGAGTTTTGGGACCAATTTATTTCACTACATTTGTGTTCTTTATGTTCTTCATTCTTTTGAATATGTTTTTGGCTATCATCAATGATACTTACTCTGAAGTGAAATCTGACTTGGCACAGCAGAAAGCTGAAATGGAACTCTCAGATCTTATCAGAAAGGGCTACCATAAAGCTTTGGTCAAACTAAAACTGAAAAAAAATACCGTGGATGACATTTCAGAGAGTCTGCGGCAAGGAGGAGGCAAGTTAAACTTTGACGAACTTCGACAAGATCTCAAAGGGAAGGGCCATACTGATGCAGAGATTGAGGCAATATTCACAAAGTACGACCAAGATGGAGACCAAGAACTGACCGAACATGAACATCAGCAGATGAGAGACGACTTGGAGAAAGAGAGGGAGGACCTGGATTTGGATCACAGTTCTTTACCACGTCCCATGAGCAGCCGAAGTTTCCCTCGAAGCCTGGATGACTCTGAGGAGGATGACGATGAAGATAGCGGACATAGCTCCAGAAGGAGGGGAAGCATTTCTAGTGGCGTTTCTTACGAAGAGTTTCAAGTCCTGGTGAGACGAGTGGACCGGATGGAGCATTCCATCGGCAGCATAGTGTCCAAGATTGACGCCGTGATCGTGAAGCTAGAGATTATGGAGCGAGCCAAACTGAAGAGGAGGGAGGTGCTGGGAAGGCTGTTGGATGGGGTGGCCGAGGATGAAAGGCTGGGTCGTGACAGTGAAATCCATAGGGAACAGATGGAACGGCTAGTACGTGAAGAGTTGGAACGCTGGGAATCCGATGATGCAGCTTCCCAGATCAGTCATGGTTTAGGCACGCCAGTGGGACTAAATGGTCAACCTCGCCCCAGAAGCTCCCGCCCATCTTCCTCCCAATCTACAGAAGGCATGGAAGGTGCAGGTGGAAATGGGAGTTCTAATGTCCACGTATGATATGTGTGTTTCAGTATGTGTGTTTCTAATAAGTGAGGAAGTGGCTGTCCTGAATTGCTGTAACAAGCACACTATTTATATGCCCTGACCACCATAGGATGCTAGTCTTTGTGACCGATTGCTAATCTTCTGCACTTTAATTTATTTTATATAAACTTTACCCA
轉錄本ENST00000511337.5 ATACTTTCCCCAACTTTGAGCATCTGGCATATTGGCAGATACAGTTCAACAATATAGCTGCTGTCACAGTATTTTTTGTCTGGATTAAGCTCTTCAAATTCATCAATTTTAACAGGACCATGAGCCAGCTCTCGACAACCATGTCTCGATGTGCCAAAGACCTGTTTGGCTTTGCTATTATGTTCTTCATTATTTTCCTAGCGTATGCTCAGTTGGCATACCTTGTCTTTGGCACTCAGGTCGATGACTTCAGTACTTTCCAAGAGTGTATAATATGTTTTTGGCTATCATCAATGATACTTACTCTGAAGTGAAATCTGACTTGGCACAGCAGAAAGCTGAAATGGAACTCTCAGATCTTATCAGAAAGGGCTACCATAAAGCTTTGGTCAAACTAAAACTGAAAAAAAATACCGTGGATGACATTTCAGAGAGTCTGCGGCAAGGAGGAGGCAAGTTAAACTTTGACGAACTTCGACAAGATCTCAAAGGGAAGGGCCATACTGATGCAGAGATTGAGGCAATATTCACAAAGTACGACCAAGATGGAGACCAAGAACTGACCGAACATGAACATCAGCAGATGAGAGACGACTTGGAGAAAGAGAGGGAGGACCTGGATTTGGATCACAGTTCTTTACCACGTCCCATGAGCAGCCGAAGTTTCCCTCGAAGCCTGGATGACTCTGAGGAGGATGACGATGAAGATAGCGGACATAGCTCCAGAAGGAGGGGAAGCATTTCTAGTGGCGTTTCTTACGAAGAGTTTCAAGTCCTGGTGAGACGAGTGGACCGGATGGAGCATTCCATCGGCAGCATAGTGTCCAAGATTGACGCCGTGATCGTGAAGCTAGAGATTATGGAGCGAGCCAAACTGAAGAGGAGGGAGGTGCTGGGAAGGCTGTTGGATGGGGTGGCCGAGGATGAAAGGCTGGGTCGTGACAGTGAAATCCATAGGGAACAGATGGAACGGCTAGTACGTGAAGAGTTGGAACGCTGGGAATCCGATGATGCAGCTTCCCAGATCAGTCATGGTTTAGGCACGCCAGTGGGACTAAATGGTCAACCTCGCCCCAGAAGCTCCCGCCCATCTTCCTCCCAATCTACAGAAGGCATGGAAGGTGCAGGTGGAAATGGGAGTTCTAATGTCCACGTATGATATGTGTGTTTCAGTATGTGTGTTTCTAATAAGTGAGGAAGTGGCTGTCCTGAATTGCTGTAACAAGCACACTATTTATATGCCCTGACCACCATAGGATGCTAGTCTTTGTGACCGATTGCTAATCTTCTGCACTTTAATTTATTTTATATAAACTTTACCCATGGTTCAAAGATTTTTTTTTCTTTTTCTCATATAAGAAA
轉錄本ENST00000512858.1 ACAGTTCAACAATATAGCTGCTGTCACAGTATTTTTTGTCTGGATTAAGCTCTTCAAATTCATCAATTTTAACAGGACCATGAGCCAGCTCTCGACAACCATGTCTCGATGTGCCAAAGACCTGTTTGGCTTTGCTATTATGTTCTTCATTATTTTCCTAGCGTATGCTCAGTTGGCATACCTTGTCTTTGGCACTCAGGTCGATGACTTCAGTACTTTCCAAGAGTGTATAATATGTTTTTGGCTATCATCAATGATACTTACTCTGAAGTGAAATCTGACTTGGCACAGCAGAAAGCTGAAATGGAACTCTCAGATCTTATCAGAAAGGGCTACCATAAAGCTTTGGTCAAACTAAAACTGAAAAAAAATACCGTGGATGACATTTCAGAGAGTCTGCGGCAAGGAGGAGGCAAGTTAAACTTTGACGAACTTCGACAAGATCTCAAAGGGTGAGAATCATGCTTCCTGAGGTTCTGAAAAATTCCTGCTTCTAAAGATAAATTCCTGGTGATAAGAGTATTTCTAGCCCAAGGGCTCATACAGATACTTTTTTTTTTTTTTTCCAGAGGCAGGTATCTTTCTGGAACATGTTATAAGAGGAAAACTTGCCCCCATTTGGTGATTTCTCCTTTCCTCCTGCATTTTGATGTCTCTGTGTTGAGGGTGAACTGGGTACAAGGAATGATTTTTATCTGTATCCTCTCTCTAATTTCAGGAAGGGCCATACTGATGCAGAGATTGAGGCAATATTCACAAAGTACGACCAAGATGGAGACCAAGAACTGACCGAACATGAACATCAGCAGATGAGAGACGACTTGGAGAAAGAGAGGGAGGACCTGGATTTGGATCACAGTTCTTTACCACGTCCCATGAGCAGCCGAAGTTTCCCTCGAAGCCTGGATGACTCTGAGGAGGATGACGATGAAGATAGCGGACATAGCTCCAGAAGGAGGGGAAGCATTTCTAGTGGCGTTTCTTACGAAGAGTTTCAAGTCCTGGTGAGACGAGTGGACCGGATGGAGCATTCCATCGGCAGCATAGTGTCCAAGATTGACGCCGTGATCGTGAAGCTAGAGATTATGGAGCGAGCCAAACTGAAGAGGAGGGAGGTGCTGGGAAGGCTGTTGGATGGGGTGGCCGAGGATGAAAGGCTGGGTCGTGACAGTGAAATCCATAGGGAACAGATGGAACGGCTAGTACGTGAAGAGTTGGAACGCTGGGAATCCGATGATGCAGCTTCCCAGATCAGTCATGGTTTAGGCACGCCAGTGGGACTAAATGGTCAACCTCGCCCCAGAAGCTCCCGCCCATCTTCCTCCCAATCTACAGAAGGCATGGAAGGTGCAGGTGGAAATGGGAGTTCTAATGTCCACGTATGATATGTGTGTTTCAGTATGTGTGTTTCTAATAAGTGAGGAAGTGGCTGTCCTGAATTGCTGTAACAAGCACACTATTTATATGCCCTGACCACCATAGGATGCTAGTCTTTGTGACCGATTGCTAATCTTCTGCACTTTAATTTATTTTATATAAACTTTACCCATGGTT
轉譯調節機制
PKD25' UTR序列 (ENST00000237596.7 AGGCGGCGGCGGGCGCCGGGAAGAAAGGAACATGGCTCCTGAGGCGCACAGCGCCGAGCGCGGCGCCGCGCACCCGCGCGCCGGACGCCAGTGACCGCG
表 4 ： PKD2 ASO 序列
SEQ ID 事件 序列 Chr 寡核苷酸起始 (chr 座標 ) 寡核苷酸末端 (chr 座標 )
1 Alt 5'ss GTACTTTCAAAGTTATTT chr4 88036361 88036379
2 Alt 5'ss GAGAGGTACTTTCAAAGT chr4 88036366 88036384
3 Alt 5'ss TGATAGAGAGGTACTTTC chr4 88036371 88036389
4 Alt 5'ss TTCTGTGATAGAGAGGTA chr4 88036376 88036394
5 Alt 5'ss CAATTTTCTGTGATAGAG chr4 88036381 88036399
6 Alt 5'ss ATGAACAATTTTCTGTGA chr4 88036386 88036404
7 Alt 5'ss GCCAAATGAACAATTTTC chr4 88036391 88036409
8 Alt 5'ss ATGAAGCCAAATGAACAA chr4 88036396 88036414
9 Alt 5'ss AAATGATGAAGCCAAATG chr4 88036401 88036419
10 Alt 5'ss CATTGAAATGATGAAGCC chr4 88036406 88036424
11 Alt 5'ss TCATGCATTGAAATGATG chr4 88036411 88036429
12 Alt 5'ss GATACTCATGCATTGAAA chr4 88036416 88036434
13 Alt 5'ss CTGTCGATACTCATGCAT chr4 88036421 88036439
14 Alt 5'ss AGGTCCTGTCGATACTCA chr4 88036426 88036444
15 Alt 5'ss AAAGCAGGTCCTGTCGAT chr4 88036431 88036449
16 Alt 5'ss AATGCAAAGCAGGTCCTG chr4 88036436 88036454
17 Alt 5'ss TGTTAAATGCAAAGCAGG chr4 88036441 88036459
18 Alt 5'ss CACAGTGTTAAATGCAAA chr4 88036446 88036464
19 Alt 5'ss TCTCACACAGTGTTAAAT chr4 88036451 88036469
20 Alt 5'ss TTACGTCTCACACAGTGT chr4 88036456 88036474
21 Alt 5'ss ATAACTTACGTCTCACAC chr4 88036461 88036479
22 Alt 5'ss TCACCATAACTTACGTCT chr4 88036466 88036484
23 Alt 5'ss ACAACTCACCATAACTTA chr4 88036471 88036489
24 Alt 5'ss TTCTAACAACTCACCATA chr4 88036476 88036494
25 Alt 5'ss GTAACTTCTAACAACTCA chr4 88036481 88036499
26 Alt 5'ss GAACAGTAACTTCTAACA chr4 88036486 88036504
27 Alt 5'ss AGTAGGAACAGTAACTTC chr4 88036491 88036509
28 Alt 5'ss TTGAGAGTAGGAACAGTA chr4 88036496 88036514
29 Alt 5'ss ACCCCCTTTGAGAGTAGG chr4 88036503 88036521
30 Alt 5'ss AGTTTACCCCCTTTGAGA chr4 88036508 88036526
31 Alt 5'ss ATGTTAGTTTACCCCCTT chr4 88036513 88036531
32 Alt 5'ss TCTCAATGTTAGTTTACC chr4 88036518 88036536
33 Alt 5'ss AAAGTTCTCAATGTTAGT chr4 88036523 88036541
34 Alt 5'ss CAGGCAAAGTTCTCAATG chr4 88036528 88036546
35 Alt 5'ss AGGCACAGGCAAAGTTCT chr4 88036533 88036551
36 Alt 5'ss GTGCAAGGCACAGGCAAA chr4 88036538 88036556
37 Alt 5'ss GCACAGTGCAAGGCACAG chr4 88036543 88036561
38 Alt 5'ss ACTCAGCACAGTGCAAGG chr4 88036548 88036566
39 Alt 5'ss GAAACACTCAGCACAGTG chr4 88036553 88036571
40 Alt 5'ss GATATGAAACACTCAGCA chr4 88036558 88036576
41 Alt 5'ss GGTAAGATATGAAACACT chr4 88036563 88036581
42 Alt 5'ss AATAAGGTAAGATATGAA chr4 88036568 88036586
43 Alt 5'ss AATTAAATAAGGTAAGAT chr4 88036573 88036591
44 Alt 5'ss ATAGAAATTAAATAAGGT chr4 88036578 88036596
45 Alt 5'ss AGACTATAGAAATTAAAT chr4 88036583 88036601
46 Alt 5'ss GAGTTAGACTATAGAAAT chr4 88036588 88036606
47 Alt 5'ss TTATAGAGTTAGACTATA chr4 88036593 88036611
48 Alt 5'ss TTACCTTATAGAGTTAGA chr4 88036598 88036616
49 Alt 5'ss AGTACTTACCTTATAGAG chr4 88036603 88036621
50 NMD外顯子 ATAAATCGAACCATCGTA chr4 88030981 88030999
51 NMD外顯子 AAATCATAAATCGAACCA chr4 88030986 88031004
52 NMD外顯子 TTGAAAAATCATAAATCG chr4 88030991 88031009
53 NMD外顯子 TGAAGTTGAAAAATCATA chr4 88030996 88031014
54 NMD外顯子 CACCATGAAGTTGAAAAA chr4 88031001 88031019
55 NMD外顯子 CACATCACCATGAAGTTG chr4 88031006 88031024
56 NMD外顯子 ACTTTCACATCACCATGA chr4 88031011 88031029
57 NMD外顯子 GTATCACTTTCACATCAC chr4 88031016 88031034
58 NMD外顯子 AATGTGTATCACTTTCAC chr4 88031021 88031039
59 NMD外顯子 TATAGAATGTGTATCACT chr4 88031026 88031044
60 NMD外顯子 GTTTCTATAGAATGTGTA chr4 88031031 88031049
61 NMD外顯子 GTGTGGTTTCTATAGAAT chr4 88031036 88031054
62 NMD外顯子 TGAAAGTGTGGTTTCTAT chr4 88031041 88031059
63 NMD外顯子 AAAATTGAAAGTGTGGTT chr4 88031046 88031064
64 NMD外顯子 AATTCAAAATTGAAAGTG chr4 88031051 88031069
65 NMD外顯子 ACCAAAATTCAAAATTGA chr4 88031056 88031074
66 NMD外顯子 AAAAGACCAAAATTCAAA chr4 88031061 88031079
67 NMD外顯子 CTGGAAAAAGACCAAAAT chr4 88031066 88031084
68 NMD外顯子 GTAGCCTGGAAAAAGACC chr4 88031071 88031089
69 NMD外顯子 GTATGGTAGCCTGGAAAA chr4 88031076 88031094
70 NMD外顯子 TTAGAGTATGGTAGCCTG chr4 88031081 88031099
71 NMD外顯子 TCTTTAGAGTATGGTAGC chr4 88031084 88031102
72 NMD外顯子 CTCTATCTTTAGAGTATG chr4 88031089 88031107
73 NMD外顯子 TGTGGCTCTATCTTTAGA chr4 88031094 88031112
74 NMD外顯子 GGATCTGTGGCTCTATCT chr4 88031099 88031117
75 NMD外顯子 GACTGGGATCTGTGGCTC chr4 88031104 88031122
76 NMD外顯子 ACATGGCTGACTGGGATC chr4 88031112 88031130
77 NMD外顯子 TAATCACATGGCTGACTG chr4 88031117 88031135
78 NMD外顯子 CCTCATAATCACATGGCT chr4 88031122 88031140
79 NMD外顯子 TACCCTCATAATCACATG chr4 88031125 88031143
80 NMD外顯子 TCGCTTACCCTCATAATC chr4 88031130 88031148
81 NMD外顯子 ATTGGTCGCTTACCCTCA chr4 88031135 88031153
82 NMD外顯子 AGAGTATTGGTCGCTTAC chr4 88031140 88031158
83 NMD外顯子 ACTGTAGAGTATTGGTCG chr4 88031145 88031163
84 NMD外顯子 AATACACTGTAGAGTATT chr4 88031150 88031168
85 NMD外顯子 AATACAATACACTGTAGA chr4 88031155 88031173
86 NMD外顯子 CTGGCAATACAATACACT chr4 88031160 88031178
87 NMD外顯子 ACCATCTGGCAATACAAT chr4 88031165 88031183
88 NMD外顯子 GCAAAACCATCTGGCAAT chr4 88031170 88031188
89 NMD外顯子 GTTGGGCAAAACCATCTG chr4 88031175 88031193
90 NMD外顯子 GGCTAGTTGGGCAAAACC chr4 88031180 88031198
91 NMD外顯子 CATTAGGCTAGTTGGGCA chr4 88031185 88031203
92 NMD外顯子 ACTTACATTAGGCTAGTT chr4 88031190 88031208
93 NMD外顯子 AGAATACTTACATTAGGC chr4 88031195 88031213
94 NMD外顯子 TGTTTAGAATACTTACAT chr4 88031200 88031218
95 NMD外顯子 AAACATGTTTAGAATACT chr4 88031205 88031223
96 NMD外顯子 ACCTTAAACATGTTTAGA chr4 88031210 88031228
97 NMD外顯子 GGCCTACCTTAAACATGT chr4 88031215 88031233
98 NMD外顯子 AGCCTGGCCTACCTTAAA chr4 88031220 88031238
99 NMD外顯子 AGCTTAGCCTGGCCTACC chr4 88031225 88031243
100 uORF TTTCTTCCCGGCGCCCGC chr4 88007642 88007660
101 uORF CCTTTCTTCCCGGCGCCC chr4 88007644 88007662
102 uORF TTCCTTTCTTCCCGGCGC chr4 88007646 88007664
103 uORF TGTTCCTTTCTTCCCGGC chr4 88007648 88007666
104 uORF CATGTTCCTTTCTTCCCG chr4 88007650 88007668
105 uORF GCCATGTTCCTTTCTTCC chr4 88007652 88007670
106 uORF GAGCCATGTTCCTTTCTT chr4 88007654 88007672
107 uORF AGGAGCCATGTTCCTTTC chr4 88007656 88007674
108 uORF TCAGGAGCCATGTTCCTT chr4 88007658 88007676
109 uORF CCTCAGGAGCCATGTTCC chr4 88007660 88007678
110 uORF CGCCTCAGGAGCCATGTT chr4 88007662 88007680
111 uORF TGCGCCTCAGGAGCCATG chr4 88007664 88007682
112 uORF TGTGCGCCTCAGGAGCCA chr4 88007666 88007684
113 uORF CTGTGCGCCTCAGGAGCC chr4 88007667 88007685
114 Alt 5'ss GUACUUUCAAAGUUAUUU chr4 88036361 88036379
115 Alt 5'ss GAGAGGUACUUUCAAAGU chr4 88036366 88036384
116 Alt 5'ss UGAUAGAGAGGUACUUUC chr4 88036371 88036389
117 Alt 5'ss UUCUGUGAUAGAGAGGUA chr4 88036376 88036394
118 Alt 5'ss CAAUUUUCUGUGAUAGAG chr4 88036381 88036399
119 Alt 5'ss AUGAACAAUUUUCUGUGA chr4 88036386 88036404
120 Alt 5'ss GCCAAAUGAACAAUUUUC chr4 88036391 88036409
121 Alt 5'ss AUGAAGCCAAAUGAACAA chr4 88036396 88036414
122 Alt 5'ss AAAUGAUGAAGCCAAAUG chr4 88036401 88036419
123 Alt 5'ss CAUUGAAAUGAUGAAGCC chr4 88036406 88036424
