KR100763906B1 - 9 종의 박테리아의 표적 서열을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트 및 상기 9 종의 박테리아 중 각 표적 서열에 특이적으로 혼성화하는 프로브 올리고뉴클레오티드 - Google Patents
9 종의 박테리아의 표적 서열을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트 및 상기 9 종의 박테리아 중 각 표적 서열에 특이적으로 혼성화하는 프로브 올리고뉴클레오티드 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 서열번호 1의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드를 포함하는 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)에 특이적인 표적 서열 증폭용 프라이머 세트 및 상기 9 종의 박테리아의 각 종에 특이적인 프로브를 제공한다.
올리고뉴클레오티드, 프라이머, 프로브
Description
도 1은 마이크로어레이로부터 측정된 540 nm에서의 형광 강도에 의하여 혼성화 결과를 나타내는 도면이다.
본 발명은 호흡기 질환과 관련되는 9 종의 박테리아 종의 표적 서열을 공통으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트 및 9 종의 박테리아 중 각 표적 서열에 특이적인 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
종래 호흡기 질환과 관련되는 바이러스를 검출하기 위한 프로브가 알려져 있었다. 예를 들면, 미국특허 제5,830,654호에는 약 14 내지 18 뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae)를 위한 혼성화 분석 프로브가 개시되어 있다. 미국특허 제5,525,718호에는 스타필로코 커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus)의 특정한 유전자 (예, entE)에 선택적으로 혼성화하는 올리고뉴클레오티드가 개시되어 있다. 또한, 미국특허 제6,001,564호에는 각 에스케리키아 콜리 (Escherichia coli), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis), 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 스타필로코커스 에피데미스 (Staphylococcus epidermis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae) 및 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis)에 특이적 프라이머 또는 프로브가 개시되어 있다.
상기한 바와 같은 종래 기술에 의하더라도 호흡기 질환관 관련되는 것으로 알려진 9 종의 박테리아에 모두 공통적인 표적 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트는 개시된 바 없다. 또한, 이들 각 종의 표적 서열에 대하여 특이적인 프로브는 개시된바 없다.
본 발명의 목적은 9 종의 호흡기 질환과 관련된 박테리아의 표적 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 9 종의 호흡기 질환과 관련된 박테리아 중 다른 종의 핵산과는 교차 혼성화되지 않으면서 특정한 종의 표적 서열에 대하여 특이적인 프로브 올리고뉴클레오티드를 제공하는 것이다.
본 발명은 서열번호 1의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드를 포함하는 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)에 특이적인 표적 서열 증폭용 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명의 프라이머 세트는 상기 9 종의 박테리아로부터 유래하는 16S rRNA 유전자 내의 표적 서열 즉, 327 내지 529의 폴리뉴클레오티드를 증폭하는데 사용될 수 있다. 상기 프라이머 세트는 상기 9 종의 박테리아 유래의 표적 서열을 공통적으로 증폭할 수 있기 때문에 각 박테리아 종에 대하여 별도의 프라이머 세트를 사용하지 않고서도 표적 서열을 증폭할 수 있다.
본 발명의 프라이머 세트는 10 종의 호흡기 질환과 관련되는 박테리아의 119 스트레인으로부터 공통 서열을 얻었다. 각 종에 해당하는 스트레인의 수는 하기 표 1과 같다.
표 1.
| 종 | 스트레인 수 |
| Bordetella pertussis | 11 |
| Chlamydophila pneumoniae | 15 |
| Haemophilus influenzae | 20 |
| Mycoplasma pneumoniae | 10 |
| Klebsiella pneumoniae | 19 |
| Legionella pneumophila | 9 |
| Moraxella catarrhalis | 6 |
| Pseudomonas aeruginosa | 7 |
| Staphylococcus aureus | 17 |
| Streptococcus pneumoniae | 5 |
| 합계 | 119 |
상기 박테리아 종의 119 스트레인으로부터 16S rRNA 유전자의 서열을 비교하고, 그 결과로부터 3개의 프라이머 후보들을 선별하였다 (표 2 참조).
표 2.
| 명칭 | 가닥 | 서열 (서열번호) | 모호성 뉴클레오티드 수 | 길이 (bp) | 평균 Tm (℃) |
| P0321 | 전위 | 1 | 2 | 19 | 72 |
| P0521 | 역위 | 2 | 2 | 22 | 75 |
| P0930 | 전위 | 23 | 1 | 20 | 76 |
| P1055 | 역위 | 24 | 2 | 23 | 77 |
| P1391 | 전위 | 25 | 2 | 18 | 67 |
| P1499 | 역위 | 26 | 2 | 21 | 66 |
상기 표 2에 나타낸 후보 프라이머 세트 중 서열 번호 1 및 2를 포함하는 프라이머 세트가 9 종의 박테리아 유래의 16S rRNA 유전자를 가장 효율적으로 증폭할 수 있는 것으로 판별되었다.
