KR101856205B1 - 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법 - Google Patents

핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법 Download PDF

Info

Publication number
KR101856205B1
KR101856205B1 KR1020170153351A KR20170153351A KR101856205B1 KR 101856205 B1 KR101856205 B1 KR 101856205B1 KR 1020170153351 A KR1020170153351 A KR 1020170153351A KR 20170153351 A KR20170153351 A KR 20170153351A KR 101856205 B1 KR101856205 B1 KR 101856205B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
primer
nucleotide
complementary
allele
nitropyrrol
Prior art date
Application number
KR1020170153351A
Other languages
English (en)
Inventor
김민진
박혜시
정지현
김정민
강병규
홍민의
Original Assignee
제노플랜코리아 주식회사
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 제노플랜코리아 주식회사 filed Critical 제노플랜코리아 주식회사
Priority to KR1020170153351A priority Critical patent/KR101856205B1/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101856205B1 publication Critical patent/KR101856205B1/ko
Priority to JP2018564352A priority patent/JP2020503838A/ja
Priority to PCT/KR2018/010206 priority patent/WO2019098512A1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/34—Allele or polymorphism specific uses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/30—Oligonucleotides characterised by their secondary structure
    • C12Q2525/307—Circular oligonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 하기 식 1로 나타나는 프라이머를 포함하는 프라이머 세트에 관한 것이다:
[식 1]
5'-X-Y-Z-3'
상기 식에서, X는 혼성화 되는 주형 핵산에 상보적인 15 내지 25bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제1 결합 부위이고, Y는 3 내지 10bp의 고리 형성 부위이고, Z는 상기 주형 핵산에 대하여 상보적인 5 내지 10bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열, 및 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드와 이에 연속된 1 내지 3bp의 비상보적 뉴클레오티드를 포함하는 제2 결합 부위이고, 상기 X, Y 및 Z는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드이다.

