JP2023526975A - オリゴヌクレオチド組成物及びその方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド組成物及びその方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び組成物並びにその方法を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、修飾された糖及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、修飾されたオリゴヌクレオチドを調製するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、それらの調製及び使用のためのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本願は、2020年5月22日に出願された米国仮特許出願第63/029,387号に対する優先権を主張するものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
背景
オリゴヌクレオチドは、様々な適用、例えば、治療、診断、及び/又は研究適用に有用である。例えば、様々な遺伝子を標的化するオリゴヌクレオチドは、そのような標的遺伝子に関連する状態、障害又は疾患の治療に有用であり得る。
概要
オリゴヌクレオチドは、多くの目的に有用である。しかしながら、天然のオリゴヌクレオチドは、安定性の低さ、活性の低さなど、例えば、治療薬としてのその有用性を低下させるか又は無効にし得る欠点があることが分かっている。オリゴヌクレオチドの特性及び有用性を改善し得る特定の技術が開発されている。例えば、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を改善し得る特定の修飾、例えば、核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合などに対する修飾が記載されている。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合のキラル制御を可能にする技術は、特に有用であり且つ効果的であり得る。
とりわけ、本願人は、様々な型の修飾及び/又はそのパターン(例えば、本開示の様々な実施形態に記載されるもの)を、特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に効果的に組み込む技術が、著しい利益及び利点を提供することができることを理解した。様々な実施形態では、本開示は、様々な利益及び利点(例えば、安定性、活性、送達、選択性、クリアランス、毒性などに関して)を提供することができ、例えば、治療的用途に特に有用であり得るオリゴヌクレオチド及びその組成物、特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の開発を記載する。
例えば、いくつかの実施形態では、本開示は、窒素原子(例えば、本明細書に記載される様々なオリゴヌクレオチドのモルホリン)を介してヌクレオチド間結合に連結される1つ以上の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非環式糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、窒素原子又は1つ以上の非環式糖、及び各々が独立して且つ任意選択により修飾される1つ以上のリボース糖を介してヌクレオチド間結合に連結される1つ以上の1つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、窒素原子又は1つ以上の非環式糖、及び各々が独立して且つ任意選択により修飾される1つ以上のリボース糖を介してヌクレオチド間結合に連結される1つ以上の1つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、窒素原子又は1つ以上の非環式糖、及び1つ以上の修飾されたリボース糖(天然のDNA及びRNA分子、例えば、-H又は-OHではないR2sを有するものにおいて典型的に見出される糖とは異なる)に連結される1つ以上の1つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、窒素原子又は1つ以上の非環式糖、1つ以上の修飾されたリボース糖、及び1つ以上の天然のDNA糖(典型的には天然のDNA分子に見出されるとおりの2’-炭素で置換を有しない、当業者によって理解されるとおりの)を介してヌクレオチド間結合に連結される1つ以上の1つ以上の修飾された糖を含む。
本明細書の多くの実施形態において実証されるとおり、本開示は、様々な型のヌクレオチド間結合、例えば、天然のリン酸結合(天然のDNA及びRNA分子において典型的に見出されるとおりの)、結合リンを含む修飾されたヌクレオチド間結合、結合リンを含まない修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、様々な実施形態に記載されるとおりの-C(O)-O-又は-C(O)-N(R’)-、いくつかの実施形態では、-C(O)-は、糖の窒素原子に結合されてもよく、-O-又は-N(R’)-は、糖の炭素原子に結合されてもよい)により連結される、上記の修飾された糖を含む糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、結合リンを含む修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、それらは、天然のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、結合リン原子に結合される窒素原子を含み、窒素原子は、糖原子(例えば、糖炭素原子)に結合されない。いくつかの実施形態では、提供される技術は、キラルヌクレオチド間結合のキラル制御、例えば、キラル結合リン原子の立体化学的配置の制御を提供する。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、1つ以上の修飾された糖(例えば、上記のもの)及び/又は1つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、上記のもの)を含み、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。とりわけ、本開示は、そのようなオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物に特に有用な技術を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本開示は、様々な型のヌクレオチド間結合、例えば、天然のリン酸結合、n006などの-Y-P(-X-R)-Z-の構造を有する様々なヌクレオチド間結合のキラル制御された組み込みと適合性のある特定の型の糖(例えば、窒素原子を介して結合リンに結合されるもの)を組み込むのに特に効果的である技術を提供する。いくつかの実施形態では、-Y-P(-X-R)-Z-の構造を有する各結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数のオリゴヌクレオチド)などのオリゴヌクレオチド組成物において、本開示のオリゴヌクレオチドは:
窒素原子及び/又は非環式糖を介してヌクレオチド間結合に結合される糖、及び/又は
-Y-P(-X-R)-Z-、
-C(O)-O-、
-C(O)-N(R’)-、若しくは
-LL1-CyIL-LL2
(式中、
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
は、アニオンであり;
、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される、任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択により置換される3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換される3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、Pは、P、P(=W)、又はPである。いくつかの実施形態では、Pは、Pである。いくつかの実施形態では、Pは、P(=O)である。いくつかの実施形態では、Pは、P(=S)である。いくつかの実施形態では、Pは、Pである。いくつかの実施形態では、結合は、-Y-P(-X-R)-Z-、又はその塩形態の構造を有する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、窒素原子を介してヌクレオチド間結合に結合される糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、窒素原子を介してヌクレオチド間結合に結合される糖、及び-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-、又は-C(O)-N(R’)-(式中、P又は-C(O)-は、糖の窒素に結合される)の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000002

(式中、環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり、Lは、本明細書に記載されるとおりのLである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000003

の構造を有する糖、及び-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-、-C(O)-N(R’)-、又は-LL1-CyIL-LL2-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000004

の構造を有する糖、及び-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-、又は-C(O)-N(R’)-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000005

の構造を有する糖、及び-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-、又は-C(O)-N(R’)-(式中、P又は-C(O)-は、糖の窒素に結合され、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非環式糖を含む。いくつかの実施形態では、非環式糖は、-CH-CH(-LSA-)-CH-の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換され、LSAは、本明細書に記載されるとおりのLである。いくつかの実施形態では、LSAは、-O-CH-(式中、-CH-は、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、LSAは、核酸塩基に結合される。いくつかの実施形態では、任意選択により置換された-CH-の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合に結合される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、-CH-CH(-O-CH-)-CH-、-CH-CH(-O-CH-)-CH(CH)-、-CH-CH(-O-CH(CH)-)-CH-、又は-CH-CH(-O-CH(CHOH)-)-CH-である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000006

は、
Figure 2023526975000007

である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、-Y-P(-X-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、Yは、共有結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、-P(-X-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、Pは、窒素原子を介して糖に結合される。いくつかの実施形態では、Pは、Pである。いくつかの実施形態では、Pは、P(=W)である。いくつかの実施形態では、Pは、P(=O)である。いくつかの実施形態では、Pは、Pである。いくつかの実施形態では、Zは、-O-である。いくつかの実施形態では、Yは、-O-であり、Zは、-O-である。いくつかの実施形態では、-C(O)-O-又は-C(O)-N(R’)-の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、-C(O)-O-又は-C(O)-N(R’)-の構造を有するヌクレオチド間結合を含み、-C(O)-は、窒素原子を介して糖に結合される。いくつかの実施形態では、-O-又は-N(R’)-は、糖の炭素原子に結合される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、-LL1-CyIL-LL2-の構造を有するヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、LL1及びLL2の各々は、独立して、任意選択により置換された二価のC1~6脂肪族又は1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、LL1及びLL2の各々は、独立して、任意選択により置換された二価のC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、-CyIL-は、独立して、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、-CyIL-は、独立して、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、-CyIL-は、
Figure 2023526975000008

