JP2021511066A - 細菌メタゲノム分析を通したうつ病の診断方法 - Google Patents
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Abstract
本発明は、細菌メタゲノム分析を通してうつ病を診断する方法に関し、より具体的には、被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム分析を行って特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することによって、うつ病を診断する方法に関する。環境に存在する細菌、古細菌などの微生物から分泌される細胞外小胞は、体内に吸収されて、炎症発生に直接的な影響を及ぼすことができ、炎症反応を特徴とするうつ病は、症状が現れる前に早期診断が難しくて、効率的な治療が難しいのが現状であるので、本発明による人体由来サンプルを用いた細菌由来細胞外小胞のメタゲノム分析を通してうつ病発病の危険度をあらかじめ診断することによって、うつ病の危険群を早期に診断及び予測して、適切な管理により発病時期を遅らせたり発病を予防することができ、発病後にも早期診断することができて、うつ病の発病率を低減し、治療効果を高めることができる。【選択図】図６
Description
本発明は、細菌メタゲノム分析を通してうつ病を診断する方法に関し、より具体的には、被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム分析を行って、特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することによって、うつ病を診断する方法に関する。
うつ病（ｄｅｐｒｅｓｓｉｏｎ）は、感情を調節する脳の機能に変化が生じて、「否定的な感情」が現れる病気であり、全世界１億人以上が病んでいる疾患である。うつ病の本質は、生理学的、解剖学的問題であり、否定的な感情は、そのような人体構造の変化に伴う結果に該当する。うつ病は、程度によって「軽い水準のうつ病」と「重い水準のうつ病」に分かれる。「軽い水準のうつ病」は、うつ病の診断を受けたが、職業活動など社会活動に問題がない場合を称する。「重い水準のうつ病」は、精神健康体系で多様なうつ症状が持続する場合、「うつ病性障害」、特定の多数の症状が相当期間持続する場合「大うつ病性障害」などと呼ぶ。
科学者らは、うつ病の原因を明らかにするために努力しているが、まだ正確な発病原因は明らかにされていない。セロトニンとメラトニンは、うつ病の原因として指摘される代表的な物質であり、これらだけでなく、ドーパミン、ノルエピネフリンなど神経と関連した様々なホルモンがうつ病に影響を及ぼす。妊娠うつ病、産後うつ病、主婦うつ病、季節うつ病などの名前から分かるように、うつ病の発病は、内的・外的影響を受ける。セロトニンは、脳脊髄液から発見される神経代謝物質であって、脳を循環しつつ、神経伝達機能をする。セロトニンは、感情表現と密接な関連を有するものであって、この物質が不足する場合、感情が不安定で、憂い・心配が多くなり、衝動的な性向が現れる。１９７０年代科学者らは、セロトニンの欠乏がうつ病と密接な関連があることを明らかにした。現在うつ病の治療剤として使用されている薬には、セロトニンが再吸収されるのを阻止して、脳中にさらに長く留まるようにするものが多い。うつ病は、一般的に、男性より女性において２倍程度多く現れる。女性は、一般的に、男性よりセロトニン数値が高いと示されるが、女性は、セロトニンの濃度が少しだけ変わっても、敏感に反応するので、うつ病にかかる確率がさらに高い。女性が男性より敏感に反応する理由は、月経周期を前後としてエストロゲンとプロゲストロンなど女性ホルモンの不均衡が脳を刺激して、セロトニンに変化を与えるためであると解されている。
一方、人体に共生する微生物は、１００兆に達してヒト細胞より１０倍多くて、微生物の遺伝子の数は、ヒトの遺伝子の数の１００倍を超えると知られている。微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａあるいはｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ）は、与えられた生息域に存在する細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）、古細菌（ａｒｃｈａｅａ）、真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）を含む微生物群集（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）を言い、腸内微生物叢は、ヒトの生理現象に重要な役割をし、人体細胞と相互作用を通じてヒトの健康と疾病に大きい影響を及ぼすと知られている。人体に共生する細菌は、他の細胞への遺伝子、タンパク質などの情報を交換するために、ナノメートルサイズの小胞（ｖｅｓｉｃｌｅ）を分泌する。粘膜は、２００ナノメートル（ｎｍ）サイズ以上の粒子は通過できない物理的な防御膜を形成して、粘膜に共生する細菌である場合には、粘膜を通過しないが、細菌由来小胞は、サイズが１００ナノメートルサイズ以下であるので、比較的自由に粘膜を通過して人体に吸収される。
環境ゲノミクスとも呼ばれるメタゲノム学は、環境から採取したサンプルから得られたメタゲノム資料に対する分析学といえる（韓国特許公開第２０１１−００７３０４９号）。最近、１６ｓリボソームＲＮＡ（１６ｓ ｒＲＮＡ）塩基配列を基盤とする方法でヒトの微生物叢の細菌構成をリスト化することが可能になり、１６ｓリボソームＲＮＡの遺伝子である１６ｓ ｒＤＮＡ塩基配列を次世代塩基配列分析（ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）プラットホームを用いて分析する。しかしながら、うつ病の発病において、尿などの人体由来物から細菌由来小胞に存在するメタゲノム分析を通してうつ病の原因因子を同定し、うつ病を診断する方法については、報告されたことがない。
本発明者らは、うつ病の原因因子及び発病危険度をあらかじめ診断するために、被検体由来サンプルである尿に存在する細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム分析を行い、その結果、うつ病の原因因子として作用できる細菌由来細胞外小胞を同定したところ、これに基づいて本発明を完成した。
これより、本発明は、細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を通してうつ病を診断するための情報提供方法を提供することを目的とする。
しかしながら、本発明が解決しようとする技術的課題は、以上で言及した課題に制限されず、言及されていない他の課題は、下記の記載から当業者に明確に理解され得る。
前記のような本発明の目的を達成するために、本発明は、下記のステップを含む、うつ病診断のための情報提供方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
また、本発明は、下記のステップを含む、うつ病の診断方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
また、本発明は、下記のステップを含む、うつ病の発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。
本発明の一具現例において、前記ステップ（ｃ）で、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）の細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して、うつ病を診断するものでありうる。
本発明の他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、ＴＭ７−１、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、及びｉｉｉ１−８よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）の細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してうつ病を診断するものでありうる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、ＲＦ３９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＢＤ７−３、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｉ０２５、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、ｉｉｉ１−１５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）の細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してうつ病を診断するものでありうる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｒｓ−０４５、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）の細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してうつ病を診断するものでありうる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）の細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してうつ病を診断するものでありうる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、ＴＭ７−１、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、及びｉｉｉ１−８よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＢＤ７−３、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｉ０２５、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、ｉｉｉ１−１５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｒｓ−０４５、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と診断することができる。
Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、ＴＭ７−１、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、及びｉｉｉ１−８よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＢＤ７−３、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｉ０２５、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、ｉｉｉ１−１５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｒｓ−０４５、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と診断することができる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａよりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、ＲＦ３９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａよりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、ＲＦ３９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＥｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＥｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＥｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、及びＮｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と診断することができる。
Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＥｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａの属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、及びＮｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、うつ病と診断することができる。
本発明のさらに他の具現例において、前記ステップ（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＥｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａよりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＥｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａよりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓよりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅよりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、又は
Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａよりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、うつ病と診断することができる。
本発明のさらに他の具現例において、前記被検体サンプルは、尿でありうる。
環境に存在する細菌、古細菌などの微生物から分泌される細胞外小胞は、体内に吸収されて、炎症の発生に直接的な影響を及ぼすことができ、炎症反応を特徴とするうつ病は、症状が現れる前に早期診断が難しくて、効率的な治療が難しいのが現状であるので、本発明による人体由来サンプルを用いた細菌由来細胞外小胞のメタゲノム分析を通してうつ病発病の危険度をあらかじめ診断することによって、うつ病の危険群を早期に診断及び予測して、適切な管理により発病時期を遅らせたり発病を予防することができ、発病後にも早期診断することができて、うつ病の発病率を低減し、治療効果を高めることができる。また、うつ病と診断された患者においてメタゲノム分析を通して原因因子の曝露を避けることによって、癌の経過を良くしたり、再発を防ぐことができる。
本発明は、細菌メタゲノム分析を通してうつ病を診断する方法に関し、本発明者らは、被検体由来サンプルを用いて細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム分析を行い、うつ病の原因因子として作用できる細菌由来細胞外小胞を同定した。
これより、本発明は、（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップを含むうつ病を診断するための情報提供方法を提供する。
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップを含むうつ病を診断するための情報提供方法を提供する。
本発明において使用される用語「うつ病診断」とは、患者に対してうつ病が発病する可能性があるか、うつ病が発病する可能性が相対的に高いか、又は、うつ病がすでに発病したか否かを判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対するうつ病の発病危険度が高い患者にとって特別かつ適切な管理を通じて発病時期を遅らせたり発病しないようにするのに使用することができる。また、本発明の方法は、うつ病を早期に診断して、最も適切な治療方式を選択することによって、治療を決定するために臨床的に使用され得る。
本発明において使用される用語「メタゲノム（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ）」とは、「群遺伝子」とも言い、土、動物の腸など孤立した地域内のすべてのウイルス、細菌、カビなどを含む遺伝子の総和を意味するものであって、主に培養にならない微生物を分析するために、シーケンサーを使用して一度に多くの微生物を同定することを説明するゲノムの概念に使用される。特に、メタゲノムは、一種のゲノム又は遺伝子を言うものではなく、一つの環境単位のすべての種の遺伝子であって、一種の混合遺伝子を言う。これは、オミックス的に生物学が発展する過程で一種を定義するとき、機能的に既存の一種だけでなく、多様な種が互いに相互作用して完全な種を作るという観点から出た用語である。技術的には、速い配列分析法を利用して、種に関係なく、すべてのＤＮＡ、ＲＮＡを分析して、一つの環境内でのすべての種を同定し、相互作用、代謝作用を解明する技法の対象である。本発明では、好ましくは血清から分離した細菌由来細胞外小胞を用いてメタゲノム分析を実施した。
本発明において、前記被検体サンプルは、尿でありうるが、これに制限されるものではない。
本発明の実施例では、前記細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）レベルでそれぞれ分析して、実際にうつ病発生の原因として作用できる細菌由来小胞を同定した。
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを門レベルで分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ門細菌由来細胞外小胞の含量が、うつ病患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを綱レベルで分析した結果、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、ＴＭ７−１、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、及びｉｉｉ１−８綱細菌由来細胞外小胞の含量が、うつ病患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目レベルで分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、ＲＦ３９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＢＤ７−３、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｉ０２５、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、ｉｉｉ１−１５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８目細菌由来細胞外小胞の含量が、うつ病患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科レベルで分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｒｓ−０４５、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ科細菌由来細胞外小胞の含量が、うつ病患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属レベルで分析した結果、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓ属細菌由来細胞外小胞の含量が、うつ病患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