Description

핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법{ALLELE SPECIFIC PRIMER AND METHOD FOR ANALYZING IDENTIFYING GENOTYPE OF THE ALLELE USING SAME}
본 발명은 단일염기 다형성을 갖는 서열에 대한 혼성화 특이성을 증대시킨 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법에 관한 것이다.
염기서열 다형성(Polymorphism)은 1% 초과하는 빈도로 나타나는 염기 서열의 변이를 일컫는 것으로, 이 중 90%는 단일염기 다형성(Single Nucleotide polymorphism, SNP)이다. 인간 유전적 서열은 99.9% 동일하고, SNP는 약 250~1000bp 마다 하나씩 나타나며, 인간 유전체의 경우 약 2백만개의 SNP가 존재하고 이중 유전자에는 약 21,000개가 존재한다. 또한 1% 이하의 빈도로 나타나는 다른 단일염기의 변이는 통상 돌연변이(mutation)로 칭한다.
염기서열 돌연변이 분석 또는 SNP는 DNA 서열분석은 분석은 물론, 질환 예를 들면 암, 천식, 당뇨병과 같은 질환을 야기하는 유전자 발굴 또는 특정 질환과의 연관성을 판단할 수 있는 마커로서 중요한 역할을 한다(Ye S1, Dhillon S, Ke X, Collins AR, Day IN. An efficient procedure for genotyping single nucleotide polymorphisms. Nucleic Acids Res. 2001 Sep 1;29(17):E88-8; ookes AJ. The essence of SNPs. Gene. 1999 Jul 8;234(2):177-86.).
따라서 단일염기서열 변이 또는 SNP를 분석함으로써 사람의 경우 특정 질환에 대한 개인의 감수성을 파악하여 염기서열의 차이로 인해 발생하는 선천성 질병에 대한 예방 또는 발병한 질환의 치료에 도움이 될 수 있다.
단일염기 변이를 분석하는 방법으로는 중합효소 연쇄반응인 PCR을 실시한 후 특이적 제한효소를 사용하여 증폭 산물의 단편 길이 차이로 확인하는 PCR-RFLP(PCR-restriction fragment length polymorphism), 대립형질에 특이적 프라이머를 사용하여 DNA를 증폭한 후 전기영동으로 확인하는 SSP(Sequence-Specific Primed PCR), PCR 증폭 DNA를 형광 물질을 이용하여 실시간으로 측정하는 Real-time PCR, 프라이머 양쪽 말단에 제한효소가 반응할 수 있는 염기서열을 추가적으로 넣어 프라이머의 반응 후 제한효소로 인해 잘려진 프라이머가 다시 증폭반응에 사용되는 SDA(Strand Displacement Amplification) 등의 방법이 알려져 있다.
하지만 이들의 방법은 과다한 시간이 소요되고, 비특이적 PCR 산물의 오염 가능성, 고가의 장비 및 시약 등의 단점이 있었다. 또한, 대립형질에 특이적 프라이머를 사용하는 경우에 있어, 프라이머의 주형에 대한 특이성을 향상시키기 위한 시도들이 있어 왔으나, 여전히 유전형 판별에 정확한 결과를 얻지 못하는 경우가 있었다. 이에, 단일염기 다형성에 대하여 보다 신속하고 정확한 판별 결과를 얻을 수 있는 방법에 대한 요구가 계속되어 왔다.
본 명세서 전체에 걸쳐 다수의 논문 및 특허문헌이 참조되고 그 인용이 표시되어 있다. 인용된 논문 및 특허 문헌의 개시 내용은 그 전체로서 본 명세서에 참조로 삽입되어 본 발명이 속하는 기술 분야의 수준 및 본 발명 의 내용이 보다 명확하게 설명된다.
대한민국 공개특허 제10-2014-0056397호 (2014.05.09. 공개)
본 발명은 단일염기 다형성(SNP)을 갖는 서열에 대한 혼성화 특이성을 증대시킨 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법을 제공함으로써, 단일염기 다형성 검출 감도를 증대시키는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 기술적 과제들은 이상에서 언급한 기술적 과제들로 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 기술적 과제들은 아래의 기재들로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
상기 문제점을 해결하기 위하여, 본 발명자들은 기존의 DPO(Dual Priming Oligonucleotide) 방식의 프라이머 내 SNP의 바로 앞에 비상보적 뉴클레오티드를 삽입하므로써 SNP를 포함하는 주형에의 특이성이 향상되는 것을 발견하고, 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 일 양태는 하기 식 1로 나타나는 프라이머를 포함하는 프라이머 세트를 제공한다:
[식 1]
5'-X-Y-Z-3'
상기 식에서, X는 혼성화 되는 주형 핵산에 상보적인 15 내지 25bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제1 결합 부위이고, Y는 3 내지 10bp의 고리 형성 부위이고, Z는 상기 주형 핵산에 대하여 상보적인 5 내지 10bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열, 및 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드와 이에 연속된 1 내지 3bp의 비상보적 뉴클레오티드를 포함하는 제2 결합 부위이고, 상기 X, Y 및 Z는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드이다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 제2 결합 부위에서 비상보적 뉴클레오티드는 상기 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드의 5' 위치에 연속될 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 비상보적 뉴클레오티드는 1bp일 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 고리 형성 부위는 이노신, 디옥시이노신, 7-디아자-2-디옥시이노신, 2-아자-2-디옥시이노신, 2-OMe-이노신, 2'-F-이노신, 디옥시 3-니트로피롤, 3-니트로피롤, 2'-OMe-3-니트로피롤, 2'-F 3-니트로피롤, 1-(2-디옥시-베타-D-리보푸라노실)-3-니트로피롤, 디옥시 5-니트로피롤, 5-니트로인돌, 2'-OMe-5-니트로인돌, 2'-F-5-니트로인돌, 디옥시 4-니트로벤즈이미다졸, 4-니트로벤즈이미다졸, 디옥시 4-아미노벤즈이미다졸, 4-아미노벤즈이미다졸, 디옥시 네불라린, 2'-F 네불라린, 2'-F 4-니트로벤즈이미다졸, PNA-5-인트로인돌, PNA-네불라린, PNA-이노신, PNA-4-니트로벤즈이미다졸, PNA-3-니트로피롤, 모르포리노-5-니트로인돌, 모르포리노-네불라린, 모르포리노-이노신, 모르포리노-4-니트로벤즈이미다졸, 모르포리노-3-니트로피롤, 포스포라미데이트-5-니트로인돌, 포스포라미데이트-네불라린, 포스포라미데이트-이노신, 포스포라미데이트-4-니트로벤즈이미다졸, 포스포라미데이트-3-니트로피롤, 2'-0-메톡시에틸이노신, 2'-0-메톡시에틸 네불라린, 2'-0-메톡시에틸 5-니트로인돌, 2'-0-메톡시에틸 4-니트로-벤즈이미다졸, 2'-0-메톡시에틸 3-니트로피롤 및 상기 염기의 조합으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 혼성화 되는 주형 핵산은 SLC23A1 유전자, APOE 유전자, AQP3 유전자 및 상기 유전자의 조합으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 프라이머 세트는 서열번호 1 내지 서열번호 3의 염기서열, 서열번호 4 내지 서열번호 6의 염기서열 및 서열번호 7 내지 서열번호 9의 염기서열로 구성된 군으로부터 선택되는 염기서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성되는 프라이머를 포함할 수 있다.