124 Alt 5'ss UCAUGCAUUGAAAUGAUG chr4 88036411 88036429
125 Alt 5'ss GAUACUCAUGCAUUGAAA chr4 88036416 88036434
126 Alt 5'ss CUGUCGAUACUCAUGCAU chr4 88036421 88036439
127 Alt 5'ss AGGUCCUGUCGAUACUCA chr4 88036426 88036444
128 Alt 5'ss AAAGCAGGUCCUGUCGAU chr4 88036431 88036449
129 Alt 5'ss AAUGCAAAGCAGGUCCUG chr4 88036436 88036454
130 Alt 5'ss UGUUAAAUGCAAAGCAGG chr4 88036441 88036459
131 Alt 5'ss CACAGUGUUAAAUGCAAA chr4 88036446 88036464
132 Alt 5'ss UCUCACACAGUGUUAAAU chr4 88036451 88036469
133 Alt 5'ss UUACGUCUCACACAGUGU chr4 88036456 88036474
134 Alt 5'ss AUAACUUACGUCUCACAC chr4 88036461 88036479
135 Alt 5'ss UCACCAUAACUUACGUCU chr4 88036466 88036484
136 Alt 5'ss ACAACUCACCAUAACUUA chr4 88036471 88036489
137 Alt 5'ss UUCUAACAACUCACCAUA chr4 88036476 88036494
138 Alt 5'ss GUAACUUCUAACAACUCA chr4 88036481 88036499
139 Alt 5'ss GAACAGUAACUUCUAACA chr4 88036486 88036504
140 Alt 5'ss AGUAGGAACAGUAACUUC chr4 88036491 88036509
141 Alt 5'ss UUGAGAGUAGGAACAGUA chr4 88036496 88036514
142 Alt 5'ss ACCCCCUUUGAGAGUAGG chr4 88036503 88036521
143 Alt 5'ss AGUUUACCCCCUUUGAGA chr4 88036508 88036526
144 Alt 5'ss AUGUUAGUUUACCCCCUU chr4 88036513 88036531
145 Alt 5'ss UCUCAAUGUUAGUUUACC chr4 88036518 88036536
146 Alt 5'ss AAAGUUCUCAAUGUUAGU chr4 88036523 88036541
147 Alt 5'ss CAGGCAAAGUUCUCAAUG chr4 88036528 88036546
148 Alt 5'ss AGGCACAGGCAAAGUUCU chr4 88036533 88036551
149 Alt 5'ss GUGCAAGGCACAGGCAAA chr4 88036538 88036556
150 Alt 5'ss GCACAGUGCAAGGCACAG chr4 88036543 88036561
151 Alt 5'ss ACUCAGCACAGUGCAAGG chr4 88036548 88036566
152 Alt 5'ss GAAACACUCAGCACAGUG chr4 88036553 88036571
153 Alt 5'ss GAUAUGAAACACUCAGCA chr4 88036558 88036576
154 Alt 5'ss GGUAAGAUAUGAAACACU chr4 88036563 88036581
155 Alt 5'ss AAUAAGGUAAGAUAUGAA chr4 88036568 88036586
156 Alt 5'ss AAUUAAAUAAGGUAAGAU chr4 88036573 88036591
157 Alt 5'ss AUAGAAAUUAAAUAAGGU chr4 88036578 88036596
158 Alt 5'ss AGACUAUAGAAAUUAAAU chr4 88036583 88036601
159 Alt 5'ss GAGUUAGACUAUAGAAAU chr4 88036588 88036606
160 Alt 5'ss UUAUAGAGUUAGACUAUA chr4 88036593 88036611
161 Alt 5'ss UUACCUUAUAGAGUUAGA chr4 88036598 88036616
162 Alt 5'ss AGUACUUACCUUAUAGAG chr4 88036603 88036621
163 NMD外顯子 AUAAAUCGAACCAUCGUA chr4 88030981 88030999
164 NMD外顯子 AAAUCAUAAAUCGAACCA chr4 88030986 88031004
165 NMD外顯子 UUGAAAAAUCAUAAAUCG chr4 88030991 88031009
166 NMD外顯子 UGAAGUUGAAAAAUCAUA chr4 88030996 88031014
167 NMD外顯子 CACCAUGAAGUUGAAAAA chr4 88031001 88031019
168 NMD外顯子 CACAUCACCAUGAAGUUG chr4 88031006 88031024
169 NMD外顯子 ACUUUCACAUCACCAUGA chr4 88031011 88031029
170 NMD外顯子 GUAUCACUUUCACAUCAC chr4 88031016 88031034
171 NMD外顯子 AAUGUGUAUCACUUUCAC chr4 88031021 88031039
172 NMD外顯子 UAUAGAAUGUGUAUCACU chr4 88031026 88031044
173 NMD外顯子 GUUUCUAUAGAAUGUGUA chr4 88031031 88031049
174 NMD外顯子 GUGUGGUUUCUAUAGAAU chr4 88031036 88031054
175 NMD外顯子 UGAAAGUGUGGUUUCUAU chr4 88031041 88031059
176 NMD外顯子 AAAAUUGAAAGUGUGGUU chr4 88031046 88031064
177 NMD外顯子 AAUUCAAAAUUGAAAGUG chr4 88031051 88031069
178 NMD外顯子 ACCAAAAUUCAAAAUUGA chr4 88031056 88031074
179 NMD外顯子 AAAAGACCAAAAUUCAAA chr4 88031061 88031079
180 NMD外顯子 CUGGAAAAAGACCAAAAU chr4 88031066 88031084
181 NMD外顯子 GUAGCCUGGAAAAAGACC chr4 88031071 88031089
182 NMD外顯子 GUAUGGUAGCCUGGAAAA chr4 88031076 88031094
183 NMD外顯子 UUAGAGUAUGGUAGCCUG chr4 88031081 88031099
184 NMD外顯子 UCUUUAGAGUAUGGUAGC chr4 88031084 88031102
185 NMD外顯子 CUCUAUCUUUAGAGUAUG chr4 88031089 88031107
186 NMD外顯子 UGUGGCUCUAUCUUUAGA chr4 88031094 88031112
187 NMD外顯子 GGAUCUGUGGCUCUAUCU chr4 88031099 88031117
188 NMD外顯子 GACUGGGAUCUGUGGCUC chr4 88031104 88031122
189 NMD外顯子 ACAUGGCUGACUGGGAUC chr4 88031112 88031130
190 NMD外顯子 UAAUCACAUGGCUGACUG chr4 88031117 88031135
191 NMD外顯子 CCUCAUAAUCACAUGGCU chr4 88031122 88031140
192 NMD外顯子 UACCCUCAUAAUCACAUG chr4 88031125 88031143
193 NMD外顯子 UCGCUUACCCUCAUAAUC chr4 88031130 88031148
194 NMD外顯子 AUUGGUCGCUUACCCUCA chr4 88031135 88031153
195 NMD外顯子 AGAGUAUUGGUCGCUUAC chr4 88031140 88031158
196 NMD外顯子 ACUGUAGAGUAUUGGUCG chr4 88031145 88031163
197 NMD外顯子 AAUACACUGUAGAGUAUU chr4 88031150 88031168
198 NMD外顯子 AAUACAAUACACUGUAGA chr4 88031155 88031173
199 NMD外顯子 CUGGCAAUACAAUACACU chr4 88031160 88031178
200 NMD外顯子 ACCAUCUGGCAAUACAAU chr4 88031165 88031183
201 NMD外顯子 GCAAAACCAUCUGGCAAU chr4 88031170 88031188
202 NMD外顯子 GUUGGGCAAAACCAUCUG chr4 88031175 88031193
203 NMD外顯子 GGCUAGUUGGGCAAAACC chr4 88031180 88031198
204 NMD外顯子 CAUUAGGCUAGUUGGGCA chr4 88031185 88031203
205 NMD外顯子 ACUUACAUUAGGCUAGUU chr4 88031190 88031208
206 NMD外顯子 AGAAUACUUACAUUAGGC chr4 88031195 88031213
207 NMD外顯子 UGUUUAGAAUACUUACAU chr4 88031200 88031218
208 NMD外顯子 AAACAUGUUUAGAAUACU chr4 88031205 88031223
209 NMD外顯子 ACCUUAAACAUGUUUAGA chr4 88031210 88031228
210 NMD外顯子 GGCCUACCUUAAACAUGU chr4 88031215 88031233
211 NMD外顯子 AGCCUGGCCUACCUUAAA chr4 88031220 88031238
212 NMD外顯子 AGCUUAGCCUGGCCUACC chr4 88031225 88031243
213 uORF UUUCUUCCCGGCGCCCGC chr4 88007642 88007660
214 uORF CCUUUCUUCCCGGCGCCC chr4 88007644 88007662
215 uORF UUCCUUUCUUCCCGGCGC chr4 88007646 88007664
216 uORF UGUUCCUUUCUUCCCGGC chr4 88007648 88007666
217 uORF CAUGUUCCUUUCUUCCCG chr4 88007650 88007668
218 uORF GCCAUGUUCCUUUCUUCC chr4 88007652 88007670
219 uORF GAGCCAUGUUCCUUUCUU chr4 88007654 88007672
220 uORF AGGAGCCAUGUUCCUUUC chr4 88007656 88007674
221 uORF UCAGGAGCCAUGUUCCUU chr4 88007658 88007676
222 uORF CCUCAGGAGCCAUGUUCC chr4 88007660 88007678
223 uORF CGCCUCAGGAGCCAUGUU chr4 88007662 88007680
224 uORF UGCGCCUCAGGAGCCAUG chr4 88007664 88007682
225 uORF UGUGCGCCUCAGGAGCCA chr4 88007666 88007684
226 uORF CUGUGCGCCUCAGGAGCC chr4 88007667 88007685
*alt_5 ss係指內含子之選擇性5’剪接位點。 表 5 ： 示例性 PKD2 載體化 ASO 序列
SEQ ID 事件 序列 Chr 寡核苷酸起始 (chr 座標 ) 寡核苷酸末端 (chr 座標 )
1 Alt 5'ss GTACTTTCAAAGTTATTT chr4 88036361 88036379
2 Alt 5'ss GAGAGGTACTTTCAAAGT chr4 88036366 88036384
3 Alt 5'ss TGATAGAGAGGTACTTTC chr4 88036371 88036389
4 Alt 5'ss TTCTGTGATAGAGAGGTA chr4 88036376 88036394
5 Alt 5'ss CAATTTTCTGTGATAGAG chr4 88036381 88036399
6 Alt 5'ss ATGAACAATTTTCTGTGA chr4 88036386 88036404
7 Alt 5'ss GCCAAATGAACAATTTTC chr4 88036391 88036409
8 Alt 5'ss ATGAAGCCAAATGAACAA chr4 88036396 88036414
9 Alt 5'ss AAATGATGAAGCCAAATG chr4 88036401 88036419
10 Alt 5'ss CATTGAAATGATGAAGCC chr4 88036406 88036424
11 Alt 5'ss TCATGCATTGAAATGATG chr4 88036411 88036429
12 Alt 5'ss GATACTCATGCATTGAAA chr4 88036416 88036434
13 Alt 5'ss CTGTCGATACTCATGCAT chr4 88036421 88036439
14 Alt 5'ss AGGTCCTGTCGATACTCA chr4 88036426 88036444
15 Alt 5'ss AAAGCAGGTCCTGTCGAT chr4 88036431 88036449
16 Alt 5'ss AATGCAAAGCAGGTCCTG chr4 88036436 88036454
17 Alt 5'ss TGTTAAATGCAAAGCAGG chr4 88036441 88036459
18 Alt 5'ss CACAGTGTTAAATGCAAA chr4 88036446 88036464
19 Alt 5'ss TCTCACACAGTGTTAAAT chr4 88036451 88036469
20 Alt 5'ss TTACGTCTCACACAGTGT chr4 88036456 88036474
21 Alt 5'ss ATAACTTACGTCTCACAC chr4 88036461 88036479
22 Alt 5'ss TCACCATAACTTACGTCT chr4 88036466 88036484
23 Alt 5'ss ACAACTCACCATAACTTA chr4 88036471 88036489
24 Alt 5'ss TTCTAACAACTCACCATA chr4 88036476 88036494
25 Alt 5'ss GTAACTTCTAACAACTCA chr4 88036481 88036499
26 Alt 5'ss GAACAGTAACTTCTAACA chr4 88036486 88036504
27 Alt 5'ss AGTAGGAACAGTAACTTC chr4 88036491 88036509
28 Alt 5'ss TTGAGAGTAGGAACAGTA chr4 88036496 88036514
29 Alt 5'ss ACCCCCTTTGAGAGTAGG chr4 88036503 88036521
30 Alt 5'ss AGTTTACCCCCTTTGAGA chr4 88036508 88036526
31 Alt 5'ss ATGTTAGTTTACCCCCTT chr4 88036513 88036531
32 Alt 5'ss TCTCAATGTTAGTTTACC chr4 88036518 88036536
33 Alt 5'ss AAAGTTCTCAATGTTAGT chr4 88036523 88036541
34 Alt 5'ss CAGGCAAAGTTCTCAATG chr4 88036528 88036546
35 Alt 5'ss AGGCACAGGCAAAGTTCT chr4 88036533 88036551
36 Alt 5'ss GTGCAAGGCACAGGCAAA chr4 88036538 88036556
37 Alt 5'ss GCACAGTGCAAGGCACAG chr4 88036543 88036561
38 Alt 5'ss ACTCAGCACAGTGCAAGG chr4 88036548 88036566
39 Alt 5'ss GAAACACTCAGCACAGTG chr4 88036553 88036571
40 Alt 5'ss GATATGAAACACTCAGCA chr4 88036558 88036576
41 Alt 5'ss GGTAAGATATGAAACACT chr4 88036563 88036581
42 Alt 5'ss AATAAGGTAAGATATGAA chr4 88036568 88036586
43 Alt 5'ss AATTAAATAAGGTAAGAT chr4 88036573 88036591
44 Alt 5'ss ATAGAAATTAAATAAGGT chr4 88036578 88036596
45 Alt 5'ss AGACTATAGAAATTAAAT chr4 88036583 88036601
46 Alt 5'ss GAGTTAGACTATAGAAAT chr4 88036588 88036606
47 Alt 5'ss TTATAGAGTTAGACTATA chr4 88036593 88036611
48 Alt 5'ss TTACCTTATAGAGTTAGA chr4 88036598 88036616
49 Alt 5'ss AGTACTTACCTTATAGAG chr4 88036603 88036621
50 NMD外顯子 ATAAATCGAACCATCGTA chr4 88030981 88030999
51 NMD外顯子 AAATCATAAATCGAACCA chr4 88030986 88031004
52 NMD外顯子 TTGAAAAATCATAAATCG chr4 88030991 88031009
53 NMD外顯子 TGAAGTTGAAAAATCATA chr4 88030996 88031014
54 NMD外顯子 CACCATGAAGTTGAAAAA chr4 88031001 88031019
55 NMD外顯子 CACATCACCATGAAGTTG chr4 88031006 88031024
56 NMD外顯子 ACTTTCACATCACCATGA chr4 88031011 88031029
57 NMD外顯子 GTATCACTTTCACATCAC chr4 88031016 88031034
58 NMD外顯子 AATGTGTATCACTTTCAC chr4 88031021 88031039
59 NMD外顯子 TATAGAATGTGTATCACT chr4 88031026 88031044
60 NMD外顯子 GTTTCTATAGAATGTGTA chr4 88031031 88031049
61 NMD外顯子 GTGTGGTTTCTATAGAAT chr4 88031036 88031054
62 NMD外顯子 TGAAAGTGTGGTTTCTAT chr4 88031041 88031059
63 NMD外顯子 AAAATTGAAAGTGTGGTT chr4 88031046 88031064
64 NMD外顯子 AATTCAAAATTGAAAGTG chr4 88031051 88031069
65 NMD外顯子 ACCAAAATTCAAAATTGA chr4 88031056 88031074
66 NMD外顯子 AAAAGACCAAAATTCAAA chr4 88031061 88031079
67 NMD外顯子 CTGGAAAAAGACCAAAAT chr4 88031066 88031084
68 NMD外顯子 GTAGCCTGGAAAAAGACC chr4 88031071 88031089
69 NMD外顯子 GTATGGTAGCCTGGAAAA chr4 88031076 88031094
70 NMD外顯子 TTAGAGTATGGTAGCCTG chr4 88031081 88031099
71 NMD外顯子 TCTTTAGAGTATGGTAGC chr4 88031084 88031102
72 NMD外顯子 CTCTATCTTTAGAGTATG chr4 88031089 88031107
73 NMD外顯子 TGTGGCTCTATCTTTAGA chr4 88031094 88031112
74 NMD外顯子 GGATCTGTGGCTCTATCT chr4 88031099 88031117
75 NMD外顯子 GACTGGGATCTGTGGCTC chr4 88031104 88031122
76 NMD外顯子 ACATGGCTGACTGGGATC chr4 88031112 88031130
77 NMD外顯子 TAATCACATGGCTGACTG chr4 88031117 88031135
78 NMD外顯子 CCTCATAATCACATGGCT chr4 88031122 88031140
79 NMD外顯子 TACCCTCATAATCACATG chr4 88031125 88031143
80 NMD外顯子 TCGCTTACCCTCATAATC chr4 88031130 88031148
81 NMD外顯子 ATTGGTCGCTTACCCTCA chr4 88031135 88031153
82 NMD外顯子 AGAGTATTGGTCGCTTAC chr4 88031140 88031158
83 NMD外顯子 ACTGTAGAGTATTGGTCG chr4 88031145 88031163
84 NMD外顯子 AATACACTGTAGAGTATT chr4 88031150 88031168
85 NMD外顯子 AATACAATACACTGTAGA chr4 88031155 88031173
86 NMD外顯子 CTGGCAATACAATACACT chr4 88031160 88031178
87 NMD外顯子 ACCATCTGGCAATACAAT chr4 88031165 88031183
88 NMD外顯子 GCAAAACCATCTGGCAAT chr4 88031170 88031188
89 NMD外顯子 GTTGGGCAAAACCATCTG chr4 88031175 88031193
90 NMD外顯子 GGCTAGTTGGGCAAAACC chr4 88031180 88031198
91 NMD外顯子 CATTAGGCTAGTTGGGCA chr4 88031185 88031203
92 NMD外顯子 ACTTACATTAGGCTAGTT chr4 88031190 88031208
93 NMD外顯子 AGAATACTTACATTAGGC chr4 88031195 88031213
94 NMD外顯子 TGTTTAGAATACTTACAT chr4 88031200 88031218
95 NMD外顯子 AAACATGTTTAGAATACT chr4 88031205 88031223
96 NMD外顯子 ACCTTAAACATGTTTAGA chr4 88031210 88031228
97 NMD外顯子 GGCCTACCTTAAACATGT chr4 88031215 88031233
98 NMD外顯子 AGCCTGGCCTACCTTAAA chr4 88031220 88031238
99 NMD外顯子 AGCTTAGCCTGGCCTACC chr4 88031225 88031243
