JP2016527904A5 - - Google Patents
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Description
本発明のこれらの態様および他の態様は、本発明の以下の詳細な記載および添付の図面を参照することにより明らかになる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
試料中のE型肝炎ウイルス(HEV)の存在または非存在を決定するための少なくとも2つのオリゴマーの組合せであって、該オリゴマーの組合せが、
HEV標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマー
を含み、
(a)少なくとも1つの増幅オリゴマーは、
(i)配列番号63の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドであり、配列番号26のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号26の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
(ii)配列番号16のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号16の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択され;
(b)少なくとも1つの増幅オリゴマーは、配列番号47の配列に含有される約17個〜約28個の連続するヌクレオチドであり、配列番号25のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号25の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、
少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目2)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号13の配列に含有される約14個〜約20個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目3)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目4)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目5)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号64のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号64からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目6)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目7)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目6に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目8)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目6に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目9)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目8に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目10)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目11)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目12)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目13)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目11または12に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目14)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号46のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号46からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目15)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目16)
(a)(i)に記載の増幅オリゴマーおよび(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーを含む、項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目17)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目16に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目18)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目17に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目19)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目17に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目20)
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目16〜19のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目21)
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目16〜19のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目22)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目16に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目23)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29または配列番号31、または、配列番号29または配列番号31のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目16に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目24)
(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーおよび(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目25)
前記(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目24に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目26)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目25に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目27)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目25に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目28)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目27に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目29)
(b)に記載の第1の増幅オリゴマーおよび(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1〜28のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目30)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目31)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目32)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目33)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目30または32に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目34)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号23または配列番号51、または、配列番号23または配列番号51のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号45、または、配列番号45のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目35)
(a)(i)に記載の増幅オリゴマー、(a)(ii)に記載の増幅オリゴマー、(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目36)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または、配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目35に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目37)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または、配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目35に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目38)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目36または37に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目39)
(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマー、(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマー、(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目40)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号46、または、配列番号46のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目39に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目41)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目42)
それぞれ第1、第2および第3の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1、第2および第3の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)配列番号65、配列番号29および配列番号24のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号24;
(ii)配列番号65、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号56;
(iii)配列番号29、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号24および配列番号56;
(iv)配列番号66、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号66、配列番号24および配列番号56;
(v)配列番号65、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号24および配列番号56;ならびに
(vi)配列番号62、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号29および配列番号56
からなる群から選択される、項目41に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目43)
それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号54、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号53、および
(B)配列番号23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号52、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xiii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiv)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目44)
それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45、45、46または47、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、56、48、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、24、45、56または50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、24、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiii)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目45)
それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号48のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号48、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、52、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(x)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目46)
それぞれ第1(A)および第2(B)の標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、61、62、64または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号33、34、35、62、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号54、62または64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(ix)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、33、34、35、53、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目47)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目41〜46のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目48)
前記(b)に記載の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、前記標的にハイブリダイズする配列の5’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーである、項目1〜47のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目49)
前記プロモーター配列がT7プロモーター配列である、項目48に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目50)
前記T7プロモーター配列が配列番号73に示される配列を有する、項目49に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目51)
長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目1〜50のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目52)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目51に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目53)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目51に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目54)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目51〜53のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目55)
長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39内に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも2つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目1〜50のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目56)
それぞれの検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から個々に選択される、項目55に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目57)
前記少なくとも2つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号55もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;および
配列番号67もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー
を含む、項目55に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目58)
少なくとも3つの検出プローブオリゴマーを含む、項目55または56に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目59)
前記少なくとも3つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号37もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;
配列番号67もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー;および
配列番号71もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の検出プローブオリゴマー
を含む、項目58に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目60)
それぞれの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目55〜59のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目61)
固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、該標的にハイブリダイズする配列が、配列番号4および配列番号42の相補体、DNA同等物、およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号4および配列番号42からなる群から選択される、項目1〜60のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目62)
配列番号4の20位の核酸塩基がアデニン(A)である、項目61に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目63)
配列番号4の19位の核酸塩基がシトシン(C)またはウラシル(U)である、項目62に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目64)
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号3、配列番号7および配列番号43からなる群から選択される配列を有する、項目61に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目65)
固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも2つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列が、配列番号4および配列番号42の相補体、DNA同等物、およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号4および配列番号42からなる群から個別に選択される、項目1〜60のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目66)
配列番号4の20位の核酸塩基がアデニン(A)である、項目65に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目67)
配列番号4の19位の核酸塩基がシトシン(C)またはウラシル(U)である、項目66に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目68)
少なくとも3つの捕捉プローブオリゴマーを含む、項目65に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目69)
前記3つの捕捉プローブオリゴマーが、
配列番号2もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の捕捉プローブオリゴマー;
配列番号6もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の捕捉プローブオリゴマー;および
配列番号42もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の捕捉プローブオリゴマー
を含む、項目68に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目70)
前記第1、第2および第3の捕捉プローブオリゴマーがそれぞれ配列番号3、配列番号7および配列番号43の配列を有する、項目69に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目71)
項目1〜70のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せを含むキット。
(項目72)
項目1〜70のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せを含む反応混合物。
(項目73)
試料中のE型肝炎ウイルス(HEV)の存在または非存在を決定するための方法であって、
(1)HEVを含有することが疑われる試料を、HEV標的核酸の標的領域を増幅させるための少なくとも2つのオリゴマーと接触させるステップであって、該オリゴマーの組合せが、
(a)
(i)配列番号63の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドであり、配列番号26のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号26の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
(ii)配列番号16のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号16の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択される少なくとも1つの増幅オリゴマー;ならびに
(b)配列番号47の配列に含有される約17個〜約28個の連続するヌクレオチドであり、配列番号25のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号25の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの増幅オリゴマー
を含むステップ;
(2)in vitro核酸増幅反応を行うステップであって、該試料中に存在する任意のHEV標的核酸が、増幅産物を生成するための鋳型として使用されるステップ;ならびに
(3)該増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のHEVの存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
(項目74)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号13の配列に含有される約14個〜約20個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目75)
前記(1)(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目76)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目77)
前記(1)(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号64のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号64からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目78)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目79)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目78に記載の方法。
(項目81)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目83)
前記(1)(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目84)
前記(1)(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目85)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目83または84に記載の方法。