である。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物、特に、1つ以上又は全ての結合リンの配置がそれぞれ独立してキラル制御されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ以上(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の構成、及び
2)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドは、様々な形態、例えば、酸形態、塩形態などで存在し得る。別段の指定がない限り、オリゴヌクレオチドに対する参照は、そのようなオリゴヌクレオチドの様々な形態を含む。いくつかの実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態、例えば、薬学的に許容される塩形態で存在する。いくつかの実施形態では、塩は、ナトリウム塩である。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド及び組成物、特に、本開示のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製するのに有用な技術(例えば、化合物、方法など)を提供する。いくつかの実施形態では、提供される方法は、LG-I、LG-II、M-I、若しくはM-IIの化合物、又はその塩を利用する。
本開示の技術は、様々な目的のために有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、様々な系(例えば、インビトロアッセイ、細胞、組織、器官、生物体、対象など)において核酸(例えば、転写物、mRNAなど)及び/又はその産物(例えば、タンパク質)のレベルを調節するのに有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術を利用して、標的核酸(例えば、転写物、mRNAなど)及び/又はその産物の発現、レベル、活性などを低減することができる(例えば、RNase H、RNAiなどによる切断、立体障害などを介して)。いくつかの実施形態では、提供される技術は、スプライシングの調節を介して標的核酸(例えば、転写物、mRNAなど)及び/又はその産物の発現、レベル、活性などを増大させることができる。当業者は、多くの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列が、それらの標的核酸のものと相補的であるか又は同一である場合があり、且つ提供されるオリゴヌクレオチドが、好適な条件下で標的核酸とハイブリダイズする場合があることを理解している。
図面の簡単な説明
提供される技術は、高い活性を提供する。図1は、提供される技術が、効果的なスプライシング調節をもたらし、所望のエクソンスキッピング産物をもたらすことができることを実証している。H2K細胞は、4日間96ウェルプレートにおいて増殖させられ、投与され、さらに分化するためにさらに4日間置かれた。RNA単離は、ビーズ系アッセイを使用して実施された。cDNAが合成され、予め増幅され、マルチプレックスTaqmanが実施された。Gblocksが定量化のために使用された。 提供される技術は、高い活性を提供する。図2は、提供される技術が、効果的なスプライシング調節をもたらし、所望のエクソンスキッピング産物をもたらすことができることを実証している。H2K細胞は、24WP(40K/W、pre-diff)中に播種され、3時間投与され(3-1-0.3uM)、洗浄され、トリゾール及びPromega 96WP RNAキットを使用するRNA抽出の前に4日間さらに分化した。qPCRはcDNAに対して実施され、%スキッピング値は、gBlocksで生成された絶対曲線から推定された。 提供される技術は、高い活性を提供する。図3において実証されるとおり、提供される技術は、標的核酸を効果的に減少させることができる。K562細胞は、96WP (15K/W)中に播種され、Promega 96WPキットを使用するRNA抽出の前に4日間投与された(10nM~3uM)。qPCRはcDNAに対して実施され、%mRNA残留値は、モック値に対して正規化された。 提供される技術は、高い活性を提供する。図4において実証されるとおり、提供される技術は、標的核酸を効果的に減少させることができる。4日の処理によるGABA iNeurons。 提供される技術は、高い活性を提供する。図5は、提供される技術が、効果的なスプライシング調節をもたらし、所望のエクソンスキッピング産物をもたらすことができることを実証している。H2K細胞の4日の処理。 提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、インビボで活性をもたらす。(A):投与スケジュール。(B):提供される組成物はmRNAレベルを低減した。(C):オリゴヌクレオチドは組織に送達された。 本開示の技術は、様々な利点を提供することができる。(A):脳室内用量の投与(0日目、D0)及び分析の日(7日目、D7)を示す矢印を伴う投与レジメンの略図。指定の用量でのPBS、WV-8587及びWV-11533による処理の1週間後の脊髄(左)及び皮質(右)における相対的なMalat1発現(Hprt1に正規化される)。データは、箱ひげ図として示され、箱は示される個々のマウスからのデータによる最小値から最大値までである。n=8*P<0.05、**P<0.01、***P<0.001 多重比較による混合効果モデル。(B):ICV用量の投与(0日目、D0)及び分析の日(28日目、D28)を示す矢印を伴う投与レジメンの略図。PBS、WV-8587及びWV-11533による処理の4週間後の脊髄(左上)及び皮質(右上)における相対的なMalat1発現(Hprt1に正規化される)。PBS、WV-8587及びWV-11533による処理の4週間後の脊髄(左下)及び皮質(右下)において検出されるオリゴヌクレオチドの濃度。データはパネルAにおいて示される。n=4 ****P<0.0001 多重比較による一方向ANOVA。(C):脳室内用量の投与(0日目、D0)及び分析の日(70日目、D70)を示す矢印を伴う投与レジメンの略図。PBS、WV-8587及びWV-11533による処理の10週間後のCNS中の指定の組織における相対的なMalat1発現(Hprt1に正規化される)。データはパネルAにおいて示される。n=3 多重比較による一方向ANOVA。下段のアスタリスクは、PBSに対するWV-11533の比較を示し;上段のアスタリスクはWV-8587に対するWV-11533である。
特定の実施形態の詳細な説明
本開示の技術は、ある特定の実施形態の以下の詳細な説明に対する参照によってより容易に理解され得る。
定義
本明細書で使用する場合、別段の指示がない限り、以下の定義が適用されるものとする。本開示のために、化学元素は、Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edの元素周期表、CAS方式に従って特定される。さらに、有機化学の一般的な原理は、“Organic Chemistry”, Thomas Sorrell, University Science Books,Sausalito: 1999、及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed., Ed.: Smith, M.B. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001に記載される。
本開示において本明細書で使用する場合、文脈から明らかでない限り、(i)用語「1つ(a)」又は「1つ(an)」は、「少なくとも1つ」を意味すると理解されてもよく;(ii)用語「又は」は、「及び/又は」を意味すると理解されてもよく;(iii)用語v「含む(comprising)」、「含む(comprise)」、「含む(including)」(「~に限定されない」とともに使用されるかどうかにかかわらず)、及び「含む(include)」(「~に限定されない」とともに使用されるかどうかにかかわらず)は、それら自体によって提示されるか又は1つ以上の追加の構成要素若しくは工程とともに提示されるかにかかわらず項目分けされた構成要素又は工程を包含すると理解されてもよく;(iv)用語「別の」は、少なくとも追加の/第2の1つ以上を意味すると理解されてもよく;(v)用語「約」及び「およそ」は、当業者によって理解されるような標準的な変動を許容すると理解されてもよく;且つ(vi)範囲が与えられる場合、終点が含まれる。
別段の指定がない限り、オリゴヌクレオチド及びその要素(例えば、塩基配列、糖修飾、ヌクレオチド間結合、結合リンの立体化学など)の説明は、5’から3’の順である。別段の指定がない限り、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、塩形態、特に、薬学的に許容される塩形態、例えば、ナトリウム塩で提供され及び/又は利用され得る。当業者が理解するとおり、いくつかの実施形態では、組成物内の個々のオリゴヌクレオチドは、たとえそのような組成物(例えば、液体組成物)内であっても同じ構成及び/又は構造のものであるとみなされてもよく、特定のそのようなオリゴヌクレオチドは、特定の瞬間に異なる形態(例えば、異なる塩形態である可能性があり且つ溶解されてもよいし、オリゴヌクレオチド鎖が、例えば、液体組成物中にあるときにアニオン形態として存在してもよい)である可能性がある。例えば、当業者は、所定のpHにおいて、オリゴヌクレオチド鎖に沿った個々のヌクレオチド間結合が、酸(H)形態、又は複数の可能な塩形態のうちの1つ(例えば、ナトリウム塩、又は調製物若しくは組成物中に存在し得るイオンに応じて異なるカチオンの塩)であってもよいことを理解し、且つそれらの酸形態(例えば、もしあれば全てのカチオンをHで置き換える)が同じ構成及び/又は構造である限り、そのような個々のオリゴヌクレオチドは、適宜同じ構成及び/又は構造である(骨格結合の同じパターン及び/又は骨格のキラル中心のパターンを共有する)とみなされ得ることを理解するであろう。
脂肪族:本明細書で使用される場合、「脂肪族」は、完全に飽和であるか、又は1つ以上の不飽和の単位を含む直鎖(すなわち、非分岐)若しくは分岐、置換若しくは非置換炭化水素鎖、或いは完全に飽和であるか又は1つ以上の不飽和の単位を含む、置換若しくは非置換単環式、二環式若しくは多環式炭化水素環(しかし、芳香族ではない)、又はそれらの組み合わせを意味する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1~50個の脂肪族炭素原子を含有する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1~20個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~10個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~9個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~8個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~7個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~6個の脂肪族炭素原子を含有する。さらなる他の実施形態では、脂肪族基は、1~5個の脂肪族炭素原子を含有し、さらに他の実施形態では、脂肪族基は、1、2、3、又は4個の脂肪族炭素原子を含有する。好適な脂肪族基としては、直鎖状又は分岐状、置換又は非置換アルキル、アルケニル、アルキニル基及び(シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキル又は(シクロアルキル)アルケニルなどのそのハイブリッドが挙げられるが、これらに限定されない。
アルケニル:本明細書で使用する場合、用語「アルケニル」は、1つ以上の二重結合を有する、本明細書で定義されるとおりの脂肪族基を指す。
アルキル:本明細書で使用する場合、用語「アルキル」は、当技術分野におけるその通常の意味を有し、直鎖アルキル基、分岐鎖アルキル基、シクロアルキル(脂環)基、アルキル置換シクロアルキル基、及びシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含み得る。いくつかの実施形態では、アルキルは、1~100個の炭素原子を有する。ある特定の実施形態では、直鎖又は分岐鎖アルキルは、その骨格において約1~20個の炭素原子(例えば、直鎖に関してC~C20、分岐鎖に関してC~C20)、或いは約1~10個を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル環は、それらの環構造において約3~10個の炭素原子を有し、そのような環は、単環式、二環式、又は多環式であるか、或いは環構造において約5、6又は7個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、アルキル基は、低級アルキル基であってもよく、低級アルキル基は、1~4個の炭素原子を含む(例えば、直鎖低級アルキルに関してC~C)。
アルキニル:本明細書で使用する場合、用語「アルキニル」は、1つ以上の三重結合を有する、本明細書で定義されるとおりの脂肪族基を指す。
類似体:用語「類似体」は、基準となる化学的部分又は部分のクラスと構造的に異なるが、そのような基準となる化学的部分又は部分のクラスの少なくとも1つの機能を果たすことができる任意の化学的部分を含む。非限定的な例として、ヌクレオチド類似体は、ヌクレオチドと構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たす;核酸塩基類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たすなどがある。
動物:本明細書で使用する場合、用語「動物」は、動物界の任意のメンバーを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階のヒトを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階の非ヒト動物を指す。ある特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳動物(例えば、齧歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、及び/又はブタ)である。いくつかの実施形態では、動物としては、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類及び/又は寄生虫が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作された動物及び/又はクローンであってもよい。
アンチセンス:用語「アンチセンス」は、本明細書で使用する場合、それがハイブリダイズすることができる標的核酸に対して相補的又は実質的に相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は他の核酸の特徴を指す。いくつかの実施形態では、標的核酸は、標的遺伝子mRNAである。いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、1つの活性、例えば、標的核酸における有害なエクソンのスキッピングのレベルの増大及び/又は有害なエクソンがスキップされている標的核酸から生成される遺伝子産物の産生の増加に必要であるか又はそれをもたらす。用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、標的核酸と相補的なオリゴヌクレオチドを指す。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸における有害なエクソンのスキッピングのレベルの増大及び/又は有害なエクソンがスキップされている標的核酸から生成される遺伝子産物の産生の増加を誘導することができる。
アリール:単独で又は「アラルキル」、「アラルコキシ」、若しくは「アリールオキシアルキル」のより大きい部分の一部として使用される用語「アリール」は、本明細書で使用する場合、合計で5~30個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系を指し、系における少なくとも1つの環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、合計で5~14個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系であり、系における少なくとも1つの環は芳香族であり、系における各環は、3~7個の環員を含有する。いくつかの実施形態では、アリール基は、ビアリール基である。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用され得る。本開示のある特定の実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシルなどを含むがこれらに限定されない芳香環系を指し、1つ以上の置換基を有し得る。本明細書で使用される場合、芳香環が、インダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチルなどの1つ以上の非芳香環に融合される基もまた用語「アリール」の範囲内に含まれる。
キラル制御:本明細書で使用する場合、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド内のキラルヌクレオチド間結合におけるキラル結合リンの立体化学的指定の制御を指す。本明細書で使用する場合、キラルヌクレオチド間結合は、結合リンがキラルであるヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖及び塩基部分に存在しないキラル元素により達成され、例えば、いくつかの実施形態では、制御は、本開示に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド調製の間の1つ以上の不斉補助剤の使用により達成され、不斉補助剤は、オリゴヌクレオチド調製の間に使用される不斉カップリングパートナー(例えば、キラルホスホラミダイト)の一部である場合が多い。キラル制御とは対照的に、当業者は、不斉補助剤を使用しない従来のオリゴヌクレオチド合成が、こうした従来のオリゴヌクレオチド合成を用いてキラルヌクレオチド間結合を形成する場合、キラルヌクレオチド間結合での立体化学を制御することができないことを理解している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド内の各キラルヌクレオチド間結合における各キラル結合リンの立体化学的指定が制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物:用語「キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された核酸組成物」などは、本明細書で使用する場合、共通の構成を共有するか;又は1)共通の塩基配列、及び/又は2)共通の骨格結合のパターン、並びに3)共通の骨格リン修飾のパターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)を含む組成物を指し、ここで、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合(キラル結合リンが、キラル制御されていないヌクレオチド間結合としてのランダムなRp及びSp混合物ではなく、組成物中でRp又はSpである(「立体的に規制された」)キラル制御された又は立体的に規制されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有する。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)のレベルは、予め規定され/制御される(例えば、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を立体選択的に形成するキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製により)。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン、及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、レベルは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの(例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド型の)、又は共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン、及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの、又は共通の塩基配列、共通の塩基修飾のパターン、共通の糖修飾のパターン、共通のヌクレオチド間結合型のパターン、及び/又は共通のヌクレオチド間結合修飾のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも約1~50個(例えば、約1~10、1~20、5~10、5~20、10~15、10~20、10~25、10~30、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20)のキラルヌクレオチド間結合で同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合の約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%)で同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、同じ構成のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)のレベルは、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)と同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド(又は核酸)の約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)である。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は99.5%、典型的には少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は99.5%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも95%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも96%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも97%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも98%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも99%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、レベルのパーセンテージは、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、本開示に記載されるとおりのジアステレオ純度(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は99.5%以上)であり、ncは、本開示に記載されるとおりのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25以上)である。いくつかの実施形態では、レベルのパーセンテージは、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、95%~100%である。例えば、DSが99%であり且つncが10であるとき、パーセンテージは、90%であるか又は少なくとも90%である((99%)10≒0.90=90%)。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度の生成物として表される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(又は核酸)において2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じ2つのヌクレオシドを連結する二量体のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度によって表され、二量体は、比較可能な条件、いくつかの例では、同一の合成サイクル条件を使用して調製される(例えば、オリゴヌクレオチドにおけるNxとNyの間の結合・・・.NxNy・・・..に関して、二量体はNxNyである)。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御されたヌクレオチド間結合というわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物(例えば、当業者に理解されるとおり、従来のオリゴヌクレオチド合成、例えば、ホスホラミダイト法から)において典型的に観察されるとおり、約80%、75%、70%、65%、60%、55%未満の、又は約50%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、同じ型のものである。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、不規則ではないか又は制御されたレベルの個々のオリゴヌクレオチド又は核酸型を含む。例えば、いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ1つのオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2つ以上のオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの組成物であり、組成物は、そのオリゴヌクレオチド型の不規則ではないか又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む。
比較可能な:用語「比較可能な」は、得られる結果又は観察される事象の比較を可能にするのに互いに十分に類似している条件又は状況の2つ(以上)のセットを記載するために本明細書で使用される。いくつかの実施形態では、条件又は状況の比較可能なセットは、複数の実質的に同等の特徴及び1つ又は少数の変動する特徴によって特徴付けられる。当業者は、異なるセットの条件又は状況下で得られた結果又は観察された事象の相違が、変えられたそれらの特徴の変化に起因するか又はそれを意味するという合理的な結論を保証する、十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられる場合、条件のセットが互いに比較可能であると理解するであろう。
脂環式:用語「脂環式」、「炭素環」、「カルボシクリル」、「炭素環式基」、及び「炭素環式環」は、互換的に使用され、本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、3~30の環員を有する、本明細書に記載されるとおりの飽和又は部分不飽和であるが非芳香族の環状脂肪族単環式、二環式、又は多環式環系を指す。脂環式基としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、及びシクロオクタジエニルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、脂環式基は、3~6個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、脂環式基は、飽和であり且つシクロアルキルである。用語「脂環式」はまた、デカヒドロナフチル又はテトラヒドロナフチルなどの1つ以上の芳香環又は非芳香環に融合された脂環式環を含み得る。いくつかの実施形態では、脂環式基は、二環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は、三環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は、多環式である。いくつかの実施形態では、「脂環式」は、完全飽和であるか又は1つ以上の単位の不飽和を含有するが芳香族ではない、分子の残部への単一の結合点を有するC~C単環式炭化水素、若しくはC~C10二環式若しくは多環式炭化水素、又は完全飽和であるか又は1つ以上の単位の不飽和を含有するが芳香族ではない、分子の残部への単一の結合点を有するC~C16多環式炭化水素を指す。
投与レジメン:本明細書で使用する場合、「投与レジメン」又は「治療レジメン」は、対象に個別に、典型的には時間を空けて投与される一組の単位用量(典型的には2用量以上)を指す。いくつかの実施形態では、所与の治療用薬剤には推奨投与レジメンがあり、これは1用量以上を含み得る。いくつかの実施形態では、投与レジメンは複数の用量を含み、その各々は互いの間が同じ長さの時間だけ空けられている;いくつかの実施形態では、投与レジメンは、複数の用量及び個々の用量間に空いた少なくとも2つの異なる時間を含む。いくつかの実施形態では、投与レジメン内にある全ての用量が同じ単位用量の量である。いくつかの実施形態では、投与レジメン内の異なる用量が異なる量である。いくつかの実施形態では、投与レジメンは第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と異なる第2の用量値の1つ以上のさらなる用量を含む。いくつかの実施形態では、投与レジメンは第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と同じ第2の用量値の1つ以上のさらなる用量を含む。
ヘテロ脂肪族:用語「ヘテロ脂肪族」は、本明細書で使用する場合、当技術分野におけるその通常の意味を有し、1つ以上の炭素原子が、独立して、1つ以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンなど)で置き換えられる本明細書に記載されるとおりの脂肪族基を指す。いくつかの実施形態では、C、CH、CH、及びCHから選択される1つ以上の単位は、独立して、1つ以上のヘテロ原子(その酸化及び/又は置換形態を含む)によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアルキル:用語「ヘテロアルキル」は、本明細書で使用する場合、当技術分野におけるその通常の意味を有し、1つ以上の炭素原子が、独立して、1つ以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンなど)で置き換えられる本明細書に記載されるとおりのアルキル基を指す。ヘテロアルキルの例としては、アルコキシ、ポリ(エチレングリコール)-、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。
ヘテロアリール:単独で又より大きい部分、例えば、「ヘテロアラルキル」、若しくは「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロar-」、は、本明細書で使用する場合、合計で5~30個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系を指し、系における少なくとも1つの環は、芳香族であり且つ少なくとも1つの芳香環原子は、ヘテロ原子である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、5~10個の環原子(すなわち、単環式、二環式又は多環式)、いくつかの実施形態では、5、6、9、又は10個の環原子を有する基である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、環状配列で共有される6、10又は14個のπ電子を有し;及び1~5個のヘテロ原子を炭素原子に加えて有する。ヘテロアリール基としては、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、及びプテリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジルなどのヘテロビアリール基である。用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロar-」はまた、本明細書で使用する場合、ヘテロ芳香環が、1個以上のアリール、脂環式、又はヘテロシクリル環に縮合され、結合の基又は点が、ヘテロ芳香環上にある基を含む。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、4H-キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、及びピリド[2,3-b]-1,4-オキサジン-3(4H)-オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式又は多環式であり得る。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、又は「ヘテロ芳香族」と互換的に使用されてもよく、これらの用語のいずれも、任意選択により置換された環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基によって置換されたアルキル基を指し、アルキル及びヘテロアリール部分は、独立して、任意選択により置換される。
ヘテロ原子:用語「ヘテロ原子」は、本明細書で使用する場合、炭素又は水素ではない原子を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素(窒素、硫黄、リン、又はケイ素の酸化形態;窒素(例えば、四級化形態、イミニウム基のような形態など)、リン、硫黄、酸素の荷電形態などを含む)である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄又は窒素である。いくつかの実施形態では、少なくとも1個のヘテロ原子は、窒素である。
複素環:本明細書で使用する場合、用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式基」、及び「複素環式環」は、本明細書で使用する場合、互換的に使用され、飽和又は部分不飽和であり且つ1個以上のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式又は多環式環部分(例えば、3~30員)を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、飽和又は部分不飽和のいずれかであり、且つ炭素原子に加えて、1個以上の、好ましくは1~4個の上で定義されるとおりのヘテロ原子を有する安定な5~7員単環式又は7~10員二環式複素環式部分である。複素環の環原子に対する参照において使用されるとき、用語「窒素」は、置換された窒素を含む。一例として、飽和又は酸素、硫黄及び窒素から選択される0~3個のヘテロ原子を有する部分不飽和環において、窒素は、N(3,4-ジヒドロ-2H-ピロリルの場合のように)、NH(ピロリジニルの場合のように)、又はNR(N置換ピロリジニルの場合のように)であり得る。複素環式環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、環原子のいずれかは任意選択により置換され得る。そのような飽和又は部分不飽和複素環式基の例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、及び「複素環式基」は、本明細書で互換的に使用され、ヘテロシクリル環が1個以上のアリール、ヘテロアリール、又は脂環式環、例えば、インドリニル、3H-インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロキノリニルに融合される基も含む。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式又は多環式であり得る。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルによって置換されたアルキル基を指し、アルキル及びヘテロシクリル部分は、独立して、任意選択により置換される。
同一性:本明細書で使用する場合、用語「同一性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子(例えば、オリゴヌクレオチド、DNA、RNAなど)間及び/又はポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。いくつかの実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一である場合、互いに「実質的に同一」であるとみなされる。2つの核酸又はポリペプチド配列の同一性パーセントの計算は、例えば、最適な比較目的のために2つの配列をアラインメントすることによって実施することができる(例えば、最適なアラインメントのために第1及び第2の配列の一方又は両方にギャップを導入することができ、同一ではない配列は比較目的のために無視することができる)。ある特定の実施形態では、比較のためにアライメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は実質的に100%である。次に、対応する位置のヌクレオチドが比較される。第1の配列における位置が、第2の配列における対応する位置と同じ残基(例えば、ヌクレオチド又はアミノ酸)により占有される場合、その分子は、その位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、この2つの配列の最適アライメントのために導入する必要があるギャップ数及び各ギャップの長さを考慮した、これらの配列により共有される同一である位置の数の関数である。2つの配列間での配列比較及び同一性パーセントの決定は、数理的アルゴリズムを使用して達成され得る。例えば、2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み込まれているMeyers及びMillerのアルゴリズム(CABIOS, 1989, 4:11-17)を使用して決定され得る。いくつかの例示的な実施形態では、ALIGNプログラムでなされる核酸配列比較は、PAM120重量残基表、12のギャップ長ペナルティー及び4のギャップペナルティーを使用する。或いは、2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、NWSgapdna.CMPマトリックスを使用するGCGソフトフェアパッケージにおけるGAPプログラムを使用して決定され得る。
ヌクレオチド間結合:本明細書で使用する場合、語句「ヌクレオチド間結合」は一般に、オリゴヌクレオチド又は核酸のヌクレオシド単位を連結する結合を指す。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然に存在するDNA及びRNA分子に広範囲に見出されるホスホジエステル結合(天然のリン酸結合(-OP(=O)(OH)O-)、当業者によって理解されるとおり、塩形態として存在し得る)である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合(天然のリン酸結合ではない)である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、「修飾されたヌクレオチド間結合」であり、ホスホジエステル結合の少なくとも1つの酸素原子又は-OHは、異なる有機又は無機部分によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、そのような有機又は無機部分は、=S、=Se、=NR’、-SR’、-SeR’、-N(R’)、B(R’)、-S-、-Se-、及び-N(R’)-から選択され、各R’は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合(又はホスホロチオエートジエステル結合、-OP(=O)(SH)O-、当業者によって理解されるとおり、塩形態として存在し得る)である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、例えば、PNA(ペプチド核酸)又はPMO(ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー)結合のうちの1つである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、ある特定の提供されるオリゴヌクレオチドにおけるn001)である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、結合リンを含まない(例えば、本明細書に記載されるとおりの-C(O)-O-又は-C(O)-N(R’)-)。ヌクレオチド間結合が、結合中の酸又は塩基部分の存在によって、所与のpHでアニオン又はカチオンとして存在し得ることは当業者によって理解される。
ある特定の実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、環状グアニジン部分を含む。ある特定の実施形態では、環状グアニジン部分を含む修飾されたヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000009

