JP2020146066A - Zikaウイルス核酸を検出するための組成物および方法 - Google Patents
Zikaウイルス核酸を検出するための組成物および方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
本出願は、EFS−Webを介してASCII形式で提出されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。2017年6月9日に作成された前述のASCIIコピーは、DIA−0025−02_SeqList_ST25.txt」という名前で、サイズは57KBである。
本出願は、参照により本明細書に組み込まれる、2016年6月10日出願の米国仮特許出願第62/348,563号に対する米国特許法第119(e)条の下での優先権の利益を主張する。
および配列番号53からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第1の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第3の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーと第3の増幅オリゴマーとの組み合わせは、(i)配列番号16からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー、配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー、ならびに配列番号11、12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー、(ii)配列番号11からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー、配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー、ならびに配列番号12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー、(iii)配列番号12からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー、配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー、ならびに配列番号17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー、(iv)配列番号17からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー、配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー、ならびに配列番号18および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー、または(v)配列番号18からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー、配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー、ならびに配列番号53からなる核酸配列を含む第3の増幅オリゴマーである。いくつかの態様では、組み合わせは、Zika核酸の標的配列を増幅するための第4の増幅オリゴマーを含み、第4の増幅オリゴマーは、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号125、配列番号127、配列番号128、および配列番号134からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第4の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その5’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、第2の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第4の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第4の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、プロモーター配列に結合され、T7プロモーター配列であり、好ましくは、プロモーター配列は、配列番号179からなる。いくつかの態様では、第4の増幅オリゴマーは、配列番号74、配列番号75、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号87、および配列番号89からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、増幅ステップ(b)は、検出ステップ(c)と共に実施される。いくつかの態様では、増幅ステップ(b)の前に、方法は、試料の1つ以上の成分からZikaウイルス標的配列を精製することをさらに含む。いくつかの態様では、精製ステップは、試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、標的ハイブリダイズ配列は、配列番号166〜178からなる群から選択される。いくつかの態様では、部分は、配列番号181および配列番号182からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、固定化プローブは、配列番号180からなる核酸配列を含む。いくつかの態様では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号153〜165からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、等温増幅反応である。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、TMA反応である。
固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、標的ハイブリダイズ配列は、配列番号166〜178からなる群から選択される。いくつかの態様では、部分は、配列番号181および配列番号182からなる群から選択される核酸配列を含むか、固定化プローブが、配列番号180からなる核酸配列を含むか、またはその両方である。いくつかの態様では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号153〜165からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、等温増幅反応である。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、TMA反応である。これらおよび他の態様は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照すると明らかになるであろう。
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、記載される方法および組成物に関連する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で使用される場合、以下の用語および語句は、特に明記しない限り、それらに帰する意味を有する。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
試料中のZikaウイルス核酸を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの組み合わせであって、
Zikaウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーであって、前記標的配列が、その相補体、そのRNA等価物、またはその両方をなす、配列番号189から実質的になり、第1の増幅オリゴマーおよび第2の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第1の増幅オリゴマーが、17〜26個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第2の増幅オリゴマーが、17〜26個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その5’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、組み合わせ。
(項目2)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24内に含まれ、かつ配列番号25を含む、項目1に記載の組み合わせ。
(項目3)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、配列番号150内に含まれる、項目1または項目2に記載の組み合わせ。
(項目4)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、19の連続した核酸塩基の長さであるか、または20の連続した核酸塩基の長さである、項目3に記載の組み合わせ。
(項目5)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号113、配列番号119、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号130、および配列番号131からなる群から選択される、項目4に記載の組み合わせ。
(項目6)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号119、配列番号121、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、および配列番号134からなる群から選択される、項目1〜3のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目7)
前記第2の増幅オリゴマーが、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目1〜6のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目8)
前記T7プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目7に記載の組み合わせ。
(項目9)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号74、配列番号77、配列番号75、配列番号76、配列番号78、配列番号82、および配列番号83からなる群から選択される配列を含む、項目4または項目5に記載の組み合わせ。