100 uORF TTTCTTCCCGGCGCCCGC chr4 88007642 88007660
101 uORF CCTTTCTTCCCGGCGCCC chr4 88007644 88007662
102 uORF TTCCTTTCTTCCCGGCGC chr4 88007646 88007664
103 uORF TGTTCCTTTCTTCCCGGC chr4 88007648 88007666
104 uORF CATGTTCCTTTCTTCCCG chr4 88007650 88007668
105 uORF GCCATGTTCCTTTCTTCC chr4 88007652 88007670
106 uORF GAGCCATGTTCCTTTCTT chr4 88007654 88007672
107 uORF AGGAGCCATGTTCCTTTC chr4 88007656 88007674
108 uORF TCAGGAGCCATGTTCCTT chr4 88007658 88007676
109 uORF CCTCAGGAGCCATGTTCC chr4 88007660 88007678
110 uORF CGCCTCAGGAGCCATGTT chr4 88007662 88007680
111 uORF TGCGCCTCAGGAGCCATG chr4 88007664 88007682
112 uORF TGTGCGCCTCAGGAGCCA chr4 88007666 88007684
113 uORF CTGTGCGCCTCAGGAGCC chr4 88007667 88007685
114 Alt 5'ss GUACUUUCAAAGUUAUUU chr4 88036361 88036379
115 Alt 5'ss GAGAGGUACUUUCAAAGU chr4 88036366 88036384
116 Alt 5'ss UGAUAGAGAGGUACUUUC chr4 88036371 88036389
117 Alt 5'ss UUCUGUGAUAGAGAGGUA chr4 88036376 88036394
118 Alt 5'ss CAAUUUUCUGUGAUAGAG chr4 88036381 88036399
119 Alt 5'ss AUGAACAAUUUUCUGUGA chr4 88036386 88036404
120 Alt 5'ss GCCAAAUGAACAAUUUUC chr4 88036391 88036409
121 Alt 5'ss AUGAAGCCAAAUGAACAA chr4 88036396 88036414
122 Alt 5'ss AAAUGAUGAAGCCAAAUG chr4 88036401 88036419
123 Alt 5'ss CAUUGAAAUGAUGAAGCC chr4 88036406 88036424
124 Alt 5'ss UCAUGCAUUGAAAUGAUG chr4 88036411 88036429
125 Alt 5'ss GAUACUCAUGCAUUGAAA chr4 88036416 88036434
126 Alt 5'ss CUGUCGAUACUCAUGCAU chr4 88036421 88036439
127 Alt 5'ss AGGUCCUGUCGAUACUCA chr4 88036426 88036444
128 Alt 5'ss AAAGCAGGUCCUGUCGAU chr4 88036431 88036449
129 Alt 5'ss AAUGCAAAGCAGGUCCUG chr4 88036436 88036454
130 Alt 5'ss UGUUAAAUGCAAAGCAGG chr4 88036441 88036459
131 Alt 5'ss CACAGUGUUAAAUGCAAA chr4 88036446 88036464
132 Alt 5'ss UCUCACACAGUGUUAAAU chr4 88036451 88036469
133 Alt 5'ss UUACGUCUCACACAGUGU chr4 88036456 88036474
134 Alt 5'ss AUAACUUACGUCUCACAC chr4 88036461 88036479
135 Alt 5'ss UCACCAUAACUUACGUCU chr4 88036466 88036484
136 Alt 5'ss ACAACUCACCAUAACUUA chr4 88036471 88036489
137 Alt 5'ss UUCUAACAACUCACCAUA chr4 88036476 88036494
138 Alt 5'ss GUAACUUCUAACAACUCA chr4 88036481 88036499
139 Alt 5'ss GAACAGUAACUUCUAACA chr4 88036486 88036504
140 Alt 5'ss AGUAGGAACAGUAACUUC chr4 88036491 88036509
141 Alt 5'ss UUGAGAGUAGGAACAGUA chr4 88036496 88036514
142 Alt 5'ss ACCCCCUUUGAGAGUAGG chr4 88036503 88036521
143 Alt 5'ss AGUUUACCCCCUUUGAGA chr4 88036508 88036526
144 Alt 5'ss AUGUUAGUUUACCCCCUU chr4 88036513 88036531
145 Alt 5'ss UCUCAAUGUUAGUUUACC chr4 88036518 88036536
146 Alt 5'ss AAAGUUCUCAAUGUUAGU chr4 88036523 88036541
147 Alt 5'ss CAGGCAAAGUUCUCAAUG chr4 88036528 88036546
148 Alt 5'ss AGGCACAGGCAAAGUUCU chr4 88036533 88036551
149 Alt 5'ss GUGCAAGGCACAGGCAAA chr4 88036538 88036556
150 Alt 5'ss GCACAGUGCAAGGCACAG chr4 88036543 88036561
151 Alt 5'ss ACUCAGCACAGUGCAAGG chr4 88036548 88036566
152 Alt 5'ss GAAACACUCAGCACAGUG chr4 88036553 88036571
153 Alt 5'ss GAUAUGAAACACUCAGCA chr4 88036558 88036576
154 Alt 5'ss GGUAAGAUAUGAAACACU chr4 88036563 88036581
155 Alt 5'ss AAUAAGGUAAGAUAUGAA chr4 88036568 88036586
156 Alt 5'ss AAUUAAAUAAGGUAAGAU chr4 88036573 88036591
157 Alt 5'ss AUAGAAAUUAAAUAAGGU chr4 88036578 88036596
158 Alt 5'ss AGACUAUAGAAAUUAAAU chr4 88036583 88036601
159 Alt 5'ss GAGUUAGACUAUAGAAAU chr4 88036588 88036606
160 Alt 5'ss UUAUAGAGUUAGACUAUA chr4 88036593 88036611
161 Alt 5'ss UUACCUUAUAGAGUUAGA chr4 88036598 88036616
162 Alt 5'ss AGUACUUACCUUAUAGAG chr4 88036603 88036621
163 NMD外顯子 AUAAAUCGAACCAUCGUA chr4 88030981 88030999
164 NMD外顯子 AAAUCAUAAAUCGAACCA chr4 88030986 88031004
165 NMD外顯子 UUGAAAAAUCAUAAAUCG chr4 88030991 88031009
166 NMD外顯子 UGAAGUUGAAAAAUCAUA chr4 88030996 88031014
167 NMD外顯子 CACCAUGAAGUUGAAAAA chr4 88031001 88031019
168 NMD外顯子 CACAUCACCAUGAAGUUG chr4 88031006 88031024
169 NMD外顯子 ACUUUCACAUCACCAUGA chr4 88031011 88031029
170 NMD外顯子 GUAUCACUUUCACAUCAC chr4 88031016 88031034
171 NMD外顯子 AAUGUGUAUCACUUUCAC chr4 88031021 88031039
172 NMD外顯子 UAUAGAAUGUGUAUCACU chr4 88031026 88031044
173 NMD外顯子 GUUUCUAUAGAAUGUGUA chr4 88031031 88031049
174 NMD外顯子 GUGUGGUUUCUAUAGAAU chr4 88031036 88031054
175 NMD外顯子 UGAAAGUGUGGUUUCUAU chr4 88031041 88031059
176 NMD外顯子 AAAAUUGAAAGUGUGGUU chr4 88031046 88031064
177 NMD外顯子 AAUUCAAAAUUGAAAGUG chr4 88031051 88031069
178 NMD外顯子 ACCAAAAUUCAAAAUUGA chr4 88031056 88031074
179 NMD外顯子 AAAAGACCAAAAUUCAAA chr4 88031061 88031079
180 NMD外顯子 CUGGAAAAAGACCAAAAU chr4 88031066 88031084
181 NMD外顯子 GUAGCCUGGAAAAAGACC chr4 88031071 88031089
182 NMD外顯子 GUAUGGUAGCCUGGAAAA chr4 88031076 88031094
183 NMD外顯子 UUAGAGUAUGGUAGCCUG chr4 88031081 88031099
184 NMD外顯子 UCUUUAGAGUAUGGUAGC chr4 88031084 88031102
185 NMD外顯子 CUCUAUCUUUAGAGUAUG chr4 88031089 88031107
186 NMD外顯子 UGUGGCUCUAUCUUUAGA chr4 88031094 88031112
187 NMD外顯子 GGAUCUGUGGCUCUAUCU chr4 88031099 88031117
188 NMD外顯子 GACUGGGAUCUGUGGCUC chr4 88031104 88031122
189 NMD外顯子 ACAUGGCUGACUGGGAUC chr4 88031112 88031130
190 NMD外顯子 UAAUCACAUGGCUGACUG chr4 88031117 88031135
191 NMD外顯子 CCUCAUAAUCACAUGGCU chr4 88031122 88031140
192 NMD外顯子 UACCCUCAUAAUCACAUG chr4 88031125 88031143
193 NMD外顯子 UCGCUUACCCUCAUAAUC chr4 88031130 88031148
194 NMD外顯子 AUUGGUCGCUUACCCUCA chr4 88031135 88031153
195 NMD外顯子 AGAGUAUUGGUCGCUUAC chr4 88031140 88031158
196 NMD外顯子 ACUGUAGAGUAUUGGUCG chr4 88031145 88031163
197 NMD外顯子 AAUACACUGUAGAGUAUU chr4 88031150 88031168
198 NMD外顯子 AAUACAAUACACUGUAGA chr4 88031155 88031173
199 NMD外顯子 CUGGCAAUACAAUACACU chr4 88031160 88031178
200 NMD外顯子 ACCAUCUGGCAAUACAAU chr4 88031165 88031183
201 NMD外顯子 GCAAAACCAUCUGGCAAU chr4 88031170 88031188
202 NMD外顯子 GUUGGGCAAAACCAUCUG chr4 88031175 88031193
203 NMD外顯子 GGCUAGUUGGGCAAAACC chr4 88031180 88031198
204 NMD外顯子 CAUUAGGCUAGUUGGGCA chr4 88031185 88031203
205 NMD外顯子 ACUUACAUUAGGCUAGUU chr4 88031190 88031208
206 NMD外顯子 AGAAUACUUACAUUAGGC chr4 88031195 88031213
207 NMD外顯子 UGUUUAGAAUACUUACAU chr4 88031200 88031218
208 NMD外顯子 AAACAUGUUUAGAAUACU chr4 88031205 88031223
209 NMD外顯子 ACCUUAAACAUGUUUAGA chr4 88031210 88031228
210 NMD外顯子 GGCCUACCUUAAACAUGU chr4 88031215 88031233
211 NMD外顯子 AGCCUGGCCUACCUUAAA chr4 88031220 88031238
212 NMD外顯子 AGCUUAGCCUGGCCUACC chr4 88031225 88031243
213 uORF UUUCUUCCCGGCGCCCGC chr4 88007642 88007660
214 uORF CCUUUCUUCCCGGCGCCC chr4 88007644 88007662
215 uORF UUCCUUUCUUCCCGGCGC chr4 88007646 88007664
216 uORF UGUUCCUUUCUUCCCGGC chr4 88007648 88007666
217 uORF CAUGUUCCUUUCUUCCCG chr4 88007650 88007668
218 uORF GCCAUGUUCCUUUCUUCC chr4 88007652 88007670
219 uORF GAGCCAUGUUCCUUUCUU chr4 88007654 88007672
220 uORF AGGAGCCAUGUUCCUUUC chr4 88007656 88007674
221 uORF UCAGGAGCCAUGUUCCUU chr4 88007658 88007676
222 uORF CCUCAGGAGCCAUGUUCC chr4 88007660 88007678
223 uORF CGCCUCAGGAGCCAUGUU chr4 88007662 88007680
224 uORF UGCGCCUCAGGAGCCAUG chr4 88007664 88007682
225 uORF UGUGCGCCUCAGGAGCCA chr4 88007666 88007684
226 uORF CUGUGCGCCUCAGGAGCC chr4 88007667 88007685
表 6 ： 示例性小鼠 U7 載體序列
區域 序列
啟動子序列(小鼠U7啟動子) cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc
野生型U7反義序列 AAGUGUUACAGCUCUUUUAG
野生型U7非編碼RNA序列 AAUUUGUCUAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCU
替換野生型U7反義序列之ASO序列 GTACTTTCAAAGTTATTT ATAAATCGAACCATCGTA TTTCTTCCCGGCGCCCGC
經修飾之U7 snRNA (smOPT)非編碼RNA序列 AAUUUUUGGAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCU
smOPT序列 AAUUUUUGGAG
3'調控序列 cccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg
野生型U7 snRNA之示例性完整序列 cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc AAGUGUUACAGCUCUUUUAG AAUUUGUCUAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCUcccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg
經修飾之U7 snRNA (smOPT)之示例性完整序列 cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc AAGUGUUACAGCUCUUUUAG AAUUUUUGGAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCUcccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg
含有替換U7 snRNA之反義序列之ASO序列的經修飾之U7 snRNA (smOPT)之完整序列([ASO序列]之示例性序列包括表4及表5中之序列) cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc [ ASO sequence] AAUUUUUGGAG CAGGU UUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCUcccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg         
含有替換U7 snRNA之反義序列之ASO序列的經修飾之U7 snRNA (smOPT)之示例性完整序列 cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc GUACUUUCAAAGUUAUUU AAUUUUUGGAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCUcccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg   
含有替換U7 snRNA之反義序列之ASO序列的經修飾之U7 snRNA (smOPT)之示例性完整序列 cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc AUAAAUCGAACCAUCGUA AAUUUUUGGAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCUcccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg   
含有替換U7 snRNA之反義序列之ASO序列的經修飾之U7 snRNA (smOPT)之示例性完整序列 cccacaucgccugccacuacuuaaguccgauucacuucggcuuuagcuccaagccuuuaaucucgcgaagcucuuuuuuuuuuuuuaacaacauaggagcugugauuggcuguuuucagccaaucagcacugacucauuugcauagccuuuacaagcggucacaaacucaagaaacgagcgguuuuaauagucuuuuagaauauuguuuaucgaaccgaauaaggaacugugcuuugugauucacauaucaguggagggguguggaaauggcaccuugaucucacccucaucgaaaguggaguugauguccuucccuggcucgcuacagacgcacuuccgc UUUCUUCCCGGCGCCCGC AAUUUUUGGAG CAGGUUUUCUGACUUCGGUCGGAAAACCCCUcccaauuucacuggucuacaaugaaagcaaaacaguucucuuccccgcuccccggugugugagaggggcuuugauccuucucugguuuccuaggaaacgcguaugugcuagagccacgcucugagacuuccgccucgugcggucccgcuuccuuucugccuccucugg   
實例
將藉由以下實例更確切地說明本發明。然而，應理解，此等實例不以任何方式限制本發明。 實例 1 ： 藉由 RNAseq 使用次世代定序鑑別轉錄本中之 NMD 誘導外顯子包括事件
使用次世代定序進行全總轉錄本霰彈槍定序以展現由本文所述之基因產生之轉錄本的快照，從而鑑別NIE包括事件。出於此目的，來自人類細胞之細胞核及細胞質部分之多聚A+ RNA經分離且使用Illumina之TruSeq Stranded mRNA庫製備套組構築cDNA庫。該等庫經配對末端定序，產生映射至人類基因體之100個核苷酸之讀段(Grch38/hg38組裝體)。 圖 2描繪 PKD2基因中之不同示例性無意義介導之mRNA衰變(NMD)誘導外顯子的鑑別。 實例 2 ： 經由環己醯亞胺處理確認 NIE
使用來自經DMSO處理或環己醯亞胺處理之人類腎混合上皮細胞及人類腎皮質上皮細胞的細胞質RNA及在外顯子中之引子進行RT-PCR分析，可確認與NMD誘導外顯子相對應之條帶的存在。藉由定序確認產物之屬性。對條帶進行密度測定分析以計算總轉錄本之NMD外顯子包括百分比。用環己醯亞胺處理細胞以抑制NMD可使得與細胞質部分中之NMD誘導外顯子相對應的產物增加。 圖 4B描繪分別使用環己醯亞胺處理對多種基因轉錄本中之示例性NIE外顯子的確認。 實例 3 ： NMD 外顯子區域 ASO 步移
使用ASO，針對緊鄰3'剪接位點上游、跨3'剪接位點、NMD外顯子、跨5'剪接位點、及5'剪接位點下游之NMD外顯子區域靶向序列進行ASO步移。ASO經設計以藉由一次位移5個核苷酸而覆蓋此等區域。 圖 5描繪示例性NIE外顯子區域之ASO步移。 實例 4 ： 藉由 RT-PCR 評估之 NMD 外顯子區域 ASO 步移
可藉由例如RT-PCR評估ASO步移序列。可使用PAGE展示經過如本文所述之靶向NMD外顯子區域之ASO處理之人類細胞藉由剝裸攝取(gymnotic uptake)、轉染或核轉染後該等人類細胞中之SYBR安全染色之RT-PCR產物。定量包括及全長NMD外顯子之對應產物，且以MD外顯子包括百分比繪圖。全長產物亦可相對於內部mRNA對照物正規化且可相對於對照物之變化倍數繪圖。 圖 7A描繪如藉由基於探針之RT-qPCR (參見實例5，相對於RPL32正規化)使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 6A-B之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞所評估的生產性 PKD2mRNA之變化。 圖 7B描繪如藉由基於探針之RT-qPCR (參見實例5，相對於RPL32正規化)使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 6A-B之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞所評估的非生產性 PKD2mRNA之變化。 圖 8A描繪如藉由基於探針之RT-qPCR (參見實例5，相對於RPL32正規化)使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 5之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞所評估的生產性 PKD2mRNA之變化。 圖 8B描繪如藉由基於探針之RT-qPCR (參見實例5，相對於RPL32正規化)使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 5之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞所評估的非生產性 PKD2mRNA之變化。 實例 5 ： 藉由 RT-qCR 評估之 NMD 外顯子區域 ASO 步移
