JP5315519B2 - コイヘルペスウイルス(khv)の検出方法 - Google Patents
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- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
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- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/705—Specific hybridization probes for herpetoviridae, e.g. herpes simplex, varicella zoster
Description
を行う場合には、放射性プローブ、非放射性プローブ(例えば、酵素標識プローブ、ビオチン化プローブ、ジゴキシゲニン化プローブ又は化学発光物質、蛍光物質で標識したプローブ)を用いることができる。更に、ジデオキシ法による塩基配列決定法を利用する場合には、蛍光標識を使用したDNAオートシークエンサー(アプライドバイオシステムズ社)を用いることができる。
I若しくは131I等の放射性同位体、ビオチン、アビジン、又は化学発光物質を例示することができる。
CTAB/NaCl溶液:0.7M NaClを含有する10%セチルトリメチルアンモニウム蓚酸溶液、トリス:トリスヒドロキシメチルアミノメタン、トリス塩酸:トリスヒドロキシメチルアミノメタンを含有し、塩酸でpHを調整したもの、SDS:ドデシル硫化ナトリウム、EDTA:エチレンジアミンテトラ酢酸、TBE緩衝液:0.089Mトリス、0.089M硼酸、0.002M EDTAを含有する液体、BSA:ウシ血清アルブミン、TE:10mM トリス塩酸(pH8.0)、1mM EDTA(pH8.0)を含有する溶液、dATP:デオキシアデノシン三リン酸、dCTP:デオキシシトシン三リン酸、dGTP:デオキシグアニン三リン酸、dTTP:デオキシチミン三リン酸、Triton X−100:ポリオキシエチレン(10)オクチルフェニルエーテル。
KHV−TNFR−F:5’−acagtgtccgacttgtgcga−3’
(ゲノムの位置:7689−7708,280527−280546)
KHV−TNFR−R:5’−tggtgcccacatgtgcgttg−3’
(ゲノムの位置:7859−7878,280697−280716)
5’−ACAGTGTCCGACTTGTGCGACGTCTGCAACCCCTGCGACAGGTTTGAGTACCTCTCACCAGCCGGCGTGTGCTGCAAGCCATGCTACCCTGGGTACTACGCCGTCCAGCACTGCGCCACTGCCCACACAGCCAGCGTGTGTGAGGCCTGTCCAGTGGGCACCTACAAGAGCAACGCACATGTGGGCACCA−3’
KHV−GT−F:5’−gacactgaacatgaacactg−3’
(ゲノムの位置:15996−16015,288834−288853)
KHV−GT−R:5’−gaatccatccccatcacccg−3’
(ゲノムの位置:16141−16160,288979−288998)
5’−GACACTGAACATGAACACTGAACACAACAACATTCACAATATTCACAATAGCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATAAGAGTATGGAATAATACTTACGGGTGATGGGGATGGATTC−3’
Claims (6)
- 配列表における配列番号1に示される塩基配列の少なくとも15塩基のオリゴヌクレオチド部分を含有する第1のDNAプライマーと、配列表における配列番号2に示される塩基配列の少なくとも15塩基のオリゴヌクレオチド部分を含有する第2のDNAプライマーとを備えたことを特徴とするコイヘルペスウイルス(KHV)検出用プライマーセット。
- 請求項1に記載のコイヘルペスウイルス(KHV)検出用プライマーセットを用いて、被検試料中のコイヘルペスウイルス(KHV)遺伝子を増幅することを特徴とするコイヘルペスウイルス(KHV)の検出方法。
- 配列表における配列番号5に示される塩基配列又はその相補配列の少なくとも20塩基の標識化オリゴヌクレオチド部分を備えたことを特徴とするコイヘルペスウイルス(KHV)検出用プローブ。
- 請求項3記載のコイヘルペスウイルス(KHV)検出用プローブと被検試料とを、ハイブリダイゼーションが可能な条件下でインキュベートすることを特徴とするコイヘルペスウイルス(KHV)の検出方法。
- 配列番号5に示される塩基配列若しくはその相補的配列からなるDNA。
- 配列番号5に示される塩基配列若しくはその相補的配列において、1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつプローブとして用いたとき、コイヘルペスウイルス(KHV)を検出しうるDNA。
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