본 발명의 일 양태는 상기 프라이머 세트를 포함하는 단일염기 대립형질 판별용 조성물을 제공한다.
본 발명의 또다른 일 양태는 상기 단일염기 대립형질 판별용 조성물을 이용하는 단일염기 대립형질 판별 방법을 제공한다.
본 발명에 프라이머 세트는 단일염기 다형성(SNP)을 갖는 핵산 주형에 대한 혼성화 특이성을 증대시킴으로써 단일염기 다형성 검출 감도를 증대시켜, 대상 주형의 유전형 판별에 있어 보다 정확한 결과를 제공할 수 있다.
본 발명의 상세한 설명에서 인용되는 도면을 보다 충분히 이해하기 위하여 각 도면의 간단한 설명이 제공된다.
도 1은 본 발명에 따른 프라이머를 나타낸다.
도 2는 본 발명에 따른 프라이머의 주형 특이적 결합 및 그에 의한 복제 여부를 나타낸다.
도 3은 본 발명에 따른 프라이머 세트를 이용하여 유전형을 판별하는 방법의 개념을 나타낸다.
도 4는 본 발명에 따른 프라이머와 비교예에 따른 프라이머에 따른 SLC23A1 유전자의 SNP rs11950646의 유전자형 판별 결과를 나타낸다.
도 5는 온도에 따른 본 발명에 따른 프라이머를 이용한 SLC23A1 유전자의 SNP rs11950646의 유전자형의 판별 결과를 나타낸다.
도 6은 본 발명에 따른 프라이머와 비교예에 따른 프라이머에 따른 APOE 유전자의 SNP rs429358의 유전자형 판별 결과를 나타낸다.
도 7는 온도에 따른 본 발명에 따른 프라이머를 이용한 APOE 유전자의 SNP rs429358의 유전자형의 판별 결과를 나타낸다.
도 8는 본 발명에 따른 프라이머와 비교예에 따른 프라이머에 따른 AQP3 유전자의 SNP rs34391490의 유전자형 판별 결과를 나타낸다.
도 9는 온도에 따른 본 발명에 따른 프라이머를 이용한 AQP3 유전자의 SNP rs34391490의 유전자형의 판별 결과를 나타낸다.
이하, 첨부 도면을 참조하여 본 발명에 따른 실시 양태에 대하여 상세하게 설명한다. 이하 설명은 본 발명에 실시 양태들을 용이하게 이해하기 위한 것일 뿐이며, 보호범위를 제한하기 위한 것은 아니다.
본 발명은 제1 결합 부위, 고리 형성 부위 및 제2 결합 부위를 가지는 올리고뉴클레오티드 프라이머로서, 제2 결합 부위에 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드와 이에 연속된 비상보적 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 한다.
이하 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은 하기 식 1로 나타나는 프라이머를 포함하는 프라이머 세트를 제공한다:
[식 1]
5'-X-Y-Z-3'
상기 식에서,
X는 혼성화 되는 주형 핵산에 상보적인 15 내지 25bp, 바람직하게는 21 내지 23bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제1 결합 부위이고, Y는 3 내지 10bp, 바람직하게는 5 내지 7bp의 고리 형성 부위이고, Z는 상기 주형 핵산에 대하여 상보적인 5 내지 10bp, 바람직하게는 6 또는 7bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열, 및 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드와 이에 연속된 1 내지 3bp의 비상보적 뉴클레오티드를 포함하는 제2 결합 부위이고, 상기 X, Y 및 Z는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드이다.
본 발명에서 "프라이머"는 복제 대상인 주형(핵산)에 상보적으로 결합하여 복제 합성의 개시점으로 작용하는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드로서, 합성효소(폴리머라제)를 이용한 핵산 증폭 또는 합성 반응에서 그 3' 말단에 뉴클레오티드가 공유 결합에 의해 추가되어 연장되는 핵산 분자를 지칭한다. 프라이머를 구성하는 올리고뉴클레오티드의 각 뉴클레오티드는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드일 수 있으나, 디옥시리보뉴클레오티드가 바람직하다.
본 발명에 따른 프라이머는 제1 결합 부위, 고리 형성 부위 및 제2 결합 부위를 포함하며(도 1), 결합 주형에 대한 프라이머의 결합 특이성은 제1 결합 부위 및 제2 결합 부위에 의해 이중으로 결정된다.
주형의 복제 등에 있어, 고리 형성 부위에 의해 연결된 제1 결합 부위와 제2 결합 부위가 모두 주형에 결합된 경우에는 당해 프라이머로부터 시작되는 주형 복제가 시작되나, 제1 결합 부위와 제2 결합 부위 중 어느 한 결합 부위만이 결합된 경우 또는 두 결합 부위가 모두 결합되지 않은 경우에는 주형의 복제가 일어나지 않는다(도 2).
본 발명에서, 제1 결합 부위와 비상보적 부위를 제외한 제2 결합 부위는 주형의 결합 대상 서열과 상보적인 서열을 갖는 것이 바람직하나, 비상보적 서열을 포함하는 경우라도, 프라이머와 주형의 결합이 가능한 경우라면 비상보적 서열을 포함할 수 있다. 이때, 비상보적 서열은 제1 결합 부위와 제2 결합 부위에서 각각 1 내지 3bp, 및 1 또는 2bp일 수 있다.
본 발명에서, 제2 결합 부위는 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드와 이에 연속된 비상보적 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본 발명에서, 제2 결합 부위는 하기 식 2로 나타나는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다:
[식 2]
5'-Z1-Z2-Z3-Z4-3'
상기 식에서,
Z1은 혼성화 되는 주형 핵산에 상보적인 2 내지 5bp, 바람직하게는 2 또는 3bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열, Z2는 1 내지 3bp, 바람직하게는 1bp의 비상보적 뉴클레오티드, Z3은 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드, 및 Z4는 상기 주형 핵산에 대하여 상보적인 2 내지 8bp, 바람직하게는 3 내지 5bp, 보다 바람직하게는 3bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열이다.
