JP2022161989A - Ｚｉｋａウイルス核酸を検出するための組成物および方法 - Google Patents

Ｚｉｋａウイルス核酸を検出するための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

【課題】ＺＩＫＡウイルス核酸を検出するための組成物および方法の提供。【解決手段】Ｚｉｋａウイルス核酸の検出のための、増幅オリゴマー、捕捉プローブ、および検出プローブを含む、核酸オリゴマーが開示される。開示されたオリゴマーを使用する特異的核酸増幅および検出の方法、ならびに対応する反応混合物およびキットもまた、開示される。方法は、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の核酸増幅を実施することと、例えば、増幅産物を、試料中のＺｉｋａウイルスの存在を示すシグナルを提供する核酸検出プローブと特異的にハイブリダイズすることによって、増幅産物を検出することとを含む。【選択図】なし

Description

配列表への参照
本出願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。２０１７年６月９日に作成された前述のＡＳＣＩＩコピーは、ＤＩＡ－００２５－０２＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という名前で、サイズは５７ＫＢである。
関連出願の相互参照
本出願は、参照により本明細書に組み込まれる、２０１６年６月１０日出願の米国仮特許出願第６２／３４８，５６３号に対する米国特許法第１１９（ｅ）条の下での優先権の利益を主張する。
Ｚｉｋａウイルスは、無症状から軽度の病気に及ぶヒト疾患と関連している、蚊媒介性フラビウイルスである。Ｚｉｋａウイルス感染の臨床的特徴としては、発熱、頭痛、倦怠感、腹痛、めまい、食欲不振、および斑丘疹が挙げられる。Ｚｉｋａウイルス感染はまた、ギラン・バレー症候群の重篤で、時に致命的な症例と関連している。加えて、Ｚｉｋａウイルスの感染が、感染した母親から生まれた乳児において小頭症および他の出生異常を引き起こす可能性があることを示す証拠が次々と出ている。主な感染経路は、蚊の刺咬によるが、性行為感染およびＺｉｋａウイルスの起こり得る輸血感染が報告されている。
試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせが本明細書に開示され、オリゴマーの組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列は、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーは、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーは、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む。少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号２４内に含まれ、かつ配列番号２５を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ領域は、配列番号１５０内に含まれる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ領域は、１９個の連続した核酸塩基の長さであるか、または２０個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、および配列番号１３４からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、Ｔ７プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７４～８９、配列番号１０７、および配列番号１０８からなる群から選択される配列を含む。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下の群のうちの１つから選択される核酸配列を含む。（ｉ）配列番号１６および配列番号７８、（ｉｉ）配列番号１６および配列番号８０、（ｉｉｉ）配列番号１６および配列番号７５、（ｉｖ）配列番号１６および配列番号８９、（ｖ）配列番号１６および配列番号７４、（ｖｉ）配列番号１１および配列番号７８、（ｖｉｉ）配列番号１１および配列番号８０、（ｖｉｉｉ）配列番号１１および配列番号７５、（ｉｘ）配列番号１１および配列番号８９、（ｘ）配列番号１１および配列番号７４、（ｘｉ）配列番号１２および配列番号７９、（ｘｉｉ）配列番号１２および配列番号８７、（ｘｉｉｉ）配列番号１２および配列番号８９、（ｘｉｖ）配列番号１２および配列番号７４、（ｘｖ）配列番号１７および配列番号７９、（ｘｖｉ）配列番号１７および配列番号８７、（ｘｖｉｉ）配列番号１７および配列番号８９、（ｘｖｉｉｉ）配列番号１７および配列番号７４、（ｘｉｘ）配列番号５３および配列番号７８、（ｘｘ）配列番号５３および配列番号８０、（ｘｘｉ）配列番号５３および配列番号７５、（ｘｘｉｉ）配列番号５３および配列番号８９、（ｘｘｉｉｉ）配列番号５３および配列番号７４、（ｘｘｉｖ）配列番号１８および配列番号７８、（ｘｘｖ）配列番号１８および配列番号８０、（ｘｘｖｉ）配列番号１８および配列番号７５、（ｘｘｖｉｉ）配列番号１８および配列番号８９、または（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１８および配列番号７４。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーを含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーと第３の増幅オリゴマーとの組み合わせは、（ｉ）配列番号１６からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１１、１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｉ）配列番号１１からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｉｉ）配列番号１２からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｖ）配列番号１７からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１８および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、または（ｖ）配列番号１８からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号５３からなる核酸配列を含む第３の増幅オリゴマーのうちの１つである。少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせは、Ｚｉｋａ核酸の標的配列を増幅するための第４の増幅オリゴマーを含み、第４の増幅オリゴマーは、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、および配列番号１３４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、プロモーター配列に結合され、Ｔ７プロモーター配列である。いくつかの態様では、プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第４の増幅オリゴマーは、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８７、および配列番号８９からなる群から選択される配列を含む。
試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせが本明細書にさらに開示され、オリゴマーの組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列は、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーは、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーは、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号４内に含まれる。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号２を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、および配列番号３５からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５２内に含まれる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４８を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４９を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、Ｔ７プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下の群のうちの１つから選択される核酸配列を含む。（ｉ）配列番号３０および配列番号９２、（ｉｉ）配列番号３０および配列番号９４、（ｉｉｉ）配列番号３０および配列番号９５（ｉｖ）配列番号３５および配列番号９２、（ｖ）配列番号３５および配列番号９４、ならびにｖｉ）配列番号３５および配列番号９５。いくつかの態様では、組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、プロモーター配列に結合され、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第３の増幅オリゴマーは、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む。
試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせが本明細書にさらに開示され、オリゴマーの組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列は、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーは、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーは、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６内に含まれる。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号３６～４８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、および配列番号１４７からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、Ｔ７プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０９、および配列番号１１０からなる群から選択される配列を含む。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのいくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下の群のうちの１つから選択される核酸配列を含む。（ｉ）配列番号３６および配列番号１０３、（ｉｉ）配列番号３６および配列番号１０４、（ｉｉｉ）配列番号３６および配列番号１０５、（ｉｖ）配列番号３７および配列番号１０２、（ｖ）配列番号３７および配列番号１０３、（ｖｉ）配列番号３７および配列番号１０５、（ｖｉｉ）配列番号３８および配列番号１０５、（ｖｉｉｉ）配列番号３９および配列番号１０４、（ｉｘ）配列番号３９および配列番号１０５、（ｘ）配列番号３９および配列番号１０６、（ｘｉ）配列番号４１および配列番号１０４、（ｘｉｉ）配列番号４１および配列番号１０６、（ｘｉｉｉ）配列番号４３および配列番号１０６、（ｘｉｖ）配列番号４５および配列番号１０３、（ｘｖ）配列番号４５および配列番号１０５、（ｘｖｉ）配列番号４５および配列番号１０６、（ｘｖｉｉ）配列番号４６および配列番号１０６、（ｘｖｉｉｉ）配列番号４７および配列番号１０４、ならびに（ｘｉｘ）配列番号４７および配列番号１０６。
Ｚｉｋａウイルス核酸の検出のための検出プローブオリゴマーが本明細書にさらに開示され、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的でない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識、を含み、Ｚｉｋａウイルス標的核酸配列は、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１８７、配列番号１８８、および配列番号１８９からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、および配列番号１９８からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５４～６３および６６～７３からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではなく、前記標的ハイブリダイズ配列の３’末端または５’末端のうちの１つに結合している３～７個の連続した核酸塩基を含む。いくつかの態様では、標的核酸に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基は、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である検出可能な標識を含む。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含まない。
少なくとも２つの増幅オリゴマーの上記の組み合わせのいずれかを含む緩衝水溶液を含む増幅反応混合物が、本明細書にさらに開示される。少なくとも２つの増幅オリゴマーの上記の組み合わせのいずれかを含む乾燥組成物を含む増幅反応混合物が、本明細書にさらに開示される。いくつかの態様では、乾燥組成物は、充填剤を含む。いくつかの態様では、乾燥組成物は、５％（ｗ／ｗ）未満の充填剤を含む。いくつかの態様では、充填剤は、非晶質糖の二糖類形態である。いくつかの態様では、充填剤は、マンニトール、トレハローススクロース、ラクトース、ソルビトール、ラフィノース、およびグルコースのうちの１つ以上である。いくつかの態様では、乾燥組成物は、少なくとも１つのポリメラーゼ酵素をさらに含む。
多重増幅反応混合物が、本明細書にさらに開示され、混合物は、（Ａ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、（Ｂ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、（Ｃ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、ならびに（Ｄ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方少なくとも２つの増幅オリゴマーをなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合され、かつ試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーからなる群から選択される、少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせを含む、緩衝水溶液である。
多重増幅反応混合物が、本明細書にさらに開示され、混合物は、（Ａ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、（Ｂ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、（Ｃ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、ならびに（Ｄ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方少なくとも２つの増幅オリゴマーをなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合され、かつ試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーからなる群から選択される、少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせを含む、乾燥組成物である。いくつかの態様では、乾燥組成物は、充填剤を含む。いくつかの態様では、乾燥組成物は、５％（ｗ／ｗ）未満の充填剤を含む。いくつかの態様では、充填剤は、非晶質糖の二糖類形態である。いくつかの態様では、充填剤は、マンニトール、トレハローススクロース、ラクトース、ソルビトール、ラフィノース、およびグルコースのうちの１つ以上である。いくつかの態様では、乾燥組成物は、少なくとも１つのポリメラーゼ酵素をさらに含む。
本明細書に記載される少なくとも２つの増幅オリゴマーのいずれかを含むキットが、本明細書にさらに開示される。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、キット内の第１の容器内にあり、第２の増幅オリゴマーは、キット内の第２の容器内にある。一態様では、キットは、検出プローブオリゴマーをさらに含む。一態様では、検出プローブオリゴマーは、本明細書に記載される任意の検出プローブオリゴマーである。
緩衝水溶液と、Ｚｉｋａウイルス核酸の検出のための検出プローブオリゴマーとを含む、検出反応混合物が本明細書にさらに開示され、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的でない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識、を含み、Ｚｉｋａウイルス標的核酸配列は、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１８７、配列番号１８８、および配列番号１８９からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、および配列番号１９８からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５４～６３および６６～７３からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではなく、前記標的ハイブリダイズ配列の３’末端または５’末端のうちの１つに結合している３～７個の連続した核酸塩基を含む。いくつかの態様では、標的核酸に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基は、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である検出可能な標識を含む。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含まない。
Ｚｉｋａウイルス核酸の検出のための検出プローブオリゴマーを含む乾燥組成物が本明細書にさらに開示され、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的でない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識、を含み、Ｚｉｋａウイルス標的核酸配列は、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１８７、配列番号１８８、および配列番号１８９からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、および配列番号１９８からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５４～６３および６６～７３からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではなく、前記標的ハイブリダイズ配列の３’末端または５’末端のうちの１つに結合している３～７個の連続した核酸塩基を含む。いくつかの態様では、標的核酸に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基は、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である検出可能な標識を含む。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含まない。いくつかの態様では、乾燥組成物は、充填剤を含む。いくつかの態様では、乾燥組成物は、５％（ｗ／ｗ）未満の充填剤を含む。いくつかの態様では、充填剤は、非晶質糖の二糖類形態である。いくつかの態様では、充填剤は、マンニトール、トレハローススクロース、ラクトース、ソルビトール、ラフィノース、およびグルコースのうちの１つ以上である。いくつかの態様では、乾燥組成物は、少なくとも１つのポリメラーゼ酵素をさらに含む。いくつかの態様では、乾燥組成物は、本明細書に記載される少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせのうちの１つ以上をさらに含む。
本明細書にさらに開示されるのは、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するための方法が本明細書にさらに開示され、方法は、（Ａ）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、（Ｃ）増幅産物の有無を検出し、それにより、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイジング配列は、配列番号２４内に含まれ、配列番号２５を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ領域は、配列番号１５０内に含まれる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ領域は、１９個の連続した核酸塩基の長さであるか、または２０個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１３、配列番号１１９、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３０、および配列番号１３１からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、および配列番号１３４からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、Ｔ７プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７４～８９、配列番号１０７、および配列番号１０８からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下からなる群から選択される核酸配列を含む。（ｉ）配列番号１６および配列番号７８、（ｉｉ）配列番号１６および配列番号８０、（ｉｉｉ）配列番号１６および配列番号７５、（ｉｖ）配列番号１６および配列番号８９、（ｖ）配列番号１６および配列番号７４、（ｖｉ）配列番号１１および配列番号７８、（ｖｉｉ）配列番号１１および配列番号８０、（ｖｉｉｉ）配列番号１１および配列番号７５、（ｉｘ）配列番号１１および配列番号８９、（ｘ）配列番号１１および配列番号７４、（ｘｉ）配列番号１２および配列番号７９、（ｘｉｉ）配列番号１２および配列番号８７、（ｘｉｉｉ）配列番号１２および配列番号８９、（ｘｉｖ）配列番号１２および配列番号７４、（ｘｖ）配列番号１７および配列番号７９、（ｘｖｉ）配列番号１７および配列番号８７、（ｘｖｉｉ）配列番号１７および配列番号８９、（ｘｖｉｉｉ）配列番号１７および配列番号７４、（ｘｉｘ）配列番号５３および配列番号７８、（ｘｘ）配列番号５３および配列番号８０、（ｘｘｉ）配列番号５３および配列番号７５、（ｘｘｉｉ）配列番号５３および配列番号８９、（ｘｘｉｉｉ）配列番号５３および配列番号７４、（ｘｘｉｖ）配列番号１８および配列番号７８、（ｘｘｖ）配列番号１８および配列番号８０、（ｘｘｖｉ）配列番号１８および配列番号７５、（ｘｘｖｉｉ）配列番号１８および配列番号８９、ならびに（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１８および配列番号７４。一態様では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーを含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。一態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーと第３の増幅オリゴマーとの組み合わせは、（ｉ）配列番号１６からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１１、１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｉ）配列番号１１からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｉｉ）配列番号１２からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｖ）配列番号１７からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１８および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、または（ｖ）配列番号１８からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号５３からなる核酸配列を含む第３の増幅オリゴマーである。いくつかの態様では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせは、Ｚｉｋａ核酸の標的配列を増幅するための第４の増幅オリゴマーを含み、第４の増幅オリゴマーは、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、および配列番号１３４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、プロモーター配列に結合され、Ｔ７プロモーター配列であり、好ましくは、プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第４の増幅オリゴマーは、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８７、および配列番号８９からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、検出ステップは、インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的ではない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５６、配列番号５７、および配列番号６６～７３からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その３’末端または５’末端のいずれかにおいて、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基を含む。いくつかの態様では、標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基は、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含まない。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、（ｉ）配列番号１６および配列番号７８、（ｉｉ）配列番号１６および配列番号８０、（ｉｉｉ）配列番号１６および配列番号７５、（ｉｖ）配列番号１６および配列番号８９、（ｖ）配列番号１６および配列番号７４、（ｖｉ）配列番号１１および配列番号７８、（ｖｉｉ）配列番号１１および配列番号８０、（ｖｉｉｉ）配列番号１１および配列番号７５、（ｉｘ）配列番号１１および配列番号８９、（ｘ）配列番号１１および配列番号７４、（ｘｉ）配列番号１２および配列番号７９、（ｘｉｉ）配列番号１２および配列番号８７、（ｘｉｉｉ）配列番号１２および配列番号８９、（ｘｉｖ）配列番号１２および配列番号７４、（ｘｖ）配列番号１７および配列番号７９、（ｘｖｉ）配列番号１７および配列番号８７、（ｘｖｉｉ）配列番号１７および配列番号８９、（ｘｖｉｉｉ）配列番号１７および配列番号７４、（ｘｉｘ）配列番号５３および配列番号７８、（ｘｘ）配列番号５３および配列番号８０、（ｘｘｉ）配列番号５３および配列番号７５、（ｘｘｉｉ）配列番号５３および配列番号８９、（ｘｘｉｉｉ）配列番号５３および配列番号７４、（ｘｘｉｖ）配列番号１８および配列番号７８、（ｘｘｖ）配列番号１８および配列番号８０、（ｘｘｖｉ）配列番号１８および配列番号７５、（ｘｘｖｉｉ）配列番号１８および配列番号８９、ならびに（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１８および配列番号７４からなる群から選択され、検出プローブオリゴマーは、配列番号６９からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、検出可能な標識は、アクリジニウムエステル標識からなる。いくつかの態様では、組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーを含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、