の構造を有する。ある特定の実施形態では、環状グアニジン部分を含む中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。ある特定の実施形態では、本開示は、少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
ある特定の実施形態では、本開示は、少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Sp配置においてキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
ある特定の実施形態では、本開示は、少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ホスホロチオエートは、Rp配置においてキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
ある特定の実施形態では、本開示は、Tmg基
Figure 2023526975000010

を含む中性のヌクレオチド間結合の少なくとも1つの中性のヌクレオチド間結合、及び少なくとも1つのホスホロチオエートを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001、n003、n004、n006、n008、n009、n013、n020、n021、n025、n026、n029、n031、n037、n046、n047、n048、n054、又はn055)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001、n003、n004、n006、n008、n009、n013 n020、n021、n025、n026、n029、n031、n037、n046、n047、n048、n054、又はn055)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、n001、n002、n003、n004、n006、n008、n009、n012、n013 n020、n021、n024、n025、n026、n029、n030、n031、n033、n034、n035、n036、n037、n041、n043、n044、n046、n047、n048、n051、n052、n054、n055、及びn057から選択されるヌクレオチド間結合を含む。
本明細書で使用する場合、語句「結合リン」は、参照される特定のリン原子がヌクレオチド間結合に存在するリン原子であることを示すために使用され、リン原子は、天然に存在するDNA及びRNAに存在する場合、ホスホジエステルヌクレオチド間結合のリン原子に対応する。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、修飾されたヌクレオチド間結合中にあり、ホスホジエステル結合の各酸素原子は、任意選択により且つ独立して、有機又は無機部分によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりの式IのPである。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、キラルである。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、アキラル(例えば、天然のリン酸結合の場合のように)である。いくつかの実施形態では、結合リンは、酸素又は窒素原子を介して糖に結合される。
リンカー:用語「リンカー」、「リンカー部分」などは、ある化学的部分を別のものに連結する任意の化学的部分を指す。当業者によって理解されるとおり、リンカーは、リンカーが連結する化学的部分の数に応じて、二価又は三価以上であり得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、多量体においてあるオリゴヌクレオチドを別のオリゴヌクレオチドに連結する部分である。いくつかの実施形態では、リンカーは、末端ヌクレオシドと固体支持体の間又は末端ヌクレオシドと別のヌクレオシド、ヌクレオチド、又は核酸の間に任意選択により位置する部分である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおいて、リンカーは、化学的部分(例えば、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分など)をオリゴヌクレオチド鎖(例えば、その5’末端、3’末端、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合などを介して)と連結する。
修飾された核酸塩基:用語「修飾された核酸塩基」、「修飾された塩基」などは、天然の核酸塩基と構造的に異なるが、天然の核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たすことができる化学的部分を指す。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、塩基の相補的配列を含む核酸との塩基対形成の能力があるポリマーにおいて部分を形成する能力がある。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの文脈における修飾された核酸塩基は、A、T、C、G又はUではない核酸塩基を指す。
修飾されたヌクレオシド:用語「修飾されたヌクレオシド」は、天然のヌクレオシドから誘導されるか又はそれと化学的に類似するが、天然のヌクレオシドからそれを区別する化学修飾を含む部分を指す。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例としては、塩基及び/又は糖での修飾を含むものが挙げられる。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、修飾された核酸塩基及び修飾された糖を含む。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例としては、糖で2’修飾を有するものが挙げられる。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例としては、脱塩基ヌクレオシド(核酸塩基を欠く)も挙げられる。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能、例えば、塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中の部分を形成する能力がある。
修飾されたヌクレオチド:用語「修飾されたヌクレオチド」は、天然のヌクレオチドと構造的に異なるが、天然のヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たすことができる化学的部分を指す。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、糖、塩基及び/又はヌクレオチド間結合で修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、修飾された糖、修飾された核酸塩基及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマーにおいてサブユニットを形成する能力がある。
修飾された糖:用語「修飾された糖」は、天然のDNA及びRNAにおいて典型的に見出される天然のリボース及びデオキシリボース糖とは構造的に異なり、オリゴヌクレオチド又は核酸において糖を置き換えることができる部分を指す。修飾された糖は、糖の空間配置、電気的特性、又はいくつかの他の物理化学的特性を模倣する。いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、修飾された糖は、置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。有用な2’-修飾の例は、当技術分野で広く利用され、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~10脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA、BNAなどで使用される糖)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5員環ではない環を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、窒素原子を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、窒素原子を含み、窒素原子を介してヌクレオチド間結合に結合される。
核酸:用語「核酸」は、本明細書で使用する場合、任意のヌクレオチド及びそのポリマーを含む。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態、リボヌクレオチド(RNA)若しくはデオキシリボヌクレオチド(DNA)又はその組み合わせのいずれかを指す。これらの用語は、分子の一次構造を指し、したがって、二本鎖及び一本鎖DNA、並びに二本鎖及び一本鎖RNAを含む。これらの用語は、等価物として、メチル化、保護された及び/又はキャップ付加されたヌクレオチド又はポリヌクレオチドを介するがこれらに限定されないものなどの修飾されたヌクレオチド及び/又は修飾されたポリヌクレオチドを含むRNA又はDNAのいずれかの類似体を含む。用語は、ポリ-又はオリゴ-リボヌクレオチド(RNA)及びポリ-又はオリゴ-デオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基及び/又は修飾された核酸塩基のN-グリコシド又はC-グリコシドから誘導されるRNA又はDNA;糖及び/又は修飾された糖から誘導される核酸;並びにリン酸架橋及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合から誘導される核酸を包含する。用語は、核酸塩基、修飾された核酸塩基、糖、修飾された糖、リン酸架橋又は修飾されたヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有する核酸を包含する。例としては、リボース部分を含有する核酸、デオキシ-リボースを含有する核酸、リボース及びデオキシリボース部分の両方を含有する核酸、リボース及び修飾されたリボース部分を含有する核酸が挙げられるが、これらに限定されない。別段の指定がない限り、接頭辞のポリ-は、2~約10,000個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指し、接頭辞のオリゴ-は、2~約200個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指す。
核酸塩基:用語「核酸塩基」は、配列特異的な様式で一方の核酸鎖をもう一方の相補鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を形成する部分を指す。最も一般的な天然に存在する核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)及びチミン(T)である。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロアリール環を含み、環原子は窒素であり、ヌクレオシドの場合、窒素は、糖部分に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、複素環式環を含み、環原子は窒素であり、ヌクレオシドの場合、窒素は、糖部分に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、「修飾された核酸塩基」であり、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、及びチミン(T)以外の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたA、T、C、G又はUである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、A、T、C、G、又はUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、核酸塩基の空間配置、電子的特性、又はいくつかの他の物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で一方の核酸鎖をもう一方のものに結合する水素結合の特性を保持する。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチド二重鎖の細胞内酵素又は活性による融解挙動、認識に実質的に影響を及ぼすことなく5種の天然に存在する塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、又はグアニン)の全てと対形成できる。本明細書で使用する場合、用語「核酸塩基」はまた、修飾された核酸塩基などの天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体を包含する。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの任意選択により置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、「核酸塩基」は、オリゴヌクレオチド又は核酸における核酸塩基単位(例えば、オリゴヌクレオチド又は核酸の場合のようなA、T、C、G又はU)を指す。
ヌクレオシド:用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基又は修飾された核酸塩基が糖又は修飾された糖に共有結合されている部分を指す。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、天然のヌクレオシド、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、又はデオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシド、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、及びデオキシシチジンから選択される置換された天然のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシド、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、及びデオキシシチジンから選択される天然のヌクレオシドの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、「ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸におけるヌクレオシド単位を指す。
ヌクレオチド:用語「ヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、核酸塩基、糖、及び1つ以上のヌクレオチド結合(例えば、天然のDNA及びRNAにおけるリン酸結合)からなるポリヌクレオチドの単量体単位を指す。天然に存在する塩基[グアニン、(G)、アデニン、(A)、シトシン、(C)、チミン、(T)、及びウラシル(U)]は、プリン又はピリミジンの誘導体であるが、天然に存在する塩基類似体及び天然に存在しない塩基類似体も含まれることが理解されるべきである。天然に存在する糖は、ペントース(五炭糖)デオキシリボース(DNAを形成する)又はリボース(RNAを形成する)であるが、天然に存在する糖類似体及び天然に存在しない糖類似体も含まれることが理解されるべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して連結されて、核酸、又はポリヌクレオチドを形成する。多くのヌクレオチド間結合は、当技術分野で知られる(ホスフェート、ホスホロチオエート、ボラノホスフェートなどを介するものなどであるが、これらに限定されない)。人工核酸としては、PNA(ペプチド核酸)、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、H-ホスホネート、ホスホロアミダート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、ホスホノアセテート、チオホスホノアセテート及び本明細書に記載されるものなどの天然の核酸のリン酸骨格の他のバリアントが挙げられる。いくつかの実施形態では、天然のヌクレオチドは、天然に存在する塩基、糖及びヌクレオチド間結合を含む。本明細書で使用する場合、用語「ヌクレオチド」はまた、修飾されたヌクレオチドなどの天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体を包含する。いくつかの実施形態では、「ヌクレオチド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸におけるヌクレオチド単位を指す。
オリゴヌクレオチド:用語「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドのポリマー又はオリゴマーを指し、天然の及び非天然の核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有し得る。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖であり得る。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域(一本鎖オリゴヌクレオチドの2つの部分によって形成される)を有してもよく、2本のオリゴヌクレオチド鎖を含む二本鎖オリゴヌクレオチドは、例えば、2本のオリゴヌクレオチド鎖が互いに相補的ではない領域で一本鎖領域を有してもよい。オリゴヌクレオチドの例としては、構造遺伝子、制御及び終結領域を含む遺伝子、ウイルス又はプラスミドDNAなどの自己複製系、一本鎖及び二本鎖RNAi薬剤並びに他のRNA干渉試薬(RNAi薬剤又はiRNA薬剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロRNA、マイクロRNA模倣体、スーパーmir、アプタマー、アンチmir、アンタゴmir、Ulアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、G-四重鎖オリゴヌクレオチド、RNA活性化因子、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、及びデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
本開示のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであり得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約2~約200ヌクレオシド長の範囲であり得る。様々な関連する実施形態では、オリゴヌクレオチドの一本鎖、二本鎖、又は三本鎖は、約4~約10ヌクレオシド、約10~約50ヌクレオシド、約20~約50ヌクレオシド、約15~約30ヌクレオシド、約20~約30ヌクレオシド長の長さの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約9~約39のヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも7ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも9ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも16ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも17ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも19ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド長の相補鎖の二重鎖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチド長の相補鎖の二重鎖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド長において計数される各ヌクレオシドは、独立して、A、T、C、G、若しくはU、又は任意選択により置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの任意選択により置換された互変異性体を含む。
オリゴヌクレオチド型:本明細書で使用する場合、語句「オリゴヌクレオチド型」は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン(すなわち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロチオエートトリエステルなど)、骨格のキラル中心のパターン[すなわち、結合リンの立体化学のパターン(Rp/Sp)]、及び骨格リン修飾のパターン(例えば、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりの式Iにおける「-XLR」基のパターン)を有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。いくつかの実施形態では、一般的に命名される「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当業者は、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンでの特定の立体化学及び/又は結合リンでの特定の修飾、及び/又は特定の塩基、及び/又は特定の糖を有するように先行して設計され及び/又は選択され得るように、オリゴヌクレオチド鎖の合成の間にある程度の制御をもたらすことを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように先行して設計され及び/又は選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように設計され及び/又は決定される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように設計され及び/又は選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上の構造的特徴の1つ以上の特定の組み合わせを有するように設計され及び/又は選択される。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか又はそれらからなる組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。いくつかの実施形態では、全てのそのような分子は、同じ型のものである(すなわち、互いに構造的に同一である)。しかしながら、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、典型的には既定の相対量で異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを含む。
任意選択により置換された:本明細書に記載されるとおり、本開示の化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、任意選択により置換された部分及び/又は置換された部分を含有し得る。一般に、用語「置換された」は、用語「任意選択により」が先行するかどうかにかかわらず、指定された部分の1つ以上の水素が好適な置換基で置き換えられていることを意味する。別段の指示がない限り、「任意選択により置換された」基は、基の各々の置換可能な位置に好適な置換基を有してもよく、任意の所与の構造における2つ以上の位置が、指定の基から選択される2つ以上の置換基で置換され得る場合、置換基は、全ての位置で同じでも異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、任意選択により置換された基は、置換されていない。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定な又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書で使用する場合、用語「安定な」は、それらの生成、検出、並びに、特定の実施形態では、それらの回収、精製、及び本明細書で開示される目的の1つ以上のための使用を可能にする条件に供されたときに、実質的に変化しない化合物を指す。ある特定の置換基は、下に記載される。