본 발명에서 "대립형질에 상응하는 뉴클레오티드"는 염색체의 단일부위에서 여러 DNA 염기들 중 하나에 나타나는 일반적인 돌연변이로 단일염기 다형성(SNP)이 관찰되는 위치이다. 일반적으로는 A, C, G 및 T에 의한 단일염기 다형성이 관찰될 수도 있고, 본 발명에서의 단일염기 다형성은 A와 G 또는 T와 C에 의한 것이 관찰된다. 이에 따라, 관찰가능한 SNP 유전형에는 AA형, AG형 및 GG형, 또는 TT, TC 및 TC형이 존재한다.
본 발명에서 "비상보적 뉴클레오티드"는 주형에 상보적인 서열 중 선택에 의해 임의적으로 변경되어 주형의 뉴클레오티드와 결합을 이루지 못하는 부위로서, 1 내지 3bp, 바람직하게는 1bp로 이루어져 있다. 비상보적 뉴클레오티드는 SNP에 연속되어 존재할 수 있으며, 바람직하게는 SNP의 5' 위치에 연속될 수 있다(업스트림).
비상보적 뉴클레오티드는 주형에 상보적인 뉴클레오티드 1종을 제외한 3종의 뉴클레오티드 중에서 선택될 수 있다. 예를 들어, 주형에 상보적인 염기가 A인 경우, 비상보적 뉴클레오티드로서는 A를 제외한 G, C 및 T 중 어느 하나가 선택되어 대체될 수 있다. 상기 3종의 뉴클레오티드 중 어느 것이 선택되어도 본 발명에 따른 프라이머를 제작할 수 있으나, 하기 표 1에 기재된 순위에 따라 비상보적 뉴클레오티드가 선택되는 경우, 순위가 높은 비상보적 뉴클레오티드를 선택할수록 단일염기 다형성 검출 감도가 보다 향상된다.
비상보적 뉴클레오티드
기존 서열 1순위 2순위 3순위
A G C T
T C G A
G A T C
C T A G
본 발명에서 고리 형성 부위는 제1 결합 부위와 제2 결합 부위를 연결하며, 결합 부위를 구성하는 뉴클레오티드의 종류에 무관하고, 주형에 결합됨이 없이 고리(loop)을 형성한다. 고리 형성 부위는 3 내지 10bp, 바람직하게는 5 내지 7bp, 보다 바람직하게는 5bp이다. 고리형성 부위는 이노신, 디옥시이노신, 7-디아자-2-디옥시이노신, 2-아자-2-디옥시이노신, 2-OMe-이노신, 2'-F-이노신, 디옥시 3-니트로피롤, 3-니트로피롤, 2'-OMe-3-니트로피롤, 2'-F 3-니트로피롤, 1-(2-디옥시-베타-D-리보푸라노실)-3-니트로피롤, 디옥시 5-니트로피롤, 5-니트로인돌, 2'-OMe-5-니트로인돌, 2'-F-5-니트로인돌, 디옥시 4-니트로벤즈이미다졸, 4-니트로벤즈이미다졸, 디옥시 4-아미노벤즈이미다졸, 4-아미노벤즈이미다졸, 디옥시 네불라린, 2'-F 네불라린, 2'-F 4-니트로벤즈이미다졸, PNA-5-인트로인돌, PNA-네불라린, PNA-이노신, PNA-4-니트로벤즈이미다졸, PNA-3-니트로피롤, 모르포리노-5-니트로인돌, 모르포리노-네불라린, 모르포리노-이노신, 모르포리노-4-니트로벤즈이미다졸, 모르포리노-3-니트로피롤, 포스포라미데이트-5-니트로인돌, 포스포라미데이트-네불라린, 포스포라미데이트-이노신, 포스포라미데이트-4-니트로벤즈이미다졸, 포스포라미데이트-3-니트로피롤, 2'-0-메톡시에틸이노신, 2'-0-메톡시에틸 네불라린, 2'-0-메톡시에틸 5-니트로인돌, 2'-0-메톡시에틸 4-니트로-벤즈이미다졸, 2'-0-메톡시에틸 3-니트로피롤 및 상기 염기의 조합으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니며, 바람직하게는 이노신이다.
본 발명에서 "주형"은 복제 또는 합성의 대상이 되는 DNA 또는 RNA 핵산 서열을 의미하며, 단쇄 DNA, 복쇄 DNA, 단쇄 RNA, 복쇄 RNA 등이 주형으로서 작용할 수 있다. 주형이 복쇄 DNA 또는 복쇄 RNA인 경우, 두 가닥의 폴리뉴클레오티드 사슬 양 방이 주형으로 작용할 수 있다.
복제 또는 합성의 대상이 되는 주형이 될 수 있는 서열에는 한정이 없으나, 본 발명자들은 SLC23A1 유전자의 SNP rs11950646, APOE 유전자의 SNP rs429358 및 AQP3 유전자의 SNP rs34391490에서, 제2 결합 부위에 비상보적 뉴클레오티드를 포함하지 않는 프라이머를 사용하는 경우 부정확하게 분석되는 것과 달리, 본 발명에 따른 프라이머를 사용하는 경우 정확한 결과를 얻을 수 있음을 확인하였다(도 4, 6 및 8 참조).
본 발명은 본 발명에 따른 프라이머 세트를 포함하는 단일염기 대립형질 판별용 조성물을 제공한다. 본 발명에 따른 단일염기 대립형질 판별용 조성물은 본 발명에 따른 프라이머 세트 이외에 dNTP, 완충액, 염화마그네슘 및 DNA 폴리머라제를 포함할 수 있다. 또한, 반응성 향상을 위하여, 베타인, DMSO 등의 물질을 추가로 포함할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명은 본 발명에 따른 단일염기 대립형질 판별용 조성물을 이용하는 단일염기 대립형질 판별 방법을 제공한다. 본 발명에 따른 단일염기 대립형질 판별 방법은 본 발명에 따른 단일염기 대립형질 판별용 조성물 중의 프라이머를 이용하여 시료 중의 주형을 복제 합성하고, 해당 대립형질에서의 염기 피크를 확인함으로써 유전자형을 확인할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
이하 하나 이상의 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
실시예 1. 프라이머 세트의 디자인 및 제조( SLC23A1 )
SLC23A1 유전자의 rs11950646 좌위를 사용하여 이의 대립형질을 특이적으로 검출할 수 있는지를 확인하고자, 표 2와 같이 프라이머 세트를 제작하였다.
SLC23A1 유전자의 rs11950646 좌위에 대한 단일염기 다형성의 정확한 판별을 위해 표적 유전자의 염기서열을 NCBI(National Center for Biotechnology Information; www.ncbi.nlm.nih.gov)의 SNP 데이터베이스를 통해 수득하여 rs11950646의 검출 프라이머 제작에 사용하였다.
SLC23A1 유전자의 rs11950646 좌위의 서열을 기본으로 하되, 고리 형성 부위로서 19번 및 24번 염기 사이에 이노신이 오도록 디자인하였다. 또한, SLC23A1 유전자의 rs11950646 좌위의 5' 방향에는 티민(T)이 존재하므로, 이 대신 시토신(C)이 오도록 디자인 하였다. 상기 서열을 표적 핵산으로 하여 대립형질 A와 G의 검출용으로 프라이머 세트를 완성하였다.
프라이머 명칭 서열 (5'→3') 서열번호
주 대립유전자
정방향 프라이머		 GCTGCCGTCCTCTGGGGCTIIIIIGGCC GCAG 1
부 대립유전자
정방향 프라이머		 GCTGCCGTCCTCTGGGGCTIIIIIGGCC ACAG 2
역방향 프라이머 GCCAGGGCACTAGGACTAGCTCTG 3
**밑줄: 비상보적 부위; 볼드체: SNP
본원의 일 구현예에 따라 디자인된 각 프라이머 서열을 하기 표 2에 기재된 바와 같다. 또한 각 프라이머 염기서열은 NCBI, Genbank 및 Blast(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)를 이용하여 검증한 결과 해당 유전자 외에 일치하는 염기서열이 존재하지 않았다.