可使用相同ASO攝取實驗獲得SYBR-green或任何基於探針之RT-qPCR擴增結果，該等結果相對於內部mRNA對照正規化，該實驗可藉由RT-qPCR評估且可相對於假處理組之變化倍數繪圖，以確認RT-qPCR結果。 實例 6 ： 經 CXH 處理之細胞中所選 ASO 之劑量依賴性作用
可使用PAGE展示經過RNAiMAX轉染之小鼠或人類細胞接受模擬處理(假處理組，僅RNAiMAX)或使用30 nM、80 nM及200 nM濃度之靶向NMD外顯子之ASO處理後的SYBR安全染色之RT-PCR產物。定量包括及全長NMD外顯子之對應產物，且以NMD外顯子包括百分比繪圖。全長產物亦可相對於HPRT內部對照正規化且相對於假處理組之變化倍數繪圖。 實例 7 ： 所選 ASO 之注射
來自注射PBS (1 μL) (-)或注射多種濃度之ASO或Cep290 (陰性對照ASO；Gerard等人, Mol. Ther. Nuc. Ac., 2015) 2ʹ-ASO (1 μL) (+)之小鼠的SYBR安全染色之RT-PCR產物的PAGE。定量包括及全長NMD外顯子之對應產物，且以NMD外顯子包括百分比繪圖。全長產物可相對於GAPDH內部對照正規化且由注射ASO相對於注射PBS之變化倍數繪圖。 實例 8 ： 藉由 RNAseq 使用次世代定序鑑別轉錄本中之 NMD 誘導選擇式剪接事件
藉由分析來自人類肝臟、腎臟、中樞神經系統(CNS)及眼睛組織之83個公開可得之RNA定序(RNA-seq)資料集來鑑別已知ASO可接近之器官中的非生產性AS事件。計算分析發現7,819個獨特基因，該等基因含有總共13,121個多種類型之非生產性AS事件。藉由將此等基因與遺傳疾病資料庫，諸如Orphanet (www.orpha.net/)交叉參考，鑑別1,265個具有非生產性AS事件之疾病相關基因。因為許多NMD敏感性轉錄本在所分析之組織中有效降解且無法由RNAseq偵測，所以具有非生產性AS事件之基因比迄今為止已鑑別之基因多得多。 圖 3描繪 PKD2基因中之不同示例性無意義介導之mRNA衰變(NMD)誘導選擇式剪接事件的鑑別。 實例 9 ： 經由環己醯亞胺處理之選擇式剪接之確認
為驗證電腦模擬預測且定量可能靶向之非生產性AS事件之豐度，將細胞用環己醯亞胺(CHX) (已知抑制NMD之轉譯抑制劑)處理。據預期，逆轉錄酶(RT)-PCR分析展示在各種細胞株中在CHX處理後，與經DMSO處理之細胞相比，預測之非生產性 PKD2剪接事件一致增加。增加表明此等非生產性AS事件引起NMD降解轉錄本。 圖 4B描繪分別使用環己醯亞胺處理對多種基因轉錄本中之示例性NIE外顯子的確認。 實例 10 ： PKD2 外顯子、選擇性5' ss 及5' UTR 區域 ASO 步移
為鑑別可阻止非生產性AS事件及/或調節 PKD2mRNA轉錄本轉譯之ASO，沿著 PKD2之所關注AS事件或5'UTR以5 nt步長進行初始系統ASO步移。 圖 5展示沿著 PKD2前mRNA之NMD外顯子AS事件的系統ASO步移。 圖 6A及 圖 6B展示沿著 PKD2前mRNA之選擇性5'ss AS事件之系統ASO步移。 圖 10展示沿著 PKD2mRNA之5'UTR之系統ASO步移。此等ASO在2'核糖位置處可具有均一硫代磷酸酯主鏈及甲氧基乙基(2'MOE-PS)。先前展示此等修飾允許以高親和力結合於RNA，且賦予目標RNA-ASO複合物對核酸酶與核糖核酸酶H裂解之抗性。來自經轉染細胞之RT-PCR分析鑑別出若干ASO，該等ASO減少 PKD2mRNA中之AS且增加生產性mRNA或促進 PKD2轉譯。藉由TaqMan qPCR確認觀測到之 PKD2生產性mRNA之增加。藉由西方墨點法確認觀測到之 PKD2轉譯之增加。AS之變化倍數可相對於生產性mRNA之增加繪製(qPCR)，以證明ASO作用於機制。藉由西方墨點法確認觀測到之 PKD2轉譯之增加。轉譯之變化倍數可相對於多囊蛋白2蛋白之增加繪製(西方墨點法)，以證明ASO作用於機制。預期此等結果強有力地表明，基因表現上調可藉由用ASO阻止非生產性AS來達成。 實例 11 ： 使用 ASO 以劑量依賴性方式增加細胞蛋白質表現
由於所期望之上調程度在目標基因及疾病之間變化，因此使用來自初始步移之所選陽性ASO命中來判定是否可跨越非生產性AS事件滴定生產性mRNA之增加。在細胞中以增加之濃度轉染示例性 PKD2ASO以證明劑量依賴性上調。基於ASO之效力選擇濃度。RT-PCR結果顯示與以相同各別劑量轉染之非靶向性ASO對照相比， PKD2中非生產性選擇性3'ss選擇之劑量依賴性降低。反之，如藉由TaqMan qPCR所量測，與非靶向性ASO對照相比，觀測到生產性mRNA之劑量依賴性增加。為確定所觀測到之生產性mRNA之上調是否轉化成蛋白質含量之劑量依賴性增加，在來自以增加濃度之靶向ASO轉染之細胞的提取物中量測多囊蛋白2。首先，藉由短干擾(si) RNA介導之蛋白質表現之減弱及西方墨點分析來驗證針對 PKD2之抗體。預期來自經所選ASO轉染之細胞之提取物的免疫墨點結果顯示多囊蛋白2之劑量依賴性增加。預期非靶向性ASO對照對蛋白質含量無顯著作用。總而言之，預期資料指示靶向各種類型非生產性AS事件之ASO引起生產性mRNA之可滴定增加，從而引起蛋白質表現增加。預期TANGO ASO介導之蛋白質上調的可滴定性表明可嚴格控制蛋白質含量且降低過度表現之風險。預期TANGO技術之此態樣使得其尤其適合於解決體染色體顯性單倍體不足疾病。 實例 12 ： 活體內 TANGO 方法之驗證
為證明TANGO機制在活體內之適用性，可自靶向 PKD2中之非生產性外顯子包括事件之ASO步移選擇陽性命中。人類 PKD2基因中之非生產性AS事件亦發生在小鼠中且在序列層面高度保守(資料未示)，此允許在小鼠中測試人類靶向性ASO。類似於此處所呈現之其他ASO，對增加濃度 PKD2ASO之剝裸(自由)攝取導致相較於非靶向性ASO對照，AS劑量依賴性減少及細胞中之生產性mRNA負相關增加。為確定所觀測到之ASO作用是否可活體內再現，經由注射向小鼠投與ASO或向小鼠投與PBS。可在注射之後5天自經處理之小鼠提取RNA及蛋白質。可進行RT-PCR分析以展示與對照PBS隊列相比經ASO處理之小鼠中目標接合明顯且非生產性外顯子包括一致減少。此減少可有效地轉化成生產性mRNA增加大致4倍，如藉由TaqMan qPCR所量測。同時，藉由西方墨點法得出之蛋白質增加可使用經驗證抗體偵測。此等資料提供藉由利用非生產性AS事件上調蛋白質表現之TANGO方法的活體內概念驗證。 實例 13 ： 用於治療遺傳疾病之 TANGO ( 核基因輸出之靶向增強 )
TANGO (核基因輸出之靶向增強)係開發的一種新穎技術，其利用反義介導之對前mRNA剪接之調節來增加蛋白質表現。TANGO防止天然存在之非生產性剪接事件，該等事件引起無意義介導之mRNA衰變(NMD)降解轉錄本或核保留。藉此，TANGO增加生產性mRNA之產生，引起全長的完整功能蛋白增加。對RNA定序(RNAseq)資料集進行生物資訊學分析以鑑別非生產性事件。在超過50%蛋白質編碼基因中發現非生產性事件，其中大約2,900個與疾病相關。為驗證電腦模擬預測，選擇代表各種類型之NMD誘導的非生產性選擇式剪接(AS)事件(卡匣外顯子、選擇式剪接位點及選擇性內含子)之目標(例如 PKD2)且藉由用環己醯亞胺(CHX) (已知抑制NMD之轉譯抑制劑)處理細胞來定量其豐度。對所選目標進行RT-PCR分析且觀測到與經DMSO處理之細胞相比，在CHX處理後非生產性mRNA增加。反義寡核苷酸(ASO)經設計以靶向三種類型之NMD誘導的非生產性AS事件且預期TANGO ASO能夠在活體外調節剪接，以劑量依賴性方式增加生產性mRNA及蛋白質。與TANGO機制一致，預期觀測到ASO介導之上調之水準與靶向性NMD誘導事件之豐度成正比。此外，預期在野生型小鼠中注射靶向 PKD2中之非生產性AS事件之TANGO ASO引起生產性mRNA及多囊蛋白2增加。由於TANGO利用天然存在之非生產性AS，因此，此新穎方法可用於上調自野生型或減效對偶基因之基因表現，從而提供治療遺傳疾病之潛在獨特策略。應用TANGO來開發對體染色體顯性單倍體不足疾病，諸如遺傳性癲癇之治療。增加自野生型對偶基因之表現的TANGO ASO可用於恢復缺乏蛋白質之生理含量。 實例 14 ： 轉錄本資料庫及 NMD 接合處之標記 ：
自GENCODE (v. 28)及REFSEQ (經由UCSC)下載註釋之轉錄本。各註釋之外顯子-外顯子接合處標記為「編碼」或「NMD」。當且僅當僅在標記為「無意義介導之衰變」(GENCODE)或「NR」(REFSEQ)之轉錄本中發現接合處時，接合處方標記為「NMD」。 RNA-seq 庫加工 ：
使用STAR 1v2.6.1b將所有RNA-seq樣品與hg38基因體及組合轉錄本資料庫比對，以產生剪接接合處計數。 假定 NMD 誘導剪接事件之鑑別及定量 ：
所有樣品經歷SUPPA2 2，以界定註釋之選擇式剪接事件。隨後使用不同方法如下標記及定量各類型之選擇式剪接： 外顯子包括 (EI) 及外顯子跳躍 (ES) ：自SUPPA剖析「跳躍外顯子」事件以獲得各事件之包括與跳躍接合處。若跳躍接合處標記為「NMD」，則事件標記為「ES_NMD」。若包括接合處中之任一者標記為「NMD」，則事件標記為「EI_NMD」。否則，事件標記為「卡匣外顯子」。自STAR輸出擷取包括及跳躍接合處計數，且將共享相同選擇式剪接外顯子之所有事件的此等計數進行求和。 包括之最終PSI計算為：
Figure 02_image001
。 對於包括事件，Ψ EI_NMD= Ψ。 對於跳躍事件，Ψ ES_NMD= 1-Ψ。 選擇性3' 及5' 剪接位點 (A3 及 A5) ：自SUPPA剖析A3及A5事件以獲得與各選擇性事件相對應之接合處。若長或短接合處標記為「NMD」，則報導NMD事件。若兩個接合處均報導NMD，則不報導，因為該區域中可能存在複合剪接。自STAR輸出擷取剪接接合處計數。PSI報導為
Figure 02_image003
。 選擇性內含子事件 (AI) ：自SUPPA剖析保留之內含子事件以獲得選擇性內含子事件清單。若事件接合處標記為NMD，則AI事件標記為NMD。為計算PSI，AI所位於之外顯子之表現量藉由將使用其3'及5'剪接位點之所有接合處(及含有相同AI事件之所有其他親本外顯子)求和來估計。接著AI接合處之使用率將處於範圍
Figure 02_image005
內，因為AI接合處實現完全使用(未引起內含子保留)，且外顯子接合處及AI接合處之計數類似(接合處之完全內含子保留具有0讀段)。為計算Ψ，將接合處計數正規化，以使得此範圍現為[0,1]：
Figure 02_image007
。 疾病相關性之註釋 ：
自Orphadata (http://www.orphadata.org) (Orphanet之公開可得資料儲存庫)下載基因-疾病相關性資料。註釋經延伸以覆蓋所有基因符號別名。 實例 15 ： 用環己醯亞胺 (CHX) 處理、細胞培養及轉染
為測定非生產性mRNA之豐度，將細胞與溶解於DMSO中之50 μg/ml CHX (Cell Signaling Technology)一起培育3小時。
舉例而言，使細胞在具有10% FBS之EMEM中生長且將1×10 5個細胞接種於24孔盤中且使用Lipofectamine RNAiMax試劑(Invitrogen)，根據製造商說明書，用80 nM ASO反向轉染以進行初始篩選，或用1 nM、5 nM、25 nM所選ASO轉染。在轉染後24小時使用RNeasy微型套組(Qiagen)提取總RNA且用ImProm-II逆轉錄酶(Promega)合成cDNA。在轉染後48小時用RIPA緩衝液(Cell Signaling Technology)提取總蛋白。
另舉例而言，使HEK293細胞在具有10% FBS之EMEM中生長且將7×10 5個細胞接種於6孔盤中且使用Lipofectamine RNAiMax試劑(Invitrogen)，根據製造商說明書用30 nM、60 nM及120 nM反義寡核苷酸(ASO)反向轉染。在轉染後24小時使用RNeasy微型套組(Qiagen)提取總RNA且用ImProm-II逆轉錄酶(Promega)合成cDNA。在轉染後48小時用RIPA緩衝液(Cell Signaling Technology)提取總蛋白。
另舉例而言，使Huh7細胞在具有10% FBS之DMEM中生長且將1×10 5個細胞接種於12孔盤中且使用Lipofectamine RNAiMax試劑(Invitrogen)，根據製造商說明書用5 nM、20 nM及80 nM ASO反向轉染。對於RT-PCR分析，在轉染後21小時用DMSO中50 μg/mL CHX (Cell Signaling Technology)處理細胞3小時。在轉染後24小時使用RNeasy微型套組(Qiagen)提取總RNA且用ImProm-II逆轉錄酶(Promega)合成cDNA。在轉染後48小時用RIPA緩衝液(Cell Signaling Technology)提取總蛋白。
另舉例而言，使ReNcell VM細胞各在塗佈層黏連蛋白之燒瓶(2D培養)上在含有20 ng/mL bFGF及EGF之完全NSC培養基中生長，直至到達約90%匯合。接著藉由阿庫酶(accutase)處理分離細胞，用PBS洗滌，且在超低黏接表面24孔聚苯乙烯盤中在完全NSC培養基中用3 μM、8 μM、20 μM ASO培養，以剝裸(自由)攝取。在ASO添加至培養基後72小時使用RNeasy微型套組(Qiagen)提取總RNA且用ImProm-II逆轉錄酶(Promega)合成cDNA。 實例 16 ： qPCR 及 RT-PCR 分析
對於生產性mRNA之表現分析，對 PKD2進行TaqMan qPCR (Thermo Fisher SC)。利用正向引子及反向引子以及探針對人類 PKD2進行SYBR green qPCR或基於探針之qPCR。循環條件為例如95℃下30秒，進行變性；60℃下30秒，進行黏接；以及72℃下60秒，進行延伸，共30個循環。另舉例而言，循環條件為95℃下30秒，進行變性；55℃下30秒，進行黏接；以及72℃下30秒，進行延伸，共29個循環。另舉例而言，循環條件為95℃下30秒，進行變性；55℃下30秒，進行黏接；以及72℃下75秒，進行延伸，共28個循環。另舉例而言，循環條件為95℃下30秒，進行變性；56℃下30秒，進行黏接；以及72℃下75秒，進行延伸，共28個循環。PCR產物在5%聚丙烯醯胺凝膠上分離且用Multi Gauge軟體版本2.3定量。 實例 17 ： 西方墨點法
藉由比色分析法，使用Pierce BCA蛋白質分析套組(ThermoFisher)定量蛋白質提取物。
例如，用25 μg溶解產物進行免疫墨點法。另舉例而言，用60 μg溶解產物進行免疫墨點法。另舉例而言，用120 μg溶解產物進行免疫墨點法。另舉例而言，用30 μg溶解產物進行免疫墨點法。購買初級抗體及二級抗體。使用Typhoon RLA 9000成像器(General Electric)掃描墨點。使用Multi Gauge軟體版本2.3進行密度測量分析。 實例 18 ： 流動式細胞測量術
細胞在FACS緩衝液中自培養盤提昇。將細胞用APC-抗體(1:250)染色。在Guava Easycyte 12HT (EMD Millipore)流式細胞儀上收集15,000個細胞之資料。使用螢光減一確定陽性閘。 實例 19 ： PKD2 外顯子區域及5' UTR 載體化 ASO 步移
為鑑別可防止非生產性AS事件之載體化ASO，可沿著所關注之AS事件以5 nt或2 nt步長進行系統載體化ASO步移。此等載體化ASO可自載體表現為經修飾之U1 snRNA或U7 snRNA，含有作為其靶向序列之ASO序列。 圖 5展示沿著 PKD2前mRNA之NMD外顯子AS事件的系統載體化ASO步移。 圖 6A及 圖 6B展示沿著 PKD2前mRNA之選擇性5'ss AS事件之系統載體化ASO步移。 圖 10展示沿著 PKD2mRNA之5'UTR之系統載體化ASO步移。載體化ASO表現為經修飾之U7 snRNA。自經轉染之細胞株之RT-PCR分析可鑑別引起 PKD2mRNA中AS減少及生產性mRNA增加之若干載體化ASO。可藉由TaqMan qPCR確認觀測到之 PKD2生產性mRNA之增加。AS之變化倍數可相對於生產性mRNA之增加繪製(qPCR)，以證明載體化ASO作用於機制。
雖然本文已展示及描述本發明之較佳實施例，但熟習此項技術者將明白，此等實施例僅藉助於實例提供。熟習此項技術者可在不脫離本發明下想到許多變化形式、改變及取代。應理解，本文所述之本發明實施例之各種替代方案可用於實施本發明。預期以下申請專利範圍界定本發明之範疇，且由此涵蓋此等申請專利範圍及其等效物之範疇內的方法及結構。 示例性實施例 I
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有從目標基因轉錄且包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)之前mRNA，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，從而調節自前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2且該目標基因為 PKD2基因。
在某些實施例中，本文描述一種藉由調節個體之細胞中目標蛋白質的表現為有此需要之個體治療疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：使該個體之細胞與藥劑或編碼該藥劑之載體接觸，其中該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含該NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節個體之細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2且該目標基因為 PKD2基因。
在一些實施例中，藥劑：(a)結合於前mRNA之目標部分；(b)調節涉及NMD外顯子剪接之因子的結合；或(c) (a)與(b)之組合。
在一些實施例中，藥劑干擾涉及NMD外顯子剪接之因子與目標部分之區域的結合。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分接近NMD外顯子。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之5'末端上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之5'末端上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之3'末端下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之3'末端下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於前mRNA之兩個典型外顯子區域之間的內含子區域中，且其中內含子區域含有NMD外顯子。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分與NMD外顯子至少部分重疊。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分與在NMD外顯子上游或下游之內含子至少部分重疊。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含5' NMD外顯子-內含子接合處或3' NMD外顯子-內含子接合處。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在NMD外顯子內。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含NMD外顯子之約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。
在一些實施例中，NMD外顯子包含與選自由表2中所列出之序列組成之群的序列具有至少80%、至少90%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，NMD外顯子包含與選自由表2中所列出之序列組成之群的序列具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.9%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，NMD外顯子包含選自由表2中所列出之序列組成之群的序列。
在一些實施例中，前mRNA包含與選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，前mRNA由與選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的基因序列編碼。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含與包含選自由表2或表3中所列出之序列組成之群之序列的至少8個相連核酸之區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中ASO包含與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列之至少8個相連核酸至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%互補的序列。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140內。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分在無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140上游或下游。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140之外顯子-內含子接合處。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2為全長多囊蛋白2或野生型多囊蛋白2。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2與野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2與全長野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
在一些實施例中，藥劑促進自前mRNA除去NMD外顯子。
在一些實施例中，與在對照細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子相比，與藥劑接觸之細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，藥劑增加細胞中經加工mRNA之含量。
在一些實施例中，與對照細胞中經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，藥劑增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，與對照細胞中產生之目標蛋白質之含量相比，與藥劑接觸之細胞中自前mRNA表現之目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，疾病或病況由目標蛋白質中之功能損失型突變誘發。
在一些實施例中，疾病或病況與編碼目標蛋白質之基因之單倍體不足相關，且其中個體具有編碼功能性目標蛋白質之第一對偶基因，及不產生或以降低之水準產生目標蛋白質的第二對偶基因，或編碼非功能性目標蛋白質或部分功能性目標蛋白質之第二對偶基因。
在一些實施例中，疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。
在一些實施例中，疾病或病況與編碼目標蛋白質之基因之體染色體隱性突變相關，其中個體具有第一對偶基因，其中：(i)與野生型對偶基因相比，不產生或以降低之水準產生目標蛋白質；或(ii)產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為非功能性或部分功能性的，及第二對偶基因，其中：(iii)與野生型對偶基因相比，以降低之水準產生目標蛋白質，且產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為至少部分功能性；或(iv)產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為部分功能性的。