置換可能な原子上の好適な一価置換基、例えば、好適な炭素原子は、独立して、ハロゲン;-(CH0~4R°;-(CH0~4OR°;-O(CH0~4R°、-O-(CH0~4C(O)OR°;-(CH0~4CH(OR°);R°で置換され得る-(CH0~4Ph;R°で置換され得る-(CH0~4O(CH0~1Ph;R°で置換され得る-CH=CHPh;R°で置換され得る-(CH0~4O(CH0~1-ピリジル;-NO;-CN;-N;-(CH0~4N(R°);-(CH0~4N(R°)C(O)R°;-N(R°)C(S)R°;-(CH0~4N(R°)C(O)NR°;-N(R°)C(S)NR°;-(CH0~4N(R°)C(O)OR°;-N(R°)N(R°)C(O)R°;-N(R°)N(R°)C(O)NR°;-N(R°)N(R°)C(O)OR°;-(CH0~4C(O)R°;-C(S)R°;-(CH0~4C(O)OR°;-(CH0~4C(O)SR°;-(CH0~4C(O)OSiR°;-(CH0~4OC(O)R°;-OC(O)(CH0~4SR°,-SC(S)SR°;-(CH0~4SC(O)R°;-(CH0~4C(O)NR°;-C(S)NR°;-C(S)SR°;-(CH0~4OC(O)NR°;-C(O)N(OR°)R°;-C(O)C(O)R°;-C(O)CHC(O)R°;-C(NOR°)R°;-(CH0~4SSR°;-(CH0~4S(O)R°;-(CH0~4S(O)OR°;-(CH0~4OS(O)R°;-S(O)NR°;-(CH0~4S(O)R°;-N(R°)S(O)NR°;-N(R°)S(O)R°;-N(OR°)R°;-C(NH)NR°;-Si(R°);-OSi(R°);-B(R°);-OB(R°);-OB(OR°);-P(R°);-P(OR°);-P(R°)(OR°);-OP(R°);-OP(OR°);-OP(R°)(OR°);-P(O)(R°);-P(O)(OR°);-OP(O)(R°);-OP(O)(OR°);-OP(O)(OR°)(SR°);-SP(O)(R°);-SP(O)(OR°);-N(R°)P(O)(R°);-N(R°)P(O)(OR°);-P(R°)[B(R°)];-P(OR°)[B(R°)];-OP(R°)[B(R°)];-OP(OR°)[B(R°)];-(C1~4直鎖又は分岐状アルキレン)O-N(R°);又は-(C1~4直鎖又は分岐状アルキレン)C(O)O-N(R°)であり、各R°は、本明細書で定義されるとおりに置換されてもよく、独立して、水素、C1~20脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される1~5個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、-CH-(C6~14アリール)、-O(CH0~1(C6~14アリール)、-CH-(5~14員ヘテロアリール環)、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される0~5個のヘテロ原子を有する5~20員、単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分不飽和又はアリール環であるか、又は上の定義にもかかわらず、R°の2つの独立した存在が、それらの介在原子と合わせて、下で定義されるとおりに置換され得る、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される0~5個のヘテロ原子を有する5~20員、単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分不飽和又はアリール環を形成する。
R°(又はR°の2つの独立した存在を、それらの介在原子と合わせることによって形成される環)上の好適な一価置換基は、独立して、ハロゲン、-(CH0~2、-(ハロR)、-(CH0~2OH、-(CH0~2OR、-(CH0~2CH(OR;-O(ハロR)、-CN、-N、-(CH0~2C(O)R、-(CH0~2C(O)OH、-(CH0~2C(O)OR、-(CH0~2SR、-(CH0~2SH、-(CH0~2NH、-(CH0~2NHR、-(CH0~2NR 、-NO、-SiR 、-OSiR 、-C(O)SR、-(C1~4直鎖又は分岐状アルキレン)C(O)OR、又は-SSRであり、各Rは、不飽和であるか又は「ハロ」が前に付くものは、1個以上のハロゲンによってのみ置換され、独立して、C1~4脂肪族、-CHPh、-O(CH0~1Ph、又は5~6員飽和、部分不飽和、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される。R°の飽和炭素原子上の好適な二価置換基は、=O及び=Sを含む。
例えば、好適な炭素原子上の好適な二価置換基は、独立して、以下の:=O、=S、=NNR 、=NNHC(O)R、=NNHC(O)OR、=NNHS(O)、=NR、=NOR、-O(C(R ))2~3O-、又は-S(C(R ))2~3S-であり、Rの各々の独立した存在は、水素、下で定義されるとおりに置換され得るC1~6脂肪族、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員飽和、部分不飽和、又はアリール環から選択される。「任意選択により置換された」基の近接する置換可能な炭素に結合される好適な二価置換基としては、-O(CR 2~3O-が挙げられ、Rの各々の独立した存在は、水素、下で定義されるとおりに置換され得るC1~6脂肪族、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員飽和、部分不飽和、並びにアリール環から選択される。
の脂肪族基上の好適な置換基は、独立して、ハロゲン、-R、-(ハロR)、-OH、-OR、-O(ハロR)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR、-NH、-NHR、-NR 、又は-NOであり、各Rは、不飽和であるか又は「ハロ」が前に付くものは、1個以上のハロゲンによってのみ置換され、独立して、C1~4脂肪族、-CHPh、-O(CH0~1Ph、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員飽和、部分不飽和、若しくはアリール環である。
いくつかの実施形態では、置換可能な窒素上の好適な置換基は、独立して、-R、-NR 、-C(O)R、-C(O)OR、-C(O)C(O)R、-C(O)CHC(O)R、-S(O)、-S(O)NR 、-C(S)NR 、-C(NH)NR 、又は-N(R)S(O)であり、各Rは、独立して、水素、下で定義されるとおりに置換され得るC1~6脂肪族、非置換-OPh、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員飽和、部分不飽和、若しくはアリール環であるか、又は上の定義にもかかわらず、Rの2つの独立した存在を、それらの介在原子と合わせて、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換3~12員飽和、部分不飽和、又はアリール単環式若しくは二環式環を形成する。
の脂肪族基上の好適な置換基は、独立して、ハロゲン、-R、-(ハロR)、-OH、-OR、-O(ハロR)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR、-NH、-NHR、-NR 、又は-NOであり、各Rは、置換されていないか又は「ハロ」が前に付くものは、1個以上のハロゲンによってのみ置換され、独立して、C1~4脂肪族、-CHPh、-O(CH0~1Ph、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員飽和、部分不飽和、若しくはアリール環である。
P-修飾:本明細書で使用する場合、用語「P-修飾」は、立体化学修飾以外の結合リンでの任意の修飾を指す。いくつかの実施形態では、P-修飾は、結合リンに共有結合されたペンダント部分の付加、置換、又は除去を含む。
部分不飽和:本明細書で使用する場合、用語「部分不飽和」は、少なくとも1つの二重結合又は三重結合を含む環部分を指す。用語「部分不飽和」は、複数の部位の不飽和を有する環を包含することが意図されるが、本明細書で定義されるとおりのアリール又はヘテロアリール部分を含むことが意図されない。
医薬組成物:本明細書で使用する場合、用語「医薬組成物」は、1つ以上の薬学的に許容される担体とともに製剤化された活性薬剤を指す。いくつかの実施形態では、活性薬剤は、適切な集団に投与されるときに既定の治療効果を達成する統計的に有意な可能性を示す治療レジメンにおける投与に適した単位用量で存在する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、以下に適合するものを含む固体又は液体形態における投与:経口投与、例えば、水薬(水性又は非水性の溶液又は懸濁液)、錠剤、例えば、頬側、舌下、及び全身性吸収を標的にするもの、ボーラス、散剤、顆粒剤、舌への適用のためのペースト剤;例えば、無菌溶液若しくは懸濁液、又は徐放製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内又は硬膜外注射による非経口投与;例えば、皮膚、肺、又は口腔に適用されるクリーム剤、軟膏剤、又は制御放出パッチ若しくは噴霧剤としての局所適用;例えば、腟坐薬、クリーム剤、又は泡として腟内又は直腸内;舌下;眼球;経皮;又は経鼻、肺、及び他の粘膜表面のために特別に製剤化され得る。
薬学的に許容される:本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される」という語句は、適切な医学的判断の範囲内において、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに好適であり、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答又は他の問題若しくは合併症を起こさず、合理的なベネフィット/リスク比に対応した化合物、材料、組成物及び/又は剤形を指す。
薬学的に許容される担体:本明細書で使用する場合、用語「薬学的に許容される担体」は、ある器官、又は身体の部分から別の器官、又は身体の部分に対象化合物を運ぶか又は輸送することに関与する液体若しくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、又は材料を被包する溶媒などの薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と相溶性であり、患者に有害でないという意味で「許容され」なければならない。薬学的に許容される担体として機能できる材料のいくつかの例としては、ラクトース、グルコース及びスクロースなどの糖;トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプンなどのデンプン;セルロース並びにその誘導体、例えばナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース及び酢酸セルロース;粉末状トラガカンス;麦芽;ゼラチン;タルク;ココアバター及び座剤蝋などの賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、サフラワー油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油及びダイズ油などの油;プロピレングリコールなどのグリコール;グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールなどのポリオール;オレイン酸エチル及びラウリン酸エチルなどのエステル;寒天;水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウムなどの緩衝剤;アルギニン酸;パイロジェンフリー水;等張生理食塩水;リンゲル液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル;ポリカーボネート及び/又はポリ無水物;並びに医薬製剤に使用される他の非毒性適合性物質が挙げられる。
薬学的に許容される塩:用語「薬学的に許容される塩」は、本明細書で使用する場合、医薬の文脈における使用に適切なそのような化合物の塩、すなわち、適切な医学的判断の範囲内において、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答などを起こさず、合理的なベネフィット/リスク比に対応した、ヒト及び下等動物の組織と接触して使用するのに適した塩を指す。薬学的に許容される塩は、当技術分野でよく知られている。例えば、S. M. Berge, et al.は、薬学的に許容可能な塩について、J.Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)に詳細に記載している。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸などの無機酸、又は酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸若しくはマロン酸などの有機酸により形成されるか、或いはイオン交換などの当技術分野において使用される他の方法を使用することによって形成されるアミノ基の塩である無毒性の酸付加塩が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p-トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、1つ以上の酸性基、例えば、オリゴヌクレオチドを含み、薬学的に許容される塩は、アルカリ、アルカリ土類金属、又はアンモニウム(例えば、N(R)のアンモニウム塩、各Rは、独立して定義され、本開示において記載される)塩である。代表的なアルカリ金属又はアルカリ土類金属としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カルシウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1~6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成される無毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、2つ以上の酸基を含み、例えば、オリゴヌクレオチドは、2つ以上の酸性基(例えば、天然のリン酸結合及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合において)を含み得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩、又は一般にそのような化合物の塩は、同じであり得るか又は異なり得る2つ以上のカチオンを含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩(又は一般に、塩)において、酸性基中の全てのイオン化できる水素(例えば、約11、10、9、8、7、6、5、4、3、又は2以下、いくつかの実施形態では、約7以下;いくつかの実施形態では、約6以下;いくつかの実施形態では、約5以下;いくつかの実施形態では、約4以下;いくつかの実施形態では、約3以下のpKaを有する水溶液中)は、カチオンと置き換えられる。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエート及びホスフェート基は、独立して、その塩形態で存在する(例えば、ナトリウム塩の場合、それぞれ-O-P(O)(SNa)-O-及び-O-P(O)(ONa)-O-)。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオチド間結合は、独立して、その塩形態で存在する(例えば、ナトリウム塩の場合、それぞれ-O-P(O)(SNa)-O-及び-O-P(O)(ONa)-O-)。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、オリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、オリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、各酸性リン酸基及び修飾されたリン酸基(例えば、ホスホロチオエート、ホスフェートなど)は、もしあれば、塩形態として存在する(全てがナトリウム塩)。
既定の:既定の(predetermined)(又は既定の(pre-determined))は、例えば、不規則に起こるか、不規則であるか、又は制御を伴わずに達成されたものとは対照的に、計画的に選択されたか又は不規則ではないか又は制御されていることを意味する。本明細書を読む当業者は、本開示が、オリゴヌクレオチド組成物に組み込まれることになる特定の化学及び/又は立体化学の特徴の選択を可能にし、さらにそのような化学及び/又は立体化学の特徴を有するオリゴヌクレオチド組成物の制御された調製を可能にする技術を提供することを理解するであろう。そのように提供される組成物は、本明細書に記載されるとおり「既定の」ものである。特定の化学及び/又は立体化学の特徴を意図的に生成するように制御されていないプロセスを通じて偶然生成されたため、ある特定のオリゴヌクレオチドを含有する可能性がある組成物は、「既定の」組成物ではない。いくつかの実施形態では、既定の組成物は、意図的に再現され得るものである(例えば、制御されたプロセスの反復による)。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの既定のレベルは、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの絶対量、及び/又は相対量(比、パーセンテージなど)が制御されることを意味する。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの既定のレベルは、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの調製により達成される。
保護基:用語「保護基」は、本明細書で使用する場合、当技術分野でよく知られ、全体が参照により本明細書に組み込まれるOrganic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, JohnWiley & Sons, 1999のProtecting Groupsに詳細に記載されるものを含む。チャプター2の全体が参照により本明細書に組み込まれるSerge L. Beaucage et al. 06/2012によって編集されたCurrentProtocols in Nucleic Acid Chemistryに記載されるヌクレオシド及びヌクレオチド化学に特別に適合されたそれらの保護基も含まれる。好適なアミノ-保護基としては、カルバミン酸メチル、カルバミン酸(carbamante)エチル、カルバミン酸9-フルオレニルメチル(Fmoc)、カルバミン酸9-(2-スルホ)フルオレニルメチル、カルバミン酸9-(2,7-ジブロモ)フルオロエニルメチル、カルバミン酸2,7-ジ-t-ブチル-[9-(10,10-ジオキソ-10,10,10,10-テトラヒドロチオキサンチル)]メチル(DBD-Tmoc)、カルバミン酸4-メトキシフェナシル(Phenoc)、カルバミン酸2,2,2-トリクロロエチル(Troc)、カルバミン酸2-トリメチルシリルエチル(Teoc)、カルバミン酸2-フェニルエチル(hZ)、カルバミン酸1-(1-アダマンチル)-1-メチルエチル(Adpoc)、カルバミン酸1,1-ジメチル-2-ハロエチル、カルバミン酸1,1-ジメチル-2,2-ジブロモエチル(DB-t-BOC)、カルバミン酸1,1-ジメチル-2,2,2-トリクロロエチル(TCBOC)、カルバミン酸1-メチル-1-(4-ビフェニルイル)エチル(Bpoc)、カルバミン酸1-(3,5-ジ-t-ブチルフェニル)-1-メチルエチル(t-Bumeoc)、カルバミン酸2-(2’-及び4’-ピリジル)エチル(Pyoc)、カルバミン酸2-(N,N-ジシクロヘキシルカルボキサミド)エチル、カルバミン酸t-ブチル(BOC)、カルバミン酸1-アダマンチル(Adoc)、カルバミン酸ビニル(Voc)、カルバミン酸アリル(Alloc)、カルバミン酸1-イソプロピルアリル(Ipaoc)、カルバミン酸シンナミル(Coc)、カルバミン酸4-ニトロシンナミル(Noc)、カルバミン酸8-キノリル、カルバミン酸N-ヒドロキシピペリジニル、カルバミン酸アルキルジチオ、カルバミン酸ベンジル(Cbz)、カルバミン酸p-メトキシベンジル(Moz)、カルバミン酸p-ニトベンジル(nitobenzyl)、カルバミン酸p-ブロモベンジル、カルバミン酸p-クロロベンジル、カルバミン酸2,4-ジクロロベンジル、カルバミン酸4-メチルスルフィニルベンジル(Msz)、カルバミン酸9-アントリルメチル、カルバミン酸ジフェニルメチル、カルバミン酸2-メチルチオエチル、カルバミン酸2-メチルスルホニルエチル、カルバミン酸2-(p-トルエンスルホニル)エチル、カルバミン酸[2-(1,3-ジチアニル)]メチル(Dmoc)、カルバミン酸4-メチルチオフェニル(Mtpc)、カルバミン酸2,4-ジメチルチオフェニル(Bmpc)、カルバミン酸2-ホスホニオエチル(Peoc)、カルバミン酸2-トリフェニルホスホニオイソプロピル(Ppoc)、カルバミン酸1,1-ジメチル-2-シアノエチル、カルバミン酸m-クロロ-p-アシルオキシベンジル、カルバミン酸p-(ジヒドロキシボリル)ベンジル、カルバミン酸5-ベンゾイソオキサゾリルメチル、カルバミン酸2-(トリフルオロメチル)-6-クロモニルメチル(Tcroc)、カルバミン酸m-ニトロフェニル、カルバミン酸3,5-ジメトキシベンジル、カルバミン酸o-ニトロベンジル、カルバミン酸3,4-ジメトキシ-6-ニトロベンジル、カルバミン酸フェニル(o-ニトロフェニル)メチル、フェノチアジニル-(10)-カルボニル誘導体、N’-p-トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、N’-フェニルアミノチオカルボニル誘導体、カルバミン酸t-アミル、チオカルバミン酸S-ベンジル、カルバミン酸p-シアノベンジル、カルバミン酸シクロブチル、カルバミン酸シクロヘキシル、カルバミン酸シクロペンチル、カルバミン酸シクロプロピルメチル、カルバミン酸p-デシルオキシベンジル、カルバミン酸2,2-ジメトキシカルボニルビニル、カルバミン酸o-(N,N-ジメチルカルボキサミド)ベンジル、カルバミン酸1,1-ジメチル-3-(N,N-ジメチルカルボキサミド)プロピル、カルバミン酸1,1-ジメチルプロピニル、カルバミン酸ジ(2-ピリジル)メチル、カルバミン酸2-フラニルメチル、カルバミン酸2-ヨードエチル、カルバミン酸イソボルニル(isoborynl)、カルバミン酸イソブチル、カルバミン酸イソニコチニル、カルバミン酸p-(p’-メトキシフェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸1-メチルシクロブチル、カルバミン酸1-メチルシクロヘキシル、カルバミン酸1-メチル-1-シクロプロピルメチル、カルバミン酸1-メチル-1-(3,5-ジメトキシフェニル)エチル、カルバミン酸1-メチル-1-(p-フェニルアゾフェニル)エチル、カルバミン酸1-メチル-1-フェニルエチル、カルバミン酸1-メチル-1-(4-ピリジル)エチル、カルバミン酸フェニル、カルバミン酸p-(フェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸2,4,6-トリ-t-ブチルフェニル、カルバミン酸4-(トリメチルアンモニウム)ベンジル、カルバミン酸2,4,6-トリメチルベンジル、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、3-フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、3-ピリジルカルボキサミド、N-ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、p-フェニルベンズアミド、o-ニトフェニルアセトアミド、o-ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド,(N’-ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ)アセトアミド、3-(p-ヒドロキシフェニル)プロパンアミド、3-(o-ニトロフェニル)プロパンアミド、2-メチル-2-(o-ニトロフェノキシ)プロパンアミド、2-メチル-2-(o-フェニルアゾフェノキシ)プロパンアミド、4-クロロブタンアミド、3-メチル-3-ニトロブタンアミド、o-ニトロシンアミド、N-アセチルメチオニン誘導体、o-ニトロベンズアミド、o-(ベンゾイルオキシメチル)ベンズアミド、4,5-ジフェニル-3-オキサゾリン-2-オン、N-フタルイミド、N-ジチアスクシンイミド(Dts)、N-2,3-ジフェニルマレイミド、N-2,5-ジメチルピロール、N-1,1,4,4-テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加体(STABASE)、5-置換1,3-ジメチル-1,3,5-トリアザシクロヘキサン-2-オン、5-置換1,3-ジベンジル-1,3,5-トリアザシクロヘキサン-2-オン、1-置換3,5-ジニトロ-4-ピリドン、N-メチルアミン、N-アリルアミン、N-[2-(トリメチルシリル)エトキシ]メチルアミン(SEM)、N-3-アセトキシプロピルアミン、N-(1-イソプロピル-4-ニトロ-2-オキソ-3-ピロオリン(pyroolin)-3-イル)アミン、四級アンモニウム塩、N-ベンジルアミン、N-ジ(4-メトキシフェニル)メチルアミン、N-5-ジベンゾスベリルアミン、N-トリフェニルメチルアミン(Tr)、N-[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル]アミン(MMTr)、N-9-フェニルフルオレニルアミン(PhF)、N-2,7-ジクロロ-9-フルオレニルメチレンアミン、N-フェロセニルメチルアミノ(Fcm)、N-2-ピコリルアミノN’-オキシド、N-1,1-ジメチルチオメチレンアミン、N-ベンジリデンアミン、N-p-メトキシベンジリデンアミン、N-ジフェニルメチレンアミン、N-[(2-ピリジル)メシチル]メチレンアミン、N-(N’,N’-ジメチルアミノメチレン)アミン、N,N’-イソプロピリデンジアミン、N-p-ニトロベンジリデンアミン、N-サリシリデンアミン、N-5-クロロサリシリデンアミン、N-(5-クロロ-2-ヒドロキシフェニル)フェニルメチレンアミン、N-シクロヘキシリデンアミン、N-(5,5-ジメチル-3-オキソ-1-シクロヘキセニル)アミン、N-ボラン誘導体、N-ジフェニルボリン酸誘導体、N-[フェニル(ペンタカルボニルクロム-又はタングステン)カルボニル]アミン、N-銅キレート化合物、N-亜鉛キレート化合物、N-ニトロアミン、N-ニトロソアミン、アミンN-オキシド、ジフェニルホスフィンアミド(Dpp)、ジメチルチオホスフィンアミド(Mpt)、ジフェニルチオホスフィンアミド(Ppt)、ジアルキルホスホロアミド酸、ホスホロアミド酸ジベンジル、ホスホロアミド酸ジフェニル、ベンゼンスルフェンアミド、o-ニトロベンゼンスルフェンアミド(Nps)、2,4-ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、2-ニトロ-4-メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、3-ニトロピリジンスルフェンアミド(Npys)、p-トルエンスルホンアミド(Ts)、ベンゼンスルホンアミド、2,3,6,-トリメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mtr)、2,4,6-トリメトキシベンゼンスルホンアミド(Mtb)、2,6-ジメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Pme)、2,3,5,6-テトラメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mte)、4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mbs)、2,4,6-トリメチルベンゼンスルホンアミド(Mts)、2,6-ジメトキシ-4-メチルベンゼンスルホンアミド(iMds)、2,2,5,7,8-ペンタメチルクロマン-6-スルホンアミド(Pmc)、メタンスルホンアミド(Ms)、β-トリメチルシリルエタンスルホンアミド(SES)、9-アントラセンスルホンアミド、4-(4’,8’-ジメトキシナフチルメチル)ベンゼンスルホンアミド(DNMBS)、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド、及びフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
