JP7152053B2 - 細菌メタゲノム分析を通したうつ病の診断方法 - Google Patents
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Description
(a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出するステップ;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマーペアを用いてPCRを行うステップ;及び
(c)前記PCR産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
(a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出するステップ;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマーペアを用いてPCRを行うステップ;及び
(c)前記PCR産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
(a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出するステップ;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマーペアを用いてPCRを行うステップ;及び
(c)前記PCR産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
Actinobacteria、Cyanobacteria、Thermi、Fusobacteria、Acidobacteria、Chloroflexi、及びArmatimonadetesよりなる群から選ばれる1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Chloroplast、Actinobacteria、Alphaproteobacteria、Deltaproteobacteria、Saprospirae、Flavobacteriia、Cytophagia、Deinococci、Sphingobacteriia、Fusobacteriia、Fimbriimonadia、TM7-1、Pedosphaerae、Oscillatoriophycideae、Anaerolineae、Acidobacteria-6、Solibacteres、Nostocophycideae、及びiii1-8よりなる群から選ばれる1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Pasteurellales、Sphingomonadales、Bacillales、Xanthomonadales、Streptophyta、Rhodobacterales、Caulobacterales、Actinomycetales、Saprospirales、Rhizobiales、Flavobacteriales、Cytophagales、Myxococcales、Rickettsiales、Thermales、Rhodospirillales、Deinococcales、Sphingobacteriales、Fusobacteriales、Fimbriimonadales、BD7-3、Pedosphaerales、Aeromonadales、Chroococcales、I025、Bdellovibrionales、iii1-15、Solibacterales、PYR10d3、及びDS-18よりなる群から選ばれる1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Pasteurellaceae、Actinomycetaceae、Burkholderiaceae、Xanthomonadaceae、Intrasporangiaceae、Staphylococcaceae、Sphingomonadaceae、Propionibacteriaceae、Nocardiaceae、Lactobacillaceae、Methylobacteriaceae、Rhodobacteraceae、Tissierellaceae、Acetobacteraceae、Caulobacteraceae、Nocardioidaceae、Hyphomicrobiaceae、Chitinophagaceae、Chromatiaceae、Flavobacteriaceae、Micrococcaceae、Sphingobacteriaceae、Corynebacteriaceae、Cytophagaceae、Weeksellaceae、Sinobacteraceae、Thermaceae、Deinococcaceae、Rhizobiaceae、Mycobacteriaceae、Comamonadaceae、Bacillaceae、Dermabacteraceae、Erythrobacteraceae、Geodermatophilaceae、Fimbriimonadaceae、Bartonellaceae、Leptotrichiaceae、Dermacoccaceae、Rhodospirillaceae、Aeromonadaceae、Rs-045、Xenococcaceae、Sporichthyaceae、Bdellovibrionaceae、及びSolibacteraceaeよりなる群から選ばれる1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、又は