(項目10)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号74〜89、配列番号107、および配列番号108からなる群から選択される配列を含む、項目1〜3および6〜9のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目11)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号26、配列番号27、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、および配列番号53からなる群から選択される配列を含む、項目1〜10のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目12)
第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目1〜3および6〜11のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(i)配列番号16および配列番号78;
(ii)配列番号16および配列番号80;
(iii)配列番号16および配列番号75;
(iv)配列番号16および配列番号89;
(v)配列番号16および配列番号74;
(vi)配列番号11および配列番号78;
(vii)配列番号11および配列番号80;
(viii)配列番号11および配列番号75;
(ix)配列番号11および配列番号89;
(x)配列番号11および配列番号74;
(xi)配列番号12および配列番号79;
(xii)配列番号12および配列番号87;
(xiii)配列番号12および配列番号89;
(xiv)配列番号12および配列番号74;
(xv)配列番号17および配列番号79;
(xvi)配列番号17および配列番号87;
(xvii)配列番号17および配列番号89;
(xviii)配列番号17および配列番号74;
(xix)配列番号53および配列番号78;
(xx)配列番号53および配列番号80;
(xxi)配列番号53および配列番号75;
(xxii)配列番号53および配列番号89;
(xxiii)配列番号53および配列番号74;
(xxiv)配列番号18および配列番号78;
(xxv)配列番号18および配列番号80;
(xxvi)配列番号18および配列番号75;
(xxvii)配列番号18および配列番号89;ならびに
(xxviii)配列番号18および配列番号74。
(項目13)
前記組み合わせが、Zikaウイルス核酸の標的配列を増幅するための第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号26、配列番号27、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、および配列番号53からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目1〜12のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目14)
第1の増幅オリゴマーと、第2の増幅オリゴマーと、第3の増幅オリゴマーの前記組み合わせが、
(i)配列番号16からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号11、12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(ii)配列番号11からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(iii)配列番号12からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(iv)配列番号17からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号18および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;または
(v)配列番号18からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号53からなる核酸配列を含む第3の増幅オリゴマーである、項目13に記載の組み合わせ。
(項目15)
前記組み合わせが、Zika核酸の標的配列を増幅するための第4の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第4の増幅オリゴマーが、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号125、配列番号127、配列番号128、および配列番号134からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目13または項目14に記載の組み合わせ。
(項目16)
前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、プロモーター配列に結合され、T7プロモーター配列である、項目15に記載の組み合わせ。
(項目17)
前記プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目16に記載の組み合わせ。
(項目18)
前記第4の増幅オリゴマーが、配列番号74、配列番号75、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号87、および配列番号89からなる群から選択される配列を含む、項目15〜17のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目19)
試料中のZikaウイルス核酸を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの組み合わせであって、
Zikaウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーであって、前記標的配列が、その相補体、そのRNA等価物、またはその両方をなす、配列番号187から実質的になり、第1の増幅オリゴマーおよび第2の増幅オリゴマーが、その相補体および/またはそのRNA等価物を含む、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第1の増幅オリゴマーは、19〜23個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第2の増幅オリゴマーは、19〜25個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その5’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、組み合わせ。
(項目20)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号4内に含まれる、項目19に記載の組み合わせ。
(項目21)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号2を含む、項目19または20に記載の組み合わせ。
(項目22)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号152内に含まれる、項目19〜21のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目23)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号148を含む、項目19〜22のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目24)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号149を含む、項目19〜23のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目25)
前記第2の増幅オリゴマーが、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目19〜24のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目26)
前記T7プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目25に記載の組み合わせ。
(項目27)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号111、配列番号116、配列番号117、配列番号122、配列番号135、配列番号136、配列番号137、および配列番号138からなる群から選択される、項目19〜26のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目28)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、および配列番号97からなる群から選択される配列を含む、項目19〜27のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目29)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、および配列番号35からなる群から選択される配列を含む、項目19〜28のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目30)
第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目19〜29のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(i)配列番号30および配列番号92;
(ii)配列番号30および配列番号94;
(iii)配列番号30および配列番号95;
(iv)配列番号35および配列番号92;
(v)配列番号35および配列番号94;ならびに
(vi)配列番号35および配列番号95。
(項目31)
前記組み合わせが、Zikaウイルス核酸の標的配列を増幅するための第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号111、配列番号116、配列番号117、配列番号122、配列番号135、配列番号136、配列番号137、および配列番号138からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、プロモーター配列に結合され、前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目19〜30のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目32)
