JP2019501652A5 - - Google Patents

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別の態様では、本発明は、Candida種標的核酸を検出するための検出プローブを提供し、検出プローブは、上述のCandida特異的検出プローブまたはC.glabrata特異的検出プローブである。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
試料中のCandida種の存在または不在を判定するための方法であって、
(1)Candida種を含有することが疑われる試料を、第1の増幅オリゴマーの組み合わせ及び第2の増幅オリゴマーの組み合わせのうちの少なくとも1つと接触させることであって、
(a)前記第1の増幅オリゴマーの組み合わせが、第1のCandida種標的核酸領域または第2のCandida種標的核酸領域を増幅するための第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーを含み、前記第1の標的領域が、配列番号129のヌクレオチド約133位もしくは161位〜ヌクレオチド約259位の領域に対応し、前記第2の領域が、配列番号130のヌクレオチド約202位〜ヌクレオチド約308位の領域に対応し、前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、かつ
(b)前記第2の増幅オリゴマーの組み合わせが、第3のCandida種標的核酸領域を増幅するための第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーを含み、前記第3の標的領域が、配列番号131のヌクレオチド約355位〜ヌクレオチド約554位の領域に対応し、前記第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、接触させることと、
(2)インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、前記試料中に存在する場合、任意のCandida種標的核酸が、前記第1、第2、及び第3の標的領域のうちの少なくとも1つに対応する1つ以上の増幅産物を生成するためのテンプレートとして使用される、実施することと、
(3)前記1つ以上の増幅産物の存在または不在を検出し、それにより、前記試料中のCandida種の存在または不在を判定することと、を含む、方法。
(項目2)
前記方法が、前記試料を前記第1及び第2の両方の増幅オリゴマーの組み合わせと接触させることを含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記方法が、前記試料を同じ反応混合物内で前記第1及び第2の両方の増幅オリゴマーの組み合わせと接触させることを含む多重方法である、項目2に記載の方法。
(項目4)
第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列に実質的に対応し、かつ/または
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、(i)配列番号132の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号133の配列を含む配列、(ii)配列番号152の配列に含有される20〜23個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号151の配列を含む配列、もしくは(iii)配列番号34のヌクレオチド配列に実質的に対応する配列である、項目1〜3のいずれかに記載の方法。
(項目5)
前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、かつ/または
前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号136の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号137の配列を含む配列である、項目1〜4のいずれかに記載の方法。
(項目6)
前記試料を第3のCandida特異的増幅オリゴマーと接触させることを更に含み、
前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第1のCandida種標的核酸領域を増幅するためのものであり、前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、
前記第1及び第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第2のCandida種標的領域を増幅するためのものであり、前記第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号34のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、項目4または5に記載の方法。
(項目7)
前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列を含み、
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26、配列番号74の残基3〜22、または配列番号34のヌクレオチド配列を含み、
前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号14の残基28〜49のヌクレオチド配列を含み、かつ/または
前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号12のヌクレオチド配列を含む、項目4または5に記載の方法。
(項目8)
前記試料を第3のCandida特異的増幅オリゴマーと接触させることを更に含み、
前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第1のCandida種標的核酸領域を増幅するためのものであり、前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、
前記第1及び第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第2のCandida種標的領域を増幅するためのものであり、前記第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号34のヌクレオチド配列を含む第3のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、項目4、5、及び7のいずれか1項に記載の方法。
(項目9)
前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列からなり、
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26、配列番号74、または配列番号34のヌクレオチド配列からなり、
前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号14の残基28〜49のヌクレオチド配列からなり、かつ/または
前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号12のヌクレオチド配列からなる、項目4、5、及び7のいずれかに記載の方法。
(項目10)
前記試料を第3のCandida特異的増幅オリゴマーと接触させることを更に含み、
前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第1のCandida種標的核酸領域を増幅するためのものであり、前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、
前記第1及び第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第2のCandida種標的領域を増幅するためのものであり、前記第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号34のヌクレオチド配列からなる第3のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、項目4、5、7、及び9のいずれかに記載の方法。
(項目11)
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26のヌクレオチド配列を含む、項目6または8に記載の方法。
(項目12)
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26のヌクレオチド配列からなる、項目6、8、及び10のいずれか1項に記載の方法。
(項目13)
前記第1のCandida特異的増幅オリゴマー及び前記第1のC.glabrata特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも1つが、それぞれの標的ハイブリダイズ配列の5’側に位置するプロモーター配列を更に含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目1〜12のいずれか1項に記載の方法。
(項目14)
前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列である、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記プロモーター配列が、配列番号9の残基1〜27のヌクレオチド配列を有する、項目14に記載の方法。
