CN110392741A - 通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法 - Google Patents
通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110392741A CN110392741A CN201780077972.2A CN201780077972A CN110392741A CN 110392741 A CN110392741 A CN 110392741A CN 201780077972 A CN201780077972 A CN 201780077972A CN 110392741 A CN110392741 A CN 110392741A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- mesh
- section
- guiding principle
- cordycepps
- zoopagales
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 title claims abstract description 351
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 101
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title claims abstract description 65
- 208000019622 heart disease Diseases 0.000 title claims abstract description 39
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title abstract description 75
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 126
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 126
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 claims description 124
- 241001314279 Zoopagales Species 0.000 claims description 116
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 claims description 110
- 241000192128 Gammaproteobacteria Species 0.000 claims description 107
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 101
- 208000000260 Warts Diseases 0.000 claims description 56
- 201000010153 skin papilloma Diseases 0.000 claims description 56
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 claims description 50
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 43
- 230000007423 decrease Effects 0.000 claims description 42
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 42
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 claims description 41
- 241000186000 Bifidobacterium Species 0.000 claims description 41
- 244000144987 brood Species 0.000 claims description 41
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 40
- 206010003658 Atrial Fibrillation Diseases 0.000 claims description 39
- 241000122971 Stenotrophomonas Species 0.000 claims description 38
- 208000031229 Cardiomyopathies Diseases 0.000 claims description 36
- 241000588923 Citrobacter Species 0.000 claims description 34
- 241000589291 Acinetobacter Species 0.000 claims description 31
- 201000001068 Prinzmetal angina Diseases 0.000 claims description 31
- 208000009325 Variant Angina Pectoris Diseases 0.000 claims description 31
- 241000589158 Agrobacterium Species 0.000 claims description 30
- 241001430149 Clostridiaceae Species 0.000 claims description 30
- 241000192041 Micrococcus Species 0.000 claims description 30
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Chemical compound C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 30
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 claims description 30
- 241000305071 Enterobacterales Species 0.000 claims description 29
- 241000578422 Graphosoma lineatum Species 0.000 claims description 29
- 241000589636 Xanthomonas campestris Species 0.000 claims description 29
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 claims description 29
- 241001453380 Burkholderia Species 0.000 claims description 28
- 241000194036 Lactococcus Species 0.000 claims description 28
- 241000947836 Pseudomonadaceae Species 0.000 claims description 27
- 241001248479 Pseudomonadales Species 0.000 claims description 24
- 241000186046 Actinomyces Species 0.000 claims description 22
- 241000863434 Myxococcales Species 0.000 claims description 22
- 241000194018 Streptococcaceae Species 0.000 claims description 22
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 claims description 22
- 241000605909 Fusobacterium Species 0.000 claims description 21
- 241000588843 Ochrobactrum Species 0.000 claims description 21
- 239000004577 thatch Substances 0.000 claims description 21
- 241001112741 Bacillaceae Species 0.000 claims description 20
- 241000589565 Flavobacterium Species 0.000 claims description 20
- 241000191917 Hyphomicrobiaceae Species 0.000 claims description 20
- 241000605861 Prevotella Species 0.000 claims description 20
- 241000580482 Acidobacteria Species 0.000 claims description 19
- 241001185327 Acidobacteriales Species 0.000 claims description 19
- 241001600129 Delftia Species 0.000 claims description 19
- 241000202974 Methanobacterium Species 0.000 claims description 19
- 241000588621 Moraxella Species 0.000 claims description 19
- 241000589289 Moraxellaceae Species 0.000 claims description 19
- 241000947909 Xanthomonadales Species 0.000 claims description 19
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 claims description 17
- 241001185330 Acidobacteriia Species 0.000 claims description 15
- 241000702460 Akkermansia Species 0.000 claims description 15
- 241001142109 Chloroflexi Species 0.000 claims description 15
- 241001600130 Comamonadaceae Species 0.000 claims description 15
- 241000589519 Comamonas Species 0.000 claims description 15
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 15
- 241001528480 Cupriavidus Species 0.000 claims description 15
- 241001135761 Deltaproteobacteria Species 0.000 claims description 15
- 241000194033 Enterococcus Species 0.000 claims description 15
- 241001081257 Erysipelotrichales Species 0.000 claims description 15
- 241001081259 Erysipelotrichia Species 0.000 claims description 15
- 241000605937 Oxalobacter Species 0.000 claims description 15
- 241001277521 Oxalobacteraceae Species 0.000 claims description 15
- 241001180199 Planctomycetes Species 0.000 claims description 15
- 241001183271 Verrucomicrobiaceae Species 0.000 claims description 15
- 241001183192 Verrucomicrobiae Species 0.000 claims description 15
- 241000230320 Verrucomicrobiales Species 0.000 claims description 15
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 claims description 15
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 claims description 15
- 239000010949 copper Substances 0.000 claims description 15
- 241001112723 Aerococcaceae Species 0.000 claims description 14
- 241000249497 Brucellaceae Species 0.000 claims description 14
- 241000324980 Chthoniobacteraceae Species 0.000 claims description 14
- 241000324968 Chthoniobacterales Species 0.000 claims description 14
- 241000781381 Chthonomonadetes Species 0.000 claims description 14
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 claims description 14
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 claims description 14
- 241000626621 Geobacillus Species 0.000 claims description 14
- 241001057811 Paracoccus <mealybug> Species 0.000 claims description 14
- 241000606860 Pasteurella Species 0.000 claims description 14
- 241000601428 Phycisphaerae Species 0.000 claims description 14
- 241000605894 Porphyromonas Species 0.000 claims description 14
- 241000186429 Propionibacterium Species 0.000 claims description 14
- 241001633102 Rhizobiaceae Species 0.000 claims description 14
- 241001148164 Rhodoplanes Species 0.000 claims description 14
- 241000131970 Rhodospirillaceae Species 0.000 claims description 14
- 241000192031 Ruminococcus Species 0.000 claims description 14
- 241000736131 Sphingomonas Species 0.000 claims description 14
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 claims description 14
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 claims description 14
- 241000204060 Streptomycetaceae Species 0.000 claims description 14
- 241000186146 Brevibacterium Species 0.000 claims description 13
- 241001051769 Delftia tsuruhatensis Species 0.000 claims description 13
- 241000206596 Halomonas Species 0.000 claims description 13
- 241000579722 Kocuria Species 0.000 claims description 13
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 claims description 13
- 241001430313 Propionibacteriaceae Species 0.000 claims description 13
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 claims description 13
- 241000203809 Actinomycetales Species 0.000 claims description 12
- 241000611330 Chryseobacterium Species 0.000 claims description 12
- 241000192142 Proteobacteria Species 0.000 claims description 12
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 claims description 12
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 12
- 241001662478 Acidimicrobiia Species 0.000 claims description 11
- 241000692822 Bacteroidales Species 0.000 claims description 11
- 241001141113 Bacteroidia Species 0.000 claims description 11
- 241001430332 Bifidobacteriaceae Species 0.000 claims description 11
- 241001655328 Bifidobacteriales Species 0.000 claims description 11
- 241000328900 Candidatus Solibacter Species 0.000 claims description 11
- 241001112696 Clostridia Species 0.000 claims description 11
- 241001112695 Clostridiales Species 0.000 claims description 11
- 241001464948 Coprococcus Species 0.000 claims description 11
- 241001657523 Coriobacteriaceae Species 0.000 claims description 11
- 241001662464 Coriobacteriales Species 0.000 claims description 11
- 241000192093 Deinococcus Species 0.000 claims description 11
- 241001552883 Enhydrobacter Species 0.000 claims description 11
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 claims description 11
- 241000609971 Erysipelotrichaceae Species 0.000 claims description 11
- 241001137858 Euryarchaeota Species 0.000 claims description 11
- 241001608234 Faecalibacterium Species 0.000 claims description 11
- 241000953972 Gemmataceae Species 0.000 claims description 11
- 241001265526 Gemmatimonadetes <phylum> Species 0.000 claims description 11
- 241000558695 Ktedonobacteria Species 0.000 claims description 11
- 241001112693 Lachnospiraceae Species 0.000 claims description 11
- 241001180192 Planctomycetia Species 0.000 claims description 11
- 241001430267 Rhodobacteraceae Species 0.000 claims description 11
- 241001185307 Rhodobacterales Species 0.000 claims description 11
- 241000095588 Ruminococcaceae Species 0.000 claims description 11
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 claims description 11
- 241000919492 Sinobacteraceae Species 0.000 claims description 11
- 241001430183 Veillonellaceae Species 0.000 claims description 11
- 241001261005 Verrucomicrobia Species 0.000 claims description 11
- 241001453327 Xanthomonadaceae Species 0.000 claims description 11
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 claims description 11
- 206010061216 Infarction Diseases 0.000 claims description 10
- 230000034303 cell budding Effects 0.000 claims description 10
- 230000007574 infarction Effects 0.000 claims description 10
- 241000606790 Haemophilus Species 0.000 claims description 9
- 241001134638 Lachnospira Species 0.000 claims description 9
- 241001185316 Rhodospirillales Species 0.000 claims description 9
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 239000005864 Sulphur Substances 0.000 claims description 9
- 235000013305 food Nutrition 0.000 claims description 9
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 8
- 239000002689 soil Substances 0.000 claims description 8
- 241001662476 Acidimicrobiales Species 0.000 claims description 7
- 241001185328 Acidobacteriaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000186361 Actinobacteria <class> Species 0.000 claims description 7
- 241001156739 Actinobacteria <phylum> Species 0.000 claims description 7
- 241000466670 Adlercreutzia Species 0.000 claims description 7
- 241000611272 Alcanivorax Species 0.000 claims description 7
- 241001136700 Anaerolineae Species 0.000 claims description 7
- 241000193833 Bacillales Species 0.000 claims description 7
- 241000606126 Bacteroidaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001135755 Betaproteobacteria Species 0.000 claims description 7
- 241000588807 Bordetella Species 0.000 claims description 7
- 241000253402 Burkholderiaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001600148 Burkholderiales Species 0.000 claims description 7
- 241000263905 Candidatus Koribacter Species 0.000 claims description 7
- 241000946390 Catenibacterium Species 0.000 claims description 7
- 229920002101 Chitin Polymers 0.000 claims description 7
- 241000852385 Chitinophagaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001464956 Collinsella Species 0.000 claims description 7
