JP2020537518A - オリゴヌクレオチド組成物及びその方法 - Google Patents
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Abstract
とりわけ、本開示は、スプライシングを改変する技術、特にスプライシング産物中のエクソンの取り込みを増加させる技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、SMN2オリゴヌクレオチド、組成物及びその方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、エクソン7含有SMN2スプライシング産物及び/又はその遺伝子産物のレベルを増加させることができる。一部の実施形態において、本開示は、スプライシング関連病態、障害及び疾患の治療の方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、SMA(脊髄性筋萎縮症)及びALS(筋萎縮性側索硬化症)などのSMN2関連病態、障害及び疾患の治療の方法を提供する。
Description
関連出願の相互参照
本願は、2017年10月12日に出願された米国仮特許出願第62/571,686号明細書及び2018年7月20日に出願された同第62/701,078号明細書に対する優先権を主張するものであり、この各々の全体が参照により本明細書に援用される。
本願は、2017年10月12日に出願された米国仮特許出願第62/571,686号明細書及び2018年7月20日に出願された同第62/701,078号明細書に対する優先権を主張するものであり、この各々の全体が参照により本明細書に援用される。
改良された、ある場合には修正されたRNAスプライシングは、ある種の病態、障害及び/又は疾患、例えばSMA(脊髄性筋萎縮症)、ALS(筋萎縮性側索硬化症)等を有するか又はそれに罹患している患者に有益となり得ることが報告されている。
とりわけ、本開示は、核酸のスプライシングを改変する技術、特に転写物のスプライシングを改変する技術(例えば、組成物、方法等)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、適切な参照条件(例えば、オリゴヌクレオチド組成物が存在しないこと、適切な参照オリゴヌクレオチド組成物が存在すること等)と比較してスプライシング産物における特定の核酸配列、例えばエクソン又はその一部分の取り込みを促進し得るオリゴヌクレオチド組成物及びその方法を提供する。特に、本開示は、立体化学(例えば、キラルな結合リン原子の立体化学)が、任意選択で化学修飾、例えば糖修飾、塩基修飾、インターヌクレオチド結合修飾等との組み合わせにおいて、特性及び/又は活性が向上したオリゴヌクレオチド及びその組成物をもたらし得るという認識を包含する。本開示において認識され且つ実証される通り、オリゴヌクレオチド立体異性体、例えばステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物に含まれるものなど(例えば、同じ組成(当業者が理解する通り、分子実体における原子のアイデンティティ及び連結の方法(及び対応する結合多重度)(その空間的配置によって生じる任意の差異を省く))を共有するが、その結合リン原子における立体化学配置が異なる複数のオリゴヌクレオチドを含むもの)は、劇的に異なる特性及び/又は活性、例えばスプライシング産物における特定のエクソンの取り込みを促進する活性を有し得る。従って、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物は、所望の活性を有さず、且つ/又は更には負の効果さえ有するオリゴヌクレオチドを含め、異なる特性及び/又は活性を有するオリゴヌクレオチドのランダムな混合物である。とりわけ、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(例えば、ランダムでない(所定の)レベルの複数の同一オリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)が、適切な参照オリゴヌクレオチド組成物(例えば、他の点では同一であるが、キラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物)と比較してより均一な及び/又は向上した特性及び/又は活性、例えばスプライシング産物における所望の核酸配列のより有効な取り込み(例えば、mRNA産物における所望のエクソンのより有効な取り込み)をもたらし得ることを実証する。
一部の実施形態において、提供される技術は、適切な参照技術と比較してスプライシング産物への標的エクソンの取り込みの促進に特に有用である。一部の実施形態において、標的エクソンは、1つ以上のスプライシング産物に存在しないが、1つ以上の他のスプライシング産物に存在するエクソンである。一部の実施形態において、標的エクソンを含有する1つ以上のスプライシング産物は、その標的エクソンを含有しない1つ以上のスプライシング産物と比較して病態、障害又は疾患と関連性がないか又は関連性の程度が低い。一部の実施形態において、提供される技術は、参照技術と比較して1つ以上のスプライシング産物への核酸配列、例えば標的エクソンの取り込みレベルの増加をもたらす。一部の実施形態において、増加は、参照レベル(例えば、参照技術のレベル)の少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、150%、200%、300%、400%、500%又は1,000%である。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする。
とりわけ、本開示は、追加の化学的部分(例えば、炭水化物部分)、特にアシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)に結合する化学的部分を含むオリゴヌクレオチドが予想外に高い活性を提供し得ることを実証する(例えば、図3を参照されたい)。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、複数のオリゴヌクレオチド及び/又は特定のオリゴヌクレオチドタイプは、限定はされないが、糖修飾又はそのパターン及び/又は追加の化学的部分を含めた化学修飾によって更に特徴付けられるか又は定義される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、複数のオリゴヌクレオチド及び/又は特定のオリゴヌクレオチドタイプは、限定はされないが、糖修飾若しくはそのパターン及び/又はアシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を含めた化学修飾によって更に特徴付けられるか又は定義される。一部の実施形態において、1つ以上の追加の化学的部分、例えばASGRリガンド(例えば、GalNAc部分又はその変異体若しくは誘導体)を含むオリゴヌクレオチドは、SMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、1つ以上の追加の化学的部分、例えばASGRリガンド(例えば、GalNAc部分又はその変異体若しくは誘導体)を含むオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチドである(例えば、ヌシネルセンのオリゴヌクレオチド鎖と1つ以上の追加の化学的部分とを含むオリゴヌクレオチド(例えば、表1Aにおける特定のオリゴヌクレオチドのように任意選択でリンカーを介してヌシネルセンの5’末端に連結したMod001))。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の追加の化学的部分、例えばASGRリガンド(例えば、GalNAc部分又はその変異体若しくは誘導体)を含むステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチドを含むステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、1つ以上の追加の化学的部分、例えばASGRリガンド(例えば、GalNAc部分又はその変異体若しくは誘導体)を含むオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の追加の化学的部分、例えばASGRリガンド(例えば、GalNAc部分又はその変異体若しくは誘導体)をそれぞれ含む複数のSMN2オリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、SMN2オリゴヌクレオチドは、本開示に記載される通りの1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、複数のSMN2オリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。
ASGRに結合することのできる様々な化学的部分並びにASGRリガンドの多数の設計、開発、調製及び/又は評価技術が当技術分野において公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、ASGRリガンドであるか、それを含むか又はその誘導体である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、炭水化物部分(例えば、単環式、二環式、多環式糖部分)である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、ガラクトース又はその誘導体である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、同じであるか又は異なり得る2つ以上の追加の化学的部分を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2つ以上のASGRリガンド部分を含み、例えば、一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2つ以上のGalNAc部分又はその変異体若しくは誘導体を含む。一部の実施形態において、本明細書で実証される通り、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体は、モノアンテナ型、バイアンテナ型、トリアンテナ型又はマルチアンテナ型(例えば、4つ以上の分枝又はアンテナを含む)構造(例えば、Mod001のようなもの)として組み込むことができる。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド、SMN2オリゴヌクレオチド組成物、複数のSMN2オリゴヌクレオチド及び/又は特定のSMN2オリゴヌクレオチドタイプは、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を含み、ここで、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び/又は組成物、例えばSMN2オリゴヌクレオチド、SMN2オリゴヌクレオチド組成物、複数のSMN2オリゴヌクレオチド及び/又は特定のSMN2オリゴヌクレオチドタイプ等は、1個以上の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える)キラル制御されたインターヌクレオチド結合と、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する1個の以上の追加の化学的部分とを含む。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び/又は組成物、例えばSMN2オリゴヌクレオチド、SMN2オリゴヌクレオチド組成物、複数のSMN2オリゴヌクレオチド及び/又は特定のSMN2オリゴヌクレオチドタイプは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含まない(ステレオランダムであるか又はキラル制御されていない)が、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を含む。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。
一部の実施形態において、陰性対照参照組成物は、その存在下でエクソンの取り込みが目的の目標閾値より低いか又はそれを超えないレベルでのみ起こる組成物である。一部の実施形態において、目的の目標閾値とは、キラル制御されておらず、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含まないオリゴヌクレオチド組成物、例えばSMN2エクソン7取り込みについてのヌシネルセンのエクソン取り込みレベルである。一部の実施形態において、目標閾値は、他の点では同一又は同等の条件でいかなるオリゴヌクレオチド又は他の処理も存在しない場合に観察されるエクソン取り込みレベルの1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、6、7、8、9又は10倍である。一部の実施形態において、目標閾値は、他の点では同一又は同等の条件でいかなるオリゴヌクレオチド又は他の処理も存在しない場合に観察されるエクソン取り込みレベルを1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、6、7、8、9、10、15若しくは20標準偏差又はそれを超えて上回る。
一部の実施形態において、本開示は、核酸のスプライシングを改変する方法を提供し、この方法は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含み、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが核酸スプライシング系の核酸と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて標的核酸配列の取り込みレベルが増加される点で核酸のスプライシングが改変されることを特徴とする。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含み、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが核酸スプライシング系の核酸と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて標的核酸配列の取り込みレベルが増加される点で核酸のスプライシングが改変されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、標的転写物のスプライシングを改変する方法を提供し、この方法は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含み、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含み、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、核酸を、共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させることにより、核酸のスプライシングを改変する方法において、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが核酸スプライシング系の核酸と接触されるとき、同じ共通の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含み、キラル制御されておらず、他の点では同等のオリゴヌクレオチド組成物を使用したときに観察されるものと比べて標的核酸配列の取り込みレベルが増加される点で核酸のスプライシングが改変されることを特徴とすることを改良点とする方法を提供する。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが核酸スプライシング系の核酸と接触されるとき、同じ共通の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含み、キラル制御されておらず、他の点では同等のオリゴヌクレオチド組成物を使用したときに観察されるものと比べて標的核酸配列の取り込みレベルが増加される点で核酸のスプライシングが改変されることを特徴とすることを改良点とする方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、転写物を、共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物と接触させることにより、標的転写物の転写物スプライシングを改変する方法において、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、同じ共通の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含み、キラル制御されておらず、他の点では同等のオリゴヌクレオチド組成物を使用したときに観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とすることを改良点とする方法を提供する。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、同じ共通の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含み、キラル制御されておらず、他の点では同等のオリゴヌクレオチド組成物を使用したときに観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とすることを改良点とする方法を提供する。
一部の実施形態において、同じオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、同じ塩基及び/若しくは糖修飾並びに/又は追加の化学的部分を有する。一部の実施形態において、同じタイプのオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。
一部の実施形態において、提供される方法では、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。
一部の実施形態において、提供される方法は、アシアロ糖タンパク質受容体を典型的に発現する中枢神経系及び/又は肝臓及び/又は他の組織で実施される。とりわけ、本開示は、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する化学的部分を組み込むと、被験動物におけるSMA均等症に示される通りSMAの治療及び/又は予防におけるオリゴヌクレオチドの有効性が向上することを実証する。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、この向上は、アシアロ糖タンパク質受容体を発現する中枢神経系及び/若しくは肝臓並びに/又は他の組織への送達の増加及び/又はそこにおける機能性転写物(例えば、SMAにおける完全長SMN)及び/又はその産物の産生の増加に関係し得る。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、核酸配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的な又は同一の塩基配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、転写物の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、転写物の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、プレmRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、プレmRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、イントロン配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、イントロン配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、mRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、mRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、100%である。一部の実施形態において、一部分は、少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25核酸塩基長である。一部の実施形態において、一部分は、その一部分と同一の配列を含有するゲノム配列又はそれからの転写物が他にない点で核酸にユニークである。一部の実施形態において、核酸を標的とするオリゴヌクレオチドであり、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本開示に記載される通りの核酸配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的な塩基配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、核酸を標的とするオリゴヌクレオチドであり、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本開示に記載される通りの核酸配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一の塩基配列であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、SMN2配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的な又は同一の塩基配列であるか又はそれを含む(「SMN2オリゴヌクレオチド」)。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2転写物の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2転写物の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2プレmRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2プレmRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2イントロン配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2イントロン配列の一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2 mRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は、SMN2 mRNAの一部分と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%同一である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、100%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、100%であり、一部分は、少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25核酸塩基長である。一部の実施形態において、本開示は、限定はされないが、様々なSMN2関連病態、障害及び/又は疾患、例えばSMA(脊髄性筋萎縮症)、ALS(筋萎縮性側索硬化症)等の治療を含め、様々な適用、例えば治療、診断及び/又は研究適用において有用である、SMN2を標的とするオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、SMN2を標的とするオリゴヌクレオチドは、SMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、一部分の配列は、TCACTTTCATAATGCTGGであるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2を標的とし、且つエクソン7含有SMN2 mRNAのレベル、活性及び/又は発現を亢進させる能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、SMN2を標的とし、且つエクソン7含有SMN2 mRNAのレベル、活性及び/又は発現を亢進させる能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、SMN2 ISS−N1を標的とし、且つエクソン7含有SMN2 mRNAのレベル、活性及び/又は発現を亢進させる能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、エクソン7含有SMN2 mRNAのレベル、活性及び/又は発現を亢進させる能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、TCACTTTCATAATGCTGGである。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されている。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合及び/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を含むオリゴヌクレオチドを含む。
とりわけ、本開示は、塩基配列、化学修飾(例えば、糖、塩基並びに/又はインターヌクレオチド結合の修飾及びそのパターン)及び/又は立体化学[例えば、(キラルなインターヌクレオチド結合の)骨格結合リンキラル中心の立体化学及び/又はそのパターン]など、オリゴヌクレオチド(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)の構造要素が活性及び/又は特性、例えば安定性、毒性、送達等に大きい影響を与え得るという認識を包含する。一部の実施形態において、本開示は、特定の塩基配列及び/若しくは糖修飾のパターン(例えば、2’−OMe、2’−F、2’−MOE、LNA、cEt、tc−DNA、モルホリノ、チオモルホリノ等)、並びに/又はパターン若しくは塩基修飾(例えば、5−メチルシトシン)、並びに/又は骨格修飾のパターン(例えば、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合等)、並びに/又は骨格キラル中心のパターン(例えば、骨格結合リン原子のRp又はSp配置)を有するオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、(例えば、糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合の)修飾のパターンは、修飾が存在しないこと(例えば、天然糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合のみが存在すること)であり得る。例えば、オリゴヌクレオチドが天然核酸塩基のみを含み、修飾塩基を含まない場合、その塩基修飾のパターンは、天然塩基のみからなる(修飾はない)。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、有益なmRNA及び/又はそれによってコードされる産物(例えば、タンパク質)のレベル、発現及び/又は活性を増加させることができる。例えば、一部の実施形態において、本開示は、有益なSMN2 mRNA及び/又はその遺伝子産物、例えばエクソン7含有SMN2 mRNA及び/又はそれによってコードされる完全長SMNタンパク質のレベル、発現及び/又は活性を増加させることができるSMN2オリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合の修飾は、修飾インターヌクレオチド結合の結合リン原子をキラル中心に変換することができる。例えば、ホスホロチオエートジエステルインターヌクレオチド結合(ホスホロチオエート又はPS、−O−P(O)(SH)−O−、これは、塩形態として存在することができる)では、結合リン(P)原子に結合する非架橋酸素(O)原子の1つが硫黄(S)原子に置き換えられる。オリゴヌクレオチド中にキラルな修飾インターヌクレオチド結合、例えばPSインターヌクレオチド結合を使用すると、結合リン原子にキラル中心が作り出され、これが「Rp」又は「Sp」の何れかの配置を有し得る。従って、結合リン立体化学が制御されない、n個のキラルな結合リン原子(例えば、PS結合の結合リン原子)を有するオリゴヌクレオチドの従来のステレオランダムな組成物は、立体異性体のランダムな混合物であり、2n個超の立体異性体:nが10の場合、1,000(210)個超の立体異性体;nが15の場合、32,000(215)個超の立体異性体;nが20の場合、1,000,000(220)個超の立体異性体をランダムに含有し得る。
ステレオランダムな混合物では、全てのオリゴヌクレオチドが同じ塩基配列、塩基修飾のパターン、化学修飾のパターン、インターヌクレオチド結合のパターン及び追加の化学的部分(存在する場合)を有し得るが、オリゴヌクレオチドは、その骨格キラル中心の立体化学の点で異なる。一部の実施形態において、ステレオランダムな組成物中の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成を有するが、結合リン立体化学の点で異なり、立体異性体(多くの場合にジアステレオマー)である。本開示において実証される通り、様々な立体異性体がその活性及び特性の点で多くの場合に劇的に異なり得る。従って、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物は、様々な特性及び/又は活性のオリゴヌクレオチド立体異性体のランダムな混合物である。一部の実施形態において、ステレオランダムな組成物と対照的に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、a)共通の塩基配列;及びb)共通の骨格結合のパターンであって、キラルな結合リンを含むキラルなインターヌクレオチド結合を少なくとも1つ含むパターンを有する複数のオリゴヌクレオチドをそれが含む点でキラル制御されており;ここで、キラルなインターヌクレオチド結合の1つ以上は、独立に、組成物内で立体化学的に純粋である(キラル制御されたインターヌクレオチド結合、ここで、そのキラルな結合リン原子は、ステレオランダムな組成物のようにランダムにRp及びSpであるのではない)。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドは、1)共通の塩基配列;2)共通の骨格結合のパターン;3)共通の骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格リン修飾のパターンを有し、ここで、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成を有する。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドは、1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格リン修飾のパターンによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されている。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤は、従来のホスホロアミダイト化学を用いて調製された組成物である。一部の実施形態において、組成物は、複数のオリゴヌクレオチドの各キラルなインターヌクレオチド結合が独立にキラル制御されたインターヌクレオチド結合である点で完全にキラル制御されている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ランダムでないレベルのオリゴヌクレオチドが共通の塩基配列、共通の化学修飾のパターン(例えば、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾、追加の化学的部分等)、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で、単一のオリゴヌクレオチドの集積された(ラセミ体の又はステレオランダムな組成物と比較して)又は実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、立体化学を制御することにより、精密な制御及び決定的な構成を1つの定義付けられた一貫性のあるプロファイルとなるように最適化する能力が実現する。一部の実施形態において、立体化学の制御には、治療が困難な疾患に対処し得る一層安全で一層有効性の高い標的化した医薬の可能性がある。一部の実施形態において、キラル制御された(又は立体的に純粋な)オリゴヌクレオチド組成物は、対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べて活性が向上している。一部の実施形態において、キラル制御された(又は立体的に純粋な)オリゴヌクレオチド組成物は、対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べて治療効果の信頼性が高く、且つ/又は意図されないオフターゲット効果が低下している。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド製剤が、例えば、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造(又は立体化学)の点で互いに異なる複数の特徴的な化学的実体を含有するという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学が制御されない場合、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド製剤は、不確定なレベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されない組成物をもたらす。これらの立体異性体は、同じ塩基配列、塩基修飾及び/又は化学修飾を有し得るとしても、少なくともその異なる骨格立体化学に起因して異なる化学的実体であり、本明細書において実証される通り、これらは特性、例えばヌクレアーゼに対する感受性、活性、分布等が異なり得る。一部の実施形態において、特定の立体異性体は、例えば、その塩基配列、その長さ、その骨格結合のパターン及びその骨格キラル中心のパターンによって定義され得る。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、SMN2オリゴヌクレオチドは、SMN2転写物を標的とするオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、SMN2のイントロン配列を標的とする。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、SMN2のイントロン7を標的とする。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、SMN2のISS−N1(イントロンスプライシングサイレンサー)を標的とする。本明細書において実証される通り、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、特に低濃度において、対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物よりも高い活性(例えば、SMN2のエクソン7の取り込みを促進する)を実証した。
一部の実施形態において、本開示は、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、SMN2のイントロン配列を標的とする。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、SMN2のイントロン7を標的とする。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、SMN2のISS−N1(イントロンスプライシングサイレンサー)を標的とする。本明細書において実証される通り、一部の実施形態において、かかる追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチドの組成物は、その追加の部分を欠いている対応するオリゴヌクレオチド組成物よりも高い活性(例えば、SMA又は均等障害の予防又は治療)を実証した。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されている。一部の実施形態において、提供される組成物オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていない。
一部の実施形態において、本開示は、スプライシング、特に1つ以上のエクソンを排除して、前記1つ以上のエクソンが取り込まれるときに産生されるものと比較して低い活性のmRNA及び/又はタンパク質をもたらすスプライシングに関連する病態、障害及び/又は疾患の治療方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、対象のSMN2関連病態、障害又は疾患(例えば、SMA、ALS等)の治療方法に関し、この方法は、それに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に治療有効量のキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、組成物中、例えば提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチド、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分及び/又はキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド等)の塩基配列は、標的配列であるか又はそれを含む配列であるか、又はそれを含むか、又はそれと相補的である(例えば、それと完全にハイブリダイズすることができる)。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的配列であるか又はそれと相補的である(例えば、それと完全にハイブリダイズすることができる)。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的配列である。一部の実施形態において、標的配列は、SMN2オリゴヌクレオチドが結合する配列である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列又は標的配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG又はTCACTTTCATAATGCTGG若しくはCUUUCNNNNNGCUGGの13個の隣接塩基を含むその一部分である(式中、各Tは、独立に、Uで置換され得、逆も同様である)。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列又は標的配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG又はTCACTTTCATAATGCTGG若しくはCUUUCNNNNNGCUGGの15個の隣接塩基を含むその一部分又は15個の隣接塩基を含む配列(0〜3個のミスマッチを含む)である(式中、各Tは、独立に、Uで置換され得、逆も同様である)。一部の実施形態において、本明細書に記載される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列又は標的配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG又はTCACTTTCATAATGCTGG若しくはCUUUCNNNNNGCUGGの13個の隣接塩基を含むその一部分であり(式中、各Tは、独立に、Uで置換され得、逆も同様である)、SMN2オリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を含む。一部の実施形態において、かかるSMN2オリゴヌクレオチドの組成物は、キラル制御されている。一部の実施形態において、かかるSMN2オリゴヌクレオチドの組成物は、ステレオランダムである。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列又は標的配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG又はTCACTTTCATAATGCTGG若しくはCUUUCNNNNNGCUGGの13個の隣接塩基を含むその一部分であり(式中、各Tは、独立に、Uで置換され得、逆も同様である)、SMN2オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムであり、オリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列又は標的配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG又はTCACTTTCATAATGCTGG若しくはCUUUCNNNNNGCUGGの13個の隣接塩基を含むその一部分であり(式中、各Tは、独立に、Uで置換され得、逆も同様である)、SMN2オリゴヌクレオチドは、キラル制御されており、オリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合能を有する追加の化学的部分を含む。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。多くの実施形態において、標的配列は、提供されるオリゴヌクレオチドの配列又はその中の連続残基と同一であるか又はその正確な相補体である(例えば、提供されるキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、標的配列と同一であるか又はその正確な相補体である標的結合配列をその共通の塩基配列が含む複数のオリゴヌクレオチドを含む)。一部の実施形態において、標的結合配列は、転写物(例えば、プレmRNA、mRNA等)の標的配列の正確な相補体である。標的結合配列/標的配列は、様々な長さであり得、所望の活性及び/又は特性のオリゴヌクレオチドを提供し得る。一部の実施形態において、標的結合配列/標的配列は、5〜50塩基(例えば、10〜40、15〜30、15〜25、16〜25、17〜25、18〜25、19〜25、20〜25、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25塩基又はそれを超えるもの)を含む。一部の実施形態において、限定はされないが、標的及び/又はオリゴヌクレオチド配列の5’及び/又は3’−末端領域を含め、オリゴヌクレオチド(の関連する一部分)とその標的配列との間には、少数の差異/ミスマッチが許容される。多くの実施形態において、標的配列は、標的遺伝子内に存在する。多くの実施形態において、標的配列は、標的遺伝子から産生される転写物(例えば、mRNA及び/又はプレmRNA)内に存在する。一部の実施形態において、標的配列は、イントロン配列である。一部の実施形態において、標的配列は、エクソン配列である。一部の実施形態において、配列は、本明細書に開示される任意の配列である。一部の実施形態において、標的配列は、SMN2のイントロン7にある。一部の実施形態において、標的配列は、ISS−N1であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、標的配列は、ISS−N1と相補的な配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、標的配列は、ISS−N1である。一部の実施形態において、標的配列は、ISS−N1と相補的である。一部の実施形態において、標的配列は、ISS−N1と約60〜100%、例えば60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%同一の配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、標的配列は、ISS−N1と約60〜100%、例えば60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%相補的な配列であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される塩基配列(式中、各Uは、独立に、Tに置換され得、逆も同様である)からなるか、それを含むか、又はその一部分(例えば、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19個の隣接塩基又はそれを超えるスパン)を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドであって、限定はされないが、天然RNA及びDNAの糖、塩基及びインターヌクレオチド結合、2’−MOE、2’−OMe及び2’−Fなどの2’−修飾、5’−メチル、5’−E−ビニルホスホネート(5’−E−VP)又は5’−ビニルなどの核酸塩基修飾、LNA、cEt、シクロDNA及びモルホリノにあるような修飾、リン酸ジエステル結合(天然リン酸結合、−O−P(O)OH−O−及びその塩形態)、ホスホロチオエートジエステル結合(ホスホロチオエート結合、−O−P(O)SH−O−及びその塩形態、任意選択で且つ独立に、その立体化学的に純粋なRp型又はSp型として)等を含め、本明細書に記載されるか又は当技術分野において公知の少なくとも1つの糖、塩基又はインターヌクレオチド結合又はその修飾を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、塩基、糖又はインターヌクレオチド結合は、アルキル化又はハロゲン化されている。
特に注記しない限り、本明細書に提示される配列(例えば、塩基配列、化学パターン、修飾のパターン及び/又は立体化学パターン等)は、全て5’から3’の順序で提示される。
一部の実施形態において、本開示は、炭水化物部分、糖部分、ターゲティング部分等、様々な任意選択の追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込むと、1つ以上の特性及び/又は活性が向上し得るという認識を包含する。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、脂質部分である。一部の実施形態において、追加の部分は、炭水化物部分である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、ターゲティング部分である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、脂質、GalNac、グルコース、GluNAc(N−アセチルアミングルコサミン)及びアニスアミド部分、そのモノアンテナ型、ジアンテナ型及びトリアンテナ型を含めたもの及び以下の構造を有する部分:
から選択される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2つ以上の追加の化学的部分を含むことができ、ここで、追加の化学的部分は、同一であるか若しくは異なるか、又は同じカテゴリー(例えば、炭水化物部分、糖部分、ターゲティング部分等)であるか若しくは同じカテゴリーでない。一部の実施形態において、特定の追加の化学的部分は、限定はされないが、中枢神経系の特定の細胞、部位又は一部分を含め、所望の細胞、組織及び/又は器官へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。一部の実施形態において、特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドのインターナリゼーションを促進する。一部の実施形態において、特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド安定性を増加させる。一部の実施形態において、本開示は、様々な追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに取り込むための技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ヌクレオチド間結合、糖及び/又は核酸塩基を用いて(例えば、任意選択でリンカーを介した糖、核酸塩基又はヌクレオチド間結合上の部位との共有結合により)追加の化学的部分を導入するための例えば試薬及び方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、核酸配列の転写物(例えば、エクソン7含有mRNA)のレベル及び/又は活性の優先的な増加を提供し、この転写物は、核酸配列の疾患関連参照転写物(例えば、エクソン7欠失SMN2 mRNA)にない標的エクソンを含み、ここで、転写物は、参照転写物と比較して疾患関連性が低いか又はなく、且つ/又はそのコードされる産物(例えば、完全長SMNタンパク質又はFL−SMN)は、参照転写物のコードされる産物と比較して疾患関連性が低いか又はなく、且つ/又は参照転写物のコードされる産物(例えば、エクソン7欠失SMN2 mRNAからのトランケート型SMNタンパク質、このタンパク質は概して分解され易い)に関連する病態、障害及び/又は疾患を緩和及び/又は治療することができる。一部の実施形態において、提供される技術は、標的エクソン含有mRNA、例えばエクソン7含有SMN2 mRNA又はそれによってコードされる産物のレベルを対照又は参照条件と比べて少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500パーセント以上増加させる。一部の実施形態において、対照又は参照条件は、キラル制御されている及び/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む治療/SMN2オリゴヌクレオチド組成物が存在しないことであり得る。一部の実施形態において、対照又は参照条件は、ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド組成物(例えば、ヌシネルセン組成物)など、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物の投与であり得る。ヌシネルセンは、報告によれば、ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド組成物として調製され、ここで、オリゴヌクレオチドは、TCACTTTCATAATGCTGGの塩基配列を有し、各糖部分が2’−MOEであり、且つ各インターヌクレオチド結合がホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であるが、しかし、この組成物は、異なる骨格立体化学パターンの立体異性体の混合物が組成物中にランダムなレベルで存在する点でキラル制御されていない(ステレオランダムである)。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列(例えば、表1Aにあるオリゴヌクレオチドの塩基配列)である塩基配列を有し、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列である塩基配列を有し、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合を含み、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。一部の実施形態において、かかるSMN2オリゴヌクレオチドの提供される組成物は、キラル制御されている。一部の実施形態において、かかるSMN2オリゴヌクレオチドの提供される組成物は、キラル制御されていない。
一部の実施形態において、参照及び/又は陰性対照組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと同じ組成を共有するオリゴヌクレオチドを含むステレオランダムな(キラル制御されていない)SMN2オリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、参照及び/又は陰性対照組成物は、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有するいかなる追加の化学的部分もそのSMN2オリゴヌクレオチドに含まれないSMN2オリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態において、参照及び/又は対照組成物は、ヌシネルセン組成物であり、これは、ステレオランダムであり、且つアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を欠いている。一部の実施形態において、本明細書に記載される一部の実験では、ヌシネルセンは、WV−2782によって代表される。一部の実施形態において、本明細書で実証される通り、キラル制御されている及び/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を含むSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、ヌシネルセン組成物と比べて予想外に活性が高く、送達が向上し、且つ/又は免疫応答が低下している。
一部の実施形態において、提供される組成物、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の投与は、均等な量の対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物の投与と比べてより長い活性持続期間、低濃度でより高い活性並びに/又はより少ない及び/若しくはより重症度の低い有害作用に関連する。
一部の実施形態において、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)がそのオリゴヌクレオチドに含まれるSMN2オリゴヌクレオチド組成物の投与は、かかる追加の化学的部分がそのオリゴヌクレオチドに含まれない均等な量の対応するオリゴヌクレオチド組成物の投与と比べてより長い活性持続期間及び/又は他の有益な特徴に関連する。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されている。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物は、ステレオランダムである。
一部の実施形態において、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)がそのオリゴヌクレオチドに含まれるステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド組成物の投与は、かかる追加の化学的部分がそのオリゴヌクレオチドに含まれない均等な量の対応するオリゴヌクレオチド組成物の投与と比べてより長い活性持続期間及び/又は他の有益な特徴に関連する。
臨床試験において、ヌシネルセンで治療された人には、報告によれば、上下気道感染及び鬱血、耳感染、便秘、誤嚥、生歯及び脊柱側彎症のリスク増加があった。臨床試験における1人の乳児は報告によれば、塩分濃度の重度の低下を有し、数人は発疹を有した。乳児及び小児の発育が止まる可能性があるとのリスクが報告されている。より年齢の高い臨床試験対象では、最も一般的な有害事象は、報告によれば、頭痛、背痛及び脊髄内注射による有害作用であった。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等の投与は、均等な又は同等の量の対応するステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物、例えばヌシネルセン組成物の投与と比べてより少ない及び/又はより重症度の低い有害作用に関連する。
一部の実施形態において、本開示は、特定の提供される構造要素、技術及び/又は特徴が、細胞抽出物、細胞、組織、器官及び/又は生物においてエクソン7を含有しないSMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を亢進させるオリゴヌクレオチドに特に有用であることを実証する。しかしながら、それにも関わらず、本開示の教示は、任意の特定の機構に関与する又はそれによって作用するオリゴヌクレオチドに限定されない。一部の実施形態において、本開示は、mRNAスプライシングを調節するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、SMN2 mRNAスプライシングを調節するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、SMN2遺伝子のエクソン7のスキッピングを減少させる点でSMN2 mRNAスプライシングを調節するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される塩基配列(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置換され得、逆も同様である)からなるか、それを含むか、又はその一部分(例えば、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19個の隣接塩基又はそれを超えるスパン)を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、代わりに又は加えて、一本鎖RNA干渉剤、二本鎖RNA干渉剤又はアンチセンスオリゴヌクレオチド(例えば、これは、RNアーゼH媒介性機構又は翻訳の立体障害によって作用する)として機能し得、ここで、オリゴヌクレオチドは、塩基、糖又はインターヌクレオチド結合の天然に存在しない修飾を少なくとも1つ含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、標的核酸又は配列に対するアンチセンスであるアンチセンスオリゴヌクレオチド(例えば、SMN2 mRNAに対してアンチセンスのSMN2オリゴヌクレオチド)である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、スキッピング調節を媒介する(所望の産物を生じる有益なスキッピングを増加させ、且つ/又は望ましくない産物を生じる有害なスキッピングを減少させ、例えばエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させ、且つ/又はエクソン7欠失SMN2 mRNAのレベルを減少させる)。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸のRNアーゼH媒介性切断を導く。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸のRNアーゼH媒介性切断(又はこの活性の有意なレベル)を導く能力を有しない。
一部の実施形態において、本開示は、任意の機構を通じて作用し、且つ本明細書に記載される任意の配列、構造又はフォーマット(又はその一部分)を含む任意のSMN2オリゴヌクレオチドに関し、ここで、このオリゴヌクレオチドは、塩基、糖又はインターヌクレオチド結合の天然に存在しない修飾を少なくとも1つ含む。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つの立体制御された(キラル制御された)インターヌクレオチド結合(限定はされないが、Sp又はRp配置のホスホロチオエート結合を含む)を含み、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を含む任意のSMN2オリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合は、天然糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、天然ヌクレオチドである。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、ヌクレオチド類似体である。一部の実施形態において、塩基は、修飾塩基である。一部の実施形態において、塩基は、オリゴヌクレオチド合成に使用される保護された核酸塩基など、保護された核酸塩基である。一部の実施形態において、塩基は、塩基類似体である。一部の実施形態において、糖は、修飾糖である。一部の実施形態において、糖は、糖類似体である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、修飾インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、塩基、糖及びインターヌクレオチド結合を含み、ここで、塩基、糖及びインターヌクレオチド結合の各々は、独立に且つ任意選択で、天然に存在するか又は天然に存在しない。一部の実施形態において、ヌクレオシドは、塩基及び糖を含み、ここで、塩基及び糖の各々は、独立に且つ任意選択で、天然に存在するか又は天然に存在しない。ヌクレオチドの非限定的な例としては、天然DNA及びRNAヌクレオチド;及び塩基、糖及び/又はインターヌクレオチド結合に1つ以上の修飾を含むものが挙げられる。糖の非限定的な例としては、リボース及びデオキシリボース;及び限定はされないが、2’−F、LNA、α−L−LNA、2’−OMe、2’−MOE、cEt、シクロDNA、GNA及びモルホリノ修飾を含めた2’−修飾を有するリボース及びデオキシリボースが挙げられる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、トリシクロDNA(tc−DNA又はtcDNA)を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエート又はリン酸ジエステルである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエート(例えば、Sp又はRp配置の)又はリン酸ジエステルである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、当技術分野において公知の任意のインターヌクレオチド結合の構造を有することができる。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、非限定的な例として、国際公開第2017/015555号パンフレット又は国際公開第2017/062862号パンフレットに記載される任意のインターヌクレオチド結合の構造を有することができる。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、リンを含まないが、2つの天然又は非天然糖をつなぐ役割を果たす部分である。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの多量体を含む組成物を提供し、ここで、少なくとも1つのオリゴヌクレオチドは、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、例えば提供されるキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドであり、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を含む。一部の実施形態において、多量体中の両方又は全ての単量体オリゴヌクレオチドが同じである。一部の実施形態において、多量体中、少なくとも1つの単量体オリゴヌクレオチドは、別の単量体オリゴヌクレオチドと異なる。一部の実施形態において、多量体の単量体オリゴヌクレオチドは、同じ核酸(例えば、遺伝子)又はその産物を標的とする。一部の実施形態において、多量体の単量体オリゴヌクレオチドは、異なる核酸(例えば、遺伝子)又はその産物を標的とする。一部の実施形態において、組成物は、任意の第1の複数のオリゴヌクレオチド及び/又は第2の複数のオリゴヌクレオチドの2つ以上の多量体を含み、ここで、第1及び第2の複数のオリゴヌクレオチドは、独立に、細胞抽出物、細胞、組織、器官及び/又は生物においてエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を亢進させるか、又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させることができる。一部の実施形態において、標的は、SMN2のイントロン7である。一部の実施形態において、異なる標的は、全てSMN2にある。
一部の実施形態において、本開示は、
1)共通の塩基配列;
2)共通の骨格結合のパターン;
3)共通の骨格キラル中心のパターン
を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し;及び
この組成物は、組成物中のランダムでないか又は制御されたレベルのオリゴヌクレオチドが共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な製剤である。
1)共通の塩基配列;
2)共通の骨格結合のパターン;
3)共通の骨格キラル中心のパターン
を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し;及び
この組成物は、組成物中のランダムでないか又は制御されたレベルのオリゴヌクレオチドが共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物又はSMN2オリゴヌクレオチド組成物等における複数のオリゴヌクレオチドは、SMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(例えば、SMN2、例えばSMN2のイントロン7を標的とすることのできる複数のオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)における複数のオリゴヌクレオチド、SMN2オリゴヌクレオチド等は、1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、ブロックは、1つ以上の連続ヌクレオシド、及び/又はヌクレオチド、及び/又は糖又は塩基、及び/又はインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、3つ以上のブロックを含む複数のオリゴヌクレオチドを含み、ここで、両端にあるブロックは、同一でなく、従って、オリゴヌクレオチドは、非対称である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、第1のブロック−第2のブロック−第3のブロックの構造を含むか又はそのような構造のものである。
一部の実施形態において、第1及び第3のブロックの各糖部分は、独立に、本開示に記載される通りの2’−修飾を含み、第1及び第3のブロックの各インターヌクレオチド結合は、独立に、Sp配置を有する結合リンを含む本開示に記載される通りのキラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、第2の部分の各糖部分は、独立に、本開示に記載される通りの2’−修飾を含み、第2の部分の各インターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合、Sp配置を有する結合リンを含むキラル制御されたインターヌクレオチド結合又はRp配置を有する結合リンを含むキラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、第2のブロックは、Rp配置を有する結合リンをそれぞれ独立に含む1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、第2のブロックは、Sp配置を有する結合リンをそれぞれ独立に含む1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、第2のブロックは、1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、第2のブロックは、1つ以上の天然リン酸結合と、Rp配置を有する結合リンをそれぞれ独立に含む1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態において、キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−MOE及びRp配置のホスホロチオエートである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−MOE並びにRp及びSp形態のホスホロチオエートの任意の組み合わせである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−MOE並びにリン酸ジエステル及び/又はRp及び/又はSp形態のホスホロチオエートの任意の組み合わせである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−F及びSp配置のホスホロチオエートである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−F及びRp及びSp形態のホスホロチオエートの任意の組み合わせである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−F並びにリン酸ジエステル及び/又はRp及び/又はSp形態のホスホロチオエートの任意の組み合わせである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE並びにリン酸ジエステル及びSp配置のホスホロチオエートの任意の組み合わせであり;及び第2のブロックは、2’−F並びにRp及びSp形態のホスホロチオエートの任意の組み合わせである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−F並びにリン酸ジエステル及びSp形態のホスホロチオエートの任意の組み合わせである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−OMeである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−OMe及びRp配置のホスホロチオエートであり;及び第2のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートである。一部の実施形態において、第1及び第3のブロックは、2’−OMe並びにリン酸ジエステル及びRp配置のホスホロチオエートの組み合わせであり;及び第2のブロックは、2’−MOE及びSp配置のホスホロチオエートである。一部の実施形態において、第1のブロックは、5’−ウィングである。一部の実施形態において、第2のブロックは、コアである。一部の実施形態において、第3のブロックは、3’−ウィングである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖修飾を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、糖修飾をそれぞれ独立に含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える糖部分を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、糖修飾をそれぞれ独立に含む2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続糖部分を含む。一部の実施形態において、糖修飾は、2’−位にある。一部の実施形態において、糖修飾は、2’−F、2’−OMe、2’−MOE(2’−O−(2−メトキシエチル))、LNA、α−L−LNA、GNA、cEt及びシクロDNAから選択される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の全ては、独立に、2’−MOE修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の全ては、独立に、2’−OMe修飾を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える2’−MOEを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’−OMeを含む2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続糖部分を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える2’−Fを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるLNAを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるα−L−LNAを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるGNAを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるcEtを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるトリシクロDNAを含む。
一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチドは、1つ以上のブロックを含み、ここで、ブロックは、1つ以上の連続糖、塩基、インターヌクレオチド結合、ヌクレオシド及び/又はヌクレオチドを含み、あるブロックの糖、塩基、インターヌクレオチド結合、ヌクレオシド及び/又はヌクレオチドは隣のブロックの糖、塩基、インターヌクレオチド結合、ヌクレオシド及び/又はヌクレオチドと異なる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾を有しないか又は異なる修飾を有する糖と交互に並んだ特定の糖修飾を有する糖を含む。一部の実施形態において、特定の修飾を有する糖は、1つ以上のブロックに現れる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、独立に、修飾を有しないか又は異なる修飾を有する糖と交互に並んだ特定の2’修飾を有する糖を含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、独立に、修飾を有しないか又は異なる修飾を有する糖と交互に並んだ2’−F修飾を有する糖を含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、独立に、修飾を有しないか又は異なる修飾を有する糖と交互に並んだ2’−OMe修飾を有する糖を含む1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−F修飾を有する糖と交互に並んだ2’−OMe修飾を有する糖を含む1つ以上のブロックを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分と非修飾糖部分とを含む交互のブロックを含む。一部の実施形態において、修飾糖部分は、2’−修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互の2’−OMe修飾糖部分と非修飾糖部分とを含む。
一部の実施形態において、ブロックは、立体化学ブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、ブロックの各結合リンがRpである点でRpブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、ブロックの各結合リンがSpである点でSpブロックである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rpブロック及びSpブロックの両方を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のRpを含むが、Spブロックを含まない。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のSpを含むが、Rpブロックを含まない。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックの各インターヌクレオチド結合が天然リン酸結合である1つ以上のPOブロックを含む。
一部の実施形態において、糖修飾のパターンは、(Ms−MH−Ms)4〜10−Ms、(Ms−MH−MH)4〜10−Ms又は(Ms)4〜10−(MH)4〜12−(Ms)4〜10(式中、各Msは、独立に、例えば2’−F、2’−MOE、2’−OMe、LNA、cEt及びトリシクロ糖修飾からそれぞれ独立に選択される糖の2’修飾であり;及びMHは、2’−位に置換がない(2’−位に2つの−Hである))であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば少なくとも1つのブロックは、安定性(例えば、ヌクレアーゼ分解に対する抵抗性)、細胞取り込み、標的核酸配列に対する結合親和性及び/又は他の活性/特性が増加するように修飾されている(例えば、糖修飾、塩基修飾、インターヌクレオチド結合修飾等)。
一部の実施形態において、塩基、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合の一部の組み合わせが特に安定している。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数の提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部分、例えばブロック、ウィング、コア等は、骨格キラル中心のパターンを有する。骨格キラル中心のパターンは、少なくとも1つのRp又はSpを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y、(Rp)t(Np)n(Rp)m、(Rp)t(Sp)n(Rp)m、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Np)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Op)n]y(Rp)m、(Np/Op)t(Np)n(Np/Op)m、(Np/Op)t(Sp)n(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Np/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Rp/Op)t(Np)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t(Sp)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m又は(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m(特記しない限り、修飾及び立体化学パターンの記載は、当技術分野で典型的に用いられる通り5’から3’とする)であるか又はそれを含み、式中、Spは、キラルな修飾インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンのS配置を示し、Rpは、キラルな修飾インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンのR配置を示し、Opは、天然リン酸結合のアキラルな結合リンを示し、各Npは、独立に、Rp又はSpであり、m、n、t及びyの各々は、独立に、本開示に記載される通り1〜50である。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t(Sp)n(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、y、t、n及びmは、それぞれ独立に、1〜20である。一部の実施形態において、yは、1である。一部の実施形態において、yは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは、1である。一部の実施形態において、nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、mは、1である。一部の実施形態において、mは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、mは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは、1である。一部の実施形態において、tは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも3である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも4である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも5である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも6である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも7である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも8である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも9である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも10である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、t個のセクション、例えば(Sp)t、(Rp)t、(Np/Op)t、(Rp/Op)t等の又はそれを含む骨格キラル中心のパターンを有するブロック、例えば第1のブロック、5’−ウィング等と、y又はn個のセクション、例えば(Np)n、(Sp)n、[(Np/Op)n]y、[(Rp/Op)n]y、[(Sp/Op)n]y等の又はそれを含む骨格キラル中心のパターンを有するブロック、例えば第2のブロック、コア等と、m個のセクション、例えば(Sp)m、(Rp)m、(Np/Op)m、(Rp/Op)m等の又はそれを含む骨格キラル中心のパターンを有するブロック、例えば第3のブロック、3’−ウィング等とを含む。一部の実施形態において、Np又はRpを含むt、y、n又はm個のセクションは、独立に、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、Np又はRpを含むt又はm個のセクションは、独立に、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも10%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも20%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも30%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも40%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも50%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも75%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、100%である。
一部の実施形態において、3’でRp又はOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でRp又はOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でRp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でRp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でSp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でSp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、修飾は、2’−修飾である。一部の実施形態において、修飾は、2’−ORであり、式中、Rは、水素でない。一部の実施形態において、修飾は、2’−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は、2’−ORであり、式中、Rは、置換C1〜6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は、2’−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC2〜6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は、2’−ORであり、式中、Rは、置換C2〜6アルキルである。一部の実施形態において、Rは、−CH2CH2OMeである。一部の実施形態において、修飾は、2つの糖炭素を連結する−L−、例えばLNAに見られるものであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、修飾は、糖部分のC2とC4とを連結する−L−である。一部の実施形態において、Lは、−CH2−CH(R)−であり、式中、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Lは、−CH2−CH(R)−であり、式中、Rは、本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Lは、−CH2−(R)−CH(R)−であり、式中、Rは、本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Lは、−CH2−(S)−CH(R)−であり、式中、Rは、本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。
一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRp又は全てSp)−(Rp/Sp)であるか又はそれを含み、式中、各Rp/Spは、独立に、Rp又はSpである。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てSp)−(Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返しの(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返しのSpSpRp)−(Rp/Sp)であるか又はそれを含む。
提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、10〜200、15〜100、15〜50、15〜40、15〜30、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、70、80、90又は100核酸塩基の様々な長さであり得、ここで、各核酸塩基は、独立に、A、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される任意選択で置換されている核酸塩基である。一部の実施形態において、長さは、約15〜約49、約17〜約49、約19〜約29、約19〜約25又は約19〜約23核酸塩基である。一部の実施形態において、長さは、25核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、30核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、35核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、40核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、45核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、50核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、55核酸塩基以下である。一部の実施形態において、長さは、60核酸塩基以下である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、図2A、図2B、図2C又は図2Dに示されるフォーマットの何れか又は図2A、図2B、図2C又は図2Dに示されるフォーマットの何れかに示される任意の構造要素を有し、ここで、オリゴヌクレオチドは、SMN2を標的とすることができる。
一部の実施形態において、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、方法等)は、スプライシングに関連する病態、疾患及び/又は障害の治療に有用である。一部の実施形態において、本開示は、疾患関連産物(例えば、転写物、タンパク質等、その存在及び/又は活性が1つ以上の障害、疾患及び/又は病態の存在、発生率及び/又は重症度に関連する(例えば、相関する))と比較して、任意選択で優先的に、非疾患関連産物(例えば、転写物、タンパク質等、その存在及び/又は活性が1つ以上の障害、疾患及び/又は病態の存在、発生率及び/又は重症度と関連しない(例えば、相関しない)か、又は関連するが程度が低い(例えば、低い有意性又は統計的に有意でない相関を示す等))をもたらすことのできる技術を提供する。特に、一部の実施形態において、本開示は、1つ以上のスプライシング産物にそれが存在しないことが1つ以上の病態、疾患及び/又は障害に関連する1つ以上のエクソンの取り込みを促進して非疾患関連産物をもたらすことのできる技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、スプライシング産物、例えばmRNAにおける1つ以上のエクソンの取り込みを促進することができ、それがスプライシング産物におけるその1つ以上のエクソンの排除に関連する1つ以上の病態、疾患及び/又は障害を緩和及び/又は治療し得るタンパク質をコードする技術を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、SMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド及び/又はその組成物、例えば提供されるSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、SMN2関連病態、障害及び/又は疾患の治療又はその治療用医薬の製造に使用することができる。一部の実施形態において、本開示は、SMN2関連障害、例えばSMA、ALS等を治療するため及び/又はそれに対する治療を製造するための本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの使用方法を提供する。
一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド組成物、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列からなる。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列を含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列の13個の隣接塩基の配列を含む配列を含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列の15個の隣接塩基の配列を含む配列を含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列の20個の隣接塩基の配列であって、最大5ミスマッチを有するものを含む配列を含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドは、エクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を亢進/増加させることができる。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドは、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド、SMN2オリゴヌクレオチド等の塩基配列は、本明細書に開示される任意の塩基配列の15塩基部分;又は本明細書に開示される任意の塩基配列の15塩基部分と0〜3個のミスマッチを有する塩基配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、ミスマッチは、2つの配列を最大限にアラインメントして比較したときの塩基配列間の差である。非限定的な例として、一方の配列中の特定の位置にある塩基と別の配列中の対応する位置にある塩基との間に差が存在する場合、ミスマッチとカウントされる。一部の実施形態において、例えば一方の配列中のある位置が特定の塩基(例えば、A)を有し、他方の配列上の対応する位置が異なる塩基(例えば、G、C又はU)を有する場合、ミスマッチとカウントされる。一部の実施形態において、例えば、一方の配列中のある位置がある塩基(例えば、A)を有し、他方の配列上の対応する位置が塩基を有しない(例えば、その位置が、リン酸−糖骨格を含むが、塩基を含まない脱塩基ヌクレオチドである)か、又はその位置が読み飛ばされている場合にもミスマッチとカウントされる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示される塩基配列の15塩基部分を含み、但し、1つ以上の位置が脱塩基である(例えば、1つ以上の位置に塩基が存在しないが、他の点では配列は完全な15塩基部分を含む)点が異なる。一部の実施形態において、何れか一方の配列における(又はセンス鎖又はアンチセンス鎖における)一本鎖ニックは、ミスマッチとしてカウントされなくてもよく、例えば一部の実施形態において、一方の配列が配列5’−AG−3’を含むが、他方の配列が、AとGとの間に一本鎖ニックがある配列5’−AG−3’を含む場合であれば、ミスマッチとはカウントされないことになる。塩基修飾は、概してミスマッチと見なされず、例えば一方の配列がCを含み、他方の配列が同じ位置に修飾C(例えば、5mC)を含む場合、ミスマッチとカウントされなくてもよい。一部の実施形態において、ミスマッチをカウントする目的上、TがUに代わる置換又はその逆は、ミスマッチと見なされない。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、標的配列(例えば、SMN2標的又はRNA、例えばプレmRNA又はその一部分、例えばイントロン7又はISS−N1)と相補的であり、一部の実施形態では全面的に又は100%相補的である(例えば、それと完全にハイブリダイズすることができる)。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、標的配列と全面的に(100%)相補的であり、即ちオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的配列と全相補的な(例えば、ワトソン・クリックの塩基対合によって塩基対合する)配列とミスマッチを有しない。加えて、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドは、少数の内部ミスマッチを有し得るが、なおも細胞抽出物、細胞、組織、器官及び/又は生物においてエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加/亢進させるか、又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させることができる。オリゴヌクレオチドの第1の塩基配列が、標的配列と100%相補的な参照塩基配列と比べて少数のミスマッチを有する場合、この第1の塩基配列は、標的配列と実質的に(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%)相補的である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、共通の骨格結合のパターンを有する。一部の実施形態において、共通の骨格結合のパターンは、少なくとも10個の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、共通の骨格結合のパターンは、少なくとも10個のホスホロチオエート結合を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、共通の骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも5個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも6個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも7個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも8個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも9個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも10個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも11個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも12個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも13個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも14個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも15個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも16個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも17個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも18個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも19個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を8個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を7個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を6個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を5個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を4個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を3個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を2個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、Rp配置のインターヌクレオチド結合を1個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合(非限定的な例として、リン酸ジエステル)を8個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を7個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を6個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を5個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を4個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を3個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を2個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、キラルでないインターヌクレオチド結合を1個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも10個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含み、且つキラルでないインターヌクレオチド結合を8個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも11個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含み、且つキラルでないインターヌクレオチド結合を7個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも12個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含み、且つキラルでないインターヌクレオチド結合を6個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも13個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含み、且つキラルでないインターヌクレオチド結合を6個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも14個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含み、且つキラルでないインターヌクレオチド結合を5個より多く含まない。一部の実施形態において、共通の骨格キラル中心のパターンは、少なくとも15個のSp配置のインターヌクレオチド結合を含み、且つキラルでないインターヌクレオチド結合を4個より多く含まない。一部の実施形態において、Sp配置のインターヌクレオチド結合は、任意選択で隣接しているか又は隣接していない。一部の実施形態において、Rp配置のインターヌクレオチド結合は、任意選択で隣接しているか又は隣接していない。一部の実施形態において、キラルでないインターヌクレオチド結合は、任意選択で隣接しているか又は隣接していない。
一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、とりわけ、それらが同じ塩基配列(長さを含む)、糖及び塩基部分に対する同じ化学修飾のパターン、同じ追加の化学的部分(存在する場合)、同じ骨格結合のパターン(例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合のパターン及びそれらの組み合わせ)、同じ骨格キラル中心のパターン(例えば、キラルなインターヌクレオチド結合の立体化学(Rp/Sp)のパターン)及び同じ骨格リン修飾のパターンを有する点で化学的に同一である。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を最適化する技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、向上した特性及び/又は活性、例えば細胞抽出物、細胞、組織、器官及び/又は生物等におけるスプライシングでの亢進したエクソン取り込み、例えばエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べて増加したレベルのエクソン7含有SMN2 mRNAの産生を媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の投与に関連する免疫応答を低下させる方法(例えば、同等又は同一のヌクレオチド配列の又は同じ組成のヌクレオチドの参照(例えば、キラル制御されていない)組成物で観察されるものと例えば比べて組成物中のオリゴヌクレオチドに対する望ましくない免疫応答が低下するようにオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物による特定のタンパク質への結合を増加させる方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びその組成物による特定のタンパク質への結合を増加させる方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の送達を亢進させる方法を提供する。とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドのその標的への最適な送達に、一部の実施形態ではオリゴヌクレオチドが所望の部位に輸送され得るような特定のタンパク質へのオリゴヌクレオチド結合と、特定のタンパク質からオリゴヌクレオチドが適切に放出されてその所望の機能、例えばその標的とのハイブリダイゼーション、その標的の切断、翻訳の阻害、転写物プロセシングの調節等を果たし得るようなオリゴヌクレオチド放出とのバランスが関わるという認識を包含する。とりわけ、本開示は、化学修飾及び/又は立体化学を通じてオリゴヌクレオチド特性及び/又は活性の向上を実現し得ることを実証する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、表1Aから選択される配列を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの配列は、表1Aから選択される配列である。一部の実施形態において、糖修飾のパターンは、表1Aに記載されるものから選択される1つを含むか又はそれである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合のパターンは、表1Aに記載されるものから選択される1つを含むか又はそれである。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、表1Aに記載されるものから選択される1つを含むか又はそれである。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、存在する場合、表1Aに記載されるものから選択される。
一部の実施形態において、本開示は、表の何れか、例えば表1Aから選択されるか又はその他本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、限定はされないが、表1Aを含め、表の何れかから選択されるか、又はその他本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、追加の化学的部分にコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、本開示は、式O−I:
の構造又はその塩を有する化合物、例えばオリゴヌクレオチドを提供し、式中、
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各Rsは、独立に、−H、ハロゲン、−CN、−N3、−NO、−NO2、−Ls−R’、−Ls−Si(R)3、−Ls−OR’、−Ls−SR’、−Ls−N(R’)2、−O−Ls−R’、−O−Ls−Si(R)3、−O−Ls−OR’、−O−Ls−SR’又は−O−Ls−N(R’)2であり;
各sは、独立に、0〜20であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族と、C6〜30アリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基であり;
各LPは、独立に、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、−Ls−又は−Ls−Ls−であり;
R3Eは、−R’、−Ls−R’、−OR’又は支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各Rsは、独立に、−H、ハロゲン、−CN、−N3、−NO、−NO2、−Ls−R’、−Ls−Si(R)3、−Ls−OR’、−Ls−SR’、−Ls−N(R’)2、−O−Ls−R’、−O−Ls−Si(R)3、−O−Ls−OR’、−O−Ls−SR’又は−O−Ls−N(R’)2であり;
各sは、独立に、0〜20であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族と、C6〜30アリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基であり;
各LPは、独立に、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、−Ls−又は−Ls−Ls−であり;
R3Eは、−R’、−Ls−R’、−OR’又は支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLPは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、各LPは、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、キラルな結合リンを含む各LPは、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、各LPは、独立に、式Iの構造又はその塩形態を有する。一部の実施形態において、各LPは、天然リン酸結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合から独立に選択される。一部の実施形態において、少なくとも1つのLPは、非負電荷インターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、式O−Iの化合物又はその塩は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、本開示は、特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、式O−Iの化合物又はその塩であり、式中、少なくとも1つのLPは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、式O−Iの化合物又はその塩であり、式中、各LPは、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合又はアキラルなリン結合を含むインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、式O−Iの化合物又はその塩であり、式中、各LPは、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合又は天然リン酸結合である。
一部の実施形態において、本開示は、構造:
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
又はその塩の化合物を提供し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
又はその塩の化合物を提供し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、各Acは、独立に、式O−I又はその塩のオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド部分である(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acは、式O−I又はその塩のオリゴヌクレオチドである)。一部の実施形態において、本開示は、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有するオリゴヌクレオチドをランダムでないか又は制御されたレベル(本開示に記載される通り)で含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、複数(例えば、第1の複数)のオリゴヌクレオチド又はあるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供される組成物、例えば提供されるキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有する。一部の実施形態において、構造は、Ac−[−LM−(RD)a]b又はその塩である。一部の実施形態において、構造は、[(Ac)a−LM]b−RD又はその塩である。一部の実施形態において、構造は、(Ac)a−LM−(Ac)b又はその塩である。一部の実施形態において、構造は、Ac−[−LM−(RD)a]b又はその塩である。
一部の実施形態において、LMは、LLDである。一部の実施形態において、LMは、RDの2つ以上の基が1つのLMによって連結されるような多価である。一部の実施形態において、aは、2以上である。一部の実施形態において、aは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10又はそれを超える。一部の実施形態において、aは、2である。一部の実施形態において、aは、3である。一部の実施形態において、aは、4である。一部の実施形態において、aは、5である。
一部の実施形態において、RDは、追加の化学的部分である。一部の実施形態において、RDは、ターゲティング部分である。一部の実施形態において、RDは、脂質部分である。一部の実施形態において、RDは、炭水化物部分である。一部の実施形態において、RDは、本開示に記載される通りの細胞受容体、例えばσ受容体のリガンド部分である。
一部の実施形態において、本開示は、
Ac−[−LLD−(RLD)a]b又は[(Ac)a−LLD]b−RLD
の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acはオリゴヌクレオチドである);
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立に、リンカー部分であり;及び
各RLDは、独立に、ターゲティング部分である。
Ac−[−LLD−(RLD)a]b又は[(Ac)a−LLD]b−RLD
の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acはオリゴヌクレオチドである);
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立に、リンカー部分であり;及び
各RLDは、独立に、ターゲティング部分である。
当業者が理解する通り、本明細書に記載される通りのオリゴヌクレオチド組成物の活性及び/又は特性は、本開示において様々な適切なアッセイ、例えば米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、国際公開第2017015555号パンフレット、国際公開第2017015575号パンフレット、国際公開第2017062862号パンフレット、国際公開第2017160741号パンフレットに記載されるもの、ヌシネルセンの評価に利用されるもの等を用いて評価することができる。当業者は、本開示における特定のオリゴヌクレオチド及び/又はその組成物の評価に適切なアッセイを認識し且つ/又はそれを開発可能である。
定義
本明細書で使用されるとき、特に指示されない限り以下の定義が適用されるものとする。本開示の目的上、化学元素は、CAS方式元素周期表(the Periodic Table of the Elements,CAS version),Handbook of Chemistry and Physics,75th Ed.に従い特定される。加えて、有機化学の一般的原理は、“Organic Chemistry”,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed.,Ed.:Smith,M.B.and March,J.,John Wiley&Sons,New York:2001に記載されている。
本明細書で使用されるとき、特に指示されない限り以下の定義が適用されるものとする。本開示の目的上、化学元素は、CAS方式元素周期表(the Periodic Table of the Elements,CAS version),Handbook of Chemistry and Physics,75th Ed.に従い特定される。加えて、有機化学の一般的原理は、“Organic Chemistry”,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed.,Ed.:Smith,M.B.and March,J.,John Wiley&Sons,New York:2001に記載されている。
脂肪族:本明細書で使用されるとき、「脂肪族」は、完全に飽和した若しくは1つ以上の不飽和単位を含有する直鎖(即ち非分枝状)若しくは分枝状の置換若しくは非置換炭化水素鎖又は完全に飽和した若しくは1つ以上の不飽和単位を含有する置換若しくは非置換単環式、二環式若しくは多環式炭化水素環又はそれらの組み合わせを意味する。特記しない限り、脂肪族基は1〜100個の脂肪族炭素原子を含有する。一部の実施形態において、脂肪族基は1〜20個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態において、脂肪族基は1〜10個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態において、脂肪族基は1〜9個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態において、脂肪族基は1〜8個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態において、脂肪族基は1〜7個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態において、脂肪族基は1〜6個の脂肪族炭素原子を含有する。なおも他の実施形態において、脂肪族基は1〜5個の脂肪族炭素原子を含有し、更に他の実施形態において、脂肪族基は1、2、3又は4個の脂肪族炭素原子を含有する。好適な脂肪族基としては、限定はされないが、直鎖又は分枝状の置換又は非置換アルキル、アルケニル、アルキニル基及びこれらのハイブリッドが挙げられる。
アルケニル:本明細書で使用されるとき、用語「アルケニル」は、1つ以上の二重結合を有する本明細書に定義する通りの脂肪族基を指す。
アルキル:本明細書で使用されるとき、用語「アルキル」には、当技術分野におけるその通常の意味が付与され、直鎖アルキル基、分枝鎖アルキル基、シクロアルキル(脂環式)基、アルキル置換シクロアルキル基及びシクロアルキル置換アルキル基を含め、飽和脂肪族基が含まれ得る。一部の実施形態において、アルキルは1〜100個の炭素原子を有する。特定の実施形態において、直鎖又は分枝鎖アルキルはその骨格に約1〜20個の炭素原子を有し(例えば、直鎖についてC1〜C20、分枝鎖についてC2〜C20)、代わりに約1〜10個を有する。一部の実施形態において、シクロアルキル環はその環構造に約3〜10個の炭素原子を有し、ここで、かかる環は単環、二環又は多環であり、代わりに環構造に約5、6又は7個の炭素を有する。一部の実施形態において、アルキル基は低級アルキル基であり得、ここで、低級アルキル基は1〜4個の炭素原子を含む(例えば、直鎖低級アルキルについてC1〜C4)。
アルキニル:本明細書で使用されるとき、用語「アルキニル」は、1つ以上の三重結合を有する本明細書に定義する通りの脂肪族基を指す。
動物:本明細書で使用されるとき、用語「動物」は、動物界の任意のメンバーを指す。一部の実施形態において、「動物」は、任意の発育段階にあるヒトを指す。一部の実施形態において、「動物」は、任意の発育段階にある非ヒト動物を指す。特定の実施形態において、非ヒト動物は哺乳類(例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類及び/又はブタ)である。一部の実施形態において、動物には、限定はされないが、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類及び/又は虫が含まれる。一部の実施形態において、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作された動物及び/又はクローンであり得る。
近似的に:本明細書で使用されるとき、数に関連して用語「近似的に」又は「約」は、概して、特に指定されない限り又は文脈上特に明らかでない限り、その数の何れの方向にも(その数より大きい又はより小さい)5%、10%、15%又は20%の範囲内に入る数値を含む(かかる数値が可能な値の0%未満又は100%超となる場合を除く)ものと解釈される。一部の実施形態において、投薬量に関して用語「約」の使用は、±5mg/kg/日を意味する。
アリール:単独で使用されるか、又は「アラルキル」、「アラルコキシ」又は「アリールオキシアルキル」にあるように、より大きい部分の一部として使用される、本明細書で使用される通りの用語「アリール」は、合計5〜30環員を有する単環式、二環式又は多環式の環系を指し、ここで、系中の少なくとも1つの環は芳香族である。一部の実施形態において、アリール基は、合計5〜14環員を有する単環式、二環式又は多環式の環系であり、ここで、系中の少なくとも1つの環は芳香族であり、及び系中の各環が3〜7環員を含有する。一部の実施形態において、アリール基はビアリール基である。用語「アリール」は用語「アリール環」と同義的に使用されることもある。本開示の特定の実施形態において、「アリール」は、限定はされないが、1つ以上の置換基を担持し得るフェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシルなどが含まれる芳香環系を指す。また、用語「アリール」の範囲内には、それが本明細書で使用されるとき、インダニル、フタルイミジル、ナフトイミジル(naphthimidyl)、フェナントリジニル又はテトラヒドロナフチルなど、1つ以上の非芳香環に芳香環が縮合している基も含まれる。
脂環族:用語「脂環族」、「炭素環」、「カルボシクリル」、「炭素環式基」及び「炭素環式環」は同義的に使用され、本明細書で使用されるとき、特記しない限り3〜30環員を有する、本明細書に記載される通りの、飽和又は部分不飽和の、しかし芳香族でない、環状脂肪族の単環式、二環式又は多環式の環系を指す。脂環族基には、限定なしに、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル及びシクロオクタジエニルが含まれる。一部の実施形態において、脂環族基は3〜6個の炭素を有する。一部の実施形態において、脂環族基は飽和しており、シクロアルキルである。用語「脂環族」には、デカヒドロナフチル又はテトラヒドロナフチルなど、1つ以上の芳香環又は非芳香環に縮合している脂肪族環も含まれ得る。一部の実施形態において、脂環族基は二環である。一部の実施形態において、脂環族基は三環である。一部の実施形態において、脂環族基は多環である。一部の実施形態において、「脂環族」は、完全に飽和した又は1つ以上の不飽和単位を含有する、しかし芳香族でない、分子の残りの部分との単一の結合点を有するC3〜C6単環式炭化水素、又はC8〜C10二環式若しくは多環式炭化水素、又は完全に飽和した又は1つ以上の不飽和単位を含有する、しかし芳香族でない、分子の残りの部分との単一の結合点を有するC9〜C16多環式炭化水素を指す。
投与レジメン:本明細書で使用されるとき、「投与レジメン」又は「治療レジメン」は、対象に個別に、典型的には時間を空けて投与される一組の単位用量(典型的には2用量以上)を指す。一部の実施形態において、所与の治療用薬剤には推奨投与レジメンがあり、これは1用量以上を含み得る。一部の実施形態において、投与レジメンは複数の用量を含み、その各々は互いに同じ長さの時間だけ空けられる;一部の実施形態において、投与レジームは、複数の用量と、個々の用量間に空けられる少なくとも2つの異なる時間とを含む。一部の実施形態において、投与レジメン内にある全ての用量が同じ単位用量値である。一部の実施形態において、投与レジメン内の異なる用量が異なる値である。一部の実施形態において、投与レジメンは第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と異なる第2の用量値の1つ以上の更なる用量を含む。一部の実施形態において、投与レジメンは第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と同じ第2の用量値の1つ以上の更なる用量を含む。
均等薬剤:当業者は、本開示を読めば、本開示の文脈における有用な薬剤の範囲が、本明細書に具体的に言及又は例示されるものに限定されないことを理解するであろう。詳細には、当業者は、活性薬剤が典型的には、コアと、結合したペンダント部分とからなる構造を有することを認識するであろうとともに、更に、かかるコア及び/又はペンダント部分の単純な変形例が薬剤の活性を大きく変え得るものではないことを理解するであろう。例えば、一部の実施形態において、1つ以上のペンダント部分を同等の三次元構造及び/又は化学反応特性の基によって置換すると、親参照化合物又は部分と均等な置換化合物又は部分が生じ得る。一部の実施形態では、1つ以上のペンダント部分を付加又は除去すると、親参照化合物と均等な置換化合物が生じ得る。一部の実施形態において、例えば少数の結合(典型的には5、4、3、2又は1個以下の結合及び多くの場合に単結合のみ)の付加又は除去によってコア構造を改変すると、親参照化合物と均等な置換化合物が生じ得る。多くの実施形態において、均等な化合物は、例えば以下に記載される通りの一般的反応スキームに例示される方法によるか又はその変法により、容易に入手可能な出発物質、試薬及び従来の又は提供される合成手順を用いて調製され得る。これらの反応では、それ自体公知の、しかし本明細書には言及されない変形例を利用することも可能である。
ヘテロ脂肪族:用語「ヘテロ脂肪族」には、本明細書で使用されるとき、当技術分野におけるその通常の意味が付与され、1つ以上の炭素原子が独立に1つ以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンなど)に置き換えられている本明細書に記載される通りの脂肪族基を指す。一部の実施形態において、C、CH、CH2及びCH3から選択される1つ以上の単位が独立に1つ以上のヘテロ原子(その酸化型及び/又は置換型を含む)によって置き換えられる。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基はヘテロアルキルである。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基はヘテロアルケニルである。
ヘテロアルキル:用語「ヘテロアルキル」には、本明細書で使用されるとき、当技術分野におけるその通常の意味が付与され、1つ以上の炭素原子が独立に1つ以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンなど)に置き換えられている本明細書に記載される通りのアルキル基を指す。ヘテロアルキル基の例としては、限定はされないが、アルコキシ、ポリ(エチレングリコール)−、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニル等が挙げられる。
ヘテロアリール:単独で使用されるか、又はより大きい部分、例えば、「ヘテロアラルキル」又は「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される、本明細書で使用される通りの用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル−」は、合計5〜30環員を有する単環式、二環式又は多環式の環系を指し、ここで、系中の少なくとも1つの環は芳香族であり、少なくとも1つの芳香環原子はヘテロ原子である。一部の実施形態において、ヘテロアリール基は、5〜10個の環原子を有する基(即ち、単環式、二環式又は多環式)であり、一部の実施形態では5、6、9又は10個の環原子を有する基である。一部の実施形態において、ヘテロアリール基は、環状配列で共有される6、10又は14個のπ電子を有し;及び1〜5個のヘテロ原子を炭素原子に加えて有する。ヘテロアリール基には、限定なしに、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル及びプテリジニルが含まれる。一部の実施形態において、ヘテロアリールは、ビピリジルなど、ヘテロビアリール基である。用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル−」には、本明細書で使用されるとき、ヘテロ芳香環が1つ以上のアリール、脂環族又はヘテロシクリル環に縮合している基であって、結合基又は結合点がヘテロ芳香環上にあるものも含まれる。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、4H−キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル及びピリド[2,3−b]−1,4−オキサジン−3(4H)−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環、二環又は多環であり得る。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」又は「ヘテロ芳香族」と同義的に使用され得、これらの用語の何れにも、任意選択で置換されている環が含まれる。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基によって置換されているアルキル基を指し、ここで、アルキル及びヘテロアリール部分は、独立に、任意選択で置換されている。
ヘテロ原子:用語「ヘテロ原子」は、炭素又は水素でない原子を意味する。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素又はケイ素(任意の酸化形態の窒素、硫黄、リン又はケイ素;四級化された形態の任意の塩基性窒素又はヘテロ環式環の置換可能な窒素(例えば、3,4−ジヒドロ−2H−ピロリルにあるようなN)、NH(ピロリジニルにあるような)又はNR+(N置換ピロリジニルにあるような)等を含む)である。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素又は硫黄である。
ヘテロ環:本明細書で使用されるとき、用語「ヘテロ環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロ環式基」及び「ヘテロ環式環」は、本明細書で使用されるとき、同義的に使用され、飽和又は部分不飽和の、且つ1つ以上のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式又は多環式の環部分(例えば、3〜30員環)を指す。一部の実施形態において、ヘテロシクリル基は、飽和又は部分不飽和の何れかの、且つ1個以上、好ましくは1〜4個の上記に定義する通りのヘテロ原子を炭素原子に加えて有する安定した5〜7員環単環式又は7〜10員環二環式ヘテロ環式部分である。ヘテロ環の環原子に関連して使用されるとき、用語「窒素」には置換窒素が含まれる。例として、酸素、硫黄及び窒素から選択される0〜3個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和の環において、窒素は、N(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリルにあるような)、NH(ピロリジニルにあるような)又は+NR(N置換ピロリジニルにあるような)であり得る。ヘテロ環式環は、安定した構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合し得、及び環原子の何れかが任意選択で置換され得る。かかる飽和又は部分不飽和ヘテロ環式基の例としては、限定なしに、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル及びキヌクリジニルが挙げられる。用語「ヘテロ環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「ヘテロ環式基(heterocyclic group)」、「ヘテロ環式部分」及び「ヘテロ環式基(heterocyclic radical)」は、本明細書では同義的に使用され、ヘテロシクリル環が1つ以上のアリール、ヘテロアリール又は脂環族環、例えば、インドリニル、3H−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル又はテトラヒドロキノリニルに縮合している基も含まれる。ヘテロシクリル基は、単環、二環又は多環であり得る。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルによって置換されているアルキル基を指し、ここで、アルキル及びヘテロシクリル部分は、独立に、任意選択で置換されている。
インビトロ:本明細書で使用されるとき、用語「インビトロ」は、生物(例えば、動物、植物及び/又は微生物)の体内でなく、むしろ人工環境中、例えば試験管又は反応槽中、細胞培養下等で起こるイベントを指す。
インビボ:本明細書で使用されるとき、用語「インビボ」は、生物(例えば、動物、植物及び/又は微生物)の体内で起こるイベントを指す。
任意選択で置換されている:本明細書に記載される通り、本開示の化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、任意選択で置換されている部分及び/又は置換されている部分を含有し得る。一般に、用語「置換されている」は、その前に用語「任意選択で」が付くか否かに関わらず、指示部分の1つ以上の水素が好適な置換基に置き換えられていることを意味する。特に指示されない限り、「任意選択で置換されている」基は、その基の各置換可能な位置に好適な置換基を有し得、所与の構造における2つ以上の位置が指定の群から選択される2つ以上の置換基に置換され得るとき、置換基は各位置で同じであるか又は異なり得る。一部の実施形態において、任意選択で置換されている基は置換されていない。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定した又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。用語「安定した」は、本明細書で使用されるとき、本明細書に開示される目的の1つ以上のため、その生成、検出及び特定の実施形態では、その回収、精製及び使用を可能にする条件に供されたときに実質的に変わらない化合物を指す。一部の実施形態において、例示的置換基を以下に記載する。
好適な一価の置換基は、ハロゲン;−(CH2)0〜4R〇;−(CH2)0〜4OR〇;−O(CH2)0〜4R〇、−O−(CH2)0〜4C(O)OR〇;−(CH2)0〜4CH(OR〇)2;−(CH2)0〜4Ph[R〇で置換され得る];−(CH2)0〜4O(CH2)0〜1Ph[R〇で置換され得る];−CH=CHPh[R〇で置換され得る];−(CH2)0〜4O(CH2)0〜1−ピリジル[R〇で置換され得る];−NO2;−CN;−N3;−(CH2)0〜4N(R〇)2;−(CH2)0〜4N(R〇)C(O)R〇;−N(R〇)C(S)R〇;−(CH2)0〜4N(R〇)C(O)N(R〇)2;−N(R〇)C(S)N(R〇)2;−(CH2)0〜4N(R〇)C(O)OR〇;−N(R〇)N(R〇)C(O)R〇;−N(R〇)N(R〇)C(O)N(R〇)2;−N(R〇)N(R〇)C(O)OR〇;−(CH2)0〜4C(O)R〇;−C(S)R〇;−(CH2)0〜4C(O)OR〇;−(CH2)0〜4C(O)SR〇;−(CH2)0〜4C(O)OSi(R〇)3;−(CH2)0〜4OC(O)R〇;−OC(O)(CH2)0〜4SR〇、−SC(S)SR〇;−(CH2)0〜4SC(O)R〇;−(CH2)0〜4C(O)N(R〇)2;−C(S)N(R〇)2;−C(S)SR〇;−SC(S)SR〇、−(CH2)0〜4OC(O)N(R〇)2;−C(O)N(OR〇)R〇;−C(O)C(O)R〇;−C(O)CH2C(O)R〇;−C(NOR〇)R〇;−(CH2)0〜4SSR〇;−(CH2)0〜4S(O)2R〇;−(CH2)0〜4S(O)2OR〇;−(CH2)0〜4OS(O)2R〇;−S(O)2N(R〇)2;−(CH2)0〜4S(O)R〇;−N(R〇)S(O)2N(R〇)2;−N(R〇)S(O)2R〇;−N(OR〇)R〇;−C(NH)N(R〇)2;−Si(R〇)3;−OSi(R〇)3;−P(R〇)2;−P(OR〇)2;−P(R〇)(OR〇);−OP(R〇)2;−OP(OR〇)2;−OP(R〇)(OR〇);−P[N(R〇)2]2−P(R〇)[N(R〇)2];−P(OR〇)[N(R〇)2];−OP[N(R〇)2]2;−OP(R〇)[N(R〇)2];−OP(OR〇)[N(R〇)2];−N(R〇)P(R〇)2;−N(R〇)P(OR〇)2;−N(R〇)P(R〇)(OR〇);−N(R〇)P[N(R〇)2]2;−N(R〇)P(R〇)[N(R〇)2];−N(R〇)P(OR〇)[N(R〇)2];−B(R〇)2;−B(R〇)(OR〇);−B(OR〇)2;−OB(R〇)2;−OB(R〇)(OR〇);−OB(OR〇)2;−P(O)(R〇)2;−P(O)(R〇)(OR〇);−P(O)(R〇)(SR〇);−P(O)(R〇)[N(R〇)2];−P(O)(OR〇)2;−P(O)(SR〇)2;−P(O)(OR〇)[N(R〇)2];−P(O)(SR〇)[N(R〇)2];−P(O)(OR〇)(SR〇);−P(O)[N(R〇)2]2;−OP(O)(R〇)2;−OP(O)(R〇)(OR〇);−OP(O)(R〇)(SR〇);−OP(O)(R〇)[N(R〇)2];−OP(O)(OR〇)2;−OP(O)(SR〇)2;−OP(O)(OR〇)[N(R〇)2];−OP(O)(SR〇)[N(R〇)2];−OP(O)(OR〇)(SR〇);−OP(O)[N(R〇)2]2;−SP(O)(R〇)2;−SP(O)(R〇)(OR〇);−SP(O)(R〇)(SR〇);−SP(O)(R〇)[N(R〇)2];−SP(O)(OR〇)2;−SP(O)(SR〇)2;−SP(O)(OR〇)[N(R〇)2];−SP(O)(SR〇)[N(R〇)2];−SP(O)(OR〇)(SR〇);−SP(O)[N(R〇)2]2;−N(R〇)P(O)(R〇)2;−N(R〇)P(O)(R〇)(OR〇);−N(R〇)P(O)(R〇)(SR〇);−N(R〇)P(O)(R〇)[N(R〇)2];−N(R〇)P(O)(OR〇)2;−N(R〇)P(O)(SR〇)2;−N(R〇)P(O)(OR〇)[N(R〇)2];−N(R〇)P(O)(SR〇)[N(R〇)2];−N(R〇)P(O)(OR〇)(SR〇);−N(R〇)P(O)[N(R〇)2]2;−P(R〇)2[B(R〇)3];−P(OR〇)2[B(R〇)3];−P(NR〇)2[B(R〇)3];−P(R〇)(OR〇)[B(R〇)3];−P(R〇)[N(R〇)2][B(R〇)3];−P(OR〇)[N(R〇)2][B(R〇)3];−OP(R〇)2[B(R〇)3];−OP(OR〇)2[B(R〇)3];−OP(NR〇)2[B(R〇)3];−OP(R〇)(OR〇)[B(R〇)3];−OP(R〇)[N(R〇)2][B(R〇)3];−OP(OR〇)[N(R〇)2][B(R〇)3];−N(R〇)P(R〇)2[B(R〇)3];−N(R〇)P(OR〇)2[B(R〇)3];−N(R〇)P(NR〇)2[B(R〇)3];−N(R〇)P(R〇)(OR〇)[B(R〇)3];−N(R〇)P(R〇)[N(R〇)2][B(R〇)3];−N(R〇)P(OR〇)[N(R〇)2][B(R〇)3];−P(OR’)[B(R’)3]−;−(C1〜4直鎖又は分枝状アルキレン)O−N(R〇)2;又は−(C1〜4直鎖又は分枝状アルキレン)C(O)O−N(R〇)2であり、式中、各R〇は以下に定義する通り置換され得、独立に、水素、C1〜20脂肪族、窒素と酸素と硫黄とケイ素とリンとから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜20ヘテロ脂肪族、−CH2−(C6〜14アリール)、−O(CH2)0〜1(C6〜14アリール)、−CH2−(5〜14員環ヘテロアリール環)、窒素と酸素と硫黄とケイ素とリンから独立に選択される0〜5個のヘテロ原子を有する5〜20員環の単環式、二環式又は多環式飽和環、部分不飽和環又はアリール環であるか、又は上記の定義に関わらず、R〇の2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって、以下に定義する通り置換され得る、窒素と酸素と硫黄とケイ素とリンとから独立に選択される0〜5個のヘテロ原子を有する5〜20員環の単環式、二環式又は多環式飽和環、部分不飽和環又はアリール環を形成する。