또한, 본 발명은 서열번호 3 및 4의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 7 및 8의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 9 및 10의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 11 및 12의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 13 및 14의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 15 및 16의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 17 및 18의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 19 및 20의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 및 서열번호 21 및 22의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드로 구성된 군으로부터 선택된 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 박테리아의 표적 핵산에 특이적인 하나 이상의 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트를 제공한다. 본 발명의 프로브 올리고뉴클레오티드는 상기 9 종의 박테리아 중에서 특정한 종을 특이적으로 검출하기 위한 프로브로서 사용될 수 있다.
본 발명에 있어서, "프로브 (probe)"란 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 펩티드 핵산 (PNA), DNA 및 RNA를 포함하는 것이다. 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 상기 9 종의 박테리아로부터 특정한 종을 특이적으로 검출하기 위하여 사용되는 어떠한 방법에서도 사용될 수 있다. 예를 들면, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 상기 올리고뉴클레오티드가 고정화되어 있는 고체 기판을 이용하는 방법에 사용될 수 있다.
본 발명의 상기 프로브들은 9 종의 호흡기 질환 관련 박테리아의 게놈을 주형으로 하고, 서열번호 1의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 한 PCR를 통하여 증폭된 핵산을 특이적으로 검출하는 것이다.
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본 발명의 프라이머 세트 및 프로브 올리고뉴클레오티드는 상기 프라이머 세트를 프라이머로 하고, 상기 9 종의 박테리아 중 하나 이상을 포함하는 시료로부터 분리된 핵산을 주형으로 한 PCR을 수행하고 그로부터 얻어지는 PCR 산물을 상기 각 박테리아 종에 특이적으로 결합할 수 있는 상기 프로브 올리고뉴클레오티드를 반응시켜 검출함으로써, 특정 박테리아의 존재를 검출하는데 사용될 수 있다. 이 경우 상기 프로브 올리고뉴클레오티드는 적절한 검출가능한 신호를 발생시키는 표지 물질로 표지되어 있을 수 있다.
따라서, 본 발명은 박테리아를 포함하는 시료로부터 분리된 핵산을 주형으로 하고 본 발명의 서열번호 1의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드 및 2의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드로서 길이가 10 내지 100bp인 올리고뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 PCR을 수행하는 단계; 및 얻어진 PCR 산물을 본 발명의 서열번호 3,4 및 7 내지 22의 서열에 존재하는 10개 이상의 연속 염기의 절편을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 길이가 10 내지 100bp인 하나 이상의 프로브 올리고뉴클레오티드 를 프로브로 사용하여 검출하는 단계를 포함하는, 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로 이루어지는 박테리아 군으로부터 하나 이상의 박테리아의 존재를 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명의 방법에 있어서, "PCR"이란 중합효소 연쇄반응을 의미하는 것으로, 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다. 이러한 PCR 방법에는 한 번에 하나의 표적만을 증폭하는 단일 PCR과 한 번에 복수의 표적을 증폭하는 다중 PCR이 포함된다. 다중 PCR에서는 복수의 프라이머 쌍이 이용된다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아의 검출은 검출가능한 신호를 발생시키는 물질로 상기 PCR 산물을 표지하고, 이를 상기 프로브 올리고뉴클레오티드와 혼성화시키고, 그로부터 발생하는 신호를 검출하여 이루어질 수 있다. 상기 검출가능한 신호는 예를 들면, 광학적 신호 또는 전기적 신호가 될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다. 상기 광학적 활성 물질은 형광 또는 인광을 발생시키는 물질일 수 있다. 상기 형광 물질은 예를 들면, 플루오로레신(fluorescein), Cy-5 및 Cy-3 일 수 있다. 또한, 상기 PCR 산물은 혼성화 전 또는 후에 검출가능한 신호를 발생시키는 물질로 표지되거나, 표지되어 있지 않을 수 있다. 표지되어 있지 않은 경우의 상기 PCR 산물과 프로브 올리고뉴클레오티드의 혼성화 결과는 예를 들면, 전기적 신호를 통하여 검출할 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다.
본 발명은 또한, 본 발명의 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트가 고정화되어 있는 기판을 갖는 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, "마이크로어레이"란 기판 상에 폴리뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 폴리뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러 한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다. 마이크로어레이에 관하여는 예를 들면, 미국특허 제5,445,934호 및 제5,744,305호에 개시되어 있으며, 이들 특허의 내용은 참조에 의하여 본 명세서에 포함되어진다. 상기 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트에 대하여는 상기한 바와 같다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1 : 9 종의 호흡기 질환 관련 박테리아에 특이적
프로브가
고정화되어 있는
마이크로어레이를
이용한 표적 박테리아의 검출
본 실시예에서는 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 각각 2개의 올리고뉴클레오티드 (각각, 서열번호 3 및 4, 7 및 8, 9 및 10, 11 및 12, 및 13 및 14, 15 및 16, 17 및 18, 19 및 20, 및 21 및 22)가 각각 4개의 스팟 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 제조하고 이를 이용하여 시료부터 표적 박테리아 종이 존재하는지를 확인하였다.