および配列番号５３からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーと第３の増幅オリゴマーとの組み合わせは、（ｉ）配列番号１６からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１１、１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｉ）配列番号１１からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｉｉ）配列番号１２からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、（ｉｖ）配列番号１７からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号１８および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー、または（ｖ）配列番号１８からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー、配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー、ならびに配列番号５３からなる核酸配列を含む第３の増幅オリゴマーである。いくつかの態様では、組み合わせは、Ｚｉｋａ核酸の標的配列を増幅するための第４の増幅オリゴマーを含み、第４の増幅オリゴマーは、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、および配列番号１３４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第４の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、プロモーター配列に結合され、Ｔ７プロモーター配列であり、好ましくは、プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第４の増幅オリゴマーは、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８７、および配列番号８９からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）は、検出ステップ（ｃ）と共に実施される。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）の前に、方法は、試料の１つ以上の成分からＺｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む。いくつかの態様では、精製ステップは、試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される。いくつかの態様では、部分は、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、固定化プローブは、配列番号１８０からなる核酸配列を含む。いくつかの態様では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、等温増幅反応である。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、ＴＭＡ反応である。
本明細書にさらに開示されるのは、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するための方法が本明細書にさらに開示され、方法は、（Ａ）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、（Ｃ）増幅産物の有無を検出し、それにより、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号４内に含まれる。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号２を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、および配列番号３５からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５２内に含まれる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４８を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４９を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、Ｔ７プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下からなる群から選択される核酸配列を含む。（ｉ）配列番号３０および配列番号９２、（ｉｉ）配列番号３０および配列番号９４、（ｉｉｉ）配列番号３０および配列番号９５（ｉｖ）配列番号３５および配列番号９２、（ｖ）配列番号３５および配列番号９４、ならびに（ｖｉ）配列番号３５および配列番号９５。いくつかの態様では、組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、プロモーター配列に結合され、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合され、好ましくは、プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第３の増幅オリゴマーは、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、検出ステップは、インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的ではない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５４、配列番号５５、および配列番号５８からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その３’末端または５’末端のいずれかにおいて、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基を含む。いくつかの態様では、標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基は、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、配列番号５４、配列番号５５、および配列番号５８からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、（ｉ）配列番号３０および配列番号９２、（ｉｉ）配列番号３０および配列番号９４、（ｉｉｉ）配列番号３０および配列番号９５（ｉｖ）配列番号３５および配列番号９２、（ｖ）配列番号３５および配列番号９４、ならびに（ｖｉ）配列番号３５および配列番号９５からなる群から選択され、検出プローブオリゴマーは、配列番号５８からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、検出可能な標識は、アクリジニウムエステル標識からなる。いくつかの態様では、組み合わせは、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、プロモーター配列に結合され、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列と第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、異なる配列である。いくつかの態様では、第３の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合され、好ましくは、プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第３の増幅オリゴマーは、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）は、検出ステップ（ｃ）と共に実施される。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）の前に、方法は、試料の１つ以上の成分からＺｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む。いくつかの態様では、精製ステップは、試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される。いくつかの態様では、部分は、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、固定化プローブは、配列番号１８０からなる核酸配列を含む。いくつかの態様では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、等温増幅反応である。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、ＴＭＡ反応である。
本明細書にさらに開示されるのは、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するための方法が本明細書にさらに開示され、方法は、（Ａ）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、（Ｃ）増幅産物の有無を検出し、それにより、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６内に含まれる。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号３６～４８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、および配列番号１４７からなる群から選択される。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている。いくつかの態様では、Ｔ７プロモーター配列は、配列番号１７９からなる。いくつかの態様では、第２の増幅オリゴマーは、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０９、および配列番号１１０からなる群から選択される配列を含む。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下からなる群から選択される核酸配列を含む。（ｉ）配列番号３６および配列番号１０３、（ｉｉ）配列番号３６および配列番号１０４、（ｉｉｉ）配列番号３６および配列番号１０５、（ｉｖ）配列番号３７および配列番号１０２、（ｖ）配列番号３７および配列番号１０３、（ｖｉ）配列番号３７および配列番号１０５、（ｖｉｉ）配列番号３８および配列番号１０５、（ｖｉｉｉ）配列番号３９および配列番号１０４、（ｉｘ）配列番号３９および配列番号１０５、（ｘ）配列番号３９および配列番号１０６、（ｘｉ）配列番号４１および配列番号１０４、（ｘｉｉ）配列番号４１および配列番号１０６、（ｘｉｉｉ）配列番号４３および配列番号１０６、（ｘｉｖ）配列番号４５および配列番号１０３、（ｘｖ）配列番号４５および配列番号１０５、（ｘｖｉ）配列番号４５および配列番号１０６、（ｘｖｉｉ）配列番号４６および配列番号１０６、（ｘｖｉｉｉ）配列番号４７および配列番号１０４、ならびに（ｘｉｘ）配列番号４７および配列番号１０６。いくつかの態様では、検出ステップは、インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的ではない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５６、配列番号５７、および配列番号６６～７３からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、その３’末端または５’末端のいずれかにおいて、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基を含む。いくつかの態様では、標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基は、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に相補的ではない１つ以上の核酸塩基を含まない。いくつかの態様では、第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの組み合わせは、以下、（ｉ）配列番号３６および配列番号１０３、（ｉｉ）配列番号３６および配列番号１０４、（ｉｉｉ）配列番号３６および配列番号１０５、（ｉｖ）配列番号３７および配列番号１０２、（ｖ）配列番号３７および配列番号１０３、（ｖｉ）配列番号３７および配列番号１０５、（ｖｉｉ）配列番号３８および配列番号１０５、（ｖｉｉｉ）配列番号３９および配列番号１０４、（ｉｘ）配列番号３９および配列番号１０５、（ｘ）配列番号３９および配列番号１０６、（ｘｉ）配列番号４１および配列番号１０４、（ｘｉｉ）配列番号４１および配列番号１０６、（ｘｉｉｉ）配列番号４３および配列番号１０６、（ｘｉｖ）配列番号４５および配列番号１０３、（ｘｖ）配列番号４５および配列番号１０５、（ｘｖｉ）配列番号４５および配列番号１０６、（ｘｖｉｉ）配列番号４６および配列番号１０６、（ｘｖｉｉｉ）配列番号４７および配列番号１０４、ならびに（ｘｉｘ）配列番号４７および配列番号１０６からなる群から選択され、検出プローブオリゴマーは、配列番号６１からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、検出可能な標識は、アクリジニウムエステル標識からなる。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）は、検出ステップ（ｃ）と共に実施される。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）の前に、方法は、試料の１つ以上の成分からＺｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む。いくつかの態様では、精製ステップは、試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される。いくつかの態様では、部分は、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、固定化プローブは、配列番号１８０からなる核酸配列を含む。いくつかの態様では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、等温増幅反応である。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、ＴＭＡ反応である。
試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するための多重方法が、本明細書にさらに開示され、方法は、（Ａ）試料を、各々がＺｉｋａウイルス標的核酸の別個の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせと接触させるステップであって、（１）（ｉｉ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、（２）（ｉｉ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、（３）（ｉｉ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）試料中のＺｉｋａウイルス標的核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、ならびに（４）（ｉｉ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされ、かつ（ｉｉｉ）試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、オリゴマーの組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも２つの増幅オリゴマー、からなる群から選択される少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせを含む、ステップと、（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、（Ａ）（１）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）の少なくとも２つの増幅オリゴマーが、試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成するか、または（Ａ）（２）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）の少なくとも２つの増幅オリゴマーが、試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成するか、または（Ａ）（３）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）の少なくとも２つの増幅オリゴマーが、試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成するか、または（Ａ）（４）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）および／もしくは（ｉｉｉ）の少なくとも２つの増幅オリゴマーが、試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成する、ステップと、（Ｃ）増幅産物（複数可）の有無を検出し、それにより、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む。いくつかの態様では、検出ステップは、インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、検出プローブオリゴマーは、（ｉ）Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的でない１個以上の核酸塩基、ならびに（ｉｉ）検出可能な標識、を含み、Ｚｉｋａウイルス標的核酸配列は、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１８７、配列番号１８８、および配列番号１８９からなる群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、および配列番号１９８からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーの標的ハイブリダイズ配列は、配列番号５４～６３および６６～７３からなる群から選択される。いくつかの態様では、増幅オリゴマーと検出プローブオリゴマーとの組み合わせは、（Ａ）（１）（ｉ）、（Ａ）（２）（ｉ）、もしくは（Ａ）（４）（ｉ）に対して、検出プローブオリゴマーが、配列番号５６、５７、および６４～７３からなる群から選択される核酸配列を含むか、（Ａ）（１）（ｉｉ）、（Ａ）（３）（ｉ）、もしくは（Ａ）（４）（ｉｉ）に対して、検出プローブオリゴマーが、配列番号５４、５５、および５８からなる群から選択される核酸配列を含むか、または（Ａ）（２）（ｉｉ）ｍ（Ａ）（３）（ｉｉ）、もしくは（Ａ）（４）（ｉｉｉ）に対して、検出プローブオリゴマーが、配列番号５９～６３から群から選択される。いくつかの態様では、検出プローブオリゴマーは、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、化学発光標識である。いくつかの態様では、検出可能な標識は、アクリジニウムエステルである。いくつかの態様では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、検出プローブオリゴマーは、消光化合物をさらに含む。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）は、検出ステップ（ｃ）と共に実施される。いくつかの態様では、増幅ステップ（ｂ）の前に、方法は、試料の１つ以上の成分からＺｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む。いくつかの態様では、精製ステップは、試料を、