在一些實施例中，疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。
在一些實施例中，藥劑促進自前mRNA除去NMD外顯子且增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，藥劑抑制自編碼目標蛋白質之前mRNA除去NMD外顯子。
在一些實施例中，與在對照細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子相比，與藥劑接觸之細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子減少約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，藥劑減少細胞中經加工mRNA之含量。
在一些實施例中，與對照細胞中經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中經加工mRNA之含量減少約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，藥劑減少細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，與對照細胞中表現之目標蛋白質之含量相比，與藥劑接觸之細胞中自前mRNA表現之目標蛋白質之含量減少約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，疾病或病況由目標蛋白質中之功能獲得型突變誘發。
在一些實施例中，個體具有以增加之水準產生目標蛋白質的對偶基因，或編碼在細胞中展現增加之活性之突變目標蛋白質的對偶基因。
在一些實施例中，藥劑抑制自編碼目標蛋白質之前mRNA除去NMD外顯子且減少細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基、鎖核酸、肽核酸、2'-O-甲基部分、2'-氟部分或2'-O-甲氧基乙基部分。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包含至少一個經修飾之糖部分。
在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物與前mRNA之目標部分至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
在一些實施例中，該方法進一步包含評估目標蛋白質之mRNA含量或表現量。
在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，個體為非人類動物。
在一些實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。
在一些實施例中，細胞為離體的。
在一些實施例中，藥劑藉由鞘內注射、腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、皮下注射、玻璃體內或靜脈內注射向個體投與。
在一些實施例中，該方法進一步包含向個體投與第二治療劑。
在一些實施例中，第二治療劑為小分子。
在一些實施例中，第二治療劑為反義寡聚物。
在一些實施例中，第二治療劑校正內含子保留。
在一些實施例中，該方法治療疾病或病況。
在某些實施例中，本文描述一種包含無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑的組合物，該NSE調節劑與前mRNA內之目標模體相互作用以調節NSE自經加工mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括，其中該目標模體位於：(i)介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中，(ii)兩個典型外顯子中之一者中，或(iii)跨越內含子與典型外顯子之區域中；其中NSE包含：(a)僅典型外顯子之一部分，或(b)典型外顯子及與該典型外顯子相鄰之內含子之至少一部分；且其中NSE調節劑調節NSE自前mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括。
在一些實施例中，NSE調節劑促進NSE自前mRNA轉錄本之除去且促進經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括。
在一些實施例中，經加工mRNA轉錄本編碼目標蛋白質且NSE調節劑增加含有前mRNA之細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在某些實施例中，本文描述一種包含無意義介導之RNA衰變選擇性5'或3'剪接位點(NSASS)調節劑的組合物，該NSASS調節劑與前mRNA內之目標模體相互作用以調節前mRNA之選擇性5'或3'剪接位點處之剪接且調節自前mRNA加工之經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括，其中該目標模體位於：(i)介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中，(ii)兩個典型外顯子中之一者中，或(iii)跨越內含子與典型外顯子之區域中；其中調節前mRNA之選擇性5'或3'剪接位點處之剪接調節外顯子自前mRNA轉錄本之除去，其中該外顯子包含：(a)僅典型外顯子之一部分，或(b)典型外顯子及與該典型外顯子相鄰之內含子之至少一部分；且其中NSASS調節劑調節外顯子自前mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括。
在一些實施例中，NSASS調節劑促進由選擇性5'或3'剪接位點處之剪接引起的外顯子自前mRNA轉錄本之除去且促進經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括。
在一些實施例中，經加工mRNA轉錄本編碼目標蛋白質且NSASS調節劑增加含有前mRNA之細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質係選自由 PKD2組成之群。
在某些實施例中，本文描述一種包含無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑的組合物，該NSE調節劑在包含編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA包含：選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子，其參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點上游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點下游且在內含子內，包含選擇性5’剪接位點；其中NSE調節劑藉由調節前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，其中前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接調節細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為 PKD2。
在一些實施例中，選擇性5’剪接位點處之前mRNA之剪接來增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點上游且在典型外顯子內包含選擇性5’剪接位點。
在一些實施例中，選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點下游且在內含子內包含選擇性5’剪接位點。
在某些實施例中，本文描述一種包含無意義介導之RNA衰變選擇性5'或3'剪接位點(NSASS)調節劑的組合物，該NSASS調節劑在包含編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA包含：外顯子，其參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點上游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點下游且在內含子內，包含選擇性5’剪接位點；其中NSASS調節劑藉由調節前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，其中前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接調節細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，選擇性5’剪接位點處之前mRNA之剪接來增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，前mRNA包含如下外顯子，其參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點上游且在典型外顯子內包含選擇性5’剪接位點。
在一些實施例中，前mRNA包含如下外顯子，其參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點下游且在內含子內包含選擇性5’剪接位點。
在某些實施例中，本文描述一種包含無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑的組合物，該NSE調節劑在包含編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA包含：選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子，其參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點下游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點上游且在內含子內，包含選擇性3'剪接位點；其中NSE調節劑藉由調節前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，且其中前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接調節細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，選擇性3'剪接位點處之前mRNA之剪接來增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點下游且在典型外顯子內包含選擇性3'剪接位點。
在一些實施例中，選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點上游且在內含子內包含選擇性3'剪接位點。
在某些實施例中，本文描述一種包含無意義介導之RNA衰變選擇性5'或3'剪接位點(NSASS)調節劑的組合物，該NSASS調節劑在包含編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA包含如下外顯子，其參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點下游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點上游且在內含子內，包含選擇性3'剪接位點；其中NSASS調節劑藉由調節前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，且其中前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接調節細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，選擇性3'剪接位點處之前mRNA之剪接來增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，前mRNA包含如下外顯子，其參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點下游且在典型外顯子內包含選擇性3'剪接位點。
在一些實施例中，前mRNA包含如下外顯子，其參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點上游且在內含子內包含選擇性3'剪接位點。
在一些實施例中，藥劑為小分子。
在一些實施例中，藥劑為多肽。
在一些實施例中，多肽為核酸結合蛋白。
在一些實施例中，核酸結合蛋白含有TAL-效應子或鋅指結合域。
在一些實施例中，核酸結合蛋白為Cas家族蛋白。
在一些實施例中，多肽伴有一或多種核酸分子或與其複合。
在一些實施例中，藥劑為與前mRNA之目標區域互補的反義寡聚物(ASO)。
在一些實施例中，藥劑與編碼目標蛋白質之前mRNA之目標區域至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
在一些實施例中，藥劑包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。
在一些實施例中，藥劑包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基。
在一些實施例中，藥劑包含鎖核酸。
在一些實施例中，藥劑包含肽核酸。
在一些實施例中，藥劑包含2'-O-甲基。
在一些實施例中，藥劑包含2'-氟或2'-O-甲氧基乙基部分。
在一些實施例中，藥劑包含至少一個經修飾之糖部分。
在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。
在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物，且其中藥劑由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
在某些實施例中，本文描述一種包含編碼根據如本文所提供之組合物之藥劑的核酸分子之組合物。
在一些實施例中，核酸分子併入至病毒遞送系統中。
在一些實施例中，病毒遞送系統為腺病毒相關載體。
在某些實施例中，本文描述一種調節蛋白質表現之方法，該方法包含：使無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑與前mRNA內之目標模體接觸，其中該NSE包含(i)僅典型外顯子之一部分，或(ii)典型外顯子及與該典型外顯子相鄰之內含子之至少一部分；其中前mRNA經加工以形成經加工mRNA轉錄本，其中該NSE調節劑調節NSE自經加工mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括；且其中經加工mRNA轉錄本經轉譯，其中相對於包含NSE代替典型外顯子之同等mRNA轉錄本之目標蛋白質表現，NSE之除去及典型外顯子之包括調節目標蛋白質表現。
在一些實施例中，目標模體位於介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中。
在一些實施例中，目標模體位於兩個典型外顯子中之一者中。
在一些實施例中，目標模體位於跨越內含子與典型外顯子之區域中。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞對目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有編碼該目標蛋白質之前mRNA，其中該前mRNA包含：選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子，其參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點下游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子之前的內含子在3'剪接位點上游且在內含子內，包含選擇性3'剪接位點，該方法包含使無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑與細胞接觸，其中該無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑藉由調節前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，且其中前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接調節目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞對目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有編碼該目標蛋白質之前mRNA，其中該前mRNA包含：選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子，其參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點上游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子後之內含子在5'剪接位點下游且在內含子內，包含選擇性5’剪接位點，該方法包含使無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑與細胞接觸，其中該無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑藉由調節前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，且其中前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接調節目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑結合於前mRNA之目標部分。
在一些實施例中，其中無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑結合於涉及NSE或NMD外顯子剪接之因子。
在一些實施例中，其中無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑抑制涉及NMD外顯子剪接之因子之活性。
在一些實施例中，無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑干擾涉及NMD外顯子剪接之因子與前mRNA之目標部分之區域的結合。
在一些實施例中，對前mRNA剪接之調節增加目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，細胞中之目標蛋白質含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，對前mRNA剪接之調節增加產生編碼目標蛋白質之經加工mRNA。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與治療劑接觸之細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，目標蛋白質為蛋白質之典型同功型。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑為如本文所提供之組合物。
在某些實施例中，本文描述為一種醫藥組合物，其包括包含如本文所提供之組合物的治療劑；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該有需要之個體投與如本文所提供之醫藥組合物。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該個體投與醫藥組合物，該醫藥組合物包含：(a)無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑，其與前mRNA內之目標模體相互作用以調節NSE自經加工mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括，
其中該NSE包含(i)僅典型外顯子之一部分，或(ii)典型外顯子及與該典型外顯子相鄰之內含子之至少一部分；及(b)醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑，其中藉由投與NSE調節劑，藉由調節自經加工mRNA轉錄本轉譯之目標蛋白質之表現，治療或預防個體之疾病或病況。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在某些實施例中，本文描述一種藉由調節個體之細胞中目標蛋白質的表現為有此需要之個體治療疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，其中該個體之細胞具有編碼目標蛋白質之前mRNA，其中該前mRNA包含：(a)典型外顯子，接著為典型內含子，側接典型外顯子之5'末端；及(b)選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子，其參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點下游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子之前的內含子在典型3'剪接位點上游且在典型內含子內，包含選擇性3'剪接位點，該方法包含使治療劑與細胞接觸，其中該治療劑藉由調節選擇性3'剪接位點處之前mRNA之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，且其中前mRNA在選擇性3'剪接位點處之剪接調節個體之細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在某些實施例中，本文描述一種藉由調節個體之細胞中目標蛋白質的表現為有此需要之個體治療疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，其中該個體之細胞具有編碼目標蛋白質之前mRNA，其中該前mRNA包含：(a)典型外顯子，接著為典型內含子，側接典型外顯子之3'末端；及(b)選擇性無意義介導之RNA衰變誘導(NMD)外顯子，其參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點上游且在典型外顯子內，或參考典型外顯子後之內含子在典型5'剪接位點下游且在典型內含子內，包含選擇性5’剪接位點，該方法包含使治療劑與細胞接觸，其中該治療劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之前mRNA之剪接來調節mRNA轉錄本自前mRNA之加工，且其中前mRNA在選擇性5’剪接位點處之剪接調節個體之細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。
在一些實施例中，疾病為伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。
在一些實施例中，疾病或病況由目標蛋白質之量或活性缺乏引起。
在一些實施例中，治療劑增加細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA的含量。
在一些實施例中，治療劑增加細胞中目標蛋白質之表現。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與治療劑接觸之細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，細胞中之目標蛋白質含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，該方法進一步包含評估目標蛋白質之mRNA含量或表現量。
在一些實施例中，該方法進一步包含針對與疾病相關之至少一種基因突變評估個體之基因體。
在一些實施例中，至少一種基因突變在與疾病相關之基因之基因座內。
在一些實施例中，至少一種基因突變在與疾病所相關之基因之表現相關的基因座內。
在一些實施例中，至少一種基因突變在 PKD2基因之基因座內。
在一些實施例中，至少一種基因突變在與 PKD2基因表現相關之基因座內。
