JP2021500041A5 - - Google Patents
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Description
[0411]本開示の好ましい実施形態が本明細書に示され、記載されたが、そのような実施形態は例としてのみ提供されているということは、当業者には明らかであろう。今や数多くの変形例、変更例、および代用例が、本開示から逸脱することなく当業者には思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本開示の実施形態の様々な代替が本発明を実施する際に用いられてもよいということが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は本開示の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内の方法および構成、ならびにそれらの均等物はその範囲によって網羅される、ということが意図される。
本明細書は以下の発明の開示を包含する。
[1]ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞によって標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって、治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[2]対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって、疾患または状態を処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードする細胞中のmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、対象の細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[3]治療剤が、
(a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、
(b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
(c)(a)および(b)の組合せ
である、[1]または[2]に記載の方法。
[4]治療剤が、NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の、標的化部分の領域への結合に干渉する、[3]に記載の方法。
[5]標的化部分がNMDエクソンの近位にある、[3]に記載の方法。
[6]標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[7]標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[8]標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[9]標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[10]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[11]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[12]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[13]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[14]標的化部分が、標的タンパク質をコードするmRNAの2つの標準的なエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がNMDエクソンを含有する、[3]に記載の方法。
[15]標的化部分が、NMDエクソンと少なくとも部分的に重複する、[3]に記載の方法。
[16]標的化部分が、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、[3]に記載の方法。
[17]標的化部分が、5’NMDエクソン−イントロン接合部または3’NMDエクソン−イントロン接合部を含む、[3]に記載の方法。
[18]標的化部分がNMDエクソン内にある、[3]に記載の方法。
[19]標的化部分が、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む、[3]に記載の方法。
[20]標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号135〜191からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[21]標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号1〜5、12、19〜21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55〜57、および192〜211からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、[1]または[2]に記載の方法。
[22]mRNAの標的化部分が、配列番号135〜191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、[3]に記載の方法。
[23]薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号135〜191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[24]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある、[3]に記載の方法。
[25]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にある、[3]に記載の方法。
[26]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるエクソンのエクソン−イントロン接合部を含む、[3]に記載の方法。
[27]産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、[1]または[2]に記載の方法。
[28]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する、[1]または[2]に記載の方法。
[29]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[30]治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる、[28]に記載の方法。
[31]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[32]治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、[28]に記載の方法。
[33]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[34]疾患または状態が、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘発される、[2]に記載の方法。
[35]疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、[34]に記載の方法。
[36]疾患または状態が、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される、[35]に記載の方法。
[37]疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象が、
(i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
(ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
第1のアレル、および
(iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
(iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
第2のアレルを有する、[34]に記載の方法。