실시예 2. 프라이머 세트의 디자인 및 제조( APOE )
APOE 유전자의 rs429358 좌위를 사용하여 이의 대립형질을 특이적으로 검출할 수 있는지를 확인하고자, 표 3과 같이 프라이머 세트를 제작하였다.
APOE 유전자의 rs429358 좌위에 대한 단일염기 다형성의 정확한 판별을 위해 표적 유전자의 염기서열을 NCBI의 SNP 데이터베이스를 통해 수득하여 rs429358의 검출 프라이머 제작에 사용하였다.
APOE 유전자의 rs429358 좌위의 서열을 기본으로 하되, 고리 형성 부위로서 18번 및 23번 염기 사이에 이노신이 오도록 디자인하였다. 또한, APOE 유전자의 rs429358 좌위의 5' 방향에는 구아닌(G)이 존재하므로, 이 대신 티민(T)이 오도록 디자인 하였다. 상기 서열을 표적 핵산으로 하여 대립형질 C와 T의 검출용으로 프라이머 세트를 완성하였다.
프라이머 명칭 서열 (5'→3') 서열번호
주 대립유전자
정방향 프라이머		 CGGCTGGGCGCGGACATGIIIIICGTT TGCG 4
부 대립유전자
정방향 프라이머		 CGGCTGGGCGCGGACATGIIIIICGTT CGCG 5
역방향 프라이머 AGGTGGGAGGCGAGGCGCAC 6
**밑줄: 비상보적 부위; 볼드체: SNP
본원의 일 구현예에 따라 디자인된 각 프라이머 서열을 하기 표 3에 기재된 바와 같다. 또한 각 프라이머 염기서열은 NCBI, Genbank 및 Blast를 이용하여 검증한 결과 해당 유전자 외에 일치하는 염기서열이 존재하지 않았다.
실시예 3. 프라이머 세트의 디자인 및 제조( AQP3 )
AQP3 유전자의 rs34391490 좌위를 사용하여 이의 대립형질을 특이적으로 검출할 수 있는지를 확인하고자, 표 4와 같이 프라이머 세트를 제작하였다.
AQP3 유전자의 rs34391490 좌위에 대한 단일염기 다형성의 정확한 판별을 위해 표적 유전자의 염기서열을 NCBI의 SNP 데이터베이스를 통해 수득하여 rs34391490의 검출 프라이머 제작에 사용하였다.
AQP3 유전자의 rs34391490 좌위의 서열을 기본으로 하되, 고리 형성 부위로서 22번 및 28번 염기 사이에 이노신이 오도록 디자인하였다. 또한, AQP3 유전자의 rs34391490 좌위의 5' 방향에는 구아닌(G)이 존재하므로, 이 대신 아데닌(A)이 오도록 디자인 하였다. 상기 서열을 표적 핵산으로 하여 대립형질 A와 G의 검출용으로 프라이머 세트를 완성하였다.
프라이머 명칭 서열 (5'→3') 서열번호
주 대립유전자 정방향 프라이머 GAGAGGAGCCACACAGATCCCTIIIIITAA GACC 7
부 대립유전자 정방향 프라이머 GAGAGGAGCCACACAGATCCCTIIIIITAA AACC 8
역방향 프라이머 GTCCCCCTCAACAACCTCCCC 9
**밑줄: 비상보적 부위; 볼드체: SNP
본원의 일 구현예에 따라 디자인된 각 프라이머 서열을 하기 표 4에 기재된 바와 같다. 또한 각 프라이머 염기서열은 NCBI, Genbank 및 Blast를 이용하여 검증한 결과 해당 유전자 외에 일치하는 염기서열이 존재하지 않았다.
비교예 1 내지 3. 비상보적 부위가 부재하는 프라이머의 제조
프라이머 제작 시 각 유전자에서 SNP 상보적 부위의 5' 방향에 존재하는 염기에 비상보적인 염기를 위치시키는 것을 제외하고는, 상기 실시예 1 내지 3에 기재된 방법과 동일한 방법으로 각각 비교예 1 내지 3의 프라이머(표 5)를 제조하였다.
SNP 프라이머 명칭 서열(5'→3') 서열번호
rs11950646 주 대립유전자 정방향 프라이머 GCTGCCGTCCTCTGGGGCTIIIIIGGCTGCAG 10
부 대립유전자 정방향 프라이머 GCTGCCGTCCTCTGGGGCTIIIIIGGCTACAG 11
역방향 프라이머 GCCAGGGCACTAGGACTAGCTCTG 3
rs429358 주 대립유전자 정방향 프라이머 CGGCTGGGCGCGGACATGIIIIICGTGTGCG 12
부 대립유전자 정방향 프라이머 CGGCTGGGCGCGGACATGIIIIICGTGCGCG 13
역방향 프라이머 AGGTGGGAGGCGAGGCGCAC 6
rs34391490 주 대립유전자 정방향 프라이머 GAGAGGAGCCACACAGATCCCTIIIIITAGAACC 14
부 대립유전자 정방향 프라이머 GAGAGGAGCCACACAGATCCCTIIIIITAGGACC 15
역방향 프라이머 GTCCCCCTCAACAACCTCCCC 9
**볼드체: SNP
실험예 1. 유전자형의 판별( SLC23A1 )
SLC23A1 유전자의 rs11950646 좌위에 대한 유전자형은 유전자형 별 샘플을 이용하여, 모든 유전자형(AA/AG/GG)에서 실시예와 비교예에 따른 프라이머의 특이성 비교를 수행하였다.
실시예 1 및 비교예 1에 따른 프라이머 세트를 이용하여 SLC23A1 유전자의 rs11950646 좌위에 대한 각 유전자형의 DNA 샘플을 PCR 증폭하였다. 증폭은 프로토콜에 따라, PCR 조건, 95℃ 5분에서 시작하여 (95℃ 30초, 66℃ 30초 및 72℃ 30초)을 35회 반복하였고, 최종 72℃에서 5분간 처리하여 수행하였다.
실시예 1 및 비교예 1의 프라이머를 이용한 PCR산물을 양방향으로 시퀀싱하였으며, Lightcycler SW 1.1을 사용하여 이의 유전자형 피크를 분석하였다(도 4, 적색: A-피크; 청색: G-피크).
도 4의 (a)는 실시예 1의 프라이머 세트를, (b)는 비교예 1의 프라이머 세트를 사용한 PCR 증폭 산물에 대한 크로마토그램 결과이다. 비교예 1의 경우 프라이머의 비특이적 결합에 의해, AA 및 GG 유전자형에서도 AG형으로 분석이 되어, 부정확한 결과를 수득한 반면, 실시예 1의 경우 모든 유전형에서 정확한 결과를 얻을 수 있었다.
유전자형 분석의 적정 온도를 결정하기 위해, AA 유전자형 샘플 및 실시예 1에서 제조된 프라이머 세트를 이용한 PCR에서 결합 단계(annealing)의 온도를 60℃, 62℃, 64℃, 66℃ 및 68℃로 달리하여 시험하였다. 실험 결과, 64℃ 및 66℃에서 정확한 결과를 확인할 수 있었다(도 5).
실험예 2. 유전자형의 판별( APOE )
APOE 유전자의 rs429358 좌위에 대한 TT 유전자형 샘플을 이용하여, 상기 좌위에서의 실시예와 비교예에 따른 프라이머의 특이성 비교를 수행하였다.
실시예 2 및 비교예 2에 따른 프라이머 세트를 이용하여 APOE 유전자의 rs429358 좌위에 대한 AA 유전자형의 DNA 샘플을 PCR 증폭하였다. 증폭은 프로토콜에 따라, PCR 조건, 95℃ 5분에서 시작하여 95℃ 30초, 64℃ 30초 및 72℃ 30초를 35회 반복하였고, 최종 72℃에서 5분간 처리하여 수행하였다.
실시예 2 및 비교예 2의 프라이머를 이용한 PCR 산물을 양방향으로 시퀀싱하였으며, Lightcycler SW 1.1을 사용하여 이의 유전자형 피크를 분석하였다 (도 6, 적색: T-피크; 청색: C-피크).