(項目86)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号46のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号46からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目87)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目88)
前記HEVの標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーおよび(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーを含む、項目73〜87のいずれかに記載の方法。
(項目89)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目88に記載の方法。
(項目90)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目89に記載の方法。
(項目91)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目89に記載の方法。
(項目92)
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目88〜91のいずれかに記載の方法。
(項目93)
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目88に記載の方法。
(項目95)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29または配列番号31、または、配列番号29または配列番号31のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目88に記載の方法。
(項目96)
前記HEV標的領域を増幅するための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーを含む、項目73に記載の方法。
(項目97)
前記(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目96に記載の方法。
(項目98)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目97に記載の方法。
(項目99)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目97に記載の方法。
(項目100)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目99に記載の方法。
(項目101)
前記HEV標的領域を増幅するための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(b)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーを含む、項目73〜100のいずれかに記載の方法。
(項目102)
前記(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目101に記載の方法。
(項目103)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目101に記載の方法。
(項目104)
前記(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目101に記載の方法。
(項目105)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目102または104に記載の方法。
(項目106)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号23または配列番号51、または、配列番号23または配列番号51のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号45、または、配列番号45のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目101に記載の方法。
(項目107)
前記HEV標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマー、(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマー、(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(1)(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目73〜87のいずれかに記載の方法。
(項目108)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または、配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目107に記載の方法。
(項目109)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または、配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目107に記載の方法。
(項目110)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目108または109に記載の方法。
(項目111)
前記HEV標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマー、(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマー、(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目73〜87のいずれかに記載の方法。
(項目112)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号46、または、配列番号46のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目111に記載の方法。
(項目113)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目73に記載の方法。
(項目114)
第1、第2および第3の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1、第2および第3の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)配列番号65、配列番号29および配列番号24のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号24;
(ii)配列番号65、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号56;
(iii)配列番号29、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号24および配列番号56;
(iv)配列番号66、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号66、配列番号24および配列番号56;
(v)配列番号65、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号24および配列番号56;ならびに
(vi)配列番号62、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号29および配列番号56
からなる群から選択される、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号54、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号53、および
(B)配列番号23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号52、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xiii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiv)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目116)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、56、48、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、24、45、56または50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、24、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiii)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目117)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号48のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号48、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、52、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(x)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目118)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、61、62、64または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号33、34、35、62、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号54、62または64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(ix)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、33、34、35、53、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目119)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目113〜118のいずれかに記載の方法。
(項目120)
前記(1)(b)に記載の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、前記標的にハイブリダイズする配列の5’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーである、項目73〜119のいずれかに記載の方法。
(項目121)
前記プロモーター配列がT7プロモーター配列である、項目120に記載の方法。
(項目122)
前記T7プロモーター配列が配列番号73に示される配列を有する、項目121に記載の方法。
(項目123)
ステップ(1)の前に、前記試料中の他の構成要素から前記HEV標的核酸を精製するステップをさらに含む、項目73〜122のいずれかに記載の方法。
(項目124)
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、該標的にハイブリダイズする配列が、配列番号4および配列番号42の相補体、DNA同等物、およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号4および配列番号42からなる群から選択される、項目123に記載の方法。
(項目125)
配列番号4の20位の核酸塩基がアデニン(A)である、項目124に記載の方法。
(項目126)
配列番号4の19位の核酸塩基がシトシン(C)またはウラシル(U)である、項目125に記載の方法。
(項目127)
前記精製するステップが、前記試料を少なくとも3つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目124に記載の方法。
(項目128)
前記3つの捕捉プローブオリゴマーが、
配列番号2、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の捕捉プローブオリゴマー;
配列番号6、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の捕捉プローブオリゴマー;および
配列番号42、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の捕捉プローブオリゴマー
を含む、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記第1、第2および第3の捕捉プローブオリゴマーがそれぞれ配列番号3、配列番号7および配列番号43の配列を有する、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記検出するステップ(3)が、前記in vitroの核酸増幅反応物を、前記増幅産物の存在または非存在を決定する条件下で該増幅産物に特異的にハイブリダイズするように構成されている少なくとも1つの検出プローブオリゴマーと接触させ、それにより前記試料中のHEVの存在または非存在を決定することを含む、項目73〜129のいずれかに記載の方法。
(項目131)
長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目130に記載の方法。
(項目132)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目131に記載の方法。
(項目133)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目131に記載の方法。