在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，個體為非人類動物。
在一些實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。
在一些實施例中，該細胞或該等細胞為離體的，或在離體之組織或器官中。
在一些實施例中，治療劑係藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向個體投與。
在一些實施例中，該方法治療疾病或病況。
在某些實施例中，本文描述一種治療劑，其用於如本文所提供之方法中。
在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所提供治療劑及醫藥學上可接受之賦形劑。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向該個體投與如本文所提供之醫藥組合物。
在一些實施例中，該方法治療個體。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含無意義介導之RNA衰變外顯子(NSE)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體，NSE調節劑與從目標基因轉錄之前mRNA內之目標模體相互作用以調節NSAE自經加工mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括，其中該目標模體位於：(i)介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中，(ii)兩個典型外顯子中之一者中，或(iii)跨越內含子與典型外顯子之區域中；其中NSE包含：(a)僅典型外顯子之一部分，或(b)典型外顯子及與該典型外顯子相鄰之內含子之至少一部分；且其中NSE調節劑調節NSE自前mRNA轉錄本之除去且調節經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括；且其中該目標基因為 PKD2基因。
在一些實施例中，NSAE調節劑促進NSAE自經加工前mRNA轉錄本之除去且促進經加工mRNA轉錄本中典型外顯子之包括。
在一些實施例中，經加工mRNA轉錄本編碼目標蛋白質且NSAE調節劑增加含有前mRNA之細胞中目標蛋白質之表現，且其中目標蛋白質為 PKD2。 示例性實施例 II
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有從目標基因轉錄且包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)之前mRNA，該方法包含：使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，從而調節自前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
在某些實施例中，本文描述一種藉由調節個體之細胞中目標蛋白質的表現為有此需要之個體治療疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：使藥劑或編碼該藥劑之載體與該個體之細胞接觸，其中該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含該NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節個體之細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
在一些實施例中，目標蛋白質為多囊蛋白2。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2之量或活性缺乏相關之疾病或病況。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白1之量或活性缺乏相關之疾病或病況。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2在功能上加強、補償、替換或在功能上相互作用之蛋白質之量或活性缺乏相關的疾病或病況。
在一些實施例中，藥劑：(a)結合於前mRNA之目標部分；(b)調節涉及NMD外顯子剪接之因子的結合；或(c) (a)與(b)之組合。在一些實施例中，藥劑干擾涉及NMD外顯子剪接之因子的結合。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分接近NMD外顯子。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之5'末端上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之5'末端上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之3'末端下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為NMD外顯子之3'末端下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於前mRNA之兩個典型外顯子區域之間的內含子區域中，且其中內含子區域含有NMD外顯子。在一些實施例中，前mRNA之目標部分與NMD外顯子至少部分重疊。在一些實施例中，前mRNA之目標部分與在NMD外顯子上游或下游之內含子至少部分重疊。在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含5' NMD外顯子-內含子接合處或3' NMD外顯子-內含子接合處。在一些實施例中，前mRNA之目標部分在NMD外顯子內。在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含NMD外顯子之約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。
在一些實施例中，NMD外顯子包含與選自由表2中所列出之序列組成之群的序列具有至少80%、至少90%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，NMD外顯子包含選自由表2中所列出之序列組成之群的序列。在一些實施例中，前mRNA包含與選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，前mRNA由與選自由表2或表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的基因序列編碼。在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含與包含選自由表2或表3中所列出之序列組成之群之序列的至少8個相連核酸之區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中ASO包含與選自由表4中所列出之序列組成之群的序列之至少8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個或18個相連核酸具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，前mRNA之目標部分在無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140內。在一些實施例中，前mRNA之目標部分在無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140上游或下游。在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140之外顯子-內含子接合處。
在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2為全長多囊蛋白2或野生型多囊蛋白2。在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2與野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。在一些實施例中，由經加工mRNA表現之多囊蛋白2與全長野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
在一些實施例中，藥劑調節自前mRNA剪接NMD外顯子，且促進NMD外顯子自前mRNA除去，藉此調節自前mRNA加工且缺乏NMD外顯子之經加工mRNA之含量。在一些實施例中，與在對照細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子相比，與藥劑接觸之細胞中自前mRNA除去之NMD外顯子增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，該方法使得細胞中之經加工mRNA之含量增加。在一些實施例中，與對照細胞中經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，藥劑增加細胞中目標蛋白質之表現。在一些實施例中，與對照細胞中產生之目標蛋白質之含量相比，目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，NMD外顯子包含提前終止密碼子(PTC)。在一些實施例中，疾病或病況與目標基因或目標蛋白質中之功能損失型突變相關。在一些實施例中，疾病或病況與目標基因之單倍體不足相關，且其中個體具有編碼功能性多囊蛋白2之第一對偶基因，及不產生或以降低之水準產生多囊蛋白2的第二對偶基因，或編碼非功能性多囊蛋白2或部分功能性多囊蛋白2之第二對偶基因。在一些實施例中，一個或兩個對偶基因為減效對偶基因或部分功能性的。在一些實施例中，疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。在一些實施例中，疾病或病況與 PKD1或 PKD2基因之突變相關，其中個體具有如下第一對偶基因：(i)與野生型對偶基因相比，不產生或以降低之水準產生目標蛋白質；或(ii)產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為非功能性或部分功能性的，及如下第二對偶基因：(iii)與野生型對偶基因相比，以降低之水準產生目標蛋白質，且產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為至少部分功能性；或(iv)產生之目標蛋白質與野生型對偶基因相比為部分功能性。
在一些實施例中，疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。在一些實施例中，突變為減效對偶基因突變。在一些實施例中，疾病或病況與 PKD2基因之突變相關。在一些實施例中，疾病或病況與 PKD1基因之突變相關。在一些實施例中，PKD1中之突變包含與多囊蛋白2相互作用之多囊蛋白1之區域中的突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含干擾多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含減弱多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含減少多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含阻斷多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為與多囊蛋白2相互作用之多囊蛋白1之區域中的突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為干擾多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為減弱多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為減少多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為阻斷多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。
在一些實施例中，藥劑促進自前mRNA除去NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工且缺乏NMD外顯子之經加工mRNA的含量且增加細胞中目標蛋白質之表現。在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基、鎖核酸、肽核酸、2'-O-甲基部分、2'-氟部分或2'-O-甲氧基乙基部分。在一些實施例中，治療劑為反義寡聚物(ASO)，且其中反義寡聚物包含至少一個經修飾之糖部分。在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中反義寡聚物與前mRNA之目標部分至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
在一些實施例中，該方法進一步包含評估目標蛋白質之經加工mRNA含量或表現量。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，個體為非人類動物。在一些實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。在一些實施例中，細胞為離體的。在一些實施例中，藥劑藉由鞘內注射、腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、皮下注射、玻璃體內或靜脈內注射向個體投與。在一些實施例中，該方法進一步包含向個體投與第二治療劑。在一些實施例中，第二治療劑為小分子。在一些實施例中，第二治療劑為反義寡聚物。在一些實施例中，第二治療劑校正內含子保留。在一些實施例中，該方法治療疾病或病況。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含藥劑或編碼藥劑之載體，該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含NMD外顯子，藉此調節自前mRNA加工之經加工mRNA之含量，且調節具有前mRNA之細胞中目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含藥劑或編碼藥劑之載體，該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA從目標基因轉錄且包含NMD外顯子，藉此藉由調節自前mRNA加工之經加工mRNA之含量且調節個體之細胞中目標蛋白質之表現而治療有需要之個體之疾病或病況，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所述之組合物；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體，其中該藥劑在包含從目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5’剪接位點，其中由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工；且其中目標基因為 PKD2。
在一些實施例中，藥劑藉由預防或減少選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工。在一些實施例中，藥劑藉由促進或增加典型5'剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工。在一些實施例中，調節選擇性5’剪接位點處之前mRNA之剪接來增加細胞中目標蛋白質之表現。在一些實施例中，由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。
在一些實施例中，藥劑為小分子。在一些實施例中，藥劑為多肽。在一些實施例中，多肽為核酸結合蛋白。在一些實施例中，核酸結合蛋白含有TAL-效應子或鋅指結合域。在一些實施例中，核酸結合蛋白為Cas家族蛋白。在一些實施例中，多肽伴有一或多種核酸分子或與其複合。在一些實施例中，藥劑為與前mRNA之目標區域互補的反義寡聚物(ASO)。在一些實施例中，藥劑與編碼目標蛋白質之前mRNA之目標區域至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。在一些實施例中，藥劑包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。在一些實施例中，藥劑包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基。在一些實施例中，藥劑包含鎖核酸。在一些實施例中，藥劑包含肽核酸。在一些實施例中，藥劑包含2'-O-甲基。在一些實施例中，藥劑包含2'-氟或2'-O-甲氧基乙基部分。在一些實施例中，藥劑包含至少一個經修飾之糖部分。在一些實施例中，各糖部分為經修飾之糖部分。在一些實施例中，藥劑為反義寡聚物，且其中藥劑由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
在某些實施例中，本文描述一種組合物，其包含編碼根據如本文所述之組合物之藥劑的核酸分子。在一些實施例中，核酸分子併入至病毒遞送系統中。在一些實施例中，病毒遞送系統為腺病毒相關載體。在一些實施例中，病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
在某些實施例中，本文描述一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞包含從目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA，該方法包含：使無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體與該細胞接觸，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5’剪接位點，其中由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工，藉此調節目標蛋白質之表現；且其中目標基因為 PKD2。
在一些實施例中，藥劑：(a)結合於前mRNA之目標部分；(b)調節涉及選擇性5’剪接位點處之剪接之因子的結合；或(c) (a)與(b)之組合。在一些實施例中，藥劑干擾涉及選擇性5’剪接位點處之剪接之因子與目標部分之區域的結合。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分接近選擇性5’剪接位點。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為選擇性5’剪接位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4 88036480之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於典型5'剪接位點與選擇性5’剪接位點之間的區域中。在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於藉由選擇性5’剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域中。在一些實施例中，前mRNA之目標部分與選擇性5’剪接位點至少部分重疊。在一些實施例中，前mRNA之目標部分與在選擇性5’剪接位點上游或下游之區域至少部分重疊。在一些實施例中，前mRNA之目標部分在藉由選擇性5’剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域內。在一些實施例中，前mRNA之目標部分包含藉由選擇性5’剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域的約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中。在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於兩個典型外顯子中之一者中。在一些實施例中，前mRNA之目標部分位於跨越內含子與典型外顯子之區域中。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，細胞中之目標蛋白質含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，對前mRNA剪接之調節增加產生編碼目標蛋白質之經加工mRNA。在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，目標蛋白質為蛋白質之典型同功型。在一些實施例中，由前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。在一些實施例中，NSASS調節劑為如本文所述之組合物。
在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所述之組合物；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。
在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該有需要之個體投與醫藥組合物，其中該醫藥組合物包含：包含無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體的組合物，其中該藥劑在包含從目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節目標蛋白質之表現，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5’剪接位點，其中前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接引起選擇式剪接之mRNA的無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節選擇性5’剪接位點處之剪接來調節前mRNA之加工；且其中該目標基因為PKD2；及醫藥學上可接受之賦形劑。在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該個體投與如本文所述之醫藥組合物。
在一些實施例中，疾病為伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2之量或活性缺乏相關之疾病或病況。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白1之量或活性缺乏相關之疾病或病況。在一些實施例中，疾病或病況為與多囊蛋白2在功能上加強、補償、替換或在功能上相互作用之蛋白質之量或活性缺乏相關的疾病或病況。在一些實施例中，疾病或病況由目標蛋白質之量或活性缺乏引起。在一些實施例中，藥劑增加細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量。
在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與藥劑接觸之細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。在一些實施例中，藥劑增加細胞中目標蛋白質之表現。在一些實施例中，與對照細胞中編碼目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，細胞中之目標蛋白質含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