도 6의 (a)는 실시예 2의 프라이머 세트를, (b)는 비교예 2의 프라이머 세트를 사용한 PCR 증폭 산물에 대한 유전자형 분석 결과이다. 비교예 2의 경우 프라이머의 비특이적 결합에 의해, TT 유전자형에서 TC형으로 분석이 되어, 부정확한 결과를 수득한 반면, 실시예 1의 경우 TT 유전형으로 정확히 일치한 결과를 얻을 수 있었다.
유전자형 분석의 적정 온도를 결정하기 위해, TT 유전자형 샘플 및 실시예 2에서 제조된 프라이머 세트를 이용한 PCR에서 결합 단계의 온도를 60℃, 63℃, 66℃ 및 69℃로 달리하여 시험하였다. 실험 결과, 63℃에서 정확한 결과를 확인할 수 있었다(도 7).
실험예 3. 유전자형의 판별( AQP3 )
AQP3 유전자의 rs34391490 좌위에 대한 GG 유전자형 샘플을 이용하여, 상기 좌위에서의 실시예와 비교예에 따른 프라이머의 특이성 비교를 수행하였다.
실시예 3 및 비교예 3에 따른 프라이머 세트를 이용하여 AQP3 유전자의 rs34391490 좌위에 대한 GG 유전자형의 DNA 샘플을 PCR 증폭하였다. 증폭은 프로토콜에 따라, PCR 조건, 95℃ 5분에서 시작하여 95℃ 30초, 64℃ 30초 및 72℃ 30초를 35회 반복하였고, 최종 72℃에서 5분간 처리하여 수행하였다.
실시예 3 및 비교예 3의 프라이머를 이용한 PCR 산물을 양방향으로 시퀀싱하였으며, Lightcycler SW 1.1을 사용하여 이의 유전자형 피크를 분석하였다 (도 8, 적색: A-피크; 청색: G-피크).
도 8의 (a)는 실시예 3의 프라이머 세트를, (b)는 비교예 3의 프라이머 세트를 사용한 PCR 증폭 산물에 대한 크로마토그램 결과이다. 실시예 3과 비교예 3의 프라이머 모두 정확한 유전자형이 확인되었다.
하지만 결과 피크를 살펴보면, 실시예 3에서는 A 유전자형에 대한 비특이적 프라이머 부착이 전혀 관찰되지 않은 반면에, 비교예 3에서는 G 보다 상대적으로 낮기는 하지만 비특이적으로 결합한 프라이머들에 의해 A-피크가 나타나는 것을 확인할 수 있었다.
유전자형 분석의 적정 온도를 결정하기 위해, GG 유전자형 샘플 및 실시예 3에서 제조된 프라이머 세트를 이용한 PCR에서 결합 단계의 온도를 55℃, 58℃, 62℃ 및 64℃로 달리하여 시험하였다. 실험 결과, 55℃. 58℃ 및 62℃에서 정확한 유전자형 분석 결과를 확인할 수 있었다(도 9).
이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로, 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 상세한 설명보다는 후술하는 특허청구범위에 의하여 나타내어지며, 특허청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 균등 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
<110> Genoplan Korea, Inc. <120> ALLELE SPECIFIC PRIMER AND METHOD FOR ANALYZING IDENTIFYING GENOTYPE OF THE ALLELE USING SAME <130> P17125 <160> 15 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC23A1_rs11950646_primer(fwd, major) <400> 1 gctgccgtcc tctggggctg gccgcag 27 <210> 2 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC23A1_rs11950646_primer(fwd, minor) <400> 2 gctgccgtcc tctggggctg gccacag 27 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC23A1_rs11950646_primer(rev) <400> 3 gccagggcac taggactagc tctg 24 <210> 4 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APOE_rs429358_primer(fwd, major) <400> 4 cggctgggcg cggacatgcg tttgcg 26 <210> 5 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APOE_rs429358_primer(fwd, minor) <400> 5 cggctgggcg cggacatgcg ttcgcg 26 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APOE_rs429358_primer(rev) <400> 6 aggtgggagg cgaggcgcac 20 <210> 7 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AQP3_rs34391490_primer(fwd, major) <400> 7 gagaggagcc acacagatcc cttaagacc 29 <210> 8 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AQP3_rs34391490_primer(fwd, minor) <400> 8 gagaggagcc acacagatcc cttaaaacc 29 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AQP3_rs34391490_primer(rev) <400> 9 gtccccctca acaacctccc c 21 <210> 10 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC23A1_rs11950646_com_primer(fwd, major) <400> 10 gctgccgtcc tctggggctg gctgcag 27 <210> 11 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC23A1_rs11950646_com_primer(fwd, minor) <400> 11 gctgccgtcc tctggggctg gctacag 27 <210> 12 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APOE_rs429358_com_primer(fwd, major) <400> 12 cggctgggcg cggacatgcg tgtgcg 26 <210> 13 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APOE_rs429358_com_primer(fwd, minor) <400> 13 cggctgggcg cggacatgcg tgcgcg 26 <210> 14 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AQP3_rs34391490_com_primer(fwd, major) <400> 14 gagaggagcc acacagatcc cttaggacc 29 <210> 15 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AQP3_rs34391490_com_primer(fwd, minor) <400> 15 gagaggagcc acacagatcc cttaggacc 29