(項目134)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目131〜133のいずれかに記載の方法。
(項目135)
前記検出するステップが、前記in vitroの核酸増幅反応物を、長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39内に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも2つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含む、項目130に記載の方法。
(項目136)
それぞれの検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から個々に選択される、項目135に記載の方法。
(項目137)
前記少なくとも2つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号55もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;および
配列番号67もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー
を含む、項目135に記載の方法。
(項目138)
前記検出するステップが、前記in vitroの核酸増幅反応物を少なくとも3つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含む、項目135または136に記載の方法。
(項目139)
前記少なくとも3つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号37もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;
配列番号67もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー;および
配列番号71、またはそのDNA同等物またはDNA/RNA同等物の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の検出プローブオリゴマー
を含む、項目138に記載の方法。
(項目140)
それぞれの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目135〜139のいずれかに記載の方法。
(項目141)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが、
(a)化学発光標識;
(b)蛍光標識;
(c)クエンチャー;および
(d)(a)、(b)および(c)の1つまたは複数の組合せ
からなる群から選択される標識を含む、項目130〜140のいずれかに記載の方法。
(項目142)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが前記化学発光標識を含む、項目141に記載の方法。
(項目143)
前記検出するステップ(3)が、ホモジニアス検出システムにおいて、前記増幅産物への標識された前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーのハイブリダイゼーションを検出する、項目141に記載の方法。
(項目144)
前記標識が、前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーの2つの核酸塩基間で連結された化学発光アクリジニウムエステル(AE)化合物である、項目143に記載の方法。
(項目145)
ステップ(2)の前記増幅反応が等温増幅反応である、項目73〜144のいずれかに記載の方法。
(項目146)
前記等温増幅反応が転写媒介性増幅(TMA)反応である、項目145に記載の方法。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
試料中のE型肝炎ウイルス(HEV)の存在または非存在を決定するための少なくとも2つのオリゴマーの組合せであって、該オリゴマーの組合せが、
HEV標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマー
を含み、
(a)少なくとも1つの増幅オリゴマーは、
(i)配列番号63の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドであり、配列番号26のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号26の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
(ii)配列番号16のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号16の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択され;
(b)少なくとも1つの増幅オリゴマーは、配列番号47の配列に含有される約17個〜約28個の連続するヌクレオチドであり、配列番号25のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号25の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、
少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目2)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号13の配列に含有される約14個〜約20個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目3)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目4)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目5)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号64のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号64からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目6)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目7)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目6に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目8)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目6に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目9)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目8に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目10)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目11)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目12)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目13)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目11または12に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目14)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号46のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号46からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目15)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目16)
(a)(i)に記載の増幅オリゴマーおよび(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーを含む、項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目17)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目16に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目18)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目17に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目19)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目17に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目20)
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目16〜19のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目21)
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目16〜19のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目22)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目16に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目23)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29または配列番号31、または、配列番号29または配列番号31のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目16に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目24)
(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーおよび(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目25)
前記(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目24に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目26)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目25に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目27)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目25に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目28)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目27に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目29)
(b)に記載の第1の増幅オリゴマーおよび(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1〜28のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目30)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目31)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目32)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目33)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目30または32に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目34)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号23または配列番号51、または、配列番号23または配列番号51のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号45、または、配列番号45のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目29に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目35)
(a)(i)に記載の増幅オリゴマー、(a)(ii)に記載の増幅オリゴマー、(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目36)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または、配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目35に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目37)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または、配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目35に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目38)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目36または37に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目39)
