JP2024003255A5 - - Google Patents
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Claims (15)
- 試料中のＥ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）の存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せであって、該オリゴマーの組合せが、
ＨＥＶ標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと少なくとも１つの検出プローブオリゴマーとを含み、
（ａ）少なくとも１つの増幅オリゴマーは、
（ｉ）そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号６３の配列に含有される約１０個～約２３個の連続するヌクレオチドであり且つ少なくとも配列番号２６の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
（ｉｉ）そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号１６の配列に含有される約１０個～約２３個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択され；
（ｂ）少なくとも１つの増幅オリゴマーは、そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号４７の配列に含有される約１０個～約２８個の連続するヌクレオチドであり且つ少なくとも配列番号２５の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含み；
（ｃ）１つの検出プローブオリゴマーは、長さが約１０個～約２８個のヌクレオチドであり且つ配列番号３９に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む、
オリゴマーの組合せ。 - （ａ）少なくとも１つの増幅オリゴマーは、
（ｉ）そのＲＮＡ同等物、ＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体またはヌクレオチド類似体を含む、配列番号６３の配列に含有される約１４個～約２３個の連続するヌクレオチドであり且つ少なくとも配列番号２６の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
（ｉｉ）そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号１６の配列に含有される約１４個～約２３個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択され；
（ｂ）少なくとも１つの増幅オリゴマーは、そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号４７の配列に含有される約１７個～約２８個の連続するヌクレオチドであり且つ少なくとも配列番号２５の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含み；
（ｃ）１つの検出プローブオリゴマーは、長さが約１４個～約２８個のヌクレオチドであり且つ配列番号３９に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項１に記載のオリゴマーの組合せ。 - 固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、該標的にハイブリダイズする配列が、その相補体、ＤＮＡ同等物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号４および配列番号４２からなる群から選択される、請求項１または２に記載のオリゴマーの組合せ。
- 第１、第２および第３の捕捉プローブオリゴマーが、それぞれ、配列番号３、配列番号７および配列番号４３の配列を有する、請求項３に記載のオリゴマーの組合せ。
- （ａ）の少なくとも１つの増幅オリゴマーが、配列番号１３の配列に含有される約１４個～約２０個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含み、
特に、（ａ）の少なくとも１つの増幅オリゴマーが、そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６５および配列番号６６からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み；
特に、（ａ）の少なくとも１つの増幅オリゴマーが、そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６５および配列番号６６からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み；
特に、（ａ）の少なくとも１つの増幅オリゴマーが、そのＲＮＡ同等物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号２９および配列番号６４からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み；
特に、（ａ）（ｉ）の増幅オリゴマーが、配列番号６４の標的にハイブリダイズする配列、またはそのＲＮＡ同等物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含み、（ａ）（ｉｉ）の増幅オリゴマーが、配列番号２９の標的にハイブリダイズする配列、またはそのＲＮＡ同等物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、
請求項１に記載のオリゴマーの組合せ。 - （ｂ）の第１の増幅オリゴマーおよび（ｂ）の第２の増幅オリゴマーを含み、特に、（ｂ）の第１及び第２の増幅オリゴマーが、そのＲＮＡ同等物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号１２および配列番号１５の配列である、請求項１～５のいずれか一項に記載のオリゴマーの組合せ。
- 少なくとも３つの検出プローブオリゴマーを含み、特に、少なくとも３つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号３７もしくはその相補体、またはそのＲＮＡ同等物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、第１の検出プローブオリゴマー；
配列番号６７もしくはその相補体、またはそのＲＮＡ同等物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、第２の検出プローブオリゴマー；および
配列番号７１もしくはその相補体、またはそのＲＮＡ同等物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、第３の検出プローブオリゴマー
を含み、
それぞれの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の１つまたは複数の連結部に２’－メトキシ主鎖を任意選択で含有する、
請求項１～６のいずれか一項に記載のオリゴマーの組合せ。 - 請求項１～７のいずれかに一項に記載のオリゴマーの組合せを含むキット。
- 試料中のＥ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）の存在または非存在を決定するための方法であって、
（１）ＨＥＶを含有することが疑われる試料を、ＨＥＶ標的核酸の標的領域を増幅させるための少なくとも２つの増幅オリゴマーと接触させるステップであって、該オリゴマーの組合せが請求項２に規定されるものである、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、該試料中に存在する任意のＨＥＶ標的核酸が増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）請求項１～８のいずれか一項に規定される少なくとも１つの検出プローブオリゴマーを使用して、該増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のＨＥＶの存在または非存在を決定するステップ
を含む、方法。 - ステップ（１）の前に、該試料中の他の構成要素からＨＥＶ標的核酸を精製するステップをさらに含み；
特に、前記精製するステップが、該試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、該標的にハイブリダイズする配列が、その相補体、ＤＮＡ同等物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体を含む、配列番号４および配列番号４２からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。 - 配列番号４の２０位の核酸塩基がアデニン（Ａ）であり、任意選択で、配列番号４の１９位の核酸塩基がシトシン（Ｃ）またはウラシル（Ｕ）である、請求項１０に記載の方法。
- 前記精製するステップが、前記試料を少なくとも３つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、請求項１０に記載の方法。
- 第１、第２および第３の捕捉プローブオリゴマーが、それぞれ、配列番号３、配列番号７および配列番号４３の配列を有する、請求項１２に記載の方法。
- 前記検出するステップ（３）が、前記ｉｎ ｖｉｔｒｏの核酸増幅反応物を少なくとも３つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、
前記少なくとも３つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号３７もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ同等物またはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、第１の検出プローブオリゴマー；
配列番号６７もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ同等物またはＤＮＡ／ＲＮＡキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、第２の検出プローブオリゴマー；および
配列番号７１、またはそのＤＮＡ同等物またはＤＮＡ／ＲＮＡ同等物の、標的にハイブリダイズする配列を含む、第３の検出プローブオリゴマー
を含み、
少なくとも１つの検出プローブが、
（ａ）化学発光標識；
（ｂ）蛍光標識；
（ｃ）クエンチャー；および
（ｄ）（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の１つまたは複数の組合せ
からなる群から選択される標識を任意選択で含む、請求項１０～１３のいずれかに記載の方法。 - ステップ（２）の前記増幅反応が等温増幅反応である、請求項９～１４のいずれかに記載の方法。
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