- 241001604712 Conexibacteraceae Species 0.000 claims description 7
- 241001662466 Coriobacteriia Species 0.000 claims description 7
- 241001137853 Crenarchaeota Species 0.000 claims description 7
- 241001074292 Deinococcaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000246067 Deinococcales Species 0.000 claims description 7
- 241001467894 Desulfovibrionaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001609975 Enterococcaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000343503 Fimbriimonadaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000343502 Fimbriimonadales Species 0.000 claims description 7
- 241000343539 Fimbriimonadia Species 0.000 claims description 7
- 241000244332 Flavobacteriaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001141128 Flavobacteriales Species 0.000 claims description 7
- 241000230562 Flavobacteriia Species 0.000 claims description 7
- 241001183186 Fusobacteriaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001183200 Fusobacteriia Species 0.000 claims description 7
- 241001655307 Gordoniaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000005706 Isosphaeraceae Species 0.000 claims description 7
- 241000558696 Ktedonobacteraceae Species 0.000 claims description 7
- 241000558694 Ktedonobacterales Species 0.000 claims description 7
- 241001112724 Lactobacillales Species 0.000 claims description 7
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims description 7
- 241000568397 Lysinibacillus Species 0.000 claims description 7
- 241001174354 Methanocella Species 0.000 claims description 7
- 241000274223 Methanomicrobia Species 0.000 claims description 7
- 241000205011 Methanothrix Species 0.000 claims description 7
- 241000253389 Methylobacteriaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000589323 Methylobacterium Species 0.000 claims description 7
- 241001430266 Methylocystaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000192121 Nitrospira <genus> Species 0.000 claims description 7
- 241000121237 Nitrospirae Species 0.000 claims description 7
- 241001141101 Nitrospirales Species 0.000 claims description 7
- 241000606752 Pasteurellaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000947860 Pasteurellales Species 0.000 claims description 7
- 241001464921 Phascolarctobacterium Species 0.000 claims description 7
- 241001520299 Phascolarctos cinereus Species 0.000 claims description 7
- 241000947893 Piscirickettsiaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001112744 Planococcaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000692844 Prevotellaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000588671 Psychrobacter Species 0.000 claims description 7
- 241000692845 Rikenellaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000426682 Salinispora Species 0.000 claims description 7
- 241000030357 Saprospirales Species 0.000 claims description 7
- 241000328898 Solibacteraceae Species 0.000 claims description 7
- 241000328896 Solibacterales Species 0.000 claims description 7
- 241000328868 Solibacteres Species 0.000 claims description 7
- 241001662782 Solirubrobacterales Species 0.000 claims description 7
- 241000930965 Spartobacteria Species 0.000 claims description 7
- 241000131972 Sphingomonadaceae Species 0.000 claims description 7
- 241001185305 Sphingomonadales Species 0.000 claims description 7
- 241000605008 Spirillum Species 0.000 claims description 7
- 241001466451 Stramenopiles Species 0.000 claims description 7
- 241000319051 Streptacidiphilus Species 0.000 claims description 7
- 241001493533 Streptophyta Species 0.000 claims description 7
- 241001568376 Syntrophobacterales Species 0.000 claims description 7
- 241000170370 Thaumarchaeota Species 0.000 claims description 7
- 241001137870 Thermoanaerobacterium Species 0.000 claims description 7
- 241000343985 Thermogemmatisporaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000343983 Thermogemmatisporales Species 0.000 claims description 7
- 241000392412 Thermoleophilia Species 0.000 claims description 7
- 241001074960 Thermoplasmata Species 0.000 claims description 7
- 241001248478 Thiotrichales Species 0.000 claims description 7
- 241000223259 Trichoderma Species 0.000 claims description 7
- 241001425419 Turicibacter Species 0.000 claims description 7
- 241001148134 Veillonella Species 0.000 claims description 7
- 241000607598 Vibrio Species 0.000 claims description 7
- 206010047400 Vibrio infections Diseases 0.000 claims description 7
- 241000947853 Vibrionales Species 0.000 claims description 7
- 239000003513 alkali Substances 0.000 claims description 7
- 210000003763 chloroplast Anatomy 0.000 claims description 7
- 210000004081 cilia Anatomy 0.000 claims description 7
- 210000003495 flagella Anatomy 0.000 claims description 7
- 230000035784 germination Effects 0.000 claims description 7
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 7
- 239000002510 pyrogen Substances 0.000 claims description 7
- 241000203749 Gordonia bronchialis Species 0.000 claims description 6
- 241000192127 Piscirickettsia Species 0.000 claims description 6
- 235000005979 Citrus limon Nutrition 0.000 claims description 5
- 241000605716 Desulfovibrio Species 0.000 claims description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 5
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 claims description 5
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 5
- 241001655322 Streptomycetales Species 0.000 claims description 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 5
- 229940039696 lactobacillus Drugs 0.000 claims description 5
- 244000131522 Citrus pyriformis Species 0.000 claims description 4
- 241000255777 Lepidoptera Species 0.000 claims description 4
- 239000002775 capsule Substances 0.000 claims description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 claims description 4
- 241000235017 Zygosaccharomyces Species 0.000 claims description 3
- 210000004165 myocardium Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 3
- 241000253368 Spirillaceae Species 0.000 claims description 2
- 241000607493 Vibrionaceae Species 0.000 claims description 2
- 239000006071 cream Substances 0.000 claims description 2
- 125000002544 sphingolipid group Chemical group 0.000 claims 6
- 241001478240 Coccus Species 0.000 claims 3
- 239000000835 fiber Substances 0.000 claims 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 claims 2
- 239000010931 gold Substances 0.000 claims 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 244000248349 Citrus limon Species 0.000 claims 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 claims 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 20
- 230000003130 cardiopathic effect Effects 0.000 abstract description 19
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 19
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 abstract description 9
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 abstract description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 abstract description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 24
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 22
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 16
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 15
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 12
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 11
- 206010002383 Angina Pectoris Diseases 0.000 description 10
- 206010056370 Congestive cardiomyopathy Diseases 0.000 description 8
- 201000010046 Dilated cardiomyopathy Diseases 0.000 description 8
- 208000002193 Pain Diseases 0.000 description 8
- 150000003408 sphingolipids Chemical class 0.000 description 8
- 206010019273 Heart disease congenital Diseases 0.000 description 7
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 7
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 6
- 241000894007 species Species 0.000 description 6
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 5
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 5
- 239000002585 base Substances 0.000 description 5
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 108700023863 Gene Components Proteins 0.000 description 4
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 4
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000034994 death Effects 0.000 description 3
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 3
- 239000003925 fat Substances 0.000 description 3
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 3
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 3
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 3
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 3
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 3
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 3
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 241000208340 Araliaceae Species 0.000 description 2
- 201000000057 Coronary Stenosis Diseases 0.000 description 2
- 206010011089 Coronary artery stenosis Diseases 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 2
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 2
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 2
- 208000007814 Unstable Angina Diseases 0.000 description 2
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 2
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 230000008602 contraction Effects 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 2
- XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N dimethylselenoniopropionate Natural products CCC(O)=O XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 210000002837 heart atrium Anatomy 0.000 description 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 2
- 208000031225 myocardial ischemia Diseases 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 239000000304 virulence factor Substances 0.000 description 2
- 230000007923 virulence factor Effects 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 206010002388 Angina unstable Diseases 0.000 description 1
- 200000000007 Arterial disease Diseases 0.000 description 1
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 1
- 208000037260 Atherosclerotic Plaque Diseases 0.000 description 1
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N Chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010011091 Coronary artery thrombosis Diseases 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 241000726221 Gemma Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 208000031226 Hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010020850 Hyperthyroidism Diseases 0.000 description 1
- 206010021137 Hypovolaemia Diseases 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 description 1
- 208000031481 Pathologic Constriction Diseases 0.000 description 1
- 208000010378 Pulmonary Embolism Diseases 0.000 description 1
- 241000606701 Rickettsia Species 0.000 description 1
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 1
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 1
- 208000005392 Spasm Diseases 0.000 description 1
- 208000007718 Stable Angina Diseases 0.000 description 1
- 206010042434 Sudden death Diseases 0.000 description 1
- RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N Titanium Chemical compound [Ti] RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 235000009754 Vitis X bourquina Nutrition 0.000 description 1
- 235000012333 Vitis X labruscana Nutrition 0.000 description 1
- 240000006365 Vitis vinifera Species 0.000 description 1
- 235000014787 Vitis vinifera Nutrition 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 206010000891 acute myocardial infarction Diseases 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 206010003119 arrhythmia Diseases 0.000 description 1
- 230000006793 arrhythmia Effects 0.000 description 1
- 210000001367 artery Anatomy 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 238000004159 blood analysis Methods 0.000 description 1
- 230000036772 blood pressure Effects 0.000 description 1