Sphingomonas、Finegoldia、Chryseobacterium、Lautropia、Methylobacterium、Propionibacterium、Rhodococcus、Flavobacterium、Staphylococcus、Lactobacillus、Porphyromonas、Peptoniphilus、Adlercreutzia、Erwinia、Citrobacter、Microbispora、Corynebacterium、Leptotrichia、Pedobacter、Enhydrobacter、Cloacibacterium、Paracoccus、Kaistobacter、Thermus、Actinobacillus、Deinococcus、Anaerococcus、Hymenobacter、Achromobacter、Mycobacterium、Agrobacterium、Brachybacterium、Capnocytophaga、Bacillus、Arthrobacter、Megasphaera、Fimbriimonas、Peptostreptococcus、Modestobacter、Tepidimonas、Dermacoccus、Janthinobacterium、Wautersiella、Novosphingobium、Nesterenkonia、Sneathia、WAL_1855D、Skermanella、Shuttleworthia、Roseateles、Bdellovibrio、Actinobaculum、Candidatus Solibacter、及びChroococcidiopsisよりなる群から選ばれる1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と診断することができる。
Verrucomicrobia及びBacteroidetesよりなる群から選ばれる1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Erysipelotrichi、Verrucomicrobiae、Bacteroidia、及びClostridiaよりなる群から選ばれる1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Turicibacterales、Erysipelotrichales、Verrucomicrobiales、RF39、Bacteroidales、Enterobacteriales、及びClostridialesよりなる群から選ばれる1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Turicibacteraceae、Erysipelotrichaceae、Verrucomicrobiaceae、Rikenellaceae、Bacteroidaceae、Odoribacteraceae、S24-7、Clostridiaceae、Ruminococcaceae、Enterococcaceae、Paraprevotellaceae、Enterobacteriaceae、Leuconostocaceae、Porphyromonadaceae、及びPrevotellaceaeよりなる群から選ばれる1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、又は
Butyricimonas、Turicibacter、SMB53、Eubacterium、Akkermansia、Proteus、Ruminococcus、Parabacteroides、Roseburia、Bacteroides、Phascolarctobacterium、Sporosarcina、Weissella、Faecalibacterium、Collinsella、Oscillospira、及びPrevotellaよりなる群から選ばれる1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
Corynebacterium及びEnhydrobacterの属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、
Bacteroides及びAkkermansiaの属(genus)細菌由来小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
Corynebacterium及びEnhydrobacterの属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、
Bacteroides及びAkkermansiaの属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
Actinobacteria、Cyanobacteria、Thermi、Fusobacteria、Acidobacteria、Chloroflexi、及びArmatimonadetesよりなる群から選ばれる1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Chloroplast、Actinobacteria、Alphaproteobacteria、Deltaproteobacteria、Saprospirae、Flavobacteriia、Cytophagia、Deinococci、Sphingobacteriia、Fusobacteriia、Fimbriimonadia、Pedosphaerae、Oscillatoriophycideae、Anaerolineae、Acidobacteria-6、Solibacteres、及びNostocophycideaeよりなる群から選ばれる1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Pasteurellales、Sphingomonadales、Bacillales、Xanthomonadales、Streptophyta、Rhodobacterales、Caulobacterales、Actinomycetales、Saprospirales、Rhizobiales、Flavobacteriales、Cytophagales、Myxococcales、Rickettsiales、Thermales、Rhodospirillales、Deinococcales、Sphingobacteriales、Fusobacteriales、Fimbriimonadales、Pedosphaerales、Aeromonadales、Chroococcales、Bdellovibrionales、及びSolibacteralesよりなる群から選ばれる1