(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマー、(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマー、(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目40)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号46、または、配列番号46のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目39に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目41)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目42)
それぞれ第1、第2および第3の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1、第2および第3の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)配列番号65、配列番号29および配列番号24のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号24;
(ii)配列番号65、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号56;
(iii)配列番号29、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号24および配列番号56;
(iv)配列番号66、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号66、配列番号24および配列番号56;
(v)配列番号65、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号24および配列番号56;ならびに
(vi)配列番号62、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号29および配列番号56
からなる群から選択される、項目41に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目43)
それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号54、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号53、および
(B)配列番号23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号52、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xiii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiv)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目44)
それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45、45、46または47、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、56、48、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、24、45、56または50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、24、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiii)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目45)
それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号48のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号48、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、52、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(x)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目46)
それぞれ第1(A)および第2(B)の標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、61、62、64または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号33、34、35、62、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号54、62または64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(ix)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、33、34、35、53、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目47)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目41〜46のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目48)
前記(b)に記載の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、前記標的にハイブリダイズする配列の5’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーである、項目1〜47のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目49)
前記プロモーター配列がT7プロモーター配列である、項目48に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目50)
前記T7プロモーター配列が配列番号73に示される配列を有する、項目49に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目51)
長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目1〜50のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目52)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目51に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目53)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目51に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目54)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目51〜53のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目55)
長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39内に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも2つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目1〜50のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目56)
それぞれの検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から個々に選択される、項目55に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目57)
前記少なくとも2つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号55もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;および
配列番号67もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー
を含む、項目55に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目58)
少なくとも3つの検出プローブオリゴマーを含む、項目55または56に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目59)
前記少なくとも3つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号37もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;
配列番号67もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー;および
配列番号71もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の検出プローブオリゴマー
を含む、項目58に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目60)
それぞれの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目55〜59のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目61)
固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、該標的にハイブリダイズする配列が、配列番号4および配列番号42の相補体、DNA同等物、およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号4および配列番号42からなる群から選択される、項目1〜60のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目62)
配列番号4の20位の核酸塩基がアデニン(A)である、項目61に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目63)
配列番号4の19位の核酸塩基がシトシン(C)またはウラシル(U)である、項目62に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目64)
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号3、配列番号7および配列番号43からなる群から選択される配列を有する、項目61に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目65)
固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも2つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列が、配列番号4および配列番号42の相補体、DNA同等物、およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号4および配列番号42からなる群から個別に選択される、項目1〜60のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目66)
配列番号4の20位の核酸塩基がアデニン(A)である、項目65に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目67)
配列番号4の19位の核酸塩基がシトシン(C)またはウラシル(U)である、項目66に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目68)
少なくとも3つの捕捉プローブオリゴマーを含む、項目65に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目69)
前記3つの捕捉プローブオリゴマーが、
配列番号2もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の捕捉プローブオリゴマー;
配列番号6もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の捕捉プローブオリゴマー;および
配列番号42もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の捕捉プローブオリゴマー
を含む、項目68に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目70)
前記第1、第2および第3の捕捉プローブオリゴマーがそれぞれ配列番号3、配列番号7および配列番号43の配列を有する、項目69に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
(項目71)
項目1〜70のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せを含むキット。
(項目72)
項目1〜70のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せを含む反応混合物。
(項目73)
試料中のE型肝炎ウイルス(HEV)の存在または非存在を決定するための方法であって、