前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目31に記載の組み合わせ。
(項目33)
前記プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目32に記載の組み合わせ。
(項目34)
前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、および配列番号97からなる群から選択される配列を含む、項目31〜33のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目35)
試料中のZikaウイルス核酸を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの組み合わせであって、
Zikaウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーであって、前記標的配列が、その相補体、そのRNA等価物、またはその両方をなす、配列番号188から本質的になり、前期第1の増幅オリゴマーおよび前期第2の増幅オリゴマーが、その相補体および/またはそのRNA等価物を含む、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第1の増幅オリゴマーは、19〜23個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第2の増幅オリゴマーが、17〜23個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その5’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、組み合わせ。
(項目36)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号6内に含まれる、項目35に記載の組み合わせ。
(項目37)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号7を含む、項目35または項目36に記載の組み合わせ。
(項目38)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号8を含む、項目35〜37のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目39)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号123、配列番号124、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、および配列番号147からなる群から選択される、項目35〜37のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目40)
前記第2の増幅オリゴマーが、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目35〜39のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目41)
前記T7プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目40に記載の組み合わせ。
(項目42)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号109、および配列番号110からなる群から選択される配列を含む、項目35〜41のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目43)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号36〜48からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目35〜42のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(項目44)
第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目35〜43のいずれか1項に記載の組み合わせ。
(i)配列番号36および配列番号103;
(ii)配列番号36および配列番号104;
(iii)配列番号36および配列番号105;
(iv)配列番号37および配列番号102;
(v)配列番号37および配列番号103;
(vi)配列番号37および配列番号105;
(vii)配列番号38および配列番号105;
(viii)配列番号39および配列番号104;
(ix)配列番号39および配列番号105;
(x)配列番号39および配列番号106;
(xi)配列番号41および配列番号104;
(xii)配列番号41および配列番号106;
(xiii)配列番号43および配列番号106;
(xiv)配列番号45および配列番号103;
(xv)配列番号45および配列番号105;
(xvi)配列番号45および配列番号106;
(xvii)配列番号46および配列番号106;
(xviii)配列番号47および配列番号104;ならびに
(xix)配列番号47および配列番号106。
(項目45)
Zikaウイルス核酸の検出のための検出プローブオリゴマーであって、前記検出プローブオリゴマーが、
(i)Zikaウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前記Zikaウイルス標的核酸に相補的でない1個以上の核酸塩基、ならびに
(ii)検出可能な標識、を含み、
前記Zikaウイルス標的核酸配列が、その相補体および/またはそのRNA等価物を含む、配列番号187、配列番号188、および配列番号189からなる群から選択される、検出プローブオリゴマー。
(項目46)
前記検出プローブオリゴマーが、その相補体および/またはそのRNA等価物を含む、配列番号194、配列番号195、配列番号196、配列番号197、および配列番号198からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む、項目45に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目47)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、17〜23個の連続した核酸塩基の長さである、項目45または項目46に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目48)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号54〜63および66〜73からなる群から選択される、項目45〜47のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目49)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含む、項目45〜48のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目50)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではなく、前記標的ハイブリダイズ配列の3’末端または5’末端のうちの1つに結合している3〜7個の連続した核酸塩基を含む、項目49に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目51)
前記標的核酸に相補的ではない前期3〜7個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目50に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目52)
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目45〜51のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目53)
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目45〜52のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目54)
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目45〜52のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目55)
前記検出プローブオリゴマーが、TaqMan検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目54に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目56)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含まない、項目45〜48のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目57)
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目45〜53および56のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマー。
(項目58)
混合物が、項目1〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーを含む緩衝水溶液である、増幅反応混合物。
(項目59)
前期混合物が、項目1〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーを含む乾燥組成物である、増幅反応混合物。
(項目60)
前記乾燥組成物が、少なくとも1つのポリメラーゼ酵素をさらに含む、項目59に記載の増幅反応混合物。
(項目61)
前期混合物が、以下からなる群から選択される少なくとも2つの増幅オリゴマーの少なくとも2つの組み合わせを含む緩衝水溶液である、多重増幅反応混合物。
(A)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;
(B)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー。