固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される。いくつかの態様では、部分は、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含むか、固定化プローブが、配列番号１８０からなる核酸配列を含むか、またはその両方である。いくつかの態様では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、等温増幅反応である。いくつかの態様では、インビトロ増幅反応は、ＴＭＡ反応である。これらおよび他の態様は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照すると明らかになるであろう。
定義
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、記載される方法および組成物に関連する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で使用される場合、以下の用語および語句は、特に明記しない限り、それらに帰する意味を有する。
「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」という用語は、文脈上明確に別段の指示がない限り、複数の指示対象を含む。例えば、本明細書で使用される場合、「核酸」は、１つ以上の核酸を表すと理解される。したがって、「ａ」（または「ａｎ」）、「１つ以上の」、および「少なくとも１つの」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
「試料」は、核酸または核酸のフラグメントなど、Ｚｉｋａウイルスまたはその成分を含み得る任意の検体を含む。誤解を避けるために、Ｚｉｋａウイルス核酸を含む合成インビトロ転写物を含む培地が、試料とみなされる。試料には、Ｚｉｋａウイルスまたはそれ由来の標的核酸を含み得る、生存しているまたは死亡したヒト由来の任意の物質を含む「生物学的試料」が含まれる。生物学的試料としては、全血、赤血球、末梢血、血漿、血清、リンパ節、胃腸組織（例えば、肝臓）、膣スワブを使用して採取した物質、子宮頸部ブラシを使用して採取した物質、気管支鏡検査を介して採取した物質、気管支肺胞洗浄液を介して採取した物質、組織、喀痰、唾液、または他の体液もしくは物質が挙げられる。また、試料は、試料を、濾過デバイスの上もしくは中を通過させることからか、または標的捕捉反応において対象の核酸を捕捉することからか、または遠心分離後に、または培地、マトリクス、もしくは支持体への付着によって得られるものなど、処理または精製された試料を含み得る。
「核酸」は、ホスホジエステル結合または他の結合によって一緒に結合されてポリヌクレオチドを形成する、２つ以上の共有結合したヌクレオシドおよび／またはヌクレオシド類似体および／または塩基類似体を含む、多量体化合物を指す。核酸の糖部分は、リボースおよび／またはデオキシリボースであってもよい。糖部分は、例えば、２’－メトキシ置換および２’－ハロゲン化物置換（例えば、２’－Ｆ）などの置換を含んでもよい。インビトロで核酸を作製するための合成方法は、当該技術分野において周知であるが、核酸は、日常的な技術を使用して天然源から精製されてもよい。
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、核酸鎖を意味する。本出願全体を通じて、核酸は、５’末端から３’末端に指定される。合成核酸、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡキメラ（非天然ヌクレオチドまたは類似体がその中に含まれる場合を含む）は、典型的には、「３’から５’に」、すなわち、成長核酸の５’末端へのヌクレオチド付加によって合成される。
本明細書で使用される場合、「標的核酸」は、増幅される標的配列を含む核酸である。標的核酸は、本明細書に記載されるＤＮＡまたはＲＮＡであってもよく、一本鎖または二本鎖のいずれかであってもよい。標的核酸は、試料から直接得られた核酸、合成核酸構築物、および核酸増幅産物のいずれかであってもよい。標的核酸は、増幅されない可能性がある標的配列以外の他の配列を含んでもよい。例えば、標的核酸は、全ゲノム、遺伝子、ゲノム内の領域、発現産物、キメラ核酸、増幅産物、または標的配列であってもよい。
本明細書で使用される場合、「標的配列」という用語は、増幅および／または検出されるべき標的核酸の特定のヌクレオチド配列を指す。「標的配列」は、増幅プロセス中にオリゴヌクレオチド（例えば、プライミングオリゴヌクレオチドおよび／またはプロモーターオリゴヌクレオチド）が複合体形成する、複合体形成配列を含む。標的核酸が元々一本鎖である場合、「標的配列」という用語はまた、標的核酸中に存在する「標的配列」に相補的な配列を指す。標的核酸が元々二本鎖である場合、「標的配列」という用語は、センス鎖（＋）およびアンチセンス（－）鎖の両方を指す。ある特定の配列番号（例えば、配列番号１８７、１８８、または１８９）から本質的になる標的配列は、標的配列が、参照される配列の一方または両方の末端上に０～２０個少ないヌクレオチドを有し得ることを意味する。好ましくは、配列番号１８９から本質的になる標的配列は、配列番号１８９と比較して、５’末端に０～３個少ないヌクレオチドを有し、３’末端に０～８個少ないヌクレオチドを有する。好ましくは、配列番号１８７から本質的になる標的配列は、配列番号１８７と比較して５’末端に０～６個少ないヌクレオチドを有する。好ましくは、配列番号１８８から本質的になる標的配列は、配列番号１８８と比較して３’末端に０～４個少ないヌクレオチドを有する。
「標的ハイブリダイズ配列」は、標的核酸配列とハイブリダイズするように構成されたオリゴマー部分を指すために本明細書において使用される。好ましくは、標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸配列と特異的にハイブリダイズするように構成されている。標的ハイブリダイズ配列は、それらがハイブリダイズするように構成された標的配列の部分に１００％相補的であってもよいが、必ずしもそうではない。標的ハイブリダイズ配列はまた、標的配列に対して挿入、欠失、および／または置換されたヌクレオチド残基を含んでもよい。標的配列に対する標的ハイブリダイズ配列の１００％未満の相補性は、例えば、様々な遺伝子型のＺｉｋａウイルス種単離体にハイブリダイズするように構成されたオリゴマーの場合のように、標的核酸が種内の複数の株である場合に起こり得る。標的核酸に対して１００％未満の相補性を有するよう標的ハイブリダイズ配列を構成するための他の理由が存在することが理解される。
Ｚｉｋａウイルス核酸の領域に関して本明細書で使用される場合、「配列を標的とする」という用語は、オリゴヌクレオチドが本明細書に記載される標的捕捉、増幅、および／または検出を可能にする方法で、標的配列にハイブリダイズするプロセスを指す。１つの好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化されたＺｉｋａウイルス核酸配列と相補的であり、ミスマッチを含まない。別の好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは相補的であるが、標的化されたＺｉｋａウイルス核酸配列と１、２、３、４、または５個のミスマッチを含む。好ましくは、Ｚｉｋａウイルス核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、標的配列に相補的な少なくとも１０個～５０個ものヌクレオチドを含む。少なくとも１０個および５０個ものは、１０、５０、およびそれらの間の各整数が含まれるような包括的範囲であることが理解される。好ましくは、オリゴマーは、標的配列に特異的にハイブリダイズする。
「～するように構成される」という用語は、参照されるオリゴヌクレオチド標的ハイブリダイズ配列のポリヌクレオチド配列構成の実際の配置を示す。例えば、標的配列から特定のアンプリコンを生成するように構成された増幅オリゴマーは、標的配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を有し、アンプリコンを生成するために増幅反応で使用され得る。また、一例として、標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成されたオリゴヌクレオチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で参照された配列に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を有する。
本明細書で使用される場合、「特異的にハイブリダイズするように構成される」という用語は、増幅オリゴヌクレオチド、検出プローブ、または他のオリゴヌクレオチドの標的ハイブリダイズする配列が、参照されるＺｉｋａウイルス標的核酸の配列を標的とすることができるポリヌクレオチド配列を有するように設計されていることを意味する。そのようなオリゴヌクレオチドは、その配列のみを標的とすることに限定されず、むしろ、Ｚｉｋａウイルス標的核酸を標的とするためのキットまたは方法における組成物として有用である。オリゴヌクレオチドは、試料からのＺｉｋａウイルスの増幅および検出のためのアッセイの成分として機能するように設計されており、したがって、試験試料に一般的に見られる他の核酸の存在下でＺｉｋａウイルスを標的とするように設計されている。「特異的にハイブリダイズする」とは、当該技術分野において理解されるように、非標的核酸へのある程度の小さいレベルのハイブリダイゼーションが起こり得るため、排他的にハイブリダイズすることを意味しない。むしろ、「特異的にハイブリダイズする」とは、試料中の標的核酸の正確な検出が決定され得るように、オリゴヌクレオチドが標的を主にハイブリダイズするようにアッセイにおいて機能するように構成されていることを意味する。
「オリゴマー」、「オリゴ」、および「オリゴヌクレオチド」という互換可能な用語は、一般に１，０００ヌクレオチド（ｎｔ）未満の残基を有する核酸を指し、約５ｎｔ残基の下限および約９００ｎｔ残基の上限（その中の全ての整数を含む）を有する範囲内のポリマーを含む。オリゴヌクレオチドは、自然発生源から精製されてもよく、または様々な周知の酵素的または化学的方法のいずれかを使用して合成されてもよい。オリゴヌクレオチドという用語は、試薬に対するいかなる特定の機能も示さず、むしろ、本明細書に記載される全てのそのような試薬を網羅するために一般的に使用される。オリゴヌクレオチドは、様々な異なる機能を果たし得る。例えば、オリゴヌクレオチドは、相補鎖に特異的であり、相補鎖にハイブリダイズすることができ、核酸ポリメラーゼの存在下でさらに伸長され得る場合、プライマーとして機能することができ、ＲＮＡポリメラーゼによって認識される配列を含有し、転写（例えば、Ｔ７プライマー）を可能にする場合、プライマーとして機能し、プロモーターを提供することができ、標的核酸またはそのアンプリコンにハイブリダイズすることが可能であり、検出可能部分（例えば、アクリジニウム－エステル化合物）をさらに提供する場合、標的核酸を検出するように機能することができる。
本明細書で使用される場合、特定の参照核酸配列に「実質的に対応する」オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドが参照核酸配列と十分に類似し、これにより、オリゴヌクレオチドが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で同じ標的核酸配列とハイブリダイズするという点で、参照核酸配列と同様のハイブリダイゼーション特性を有することを意味する。当業者は、「実質的に対応するオリゴヌクレオチド」が参照配列と異なり得るが、それでもなお同じ参照配列（例えば、標的核酸配列にハイブリダイズするプライマー配列）にハイブリダイズすることができることを理解するであろう。また、第２の核酸に対応する第１の核酸は、文脈上他の明確な指示がない限り、そのＲＮＡまたはＤＮＡ等価物ならびにそのＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含み、その相補物を含むことが理解される。核酸からのこの変化は、配列内の同一の塩基の百分率またはプローブもしくはプライマーとその標的配列との間の完全に相補的な塩基の百分率で記述され得る。したがって、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基同一性または相補性のこれらの百分率が１００％～約８０％である場合、参照核酸配列に「実質的に対応する」。好ましい実施形態では、百分率は１００％～約８５％であり、その中の全ての整数および端数を含む。同様に、核酸または増幅された核酸の領域は、参照核酸配列に対応するものとして本明細書で見なされる。当業者は、許容できないレベルの非特異的ハイブリダイゼーションを引き起こすことなく、特異的標的配列へのハイブリダイゼーションを可能にするために、様々な百分率の相補性で必要とされ得るハイブリダイゼーション条件への様々な修正を理解するであろう。
本明細書で使用される場合、ＤＮＡ配列に関連する「またはその相補物、またはＲＮＡ等価物、またはそのＤＮＡ／ＲＮＡキメラ」という語句は、（参照されるＤＮＡ配列に加えて）ＤＮＡ配列の相補体、参照されるＤＮＡ配列のＲＮＡ等価物、参照されるＤＮＡ配列の相補体のＲＮＡ等価物、参照されるＤＮＡ配列のＤＮＡ／ＲＮＡキメラ、および参照されるＤＮＡ配列の相補体のＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む。同様に、ＲＮＡ配列に関連する「またはその相補物、ＤＮＡ等価物、またはそのＤＮＡ／ＲＮＡキメラ」という語句は、（参照されるＲＮＡ配列に加えて）ＲＮＡ配列の相補体、参照されるＲＮＡ配列のＤＮＡ等価物、参照されるＲＮＡ配列の相補体のＤＮＡ等価物、参照されるＲＮＡ配列のＤＮＡ／ＲＮＡキメラ、および参照されるＲＮＡ配列の相補体のＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む。
本明細書で使用される場合、「ブロッキング部分」は、核酸ポリメラーゼによって効率的に伸長することができないように、オリゴヌクレオチドまたは他の核酸の３’末端を「ブロックする」ために使用される物質である。核酸ポリメラーゼによる伸長を目的としないオリゴマーは、増幅反応におけるオリゴマーの酵素媒介伸長を防止するために３’ＯＨを置き換えるブロッカー基を含んでもよい。例えば、増幅中に存在するブロックされた増幅オリゴマーおよび／または検出プローブは、機能的３’ＯＨを有さなくてもよく、代わりに３’末端またはその付近に位置する１個以上のブロッキング基を含んでもよい。いくつかの実施形態では、３’末端付近のブロック基は、３’末端の５個の残基内にあってもよく、ポリメラーゼのオリゴマーへの結合を制限するのに十分に大きい。他の実施形態では、ブロッキング基は、３’末端に共有結合している。多くの異なる化学基、例えば、アルキル基、非ヌクレオチドリンカー、アルカン－ジオールジデオキシヌクレオチド残基、およびコルジセピンが、３’末端をブロックするために使用され得る。
「増幅オリゴマー」は、少なくともその３’末端が標的核酸に相補的であり、標的核酸またはその相補体にハイブリダイズし、核酸増幅反応に関与するオリゴマーである。核酸増幅反応は、増幅オリゴマーの３’末端の伸長を介することができる。増幅はまた、増幅オリゴマーに結合されたプロモーター配列を介することもできる。増幅オリゴマーの例としては、プライマーおよびプロモーターベースの増幅オリゴマーが挙げられるが、これらに限定されない。プロモーターベースの増幅オリゴマーは、プロモータープライマー、プロモータープロバイダー、Ｔ７増幅オリゴマー、Ｔ７プロバイダー、およびＴ７プライマーと称される。
本明細書で使用される場合、「プライマー」は、標的核酸にハイブリダイズし、増幅プロセスにおいてポリメラーゼによって伸長される３’ＯＨ末端を含む増幅オリゴマーである。
本明細書で使用される場合、「プロモータープライマー」、「プロモータープロバイダー」、「Ｔ７増幅オリゴマー」、「Ｔ７プロバイダー」、および「Ｔ７プライマー」とも称される「プロモーターベースの増幅オリゴマー」は、少なくとも第１の領域と第２の領域とを含むオリゴヌクレオチドを指す。プロモーターベースの増幅オリゴヌクレオチドの「第１の領域」は、標的配列（例えば、標的ハイブリダイズ配列）にハイブリダイズする塩基配列を含み、第１の領域は、３’に位置するが、プロモーター配列である第２の領域に必ずしも隣接していない。場合によっては、第１の領域の３’末端は、ポリメラーゼによって伸長されず、プロモーターベースの増幅オリゴマーは、プロモーター配列による増幅に関与するか、またはそれを促進する。場合によっては、増幅オリゴマーの３’末端における標的ハイブリダイズ配列と増幅オリゴマーの５’末端におけるプロモーター配列との間に介在配列（複数可）が存在する。介在配列の一例は、増幅産物中の付加された配列として有用であるタグ配列である。
本明細書で使用される場合、「プロモーター」は、核酸に結合し、特異的部位でＲＮＡの転写を開始するシグナルとして、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（「転写酵素」）によって認識される特異的核酸配列である。
「増幅」とは、標的核酸配列、またはその相補体、またはそのフラグメントの複数のコピーを得るための任意の既知の手順を指す。複数のコピーは、アンプリコンまたは増幅産物と称され得る。既知の増幅方法としては、例えば、レプリカーゼ媒介増幅（例えば、米国特許第４，７８６，６００号を参照されたい）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ、例えば、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第４，８００，１５９号を参照されたい）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ、例えば、米国特許第５，４２７，９３０号および同第５，５１６，６６３号を参照されたい）、鎖置換増幅（ＳＤＡ、例えば、米国特許第５，４２２，２５２号、同第５，５４７，８６１号、および同第５，６４８，２１１号を参照されたい）、ならびに転写媒介または転写関連増幅が挙げられる。
「転写関連増幅」または「転写媒介増幅」（ＴＭＡ）は、ＲＮＡポリメラーゼを使用して、核酸鋳型から複数のＲＮＡ転写物を産生する核酸増幅を指す。これらの方法は、一般に、ＲＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、リボヌクレオシド三リン酸、およびプロモーター配列を含む鋳型相補オリゴヌクレオチドを用い、任意に１つ以上の他のオリゴヌクレオチドを含んでもよい。ＴＭＡ法および単一プライマー転写関連増幅方法は、本明細書に記載されるＺｉｋａウイルス標的配列の検出のために使用される増幅方法の実施形態である。転写関連増幅の変形形態は、以前に詳細に開示されているように（例えば、米国特許第４，８６８，１０５号、同第５，１２４，２４６号、同第５，１３０，２３８号、同第５，３９９，４９１号、同第５，４３７，９９０号、同第５，５５４，５１６号、および同第７，３７４，８８５号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ ８８／０１３０２号、同第ＷＯ ８８／１０３１５号、および同第ＷＯ
９５／０３４３０号を参照されたい）、当該技術分野において周知である。当業者は、開示された組成物が、ポリメラーゼによるオリゴマー配列の伸長に基づく増幅方法で使用され得ることを理解するであろう。
本明細書で使用される場合、「リアルタイムＴＭＡ」という用語は、リアルタイム検出手段によって監視される標的核酸の単一プライマー転写媒介増幅（「ＴＭＡ」）を指す。
本明細書で使用される場合、「アンプリコン」または「増幅産物」という用語は、標的配列内に含まれる配列に相補性または相同である増幅手順の間に生成される核酸分子を指す。アンプリコンの相補的配列または相同配列は、「標的特異的配列」と本明細書において称されることがある。本明細書に記載される増幅オリゴマーを使用して生成されたアンプリコンは、増幅オリゴマー上のタグ配列によって付加されたものなどの非標的特異的配列、および／または増幅オリゴマー中もしくはｄＮＴＰ混合物中に含まれる修飾ヌクレオチドを含んでもよい。アンプリコンは、二本鎖または一本鎖であり得、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその両方を含むことができる。例えば、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼは、転写媒介増幅手順中に二本鎖ＤＮＡから一本鎖アンプリコンを転写する。これらの一本鎖アンプリコンは、ＲＮＡアンプリコンであり、増幅オリゴマーがどのように構成されるかに応じて、二本鎖複合体のいずれかの鎖であり得る。したがって、アンプリコンは、一本鎖ＲＮＡであり得る。ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、ＲＮＡ鋳型に相補的であるＤＮＡ鎖を合成する。したがって、アンプリコンは、二本鎖ＤＮＡおよびＲＮＡハイブリッドであり得る。ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、しばしばＲＮａｓｅ活性を含むか、またはＲＮＡ鎖を分解するＲＮａｓｅと併せて使用される。したがって、アンプリコンは、一本鎖ＤＮＡであり得る。ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよびＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、ＤＮＡ鋳型から相補的なＤＮＡ鎖を合成する。したがって、アンプリコンは、二本鎖ＤＮＡであり得る。ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼは、ＲＮＡ鋳型からＲＮＡを合成する。したがって、アンプリコンは、二本鎖ＲＮＡであり得る。ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼは、転写とも称される二本鎖ＤＮＡ鋳型からＲＮＡを合成する。したがって、アンプリコンは、一本鎖ＲＮＡであり得る。アンプリコンおよびアンプリコンを生成するための方法は、当業者に既知である。本明細書の便宜上、ＲＮＡの一本鎖またはＤＮＡの一本鎖は、本明細書に記載される増幅オリゴマーの組み合わせによって生成されるアンプリコンを表す場合がある。そのような表現は、アンプリコンを示された表現に限定することを意味しない。本開示を有する当業者は、増幅オリゴマーおよびポリメラーゼ酵素を使用して、全て本開示の趣旨および範囲内にある多くのタイプのアンプリコンのうちのいずれかを生成するであろう。
本明細書で使用される場合、「非標的特異的配列」は、オリゴマー配列の一領域を指し、前述の領域は、標準的なハイブリダイゼーション条件下で標的配列と安定にハイブリダイズしない。非標的特異的配列を有するオリゴマーとしては、プロモータープライマー（例えば、増幅オリゴマーの５’プロモーター配列）、ならびに分子ビーコンおよびトーチ（例えば、ステムメンバーの一方または両方）が挙げられるが、これらに限定されない。
「検出プローブ」、「検出オリゴヌクレオチド」、および「検出プローブオリゴマー」は、標的配列または増幅された核酸の検出を可能にするために、ハイブリダイゼーションを促進する条件下で、核酸中または増幅された核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズする核酸オリゴマーを指すために互換的に使用される。検出は、直接的（例えば、その標的配列に直接ハイブリダイズされたプローブ）または間接的（例えば、中間分子構造を介してその標的に結合されたプローブ）のいずれかであってもよい。検出プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それらの類似体、またはそれらの組み合わせ（例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡキメラ）であってもよく、それらは、標識されていてもよく、または標識されていなくてもよい。検出プローブは、例えば、２’－Ｏ－メチル結合などの修飾をさらに含んでもよい。検出プローブは、標的特異的配列およびプローブの三次元構造に寄与する他の配列を含み得る（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、同第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号、ならびに米国特許出願公開第２００６／００６８４１７号を参照されたい）。
本明細書で使用される場合、「標識」は、検出される、または検出可能なシグナルをもたらすプローブに直接的または間接的に結合された部分または化合物を指す。直接標識は、標識をプローブに結合する結合または相互作用によって生じ得る。間接標識は、直接的または間接的に標識され、かつ検出可能なシグナルを増幅し得る架橋部分または「リンカー」、例えば、結合対メンバー、抗体または追加のオリゴマーを使用して生じ得る。標識としては、放射性核種、リガンド（例えば、ビオチン、アビジン）、酵素もしくは酵素基質、反応基、または発色団（例えば、検出可能な色を付与する色素、粒子、もしくはビーズ）、発光化合物（例えば、生物発光、リン光、または化学発光標識）、またはフルオロフォアが挙げられる。標識は、均一アッセイにおいて検出可能であり得る（例えば、米国特許第５，２８３，１７４号、同第５，６５６，２０７号、および同第５，６５８，７３７号を参照されたい）。標識としては、化学発光化合物、例えば、標準的アクリジニウムエステル（「ＡＥ」）および誘導体を含むＡＥ化合物が挙げられる（例えば、米国特許第５，６５６，２０７号、同第５，６５８，７３７号、および同第５，６３９，６０４号を参照されたい）。標識を核酸に結合させ、標識を検出する合成および方法は、周知である。（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｂｏｒ，ＮＹ，１９８９，Ｃｈａｐｔｅｒ １０を参照されたい。また、米国特許第５，６５８，７３７号、同第５，６５６，２０７号、同第５，５４７，８４２号、同第５，２８３，１７４号、および同第４，５８１，３３３号も参照されたい）。２つ以上の標識および２つ以上のタイプの標識が特定のプローブ上に存在してもよく、または検出は、各プローブが検出可能なシグナルを産生する化合物で標識されるプローブの混合物を使用してもよい（例えば、米国特許第６，１８０，３４０号および同第６，３５０，５７９号を参照されたい）。
「捕捉プローブ」、「捕捉オリゴヌクレオチド」、「標的捕捉オリゴヌクレオチド」、および「捕捉プローブオリゴマー」は、標準的な塩基対合によって標的核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズし、固定化プローブ上の結合パートナーに結合して、標的核酸を支持体に捕捉する核酸オリゴマーを指すために互換的に使用される。捕捉オリゴマーの一例は、通常、同じオリゴマー上で、標的配列結合領域（例えば、標的ハイブリダイズ配列）および固定化プローブ結合領域の２つの結合領域を含むが、２つの領域は、１つ以上のリンカーによって一緒に結合される２つの異なるオリゴマー上に存在し得る。捕捉オリゴマーの別の実施形態は、標的核酸に非特異的に結合し、それを支持体上の固定化プローブに結合するためのランダムもしくは非ランダムポリ－ＧＵ、ポリ－ＧＴ、またはポリＵ配列を含む標的配列結合領域を使用する。
本明細書で使用される場合、「固定化オリゴヌクレオチド」、「固定化プローブ」、または「固定化核酸」は、捕捉オリゴマーを固体支持体に直接的または間接的に結合する核酸結合パートナーを指す。固体支持体に結合された固定化プローブは、試料中の結合していない物質からの捕捉プローブ結合標的の分離を容易にする。固定化プローブ、固体支持体、および捕捉オリゴマーは、文献（例えば、米国特許第６，１１０，６７８号）に記載されている。
「相補的」とは、２つの一本鎖核酸の同様の領域のヌクレオチド配列、または同一の一本鎖核酸の２つの異なる領域が、一本鎖領域がストリンジェントなハイブリダイゼーションまたは増幅条件下で、安定した二本鎖水素結合領域内で一緒にハイブリダイズすることを可能にする、ヌクレオチド塩基組成物を有することを意味する。互いにハイブリダイズする配列は、標準的な核酸塩基対合（例えば、Ｇ：Ｃ、Ａ：Ｔ、またはＡ：Ｕ対合）によって、意図された標的配列に完全に相補的または部分的に相補的であり得る。「十分に相補的」とは、一連の相補的塩基の間の水素結合によって別の配列にハイブリダイズすることが可能である連続配列を意味し、それは、標準的な塩基対合によって配列中の各位置において相補的であってもよいか、または相補的ではない脱塩基残基を含む、１つ以上の残基を含んでもよい。十分に相補的な連続配列は、典型的には、オリゴマーが特異的にハイブリダイズするよう意図され、適切なハイブリダイゼーション条件下でその標的配列と安定にハイブリダイズする配列に少なくとも８０％（８０％からちょうど１００％未満の全ての整数および端数を含む）相補的である。（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９の§§１．９０－１．９１、７．３７－７．５７、９．４７－９．５１、および１１．４７－１１．５７、特に§§９．５０－９．５１、１１．１２－１１．１３、１１．４５－１１．４７、および１１．５５－１１．５７を参照されたい）。
「優先的にハイブリダイズする」または「特異的にハイブリダイズする」とは、ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、プローブがそれらの標的配列またはその複製にハイブリダイズして、安定したプローブ：標的ハイブリッドを形成すると同時に、安定したプローブ：非標的ハイブリッドの形成が最小限に抑えられることを意味する。したがって、プローブは、非標的配列よりも十分に大きい程度まで標的配列またはその複製にハイブリダイズして、当業者が、増幅中に形成された標的配列のＲＮＡ複製または相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を正確に検出または定量化することを可能にする。適切なハイブリダイゼーション条件は、当該技術分野において周知であり、配列組成に基づき予測され得るか、または日常的な試験法を使用することによって決定され得る（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９の§§１．９０－１．９１、７．３７－７．５７、９．４７－９．５１、および１１．４７－１１．５７、特に§§９．５０－９．５１、１１．１２－１１．１３、１１．４５－１１．４７、および１１．５５－１１．５７を参照されたい）。