(項目16)
前記第1のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号9のヌクレオチド配列を有し、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、配列番号14のヌクレオチド配列を有する、項目13に記載の方法。
(項目17)
存在する場合、任意のCandida種標的核酸を、ステップ(2)の前に試料中の他の構成成分から精製することを更に含む、項目1〜16のいずれか1項に記載の方法。
(項目18)
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合された標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含む、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記試料が、第1のCandida特異的捕捉プローブオリゴマー及び第1のC.glabrata特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させられ、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、前記第1または第2のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブオリゴマーが、前記第3のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする第1のC.glabrata捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1のCandida特異的及びC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々が、前記固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合される、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、(i)配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列、もしくは(ii)配列番号140の配列に含有される15〜25個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号141の配列を含む配列であり、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号142の配列に含有される16〜27個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号143もしくは配列番号144の配列を含む配列である、項目19に記載の方法。
(項目21)
前記試料を第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させることを更に含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列であり、
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、前記第1または第2のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号140の配列に含有される15〜25個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号141の配列を含む配列である、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20、もしくは配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列を含み、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号48の残基1〜26のヌクレオチド配列を含む、項目20に記載の方法。
(項目23)
前記試料を第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させることを更に含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列であり、
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列を含む前記第1または第2のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする、第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、項目20または22に記載の方法。
(項目24)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20、もしくは配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列からなり、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号48の残基1〜26のヌクレオチド配列からなる、項目20または22に記載の方法。
(項目25)
前記試料を第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させることを更に含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列であり、
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列からなる第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、項目20、22、及び24のいずれか1項に記載の方法。
(項目26)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20のヌクレオチド配列を含む、項目21または23に記載の方法。
(項目27)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20のヌクレオチド配列からなる、項目21、23、及び25のいずれか1項に記載の方法。
(項目28)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号24もしくは配列番号66のヌクレオチド配列を有し、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号48のヌクレオチド配列を有する、項目20、22、及び24のいずれか1項に記載の方法。
(項目29)
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号66のヌクレオチド配列を有する、項目21、23、及び25のいずれか1項に記載の方法。
(項目30)
前記検出ステップ(3)が、
1つ以上の増幅産物を、前記第1または第2のCandida種標的領域と特異的にハイブリダイズするCandida特異的検出プローブ及び前記第3のCandida種標的領域と特異的にハイブリダイズするC.glabrata特異的検出プローブと接触させることと、
任意の標的ハイブリダイズされたCandida特異的及び/もしくはC.glabrata特異的検出プローブの存在または不在を検出することと、を含む、項目1〜29のいずれか1項に記載の方法。
(項目31)
前記Candida特異的検出プローブが、
(A1)配列番号145の配列に含有される18〜22個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号146の配列を含む配列、
(B1)(A1)のDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
(C1)(A1)もしくは(B1)の完全な補体からなる群から選択されるCandida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、かつ/または
前記C.glabrata特異的検出プローブが、
(A2)配列番号147の配列に含有される17〜23個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号148の配列を含む配列、
(B2)配列番号18の残基1〜17の配列に実質的に対応する配列、
(C2)配列番号21の残基1〜20の配列に実質的に対応する配列、
(D2)(A2)〜(C2)のうちのいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
(E2)(A2)〜(D2)のうちのいずれか1つの完全な補体からなる群から選択されるC.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号27の残基1〜22の配列、
そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含み、かつ/または
C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号60の残基1〜17の配列、
配列番号45の残基1〜23の配列、
配列番号18の残基1〜17の配列、
配列番号21の残基1〜20の配列、