(C)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;および
(D)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされ、項目34〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー。
(項目62)
前期混合物が、以下からなる群から選択される少なくとも2つの増幅オリゴマーの少なくとも2つの組み合わせを含む乾燥組成物である、多重増幅反応混合物。
(A)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;
(B)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー。
(C)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;および
(D)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされ、項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー。
(項目63)
前記混合物が、少なくとも1つのポリメラーゼ酵素をさらに含む、項目62に記載の多重増幅反応混合物。
(項目64)
項目1〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーを含む、キット。
(項目65)
前記第1の増幅オリゴマーが、前記キット内の第1の容器内にあり、前記第2の増幅オリゴマーが、前記キット内の第2の容器内にある、項目64に記載のキット。
(項目66)
前記キットが、検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目64または項目65に記載のキット。
(項目67)
前期キットが、項目45〜57のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目64または項目65に記載のキット。
(項目68)
緩衝水溶液と、項目45〜57のいずれか1項に記載の前期検出プローブオリゴマーとを含む、検出反応混合物。
(項目69)
項目44〜56のいずれか1項に記載の検出プローブオリゴマーを含む、乾燥組成物。
(項目70)
前記乾燥組成物が、(A)項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー、(B)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー、および(C)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーのうちの1つ以上をさらに含む、項目69に記載の乾燥組成物。
(項目71)
前記乾燥組成物が、少なくとも1つのポリメラーゼ酵素をさらに含む、項目69または項目70に記載の乾燥組成物。
(項目72)
試料中のZikaウイルス核酸の有無を判定する方法であって、
(A)試料を、Zikaウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、前記標的配列が、その相補体、そのRNA等価物、またはその両方をなす、配列番号189から本質的になり、前期第1の増幅オリゴマーおよび前期第2の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第1の増幅オリゴマーが、17〜26個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第2の増幅オリゴマーが、17〜26個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その5’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、
(B)インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、前記試料中に存在する任意のZikaウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用されるステップと、
(C)前記増幅産物の有無を検出し、
それにより、前記試料中の前記Zikaウイルス核酸の有無を判定するステップとを含む、方法。
(項目73)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号24内に含まれ、かつ配列番号25を含む、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、配列番号150内に含まれる、項目72または項目73に記載の方法。
(項目75)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、19個の連続した核酸塩基の長さであるか、または20個の連続した核酸塩基の長さである、項目74に記載の方法。
(項目76)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号113、配列番号119、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号130、および配列番号131からなる群から選択される、項目75に記載の方法。
(項目77)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号119、配列番号121、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、および配列番号134からなる群から選択される、項目72〜74のいずれか1項に記載の方法。
(項目78)
前記第2の増幅オリゴマーが、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目72〜77のいずれか1項に記載の方法。
(項目79)
前記T7プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号74、配列番号77、配列番号75、配列番号76、配列番号78、配列番号82、および配列番号83からなる群から選択される配列を含む、項目75または項目76に記載の方法。
(項目81)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号74〜89、配列番号107、および配列番号108からなる群から選択される配列を含む、項目72〜74および77〜80のいずれか1項に記載の方法。
(項目82)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号26、配列番号27、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、および配列番号53からなる群から選択される配列を含む、項目72〜81のいずれか1項に記載の方法。
(項目83)
第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目72〜74および77〜82のいずれか1項に記載の方法。
(i)配列番号16および配列番号78;
(ii)配列番号16および配列番号80;
(iii)配列番号16および配列番号75;
(iv)配列番号16および配列番号89;
(v)配列番号16および配列番号74;
(vi)配列番号11および配列番号78;
(vii)配列番号11および配列番号80;
(viii)配列番号11および配列番号75;
(ix)配列番号11および配列番号89;
(x)配列番号11および配列番号74;
(xi)配列番号12および配列番号79;
(xii)配列番号12および配列番号87;
(xiii)配列番号12および配列番号89;
(xiv)配列番号12および配列番号74;
(xv)配列番号17および配列番号79;
(xvi)配列番号17および配列番号87;
(xvii)配列番号17および配列番号89;
(xviii)配列番号17および配列番号74;
(xix)配列番号53および配列番号78;
(xx)配列番号53および配列番号80;
(xxi)配列番号53および配列番号75;
(xxii)配列番号53および配列番号89;
(xxiii)配列番号53および配列番号74;
(xxiv)配列番号18および配列番号78;
(xxv)配列番号18および配列番号80;
(xxvi)配列番号18および配列番号75;
(xxvii)配列番号18および配列番号89;ならびに
(xxviii)配列番号18および配列番号74。
(項目84)
少なくとも2つの増幅オリゴマーの前記組み合わせが、Zikaウイルス核酸の標的配列を増幅するための第3の増幅オリゴマーを含み、前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号26、配列番号27、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、および配列番号53からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目72〜83のいずれか1項に記載の方法。
(項目85)
第1の増幅オリゴマーと、第2の増幅オリゴマーと、第3の増幅オリゴマーの前記組み合わせが、
(i)配列番号16からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号11、12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(ii)配列番号11からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(iii)配列番号12からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(iv)配列番号17からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号18および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;または
(v)配列番号18からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号53からなる核酸配列を含む第3の増幅オリゴマーである、項目84に記載の方法。
(項目86)
少なくとも2つの増幅オリゴマーの前記組み合わせが、Zika核酸の標的配列を増幅するための第4の増幅オリゴマーを含み、前記第4の増幅オリゴマーが、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号125、配列番号127、配列番号128、および配列番号134からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目84または項目85に記載の方法。