「試料調製」は、試料中に存在するＺｉｋａウイルス核酸の後続の増幅および／または検出のために試料を処理する任意のステップまたは方法を指す。試料調製は、細胞内成分を実質的に水性相または有機相に放出するための細胞成分の物理的／機械的破壊および／または化学的溶解、ならびに濾過、遠心分離、または吸着の使用などによる残屑の除去を含み得る。試料調製は、標的核酸を選択的または非特異的に捕捉し、それを他の試料成分から分離する、標的捕捉オリゴヌクレオチドの使用を含み得る（例えば、米国特許第６，１１０，６７８号および国際特許出願公開第ＷＯ２００８／０１６９８８号に記載されるような）。試料調製は、複数の試料を単一のプールされたバッチにプールすることを含むことができる。好ましくは、プールするために、各試料のアリコートがより大きいバッチにプールされる。より好ましくは、プールするために、各試料のアリコートが最初に溶解され、次いでより大きいバッチにプールされる。プールされた試料のより大きいバッチは、複数の試料からのものであってもよく、複数は、２～約２００の個々の試料である。
「分離すること」または「精製すること」とは、試料の１つ以上の成分が他の試料成分から除去または分離されることを意味する。試料成分は、通常、細胞フラグメント、タンパク質、炭水化物、脂質、および他の核酸も含み得る、一般に水性の溶液相中の標的核酸を含む。「分離すること」または「精製すること」は、精製の程度を含意しない。典型的には、分離することまたは精製することは、他の試料成分から標的核酸の少なくとも７０％、または少なくとも８０％、または少なくとも９５％を除去する。
本明細書で使用される場合、「ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ」は、ＤＮＡ鋳型から相補的ＤＮＡコピーを合成する酵素である。全ての既知のＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、合成を開始するために相補的プライマーを必要とする。好適な条件下で、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、ＲＮＡ鋳型からの相補的ＤＮＡコピーを合成し得ることが既知である。ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、典型的には、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性も有する。
本明細書で使用される場合、「ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ」または「転写酵素」は、通常、二本鎖であるプロモーター配列を有する二本鎖または部分的二本鎖ＤＮＡ分子から、複数のＲＮＡコピーを合成する酵素である。ＲＮＡ分子（「転写物」）は、プロモーターのすぐ下流の特定の位置で始まる５’から３’の方向に合成される。
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ」または「逆転写酵素」（「ＲＴ」）は、ＲＮＡ鋳型から相補的ＤＮＡコピーを合成する酵素である。全ての既知の逆転写酵素はまた、ＤＮＡ鋳型から相補的ＤＮＡコピーを作製する能力を有し、したがって、それらは、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよびＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼの両方である。ＲＴはまた、ＲＮＡｓｅ Ｈ活性を有してもよい。ＲＮＡ鋳型およびＤＮＡ鋳型の両方で合成を開始するために、プライマーが必要である。
本明細書で使用される場合、「選択的ＲＮＡｓｅ」は、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ部分を分解するが、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、またはＤＮＡは分解しない酵素である。例示的な選択的ＲＮＡｓｅは、ＲＮａｓｅ Ｈである。ＲＮｓｅ Ｈと同一または同様の活性を有する酵素も使用され得る。選択的ＲＮＡｓｅは、エンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼであってもよい。ほとんどの逆転写酵素は、それらのポリメラーゼ活性に加えて、ＲＮＡｓｅ Ｈ活性を含む。
増幅および／または検出系の文脈における「特異性」という用語は、配列およびアッセイ条件に依存する、標的配列および非標的配列を区別するその能力を説明する系の特徴を指すために本明細書で使用される。核酸増幅に関して、特異性は、一般に、副生成物の数に対する生成された特異的アンプリコンの数の比（例えば、シグナル対ノイズ比）を指す。検出に関して、特異性は、一般に、非標的核酸から生成されたシグナルに対する標的核酸から生成されたシグナルの比を指す。
「感度」という用語は、核酸増幅反応が検出または定量化され得る精度を指すために本明細書で使用される。増幅反応の感度は、一般に、増幅系において確実に検出され得る標的核酸の最小コピー数の尺度であり、例えば、用いられている検出アッセイおよび増幅の特異性、例えば、副生成物に対する特異的アンプリコンの比に依存する。
本明細書で使用される場合、「相対発光量」（ＲＬＵ）という用語は、所与の波長または波長帯域において試料によって放出される光子の相対数を示す任意の測定単位である。ＲＬＵは、測定のために使用される検出手段の特性によって変化する。
「試料輸送溶液」は、一般に、ｐＨ６．７で１５ｍＭの一塩基性リン酸ナトリウム、１５ｍＭの二塩基性リン酸ナトリウム、１ｍＭのＥＤＴＡ、１ｍＭのＥＧＴＡ、および１１０ｍＭのラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）を含む溶液を指す。
「標的捕捉試薬」は、一般に、ｐＨ６．４で２５０ｍＭのＨＥＰＥＳ、３１０ｍＭの水酸化リチウム、１．８８Ｍの塩化リチウム、１００ｍＭのＥＤＴＡ、およびｄＴ１４オリゴマーが共有結合した２５０μｇ／ｍＬの磁性粒子（１ミクロンのＳＥＲＡ－ＭＡＧ＾ＴＭ ＭＧ－ＣＭ粒子、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ）を含む溶液を指す。
「洗浄溶液」とは、一般に、ｐＨ７．５で１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭの塩化ナトリウム、６．５ｍＭの水酸化ナトリウム、１ｍＭのＥＤＴＡ、０．３％（ｖ／ｖ）エタノール、０．０２％（ｗ／ｖ）メチルパラベン、０．０１％（ｗ／ｖ）プロピルパラベン、および０．１％（ｗ／ｖ）ラウリル硫酸ナトリウムを含む溶液を指す。
「プローブ試薬」とは、一般に、ｐＨ４．７で１００ｍＭのコハク酸リチウム、２％（ｗ／ｖ）ＬＬＳ、１５ｍＭのメルカプトエタンスルホネート、１．２Ｍの塩化リチウム、２０ｍＭのＥＤＴＡ、および３％（ｖ／ｖ）エタノールで構成された溶液中の１つ以上の標識検出プローブを含む溶液を指す。
「増幅試薬」は、一般に、他の反応成分と混合されて、ｐＨ７．５～７．６で４７．６ｍＭのＮａ－ＨＥＰＥＳ、１２．５ｍＭのＮ－アセチル－Ｌ－システイン、２．５％ ＴＲＩＴＯＮ（商標）Ｘ－１００、５４．８ｍＭのＫＣｌ、２３ｍＭのＭｇＣｌ２、３ｍＭのＮａＯＨ、０．３５ｍＭの各ｄＮＴＰ（ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ）、７．０６ｍＭのｒＡＴＰ、１．３５ｍＭのｒＣＴＰ、１．３５ｍＭのＵＴＰ、８．８５ｍＭのｒＧＴＰ、０．２６ｍＭのＮａ２ＥＤＴＡ、５％ｖ／ｖグリセロール、２．９％トレハロース、０．２２５％エタノール、０．０７５％メチルパラベン、０．０１５％プロピルパラベン、および０．００２％フェノールレッドを含む混合物を産生する濃縮混合物を指すが、増幅試薬の他の配合物も同様に良好に機能し得る。プライマーが増幅試薬に添加され得るか、または増幅試薬とは別の増幅反応に添加され得る。増幅試薬中の酵素は、単位が以下のように機能的に定義される、モロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ－ＲＴ）およびバクテリオファージＴ７ ＲＮＡポリメラーゼのうちの１つ以上を含むことができる。１ＵのＭＭＬＶ－ＲＴが鋳型として２００～４００マイクロモルのオリゴｄＴ－プライムポリ（Ａ）を使用して、３７℃において１０分で１ｎｍｏｌのｄＴＴＰを組み込み、１ＵのＴ７ ＲＮＡポリメラーゼが、Ｔ７プロモーターを含むＤＮＡ鋳型を使用して、３７℃において１時間で１ｎｍｏｌのＡＴＰをＲＮＡに組み込む。
「ハイブリダイゼーション試薬」は、一般に、ｐＨ４．７で１００ｍＭのコハク酸、２％（ｗ／ｖ）ＬＬＳ、１００ｍＭの水酸化リチウム、１５ｍＭのアルドリチオール－２、１．２Ｍの塩化リチウム、２０ｍＭのＥＤＴＡ、および３．０％（ｖ／ｖ）エタノールで構成された溶液を指す。
「選択試薬」は、一般に、ｐＨ８．５で６００ｍＭのホウ酸、１８２．５ｍＭの水酸化ナトリウム、１％（ｖ／ｖ）オクトキシノール（ＴＲＩＴＯＮ（登録商標）Ｘ－１００）を含む溶液を指す。
「検出試薬」は、一般に、１ｍＭの硝酸および３２ｍＭの過酸化水素を含む溶液を指す「検出試薬Ｉ」、ならびに一般に、１．５Ｍの水酸化ナトリウムの溶液を指す「検出試薬ＩＩ」を含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせであって、
Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、前記標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から実質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第２の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、組み合わせ。
（項目２）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号２４内に含まれ、かつ配列番号２５を含む、項目１に記載の組み合わせ。
（項目３）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、配列番号１５０内に含まれる、項目１または項目２に記載の組み合わせ。
（項目４）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、１９の連続した核酸塩基の長さであるか、または２０の連続した核酸塩基の長さである、項目３に記載の組み合わせ。
（項目５）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１１３、配列番号１１９、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３０、および配列番号１３１からなる群から選択される、項目４に記載の組み合わせ。
（項目６）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、および配列番号１３４からなる群から選択される、項目１～３のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目７）
前記第２の増幅オリゴマーが、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目１～６のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目８）
前記Ｔ７プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目７に記載の組み合わせ。（項目９）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８２、および配列番号８３からなる群から選択される配列を含む、項目４または項目５に記載の組み合わせ。
（項目１０）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号７４～８９、配列番号１０７、および配列番号１０８からなる群から選択される配列を含む、項目１～３および６～９のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目１１）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される配列を含む、項目１～１０のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目１２）
第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１～３および６～１１のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（ｉ）配列番号１６および配列番号７８；
（ｉｉ）配列番号１６および配列番号８０；
（ｉｉｉ）配列番号１６および配列番号７５；
（ｉｖ）配列番号１６および配列番号８９；
（ｖ）配列番号１６および配列番号７４；
（ｖｉ）配列番号１１および配列番号７８；
（ｖｉｉ）配列番号１１および配列番号８０；
（ｖｉｉｉ）配列番号１１および配列番号７５；
（ｉｘ）配列番号１１および配列番号８９；
（ｘ）配列番号１１および配列番号７４；
（ｘｉ）配列番号１２および配列番号７９；
（ｘｉｉ）配列番号１２および配列番号８７；
（ｘｉｉｉ）配列番号１２および配列番号８９；
（ｘｉｖ）配列番号１２および配列番号７４；
（ｘｖ）配列番号１７および配列番号７９；
（ｘｖｉ）配列番号１７および配列番号８７；
（ｘｖｉｉ）配列番号１７および配列番号８９；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号１７および配列番号７４；
（ｘｉｘ）配列番号５３および配列番号７８；
（ｘｘ）配列番号５３および配列番号８０；
（ｘｘｉ）配列番号５３および配列番号７５；
（ｘｘｉｉ）配列番号５３および配列番号８９；
（ｘｘｉｉｉ）配列番号５３および配列番号７４；
（ｘｘｉｖ）配列番号１８および配列番号７８；
（ｘｘｖ）配列番号１８および配列番号８０；
（ｘｘｖｉ）配列番号１８および配列番号７５；
（ｘｘｖｉｉ）配列番号１８および配列番号８９；ならびに
（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１８および配列番号７４。
（項目１３）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１～１２のいずれか１項に記載の組み合わせ。（項目１４）
第１の増幅オリゴマーと、第２の増幅オリゴマーと、第３の増幅オリゴマーの前記組み合わせが、
（ｉ）配列番号１６からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１１、１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｉ）配列番号１１からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｉｉ）配列番号１２からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｖ）配列番号１７からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１８および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；または
（ｖ）配列番号１８からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号５３からなる核酸配列を含む第３の増幅オリゴマーである、項目１３に記載の組み合わせ。
（項目１５）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａ核酸の標的配列を増幅するための第４の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第４の増幅オリゴマーが、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、および配列番号１３４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１３または項目１４に記載の組み合わせ。
（項目１６）
前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、プロモーター配列に結合され、Ｔ７プロモーター配列である、項目１５に記載の組み合わせ。
（項目１７）
前記プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目１６に記載の組み合わせ。
（項目１８）
前記第４の増幅オリゴマーが、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８７、および配列番号８９からなる群から選択される配列を含む、項目１５～１７のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目１９）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせであって、
Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、前記標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から実質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第１の増幅オリゴマーは、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第２の増幅オリゴマーは、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、組み合わせ。
（項目２０）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号４内に含まれる、項目１９に記載の組み合わせ。
（項目２１）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号２を含む、項目１９または２０に記載の組み合わせ。
（項目２２）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１５２内に含まれる、項目１９～２１のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目２３）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１４８を含む、項目１９～２２のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目２４）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１４９を含む、項目１９～２３のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目２５）
前記第２の増幅オリゴマーが、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目１９～２４のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目２６）
前記Ｔ７プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目２５に記載の組み合わせ。
（項目２７）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される、項目１９～２６のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目２８）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む、項目１９～２７のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目２９）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、および配列番号３５からなる群から選択される配列を含む、項目１９～２８のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目３０）
第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１９～２９のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（ｉ）配列番号３０および配列番号９２；
（ｉｉ）配列番号３０および配列番号９４；
（ｉｉｉ）配列番号３０および配列番号９５；
（ｉｖ）配列番号３５および配列番号９２；
（ｖ）配列番号３５および配列番号９４；ならびに
（ｖｉ）配列番号３５および配列番号９５。
（項目３１）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、プロモーター配列に結合され、前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１９～３０のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目３２）
前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目３１に記載の組み合わせ。
（項目３３）
前記プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目３２に記載の組み合わせ。
（項目３４）
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む、項目３１～３３のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目３５）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせであって、
Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーであって、前記標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から本質的になり、前期第１の増幅オリゴマーおよび前期第２の増幅オリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第１の増幅オリゴマーは、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、組み合わせ。
（項目３６）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号６内に含まれる、項目３５に記載の組み合わせ。
（項目３７）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号７を含む、項目３５または項目３６に記載の組み合わせ。
（項目３８）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号８を含む、項目３５～３７のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目３９）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、および配列番号１４７からなる群から選択される、項目３５～３７のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目４０）
前記第２の増幅オリゴマーが、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目３５～３９のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目４１）
前記Ｔ７プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目４０に記載の組み合わせ。
（項目４２）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０９、および配列番号１１０からなる群から選択される配列を含む、項目３５～４１のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目４３）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号３６～４８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目３５～４２のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（項目４４）
第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目３５～４３のいずれか１項に記載の組み合わせ。
（ｉ）配列番号３６および配列番号１０３；
（ｉｉ）配列番号３６および配列番号１０４；
（ｉｉｉ）配列番号３６および配列番号１０５；
（ｉｖ）配列番号３７および配列番号１０２；
（ｖ）配列番号３７および配列番号１０３；
（ｖｉ）配列番号３７および配列番号１０５；
（ｖｉｉ）配列番号３８および配列番号１０５；
（ｖｉｉｉ）配列番号３９および配列番号１０４；
（ｉｘ）配列番号３９および配列番号１０５；
（ｘ）配列番号３９および配列番号１０６；
（ｘｉ）配列番号４１および配列番号１０４；
（ｘｉｉ）配列番号４１および配列番号１０６；
（ｘｉｉｉ）配列番号４３および配列番号１０６；
（ｘｉｖ）配列番号４５および配列番号１０３；
（ｘｖ）配列番号４５および配列番号１０５；
（ｘｖｉ）配列番号４５および配列番号１０６；
（ｘｖｉｉ）配列番号４６および配列番号１０６；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号４７および配列番号１０４；ならびに
（ｘｉｘ）配列番号４７および配列番号１０６。
（項目４５）
Ｚｉｋａウイルス核酸の検出のための検出プローブオリゴマーであって、前記検出プローブオリゴマーが、
（ｉ）Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前記Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的でない１個以上の核酸塩基、ならびに
（ｉｉ）検出可能な標識、を含み、
前記Ｚｉｋａウイルス標的核酸配列が、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１８７、配列番号１８８、および配列番号１８９からなる群から選択される、検出プローブオリゴマー。
（項目４６）
前記検出プローブオリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、および配列番号１９８からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４５に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目４７）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである、項目４５または項目４６に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目４８）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号５４～６３および６６～７３からなる群から選択される、項目４５～４７のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目４９）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含む、項目４５～４８のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５０）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではなく、前記標的ハイブリダイズ配列の３’末端または５’末端のうちの１つに結合している３～７個の連続した核酸塩基を含む、項目４９に記載の検出プローブオリゴマー。（項目５１）
前記標的核酸に相補的ではない前期３～７個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目５０に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５２）
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目４５～５１のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５３）
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目４５～５２のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５４）
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目４５～５２のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５５）
前記検出プローブオリゴマーが、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目５４に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５６）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含まない、項目４５～４８のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５７）
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目４５～５３および５６のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマー。
（項目５８）
混合物が、項目１～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む緩衝水溶液である、増幅反応混合物。