好適に保護されたカルボン酸としてはさらに、シリル-、アルキル-、アルケニル-、アリール-、及びアリールアルキル保護されたカルボン酸が挙げられるが、これらに限定されない。好適なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。好適なアルキル基の例としては、メチル、ベンジル、p-メトキシベンジル、3,4-ジメトキシベンジル、トリチル、t-ブチル、テトラヒドロピラン-2-イルが挙げられる。好適なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。好適なアリール基の例としては、任意選択により置換されたフェニル、ビフェニル、又はナフチルが挙げられる。好適なアリールアルキル基の例としては、任意選択により置換されたベンジル(例えば、p-メトキシベンジル(MPM)、3,4-ジメトキシベンジル、O-ニトロベンジル、p-ニトロベンジル、p-ハロベンジル、2,6-ジクロロベンジル、p-シアノベンジル)、並びに2-及び4-ピコリルが挙げられる。
好適なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシルメチル(MOM)、メチルチオメチル(MTM)、t-ブチルチオメチル,(フェニルジメチルシリル)メトキシメチル(SMOM)、ベンジルオキシメチル(BOM)、p-メトキシベンジルオキシメチル(PMBM)、(4-メトキシフェノキシ)メチル(p-AOM)、グアヤコールメチル(GUM)、t-ブトキシメチル、4-ペンテニルオキシメチル(POM)、シロキシメチル、2-メトキシエトキシメチル(MEM)、2,2,2-トリクロロエトキシメチル、ビス(2-クロロエトキシ)メチル、2-(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEMOR)、テトラヒドロピラニル(THP)、3-ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、1-メトキシシクロヘキシル、4-メトキシテトラヒドロピラニル(MTHP)、4-メトキシテトラヒドロチオピラニル、4-メトキシテトラヒドロチオピラニル S,S-ジオキシド、1-[(2-クロロ-4-メチル)フェニル]-4-メトキシピペリジン-4-イル(CTMP)、1,4-ジオキサン-2-イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、2,3,3a,4,5,6,7,7a-オクタヒドロ-7,8,8-トリメチル-4,7-メタノベンゾフラン-2-イル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、1-メチル-1-メトキシエチル、1-メチル-1-ベンジルオキシエチル、1-メチル-1-ベンジルオキシ-2-フルオロエチル、2,2,2-トリクロロエチル、2-トリメチルシリルエチル、2-(フェニルセレニル)エチル、t-ブチル、アリル、p-クロロフェニル、p-メトキシフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、p-メトキシベンジル、3,4-ジメトキシベンジル、o-ニトロベンジル、p-ニトロベンジル、p-ハロベンジル、2,6-ジクロロベンジル、p-シアノベンジル、p-フェニルベンジル、2-ピコリル、4-ピコリル、3-メチル-2-ピコリルN-オキシド、ジフェニルメチル、p,p’-ジニトロベンズヒドリル、5-ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α-ナフチルジフェニルメチル、p-メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ(p-メトキシフェニル)フェニルメチル、トリ(p-メトキシフェニル)メチル、4-(4’-ブロモフェナシルオキシフェニル)ジフェニルメチル、4,4’,4’’-トリス(4,5-ジクロロフタルイミドフェニル)メチル、4,4’,4’’-トリス(レブリノイルオキシフェニル)メチル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシフェニル)メチル、3-(イミダゾール-1-イル)ビス(4’,4’’-ジメトキシフェニル)メチル、1,1-ビス(4-メトキシフェニル)-1’-ピレニルメチル、9-アントリル、9-(9-フェニル)キサンテニル、9-(9-フェニル-10-オキソ)アントリル、1,3-ベンゾジチオラン-2-イル、ベンゾイソチアゾリルS,S-ジオキシド、トリメチルシリル(TMS)、トリエチルシリル(TES)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル(IPDMS)、ジエチルイソプロピルシリル(DEIPS)、ジメチルテキシルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ-p-キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル(DPMS)、t-ブチルメトキシフェニルシリル(TBMPS)、ギ酸塩、ベンゾイルギ酸塩、酢酸塩、クロロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩、トリクロロ酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メトキシ酢酸塩、トリフェニルメトキシ酢酸塩、フェノキシ酢酸塩、p-クロロフェノキシ酢酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、4-オキソペンタン酸塩(レブリナート)、4,4-(エチレンジチオ)ペンタン酸塩(レブリノイルジチオアセタール)、ピバロアート、アダマノアート、クロトナート、4-メトキシクロトナート、安息香酸塩、p-フェニル安息香酸塩、2,4,6-トリメチル安息香酸塩(メシトアート)、炭酸アルキルメチル、炭酸9-フルオレニルメチル(Fmoc)、炭酸アルキルエチル、炭酸アルキル2,2,2-トリクロロエチル(Troc)、炭酸2-(トリメチルシリル)エチル(TMSEC)、炭酸2-(フェニルスルホニル)エチル(Psec)、炭酸2-(トリフェニルホスホニオ)エチル(Peoc)、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルp-ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルp-メトキシベンジル、炭酸アルキル3,4-ジメトキシベンジル、炭酸アルキルo-ニトロベンジル、炭酸アルキルp-ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルS-ベンジル、炭酸4-エトキシ-1-ナフトチル(napththyl)、ジチオ炭酸メチル、2-ヨードベンゾアート、4-アジドブチラート、4-ニトロ-4-メチルペンタノアート、o-(ジブロモメチル)ベンゾアート、2-ホルミルベンゼンスルホナート、2-(メチルチオメトキシ)エチル、4-(メチルチオメトキシ)ブチラート、2-(メチルチオメトキシメチル)ベンゾアート、2,6-ジクロロ-4-メチルフェノキシアセタート、2,6-ジクロロ-4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシアセタート、2,4-ビス(1,1-ジメチルプロピル)フェノキシアセタート、クロロジフェニルアセタート、イソブチラート、モノスクシナート、(E)-2-メチル-2-ブテノアート、o-(メトキシカルボニル)ベンゾアート、α-ナフトアート、ニトラート、アルキルN,N,N’,N’-テトラメチルホスホロジアミダート、N-フェニルカルバミン酸アルキル、ボラート、ジメチルホスフィノチオイル、2,4-ジニトロフェニルスルフェン酸アルキル、スルファート、メタンスルホン酸塩(メシラート)、ベンジルスルホナート、トシラート(Ts)が挙げられる。1,2-又は1,3-ジオールを保護するために、保護基は、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、1-t-ブチルエチリデンケタール、1-フェニルエチリデンケタール、(4-メトキシフェニル)エチリデンアセタール、2,2,2-トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、p-メトキシベンジリデンアセタール、2,4-ジメトキシベンジリデンケタール、3,4-ジメトキシベンジリデンアセタール、2-ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、1-メトキシエチリデンオルトエステル、1-エトキシエチリデンオルトエステル、1,2-ジメトキシエチリデンオルトエステル、α-メトキシベンジリデンオルトエステル、1-(N,N-ジメチルアミノ)エチリデン誘導体、α-(N,N’-ジメチルアミノ)ベンジリデン誘導体、2-オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ-t-ブチルシリレン基(DTBS)、1,3-(1,1,3,3-テトライソプロピルジシロキサニリデン)誘導体(TIPDS)、テトラ-t-ブトキシジシロキサン-1,3-ジイリデン誘導体(TBDS)、環状カルボナート、環状ボロナート、ボロン酸エチル、及びボロン酸フェニルを含む。
いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、t-ブチル、tブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、2-トリメチルシリルエチル、p-クロロフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p-フェニルベンゾイル、2,6-ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p-ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’-ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフィウオロアセチル(trifiuoroacetyl)、ピバロイル、炭酸9-フルオレニルメチル、メシラート、トシラート、トリフラート、トリチル、モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’-ジメトキシトリチル、(DMTr)及び4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、2-シアノエチル(CE又はCne)、2-(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2-(2-ニトロフェニル)エチル、2-(4-シアノフェニル)エチル 2-(4-ニトロフェニル)エチル(NPE)、2-(4-ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5-ジクロロフェニル、2,4-ジメチルフェニル、2-ニトロフェニル、4-ニトロフェニル、2,4,6-トリメチルフェニル、2-(2-ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、2-(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2-(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9-フェニルキサンテン-9-イル(ピクシル)又は9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)である。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル及び4,4’-ジメトキシトリチルから選択される。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル基は、トリチル、モノメトキシトリチル及び4,4’-ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、リン結合保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体にわたってリン結合(例えば、ヌクレオチド間結合)に結合される基である。いくつかの実施形態では、保護基は、ホスホロチオエート基の硫黄原子に結合される。いくつかの実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に結合される。いくつかの実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間リン結合の酸素原子に結合される。いくつかの実施形態では、保護基は、2-シアノエチル(CE又はCne)、2-トリメチルシリルエチル、2-ニトロエチル、2-スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o-ニトロベンジル、2-(p-ニトロフェニル)エチル(NPE又はNpe)、2-フェニルエチル、3-(N-tert-ブチルカルボキサミド)-1-プロピル、4-オキソペンチル、4-メチルチオ-l-ブチル、2-シアノ-1,1-ジメチルエチル、4-N-メチルアミノブチル、3-(2-ピリジル)-1-プロピル、2-[N-メチル-N-(2-ピリジル)]アミノエチル、2-(N-ホルミル,N-メチル)アミノエチル、又は4-[N-メチル-N-(2,2,2-トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。
対象:本明細書で使用する場合、用語「対象」又は「試験対象」は、提供される化合物(例えば、提供されるオリゴヌクレオチド)又は組成物が、本開示に従って、例えば、実験、診断、予防及び/又は治療のために投与される任意の生物体を指す。典型的な対象としては、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳動物;昆虫;寄生虫など)及び植物が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害及び/又は状態に罹患している場合があり及び/又はそれになりやすい場合がある。
実質的に:本明細書で使用する場合、用語「実質的に」は、目的の特徴又は特性の全体的な又はほぼ全範囲若しくは程度を示す定性的条件を指す。第2の配列と実質的に同一な塩基配列は、第2の配列と同一ではないが、第2の配列とおおよそ又はほぼ同一である。加えて、生物学及び/又は化学分野の当業者は、生物学的及び化学的事象が完了に到り及び/又は完全になるまで進行するか、又は絶対的な結果を達成若しくは回避することが、たとえあったとしても極めて稀であることを理解するであろう。したがって、本明細書で使用される「実質的に」という用語は、多くの生物学的及び/又は化学的事象に固有の完全性の潜在的欠如をとらえるために使用される。
糖:用語「糖」は、閉鎖型及び/又は開放型の単糖又は多糖を指す。いくつかの実施形態では、糖は、単糖類である。いくつかの実施形態では、糖は、多糖類である。糖としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、及びヘキソピラノース部分が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用する場合、用語「糖」はまた、グリコール、核酸類似体の骨格を形成するポリマー、グリコール核酸(「GNA」)などの従来の糖分子の代わりに使用される構造的類似体も包含する。本明細書で使用する場合、用語「糖」はまた、修飾された糖などの天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体も包含する。いくつかの実施形態では、糖は、RNA又はDNA糖(リボース又はデオキシリボース)である。いくつかの実施形態では、糖は、修飾されたリボース又はデオキシリボース糖、例えば、2’-修飾、5’-修飾などである。本明細書で記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び/又は核酸において使用されるとき、修飾された糖は、1つ以上の所望の特性、活性などを提供し得る。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、「糖」は、オリゴヌクレオチド又は核酸における糖単位を指す。
~になりやすい:疾患、障害及び/又は状態「~になりやすい」個体は、一般の個体よりも疾患、障害及び/又は状態を発症するリスクが高い個体である。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び/又は状態を有する素因を有する。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び/又は状態と診断されていない場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び/又は状態の症状を示す場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び/又は状態の症状を示さない場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態を発症することになる。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態を発症しないことになる。
治療剤:本明細書で使用する場合、用語「治療剤」は一般に、対象に投与されるときに所望の効果(例えば、所望の生物学的、臨床的、又は薬理学的効果)を誘発する任意の薬剤を指す。いくつかの実施形態では、薬剤は、それが適切な集団全体にわたって統計的に有意な効果を示す場合、治療剤であるとみなされる。いくつかの実施形態では、適切な集団は、疾患、障害又は状態に罹患し及び/又はそれになりやすい対象の集団である。いくつかの実施形態では、適切な集団は、モデル生物の集団である。いくつかの実施形態では、適切な集団は、療法を受ける前に、年齢群、性別、遺伝的背景、既存の臨床状態などの1つ以上の判断基準によって定義され得る。いくつかの実施形態では、治療剤は、有効量で対象に投与されるときに、対象の疾患、障害、及び/又は状態の1つ以上の症状又は特徴を軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び/又はその発生率を減少させる物質である。いくつかの実施形態では、「治療剤」は、それがヒトへの投与のために上市され得る前に政府機関によって承認されているか又は承認されることが要求されている薬剤である。いくつかの実施形態では、「治療剤」は、処方箋がヒトへの投与のために要求される薬剤である。いくつかの実施形態では、治療剤は、提供される化合物、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドである。
治療有効量:本明細書で使用する場合、用語「治療有効量」は、治療レジメンの一部として投与されるときに所望の生物学的応答を誘発する物質(例えば、治療剤、組成物、及び/又は製剤)の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害、及び/又は状態に罹患しているか又はそれになりやすい対象に投与されるとき、疾患、障害、及び/又は状態を治療し、診断し、予防し、及び/又はその発症を遅らせるのに十分な量である。当業者によって理解されるとおり、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達されることになる物質、標的細胞又は組織などのような要因に応じて変動し得る。例えば、疾患、障害、及び/又は状態を治療するための製剤中の化合物の有効量は、疾患、障害、及び/又は状態の1つ以上の症状又は特徴を軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び/又はその発生率を減少させる量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、単一用量で投与され:いくつかの実施形態では、複数単位の用量は、治療有効量を送達するために必要となる。
治療する:本明細書で使用する場合、用語「治療する」、「治療」、又は「治療すること」は、疾患、障害、及び/又は状態の1つ以上の症状又は特徴を部分的に又は完全に軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び/又はその発生率を減少させるために使用される任意の方法を指す。治療は、疾患、障害、及び/又は状態の徴候を示さない対象に施されてもよい。いくつかの実施形態では、治療は、例えば、疾患、障害、及び/又は状態と関連する病変を発症するリスクを減少させるために、疾患、障害、及び/又は状態の極めて早期の徴候を示す対象に施されてもよい。
単位用量:用語「単位用量」は、本明細書で使用する場合、単回用量として投与される及び/又は物理的に個別の単位で投与される医薬組成物の量を指す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性剤を含む。いくつかの実施形態では、単位用量は、その薬剤の単回用量全てを含有する。いくつかの実施形態では、単回用量総量を達成するために2単位用量以上が投与される。いくつかの実施形態では、意図される効果を達成するために複数の単位用量の投与が必要になるか又は必要になると予想される。単位用量は、例えば、所定分量の1つ以上の治療用薬剤を含有するある容積の液体(例えば、許容される担体)、固体形態の所定量の1つ以上の治療用薬剤、所定量の1つ以上の治療用薬剤を含有する徐放製剤又は薬物送達デバイスなどであり得る。単位用量は、治療剤に加えて様々な構成成分のいずれかを含む製剤中に存在する場合があることが理解されるであろう。例えば、許容される担体(例えば、薬学的に許容される担体)、希釈剤、安定剤、緩衝液、保存剤などが、以下に記載されるとおりに含まれ得る。当業者であれば、多くの実施形態において、特定の治療薬の適切な1日総投与量が、一部の単位用量又は複数の単位用量を含み得ること、これが、信頼できる医学的判断の範囲内で担当医により決定され得ることは理解されよう。いくつかの実施形態では、いずれか特定の対象又は生物体に対する具体的な有効用量レベルは、治療対象である障害及び障害の重症度、利用される特定の活性化合物の活性;利用される特定の組成物;対象の年齢、体重、健康状態、性別及び食事;利用される特定の活性化合物の投与時間及びその排泄率;治療期間;利用される特定の化合物と組み合わせて若しくは同時に用いられる薬物及び/又は追加療法並びに医学分野でよく知られる類似要因を含め、様々な要因に応じて変動し得る。
不飽和:用語「不飽和」は、本明細書で使用する場合、部分が1つ以上の単位の不飽和を有することを意味する。
野生型:本明細書で使用する場合、用語「野生型」は、その当技術分野で理解される意味を有し、これは「正常な」(変異体、病気、変化などとは対照的に)状態又は文脈において天然に見出されるとおりの構造及び/又は活性を有する実体を指す。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが、複数の異なる形態(例えば、アレル)において存在する場合が多いことを理解するであろう。
当業者が理解するとおり、提供される化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)に関連する本明細書に記載される方法及び組成物は一般に、そのような化合物の薬学的に許容される塩にも適用される。
ある特定の実施形態の説明
オリゴヌクレオチドは、多種多様の適用のための有用なツールである。例えば、オリゴヌクレオチドは、様々な治療、診断、及び研究適用に有用である。天然に存在する核酸(例えば、非修飾DNA又はRNA)の使用は、例えば、エンド及びエキソヌクレアーゼに対するその感受性によって制限される。そのため、様々な合成対応物は、これらの欠点を回避し及び/又は様々な特性及び活性をさらに向上させるために開発されている。これらは、特に、これらの分子の分解に対する感受性を少なくし、且つ他の特性及び/又は活性を向上させることができる化学修飾、例えば、塩基修飾、糖修飾、骨格修飾などを含有する合成オリゴヌクレオチドを含む。構造的な観点から、ヌクレオチド間結合に対する修飾は、キラリティーを導入することができ、ある特定の特性は、オリゴヌクレオチドの結合リン原子の配置によって影響され得る。例えば、結合親和性、相補的RNAに対する配列特異的結合、ヌクレアーゼに対する安定性、標的核酸の切断、送達、薬物動態などは、骨格結合リン原子のキラリティーによって影響され得る。
とりわけ、本開示は、様々な構造的要素及び/又はそのパターン(例えば、修飾された糖、修飾されたヌクレオチド間結合、糖のパターン、ヌクレオチド間結合のパターン、骨格結合リンのパターン、追加の化学的部分など)を含む技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など)を提供する。オリゴヌクレオチドにおける様々な構造的要素の組み込み及び制御により、本開示は、例えば、治療剤、プローブなどとしての様々な適用のための向上した及び/又は新規の特性及び/又は活性を有するオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおりの1つ以上の修飾された糖及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、様々なヌクレオチド間結合のオリゴヌクレオチドは、独立してキラル制御される。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドが様々な修飾された糖(例えば、糖は窒素原子及び/又は非環式糖を含有する)及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、窒素原子に結合された結合リン原子を有するもの、-C(O)-が窒素原子に結合される-C(O)-O-又は-C(O)-N(R’)-のもの又はそれを含むもの)を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。