Claims (8)

  1. 하기 식 1로 나타나는 프라이머를 포함하는 프라이머 세트.
    [식 1]
    5'-X-Y-Z-3'
    상기 식에서,
    X는 혼성화 되는 주형 핵산에 상보적인 15 내지 25bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제1 결합 부위이고,
    Y는 3 내지 10bp의 고리 형성 부위이고,
    Z는 상기 주형 핵산에 대하여 상보적인 5 내지 10bp의 혼성화 뉴클레오티드 서열, 및 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드와 이에 연속된 1 내지 3bp의 비상보적 뉴클레오티드를 포함하는 제2 결합 부위이고,
    상기 X, Y 및 Z는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드이며,
    상기 프라이머 세트는 서열번호 1 내지 서열번호 3의 염기서열, 서열번호 4 내지 6의 염기서열, 및 서열번호 7 내지 9의 염기서열로 구성된 군으로부터 선택되는 염기서열들을 포함하는 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 프라이머 세트를 포함한다.
  2. 제 1 항에 있어서,
    상기 제2 결합 부위에서 비상보적 뉴클레오티드는 상기 대립형질에 상응하는 뉴클레오티드의 5' 위치에 연속된 것인 프라이머 세트.
  3. 제 2 항에 있어서,
    상기 비상보적 뉴클레오티드는 1bp인 것인 프라이머 세트.
  4. 제 1 항에 있어서,
    상기 고리 형성 부위는 이노신, 디옥시이노신, 7-디아자-2-디옥시이노신, 2-아자-2-디옥시이노신, 2-OMe-이노신, 2'-F-이노신, 디옥시 3-니트로피롤, 3-니트로피롤, 2'-OMe-3-니트로피롤, 2'-F 3-니트로피롤, 1-(2-디옥시-베타-D-리보푸라노실)-3-니트로피롤, 디옥시 5-니트로피롤, 5-니트로인돌, 2'-OMe-5-니트로인돌, 2'-F-5-니트로인돌, 디옥시 4-니트로벤즈이미다졸, 4-니트로벤즈이미다졸, 디옥시 4-아미노벤즈이미다졸, 4-아미노벤즈이미다졸, 디옥시 네불라린, 2'-F 네불라린, 2'-F 4-니트로벤즈이미다졸, PNA-5-인트로인돌, PNA-네불라린, PNA-이노신, PNA-4-니트로벤즈이미다졸, PNA-3-니트로피롤, 모르포리노-5-니트로인돌, 모르포리노-네불라린, 모르포리노-이노신, 모르포리노-4-니트로벤즈이미다졸, 모르포리노-3-니트로피롤, 포스포라미데이트-5-니트로인돌, 포스포라미데이트-네불라린, 포스포라미데이트-이노신, 포스포라미데이트-4-니트로벤즈이미다졸, 포스포라미데이트-3-니트로피롤, 2'-0-메톡시에틸이노신, 2'-0-메톡시에틸 네불라린, 2'-0-메톡시에틸 5-니트로인돌, 2'-0-메톡시에틸 4-니트로-벤즈이미다졸, 2'-0-메톡시에틸 3-니트로피롤 및 상기 염기의 조합으로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 프라이머 세트.
  5. 제 1 항에 있어서,
    상기 혼성화 되는 주형 핵산은 SLC23A1 유전자, APOE 유전자, AQP3 유전자 및 상기 유전자의 조합으로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 프라이머 세트.
  6. 삭제
  7. 제 1 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 단일염기 대립형질 판별용 조성물.
  8. 제 7 항에 따른 단일염기 대립형질 판별용 조성물을 이용하는 단일염기 대립형질 판별 방법.
KR1020170153351A 2017-11-16 2017-11-16 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법 KR101856205B1 (ko)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020170153351A KR101856205B1 (ko) 2017-11-16 2017-11-16 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법
JP2018564352A JP2020503838A (ja) 2017-11-16 2018-09-03 核酸の対立形質特異的プライマー及びそれを用いた遺伝子型判別方法
PCT/KR2018/010206 WO2019098512A1 (ko) 2017-11-16 2018-09-03 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020170153351A KR101856205B1 (ko) 2017-11-16 2017-11-16 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020180050598A Division KR20190056276A (ko) 2018-05-02 2018-05-02 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR101856205B1 true KR101856205B1 (ko) 2018-06-20