- 230000036770 blood supply Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 208000026106 cerebrovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 229910052804 chromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011651 chromium Substances 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 208000002528 coronary thrombosis Diseases 0.000 description 1
- 230000035622 drinking Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 235000012055 fruits and vegetables Nutrition 0.000 description 1
- 210000005095 gastrointestinal system Anatomy 0.000 description 1
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 244000005709 gut microbiome Species 0.000 description 1
- 208000003532 hypothyroidism Diseases 0.000 description 1
- 230000002989 hypothyroidism Effects 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 201000004332 intermediate coronary syndrome Diseases 0.000 description 1
- 230000001788 irregular Effects 0.000 description 1
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 1
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 1
- 210000004115 mitral valve Anatomy 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000474 nursing effect Effects 0.000 description 1
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 208000008494 pericarditis Diseases 0.000 description 1
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 235000019260 propionic acid Nutrition 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000004080 punching Methods 0.000 description 1
- IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N quinbolone Chemical compound O([C@H]1CC[C@H]2[C@H]3[C@@H]([C@]4(C=CC(=O)C=C4CC3)C)CC[C@@]21C)C1=CCCC1 IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N 0.000 description 1
- 238000000611 regression analysis Methods 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 208000013223 septicemia Diseases 0.000 description 1
- 230000036262 stenosis Effects 0.000 description 1
- 208000037804 stenosis Diseases 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000031068 symbiosis, encompassing mutualism through parasitism Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 239000010936 titanium Substances 0.000 description 1
- 229910052719 titanium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 238000005199 ultracentrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/04—Inotropic agents, i.e. stimulants of cardiac contraction; Drugs for heart failure
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/06—Antiarrhythmics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/113—PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Cardiology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Heart & Thoracic Surgery (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Pathology (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Vascular Medicine (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
本发明涉及通过细菌宏基因组分析诊断心脏病的方法。更具体地,本发明涉及通过使用来源于受试者的样品进行细菌宏基因组分析,经由分析来自特定细菌的细胞外囊泡的含量的增加或减少来预测心脏病的致病因素和发病、早期诊断心脏病和预测预后的方法。通过使用根据本发明的来源于人体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的宏基因组分析,预先预测心脏病发病的风险,故早期诊断和预测心脏病的风险组。故经适当管理,可延迟疾病发作的时刻或预防疾病的发作,甚至在疾病发作后也可以进行早期诊断。故可降低心脏病的发病率,且可改善治疗效果。另因在诊断患有心脏病的患者中经宏基因组分析避免暴露于致病因素,故可改善心脏病的预后或可防止心脏病再次发生。
Description
技术领域
本公开涉及通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法,更具体地,涉及用于经由使用来源于受试者的样品的细菌宏基因组分析,通过分析来源于特异性细菌的细胞外囊泡的含量的增加或减少来诊断心脏病的风险因素的方法。
背景技术
心脏病是心脏中发生的疾病,其主要疾病的示例包括缺血性心脏病、冠状动脉疾病、心绞痛、心肌梗塞、心律失常等。其中,冠状动脉疾病是包括心绞痛、心肌梗塞等的一组疾病,并且也称为缺血性心脏病。心肌梗塞是由于冠状动脉血栓形成引起的血管阻塞而在心肌中发生梗塞的疾病。作为冠状动脉疾病的风险因素,高血压、吸烟、糖尿病、缺乏运动、肥胖、高脂血症、过量饮酒等是已知的。据报道,当食用富含水果和蔬菜的食物时,可以防止上述疾病,并且当食用富含反式脂肪的食物时,所述疾病的风险会增大。
扩张型心肌病是一种心脏扩张且无法正常收缩的疾病,其已知为非冠状动脉疾病和心肌病的最常见原因。已经提出毒素、代谢紊乱、感染因子等被认为是致病因素,但尚未发现致病因素。
心绞痛是由于冠状动脉变狭窄而发生的疾病,血液通过该动脉供给至心脏,导致流向心肌的血液量达不到所需的量。当冠状动脉变狭窄时,在需要血液时血液供应不足,因此出现胸痛症状,并且当心绞痛未经治疗时,其发展成急性心肌梗塞,从而导致猝死。心绞痛可大致分为稳定型心绞痛、不稳定性心绞痛和变异型心绞痛。在这三种类型中,虽然稳定性心绞痛和不稳定性心绞痛主要由动脉粥样硬化斑块发生,但变异型心绞痛由于不同的原因而发生,因此具有其名称。与由于血管变狭窄而发生的一般性心绞痛不同,变异型心绞痛是由于痉挛的发生和血液循环不良而发生的疾病,但冠状动脉的血管直径是正常的。变异型心绞痛由于痉挛性收缩引起的血流减少或阻塞而导致胸痛,并且这些症状在第二天早晨饮酒或接受大量压力等时发生。
心房颤动是心房连续且不规则地跳动并且发生快速且不规则心率的病症。心房每分钟跳动300至400次,而大多数刺激被房室(AV)节点阻挡,并且传递到心室的刺激大约每分钟75至175次。该疾病的原因包括基本的心脏问题,即冠状动脉疾病、心肌梗塞、高血压和二尖瓣,并且还包括心包炎、肺栓塞、甲亢或甲状腺机能减退、败血症、糖尿病、过量饮酒、嗜铬细胞瘤等。
根据韩国国家统计局2013年公布的数据,韩国三大主要死因是恶性肿瘤(癌症)占28.3%,脑血管病占9.6%,并且心脏病占9.5%,这些占所有死亡原因的约50%。据报道,冠心病和心肌病占心脏病死亡原因的50%或更多。现代人面临经济问题、工作场所问题等冲突造成的压力,并且因此血压、血糖、血脂增加,而冠状动脉疾病和心肌病与肥胖、吸烟、动脉粥样硬化等等疾病密切相关,其在现代人中继续增加,因此,心脏病是会由上述原因突然发生的疾病,并且预后非常严重。因此,迫切需要开发一种能够早期诊断心脏病并提高治疗效率的方法,在此之前,通过预测心脏病的发病来区分早期诊断和治疗的对策非常重要,因此需要对其研究以及其技术开发。
同时众所周知,在人体内共生的微生物数量为100万亿,是人类细胞数的10倍,微生物的基因数超过人类基因数的100倍。微生物群(microbiota)是一种微生物群落,其包括在给定栖息地中存在的细菌、古细菌和真核生物。已知肠道微生物群在人类的生理现象中起着至关重要的作用,并通过与人类细胞的相互作用对人体健康和疾病产生重大影响。共存于人体中的细菌分泌纳米级的囊泡,以便与其他细胞交换关于基因、蛋白质等的信息。粘膜形成不允许200nm或200nm以上的粒子通过的物理阻隔膜,因此共生在粘膜中的细菌不能通过,但来源于细菌的细胞外囊泡具有大约为100nm或以下的尺寸,因此相对自由地通过粘膜并被吸收到人体内。
宏基因组学(也称为环境基因组学)可以是针对从自环境中收集的样品获得的宏基因组数据的分析学,并且统称是存在微生物的自然环境中的所有微生物群的总基因组,并且最初由Jo Handelsman于1998年使用(Handelsman et al.,1998Chem.Biol.5,R245-249)。最近,已经使用基于16s核糖体RNA(16s rRNA)碱基序列的方法列出了人类微生物群的细菌组成,并且使用454FLX钛平台分析16s核糖体RNA的序列。然而,从未报道过在心脏病发作时,通过从来源人类的物质(例如血液、尿液等)分离的来源细菌的囊泡的宏基因组分析来鉴定诸如心脏病,特别是心肌梗塞、心肌病、变异型心绞痛、心房颤动等致病因素,以及诊断心脏病的方法。
发明内容
为了诊断心肌疾病,例如心肌梗塞、心肌病、变异型心绞痛、心房颤动等,本发明的发明人使用血清(其是源自受试者的样品)从来源于细菌的囊泡中提取DNA,并且对提取的DNA进行宏基因组分析,结果,鉴定出能够作为心脏病的致病因子的来源于细菌的细胞外囊泡,从而完成了本发明。
因此,本发明的一个目的是提供一种通过来源于细菌的细胞外囊泡的宏基因组分析来提供心脏病诊断信息的方法。
然而,本公开的技术目标不限于上述目标,本领域普通技术人员根据下面的描述将清楚地了解其它未提及的技术目标。
[技术方案]
根据本发明的一个方面,提供了一种为心脏病诊断提供信息的方法,该方法包括下述过程:
(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA;
(b)使用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR);以及
(c)通过对PCR的产物进行测序,与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
根据本发明的一个方面,提供了一种诊断心脏病的方法,该方法包括下述过程:
(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA;
(b)使用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR);以及
(c)通过对PCR的产物进行测序,与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
根据本发明的一个方面,提供了一种预测患心脏病的风险的方法,该方法包括下述过程:
(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA;
(b)使用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR);以及
(c)通过对PCR的产物进行测序,与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
在本发明的一实施方案中,受试者样品是血液,并且所述比较并确定包括比较并确定:
来源于选自由酸性细菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、泉古菌门(Crenarchaeota)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、广古菌门(Euryarchaeota)、WS3门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、WPS-2门、 AD3门、疣微菌门(Verrucomicrobia)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、变形菌门(Proteobacteria)、TM7门以及蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由酸性细菌纲(Acidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲(Methanomicrobia)、奇古菌纲(Thaumarchaeota)、梭菌纲(Clostridia)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、变形菌纲(Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲 (Ktedonobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、索利氏菌纲(Solibacteres)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(Bacteroidia)、Phycisphaerae纲(Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌纲 (Nitrospira)、土圈菌纲(Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(Saprospirae)、PRR-12纲、斯巴杆菌纲(Spartobacteria)、酸微菌纲 (Acidimicrobiia)、TM1纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲(Anaerolineae)、热原体纲(Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲 (Chthonomonadetes)、酸性细菌-6纲(Acidobacteria-6)、梭菌纲(Fusobacteriia)、菌毛单胞菌纲(Fimbriimonadia)、放线菌纲(Actinobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)和叶绿体纲(Chloroplast)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由乳杆菌目(Lactobacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、梭菌目 (Clostridiales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目 (Burkholderiales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、土菌目(Solibacterales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、红螺菌目(Rhodospirillales)、Gemmatales目 (Gemmatales)、嗜热芽菌目(Thermogemmatisporales)、腐螺旋菌目 (Saprospirales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(Solirubrobacterales)、互营杆菌目(Syntrophobacterales)、拟杆菌目 (Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(Nitrospirales)、纤线杆菌目 (Ktedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目 (Thiotrichales)、粘球菌目(Myxococcales)、不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、弧菌目(Vibrionales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、芽胞杆菌目(Bacillales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、图利茨菌目(Turicibacterales)、菌毛单胞菌目(Fimbriimonadales)、异常球菌目(Deinococcales)、巴氏杆菌目 (Pasteurellales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、放线菌目(Actinomycetales)、红细菌目(Rhodobacterales)以及木霉菌目(Streptophyta)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、丛毛单胞菌科 (Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、链球菌科 (Streptococcaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、毛螺菌科 (Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、瘤胃菌科 (Ruminococcaceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、土菌科(Solibacteraceae)、酸杆菌科 (Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、纤线杆菌科 (Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(Thermogemmatisporaceae)、莫拉菌科 (Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、伯克氏菌科 (Burkholderiaceae)、红螺菌科(Rhodospirillaceae)、双歧杆菌科 (Bifidobacteriaceae)、出芽菌科(Gemmataceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、布鲁氏菌科 (Brucellaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、Chthoniobacteraceae科 (Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科 (Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、伊索菌科 (Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(Piscirickettsiaceae)、甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、梭菌科 (Clostridiaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、图利茨菌科 (Turicibacteraceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、异常球菌科(Deinococcaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、Aerococcaceae科(Aerococcaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科 (Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、脱硫弧菌科 (Desulfovibrionaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科 (Rikenellaceae)、S24-7科、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、红细菌科 (Rhodobacteraceae)、戈登氏菌科(Gordoniaceae)以及肠球菌科 (Enterococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;或者
来源于选自由代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属(CandidatusKoribacter)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、链球菌属 (Streptococcus)、盐孢菌属(Salinispora)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、柯林斯氏菌属(Collinsella)、伯克氏菌属(Burkholderia)、粪球菌属(Coprococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动杆菌属(Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属 (Propionibacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、双歧杆菌属 (Bifidobacterium)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、甲烷胞菌属(Methanocella)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、链霉菌属(Streptomyces)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、贪铜菌属 (Cupriavidus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属 (Thermoanaerobacterium)、奈瑟菌属(Neisseria)、水栖菌属(Enhydrobacter)、放线菌属(Actinomyces)、图利茨菌属(Turicibacter)、考拉杆菌属 (Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、芽孢杆菌属 (Bacillus)、异常球菌属(Deinococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、肠球菌属(Enterococcus)、食碱菌属(Alcanivorax)、冷杆菌属(Psychrobacter)、拟杆菌属(Bacteroides)、土芽孢杆菌属(Geobacillus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、副球菌属(Paracoccus)、库克菌属(Kocuria)、盐单胞菌属 (Halomonas)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)以及卟啉单胞菌属(Porphyromonas) 组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
