JP6706244B2 - Bcmaキメラ抗原受容体 - Google Patents

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関連出願への相互参照
この出願は、米国特許法§119(e)の下、2014年7月24日に出願された米国仮出願第62/028,664号、2014年8月29日に出願された米国仮出願第62/044,103号および2015年4月24日に出願された米国仮出願第62/152,575号、(これらは、その全体が参考として本明細書に援用される)の利益を主張する。
配列表に関する記載
本願に関連する配列表は、紙コピーの代わりにテキスト形式で提供されており、これにより、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含有するテキストファイルの名称は、BLBD_037_03WO_ST25.txtである。テキストファイルは、124KBであり、2015年7月23日に作成され、本明細書の出願と同時に、EFS−Webを経由して電子的に提出されている。
本発明は、B細胞関連状態を治療するための改善された組成物および方法に関する。より詳細には、本発明は、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片を含む改善されたキメラ抗原受容体(CAR)、これらのCARを発現するように遺伝子改変された免疫エフェクター細胞、およびB細胞関連状態を有効に治療するためのこれらの組成物の使用に関する。
いくつかの重大な疾患は、Bリンパ球、すなわち、B細胞に関与する。異常なB細胞生理は、これに限定されないが、全身性エリテマトーデス(SLE)を含めた自己免疫性疾患の発症をもたらすこともできる。B細胞の悪性形質転換は、これらに限定されないが、リンパ腫、例えば、多発性骨髄腫および非ホジキンリンパ腫を含めたがんをもたらす。
非ホジキンリンパ腫(NHL)および多発性骨髄腫(MM)を含むB細胞悪性疾患を有する大多数の患者は、がん死亡率に対する有意な寄与要因である。種々の形態の治療に対するB細胞悪性疾患の応答は、混合型である。化学療法および放射線療法を含む、B細胞悪性疾患を治療する伝統的な方法は、有毒な副作用のために有用性が限られていた。抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD23、抗CD52、抗CD80および抗HLA−DR治療用抗体による免疫療法は、一部には、不十分な薬物動態プロファイル、血清プロテアーゼおよび糸球体における濾過による抗体の急速な排除、ならびに腫瘍部位への限定的な浸透およびがん細胞における標的抗原の発現レベルのために、限定的な成功をもたらした。キメラ抗原受容体(CAR)を発現する遺伝子改変された細胞を使用する試みもまた、CAR T細胞の不十分なin vivo増大、注入後の細胞の急速な消失および期待外れの臨床活性のために、限定的な成功をもたらした。
本発明は、一般に、T細胞療法を生成するための改善されたベクターおよびこれを使用する方法を提供する。より具体的には、本発明は、ヒト化抗BCMA CAR分子、およびB細胞関連状態の治療、予防または好転におけるその使用を提供する。
いかなる特定の理論にも縛られることを望むことなく、本発明者らは、ある特定のヒト化抗BCMA CARが、ヒト化抗BCMA CARをT細胞療法における使用に不適切なものとする特徴である、抗原非依存的(「強壮性(tonic)」)サイトカイン放出を誘発することを発見した。驚くべきことに、本発明者らは、ある特定のヒト化抗BCMA CAR T細胞による強壮性サイトカイン放出は、ヒト化抗BCMA CARの少なくとも膜貫通ドメインの1種または複数の特徴を変更することにより、抗原依存的にすることができることを発見した。
種々の実施形態では、ヒトBCMA(B細胞成熟抗原)ポリペプチドの1種または複数のエピトープに結合するヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、一次シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体(CAR)が提供される。
特定の実施形態では、ヒトBCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA抗体または抗原結合性断片は、ラクダIg、Ig NAR、Fab断片、Fab’断片、F(ab)’2断片、F(ab)’3断片、Fv、単鎖Fv抗体(「scFv」)、ビス−scFv、(scFv)2、ミニボディ(minibody)、ダイアボディ(diabody)、トリアボディ(triabody)、テトラボディ(tetrabody)、ジスルフィド安定化Fvタンパク質(「dsFv」)および単一ドメイン抗体(sdAb、ナノボディ)からなる群より選択される。
追加的な実施形態では、ヒトBCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA抗体または抗原結合性断片は、scFvである。
一部の実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号1〜3のいずれか1つに表記されている1個または複数のCDRを含む。
特定の実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号4〜6のいずれか1つに表記されている1個または複数のCDRを含む。
ある特定の実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号7〜9のいずれか1つに表記されている可変軽鎖配列を含む。
特定の実施形態では、可変軽鎖配列は、配列番号1〜3に表記されているCDR配列を含む。
他の実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号10〜14のいずれか1つに表記されている可変重鎖配列を含む。
追加的な実施形態では、可変重鎖配列は、配列番号4〜6に表記されているCDR配列を含む。
さらなる実施形態では、膜貫通ドメインは、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD3ε、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1からなる群より選択されるポリペプチド由来である。
一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD8α、CD4、CD45、PD1およびCD152からなる群より選択されるポリペプチド由来である。
一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、PD1由来である。
一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD152由来である。
ある特定の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD8α由来である。
特定の実施形態では、1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD150(SLAMF1)、CD152(CTLA4)、CD223(LAG3)、CD270(HVEM)、CD273(PD−L2)、CD274(PD−L1)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C SLP76、TRIMおよびZAP70からなる群より選択される共刺激分子由来である。
特定の実施形態では、1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28、CD134およびCD137からなる群より選択される共刺激分子由来である。
追加的な実施形態では、1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28、CD134およびCD137からなる群より選択される共刺激分子由来である。
追加的な実施形態では、1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28由来である。
特定の実施形態では、1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD134由来である。
他の実施形態では、1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD137由来である。
ある特定の実施形態では、CARは、ヒンジ領域ポリペプチドを含む。
さらなる実施形態では、ヒンジ領域は、CD8α、PD1およびCD152からなる群より選択されるポリペプチド由来である。
さらなる実施形態では、ヒンジ領域ポリペプチドは、PD1のヒンジ領域を含む。
さらなる実施形態では、ヒンジ領域ポリペプチドは、CD152のヒンジ領域を含む。
さらなる実施形態では、ヒンジ領域ポリペプチドは、CD8αのヒンジ領域を含む。
さらなる実施形態では、CARは、PD1由来のヒンジ領域ポリペプチドおよび膜貫通ドメインを含む。
さらなる実施形態では、CARは、CD152由来のヒンジ領域ポリペプチドおよび膜貫通ドメインを含む。
さらなる実施形態では、CARは、CD8α由来のヒンジ領域ポリペプチドおよび膜貫通ドメインを含む。
一部の実施形態では、CARは、スペーサー領域を含む。
追加的な実施形態では、スペーサー領域ポリペプチドは、IgG1またはIgG4のCH2およびCH3領域を含む。
特定の実施形態では、CARは、シグナルペプチドを含む。
さらなる実施形態では、シグナルペプチドは、IgG1重鎖シグナルポリペプチド、CD8αシグナルポリペプチドまたはヒトGM−CSF受容体アルファシグナルペプチドを含む。
一実施形態では、CARは、配列番号15〜29、71および73のいずれか1つに表記されているアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、CARは、配列番号15に表記されているアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、CARは、配列番号16に表記されているアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、CARは、配列番号17に表記されているアミノ酸配列を含む。
追加的な実施形態では、CARは、配列番号18に表記されているアミノ酸配列を含む。
さらなる実施形態では、CARは、配列番号19に表記されているアミノ酸配列を含む。
特定の一実施形態では、CARは、配列番号20に表記されているアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、CARは、配列番号21に表記されているアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、CARは、配列番号22に表記されているアミノ酸配列を含む。
さらに別の実施形態では、CARは、配列番号23に表記されているアミノ酸配列を含む。
さらになお別の実施形態では、CARは、配列番号24に表記されているアミノ酸配列を含む。
特定の一実施形態では、CARは、配列番号25に表記されているアミノ酸配列を含む。
ある特定の一実施形態では、CARは、配列番号26に表記されているアミノ酸配列を含む。
追加的な一実施形態では、CARは、配列番号27に表記されているアミノ酸配列を含む。
さらなる一実施形態では、CARは、配列番号28に表記されているアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、CARは、配列番号29に表記されているアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、CARは、配列番号71に表記されているアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、CARは、配列番号73に表記されているアミノ酸配列を含む。
種々の実施形態では、本明細書において意図されているCARをコードするポリヌクレオチドが提供される。
種々の特定の実施形態では、CARをコードするポリヌクレオチドが提供され、このポリヌクレオチド配列は、配列番号30〜44、70および72のいずれか1つに表記されている。
種々のある特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARをコードするまたは配列番号30〜44、70および72のいずれか1つに表記されているポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。
ある特定の実施形態では、ベクターは、発現ベクターである。
追加的な実施形態では、ベクターは、エピソームベクターである。
特定の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。
さらなる実施形態では、ベクターは、レトロウイルスベクターである。
他の実施形態では、ベクターは、レンチウイルスベクターである。
追加的な実施形態では、レンチウイルスベクターは、ヒト免疫不全ウイルス1(HIV−1);ヒト免疫不全ウイルス2(HIV−2)、ビスナ・マエディウイルス(VMV)ウイルス;ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV);ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV);ネコ免疫不全ウイルス(FIV);ウシ免疫欠損ウイルス(BIV);およびサル免疫不全ウイルス(SIV)から本質的になる群より選択される。
特定の実施形態では、ベクターは、左(5’)レトロウイルスLTRと、プシー(Ψ)パッケージングシグナルと、中心ポリプリントラクト(central polypurine tract)/DNAフラップ(cPPT/FLAP)と、レトロウイルス輸送エレメントと、本明細書において意図されているCARをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターと、右(3’)レトロウイルスLTRとを含む。
他の実施形態では、CARは、異種ポリアデニル化配列を含む。
一部の実施形態では、CARは、B型肝炎ウイルス転写後調節エレメント(HPRE)またはウッドチャック転写後調節エレメント(WPRE)を含む。
ある特定の実施形態では、5’LTRのプロモーターは、異種プロモーターに置き換えられている。
さらなる実施形態では、異種プロモーターは、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーターまたはサルウイルス40(SV40)プロモーターである。
特定の実施形態では、5’LTRまたは3’LTRは、レンチウイルスLTRである。
特定の実施形態では、3’LTRは、1個または複数の改変を含む。
一部の実施形態では、3’LTRは、1個または複数の欠失を含む。
ある特定の実施形態では、3’LTRは、自己不活性化(SIN)LTRである。
一部の実施形態では、ポリアデニル化配列は、ウシ成長ホルモンポリアデニル化またはシグナルウサギβ−グロビンポリアデニル化配列である。
追加的な実施形態では、本明細書において意図されているCARをコードするポリヌクレオチドは、最適化されたコザック配列を含む。
さらなる実施形態では、本明細書において意図されているCARをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターは、サイトメガロウイルス最初期遺伝子プロモーター(CMV)、伸長因子1アルファプロモーター(EF1−α)、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1プロモーター(PGK)、ユビキチン−Cプロモーター(UBQ−C)、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリベータ−アクチンプロモーター(CAG)、ポリオーマエンハンサー/単純ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター(MC1)、ベータアクチンプロモーター(β−ACT)、サルウイルス40プロモーター(SV40)および骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサー、負の制御領域欠失、dl587revプライマー結合性部位置換(MND)プロモーターからなる群より選択される。
種々の実施形態では、本明細書において意図されているベクターを含む免疫エフェクター細胞が提供される。
さらなる実施形態では、免疫エフェクター細胞は、Tリンパ球およびナチュラルキラー(NK)細胞からなる群より選択される。
種々の実施形態では、本明細書において意図されている免疫エフェクター細胞と、生理的に許容される賦形剤とを含む組成物が提供される。
種々の実施形態では、本明細書において意図されているCARを含む免疫エフェクター細胞を生成する方法であって、CARをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを免疫エフェクター細胞に導入するステップを含む方法が提供される。
追加的な実施形態では、本方法は、細胞をCD3に結合する抗体およびCD28に結合する抗体と接触させることにより、免疫エフェクター細胞を刺激し、細胞を誘導して増殖させ、これにより、免疫エフェクター細胞の集団を生成するステップをさらに含む。
特定の実施形態では、ベクターを導入する前に、免疫エフェクター細胞が刺激され、増殖するように誘導される。
ある特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、Tリンパ球を含む。
特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、NK細胞を含む。
種々の実施形態では、本明細書において意図されている抗BCMA CAR T細胞と、任意選択で薬学的に許容される賦形剤とを含む治療有効量の組成物を被験体に投与するステップを含む、それを必要とする被験体におけるB細胞関連状態を治療する方法が提供される。
他の実施形態では、B細胞関連状態は、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、不確定悪性度のB細胞増殖、リンパ腫様肉芽腫症、移植後リンパ増殖性障害、免疫調節性障害、関節リウマチ、重症筋無力症、特発性血小板減少性紫斑病、抗リン脂質抗体症候群、シャーガス病、グレーブス病、ウェゲナー肉芽腫症、結節性多発動脈炎、シェーグレン症候群、尋常性天疱瘡、強皮症、多発性硬化症、抗リン脂質抗体症候群、ANCA関連血管炎、グッドパスチャー病、川崎病、自己免疫性溶血性貧血および急速進行性糸球体腎炎、重鎖病、原発性もしくは免疫細胞関連アミロイドーシスまたは意義未確定の単クローン性ガンマグロブリン血症である。
さらなる実施形態では、B細胞関連状態は、B細胞悪性疾患である。
ある特定の実施形態では、B細胞悪性疾患は、多発性骨髄腫(MM)または非ホジキンリンパ腫(NHL)である。
ある特定の実施形態では、MMは、顕性多発性骨髄腫、くすぶり型多発性骨髄腫、形質細胞白血病、非分泌性骨髄腫、IgD骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫(solitary plasmacytoma of bone)および髄外性形質細胞腫からなる群より選択される。
一部の実施形態では、NHLは、バーキットリンパ腫、慢性リンパ球性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆Bリンパ芽球性リンパ腫およびマントル細胞リンパ腫からなる群より選択される。
特定の実施形態では、B細胞関連状態は、形質細胞悪性疾患である。
さらなる実施形態では、B細胞関連状態は、自己免疫性疾患である。
追加的な実施形態では、自己免疫性疾患は、全身性エリテマトーデスである。
ある特定の実施形態では、B細胞関連状態は、関節リウマチである。
特定の実施形態では、B細胞関連状態は、特発性血小板減少性紫斑病または重症筋無力症または自己免疫性溶血性貧血である。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
ヒトBCMA(B細胞成熟抗原)ポリペプチドの1種または複数のエピトープに結合するヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、一次シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体(CAR)。
(項目2)
前記ヒトBCMAポリペプチドに結合する前記ヒト化抗BCMA抗体または抗原結合性断片が、ラクダIg、Ig NAR、Fab断片、Fab’断片、F(ab)’2断片、F(ab)’3断片、Fv、単鎖Fv抗体(「scFv」)、ビス−scFv、(scFv)2、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ジスルフィド安定化Fvタンパク質(「dsFv」)および単一ドメイン抗体(sdAb、ナノボディ)からなる群より選択される、項目1に記載のCAR。
(項目3)
前記ヒトBCMAポリペプチドに結合する前記ヒト化抗BCMA抗体または抗原結合性断片が、scFvである、項目2に記載のCAR。
(項目4)
前記ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片が、配列番号1〜3のいずれか1つに表記されている1個または複数のCDRを含む、項目1〜3のいずれか一項に記載のCAR。
(項目5)
前記ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片が、配列番号4〜6のいずれか1つに表記されている1個または複数のCDRを含む、項目1〜4のいずれか一項に記載のCAR。
(項目6)
前記ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片が、配列番号7〜9のいずれか1つに表記されている可変軽鎖配列を含む、項目1〜5のいずれか一項に記載のCAR。
(項目7)
前記可変軽鎖配列が、配列番号1〜3に表記されているCDR配列を含む、項目6に記載のCAR。
(項目8)
前記ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片が、配列番号10〜14のいずれか1つに表記されている可変重鎖配列を含む、項目1〜7のいずれか一項に記載のCAR。
(項目9)
前記可変重鎖配列が、配列番号4〜6に表記されているCDR配列を含む、項目8に記載のCAR。
(項目10)
前記膜貫通ドメインが、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD3ε、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1からなる群より選択されるポリペプチド由来である、項目1〜9のいずれか一項に記載のCAR。
(項目11)
前記膜貫通ドメインが、CD8α、CD4、CD45、PD1およびCD152からなる群より選択されるポリペプチド由来である、項目1〜9のいずれか一項に記載のCAR。
(項目12)
前記膜貫通ドメインが、CD8α由来である、項目1〜11のいずれか一項に記載のCAR。
(項目13)
前記膜貫通ドメインが、PD1由来である、項目1〜11のいずれか一項に記載のCAR。
(項目14)
前記膜貫通ドメインが、CD152由来である、項目1〜11のいずれか一項に記載のCAR。
(項目15)
前記1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインが、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD150(SLAMF1)、CD152(CTLA4)、CD223(LAG3)、CD270(HVEM)、CD273(PD−L2)、CD274(PD−L1)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C SLP76、TRIMおよびZAP70からなる群より選択される共刺激分子由来である、項目1〜14のいずれか一項に記載のCAR。
(項目16)
前記1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインが、CD28、CD134およびCD137からなる群より選択される共刺激分子由来である、項目1〜14のいずれか一項に記載のCAR。
(項目17)
前記1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインが、CD28、CD134およびCD137からなる群より選択される共刺激分子由来である、項目1〜14のいずれか一項に記載のCAR。
(項目18)
前記1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインが、CD28由来である、項目1〜14のいずれか一項に記載のCAR。
(項目19)
前記1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインが、CD134由来である、項目1〜14のいずれか一項に記載のCAR。
(項目20)
前記1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインが、CD137由来である、項目1〜14のいずれか一項に記載のCAR。
(項目21)
ヒンジ領域ポリペプチドをさらに含む、項目1〜20のいずれか一項に記載のCAR。
(項目22)
前記ヒンジ領域ポリペプチドが、CD8αのヒンジ領域を含む、項目21に記載のCAR。
(項目23)
前記ヒンジ領域ポリペプチドが、PD1のヒンジ領域を含む、項目21に記載のCAR。
(項目24)
前記ヒンジ領域ポリペプチドが、CD152のヒンジ領域を含む、項目21に記載のCAR。
(項目25)
スペーサー領域をさらに含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のCAR。
(項目26)
前記スペーサー領域ポリペプチドが、IgG1またはIgG4のCH2領域およびCH3領域を含む、項目25に記載のCAR。
(項目27)
シグナルペプチドをさらに含む、項目1〜26のいずれか一項に記載のCAR。
(項目28)
前記シグナルペプチドが、IgG1重鎖シグナルポリペプチド、CD8αシグナルポリペプチドまたはヒトGM−CSF受容体アルファシグナルポリペプチドを含む、項目27に記載のCAR。
(項目29)
配列番号15〜29、71および73のいずれか1つに表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜28のいずれか一項に記載のCAR。
(項目30)
配列番号15に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目31)
配列番号16に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目32)
配列番号17に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目33)
配列番号18に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目34)
配列番号19に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目35)
配列番号20に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目36)
配列番号21に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目37)
配列番号22に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目38)
配列番号23に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目39)
配列番号24に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目40)
配列番号25に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目41)
配列番号26に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目42)
配列番号27に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目43)
配列番号28に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目44)
配列番号29に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目45)
配列番号71に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目46)
配列番号73に表記されているアミノ酸配列を含む、項目1〜29のいずれか一項に記載のCAR。
(項目47)
項目1〜46のいずれか一項に記載のCARをコードするポリヌクレオチド。
(項目48)
ポリヌクレオチド配列が、配列番号30〜44、70および72のいずれか1つに表記されている、CARをコードするポリヌクレオチド。
(項目49)
項目47または項目48に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
(項目50)
発現ベクターである、項目49に記載のベクター。
(項目51)
エピソームベクターである、項目49に記載のベクター。
(項目52)
ウイルスベクターである、項目49に記載のベクター。
(項目53)
レトロウイルスベクターである、項目49に記載のベクター。
(項目54)
レンチウイルスベクターである、項目49に記載のベクター。
(項目55)
レンチウイルスベクターが、ヒト免疫不全ウイルス1(HIV−1);ヒト免疫不全ウイルス2(HIV−2)、ビスナ・マエディウイルス(VMV)ウイルス;ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV);ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV);ネコ免疫不全ウイルス(FIV);ウシ免疫欠損ウイルス(BIV);およびサル免疫不全ウイルス(SIV)から本質的になる群より選択される、項目49に記載のベクター。
(項目56)
左(5’)レトロウイルスLTRと、プシー(Ψ)パッケージングシグナルと、中心ポリプリントラクト/DNAフラップ(cPPT/FLAP)と、レトロウイルス輸送エレメントと、項目26または項目27に記載のポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターと、右(3’)レトロウイルスLTRとを含む、項目52〜55のいずれか一項に記載のベクター。
(項目57)
異種ポリアデニル化配列をさらに含む、項目56に記載のベクター。
(項目58)
B型肝炎ウイルス転写後調節エレメント(HPRE)またはウッドチャック転写後調節エレメント(WPRE)をさらに含む、項目56または項目57に記載のベクター。
(項目59)
前記5’LTRのプロモーターが、異種プロモーターに置き換えられている、項目56〜58のいずれか一項に記載のベクター。
(項目60)
前記異種プロモーターが、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーターまたはサルウイルス40(SV40)プロモーターである、項目59に記載のベクター。
(項目61)
前記5’LTRまたは前記3’LTRが、レンチウイルスLTRである、項目56〜60のいずれか一項に記載のベクター。
(項目62)
前記3’LTRが、1個または複数の改変を含む、項目56〜61のいずれか一項に記載のベクター。
(項目63)
前記3’LTRが、1個または複数の欠失を含む、項目56〜62のいずれか一項に記載のベクター。
(項目64)
前記3’LTRが、自己不活性化(SIN)LTRである、項目56〜63のいずれか一項に記載のベクター。
(項目65)
前記ポリアデニル化配列が、ウシ成長ホルモンポリアデニル化配列またはシグナルウサギβ−グロビンポリアデニル化配列である、項目56〜64のいずれか一項に記載のベクター。
(項目66)
項目57または項目58に記載のポリヌクレオチドが、最適化されたコザック配列を含む、項目59〜65のいずれか一項に記載のベクター。
(項目67)
項目57または項目58に記載のポリヌクレオチドに作動可能に連結された前記プロモーターが、サイトメガロウイルス最初期遺伝子プロモーター(CMV)、伸長因子1アルファプロモーター(EF1−α)、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1プロモーター(PGK)、ユビキチン−Cプロモーター(UBQ−C)、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリベータ−アクチンプロモーター(CAG)、ポリオーマエンハンサー/単純ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター(MC1)、ベータアクチンプロモーター(β−ACT)、サルウイルス40プロモーター(SV40)および骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサー、負の制御領域欠失、dl587revプライマー結合性部位置換(MND)プロモーターからなる群より選択される、項目56〜66のいずれか一項に記載のベクター。
(項目68)
項目49〜67のいずれか一項に記載のベクターを含む免疫エフェクター細胞。
(項目69)
Tリンパ球およびナチュラルキラー(NK)細胞からなる群より選択される、項目68に記載の免疫エフェクター細胞。
(項目70)
項目68または項目69に記載の免疫エフェクター細胞と、生理的に許容される賦形剤とを含む組成物。
(項目71)
項目1〜46のいずれか一項に記載のCARを含む免疫エフェクター細胞を生成する方法であって、項目49〜67のいずれか一項に記載のベクターを免疫エフェクター細胞に導入するステップを含む、方法。
(項目72)
前記免疫エフェクター細胞をCD3に結合する抗体およびCD28に結合する抗体と接触させることにより、前記細胞を刺激し、前記細胞を誘導して増殖させ、これにより、免疫エフェクター細胞の集団を生成するステップをさらに含む、項目71に記載の方法。
(項目73)
前記ベクターを導入する前に、前記免疫エフェクター細胞が刺激され、増殖するように誘導される、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記免疫エフェクター細胞が、Tリンパ球を含む、項目72に記載の方法。
(項目75)
前記免疫エフェクター細胞が、NK細胞を含む、項目72に記載の方法。
(項目76)
B細胞関連状態の治療を必要とする被験体におけるB細胞関連状態を治療する方法であって、前記被験体に治療有効量の項目70に記載の組成物を投与するステップを含む、方法。
(項目77)
前記B細胞関連状態が、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、不確定悪性度のB細胞増殖、リンパ腫様肉芽腫症、移植後リンパ増殖性障害、免疫調節性障害、関節リウマチ、重症筋無力症、特発性血小板減少性紫斑病、抗リン脂質抗体症候群、シャーガス病、グレーブス病、ウェゲナー肉芽腫症、結節性多発動脈炎、シェーグレン症候群、尋常性天疱瘡、強皮症、多発性硬化症、抗リン脂質抗体症候群、ANCA関連血管炎、グッドパスチャー病、川崎病、自己免疫性溶血性貧血および急速進行性糸球体腎炎、重鎖病、原発性もしくは免疫細胞関連アミロイドーシスまたは意義未確定の単クローン性ガンマグロブリン血症である、項目76に記載の方法。
(項目78)
前記B細胞関連状態が、B細胞悪性疾患である、項目76に記載の方法。
(項目79)
前記B細胞悪性疾患が、多発性骨髄腫(MM)または非ホジキンリンパ腫(NHL)である、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記MMが、顕性多発性骨髄腫、くすぶり型多発性骨髄腫、形質細胞白血病、非分泌性骨髄腫、IgD骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫および髄外性形質細胞腫からなる群より選択される、項目79に記載の方法。
(項目81)
前記NHLが、バーキットリンパ腫、慢性リンパ球性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆Bリンパ芽球性リンパ腫およびマントル細胞リンパ腫からなる群より選択される、項目79に記載の方法。
(項目82)
前記B細胞関連状態が、形質細胞悪性疾患である、項目76に記載の方法。
(項目83)
前記B細胞関連状態が、自己免疫性疾患である、項目76に記載の方法。
(項目84)
前記自己免疫性疾患が、全身性エリテマトーデスである、項目83に記載の方法。
(項目85)
前記B細胞関連状態が、関節リウマチである、項目83に記載の方法。
(項目86)
前記B細胞関連状態が、特発性血小板減少性紫斑病または重症筋無力症または自己免疫性溶血性貧血である、項目83に記載の方法。
図1は、ヒト化抗B細胞成熟抗原(抗BCMA)CAR構築物の模式図を示す。
図2は、BCMAを発現するK562細胞と共に細胞を24時間共培養した後に、抗BCMA CAR T細胞から放出されたIFNγの量を示す。
図3は、BCMAを発現するK564−細胞と共に4時間共培養された抗BCMA CAR T細胞の細胞溶解活性を示す。
図4は、マウス(抗BCMA−02)またはヒト化(抗BCMA、抗BCMA−10、抗BCMA−11、抗BCMA−31)CAR配列を形質導入されたT細胞における抗BCMA CAR発現を示す。
図5は、少量もしくは多量のBCMAを発現するK562 BCMA細胞、多発性骨髄腫細胞株(RPMI−8226、NCI−H929)またはBCMA陰性細胞株(K562、HDLM−2)と共に細胞を24時間共培養した後に、抗BCMA CAR T細胞から放出されたIFNγの量を示す。
図6は、K564−BCMA細胞と4時間共培養された、抗BCMA CARを発現するT細胞の細胞溶解活性を示す。
図7は、ヒト血清を含有するがBCMAを欠く培地において培養されたヒト化抗BCMA−10 CAR構築物を発現するT細胞による、抗原非依存的サイトカイン放出を示す。
図8は、ヒト血清を含有するがBCMAを欠く培地において培養された、ヒト化抗BCMA−10 CAR構築物を発現するT細胞による抗原非依存的サイトカイン放出を示す。
図9は、抗BCMA−02、抗BCMA−10、抗BCMA−10.2および抗BCMA−10.5 CAR構築物の模式図を示す。
図10は、BCMAを発現するK562細胞と共に細胞を24時間共培養した後に、抗BCMA−10、抗BCMA−10.2または抗BCMA−10.5 CAR T細胞から放出されたIFNγの量を示す。
図11は、培養24時間後の、マウス抗BCMA−02 CARを発現するまたはヒト化抗BCMA−10、抗BCMA−10.2もしくは抗BCMA−10.5 CARを発現するT細胞からの強壮性IFNγ放出の量の比較を示す。
配列識別子の簡単な説明
配列番号1〜3は、本明細書において意図されている抗BCMA CARの例示的な軽鎖CDR配列のアミノ酸配列を表記する。
配列番号4〜6は、本明細書において意図されている抗BCMA CARの例示的な重鎖CDR配列のアミノ酸配列を表記する。
配列番号7〜9は、本明細書において意図されている抗BCMA CARの例示的な軽鎖配列のアミノ酸配列を表記する。
配列番号10〜14は、本明細書において意図されている抗BCMA CARの例示的な重鎖配列のアミノ酸配列を表記する。
配列番号15〜29、71および73は、本明細書において意図されている例示的な抗BCMA CARのアミノ酸配列を表記する。
配列番号30〜44、70および72は、本明細書において意図されている例示的な抗BCMA CARをコードするポリヌクレオチド配列を表記する。
配列番号45は、ヒトBCMAのアミノ酸配列を表記する。
配列番号46〜56は、種々のリンカーのアミノ酸配列を表記する。
配列番号57〜69は、プロテアーゼ切断部位および自己切断ポリペプチド切断部位のアミノ酸配列を表記する。
詳細な説明
A.概要
本発明は、一般に、B細胞関連状態を治療するための改善された組成物および方法に関する。本明細書で使用される場合、用語「B細胞関連状態」は、不適切なB細胞活性およびB細胞悪性疾患に関与する状態に関する。
特定の実施形態では、本発明は、遺伝子改変された免疫エフェクター細胞を使用した、B細胞関連状態の改善された養子細胞療法に関する。遺伝的アプローチは、がん細胞の免疫認識および排除を増強するための潜在的な手段を提供する。有望な一戦略は、がん細胞に対して細胞傷害性を向け直す(redirect)キメラ抗原受容体(CAR)を発現するように、免疫エフェクター細胞を遺伝子工学的に作製することである。しかし、細胞が、B細胞の全てまたは大部分において発現された抗原を標的化するため、B細胞障害を治療するための現存する養子細胞免疫療法は、液性免疫を損なう重篤なリスクを呈する。したがって、このような療法は、臨床的に望ましくないため、液性免疫を温存するB細胞関連状態のより効率的な療法の必要が当技術分野には依然としてある。
本明細書に開示されている養子細胞療法の改善された組成物および方法は、B細胞成熟抗原(BCMA、CD269または腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー17;TNFRSF17としても公知)を発現するB細胞を標的化することにより、容易に増大し、in vivoでの長期持続性を示し、液性免疫の機能障害を低下させることができる、遺伝子改変された免疫エフェクター細胞をもたらす。
BCMAは、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーのメンバーである(例えば、Thompsonら、J. Exp. Medicine、192巻(1号):129〜135頁、2000年およびMackayら、Annu. Rev.Immunol、21巻:231〜264頁、2003年を参照)。BCMAは、B細胞活性化因子(BAFF)および増殖誘導リガンド(APRIL)に結合する(例えば、Mackayら、2003年およびKalledら、Immunological Reviews、204巻:43〜54頁、2005年を参照)。非悪性細胞の中で、BCMAは、大部分は、形質細胞および成熟B細胞サブセットにおいて発現されることが報告された(例えば、Laabiら、EMBO J.、77巻(1号):3897〜3904頁、1992年;Laabiら、Nucleic Acids Res.、22巻(7号):1147〜1154頁、1994年;Kalledら、2005年;O’Connorら、J. Exp. Medicine、199巻(1号):91〜97頁、2004年;およびNgら、J. Immunol.、73巻(2号):807〜817頁、2004年を参照)。BCMAを欠損するマウスは、健康であり、正常な数のB細胞を有するが、長寿命形質細胞の生存は損なわれる(例えば、O’Connorら、2004年;Xuら、Mol. Cell. Biol、21巻(12号):4067〜4074頁、2001年;およびSchiemannら、Science、293巻(5537号):2111〜2114頁、2001年を参照)。BCMA RNAは、多発性骨髄腫細胞および他のリンパ腫において普遍的に検出され、BCMAタンパク質は、数名の研究者によって多発性骨髄腫患者由来の形質細胞の表面において検出された(例えば、Novakら、Blood、103巻(2号):689〜694頁、2004年;Neriら、Clinical Cancer Research、73巻(19号):5903〜5909頁、2007年;Bellucciら、Blood、105巻(10号):3945〜3950頁、2005年;およびMoreauxら、Blood、703巻(8号):3148〜3157頁、2004年を参照)。
種々の実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体配列を含むCARは、マウス抗体配列を含む抗BCMA CARと比較して高度に効果的であり;頑強なin vivo増大を行い;BCMAを発現するヒトB細胞を認識し、BCMA発現B細胞に対する細胞傷害活性を示す。本発明者らは、構造的およびマイナー抗原認識ドメインを含むマウス抗ヒトBCMA抗体配列の部分の実質的な改変が、ヒト化抗BCMA CAR T細胞の機能を実質的に変更しなかったこと、およびヒト化抗BCMA CARの少なくとも膜貫通ドメインを変更することにより、ヒト化抗BCMA CAR T細胞のサイトカイン放出特性が、参照ヒト化抗BCMA CARを発現するT細胞と比較して増加または減少され得ることを予期せず発見した。
特定の実施形態では、ヒト化抗BCMA CARは、驚くほど高い抗原非依存的または強壮性サイトカイン放出をもたらす。特定の実施形態では、変更されたヒト化抗BCMA CAR T細胞のシグナル伝達特性(例えば、サイトカイン放出)が、変更されていないヒト化抗BCMA CARを発現するT細胞と比較して実質的に抗原依存的になるように、抗原非依存的サイトカイン放出を生じるヒト化抗BCMA CARの膜貫通ドメインが変更される。
ある特定の実施形態では、変更されたヒト化抗BCMA CAR T細胞が、変更されていないヒト化抗BCMA CARを発現するT細胞と比較して実質的に抗原依存的になるまたは抗原の非存在下で実質的に少ないサイトカインを放出するように、抗原非依存的サイトカイン放出を生じるヒト化抗BCMA CARの膜貫通ドメインが変更される。
一実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体または抗原結合性断片、膜貫通ドメインおよび1個または複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARが提供される。
一実施形態では、本明細書において意図されているCARを発現するように遺伝子改変された免疫エフェクター細胞が提供される。CARを発現するT細胞は、本明細書において、CAR T細胞またはCAR改変T細胞と称される。
種々の実施形態では、本明細書において意図されている遺伝子改変された免疫エフェクター細胞は、B細胞関連状態、例えば、B細胞に関連する自己免疫性疾患またはB細胞悪性疾患の患者に投与される。
本発明の実施には、特にそれに反する指示がなければ、当技術分野の技術の範囲内に入る化学、生化学、有機化学、分子生物学、微生物学、組換えDNA技法、遺伝学、免疫学、および細胞生物学の従来の方法を使用し、その多くを例示目的で以下に記載する。そのような技法は、文献において十分に説明されている。例えば、Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual(第3版、2001年);Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual(第2版、1989年);Maniatisら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual(1982年);Ausubelら、Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley and Sons、2008年7月更新);Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology、Greene Pub. Associates and Wiley−Interscience;Glover、DNA Cloning: A Practical Approach、I巻&II巻(IRL Press、Oxford、1985年);Anand、Techniques for the Analysis of Complex Genomes、(Academic Press、New York、1992年);Transcription and Translation(B. HamesおよびS. Higgins編、1984年);Perbal、A Practical Guide to Molecular Cloning(1984年);HarlowおよびLane、Antibodies、(Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、N.Y.、1998年)Current Protocols in Immunology Q. E. Coligan、A. M. Kruisbeek、D. H. Margulies、E. M. ShevachおよびW. Strober編、1991年);Annual Review of Immunology;ならびにAdvances in Immunologyなどの学術誌内のモノグラフを参照されたい。
B.定義
別段の定義のない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載の方法および材料と類似した、またはそれと等しい任意の方法および材料を本発明の実施または試験において使用することができるが、組成物、方法および材料の好ましい実施形態が本明細書に記載されている。本発明の目的に関して、次の用語を以下に定義する。
冠詞「a(1つの)」、「an(1つの)」および「the(その)」は、本明細書において、この冠詞の文法上の目的語のうち1個または2個以上(すなわち、少なくとも1個または1個もしくは複数)を指すために使用される。例として「要素(an element)」は、1個の要素または1個もしくは複数の要素を意味する。
選択肢(例えば、「または」)の使用は、この選択肢のいずれか一方、両方またはこれらのいずれかの組合せを意味するものと理解されたい。
用語「および/または」は、この選択肢のいずれか一方または両方を意味するものと理解されたい。
本明細書で使用される場合、用語「約」または「およそ」は、参照の数量(quantity)、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量または長さに対して15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%または1%の多さで変動する数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量または長さを指す。一実施形態では、用語「約」または「およそ」は、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量または長さに関して数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量または長さ±15%、±10%、±9%、±8%、±7%、±6%、±5%、±4%、±3%、±2%または±1%の範囲を指す。
本明細書を通して、文脈がそれ以外を要求しない限り、単語「を含む(comprise)」、「を含む(comprises)」および「を含んでいる(comprising)」は、記述されたステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の包含を含意するが、他のいずれかのステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の排除を含意しないものと理解されるであろう。語句「からなる」の前に書かれたものが何であれ、「からなる」とは、「を含みこれらに限定される」ことを意味する。よって、語句「からなる」は、列挙されている要素が、必要とされるまたは強制的であり、他の要素が存在しなくてよいことを示す。「から本質的になる」とは、この語句の前に列挙されているいずれかの要素を含み、列挙されている要素に関する本開示で指定されている活性または作用に干渉しないまたは寄与しない他の要素に限定されることを意味する。よって、語句「から本質的になる」は、列挙されている要素が、必要とされるまたは強制的であるが、列挙されている要素の活性または作用に実質的に影響する他の要素が存在しないことを示す。
本明細書全体を通して、「一実施形態」、「ある実施形態」、「特定の実施形態」、「関連する実施形態」、「ある特定の実施形態」、「追加的な実施形態」または「さらなる実施形態」またはこれらの組合せへの言及は、実施形態に関連して記載されている特定の特徴、構造または特性が本発明の少なくとも1つの実施形態に包含されることを意味する。したがって、本明細書全体を通して種々の箇所における前述の句の出現は、必ずしも全てが同じ実施形態について言及しているのではない。さらに、1つまたは複数の実施形態において、特定の特徴、構造、または特性を任意の適切な様式で組み合わせることができる。一実施形態における特色の肯定的な列挙が、特定の実施形態における特色を除外するための基盤として機能することも理解される。
C.キメラ抗原受容体
種々の実施形態では、B細胞に対し免疫エフェクター細胞の細胞傷害性を向け直す遺伝子工学的に作製された受容体が提供される。これらの遺伝子工学的に作製された受容体は、本明細書において、キメラ抗原受容体(CAR)と称される。CARは、所望の抗原(例えば、BCMA)に対する抗体に基づく特異性を、T細胞受容体活性化細胞内ドメインと組み合わせて、特異的な抗BCMA細胞性免疫活性を示すキメラタンパク質を生成する分子である。本明細書で使用される場合、用語「キメラ」は、異なる起源の異なるタンパク質またはDNAの部分で構成されていることを説明する。
本明細書において意図されているCARは、BCMAに結合する細胞外ドメイン(結合性ドメインまたは抗原特異的結合性ドメインとも称される)、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含む。標的細胞の表面におけるBCMAとCARの抗BCMA抗原結合性ドメインとの係合は、CARのクラスター形成をもたらし、CAR含有細胞に活性化刺激を送達する。CARの主な特徴は、免疫エフェクター細胞特異性を向け直し、これにより、増殖、サイトカイン産生、食作用または主要組織適合性(MHC)非依存的様式で標的抗原発現細胞の細胞死を媒介し得る分子の産生を誘発し、モノクローナル抗体、可溶性リガンドまたは細胞特異的共受容体の細胞特異的標的化能力を活用するその能力である。
種々の実施形態では、CARは、ヒト化BCMA特異的結合性ドメインを含む細胞外結合性ドメイン;膜貫通ドメイン;1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン;および一次シグナル伝達ドメインを含む。
特定の実施形態では、CARは、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片を含む細胞外結合性ドメイン;1個または複数のヒンジドメインまたはスペーサードメイン;膜貫通ドメイン;1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン;および一次シグナル伝達ドメインを含む。
1.結合性ドメイン
特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARは、B細胞上に発現されたヒトBCMAポリペプチドに特異的に結合するヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片を含む細胞外結合性ドメインを含む。本明細書で使用される場合、用語「結合性ドメイン」、「細胞外ドメイン」、「細胞外結合性ドメイン」、「抗原特異的結合性ドメイン」および「細胞外抗原特異的結合性ドメイン」は、互換的に使用されており、目的の標的抗原、例えば、BCMAに特異的に結合する能力をCARに与える。結合性ドメインは、天然、合成、半合成または組換え供給源のいずれかに由来することができる。
本明細書で使用される用語「特異的結合親和性」または「特異的に結合する」または「特異的に結合される」または「特異的結合」または「特異的に標的化する」は、バックグラウンド結合よりも大きい結合親和性での、BCMAへの抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片(またはこれを含むCAR)の結合を説明する。結合性ドメイン(または結合性ドメインを含むCARまたは結合性ドメインを含有する融合タンパク質)は、例えば、約10−1を超えるまたはこれに等しい親和性またはK(すなわち、1/Mの単位による特定の結合相互作用の平衡会合定数)でBCMAに結合またはこれと会合する場合、BCMAに「特異的に結合する」。ある特定の実施形態では、結合性ドメイン(またはその融合タンパク質)は、約10−1、10−1、10−1、10−1、1010−1、1011−1、1012−1または1013−1を超えるまたはこれに等しいKaで標的に結合する。「高親和性」結合性ドメイン(またはその単鎖融合タンパク質)は、少なくとも10−1、少なくとも10−1、少なくとも10−1、少なくとも1010−1、少なくとも1011−1、少なくとも1012−1、少なくとも1013−1またはそれを超えるKを有する結合性ドメインを指す。
あるいは、親和性は、単位Mの、特定の結合相互作用の平衡解離定数(Kd)と定義することができる(例えば、10−5M〜10−13Mまたはそれ未満)。本開示による結合性ドメインポリペプチドおよびCARタンパク質の親和性は、従来の技法を使用して、例えば、競合ELISA(酵素結合免疫吸着検定法)によって、または結合会合、または標識したリガンドを使用した置換アッセイによって、または、Biacore,Inc.、Piscataway、NJから入手可能なBiacore T100などの表面プラズモン共鳴デバイス、またはそれぞれCorningおよびPerkin Elmerから入手可能なEPIC systemもしくはEnSpireなどの光学バイオセンサー技術を使用して、容易に決定することができる(例えば、Scatchardら(1949年)Ann. N.Y. Acad. Sci. 51巻:660頁;および米国特許第5,283,173号;同第5,468,614号、または等価物も参照されたい)。
一実施形態では、特異的な結合の親和性は、バックグラウンド結合の約2倍、バックグラウンド結合の約5倍、バックグラウンド結合の約10倍、バックグラウンド結合の約20倍、バックグラウンド結合の約50倍、バックグラウンド結合の約100倍、またはバックグラウンド結合の約1000倍またはそれ超である。
特定の実施形態では、CARの細胞外結合性ドメインは、抗体またはその抗原結合性断片を含む。「抗体」とは、免疫細胞によって認識されるものなどの抗原決定基を含有するペプチド、脂質、多糖、または核酸などの抗原のエピトープを特異的に認識し、それに結合する、少なくとも軽鎖または重鎖免疫グロブリン可変領域を含むポリペプチドである結合性作用物質を指す。
「抗原(Ag)」は、動物における抗体の産生またはT細胞応答を刺激することができる化合物、組成物または物質を指し、動物に注射または吸収される組成物(がん特異的タンパク質を含む組成物など)を含む。抗原は、開示されている抗原など、異種抗原によって誘導される産物を含む特異的液性または細胞性免疫の産物と反応する。特定の実施形態では、標的抗原は、BCMAポリペプチドのエピトープである。
「エピトープ」または「抗原決定基」は、結合性作用物質が結合する抗原の領域を指す。エピトープは、連続するアミノ酸またはタンパク質の三次フォールディングによって並置される連続しないアミノ酸の両方から形成することができる。連続するアミノ酸から形成されたエピトープは、典型的には、変性溶媒への曝露において保持される一方、三次フォールディングによって形成されるエピトープは、典型的には、変性溶媒による処理において失われる。エピトープは、典型的には、特有の空間コンホメーションにおいて少なくとも3、より通常は、少なくとも5、約9または約8〜10アミノ酸を含む。
抗体は、ラクダIg、Ig NAR、Fab断片、Fab’断片、F(ab)’断片、F(ab)’断片、Fv、単鎖Fvタンパク質(「scFv」)、ビス−scFv、(scFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ジスルフィド安定化Fvタンパク質(「dsFv」)および単一ドメイン抗体(sdAb、ナノボディ)および抗原結合の原因となる全長抗体の部分など、その抗原結合性断片を含む。この用語は、キメラ抗体(例えば、ヒト化マウス抗体)、ヘテロコンジュゲート抗体(二特異性抗体など)およびそれらの抗原結合性断片など、遺伝子工学的に作製された形態も含む。Pierce Catalog and Handbook、1994〜1995年(Pierce Chemical Co., Rockford, IL);Kuby, J.、Immunology、第3版、W. H. Freeman & Co., New York、1997年も参照されたい。
当業者によって理解される通り、また、本明細書の他の箇所に記載されている通り、完全抗体は、2本の重鎖および2本の軽鎖を含む。各重鎖は、可変領域ならびに第1、第2および第3の定常領域からなる一方、各軽鎖は、可変領域および定常領域からなる。哺乳動物重鎖は、α、δ、ε、γおよびμとして分類される。哺乳動物軽鎖は、λまたはκとして分類される。α、δ、ε、γおよびμ重鎖を含む免疫グロブリンは、免疫グロブリン(Ig)A、IgD、IgE、IgGおよびIgMとして分類される。完全抗体は、「Y」形状を形成する。Yのステムは、一緒に結合された2本の重鎖の第2および第3の定常領域(ならびにIgEおよびIgMに関しては、第4の定常領域)からなり、ヒンジにおいてジスルフィド結合(鎖間)が形成される。重鎖γ、αおよびδは、3個のタンデム型(一列になった)Igドメインで構成された定常領域および可撓性を加えるためのヒンジ領域を有する;重鎖μおよびεは、4個の免疫グロブリンドメインで構成された定常領域を有する。第2および第3の定常領域は、それぞれ「CH2ドメイン」および「CH3ドメイン」と称される。Yの各腕は、1本の軽鎖の可変および定常領域に結合された、1本の重鎖の可変領域および第1の定常領域を含む。軽鎖および重鎖の可変領域は、抗原結合の原因となる。
軽鎖可変領域および重鎖可変領域は、「相補性決定領域」または「CDR」とも称される3つの超可変領域が間に存在する「フレームワーク」領域を含有する。CDRは、例えば、Kabatら(Wu, TTおよびKabat, E. A.、J Exp Med. 132巻(2号):211〜50頁、(1970年);Borden, P.およびKabat E. A.、PNAS、84巻:2440〜2443頁(1987年);(これによって参照により組み込まれるKabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest、U.S. Department of Health and Human Services、1991年を参照されたい)による配列によって、または、Chothiaら(Chothia, C.およびLesk, A.M.、J Mol. Biol.、196巻(4号):901〜917頁(1987年)、Chothia、C.ら、Nature、342巻:877〜883頁(1989年))による構造によってなど、従来の方法によって定義または同定することができる。
異なる軽鎖または重鎖のフレームワーク領域の配列は、ヒトなどの種の中で比較的保存されている。構成要素である軽鎖および重鎖の組み合わせたフレームワーク領域である抗体のフレームワーク領域はCDRを3次元空間内に位置付け、整列させるのに役立つ。CDRは、主に、抗原のエピトープへの結合に関与する。各鎖のCDRは、一般には、N末端から開始して逐次的に番号が付され、CDR1、CDR2、およびCDR3と称され、また、一般には、特定のCDRが位置する鎖によって同定される。したがって、抗体の重鎖の可変ドメインに位置するCDRはCDRH1、CDRH2、およびCDRH3と称され、抗体の軽鎖の可変ドメインに位置するCDRはCDRL1、CDRL2、およびCDRL3と称される。異なる特異性(すなわち、異なる抗原に対する異なる結合部位)を有する抗体は異なるCDRを有する。CDRは抗体間で変動するが、抗原結合に直接関与するのはCDR内の限られた数のアミノ酸位置である。CDR内のこれらの位置は、特異性決定残基(SDR)と称される。本明細書において意図されているヒト化抗BCMA CARの構築に適した軽鎖CDRの実例として、これらに限定されないが、配列番号1〜3に表記されているCDR配列が挙げられる。本明細書において意図されているヒト化抗BCMA CARの構築に適した重鎖CDRの実例として、これらに限定されないが、配列番号4〜6に表記されているCDR配列が挙げられる。
「V」または「VH」への言及は、抗体、Fv、scFv、dsFv、Fab、または本明細書に開示されている他の抗体断片のものを含めた、免疫グロブリン重鎖の可変領域を指す。「V」または「VL」への言及は、抗体、Fv、scFv、dsFv、Fab、または本明細書に開示されている他の抗体断片のものを含めた、免疫グロブリン軽鎖の可変領域を指す。
「モノクローナル抗体」は、Bリンパ球の単一のクローンによって、または単一の抗体の軽鎖遺伝子および重鎖遺伝子がトランスフェクトされた細胞によって産生される抗体である。モノクローナル抗体は、当業者に公知の方法によって、例えば、骨髄腫細胞と免疫脾臓細胞の融合によるハイブリッドの抗体形成細胞を作出することにより産生される。モノクローナル抗体はヒト化モノクローナル抗体を含む。
「キメラ抗体」は、1つの種、例えばヒトなどに由来するフレームワーク残基と、別の種、例えばマウスなどに由来するCDR(一般に、抗原結合を付与する)を有する。特定の好ましい実施形態では、本明細書において意図されているCARは、キメラ抗体またはその抗原結合性断片である抗原特異的結合性ドメインを含む。
好ましい実施形態では、抗体は、ヒトBCMAポリペプチドに特異的に結合するヒト化抗体(ヒト化モノクローナル抗体など)またはその断片である。「ヒト化」抗体は、ヒトフレームワーク領域および非ヒト(例えば、マウス、ラットまたは合成)免疫グロブリン由来の1個または複数のCDRを含む免疫グロブリンである。CDRを提供する非ヒト免疫グロブリンは、「ドナー」と命名され、フレームワークを提供するヒト免疫グロブリンは、「アクセプター」と命名される。一実施形態では、CDRは全て、ヒト化免疫グロブリンにおけるドナー免疫グロブリン由来である。定常領域が存在する必要はないが、存在する場合、ヒト免疫グロブリン定常領域と実質的に同一、すなわち、少なくとも約85〜90%、例えば約95%またはそれ超同一でなければならない。したがって、おそらくCDRを除くヒト化免疫グロブリンの全部分は、天然ヒト免疫グロブリン配列の対応する部分と実質的に同一である。ヒト化または他のモノクローナル抗体は、抗原結合または他の免疫グロブリン機能に実質的な影響がない追加的な保存的アミノ酸置換を有することができる。ヒト化抗体は、遺伝子工学によって構築することができる(例えば、米国特許第5,585,089号を参照)。
特定の実施形態では、ヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片として、これらに限定されないが、ラクダIg(ラクダ科動物抗体(VHH))、Ig NAR、Fab断片、Fab’断片、F(ab)’2断片、F(ab)’3断片、Fv、単鎖Fv抗体(「scFv」)、ビス−scFv、(scFv)2、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ジスルフィド安定化Fvタンパク質(「dsFv」)および単一ドメイン抗体(sdAb、ナノボディ)が挙げられる。
「ラクダIg」または「ラクダ科動物VHH」とは、本明細書で使用される場合、重鎖抗体の最小の公知の抗原結合単位を指す(Koch−Nolteら、FASEB J.、21巻:3490〜3498頁(2007年))。「重鎖抗体」または「ラクダ科動物抗体」とは、VHドメインを2つ含有し、軽鎖を含有しない抗体を指す(Riechmann L.ら、J. Immunol. Methods 231巻:25〜38頁(1999年);WO94/04678;WO94/25591;米国特許第6,005,079号)。
「IgNAR」または「免疫グロブリン新抗原受容体(immunoglobulin new antigen receptor)」は、1個の可変新抗原受容体(VNAR)ドメインおよび5個の定常新抗原受容体(CNAR)ドメインのホモ二量体からなるサメ免疫レパートリー由来の抗体のクラスを指す。IgNARは、最小の公知の免疫グロブリンに基づくタンパク質足場の一部を表し、高度に安定的であり、効率的な結合特徴を保有する。固有の安定性は、(i)マウス抗体に見出される従来の抗体VHおよびVLドメインと比較して相当な数の荷電および親水性表面露出残基を呈する根底にあるIg足場;ならびに(ii)ループ間ジスルフィド架橋およびループ内水素結合のパターンを含む相補性決定領域(CDR)ループにおける安定化構造特色の両方に起因し得る。
抗体のパパイン消化は、それぞれ単一の抗原結合部位を有する「Fab」断片と呼ばれる2個の同一抗原結合性断片と、名称が容易に結晶化するその能力を反映している、残りの「Fc」断片とを産生する。ペプシン処理は、2個の抗原結合性部位を有し、依然として、抗原を架橋することができるF(ab’)2断片を生じる。
「Fv」は、完全抗原結合部位を含有する最小抗体断片である。一実施形態では、二鎖Fv種は、緊密に非共有結合的に会合した1個の重鎖および1個の軽鎖可変ドメインの二量体からなる。単鎖Fv(scFv)種において、1個の重鎖および1個の軽鎖可変ドメインは、二鎖Fv種のものに類似した「二量体」構造において軽鎖および重鎖が会合できるように、可撓性ペプチドリンカーによって共有結合により連結され得る。この構成において、各可変ドメインの3個の超可変領域(HVR)が相互作用して、VH−VL二量体の表面上に抗原結合部位を画定する。まとめると、6個のHVRが、抗体に抗原結合特異性を付与する。しかし、単一の可変ドメイン(または抗原に特異的な3個のHVRのみを含むFvの半分)であっても、全体的な結合部位よりも低い親和性ではあるが、抗原を認識および結合する能力を有する。
Fab断片は、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含有し、軽鎖の定常ドメインおよび重鎖の第1の定常ドメイン(CH1)も含有する。Fab’断片は、Fab断片とは、重鎖CH1ドメインのカルボキシ末端において抗体ヒンジ領域由来の1つまたは複数のシステインを含めた数個の残基が付加されていることによって異なる。Fab’−SHは、本明細書では、定常ドメインのシステイン残基(複数可)が遊離のチオール基を有するFab’に対する名称である。F(ab’)2抗体断片は、元々、間にヒンジシステインを有するFab’断片の対として作製された。抗体断片の他の化学的カップリングも公知である。
「ダイアボディ」という用語は、2つの抗原結合性部位を有する抗体断片を指し、この断片は、同じポリペプチド鎖内で接続した重鎖可変ドメイン(VH)と軽鎖可変ドメイン(VL)(VH−VL)を含む。同じ鎖上の2つのドメイン間での対形成が可能になるには短すぎるリンカーを使用することにより、ドメインは、強制的に別の鎖の相補的なドメインと対形成し、2つの抗原結合性部位が創出される。ダイアボディは二価または二特異性であってよい。ダイアボディは、例えば、EP404,097;WO1993/01161;Hudsonら、Nat. Med. 9巻:129〜134頁(2003年);およびHollingerら、PNAS USA 90巻:6444〜6448頁(1993年)においてより詳細に記載されている。トリアボディおよびテトラボディもHudsonら、Nat. Med. 9巻:129〜134頁(2003年)に記載されている。
「単一ドメイン抗体」または「sdAb」または「ナノボディ」とは、抗体重鎖の可変領域(VHドメイン)または抗体軽鎖の可変領域(VLドメイン)からなる抗体断片を指す(Holt, L.ら、Trends in Biotechnology、21巻(11号):484〜490頁)。
「単鎖Fv」または「scFv」抗体断片は、抗体のVHおよびVLドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖内にいずれかの方向で存在する(例えば、VL−VHまたはVH−VL)。一般に、scFvポリペプチドは、VHドメインとVLドメインの間にポリペプチドリンカーをさらに含み、それにより、scFvが抗原結合のための所望の構造を形成することが可能になる。scFvの概説については、例えば、Pluckthuen、The Pharmacology of Monoclonal Antibodies、113巻、RosenburgおよびMoore編、(Springer−Verlag、New York、1994年)、269〜315頁を参照されたい。
好ましい実施形態では、本明細書において意図されているCARは、scFvであり、マウス、ヒトまたはヒト化scFvであり得る抗原特異的結合性ドメインを含む。単鎖抗体は、所望の標的に特異的なハイブリドーマのV領域遺伝子からクローニングすることができる。このようなハイブリドーマの産生は、慣例的なものとなっている。可変領域重鎖(V)および可変領域軽鎖(V)のクローニングに使用することができる技法は、例えば、Orlandiら、PNAS、1989年;86巻:3833〜3837頁に記載されている。
特定の実施形態では、抗原特異的結合性ドメインは、ヒトBCMAポリペプチドに結合するヒト化scFvである。本明細書において意図されている抗BCMA CARの構築に適した可変重鎖の実例として、これらに限定されないが、配列番号10〜14に表記されているアミノ酸配列が挙げられる。本明細書において意図されている抗BCMA CARの構築に適した可変軽鎖の実例として、これらに限定されないが、配列番号7〜9に表記されているアミノ酸配列が挙げられる。
例示的なヒト化抗BCMA特異的結合性ドメインは、少なくとも1個のヒトフレームワーク領域を含むBCMAに特異的な免疫グロブリン可変領域である。「ヒトフレームワーク領域」は、ヒト免疫グロブリン可変領域の野生型(すなわち、天然に存在する)フレームワーク領域、領域におけるアミノ酸の約50%未満(例えば、好ましくは約45%、40%、30%、25%、20%、15%、10%、5%または1%未満)が欠失もしくは置換された(例えば、対応する位置に非ヒト免疫グロブリンフレームワーク領域の1個または複数のアミノ酸残基を有する)ヒト免疫グロブリン可変領域の変更されたフレームワーク領域、または領域におけるアミノ酸の約50%未満(例えば、45%、40%、30%、25%、20%、15%、10%または5%未満)が欠失もしくは置換された(例えば、露出した残基の位置における、および/または対応する位置にヒト免疫グロブリンフレームワーク領域の1個もしくは複数のアミノ酸残基を有する)非ヒト免疫グロブリン可変領域の変更されたフレームワーク領域(一態様では、免疫原性が低下されるように)を指す。
ある特定の実施形態では、ヒトフレームワーク領域は、ヒト免疫グロブリン可変領域の野生型フレームワーク領域である。ある特定の他の実施形態では、ヒトフレームワーク領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個またはそれを超える位置にアミノ酸欠失または置換を有するヒト免疫グロブリン可変領域の変更されたフレームワーク領域である。他の実施形態では、ヒトフレームワーク領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10またはそれを超える位置にアミノ酸欠失または置換を有する非ヒト免疫グロブリン可変領域の変更されたフレームワーク領域である。
特定の実施形態では、BCMA特異的結合性ドメインは、ヒト軽鎖FR1、ヒト重鎖FR1、ヒト軽鎖FR2、ヒト重鎖FR2、ヒト軽鎖FR3、ヒト重鎖FR3、ヒト軽鎖FR4およびヒト重鎖FR4から選択される少なくとも1、2、3、4、5、6、7または8個のヒトフレームワーク領域(FR)を含む。
BCMA特異的結合性ドメインに存在し得るヒトFRは、本明細書に提供される例示的なFRのバリアントも含み、この例示的なFRの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個またはそれを超えるアミノ酸は、置換または欠失されている。
ある特定の実施形態では、ヒト化抗BCMA特異的結合性ドメインは、(a)ヒト軽鎖FR1、ヒト軽鎖FR2、ヒト軽鎖FR3およびヒト軽鎖FR4を含むヒト化軽鎖可変領域ならびに(b)ヒト重鎖FR1、ヒト重鎖FR2、ヒト重鎖FR3およびヒト重鎖FR4を含むヒト化重鎖可変領域を含む。
本明細書に提供されるBCMA特異的結合性ドメインは、1、2、3、4、5または6個のCDRも含む。このようなCDRは、軽鎖のCDRL1、CDRL2およびCDRL3ならびに重鎖のCDRH1、CDRH2およびCDRH3から選択される、非ヒトCDRまたは変更された非ヒトCDRであってもよい。ある特定の実施形態では、BCMA特異的結合性ドメインは、(a)軽鎖CDRL1、軽鎖CDRL2および軽鎖CDRL3を含む軽鎖可変領域ならびに(b)重鎖CDRH1、重鎖CDRH2および重鎖CDRH3を含む重鎖可変領域を含む。
2.リンカー
ある特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARは、例えば、分子の適切なスペーシングおよびコンホメーションのために付加された種々のドメインの間にリンカー残基を含むことができる。特定の実施形態では、リンカーは、可変領域連結配列である。「可変領域連結配列」は、VおよびVドメインを接続するアミノ酸配列であり、得られるポリペプチドが、同じ軽鎖および重鎖可変領域を含む抗体と同じ標的分子に対する特異的な結合親和性を保持することができるように、2個のサブ結合性ドメインの相互作用と適合性のスペーサー機能を提供する。本明細書において意図されているCARは、1、2、3、4もしくは5個またはそれを超えるリンカーを含むことができる。特定の実施形態では、リンカーの長さは、約1〜約25アミノ酸、約5〜約20アミノ酸もしくは約10〜約20アミノ酸、または間に入る任意のアミノ酸の長さである。一部の実施形態では、リンカーは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25またはそれを超えるアミノ酸長である。
リンカーの実例としては、グリシンポリマー(G);グリシン−セリンポリマー(G1−51−5(式中、nは、少なくとも1、2、3、4、または5の整数である);グリシン−アラニンポリマー;アラニン−セリンポリマー;および当技術分野で公知の他の柔軟なリンカーが挙げられる。グリシンおよびグリシン−セリンポリマーは、比較的構造化されておらず、したがって、本明細書に記載のCARなどの融合タンパク質のドメイン間の中性テザーとして機能することが可能であり得る。グリシンはアラニンに対してさえ、それよりも有意に多くphi−psi空間に近づき、また、側鎖が長い残基よりも制限がはるかに少ない(Scheraga、Rev. Computational Chem. 11173〜142頁(1992年)を参照されたい)。特定の実施形態では、CARの設計には、全体的にまたは部分的に柔軟であるリンカーを含めることができ、したがって、リンカーは、所望のCAR構造をもたらすために、柔軟なリンカーならびにより柔軟性の低い構造を付与する1つまたは複数の部分を含んでよいことが当業者には認識されよう。
他の例示的なリンカーとしては、これらに限定されないが、以下のアミノ酸配列:GGG;DGGGS(配列番号46);TGEKP(配列番号47)(例えば、Liuら、PNAS 5525〜5530頁(1997年)を参照されたい);GGRR(配列番号48)(Pomerantzら、1995年、上記);(GGGGS)(式中、=1、2、3、4または5)(配列番号49)(Kimら、PNAS 93巻、1156〜1160頁(1996年);EGKSSGSGSESKVD(配列番号50)(Chaudharyら、1990年、Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87巻:1066〜1070頁);KESGSVSSEQLAQFRSLD(配列番号51)(Birdら、1988年、Science 242巻:423〜426頁)、GGRRGGGS(配列番号52);LRQRDGERP(配列番号53);LRQKDGGGSERP(配列番号54);LRQKd(GGGS)ERP(配列番号55)が挙げられる。あるいは、柔軟なリンカーは、DNA結合性部位とペプチド自体の両方をモデリングすることが可能なコンピュータプログラムを使用して(DesjarlaisおよびBerg、PNAS 90巻:2256〜2260頁(1993年)、PNAS 91巻:11099〜11103頁(1994年)、またはファージディスプレイ法によって合理的に設計することができる。一実施形態では、リンカーは、次のアミノ酸配列を含む:GSTSGSGKPGSGEGSTKG(配列番号56)(Cooperら、Blood、101巻(4号):1637〜1644頁(2003年))。
3.スペーサードメイン
特定の実施形態では、CARの結合性ドメインの後ろに、1つまたは複数の「スペーサードメイン」が続き、これは、抗原結合性ドメインをエフェクター細胞表面から離して適切な細胞間接触、抗原結合および活性化を可能にする領域を指す(Patelら、Gene Therapy、1999年;6巻:412〜419頁)。ヒンジドメインは、天然、合成、半合成、または組換え供給源のいずれかに由来するものであってもよい。ある特定の実施形態では、スペーサードメインは、これらに限定されないが、1つまたは複数の重鎖定常領域、例えば、CH2およびCH3を含めた、免疫グロブリンの部分である。スペーサードメインは、天然に存在する免疫グロブリンヒンジ領域または変更された免疫グロブリンヒンジ領域のアミノ酸配列を含んでよい。
一実施形態では、スペーサードメインは、IgG1またはIgG4のCH2ドメインおよびCH3ドメインを含む。
4.ヒンジドメイン
CARの結合性ドメインの後ろには、一般に、1つまたは複数の「ヒンジドメイン」が続き、これは、抗原結合性ドメインをエフェクター細胞表面から離して位置づけ適切な細胞間接触、抗原結合および活性化を可能にすることにおいて役割を果たす。CARは、一般に、結合性ドメインと膜貫通ドメイン(TM)の間に1つまたは複数のヒンジドメインを含む。ヒンジドメインは、天然、合成、半合成、または組換え供給源のいずれかに由来するものであってもよい。ヒンジドメインは、天然に存在する免疫グロブリンヒンジ領域または変更された免疫グロブリンヒンジ領域のアミノ酸配列を含んでよい。
「変更されたヒンジ領域」は、(a)最大30%のアミノ酸変化(例えば、最大25%、20%、15%、10%または5%のアミノ酸置換または欠失)を有する天然に存在するヒンジ領域、(b)最大30%のアミノ酸変化(例えば、最大25%、20%、15%、10%または5%のアミノ酸置換または欠失)を有する少なくとも10アミノ酸(例えば、少なくとも12、13、14または15アミノ酸)の長さである天然に存在するヒンジ領域の部分、または(c)コアヒンジ領域(4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは15、または少なくとも4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは15アミノ酸の長さであり得る)を含む天然に存在するヒンジ領域の部分を指す。ある特定の実施形態では、天然に存在する免疫グロブリンヒンジ領域における1個または複数のシステイン残基は、1個または複数の他のアミノ酸残基(例えば、1個または複数のセリン残基)によって置換されていてよい。変更された免疫グロブリンヒンジ領域は、それに代えてまたはそれに加えて、別のアミノ酸残基(例えば、セリン残基)によって置換された野生型免疫グロブリンヒンジ領域のプロリン残基を有することができる。
本明細書に記載されているCARにおける使用に適した他の例示的なヒンジドメインは、CD8α、CD4、CD28、PD1、CD152およびCD7など、1型膜タンパク質の細胞外領域に由来するヒンジ領域を含み、これは、これらの分子由来の野生型ヒンジ領域であっても、変更されていてもよい。別の実施形態では、ヒンジドメインは、PD1、CD152またはCD8αヒンジ領域を含む。
5.膜貫通(TM)ドメイン
「膜貫通ドメイン」は、細胞外結合部分および細胞内シグナル伝達ドメインを融合し、免疫エフェクター細胞の細胞膜にCARを繋留するCARの部分である。TMドメインは、天然、合成、半合成または組換え供給源のいずれかに由来することができる。TMドメインは、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD3ε、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1に由来する(すなわち、その少なくとも膜貫通領域(複数可)を含む)ことができる。特定の実施形態では、TMドメインは、合成であり、ロイシンおよびバリンなど、疎水性残基を主に含む。
一実施形態では、本明細書において意図されているCARは、PD1、CD152またはCD8αに由来するTMドメインを含む。別の実施形態では、本明細書において意図されているCARは、PD1、CD152またはCD8αに由来するTMドメインと、CARのTMドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを連結する、好ましくは、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10アミノ酸の間の長さの短いオリゴまたはポリペプチドリンカーとを含む。グリシン−セリンに基づくリンカーは、特に適したリンカーを提供する。
6.細胞内シグナル伝達ドメイン
特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARは、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。「細胞内シグナル伝達ドメイン」は、ヒトBCMAポリペプチドへの有効な抗BCMA CAR結合のメッセージを免疫エフェクター細胞の内部へと伝達して、エフェクター細胞機能、例えば、活性化、サイトカイン産生、増殖およびCARが結合した標的細胞への細胞傷害性因子の放出を含む細胞傷害活性、または細胞外CARドメインへの抗原結合により誘発される他の細胞応答を誘発することに関与するCARの一部を指す。
用語「エフェクター機能」は、免疫エフェクター細胞の特殊化された機能を指す。例えば、T細胞のエフェクター機能は、細胞溶解活性またはサイトカインの分泌を含む活性の補助となり得る。よって、用語「細胞内シグナル伝達ドメイン」は、エフェクター機能シグナルを伝達し、特殊化された機能を実行するように細胞を導くタンパク質の部分を指す。通常、細胞内シグナル伝達ドメイン全体を用いることができるが、多くの場合、ドメイン全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達ドメインの短縮された部分が使用される程度まで、エフェクター機能シグナルを伝達する限りにおいて、ドメイン全体の代わりにこのような短縮された部分を使用することができる。用語、細胞内シグナル伝達ドメインは、エフェクター機能シグナルの伝達に十分な、細胞内シグナル伝達ドメインの任意の短縮された部分を含むことを意味する。
TCR単独によって生成されるシグナルはT細胞の完全な活性化に不十分であること、および二次または共刺激シグナルも必要であることが公知である。したがって、T細胞の活性化は、2つの別個のクラスの細胞内シグナル伝達ドメイン:TCR(例えば、TCR/CD3複合体)によって抗原依存的一次活性化を開始する一次シグナル伝達ドメインと、抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナルをもたらす共刺激シグナル伝達ドメインとによって媒介されるということができる。好ましい実施形態では、本明細書において意図されているCARは、1つまたは複数の「共刺激シグナル伝達ドメイン」および「一次シグナル伝達ドメイン」を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
一次シグナル伝達ドメインは、TCR複合体の一次活性化を刺激性に、または阻害性に調節する。刺激性に作用する一次シグナル伝達ドメインは、免疫受容活性化チロシンモチーフ(immunoreceptor tyrosine−based activation motif)またはITAMとして公知であるシグナル伝達モチーフを含有してよい。
本発明において特に使用される、一次シグナル伝達ドメインを含有するITAMの実例としては、TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、およびCD66dに由来するものが挙げられる。特定の好ましい実施形態では、CARは、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインおよび1つまたは複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含む。細胞内一次シグナル伝達および共刺激シグナル伝達ドメインは、任意の順序でタンデムに膜貫通ドメインのカルボキシル末端と連結することができる。
本明細書において意図されているCARは、CAR受容体を発現するT細胞の有効性および増大を増強するための1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインを含む。本明細書で使用される場合、用語「共刺激シグナル伝達ドメイン」または「共刺激ドメイン」は、共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインを指す。共刺激分子は、抗原への結合の際のTリンパ球の効率的な活性化および機能に必要とされる第2のシグナルをもたらす抗原受容体またはFc受容体以外の細胞表面分子である。このような共刺激分子の実例として、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD150(SLAMF1)、CD152(CTLA4)、CD223(LAG3)、CD270(HVEM)、CD273(PD−L2)、CD274(PD−L1)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C SLP76、TRIMおよびZAP70が挙げられる。一実施形態では、CARは、CD28、CD137およびCD134からなる群より選択される1個または複数の共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
別の実施形態では、CARは、CD28およびCD137共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
さらに別の実施形態では、CARは、CD28およびCD134共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
一実施形態では、CARは、CD137およびCD134共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
一実施形態では、CARは、CD137共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
一実施形態では、CARは、CD134共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
一実施形態では、CARは、CD28共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARは、B細胞において発現されるBCMAポリペプチドに特異的に結合するヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片を含む。
一実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD3ε、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1からなる群より選択されるポリペプチドに由来する膜貫通ドメインと;CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD150(SLAMF1)、CD152(CTLA4)、CD223(LAG3)、CD270(HVEM)、CD273(PD−L2)、CD274(PD−L1)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C SLP76、TRIMおよびZAP70からなる群より選択される共刺激分子由来の1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79bおよびCD66d由来の一次シグナル伝達ドメインとを含む。
一実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;IgG1ヒンジ/CH2/CH3、IgG4ヒンジ/CH2/CH3、PD1ヒンジ、CD152ヒンジおよびCD8αヒンジからなる群より選択されるヒンジドメインと;T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD3ε、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1からなる群より選択されるポリペプチドに由来する膜貫通ドメインと;CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD150(SLAMF1)、CD152(CTLA4)、CD223(LAG3)、CD270(HVEM)、CD273(PD−L2)、CD274(PD−L1)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C SLP76、TRIMおよびZAP70からなる群より選択される共刺激分子由来の1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79bおよびCD66d由来の一次シグナル伝達ドメインとを含む。
一実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;IgG1ヒンジ/CH2/CH3、IgG4ヒンジ/CH2/CH3、PD1ヒンジ、CD152ヒンジおよびCD8αヒンジからなる群より選択されるヒンジドメインと;T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD3ε、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1からなる群より選択されるポリペプチドに由来する膜貫通ドメインと;CARの細胞内シグナル伝達ドメインにTMドメインを連結する、好ましくは1、2、3、4、5、6、7、8、9または10アミノ酸の間の長さの短いオリゴまたはポリペプチドリンカーと;CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD150(SLAMF1)、CD152(CTLA4)、CD223(LAG3)、CD270(HVEM)、CD273(PD−L2)、CD274(PD−L1)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C SLP76、TRIMおよびZAP70からなる群より選択される共刺激分子由来の1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79bおよびCD66d由来の一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;IgG1ヒンジ/CH2/CH3ポリペプチドおよびCD8αポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むCD8α膜貫通ドメインと;CD137細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;CD8αポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むCD8α膜貫通ドメインと;CD134細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;CD8αポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むCD8α膜貫通ドメインと;CD28細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;PD1ヒンジ、ポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むPD1またはCD152膜貫通ドメインと;CD137細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;PD1ヒンジ、ポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むPD1またはCD152膜貫通ドメインと;CD134細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;PD1ヒンジ、ポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むPD1またはCD152膜貫通ドメインと;CD28細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;CD152ヒンジ、ポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むPD1またはCD152膜貫通ドメインと;CD137細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;CD152ヒンジ、ポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むPD1またはCD152膜貫通ドメインと;CD134細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
特定の実施形態では、CARは、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA scFvと;CD152ヒンジ、ポリペプチドを含むヒンジドメインと;約3〜約10アミノ酸のポリペプチドリンカーを含むPD1またはCD152膜貫通ドメインと;CD28細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと;CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含む。
さらに、本明細書において意図されているCARの設計は、非改変T細胞または他のCARを発現するように改変されたT細胞と比較して、CARを発現するT細胞における改善された増大、長期持続性および細胞傷害性特性を可能にする。
D.ポリペプチド
本発明は、一部には、CARポリペプチドおよびその断片、これを含む細胞および組成物、ならびにポリペプチドを発現するベクターを意図する。好ましい実施形態では、配列番号15〜29、71および73のいずれか1つに表記されている1種または複数のCARを含むポリペプチドが提供される。
「ポリペプチド」、「ポリペプチド断片」、「ペプチド」および「タンパク質」は、それとは反対のことが指示されていない限り、また、従来の意味に従って、すなわちアミノ酸の配列として、互換的に使用される。ポリペプチドは、特定の長さに限定されず、例えば、全長タンパク質配列または全長タンパク質の断片を含むことができ、ポリペプチドの翻訳後修飾、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化などと共に、天然に存在するものと天然に存在しないものの両方の当技術分野で公知の他の修飾を含むことができる。種々の実施形態では、本明細書において意図されているCARポリペプチドは、タンパク質のN末端にシグナル(またはリーダー)配列を含み、この配列はタンパク質の移入を翻訳と同時に(co−translationally)または翻訳後に導く。本明細書に開示されているCARにおいて有用な適したシグナル配列の実例として、これらに限定されないが、IgG1重鎖シグナルポリペプチド、CD8αシグナルポリペプチドまたはヒトGM−CSF受容体アルファシグナルポリペプチドが挙げられる。ポリペプチドは、様々な周知の組換えおよび/または合成技法のいずれかを使用して調製することができる。本明細書において意図されているポリペプチドは、本開示のCAR、または本明細書に開示されているCARの1個もしくは複数のアミノ酸からの欠失、それらへの付加、および/もしくはそれらの置換を有する配列を特に包含する。
「単離されたペプチド」または「単離されたポリペプチド」などは、本明細書で使用される場合、細胞環境からの、および細胞の他の構成成分との関連からのペプチドまたはポリペプチド分子のin vitro単離および/または精製を指す、すなわち、これは、in vivo物質と有意に関連していない。同様に、「単離された細胞」は、in vivo組織または器官から得られた、細胞外マトリックスを実質的に含まない細胞を指す。
ポリペプチドは、「ポリペプチドバリアント」を含む。ポリペプチドバリアントは、1個または複数の置換、欠失、付加および/または挿入において天然に存在するポリペプチドと異なり得る。このようなバリアントは、天然に存在するものであっても、例えば、上述のポリペプチド配列のうち1種または複数を改変することにより合成により生成してもよい。例えば、特定の実施形態では、CARポリペプチドの結合性ドメイン、ヒンジ、TMドメイン、共刺激シグナル伝達ドメインまたは一次シグナル伝達ドメインに1個または複数の置換、欠失、付加および/または挿入を導入することにより、CARの結合親和性および/または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。好ましくは、本発明のポリペプチドは、それに対し少なくとも約65%、70%、75%、85%、90%、95%、98%または99%アミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む。
ポリペプチドは、「ポリペプチド断片」を含む。ポリペプチド断片は、天然に存在するまたは組換えにより産生されたポリペプチドのアミノ末端欠失、カルボキシル末端欠失および/または内部欠失もしくは置換を有する単量体または多量体であり得るポリペプチドを指す。ある特定の実施形態では、ポリペプチド断片は、少なくとも5〜約500アミノ酸長のアミノ酸鎖を含むことができる。ある特定の実施形態では、断片が、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、150、200、250、300、350、400または450アミノ酸長であることが認められるであろう。特に有用なポリペプチド断片は、抗体の抗原結合性ドメインまたは断片を含む機能ドメインを含む。ヒト化抗BCMA抗体の場合、有用な断片として、これらに限定されないが、重鎖または軽鎖のCDR領域、CDR3領域;重鎖または軽鎖の可変領域;2個のCDRを含む抗体鎖または可変領域の部分;などが挙げられる。
ポリペプチドはまた、ポリペプチドの合成、精製もしくは同定を容易にするため(例えば、ポリ−His)、またはポリペプチドの固体支持体への結合を増強するためのリンカーまたは他の配列とインフレームで融合することもでき、またはコンジュゲートすることもできる。
上に記す通り、本発明のポリペプチドは、アミノ酸置換、欠失、短縮および挿入を含む種々の仕方で変更することができる。このような操作のための方法は、一般に当技術分野で公知である。例えば、参照ポリペプチドのアミノ酸配列バリアントは、DNAにおける変異によって調製することができる。変異誘発およびヌクレオチド配列変更のための方法は、当技術分野で周知である。例えば、Kunkel(1985年、Proc. Natl. Acad. Sci. USA.82巻:488〜492頁)、Kunkelら(1987年、Methods in Enzymol、154巻:367〜382頁)、米国特許第4,873,192号、Watson, J. D.ら(Molecular Biology of the Gene、第4版、Benjamin/Cummings, Menlo Park, Calif.、1987年)およびそれらに引用されている参考文献を参照されたい。目的のタンパク質の生物学的活性に影響しない適切なアミノ酸置換に関するガイダンスは、Dayhoffら(1978年)Atlas of Protein Sequence and Structure(Natl. Biomed. Res. Found.、Washington, D.C.)のモデルに見出すことができる。
ある特定の実施形態では、バリアントは、保存的置換を含有するであろう。「保存的置換」は、ペプチド化学の技術分野の当業者によって、ポリペプチドの二次構造および疎水性親水性指標性質が実質的に変化しないと予想されるように、あるアミノ酸が、同様の特性を有する別のアミノ酸の代わりになる置換である。改変は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの構造において為すことができ、依然として、望ましい特徴を有するバリアントまたは誘導体ポリペプチドをコードする機能的な分子を得ることができる。等価な、またはさらには改善された本発明のバリアントポリペプチドを作製するようにポリペプチドのアミノ酸配列を変更することが望まれる場合、当業者は、例えば、表1に従った、例えば、コードDNA配列のコドンのうち1個または複数を変化させることができる。
生物学的活性を消失させることなくいずれのアミノ酸残基を置換、挿入または欠失することができるかに関する決定におけるガイダンスは、DNASTAR(商標)ソフトウェアなど、当技術分野で周知のコンピュータプログラムを使用して見出すことができる。好ましくは、本明細書に開示されているタンパク質バリアントにおけるアミノ酸変化は、保存的アミノ酸変化、すなわち、同様に荷電したまたは荷電していないアミノ酸の置換である。保存的アミノ酸変化は、その側鎖に関連するアミノ酸ファミリーのうち1種の置換に関与する。天然に存在するアミノ酸は、一般に、4種のファミリーに分けられる:酸性(アスパラギン酸、グルタミン酸)、塩基性(リシン、アルギニン、ヒスチジン)、非極性(アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)および非荷電極性(グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン)アミノ酸。フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシンは、芳香族アミノ酸として一緒に分類される場合もある。ペプチドまたはタンパク質において、アミノ酸の適した保存的置換は、当業者に公知であり、一般に、得られる分子の生物学的活性を変更することなく為すことができる。当業者は、一般に、ポリペプチドの非必須領域における単一のアミノ酸置換が、生物学的活性を実質的に変更しないことを認識する(例えば、Watsonら、Molecular Biology of the Gene、第4版、1987年、The Benjamin/Cummings Pub. Co.、224頁を参照)。例示的な保存的置換は、その開示が参照により本明細書に組み込まれる、米国仮特許出願第61/241,647号に記載されている。
このような変化を為す際に、アミノ酸の疎水性親水性指数を考慮することができる。タンパク質における相互作用性生物学的機能の付与における疎水性親水性指標アミノ酸指数の重要性は、一般に、当技術分野で理解されている(KyteおよびDoolittle、1982年、参照により本明細書に組み込まれる)。各アミノ酸は、その疎水性および電荷特徴に基づいて疎水性親水性指数を割り当てられた(KyteおよびDoolittle、1982年)。これらの値は、イソロイシン(+4.5);バリン(+4.2);ロイシン(+3.8);フェニルアラニン(+2.8);システイン/システイン(+2.5);メチオニン(+1.9);アラニン(+1.8);グリシン(−0.4);スレオニン(−0.7);セリン(−0.8);トリプトファン(−0.9);チロシン(−1.3);プロリン(−1.6);ヒスチジン(−3.2);グルタミン酸(−3.5);グルタミン(−3.5);アスパラギン酸(−3.5);アスパラギン(−3.5);リシン(−3.9);およびアルギニン(−4.5)である。
ある特定のアミノ酸を、同様の疎水性親水性指数またはスコアを有する他のアミノ酸によって置換し、依然として、同様の生物学的活性を有するタンパク質をもたらすことができる、すなわち、依然として、生物学的機能的に等価なタンパク質を得ることができることが当技術分野で公知である。このような変化を為す際に、その疎水性親水性指数が±2以内のアミノ酸の置換が好ましく、±1以内が特に好ましく、±0.5以内がさらにより特に好ましい。当技術分野において、同様のアミノ酸の置換を、親水性に基づいて有効に為すことができることも理解される。
米国特許第4,554,101号に詳述される通り、次の親水性値がアミノ酸残基に割り当てられた:アルギニン(+3.0);リシン(+3.0);アスパラギン酸(+3.0±1);グルタミン酸(+3.0±1);セリン(+0.3);アスパラギン(+0.2);グルタミン(+0.2);グリシン(0);スレオニン(−0.4);プロリン(−0.5±1);アラニン(−0.5);ヒスチジン(−0.5);システイン(−1.0);メチオニン(−1.3);バリン(−1.5);ロイシン(−1.8);イソロイシン(−1.8);チロシン(−2.3);フェニルアラニン(−2.5);トリプトファン(−3.4)。アミノ酸を、同様の親水性値を有する別のアミノ酸の代わりに使用して、依然として、生物学的に等価な、特に免疫学的に等価なタンパク質を得ることができることが理解される。このような変化において、その親水性値が±2以内のアミノ酸の置換が好ましく、±1以内が特に好ましく、±0.5以内がさらにより特に好ましい。
上に概要を述べる通り、アミノ酸置換は、アミノ酸側鎖置換基の相対的類似性、例えば、その疎水性、親水性、電荷、サイズなどに基づき得る。
ポリペプチドバリアントは、グリコシル化された形態、他の分子との集合的コンジュゲート、および無関係の化学的部分(例えば、ペグ化分子)との共有結合コンジュゲートをさらに含む。共有結合バリアントは、当技術分野で公知の通り、アミノ酸の鎖内またはN末端もしくはC末端の残基に見いだされる基に官能基を連結することによって調製することができる。バリアントとしては、対立遺伝子バリアント、種バリアント、および変異タンパク質も挙げられる。タンパク質の機能活性に影響を及ぼさない領域の短縮または欠失もバリアントである。
一実施形態では、2種またはそれ超のポリペプチドの発現が望まれる場合、それらをコードするポリヌクレオチド配列を、本明細書の他の箇所で論じられているIRES配列によって分離することができる。別の実施形態では、2種またはそれ超のポリペプチドを、1つまたは複数の自己切断性ポリペプチド配列を含む融合タンパク質として発現させることができる。
本発明のポリペプチドは、融合ポリペプチドを含む。好ましい実施形態では、融合ポリペプチドおよび融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、CARが提供される。融合ポリペプチドおよび融合タンパク質は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9もしくは10個またはそれを超えるポリペプチドセグメントを有するポリペプチドを指す。融合ポリペプチドは、C末端からC末端、N末端からN末端またはN末端からC末端に連結することもできるが、典型的には、C末端からN末端に連結される。融合タンパク質のポリペプチドは、任意の順序または指定の順序であり得る。融合ポリペプチドの所望の転写活性が保存されるのであれば、融合ポリペプチドまたは融合タンパク質は、保存的に改変されたバリアント、多型バリアント、対立遺伝子、変異体、部分配列および種間ホモログを含むこともできる。融合ポリペプチドは、化学的合成方法もしくは2部分間の化学的連結により産生することができる、または一般に、他の標準技法を使用して調製することができる。融合ポリペプチドを含むライゲーションされたDNA配列は、本明細書の他の箇所で論じられている適切な転写または翻訳制御エレメントに作動可能に連結される。
一実施形態では、融合パートナーは、ネイティブな組換えタンパク質よりも高収量でのタンパク質の発現を補助する配列(発現エンハンサー)を含む。他の融合パートナーは、タンパク質の溶解度が増加するように、またはタンパク質を所望の細胞内区画にターゲティングすることが可能になるように、または融合タンパク質の細胞膜を通る輸送が容易になるように、選択することができる。
融合ポリペプチドは、本明細書に記載のポリペプチドドメインのそれぞれの間にポリペプチド切断シグナルをさらに含んでよい。さらに、ポリペプチド部位を任意のリンカーペプチド配列に入れることができる。例示的なポリペプチド切断シグナルは、プロテアーゼ切断部位、ヌクレアーゼ切断部位(例えば、希な制限酵素認識部位、自己切断性リボザイム認識部位)、および自己切断性ウイルスオリゴペプチドなどのポリペプチド切断認識部位を含む(deFelipeおよびRyan、2004年、Traffic、5巻(8号);616〜26頁を参照されたい)。
適切なプロテアーゼ切断部位および自己切断性ペプチドは当業者に公知である(例えば、Ryanら、1997年、J. Gener. Virol. 78巻、699〜722頁;Scymczakら(2004年)Nature Biotech. 5巻、589〜594頁を参照されたい)。例示的なプロテアーゼ切断部位としては、これらに限定されないが、ポティウイルスNIaプロテアーゼ(例えば、タバコエッチ病ウイルスプロテアーゼ)、ポティウイルスHCプロテアーゼ、ポティウイルスP1(P35)プロテアーゼ、ビオウイルス(byovirus)NIaプロテアーゼ、ビオウイルス(byovirus)RNA−2にコードされるプロテアーゼ、アフトウイルスLプロテアーゼ、エンテロウイルス2Aプロテアーゼ、ライノウイルス2Aプロテアーゼ、ピコルナ3Cプロテアーゼ、コモウイルス24Kプロテアーゼ、ネポウイルス24Kプロテアーゼ、RTSV(イネツングロ球状ウイルス)3C様プロテアーゼ、PYVF(パースニップ黄斑ウイルス)3C様プロテアーゼ、ヘパリン、トロンビン、第Xa因子およびエンテロキナーゼの切断部位が挙げられる。一実施形態では、切断ストリンジェンシーが高いことに起因して、TEV(タバコエッチ病ウイルス)プロテアーゼ切断部位、例えば、EXXYXQ(G/S)(配列番号57)、例えば、ENLYFQG(配列番号58)およびENLYFQS(配列番号59)(式中、Xは任意のアミノ酸を表す)(TEVによる切断は、QとGの間またはQとSの間で起こる)が好ましい。
特定の実施形態では、自己切断性ペプチドは、ポティウイルスおよびカルジオウイルス2Aペプチド、FMDV(口蹄疫ウイルス)、ウマ鼻炎Aウイルス、Thosea asignaウイルスおよびブタテッショウウイルスから得られるポリペプチド配列を含む。
ある特定の実施形態では、自己切断性ポリペプチド部位は、2Aまたは2A様部位、配列またはドメインを含む(Donnellyら、2001年、J. Gen. Virol. 82巻:1027〜1041頁)。
好ましい実施形態では、本明細書において意図されているポリペプチドは、CARポリペプチドを含む。
E.ポリヌクレオチド
好ましい実施形態では、1種または複数のCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、配列番号30〜44、70および72が提供される。本明細書で使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、メッセンジャーRNA(mRNA)、RNA、ゲノムRNA(gRNA)、プラス鎖RNA(RNA(+))、マイナス鎖RNA(RNA(−))、ゲノムDNA(gDNA)、相補DNA(cDNA)または組換えDNAを指す。ポリヌクレオチドは、一本鎖および二本鎖ポリヌクレオチドを含む。好ましくは、本発明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載されている参照配列(例えば、配列表を参照)のいずれかに対し少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%配列同一性を有するポリヌクレオチドまたはバリアントを含み、典型的には、バリアントは、参照配列の少なくとも1種の生物学的活性を維持する。種々の例示的な実施形態では、本発明は、一部には、発現ベクター、ウイルスベクターおよび移入プラスミドを含むポリヌクレオチド、ならびにこれを含む組成物および細胞を意図する。
特定の実施形態では、本発明により、少なくとも約5個、10個、25個、50個、100個、150個、200個、250個、300個、350個、400個、500個、1000個、1250個、1500個、1750個、または2000個またはそれ超の本発明のポリペプチドの連続したアミノ酸残基、ならびに全ての中間の長さの本発明のポリペプチドの連続したアミノ酸残基をコードするポリヌクレオチドが提供される。「中間の長さ」とは、この文脈において、引用された値の間の任意の長さ、例えば、6、7、8、9など;101、102、103など;151、152、153など;201、202、203などを意味することが容易に理解されよう。
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチドバリアント」および「バリアント」などの用語は、参照ポリヌクレオチド配列に対して実質的な配列同一性を示すポリヌクレオチド、または下で定義されているストリンジェントな条件下で参照配列とハイブリダイズするポリヌクレオチドを指す。これらの用語は、参照ポリヌクレオチドと比較して、1つまたは複数のヌクレオチドが付加されているもしくは欠失している、または異なるヌクレオチドで置き換えられているポリヌクレオチドを包含する。この点について、参照ポリヌクレオチドに対して変異、付加、欠失および置換を含めたある特定の変更を行うことができ、それにより、変更されたポリヌクレオチドが参照ポリヌクレオチドの生物学的機能または活性を保持することは当技術分野においてよく理解されている。
「配列同一性」または、例えば、「と50%同一の配列」を含む記述は、本明細書で使用される場合、比較のウインドウにわたって、配列がヌクレオチドごとまたはアミノ酸ごとに同一である程度を指す。したがって、「配列同一性の百分率」は、最適にアラインされた2つの配列を比較のウインドウにわたって比較し、両方の配列に同一の核酸塩基(例えば、A、T、C、G、I)または同一のアミノ酸残基(例えば、Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gln、CysおよびMet)が存在する位置の数を決定してマッチする位置の数を得、マッチする位置の数を比較のウインドウ内の位置の総数(すなわち、ウインドウサイズ)で割り、その結果に100を掛けて、配列同一性の百分率を得ることによって算出することができる。本明細書に記載の参照配列のいずれかに対して少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するヌクレオチドおよびポリペプチドが包含され、一般には、その場合、ポリペプチドバリアントは参照ポリペプチドの少なくとも1つの生物活性を維持する。
2つまたはそれ超のポリヌクレオチドまたはポリペプチド間の配列の関係を記載するために使用される用語として、「参照配列」、「比較ウインドウ」、「配列同一性」、「配列同一性の百分率」、および「実質的な同一性」が挙げられる。「参照配列」は、ヌクレオチドおよびアミノ酸残基を含めて長さが少なくとも12単量体単位であるが、15〜18単量体単位の頻度が高く、多くの場合には、少なくとも25単量体単位である。2つのポリヌクレオチドはそれぞれ(1)2つのポリヌクレオチド間で類似した配列(すなわち、完全なポリヌクレオチド配列の一部のみ)、および(2)2つのポリヌクレオチド間で多岐にわたる配列を含み得るので、2つ(またはそれ超)のポリヌクレオチド間の配列の比較は、一般には、2つのポリヌクレオチドの配列を「比較ウインドウ」にわたって比較して、同定し、配列類似性の局所的な領域を比較することによって実施される。「比較ウインドウ」とは、配列を、2つの配列を最適にアラインした後に、同じ数の連続した位置の参照配列と比較する、少なくとも6カ所、通常は約50〜約100カ所、より通常は約100〜約150カ所の連続した位置の概念的なセグメントを指す。比較ウインドウは、2つの配列を最適にアラインするために、参照配列(付加も欠失も含まない)と比較して約20%またはそれ未満の付加または欠失(すなわち、ギャップ)を含んでよい。比較ウインドウをアラインするための配列の最適なアラインメントは、アルゴリズム(GAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA(Wisconsin Genetics Software Package Release 7.0、Genetics Computer Group、575 Science Drive Madison、WI、USA))のコンピュータによる実行によって、または選択された種々の方法のいずれかによって生成される検査および最良のアラインメント(すなわち、比較ウインドウにわたって最も高い百分率相同性がもたらされる)によって行うことができる。例として、Altschulら、1997年、Nucl. Acids Res. 25巻:3389頁により開示されているプログラムのBLASTファミリーに対して参照を行うこともできる。配列解析に関する詳細な論述は、Ausubelら、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons Inc、1994〜1998年、15章のUnit 19.3に見いだすことができる。
本明細書で使用される場合、「単離されたポリヌクレオチド」は、天然に存在する状態でこれに隣接する配列から精製されたポリヌクレオチド、例えば、DNA断片に通常近接する配列から除去されたそのDNA断片を指す。「単離されたポリヌクレオチド」は、天然に存在しない、人の手によって作製された、相補的DNA(cDNA)、組換えDNAまたは他のポリヌクレオチドも指す。
ポリヌクレオチドの配向性について説明する用語は、5’(通常は、遊離リン酸基を有するポリヌクレオチドの末端)および3’(通常は、遊離ヒドロキシル(OH)基を有するポリヌクレオチドの末端)を含む。ポリヌクレオチド配列は、5’から3’の配向性または3’から5’の配向性でアノテートすることができる。DNAおよびmRNAに関して、5’から3’の鎖は、その配列が、プレメッセンジャー(プレmRNA)の配列と同一であるため[DNAにおけるチミン(T)に代わるRNAにおけるウラシル(U)を除き]、「センス」、「プラス」または「コード」鎖と命名される。DNAおよびmRNAに関して、RNAポリメラーゼによって転写された鎖である相補的な3’から5’の鎖は、「鋳型」、「アンチセンス」、「マイナス」または「非コード」鎖と命名される。本明細書で使用される場合、用語「逆向き配向性」は、3’から5’の配向性で書かれた5’から3’の配列または5’から3’の配向性で書かれた3’から5’の配列を指す。
用語「相補的」および「相補性」は、塩基対形成の法則によって関連付けられたポリヌクレオチド(すなわち、ヌクレオチドの配列)を指す。例えば、DNA配列5’AGTCATG3’の相補鎖は、3’TCAGTAC5’である。後者の配列は、多くの場合、5’末端を左に、3’末端を右にした逆向き相補体として、5’CATGACT3’と書かれる。その逆向き相補体に等しい配列は、パリンドローム配列と言われる。相補性は、塩基対形成の法則に従って核酸塩基の一部のみがマッチした「部分的」であってもよい。あるいは、核酸の間に「完全」または「全体」相補性が存在してもよい。
さらに、当業者であれば、遺伝暗号の縮重の結果として、本明細書に記載されているポリペプチドまたはその断片もしくはバリアントをコードする多くのヌクレオチド配列が存在することを認めるであろう。これらのポリヌクレオチドの一部は、任意のネイティブ遺伝子のヌクレオチド配列に対する最小の相同性を有する。にもかかわらず、コドン使用の差のために変動するポリヌクレオチド、例えば、ヒトおよび/または霊長類コドン選択に最適化されたポリヌクレオチドが、本発明によって特に意図される。さらに、本明細書に提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の対立遺伝子を使用することもできる。対立遺伝子は、ヌクレオチドの欠失、付加および/または置換など、1個または複数の変異の結果として変更された内在性遺伝子である。
本明細書で使用される用語「核酸カセット」は、RNAおよびその後にタンパク質を発現することができるベクター内の遺伝的配列を指す。核酸カセットは、目的の遺伝子、例えば、CARを含有する。カセットにおける核酸をRNAへと転写し、必要であれば、タンパク質またはポリペプチドに翻訳し、形質転換細胞における活性に必要とされる適切な翻訳後修飾に付し、適切な細胞内区画へと標的化または細胞外区画に分泌することにより生物学的活性に適切な区画へとトランスロケーションすることができるように、核酸カセットは、ベクター内に位置的および配列的に配向される。好ましくは、カセットは、その3’および5’端を、ベクターへの容易な挿入に適合させており、例えば、各端に制限エンドヌクレアーゼ部位を有する。本発明の好ましい実施形態では、核酸カセットは、B細胞悪性疾患の治療に使用されるキメラ抗原受容体の配列を含有する。カセットを除去し、単一ユニットとしてプラスミドまたはウイルスベクターに挿入することができる。
特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも1種の目的のポリヌクレオチドを含む。本明細書で使用される場合、用語「目的のポリヌクレオチド」は、発現されることが望まれる発現ベクターに挿入されるポリペプチド(すなわち、目的のポリペプチド)をコードするポリヌクレオチドを指す。ベクターは、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10種の目的のポリヌクレオチドを含むことができる。ある特定の実施形態では、目的のポリヌクレオチドは、疾患または障害の治療または予防における治療効果をもたらすポリペプチドをコードする。目的のポリヌクレオチドおよびこれにコードされるポリペプチドは、野生型ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドならびにその機能バリアントおよび断片の両方を含む。特定の実施形態では、機能バリアントは、対応する野生型参照ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対し、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%または少なくとも99%の同一性を有する。ある特定の実施形態では、機能バリアントまたは断片は、対応する野生型ポリペプチドの生物学的活性の少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%を有する。
一実施形態では、目的のポリヌクレオチドは、ポリペプチドをコードせず、miRNA、siRNAまたはshRNA、リボザイムまたは他の阻害性RNAを転写するための鋳型として機能する。種々の他の実施形態では、ポリヌクレオチドは、CARをコードする目的のポリヌクレオチド、ならびにsiRNA、miRNA、shRNAおよびリボザイムが挙げられるがこれらに限定されない阻害性核酸配列が挙げられるがこれに限定されない、1種または複数の追加的な目的のポリヌクレオチドを含む。
本明細書で使用される場合、用語「siRNA」または「低分子干渉RNA」は、動物における配列特異的転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、転写阻害またはエピジェネティックRNAiのプロセスを媒介する短いポリヌクレオチド配列を指す(Zamoreら、2000年、Cell、101巻、25〜33頁;Fireら、1998年、Nature、391巻、806頁;Hamiltonら、1999年、Science、286巻、950〜951頁;Linら、1999年、Nature、402巻、128〜129頁;Sharp、1999年、Genes & Dev.、13巻、139〜141頁;およびStrauss、1999年、Science、286巻、886頁)。ある特定の実施形態では、siRNAは、同数のヌクレオシドを有する第1の鎖および第2の鎖を含む;しかし、第1および第2の鎖は、第1および第2の鎖における2個の末端ヌクレオシドが、相補鎖における残基と対形成しないように相殺されている(offset)。ある特定の事例では、対形成しない2個のヌクレオシドは、チミジン残基である。siRNAは、標的遺伝子に十分な相同性の領域を含むべきであり、siRNAまたはその断片が、標的遺伝子の下方調節を媒介することができるように、ヌクレオチドの観点から十分な長さであるべきである。よって、siRNAは、標的RNAに対し少なくとも部分的に相補的である領域を含む。siRNAおよび標的の間に完璧な相補性が存在する必要はないが、一致は、siRNAまたはその切断産物が、標的RNAのRNAi切断などにより配列特異的サイレンシングを導くことが可能になるのに十分でなければならない。標的鎖との相補性または相同性の程度は、アンチセンス鎖において最も重大である。多くの場合、特にアンチセンス鎖における完璧な相補性が望まれるが、一部の実施形態は、標的RNAに関して1個または複数の、ただし好ましくは、10、8、6、5、4、3、2個またはそれより少ないミスマッチを含む。ミスマッチは、末端領域において最もよく耐容性を示し、存在する場合、好ましくは、例えば、5’および/または3’末端の6、5、4または3ヌクレオチド以内の末端領域(単数または複数)に存在する。センス鎖は、分子の全体的な二本鎖特徴を維持するために、アンチセンス鎖と十分に相補的であることのみを必要とする。
加えて、siRNAは、改変されていてよい、またはヌクレオシドアナログを含むことができる。siRNAの一本鎖領域は、改変されていてよい、またはヌクレオシドアナログを含むことができる、例えば、ヘアピン構造の対形成されない領域(単数または複数)、例えば、2個の相補的領域を連結する領域は、改変またはヌクレオシドアナログを有することができる。例えばエキソヌクレアーゼに対してsiRNAの1個もしくは複数の3’もしくは5’末端を安定化するための、またはアンチセンスsiRNA剤のRISCへの進入を有利にするための改変も有用である。改変は、C3(またはC6、C7、C12)アミノリンカー、チオールリンカー、カルボキシルリンカー、非ヌクレオチドスペーサー(C3、C6、C9、C12、脱塩基、トリエチレングリコール、ヘキサエチレングリコール)、RNA合成中の複数カップリングを可能にする、ホスホラミダイトとなり、別のDMT保護されたヒドロキシル基を有する特殊なビオチンまたはフルオレセイン試薬を含むことができる。siRNAの各鎖は、30、25、24、23、22、21または20ヌクレオチドの長さに等しいまたはそれ未満であり得る。鎖は、好ましくは少なくとも19ヌクレオチドの長さである。例えば、各鎖は、21〜25ヌクレオチドの間の長さであり得る。好ましいsiRNAは、17、18、19、29、21、22、23、24または25ヌクレオチド対の二重鎖領域と、2〜3ヌクレオチドの1個または複数のオーバーハング、好ましくは、2〜3ヌクレオチドの1または2個の3’オーバーハングとを有する。
本明細書で使用される場合、用語「miRNA」または「マイクロRNA」は、典型的には、プレmiRNAとして公知のほぼ70ヌクレオチドの折り畳み(foldback)RNA前駆体構造から切除された、20〜22ヌクレオチドの小分子非コードRNAを指す。miRNAは、miRNAおよび標的の間の相補性の程度に依存した2通りの仕方のうち一方で、その標的を負に調節する。第一に、タンパク質コードmRNA配列に完璧なまたはほとんど完璧な相補性により結合するmiRNAは、RNA媒介性干渉(RNAi)経路を誘導する。そのmRNA標的の3’非翻訳領域(UTR)内の不完全な相補的部位に結合することによりその調節効果を発揮するmiRNAは、見かけ上翻訳のレベルで、RNAi経路に使用されるものと同様のまたはおそらく同一のRISC複合体により、転写後に標的遺伝子発現を抑制する。翻訳制御と一貫して、この機構を使用するmiRNAは、その標的遺伝子のタンパク質レベルを低下させるが、これらの遺伝子のmRNAレベルは、最小限にしか影響されない。miRNAは、任意のmRNA配列を特異的に標的化することができる、天然に存在するmiRNAおよび人工的に設計されたmiRNAの両方を包含する。例えば、一実施形態では、当業者は、ヒトmiRNA(例えば、miR−30またはmiR−21)一次転写物として発現される低分子ヘアピン型RNA構築物を設計することができる。この設計は、ヘアピン型構築物にドローシャプロセシング部位を付加し、ノックダウン効率を大幅に増加させることが示された(Puschら、2004年)。ヘアピンステムは、22ntのdsRNA(例えば、アンチセンスは、所望の標的に対し完璧な相補性を有する)およびヒトmiR由来の15〜19ntループからなる。ヘアピンの片側または両側におけるmiRループおよびmiR30隣接配列の付加は、マイクロRNAなしの従来のshRNA設計と比較した場合、発現されたヘアピンのドローシャおよびダイサープロセシングの10倍を超える増加をもたらす。増加したドローシャおよびダイサープロセシングは、より大きいsiRNA/miRNA産生および発現されたヘアピンについてのより大きい効力となる。
本明細書で使用される場合、用語「shRNA」または「低分子ヘアピン型RNA」は、単一の自己相補的RNA鎖によって形成された二本鎖構造を指す。標的遺伝子のコードまたは非コード配列のいずれかの部分と同一のヌクレオチド配列を含有するshRNA構築物が、阻害に好ましい。標的配列と比べて挿入、欠失および単一の点変異を有するRNA配列も、阻害に有効であることが判明した。阻害性RNAおよび標的遺伝子の部分の間の90%を超える配列同一性またはさらには100%の配列同一性が好ましい。ある特定の好ましい実施形態では、shRNAの二重鎖形成部分の長さは、少なくとも20、21または22ヌクレオチドの長さであり、例えば、ダイサー依存的切断によって産生されるRNA産物のサイズに対応する。ある特定の実施形態では、shRNA構築物は、少なくとも25、50、100、200、300または400塩基の長さである。ある特定の実施形態では、shRNA構築物は、400〜800塩基の長さである。shRNA構築物は、ループ配列およびループサイズにおける変動に高度に耐容性である。
本明細書で使用される場合、用語「リボザイム」は、標的mRNAの部位特異的切断が可能な触媒的に活性なRNA分子を指す。数種のサブタイプ、例えば、ハンマーヘッド型およびヘアピン型リボザイムについて記載されている。リボザイム触媒活性および安定性は、非触媒的塩基においてリボヌクレオチドをデオキシリボヌクレオチドに置換することにより改善することができる。部位特異的認識配列においてmRNAを切断するリボザイムを使用して、特定のmRNAを破壊することができるが、ハンマーヘッド型リボザイムの使用が好ましい。ハンマーヘッド型リボザイムは、標的mRNAと相補的塩基対を形成する隣接領域によって指示される位置においてmRNAを切断する。唯一の要件は、標的mRNAが、次の2塩基配列:5’−UG−3’を有することである。ハンマーヘッド型リボザイムの構築および産生は、当技術分野で周知である。
siRNA、miRNA、shRNAまたはリボザイムを含む目的のポリヌクレオチドの好ましい送達方法は、本明細書の他の箇所に記載されている通り、例えば、強い構成的pol III、例えば、ヒトU6 snRNAプロモーター、マウスU6 snRNAプロモーター、ヒトおよびマウスH1 RNAプロモーターならびにヒトtRNA−valプロモーターまたは強い構成的pol IIプロモーターなど、1種または複数の調節配列を含む。
本発明のポリヌクレオチドは、それ自体のコード配列の長さにかかわらず、本明細書の他の箇所で開示されているまたは当技術分野で公知のプロモーターおよび/またはエンハンサー、非翻訳領域(UTR)、シグナル配列、コザック配列、ポリアデニル化シグナル、追加的な制限酵素部位、多重クローニング部位、配列内リボソーム進入部位(IRES)、リコンビナーゼ認識部位(例えば、LoxP、FRT、およびAtt部位)、終止コドン、転写終結シグナル、および自己切断性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、エピトープタグなどの他のDNA配列と組み合わせることができ、したがって、それらの全体の長さは相当に変動し得る。したがって、ほぼどんな長さのポリヌクレオチド断片でも使用することができ、全長は調製の容易さおよび意図された組換えDNAプロトコールでの使用により限定されることが好ましいことが意図されている。
ポリヌクレオチドは、当技術分野において公知であり、利用可能である種々の十分に確立された技法のいずれかを使用して調製し、操作し、かつ/または発現させることができる。所望のポリペプチドを発現させるために、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を適切なベクターに挿入することができる。ベクターの例は、プラスミド、自己複製配列、および転移因子である。追加の例示的なベクターとしては、限定することなく、プラスミド、ファージミド、コスミド、人工染色体、たとえば、酵母人工染色体(YAC)、細菌人工染色体(BAC)、またはP1由来の人工染色体(PAC)、ラムダファージまたはM13ファージなどのバクテリオファージ、および動物ウイルスが挙げられる。ベクターとして有用な動物ウイルスのカテゴリーの例としては、限定することなく、レトロウイルス(レンチウイルスを含む)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス(例えば、単純ヘルペスウイルス)、ポックスウイルス、バキュロウイルス、パピローマウイルス、およびパポーバウイルス(例えば、SV40)が挙げられる。発現ベクターの例は、哺乳動物細胞において発現させるためのpClneoベクター(Promega);哺乳動物細胞におけるレンチウイルス媒介性遺伝子導入および発現のためのpLenti4/V5−DEST(商標)、pLenti6/V5−DEST(商標)、およびpLenti6.2/V5−GW/lacZ(Invitrogen)である。特定の実施形態では、本明細書に開示されているキメラタンパク質のコード配列を、哺乳動物細胞においてキメラタンパク質を発現させるためにそのような発現ベクターにライゲーションすることができる。
特定の実施形態では、ベクターは、エピソームベクターまたは染色体外に維持されるベクターである。本明細書で使用される場合、用語「エピソーム」は、宿主の染色体DNAに組み込むことなく、また、分裂する宿主細胞から漸進的に喪失することなく複製することができるベクターを指し、前記ベクターが、染色体外にまたはエピソームに複製することも意味する。ベクターは、リンパ増殖性ヘルペスウイルスまたはガンマヘルペスウイルス、アデノウイルス、SV40、ウシパピローマウイルスまたは酵母由来のDNA複製の起点または「ori」、特に、EBVのoriPに対応するリンパ増殖性ヘルペスウイルスまたはガンマヘルペスウイルスの複製起点をコードする配列を持つように工学的に作製される。特定の態様では、リンパ増殖性ヘルペスウイルスは、エプスタイン・バーウイルス(EBV)、カポジ肉腫ヘルペスウイルス(KSHV)、ヘルペスウイルス・サイミリ(HS)またはマレク病ウイルス(MDV)であってもよい。エプスタイン・バーウイルス(EBV)およびカポジ肉腫ヘルペスウイルス(KSHV)は、ガンマヘルペスウイルスの例でもある。典型的には、宿主細胞は、複製を活性化するウイルス複製トランス活性化因子タンパク質を含む。
発現ベクター内に存在する「制御エレメント」または「調節配列」は、宿主細胞のタンパク質と相互作用して転写および翻訳を行うベクターの非翻訳(non−translated)領域−複製起点、選択カセット、プロモーター、エンハンサー、翻訳開始シグナル(シャイン・ダルガーノ配列またはコザック配列)イントロン、ポリアデニル化配列、5’および3’非翻訳(untranslated)領域である。そのようなエレメントは、それらの強度および特異性が変動し得る。利用するベクター系および宿主に応じて、遍在プロモーターおよび誘導性プロモーターを含めた、多くの適切な転写および翻訳エレメントを使用することができる。
特定の実施形態では、これらに限定されないが、発現ベクターおよびウイルスベクターを含めた、本発明の実施において使用するためのベクターは、プロモーターおよび/またはエンハンサーなどの外因性、内因性、または異種性制御配列を含む。「内因性」制御配列とは、ゲノム内で所与の遺伝子に天然に連結した制御配列である。「外因性」制御配列とは、遺伝子操作(すなわち、分子生物学的技法)によって遺伝子の近位に配置された制御配列であり、したがって、その遺伝子の転写が連結したエンハンサー/プロモーターによって導かれる。「異種性」制御配列とは、遺伝子操作される細胞とは異なる種に由来する外因性配列である。
「プロモーター」という用語は、本明細書で使用される場合、RNAポリメラーゼが結合するポリヌクレオチド(DNAまたはRNA)の認識部位を指す。RNAポリメラーゼは、プロモーターに作動可能に連結したポリヌクレオチドを惹起および転写する。特定の実施形態では、哺乳動物細胞において作動可能なプロモーターは、転写が開始される部位からおよそ25〜30塩基上流に位置するATリッチ領域および/または転写開始から70〜80塩基上流に見いだされる別の配列、CNCAAT領域(Nは任意のヌクレオチドであってよい)を含む。
「エンハンサー」という用語は、転写の増強をもたらすことが可能な配列を含み、一部の場合には、別の制御配列に対する方向とは独立して機能し得るDNAのセグメントを指す。エンハンサーは、プロモーターおよび/または他のエンハンサーエレメントと協同的にまたは相加的に機能し得る。「プロモーター/エンハンサー」という用語は、プロモーター機能とエンハンサー機能の両方をもたらすことが可能な配列を含有するDNAのセグメントを指す。
「作動可能に連結した」という用語は、記載されている構成成分が、それらの意図された様式で機能することが可能になる関係にある近位を指す。一実施形態では、この用語は、核酸発現制御配列(例えば、プロモーターおよび/またはエンハンサーなど)と第2のポリヌクレオチド配列、例えば、目的のポリヌクレオチドの機能的な連結を指し、ここで、発現制御配列は、第2の配列に対応する核酸の転写を導く。
本明細書で使用される場合、「構成的発現制御配列」という用語は、作動可能に連結した配列の転写を絶え間なくまたは連続的に可能にするプロモーター、エンハンサー、またはプロモーター/エンハンサーを指す。構成的発現制御配列は、多種多様な細胞および組織型における発現を可能にする「遍在」プロモーター、エンハンサー、またはプロモーター/エンハンサーであってもよく、それぞれ制限された種類の細胞および組織型における発現を可能にする「細胞特異的」、「細胞型特異的」、「細胞系列特異的」または「組織特異的」プロモーター、エンハンサー、またはプロモーター/エンハンサーであってもよい。
本発明の特定の実施形態において使用するのに適した例示的な遍在発現制御配列としては、これらに限定されないが、サイトメガロウイルス(CMV)最初期プロモーター、ウイルスシミアンウイルス40(SV40)(例えば、初期または後期)、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)LTRプロモーター、ラウス肉腫ウイルス(RSV)LTR、単純ヘルペスウイルス(HSV)(チミジンキナーゼ)プロモーター、ワクシニアウイルス由来のH5、P7.5、およびP11プロモーター、伸長因子1−アルファ(EF1a)プロモーター、初期増殖応答1(EGR1)、フェリチンH(FerH)、フェリチンL(FerL)、グリセルアルデヒド3−リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)、真核生物翻訳開始因子4A1(EIF4A1)、熱ショック70kDaタンパク質5(HSPA5)、熱ショックタンパク質90kDaベータ、メンバー1(HSP90B1)、熱ショックタンパク質70kDa(HSP70)、β−キネシン(β−KIN)、ヒトROSA26遺伝子座(Irionsら、Nature Biotechnology 25巻、1477〜1482頁(2007年))、ユビキチンCプロモーター(UBC)、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーターおよび骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサー、負の制御領域欠失、dl587revプライマー結合性部位置換(MND)プロモーター(Challitaら、J Virol. 69巻(2号):748〜55頁(1995年))が挙げられる。
一実施形態では、本発明のベクターは、MNDプロモーターを含む。
一実施形態では、本発明のベクターは、ヒトEF1a遺伝子の第1のイントロンを含むEF1aプロモーターを含む。
一実施形態では、本発明のベクターは、ヒトEF1a遺伝子の第1のイントロンを欠くEF1aプロモーターを含む。
特定の実施形態では、T細胞特異的プロモーターから、CARを含むポリヌクレオチドを発現させることが望ましい場合がある。
本明細書で使用される場合、「条件的発現」とは、これらに限定されないが、誘導性発現;抑制可能な発現;特定の生理的状態、生物学的状態、または疾患状態を有する細胞または組織における発現などを含めた、任意の型の条件的発現を指し得る。この定義は、細胞型または組織に特異的な発現を排除するものではない。本発明のある特定の実施形態は、目的のポリヌクレオチドの条件的発現を提供し、例えば、細胞、組織、生物体などを、ポリヌクレオチドの発現が引き起こされる処理もしくは条件、または目的のポリヌクレオチドによりコードされるポリヌクレオチドの発現の増加もしくは減少が引き起こされる処理もしくは条件に供することによって発現を制御する。
誘導性プロモーター/系の実例としては、これらに限定されないが、グルココルチコイドまたはエストロゲン受容体(対応するホルモンを用いた処理によって誘導可能)をコードする遺伝子に対するプロモーターなどのステロイド誘導性プロモーター、メタロチオネイン(metallothionine)プロモーター(種々の重金属を用いた処理によって誘導可能)、MX−1プロモーター(インターフェロンによって誘導可能)、「GeneSwitch」ミフェプリストンにより調節可能な系(Sirinら、2003年、Gene、323巻:67頁)、クメート(cumate)誘導性遺伝子スイッチ(WO2002/088346)、テトラサイクリン依存性調節系などが挙げられる。
条件的発現は、部位特異的DNAリコンビナーゼを使用することによって達成することもできる。本発明のある特定の実施形態によると、ベクターは、部位特異的リコンビナーゼによって媒介される組換えのための少なくとも1つ(一般には、2つ)の部位を含む。本明細書で使用される場合、「リコンビナーゼ」または「部位特異的リコンビナーゼ」という用語は、1つまたは複数の組換え部位(例えば、2、3、4、5、7、10、12、15、20、30、50など)が関与する組換え反応に関与する、除去的(excisive)または統合的なタンパク質、酵素、補因子または関連タンパク質を含み、これは、野生型タンパク質であってもよく(Landy、Current Opinion in Biotechnology 3巻:699〜707頁(1993年))、その変異体、誘導体(例えば、組換えタンパク質配列またはその断片を含有する融合タンパク質)、断片、およびバリアントであってもよい。本発明の特定の実施形態における使用に適したリコンビナーゼの実例としては、これらに限定されないが、Cre、Int、IHF、Xis、Flp、Fis、Hin、Gin、ΦC31、Cin、Tn3レソルバーゼ、TndX、XerC、XerD、TnpX、Hjc、Gin、SpCCE1、およびParAが挙げられる。
ベクターは、多種多様な部位特異的リコンビナーゼのいずれかのための1個または複数の組換え部位を含むことができる。部位特異的リコンビナーゼのための標的部位が、ベクター、例えば、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターの組み込みに必要とされるいずれかの部位(複数可)に加えて存在することを理解されたい。本明細書で使用される場合、用語「組換え配列」、「組換え部位」または「部位特異的組換え部位」は、リコンビナーゼが認識および結合する特定の核酸配列を指す。
例えば、Creリコンビナーゼのための1種の組換え部位は、8塩基対コア配列を挟む2個の13塩基対逆方向反復(リコンビナーゼ結合部位として機能する)を含む34塩基対配列であるloxPである(Sauer, B.、Current Opinion in Biotechnology 5巻:521〜527頁(1994年)の図1を参照)。他の例示的なloxP部位として、これらに限定されないが、lox511(Hoessら、1996年;BethkeおよびSauer、1997年)、lox5171(LeeおよびSaito、1998年)、lox2272(LeeおよびSaito、1998年)、m2(Langerら、2002年)、lox71(Albertら、1995年)およびlox66(Albertら、1995年)が挙げられる。
FLPリコンビナーゼに適した認識部位として、これらに限定されないが、FRT(McLeodら、1996年)、F、F、F(SchlakeおよびBode、1994年)、F、F(SchlakeおよびBode、1994年)、FRT(LE)(Senecoffら、1988年)、FRT(RE)(Senecoffら、1988年)が挙げられる。
認識配列の他の例は、リコンビナーゼ酵素λインテグラーゼ、例えば、phi−c31によって認識されるattB、attP、attLおよびattR配列である。φC31 SSRは、ヘテロタイプ部位attB(34bpの長さ)およびattP(39bpの長さ)の間の組換えのみを媒介する(Grothら、2000年)。それぞれ細菌およびファージゲノムにおけるファージインテグラーゼのための付着部位にちなんで命名されたattBおよびattPは両者共に、φC31ホモ二量体によって結合される可能性がある不完全な逆方向反復を含有する(Grothら、2000年)。産物部位、attLおよびattRは、さらなるφC31媒介性組換えに対し有効に不活性であり(Beltekiら、2003年)、反応を不可逆的なものとする。挿入を触媒するために、attBを有するDNAが、ゲノムattB部位へのattP部位よりも容易にゲノムattP部位に挿入することが判明した(Thyagarajanら、2001年;Beltekiら、2003年)。よって、典型的な戦略は、定義された遺伝子座へのattPを有する「ドッキング部位」の相同組換えによって位置決めし、これは次いで、挿入のためのattBを有する後継(incoming)配列とパートナー形成される。
本明細書で使用される場合、「配列内リボソーム進入部位(internal ribosome entry site)」または「IRES」は、シストロン(タンパク質コード領域)のATGなど、開始コドンへの直接的な配列内リボソーム進入を促進し、これにより、遺伝子のcap非依存的翻訳をもたらすエレメントを指す。例えば、Jacksonら、1990年、Trends Biochem Sci 15巻(12号):477〜83頁)ならびにJacksonおよびKaminski、1995年、RNA 1巻(10号):985〜1000頁を参照されたい。特定の実施形態では、本発明によって意図されるベクターは、1種または複数のポリペプチドをコードする1種または複数の目的のポリヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、複数のポリペプチドのそれぞれの効率的な翻訳を達成するために、ポリヌクレオチド配列は、1個または複数のIRES配列または自己切断ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列によって離間されていてよい。
本明細書で使用される場合、用語「コザック配列」は、リボソームの小サブユニットへのmRNAの初期結合を大幅に容易にし、翻訳を増加させる短いヌクレオチド配列を指す。コンセンサスコザック配列は、(GCC)RCCATGG(式中、Rは、プリン(AまたはG)である)である(Kozak、1986年、Cell 44巻(2号):283〜92頁およびKozak、1987年、Nucleic Acids Res.15巻(20号):8125〜48頁)。特定の実施形態では、本発明によって意図されるベクターは、コンセンサスコザック配列を有し、所望のポリペプチド、例えば、CARをコードするポリヌクレオチドを含む。
本発明の一部の実施形態では、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを持つ細胞は、直接的な毒性および/または制御されない増殖のリスクを低下させるための誘導性自殺遺伝子を含む自殺遺伝子を利用する。特異的な態様では、自殺遺伝子は、ポリヌクレオチドまたは細胞を持つ宿主に対し免疫原性ではない。使用することができる自殺遺伝子のある特定の例は、カスパーゼ−9またはカスパーゼ−8またはシトシンデアミナーゼである。カスパーゼ−9は、二量体形成の特異的な化学的誘導因子(CID)を使用して活性化することができる。
ある特定の実施形態では、ベクターは、本発明の免疫エフェクター細胞、例えば、T細胞を、in vivoの負の選択に対し感応性にする遺伝子セグメントを含む。「負の選択」とは、注入された細胞が、個体のin vivo状態の変化の結果として排除され得ることを意味する。負の選択可能表現型は、投与される薬剤、例えば、化合物に対する感受性を付与する遺伝子の挿入に起因し得る。負の選択可能遺伝子は、当技術分野で公知であり、とりわけ次のものを含む:ガンシクロビル感受性を付与する単純ヘルペスウイルスI型チミジンキナーゼ(HSV−I TK)遺伝子(Wiglerら、Cell 11巻:223頁、1977年);細胞ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(phosphribosyltransferase)(HPRT)遺伝子、細胞アデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(APRT)遺伝子および細菌シトシンデアミナーゼ(Mullenら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA.89巻:33頁(1992年))。
一部の実施形態では、T細胞など、遺伝子改変された免疫エフェクター細胞は、in vitroで負の選択可能表現型の細胞の選択を可能にする正のマーカーをさらに含むポリヌクレオチドを含む。正の選択可能マーカーは、宿主細胞に導入されると、この遺伝子を保持する細胞の正の選択を可能にする優性表現型を発現する遺伝子であり得る。この種の遺伝子は、当技術分野で公知であり、とりわけ、ハイグロマイシンBに対する抵抗性を付与するハイグロマイシンBホスホトランスフェラーゼ遺伝子(hph)、抗生物質G418に対する抵抗性をコードするTn5由来のアミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ遺伝子(neoまたはaph)、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)遺伝子、アデノシンデアミナーゼ遺伝子(ADA)および多剤耐性(MDR)遺伝子を含む。
好ましくは、負の選択可能エレメントの喪失が、正の選択可能マーカーの喪失も必然的に伴うように、正の選択可能マーカーおよび負の選択可能エレメントは連結される。さらにより好ましくは、正のおよび負の選択可能マーカーは、一方の喪失が、他方の喪失を強制的にもたらすことができるように融合される。発現産物として、上述の所望の正および負の選択特色の両方を付与するポリペプチドを生じる融合されたポリヌクレオチドの例は、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼチミジンキナーゼ融合遺伝子(HyTK)である。この遺伝子の発現は、in vitroにおける正の選択のためにハイグロマイシンB抵抗性およびin vivoにおける負の選択のためにガンシクロビル感受性を付与するポリペプチドを生じる。Lupton S. D.ら、Mol. and Cell. Biology 11巻:3374〜3378頁、1991年を参照されたい。加えて、好ましい実施形態では、キメラ受容体をコードする本発明のポリヌクレオチドは、融合された遺伝子、特に、in vitroにおける正の選択のためにハイグロマイシンB抵抗性およびin vivoにおける負の選択のためにガンシクロビル感受性を付与する融合された遺伝子を含有するレトロウイルスベクター、例えば、Lupton, S. D.ら(1991年)、上記参照に記載されているHyTKレトロウイルスベクター中に存在する。負の選択可能マーカーと優性の正の選択可能マーカーとの融合に由来する二機能性選択可能融合遺伝子の使用について記載する、S. D. LuptonによるPCT US91/08442およびPCT/US94/05601の公開も参照されたい。
好ましい正の選択可能マーカーは、hph、ncoおよびgptからなる群より選択される遺伝子に由来し、好ましい負の選択可能マーカーは、シトシンデアミナーゼ、HSV−I TK、VZV TK、HPRT、APRTおよびgptからなる群より選択される遺伝子に由来する。特に好ましいマーカーは、正の選択可能マーカーが、hphまたはneoに由来し、負の選択可能マーカーが、シトシンデアミナーゼまたはTK遺伝子または選択可能マーカーに由来する二機能性選択可能融合遺伝子である。誘導性自殺遺伝子。
F.ウイルスベクター
特定の実施形態では、細胞(例えば、免疫エフェクター細胞)は、CARをコードするレトロウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクターを形質導入される。例えば、免疫エフェクター細胞は、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA抗体またはその抗原結合性断片と、CD3ζ、CD28、4−1BB、Ox40の細胞内シグナル伝達ドメインまたはこれらのいずれかの組合せを含むCARをコードするベクターを形質導入される。よって、これらの形質導入された細胞は、CAR媒介性細胞傷害性応答を誘発することができる。
レトロウイルスは、遺伝子送達のための一般的なツールである(Miller、2000年、Nature、357巻:455〜460頁)。特定の実施形態では、レトロウイルスは、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドを細胞に送達するために使用される。本明細書で使用される場合、用語「レトロウイルス」は、そのゲノムRNAを直鎖状二本鎖DNAコピーへと逆転写し、その後、そのゲノムDNAを宿主ゲノムへと共有結合により組み込むRNAウイルスを指す。ウイルスは、宿主ゲノムに組み込まれると、「プロウイルス」と称される。プロウイルスは、RNAポリメラーゼIIの鋳型として機能し、新たなウイルス粒子の産生に必要な構造タンパク質および酵素をコードするRNA分子の発現を導く。
特定の実施形態における使用に適した例示的なレトロウイルスとして、これらに限定されないが、モロニーマウス白血病ウイルス(M−MuLV)、モロニーマウス肉腫ウイルス(MoMSV)、ハーベイマウス肉腫ウイルス(HaMuSV)、マウス乳房腫瘍ウイルス(MuMTV)、テナガザル白血病ウイルス(GaLV)、ネコ白血病ウイルス(FLV)、スプーマウイルス、フレンドマウス白血病ウイルス、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)およびラウス肉腫ウイルス(RSV))およびレンチウイルスが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「レンチウイルス」という用語は、複合レトロウイルスのある群(または属)を指す。例示的なレンチウイルスとしては、これらに限定されないが、:HIV(ヒト免疫不全症ウイルス;HIV 1型およびHIV 2型を含む);ビスナ・マエディウイルス(VMV)ウイルス;ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV);ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV);ネコ免疫不全症ウイルス(FIV);ウシ免疫不全症ウイルス(BIV);およびサル免疫不全症ウイルス(SIV)が挙げられる。一実施形態では、HIVに基づくベクターの骨格(すなわち、HIVシス作用性配列エレメント)が好ましい。特定の実施形態では、レンチウイルスは、CARを含むポリヌクレオチドを細胞に送達するために使用される。
レトロウイルスベクターおよびより具体的には、レンチウイルスベクターは、本発明の特定の実施形態の実施において使用することができる。したがって、用語「レトロウイルス」または「レトロウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、それぞれ「レンチウイルス」および「レンチウイルスベクター」を含むことを意味する。
「ベクター」という用語は、本明細書では、別の核酸分子を移行させるまたは運搬することが可能な核酸分子を指すために使用される。移行される核酸は、一般に、ベクター核酸分子に連結される、例えば、それに挿入される。ベクターは、細胞における自律複製を導く配列を含んでもよく、宿主細胞DNAへの組み込みを可能にするのに十分な配列を含んでもよい。有用なベクターとしては、例えば、プラスミド(例えば、DNAプラスミドまたはRNAプラスミド)、トランスポゾン、コスミド、細菌人工染色体、およびウイルスベクターが挙げられる。有用なウイルスベクターとしては、例えば、複製欠損性レトロウイルスおよびレンチウイルスが挙げられる。
当業者には明らかになる通り、「ウイルスベクター」という用語は、一般には核酸分子の移行もしくは細胞のゲノム内への組み込みを容易にするウイルス由来の核酸エレメントを含む核酸分子(例えば、導入プラスミド)、または、核酸移行を媒介するウイルス粒子のいずれかを指すために広く使用されている。ウイルス粒子は、一般には、核酸(複数可)に加えて、種々のウイルス構成成分および時には宿主細胞構成成分も含む。
ウイルスベクターという用語は、核酸を細胞内に移行することが可能なウイルスもしくはウイルス粒子、または移行される核酸自体のいずれかを指し得る。ウイルスベクターおよび導入プラスミドは、主にウイルスに由来する構造的かつ/または機能的な遺伝エレメントを含有する。「レトロウイルスベクター」という用語は、主にレトロウイルスに由来する構造的かつ機能的な遺伝エレメントまたはその一部を含有するウイルスベクターまたはプラスミドを指す。「レンチウイルスベクター」という用語は、主にレンチウイルスに由来するLTRを含めた、構造的かつ機能的な遺伝エレメントまたはその一部を含有するウイルスベクターまたはプラスミドを指す。「ハイブリッドベクター」という用語は、レトロウイルス、例えばレンチウイルス配列とレンチウイルスものではないウイルス配列の両方を含有するベクター、LTRまたは他の核酸を指す。一実施形態では、ハイブリッドベクターとは、逆転写、複製、組み込みおよび/またはパッケージングのための、レトロウイルス、例えばレンチウイルス配列を含むベクターまたは導入プラスミドを指す。
特定の実施形態では、「レンチウイルスベクター」、「レンチウイルス発現ベクター」という用語は、レンチウイルス導入プラスミドおよび/または感染性レンチウイルス粒子を指すために使用することができる。本明細書において、例えばクローニング部位、プロモーター、調節エレメント、異種核酸などのエレメントに言及する場合、これらのエレメントの配列は、本発明のレンチウイルス粒子ではRNA形態で存在し、本発明のDNAプラスミドではDNA形態で存在することが理解されるべきである。
プロウイルスの各末端には、「長い末端反復」または「LTR」と称される構造がある。「長い末端反復(LTR)」という用語は、レトロウイルスDNAの末端に位置する、それらの天然配列に関しては直接反復配列であり、U3、RおよびU5領域を含有する、塩基対のドメインを指す。LTRは、一般に、レトロウイルス遺伝子の発現(例えば、促進、開始および遺伝子転写物のポリアデニル化)のため、およびウイルス複製のための基本的な機能をもたらす。LTRは、転写制御エレメント、ポリアデニル化シグナルならびにウイルスゲノムの複製および組み込みのために必要な配列を含めた多数の調節シグナルを含有する。ウイルスLTRは、U3、RおよびU5と称される3つの領域に分けられる。U3領域は、エンハンサーおよびプロモーターエレメントを含有する。U5領域は、プライマー結合性部位とR領域の間の配列であり、ポリアデニル化配列を含有する。R(反復)領域は、U3領域とU5領域に挟まれている。LTRは、U3、RおよびU5領域で構成され、ウイルスゲノムの5’末端と3’末端の両方に見られる。5’LTRには、ゲノムの逆転写に必要な配列(tRNAプライマー結合性部位)およびウイルスRNAの、粒子への効率的なパッケージングに必要な配列(プシー部位)が隣接している。
本明細書で使用される場合、「パッケージングシグナル」または「パッケージング配列」という用語は、ウイルスRNAのウイルスカプシドまたは粒子への挿入に必要である、レトロウイルスゲノム内に位置する配列を指す。例えば、Cleverら、1995年、J. of Virology、69巻、4号;2101〜2109頁を参照されたい。いくつかのレトロウイルスベクターは、ウイルスゲノムのカプシド形成に必要な最小のパッケージングシグナル(プシー[Ψ]配列とも称される)を使用する。したがって、本明細書で使用される場合、「パッケージング配列」、「パッケージングシグナル」、「プシー」という用語および「Ψ」という記号は、ウイルス粒子形成の間のレトロウイルスRNA鎖のカプシド形成に必要な非コード配列への言及に使用されている。
種々の実施形態では、ベクターは、改変された5’LTRおよび/または3’LTRを含む。LTRのいずれかまたは両方が、これらに限定されないが、1つまたは複数の欠失、挿入、または置換を含めた、1つまたは複数の改変を含んでよい。3’LTRの改変は、多くの場合、レンチウイルスまたはレトロウイルス系の安全性を改善するために、ウイルスを複製欠損性にすることによって行われる。本明細書で使用される場合、「複製欠損性」という用語は、完全な、有効な複製を行うことができず、したがって、感染性ビリオンが産生されないウイルス(例えば、複製欠損性レンチウイルス後代)を指す。「複製コンピテント」という用語は、複製することが可能であり、したがって、ウイルスのウイルス複製が感染性ビリオンを産生可能である野生型ウイルスまたは変異体ウイルス(例えば、複製コンピテントレンチウイルス後代)を指す。
「自己不活性化」(SIN)ベクターとは、最初のラウンドのウイルス複製を超えてのウイルス転写を防止するために、U3領域として公知の右側(3’)LTRエンハンサー−プロモーター領域が改変された(例えば、欠失または置換によって)複製欠損性ベクター、例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターを指す。これは、右側(3’)LTR U3領域がウイルス複製の間に左側(5’)LTR U3領域の鋳型として使用され、したがって、ウイルス転写物はU3エンハンサー−プロモーターなしでは作られないことに起因する。本発明のさらなる実施形態では、U5領域が、例えば理想的なポリ(A)配列で置き換えられるように、3’LTRを改変する。3’LTR、5’LTR、または3’LTRと5’LTRの両方に対する改変などのLTRに対する改変も本発明に包含されることに留意するべきである。
5’LTRのU3領域を異種プロモーターで置き換えて、ウイルス粒子の産生の間にウイルスゲノムの転写を駆動することにより、追加的な安全性の増強が提供される。使用することができる異種プロモーターの例としては、例えば、ウイルスシミアンウイルス40(SV40)(例えば、初期または後期)、サイトメガロウイルス(CMV)(例えば、最初期の)、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)、および単純ヘルペスウイルス(HSV)(チミジンキナーゼ)プロモーターが挙げられる。典型的なプロモーターは、Tat非依存的に高レベルの転写を駆動することができる。この置き換えにより、ウイルス産生系に完全なU3配列が存在しなくなるので、複製コンピテントウイルスを生成する組換えの可能性が低下する。ある特定の実施形態では、異種プロモーターは、ウイルスゲノムが転写される様式の制御における追加的な利点を有する。例えば、異種プロモーターは、誘導性であってよく、したがって、ウイルスゲノムの全部または一部の転写は、誘導因子が存在する場合にのみ起こる。誘導因子としては、これらに限定されないが、1つまたは複数の化学化合物または宿主細胞を培養する温度またはpHなどの生理的条件が挙げられる。
一部の実施形態では、ウイルスベクターは、TARエレメントを含む。「TAR」という用語は、レンチウイルス(例えば、HIV)LTRのR領域に位置する「トランス活性化応答」遺伝エレメントを指す。このエレメントは、レンチウイルストランス活性化因子(tat)遺伝エレメントと相互作用してウイルス複製を増強する。しかし、このエレメントは、5’LTRのU3領域を異種プロモーターで置き換える実施形態では必要ない。
「R領域」とは、キャップ形成基の開始(すなわち、転写の開始)で始まり、ポリAトラクトが始まる直前で終わる、レトロウイルスLTR内の領域を指す。R領域は、U3領域とU5領域に挟まれているとも定義される。R領域は、逆転写の間に新生DNAのゲノムの一方の末端から他方の末端への移行を可能にする役割を果たす。
本明細書で使用される場合、「FLAPエレメント」という用語は、その配列に、レトロウイルス、例えば、HIV−1またはHIV−2の中心ポリプリントラクト(central polypurine tract)および中心終結配列(cPPTおよびCTS)を含む核酸を指す。適切なFLAPエレメントは、米国特許第6,682,907号およびZennouら、2000年、Cell、101巻:173頁に記載されている。HIV−1逆転写の間、中心ポリプリントラクト(cPPT)におけるプラス鎖DNAの中心的な開始および中心終結配列(CTS)における中心的な終結により、三本鎖DNA構造:HIV−1中心DNAフラップの形成が導かれる。いかなる理論に縛られることも望むものではないが、DNAフラップは、レンチウイルスゲノム核内移行のシス活性決定因子として作用し得、かつ/またはウイルスの力価を増大させ得る。特定の実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターの骨格は、ベクター内の目的の異種遺伝子の上流または下流の1つまたは複数のFLAPエレメントを含む。例えば、特定の実施形態では、導入プラスミドはFLAPエレメントを含む。一実施形態では、本発明のベクターは、HIV−1から単離されたFLAPエレメントを含む。
一実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルス移入ベクターは、1つまたは複数の移出エレメントを含む。「移出エレメント」という用語は、RNA転写物の細胞の核から細胞質への輸送を調節するシス作用性転写後調節エレメントを指す。RNA移出エレメントの例としては、これらに限定されないが、ヒト免疫不全症ウイルス(HIV)rev応答エレメント(RRE)(例えば、Cullenら、1991年、J. Virol. 65巻:1053頁;およびCullenら、1991年、Cell 58巻:423頁を参照されたい)、およびB型肝炎ウイルス転写後調節エレメント(HPRE)が挙げられる。一般に、RNA移出エレメントは、遺伝子の3’UTR内に配置され、また、1つまたは多数のコピーとして挿入することができる。
特定の実施形態では、ウイルスベクター内の異種配列の発現を、転写後調節エレメント、効率的なポリアデニル化部位、および場合によって、転写終結シグナルをベクターに組み入れることによって増加させる。種々の転写後調節エレメント、例えば、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE;Zuffereyら、1999年、J. Virol.、73巻:2886頁);B型肝炎ウイルスに存在する転写後調節エレメント(HPRE)(Huangら、Mol. Cell. Biol.、5巻:3864頁)などは、異種核酸のタンパク質での発現を増加させることができる(Liuら、1995年、Genes Dev.、9巻:1766頁)。特定の実施形態では、本発明のベクターは、WPREまたはHPREなどの転写後調節エレメントを含む。
特定の実施形態では、本発明のベクターは、WPREまたはHPREなどの転写後調節エレメントを欠くまたはそれを含まない。なぜなら、一部の場合には、これらのエレメントが、細胞形質転換のリスクを上昇させ、かつ/または、mRNA転写物の量を実質的にもしくは有意に増加させないまたはmRNA安定性を増加させないからである。したがって、一部の実施形態では、本発明のベクターは、追加的な安全策として、WPREまたはHPREを欠くまたはそれを含まない。
異種核酸転写物の効率的な終結およびポリアデニル化を導くエレメントは、異種遺伝子発現を増加させる。転写終結シグナルは、一般に、ポリアデニル化シグナルの下流に見いだされる。特定の実施形態では、ベクターは、発現させるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの3’側にポリアデニル化配列を含む。「ポリA部位」または「ポリA配列」という用語は、本明細書で使用される場合、RNAポリメラーゼIIによる新生RNA転写物の終結およびポリアデニル化の両方を導くDNA配列を示す。ポリアデニル化配列は、コード配列の3’末端にポリA尾部を付加することによってmRNA安定性を促進し、したがって、翻訳効率の上昇に寄与することができる。ポリA尾部を欠く転写物は不安定であり、迅速に分解されるので、組換え転写物の効率的なポリアデニル化が望ましい。本発明のベクターに使用することができるポリAシグナルの実例としては、理想的なポリA配列(例えば、AATAAA、ATTAAA、AGTAAA)、ウシ成長ホルモンポリA配列(BGHpA)、ウサギβ−グロビンポリA配列(rβgpA)、または当技術分野で公知の別の適切な異種性もしくは内因性ポリA配列が挙げられる。
ある特定の実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターは、1個または複数のインスレーターエレメントをさらに含む。インスレーターエレメントは、ゲノムDNAに存在するシス作用性エレメントによって媒介され、移入された配列の調節解除された発現をもたらし得る組み込み部位効果(すなわち、位置効果;例えば、Burgess−Beusseら、2002年、Proc. Natl. Acad. Sci., USA、99巻:16433頁;およびZhanら、2001年、Hum. Genet.、109巻:471頁を参照)からの、レンチウイルスに発現される配列、例えば治療用ポリペプチドの保護に寄与することができる。一部の実施形態では、移入ベクターは、3’LTRに1個または複数のインスレーターエレメントを含み、宿主ゲノムへのプロウイルスの組み込み後に、プロウイルスは、3’LTRの重複のおかげで、5’LTRまたは3’LTRの両方に1個または複数のインスレーターを含む。本発明における使用に適したインスレーターとして、これに限定されないが、ニワトリβ−グロビンインスレーターが挙げられる(参照により本明細書に組み込まれるChungら、1993年、Cell 74巻:505頁;Chungら、1997年、PNAS 94巻:575頁;およびBellら、1999年、Cell 98巻:387頁を参照)。インスレーターエレメントの例として、これに限定されないが、ニワトリHS4など、β−グロビン遺伝子座由来のインスレーターが挙げられる。
本発明のある特定の特異的な実施形態によると、ウイルスベクター骨格配列の大部分または全ては、レンチウイルス、例えば、HIV−1に由来する。しかし、レトロウイルスおよび/またはレンチウイルス配列の多くの異なる供給源を使用または組み合わせることができ、レンチウイルス配列のいくつかにおける多数の置換および変更は、本明細書に記載されている機能を実行する移入ベクターの能力を損なうことなく順応させることができることを理解されたい。さらに、様々なレンチウイルスベクターが当技術分野で公知であり、Naldiniら(1996年a、1996年bおよび1998年);Zuffereyら(1997年);Dullら、1998年、米国特許第6,013,516号;および同第5,994,136号を参照されたく、その多くは、本発明のウイルスベクターまたは移入プラスミドを産生するように適応させることができる。
種々の実施形態では、本発明のベクターは、CARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターを含む。ベクターは、1個または複数のLTRを有することができ、LTRのいずれかは、1個または複数のヌクレオチド置換、付加または欠失など、1個または複数の改変を含む。ベクターは、形質導入効率(例えば、cPPT/FLAP)、ウイルスパッケージング(例えば、プシー(Ψ)パッケージングシグナル、RRE)を増加させるための1個もしくは複数のアクセサリーエレメントおよび/または治療用遺伝子発現を増加させる他のエレメント(例えば、ポリ(A)配列)をさらに含むことができ、任意選択で、WPREまたはHPREを含むことができる。
特定の実施形態では、本発明の移入ベクターは、左(5’)レトロウイルスLTR;中心ポリプリントラクト/DNAフラップ(cPPT/FLAP);レトロウイルス輸送エレメント;本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;および右(3’)レトロウイルスLTR;および任意選択でWPREまたはHPREを含む。
特定の実施形態では、本発明の移入ベクターは、左(5’)レトロウイルスLTR;レトロウイルス輸送エレメント;本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;右(3’)レトロウイルスLTR;およびポリ(A)配列;および任意選択でWPREまたはHPREを含む。別の特定の実施形態では、本発明は、左(5’)LTR;cPPT/FLAP;RRE;本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;右(3’)LTR;およびポリアデニル化配列;および任意選択でWPREまたはHPREを含むレンチウイルスベクターを提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、左(5’)HIV−1 LTR;プシー(Ψ)パッケージングシグナル;cPPT/FLAP;RRE;本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;右(3’)自己不活性化(SIN)HIV−1 LTR;およびウサギβ−グロビンポリアデニル化配列;および任意選択でWPREまたはHPREを含むレンチウイルスベクターを提供する。
別の実施形態では、本発明は、少なくとも1個のLTR;中心ポリプリントラクト/DNAフラップ(cPPT/FLAP);レトロウイルス輸送エレメント;および本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;および任意選択でWPREまたはHPREを含むベクターを提供する。
特定の実施形態では、本発明は、少なくとも1個のLTR;cPPT/FLAP;RRE;本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;およびポリアデニル化配列;および任意選択でWPREまたはHPREを含むベクターを提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、少なくとも1個のSIN HIV−1 LTR;プシー(Ψ)パッケージングシグナル;cPPT/FLAP;RRE;本明細書において意図されているCARポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結された、T細胞において活性なプロモーター;およびウサギβ−グロビンポリアデニル化配列;および任意選択でWPREまたはHPREを提供する。
「宿主細胞」は、本発明の組換えベクターまたはポリヌクレオチドにより、in vivo、ex vivoまたはin vitroでエレクトロポレーション、トランスフェクト、感染または形質導入された細胞を含む。宿主細胞は、パッケージング細胞、産生細胞およびウイルスベクターに感染した細胞を含むことができる。特定の実施形態では、本発明のウイルスベクターに感染した宿主細胞は、療法を必要とする被験体に投与される。ある特定の実施形態では、用語「標的細胞」は、宿主細胞と互換的に使用され、トランスフェクト、感染または形質導入された所望の細胞型の細胞を指す。好ましい実施形態では、標的細胞は、T細胞である。
妥当なウイルス力価を達成するためには、多くの場合、大規模なウイルス粒子産生が必要である。ウイルス粒子は、ウイルス構造遺伝子および/またはアクセサリー遺伝子、例えば、gag、pol、env、tat、rev、vif、vpr、vpu、vpx、またはnef遺伝子または他のレトロウイルス遺伝子を含むパッケージング細胞株に移入ベクターをトランスフェクトすることによって産生される。
本明細書で使用される場合、「パッケージングベクター」という用語は、パッケージングシグナルを欠き、1種、2種、3種、4種またはそれ超のウイルス構造遺伝子および/またはアクセサリー遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターまたはウイルスベクターを指す。一般には、パッケージング細胞にパッケージングベクターを含め、トランスフェクション、形質導入または感染によって細胞に導入する。トランスフェクション、形質導入または感染のための方法は当業者に周知である。本発明のレトロウイルス/レンチウイルス移入ベクターをパッケージング細胞株にトランスフェクション、形質導入または感染によって導入して、産生細胞または細胞株を生成することができる。本発明のパッケージングベクターは、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、リポフェクションまたは電気穿孔を含めた標準の方法によってヒト細胞または細胞株に導入することができる。一部の実施形態では、パッケージングベクターを、ネオマイシン、ハイグロマイシン、ピューロマイシン、ブラストサイジン、ゼオシン、チミジンキナーゼ、DHFR、GlnシンテターゼまたはADAなどの優性選択可能マーカーと一緒に細胞に導入し、その後、適切な薬物の存在下で選択し、クローンを単離する。選択可能マーカー遺伝子を、パッケージングベクターによりコードされる遺伝子と、例えば、IRESまたは自己切断性ウイルスペプチドによって物理的に連結することができる。
ウイルスエンベロープタンパク質(env)は、細胞株から生成される組換えレトロウイルスによって最終的に感染および形質転換することができる宿主細胞の範囲を決定する。HIV−1、HIV−2、SIV、FIVおよびEIVなどのレンチウイルスの場合では、envタンパク質は、gp41およびgp120を含む。本発明のパッケージング細胞によって発現されるウイルスenvタンパク質は、以前記載されている通り、ウイルスgagおよびpol遺伝子とは別のベクター上にコードされることが好ましい。
本発明において使用することができるレトロウイルス由来のenv遺伝子の実例としては、これらに限定されないが、MLVエンベロープ、10A1エンベロープ、BAEV、FeLV−B、RD114、SSAV、エボラ、センダイ、FPV(家禽ペストウイルス)、およびインフルエンザウイルスエンベロープが挙げられる。同様に、RNAウイルス(例えば、Picornaviridae、Calciviridae、Astroviridae、Togaviridae、Flaviviridae、Coronaviridae、Paramyxoviridae、Rhabdoviridae、Filoviridae、Orthomyxoviridae、Bunyaviridae、Arenaviridae、Reoviridae、Birnaviridae、RetroviridaeのRNAウイルスファミリー)に由来するエンベロープ、ならびにDNAウイルス(Hepadnaviridae、Circoviridae、Parvoviridae、Papovaviridae、Adenoviridae、Herpesviridae、Poxyiridae、およびIridoviridaeのファミリー)に由来するエンベロープをコードする遺伝子を利用することができる。代表例としては、FeLV、VEE、HFVW、WDSV、SFV、狂犬病、ALV、BIV、BLV、EBV、CAEV、SNV、ChTLV、STLV、MPMV、SMRV、RAV、FuSV、MH2、AEV、AMV、CT10、およびEIAVが挙げられる。
他の実施形態では、本発明のウイルスをシュードタイピングするためのエンベロープタンパク質として、これらに限定されないが、以下のウイルスのいずれかが挙げられる:H1N1、H1N2、H3N2およびH5N1(トリインフルエンザ)などのA型インフルエンザ、B型インフルエンザ、C型インフルエンザウイルス、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、D型肝炎ウイルス、E型肝炎ウイルス、ロタウイルス、ノーウォークウイルス群の任意のウイルス、腸内アデノウイルス、パルボウイルス、デング熱ウイルス、サル痘、モノネガウイルス目、リッサウイルス、例えば、狂犬病ウイルス、ラゴスコウモリウイルス(Lagos bat virus)、モコラウイルス(Mokola virus)、ドゥベンヘイジウイルス(Duvenhage virus)、ヨーロッパコウモリウイルス1&2およびオーストラリアコウモリウイルスなど、エフェメロウイルス、ベシクロウイルス、水疱性口内炎ウイルス(VSV)、ヘルペスウイルス、例えば、単純ヘルペスウイルス1型および2型、水痘帯状疱疹、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス(EBV)、ヒトヘルペスウイルス(HHV)、ヒトヘルペスウイルス6型および8型、ヒト免疫不全症ウイルス(HIV)、パピローマウイルス、マウスガンマヘルペスウイルス、アレナウイルス、例えば、アルゼンチン出血熱ウイルス、ボリビア出血熱ウイルス、サビア関連出血熱ウイルス、ベネズエラ出血熱ウイルス、ラッサ熱ウイルス、マチュポウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)、Bunyaviridiae、例えば、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ハンタウイルス、腎症候群を伴う出血熱を引き起こすウイルス、リフトバレー熱ウイルス、エボラ出血熱およびマールブルグ出血熱を含めたFiloviridae(フィロウイルス)、キャサヌール森林病(Kaysanur Forest disease)ウイルス、オムスク出血熱ウイルス、ダニ媒介脳炎を引き起こすウイルスを含めたFlaviviridae、ならびにParamyxoviridae、例えば、ヘンドラウイルスおよびニバーウイルス、大痘瘡および小痘瘡(天然痘)、アルファウイルス、例えば、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、SARS関連コロナウイルス(SARS−CoV)、西ナイルウイルス、任意の脳炎を引き起こすウイルス。
一実施形態では、本発明は、組換えレトロウイルス、例えば、VSV−G糖タンパク質を用いてシュードタイピングされたレンチウイルスを産生するパッケージング細胞を提供する。
「シュードタイプ」または「シュードタイピング」という用語は、本明細書で使用される場合、ウイルスエンベロープタンパク質が、好ましい特性を有する別のウイルスのエンベロープタンパク質で置換されたウイルスを指す。例えば、HIVエンベロープタンパク質(env遺伝子によりコードされる)は通常ウイルスをCD4+提示細胞にターゲティングするので、HIVを水疱性口内炎ウイルスGタンパク質(VSV−G)エンベロープタンパク質でシュードタイピングし、それにより、HIVをより広い範囲の細胞に感染させることを可能にすることができる。本発明の好ましい実施形態では、レンチウイルスエンベロープタンパク質をVSV−Gでシュードタイピングする。一実施形態では、本発明は、VSV−Gエンベロープ糖タンパク質を用いてシュードタイピングした組換えレトロウイルス、例えば、レンチウイルスを産生するパッケージング細胞を提供する。
本明細書で使用される場合、「パッケージング細胞株」という用語は、パッケージングシグナルを含有しないが、ウイルス粒子の正しいパッケージングに必要なウイルス構造タンパク質および複製酵素(例えば、gag、polおよびenv)を安定にまたは一過性に発現する細胞株に関して使用される。本発明のパッケージング細胞を調製するために、任意の適切な細胞株を使用することができる。一般に、細胞は、哺乳動物細胞である。特定の実施形態では、パッケージング細胞株を作製するために使用する細胞は、ヒト細胞である。使用することができる適切な細胞株としては、例えば、CHO細胞、BHK細胞、MDCK細胞、C3H 10T1/2細胞、FLY細胞、Psi−2細胞、BOSC 23細胞、PA317細胞、WEHI細胞、COS細胞、BSC 1細胞、BSC 40細胞、BMT 10細胞、VERO細胞、W138細胞、MRC5細胞、A549細胞、HT1080細胞、293細胞、293T細胞、B−50細胞、3T3細胞、NIH3T3細胞、HepG2細胞、Saos−2細胞、Huh7細胞、HeLa細胞、W163細胞、211細胞、および211A細胞が挙げられる。好ましい実施形態では、パッケージング細胞は、293細胞、293T細胞、またはA549細胞である。別の好ましい実施形態では、細胞は、A549細胞である。
本明細書で使用される場合、「産生細胞株」という用語は、パッケージング細胞株およびパッケージングシグナルを含む移入ベクター構築物を含む、組換えレトロウイルス粒子を産生することができる細胞株を指す。感染性ウイルス粒子およびウイルスストック溶液の作製は、従来の技法を使用して行うことができる。ウイルスストック溶液を調製する方法は当技術分野で公知であり、例えば、Y. Soneokaら(1995年)Nucl. Acids Res. 23巻:628〜633頁、およびN. R. Landauら(1992年)J. Virol. 66巻:5110〜5113頁によって例示されている。感染性ウイルス粒子は、従来の技法を使用してパッケージング細胞から収集することができる。例えば、感染性粒子は、当技術分野で公知の通り、細胞溶解、または細胞培養物の上清の収集により収集することができる。場合によって、所望であれば、収集されたウイルス粒子を精製することができる。適切な精製技法は、当業者に周知である。
遺伝子(複数可)または他のポリヌクレオチド配列を、トランスフェクションではなく、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターを使用してウイルス感染によって送達することは、「形質導入」と称される。一実施形態では、レトロウイルスベクターを、感染およびプロウイルスの組み込みによって細胞に形質導入する。ある特定の実施形態では、標的細胞、例えば、T細胞は、ウイルスまたはレトロウイルスベクターを使用した感染によって細胞に送達された遺伝子または他のポリヌクレオチド配列を含む場合、「形質導入」されている。特定の実施形態では、形質導入された細胞は、細胞のゲノム内に、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターによって送達された1つまたは複数の遺伝子または他のポリヌクレオチド配列を含む。
特定の実施形態では、1つまたは複数のポリペプチドを発現する本発明のウイルスベクターを用いて形質導入を行った宿主細胞を、B細胞悪性疾患を治療および/または予防するために被験体に投与する。本発明のある特定の実施形態に従って利用することができる、遺伝子療法におけるウイルスベクターの使用に関する他の方法は、例えば、Kay, M. A.(1997年)Chest 111巻(補遺6号):138S〜142S頁;Ferry, N.およびHeard, J. M.(1998年)Hum. Gene Ther. 9巻:1975〜81頁;Shiratory, Y.ら(1999年)Liver 19巻:265〜74頁;Oka, K.ら(2000年)Curr. Opin. Lipidol. 11巻:179〜86頁;Thule, P. M.およびLiu, J. M.(2000年)Gene Ther. 7巻:1744〜52頁;Yang, N. S.(1992年)Crit. Rev. Biotechnol. 12巻:335〜56頁;Alt, M.(1995年)J. Hepatol. 23巻:746〜58頁;Brody, S. L.およびCrystal, R. G.(1994年)Ann. N.Y. Acad. Sci. 716巻:90〜101頁;Strayer, D. S.(1999年)Expert Opin. Investig. Drugs 8巻:2159〜2172頁;Smith−Arica, J. R.およびBartlett, J. S.(2001年)Curr. Cardiol. Rep. 3巻:43〜49頁;およびLee, H. C.ら(2000年)Nature 408巻:483〜8頁に見いだすことができる。
G.遺伝子改変された細胞
本発明は、特定の実施形態では、B細胞関連状態の治療における使用のための、本明細書において意図されているCARを発現するように遺伝子改変された細胞を意図する。本明細書で使用される場合、用語「遺伝子工学的に作製された」または「遺伝子改変された」は、細胞における総遺伝物質へのDNAまたはRNAの形態の余分な遺伝物質の付加を指す。用語「遺伝子改変された細胞」、「改変された細胞」および「向け直された細胞」は、互換的に使用される。本明細書で使用される場合、用語「遺伝子療法」は、遺伝子の発現を回復、補正もしくは改変する、または治療用ポリペプチド、例えば、CARを発現する目的の、細胞における総遺伝物質へのDNAまたはRNAの形態の余分な遺伝物質の導入を指す。
特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARは、目的の標的抗原、例えば、BCMAポリペプチドへとその特異性を向け直すことができるように、免疫エフェクター細胞に導入および発現される。「免疫エフェクター細胞」は、1種または複数のエフェクター機能(例えば、細胞傷害性細胞殺傷活性、サイトカインの分泌、ADCCおよび/またはCDCの誘導)を有する免疫系の任意の細胞である。
本発明の免疫エフェクター細胞は、自己由来/自原性(「自己」)または非自己由来(「非自己」、例えば、同種異系、同系または異種)であってもよい。
「自己由来」は、本明細書で使用される場合、同じ被験体由来の細胞を指す。
「同種異系」は、本明細書で使用される場合、比較している細胞とは遺伝的に異なる同じ種の細胞を指す。
「同系」は、本明細書で使用される場合、比較している細胞と遺伝的に同一である異なる被験体の細胞を指す。
「異種」は、本明細書で使用される場合、比較している細胞とは異なる種の細胞を指す。好ましい実施形態では、本発明の細胞は、同種異系である。
本明細書において意図されているCARと共に使用される例示的な免疫エフェクター細胞は、Tリンパ球を含む。用語「T細胞」または「Tリンパ球」は、当技術分野で認識されており、胸腺細胞、未成熟Tリンパ球、成熟Tリンパ球、休止Tリンパ球または活性化Tリンパ球を含むものとする。T細胞は、Tヘルパー(Th)細胞、例えば、Tヘルパー1(Th1)またはTヘルパー2(Th2)細胞であり得る。T細胞は、ヘルパーT細胞(HTL;CD4T細胞)CD4T細胞、細胞傷害性T細胞(CTL;CD8T細胞)、CD4CD8T細胞、CD4CD8T細胞またはT細胞の任意の他のサブセットであり得る。特定の実施形態における使用に適したT細胞の他の例示的な集団は、ナイーブT細胞およびメモリーT細胞を含む。
当業者によって理解される通り、本明細書に記載されているCARによる免疫エフェクター細胞として他の細胞を使用することもできる。特に、免疫エフェクター細胞は、NK細胞、NKT細胞、好中球およびマクロファージも含む。免疫エフェクター細胞は、エフェクター細胞の前駆体も含み、このような前駆細胞は、in vivoまたはin vitroで免疫エフェクター細胞に分化するように誘導することができる。よって、特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、被験体における投与の際に成熟免疫エフェクター細胞に分化する、または成熟免疫エフェクター細胞に分化するようにin vitroで誘導され得る、臍帯血、骨髄または動員された末梢血に由来する細胞のCD34集団内に含有される造血幹細胞(HSC)など、免疫エフェクター細胞の前駆体を含む。
本明細書で使用される場合、BCMA特異的CARを含有するように遺伝子工学的に作製された免疫エフェクター細胞は、「BCMA特異的な向け直された免疫エフェクター細胞」と称することができる。
用語「CD34細胞」は、本明細書で使用される場合、その細胞表面においてCD34タンパク質を発現する細胞を指す。「CD34」は、本明細書で使用される場合、細胞−細胞接着因子として作用することが多い細胞表面糖タンパク質(例えば、シアロムチンタンパク質)を指し、リンパ節へのT細胞進入に関与する。CD34細胞集団は、患者への投与の際に、T細胞、NK細胞、NKT細胞、好中球および単球/マクロファージ系列の細胞を含む全造血系列に分化および寄与する、造血幹細胞(HSC)を含有する。
本発明は、本明細書において意図されているCARを発現する免疫エフェクター細胞を作製するための方法を提供する。一実施形態では、本方法は、免疫エフェクター細胞が、本明細書に記載されている1種または複数のCARを発現するように、個体から単離された免疫エフェクター細胞をトランスフェクトまたは形質導入するステップを含む。ある特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、個体から単離され、in vitroでさらに操作されることなく遺伝子改変される。次いで、このような細胞は、個体に直接的に再投与することができる。さらなる実施形態では、免疫エフェクター細胞は、CARを発現するように遺伝子改変される前に、in vitroで増殖するようにまず活性化および刺激される。この点に関して、免疫エフェクター細胞は、遺伝子改変(すなわち、本明細書において意図されているCARを発現するように形質導入またはトランスフェクト)する前および/または後に培養することができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞のin vitro操作または遺伝的改変に先立ち、細胞の供給源は、被験体から得られる。特定の実施形態では、CAR改変免疫エフェクター細胞は、T細胞を含む。T細胞は、これらに限定されないが、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸水、脾臓組織および腫瘍を含めたいくつかの供給源から得ることができる。ある特定の実施形態では、T細胞は、沈降、例えば、FICOLL(商標)分離など、当業者に公知のいくつもの技法を使用して、被験体から収集される血液の単位から得ることができる。一実施形態では、個体の循環血由来の細胞は、アフェレーシスによって得られる。アフェレーシス産物は、典型的には、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球および血小板を含むリンパ球を含有する。一実施形態では、アフェレーシスによって収集した細胞を、血漿画分を除去するため、およびその後の加工処理のために適切な緩衝液または培地中に細胞を置くために洗浄することができる。細胞は、PBSで、またはカルシウム、マグネシウムおよび他の全てではないが大多数の二価カチオンを欠く別の適切な溶液で洗浄することができる。当業者によって認められる通り、洗浄ステップは、半自動フロースルー遠心分離機の使用によるなど、当業者に公知の方法によって達成することができる。例えば、Cobe 2991細胞プロセッサー、Baxter CytoMateなど。洗浄後に、細胞は、様々な生体適合性緩衝液または緩衝液を含むか含まない他の食塩溶液に再懸濁することができる。ある特定の実施形態では、細胞が直接的に再懸濁された培養培地におけるアフェレーシス試料の望ましくない構成成分を除去することができる。
ある特定の実施形態では、T細胞は、赤血球を溶解し、例えば、PERCOLL(商標)勾配による遠心分離によって単球を枯渇させることにより、末梢血単核細胞(PBMC)から単離される。次のマーカー:CD3、CD28、CD4、CD8、CD45RAおよびCD45ROのうち1種または複数を発現するT細胞の特異的亜集団は、正のまたは負の選択技法によってさらに単離することができる。一実施形態では、CD3、CD28、CD4、CD8、CD45RAおよびCD45ROを発現するT細胞の特異的亜集団は、正のまたは負の選択技法によってさらに単離される。例えば、負の選択によるT細胞集団の濃縮は、負に選択された細胞に特有の表面マーカーに対する抗体の組合せにより達成することができる。本明細書における使用のための一方法は、負に選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体のカクテルを使用する、負の磁性免疫接着またはフローサイトメトリーによる細胞選別および/または選択である。例えば、負の選択によりCD4細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA−DRおよびCD8に対する抗体を含む。フローサイトメトリーおよび細胞選別を使用して、本発明における使用のための目的の細胞集団を単離することもできる。
PBMCは、本明細書において意図されている方法を使用して、CARを発現するように直接的に遺伝子改変することができる。ある特定の実施形態では、PBMCの単離後に、Tリンパ球は、さらに単離され、ある特定の実施形態では、細胞傷害性およびヘルパーTリンパ球の両方は、遺伝的改変および/または増大の前または後のいずれかに、ナイーブ、メモリーおよびエフェクターT細胞亜集団へと選別することができる。
CD8細胞は、標準方法を使用して得ることができる。一部の実施形態では、CD8細胞は、CD8細胞の型のそれぞれに関連する細胞表面抗原を同定することにより、ナイーブ、セントラルメモリーおよびエフェクター細胞へとさらに選別される。
ある特定の実施形態では、ナイーブCD8Tリンパ球は、CD62L、CCR7、CD28、CD3、CD127およびCD45RAを含むナイーブT細胞の表現型マーカーの発現によって特徴付けられる。
特定の実施形態では、メモリーT細胞は、CD8末梢血リンパ球のCD62LおよびCD62Lサブセットの両方に存在する。PBMCは、抗CD8および抗CD62L抗体による染色後に、CD62LCD8およびCD62LCD8画分へと選別される。一部の実施形態では、セントラルメモリーT細胞の表現型マーカーの発現は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3およびCD127を含み、グランザイムBについて陰性である。一部の実施形態では、セントラルメモリーT細胞は、CD45RO、CD62L、CD8T細胞である。
一部の実施形態では、エフェクターT細胞は、CD62L、CCR7、CD28およびCD127については陰性であり、グランザイムBおよびパーフォリンについては陽性である。
ある特定の実施形態では、CD4T細胞は、亜集団へとさらに選別される。例えば、CD4Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することにより、ナイーブ、セントラルメモリーおよびエフェクター細胞へと選別することができる。CD4リンパ球は、標準方法によって得ることができる。一部の実施形態では、ナイーブCD4Tリンパ球は、CD45RO、CD45RA、CD62LCD4T細胞である。一部の実施形態では、セントラルメモリーCD4細胞は、CD62L陽性およびCD45RO陽性である。一部の実施形態では、エフェクターCD4細胞は、CD62LおよびCD45RO陰性である。
T細胞など、免疫エフェクター細胞は、公知方法を使用して単離後に遺伝子改変することができる、または免疫エフェクター細胞は、遺伝子改変に先立ちin vitroで活性化および増大(または前駆体の場合は分化)することができる。特定の実施形態では、T細胞など、免疫エフェクター細胞は、本明細書において意図されているキメラ抗原受容体により遺伝子改変(例えば、CARをコードする核酸を含むウイルスベクターにより形質導入)され、次いでin vitroで活性化および増大される。種々の実施形態では、T細胞は、例えば、米国特許第6,352,694号;同第6,534,055号;同第6,905,680号;同第6,692,964号;同第5,858,358号;同第6,887,466号;同第6,905,681号;同第7,144,575号;同第7,067,318号;同第7,172,869号;同第7,232,566号;同第7,175,843号;同第5,883,223号;同第6,905,874号;同第6,797,514号;同第6,867,041号;および米国特許出願公開第20060121005号に記載されている方法を使用して、CARを発現するための遺伝的改変の前または後に活性化および増大させることができる。
一般に、T細胞は、T細胞の表面における共刺激分子を刺激するCD3 TCR複合体関連シグナルおよびリガンドを刺激する薬剤を取り付けた表面と接触させることにより増大される。T細胞集団は、表面に固定化された抗CD3抗体もしくはその抗原結合性断片または抗CD2抗体と接触させることにより、あるいはカルシウムイオノフォアと併せたタンパク質キナーゼC活性化因子(例えば、ブリオスタチン)と接触させることにより刺激することができる。T細胞の表面におけるアクセサリー分子の共刺激も意図される。
特定の実施形態では、PBMCまたは単離されたT細胞は、IL−2、IL−7および/またはIL−15など、適切なサイトカインを有する培養培地において、ビーズまたは他の表面に一般に取り付けられた抗CD3および抗CD28抗体など、刺激剤および共刺激剤と接触させる。CD4T細胞またはCD8T細胞のいずれかの増殖を刺激するために、抗CD3抗体および抗CD28抗体が用いられる。抗CD28抗体の例として、9.3、B−T3、XR−CD28(Diacione、Besancon、France)が挙げられ、当技術分野で一般的に公知の他の方法と同様に使用することができる(Bergら、Transplant Proc.30巻(8号):3975〜3977頁、1998年;Haanenら、J. Exp. Med.190巻(9号):13191328頁、1999年;Garlandら、J. Immunol Meth.227巻(1〜2号):53〜63頁、1999年)。同じビーズに取り付けられた抗CD3および抗CD28抗体は、「代理」抗原提示細胞(APC)として機能する。他の実施形態では、US6040177;US5827642;およびWO2012129514に記載されている方法などの方法を使用して、T細胞を活性化および刺激して、フィーダー細胞および適切な抗体およびサイトカインと共に増殖させることができる。
他の実施形態では、人工APC(aAPC)は、様々な共刺激分子およびサイトカインの安定的な発現および分泌を導くようにK562、U937、721.221、T2およびC1R細胞を工学的に作製することにより作製される。特定の実施形態では、K32またはU32 aAPCは、aAPC細胞表面における1種または複数の抗体に基づく刺激性分子の提示を導くように使用される。aAPCにおける遺伝子の種々の組合せの発現は、特異的成長要件および別個の機能を有するT細胞サブセットの最適な繁殖のためにaAPCを調節することができるように、ヒトT細胞活性化要件の正確な決定を可能にする。aAPCは、天然APCの使用とは対照的に、外因的サイトカインの添加を必要としない、機能的ヒトCD8 T細胞のex vivo成長および長期増大を支持する。T細胞の集団は、これらに限定されないが、CD137L(4−1BBL)、CD134L(OX40L)および/またはCD80もしくはCD86を含めた、様々な共刺激分子を発現するaAPCによって増大させることができる。最後に、aAPCは、遺伝子改変されたT細胞を増大させ、CD8 T細胞におけるCD28発現を維持するための効率的なプラットフォームを提供する。WO03/057171およびUS2003/0147869に提供されているaAPCは、これらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
一実施形態では、CD34細胞は、本発明に従った核酸構築物を形質導入される。ある特定の実施形態では、形質導入されたCD34細胞は、被験体、一般に、この細胞が本来単離された被験体への投与後に、in vivoで成熟免疫エフェクター細胞に分化する。別の実施形態では、CD34細胞は、以前に記載された方法(Asheuerら、2004年;Imrenら、2004年)に従って、次のサイトカイン:Flt−3リガンド(FLT3)、幹細胞因子(SCF)、巨核球増殖分化因子(TPO)、IL−3およびIL−6のうち1種または複数により、本明細書に記載されているCARへの曝露に先立ち、またはそれによる遺伝子改変後に、in vitroで刺激することができる。
本発明は、がんの治療のための改変された免疫エフェクター細胞の集団であって、改変された免疫エフェクター細胞が、本明細書に開示されているCARを含む集団を提供する。例えば、改変された免疫エフェクター細胞の集団は、本明細書に記載されているB細胞悪性疾患と診断された患者から得られる末梢血単核細胞(PBMC)から調製される(自己由来ドナー)。PBMCは、CD4、CD8、またはCD4およびCD8であり得るTリンパ球の不均一集団を形成する。
PBMCは、NK細胞またはNKT細胞など、他の細胞傷害性リンパ球を含むこともできる。本明細書において意図されているCARのコード配列を保持する発現ベクターは、ヒトドナーT細胞、NK細胞またはNKT細胞の集団に導入することができる。発現ベクターを保持する成功裏に形質導入されたT細胞は、抗CD3抗体および/もしくは抗CD28抗体ならびにIL−2を使用した細胞活性化、または本明細書の他の箇所に記載されている当技術分野で公知の任意の他の方法に加えて、CD3陽性T細胞を単離するためのフローサイトメトリーを使用して選別し、次いでさらに繁殖させて、これらのCARタンパク質を発現するT細胞の数を増加させることができる。標準手順は、ヒト被験体における使用のための貯蔵および/または調製のための、CARタンパク質を発現するT細胞の凍結保存のために使用される。一実施形態では、T細胞のin vitro形質導入、培養および/または増大は、ウシ胎仔血清およびウシ胎児血清など、非ヒト動物由来産物の非存在下で行われる。PBMCの不均一集団は、遺伝子改変されているため、その結果得られる形質導入細胞は、本明細書において意図されているCARを標的化するBCMAを含む改変された細胞の不均一集団である。
さらなる実施形態では、免疫エフェクター細胞のドナー集団の遺伝子改変において、例えば、1、2、3、4、5種またはそれを超える異なる発現ベクターの混合物を使用することができ、各ベクターは、本明細書において意図されている異なるキメラ抗原受容体タンパク質をコードする。その結果得られる改変された免疫エフェクター細胞は、ある割合で2種以上の異なるCARタンパク質を発現する改変された細胞を有する改変された細胞の混合集団を形成する。
一実施形態では、本発明は、BCMAタンパク質を標的化する、遺伝子改変されたマウス、ヒトまたはヒト化CARタンパク質発現免疫エフェクター細胞を貯蔵する方法であって、細胞が解凍の際に生存可能なままであるように、免疫エフェクター細胞を凍結保存するステップを含む方法を提供する。CARタンパク質を発現する免疫エフェクター細胞の一部を、当技術分野で公知の方法によって凍結保存して、B細胞関連状態を患う患者の将来的な治療のためにこのような細胞の永続的な供給源を提供することができる。必要に応じて、凍結保存された形質転換免疫エフェクター細胞を解凍し、成長させ、より多くのこのような細胞を得るために増大させることができる。
本明細書で使用される場合、「凍結保存」は、(典型的には)77Kまたは−196℃(液体窒素の沸点)など、氷点下(sub−zero)の温度まで冷却することによる細胞の保存を指す。氷点下の温度において、凍結保護剤が頻繁に使用されて、保存されている細胞が低温における凍結または室温への加温により損傷を受けることを防止する。凍結保存剤および最適冷却速度は、細胞傷害から保護することができる。使用することができる凍結保護剤として、これらに限定されないが、ジメチルスルホキシド(DMSO)(LovelockおよびBishop、Nature、1959年;183巻:1394〜1395頁;Ashwood−Smith、Nature、1961年;190巻:1204〜1205頁)、グリセロール、ポリビニルピロリドン(polyvinylpyrrolidine)(Rinfret、Ann. N.Y. Acad. Sci.、1960年;85巻:576頁)およびポリエチレングリコール(SloviterおよびRavdin、Nature、1962年;196巻:48頁)が挙げられる。好ましい冷却速度は、1°〜3℃/分である。少なくとも2時間後、T細胞は、−80℃の温度に達し、長期低温貯蔵用貯蔵容器内など、永久貯蔵のために液体窒素(−196℃)中に直接的に置くことができる。
H.組成物および製剤
本明細書において意図されている組成物は、本明細書において意図されている1種または複数のポリペプチド、ポリヌクレオチド、これを含むベクター、遺伝子改変された免疫エフェクター細胞などを含むことができる。組成物として、これらに限定されないが、医薬組成物が挙げられる。「医薬組成物」は、単独で、または1種もしくは複数の他の治療様式と組み合わせて、細胞または動物への投与のための薬学的に許容されるまたは生理的に許容される溶液において製剤化された組成物を指す。所望される場合、本発明の組成物を、例えば、サイトカイン、増殖因子、ホルモン、小分子、化学療法薬、プロドラッグ、薬物、抗体または他の種々の薬学的に活性な薬剤など、同様に他の薬剤と組み合わせて投与してよいことも理解されるであろう。追加的な薬剤が、意図される療法を送達する組成物の能力に有害に影響を与えない条件で、組成物に含めることができる他の構成成分に関して実質的に制限はない。
「薬学的に許容される」という句は、本明細書では、健全な医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題または合併症を伴わずにヒトおよび動物の組織と接触させて使用するのに適した、妥当な損益比に見合う化合物、材料、組成物、および/または剤形を指すために使用される。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤」としては、限定することなく、米国食品医薬品局により、ヒトまたは家畜動物における使用に関して許容されるとして認可を受けている任意のアジュバント、担体、賦形剤、流動促進剤(glidant)、甘味剤、希釈剤、防腐剤、色素/着色剤、香味増強剤(flavor enhancer)、界面活性剤、湿潤剤、分散剤、懸濁化剤、安定剤、等張剤(isotonic agent)、溶媒、界面活性剤、または乳化剤が挙げられる。例示的な薬学的に許容される担体としては、これらに限定されないが、糖、例えば、ラクトース、グルコースおよびスクロースなど;デンプン、例えば、トウモロコシデンプンおよびジャガイモデンプンなど;セルロースおよびその誘導体、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロースなど;トラガント;麦芽;ゼラチン;タルク;カカオバター、ろう、動物性および植物性脂肪、パラフィン、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸、酸化亜鉛;油、例えば、ピーナッツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油など;グリコール、例えば、プロピレングリコールなど;ポリオール、例えば、グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコールなど;エステル、例えば、オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなど;寒天;緩衝剤、例えば、水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなど;アルギン酸;発熱物質不含水;等張性の食塩水;リンゲル液;エチルアルコール;リン酸緩衝溶液;および医薬製剤に使用される任意の他の適合する物質が挙げられる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、ある量の本明細書において意図されているCAR発現免疫エフェクター細胞を含む。本明細書で使用される場合、用語「量」は、臨床結果を含む有益なまたは所望の予防的または治療的結果を達成するのに「有効な量」または「有効量」の遺伝子改変された治療用細胞、例えば、T細胞を指す。
「予防有効量」は、所望の予防的結果を達成するのに有効な遺伝子改変された治療用細胞の量を指す。必要ではないが典型的に、予防的用量は、疾患に先立ってまたはその初期段階で被験体において使用されるため、予防有効量は、治療有効量より少ない。
遺伝子改変された治療用細胞の「治療有効量」は、個体の疾患状態、年齢、性別および体重、ならびに個体における所望の応答を誘発する幹細胞および前駆細胞の能力などの因子に応じて変動し得る。治療有効量は、ウイルスまたは形質導入される治療用細胞のいかなる有毒または有害効果よりも治療有益効果が上回る量でもある。用語「治療有効量」は、被験体(例えば、患者)を「治療」するのに有効な量を含む。治療量が示される場合、投与するべき本発明の組成物の正確な量は、年齢、体重、腫瘍サイズ、感染または転移の程度、および患者(被験体)の状態の個体差を考慮しつつ、医師によって決定することができる。一般に、本明細書に記載されているT細胞を含む医薬組成物は、範囲内のあらゆる整数値を含む、体重1kg当たり細胞10〜1010個、好ましくは体重1kg当たり細胞10〜10個の投薬量で投与することができることが規定され得る。細胞の数は、組成物に含まれる細胞型と同様に、組成物の意図された最終的な使用に左右される。本明細書に提供される使用に関して、細胞は、一般に、1リットルまたはそれ未満の体積であり、500mLまたはそれ未満、さらには250mLまたは100mLまたはそれ未満であってよい。したがって、所望の細胞の密度は、典型的には、1ml当たり細胞10個超であり、一般に、1ml当たり細胞10個超、一般に、1ml当たり細胞10個またはそれ超である。免疫細胞の臨床的に関連がある数は、10、10、10、10、10、1010、1011または1012個の細胞に累積的に等しいまたはこれを超える多数の注入に配分することができる。本発明の一部の態様では、特に、注入された細胞の全てが、特定の標的抗原に向け直されるため、10/キログラム(患者当たり10〜1011)の範囲内の、より少数の細胞を投与することができる。CAR発現細胞組成物は、これらの範囲内の投薬量で複数回投与することができる。細胞は、療法を受けている患者にとって同種異系、同系、異種または自己由来であってもよい。所望であれば、治療は、免疫応答の誘導を増強するために、本明細書に記載されている通り、マイトジェン(例えば、PHA)またはリンホカイン、サイトカインおよび/またはケモカイン(例えば、IFN−γ、IL−2、IL−12、TNF−アルファ、IL−18およびTNF−ベータ、GM−CSF、IL−4、IL−13、Flt3−L、RANTES、MIP1αなど)の投与を含むこともできる。
一般に、本明細書に記載されている通りに活性化および増大された細胞を含む組成物は、免疫無防備状態の個体に生じる疾患の治療および予防において利用することができる。特に、本明細書において意図されているCAR改変T細胞を含む組成物は、B細胞悪性疾患の治療において使用される。本発明のCAR改変T細胞は、単独で、あるいは担体、希釈剤、賦形剤、および/またはIL−2もしくは他のサイトカインもしくは細胞集団などの他の構成成分と組み合わせた医薬組成物として投与することができる。特定の実施形態では、本明細書において意図されている医薬組成物は、1種または複数の薬学的または生理的に許容される担体、希釈剤または賦形剤と組み合わせて、ある量の遺伝子改変されたT細胞を含む。
T細胞など、CAR発現免疫エフェクター細胞集団を含む本発明の医薬組成物は、中性緩衝食塩水、リン酸緩衝食塩水などの緩衝液;グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトールなどの炭水化物;タンパク質;ポリペプチドまたはグリシンなどのアミノ酸;抗酸化剤;EDTAまたはグルタチオンなどのキレート剤;アジュバント(例えば、水酸化アルミニウム);および保存料を含むことができる。本発明の組成物は、好ましくは、非経口的投与、例えば、血管内(静脈内または動脈内)、腹腔内または筋肉内投与のために製剤化される。
液体の医薬組成物は、溶液か、懸濁物か、または他の同様の形態であるかにかかわらず、以下のうちの1つまたは複数を含んでよい:滅菌希釈剤、例えば、注射用水、食塩溶液、好ましくは生理的食塩水、リンゲル液、等張性塩化ナトリウム、溶媒または懸濁媒体としての機能を果たし得る合成モノグリセリドまたはジグリセリドなどの不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の溶媒;ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなどの抗菌剤;アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなどの抗酸化剤;エチレンジアミン四酢酸などのキレート化剤;酢酸、クエン酸またはリン酸などの緩衝液、および、張度を調整するための薬剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロースなど。非経口的調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジまたは複数用量バイアルに封入することができる。注射用医薬組成物は、好ましくは無菌である。
特定の実施形態では、本明細書において意図されている組成物は、有効量のCAR発現免疫エフェクター細胞を単独で、または1種もしくは複数の治療剤と組み合わせて含む。よって、CAR発現免疫エフェクター細胞組成物は、単独で、または放射線療法、化学療法、移植、免疫療法、ホルモン療法、光ダイナミック療法など、他の公知のがん治療と組み合わせて投与することができる。組成物は、抗生物質と組み合わせて投与することもできる。このような治療剤は、特定のがんなど、本明細書に記載されている特定の疾患状態のための標準治療として、当技術分野で許容することができる。意図される例示的な治療剤は、サイトカイン、増殖因子、ステロイド、NSAID、DMARD、抗炎症薬、化学療法薬、放射線療法薬、治療用抗体または他の活性および補助的薬剤を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書に開示されているCAR発現免疫エフェクター細胞を含む組成物は、いくつもの化学療法剤と併せて投与することができる。化学療法剤の実例として、チオテパおよびシクロホスファミド(CYTOXAN(商標))など、アルキル化剤;ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン(piposulfan)など、スルホン酸アルキル;ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ(meturedopa)およびウレドパ(uredopa)など、アジリジン;アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド(phosphaoramide)およびトリメチロールメラミン(trimethylolomelamine)レジューム(resume)を含むエチレンイミンおよびメチロールメラミン(methylamelamine);クロラムブシル、クロルナファジン(chlornaphazine)、コロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノボビオシン、フェネステリン(phenesterine)、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなど、ナイトロジェンマスタード;カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなど、ニトロソウレア(nitrosurea);アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリチアマイシン、カラビシン(carabicin)、カルミノマイシン(carminomycin)、カルジノフィリン(carzinophilin)、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(detorubicin)、6−ジアゾ−5−オキソ−L−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン(rodorubicin)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなど、抗生物質;メトトレキセートおよび5−フルオロウラシル(5−FU)など、代謝拮抗薬;デノプテリン(denopterin)、メトトレキセート、プテロプテリン(pteropterin)、トリメトレキセートなど、葉酸アナログ;フルダラビン、6−メルカプトプリン、チアミプリン(thiamiprine)、チオグアニンなど、プリンアナログ;アンシタビン、アザシチジン、6−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、5−FUなど、ピリミジンアナログ;カルステロン(calusterone)、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなど、アンドロゲン;アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど、抗副腎薬(anti−adrenal);フロリン酸(frolinic acid)など、葉酸補充薬;アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;アムサクリン;ベストラブシル;ビスアントレン(bisantrene);エダトレキセート;デフォファミン(defofamine);デメコルチン;ジアジコン(diaziquone);エルフォルミチン(elformithine);エリプチニウム酢酸塩(elliptinium acetate);エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシウレア;レンチナン;ロニダミン;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダモール;ニトラクリン;ペントスタチン;フェナメット(phenamet);ピラルビシン;ポドフィリン酸;2−エチルヒドラジド;プロカルバジン;PSK(登録商標);ラゾキサン;シゾフィラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジコン;2,2’,2”−トリクロロトリエチルアミン;ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン(gacytosine);アラビノシド(「Ara−C」);シクロホスファミド;チオテパ;タキソイド、例えば、パクリタキセル(TAXOL(登録商標)、Bristol−Myers Squibb Oncology、Princeton、N.J.)およびドセタキセル(doxetaxel)(TAXOTERE(登録商標)、Rhne−Poulenc Rorer、Antony、France);クロラムブシル;ゲムシタビン;6−チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキセート;シスプラチンおよびカルボプラチンなど、白金アナログ;ビンブラスチン;白金;エトポシド(VP−16);イホスファミド;マイトマイシンC;ミトキサントロン;ビンクリスチン;ビノレルビン;ナベルビン;ノバントロン(novantrone);テニポシド;ダウノマイシン;アミノプテリン;ゼローダ;イバンドロネート;CPT−11;トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000;ジフルオロメチルオルニチン(difluoromethylomithine)(DMFO);Targretin(商標)(ベキサロテン)、Panretin(商標)(アリトレチノイン)など、レチノイン酸誘導体;ONTAK(商標)(デニロイキンジフチトクス);エスペラミシン;カペシタビン;ならびに上述のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられる。この定義には、例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害4(5)−イミダゾール、4−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン(trioxifene)、ケオキシフェン(keoxifene)、LY117018、オナプリストン(onapristone)およびトレミフェン(フェアストン)を含む抗エストロゲン剤;ならびにフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリドおよびゴセレリンなど、抗アンドロゲン剤;ならびに上述のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体など、がんにおけるホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン剤も含まれる。
様々な他の治療剤を、本明細書に記載されている組成物と併せて使用することができる。一実施形態では、CAR発現免疫エフェクター細胞を含む組成物は、抗炎症剤と共に投与される。抗炎症剤または薬として、これらに限定されないが、ステロイドおよびグルココルチコイド(ベタメタゾン、ブデソニド、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン酢酸塩、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、プレドニゾン、トリアムシノロンを含む)、アスピリン、イブプロフェン、ナプロキセン、メトトレキセート、スルファサラジン、レフルノミド、抗TNF薬物療法、シクロホスファミドおよびミコフェノール酸塩を含む非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)が挙げられる。
他の例示的なNSAIDは、イブプロフェン、ナプロキセン、ナプロキセンナトリウム、VIOXX(登録商標)(ロフェコキシブ)およびCELEBREX(登録商標)(セレコキシブ)、およびシアリレートなどのCox−2阻害剤からなる群より選択される。例示的な鎮痛薬は、アセトアミノフェン、オキシコドン、トラマドールまたは塩酸プロポキシフェンからなる群より選択される。例示的なグルココルチコイドは、コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、またはプレドニゾンからなる群より選択される。例示的な生物学的反応修飾物質としては、細胞表面マーカー(例えば、CD4、CD5など)を対象とする分子、TNFアンタゴニスト(例えば、エタネルセプト(ENBREL(登録商標))、アダリムマブ(HUMIRA(登録商標))およびインフリキシマブ(REMICADE(登録商標))などのサイトカイン阻害剤、ケモカイン阻害剤および接着分子阻害剤が挙げられる。生物学的反応修飾物質としては、モノクローナル抗体ならびに組換え型の分子が挙げられる。例示的なDMARDとしては、アザチオプリン、シクロホスファミド、シクロスポリン、メトトレキサート、ペニシラミン、レフルノミド、スルファサラジン、ヒドロキシクロロキン、Gold(経口用(オーラノフィン)および筋肉内用)およびミノサイクリンが挙げられる。
本明細書において意図されているCAR改変T細胞との組合せに適した治療用抗体の実例として、これらに限定されないが、バビツキシマブ、ベバシズマブ(アバスチン)、ビバツズマブ(bivatuzumab)、ブリナツモマブ、コナツムマブ(conatumumab)、ダラツムマブ、デュリゴツマブ(duligotumab)、ダセツズマブ、ダロツズマブ(dalotuzumab)、エロツズマブ(HuLuc63)、ゲムツズマブ、イブリツモマブ、インダツキシマブ(indatuximab)、イノツズマブ、ロルボツズマブ(lorvotuzumab)、ルカツムマブ(lucatumumab)、ミラツズマブ、モキセツモマブ(moxetumomab)、オカラツズマブ(ocaratuzumab)、オファツムマブ、リツキシマブ、シルツキシマブ、テプロツムマブ(teprotumumab)およびウブリツキシマブ(ublituximab)が挙げられる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されている組成物は、サイトカインと併せて投与される。本明細書で使用される「サイトカイン」とは、細胞間メディエータとして別の細胞に作用するある細胞集団によって放出されるタンパク質の総称を意味する。このようなサイトカインの例は、リンホカイン、モノカインおよび伝統的ポリペプチドホルモンである。サイトカインには、ヒト成長ホルモン、N−メチオニルヒト成長ホルモンおよびウシ成長ホルモンなど、成長ホルモン;副甲状腺ホルモン;チロキシン;インスリン;プロインスリン;リラキシン;プロリラキシン;卵胞刺激ホルモン(FSH)、甲状腺刺激ホルモン(TSH)および黄体形成ホルモン(LH)など、糖タンパク質ホルモン;肝増殖因子;線維芽細胞増殖因子;プロラクチン;胎盤性ラクトゲン;腫瘍壊死因子−アルファおよび−ベータ;ミュラー阻害物質;マウスゴナドトロピン関連ペプチド;インヒビン;アクチビン;血管内皮増殖因子;インテグリン;トロンボポエチン(TPO);NGF−ベータなど、神経増殖因子;血小板増殖因子;TGF−アルファおよびTGF−ベータなど、トランスフォーミング増殖因子(TGF);インスリン様増殖因子−Iおよび−II;エリスロポエチン(EPO);骨誘導因子(osteoinductive factor);インターフェロン−アルファ、ベータおよび−ガンマなど、インターフェロン;マクロファージ−CSF(M−CSF);顆粒球−マクロファージ−CSF(GM−CSF);および顆粒球−CSF(G−CSF)など、コロニー刺激因子(CSF);IL−1、IL−1アルファ、IL−2、IL−3、IL−4、IL−5、IL−6、IL−7、IL−8、IL−9、IL−10、IL−11、IL−12;IL−15など、インターロイキン(IL)、TNF−アルファまたはTNF−ベータなど、腫瘍壊死因子;ならびにLIFおよびkitリガンド(KL)を含む他のポリペプチド因子が含まれる。本明細書で使用される場合、用語、サイトカインは、天然供給源または組換え細胞培養物由来のタンパク質およびネイティブ配列サイトカインの生物学的に活性な等価物を含む。
I.治療方法
本明細書において意図されている遺伝子改変された免疫エフェクター細胞は、これらに限定されないが、免疫調節性状態および血液学的悪性疾患を含めた、B細胞関連状態の治療における使用のための養子免疫療法の改善された方法を提供する。
特定の実施形態では、初代免疫エフェクター細胞の特異性は、本明細書において意図されているCARにより初代免疫エフェクター細胞を遺伝子改変することにより、B細胞に向け直される。種々の実施形態では、ウイルスベクターを使用して、BCMAポリペプチドに結合するヒト化抗BCMA抗原結合性ドメイン;ヒンジドメイン;膜貫通(TM)ドメイン、CARの細胞内シグナル伝達ドメインにTMドメインを連結する短いオリゴまたはポリペプチドリンカー;および1個または複数の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン;および一次シグナル伝達ドメインを含むCARをコードする特定のポリヌクレオチドにより、免疫エフェクター細胞を遺伝子改変する。
一実施形態では、本発明は、T細胞が、BCMA発現B細胞を標的化するCARを発現するように遺伝子改変され、このCAR T細胞が、それを必要とするレシピエントに注入される、ある種の細胞療法を含む。注入された細胞は、レシピエントにおける疾患を引き起こすB細胞を殺傷することができる。抗体療法とは異なり、CAR T細胞は、in vivoで複製し、持続したがん療法を導き得る長期持続性をもたらすことができる。
一実施形態では、本発明のCAR T細胞は、頑強なin vivo T細胞増大を行うことができ、延長された量の時間にわたり持続することができる。別の実施形態では、本発明のCAR T細胞は、いずれか追加的な腫瘍形成または成長を阻害するよう再活性化され得る特異的メモリーT細胞へと進化する。
特定の実施形態では、本明細書において意図されているCARを含む免疫エフェクター細胞を含む組成物は、異常B細胞活性に関連する状態の治療において使用される。
本明細書において意図されているCARを含む免疫エフェクター細胞を使用して治療、予防または好転され得る状態の実例として、これらに限定されないが、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、重症筋無力症、自己免疫性溶血性貧血、特発性血小板減少性紫斑病、抗リン脂質抗体症候群、シャーガス病、グレーブス病、ウェゲナー肉芽腫症、結節性多発動脈炎、シェーグレン症候群、尋常性天疱瘡、強皮症、多発性硬化症、抗リン脂質抗体症候群、ANCA関連血管炎、グッドパスチャー病、川崎病および急速進行性糸球体腎炎が挙げられる。
改変された免疫エフェクター細胞は、重鎖病、原発性または免疫細胞関連アミロイドーシスおよび意義未確定の単クローン性ガンマグロブリン血症(MGUS)など、形質細胞障害における用途を有することもできる。
本明細書で使用される場合、「B細胞悪性疾患」は、以下に論じられる通り、B細胞(ある種の免疫系細胞)において形成するある種のがんを指す。
特定の実施形態では、本明細書において意図されているCAR改変T細胞を含む組成物は、これらに限定されないが、例えば、多発性骨髄腫(MM)および非ホジキンリンパ腫(NHL)などのB細胞悪性疾患を含めた、血液学的悪性疾患の治療において使用される。
多発性骨髄腫は、成熟形質細胞形態のB細胞悪性疾患であり、これらの型の細胞の単一のクローンの腫瘍性形質転換を特徴とする。これらの形質細胞は、BMにおいて増殖し、近接する骨、および時には血液に浸潤し得る。多発性骨髄腫のバリアント形態としては、顕性多発性骨髄腫、くすぶり型多発性骨髄腫、形質細胞白血病、非分泌性骨髄腫、IgD骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、および髄外性形質細胞腫が挙げられる(例えば、Braunwaldら(編)、Harrison’s Principles of Internal Medicine、第15版(McGraw−Hill 2001年)を参照されたい)。
非ホジキンリンパ腫は、リンパ球(白血球)のがんの大きな群を包含する。非ホジキンリンパ腫は、あらゆる年齢で生じ得、多くの場合、正常よりも大きいリンパ節、発熱、および体重減少を特徴とする。非ホジキンリンパ腫には多くの異なる型が存在する。例えば、非ホジキンリンパ腫は、侵襲性(成長が早い)型と無痛性(成長が遅い)型に分けることができる。非ホジキンリンパ腫は、B細胞およびT細胞に由来し得るが、本明細書で使用される場合、「非ホジキンリンパ腫」および「B細胞非ホジキンリンパ腫」という用語は、互換的に使用される。B細胞非ホジキンリンパ腫(NHL)としては、バーキットリンパ腫、慢性リンパ球性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆Bリンパ芽球性リンパ腫、およびマントル細胞リンパ腫が挙げられる。骨髄または幹細胞移植後に生じるリンパ腫は、通常はB細胞非ホジキンリンパ腫である。
慢性リンパ球性白血病(CLL)は、Bリンパ球またはB細胞と称される未成熟白血球のゆっくりとした増加を引き起こす無痛性(成長が遅い)がんである。がん細胞は血液および骨髄を通じて拡散し、リンパ節または肝臓および脾臓などの他の器官にも影響を及ぼす可能性がある。CLLは、最終的には骨髄不全を引き起こす。時には、当該疾患の後期には、当該疾患は小リンパ球性リンパ腫と称される。
特定の実施形態では、治療有効量の本明細書において意図されているCAR発現免疫エフェクター細胞またはこれを含む組成物をそれを必要とする患者に単独で、または1種もしくは複数の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法が提供される。ある特定の実施形態では、本発明の細胞は、異常B細胞活性に関連する状態またはB細胞悪性疾患を発症するリスクのある患者の治療において使用される。よって、本発明は、異常B細胞活性に関連する状態またはB細胞悪性疾患の治療または予防のための方法であって、それを必要とする被験体に治療有効量の本明細書において意図されているCAR改変細胞を投与するステップを含む方法を提供する。
本明細書で使用される場合、用語「個体」および「被験体」は多くの場合、互換的に使用され、遺伝子療法ベクター、細胞ベースの治療薬および本明細書の他の箇所に開示されている方法により治療することができる疾患、障害または状態の症状を示す任意の動物を指す。好ましい実施形態では、被験体は、遺伝子療法ベクター、細胞ベースの治療薬および本明細書の他の箇所に開示されている方法により治療することができる、造血系の疾患、障害または状態、例えば、B細胞悪性疾患の症状を示す任意の動物を含む。適切な被験体(例えば、患者)は、実験動物(マウス、ラット、ウサギまたはモルモットなど)、農場動物および家畜またはペット(ネコまたはイヌなど)を含む。非ヒト霊長類、および好ましくはヒト患者が含まれる。典型的な被験体は、B細胞悪性疾患を有する、B細胞悪性疾患と診断された、またはB細胞悪性疾患を有するリスクがあるヒト患者を含む。
本明細書で使用される場合、用語「患者」は、遺伝子療法ベクター、細胞ベースの治療薬および本明細書の他の箇所に開示されている方法により治療することができる特定の疾患、障害または状態と診断された被験体を指す。
本明細書で使用される場合、「治療」または「治療すること」は、疾患または病的状態の症状または病態に対するあらゆる有益なまたは望ましい効果を含み、治療されている疾患または状態の1種または複数の測定可能なマーカーの最小の低下さえも含むことができる。治療は、場合によって、疾患もしくは状態の症状の低下もしくは好転、または疾患もしくは状態の進行の遅延のいずれかを伴い得る。「治療」は、疾患もしくは状態またはその関連する症状の完全な根絶または治癒を必ずしも示さない。
本明細書で使用される場合、「予防する」および「予防される」、「予防すること」などの同様の単語は、疾患または状態の発生または再発の見込みを予防、阻害または低下するためのアプローチを示す。これは、疾患もしくは状態の発病もしくは再発の遅延、または疾患もしくは状態の症状の発生もしくは再発の遅延も指す。本明細書で使用される場合、「予防」および同様の単語は、疾患または状態の発病または再発に先立つ、疾患または状態の強度、影響、症状および/または負荷の低下も含む。
「増強する」または「促進する」または「増加させる」または「増大させる」とは、ビヒクルまたは対照分子/組成物のいずれかによって引き起こされる応答と比較して、より大きい生理的応答(すなわち、下流の効果)を産生、誘発または引き起こす、本明細書において意図されている組成物、例えば、遺伝子改変されたT細胞またはCARをコードするベクターの能力を一般に指す。測定可能な生理的応答は、とりわけ、当技術分野における理解および本明細書における記載から明らかな、T細胞増大、活性化、持続性の増加、および/またはがん細胞殺傷能力の増加を含むことができる。「増加された」または「増強された」量は、典型的には、「統計的に有意な」量であり、ビヒクルまたは対照組成物によって産生される応答の1.1、1.2、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30倍またはそれ超(例えば、500、1000倍)(中間の1を超えるあらゆる整数および小数点、例えば、1.5、1.6、1.7、1.8などを含む)である増加を含むことができる。
「減少する」または「減らす」または「低減する」または「低下する」または「減弱する」とは、ビヒクルまたは対照分子/組成物のいずれかによって引き起こされる応答と比較して、より少ない生理的応答(すなわち、下流の効果)を産生、誘発または引き起こす、本明細書において意図されている組成物の能力を一般に指す。「減少」または「低下された」量は、典型的には、「統計的に有意な」量であり、ビヒクル、対照組成物によって産生される応答(参照応答)または特定の細胞系列における応答の1.1、1.2、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30分の1またはそれ未満(例えば、500、1000分の1)(中間の1を超えるあらゆる整数および小数点、例えば、1.5、1.6、1.7、1.8分の1などを含む)である減少を含むことができる。
「維持する」または「保存する」または「維持」または「変化なし」または「実質的な変化なし」または「実質的な減少なし」とは、ビヒクル、対照分子/組成物のいずれかによって引き起こされる応答、または特定の細胞系列における応答と比較して、細胞におけるより少ない生理的応答(すなわち、下流の効果)を産生、誘発または引き起こす、本明細書において意図されている組成物の能力を一般に指す。同等の応答は、参照応答と有意に異ならないまたは測定可能なほど異ならない応答である。
一実施形態では、それを必要とする被験体におけるB細胞関連状態を治療する方法は、本明細書において意図されている遺伝子改変された免疫エフェクター細胞を含む有効量、例えば、治療有効量の組成物を投与するステップを含む。適切な投薬量は、臨床試験によって決定することができるが、投与の数量および頻度は、患者の状態、ならびに患者の疾患の種類および重症度などの因子によって決定されるであろう。
ある特定の実施形態では、活性化された免疫エフェクター細胞を被験体に投与し、その後、血液を再び採取し(またはアフェレーシスを行い)、本発明に従ってそれに由来する免疫エフェクター細胞を活性化し、これらの活性化および増大された免疫エフェクター細胞を患者に再注入することが望ましい場合がある。このプロセスは、数週間毎に複数回実行することができる。ある特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、10cc〜400ccの採血から活性化することができる。ある特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、20cc、30cc、40cc、50cc、60cc、70cc、80cc、90cc、100cc、150cc、200cc、250cc、300cc、350ccもしくは400ccまたはそれを超える採血から活性化される。理論に縛られるべきではないが、この複数の採血/複数の再注入プロトコールの使用は、免疫エフェクター細胞のある特定の集団の選択に役立つことができる。
本明細書において意図されている組成物の投与は、エアロゾル吸入、注射、摂取、輸血、埋め込みまたは移植によるものを含めた任意の都合のよい様式で行うことができる。好ましい実施形態では、組成物を非経口的に投与する。「非経口投与」および「非経口的に投与する」という句は、本明細書で使用される場合、経腸および局所投与以外の投与形式、通常は注射によるものを指し、限定することなく、血管内、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、嚢内、眼窩内、腫瘍内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内および胸骨内への注射および注入が挙げられる。一実施形態では、本明細書において意図されている組成物を、被験体に、腫瘍、リンパ節、または感染部位に直接注射することによって投与する。
一実施形態では、それを必要とする被験体は、有効量の組成物を投与されて、被験体におけるB細胞関連状態に対する細胞性免疫応答を増加させる。免疫応答は、感染細胞を殺傷することができる細胞傷害性T細胞によって媒介される細胞性免疫応答、調節性T細胞およびヘルパーT細胞応答を含むことができる。B細胞を活性化し、これにより抗体産生をもたらすことができるヘルパーT細胞によって主に媒介される液性免疫応答を誘導することもできる。本発明の組成物によって誘導される免疫応答の種類を解析するために、様々な技法を使用することができ、これらは当技術分野、例えば、Current Protocols in Immunology、編者:John E. Coligan、Ada M. Kruisbeek、David H. Margulies、Ethan M. Shevach、Warren Strober(2001年)John Wiley & Sons、NY、N.Y.において十分に説明されている。
T細胞媒介性死滅の場合では、CAR−リガンド結合により、T細胞へのCARシグナル伝達が開始され、それにより、種々の機構によって標的細胞のアポトーシスを誘導することができるタンパク質を産生または放出するようにT細胞を誘導する種々のT細胞シグナル伝達経路が活性化される。これらのT細胞媒介性機構としては(これらに限定されないが)、細胞内細胞傷害性顆粒のT細胞から標的細胞への移行、標的細胞の死滅を直接(または他のキラーエフェクター細胞の動員によって間接的に)誘導することが可能な炎症促進性サイトカインのT細胞による分泌、および、標的細胞上のそれらの同族の細胞死受容体(例えば、Fas)に結合した後、標的細胞のアポトーシスを誘導する、T細胞表面上の細胞死受容体リガンド(例えば、FasL)の上方制御が挙げられる。
一実施形態では、本発明は、B細胞関連状態と診断された被験体を治療する方法であって、BCMA発現B細胞関連状態と診断された被験体から免疫エフェクター細胞を取り出すステップと、本明細書において意図されているCARをコードする核酸を含むベクターにより前記免疫エフェクター細胞を遺伝子改変し、これにより、改変された免疫エフェクター細胞の集団を産生するステップと、改変された免疫エフェクター細胞の集団を同じ被験体に投与するステップとを含む方法を提供する。好ましい実施形態では、免疫エフェクター細胞は、T細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本発明は、被験体における標的細胞集団に対する免疫エフェクター細胞媒介性免疫モジュレーター応答を刺激するための方法であって、被験体にCAR分子をコードする核酸構築物を発現する免疫エフェクター細胞集団を投与するステップを含む方法も提供する。
本明細書に記載されている細胞組成物を投与するための方法は、被験体において本発明のCARを直接的に発現するex vivoで遺伝子改変された免疫エフェクター細胞の再導入をもたらすのに、または被験体への導入により、CARを発現する成熟免疫エフェクター細胞に分化する免疫エフェクター細胞の遺伝子改変された前駆体の再導入に対して有効である任意の方法を含む。一方法は、本発明に従った核酸構築物により末梢血T細胞をex vivoで形質導入するステップと、形質導入された細胞を被験体に戻すステップとを含む。
本明細書において引用されている刊行物、特許出願、および発行された特許は全て、個々の刊行物、特許出願、または発行された特許のそれぞれが参照により組み込まれることが具体的にかつ個別に示されたものと同じく参照により本明細書に組み込まれる。
前述の発明は、明瞭な理解のために図解および実施例により少し詳細に記載されているが、本発明の教示に照らして、添付の特許請求の範囲の主旨または範囲から逸脱することなく、それらに対してある特定の変化および改変を成すことができることが当業者には容易に明らかになろう。以下の実施例は、単に例示として提供され、限定としては提供されない。基本的に同様の結果を得るために変化または改変することができる種々の重大でないパラメータは当業者には容易に認識されよう。
(実施例1)
抗BCMA CARの構築
ヒト化抗BCMA scFv抗体を含有するCARは、抗BCMA scFvに作動可能に連結されたMNDプロモーター、CD8α由来のヒンジおよび膜貫通ドメインならびにCD137共刺激性ドメインと、続くCD3ζ鎖の細胞内シグナル伝達ドメインを含有するように設計した。図1。抗BCMA CARは、免疫エフェクター細胞における表面発現のためのCD8αシグナルペプチド(SP)配列を含む。抗BCMA CARのポリヌクレオチド配列は、配列番号30〜44、70および72に表記されており;抗BCMA CARのポリペプチド配列は、配列番号15〜29、71および73に表記されており;ベクターマップは、図1に示す。表3〜5は、種々の例示的な抗BCMA CARレンチウイルスベクターの種々のヌクレオチドセグメントの正体、Genbank参照、供給源名および引用を示す。
(実施例2)
ヒト化抗BCMA CARのハイスループットスクリーニング
抗BCMA CARを迅速にスクリーニングするための微小培養アッセイを開発した。微小培養アッセイは、15〜20種のCAR改変T細胞(CAR T細胞)を比較することができる。24ウェルプレート内で、IL−2(CellGenix)ならびにCD3およびCD28に特異的な抗体(Miltenyi Biotec)を含有する培地において末梢血単核細胞(PBMC)を培養して、T細胞の成長(outgrowth)を惹起した。培養7日後に、増大されたT細胞は、>99%CD3陽性T細胞であった。
PBMCから増大されたT細胞を、抗BCMA CARを発現するようにレンチウイルスによって改変した。培養開始1日後に、一過性レンチウイルス上清をPBMC培養物に1:1比(体積:体積)で添加した。倒立光学顕微鏡を使用して光学的にコンフルエントになった後に、IL−2を含有する新鮮培地により、培養物を必要に応じて分割した。培養12日後に、CAR T細胞を収集し、CAR発現および機能に関して評価した。
CARの単鎖可変断片部分に対し反応性の抗体(ヤギ抗マウスIg(GAM)、Life Technologies)を使用したフローサイトメトリーにより、T細胞表面におけるCARの発現をアッセイした。3種の別々の正常ドナーにおける15種のCARのそれぞれの平均発現を表6に示す。CARの発現は、47%〜63%CAR陽性T細胞にわたって同等であった。検査した種々のCAR構築物の間の形質導入効率(表6においてVCNとして表す)。組み込まれたウイルスを増幅するプライマーを使用したPCRにより、VCNをアッセイした。
(実施例3)
CAR T細胞の抗原特異的反応性
BCMA陽性細胞株と共培養した後に、抗原特異的反応性を試験した。抗BCMA CAR T細胞を、BCMAを工学的に作製したK562(K562−BCMA)細胞と24時間共培養した。ELISAによる上清へのIFN−ガンマ(IFNγ)放出により、K562−BCMAに対する抗BCMA CAR T細胞の反応性をアッセイした。検査した全てのヒト化抗BCMA CAR T細胞は、同様の量のIFNγを放出し、この量は、親マウス抗BCMA CARと同等であった。図2。対照的に、IFNγは、形質導入されていないまたはCD19特異的CAR T細胞のいずれかを含有する培養物において検出されず、CAR T細胞のBCMA特異性が、K562−BCMA細胞に対する反応性に必要とされたことが確認された。
別の実験セットにおいて、5種のヒト化抗BCMA CARのうち1種を発現するT細胞の腫瘍細胞溶解活性を試験した。抗BCMA CAR T細胞を、K562−BCMA細胞と4時間共培養した。5種のヒト化抗BCMA CAR T細胞は、3種のT細胞:腫瘍比にわたってK562−BCMAと同様の細胞溶解活性を示した。図3。驚くべきことに、検査した全てのヒト化抗BCMA CAR T細胞は、親マウス抗BCMA CAR T細胞よりも大きい細胞溶解活性を示した。
(実施例4)
ヒト化抗BCMA CAR T細胞の表現型および機能
大規模臨床製造プロセスへと直接的に拡張可能な培養系において、3種のヒト化抗BCMA構築物(抗BCMA−10、抗BCMA−11、抗BCMA−31)の表現型および機能を評価した。簡潔に説明すると、静置フラスコ内で、IL−2(CellGenix)ならびにCD3およびCD28に特異的な抗体(Miltenyi Biotec)を含有する培地において、末梢血単核細胞(PBMC)を培養した。培養開始1日後に、抗BCMA CARをコードするレンチウイルスの2×10形質導入単位を添加した。IL−2を含有する新鮮培地を添加することにより、合計10日間の培養において、抗BCMA CAR T細胞を対数期に維持した。マウス抗BCMA CAR(BCMA−02)、3種のヒト化抗BCMA CARまたはシグナル伝達能力を欠く抗CD19 CAR(CAR19Δ)を形質導入したT細胞を、3種の正常ドナー(800290、800309、801269)から増大した。培養の終わりに、CAR発現ならびに抗原および腫瘍細胞反応性に関してCAR T細胞を評価した。
CARの単鎖可変断片部分に対し反応性の抗体(ヤギ抗マウスIg(GAM)、Life Technologies)を使用したフローサイトメトリーにより、T細胞表面における抗BCMA CARの発現をアッセイした。図4。マウス(msBCMA−02)またはヒト化配列(抗BCMA−10、抗BCMA−11、抗BCMA−31)の両方に、同等のCAR発現が観察された。全3種のドナーの間で、マウスまたはヒト化抗BCMA CAR発現に有意差は観察されなかった(表7)。
抗BCMA CAR T細胞の間の形質導入効率に有意差はなかった。組み込まれたウイルスを増幅するプライマーを使用したPCRによってアッセイされたベクターコピー数(VCN)は、全抗BCMA CAR T細胞において同等であった(表8)。
BCMA陽性細胞株および腫瘍に対する抗BCMA CAR T細胞の反応性を評価した。抗BCMA CAR T細胞をK562−BCMA(少量または多量のBCMAを発現)細胞または多発性骨髄腫細胞株(RPMI−8226、NCI−H929)と共培養した後に、同等のIFNγ放出が観察されたが、BCMA陰性細胞株(HDLM−2、K562)では観察されなかった。図5。
抗BCMA CARを発現するT細胞の細胞溶解活性を試験した。抗BCMA CAR T細胞を、K562−BCMA細胞と4時間共培養した。検査した全抗BCMA CAR T細胞は、同等のK562−BCMA細胞の細胞傷害性を引き起こした。図6。
(実施例5)
ヒト化抗BCMA CAR T細胞における強壮性サイトカイン放出
特定の実施形態では、抗BCMA CAR分子は、刺激の非存在下でサイトカインを放出することができる。この抗原非依存的(「強壮性」)サイトカイン放出は、その抗原の存在を欠く条件下のin vitro培養後に観察することができる。
ヒト化抗BCMA−10 CARを発現するように工学的に作製されたT細胞からの強壮性サイトカイン放出が観察された。ヒト化抗BCMA10は、マウス配列に対する免疫反応に起因する潜在的な免疫原性を低下させるためのマウス抗BCMA−02に由来した。合計して、20%未満の配列の差異が、抗BCMA−02および抗BCMA−10 CAR分子の間に存在する。これらの変化にもかかわらず、CAR発現またはBCMA抗原に対する反応性の差は、マウス抗BCMA−02およびヒト化抗BCMA−10の間に観察されなかった(図5および表7)。BCMAの非存在下であっても、ヒト化抗BCMA−10 CAR T細胞は、有意により多い炎症性サイトカインを放出した。図7。
マウス抗BCMA−02またはヒト化抗BCMA−10 CAR T細胞を、ヒト血清を含有するが、いかなるBCMAも欠く培地において一晩培養した。上清に放出された12種のサイトカインのレベルは、マルチプレックスビーズアプローチ(Luminexアッセイ)を使用して決定した。5×10個のヒト化抗BCMA−10 CAR T細胞は、MIP1α、MIP1β、IFNγ、GMCSF、IL−8およびTNFαを含む、最大5ng/mlの炎症性サイトカインを放出した。同じ量のマウス抗BCMA−02 CAR T細胞は、200pg/ml未満を放出した。いずれのCAR改変も、IL−10およびIL−4を含む抗炎症サイトカインの放出に影響を与えなかった。
強壮性サイトカイン放出は、抗CD19 CAR T細胞で治療した患者における過剰なサイトカイン放出に起因する公知の毒性に関する懸念を生じた。ヒト化抗BCMA−10 CAR T細胞から観察された高い抗原非依存的、強壮性サイトカイン放出は、BCMA抗原の非存在下であっても患者における有毒レベルのサイトカインを引き起こし得た。ヒト化抗BCMA−10を生成するためのマウス抗BCMA−02に為された配列変化は、マウス抗BCMA−02 T細胞には見られない、ヒト血清におけるタンパク質に対する新生反応性を導入することができた。ヒト血清タンパク質に対する反応性は、ヒト化抗BCMA−10に見られる「強壮性」サイトカイン放出を説明することができた。
マウス抗BCMA−02およびヒト化抗BCMA−10 CAR T細胞を、ヒト血清の代わりにウシ胎仔血清を含有する培地において48時間休ませた。CAR T細胞を、ヒト血清を含有する培地に切り替えて、放出されたIFNγの量を、ウシ胎仔血清に維持した培養物と比較した。培養培地は、いずれのCAR T細胞からのIFN−γ放出にも影響を与えなかった。IFNγは、マウス抗BCMA−02 CAR T細胞の培養の終わりに検出されなかったが、ヒト化抗BCMA10培養物は、培養培地に関係なく約4ng/ml IFNγを含有した(図8)。マウス抗BCMA−02 CAR T細胞における反応性の欠如は、T細胞機能不全によるものではなかった:両方の抗BCMA CAR T細胞は、プレート固定化BCMAに対し反応した(データ図示せず)。
(実施例6)
ヒト化抗BCMA CAR T細胞におけるサイトカイン放出の調整
マウス配列を含有するCARは、望ましくない免疫応答を引き起こす潜在性を有する。CAR臨床試験における事例的な証拠は、これらの免疫応答が、一部の患者におけるCAR T細胞の有効性を限定し得ることを示唆した。マウス配列のヒト化は、マウス配列に対する免疫応答を低下させるための戦略である。さらにヒト化抗BCMA−10 CARは、強壮性炎症性放出を導入した。抗BCMA−10 CAR T細胞の抗原認識ドメインは、CD8α膜貫通ドメインを使用して、T細胞表面に繋留される。膜貫通ドメインの正体ならびにCAR分子の二量体形成および抗原の非存在下でのその後の活性化に対するその影響を試験した。
抗BCMA−10 CAR分子を構築して、CTLA−4(抗BCMA−10.2)またはPD−1(抗BCMA−10.5)膜貫通ドメインのいずれかによりCD8α膜貫通ドメインを置き換えた(図9)。IgG1 Fc−PEにコンジュゲートされた組換えヒトBCMAタンパク質を染色し、フローサイトメトリーを使用してアッセイすることにより、抗BCMA−10.2および抗BCMA−10.5の発現を抗BCMA−10と比較した。表9は、全3種のCAR分子の頑強な表面発現が観察された、2種の代表的な正常ドナーT細胞の結果を示す。
BCMA陽性K562細胞株に対する抗BCMA CAR T細胞の反応性を評価した。K562−BCMA細胞と抗BCMA−10、抗BCMA−10.2または抗BCMA−10.5の共培養後に、同等のIFNγ放出が観察された(図10)。これらのデータは、膜貫通ドメインをCTLA−4またはPD−1のいずれかに由来する配列に交換することが、抗BCMA−10 CAR T細胞の反応性に影響を与えないことを示す。
マウス抗BCMA−02またはヒト化抗BCMA−10、抗BCMA−10.2もしくは抗BCMA−10.5との一晩培養物の上清におけるIFNγを測定することにより、強壮性サイトカイン放出を評価した。以前に観察された通り、抗BCMA−02培養物は、少量のIFNγを含有した。抗BCMA−10培養物由来の上清は、より多量のIFNγを含有した。抗BCMA−10.2および抗BCMA−10.5培養物は、抗BCMA−02と同等のIFNγレベルおよび抗BCMA−10 CAR T細胞よりも低いレベルを含有した(図11)。これらのデータは、膜貫通ドメインの交換が、CAR T細胞の抗原反応性に影響を与えることなく、強壮性サイトカイン放出を低下し得ることを示唆する。
一般に、以下の特許請求の範囲において、使用される用語は、特許請求の範囲を本明細書および特許請求の範囲に開示されている特定の実施形態に限定するものと解釈されるべきではなく、全ての可能性のある実施形態を、そのような特許請求の範囲に権利が与えられる等価物の全範囲と共に包含すると解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は本開示により限定されない。

Claims (15)

  1. ヒトBCMA(B細胞成熟抗原)ポリペプチドの1種または複数のエピトープに結合するヒト化抗BCMA scFvとCTLA−4ヒンジおよび膜貫通ドメイン、または、PD−1ヒンジおよび膜貫通ドメインと、CD137細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、CD3ζ一次シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体(CAR)であって、前記ヒンジおよび膜貫通ドメインは、前記CARの抗原非依存的サイトカイン放出を減少させる、CAR
  2. (a)前記ヒト化抗BCMA scFvが、配列番号1〜3のいずれか1つに表記されている1個または複数のCDRを含む、
    )前記ヒト化抗BCMA scFvが、配列番号4〜6のいずれか1つに表記されている1個または複数のCDRを含む、
    )前記ヒト化抗BCMA scFvが、配列番号7〜9のいずれか1つに表記されている可変軽鎖配列を含む、
    )前記ヒト化抗BCMA scFvが、配列番号7〜9のいずれか1つに表記されている可変軽鎖配列を含み、可変軽鎖配列が、前記配列番号1〜3に表記されているCDR配列を含む、
    )前記ヒト化抗BCMA scFvが、配列番号10〜14のいずれか1つに表記されている可変重鎖配列を含む、
    )前記ヒト化抗BCMA scFvが、配列番号10〜14のいずれか1つに表記されている可変重鎖配列を含み、前記可変重鎖配列が、配列番号4〜6に表記されているCDR配列を含む
    (g)シグナルペプチドをさらに含む、
    )IgG1重鎖シグナルポリペプチド、CD8αシグナルポリペプチドまたはヒトGM−CSF受容体アルファシグナルポリペプチドをさらに含む、または
    )配列番71または配列番号73表記されているアミノ酸配列を含む、
    請求項1に記載のCAR。
  3. 請求項1または請求項2に記載のCARをコードするポリヌクレオチド。
  4. ポリヌクレオチド配列が、配列番70または配列番号72表記されている、CARをコードするポリヌクレオチド。
  5. 請求項3または請求項4に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  6. (a)発現ベクターである、
    (b)エピソームベクターである、
    (c)ウイルスベクターである、
    (d)レトロウイルスベクターである、
    (e)レンチウイルスベクターである、または
    (f)ヒト免疫不全ウイルス1(HIV−1);ヒト免疫不全ウイルス2(HIV−2)、ビスナ・マエディウイルス(VMV)ウイルス;ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV);ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV);ネコ免疫不全ウイルス(FIV);ウシ免疫欠損ウイルス(BIV);およびサル免疫不全ウイルス(SIV)からなる群より選択される、レンチウイルスベクターである、
    請求項5に記載のベクター。
  7. 前記ベクターが、左(5’)レトロウイルスLTRと、プシー(Ψ)パッケージングシグナルと、中心ポリプリントラクト/DNAフラップ(cPPT/FLAP)と、レトロウイルス輸送エレメントと、請求項3または請求項4に記載のポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターと、右(3’)レトロウイルスLTRとを含むウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターである、請求項6に記載のベクター。
  8. (a)異種ポリアデニル化配列をさらに含む、
    (b)B型肝炎ウイルス転写後調節エレメント(HPRE)またはウッドチャック転写後調節エレメント(WPRE)をさらに含む、
    (c)前記5’LTRのプロモーターが、異種プロモーターに置き換えられている、
    (d)前記5’LTRのプロモーターが、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーターまたはサルウイルス40(SV40)プロモーターからなる群より選択される前記異種プロモーターに置き換えられている、
    (e)前記5’LTRまたは前記3’LTRが、レンチウイルスLTRである、
    (f)前記3’LTRが、1個または複数の改変を含む、
    (g)前記3’LTRが、1個または複数の欠失を含む、
    (h)前記3’LTRが、自己不活性化(SIN)LTRである、
    (i)前記ポリアデニル化配列が、ウシ成長ホルモンポリアデニル化配列またはシグナルウサギβ−グロビンポリアデニル化配列である、
    (j)請求項3または4に記載のポリヌクレオチドが、最適化されたコザック配列を含む、または
    (k)請求項3または4に記載のポリヌクレオチドに作動可能に連結された前記プロモーターが、サイトメガロウイルス最初期遺伝子プロモーター(CMV)、伸長因子1アルファプロモーター(EF1−α)、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1プロモーター(PGK)、ユビキチン−Cプロモーター(UBQ−C)、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリベータ−アクチンプロモーター(CAG)、ポリオーマエンハンサー/単純ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター(MC1)、ベータアクチンプロモーター(β−ACT)、サルウイルス40プロモーター(SV40)および骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサー、負の制御領域欠失、dl587revプライマー結合性部位置換(MND)プロモーターからなる群より選択される、
    請求項7に記載のベクター。
  9. 請求項6〜8のいずれか一項に記載のベクターを含む免疫エフェクター細胞。
  10. Tリンパ球およびナチュラルキラー(NK)細胞からなる群より選択される、請求項9に記載の免疫エフェクター細胞。
  11. 請求項9または請求項10に記載の免疫エフェクター細胞と、生理的に許容される賦形剤とを含む組成物。
  12. 請求項1または請求項2に記載のCARを含む免疫エフェクター細胞を生成する方法であって、請求項6〜8のいずれか一項に記載のベクターを免疫エフェクター細胞に導入するステップを含む、方法。
  13. B細胞関連状態の治療を必要とする被験体におけるB細胞関連状態の治療に使用するための、治療有効量の請求項11に記載の組成物。
  14. (a)前記B細胞関連状態が、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、不確定悪性度のB細胞増殖、リンパ腫様肉芽腫症、移植後リンパ増殖性障害、免疫調節性障害、関節リウマチ、重症筋無力症、特発性血小板減少性紫斑病、抗リン脂質抗体症候群、シャーガス病、グレーブス病、ウェゲナー肉芽腫症、結節性多発動脈炎、シェーグレン症候群、尋常性天疱瘡、強皮症、多発性硬化症、抗リン脂質抗体症候群、ANCA関連血管炎、グッドパスチャー病、川崎病、自己免疫性溶血性貧血および急速進行性糸球体腎炎、重鎖病、原発性もしくは免疫細胞関連アミロイドーシスまたは意義未確定の単クローン性ガンマグロブリン血症である、
    (b)前記B細胞関連状態が、B細胞悪性疾患である、
    (c)前記B細胞悪性疾患が、多発性骨髄腫(MM)または非ホジキンリンパ腫(NHL)からなる群より選択されるB細胞悪性疾患である、
    (d)前記B細胞関連状態が、形質細胞悪性疾患である、
    (e)前記B細胞関連状態が、自己免疫性疾患である、
    (f)前記B細胞関連状態が、自己免疫性疾患全身性エリテマトーデスである、
    (g)前記B細胞関連状態が、関節リウマチである、または
    (h)前記B細胞関連状態が、特発性血小板減少性紫斑病または重症筋無力症または自己免疫性溶血性貧血である、
    請求項13に記載の組成物。
  15. 前記MMが、顕性多発性骨髄腫、くすぶり型多発性骨髄腫、形質細胞白血病、非分泌性骨髄腫、IgD骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫および髄外性形質細胞腫からなる群より選択される、または前記NHLが、バーキットリンパ腫、慢性リンパ球性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆Bリンパ芽球性リンパ腫およびマントル細胞リンパ腫からなる群より選択される、請求項14に記載の組成物。
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