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Pasteurellaceae、Actinomycetaceae、Burkholderiaceae、Xanthomonadaceae、Intrasporangiaceae、Staphylococcaceae、Sphingomonadaceae、Propionibacteriaceae、Nocardiaceae、Lactobacillaceae、Methylobacteriaceae、Rhodobacteraceae、Tissierellaceae、Acetobacteraceae、Caulobacteraceae、Nocardioidaceae、Hyphomicrobiaceae、Chitinophagaceae、Chromatiaceae、Flavobacteriaceae、Micrococcaceae、Sphingobacteriaceae、Corynebacteriaceae、Cytophagaceae、Weeksellaceae、Sinobacteraceae、Thermaceae、Deinococcaceae、Rhizobiaceae、Mycobacteriaceae、Comamonadaceae、Bacillaceae、Dermabacteraceae、Erythrobacteraceae、Geodermatophilaceae、Fimbriimonadaceae、Bartonellaceae、Leptotrichiaceae、Dermacoccaceae、Rhodospirillaceae、Aeromonadaceae、Xenococcaceae、Sporichthyaceae、Bdellovibrionaceae、及びSolibacteraceaeよりなる群から選ばれる1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、又は
Sphingomonas、Finegoldia、Chryseobacterium、Lautropia、Methylobacterium、Propionibacterium、Rhodococcus、Flavobacterium、Staphylococcus、Lactobacillus、Porphyromonas、Peptoniphilus、Adlercreutzia、Erwinia、Citrobacter、Microbispora、Leptotrichia、Pedobacter、Cloacibacterium、Paracoccus、Kaistobacter、Thermus、Actinobacillus、Deinococcus、Anaerococcus、Hymenobacter、Achromobacter、Mycobacterium、Agrobacterium、Brachybacterium、Capnocytophaga、Bacillus、Arthrobacter、Megasphaera、Fimbriimonas、Peptostreptococcus、Modestobacter、Tepidimonas、Dermacoccus、Janthinobacterium、Wautersiella、Novosphingobium、Nesterenkonia、Sneathia、Skermanella、Shuttleworthia、Roseateles、Bdellovibrio、Actinobaculum、Candidatus Solibacter、及びChroococcidiopsisよりなる群から選ばれる1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と診断することができる。
Corynebacterium及びEnhydrobacter属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、
Bacteroides及びAkkermansia属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
Verrucomicrobia及びBacteroidetesよりなる群から選ばれる1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Erysipelotrichi、Verrucomicrobiae、Bacteroidia、及びClostridiaよりなる群から選ばれる1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Turicibacterales、Erysipelotrichales、Verrucomicrobiales、Bacteroidales、Enterobacteriales、及びClostridialesよりなる群から選ばれる1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Turicibacteraceae、Erysipelotrichaceae、Verrucomicrobiaceae、Rikenellaceae、Bacteroidaceae、Odoribacteraceae、Clostridiaceae、Ruminococcaceae、Enterococcaceae、Paraprevotellaceae、Enterobacteriaceae、Leuconostocaceae、Porphyromonadaceae、及びPrevotellaceaeよりなる群から選ばれる1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、又は
Butyricimonas、Turicibacter、Eubacterium、Proteus、Ruminococcus、Parabacteroides、Roseburia、Phascolarctobacterium、Sporosarcina、Weissella、Faecalibacterium、Collinsella、Oscillospira、及びPrevotellaよりなる群から選ばれる1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマーペアを用いてPCRを行うステップ;及び