Family

ID=62769989

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020170153351A KR101856205B1 (ko) 2017-11-16 2017-11-16 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Country Status (3)

Country Link
JP (1) JP2020503838A (ko)
KR (1) KR101856205B1 (ko)
WO (1) WO2019098512A1 (ko)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019098512A1 (ko) * 2017-11-16 2019-05-23 제노플랜코리아 주식회사 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20140056397A (ko) 2005-03-05 2014-05-09 주식회사 씨젠 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드를 사용한 방법 및 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001042498A1 (fr) * 1999-12-10 2001-06-14 Toyo Boseki Kabushiki Kaisha Procede de detection de polymorphisme nucleotidique
WO2003050304A1 (en) * 2001-12-08 2003-06-19 Seegene, Inc Annealing control primer system for regulating primer annealing specificity and its applications
JP2004121088A (ja) * 2002-10-02 2004-04-22 Fuji Photo Film Co Ltd １塩基多型の検出方法
JP4116856B2 (ja) * 2002-10-02 2008-07-09 富士フイルム株式会社 １塩基多型の検出方法
JP5197579B2 (ja) * 2006-05-04 2013-05-15 シージーン アイエヌシー 既知の配列に隣接した未知のｄｎａ配列を増幅する方法
KR20080037128A (ko) * 2006-10-25 2008-04-30 주식회사 씨젠 뉴클레오타이드 변이 검출 방법
JP5478835B2 (ja) * 2008-04-04 2014-04-23 Ｇ＆Ｇサイエンス株式会社 脂質代謝異常の遺伝的リスク検出法
KR101856205B1 (ko) * 2017-11-16 2018-06-20 제노플랜코리아 주식회사 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20140056397A (ko) 2005-03-05 2014-05-09 주식회사 씨젠 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드를 사용한 방법 및 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Advanced Drug Delivery Reviews, Vol.105, pp.3-19 (2016) *
NCBI, dbSNP: rs11950646 (2017.11.10.)*
NCBI, dbSNP: rs34391490 (2017.11.10.)*
NCBI, dbSNP: rs429358 (2017.11.10.)*
Nucleic Acid Research, Vol.35, No.6, Article e40, pp.1-6 (2007)* *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019098512A1 (ko) * 2017-11-16 2019-05-23 제노플랜코리아 주식회사 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법

Also Published As

Publication number Publication date
JP2020503838A (ja) 2020-02-06
WO2019098512A1 (ko) 2019-05-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US6013444A (en) DNA bracketing locus compatible standards for electrophoresis
EP2271777B1 (en) Substances and methods for a dna based profiling assay
JP5518719B2 (ja) 配列内にアベーシック部分を含むｐｃｒ増幅用プライマー
EP3102702B1 (en) Error-free sequencing of dna
JP2007530026A (ja) 核酸配列決定
WO2011066467A2 (en) Allelic ladder loci
CN109517888B (zh) 使用等位基因特异的反应性引物的核酸扩增方法
KR102265417B1 (ko) 단일염기다형성 다중 분석용 프라이머
KR101856205B1 (ko) 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법
US20140295431A1 (en) Method of allele-specific amplification
KR20200102895A (ko) 단일염기다형성 마커를 이용한 동물 개체 식별 방법
WO2008143367A1 (en) Haplotyping method by multiplex amplification
US20080305470A1 (en) Nucleic Acid Sequencing
JP6728556B2 (ja) 一塩基多型検出用キット及び方法
KR20190056276A (ko) 핵산의 대립형질 특이적 프라이머 및 이를 이용한 유전형 판별 방법
JP4406366B2 (ja) 多型配列部位を有する核酸の識別方法
JP5530185B2 (ja) 核酸検出方法及び核酸検出用キット
KR102079963B1 (ko) 소거 프로브 기반 염색체 수적이상 검출방법 및 염색체 수적이상 검출용핵산의 조성물
KR102237248B1 (ko) 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도
JP6245796B2 (ja) 原発性胆汁性肝硬変の発症リスク予測マーカー、プローブ、プライマー及びキット並びに原発性胆汁性肝硬変の発症リスク予測方法
KR101762486B1 (ko) 한국인 모계 계통 분석용 마커 조성물
JP2017184651A (ja) パラゴムノキの品種判別方法及びパラゴムノキの品種判別用キット
US20110257018A1 (en) Nucleic acid sequencing
CN114891880A (zh) 一种用于str连锁分析的引物组合物、检测方法和应用

Legal Events

Date Code Title Description
AMND Amendment
AMND Amendment
X701 Decision to grant (after re-examination)
A107 Divisional application of patent
GRNT Written decision to grant