(項目87)
前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、プロモーター配列に結合され、T7プロモーター配列である、項目86に記載の方法。
(項目88)
前記プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目87に記載の方法。
(項目89)
前記第4の増幅オリゴマーが、配列番号74、配列番号75、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号87、および配列番号89からなる群から選択される配列を含む、項目86〜88のいずれか1項に記載の方法。
(項目90)
前記検出ステップが、前記インビトロ増幅反応を少なくとも1つの検出プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下を含む、項目72〜89のいずれか1項に記載の方法。
(i)標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前期Zikaウイルス標的核酸に相補的ではない1個以上の核酸塩基、ならびに
(ii)検出可能な標識。
(項目91)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、17〜23個の連続した核酸塩基の長さである、項目90に記載の方法。
(項目92)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号56、配列番号57、および配列番号66〜73からなる群から選択される、項目90または項目91に記載の方法。
(項目93)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含む、項目90〜92のいずれか1項に記載の方法。
(項目94)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その3’末端または5’末端のいずれかにおいて、前期Zikaウイルス核酸の前期標的配列に相補的ではない3〜7個の連続した核酸塩基を含む、項目93に記載の方法。
(項目95)
前記標的配列に相補的ではない前期3〜7個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目94に記載の方法。
(項目96)
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目90〜95のいずれか1項に記載の方法。
(項目97)
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目90〜96のいずれか1項に記載の方法。
(項目98)
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目90〜97のいずれか1項に記載の方法。
(項目99)
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目90〜96のいずれか1項に記載の方法。
(項目100)
前記検出プローブオリゴマーが、TaqMan検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目99に記載の方法。
(項目101)
前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含まない、項目90〜92のいずれか1項に記載の方法。
(項目102)
前記第1の増幅オリゴマーと前記第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下、
(i)配列番号16および配列番号78;
(ii)配列番号16および配列番号80;
(iii)配列番号16および配列番号75;
(iv)配列番号16および配列番号89;
(v)配列番号16および配列番号74;
(vi)配列番号11および配列番号78;
(vii)配列番号11および配列番号80;
(viii)配列番号11および配列番号75;
(ix)配列番号11および配列番号89;
(x)配列番号11および配列番号74;
(xi)配列番号12および配列番号79;
(xii)配列番号12および配列番号87;
(xiii)配列番号12および配列番号89;
(xiv)配列番号12および配列番号74;
(xv)配列番号17および配列番号79;
(xvi)配列番号17および配列番号87;
(xvii)配列番号17および配列番号89;
(xviii)配列番号17および配列番号74;
(xix)配列番号53および配列番号78;
(xx)配列番号53および配列番号80;
(xxi)配列番号53および配列番号75;
(xxii)配列番号53および配列番号89;
(xxiii)配列番号53および配列番号74;
(xxiv)配列番号18および配列番号78;
(xxv)配列番号18および配列番号80;
(xxvi)配列番号18および配列番号75;
(xxvii)配列番号18および配列番号89;ならびに
(xxviii)配列番号18および配列番号74、
からなる群から選択され、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号69からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステル標識からなる、項目90〜92、96〜99、および101のいずれか1項に記載の方法。
(項目103)
前記組み合わせが、Zikaウイルス核酸の標的配列を増幅するための第3の増幅オリゴマーを含み、前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号26、配列番号27、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、および配列番号53からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目102に記載の方法。
(項目104)
第1の増幅オリゴマーと、第2の増幅オリゴマーと、第3の増幅オリゴマーの前記組み合わせが、
(i)配列番号16からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号11、12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(ii)配列番号11からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号12、17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(iii)配列番号12からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号17、18、および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;
(iv)配列番号17からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号18および53からなる群から選択される核酸配列を含む第3の増幅オリゴマー;または
(v)配列番号18からなる核酸配列を含む第1の増幅オリゴマー;配列番号74、75、78、80、および89からなる群から選択される核酸配列を含む第2の増幅オリゴマー;ならびに配列番号53からなる核酸配列を含む第3の増幅オリゴマーである、項目103に記載の方法。
(項目105)
前記組み合わせが、Zika核酸の標的配列を増幅するための第4の増幅オリゴマーを含み、前記第4の増幅オリゴマーが、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号125、配列番号127、配列番号128、および配列番号134からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目103または項目104に記載の方法。
(項目106)
前記第4の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、プロモーター配列に結合され、T7プロモーター配列であり、好ましくは、前記プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目105に記載の方法。
(項目107)
前記第4の増幅オリゴマーが、配列番号74、配列番号75、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号87、および配列番号89からなる群から選択される配列を含む、項目105または項目106に記載の方法。
(項目108)
前記増幅ステップ(b)が、前記検出ステップ(c)と共に実施される、項目90〜107のいずれか1項に記載の方法。
(項目109)
前記増幅ステップ(b)の前に、前記方法が、前記試料の1つ以上の成分から前記Zikaウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目72〜108のいずれか1項に記載の方法。
(項目110)
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号166〜178からなる群から選択される、項目109に記載の方法。
(項目111)
前記部分が、配列番号181および配列番号182からなる群から選択される核酸配列を含む、項目110に記載の方法。
(項目112)
前記固定化プローブが、配列番号180からなる核酸配列を含む、項目110または項目111に記載の方法。
(項目113)
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号153〜165からなる群から選択される核酸配列を含む、項目110〜112のいずれか1項に記載の方法。
(項目114)
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目72〜113のいずれか1項に記載の方法。
(項目115)
前記インビトロ増幅反応が、TMA反応である、項目72〜114のいずれか1項に記載の方法。
(項目116)
試料中のZikaウイルス核酸の有無を判定する方法であって、
(A)試料を、Zikaウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、前記標的配列が、その相補体、そのRNA等価物、またはその両方をなす、配列番号187から実質的になり、第1の増幅オリゴマーおよび第2の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第1の増幅オリゴマーは、19〜23個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第2の増幅オリゴマーが、19〜25個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その5’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、