修飾された糖を含む様々な糖が、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドに組み込まれるとき、向上した特性及び/又は活性を提供することができる他の構造的要素(例えば、ヌクレオチド間結合修飾及びそのパターン、その骨格のキラル中心のパターンなど)と任意選択により組み合わせて糖修飾及びそのパターンを提供する。
最も一般的な天然に存在するヌクレオシドは、核酸塩基アデノシン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)又はウラシル(U)に連結されたリボース糖(例えば、RNAにおいて)又はデオキシリボース糖(例えば、DNAにおいて)を含む。いくつかの実施形態では、糖は、天然のDNA糖(
Figure 2023526975000011

(核酸塩基は、1’位に結合され、3’及び5’位は、ヌクレオチド間結合に連結され(当業者によって理解されるとおり)、オリゴヌクレオチドの5’末端の場合、5’位は、5’末端基(例えば、別段の指定がない限り典型的には-OH)に連結され得るし、オリゴヌクレオチドの3’末端の場合、3’位は、3’末端基(例えば、別段の指定がない限り典型的には-OH)に連結され得る)の構造を有するDNA核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて)である。いくつかの実施形態では、糖は、天然のRNA糖(
Figure 2023526975000012

(核酸塩基は、1’位に結合され、3’及び5’位は、ヌクレオチド間結合に連結され(当業者によって理解されるとおり)、オリゴヌクレオチドの5’末端の場合、5’位は、5’末端基(例えば、別段の指定がない限り典型的には-OH)に連結され得るし、オリゴヌクレオチドの3’末端の場合、3’位は、3’末端基(例えば、別段の指定がない限り典型的には-OH)に連結され得る)の構造を有するRNA核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて)である。いくつかの実施形態では、糖は、それが天然のDNA糖又は天然のRNA糖ではないという点で修飾された糖である。特に、修飾された糖は、向上した安定性を提供し得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、1つ以上のハイブリダイゼーション特性を変化させ及び/又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、標的認識を変化させ及び/又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Tmを最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、オリゴヌクレオチド活性を向上させるために利用され得る。糖は、様々な位置でヌクレオチド間結合に結合され得る。非限定的な例として、ヌクレオチド間結合は、リボース糖の2’、3’、4’、又は5’位に結合され得る。いくつかの実施形態では、天然の核酸において最も一般的であるように、ヌクレオチド間結合は、別段の指示がない限り、5’位で一方の糖と3’位でもう一方の糖と連結する。
いくつかの実施形態では、本開示は、窒素を含む修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、窒素を含む糖、及び独立して且つ任意選択により本明細書に記載されるとおりに修飾されるデオキシリボース糖(例えば、R2sなどの2’-修飾、2’-炭素と他の位置の炭素(例えば、4’-炭素)の間に架橋を含む二環式糖)の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、窒素を含む糖は、窒素原子を介してヌクレオチド間結合に結合される。いくつかの実施形態では、窒素に結合されたヌクレオチド間結合は、-P(-X-R)-Z-の構造を有する。いくつかの実施形態では、窒素に結合されたヌクレオチド間結合は、-C(O)-O-の構造を有する。いくつかの実施形態では、窒素に結合されたヌクレオチド間結合は、-C(O)-N(R’)-の構造を有する。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000013

(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、ヌクレオチド間結合、例えば、窒素で-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-、又は-C(O)-N(R’)-の構造を有するヌクレオチド間結合に結合される。いくつかの実施形態では、環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~10員、単環式、二環式又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環Aは、窒素に加えて0~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式環である。いくつかの実施形態では、環Aは、窒素に加えて1個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式環である。いくつかの実施形態では、1個のヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、環Aは、飽和である。いくつかの実施形態では、環Aは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000014

である。いくつかの実施形態では、Lは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、Lは、-CH-である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000015

である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000016

である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000017

である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000018

である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000019

(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000020

である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000021

である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、Asm01、Tsm01、Csm01、Gsm01であり、糖は、
Figure 2023526975000022