[38]疾患または状態が、アルポート症候群;神経セロイドリポフスチン症3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;メチルマロン酸尿症;プロピオン酸血症;網膜色素変性症59;テイ・サックス病;先天性無痛症;ならびに常染色体劣性HSAN2Dからなる群から選択される、[37]に記載の方法。
[39]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、[34]に記載の方法。
[40]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害する、[1]または[2]に記載の方法。
[41]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[42]治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを減少させる、[40]に記載の方法。
[43]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[44]治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、[40]に記載の方法。
[45]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[46]疾患または状態が、標的タンパク質における機能獲得型変異によって誘発される、[2]に記載の方法。
[47]対象が、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する、[46]に記載の方法。
[48]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、[46]に記載の方法。
[49]標的タンパク質がSCN8Aを含む、[40]に記載の方法。
[50]疾患または状態が中枢神経系疾患を含む、[49]に記載の方法。
[51]疾患または状態がてんかんを含む、[50]に記載の方法。
[52]疾患または状態がドラベ症候群を含む、[51]に記載の方法。
[53]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[54]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、または2’−O−メトキシエチル部分を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[55]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[56]各糖部分が修飾糖部分である、[55]に記載の方法。
[57]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、[1]または[2]に記載の方法。
[58]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、mRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、[3]に記載の方法。
[59]標的タンパク質のmRNAレベルまたは発現レベルを評価するステップをさらに含む、[1]または[2]に記載の方法。
[60]対象がヒトである、[2]に記載の方法。
[61]対象が非ヒト動物である、[2]に記載の方法。
[62]対象が胎児、胚、または小児である、[2]に記載の方法。
[63]細胞がエクスビボである、[1]または[2]に記載の方法。
[64]治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、[2]に記載の方法。
[65]第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、[2]に記載の方法。
[66]第2の治療剤が低分子である、[65]に記載の方法。
[67]第2の治療剤がアンチセンスオリゴマーである、[65]に記載の方法。
[68]第2の治療剤がイントロン保持を是正する、[65]に記載の方法。
[69]疾患または状態が、16p11.2欠失症候群;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経セロイドリポフスチン症3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;錐体桿体網膜ジストロフィー2;コルネリア・デ・ランゲ;常染色体優性難聴13;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;家族性熱性痙攣3B;先天性無痛症;常染色体劣性HSAN2D;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体優性精神遅滞1;常染色体優性精神遅滞5;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;NASH;神経線維腫症1型;神経線維腫症2型;視神経萎縮1型;プロピオン酸血症;網膜色素変性症18;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;テイ・サックス病;ならびにワーグナー症候群1からなる群から選択される、[2]に記載の方法。
本明細書は以下の発明の開示を包含する。
[1]ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞によって標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって、治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[2]対象の細胞における標的タンパク質の発現を調節することによって、疾患または状態を処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、対象の細胞を、ナンセンス変異依存mRNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードする細胞中のmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節する治療剤と接触させるステップを含み、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、対象の細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
[3]治療剤が、
(a)標的タンパク質をコードするmRNAの標的化部分に結合する、
(b)NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の結合を調節する、または
(c)(a)および(b)の組合せ
である、[1]または[2]に記載の方法。
[4]治療剤が、NMDエクソンのスプライシングに関与する因子の、標的化部分の領域への結合に干渉する、[3]に記載の方法。
[5]標的化部分がNMDエクソンの近位にある、[3]に記載の方法。
[6]標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[7]標的化部分が、NMDエクソンの5’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[8]標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[9]標的化部分が、NMDエクソンの3’末端の、少なくとも約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約5ヌクレオチド、約4ヌクレオチド、約2ヌクレオチド、約1ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[10]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[11]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610;GRCh38/hg38:chr1 196675450;GRCh38/hg38:chr15 92998149;GRCh38/hg38:chr16 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487;GRCh38/hg38:chr2 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688;GRCh38/hg38:chr19 47835403;GRCh38/hg38:chr1 