(B)インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、前記試料中に存在する任意のZikaウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、
(C)前記増幅産物の有無を検出し、それにより、前記試料中の前記Zikaウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む、方法。
(項目117)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号4内に含まれる、項目116に記載の方法。
(項目118)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号2を含む、項目116または117に記載の方法。
(項目119)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号152内に含まれる、項目116〜118のいずれか1項に記載の方法。
(項目120)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号148を含む、項目116〜119のいずれか1項に記載の方法。
(項目121)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号149を含む、項目116〜120のいずれか1項に記載の方法。
(項目122)
前記第2の増幅オリゴマーが、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目116〜121のいずれか1項に記載の方法。
(項目123)
前記T7プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目122に記載の方法。
(項目124)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号111、配列番号116、配列番号117、配列番号122、配列番号135、配列番号136、配列番号137、および配列番号138からなる群から選択される、項目116〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目125)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、および配列番号97からなる群から選択される配列を含む、項目116〜124のいずれか1項に記載の方法。
(項目126)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、および配列番号35からなる群から選択される配列を含む、項目116〜125のいずれか1項に記載の方法。
(項目127)
第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目116〜126のいずれか1項に記載の方法。
(i)配列番号30および配列番号92;
(ii)配列番号30および配列番号94;
(iii)配列番号30および配列番号95;
(iv)配列番号35および配列番号92;
(v)配列番号35および配列番号94;ならびに
(vi)配列番号35および配列番号95。
(項目128)
前記組み合わせが、Zikaウイルス核酸の標的配列を増幅するための第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号111、配列番号116、配列番号117、配列番号122、配列番号135、配列番号136、配列番号137、および配列番号138からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、プロモーター配列に結合され、前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目116〜127のいずれか1項に記載の方法。
(項目129)
前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合され、好ましくは、前記プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、および配列番号97からなる群から選択される配列を含む、項目128または項目129に記載の方法。
(項目131)
前記検出ステップが、前記インビトロ増幅反応を少なくとも1つの検出プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下を含む、項目116〜130のいずれか1項に記載の方法。
(i)標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前期Zikaウイルス標的核酸に相補的ではない1個以上の核酸塩基、ならびに
(ii)検出可能な標識。
(項目132)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、17〜23個の連続した核酸塩基の長さである、項目131に記載の方法。
(項目133)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号54、配列番号55、および配列番号58からなる群から選択される、項目131または項目132に記載の方法。
(項目134)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含む、項目131〜133のいずれか1項に記載の方法。
(項目135)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その3’末端または5’末端のいずれかにおいて、前期Zikaウイルス核酸の前期標的配列に相補的ではない3〜7個の連続した核酸塩基を含む、項目134に記載の方法。
(項目136)
前記標的配列に相補的ではない前期3〜7個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目135に記載の方法。
(項目137)
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目131〜136のいずれか1項に記載の方法。
(項目138)
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目131〜137のいずれか1項に記載の方法。
(項目139)
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目131〜138のいずれか1項に記載の方法。
(項目140)
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目131〜137のいずれか1項に記載の方法。
(項目141)
前記検出プローブオリゴマーが、TaqMan検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目140に記載の方法。
(項目142)
前記検出プローブオリゴマーが、配列番号54、配列番号55、および配列番号58からなる群から選択される配列を含む、項目131〜133のいずれか1項に記載の方法。
(項目143)
前記第1の増幅オリゴマーと前記第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下、
(i)配列番号30および配列番号92;
(ii)配列番号30および配列番号94;
(iii)配列番号30および配列番号95;
(iv)配列番号35および配列番号92;
(v)配列番号35および配列番号94;ならびに
(vi)配列番号35および配列番号95、
からなる群から選択され、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号58からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステル標識からなる、項目131〜133、137〜140、および142のいずれか1項に記載の方法。
(項目144)
前記組み合わせが、Zikaウイルス核酸の標的配列を増幅するための第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号111、配列番号116、配列番号117、配列番号122、配列番号135、配列番号136、配列番号137、および配列番号138からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、プロモーター配列に結合され、前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目143に記載の方法。
(項目145)
前記第3の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合され、好ましくは、前記プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目144に記載の方法。
(項目146)
前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、および配列番号97からなる群から選択される配列を含む、項目144または項目145に記載の方法。
(項目147)
前記増幅ステップ(b)が、前記検出ステップ(c)と共に実施される、項目131〜146のいずれか1項に記載の方法。
(項目148)
前記増幅ステップ(b)の前に、前記方法が、前記試料の1つ以上の成分から前記Zikaウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目116〜147のいずれか1項に記載の方法。
(項目149)
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号166〜178からなる群から選択される、項目148に記載の方法。
(項目150)
前記部分が、配列番号181および配列番号182からなる群から選択される核酸配列を含む、項目149に記載の方法。
(項目151)
前記固定化プローブが、配列番号180からなる核酸配列を含む、項目149または項目150に記載の方法。
(項目152)
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号153〜165からなる群から選択される核酸配列を含む、項目149〜151のいずれか1項に記載の方法。