(1)HEVを含有することが疑われる試料を、HEV標的核酸の標的領域を増幅させるための少なくとも2つのオリゴマーと接触させるステップであって、該オリゴマーの組合せが、
(a)
(i)配列番号63の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドであり、配列番号26のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号26の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
(ii)配列番号16のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号16の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択される少なくとも1つの増幅オリゴマー;ならびに
(b)配列番号47の配列に含有される約17個〜約28個の連続するヌクレオチドであり、配列番号25のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号25の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの増幅オリゴマー
を含むステップ;
(2)in vitro核酸増幅反応を行うステップであって、該試料中に存在する任意のHEV標的核酸が、増幅産物を生成するための鋳型として使用されるステップ;ならびに
(3)該増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のHEVの存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
(項目74)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号13の配列に含有される約14個〜約20個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目75)
前記(1)(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目76)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目77)
前記(1)(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号64のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号64からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目78)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目79)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目78に記載の方法。
(項目81)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目83)
前記(1)(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目84)
前記(1)(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目85)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目83または84に記載の方法。
(項目86)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号46のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号46からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目87)
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目73に記載の方法。
(項目88)
前記HEVの標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーおよび(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーを含む、項目73〜87のいずれかに記載の方法。
(項目89)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目88に記載の方法。
(項目90)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目89に記載の方法。
(項目91)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目89に記載の方法。
(項目92)
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目88〜91のいずれかに記載の方法。
(項目93)
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目88に記載の方法。
(項目95)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29または配列番号31、または、配列番号29または配列番号31のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目88に記載の方法。
(項目96)
前記HEV標的領域を増幅するための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーを含む、項目73に記載の方法。
(項目97)
前記(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目96に記載の方法。
(項目98)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目97に記載の方法。
(項目99)
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む、項目97に記載の方法。
(項目100)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目99に記載の方法。
(項目101)
前記HEV標的領域を増幅するための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(b)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーを含む、項目73〜100のいずれかに記載の方法。
(項目102)
前記(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目101に記載の方法。
(項目103)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目101に記載の方法。
(項目104)
前記(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目101に記載の方法。
(項目105)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目102または104に記載の方法。
(項目106)
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号23または配列番号51、または、配列番号23または配列番号51のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号45、または、配列番号45のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目101に記載の方法。
(項目107)
前記HEV標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマー、(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマー、(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(1)(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目73〜87のいずれかに記載の方法。
(項目108)
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または、配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(1)(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目107に記載の方法。
(項目109)
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または、配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号56、または、配列番号56のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目107に記載の方法。
(項目110)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目108または109に記載の方法。
(項目111)
前記HEV標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマー、(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマー、(b)に記載の第1の増幅オリゴマー、および(b)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目73〜87のいずれかに記載の方法。
(項目112)
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号24、または、配列番号24のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号46、または、配列番号46のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目111に記載の方法。
(項目113)
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目73に記載の方法。
(項目114)
第1、第2および第3の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1、第2および第3の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)配列番号65、配列番号29および配列番号24のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号24;
(ii)配列番号65、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号29および配列番号56;
(iii)配列番号29、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号24および配列番号56;
(iv)配列番号66、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号66、配列番号24および配列番号56;
(v)配列番号65、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号65、配列番号24および配列番号56;ならびに
(vi)配列番号62、配列番号29および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号29および配列番号56
からなる群から選択される、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号54、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号53、および
(B)配列番号23、24、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号52、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xiii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiv)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および(B)配列番号21、22、23、24、45、56、48、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目116)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号54、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号53、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45、49、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号30、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号21、56、48、50または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号65、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45、56または51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、24、45、56または50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号62、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、23、24、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(x)