（項目５９）
前期混合物が、項目１～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む乾燥組成物である、増幅反応混合物。
（項目６０）
前記乾燥組成物が、少なくとも１つのポリメラーゼ酵素をさらに含む、項目５９に記載の増幅反応混合物。
（項目６１）
前期混合物が、以下からなる群から選択される少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせを含む緩衝水溶液である、多重増幅反応混合物。
（Ａ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；
（Ｂ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー。
（Ｃ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；および
（Ｄ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされ、項目３４～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー。（項目６２）
前期混合物が、以下からなる群から選択される少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせを含む乾燥組成物である、多重増幅反応混合物。
（Ａ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；
（Ｂ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー。
（Ｃ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；および
（Ｄ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされ、項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー。
（項目６３）
前記混合物が、少なくとも１つのポリメラーゼ酵素をさらに含む、項目６２に記載の多重増幅反応混合物。
（項目６４）
項目１～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む、キット。
（項目６５）
前記第１の増幅オリゴマーが、前記キット内の第１の容器内にあり、前記第２の増幅オリゴマーが、前記キット内の第２の容器内にある、項目６４に記載のキット。
（項目６６）
前記キットが、検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目６４または項目６５に記載のキット。
（項目６７）
前期キットが、項目４５～５７のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマーをさらに含む、項目６４または項目６５に記載のキット。
（項目６８）
緩衝水溶液と、項目４５～５７のいずれか１項に記載の前期検出プローブオリゴマーとを含む、検出反応混合物。
（項目６９）
項目４４～５６のいずれか１項に記載の検出プローブオリゴマーを含む、乾燥組成物。（項目７０）
前記乾燥組成物が、（Ａ）項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー、（Ｂ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー、および（Ｃ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーのうちの１つ以上をさらに含む、項目６９に記載の乾燥組成物。
（項目７１）
前記乾燥組成物が、少なくとも１つのポリメラーゼ酵素をさらに含む、項目６９または項目７０に記載の乾燥組成物。
（項目７２）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定する方法であって、
（Ａ）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、前記標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８９から本質的になり、前期第１の増幅オリゴマーおよび前期第２の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第１の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第２の増幅オリゴマーが、１７～２６個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、
（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、前記試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用されるステップと、
（Ｃ）前記増幅産物の有無を検出し、
それにより、前記試料中の前記Ｚｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップとを含む、方法。
（項目７３）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号２４内に含まれ、かつ配列番号２５を含む、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、配列番号１５０内に含まれる、項目７２または項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ領域が、１９個の連続した核酸塩基の長さであるか、または２０個の連続した核酸塩基の長さである、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１１３、配列番号１１９、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３０、および配列番号１３１からなる群から選択される、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、および配列番号１３４からなる群から選択される、項目７２～７４のいずれか１項に記載の方法。
（項目７８）
前記第２の増幅オリゴマーが、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目７２～７７のいずれか１項に記載の方法。
（項目７９）
前記Ｔ７プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８２、および配列番号８３からなる群から選択される配列を含む、項目７５または項目７６に記載の方法。
（項目８１）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号７４～８９、配列番号１０７、および配列番号１０８からなる群から選択される配列を含む、項目７２～７４および７７～８０のいずれか１項に記載の方法。
（項目８２）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される配列を含む、項目７２～８１のいずれか１項に記載の方法。
（項目８３）
第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目７２～７４および７７～８２のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）配列番号１６および配列番号７８；
（ｉｉ）配列番号１６および配列番号８０；
（ｉｉｉ）配列番号１６および配列番号７５；
（ｉｖ）配列番号１６および配列番号８９；
（ｖ）配列番号１６および配列番号７４；
（ｖｉ）配列番号１１および配列番号７８；
（ｖｉｉ）配列番号１１および配列番号８０；
（ｖｉｉｉ）配列番号１１および配列番号７５；
（ｉｘ）配列番号１１および配列番号８９；
（ｘ）配列番号１１および配列番号７４；
（ｘｉ）配列番号１２および配列番号７９；
（ｘｉｉ）配列番号１２および配列番号８７；
（ｘｉｉｉ）配列番号１２および配列番号８９；
（ｘｉｖ）配列番号１２および配列番号７４；
（ｘｖ）配列番号１７および配列番号７９；
（ｘｖｉ）配列番号１７および配列番号８７；
（ｘｖｉｉ）配列番号１７および配列番号８９；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号１７および配列番号７４；
（ｘｉｘ）配列番号５３および配列番号７８；
（ｘｘ）配列番号５３および配列番号８０；
（ｘｘｉ）配列番号５３および配列番号７５；
（ｘｘｉｉ）配列番号５３および配列番号８９；
（ｘｘｉｉｉ）配列番号５３および配列番号７４；
（ｘｘｉｖ）配列番号１８および配列番号７８；
（ｘｘｖ）配列番号１８および配列番号８０；
（ｘｘｖｉ）配列番号１８および配列番号７５；
（ｘｘｖｉｉ）配列番号１８および配列番号８９；ならびに
（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１８および配列番号７４。
（項目８４）
少なくとも２つの増幅オリゴマーの前記組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーを含み、前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目７２～８３のいずれか１項に記載の方法。
（項目８５）
第１の増幅オリゴマーと、第２の増幅オリゴマーと、第３の増幅オリゴマーの前記組み合わせが、
（ｉ）配列番号１６からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１１、１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｉ）配列番号１１からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｉｉ）配列番号１２からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｖ）配列番号１７からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１８および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；または
（ｖ）配列番号１８からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号５３からなる核酸配列を含む第３の増幅オリゴマーである、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
少なくとも２つの増幅オリゴマーの前記組み合わせが、Ｚｉｋａ核酸の標的配列を増幅するための第４の増幅オリゴマーを含み、前記第４の増幅オリゴマーが、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、および配列番号１３４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目８４または項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、プロモーター配列に結合され、Ｔ７プロモーター配列である、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記第４の増幅オリゴマーが、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８７、および配列番号８９からなる群から選択される配列を含む、項目８６～８８のいずれか１項に記載の方法。
（項目９０）
前記検出ステップが、前記インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下を含む、項目７２～８９のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前期Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的ではない１個以上の核酸塩基、ならびに
（ｉｉ）検出可能な標識。
（項目９１）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号５６、配列番号５７、および配列番号６６～７３からなる群から選択される、項目９０または項目９１に記載の方法。
（項目９３）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含む、項目９０～９２のいずれか１項に記載の方法。（項目９４）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その３’末端または５’末端のいずれかにおいて、前期Ｚｉｋａウイルス核酸の前期標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基を含む、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記標的配列に相補的ではない前期３～７個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目９０～９５のいずれか１項に記載の方法。
（項目９７）
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目９０～９６のいずれか１項に記載の方法。
（項目９８）
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目９０～９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９９）
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目９０～９６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１００）
前記検出プローブオリゴマーが、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含まない、項目９０～９２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０２）
前記第１の増幅オリゴマーと前記第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下、
（ｉ）配列番号１６および配列番号７８；
（ｉｉ）配列番号１６および配列番号８０；
（ｉｉｉ）配列番号１６および配列番号７５；
（ｉｖ）配列番号１６および配列番号８９；
（ｖ）配列番号１６および配列番号７４；
（ｖｉ）配列番号１１および配列番号７８；
（ｖｉｉ）配列番号１１および配列番号８０；
（ｖｉｉｉ）配列番号１１および配列番号７５；
（ｉｘ）配列番号１１および配列番号８９；
（ｘ）配列番号１１および配列番号７４；
（ｘｉ）配列番号１２および配列番号７９；
（ｘｉｉ）配列番号１２および配列番号８７；
（ｘｉｉｉ）配列番号１２および配列番号８９；
（ｘｉｖ）配列番号１２および配列番号７４；
（ｘｖ）配列番号１７および配列番号７９；
（ｘｖｉ）配列番号１７および配列番号８７；
（ｘｖｉｉ）配列番号１７および配列番号８９；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号１７および配列番号７４；
（ｘｉｘ）配列番号５３および配列番号７８；
（ｘｘ）配列番号５３および配列番号８０；
（ｘｘｉ）配列番号５３および配列番号７５；
（ｘｘｉｉ）配列番号５３および配列番号８９；
（ｘｘｉｉｉ）配列番号５３および配列番号７４；
（ｘｘｉｖ）配列番号１８および配列番号７８；
（ｘｘｖ）配列番号１８および配列番号８０；
（ｘｘｖｉ）配列番号１８および配列番号７５；
（ｘｘｖｉｉ）配列番号１８および配列番号８９；ならびに
（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１８および配列番号７４、
からなる群から選択され、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号６９からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステル標識からなる、項目９０～９２、９６～９９、および１０１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０３）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーを含み、前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、および配列番号５３からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
第１の増幅オリゴマーと、第２の増幅オリゴマーと、第３の増幅オリゴマーの前記組み合わせが、
（ｉ）配列番号１６からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１１、１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｉ）配列番号１１からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１２、１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｉｉ）配列番号１２からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１７、１８、および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；
（ｉｖ）配列番号１７からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号１８および５３からなる群から選択される核酸配列を含む第３の増幅オリゴマー；または
（ｖ）配列番号１８からなる核酸配列を含む第１の増幅オリゴマー；配列番号７４、７５、７８、８０、および８９からなる群から選択される核酸配列を含む第２の増幅オリゴマー；ならびに配列番号５３からなる核酸配列を含む第３の増幅オリゴマーである、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａ核酸の標的配列を増幅するための第４の増幅オリゴマーを含み、前記第４の増幅オリゴマーが、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、および配列番号１３４からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、プロモーター配列に任意に結合されており、前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１０３または項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記第４の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、プロモーター配列に結合され、Ｔ７プロモーター配列であり、好ましくは、前記プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
前記第４の増幅オリゴマーが、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８７、および配列番号８９からなる群から選択される配列を含む、項目１０５または項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
前記増幅ステップ（ｂ）が、前記検出ステップ（ｃ）と共に実施される、項目９０～１０７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０９）
前記増幅ステップ（ｂ）の前に、前記方法が、前記試料の１つ以上の成分から前記Ｚｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目７２～１０８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１０）
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記部分が、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記固定化プローブが、配列番号１８０からなる核酸配列を含む、項目１１０または項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１１０～１１２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１４）
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目７２～１１３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１５）
前記インビトロ増幅反応が、ＴＭＡ反応である、項目７２～１１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１６）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定する方法であって、
（Ａ）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、前記標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８７から実質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第１の増幅オリゴマーは、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第２の増幅オリゴマーが、１９～２５個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、
（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、前記試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、
（Ｃ）前記増幅産物の有無を検出し、それにより、前記試料中の前記Ｚｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む、方法。
（項目１１７）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号４内に含まれる、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号２を含む、項目１１６または１１７に記載の方法。
（項目１１９）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１５２内に含まれる、項目１１６～１１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２０）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１４８を含む、項目１１６～１１９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２１）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１４９を含む、項目１１６～１２０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２２）
前記第２の増幅オリゴマーが、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目１１６～１２１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２３）
前記Ｔ７プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目１２２に記載の方法。
（項目１２４）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される、項目１１６～１２３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２５）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む、項目１１６～１２４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２６）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、および配列番号３５からなる群から選択される配列を含む、項目１１６～１２５のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２７）
第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１１６～１２６のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）配列番号３０および配列番号９２；
（ｉｉ）配列番号３０および配列番号９４；
（ｉｉｉ）配列番号３０および配列番号９５；
（ｉｖ）配列番号３５および配列番号９２；
（ｖ）配列番号３５および配列番号９４；ならびに
（ｖｉ）配列番号３５および配列番号９５。
（項目１２８）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、プロモーター配列に結合され、前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１１６～１２７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２９）
前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合され、好ましくは、前記プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む、項目１２８または項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
前記検出ステップが、前記インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下を含む、項目１１６～１３０のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前期Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的ではない１個以上の核酸塩基、ならびに
（ｉｉ）検出可能な標識。
（項目１３２）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号５４、配列番号５５、および配列番号５８からなる群から選択される、項目１３１または項目１３２に記載の方法。
（項目１３４）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含む、項目１３１～１３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３５）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その３’末端または５’末端のいずれかにおいて、前期Ｚｉｋａウイルス核酸の前期標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基を含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３６）
前記標的配列に相補的ではない前期３～７個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目１３１～１３６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３８）
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目１３１～１３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３９）
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目１３１～１３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４０）
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目１３１～１３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４１）
前記検出プローブオリゴマーが、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記検出プローブオリゴマーが、配列番号５４、配列番号５５、および配列番号５８からなる群から選択される配列を含む、項目１３１～１３３のいずれか１項に記載の方法。（項目１４３）
前記第１の増幅オリゴマーと前記第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下、
（ｉ）配列番号３０および配列番号９２；
（ｉｉ）配列番号３０および配列番号９４；
（ｉｉｉ）配列番号３０および配列番号９５；
（ｉｖ）配列番号３５および配列番号９２；
（ｖ）配列番号３５および配列番号９４；ならびに
（ｖｉ）配列番号３５および配列番号９５、
からなる群から選択され、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号５８からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステル標識からなる、項目１３１～１３３、１３７～１４０、および１４２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４４）