(項目153)
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目116〜152のいずれか1項に記載の方法。
(項目154)
前記インビトロ増幅反応が、TMA反応である、項目116〜153のいずれか1項に記載の方法。
(項目155)
試料中のZikaウイルス核酸の有無を判定する方法であって、
(A)試料を、Zikaウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、前記標的配列が、その相補体、そのRNA等価物、またはその両方をなす、配列番号188から実質的になり、第1の増幅オリゴマーおよび第2の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第1の増幅オリゴマーは、19〜23個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第2の増幅オリゴマーが、17〜23個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その5’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、
(B)インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、前記試料中に存在する任意のZikaウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、
(C)前記増幅産物の有無を検出し、それにより、前記試料中の前記Zikaウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む、方法。
(項目156)
前記第1の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号6内に含まれる、項目155に記載の方法。
(項目157)
前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号7を含む、項目155または項目156に記載の方法。
(項目158)
前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号8を含む、項目155〜157のいずれか1項に記載の方法。
(項目159)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号36〜48からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目155〜158のいずれか1項に記載の方法。
(項目160)
前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号123、配列番号124、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号146、および配列番号147からなる群から選択される、項目155〜157のいずれか1項に記載の方法。
(項目161)
前記第2の増幅オリゴマーが、その5’末端において、T7プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目155〜160のいずれか1項に記載の方法。
(項目162)
前記T7プロモーター配列が、配列番号179からなる、項目161に記載の方法。
(項目163)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号109、および配列番号110からなる群から選択される配列を含む、項目155〜162のいずれか1項に記載の方法。
(項目164)
第1の増幅オリゴマーと第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目155〜163のいずれか1項に記載の方法。
(i)配列番号36および配列番号103;
(ii)配列番号36および配列番号104;
(iii)配列番号36および配列番号105;
(iv)配列番号37および配列番号102;
(v)配列番号37および配列番号103;
(vi)配列番号37および配列番号105;
(vii)配列番号38および配列番号105;
(viii)配列番号39および配列番号104;
(ix)配列番号39および配列番号105;
(x)配列番号39および配列番号106;
(xi)配列番号41および配列番号104;
(xii)配列番号41および配列番号106;
(xiii)配列番号43および配列番号106;
(xiv)配列番号45および配列番号103;
(xv)配列番号45および配列番号105;
(xvi)配列番号45および配列番号106;
(xvii)配列番号46および配列番号106;
(xviii)配列番号47および配列番号104;ならびに
(xix)配列番号47および配列番号106。
(項目165)
前記検出ステップが、前記インビトロ増幅反応を少なくとも1つの検出プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下を含む、項目155〜164のいずれか1項に記載の方法。
(i)標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前期Zikaウイルス標的核酸に相補的ではない1個以上の核酸塩基、ならびに
(ii)検出可能な標識。
(項目166)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、17〜23個の連続した核酸塩基の長さである、項目165に記載の方法。
(項目167)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号56、配列番号57、および配列番号66〜73からなる群から選択される、項目165または項目166に記載の方法。
(項目168)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含む、項目165〜167のいずれか1項に記載の方法。
(項目169)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その3’末端または5’末端のいずれかにおいて、前期Zikaウイルス核酸の前期標的配列に相補的ではない3〜7個の連続した核酸塩基を含む、項目168に記載の方法。
(項目170)
前記標的配列に相補的ではない前期3〜7個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目169に記載の方法。
(項目171)
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目165〜170のいずれか1項に記載の方法。
(項目172)
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目165〜171のいずれか1項に記載の方法。
(項目173)
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目165〜172のいずれか1項に記載の方法。
(項目174)
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目165〜171のいずれか1項に記載の方法。
(項目175)
前記検出プローブオリゴマーが、TaqMan検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目174に記載の方法。
(項目176)
前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記1つ以上の核酸塩基を含まない、項目165〜167のいずれか1項に記載の方法。
(項目177)
前記第1の増幅オリゴマーと前記第2の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下、
(i)配列番号36および配列番号103;
(ii)配列番号36および配列番号104;
(iii)配列番号36および配列番号105;
(iv)配列番号37および配列番号102;
(v)配列番号37および配列番号103;
(vi)配列番号37および配列番号105;
(vii)配列番号38および配列番号105;
(viii)配列番号39および配列番号104;
(ix)配列番号39および配列番号105;
(x)配列番号39および配列番号106;
(xi)配列番号41および配列番号104;
(xii)配列番号41および配列番号106;
(xiii)配列番号43および配列番号106;
(xiv)配列番号45および配列番号103;
(xv)配列番号45および配列番号105;
(xvi)配列番号45および配列番号106;
(xvii)配列番号46および配列番号106;
(xviii)配列番号47および配列番号104;ならびに
(xix)配列番号47および配列番号106、
からなる群から選択され、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号61からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステル標識からなる、項目165〜167、171〜174、および176のいずれか1項に記載の方法。
(項目178)
前記増幅ステップ(b)が、前記検出ステップ(c)と共に実施される、項目165〜177のいずれか1項に記載の方法。
(項目179)
前記増幅ステップ(b)の前に、前記方法が、前記試料の1つ以上の成分から前記Zikaウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目155〜178のいずれか1項に記載の方法。
(項目180)
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号166〜178からなる群から選択される、項目179に記載の方法。
(項目181)
前記部分が、配列番号181および配列番号182からなる群から選択される核酸配列を含む、項目180に記載の方法。
(項目182)
前記固定化プローブが、配列番号180からなる核酸配列を含む、項目180または項目181に記載の方法。
(項目183)
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号153〜165からなる群から選択される核酸配列を含む、項目180〜182のいずれか1項に記載の方法。
(項目184)
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目155〜183のいずれか1項に記載の方法。
(項目185)