在本发明的一实施方案中,所述心脏病可以是心肌梗塞、心肌病、变异型心绞痛或心房颤动。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由酸性细菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、泉古菌门 (Crenarchaeota)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、广古菌门(Euryarchaeota)、WS3门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、WPS-2门和AD3 门组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由酸性细菌纲(Acidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲 (Methanomicrobia)、奇古菌纲(Thaumarchaeota)、梭菌纲(Clostridia)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、变形菌纲(Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲 (Ktedonobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、索利氏菌纲(Solibacteres)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(Bacteroidia)、Phycisphaerae纲(Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌纲 (Nitrospira)、土圈菌纲(Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(Saprospirae)、PRR-12纲、斯巴杆菌纲(Spartobacteria)、酸微菌纲 (Acidimicrobiia)、TM1纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲 (Anaerolineae)、热原体纲(Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲 (Chthonomonadetes)和酸性细菌-6纲(Acidobacteria-6)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由乳杆菌目(Lactobacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、土菌目(Solibacterales)、疣微菌目 (Verrucomicrobiales)、红螺菌目(Rhodospirillales)、Gemmatales目 (Gemmatales)、嗜热芽菌目(Thermogemmatisporales)、腐螺旋菌目 (Saprospirales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(Solirubrobacterales)、互营杆菌目(Syntrophobacterales)、拟杆菌目 (Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(Nitrospirales)、纤线杆菌目 (Ktedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目 (Thiotrichales)、粘球菌目(Myxococcales)、不等鞭毛菌目(Stramenopiles)和弧菌目(Vibrionales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、黄单胞菌科 (Xanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、生丝微菌科 (Hyphomicrobiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、土菌科 (Solibacteraceae)、酸杆菌科(Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科 (Erysipelotrichaceae)、纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(Thermogemmatisporaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、红螺菌科 (Rhodospirillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、出芽菌科 (Gemmataceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科 (Chitinophagaceae)、布鲁氏菌科(Brucellaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、 Chthoniobacteraceae科(Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科(Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、伊索菌科(Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(Piscirickettsiaceae)和甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属 (Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属 (Candidatus Koribacter)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、链球菌属 (Streptococcus)、盐孢菌属(Salinispora)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、柯林斯氏菌属(Collinsella)、伯克氏菌属(Burkholderia)、粪球菌属(Coprococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动杆菌属(Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、双歧杆菌属 (Bifidobacterium)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、甲烷胞菌属(Methanocella)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属 (Streptacidiphilus)、链霉菌属(Streptomyces)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和贪铜菌属 (Cupriavidus)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由疣微菌门(Verrucomicrobia)、酸性细菌门(Acidobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、梭菌纲(Fusobacteriia)、酸性细菌纲 (Acidobacteriia)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、DA052纲、δ-变形菌纲 (Deltaproteobacteria)和酸微菌纲(Acidimicrobiia)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由假单胞菌目(Pseudomonadales)、芽胞杆菌目(Bacillales)、酸杆菌目 (Acidobacteriales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、疣微菌目 (Verrucomicrobiales)、图利茨菌目(Turicibacterales)、酸杆菌目 (Acidobacteriales)、Ellin6513目、黄单胞菌目(Xanthomonadales)和 Gemmatales目(Gemmatales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、莫拉菌科 (Moraxellaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、克氏菌科 (Koribacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、图利茨菌科 (Turicibacteraceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、出芽菌科 (Gemmataceae)和葡萄球菌科(Staphylococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由假单胞菌属(Pseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、贪铜菌属(Cupriavidus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)、微球菌属 (Micrococcus)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、奈瑟菌属(Neisseria)、水栖菌属(Enhydrobacter)、放线菌属(Actinomyces)、图利茨菌属(Turicibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、代尔夫特菌属 (Delftia)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由疣微菌门(Verrucomicrobia)、酸性细菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门 (Planctomycetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和广古菌门(Euryarchaeota)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、酸性细菌纲(Acidobacteriia)、菌毛单胞菌纲(Fimbriimonadia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、纤线杆菌纲 (Ktedonobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由假单胞菌目(Pseudomonadales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、菌毛单胞菌目(Fimbriimonadales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、疣微菌目 (Verrucomicrobiales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、粘球菌目 (Myxococcales)、异常球菌目(Deinococcales)和红细菌目(Rhodobacterales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、假单胞菌科 (Pseudomonadaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、产芽胞菌科 (Erysipelotrichaceae)、异常球菌科(Deinococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、Aerococcaceae科 (Aerococcaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科 (Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)和动球菌科(Planococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、贪铜菌属 (Cupriavidus)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、乳酸球菌属(Lactococcus)、寡养单胞菌属 (Stenotrophomonas)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、异常球菌属 (Deinococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)和安德克氏菌属(Adlercreutzia)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由变形菌门(Proteobacteria)、TM7门、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸性细菌门(Acidobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、放线菌纲 (Actinobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、 TM7-3纲和叶绿体纲(Chloroplast)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由假单胞菌目(Pseudomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目 (Bacteroidales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目 (Xanthomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、巴氏杆菌目 (Pasteurellales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、放线菌目(Actinomycetales)、红细菌目(Rhodobacterales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)和木霉菌目(Streptophyta)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由毛螺菌科(Lachnospiraceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、双歧杆菌科 (Bifidobacteriaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、脱硫弧菌科 (Desulfovibrionaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科(Rikenellaceae)、S24-7科、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、戈登氏菌科 (Gordoniaceae)和肠球菌科(Enterococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
在本发明的另一实施方案中,在过程(c)中,可以通过比较并确定来源于选自由不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属 (Pseudomonas)、代尔夫特菌属(Delftia)、食碱菌属(Alcanivorax)、冷杆菌属 (Psychrobacter)、链球菌属(Streptococcus)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、粪球菌属(Coprococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、农杆菌属 (Agrobacterium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、土芽孢杆菌属(Geobacillus)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属 (Bacillus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、放线菌属(Actinomyces)、副球菌属(Paracoccus)、库克菌属(Kocuria)、盐单胞菌属 (Halomonas)、微球菌属(Micrococcus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和卟啉单胞菌属(Porphyromonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
在本发明的另一实施方案中,所述血液可以是全血、血清、或血浆。
[有利益处]
根据本发明,可以通过对来自来源于人体样品的来源于细菌的细胞外囊泡的宏基因组分析来诊断心脏病的致病因素,从而早期诊断并预测心脏病的风险组,并且因此通过适当的治理可以延迟心脏病的发病或可以预防心脏病,即使在心脏病发生后,也可以实施心脏病的早期诊断,从而降低疾病发生率并提高治疗效果。
此外,被诊断患有心脏病的患者能够避免暴露于通过宏基因组分析预测的致病因素,由此可以改善心脏病的进展,或者可以预防心脏病的复发。
附图说明
图1A和1B是用于体内评估来源于细菌的细胞外囊泡(EV)的分布模式的视图。图1A示出了在小鼠口服给药后肠细菌和每时间(0小时、5分钟、3 小时、6小时和12小时)从细菌产生的EV的分布模式的图像。图1B示出了在小鼠口服给药之后肠细菌和来源于细菌的EV的分布模式的图像,并且在 12小时后,提取小鼠的血液和各种器官(心脏、肺、肝、肾、脾、脂肪组织和肌肉)。
图2示出了在对从来源于心肌梗塞患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在门级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图3示出了在对从来源于心肌梗塞患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在纲级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图4示出了在对从来源于心肌梗塞患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在目级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图5示出了在对从来源于心肌梗塞患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在科级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图6示出了在对从来源于心肌梗塞患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在属级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图7示出了在对从来源于心肌病患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在门级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图8示出了在对从来源于心肌病患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在纲级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图9示出了在对从来源于心肌病患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在目级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图10示出了在对从来源于心肌病患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在科级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图11示出了在对从来源于心肌病患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在属级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图12示出了在对从来源于变异型心绞痛患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在门级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图13示出了在对从来源于变异型心绞痛患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在纲级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图14示出了在对从来源于变异型心绞痛患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在目级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图15示出了在对从来源于变异型心绞痛患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在科级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图16示出了在对从来源于变异型心绞痛患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在属级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图17示出了在对从来源于心房颤动患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在门级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图18示出了在对从来源于心房颤动患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在纲级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图19示出了在对从来源于心房颤动患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在目级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图20示出了在对从来源于心房颤动患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在科级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
图21示出了在对从来源于心房颤动患者的血液和来源于正常个体的血液中分离的来源于细菌的EV进行宏基因组分析之后,在属级上表现出显著诊断性能的来源于细菌的EV的分布结果。
具体实施方式
本发明涉及通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法。本发明的发明人从存在于来源于受试者的样品中的来源于细菌的细胞外囊泡中提取基因,对其进行宏基因组分析,并鉴定能够充当心脏病的致病因子的来源于细菌的细胞外囊泡。
因此,本发明提供了一种提供关于心脏病诊断的信息的方法,所述方法包括:
(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA;
(b)使用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的成对的引物对提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR);以及
(c)通过对PCR产物进行测序来与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
本文所用的术语“心脏病风险的预测”是指确定患者是否有患心脏病的风险,患心脏病的风险是否相对较高,或者是否已经出现心脏病。本发明的方法可以用于通过对特定患者的特殊和适当的护理来延迟心脏病发作(所述特定患者是具有高的患心脏病的风险的患者)或预防心脏病发作。此外,该方法可以临床上用于通过早期诊断心脏病经由选择最合适的治疗方法来确定治疗。
在本发明中,心脏病可以是心肌梗塞、心肌病、变异型心绞痛或心房颤动。
本文所用的术语“宏基因组”("metagenome")涉及包括在诸如土壤、动物肠等分离的区域中的所有病毒、细菌、真菌等的全部基因组,并且主要用作基因组的概念,其解释了使用测序仪一次鉴定许多微生物以分析非培养的微生物。特别地,宏基因组不是指一种物种的基因组,而是指基因组的混合物,包括环境单位的所有物种的基因组。这个术语源于这样一种观点:当在生物学发展到组学(omics)的过程中定义一个物种时,各种物种以及现有的一个物种在功能上相互作用以形成完整的物种。在技术上,它是使用快速测序以识别一个环境中的所有物种并验证相互作用和代谢来分析所有DNA和 RNA的技术的主题,无论物种如何都如此。在本发明中,使用从血液分离的来源于细菌的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析。
在本发明中,受试者样品可以是全血、血清、或血浆,但本发明不受限于此。