R〇(又はR〇の2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって形成する環)上の好適な一価の置換基は、独立に、ハロゲン、−(CH2)0〜2R●、−(ハロR●)、−(CH2)0〜2OH、−(CH2)0〜2OR●、−(CH2)0〜2CH(OR●)2;−O(ハロR●)、−CN、−N3、−(CH2)0〜2C(O)R●、−(CH2)0〜2C(O)OH、−(CH2)0〜2C(O)OR●、−(CH2)0〜2SR●、−(CH2)0〜2SH、−(CH2)0〜2NH2、−(CH2)0〜2NHR●、−(CH2)0〜2NR● 2、−NO2、−SiR● 3、−OSiR● 3、−C(O)SR●、−(C1〜4直鎖又は分枝状アルキレン)C(O)OR●又は−SSR●であり、式中、各R●は非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンによってのみ置換され、C1〜4脂肪族と、−CH2Phと、−O(CH2)0〜1Phと、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員環飽和環、部分不飽和環又はアリール環とから独立に選択される。R〇の飽和炭素原子上の好適な二価の置換基には、=O及び=Sが含まれる。
例えば好適な炭素原子上の、好適な二価の置換基は、独立に、以下である:=O、=S、=NNR* 2、=NNHC(O)R*、=NNHC(O)OR*、=NNHS(O)2R*、=NR*、=NOR*、−O(C(R* 2))2〜3O−又は−S(C(R* 2))2〜3S−(式中、R*は、独立した出現毎に、水素と、以下に定義する通り置換され得るC1〜6脂肪族と、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換5〜6員環飽和環、部分不飽和環又はアリール環とから選択される)。「任意選択で置換されている」基の隣接置換可能炭素に結合する好適な二価の置換基には、−O(CR* 2)2−3O−(式中、R*は、独立した出現毎に、水素と、以下に定義する通り置換され得るC1〜6脂肪族と、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換5〜6員環飽和環、部分不飽和環又はアリール環とから選択される)が含まれる。
R*の脂肪族基上の好適な置換基は、独立に、ハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH2、−NHR●、−NR● 2又は−NO2であり、式中、各R●は非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンによってのみ置換され、独立に、C1〜4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0〜1Ph又は窒素と酸素と硫黄とから独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員環飽和環、部分不飽和環又はアリール環である。一部の実施形態において、置換可能な窒素上の好適な置換基は、−R†、−NR† 2、−C(O)R†、−C(O)OR†、−C(O)C(O)R†、−C(O)CH2C(O)R†、−S(O)2R†、−S(O)2NR† 2、−C(S)NR† 2、−C(NH)NR† 2又は−N(R†)S(O)2R†であり;式中、各R†は、独立に、水素、以下に定義する通り置換され得るC1〜6脂肪族、非置換−OPh又は窒素と酸素と硫黄とから独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換5〜6員環飽和環、部分不飽和環又はアリール環であるか、又は上記の定義に関わらず、R†の2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換3〜12員環飽和、部分不飽和又はアリール単環式又は二環式の環を形成する。
R†の脂肪族基上の好適な置換基は、独立に、ハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH2、−NHR●、−NR● 2又は−NO2であり、式中、各R●は非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンによってのみ置換され、独立に、C1〜4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0〜1Ph又は窒素と酸素と硫黄とから独立に選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員環飽和環、部分不飽和環又はアリール環である。
経口:語句「経口投与」及び「経口的に投与される」は、本明細書で使用されるとき、化合物又は組成物の口からの投与を指して、その当技術分野で理解される意味を有する。
非経口:語句「非経口投与」及び「非経口的に投与される」は、本明細書で使用されるとき、経腸及び局所投与以外の、通常は注射による投与様式を指して、その当技術分野で理解される意味を有し、限定なしに、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内及び胸骨内注射及び注入が含まれる。
部分不飽和:本明細書で使用されるとき、用語「部分不飽和」は、少なくとも1つの二重又は三重結合を含む環部分を指す。用語「部分不飽和」は、複数の不飽和部位を有する環を包含することが意図され、しかし、本明細書に定義される通りのアリール又はヘテロアリール部分を含むことは意図されない。
医薬組成物:本明細書で使用されるとき、用語「医薬組成物」は、1つ以上の薬学的に許容可能な担体と共に製剤化された活性薬剤を指す。一部の実施形態において、活性薬剤は、関連性のある集団に投与したとき所定の治療効果を実現する確率が統計的に有意であることを示す治療レジメンでの投与に適切な単位用量の分量で存在する。一部の実施形態において、医薬組成物は、以下:経口投与、例えば、飲薬(水性又は非水性溶液又は懸濁液)、錠剤、例えば、頬側、舌下及び全身吸収を目標とするもの、ボーラス、散剤、顆粒、舌への適用向けのペースト;例えば滅菌溶液又は懸濁液又は徐放性製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内又は硬膜外注射による非経口投与;例えば、クリーム、軟膏又は制御放出パッチ又は皮膚、肺若しくは口腔に適用されるスプレーとしての局所適用;例えば、ペッサリー、クリーム又は泡としての腟内又は直腸内;舌下;眼内;経皮;又は鼻腔、肺及び他の粘膜表面に対して適合されたものを含め、固体又は液体形態での投与用に特別に製剤化され得る。
薬学的に許容可能:本明細書で使用されるとき、語句「薬学的に許容可能」は、妥当な医学的判断の範囲内で、合理的なリスク対効果比に相応の、過度の毒性、刺激作用、アレルギー反応又は他の問題若しくは合併症を伴わないヒト及び動物の組織と接触して使用するのに好適な化合物、材料、組成物及び/又は剤形を指す。
薬学的に許容可能な担体:本明細書で使用されるとき、用語「薬学的に許容可能な担体」は、ある器官、又は体の一部分から別の器官、又は体の一部分への対象化合物の運搬又は輸送に関わる、材料を封入する液体又は固体充填剤、希釈剤、賦形剤又は溶媒など、薬学的に許容可能な材料、組成物又は媒体を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり且つ患者にとって有害でないという意味で「許容可能」でなければならない。薬学的に許容可能な担体としての役割を果たし得る材料の幾つかの例としては、ラクトース、グルコース及びスクロースなどの糖類;コーンスターチ及びジャガイモデンプンなどのデンプン;カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース及び酢酸セルロースなどのセルロース及びその誘導体;トラガント末;麦芽;ゼラチン;タルク;ココアバター及び坐薬ワックスなどの賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油及びダイズ油などの油;プロピレングリコールなどのグリコール類;グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールなどのポリオール類;オレイン酸エチル及びラウリン酸エチルなどのエステル類;寒天;水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウムなどの緩衝剤;アルギン酸;パイロジェンフリー水;等張生理食塩水;リンゲル溶液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル類、ポリカーボネート類及び/又はポリ無水物類;及び医薬製剤に利用される他の非毒性の適合性のある物質が挙げられる。
薬学的に許容可能な塩:用語「薬学的に許容可能な塩」は、本明細書で使用されるとき、薬学的コンテクストでの使用に適切なかかる化合物の塩、即ち、妥当な医学的判断の範囲内で、必要以上の毒性、刺激作用、アレルギー反応などを伴わない、ヒト及び下等動物の組織と接触して使用するのに好適な、且つ合理的なリスク対効果比に相応の塩を指す。薬学的に許容可能な塩は当技術分野において周知である。例えば、S.M.Berge,et al.が、薬学的に許容可能な塩について、J.Pharmaceutical Sciences,66:1−19(1977)に詳細に記載している。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩としては、限定はされないが、非毒性の酸付加塩が挙げられ、これは、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸などの無機酸と共に又は酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸若しくはマロン酸などの有機酸と共に形成されるか、又はイオン交換など、当技術分野において用いられている他の方法を用いることにより形成されるアミノ基の塩である。一部の実施形態において、提供される化合物は1つ以上の酸性基、例えばオリゴヌクレオチドを含み、薬学的に許容可能な塩は、アルカリ塩、アルカリ土類金属塩又はアンモニウム塩(例えば、N(R)3のアンモニウム塩(式中、各Rは、独立に、本開示に定義及び記載される))である。代表的なアルカリ塩又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩はナトリウム塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩はカリウム塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩はカルシウム塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合、非毒性アンモニウム、第4級アンモニウム並びにハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1〜6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成されるアミンカチオンが挙げられる。一部の実施形態において、提供される化合物は2つ以上の酸性基を含み、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドは2つ以上の酸性基を(例えば、天然リン酸結合及び/又は修飾インターヌクレオチド結合に)含み得る。一部の実施形態において、かかる化合物の薬学的に許容可能な塩又は一般的に塩は、同じであるか又は異なり得る2つ以上のカチオンを含む。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩(又は一般的に、塩)では、酸性基中の全てのイオン化可能な水素がカチオンに置き換えられる。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、ここで、各酸性リン酸基は塩形態(全てナトリウム塩)として存在する。
保護基:語句「保護基」は、本明細書で使用されるとき、潜在的に反応性のある官能基を望ましくない化学変換から保護する一時的な置換基を指す。かかる保護基の例としては、カルボン酸のエステル、アルコールのシリルエーテル並びにアルデヒド及びケトンのそれぞれアセタール及びケタールが挙げられる。「Si保護基」は、Si−トリアルキル(例えば、トリメチルシリル、トリブチルシリル、t−ブチルジメチルシリル)、Si−トリアリール、Si−アルキル−ジフェニル(例えば、t−ブチルジフェニルシリル)又はSi−アリール−ジアルキル(例えば、Si−フェニルジアルキル)など、Si原子を含む保護基である。概して、Si保護基は酸素原子に結合する。保護基化学の分野はレビューされている(例えば、Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,3rd edition,John Wiley&Sons,1999;Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,edited by Serge L.Beaucage et al.06/2012等)。例示的保護基(及び関連する保護される部分)については、以下に詳細に記載する。保護ヒドロキシル基は当技術分野において周知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,3rd edition,John Wiley&Sons,1999(その全体が参照により本明細書に援用される)に詳細に記載されるものが挙げられる。好適な保護ヒドロキシル基の例としては、更に、限定はされないが、エステル類、炭酸塩、スルホン酸塩、アリルエーテル類、エーテル類、シリルエーテル類、アルキルエーテル類、アリールアルキルエーテル類及びアルコキシアルキルエーテル類が挙げられる。好適なエステル類の例としては、ギ酸塩、酢酸塩、プロピオン酸塩、吉草酸塩、クロトン酸塩及び安息香酸塩が挙げられる。好適なエステル類の具体的な例としては、ギ酸塩、ベンゾイルギ酸塩、クロロ酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メトキシ酢酸塩、トリフェニルメトキシ酢酸塩、p−クロロフェノキシ酢酸塩、3−フェニルプロピオン酸塩、4−オキソペンタン酸塩、4,4−(エチレンジチオ)ペンタン酸塩、ピバル酸塩(トリメチル酢酸塩)、クロトン酸塩、4−メトキシ−クロトン酸塩、安息香酸塩、p−ベンジル安息香酸塩、2,4,6−トリメチル安息香酸塩が挙げられる。好適な炭酸塩の例としては、9−フルオレニルメチル、エチル、2,2,2−トリクロロエチル、2−(トリメチルシリル)エチル、2−(フェニルスルホニル)エチル、ビニル、アリル及びp−ニトロベンジル炭酸塩が挙げられる。好適なシリルエーテル類の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルエーテル及び他のトリアルキルシリルエーテル類が挙げられる。好適なアルキルエーテル類の例としては、メチル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、トリチル、t−ブチル及びアリルエーテル又はその誘導体が挙げられる。アルコキシアルキルエーテル類としては、アセタール類、例えば、メトキシメチル、メチルチオメチル、(2−メトキシエトキシ)メチル、ベンジルオキシメチル、β−(トリメチルシリル)エトキシメチル及びテトラヒドロピラン−2−イルエーテルが挙げられる。好適なアリールアルキルエーテル類の例としては、ベンジル、p−メトキシベンジル(MPM)、3,4−ジメトキシベンジル、O−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル、2−及び4−ピコリルエーテル類が挙げられる。
保護アミンは当技術分野において周知であり、Greene(1999)に詳細に記載されるものが挙げられる。好適なモノ保護アミン類としては、更に、限定はされないが、アラルキルアミン類、カルバメート類、アリルアミン類、アミド類などが挙げられる。好適なモノ保護アミノ部分の例としては、t−ブチルオキシカルボニルアミノ(−NHBOC)、エチルオキシカルボニルアミノ、メチルオキシカルボニルアミノ、トリクロロエチルオキシカルボニルアミノ、アリルオキシカルボニルアミノ(−NHAlloc)、ベンジルオキシカルボニルアミノ(−NHCBZ)、アリルアミノ、ベンジルアミノ(−NHBn)、フルオレニルメチルカルボニル(−NHFmoc)、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、ジクロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、フェニルアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、ベンズアミド、t−ブチルジフェニルシリルなどが挙げられる。好適なジ保護アミン類としては、上記にモノ保護アミン類として記載されるものから独立に選択される2つの置換基で置換されているアミン類が挙げられ、更に、フタルイミド、マレイミド、スクシンイミドなど、環状イミド類が挙げられる。好適なジ保護アミン類としては、ピロール類など、2,2,5,5−テトラメチル−[1,2,5]アザジシロリジンなど、及びアジドも挙げられる。
保護アルデヒド類は当技術分野において周知であり、Greene(1999)に詳細に記載されるものが挙げられる。好適な保護アルデヒド類としては、更に、限定はされないが、非環状アセタール類、環状アセタール類、ヒドラゾン類、イミン類などが挙げられる。かかる基の例としては、ジメチルアセタール、ジエチルアセタール、ジイソプロピルアセタール、ジベンジルアセタール、ビス(2−ニトロベンジル)アセタール、1,3−ジオキサン類、1,3−ジオキソラン類、セミカルバゾン類及びこれらの誘導体が挙げられる。
保護カルボン酸は当技術分野において周知であり、Greene(1999)に詳細に記載されるものが挙げられる。好適な保護カルボン酸としては、更に、限定はされないが、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族エステル類、任意選択で置換されているアリールエステル類、シリルエステル類、活性化エステル類、アミド類、ヒドラジド類などが挙げられる。かかるエステル基の例としては、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ベンジル及びフェニルエステルが挙げられ、ここで、各基は、任意選択で置換されている。更なる好適な保護カルボン酸としては、オキサゾリン類及びオルトエステル類が挙げられる。
保護チオール類は当技術分野において周知であり、Greene(1999)に詳細に記載されるものが挙げられる。好適な保護チオール類としては、更に、限定はされないが、ジスルフィド類、チオエーテル類、シリルチオエーテル類、チオエステル類、チオカーボネート類及びチオカルバメート類などが挙げられる。かかる基の例としては、いくつか例を挙げれば、限定はされないが、アルキルチオエーテル類、ベンジル及び置換ベンジルチオエーテル類、トリフェニルメチルチオエーテル類及びトリクロロエトキシカルボニルチオエステルが挙げられる。
試料:「試料」は、本明細書で使用されるとき、特定の生物又はそれから入手される材料である。一部の実施形態において、試料は、本明細書に記載される通りの目的の供給源から入手されるか又はそれに由来する生体試料である。一部の実施形態において、目的の供給源は、動物又はヒトなどの生物を含む。一部の実施形態において、生体試料は生体組織又は体液を含む。一部の実施形態において、生体試料は、骨髄;血液;血液細胞;腹水;組織又は細針生検試料;細胞含有体液;浮遊核酸;喀痰;唾液;尿;脳脊髄液、腹水;胸水;糞便;リンパ液;婦人科的体液;皮膚スワブ;腟スワブ;口腔スワブ;鼻腔スワブ;水洗液又は洗浄液、例えば乳管洗浄液又は気管支肺胞洗浄液など;吸引液;擦過物;骨髄標本;組織生検標本;手術標本;糞便、他の体液、分泌物及び/又は排泄物;及び/又はこれらからの細胞等であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、生体試料は、個体から入手される細胞であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、試料は、目的の供給源から任意の適切な手段によって直接入手される「一次試料」である。例えば、一部の実施形態において、一次生体試料は、生検(例えば、細針吸引又は組織生検)、外科手術、体液(例えば、血液、リンパ液、糞便等)の採取等からなる群から選択される方法によって入手される。一部の実施形態において、文脈から明らかであろう通り、用語「試料」は、一次試料を処理することにより(例えば、その1つ以上の成分を除去することにより、且つ/又はそれに1つ以上の薬剤を添加することにより)入手される調製物を指す。例えば、半透膜を使用したろ過。かかる「処理済みの試料」は、例えば、試料から抽出されるか、又は一次試料をmRNAの増幅又は逆転写、特定の構成成分の単離及び/又は精製などの技法に供することにより入手される核酸又はタンパク質を含み得る。一部の実施形態において、試料は生物である。一部の実施形態において、試料は植物である。一部の実施形態において、試料は動物である。一部の実施形態において、試料はヒトである。一部の実施形態において、試料はヒト以外の生物である。
対象:本明細書で使用されるとき、用語「対象」又は「試験対象」は、本開示において、例えば実験、診断、予防及び/又は治療を目的として提供の化合物又は組成物が投与される任意の生物を指す。典型的な対象には、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類及びヒトなどの哺乳類;昆虫;蠕虫等)及び植物が含まれる。一部の実施形態において、対象は、疾患、障害及び/又は病態に罹患しており且つ/又はそれに罹り易いことができる。
実質的に:本明細書で使用されるとき、用語「実質的に」は、目的の特徴又は特性の全面的な又はほぼ全面的な範囲又は程度を呈するという定性的条件を指す。第2の配列と実質的に相補的な塩基配列は、第2の配列と同一ではないが、第2の配列とおおよそ又はほぼ同一である。加えて、生物学分野の当業者は、生物学的及び化学的事象が完了までいく及び/又は完全性に至るまで進む又は絶対的な結果を実現若しくは回避することは、あったとしてもまれであることを理解するであろう。従って、用語「実質的に」は、本明細書では、多くの生物学的及び/又は化学的事象に固有の完全性の潜在的な欠如を捉えて使用される。
〜に罹患している:疾患、障害及び/又は病態「に罹患している」個体は、疾患、障害及び/又は病態と診断されている及び/又はその1つ以上の症状を示す。
〜に罹り易い:疾患、障害及び/又は病態「に罹り易い」個体は、公衆のメンバーと比べて疾患、障害及び/又は病態を発症するリスクが高い個体である。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態に罹り易い素因がある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態と診断されていないこともある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態の症状を呈することもある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態の症状を呈しないこともある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態を発症することになる。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態を発症することにはならない。
全身:語句「全身投与」、「全身投与される」、「末梢投与」及び「末梢投与される」は、本明細書で使用されるとき、それが被投与者の全身に入り込むような化合物又は組成物の投与を指して、その当技術分野で理解される意味を有する。
治療用薬剤:本明細書で使用されるとき、語句「治療用薬剤」は、対象への投与時に治療効果を有する及び/又は所望の生物学的及び/又は薬理学的効果を誘発する任意の薬剤を指す。一部の実施形態において、治療用薬剤は、疾患、障害及び/又は病態の1つ以上の症状又は特徴を緩和し、改善し、軽減し、阻害し、予防し、その発生を遅延させ、その重症度を低減し、且つ/又はその発生率を低減するために使用することのできる任意の物質である。
治療有効量:本明細書で使用されるとき、用語「治療有効量」は、治療レジメンの一部として投与したときに所望の生物学的反応を誘発する物質(例えば、治療用薬剤、組成物及び/又は製剤)の量を意味する。一部の実施形態において、物質の治療有効量は、疾患、障害及び/又は病態に罹患しているか又はそれに罹り易い対象への投与時に、その疾患、障害及び/又は病態を治療し、診断し、予防し、且つ/又はその発生を遅延させるのに十分な量である。当業者は理解するであろう通り、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達しようとする物質、標的細胞又は組織等といった要因に応じて異なり得る。例えば、疾患、障害及び/又は病態の治療に有効な製剤中の化合物の量は、その疾患、障害及び/又は病態の1つ以上の症状又は特徴を緩和し、改善し、軽減し、阻害し、予防し、その発生を遅延させ、その重症度を低減し、且つ/又はその発生率を低減する量である。一部の実施形態において、治療有効量は単回用量で投与される;一部の実施形態において、治療有効量を送達するために複数の単位用量が必要である。
治療する:本明細書で使用されるとき、用語「治療する」、「治療」又は「治療すること」は、疾患、障害及び/又は病態の1つ以上の症状又は特徴を部分的に又は完全に緩和し、改善し、軽減し、阻害し、予防し、その発生を遅延させ、その重症度を低減し、且つ/又はその発生率を低減するために用いられる任意の方法を指す。治療は、疾患、障害及び/又は病態の徴候を呈していない対象に投与され得る。一部の実施形態において、治療は、疾患、障害及び/又は病態の初期徴候のみを呈する対象に、例えばその疾患、障害及び/又は病態に関連する病変の発症リスクを低下させる目的で投与され得る。
不飽和:用語「不飽和」は、本明細書で使用されるとき、ある部分が1つ以上の不飽和単位を有することを意味する。
単位用量:表現「単位用量」は、本明細書で使用されるとき、単回用量として投与される及び/又は物理的に個別の単位で投与される医薬組成物の量を指す。多くの実施形態において、単位用量は、所定分量の活性薬剤を含有する。一部の実施形態において、単位用量は、その薬剤の単回用量全てを含有する。一部の実施形態において、単回用量総量を達成するため2単位用量以上が投与される。一部の実施形態において、意図される効果を達成するため複数の単位用量の投与が必要になるか又は必要になると予想される。単位用量は、例えば、所定分量の1つ以上の治療用薬剤を含有するある容積の液体(例えば、許容可能な担体)、固体形態の所定量の1つ以上の治療用薬剤、所定量の1つ以上の治療用薬剤を含有する徐放製剤又は薬物送達装置等であり得る。単位用量は、1つ又は複数の治療用薬剤に加えて種々の成分の何れかを含む製剤中に存在し得ることが理解されるであろう。例えば、許容可能な担体(例えば、薬学的に許容可能な担体)、希釈剤、安定剤、緩衝液、保存剤等が、以下に記載する通り含まれ得る。多くの実施形態において、特定の治療用薬剤の適切な1日投薬量総量が単位用量の一部分又は複数の単位用量を含み得、例えば、主治医が妥当な医学的判断の範囲内で決定し得ることは、当業者は理解するであろう。一部の実施形態において、任意の特定の対象又は生物に対する具体的な有効用量レベルは、治療下の障害及びその障害の重症度;用いられる具体的な活性化合物(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)の活性;用いられる具体的な組成物;対象の年齢、体重、全般的な健康、性別及び食事;用いられる具体的な活性化合物(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)の投与時間及び排泄速度;治療継続期間;用いられる具体的な1つ又は複数の化合物と併用して又はそれと同時に使用される薬物及び/又は追加的な療法及び医学の技術分野で周知の同様の要因を含め、種々の要因に依存し得る。
野生型:本明細書で使用されるとき、用語「野生型」は、天然で「正常な」(突然変異体、罹患しているもの、改変されているもの等と対照的に)状態又はコンテクストにおいて見られる通りの構造及び/又は活性を有する実体を指す、その当技術分野で理解される意味を有する。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが多くの場合に複数の異なる形態で存在する(例えば対立遺伝子)ことを理解するであろう。
核酸:用語「核酸」には、本明細書で使用されるとき、任意のヌクレオチド及びそのポリマーが含まれる。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、リボヌクレオチド(RNA)又はデオキシリボヌクレオチド(DNA)の何れであれ、任意の長さのポリマー形態のヌクレオチドを指す。これらの用語は分子の一次構造を指し、従って、二本鎖及び一本鎖DNA並びに二本鎖及び一本鎖RNAを含む。これらの用語には、限定はされないが、メチル化された、保護された、且つ/又はキャッピングされたヌクレオチド又はポリヌクレオチドなど、修飾ヌクレオチド及び/又は修飾ポリヌクレオチドで作られているRNA又はDNAの何れかの類似体が均等語として含まれる。これらの用語は、ポリ−又はオリゴ−リボヌクレオチド(RNA)及びポリ−又はオリゴ−デオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基及び/又は修飾核酸塩基のN−グリコシド又はC−グリコシドに由来するRNA又はDNA;糖及び/又は修飾糖に由来する核酸;及びリン酸架橋及び/又は修飾インターヌクレオチド結合に由来する核酸を包含する。この用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、リン酸架橋又は修飾インターヌクレオチド結合の任意の組み合わせを含有する核酸を包含する。例としては、リボース部分を含有する核酸、デオキシリボース部分を含有する核酸、リボース部分及びデオキシリボース部分の両方を含有する核酸、リボース部分及び修飾リボース部分を含有する核酸が挙げられるが、限定はされない。特記しない限り、接頭語ポリ−は、2〜約10,000個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指し、ここで、接頭語オリゴ−は、2〜約200個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指す。
ヌクレオチド:用語「ヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、核酸塩基、糖及び1つ以上のインターヌクレオチド結合からなるポリヌクレオチドの単量体単位を指す。天然に存在する塩基(グアニン、(G)、アデニン、(A)、シトシン、(C)、チミン、(T)及びウラシル(U))はプリン又はピリミジンの誘導体であるが、天然に存在する及び天然に存在しない塩基類似体も含まれる。天然に存在する糖はペントース(五炭糖)デオキシリボース(これはDNAを形成する)又はリボース(これはRNAを形成する)であるが、天然に存在する及び天然に存在しない糖類似体も含まれる。ヌクレオチドはインターヌクレオチド結合によって結合して核酸又はポリヌクレオチドを形成する。多数のインターヌクレオチド結合が当技術分野において公知である(限定はされないが、リン酸、ホスホロチオエート、ボラノホスフェートなど)。人工核酸には、PNA(ペプチド核酸)、リン酸トリエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、H−ホスホン酸、ホスホルアミデート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、アルキルホスホネート、ホスホノアセテート、チオホスホノアセテート及び本明細書に記載されるものなどの、天然核酸のリン酸骨格の他の変異体が含まれる。一部の実施形態において、天然ヌクレオチドは、天然に存在する塩基、糖及びインターヌクレオチド結合を含む。本明細書で使用されるとき、用語「ヌクレオチド」は、修飾ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体など、天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造類似体も包含する。
修飾ヌクレオチド:用語「修飾ヌクレオチド」には、天然ヌクレオチドと構造的に異なるが、天然ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たす能力を有する任意の化学的部分が含まれる。一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドは、糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合に修飾を含む。一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾核酸塩基及び/又は修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドは、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能の能力、例えば、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸との塩基対合能を有するポリマーにおいてサブユニットを形成する能力を有する。
類似体:用語「類似体」には、参照化学的部分又は部分クラスと構造的に異なるが、かかる参照化学的部分又は部分クラスの少なくとも1つの機能を果たす能力を有する任意の化学的部分が含まれる。非限定的な例として、ヌクレオチド類似体はヌクレオチドと構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たす;核酸塩基類似体は核酸塩基と構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たす等である。
ヌクレオシド:用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基又は修飾核酸塩基が糖又は修飾糖に共有結合的に結合している部分を指す。
修飾ヌクレオシド:用語「修飾ヌクレオシド」は、天然ヌクレオシドに由来する又はそれと化学的に類似しているが、それを天然ヌクレオシドと区別する化学修飾を含む部分を指す。修飾ヌクレオシドの非限定的な例としては、塩基及び/又は糖に修飾を含むものが挙げられる。修飾ヌクレオシドの非限定的な例としては、糖に2’修飾を有するものが挙げられる。修飾ヌクレオシドの非限定的な例としては、脱塩基ヌクレオシドも挙げられる(これは核酸塩基を欠いている)。一部の実施形態において、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能の能力、例えば、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸との塩基対合能を有するポリマーにおいて部分を形成する能力を有する。
ヌクレオシド類似体:用語「ヌクレオシド類似体」は、天然ヌクレオシドと化学的に異なるが、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能を果たす能力を有する化学的部分を指す。一部の実施形態において、ヌクレオシド類似体は、糖の類似体及び/又は核酸塩基の類似体を含む。一部の実施形態において、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能の能力、例えば、相補的な塩基配列を含む核酸との塩基対合能を有するポリマーにおいて部分を形成する能力を有する。
糖:用語「糖」は、閉鎖型及び/又は開鎖型の単糖又は多糖を指す。一部の実施形態において、糖は単糖である。一部の実施形態において、糖は多糖である。糖としては、限定はされないが、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース及びヘキソピラノース部分が挙げられる。本明細書で使用されるとき、用語「糖」は、そのポリマーが核酸類似体、グリコール核酸(「GNA」)等の骨格を形成するグリコールなどの従来の糖分子の代わりに使用される構造類似体も包含する。本明細書で使用されるとき、用語「糖」は、修飾糖及びヌクレオチド糖など、天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造類似体も包含する。一部の実施形態において、糖はD−2−デオキシリボースである。一部の実施形態において、糖はβ−D−デオキシリボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分はβ−D−デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖はD−リボースである。一部の実施形態において、糖はβ−D−リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分はβ−D−リボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノース部分である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、核酸等の糖部分/単位は、インターヌクレオチド結合にそれぞれ独立に連結した1個以上の炭素原子を含む糖、例えば、その5’−C及び/又は3’−Cがそれぞれ独立にインターヌクレオチド結合(例えば、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合、キラル制御されたインターヌクレオチド結合等)に連結した、任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノースである。
修飾糖:用語「修飾糖」は、糖を置き換えることのできる部分を指す。修飾糖は糖の空間配置、電子特性又は他の何らかの物理化学的特性を模倣する。一部の実施形態において、修飾糖は置換β−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノースである。一部の実施形態において、修飾糖は2’−修飾を含む。一部の実施形態において、修飾糖は、例えばLNAに見られる通りの、2つの糖炭素原子(例えば、C2及びC4)を連結するリンカー(例えば、任意選択で置換されている二価のヘテロ脂肪族)を含む。一部の実施形態において、リンカーは−O−CH(R)−であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、リンカーは−O−CH(R)−であり、式中、Oは糖のC2に連結し、−CH(R)−はC4に連結し、及びRは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、Rは−Hである。一部の実施形態において、−CH(R)−はS配置である。一部の実施形態において、−CH(R)−はR配置である。
核酸塩基:用語「核酸塩基」は、1つの核酸鎖を別の相補鎖に配列特異的に結合させる水素結合に関与する核酸のパーツを指す。最も一般的な天然に存在する核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)及びチミン(T)である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、その核酸塩基がA、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。一部の実施形態において、天然に存在する核酸塩基は修飾アデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態において、天然に存在する核酸塩基はメチル化アデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態において、核酸塩基は「修飾核酸塩基」、例えば、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)及びチミン(T)以外の核酸塩基である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基はメチル化アデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は核酸塩基の空間配置、電子特性又は他の何らかの物理化学的特性を模倣し、且つ1つの核酸鎖を別の核酸鎖に配列特異的に結合させる水素結合特性を保持している。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識又はオリゴヌクレオチド二重鎖の活性に実質的に影響を及ぼすことなく5つの天然に存在する塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニン)の全てと対合することができる。本明細書で使用されるとき、用語「核酸塩基」は、修飾核酸塩基及び核酸塩基類似体など、天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造類似体も包含する。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はその核酸塩基がA、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。
修飾核酸塩基:用語「修飾核酸塩基」、「修飾塩基」などは、核酸塩基と化学的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たす能力を有する化学的部分を指す。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、修飾を含む核酸塩基である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、核酸塩基の少なくとも1つの機能の能力、例えば、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸との塩基対合能を有するポリマーにおいて部分を形成する能力を有する。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、その核酸塩基がA、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。
ブロック基:用語「ブロック基」は、官能基の反応性をマスクする基を指す。官能基は、続いてブロック基を取り除くことによりアンマスクされ得る。一部の実施形態において、ブロック基は保護基である。
部分:用語「部分」は、分子の特異的セグメント又は官能基を指す。化学的部分は、分子に埋め込まれた又はそれに付加された、認識される化学的実体であることが多い。一部の実施形態において、化合物の部分は、化合物から1つ以上の−H及び/又はその均等物を除去することによってその化合物から形成される一価、二価又は多価の基である。
同一性:本明細書で使用されるとき、「同一性」は、2つ以上の配列を最大限の配列マッチとなるように、即ちギャップ及び挿入を考慮に入れてアラインメントしたとき、それらの配列の対応する位置において同一であるヌクレオチド残基の割合を意味する。同一性は、限定はされないが、(Computational Molecular Biology,Lesk,A.M.,ed.,Oxford University Press,New York,1988;Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.,ed.,Academic Press,New York,1993;Computer Analysis of Sequence Data,Part I,Griffin,A.M.,and Griffin,H.G.,eds.,Humana Press,New Jersey,1994;Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987;及びSequence Analysis Primer,Gribskov,M.and Devereux,J.,eds.,M Stockton Press,New York,1991;及びCarillo,H.,and Lipman,D.,SIAM J.Applied Math.,48:1073(1988)に記載されるものを含め、公知の方法によって容易に計算することができる。同一性の決定方法は、試験する配列間に最大のマッチを与えるように設計される。更に、同一性の決定方法は、公的に利用可能なコンピュータプログラムにコーディングされる。2つの配列間の同一性を決定するコンピュータプログラム方法としては、限定はされないが、GCGプログラムパッケージ(Devereux,J.,et al.,Nucleic Acids Research 12(1):387(1984))、BLASTP、BLASTN及びFASTA(Altschul,S.F.et al.,J.Molec.Biol.215:403−410(1990)及びAltschul et al.Nuc.Acids Res.25:3389−3402(1997))が挙げられる。BLAST Xプログラムは、NCBI及び他のソースから公的に利用可能である(BLAST Manual,Altschul,S.,et al.,NCBI NLM NIH Bethesda,Md.20894;Altschul,S.,et al.,J.Mol.Biol.215:403−410(1990)。周知のスミス−ウォーターマンアルゴリズムも同一性の決定に使用することができる。
インターヌクレオチド結合:本明細書で使用されるとき、語句「インターヌクレオチド結合」は、概して、オリゴヌクレオチド又は核酸のヌクレオシド単位をつなぐ結合を指す。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然に存在するDNA及びRNA分子に見られる通りの(天然リン酸結合)、リン酸ジエステル結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合には修飾インターヌクレオチド結合が含まれる。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は「修飾インターヌクレオチド結合」であり、ここで、リン酸ジエステル結合の各酸素原子が、任意選択で且つ独立に、有機又は無機部分によって置き換えられている。一部の実施形態において、かかる有機又は無機部分は、限定はされないが、=S、=Se、=NR’、−SR’、−SeR’、−N(R’)2、B(R’)3、−S−、−Se−及び−N(R’)−から選択され、ここで、各R’は、独立に、本開示に定義及び記載される通りである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、リン酸トリエステル結合、ホスホロチオエートジエステル結合
又は修飾ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、式Iの構造又はその塩形態を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、例えば、PNA(ペプチド核酸)又はPMO(ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー)結合の1つである。当業者によれば、インターヌクレオチド結合が、結合中の酸又は塩基部分の存在に起因して所与のpHでアニオン又はカチオンとして存在し得、例えば、天然リン酸結合及びホスホロチオエートジエステル結合が塩形態として存在し得ることが理解される。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合はキラルな結合リンを含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
特記しない限り、オリゴヌクレオチド配列の前に付くRp/Spの記号は、インターヌクレオチド結合中のキラルな結合リン原子の立体配置をオリゴヌクレオチド配列の5’から3’の順に記述する。例えば、(Rp,Sp)−ATsCs1GAでは、TとCとの間にある「s」結合中のリンがRp配置を有し、CとGとの間の「s1」結合中のリンがSp配置を有する。一部の実施形態において、「全て−(Rp)」又は「全て−(Sp)」は、オリゴヌクレオチド中の全てのキラルな結合リン原子がそれぞれ同じRp配置又はSp配置を有することを示して使用される。
オリゴヌクレオチドタイプ:本明細書で使用されるとき、語句「オリゴヌクレオチドタイプ」は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン(即ち、インターヌクレオチド結合タイプ、例えば、リン酸、ホスホロチオエート等のパターン)、骨格キラル中心のパターン(即ち結合リン立体化学(Rp/Sp)のパターン)及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドを定義して使用される。一部の実施形態において、共通の指定された「タイプ」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当業者は、本開示の合成方法が、結合リンに特定の立体化学及び/又は結合リンに特定の修飾、及び/又は特定の塩基、及び/又は特定の糖を有するようにオリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位を予め設計及び/又は選択し得るようなオリゴヌクレオチド鎖合成中におけるある程度の制御を提供し得ることを理解する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、結合リンに特定の組み合わせの立体中心を有するように予め設計及び/又は選択される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、結合リンに特定の組み合わせの修飾を有するように設計及び/又は決定される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、塩基に特定の組み合わせの修飾を有するように設計及び/又は選択される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、糖に特定の組み合わせの修飾を有するように設計及び/又は選択される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、上記構造特性の1つ以上の特定の組み合わせを有するように設計及び/又は選択される。一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか又はそれからなる組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態において、かかる分子は全てが同じタイプである(即ち、互いに構造的に同一である)。しかしながら、多くの実施形態において、提供される組成物は、異なるタイプの複数のオリゴヌクレオチドを、典型的には所定の相対量で含む。
キラル制御:本明細書で使用されるとき、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド内のキラルなインターヌクレオチド結合におけるキラルな結合リンの立体化学指定の制御を指す。一部の実施形態において、制御は、オリゴヌクレオチドの糖及び塩基部分にないキラル要素を通じて実現し、例えば一部の実施形態では、制御は、本開示に例示される通り、オリゴヌクレオチドの調製中に1つ以上のキラル補助剤を使用することにより実現し、このキラル補助剤は、多くの場合、オリゴヌクレオチド調製中に使用されるキラルなホスホロアミダイトの一部である。当業者は、キラル補助剤を使用しない従来のオリゴヌクレオチド合成を用いてキラルなインターヌクレオチド結合を形成した場合、キラル制御と対照的に、かかる従来のオリゴヌクレオチド合成がキラルなインターヌクレオチド結合の立体化学を制御できないことを理解する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド内のキラルなインターヌクレオチド結合における各キラルな結合リンの立体化学指定は制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物:用語「キラル制御された(立体制御された)オリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された(立体制御された)核酸組成物」などは、本明細書で使用されるとき、1)共通の塩基配列、2)共通の骨格結合のパターン、及び3)共通の骨格リン修飾のパターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸、キラル制御されたオリゴヌクレオチド又はキラル制御された核酸)を含む組成物を指し、ここで、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、1つ以上のキラルなインターヌクレオチド結合に同じ立体化学を共有する(キラル制御されたインターヌクレオチド結合、組成物中でそのキラルな結合リンがRp又はSpであり、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合のようにランダムなRp及びSp混合物でない)。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)のレベルは、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製による1つ以上のキラルなインターヌクレオチド結合の立体選択的な形成を通じて(例えば、本開示に例示される通りのキラル補助剤を使用する、キラル補助剤又はキラル触媒を使用して立体選択性を意図的に制御しようとしない従来のホスホロアミダイトベースのオリゴヌクレオチド合成など、キラル制御されない(ステレオランダムな、非立体選択的な、ラセミ体の)オリゴヌクレオチド合成と比較して)非ランダムである(所定である、制御されている)。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、複数のオリゴヌクレオチドに関して集積されている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格リン修飾のパターンによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含み、ここで、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、これは特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、存在する場合には同じ核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合修飾並びに1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心における独立に同じ立体化学(Rp又はSp)を共有し、但し特定の結合リンキラル中心の立体化学は異なり得る。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%〜100%(例えば、約1%〜100%、5%〜100%、10%〜100%、20%〜100%、30%〜100%、40%〜100%、50%〜100%、60%〜100%、70%〜100%、80〜100%、90〜100%、95〜100%、50%〜90%又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%)が、複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、共通の塩基配列を共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%〜100%(例えば、約1%〜100%、5%〜100%、10%〜100%、20%〜100%、30%〜100%、40%〜100%、50%〜100%、60%〜100%、70%〜100%、80〜100%、90〜100%、95〜100%、50%〜90%又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%)が、複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%〜100%(例えば、約1%〜100%、5%〜100%、10%〜100%、20%〜100%、30%〜100%、40%〜100%、50%〜100%、60%〜100%、70%〜100%、80〜100%、90〜100%、95〜100%、50%〜90%又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%)が、複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、所定のレベルは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は(例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプの)共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列、共通の塩基修飾のパターン、共通の糖修飾のパターン、共通のインターヌクレオチド結合タイプパターン及び/又は共通のインターヌクレオチド結合修飾のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列及び同じ組成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%〜100%(例えば、約1%〜100%、5%〜100%、10%〜100%、20%〜100%、30%〜100%、40%〜100%、50%〜100%、60%〜100%、70%〜100%、80〜100%、90〜100%、95〜100%、50%〜90%又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%)である。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、約1〜50個(例えば、約1〜10、1〜20、5〜10、5〜20、10〜15、10〜20、10〜25、10〜30又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個)のキラルなインターヌクレオチド結合に同じ立体化学を共有する。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルなインターヌクレオチド結合の約0.1%〜100%(例えば、約1%〜100%、5%〜100%、10%〜100%、20%〜100%、30%〜100%、40%〜100%、50%〜100%、60%〜100%、70%〜100%、80〜100%、90〜100%、95〜100%、50%〜90%、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%、又は少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は99%)に同じ立体化学を共有する。一部の実施形態では、各キラルなインターヌクレオチド結合が、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、全てのキラルなインターヌクレオチド結合が、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であるわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定レベルの個別のオリゴヌクレオチド又は核酸タイプを含む。例えば、一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチドタイプを所定レベルで含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は2つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを含み、各々が独立して所定レベルである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は複数のオリゴヌクレオチドタイプを含み、各々が独立して所定レベルである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの組成物であり、この組成物はそのオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを所定レベル含む。
キラル的に純粋:本明細書で使用されるとき、語句「キラル的に純粋」は、オリゴヌクレオチド分子の全てがほぼ全て(残りは不純物である)であって、結合リン原子に関して単一のジアステレオマー形態で存在するオリゴヌクレオチド又はその組成物を記載して使用される。
所定:所定(又は予め決められた)とは、例えばランダムに起こる、ランダムであるか又は制御なしに実現されるのとは対照的に、意図的に選択されている又はランダムでないか又は制御されていることを意味する。当業者は、本明細書を読めば、本開示がオリゴヌクレオチド組成物への選択の特定の化学及び/又は立体化学特徴の組み込みを可能にし、更に、かかる化学及び/又は立体化学特徴を有するオリゴヌクレオチド組成物の制御された調製を可能にする技術を提供することを理解するであろう。かかる提供される組成物は、本明細書に記載されるところの「所定」である。特定の化学及び/又は立体化学特徴を意図的に生じさせるような制御がなされない過程を通じて偶然生じたために特定のオリゴヌクレオチドを含有し得る組成物は、「所定」の組成物ではない。一部の実施形態において、所定の組成物は、(例えば、制御された過程の反復を通じて)意図的に再現することのできるものである。一部の実施形態において、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの所定レベルとは、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの絶対量及び/又は相対量(比、パーセンテージ等)が制御されていることを意味する。一部の実施形態において、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの所定レベルは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製を通じて実現される。
結合リン:本明細書に定義する通り、語句「結合リン」は、言及されている特定のリン原子がインターヌクレオチド結合に存在するリン原子であることを指して使用され、このリン原子は、天然に存在するDNA及びRNAに存在する通りのホスホジエステルインターヌクレオチド結合のリン原子に対応する。一部の実施形態において、結合リン原子は修飾インターヌクレオチド結合中にあり、ここで、ホスホジエステル結合の各酸素原子が、任意選択で且つ独立に、有機又は無機部分によって置き換えられている。一部の実施形態において、結合リン原子はキラルである。一部の実施形態において、結合リン原子はアキラルである。
本開示の目的上、化学元素は、CAS方式元素周期表(the Periodic Table of the Elements,CAS version),Handbook of Chemistry and Physics,67th Ed.,1986−87の内表紙に従い特定される。
特記しない限り、提供される化合物(例えば、オリゴヌクレオチド、薬剤等)の塩、例えば薬学的に許容可能な酸付加塩又は塩基付加塩、立体異性型及び互変異性型が包含される。特記しない限り、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」及び「その」は、文脈上特に明確に指示されない限り複数形への言及を含む。従って、例えば、「化合物」への言及は、複数のかかる化合物を含み得る。
特定の実施形態の説明
ほとんどの転写物、例えばプレmRNAは、スプライシングプロセスを受ける。プレmRNAのスプライシングによる成熟mRNAの提供は、高等真核生物におけるほとんどの遺伝子の発現にとって不可欠なステップである。例えば、国際公開第2017062862号パンフレット;Scotti and Swanson,Nature Reviews Genetics 17,19−32(2016);Havens et al.,Wiley Interdiscip.Rev.RNA.2013 May;4(3):247−266;Tazi et al.,Biochimica et Biophysica Acta 1792(2009)14−26;Douglas and Wood等に記載されるものなど、多くの病態、障害及び疾患がスプライシング異常に関連する。一部の実施形態において、病態、障害及び/又は疾患はスプライシング中のエクソンの排除によって特徴付けられ、例えばSMA又はALSなど、かかる病態、障害及び/又は疾患に罹患している患者は、スプライシング中のエクソンの取り込みによって利益を受け得る。とりわけ、本開示は、非疾患関連スプライシング産物の、任意選択で好ましくは疾患関連産物と比べたレベル、例えば、エクソン7不含SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させるためエクソンの取り込みを促進する技術を提供する。
ほとんどの転写物、例えばプレmRNAは、スプライシングプロセスを受ける。プレmRNAのスプライシングによる成熟mRNAの提供は、高等真核生物におけるほとんどの遺伝子の発現にとって不可欠なステップである。例えば、国際公開第2017062862号パンフレット;Scotti and Swanson,Nature Reviews Genetics 17,19−32(2016);Havens et al.,Wiley Interdiscip.Rev.RNA.2013 May;4(3):247−266;Tazi et al.,Biochimica et Biophysica Acta 1792(2009)14−26;Douglas and Wood等に記載されるものなど、多くの病態、障害及び疾患がスプライシング異常に関連する。一部の実施形態において、病態、障害及び/又は疾患はスプライシング中のエクソンの排除によって特徴付けられ、例えばSMA又はALSなど、かかる病態、障害及び/又は疾患に罹患している患者は、スプライシング中のエクソンの取り込みによって利益を受け得る。とりわけ、本開示は、非疾患関連スプライシング産物の、任意選択で好ましくは疾患関連産物と比べたレベル、例えば、エクソン7不含SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させるためエクソンの取り込みを促進する技術を提供する。
近位性脊髄性筋萎縮症(SMA)は、報告によれば、2番目によく見られる常染色体劣性遺伝障害であり、脳幹及び脊髄前角における運動ニューロンの欠損によって特徴付けられる(Pearn,Lancet 8174,919−922)。SMAは、報告によれば、遺伝的に決定付けられた新生児死亡の最も多い原因である。一般に、症状の出現が早期であるほど、平均余命が短い。報告によれば、症状が現れると、運動ニューロン細胞が急激に損なわれる。報告によれば、あらゆる形態のSMAが共通して、脱神経によって引き起こされる脱力、即ち、支配神経の欠損に起因して筋収縮シグナルが欠損していることが原因の筋萎縮を有する。報告によれば、脊髄性筋萎縮症は運動神経にのみ発症する。報告によれば、運動神経の脱神経に起因する脱力に加えて感覚神経の脱神経に起因する感覚障害を両方ともに引き起こす遺伝性障害が、包括的分類名シャルコー・マリー・トゥース又は遺伝性運動感覚性ニューロパチーによって知られている。報告によれば、SMAの経過は脱力の重症度に直接関係する。重症型のSMAの乳児は、呼吸を支持する筋肉の脱力に起因して高頻度で呼吸器疾患に陥る。報告によれば、軽症型のSMAの小児は必然的により長寿命であるが、特にその中でも重度に近い者について、大掛かりな医学的サポートが必要であり得る。重度乳児型SMA又はウェルドニッヒ・ホフマン病としても知られるI型SMAは、報告によれば最も重度であり、生後1年以内に発症する。報告によれば、このタイプは概して出生後急激に、且つ予想外に発生する;I型SMAと診断された乳児の寿命は概して1歳以下である。報告によれば、生存運動ニューロンが損なわれることに起因して、肺炎が最終的な死亡原因と考えられている;運動ニューロン死が原因で、主要な身体器官系、特に呼吸器系の機能(例えば、呼吸及び肺内部に溜まった分泌物の除去)が不完全となる。報告によれば、II型SMA又は中間型SMAは、生来起立及び歩行が可能であったことがないが、しかし、座位は、少なくとも幾らかの時間にわたり維持可能な小児を記述する。脱力の発生は、報告によれば、通常、6〜18ヵ月の間のある時期に認識される。脱力は、その個体の生涯にわたってゆっくりと徐々に増加する。III型SMA患者は、報告によれば、ある時期に歩行可能である。
連鎖地図作成により、SMAの遺伝子座として生存運動ニューロン(SMN)遺伝子が同定されたこと(Lefebvre et al.,Cell 80,1−5)及びSMN1の両方の染色体コピー内の欠失又は他の突然変異が近位性SMAを引き起こすこと(Lefebvre et al.,Cell 80,1−5)が報告された。SMN1は、細胞生存に必須の過程であるsnRNPアセンブリに必要な、遍在的に発現する38kDa SMNタンパク質をコードする(Wan et al.2005.Mol.Cell.Biol.25:5543−5551)。
この遺伝子のほぼ同一のコピーであるSMN2は、染色体5q13のセントロメアに存在し、同じSMNタンパク質をコードする。しかしながら、SMN2は概してSMN1の欠損を完全には補償できず、なぜならSMN2転写物の約80%は不適切にスプライシングされ、その結果エクソン7のスキッピングが起こり、不安定なトランケート型タンパク質、SMNΔ7が産生されるためである(Lorson,C.L.,et al.1998.Nat.Genet.19:63−66)。SMN2から産生される少量の安定な完全長SMNは、疾患を一時的に改善可能であるに過ぎない;ほとんどの先天性SMA患者の生存期間は2年以下である。
SMN1とSMN2との違いは、エクソン7の6位にある決定的なCからTへの置換(SMN2の転写物ではC6U)であることが報告されている(Lorson,C.L.,et al.1999.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 96:6307−6311;Monani,U.R.,et al.1999.Hum.Mol.Genet.8:1177−1183)。C6Uはコード配列を変えないが、多くの転写物においてエクソン7スキッピングを引き起こすには十分である。
SMN2のエクソン7は、弱い3’ss(スプライス部位)を有すると報告され(Lim,S.R.,and K.J.Hertel.2001.J.Biol.Chem.276:45476−45483)、これはその準最適なポリピリミジントラクトに起因するものと思われる。報告によれば、ポリピリミジントラクトの改良によってSMN2におけるエクソン7の取り込みが促進されたことから(Lorson,C.L.,and E.J.Androphy.2000.Hum.Mol.Genet.9:259−265)、C6Uにおける負の相互作用とポリピリミジントラクトにおける正の相互作用とが相互排他的であったことが指摘される。幾つかのスプライシング因子が、SMNエクソン7スプライシングの調節に関係があるとされている。報告によれば、それらの中で最も研究されているのがSR様タンパク質のTra2−β1であり、これはエクソン7の中央にあるプリンリッチESEに結合する(Hofmann,Y.,et al.2000.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:9618−23)。Tra2−β1(前掲書)又はその関連タンパク質、hnRNP G(Hofmann,Y.,and B.Wirth.2002.Hum.Mol.Genet.11:2037−2049)及びSrp30c(Young,P.J.,et al.2002.Hum.Mol.Genet.11:577−587)の発現上昇は、SMN2におけるエクソン7取り込みを促進することが報告されている。STAR(RNAのシグナル伝達及び活性化)タンパク質ファミリーの発現増加がエクソン7の排除を促進したという最近の報告から、報告によれば、組織特異的調節が起こる可能性があることが指摘された(Stoss,O.,et al.2004.Mol.Cell.Neurosci.27:8−21)。報告によれば、イントロン配列と相互作用するタンパク質もエクソン7スプライシングの調節に影響を及ぼした可能性がある。一致するように、イントロン6及びイントロン7に存在するシスエレメントがエクソン7スプライシングを調節することが報告されている(Miyajima,H.,et al.2002.J.Biol.Chem.277:23271−23277;Miyaso,H.,et al.2003.J.Biol.Chem.278:15825−15831)。これらの結果は、幾つかのタンパク質が関わる相互作用網によってエクソン7が定義されるプレmRNAスプライシングの複雑さを報告している。
SMN機能は、報告によれば、その自己会合能力と相関する(Lorson et al.,Nat.Genet.19,63−66)。SMNは、多成分SMN複合体を通じてスプライソソームの再生を助けることによりハウスキーピングの役割も果たすことが報告される(Meister et al.,Trends Cell Biol.12,472−478;Gubitz et al.,Exp.Cell.Res.296,51−56)。多くの最近のレビューが、SMAと直接関係のあるSMNの機能的役割を強調している(Ogino and Wilson,Expert.Rev.Mol.Diagn.4,15−29;Iannaccone et al.,Curr.Neurol.Neurosci.Rep.4,74−80)。一部の実施形態では、SMN1の欠損により引き起こされる欠陥は高いコピー数のSMN2によって部分的に補償され得るが、SMN2は完全長タンパク質の産生レベルが低い(Monani et al.,Hum.Mol.Genet.9,2451−2457;Stoilov et al.,DNA Cell Biol.21,803−818)。報告によれば、ほとんどのSMA患者がSMN2遺伝子を有し、従って、SMN2におけるエクソン7取り込みレベルを向上させる療法が有効であり得る。
SMN1及びSMN2については、例えば、Pellizzoni et al.2007 EMBO Rep.8:340−5;Awano et al.2014 Neurother.11:786−795;Burglen et al.1996 Genom.32:479−482;Clark,F.,and T.A.Thanaraj.2002.Hum.Mol.Genet.11:451−64;Miriami,E.,et al.2003.Nucleic Acids Res.31:1974−1983;Zhang,X.H.,and L.A.Chasin.2004.Genes Dev.18:1241−1250;Zhang,X.H.,et al.2005.Genome Res.15:768−779;Lorson et al.2010 Human Mol.Genet.19:R111−R118;Singh et al.2013 Nucl.Acids Res.41:8144−8165;Liu et al.1996 EMBO J.15:3555−3565;Lorson et al.1999 Proc.Natl.Acad.Sci.US 96:6307−6311;Peeters et al.2014 Brain 137:2879−2896;Sarachan et al.2012 Biochem.J.445:361−370;Singh et al.2006 Mol.Cell.Biol.26:1333−1346;及びTisdale et al.2015 J.Neurosci.35:8691−8700に更に記載されている。
一部の実施形態において、SMAは、両方の染色体からのSMN1遺伝子の欠損によって引き起こされる。一部の実施形態において、患者の染色体はSMN2の2つ以上のコピーを含み、SMN2コピー数の増加は、報告によれば、より重症度の低い疾患に関係する。報告によれば、SMAは様々なタイプに分けられている。一部の実施形態において、SMAにはSMA1、SMA2及びSMA3が含まれる。一部の実施形態において、報告によれば、SMA1〜SMA3の範囲をとるSMAの重症度は、一部には、残りの1つ又は複数のSMN2遺伝子コピーがどの程度十分にSMN1の欠損を補うことができるかに関係する。一部の実施形態において、SMAにはI型SMA、II型SMA及びIII型SMAが含まれる。一部の実施形態において、SMAには0型、1型、2型、3型及び4型SMAが含まれる。一部の実施形態において、0〜4型は以下の通り説明される:0型:発症:出生前;機能:出生時に呼吸不全;生存期間中央値:数週間;1型:発症:0〜6ヵ月;機能:座位なし;生存期間中央値:<1年;2型:発症:<18ヵ月;機能:座位可能;生存期間中央値:>25年;3型:発症:>18ヵ月;機能:起立又は歩行可能;生存期間中央値:成人;4型:発症:30歳;機能:歩行可能;生存期間中央値:成人。例えば、Arnold et al.2015 Muscle Nerve 51:157−167を参照されたい。一部の実施形態において、I型SMAは、ウェルドニッヒ・ホフマン病とも称される。一部の実施形態において、II型SMAは、デュボヴィッツ病とも称される。一部の実施形態において、III型SMAは、クーゲルバーグ・ウェランダー病とも称される。Butchbach et al.216 Front.Mol.Biosci.Vol.3,Article 7;Edens et al.2015 Biochim.Biophys.Acta 1852:685−692も参照されたい。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2イントロンスプライスサイレンシングドメイン、ISS−N1の阻害効果を遮断するための組成物を提供する。詳細には、本開示は、とりわけ、ISS−N1ドメインのスプライス阻害効果を遮断するオリゴヌクレオチド組成物を含む組成物を提供する。とりわけ、特定の提供されるオリゴヌクレオチドは、SMN2プレmRNAのスプライシングを調節して、プロセシングされた形態の転写物においてエクソン7を取り込む(又はエクソン7の排除を防ぐ)ことができる。ISS−N1のスプライシング効果を遮断する能力を有する薬剤は、SMA療法薬として高い価値がある。かかる薬剤は、低レベルのSMNタンパク質によって特徴付けられる別の神経学的疾患である筋萎縮性側索硬化症(ALS)の治療においても使用することができる(Veldink,J.H.,et al.2005 Neurology 65(6):820−5)。とりわけ、本開示は、限定はされないが、例えば、ISS−N1相互作用タンパク質とISS−N1配列との相互作用を中断させる薬剤、ISS−N1相互作用タンパク質を隔絶する薬剤、ISS−N1ドメイン及び/又周囲領域(例えば、ISS−N1配列ドメインの近位にあるSMN2プレmRNA内のU1 snRNP結合部位を含む)の構造を破壊する薬剤を含め、SMN2 ISS−N1ドメインのスプライシング阻害効果を遮断する能力を有する薬剤を提供する。
SPINRAZA(商標)として市販されているヌシネルセンは、ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド組成物であり、米国で小児及び成人患者の脊髄性筋萎縮症(SMA)治療における髄腔内使用が承認されている。SPINRAZA(商標)は、報告によれば、SMN2メッセンジャーリボ核酸(mRNA)転写物におけるエクソン7取り込み及び完全長SMNタンパク質の産生を増加させることが示された。SPINRAZA(商標)は、例えば、本明細書の他の部分に記載される通り、この投与を受けている一部の患者で様々な有害作用を誘発することも報告される。
一部の実施形態において、本明細書で実証される通り、本開示は、ヌシネルセンなどのステレオランダムな組成物と比較して有意に向上した特性及び/又は活性、例えば、特に低濃度で大幅に向上したエクソン取り込み効率を有する様々なオリゴヌクレオチド組成物、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例示的結果には、図1A、図1B及び図1C並びに表2A、表2B及び表2Cに提示するものが含まれる。例えば、本明細書に記載される通り、幾つかのキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドは、特に低濃度で、対応するステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチドWV−2782(これはヌシネルセンと均等である)よりも高い活性を示した。例えば、幾つかのキラル制御されたオリゴヌクレオチド、例えば、図1AにおけるWV−6779(これはWV−2782よりも活性が有意に高い)及びWV−6768(これはWV−2782よりも活性が有意に高い)のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、0.1μMでヌシネルセン(ステレオランダムなWV−2782)よりも高い活性を示した。図1Bでは、ステレオランダムなWV−2782及びキラル制御されたWV−6768を0.03125〜2μMの幾つかの濃度にわたって試験し、WV−6768のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が低濃度でより高い活性を実証した。図1Cでは、幾つかのキラル制御されたオリゴヌクレオチドが、WV−6780、WV−6781及びWV−6782を含め、低濃度、例えば0.0625μMでステレオランダムなWV−2782よりも高い活性を有したことが示された。
加えて、表2C及び本明細書の他の部分に示される通り、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を含む提供されるオリゴヌクレオチドは、インビボでヌシネルセン(これはアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を含まない)よりも長い有効性持続期間をもたらした(ここで、有効性持続期間は、SMA疾患モデルを有する動物の生存率で測定した)。
一部の実施形態において、本開示はSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意のSMN2オリゴヌクレオチドのA)塩基配列;B)塩基修飾のパターン;C)糖修飾のパターン;D)骨格結合のパターン;E)骨格キラル中心のパターン;及びF)追加の化学的部分(存在する場合)を有する。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781又はWV−6782のA)塩基配列;B)塩基修飾のパターン;C)糖修飾のパターン;D)骨格結合のパターン;E)骨格キラル中心のパターン;及びF)追加の化学的部分(存在する場合)を有する。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781又はWV−6782である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781、WV−6782又はWV−7306の塩基配列である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列及び糖修飾のパターンは、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781又はWV−6782の塩基配列及び糖修飾のパターンである。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列及び骨格結合のパターンは、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781又はWV−6782の塩基配列及び骨格結合のパターンである。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列、糖修飾のパターン及び骨格結合のパターンは、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781又はWV−6782の塩基配列、糖修飾のパターン及び骨格結合のパターンである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロンスプライシングサイレンサー−N1又はISS−N1(5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’)又はSMN2プレmRNAのスプライシングの間におけるエクソン7の排除を阻害する能力を有するその部分配列若しくは変異体を含むか、又はそれであるか、又はそれと相補的な配列を含むか若しくはそれである。一部の実施形態において、1つのかかる部分配列は、5’−CCAGCAUU−3’の相補体である。一部の実施形態において、ISS−N1配列のスプライス部位阻害活性を媒介する必須残基は、配列5’−CCAGCNNNNNGAAAG−3’によっても表すことができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、5’−CCAGCNNNNNGAAAG−3’(式中、NはA、T、C、G又はUである)を含むか、又はそれであるか、又はそれと相補的な配列を含むか若しくはそれである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロンスプライシングサイレンサー−N1又はISS−N1(5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’)の相補体を含むか又はそれであるか、又は提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、SMN2プレmRNAのスプライシングの間におけるエクソン7の排除を阻害する能力を有するその部分配列又は変異体を含むか又はそれである。一部の実施形態において、その1つのかかる有効な配列は、5’−CCAGCAUU−3’の相補体である。一部の実施形態において、ISS−N1配列のスプライス部位阻害活性を媒介する必須残基は、配列5’−CCAGCNNNNNGAAAG−3’によっても表すことができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、5’−CCAGCNNNNNGAAAG−3’(式中、NはA、T、C、G又はUである)の相補体を含むか又はそれである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、それが本開示に記載される通りの複数のオリゴヌクレオチドを含む点でSMN2転写物を標的とし、ここで、複数のオリゴヌクレオチドはSMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はSMN2のイントロン7を標的とする。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はSMN2のISS−N1を標的とする。一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示される任意のSMN2配列の13個の隣接塩基を含む。一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチド(例えば、複数のオリゴヌクレオチド)の塩基配列は、本明細書に開示される任意のSMN2配列の15個の隣接塩基を含む。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合が組成物内でキラル制御された又は立体的に定義されたキラル中心を含む点でキラル制御されているか又は立体的に定義されている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが本開示に記載される通りの特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む点でSMN2転写物を標的とし、ここで、複数のオリゴヌクレオチドはSMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はSMN2のイントロン7を標的とする。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はSMN2のISS−N1を標的とする。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示される任意のSMN2配列の13個の隣接塩基を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチド(例えば、複数のオリゴヌクレオチド)の塩基配列は、本明細書に開示される任意のSMN2配列の15個の隣接塩基を含む。
一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示される任意のSMN2配列であり、及びオリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、及び/又は組成物のオリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を含む。一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示される任意のSMN2配列である。一部の実施形態において、本開示はSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列はTCACTTTCATAATGCTGGである。一部の実施形態において、本開示はSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列はTCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGGである(式中、各Tは、独立に、Uに置換され得、又は逆も同様である)。一部の実施形態において、本開示はSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置換され得、又は逆も同様である)の15個の隣接塩基を含む。一部の実施形態において、本開示はSMN2オリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置換され得、又は逆も同様である)の0〜3個のミスマッチを有する15個の隣接塩基の配列を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、及び/又は組成物のオリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等)に関し、このオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド組成物の全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つTAATGCTGG、ATAATGCTGG、CATAATGCTGG、TCATAATGCTGG、TTCATAATGCTGG、TTTCATAATGCTGG、CTTTCATAATGCTGG、ACTTTCATAATGCTGG、CACTTTCATAATGCTGG、TCACTTTCATAATGCTGG、TTCACTTTCATAATGCTGG、ATTCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)の配列と少なくとも85%同一の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、細胞又は生物におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性の増加を媒介する能力を有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物を含む組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列はTCACTTTCATAATGCTGG又はその15塩基部分であるか又はそれを含む(式中、各Tは、任意選択で且つ独立に、Uに置換され得る)。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物を含む組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの塩基配列はTCACTTTCATAATGCTGG又はその15塩基部分であるか又はそれを含み(式中、各Tは、任意選択で且つ独立に、Uに置換され得る)、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、細胞又は生物におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性の増加を媒介する能力を有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本組成物は薬学的に許容可能な担体を含む。一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチドの塩に関する。一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチドのナトリウム塩に関する。
一部の実施形態において、本開示は、細胞又は生物におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加させる方法に関し、この方法は、オリゴヌクレオチド組成物を細胞に接触させること又は生物に投与することを含み、このオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド組成物の全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つCCAGCAUU、CCAGCAUUAUGAAAG、CCAGCAUUAUGAAAGUGA、CCAGCAUUAUGAAAGUGAAU又はCCAGCNNNNNGAAAG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)の配列と少なくとも85%相補的な塩基配列のオリゴヌクレオチドを含み、そのようにして細胞におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性が増加することになる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、細胞又は生物におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加させる方法に関し、この方法は、オリゴヌクレオチド組成物を細胞に接触させること又は生物に投与することを含み、このオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド組成物の全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つTAATGCTGG、ATAATGCTGG、CATAATGCTGG、TCATAATGCTGG、TTCATAATGCTGG、TTTCATAATGCTGG、CTTTCATAATGCTGG、ACTTTCATAATGCTGG、CACTTTCATAATGCTGG、TCACTTTCATAATGCTGG、TTCACTTTCATAATGCTGG、ATTCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)の配列と少なくとも85%同一の塩基配列を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、細胞又は生物におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性は、エクソン欠失SMN2 mRNAと比べて増加する。
一部の実施形態において、生物は哺乳類である。一部の実施形態において、生物はヒトである。一部の実施形態において、ヒトは脊髄性筋萎縮症(SMA)を有する。
一部の実施形態において、本開示は、対象の脊髄性筋萎縮症(SMA)の治療方法に関し、この方法は、オリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含み、ここで、組成物のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド組成物の全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つCCAGCAUU、CCAGCAUUAUGAAAG、CCAGCAUUAUGAAAGUGA、CCAGCAUUAUGAAAGUGAAU又はCCAGCNNNNNGAAAG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)の配列と少なくとも85%相補的な配列を含む。一部の実施形態において、提供される方法は、対象の細胞におけるエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加させるのに有効な用量を含み、そのようにして患者のSMAが治療されることになる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、対象の脊髄性筋萎縮症(SMA)の治療方法に関し、この方法は、オリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含み、このオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つTAATGCTGG、ATAATGCTGG、CATAATGCTGG、TCATAATGCTGG、TTCATAATGCTGG、TTTCATAATGCTGG、CTTTCATAATGCTGG、ACTTTCATAATGCTGG、CACTTTCATAATGCTGG、TCACTTTCATAATGCTGG、TTCACTTTCATAATGCTGG、ATTCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)の配列と少なくとも85%同一の配列のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、細胞又は生物におけるSMN2プレmRNAイントロンスプライシングサイレンサー部位の阻害方法に関し、この方法は、CCAGCAUUの配列と100%相補的なオリゴヌクレオチド組成物を細胞に接触させること又は生物に投与することを含み、そのようにしてSMN2イントロンスプライシングサイレンサー部位が阻害されることになる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、対象へのオリゴヌクレオチド組成物の投与方法に関し、この方法は、オリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含み、このオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つCCAGCAUU、CCAGCAUUAUGAAAG、CCAGCAUUAUGAAAGUGA又はCCAGCAUUAUGAAAGUGAAUの配列と少なくとも85%相補的な配列を含み;ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、対象の細胞においてエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加させるのに有効な量で投与される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2関連障害の治療におけるSMN2オリゴヌクレオチドの使用に関する。一部の実施形態において、本開示は、SMN2関連障害の治療におけるSMN2オリゴヌクレオチド組成物の使用に関する。一部の実施形態において、SMN2関連障害はSMA又はALSである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、ALS(筋萎縮性側索硬化症)の治療に使用することができる。一部の実施形態において、本開示は、ALSの治療方法に関し、この方法は、治療有効量のSMN2オリゴヌクレオチドを、一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物として投与することを含む。一部の実施形態において、ALSは、MIM:612069である。筋萎縮性側索硬化症(ALS)は、報告によれば、臨床的に進行性麻痺により特徴付けられる致死性神経変性疾患であり、典型的には症状発症から2〜3年以内に多くの場合に呼吸不全によって死亡に至る(Rowland and Shneider,N.Engl.J.Med.,2001,344,1688−1700)。ALSは、報告によれば、西欧諸国で3番目によく見られる神経変性疾患であり(Hirtz et al.,Neurology,2007,68,326−337)、現在のところ有効な治療法はない。約10%の症例が本質的に家族性である一方、この疾患と診断される患者の大部分は、それが集団全体を通じて無作為に発生するように見えるため、散在性に分類される(Chio et al.,Neurology,2008,70,533−537)。報告によれば、臨床的、遺伝的及び疫学的データは、ALS及び前頭側頭型認知症(FTD)が、中枢神経系全体にわたるTDP−43陽性封入体の存在によって病理学的に特徴付けられる一連の重複した疾患に相当するという仮説を裏付けている(Lillo and Hodges,J.Clin.Neurosci.,2009,16,1131−1135;Neumann et al.,Science,2006,314,130−133)。幾つもの遺伝子、例えばSOD1、TARDBP、FUS、OPTN及びVCPが、古典的家族性ALSの原因である可能性があるものとして発見されている(Johnson et al.,Neuron,2010,68,857−864;Kwiatkowski et al.,Science,2009,323,1205−1208;Maruyama et al.,Nature,2010,465,223−226;Rosen et al.,Nature,1993,362,59−62;Sreedharan et al.,Science,2008,319,1668−1672;Vance et al.,Brain,2009,129,868−876)。報告によれば、ALS、FTD及びALS−FTDの複数の症例を含む血縁の連鎖解析では、C9orf72と同定された、この疾患についての重要な遺伝子座が9番染色体の短腕にあることが示唆されていた(Boxer et al.,J.Neurol.Neurosurg.Psychiatry,2011,82,196−203;Morita et al.,Neurology,2006,66,839−844;Pearson et al.J.Neurol.,2011,258,647−655;Vance et al.,Brain,2006,129,868−876)。この突然変異は、ALS及びFTDの最もよく見られる遺伝的原因であることが分かっていた。一部の実施形態において、ALS−FTDの原因となる突然変異は、9番染色体上のC9orf72遺伝子の第1イントロンにある大型ヘキサヌクレオチド(例えば、GGGGCC又はG4C2)リピート伸長である(Renton et al.,Neuron,2011,72,257−268;DeJesus−Hernandez et al.,Neuron,2011,72,245−256)。ALS発生率は、報告によれば、1:50,000である。家族性ALSは、報告によれば、全ALS症例の5〜10%に相当する;報告によれば、C9orf72突然変異がALSの最もよく見られる原因であり得る(40〜50%)。ALSは、報告によれば、脳の運動皮質、脳幹及び脊髄における上位及び下位運動ニューロンの両方の変性に関連する。報告によれば、ALSの症状には、筋脱力及び/又は筋萎縮、嚥下又は呼吸困難、筋痙攣、筋硬直が含まれる。報告によれば、呼吸不全が主な死因である。SMNと筋萎縮性側索硬化症との関係については、例えば、Crawford et al.2002 Ann.Neurol.52:857−8,with an author reply 858−61に報告されている。加えて、異常なSMN1遺伝子コピー数は、報告によれば、筋萎縮性側索硬化症の感受性因子である。Corcia et al.2002 Ann.Neurol.51:243−6。加えて、SMNタンパク質の産生が少ないSMN遺伝子型は、報告によれば、散発性ALSに対する感受性及びその重症度を増加させる。Veldink et al.2005 Neurol.65:820−825。
塩基配列
本明細書に記載される通り、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等における複数のオリゴヌクレオチド)の塩基配列は、転写物(標的配列)のエクソン配列、イントロン配列又はエクソン配列及びイントロン配列の両方を含む配列を標的とする(それと同一又はそれと相補的)ことができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は標的配列と同一である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%同一又は相補的である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と100%相補的である。
本明細書に記載される通り、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等における複数のオリゴヌクレオチド)の塩基配列は、転写物(標的配列)のエクソン配列、イントロン配列又はエクソン配列及びイントロン配列の両方を含む配列を標的とする(それと同一又はそれと相補的)ことができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は標的配列と同一である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と相補的である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%同一又は相補的である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と100%同一である。一部の実施形態において、塩基配列は標的配列と100%相補的である。
一部の実施形態において、標的配列はISS−N1配列を含むか又はそれである。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列はISS−N1配列と相補的である。一部の実施形態において、標的配列はSMN2のイントロン配列である。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、TAATGCTGG、ATAATGCTGG、CATAATGCTGG、TCATAATGCTGG、TTCATAATGCTGG、TTTCATAATGCTGG、CTTTCATAATGCTGG、ACTTTCATAATGCTGG、CACTTTCATAATGCTGG、TCACTTTCATAATGCTGG、TTCACTTTCATAATGCTGG、ATTCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)の配列と少なくとも85%、90%、95%又は100%同一の配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、TAATGCTGG、ATAATGCTGG、CATAATGCTGG、TCATAATGCTGG、TTCATAATGCTGG、TTTCATAATGCTGG、CTTTCATAATGCTGG、ACTTTCATAATGCTGG、CACTTTCATAATGCTGG、TCACTTTCATAATGCTGG、TTCACTTTCATAATGCTGG、ATTCACTTTCATAATGCTGG又はCUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Tは、独立に、Uに置き換えられ得、逆も同様である)である配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、且つ/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。
長さ
本開示に記載される通り、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な長さ、例えば、2〜200、10〜15、10〜25、15〜20、15〜25、15〜40、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、50、60、70、80、90、100、150核酸塩基長であり得、ここで、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUであるか、又はA、T、C、G又はUの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等における複数のオリゴヌクレオチドは15核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは16核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは17核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは18核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは19核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは20核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは21核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは22核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは23核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは24核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは25核酸塩基長である。一部の実施形態において、各核酸塩基は、独立に、A、T、C、G及びU又はその互変異性体から選択される任意選択で置換されている核酸塩基である。
本開示に記載される通り、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な長さ、例えば、2〜200、10〜15、10〜25、15〜20、15〜25、15〜40、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、50、60、70、80、90、100、150核酸塩基長であり得、ここで、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUであるか、又はA、T、C、G又はUの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等における複数のオリゴヌクレオチドは15核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは16核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは17核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは18核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは19核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは20核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは21核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは22核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは23核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは24核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは25核酸塩基長である。一部の実施形態において、各核酸塩基は、独立に、A、T、C、G及びU又はその互変異性体から選択される任意選択で置換されている核酸塩基である。
本開示に記載される通り、提供されるオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等)における複数のオリゴヌクレオチドは、様々な修飾、例えば、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等を含み得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド、少なくとも1つの修飾糖部分、少なくとも1つのモルホリノ部分、少なくとも1つの2’−デオキシリボヌクレオチド、少なくとも1つのロックドヌクレオチド及び/又は少なくとも1つの二環式ヌクレオチドを含む。
核酸塩基
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド中の核酸塩基、例えばBAは、天然核酸塩基(例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン又はウラシル)又は天然核酸塩基から誘導された修飾核酸塩基、例えば、任意選択で置換されているアデニン、シトシン、グアノシン、チミン若しくはウラシル又はその互変異性形態である。例としては、限定はされないが、そのそれぞれのアミノ基が保護基、例えば、−R、−C(O)R等の1つ以上によって保護されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン及びグアニン並びにその互変異性形態が挙げられる。例示的な保護基は当技術分野において広く公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、保護された核酸塩基及び/又は誘導体は、1つ以上のアシル保護基を含む核酸塩基、2−フルオロウラシル、2−フルオロシトシン、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、2,6−ジアミノプリン、アザシトシン、プソイドイソシトシン及びプソイドウラシルなどのピリミジン類似体並びに他の修飾核酸塩基、例えば8置換プリン、キサンチン又はヒポキサンチン(後者2つは天然分解産物である)から選択される。例示的な修飾核酸塩基は、Chiu and Rana,RNA,2003,9,1034−1048、Limbach et al.Nucleic Acids Research,1994,22,2183−2196及びRevankar and Rao,Comprehensive Natural Products Chemistry,vol.7,313にも開示されている。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、置換ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニンである。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニンの、例えば水素結合及び/又は塩基対合の点での機能置き換えである。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシン又はグアニンである。一部の実施形態において、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシン又はグアニンである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド中の核酸塩基、例えばBAは、天然核酸塩基(例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン又はウラシル)又は天然核酸塩基から誘導された修飾核酸塩基、例えば、任意選択で置換されているアデニン、シトシン、グアノシン、チミン若しくはウラシル又はその互変異性形態である。例としては、限定はされないが、そのそれぞれのアミノ基が保護基、例えば、−R、−C(O)R等の1つ以上によって保護されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン及びグアニン並びにその互変異性形態が挙げられる。例示的な保護基は当技術分野において広く公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、保護された核酸塩基及び/又は誘導体は、1つ以上のアシル保護基を含む核酸塩基、2−フルオロウラシル、2−フルオロシトシン、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、2,6−ジアミノプリン、アザシトシン、プソイドイソシトシン及びプソイドウラシルなどのピリミジン類似体並びに他の修飾核酸塩基、例えば8置換プリン、キサンチン又はヒポキサンチン(後者2つは天然分解産物である)から選択される。例示的な修飾核酸塩基は、Chiu and Rana,RNA,2003,9,1034−1048、Limbach et al.Nucleic Acids Research,1994,22,2183−2196及びRevankar and Rao,Comprehensive Natural Products Chemistry,vol.7,313にも開示されている。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、置換ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニンである。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニンの、例えば水素結合及び/又は塩基対合の点での機能置き換えである。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシン又はグアニンである。一部の実施形態において、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシン又はグアニンである。
一部の実施形態において、修飾塩基は、任意選択で置換されているアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、独立に、
(1)核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換シリル及びそれらの組み合わせから独立に選択される1つ以上の任意選択で置換されている基によって修飾される;
(2)核酸塩基の1つ以上の原子が、独立に、炭素、窒素又は硫黄から選択される別の原子に置き換えられる;
(3)核酸塩基中の1つ以上の二重結合が独立に水素化される;又は
(4)1つ以上の任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリール環が独立に核酸塩基に挿入される
ことになるような1つ以上の修飾によって修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
(1)核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換シリル及びそれらの組み合わせから独立に選択される1つ以上の任意選択で置換されている基によって修飾される;
(2)核酸塩基の1つ以上の原子が、独立に、炭素、窒素又は硫黄から選択される別の原子に置き換えられる;
(3)核酸塩基中の1つ以上の二重結合が独立に水素化される;又は
(4)1つ以上の任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリール環が独立に核酸塩基に挿入される
ことになるような1つ以上の修飾によって修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
一部の実施形態において、本開示に開示される技術では他のヌクレオシドも使用することができ、修飾核酸塩基又は修飾糖に共有結合的に結合した核酸塩基を組み込むヌクレオシドを挙げることができる。修飾核酸塩基を組み込むヌクレオシドの幾つかの例としては、4−アセチルシチジン;5−(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン;2’−O−メチルシチジン;5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン;5−カルボキシメチルアミノメチルウリジン;ジヒドロウリジン;2’−O−メチルプソイドウリジン;β,D−ガラクトシルキューオシン;2’−O−メチルグアノシン;N6−イソペンテニルアデノシン;1−メチルアデノシン;1−メチルプソイドウリジン;1−メチルグアノシン;l−メチルイノシン;2,2−ジメチルグアノシン;2−メチルアデノシン;2−メチルグアノシン;N7−メチルグアノシン;3−メチル−シチジン;5−メチルシチジン;5−ヒドロキシメチルシチジン;5−ホルミルシトシン;5−カルボキシルシトシン;N6−メチルアデノシン;7−メチルグアノシン;5−メチルアミノエチルウリジン;5−メトキシアミノメチル−2−チオウリジン;β,D−マンノシルキューオシン;5−メトキシカルボニルメチルウリジン;5−メトキシウリジン;2−メチルチオ−N6−イソペンテニルアデノシン;N−((9−β,D−リボフラノシル−2−メチルチオプリン−6−イル)カルバモイル)スレオニン;N−((9−β,D−リボフラノシルプリン−6−イル)−N−メチルカルバモイル)スレオニン;ウリジン−5−オキシ酢酸メチルエステル;ウリジン−5−オキシ酢酸(v);プソイドウリジン;キューオシン;2−チオシチジン;5−メチル−2−チオウリジン;2−チオウリジン;4−チオウリジン;5−メチルウリジン;2’−O−メチル−5−メチルウリジン;及び2’−O−メチルウリジンが挙げられる。
記載される修飾核酸塩基並びに他の修飾核酸塩基の幾つかの調製について教示する代表的な米国特許としては、限定はされないが、上述の米国特許第3,687,808号明細書並びに米国特許第4,845,205号明細書;同第5,130,30号明細書;同第5,134,066号明細書;同第5,175,273号明細書;同第5,367,066号明細書;同第5,432,272号明細書;同第5,457,187号明細書;同第5,457,191号明細書;同第5,459,255号明細書;同第5,484,908号明細書;同第5,502,177号明細書;同第5,525,711号明細書;同第5,552,540号明細書;同第5,587,469号明細書;同第5,594,121号明細書、同第5,596,091号明細書;同第5,614,617号明細書;同第5,681,941号明細書;同第5,750,692号明細書;同第6,015,886号明細書;同第6,147,200号明細書;同第6,166,197号明細書;同第6,222,025号明細書;同第6,235,887号明細書;同第6,380,368号明細書;同第6,528,640号明細書;同第6,639,062号明細書;同第6,617,438号明細書;同第7,045,610号明細書;同第7,427,672号明細書;及び同第7,495,088号明細書(これらの各々の修飾核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合は参照によって援用される)が挙げられる。
一部の実施形態において、塩基、例えばBAは、任意選択で置換されているA、T、C、G又はU又は任意選択で置換されているその互変異性体であり、ここで、1つ以上の−NH2は、独立に且つ任意選択で、−C(−L−R1)3によって置き換えられ、1つ以上の−NH−は、独立に且つ任意選択で、−C(−L−R1)2−によって置き換えられ、1つ以上の=N−は、独立に且つ任意選択で、−C(−L−R1)−によって置き換えられ、1つ以上の=CH−は、独立に且つ任意選択で、=N−によって置き換えられ、及び1つ以上の=Oは、独立に且つ任意選択で、=S、=N(−L−R1)又は=C(−L−R1)2によって置き換えられ、式中、2つ以上の−L−R1は、任意選択で、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子の原子を有する3〜30員環の二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、修飾塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUであり、ここで、1つ以上の−NH2は、独立に且つ任意選択で、−C(−L−R1)3によって置き換えられ、1つ以上の−NH−は、独立に且つ任意選択で、−C(−L−R1)2−によって置き換えられ、1つ以上の=N−は、独立に且つ任意選択で、−C(−L−R1)−によって置き換えられ、1つ以上の=CH−は、独立に且つ任意選択で、=N−によって置き換えられ、及び1つ以上の=Oは、独立に且つ任意選択で、=S、=N(−L−R1)又は=C(−L−R1)2によって置き換えられ、式中、2つ以上の−L−R1は、任意選択で、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子の原子を有する3〜30員環の二環式又は多環式の環を形成し、ここで、修飾塩基は天然のA、T、C、G及びUと異なる。一部の実施形態において、塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、修飾塩基は、置換されているA、T、C、G又はUであり、ここで、修飾塩基は天然のA、T、C、G及びUと異なる。一部の実施形態において、各核酸塩基は、独立に、窒素原子を含む。一部の実施形態において、各核酸塩基は、独立に、ヘテロアリール環を含む。一部の実施形態において、各核酸塩基は、独立に、少なくとも1つの窒素原子を有するヘテロアリール環を含む。
例示的核酸塩基としては、米国特許出願公開第20110294124号明細書、米国特許出願公開第20120316224号明細書、米国特許出願公開第20140194610号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150197540号明細書及び国際公開第2015107425号パンフレット(これらの各々の核酸塩基は参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。
糖
一部の実施形態において、提供される化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、糖部分は、
であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、糖部分は、
であり、式中、Lsは−C(R5s)2−であり、式中、各R5sは、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、糖部分は、
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、糖部分は、
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Lsは−CH(R)−であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Rは−Hである。一部の実施形態において、Rは−Hでなく、及びLsは−(R)−CH(R)−である。一部の実施形態において、Rは−Hでなく、及びLsは−(S)−CH(R)−である。一部の実施形態において、本開示に記載される通りのRは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。
一部の実施形態において、提供される化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、糖部分は、
各種の糖修飾が公知であり、本開示に利用することができる。一部の実施形態において、糖修飾は2’−修飾である。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−Fである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−OMeである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−MOEである。一部の実施形態において、2’−修飾はLNA糖修飾(C2−O−CH2−C4)である。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−C(R)2−C4)であり、式中、各Rは、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−CHR−C4)であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(R)−CHR−C4)であり、式中、Rは本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(S)−CHR−C4)であり、式中、Rは本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、Rは、非置換C1〜6アルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−CHR−C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−CHR−C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−CHR−C4)であり、式中、Rはメチルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−CHR−C4)であり、式中、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(R)−CHR−C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(R)−CHR−C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(R)−CHR−C4)であり、式中、Rはメチルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(R)−CHR−C4)であり、式中、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(S)−CHR−C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(S)−CHR−C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(S)−CHR−C4)であり、式中、Rはメチルである。一部の実施形態において、2’−修飾は(C2−O−(S)−CHR−C4)であり、式中、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’−修飾はC2−O−(R)−CH(CH2CH3)−C4である。一部の実施形態において、2’−修飾はC2−O−(S)−CH(CH2CH3)−C4である。一部の実施形態において、糖部分は天然DNA糖部分である。一部の実施形態において、糖部分は、2’で修飾されている(2’−修飾)天然DNA糖部分である。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されている天然DNA糖部分である。一部の実施形態において、糖部分は2’置換天然DNA糖部分である。
一部の実施形態において、ヌクレオチドにおける結合リンは糖又は修飾糖の様々な位置に結合することができる。例えば、一部の実施形態において、結合リンは、糖又は修飾糖の2’、3’、4’又は5’ヒドロキシル部分に結合することができる。一部の実施形態において、本開示では保護されていない−OH部分を含むヌクレオチド又は修飾ヌクレオチドが使用される。
一部の実施形態において、糖は、
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、ヌクレオシドは、
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、ヌクレオシド部分は、
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
本開示に記載される通り、本開示では各種の修飾糖を利用することができる。一部の実施形態において、修飾糖は、(例えば2’−修飾):−F;−CF3、−CN、−N3、−NO、−NO2、−OR’、−SR’又は−N(R’)2(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載する通りである);−O−(C1〜C10アルキル)、−S−(C1〜C10アルキル)、−NH−(C1〜C10アルキル)又は−N(C1〜C10アルキル)2;−O−(C2〜C10アルケニル)、−S−(C2〜C10アルケニル)、−NH−(C2〜C10アルケニル)又は−N(C2〜C10アルケニル)2;−O−(C2〜C10アルキニル)、−S−(C2〜C10アルキニル)、−NH−(C2〜C10アルキニル)又は−N(C2〜C10アルキニル)2;又は−O−−(C1〜C10アルキレン)−O−−(C1〜C10アルキル)、−O−(C1〜C10アルキレン)−NH−(C1〜C10アルキル)又は−O−(C1〜C10アルキレン)−NH(C1〜C10アルキル)2、−NH−(C1〜C10アルキレン)−O−(C1〜C10アルキル)又は−N(C1〜C10アルキル)−(C1〜C10アルキレン)−O−(C1〜C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルは置換又は非置換であり得、それぞれ独立に、例えば、1〜30、1〜20、1〜10、1〜9、1〜8、1〜7、1〜6、1〜5、1〜4、1〜3、1〜2又は1個の炭素を含有するか又はそうした炭素のものである)から選択される1つ以上の置換基を2’位に含有する。一部の実施形態において、置換基の例としては、−O(CH2)nOCH3及び−O(CH2)nNH2(式中、nは、1〜約10である)、MOE、DMAOE、DMAEOEが挙げられるが、それに限定されない。一部の実施形態において、修飾糖は、国際公開第2001/088198号パンフレット;及びMartin et al.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486−504に記載されるものから選択される。一部の実施形態において、修飾糖は、置換シリル基、RNA切断基、レポーター基、蛍光標識、インターカレーター、核酸の薬物動態特性を改善するための基、核酸の薬力学的特性を改善するための基又は同様の特性を有する他の置換基から選択される1つ以上の基を含む。一部の実施形態において、修飾は、3’−末端ヌクレオチド上の糖部分の3’−位及び/又は5’−末端ヌクレオチドの5’位を含め、糖又は修飾糖部分の2’、3’、4’、5’及び/又は6’−位(存在する場合)の1つ以上に作られる。一部の実施形態において、RNAは、2’−OH又は2’−OR(式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである)を2’位に有する糖を含む。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−OMeである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−OCH2CH2OMeである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−Fである。
一部の実施形態において、リボースの2’−OHが、−H、−F;−CF3、−CN、−N3、−NO、−NO2、−OR’、−SR’又は−N(R’)2(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載する通りである);−O−(C1〜C10アルキル)、−S−(C1〜C10アルキル)、−NH−(C1〜C10アルキル)又は−N(C1〜C10アルキル)2;−O−(C2〜C10アルケニル)、−S−(C2〜C10アルケニル)、−NH−(C2〜C10アルケニル)又は−N(C2〜C10アルケニル)2;−O−(C2〜C10アルキニル)、−S−(C2〜C10アルキニル)、−NH−(C2〜C10アルキニル)又は−N(C2〜C10アルキニル)2;又は−O−−(C1〜C10アルキレン)−O−−(C1〜C10アルキル)、−O−(C1〜C10アルキレン)−NH−(C1〜C10アルキル)又は−O−(C1〜C10アルキレン)−NH(C1〜C10アルキル)2、−NH−(C1〜C10アルキレン)−O−(C1〜C10アルキル)又は−N(C1〜C10アルキル)−(C1〜C10アルキレン)−O−(C1〜C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルは置換又は非置換であり得、それぞれ独立に、例えば、1〜30、1〜20、1〜10、1〜9、1〜8、1〜7、1〜6、1〜5、1〜4、1〜3、1〜2又は1個の炭素を含有するか又はそうした炭素のものである)から選択される置換基によって置き換えられる。一部の実施形態において、2’−OHは−Hに置き換えられる(デオキシリボース)。一部の実施形態において、2’−OHは−Fに置き換えられる。一部の実施形態において、2’−OHは−OR’に置き換えられ、式中、R’は本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、2’−OHは−OMeに置き換えられる。一部の実施形態において、2’−OHは−OCH2CH2OMeに置き換えられる。
修飾糖としては、ロックド核酸(LNA)の糖も挙げられる。一部の実施形態において、糖炭素原子上の2つの置換基が一緒になって二価の部分を形成する。一部の実施形態において、2つの置換基は2つの異なる糖炭素原子上にある。一部の実施形態において、形成される二価の部分は、本明細書に定義する通りの−Ls−の構造を有する。一部の実施形態において、−Ls−は−O−C(R)2−であり、式中、各Rは、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、−Ls−は−O−CHR−であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、−Ls−は−O−(R)−CHR−であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、−Ls−は−O−(S)−CHR−であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、−Ls−は−O−CH2−であり、式中、−CH2−は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、−Ls−は−O−CH2−である。一部の実施形態において、−Ls−は−O−CH(Et)−である。一部の実施形態において、−Ls−は−O−(R)−CH(Et)−である。一部の実施形態において、−Ls−は−O−(S)−CH(Et)−である。一部の実施形態において、−Ls−は−O−CH(Me)−である。一部の実施形態において、−Ls−は−O−(R)−CH(Me)−である。一部の実施形態において、−Ls−は−O−(S)−CH(Me)−である。一部の実施形態において、−Ls−は糖部分のC2とC4との間にある。
一部の実施形態において、修飾糖は、ENA又は修飾ENAの糖(例えば、Seth et al.,J Am Chem Soc.2010 October 27;132(42):14942−14950に記載されるものなど)である。一部の実施形態において、修飾糖は、XNA(ゼノ核酸)に見られるものの何れか、例えば、アラビノース、アンヒドロヘキシトール、トレオース、2’フルオロアラビノース又はシクロヘキセンである。
一部の実施形態において、修飾糖は、ペントフラノシルの代わりにシクロブチル又はシクロペンチル部分などの糖模倣体である。かかる修飾糖構造の調製について教示する代表的な米国特許としては、限定はされないが、米国特許第4,981,957号明細書;同第5,118,800号明細書;同第5,319,080号明細書;及び同第5,359,044号明細書が挙げられる。一部の実施形態において、修飾糖は、リボース環内の酸素原子が窒素、硫黄、セレン又は炭素によって置き換えられている糖である。一部の実施形態において、修飾糖は、リボース環内の酸素原子が窒素に置き換えられ、且つこの窒素が任意選択でアルキル基(例えば、メチル、エチル、イソプロピル等)により置換されている修飾リボースである。
修飾糖の非限定的な例としてはグリセロールが挙げられ、これはグリセロール核酸(GNA)類似体を形成する。一部の実施形態において、GNA類似体については、Zhang,R et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,5846−5847;Zhang L,et al.,J.Am.Chem.Soc.,2005,127,4174−4175及びTsai CH et al.,PNAS,2007,14598−14603に記載されている。一部の実施形態において、GNA誘導類似体の別の例である、ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールをベースとするフレキシブル核酸(FNA)が、Joyce GF et al.,PNAS,1987,84,4398−4402及びHeuberger BD and Switzer C,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,412−413に記載されている。
修飾糖の更なる非限定的な例としては、本明細書に定義する通りの、ヘキソピラノシル(6’→4’)、ペントピラノシル(4’→2’)、ペントピラノシル(4’→3’)又はテトロフラノシル(3’→2’)糖が挙げられる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の糖の少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%又はそれを超えるもの(例えば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるもの)(端点を含む)が修飾されている。一部の実施形態において、プリン残基のみが修飾されている(例えば、プリン残基の約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%又はそれを超えるもの[例えば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるもの]が修飾されている)。一部の実施形態において、ピリミジン残基のみが修飾されている(例えば、ピリミジン残基の約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%又はそれを超えるもの[例えば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるもの]が修飾されている)。一部の実施形態において、プリン残基及びピリミジン残基の両方が修飾されている。
一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているペントース又はヘキソース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているペントース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているヘキソース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているリボース又はヘキシトール部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているリボース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているヘキシトール部分である。
一部の実施形態において、糖はD−2−デオキシリボースである。一部の実施形態において、糖はβ−D−デオキシリボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分はβ−D−デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖はD−リボースである。一部の実施形態において、糖はβ−D−リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分はβ−D−リボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノース部分である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、核酸等の糖部分/単位は、インターヌクレオチド結合に各々独立して連結している1つ以上の炭素原子を含む糖、例えば、その5’−C及び/又は3’−Cがインターヌクレオチド結合(例えば、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合、キラル制御されたインターヌクレオチド結合等)に各々独立して連結している任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノースである。一部の実施形態において、特記しない限り、提供されるオリゴヌクレオチドの各糖部分は、天然DNAにある通りの2−デオキシリボース部分である(
式中、当業者が理解する通り、C1は典型的には核酸塩基に連結され、C3及びC5は典型的には、且つ独立に、−OH、インターヌクレオチド結合、−O−保護基、支持体(任意選択でリンカーを介して)等に連結する)。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−O−メトキシエチル糖修飾を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのロックド核酸(LNA)ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、2’−位で修飾されている修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びON(式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである)からなる群から選択される2’−置換基を含む修飾糖部分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、2’−フルオロ−シチジン、2’−フルオロ−ウリジン、2’−フルオロ−アデノシン、2’−フルオロ−グアノシン、2’−アミノ−シチジン、2’−アミノ−ウリジン、2’−アミノ−アデノシン、2’−アミノ−グアノシン及び2’−アミノ−ブチリル−ピレン−ウリジンからなる群から選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、5−ブロモ−ウリジン、5−ヨード−ウリジン、5−メチル−シチジン、リボチミジン、2−アミノプリン、5−フルオロ−シチジン及び5−フルオロ−ウリジン、2,6−ジアミノプリン、4−チオ−ウリジン及び5−アミノ−アリル−ウリジンからなる群から選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
例示的インターヌクレオチド結合としては、米国特許出願公開第20110294124号明細書、米国特許出願公開第20120316224号明細書、米国特許出願公開第20140194610号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150197540号明細書及び国際公開第2015107425号パンフレット(これらの各々のインターヌクレオチド結合は、参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。
インターヌクレオチド結合
本開示では、様々なインターヌクレオチド結合、一部の実施形態では高い立体純度を有するもの(キラル制御されたインターヌクレオチド結合)、例えば、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20170037399号明細書、国際公開第2017/015555号パンフレット、国際公開第2017/015575号パンフレット及び国際公開第2017/062862号パンフレットのものを利用することができる。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は天然リン酸結合である(酸性型は−O−P(O)(OH)−(O)−である;様々な塩形態として存在し得る)。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合はホスホロチオエート結合である(酸性型は−O−P(O)(SH)−(O)−である;様々な塩形態として存在し得る)。
本開示では、様々なインターヌクレオチド結合、一部の実施形態では高い立体純度を有するもの(キラル制御されたインターヌクレオチド結合)、例えば、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20170037399号明細書、国際公開第2017/015555号パンフレット、国際公開第2017/015575号パンフレット及び国際公開第2017/062862号パンフレットのものを利用することができる。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は天然リン酸結合である(酸性型は−O−P(O)(OH)−(O)−である;様々な塩形態として存在し得る)。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合はホスホロチオエート結合である(酸性型は−O−P(O)(SH)−(O)−である;様々な塩形態として存在し得る)。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルなインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾されたキラルなインターヌクレオチド結合(各々独立してキラルな結合リンを含む)を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾されたキラルなインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合はキラルであり、各々独立してキラル制御されている。一部の実施形態において、各修飾インターヌクレオチド結合がキラルであり、各々独立してキラル制御されている。一部の実施形態において、各キラルな修飾インターヌクレオチド結合が、各々独立してキラル制御されている。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1〜30、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は式I:
の構造又はその塩形態を有し、式中、
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1及びR5の各々は、独立に、−H、−Ls−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Ls−Si(R)3、−OR、−SR又は−N(R)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−Ls−R1)−又はLsであり;
各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1及びR5の各々は、独立に、−H、−Ls−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Ls−Si(R)3、−OR、−SR又は−N(R)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−Ls−R1)−又はLsであり;
各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、式Iのインターヌクレオチド結合はキラルなインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、PL中のPはキラルな結合リンである。一部の実施形態において、キラルな結合リンはRpである。一部の実施形態において、キラルな結合リンはSpである。一部の実施形態において、PLはP(=W)である。一部の実施形態において、PLはPである。一部の実施形態において、PLはP→B(R’)3である。
一部の実施形態において、式I−a−2:
の構造又はその塩形態を有する式I又はI−a−1のインターヌクレオチド結合であり、式中、P*は、不斉リン原子であり、及び他の各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は式I−b:
の構造又はその塩形態を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、式Iのインターヌクレオチド結合は式I−bの構造を有する。
一部の実施形態において、本開示は、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d若しくはI−eの構造又はその塩形態を有する1つ以上のインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d若しくはI−eの構造又はその塩形態を有するインターヌクレオチド結合を1〜100、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100個又はそれを超えて含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を1個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を2個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を3個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を4個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を5個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を6個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を7個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を8個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を9個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を10個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を11個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を12個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を13個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を14個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を15個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を16個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を17個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を18個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を19個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を20個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を21個以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、かかるインターヌクレオチド結合を25個以上含む。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合はキラルである。一部の実施形態において、それぞれのかかるキラルなインターヌクレオチド結合及び独立にキラル制御されている。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d若しくはI−eの構造又はその塩形態をそれぞれ独立に有する少なくとも2つのタイプのインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d若しくはI−eの構造又はその塩形態をそれぞれ独立に有する少なくとも2つのタイプのキラルなインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、2つのタイプは、同じ又は異なるリン立体配置(Rp又はSp)を有し得るか、又は一方若しくは両方がステレオランダムであり得る(例えば、キラル制御された合成を通じて形成されない)。一部の実施形態において、ステレオランダムな結合はジアステレオマー純度が85%、80%、75%、70%、65%、60%又は55%未満である。一部の実施形態において、P*はステレオランダムでなく、Rp又はSpの何れかである。一部の実施形態において、一方のタイプにおいてWがSであり、他方のタイプにおいてWがOである。一部の実施形態において、一方のタイプが天然リン酸結合であり(−O−P(O)(OH)−O−、これは、例えば特定のpHにおいて且つ/又は塩として提供されるとき、−O−P(O)(O−)−O−として存在し得る)、及び他方がホスホロチオエート結合である(−O−P(O)(SH)−O−、これは、例えば特定のpHにおいて且つ/又は塩として提供されるとき、−O−P(O)(S−)−O−として存在し得る)。
一部の実施形態において、各LPは、独立に、I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d若しくはI−eの構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLPはWを含み、式中、WはSである。一部の実施形態において、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個のLPがWを含み、式中、WはSである。一部の実施形態において、少なくとも1つのLPがWを含み、式中、WはOである。一部の実施形態において、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個のLPがWを含み、式中、WはOである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド中の各インターヌクレオチド結合は、天然リン酸結合及びホスホロチオエート結合(これらは、独立に、塩形態(例えばナトリウム塩)として存在し得る)から独立に選択される。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの修飾結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されている少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
例示的インターヌクレオチド結合としては、米国特許出願公開第20110294124号明細書、米国特許出願公開第20120316224号明細書、米国特許出願公開第20140194610号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150197540号明細書及び国際公開第2015107425号パンフレット(これらの各々のインターヌクレオチド結合は、参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えばLPは、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は正電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合(例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合)は、任意選択で置換されているトリアゾリルを含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合(例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合)は、任意選択で置換されているアルキニルを含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はトリアゾール又はアルキン部分を含む。一部の実施形態において、トリアゾール部分、例えばトリアゾリル基は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、トリアゾール部分、例えばトリアゾリル基)は置換されている。一部の実施形態において、トリアゾール部分は非置換である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含み、且つ
の構造を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド中、例えばSMN2オリゴヌクレオチド中のトリアゾール部分(例えば、任意選択で置換されているトリアゾリル基)を含むインターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、トリアゾール部分を含むインターヌクレオチド結合は、
の式を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、アルキン部分(例えば、任意選択で置換されているアルキニル基)を含むインターヌクレオチド結合は、
の式を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合又は環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは脂質部分を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、Tmg基
を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合はTmg基を含み、且つ
の構造を有する(「Tmgインターヌクレオチド結合」)。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合にはPNA及びPMOのインターヌクレオチド結合及びTmgインターヌクレオチド結合が含まれる。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I、I−a、I−b、I−c、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1又はII−d−2等の構造又はその塩形態を有する。一部の実施形態において、各LPは、独立に、式I、I−a、I−b、I−c、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1又はII−d−2等の構造又はその塩形態を有する非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、かかるヘテロシクリル又はヘテロアリール基は5員環である。一部の実施形態において、かかるヘテロシクリル又はヘテロアリール基は6員環である。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜20員環ヘテロアリール基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜20員環ヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜4個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜6員環ヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜4個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、ヘテロアリール基は結合リンに直接結合する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、非置換トリアゾリル基、例えば、
を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、置換トリアゾリル基、例えば、
を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜20員環ヘテロシクリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜20員環ヘテロシクリル基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜4個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜6員環ヘテロシクリル基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1〜4個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5員環ヘテロシクリル基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、少なくとも2個のヘテロ原子が窒素である。一部の実施形態において、ヘテロシクリル基は結合リンに直接結合する。一部の実施形態において、ヘテロシクリル基は、結合リンにその=N−で直接結合したグアニジン部分の一部であるヘテロシクリル基のとき、リンカー、例えば=N−を介して結合リンに結合する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている
基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、置換されている
基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
基を含む。一部の実施形態において、各R1は、独立に、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、各R1は、独立に、メチルである。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含み、その各々は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はトリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は非置換トリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は置換トリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はアルキル部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているアルキニル基を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は非置換アルキニル基を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は置換アルキニル基を含む。一部の実施形態において、アルキニル基は結合リンに直接結合する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは異なるタイプのインターヌクレオチドリン結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも1つの修飾(非天然)インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも1つのホスホロチオエートとを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合と、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1個以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、水溶液中において所与のpHにおいて負電荷塩形態で存在するインターヌクレオチド結合が50%、40%、40%、30%、20%、10%、5%又は1%未満である点で非負電荷である。一部の実施形態において、pHは約pH7.4である。一部の実施形態において、pHは約4〜9である。一部の実施形態において、パーセンテージは、10%未満である。一部の実施形態において、パーセンテージは5%未満である。一部の実施形態において、パーセンテージは、1%未満である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、中性形態のインターヌクレオチド結合が水中で約1、2、3、4、5、6又は7以下のpKaでない点で、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、7以下のpKaでない。一部の実施形態において、6以下のpKaでない。一部の実施形態において、5以下のpKaでない。一部の実施形態において、4以下のpKaでない。一部の実施形態において、3以下のpKaでない。一部の実施形態において、2以下のpKaでない。一部の実施形態において、1以下のpKaでない。一部の実施形態において、中性形態のインターヌクレオチド結合のpKaは、CH3−インターヌクレオチド結合−CH3の構造を有する中性形態の化合物のpKaによって表すことができる。例えば、式Iの構造を有する中性形態のインターヌクレオチド結合のpKaは、
の構造を有する中性形態の化合物のpKaによって表され得、
のpKaは、pKa
によって表すことができる。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は正電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はグアニジン部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はヘテロアリール塩基部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はトリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はアルキニル部分を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I、I−a、I−b、I−c、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態(非負電荷)を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I−n−1:
の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、Xは共有結合であり、−X−Cy−R1は−Cy−R1である。一部の実施形態において、−Cy−は、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている二価の基である。一部の実施形態において、−Cy−は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている二価の5〜20員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、−Cy−R1は、1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜20員環ヘテロアリール環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、−Cy−R1は、1〜4個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、−Cy−R1は、1〜4個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている6員環ヘテロアリール環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、−Cy−R1は、任意選択で置換されているトリアゾリルである。
一部の実施形態において、R1はR’である。一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I−n−3:
の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、異なる窒素原子上の2つのR’が一緒になって、記載される通りの環を形成する。一部の実施形態において、形成される環は5員環である。一部の実施形態において、形成される環は6員環である。一部の実施形態において、形成される環は置換されている。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、各々独立してRである。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、各々独立して水素又は任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、各々独立して水素又は任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は同じである。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は異なる。一部の実施形態において、それらの両方が−CH3である。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II:
の構造又はその塩形態又はその塩形態を有し、式中、
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、N(−L−R5)、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−L−R5)−又はLであり;
環ALは、0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各Rsは、独立に、−H、ハロゲン、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−Si(R)3、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−R’、−O−L−Si(R)3、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
gは0〜20であり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ、及び1つ以上CH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLによって置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、N(−L−R5)、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−L−R5)−又はLであり;
環ALは、0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各Rsは、独立に、−H、ハロゲン、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−Si(R)3、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−R’、−O−L−Si(R)3、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
gは0〜20であり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ、及び1つ以上CH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLによって置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、ALは炭素原子で−N=又はLに結合する。一部の実施形態において、式II又はII−a−1、II−a−2のインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II−b−1:
の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、式II−a−1又はII−a−2の構造は、式II−aの構造を参照し得る。一部の実施形態において、式II−b−1又はII−b−2の構造は、式II−bの構造を参照し得る。一部の実施形態において、式II−c−1又はII−c−2の構造は、式II−cの構造を参照し得る。一部の実施形態において、式II−d−1又はII−d−2の構造は、式II−dの構造を参照し得る。
一部の実施形態において、ALは炭素原子で−N=又はLに結合する。一部の実施形態において、式II又はII−a−1、II−a−2のインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II−b−2:
の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、環ALは、0〜10個のヘテロ原子を(式II−bの2個の窒素原子に加えて)有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式の環である。一部の実施形態において、環ALは、任意選択で置換されている5員環の単環式飽和環である。
一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、各R’は、独立に、−CH3である。一部の実施形態において、各Rsは−Hである。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。
一部の実施形態において、独立に各LPは、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d、I−e、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はトリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は置換トリアゾリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているアルキニル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
の構造を有し、式中、WはO又はSである。
一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は環状グアニジンを含み、
の構造を有する。一部の実施形態において、環状グアニジンを含むインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合は、
から選択される構造であるか又はそれを含み、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸又はオリゴヌクレオチドは、siRNA、二本鎖siRNA、一本鎖siRNA、ギャップマー、スキップマー、ブロックマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴmir、マイクロRNA、プレマイクロRNA、アンチmir、スーパーmir、リボザイム、Ulアダプター、RNAアクチベーター、RNAi薬剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマー又はアジュバントである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは中性インターヌクレオチド結合とキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、中性インターヌクレオチド結合と、Rp又はSp配置のホスホロチオエートであるキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合と1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド中の各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合と1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド中の各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超えるキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含む。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、中性インターヌクレオチド結合が、ホスホジエステル結合(天然リン酸結合、PO)よりも疎水性が高いホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(PS)よりも疎水性が高くてもよいことを指摘しておく。典型的には、PS又はPOと異なり、中性インターヌクレオチド結合は低い電荷を持つ。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドに1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を組み込むと、オリゴヌクレオチドが細胞によって取り込まれる能力及び/又はエンドソームから逃れる能力が増加し得ることを指摘しておく。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合の組み込みを利用して、オリゴヌクレオチドとその標的核酸との間の融解温度を調節し得ることを指摘しておく。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドに1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合を組み込むと、オリゴヌクレオチドがエクソンスキッピング又は遺伝子ノックダウンなどの機能を媒介する能力を増加させることが可能であり得ることを指摘しておく。一部の実施形態において、核酸又はそれによってコードされる産物のレベルのノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、標的遺伝子の発現のノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、標的遺伝子の発現のノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はキラル制御されていない。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はキラル制御されている。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はキラル制御されており、その結合リンはRpである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はキラル制御されており、その結合リンはSpである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合及び/又は中性インターヌクレオチド結合の各々は、任意選択で且つ独立に、キラル制御されている。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中の各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中の各中性インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有し、式中、WはO又はSである。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、その結合リンがRp配置である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合と、その結合リンがSp配置である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、WV−14512、WV−14513、WV−14514、WV−14515、WV−14516、WV−14517、WV−14518、WV−14519、WV−14520及びWV−14521が挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、連続ヌクレオチド単位:
(NuM)t[(NuO)n(NuM)m]y
(式中、
各NuMは、独立に、修飾インターヌクレオチド結合を含むヌクレオチド単位であり;
各NuOは、独立に、天然リン酸結合を含むヌクレオチド単位であり;
t、n及びmの各々は、独立に、1〜20であり;及び
yは、1〜10である)
の領域からなるか又はそれを含むオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、
ここで、オリゴヌクレオチドは、その5’末端及び/又は3’末端にインターヌクレオチド結合を含有しないこともある。
(NuM)t[(NuO)n(NuM)m]y
(式中、
各NuMは、独立に、修飾インターヌクレオチド結合を含むヌクレオチド単位であり;
各NuOは、独立に、天然リン酸結合を含むヌクレオチド単位であり;
t、n及びmの各々は、独立に、1〜20であり;及び
yは、1〜10である)
の領域からなるか又はそれを含むオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、
ここで、オリゴヌクレオチドは、その5’末端及び/又は3’末端にインターヌクレオチド結合を含有しないこともある。
一部の実施形態において、各NuMは、立体制御されたホスホロチオエートを含むヌクレオチド単位であり、各NuOは、独立に、天然リン酸結合を含むヌクレオチド単位である。
一部の実施形態において、本開示において実証される通り、かかるオリゴヌクレオチドは、向上した特性、例えば向上した安定性及び/又は活性をもたらす。
本明細書に定義する通り、各NuMは、独立に、修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はキラルなインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートジエステル結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はキラルであり、キラル制御されている。一部の実施形態において、各修飾インターヌクレオチド結合がキラル制御されている。一部の実施形態において、NuMのインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートジエステル結合である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のNuMは、異なるタイプの修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のNuMは、異なる立体配置の結合リン原子を有するキラルなインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のNuMは、異なるタイプの修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のNuMは、異なる立体配置の結合リン原子を有するキラルなインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態では、NuMの少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、その結合リンでSpである。一部の実施形態では、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10のNuMは、それぞれ独立に、その結合リンでSpのキラルヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態では、NuMの各キラルヌクレオチド間結合は、その結合リンでSpである。一部の実施形態では、NuMの少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、その結合リンでRpである。一部の実施形態では、NuMの少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、その結合リンにおいてRpであり、且つNuMの少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、その結合リンでSpである。NuMに好適な修飾ヌクレオチド間結合を含む更なるヌクレオチド単位は、当技術分野で公知であり、且つ/又は本開示に記載されており、本開示に従って使用することができる。
本明細書に定義される通り、各NuOは、独立に、天然リン酸結合を含むヌクレオチド単位である。一部の実施形態では、少なくとも1つのNuOは、天然リン酸結合を含むヌクレオチド単位であり、ここで、天然リン酸結合は、5’−ヌクレオチド単位及びヌクレオチド単位の糖単位の炭素原子に結合され、炭素原子は、2個未満の水素原子に結合されている。一部の実施形態では、各NuOは、独立に、天然リン酸結合を含むヌクレオチド単位であり、ここで、天然リン酸結合は、5’−ヌクレオチド単位及びヌクレオチド単位の糖単位の炭素原子に結合され、炭素原子は、2個未満の水素原子に結合されている。一部の実施形態では、少なくとも1つのNuOは、−C(R5S)2−の構造を含み、この構造は、NuOの天然リン酸結合及びNuOの糖単位の環部分に直接結合されている。一部の実施形態では、各NuOは、独立に、−C(R5S)2−の構造を含み、この構造は、NuOの天然リン酸結合及びNuOの糖単位の環部分に直接結合されている。
一部の実施形態において、
は、
の構造を有し、式中、R1s、R2s、R3s、及びR4sの各々は、独立に、Rsであり、且つ本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、
は、
の構造を有し、式中、R1s、R2s、R3s及びR4sの各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、
は、
の構造を有し、式中、R1s、R2s、R3s及びR4sの各々は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、独立に各NuMは、式N−II:
の構造又はその塩形態を有し、式中、LPは修飾インターヌクレオチド結合であり、及び他の可変要素の各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、LPは、式Iの構造を有する修飾インターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、
は、
の構造を有し、式中、R1s、R2s、R3s及びR4sの各々は、独立に、Rsであり、且つ本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、
は、
の構造を有し、式中、R1s、R2s、R3s及びR4sの各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、
は、
の構造を有し、式中、R1s、R2s、R3s及びR4sの各々は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態では、LSは、−C(R5S)2−である。一部の実施形態では、1つのR5Sは、−Hであり、LSは、−CHR5S−である。一部の実施形態では、各R5Sは、独立に、Rである。一部の実施形態では、一部の実施形態では、−C(R5S)2−は、−C(R)2−である。一部の実施形態では、1つのR5Sは、−Hであり、−C(R5S)2−は、−CHR−である。一部の実施形態では、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、置換されている。一部の実施形態では、Rは、置換されていない。一部の実施形態では、Rは、メチルである。別のR基の例は、本開示に広く記載されている。一部の実施形態では、−C(R5S)2−のCは、キラルであり、且つRである。一部の実施形態では、−C(R5S)2−のCは、キラルであり、且つSである。一部の実施形態では、−C(R5S)2−は、−(R)−CHMe−である。一部の実施形態では、−C(R5S)2−は、−(S)−CHMe−である。
立体化学
とりわけ、本開示は、1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各キラルな結合リンは、独立に、キラル制御されている(立体制御されている)(例えば、それぞれ独立に、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度(ジアステレオマー純度)を有する(例えば、典型的には、結合リンを含有するインターヌクレオチド結合を含み、且つ2つのヌクレオシド単位がインターヌクレオチド結合によって結合している適切な二量体を用いて評価したとき))。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも90%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも95%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも96%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも97%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも98%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも99%である。立体化学及び他の修飾(例えば、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等)を完全に制御する能力を伴い、本開示は、対応するキラル制御されていない技術と比較して向上した特性及び/又は活性の技術を提供する。
とりわけ、本開示は、1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各キラルな結合リンは、独立に、キラル制御されている(立体制御されている)(例えば、それぞれ独立に、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度(ジアステレオマー純度)を有する(例えば、典型的には、結合リンを含有するインターヌクレオチド結合を含み、且つ2つのヌクレオシド単位がインターヌクレオチド結合によって結合している適切な二量体を用いて評価したとき))。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも90%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも95%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも96%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも97%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも98%である。一部の実施形態において、立体純度は、少なくとも99%である。立体化学及び他の修飾(例えば、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等)を完全に制御する能力を伴い、本開示は、対応するキラル制御されていない技術と比較して向上した特性及び/又は活性の技術を提供する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物又はその一部分、例えば、ブロック、ウィング、コア等における複数の提供されるオリゴヌクレオチドは、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y、(Rp)t(Np)n(Rp)m、(Rp)t(Sp)n(Rp)m、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Np)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Op)n]y(Rp)m、(Np/Op)t(Np)n(Np/Op)m、(Np/Op)t(Sp)n(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Np/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Rp/Op)t(Np)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t(Sp)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m又は(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m(特記しない限り、修飾及び立体化学パターンの記載は、当技術分野で典型的に用いられる通り5’から3’とする)(式中、Spはキラルな修飾インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンのS配置を示し、Rpはキラルな修飾インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンのR配置を示し、Opは天然リン酸結合のアキラルな結合リンを示し、各Npは、独立に、Rp又はSpであり、m、n、t及びyの各々は、独立に、本開示に記載される通り1〜50である)であるか又はそれを含む骨格キラル中心のパターン(結合リンキラル中心)を有する。
一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t(Np)n(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t(Sp)n(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Sp/Np)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Sp/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Np/Op)t(Np)n(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Np/Op)t(Sp)n(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Np/Op)t[(Np/Op)n]y(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Op)t(Np)n(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Op)t(Sp)n(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp)であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp)であるか又はそれを含む。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp)であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む。一部の実施形態において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む。一部の実施形態において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも3個のRpを含む。一部の実施形態において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも4個のRpを含む。一部の実施形態において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも5個のRpを含む。一部の実施形態において、y、t、n及びmは各々、独立に、本開示に記載される通り1〜20である。一部の実施形態において、yは、1である。一部の実施形態において、yは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、yは、1である。一部の実施形態において、yは、2である。一部の実施形態において、yは、3である。一部の実施形態において、yは、4である。一部の実施形態において、yは、5である。一部の実施形態において、yは、6である。一部の実施形態において、yは、7である。一部の実施形態において、yは、8である。一部の実施形態において、yは、9である。一部の実施形態において、yは、10である。一部の実施形態において、各(Np/Op)は、Npである。一部の実施形態において、各(Np/Op)は、Spである。
一部の実施形態において、nは、1である。一部の実施形態において、nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは、1〜10である。一部の実施形態において、nは、1、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、1である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、7又は8である。一部の実施形態において、nは、1である。一部の実施形態において、nは、2である。一部の実施形態において、nは、3である。一部の実施形態において、nは、4である。一部の実施形態において、nは、5である。一部の実施形態において、nは、6である。一部の実施形態において、nは、7である。一部の実施形態において、nは、8である。一部の実施形態において、nは、9である。一部の実施形態において、nは、10である。
一部の実施形態において、mは、0〜50である。一部の実施形態において、mは、1〜50である。一部の実施形態において、mは、1である。一部の実施形態において、mは、2〜50である。一部の実施形態において、mは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、mは、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、7又は8である。一部の実施形態において、mは、0である。一部の実施形態において、mは、1である。一部の実施形態において、mは、2である。一部の実施形態において、mは、3である。一部の実施形態において、mは、4である。一部の実施形態において、mは、5である。一部の実施形態において、mは、6である。一部の実施形態において、mは、7である。一部の実施形態において、mは、8である。一部の実施形態において、mは、9である。一部の実施形態において、mは、10である。一部の実施形態において、mは、11である。一部の実施形態において、mは、12である。一部の実施形態において、mは、13である。一部の実施形態において、mは、14である。一部の実施形態において、mは、15である。一部の実施形態において、mは、16である。一部の実施形態において、mは、17である。一部の実施形態において、mは、18である。一部の実施形態において、mは、19である。一部の実施形態において、mは、20である。一部の実施形態において、mは、21である。一部の実施形態において、mは、22である。一部の実施形態において、mは、23である。一部の実施形態において、mは、24である。一部の実施形態において、mは、25である。一部の実施形態において、mは、少なくとも2である。一部の実施形態において、mは、少なくとも3である。一部の実施形態において、mは、少なくとも4である。一部の実施形態において、mは、少なくとも5である。一部の実施形態において、mは、少なくとも6である。一部の実施形態において、mは、少なくとも7である。一部の実施形態において、mは、少なくとも8である。一部の実施形態において、mは、少なくとも9である。一部の実施形態において、mは、少なくとも10である。一部の実施形態において、mは、少なくとも11である。一部の実施形態において、mは、少なくとも12である。一部の実施形態において、mは、少なくとも13である。一部の実施形態において、mは、少なくとも14である。一部の実施形態において、mは、少なくとも15である。一部の実施形態において、mは、少なくとも16である。一部の実施形態において、mは、少なくとも17である。一部の実施形態において、mは、少なくとも18である。一部の実施形態において、mは、少なくとも19である。一部の実施形態において、mは、少なくとも20である。一部の実施形態において、mは、少なくとも21である。一部の実施形態において、mは、少なくとも22である。一部の実施形態において、mは、少なくとも23である。一部の実施形態において、mは、少なくとも24である。一部の実施形態において、mは、少なくとも25である。一部の実施形態において、mは、少なくとも25より大きい。
一部の実施形態において、tは、1〜20である。一部の実施形態において、tは、1である。一部の実施形態において、tは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは、1〜5である。一部の実施形態において、tは、2である。一部の実施形態において、tは、3である。一部の実施形態において、tは、4である。一部の実施形態において、tは、5である。一部の実施形態において、tは、6である。一部の実施形態において、tは、7である。一部の実施形態において、tは、8である。一部の実施形態において、tは、9である。一部の実施形態において、tは、10である。一部の実施形態において、tは、11である。一部の実施形態において、tは、12である。一部の実施形態において、tは、13である。一部の実施形態において、tは、14である。一部の実施形態において、tは、15である。一部の実施形態において、tは、16である。一部の実施形態において、tは、17である。一部の実施形態において、tは、18である。一部の実施形態において、tは、19である。一部の実施形態において、tは、20である。
一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも3である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも4である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも5である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも6である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも7である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも8である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも9である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも10である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、t個のセクション、例えば、(Sp)t、(Rp)t、(Np/Op)t、(Rp/Op)t等の又はそれを含む骨格キラル中心のパターンを有するブロック、例えば、第1のブロック、5’−ウィング等と、y又はn個のセクション、例えば、(Np)n、(Sp)n、[(Np/Op)n]y、[(Rp/Op)n]y、[(Sp/Op)n]y等の又はそれを含む骨格キラル中心のパターンを有するブロック、例えば、第2のブロック、コア等と、m個のセクション、例えば、(Sp)m、(Rp)m、(Np/Op)m、(Rp/Op)m等の又はそれを含む骨格キラル中心のパターンを有するブロック、例えば、第3のブロック、3’−ウィング等とを含む。
一部の実施形態において、Np又はRpを含むt、y、n又はm個のセクション、例えば、(Rp)t、(Np/Op)t、(Rp/Op)t、(Np)n、[(Np/Op)n]y、[(Rp/Op)n]y、(Rp)m、(Np/Op)m、(Rp/Op)m等は、独立に、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、Np又はRpを含むt又はm個のセクションは、独立に、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの全ての結合リンの少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%がキラル制御されており、Rpである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの全てのキラルなインターヌクレオチド結合(キラル制御されているもの又はされていないものの何れも)の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%がRpである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの全てのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%がRpである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの全てのキラル制御されたインターヌクレオチド結合の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%がRpである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、又は100%がRpである。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも10%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも20%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも30%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも40%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも50%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも75%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、100%である。
一部の実施形態において、3’でRp又はOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でRp又はOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でRp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でRp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でOp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でSp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でSp結合リンに結合する各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、修飾は2’−修飾である。一部の実施形態において、修飾は2’−ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、修飾は2’−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は2’−ORであり、式中、Rは置換C1〜6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は2’−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC2〜6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は2’−ORであり、式中、Rは置換C2〜6アルキルである。一部の実施形態において、Rは−CH2CH2OMeである。一部の実施形態において、修飾は、2つの糖炭素を連結する−L−、例えばLNAに見られるものであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、修飾は、糖部分のC2とC4とを連結する−L−である。一部の実施形態において、Lは−CH2−CH(R)−であり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Lは−CH2−CH(R)−であり、式中、Rは本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Lは−CH2−(R)−CH(R)−であり、式中、Rは本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Lは−CH2−(S)−CH(R)−であり、式中、Rは本開示に記載される通りであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、ブロック、ウィング、コア又はオリゴヌクレオチドは、本開示に記載される通りの糖修飾を有する。
一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRp又は全てSp)−(Rp/Sp)であるか又はそれを含み、式中、各Rp/Spは、独立に、Rp又はSpである。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てSp)−(Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返しの(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返しのSpSpRp)−(Rp/Sp)であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されていない1つ以上のホスホロチオエートを含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物は、何れもキラル制御されていない1つ以上のホスホロチオエートを含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物中、各インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートであり、その何れもキラル制御されていない。一部の実施形態において、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合を含むSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を更に含む。一部の実施形態において、部分はGalNAc又はその変異体若しくは誘導体である。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、キラル制御されているインターヌクレオチド結合を含む。
ブロック
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合のタイプ、結合リンの立体化学等によって特徴付けられる1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−第1のブロック−第2のブロック−第3のブロック構造を含むか又はそのような構造のものである。一部の実施形態において、第1のブロックは、5’−ウィングである。一部の実施形態において、第2のブロックはコアである。一部の実施形態において、第3のブロックは、3’−ウィングである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−ウィング−3’、5’−ウィング−コア−3’又は5’−コア−ウィング−3’構造を含むか又はそのような構造のものである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング(例えば、5’−ウィング、3’−ウィング)及び/又はコアは、各々独立して本開示に記載される通りのブロックであるか又はそのようなブロックを1つ以上含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合のタイプ、結合リンの立体化学等によって特徴付けられる1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−第1のブロック−第2のブロック−第3のブロック構造を含むか又はそのような構造のものである。一部の実施形態において、第1のブロックは、5’−ウィングである。一部の実施形態において、第2のブロックはコアである。一部の実施形態において、第3のブロックは、3’−ウィングである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−ウィング−3’、5’−ウィング−コア−3’又は5’−コア−ウィング−3’構造を含むか又はそのような構造のものである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング(例えば、5’−ウィング、3’−ウィング)及び/又はコアは、各々独立して本開示に記載される通りのブロックであるか又はそのようなブロックを1つ以上含む。
本開示では、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、国際公開第2017015555号パンフレット、国際公開第2017015575号パンフレット、国際公開第2017062862号パンフレット、国際公開第2017160741号パンフレット(これらの各々のブロック、5’−ウィング、3’−ウィング及びコアは参照により本明細書に援用される)に記載されるものを含め、様々なブロック、5’−ウィング、3’−ウィング及びコアを利用することができる。
一部の実施形態において、ブロックは結合リン立体化学ブロックである。例えば、一部の実施形態において、ブロックは、Rp、Sp又はOp結合リンのみを含む。一部の実施形態において、ブロックは、Rp結合リンのみを含むRpブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、Rp/Op結合リンのみを含むRp/Opブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、Sp/Op結合リンのみを含むSp/Opブロックである。一部の実施形態において、ブロックはOpブロックである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその領域(第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング、コア等)は、Rpブロック、Spブロック及び/又はOpブロックの1つ以上を含む。一部の実施形態において、ブロックは、1個以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える結合リンを含む。
一部の実施形態において、ブロックは糖修飾ブロックである。一部の実施形態において、ブロックは2’−修飾ブロックであり、ここで、ブロックの各糖部分は、独立に、2’−修飾を含む。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−ORであり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−OMeである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−MOEである。一部の実施形態において、修飾はLNA修飾である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその領域(第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング、コア等)は、各々独立してその独自の糖修飾の、1つ以上の糖修飾ブロックを含む。一部の実施形態において、ブロックは、1個以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える糖部分を含む。
本明細書に例示される通り、ブロックは様々な長さであり得る。一部の実施形態において、ブロックは、1〜30、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20核酸塩基長である。一部の実施形態において、5’−第1のブロック−第2のブロック−第3のブロック−3’又は5’−ウィング−コア−ウィング−3’は、5−10−5、3−10−4、3−10−6、4−12−4等のものである。
追加の化学的部分
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の追加の化学的部分(例えば、核酸塩基、糖及び/又はインターヌクレオチド結合等の典型的な部分以外)を、任意選択でリンカーを介して含む。一部の実施形態において、化学的部分は脂質部分である。一部の実施形態において、化学的部分は炭水化物部分である。一部の実施形態において、化学的部分はターゲティング部分である。一部の実施形態において、化学的部分はリガンドの部分である。一部の実施形態において、化学的部分は、特定の細胞小器官、細胞、組織、器官及び/又は生物へのオリゴヌクレオチドの送達を増加させることができる。一部の実施形態において、化学的部分は所望の特性及び/又は活性の1つ以上を亢進させる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の追加の化学的部分(例えば、核酸塩基、糖及び/又はインターヌクレオチド結合等の典型的な部分以外)を、任意選択でリンカーを介して含む。一部の実施形態において、化学的部分は脂質部分である。一部の実施形態において、化学的部分は炭水化物部分である。一部の実施形態において、化学的部分はターゲティング部分である。一部の実施形態において、化学的部分はリガンドの部分である。一部の実施形態において、化学的部分は、特定の細胞小器官、細胞、組織、器官及び/又は生物へのオリゴヌクレオチドの送達を増加させることができる。一部の実施形態において、化学的部分は所望の特性及び/又は活性の1つ以上を亢進させる。
一部の実施形態において、本開示は、リンカーを介してオリゴヌクレオチド部分に任意選択で連結した追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、(RD)b−LM1−LM2−LM3−を含むオリゴヌクレオチドを提供し、式中、
各RDは、独立に、化学的部分であり;
LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;及び
bは1〜1000である。
各RDは、独立に、化学的部分であり;
LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;及び
bは1〜1000である。
一部の実施形態において、LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜10脂肪族基及び1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。
一部の実施形態では、LM1は、1つ若しくは複数の−N(R’)−及び1つ若しくは複数の−C(O)−を含む。一部の実施形態では、リンカー、即ちLM1は、
(nLは、1〜8である)
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、リンカー、即ちLM1−LM2−LM3は、
(nLは、1〜8である)
又はその塩形態である。一部の実施形態では、リンカー、即ちLM1−LM2−LM3は、
又はその塩形態であり、式中、
nLは、1〜8であり;
各アミノ基は、独立に、一部分に連結し;
P原子は、オリゴヌクレオチドの5’−OHに連結する。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、リンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
であるか又はそれを含む。
であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、リンカー、即ちLM1−LM2−LM3は、
又はその塩形態である。一部の実施形態では、リンカー、即ちLM1−LM2−LM3は、
nLは、1〜8であり;
各アミノ基は、独立に、一部分に連結し;
P原子は、オリゴヌクレオチドの5’−OHに連結する。一部の実施形態では、上記部分及びリンカー、即ち(RD)b−LM1−LM2−LM3は、
一部の実施形態では、nLは、1〜8である。一部の実施形態では、nLは、1、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態では、nLは、1である。一部の実施形態では、nLは、2である。一部の実施形態では、nLは、3である。一部の実施形態では、nLは、4である。一部の実施形態では、nLは、5である。一部の実施形態では、nLは、6である。一部の実施形態では、nLは、7である。一部の実施形態では、nLは、8である。
一部の実施形態では、LM2は、共有結合又はC1〜10脂肪族基及び1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の、任意選択で置換された、直鎖若しくは分岐基であり、ここで、1つ又若しくは複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−で置換されており;また、1つ若しくは複数の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLで置換されている。一部の実施形態では、LM2は、共有結合又はC1〜10脂肪族基及び1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の、任意選択で置換された、直鎖若しくは分岐基であり、ここで、1つ若しくは複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−又は−P(O)(R’)−で置換されている。一部の実施形態では、LM2は、共有結合又は二価の、任意選択で置換された、直鎖若しくは分岐C1〜10脂肪族基であり、ここで、1つ若しくは複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−N(R’)−又は−C(O)−で置換されている。一部の実施形態では、LM2は、−NH−(CH2)6−であり、ここで、−NH−は、LM1に結合されている。
一部の実施形態では、LM3は、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)−、−OP(O)(SR’)−、−OP(O)(R’)−、−OP(O)(NR’)−、−OP(S)(OR’)−、−OP(S)(SR’)−、−OP(S)(R’)−、−OP(S)(NR’)−、−OP(R’)−、−OP(OR’)−、−OP(SR’)−、−OP(NR’)−又は−OP(OR’)[B(R’)3]−である。一部の実施形態では、LM3は、−OP(O)(OR’)−又は−OP(O)(SR’)−であり、ここで、−O−は、LM2に結合されている。一部の実施形態では、P原子は、糖単位、核酸塩基単位又はヌクレオチド間結合に連結されている。一部の実施形態では、P原子は、P−O結合の形成を介して、−OH基に連結されている。一部の実施形態では、P原子は、P−O結合の形成を介して、5’−OH基に連結されている。
一部の実施形態では、LM1は、共有結合である。一部の実施形態では、LM2は、共有結合である。一部の実施形態では、LM3は、共有結合である。一部の実施形態では、LM1は、本開示に記載される通りのLM2である。一部の実施形態では、LM1は、本開示に記載される通りのLM3である。一部の実施形態では、LM2は、本開示に記載される通りのLM1である。一部の実施形態では、LM2は、本開示に記載される通りのLM3である。一部の実施形態では、LM3は、本開示に記載される通りのLM1である。一部の実施形態では、LM3は、本開示に記載される通りのLM2である。一部の実施形態では、LMは、本開示に記載される通りのLM1である。一部の実施形態では、LMは、本開示に記載される通りのLM2である。一部の実施形態では、LMは、本開示に記載される通りのLM3である。一部の実施形態では、LMは、LM1−LM2であり、ここで、LM1及びLM2の各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、LMは、LM1−LM3であり、ここで、LM1及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、LMは、LM2−LM3であり、ここで、LM2及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、LMは、LM1−LM2−LM3であり、ここで、LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態では、各RDは、独立に、本開示に記載される化学部分である。一部の実施形態において、RDは追加の化学的部分である。一部の実施形態では、RDは、ターゲティング部分である。一部の実施形態では、RDは、炭水化物部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、RDは、脂質部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、RDは、リガンド部分、例えばシグマ受容体、アシアロ糖タンパク質受容体などの細胞受容体に対するリガンド部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、リガンド部分は、シグマ受容体のリガンド部分となり得るアニスアミド部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リガンド部分は脂質であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リガンド部分はGalNAc部分であるか又はそれを含み、これはアシアロ糖タンパク質受容体のリガンド部分であり得る。一部の実施形態において、RDは、任意選択で置換されているフェニル、
(式中、n’は0又は1であり、及び他の各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである)から選択される。一部の実施形態において、RsはFである。一部の実施形態において、RsはOMeである。一部の実施形態において、RsはOHである。一部の実施形態において、RsはNHAcである。一部の実施形態において、RsはNHCOCF3である。一部の実施形態において、R’はHである。一部の実施形態において、RはHである。一部の実施形態において、R2sはNHAcであり、及びR5sはOHである。一部の実施形態において、R2sはp−アニソイルであり、及びR5sはOHである。一部の実施形態において、R2sはNHAcであり、及びR5sはp−アニソイルである。一部の実施形態において、R2sはOHであり、及びR5sはp−アニソイルである。一部の実施形態において、RDは、
から選択される。RDの更なる実施形態には、追加の化学的部分の実施形態、例えば、本例に記載されるものが含まれる。
一部の実施形態において、n’は1である。一部の実施形態において、n’は0である。
一部の実施形態において、n”は1である。一部の実施形態において、n”は2である。
脂質
一部の実施形態において、本開示は、追加の化学的部分を更に含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、追加の化学的部分は脂質である。本開示に係る提供される技術では、多くの脂質を利用することができる。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族基を含み、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−N(R’)S(O)2−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、ここで、各可変要素は、独立に、本明細書に定義及び記載される通りである。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。
一部の実施形態において、本開示は、追加の化学的部分を更に含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、追加の化学的部分は脂質である。本開示に係る提供される技術では、多くの脂質を利用することができる。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族基を含み、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−N(R’)S(O)2−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、ここで、各可変要素は、独立に、本明細書に定義及び記載される通りである。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。
一部の実施形態において、追加の化学的部分は、C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、C10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、C10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖脂質である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む脂質である。
一部の実施形態において、追加の化学的部分は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(cis−DHA)、タービナル酸(turbinaric acid)及びジリノレイルからなる群から選択される脂質である。一部の実施形態において、脂質は、以下の何れかの構造を有する。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。一部の実施形態において、脂質は三環式又は多環式部分を含まない。一部の実施形態において、脂質はR1−COOHの構造を有し、式中、R1は、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質はそのカルボキシル基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、追加の化学的部分は脂質である。本開示に係る提供される技術では、多くの脂質を利用することができる。一部の実施形態において、脂質はRLD基を含み、式中、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−N(R’)S(O)2− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、式中、
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−CO2R又は−SO2Rであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環、ヘテロ環又はヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換されている二価の環であり;及び
各Rは、独立に、水素であるか、又はC1〜C6脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、脂質はRLD基を含み、式中、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−N(R’)S(O)2− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、式中、
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−CO2R又は−SO2Rであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環、ヘテロ環又はヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換されている二価の環であり;及び
各Rは、独立に、水素であるか、又はC1〜C6脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−CO2R又は−SO2Rであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環、ヘテロ環又はヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換されている二価の環であり;及び
各Rは、独立に、水素であるか、又はC1〜C6脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、脂質はRLD基を含み、式中、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−N(R’)S(O)2− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、式中、
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−CO2R又は−SO2Rであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環、ヘテロ環又はヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換されている二価の環であり;及び
各Rは、独立に、水素であるか、又はC1〜C6脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、脂質はRLD基を含み、式中、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−N(R’)S(O)2− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、式中、
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−CO2R又は−SO2Rであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環、ヘテロ環又はヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換されている二価の環であり;及び
各Rは、独立に、水素であるか、又はC1〜C6脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−CO2R又は−SO2Rであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環、ヘテロ環又はヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される任意選択で置換されている二価の環であり;及び
各Rは、独立に、水素であるか、又はC1〜C6脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−及び−Cy−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−及び−Cy−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、RLDは、炭素及び水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−及び−Cy−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−及び−Cy−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、RLDは、炭素及び水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−及び−Cy−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜C6アルキレン、C1〜C6アルケニレン、−C≡C−、C1〜C6ヘテロ脂肪族部分、−C(R’)2−及び−Cy−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、RLDは、炭素及び水素原子からなる炭化水素基である。
RLDの脂肪族基は種々の好適な長さであり得る。一部の実施形態において、それはC10〜C80である。一部の実施形態において、それはC10〜C75である。一部の実施形態において、それはC10〜C70である。一部の実施形態において、それはC10〜C65である。一部の実施形態において、それはC10〜C60である。一部の実施形態において、それはC10〜C50である。一部の実施形態において、それはC10〜C40である。一部の実施形態において、それはC10〜C35である。一部の実施形態において、それはC10〜C30である。一部の実施形態において、それはC10〜C25である。一部の実施形態において、それはC10〜C24である。一部の実施形態において、それはC10〜C23である。一部の実施形態において、それはC10〜C22である。一部の実施形態において、それはC10〜C21である。一部の実施形態において、それはC12〜C22である。一部の実施形態において、それはC13〜C22である。一部の実施形態において、それはC14〜C22である。一部の実施形態において、それはC15〜C22である。一部の実施形態において、それはC16〜C22である。一部の実施形態において、それはC17〜C22である。一部の実施形態において、それはC18〜C22である。一部の実施形態において、それはC10〜C20である。一部の実施形態において、範囲の下端はC10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17又はC18である。一部の実施形態において、範囲の上端はC18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C55又はC60である。一部の実施形態において、それはC10である。一部の実施形態において、それはC11である。一部の実施形態において、それはC12である。一部の実施形態において、それはC13である。一部の実施形態において、それはC14である。一部の実施形態において、それはC15である。一部の実施形態において、それはC16である。一部の実施形態において、それはC17である。一部の実施形態において、それはC18である。一部の実施形態において、それはC19である。一部の実施形態において、それはC20である。一部の実施形態において、それはC21である。一部の実施形態において、それはC22である。一部の実施形態において、それはC23である。一部の実施形態において、それはC24である。一部の実施形態において、それはC25である。一部の実施形態において、それはC30である。一部の実施形態において、それはC35である。一部の実施形態において、それはC40である。一部の実施形態において、それはC45である。一部の実施形態において、それはC50である。一部の実施形態において、それはC55である。一部の実施形態において、それはC60である。
一部の実施形態において、脂質はRLD基を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は2つ以上のRLD基を含む。
一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチドに、RLD基を含む部分として任意選択でリンカーを介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチドに、RLD基を1つのみ含む部分として任意選択でリンカーを介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチドに、RLD基として任意選択でリンカーを介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチドに、2つ以上のRLD基を含む部分として任意選択でリンカーを介してコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のC1〜2脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜2脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のメチル基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のメチル基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C60飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のC1〜2脂肪族基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜2脂肪族基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のメチル基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のメチル基によって置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のC1〜2脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜2脂肪族基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で1つ以上のメチル基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のメチル基によって置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10〜C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を2つ以上含む。
一部の実施形態において、RLDはC10飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC10部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC11飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC11部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC12飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC12部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC13飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC13部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC14飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC14部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC15飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC15部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC16飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC16部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC17飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC17部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC18飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC18部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC19飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC19部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC20飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC20部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC21飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC21部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC22飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC22部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC23飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC23部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC24飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC24部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC25飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC25部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC26飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC26部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC27飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC27部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC28飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC28部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC29飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC29部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC30飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、RLDはC30部分不飽和直鎖脂肪族鎖であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、脂質はRLD−OHの構造を有する。一部の実施形態において、脂質はRLD−C(O)OHの構造を有する。一部の実施形態において、RLDは、
である。一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHA又はcis−DHA)、タービナル酸、アラキドン酸及びジリノレイルである。
一部の実施形態において、脂質は、少なくとも部分的に疎水性又は両親媒性の分子、リン脂質、トリグリセリド、ジグリセリド、モノグリセリド、脂溶性ビタミン、ステロール、脂肪及びワックスの何れかであるか、それを含むか又はそれからなる。一部の実施形態において、脂質は、脂肪酸、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、糖脂質(saccharolipid)、ポリケチド及び他の分子の何れかである。
一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチドに、任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートされる。当業者は、本開示において脂質をオリゴヌクレオチドにコンジュゲートするために様々な技術を利用し得ることを理解する。例えば、カルボキシル基を含む脂質については、かかる脂質はそのカルボキシル基を介してコンジュゲートすることができる。
脂質はオリゴヌクレオチドに、任意選択でリンカーを介してコンジュゲートすることができる。本開示では、当技術分野における各種のリンカーを利用することができる。一部の実施形態において、リンカーはリン酸基を含み、例えばこれを使用して、オリゴヌクレオチド合成に用いられるものと同様の化学によって脂質をコンジュゲートすることができる。一部の実施形態において、リンカーは、アミド、エステル又はエーテル基を含む。
一部の実施形態において、リンカーは−LLD−の構造を有する。一部の実施形態において、LLDは、
の構造を有するTLDであり、式中、各可変要素は、独立に、定義及び記載される通りである。一部の実施形態において、TLDは式Iの構造を有する。一部の実施形態において、TLDはオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−と共にホスホロチオエート結合(−OP(O)(S−)O−)を形成する。一部の実施形態において、TLDはオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−と共にSpホスホロチオエート結合を形成する。一部の実施形態において、TLDはオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−と共にRpホスホロチオエート結合を形成する。一部の実施形態において、TLDはオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−と共にリン酸結合(−OP(O)(O−)O−)を形成する。一部の実施形態において、TLDはオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−と共にホスホロジチオエート結合を形成する。一部の実施形態において、LLDは−L−TLD−である。一部の実施形態において、Yは−L−に連結し、及び−Z−は共有結合であり、そのためPはオリゴヌクレオチド鎖のヒドロキシル基に直接連結する。一部の実施形態において、Pは5’末端ヒドロキシル(5’−O−)に連結してリン酸基(天然リン酸結合)又はホスホロチオエート基(ホスホロチオエート結合)を形成する。一部の実施形態において、ホスホロチオエート結合はキラル制御されており、Rp又はSpの何れかであり得る。特記しない限り、リンカー中のキラル中心(例えば、TLD中のP)は、ステレオランダムであるか又はキラル制御されているかの何れでもあり得、例えば組成物がキラル制御されているかどうかの決定に際して、それらは骨格キラル中心の一部と見なされない。一部の実施形態において、LLDは−NH−(CH2)6−TLD−である。一部の実施形態において、LLDは−C(O)−NH−(CH2)6−TLD−である。
一部の実施形態において、リンカーは−L−の構造を有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドとのコンジュゲーション後、脂質は、−L−RLDの構造を有する部分を形成し、式中、L及びRLDの各々は、独立に、本明細書に定義及び記載される通りである。
一部の実施形態において、−L−は二価の脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、−L−はリン酸基を含む。一部の実施形態において、−L−はホスホロチオエート基を含む。一部の実施形態において、−L−は−C(O)NH−(CH2)6−OP(=O)(S−)−の構造を有する。一部の実施形態において、−L−は−C(O)NH−(CH2)6−OP(=O)(O−)−の構造を有する。
脂質は、任意選択でリンカーを介して、様々な好適な位置でオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされることができる。一部の実施形態において、脂質は5’−OH基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は3’−OH基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は1つ以上の糖部分でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は1つ以上の塩基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は1つ以上のインターヌクレオチド結合によって組み込まれる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、独立にその5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分及び/又はインターヌクレオチド結合でコンジュゲートされる複数のコンジュゲートされた脂質を含有し得る。
一部の実施形態において、リンカーは、組成物の2つのパートを連結する部分であり;非限定的な例として、リンカーは、活性化合物、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)等を脂質に物理的に連結する。好適なリンカーの非限定的な例としては、非荷電リンカー;荷電リンカー;アルキルを含むリンカー;リン酸を含むリンカー;分枝状リンカー;非分枝状リンカー;少なくとも1つの切断基を含むリンカー;少なくとも1つの酸化還元切断基を含むリンカー;少なくとも1つのリン酸ベースの切断基を含むリンカー;少なくとも1つの酸切断基を含むリンカー;少なくとも1つのエステルベースの切断基を含むリンカー;少なくとも1つのペプチドベースの切断基を含むリンカーが挙げられる。
一部の実施形態において、脂質は、活性化合物、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)等に、任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートされる。当業者は、本開示において、脂質を活性化合物、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)等にコンジュゲートするために様々な技術を利用し得ることを理解する。例えば、カルボキシル基を含む脂質については、かかる脂質は、そのカルボキシル基でコンジュゲートすることができる。一部の実施形態において、脂質は、−L−の構造を有するリンカーでコンジュゲートされ、式中、Lは、式Iに定義及び記載される通りである。一部の実施形態において、Lはリン酸ジエステル又は修飾リン酸ジエステル部分を含む。一部の実施形態において、脂質コンジュゲーションによって形成される化合物は、(RLD−L−)x−(活性化合物又は提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)等)の構造を有し、式中、xは1又は1より大きい整数であり、RLD及びLの各々は、独立に、本明細書に定義及び記載される通りである。一部の実施形態において、xは1である。一部の実施形態において、xは1より大きい。一部の実施形態において、xは1〜50である。一部の実施形態において、活性化合物はオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、リンカーは、非荷電リンカー;荷電リンカー;アルキルを含むリンカー;リン酸を含むリンカー;分枝状リンカー;非分枝状リンカー;少なくとも1つの切断基を含むリンカー;少なくとも1つの酸化還元切断基を含むリンカー;少なくとも1つのリン酸ベースの切断基を含むリンカー;少なくとも1つの酸切断基を含むリンカー;少なくとも1つのエステルベースの切断基を含むリンカー;及び少なくとも1つのペプチドベースの切断基を含むリンカーから選択される。一部の実施形態において、リンカーは−LLD−の構造を有する。一部の実施形態において、リンカーは−L−の構造を有する。一部の実施形態において、リンカーは式Iの結合を含む。一部の実施形態において、リンカーは−C(O)NH−(CH2)6−LI−であり、式中、LIは、本明細書に記載される通りの式Iの構造を有する。一部の実施形態において、リンカーは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=O)(SR1)−O−である。一部の実施形態において、R1は−Hであり、及びリンカーは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=O)(SH)−O−、一部の条件、例えば特定のpHでは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=O)(S−)−O−である。一部の実施形態において、リンカーは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=S)(SR1)−O−である。一部の実施形態において、R1は−Hであり、及びリンカーは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=S)(SH)−O−、一部の条件、例えば特定のpHでは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=S)(S−)−O−である。一部の実施形態において、リンカーは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=S)(OR1)−O−であり、式中、R1は−CH2CH2CNである。一部の実施形態において、リンカーは−C(O)NH−(CH2)6−O−P(=S)(SR1)−O−であり、式中、R1は−CH2CH2CNである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはリンカーとカップリングされ、H−リンカー−オリゴヌクレオチドの構造を形成する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは脂質にコンジュゲートされ、脂質−リンカー−オリゴヌクレオチド、例えば、RLD−LLD−オリゴヌクレオチドの構造を形成する。一部の実施形態において、リンカーの−O−末端がオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。一部の実施形態において、リンカーの−O−末端が5’末端オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる(−O−は5’−OHにおける酸素である)。
一部の実施形態において、リンカーは、PO(リン酸ジエステル結合)、PS(ホスホロチオエート結合)又はPS2(ホスホロジチオエート結合)を含む。PSリンカーを含む非限定的な例を以下に示す。一部の実施形態において、リンカーは、−O−P(O)(OH)−O−[リン酸ジエステル]、−O−P(O)(SH)−O−[ホスホロチオエート]又は−O−P(S)(SH)−O−[ホスホロジチオエート]である。一部の実施形態において、リンカーは、以下に例示するC6アミノ部分(−NH−(CH2)6−)を含む。一部の実施形態において、リンカーは、PO、PS又はPS2に結合するC6アミノを含む。一部の実施形態において、リンカーは、PO、PS又はPS2に結合するC6アミノである。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(OH)−である。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(OH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド鎖に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(OH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(OH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド鎖の3’−O−に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(SH)−である。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(O)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の3’−O−に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(S)(SH)−である。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(S)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(S)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に連結される。一部の実施形態において、リンカー、例えばLLD又はLは−C(O)−NH−−(CH2)6−P(S)(SH)−であり、ここで、−C(O)−は脂質部分に連結され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の3’−O−に連結される。当業者が理解する通り、特定のpHでは、−P(O)(OH)−、−P(O)(SH)−、−P(S)(SH)−は、それぞれ、−P(O)(O−)−、−P(O)(S−)−、−P(S)(S−)−として存在し得る。一部の実施形態において、脂質部分はRLDである。
本開示におけるコンジュゲーションでは、様々なケミストリー及びリンカーを用いることができる。例えば、固相上又は溶相中の何れかで以下に記載する通りのケミストリーを用いて脂質、ターゲティング成分等を、リンカーを介してオリゴヌクレオチドにコンジュゲートすることにより、例えば、以下の通り、特定の提供されるオリゴヌクレオチドを調製し得る。
一部の実施形態において、提供される組成物は、ターゲティング成分を更に含む。ターゲティング成分は、脂質又はオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされているか又はコンジュゲートされいないかの何れでもあり得る。一部の実施形態において、ターゲティング成分はオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、脂質及びターゲティング成分の両方にコンジュゲートされる。ここに記載される通り、一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、提供されるオリゴヌクレオチドである。従って、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、脂質及びオリゴヌクレオチドに加えて、標的エレメントを更に含む。本開示では、例えば、脂質、抗体、ペプチド、炭水化物等、様々なターゲティング成分を使用することができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ac−[−LLD−(RLD)a]bの構造を有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、[(Ac)a−LLD]b−RLDの構造を有する。一部の実施形態において、LLD、RLD、LLDとRLDとの組み合わせ又は−[−LLD−(RLD)a]bは、1つ以上のターゲティング成分を含む。
本開示では、ターゲティング部分は多くの種類の方法、例えば、脂質及び炭水化物について記載されるものにより、提供される技術に組み込むことができる。一部の実施形態では、ターゲティング部分を提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等と物理的に混合することにより、提供される組成物が形成される。一部の実施形態において、ターゲティング部分はオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分はオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされない。
一部の実施形態において、提供される組成物は2つ以上のターゲティング部分を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、2つ以上のコンジュゲートされたターゲティング部分を含む。一部の実施形態において、2つ以上のコンジュゲートされたターゲティング部分は同じである。一部の実施形態において、2つ以上のコンジュゲートされたターゲティング部分は異なる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、ターゲティング部分を1つのみ含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なるタイプのコンジュゲートされたターゲティング部分を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じタイプのターゲティング部分を含む。
ターゲティング部分は、例えば脂質及び炭水化物について記載される通り、任意選択でリンカーを介してオリゴヌクレオチドにコンジュゲートすることができる。本開示では、当技術分野における各種のリンカーを利用することができる。一部の実施形態において、リンカーは、例えば、オリゴヌクレオチド合成に用いられるものと同様のケミストリーによるターゲティング部分のコンジュゲーションに使用することのできるリン酸基を含む。一部の実施形態において、リンカーは、アミド、エステル又はエーテル基を含む。一部の実施形態において、リンカーは−L−の構造を有する。ターゲティング部分は、脂質と比較して同じリンカー又は異なるリンカーの何れを介してもコンジュゲートすることができる。
ターゲティング部分は、任意選択でリンカーを介して、様々な好適な位置でオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされることができる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は5’−OH基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は3’−OH基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は1つ以上の糖部分でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は1つ以上の塩基でコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は1つ以上のインターヌクレオチド結合で組み込まれる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、独立にその5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分及び/又はインターヌクレオチド結合でコンジュゲートされる複数のコンジュゲートされたターゲティング部分を含有し得る。ターゲティング部分及び脂質は、同じ位置、隣接する位置及び/又は離れた位置の何れにおいてコンジュゲートされ得る。一部の実施形態において、ターゲティング部分がオリゴヌクレオチドの一端にコンジュゲートされ、脂質が他端にコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、ターゲティング部分は、標的とされる細胞の表面上のタンパク質と相互作用する。一部の実施形態において、かかる相互作用は、標的とされる細胞へのインターナリゼーションを促進する。一部の実施形態において、ターゲティング部分は糖部分を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分はポリペプチド部分を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分は抗体を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分は抗体である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は阻害薬を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分は小分子阻害薬由来の部分である。一部の実施形態において、阻害薬は、標的とされる細胞の表面上にあるタンパク質の阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は、標的細胞の表面上に発現する炭酸脱水酵素阻害薬である。一部の実施形態において、炭酸脱水酵素は、I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII、XIII、XIV、XV又はXVIである。一部の実施形態において、炭酸脱水酵素は膜結合である。一部の実施形態において、炭酸脱水酵素は、IV、IX、XII又はXIVである。一部の実施形態において、阻害薬は、IV、IX、XII及び/又はXIVに対するものである。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素III阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素IV阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素IX阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素XII阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素XIV阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬はスルホンアミドを含むか又はそれである(例えば、Supuran,CT.Nature Rev Drug Discover 2008,7,168−181に記載されるもの、このスルホンアミドについては参照により本明細書に援用される)。一部の実施形態において、阻害薬はスルホンアミドである。一部の実施形態において、標的とされる細胞は筋細胞である。
一部の実施形態において、ターゲティング部分はRTDであり、式中、RTDは、本開示に記載される通りのRLD又はRCDである。
一部の実施形態において、ターゲティング成分は、本開示に定義及び記載される通りのRLDである。一部の実施形態において、本開示は、RLDを含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、RLDを含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、RLDを含む第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、RLDを含むオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等を提供する。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、XはOである。一部の実施形態において、XはSである。
一部の実施形態において、本開示は、様々な部分をオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートするための技術(例えば、試薬、方法等)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ターゲティング成分をオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートするための技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、コンジュゲーション用のターゲティング成分を含む酸、例えばRLD−COOHを提供する。一部の実施形態において、本開示は、コンジュゲーション用のリンカー、例えばLLDを提供する。当業者は、本開示においてオリゴヌクレオチド鎖とのコンジュゲーションに多くの公知の広く実施されている技術を利用し得ることを理解する。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、本開示は、かかる酸の調製方法及び試薬を提供する。
一部の実施形態において、ターゲティング部分は、本開示に定義及び記載される通りのRCDである。一部の実施形態において、本開示は、RCDを含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、RCDを含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、RCDを含む第1の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、RCDを含むオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等を提供する。一部の実施形態において、RCDを含むオリゴヌクレオチドはSMN2オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、
を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、脂質部分を含むか又はそれであるターゲティング部分である。一部の実施形態において、XはOである。一部の実施形態において、XはSである。
一部の実施形態において、本開示は、様々な部分をオリゴヌクレオチド部分にコンジュゲートするための技術(例えば、試薬、方法等)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ターゲティング部分をオリゴヌクレオチド部分にコンジュゲートするための技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、コンジュゲーション用のターゲティング部分を含む酸、例えばRLD−COOHを提供する。一部の実施形態において、本開示は、コンジュゲーション用のリンカー、例えばLMを提供する。当業者は、本開示におけるオリゴヌクレオチド部分とのコンジュゲーションに、多くの公知の広く実施されている技術を利用し得ることを理解する。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は、
である。一部の実施形態において、提供される酸は脂肪酸であり、これはターゲティング部分として脂質部分を提供することができる。一部の実施形態において、本開示は、かかる酸の調製方法及び試薬を提供する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、1つ以上の炭水化物又は炭水化物部分を含む。一部の実施形態において、炭水化物部分は炭水化物である。一部の実施形態において、炭水化物部分は、オリゴヌクレオチドに直接又は間接的にコンジュゲートする炭水化物であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、炭水化物部分は、所望の部位、例えば、細胞、組織、器官等へのオリゴヌクレオチドの標的化した送達を促進する。一部の実施形態において、提供される炭水化物部分は、肝臓への送達を促進する。当業者は理解する通り、文献に様々な炭水化物部分が記載され、本開示において利用することができる。
炭水化物部分はオリゴヌクレオチドに、例えば、糖単位、インターヌクレオチド結合単位、核酸塩基単位等、様々な位置において、任意選択で1つ以上の二価又は多価の(これは2つ以上の炭水化物部分をオリゴヌクレオチドに連結するために使用することができる)リンカーを介して組み込むことができる。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドへの炭水化物の組み込み技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、インターヌクレオチド結合及び/又は糖単位における組み込みの代わりとして及び/又はそれに加えて、炭水化物部分を任意選択で1つ以上のリンカーを介して核酸塩基単位に組み込み、それにより多大な柔軟性及び/又は向上した特性及び/又は活性をもたらす技術を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、オリゴヌクレオチドに核酸塩基単位において任意選択でリンカーを介して組み込まれた少なくとも1つの炭水化物部分を含む。
一部の実施形態において、追加の化学的部分は、短鎖ペプチド、細胞透過性ペプチド、荷電アミノ酸又はカチオン性ペプチドである。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、溶解度を増加させる能力及び/又は組織分布を向上させる能力を有する。
一部の実施形態において、本開示は、任意選択でオリゴヌクレオチド組成物部分にリンカーを介して連結した追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、(RD)b−LM1−LM2−LM3−を含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、式中、(RD)b、LM1、LM2及びLM3は、各々本明細書に記載される通りである。
一部の実施形態において、リンカーはLMであり、式中、LMは共有結合であるか、又はC1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、LMは二価である。一部の実施形態において、LMは多価である。一部の実施形態において、LMは、
であり、式中、LMは、任意選択で置換されている核酸塩基との直接結合である。一部の実施形態において、LMは、
である。一部の実施形態において、LMは、
である。一部の実施形態において、LMは、
である。一部の実施形態において、LMは、
である。
一部の実施形態において、炭水化物部分はRCDであり、式中、RCDは、C1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、RCDは、C1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、独立に、四価の単糖、二糖又は多糖部分に置き換えられる。一部の実施形態において、RCDは、C1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、独立に、四価のGalNac部分又はGalNac誘導体の四価部分に置き換えられる。
一部の実施形態において、RCDは、任意選択で置換されている
である。一部の実施形態において、R’は−C(O)Rである。一部の実施形態において、RCDは単糖部分である。一部の実施形態において、RCDは一価のGalNac部分である。一部の実施形態において、RCDは、
である。一部の実施形態において、RCDは、任意選択で置換されている
である。一部の実施形態において、RCDは、任意選択で置換されている
である。一部の実施形態において、R’は−C(O)Rである。一部の実施形態において、RCDは、任意選択で置換されている
である。一部の実施形態において、RCDは二糖部分である。一部の実施形態において、RCDは多糖部分である。
一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは−Hであるか、又はC3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは、C3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは、C3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、RGは置換されており、各RGの少なくとも1つの置換は酸素原子を介してRGに結合する。一部の実施形態において、RGは置換されており、各RGの少なくとも1つの置換は窒素原子を介してRGに結合する。一部の実施形態において、RGは、独立に、置換されており、各RGの各炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子を介して置換基に結合する。一部の実施形態において、RGは、独立に、置換されており、各RGの各炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子を介して置換基に結合する。一部の実施形態において、RGは、1〜10個の酸素原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、RGは、1個の酸素原子を有する任意選択で置換されている3〜6員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、各RGは、独立に、1〜10個の酸素原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、RGは、独立に、1個の酸素原子を有する任意選択で置換されている3〜6員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の各炭素は、独立に、酸素又は窒素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の2個以上の炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の2個以上の炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の3個以上の炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の4個以上の炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の5個以上の炭素原子は、独立に、酸素又は窒素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の2個以上の炭素原子は、独立に、酸素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の3個以上の炭素原子は、独立に、酸素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の4個以上の炭素原子は、独立に、酸素原子に結合する。一部の実施形態において、RGのヘテロシクリル環の5個以上の炭素原子は、独立に、酸素原子に結合する。一部の実施形態において、RG−Hは、−CHO又は−C(O)−基を含むC3〜20ポリオールである。
一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは−Hであるか、又はC3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される置換されている基であり、ここで、置換基の1〜20個はR基である。一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは−Hであるか、又はC3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される置換されている基であり、ここで、置換基の1〜20個は−OR又は−N(R)2基である。一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは−Hであるか、又はC3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される置換されている基であり、ここで、置換基の1〜20個は−OH及び−N(R)2である。一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは−Hであるか、又はC3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される置換されている基であり、ここで、置換基の1〜20個は−OH及び−NHRである。一部の実施形態において、RCDはRG−L−の構造を有し、式中、RGは−Hであるか、又はC3〜C20脂環族と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される置換されている基であり、ここで、置換基の1〜20個は−OH及び−NHC(O)Rである。
一部の実施形態において、RGは、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する置換3〜20員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、RGは、酸素及び窒素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する置換3〜20員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、RGは、1〜10個の酸素を有する置換3〜20員環ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、RGは、置換されている
又は
である。一部の実施形態において、RGは、置換されている
である。一部の実施形態において、RGは、置換されている
である。
一部の実施形態において、RGは、
であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、tは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、tは、少なくとも1である。一部の実施形態において、tは、少なくとも2である。一部の実施形態において、tは、少なくとも3である。一部の実施形態において、tは、少なくとも4である。一部の実施形態において、tは、少なくとも5である。一部の実施形態において、tは、少なくとも6である。一部の実施形態において、各R1sは、独立に、−OR’又は−N(R’)2である。一部の実施形態において、各R’は、独立に、−C(O)Rである。一部の実施形態において、各R1sは、独立に、−OR’又は−NHR’である。一部の実施形態において、各R1sは、独立に、−OH又は−NHR’である。一部の実施形態において、各R1sは、独立に、−OH又は−NHC(O)Rである。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている
又は
である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている
である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている
である。
一部の実施形態において、RGは、
であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである(即ち、RG−Hは、
である)。一部の実施形態において、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの少なくとも1、2、3、4、5又は6つは、独立に、−OR’又は−N(R’)2である。一部の実施形態において、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの少なくとも1、2、3、4、5又は6つは、独立に、−OR’又は−NHR’である。一部の実施形態において、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの少なくとも1、2、3、4、5又は6つは、独立に、−OH又は−NHR’である。一部の実施形態において、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの少なくとも1、2、3、4、5又は6つは、独立に、−OH又は−NHC(O)Rである。一部の実施形態において、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの少なくとも1、2、3、4、5又は6つは−OHである。
一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の各環炭素原子は、独立に、置換されている。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の置換されない環炭素原子は1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は1個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は2個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は3個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は4個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は5個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は6個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は7個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は8個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は9個以下である。一部の実施形態において、置換されない環炭素原子は10個以下である。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は1個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は2個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は3個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は4個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は5個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は6個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は7個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は8個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は9個以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は10個以下である。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の−OHで置換されない環炭素原子は1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は1個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は2個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は3個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は4個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は5個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は6個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は7個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は8個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は9個以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は10個以下である。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の環炭素原子の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は95%パーセントが−OH又は−N(R’)2で置換される。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は10%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は20%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は30%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は40%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は50%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は60%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は70%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は80%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は90%以下である。一部の実施形態において、−OH又は−N(R’)2で置換されない環炭素原子は95%以下である。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の−OHで置換されない環炭素原子は10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は95%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は10%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は20%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は30%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は40%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は50%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は60%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は70%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は80%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は90%以下である。一部の実施形態において、−OHで置換されない環炭素原子は95%以下である。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の各環炭素原子は、独立に、置換されている。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも2個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも3個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも4個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも5個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも6個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも7個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも8個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも9個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、少なくとも10個の環炭素原子が置換されている。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも2個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも3個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも4個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも5個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも6個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも7個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも8個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも9個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも10個の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも2個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも3個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも4個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも5個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも6個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも7個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも8個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも9個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも10個の環炭素原子が−OHで置換されている。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の環炭素原子の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は95%パーセントが−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも10%の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも20%の環炭素原子が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも30%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも40%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも50%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも60%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも70%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも80%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも90%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも95%が−OH又は−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、RGの脂環族環又はヘテロ環式環の環炭素原子の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は95%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも10%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも20%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも30%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも40%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも50%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも60%が−OHで置換されている。一部の実施形
態において、環炭素原子の少なくとも70%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも80%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも90%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも95%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−NHC(O)Rで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−NHC(O)Rで置換されており、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−NHAcで置換されている。
態において、環炭素原子の少なくとも70%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも80%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも90%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、環炭素原子の少なくとも95%が−OHで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−N(R’)2で置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−NHC(O)Rで置換されている。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−NHC(O)Rで置換されており、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、少なくとも1個の環炭素原子が−NHAcで置換されている。
一部の実施形態において、RGは、任意選択で置換されている
である。一部の実施形態において、R’は−C(O)Rである。一部の実施形態において、RGは、
である。一部の実施形態において、RGは、任意選択で置換されている
である。
一部の実施形態において、RCD又はRGは、RCD−H又はRG−Hが、
であるような構造のものである。一部の実施形態において、RCD又はRGは、RCD−H又はRG−Hがアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドであるような構造のものである。様々な他のASGPRリガンドが当技術分野において公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、記載される炭水化物部分は、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等の肝臓への標的化した送達に有用である。
一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、Lは、二価の任意選択で置換されているC1〜6脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、独立に且つ任意選択で、−O−に置き換えられる。一部の実施形態において、Lは−O−CH2−である。
一部の実施形態において、RCDはRG−Hのオリゴマー又はポリマー部分であり、式中、各RGは、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、ターゲティング部分は、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)への結合能を有する。一部の実施形態において、ターゲティング部分はアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、Sanhueza et al.J.Am.Chem.Soc.,2017,139(9),pp 3528−3536に開示されるアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、Mamidyala et al.J.Am.Chem.Soc.,2012,134,pp 1978−1981に開示されるアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、Liras et al.米国特許出願公開第20160207953号明細書に開示されるアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、Liras et al.米国特許出願公開第20160207953号明細書に開示される置換−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール誘導体である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、Liras et al.米国特許出願公開第20150329555号明細書に開示されるアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、Liras et al.米国特許出願公開第20150329555号明細書に開示される置換−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール誘導体である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、米国特許第8877917号明細書、米国特許出願公開第20160376585号明細書、米国特許第10086081号明細書及び米国特許第8106022号明細書に開示されるアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドである。これらの文献に記載されるASGPRリガンドは、参照により本明細書に援用される。当業者は、これらの文献に記載されるものを含め、化学的部分によるASGPRへの結合を評価するための様々な技術が当技術分野において公知であり、本開示において利用し得ることを理解するであろう。
一部の実施形態において、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドであるターゲティング部分はRGである。一部の実施形態において、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドであるターゲティング部分はRCDである。一部の実施形態において、ターゲティング部分、炭水化物部分、アシアロ糖タンパク質受容体のリガンド又は追加の化学的部分(例えば、ASGRへの結合能を有するもの)、RG又はRCDはRxであり、式中、Rx−Hは、
であり、式中、Rx1及びRx2の各々は、独立に、本開示に記載される通りのRsである。一部の実施形態において、Rxは、
である。一部の実施形態において、ターゲティング部分、炭水化物部分、アシアロ糖タンパク質受容体のリガンド又は追加の化学的部分(例えば、ASGRへの結合能を有するもの)、RG又はRCDはRxであり、式中、Rx−Hは、
であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Rx−Hは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
であり、式中、RxはC1で連結する。一部の実施形態において、Rxは、
であり、式中、RxはC1で連結する(ステレオランダムな又は立体特異的な、立体特異的な場合、何れの立体配置であり得る)。一部の実施形態において、Rx−Hは、
であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、Rx−Hは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
であり、式中、RxはC1で連結する。一部の実施形態において、Rxは、
であり、式中、RxはC1で連結する。一部の実施形態において、Rx−Hは、
であり、式中、Rx2、Rx3及びRx6の各々は、独立に、本開示に記載される通りのRsである。一部の実施形態において、Rx−Hは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
であり、式中、RxはC1で連結する。一部の実施形態において、Rxは、
であり、式中、RxはC1で連結する。一部の実施形態において、Rxは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
である。一部の実施形態において、Rxは、
である。一部の実施形態において、Rxは、任意選択で置換されているガラクトシルである。
一部の実施形態において、Rx2は−NHR’である。一部の実施形態において、Rx2は−NHC(O)Rである。一部の実施形態において、Rx2は−NHC(O)CH3である。一部の実施形態において、Rx2は−NHC(O)CF3である。一部の実施形態において、Rx2は−OHである。一部の実施形態において、Rsは−Hである。一部の実施形態において、−ORsは−OC(O)CH3である。一部の実施形態において、−ORsは−OHである。一部の実施形態において、Rx3は−Hである。一部の実施形態において、Rx3は、任意選択で置換されているC1〜4アルキルである。一部の実施形態において、Rx6は−L−R’である。一部の実施形態において、Rx6は−N(R’)−R’である。一部の実施形態において、Rx6は−NHC(O)C(R’)2(NHR’)である。一部の実施形態において、Rx6は−R’である。一部の実施形態において、Rx6は−OR’である。一部の実施形態において、Rx6は−ORである。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、限定はされないが、炭水化物部分、ターゲティング部分、脂質部分、GalNAc部分等を含めた、本明細書に記載されるか又は当技術分野において公知の何れかの任意選択の追加の化学的部分を含むことができる。一部の実施形態において、ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、限定はされないが、炭水化物部分、ターゲティング部分、脂質部分、GalNAc部分等を含めた、本明細書に記載されるか又は当技術分野において公知の何れかの任意選択の追加の化学的部分を含むことができる。一部の実施形態において、炭水化物は、本明細書に記載される通りの又は当技術分野において公知の任意の炭水化物又はその変異体、誘導体若しくは修飾である。一部の実施形態において、脂質は、本明細書に記載される通りの又は当技術分野において公知の任意の脂質又はその変異体、誘導体若しくは修飾である。一部の実施形態において、GalNAc部分は、本明細書に記載される通りの又は当技術分野において公知の任意のGalNAc又はその変異体、誘導体若しくは修飾である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、RNA干渉を導くオリゴヌクレオチド、RNアーゼH媒介性ノックダウンを導くオリゴヌクレオチド又はRNA干渉及びRNアーゼH媒介性ノックダウンの両方を導くオリゴヌクレオチドは、限定はされないが、炭水化物部分、ターゲティング部分、脂質部分、GalNAc部分等を含めた、本明細書に記載されるか又は当技術分野において公知の何れかの任意選択の追加の化学的部分を、限定はされないが、塩基配列又はその一部分、糖、塩基;インターヌクレオチド結合;立体化学又はそのパターン;糖、塩基又はインターヌクレオチド結合の修飾のパターン;フォーマット又はその任意の構造要素及び/又は本明細書に記載される任意の他の構造要素又は修飾を含めた本明細書に記載される任意の他の構造要素又は修飾との組み合わせで含むことができ;及び一部の実施形態において、本開示は、任意のかかるオリゴヌクレオチドの多量体に関する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる追加の化学的部分は、GalNAc部分である。一部の実施形態において、ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド組成物にコンジュゲートされる追加の化学的部分は、GalNAc部分である。一部の実施形態において、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物にコンジュゲートされる追加の化学的部分は、GalNAc部分である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、リンカーを介してヌクレオシド部分又はインターヌクレオチド結合に連結される。一部の実施形態において、GalNAc部分をつなぐリンカーは、生体切断可能なリンカーである。かかるリンカーによれば、GalNAc部分の細胞内除去が可能となる。
一部の実施形態において、トリアンテナ型GalNAc酸、例えば、上記に例示されるものは、オリゴヌクレオチド鎖に直接コンジュゲートされる。一部の実施形態において、トリアンテナ型GalNAc酸、例えば、上記に例示されるものは、オリゴヌクレオチド鎖にリンカー部分(例えば、L001)を介してコンジュゲートされる。当業者が理解する通り、トリアンテナ型GalNAc酸を利用して、例えば表1Aに記載されるものの通り、Modとして追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込み得る。一部の実施形態において、リンカー部分、例えば、L001(−NH−(CH2)6−、別名C6リンカー、C6アミンリンカー又はC6アミノリンカー)は、−NH−を介して酸に連結され(アミド基−C(O)−NH−を形成する)及びリン酸結合又はホスホロチオエート結合を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結される。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、グルコース、GluNAc(N−アセチルアミングルコサミン)、脂質及びアニスアミド、及び
R=F、OMe、OH、NHAc、NHCOCF3、
R=NHAc、R’=OH;R=NHCOC6H4OMe(p−アニソイル)、R’=OH
R=NHAc、R’=NHCOC6H4OMe(p−アニソイル);R=OH、R’=NHCOC6H4OMe(p−アニソイル)、
(これらについては実施例1及び2に更に詳細に記載される)の構造の何れかの分子から選択される、中枢神経系への送達における使用に好適な追加の化学的部分にコンジュゲートされる。
R=NHAc、R’=NHCOC6H4OMe(p−アニソイル);R=OH、R’=NHCOC6H4OMe(p−アニソイル)、
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドを神経系の細胞に標的化させる能力を有する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる追加の化学的部分はアニスアミド又はその誘導体若しくは類似体を含み、オリゴヌクレオチドを、σ1受容体など、特定の受容体を発現する細胞に標的化させる能力を有する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、その標的を発現する生体細胞及び/又は組織への投与用に製剤化される。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドを神経系の細胞に標的化させる能力を有する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる追加の化学的部分はアニスアミド又はその誘導体若しくは類似体を含み、オリゴヌクレオチドを、σ1受容体など、特定の受容体を発現する細胞に標的化させる能力を有する。
一部の実施形態において、本開示は、式O−I:
の構造又はその塩を有する提供される化合物、例えば提供される組成物のキラル制御されたオリゴヌクレオチド、SMN2オリゴヌクレオチドを提供し、式中、
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族と、C6〜30アリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基であり;
各Rsは、独立に、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
各sは、独立に、0〜20であり;
Lsは、−C(R5s)2−又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各LPは、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、L又は−L−L−であり;
R3Eは、−R’、−L−R’、−OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族と、C6〜30アリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基であり;
各Rsは、独立に、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
各sは、独立に、0〜20であり;
Lsは、−C(R5s)2−又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各LPは、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、L又は−L−L−であり;
R3Eは、−R’、−L−R’、−OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、独立に各LPは、式I:
の構造又はその塩形態を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、独立に各LPは、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d、I−e、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、キラルな結合リンを含む各LPは、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であり;
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC5〜30ヘテロアリールであり、ここで、ヘテロアリールは、酸素及び窒素から選択される1個以上のヘテロ原子を含み;
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜10員環の単環式又は二環式飽和環であり、ここで、環は、少なくとも1個の酸素原子を含み;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
各環Asは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5〜10員環の単環式又は二環式飽和環であり、ここで、環は、少なくとも1個の酸素原子を含み;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体であり;
各環Asは、独立に、1個以上の酸素原子を有する任意選択で置換されている5〜7員環の単環式又は二環式飽和環であり;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
各環Asは、独立に、1個以上の酸素原子を有する任意選択で置換されている5〜7員環の単環式又は二環式飽和環であり;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシルから選択される任意選択で置換されている又は保護されている核酸塩基であり;
各環Asは、独立に、1個以上の酸素原子を有する任意選択で置換されている5〜7員環の単環式又は二環式飽和環であり;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
各環Asは、独立に、1個以上の酸素原子を有する任意選択で置換されている5〜7員環の単環式又は二環式飽和環であり;及び
独立に各LPは、式Iの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、1つ以上のLPは、本開示に記載される通りの中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、1つ以上のLPは、独立に、本開示に記載される通りの式I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1又はII−d−2の構造を有する。
一部の実施形態において、R5s−Ls−は−CH2OHである。一部の実施形態において、R5s−Ls−は−CH(R5s)−OHであり、式中、R5sは本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、BAは、C3〜30脂環族と、C6〜30アリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリルと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリールと、天然核酸塩基部分と、修飾核酸塩基部分とから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態では、BAは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されたC5〜30ヘテロアリールである。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換された天然の核酸塩基及びその互変異性体である。一部の実施形態では、BAは、保護された天然の核酸塩基及びその互変異性体である。オリゴヌクレオチド合成のための様々な核酸塩基保護基が知られており、それらを本開示に従って使用することができる。一部の実施形態では、BAは、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにそれらの互変異性体から選択される、任意選択で置換された核酸塩基である。一部の実施形態では、BAは、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにそれらの互変異性体から選択される、任意選択で保護された核酸塩基である。
一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたC3〜30脂環式基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたC6〜30アリールである。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたC3〜30ヘテロシクリルである。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたC5〜30ヘテロアリールである。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換された天然の塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換された修飾塩基部分である。BAは、C3〜30脂環式基、C6〜30アリール、C3〜30ヘテロシクリル及びC5〜30ヘテロアリールから選択される、任意選択で置換された基である。一部の実施形態では、BAは、C3〜30脂環式基、C6〜30アリール、C3〜30ヘテロシクリル、C5〜30ヘテロアリール及び天然の核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換された基である。
一部の実施形態では、BAは、芳香環を介して連結される。一部の実施形態では、BAは、ヘテロ原子を介して連結される。一部の実施形態では、BAは、芳香環の環ヘテロ原子を介して連結される。一部の実施形態では、BAは、芳香環の環窒素原子を介して連結される。
一部の実施形態では、BAは、天然の核酸塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換された天然の核酸塩基部分である。一部の実施形態では、BAは、置換された天然の核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているか、又はA、T、C、U若しくはGの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、BAは天然核酸塩基A、T、C、U又はGである。一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基A、T、C、U及びGから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたプリン塩基残基である。一部の実施形態では、BAは、保護プリン塩基残基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたアデニン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護アデニン残基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたグアニン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護グアニン残基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたシトシン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護シトシン残基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたチミン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護チミン残基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換されたウラシル残基である。一部の実施形態では、BAは、保護ウラシル残基である。一部の実施形態では、BAは、任意選択で置換された5−メチルシトシン残基である。一部の実施形態では、BAは、保護5−メチルシトシン残基である。
一部の実施形態では、BAは、オリゴヌクレオチド調製に用いられるような保護残基である。一部の実施形態では、BAは、米国特許第2011/0294124号明細書、米国特許第2015/0211006号明細書、米国特許第2015/0197540号明細書及び国際公開第2015/107425号パンフレットに示される塩基残基であり、それらの各々は、参照により本明細書に援用される。
一部の実施形態では、各RSは、本開示に記載される通り、独立に、−H、ハロゲン、−CN、−N3、−NO、−NO2、−LS−R’、−LS−Si(R)3、−LS−OR’、−LS−SR’、−LS−N(R’)2、−O−LS−R’、−O−LS−Si(R)3、−O−LS−OR’、−O−LS−SR’又は−O−LS−N(R’)2である。
一部の実施形態では、RSは、R’であり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、RSは、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、RSは、任意選択で置換されたC1〜30ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、RSは、1つ又は複数のケイ素原子である。一部の実施形態では、RSは、−CH2Si(Ph)2CH3である。
一部の実施形態では、RSは、−LS−R’である。一部の実施形態では、RSは、−LS−R’であり、ここで、−LS−は、二価であり、任意選択で置換されたC1〜30ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、RSは、−CH2Si(Ph)2CH3である。
一部の実施形態では、RSは、−Fである。一部の実施形態では、RSは、−Clである。一部の実施形態では、RSは、−Brである。一部の実施形態では、RSは、−Iである。一部の実施形態では、RSは、−CNである。一部の実施形態では、RSは、−N3である。一部の実施形態では、RSは、−NOである。一部の実施形態では、RSは、−NO2である。一部の実施形態では、RSは、−LS−Si(R)3である。一部の実施形態では、RSは、−Si(R)3である。一部の実施形態では、RSは、−LS−R’である。一部の実施形態では、RSは、−R’である。一部の実施形態では、RSは、−LS−OR’である。一部の実施形態では、RSは、−OR’である。一部の実施形態では、RSは、−LS−SR’である。一部の実施形態では、RSは、−SR’である。一部の実施形態では、RSは、−LS−N(R’)2である。一部の実施形態では、RSは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、RSは、−O−LS−R’である。一部の実施形態では、RSは、−O−LS−Si(R)3である。一部の実施形態では、RSは、−O−LS−OR’である。一部の実施形態では、RSは、−O−LS−SR’である。一部の実施形態では、RSは、−O−LS−N(R’)2である。一部の実施形態では、RSは、本開示に記載される通りの2’−修飾である。一部の実施形態では、RSは、−ORであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、RSは、−ORであり、ここで、Rは、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、RSは、−OMeである。一部の実施形態では、RSは、−OCH2CH2OMeである。
一部の実施形態では、sは、0〜20である。一部の実施形態では、sは、1〜20である。一部の実施形態では、sは、1〜5である。一部の実施形態では、sは、1である。一部の実施形態では、sは、2である。一部の実施形態では、sは、3である。一部の実施形態では、sは、4である。一部の実施形態では、sは、5である。一部の実施形態では、sは、6である。一部の実施形態では、sは、7である。一部の実施形態では、sは、8である。一部の実施形態では、sは、9である。一部の実施形態では、sは、10である。一部の実施形態では、sは、11である。一部の実施形態では、sは、12である。一部の実施形態では、sは、13である。一部の実施形態では、sは、14である。一部の実施形態では、sは、15である。一部の実施形態では、sは、16である。一部の実施形態では、sは、17である。一部の実施形態では、sは、18である。一部の実施形態では、sは、19である。一部の実施形態では、sは、20である。
一部の実施形態では、RSは、Lであり、ここで、Lは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、Lは、二価の任意選択で置換されたメチレン基である。一部の実施形態において、Lsは−CH2−である。一部の実施形態において、各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。
一部の実施形態において、Lsは共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lsは共有結合であるか、又は二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1〜30脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lsは共有結合であるか、又は酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1〜30ヘテロ脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lsは共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、酸素と窒素と硫黄とリンとケイ素とから独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−又は−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lsは共有結合であるか、又はC1〜10脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lsは共有結合であるか、又はC1〜10脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。
一部の実施形態では、Lsは、二重結合である。一部の実施形態では、Lsは、任意選択で置換された二価C1〜30脂肪族である。一部の実施形態では、Lsは、ホウ素、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された二価C1〜30ヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態では、一価又は二価又は多価何れかの脂肪族部分、例えばLs、Rなどの部分であり、その範囲内の(あらゆる任意選択の置換前の)任意の数の炭素原子、例えばC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30などを含有し得る。一部の実施形態では、一価又は二価又は多価何れかのヘテロ脂肪族部分、例えばLs、Rなどの部分であり、その範囲内の(あらゆる任意選択の置換前の)任意の数の炭素原子、例えばC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30などを含有し得る。
一部の実施形態において、メチレン単位は−Cy−によって置き換えられ、式中、−Cy−は本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、1つ若しくは複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−S(O)−、−S(O)2−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(S)(OR’)−又は−P(S)(OR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−O−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−S−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−N(R’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−C(O)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−S(O)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−S(O)2−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(O)(OR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(O)(SR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(O)(R’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(O)(NR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(S)(OR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(S)(SR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(S)(R’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(S)(NR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(R’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(OR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(SR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(NR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−P(OR’)[B(R’)3]−で置換されている。一部の実施形態では、1つ若しくは複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−S(O)−、−S(O)2−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(S)(OR’)−又は−P(S)(OR’)−で置換されている。一部の実施形態では、メチレン単位は、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−で置換されており、それらの各々は、独立に、ヌクレオチド間結合であり得る。
一部の実施形態では、Lsは、例えば、Rsに連結されているとき、−CH2−である。一部の実施形態では、Lsは、−C(R)2−であり、ここで、少なくとも1つのRは、水素ではない。一部の実施形態では、Lsは、−CHR−である。一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Lsは、−CHR−であり、ここで、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lsは、−(R)−CHR−であり、ここで、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lsは、−(S)−CHR−であり、ここで、−CHR−のCは、キラルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC2脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたメチルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C2脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜6ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜6ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜5ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜5ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜4ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜4ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1〜3ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1〜3ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C2ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1つ又は複数のハロゲンで置換されたメチルである。一部の実施形態では、Rは、−CF3である。一部の実施形態では、Lsは、任意選択で置換された−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lsは、任意選択で置換された(E)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lsは、任意選択で置換された(Z)−CH=CH−である。一部の実施形態では、Lsは、−C≡C−である。
一部の実施形態では、Lsは、少なくとも1つのリン原子を含む。一部の実施形態では、Lsの少なくとも1つのメチレン単位は、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−で置換されている。
一部の実施形態において、Lsは−Cy−である。一部の実施形態において、−Cy−は、1〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている単環式又は二環式3〜20員環ヘテロシクリル環である。一部の実施形態において、−Cy−は、1〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている単環式又は二環式5〜20員環ヘテロシクリル環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、−Cy−は、任意選択で置換されている二価のテトラヒドロフラン環である。一部の実施形態において、−Cy−は、任意選択で置換されているフラノース部分である。
本明細書に記載される通り、各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。
一部の実施形態において、Lは共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは共有結合であるか、又は二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1〜30脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは共有結合であるか、又は酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1〜30ヘテロ脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−又は−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは共有結合であるか、又はC1〜10脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは共有結合であるか、又はC1〜10脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−及び−C(O)O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられる。
一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されている二価のC1〜30脂肪族である。一部の実施形態において、Lは、ホウ素、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている二価のC1〜30ヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態において、一価又は二価又は多価の何れかの脂肪族部分、例えばL、R等のものであり、その範囲内で(何れかの任意選択の置換の前に)任意の数の炭素原子、例えば、C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30等を含有し得る。一部の実施形態において、一価又は二価又は多価の何れかのヘテロ脂肪族部分、例えばL、R等のものであり、その範囲内で(何れかの任意選択の置換の前に)任意の数の炭素原子、例えば、C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30等を含有し得る。
一部の実施形態において、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−S(O)−、−S(O)2−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(S)(OR’)−又は−P(S)(OR’)−によって置換される。一部の実施形態において、メチレン単位は−O−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−S−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−N(R’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−C(O)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−S(O)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−S(O)2−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(O)(OR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(O)(SR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(O)(R’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(O)(NR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(S)(OR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(S)(SR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(S)(R’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(S)(NR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(R’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(OR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(SR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(NR’)−によって置き換えられる。一部の実施形態において、メチレン単位は−P(OR’)[B(R’)3]−によって置き換えられる。一部の実施形態において、1つ以上メチレン単位は、任意選択で且つ独立に、各々が独立にインターヌクレオチド結合であり得る、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−S(O)−、−S(O)2−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(S)(OR’)−又は−P(S)(OR’)−によって置換される。一部の実施形態において、メチレン単位は−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられる。
一部の実施形態において、Lは、例えばRに連結されるとき、−CH2−である。一部の実施形態において、Lは−C(R)2−であり、式中、少なくとも1つのRは水素でない。一部の実施形態において、Lは−CHR−である。一部の実施形態において、Rは水素である。一部の実施形態において、Lは−CHR−であり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、−CHR−のCはキラルである。一部の実施形態において、Lは−(R)−CHR−であり、式中、−CHR−のCはキラルである。一部の実施形態において、Lは−(S)−CHR−であり、式中、−CHR−のCはキラルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜5脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜5アルキルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜4脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜4アルキルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜3脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1〜3アルキルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC2脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているメチルである。一部の実施形態において、RはC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、RはC1〜5脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜5アルキルである。一部の実施形態において、RはC1〜4脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜4アルキルである。一部の実施形態において、RはC1〜3脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜3アルキルである。一部の実施形態において、RはC2脂肪族である。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、RはC1〜6ハロ脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜6ハロアルキルである。一部の実施形態において、RはC1〜5ハロ脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜5ハロアルキルである。一部の実施形態において、RはC1〜4ハロ脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜4ハロアルキルである。一部の実施形態において、RはC1〜3ハロ脂肪族である。一部の実施形態において、RはC1〜3ハロアルキルである。一部の実施形態において、RはC2ハロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、1つ以上のハロゲンによって置換されているメチルである。一部の実施形態において、Rは−CF3である。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されている−CH=CH−である。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されている(E)−CH=CH−である。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されている(Z)−CH=CH−である。一部の実施形態において、Lは−C≡C−である。
一部の実施形態において、Lは、少なくとも1つのリン原子を含む。一部の実施形態において、Lの少なくとも1つのメチレン単位は、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられる。
一部の実施形態では、CyLは、C3〜20脂環、C6〜20アリール環並びに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員ヘテロアリール環並びに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換された四価の基である。
一部の実施形態では、CyLは、単環式である。一部の実施形態では、CyLは、二環式である。一部の実施形態では、CyLは、多環式である。
一部の実施形態では、CyLは、飽和である。一部の実施形態では、CyLは、部分不飽和である。一部の実施形態では、CyLは、芳香族である。一部の実施形態では、CyLは、飽和環部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、CyLは、部分不飽和環部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、CyLは、芳香環部分であるか又はそれを含む。
一部の実施形態では、CyLは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC3〜20脂環(例えば、四価を除くRについて記載されるもの)である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換された飽和C3〜20脂環である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換された部分不飽和C3〜20脂環である。脂環は、本開示に記載されるような様々なサイズのものであり得る。一部の実施形態では、環は、3、4、5、6、7、8、9又は10員である。一部の実施形態では、環は、3員である。一部の実施形態では、環は、4員である。一部の実施形態では、環は、5員である。一部の実施形態では、環は、6員である。一部の実施形態では、環は、7員である。一部の実施形態では、環は、8員である。一部の実施形態では、環は、9員である。一部の実施形態では、環は、10員である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたシクロプロピル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたシクロブチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたシクロペンチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたシクロヘキシル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたシクロヘプチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたシクロオクタニル部分である。一部の実施形態では、脂環は、シクロアルキル環である。一部の実施形態では、脂環は、単環式である。一部の実施形態では、脂環は、二環式である。一部の実施形態では、脂環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるような脂環式部分である。
一部の実施形態では、CyLは、任意選択で置換された6〜20員アリール環である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換された四価フェニル部分である。一部の実施形態では、環は、四価フェニル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されたナフタレン部分である。環は、本開示に記載される通り、様々なサイズであり得る。一部の実施形態では、アリール環は、6員である。一部の実施形態では、アリール環は、10員である。一部の実施形態では、アリール環は、14員である。一部の実施形態では、アリール環は、単環式である。一部の実施形態では、アリール環は、二環式である。一部の実施形態では、アリール環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるようなアリール部分である。
一部の実施形態では、CyLは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜20員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、CyLは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜20員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、本開示に記載される通り、ヘテロアリール環は、様々なサイズであり得、また、様々な数及び/又は種類のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1個のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、2個以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1種のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、2種以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、5員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、6員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、8員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、9員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、10員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、単環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、二環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、多環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、核酸塩基部分、例えばA、T、C、G、Uなどである。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるようなヘテロアリール部分である。
一部の実施形態では、CyLは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜20員ヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、CyLは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜20員ヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、飽和である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、部分不飽和である。ヘテロシクリル環は、本開示に記載される通り、様々なサイズであり得る。一部の実施形態では、環は、3、4、5、6、7、8、9又は10員である。一部の実施形態では、環は、3員である。一部の実施形態では、環は、4員である。一部の実施形態では、環は、5員である。一部の実施形態では、環は、6員である。一部の実施形態では、環は、7員である。一部の実施形態では、環は、8員である。一部の実施形態では、環は、9員である。一部の実施形態では、環は、10員である。ヘテロシクリル環は、様々な数及び/又は種類のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1個のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、2個以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1種のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、2種以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、単環式である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、二環式である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるようなヘテロシクリル部分である。
当業者には容易に理解されるように、本開示には多くの好適な環部分が詳細に記載されており、これらは、本開示に従って使用することができ、そうしたものとして、例えばRについて記載したもの(これは、CyLの場合、より多くの原子価を有し得る)などがある。
一部の実施形態では、CyLは、核酸中の糖部分である。一部の実施形態では、CyLは、任意選択で置換されたフラノース部分である。一部の実施形態では、CyLは、ピラノース部分である。一部の実施形態では、CyLは、DNAに見出される、任意選択で置換されたフラノース部分である。一部の実施形態では、CyLは、RNAに見出される、任意選択で置換されたフラノース部分である。一部の実施形態では、CyLは、任意選択で置換された2’−デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態では、CyLは、任意選択で置換されたリボフラノース部分である。一部の実施形態では、置換は、本開示に記載されるような糖修飾を提供する。一部の実施形態では、任意選択で置換された2’−デオキシリボフラノース部分及び/又は任意選択で置換されたリボフラノース部分は、2’−位に置換を含む。一部の実施形態では、2’−位は、本開示に記載される通りの2’−修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、−Fである。一部の実施形態では、2’−修飾は、−ORであり、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、CyLは、修飾糖部分、例えばLNA、α−L−LNA又はGNA中の糖部分である。一部の実施形態では、CyLは、修飾糖部分、例えばENA中の糖部分である。一部の実施形態では、CyLは、ヌクレオチド間結合と核酸塩基を連結するオリゴヌクレオチドの末端糖部分である。一部の実施形態では、CyLは、例えば、その末端が、任意選択で、リンカーを介して固体支持体に連結される場合、オリゴヌクレオチドの末端糖部分である。一部の実施形態では、CyLは、2つのヌクレオチド間結合と核酸塩基を連結する糖部分である。糖及び糖部分の例は、本開示に詳細に記載されている。
一部の実施形態では、CyLは、核酸塩基部分である。一部の実施形態では、核酸塩基は、A、T、C、G、Uなど、天然の核酸塩基である。一部の実施形態では、核酸塩基は、修飾核酸塩基である。一部の実施形態では、CyLは、A、T、C、G、U及び5mCから選択される任意選択で置換された核酸塩基部分である。核酸塩基及び核酸塩基部分の例は、本開示に詳細に記載されている。
一部の実施形態では、2つのCyL部分は、互いに結合されており、ここで、一方のCyLは、糖部分であり、他方は、核酸塩基部分である。一部の実施形態では、こうした糖部分及び核酸塩基部分は、ヌクレオシド部分を形成する。一部の実施形態では、ヌクレオシド部分は、天然である。一部の実施形態では、ヌクレオシド部分は、修飾されている。一部の実施形態では、CyLは、アデノシン、5−メチルウリジン、シチジン、グアノシン、ウリジン、5−メチルシチジン、2’−デオキシアデノシン、チミジン、2’−デオキシシチジン、2’−デオキシグアノシン、2’−デオキシウリジン及び5−メチル−2’−デオキシシチジンから選択される任意選択で置換された天然ヌクレオシド部分である。ヌクレオシド及びヌクレオシド部分の例は、本開示に詳細に記載されている。
一部の実施形態では、例えば、LSにおいて、CyLは、ヌクレオチド間結合、例えば−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−、−OP(OR’)[B(R’)3]O−などに結合した、任意選択で置換されたヌクレオシド部分であり、これは、任意選択で置換されたヌクレオチド単位を形成し得る。ヌクレオチド及びヌクレオシド部分の例は、本開示に詳細に記載されている。一部の実施形態において、−Cy−は、任意選択で置換されている二価の3〜30員環カルボシクリレンである。一部の実施形態において、−Cy−は、任意選択で置換されている二価の6〜30員環アリーレンである。一部の実施形態において、−Cy−は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている二価の5〜30員環ヘテロアリーレンである。一部の実施形態において、−Cy−は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている二価の3〜30員環ヘテロシクリレンである。一部の実施形態において、−Cy−は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている二価の5〜30員環ヘテロアリーレンである。一部の実施形態において、−Cy−は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている二価の3〜30員環ヘテロシクリレンである。
一部の実施形態では、各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された3〜20員単環、二環若しくは多環である。一部の実施形態では、環Aは、任意選択で置換された環であり、この環は、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、環は、
である。一部の実施形態では、環は、
である。一部の実施形態では、環Aは、糖部分の環であるか又はそれ含む。一部の実施形態では、環Aは、修飾糖部分の環であるか又はそれ含む。一部の実施形態において、各環Asは、独立に、本開示に記載される通りの環Aであり、例えば、一部の実施形態において、各環Asは、独立に、環Aであり、式中、環Aは、任意選択で置換されている
である。
一部の実施形態では、糖単位は、構造
のものであり、ここで、各変数は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、ヌクレオシド単位は、構造
のものであり、ここで、各変数は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、ヌクレオチド単位、例えばNuM、NuOなどは、構造
のものであり、ここで、各変数は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、NuOの場合、LPは、天然のリン酸結合であり、LSは、本開示に記載される通り、−C(R5S)2−である。
一部の実施形態では、
は、
であり、BAは、C1で連結され、R1S、R2S、R3S、R4S及びR5Sの各々は、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、
は、
であり、ここで、R2Sは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、
は、
であり、ここで、R2Sは、−OHではない。一部の実施形態では、
は、
であり、ここで、R2S及びR4Sは、Rであり、2つのR基は、それらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換された環を形成する。一部の実施形態では、
、即ち環Aは、任意選択で置換された
である。一部の実施形態では、
、即ち環Aは、
である。一部の実施形態では、
、即ち環Aは、
である。
一部の実施形態では、R1S、R2S、R3S、R4S及びR5Sの各々は、独立に、RSであり、ここで、RSは、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態では、R1Sは、RSであり、ここで、RSは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R1Sは、1’−位にある(BAは、1’−位にある)。一部の実施形態では、R1Sは、−Hである。一部の実施形態では、R1Sは、−Fである。一部の実施形態では、R1Sは、−Clである。一部の実施形態では、R1Sは、−Brである。一部の実施形態では、R1Sは、−Iである。一部の実施形態では、R1Sは、−CNである。一部の実施形態では、R1Sは、−N3である。一部の実施形態では、R1Sは、−NOである。一部の実施形態では、R1Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R1Sは、−R’である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、L−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R1Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R1Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R1Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R1Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R1Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R1Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の1’−位のRSは、水素であり、他方の1’−位のRSは、本明細書に記載の通り、水素ではない。一部の実施形態では、両方の1’−位のRSが、水素である。一部の実施形態では、一方の1’−位のRSは、水素であり、他方の1’−位は、ヌクレオチド間結合に連結されている。一部の実施形態では、R1Sは、−Fである。一部の実施形態では、R1Sは、−Clである。一部の実施形態では、R1Sは、−Brである。一部の実施形態では、R1Sは、−Iである。一部の実施形態では、R1Sは、−CNである。一部の実施形態では、R1Sは、−N3である。一部の実施形態では、R1Sは、−NOである。一部の実施形態では、R1Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R1Sは、−R’である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R1Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R1Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R1Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R1Sは、−OHである。一部の実施形態では、R1Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R1Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R1Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の1’−位のR1Sは、水素であり、他方の1’−位のR1Sは、本明細書に記載の通り、水素ではない。一部の実施形態では、両方の1’−位のR1Sが、水素である。一部の実施形態では、R1Sは、−O−LS−OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−O−LS−OR’であり、ここで、LSは、任意選択で置換されたC1〜6アルキレンであり、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R1Sは、−O−(任意選択で置換されたC1〜6アルキレン)−OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、−O−(任意選択で置換されたC1〜6アルキレン)−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R1Sは、−OCH2CH2OMeである。
一部の実施形態では、R2Sは、RSであり、ここで、RSは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、2’−位に2つのR2Sがあるとき、一方のR2Sは、−Hであり、他方はそうではない。一部の実施形態では、R2Sは、2’−位にある(BAは、1’−位にある)。一部の実施形態では、R2Sは、−Hである。一部の実施形態では、R2Sは、−Fである。一部の実施形態では、R2Sは、−Clである。一部の実施形態では、R2Sは、−Brである。一部の実施形態では、R2Sは、−Iである。一部の実施形態では、R2Sは、−CNである。一部の実施形態では、R2Sは、−N3である。一部の実施形態では、R2Sは、−NOである。一部の実施形態では、R2Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R2Sは、−R’である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、L−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R2Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R2Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R2Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R2Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R2Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R2Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の2’−位のRSは、水素であり、他方の2’−位のRSは、本明細書に記載の通り、水素ではない。一部の実施形態では、両方の2’−位のRSが、水素である。一部の実施形態では、一方の2’−位のRSは、水素であり、他方の2’−位は、ヌクレオチド間結合に連結されている。一部の実施形態では、R2Sは、−Fである。一部の実施形態では、R2Sは、−Clである。一部の実施形態では、R2Sは、−Brである。一部の実施形態では、R2Sは、−Iである。一部の実施形態では、R2Sは、−CNである。一部の実施形態では、R2Sは、−N3である。一部の実施形態では、R2Sは、−NOである。一部の実施形態では、R2Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R2Sは、−R’である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R2Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R2Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R2Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R2Sは、−OHである。一部の実施形態では、R2Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R2Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R2Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の2’−位のR2Sは、水素であり、他方の2’−位のR2Sは、本明細書に記載の通り、水素ではない。一部の実施形態では、両方の2’−位のR2Sが、水素である。一部の実施形態では、R2Sは、−O−LS−OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−O−LS−OR’であり、ここで、LSは、任意選択で置換されたC1〜6アルキレンであり、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R2Sは、−O−(任意選択で置換されたC1〜6アルキレン)−OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、−O−(任意選択で置換されたC1〜6アルキレン)−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R2Sは、−OCH2CH2OMeである。
一部の実施形態では、R3Sは、RSであり、ここで、RSは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R3Sは、3’−位にある(BAは、1’−位にある)。一部の実施形態では、R3Sは、−Hである。一部の実施形態では、R3Sは、−Fである。一部の実施形態では、R3Sは、−Clである。一部の実施形態では、R3Sは、−Brである。一部の実施形態では、R3Sは、−Iである。一部の実施形態では、R3Sは、−CNである。一部の実施形態では、R3Sは、−N3である。一部の実施形態では、R3Sは、−NOである。一部の実施形態では、R3Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R3Sは、−R’である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R3Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R3Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R3Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R3Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R3Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R3Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の3’−位のRSは、水素であり、他方の3’−位のRSは、本明細書に記載の通り、水素ではない。一部の実施形態では、両方の3’−位のRSが、水素である。一部の実施形態では、一方の3’−位のRSは、水素であり、他方の3’−位は、ヌクレオチド間結合に連結されている。一部の実施形態では、R3Sは、−Fである。一部の実施形態では、R3Sは、−Clである。一部の実施形態では、R3Sは、−Brである。一部の実施形態では、R3Sは、−Iである。一部の実施形態では、R3Sは、−CNである。一部の実施形態では、R3Sは、−N3である。一部の実施形態では、R3Sは、−NOである。一部の実施形態では、R3Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R3Sは、−R’である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、L−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R3Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R3Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R3Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R3Sは、−OHである。一部の実施形態では、R3Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R3Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R3Sは、水素である。
一部の実施形態では、R4Sは、RSであり、ここで、RSは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R4Sは、4’−位にある(BAは、1’−位にある)。一部の実施形態では、R4Sは、−Hである。一部の実施形態では、R4Sは、−Fである。一部の実施形態では、R4Sは、−Clである。一部の実施形態では、R4Sは、−Brである。一部の実施形態では、R4Sは、−Iである。一部の実施形態では、R4Sは、−CNである。一部の実施形態では、R4Sは、−N3である。一部の実施形態では、R4Sは、−NOである。一部の実施形態では、R4Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R4Sは、−R’である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R4Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R4Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R4Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R4Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R4Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R4Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の4’−位のRSは、水素であり、他方の4’−位のRSは、本明細書に記載の通り、水素ではない。一部の実施形態では、両方の4’−位のRSが、水素である。一部の実施形態では、一方の4’−位のRSは、水素であり、他方の4’−位は、ヌクレオチド間結合に連結されている。一部の実施形態では、R4Sは、−Fである。一部の実施形態では、R4Sは、−Clである。一部の実施形態では、R4Sは、−Brである。一部の実施形態では、R4Sは、−Iである。一部の実施形態では、R4Sは、−CNである。一部の実施形態では、R4Sは、−N3である。一部の実施形態では、R4Sは、−NOである。一部の実施形態では、R4Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R4Sは、−R’である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、L−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R4Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R4Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R4Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R4Sは、−OHである。一部の実施形態では、R4Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R4Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R4Sは、水素である。
一部の実施形態では、R5Sは、RSであり、ここで、RSは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R5Sは、R’であり、ここで、R’は、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R5Sは、−Hである。一部の実施形態では、2つ以上のR5Sは、同じ炭素原子に連結されており、少なくとも1つは、−Hではない。一部の実施形態では、R5Sは、−Hではない。一部の実施形態では、R5Sは、−Fである。一部の実施形態では、R5Sは、−Clである。一部の実施形態では、R5Sは、−Brである。一部の実施形態では、R5Sは、−Iである。一部の実施形態では、R5Sは、−CNである。一部の実施形態では、R5Sは、−N3である。一部の実施形態では、R5Sは、−NOである。一部の実施形態では、R5Sは、−NO2である。一部の実施形態では、R5Sは、−L−R’である。一部の実施形態では、R5Sは、−R’である。一部の実施形態では、R5Sは、−L−OR’である。一部の実施形態では、R5Sは、−OR’である。一部の実施形態では、R5Sは、−L−SR’である。一部の実施形態では、R5Sは、−SR’である。一部の実施形態では、R5Sは、L−L−N(R’)2である。一部の実施形態では、R5Sは、−N(R’)2である。一部の実施形態では、R5Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R5Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R5Sは、−OHである。一部の実施形態では、R5Sは、−OMeである。一部の実施形態では、R5Sは、−MOEである。一部の実施形態では、R5Sは、水素である。
一部の実施形態では、R5Sは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族、例えばR又は他の変数について記載されるC1〜6脂肪族実施形態である。一部の実施形態では、R5Sは、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、R5Sは、メチルである。一部の実施形態では、R5Sは、エチルである。
一部の実施形態では、R5Sは、オリゴヌクレオチド合成に好適な保護ヒドロキシル基である。一部の実施形態では、R5Sは、−OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、R5Sは、DMTrO−である。本開示に従い使用される保護基の例は、広く知られている。更に別の例については、Greene,T.W.;Wuts,P.G.M.Protective Groups in Organic Synthesis,2nd ed.;Wiley:New York,1991並びに国際公開第2011/005761号パンフレット、国際公開第2013/012758号パンフレット、国際公開第2014/012081号パンフレット、国際公開第2015/107425号パンフレット、国際公開第2010/064146号パンフレット、国際公開第2014/010250号パンフレット、国際公開第2011/108682号パンフレット、国際公開第2012/039448号パンフレット及び国際公開第2012/073857号パンフレット(それらの各々の保護基は、参照により本明細書に援用される)を参照されたい。
一部の実施形態では、R1S、R2S、R3S、R4S及びR5Sの2つ以上は、Rであり、これらは、介在原子と一緒になって、本開示に記載されるような環を形成することができる。一部の実施形態では、R2SとR4Sは、一緒になって環を形成するRであり、また、糖部分は、二環式糖部分、例えばLNA糖部分であり得る。
一部の実施形態では、LSは、−C(R5S)2−であり、ここで、各R5Sは、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R5Sの一方は、Hであり、他方はHではない。一部の実施形態では、R5SはどれもHではない。一部の実施形態では、LSは、−CHR5S−であり、ここで、各R5Sは、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、−C(R5S)2−は、糖部分の5’−Cであり、これは、任意選択で置換される。一部の実施形態では、−C(R5S)2−のCは、R配座のものである。一部の実施形態では、−C(R5S)2−のCは、S配座のものである。本開示に記載される通り、一部の実施形態では、R5Sは、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族であり;一部の実施形態では、R5Sは、メチルである。
一部の実施形態では、提供される化合物は、1つ若しくは複数の二価又は多価の、任意選択で置換された環、例えば環A、CyL、一緒になった2つ以上のR基(R及びRであり得る変数(の組み合わせ))により形成されるものを含む。一部の実施形態では、環は、脂環式、アリール、ヘテロアリール又は二価若しくは多価を除くRについて記載したヘテロシクリル基である。当業者には理解されるように、他の変数の要件、例えばヘテロ原子、原子価などの数が満たされれば、1つの変数、例えば環Aについて記載される環部分は、他の変数、例えばCyLにも適用可能であり得る。環の例を本開示に詳細に記載する。
一部の実施形態では、例えば、環A、Rなどにおける環は、任意選択で置換されており、これは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜20員単環、二環若しくは多環である。
一部の実施形態では、環は、その範囲内の任意のサイズ、例えば3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19若しくは20員であり得る。
一部の実施形態では、環は、単環式である。一部の実施形態では、環は、飽和単環式である。一部の実施形態では、環は、単環式且つ部分不飽和である。一部の実施形態では、環は、単環式且つ芳香族である。
一部の実施形態では、環は、二環式である。一部の実施形態では、環は、多環式である。一部の実施形態では、二環又は多環は、2つ以上の単環部分を含み、それらの各々は、飽和、部分不飽和又は芳香族であり得、それらの各々は、ヘテロ原子を全く含まないか又は1〜10個のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、二環又は多環は、飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、ヘテロ原子を含有しない飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、1つ若しくは複数のヘテロ原子を含有する飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、部分飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、ヘテロ原子を含有しない部分飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、1つ若しくは複数のヘテロ原子を含有する部分飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、芳香族単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、ヘテロ原子を含有しない芳香族単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、1つ若しくは複数のヘテロ原子を含有する芳香族単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、飽和環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、1つ若しくは複数のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、二環は、飽和環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、二環は、芳香環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、飽和環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、芳香環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、芳香環と飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、芳香環、飽和環及び部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個の窒素原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個の酸素原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個の硫黄原子を含む。
本開示により当業者には理解されるように、環は、典型的に、任意選択で置換されている。一部の実施形態では、環は、非置換である。一部の実施形態では、環は、置換されている。一部の実施形態では、環は、その炭素原子の1つ又は複数が置換されている。一部の実施形態では、環は、そのヘテロ原子の1つ又は複数が置換されている。一部の実施形態では、環は、その炭素原子の1つ又は複数及びそのヘテロ原子の1つ又は複数が置換されている。一部の実施形態では、2つ以上の置換基を同じ環原子に配置することができる。一部の実施形態では、全ての利用可能な原子が置換される。一部の実施形態では、利用可能な環原子の全てが置換されているわけではない。一部の実施形態では、環が他の構造(例えば、
の環A)に連結していることが示される、提供される構造において、「任意選択で置換された」とは、既に連結された構造の他に、存在する場合、残っている置換可能な環位置が、任意選択で置換されていることを意味する。
一部の実施形態では、環は、二価又は多価C3〜30脂環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価C3〜20脂環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価C3〜10脂環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価3〜30員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価3〜7員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価3員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価4員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価5員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価6員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価7員飽和若しくは部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロヘキシル環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロペンチル環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロブチル環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロプロピル環である。
一部の実施形態では、環は、二価又は多価C6〜30アリール環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価フェニル環である。
一部の実施形態では、環は、二価又は多価8〜10員二環式飽和、部分不飽和若しくはアリール環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価8〜10員二環式飽和環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価8〜10員二環式部分不飽和環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価8〜10員二環式アリール環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価ナフチル環である。
一部の実施形態では、環は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜30員ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜6員単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、硫黄及び酸素から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜6員単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5員単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6員単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価8〜10員二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6,6−融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、二価又は多価3〜30員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価3〜7員飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜7員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5〜6員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価7員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、二価又は多価3員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価4員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価7員複素環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価7〜10員二環式飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価8〜10員二環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6,6−融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、典型的に、任意選択で置換されており、これは、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和5〜7員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和5員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和6員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和7員環である。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、二環式、飽和、部分不飽和若しくはアリール5〜30員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、二環式、飽和、部分不飽和若しくはアリール5〜30員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和8〜10員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和8員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和9員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和10員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、二環式であり、且つ5員環に融合した5員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、二環式であり、且つ6員環に融合した5員環を含む。一部の実施形態では、5員環は、1つ又は複数の介在窒素、リン及び酸素原子を環原子として含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、
の骨格構造を有する環系を含む。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、多環式、飽和、部分不飽和若しくはアリール3〜30員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子を有する、多環式、飽和、部分不飽和若しくはアリール3〜30員環である。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む5〜10員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む5〜9員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む5〜8員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む5〜7員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む5〜6員単環を含む。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む5員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む6員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む7員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む8員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む9員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/若しくは酸素原子を含む10員単環を含む。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される5員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される6員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される7員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される8員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される9員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環若しくは多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される10員環を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の環は、非置換である。一部の実施形態では、本明細書に記載の環は、置換されている。一部の実施形態では、置換基は、本開示に提供される化合物の例に記載されるものから選択される。
本明細書に記載される通り、各LPは、独立に、本開示に記載される通りのインターヌクレオチド結合、例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートジエステル結合、修飾インターヌクレオチド結合、キラルなインターヌクレオチド結合、非負電荷インターヌクレオチド結合等である。一部の実施形態において、各LPは、独立に、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態において、1つ以上のLPは、独立に、式I、I−a−1、I−a−2、I−b、I−c、I−d、I−e、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つのLPは、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、少なくとも1つのLPは中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、1つ以上のLPは、独立に、式I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態を有する。
一部の実施形態において、L3Eは−Ls−又は−Ls−Ls−である。一部の実施形態において、L3Eは−Ls−である。一部の実施形態において、L3Eは−Ls−Ls−である。一部の実施形態において、L3Eは共有結合である。一部の実施形態において、L3Eは、オリゴヌクレオチド合成で使用されるリンカーである。一部の実施形態において、L3Eは、固相オリゴヌクレオチド合成で使用されるリンカーである。各種のリンカーが公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、リンカーはコハク酸リンカー(−O−C(O)−CH2−CH2−C(O)−)である。一部の実施形態において、リンカーはオキサリルリンカー(−O−C(O)−C(O)−)である。一部の実施形態において、L3Eはスクシニル−ピペリジンリンカー(SP)リンカーである。一部の実施形態において、L3Eはスクシニルリンカーである。一部の実施形態において、L3EはQ−リンカーである。
一部の実施形態において、R3Eは−R’、−Ls−R’、−OR’又は固体支持体である。一部の実施形態において、R3Eは−R’である。一部の実施形態において、R3Eは−Ls−R’である。一部の実施形態において、R3Eは−OR’である。一部の実施形態において、R3Eはオリゴヌクレオチド合成用の支持体である。一部の実施形態において、R3Eは固体支持体である。一部の実施形態において、固体支持体はCPG支持体である。一部の実施形態において、固体支持体はポリスチレン支持体である。一部の実施形態において、R3Eは−Hである。一部の実施形態において、−L3−R3Eは−Hである。一部の実施形態において、R3Eは−OHである。一部の実施形態において、−L3−R3Eは−OHである。一部の実施形態において、R3Eは、任意選択で置換されているC1〜6脂肪族である。一部の実施形態において、R3Eは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、R3Eは−OR’である。一部の実施形態において、R3Eは−OHである。一部の実施形態において、R3Eは−OR’であり、式中、R’は水素でない。一部の実施形態において、R3Eは−OR’であり、式中、R’は、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、R3Eは3’−末端キャップ(例えば、RNAi技術で使用されるもの)である。
一部の実施形態において、R3Eは固体支持体である。一部の実施形態において、R3Eはオリゴヌクレオチド合成用の固体支持体である。各種の固体支持体が公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、固体支持体はHCPである。一部の実施形態において、固体支持体はCPGである。
一部の実施形態では、R’は、−R、−C(O)R、−C(O)OR若しくは−S(O2)Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R’は、−C(O)ORであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R’は、−S(O2)Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通りである。一部の実施形態では、R’は、水素である。一部の実施形態では、R’は、水素ではない。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC1〜20脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC1〜20ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC6〜20アリールである。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC6〜20アリール脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換されたC6〜20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換された5〜20員ヘテロアリールである。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載される通り、任意選択で置換された3〜20員ヘテロシクリルである。一部の実施形態では、2つ以上のR’は、Rであり、任意選択で且つ独立に、一緒になって、本開示に記載される通り、任意選択で置換された環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜20脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜20ヘテロ脂肪族と、C6〜20アリールと、C6〜20アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜20アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成し、
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成し、
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜20脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜20ヘテロ脂肪族と、C6〜20アリールと、C6〜20アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜20アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、Rは、C1〜30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員ヘテロアリール環並びに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換された基である。
一部の実施形態では、Rは、水素又はC1〜20脂肪族、フェニル、3〜7員飽和若しくは部分不飽和炭素環、8〜10員二環式飽和、部分不飽和若しくはアリール環、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員単環式ヘテロアリール環、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する4〜7員飽和若しくは部分不飽和複素環、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する7〜10員二環式飽和若しくは部分不飽和複素環又は窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する8〜10員二環式ヘテロアリール環から選択される、任意選択で置換された基である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜30脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜20脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜15脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜10脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC1〜6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたヘキシル、ペンチル、ブチル、プロピル、エチル又はメチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたエチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたメチルである。一部の実施形態では、Rは、ヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、ペンチルである。一部の実施形態では、Rは、ブチルである。一部の実施形態では、Rは、プロピルである。一部の実施形態では、Rは、エチルである。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、イソプロピルである。一部の実施形態では、Rは、n−プロピルである。一部の実施形態では、Rは、tert−ブチルである。一部の実施形態では、Rは、sec−ブチルである。一部の実施形態では、Rは、n−ブチルである。一部の実施形態では、Rは、−(CH2)2CNである。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC3〜30脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC3〜20脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC3〜10脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、シクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、シクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、シクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは、シクロプロピルである。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された3〜30員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された3〜7員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された3員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された4員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された5員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された6員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された7員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは、シクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、シクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、シクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、シクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは、シクロプロピルである。
一部の実施形態において、Rが環構造、例えば脂環族、シクロヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール等であるか又はそれを含むとき、環構造は単環、二環又は多環であり得る。一部の実施形態において、Rは単環構造であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは二環構造であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは多環構造であるか又はそれを含む。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されたC1〜30ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、Rは、1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されたC1〜20ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素(任意選択で、窒素、硫黄、リン又はセレニウムの1つ若しくは複数の酸化形態を含む)から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されたC1〜20ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、Rは、
から独立に選択される1〜10の基を含む、任意選択で置換されたC1〜30ヘテロ脂肪族基である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC6〜30アリールである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたフェニルである。一部の実施形態では、Rは、フェニルである。一部の実施形態では、Rは、置換フェニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された8〜10員の二環式飽和若しくは部分不飽和又はアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された8〜10員の二環式飽和環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された8〜10員の二環式部分不飽和環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された8〜10員の二環式アリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたナフチルである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜30員ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、置換された5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、置換されていない5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄及び酸素から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換された5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄及び酸素から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換されていない5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたピロリル、フラニル又はチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1個の窒素原子と、硫黄又は酸素から選択される別の1個のヘテロ原子とを有する、任意選択で置換された5員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されたピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル又はイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されたトリアゾリル、オキサジアゾリル又はチアジアゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されたテトラゾリル、オキサトリアゾリル及びチアトリアゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1〜4個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、4個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、3個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1個の窒素原子を有する、任意選択で置換された6員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されたピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル又はテトラジニルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンズイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインダゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾフラニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾ[b]チエニルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンズイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインダゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたオキサゾロピリジイル、チアゾロピリジニル又はイミダゾピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたプリニル、オキサゾロピリミジニル、チアゾロピリミジニル、オキサゾロピラジニル、チアゾロピラジニル、イミダゾピラジニル、オキサゾロピリダジニル、チアゾロピリダジニル又はイミダゾピリダジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された1,4−ジヒドロピロロ[3,2−b]ピロリル、4H−フロ[3,2−b]ピロリル、4H−チエノ[3,2−b]フラニル、フロ[3,2−b]フラニル、チエノ[3,2−b]フラニル、チエノ[3,2−b]チエニル、1H−ピロロ[1,2−a]イミダゾリル、ピロロ[2,1−b]オキサゾリル又はピロロ[2,1−b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたジヒドロピロロイミダゾリル、1H−フロイミダゾリル、1H−チエノイミダゾリル、フロオキサゾリル、フロイソキサゾリル、4H−ピロロオキサゾリル、4H−ピロロイソキサゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイソキサゾリル、4H−ピロロチアゾリル、フロチアゾリル、チエノチアゾリル、1H−イミダゾイミダゾリル、イミダゾオキサゾリル又はイミダゾ[5,1−b]チアゾリルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたキナゾリン又はキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜30員複素環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜30員複素環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、3〜30員複素環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、3〜30員複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された3〜7員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換された3〜7員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換されていない3〜7員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜7員の部分不飽和単環である。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜6員の部分不飽和単環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員の部分不飽和単環である。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6員の部分不飽和単環である。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された7員の部分不飽和単環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された3員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された7員複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された3員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された7員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は硫黄である。一部の実施形態において、Rは、2個の酸素原子を有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、2個の窒素原子を有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は硫黄である。一部の実施形態において、Rは、2個の酸素原子を有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、2個の窒素原子を有する任意選択で置換されている4員環部分不飽和ヘテロ環式環である。
一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は硫黄である。一部の実施形態において、Rは、2個の酸素原子を有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、2個の窒素原子を有する任意選択で置換されている5員環部分不飽和ヘテロ環式環である。
一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている6員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、ヘテロ原子を1個のみ有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環であり、ここで、ヘテロ原子は硫黄である。一部の実施形態において、Rは、2個の酸素原子を有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、2個の窒素原子を有する任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環である。
いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和若しくは部分不飽和複素環である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択で置換されたオキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパネイル、アジリジネイル、アゼチジネイル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキセゼパノニル、ジオキサラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル又はテトラヒドロチオピラニルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5〜6員の部分不飽和単環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたテトラヒドロピリジニル、ジヒドロチアゾリル、ジヒドロオキサゾリル又はオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された7〜10員の二環式飽和若しくは部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された1,2,3,4−テトラヒドロキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換された1,4−ジヒドロピロロ[3,2−b]ピロリル、4H−フロ[3,2−b]ピロリル、4H−チエノ[3,2−b]ピロリル、フロ[3,2−b]フラニル、チエノ[3,2−b]フラニル、チエノ[3,2−b]チエニル、1H−ピロロ[1,2−a]イミダゾリル、ピロロ[2,1−b]オキサゾリル又はピロロ[2,1−b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたジヒドロピロロイミダゾリル、1H−フロイミダゾリル、1H−チエノイミダゾリル、フロオキサゾリル、フロイソキサゾリル、4H−ピロロオキサゾリル、4H−ピロロイソキサゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイソキサゾリル、4H−ピロロチアゾリル、フロチアゾリル、チエノチアゾリル、1H−イミダゾイミダゾリル、イミダゾオキサゾリル又はイミダゾ[5,1−b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾフラニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾ[b]チエニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンズイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたインダゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたオキサゾロピリジイル、チアゾロピリジニル又はイミダゾピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたプリニル、オキサゾロピリミジニル、チアゾロピリミジニル、オキサゾロピラジニル、チアゾロピラジニル、イミダゾピラジニル、オキサゾロピリダジニル、チアゾロピリダジニル又はイミダゾピリダジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された5,6−融合ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたキナゾリニル、フタラジニル、キノキサリニル又はナフチリジニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたピリドピリミジニル、ピリドピリダジニル、ピリドピラジニル又はベンゾトリアジニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたピリドトリアジニル、プテリジニル、ピラジノピラジニル、ピラジノピリダジニル、ピリダジノピリダジニル、ピリミドピリダジニル又はピリミドピリミジニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換された6,6−融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC6〜30アリール脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC6〜20アリール脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されたC6〜10アリール脂肪族である。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、6、10又は14個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、6個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、10個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、14個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール部分は、任意選択で置換されたフェニルである。
一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC6〜30アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC6〜30アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC6〜20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC6〜20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC6〜10アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1〜5個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されているC6〜10アリールヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態では、2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって、共有結合を形成する。一部の実施形態では、−C=Oが形成される。一部の実施形態では、−C=C−が形成される。一部の実施形態では、−C≡C−が形成される。
一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜5つのヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜10員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜3つのヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜6員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜3つのヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜5員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜10員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜5個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜10員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜3個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜6員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜3個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜5員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態では、R基又は2つ以上のR基が一緒になって形成される構造中のヘテロ原子は、酸素、窒素及び硫黄から選択される。一部の実施形態では、形成される環は、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20員である。一部の実施形態では、形成される環は、飽和である。一部の実施形態では、形成される環は、部分飽和である。一部の実施形態では、形成される環は、芳香族である。一部の実施形態では、形成される環は、飽和、部分飽和又は芳香環部分を含む。一部の実施形態では、形成される環は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の芳香環原子を含む。一部の実施形態では、形成される環は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の芳香環原子のみを含む。一部の実施形態では、芳香環原子は、炭素、窒素、酸素及び硫黄から選択される。
一部の実施形態では、2つ以上のR基(又はR及びRであり得る変数から選択される2つ以上の基)が一緒になって形成される環は、C3〜30脂環、C6〜30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、5〜30員ヘテロアリール又は酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する、3〜30員ヘテロシクリル、二価若しくは多価を除くRについて記載される環である。
一部の実施形態では、PLは、P(=W)である。一部の実施形態では、PLは、Pである。一部の実施形態では、PLは、P→B(R’)3である。一部の実施形態では、PLのPは、キラルである。一部の実施形態では、PLのPは、Rpである。一部の実施形態では、PLのPは、Spである。一部の実施形態では、式Iの結合は、リン酸結合又はその塩形態である。一部の実施形態では、式Iの結合は、ホスホロチオエート結合又はその塩形態である。一部の実施形態では、PLは、P*(=W)であり、式中、P*は、キラル結合リンである。一部の実施形態では、PLは、P*(=O)であり、式中、P*は、キラル結合リンである。
一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、WはSeである。
一部の実施形態において、Xは−O−である。一部の実施形態において、Xは−S−である。一部の実施形態において、Yは−O−である。一部の実施形態において、Zは−O−である。一部の実施形態において、Wは−O−であり、Yは−O−であり、Zは−O−であり、及びXは−O−又は−S−である。一部の実施形態において、Wは−S−であり、Yは−O−であり、Zは−O−であり、及びXは−O−である。
一部の実施形態において、R1は、本開示に記載される通りのRである。一部の実施形態において、R1は−Hである。
一部の実施形態において、R5は、本開示に記載される通りのRである。一部の実施形態において、R5は−Hである。一部の実施形態において、−X−Ls−R5は、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、国際公開第2017015555号パンフレット、国際公開第2017015575号パンフレット、国際公開第2017062862号パンフレット又は国際公開第2017160741号パンフレット(これらの各々のキラル補助剤は参照により本明細書に援用される)に記載されるものなど、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド合成において使用される通りの、キラル補助剤の任意選択で置換されている部分を含むか又はそれである(例えば、H−X−Ls−R5は、任意選択で置換されている(例えばキャッピングされている)キラル補助剤である)。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、式O−Iの構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、式O−Iのオリゴヌクレオチドは、本開示に記載される通り、化学修飾(例えば、糖修飾、塩基修飾、修飾インターヌクレオチド結合等、及びそのパターン)、立体化学(例えば、キラルな結合リン等の立体化学及びそのパターン)、塩基配列等を含む。一部の実施形態において、式O−Iの提供されるキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、表1A、表4等の中から選択されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの多量体を提供する。一部の実施形態では、少なくとも1つのモノマーは、SMN2オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、多量体は、同じオリゴヌクレオチドの多量体である。一部の実施形態では、多量体は、構造的に異なるオリゴヌクレオチドの多量体である。一部の実施形態では、多量体の各オリゴヌクレオチドは、それ自身の経路、例えばRNA干渉(RNAi)、RNアーゼH依存性などを介して、独立に、その機能を果たす。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、SMN2オリゴヌクレオチド組成物等は、オリゴマー又はポリマー形態で存在し、ここで、1つ以上のオリゴヌクレオチド部分は、オリゴヌクレオチド部分の核酸塩基、糖及び/又はヌクレオチド間結合を通じてリンカー、例えばL、LM等によって一緒につなぎ合わされている。例えば、一部の実施形態において、提供されるマルチマー化合物は(Ac)a−LM−(Ac)bの構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
の構造又はその塩を有し、式中、
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
の構造又はその塩を有し、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acがオリゴヌクレオチドであり);
aは1〜1000であり;
bは1〜1000であり;
LMは多価リンカーであり;及び
各RDは、独立に、化学的部分である。
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
の構造又はその塩を有し、式中、
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
の構造又はその塩を有し、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acがオリゴヌクレオチドであり);
aは1〜1000であり;
bは1〜1000であり;
LMは多価リンカーであり;及び
各RDは、独立に、化学的部分である。
一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
の構造又はその塩を有し、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acがオリゴヌクレオチドであり);
aは1〜1000であり;
bは1〜1000であり;
各RDは、独立に、RLD、RCD又はRTDであり;
RCDは、C1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
RLDは、C1〜100脂肪族基から選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
RTDは、ターゲティング部分であり;
各LMは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される二価若しくは多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;及び
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
の構造又はその塩を有し、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acがオリゴヌクレオチドであり);
aは1〜1000であり;
bは1〜1000であり;
各RDは、独立に、RLD、RCD又はRTDであり;
RCDは、C1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
RLDは、C1〜100脂肪族基から選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
RTDは、ターゲティング部分であり;
各LMは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜100脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基とから選択される二価若しくは多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環と、C6〜20アリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環とから選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;及び
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族と、C6〜30アリールと、C6〜30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルとから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD又は(Ac)a−LM−(RD)bは、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチド(任意選択でキラル制御されている)と、1つ以上の化学的部分、例えばターゲティング部分、炭水化物部分、脂質部分等又は本明細書に記載されるか若しくは当技術分野で公知の任意の他のリガンドとのコンジュゲートである。
一部の実施形態において、(RD)b−LM−は、本開示に記載される通りの(RD)b−LM1−LM2である。
一部の実施形態において、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acは、本開示に記載される通りのオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acは、式O−Iのものである。
一部の実施形態において、RDは、本開示に記載される通りの追加の化学的部分である。一部の実施形態において、RDは、本開示に記載される通りのターゲティング部分である。一部の実施形態において、RDはRTDであり、これは本開示に記載される通りのターゲティング部分(例えば、ターゲティング部分としてのRDについての実施形態として記載されるターゲティング部分)である。一部の実施形態において、一部の実施形態において、RDはRCDであり、式中、RCDは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、RCDは1つ以上の炭水化物部分を含む。一部の実施形態において、RDはRLDである。一部の実施形態において、RLDは、本開示に記載される通りの脂質部分である。
一部の実施形態において、aは1〜100である。一部の実施形態において、aは1〜50である。一部の実施形態において、aは1〜40である。一部の実施形態において、aは1〜30である。一部の実施形態において、aは1〜20である。一部の実施形態において、aは1〜15である。一部の実施形態において、aは1〜10である。一部の実施形態において、aは1〜9である。一部の実施形態において、aは1〜8である。一部の実施形態において、aは1〜7である。一部の実施形態において、aは1〜6である。一部の実施形態において、aは1〜5である。一部の実施形態において、aは1〜4である。一部の実施形態において、aは1〜3である。一部の実施形態において、aは1〜2である。一部の実施形態において、aは1である。一部の実施形態において、aは2である。一部の実施形態において、aは3である。一部の実施形態において、aは4である。一部の実施形態において、aは5である。一部の実施形態において、aは6である。一部の実施形態において、aは7である。一部の実施形態において、aは8である。一部の実施形態において、aは9である。一部の実施形態において、aは10である。一部の実施形態において、aは10より大きい。
一部の実施形態において、bは1〜100である。一部の実施形態において、bは1〜50である。一部の実施形態において、bは1〜40である。一部の実施形態において、bは1〜30である。一部の実施形態において、bは1〜20である。一部の実施形態において、bは1〜15である。一部の実施形態において、bは1〜10である。一部の実施形態において、bは1〜9である。一部の実施形態において、bは1〜8である。一部の実施形態において、bは1〜7である。一部の実施形態において、bは1〜6である。一部の実施形態において、bは1〜5である。一部の実施形態において、bは1〜4である。一部の実施形態において、bは1〜3である。一部の実施形態において、bは1〜2である。一部の実施形態において、bは1である。一部の実施形態において、bは2である。一部の実施形態において、bは3である。一部の実施形態において、bは4である。一部の実施形態において、bは5である。一部の実施形態において、bは6である。一部の実施形態において、bは7である。一部の実施形態において、bは8である。一部の実施形態において、bは9である。一部の実施形態において、bは10である。一部の実施形態において、bは1である。一部の実施形態において、bは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20又はそれを超える。
一部の実施形態において、zは1〜1000である。一部の実施形態において、z+1は、本開示に記載される通りのオリゴヌクレオチド長さである。一部の実施形態において、zは4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18又は19以上である。一部の実施形態において、zは4、5、6、7、8、9、10、11、12、13又は14以上である。一部の実施形態において、zは50、60、70、80、90、100、150又は200以下である。一部の実施形態において、zは5〜50、10〜50、14〜50、14〜45、14〜40、14〜35、14〜30、14〜25、14〜100、14〜150、14〜200、14〜250、14〜300、15〜50、15〜45、15〜40、15〜35、15〜30、15〜25、15〜100、15〜150、15〜200、15〜250、15〜300、16〜50、16〜45、16〜40、16〜35、16〜30、16〜25、16〜100、16〜150、16〜200、16〜250、16〜300、17〜50、17〜45、17〜40、17〜35、17〜30、17〜25、17〜100、17〜150、17〜200、17〜250、17〜300、18〜50、18〜45、18〜40、18〜35、18〜30、18〜25、18〜100、18〜150、18〜200、18〜250、18〜300、19〜50、19〜45、19〜40、19〜35、19〜30、19〜25、19〜100、19〜150、19〜200、19〜250又は19〜300である。一部の実施形態において、zは10である。一部の実施形態において、zは11である。一部の実施形態において、zは12である。一部の実施形態において、zは13である。一部の実施形態において、zは14である。一部の実施形態において、zは15である。一部の実施形態において、zは16である。一部の実施形態において、zは17である。一部の実施形態において、zは18である。一部の実施形態において、zは19である。一部の実施形態において、zは20である。一部の実施形態において、zは21である。一部の実施形態において、zは22である。一部の実施形態において、zは23である。一部の実施形態において、zは24である。一部の実施形態において、zは25である。一部の実施形態において、zは26である。一部の実施形態において、zは27である。一部の実施形態において、zは28である。一部の実施形態において、zは29である。一部の実施形態において、zは30である。一部の実施形態において、zは31である。一部の実施形態において、zは32である。一部の実施形態において、zは33である。一部の実施形態において、zは34である。
一部の実施形態において、LMは、本開示に記載される通りの−LM1−LM2−LM3−である。一部の実施形態において、LMは、本開示に記載される通りのLM1である。一部の実施形態において、LMは、本開示に記載される通りのLM2である。一部の実施形態において、LMは、本開示に記載される通りのLM3である。一部の実施形態において、LMは、本開示に記載される通りのLである。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLMは、提供されるオリゴヌクレオチドの糖単位に直接結合される。一部の実施形態において、LMは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込む。一部の実施形態において、LMは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を取り込む。一部の実施形態において、LMは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を取り込む。一部の実施形態において、LMは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を取り込む。一部の実施形態において、LMはオリゴヌクレオチド鎖の5’−OHを用いて直接結合される。一部の実施形態において、LMはオリゴヌクレオチド鎖の3’−OHを用いて直接結合される。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLMは、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合単位に直接結合される。一部の実施形態において、LMはヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込む。一部の実施形態において、LMはヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を取り込む。一部の実施形態において、LMはヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を取り込む。一部の実施形態において、LMはヌクレオチド間結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を取り込む。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLMは、提供されるオリゴヌクレオチドの核酸塩基単位に直接結合する。一部の実施形態において、LMは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込む。一部の実施形態において、LMは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を取り込む。一部の実施形態において、LMは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を取り込む。一部の実施形態において、LMは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を取り込む。
一部の実施形態において、LMは二価である。一部の実施形態において、LMは多価である。一部の実施形態において、LMは
であり、式中、LMは、例えば、
にある通り、核酸塩基に直接結合する。一部の実施形態において、LMは
である。一部の実施形態において、LMは
である。一部の実施形態において、LMは
である。一部の実施形態において、LMは
である。
一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24又はC25〜C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70又はC80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20〜80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20〜70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20〜60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20〜50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20〜40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10〜30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20〜30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24又はC25〜C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70又はC80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20〜80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20〜70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20〜60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20〜50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20〜40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10〜30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20〜30脂肪族である。
一部の実施形態において、RLDは水素でない。一部の実施形態において、RLDは脂質部分である。一部の実施形態において、RLDはターゲティング部分である。一部の実施形態において、RLDは、炭水化物部分を含むターゲティング部分である。一部の実施形態において、RLDはGalNAc部分である。
一部の実施形態において、RTDはRLDであり、式中、RLDは、独立に、本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、RTDはRCDであり、式中、RCDは、独立に、本開示に記載される通りである。
一部の実施形態において、RCDは、C1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられる。一部の実施形態において、RCDは、C1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、独立に、単糖、二糖又は多糖部分に置き換えられる。一部の実施形態において、RCDは、C1〜30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、独立に、GalNac部分に置き換えられる。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチド(任意選択でキラル制御されている)の塩及びその医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、塩は、薬学的に許容される塩である。一部の実施形態では、塩基に供与され得る(例えば、水溶液、医薬組成物などの条件下で)各水素イオンは、非H+カチオンにより置換される。例えば、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの薬学的に許容される塩は、全金属(all−metal)イオン塩であり、ここで、各ヌクレオチド間結合(例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートジエステル結合など)の各水素イオン(例えば、−OH、−SHなどの)は、金属イオンにより置換される。一部の実施形態では、提供される塩は、全ナトリウム塩である。一部の実施形態では、提供される薬学的に許容される塩は、全ナトリウム塩である。一部の実施形態では、提供される塩は、全ナトリウム塩であり、ここで、天然リン酸結合(酸形態−O−P(O)(OH)−O−)である各ヌクレオチド間結合は、存在する場合、そのナトリウム塩形態(−O−P(O)(ONa)−O−)として存在し、ホスホロチオエートジエステル結合(酸形態−O−P(O)(SH)−O−)である各ヌクレオチド間結合は、存在する場合、そのナトリウム塩形態(−O−P(O)(SNa)−O−)として存在する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のあるパーセンテージ、例えば、1%〜100%、例えば、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%等がキラル制御されており、Sp結合リンを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のあるパーセンテージ、例えば、1%〜100%、例えば、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%等がキラル制御されており、Rp結合リンを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のあるパーセンテージ、例えば、1%〜100%、例えば、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%等がキラル制御されており、Rp結合リンを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のあるパーセンテージ、例えば、1%〜100%、例えば、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%等が天然リン酸結合である。一部の実施形態において、パーセンテージは5%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、10%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、15%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、20%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、25%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、30%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、35%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、40%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、45%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、50%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、55%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、65%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、66%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、67%である。一部の実施形態において、パーセンテージは70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは75%である。一部の実施形態において、パーセンテージは80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、100%である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のある個数、例えば、少なくとも1〜30個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等がキラル制御されており、Rp結合リンを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のある個数、例えば、少なくとも1〜30個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等がキラル制御されており、Sp結合リンを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のある個数、例えば、少なくとも1〜30個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等が天然リン酸結合である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のある個数、例えば、少なくとも1〜30個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等がキラル制御されており、Rp結合リンを有し且つ連続している。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のある個数、例えば、少なくとも1〜30個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等がキラル制御されており、Sp結合リンを有し且つ連続している。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのセグメント(例えば、ブロック、5’−ウィング、コア、3’−ウィング、その一部分等)におけるインターヌクレオチド結合のある個数、例えば、少なくとも1〜30個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等が天然リン酸結合であり、連続している。一部の実施形態において、個数は1である。一部の実施形態において、個数は2である。一部の実施形態において、個数は3である。一部の実施形態において、個数は4である。一部の実施形態において、個数は5である。一部の実施形態において、個数は6である。一部の実施形態において、個数は7である。一部の実施形態において、個数は8である。一部の実施形態において、個数は9である。一部の実施形態において、個数は10である。一部の実施形態において、個数は11である。一部の実施形態において、個数は12である。一部の実施形態において、個数は13である。一部の実施形態において、個数は14である。一部の実施形態において、個数は15である。一部の実施形態において、個数は16である。一部の実施形態において、個数は17である。一部の実施形態において、個数は18である。一部の実施形態において、個数は19である。一部の実施形態において、個数は20である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも1である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも2である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも3である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも4である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも5である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも6である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも7である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも8である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも9である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも10である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも11である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも12である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも13である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも14である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも15である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも16である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも17である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも18である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも19である。一部の実施形態において、個数は、少なくとも20である。
純度
一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供されるオリゴヌクレオチドは、60%〜100%の純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供されるオリゴヌクレオチドは、60%〜100%のジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供されるオリゴヌクレオチドのキラル要素、例えばキラル中心(炭素、リン等)は、60%〜100%のジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、キラル要素、例えばキラル中心(炭素、リン等)は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%のジアステレオマー純度を有する。
一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供されるオリゴヌクレオチドは、60%〜100%の純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供されるオリゴヌクレオチドは、60%〜100%のジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、提供される化合物、例えば提供されるオリゴヌクレオチドのキラル要素、例えばキラル中心(炭素、リン等)は、60%〜100%のジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、キラル要素、例えばキラル中心(炭素、リン等)は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%のジアステレオマー純度を有する。
一部の実施形態において、提供される化合物の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれを超えるキラル要素が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれを超えるキラル炭素中心が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれを超えるキラルリン中心が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。
一部の実施形態において、提供される化合物の全てのキラル要素の少なくとも5%〜100%が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物の全てのキラル要素の少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物の全キラルリン中心の少なくとも5%〜100%が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、提供される化合物の全キラルリン中心の少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%が、それぞれ独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。
一部の実施形態において、各キラル要素が、独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、各キラル中心が、独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、各キラル炭素中心が、独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、各キラルリン中心が、独立に、本明細書に記載される通りのジアステレオマー純度を有する。
当技術分野で公知である多くのものを含め、様々なリンカー、炭水化物部分及びターゲティング部分を本開示に従って使用することができる。一部の実施形態では、炭水化物部分は、ターゲティング部分である。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、炭水化物部分である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル要素、例えばキラル中心の立体選択的形成方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い立体選択性を伴う方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高いジアステレオ選択性を伴う方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高いエナンチオ選択性を伴う方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高いジアステレオ選択性及び高いエナンチオ選択性の両方を伴う方法を提供する。一部の実施形態において、選択性は約60%〜100%である。一部の実施形態において、選択性は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、エナンチオ選択性は、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性及びエナンチオ選択性の両方が少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。
一部の実施形態において、パーセンテージ、例えば純度、ジアステレオマー純度、選択性等のパーセンテージは、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも91%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも92%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも93%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも94%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも96%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも97%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも98%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも99%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも99.5%である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されているオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、一部の実施形態において、提供される組成物は、ランダムでないか又は制御されたレベルの1つ以上の個別のオリゴヌクレオチドタイプを含み、ここで、オリゴヌクレオチドタイプは、1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格P修飾のパターンによって定義される。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプは、1A)塩基同一性;1B)塩基修飾のパターン;1C)糖修飾のパターン;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格P修飾のパターンによって定義され得る。一部の実施形態において、同じオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、組成物は、ランダムでないか又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、この複数のオリゴヌクレオチドは共通の塩基配列を共有し、且つ少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラルなヌクレオチド間結合に同じ立体配置の結合リンを含む(キラル制御されたヌクレオチド間結合)。一部の実施形態において、所定レベルの及び/又は提供される複数のオリゴヌクレオチド、例えば式O−I、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bのオリゴヌクレオチドは、1〜30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは2〜30個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は5〜30個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は10〜30個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は2個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は3個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は4個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は5個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は6個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は7個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は8個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は9個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は10個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は11個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は12個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は13個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は14個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は15個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は16個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は17個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は18個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は19個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する。一部の実施形態において、全てのインターヌクレオチド結合の約1〜100%が、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はユニマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はP修飾ユニマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はステレオユニマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は立体配置Rpのステレオユニマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は立体配置Spのステレオユニマーである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアルトマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はP修飾アルトマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はステレオアルトマーである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はブロックマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はP修飾ブロックマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はステレオブロックマーである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はギャップマーである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はスキップマーである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はヘミマー(hemimer)である。一部の実施形態において、ヘミマーは、5’末端又は3’末端領域にオリゴヌクレオチドの残りの部分が有しない構造特徴を備えた配列があるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、5’末端又は3’末端領域は2〜20個以下のヌクレオチドを含むか又は含有する。一部の実施形態において、構造的特徴は塩基修飾である。一部の実施形態において、構造的特徴は糖修飾である。一部の実施形態において、構造的特徴はP修飾である。一部の実施形態において、構造的特徴はキラルなヌクレオチド間結合の立体化学である。一部の実施形態において、構造的特徴は、塩基修飾、糖修飾、P修飾若しくはキラルなヌクレオチド間結合の立体化学又はそれらの組み合わせであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、ヘミマーは、5’末端領域の各糖部分が共通の修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、ヘミマーは、3’末端領域の各糖部分が共通の修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、5’又は3’末端領域の共通の糖修飾は、オリゴヌクレオチドのいかなる他の糖部分によっても共有されない。一部の実施形態において、例示的ヘミマーは、一方の末端領域に置換又は非置換2’−O−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、β−D−リボヌクレオシド又はβ−D−デオキシリボヌクレオシド(例えば、2’−MOE修飾ヌクレオシド及びLNA又はENA二環式糖修飾ヌクレオシド)の配列を含み、且つ他方の末端領域に異なる糖部分を有するヌクレオシド(置換又は非置換2’−O−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド又は天然のものなど)の配列を含むオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはトリシクロDNA(tc−DNA又はtcDNA)を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの大多数がtc−DNAである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチドがtc−DNAである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマー及びスキップマーの1つ以上の組み合わせである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー及びスキップマーの1つ以上の組み合わせである。例えば、一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアルトマー及びギャップマーの両方である。一部の実施形態において、提供されるヌクレオチドはギャップマー及びスキップマーの両方である。化学及び合成技術分野の当業者は、パターンの組み合わせを他にも多数利用可能であり、本開示の方法における提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の合成に必要な構成要素が市販されているか及び/又は合成上利用可能かによってのみ制限されることを認識するであろう。一部の実施形態において、ヘミマー構造は有利な利益をもたらす。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、5’末端配列に修飾糖部分を含む5’−ヘミマーである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、5’末端配列に修飾2’−糖部分を含む5’−ヘミマーである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているヌクレオシドを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているLNAを含む。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されている核酸塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、天然核酸塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されている修飾核酸塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の5−メチルシチジン;5−ヒドロキシメチルシチジン、5−ホルミルシトシン又は5−カルボキシルシトシンを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の5−メチルシチジンを含む。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば式O−I、Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)bのものの各々は、独立に、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン若しくはウラシルの任意選択で置換されているか又は保護された核酸塩基である。一部の実施形態では、各BAは、独立に、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン若しくはウラシルの任意選択で置換されているか又は保護された核酸塩基である。当業者には理解されるように、当技術分野で広く知られるもの、例えばオリゴヌクレオチドの調製に使用されているもの(例えば、国際公開第2010/064146号パンフレット、同第2011/005761号パンフレット、同第2013/012758号パンフレット、同第2014/010250号パンフレット、米国特許第2013/0178612号明細書、国際公開第2014/012081号パンフレット、同第2015/107425号パンフレット、同第2017/015555号パンフレット及び同第2017/062862号パンフレット(それらの各々の保護核酸基は、参照により本明細書に援用される)を含め、様々な保護核酸塩基を本開示に従って使用することができる。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されている糖を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、天然に存在するDNA及びRNAに見られる1つ以上の任意選択で置換されている糖を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているリボース又はデオキシリボースを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているリボース又はデオキシリボースを含み、ここで、リボース又はデオキシリボース部分の1つ以上のヒドロキシル基は、任意選択で且つ独立に、ハロゲン、R’、−N(R’)2、−OR’又は−SR’によって置き換えられ、式中、各R’は、独立に、本開示に記載される。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、ハロゲン、R’、−N(R’)2、−OR’又は−SR’によって置換され、式中、各R’は、独立に、本開示に記載される。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、ハロゲンによって置換される。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されるデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、1つ以上の−Fによって置換される。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、−OR’によって置換され、式中、各R’は、独立に、本開示に記載される。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、−OR’によって置換され、式中、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1〜C6脂肪族である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、−OR’によって置換され、式中、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1〜C6アルキルである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、−OMeによって置換される。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、−O−メトキシエチルによって置換される。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは一本鎖オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはキメラである。例えば、一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(例えば、本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列を含むか、それからなるか、又はその一部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む)は、DNA−RNAキメラ、DNA−LNAキメラ、DNA、RNA、LNA、2’−修飾糖等の任意の2つ以上を含むキメラである。
一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド組成物(任意選択でキラル制御されている)は、核酸類似体、例えば、GNA、LNA、α−L−LNA、GNA、PNA、TNA、F−HNA(F−THP又は3’−フルオロテトラヒドロピラン)、MNA(マンニトール核酸、例えば、Leumann 2002 Bioorg.Med.Chem.10:841−854)、ANA(アニトール(anitol)核酸)又はモルホリノを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、チオモルホリノ(TMO)、アミノアルコールDNA又は他のアミノアルコールヌクレオチド、又はジボラノホスホネート、又は3’−5’−トリアゾイルホスホネート(triazoylphosphonate)を含む。
一部の実施形態において、1)共通の塩基配列及び長さ、2)共通の塩基修飾のパターン、3)共通の糖修飾のパターン、3)共通の骨格結合のパターン、及び4)共通の骨格キラル中心のパターン、及び5)追加の化学的部分(存在する場合)の共通のパターンによって特徴付けられるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、同じ化学構造を有する。例えば、それらは同じ塩基配列、同じヌクレオシド修飾のパターン、同じ骨格結合のパターン(即ち、インターヌクレオチド結合タイプ、例えばリン酸、ホスホロチオエート等のパターン)、同じ骨格キラル中心のパターン(即ち結合リン立体化学(Rp/Sp)のパターン)及び同じ骨格リン修飾のパターンを有する。
一部の実施形態において、例えば1uMより低い濃度で、適切なスプライシング系において(例えば、図中の濃度及び/又はスプライシング系)、適切な参照組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数のオリゴヌクレオチドと同じ組成のオリゴヌクレオチドのキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較して、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物により、エクソン、例えばSMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソンを取り込んでいるmRNA、例えばエクソン7含有SMN2 mRNA又はそのコードされる産物(例えば、完全長SMNタンパク質)のレベルが少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%又は80%増加する。一部の実施形態において、例えば1uMより低い濃度で、適切なスプライシング系において(例えば、図中の濃度及び/又はスプライシング系)、適切な参照組成物、例えば、追加の化学的部分を含有しないが他の点では同一であるオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物と比較して、追加の化学的部分(例えば、ASGRへの結合能を有するもの)を含むオリゴヌクレオチドの提供されるオリゴヌクレオチド組成物により、エクソン、例えばSMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソンを取り込んでいるmRNA、例えばエクソン7含有SMN2 mRNA又はそのコードされる産物(例えば、完全長SMNタンパク質)のレベルが少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%又は80%増加する。一部の実施形態において、参照組成物はヌシネルセン組成物である。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7含有SMN2 mRNA若しくはその遺伝子産物のレベルは、インビトロで1つ又は複数の細胞においてオリゴヌクレオチドの投与によって少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%又は80%増加する。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7含有SMN2 mRNA若しくはその遺伝子産物のレベルは、インビトロで1つ又は複数の細胞において10μM以下の濃度のオリゴヌクレオチドの投与によって少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%又は80%増加する。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7含有SMN2 mRNA若しくはその遺伝子産物のレベルは、インビトロで1つ又は複数の細胞において5μM以下の濃度のオリゴヌクレオチドの投与によって少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%又は80%増加する。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7含有SMN2 mRNA若しくはその遺伝子産物のレベルは、インビトロで1つ又は複数の細胞において1μM以下の濃度のオリゴヌクレオチドの投与によって少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%又は80%増加する。一部の実施形態において、1つ又は複数の細胞は、1つ又は複数の哺乳類細胞である。一部の実施形態において、1つ又は複数の細胞は、1つ又は複数のヒト細胞である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各糖部分は修飾されている。一部の実施形態において、修飾糖部分は2’−修飾を含む。一部の実施形態において、修飾糖部分は2’−修飾を含む。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−ORであり、式中、Rは本開示に記載される通りである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−OMeである。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−MOEである。一部の実施形態において、2’−修飾はLNA糖修飾である。一部の実施形態において、2’−修飾は2’−Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−修飾である。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−OR又は2’−Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−OR又は2’−Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−OR又は2’−Fであり、式中、少なくとも1つは2’−Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−OR又は2’−Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルであり、及び少なくとも1つは2’−ORである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−OR又は2’−Fであり、式中、少なくとも1つは2’−Fであり、及び少なくとも1つは2’−ORである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’−OR又は2’−Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルであり、少なくとも1つは2’−Fであり、及び少なくとも1つは2’−ORである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の異性体の増大したレベルを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、1つ又は複数の元素、例えば水素、炭素、窒素などの1つ又は複数の異性体により標識される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾及び/又はヌクレオチド間結合修飾を含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、濃縮レベルのデューテリウムを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の位置がデューテリウムで標識される(−1Hを−2Hで置換する)。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの1つ若しくは複数の−1H又はオリゴヌクレオチドと共役した任意の部分(例えば、ターゲティング部分など)を2Hで置換する。こうしたオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の組成物又は方法に使用することができる。
当業者には理解されるように、オリゴヌクレオチドのステレオランダム又はラセミ製剤は、典型的には、不斉補助基、キラル修飾試薬及び/又はキラル触媒を一切用いずに、ヌクレオチドモノマーの非立体選択的及び/又は低立体選択的カップリングにより調製される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ(又はキラル制御されていない)調製において、全て又は大部分のカップリングステップは、立体選択性増強を達成するためのカップリングステップを特に実施しないことにおいてキラル制御されていない。オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製の一例は、当技術分野では公知の方法である、テトラエチルチウラムジスルフィド(TETD)又は3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン1,1−ジオキシド(BDTD)の何れかを用いて常用されるホスホロアミダイトオリゴヌクレオチド合成からの亜リン酸トリエステルを硫化することによるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製は、実質的なラセミオリゴヌクレオチド組成物(又はキラル非制御オリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも1つのカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも2つのカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも3つのカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも4つのカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも5つのカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの各カップリングは、独立に、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ステレオランダム又はラセミ調製において、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも2つのヌクレオチド間結合は、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも3つのヌクレオチド間結合は、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも4つのヌクレオチド間結合は、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも5つのヌクレオチド間結合は、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約60:40より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約70:30より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約80:20より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約90:10より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約91:9より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約92:8より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約93:7より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約94:6より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約95:5より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約96:4より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約97:3より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約98:2より低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約99:1より低い。一部の実施形態では、少なくとも1つのカップリングは、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも2つのカップリングは、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも3つのカップリングは、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも4つのカップリングは、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも5つのカップリングは、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングは、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも2つのヌクレオチド間結合は、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも3つのヌクレオチド間結合は、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも4つのヌクレオチド間結合は、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも5つのヌクレオチド間結合は、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドのものなど、キラル制御ヌクレオチド間結合は、90:10以上のジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドのものなど、各キラル制御ヌクレオチド間結合は、約90:10以上のジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、選択性は、91:9以上である。一部の実施形態では、選択性は、92:8以上である。一部の実施形態では、選択性は、97:3以上である。一部の実施形態では、選択性は、94:6以上である。一部の実施形態では、選択性は、95:5以上である。一部の実施形態では、選択性は、96:4以上である。一部の実施形態では、選択性は、97:3以上である。一部の実施形態では、選択性は、98:2以上である。一部の実施形態では、選択性は、99:1以上である。
当業者には理解されるように、一部の実施形態では、カップリング又は結合のジアステレオ選択性は、同じであるか若しくは同等の条件下での二量体形成のジアステレオ選択性を通して評価することができ、その場合、二量体は、同じ5’−及び3’−ヌクレオシド並びにヌクレオチド間結合を有する。
一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプは、
1A)塩基同一性;
1B)塩基修飾のパターン;
1C)糖修飾のパターン;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;
4)骨格リン修飾のパターン;及び
5)追加の化学的部分(存在する場合)のパターン
によって定義され得る。一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは同一の塩基を共有するが、その塩基修飾及び/又は糖修飾のパターンの点で異なり得る。一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは同一の塩基及び塩基修飾のパターン(例えば、塩基修飾がないことを含む)を共有するが、糖修飾のパターンの点で異なり得る。
1A)塩基同一性;
1B)塩基修飾のパターン;
1C)糖修飾のパターン;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;
4)骨格リン修飾のパターン;及び
5)追加の化学的部分(存在する場合)のパターン
によって定義され得る。一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは同一の塩基を共有するが、その塩基修飾及び/又は糖修飾のパターンの点で異なり得る。一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは同一の塩基及び塩基修飾のパターン(例えば、塩基修飾がないことを含む)を共有するが、糖修飾のパターンの点で異なり得る。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、少なくとも15塩基の共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、15〜49塩基の共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。
一部の実施形態では、1つ又は複数は、1つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、2つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、3つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、4つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、5つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、6つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、7つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、8つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、9つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、10である。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも1つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも2つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも3つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも4つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも5つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも6つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも7つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも8つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも9つである。一部の実施形態では、1つ又は複数は、少なくとも10である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はそのブロックは、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS、SSSSSSS、SSSSSSSS、SSSSSSSSS、SSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSS−SSSSSSSSS、R、RR、RRR、RRRR、RRRRR、RRRRRR、RRRRRRR、RRRRRRRR、RRRRRRRRR、RRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR、OOOS、OOOS、OOOX、OOR、OOS、OOX、OR、ORR、ORRR、ORRRR、ORRRRR、ORRRRRR、ORRRRRRR、ORRRRRRRR、ORRRRRRRRR、ORRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRRRRRRR、ORRRRRRRRRRRRRRRRR、OS、OSS、OSSS、OSSSS、OSSSSS、OSSSSSS、OSSSSSSS、OSSSSSSSS、OSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSSSSSSS、OSSSSSSSSSSSSSSSSS、OS、OSO、OSOO、OSOOO、OSOS、OSS、OSSO、OX、OXO、OXOO、OXOOO、RO、ROO、ROOO、ROOOR、ROOOS、ROOR、ROORR、ROR、ROROR、RROOR、RROR、RRRO、RRROR、RS、SR、RSR、RRS、RRSR、SRR、RSRR、RRSRR、RRRS、RRRSR、RRRSRR、RRRSRRR、RSRRR、RRSRRR、SRRR、RRRRS、RRRRSR、RRRRSRR、RRRRSRRR、RRRRSRRRR、SRRRR、RSRRRR、RRSRRRR、RRRSRRRR、RRRRSRRRR、RRRRRS、RRRRRSR、RRRRRSRR、RRRRRSRRR、RRRRRSRRRR、RRRRRSRRRRR、SRRRRR、RSRRRRR、RRSRRRRR、RRRSRRRRR、RRRRSRRRRR、RRRRRSRRRRR、RRRRRRS、RRRRRRSR、RRRRRRSRR、RRRRRRSRRR、RRRRRRSRRRR、RRRRRRSRRRRR、RRRRRRSRRRRRR、SRRRRRR、RSRRRRRR、RRSRRRRRR、RRRSRRRRRR、RRRRSRRRRRR、RRRRRSRRRRRR、RRRRRRSRRRRRR、RRRRRRRS、RRRRRRRSR、RRRRRRRSRR、RRRRRRRSRRR、RRRRRRRSRRRR、RRRRRRRSRRRRR、RRRRRRRSRRRRRR、RRRRRRRSRRRRRRR、SRRRRRRR、RSRRRRRRR、RRSRRRRRRR、RRRSRRRRRRR、RRRRSRRRRRRR、RRRRRSRRRRRRR、RRRRRRSRRRRRRR、RRRRRRRRS、RRRRRRRRSR、RRRRRRRRSRR、RRRRRRRRSRRR、RRRRRRRRSRRRR、RRRRRRRRSRRRRR、RRRRRRRRSRRRRRR、RRRRRRRRSRRRRRRR、RRRRRRRRSRRRRRRRR、SRRRRRRRR、RSRRRRRRRR、RRSRRRRRRRR、RRRSRRRRRRRR、RRRRSRRRRRRRR、RRRRRSRRRRRRRR、RRRRRRSRRRRRRRR、RRRRRRRSRRRRRRRR、RSSR、RSSRR、RRSSR、RRRSS、RRRSSR、RRRSSRR、RRSSRR、SSRR、RRRRSS、RRRRSSR、RRRRSSRR、RRRRSSRRR、SSRRR、RSSRRR、RRSSRRR、RRRSSRRR、RRRRSSRRR、RRRRRSS、RRRRRSSR、RRRRRSSRR、RRRRRSSRRR、RRRRRSSRRRR、SSRRRR、RSSRRRR、RRSSRRRR、RRRSSRRRR、RRRRSSRRRR、RRRRRSSRRRR、RRRRRRSS、RRRRRRSSR、RRRRRRSSRR、RRRRRRSSRRR、RRRRRRSSRRRR、RRRRRRSSRRRRR、SSRRRRR、RSSRRRRR、RRSSRRRRR、RRRSSRRRRR、RRRRSSRRRRR、RRRRRSSRRRRR、RRRRRRSSRRRRR、RRRRRRRSS、RRRRRRRSSR、RRRRRRRSSRR、RRRRRRRSSRRR、RRRRRRRSSRRRR、RRRRRRRSSRRRRR、RRRRRRRSSRRRRRR、SSRRRRRR、RSSRRRRRR、RRSSRRRRRR、RRRSSRRRRRR、RRRRSSRRRRRR、RRRRRSSRRRRRR、RRRRRRSSRRRRRR、RRRRRRRRSS、RRRRRRRRSSR、RRRRRRRRSSRR、RRRRRRRRSSRRR、RRRRRRRRSSRRRR、RRRRRRRRSSRRRRR、RRRRRRRRSSRRRRRR、RRRRRRRRSSRRRRRRR、SSRRRRRRR、RSSRRRRRRR、RRSSRRRRRRR、RRRSSRRRRRRR、RRRRSSRRRRRRR、RRRRRSSRRRRRRR、RRRRRRSSRRRRRRR、RRRRRRRSSRRRRRRR、RSSS、RRSSS、RRRSSS、RRRSSSR、RSSSR、RRSSSR、SSSR、RRRRSSS、RRRRSSSR、RRRRSSSRR、SSSRR、RSSSRR、RRSSSRR、RRRSSSRR、RRRRSSSRR、RRRRRSSS、RRRRRSSSR、RRRRRSSSRR、RRRRRSSSRRR、SSSRRR、RSSSRRR、RRSSSRRR、RRRSSSRRR、RRRRSSSRRR、RRRRRSSSRRR、RRRRRRSSS、RRRRRRSSSR、RRRRRRSSSRR、RRRRRRSSSRRR、RRRRRRSSSRRRR、SSSRRRR、RSSSRRRR、RRSSSRRRR、RRRSSSRRRR、RRRRSSSRRRR、RRRRRSSSRRRR、RRRRRRSSSRRRR、RRRRRRRSSS、RRRRRRRSSSR、RRRRRRRSSSRR、RRRRRRRSSSRRR、RRRRRRRSSSRRRR、RRRRRRRSSSRRRRR、SSSRRRRR、RSSSRRRRR、RRSSSRRRRR、RRRSSSRRRRR、RRRRSSSRRRRR、RRRRRSSSRRRRR、RRRRRRSSSRRRRR、RRRRRRRRSSS、RRRRRRRRSSSR、RRRRRRRRSSSRR、RRRRRRRRSSSRRR、RRRRRRRRSSSRRRR、RRRRRRRRSSSRRRRR、RRRRRRRRSSSRRRRRR、SSSRRRRRR、RSSSRRRRRR、RRSSSRRRRRR、RRRSSSRRRRRR、RRRRSSSRRRRRR、RRRRRSSSRRRRRR、RRRRRRSSSRRRRRR、RRRRRRRSSSRRRRRR、RSSSS、RRSSSS、RRSSSSR、SSSSR、RSSSSR、RRRSSSS、RRRSSSSR、RRRSSSSRR、SSSSRR、RSSSSRR、RRSSSSRR、RRRSSSSRR、RRRRSSSS、RRRRSSSSR、RRRRSSSSRR、RRRRSSSSRRR、SSSSRRR、RSSSSRRR、RRSSSSRRR、RRRSSSSRRR、RRRRSSSSRRR、RRRRRSSSS、RRRRRSSSSR、RRRRRSSSSRR、RRRRRSSSSRRR、RRRRRSSSSRRRR、SSSSRRRR、RSSSSRRRR、RRSSSSRRRR、RRRSSSSRRRR、RRRRSSSSRRRR、RRRRRSSSSRRRR、RRRRRRSSSS、RRRRRRSSSSR、RRRRRRSSSSRR、RRRRRRSSSSRRR、RRRRRRSSSSRRRR、RRRRRRSSSSRRRRR、SSSSRRRRR、RSSSSRRRRR、RRSSSSRRRRR、RRRSSSSRRRRR、RRRRSSSSRRRRR、RRRRRSSSSRRRRR、RRRRRRRSSSS、RRRRRRRSSSSR、RRRRRRRSSSSRR、RRRRRRRSSSSRRR、RRRRRRRSSSSRRRR、RRRRRRRSSSSRRRRR、RRRRRRRSSSSRRRRRR、SSSSRRRRRR、RSSSSRRRRRR、RRSSSSRRRRRR、RRRSSSSRRRRRR、RRRRSSSSRRRRRR、RRRRRSSSSRRRRRR、RRRRRRSSSSRRRRRR、SSSSS、RSSSSS、RSSSSSR、SSSSSR、RRSSSSS、RRSSSSSR、RRSSSSSRR、SSSSSRR、RSSSSSRR、RRSSSSSRR、RRRSSSSS、RRRSSSSSR、RRRSSSSSRR、RRRSSSSSRRR、SSSSSRRR、RSSSSSRRR、RRSSSSSRRR、RRRSSSSSRRR、RRRRSSSSS、RRRRSSSSSR、RRRRSSSSSRR、RRRRSSSSSRRR、RRRRSSSSSRRRR、SSSSSRRRR、RSSSSSRRRR、RRSSSSSRRRR、RRRSSSSSRRRR、RRRRSSSSSRRRR、RRRRRSSSSS、RRRRRSSSSSR、RRRRRSSSSSRR、RRRRRSSSSSRRR、RRRRRSSSSSRRRR、RRRRRSSSSSRRRRR、SSSSSRRRRR、RSSSSSRRRRR、RRSSSSSRRRRR、RRRSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSRRRRR、RRRRRRSSSSS、RRRRRRSSSSSR、RRRRRRSSSSSRR、RRRRRRSSSSSRRR、RRRRRRSSSSSRRRR、RRRRRRSSSSSRRRRR、RRRRRRSSSSSRRRRRR、SSSSSRRRRRR、RSSSSSRRRRRR、RRSSSSSRRRRRR、RRRSSSSSRRRRRR、RRRRSSSSSRRRRRR、RRRRRSSSSSRRRRRR、RSSSSSS、SSSSSS、RRSSSSSS、RRSSSSSSR、SSSSSSR、RSSSSSSR、RRSSSSSSR、RRRSSSSSS、RRRSSSSSSR、RRRSSSSSSRR、SSSSSSRR、RSSSSSSRR、RRSSSSSSRR、RRRSSSSSSRR、RRRRSSSSSS、RRRRSSSSSSR、RRRRSSSSSSRR、RRRRSSSSSSRRR、SSSSSSRRR、RSSSSSSRRR、RRSSSSSSRRR、RRRSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSS、RRRRRSSSSSSR、RRRRRSSSSSSRR、RRRRRSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSRRRR、SSSSSSR
RRR、RSSSSSSRRRR、RRSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSRRRR、RRRRSSSSSSRRRR、RRRRRRSSSSSS、RRRRRRSSSSSSR、RRRRRRSSSSSSRR、RRRRRRSSSSSSRRR、RRRRRRSSSSSSRRRR、RRRRRRSSSSSSRRRRR、SSSSSSRRRRR、RSSSSSSRRRRR、RRSSSSSSRRRRR、RRRSSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSSRRRRR、RRRRRSSSSSSRRRRR、SSSSSSS、RSSSSSSS、RSSSSSSSR、SSSSSSSR、RSSSSSSSR、RRSSSSSSS、RRSSSSSSSR、RRSSSSSSSRR、SSSSSSSRR、RSSSSSSSRR、RRSSSSSSSRR、RRRSSSSSSS、RRRSSSSSSSR、RRRSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSRRR、SSSSSSSRRR、RSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSRRR、RRRSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSS、RRRRSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSSRRRR、SSSSSSSRRRR、RSSSSSSSRRRR、RRSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSRRRR、RRRRRSSSSSSS、RRRRRSSSSSSSR、RRRRRSSSSSSSRR、RRRRRSSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSSRRRR、RRRRRSSSSSSSRRRRR、SSSSSSSRRRRR、RSSSSSSSRRRRR、RRSSSSSSSRRRRR、RRRSSSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSSSRRRRR、RSSSSSSSS、RRSSSSSSSS、RRSSSSSSSSR、SSSSSSSSR、RSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSRR、SSSSSSSSRR、RSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSS、RRRRSSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSRRR、RRRSSSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSSS、RRRRRSSSSSSSSR、RRRRRSSSSSSSSRR、RRRRRSSSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSSSRRRR、SSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSRRRR、RRSSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSSRRRR、RRRRSSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSSSS、RRRRSSSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSSSSRRRR、SSSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSSRRRR、RRSSSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSSS、RRRRSSSSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSSRRR、RRRSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSR、RRRRRRRRSRRRRRRRR、RRRRRRRSSSRRRRRRR、RRRRRRSSSSSRRRRRR、RRRRRSSSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSSSSSR、RSRSRSRSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRSRSRSRS、RSRSRSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRSRSRS、RSRSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRSRS、RSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRS、RSRSRSRSR、RSRSRSRS、RSRSRSR、RSRSRS、RSRSR、RSRS、RSR、RSRSRSRSRSRSRSRSR、SRSRSRSRSRSRSRS、SRSRSRSRSRSRSR、SRSRSRSRSRSRS、SRSRSRSRSRSR、SRSRSRSRSRS、SRSRSRSRSR、SRSRSRSRS、SRSRSRSR、SRSRSRS、SRSRSR、SRSRS、SRSR、SRS、SR、RSSRSS、SO、SOO、SOO、SOOO、SOOO、SOOO、SOOOOOOOOOOOOOOOS、SOOOR、SOOOS、SOOOS、SOOSS、SOS、SOS、SOS、SOSO、SOSOS、SOSOSOSOSOSOSOSOS、SRRRRRRRRRRRRRRRS、SRSRSRSRSRSRSRSRS、SRSSRSS、SRSSRSSSS、SRSSSSSSS、SSO、SSO、SSOO、SSOOOOOOOOOOOOOSS、SSOOS、SSOS、SSOSOSOSOSOSOSOSS、SSOSS、SSOSSO、SSOSSOS、SSOSSOSS、SSOSSSSSOSOOSOSSO、SSRRRRRRRRRRRRRSS、SSRS、SSRSRSRSRSRSRSRSS、SSRSS、SSRSSRSS、SSRSSRSSS、SSRSSRSSS、SSRSSRSSSS、SSRSSSSSRSRRSRSSR、SSRSSSSSS、SSRSSSSSSS、SSSO、SSSOOOOOOOOOOOSSS、SSSOOSOOSOOSOOSSS、SSSOS、SSSOSOSOSOSOSOSSS、SSSRRRRRRRRRRRSSS、SSSRRSRRSRRSRRSSS、SSSRSRSRSRSRSRSSS、SSSRSSRSS、SSSRSSRSS、SSSRSSRSSS、SSSSOOOOOOOOOSSSS、SSSSOSOSOSOSOSSSS、SSSSRRRRRRRRRSSSS、SSSSRS、SSSSRSRSRSRSRSSSS、SSSSRSS、SSSSRSSR、SSSSRSSRS、SSSSRSSRSS、SSSSSOOOOOOOSSSSS、SSSSSOSOSOSOSSSSS、SSSSSRRRRRRRSSSSS、SSSSSRSRSRSRSSSSS、SSSSSRSSS、SSSSSSOOOOOSSSSSS、SSSSSSOSOSOSSSSSS、SSSSSSRRRRRSSSSSS、SSSSSSRSRSRSSSSSS、SSSSSSRSS、SSSSSSRSSS、SSSSSSSOOOSSSSSSS、SOOO、OOOS、SOOOS、SOOOSS、SSOOOS、SSSOOO、OOOSSS、SSSSSSSOSOSSSSSSS、SSSSSSSRRRSSSSSSS、SSSSSSSRSRSSSSSSS、SSSSSSSSOSOOSRSSS、SSSSSSSSOSSSSSSSS、SSSSSSSSRSRRSRSSS、SSSSSSSSRSSSSSSSS、SOSO、OSOS、OSOSS、SSOSO、SSSOSO、OSOSSS、SRRR、RRRS、SSRRR、RRRSS、SSSRRR、RRRSSS、SRSR、RSRS、SSRSR、RSRSS、SSSRSR、RSRSSS、OSOO、OSOOS、SSOSOO、OSOOSR、SSOSOO、SOSOOSRS、SOSOOSR、OSOOSR、SSOSOOSR、SSOSOOSRS、SSSOSOOSRS、OSOOSRSS、SO、OS、OSS、SSO、SSSO、OSSS、RSRRSR、SRSRRSR、RSRRSRS、SSRSRRSR、RSRRSRSS、SSSRSRRSRS、RS、SR、RSS、SSR、RSSS、SSSR、XO、XOO、XOO、XOOO、XOOOX(式中、Oはリン酸ジエステル結合であり、Xはステレオランダムなホスホロチオエート結合であり、SはSp配置のホスホロチオエート結合であり、及びRはRp配置のホスホロチオエート結合である)の骨格キラル中心のパターンを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、OSOSO、OSSSO、OSSSOS、SOSO、SOSO、SOSOS、SOSOSO、SOSOSOSO、SOSSSO、SSOSSSOSS、SSSOSOSSS、SSSSOSOSSSS、SSSSS、SSSSSS、SSSSSSS、SSSSSSSS、SSSSSSSSS又はRRR(式中、SはSp配置のホスホロチオエートを表し、及びOはリン酸ジエステルを表し、式中、RはRp配置のホスホロチオエートを表す)のパターンを含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチドは、OOO、OOOO、OOOOO、OOOOOOO、OOOOOOO、OOOOOOOO、OOOOOOOOO、OOOOOOOOOO、OXOX、OXOX、OXXO、XOOX、XXOOXX、XOXOXOXX、OXOXOXOO、XXX、XXXX、XXXXX、XXXXXX、XXXXXXX、XXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXXXX、OOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO、XOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOO
OOOXXX、XOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOOOOOXXX、XXOXOXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOXOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOXXX、XXOXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOXOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXO、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXXOOXOOXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOOOOOXXX、XXOXOXXXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOXOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOOOOOXXX、XXOXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOXOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOXXX、XXOXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOXOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXO、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXXOOXOOXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOOOOOXXX、XXOXXXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOXOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXXXOOOXOOXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOOOOOXXX、XXOXXXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOXOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXXOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXXXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOXXX、XXXXOXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOXOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXO、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXXOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXXOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOOOOOXXX、XXXXOXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOXOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOXXX、XXXXOXOXXXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOXOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXO、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXOOOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXOOOOXXX、XXXXOXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXXOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOXXX、XXXXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOXOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXO、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOOOOOXXX、XXXXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOXOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOXXX、XXXXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOXOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXO、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX又はXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXの何れかの配列であるか又はそれを含む骨格結合のパターン又はその少なくとも5連続インターヌクレオチド結合の任意のスパンを有する(式中、Oはリン酸ジエステルを示し、及びXはインターヌクレオチド結合又はリン酸ジエステルでない修飾インターヌクレオチド結合を示す;一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートである;一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はキラル制御されている;一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートである)。
RRR、RSSSSSSRRRR、RRSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSRRRR、RRRRSSSSSSRRRR、RRRRRRSSSSSS、RRRRRRSSSSSSR、RRRRRRSSSSSSRR、RRRRRRSSSSSSRRR、RRRRRRSSSSSSRRRR、RRRRRRSSSSSSRRRRR、SSSSSSRRRRR、RSSSSSSRRRRR、RRSSSSSSRRRRR、RRRSSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSSRRRRR、RRRRRSSSSSSRRRRR、SSSSSSS、RSSSSSSS、RSSSSSSSR、SSSSSSSR、RSSSSSSSR、RRSSSSSSS、RRSSSSSSSR、RRSSSSSSSRR、SSSSSSSRR、RSSSSSSSRR、RRSSSSSSSRR、RRRSSSSSSS、RRRSSSSSSSR、RRRSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSRRR、SSSSSSSRRR、RSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSRRR、RRRSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSS、RRRRSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSSRRRR、SSSSSSSRRRR、RSSSSSSSRRRR、RRSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSRRRR、RRRRRSSSSSSS、RRRRRSSSSSSSR、RRRRRSSSSSSSRR、RRRRRSSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSSRRRR、RRRRRSSSSSSSRRRRR、SSSSSSSRRRRR、RSSSSSSSRRRRR、RRSSSSSSSRRRRR、RRRSSSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSSSRRRRR、RSSSSSSSS、RRSSSSSSSS、RRSSSSSSSSR、SSSSSSSSR、RSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSRR、SSSSSSSSRR、RSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSS、RRRRSSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSRRR、RRRSSSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSSS、RRRRRSSSSSSSSR、RRRRRSSSSSSSSRR、RRRRRSSSSSSSSRRR、RRRRRSSSSSSSSRRRR、SSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSRRRR、RRSSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSSRRRR、RRRRSSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSSSS、RRRRSSSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSSRRR、RRRRSSSSSSSSSRRRR、SSSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSSRRRR、RRSSSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSSSRRRR、RSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSSS、RRRRSSSSSSSSSSR、RRRRSSSSSSSSSSRR、RRRRSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSSRRR、RRRSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSSSS、RRRSSSSSSSSSSSR、RRRSSSSSSSSSSSRR、RRRSSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSSRR、RRSSSSSSSSSSSSRRR、SSSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSSSRRR、RSSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSSS、RRSSSSSSSSSSSSSR、RRSSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSSSRR、SSSSSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSSSSS、RSSSSSSSSSSSSSSSR、SSSSSSSSSSSSSSSR、RSSSSSSSSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSSSSSSSR、RRRRRRRRSRRRRRRRR、RRRRRRRSSSRRRRRRR、RRRRRRSSSSSRRRRRR、RRRRRSSSSSSSRRRRR、RRRRSSSSSSSSSRRRR、RRRSSSSSSSSSSSRRR、RRSSSSSSSSSSSSSRR、RSSSSSSSSSSSSSSSR、RSRSRSRSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRSRSRSRS、RSRSRSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRSRSRS、RSRSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRSRS、RSRSRSRSRSR、RSRSRSRSRS、RSRSRSRSR、RSRSRSRS、RSRSRSR、RSRSRS、RSRSR、RSRS、RSR、RSRSRSRSRSRSRSRSR、SRSRSRSRSRSRSRS、SRSRSRSRSRSRSR、SRSRSRSRSRSRS、SRSRSRSRSRSR、SRSRSRSRSRS、SRSRSRSRSR、SRSRSRSRS、SRSRSRSR、SRSRSRS、SRSRSR、SRSRS、SRSR、SRS、SR、RSSRSS、SO、SOO、SOO、SOOO、SOOO、SOOO、SOOOOOOOOOOOOOOOS、SOOOR、SOOOS、SOOOS、SOOSS、SOS、SOS、SOS、SOSO、SOSOS、SOSOSOSOSOSOSOSOS、SRRRRRRRRRRRRRRRS、SRSRSRSRSRSRSRSRS、SRSSRSS、SRSSRSSSS、SRSSSSSSS、SSO、SSO、SSOO、SSOOOOOOOOOOOOOSS、SSOOS、SSOS、SSOSOSOSOSOSOSOSS、SSOSS、SSOSSO、SSOSSOS、SSOSSOSS、SSOSSSSSOSOOSOSSO、SSRRRRRRRRRRRRRSS、SSRS、SSRSRSRSRSRSRSRSS、SSRSS、SSRSSRSS、SSRSSRSSS、SSRSSRSSS、SSRSSRSSSS、SSRSSSSSRSRRSRSSR、SSRSSSSSS、SSRSSSSSSS、SSSO、SSSOOOOOOOOOOOSSS、SSSOOSOOSOOSOOSSS、SSSOS、SSSOSOSOSOSOSOSSS、SSSRRRRRRRRRRRSSS、SSSRRSRRSRRSRRSSS、SSSRSRSRSRSRSRSSS、SSSRSSRSS、SSSRSSRSS、SSSRSSRSSS、SSSSOOOOOOOOOSSSS、SSSSOSOSOSOSOSSSS、SSSSRRRRRRRRRSSSS、SSSSRS、SSSSRSRSRSRSRSSSS、SSSSRSS、SSSSRSSR、SSSSRSSRS、SSSSRSSRSS、SSSSSOOOOOOOSSSSS、SSSSSOSOSOSOSSSSS、SSSSSRRRRRRRSSSSS、SSSSSRSRSRSRSSSSS、SSSSSRSSS、SSSSSSOOOOOSSSSSS、SSSSSSOSOSOSSSSSS、SSSSSSRRRRRSSSSSS、SSSSSSRSRSRSSSSSS、SSSSSSRSS、SSSSSSRSSS、SSSSSSSOOOSSSSSSS、SOOO、OOOS、SOOOS、SOOOSS、SSOOOS、SSSOOO、OOOSSS、SSSSSSSOSOSSSSSSS、SSSSSSSRRRSSSSSSS、SSSSSSSRSRSSSSSSS、SSSSSSSSOSOOSRSSS、SSSSSSSSOSSSSSSSS、SSSSSSSSRSRRSRSSS、SSSSSSSSRSSSSSSSS、SOSO、OSOS、OSOSS、SSOSO、SSSOSO、OSOSSS、SRRR、RRRS、SSRRR、RRRSS、SSSRRR、RRRSSS、SRSR、RSRS、SSRSR、RSRSS、SSSRSR、RSRSSS、OSOO、OSOOS、SSOSOO、OSOOSR、SSOSOO、SOSOOSRS、SOSOOSR、OSOOSR、SSOSOOSR、SSOSOOSRS、SSSOSOOSRS、OSOOSRSS、SO、OS、OSS、SSO、SSSO、OSSS、RSRRSR、SRSRRSR、RSRRSRS、SSRSRRSR、RSRRSRSS、SSSRSRRSRS、RS、SR、RSS、SSR、RSSS、SSSR、XO、XOO、XOO、XOOO、XOOOX(式中、Oはリン酸ジエステル結合であり、Xはステレオランダムなホスホロチオエート結合であり、SはSp配置のホスホロチオエート結合であり、及びRはRp配置のホスホロチオエート結合である)の骨格キラル中心のパターンを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、OSOSO、OSSSO、OSSSOS、SOSO、SOSO、SOSOS、SOSOSO、SOSOSOSO、SOSSSO、SSOSSSOSS、SSSOSOSSS、SSSSOSOSSSS、SSSSS、SSSSSS、SSSSSSS、SSSSSSSS、SSSSSSSSS又はRRR(式中、SはSp配置のホスホロチオエートを表し、及びOはリン酸ジエステルを表し、式中、RはRp配置のホスホロチオエートを表す)のパターンを含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチドは、OOO、OOOO、OOOOO、OOOOOOO、OOOOOOO、OOOOOOOO、OOOOOOOOO、OOOOOOOOOO、OXOX、OXOX、OXXO、XOOX、XXOOXX、XOXOXOXX、OXOXOXOO、XXX、XXXX、XXXXX、XXXXXX、XXXXXXX、XXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXXXX、OOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOOOOOOOOOOO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OOOXXX、XOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOOOOOXXX、XXOXOXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOXOOOOXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXX、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOOOOOXXX、XXOXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOXOOOOXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXO、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXX、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXOXOXXXXOOXOOXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOOOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOOOOOXXX、XXOXOXXXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOXOOOOXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXX、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXOXXXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOOOOOXXX、XXOXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOXOOOOXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXX、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOOOOOXXX、XXOXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOXOOOOXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXO、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXX、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXOXXOOXOOXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOOOOOXXX、XXOXXXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOXOOOOXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXX、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXOXXXXXOOOXOOXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOOOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOOOOOXXX、XXOXXXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOXOOOOXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXX、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXOXXXXXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXOXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXXOXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXOXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOOOOOXXX、XXXXOXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOXOOOOXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXX、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOOOOOXXX、XXXXOXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOXOOOOXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXO、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXX、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXXOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXXOOXOOXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOOOOOXXX、XXXXOXOXXXOXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOXOOOOXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXX、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXXXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOOOOOXXX、XXXXOXOXXXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOXOOOOXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXO、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXX、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXOXXXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXXXOOOXOOXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXOOOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXOOOOXXX、XXXXOXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXXOOOOXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXX、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXOXXXXXXXXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOOOOOXXX、XXXXOXXXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOXOOOOXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXO、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXX、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXOXXXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXXXOXOOOXOOXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOOOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOOOOOXXX、XXXXXXOXOXOXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOXOOOOXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXX、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXO、XXXXXXOXOXOXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOOOOOXXX、XXXXXXOXOXXXOXOOOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOXOOOOXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXO、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXX、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXO、XXXXXXOXOXXXOXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX又はXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXの何れかの配列であるか又はそれを含む骨格結合のパターン又はその少なくとも5連続インターヌクレオチド結合の任意のスパンを有する(式中、Oはリン酸ジエステルを示し、及びXはインターヌクレオチド結合又はリン酸ジエステルでない修飾インターヌクレオチド結合を示す;一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートである;一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はキラル制御されている;一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートである)。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つの結合リンはRpである。当業者によれば、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドが塩基配列を含む特定の実施形態において、各Tは、独立に且つ任意選択で、Uに置き換えられることが理解される。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンは、Rpである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つの結合リンは、Spである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各結合リンは、Spである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、P修飾ブロックマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、結合ブロックマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、P修飾アルトマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、結合アルトマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ユニマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、P修飾ユニマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、結合ユニマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列又はその一部分を含むことができ、ここで、一部分は、少なくとも15個の隣接塩基のスパン又は1〜5個のミスマッチを含む少なくとも15個の隣接塩基のスパンである。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、細胞抽出物、細胞、組織、器官及び/又は生物においてエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNAレベルの増加又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込み増加を媒介するのに十分な長さ及びSMN2転写物標的との同一性を有する。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列はSMN2標的転写物の塩基配列と相補的である。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、最大限にアラインメントしたとき、オリゴヌクレオチドの各塩基が標的鎖上の連続塩基との塩基対合能を有するとき、SMN2標的配列の塩基配列と相補的である。非限定的な例として、標的配列が、例えば5’−GCAUAGCGAGCGAGGGAAAAC−3’の塩基配列を有する場合、5’GUUUUCCCUCGCUCGCUAUGC−3’の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドが、かかる標的配列と相補的(完全に相補的)である。特に注記しない限り、TによるUの又はその逆の置換は、相補性の量を変化させないことに留意されたい。一部の実施形態において、SMN2標的配列と「実質的に相補的な」オリゴヌクレオチドは、主に又は大部分が相補的であるが、100%相補的ではない。一部の実施形態では、実質的に相補的な配列(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)は、標的配列に対して100%相補的な配列から1、2、3、4又は5つのミスマッチを有する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの(例えば、SMN2オリゴヌクレオチドの)塩基配列は、UCAUAAUGCUGGCAGACUUA(例えば、WV−2837);UUCAUAAUGCUGGCAGACUU(WV−2838);UUUCAUAAUGCUGGCAGACU(WV−2839);CUUUCAUAAUGCUGGCAGAC(WV−2840);ACUUUCAUAAUGCUGGCAGA(WV−2841);CACUUUCAUAAUGCUGGCAG(WV−2842);UCACUUUCAUAAUGCUGGCA(WV−2843);UUCACUUUCAUAAUGCUGGC(WV−2844);AUUCACUUUCAUAAUGCUGG(WV−2845);GAUUCACUUUCAUAAUGCUG(WV−2846);AGAUUCACUUUCAUAAUGCU(WV−2847);AAGAUUCACUUUCAUAAUGC(WV−2848);UAAGAUUCACUUUCAUAAUG(WV−2849);GUAAGAUUCACUUUCAUAAU(WV−2850);CUUUCUAACAUCUGAACUUU(WV−2851);AACUUUCUAACAUCUGAACU(WV−2852);UCAACUUUCUAACAUCUGAA(WV−2853);UUUCAACUUUCUAACAUCUG(WV−2854);CCUUUCAACUUUCUAACAUC(WV−2855);AACCUUUCAACUUUCUAACA(WV−2856);CUGCCUACUAGUGAUAUAAA(WV−2857);GUCUGCCUACUAGUGAUAUA(WV−2858);UGGUCUGCCUACUAGUGAUA(WV−2859);GCUGGUCUGCCUACUAGUGA(WV−2860);CUGCUGGUCUGCCUACUAGU(WV−2861);GUCUGCUGGUCUGCCUACUA(WV−2862);AAGUCUGCUGGUCUGCCUAC(WV−2863);AAAAGUCUGCUGGUCUGCCU(WV−2864);GAAAUUAGAACCAGAGGCUU(WV−2865);GAGAAAUUAGAACCAGAGGC(WV−2866);AUGAGAAAUUAGAACCAGAG(WV−2867);AAAUGAGAAAUUAGAACCAG(WV−2868);GCAAAUGAGAAAUUAGAACC(WV−2869);CUGCAAAUGAGAAAUUAGAA(WV−2870);UCCUGCAAAUGAGAAAUUAG(WV−2871);UUUCCUGCAAAUGAGAAAUU(WV−2872);CAUUUCCUGCAAAUGAGAAA(WV−2873);AGCAUUUCCUGCAAAUGAGA(WV−2874);CCAGCAUUUCCUGCAAAUGA(WV−2875);UGCCAGCAUUUCCUGCAAAU(WV−2876);UAUGCCAGCAUUUCCUGCAA(WV−2877);UCUAUGCCAGCAUUUCCUGC(WV−2878);GCUCUAUGCCAGCAUUUCCU(WV−2879);CUGCUCUAUGCCAGCAUUUC(WV−2880);UGCUGCUCUAUGCCAGCAUU(WV−2881);AGUGCUGCUCUAUGCCAGCA(WV−2882);UUAGUGCUGCUCUAUGCCAG(WV−2883);UCCACAAACCAUAAAGUUUU(WV−2884);UUUCCACAAACCAUAAAGUU(WV−2885);GUUUUCCACAAACCAUAAAG(WV−2886);UUGUUUUCCACAAACCAUAA(WV−2887);AUUCUAGUAGGGAUGUAGAU(WV−2888);GAAUUCUAGUAGGGAUGUAG(WV−2889);GAGAAUUCUAGUAGGGAUGU(WV−2890);AUGAGAAUUCUAGUAGGGAU(WV−2891);UUAUUUUAUUCAACAAAAUA(WV−2892);UACUUAUUUUAUUCAACAAA(WV−2893);UUUUACUUAUUUUAUUCAAC(WV−2894);ACAUUUUACUUAUUUUAUUC(WV−2895);AAGACAUUUUACUUAUUUUA(WV−2896);CACAAGACAUUUUACUUAUU(WV−2897);UUUCACAAGACAUUUUACUU(WV−2898);UUGUUUCACAAGACAUUUUA(WV−2899);AUUUUGUUUCACAAGACAUU(WV−2900);AGCAUUUUGUUUCACAAGAC(WV−2901);AAAAGCAUUUUGUUUCACAA(WV−2902);UUAAAAAGCAUUUUGUUUCA(WV−2903);AUGUUAAAAAGCAUUUUGUU(WV−2904);UGGAUGUUAAAAAGCAUUUU(WV−2905);AUAUGGAUGUUAAAAAGCAU(WV−2906);UUUAUAUGGAUGUUAAAAAG(WV−2907);AGCUUUAUAUGGAUGUUAAA(WV−2908);GAUAGCUUUAUAUGGAUGUU(WV−2909);AUAGAUAGCUUUAUAUGGAU(WV−2910);UAUAUAGAUAGCUUUAUAUG(WV−2911);CCCUGUAAGGAAAAUAAAGG(WV−2912);AACCCUGUAAGGAAAAUAAA(WV−2913);AAAACCCUGUAAGGAAAAUA(WV−2914);CUAAAACCCUGUAAGGAAAA(WV−2915);GUCUAAAACCCUGUAAGGAA(WV−2916);GAGCACCUUCCUUCUUUUUG(WV−2917);GUGAGCACCUUCCUUCUUUU(WV−2918);AUGUGAGCACCUUCCUUCUU(WV−2919);GAAUGUGAGCACCUUCCUUC(WV−2920);AGGAAUGUGAGCACCUUCCU(WV−2921);UAAGGAAUGUGAGCACCUUC(WV−2922);UUUAAGGAAUGUGAGCACCU(WV−2923);AAUUUAAGGAAUGUGAGCAC(WV−2924);UUAAUUUAAGGAAUGUGAGC(WV−2925);CCUUAAUUUAAGGAAUGUGA(WV−2926);CUCCUUAAUUUAAGGAAUGU(WV−2927);ACUUUCAUAAUGCUGGCAGACUUAC(WV−2928);CACUUUCAUAAUGCUGGCAGACUUA(WV−2929);UCACUUUCAUAAUGCUGGCAGACUU(WV−2930);UUCACUUUCAUAAUGCUGGCAGACU(WV−2931);AUUCACUUUCAUAAUGCUGGCAGAC(WV−2932);GAUUCACUUUCAUAAUGCUGGCAGA(WV−2933);AGAUUCACUUUCAUAAUGCUGGCAG(WV−2934);AAGAUUCACUUUCAUAAUGCUGGCA(WV−2935);UAAGAUUCACUUUCAUAAUGCUGGC(WV−2936);GUAAGAUUCACUUUCAUAAUGCUGG(WV−2937);AACUUUCUAACAUCUGAACUUUUUA(WV−2938);UCAACUUUCUAACAUCUGAACUUUU(WV−2939);UUUCAACUUUCUAACAUCUGAACUU(WV−2940);CCUUUCAACUUUCUAACAUCUGAAC(WV−2941);AACCUUUCAACUUUCUAACAUCUGA(WV−2942);UUAACCUUUCAACUUUCUAACAUCU(WV−2943);CAUUAACCUUUCAACUUUCUAACAU(WV−2944);UGGUCUGCCUACUAGUGAUAUAAAA(WV−2945);GCUGGUCUGCCUACUAGUGAUAUAA(WV−2946);CUGCUGGUCUGCCUACUAGUGAUAU(WV−2947);GUCUGCUGGUCUGCCUACUAGUGAU(WV−2948);AAGUCUGCUGGUCUGCCUACUAGUG(WV−2949);AAAAGUCUGCUGGUCUGCCUACUAG(WV−2950);AAAAAAGUCUGCUGGUCUGCCUACU(WV−2951);AAAAAAAAGUCUGCUGGUCUGCCUA(WV−2952);AUAAAAAAAAGUCUGCUGGUCUGCC(WV−2953);CAAUAAAAAAAAGUCUGCUGGUCUG(WV−2954);AAUGAGAAAUUAGAACCAGAGGCUU(WV−2955);CAAAUGAGAAAUUAGAACCAGAGGC(WV−2956);UGCAAAUGAGAAAUUAGAACCAGAG(WV−2957);CCUGCAAAUGAGAAAUUAGAACCAG(WV−2958);UUCCUGCAAAUGAGAAAUUAGAACC(WV−2959);AUUUCCUGCAAAUGAGAAAUUAGAA(WV−2960);GCAUUUCCUGCAAAUGAGAAAUUAG(WV−2961);CAGCAUUUCCUGCAAAUGAGAAAUU(WV−2962);GCCAGCAUUUCCUGCAAAUGAGAAA(WV−2963);AUGCCAGCAUUUCCUGCAAAUGAGA(WV−2964);CUAUGCCAGCAUUUCCUGCAAAUGA(WV−2965);CUCUAUGCCAGCAUUUCCUGCAAAU(WV−2966);UGCUCUAUGCCAGCAUUUCCUGCAA(WV−2967);GCUGCUCUAUGCCAGCAUUUCCUGC(WV−2968);GUGCUGCUCUAUGCCAGCAUUUCCU(WV−2969);UAGUGCUGCUCUAUGCCAGCAUUUC(WV−2970);GUUUUCCACAAACCAUAAAGUUUUA(WV−2971);UGUUUUCCACAAACCAUAAAGUUUU(WV−2972);UUGUUUUCCACAAACCAUAAAGUUU(WV−2973);GAGAAUUCUAGUAGGGAUGUAGAUU(WV−2974);UGAGAAUUCUAGUAGGGAUGUAGAU(WV−2975);AUGAGAAUUCUAGUAGGGAUGUAGA(WV−2976);UAUGAGAAUUCUAGUAGGGAUGUAG(WV−2977);UUUACUUAUUUUAUUCAACAAAAUA(WV−2978);AUUUUACUUAUUUUAUUCAACAAAA(WV−2979);UUCACAAGACAUUUUACUUAUUUUA(WV−2980);GUUUCACAAGACAUUUUACUUAUUU(WV−2981);UUGUUUCACAAGACAUUUUACUUAU(WV−2982);UUUUGUUUCACAAGACAUUUUACUU(WV−2983);CAUUUUGUUUCACAAGACAUUUUAC(WV−2984);AGCAUUUUGUUUCACAAGACAUUUU(WV−2985);AAAGCAUUUUGUUUCACAAGACAUU(WV−2986);AAAAAGCAUUUUGUUUCACAAGACA(WV−2987);UUAAAAAGCAUUUUGUUUCACAAGA(WV−2988);UGUUAAAAAGCAUUUUGUUUCACAA(WV−2989);GAUGUUAAAAAGCAUUUUGUUUCAC(WV−2990);UGGAUGUUAAAAAGCAUUUUGUUUC(WV−2991);UAUGGAUGUUAAAAAGCAUUUUGUU(WV−2992);UAUAUGGAUGUUAAAAAGCAUUUUG(WV−2993);UUUAUAUGGAUGUUAAAAAGCAU
UU(WV−2994);GCUUUAUAUGGAUGUUAAAAAGCAU(WV−2995);UAGCUUUAUAUGGAUGUUAAAAAGC(WV−2996);GAUAGCUUUAUAUGGAUGUUAAAAA(WV−2997);UAGAUAGCUUUAUAUGGAUGUUAAA(WV−2998);UAUAGAUAGCUUUAUAUGGAUGUUA(WV−2999);UAUAUAGAUAGCUUUAUAUGGAUGU(WV−3000);CCUGUAAGGAAAAUAAAGGAAGUUA(WV−3001);ACCCUGUAAGGAAAAUAAAGGAAGU(WV−3002);AAACCCUGUAAGGAAAAUAAAGGAA(WV−3003);UAAAACCCUGUAAGGAAAAUAAAGG(WV−3004);UCUAAAACCCUGUAAGGAAAAUAAA(WV−3005);UGUCUAAAACCCUGUAAGGAAAAUA(WV−3006);AAUGUGAGCACCUUCCUUCUUUUUG(WV−3007);GGAAUGUGAGCACCUUCCUUCUUUU(WV−3008);AAGGAAUGUGAGCACCUUCCUUCUU(WV−3009);UUAAGGAAUGUGAGCACCUUCCUUC(WV−3010);AUUUAAGGAAUGUGAGCACCUUCCU(WV−3011);UAAUUUAAGGAAUGUGAGCACCUUC(WV−3012);CUUAAUUUAAGGAAUGUGAGCACCU(WV−3013);UCCUUAAUUUAAGGAAUGUGAGCAC(WV−3014);ACUCCUUAAUUUAAGGAAUGUGAGC(WV−3015);UUACUCCUUAAUUUAAGGAAUGUGA(WV−3016)の何れかであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、及び/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を更に含む。本明細書のWV−2837〜WV−3016に挙げられるオリゴヌクレオチドの各々について、各糖は2’−OMeを含み、各インターヌクレオチド結合はステレオランダムなホスホロチオエートであったとともに、追加の化学的部分はない。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に挙げられるSMN2塩基配列又は0〜3個のミスマッチを有する15個の隣接塩基を含むその一部分(ここで、各Tは、独立に、Uによって置き換えられ得る)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又は0〜3個のミスマッチを有する15個の隣接塩基を含むその一部分(ここで、各Tは、独立に、Uによって置き換えられ得る)である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチド組成物の塩基配列はTCACTTTCATAATGCTGGである。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドはキラル制御されている。TCACTTTCATAATGCTGGの塩基配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドの例としては、WV−6767、WV−6768、WV−6769、WV−6770、WV−6771、WV−6772、WV−6773、WV−6774、WV−6775、WV−6776、WV−6777、WV−6778、WV−6779、WV−6780、WV−6781、WV−6782、WV−6783、WV−6784、WV−6785、WV−6786、WV−6787、WV−6788、WV−6789、WV−6790、WV−6791、WV−6792、WV−6793、WV−6794、WV−6795、WV−6796、WV−6797、WV−6798、WV−6799、WV−6800、WV−6801、WV−6802、WV−6803、WV−6804、WV−6805、WV−6806、WV−6807、WV−6808、WV−6809、WV−6810、WV−6811、WV−6812、WV−6813、WV−6815、WV−6817、WV−9064及びWV−9065が挙げられる。
UU(WV−2994);GCUUUAUAUGGAUGUUAAAAAGCAU(WV−2995);UAGCUUUAUAUGGAUGUUAAAAAGC(WV−2996);GAUAGCUUUAUAUGGAUGUUAAAAA(WV−2997);UAGAUAGCUUUAUAUGGAUGUUAAA(WV−2998);UAUAGAUAGCUUUAUAUGGAUGUUA(WV−2999);UAUAUAGAUAGCUUUAUAUGGAUGU(WV−3000);CCUGUAAGGAAAAUAAAGGAAGUUA(WV−3001);ACCCUGUAAGGAAAAUAAAGGAAGU(WV−3002);AAACCCUGUAAGGAAAAUAAAGGAA(WV−3003);UAAAACCCUGUAAGGAAAAUAAAGG(WV−3004);UCUAAAACCCUGUAAGGAAAAUAAA(WV−3005);UGUCUAAAACCCUGUAAGGAAAAUA(WV−3006);AAUGUGAGCACCUUCCUUCUUUUUG(WV−3007);GGAAUGUGAGCACCUUCCUUCUUUU(WV−3008);AAGGAAUGUGAGCACCUUCCUUCUU(WV−3009);UUAAGGAAUGUGAGCACCUUCCUUC(WV−3010);AUUUAAGGAAUGUGAGCACCUUCCU(WV−3011);UAAUUUAAGGAAUGUGAGCACCUUC(WV−3012);CUUAAUUUAAGGAAUGUGAGCACCU(WV−3013);UCCUUAAUUUAAGGAAUGUGAGCAC(WV−3014);ACUCCUUAAUUUAAGGAAUGUGAGC(WV−3015);UUACUCCUUAAUUUAAGGAAUGUGA(WV−3016)の何れかであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチド組成物はキラル制御されており、及び/又はアシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分(限定はされないが、GalNAc又はその変異体若しくは誘導体を含む)を更に含む。本明細書のWV−2837〜WV−3016に挙げられるオリゴヌクレオチドの各々について、各糖は2’−OMeを含み、各インターヌクレオチド結合はステレオランダムなホスホロチオエートであったとともに、追加の化学的部分はない。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に挙げられるSMN2塩基配列又は0〜3個のミスマッチを有する15個の隣接塩基を含むその一部分(ここで、各Tは、独立に、Uによって置き換えられ得る)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列は、TCACTTTCATAATGCTGG又は0〜3個のミスマッチを有する15個の隣接塩基を含むその一部分(ここで、各Tは、独立に、Uによって置き換えられ得る)である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチド組成物の塩基配列はTCACTTTCATAATGCTGGである。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドはキラル制御されている。TCACTTTCATAATGCTGGの塩基配列を有するキラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドの例としては、WV−6767、WV−6768、WV−6769、WV−6770、WV−6771、WV−6772、WV−6773、WV−6774、WV−6775、WV−6776、WV−6777、WV−6778、WV−6779、WV−6780、WV−6781、WV−6782、WV−6783、WV−6784、WV−6785、WV−6786、WV−6787、WV−6788、WV−6789、WV−6790、WV−6791、WV−6792、WV−6793、WV−6794、WV−6795、WV−6796、WV−6797、WV−6798、WV−6799、WV−6800、WV−6801、WV−6802、WV−6803、WV−6804、WV−6805、WV−6806、WV−6807、WV−6808、WV−6809、WV−6810、WV−6811、WV−6812、WV−6813、WV−6815、WV−6817、WV−9064及びWV−9065が挙げられる。
とりわけ、本開示は、表1A及び他の部分において、その各々が定義された塩基配列を有する様々なオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、任意の化学修飾、立体化学、フォーマット、構造特徴(例えば、修飾の任意の構造若しくはパターン又はその部分)並びに/又は本明細書に記載される何れか他の修飾(例えば、ターゲティング部分、炭水化物部分などの別の部分との共役;及び/若しくは多量体化)を有する、本明細書に開示される何れかのオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、それを含むか又はその一部分を含む塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含する。一部の実施形態では、(例えば、塩基配列又は修飾のパターンの)「部分」は、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20長である。一部の実施形態では、塩基配列の「部分」は、少なくとも5nt長である。一部の実施形態では、塩基配列の「部分」は、少なくとも10nt長である。一部の実施形態では、塩基配列の「部分」は、少なくとも15nt長である。一部の実施形態では、塩基配列の「部分」は、少なくとも20nt長である。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは、任意選択で且つ独立に、5−メチルシトシンに置き換えられる。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのシトシンは、任意選択で且つ独立に、5−メチルシトシンに置き換えられる。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を有するSMN2オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各シトシンは、任意選択で且つ独立に、5−メチルシトシンに置き換えられる。一部の実施形態において、かかるSMN2オリゴヌクレオチドはキラル制御されている。
一部の実施形態において、塩基配列の一部分は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19個又はそれを超える隣接(連続)塩基のスパンである。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される配列のSMN2オリゴヌクレオチドを記載する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される配列のSMN2オリゴヌクレオチドを記載し、ここで、オリゴヌクレオチドは、エクソン7欠失SMN2 mRNAと比べてエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を亢進させる能力又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させる能力を有する。一部の実施形態において、記載される配列のSMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の構造を含む。様々な配列において、UはTに置き換えることができるか又は逆も同様であるか、又は配列はU及びTの混合物を含み得る。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは長さが約49、45、40、30、35、25、23個以下の総ヌクレオチドである。一部の実施形態において一部分は、0〜3つのミスマッチを含む少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個の総ヌクレオチドである。一部の実施形態において、一部分は、0〜3つのミスマッチを有する少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個の総ヌクレオチドのスパンであり、ここで、0ミスマッチのスパンは、相補的であり、1つ以上のミスマッチを有するスパンは実質的な相補性の非限定的な例である。上記に記載される配列の5’末端がUで始まる一部の実施形態において、Uは欠失させ、且つ/又は別の塩基に置き換えることができる。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるフォーマット又はフォーマットの一部分を有する本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、又はそれを含むか、又はそれの一部分を含む塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含する。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列を含むことができる。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列又はその一部分を含むことができる。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列又はその一部分を含むことができ、ここで、一部分は、15個の隣接塩基のスパン又は1〜5つのミスマッチを含む15個の隣接塩基のスパンである。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の塩基配列又はその一部分を、本明細書に記載される任意の他の構造要素又は修飾と組み合わせて含むことができる。
本表中の全てのオリゴヌクレオチドは一本鎖である(特に注記しない限り)。
部分及び/又は修飾(又はそれらの部分又は修飾を含むオリゴヌクレオチド組成物の構築に使用される化合物):
m:2’−OMe
m5:Cの5−位のメチル(核酸塩基は5−メチルシトシンである)
m5Ceo:5−メチル2’−O−メトキシエチルC
eo:2’−MOE(2’−O−(2−メトキシエチル))
nX:非負のステレオランダムなインターヌクレオチド結合(n001と表記されることもある):
O,PO:リン酸ジエステル(リン酸);末端基又は結合、例えばリンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、インターヌクレオチド結合等であり得る。「立体化学/インターヌクレオチド結合」列に示されるリン酸ジエステルは「説明」列に再掲しないこともある;「説明」列にインターヌクレオチド結合が示されない場合、それは特に注記しない限りリン酸ジエステルである
*,PS:ホスホロチオエート;これは、末端基又は結合、例えばリンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、インターヌクレオチド結合等であり得る。
*R,R:Rp配置のホスホロチオエート;*RはRp配座の単一のホスホロチオエートを示すことに留意されたい
*S,S:Sp配座のホスホロチオエート;*SはSp配座の単一のホスホロチオエートを示すことに留意されたい
X:ステレオランダムなホスホロチオエート
L001:示される通り、存在する場合にはModに−NH−で連結し、且つオリゴヌクレオチド組成物鎖の5’−末端にリン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(*キラル制御されていないホスホロチオエートの場合;また、キラル制御された且つSp配置を有する場合Spであり得、及びキラル制御された且つRp配置を有する場合Rpであり得る)で連結する、−NH−(CH2)6−リンカー(別名C6リンカー、C6アミンリンカー又はC6アミノリンカー)。Modが存在しない場合、L001は、例えばWV−7308のように、−Hに連結する。例えば、WV−9065では、L001は−NH−でMod007に連結し(アミド基−C(O)−NH−を形成する)、且つリン酸結合(
に太字下線で指示する)でオリゴヌクレオチド組成物鎖に連結する;WV−9064では、L001はいかなるModにも連結せず、しかし、−NH−で−Hに連結し、且つリン酸結合(
に太字下線で指示する)でオリゴヌクレオチド組成物鎖に連結する。
様々なオリゴヌクレオチドの表記について、ハイフンは無関係である;従って、例えばWV−9999とあれば、それはWV9999と同じオリゴヌクレオチドである。
部分及び/又は修飾(又はそれらの部分又は修飾を含むオリゴヌクレオチド組成物の構築に使用される化合物):
m:2’−OMe
m5:Cの5−位のメチル(核酸塩基は5−メチルシトシンである)
m5Ceo:5−メチル2’−O−メトキシエチルC
eo:2’−MOE(2’−O−(2−メトキシエチル))
nX:非負のステレオランダムなインターヌクレオチド結合(n001と表記されることもある):
*,PS:ホスホロチオエート;これは、末端基又は結合、例えばリンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、インターヌクレオチド結合等であり得る。
*R,R:Rp配置のホスホロチオエート;*RはRp配座の単一のホスホロチオエートを示すことに留意されたい
*S,S:Sp配座のホスホロチオエート;*SはSp配座の単一のホスホロチオエートを示すことに留意されたい
X:ステレオランダムなホスホロチオエート
L001:示される通り、存在する場合にはModに−NH−で連結し、且つオリゴヌクレオチド組成物鎖の5’−末端にリン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(*キラル制御されていないホスホロチオエートの場合;また、キラル制御された且つSp配置を有する場合Spであり得、及びキラル制御された且つRp配置を有する場合Rpであり得る)で連結する、−NH−(CH2)6−リンカー(別名C6リンカー、C6アミンリンカー又はC6アミノリンカー)。Modが存在しない場合、L001は、例えばWV−7308のように、−Hに連結する。例えば、WV−9065では、L001は−NH−でMod007に連結し(アミド基−C(O)−NH−を形成する)、且つリン酸結合(
提供されるSMN2オリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、様々な数の天然リン酸結合を含み得る。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチドは、少なくとも2対の交互のリン酸ジエステルとホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチド組成物は、それをSMN2系の転写物と接触させたとき、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルが、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて向上することを特徴とする。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルは、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%又は0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、3、4、5、6、7、8、9、10倍又はそれを超えて増加する。
一部の実施形態において、結合リンを修飾すると、プロドラッグとしての役割を果たし得ることを特徴とするP修飾部分が生じ、例えば、このP修飾部分は、除去に先立つ所望の場所へのSMN2オリゴヌクレオチドの送達を促進する。例えば、一部の実施形態において、P修飾部分は、結合リンにおけるペグ化によって生じる。関連性のある技術分野の当業者は、様々なPEG鎖長が有用であり、鎖長の選択が、一部には、ペグ化によって実現させようとする結果により決まることになると理解するであろう。例えば、一部の実施形態において、ペグ化は、SMN2オリゴヌクレオチドのRES取り込みを低減してインビボ循環寿命を延ばすために達成される。
一部の実施形態において、本開示に係る使用のためのペグ化試薬は、約300g/mol〜約100,000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約300g/mol〜約10,000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約300g/mol〜約5,000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約500g/molの分子量である。一部の実施形態において、分子量のペグ化試薬は約1000g/molである。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約3000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約5000g/molの分子量である。
特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG500である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG1000である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG3000である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG5000である。
一部の実施形態において、P修飾部分は、それが細胞膜破壊性脂質又はペプチドなど、細胞への侵入及び/又はエンドソームエスケープを促進する薬剤としての役割を果たすことを特徴とする。
一部の実施形態において、P修飾部分は、それがターゲティング薬剤としての役割を果たすことを特徴とする。一部の実施形態において、P修飾部分はターゲティング薬剤であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、ターゲティング薬剤は、目的のペイロード(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)に会合した、またターゲティング薬剤と会合されているとき、目的のペイロードがターゲティング薬剤と会合していないときに他の点では同等の条件下で観察されるものと比べて実質的に大幅に目的のペイロードが目的の標的部位へと標的化されるように目的のSMN2標的部位と相互作用もする実体である。ターゲティング薬剤は、例えば、小分子部分、核酸、ポリペプチド、炭水化物等を含め、種々の化学的部分の何れでもあり得るか又はそれを含み得る。ターゲティング薬剤については、Adarsh et al.,“Organelle Specific Targeted Drug Delivery−A Review,”International Journal of Research in Pharmaceutical and Biomedical Sciences,2011,p.895によって詳説されている。
かかるターゲティング薬剤の例としては、限定はされないが、タンパク質(例えば、トランスフェリン)、抗体(モノクローナル及びポリクローナル抗体、例えばIgG、IgA、IgM、IgD、IgE抗体)、糖類/炭水化物(例えば、単糖類及び/又はオリゴ糖類(マンノース、マンノース−6−リン酸、ガラクトースなど))、ビタミン類(例えば、葉酸塩)又は他の小生体分子が挙げられる。一部の実施形態において、ターゲティング部分はステロイド分子(例えば、コール酸、デオキシコール酸、デヒドロコール酸を含む胆汁酸;コルチゾン;ジゴキシゲニン;テストステロン;コレステロール;カチオン性ステロイド類、例えばコルチゾン環の3位で二重結合を介して結合したトリメチルアミノメチルヒドラジド基を有するコルチゾンなど)である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、脂溶性分子(例えば、脂環式炭化水素、飽和及び不飽和脂肪酸、ワックス、テルペン類並びにアダマンタン及びバックミンスターフラーレンなどの多脂環式炭化水素)である。一部の実施形態において、脂溶性分子は、ビタミンA、レチノイン酸、レチナール又はデヒドロレチナールなどのテルペノイドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分はペプチドである。
一部の実施形態において、P修飾部分は、それが細胞特異的送達を促進することを特徴とする。
一部の実施形態において、P修飾部分は、それが上述のカテゴリーの1つ以上に分類されることを特徴とする。例えば、一部の実施形態において、P修飾部分はPKエンハンサー及びターゲティングリガンドとしての役割を果たす。一部の実施形態において、P修飾部分はプロドラッグ及びエンドソームエスケープ薬剤としての役割を果たす。関連性のある技術分野の当業者であれば、他の多数のかかる組み合わせが可能であり、本開示によって企図されることを認識し得る。
一部の実施形態において、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール若しくはヘテロシクリル基又はその二価若しくは多価の基は、C3〜C30カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール若しくはヘテロシクリル基又はその二価及び/又は多価の基である。
アッセイ
本開示では、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物、方法等の評価に、当技術分野において公知の多くを含め、様々な技術を利用することができる。例えば、様々な相の臨床試験を含め、様々なアッセイがヌシネルセンに関して実施されたとともに、提供されるオリゴヌクレオチドの評価に利用し得る。
本開示では、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物、方法等の評価に、当技術分野において公知の多くを含め、様々な技術を利用することができる。例えば、様々な相の臨床試験を含め、様々なアッセイがヌシネルセンに関して実施されたとともに、提供されるオリゴヌクレオチドの評価に利用し得る。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの評価は、エクソン取り込みmRNA、例えばエクソン7含有SMN2 mRNA(例えば転写物)又はその遺伝子産物(例えば完全長SMNタンパク質)のレベル、活性及び/又は発現の変化又は向上を定量化することにより実施し得る。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの送達は、トランスフェクション薬剤によるものであり得るか、又はトランスフェクション薬剤なしであり得る(例えばジムノシスによるものであり得る)。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物をエクソン(例えばSMN2のエクソン7)の取り込みに関して同定する及び/又は特徴付ける方法を提供し、この方法は、
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供するステップ;
そのエクソンを含むスプライシング前の核酸を含む適切なスプライシング系にオリゴヌクレオチド組成物を接触させるステップ;及び
そのエクソンを含むスプライシング産物(例えば、エクソン7含有SMN2 mRNA(例えば、転写物))又はスプライシング産物によってコードされる産物(例えば、完全長SMNタンパク質)のレベル、活性及び/又は発現の増加を評価するステップ
を含む。とりわけ、提供されるオリゴヌクレオチドは、代わりに及び/又は加えて、活性持続期間、免疫応答の誘導又は他の有害作用、製造の容易さ及び組織に送達されて細胞に侵入する能力に関して試験することができる。
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供するステップ;
そのエクソンを含むスプライシング前の核酸を含む適切なスプライシング系にオリゴヌクレオチド組成物を接触させるステップ;及び
そのエクソンを含むスプライシング産物(例えば、エクソン7含有SMN2 mRNA(例えば、転写物))又はスプライシング産物によってコードされる産物(例えば、完全長SMNタンパク質)のレベル、活性及び/又は発現の増加を評価するステップ
を含む。とりわけ、提供されるオリゴヌクレオチドは、代わりに及び/又は加えて、活性持続期間、免疫応答の誘導又は他の有害作用、製造の容易さ及び組織に送達されて細胞に侵入する能力に関して試験することができる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の特性は参照オリゴヌクレオチド組成物(又は陰性対照オリゴヌクレオチド組成物)と比較される。一部の実施形態において、参照オリゴヌクレオチド組成物は、対応するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドと同じ組成を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、参照オリゴヌクレオチド組成物はステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、ヌシネルセン等のステレオランダムオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、全てのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチドのステレオランダム組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、全てリン酸結合を有するDNAオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と化学修飾の同じパターンを有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列及び化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの非キラル制御(又はステレオランダム)組成物である。
一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、限定はされないが、本明細書に記載の化学修飾を含め、異なる化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、ヌクレオチド間結合並びに/又はヌクレオチド間結合及び/若しくは化学修飾の立体化学の異なるパターンを有する、オリゴヌクレオチドの組成物である。
エクソンを取り込む及び/又はそれを排除するスプライシング産物及びそれによってコードされる産物(例えば、タンパク質)のレベル、発現及び/又は活性を評価するための様々な技術が当技術分野において公知である。例えば、SMN2転写物並びにエクソン7欠失及びエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルはqPCRで定量化することができ、SMN2タンパク質レベルはウエスタンブロット、ELISA又は質量分析法等を用いて決定することができる。加えて、野生型及び/又は突然変異体SMN2を発現する運動ニューロン(MN)に関して、例えば、電気生理学、NMJ形成等により機能アッセイを実施することができる。
一部の実施形態において、RNAレベルなどの核酸レベルは、種々の技術によって定量化することができ、その多くは市販のキット及び材料で達成することができ、これらの方法は周知で、当技術分野においてルーチンである。かかる方法としては、例えば、ノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)又は定量的リアルタイムPCRが挙げられる。全細胞RNA又はポリ(A)+mRNAに関してRNA分析を実施することができる。プローブ及びプライマーは、標的、例えばSMN2核酸にハイブリダイズするように設計することができる。一部の実施形態において、エクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベル、活性及び/又は発現の増加に関するSMN2オリゴヌクレオチドのアッセイは、例えば、Zhang et al.2001 Gene Ther.8:1532−1538に記載されるアッセイを用いて実施することができる。
一部の実施形態において、タンパク質レベルは、限定はされないが、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、ウエスタンブロット分析(イムノブロッティング)、免疫細胞化学、蛍光活性化細胞選別(FACS)、免疫組織化学、免疫沈降、タンパク質活性アッセイ(例えば、カスパーゼ活性アッセイ)、定量的タンパク質アッセイ等を含め、当技術分野において公知の任意の方法で判定又は定量化することができる。タンパク質、例えばSMNの検出に有用な抗体は、当技術分野において公知であり、且つ/又は市販されている;追加的な抗体、例えばSMNに対するものは、必要に応じて作成することができる。
提供されるオリゴヌクレオチドの有効性の判定及び試験は、インビトロ又はインビボで実施することができる。例えば、一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの評価は、インビトロで細胞において実施することができる。一部の実施形態において、細胞は、SMN2を発現する細胞である。一部の実施形態において、細胞(例えば、SMA患者由来の細胞)は、SMN2(例えば、スプライシングされていないSMN2転写物)の発現能を有する。SMN2オリゴヌクレオチドの有効性の判定及び試験は、インビトロで、限定はされないが本明細書に記載されるものを含めた様々な細胞又は細胞株において実施することができる。例示的SMA患者細胞株としては、例えば、G03813細胞株(SMA患者由来線維芽細胞;国際公開第2010/115993号パンフレットを参照されたい)が挙げられる。Arnold et al.2013 Ann.Neurol.74:348−362;Rossoll et al.2003 J.Cell.Biol.163:801−812も参照されたい。一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの評価は、神経学的疾患を有する対象の細胞を接触SMN2オリゴヌクレオチドに接触させて、エクソン7含有SMN又はSMN2のレベル、活性及び/又は発現が増加するかどうかを決定することにより達成し得る。
提供されるオリゴヌクレオチドの評価は、インビボで実施することができる。例えば、一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは動物において評価することができる。一部の実施形態において、ヒト及び/又は他の動物でSMN2オリゴについて評価することにより、機能的SMN2 mRNA及びタンパク質のレベル、活性、発現、アレル特異的発現及び/又は細胞内分布の変化又は改善を媒介し、且つ/又はSMN2関連病態、障害及び/又は疾患の少なくとも1つの症状を予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を遅延させることができる。一部の実施形態において、かかるインビボでの判定及び/又は試験では、SMN2オリゴヌクレオチドの導入後の表現型の変化、例えば運動機能及び呼吸の改善を決定することができる。一部の実施形態において、運動機能は、本開示に従い、平均台、握力、後肢足跡試験(例えば、動物において)、オープンフィールド動作性、登り棒、ロータロッド等を含め、当技術分野において公知の様々な試験の何れかにおける変化の決定により測定することができる。一部の実施形態において、呼吸は、コンプライアンス測定、侵襲抵抗、全身プレスチモグラフ等を含め、当技術分野において公知の様々な試験の何れかにおける変化の決定により測定することができる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドの評価は動物において実施することができる。一部の実施形態において、動物はショウジョウバエ属(Drosophila)のハエである。一部の実施形態において、動物はマウスである。例えば、SMN2ハエ及びマウスモデル並びにそれらを使用した実験手順について、例えば、Arnold et al.2013 Ann.Neurol.74:348−362;Lotti et al.2012 Cell 151:440−54;Imlach et al.2012 Cell 151:427−39;Chan et al.2003 Hum.Mol.Genet.12:1367−76;Edens et al.2015 Biochim.Biophys.Acta 1852:685−692;Coady et al.2010 J.Neurosci.30:126−130;Cherry et al.2014 Assay Drug Dev.Tech.Vol.12,No.6;Kobayashi et al.2011 PLoS One 6:e24269;Kobayashi et al.2013 PLoS One 8:e60113;Osborne et al.2012 Hum.Mol.Genet.21:4431−4447;Patani 2016 Stem Cells Intl.Article ID 1036974;Russo et al.2015 World J.Transplant.5:209−221;Sahashi et al.2013 EMBO Mol.Med.5:1586−1601;Sleigh et al.2011 Dis.Mod.Mech.4:457−467;Staropoli et al.2015 Genomics 105:220−228;Zaworski et al.2016 PLoS One 0150640;Zhang et al.2001 Gene Ther.8:1532−1538;Zhao et al.2016 Hum.Mol.Genet.1−15;及び国際公開第2010/115993号パンフレットに記載されている。一部の実施形態において、被験動物に投与したSMN2オリゴヌクレオチドは、所望の組織中(例えば、脳幹及び脊髄)におけるその存在に関して試験することができる。
特定の生物学的適用
本明細書に記載される通り、提供される技術は、特にスプライシング産物における所望のエクソンの取り込みを増加させるため、スプライシングを調節することができる。例えば、一部の実施形態において、提供される技術は、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較して、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させ、且つ/又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させることができる。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みの増加又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルの増加は、例えば、図1A〜図1Cに示される。本明細書において実証される通り、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドWV−6775、WV−6777、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781、WV−6782、WV−6783、WV−6784、WV−6785、WV−6786、WV−6787及びWV−6767は全て、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させるか、又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルを増加させることが可能であった。
本明細書に記載される通り、提供される技術は、特にスプライシング産物における所望のエクソンの取り込みを増加させるため、スプライシングを調節することができる。例えば、一部の実施形態において、提供される技術は、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較して、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させ、且つ/又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させることができる。一部の実施形態において、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みの増加又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルの増加は、例えば、図1A〜図1Cに示される。本明細書において実証される通り、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドWV−6775、WV−6777、WV−6779、WV−6768、WV−6780、WV−6781、WV−6782、WV−6783、WV−6784、WV−6785、WV−6786、WV−6787及びWV−6767は全て、SMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させるか、又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルを増加させることが可能であった。
一部の実施形態において、本開示は、スプライシング時のエクソンのスキッピングに関連する病態、障害又は疾患を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、提供されるオリゴヌクレオチド組成物をそれに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に投与することを含み、ここで、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較してエクソンの取り込みレベルの増加をもたらす。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、参照条件(又は陰性対照条件)は、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドの同じ組成の、但しキラル制御されていないオリゴヌクレオチドを含む対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分を含み、参照組成物のオリゴヌクレオチドはかかる追加の化学的部分を含有しない。
一部の実施形態において、病態、障害又は疾患は、SMN2エクソンのスキッピングに関連する。一部の実施形態において、SMN2エクソンはエクソン7である。一部の実施形態において、病態、障害又は疾患はSMAである。一部の実施形態において、病態、障害又は疾患はALSである。
一部の実施形態において、本開示は、共通の塩基配列を共有する、その共通の塩基配列がSMN2転写物中の標的配列と相補的である複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することにより病態、障害又は疾患を治療する方法において、それをスプライシング系のSMN2転写物と接触させたとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べてSMN2 mRNAのエクソン7の取り込み又はエクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2のレベルが増加することを特徴とする立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含むことを改良点とする方法を提供する。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドは、ASGPR(アシアロ糖タンパク質受容体又はASGP受容体とも表記される)への結合能を有する部分を含む。
一部の実施形態において、生物学的に活性な薬剤は、ASGPR(アシアロ糖タンパク質受容体又はASGP受容体とも表記される)への結合能を有する部分を含む。
ASGPRは、報告によれば、主として哺乳類肝細胞に見られることが報告されている高発現の(約500000コピー/細胞)カルシウムイオン依存性レクチンである。ASGPRは、報告によれば、古くなった血清糖タンパク質をクラスリン媒介性エンドサイトーシスによって除去することに関与する。この受容体は、報告によれば、多価GalNAc(N−アセチルガラクトサミン)に対して高いアビディティを有し、2つのサブユニット、主要な48kDaサブユニット(ASGPR−1)とマイナーな40kDaサブユニット(ASGPR−2)とからなる。これらのサブユニットは、報告によれば、様々な立体配置のオリゴマーを形成し、各サブユニットが二価カルシウムイオンキレート化によって一価GalNAcに結合可能であり、四価配位錯体を形成する。報告によれば、エンドソームの低pHがリガンドと受容体との間の四価カルシウムキレート化の破壊を引き起こし、肝細胞の消化機構にリガンドが放出される。リガンドの放出後、報告によれば、受容体複合体は再循環する。報告によれば、単一の受容体が約15分の代謝回転時間で最高200回循環し、大量のリガンドを飽和効果なしに肝細胞にインターナライズさせることが可能となっている。
ASGPR1は、マウスの海馬領域及び/又は小脳プルキンエ細胞層に発現することも報告されている。http://mouse.brain−map.org/experiment/show/2048。
ASGPRは、典型的には肝臓への薬剤、例えばオリゴヌクレオチドの送達のために標的化され、肝臓送達に特異的であることが報告されている。とりわけ、本開示は、ASGPRへの結合能を有する化学的部分を薬剤、例えばオリゴヌクレオチドに組み込むと、意外にも、脳を含めた中枢神経系における薬剤(例えば、SMN2オリゴヌクレオチド)の送達及び/又は活性が向上し得ることを実証する。とりわけ、本開示は、向上した送達及び/又は活性のための技術(オリゴヌクレオチド、組成物、方法等)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、生物学的に活性な薬剤を対象の脳又は脳の一部分に送達する方法に関し、ここで、生物学的に活性な薬剤は、脳内のASGP受容体への結合能を有する部分を含み、及びこの方法は、生物学的に活性な薬剤を対象に投与するステップを含む。
一部の実施形態において、本開示は、脳内のASGP受容体への結合能を有する部分にコンジュゲートした生物学的に活性な薬剤を含む組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、対象の脳に関連する又は脳に関係する障害を治療する方法に関し、ここで、この方法は、対象に生物学的に活性な薬剤を対象に投与するステップを含み、生物学的に活性な薬剤は、対象の脳内のASGP受容体への結合能を有する部分を含む。
一部の実施形態において、脳に関連する又は脳に関係する障害は、ASGPRを発現する脳の一部分に対する生物学的損傷又は傷害によって特徴付けられる。
一部の実施形態において、脳に関連する又は脳に関係する障害は、海馬領域及び/又は小脳プルキンエ細胞層であるか又はそれを含む脳の一部分に対する生物学的損傷又は傷害によって特徴付けられる。
一部の実施形態において、脳に関連する又は脳に関係する障害は、アルツハイマー病、クッシング病、抑欝、癲癇、頭部傷害、高血圧症、パーキンソン病、心的外傷後ストレス障害、統合失調症及び/又は海馬萎縮に関連する障害である。
一部の実施形態において、生物学的に活性な薬剤は、核酸、小分子、抗体、ペプチド又はタンパク質である。
一部の実施形態において、核酸はオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、核酸はRNA及び/又はDNAを含む。
一部の実施形態において、核酸は、オリゴヌクレオチド、一本鎖RNAi(RNA干渉)薬剤、二本鎖RNAi薬剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、mRNA又はその一部分である。
一部の実施形態において、生物学的に活性な薬剤はCRISPRシステムの一成分である。
一部の実施形態において、ASGPRは海馬領域及び/又は小脳プルキンエ細胞層に発現する。
一部の実施形態において、ASGPRへの結合能を有する部分はASGPRリガンドである。
一部の実施形態において、ASGPRへの結合能を有する部分は、ラクトース、ガラクトース、N−アセチルガラクトサミン(GalNAc)、ガラクトサミン、N−ホルミルガラクトサミン、N−プロピオニルガラクトサミン、N−n−ブタノイル−ガラクトサミン又はN−イソ−ブタノイル−ガラクトサミンである。
一部の実施形態において、ASGP受容体への結合能を有する部分は炭水化物である。
一部の実施形態において、ASGP受容体への結合能を有する部分はGalNAcである。
一部の実施形態において、ASGP受容体への結合能を有する部分はGalNAc又はその誘導体である。
一部の実施形態において、GalNAcは、N−アセチルガラクトサミン、又はn−アセチル−α−D−ガラクトサミン、又はn−アセチル−α−D−ガラクトサミン、α−GalNAc;TNサッカライド;α−GalpNAc;GalNAc−α;n−アセチル−α−D−ガラクトサミン;又はN−アセチル−α−D−ガラクトサミンとも称される。
一部の実施形態において、ASGP受容体への結合能を有する部分はガラクトースのアミノ糖誘導体である。
一部の実施形態において、GalNAcは保護又は脱保護されているGalNAcである。
一部の実施形態において、GalNAcは、この用語が本明細書において使用されるとき、GalNAcに構造的に類似し、且つ/又はGalNAcの少なくとも1つの機能(例えば、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)への結合)を果たす化学的実体を指す。
提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドの5’末端におけるGalNAc部分(例えば、5’GalNAc部分)の非限定的な例を以下に示し、ここで、5’末端構造は、
によって表される。
一部の実施形態において、GalNAc部分、例えばGalNAc又はその変異体若しくは誘導体については、Migawa et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:2914−7;Ostergaard et al.2015 Bioconjug.Chem.26:1451−1455;Prakash et al.2014 Nucl.Acids Res.42:8796−8807;Prakash et al.2016 J.Med.Chem.59:2718−33;Shemesh et al.2016 Mol.Ther.Nucl.Acids 5:e319;St−Pierre et al.2016 Bioorg.Med.Chem.24:2397−409;及び/又はYu et al.2016 Mol.Ther.Nucl.Acids 5:e317の何れかに記載されている。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる化学的部分(例えば、追加の成分)は、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGR又はASPGR)に結合する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばSMN2オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる化学的部分(例えば、追加の成分)は、ASPGRに結合し、Mod031、Mod034、Mod035、Mod036、Mod038、Mod039、Mod040又はMod041の何れかを含む。
一部の実施形態において、追加の成分は、Mod079、Mod080、Mod081、Mod082又はMod083の何れかであり得るか又はそれを含み得る。一部の実施形態において、追加の成分は、以下の何れかであり得るか又はそれを含み得る。
図3並びに以下及び本明細書に提示するデータに示す通り、幾つかのオリゴヌクレオチドをSMAモデルマウスでその活性に関して試験した。
SMAモデルマウスに、WV−2782(ステレオランダマー、ヌシネルセンに対応する);WV−6782及びWV−6780、キラル制御されたバージョンのヌシネルセンである);及びヌシネルセンに対応するWV−7306(ステレオランダムである)を含めた、GalNAc(Mod001L001、本明細書に示される)を更に含む様々なオリゴヌクレオチドを投与した。この試験では、オリゴヌクレオチドは全て同じ塩基配列及び2’糖修飾を含み;これらのオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムであるか、それとも立体的に純粋であるか(キラル制御されているか)、及びGalNAcにコンジュゲートされているか否かの点が異なる。
様々なオリゴヌクレオチドの何れか1つの投与後に、SMAモデルマウスを生存に関して判定した。新生児SMAモデルマウスに40mg/kgのオリゴヌクレオチドを皮下投与した(0日目)。その年齢のマウス(0日目)は、報告によれば、完全には形成されていない血液脳関門を有し、皮下投与した材料を脳に到達させることができる。
データ収集時点で、生理食塩水(陰性対照)が投与された全ての動物が死亡しており、最高齢は死亡前11日まで生存した。データ収集時点で、オリゴヌクレオチドが投与された動物について各群少なくとも1匹がなおも生きていた。第3列に各群の最高齢生存動物の年齢を提供する。
生理食塩水(陰性対照)で治療したSMAモデルマウスは全て、6〜11日目に死亡した。WV−6780(キラル制御されたオリゴヌクレオチド)で治療したSMAモデルマウスは8匹中4匹が13〜25日目に死亡した;残りは本データ記録時点で依然として生きており、最高齢は88日齢であった。WV−2782(ステレオランダム、ヌシネルセンに対応する)で治療したSMAモデルマウスは8匹中3匹が15〜23日目に死亡した;残りは本データ記録時点で依然として生きており、最高齢は67日齢であった。WV−6782(キラル制御されたオリゴヌクレオチド)で治療したSMAモデルマウスは9匹中2匹が16及び74日目に死亡した;残りは依然として生きており、最高齢は88日齢であった。WV−7306(ステレオランダム、GalNAcにコンジュゲートした)で治療したSMAモデルマウスは何れも死亡せず(データの現在は、最終回のデータ収集時現在)、最若齢は26日齢であり、最高齢は67日齢であった。
従ってこの試験から、少なくとも一部の場合、SMN2オリゴヌクレオチドのインターヌクレオチド結合をキラル制御すること又はSMN2オリゴヌクレオチドにGalNAcをコンジュゲートすることにより、動物にそうしたオリゴヌクレオチドを投与したときのSMAモデルマウスの生存が向上したことが示された。
上記に記載される実験(その初期結果は表2A及び表2B及び図3に示した)を更なる時間にわたって継続した。
本試験の続きの結果から、少なくとも一部の場合、SMN2オリゴヌクレオチドのインターヌクレオチド結合をキラル制御すること又はSMN2オリゴヌクレオチドにGalNAcをコンジュゲートすることにより、動物にそうしたオリゴヌクレオチドを投与したときのSMAモデルマウスの生存が向上したことを示す前出の結果が裏付けられた。
ヒト対象におけるヌシネルセン投与の報告される有害作用は、オリゴヌクレオチドを髄腔内投与しても起こる腎内蓄積である。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、SMN2オリゴヌクレオチドをGalNAcとコンジュゲーションすることにより、オリゴヌクレオチドの腎内蓄積を低減してオリゴヌクレオチドの肝内蓄積を増加させることが可能であり得ることを提案する。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、SMN2オリゴヌクレオチドをGalNAcとコンジュゲーションすることにより、肝臓に起こることが報告されているSMAの徴候及び症状の治療におけるオリゴヌクレオチドの有効性を向上させることが可能であり得ることを提案する。一部の実施形態において、肝臓に起こることが報告されているSMAの徴候及び症状は、GalNAcとコンジュゲートしたSMN2オリゴヌクレオチドによって治療することができる。
一部の実施形態において、本開示は、選択の野生型細胞性mRNA標的のプロセシングを調節する方法に関し、この方法は、mRNA標的と特異的にハイブリダイズ可能な、且つ結合時にmRNA標的の切断を誘発しない、少なくとも1つの2’−メトキシエトキシ、2’−ジメチルアミノオキシエトキシ、2’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’−アセトアミド、モルホリノ又はペプチド核酸修飾を有するオリゴヌクレオチドを標的に結合させることを含み、そのようにしてmRNA標的のプロセシングを調節することになる。
本方法の一部の実施形態において、mRNA標的はSMN2である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、選択の野生型細胞性mRNA標的のプロセシングの調節は、mRNA標的のスプライシングの調節である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、実質的に全ての糖に2’−メトキシエトキシ、2’−ジメチルアミノオキシエトキシ、2’−ジメチルアミノエトキシエトキシ又は2’−アセトアミド修飾を有する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート骨格結合を有する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
本方法の一部の実施形態において、スプライシングの調節はスプライシングのリダイレクトである。
本方法の一部の実施形態において、スプライシングの調節はスプライス産物比の変化を生じさせる。
本方法の一部の実施形態において、スプライシングの調節は成熟mRNAからの1つ以上のエクソンの排除を生じさせる。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、排除しようとするエクソンの少なくとも一部分に標的化される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、イントロン−エクソン接合部に標的化される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、5’スプライス部位の最大50核酸塩基上流にある領域の少なくとも一部分に標的化される。
本方法の一部の実施形態において、スプライシングのリダイレクトは、5’スプライス部位の使用頻度の低下である。
本方法の一部の実施形態において、選択の野生型細胞性mRNA標的のプロセシングは、mRNA標的のポリアデニル化である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ポリアデニル化シグナル又はポリアデニル化部位に標的化される。
本方法の一部の実施形態において、選択の野生型細胞性mRNA標的のプロセシングは、mRNA標的の安定性を制御する配列にオリゴヌクレオチドを標的化することによる、mRNA標的の安定性の調節である。
本方法の一部の実施形態において、結合時にmRNA標的の切断を誘発しないオリゴヌクレオチドは、mRNA標的に対する結合親和性を増加させる、且つオリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を増加させる少なくとも1つの修飾を含有する。
本方法の一部の実施形態において、結合時にmRNA標的の切断を誘発しないオリゴヌクレオチドは、その糖部分の2’修飾を有する少なくとも1つのヌクレオシドを含有する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの全てのヌクレオシドが、その糖部分の2’修飾を有する。
本方法の一部の実施形態において、2’修飾は、2’−O−メトキシエチル及び2’−ジメチルアミノオキシエトキシからなる群から選択される。
本方法の一部の実施形態において、結合時にmRNA標的の切断を誘発しないオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格結合以外の少なくとも1つの修飾骨格結合を含有する。
本方法の一部の実施形態において、結合時にmRNA標的の切断を誘発しないオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格結合以外の複数の修飾骨格結合を含有する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのリン酸ジエステル又はホスホロチオエート骨格結合も含有する。
本方法の一部の実施形態において、修飾骨格結合はリン酸ジエステル及び/又はホスホロチオエート骨格結合と交互に並ぶ。
本方法の一部の実施形態において、全ての骨格結合が、ホスホロチオエート結合以外の修飾骨格結合である。
本方法の一部の実施形態において、修飾骨格結合は、モルホリノ、ペプチド核酸又はメチレン(メチルイミノ)骨格結合である。
本方法の一部の実施形態において、結合時にmRNA標的の切断を誘発しないオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾核酸塩基を含有する。
本方法の一部の実施形態において、修飾核酸塩基はC−5プロピンである。
本方法の一部の実施形態において、スプライス産物比の変化は、可溶性形態のタンパク質と比べて膜形態のタンパク質をコードするスプライス産物の量が増加又は低下することにより生じる。
本方法の一部の実施形態において、タンパク質は受容体である。
本方法の一部の実施形態において、受容体はホルモン又はサイトカイン受容体である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、実質的に全ての骨格結合にモルホリノ又はペプチド核酸修飾を有する。
一部の実施形態において、本開示は、15〜40結合ヌクレオチド長又は修飾ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドに関し、このオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な;及び配列5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’と少なくとも85%相補的な配列を含み;ここで、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、配列5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’と少なくとも90%相補的である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、配列5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’と100%相補的である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列は配列5’−CUUUCAUAAUGCUGG−3’を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む修飾ヌクレオチドを少なくとも1つ含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの2’−デオキシリボヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、少なくとも1つの2’−デオキシリボヌクレオチドは2’−デオキシアデノシン又は2’−デオキシグアノシンである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’−位で修飾されている修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾糖部分は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びONからなる群から選択される2’−置換基を含み、式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾糖部分は2’OCH3を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’−フルオロ−シチジン、2’−フルオロ−ウリジン、2’−フルオロ−アデノシン、2’−フルオロ−グアノシン、2’−アミノ−シチジン、2’−アミノ−ウリジン、2’−アミノ−アデノシン、2’−アミノ−グアノシン及び2’−アミノ−ブチリル−ピレン−ウリジンからなる群から選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、5−ブロモ−ウリジン、5−ヨード−ウリジン、5−メチル−シチジン、リボチミジン、2−アミノプリン、5−フルオロ−シチジン及び5−フルオロ−ウリジン、2,6−ジアミノプリン、4−チオ−ウリジン及び5−アミノ−アリル−ウリジンからなる群から選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾結合を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、少なくとも1つの修飾結合はホスホロチオエート結合である。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各結合はホスホロチオエート結合である。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドはロックド核酸(LNA)ヌクレオチドである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの二環式ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾ヌクレオチドである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾糖部分を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾ヌクレオチドであり、各修飾ヌクレオチドは同じ修飾を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは二環式ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは、2’−位で修飾されている修飾糖部分を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾糖部分は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びONからなる群から選択される2’置換基を含み、式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、各修飾糖部分は2’OCH3を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長以上である。
オリゴヌクレオチドと薬学的に許容可能な担体とを含む組成物。
一部の実施形態において、本開示は、15〜40ヌクレオチド又は修飾ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と100%相補的な;及び配列5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’(CCAGCAUUAUGAAAG)と100%相補的な配列を含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの2’−デオキシリボヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの2’−デオキシリボヌクレオチドを含み、2’−デオキシアデノシン又は2’−デオキシグアノシンである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’位で修飾されている修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾糖部分は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びONからなる群から選択される2’−置換基を含み、式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾糖部分は2’OCH3を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドは、2’−フルオロ−シチジン、2’−フルオロ−ウリジン、2’−フルオロ−アデノシン、2’−フルオロ−グアノシン、2’−アミノ−シチジン、2’−アミノ−ウリジン、2’−アミノ−アデノシン、2’−アミノ−グアノシン及び2’−アミノ−ブチリル−ピレン−ウリジンからなる群から選択される。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾ヌクレオチドは、5−ブロモ−ウリジン、5−ヨード−ウリジン、5−メチル−シチジン、リボチミジン、2−アミノプリン、5−フルオロ−シチジン及び5−フルオロ−ウリジン、2,6−ジアミノプリン、4−チオ−ウリジン及び5−アミノ−アリル−ウリジンからなる群から選択される。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾結合を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、少なくとも1つの修飾結合はホスホロチオエート結合である。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、各結合はホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはロックド核酸(LNA)ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの二環式ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾ヌクレオチドである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾糖部分を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾ヌクレオチドであり、各修飾ヌクレオチドは同じ修飾を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは二環式ヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは、2’−位で修飾されている修飾糖部分を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、修飾糖部分は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びONからなる群から選択される2’置換基を含み、式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、各修飾糖部分は2’OCH3を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長以上である。
一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドと薬学的に許容可能な担体とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、CCAGCAUU03のヌクレオチド10〜29として示されるヌクレオチド配列CCAGCAUUAUGAAAGUGAAUの相補体を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、CCAGCAUU03のヌクレオチド10〜29として示されるヌクレオチド配列CCAGCAUUAUGAAAGUGAAUの相補体からなる。
一部の実施形態において、本開示は、細胞のエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させる方法に関し、この方法は、細胞にオリゴヌクレオチドを接触させることを含み、このオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な且つ配列CCAGCAUU又はCCAGCAUUAUGAAAGと少なくとも85%相補的な配列を含み;そのようにして細胞のエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させることになる。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15〜40ヌクレオチド長であり、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と100%相補的である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは配列CCAGCAUUと相補的である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは配列CCAGCAUUAUGAAAGと相補的である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15〜40ヌクレオチド長である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは約10〜15ヌクレオチド長である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは約15〜20ヌクレオチド長である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾糖部分を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのモルホリノ部分を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの2’−デオキシリボヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、2’−デオキシリボヌクレオチドは2’−デオキシアデノシン又は2’−デオキシグアノシンである。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’−位で修飾されている修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、修飾糖部分は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びONからなる群から選択される2’−置換基を含み、式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’−フルオロ−シチジン、2’−フルオロ−ウリジン、2’−フルオロ−アデノシン、2’−フルオロ−グアノシン、2’−アミノ−シチジン、2’−アミノ−ウリジン、2’−アミノ−アデノシン、2’−アミノ−グアノシン及び2’−アミノ−ブチリル−ピレン−ウリジンからなる群から選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、5−ブロモ−ウリジン、5−ヨード−ウリジン、5−メチル−シチジン、リボチミジン、2−アミノプリン、5−フルオロ−シチジン及び5−フルオロ−ウリジン、2,6−ジアミノプリン、4−チオ−ウリジン及び5−アミノ−アリル−ウリジンからなる群から選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、少なくとも1つの修飾結合はホスホロチオエート結合である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはロックド核酸(LNA)ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、本開示は、生物のエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させる方法に関し、この方法は、生物にオリゴヌクレオチドを投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つ配列CCAGCAUU又はCCAGCAUUAUGAAAGと少なくとも85%相補的な配列を含み、そのようにして生物のエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させることになる。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、生物は哺乳類である。
本方法の一部の実施形態において、生物はヒトである。
本方法の一部の実施形態において、ヒトは脊髄性筋萎縮症(SMA)である。
一部の実施形態において、本開示は、患者の脊髄性筋萎縮症(SMA)を治療する方法に関し、この方法は、患者にオリゴヌクレオチドを投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つ配列CCAGCAUU又はCCAGCAUUAUGAAAGと少なくとも85%相補的な配列を含み;患者の細胞におけるエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させるのに有効な用量で投与され、そのようにして患者のSMAを治療することになる。
一部の実施形態において、本開示は、細胞又は細胞抽出物のSMN2プレmRNAイントロンスプライシングサイレンサー部位を阻害する方法に関し、この方法は、細胞にISSN−N1配列CCAGCAUUと100%相補的なオリゴヌクレオチドを接触させることを含み、そのようにしてSMN2イントロンスプライシングサイレンサー部位を阻害することになる。本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、本開示は、生物のSMN2プレmRNAイントロンスプライシングサイレンサー部位を阻害する方法に関し、この方法は、配列CCAGCAUUと100%相補的なオリゴヌクレオチドを生物に投与することを含み、そのようにしてSMN2イントロンスプライシングサイレンサー部位を阻害することになる。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドを対象に投与する方法に関し、この方法は、対象にオリゴヌクレオチドを投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたってSMN2遺伝子のイントロン7と少なくとも80%相補的な、且つ配列CCAGCAUU又はCCAGCAUUAUGAAAGと少なくとも85%相補的な配列を含み;ここで、オリゴヌクレオチドは、対象の細胞におけるエクソン7含有SMN2 mRNAのレベルを増加させるのに有効な用量で投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、対象は筋萎縮性側索硬化症(ALS)に罹患している。
本方法の一部の実施形態において、本方法はインビボで実施される。
本方法の一部の実施形態において、本方法はインビトロで実施される。
本方法の一部の実施形態において、修飾糖部分は2’OCH3を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各結合はホスホロチオエート結合である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの二環式ヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾ヌクレオチドである。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾糖部分を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは修飾ヌクレオチドであり、各修飾ヌクレオチドは同じ修飾を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは二環式ヌクレオチドを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは、2’−位で修飾されている修飾糖部分を含む。
本方法の一部の実施形態において、修飾糖部分は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2及びONからなる群から選択される2’−置換基を含み、式中、Rは、C1〜C6アルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロは、F、Cl、Br又はIである。
本方法の一部の実施形態において、各修飾糖部分は2’OCH3を含む。
本方法の一部の実施形態において、対象は脊髄性筋萎縮症(SMA)に罹患している。
本方法の一部の実施形態において、細胞は、脊髄性筋萎縮症(SMA)患者由来神経細胞、脊髄性筋萎縮症(SMA)患者由来筋細胞又は脊髄性筋萎縮症(SMA)患者由来線維芽細胞からなる群から選択される。
本方法の一部の実施形態において、細胞は、胚性幹細胞、胚性幹細胞抽出物、神経幹細胞及び神経幹細胞抽出物からなる群から選択される。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド全体にわたって測定したときTCACTTTCATAATGCTGGの標的領域と少なくとも90%相補的なヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、ここで、標的領域の最も5’側のヌクレオチドは、TCACTTTCATAATGCTGGのヌクレオチド121、122、123、124、125、126、127、128又は129であり;オリゴヌクレオチドは12〜20ヌクレオチド長であり;及びオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが2’−O−メトキシエチル糖修飾を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは12ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは18ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはTCACTTTCATAATGCTGGの標的領域と100%相補的である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは12ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは18ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド全体にわたって測定したときTCACTTTCATAATGCTGGの標的領域と100%相補的なヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、ここで、標的領域の最も5’側のヌクレオチドはTCACTTTCATAATGCTGGのヌクレオチド123であり;オリゴヌクレオチドは12〜20ヌクレオチド長であり;及びオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが2’−O−メトキシエチル糖修飾を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは12ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは18ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド全体にわたって測定したときTCACTTTCATAATGCTGGの標的領域と100%相補的なヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、ここで、標的領域の最も5’側のヌクレオチドはTCACTTTCATAATGCTGGのヌクレオチド124であり;オリゴヌクレオチドは12〜20ヌクレオチド長であり;及びオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが2’−O−メトキシエチル糖修飾を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは12ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは18ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド全体にわたって測定したときTCACTTTCATAATGCTGGの標的領域と100%相補的なヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、ここで、標的領域の最も5’側のヌクレオチドはTCACTTTCATAATGCTGGのヌクレオチド125であり;オリゴヌクレオチドは12〜20ヌクレオチド長であり;及びオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが2’−O−メトキシエチル糖修飾を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは12ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは18ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2をコードする核酸分子のイントロン7に標的化されたオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドはTCATAATGCTGGを含み、且つオリゴヌクレオチド全体にわたって測定したときSMN2をコードする核酸分子と少なくとも90%相補的であり;オリゴヌクレオチドは12〜20ヌクレオチド長であり;及びオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが2’−O−メトキシエチル糖修飾を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは12ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは18ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは20ヌクレオチド長である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合である。
オリゴヌクレオチドの一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列はCTTTCATAAT GCTGGを含む。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される通りのオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物に関する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
一部の実施形態において、本開示は、乳児発症I型脊髄性筋萎縮症(SMA)を有する対象の髄腔内に18結合ヌクレオシドを含む又はそれからなるオリゴヌクレオチドをボーラス注射によって投与することを含む方法に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列TCACTTTCATAATGCTGGからなる核酸塩基配列を有し、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−MOEヌクレオシドであり、且つオリゴヌクレオチドの投与により、対象のSMAの少なくとも1つの症状が改善する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対象の体重1キログラム当たり0.5〜10ミリグラムのオリゴヌクレオチドの用量で投与される。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、5mg〜20mg用量のオリゴヌクレオチドが投与される。
一部の実施形態において、本開示は、II型脊髄性筋萎縮症(SMA)を有するヒト対象の髄腔内に18結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドをボーラス注射によって投与することを含む方法に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列TCACTTTCATAATGCTGGからなる核酸塩基配列を有し、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−MOEヌクレオシドであり、且つオリゴヌクレオチドの投与により、ヒト対象のSMAの少なくとも1つの症状が改善する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対象の体重1キログラム当たり0.01〜10ミリグラムのオリゴヌクレオチドの用量で投与される。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、5mg〜20mg用量のオリゴヌクレオチドが投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜2歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜15歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜2歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜15歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2ポリペプチドのエクソン7アミノ酸の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2ポリペプチドのエクソン7アミノ酸の取り込みが増加する。
一部の実施形態において、本開示は、III型脊髄性筋萎縮症(SMA)を有するヒト対象の髄腔内に18結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドをボーラス注射によって投与することを含む方法に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列TCACTTTCATAATGCTGGからなる核酸塩基配列を有し、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−MOEヌクレオシドであり、且つオリゴヌクレオチドの投与により、ヒト対象のSMAの少なくとも1つの症状が改善する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対象の体重1キログラム当たり0.01〜10ミリグラムのオリゴヌクレオチドの用量で投与される。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、5mg〜20mg用量のオリゴヌクレオチドが投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜2歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜15歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜2歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜15歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2ポリペプチドのエクソン7アミノ酸の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、対象の運動ニューロンにおけるSMN2ポリペプチドのエクソン7アミノ酸の取り込みが増加する。
一部の実施形態において、本開示は、SMN1遺伝子の両方の機能性コピーの欠損を有するヒト対象のSMN2メッセンジャーリボ核酸(mRNA)転写物におけるエクソン7の取り込みを増加させる方法に関し、この方法は、ヒト対象の髄腔内に18結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドをボーラス注射によって投与することを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列TCACTTTCATAATGCTGGからなる核酸塩基配列を有し、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−MOEヌクレオシドであり、且つオリゴヌクレオチドの投与により、ヒト対象のSMN2 mRNA転写物におけるエクソン7の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合とASGPRへの結合能を有する部分とを含む。
請求項1に記載の方法において、ヒト対象が遺伝子検査によってSMN1遺伝子に突然変異を有すると同定される方法。
請求項1に記載の方法において、オリゴヌクレオチドが、対象の体重1キログラム当たり0.01〜10ミリグラムのオリゴヌクレオチドの用量で投与される方法。
請求項1に記載の方法において、5mg〜20mg用量のオリゴヌクレオチドが投与される方法。
一部の実施形態において、本開示は、機能性SMNタンパク質欠乏につながるSMN1遺伝子に突然変異を有するヒト対象のSMN2メッセンジャーリボ核酸(mRNA)転写物におけるエクソン7取り込みを増加させる方法に関し、この方法は、ヒト対象の髄腔内に18結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドをボーラス注射によって投与することを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列TCACTTTCATAATGCTGGからなる核酸塩基配列を有し、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−MOEヌクレオシドであり、且つオリゴヌクレオチドの投与により、ヒト対象のSMN2 mRNA転写物におけるエクソン7取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、キラル制御されたインターヌクレオチド結合及びASGPRへの結合能を有する部分である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対象の体重1キログラム当たり0.01〜10ミリグラムのオリゴヌクレオチドの用量で投与される。
本方法の一部の実施形態において、5mg〜20mg用量のオリゴヌクレオチドが投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後1週間以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後1ヵ月以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後3ヵ月以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後6ヵ月以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜2歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜15歳のときに投与される。
一部の実施形態において、本開示は、SMAを有するヒト対象の脊髄性筋萎縮症(SMA)を治療する方法に関し、この方法は、ヒト対象の髄腔内に18結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドをボーラス注射によって投与することを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列TCACTTTCATAATGCTGGからなる核酸塩基配列を有し、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオシド結合はホスホロチオエート結合であり、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’−MOEヌクレオシドであり、且つオリゴヌクレオチドの投与により、ヒト対象のSMN2メッセンジャーリボ核酸(mRNA)転写物におけるエクソン7の取り込みが増加する。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ASGPRへの結合能を有する部分を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAcを更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体を更に含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたホスホロチオエートを含む。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、キラル制御されたインターヌクレオチド結合及びASGPRへの結合能を有する部分である。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対象の体重1キログラム当たり0.01〜10ミリグラムのオリゴヌクレオチドの用量で投与される。
本方法の一部の実施形態において、5mg〜20mg用量のオリゴヌクレオチドが投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後1週間以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後1ヵ月以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後3ヵ月以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象の生後6ヵ月以内に投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜2歳のときに投与される。
本方法の一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの初回用量は対象が1〜15歳のときに投与される。
医薬組成物
一部の実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩と、医薬担体とを含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは金属塩(リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウム等)又はアンモニウム塩(例えば、−N(R)4(式中、各Rは、独立に、本開示に記載される通りである))である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは全てナトリウム塩であり、ここで、全ての天然リン酸結合及びホスホロチオエート結合がナトリウム塩形態として存在する。一部の実施形態において、提供される医薬組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩と、医薬担体とを含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは金属塩(リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウム等)又はアンモニウム塩(例えば、−N(R)4(式中、各Rは、独立に、本開示に記載される通りである))である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは全てナトリウム塩であり、ここで、全ての天然リン酸結合及びホスホロチオエート結合がナトリウム塩形態として存在する。一部の実施形態において、提供される医薬組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
療法薬として使用されるとき、本明細書に記載される提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物又はオリゴヌクレオチド組成物は、典型的には医薬組成物として投与される。一部の実施形態において、医薬組成物は、限定はされないが中枢神経系を含め、病態、障害及び/又は疾患が発症した身体領域へのオリゴヌクレオチドの投与に好適である。一部の実施形態において、医薬組成物は、治療有効量の提供されるオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤及び薬学的に許容可能な担体から選択される少なくとも1つ薬学的に許容可能な非活性成分とを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、生体細胞及び/又は組織への投与用に製剤化される。一部の実施形態において、かかる生体細胞及び/又は組織は、ニューロン又は中枢神経系の細胞及び/又は組織である。一部の実施形態において、実質内投与、髄腔内投与又は脳室内投与によって中枢神経系内でのオリゴヌクレオチド及び組成物の広域分布が実現し得る。
一部の実施形態において、医薬組成物は、髄腔内、脳室内、静脈内注射、経口投与、頬側投与、吸入、経鼻投与、局所投与、眼内投与又は耳内投与用に製剤化される。一部の実施形態において、医薬組成物は、錠剤、丸薬、カプセル、液体、吸入剤、鼻内噴霧溶液、坐薬、懸濁液、ゲル、コロイド、分散液、懸濁液、溶液、エマルション、軟膏、ローション、点眼薬又は点耳薬である。
一部の実施形態において、本開示は、薬学的に許容可能な賦形剤と混合したキラル制御されたオリゴヌクレオチド又はその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者は、医薬組成物がキラル制御されたオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩又はその組成物を含み得ることを認識するであろう。
一部の実施形態において、種々の超分子ナノ担体を使用して核酸を送達することができる。例示的ナノ担体としては、限定はされないが、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体及び様々なポリマー物質が挙げられる。核酸と様々なポリカチオンとの複合体化は、別の細胞内送達手法である;これは、PEG化ポリカチオン、ポリエチレンアミン(polyethyleneamine)(PEI)複合体、カチオン性ブロック共重合体及びデンドリマーの使用を含む。PEI及びポリアミドアミンデンドリマーを含めた幾つかのカチオン性ナノ担体は、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他の手法としては、ポリマーナノ粒子、マイクロスフェア、リポソーム、デンドリマー、生分解性ポリマー、コンジュゲート、プロドラッグ、硫黄又は鉄などの無機コロイド、抗体、インプラント、生分解性インプラント、生分解性マイクロスフェア、浸透圧制御インプラント、脂質ナノ粒子、エマルション、油性溶液、水溶液、生分解性ポリマー、ポリ(ラクチド−コグリコール酸)、ポリ(乳酸)、液体デポー、ポリマーミセル、量子ドット及びリポプレックスの使用が挙げられる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは別の分子にコンジュゲートされる。
治療及び/又は診断及び/又は研究適用において、提供される薬剤、例えばオリゴヌクレオチド及びその組成物は、全身及び局所又は限局投与を含め、種々の投与様式用に製剤化することができる。技法及び製剤については、概して、Remington,The Science and Practice of Pharmacy(20th ed.2000)を参照し得る。
提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、広い投薬量範囲にわたって有効である。例えば、成人ヒトの治療では、1日約0.01〜約1000mg、約0.5〜約100mg、約1〜約50mg及び1日約5〜約100mgの投薬量が、用い得る投薬量の例である。一部の実施形態において、正確な投薬量は、投与経路、化合物が投与される形態、治療しようとする対象、治療しようとする対象の体重並びに主治医の優先度及び経験に依存し得る。
治療下の具体的な病態に応じて、かかる薬剤は液体又は固体剤形に製剤化され、全身又は局所投与され得る。薬剤は、当業者に公知の通り、例えば時限式の又は持続的な低量放出形態で送達され得る。製剤化及び投与技法については、Remington,The Science and Practice of Pharmacy(20th ed.2000)を参照し得る。好適な経路には、経口、頬側、吸入スプレーによる、舌下、直腸、経皮、腟内、経粘膜、鼻腔又は腸内投与;筋肉内、皮下、髄内注射を含めた非経口送達並びに髄腔内、直接脳室内、静脈内、関節内、胸骨内、滑膜内、肝臓内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内又は眼内注射又は他の送達様式が含まれ得る。
注射用に、本開示の薬剤は、ハンクス液、リンゲル液又は生理食塩緩衝液などの生理的に適合性のある緩衝液中など、水溶液中に製剤化及び希釈され得る。かかる経粘膜投与には、通過しようとする関門に適切な透過剤が製剤中に使用される。かかる透過剤は当技術分野において概して公知である。
薬学的に許容可能な不活性な担体を使用して、提供される薬剤、例えばオリゴヌクレオチドを投与、例えば全身投与に好適な投薬量に製剤化することは、広く実践されており、本開示において利用することができる。担体の適切な選択及び好適な製造実践により、本開示の組成物、詳細には、溶液として製剤化されるものは、静脈内注射によるなど、非経口的に投与し得る。
提供される薬剤、例えばオリゴヌクレオチドは、当技術分野において周知の薬学的に許容可能な担体を使用して経口投与に好適な投薬量に容易に製剤化することができる。一部の実施形態において、かかる担体により、提供される薬剤、例えばオリゴヌクレオチドを、治療しようとする対象(例えば患者)による経口摂取用に錠剤、丸薬、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化することが可能になる。
一部の実施形態において、鼻腔又は吸入送達には、提供される薬剤は当業者に公知の方法によって製剤化され得、例えば、生理食塩水、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤及びフルオロカーボンなど、可溶化、希釈又は分散物質の例を挙げることができる。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物はCNSに送達される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物は脳脊髄液に送達される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物は脳実質に投与される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物は、髄腔内投与又は脳室内投与によって動物/対象に送達される。一部の実施形態において、実質内投与、髄腔内投与又は脳室内投与によって中枢神経系内でのオリゴヌクレオチド及び組成物の広域分布が実現し得る。
特定の実施形態において、非経口投与は、例えばシリンジ、ポンプ等による注射によるものである。特定の実施形態において、注射はボーラス注射である。特定の実施形態において、注射は、線条体、尾状核、皮質、海馬及び小脳などの組織に直接投与される。
特定の実施形態において、ボーラス注射によるなど、医薬剤を特異的に局在化させる方法は、半有効濃度(EC50)を20、25、30、35、40、45又は50分の1に低下させる。特定の実施形態において、標的組織は脳組織である。特定の実施形態において、標的組織は線条体組織である。特定の実施形態において、EC50の低下は、それによりそれを必要としている対象において薬理学的結果を達成するために必要な用量が減少するため望ましい。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、注射又は注入によって1ヵ月毎、2ヵ月毎、90日毎、3ヵ月毎、6ヵ月毎に1回、年2回又は年1回送達される。
一部の実施形態において、本開示は、活性成分がその意図される目的を達成するための有効量で含まれる医薬組成物を提供する。本開示では、有効量を決定するための多くの技術を利用することができる。
提供される医薬組成物は、活性成分に加えて、活性薬剤を医薬品として使用し得る製剤にする処理を促進する賦形剤及び助剤を含む好適な薬学的に許容可能な担体を含有し得る。一部の実施形態において、経口投与用に製剤化される製剤は、錠剤、糖衣錠、カプセル又は溶液の形態であり得る。
一部の実施形態において、経口使用向けの医薬製剤は、活性化合物、例えばSMN2オリゴヌクレオチドを固体賦形剤と合わせ、任意選択で得られた混合物を粉砕し、且つこの顆粒混合物を、必要に応じて好適な助剤を添加した後に処理して錠剤又は糖衣錠コアを入手することにより入手し得る。好適な賦形剤は、詳細には、ラクトース、スクロース、マンニトール又はソルビトールを含めた糖類;セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、小麦デンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース(CMC)ナトリウム及び/又はポリビニルピロリドン(PVP:ポビドン)などの充填剤である。必要であれば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天又はアルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
一部の実施形態において、糖衣錠コアには、好適なコーティングが付与される。一部の実施形態において、濃縮糖液が使用され得、これは、任意選択で、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル、ポリエチレングリコール(PEG)及び/又は二酸化チタン、ラッカー溶液並びに好適な有機溶媒若しくは溶媒混合物を含有し得る。錠剤又は糖衣錠コーティングには、異なる組み合わせの活性薬剤用量の識別又は特徴付けのため、色素又はピグメントが添加され得る。
経口的に使用することのできる医薬製剤には、ゼラチンで作られたプッシュ・フィット(push−fit)カプセル並びにゼラチン及びグリセロール又はソルビトールなどの可塑剤で作られたソフトシールカプセルが含まれる。プッシュ・フィットカプセルは、1つ以上の活性成分を、ラクトースなどの1つ以上の充填剤、デンプンなどの結合剤及び/又はタルク又はステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤並びに任意選択で安定剤との混合で含有し得る。ソフトカプセルでは、活性化合物、例えばSMN2オリゴヌクレオチドが脂肪油、流動パラフィン又は液体ポリエチレングリコール(PEG)などの好適な液体中に溶解又は懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
一部の実施形態において、組成物は、活性薬剤を脂質と組み合わせることにより入手し得る。一部の実施形態において、脂質は活性化合物、例えばSMN2オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は活性化合物、例えばSMN2オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされない。一部の実施形態において、脂質はC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1〜4脂肪族基によって置換されているC10〜C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(cis−DHA)、タービナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。一部の実施形態において、活性薬剤はオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、活性化合物、例えばSMN2オリゴヌクレオチドは、表1Aに掲載されるオリゴヌクレオチドの配列を含む又はそれからなる配列のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、組成物は脂質と活性薬剤とを含み、別の脂質及びターゲティング化合物又は部分から選択される別の成分を更に含む。一部の実施形態において、脂質は、アミノ脂質;両親媒性脂質;アニオン性脂質;アポリポタンパク質;カチオン性脂質;低分子量カチオン性脂質;CLinDMA及びDLinDMAなどのカチオン性脂質;イオン化可能なカチオン性脂質;クローキング成分;ヘルパー脂質;リポペプチド;中性脂質;中性双性イオン脂質;疎水性小分子;疎水性ビタミン;PEG脂質;1つ以上の親水性ポリマーで修飾された非荷電脂質;リン脂質;1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミンなどのリン脂質;ステルス脂質;ステロール;コレステロール;及びターゲティング脂質;及び当技術分野において報告されている任意の他のものである。一部の実施形態において、組成物は、脂質及び別の脂質の少なくとも1つの機能を媒介する能力を有する別の脂質の一部分を含む。一部の実施形態において、ターゲティング化合物又は部分は、薬剤又は組成物(例えば、脂質及び活性化合物(例えばSMN2オリゴヌクレオチド)を含む組成物)を特定の細胞又は組織又は細胞若しくは組織の一部に標的化させる能力を有する。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、特定の標的、受容体、タンパク質又は他の細胞内成分の細胞特異的又は組織特異的発現を利用するように設計される。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、薬剤又は組成物を細胞又は組織に標的化させ、且つ/又は標的、受容体、タンパク質又は他の細胞内成分に結合するリガンド(例えば、小分子、抗体、ペプチド、タンパク質、炭水化物、アプタマー等)である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、フィブロネクチン誘導体、フィブロネクチン3誘導体、センチリン(centyrin)、アドネクチン、プロネクチン(Pronectin)、コノトキシン、アンチカリン、リポカリン、アビマー、Aドメイン、二環状ペプチド、cysノット、DARPin、アンキリン、フィノマー(fynomer)、SH3ドメイン(fynキナーゼ)、クニッツドメイン、セリンプロテアーゼ阻害薬、チオレドキシン、アフィリン、γ−β−クリスタリン、アフィボディ、細菌性プロテインAのZドメイン、OBody、OB−フォールド、短鎖ペプチド、長鎖ペプチド、環状ペプチド、二環状ペプチドの何れか又はその任意の誘導体を含む追加の化学的部分を更に含み、ここで、追加の化学的部分は、標的組織又は器官の細胞の表面上にある標的(例えば、標的タンパク質又は受容体)に対する結合親和性又は特異性が増加するように任意選択で修飾されている。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アルブミン結合ドメイン又はeGLP1ペプチドを更に含む。
一部の実施形態において、活性薬剤の送達用医薬組成物の調製に使用される脂質は、活性薬剤の機能を妨げるか又はそれに干渉するものでない。非限定的な例示的脂質としては、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(cis−DHA)、タービナル酸及びジリノレイルが挙げられる。
本開示に記載される通り、脂肪酸とのコンジュゲーションなど、脂質コンジュゲーションは、オリゴヌクレオチドの1つ以上の特性を向上させ得る。
一部の実施形態において、提供される医薬組成物は、活性薬剤を所望に応じて特定の細胞小器官、細胞、組織又は器官に導くことができる。一部の実施形態において、提供される医薬組成物は、活性薬剤を中枢神経系細胞又は組織に標的化することができる。一部の実施形態において、本開示は、活性薬剤の送達用医薬組成物を提供し、ここで、組成物の各々は、活性化合物、例えばSMN2オリゴヌクレオチドと脂質とを含む。一部の実施形態において、中枢神経系細胞又は組織への送達には、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、γ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(cis−DHA)、タービナル酸及びジリノレイルアルコールから選択される。
一部の実施形態において、例えば、病態、障害又は疾患、例えばSMA、ALS等を治療又は予防するために投与され得る1つ以上の追加の治療用薬剤(又は療法又は治療)は、提供されるオリゴヌクレオチドと共に投与され得る。一部の実施形態において、追加の治療用薬剤は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド(例えば、ヌシネルセン)、酪酸、カルシウム、DcpS阻害薬、ガバペンチン、ヒストンデアセチラーゼ(HDAC)阻害薬、ヒドロキシウレア、LDN−76070、神経保護剤、P38及びHuRタンパク質アクチベーター、フェニル酪酸、プロテアソーム阻害薬、PTC化合物、読み過ごし誘導化合物、Rho−キナーゼ阻害薬、リルゾール[Rilutek(商標)、Sanofi Aventis]、サルブタモール、STAT5アクチベーター、バルプロ酸又はビタミンDなどのビタミンである。一部の実施形態において、追加の治療用薬剤は、DcpS阻害薬、例えば限定はされないが:スベロイルアニリドヒドロキサム酸;LBH589;トリコスタチンA;栄養素又は栄養補助剤との併用でのトリコスタチンA;ヒストンデアセチラーゼ(HDAC)阻害薬、例えば限定はされないが:RG3039;及び2,4−ジアミノキナゾリン;P38及びHuRタンパク質アクチベーター、例えば限定はされないが:セレコキシブ;プロテアソーム阻害薬、例えば限定はされないが:ボルテゾミブ;読み過ごし誘導化合物、例えば限定はされないが:TC007;Rho−キナーゼ阻害薬、例えば限定はされないが:Y−27632;及びファスジル;又はSTAT5アクチベーター、例えば限定はされないが:プロラクチンである。例えば、Awano et al.2014 Neurother.11:786−795;Bogdanik et al.2015 Proc.Natl.Acad.Sci.USA E5863−E5872;Coady et al.2010 J.Neurosci.30:126−130;Cherry et al.2014 Assay Drug Dev.Tech.Vol.12,No.6;Chang et al.2011 Stem Cells 29:2090−2093;Iascone et al.2015 F1000 Prime Reports 7:04;Hua et al.Nature 478:123−126;Hua et al.2010 Gen.Dev.24:1634−1644;Hua et al.2008 Am.J.Hum.Genet.82:834−848;Howell et al.2014 Future Med.Chem.6:1081−1099;Fischbeck 2012 Prog.Neurobiol.99:251−261;Hester et al.2011 Mol.Ther.19:1905−1912;d’Ydewalle et al.2015 Neurother.12:303−316;Douglas et al.2013 Mol.Cell.Neurosci.56:169−185;Corti et al.2012 Sci.Trans.Med.4:165ra162;Kell et al.2014 Mol.Ther.3 e174;Lorson et al.2012 Fut.Med.Chem.4:2067−2084;Lorson et al.2010 Human Mol.Genet.19:R111−R118;Meyer et al.2015 Mol.Ther.23:477−487;Mitrpant et al.2013 PLoS One 8:e62114;Naryshkin et al.2014 Science 345:688−693;Nizzardo et al.2015 Nature Scientific Reports 5:11746;Singh et al.2013 Nucl.Acids Res.41:8144−8165;Nurputra et al.2013 Ann.Hum.Genet.77:435−463;Osman et al.2014 Hum.Mol.Genet.23:4832−4845;Palacio et al.2015 Nat.Chem.Biol.11:511−517;Pao et al.2014 Mol.Ther.22:854−861;Staropoli et al.2015 Genomics 105:220−228;Park et al.2010 Curr.Neur.Neur.Rep.10:108−117;Passini et al.2010 J.Clin.Invest.120:1253;Passini et al.2011 Sci.trans.Med.3,issue 72,72ra18;Porensky et al.2013 Hum.Gen Ther.24:489−498;Porensky et al.2012 Hum.Mol.Genet.21:1623−1638;Rigo et al.2014 J.Pharm.Exp.Ther.350:46−55;Robbins et al.2014 Hum.Mol.Genet.23:4559−4568;Sareen et al.2012 PLoS One 7:e39113;Sellers et al.2016 Proc.Natl.Acad.Sci.US 113:2514−2519;Seo et al.2013 Biochim.Biophys.Acata 1832:2180−2190;Singh et al.2009 RNA Biol.6:341−350;Singh et al.2015 Fut.Med.Chem.7:1793−1808;Sivanesan et al.2013 Transl.Neurosci.4(1);Skordis et al.2003 Proc.Natl.Acad.Sci.US 100:4114−4119;Tanaka et al.2012 Neural Plasticity,article 369284;Tisdale et al.2015 J.Neurosci.35:8691−8700;Van Meerbeke et al.2011 Discovery Med.12:291−305;Williams et al.2009 J.Neurosci.29:7633−7638;Zanetta et al.2014 J.Cell.Mol.Med.18:187−196;Zhou et al.2012 Mol.Cell.33:223−228;Zhou et al.2013 Hum.Gene Ther.24:331−342;及びArnold et al.2013 Ann.Neurol.74:348−362;及び米国特許第8110560号明細書;米国特許第8586559号明細書;米国特許第9476042号明細書;米国特許第7838657号明細書;米国特許第8110560号明細書;米国特許第8361977号明細書;米国特許第8586559号明細書;米国特許第8637478号明細書;米国特許第8802642号明細書;米国特許第8980853号明細書;米国特許第9217147号明細書;米国特許第9222091号明細書;及び国際公開第2007/002390号パンフレット;国際公開第2010/091308号パンフレットを参照されたい。一部の実施形態において、追加の治療用薬剤は、補充SMNタンパク質又はSMNタンパク質の発現を意図した核酸(例えば、mRNA)の何れかとして投与される補充SMN2用の薬剤である。一部の実施形態において、補充療法は、SMNタンパク質の発現能を有するアデノ随伴ウイルスベクターの投与を含む。例えば、Arnold et al.2013 Ann.Neurol.74:348−362;Benkhelifa−Ziyyat et al.2013 Mol.Ther.21:282−290を参照されたい。一部の実施形態において、追加の療法薬は、snRNPバイオジェネシスにおいて重要な役割を有するGEMINを標的とする;報告によれば、GEMINを標的とすると、SMNの機能がそのレベルの増大なしに少なくとも部分的に回復し得る。例えば、Borg et al.2014 Front.Neurosci.Vol.8を参照されたい。一部の実施形態において、追加の治療用薬剤又は療法は、例えば、Wang et al.2007 J.Child Neurol.22:1027−49に記載される、SMA患者に対する標準治療である。一部の実施形態において、追加の療法には、筋肉ストレッチ、水泳、水中療法又は他の形態の身体運動が含まれ得る。一部の実施形態において、SMA患者は、支持装具、歩行器、手動又は電動車椅子及び/又は他の歩行又は移動補助具によっても補助することができる。一部の実施形態において、SMA患者は気管開口術及び/又は機械的人工呼吸を受けることができる。
一部の実施形態において、追加の療法には、脂肪酸酸化異常、胃食道逆流、呼吸困難、嚥下困難、胃排出遅延、便秘、栄養失調、特に肺におけるウイルス、細菌及び/若しくは真菌感染症並びに/又は疲労の何れかの治療が含まれ得、これらは全て、SMA患者の中では珍しくない病態であり、それに対する様々な治療が当技術分野において公知である。Arnold et al.2015 Muscle Nerve 51:157−167を参照されたい。
一部の実施形態において、提供されるSMN2オリゴヌクレオチドと共に投与される1つ以上の追加の治療用薬剤、療法又は治療は、SMAに関連する症状又は病態、例えば限定はされないが:呼吸、嚥下、適切な栄養の維持の困難、運動及び背中の問題に対する治療である。一部の実施形態において、追加の治療には、気管切開術、人工呼吸、胸部打診、排痰補助装置、特殊マスク、マウスピース及び/又は呼吸を補助する機械の使用、吸引の使用、チューブ又はその他の食物の嚥下又は吸啜補助装置;松葉杖、下肢装具、歩行器又は車椅子の使用;特殊化したコンピュータ、電話、タブレット又はその他の書字及び/又は描画補助装置の使用;背中又は脊椎の問題を矯正する装置又は手術の使用;酸素又は酸素療法の投与;及び/又は鎮痛薬の何れかが含まれる。
一部の実施形態において、第1のSMN2オリゴヌクレオチドと共に投与される第2の治療用薬剤は、第2の異なるSMN2オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドは、SMN2関連病態、障害又は疾患の予防及び/若しくは治療方法又はかかる方法に使用される医薬の製造に使用することができる。一部の実施形態において、SMN2関連病態、障害又は疾患はSMAである。一部の実施形態において、SMN2関連病態、障害又は疾患はALSである。
一部の実施形態において、SMN2関連病態、障害又は疾患に罹患している対象は、限られた治療ウィンドウの範囲内でのみ治療に適し得る。報告によれば、SMAには段階がある(発症前、急速な疾患進行及び後のプラトー/緩徐な進行)。報告によれば、前臨床試験では、マウスモデルにおいて初期にSMNを回復し、且つ後期レスキューの戻りを減らす重要性が示されている。幾つかのマウス試験では、障害が徐々に進行した場合に治療が徐々に有効性を失うことも報告されている。例えば、Le et al.2011 Hum.Mol.Genet.20:3578−91;及びLutz et al.2011 J.Clin.Invest.121:3029−41;Robbins Hum.Mol.Genet.April 9.2014を参照されたい。
一部の実施形態において、提供される立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、エクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加させる点又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させる点で同等の効果を有する他の点では同等の参照オリゴヌクレオチド組成物(例えば、他の点では立体制御されたオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列並びにインターヌクレオチド結合のパターン及び塩基及び糖修飾を有するステレオランダムなオリゴヌクレオチド)よりも低い用量及び/又は頻度で投与される。一部の実施形態において、立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、エクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を亢進させる点又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させる点で同等の効果を有する他の点では同等のステレオランダムな参照オリゴヌクレオチド組成物よりも低い用量及び/又は頻度で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より高い用量(単位用量又は所定の時間にわたる総用量)及び/又はより高い頻度で、理論によって制限されることは意図しないが、低い副作用、低い毒性等で投与することができる。
ステレオランダムなSMN2オリゴヌクレオチド、ヌシネルセンは、報告によれば、12mg/5mL単回投与バイアルに入った髄腔内注射用溶液として入手可能である。小児及び成人患者の脊髄性筋萎縮症の治療には、ヌシネルセンは投与1回当たり12mgで髄腔内投与される。投与レジメンは、報告によれば:初期:4負荷用量;最初の3用量は14日間隔で投与し、4回目の用量は3回目の用量の30日後に投与する;維持:4ヵ月毎に1用量である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドは、単回投与バイアルに入っている。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドは、髄腔内注射用の単回投与バイアルに入っている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、髄腔内注射用の単回投与バイアル中の溶液に入っている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、髄腔内注射用の単回投与バイアル中12mg/5ml以下で溶液に入っている。一部の実施形態において、キラル制御されたSMN2オリゴヌクレオチドは、初期:4負荷用量;最初の3用量は14日間隔で投与し、4回目の用量は3回目の用量の30日後に投与する;維持:4ヵ月毎に1用量の投与レジメンを有する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物及び方法、例えば、SMN2オリゴヌクレオチド、組成物及び方法は、送達の向上をもたらす。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物及び方法は、細胞質送達の改善を提供する。一部の実施形態において、送達の改善は、細胞集団に対するものである。一部の実施形態において、送達の改善は、組織に対するものである。一部の実施形態において、送達の改善は、器官に対するものである。一部の実施形態において、送達の改善は、中枢神経系又はその一部分、例えばCNSに対するものである。一部の実施形態において、送達の改善は、生物に対するものである。送達の改善をもたらす例示的構造要素(例えば、存在する場合、化学修飾、立体化学、骨格化学及び立体化学、追加の化学的部分等)、オリゴヌクレオチド、組成物及び方法については、本開示に詳細に記載される。
提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の投与には、様々な投与レジメンを利用することができる。一部の実施形態において、複数の単位用量が時間を空けて投与される。一部の実施形態において、所与の組成物には推奨投与レジメンがあり、これは1用量以上を含み得る。一部の実施形態において、投与レジメンは複数の用量を含み、その各々は互いの間が同じ長さの時間だけ空けられている;一部の実施形態において、投与レジメンは、複数の用量と、個々の用量間に空いた少なくとも2つの異なる時間とを含む。一部の実施形態において、投与レジメン内にある全ての用量は同じ単位用量値である。一部の実施形態において、投与レジメン内の異なる用量は異なる値である。一部の実施形態において、投与レジメンは第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と異なる第2の用量値の1つ以上の更なる用量を含む。一部の実施形態において、投与レジメンは第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値(又は別の以前の用量値)と同じ又は異なる第2の(又は後続の)用量値の1つ以上の更なる用量を含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、少なくとも1単位用量を少なくとも1日間投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、1用量より多くを少なくとも1日の期間、時に1日より長くにわたって投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、複数の用量を少なくとも1週間の期間にわたって投与することを含む。一部の実施形態において、この期間は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40週間又はそれを超える(例えば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100週間又はそれを超える)。一部の実施形態において、投与レジメンは、1週間より長くにわたって1週間に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40週間又はそれを超えて(例えば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100週間又はそれを超えて)1週間に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、2週間より長い期間にわたって2週間毎に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40週間又はそれを超える(例えば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100週間又はそれを超える)期間にわたって2週間毎に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、1ヵ月にわたって1ヵ月に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、1ヵ月より長くにわたって1ヵ月に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12ヵ月又はそれを超えて1ヵ月に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、約10週間にわたって1週間に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、約20週間にわたって1週間に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、約30週間にわたって1週間に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、26週間にわたって1週間に1用量を投与することを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、同じ配列のキラル制御されていない(例えば、ステレオランダムな)オリゴヌクレオチド組成物及び/又は同じ配列の異なるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に利用されるものと異なる投与レジメンに従い投与される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、それが所与の単位時間においてより低い総曝露レベルを実現し、1つ以上のより低い単位用量が関わり、且つ/又は所与の単位時間においてより少ない数の用量を含むことにおいて、同じ配列のキラル制御されていない(例えば、ステレオランダムな)オリゴヌクレオチド組成物と比較したとき低減されている投与レジメンに従い投与される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、同じ配列のキラル制御されていない(例えば、ステレオランダムな)オリゴヌクレオチド組成物よりも長い時間にわたって持続する投与レジメンに従い投与される。理論によって制限されることは望まないが、本出願人は、一部の実施形態において、より短い投与レジメン及び/又はより長い用量間の時間が、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性、バイオアベイラビリティ及び/又は有効性の改善に起因し得ることを指摘しておく。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較して長い投与レジメンを有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較して少なくとも2つの用量間の時間がより短い。理論によって制限されることは望まないが、本出願人は、一部の実施形態において、より長い投与レジメン及び/又はより短い用量間の時間が、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安全性の改善に起因し得ることを指摘しておく。
一部の実施形態において、送達(及び他の特性)の改善に伴い、提供される組成物は、生物学的効果、例えば臨床的有効性を実現するために、より低い投薬量及び/又はより低い頻度で投与することができる。
単一用量は、様々な量のオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態において、単一用量は、好適に適用による必要に応じて、様々な量のあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有し得る。一部の実施形態において、単一用量は、約1、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300mg又はそれを超える(例えば、約350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000mg又はそれを超える)あるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約1mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約5mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約10mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約15mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約20mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約50mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約100mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約150mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約200mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約250mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、単一用量は、約300mgのあるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、単一用量として及び/又は総用量として、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも低量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、有効性の改善に起因して、単一用量として及び/又は総用量として、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも低量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、単一用量として及び/又は総用量として、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも高量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、安全性の改善に起因して、単一用量として及び/又は総用量として、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも高量で投与される。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、エクソン7欠失SMN2 mRNAと比べたエクソン7含有SMN2 mRNA又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性を増加させるか、又はSMN2 mRNAのエクソン7の取り込みを増加させることができる。一部の実施形態において、SMN2関連障害はSMA又はALSである。SMN2関連障害の症状には、本明細書に記載されるもの及び当技術分野において公知のものが含まれる。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2を標的とする、且つSMN2関連病態、障害又は疾患の治療及び/又はその治療薬の製造に有用な提供されるオリゴヌクレオチド及び/又は組成物の使用方法を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、指定された塩基配列からの指定された最大数のミスマッチを有する塩基配列を含むか又はそれからなることができる。
一部の実施形態において、本開示は、神経変性疾患の治療用医薬の製造のためのSMN2オリゴヌクレオチドを含む組成物の使用に関する。
一部の実施形態において、本開示は、対象のSMN2関連病態、障害又は疾患を治療又は改善する方法に関し、この方法は、SMN2と相補的なオリゴヌクレオチドの治療有効量を対象に投与することを含む。
一部の実施形態において、本開示は、SMN2オリゴヌクレオチドを含む組成物を動物に投与することを含む方法に関する。一部の実施形態において、動物は対象、例えばヒトである。
一部の実施形態において、SMN2オリゴヌクレオチドの投与など、SMN2関連病態、障害又は疾患の治療に好適な対象は、医療専門家が同定又は診断することができる。一部の実施形態において、SMN2関連病態、障害又は疾患はSMAである。一部の実施形態において、SMN2関連障害は、1つ以上の報告されている症状によって診断することができる。一部の実施形態において、症状は筋脱力又は筋萎縮である。一部の実施形態において、症状は、着座、起立又は歩行ができないか、又はそれを行うのに長時間かかることである。一部の実施形態において、症状は、近位筋優位筋力低下;反射低下又は無反射;舌線維束性収縮;又は四肢振戦(ポリミニミオクローヌス)である。一部の実施形態において、症状は肺炎又は呼吸若しくは嚥下困難である。一部の実施形態において、乳児SMA患者は、筋緊張低下又は「ぐにゃぐにゃ」児又は乳児として知られる病態に起因して同定することができる。一部の実施形態において、中間型の疾患を有するSMA患者では、鑑別としては、ミオパチー(ジストロフィノパチー、肢帯型筋ジストロフィー、代謝性ミオパチー又は炎症性ミオパチー)、ニューロパチー(炎症性ニューロパチー)、神経筋接合部障害(重症筋無力症又は先天性筋無力症候群)及び他の運動ニューロン障害(非5q型のSMA又は遅発性ヘキソサミニダーゼA欠損症)を含めた末梢神経系の他の障害が挙げられる。一部の実施形態において、成人発症性疾患を有するSMA患者では、鑑別は、この疾患の中間型と重複するが、筋萎縮性側索硬化症及びケネディ病(X連鎖性球脊髄性筋萎縮症)などの遅発性障害も含まれる。
一部の実施形態において、患者は、筋電図検査、MRI、筋生検及び遺伝子検査の何れかにより、両方の染色体に機能性SMN1遺伝子が存在しないこと(例えば、ホモ接合性欠失又は他の突然変異)を判定することによりSMAと診断することができる。一部の実施形態において、患者は、NCS/EMG、クレアチンキナーゼ及び/又はイメージングを含めた他のモダリティの何れかでSMAに関して診断することができる。一部の実施形態において、SMA患者は、SMAの家族歴並びに血縁者及び/又は親の遺伝子スクリーニングを理由に同定することができる。一部の実施形態において、胎児DNAを入手するための絨毛採取又は羊水穿刺によるSMN1のホモ接合性欠失又は突然変異に関する出生前スクリーニングが実施される。一部の実施形態において、体外受精時の着床前胚検査が実施される。
一部の実施形態において、神経学的疾患を有するとの対象の診断は、1つ以上の症状、例えば運動ニューロン変性症状の評価によって実施することができる。一部の実施形態において、神経学的疾患の診断には、身体診察に続き、徹底した神経学的診察が行われ得る。一部の実施形態において、神経学的診察では、運動及び知覚技能、神経機能、聴力及び発話、視力、協調及び平衡、精神状態及び気分又は行動の変化を評価し得る。神経学的疾患に関連する疾患の非限定的な症状は、腕、脚、足又は足首の脱力;不明瞭な発語;足の前部及び足指の背屈困難;手の脱力又は不器用さ;筋麻痺;硬直した筋肉;不随意の痙動又はもがくような動き(舞踏病);不随意の持続的筋拘縮(ジストニー);動作緩慢;自動運動の喪失;姿勢及び平衡障害;柔軟性の欠如;刺痛のある身体部位;頭部の動きに伴い起こる電気ショックを受けた感覚;腕、肩及び舌の攣縮;嚥下困難;呼吸困難;咀嚼困難;視力の部分的又は完全な喪失;複視;緩徐又は異常眼球運動;振戦;不安定歩行;疲労;記憶喪失;眩暈;思考又は集中困難;読書又は書字困難;空間的関係の誤解釈;失見当識;抑鬱;不安;意思決定及び判断困難;衝動制御の喪失;慣習的課題の計画及び実施の困難;攻撃性;被刺激性;引きこもり;気分変動;認知症;睡眠習慣の変化;徘徊;食欲の変化であり得る。
一部の実施形態において、提供される組成物、例えば提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、SMN2関連障害の少なくとも1つの症状を予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を遅延させる。
本開示では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物の調製に様々な技術、例えば、米国特許出願公開第20150211006号明細書、米国特許出願公開第20150211006号明細書、国際公開第2017015555号パンフレット、国際公開第2017015575号パンフレット、国際公開第2017062862号パンフレット、国際公開第2017160741号パンフレットに記載される技術(オリゴヌクレオチド調製技術(例えば、サイクル、単量体、キラル補助剤、条件等)が参照により本明細書に援用される)を利用することができる。
とりわけ、本開示は、以下の例示的実施形態を提供する。
1.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
2.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルなインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルなインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
3.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、そのキラルな結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度をそれぞれ独立に有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラルな修飾インターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、そのキラルな結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度をそれぞれ独立に有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラルな修飾インターヌクレオチド結合を含み;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
4.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルな結合リン中心は、独立に、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有し;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルな結合リン中心は、独立に、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有し;及び
骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
5.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とするキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であることを特徴とする組成物。
6.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
この組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
7.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
8.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルなインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルなインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
9.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、そのキラルな結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度をそれぞれ独立に有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラルな修飾インターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドは、そのキラルな結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度をそれぞれ独立に有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラルな修飾インターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
10.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルな結合リン中心は、独立に、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有し;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
複数のオリゴヌクレオチドの各キラルな結合リン中心は、独立に、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有し;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする組成物。
11.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、転写物は、プレmRNAであることを特徴とする組成物。
12.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、核酸配列の取り込みは、エクソンの取り込みであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
13.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、転写物のスプライシングは、mRNAを提供することを特徴とする組成物。
14.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、エクソンの取り込みレベルは、増加されることを特徴とする組成物。
15.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、エクソンの取り込みは、そのエクソンを含まないが、他には同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較して活性及び/又は安定性がより高いタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする組成物。
16.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、エクソンの取り込みは、そのエクソンを含まないが、他には同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較してそのタンパク質が病態、障害又は疾患の症状を改善することができる点で活性及び/又は安定性がより高いタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする組成物。
17.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、エクソンの取り込みは、そのエクソンを含まないが、他には同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較して病態、疾患又は障害との関連性が低いか又は関連性がないタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする組成物。
18.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成であることを特徴とする組成物。
19.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、適切な条件下でオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドと同じ組成の複数のオリゴヌクレオチドを含む適切なステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べてエクソンの取り込みを10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%若しくはそれを超えて又は1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10倍若しくはそれを超えて増加させることができることを特徴とする組成物。
20.1つ以上のASGR結合部分を含むSMN2オリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
21.実施形態20の組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、そのSMN2オリゴヌクレオチドがいかなるASGR結合部分も含有しないことを除いてオリゴヌクレオチド組成物と同一の参照オリゴヌクレオチド組成物と比べてエクソンの取り込みを10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%若しくはそれを超えて又は1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10倍若しくはそれを超えて増加させることができることを特徴とする組成物。
22.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、エクソンの取り込みを30%以上増加させることができることを特徴とする組成物。
23.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、エクソンの取り込みを40%以上増加させることができることを特徴とする組成物。
24.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、エクソンの取り込みを50%以上増加させることができることを特徴とする組成物。
25.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、適切な条件は、0.1uM以下のオリゴヌクレオチド濃度を含むことを特徴とする組成物。
26.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、適切な条件は、本開示の1つ以上のデータを生じさせるために利用される条件であることを特徴とする組成物。
27.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、エクソンの取り込みは、SMN2のエクソン7の取り込みであることを特徴とする組成物。
28.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、エクソンの取り込みは、完全長SMNタンパク質のレベルの増加をもたらすことを特徴とする組成物。
29.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、病態、疾患又は障害は、SMN2関連病態、疾患又は障害であることを特徴とする組成物。
30.実施形態29の組成物において、病態、疾患又は障害は、SMAであることを特徴とする組成物。
31.実施形態29の組成物において、病態、疾患又は障害は、ALSであることを特徴とする組成物。
32.オリゴヌクレオチド組成物において、オリゴヌクレオチドは、糖、塩基又はインターヌクレオチド結合の少なくとも1つの修飾を含み、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15個の隣接塩基を含み、及びオリゴヌクレオチドは、スプライシングされていないエクソン7含有SMN2転写物を含む系に投与したときエクソン7含有SMN2転写物のレベルを増加させる能力を有することを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
33.a)共通の塩基配列;
b)共通の塩基修飾のパターン;
c)共通の糖修飾のパターン;
d)共通の骨格結合のパターン;
e)共通の骨格キラル中心のパターン;及び
f)存在する場合、追加の化学的部分の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており;及び
オリゴヌクレオチドがSMN2転写物を標的とし、且つエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベル、活性及び/又は発現の増加を媒介することができることを特徴とする組成物。
b)共通の塩基修飾のパターン;
c)共通の糖修飾のパターン;
d)共通の骨格結合のパターン;
e)共通の骨格キラル中心のパターン;及び
f)存在する場合、追加の化学的部分の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており;及び
オリゴヌクレオチドがSMN2転写物を標的とし、且つエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベル、活性及び/又は発現の増加を媒介することができることを特徴とする組成物。
34.a)SMN2 RNAとの相補性領域を有する共通の塩基配列;
b)キラルな結合リンを含むキラルなインターヌクレオチド結合を少なくとも1つ含む、共通の骨格結合のパターン
を有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列及び同じ共通の骨格結合のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、a)共通の塩基配列、b)共通の骨格結合のパターン;及びc)少なくとも1つのキラルなインターヌクレオチド結合(キラル制御されたインターヌクレオチド結合)のキラルな結合リンにおけるRp及びSpから選択される特定の立体化学配置を有するオリゴヌクレオチドに関して組成物が集積されている点でキラル制御されており;
オリゴヌクレオチドは、2’−置換基を含むヌクレオチド単位を含むことを特徴とする組成物。
b)キラルな結合リンを含むキラルなインターヌクレオチド結合を少なくとも1つ含む、共通の骨格結合のパターン
を有するオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列及び同じ共通の骨格結合のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、a)共通の塩基配列、b)共通の骨格結合のパターン;及びc)少なくとも1つのキラルなインターヌクレオチド結合(キラル制御されたインターヌクレオチド結合)のキラルな結合リンにおけるRp及びSpから選択される特定の立体化学配置を有するオリゴヌクレオチドに関して組成物が集積されている点でキラル制御されており;
オリゴヌクレオチドは、2’−置換基を含むヌクレオチド単位を含むことを特徴とする組成物。
35.オリゴヌクレオチドの組成物において、オリゴヌクレオチドは、糖、塩基又はインターヌクレオチド結合の少なくとも1つの修飾を含み、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15個の隣接塩基を含み、及びオリゴヌクレオチドは、スプライシングされていないエクソン7含有SMN2転写物を含むスプライシング系に投与したときエクソン7含有SMN2転写物のレベルを増加させる能力を有することを特徴とする組成物。
36.実施形態32〜35の何れかの組成物において、キラル制御されていることを特徴とする組成物。
37.実施形態36の組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ塩基配列、糖修飾のパターン、インターヌクレオチド結合のパターン及び存在する場合に追加の化学的部分を有するステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べてエクソン7含有SMN2転写物のレベルを10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%又はそれを超えて増加させることができることを特徴とする組成物。
38.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、スプライシング系は、インビトロスプライシング系であることを特徴とする組成物。
39.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、スプライシング系は、細胞、組織又は器官であることを特徴とする組成物。
40.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、15〜100核酸塩基の長さを有することを特徴とする組成物。
41.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、15〜50核酸塩基の長さを有することを特徴とする組成物。
42.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、17〜50核酸塩基の長さを有することを特徴とする組成物。
43.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、17〜25核酸塩基の長さを有することを特徴とする組成物。
44.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、17〜23核酸塩基の長さを有することを特徴とする組成物。
45.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、イントロンにハイブリダイズすることを特徴とする組成物。
46.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、転写物のイントロン配列と相補的な塩基配列を有することを特徴とする組成物。
47.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、転写物のイントロン配列と100%相補的な塩基配列を有することを特徴とする組成物。
48.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、SMN2プレmRNAのイントロン配列と相補的な塩基配列を有することを特徴とする組成物。
49.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、SMN2プレmRNAのイントロン7配列と相補的な塩基配列を有することを特徴とする組成物。
50.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、ISS−N1又はその一部分であるか又はそれを含むSMN2配列にハイブリダイズすることを特徴とする組成物。
51.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、CCAGCAUUであるか又はそれを含むSMN2配列にハイブリダイズすることを特徴とする組成物。
52.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、ISS−N1又はその一部分であるか又はそれを含むSMN2配列と相補的な塩基配列を有することを特徴とする組成物。
53.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、CCAGCAUUであるか又はそれを含むSMN2配列と相補的な塩基配列を有することを特徴とする組成物。
54.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、5’−CCAGCAUU−3’(式中、各Nは、独立に、A、T、C、G又はUである)と相補的な塩基配列であるか又はそれを含む塩基配列を有することを特徴とする組成物。
55.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、5’−CCAGCNNNNNGAAAG−3’(式中、各Nは、独立に、A、T、C、G又はUである)と相補的な塩基配列であるか又はそれを含む塩基配列を有することを特徴とする組成物。
56.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、5’−CCAGCAUUAUGAAAG−3’(式中、各Nは、独立に、A、T、C、G又はUである)と相補的な塩基配列であるか又はそれを含む塩基配列を有することを特徴とする組成物。
57.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの配列は、CUUUCNNNNNGCUGG(式中、各Nは、独立に、A、T、C、G又はUである)であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
58.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの配列は、AATGCTGG(式中、各Tは、任意選択で且つ独立に、Uによって置き換えられ得る)であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
59.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの配列は、TCACTTTCATAATGCTGG(式中、各Tは、任意選択で且つ独立に、Uによって置き換えられ得る)であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
60.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの配列は、TCACTTTCATAATGCTGG(式中、各Tは、任意選択で且つ独立に、Uによって置き換えられ得る)であることを特徴とする組成物。
61.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの配列は、TCACTTTCATAATGCTGGであることを特徴とする組成物。
62.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列であるか又はそれを含む塩基配列を有することを特徴とする組成物。
63.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列である塩基配列を有することを特徴とする組成物。
64.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列である塩基配列を有し、且つ本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの糖修飾のパターン及び/又はインターヌクレオチド結合のパターンを有することを特徴とする組成物。
65.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの塩基配列を有し、且つ本明細書に開示されるSMN2オリゴヌクレオチドの糖修飾のパターン及びインターヌクレオチド結合のパターンを有することを特徴とする組成物。
66.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体であることを特徴とする組成物。
67.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUであることを特徴とする組成物。
68.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、各核酸塩基は、独立に、A、T、C、5mC、G又はUであることを特徴とする組成物。
69.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾糖部分を含むことを特徴とする組成物。
71.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、各糖部分は、独立に、任意選択で置換されているβ−D−デオキシリボフラノース又はβ−D−リボフラノース部分であることを特徴とする組成物。
73.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、1つ以上の糖部分は、2’−修飾を含むことを特徴とする組成物。
74.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、2’−修飾は、−R2sであり、式中、−R2sは、−F又は−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルであることを特徴とする組成物。
75.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、2’−修飾は、2’−OMeであることを特徴とする組成物。
76.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、2’−修飾は、2’−MOEであることを特徴とする組成物。
77.実施形態70の組成物において、各糖部分は、2’−MOEを含むことを特徴とする組成物。
80.実施形態79の組成物において、Lsは、任意選択で置換されているメチレンであることを特徴とする組成物。
81.実施形態79の組成物において、Lsは、−CH2−であることを特徴とする組成物。
82.実施形態79の組成物において、Lsは、−(R)−CH(Me)−であることを特徴とする組成物。
83.実施形態79の組成物において、Lsは、−(S)−CH(Me)−であることを特徴とする組成物。
84.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の糖部分は、修飾されていることを特徴とする組成物。
85.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、適用可能な場合、各糖修飾は、同じであることを特徴とする組成物。
86.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含むことを特徴とする組成物。
87.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のインターヌクレオチド結合は、修飾されていることを特徴とする組成物。
88.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のインターヌクレオチド結合は、キラルな結合リンを含む修飾インターヌクレオチド結合であることを特徴とする組成物。
89.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のインターヌクレオチド結合は、キラル制御されていることを特徴とする組成物。
90.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、適用可能な場合、各糖修飾は、同じであることを特徴とする組成物。
91.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含むことを特徴とする組成物。
92.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のインターヌクレオチド結合は、修飾されていることを特徴とする組成物。
93.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のインターヌクレオチド結合は、キラルな結合リンを含む修飾インターヌクレオチド結合であることを特徴とする組成物。
94.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のインターヌクレオチド結合は、キラル制御されていることを特徴とする組成物。
95.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも5個のインターヌクレオチド結合は、キラル制御されていることを特徴とする組成物。
96.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各々の少なくとも10個のインターヌクレオチド結合は、キラル制御されていることを特徴とする組成物。
97.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各キラルなリンは、独立にキラル制御されていることを特徴とする組成物。
98.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオチド結合は、独立に、式I、I−a、I−b、I−c、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1若しくはII−d−2の構造又はその塩形態を有することを特徴とする組成物。
99.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、それぞれ式I、I−a、I−b、I−c、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1又はII−d−2の構造を有する中性インターヌクレオチド結合を含むことを特徴とする組成物。
100.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオチド結合は、独立に、式I:
の構造又はその塩形態(式中、
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1及びR5の各々は、独立に、−H、−Ls−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Ls−Si(R)3、−OR、−SR又は−N(R)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−Ls−R1)−又はLsであり;
各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)を有することを特徴とする組成物。
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1及びR5の各々は、独立に、−H、−Ls−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Ls−Si(R)3、−OR、−SR又は−N(R)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−Ls−R1)−又はLsであり;
各Lsは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、1〜5個のヘテロ原子を有する二価のC1〜C6ヘテロ脂肪族基、−C(R’)2−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−から選択される任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各−Cy−は、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている二価の基であり;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)を有することを特徴とする組成物。
101.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、PLは、P(=W)又はPであることを特徴とする組成物。
102.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、Wは、O又はSであることを特徴とする組成物。
103.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、Wは、Oであることを特徴とする組成物。
104.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、Xは、O又はSであることを特徴とする組成物。
105.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、少なくとも1つのXは、Sであることを特徴とする組成物。
106.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、Yは、Oであることを特徴とする組成物。
107.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、Zは、Oであることを特徴とする組成物。
108.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、−Ls−R5は、−Hであることを特徴とする組成物。
109.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各インターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合又はホスホロチオエート結合であることを特徴とする組成物。
110.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各キラルな結合リンは、独立に、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%又はそれを超える立体純度を有することを特徴とする組成物。
111.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各キラルな結合リンは、独立に、95%以上の立体純度を有することを特徴とする組成物。
112.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの各キラルな結合リンは、独立に、97%以上の立体純度を有することを特徴とする組成物。
113.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、複数のオリゴヌクレオチドは、組成物中において(D)n以上のジアステレオマー純度を有し、式中、nはオリゴヌクレオチドの各々におけるキラル制御されたインターヌクレオチド結合の数であり、式中、Dは90%〜100%であることを特徴とする組成物。
114.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、複数のオリゴヌクレオチドは、組成物中において(D)n以上のジアステレオマー純度を有し、式中、nはオリゴヌクレオチドの各々におけるキラル制御されたインターヌクレオチド結合の数であり、式中、Dは95%であることを特徴とする組成物。
115.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、複数のオリゴヌクレオチドは、組成物中において(D)n以上のジアステレオマー純度を有し、式中、nはオリゴヌクレオチドの各々におけるキラル制御されたインターヌクレオチド結合の数であり、式中、Dは97%であることを特徴とする組成物。
116.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドのジアステレオマー純度は、オリゴヌクレオチド中の各キラルな結合リンの立体純度の積であることを特徴とする組成物。
117.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、それぞれRp配置の結合リンを含むインターヌクレオチド結合を少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個含むことを特徴とする組成物。
118.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、それぞれRp配置の結合リンを含むインターヌクレオチド結合を少なくとも5個含むことを特徴とする組成物。
119.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、それぞれRp配置の結合リンを含むインターヌクレオチド結合を少なくとも10個含むことを特徴とする組成物。
120.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%、又は100%のインターヌクレオチド結合は、Rp配置の結合リンを含むことを特徴とする組成物。
121.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの少なくとも40%、50%、60%、70%、80%、又は90%、又は100%のインターヌクレオチド結合は、Rp配置の結合リンを含むことを特徴とする組成物。
122.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの少なくとも50%のインターヌクレオチド結合は、Rp配置の結合リンを含むことを特徴とする組成物。
123.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの少なくとも60%のインターヌクレオチド結合は、Rp配置の結合リンを含むことを特徴とする組成物。
124.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドの少なくとも70%のインターヌクレオチド結合は、Rp配置の結合リンを含むことを特徴とする組成物。
125.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、5’−第1のブロック−第2のブロック−第3のブロック−3’構造を含むか又はそのような構造であることを特徴とする組成物。
126.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックは、5’−ウィングであり、第2のブロックは、コアであり、及び第3のブロックは、3’−ウィングであることを特徴とする組成物。
127.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の核酸塩基及び/又はインターヌクレオチド結合を含むことを特徴とする組成物。
128.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のRp結合リンを含むことを特徴とする組成物。
129.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックの少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は100%の結合リンは、キラル制御されており、Rpであることを特徴とする組成物。
130.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第2のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のRp又はSp結合リンを含むことを特徴とする組成物。
131.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第2のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のRp結合リンを含むことを特徴とする組成物。
132.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第2のブロックは、存在する場合、SpよりもRp結合リンを多く含むことを特徴とする組成物。
133.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第2のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の天然リン酸結合を含むことを特徴とする組成物。
134.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第3のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の核酸塩基及び/又はインターヌクレオチド結合を含むことを特徴とする組成物。
135.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第3のブロックは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のRp結合リンを含むことを特徴とする組成物。
136.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第3のブロックの少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は100%の結合リンは、キラル制御されおり、Rpであることを特徴とする組成物。
137.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックは、任意選択で、第2のブロックにない糖修飾を含むことを特徴とする組成物。
138.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックは、任意選択で、第3のブロックにない糖修飾を含むことを特徴とする組成物。
139.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第1のブロックの骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t、(Rp)t、(Np/Op)t、(Rp/Op)t又はRp(Rp/Op)tを含むか又はそれであることを特徴とする組成物。
140.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第2のブロックの骨格キラル中心のパターンは、[(Np/Op)n]y、[(Rp/Op)n]y又は[(Sp/Op)n]yを含むか又はそれであることを特徴とする組成物。
141.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、第3のブロックの骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m、(Rp)m、(Np/Op)m、(Rp/Op)m又は(Rp/Op)mRpを含むか又はそれであることを特徴とする組成物。
142.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
143.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含むことを特徴とする組成物。
144.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも2個のRpを含むことを特徴とする組成物。
145.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp)であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
146.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
147.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Np)n]y(Rp)mであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
148.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Np)t[(Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
149.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Np)t[(Rp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
150.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、少なくとも1つのNpは、Rpであることを特徴とする組成物。
151.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、少なくとも1つのNpは、Spであることを特徴とする組成物。
152.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、各Npは、同じであることを特徴とする組成物。
153.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Sp)n]y(Rp)mであるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
154.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Sp)n]y(Rp)mであることを特徴とする組成物。
155.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、yは、1〜20であることを特徴とする組成物。
156.実施形態155の組成物において、yは、1であることを特徴とする組成物。
157.実施形態155の組成物において、yは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15であることを特徴とする組成物。
158.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、tは、1〜20であることを特徴とする組成物。
159.実施形態158の組成物において、tは、1であることを特徴とする組成物。
160.実施形態158の組成物において、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15であることを特徴とする組成物。
161.実施形態158の組成物において、tは、3以上であることを特徴とする組成物。
162.実施形態158の組成物において、tは、4以上であることを特徴とする組成物。
163.実施形態158の組成物において、tは、5以上であることを特徴とする組成物。
164.実施形態158の組成物において、tは、4であることを特徴とする組成物。
165.実施形態158の組成物において、tは、5であることを特徴とする組成物。
166.実施形態158の組成物において、tは、6であることを特徴とする組成物。
167.実施形態158の組成物において、tは、7であることを特徴とする組成物。
168.実施形態158の組成物において、tは、8であることを特徴とする組成物。
169.実施形態158の組成物において、tは、9であることを特徴とする組成物。
170.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、nは、1〜20であることを特徴とする組成物。
171.実施形態170の組成物において、nは、1であることを特徴とする組成物。
172.実施形態170の組成物において、nは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15であることを特徴とする組成物。
173.実施形態170の組成物において、nは、3以上であることを特徴とする組成物。
174.実施形態170の組成物において、nは、4以上であることを特徴とする組成物。
175.実施形態170の組成物において、nは、5以上であることを特徴とする組成物。
176.実施形態170の組成物において、nは、5以上であることを特徴とする組成物。
177.実施形態170の組成物において、nは、2であることを特徴とする組成物。
178.実施形態170の組成物において、nは、3であることを特徴とする組成物。
179.実施形態170の組成物において、nは、4であることを特徴とする組成物。
180.実施形態170の組成物において、nは、5であることを特徴とする組成物。
181.実施形態170の組成物において、nは、6であることを特徴とする組成物。
182.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、mは、1〜20であることを特徴とする組成物。
183.実施形態182の組成物において、mは、1であることを特徴とする組成物。
184.実施形態182の組成物において、mは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15であることを特徴とする組成物。
185.実施形態182の組成物において、mは、3以上であることを特徴とする組成物。
186.実施形態182の組成物において、mは、4以上であることを特徴とする組成物。
187.実施形態182の組成物において、mは、5以上であることを特徴とする組成物。
188.実施形態182の組成物において、mは、4であることを特徴とする組成物。
189.実施形態182の組成物において、mは、5であることを特徴とする組成物。
190.実施形態182の組成物において、mは、6であることを特徴とする組成物。
191.実施形態182の組成物において、mは、7であることを特徴とする組成物。
192.実施形態182の組成物において、mは、8であることを特徴とする組成物。
193.実施形態182の組成物において、mは、9であることを特徴とする組成物。
194.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、塩であることを特徴とする組成物。
195.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩であることを特徴とする組成物。
196.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、全てナトリウム塩であり、各インターヌクレオチド結合は、ナトリウム塩形態のインターヌクレオチド結合であることを特徴とする組成物。
197.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、ターゲティング部分、脂質部分及び炭水化物部分から選択される化学的部分を含むことを特徴とする組成物。
198.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、グルコース、GluNAc、脂質及びアニスアミド部分から選択される化学的部分を含むことを特徴とする組成物。
199.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、オリゴヌクレオチドは、リンカーを介して第2のオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされることを特徴とする組成物。
200.式O−I:
の構造を有する化合物又はその塩において、式中、
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される任意選択で置換されている基であり;
各Rsは、独立に、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
sは0〜20であり;
Lsは、−C(R5s)2−又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各LPは、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、L又は−L−L−であり;
R3Eは、−R’、−L−R’、−OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成することを特徴とする化合物。
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される任意選択で置換されている基であり;
各Rsは、独立に、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
sは0〜20であり;
Lsは、−C(R5s)2−又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
各LPは、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、L又は−L−L−であり;
R3Eは、−R’、−L−R’、−OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成することを特徴とする化合物。
201.実施形態200の化合物において、独立に、各LPは、式I、I−a、I−b、I−c、I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1又はII−d−2の構造を有することを特徴とする化合物。
202.実施形態201の化合物において、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるLPは、それぞれ独立に、式I−n−1、I−n−2、I−n−3、II、II−a−1、II−a−2、II−b−1、II−b−2、II−c−1、II−c−2、II−d−1又はII−d−2の構造を有することを特徴とする化合物。
203.式O−I:
の構造を有する化合物又はその塩において、式中、
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される任意選択で置換されている基であり;
各Rsは、独立に、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
sは0〜20であり;
Lsは、−C(R5s)2−又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
独立に各LPは、式I:
の構造又はその塩形態を有し、式中、
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1及びR5の各々は、独立に、−H、−Ls−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Ls−Si(R)3、−OR、−SR又は−N(R)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−Ls−R1)−又はLsであり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、L又は−L−L−であり;
R3Eは、−R’、−L−R’、−OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成することを特徴とする化合物。
R5sは、独立に、R’又は−OR’であり;
各BAは、独立に、C3〜30脂環族、C6〜30アリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC5〜30ヘテロアリール、1〜10個のヘテロ原子を有するC3〜30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される任意選択で置換されている基であり;
各Rsは、独立に、−F、−Cl、−Br、−I、−CN、−N3、−NO、−NO2、−L−R’、−L−OR’、−L−SR’、−L−N(R’)2、−O−L−OR’、−O−L−SR’又は−O−L−N(R’)2であり;
sは0〜20であり;
Lsは、−C(R5s)2−又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜20員環ヘテロアリール環及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;
各環Asは、独立に、0〜10個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている3〜20員環の単環式、二環式又は多環式の環であり;
独立に各LPは、式I:
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1及びR5の各々は、独立に、−H、−Ls−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Ls−Si(R)3、−OR、−SR又は−N(R)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−Ls−R1)−又はLsであり;
zは、1〜1000であり;
L3Eは、L又は−L−L−であり;
R3Eは、−R’、−L−R’、−OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成することを特徴とする化合物。
204.実施形態200〜203の何れか1つの化合物において、R5s−Ls−は、R5s−C(R5s)2−であることを特徴とする化合物。
205.実施形態204の化合物において、R5s−Ls−は、HO−C(R5s)2−であることを特徴とする化合物。
206.実施形態200〜205の何れか1つの化合物において、Lsは、−C(R5s)2−であることを特徴とする化合物。
207.実施形態200〜205の何れか1つの化合物において、Lsは、−CH2−であることを特徴とする化合物。
208.実施形態200〜207の何れか1つの化合物において、各BAは、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体であることを特徴とする化合物。
209.実施形態200〜207の何れか1つの化合物において、各BAは、独立に、A、T、C、5mC、G又はUであることを特徴とする化合物。
210.実施形態200〜209の何れか1つの化合物において、zは、15以上であることを特徴とする化合物。
211.実施形態200〜210の何れか1つの化合物において、L3Eは、共有結合であることを特徴とする化合物。
212.実施形態200〜211の何れか1つの化合物において、R3Eは、−OHであることを特徴とする化合物。
213.実施形態200〜212の何れか1つの化合物において、式中、
は、
であり、及びBAは、C1で連結し、及びLsは、C4に連結し、式中、R1s、R2s、R3s及びR4sの各々は、独立にRsであることを特徴とする化合物。
216.実施形態215の化合物において、R2sは、−F又は−ORであり、式中、Rは、水素でないことを特徴とする化合物。
217.実施形態215の化合物において、R2sは、−F又は−ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1〜6アルキルであることを特徴とする化合物。
218.実施形態215の化合物において、R2sは、−F、−OMe又は−−OCH2CH2OCH3であることを特徴とする化合物。
219.実施形態215の化合物において、R2sは、−OCH2CH2OCH3であることを特徴とする化合物。
221.実施形態220の化合物において、Lは、任意選択で置換されているC1〜6アルキレンであることを特徴とする化合物。
222.実施形態220の化合物において、Lは、任意選択で置換されている−CH2−であることを特徴とする化合物。
223.実施形態220の化合物において、Lは、−CH2−であることを特徴とする化合物。
224.実施形態220の化合物において、Lは、−(R)−CH(CH3)−であることを特徴とする化合物。
225.実施形態220の化合物において、Lは、−(S)−CH(CH3)−であることを特徴とする化合物。
226.実施形態200〜225の何れか1つの化合物において、独立に各LPは、式I:
の構造又はその塩形態を有し、式中、
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1は、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Si(R’)3、−OR’、−SR’又は−N(R’)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−L−R1)−又はLであり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成することを特徴とする化合物。
PLは、P(=W)、P又はP→B(R’)3であり;
Wは、O、S又はSeであり;
R1は、−L−R、ハロゲン、−CN、−NO2、−Si(R’)3、−OR’、−SR’又は−N(R’)2であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、−O−、−S−、−N(−L−R1)−又はLであり;
各R’は、独立に、−R、−C(O)R、−C(O)OR又は−S(O)2Rであり;
各Lは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基と、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基とから選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各Rは、独立に、−Hであるか、又はC1〜30脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族、C6〜30アリール、C6〜30アリール脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有するC6〜30アリールヘテロ脂肪族、1〜10個のヘテロ原子を有する5〜30員環ヘテロアリール及び1〜10個のヘテロ原子を有する3〜30員環ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子をそれらの介在原子に加えて有する任意選択で置換されている3〜30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成することを特徴とする化合物。
227.実施形態200〜226の何れか1つの化合物において、PLは、P(=W)又はPであることを特徴とする化合物。
228.実施形態200〜227の何れか1つの化合物において、Wは、O又はSであることを特徴とする化合物。
229.実施形態200〜228の何れか1つの化合物において、Wは、Oであることを特徴とする化合物。
230.実施形態200〜229の何れか1つの化合物において、Yは、Oであることを特徴とする化合物。
231.実施形態200〜230の何れか1つの化合物において、Zは、Oであることを特徴とする化合物。
232.実施形態200〜231の何れか1つの化合物において、Xは、O又はSであることを特徴とする化合物。
233.実施形態200〜231の何れか1つの化合物において、少なくとも1つのXは、Sであることを特徴とする化合物。
234.実施形態200〜232の何れか1つの化合物において、−Ls−R5は、−Hであるか、又は−L−R1は、−Hであることを特徴とする化合物。
238.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、オリゴヌクレオチドは、リンカーを介して化学的部分にコンジュゲートされることを特徴とする化合物。
239.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、オリゴヌクレオチドは、リンカーを介して炭水化物部分にコンジュゲートされることを特徴とする化合物。
240.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、オリゴヌクレオチドは、リンカーを介して標的部分にコンジュゲートされることを特徴とする化合物。
241.実施形態200〜240の何れかの化合物において、部分は、受容体のリガンド部分であるか又はそれを含むことを特徴とする化合物。
242.実施形態241の化合物において、受容体は、σ受容体であることを特徴とする化合物。
243.実施形態241の化合物において、受容体は、σ1受容体であることを特徴とする化合物。
244.実施形態242又は243の化合物において、リガンドは、アニスアミドであることを特徴とする化合物。
245.実施形態241の化合物において、受容体は、アシアロ糖タンパク質受容体であることを特徴とする化合物。
246.実施形態241の化合物において、部分は、GalNAcであるか又はそれを含むことを特徴とする化合物。
247.実施形態200〜245の何れか1つの化合物において、部分及びリンカーは、
(RD)b−LM1−LM2−LM3−
の構造を有し、
式中、
各RDは、独立に、化学的部分であり;
LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、5〜20員環ヘテロアリール環及び3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;及び
bは1〜1000であることを特徴とする化合物。
(RD)b−LM1−LM2−LM3−
の構造を有し、
式中、
各RDは、独立に、化学的部分であり;
LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、5〜20員環ヘテロアリール環及び3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;及び
bは1〜1000であることを特徴とする化合物。
248.(RD)b−LM1−LM2−LM3−
の1つ以上の構造を含むオリゴヌクレオチドにおいて、
式中、
LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、5〜20員環ヘテロアリール環及び3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;及び
bは1〜1000であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
の1つ以上の構造を含むオリゴヌクレオチドにおいて、
式中、
LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合であるか、又はC1〜30脂肪族基及び1〜10個のヘテロ原子を有するC1〜30ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられ;
各CyLは、独立に、C3〜20脂環族環、C6〜20アリール環、5〜20員環ヘテロアリール環及び3〜20員環ヘテロシクリル環から選択される任意選択で置換されている四価の基であり;及び
bは1〜1000であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
249.実施形態247又は248の化合物において、bは、1であり、及びLM1は、二価であることを特徴とする化合物。
250.実施形態247又は248の化合物において、bは、3であり、及びLM1は、四価であることを特徴とする化合物。
251.実施形態247〜250の何れか1つの化合物において、LM1は、1つ以上の−N(R’)−及び1つ以上の−C(O)−を含むことを特徴とする化合物。
252.実施形態247〜251の何れか1つの化合物において、LM2は、共有結合であるか、又はC1〜10脂肪族基及び1〜5個のヘテロ原子を有するC1〜10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられることを特徴とする化合物。
253.実施形態247〜251の何れか1つの化合物において、LM2は、共有結合であるか、又は二価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1〜10脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−N(R’)−又は−C(O)−によって置き換えられることを特徴とする化合物。
254.実施形態247〜253の何れか1つの化合物において、LM2は、−NH−(CH2)6−であり、ここで、−NH−は、LM1に結合することを特徴とする化合物。
255.実施形態247〜254の何れか1つの化合物において、LM3は、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)−、−OP(O)(SR’)−、−OP(O)(R’)−、−OP(O)(NR’)−、−OP(S)(OR’)−、−OP(S)(SR’)−、−OP(S)(R’)−、−OP(S)(NR’)−、−OP(R’)−、−OP(OR’)−、−OP(SR’)−、−OP(NR’)−又は−OP(OR’)[B(R’)3]−であることを特徴とする化合物。
256.実施形態247〜254の何れか1つの化合物において、LM3は、−OP(O)(OR’)−又は−OP(O)(SR’)−であり、ここで、−O−は、LM2に結合することを特徴とする化合物。
257.実施形態255〜256の何れか1つの化合物において、P原子は、糖単位、核酸塩基単位又はインターヌクレオチド結合に連結することを特徴とする化合物。
258.実施形態255〜257の何れか1つの化合物において、P原子は、P−O結合の形成によって−OH基に連結することを特徴とする化合物。
259.構造:
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
又はその塩を有する化合物において、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acは、オリゴヌクレオチドである);
aは1〜1000であり;
bは1〜1000であり;
LMは多価リンカーであり;及び
各RDは、独立に、化学的部分であり;及び
この化合物は、SMN2転写物を標的とし、且つエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物の増加を媒介する能力を有することを特徴とする化合物。
Ac−[−LM−(RD)a]b、[(Ac)a−LM]b−RD、(Ac)a−LM−(Ac)b又は(Ac)a−LM−(RD)b
又はその塩を有する化合物において、式中、
各Acは、独立に、オリゴヌクレオチド部分であり(例えば、H−Ac、[H]a−Ac又は[H]b−Acは、オリゴヌクレオチドである);
aは1〜1000であり;
bは1〜1000であり;
LMは多価リンカーであり;及び
各RDは、独立に、化学的部分であり;及び
この化合物は、SMN2転写物を標的とし、且つエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物の増加を媒介する能力を有することを特徴とする化合物。
260.実施形態259の化合物において、Ac−[−LM−(RD)a]bの構造又はその塩を有することを特徴とする化合物。
261.実施形態259の化合物において、[(Ac)a−LM]b−RDの構造又はその塩を有することを特徴とする化合物。
262.実施形態259の化合物において、(Ac)a−LM−(Ac)bの構造又はその塩を有することを特徴とする化合物。
263.実施形態259の化合物において、(Ac)a−LM−(RD)bの構造又はその塩を有することを特徴とする化合物。
264.実施形態259〜263の何れか1つの化合物において、[H]a−Ac又は[H]b−Acは、実施形態1〜237の何れか1つの化合物であることを特徴とする化合物。
265.実施形態259〜263の何れか1つの化合物において、オリゴヌクレオチドは、実施形態238〜258の何れか1つのオリゴヌクレオチドであることを特徴とする化合物。
266.259〜265の何れか1つの化合物において、各LMは、独立に、共有結合であるか、又はC1〜100脂肪族基及び1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられることを特徴とする化合物。
267.259〜265の何れか1つの化合物において、LMは、−LM1−LM2−LM3−であることを特徴とする化合物。
268.実施形態255〜258の何れか1つの化合物において、P原子は、P−O結合の形成によって5’−OH基に連結することを特徴とする化合物。
269.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、オリゴヌクレオチドは、リンカーを介して脂質部分にコンジュゲートされることを特徴とする化合物。
270.実施形態200〜269の何れか1つの化合物において、部分又はRDは、ASGRに結合することを特徴とする化合物。
271.実施形態200〜270の何れか1つの化合物において、部分又はRDは、GalNAc又はその誘導体であることを特徴とする化合物。
274.実施形態272〜273の何れか1つの化合物において、n’は、0であることを特徴とする化合物。
275.実施形態272〜273の何れか1つの化合物において、n’は、1であることを特徴とする化合物。
278.実施形態200〜277の何れか1つの化合物において、リンカーは、LMであり、式中、LMは共有結合であるか、又はC1〜100脂肪族基及び1〜30個のヘテロ原子を有するC1〜100ヘテロ脂肪族基から選択される二価又は多価の任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1〜6アルキレン、C1〜6アルケニレン、−C≡C−、−C(R’)2−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)O−、−S(O)−、−S(O)2−、−S(O)2N(R’)−、−C(O)S−、−C(O)O−、−P(O)(OR’)−、−P(O)(SR’)−、−P(O)(R’)−、−P(O)(NR’)−、−P(S)(OR’)−、−P(S)(SR’)−、−P(S)(R’)−、−P(S)(NR’)−、−P(R’)−、−P(OR’)−、−P(SR’)−、−P(NR’)−、−P(OR’)[B(R’)3]−、−OP(O)(OR’)O−、−OP(O)(SR’)O−、−OP(O)(R’)O−、−OP(O)(NR’)O−、−OP(OR’)O−、−OP(SR’)O−、−OP(NR’)O−、−OP(R’)O−又は−OP(OR’)[B(R’)3]O−によって置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、CyLに置き換えられることを特徴とする化合物。
279.実施形態278の化合物において、LMは、多価であり、且つ2つ以上の部分をオリゴヌクレオチドに連結することを特徴とする化合物。
280.実施形態278の化合物において、LMは、四価であり、且つ3つの部分をオリゴヌクレオチドに連結することを特徴とする化合物。
283.実施形態200〜282の何れか1つの化合物において、リンカー又は−LM1−LM2−LM3−は、
又はその塩形態であり、式中、
nLは、1〜8であり、
各アミノ基は、独立に部分に連結し;及び
P原子は、オリゴヌクレオチドの5’−OHに連結することを特徴とする化合物。
nLは、1〜8であり、
各アミノ基は、独立に部分に連結し;及び
P原子は、オリゴヌクレオチドの5’−OHに連結することを特徴とする化合物。
288.実施形態287の化合物において、n”は、1であることを特徴とする化合物。
289.実施形態287の化合物において、n”は、2であることを特徴とする化合物。
293.実施形態292の化合物において、n”は、1であることを特徴とする化合物。
294.実施形態292の化合物において、n”は、2であることを特徴とする化合物。
298.実施形態278〜297の何れか1つの化合物において、nLは、1であることを特徴とする化合物。
299.実施形態278〜297の何れか1つの化合物において、nLは、8であることを特徴とする化合物。
300.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、各ヘテロ原子は、酸素、窒素、硫黄、ホウ素、ケイ素及びリンから独立に選択されることを特徴とする化合物。
301.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、各ヘテロ原子は、酸素、窒素、硫黄及びリンから独立に選択されることを特徴とする化合物。
302.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、各ヘテロ原子は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択されることを特徴とする化合物。
303.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の純度を有することを特徴とする化合物。
304.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%のジアステレオマー純度を有することを特徴とする化合物。
305.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、ナトリウム塩であることを特徴とする化合物。
306.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、化合物は、ナトリウム塩であり、ここで、各天然リン酸結合は、そのナトリウム塩形態−O−P(O)(ONa)−O−であり、及び各ホスホロチオエート結合は、そのナトリウム塩形態−O−P(O)(SNa)−O−であることを特徴とする化合物。
307.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、実施形態1〜199の何れか1つの組成物の複数のオリゴヌクレオチドであることを特徴とする化合物。
308.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、SMN2イントロン配列を標的とする塩基配列を含むことを特徴とする化合物。
309.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、SMN2イントロン7配列を標的とする塩基配列を含むことを特徴とする化合物。
310.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、化合物は、表1Aから選択される塩基配列又はその一部分を含み、一部分は、10、11、12、13、14、15、16、17、18又は19連続核酸塩基であることを特徴とする化合物。
311.前出の実施形態の何れか1つの化合物において、化合物は、SMN2転写物を標的とし、エクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベル、活性及び/又は発現の増加を媒介する能力を有することを特徴とする化合物。
312.実施形態1〜199の何れか1つの組成物において、複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、実施形態200〜311の何れか1つの化合物であることを特徴とする組成物。
313.a)共通の塩基配列;
b)キラルな結合リンを含むキラルなインターヌクレオチド結合を少なくとも1つ含む、共通の骨格結合のパターン
を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列及び同じ共通の骨格結合のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、a)共通の塩基配列;b)共通の骨格結合のパターン;及びc)少なくとも1つのキラルなインターヌクレオチド結合(キラル制御されたインターヌクレオチド結合)のキラルな結合リンにおけるRp及びSpから選択される特定の立体化学配置を有するオリゴヌクレオチドに関して組成物が集積されている点でキラル制御されており、
複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、前出の実施形態の何れか1つの化合物であることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
b)キラルな結合リンを含むキラルなインターヌクレオチド結合を少なくとも1つ含む、共通の骨格結合のパターン
を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列及び同じ共通の骨格結合のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、a)共通の塩基配列;b)共通の骨格結合のパターン;及びc)少なくとも1つのキラルなインターヌクレオチド結合(キラル制御されたインターヌクレオチド結合)のキラルな結合リンにおけるRp及びSpから選択される特定の立体化学配置を有するオリゴヌクレオチドに関して組成物が集積されている点でキラル制御されており、
複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、前出の実施形態の何れか1つの化合物であることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
314.a)共通の塩基配列;
b)共通の骨格結合のパターン;
c)共通の骨格キラル中心のパターン
を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルがランダムでない点でキラル制御されており;及び
複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、前出の実施形態の何れか1つの化合物であることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
b)共通の骨格結合のパターン;
c)共通の骨格キラル中心のパターン
を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルがランダムでない点でキラル制御されており;及び
複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、前出の実施形態の何れか1つの化合物であることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
315.a)共通の塩基配列;
b)共通の骨格結合のパターン;
c)共通の骨格キラル中心のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており;及び
複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、前出の実施形態の何れか1つの化合物であることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
b)共通の骨格結合のパターン;
c)共通の骨格キラル中心のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物において、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており;及び
複数の各オリゴヌクレオチドは、独立に、前出の実施形態の何れか1つの化合物であることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
316.前出の実施形態の何れか1つの組成物において、医薬組成物であることを特徴とする組成物。
317.前出の実施形態の何れか1つの化合物又はその薬学的に許容可能な塩と、任意選択で薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
318.前出の実施形態の何れか1つの組成物と、任意選択で薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
319.標的転写物のスプライシングを改変する方法において、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする方法。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とする方法。
320.共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を転写物に接触させることによる標的転写物の転写物スプライシングを改変する方法において、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、同じ共通の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されていない、他の点では同等のオリゴヌクレオチド組成物を使用したときに観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とすることを改良点とする方法。
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含み、
この組成物は、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、それが特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して集積されている点でキラル制御されており、ここで、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、同じ共通の塩基配列のオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されていない、他の点では同等のオリゴヌクレオチド組成物を使用したときに観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で転写物のスプライシングが改変されることを特徴とすることを改良点とする方法。
321.前出の実施形態の何れか1つの方法において、特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物は、前出の実施形態の何れか1つの組成物であることを特徴とする方法。
322.標的転写物のスプライシングを改変する方法において、前出の実施形態の何れか1つの組成物を投与することを含むことを特徴とする方法。
323.共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を転写物に接触させることによる標的転写物の転写物スプライシングを改変する方法において、
前出の実施形態の何れか1つの組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含むことを改良点とする方法。
前出の実施形態の何れか1つの組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含むことを改良点とする方法。
324.前出の実施形態の何れか1つの方法において、転写物は、プレmRNAであることを特徴とする方法。
325.前出の実施形態の何れか1つの方法において、核酸配列の取り込みは、エクソンの取り込みであるか又はそれを含むことを特徴とする方法。
326.前出の実施形態の何れか1つの方法において、転写物のスプライシングは、mRNAを提供することを特徴とする方法。
327.前出の実施形態の何れか1つの方法において、エクソンの取り込みレベルは、増加されることを特徴とする方法。
328.前出の実施形態の何れか1つの方法において、エクソンの取り込みは、そのエクソンを含まないが、他には同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較して活性及び/又は安定性がより高いタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする方法。
329.前出の実施形態の何れか1つの方法において、エクソンの取り込みは、そのエクソンを含まないが、他には同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較してそのタンパク質が病態、障害又は疾患の症状を改善することができる点で活性及び/又は安定性がより高いタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする方法。
330.前出の実施形態の何れか1つの方法において、エクソンの取り込みは、そのエクソンを含まないが、他には同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較して病態、疾患又は障害との関連性が低いか又は関連性がないタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする方法。
331.前出の実施形態の何れか1つの方法において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成のものであることを特徴とする方法。
332.前出の実施形態の何れか1つの方法において、オリゴヌクレオチド組成物は、適切な条件下でオリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチドと同じ組成の複数のオリゴヌクレオチドを含む適切なステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べてエクソンの取り込みを10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%若しくはそれを超えて又は1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10倍若しくはそれを超えて増加させることができることを特徴とする方法。
333.前出の実施形態の何れか1つの方法において、オリゴヌクレオチド組成物は、エクソンの取り込みを30%以上増加させることができることを特徴とする方法。
334.前出の実施形態の何れか1つの方法において、オリゴヌクレオチド組成物は、エクソンの取り込みを40%以上増加させることができることを特徴とする方法。
335.前出の実施形態の何れか1つの方法において、オリゴヌクレオチド組成物は、エクソンの取り込みを50%以上増加させることができることを特徴とする方法。
336.前出の実施形態の何れか1つの方法において、適切な条件は、0.1uM以下のオリゴヌクレオチド濃度を含むことを特徴とする方法。
337.前出の実施形態の何れか1つの方法において、適切な条件は、本開示の1つ以上のデータを生じさせるために利用される条件であることを特徴とする方法。
338.前出の実施形態の何れか1つの方法において、エクソンの取り込みは、SMN2のエクソン7の取り込みであることを特徴とする方法。
339.前出の実施形態の何れか1つの方法において、エクソンの取り込みは、完全長SMNタンパク質のレベルの増加をもたらすことを特徴とする方法。
340.前出の実施形態の何れか1つの方法において、病態、疾患又は障害は、SMN2関連病態、疾患又は障害であることを特徴とする方法。
341.実施形態319〜340の何れか1つの方法において、病態、疾患又は障害は、SMAであることを特徴とする方法。
342.実施形態319〜340の何れか1つの方法において、病態、疾患又は障害は、ALSであることを特徴とする方法。
343.実施形態319〜342の何れか1つの方法において、系は、細胞であることを特徴とする方法。
344.実施形態319〜342の何れか1つの方法において、系は、組織であることを特徴とする方法。
345.実施形態319〜342の何れか1つの方法において、系は、器官であることを特徴とする方法。
346.実施形態319〜342の何れか1つの方法において、系は、生物であることを特徴とする方法。
347.実施形態319〜342の何れか1つの方法において、系は、対象であることを特徴とする方法。
348.実施形態319〜342の何れか1つの方法において、疾患関連転写物又はタンパク質と比べて非疾患関連転写物又はタンパク質のレベルを優先的に増加させることを特徴とする方法。
349.系におけるエクソン7含有SMN2転写物又はそれによる遺伝子産物のレベルを増加させる方法において、前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を投与することを含むことを特徴とする方法。
350.細胞におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる方法において、前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を細胞に接触させることを含み、化合物又は組成物のオリゴヌクレオチドは、SMN2の少なくとも15隣接核酸塩基と相補的な塩基配列を含むことを特徴とする方法。
351.細胞におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる方法において、前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を細胞に接触させることを含み、化合物又は組成物のオリゴヌクレオチドは、SMN2イントロン7の少なくとも15隣接核酸塩基と相補的な塩基配列を含むことを特徴とする方法。
352.細胞におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる方法において、前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を細胞に接触させることを含み、化合物又は組成物のオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるSMN2オリゴヌクレオチドのものであるか、又はその少なくとも15隣接核酸塩基を含む塩基配列を含むことを特徴とする方法。
353.対象におけるエクソン7含有SMN2転写物のレベルを増加させる方法において、方法は、
前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を対象に投与するステップ
を含み、
化合物又は組成物は、対象におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる能力を有することを特徴とする方法。
前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を対象に投与するステップ
を含み、
化合物又は組成物は、対象におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる能力を有することを特徴とする方法。
354.対象におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる方法において、前出の実施形態の何れか1つの組成物の治療有効量を対象に投与することを含み、組成物のオリゴヌクレオチドは、SMN2転写物を特異的に標的とすることを特徴とする方法。
355.エクソンの取り込みは、そのエクソンの排除と比較して病態、障害又は疾患に関連しないか又は関連性が低いスプライシングに関連する病態、障害又は疾患の治療方法において、前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を対象に投与することを含むことを特徴とする方法。
356.SMN2関連病態、障害又は疾患の予防又は治療方法において、それに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を投与することを含むことを特徴とする方法。
357.前出の実施形態の何れか1つの方法において、SMN2関連病態、障害又は疾患は、SMA又はALSであることを特徴とする方法。
358.SMAの予防又は治療方法において、それに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を投与することを含むことを特徴とする方法。
359.ALSの予防又は治療方法において、それに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に前出の実施形態の何れか1つの化合物又は組成物を投与することを含むことを特徴とする方法。
360.対象のSMN2関連病態、障害又は疾患の治療方法において、前出の実施形態の何れかの化合物又は組成物の治療有効量を対象に投与することを含み、化合物又は組成物のオリゴヌクレオチドは、SMN2転写物を特異的に標的とすることを特徴とする方法。
361.実施形態360の方法において、SMN2関連病態、障害又は疾患は、SMA(脊髄性筋萎縮症)及びALS(筋萎縮性側索硬化症)から選択されることを特徴とする方法。
362.前出の実施形態の何れか1つの方法において、第2の薬剤を投与することを更に含むことを特徴とする方法。
363.前出の実施形態の何れか1つの方法において、第2の薬剤は、化合物又は組成物の前、それと同時又はその後に投与されることを特徴とする方法。
364.前出の実施形態の何れか1つの方法において、第2の薬剤は、SMN2を標的とするオリゴヌクレオチドであるか又はそれを含むことを特徴とする方法。
365.前出の実施形態の何れか1つの組成物、化合物又は方法において、参照条件は、その組成物が存在しない他には同一の条件であることを特徴とする組成物、化合物又は方法。
366.実施形態1〜365の何れか1つの組成物、化合物又は方法において、参照条件は、その組成物の代わりに陰性対照参照組成物が存在する他には同一の条件であることを特徴とする組成物、化合物又は方法。
367.実施形態366の組成物、化合物又は方法において、陰性対照参照組成物は、他の点では同一又は同等の対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物であることを特徴とする組成物、化合物又は方法。
368.実施形態366の組成物、化合物又は方法において、陰性対照参照組成物は、ヌシネルセン組成物であることを特徴とする組成物、化合物又は方法。
369.SMN2関連病態、障害又は疾患の治療用医薬組成物の調製のための前出の実施形態の何れか1つの組成物又は化合物の使用。
370.SMN2関連病態、障害又は疾患の治療用医薬組成物又は医薬の調製又は製造のための前出の実施形態の何れか1つの組成物又は化合物の使用。
371.病態、障害又は疾患の治療用医薬組成物又は医薬の調製又は製造のための前出の実施形態の何れか1つの組成物又は化合物の使用。
提供される技術(化合物(オリゴヌクレオチド、試薬等)、組成物、方法(調製、使用、評価方法等))の特定の例を以下に提供する。
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物(ステレオランダムなもの及びキラル制御されたものの両方)の調製については、例えば、国際公開第2010/064146号パンフレット、国際公開第2011/005761号パンフレット、国際公開第2013/012758号パンフレット、国際公開第2014/010250号パンフレット、米国特許出願公開第2013/0178612号明細書、国際公開第2014/012081号パンフレット、国際公開第2015/107425号パンフレット、国際公開第2017/015555号パンフレット及び国際公開第2017/062862号パンフレット(これらの各々の方法及び試薬は、参照により本明細書に援用される)にあるものを含め、様々な技術が公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチド及びその組成物は、国際公開第2010/064146号パンフレット、国際公開第2011/005761号パンフレット、国際公開第2013/012758号パンフレット、国際公開第2014/010250号パンフレット、米国特許出願公開第2013/0178612号明細書、国際公開第2014/012081号パンフレット、国際公開第2015/107425号パンフレット、国際公開第2017/015555号パンフレット及び/又は国際公開第2017/062862号パンフレットに記載される方法により、任意選択で、例えば特定の反応条件、手順等を最適化して調製された。
実施例1.オリゴヌクレオチドのコンジュゲーション
一部の実施形態において、本開示は、例えばCNSへの良好な送達のための、オリゴヌクレオチドのコンジュゲーション方法を提供する。実施例1及び2は、特定の例示的コンジュゲーション方法について記載する。
一部の実施形態において、本開示は、例えばCNSへの良好な送達のための、オリゴヌクレオチドのコンジュゲーション方法を提供する。実施例1及び2は、特定の例示的コンジュゲーション方法について記載する。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、5’末端に任意選択でリンカー部分を介して連結した化学的部分を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、5’末端−OHに任意選択でリンカーを介して連結した化学的部分を含む。一部の実施形態において、例示的コンジュゲーション戦略は以下に記載する通りである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、3’−末端に任意選択でリンカー部分を介して連結した化学的部分を含む。一部の実施形態において、本開示は以下の3’コンジュゲーション戦略を提供する。
本開示では、様々な化学的部分、例えば細胞受容体のリガンド、例えば、Juliano et al.,J.Am.Chem.Soc.2010,132,8848;Banerjee R et al.,Int J Cancer.2004,112,693;J.Med.Chem.,2017,60(10),pp 4161−4172等に記載されるものを利用することができる。一部の実施形態において、化学的部分は、
から選択される。
実施例2.コンジュゲーション用の例示的化合物−4,10,17−トリオキソ−15,15−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)−1−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−13−オキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−オイック酸の合成
ステップ1:THF(40mL)中のジ−tert−ブチル3,3’−((2−アミノ−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート1(4.0g、7.91mmol)及びジヒドロ−2H−ピラン−2,6(3H)−ジオン(0.903g、7.91mmol)の溶液を50℃で3時間及び室温で3時間撹拌した。LC−MSは、所望の生成物を示した。溶媒を蒸発させると酸性の2が得られ、これを精製なしに次のステップに直接使用した。
ステップ2:DMF中の5−((9−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2,2,16,16−テトラメチル−4,14−ジオキソ−3,7,11,15−テトラオキサヘプタデカン−9−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸2(4.90g、7.91mmol)及び(ブロモメチル)ベンゼン(1.623g、9.49mmol)の溶液に無水K2CO3(3.27g、23.73mmol)を加えた。この混合物を40℃で4時間及び室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。この反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて減圧下で濃縮すると残渣が得られ、これをヘキサン中10%EtOAcからヘキサン中50%EtOAcのISCO溶出によって精製すると、ジ−tert−ブチル3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート3(5.43g、7.65mmol、97%収率)が無色の油として得られた。1H NMR(400MHz,クロロホルム−d)δ 7.36−7.28(m,5H),6.10(s,1H),5.12(s,2H),3.70(s,6H),3.64(t,J=8.0Hz,6H),2.50−2.38(m,8H),2.22(t,J=7.3Hz,2H),1.95(p,J=7.4Hz,2H),1.45(s,27H);MS,710.5(M+H)+.
ステップ3:ギ酸(50mL)中のジ−tert−ブチル3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート3(5.43g、7.65mmol)の溶液を室温で48時間撹拌した。LC−MSは、反応が完了していないことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させた。粗生成物を再びギ酸(50mL)に溶解し、室温で6時間撹拌した。LC−MSは、反応の完了を示した。溶媒を減圧下で蒸発させ、減圧下でトルエン(3×)と共蒸発させて、真空下で乾燥させると、3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸4(4.22g、7.79mmol、102%収率)が白色固体として得られた。1H NMR(500MHz,DMSO−d6)δ 12.11(s,3H),7.41−7.27(m,5H),6.97(s,1H),5.07(s,2H),3.55(t,J=6.4Hz,6H),3.53(s,6H),2.40(t,J=6.3Hz,6H),2.37−2.26(m,2H),2.08(t,J=7.3Hz,2H),1.70(p,J=7.4Hz,2H);MS,542.3(M+H)+.
ステップ4:0℃のDCM(60mL)及びDMF(15mL)中の3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸4(4.10g、7.57mmol)及びHOBt(4.60g、34.1mmol)の溶液にtert−ブチル(3−アミノプロピル)カルバメート(5.94g、34.1mmol)、EDAC HCl塩(6.53g、34.1mmol)及びDIPEA(10.55ml、60.6mmol)を加えた。この反応混合物を0℃で15分及び室温で20時間撹拌した。LC−MSは、反応が完了していないことを示した。反応混合物にEDAC HCl塩(2.0g)及びtert−ブチル(3−アミノプロピル)カルバメート(1.0g)を加えた。この反応混合物を室温で4時間撹拌した。溶媒を蒸発させると残渣が得られ、これをEtOAc(300mL)に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)及び水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させて濃縮すると残渣が得られ、これをDCMからDCM中30%MeOHのISCO(80g金カートリッジ)溶出によって精製すると、ベンジル15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−オエート5(6.99g、6.92mmol、91%収率)が白色固体として得られた。1H NMR(500MHz,クロロホルム−d)δ 7.38−7.33(m,5H),6.89(brs,3H),6.44(s,1H),5.23(brs,3H),5.12(s,2H),3.71−3.62(m,12H),3.29(q,J=6.2Hz,6H),3.14(q,J=6.5Hz,6H),2.43(dt,J=27.0,6.7Hz,8H),2.24(t,J=7.2Hz,2H),1.96(p,J=7.5Hz,2H),1.64−1.59(m,6H),1.43(d,J=5.8Hz,27H);MS(ESI):1011.5(M+H)+.
ステップ5:DCM(5mL)中のベンジル15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−オエート(0.326g、0.46mmol)の溶液にTFA(2mL)を加えた。この反応混合物を室温で4時間撹拌した。LC−MSは、反応の完了を示した。溶媒を減圧下で蒸発させると、ベンジル5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタノエートが無色の油として得られた。精製なしに次のステップに直接使用する。
ステップ6:DCM(6mL)中の5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(1.10g、1.61mmol)、HBTU(0.558g、1.47mmol)、HOBT(0.062g、0.46mmol)及びDIPEA(1.2mL、6.9mmol)、続いてアセトニトリル(5mL)中のベンジル5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソペンタノエートの溶液に対して。この混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させると残渣が得られ、これをDCMからDCM中20%MeOHのISCO(40g金カラム)溶出によって精製すると、4,10,17−トリオキソ−15,15−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)−1−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−13−オキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−オイックベンジルエステル(1.14g、92%収率)が白色固体として得られた。MS(ESI):1353.7(M/2+H)+.
ステップ7:EtOAc(50mL)中の4,10,17−トリオキソ−15,15−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)−1−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−13−オキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−オイックベンジルエステル(1.09g、0.400mmol)の溶液に10%Pd−C(200mg)及びメタノール(2mL)を加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。LC−MSは、反応の完了を示し、EtOAcで希釈し、セライトでろ過し、EtOAc中20%MeOHで洗浄し、減圧下で濃縮すると、4,10,17−トリオキソ−15,15−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)−1−(((2R,3R,4S,5R,6R)−3,4,5−トリス(ベンゾイルオキシ)−6−((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−13−オキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−オイック酸(1.06g、100%)が白色固体として得られた。MS(ESI):1308.1(M+H)+.
実施例3.コンジュゲーション用の例示的化合物−4−オキソ−4−((4−スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタン酸の合成
固体試薬4−(2−アミノエチル)ベンゼンスルホンアミド(2.00g、9.99mmol)及びジヒドロフラン−2,5−ジオン(0.999g、9.99mmol)にTHF(30mL)を加えた。この反応混合物を60℃で7時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させると、4−オキソ−4−((4−スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタン酸(3.00g、9.99mmol、100%収率)が白色固体として得られた。1H NMR(400MHz,DMSO−d6)δ 12.09(s,1H),7.96(t,J=5.6Hz,1H),7.72(d,J=8.1Hz,2H),7.38(d,J=8.1Hz,2H),7.29(s,2H),3.26(q,J=6.8Hz,2H),2.76(t,J=7.2Hz,2H),2.40(t,J=6.9Hz,2H),2.27(t,J=6.9Hz,2H);MS(ESI),301.1(M+H)+.
実施例4.例示的コンジュゲーション−スルホンアミドとオリゴヌクレオチドの例示的コンジュゲーション
一般的手順:2ml DMF中のスルホンアミド(5当量)の溶液に、HATU(4.5当量)及びDIPEA(25当量)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。
この溶液に水中のオリゴヌクレオチド(1当量)の溶液を加え、60分間良く振盪した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C18)クロマトグラフィーによって精製して生成物を得た。この精製生成物を、酢酸ナトリウム溶液を使用してC−18カートリッジで脱塩した。
一般的手順:2ml DMF中のスルホンアミド(5当量)の溶液に、HATU(4.5当量)及びDIPEA(25当量)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。
例示的手順では、上記に概説した一般的手順に従い、4−スルファモイル安息香酸(11mg、54.5μmol)、HATU(18.6mg、49μmol)及びDIPEA(35mg、272μmol)を2ml DMF中に2分間撹拌した(スキーム1)。この活性化HATU中間体を0.75ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、75mg、10.9μmol)の溶液に加えた。反応バイアルを60分間振盪した。溶媒を減圧下で除去し、上記に記載される通り精製及び脱塩を実施した。得られた生成物の量は20mgであった。生成物の分子量計算値:7063;デコンボリューション後の実測質量:7065。
例示的手順では、上記に概説した一般的手順に従い、4−スルファモイル安息香酸(16.3mg、54.5μmol)、HATU(18.6mg、49μmol)及びDIPEA(35mg、272μmol)を2ml DMF中に2分間撹拌した(スキーム2)。この活性化HATU中間体を0.75ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、75mg、10.9μmol)の溶液に加えた。反応バイアルを60分間振盪した。溶媒を減圧下で除去し、上記に記載される通り精製及び脱塩を実施した。得られた生成物の量は13mgであった。生成物の分子量計算値:7162;デコンボリューション後の実測質量:7165。
実施例5.例示的コンジュゲーション−トリアンテナ型アニスアミドとオリゴヌクレオチドの例示的コンジュゲーション
一般的手順:2ml DMF中の三分岐アニスアミド(2当量)の溶液にHATU(1.8当量)及びDIPEA(10当量)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。この溶液に水中のオリゴヌクレオチド(1当量)の溶液を加え、60分間良く振盪した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C8)クロマトグラフィーによって精製すると、生成物が得られた。精製した生成物を、酢酸ナトリウム溶液を使用してC−18カートリッジで脱塩した。
例示的手順では、2ml DMF中のトリアンテナ型アニスアミド(11mg、9.8μmol)の溶液に、HATU(3.34mg、8.82μmol)及びDIPEA(6.3mg、9μl、49μmol)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。この溶液に0.88ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、33.7mg、4.9μmol)の溶液を加え、60分間良く振盪した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C8)クロマトグラフィーによって精製すると、生成物(25mg)が得られた。精製した生成物を、酢酸ナトリウム溶液を使用してC−18カートリッジで脱塩した。生成物の分子量計算値:7982;得られたデコンボリューション質量:7987。
例示的手順では、2ml DMF中のトリアンテナ型アニスアミド(13mg、11.6μmol)の溶液に、HATU(4mg、10.4μmol)及びDIPEA(7.5mg、10.3μl、58μmol)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。この溶液に1ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、40mg、5.8μmol)の溶液を加え、60分間良く振盪した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C8)クロマトグラフィーによって精製すると、生成物が得られた。精製した生成物を、酢酸ナトリウム溶液を使用してC−18カートリッジで脱塩した。生成物の分子量計算値:7970;得られたデコンボリューション質量:7975。
実施例6.例示的コンジュゲーション−トリアンテナ型グルコサミン/グルコース誘導体とオリゴヌクレオチドの例示的コンジュゲーション
2ml DMF中の三分岐グルコサミン又はグルコース誘導体(2当量)の溶液にHATU(1.8当量)及びDIPEA(10当量)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。この溶液に水中のオリゴヌクレオチド(1当量)の溶液を加え、60分間良く振盪した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物を30%NH4OH溶液によって室温で24時間処理した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C8)クロマトグラフィーによって精製すると、生成物が得られた。精製した生成物を、酢酸ナトリウム溶液を使用してC−18カートリッジで脱塩した。
2ml DMF中の三分岐グルコサミン又はグルコース誘導体(2当量)の溶液にHATU(1.8当量)及びDIPEA(10当量)を加えた。この混合物を2分間良く撹拌した。この溶液に水中のオリゴヌクレオチド(1当量)の溶液を加え、60分間良く振盪した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物を30%NH4OH溶液によって室温で24時間処理した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C8)クロマトグラフィーによって精製すると、生成物が得られた。精製した生成物を、酢酸ナトリウム溶液を使用してC−18カートリッジで脱塩した。
実施例の手順では、上記に示した一般的手順に従い、グルコサミン誘導体(23.3mg、11.6μmol)、HATU(4mg、10.44μmol)及びDIPEA(7.5mg、58μmol)を2ml DMF中に撹拌した。この溶液に1ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、40mg(5.8μmol))を加えた。反応混合物を60分間撹拌すると、所望の生成物が得られた。この生成物を上記に記載した通りNH4OHで処理した。得られた生成物の量は、20mgであった。分子量計算値:8496;得られたデコンボリューション質量:8494
実施例の手順では、上記に示した一般的手順に従い、グルコース誘導体(57mg、21.8μmol)、HATU(7.5mg、19.6μmol)及びDIPEA(14.6mg、109μmol)を2ml DMF中に撹拌した。この溶液に1ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、75mg(10.9μmol))を加えた。この反応混合物を60分間撹拌して所望の生成物を得た。この生成物を上記に記載される通りNH4OHと共に40℃で加熱して最終産物を得た。分子量計算値:8227;デコンボリューション後の実測質量:8233。
例示的手順では、上記に示される一般的手順に従い、グルコース誘導体(30mg、11.6μmol)、HATU(4mg、10.4μmol)及びDIPEA(7.5mg、58μmol)を2ml DMFに撹拌した。この溶液に、1ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、40mg(5.8μmol))を加えた。この反応混合物を60分間撹拌して所望の生成物を得た。この生成物を上記に記載される通りNH4OHと共に40℃で加熱して生成物を得た。分子量計算値:8214;デコンボリューション後の実測質量:8218。
例示的手順では、上記に示される一般的手順に従い、グルコサミン誘導体(24mg、12μmol)、HATU(4mg、10.4μmol)及びDIPEA(7.5mg、58μmol)を2ml DMFに撹拌した。この溶液に、1ml水中のオリゴヌクレオチド(例えば、40mg(5.8μmol))を加えた。この反応混合物を60分間撹拌して所望の生成物を得た。この生成物を上記に記載される通りNH4OHと共に40℃で加熱して生成物を得た。分子量計算値:8477;デコンボリューション後の実測質量:8484。
実施例7.例示的な追加の化学的部分
1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタナミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−オイック酸の合成
ステップ1:DMF(45mL)中のジ−tert−ブチル3,3’−((2−アミノ−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート(5.0g、9.89mmol)及び12−メトキシ−12−オキソドデカン酸(2.416g、9.89mmol)の溶液にHATU(3.76g、9.89mmol)及びDIPEA(2.58ml、14.83mmol)を加えた。この反応混合物を室温で5時間撹拌した。溶媒を減圧下で濃縮し、ブラインで希釈し、EtOAcで抽出し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて濃縮すると残渣が得られ、これをヘキサン中10%EtOAcからヘキサン中40%EtOAcによる溶出でISCO(120g金シリカゲルカートリッジ)によって精製すると、ジ−tert−ブチル3,3’−((2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート(5.13g、7.01mmol、70.9%収率)が無色の油として得られた。
1H NMR(400MHz,クロロホルム−d)δ 6.03(s,1H),3.74−3.61(m,15H),2.45(t,J=6.3Hz,6H),2.31(td,J=7.5,3.9Hz,2H),2.19−2.10(m,2H),1.64−1.59(m,4H),1.46(s,27H),1.32−1.24(m,12H);MS(ESI),732.6(M+H)+.
1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタナミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−オイック酸の合成
1H NMR(400MHz,クロロホルム−d)δ 6.03(s,1H),3.74−3.61(m,15H),2.45(t,J=6.3Hz,6H),2.31(td,J=7.5,3.9Hz,2H),2.19−2.10(m,2H),1.64−1.59(m,4H),1.46(s,27H),1.32−1.24(m,12H);MS(ESI),732.6(M+H)+.
ステップ2:ギ酸(50mL)中のジ−tert−ブチル3,3’−((2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート(5.0g、6.83mmol)の溶液を室温で48時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(3×)と共蒸発させると、白色固体が得られ、これを高真空下で2日間乾燥させた。LC−MS及びH NMRは反応が完了していないことを示した。この粗生成物をギ酸(50mL)中に再溶解した。この反応混合物を室温で24時間撹拌した。LC−MSにより反応の完了が示された。溶媒を減圧下で蒸発させ、トルエン(3×)と共蒸発させて、高真空で乾燥させると、3,3’−((2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.00g)が白色固体として得られた。MS(ESI):562.4(M−H)−.
ステップ3:0℃のDCM(60mL)及びDMF(15mL)中の3,3’−((2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)−2−(12−メトキシ−12−オキソドデカンアミド)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(3.85g、6.83mmol)及びHOBt(3.88g、28.7mmol)の溶液に、tert−ブチル(3−アミノプロピル)カルバメート(4.76g、27.3mmol)、EDAC HCl塩(5.24g、27.3mmol)及びDIPEA(8.33ml、47.8mmol)を加えた。この反応混合物を0℃で15分間及び室温で20時間撹拌した。LC−MSは反応が完了していないことを示した。この反応混合物にt−ブチル(3−アミノプロピル)カルバメート(1.59g、9.12mmol)及びEDC HCl塩(1.75g、9.13mol)を加えた。反応混合物を室温で4時間常に撹拌した。溶媒を蒸発させると残渣が得られ、これをEtOAc(300mL)に溶解し、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)及び水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させて濃縮すると残渣が得られ、これをDCMからDCM中30%MeOHによる溶出でISCO(80g金カートリッジ)によって精製すると、メチル15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−オエート(6.61g、6.40mmol、2ステップで94%収率)が白色固体として得られた。MS(ESI):1033.5(M+H)+.
ステップ4:THF(75mL)中のメチル15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−オエート(6.56g、6.35mmol)の溶液に、水(25mL)中のLiOH水溶液(0.457g、19.06mmol)を加えた。この混合物を室温で一晩撹拌した。LC−MSにより反応の完了が示された。溶媒を蒸発させて、1N HCl(45mL)を使用して酸性化し、DCM(3×)で抽出し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて濃縮すると、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−オイック酸(6.31g、6.20mmol、98%収率)が白色固体として得られた。MS(ESI):1019.6(M+H)+.
ステップ5:DMF(40mL)中の15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−オイック酸(6.31g、6.20mmol)及び(ブロモメチル)ベンゼン(1.272g、7.44mmol)の溶液にK2CO3(2.57g、18.59mmol)を加えた。この混合物を40℃で4時間及び室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。この反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて減圧下で濃縮すると残渣が得られ、これをDCMからDCM中30%MeOHによる溶出でISCO(80gカートリッジ)によって精製すると、ベンジル15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−オエート(6.41g、5.78mmol、93%収率)が無色の油として得られた。1H NMR(400MHz,DMSO−d6)δ 7.80(t,J=5.7Hz,3H),7.39−7.30(m,5H),6.95(s,1H),6.74(t,J=5.8Hz,3H),5.07(s,2H),3.53(J,J=7.3Hz,6H),3.51(s,6H),3.02(q,J=6.7Hz,6H),2.94−2.85(m,6H),2.29(dt,J=26.1,6.9Hz,8H),2.02(q,J=9.7,8.6Hz,2H),1.56−1.39(m,10H),1.35(s,27H),1.20(brs,14H);MS(ESI):1019.6(M+H)+.
ステップ6:DCM(40mL)中のベンジル15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザオクタコサン−28−オエート(2.42g、2.183mmol)の溶液に2,2,2−トリフルオロ酢酸(8ml、105mmol)を加えた。この反応混合物を室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて、トルエン(2×)と共蒸発させ、エーテルで粉砕し、高真空下で一晩乾燥させた。TFA塩を次のステップに直接使用する。
ステップ7:DCM(25mL)中の5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタン酸(3.91g、8.73mmol)、HBTU(3.48g、9.17mmol)及びHOBT(1.239g、9.17mmol)の溶液に、DIPEA(6.08ml、34.9mmol)、続いてDMF(4.0mL)中のベンジル12−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−12−オキソドデカノエート(1.764g、2.183mmol)を加えた。この混合物を室温で5時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させると残渣が得られ、これを5カラム値についてDCM中5%MeOHによる溶出でISCO(40g金カラム)によって精製してHOBtを除去し、続いてDCM中5%から30%MeOHによる溶出で、1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタナミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−オイックベンジルエステル(3.98g、87%収率)が白色固体として得られた。1H NMR(400MHz,DMSO−d6)δ 7.82−7.74(m,6H),7.69(t,J=5.6Hz,3H),7.33−7.27(m,5H),6.94(s,1H),5.16(d,J=3.4Hz,3H),5.03(s,2H),4.92(dd,J=11.2,3.4Hz,3H),4.43(d,J=8.4Hz,3H),4.02−3.95(m,9H),3.82(dt,J=11.2,8.8Hz,3H),3.65(dt,J=10.5,5.6Hz,3H),3.51−3.44(m,12H),3.36(dt,J=9.6,6.0Hz,3H),3.01−2.95(m,12H),2.29(t,J=7.4Hz,2H),2.23(t,J=6.3Hz,6H),2.05(s,9H),1.99(t,J=7.0Hz,8H),1.94(s,9H),1.84(s,9H),1.72(s,9H),1.50−1.14(m,34H);MS(ESI):1049.0(M/2+H)+.
ステップ8:Arでフラッシュした丸底フラスコに、10%Pd/C(165mg、0.835mmol)及びEtOAc(15mL)を加えた。メタノール(15mL)中のベンジル保護トリス−GalNAc(1.75g、0.835mmol)の溶液、続いてトリエチルシラン(2.67ml、16.70mmol)を滴下して加えた。この混合物を室温で3時間撹拌した。LC−MSにより反応の完了が示され、これをEtOAcで希釈し、セライトでろ過し、EtOAc中20%MeOHで洗浄し、減圧下で濃縮すると、1−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)−16,16−ビス((3−((3−(5−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)ペンタナミド)プロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,11,18−トリオキソ−14−オキサ−6,10,17−トリアザノナコサン−29−オイック酸(1.67g、0.832mmol、100%収率)が白色固体として得られた。1H NMR(400MHz,DMSO−d6)δ 11.95(s,1H),7.83−7.74(m,6H),7.69(t,J=5.7Hz,3H),6.93(s,1H),5.16(d,J=3.4Hz,3H),4.92(dd,J=11.2,3.4Hz,3H),4.43(d,J=8.4Hz,3H),4.01−3.94(m,9H),3.82(dt,J=11.3,8.8Hz,3H),3.66(dt,J=10.7,5.6Hz,3H),3.54−3.43(m,12H),3.41−3.33(m,3H),3.03−2.94(m,12H),2.24(t,J=7.4Hz,10H),2.14(t,J=7.4Hz,2H),2.06(s,9H),2.00(t,J=7.2Hz,8H),1.95(s,9H),1.84(s,9H),1.73(s,9H),1.51−1.14(m,34H).MS(ESI):1003.8(M/2+H)+.
アニスアミド形成の一般的手順
手順A:前のステップからの粗アミンを室温でDCM(100ml)とEt3N(10当量)との混合物に溶解した。この過程中、反応混合物を水浴で冷却した。次に、4−メトキシベンゾイルクロリド(4当量)をアルゴン雰囲気下において室温で3時間撹拌し続けながら反応混合物に滴下して加えた。反応混合物を水で希釈し、DCMで抽出した。有機層をNaHCO3水溶液、1N HCl、ブラインで抽出し、次に硫酸マグネシウムで乾燥させて、蒸発乾固させた。粗生成物をDCM−MeOHを溶出液として使用したシリカカラムクロマトグラフィーによって精製した。
手順B:粗アミン(0.27当量)、酸及びHOBt(1当量)をアルゴン下において適切なサイズのRBF内でDCMとDMFとの(2:1)混合物に溶解した。EDAC.HCl(1.25当量)を反応混合物に常に撹拌しながら少量ずつ加えた。15分後、反応混合物を約10℃に冷却し、次にDIEA(2.7当量)を5分の時間をかけて加えた。反応混合物を周囲温度にゆっくりと温め、アルゴン下で一晩撹拌した。TLCは、反応の完了を示した。TLC条件、DCM:MeOH(9.5:0.5)。溶媒を減圧下で除去し、次に残渣に水を加え、ゴム状の固体を取り分けた。澄明な溶液をデカントし、固体残渣をEtOAcに溶解し、水、10%クエン酸水溶液、NaHCO3水溶液、続いて飽和ブラインで連続的に洗浄した。有機層を分離し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去し、次に粗生成物をシリカカラムで精製すると、高純度の生成物が得られた。
上記の手順Bを用いてアミンからアニスアミドを2ステップで32%収率において得た:1H NMR(CDCl3):δ=7.74(d,6H),7.44(t,2H),7.34(t,1H),7.26(m,5H),7.05(m,3H),6.83(d,6H),6.46(s,1H),5.01(s,2H),3.75(s,9H),3.57(m,12H),3.37(m,6H),3.25(m,6H),2.31(m,8H),2.11(m,2H),1.84(m,2H),1.62(m,6H)ppm.
上記の手順Aを用いてアミンからアニスアミドを2ステップで57%収率において得た:1H NMR(CDCl3):δ=7.75(m,3H),7.73(d,6H),7.43(t,3H),7.25(m,5H),6.80(d,6H),6.51(brs,1H),5.01(s,2H),3.72(s,9H),3.58(m,6H),3.21(m,12H),2.33(t,3H),2.25(t,2H),2.02(t,2H),1.64(q,6H),1.52(p,2H),1.41(q,2H),1.12(m,12H)ppm.
脱ベンジル化の一般的手順
ベンジルエステル(10g)を酢酸エチル(100ml)とメタノール(25ml)との混合物に溶解し、次にアルゴン雰囲気下でPd/C、1g(10%パラジウム含量)を加え、次に反応混合物を減圧し、水素でフラッシュし、H2雰囲気下において室温で3時間撹拌した。TLCは、反応の完了を示し、セライトパッドでろ過し、メタノールで洗浄し、蒸発乾固させると、泡沫状の白色固体が得られた。
収率98%、1H NMR(CD3OD):δ=8.35(t,1H),8.01(t,1H),7.82(d,6H),7.27(d,1H),6.99(d,6H),3.85(s,9H),3.68(m,12H),3.41(m,6H),3.29(m,6H),2.42(m,6H),2.31(q,2H),2.21(td,2H),1.80(m,8H)ppm.
収率94%、1H NMR(CD3OD):δ=8.36(t,2H),8.02(t,2H),7.82(d,6H),7.23(d,1H),6.98(d,6H),3.85(s,9H),3.70(s,6H),3.67(t,6H),3.41(q,4H),3.28(m,8H),2.42(t,6H),2.27(t,2H),2.13(t,2H),1.79(p,6H),1.54(dp,4H),1.25(m,12H)ppm.
実施例8.追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチドの例示的調製
AEKTA OP100合成機(GE healthcare)においてCPG(負荷83umol/g)を使用した1500umol規模での67mL FineLINEカラムを使用してWV−7308の合成を実施した。合成中、鎖伸長は4ステップ、即ち、脱トリチル化、カップリング、酸化/チオール化及びキャッピングからなった。脱トリチル化は、UV監視コマンドを436nmに設定して、トルエン中3%DCAを使用して実施した。脱トリチル化後、4CVのACNを使用して脱トリチル化試薬を洗い流した。カップリングは、ACN中0.2Mシアノエチルアミダイト溶液及び0.5M CMIMTを使用して実施した。ホスホロアミダイト及びCMIMT溶液は全て、合成前に調製して3Å分子篩で少なくとも3時間乾燥させた。ChemGenes CLP−1553 C−6 TFA−アミノCEDホスホロアミダイトを使用してアミノリンカーを取り付けた。カップリングは、カラムに加える前にインラインで33%(体積)のアミダイト溶液を67%のアクチベーターと混合することにより実施した。次にカップリング混合物を15分間再循環させた。カップリング後、カラムを2CV以上のACNで洗浄した。次にチオール化を2CVについて6分の接触時間としてピリジン中0.2Mキサンタンヒドリドで実施した。ACNを使用した2CVチオ洗浄ステップの後、インラインで混合(1:1)した0.5CVのCapping A(アセトニトリル(ACN)中20%N−メチルイミダゾール)及びCapping B試薬を使用してキャッピングを実施し、続いて2CV ACN洗浄した。
AEKTA OP100合成機(GE healthcare)においてCPG(負荷83umol/g)を使用した1500umol規模での67mL FineLINEカラムを使用してWV−7308の合成を実施した。合成中、鎖伸長は4ステップ、即ち、脱トリチル化、カップリング、酸化/チオール化及びキャッピングからなった。脱トリチル化は、UV監視コマンドを436nmに設定して、トルエン中3%DCAを使用して実施した。脱トリチル化後、4CVのACNを使用して脱トリチル化試薬を洗い流した。カップリングは、ACN中0.2Mシアノエチルアミダイト溶液及び0.5M CMIMTを使用して実施した。ホスホロアミダイト及びCMIMT溶液は全て、合成前に調製して3Å分子篩で少なくとも3時間乾燥させた。ChemGenes CLP−1553 C−6 TFA−アミノCEDホスホロアミダイトを使用してアミノリンカーを取り付けた。カップリングは、カラムに加える前にインラインで33%(体積)のアミダイト溶液を67%のアクチベーターと混合することにより実施した。次にカップリング混合物を15分間再循環させた。カップリング後、カラムを2CV以上のACNで洗浄した。次にチオール化を2CVについて6分の接触時間としてピリジン中0.2Mキサンタンヒドリドで実施した。ACNを使用した2CVチオ洗浄ステップの後、インラインで混合(1:1)した0.5CVのCapping A(アセトニトリル(ACN)中20%N−メチルイミダゾール)及びCapping B試薬を使用してキャッピングを実施し、続いて2CV ACN洗浄した。
WV−7308の切断及び脱保護:固体支持体に結合したオリゴヌクレオチドを6CVのアセトニトリル中20%ジエチルアミンで15分間洗浄し、次にアセトニトリルで洗浄して乾燥させた。次に試料を30%水酸化アンモニウム溶液によって50℃で12時間処理した。次にこの混合物を氷浴で冷却し、ろ過した。ケーキを水(3×100mL)で洗浄した。ろ液リカーが得られ、これをUPLCによって分析し、86%FLPの純度であることが分かった。次にこの混合物を酢酸でpH値6.1に中和し、nanodropによって分析すると、72,757ODの粗製物が得られた。
WV−7308の精製:AEKTA 100 Explorer(GE Healthcare)で20mM NaOH及び2.5M NaClを溶出剤として使用してイオン交換精製を実施し、94%のFLP純度に達した。
WV−7308の脱塩:次に精製したWV−7308試料(72,520OD)を2K生成セルロース膜で脱塩し、コンジュゲーションに備えて濃縮した。MW(計算値):7306.3;MS(実測値):7306.7。
WV−7306の調製:トリアンテナ型GalNAc(2.0当量)及びHATU(1.9当量)を無水アセトニトリル中に溶解した。その後、チューブにDIPEA(10当量)を加えた。次にこの混合物を室温で10分間撹拌した。次にこの混合物を、水中に溶解したWV−7308に加え、混合物を37℃で60分間振盪した。反応の進行をLC−MS及びUPLCによってモニタした。1時間後、反応が完了したことが分かった。次に、得られたGalNAcコンジュゲートオリゴWV−7306を濃水酸化アンモニウムによって37℃で1時間処理した。最終産物の形成をLC−MS及びUPLCによってモニタした。アセトニトリル及びアンモニアを真空下で(speed vacによって)一晩蒸発させた。コンジュゲートした試料を水中に溶解し、逆相HPLCによって精製した。精製後、材料を脱塩し、凍結乾燥させると、10,492ODの収率でWV−7306が得られた。MW(計算値):8916.2;MS(実測値):8917.4。
実施例9.提供される技術を評価するための例示的アッセイ
当業者が理解する通り、本開示では、提供される技術、例えば、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、方法等の特性及び/又は活性を評価するため様々な技術を利用することができる。とりわけ、スプライシング産物及びそれによってコードされるタンパク質産物中のエクソンの存在(取り込み)及び/又は欠如(排除)を評価するための様々な技術がインビトロ及びインビボの両方で利用可能であり、本開示において多くのかかる技術を利用することができる。この例には、特定のかかるアッセイが記載される。
当業者が理解する通り、本開示では、提供される技術、例えば、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、方法等の特性及び/又は活性を評価するため様々な技術を利用することができる。とりわけ、スプライシング産物及びそれによってコードされるタンパク質産物中のエクソンの存在(取り込み)及び/又は欠如(排除)を評価するための様々な技術がインビトロ及びインビボの両方で利用可能であり、本開示において多くのかかる技術を利用することができる。この例には、特定のかかるアッセイが記載される。
電気穿孔及び細胞培養。例示的手順では、患者線維芽細胞GM03813(Coriell Institute)をDMEM+15%FBS培地においてコンフルエンシーになるまで成長させ、0.05%トリプシン−EDTAでトリプシン処理し、DMEM+15%FBSで洗浄し、濃度3×106細胞/mLでBTXpress電気穿孔緩衝液に再懸濁した。丸底96ウェルプレートにおいて63uLの細胞をウェル内で以下の濃度の水中ASO:0(媒体対照)、20uM、10uM、5uM、2.5uM、1.25uM、0.625uM及び0.3125uMとした7uLのASOと混合し、電気穿孔時に2、1、0.5、0.25、0.125、0.0625及び0.03125μM ASO濃度を得た。本試験には2つのASO:WV6768又はWV2782を使用した。次に60uLの細胞−ASO混合物(合計2ウェル/条件)を96ウェル使い捨て電気穿孔プレート(Harvard Bioscience)に移し、以下の条件下での電気穿孔によってトランスフェクトした:225V、1ms、3パルス、900000細胞/条件。続いて、RNA分析のため、細胞を24ウェルプレート中の0.5mlの予め温めたDMEM+15%FBS培地に移した。電気穿孔後96時間でRNAを収集した。
RNA単離及びcDNA合成。例示的手順では、トリゾール(Trizol)(Fisher scientific)及びPureLink RNA Miniキット(Fisher scientific)を製造者のプロトコルを用いて使用して全RNAを抽出した。SuperScript VILOマスターミックス(Fisher scientific)を使用して全RNAから製造者のプロトコルを用いてcDNAを作製した。
・5X VILO(商標)反応混合物 4.0 μL
・10X SuperScript(商標)酵素混合物 2.0 μL
・RNA (2.5 μg以下) x μL
・DEPC処理水 20 μLになるまで
・5X VILO(商標)反応混合物 4.0 μL
・10X SuperScript(商標)酵素混合物 2.0 μL
・RNA (2.5 μg以下) x μL
・DEPC処理水 20 μLになるまで
一部の実施形態において、チューブを穏やかに混合し、25℃で10分間インキュベートした。次にチューブを42℃で60分間インキュベートした。一部の実施形態において、85℃で5分の時点で反応を終了させた。一部の実施形態において、次にcDNAを水に1:3希釈してqPCR用のワーキング濃縮物を作成した。
qPCRステップ:例示的手順では、qPCRはBIORAD CFX384リアルタイムPCR検出システムでRoche Lightcycler 480マスターミックス(Roche)を使用して20ul総反応容積で実施した。例えば、
・Roche LightCycler 480マスターミックス 10.0 μL
・SMN2特異的プローブ及びプライマーミックス(20X 1.0 μL
・GapDH内部対照プローブ及びプライマーミックス(20X) 1.0 μL
・Cdna 1:3希釈 2.5 μL
・水 5.5 μL
qPCRに使用される例示的プローブ及びプライマーは、必要に応じて設計及び調製することができるか又は全て市販されている。特定の例を以下に挙げた。プローブはFAM−MGBであった。プローブ及びプライマーセットは全て、Applied Biosystemsが作製した。
・Roche LightCycler 480マスターミックス 10.0 μL
・SMN2特異的プローブ及びプライマーミックス(20X 1.0 μL
・GapDH内部対照プローブ及びプライマーミックス(20X) 1.0 μL
・Cdna 1:3希釈 2.5 μL
・水 5.5 μL
qPCRに使用される例示的プローブ及びプライマーは、必要に応じて設計及び調製することができるか又は全て市販されている。特定の例を以下に挙げた。プローブはFAM−MGBであった。プローブ及びプライマーセットは全て、Applied Biosystemsが作製した。
SMN2エクソン7組み込みプローブセット (完全長SMN2)
フォワード: TAT CAT ACT GGC TAT TAT ATG GGT TTT
プローブ: AAG GAG AAA TGC TGG CAT AGA GCA GC
リバース: TCG TTT CTT TAG TGG TGT CAT TTA G
フォワード: TAT CAT ACT GGC TAT TAT ATG GGT TTT
プローブ: AAG GAG AAA TGC TGG CAT AGA GCA GC
リバース: TCG TTT CTT TAG TGG TGT CAT TTA G
SMN2エクソン7排除プローブセット (Δ7 SMN2)
フォワード: TGG CTA TCA TAC TGG CTA TTA TAT GGA A
プローブ: CTG GCA TAG AGC AGC ACT AAA TGA CAC CAC
リバース: TCC AGA TCT GTC TGA TCG TTT CTT
フォワード: TGG CTA TCA TAC TGG CTA TTA TAT GGA A
プローブ: CTG GCA TAG AGC AGC ACT AAA TGA CAC CAC
リバース: TCC AGA TCT GTC TGA TCG TTT CTT
一部の実施形態において、転写物は全て、内部対照、例えばGAPDHに対して正規化した。SMN2エクソン7組み込みパーセンテージの計算には、典型的には以下の式を使用した:
処理したオリゴヌクレオチド[完全長/(完全長+Δ7)]−オリゴヌクレオチドなし対照[完全長/(完全長+Δ7)]
例示的結果を図に提示した。
処理したオリゴヌクレオチド[完全長/(完全長+Δ7)]−オリゴヌクレオチドなし対照[完全長/(完全長+Δ7)]
例示的結果を図に提示した。
マウスモデルにおいて、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物を評価した。特定のデータを表1A、表2B、表2C及び図3に提示した。本明細書において実証される通り、結合リン立体化学のキラル制御又はASGR結合部分の組み込みは、ヌシネルセンのようなSMN2オリゴヌクレオチドの活性を有意に向上させることができる。
本明細書には様々な実施形態が記載及び例示されているが、当業者は、本開示に記載される機能を果たし、且つ/又は結果及び/若しくは利点の1つ以上を達成するための種々の他の手段及び/又は構造を容易に想定することができ、かかる変形形態及び/又は改良形態の各々は、包含されると見なされる。より一般的には、当業者は、本明細書に記載される全てのパラメータ、寸法、材料及び構成が例示であると意図され、且つ実際のパラメータ、寸法、材料及び/又は構成は、本開示の教示が用いられる具体的な1つ又は複数の適用に依存し得ることを容易に理解するであろう。当業者は、本開示に記載される本開示の具体的な実施形態の均等物を多く認識するか、又はルーチンに過ぎない実験を用いて確認することが可能であろう。従って、前述の実施形態は、単に例として提示されており、添付の特許請求の範囲及びその均等物の範囲内において、特許請求される技術は、具体的に記載され且つ特許請求されているものと別様に実施され得ることが理解されなければならない。加えて、2つ以上の特徴、システム、論文、材料、キット及び/又は方法の任意の組み合わせは、かかる特徴、システム、論文、材料、キット及び/又は方法が互いに矛盾しない場合、本開示の範囲内に包含される。
Claims (24)
- 1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物において、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、そのキラルな結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度をそれぞれ独立に有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラルな修飾インターヌクレオチド結合を含み;及び
前記骨格キラル中心のパターンは、
(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(式中、(Rp/Op)t及び(Rp/Op)mの各々は、独立に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のRpを含む);
(Rp)(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp);又は
(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m
(式中、
各Npは、独立に、Rp又はSpであり、
t、n、y及びmの各々は、独立に、1〜50である)
であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。 - 請求項1に記載の組成物において、前記骨格キラル中心のパターンは、(Rp)t[(Sp)n]y(Rp)m(式中、tは、4以上であり、nは、1、2、3、4又は5であり、yは、1であり、及びmは、4以上である)であるか又はそれを含むことを特徴とする組成物。
- 請求項2に記載の組成物において、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、前記組成物が存在しないこと、陰性対照参照組成物が存在すること及びそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で前記転写物のスプライシングが改変されることを特徴とするキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であることを特徴とする組成物。
- 請求項3に記載の組成物において、エクソンの取り込みレベルは、増加されることを特徴とする組成物。
- 請求項4に記載の組成物において、前記エクソンの取り込みは、前記エクソンを含まないが、他の点では同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較して病態、疾患又は障害との関連性が低いか又は関連性がないタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とする組成物。
- 請求項5に記載の組成物において、前記塩基配列は、SMN2転写物と相補的な少なくとも15個の隣接塩基を含むことを特徴とする組成物。
- 請求項7に記載の組成物において、前記エクソンの取り込みは、SMN2のエクソン7の取り込みであることを特徴とする組成物。
- 請求項7に記載の組成物において、前記病態、疾患又は障害は、SMAであることを特徴とする組成物。
- 請求項7に記載の組成物において、前記病態、疾患又は障害は、ALSであることを特徴とする組成物。
- 請求項7に記載の組成物において、前記参照条件は、前記組成物が存在しないこと及びヌシネルセンの組成物:Teo * m5Ceo * Aeo * m5Ceo * Teo * Teo * Teo * m5Ceo * Aeo * Teo * Aeo * Aeo * Teo * Geo * m5Ceo * Teo * Geo * Geo(式中、各*は、独立に、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を表し、各m5Ceoは、独立に、5−メチル2’−O−メトキシエチルCを表し、及び各eoは、独立に、2’−O−(2−メトキシエチル)修飾を表す)が存在することであることを特徴とする組成物。
- SMN2オリゴヌクレオチドにおいて、SMN2転写物と相補的な少なくとも15個の隣接塩基と、アシアロ糖タンパク質受容体への結合能を有する追加の化学的部分とを含むことを特徴とするSMN2オリゴヌクレオチド。
- 請求項11に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記追加の化学的部分は、GalNAcであるか又はそれを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項12に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、それが転写物スプライシング系の転写物と接触されるとき、追加の化学的部分を含有しないが、他の点では同一のオリゴヌクレオチドに関して同等の条件下で観察されるものと比べて核酸配列の取り込みレベルが増加される点で前記転写物のスプライシングが改変されることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項13に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、エクソンの取り込みレベルは、増加されることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項14に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記エクソンの取り込みは、前記エクソンを含まないが、他の点では同じエクソンを有する対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比較して病態、疾患又は障害との関連性が低いか又は関連性がないタンパク質をコードするmRNAを提供することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項15に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記エクソンの取り込みは、SMN2のエクソン7の取り込みであることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項12に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、TCACTTTCATAATGCTGG(式中、各Tは、任意選択で且つ独立に、Uで置き換えられ得る)であるか又はそれを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項15に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記病態、疾患又は障害は、SMAであることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項15に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、前記病態、疾患又は障害は、ALSであることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項15に記載のオリゴヌクレオチドにおいて、追加の化学的部分を含有しないが、他の点では同一の前記オリゴヌクレオチドは、ヌシネルセン:Teo * m5Ceo * Aeo * m5Ceo * Teo * Teo * Teo * m5Ceo * Aeo * Teo * Aeo * Aeo * Teo * Geo * m5Ceo * Teo * Geo * Geo(式中、各*は、独立に、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を表し、各m5Ceoは、独立に、5−メチル2’−O−メトキシエチルCを表し、及び各eoは、独立に、2’−O−(2−メトキシエチル)修飾を表す)であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 細胞におけるエクソン7含有SMN2転写物又はその遺伝子産物のレベルを増加させる方法において、前記細胞を、請求項1乃至10の何れか1項に記載の組成物又は請求項11乃至20の何れか1項に記載のオリゴヌクレオチドと接触させることを含むことを特徴とする方法。
- SMAを予防又は治療する方法において、それに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に、請求項1乃至10の何れか1項に記載の組成物又は請求項11乃至20の何れか1項に記載のオリゴヌクレオチドを投与することを含むことを特徴とする方法。
- ALSを予防又は治療する方法において、それに罹患しているか又はそれに罹り易い対象に、請求項1乃至10の何れか1項に記載の組成物又は請求項11乃至20の何れか1項に記載のオリゴヌクレオチドを投与することを含むことを特徴とする方法。
- 組成物、化合物、オリゴヌクレオチド又は方法において、例示的実施形態1〜371の何れか1つのものであることを特徴とする組成物、化合物、オリゴヌクレオチド又は方法。
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US11013757B2 (en) | 2016-06-03 | 2021-05-25 | Wave Life Sciences Ltd. | Oligonucleotides, compositions and methods thereof |
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SG11202001783YA (en) | 2017-10-12 | 2020-03-30 | Wave Life Sciences Ltd | Oligonucleotide compositions and methods thereof |
EP4097138A4 (en) * | 2020-01-31 | 2024-03-13 | Avilar Therapeutics Inc | ASGPR-BINDING COMPOUNDS FOR DEGRADATION OF EXTRACELLULAR PROTEINS |
US20220064638A1 (en) | 2020-02-28 | 2022-03-03 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | Compounds and methods for modulating smn2 |
IL297761A (en) | 2020-05-08 | 2022-12-01 | Broad Inst Inc | Methods and compositions for simultaneously editing two helices of a designated double-helix nucleotide sequence |
AU2021274944A1 (en) | 2020-05-22 | 2022-12-15 | Wave Life Sciences Ltd. | Double stranded oligonucleotide compositions and methods relating thereto |
WO2023152371A1 (en) | 2022-02-14 | 2023-08-17 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Guide oligonucleotides for nucleic acid editing in the treatment of hypercholesterolemia |
WO2024013361A1 (en) | 2022-07-15 | 2024-01-18 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Oligonucleotides for adar-mediated rna editing and use thereof |
WO2024013360A1 (en) | 2022-07-15 | 2024-01-18 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Chemically modified oligonucleotides for adar-mediated rna editing |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010120820A1 (en) * | 2009-04-13 | 2010-10-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for modulation of smn2 splicing |
JP2017506911A (ja) * | 2014-01-16 | 2017-03-16 | ウェイブ ライフ サイエンス リミテッドWave Life Sciences Ltd. | キラルデザイン |
WO2017062862A2 (en) * | 2015-10-09 | 2017-04-13 | Wave Life Sciences Ltd. | Oligonucleotide compositions and methods thereof |
Family Cites Families (58)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7101993B1 (en) | 1990-01-11 | 2006-09-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides containing 2′-O-modified purines |
AU2003254334A1 (en) | 2002-07-10 | 2004-02-02 | Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. | Rna-interference by single-stranded rna molecules |
AU2003261449A1 (en) | 2002-08-07 | 2004-02-25 | Compositions for rna interference and methods of use thereof | |
JP2005089441A (ja) | 2003-08-08 | 2005-04-07 | Toudai Tlo Ltd | 立体規則性の高いリン原子修飾ヌクレオチド類縁体の製造法 |
WO2005028494A1 (ja) | 2003-09-02 | 2005-03-31 | Takeshi Wada | 5'-ホスフィチル化モノマーおよびh-ホスホネートオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法 |
WO2005023828A1 (ja) | 2003-09-02 | 2005-03-17 | Takeshi Wada | リボヌクレオチド又はリボヌクレオチド誘導体の製造方法 |
WO2005070859A1 (ja) | 2004-01-27 | 2005-08-04 | Takeshi Wada | フルオラス担体およびそれを用いたオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法 |
WO2005085272A1 (ja) | 2004-03-05 | 2005-09-15 | Takeshi Wada | ボラノホスフェートモノマーおよびそれを用いたオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法 |
WO2005092909A1 (ja) | 2004-03-25 | 2005-10-06 | Toudai Tlo, Ltd. | 立体規則性の高いリボヌクレオチド類縁体及びデオキシリボヌクレオチド類縁体の製造法 |
US7838657B2 (en) | 2004-12-03 | 2010-11-23 | University Of Massachusetts | Spinal muscular atrophy (SMA) treatment via targeting of SMN2 splice site inhibitory sequences |
PL2548560T3 (pl) | 2005-06-23 | 2015-11-30 | Biogen Ma Inc | Kompozycje i sposoby modulowania splicingu SMN2 |
KR101881596B1 (ko) | 2008-12-02 | 2018-07-24 | 웨이브 라이프 사이언시스 재팬 인코포레이티드 | 인 원자 변형된 핵산의 합성 방법 |
NZ597071A (en) | 2009-06-17 | 2014-05-30 | Isis Pharmaceuticals Inc | Compositions and methods for modulation of smn2 splicing in a subject |
SG177564A1 (en) | 2009-07-06 | 2012-02-28 | Ontorii Inc | Novel nucleic acid prodrugs and methods of use thereof |
US8470987B2 (en) | 2009-09-16 | 2013-06-25 | Chiralgen, Ltd. | Protective group for synthesis of RNA and derivative |
US8859755B2 (en) | 2010-03-05 | 2014-10-14 | Chiralgen, Ltd. | Method for preparing ribonucleoside phosphorothioate |
WO2012039448A1 (ja) | 2010-09-24 | 2012-03-29 | 株式会社キラルジェン | 不斉補助基 |
JP6093924B2 (ja) | 2010-11-30 | 2017-03-15 | 株式会社Wave Life Sciences Japan | 2’−o−修飾rna |
EP2734208B1 (en) | 2011-07-19 | 2017-03-01 | Wave Life Sciences Ltd. | Methods for the synthesis of functionalized nucleic acids |
CA2873794A1 (en) * | 2012-05-16 | 2013-11-21 | Rana Therapeutics Inc. | Compositions and methods for modulating smn gene family expression |
WO2014010718A1 (ja) | 2012-07-13 | 2014-01-16 | 株式会社新日本科学 | キラル核酸アジュバント |
EP2872485B1 (en) | 2012-07-13 | 2020-12-16 | Wave Life Sciences Ltd. | Asymmetric auxiliary group |
KR102213609B1 (ko) | 2012-07-13 | 2021-02-08 | 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 | 키랄 제어 |
US20150291958A1 (en) | 2012-11-15 | 2015-10-15 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Anti apob antisense conjugate compounds |
US9926559B2 (en) | 2013-01-09 | 2018-03-27 | Biogen Ma Inc. | Compositions and methods for modulation of SMN2 splicing in a subject |
JPWO2015108048A1 (ja) | 2014-01-15 | 2017-03-23 | 株式会社新日本科学 | 抗腫瘍作用を有するキラル核酸アジュバンド及び抗腫瘍剤 |
JPWO2015108046A1 (ja) | 2014-01-15 | 2017-03-23 | 株式会社新日本科学 | 抗アレルギー作用を有するキラル核酸アジュバンド及び抗アレルギー剤 |
WO2015108047A1 (ja) | 2014-01-15 | 2015-07-23 | 株式会社新日本科学 | 免疫誘導活性を有するキラル核酸アジュバンド及び免疫誘導活性剤 |
JP6667453B2 (ja) * | 2014-05-01 | 2020-03-18 | アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. | 成長ホルモン受容体発現を調節するための組成物及び方法 |
MA43072A (fr) | 2015-07-22 | 2018-05-30 | Wave Life Sciences Ltd | Compositions d'oligonucléotides et procédés associés |
WO2017160741A1 (en) | 2016-03-13 | 2017-09-21 | Wave Life Sciences Ltd. | Compositions and methods for phosphoramidite and oligonucleotide synthesis |
MA45270A (fr) | 2016-05-04 | 2017-11-09 | Wave Life Sciences Ltd | Compositions d'oligonucléotides et procédés associés |
MA45290A (fr) | 2016-05-04 | 2019-03-13 | Wave Life Sciences Ltd | Procédés et compositions d'agents biologiquement actifs |
US11013757B2 (en) | 2016-06-03 | 2021-05-25 | Wave Life Sciences Ltd. | Oligonucleotides, compositions and methods thereof |
WO2018007475A1 (en) * | 2016-07-05 | 2018-01-11 | Biomarin Technologies B.V. | Pre-mrna splice switching or modulating oligonucleotides comprising bicyclic scaffold moieties, with improved characteristics for the treatment of genetic disorders |
US20190264267A1 (en) | 2016-07-25 | 2019-08-29 | Wave Life Sciences Ltd. | Phasing |
JP7296882B2 (ja) | 2016-11-23 | 2023-06-23 | ウェイブ ライフ サイエンシズ リミテッド | ホスホラミダイト及びオリゴヌクレオチド合成のための組成物及び方法 |
US20210198305A1 (en) | 2017-06-02 | 2021-07-01 | Wave Life Sciences Ltd. | Oligonucleotide compositions and methods of use thereof |
WO2018223081A1 (en) | 2017-06-02 | 2018-12-06 | Wave Life Sciences Ltd. | Oligonucleotide compositions and methods of use thereof |
CN111050806A (zh) | 2017-06-02 | 2020-04-21 | 波涛生命科学有限公司 | 寡核苷酸组合物及其使用方法 |
WO2018237194A1 (en) | 2017-06-21 | 2018-12-27 | Wave Life Sciences Ltd. | COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS OF SYNTHESIS |
JP2020525503A (ja) | 2017-06-28 | 2020-08-27 | ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス | 多重カップリングおよび酸化の方法 |
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SG11202001783YA (en) | 2017-10-12 | 2020-03-30 | Wave Life Sciences Ltd | Oligonucleotide compositions and methods thereof |
BR112020020670A2 (pt) | 2018-04-12 | 2021-03-02 | Wave Life Sciences Ltd. | composição de oligonucleotídeo, composição farmacêutica, método para alterar o splicing de uma transcrição alvo, método para tratar distrofia muscular, método para preparar um oligonucleotídeo ou uma composição de oligonucleotídeo do mesmo e oligonucleotídeo |
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US20230089442A1 (en) | 2019-03-20 | 2023-03-23 | Pachamuthu Kandasamy | Technologies useful for oligonucleotide preparation |
WO2020196662A1 (ja) | 2019-03-25 | 2020-10-01 | 国立大学法人東京医科歯科大学 | 二本鎖核酸複合体及びその使用 |
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WO2010120820A1 (en) * | 2009-04-13 | 2010-10-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for modulation of smn2 splicing |
JP2017506911A (ja) * | 2014-01-16 | 2017-03-16 | ウェイブ ライフ サイエンス リミテッドWave Life Sciences Ltd. | キラルデザイン |
WO2017062862A2 (en) * | 2015-10-09 | 2017-04-13 | Wave Life Sciences Ltd. | Oligonucleotide compositions and methods thereof |
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