前記インビトロ増幅反応が、TMA反応である、項目155〜184のいずれか1項に記載の方法。
(項目186)
試料中のZikaウイルス核酸の有無を判定する多重方法であって、
(A)試料を、各々がZikaウイルス標的核酸の別個の標的配列を増幅するための少なくとも2つの増幅オリゴマーの少なくとも2つの組み合わせと接触させるステップであって、
(1)(ii)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、(i)項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;
(2)(ii)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、(i)項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;
(3)(ii)項目35〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、(i)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー;および
(4)(ii)項目19〜34のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされ、(iii)項目34〜44のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマーと組み合わされた、(i)項目1〜18のいずれか1項に記載の少なくとも2つの増幅オリゴマー、からなる群から選択される少なくとも2つの増幅オリゴマーの少なくとも2つの組み合わせを含む、ステップと、
(B)インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、(A)(1)に対して、(i)および/もしくは(ii)の前記少なくとも2つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物(複数可)を生成するか、または(A)(2)に対して、(i)および/もしくは(ii)の前記少なくとも2つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物(複数可)を生成するか、または(A)(3)に対して、(i)および/もしくは(ii)の前記少なくとも2つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物(複数可)を生成するか、または(A)(4)に対して、(i)および/もしくは(ii)および/もしくは(iii)の前記少なくとも2つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物(複数可)を生成する、ステップと、
(C)前記増幅産物(複数可)の有無を検出し、それにより、前記試料中の前記Zikaウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む、方法。
(項目187)
前記検出するステップが、前記インビトロ増幅反応を、少なくとも1つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下、
(i)Zikaウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前記Zikaウイルス標的核酸に相補的でない1個以上の核酸塩基、ならびに
(ii)検出可能な標識、を含み、
前記Zikaウイルス標的核酸配列が、その相補体および/またはそのRNA等価物を含む、配列番号187、配列番号188、および配列番号189からなる群から選択される、項目186に記載の方法。
(項目188)
前記検出プローブオリゴマーが、その相補体および/またはそのRNA等価物を含む、配列番号194、配列番号195、配列番号196、配列番号197、および配列番号198からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む、項目187に記載の方法。
(項目189)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、17〜23個の連続した核酸塩基の長さである、項目188に記載の方法。
(項目190)
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号54〜63、および66〜73からなる群から選択される、項目188または項目189に記載の方法。
(項目191)
(A)(1)(i)、(A)(2)(i)、もしくは(A)(4)(i)に対して、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号56、57、および64〜73からなる群から選択される核酸配列を含むか、(A)(1)(ii)、(A)(3)(i)、もしくは(A)(4)(ii)に対して、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号54、55、および58からなる群から選択される核酸配列を含むか、または(A)(2)(ii)m(A)(3)(ii)、もしくは(A)(4)(iii)に対して、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号59〜63からなる群から選択される、項目188〜190のいずれか1項に記載の方法。
(項目192)
前記検出プローブオリゴマーが、TaqMan検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目188〜191のいずれか1項に記載の方法。
(項目193)
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目188〜192のいずれか1項に記載の方法。
(項目194)
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目188〜193のいずれか1項に記載の方法。
(項目195)
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目188〜194のいずれか1項に記載の方法。
(項目196)
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目188〜193のいずれか1項に記載の方法。
(項目197)
前記増幅ステップ(b)が、前記検出ステップ(c)と共に実施される、項目186〜196のいずれか1項に記載の方法。
(項目198)
前記増幅ステップ(b)の前に、前記方法が、前記試料の1つ以上の成分から前記Zikaウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目186〜197のいずれか1項に記載の方法。
(項目199)
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも1つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号166〜178からなる群から選択される、項目198に記載の方法。
(項目200)
前記部分が、配列番号181および配列番号182からなる群から選択される核酸配列を含むか、前記固定化プローブが、配列番号180からなる核酸配列を含むか、またはその両方である、項目199に記載の方法。
(項目201)
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号153〜165からなる群から選択される核酸配列を含む、項目199または項目200に記載の方法。
(項目202)
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目186〜201のいずれか1項に記載の方法。
(項目203)
前記インビトロ増幅反応が、TMA反応である、項目186〜202のいずれか1項に記載の方法。
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標的捕捉:本明細書に示される標的捕捉オリゴヌクレオチド配列を有するZikaウイルス標的捕捉オリゴヌクレオチドを使用して鋳型を捕捉したことを除いて、核酸は、本質的に、公開された国際特許出願第PCT/US2000/18685号に開示された手順に従って、増幅前に検体処理および標的捕捉を受けた。特に、捕捉オリゴヌクレオチドは、アッセイの増幅反応または検出反応に関与しない。IVTまたはウイルス含有試料を標的捕捉試薬と組み合わせて、磁気ビーズ上に配置されたオリゴヌクレオチドを捕捉するための核酸放出およびハイブリダイゼーションを容易にした。試料からZikaウイルス核酸を捕捉するためにインキュベーションを実施した。インキュベーション後、磁気ビーズおよび任意の捕捉標的核酸を、洗浄ステップのために10〜20分間、磁気洗浄ステーションに移した。次いで、捕捉された標的核酸を増幅反応においてアッセイした。
増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの多数の組を、Zikaウイルスを差別的に増幅および検出するように構成した。本実施例では、転写媒介増幅(TMA)反応を、本質的にKacian et al.による米国特許第5,399,491号に記載されるように行った。75μLの増幅反応混合物中の各T7プライマーおよび非T7プライマーの反応当たり約5pmoleを使用して、増幅オリゴヌクレオチドの様々な組み合わせに対して増幅反応を行った。アクリジニウムエステル(AE)標識検出プローブの各々の反応当たり約2 10^6の反応性発光単位(RLU)を使用したハイブリダイゼーション保護アッセイ(HPA)によって、増幅産物を検出した。
本実施例は、2つのZikaウイルス標的配列の増幅のための様々なプライマーの組を使用した多重増幅反応を記載する。Zikaウイルスアッセイは、単一の管で行われる3つの主なステップ、試料調製、転写媒介増幅(TMA)によるZikaウイルスRNA標的増幅、およびハイブリダイゼーション保護アッセイ(HPA)による増幅産物(アンプリコン)の検出を伴った。以下の表6は、このアッセイで使用される増幅オリゴヌクレオチドの組み合わせを列挙する。
本実施例は、異なるオリゴマーの組み合わせを使用して実施されたZikaウイルス増幅および検出アッセイを記載する。試料およびオリゴヌクレオチドの組み合わせは、以下の表8〜9に列挙する。Hologic Panther System Hologic,Inc.,Marlborough,MA)を使用して、増幅および検出反応を実施した。
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- 本明細書に記載の発明。
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