(c)前記PCR産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップを含むうつ病を診断するための情報提供方法を提供する。
腸内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身的に吸収されるかを評価するために、次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に蛍光で標識した腸内細菌と腸内細菌由来小胞をそれぞれ50μgの用量で胃腸管に投与し、0分、5分、3時間、6時間、12時間後に蛍光を測定した。マウスの全体イメージを観察した結果、図1aに示されたように、前記細菌(Bacteria)である場合には、全身的に吸収されないが、細菌由来小胞(EV)である場合には、投与後5分に全身的に吸収され、投与3時間後には、膀胱に蛍光が濃く観察されて、小胞が泌尿器系に排泄されることが分かった。また、小胞は、投与12時間まで体内に存在することが分かった。
尿から小胞を分離し、DNAを抽出するために、まず、10mlのチューブに尿を入れて遠心分離(3,500×g、10min、4℃)を実施して、浮遊物を沈めて、上澄み液だけを回収した後、新しい10mlのチューブに移した。0.22μmのフィルターを使用して前記回収した上澄み液から細菌及び異物を除去した後、セントリプレップチューブ(centrifugal filters 50kD)に移し、1500×g、4℃で15分間遠心分離して、50kDより小さい物質は捨てて、10mlまで濃縮させた。さらに0.22μmのフィルターを使用してバクテリア及び異物を除去した後、Type 90tiローターで150,000×g、4℃で3時間の間超高速遠心分離方法を使用して上澄み液を捨てて、固まったペレット(pellet)を生理食塩水(PBS)で溶かして、小胞を収得した。
前記実施例2の方法で遺伝子を抽出した後、前記表1に示した16S rDNAプライマーを使用してPCRを実施して遺伝子を増幅させ、シーケンシング(Illumina MiSeq sequencer)を行った。結果をStandard Flowgram Format(SFF)ファイルで出力し、GS FLX software(v2.9)を用いてSFFファイルをsequenceファイル(.fasta)とnucleotide quality scoreファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、window(20bps)平均base call accuracyが99%未満(Phred score<20)である部分を除去した。質が低い部分を除去した後、リードの長さが300bps以上であるものだけを利用し(Sickle version 1.33)、結果分析のためにOperational Taxonomy Unit(OTU)は、UCLUSTとUSEARCHを用いてシークエンス類似度によってクラスタリングを行った。具体的に、属(genus)は94%、科(family)は90%、目(order)は85%、綱(class)は80%、門(phylum)は75%シークエンス類似度を基準としてクラスタリングを行い、各OTUの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、BLASTNとGreenGenesの16S DNAシークエンスデータベース(108,453シークエンス)を用いて97%以上のシークエンス類似度を有するバクテリアを分析した(QIIME)。
前記実施例3の方法で、うつ病患者20人と年齢と性別をマッチングした正常ヒト21人の尿から小胞を分離した後、メタゲノムシーケンシングを行った。診断モデルの開発は、まず、t検定で二つの群間のp値が0.05以下であり、二つの群間に2倍以上違いが生じる菌株を選定した後、logistic regression analysis方法で診断的性能指標であるAUC(area under curve)、敏感度、及び特異度を算出した。
Claims (3)
- (a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出するステップ;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマーペアを用いてPCRを行うステップ;及び
(c)前記PCR産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ;を含み、
前記前記被検体サンプルは、尿であり、
前記ステップ(c)で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
コリネバクテリウム(Corynebacterium)およびエンヒドロバクター(Enhydrobacter)属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、
バクテロイデス(Bacteroides)およびアッカーマンシア(Akkermansia)属(genus)細菌由来小胞の含量が減少している場合、うつ病と判定するための情報を得ることを特徴とする、うつ病判定のための情報提供方法。 - 前記ステップ(c)で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
コリネバクテリウム(Corynebacterium)およびエンヒドロバクター(Enhydrobacter)属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、
バクテロイデス(Bacteroides)およびアッカーマンシア(Akkermansia)属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
アクチノバクテリア門(Actinobacteria)、シアノバクテリア門(Cyanobacteria)、テルミ(Thermi)、フソバクテリア(Fusobacteria)、アキドバクテリア(Acidobacteria)、クロロフレクサス(Chloroflexi)、およびアルマティモナス門(Armatimonadetes)よりなる群から選ばれる1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