본 실시예에 사용되는 마이크로어레이는 아민 화합물로 활성화된 기판 상에 상기 종 특이적 올리고뉴클레오티드를 첨가하여, 50℃에서 30 분 동안 반응시킴으로써 고정화하였다. 얻어진 마이크로어레이에 상기한 바와 같은 9 종의 각 박테리아로부터 유래된 핵산이 포함되어 있는 시료를 상기 박테리아에 특이적인 올리고뉴클레오티드가 고정화되어 있는 스팟에 첨가하고 16 ℃에서 12 시간 동안 혼성화 반응을 수행하였다. 도 1은 마이크로어레이로부터 측정된 540 nm에서의 형광 강도에 의하여 혼성화 결과를 나타내는 도면이다. 도 1에 나타낸 바와 같이, 본 발명의 각 올리고뉴클레오티드가 각 종에 대한 특이적으로 프로브로서 사용될 수 있음을 알 수 있다. 도 1에서, A, B, C, D, E, F, G, H 및 I는 각각 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae) 종 특이적 올리고뉴클레오티드가 고정화되어 있는 마이크로어레이로부터 혼성화 결과를 나타내는 도면이다 (네모칸 참조).
종래 알려진 프라이머의 경우 1 개의 프라이머 세트로 9종의 호흡기 박테리아를 한번에 검출할 수 있는 것을 알려진 바와 없었으나, 본 발명의 프라이머 세트는 본 발명의 실시예에서 확인된 바와 같이, 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis) 11 스트레인, 클라미도필라 뉴모니아 (Chlamydophila pneumoniae) 15 스트레인, 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae) 20 스트레인, 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae) 10 스트레인, 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae) 19 스트레인, 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila) 9 스트레인, 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis) 6 스트레인, 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa) 7 스트레인, 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 17 스트레인 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae) 5 스트레인, 즉 10 종의 박테리아의 119 스트레인에서 발견된 표적 서열을 공통적으로 증폭하는데 사용될 수 있는 장점이 있다.
본 발명의 프라이머 세트에 의하면, 하나의 프라이머 세트를 이용하여 9 종의 호흡기 질환 관련 박테리아 종의 표적 서열을 증폭할 수 있다.
본 발명의 프로브에 의하면, 9 종의 호흡기 질환 관련 박테리아 종의 핵산 서열과 교차 반응성이 없이 특이적으로 특정한 종을 검출할 수 있다.
본 발명의 방법에 의하면, 9 종의 호흡기 질환 관련 박테리아로 이루어지는 군으로부터 하나 이상의 박테리아를 효율적으로 검출할 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이에 의하면, 9 종의 호흡기 질환 관련 박테리아로 이루어지는 군으로부터 하나 이상의 박테리아를 검출하는데 유용하게 사용될 수 있다.
서열목록 전자파일 첨부
Claims (5)
- 서열번호 1의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)에 특이적인 표적 서열 증폭용 프라이머 세트.
- 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 15 및 16의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드, 및 서열번호 21 및 22의 올리고뉴클레오티드 및 그에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로부터 유래된 핵산에 특이적인 올리고뉴클레오티드로 구성된 군으로부터 선택된 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로 이루어지는 군으로부터 선택된 하나 이상의 박테리아의 표적 핵산에 특이적인 하나 이상의 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트.
- 박테리아를 포함하는 시료로부터 분리된 핵산을 주형으로 하고 제1항에 따른 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 PCR을 수행하는 단계; 및얻어진 PCR 산물을 제2항에 따른 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트를 프로브로 사용하여 검출하는 단계를 포함하는, 보르데텔라 퍼터시스 (Bordetella pertussis), 헤모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenzae), 클렙시엘라 뉴모니아 (Klebsiella pneumoniae), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 모락셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 미코플라즈마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) 및 스트렙토코커스 뉴모니아 (Streptococcus pneumoniae)로 이루어지는 박테리아 군으로부터 하나 이상의 박테리아의 존재를 검출하는 방법.
- 제3항에 있어서, 상기 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트는 마이크로어레의 기판에 고정화되어 있는 것인 방법.
- 제2항에 따른 프로브 올리고뉴클레오티드 또는 프로브 올리고뉴클레오티드 세트가 고정화되어 기판을 갖는 마이크로어레이.
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