前記組み合わせが、Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列を増幅するための第３の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号１１１、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２２、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、および配列番号１３８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含み、任意に、前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、プロモーター配列に結合され、前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列と前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、異なる配列である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記第３の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合され、好ましくは、前記プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、および配列番号９７からなる群から選択される配列を含む、項目１４４または項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
前記増幅ステップ（ｂ）が、前記検出ステップ（ｃ）と共に実施される、項目１３１～１４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４８）
前記増幅ステップ（ｂ）の前に、前記方法が、前記試料の１つ以上の成分から前記Ｚｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目１１６～１４７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４９）
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される、項目１４８に記載の方法。
（項目１５０）
前記部分が、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記固定化プローブが、配列番号１８０からなる核酸配列を含む、項目１４９または項目１５０に記載の方法。
（項目１５２）
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１４９～１５１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５３）
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目１１６～１５２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５４）
前記インビトロ増幅反応が、ＴＭＡ反応である、項目１１６～１５３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５５）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定する方法であって、
（Ａ）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせと接触させるステップであって、前記標的配列が、その相補体、そのＲＮＡ等価物、またはその両方をなす、配列番号１８８から実質的になり、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、前記標的配列の反対の末端にハイブリダイズして増幅産物を生成するように構成され、
第１の増幅オリゴマーは、１９～２３個の連続した核酸塩基の長さである標的ハイブリダイズ配列を含み、
第２の増幅オリゴマーが、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さであり、かつ任意に、その５’末端においてプロモーター配列に結合されている、標的ハイブリダイズ配列を含む、ステップと、
（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、前記試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的配列が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップと、
（Ｃ）前記増幅産物の有無を検出し、それにより、前記試料中の前記Ｚｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む、方法。
（項目１５６）
前記第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号６内に含まれる、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号７を含む、項目１５５または項目１５６に記載の方法。
（項目１５８）
前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号８を含む、項目１５５～１５７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５９）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号３６～４８からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１５５～１５８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６０）
前記第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、および配列番号１４７からなる群から選択される、項目１５５～１５７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６１）
前記第２の増幅オリゴマーが、その５’末端において、Ｔ７プロモーター配列であるプロモーター配列に結合されている、項目１５５～１６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６２）
前記Ｔ７プロモーター配列が、配列番号１７９からなる、項目１６１に記載の方法。
（項目１６３）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０９、および配列番号１１０からなる群から選択される配列を含む、項目１５５～１６２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６４）
第１の増幅オリゴマーと第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１５５～１６３のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）配列番号３６および配列番号１０３；
（ｉｉ）配列番号３６および配列番号１０４；
（ｉｉｉ）配列番号３６および配列番号１０５；
（ｉｖ）配列番号３７および配列番号１０２；
（ｖ）配列番号３７および配列番号１０３；
（ｖｉ）配列番号３７および配列番号１０５；
（ｖｉｉ）配列番号３８および配列番号１０５；
（ｖｉｉｉ）配列番号３９および配列番号１０４；
（ｉｘ）配列番号３９および配列番号１０５；
（ｘ）配列番号３９および配列番号１０６；
（ｘｉ）配列番号４１および配列番号１０４；
（ｘｉｉ）配列番号４１および配列番号１０６；
（ｘｉｉｉ）配列番号４３および配列番号１０６；
（ｘｉｖ）配列番号４５および配列番号１０３；
（ｘｖ）配列番号４５および配列番号１０５；
（ｘｖｉ）配列番号４５および配列番号１０６；
（ｘｖｉｉ）配列番号４６および配列番号１０６；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号４７および配列番号１０４；ならびに
（ｘｉｘ）配列番号４７および配列番号１０６。
（項目１６５）
前記検出ステップが、前記インビトロ増幅反応を少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させるステップを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下を含む、項目１５５～１６４のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前期Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的ではない１個以上の核酸塩基、ならびに
（ｉｉ）検出可能な標識。
（項目１６６）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号５６、配列番号５７、および配列番号６６～７３からなる群から選択される、項目１６５または項目１６６に記載の方法。
（項目１６８）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含む、項目１６５～１６７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６９）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、その３’末端または５’末端のいずれかにおいて、前期Ｚｉｋａウイルス核酸の前期標的配列に相補的ではない３～７個の連続した核酸塩基を含む、項目１６８に記載の方法。
（項目１７０）
前記標的配列に相補的ではない前期３～７個の連続した核酸塩基が、前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列の一部分に相補的である、項目１６９に記載の方法。
（項目１７１）
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目１６５～１７０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７２）
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目１６５～１７１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７３）
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目１６５～１７２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７４）
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目１６５～１７１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７５）
前記検出プローブオリゴマーが、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目１７４に記載の方法。
（項目１７６）
前記標的ハイブリダイズ配列が、前記標的核酸に相補的ではない前記１つ以上の核酸塩基を含まない、項目１６５～１６７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７７）
前記第１の増幅オリゴマーと前記第２の増幅オリゴマーとの前記組み合わせが、以下、
（ｉ）配列番号３６および配列番号１０３；
（ｉｉ）配列番号３６および配列番号１０４；
（ｉｉｉ）配列番号３６および配列番号１０５；
（ｉｖ）配列番号３７および配列番号１０２；
（ｖ）配列番号３７および配列番号１０３；
（ｖｉ）配列番号３７および配列番号１０５；
（ｖｉｉ）配列番号３８および配列番号１０５；
（ｖｉｉｉ）配列番号３９および配列番号１０４；
（ｉｘ）配列番号３９および配列番号１０５；
（ｘ）配列番号３９および配列番号１０６；
（ｘｉ）配列番号４１および配列番号１０４；
（ｘｉｉ）配列番号４１および配列番号１０６；
（ｘｉｉｉ）配列番号４３および配列番号１０６；
（ｘｉｖ）配列番号４５および配列番号１０３；
（ｘｖ）配列番号４５および配列番号１０５；
（ｘｖｉ）配列番号４５および配列番号１０６；
（ｘｖｉｉ）配列番号４６および配列番号１０６；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号４７および配列番号１０４；ならびに
（ｘｉｘ）配列番号４７および配列番号１０６、
からなる群から選択され、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号６１からなる標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステル標識からなる、項目１６５～１６７、１７１～１７４、および１７６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７８）
前記増幅ステップ（ｂ）が、前記検出ステップ（ｃ）と共に実施される、項目１６５～１７７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７９）
前記増幅ステップ（ｂ）の前に、前記方法が、前記試料の１つ以上の成分から前記Ｚｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目１５５～１７８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８０）
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記部分が、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１８０に記載の方法。
（項目１８２）
前記固定化プローブが、配列番号１８０からなる核酸配列を含む、項目１８０または項目１８１に記載の方法。
（項目１８３）
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１８０～１８２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８４）
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目１５５～１８３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８５）
前記インビトロ増幅反応が、ＴＭＡ反応である、項目１５５～１８４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８６）
試料中のＺｉｋａウイルス核酸の有無を判定する多重方法であって、
（Ａ）試料を、各々がＺｉｋａウイルス標的核酸の別個の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせと接触させるステップであって、
（１）（ｉｉ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；
（２）（ｉｉ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；
（３）（ｉｉ）項目３５～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー；および
（４）（ｉｉ）項目１９～３４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされ、（ｉｉｉ）項目３４～４４のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマーと組み合わされた、（ｉ）項目１～１８のいずれか１項に記載の少なくとも２つの増幅オリゴマー、からなる群から選択される少なくとも２つの増幅オリゴマーの少なくとも２つの組み合わせを含む、ステップと、
（Ｂ）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、（Ａ）（１）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）の前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成するか、または（Ａ）（２）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）の前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成するか、または（Ａ）（３）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）の前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成するか、または（Ａ）（４）に対して、（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）および／もしくは（ｉｉｉ）の前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、前記試料中に存在するそれらの対応する標的配列をハイブリダイズして増幅産物（複数可）を生成する、ステップと、
（Ｃ）前記増幅産物（複数可）の有無を検出し、それにより、前記試料中の前記Ｚｉｋａウイルス核酸の有無を判定するステップと、を含む、方法。
（項目１８７）
前記検出するステップが、前記インビトロ増幅反応を、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記検出プローブオリゴマーが、以下、
（ｉ）Ｚｉｋａウイルス核酸の標的配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列、および任意に、前記Ｚｉｋａウイルス標的核酸に相補的でない１個以上の核酸塩基、ならびに
（ｉｉ）検出可能な標識、を含み、
前記Ｚｉｋａウイルス標的核酸配列が、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１８７、配列番号１８８、および配列番号１８９からなる群から選択される、項目１８６に記載の方法。
（項目１８８）
前記検出プローブオリゴマーが、その相補体および／またはそのＲＮＡ等価物を含む、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、および配列番号１９８からなる群から選択される配列を選択的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１８７に記載の方法。
（項目１８９）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、１７～２３個の連続した核酸塩基の長さである、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
前記検出プローブオリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号５４～６３、および６６～７３からなる群から選択される、項目１８８または項目１８９に記載の方法。
（項目１９１）
（Ａ）（１）（ｉ）、（Ａ）（２）（ｉ）、もしくは（Ａ）（４）（ｉ）に対して、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号５６、５７、および６４～７３からなる群から選択される核酸配列を含むか、（Ａ）（１）（ｉｉ）、（Ａ）（３）（ｉ）、もしくは（Ａ）（４）（ｉｉ）に対して、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号５４、５５、および５８からなる群から選択される核酸配列を含むか、または（Ａ）（２）（ｉｉ）ｍ（Ａ）（３）（ｉｉ）、もしくは（Ａ）（４）（ｉｉｉ）に対して、前記検出プローブオリゴマーが、配列番号５９～６３からなる群から選択される、項目１８８～１９０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９２）
前記検出プローブオリゴマーが、ＴａｑＭａｎ検出プローブ、分子ビーコン、および分子トーチからなる群から選択される、項目１８８～１９１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９３）
前記検出可能な標識が、蛍光標識、発光標識、発色団標識、放射性核種標識、リガンド標識、酵素標識、または反応基標識である、項目１８８～１９２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９４）
前記検出可能な標識が、化学発光標識である、項目１８８～１９３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９５）
前記検出可能な標識が、アクリジニウムエステルである、項目１８８～１９４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９６）
前記検出可能な標識が、蛍光標識であり、前記検出プローブオリゴマーが、消光化合物をさらに含む、項目１８８～１９３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９７）
前記増幅ステップ（ｂ）が、前記検出ステップ（ｃ）と共に実施される、項目１８６～１９６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９８）
前記増幅ステップ（ｂ）の前に、前記方法が、前記試料の１つ以上の成分から前記Ｚｉｋａウイルス標的配列を精製することをさらに含む、項目１８６～１９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９９）
前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号１６６～１７８からなる群から選択される、項目１９８に記載の方法。
（項目２００）
前記部分が、配列番号１８１および配列番号１８２からなる群から選択される核酸配列を含むか、前記固定化プローブが、配列番号１８０からなる核酸配列を含むか、またはその両方である、項目１９９に記載の方法。
（項目２０１）
前記捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５３～１６５からなる群から選択される核酸配列を含む、項目１９９または項目２００に記載の方法。
（項目２０２）
前記インビトロ増幅反応が、等温増幅反応である、項目１８６～２０１のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０３）
前記インビトロ増幅反応が、ＴＭＡ反応である、項目１８６～２０２のいずれか１項に記載の方法。
試料からＺｉｋａウイルス核酸を増幅および検出するための組成物、キット、および方法が本明細書に記載される。好ましくは、試料は、生物試料である。組成物、キットおよび方法は、Ｚｉｋａウイルスゲノムの標的配列を認識するオリゴヌクレオチド配列を提供する。そのようなオリゴヌクレオチドは、増幅オリゴヌクレオチドとして使用され得る。他のオリゴヌクレオチドは、Ｚｉｋａウイルスの増幅配列を検出するための、またはＺｉｋａウイルス標的核酸の捕捉のためのプローブとして使用され得る。
方法は、Ｚｉｋａウイルス核酸の高感度かつ特異的な検出を提供する。方法は、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の核酸増幅を実施することと、例えば、増幅産物を、試料中のＺｉｋａウイルスの存在を示すシグナルを提供する核酸検出プローブと特異的にハイブリダイズすることによって、増幅産物を検出することとを含む。増幅ステップは、試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸中の標的配列に特異的な１つ以上の増幅オリゴマーと接触させて、Ｚｉｋａウイルス核酸が試料中に存在する場合に増幅産物を産生することを含む。増幅は、少なくとも１つの核酸ポリメラーゼおよび増幅オリゴマーを使用して、鋳型鎖からコピーを産生することによって（例えば、鋳型鎖を使用して、プライマーから配列を伸長することによって）、標的配列またはその相補体の追加のコピーを合成する。増幅産物を検出するための一実施形態は、増幅産物を、選択された増幅オリゴマーによって増幅された配列、例えば、選択された増幅オリゴマーの対が隣接する標的配列に含まれる配列に特異的な少なくとも１つのプローブと接触させることを含むハイブリダイズステップを使用する。
検出ステップは、例えば、増幅産物を標識された検出プローブとハイブリダイズし、標識されたプローブから生じるシグナルを検出することなどによって、増幅された標的配列に特異的に関連するシグナルを検出するための様々な既知の技術のいずれかを使用して実施され得る。検出ステップはまた、例えば、その核酸塩基配列の全部または一部分など、増幅配列に関する追加の情報を提供し得る。検出は、増幅反応が完了した後に実施され得るか、または例えば、リアルタイムで標的配列を増幅することと同時に実施され得る。一実施形態では、検出ステップは、混合物からハイブリダイズされていないプローブを除去することなく、ハイブリダイズされたプローブの検出などの均一な検出を可能にする（例えば、米国特許第５，６３９，６０４号および同第５，２８３，１７４号を参照されたい）。
増幅ステップの終わり近くまたは終わりに増幅産物を検出する態様では、増幅産物へのプローブのハイブリダイゼーションを示すシグナルを提供するために、線状検出プローブが使用され得る。そのような検出の一例は、標的核酸にハイブリダイズする発光標識プローブを使用する。次いで、発光標識は、非ハイブリダイズプローブから加水分解される。検出は、照度計を使用した化学発光によって実施される。（例えば、国際特許出願公開第ＷＯ ８９／００２４７６号を参照されたい）。リアルタイム検出を使用する他の実施形態では、検出プローブは、例えば、プローブが増幅産物に結合するときに検出されるレポーター部分で標識される分子ビーコン、分子トーチ、またはハイブリダイゼーションスイッチプローブなどのヘアピンプローブであってもよい。そのようなプローブは、標的ハイブリダイズ配列および非標的ハイブリダイズ配列を含み得る。そのようなプローブの様々な形態が以前に記載されている（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、同第５，９２５，５１７号、同第６，１５０，０９７号、同第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号、ならびに米国特許出願公開第２００６００６８４１７Ａ１号および同第２００６０１９４２４０Ａ１号を参照されたい）。
本明細書に記載される好ましい組成物は、１つ以上のＺｉｋａウイルス株由来のＺｉｋａウイルス核酸に特異的に、かつ好ましくは試料中に存在すると疑われる他の非Ｚｉｋａウイルス核酸（例えば、他の血液媒介病原体）に対する交差反応性を最小限にして、ハイブリダイズするように構成されている。いくつかの態様では、開示された組成物は、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒト免疫不全ウイルス１（ＨＩＶ １）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、デング熱ウイルスｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ、ｂａｂｅｓｉａ、および西ナイルウイルスのうちの１つ以上に対する交差反応性を最小限にして、Ｚｉｋａウイルス核酸に特異的にハイブリダイズするように構成されている。一態様では、組成物は、これらの生物のうちの１つ以上を検出するための成分および方法をさらに含む多重系の一部である。
配列番号１。（５’から３’）Ｇｅｎ Ｂａｎｋアクセッション番号／バージョン番号／ＧＩ番号ＡＹ６３２５３５．２ ＧＩ：２２６３７４３６２。
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本明細書の開示のある特定の態様では、試料中のＺｉｋａウイルスの有無を判定するために、少なくとも２つのオリゴマーの組み合わせが提供される。典型的には、オリゴマーの組み合わせは、配列番号１内の配列に対応するＺｉｋａウイルス標的核酸の標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む。そのような実施形態では、少なくとも１つの増幅オリゴマーは、センス方向に標的ハイブリダイズ配列を含み、少なくとも１つの増幅オリゴマーは、アンチセンス方向に標的ハイブリダイズ配列を含み、増幅オリゴマーは各々、配列番号１内に含まれる配列に対応するＺｉｋａウイルス標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成され、標的ハイブリダイズ配列は、増幅オリゴマーが増幅される標的配列の末端をハイブリダイズするように位置するように選択される。いくつかの変形形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーは、以下の核酸配列のうちの１つ以上の中の標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成されている。配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つの逆相補体；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つのＲＮＡ等価物；および配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のＲＮＡ等価物の逆相補体。いくつかの変形形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーは、以下から本質的になる標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成されている。配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つの逆相補体；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つのＲＮＡ等価物；または配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のＲＮＡ等価物の逆相補体。
Figure 2022161989000001