前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含む、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号27の残基1〜22の配列、
そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなり、かつ/または
前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号60の残基1〜17の配列、
配列番号45の残基1〜23の配列、
配列番号18の残基1〜17の配列、
配列番号21の残基1〜20の配列、
前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなる、項目31または32に記載の方法。
(項目34)
前記Candida特異的検出プローブが、配列番号27の配列、そのDNAもしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有し、かつ/または
前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号60、配列番号45、配列番号18、配列番号21、前述のいずれかのDNAもしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有する、項目31〜33のいずれか1項に記載の方法。
(項目35)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、標識を含む、項目30〜33のいずれか1項に記載の方法。
(項目36)
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目35に記載の方法。
(項目37)
前記検出ステップ(3)が、前記増幅ステップ(2)中に起こる、項目35に記載の方法。
(項目38)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、蛍光標識及び消光剤を含む、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、分子トーチ、分子ビーコン、またはTaqMan検出プローブである、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブのうちの少なくとも1つが、非標的ハイブリダイズ配列を更に含む、項目30〜33のいずれか1項に記載の方法。
(項目41)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目40に記載の方法。
(項目42)
ステップ(2)における前記増幅反応が、等温増幅反応である、項目1〜41のいずれか1項に記載の方法。
(項目43)
前記増幅反応が、転写媒介増幅(TMA)反応である、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記増幅反応が、リアルタイム増幅反応である、項目42または43に記載の方法。
(項目45)
試料中のCandida種の存在または不在を判定するためのオリゴマーの組み合わせであって、前記オリゴマーの組み合わせが、
第1の増幅オリゴマーの組み合わせ及び第2の増幅オリゴマーの組み合わせのうちの少なくとも1つを含み、
(a)前記第1の増幅オリゴマーの組み合わせが、第1のCandida種標的核酸領
域または第2のCandida種標的核酸領域を増幅するための第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーを含み、前記第1の標的領域が、配列番号129のヌクレオチド約133位もしくは161位〜ヌクレオチド約259位の領域に対応し、前記第2の領域が、配列番号130のヌクレオチド約202位〜ヌクレオチド約308位の領域に対応し、前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、かつ
(b)前記第2の増幅オリゴマーの組み合わせが、第3のCandida種標的核酸領域を増幅するための第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーを含み、前記第3の標的領域が、配列番号131のヌクレオチド約355位〜ヌクレオチド約554位の領域に対応し、前記第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、オリゴマーの組み合わせ。
(項目46)
前記オリゴマーの組み合わせが、前記第1及び第2の両方の増幅オリゴマーの組み合わせを含む、項目45に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目47)
前記オリゴマーの組み合わせが、同じ反応混合物内に前記第1及び第2の両方の増幅オリゴマーの組み合わせを含む、項目46に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目48)
第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列に実質的に対応し、かつ/または
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、(i)配列番号132の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号133の配列を含む配列、(ii)配列番号152の配列に含有される20〜23個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号151の配列を含む配列、もしくは(iii)配列番号34のヌクレオチド配列に実質的に対応する配列である、項目45〜47のいずれかに記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目49)
前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、かつ/または
前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号136の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号137の配列を含む配列である、項目47〜48のいずれかに記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目50)
第3のCandida特異的増幅オリゴマーを更に含み、
前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第1のCandida種標的核酸領域を増幅するためのものであり、前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、
前記第1及び第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第2のCandida種標的領域を増幅するためのものであり、前記第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号34のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、項目48または49に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目51)
前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列を含み、
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26、配列番号74の残基3〜22、または配列番号34のヌクレオチド配列を含み、
前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号14の残基28〜49のヌクレオチド配列を含み、かつ/または
前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号12のヌクレオチド配列を含む、項目48または49に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目52)
第3のCandida特異的増幅オリゴマーを更に含み、
前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第1のCandida種標的核酸領域を増幅するためのものであり、前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、
前記第1及び第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第2のCandida種標的領域を増幅するためのものであり、前記第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号34のヌクレオチド配列を含む第3のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、項目48、49、及び51のいずれか1項のいずれかに記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目53)
前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列からなり、
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26、配列番号74、または配列番号34のヌクレオチド配列からなり、