在本发明的一实施方式中,对来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析,并且实际上通过在门级、纲级、目级、科级和属级的分析,鉴定能够充当心脏病发作的原因的来源于细菌的细胞外囊泡。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在门级对存在于来源于心肌梗塞患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于酸性细菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、泉古菌门(Crenarchaeota)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、广古菌门(Euryarchaeota)、WS3 门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、WPS-2门和AD3门的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌梗塞患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在纲级对存在于来源于心肌梗塞患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于酸性细菌纲(Acidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲(Methanomicrobia)、奇古菌纲 (Thaumarchaeota)、梭菌纲(Clostridia)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、变形菌纲 (Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)、浮霉菌纲 (Planctomycetia)、索利氏菌纲(Solibacteres)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(Bacteroidia)、Phycisphaerae 纲(Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌纲(Nitrospira)、土圈菌纲 (Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(Saprospirae)、 PRR-12纲、斯巴杆菌纲(Spartobacteria)、酸微菌纲(Acidimicrobiia)、TM1 纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲(Anaerolineae)、热原体纲 (Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲(Chthonomonadetes)和酸性细菌-6纲 (Acidobacteria-6)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌梗塞患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在目级对存在于来源于心肌梗塞患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于乳杆菌目 (Lactobacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、红蝽杆菌目 (Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、产芽胞菌目 (Erysipelotrichales)、土菌目(Solibacterales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、红螺菌目(Rhodospirillales)、Gemmatales目(Gemmatales)、嗜热芽菌目 (Thermogemmatisporales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、双歧杆菌目 (Bifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(Solirubrobacterales)、互营杆菌目(Syntrophobacterales)、拟杆菌目 (Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(Nitrospirales)、纤线杆菌目 (Ktedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目 (Thiotrichales)、粘球菌目(Myxococcales)、不等鞭毛菌目(Stramenopiles)和弧菌目(Vibrionales)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌梗塞患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在科级对存在于来源于心肌梗塞患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于克氏菌科 (Koribacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科 (Enterobacteriaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、红蝽杆菌科 (Coriobacteriaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、黄单胞菌科 (Xanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、生丝微菌科 (Hyphomicrobiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、土菌科 (Solibacteraceae)、酸杆菌科(Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科 (Erysipelotrichaceae)、纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(Thermogemmatisporaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、红螺菌科 (Rhodospirillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、出芽菌科 (Gemmataceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科 (Chitinophagaceae)、布鲁氏菌科(Brucellaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、 Chthoniobacteraceae科(Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科(Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、伊索菌科(Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(Piscirickettsiaceae)和甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌梗塞患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在属级对存在于来源于心肌梗塞患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属(Candidatus Koribacter)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、链球菌属(Streptococcus)、盐孢菌属 (Salinispora)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属 (Citrobacter)、柯林斯氏菌属(Collinsella)、伯克氏菌属(Burkholderia)、粪球菌属(Coprococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动杆菌属(Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、乳酸球菌属 (Lactococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、甲烷杆菌属 (Methanobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、甲烷胞菌属(Methanocella)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、链霉菌属 (Streptomyces)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和贪铜菌属(Cupriavidus)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌梗塞患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在门级对存在于来源于心肌病患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于疣微菌门 (Verrucomicrobia)、酸性细菌门(Acidobacteria)、芽单胞菌门 (Gemmatimonadetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌病患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在纲级对存在于来源于心肌病患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于疣微菌纲 (Verrucomicrobiae)、梭菌纲(Fusobacteriia)、酸性细菌纲(Acidobacteriia)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、DA052纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)和酸微菌纲(Acidimicrobiia)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌病患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在目级对存在于来源于心肌病患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于假单胞菌目 (Pseudomonadales)、芽胞杆菌目(Bacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、图利茨菌目 (Turicibacterales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、Ellin6513目、黄单胞菌目 (Xanthomonadales)和Gemmatales目(Gemmatales)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌病患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在科级对存在于来源于心肌病患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于假单胞菌科 (Pseudomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、丛毛单胞菌科 (Comamonadaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、莫拉菌科 (Moraxellaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、克氏菌科(Koribacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、图利茨菌科(Turicibacteraceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、出芽菌科 (Gemmataceae)和葡萄球菌科(Staphylococcaceae)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌病患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在属级对存在于来源于心肌病患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于假单胞菌属 (Pseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、贪铜菌属(Cupriavidus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、鞘氨醇单胞菌属 (Sphingomonas)、独活假丝酵母属(CandidatusSolibacter)、葡萄球菌属 (Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)、微球菌属 (Micrococcus)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、奈瑟菌属(Neisseria)、水栖菌属(Enhydrobacter)、放线菌属(Actinomyces)、图利茨菌属(Turicibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、代尔夫特菌属 (Delftia)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)的细菌的细胞外囊泡的含量在心肌病患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在门级对存在于来源于变异型心绞痛患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于疣微菌门(Verrucomicrobia)、酸性细菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门 (Planctomycetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和广古菌门(Euryarchaeota)的细菌的细胞外囊泡的含量在变异型心绞痛患者和正常个体之间显著不同(参见实施例6)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在纲级对存在于来源于变异型心绞痛患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、酸性细菌纲(Acidobacteriia)、菌毛单胞菌纲 (Fimbriimonadia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria) 和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)的细菌的细胞外囊泡的含量在变异型心绞痛患者和正常个体之间显著不同(参见实施例6)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在目级对存在于来源于变异型心绞痛患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于假单胞菌目(Pseudomonadales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、菌毛单胞菌目 (Fimbriimonadales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、疣微菌目 (Verrucomicrobiales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、粘球菌目 (Myxococcales)、异常球菌目(Deinococcales)和红细菌目(Rhodobacterales)的细菌的细胞外囊泡的含量在变异型心绞痛患者和正常个体之间显著不同(参见实施例6)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在科级对存在于来源于变异型心绞痛患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于克氏菌科(Koribacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、丛毛单胞菌科 (Comamonadaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、假单胞菌科 (Pseudomonadaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、异常球菌科(Deinococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、Aerococcaceae科(Aerococcaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科 (Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)和动球菌科(Planococcaceae)的细菌的细胞外囊泡的含量在变异型心绞痛患者和正常个体之间显著不同(参见实施例6)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在属级对存在于来源于变异型心绞痛患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、假单胞菌属 (Pseudomonas)、乳酸球菌属(Lactococcus)、寡养单胞菌属 (Stenotrophomonas)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、异常球菌属 (Deinococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)和安德克氏菌属(Adlercreutzia)的细菌的细胞外囊泡的含量在变异型心绞痛患者和正常个体之间显著不同(参见实施例6)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在门级对存在于来源于心房颤动患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于变形菌门 (Proteobacteria)、TM7门、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸性细菌门(Acidobacteria) 和蓝细菌门(Cyanobacteria)的细菌的细胞外囊泡的含量在心房颤动患者和正常个体之间显著不同(参见实施例7)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在纲级对存在于来源于心房颤动患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于梭菌纲 (Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、放线菌纲(Actinobacteria)、黄杆菌纲 (Flavobacteriia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、TM7-3纲和叶绿体纲 (Chloroplast)的细菌的细胞外囊泡的含量在心房颤动患者和正常个体之间显著不同(参见实施例7)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在目级对存在于来源于心房颤动患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于假单胞菌目(Pseudomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、双歧杆菌目 (Bifidobacteriales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、黄杆菌目 (Flavobacteriales)、放线菌目(Actinomycetales)、红细菌目(Rhodobacterales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)和木霉菌目 (Streptophyta)的细菌的细胞外囊泡的含量在心房颤动患者和正常个体之间显著不同(参见实施例7)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在科级对存在于来源于心房颤动患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于毛螺菌科 (Lachnospiraceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、瘤胃菌科 (Ruminococcaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、脱硫弧菌科 (Desulfovibrionaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、红蝽杆菌科 (Coriobacteriaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科 (Rikenellaceae)、S24-7科、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、红细菌科 (Rhodobacteraceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、戈登氏菌科 (Gordoniaceae)和肠球菌科(Enterococcaceae)的细菌的细胞外囊泡的含量在心房颤动患者和正常个体之间显著不同(参见实施例7)。
更具体地说,在本发明的一实施方式中,通过在属级对存在于来源于心房颤动患者的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡和来源于正常个体的血液中的来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析得出,来源于属于不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、金黄杆菌属 (Chryseobacterium)、肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、代尔夫特菌属(Delftia)、食碱菌属(Alcanivorax)、冷杆菌属(Psychrobacter)、链球菌属(Streptococcus)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、粪球菌属(Coprococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、农杆菌属(Agrobacterium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、土芽孢杆菌属 (Geobacillus)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、放线菌属(Actinomyces)、副球菌属(Paracoccus)、库克菌属(Kocuria)、盐单胞菌属(Halomonas)、微球菌属 (Micrococcus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和卟啉单胞菌属(Porphyromonas)的细菌的细胞外囊泡的含量在心房颤动患者和正常个体之间显著不同(参见实施例7)。
根据上述实施例结果,证实通过对从血液中分离的细胞外囊泡进行宏基因组分析,鉴定出与正常个体相比,来源于细菌的细胞外囊泡的在患有心肌梗塞、心肌病、变异型心绞痛或心房颤动的患者中的含量表现出显著的变化,并且通过宏基因组分析,经由分析每个级上的来源于细菌的囊泡的含量的增加或减少,可以诊断心脏病。
在下文中,将参照示例性实施例来描述本发明以帮助理解本发明。然而,这些实施例仅为了说明的目的而提供,且并不意图限制本发明的范围。
[实施例]
实施例1.肠细菌和来源于细菌的细胞外囊泡的体内吸收、分布和排泄模式的分析
为了评估肠细菌和来源于细菌的细胞外囊泡是否通过胃肠道系统地吸收,使用以下方法进行实验。更具体地,将由荧光标记的属于肠细菌的人参假单胞菌(Pseudomonaspanacis)和来源于该细菌的细胞外囊泡(EV)各50μg口服给药至小鼠的胃肠道,并在0小时,以及在5分钟、3小时、6小时和12 小时后测量荧光。
作为观察小鼠整体图像的结果,如图1A所示,在施用细菌时,细菌不被系统地吸收,而在给药后5分钟,来源于细菌的EV被系统地吸收,并且在给药后30分钟,在膀胱中观察到强的荧光,从中确认EV经由泌尿系统通过血液排出,并且在给药后12小时存在于身体中。
除了上述结果外,在来源于肠细菌的细胞外囊泡被系统地吸收后,为了评价细菌和来源于肠细菌的EV在侵入各种器官的模式,将用荧光标记的细菌和来源于细菌的EV各50μg使用与上述相同的方法给药,然后在给药后 12小时,从每只小鼠中提取血液、心脏、肺、肝、肾、脾、脂肪组织和肌肉。作为在提取的组织中观察荧光的结果,如图1B所示,证实肠细菌未被吸收到各器官中,而来源于肠细菌的EV分布在血液、心脏、肺、肝、肾、脾、脂肪组织和肌肉中。
实施例2.从血液中进行囊泡分离和DNA提取
首先将血液加入到10ml管中,以3500×g和在4℃下离心10分钟,沉淀出悬浮液,且仅将上清液置于新的10ml管中。用0.22μm过滤器除去细菌和杂质,然后置于中心离心过滤器(50kD)中,并以1500×g和在4℃下离心15 分钟以丢弃尺寸小于50kD的材料,然后浓缩至10ml。再次使用0.22μm的过滤器除去细菌和杂质,然后将所得浓缩物以150,000×g和在4℃下进行超高速离心以除去上清液,并将聚集的沉淀物用磷酸盐缓冲液(PBS)溶解。
将根据上述方法分离的100μl囊泡在100℃下煮沸,使内部DNA能从脂质中脱出,然后在冰上冷却5分钟。接下来,将所得的囊泡以10,000×g 和在4℃下离心30分钟以除去剩余的悬浮液,仅收集上清液,然后使用 NanoDrop分光光度计定量所提取的DNA的量。此外,为了验证所提取的 DNA中是否存在来源于细菌的DNA,使用下表1所示的16s rDNA引物进行PCR,以验证来源于细菌的DNA是否存在于所提取的DNA中。
[表1]
实施例3.使用从血液中分离的来源于细胞外囊泡的DNA进行16S rRNA测序
如下表2所示,使用与实施例2相同的方法提取DNA,然后使用如表1中所示的16SrDNA引物对其进行PCR,以扩增DNA,随后测序 (Illumina MiSeq测序仪)。将结果作为标准流程图(SFF)文件输出,并将SFF 文件使用GS FLX软件(v2.9)转换为序列文件(.fasta)和核苷酸质量得分文件,然后确定用于阅读的信用评级,并且除去具有小于99%(Phred评分<20)的窗口(20bps)平均碱基调用(base call)准确度的部分。在删除低质量部分之后,仅使用长度为300bps或更大的阅读(Sickle版本1.33),并且为了进行操作分类单元(OTU)分析,使用UCLUST和USEARCH根据序列相似性进行聚类。特别地,基于对于属的94%的序列相似性,对于科的90%的序列相似性,对于目的85%的序列相似性,对于纲的80%的序列相似性,以及对于门的75%的序列相似性进行聚类,并且对每个OUT的门级、纲级、目级、科级和属级进行分类,并使用BLASTN和GreenGenes的16S RNA序列数据库(108,453 个序列)分析具有97%或97%以上序列相似性的细菌(QIIME)。
实施例4.基于来源于细菌的EV的宏基因组分析的心肌梗塞诊断模型
从57例ST段抬高型心肌梗死(STEMI)患者和163例正常个体的血液样品中分离EV,两组在年龄和性别上匹配,然后使用实施例3的方法对其进行基因组测序。为了开发诊断模型,首先,选择在t检验中显示两组间p值小于0.05,两组之间的差显示为两倍或更多的菌株,然后通过逻辑回归分析计算属于诊断性能指标的曲线下面积(AUC)、准确度、灵敏度和特异性。
通过在门级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自酸性细菌门 (phylumAcidobacteria)、厚壁菌门(phylum Firmicutes)、泉古菌门(phylum Crenarchaeota)、浮霉菌门(phylum Planctomycetes)、绿弯菌门(phylum Chloroflexi)、广古菌门(phylumEuryarchaeota)、WS3门、硝化螺旋菌门 (phylum Nitrospirae)、WPS-2门和AD3门中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于STEMI表现出显著的诊断性能(参见表2和图2)。