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335;GRCh38/hg38:chr1 28230252;GRCh38/hg38:chr2 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219;GRCh38/hg38:chr2 148490695;GRCh38/hg38:chr2 148505761;GRCh38/hg38:chr6 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825;GRCh38/hg38:chr6 75867431;GRCh38/hg38:chr17 31249955;GRCh38/hg38:chr22 29628658;GRCh38/hg38:chr5 37048127;GRCh38/hg38:chr12 100499841;GRCh38/hg38:chr5 177169394;GRCh38/hg38:chr5 177200761;GRCh38/hg38:chr5 177247924;GRCh38/hg38:chr5 177275947;GRCh38/hg38:chr3 193628509;GRCh38/hg38:chr3 193603500;GRCh38/hg38:chr13 100305751;GRCh38/hg38:chr12 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575;GRCh38/hg38:chr1 150327557;GRCh38/hg38:chr1 150330401;GRCh38/hg38:chr2 165327155;GRCh38/hg38:chr12 51688758;GRCh38/hg38:chr12 51780202;GRCh38/hg38:chr2 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059541;GRCh38/hg38:chr11 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268;GRCh38/hg38:chr19 1221621;GRCh38/hg38:chr6 33448789;GRCh38/hg38:chr9 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド上流にある、[5]に記載の方法。
[12]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、最大約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[13]標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285;GRCh38/hg38:chr19 13236449;GRCh38/hg38:chr21 43059730;GRCh38/hg38:chr1 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644;GRCh38/hg38:chr6 33183634;GRCh38/hg38:chr2 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653;GRCh38/hg38:chr2 227015283;GRCh38/hg38:chr1 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366;GRCh38/hg38:chr1 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131;GRCh38/hg38:chr2 88582755;GRCh38/hg38:chr17 64102673;GRCh38/hg38:chr1 23798311;GRCh38/hg38:chrX 109383365;GRCh38/hg38:chrX 109439038;GRCh38/hg38:chr15 72362376;GRCh38/hg38:chr15 72345677;GRCh38/hg38:chr16 30115595;GRCh38/hg38:chr2 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522;GRCh38/hg38:chr19 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516;GRCh38/hg38:chr22 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238;GRCh38/hg38:chr7 80794854;GRCh38/hg38:chr7 85059498;GRCh38/hg38:chr11 225673;GRCh38/hg38:chr19 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365;およびGRCh38/hg38:chr5 83545070からなる群から選択されるゲノム部位の、約1500ヌクレオチド、約1000ヌクレオチド、約800ヌクレオチド、約700ヌクレオチド、約600ヌクレオチド、約500ヌクレオチド、約400ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約80ヌクレオチド、約70ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド下流にある、[5]に記載の方法。
[14]標的化部分が、標的タンパク質をコードするmRNAの2つの標準的なエクソン領域の間のイントロン領域に位置し、イントロン領域がNMDエクソンを含有する、[3]に記載の方法。
[15]標的化部分が、NMDエクソンと少なくとも部分的に重複する、[3]に記載の方法。
[16]標的化部分が、NMDエクソンの上流または下流のイントロンと少なくとも部分的に重複する、[3]に記載の方法。
[17]標的化部分が、5’NMDエクソン−イントロン接合部または3’NMDエクソン−イントロン接合部を含む、[3]に記載の方法。
[18]標的化部分がNMDエクソン内にある、[3]に記載の方法。
[19]標的化部分が、NMDエクソンの約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個以上の連続するヌクレオチドを含む、[3]に記載の方法。
[20]標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号135〜191からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[21]標的タンパク質をコードするmRNAが、配列番号1〜5、12、19〜21、25、26、28、30、33、35、38、40、41、44、45、51、53、55〜57、および192〜211からなる群から選択される配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、[1]または[2]に記載の方法。
[22]mRNAの標的化部分が、配列番号135〜191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸を含む領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、[3]に記載の方法。
[23]薬剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、ASOが、配列番号135〜191からなる群から選択される配列の少なくとも8個の連続的な核酸に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的である配列を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[24]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン内にある、[3]に記載の方法。
[25]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388 ;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソンの上流または下流にある、[3]に記載の方法。