(A)配列番号35、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xi)
(A)配列番号34、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(xii)
(A)配列番号33、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号23、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(xiii)
(A)配列番号61、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号22、45または56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目117)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の、標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号48のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号48、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、52、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ix)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(x)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、31、33、34、35、53、54、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目118)
前記組み合わせが、それぞれ第1(A)および第2(B)の標的にハイブリダイズする配列のセットを含む第1および第2の増幅オリゴマーのセットを含み、標的にハイブリダイズする配列の該セットが、
(i)
(A)配列番号49のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号49、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(ii)
(A)配列番号50、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29または31、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iii)
(A)配列番号51、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、31、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(iv)
(A)配列番号21、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(v)
(A)配列番号22、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、61、62、64または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vi)
(A)配列番号23、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号33、34、35、62、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(vii)
(A)配列番号24、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号54、62または64、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;
(viii)
(A)配列番号56、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号29、30、33、34、35、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体;ならびに
(ix)
(A)配列番号45、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体、および
(B)配列番号31、33、34、35、53、61、62、64、65または66、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体
からなる群から選択される、項目73に記載の方法。
(項目119)
配列番号56の1位の核酸塩基がグアニン(G)である、項目113〜118のいずれかに記載の方法。
(項目120)
前記(1)(b)に記載の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、前記標的にハイブリダイズする配列の5’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーである、項目73〜119のいずれかに記載の方法。
(項目121)
前記プロモーター配列がT7プロモーター配列である、項目120に記載の方法。
(項目122)
前記T7プロモーター配列が配列番号73に示される配列を有する、項目121に記載の方法。
(項目123)
ステップ(1)の前に、前記試料中の他の構成要素から前記HEV標的核酸を精製するステップをさらに含む、項目73〜122のいずれかに記載の方法。
(項目124)
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、該標的にハイブリダイズする配列が、配列番号4および配列番号42の相補体、DNA同等物、およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号4および配列番号42からなる群から選択される、項目123に記載の方法。
(項目125)
配列番号4の20位の核酸塩基がアデニン(A)である、項目124に記載の方法。
(項目126)
配列番号4の19位の核酸塩基がシトシン(C)またはウラシル(U)である、項目125に記載の方法。
(項目127)
前記精製するステップが、前記試料を少なくとも3つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目124に記載の方法。
(項目128)
前記3つの捕捉プローブオリゴマーが、
配列番号2、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の捕捉プローブオリゴマー;
配列番号6、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の捕捉プローブオリゴマー;および
配列番号42、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の捕捉プローブオリゴマー
を含む、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記第1、第2および第3の捕捉プローブオリゴマーがそれぞれ配列番号3、配列番号7および配列番号43の配列を有する、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記検出するステップ(3)が、前記in vitroの核酸増幅反応物を、前記増幅産物の存在または非存在を決定する条件下で該増幅産物に特異的にハイブリダイズするように構成されている少なくとも1つの検出プローブオリゴマーと接触させ、それにより前記試料中のHEVの存在または非存在を決定することを含む、項目73〜129のいずれかに記載の方法。
(項目131)
長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目130に記載の方法。
(項目132)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目131に記載の方法。
(項目133)
前記検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号67および配列番号71からなる群から選択される、項目131に記載の方法。
(項目134)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目131〜133のいずれかに記載の方法。
(項目135)
前記検出するステップが、前記in vitroの核酸増幅反応物を、長さが約14個〜約28個のヌクレオチドであり、配列番号39内に含有される標的配列またはその相補体に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも2つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含む、項目130に記載の方法。
(項目136)
それぞれの検出プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71の相補体、DNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号37、配列番号41、配列番号55、配列番号67および配列番号71からなる群から個々に選択される、項目135に記載の方法。
(項目137)
前記少なくとも2つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号55もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;および
配列番号67もしくはその相補体、またはそのRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー
を含む、項目135に記載の方法。
(項目138)
前記検出するステップが、前記in vitroの核酸増幅反応物を少なくとも3つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含む、項目135または136に記載の方法。
(項目139)
前記少なくとも3つの検出プローブオリゴマーが、
配列番号37もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第1の検出プローブオリゴマー;
配列番号67もしくはその相補体、またはそのDNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む第2の検出プローブオリゴマー;および
配列番号71、またはそのDNA同等物またはDNA/RNA同等物の、標的にハイブリダイズする配列を含む第3の検出プローブオリゴマー
を含む、項目138に記載の方法。
(項目140)
それぞれの検出プローブオリゴマーが、その核酸主鎖の1つまたは複数の連結部に2’−メトキシ主鎖を含有する、項目135〜139のいずれかに記載の方法。
(項目141)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが、
(a)化学発光標識;
(b)蛍光標識;
(c)クエンチャー;および
(d)(a)、(b)および(c)の1つまたは複数の組合せ
からなる群から選択される標識を含む、項目130〜140のいずれかに記載の方法。
(項目142)
前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーが前記化学発光標識を含む、項目141に記載の方法。
(項目143)
前記検出するステップ(3)が、ホモジニアス検出システムにおいて、前記増幅産物への標識された前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーのハイブリダイゼーションを検出する、項目141に記載の方法。
(項目144)
前記標識が、前記少なくとも1つの検出プローブオリゴマーの2つの核酸塩基間で連結された化学発光アクリジニウムエステル(AE)化合物である、項目143に記載の方法。
(項目145)
ステップ(2)の前記増幅反応が等温増幅反応である、項目73〜144のいずれかに記載の方法。
(項目146)
前記等温増幅反応が転写媒介性増幅(TMA)反応である、項目145に記載の方法。
HEV標的配列の増幅は、増幅される標的領域を挟む少なくとも2つの増幅オリゴマーを用いたin vitro増幅反応を利用する。特定の実施形態では、増幅される標的領域は、約5230位のヌクレオチドから約5379位のヌクレオチドの配列番号1に実質的に対応する。これらの標的領域を増幅させるために特に適切な増幅オリゴマーの組合せは、本明細書に記載されている(例えば、段落[0005]〜[0018]および[0094]〜[0097]、前掲を参照されたい)。適切な増幅法としては、例えば、レプリカーゼ媒介性増幅、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)および転写媒介性増幅または転写関連増幅(TMA)が挙げられる。このような増幅法は、当該技術分野において周知であり(例えば、段落[0066]および[0067]、前掲を参照されたい)、本発明の方法に従って容易に使用される。
一部の実施形態では、方法は、「リバース」TMA反応を利用する。このようなバリエーションでは、最初のまたは「フォワード」の増幅オリゴマーは、標的領域の3’末端付近で標的核酸にハイブリダイズするプライミングオリゴヌクレオチドである。逆転写酵素(RT)は、鋳型として標的核酸を用いて、プライマーの3’末端を伸長することによってcDNA鎖を合成する。第2のまたは「リバース」の増幅オリゴマーは、合成されたcDNA鎖内に含有される標的配列にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を有するプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第2の増幅オリゴマーがプロモータープライマーである場合、RTは、鋳型としてcDNA鎖を用いてプロモータープライマーの3’末端を伸長し、標的配列鎖の第2のcDNAコピーを作製し、それにより、機能的プロモーター配列を含有するdsDNAを作製する。次に、増幅は、RNAポリメラーゼを利用したプロモーター配列からの転写の開始について、段落[0112]で上述したように本質的に継続する。あるいは、第2の増幅オリゴマーがプロモータープロバイダーである場合、標的領域の5’末端付近にある標的配列にハイブリダイズする終結オリゴヌクレオチドは、典型的には、終結オリゴヌクレオチドの3’末端でプライミングオリゴマーの伸長を終結させるために利用され、それにより、プライミングオリゴマーからの伸長によって合成された最初のcDNA鎖について定義された3’末端を提供する。次に、プロモータープロバイダーの標的にハイブリダイズする配列は、最初のcDNA鎖の定義された3’末端にハイブリダイズし、cDNA鎖の3’末端は、プロモータープロバイダーのプロモーター配列に相補的な配列を付加するように伸長され、その結果、二本鎖プロモーター配列を形成する。その後、最初のcDNA鎖は鋳型として使用し、二本鎖プロモーターを認識し、そこから転写を開始するRNAポリメラーゼを用いて、プロモーター部分を含まない最初のcDNA鎖に相補的な複数のRNA転写物を転写する。次いで、これらのRNA転写物のそれぞれは、第1のプライミング増幅オリゴマーからさらなる増幅のための鋳型として機能するために利用可能である。