クロロプラスト(Chloroplast)、アクチノバクテリア(Actinobacteria)、アルファプロテオバクテリア(Alphaproteobacteria)、デルタプロテオバクテリア(Deltaproteobacteria)、サプロスピレ(Saprospirae)、フラボバクテリア(Flavobacteriia)、サイトファガ(Cytophagia)、デイノコッキ(Deinococci)、スフィンゴバクテリア(Sphingobacteriia)、フソバクテリア(Fusobacteriia)、フィンブリイモナジア(Fimbriimonadia)、ペドスパイラ(Pedosphaerae)、オシラトリオピシジエ(Oscillatoriophycideae)、アナエロリニエ(Anaerolineae)、アキドバクテリア-6(Acidobacteria-6)、ソリバクテレス(Solibacteres)、およびノストコピシジエ(Nostocophycideae)よりなる群から選ばれる1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
パスツーレラレス(Pasteurellales)、スフィンゴモナダレス(Sphingomonadales)、バシラレス(Bacillales)、キサントモナダレス(Xanthomonadales)、ストレプトファイタ(Streptophyta)、ロドバクテラレス(Rhodobacterales)、カウロバクテラレス(Caulobacterales)、アクチノミセタレス(Actinomycetales)、ザプロスピラレス(Saprospirales)、リゾビウム目(Rhizobiales)、フラボバクテリアレス(Flavobacteriales)、サイトファガレス(Cytophagales)、ミクソコッカレス(Myxococcales)、リケッチアレス(Rickettsiales)、テルマレス(Thermales)、ロドスピリラレス(Rhodospirillales)、デイノコッカレス(Deinococcales)、スフィンゴバクテリアレス(Sphingobacteriales)、フソバクテリアレス(Fusobacteriales)、フィンブリイモナダレス(Fimbriimonadales)、ペドスパエラレス(Pedosphaerales)、アエロモナダレス(Aeromonadales)、クロオコッカス目(Chroococcales)、ブデロビブリオナレス(Bdellovibrionales)、およびソリバクテラレス(Solibacterales)よりなる群から選ばれる1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
パスツレラシエ(Pasteurellaceae)、アクチノミセタセエ(Actinomycetaceae)、バークホルデリアシエ(Burkholderiaceae)、キサントモナダシエ(Xanthomonadaceae)、イントラスポランギアシエ(Intrasporangiaceae)、スタフィロコッカシエ(Staphylococcaceae)、スフィンゴモナダシエ(Sphingomonadaceae)、プロピオニバクテリアシエ(Propionibacteriaceae)、ノカルディアシエ(Nocardiaceae)、乳酸菌科(Lactobacillaceae)、メチロバクテリアシエ(Methylobacteriaceae)、ロドバクテラシエ(Rhodobacteraceae)、ティセレラシエ(Tissierellaceae)、アセトバクテラシエ(Acetobacteraceae)、カウロバクテラシエ(Caulobacteraceae)、ノカルジオイダシエ(Nocardioidaceae)、ヒフォミクロビアシエ(Hyphomicrobiaceae)、キチノファガシエ(Chitinophagaceae)、クロマチアシエ(Chromatiaceae)、フラボバクテリアシエ(Flavobacteriaceae)、マイクロコッカシエ(Micrococcaceae)、スフィンゴバクテリアシエ(Sphingobacteriaceae)、コリネバクテリアシエ(Corynebacteriaceae)、サイトファガセエ(Cytophagaceae)、ウィクセラシエ(Weeksellaceae)、シノバクテラシエ(Sinobacteraceae)、テルマシエ(Thermaceae)、デイノコッカシエ(Deinococcaceae)、リゾビウム科(Rhizobiaceae)、マイコバクテリアシエ(Mycobacteriaceae)、コマモナダシエ(Comamonadaceae)、バシラシエ(Bacillaceae)、デルマバクテラシエ(Dermabacteraceae)、エリスロバクテラシエ(Erythrobacteraceae)、ゲオデルマトフィラシエ(Geodermatophilaceae)、フィンブリイモナダセアエ(Fimbriimonadaceae)、バルトネラセエ(Bartonellaceae)、レプトトリキアシエ(Leptotrichiaceae)、デルマコッカシエ(Dermacoccaceae)、ロドスピリラシエ(Rhodospirillaceae)、アエロモナダシエ(Aeromonadaceae)、キセノコッカシエ(Xenococcaceae)、スポリチティアシエ(Sporichthyaceae)、ブデロビブリオナシエ(Bdellovibrionaceae)、およびソリバクテラシエ(Solibacteraceae)よりなる群から選ばれる1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス(Sphingomonas)、フィネゴルディア(Finegoldia)、クリセオバクテリウム(Chryseobacterium)、ロートロピア(Lautropia)、メチロバクテリウム(Methylobacterium)、プロピオニバクテリウム(Propionibacterium)、ロドコッカス(Rhodococcus)、フラボバクテリウム(Flavobacterium)、スタフィロコッカス(Staphylococcus)、乳酸菌属(Lactobacillus)、ポルフィロモナス(Porphyromonas)、ペプトニフィラス(Peptoniphilus)、アドレクラウチア(Adlercreutzia)、エルウィニア(Erwinia)、シトロバクター(Citrobacter)、ミクロビスポラ(Microbispora)、レプトトリキア(Leptotrichia)、ペドバクター(Pedobacter)、クロアシバクテリウム(Cloacibacterium)、パラコッカス(Paracoccus)、カイストバクター(Kaistobacter)、テルムス(Thermus)、アクチノバシラス(Actinobacillus)、デイノコッカス(Deinococcus)、アナエロコッカス(Anaerococcus)、ヒメノバクター(Hymenobacter)、アクロモバクター(Achromobacter)、マイコバクテリウム(Mycobacterium)、アグロバクテリウム(Agrobacterium)、ブラキバクテリウム(Brachybacterium)、カプノサイトファーガ(Capnocytophaga)、バシラス(Bacillus)、アルスロバクター(Arthrobacter)、メガスファエラ(Megasphaera)、フィンブリイモナス(Fimbriimonas)、ペプトストレプトコッカス(Peptostreptococcus)、モデストバクター(Modestobacter)、テピディモナス(Tepidimonas)、デルマコッカス(Dermacoccus)、ヤンシノバクテリウム(Janthinobacterium)、オウタシエラ(Wautersiella)、ノボスフィンゴビウム(Novosphingobium)、ネステレンコニア(Nesterenkonia)、スニーシア(Sneathia)、スケルマネラ(Skermanella)、シュトレウォーシア(Shuttleworthia)、ロセアテレス(Roseateles)、ブデロビブリオ(Bdellovibrio)、アクチノバクラム(Actinobaculum)、カンジダタスソリバクター(Candidatus Solibacter)、およびクロオコッキディオプシス(Chroococcidiopsis)よりなる群から選ばれる1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と判定するための情報を得ることを特徴とする、請求項1に記載のうつ病判定のための情報提供方法。 - 前記ステップ(c)で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
コリネバクテリウム(Corynebacterium)およびエンヒドロバクター(Enhydrobacter)属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、バクテロイデス(Bacteroides)およびアッカーマンシア(Akkermansia)属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
ヴェルコミクロビウム門(Verrucomicrobia)門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
エリシペロトリクス綱(Erysipelotrichi)、ヴェルコミクロビウム綱(Verrucomicrobiae)、バクテロイディア(Bacteroidia)、およびクロストリジア(Clostridia)よりなる群から選ばれる1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
ツリシバクテラレス(Turicibacterales)、エリシペロトリチャレス(Erysipelotrichales)、ヴェルコミクロビアレス(Verrucomicrobiales)、バクテロイデス目(Bacteroidales)、エンテロバクテリアレス(Enterobacteriales)、およびクロストリジアレス(Clostridiales)よりなる群から選ばれる1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
ツリシバクテラシエ(Turicibacteraceae)、エリシペロトリチャシエ(Erysipelotrichaceae)、ヴェルコミクロビアシエ(Verrucomicrobiaceae)、リケネルラシエ(Rikenellaceae)、オドリバクテラシエ(Odoribacteraceae)、クロストリジウム科(Clostridiaceae)、ルミノコッカシエ(Ruminococcaceae)、エンテロコッカシエ(Enterococcaceae)、パラプレボテラシエ(Paraprevotellaceae)、エンテロバクテリアシエ(Enterobacteriaceae)、リュコノストカシエ(Leuconostocaceae)、ポルフィロモナダシエ(Porphyromonadaceae)、およびプレボテラ科(Prevotellaceae)よりなる群から選ばれる1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
ブチリシモナス(Butyricimonas)、ツリシバクター(Turicibacter)、ユーバクテリウム(Eubacterium)、プロテウス(Proteus)、ルミノコッカス(Ruminococcus)、パラバクテロイデス(Parabacteroides)、ロゼブリア(Roseburia)、ファスコラークトバクテリウム(Phascolarctobacterium)、スポロサルシナ(Sporosarcina)、ワイセラ(Weissella)、フィーカリバクテリウム(Faecalibacterium)、コリンセラ(Collinsella)、オスシロスピラ(Oscillospira)、およびプレボテラ(Prevotella)よりなる群から選ばれる1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と判定するための情報を得ることを特徴とする、請求項1又は2に記載のうつ病判定のための情報提供方法。
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