在一些實施例中，該方法進一步包含評估目標蛋白質之mRNA含量或表現量。在一些實施例中，該方法進一步包含針對與疾病相關之至少一種基因突變評估個體之基因體。在一些實施例中，至少一種基因突變在與疾病相關之基因之基因座內。在一些實施例中，至少一種基因突變在與疾病所相關之基因之表現相關的基因座內。在一些實施例中，至少一種基因突變在 PKD2基因座內。在一些實施例中，至少一種基因突變在 PKD1基因座內。在一些實施例中，至少一種基因突變在與 PKD2基因表現相關之基因座內。在一些實施例中，PKD1中之突變包含與多囊蛋白2相互作用之多囊蛋白1之區域中的突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含干擾多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含減弱多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含減少多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變包含阻斷多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為與多囊蛋白2相互作用之多囊蛋白1之區域中的突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為干擾多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為減弱多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為減少多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。在一些實施例中，PKD1中之突變為阻斷多囊蛋白1與多囊蛋白2之間的相互作用之突變。
在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，個體為非人類動物。在一些實施例中，個體為胎兒、胚胎或兒童。在一些實施例中，該細胞或該等細胞為離體的，或在離體之組織或器官中。在一些實施例中，藥劑係藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向個體投與。在一些實施例中，該方法治療疾病或病況。
在某些實施例中，本文描述一種用於如本文所述之方法中的治療劑。在某些實施例中，本文描述一種醫藥組合物，其包含如本文所述之治療劑及醫藥學上可接受之賦形劑。在某些實施例中，本文描述一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向該個體投與如本文所述之醫藥組合物。在一些實施例中，該方法治療個體。
本發明之新穎特徵細緻闡述於隨附申請專利範圍中。參考以下詳細描述及如下附圖，將更好地理解本發明之特徵及優點，該詳細描述闡述利用本發明原理之例示性實施例，其中：
圖 1A- 圖 1B描繪目標前mRNA之示意圖，該目標前mRNA含有無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)及治療劑介導的無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子的除去，以增加功能性RNA或全長目標蛋白質之表現。 圖 1A展示分為細胞核及細胞質隔室之細胞。在細胞核中，目標基因之前mRNA轉錄本經歷剪接以產生mRNA，且將此mRNA輸出至細胞質中且轉譯成目標蛋白質。對於此目標基因，一部分mRNA含有無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子mRNA)，其在細胞質中降解，因此不產生目標蛋白質。 圖 1B展示分為細胞核及細胞質隔室之相同細胞的實例。用諸如反義寡聚物(ASO)之治療劑治療促進無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子之除去且使得功能性(生產性) mRNA增加，繼而轉化為較高目標蛋白質含量。
圖 2描繪 PKD2NMD (無意義介導之mRNA衰變)誘導外顯子包括事件。NMD誘導外顯子包括事件：含有NMD誘導外顯子包括事件(chr4:88031085-88031140)之 PKD2基因中之區域的UCSC基因體瀏覽器快照(外顯子為矩形且內含子為具有箭頭之線)，該事件由頂部陰影區域及黑色條描繪。展示來自用環己醯亞胺(CHX)或DMSO對照處理之四個代表性人類腎臟樣品及混合腎上皮細胞的RNA測序跡線。
圖 3描繪 PKD2NMD誘導alt 5'ss事件。NMD誘導alt 5'ss事件：含有NMD誘導選擇性5’剪接位點事件(chr4:88036355-88036480)之 PKD2基因中之區域的UCSC基因體瀏覽器快照(外顯子為矩形且內含子為具有箭頭之線)，該事件由頂部陰影區域及黑色條描繪。展示來自用環己醯亞胺(CHX)或DMSO對照處理之四個代表性人類腎臟樣品及混合腎上皮細胞的RNA測序跡線。*alt_5 ss係指選擇性5’剪接位點。
圖 4A- 圖 4C描繪NMD誘導事件之驗證。 圖 4A展示NMD誘導外顯子(chr4 88031085 88031140)事件之示意圖。 圖 4B展示選擇性5’剪接位點(Alt 5'ss) (chr4 88036354 88036480)事件之示意圖。*alt_5 ss係指選擇性5’剪接位點。在此實例中，除典型外顯子3 (黑色條)之外，由選擇性5’剪接位點(alt 5'ss)處之剪接產生的外顯子含有藉由選擇性5’剪接位點處之剪接(灰色條)延伸的外顯子區域，且因此，比對應典型外顯子3 (黑色條形)長。一致地，由選擇性5’剪接位點(alt 5' ss)處之剪接產生的內含子比對應典型內含子3短。 圖 4C展示使用來自用DMSO (-)或環己醯亞胺(CHX)(+)處理之人類腎混合上皮細胞及人類腎皮質上皮細胞之RNA的RT-PCR。引子位於外顯子2及外顯子4中。
圖 5描繪NMD外顯子包括事件之ASO步移設計。陰影核苷酸對應於NMD誘導外顯子2X。
圖 6A-B描繪Alt 5'ss事件之ASO步移設計。陰影核苷酸對應於由所指示之Alt 5'ss之選擇產生的延伸之外顯子3的部分。*alt_5 ss係指選擇性5’剪接位點。
圖 7A描繪使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 6A-B之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞之生產性 PKD2mRNA的變化。
圖 7B描繪使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 6A-B之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞之非生產性 PKD2mRNA的變化。
圖 8A描繪使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 5之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞之生產性 PKD2mRNA的變化。
圖 8B描繪使用經80 nM所指示之ASO (參見 圖 5之宏觀步移)轉染24小時之初級腎混合上皮細胞之非生產性 PKD2mRNA的變化。
圖 9A- 圖 9E示出靶向兩個事件之ASO以增加生產性mRNA及蛋白質產生。 圖 9A描繪ASO之組合對非生產性外顯子包括NMD事件利用的作用。 圖 9B描繪在ASO組合下EX2-EX3生產性mRNA之表現。 圖 9C描繪ASO之組合對非生產性選擇性5'ss NMD事件利用之作用。 圖 9D描繪在ASO組合下EX3-EX4生產性mRNA之表現。 圖 9E描繪用ASO組合處理後多囊蛋白2 (PKD2)蛋白之西方墨點之定量。
圖 10示出PKD2之上游開放閱讀框架宏觀步移。陰影核苷酸分別對應於上游開放閱讀框架及典型起始密碼子。

Claims (184)

  1. 一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有從目標基因轉錄且包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)之前mRNA，該方法包含：使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，從而調節自該前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節該細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
  2. 一種藉由調節個體之細胞中目標蛋白質的表現為有此需要之個體治療疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：使藥劑或編碼該藥劑之載體與該個體之該細胞接觸，其中該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA自目標基因轉錄且包含該NMD外顯子，藉此調節自該前mRNA加工之經加工mRNA的含量，且調節該個體之該細胞中該目標蛋白質的表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
  3. 如請求項1或2之方法，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2。
  4. 如請求項2之方法，其中該疾病或病況為與多囊蛋白2之量或活性缺乏相關之疾病或病況。
  5. 如請求項2之方法，其中該疾病或病況為與多囊蛋白1之量或活性缺乏相關之疾病或病況。
  6. 如請求項3之方法，其中該疾病或病況為與多囊蛋白2在功能上加強、補償、替換或在功能上相互作用之蛋白質之量或活性缺乏相關的疾病或病況。
  7. 如請求項1至6中任一項之方法，其中該藥劑： (a) 結合於該前mRNA之目標部分； (b) 調節涉及該NMD外顯子之剪接之因子的結合；或 (c) (a)與(b)之組合。
  8. 如請求項7之方法，其中該藥劑干擾涉及該NMD外顯子之剪接之該因子的結合。
  9. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分接近該NMD外顯子。
  10. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為該NMD外顯子之5'末端上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  11. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為該NMD外顯子之5'末端上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
  12. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為該NMD外顯子之3'末端下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  13. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為該NMD外顯子之3'末端下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
  14. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  15. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031085之基因體位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  16. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  17. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88031140之基因體位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  18. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分位於介於該前mRNA之兩個典型外顯子區域之間的內含子區域中，且其中該內含子區域含有該NMD外顯子。
  19. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分與該NMD外顯子至少部分重疊。
  20. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分與在該NMD外顯子上游或下游之內含子至少部分重疊。
  21. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分包含5' NMD外顯子-內含子接合處或3' NMD外顯子-內含子接合處。
  22. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分在該NMD外顯子內。
  23. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分包含該NMD外顯子之約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。
  24. 如請求項1至23中任一項之方法，其中該NMD外顯子包含與選自由表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少80%、至少90%或100%序列一致性的序列。
  25. 如請求項1至23中任一項之方法，其中該NMD外顯子包含選自由表3中所列出之序列組成之群的序列。
  26. 如請求項7之方法，其中該前mRNA包含與選自由表3中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
  27. 如請求項7之方法，其中該前mRNA由與選自由表2中所列出之序列組成之群的序列具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的基因序列編碼。
  28. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分包含與包含選自由表3中所列出之序列組成之群之序列的至少8個相連核酸之區域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
  29. 如請求項7之方法，其中該藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中該ASO包含與選自由表4或表5中所列出之序列組成之群的序列之至少8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個或18個相連核酸具有至少約80%、85%、90%、95%、97%或100%序列一致性的序列。
  30. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分在該無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140內。
  31. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分在該無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085-88031140上游或下游。
  32. 如請求項7之方法，其中該前mRNA之目標部分包含該無意義介導之RNA衰變誘導外顯子GRCh38/ hg38: chr4:88031085 88031140之外顯子-內含子接合處。
  33. 如請求項3之方法，其中由該經加工mRNA表現之該多囊蛋白2為全長多囊蛋白2或野生型多囊蛋白2。
  34. 如請求項3之方法，其中由該經加工mRNA表現之該多囊蛋白2與野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
  35. 如請求項3之方法，其中由該經加工mRNA表現之該多囊蛋白2與全長野生型多囊蛋白2相比為至少部分功能性。
  36. 如請求項1至35中任一項之方法，其中該藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，且促進自該前mRNA除去該NMD外顯子，藉此調節自該前mRNA加工且缺乏該NMD外顯子之經加工mRNA的含量。
  37. 如請求項36之方法，其中與在對照細胞中自該前mRNA除去之NMD外顯子相比，與該藥劑接觸之該細胞中自該前mRNA除去之NMD外顯子增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  38. 如請求項1至37中任一項之方法，其中該方法使得該細胞中之該經加工mRNA的含量增加。
  39. 如請求項38之方法，其中與對照細胞中該經加工mRNA之含量相比，與該藥劑接觸之細胞中該經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  40. 如請求項1至37中任一項之方法，其中該藥劑增加該細胞中該目標蛋白質之表現。
  41. 如請求項40之方法，其中與對照細胞中產生之該目標蛋白質之含量相比，該目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  42. 如請求項1至41中任一項之方法，其中該NMD外顯子包含提前終止密碼子(PTC)。
  43. 如請求項2之方法，其中該疾病或病況與該目標基因或該目標蛋白質中之功能損失型突變相關。
  44. 如請求項43之方法，其中該疾病或病況與該目標基因之單倍體不足相關，且其中該個體具有編碼功能性多囊蛋白2之第一對偶基因，及不產生或以降低之水準產生多囊蛋白2的第二對偶基因，或編碼非功能性多囊蛋白2或部分功能性多囊蛋白2之第二對偶基因。
  45. 如請求項44之方法，其中一個或兩個對偶基因為減效對偶基因或部分功能性。
  46. 如請求項2或44之方法，其中該疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。
  47. 如請求項2或43之方法，其中該疾病或病況與 PKD1或 PKD2基因之突變相關，其中該個體具有第一對偶基因，其中： (i)不產生或以相比於野生型對偶基因降低之水準產生該目標蛋白質；或 (ii)產生之該目標蛋白質相比於野生型對偶基因為非功能性或部分功能性，及 第二對偶基因，其中： (iii)以相比於野生型對偶基因降低之水準產生該目標蛋白質，且產生之該目標蛋白質相比於野生型對偶基因為至少部分功能性；或 (iv)產生之該目標蛋白質相比於野生型對偶基因為部分功能性。
  48. 如請求項47之方法，其中該疾病或病況係選自由以下組成之群：伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病、及顱內動脈瘤。
  49. 如請求項47之方法，其中該突變為減效對偶基因突變。
  50. 如請求項47之方法，其中該疾病或病況與 PKD2基因之突變相關。
  51. 如請求項47之方法，其中該疾病或病況與 PKD1基因之突變相關。
  52. 如請求項43之方法，其中該藥劑促進自該前mRNA除去該NMD外顯子，藉此調節自該前mRNA加工且缺乏該NMD外顯子之經加工mRNA的含量且增加該細胞中該目標蛋白質之表現。
  53. 如請求項1或2之方法，其中該藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中該反義寡聚物包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。
  54. 如請求項1或2之方法，其中該藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中該反義寡聚物包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基、鎖核酸、肽核酸、2'-O-甲基部分、2'-氟部分或2'-O-甲氧基乙基部分。
  55. 如請求項1或2之方法，其中該藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中該反義寡聚物包含至少一個經修飾之糖部分。
  56. 如請求項55之方法，其中各糖部分為經修飾之糖部分。
  57. 如請求項1或2之方法，其中該藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中該反義寡聚物由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
  58. 如請求項7之方法，其中該藥劑為反義寡聚物(ASO)且其中該反義寡聚物與該前mRNA之目標部分至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
  59. 如請求項1或2之方法，其中該方法包含使編碼該藥劑之載體與該細胞接觸。
  60. 如請求項59之方法，其中該藥劑為包含反義寡聚物之聚核苷酸。
  61. 如請求項59之方法，其中該載體為病毒載體。
  62. 如請求項61之組合物，其中病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
  63. 如請求項59之方法，其中該聚核苷酸進一步包含經修飾之snRNA。
  64. 如請求項63之方法，其中該經修飾之人類snRNA為經修飾之U1 snRNA或經修飾之U7 snRNA。
  65. 如請求項63之方法，其中該經修飾之人類snRNA為經修飾之U7 snRNA，且其中該反義寡聚物具有與表4或表5中所列出之序列至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%一致的序列。
  66. 如請求項1或2之方法，其中該方法進一步包含評估該目標蛋白質之經加工mRNA含量或表現量。
  67. 如請求項2之方法，其中該個體為人類。
  68. 如請求項2之方法，其中該個體為非人類動物。
  69. 如請求項2之方法，其中該個體為胎兒、胚胎或兒童。
  70. 如請求項1或2之方法，其中該等細胞為離體的。
  71. 如請求項2之方法，其中該藥劑藉由鞘內注射、腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、皮下注射、玻璃體內或靜脈內注射向該個體投與。
  72. 如請求項2之方法，其中該方法進一步包含向該個體投與第二治療劑。
  73. 如請求項72之方法，其中該第二治療劑為小分子。
  74. 如請求項72之方法，其中該第二治療劑為反義寡聚物。
  75. 如請求項72之方法，其中該第二治療劑校正內含子保留。
  76. 如請求項1至75中任一項之方法，其中該方法進一步包含使無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體與該細胞接觸，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5'剪接位點，其中由該前mRNA在選擇性5'剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節該選擇性5'剪接位點處之剪接來調節該前mRNA之加工，藉此調節該目標蛋白質之表現；且其中該目標基因為 PKD2。
  77. 如請求項1至76中任一項之方法，其中該方法治療該疾病或病況。
  78. 一種組合物，其包含藥劑或編碼該藥劑之載體，該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA自目標基因轉錄且包含該NMD外顯子，藉此調節自該前mRNA加工之經加工mRNA之含量，且調節具有該前mRNA之細胞中目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
  79. 一種組合物，其包含藥劑或編碼該藥劑之載體，該藥劑調節自前mRNA剪接無意義介導之mRNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，該前mRNA自目標基因轉錄且包含該NMD外顯子，藉此藉由調節自該前mRNA加工之經加工mRNA之含量且調節該個體之細胞中目標蛋白質之表現而治療有需要之個體之疾病或病況，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
  80. 一種醫藥組合物，其包含如請求項78至79中任一項之組合物；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。