(例えば、Gsm01
Figure 2023526975000023

)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1個以上(例えば、1~20、1~15、1~10、1~8、1~5、1~4、1~3、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)のsm01を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下のsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下の連続的なsm01を含有する。いくつかの実施形態では、1個以上のsm01は、それぞれ独立して、その窒素原子で結合に結合され、その結合リンは別の窒素に結合される(例えば、sm01n001の場合)。いくつかの実施形態では、各sm01は、独立して、その窒素原子で結合に結合され、その結合リンは別の窒素に結合される(例えば、sm01n001の場合)。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖である。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-LSA1-LSA2(-LSA3-)-LSA4-b’の構造を有し、LSA1、LSA3、及びLSA4の各々は、独立して、任意選択により置換された二価C1~4脂肪族又は1~3個のヘテロ原子を有するC1~4脂肪族であり、LSA2は、任意選択により置換されたCH又はNである。いくつかの実施形態では、LSA1、LSA3、及びLSA4の各々は、独立して、任意選択により置換された二価C1~2脂肪族又は1~2個のヘテロ原子を有するC1~2脂肪族である。いくつかの実施形態では、LSA3は、核酸塩基に結合される。いくつかの実施形態では、LSA1は、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA1は、-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA1は、-CH(CH)-である。いくつかの実施形態では、LSA1は、任意選択により置換された-CHCH-である。いくつかの実施形態では、LSA1は、-CHCH-である。いくつかの実施形態では、LSA1は、任意選択により置換された-CHNH-である。いくつかの実施形態では、LSA1は、-CHNH-である。いくつかの実施形態では、LSA2は、任意選択により置換されたCHである。いくつかの実施形態では、LSA2は、任意選択により置換されたNである。いくつかの実施形態では、LSA3は、任意選択により置換された-O-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA3は、-O-CH(CH)-である。いくつかの実施形態では、LSA3は、-O-CH(CHOH)-である。いくつかの実施形態では、LSA3は、任意選択により置換された-C(O)-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA3は、-C(O)-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、-CH-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、-CH(CH)-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、任意選択により置換された-CHCH-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、-CHCH-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、任意選択により置換された-CHNH-である。いくつかの実施形態では、LSA4は、-CHNH-である。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-LSA3-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、LSA3は、-O-CH-であり、式中、CHは、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH(CH)-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH(CH)-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH(CH)-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH(CH)-)-CH-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH(CHOH)-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH(CHOH)-)-CH-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-NHR’-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-NHR’-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-NH-b’の構造を有し、CH、NH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-CH(O-CH-)-CH-NH-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-N[-C(O)-CH-]-CHCH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々は、独立して、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、非環式糖は、a’-CH-N[-C(O)-CH-]-CHCH-b’の構造を有する。いくつかの実施形態では、a’は、5’末端である。いくつかの実施形態では、b’は、5’末端である。
いくつかの実施形態では、非環式糖は、
Figure 2023526975000024

である。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、Asm04、Tsm04、Csm04、Gsm04であり、糖は、
Figure 2023526975000025

(例えば、Usm04
Figure 2023526975000026

である。いくつかの実施形態では、非環式糖は、
Figure 2023526975000027

(例えば、
Figure 2023526975000028

の場合)である。いくつかの実施形態では、非環式糖は、
Figure 2023526975000029

(例えば、
Figure 2023526975000030

の場合)である。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000031

の構造を有し、X4sは、-O-又は-N(R4s)であり、R1s、R2s、R3s、R4s、R5s及びR6sの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、X4sは、-N(R4s)-である。いくつかの実施形態では、X4sは、-NH-である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000032

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000033

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000034

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000035

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000036

(式中、R2sは、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、
Figure 2023526975000037

(式中、R2sは、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。
様々な型の糖が、本開示に従って利用され得る。窒素及び/又は非環式糖を含む糖は通常、他の型の糖、例えば、1つ以上の天然の糖(いくつかの実施形態では、天然のDNA糖)及び典型的な天然のDNA又はRNA糖ではない1つ以上の他の型の修飾された糖(例えば、置換された
Figure 2023526975000038

)とともに利用される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の天然のRNA糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換された天然のDNA又はRNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000039

である。いくつかの実施形態では、2’位は、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000040

である。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000041

の構造を有し、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、-、好適な置換基又は好適な糖修飾(例えば、各々の置換基、糖修飾、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの記述、並びに修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるもの)である。いくつかの実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、Rであり、各Rは、独立して、-H、-F、-Cl、-Br、-I、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’、又は-O-L-N(R’)であり、各R’は、独立して、本明細書に記載されるとおりであり、各Lは、独立して、共有結合又は任意選択により置換された二価C1~6脂肪族若しくは1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族であるか;又は2つのRを合わせて、架橋-L-を形成する。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000042

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000043

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000044

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000045

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000046

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000047

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000048

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000049

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000050

の構造を有する。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、R5sは、メチルである。いくつかの実施形態において、糖は、
Figure 2023526975000051

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000052

の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000053

の構造を有する。いくつかの実施形態では、R4sは、-Hである。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000054

(式中、R2sは、-H、ハロゲン、又は-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、fA、fT、fC、fG、fUなどであり、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、mA、mT、mC、m5mC、mG、mUなどであり、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OCHCHOMeである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueoなどであり、R2sは、-OCHCHOMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OCHCHOHである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000055

(例えば、fA、fT、fC、f5mC、fG、fUなどの場合)の構造を有する2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000056

(例えば、mA、mT、mC、m5mC、mG、mUなどの場合)の構造を有する2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000057

(例えば、Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueoなど)の構造を有する2’-MOE修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2023526975000058

