JP6830693B2 - 細菌メタゲノム解析による心臓疾患診断方法 - Google Patents
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Description
(a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出する段階;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマー対を用いてPCRを行う段階;及び
(c)前記PCR産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
(a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出する段階;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマー対を用いてPCRを行う段階;及び
(c)前記PCR産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
(a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出する段階;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマー対を用いてPCRを行う段階;及び
(c)前記PCR産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマー対を用いてPCRを行う段階;及び
(c)前記PCR産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む、心臓疾患診断のための情報提供方法を提供する。
[実施例]
実施例1.腸内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相分析
実施例2.血液から小胞分離及びDNA抽出
実施例4.細菌由来小胞メタゲノムプロファイリングを介した心筋梗塞診断模型
Claims (6)
- (a)被検体サンプルから分離した細胞外小胞からDNAを抽出する段階;
(b)前記抽出したDNAに対して配列番号1及び配列番号2のプライマーペアを用いてPCRを行う段階;及び
(c)前記PCR産物の配列解析を介して正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して、
Candidatus Koribacter及びSalinispora属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Acinetobacter及びAkkermansia属(genus)細菌由来小胞の含量が減少している場合、心筋梗塞と判定する段階;または
Delftia及びThermoanaerobacterium属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Cupriavidus及びPseudomonas属(genus)細菌由来小胞の含量が減少している場合、心筋症と判定する段階;または
Clostridium及びDelftia属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Catenibacterium及びPseudomonas属(genus)細菌由来小胞の含量が減少している場合、異型狭心症と判定する段階;または
Delftia及びEnterococcus属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Coprococcus及びHalomonas属(genus)細菌由来小胞の含量が減少している場合、心房細動と判定する段階を含み、前記被検体サンプルは血液であることを特徴とする、メタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。 - 前記(c)段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Candidatus Koribacter及びSalinispora属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Acinetobacter及びAkkermansia属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
Acidobacteria、Crenarchaeota、Planctomycetes、Chloroflexi、Euryarchaeota、及びNitrospiraeからなる群から選択される1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Acidobacteriia、Methanomicrobia、Thaumarchaeota、Betaproteobacteria、Ktedonobacteria、Planctomycetia、Solibacteres、Phycisphaerae、Nitrospira、Pedosphaerae、Thermoleophilia、Saprospirae、Spartobacteria、Acidimicrobiia、Deltaproteobacteria、Anaerolineae、Thermoplasmata、Chthonomonadetes、及びAcidobacteria−6からなる群から選択される1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Acidobacteriales、Xanthomonadales、Burkholderiales、Solibacterales、Rhodospirillales、Gemmatales、Thermogemmatisporales、Saprospirales、Acidimicrobiales、Pedosphaerales、Chthoniobacterales、Solirubrobacterales、Syntrophobacterales、Nitrospirales、Ktedonobacterales、Thiotrichales、Myxococcales、Stramenopiles、及びVibrionalesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Koribacteraceae、Comamonadaceae、Xanthomonadaceae、Hyphomicrobiaceae、Solibacteraceae、Acidobacteriaceae、Ktedonobacteraceae、Thermogemmatisporaceae、Burkholderiaceae、Rhodospirillaceae、Gemmataceae、Streptomycetaceae、Chitinophagaceae、Brucellaceae、Rhizobiaceae、Chthoniobacteraceae、Sinobacteraceae、Conexibacteraceae、Oxalobacteraceae、Isosphaeraceae、Piscirickettsiaceae、及びMethylocystaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Delftia、Agrobacterium、Stenotrophomonas、Candidatus Solibacter、Burkholderia、Rhodoplanes、Propionibacterium、Methanobacterium、Methanocella、Streptacidiphilus、Ochrobactrum、Methanosaeta、Lysinibacillus、及びCupriavidusからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合;または
Firmicutes門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Clostridia、Coriobacteriia、Erysipelotrichi、Verrucomicrobiae、及びBacteroidiaからなる群から選択される1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Lactobacillales、Enterobacteriales、Clostridiales、Coriobacteriales、Erysipelotrichales、Verrucomicrobiales、Bifidobacteriales、及びBacteroidalesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Enterobacteriaceae、Streptococcaceae、Coriobacteriaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Ruminococcaceae、Verrucomicrobiaceae、Erysipelotrichaceae、Moraxellaceae、Veillonellaceae、及びBifidobacteriaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Faecalibacterium、Streptococcus、Citrobacter、Collinsella、Coprococcus、Prevotella、Lactococcus、Bifidobacterium、Micrococcus、及びBrevibacteriumからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、心筋梗塞と判定することを特徴とする、請求項1に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。 - 前記(c)段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Delftia及びThermoanaerobacterium属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Cupriavidus及びPseudomonas属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