  81. 一種組合物，其包含無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體，其中該藥劑在包含自目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節該目標蛋白質之表現，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5'剪接位點，其中由該前mRNA在選擇性5'剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節該選擇性5'剪接位點處之剪接來調節該前mRNA之加工；且其中該目標基因為 PKD2。
  82. 如請求項81之組合物，其中該藥劑藉由防止或減少該選擇性5'剪接位點處之剪接來調節該前RNA之加工。
  83. 如請求項81或82之組合物，其中該藥劑藉由促進或增加該典型5'剪接位點處之剪接來調節該前RNA之加工。
  84. 如請求項81之組合物，其中調節該選擇性5'剪接位點處之該前mRNA之剪接來增加該細胞中該目標蛋白質之表現。
  85. 如請求項81至84中任一項之組合物，其中由該選擇性5'剪接位點處之該前mRNA之剪接產生的該經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。
  86. 如請求項81至85中任一項之組合物，其中該藥劑為小分子。
  87. 如請求項81至85中任一項之組合物，其中該藥劑為多肽。
  88. 如請求項87之組合物，其中該多肽為核酸結合蛋白。
  89. 如請求項88之組合物，其中該核酸結合蛋白含有TAL-效應子或鋅指結合域。
  90. 如請求項88之組合物，其中該核酸結合蛋白為Cas家族蛋白。
  91. 如請求項88之組合物，其中該多肽伴有一或多種核酸分子或與其複合。
  92. 如請求項81至85中任一項之組合物，其中該藥劑為與該前mRNA之目標區域互補的反義寡聚物(ASO)。
  93. 如請求項92之組合物，其中該藥劑與編碼該目標蛋白質之該前mRNA之目標區域至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互補。
  94. 如請求項92或93之組合物，其中該藥劑包括包含硫代磷酸酯鍵聯或二胺基磷酸酯鍵聯之主鏈修飾。
  95. 如請求項92至94中任一項之組合物，其中該藥劑包含二胺基磷酸酯N-嗎啉基。
  96. 如請求項92至95中任一項之組合物，其中該藥劑包含鎖核酸。
  97. 如請求項92至96中任一項之組合物，其中該藥劑包含肽核酸。
  98. 如請求項92至96中任一項之組合物，其中該藥劑包含2'-O-甲基。
  99. 如請求項92至98中任一項之組合物，其中該藥劑包含2'-氟或2'-O-甲氧基乙基部分。
  100. 如請求項92至99中任一項之組合物，其中該藥劑包含至少一個經修飾之糖部分。
  101. 如請求項100之組合物，其中各糖部分為經修飾之糖部分。
  102. 如請求項81至85或92至101中任一項之組合物，其中該藥劑為反義寡聚物，且其中該藥劑由8至50個核鹼基、8至40個核鹼基、8至35個核鹼基、8至30個核鹼基、8至25個核鹼基、8至20個核鹼基、8至15個核鹼基、9至50個核鹼基、9至40個核鹼基、9至35個核鹼基、9至30個核鹼基、9至25個核鹼基、9至20個核鹼基、9至15個核鹼基、10至50個核鹼基、10至40個核鹼基、10至35個核鹼基、10至30個核鹼基、10至25個核鹼基、10至20個核鹼基、10至15個核鹼基、11至50個核鹼基、11至40個核鹼基、11至35個核鹼基、11至30個核鹼基、11至25個核鹼基、11至20個核鹼基、11至15個核鹼基、12至50個核鹼基、12至40個核鹼基、12至35個核鹼基、12至30個核鹼基、12至25個核鹼基、12至20個核鹼基或12至15個核鹼基組成。
  103. 如請求項78、79及81中任一項之組合物，其中該組合物包含編碼該藥劑之載體。
  104. 如請求項103之方法，其中該藥劑為包含反義寡聚物之聚核苷酸。
  105. 如請求項103之方法，其中該載體為病毒載體。
  106. 如請求項105之組合物，其中病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
  107. 如請求項103之組合物，其中該聚核苷酸進一步包含經修飾之snRNA。
  108. 如請求項107之組合物，其中該經修飾之人類snRNA為經修飾之U1 snRNA或經修飾之U7 snRNA。
  109. 如請求項107之組合物，其中該經修飾之人類snRNA為經修飾之U7 snRNA，且其中該反義寡聚物具有與表4或表5中所列出之序列至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%一致的序列。
  110. 一種組合物，其包含編碼根據如請求項81至85或87至109中任一項之組合物之藥劑的核酸分子。
  111. 如請求項110之組合物，其中該核酸分子併入至病毒遞送系統中。
  112. 如請求項111之組合物，其中該病毒遞送系統為腺病毒相關載體。
  113. 如請求項81之組合物，其中該病毒載體為腺病毒相關病毒載體。
  114. 一種調節細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞包含自目標基因轉錄且編碼該目標蛋白質之前mRNA，該方法包含使無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體與該細胞接觸，其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5'剪接位點，其中由該前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節該選擇性5'剪接位點處之剪接來調節該前mRNA之加工，藉此調節該目標蛋白質之表現；且 其中該目標基因為 PKD2。
  115. 如請求項114之方法，其中該藥劑： (a) 結合於該前mRNA之目標部分； (b) 調節涉及該選擇性5'剪接位點處之剪接之因子的結合；或 (c) (a)與(b)之組合。
  116. 如請求項115之方法，其中該藥劑干擾涉及該選擇性5'剪接位點處之剪接之該因子與該目標部分之區域的結合。
  117. 如請求項115至116中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分接近該選擇性5'剪接位點。
  118. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為該選擇性5'剪接位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  119. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為該選擇性5'剪接位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
  120. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為該選擇性5'剪接位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  121. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為該選擇性5'剪接位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
  122. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4 88036480之基因體位點上游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  123. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點上游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
  124. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點下游至多約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸。
  125. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分為GRCh38/ hg38: chr4:88036480之基因體位點下游至少約1500個核苷酸、約1000個核苷酸、約800個核苷酸、約700個核苷酸、約600個核苷酸、約500個核苷酸、約400個核苷酸、約300個核苷酸、約200個核苷酸、約100個核苷酸、約80個核苷酸、約70個核苷酸、約60個核苷酸、約50個核苷酸、約40個核苷酸、約30個核苷酸、約20個核苷酸、約10個核苷酸、約5個核苷酸、約4個核苷酸、約2個核苷酸、約1個核苷酸。
  126. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分位於介於該典型5'剪接位點與該選擇性5'剪接位點之間的區域中。
  127. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分位於藉由該選擇性5'剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域中。
  128. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分與該選擇性5'剪接位點至少部分重疊。
  129. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分與在該選擇性5'剪接位點上游或下游之區域至少部分重疊。
  130. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分在藉由該選擇性5'剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域內。
  131. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分包含藉由該選擇性5'剪接位點處之剪接所延伸之外顯子區域的約5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個或更多個連續核苷酸。
  132. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分位於介於兩個典型外顯子之間的內含子區域中。
  133. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分位於該兩個典型外顯子中之一者中。
  134. 如請求項115至117中任一項之方法，其中該前mRNA之目標部分位於跨越內含子與典型外顯子之區域中。
  135. 如請求項114之方法，其中與對照細胞中編碼該目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，該細胞中該目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  136. 如請求項114至135中任一項之方法，其中對該前mRNA之剪接之調節增加產生編碼該目標蛋白質之該經加工mRNA。
  137. 如請求項136之方法，其中與對照細胞中編碼該目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與該藥劑接觸之該細胞中編碼該目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  138. 如請求項114至137中任一項之方法，其中該目標蛋白質為該蛋白質之典型同功型。
  139. 如請求項114至138中任一項之方法，其中由該前mRNA在該選擇性5'剪接位點處剪接產生的經加工mRNA包含提前終止密碼子(PTC)。
  140. 如請求項114至139中任一項之方法，其中該方法進一步包含使第二藥劑或編碼該第二藥劑之載體與該細胞接觸，其中該前mRNA包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，其中該第二藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，藉此調節自該前mRNA加工之經加工mRNA之含量，且調節該細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
  141. 如請求項114至140中任一項之方法，其中該NSASS調節劑為如請求項81至113中任一項之組合物。
  142. 一種醫藥組合物，其包含如請求項81至113中任一項之組合物；及醫藥學上可接受之賦形劑及/或遞送媒劑。
  143. 一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該有需要之個體投與醫藥組合物，其中該醫藥組合物包含：包含無意義介導之RNA衰變選擇式剪接位點(NSASS)調節劑或編碼該藥劑之病毒載體的組合物，其中該藥劑在包含自目標基因轉錄且編碼目標蛋白質之前mRNA之細胞中調節該目標蛋白質之表現， 其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5'剪接位點，其中該前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接引起該選擇式剪接之mRNA的無意義介導之RNA衰變，其中該藥劑藉由調節該選擇性5'剪接位點處之剪接來調節該前mRNA之加工；且其中該目標基因為 PKD2；及醫藥學上可接受之賦形劑。
  144. 一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含：向該個體投與如請求項81之醫藥組合物。
  145. 如請求項143至144中任一項之方法，其中該疾病為伴有或不伴有多囊性肝病之多囊性腎病、體染色體顯性多囊性腎病或顱內動脈瘤。
  146. 如請求項143至144中任一項之方法，其中該疾病或病況為與多囊蛋白2之量或活性缺乏相關之疾病或病況。
  147. 如請求項143至144中任一項之方法，其中該疾病或病況為與多囊蛋白1之量或活性缺乏相關之疾病或病況。
  148. 如請求項143至144中任一項之方法，其中該疾病或病況為與多囊蛋白2在功能上加強、補償、替換或在功能上相互作用之蛋白質之量或活性缺乏相關的疾病或病況。
  149. 如請求項143至148中任一項之方法，其中該疾病或病況由該目標蛋白質之量或活性缺乏引起。
  150. 如請求項143至149中任一項之方法，其中該藥劑增加該細胞中編碼該目標蛋白質之該經加工mRNA之含量。
  151. 如請求項150之方法，其中與對照細胞中編碼該目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，與該藥劑接觸之該細胞中編碼該目標蛋白質之經加工mRNA之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  152. 如請求項143至151中任一項之方法，其中該藥劑增加該細胞中該目標蛋白質之表現。
  153. 如請求項152之方法，其中與對照細胞中編碼該目標蛋白質之經加工mRNA之含量相比，該細胞中該目標蛋白質之含量增加約1.1至約10倍、約1.5至約10倍、約2至約10倍、約3至約10倍、約4至約10倍、約1.1至約5倍、約1.1至約6倍、約1.1至約7倍、約1.1至約8倍、約1.1至約9倍、約2至約5倍、約2至約6倍、約2至約7倍、約2至約8倍、約2至約9倍、約3至約6倍、約3至約7倍、約3至約8倍、約3至約9倍、約4至約7倍、約4至約8倍、約4至約9倍、至少約1.1倍、至少約1.5倍、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約3倍、至少約3.5倍、至少約4倍、至少約5倍或至少約10倍。
  154. 如請求項143至153中任一項之方法，其中該方法進一步包含評估該目標蛋白質之mRNA含量或表現量。
  155. 如請求項143至154中任一項之方法，其中該方法進一步包含針對與該疾病相關之至少一種基因突變評估該個體之基因體。
  156. 如請求項155之方法，其中至少一種基因突變在與該疾病相關之基因之基因座內。
  157. 如請求項155之方法，其中至少一種基因突變在與該疾病所相關之基因之表現相關的基因座內。
  158. 如請求項155之方法，其中至少一種基因突變在該 PKD2基因之基因座內。
  159. 如請求項155之方法，其中至少一種基因突變在該 PKD1基因之基因座內。
  160. 如請求項155之方法，其中至少一種基因突變在與 PKD2基因表現相關之基因座內。
  161. 如請求項143至160中任一項之方法，其中該個體為人類。
  162. 如請求項143至160中任一項之方法，其中該個體為非人類動物。
  163. 如請求項143至160中任一項之方法，其中該個體為胎兒、胚胎或兒童。
  164. 如請求項143至163中任一項之方法，其中該細胞或該等細胞為離體的，或在離體之組織或器官中。
  165. 如請求項143至164中任一項之方法，其中該藥劑係藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向該個體投與。
  166. 如請求項143至165中任一項之方法，其中該方法治療該疾病或病況。
  167. 一種治療劑，其用於如請求項143至166中任一項之方法。
  168. 一種醫藥組合物，其包含如請求項167之治療劑及醫藥學上可接受之賦形劑。
  169. 一種治療有需要之個體之疾病或病況或降低發展該疾病或病況之可能性的方法，該方法包含藉由腦室內注射、腹膜內注射、肌肉內注射、鞘內注射、皮下注射、經口投與、滑膜注射、玻璃體內投與、視網膜下注射、表面施用、植入或靜脈內注射向該個體投與如請求項168之醫藥組合物。
  170. 如請求項169之方法，其中該方法治療該個體。
  171. 一種增加細胞中目標蛋白質之表現的方法，該細胞具有編碼該目標蛋白質之經加工mRNA，該方法包含將以下遞送至該細胞中：(1)第一藥劑或編碼該第一藥劑之第一核酸序列，及(2)第二藥劑或編碼該第二藥劑之第二核酸序列， 其中該前mRNA包含無意義介導之RNA衰變誘導外顯子(NMD外顯子)，其中該第一藥劑調節自該前mRNA剪接該NMD外顯子，藉此調節自該前mRNA加工之經加工mRNA之含量，且調節該細胞中該目標蛋白質之表現；且 其中該前mRNA在典型5'剪接位點下游包含選擇性5'剪接位點，其中由該前mRNA在選擇性5’剪接位點處剪接產生的經加工mRNA進行無意義介導之RNA衰變，其中該第二藥劑藉由調節該選擇性5'剪接位點處之剪接來調節該前mRNA之加工，藉此調節該目標蛋白質之表現； 其中該目標蛋白質由 PKD2基因編碼。
  172. 一種組合物，其包含藥劑或編碼該藥劑之載體，其中該藥劑包含與選自由表4或表5之序列組成之群的序列具有至少80%序列一致性的反義寡聚物。
  173. 一種組合物，其包含編碼藥劑之載體，其中該藥劑包括包含與選自由表4或表5之序列組成之群的序列具有至少80%序列一致性之序列的聚核酸。
  174. 一種增加具有經加工mRNA之細胞中多囊蛋白2蛋白之表現的方法，該經加工mRNA編碼該多囊蛋白2蛋白且包含抑制該經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑調節該轉譯調控元件之結構，藉此增加該細胞中該多囊蛋白2蛋白之表現。
  175. 一種增加具有經加工mRNA之細胞中多囊蛋白2蛋白之表現的方法，該經加工mRNA編碼該多囊蛋白2蛋白且包含抑制該經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑(a)結合於該經加工mRNA之目標部分；(b)調節該轉譯調控元件與涉及該經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合，藉此增加該細胞中該多囊蛋白2蛋白之表現。
  176. 一種調節細胞中多囊蛋白2蛋白之表現的方法，該方法包含使藥劑或編碼該藥劑之載體與該細胞接觸，其中該藥劑包含與選自由表4或表5之序列組成之群之序列具有至少80%序列一致性的反義寡聚物。
  177. 一種包含藥劑之組合物，其中該藥劑包含結合於編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之目標部分的反義寡聚物，其中該經加工mRNA之該目標部分包含該經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸或在該經加工mRNA之5'UTR內。
  178. 一種包含編碼藥劑之載體的組合物，其中該藥劑包括包含結合於編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之目標部分的序列的聚核酸，其中該經加工mRNA之該目標部分包含該經加工mRNA之主要起始密碼子之至少一個核苷酸或在該經加工mRNA之5'UTR內。
  179. 一種包含藥劑之組合物，其中該藥劑調節編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之轉譯調控元件的結構，藉此增加該多囊蛋白2蛋白之表現，且其中該轉譯調控元件抑制該經加工mRNA之轉譯。
  180. 一種包含編碼藥劑之載體之組合物，其中該藥劑調節編碼多囊蛋白2蛋白之經加工mRNA之轉譯調控元件的結構，藉此增加該多囊蛋白2蛋白之表現，且其中該轉譯調控元件抑制該經加工mRNA之轉譯。
  181. 一種包含藥劑之組合物，其中該藥劑增加細胞中經加工mRNA之轉譯，其中該經加工mRNA編碼多囊蛋白2蛋白且包含抑制該經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，其中該藥劑調節該轉譯調控元件之結構，藉此增加該經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率，其中該藥劑(a)結合於該經加工mRNA之目標部分；(b)調節該轉譯調控元件與涉及該經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合。
  182. 一種包含編碼藥劑之載體的組合物，其中該藥劑增加細胞中經加工mRNA之轉譯，其中該經加工mRNA編碼多囊蛋白2蛋白且包含抑制該經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，其中該藥劑調節該轉譯調控元件之結構，藉此增加該經加工mRNA之轉譯效率及/或轉譯速率，其中該藥劑(a)結合於該經加工mRNA之目標部分；(b)調節該轉譯調控元件與涉及該經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合。
  183. 一種增加具有經加工mRNA之細胞中目標蛋白質之表現的方法，該經加工mRNA編碼該目標蛋白質且包含抑制該經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含將以下遞送至該細胞中：(1)第一藥劑或編碼該第一藥劑之第一核酸序列；及(2)第二藥劑或編碼該第二藥劑之第二核酸序列，其中該第一藥劑調節自編碼該目標蛋白質之目標基因轉錄之前mRNA的剪接，且其中該第二藥劑調節編碼該目標蛋白質之該經加工mRNA之該轉譯調控元件的結構，藉此增加該細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2。
  184. 一種增加具有經加工mRNA之細胞中目標蛋白質之表現的方法，該經加工mRNA編碼該目標蛋白質且包含抑制該經加工mRNA之轉譯的轉譯調控元件，該方法包含將以下遞送至該細胞中：(1)第一藥劑或編碼該第一藥劑之第一核酸序列；及(2)第二藥劑或編碼該第二藥劑之第二核酸序列，其中該第一藥劑調節自編碼該目標蛋白質之目標基因轉錄之前mRNA的剪接，且其中該第二藥劑(a)結合於該經加工mRNA之目標部分；(b)調節該轉譯調控元件與涉及該經加工mRNA之轉譯之因子的相互作用；或(c) (a)與(b)之組合，藉此增加該細胞中該目標蛋白質之表現，其中該目標蛋白質為多囊蛋白2。
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