前記実施例の結果を通じて、前記同定された細菌及び古細菌由来細胞外小胞の分布変数がうつ病発生の予測に有用に用いられることを確認した。
以下、本発明の理解を助けるために好適な実施例を提示する。しかしなが、下記の実施例は、本発明をさらに容易に理解するために提供されるものに過ぎず、下記実施例によって本発明の内容が制限されるものではない。
［実施例１．腸内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相の分析］
腸内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身的に吸収されるかを評価するために、次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に蛍光で標識した腸内細菌と腸内細菌由来小胞をそれぞれ５０μｇの用量で胃腸管に投与し、０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。マウスの全体イメージを観察した結果、図１ａに示されたように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）である場合には、全身的に吸収されないが、細菌由来小胞（ＥＶ）である場合には、投与後５分に全身的に吸収され、投与３時間後には、膀胱に蛍光が濃く観察されて、小胞が泌尿器系に排泄されることが分かった。また、小胞は、投与１２時間まで体内に存在することが分かった。
腸内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身的に吸収されるかを評価するために、次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に蛍光で標識した腸内細菌と腸内細菌由来小胞をそれぞれ５０μｇの用量で胃腸管に投与し、０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。マウスの全体イメージを観察した結果、図１ａに示されたように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）である場合には、全身的に吸収されないが、細菌由来小胞（ＥＶ）である場合には、投与後５分に全身的に吸収され、投与３時間後には、膀胱に蛍光が濃く観察されて、小胞が泌尿器系に排泄されることが分かった。また、小胞は、投与１２時間まで体内に存在することが分かった。
腸内細菌と腸内細菌由来小胞が全身的に吸収された後、様々な臓器に浸潤された様相を評価するために、蛍光で標識した５０μｇの細菌と細菌由来小胞を前記の方法のように投与した後、１２時間目にマウスから血液（Ｂｌｏｏｄ）、心臓（Ｈｅａｒｔ）、肺（Ｌｕｎｇ）、肝（Ｌｉｖｅｒ）、腎臓（Ｋｉｄｎｅｙ）、脾臓（Ｓｐｌｅｅｎ）、脂肪組織（Ａｄｉｐｏｓｅ ｔｉｓｓｕｅ）、及び筋肉（Ｍｕｓｃｌｅ）を摘出した。前記摘出した組織から蛍光を観察した結果、図１ｂに示されたように、前記腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）は、各臓器に吸収されなかった反面、前記腸内細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）は、尿、心臓、肺、肝、腎臓、脾臓、脂肪組織、及び筋肉に分布することを確認した。
［実施例２．尿から小胞分離及びＤＮＡ抽出］
尿から小胞を分離し、ＤＮＡを抽出するために、まず、１０ｍｌのチューブに尿を入れて遠心分離（３，５００×ｇ、１０ｍｉｎ、４℃）を実施して、浮遊物を沈めて、上澄み液だけを回収した後、新しい１０ｍｌのチューブに移した。０．２２μｍのフィルターを使用して前記回収した上澄み液から細菌及び異物を除去した後、セントリプレップチューブ（ｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｌ ｆｉｌｔｅｒｓ ５０ｋＤ）に移し、１５００×ｇ、４℃で１５分間遠心分離して、５０ｋＤより小さい物質は捨てて、１０ｍｌまで濃縮させた。さらに０．２２μｍのフィルターを使用してバクテリア及び異物を除去した後、Ｔｙｐｅ ９０ｔｉローターで１５０，０００×ｇ、４℃で３時間の間超高速遠心分離方法を使用して上澄み液を捨てて、固まったペレット（ｐｅｌｌｅｔ）を生理食塩水（ＰＢＳ）で溶かして、小胞を収得した。
尿から小胞を分離し、ＤＮＡを抽出するために、まず、１０ｍｌのチューブに尿を入れて遠心分離（３，５００×ｇ、１０ｍｉｎ、４℃）を実施して、浮遊物を沈めて、上澄み液だけを回収した後、新しい１０ｍｌのチューブに移した。０．２２μｍのフィルターを使用して前記回収した上澄み液から細菌及び異物を除去した後、セントリプレップチューブ（ｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｌ ｆｉｌｔｅｒｓ ５０ｋＤ）に移し、１５００×ｇ、４℃で１５分間遠心分離して、５０ｋＤより小さい物質は捨てて、１０ｍｌまで濃縮させた。さらに０．２２μｍのフィルターを使用してバクテリア及び異物を除去した後、Ｔｙｐｅ ９０ｔｉローターで１５０，０００×ｇ、４℃で３時間の間超高速遠心分離方法を使用して上澄み液を捨てて、固まったペレット（ｐｅｌｌｅｔ）を生理食塩水（ＰＢＳ）で溶かして、小胞を収得した。
前記方法により尿から分離した小胞１００μｌを１００℃でボイルして、内部のＤＮＡを脂質外に放出させた後、氷に５分間冷ました。次に、残った浮遊物を除去するために、１０，０００×ｇ、４℃で３０分間遠心分離し、上澄み液だけを集めた後、Ｎａｎｏｄｒｏｐを用いてＤＮＡ量を定量した。その後、前記抽出されたＤＮＡに細菌由来ＤＮＡが存在するかを確認するために、下記表１に示した１６Ｓ ｒＤＮＡ ｐｒｉｍｅｒでＰＣＲを行って、前記抽出された遺伝子に細菌由来遺伝子が存在することを確認した。
［実施例３．尿から抽出したＤＮＡを用いたメタゲノム分析］
前記実施例２の方法で遺伝子を抽出した後、前記表１に示した１６Ｓ ｒＤＮＡプライマーを使用してＰＣＲを実施して遺伝子を増幅させ、シーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ Ｆｌｏｗｇｒａｍ Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ ＦＬＸ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を用いてＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｑｕａｌｉｔｙ ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ ｃａｌｌ ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質が低い部分を除去した後、リードの長さが３００ｂｐｓ以上であるものだけを利用し（Ｓｉｃｋｌｅ ｖｅｒｓｉｏｎ １．３３）、結果分析のためにＯｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）は、ＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを用いてシークエンス類似度によってクラスタリングを行った。具体的に、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シークエンス類似度を基準としてクラスタリングを行い、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ ＤＮＡシークエンスデータベース（１０８，４５３シークエンス）を用いて９７％以上のシークエンス類似度を有するバクテリアを分析した（ＱＩＩＭＥ）。
前記実施例２の方法で遺伝子を抽出した後、前記表１に示した１６Ｓ ｒＤＮＡプライマーを使用してＰＣＲを実施して遺伝子を増幅させ、シーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ Ｆｌｏｗｇｒａｍ Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ ＦＬＸ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を用いてＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｑｕａｌｉｔｙ ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ ｃａｌｌ ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質が低い部分を除去した後、リードの長さが３００ｂｐｓ以上であるものだけを利用し（Ｓｉｃｋｌｅ ｖｅｒｓｉｏｎ １．３３）、結果分析のためにＯｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）は、ＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを用いてシークエンス類似度によってクラスタリングを行った。具体的に、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シークエンス類似度を基準としてクラスタリングを行い、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ ＤＮＡシークエンスデータベース（１０８，４５３シークエンス）を用いて９７％以上のシークエンス類似度を有するバクテリアを分析した（ＱＩＩＭＥ）。
［実施例４．尿から分離した細菌由来小胞メタゲノム分析基盤うつ病診断モデル］
前記実施例３の方法で、うつ病患者２０人と年齢と性別をマッチングした正常ヒト２１人の尿から小胞を分離した後、メタゲノムシーケンシングを行った。診断モデルの開発は、まず、ｔ検定で二つの群間のｐ値が０．０５以下であり、二つの群間に２倍以上違いが生じる菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