[表2]
通过在纲级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自酸性细菌纲 (classAcidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲(class Methanomicrobia)、奇古菌纲(classThaumarchaeota)、梭菌纲(class Clostridia)、红蝽菌纲(class Coriobacteriia)、变形菌纲(class Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲(class Ktedonobacteria)、浮霉菌纲(class Planctomycetia)、索利氏菌纲(class Solibacteres)、产芽胞菌纲(classErysipelotrichi)、疣微菌纲(class Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(classBacteroidia)、Phycisphaerae纲 (class Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌纲(classNitrospira)、土圈菌纲 (class Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(class Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(class Saprospirae)、PRR-12纲、斯巴杆菌纲(class Spartobacteria)、酸微菌纲(class Acidimicrobiia)、TM1纲、δ-变形菌纲(class Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲 (class Anaerolineae)、热原体纲(class Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲(class Chthonomonadetes)和酸性细菌-6纲(class Acidobacteria-6)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于STEMI表现出显著的诊断性能 (参见表3和图3)。
[表3]
通过在目级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自乳杆菌目(orderLactobacillales)、酸杆菌目(order Acidobacteriales)、肠杆菌目(orderEnterobacteriales)、黄单胞菌目(order Xanthomonadales)、梭菌目(orderClostridiales)、红蝽杆菌目(order Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目(order Burkholderiales)、产芽胞菌目(order Erysipelotrichales)、土菌目(orderSolibacterales)、疣微菌目(order Verrucomicrobiales)、红螺菌目(orderRhodospirillales)、Gemmatales目(order Gemmatales)、嗜热芽菌目(orderThermogemmatisporales)、腐螺旋菌目(order Saprospirales)、酸微菌目(orderAcidimicrobiales)、土圈菌目(order Pedosphaerales)、双歧杆菌目(orderBifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(order Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(order Solirubrobacterales)、互营杆菌目(order Syntrophobacterales)、拟杆菌目(order Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(order Nitrospirales)、纤线杆菌目 (orderKtedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目 (orderThiotrichales)、粘球菌目(order Myxococcales)、不等鞭毛菌目(order Stramenopiles)和弧菌目(order Vibrionales)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于STEMI表现出显著的诊断性能(参见表4和图4)。
[表4]
通过在科级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自克氏菌科(familyKoribacteraceae)、丛毛单胞菌科(family Comamonadaceae)、肠杆菌科(familyEnterobacteriaceae)、链球菌科(family Streptococcaceae)、红蝽杆菌科(familyCoriobacteriaceae)、毛螺菌科(family Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(familyPrevotellaceae)、瘤胃菌科(family Ruminococcaceae)、黄单胞菌科(familyXanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(family Propionibacteriaceae)、生丝微菌科 (familyHyphomicrobiaceae)、疣微菌科(family Verrucomicrobiaceae)、土菌科 (familySolibacteraceae)、酸杆菌科(family Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科 (familyErysipelotrichaceae)、纤线杆菌科(family Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(familyThermogemmatisporaceae)、莫拉菌科(family Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(familyVeillonellaceae)、伯克氏菌科(family Burkholderiaceae)、红螺菌科(familyRhodospirillaceae)、双歧杆菌科(family Bifidobacteriaceae)、出芽菌科(familyGemmataceae)、链霉菌科(family Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科(familyChitinophagaceae)、布鲁氏菌科(family Brucellaceae)、根瘤菌科 (familyRhizobiaceae)、Chthoniobacteraceae科(family Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(family Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科(family Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(family Oxalobacteraceae)、伊索菌科(family Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(family Piscirickettsiaceae)和甲基孢囊菌科(family Methylocystaceae)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于STEMI表现出显著的诊断性能(参见表5和图5)。
[表5]
通过在属级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自代尔夫特菌属 (genusDelftia)、农杆菌属(genus Agrobacterium)、寡养单胞菌属(genus Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(genus Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属 (genus CandidatusKoribacter)、阿克曼西亚菌属(genus Akkermansia)、链球菌属(genus Streptococcus)、盐孢菌属(genus Salinispora)、独活假丝酵母属(genus Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属(genus Citrobacter)、柯林斯氏菌属 (genus Collinsella)、伯克氏菌属(genusBurkholderia)、粪球菌属(genus Coprococcus)、红游动菌属(genus Rhodoplanes)、不动杆菌属(genus Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(genus Prevotella)、丙酸杆菌属(genusPropionibacterium)、乳酸球菌属(genus Lactococcus)、双歧杆菌属(genusBifidobacterium)、甲烷杆菌属(genus Methanobacterium)、微球菌属(genusMicrococcus)、甲烷胞菌属(genus Methanocella)、短杆菌属(genus Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属(genus Streptacidiphilus)、链霉菌属(genus Streptomyces)、苍白杆菌属(genus Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(genus Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(genusLysinibacillus)和贪铜菌属(genus Cupriavidus)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于STEMI 表现出显著的诊断性能(参见表6和图6)。
[表6]
实施例5.基于来源于细菌的EV的宏基因组分析的扩张型心肌病诊断模型
从72例扩张型心肌病(DCMP)患者和163例正常个体的血液样品中分离EV,两组在年龄和性别上匹配,然后使用实施例3的方法对其进行基因组测序。为了开发诊断模型,首先,选择在t检验中显示两组间p值小于 0.05,两组之间的差显示为两倍或更多的菌株,然后通过逻辑回归分析计算属于诊断性能指标的AUC、准确度、灵敏度和特异性。
通过在门级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自疣微菌门(phylumVerrucomicrobia)、酸性细菌门(phylum Acidobacteria)、芽单胞菌门(phylumGemmatimonadetes)和浮霉菌门(phylum Planctomycetes)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于DCMP表现出显著的诊断性能(参见表7和图7)。
[表7]
通过在纲级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自疣微菌纲(classVerrucomicrobiae)、梭菌纲(class Fusobacteriia)、酸性细菌纲(classAcidobacteriia)、浮霉菌纲(class Planctomycetia)、DA052纲、δ-变形菌纲(classDeltaproteobacteria)和酸微菌纲(class Acidimicrobiia)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于DCMP表现出显著的诊断性能(参见表8和图 8)。
[表8]
通过在目级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自假单胞菌目(orderPseudomonadales)、芽胞杆菌目(order Bacillales)、酸杆菌目(orderAcidobacteriales)、鞘脂单胞菌目(order Sphingomonadales)、疣微菌目(orderVerrucomicrobiales)、图利茨菌目(order Turicibacterales)、酸杆菌目(orderAcidobacteriales)、Ellin6513目、黄单胞菌目(order Xanthomonadales)和 Gemmatales目(order Gemmatales)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于DCMP表现出显著的诊断性能(参见表9和图9)。
[表9]
通过在科级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自假单胞菌科 (familyPseudomonadaceae)、梭菌科(family Clostridiaceae)、丛毛单胞菌科(familyComamonadaceae)、草酸杆菌科(family Oxalobacteraceae)、莫拉菌科 (familyMoraxellaceae)、疣微菌科(family Verrucomicrobiaceae)、克氏菌科 (familyKoribacteraceae)、鞘脂单胞菌科(family Sphingomonadaceae)、图利茨菌科(familyTuricibacteraceae)、黄单胞菌科(family Xanthomonadaceae)、出芽菌科(familyGemmataceae)和葡萄球菌科(family Staphylococcaceae)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于DCMP表现出显著的诊断性能 (参见表10和图10)。
[表10]
通过在属级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自假单胞菌属(genusPseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(genus Clostridium)、贪铜菌属(genus Cupriavidus)、不动杆菌属(genus Acinetobacter)、柠檬酸杆菌属(genus Citrobacter)、鞘氨醇单胞菌属(genus Sphingomonas)、独活假丝酵母属(genus Candidatus Solibacter)、葡萄球菌属(genus Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属 (genus Thermoanaerobacterium)、微球菌属(genus Micrococcus)、阿克曼西亚菌属(genus Akkermansia)、奈瑟菌属(genusNeisseria)、水栖菌属(genus Enhydrobacter)、放线菌属(genus Actinomyces)、图利茨菌属(genus Turicibacter)、考拉杆菌属(genus Phascolarctobacterium)、乳酸球菌属(genus Lactococcus)、代尔夫特菌属(genus Delftia)和寡养单胞菌属(genusStenotrophomonas)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于 DCMP表现出显著的诊断性能(参见表11和图11)。
[表11]
实施例6.基于来源于细菌的EV的宏基因组分析的变异型心绞痛诊断模型
从80例变异型心绞痛患者和80例正常个体的血液样品中分离EV,两组在年龄和性别上匹配,然后使用实施例3的方法对其进行基因组测序。为了开发诊断模型,首先,选择在t检验中显示两组间p值等于0.05,两组之间的差显示为两倍或更多的菌株,然后通过逻辑回归分析计算属于诊断性能指标的AUC、准确度、灵敏度和特异性。
通过在门级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自疣微菌门(phylumVerrucomicrobia)、酸性细菌门(phylum Acidobacteria)、浮霉菌门(phylumPlanctomycetes)、芽单胞菌门(phylum Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(phylumChloroflexi)和广古菌门(phylum Euryarchaeota)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于变异型心绞痛表现出显著的诊断性能(参见表12 和图12)。
[表12]
通过在纲级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自疣微菌纲(classVerrucomicrobiae)、酸性细菌纲(class Acidobacteriia)、菌毛单胞菌纲(classFimbriimonadia)、产芽胞菌纲(class Erysipelotrichi)、纤线杆菌纲(classKtedonobacteria)和δ-变形菌纲(class Deltaproteobacteria)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于变异型心绞痛表现出显著的诊断性能(参见表13和图13)。
[表13]
通过在目级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自假单胞菌目(orderPseudomonadales)、产芽胞菌目(order Erysipelotrichales)、菌毛单胞菌目(orderFimbriimonadales)、酸杆菌目(order Acidobacteriales)、疣微菌目(orderVerrucomicrobiales)、黄单胞菌目(order Xanthomonadales)、粘球菌目(orderMyxococcales)、异常球菌目(order Deinococcales)和红细菌目(orderRhodobacterales)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于变异型心绞痛表现出显著的诊断性能(参见表14和图14)。
[表14]
通过在科级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自克氏菌科(familyKoribacteraceae)、草酸杆菌科(family Oxalobacteraceae)、丛毛单胞菌科 (familyComamonadaceae)、莫拉菌科(family Moraxellaceae)、假单胞菌科 (familyPseudomonadaceae)、生丝微菌科(family Hyphomicrobiaceae)、产芽胞菌科(familyErysipelotrichaceae)、异常球菌科(family Deinococcaceae)、梭菌科(familyClostridiaceae)、疣微菌科(family Verrucomicrobiaceae)、华杆菌科 (familySinobacteraceae)、红细菌科(family Rhodobacteraceae)、甲基杆菌科 (familyMethylobacteriaceae)、Aerococcaceae科(family Aerococcaceae)、梭杆菌科(familyFusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科(family Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(familyBacillaceae)和动球菌科(family Planococcaceae)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于变异型心绞痛表现出显著的诊断性能(参见表15和图15)。
[表15]
通过在属级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自柠檬酸杆菌属 (genusCitrobacter)、不动杆菌属(genus Acinetobacter)、贪铜菌属(genus Cupriavidus)、梭状芽孢杆菌属(genus Clostridium)、链型杆菌属(genus Catenibacterium)、假单胞菌属(genus Pseudomonas)、乳酸球菌属(genus Lactococcus)、寡养单胞菌属(genusStenotrophomonas)、阿克曼西亚菌属 (genus Akkermansia)、芽孢杆菌属(genusBacillus)、代尔夫特菌属(genus Delftia)、农杆菌属(genus Agrobacterium)、异常球菌属(genus Deinococcus)、梭杆菌属(genus Fusobacterium)和安德克氏菌属(genusAdlercreutzia)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于变异型心绞痛表现出显著的诊断性能(参见表16和图16)。
[表16]
实施例7.基于来源于细菌的EV的宏基因组分析的心房颤动诊断模型
从34例心房颤动患者和62例正常个体的血液样品中分离EV,两组在年龄和性别上匹配,然后使用实施例3的方法对其进行基因组测序。为了开发诊断模型,首先,选择在t检验中显示两组间p值小于0.05,两组之间的差显示为两倍或更多的菌株,然后通过逻辑回归分析计算属于诊断性能指标的AUC、准确度、灵敏度和特异性。
通过在门级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自变形菌门(phylumProteobacteria)、TM7门、绿弯菌门(phylum Chloroflexi)、酸性细菌门 (phylumAcidobacteria)和蓝细菌门(phylum Cyanobacteria)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于心房颤动表现出显著的诊断性能(参见表 17和图17)。
[表17]
通过在纲级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自梭菌纲(class Clostridia)、拟杆菌纲(class Bacteroidia)、放线菌纲(class Actinobacteria)、黄杆菌纲(classFlavobacteriia)、产芽胞菌纲(class Erysipelotrichi)、TM7-3纲和叶绿体纲(classChloroplast)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于心房颤动表现出显著的诊断性能(参见表18和图18)。
[表18]
通过在目级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自假单胞菌目(orderPseudomonadales)、梭菌目(order Clostridiales)、拟杆菌目(order Bacteroidales)、肠杆菌目(order Enterobacteriales)、黄单胞菌目(order Xanthomonadales)、双歧杆菌目(order Bifidobacteriales)、巴氏杆菌目(order Pasteurellales)、黄杆菌目(orderFlavobacteriales)、放线菌目(order Actinomycetales)、红细菌目(orderRhodobacterales)、红蝽杆菌目(order Coriobacteriales)、产芽胞菌目(orderErysipelotrichales)和木霉菌目(order Streptophyta)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于心房颤动表现出显著的诊断性能(参见表19和图19)。
[表19]
通过在科级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自毛螺菌科(familyLachnospiraceae)、芽胞杆菌科(family Bacillaceae)、链球菌科(familyStreptococcaceae)、拟杆菌科(family Bacteroidaceae)、莫拉菌科(familyMoraxellaceae)、瘤胃菌科(family Ruminococcaceae)、周蝶菌科(familyWeeksellaceae)、双歧杆菌科(family Bifidobacteriaceae)、梭菌科(familyClostridiaceae)、脱硫弧菌科(family Desulfovibrionaceae)、韦荣氏球菌科 (familyVeillonellaceae)、红蝽杆菌科(family Coriobacteriaceae)、黄杆菌科 (familyFlavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科(family Rikenellaceae)、S24-7 科、巴氏杆菌科(family Pasteurellaceae)、红细菌科(family Rhodobacteraceae)、假单胞菌科(family Pseudomonadaceae)、戈登氏菌科 (family Gordoniaceae)和肠球菌科(familyEnterococcaceae)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于心房颤动表现出显著的诊断性能(参见表20和图20)。
[表20]