Verrucomicrobia、Acidobacteria、Gemmatimonadetes、及びPlanctomycetesからなる群から選択される1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Verrucomicrobiae、Acidobacteriia、Planctomycetia、Deltaproteobacteria、及びAcidimicrobiiaからなる群から選択される1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Acidobacteriales、Verrucomicrobiales、Turicibacterales、Acidimicrobiales、Xanthomonadales、及びGemmatalesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Clostridiaceae、Comamonadaceae、Verrucomicrobiaceae、Koribacteraceae、Turicibacteraceae、Xanthomonadaceae、及びGemmataceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Clostridium、Candidatus Koribacter、Akkermansia、Turicibacter、Phascolarctobacterium、Lactococcus、及びStenotrophomonasからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合;または
Fusobacteriia綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Pseudomonadales、Bacillales、及びSphingomonadalesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Pseudomonadaceae、Oxalobacteraceae、Moraxellaceae、Sphingomonadaceae、及びStaphylococcaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Acinetobacter、Citrobacter、Sphingomonas、Staphylococcus、Micrococcus、Neisseria、Enhydrobacter、及びActinomycesからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、心筋症と判定することを特徴とする、請求項1に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。 - 前記(c)段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Clostridium及びDelftia属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Catenibacterium及びPseudomonas属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
Verrucomicrobia、Acidobacteria、Planctomycetes、Gemmatimonadetes、Chloroflexi、及びEuryarchaeotaからなる群から選択される1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Verrucomicrobiae、Acidobacteriia、Ktedonobacteria、及びDeltaproteobacteriaからなる群から選択される1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Acidobacteriales、Verrucomicrobiales、Xanthomonadales、Myxococcales、Deinococcales、及びRhodospirillalesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Koribacteraceae、Comamonadaceae、Hyphomicrobiaceae、Deinococcaceae、Clostridiaceae、Verrucomicrobiaceae、Sinobacteraceae、及びRhodospirillaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Lactococcus、Stenotrophomonas、Akkermansia、Agrobacterium、Deinococcus、及びAdlercreutziaからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合;または
Fimbriimonadia及びErysipelotrichiからなる群から選択される1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Pseudomonadales、Erysipelotrichales、及びFimbriimonadalesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Oxalobacteraceae、Moraxellaceae、Pseudomonadaceae、Erysipelotrichaceae、Methylobacteriaceae、Aerococcaceae、Fusobacteriaceae、Fimbriimonadaceae、Bacillaceae、及びPlanococcaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Citrobacter、Acinetobacter、Cupriavidus、Bacillus、及びFusobacteriumからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、異型狭心症と判定することを特徴とする、請求項1に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。 - 前記(c)段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Delftia及びEnterococcus属(genus)細菌由来小胞の含量が増加しており、Coprococcus及びHalomonas属(genus)細菌由来小胞の含量が減少しており;
Proteobacteria門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Flavobacteriia綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Pseudomonadales、Xanthomonadales、及びFlavobacterialesからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Moraxellaceae、Weeksellaceae、Pseudomonadaceae、及びEnterococcaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Acinetobacter、Stenotrophomonas、Chryseobacterium、Pseudomonas、Alcanivorax、Psychrobacter、Ochrobactrum、及びAgrobacteriumからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合;または
Chloroflexi、Acidobacteria、及びCyanobacteriaからなる群から選択される1種以上の門(phylum)細菌由来細胞外小胞、
Clostridia、Bacteroidia、Actinobacteria、Erysipelotrichi及びChloroplastからなる群から選択される1種以上の綱(class)細菌由来細胞外小胞、
Clostridiales、Bacteroidales、Enterobacteriales、Bifidobacteriales、Pasteurellales、Actinomycetales、Rhodobacterales、Coriobacteriales、Erysipelotrichales、及びStreptophytaからなる群から選択される1種以上の目(order)細菌由来細胞外小胞、
Lachnospiraceae、Bacillaceae、Streptococcaceae、Bacteroidaceae、Ruminococcaceae、Bifidobacteriaceae、Clostridiaceae、Desulfovibrionaceae、Veillonellaceae、Coriobacteriaceae、Flavobacteriaceae、Rikenellaceae、Pasteurellaceae、Rhodobacteraceae、及びGordoniaceaeからなる群から選択される1種以上の科(family)細菌由来細胞外小胞、または
Streptococcus、Bifidobacterium、Bacteroides、Faecalibacterium、Enhydrobacter、Citrobacter、Prevotella、Geobacillus、Clostridium、Bacillus、Haemophilus、Veillonella、Actinomyces、Paracoccus、Kocuria、Micrococcus、Ruminococcus、及びPorphyromonasからなる群から選択される1種以上の属(genus)細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、心房細動と判定することを特徴とする、請求項1に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。 - 前記血液は全血、血清、または、血漿であることを特徴とする、請求項1に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
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