相補的な増幅された配列にハイブリダイズする検出プローブの好ましい実施形態は、DNAもしくはRNAオリゴマー、またはDNAヌクレオチドとRNAヌクレオチドとの組合せを含有するオリゴマー、または改変された主鎖を用いて合成されたオリゴマー、例えば、1つまたは複数の2’−メトキシ置換されたリボヌクレオチドを含むオリゴマーであり得る。増幅されたHEV配列を検出するために使用されるプローブは、標識されていなくてもよく、間接的に(例えば、プローブ上の部分に別の結合パートナーを結合させることによって)検出され得、または様々な検出可能な標識で標識され得る。本発明の方法に従って使用するのに適した検出プローブの特定の実施形態をさらに本明細書に記載する(例えば、段落[0019]、[0020]および[0038]〜[0040]、前掲を参照されたい)。HEV配列を検出するための方法の一部の好ましい実施形態では、例えば、転写媒介性増幅(TMA)を用いたある特定の実施形態では、検出プローブは、線状化学発光標識されたプローブ、より好ましくは線状アクリジニウムエステル(AE)標識されたプローブである。
Claims (17)
- 試料中のE型肝炎ウイルス(HEV)の存在または非存在を決定するための少なくとも2つのオリゴマーの組合せであって、該オリゴマーの組合せが、
HEV標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマー
を含み、
(a)少なくとも1つの増幅オリゴマーは、
(i)配列番号63の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドであり、配列番号26のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号26の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
(ii)配列番号16のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号16の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択され;
(b)少なくとも1つの増幅オリゴマーは、配列番号47の配列に含有される約17個〜約28個の連続するヌクレオチドであり、配列番号25のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号25の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む、
少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号13の配列に含有される約14個〜約20個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号64のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号64からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、請求項1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、請求項1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
- 前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、請求項1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号46のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号46からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - (a)(i)に記載の増幅オリゴマーおよび(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーを含む、請求項1〜6のいずれかに記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。
- 前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項7に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項7または8に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、または配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号65、または配列番号65のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29または配列番号31、または、配列番号29または配列番号31のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項7に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - (a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーおよび(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、好ましくは
前記(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、請求項1に記載の少なくとも2つのオリゴマーの組合せ。 - 試料中のE型肝炎ウイルス(HEV)の存在または非存在を決定するための方法であって、
(1)HEVを含有することが疑われる試料を、HEV標的核酸の標的領域を増幅させるための少なくとも2つのオリゴマーと接触させるステップであって、該オリゴマーの組合せが、
(a)
(i)配列番号63の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドであり、配列番号26のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号26の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー、および
(ii)配列番号16のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号16の配列に含有される約14個〜約23個の連続するヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴマー
からなる群から選択される少なくとも1つの増幅オリゴマー;ならびに
(b)配列番号47の配列に含有される約17個〜約28個の連続するヌクレオチドであり、配列番号25のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号25の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも1つの増幅オリゴマー
を含むステップ;
(2)in vitro核酸増幅反応を行うステップであって、該試料中に存在する任意のHEV標的核酸が、増幅産物を生成するための鋳型として使用されるステップ;ならびに
(3)該増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のHEVの存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。 - 前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号13の配列に含有される約14個〜約20個のヌクレオチドである、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(1)(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(1)(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号64のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号64からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号29および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項12に記載の方法。 - 前記(a)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号31、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(1)(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号45、配列番号46、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(1)(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号56のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号56からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号24および配列番号46のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号24および配列番号46からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(b)の少なくとも1つの増幅オリゴマーが、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号22、配列番号23、配列番号45、配列番号46および配列番号51からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項12に記載の方法。 - 前記HEVの標的領域を増幅させるための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーおよび(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーを含む;好ましくは
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(1)(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号64、または配列番号64のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(i)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号62、配列番号65および配列番号66のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号62、配列番号65および配列番号66からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項12〜14のいずれかに記載の方法。 - 前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号52、配列番号53および配列番号54からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(1)(a)(ii)に記載の増幅オリゴマーが、配列番号29、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む、請求項15に記載の方法。 - 前記HEV標的領域を増幅するための前記少なくとも2つのオリゴマーが、(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーを含む;好ましくは
前記(a)(ii)に記載の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号16の配列に含有される15個〜17個のヌクレオチドであり、配列番号27のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、少なくとも配列番号27の配列を含む、標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号29、配列番号30、配列番号31および配列番号32からなる群から選択される、標的にハイブリダイズする配列を含む;あるいは
前記(a)(ii)の第1および第2の増幅オリゴマーのそれぞれが、配列番号28のRNA同等物およびDNA/RNAキメラ体を含む、配列番号28の標的にハイブリダイズする配列を含む;好ましくは
前記(a)(ii)に記載の第1の増幅オリゴマーが、配列番号29、または、配列番号29のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含み;
前記(a)(ii)に記載の第2の増幅オリゴマーが、配列番号32、または、配列番号32のRNA同等物またはDNA/RNAキメラ体の、標的にハイブリダイズする配列を含む、
請求項12に記載の方法。
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