通过在属级分析血液中来源于细菌的EV,使用来自不动杆菌属 (genusAcinetobacter)、寡养单胞菌属(genus Stenotrophomonas)、金黄杆菌属 (genusChryseobacterium)、肠球菌属(genus Enterococcus)、假单胞菌属(genus Pseudomonas)、代尔夫特菌属(genus Delftia)、食碱菌属(genus Alcanivorax)、冷杆菌属(genusPsychrobacter)、链球菌属(genus Streptococcus)、苍白杆菌属 (genus Ochrobactrum)、双歧杆菌属(genus Bifidobacterium)、粪球菌属(genus Coprococcus)、拟杆菌属(genusBacteroides)、粪便杆菌属(genus Faecalibacterium)、水栖菌属(genusEnhydrobacter)、农杆菌属(genus Agrobacterium)、柠檬酸杆菌属(genus Citrobacter)、普雷沃氏菌属(genus Prevotella)、土芽孢杆菌属(genus Geobacillus)、梭状芽孢杆菌属(genus Clostridium)、芽孢杆菌属(genus Bacillus)、嗜血杆菌属(genus Haemophilus)、韦荣氏球菌属(genus Veillonella)、放线菌属(genus Actinomyces)、副球菌属 (genusParacoccus)、库克菌属(genus Kocuria)、盐单胞菌属(genus Halomonas)、微球菌属(genus Micrococcus)、瘤胃球菌属(genus Ruminococcus) 和卟啉单胞菌属(genusPorphyromonas)中的一种或多种细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于心房颤动表现出显著的诊断性能(参见表21和图21)。
[表21]
提供本发明的前述描述仅用于说明性目的,并且本发明所属技术领域的普通技术人员应理解,本公开涉及,本发明可以以各种修改形式实施,而不脱离本发明的精神或必要的特点。因此,本文描述的实施方式应仅在说明性意义上被考虑,而不是用于限制的目的。
[工业实用性]
根据本发明,可以通过对来自来源于人体样品的来源于细菌的细胞外囊泡的宏基因组分析来诊断心脏病的致病因素,从而早期诊断并预测心脏病的风险组,并且因此通过适当的治理可以延迟心脏病的发病或可以预防心脏病,即使在心脏病发生后,也可以实施心脏病的早期诊断,从而降低疾病发生率并提高治疗效果。此外,被诊断患有心脏病的患者能够避免暴露于通过宏基因组分析预测的致病因素,由此可以改善心脏病的进展,或者可以预防心脏病的复发。
<110> MD保健株式会社
<120> 通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法
<130> MPO19-051CN
<150> PCT/KR2017/014815
<151> 2017-12-15
<150> KR 10-2016-0172414
<151> 2016-12-16
<150> KR 10-2017-0172461
<151> 2017-12-14
<160> 2
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 16S rDNA_V3_F
<400> 1
tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagcctacgg gnggcwgcag 50
<210> 2
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 16S rDNA_V4_R
<400> 2
tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagcctacgg gnggcwgcag 50
Claims (25)
1.一种为心脏病诊断提供信息的方法,该方法包括:
(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA;
(b)使用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR);以及
(c)通过对PCR的产物进行测序,与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
其中所述比较并确定包括比较并确定:
来源于选自由酸性细菌门(Acidobacteria)、厚壁菌(Firmicutes)门、泉古菌门(Crenarchaeota)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、广古菌门(Euryarchaeota)、WS3门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、WPS-2门、AD3门、疣微菌门(Verrucomicrobia)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、变形菌门(Proteobacteria)、TM7门以及蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由酸性细菌纲(Acidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲(Methanomicrobia)、奇古菌纲(Thaumarchaeota)、梭菌纲(Clostridia)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、变形菌纲(Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、索利氏菌纲(Solibacteres)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(Bacteroidia)、Phycisphaerae纲(Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌纲(Nitrospira)、土圈菌纲(Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(Saprospirae)、PRR-12纲、斯巴杆菌纲(Spartobacteria)、酸微菌纲(Acidimicrobiia)、TM1纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲(Anaerolineae)、热原体纲(Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲(Chthonomonadetes)、酸性细菌-6纲(Acidobacteria-6)、梭菌纲(Fusobacteriia)、菌毛单胞菌纲(Fimbriimonadia)、放线菌纲(Actinobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)和叶绿体纲(Chloroplast)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由乳杆菌目(Lactobacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、土菌目(Solibacterales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、红螺菌目(Rhodospirillales)、Gemmatales目(Gemmatales)、嗜热芽菌目(Thermogemmatisporales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(Solirubrobacterales)、互营杆菌目(Syntrophobacterales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(Nitrospirales)、纤线杆菌目(Ktedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目(Thiotrichales)、粘球菌目(Myxococcales)、不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、弧菌目(Vibrionales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、芽胞杆菌目(Bacillales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、图利茨菌目(Turicibacterales)、菌毛单胞菌目(Fimbriimonadales)、异常球菌目(Deinococcales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、放线菌目(Actinomycetales)、红细菌目(Rhodobacterales)以及木霉菌目(Streptophyta)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、土菌科(Solibacteraceae)、酸杆菌科(Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(Thermogemmatisporaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、红螺菌科(Rhodospirillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、出芽菌科(Gemmataceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、布鲁氏菌科(Brucellaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、Chthoniobacteraceae科(Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科(Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、伊索菌科(Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(Piscirickettsiaceae)、甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、图利茨菌科(Turicibacteraceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、异常球菌科(Deinococcaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、Aerococcaceae科(Aerococcaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科(Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科(Rikenellaceae)、S24-7科、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、戈登氏菌科(Gordoniaceae)以及肠球菌科(Enterococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;或者
来源于选自由代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属(CandidatusKoribacter)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、链球菌属(Streptococcus)、盐孢菌属(Salinispora)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、柯林斯氏菌属(Collinsella)、伯克氏菌属(Burkholderia)、粪球菌属(Coprococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动杆菌属(Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、甲烷胞菌属(Methanocella)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、链霉菌属(Streptomyces)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、贪铜菌属(Cupriavidus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)、奈瑟菌属(Neisseria)、水栖菌属(Enhydrobacter)、放线菌属(Actinomyces)、图利茨菌属(Turicibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、异常球菌属(Deinococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、肠球菌属(Enterococcus)、食碱菌属(Alcanivorax)、冷杆菌属(Psychrobacter)、拟杆菌属(Bacteroides)、土芽孢杆菌属(Geobacillus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、副球菌属(Paracoccus)、库克菌属(Kocuria)、盐单胞菌属(Halomonas)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)以及卟啉单胞菌属(Porphyromonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述心脏病是心肌梗塞、心肌病、变异型心绞痛或心房颤动。
3.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由酸性细菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、泉古菌门(Crenarchaeota)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、广古菌门(Euryarchaeota)、WS3门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、WPS-2门和AD3门组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
4.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由酸性细菌纲(Acidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲(Methanomicrobia)、奇古菌纲(Thaumarchaeota)、梭菌纲(Clostridia)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、变形菌纲(Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、索利氏菌纲(Solibacteres)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(Bacteroidia)、Phycisphaerae纲(Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌(Nitrospira)纲、土圈菌纲(Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(Saprospirae)、PRR-12纲、斯巴杆菌纲(Spartobacteria)、酸微菌纲(Acidimicrobiia)、TM1纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲(Anaerolineae)、热原体纲(Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲(Chthonomonadetes)和酸性细菌-6纲(Acidobacteria-6)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
5.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由乳杆菌目(Lactobacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、土菌目(Solibacterales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、红螺菌目(Rhodospirillales)、Gemmatales目(Gemmatales)、嗜热芽菌目(Thermogemmatisporales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(Solirubrobacterales)、互营杆菌(Syntrophobacterales)目、拟杆菌目(Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(Nitrospirales)、纤线杆菌目(Ktedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目(Thiotrichales)、粘球菌目(Myxococcales)、不等鞭毛菌目(Stramenopiles)和弧菌目(Vibrionales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
6.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、土菌科(Solibacteraceae)、酸杆菌科(Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(Thermogemmatisporaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、红螺菌科(Rhodospirillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、出芽菌科(Gemmataceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、布鲁氏菌科(Brucellaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、Chthoniobacteraceae科(Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科(Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、伊索菌科(Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(Piscirickettsiaceae)和甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
7.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属(Candidatus Koribacter)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、链球菌属(Streptococcus)、盐孢菌属(Salinispora)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、柯林斯氏菌属(Collinsella)、伯克氏菌属(Burkholderia)、粪球菌属(Coprococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动杆菌属(Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、甲烷胞菌属(Methanocella)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、链霉菌属(Streptomyces)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和贪铜菌属(Cupriavidus)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌梗塞。
8.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由疣微菌门(Verrucomicrobia)、酸性细菌(Acidobacteria)门、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
9.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、梭菌纲(Fusobacteriia)、酸性细菌纲(Acidobacteriia)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、DA052纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)和酸微菌纲(Acidimicrobiia)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
10.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由假单胞菌目(Pseudomonadales)、芽胞杆菌目(Bacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、图利茨菌目(Turicibacterales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、Ellin6513目、黄单胞菌目(Xanthomonadales)和Gemmatales目(Gemmatales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
11.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、克氏菌科(Koribacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、图利茨菌科(Turicibacteraceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、出芽菌科(Gemmataceae)和葡萄球菌科(Staphylococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
12.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由假单胞菌属(Pseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、贪铜菌属(Cupriavidus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、奈瑟菌属(Neisseria)、水栖菌属(Enhydrobacter)、放线菌属(Actinomyces)、图利茨菌属(Turicibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、代尔夫特菌属(Delftia)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心肌病。
13.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由疣微菌门(Verrucomicrobia)、酸性细菌(Acidobacteria)门、浮霉菌门(Planctomycetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和广古菌门(Euryarchaeota)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
14.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、酸性细菌纲(Acidobacteriia)、菌毛单胞菌纲(Fimbriimonadia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
15.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由假单胞菌目(Pseudomonadales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、菌毛单胞菌目(Fimbriimonadales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、粘球菌目(Myxococcales)、异常球菌目(Deinococcales)和红细菌目(Rhodobacterales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
16.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、异常球菌科(Deinococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、Aerococcaceae科(Aerococcaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科(Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)和动球菌科(Planococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
17.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、乳酸球菌属(Lactococcus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、异常球菌属(Deinococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)和安德克氏菌属(Adlercreutzia)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断变异型心绞痛。
18.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由变形菌门(Proteobacteria)、TM7门、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸性细菌门(Acidobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
19.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、放线菌纲(Actinobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、TM7-3纲和叶绿体纲(Chloroplast)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