[26]mRNAの標的化部分が、GRCh38/hg38:chr1 243564285 243564388;GRCh38/hg38:chr19 13236449 13236618;GRCh38/hg38:chr21 43059730 43060012;GRCh38/hg38:chr1 207775610 207775745;GRCh38/hg38:chr1 196675450 196675529;GRCh38/hg38:chr15 92998149 92998261;GRCh38/hg38:chr16 28479644 28479765;GRCh38/hg38:chr6 33183634 33183698;GRCh38/hg38:chr2 227296487 227296526;GRCh38/hg38:chr2 227144653 227144833;GRCh38/hg38:chr2 227015283 227015360;GRCh38/hg38:chr1 207637688 207637848;GRCh38/hg38:chr19 47835403 47835579;GRCh38/hg38:chr1 59904366 59904516;GRCh38/hg38:chr1 26442335 26442372;GRCh38/hg38:chr1 28230131 28230252 ;GRCh38/hg38:chr2 88582755 88582824;GRCh38/hg38:chr17 64102673 64102804;GRCh38/hg38:chr1 23798311 23798484;GRCh38/hg38:chrX 109383365 109383446;GRCh38/hg38:chrX 109439038 109439175;GRCh38/hg38:chr15 72362376 72362466;GRCh38/hg38:chr15 72345677 72345776;GRCh38/hg38:chr16 30115595 30115645;GRCh38/hg38:chr2 148460219 148460304;GRCh38/hg38:chr2 148490695 148490787;GRCh38/hg38:chr2 148505761 148505830;GRCh38/hg38:chr6 49436522 49436597;GRCh38/hg38:chr19 50230825 50230999;GRCh38/hg38:chr6 75867431 75867523;GRCh38/hg38:chr17 31249955 31250125;GRCh38/hg38:chr22 29628658 29628773;GRCh38/hg38:chr5 37048127 37048354;GRCh38/hg38:chr12 100499841 100500024;GRCh38/hg38:chr5 177169394 177169559;GRCh38/hg38:chr5 177200761 177200783;GRCh38/hg38:chr5 177247924 177248079;GRCh38/hg38:chr5 177275947 177276101;GRCh38/hg38:chr3 193628509 193628616;GRCh38/hg38:chr3 193603500 193603557;GRCh38/hg38:chr13 100305751 100305834;GRCh38/hg38:chr12 32894516 32894778;GRCh38/hg38:chr22 46203575 46203752;GRCh38/hg38:chr1 150327557 150327652;GRCh38/hg38:chr1 150330401 150330498;GRCh38/hg38:chr2 165327155 165327202;GRCh38/hg38:chr12 51688758 51688849;GRCh38/hg38:chr12 51780202 51780271;GRCh38/hg38:chr2 166304238 166304329;GRCh38/hg38:chr7 80794854 80794957;GRCh38/hg38:chr7 85059498 85059541;GRCh38/hg38:chr11 225673 226081;GRCh38/hg38:chr19 1216268 1216398;GRCh38/hg38:chr19 1221621 1221846;GRCh38/hg38:chr6 33448789 33448868;GRCh38/hg38:chr9 32551365 32551469;およびGRCh38/hg38:chr5 83544965 83545070からなる群から選択されるエクソンのエクソン−イントロン接合部を含む、[3]に記載の方法。
[27]産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、[1]または[2]に記載の方法。
[28]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進する、[1]または[2]に記載の方法。
[29]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[30]治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを増加させる、[28]に記載の方法。
[31]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[32]治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、[28]に記載の方法。
[33]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[28]に記載の方法。
[34]疾患または状態が、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘発される、[2]に記載の方法。
[35]疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連し、対象が、機能性標的タンパク質をコードする第1のアレル、および標的タンパク質が産生されないか、もしくは低下したレベルで産生される第2のアレル、または非機能性標的タンパク質もしくは部分機能性標的タンパク質をコードする第2のアレルを有する、[34]に記載の方法。
[36]疾患または状態が、ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;小児期発症てんかん性脳症;ワーグナー症候群1;視神経萎縮1型;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経線維腫症1型;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;経路(CNS);16p11.2欠失症候群;常染色体優性精神遅滞1;網膜色素変性症18;網膜色素変性症31;常染色体優性難聴13;錐体桿体網膜ジストロフィー2;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;常染色体優性難聴22;神経線維腫症2型;常染色体優性精神遅滞5;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;ならびに家族性熱性痙攣3Bからなる群から選択される、[35]に記載の方法。
[37]疾患または状態が、標的タンパク質をコードする遺伝子の常染色体劣性変異に関連し、対象が、
(i)標的タンパク質が産生されないか、もしくは野生型アレルと比較して低下したレベルで産生される、または
(ii)産生される標的タンパク質が非機能性であるか、もしくは野生型アレルと比較して部分機能性である
第1のアレル、および
(iii)標的タンパク質が野生型アレルと比較して低下したレベルで産生され、産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して少なくとも部分機能性である、または
(iv)産生される標的タンパク質が野生型アレルと比較して部分機能性である
第2のアレルを有する、[34]に記載の方法。
[38]疾患または状態が、アルポート症候群;神経セロイドリポフスチン症3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;メチルマロン酸尿症;プロピオン酸血症;網膜色素変性症59;テイ・サックス病;先天性無痛症;ならびに常染色体劣性HSAN2Dからなる群から選択される、[37]に記載の方法。
[39]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を促進し、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる、[34]に記載の方法。
[40]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害する、[1]または[2]に記載の方法。
[41]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除が、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除と比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[42]治療剤が、細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルを減少させる、[40]に記載の方法。
[43]治療剤と接触した細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが、対照細胞における、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[44]治療剤が、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、[40]に記載の方法。
[45]治療剤と接触した細胞において産生される標的タンパク質のレベルが、対照細胞において産生される標的タンパク質のレベルと比較して、約1.1から約10分の1、約1.5から約10分の1、約2から約10分の1、約3から約10分の1、約4から約10分の1、約1.1から約5分の1、約1.1から約6分の1、約1.1から約7分の1、約1.1から約8分の1、約1.1から約9分の1、約2から約5分の1、約2から約6分の1、約2から約7分の1、約2から約8分の1、約2から約9分の1、約3から約6分の1、約3から約7分の1、約3から約8分の1、約3から約9分の1、約4から約7分の1、約4から約8分の1、約4から約9分の1、約1.1分の1以下、約1.5分の1以下、約2分の1以下、約2.5分の1以下、約3分の1以下、約3.5分の1以下、約4分の1以下、約5分の1以下、または約10分の1以下である、[40]に記載の方法。
[46]疾患または状態が、標的タンパク質における機能獲得型変異によって誘発される、[2]に記載の方法。
[47]対象が、標的タンパク質が増加したレベルで産生されるアレル、または細胞において増加した活性を示す変異標的タンパク質をコードするアレルを有する、[46]に記載の方法。
[48]治療剤が、標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAからのNMDエクソンの排除を阻害し、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる、[46]に記載の方法。
[49]標的タンパク質がSCN8Aを含む、[40]に記載の方法。
[50]疾患または状態が中枢神経系疾患を含む、[49]に記載の方法。
[51]疾患または状態がてんかんを含む、[50]に記載の方法。
[52]疾患または状態がドラベ症候群を含む、[51]に記載の方法。
[53]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート連結またはホスホロジアミデート連結を含む骨格修飾を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[54]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、または2’−O−メトキシエチル部分を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[55]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが少なくとも1つの修飾糖部分を含む、[1]または[2]に記載の方法。
[56]各糖部分が修飾糖部分である、[55]に記載の方法。
[57]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、8から50核酸塩基、8から40核酸塩基、8から35核酸塩基、8から30核酸塩基、8から25核酸塩基、8から20核酸塩基、8から15核酸塩基、9から50核酸塩基、9から40核酸塩基、9から35核酸塩基、9から30核酸塩基、9から25核酸塩基、9から20核酸塩基、9から15核酸塩基、10から50核酸塩基、10から40核酸塩基、10から35核酸塩基、10から30核酸塩基、10から25核酸塩基、10から20核酸塩基、10から15核酸塩基、11から50核酸塩基、11から40核酸塩基、11から35核酸塩基、11から30核酸塩基、11から25核酸塩基、11から20核酸塩基、11から15核酸塩基、12から50核酸塩基、12から40核酸塩基、12から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25核酸塩基、12から20核酸塩基、または12から15核酸塩基までからなる、[1]または[2]に記載の方法。
[58]治療剤がアンチセンスオリゴマー(ASO)であり、アンチセンスオリゴマーが、mRNAの標的化部分に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、[3]に記載の方法。
[59]標的タンパク質のmRNAレベルまたは発現レベルを評価するステップをさらに含む、[1]または[2]に記載の方法。
[60]対象がヒトである、[2]に記載の方法。
[61]対象が非ヒト動物である、[2]に記載の方法。
[62]対象が胎児、胚、または小児である、[2]に記載の方法。
[63]細胞がエクスビボである、[1]または[2]に記載の方法。
[64]治療剤が、対象の髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、硝子体内、または静脈内注射によって投与される、[2]に記載の方法。
[65]第2の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む、[2]に記載の方法。
[66]第2の治療剤が低分子である、[65]に記載の方法。
[67]第2の治療剤がアンチセンスオリゴマーである、[65]に記載の方法。
[68]第2の治療剤がイントロン保持を是正する、[65]に記載の方法。
[69]疾患または状態が、16p11.2欠失症候群;アルポート症候群;不整脈原性右室異形成症9;神経セロイドリポフスチン症3;小脳性運動失調症を伴うまたは伴わない認知機能障害;早期乳児てんかん性脳症13;良性家族性乳児発作5;錐体桿体網膜ジストロフィー2;コルネリア・デ・ランゲ;常染色体優性難聴13;常染色体優性難聴4A;末梢神経障害、ミオパチー、嗄声、および難聴;全般てんかん熱性痙攣プラス7型;家族性熱性痙攣3B;先天性無痛症;常染色体劣性HSAN2D;小児期発症てんかん性脳症;早期乳児てんかん性脳症11;良性家族性乳児発作3;ガラクトースエピメラーゼ欠損症;B6反応型および非反応型ホモシスチン尿症;常染色体優性精神遅滞1;常染色体優性精神遅滞5;メチルマロン酸尿症;家族性片麻痺性片頭痛1;発作性運動失調症2型;NASH;神経線維腫症1型;神経線維腫症2型;視神経萎縮1型;プロピオン酸血症;網膜色素変性症18;ソトス症候群1;ベックウィズ・ヴィーデマン症候群;テイ・サックス病;ならびにワーグナー症候群1からなる群から選択される、[2]に記載の方法。
Claims (1)
- ナンセンス変異依存RNA分解機構誘導エクソン(NMDエクソン)を含み標的タンパク質をコードするmRNAを有する細胞によって標的タンパク質の発現を調節する方法であって、治療剤を細胞に接触させるステップを含み、それによって、治療剤がmRNAからのNMDエクソンのスプライシングを調節し、それにより標的タンパク質をコードするプロセシングされたmRNAのレベルが調節され、細胞における標的タンパク質の発現が調節され、標的タンパク質が、AKT3、CACNA1A、CBS、CD46、CFH、CHD2、CLN3、COL11A2、COL4A3、COL4A4、COL4A4、CR1、CRX、CYP2J2、DHDDS、DNAJC8、EIF2AK3、ERN1、GALE、GUCY2F、GUCY2F、HEXA、HEXA、MAPK3、MBD5、MBD5、MBD5、MUT、MYH14、MYO6、NF1、NF2、NIPBL、NR1H4、NSD1、NSD1、NSD1、NSD1、OPA1、OPA1、PCCA、PKP2、PPARA、PRPF3、PRPF3、SCN2A、SCN8A、SCN8A、SCN9A、SEMA3C、SEMA3D、SIRT3、STK11、STK11、SYNGAP1、TOPORS、およびVCANタンパク質からなる群から選択される、方法。
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