前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号14の残基28〜49のヌクレオチド配列からなり、かつ/または
前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号12のヌクレオチド配列からなる、項目48、49、及び51のいずれかに記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目54)
第3のCandida特異的増幅オリゴマーを更に含み、
前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第1のCandida種標的核酸領域を増幅するためのものであり、前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、
前記第1及び第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、前記第2のCandida種標的領域を増幅するためのものであり、前記第3のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号34のヌクレオチド配列からなる第3のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、項目48、49、51、及び53のいずれかに記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目55)
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26のヌクレオチド配列を含む、項目50または52に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目56)
前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26のヌクレオチド配列からなる、項目50、52、及び54のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目57)
前記第1のCandida特異的増幅オリゴマー及び前記第1のC.glabrata特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも1つが、それぞれの標的ハイブリダイズ配列の5’側に位置するプロモーター配列を更に含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目45〜56のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目58)
前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列である、項目57に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目59)
前記プロモーター配列が、配列番号9の残基1〜27のヌクレオチド配列を有する、項目58に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目60)
前記第1のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号9のヌクレオチド配列を有し、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、配列番号14のヌクレオチド配列を有する、項目59に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目61)
固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合された標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーを更に含む、項目45〜60のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目62)
前記オリゴマーの組み合わせが、第1のCandida特異的捕捉プローブオリゴマー及び第1のC.glabrata特異的捕捉プローブオリゴマーを含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、前記第1または第2のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブオリゴマーが、前記第3のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする第1のC.glabrata捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1のCandida特異的及びC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々が、前記固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合される、項目61に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目63)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、(i)配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列、もしくは(ii)配列番号140の配列に含有される15〜25個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号141の配列を含む配列であり、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号142の配列に含有される16〜27個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号143もしくは配列番号144の配列を含む配列である、項目62に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目64)
第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーを更に含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列であり、
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、前記第1または第2のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号140の配列に含有される15〜25個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号141の配列を含む配列である、項目63に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目65)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20、もしくは配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列を含み、か
つ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号48の残基1〜26のヌクレオチド配列を含む、項目63に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目66)
第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーを更に含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列であり、
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列を含む前記第1または第2のCandida種標的核酸内の標的配列と特異的にハイブリダイズする、第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、項目63または65に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目67)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20、もしくは配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列からなり、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号48の残基1〜26のヌクレオチド配列からなる、項目63または65に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目68)
第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーを更に含み、
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号138の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号139の配列を含む配列であり、