20.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由假单胞菌目(Pseudomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、放线菌目(Actinomycetales)、红细菌目(Rhodobacterales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)和木霉菌目(Streptophyta)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
21.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由毛螺菌科(Lachnospiraceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科(Rikenellaceae)、S24-7科、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、戈登氏菌科(Gordoniaceae)和肠球菌科(Enterococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
22.根据权利要求2所述的方法,其中,在过程(c)中,通过比较并确定来源于选自由不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、代尔夫特菌属(Delftia)、食碱菌属(Alcanivorax)、冷杆菌属(Psychrobacter)、链球菌属(Streptococcus)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、粪球菌属(Coprococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、农杆菌属(Agrobacterium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、土芽孢杆菌属(Geobacillus)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、放线菌属(Actinomyces)、副球菌属(Paracoccus)、库克菌属(Kocuria)、盐单胞菌属(Halomonas)、微球菌属(Micrococcus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和卟啉单胞菌属(Porphyromonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断心房颤动。
23.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者样品是血液。
24.根据权利要求23所述的方法,其中所述血液是全血、血清、血浆或血液单核细胞。
25.一种诊断心脏病的方法,该方法包括:
(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA;
(b)使用具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR);以及
(c)通过对PCR的产物进行测序,与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
其中所述比较并确定包括比较并确定:
来源于选自由酸性细菌门(Acidobacteria)、厚壁菌(Firmicutes)门、泉古菌门(Crenarchaeota)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、广古菌门(Euryarchaeota)、WS3门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、WPS-2门、AD3门、疣微菌门(Verrucomicrobia)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、变形菌门(Proteobacteria)、TM7门以及蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由酸性细菌纲(Acidobacteriia)、DA052纲、甲烷微菌纲(Methanomicrobia)、奇古菌纲(Thaumarchaeota)、梭菌纲(Clostridia)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、变形菌纲(Betaproteobacteria)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetia)、索利氏菌纲(Solibacteres)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、TM7-3纲、拟杆菌纲(Bacteroidia)、Phycisphaerae纲(Phycisphaerae)、MCG纲、硝化螺旋菌纲(Nitrospira)、土圈菌纲(Pedosphaerae)、嗜热油菌纲(Thermoleophilia)、腐败螺旋菌纲(Saprospirae)、PRR-12纲、斯巴杆菌纲(Spartobacteria)、酸微菌纲(Acidimicrobiia)、TM1纲、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、厌氧绳菌纲(Anaerolineae)、热原体纲(Thermoplasmata)、Chthonomonadetes纲(Chthonomonadetes)、酸性细菌-6纲(Acidobacteria-6)、梭菌纲(Fusobacteriia)、菌毛单胞菌纲(Fimbriimonadia)、放线菌纲(Actinobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)和叶绿体纲(Chloroplast)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由乳杆菌目(Lactobacillales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、红蝽杆菌目(Coriobacteriales)、Ellin6513目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、土菌目(Solibacterales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、红螺菌目(Rhodospirillales)、Gemmatales目(Gemmatales)、嗜热芽菌目(Thermogemmatisporales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、Chthoniobacterales目(Chthoniobacterales)、土壤红杆菌目(Solirubrobacterales)、互营杆菌目(Syntrophobacterales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、硝化螺旋菌目(Nitrospirales)、纤线杆菌目(Ktedonobacterales)、WD2101目、iii1-15目、Ellin329目、硫发菌目(Thiotrichales)、粘球菌目(Myxococcales)、不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、弧菌目(Vibrionales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、芽胞杆菌目(Bacillales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、图利茨菌目(Turicibacterales)、菌毛单胞菌目(Fimbriimonadales)、异常球菌目(Deinococcales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、放线菌目(Actinomycetales)、红细菌目(Rhodobacterales)以及木霉菌目(Streptophyta)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;
来源于选自由克氏菌科(Koribacteraceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、土菌科(Solibacteraceae)、酸杆菌科(Acidobacteriaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)、嗜热芽菌科(Thermogemmatisporaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、红螺菌科(Rhodospirillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、出芽菌科(Gemmataceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、布鲁氏菌科(Brucellaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、Chthoniobacteraceae科(Chthoniobacteraceae)、华杆菌科(Sinobacteraceae)、康奈斯氏杆菌科(Conexibacteraceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、伊索菌科(Isosphaeraceae)、Ellin515科、鱼立克次氏体科(Piscirickettsiaceae)、甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、图利茨菌科(Turicibacteraceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、异常球菌科(Deinococcaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、Aerococcaceae科(Aerococcaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、纤毛单胞菌科(Fimbriimonadaceae)、芽胞杆菌科(Bacillaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、日肯内拉科理研菌科(Rikenellaceae)、S24-7科、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、戈登氏菌科(Gordoniaceae)以及肠球菌科(Enterococcaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少;或者
来源于选自由代尔夫特菌属(Delftia)、农杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、柯氏假丝酵母菌属(CandidatusKoribacter)、阿克曼西亚菌属(Akkermansia)、链球菌属(Streptococcus)、盐孢菌属(Salinispora)、独活假丝酵母属(Candidatus Solibacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、柯林斯氏菌属(Collinsella)、伯克氏菌属(Burkholderia)、粪球菌属(Coprococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动杆菌属(Acinetobacter)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、乳酸球菌属(Lactococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、甲烷胞菌属(Methanocella)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、链霉菌属(Streptomyces)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、甲烷杆菌属(Methanosaeta)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、贪铜菌属(Cupriavidus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)、奈瑟菌属(Neisseria)、水栖菌属(Enhydrobacter)、放线菌属(Actinomyces)、图利茨菌属(Turicibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、异常球菌属(Deinococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、肠球菌属(Enterococcus)、食碱菌属(Alcanivorax)、冷杆菌属(Psychrobacter)、拟杆菌属(Bacteroides)、土芽孢杆菌属(Geobacillus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、副球菌属(Paracoccus)、库克菌属(Kocuria)、盐单胞菌属(Halomonas)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)以及卟啉单胞菌属(Porphyromonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR10-2016-0172414 | 2016-12-16 | ||
KR20160172414 | 2016-12-16 | ||
KR1020170172461A KR101940423B1 (ko) | 2016-12-16 | 2017-12-14 | 세균 메타게놈 분석을 통한 심장질환 진단방법 |
KR10-2017-0172461 | 2017-12-14 | ||
PCT/KR2017/014815 WO2018111028A1 (ko) | 2016-12-16 | 2017-12-15 | 세균 메타게놈 분석을 통한 심장질환 진단방법 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN110392741A true CN110392741A (zh) | 2019-10-29 |
CN110392741B CN110392741B (zh) | 2024-01-02 |
Family
ID=62788345
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201780077972.2A Active CN110392741B (zh) | 2016-12-16 | 2017-12-15 | 通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20200071748A1 (zh) |
EP (1) | EP3567118B1 (zh) |
JP (1) | JP6830693B2 (zh) |
KR (1) | KR101940423B1 (zh) |
CN (1) | CN110392741B (zh) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114360726A (zh) * | 2021-02-05 | 2022-04-15 | 中国医学科学院阜外医院 | 稳定型冠心病发病风险评估标志物及其应用 |
WO2022166934A1 (zh) * | 2021-02-05 | 2022-08-11 | 中国医学科学院阜外医院 | 心血管病发病风险评估肠道菌群标志物及其应用 |
Families Citing this family (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2019164197A1 (ko) * | 2018-02-20 | 2019-08-29 | 주식회사 엠디헬스케어 | 카테니박테리움 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
KR102087105B1 (ko) * | 2018-02-21 | 2020-03-10 | 주식회사 엠디헬스케어 | 큐프리아비더스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
KR102118197B1 (ko) * | 2018-02-28 | 2020-06-02 | 주식회사 엠디헬스케어 | 마이크로코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
KR102242196B1 (ko) | 2018-12-10 | 2021-04-20 | 주식회사 엠디헬스케어 | 스핀고모나스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
US20220090171A1 (en) * | 2019-01-09 | 2022-03-24 | Md Healthcare Inc. | Nanovesicles derived from bacteria of genus deinococcus, and use thereof |
JP7513869B2 (ja) | 2020-03-23 | 2024-07-10 | 澁谷工業株式会社 | エクソソーム抽出装置およびエクソソームの抽出方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012050513A1 (en) * | 2010-10-11 | 2012-04-19 | Baeckhed Fredrik | Method for identifying a risk of cardiovascular disease by analysing oral microbiota |
CN102549143A (zh) * | 2009-09-04 | 2012-07-04 | 阿昂梅迪克斯公司 | 源于革兰氏阳性细菌的细胞外小泡及其用途 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011027971A2 (ko) * | 2009-09-01 | 2011-03-10 | 주식회사이언메딕스 | 장내 공생 세균유래 세포밖 소포체, 및 이를 이용한 질병모델, 백신, 후보 약물 탐색 방법, 및 진단 방법 |
US20140086954A1 (en) * | 2011-03-31 | 2014-03-27 | Chu De Toulouse | Use of blood or tissue bacteriome for prediction, diagnosis and prevention of metabolic diseases and their cardiovascular complications |
KR101798176B1 (ko) * | 2014-12-16 | 2017-11-15 | 주식회사 엠디헬스케어 | 세균 유래의 나노소포체를 이용한 세균성 감염질환 원인균 동정방법 |
CN106192022B (zh) * | 2016-08-08 | 2018-07-03 | 中国科学院北京基因组研究所 | 16SrRNA多重测序文库的构建方法 |
-
2017
- 2017-12-14 KR KR1020170172461A patent/KR101940423B1/ko active IP Right Grant
- 2017-12-15 EP EP17880997.6A patent/EP3567118B1/en active Active
- 2017-12-15 JP JP2019531913A patent/JP6830693B2/ja active Active
- 2017-12-15 CN CN201780077972.2A patent/CN110392741B/zh active Active
- 2017-12-15 US US16/469,193 patent/US20200071748A1/en active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102549143A (zh) * | 2009-09-04 | 2012-07-04 | 阿昂梅迪克斯公司 | 源于革兰氏阳性细菌的细胞外小泡及其用途 |
WO2012050513A1 (en) * | 2010-10-11 | 2012-04-19 | Baeckhed Fredrik | Method for identifying a risk of cardiovascular disease by analysing oral microbiota |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
HANREN DAI等: "Chimeric Antigen Receptors Modified T-Cells for Cancer Therapy", 《JNCI J NATL CANCER INST》 * |
冷卫东等: "《诊断准确性试验Meta分析软件一本通》", 30 November 2014, 北京:军事医学科学出版社 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114360726A (zh) * | 2021-02-05 | 2022-04-15 | 中国医学科学院阜外医院 | 稳定型冠心病发病风险评估标志物及其应用 |
WO2022166934A1 (zh) * | 2021-02-05 | 2022-08-11 | 中国医学科学院阜外医院 | 心血管病发病风险评估肠道菌群标志物及其应用 |
CN114360726B (zh) * | 2021-02-05 | 2023-05-12 | 中国医学科学院阜外医院 | 稳定型冠心病发病风险评估标志物及其应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2020501562A (ja) | 2020-01-23 |
JP6830693B2 (ja) | 2021-02-17 |
EP3567118B1 (en) | 2024-08-14 |
US20200071748A1 (en) | 2020-03-05 |
KR20180070486A (ko) | 2018-06-26 |
EP3567118A4 (en) | 2020-10-28 |
KR101940423B1 (ko) | 2019-01-18 |
EP3567118C0 (en) | 2024-08-14 |
CN110392741B (zh) | 2024-01-02 |
EP3567118A1 (en) | 2019-11-13 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN110392741A (zh) | 通过细菌宏基因组分析来诊断心脏病的方法 | |
CN110382719A (zh) | 通过微生物宏基因组分析来诊断乳腺癌的方法 | |
CN110382715A (zh) | 通过细菌宏基因组分析来诊断肺癌的方法 | |
Gózd-Barszczewska et al. | Gut microbiome as a biomarker of cardiometabolic disorders | |
CN110382720A (zh) | 通过细菌宏基因组分析来诊断结肠癌的方法 | |
CN108220410A (zh) | 用于通过细菌宏基因组分析来诊断胃癌的试剂盒和方法 | |
EP3587596B1 (en) | Method for diagnosing chronic obstructive airway disease through bacterial metagenome analysis | |
KR101940445B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 당뇨병 진단 방법 | |
JP6914554B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したパーキンソン病の診断方法 | |
CN107075588A (zh) | 用于微生物组来源的诊断和治疗的方法及系统 | |
CN108064132A (zh) | 与病症的微生物治疗和诊断有关的方法和组合物 | |
US12084721B2 (en) | Inflammatory bowel disease diagnostic method by means of bacterial metagenomic analysis | |
US20210147939A1 (en) | Method for diagnosis of stroke through bacterial metagenome analysis | |
US20210277443A1 (en) | Method for diagnosing alzheimer dementia via bacterial metagenomic analysis | |
US20230167509A1 (en) | Method for diagnosing depression via bacterial metagenomic analysis | |
CN110418848A (zh) | 通过细菌宏基因组分析来诊断前列腺疾病的方法 | |
US11827939B2 (en) | Method for diagnosing cholangiocarcinoma via bacterial metagenomic analysis | |
US20200354795A1 (en) | Method for diagnosing pancreatic cancer via bacterial metagenomic analysis | |
Purkait et al. | Gut microbiome: Current development, challenges, and perspectives | |
CN118703618A (zh) | 肠道巨单胞菌在评估肥胖风险中的应用 | |
EP3690065A1 (en) | Method for diagnosing lymphoma via bacterial metagenomic analysis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |