JP6196661B2 - サンプル調製または自律分析のための流体デバイスおよびシステム - Google Patents
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Description
本出願は、2012年4月20日出願の米国仮特許出願第61/636,426号の利益と、2012年11月14日出願の米国仮特許出願第61/726,089号の利益とを主張し、それらの各々は、参照によってその全体が本明細書によって援用される。
本発明は、国立衛生研究所によって授与されたDP1OD003584およびR01EB012946の下、および国防高等研究計画局によって授与されたHR0011−11−2−0006の下でなされた。政府は本発明において一定の権利を有する。
本明細書で使用されるように、「約」とは、記載された値の+/−10%を意味する。
本発明は、例えば、以下を提供する。
(項目1)
デバイスであって、前記デバイスは、
(i)複数の第1のチャンバを備える第1の層と、
(ii)1つ以上の第2のチャンバを備える第2の層と、
(iii)前記第1の層と前記第2の層との間に配置されている中間層であって、前記中間層は、1つ以上の捕捉領域を備える、中間層と
を備え、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記1つ以上の捕捉領域のうちの少なくとも1つは、相対運動によって接続されることができる、
デバイス。
(項目2)
前記1つ以上の捕捉領域は、フィルタ、マトリクス、ポリマー、電荷切り替え材料、または膜を備える、項目1に記載のデバイス。
(項目3)
前記1つ以上の捕捉領域は、前記複数の第1のチャンバのうちの2つ以上、および前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つを接続するように構成される、項目1に記載のデバイス。
(項目4)
前記中間層は、連続膜を備える、項目1〜3のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目5)
前記第1の層、前記第2の層、または前記中間層は、平面または非平面である、項目1〜4のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目6)
前記第1の層、前記第2の層、または前記中間層、あるいはそれらの一部分は、特異的に湿らされる、項目1〜5のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目7)
前記第1の層と前記中間層との間、および/または前記第2の層と前記中間層との間に変形可能層をさらに備える、項目1〜6のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目8)
前記第1の層、前記中間層、前記第2の層、または前記変形可能層(存在する場合)のうちの1つ以上の上にコーティングをさらに備える、項目1〜7のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目9)
前記コーティングは、フッ素重合体を備える、項目8に記載のデバイス。
(項目10)
前記第1の層、前記第2の層、および/または前記中間層は、長手方向に並進する、項目1〜9のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目11)
前記第1の層、前記第2の層、および/または前記中間層は、軸方向に回転する、項目1〜10のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目12)
1つ以上の第3のチャンバを備える第3の層をさらに備え、前記第3の層は、前記第2の層の下に配置され、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、前記1つ以上の第3のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記捕捉領域のうちの少なくとも1つは、相対運動によって接続されることができる、項目1〜11のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目13)
前記第1の層と前記中間層との間、および/または前記第2の層と前記中間層との間、および/または前記第2の層と前記第3の層との間(存在する場合)に潤滑剤をさらに備える、項目1〜12のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目14)
前記複数の第1のチャンバのうちの1つ以上、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、または前記1つ以上の捕捉領域のうちの少なくとも1つは、サンプル、洗浄緩衝剤、溶出緩衝剤、溶解剤、試薬、染料、安定剤、タンパク質、核酸、フィルタ、膜、またはマーカーを備える、項目1〜13のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目15)
前記複数の第1のチャンバのうちの1つ以上、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つは、ウェル、マイクロチャネル、またはダクトである、項目1〜14のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目16)
前記複数の第1のチャンバまたは前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの連続的および/または逐次的な充填のための注入ポートをさらに備える、項目1〜15のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目17)
前記複数の第1のチャンバの中、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの中の1つ以上の流体の体積を制御するための受け取りチャンバをさらに備える、項目1〜16のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目18)
前記第1の層および前記中間層は、単一の層として加工され、または前記中間層および前記第2の層は、単一の層として加工される、項目1〜17のいずれか1項に記載のデバイス。
(項目19)
システムであって、前記システムは、
(i)デバイスであって、前記デバイスは、複数の第1のチャンバと前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つに接続する貫通穴とを備える第1の層、および前記第1の層の下に配置されている中間層を備える、デバイスと、
(ii)容積V 1 を有する空洞を封入して前記貫通穴を包囲する蓋であって、前記蓋の閉鎖は、前記空洞を封入し、前記容積V 1 と容積V 0 を有する開放システムとの間の容積差に相応する圧力を及ぼす、蓋と
を備える、システム。
(項目20)
前記デバイスは、1つ以上の第2のチャンバを備える第2の層をさらに備え、前記第2の層は、前記中間層の下に配置される、項目19に記載のシステム。
(項目21)
前記デバイスは、項目1〜18のいずれか1項に記載のデバイスである、項目19または20に記載のシステム。
(項目22)
前記蓋は、前記貫通穴と繋がり合うバックルポンプ、可撓性膜、またはポンピングカップをさらに備える、項目19〜21のいずれか1項に記載のシステム。
(項目23)
前記複数の第1のチャンバまたは前記1つ以上の第2のチャンバ(存在する場合)のうちの少なくとも1つを充填するための、前記貫通穴と繋がり合う改変ピペット先端、改変シリンジ、または多孔質スポンジをさらに備える、項目19〜22のいずれか1項に記載のシステム。
(項目24)
システムであって、前記システムは、
(i)デバイスであって、前記デバイスは、複数の第1のチャンバと前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つに接続する貫通穴とを備える第1の層、および前記第1の層の下に配置されている中間層を備える、デバイスと、
(ii)前記デバイスを包囲する筐体システムであって、前記筐体システムは、サンプルを挿入するための、前記貫通穴に接続するアクセスポートを備える、筐体システムと、
(iii)前記筐体システムを封入するためのキャップであって、前記キャップを閉鎖することは、前記貫通穴への前記サンプルの導入をもたらし、かつ/または前記第1の層および/または前記中間層の相対的な移動をもたらす、キャップと
を備える、システム。
(項目25)
前記キャップを閉鎖することは、前記サンプルの導入をもたらし、前記第1の層および/または前記中間層の相対的な移動をもたらす、項目24に記載のシステム。
(項目26)
前記デバイスは、1つ以上の第2のチャンバを備える第2の層をさらに備え、前記第2の層は、前記中間層の下に配置される、項目24に記載のシステム。
(項目27)
前記デバイスは、項目1〜18のいずれか1項に記載のデバイスである、項目24〜26のいずれか1項に記載のシステム。
(項目28)
前記キャップは、容積V 1 を有する空洞を封入し、前記貫通穴を包囲し、前記キャップの閉鎖は、前記空洞を封入し、前記容積V 1 と容積V 0 を有する開放システムとの間の容積差に相応する圧力を及ぼす、項目24〜27のいずれか1項に記載のシステム。
(項目29)
前記筐体内で前記キャップを移動させるように構成されているばね機構またはレールシステムをさらに備える、項目24〜28のいずれか1項に記載のシステム。
(項目30)
サンプルを調製および/または分析する方法であって、前記方法は、
(i)項目1〜18のいずれか1項に記載のデバイスまたは項目19〜29のいずれか1項に記載のシステムを提供するステップと、
(ii)試験サンプルを前記デバイスまたは前記システムに導入するステップと、
(iii)前記第1の層、前記中間層、および/または前記第2の層(存在する場合)を移動させ、それによって、サンプル調製および/またはサンプル分析をもたらすステップと
を含む、方法。
(項目31)
前記1つ以上の捕捉領域を用いて前記サンプルから1つ以上の被分析物を捕捉するステップをさらに含む、項目30に記載の方法。
(項目32)
相対運動によって、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つに接続されるように、前記中間層を移動させるステップをさらに含む、項目31に記載の方法。
(項目33)
洗浄緩衝剤を使用して、前記1つ以上の被分析物を、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つの中へ、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの中へ洗い流すステップをさらに含む、項目32に記載の方法。
(項目34)
溶出緩衝剤を使用して、前記1つ以上の被分析物を、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つの中、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの中へ溶出するステップをさらに含む、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記サンプル調製および/またはサンプル分析は、前記試験サンプルを別個のアリコートに分割するステップ、前記アリコートのうちの前記1つ以上を濾過するステップ、前記アリコートのうちの前記1つ以上を洗浄するステップ、および/または分割後、濾過後、または洗浄後に前記1つ以上のアリコートの体積を定量化するステップのうちの1つ以上を含む、項目30〜34のいずれか1項に記載の方法。
(項目36)
前記サンプル調製は、前記試験サンプルを濾過する、溶解させる、結合する、洗浄する、溶出する、分析する、および/または検出するステップを含む、項目30〜35のいずれか1項に記載の方法。
(項目37)
前記サンプル調製は、核酸抽出、核酸精製、核酸富化、核酸の濃縮、タンパク質抽出、タンパク質精製、タンパク質富化、タンパク質の濃縮、細胞分離、サンプル富化、核酸増幅、核酸検出、および/またはタンパク質検出を含む、項目30〜36のいずれか1項に記載の方法。
(項目38)
前記サンプル分析は、携帯電話を用いて起こる、項目30〜37のいずれか1項に記載の方法。
(項目39)
前記携帯電話を用いて前記サンプル分析からの結果を中継するステップをさらに含む、項目38に記載の方法。
(項目40)
ステップ(iii)は、前記サンプルの自律分析をもたらす、項目30〜39のいずれか1項に記載の方法。
(項目41)
前記試験サンプルは、血液、血漿、血清、痰、尿、糞便物質、汗、髄液、羊水、間質液、涙液、骨髄、スワブ、組織サンプル、口腔内洗浄サンプル、エアロゾル、核酸、細胞、タンパク質、および/または酵素を含む、項目30〜40のいずれか1項に記載の方法。
(項目42)
キットであって、前記キットは、
(i)項目1〜18のいずれか1項に記載のデバイスまたは項目19〜29のいずれか1項に記載のシステムと、
(ii)前記デバイスとともに使用するためのサンプルを収集するためのコレクタと
を備える、キット。
(項目43)
前記デバイスは、サンプル、洗浄緩衝剤、溶出緩衝剤、溶解剤、試薬、染料、乾燥剤、安定剤、タンパク質、核酸、フィルタ、膜、またはマーカーのうちの1つ以上をさらに備える、項目42に記載のキット。
本発明のデバイスは、層、チャンバ(例えば、ウェル、チャネル、穴、ブリッジ、または空洞、あるいは本明細書で説明されるいずれか)、または捕捉領域等の1つ以上の構造特徴を含むことができる。具体的には、チャンバは、完成させるか、または(例えば、封入チャネルの中等に)部分的に封入することができ、あるいは(例えば、ウェルの中等で)開放し得る。本明細書で説明される種々の構造は、任意の有用な寸法、断面、平面性、または表面特性を有することができる。本明細書で説明されるデバイスのうちのいずれかは、個別に、または例えば、米国出願公開第2006−0003439号、第2007−0172954号、第2010−0078077号、第2010−0233026号、第2011−0112503号、第2011−0142734号、第2011−0165037号、第2011−0176966号、第2011−0177586号、および第2012−0329171号、米国特許第7,129,091号、第7,655,470号、第7,901,939号、第8,304,193号、第8,273,573号、および第8,329,407号、2012年10月10日に出願された米国特許出願第13/648,922号、国際公開第WO 2004/038363号、第WO 2009/149257号、第WO 2008/079274号、第WO 2006/101851号、および米国仮特許出願第60/379,927号、第60/394,544号、第60/585,801号、第60/623,261号、第60/763,574号、第60/875,856号、第60/881,012号、第60/899,449号、第60/930,316号、第60/936,606号、第60/962,426号、第61/130,930号、および第61/335,570号で説明されるデバイス、またはデバイスの1つ以上の特徴と組み合わせて、使用することができる。さらに、これらのデバイスのうちのいずれかは、本明細書で説明される任意の方法、ならびに参照することにより本明細書に組み込まれる、上記の米国特許、米国出願公開、米国特許出願、国際公開、および米国仮特許出願で説明される、これらの方法とともに使用することができる。
層、チャンバ、捕捉領域、または他の構造は、任意の有用な寸法を含むことができる。有用な寸法は、任意の有用な軸に沿って一様または多様であり得る、任意の長さ、幅、または深度を含む。任意の有用な軸における(例えば、流体流動の軸と垂直な)例示的な寸法は、約50mm未満(例えば、約40mm、20mm、15mm、10mm、5mm、2mm、1mm、500μm、200μm、60μm、50μm、40μm、30μm、15μm、10μm、3μm、1μm、300nm、100nm、50nm、30nm、または10nm未満)、または約10nmから約50mm(例えば、10nmから40mm、10nmから20mm、10nmから15mm、10nmから10mm、10nmから5mm、10nmから2mm、10nmから1mm、10nmから500μm、10nmから200μm、10nmから60μm、10nmから50μm、10nmから40μm、10nmから30μm、10nmから15μm、10nmから10μm、10nmから3μm、10nmから1μm、100nmから50mm、100nmから40mm、100nmから20mm、100nmから15mm、100nmから10mm、100nmから5mm、100nmから2mm、100nmから1mm、100nmから500μm、100nmから200μm、100nmから60μm、100nmから50μm、100nmから40μm、100nmから30μm、100nmから15μm、100nmから10μm、100nmから3μm、100nmから1μm、1μmから50mm、1μmから40mm、1μmから20mm、1μmから15mm、1μmから10mm、1μmから5mm、1μmから2mm、1μmから1mm、1μmから500μm、1μmから200μm、1μmから60μm、1μmから50μm、1μmから40μm、1μmから30μm、1μmから15μm、1μmから10μm、1μmから3μm、10μmから50mm、10μmから40mm、10μmから20mm、10μmから15mm、10μmから10mm、10μmから5mm、10μmから2mm、10μmから1mm、10μmから500μm、10μmから200μm、10μmから60μm、10μmから50μm、10μmから40μm、10μmから30μm、10μmから15μm、50μmから50mm、50μmから40mm、50μmから20mm、50μmから15mm、50μmから10mm、50μmから5mm、50μmから2mm、50μmから1mm、50μmから500μm、50μmから200μm、50μmから60μm、100μmから50mm、100μmから40mm、100μmから20mm、100μmから15mm、100μmから10mm、100μmから5mm、100μmから2mm、100μmから1mm、100μmから500μm、または100μmから200μm)を含む。
層、チャンバ、捕捉領域、または他の構造は、任意の有用な平面性を含むことができる。場合によっては、第1および第2の層の表面は、これらの層の移動を促進するように実質的に平面的である。そのような層はさらに、高さ、幅、および/または深度等の他の特性において一様または非一様であり得る。
層、チャンバ、捕捉領域、または他の構造は、任意の有用な表面特性を含むことができる。例示的な表面特性は、特異的湿潤(例えば、疎水性、疎油性、親フッ素性、または親水性)、平滑性、または多孔性を含む。各層は、実質的に同一または異なる表面特性を有することができる。例えば、第1および第2の層の両方は、実質的に疎水性であり得、または第1の層は、実質的に疎水性であり得、および第2の層は、実質的に親水性であり得る。同様に、第1の層の第1のチャンバのそれぞれは、実質的に同一または異なる表面特性を有することができる。一実施例では、第1のチャンバの全ては、実質的に親水性であり、第1の層の残りの部分は、疎水性であり、それによって、第1の層の他の部分と比較して、第1のチャンバ内の水性試薬の優先的湿潤を可能にする。別の実施例では、第1のチャンバを含む、第1の層全体は、実質的に親フッ素性であり、捕捉領域は、実質的に親水性である。このようにして、水性試薬および/またはサンプルは、第1の層の中に残ることと比較して、捕捉領域を通って優先的に流動するであろう。さらに、潤滑剤がフルオラス液体である場合には、この液体は、捕捉領域と比較して、第1のチャンバを優先的に湿らすであろう。示されるように、表面特性を制御することによって、流体流動および/または区画化を制御することができる。例えば、開放チャンバ(例えば、開放ウェル)が使用される場合、流体は、特に、開放チャンバが流体の優先的湿潤を可能にする表面特性を有する場合に、表面張力(すなわち、凹状または凸状メニスカス)を使用して開放チャンバ内で保持されてもよい。
本発明のデバイスは、相対運動によって1つ以上のチャンバの接続および断絶を可能にする層を含む。例えば、第1の位置で、第1のチャンバは、第2のチャンバに接続されていない(すなわち、第1のチャンバは、第2のチャンバと流体的に連通しない)。第2のチャンバに対して第1のチャンバを移動させることにより、接続が形成される。この運動は、第2の層に対して第1のチャンバを有する第1の層を移動させることによって達成することができる。代替として、この運動は、第2の層に対して第2のチャンバを有する第2の層を移動させることを含むことができる。チャンバ間の接続はまた、捕捉領域、ブリッジ、膜、または第1および第2のチャンバの間の流体連通を提供するように説明される任意の他の構造を介しても起こり得る。
相対運動は、任意の有用な自律コントローラによって達成することができる。自律コントローラは、本明細書で説明される任意の機構またはアセンブリを含むことができる。自律コントローラは、SlipChip、薄膜SlipChip、または別のデバイスの動作を制御するために有用であり得る。種々の機能が、訓練を受けていないユーザのためのハンズオフインターフェースを提供するコントローラの設計の一部であり得る。これらは、(1)ポンプ作用、(2)滑動、および(3)最初の2つの動作およびデバイスの動作のうちのいずれかのタイミング制御を含むが、それらに限定されない。例えば、タイミング制御を使用することによって、多重ステップポンプ作用および滑動をプログラムすることができる。これらの動作はまた、例えば、(例えば、バッテリ等の)SlipChipデバイスに貯蔵されるエネルギー源を必要とすることなく、行われてもよい。
本デバイスおよび方法は、任意の有用な潤滑剤を含むことができる。いくつかの実施形態では、潤滑剤は、第1、第2、および/または中間層の運動を促進し、および/または、これらの層内の第1、第2、および/または中間層またはチャンバの間の汚染を最小限化する。
本デバイスおよび方法は、任意の有用な不混和流体を含むことができる。いくつかの実施形態では、不混和流体は、1つ以上の第1、第2、および/または中間層、あるいはこれらの層内のチャンバの中で、1つ以上の物質(例えば、本明細書で説明されるようなサンプル、試薬、または任意の他の有用な物質)の区画化を促進する。他の実施形態では、不混和流体は、(例えば、本明細書で説明されるような)1つ以上の捕捉領域を通る流動を促進する。
本発明のデバイスは、デバイス内で1つ以上の物質を移動させるように、1つ以上の力または勾配の使用を含むことができる。本明細書で説明されるキャッピングシステム等の本明細書で説明される任意の構成要素によって、圧力勾配を生成することができる。本明細書のデバイスは、随意に、チャンバおよび/またはチャネルを部分的または完全に封鎖する支柱または他の3次元構造を含むことができる。例えば、第2の層に対する第1の層を移動させると第2の層の中のチャンバを封鎖する、支柱部材が第1の層の中で提供される。このようにして、陽圧が支柱部材の前で生成されてもよく、陰圧が後で生成されてもよい。それはまた、デバイス内で物質を装填し、配置し、または移動させるために使用されてもよい。流動もまた、相対運動によって生成される圧力勾配によって生成されてもよい。
本発明のデバイスは、1つ以上の捕捉領域を含むことができる。捕捉領域は、1つ以上の標的または被分析物(例えば、核酸または本明細書で説明されるいずれか)を捕捉するように、任意の有用な材料を含むことができる。
本発明のデバイスおよび方法は、任意の有用なサンプルおよび/または試薬とともに使用することができる。具体的には、任意の有用な試薬(例えば、乾燥剤、マトリクス、または本明細書で説明されるいずれか)でデバイスを事前装填することができ、またはデバイスおよび1つ以上の有用な試薬を含むキットの一部として、デバイスを提供することができる。
本発明のデバイスは、分子(例えば、タンパク質、核酸)および細胞ならびに複数の生物検体(例えば、血液および血漿等の生物学的流体およびヒト生物学的流体)を含む、液体状態または乾燥状態でのサンプル貯蔵および安定化によって等、サンプル(例えば、生物検体)保存を行うために有用であり得る。デバイスは、随意的な収集および/または随意的なサンプル調製能力を含んでもよい。一般に、本デバイスは、サンプルを装填すること、随意に、サンプルをマトリクスと組み合わせること、結果として生じたサンプルを液体または乾燥状態で所望の時間にわたって貯蔵すること、次いで、サンプルを回収することを可能にする。マトリクス(例えば、安定化マトリクス)は、液体または固体であり得、随意に、デバイスに事前に装填し、装填に先立ってサンプルと混合し、またはサンプルと同時に、あるいは異なる時間にデバイスに装填することができる。
本発明のデバイスは、1つ以上のサンプルを濃縮するために有用であり得る。サンプルおよび/またはサンプル内の1つ以上の被分析物を、任意の有用な方法、例えば、蒸発によって濃縮することができる。1つの非限定的実施形態では、サンプルがデバイスに注入され、次いで、多孔質材料(例えば、膜)を介して乾燥剤または外部雰囲気に暴露させられる。ここで、サンプルの溶媒が除去され、したがって、被分析物の濃度を増加させるであろう。さらなる実施形態では、例えば、それぞれがその全体で参照することにより組み込まれる、Randall et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 102:10813−10818 (2005)およびMerline et al., Soft Matter 8:3526−3537 (2012)で提供される原理を使用して等、デバイス内で流動を開始するために蒸発が使用される。
本発明のデバイスは、サンプル処置を行うために(例えば、サンプルを解毒する、サンプルを保存する、サンプルを分析する、またはサンプルの反応進行を判定するために)有用であり得る。特定の実施形態では、サンプル処置のためのデバイスは、サンプルを保存または貯蔵するための本明細書で説明されるいずれかである(例えば、1つ以上の膜および/またはブリッジを含む)。特定の実施形態では、サンプル処置のためのデバイスは、サンプルを処理または分析するための本明細書で説明されるいずれかである(例えば、1つ以上の捕捉領域を含む)。
本発明のデバイスは、サンプル(例えば、本明細書で説明されるいずれか)を処理、調製、および/または分析する方法に有用である。そのような方法は、相対運動によって接続または断絶されることが可能な1つ以上の層、1つ以上のチャンバ、および/または1つ以上の捕捉領域を含む、本発明のデバイスから利益を享受する。具体的には、これらの方法の各ステップは、相対運動を制御することによって、および適切な層を設計することによって、複雑または反復ステップにさえも適応することができる、そのような相対運動を制御することによって、達成することができる。例えば、所望の試薬(単数または複数)およびサンプルを含有するチャンバを接続するように、デバイスの層を相対的に移動させることによって、異なる層の中の試薬(単数または複数)とサンプルとの間の特定の相対的ステップを開始することができる。
本発明のデバイスおよびシステムは、サンプル、試薬、または任意の有用な物質(例えば、本明細書で説明されるいずれか)の体積を定量化するために使用することができる。具体的には、体積の定量化は、サンプル保存、サンプル処置、サンプル調製、および/またはサンプル分析のため等に、本明細書で説明される他のデバイスおよび方法のうちのいずれかと組み合わせて使用することができる。具体的には、そのような体積定量化技法は、特別な集団のスクリーニングのために(新生児、幼児、または小型動物等、例えば、ファブリ、ゴーシェ、クラッベ、ニーマンピックA/B、およびポンペ病等の遺伝性代謝疾患またはリソソーム蓄積症を検査するため、HIVまたはCMV等のウイルス感染症を検査するため、または新生児または幼児においてI型チロシン血症(TYR 1)を検出するように、スクシニルアセトン、アシルカルニチン、アミノ酸のスクリーニング等の有用な診断マーカーを使用して他の疾患を検査するために)、(例えば、本明細書で説明されるような1つ以上のサンプル保存および/または貯蔵デバイスおよび方法と組み合わせて)乾燥血斑(DBS)サンプルとともに使用するために、代謝産物を検査するために(例えば、薬物動態、薬力学、毒物動態、または他の薬物監視査定のために)、臨床試験で使用するために(例えば、臨床試験での治験薬の薬物動態または薬力学査定のために)、および特定の薬剤との付着を判定するために(例えば、薬物動態、薬力学、毒物動態、または他の薬物監視査定のために)有用であり得る。特定の実施形態では、試験サンプルは、乾燥血斑サンプルである。1つの非限定的実施形態では、コレクタを伴って、またはコレクタを伴わずにのいずれかで、膜、ブリッジ、マトリクス、捕捉領域、および/または乾燥剤のうちの1つ以上を含む、デバイス(例えば、膜、ブリッジ、および/または乾燥剤のうちの1つ以上を含む、サンプル保存のためのデバイス)が使用され、血液サンプルが、デバイスに導入される。次に、血液サンプルは、(例えば、本明細書で説明されるように、部分的または完全のいずれかで)乾燥させられる。いくつかの実施形態では、血液サンプルは、随意に乾燥剤と流体連通しているセルロース膜上に乾燥させられる。したがって、乾燥血液サンプルは、1つ以上の有用な物質または試薬を使用して、処理および/または分析される。例示的な物質または試薬は、増幅(例えば、PCR)、ウイルス、細菌、原生動物、および/または寄生蠕虫(例えば、HIV、C型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、A型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス、風疹、麻疹、MMR(麻疹、おたふく風邪、および風疹)、ジフテリア、デング熱、破傷風抗毒素、サイトメガロウイルス、ヒトT細胞白血病/リンパ腫ウイルスIまたはII、ハンセン菌、ヘリコバクター・ピロリ、ブルセラ菌、梅毒トレポネーマ、トキソプラズマ原虫、熱帯熱マラリア原虫、クルーズ・トリパノソーマ、ランブル鞭毛虫、リーシュマニア属、単包条虫、ビルハルツ住血吸虫、またはマレー糸状虫)の検出、1つ以上の代謝産物(例えば、薬剤代謝産物)の検出、1つ以上の被分析物(例えば、本明細書で説明されるいずれか、およびアンドロステンジオン、アミノ酸(例えば、アルギニン(クレブス回路)、ヒスチジン/ウロカニン酸、ホモシステイン、フェニルアラニン/チロシン、および/またはトリプトファン)、アポリポタンパク質(例えば、A−IまたはB)、コルチゾール、CD4+リンパ球、コレステロール(例えば、総コレステロールまたは高密度リポタンパク質コレステロール(HDL)を含む)、C反応性タンパク質(CRP)、デヒドロエピアンドロステロン(その硫酸エステル、DHEA−Sを含む、DHEA)、エプスタインバーウイルス(EBV)抗体、エストラジオール、葉酸塩、卵胞刺激ホルモン(FSH)、グルコース、ヘモグロビン(例えば、グリコシル化ヘモグロビンまたはHbA1cを含む)、肝炎抗原/抗体(例えば、A、B、またはC型肝炎)、HIV抗体、ホモシステイン、IFNg、IGF−I、IGFBP−2、IGFB−3、IL−1b、IL−6、インスリン、レプチン、黄体形成ホルモン(LH)、リポタンパク質(例えば、(a)、B/A−1、またはβ)、前立腺特異抗原(PSA)、プロゲステロン、プロラクチン、レチノール、性ホルモン結合グロブリン(SHBG)、ソマトメジン−C、テストステロン、トランスフェリン受容体、サイロトロピン(TSH)、チロキシン(T4)、チログロブリン、トリグリセリド、トリヨードチロニン(T3)、またはTNF(例えば、TNFa)を含む)の検出、リソソーム蓄積症(例えば、ポンペ、ムコ多糖症(例えば、I型)、ファブリ、ゴーシェ、クラッベ、またはニーマンピックA/B病)を診断するためのリソソーム代謝に関与する、新生児、生後28日未満の新生児、または幼児等の特別な集団に対する1つ以上の診断マーカーの検出(例えば、感染症を診断するためのIgG抗体の検出、I型チロシン血症(TYR 1)を診断するためのスクシニルアセトン、アシルカルニチン、およびアミノ酸の検出、MCAD欠乏症を診断するための中位鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼの検出、ダウン症候群を診断するためのヒト絨毛性ゴナドトロピン(hCG)の検出、インスリン依存性糖尿病を診断するための糖化ヘモグロビンの検出、嚢胞性線維症を診断するためのトリプシンの検出、PCRと組み合わせたHIV特異的抗体および/またはHIVウイルスの検出、先天性甲状腺機能低下症を診断するためのチロキシン(T4)およびサイロトロピン(TSH)の検出、1つ以上の酵素(例えば、酸α−グルコセレブロシダーゼ(ABG)、酸α−ガラクトシダーゼA(GLA)、リソソーム酸α−グルコシダーゼ(GAA)、ガラクトセレブロシドα−ガラクトシダーゼ(GALC)、または酸スフィンゴミエリナーゼ(ASM)の検出)を含む、DBS技術におけるスクリーニングのために、PCR分析と組み合わせたDNA分析のために(例えば、アセチル化多型、アルコールデヒドロゲナーゼ、アルファ1−抗トリプシン、嚢胞性線維症、デュシェンヌ/ベッカー型筋ジストロフィー、グルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ、A型異常ヘモグロビン症、S型異常ヘモグロビン症、C型異常ヘモグロビン症、E型異常ヘモグロビン症、Dパンジャブ、ベータサラセミア、B型肝炎ウイルス、HCMV、HIV−1、HTLV−1、レーベル遺伝性視神経症、MCAD、PKU、三日熱マラリア原虫、性分化、または21−デオキシコルチゾールを検出または診断するために)、ある抗原(例えば、B型肝炎ウイルスまたはHIV−1)を検出するために、ある抗体(例えば、アデノウイルス、抗核抗体、抗ゼータ抗体、アルボウイルス、オーエスキー病ウイルス、デング熱ウイルス、メジナ虫、単包条虫、赤痢アメーバ、エンテロウイルス、ランブル鞭毛虫、ヘリコバクター・ピロリ、B型肝炎ウイルス、ヘルペスウイルス、HIV−1、IgE(アトピー性疾患)、インフルエンザウイルス、ドノバン・リーシュマニア、レプトスピラ、麻疹/おたふく風邪/風疹、ハンセン菌、肺炎マイコプラズマ、回旋糸状虫、パラインフルエンザウイルス、熱帯熱マラリア原虫、ポリオウイルス、緑膿菌、呼吸器合胞体ウイルス、リケッチア(ツツガムシ病)、マンソン住血吸虫、トキソプラズマ原虫、梅毒トレポネーマ、クルーズ/ランゲル・トリパノソーマ水胞病ウイルス、バンクロフト糸状虫、または黄熱病ウイルス)を検出するために、または1つ以上の薬物代謝産物または薬物被分析物のスクリーニングのために(例えば、臨床試験で、臨床監視で、または特定の薬剤との付着を判定する際に、薬物動態、薬力学、毒物動態、または他の薬物監視査定のために、例示的な薬剤は、エベロリムスまたはタクロリムス等の抗癌薬、アセトアミノフェン、研究新薬、またはその他を含む)使用されるもの等の緩衝剤(例えば、洗浄緩衝剤または溶出緩衝剤、例えば、0.05%Tween 80および0.005%アジ化ナトリウムを含有するPBS、または本明細書で説明されるいずれか)を含む。さらなる被分析物、DBS検定、および方法は、それぞれがその全体で参照することにより本明細書に組み込まれる、McDade et al., Demography 44:899−925 (2007)、Cassol et al., J. Clin. Microbiol. 29:667−671 (1991)、Bellisaro et al., Clin. Chem. 46:1422−1424 (2000)、Williams et al., J. Gerontol. B Psychol. Sci. Soc. Sci. 64B(suppl_1):i131−i136(2009)、Parker et al., J. Clin. Pathol. 52:633−639 (1999)、Li et al., Biomed. Chromatograph. 24:49−65 (2010) 、およびDe Jesus et al., Clin. Chem. 55:158−164 (2009)で説明されている。
本明細書のデバイスおよび/または方法のうちのいずれかは、多重サンプル貯蔵、サンプル保存、および/または分析を達成するように、組み合わせることができる。例えば、(例えば、1つ以上の膜、ブリッジ、および/または乾燥剤を含む)サンプル保存および/または体積定量化のための本明細書のデバイスは、(例えば、1つ以上の捕捉領域を含む)サンプル処置および/またはサンプル分析のための本明細書のデバイスのために提供される、1つ以上の特徴と組み合わせることができる。したがって、本発明のデバイスは、複数の層を有するものを包含し、少なくとも1つの層は、複数の第1のチャンバを含み、少なくとも1つの層は、1つ以上の捕捉領域を含み、少なくとも1つ以上の層は、膜または1つ以上のブリッジを含み、複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、1つ以上の捕捉領域のうちの少なくとも1つ、および膜または1つ以上のブリッジのうちの少なくとも1つは、相対運動によって接続されることができる。さらなる実施形態では、本デバイスは、少なくとも1つの第2のチャンバ(例えば、複数の第2のチャンバ)を有する層を含み、複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、1つ以上の捕捉領域のうちの少なくとも1つ、または膜あるいは1つ以上のブリッジのうちの少なくとも1つは、相対運動によって少なくとも1つの第2のチャンバに接続されることができる。同様に、そのようなデバイスは、付加的な層(例えば、1つ以上の中間層、変形可能層、および/または膜を含む、本明細書で説明されるいずれか)、ならびに任意の構成要素(例えば、本明細書で説明されるいずれかの自律コントローラ、筐体、キャップ、システム、または蓋)、または本明細書で説明される任意の修正(例えば、1つ以上のコーティング)を有することができる。さらに、本デバイスは、任意の有用な試薬、物質、またはサンプル(例えば、1つ以上の乾燥剤、マトリクス、膜、または本明細書で説明されるようないずれか)、および(例えば、本明細書で説明されるような)任意の有用な方法のデバイスの使用を含むことができる。
本明細書のデバイスおよび/または方法のうちのいずれかには、サンプル貯蔵、サンプル保存、および/または分析を促進するように、付加的な構成要素を提供することができる。さらなる例示的な構成要素は、(例えば、ランセット(例えば、SARSTEDT(Numbrecht, Germany)から入手可能なSafety−Lancet)、毛細管(例えば、SARSTEDTから入手可能なMicrovette(登録商標)毛細管またはMultivette(登録商標)毛細管)、針(例えば、SARSTEDTから入手可能なS−Monovette(登録商標)システム等のシリンジと組み合わせた安全針)、シリンジ、綿棒、サンプル管(例えば、SARSTEDTから入手可能なMonovette(登録商標)管)、またはマイクロチューブ等の流体サンプル(例えば、血液、唾液、尿、痰、糞便、または組織、あるいは本明細書で説明されるいずれか)を収集するための)コレクタ、1つ以上の試薬(例えば、ヘパリン、クエン酸塩、ゲル(例えば、ポリアクリル酸エステルゲル)、凝固活性化因子(例えば、ケイ酸塩粒子等の粒子)、またはEDTA等の血液サンプルを収集および/または保存するために有用なもの、および本明細書で説明されるいずれか等の目的とする1つ以上の被分析物を結合し、反応させ、または保存するために有用なものを含む、本明細書で説明されるいずれか)、および/または1つ以上の対照(例えば、目的とする被分析物に対する1つ異常の標準対照および/または緩衝剤等の1つ以上の陰性対照)を含む。キットは、随意に、本明細書で説明される任意の方法のための段階的な指示表示等を提供する、使用説明書を含むことができる。
本発明のシステムは、デバイスを充填するための圧力を生成するように、1つ以上の蓋またはキャップを含むことができる。
物質の装填は、本明細書で説明されるように、いくつかの方法によって行われてもよい。装填は、例えば、物質が出口に到達するときに流動抵抗を増加させるように出口を設計することによって、デバイスのダクトおよび領域を充填するようにも行われてもよい。このアプローチは、有限体積サンプルにとって、または随意に物質から被分析物を捕捉しながら、出口を通して過剰な体積を流動させるために有益である。被分析物は、マイクロスケールシステムを通して流動させることができる、事実上あらゆる離散材料であり得る。被分析物捕捉は、例えば、デバイスの領域に閉じ込められる捕捉要素(磁力を介して、または幾何学形状によって領域内で保持される粒子、ビーズ、またはゲル、あるいはビーズおよびダクトの相対的サイズを伴う、または膜を伴う)で領域を事前装填することによって達成されてもよく、したがって、これらのビーズまたはゲルを吸収する、吸着する、またはそれらと反応するあらゆるものも閉じ込められる。次いで、これらの領域は、暴露される物質の量または成分または被分析物を保持するであろう。サンプルの保持はまた、領域の表面の機能化、領域上の材料の堆積、重合反応(ペプチドまたはDNA合成等)におけるモノマーを領域に付着させること等によって達成することもできる。
本発明はさらに、デバイスを包囲する筐体システムを含むことができ、筐体システムは、サンプルを挿入するためのアクセスポートと、筐体システムを封入するためのキャプまたは蓋とを含む。本明細書で説明されるように、キャップを閉鎖することにより、サンプルをデバイスに導入させる。自動化を達成するために、キャップまたは筐体システムは、キャップを閉鎖すると第1、第2、および/または中間層の相対運動を生じるように、1つ以上のアセンブリ(例えば、本明細書で説明されるいずれか等の自律コントローラ)を含むことができる。そのような例示的なアセンブリは、本明細書で説明され、線形または回転作動機構を含むことができる。図40に示されるように、サンプル調製用の層の相対運動をもたらす、デバイスを巻き上げるキャップを使用することによって、自動化を実現することができる。さらなる自律コントローラが本明細書で説明される(図45−48および関連テキストを参照)。
本発明のシステムはさらに、分析の結果を検出および/または中継するための検出システムを含むことができる。図40に示されるように、SlipChipデバイス上のドットのパターンを撮像するため、分析のために写真を自動的に処理するため、および結果を自律的に送受信するために、携帯電話(または同等のハンドヘルドカメラ)を使用することができる。高レベルの医療を可能にするために、ユーザの努力を伴わずに、結果を参照研究所または遠隔の医師に伝送することができる。いくつかの実施形態では、当技術分野での最大効用のために、本デバイスおよび携帯電話をともに提供することができる。
本発明のデバイスおよびシステムは、多段階プロセスを可能にするように、他のデバイスと統合することができる。例えば、貯蔵前にサンプルを調製するために、SlipChipデバイスのモジュール性を活用することによって、サンプル調製モジュールをデバイスに含むことができる。実施例は、核酸抽出のための多段階プロトコル用のデバイス、およびデバイスの中の幾何学的特徴等の膜および/または統合濾過要素(例えば、制限またはプレート間の間隙)を使用して、全血から血漿を分離する濾過要素を含むが、それらに限定されない。本デバイスはさらに、本明細書で説明されるように、使用に有用である随意的な構成要素を含むことができる。
(実施例)
図6では、ブリッジデバイスの中のBiomatrica, Inc.(San Diego, CA)製の安定化マトリクスRNAstable(登録商標)と混合されたRNAサンプルの予備結果を示す。RNAサンプルが2つのSlipChipデバイスに注入され、SlipChipの層が滑動させられ、次いで、実質的な損失を伴わずにサンプルが回収された。対照として、RNAサンプルが−80℃で一晩貯蔵された。実験が2つのデバイスにおいて行われ、それぞれにRNAサンプルが注入され、次いで、乾燥させられた。乾燥後、SlipChipデバイスは、65℃で一晩貯蔵された。脱イオン水を注入することによって、サンプルが再水和させられ、デバイスから再収集された。
QiaAMP MinElute(Qiagen)からの修正フィルタを核酸抽出のためのSlipChipの修正バージョンに直接接続した。次いで、(約)675μL溶解サンプル、500μL洗浄緩衝剤AW1*、500μL洗浄緩衝剤AW2*、および500μL 100%エタノールを含有する、溶液のアレイが、加圧によってフィルタを通して、および初期装填位置に配列された層を伴うSlipChipの廃棄物出口を通して押勢された(図16)。このステップ中に経過した合計時間は、3分未満であった。次いで、約2分かけて、チップをフィルタ乾燥のための第2の位置まで滑動させ、1分未満かけて、溶出のための第3の位置まで滑動させた。次いで、サンプルが貯留部から収集された。つまり、SlipChip上で核酸抽出を行う合計時間は、6分程度と短くあり得る。抽出プロトコルが乾燥を必要としない場合は、空気乾燥ステップを排除することができる。そのようなプロトコルは、Life TechnologiesのChargeSwitch(登録商標)を含むが、それに限定されない。
核酸精製SlipChip(NA−SlipChip)は、低いpHで核酸を結合し、高いpHで核酸を解放することができる、修正ChargeSwitch(登録商標)膜を含有した。サンプル溶液、洗浄緩衝剤、および溶出緩衝剤が、上層の上のチャンバから膜を通して底層の中の受け取りウェルの中へ連続的に押勢された。これは、上層を加圧し、膜層と内部で接続される底グリップディスクを回転させることによって達成される。種々のサンプル種類と連動し、PCR等の下流用途を損ない得る、エタノールまたは他の有機溶媒を必要としないため、ChargeSwitch(登録商標)膜を試験した。
陽圧または陰圧を印加し、マトリクスを通して溶液を駆動するために使用することができるキャップを伴って、第3世代デバイス(図20)を設計した。場合によっては、加圧チャンバの中の封入容積を減少させるためにキャップを使用することによって、陽圧がシステム全体に印加された。いくつかの他の場合において、加圧チャンバの中の封入容積を増加させるためにキャップを使用することによって、陰圧がシステム全体に印加された。
SlipChipはまた、大量のサンプルを取り扱い、下流分析のために、被分析物をより高い濃度で少量に濃縮するように適用することもできる。例えば、1mLの全サンプル体積、ならびに200μLの洗浄および溶出緩衝剤を取り扱うことができる、SlipChipデバイスが、3D印刷によって設計され、プラスチックで加工されている(図21)。
約70%効率でHIV RNAが添加されたヒト血漿からサンプル調製を達成することによって、SlipChip(NA−SlipChip)において核酸分析の正当性を立証した。リアルタイムqPCRおよびデジタルRT−LAMPを使用することによって、サンプル調製の効率が定量化された。AcroMetrix(登録商標)HIV−1 Panel(5×106コピー/mL)からのQiagen miniprepキットを使用することによって、HIV RNAが精製された。サンプル溶液は、32μLのウイルス溶解緩衝剤、2μLのRNAse阻害剤(New England BioLabs)、1μLのキャリアRNA(Qiagen)、5μLのヒト血漿(George King Bio−Medical, Inc.)、5μLのHIV RNA、および10μLの結合緩衝剤(Life Technologies)を含有した。それぞれ100μLの2つの洗浄緩衝剤、およびそれぞれ50μLの3つの溶出緩衝剤が、デバイスの中に事前装填された。ウイルス溶解緩衝剤、結合緩衝剤、および洗浄緩衝剤は、ChargeSwitch(登録商標) EasyPlexTM Viral RNA/DNA Kitとして、Life Technologiesから購入された。フィルタは、ChargeSwitch(登録商標)−Pro Plasmid Miniprep Kitから修正された。溶出緩衝剤は、ChargeSwitch(登録商標) Total RNA Cell Kitから得られた。プロトコル全体は、約10分かかった。
また、下流デジタルRT−LAMPとの(図19に示されるような)NA−SlipChipによって調製されたHIV RNAの適合性の正当性も立証した(図24)。デジタルRT−LAMPプロトコルは、Sun et al., Anal. Chem. 85: 1540−1546 (2013)で詳細に説明された。簡潔には、デジタルRT−LAMP実験が、NA−SlipChipから回収された生成物を用いてガラスデバイス上で行われた。第1および第2の溶出から回収された材料は、デジタルRT−LAMPのためのテンプレートとして組み合わせられた。少なくとも2つのデジタルRT−LAMP実験が、HIV RNAの濃度を得るように行われた。3つのサンプル調製実験が、HIV RNAが添加されたヒト血漿を用いてNA−SlipChip上で行われ、平均回収率は、70%を上回った(図24)。
筐体システムは、図33Aに示される以下のパラメータ、すなわち、サンプル体積(Vs)=20μL、入口の容積(V1)=500μL、キャップヘッドの内側の容積(Vc)=50μL、キャップを閉鎖することによって生成される絶対圧力=1000ミリバール×(500−20+50)/(500−20)=1104ミリバール(=104ミリバールゲージ圧力)、20μLのサンプルがウェルから流出した後の絶対圧力=1104ミリバール×(500−20+50)/(500+50)=1064ミリバール(=64ミリバールゲージ圧力)、および1104ミリバール×(500−20)/500=1060ミリバール(=60ミリバールゲージ圧力)を伴って設計された。この方法は、6歳児によって実装された(図33B)。キャップが完全に押されているかどうかを示すために、可聴クリック音がそれによって提供されてもよく、または形状の歪曲等の視覚的指標、あるいは触覚フィードバック、あるいは任意の組み合わせを使用することができる。バックルポンプ(図34)、ポンピングカップ(図36)、真空充填(図38)、および多孔質材料の使用(図39)を含む、他のシステムもまた、デバイスを装填および充填するために使用された。
任意の有用な様式で相対運動を制御することができる。1つのデバイスでは、滑動の方向ならびに画定された開始位置からの滑動の程度を制御するために、2組の支柱・溝構造を使用することによって、滑動を一方向性および自律的にした(図41)。構造は、多層ウェットエッチング技法によって加工された。常に幅に沿っているよう、滑動の方向を画定するように、第1組の支柱および溝が、幅の縁に、かつそれと平行に加工された。支柱(高さ約20μm)は、形状が長方形であり、サンプル形状の溝(深度約60μm)内に位置した。溝は、引っ掛かることを防止するようにわずかに幅広く、滑動距離に適応するようにはるかに長かった。支柱は、デバイスの2つのプレートの間で緊密な接触を保証するように、溝の深度より短く加工された。第2組の長方形の支柱および溝が、長さの縁に、かつそれと平行に加工され、滑動距離を制御した。溝は、引っ掛かることを防止するように支柱より長かった。より重要なことには、支柱は、溝および滑動距離の差より狭かった。支柱が長さに沿った溝の1つの縁と同一平面であるとき、チップは、全ての流体経路がそれぞれ接続されたときの装填モードにある。次いで、チップの1つの層を、1つの方向のみに移動させることができ、チップが反応モードにあるときに支柱が溝の他方の縁と同一平面であるときに移動を停止するであろう(すなわち、流体経路が断絶され、反対のプレートからのウェルがペアで重複した)。潤滑剤の蒸発が、グリース密閉によって防止された。チップの縁の周囲にシリコーン真空グリースを適用し、チップは、シカゴからロサンゼルの間の飛行および1週間の貯蔵に耐え抜いた。両方のチップで実験が成功した。
2組の磁石をデバイスの縁の上で使用することができる。デバイスを熱循環装置と統合するために、第3組の磁石をデバイスの中央で使用することができる。この第3組は、漏出を防止したが、熱循環用のアダプタとのデバイスの底層の接触も防止した(図42A)。装填および滑動後、デバイスと熱循環装置との間の接触を可能にするように、中央磁石のうちの1つを除去した(図42B)。アダプタとのそのような接触が、より効率的な熱伝達を可能にし、2組の磁石が、熱循環中に層を締め付けるために十分であった。
ポリカーボネート(PC)の射出成形を使用して、プラスチックデバイスが加工された。各部品を1分の処理時間以内に作製することができた。次いで、プラズマ化学蒸着プロセス(PECVD)とともにシラン処理を使用し、PC表面を疎水性表面にすることによって、製造された部品を表面改質した。次いで、プラスチックチップを組み立て、一対のフレームによって締め付けた(図43A)。
サンプル貯蔵モジュールのための無電力ポンプ作用方法を開発し、正当性を立証した。デバイスを充填するために必要とされる唯一の動作は、入口の中に液体サンプルを配置し、次いで、デバイスの上に蓋を配置することであった。蓋は、空の空洞を有し、デバイス上の1つの位置にのみ配置することができるように設計されている。この位置で、図49に示されるように可撓性Oリングを使用して、緊密な密閉が生成される。
VMAX=VRING/VTOT (方程式1)
蓋がVTOT=2mLを提供し、PDMSリングがVRING=0.15mLを提供したため、期待圧力は約0.075atm(76ミリバール)であった。このアプローチを使用して、表1で報告されるように、異なる流体を使用してSlipChipデバイスを装填することができた。流体は、85%グリセロールを含有する溶液(約110mPa sの粘度を有する、例えば、Segur et al., Indus. Eng. Chem. 43:2117−2120 (1951)を参照)、および0.4mMのウシ血清アルブミンの溶液(BSA、約7mN/mの表面エネルギーを有する、Guzman, et al., Proceedings of the 2nd Electron. Conf. Pharm. Sci., 1−31 May 2012; Sciforum Electronic Conferences Series, 2012を参照)を含んだ。印加圧力は、流速と同様に、デバイスの中にサンプルを装填すると減少した。50μLの体積に対する総装填時間は、全ての液体については2分を下回り、10〜12.5μL/秒の平均流速に対応して、脱イオン水については4〜5秒まで下がった。
乾燥サンプル貯蔵モジュールにおける自動装填および正確な体積定量化を実証した。乾燥状態でのサンプル保存のためのプロトタイプモジュールを設計して生産した。この貯蔵モジュールは、3つのみの単純なステップ、すなわち、(1)サンプルを配置すること、(2)蓋を配置すること(したがって、自動充填を始動させること)、および(3)滑動させること(したがって、自動乾燥を始動させること)が行われることを必要とするため、訓練を受けていないユーザのために意図されている。このアプローチの主要な特徴は、充填のロバスト性、およびデバイスに貯蔵されたサンプル体積の正確な定量化を含む。
市販の安定化マトリクスを含む、デバイスの中のRNAの貯蔵を試験した。図13に示されるようなデバイスが、RNAの貯蔵に使用された。図49で説明されるように、標準ピペッタを使用して、または蓋によって生成された圧力を使用して、デバイスが装填された。分子篩が、全ての実験で乾燥剤として使用された。(図13Eのように)デバイスを「乾燥位置」まで滑動させることによって、乾燥が始動させられた。(図13Fのように)デバイスの中心層を「回収位置」まで滑動させることによって、および標準ピペッタを使用して各チャネルに脱イオン水を導入することによって、回収が行われた。サンプルがピペッタで再収集され、チャネルが全ての乾燥被分析物を溶解させるように3回洗浄された。次いで、以下で説明されるように、電気泳動またはPCRによる検出のための全てのアリコートの中の同一濃度の被分析物を得るために、体積が全てのアリコートおよび全ての貯蔵条件について正規化された。
デバイスの中の種々の物質(例えば、溶液および血液)の終端充填を特性評価した。第1に、溶液を迅速に収集することができるかどうかを試験した(例えば、5μL/秒の流速で50μLサンプルを収集するために10秒未満)。具体的には、この短縮した時間的尺度は、リアルタイムで得られる急速結果から利益を享受する、診療点検査を促進した。この目的で、(他の水性試薬またはサンプルと比較して)そのはるかに高い流動抵抗による、間隙を通した潤滑剤の散逸によって流速が判定されると仮定した。この仮定に基づいて、流動抵抗Rhが以下のように判定された。
チップ上のサンプルを保存する(例えば、乾燥させる)ように、例示的なSlipChipデバイスを試験し、その後に、保存されたサンプルの再水和および回収が続いた(図62A−62Dおよび63A−63D)。
チップ上で蒸発によってサンプルを濃縮するように、例示的なSlipChipデバイスを試験した。図64A−64Cに示されるように、試験サンプルがデバイスに導入された。乾燥が始動させられ、流動を生成させ、付加的なサンプルをデバイスに導入させた。結果として生じた濃縮サンプルが、図64Cで提供されている。
本発明は、その具体的実施形態に関連して説明されているが、それは、さらなる修正が可能であり、本願は、一般に本発明の原理に従う、本発明の任意の変形例、使用、または適合を対象とすることを目的としており、本開示からのそのような逸脱を含むことは、本発明が関連する公知または慣習的の実践内にあり、本明細書で以前に記載された不可欠な特徴に適用され得ることが理解されるであろう。
Claims (39)
- サンプル調製デバイスであって、前記デバイスは、
(i)複数の第1のチャンバを備える第1の層であって、該複数の第1のチャンバは、サンプルを受容するように構成されたサンプルチャンバ、サンプルを洗浄するための洗浄緩衝剤を含むように構成された洗浄チャンバ、およびサンプルを溶出するための溶出緩衝剤を含むように構成された溶出チャンバを含む、第1の層と、
(ii)1つ以上の第2のチャンバを備える第2の層と、
(iii)前記第1の層と前記第2の層との間に配置されている中間層であって、前記中間層は膜マトリクスを備える、中間層と
を備え、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記膜マトリクスは、相対運動によって接続されることができる、
デバイス。 - 前記膜マトリクスは、前記複数の第1のチャンバのうちの2つ以上、および前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つを接続するように構成される、請求項1に記載のデバイス。
- 前記サンプルチャンバ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記膜マトリクスが、第1の相対的な移動により接続されるように構成され、前記洗浄チャンバ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記膜マトリクスが、第2の相対的な移動により接続されるように構成され、前記溶出チャンバ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記膜マトリクスが、第3の相対的な移動により接続されるように構成される、請求項1〜2のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層、前記第2の層、または前記中間層は、平面または非平面である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層、前記第2の層、または前記中間層、あるいはそれらの一部分は、特異的に湿らされる、請求項1〜4のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層と前記中間層との間、および/または前記第2の層と前記中間層との間に変形可能層をさらに備える、請求項1〜5のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層、前記中間層、前記第2の層、または前記変形可能層(存在する場合)のうちの1つ以上の上にコーティングをさらに備える、請求項1〜6のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記コーティングは、フッ素重合体を備える、請求項7に記載のデバイス。
- 前記第1の層、前記第2の層、および/または前記中間層は、長手方向に並進する、請求項1〜8のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層、前記第2の層、および/または前記中間層は、軸方向に回転する、請求項1〜9のいずれか1項に記載のデバイス。
- 1つ以上の第3のチャンバを備える第3の層をさらに備え、前記第3の層は、前記第2の層の下に配置され、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つ、前記1つ以上の第3のチャンバのうちの少なくとも1つ、および前記膜マトリクスは、相対運動によって接続されることができる、請求項1〜10のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層と前記中間層との間、および/または前記第2の層と前記中間層との間、および/または前記第2の層と前記第3の層との間(存在する場合)に潤滑剤をさらに備える、請求項1〜11のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記複数の第1のチャンバのうちの1つ以上、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つは、ウェル、マイクロチャネル、またはダクトである、請求項1〜12のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記複数の第1のチャンバまたは前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの連続的および/または逐次的な充填のための注入ポートをさらに備える、請求項1〜13のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記複数の第1のチャンバの中、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの中の1つ以上の流体の体積を制御するための受け取りチャンバをさらに備える、請求項1〜14のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記第1の層および前記中間層は、単一の層として加工され、または前記中間層および前記第2の層は、単一の層として加工される、請求項1〜15のいずれか1項に記載のデバイス。
- システムであって、前記システムは、
(i)請求項1〜16のいずれか1項に記載のデバイスであって、前記第1の層が、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つに接続する貫通穴を備える、デバイスと、
(ii)容積V1を有する空洞を封入して前記貫通穴を包囲する蓋であって、前記蓋の閉鎖は、前記空洞を封入し、前記容積V1と容積V0を有する開放システムとの間の容積差に相応する圧力を及ぼす、蓋と
を備える、システム。 - 前記デバイスは、1つ以上の第2のチャンバを備える第2の層をさらに備え、前記第2の層は、前記中間層の下に配置される、請求項17に記載のシステム。
- 前記デバイスは、請求項1〜17のいずれか1項に記載のデバイスである、請求項17または18に記載のシステム。
- 前記蓋は、前記貫通穴と繋がり合うバックルポンプ、可撓性膜、またはポンピングカップをさらに備える、請求項17〜19のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、または前記1つ以上の第2のチャンバ(存在する場合)のうちの少なくとも1つを充填するための、前記貫通穴と繋がり合う改変ピペット先端、改変シリンジ、または多孔質スポンジをさらに備える、請求項17〜20のいずれか1項に記載のシステム。
- システムであって、前記システムは、
(i)請求項1〜16のいずれか1項に記載のデバイスであって、前記第1の層が、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つに接続する貫通穴を備える、デバイスと、
(ii)前記デバイスを包囲する筐体システムであって、前記筐体システムは、サンプルを挿入するための、前記貫通穴に接続するアクセスポートを備える、筐体システムと、
(iii)前記筐体システムを封入するためのキャップであって、前記キャップを閉鎖することは、前記貫通穴への前記サンプルの導入をもたらし、かつ/または前記第1の層および/または前記中間層の相対的な移動をもたらす、キャップと
を備える、システム。 - 前記キャップを閉鎖することは、前記サンプルの導入をもたらし、前記第1の層および/または前記中間層の相対的な移動をもたらす、請求項22に記載のシステム。
- 前記デバイスは、1つ以上の第2のチャンバを備える第2の層をさらに備え、前記第2の層は、前記中間層の下に配置される、請求項22に記載のシステム。
- 前記デバイスは、請求項1〜16のいずれか1項に記載のデバイスである、請求項22〜24のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記キャップは、容積V1を有する空洞を封入し、前記貫通穴を包囲し、前記キャップの閉鎖は、前記空洞を封入し、前記容積V1と容積V0を有する開放システムとの間の容積差に相応する圧力を及ぼす、請求項22〜25のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記筐体内で前記キャップを移動させるように構成されているばね機構またはレールシステムをさらに備える、請求項22〜26のいずれか1項に記載のシステム。
- サンプルを調製および/または分析する方法であって、前記方法は、
(i)請求項1〜16のいずれか1項に記載のサンプル調製デバイスまたは請求項17〜27のいずれか1項に記載のシステムを提供する段階と、
(ii)試験サンプルを前記デバイスまたは前記システムに導入する段階と、
(iii)前記第1の層、前記中間層、および/または前記第2の層(存在する場合)を移動させ、それによって、サンプル調製および/またはサンプル分析をもたらす段階と
を含む、方法。 - 前記膜マトリクスを用いて前記サンプルから1つ以上の被分析物を捕捉することをさらに含む、請求項28に記載の方法。
- 相対運動によって、前記複数の第1のチャンバのうちの少なくとも1つ、または前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つに接続されるように、前記中間層を移動させることをさらに含む、請求項29に記載の方法。
- 溶出チャンバからの溶出緩衝剤を使用して、前記1つ以上の被分析物を、前記1つ以上の第2のチャンバのうちの少なくとも1つの中へ溶出することをさらに含む、請求項30に記載の方法。
- 前記サンプル調製は、前記試験サンプルを別個のアリコートに分割するステップ、前記アリコートのうちの前記1つ以上を濾過するステップ、前記アリコートのうちの前記1つ以上を洗浄するステップ、および/または分割後、濾過後、または洗浄後に前記1つ以上のアリコートの体積を定量化するステップのうちの1つ以上を含む、請求項28〜31のいずれか1項に記載の方法。
- 前記サンプル調製は、前記試験サンプルを濾過する、溶解させる、結合する、洗浄する、溶出する、分析する、および/または検出することを含む、請求項28〜32のいずれか1項に記載の方法。
- 前記サンプル調製は、核酸抽出、核酸精製、核酸富化、核酸の濃縮、タンパク質抽出、タンパク質精製、タンパク質富化、タンパク質の濃縮、細胞分離、サンプル富化、核酸増幅、核酸検出、および/またはタンパク質検出を含む、請求項28〜33のいずれか1項に記載の方法。
- ステップ(iii)は、前記サンプルの自律分析をもたらす、請求項28〜34のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試験サンプルは、血液、血漿、血清、痰、尿、糞便物質、汗、髄液、羊水、間質液、涙液、骨髄、スワブ、組織サンプル、口腔内洗浄サンプル、エアロゾル、核酸、細胞、タンパク質、および/または酵素を含む、請求項28〜35のいずれか1項に記載の方法。
- キットであって、前記キットは、
(i)請求項1〜16のいずれか1項に記載のサンプル調製デバイスまたは請求項17〜27のいずれか1項に記載のシステムと、
(ii)前記デバイスとともに使用するためのサンプルを収集するためのコレクタと
を備える、キット。 - 前記サンプルチャンバがサンプルを含み、前記洗浄チャンバが洗浄緩衝剤を含み、前記溶出チャンバが溶出緩衝剤を含む、請求項1記載のデバイス。
- 前記サンプルチャンバがサンプルを含み、前記洗浄チャンバが洗浄緩衝剤を含み、前記溶出チャンバが溶出緩衝剤を含む、請求項37記載のキット。
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