前記実施例３の方法で、うつ病患者２０人と年齢と性別をマッチングした正常ヒト２１人の尿から小胞を分離した後、メタゲノムシーケンシングを行った。診断モデルの開発は、まず、ｔ検定で二つの群間のｐ値が０．０５以下であり、二つの群間に２倍以上違いが生じる菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
尿内細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＡｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ門細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発した場合、うつ病に対する診断的性能が有意に現れた（表２及び図２参照）。
尿内細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）レベルで分析した結果、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、ＴＭ７−１、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ、及びｉｉｉ１−８綱細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発した場合、うつ病に対する診断的性能が有意に現れた（表３及び図３参照）。
尿内細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）レベルで分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、ＲＦ３９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＢＤ７−３、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｉ０２５、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、ｉｉｉ１−１５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８目細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発した場合、うつ病に対する診断的性能が有意に現れた（表４及び図４参照）。
尿内細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｒｓ−０４５、Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ科細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発した場合、うつ病に対する診断的性能が有意に現れた（表５及び図５参照）。
尿内細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）レベルで分析した結果、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ、Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、及びＣｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓ属細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発した場合、うつ病に対する診断的性能が有意に現れた（表６及び図６参照）。
前述した本発明の説明は、例示のためのものであり、本発明の属する技術分野における通常の知識を有する者は、本発明の技術的思想や必須の特徴を変更することなく、他の具体的な形態に容易に変形が可能であることを理解することができる。したがって、以上で記述した実施例は、すべての面において例示的なものであり、限定的でないものと理解しなければならない。
本発明による細菌メタゲノム分析を通してうつ病診断に対する情報を提供する方法は、被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム分析を行って、特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することによって、うつ病の発病危険度を予測しうつ病を診断するのに用いられる。
Claims (14)
- 下記のステップを含む、うつ病診断のための情報提供方法：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。 - 前記ステップ（ｃ）で、ウェルコミクロビウム門（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、アクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア門（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、テルミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アキドバクテリア（Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロロフレクサス（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、及びアルマティモナス門（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のうつ病診断のための情報提供方法。
- 前記ステップ（ｃ）で、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）、ヴェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）、バクテロイディア（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、クロストリジア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デルタプロテオバクテリア（Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、サプロスピレ（Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、サイトファガ（Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ）、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、スフィンゴバクテリア（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、フィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）、ＴＭ７−１、ペドスパイラ（Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ）、オシラトリオピシジエ（Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ）、アナエロリニエ（Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ）、アキドバクテリア−６（Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６）、ソリバクテレス（Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ノストコピシジエ（Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ）、及びｉｉｉ１−８よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のうつ病診断のための情報提供方法。
- 前記ステップ（ｃ）で、ツリシバクテラレス（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、エリシペロトリチャレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、ウェルコミクロビアレス（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ）、ＲＦ３９、バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、エンテロバクテリアレス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、クロストリジアレス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、パスツーレラレス（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ）、スフィンゴモナダレス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）、バシラレス（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）、キサントモナダレス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）、ストレプトファイタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、ロドバクテラレス（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、カウロバクテラレス（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、アクチノミセタレス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ）、ザプロスピラレス（Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ）、リゾビウム目（Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ）、フラボバクテリアレス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、サイトファガレス（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ）、ミクソコッカレス（Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ）、リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）、テルマレス（Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ）、ロドスピリラレス（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ）、デイノコッカレス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ）、スフィンゴバクテリアレス（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、フソバクテリアレス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、フィンブリイモナダレス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ）、ＢＤ７−３、ペドスパエラレス（Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ）、アエロモナダレス（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）、クロオコッカス目（Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ）、Ｉ０２５、ブデロビブリオナレス（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ）、ｉｉｉ１−１５、ソリバクテラレス（Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のうつ病診断のための情報提供方法。
- 前記ステップ（ｃ）でツリシバクテラシエ（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、エリシペロトリチャシエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ウェルコミクロビアシエ（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、リケネルラシエ（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、バクテロイダシエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、オドリバクテラシエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、Ｓ２４−７、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ルミノコッカシエ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、エンテロコッカシエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パラプレボテラシエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、エンテロバクテリアシエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リュコノストカシエ（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、ポルフィロモナダシエ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、パスツレラシエ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、アクチノミセタセエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、バークホルデリアシエ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダシエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、イントラスポランギアシエ（Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ）、スタフィロコッカシエ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダシエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリアシエ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ノカルディアシエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、乳酸菌科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、メチロバクテリアシエ（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ロドバクテラシエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ティセレラシエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、アセトバクテラシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、カウロバクテラシエ（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルジオイダシエ（Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ）、ヒフォミクロビアシエ（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、キチノファガシエ（Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、クロマチアシエ（Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ）、フラボバクテリアシエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、マイクロコッカシエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スフィンゴバクテリアシエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コリネバクテリアシエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、サイトファガセエ（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、ウィクセラシエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、シノバクテラシエ（Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、テルマシエ（Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ）、デイノコッカシエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、リゾビウム科（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、マイコバクテリアシエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コマモナダシエ（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、バシラシエ（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、デルマバクテラシエ（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、エリスロバクテラシエ（Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲオデルマトフィラシエ（Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、フィンブリイモナダセアエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、バルトネラセエ（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、レプトトリキアシエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、デルマコッカシエ（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドスピリラシエ（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、アエロモナダシエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、Ｒｓ−０４５、キセノコッカシエ（Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スポリチティアシエ（Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ）、ブデロビブリオナシエ（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、及びソリバクテラシエ（Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のうつ病診断のための情報提供方法。
- 前記ステップ（ｃ）でブチリシモナス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ）、ツリシバクター（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、ＳＭＢ５３、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、プロデウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ファスコラークトバクテリウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スポロサルシナ（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、オスシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、フィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、クリセオバクテリウム（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロートロピア（Ｌａｕｔｒｏｐｉａ）、メチロバクテリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、乳酸菌属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、 ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、アドレクラウチア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、エルウィニア（Ｅｒｗｉｎｉａ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ミクロビスポラ（Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、ペドバクター（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ）、エンヒドロバクター（Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、カイストバクター（Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ）、テルムス（Ｔｈｅｒｍｕｓ）、アクチノバシラス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ヒメノバクター（Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ）、アクロモバクター（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ）、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラキバクテリウム（Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、アルスロバクター（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ）、メガスファエラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、フィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、モデストバクター（Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、デルマコッカス（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ）、ヤンシノバクテリウム（Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、オウタシエラ（Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ）、ノボスフィンゴビウム（Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ）、ネステレンコニア（Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ）、スニーシア（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、スケルマネラ（Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ）、シュトレウォーシア（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）、ロセアテレス（Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ）、ブデロビブリオ（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ）、アクチノバクラム（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ）、カンジダタスソリバクター（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ）、及びクロオコッキディオプシス（Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のうつ病診断のための情報提供方法。
- 前記被検体サンプルは、尿であることを特徴とする、請求項１に記載のうつ病診断のための情報提供方法。
- 下記のステップを含む、うつ病の診断方法：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出するステップ；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行うステップ；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較するステップ。 - 前記ステップ（ｃ）で、ウェルコミクロビウム門（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、アクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア門（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、テルミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アキドバクテリア（Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロロフレクサス（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、及びアルマティモナス門（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項８に記載のうつ病の診断方法。
- 前記ステップ（ｃ）で、エリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）、ヴェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）、バクテロイディア（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、クロストリジア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デルタプロテオバクテリア（Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、サプロスピレ（Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、サイトファガ（Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ）、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、スフィンゴバクテリア（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、フィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）、ＴＭ７−１、ペドスパイラ（Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ）、オシラトリオピシジエ（Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ）、アナエロリニエ（Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ）、アキドバクテリア−６（Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６）、ソリバクテレス（Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ノストコピシジエ（Ｎｏｓｔｏｃｏｐｈｙｃｉｄｅａｅ）、及びｉｉｉ１−８よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項８に記載のうつ病の診断方法。
- 前記ステップ（ｃ）で、ツリシバクテラレス（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、 エリシペロトリチャレス（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、ウェルコミクロビアレス（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ）、ＲＦ３９、バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、エンテロバクテリアレス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、クロストリジアレス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、パスツーレラレス（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ）、スフィンゴモナダレス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）、バシラレス（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）、キサントモナダレス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）、ストレプトファイタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、ロドバクテラレス（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、カウロバクテラレス（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、アクチノミセタレス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ）、ザプロスピラレス（Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ）、リゾビウム目（Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ）、フラボバクテリアレス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、サイトファガレス（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ）、ミクソコッカレス（Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ）、リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）、テルマレス（Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ）、ロドスピリラレス（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ）、デイノコッカレス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ）、スフィンゴバクテリアレス（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、フソバクテリアレス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、フィンブリイモナダレス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ）、ＢＤ７−３、ペドスパエラレス（Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ）、アエロモナダレス（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）、クロオコッカス目（Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃａｌｅｓ）、Ｉ０２５、ブデロビブリオナレス（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ）、ｉｉｉ１−１５、ソリバクテラレス（Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）、ＰＹＲ１０ｄ３、及びＤＳ−１８よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項８に記載のうつ病の診断方法。
- 前記ステップ（ｃ）で、ツリシバクテラシエ（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、エリシペロトリチャシエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ウェルコミクロビアシエ（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、リケネルラシエ（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、バクテロイダシエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、オドリバクテラシエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、Ｓ２４−７、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ルミノコッカシエ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、エンテロコッカシエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パラプレボテラシエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、エンテロバクテリアシエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リュコノストカシエ（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、ポルフィロモナダシエ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、パスツレラシエ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、アクチノミセタセエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、バークホルデリアシエ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダシエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、イントラスポランギアシエ（Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ）、スタフィロコッカシエ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダシエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリアシエ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ノカルディアシエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、乳酸菌科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、メチロバクテリアシエ（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ロドバクテラシエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ティセレラシエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、アセトバクテラシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、カウロバクテラシエ（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルジオイダシエ（Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ）、ヒフォミクロビアシエ（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、キチノファガシエ（Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、クロマチアシエ（Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ）、フラボバクテリアシエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、マイクロコッカシエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スフィンゴバクテリアシエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コリネバクテリアシエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、サイトファガセエ（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、ウィクセラシエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、シノバクテラシエ（Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、テルマシエ（Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ）、デイノコッカシエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、リゾビウム科（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、マイコバクテリアシエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コマモナダシエ（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、バシラシエ（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、デルマバクテラシエ（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、エリスロバクテラシエ（Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲオデルマトフィラシエ（Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、フィンブリイモナダセアエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、バルトネラセエ（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、レプトトリキアシエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、デルマコッカシエ（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドスピリラシエ（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、アエロモナダシエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、Ｒｓ−０４５、キセノコッカシエ（Ｘｅｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スポリチティアシエ（Ｓｐｏｒｉｃｈｔｈｙａｃｅａｅ）、ブデロビブリオナシエ（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、及びソリバクテラシエ（Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項８に記載のうつ病の診断方法。
- 前記ステップ（ｃ）で、ブチリシモナス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ）、ツリシバクター（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、ＳＭＢ５３、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、プロデウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ロゼブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ファスコラークトバクテリウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スポロサルシナ（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、オスシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、フィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、クリセオバクテリウム（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロートロピア（Ｌａｕｔｒｏｐｉａ）、メチロバクテリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、乳酸菌属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、 ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、アドレクラウチア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、エルウィニア（Ｅｒｗｉｎｉａ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ミクロビスポラ（Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、ペドバクター（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ）、エンヒドロバクター（Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、カイストバクター（Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ）、テルムス（Ｔｈｅｒｍｕｓ）、アクチノバシラス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ヒメノバクター（Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ）、アクロモバクター（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ）、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラキバクテリウム（Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、アルスロバクター（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ）、メガスファエラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、フィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、モデストバクター（Ｍｏｄｅｓｔｏｂａｃｔｅｒ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、デルマコッカス（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ）、ヤンシノバクテリウム（Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、オウタシエラ（Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ）、ノボスフィンゴビウム（Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ）、ネステレンコニア（Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ）、スニーシア（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、ＷＡＬ＿１８５５Ｄ、スケルマネラ（Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ）、シュトレウォーシア（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）、ロセアテレス（Ｒｏｓｅａｔｅｌｅｓ）、ブデロビブリオ（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ）、アクチノバクラム（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ）、カンジダタスソリバクター（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ）、及びクロオコッキディオプシス（Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項８に記載のうつ病の診断方法。
- 前記被検体サンプルは、尿であることを特徴とする、請求項８に記載のうつ病の診断方法。
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|---|---|---|---|---|
| JP2013503857A (ja) * | 2009-09-01 | 2013-02-04 | イオン メディックス インコーポレイテッド | 腸内共生細菌由来細胞外ベシクル、並びにこれを用いた疾病モデル、ワクチン、候補薬物探索方法及び診断方法 |
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Non-Patent Citations (4)
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| BMC VETERINARY RESEARCH, vol. 13:65, JPN6020035358, 2017, pages 1 - 11, ISSN: 0004754098 * |
| BRAIN, BEHAVIOR, AND IMMUNITY, vol. 48, JPN6021038119, 2015, pages 186 - 194, ISSN: 0004754095 * |
| FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, vol. Vol.7, Article 1489, JPN6020035355, 2016, pages 1 - 7, ISSN: 0004754097 * |
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