Figure 2022161989000002

Figure 2022161989000003
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される増幅オリゴマーは、標的ハイブリダイズ配列を含み、かつ標的ハイブリダイジング配列の５’に位置するプロモーター配列をさらに含む、プロモーターベースの増幅オリゴマーであり、プロモーター配列は、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に対して非相補的である。例えば、Ｚｉｋａウイルス標的配列の増幅のための本明細書に記載されるオリゴマーの組み合わせのいくつかの実施形態では、上の表１に記載される増幅オリゴマーは、プロモーターベースの増幅オリゴマーであり、標的ハイブリダイズ配列は、５’プロモーター配列をさらに含む。特定の実施形態では、プロモーター配列は、例えば、配列番号１７９に示される配列を有するＴ７プロモーター配列などのＴ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーター配列である。特定の変形形態では、増幅オリゴマーは、配列番号７４～１１０に示されるヌクレオチド配列を有する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるオリゴマーの組み合わせは、配列番号１の相補体に含まれる配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、標的ハイブリダイズ配列は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的な変形形態では、標的ハイブリダイズ配列は、その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、配列番号１６６～１７８から選択される配列に実質的に対応するか、またはそれと同一の配列を含むか、またはそれからなる。より具体的な変形形態では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５３～１６５から選択される配列を有する。オリゴマーの組み合わせは、上記のような少なくとも２つの捕捉プローブオリゴマーを含んでもよい。より具体的な実施形態では、少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーは、標的捕捉反応混合物中に少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーを提供することを含む。一態様では、少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーの各々は、標的捕捉反応混合物中に、約３ｐｍｏｌｅ／反応～約６ｐｍｏｌｅ／反応（その範囲の全ての整数および端数を含む（例えば、４、４．７５、５．１２、５．９８、６））の濃度で提供される。少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーの複数が標的捕捉反応で使用される場合、各捕捉プローブオリゴマーの濃度は、他の濃度と等しくてもよく、または本明細書に記載されるように様々な濃度が存在してもよい。
ある特定の変形形態では、本明細書に記載されるオリゴマーの組み合わせは、第１および第２の増幅オリゴマーを使用して増幅可能であるＺｉｋａウイルス標的配列（例えば、第１および第２の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列が隣接するＺｉｋａウイルス標的配列）に特異的にハイブリダイズするように構成された、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含む。特に好適な検出プローブオリゴマーは、例えば、その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、配列番号５４～６３および６６～７３から選択される配列に実質的に対応するか、またはそれと同一の標的ハイブリダイズ配列を含むオリゴマーを含む。検出プローブオリゴマーは、核酸骨格中の１つ以上の結合において２’－メトキシ骨格を含み得る。いくつかの変形形態では、オリゴマーの組み合わせは、少なくとも２つの検出プローブオリゴマーを含む。より具体的な実施形態では、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーは、アンプリコン検出反応混合物中に少なくとも１つの検出プローブオリゴマーを提供することを含む。一態様では、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーの各々は、検出反応混合物中に、約２．０Ｅ＋０６ＲＬＵ／反応～約６．０Ｅ＋０６ＲＬＵ／反応（その範囲の全ての整数および端数を含む（例えば、２．０Ｅ＋０６、２．１３８Ｅ＋０６、３．３８５Ｅ＋０６ＲＬＵ））で提供される。少なくとも１つの検出プローブオリゴマーの複数が検出反応で使用される場合、各検出オリゴマーの濃度は、他の濃度と等しくてもよく、または本明細書に記載されるように様々な濃度が存在してもよい。
典型的には、検出プローブオリゴマーは、標識をさらに含む。特に好適な標識は、検出可能な光シグナルを放出する化合物、例えば、均一な混合物中で検出され得るフルオロフォアまたは発光（例えば、化学発光）化合物を含む。２つ以上の標識および２つ以上のタイプの標識が特定のプローブ上に存在してもよく、または検出は、各プローブが検出可能なシグナルを産生する化合物で標識されるプローブの混合物を使用することに依存してもよい（例えば、米国第６，１８０，３４０号および同第６，３５０，５７９号を参照されたい）。標識は、共有結合、キレート化、およびイオン相互作用を含む様々な手段によってプローブに結合され得るが、好ましくは、標識は、共有結合される。例えば、いくつかの実施形態では、検出プローブは、例えば、アクリジニウムエステル（ＡＥ）化合物（例えば、米国特許第５，１８５，４３９号、同第５，６３９，６０４号、同第５，５８５，４８１号、および同第５，６５６，７４４号を参照されたい）などの結合された化学発光標識を有し、それは、典型的な変形形態では、非ヌクレオチドリンカーによってプローブに結合される（例えば、米国特許第５，５８５，４８１号、同第５，６５６，７４４号、および同第５，６３９，６０４号、特に第１０欄第６行～第１１欄第３行、および実施例８を参照されたい）。他の実施形態では、検出プローブは、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アッセイにおいて特に有用である組み合わせの、蛍光標識および消光剤の両方を含む。そのような検出プローブの具体的な変形形態は、例えば、ＴａｑＭａｎ検出プローブ（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）、分子トーチ（例えば、米国特許第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号を参照されたい）、ならびに「分子ビーコン」（例えば、Ｔｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６：４９－５３，１９９８、米国特許第５，１１８，８０１号および同第５，３１２，７２８号を参照されたい）を含む。いくつかの実施形態では、検出プローブオリゴマーは、その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、配列番号５４～６３および６６～７３から選択される標的ハイブリダイズ配列を含む分子トーチオリゴマーである。
別の態様では、本発明は、本明細書に記載されるオリゴマーの組み合わせを使用して、試料中のＺｉｋａウイルスの有無を判定するための方法を提供する。そのような方法は、一般に、（１）試料を、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に対応するＺｉｋａウイルス核酸標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと接触させることであって、オリゴマーが、本明細書に記載される少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む、接触させることと、（２）インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的核酸が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、実施することと、（３）増幅産物の有無を検出し、それにより、試料中のＺｉｋａウイルスの有無を判定することと、を含む。本発明に従った検出方法は、典型的には、少なくとも２つのオリゴマーと接触させられる試料を得るステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、ステップ（１）～（３）で使用される試料を「得ること」は、例えば、試験施設または方法の１つ以上のステップが実施される他の場所で試料を受け取ること、および／または方法の１つ以上のステップが実施される施設内の場所から（例えば、貯蔵場所もしくは他の保管場所から）試料を回収することを含む。ある特定の実施形態では、試料は、Ｚｉｋａウイルス標的核酸に対応するＺｉｋａウイルス核酸標的配列を増幅するための少なくとも２つの増幅オリゴマーと接触させられ、オリゴマーは、上記の少なくとも２つの増幅オリゴマーを含む。（２）インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、試料中に存在する任意のＺｉｋａウイルス標的核酸は、増幅産物を生成するための鋳型として使用され、増幅産物配列は、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８のうちのいずれか１つの逆相補体；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８のうちのいずれか１つのＲＮＡ等価物；および配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８のＲＮＡ等価物の逆相補体のうちの１つ以上に実質的に対応するか、またはそれらから本質的になるか、またはそれらと同一である。ある特定の実施形態では、増幅産物は、以下の配列のうちの１つ以上の中の標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成されている。配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８のうちのいずれか１つの逆相補体；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８のうちのいずれか１つのＲＮＡ等価物；および配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８のＲＮＡ等価物の逆相補体。
ある特定の実施形態では、方法は、接触ステップ前に試料中の他の成分からＺｉｋａウイルス標的核酸を精製することをさらに含む。そのような精製は、試料中に含まれる生物を他の試料成分から分離および／または濃縮する方法を含み得る。特定の実施形態では、標的核酸を精製することは、標的核酸を捕捉して、標的核酸を他の試料成分から特異的または非特異的に分離することを含む。非特異的標的捕捉法は、実質的に水性の混合物からの核酸の選択的沈殿、他の試料成分を除去するために洗浄された支持体への核酸の付着、またはＺｉｋａウイルスおよび他の試料成分を含む混合物から核酸を物理的に分離する他の手段を伴い得る。
いくつかの実施形態では、Ｚｉｋａウイルス標的核酸は、Ｚｉｋａウイルス標的核酸を捕捉プローブオリゴマーに特異的にハイブリダイズすることによって、他の試料成分から選択的に分離または精製される。捕捉プローブオリゴマーは、試料成分から分離された標的配列：捕捉プローブ複合体を形成するために、Ｚｉｋａウイルス標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む。好適な捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、配列番号１６６～１７８から選択される配列に実質的に対応するか、またはそれと同一の配列を含む。好ましい変形形態では、特異的標的捕捉は、Ｚｉｋａウイルス標的：捕捉プローブ複合体を固定化プローブに結合させて、標的：捕捉プローブ：固定化プローブ複合体を形成し、それは、試料から分離され、任意に洗浄されて非標的試料成分を除去する（例えば、米国特許第６，１１０，６７８号、同第６，２８０，９５２号、および同第６，５３４，２７３号を参照されたい）。そのようなバリエーションでは、捕捉プローブオリゴマーは、捕捉プローブをその結合した標的配列で、固体支持体に結合した固定化プローブに結合させ、それにより、ハイブリダイズされた標的核酸が他の試料成分から分離されることを可能にする部分をさらに含む。好ましい実施形態では、固定化プローブは、実質的にホモポリマー配列であり、より好ましい実施形態では、固定化プローブは、ポリ－Ｔ配列である。ほんの一例として、好ましい実施形態では、固定化プローブは、ｄＴ１４配列（配列番号１８０）である。ほんの一例として、好ましい態様では、捕捉プローブは、核酸配列、好ましくは配列番号１８１または配列番号１８２である部分を含む。
より具体的な実施形態では、捕捉プローブオリゴマーは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，１１０，６７８号で以前に記載されているように、核酸配列であるテール部分（例えば、３’テール）を含み、核酸配列は、Ｚｉｋａウイルス標的配列に相補的ではないが、固定化プローブ上の配列に特異的にハイブリダイズし、それにより、標的核酸が他の試料成分から分離されることを可能にする部分として機能する。任意の配列は、一般に、約５～５０ｎｔの長さであるテール領域で使用されてもよく、好ましい実施形態は、固体支持体、例えば、マトリクスまたは粒子に結合した相補的な固定化配列（例えば、ポリ－Ｔ）に結合する、約１０～４０ｎｔ（例えば、Ａ１０～Ａ４０）、より好ましくは約１４～３３ｎｔ（例えば、Ａ１４～Ａ３０またはＴ３Ａ１４～Ｔ３Ａ３０）の実質的にホモポリマーのテールを含む。ほんの一例として、好ましい実施形態では、実質的にホモポリマーのテールは、配列番号１８１または１８２であり、固定化プローブは、配列番号１８０である。例えば、３’テールを含む捕捉プローブの特定の実施形態では、捕捉プローブは、配列番号１５３～１６５から選択される配列を有する。
標的捕捉は、典型的には、通常はテール配列：固定化プローブ配列二本鎖のＴｍより高い温度において、ハイブリダイゼーション条件下で、Ｚｉｋａウイルス標的配列に特異的にハイブリダイズする１つ以上の捕捉プローブオリゴマーを含む溶液相混合物中で生じる。捕捉プローブテールを含む実施形態では、捕捉プローブテールが固定化プローブにハイブリダイズし、次いで、固体支持体上の複合体全体が他の試料成分から分離されるように、ハイブリダイゼーション条件を調節することによって、Ｚｉｋａウイルス標的：捕捉プローブ複合体が捕捉される。結合した固定化プローブ：捕捉プローブ：Ｚｉｋａウイルス標的配列を有する支持体は、１回以上洗浄されて、他の試料成分をさらに除去してもよい。好ましい実施形態は、常磁性ビーズなどの粒子状固体支持体を使用し、これにより、結合したＺｉｋａウイルス標的：捕捉プローブ：固定化プローブ複合体を有する粒子は、洗浄溶液中に懸濁し、洗浄溶液から、好ましくは磁気引力を使用することによって回収され得る。取り扱いステップの数を制限するために、Ｚｉｋａウイルス標的核酸は、支持体上の複合体中のＺｉｋａウイルス標的配列を増幅オリゴマーと単に混合し、増幅ステップを進めることによって増幅され得る。
Ｚｉｋａウイルス標的配列の増幅は、増幅される標的配列をハイブリダイズする少なくとも２つの増幅オリゴマーを使用したインビトロ増幅反応を利用する。特定の実施形態では、増幅される標的配列は、約ヌクレオチド位置３３４０～約ヌクレオチド位置３８６２、または約ヌクレオチド位置５８０６～約ヌクレオチド位置６３８０、または約ヌクレオチド位置７１３２～ヌクレオチド位置７６４１、またはこれらの組み合わせの配列番号１の全部または一部分に実質的に対応する。特定の実施形態では、標的配列は、配列番号１の約ヌクレオチド位置３３４０～約ヌクレオチド位置３８６２、または配列番号１の約ヌクレオチド位置５８０６～約ヌクレオチド位置６３８０、または配列番号１の約ヌクレオチド位置７１３２～約ヌクレオチド位置７６４１の配列内に含まれる。特定の実施形態では、標的配列は、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つの逆相補体；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つのＲＮＡ等価物；または配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のＲＮＡ等価物の逆相補体内に含まれる。特定の実施形態では、標的配列は、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つの逆相補体；配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のうちのいずれか１つのＲＮＡ等価物；または配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９４のＲＮＡ等価物の逆相補体から本質的になる配列内に含まれる。これらのＺｉｋａウイルス領域の増幅のための特に好適な増幅オリゴマーの組み合わせは、本明細書に記載されている。好適な増幅方法としては、例えば、レプリカーゼ媒介増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および転写媒介または転写関連増幅（ＴＭＡ）が挙げられる。そのような増幅方法は、当該技術分野において周知であり、本発明の方法に従って容易に使用される。
例えば、ＴＭＡ増幅を使用するいくつかの増幅方法は、以下のステップを含む。簡潔に述べると、増幅されることになっている配列を含有する標的核酸は、一本鎖核酸（例えば、ｓｓＲＮＡまたはｓｓＤＮＡ）として提供される。当業者は、二本鎖核酸（例えば、ｄｓＤＮＡ）の従来の融解が、一本鎖標的核酸を提供するために使用され得ることを理解するであろう。プロモーターベースの増幅オリゴマーは、その標的配列で標的核酸へ特異的に結合し、逆転写酵素（ＲＴ）は、標的鎖を鋳型として用いてプロモータープライマーの３’末端を伸長して、標的配列鎖のｃＤＮＡコピーを作り出し、ＲＮＡ：ｃＤＮＡ二本鎖を結果的に生じる。ＲＮａｓｅは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を消化し、第二のプライマーは、プロモータープライマー末端から下流のｃＤＮＡ鎖上に位置するその標的配列に特異的に結合する。ＲＴは、第１のｃＤＮＡ鋳型を使用して、第２のプライマーの３’末端を伸長することによって、新たなＤＮＡ鎖を合成して、機能的プロモーター配列を含有するｄｓＤＮＡを作り出す。次いで、プロモーター配列に特異的なＲＮＡポリメラーゼが、転写を開始して、反応中の最初の標的鎖の約１００～１０００個の増幅コピー（「アンプリコン」）であるＲＮＡ転写物を産生する。第２のプライマーがアンプリコンの各々の中のその標的配列に特異的に結合するときに、増幅は継続し、ＲＴがアンプリコンＲＮＡ鋳型からＤＮＡコピーを作り出して、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖を産生する。反応混合物中のＲＮａｓｅは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖からアンプリコンＲＮＡを消化し、プロモータープライマーは、新たに合成されたＤＮＡ中のその相補的配列に特異的に結合する。ＲＴは、プロモータープライマーの３’末端を伸長して、ＲＮＡポリメラーゼが結合して標的鎖に相補的である追加のアンプリコンを転写する機能的プロモーターを含むｄｓＤＮＡを作り出す。より多くのアンプリコンコピーを作製する自己触媒サイクルは、反応中に繰り返され、試料中に存在する標的核酸の約１０億倍の増幅を結果的に生じる。増幅産物は、増幅中にリアルタイムで、または増幅産物に含まれる標的配列に特異的に結合するプローブを使用することによって、増幅反応の終わりに検出され得る。結合したプローブから生じるシグナルの検出は、試料中の標的核酸の存在を示す。
いくつかの実施形態では、ＴＭＡ法は、「逆」ＴＭＡ反応を利用する。そのような変形形態では、初期または「順方向」増幅オリゴマーは、標的配列の３’末端付近の標的核酸にハイブリダイズするプライミングオリゴヌクレオチドである。逆転写酵素（ＲＴ）は、鋳型として標的核酸を使用してプライマーの３’末端を伸長することによって、ｃＤＮＡ鎖を合成する。第２または「逆」増幅オリゴマーは、合成されたｃＤＮＡ鎖内に含まれる標的配列にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を有するプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第２の増幅オリゴマーがプロモータープライマーである場合、ＲＴは、鋳型としてｃＤＮＡ鎖を使用してプロモータープライマーの３’末端を伸長して、標的配列鎖の第２のｃＤＮＡコピーを作り出し、それにより機能的プロモーター配列を含むｄｓＤＮＡを作り出す。次いで、増幅は、ＲＮＡポリメラーゼを利用したプロモーター配列からの転写の開始に関する上記のように本質的に継続する。あるいは、第２の増幅オリゴマーがプロモータープロバイダーである場合、標的配列の５’末端付近にある標的配列にハイブリダイズする終結オリゴヌクレオチドは、典型的には、終結オリゴヌクレオチドの３’末端におけるプライミングオリゴマーの伸長を終結させ、それにより、プライミングオリゴマーからの伸長によって合成された初期ｃＤＮＡ鎖の定義された３’末端を提供するために利用される。次いで、プロモータープロバイダーの標的ハイブリダイズ配列は、初期ｃＤＮＡ鎖の定義された３’末端にハイブリダイズし、ｃＤＮＡ鎖の３’末端は伸長されて、プロモータープロバイダーのプロモーター配列に相補的な配列を付加し、二本鎖プロモーター配列の形成を結果的に生じる。次いで、初期ｃＤＮＡ鎖は鋳型として使用されて、二本鎖プロモーターを認識し、それから転写を開始するＲＮＡポリメラーゼを使用して、プロモーター部分を含まない初期ｃＤＮＡ鎖に相補的な複数のＲＮＡ転写物を転写する。次いで、これらのＲＮＡ転写物の各々は、第１のプライミング増幅オリゴマーからのさらなる増幅のための鋳型として機能するために利用可能である。
増幅産物の検出は、様々な方法によって達成され得る。核酸は、検出可能な電気的変化などの物理的変化をもたらす表面と会合されてもよい。増幅された核酸は、それらをマトリックスの中または上で濃縮し、核酸またはそれらと関連する色素（例えば、臭化エチジウムまたはサイバーグリーンなどの挿入剤）を検出するか、または溶液相中の核酸と関連する色素の増加を検出することによって検出され得る。他の検出方法は、増幅産物中の配列に特異的にハイブリダイズし、プローブ：産物複合体の存在を検出するように構成された核酸検出プローブを使用してもよく、または増幅産物と関連する検出可能なシグナルを増幅させ得るプローブの複合体を使用することによる（例えば、米国特許第５，４２４，４１３号、同第５，４５１，５０３号、および同第５，８４９，４８１号）。増幅産物と特異的に会合する直接的または間接的に標識されたプローブは、試料中の標的核酸の存在を示す検出可能なシグナルを提供する。特に、増幅産物は、ＺｉｋａウイルスゲノムＲＮＡの配列中の、またはそれに相補的な標的配列を含み、プローブは、増幅産物に含まれる配列に直接的または間接的に結合して、試験試料中のＺｉｋａウイルス核酸の存在を示す。
相補的な増幅配列にハイブリダイズする検出プローブの好ましい実施形態は、ＤＮＡおよびＲＮＡオリゴマー、またはＤＮＡおよびＲＮＡヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴマー、または修飾された骨格で合成されたオリゴマー、例えば、１つ以上の２’－メトキシ置換リボヌクレオチドを含むオリゴマーであってもよい。増幅されたＺｉｋａウイルス配列の検出のために使用されるプローブは、標識されず、間接的に（例えば、プローブ上の部分への別の結合パートナーの結合によって）検出されてもよく、または様々な検出可能な標識で標識されてもよい。本発明の方法に従った使用に適した検出プローブの特定の実施形態は、本明細書においてさらに記載される。転写媒介増幅（ＴＭＡ）を使用したある特定の実施形態など、Ｚｉｋａウイルス配列を検出するための方法のいくつかの好ましい実施形態では、検出プローブは、線状化学発光標識プローブ、より好ましくは、線状アクリジニウムエステル（ＡＥ）標識プローブである。
転写媒介増幅を使用した他の実施形態は、プロモーターベースの増幅オリゴマーを利用し、それは、第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、第１の領域に対して５’に位置し、第２の領域は、ＲＮＡポリメラーゼに対するプロモーター配列を含むが、その３’末端からのＤＮＡ合成の開始を妨げるように修飾されない。いくつかの実施形態では、検出方法に従って使用するためのプロモータープライマーは、以下から選択される配列に実質的に対応するか、またはそれと同一の配列を有する標的ハイブリダイズ配列を含む。配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、および配列番号１１１。
Ｚｉｋａウイルス核酸の検出のためのアッセイは、任意に、内部対照（ＩＣ）配列に特異的な増幅および検出オリゴマーを使用することによって、同じアッセイ反応混合物中で増幅および検出される非ＺｉｋａウイルスＩＣ核酸を含んでもよい。ＩＣ核酸配列は、ＲＮＡ鋳型配列（例えば、インビトロ転写物）、試料にスパイクされた合成核酸配列であってもよく、またはＩＣ核酸配列が細胞成分であってもよい。細胞成分であるＩＣ核酸配列は、検体に対して外来性の細胞源または内在性の細胞源由来のものであってもよい。これらの場合、内部対照核酸は、増幅反応混合物中のＺｉｋａウイルス核酸と共増幅される。内部対照増幅産物およびＺｉｋａウイルス標的配列増幅産物は、独立して検出され得る。下記の手順では、２つの異なる内部対照系を採用した。
内部対照系のための第１の配置は、プライマー結合部位間の位置における増幅産物、またはその相補体をハイブリダイズしたプライマーとオリゴヌクレオチドプローブとの対になった組を用いる増幅および検出反応の完全性を監視するのに有用であった。単純な適用では、内部対照鋳型核酸は、プローブ結合部位として機能する塩基の配列において分析物鋳型核酸と区別され得る。これらの塩基は、スクランブルされてもよく、無関係の塩基配列によって置き換えられてもよく、または単に示差プローブ結合をもたらすのに十分な数の点変異を含んでもよい。このようにして、分析物核酸の増幅から生じる核酸産物は、内部対照特異的プローブによってではなく、分析物特異的プローブによって検出され得る。同様に、内部対照核酸の増幅から生じるアンプリコンは、分析物特異的プローブによってではなく、内部対照特異的プローブによって検出され得る。この構成により、分析物および内部対照核酸鋳型の両方が、同一のプライマーまたはプライマーの組を使用して増幅され得ることが可能になる。
ある特定の実施形態では、増幅されたＩＣ配列からのシグナルの増幅および検出は、意図された標的Ｚｉｋａウイルス核酸（例えば、Ｚｉｋａウイルスに陰性反応を示す試料）に対してシグナルが得られない場合、アッセイ試薬、条件、およびアッセイステップの性能が、アッセイで適切に使用されたことを実証する。ＩＣはまた、定量的結果が所望される場合、すなわち、ＩＣ増幅および検出から得られたシグナルが使用されて、増幅されたＺｉｋａウイルス標的配列に対して得られたシグナルに基づき、試料中のＺｉｋａウイルス核酸の量を定量化するためのアルゴリズムで使用されるパラメーターを設定する場合、アッセイための内部キャリブレータとして使用され得る。ＩＣはまた、アッセイにおける１つ以上のステップの完全性を監視するためにも有用である。合成ＩＣ核酸配列の好ましい実施形態は、自然発生源（例えば、ランダムに再配列されたＨＩＶ配列）に由来したランダム配列である。他の好ましいＩＣ核酸配列は、自然発生源から単離された、またはアッセイに含まれるＩＣのコピー数が正確に決定され得るように、クローン化されたランダム化配列から転写物を作製することなどによってインビトロで合成された、ＲＮＡ転写物であってもよい。ＩＣ標的配列のためのプライマーおよびプローブは、任意の周知の方法を使用することによって構成および合成されるが、ただし、プライマーおよびプローブが、Ｚｉｋａウイルス標的配列を増幅および検出するために使用される実質的に同じアッセイ条件を使用して、ＩＣ標的配列の増幅および増幅されたＩＣ配列の検出のために機能することを条件とする。標的捕捉ベースの精製ステップを含む好ましい実施形態では、ＩＣ標的に特異的な標的捕捉プローブが標的捕捉ステップにおけるアッセイに含まれ、これにより、ＩＣが、アッセイステップの全てにおける意図されたＺｉｋａウイルス分析物に対する方法と類似した方法で、アッセイで処理されることが好ましい。
また、試料中のＺｉｋａウイルス標的核酸の有無を判定するための反応混合物が、本発明によって提供される。本発明に従った反応混合物は、以下のうちの１つ以上を少なくとも含む。Ｚｉｋａウイルス標的核酸の増幅のための本明細書に記載されるオリゴマーの組み合わせ、Ｚｉｋａウイルス標的核酸を精製するための本明細書に記載される捕捉プローブオリゴマー、およびＺｉｋａウイルス増幅産物の有無を判定するための本明細書に記載される検出プローブオリゴマー。反応混合物は、例えば、捕捉プローブ核酸のアレイなどの多くの任意の成分をさらに含んでもよい。増幅反応混合物に関して、反応混合物は、典型的には、例えば、緩衝液、塩溶液、適切な三リン酸ヌクレオチド（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、およびＵＴＰ）、ならびに／または酵素（例えば、逆転写酵素および／もしくはＲＮＡポリメラーゼ）などのインビトロ増幅を実施するのに適した他の試薬を含み、典型的には、Ｚｉｋａウイルス標的核酸が存在しても存在しなくてもよい試験試料成分を含む。加えて、増幅オリゴマーの組み合わせと共に検出プローブを含む反応混合物に関して、反応混合物のための増幅オリゴマーおよび検出プローブオリゴマーの選択は、共通の標的配列によって結合される（すなわち、反応混合物は、反応混合物の増幅オリゴマーの組み合わせによって増幅可能な配列に結合するプローブを含む）。反応混合物は、水溶液または乾燥組成物（例えば、凍結乾燥組成物、噴霧乾燥組成物など）であってもよい。乾燥組成物は、緩衝液、充填剤、および安定剤を含んでもよい。一実施形態では、充填剤は、乾燥組成物中に、好ましくは約５％（ｗ／ｗ）未満の濃度で存在する。充填剤は、非晶質糖の二糖類形態であってもよい。好ましくは、充填剤は、マンニトール、トレハローススクロース、ラクトース、ソルビトール、ラフィノース、およびグルコースのうちの１つ以上である。
本明細書に記載される方法を実施するためのキットもまた、本発明によって提供される。本発明に従ったキットは、以下のうちの１つ以上を少なくとも含む。Ｚｉｋａウイルス標的核酸の増幅のための本明細書に記載される増幅オリゴマーの組み合わせ、Ｚｉｋａウイルス標的核酸を精製するための本明細書に記載される捕捉プローブオリゴマー、Ｚｉｋａウイルス増幅産物の有無を判定するための本明細書に記載される検出プローブオリゴマー、およびＺｉｋａウイルス標的核酸を検出するためのアッセイの感度をデチューニングするための本明細書に記載されるプローブ保護オリゴマー。キットは、例えば、捕捉プローブ核酸のアレイなどの多くの任意の成分をさらに含んでもよい。キット中に存在し得る他の試薬は、緩衝液、塩溶液、適切な三リン酸ヌクレオチド（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、およびＵＴＰ）、ならびに／または酵素（例えば、逆転写酵素および／もしくはＲＮＡポリメラーゼ）などのインビトロ増幅を実施するのに適した試薬を含む。本明細書に記載されるオリゴマーは、様々な異なる実施形態でパッケージングされてもよく、当業者は、本発明が多くの異なるキット構成を包含することを理解するであろう。例えば、キットは、Ｚｉｋａウイルスゲノムの１つの標的配列のみのための増幅オリゴマーを含んでもよく、またはそれは、複数のＺｉｋａウイルス標的配列のための増幅オリゴマーを含んでもよい。加えて、増幅オリゴマーの組み合わせと共に検出プローブを含むキットに関して、キットのための増幅オリゴマーおよび検出プローブオリゴマーの選択は、共通の標的配列によって結合される（すなわち、キットは、キットの増幅オリゴマーの組み合わせによって増幅可能な配列に結合するプローブを含む）。ある特定の実施形態では、キットは、本発明に従った方法を実施するための指示書一式をさらに含み、指示書は、パッケージ挿入物および／またはキットもしくはその構成要素のパッケージングと関連し得る。
ステップの順序
標的捕捉：本明細書に示される標的捕捉オリゴヌクレオチド配列を有するＺｉｋａウイルス標的捕捉オリゴヌクレオチドを使用して鋳型を捕捉したことを除いて、核酸は、本質的に、公開された国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０００／１８６８５号に開示された手順に従って、増幅前に検体処理および標的捕捉を受けた。特に、捕捉オリゴヌクレオチドは、アッセイの増幅反応または検出反応に関与しない。ＩＶＴまたはウイルス含有試料を標的捕捉試薬と組み合わせて、磁気ビーズ上に配置されたオリゴヌクレオチドを捕捉するための核酸放出およびハイブリダイゼーションを容易にした。試料からＺｉｋａウイルス核酸を捕捉するためにインキュベーションを実施した。インキュベーション後、磁気ビーズおよび任意の捕捉標的核酸を、洗浄ステップのために１０～２０分間、磁気洗浄ステーションに移した。次いで、捕捉された標的核酸を増幅反応においてアッセイした。
転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応を、本質的に米国特許第５，３９９，４９１号（Ｋａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．）に記載されるように行った。単離した標的核酸を、６０℃に１０分間加熱した増幅試薬中のプライマーと組み合わせ、次いでプライマーアニーリングを容易にするために４２℃に冷却した。次いで、当業者にはよく知られているように、酵素試薬を混合物に添加し、増幅反応を実施した。
検出：４２℃で１時間のインキュベーション後、増幅反応体積を、当業者によく知られている技術を使用して、化学発光化合物で内部標識したプローブを用いたハイブリダイゼーションアッセイに供し、次いでハイブリダイゼーション反応における各プローブに対して、約２Ｅ＋０６～約６Ｅ＋０６ＲＬＵに等しい量で使用した。（例えば、米国特許第５，５８５，４８１号および同第５，６３９，６０４号を参照されたい）。ハイブリダイゼーション反応に続いて、０．１５Ｍの四ホウ酸ナトリウム（ｐＨ８．５）、および１％ ＣＴＴＲＩＴＯＮ Ｘ－１００（Ｕｎｉｏｎ Ｃａｒｂｉｄｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；Ｄａｎｂｕｒｙ，ＣＴ）のアリコートを添加した。これらの混合物を最初に６０℃で１０分間インキュベートして、ハイブリダイズされていないプローブに結合した化学発光標識を不活性化し、ハイブリダイゼーションシグナルを読み取る前に短時間で室温（すなわち１５～３０℃）に冷却した。各試料中のハイブリダイズされたプローブによる化学発光を、１ｍＭの硝酸および０．１％（ｖ／ｖ）過酸化水素の注入、続いて１Ｎの水酸化ナトリウムを含む溶液の注入のために構成された市販の器具（Ｇｅｎ－Ｐｒｏｂｅ Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ；Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用してアッセイした。化学発光反応の結果を相対発光量（ＲＬＵ）で測定した。この手順では、シグナル／ノイズ値は、標的核酸の非存在下で測定したバックグラウンドシグナルで割った特異的にハイブリダイズされたプローブと関連する標識によって生成された化学発光シグナル（ＲＬＵで測定）に対応した。
Figure 2022161989000004
以下は、Ｚｉｋａウイルス増幅および検出アッセイの非限定的な例である。
実施例１
増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの多数の組を、Ｚｉｋａウイルスを差別的に増幅および検出するように構成した。本実施例では、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応を、本質的にＫａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．による米国特許第５，３９９，４９１号に記載されるように行った。７５μＬの増幅反応混合物中の各Ｔ７プライマーおよび非Ｔ７プライマーの反応当たり約５ｐｍｏｌｅを使用して、増幅オリゴヌクレオチドの様々な組み合わせに対して増幅反応を行った。アクリジニウムエステル（ＡＥ）標識検出プローブの各々の反応当たり約２ １０＾６の反応性発光単位（ＲＬＵ）を使用したハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）によって、増幅産物を検出した。
増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの第１の組を、ｚｉｋａウイルス領域内の標的配列を増幅するように構成し、Ｚｉｋａウイルス領域は、配列番号１の核酸塩基７１３２～７６４１（ｚｉｋａ０７ｋ領域）に対応する。増幅オリゴマーは、非Ｔ７プライマーに対して、配列番号１１～２３および２７、プロモータープライマーに対して、それらの３’末端でプロモータープライマー配列の配列番号１７９（配列番号７４～７６、７８～８３、８５～８７、および８９）に結合された配列番号１１３～１１５および１２５～１３４からの標的ハイブリダイズ配列であった。検出プローブは、エステラーゼ標識検出プローブ、配列番号６９～７３であった。
増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの第２の組を、ｚｉｋａウイルス領域内の標的配列を増幅するように構成し、Ｚｉｋａウイルス領域は、配列番号１の核酸塩基３３４０～３８６２（ｚｉｋａ０３ｋ領域）に対応する。増幅オリゴマーは、非Ｔ７プライマーに対して、配列番号２８～３５、プロモータープライマーに対して、それらの３’末端でプロモータープライマー配列の配列番号１７９（配列番号９０～９２、９４、９５、および９７）に結合された配列番号１１６、１１７、および１３５～１３８からの標的ハイブリダイズ配列であった。検出プローブは、エステラーゼ標識検出プローブ、配列番号５８であった。
増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの第３の組を、ｚｉｋａウイルス領域内の標的配列を増幅するように構成し、Ｚｉｋａウイルス領域は、配列番号１の核酸塩基５８０６～６３８０（ｚｉｋａ０６ｋ領域）に対応する。増幅オリゴマーは、非Ｔ７プライマーに対して、配列番号３６～４１、４３、４５、４６、および４８、プロモータープライマーに対して、それらの３’末端でプロモータープライマー配列の配列番号１７９（配列番号１３９～１４７）に結合された配列番号９８～１０６からの標的ハイブリダイズ配列であった。検出プローブは、エステラーゼ標識検出プローブ、配列番号５９および６１～６３であった。
増幅および検出オリゴヌクレオチド（それぞれ配列番号１９１～１９３）の各組を試験するために、インビトロ転写物（ＩＶＴ）を作製した。各ＩＶＴのストック濃度を測定し、次いでストックＩＶＴをそれぞれ約１０コピー／ｍＬに希釈した。別々の標的捕捉反応を、上記のように、および以下の標的捕捉オリゴヌクレオチドを使用して調製した。配列番号１９１の捕捉に対して配列番号１６０～１６３、配列番号１９２の捕捉に対して配列番号１５３～１５６、および配列番号１９３の捕捉に対して配列番号１５７～１５９。次いで、捕捉されたＩＶＴを増幅反応混合物と組み合わせ、等温増幅反応を実施した。これらの試験のために使用された増幅オリゴマー対は、上記の増幅および検出オリゴマーの組の各々に列挙された非Ｔ７プライマーおよびプロモータープライマーの組み合わせであった。エステラーゼ標識検出プローブを使用して、増幅産物を検出した。検出プローブ配列番号６９、５８、および６１を使用して、組１、組２、および組３の増幅オリゴマーからそれぞれ生成された増幅産物を検出した。照度計を使用して、検出プローブシグナル（ＲＬＵ）を読み取った。次いで、シグナル／カットオフ値（ＳＣＯ）を提供するために、各反応に対するＲＬＵデータをカットオフ値に対して計算した。以下の表３～５は、組１～３の各々からの増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの組み合わせに関するＳＣＯデータを報告する。
Figure 2022161989000005

Figure 2022161989000006

Figure 2022161989000007

Figure 2022161989000008
１より大きいＳＣＯは、増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの組み合わせがロバストな検出シグナルを提供したことを示す。より好ましいＳＣＯは、１０より大きく、さらにより好ましいＳＣＯは、１００より大きい。これらの結果は、オリゴヌクレオチドの様々な組み合わせが、カットオフ値を上回る検出可能なＺｉｋａウイルスＩＶＴ増幅産物を提供するのに有効であったことを示す。これらの増幅オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドとの組み合わせの多くをさらなる試験で使用した。
実施例２
本実施例は、２つのＺｉｋａウイルス標的配列の増幅のための様々なプライマーの組を使用した多重増幅反応を記載する。Ｚｉｋａウイルスアッセイは、単一の管で行われる３つの主なステップ、試料調製、転写媒介増幅（ＴＭＡ）によるＺｉｋａウイルスＲＮＡ標的増幅、およびハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）による増幅産物（アンプリコン）の検出を伴った。以下の表６は、このアッセイで使用される増幅オリゴヌクレオチドの組み合わせを列挙する。
Figure 2022161989000009
表６に列挙された条件の各々を、（１）それぞれ１ｍＬの内部対照緩衝液当たり１０および０コピーにおける、Ｚｉｋａウイルスインビトロ転写物（配列番号１９１および１９２によって表されるＩＶＴ）（以下の実施例３を参照されたい）、ならびに（２）１ｍＬのＢＩ００５２（Ｚｉｋａウイルス陰性ヒト血清）当たり０、１ ｅ－２、および３ ｅ－３プラーク形成単位における、ストックウイルスＰ６－７４０（Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ，Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡから入手可能）を使用して、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応において試験した。転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応を、本質的にＫａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．による米国特許第５，３９９，４９１号に記載されるように行った。７５μＬの増幅反応混合物中の各Ｔ７プライマーおよび非Ｔ７プライマーの反応当たり約５ｐｍｏｌｅを使用して、様々なプライマーの組み合わせに対して増幅反応を行った。配列番号５８および６９に示される核酸塩基配列を有するＡＥ標識検出プローブの各々の反応当たり約２ １０＾６の反応性発光単位（ＲＬＵ）を使用したハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）によって、増幅産物を検出した。ＩＶＴ希釈物の各々およびストックウイルス希釈物の各々に対して、各条件を複製（５個の複製）で試験した。ＺｉｋａウイルスＩＶＴの１０コピーで観察されたＲＬＵ値を、ＺｉｋａウイルスＩＶＴの０コピーで観察されたバックグラウンドＲＬＵ値で割ることによって、各プライマーの対に対するシグナル／ノイズ比を計算した。条件および希釈物のための全ＲＬＵ値は、以下の表７に示される。
Figure 2022161989000010
１００，０００を超えるＲＬＵを示したプライマーの対は、Ｚｉｋａウイルス標的核酸の少なくとも１ｍＬ当たり標的核酸の１０コピーほどの低さの増幅に成功したと見なされた。これらのデータは、増幅オリゴヌクレオチドの組み合わせの全てが、１ｍＬのストックＺｉｋａウイルス当たり３ ｅ－３ｐｆｕほどの低さ、および１ｍＬのＩＶＴ＃１（配列番号１９１）当たり１０コピーほどの低さを増幅するために良好に機能したことを示す。条件１は、ＩＶＴ＃２（配列番号１９２）の１０コピーを増幅および／または検出することができず、条件３は、５個の複製のうち１回のみでこの標的をうまく増幅および／または検出した。条件２、４、および５の組み合わせは、うまく増幅および／または検出された複製の数を改善したが、それでもなお５つの成功した増幅および検出反応のうちの５つを示したものはなかった。したがって、この試験の組（条件１および３）において、配列番号３０および９４の増幅オリゴマーのみの組み合わせは十分に機能しなかったが、この組み合わせに配列番号９５を加えると、非常に良好なアッセイが得られた（条件５）。同様に、配列番号３５および９２の増幅オリゴヌクレオチドの組み合わせは、５のうちのこれらの試験３および４（条件２および４）において良好に機能した。さらなる組み合わせを試験した。
実施例３
本実施例は、異なるオリゴマーの組み合わせを使用して実施されたＺｉｋａウイルス増幅および検出アッセイを記載する。試料およびオリゴヌクレオチドの組み合わせは、以下の表８～９に列挙する。Ｈｏｌｏｇｉｃ Ｐａｎｔｈｅｒ Ｓｙｓｔｅｍ Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を使用して、増幅および検出反応を実施した。
Figure 2022161989000011

Figure 2022161989000012
多重ＴＭＡ増幅および検出反応を実施して、増幅オリゴマーと検出オリゴマーとの組み合わせの分析感度を決定した。このＺｉｋａウイルスアッセイは、単一の管で行われる３つの主なステップ、試料調製、転写媒介増幅（ＴＭＡ）によるＺｉｋａウイルスＲＮＡ標的増幅、およびハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）による増幅産物（アンプリコン）の検出を伴った。試験試料は、ＩＣ緩衝液で連続希釈されたインビトロ転写物（ＩＶＴ）、ＺｉｋａウイルスＲＮＡをスパイクされ、ヒト血漿で連続希釈された、寄付されたヒト血液、ＺｉｋａウイルスＲＮＡをスパイクされた死体血漿または死体血清、およびＺｉｋａウイルスに対して陽性であると判定された臨床試料を含んだ。転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応を、本質的にＫａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．による米国特許第５，３９９，４９１号に記載されるように行った。７５μＬの増幅反応混合物中の各Ｔ７プライマーおよび非Ｔ７プライマーの反応当たり約５ｐｍｏｌｅを使用して、増幅オリゴヌクレオチドの様々な組み合わせに対して増幅反応を行った。アクリジニウムエステル（ＡＥ）標識検出プローブの各々の反応当たり約２ １０＾６の反応性発光単位（ＲＬＵ）を使用したハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）によって、増幅産物を検出した。各増幅オリゴヌクレオチド条件を、各試料希釈物の各々において５個の複製で試験した。増幅オリゴマーの組み合わせは、上記の表８に示される。ＡＥ標識検出プローブオリゴマーとして配列番号５８および６９を使用して、検出反応を実施した。表１０～１２は、これらの反応の結果を示す。表１０は、増幅オリゴヌクレオチドの条件１～５に対するＲＬＵ値を示す。表１１および表１２は、増幅オリゴヌクレオチドの条件６に対する分析感度および臨床的感度を示す。表１１中、平均とは、全ての試料が非反応性である場合（この場合、平均とは、全ての非反応性試料の平均を意味する）を除き、反応性試料の平均を意味する。
Figure 2022161989000013
Figure 2022161989000014

Figure 2022161989000015
これらのデータは、条件３および５が１ｍＬのＩＶＴ＃１（配列番号１９１）当たり１０コピーほどの低さの増幅において良好に機能したことを示す。条件１、２、および４は、１ｍＬの配列番号１９１当たり１０コピーを含む５個の複製のうちの２～３を増幅した。条件１、２、３、および５は、１ｍＬのＩＶＴ＃２（配列番号１９２）当たり１０コピーを含む５個の複製のうちの１～２を増幅する。本実験では、様々なｐｆｕ／ｍＬのＰ６－７４０ウイルス由来の標的核酸の増幅において良好に機能した条件はなく、条件３のみが、各濃度で５個の複製のうちの１つを増幅した。多重アッセイのプロビット分析は、ＩＶＴＡ＆Ｂおよびスパイクされた血液ドナー試料に対するコピー／ｍＬ（９５％信頼限界）の検出確率が、（ｉ）５０％の確率に対して２０４（２．０～２．９）、９５％の確率に対して１３．４（９．９～２０．３）、および（ｉｉ）５０％の確率に対して１．０（０．８～１．２）、ならびに９５％の確率に対して５．９（４．３～８．９）であることを示した。臨床試料は、未希釈試料中で１００％（９５％ ＣＩ ８７～１００％）の感度（２６個のうち２６個）、および１：１６のプールされた試料中で９６％（９５％ ＣＩ ９１～９８％）の感度（１０４個のうち１００個）を示した。したがって、これらの増幅オリゴヌクレオチドの組み合わせは、９９．９０％を超えるアッセイ特異性に対して、１ｍＬ当たりのＺｉｋａウイルス核酸の約６～約１３コピーまでの、ＺｉｋａウイルスＲＮＡの非常に高感度な検出を実証する。
Figure 2022161989000016

Figure 2022161989000017

Figure 2022161989000018

Figure 2022161989000019

Figure 2022161989000020

Figure 2022161989000021

Figure 2022161989000022

Figure 2022161989000023
上記から、本発明の特定の実施形態が例示目的で本明細書に記載されているが、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく様々な修正が行われ得ることが理解されるであろう。したがって、本発明は、添付の特許請求の範囲によるものを除いて限定されない。本明細書で引用された全ての出版物、特許、および特許出願は、あらゆる目的で参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

Claims (1)

  1. 図面に記載の発明。
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