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号66の残基1〜17のヌクレオチド配列からなる第2のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、項目63、65、及び67のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目69)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20のヌクレオチド配列を含む、項目64または66に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目70)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24の残基1〜20のヌクレオチド配列からなる、項目64、66、及び68のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目71)
前記第1のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号24もしくは配列番号66のヌクレオチド配列を有し、かつ/または
前記第1のC.glabrata特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号48のヌクレオチド配列を有する、項目63、65、及び67のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目72)
前記第2のCandida特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号66のヌクレオチド配列を有する、項目64、66、及び68のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目73)
前記第1または第2のCandida種標的領域と特異的にハイブリダイズするCandida特異的検出プローブ及び前記第3のCandida種標的領域と特異的にハイブ
リダイズするC.glabrata特異的検出プローブを更に含む、項目45〜72のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目74)
前記Candida特異的検出プローブが、
(A1)配列番号145の配列に含有される18〜22個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号146の配列を含む配列、
(B1)(A1)のDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
(C1)(A1)もしくは(B1)の完全な補体からなる群から選択されるCandida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含み、かつ/または
前記C.glabrata特異的検出プローブが、
(A2)配列番号147の配列に含有される17〜23個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号148の配列を含む配列、
(B2)配列番号18の残基1〜17の配列に実質的に対応する配列、
(C2)配列番号21の残基1〜20の配列に実質的に対応する配列、
(D2)(A2)〜(C2)のうちのいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び(E2)(A2)〜(D2)のうちのいずれか1つの完全な補体からなる群から選択されるC.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、項目73に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目75)
前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号27の残基1〜22の配列、
そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含み、かつ/または
C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号60の残基1〜17の配列、
配列番号45の残基1〜23の配列、
配列番号18の残基1〜17の配列、
配列番号21の残基1〜20の配列、
前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含む、項目74に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目76)
前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号27の残基1〜22の配列、
そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなり、かつ/または
前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号60の残基1〜17の配列、
配列番号45の残基1〜23の配列、
配列番号18の残基1〜17の配列、
配列番号21の残基1〜20の配列、
前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなる、項目74または75に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目77)
前記Candida特異的検出プローブが、配列番号27の配列、そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有し、かつ/または
前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号60、配列番号45、配列番号18、配列番号21、前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有する、項目74〜76のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目78)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、標識を含む、項目73〜76のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目79)
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目78に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目80)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、蛍光標識及び消光剤を含む、項目78に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目81)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、分子トーチ、分子ビーコン、またはTaqMan検出プローブである、項目80に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目82)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブのうちの少なくとも1つが、非標的ハイブリダイズ配列を更に含む、項目73〜76のいずれか1項に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目83)
前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目82に記載のオリゴマーの組み合わせ。
(項目84)
Candida種標的核酸を検出するための検出プローブであって、前記検出プローブが、
Candida特異的検出プローブであって、
(A1)配列番号145の配列に含有される18〜22個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号146の配列を含む配列、
(B1)(A1)のDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
(C1)(A1)もしくは(B1)の完全な補体からなる群から選択されるCandida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、Candida特異的検出プローブ、または
C.glabrata特異的検出プローブであって、
(A2)配列番号147の配列に含有される17〜23個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号148の配列を含む配列、
(B2)配列番号18の残基1〜17の配列に実質的に対応する配列、
(C2)配列番号21の残基1〜20の配列に実質的に対応する配列、
(D2)(A2)〜(C2)のうちのいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
(E2)(A2)〜(D2)のうちのいずれか1つの完全な補体からなる群から選択されるC.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、C.glabrata特異的検出プローブである、検出プローブ。
(項目85)
前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号27の残基1〜22の配列、
そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含むか、または
C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号60の残基1〜17の配列、
配列番号45の残基1〜23の配列、
配列番号18の残基1〜17の配列、
配列番号21の残基1〜20の配列、
前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含む、項目84に記載の検出プローブ。
(項目86)
前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号27の残基1〜22の配列、
そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなるか、または
前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
配列番号60の残基1〜17の配列、
配列番号45の残基1〜23の配列、
配列番号18の残基1〜17の配列、
配列番号21の残基1〜20の配列、
前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなる、項目84または85に記載の検出プローブ。
(項目87)
前記Candida特異的検出プローブが、配列番号27の配列、そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有するか、または
前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号60、配列番号45、配列番号18、配列番号21、前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有する、項目84〜86のいずれか1項に記載の検出プローブ。
(項目88)
前記検出プローブが標識を含む、項目84〜86のいずれか1項に記載の検出プローブ。
(項目89)
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目88に記載の検出プローブ。
(項目90)
前記検出プローブが、蛍光標識及び消光剤を含む、項目88に記載の検出プローブ。
(項目91)
前記検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはTaqMan検出プローブである、項目90に記載の検出プローブ。
(項目92)
前記検出プローブが、非標的ハイブリダイズ配列を更に含む、項目84〜86のいずれか1項に記載の検出プローブ。
(項目93)
前記検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目92に記載の検出プローブ。

Claims (19)

  1. 試料中のCandida種の存在または不在を判定するための方法であって、
    (1)Candida種を含有することが疑われる試料を、第1の増幅オリゴマーの組み合わせ及び第2の増幅オリゴマーの組み合わせのうちの少なくとも1つと接触させることであって、
    (a)前記第1の増幅オリゴマーの組み合わせが、第1のCandida種核酸標的領域または第2のCandida種核酸標的領域を増幅するための第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーを含み、前記第1の標的領域が、配列番号129のヌクレオチド約133位もしくは161位〜ヌクレオチド約259位の領域に対応し、前記第2の領域が、配列番号130のヌクレオチド約202位〜ヌクレオチド約308位の領域に対応し、前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
    前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列に実質的に対応し、かつ/または
    前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、(i)配列番号132の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号133の配列を含む配列、(ii)配列番号152の配列に含有される20〜23個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号151の配列を含む配列、もしくは(iii)配列番号34のヌクレオチド配列に実質的に対応する配列であり、かつ
    (b)前記第2の増幅オリゴマーの組み合わせが、第3のCandida種核酸標的領域を増幅するための第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーを含み、前記第3の標的領域が、配列番号131のヌクレオチド約355位〜ヌクレオチド約554位の領域に対応し、前記第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
    前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号135の配列を含む配列であり、かつ/または
    前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号136の配列に含有される16〜21個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号137の配列を含む配列である、接触させることと、
    (2)インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、前記試料中に存在する場合、任意のCandida種標的核酸が、前記第1、第2、及び第3の標的領域のうちの少なくとも1つに対応する1つ以上の増幅産物を生成するためのテンプレートとして使用される、実施することと、
    (3)前記1つ以上の増幅産物の存在または不在を検出し、それにより、前記試料中のCandida種の存在または不在を判定することと、を含む、方法。
  2. 前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46からなるヌクレオチド配列を含み、
    前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26、配列番号74の残基3〜22、または配列番号34からなるヌクレオチド配列を含み、
    前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号14の残基28〜49からなるヌクレオチド配列を含み、かつ/または
    前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号12からなるヌクレオチド配列を含む、請求項に記載の方法。
  3. 前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26からなるヌクレオチド配列を含む、請求項に記載の方法。
  4. 前記第1のCandida特異的増幅オリゴマー及び前記第1のC.glabrata特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも1つが、それぞれの標的ハイブリダイズ配列の5’側に位置するプロモーター配列を更に含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、請求項1に記載の方法。
  5. 前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列である、請求項に記載の方法。
  6. 前記第1のCandida特異的増幅オリゴマーが、配列番号9のヌクレオチド配列を有し、かつ/または
    前記第1のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、配列番号14のヌクレオチド配列を有する、請求項に記載の方法。
  7. 前記検出ステップ(3)が、
    1つ以上の増幅産物を、前記第1または第2のCandida種標的領域と特異的にハイブリダイズするCandida特異的検出プローブ及び前記第3のCandida種標的領域と特異的にハイブリダイズするC.glabrata特異的検出プローブと接触させることと、
    任意の標的ハイブリダイズされたCandida特異的及び/もしくはC.glabrata特異的検出プローブの存在または不在を検出することと、を含む、請求項1に記載の方法。
  8. 前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
    配列番号27の残基1〜22の配列、
    そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
    前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含み、かつ/または
    C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
    配列番号60の残基1〜17の配列、
    配列番号45の残基1〜23の配列、
    配列番号18の残基1〜17の配列、
    配列番号21の残基1〜20の配列、
    前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
    前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含む、請求項に記載の方法。
  9. 前記Candida特異的検出プローブが、配列番号27の配列、そのDNAもしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有し、かつ/または
    前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号60、配列番号45、配列番号18、配列番号21、前述のいずれかのDNAもしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有する、請求項に記載の方法。
  10. 前記Candida特異的及びC.glabrata特異的検出プローブの各々が、標識を含み、前記標識が、化学発光標識および蛍光標識からなる群から選択される、請求項に記載の方法。
  11. 試料中のCandida種の存在または不在を判定するためのオリゴマーの組み合わせであって、前記オリゴマーの組み合わせが、
    第1の増幅オリゴマーの組み合わせ及び第2の増幅オリゴマーの組み合わせのうちの少なくとも1つを含み、
    (a)前記第1の増幅オリゴマーの組み合わせが、第1のCandida種核酸標的領域または第2のCandida種核酸標的領域を増幅するための第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーを含み、前記第1の標的領域が、配列番号129のヌクレオチド約133位もしくは161位〜ヌクレオチド約259位の領域に対応し、前記第2の領域が、配列番号130のヌクレオチド約202位〜ヌクレオチド約308位の領域に対応し、前記第1及び第2のCandida特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
    第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46のヌクレオチド配列に実質的に対応し、かつ/または
    前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、(i)配列番号132の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号133の配列を含む配列、(ii)配列番号152の配列に含有される20〜23個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号151の配列を含む配列、もしくは(iii)配列番号34のヌクレオチド配列に実質的に対応する配列であり、かつ
    (b)前記第2の増幅オリゴマーの組み合わせが、第3のCandida種核酸標的領域を増幅するための第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーを含み、前記第3の標的領域が、配列番号131のヌクレオチド約355位〜ヌクレオチド約554位の領域に対応し、前記第1及び第2のC.glabrata特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第1及び第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
    前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号134の配列に含有される15〜24個の連続ヌクレオチドの、かつ少なくとも配列番号135の配列を含む配列である、オリゴマーの組み合わせ。
  12. 前記第1のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号9の残基28〜46からなるヌクレオチド配列を含み、
    前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26、配列番号74の残基3〜22、または配列番号34からなるヌクレオチド配列を含み、
    前記第1のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号14の残基28〜49からなるヌクレオチド配列を含み、かつ/または
    前記第2のC.glabrata特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号12からなるヌクレオチド配列を含む、請求項11に記載のオリゴマーの組み合わせ。
  13. 前記第2のCandida特異的標的ハイブリダイズ配列が、配列番号26からなるヌクレオチド配列を含む、請求項12に記載のオリゴマーの組み合わせ。
  14. Candida種標的核酸を検出するための検出プローブであって、前記検出プローブが、
    Candida特異的検出プローブであって、
    (A1)配列番号145の配列に含有される18〜22個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号146の配列を含む配列、
    (B1)(A1)のDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
    (C1)(A1)もしくは(B1)の完全な補体からなる群から選択されるCandida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、Candida特異的検出プローブ、または
    C.glabrata特異的検出プローブであって、
    (A2)配列番号147の配列に含有される17〜23個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号148の配列を含む配列、
    (B2)配列番号18の残基1〜17の配列に実質的に対応する配列、
    (C2)配列番号21の残基1〜20の配列に実質的に対応する配列、
    (D2)(A2)〜(C2)のうちのいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、ならびに
    (E2)(A2)〜(D2)のうちのいずれか1つの完全な補体からなる群から選択されるC.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列を含む、C.glabrata特異的検出プローブである、検出プローブ。
  15. 前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
    配列番号27の残基1〜22の配列、
    そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
    前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含むか、または
    C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
    配列番号60の残基1〜17の配列、
    配列番号45の残基1〜23の配列、
    配列番号18の残基1〜17の配列、
    配列番号21の残基1〜20の配列、
    前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
    前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を含む、請求項14に記載の検出プローブ。
  16. 前記Candida特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
    配列番号27の残基1〜22の配列、
    そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
    前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなるか、または
    前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、
    配列番号60の残基1〜17の配列、
    配列番号45の残基1〜23の配列、
    配列番号18の残基1〜17の配列、
    配列番号21の残基1〜20の配列、
    前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び
    前述のうちのいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列からなる、請求項15に記載の検出プローブ。
  17. 前記Candida特異的検出プローブが、配列番号27の配列、そのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有するか、または
    前記C.glabrata特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列が、配列番号60、配列番号45、配列番号18、配列番号21、前述のいずれかのDNA等価物もしくはRNA/DNAキメラ、及び前述のいずれかの完全な補体からなる群から選択される配列を有する、請求項15に記載の検出プローブ。
  18. 前記検出プローブが標識を含む、請求項14に記載の検出プローブ。
  19. 前記検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、請求項14に記載の検出プローブ。
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