(式中、R2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、Lは、共有結合又は任意選択により置換された二価のC1~6脂肪族若しくは1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、窒素、酸素又は硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、Lは、任意選択により置換されたC2-O-CH-C4である。いくつかの実施形態では、Lは、C2-O-CH-C4である。いくつかの実施形態では、Lは、C2-O-(R)-CH(CHCH)-C4である。いくつかの実施形態では、Lは、C2-O-(S)-CH(CHCH)-C4である。
いくつかの実施形態では、糖は、5’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、1つのR5sは、Rであり、ここで、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、それは、5’-(R)-メチルである。いくつかの実施形態では、それは、5’-(S)-メチルである。
いくつかの実施形態では、糖は、二環式糖、例えば、R2s及びR4sを合わせて、本開示に記載されるとおりの結合を形成する糖である。いくつかの実施形態では、糖は、LNA糖、BNA糖、cEt糖などから選択される。いくつかの実施形態では、架橋は、2’と4’-炭素原子(それらの介在原子と合わせて、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換された環を形成するために合わせられたR2s及びR4sに対応する)の間にある。いくつかの実施形態では、二環式糖の例としては、アルファ-L-メチレンオキシ(4’-CH-O-2’)LNA、ベータ-D-メチレンオキシ(4’-CH-O-2’)LNA,エチレンオキシ(4’-(CH-O-2’)LNA、アミノオキシ(4’-CH-O-N(R)-2’)LNA、及びオキシアミノ(4’-CH-N(R)-O-2’)LNAが挙げられる。いくつかの実施形態では、二環式糖、例えば、LNA又はBNA糖は、2つの糖炭素の間に少なくとも1つの架橋を有する糖である。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の二環式糖は、アルファ-L-リボフラノース又はベータ-D-リボフラノースの立体化学的配置を有し得る。いくつかの実施形態では、糖は、国際公開第1999014226号に記載される糖である。いくつかの実施形態では、4’-2’二環式糖又は4’から2’への二環式糖は、フラノース環を含む二環式糖であり、これは、糖環の2’炭素原子と4’炭素原子を連結する架橋を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖、例えば、LNA又はBNA糖は、2つのペントフラノシル糖炭素の間に少なくとも1つの架橋を含む。いくつかの実施形態では、LNA又はBNA糖は、4’と2’ペントフラノシル糖炭素の間に少なくとも1つの架橋を含む。
いくつかの実施形態では、二環式糖は、アルファ-L-メチレンオキシ(4’-CH-O-2’)BNA、ベータ-D-メチレンオキシ(4’-CH-O-2’)BNA、エチレンオキシ(4’-(CH-O-2’)BNA、アミノオキシ(4’-CH-O-N(R)-2’)BNA、オキシアミノ(4’-CH-N(R)-O-2’)BNA、メチル(メチレンオキシ)(4’-CH(CH)-O-2’)BNA(拘束エチル又はcEtとも称される)、メチレン-チオ(4’-CH-S-2’)BNA、メチレン-アミノ(4’-CH-N(R)-2’)BNA、メチル炭素環式(4’-CH-CH(CH)-2’)BNA、プロピレン炭素環式(4’-(CH-2’)BNA、又はビニルBNAの糖である。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、2’-OMe、2’-MOE、2’-LNA、2’-F、5’-ビニル、又はS-cEtである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、FRNA、FANA、又はモルホリノの糖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、核酸類似体、例えば、GNA、LNA、PNA、TNA、F-HNA(F-THP又は3’-フルオロテトラヒドロピラン)、MNA(マンニトール核酸、例えば、Leumann 2002 Bioorg.Med.Chem.10:841-854)、ANA(アニトール核酸)、若しくはモルホリノ、又はその部分を含む。いくつかの実施形態では、糖修飾は、天然の糖を別の環式又は非環式部分で置き換える。そのような部分の例は、モルホリノ、グリコール核酸において使用されるものなど、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。当業者によって理解されるとおり、修飾された糖とともに利用されるとき、いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、例えば、モルホリノ、PNAなどのように修飾され得る。
いくつかの実施形態では、糖は、6位で(R)又は(S)-キラリティーのいずれかを有する6’-修飾された二環式糖、例えば、米国特許第7399845号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、糖は、5位で(R)又は(S)-キラリティーのいずれかを有する5’-修飾された二環式糖、例えば、米国特許出願公開第20070287831号に記載されるものである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、-F;-CF、-CN、-N、-NO、-NO、-OR’、-SR’、又は-N(R’)(式中、各R’は、独立して、任意選択により置換されたC1~10脂肪族である);-O-(C~C10アルキル)、-S-(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキル)、又は-N(C~C10アルキル);-O-(C~C10アルケニル)、-S-(C~C10アルケニル)、-NH-(C~C10アルケニル)、又は-N(C~C10アルケニル);-O-(C~C10アルキニル)、-S-(C~C10アルキニル)、-NH-(C~C10アルキニル)、又は-N(C~C10アルキニル);又は-O-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)、-O-(C~C10アルキレン)-NH-(C~C10アルキル)若しくは-O-(C~C10アルキレン)-NH(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)、又は-N(C~C10アルキル)-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルの各々は、独立して且つ任意選択により、置換される)から独立して、選択される2’位での1つ以上の置換基(典型的には1つの置換基、及び多くの場合アキシャルな位置で)を含有する。いくつかの実施形態では、置換基は、-O(CHOCH、-O(CHNH、MOE、DMAOE、又はDMAEOE(式中、nは、1~約10である)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、国際公開第2001/088198号;及びMartin et al., Helv.Chim.Acta, 1995, 78, 486-504に記載されるものである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、置換されたシリル基、RNA切断基、レポーター基、蛍光標識、干渉物質、核酸の薬物動態特性を向上させるための基、核酸の薬力学的特性を向上させるための基、又は同様の特性を有する他の置換基から選択される1つ以上の基を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、3’末端ヌクレオシドの糖の3’位又は5’末端ヌクレオシドの5’位を含む2’、3’、4’、又は5’位の1つ以上でなされる。
いくつかの実施形態では、リボースの2’-OHは、-H、-F;-CF、-CN、-N、-NO、-NO、-OR’、-SR’、又は-N(R’)(式中、各R’は、独立して、本開示に記載される);-O-(C~C10アルキル)、-S-(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキル)、又は-N(C~C10アルキル);-O-(C~C10アルケニル)、-S-(C~C10アルケニル)、-NH-(C~C10アルケニル)、又は-N(C~C10アルケニル);-O-(C~C10アルキニル)、-S-(C~C10アルキニル)、-NH-(C~C10アルキニル)、又は-N(C~C10アルキニル);又は-O-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)、-O-(C~C10アルキレン)-NH-(C~C10アルキル)若しくは-O-(C~C10アルキレン)-NH(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)、又は-N(C~C10アルキル)-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルの各々は、独立して且つ任意選択により、置換される)から選択される基で置き換えられる。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-Hで置き換えられる(デオキシリボース)。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-Fで置き換えられる。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-OR’で置き換えられる。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-OMeで置き換えられる。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-OCHCHOMeで置き換えられる。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、2’-修飾である。一般に用いられる2’-修飾は、限定はされないが、2’-ORを含み、ここで、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、S-cEtである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、LNA糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、-Fである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、FANAである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、FRNAである。いくつかの実施形態では、糖修飾は、5’-修飾、例えば、5’-Meである。いくつかの実施形態では、糖修飾は、糖環のサイズを変化させる。いくつかの実施形態では、糖修飾は、FHNAにおける糖部分である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-Fである。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、糖部分を別の環式又は非環式部分で置き換える。そのような部分の例は、当技術分野で広く知られており、モルホリノ(任意選択により、そのホスホロジアミデート結合を伴う)、グリコール核酸などにおいて使用されるものが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の5%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の10%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の15%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の20%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の25%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の30%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の35%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の40%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の45%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の50%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の55%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の60%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の65%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の70%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の75%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の80%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の85%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の90%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の95%以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれの糖は、独立して修飾される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-ORである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、LNA糖修飾である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-Fである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-修飾である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-Fである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-Fであり、少なくとも1つは、2’-Fである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルであり、少なくとも1つは、2’-ORである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、少なくとも1つは、2’-Fであり、少なくとも1つは、2’-ORである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルであり、少なくとも1つは、2’-Fであり、少なくとも1つは、2’-ORである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-ORである。いくつか糖実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである)である。いくつか糖実施形態では、それぞれの糖修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OMe又は2’-MOEである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OMe、2’-MOE、又はLNA糖である。
いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、2’-F又は2’-OR修飾(式中、Rは、独立して、C1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、Rは、-CHである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-第1の領域-第2の領域-第3の領域の構造であるか又はそれを含み、その各々は、独立して、1個以上(例えば、1~30、例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20)の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第1の領域は、2個以上(例えば、2~10、例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第2の領域は、2個以上(例えば、2~20、5~20、6~20、7~20、8~20、例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20)の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第3の領域は、2個以上(例えば、2~10、例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)の核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける1個以上(1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、若しくは25、又はそれ以上)の糖は、2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%は、2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、領域の各々は、独立して、2’-F修飾を含む1個以上(1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、若しくは25、又はそれ以上)の糖を含む。いくつかの実施形態では、領域の各々における全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%は、独立して、2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はある領域における2’-F修飾された糖の数は、2以上である。いくつかの実施形態では、それは、3以上である。いくつかの実施形態では、それは、4以上である。いくつかの実施形態では、それは、5以上である。いくつかの実施形態では、それは、6以上である。いくつかの実施形態では、それは、7以上である。いくつかの実施形態では、それは、8以上である。いくつかの実施形態では、それは、9以上である。いくつかの実施形態では、それは、10以上である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はある領域における2’-F修飾された糖のパーセンテージは、50%以上である。いくつかの実施形態では、それは、60%以上である。いくつかの実施形態では、それは、70%以上である。いくつかの実施形態では、それは、80%以上である。いくつかの実施形態では、それは、90%以上である。いくつかの実施形態では、それは、95%以上である。いくつかの実施形態では、それは、100%である。いくつかの実施形態では、2個以上又は全ての2’-F修飾された糖は、連続的である。
いくつかの実施形態では、第1の領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9個、又はそれ以上の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1の領域は、5、6、7、又は8個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1の領域中の全ての糖の50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、第1の領域が2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第1の領域は、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上;いくつかの実施形態では、5個以上)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立してキラル制御され、Spである。いくつかの実施形態では、第1の領域は、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1の領域中のそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1の領域中の1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、第1の領域中のそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Rpである。いくつかの実施形態では、第1の領域中の2個以上又は全ての2’-F修飾された糖は、連続的である。
いくつかの実施形態では、第2の領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9個、又はそれ以上の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2の領域は、5、6、7、又は8個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2の領域中の全ての糖の50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、第2の領域が2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第2の領域は、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上;いくつかの実施形態では、5個以上)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立してキラル制御され、Spである。いくつかの実施形態では、第2の領域は、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2の領域中のそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2の領域中の1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、第2の領域中のそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Rpである。いくつかの実施形態では、第2の領域中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2の領域中の2個以上又は全ての2’-F修飾された糖は、連続的である。いくつかの実施形態では、第2の領域は、2’-F修飾されていない1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上)の糖を含む。いくつかの実施形態では、2’-F修飾されていない1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上)又は全ての糖は、2’-OR修飾される(Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)。いくつかの実施形態では、第2の領域は、交互の2’-F修飾された糖及び2’-OR修飾された糖(Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第2の領域中の1番目の糖(5’から3’)は、2’-OR修飾された糖(Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第2の領域中の最後の糖(5’から3’)は、2’-OR修飾された糖(Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第2の領域中の1番目の糖及び最後の糖の両方は、独立して、2’-OR修飾された糖(Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第3の領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9個、又はそれ以上の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3の領域は、5、6、7、又は8個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3の領域中の全ての糖の50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、第3の領域が2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第3の領域は、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上;いくつかの実施形態では、5個以上)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立してキラル制御され、Spである。いくつかの実施形態では、第3の領域は、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第3の領域中のそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第3の領域中の1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、第3の領域中のそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Rpである。いくつかの実施形態では、第3の領域中の2個以上又は全ての2’-F修飾された糖は、連続的である。
いくつかの実施形態では、1個以上(1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、若しくは25、又はそれ以上)の糖は、2’-F修飾を含む。
とりわけ、2’-F修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドは、スプライシングを調節するのに有用である。いくつかの実施形態では、本開示は、環状又は非環状のいずれかの窒素含有糖を、そのようなオリゴヌクレオチドに、例えば、第1、第2及び/又は第3の領域において組み込むことに対する技術を提供する。本明細書で実証されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の特性(例えば、電荷、送達、分布、結合強度など)を調節し及び/又は最適化するために、ある特定の糖(例えば、窒素を含む糖)及び/又はヌクレオチド間結合(窒素を含むもの)及び/又は追加の化学的部分を有しながら様々な活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNA分子とDNA-RNA二重鎖を形成することができる部分を含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、有用であり、例えば、RNase H関連活性であり得る。
いくつかの実施形態では、第1の領域は、5’-ウィングと称され、第2の領域は、コアと称され、第3の領域は、3’-ウィングと称される。いくつかの実施形態では、ウィングは、コアに存在しない糖修飾又はそのパターンを含む。いくつかの実施形態では、ウィングは、コアに存在しない糖修飾を含む。いくつかの実施形態では、ウィング中のそれぞれの糖は、同じである。いくつかの実施形態では、ウィング中の少なくとも1つの糖は、ウィング中の別の糖と異なる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの第1のウィング(例えば、5’-ウィング)中の1つ以上の糖修飾及び/又は糖修飾のパターンは、オリゴヌクレオチドの第2のウィング(例えば、3’-ウィング)中の1つ以上の糖修飾及び/又は糖修飾のパターンと異なる。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OR修飾(Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~4アルキルである。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、高親和性の糖、例えば、二環式糖(例えば、LNA糖)、2’-MOEなどである。いくつかの実施形態では、5’-ウィングは、2-MOE修飾を含む。いくつかの実施形態では、それぞれの5’-ウィング糖は、2’-MOE修飾される。いくつかの実施形態では、3’-ウィングは、2-OMe修飾を含む。いくつかの実施形態では、それぞれの3’-ウィング糖は、2’-OMe修飾される。
いくつかの実施形態では、ウィングヌクレオシド及びコアヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、コアヌクレオチド間結合とみなされる。
いくつかの実施形態では、ウィングは、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、負に荷電していないヌクレオチド間結合を含むウィングを含むオリゴヌクレオチドは、高い活性及び/又は選択性で送達することができる。
いくつかの実施形態では、コアの糖は、2’位で置換を含まない(2’-炭素で2つの-H)天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、それぞれのコアの糖は、2’位で置換を含まない(2’-炭素で2つの-H)天然のDNA糖である。
いくつかの実施形態では、それぞれのウィング及びコアは、独立して且つ任意選択により、本明細書に記載されるとおりの窒素を含む糖を含む。いくつかの実施形態では、5’-ウィングは、窒素を含む1つ以上の糖を含む。いくつかの実施形態では、3’-ウィングは、窒素を含む1つ以上の糖を含む。いくつかの実施形態では、コアは、窒素を含む1つ以上の糖を含む。
本明細書で実証されるとおり、様々なオリゴヌクレオチド及び組成物が、リボース/修飾されたリボース糖とともに窒素を含む糖を組み込むときに様々な活性を提供することができる。そのような糖はまた、窒素を含む糖を含まないオリゴヌクレオチド、及び/又はリボース糖を含まないオリゴヌクレオチド(独立して修飾され得るか又は修飾され得ない)に対して向上した特性(例えば、電荷、送達、結合、選択性、安定性など)を提供し得る。
いくつかの実施形態では、第1のウィング(例えば、5’-ウィング)は、1つ以上の2’-OR修飾(Rは、任意選択により置換されたC1~4脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のウィングのそれぞれの糖は、2’-OR修飾を含む。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、第1のウィングのそれぞれの糖は、2’-MOEを含む。
いくつかの実施形態では、第2のウィング(例えば、3’-ウィング)は、1つ以上の2’-OR修飾(Rは、任意選択により置換されたC1~4脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第2のウィングのそれぞれの糖は、2’-OR修飾を含む。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、第2のウィングのそれぞれの糖は、2’-OMeを含む。いくつかの実施形態では、第2のウィング、例えば、3’-ウィングは、第1のウィング、例えば、5’-ウィングの糖修飾の同じパターンを共有しない。いくつかの実施形態では、第2のウィング、例えば、3’-ウィングは、第1のウィング、例えば、5’-ウィングの糖修飾を含有しない。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、第1のウィングが3’-ウィングであってもよく、第2のウィングが5’-ウィングであってもよい。
いくつかの実施形態では、コアは、2’-OR基を含まないか又は二環式若しくは多環式糖ではない1~25個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個の糖を含む。いくつかの実施形態では、コアは、2’-OR基を含まない1~25個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個の糖を含む。いくつかの実施形態では、コアは、2つの2’-Hを含む1~25個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個の糖を含む。多くの実施形態では、コアは、2’-OR基を含まない。多くの実施形態では、コア領域中の糖は、2つの2’-Hを有する。
いくつかの実施形態では、ある特定の糖修飾、例えば、2’-MOEは、糖修飾、例えば、2’-OMe以外のある特定の条件下でより大きい安定性をもたらす。いくつかの実施形態では、ウィングは、2’-MOE修飾を含む。いくつかの実施形態では、ピリミジン塩基(例えば、C、U、Tなど)を含むウィングの各ヌクレオシド単位は、2’-MOE修飾を含む。いくつかの実施形態では、ウィングの各糖単位は、2’-MOE修飾を含む。いくつかの実施形態では、プリン塩基(例えば、A、Gなど)を含むウィングの各ヌクレオシド単位は、2’-MOE修飾を含まない(例えば、それぞれのそのようなヌクレオシド単位は、2’-OMeを含むか、又は2’-修飾を含まないなど)。いくつかの実施形態では、プリン塩基を含むウィングの各ヌクレオシド単位は、2’-OMe修飾を含む。いくつかの実施形態では、2’-MOE修飾を含む糖単位の3’位における各ヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、ウィングは、2’-MOE修飾を含まない。いくつかの実施形態では、ウィングは、2’-OMe修飾を含む。いくつかの実施形態では、ウィングの各ヌクレオシド単位は、独立して、2’-OMe修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ウィングは、二環式糖を含む。いくつかの実施形態では、それぞれのウィングは、独立して、1つ以上の二環式糖を含む。
いくつかの実施形態では、糖は、ヌクレオチド間結合、いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合によって連結される。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、結合リンを含有しない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-L-である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(O)(-C≡CH)O-、-OP(O)(R)O-(例えば、Rは、-CHである)、3’-NHP(O)(OH)O-5’、3’-OP(O)(CH)OCH-5’、3’-CHC(O)NHCH-5’、3’-SCHOCH-5’、3’-OCHOCH-5’、3’-CHNR’CH-5’、3’-CHN(Me)OCH-5’、3’-NHC(O)CHCH-5’、3’-NR’C(O)CHCH-5’、3’-CHCHNR’-5’、3’-CHCHNH-5’、又は3’-OCHCHN(R’)-5’である。いくつかの実施形態では、5’炭素は、=Oで任意選択により置換され得る。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換されたペントース又はヘキソースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換されたペントースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換されたヘキソースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換されたリボース又はヘキシトールである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換されたリボースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、任意選択により置換されたヘキシトールである。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、5’-ビニル(R又はS)、5’-メチル(R又はS)、2’-SH、2’-F、2’-OCH、2’-OCHCH、2’-OCHCHF又は2’-O(CH20CHである。いくつかの実施形態では、2’位での置換基、例えば、2’-修飾は、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリル、O-C~C10アルキル、OCF、OCHF、O(CHSCH、O(CH-O-N(R)(R)、O-CH-C(=O)-N(R)(R)、及びO-CH-C(=O)-N(R)-(CH-N(R)(R)であり、それぞれのアリル、アミノ及びアルキルは、任意選択により置換され、R、R及びRの各々は、独立して、本開示に記載されるとおりのR’である。いくつかの実施形態では、R、R及びRの各々は、独立して、-Hであるか又は任意選択により置換されたC~C10アルキルである。
いくつかの実施形態では、糖は、テトラヒドロピラン又はTHP糖である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、典型的な天然のヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基に関して置換された6員テトラヒドロピラン糖を有するヌクレオシドであるテトラヒドロピランヌクレオシド又はTHPヌクレオシドである。THP糖及び/又はヌクレオシドとしては、ヘキシトール核酸(HNA)、アニトール核酸(ANA)、マンニトール核酸(MNA)(例えば、Leumann, Bioorg.Med.Chem., 2002, 10, 841-854)又はフルオロHNA(F-HNA)において使用されるものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、糖は、6個以上の原子及び/又は2個以上のヘテロ原子を有する環、例えば、モルホリノ糖を含む。
当業者が理解するとおり、糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合などの修飾は、オリゴヌクレオチド(例えば、表A1、A2、A3、及びA4の様々なオリゴヌクレオチドを参照のこと)と組み合わせて利用されてもよく且つ利用される場合が多い。例えば、糖修飾及び核酸塩基修飾の組み合わせは、2’-F(糖)5-メチル(核酸塩基)修飾されたヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、組み合わせは、リボシル環酸素原子のSによる置き換え及び2’-位での置換である。
いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、2’位で修飾されたフラノシル糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、ハロゲン、-R’(式中、R’は-Hではない)、-OR’(式中、R’は-Hではない)、-SR’、-N(R’)、任意選択により置換された-CH-CH=CH、任意選択により置換されたアルケニル、又は任意選択により置換されたアルキニルである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、-O[(CHO]CH、-O(CHNH、-O(CHCH、-O(CHF、-O(CHONH、-OCHC(=O)N(H)CH、及び-O(CHON[(CHCH(式中、各n及びmは、独立して、1~約10である)から選択される。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、任意選択により置換されたC~C12アルキル、任意選択により置換されたアルケニル、任意選択により置換されたアルキニル、任意選択により置換されたアルカリール、任意選択により置換されたアラルキル、任意選択により置換された-O-アルカリール、任意選択により置換された-O-アラルキル、-SH、-SCH、-OCN、-Cl、-Br、-CN、-F、-CF、-OCF、-SOCH、-SOCH、-ONO、-NO、-N、-NH、任意選択により置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択により置換されたヘテロシクロアルカリール、任意選択により置換されたアミノアルキルアミノ、任意選択により置換されたポリアルキルアミノ、置換されたシリル、レポーター基、干渉物質、薬物動態特性を向上させるための基、薬力学的特性を向上させるための基、及び他の置換基である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOE修飾である。
いくつかの実施形態では、2’-修飾された又は2’-置換された糖又はヌクレオシドは、-H(通常、置換基としてみなされない)又は-OH以外の糖の2’位での置換基を含む糖又はヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、1つが2’炭素である糖環の2つの炭素原子を連結する架橋を含む二環式糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、非架橋、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、任意選択により置換された-O-アリル、任意選択により置換された-O-C~C10アルキル、-OCF、-O(CHOCH、2’-O(CHSCH、-O(CHON(R)(R)、又は-OCHC(=O)N(R)(R)(式中、それぞれのR及びRは、独立して、-H又は任意選択により置換されたC~C10アルキルである)である。
いくつかの実施形態では、糖は、N-メタノカルバ、LNA、cMOE BNA、cEt BNA、α-L-LNA若しくは関連する類似体、HNA、Me-ANA、MOE-ANA、Ara-FHNA、FHNA、R-6’-Me-FHNA、S-6’-Me-FHNA、ENA、又はc-ANAの糖である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、C3-アミド(例えば、C3’に結合されたアミド修飾を有する糖、Mutisya et al.2014 Nucleic Acids Res.2014 Jun 1; 42(10): 6542-6551)、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、MMI[例えば、メチレン(メチルイミノ)、Peoc’h et al.2006 Nucleosides and Nucleotides 16 (7-9)]、PMO(ホスホロジアミデート結合モルホリノ)結合(2つの糖を連結する)、又はPNA(ペプチド核酸)結合である。
いくつかの実施形態では、糖は、各々の糖が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるものである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、米国特許第5658873号、米国特許第5118800号、米国特許第5393878号、米国特許第5514785号、米国特許第5627053号、米国特許第7034133号;米国特許第7084125号、米国特許第7399845号、米国特許第5319080号、米国特許第5591722号、米国特許第5597909号、米国特許第5466786号、米国特許第6268490号、米国特許第6525191号、米国特許第5519134号、米国特許第5576427号、米国特許第6794499号、米国特許第6998484号、米国特許第7053207号、米国特許第4981957号、米国特許第5359044号、米国特許第6770748号、米国特許第7427672号、米国特許第5446137号、米国特許第6670461号、米国特許第7569686号、米国特許第7741457号、米国特許第8022193号、米国特許第8030467号、米国特許第8278425号、米国特許第5610300号、米国特許第5646265号、米国特許第8278426号、米国特許第5567811号、米国特許第5700920号、米国特許第8278283号、米国特許第5639873号、米国特許第5670633号、米国特許第8314227号、米国特許出願公開第2008/0039618号、米国特許出願公開第2009/0012281号、国際公開第2021/030778号、国際公開第2020/154344号、国際公開第2020/154343号、国際公開第2020/154342号、国際公開第2020/165077号、国際公開第2020/201406号、国際公開第2020/216637号、又は国際公開第2020/252376号に記載されるものである。
オリゴヌクレオチド又はその類似体を調製するのに有用な様々な追加の糖は、当技術分野で知られ、本開示に従って利用され得る。
ヌクレオチド間結合
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を提供するために他の構造的要素、例えば、本明細書に記載されるとおりの様々な糖とともに利用され得るリンを含むか又は含まない様々な修飾されたヌクレオチド間結合を含む様々なヌクレオチド間結合を提供する。
当業者によって広く知られるとおり、天然のリン酸結合は、天然のDNA及びRNA分子に広く見出される;それらは、-OP(O)(OH)O-の構造を有し、DNA及びRNA中のヌクレオシドにおける糖を連結し、例えば、生理的pH(約7.4)で様々な塩形態において存在してもよく、天然のリン酸結合は主に、塩形態で存在し、アニオンは、-OP(O)(O)O-である。修飾されたヌクレオチド間結合、又は非天然のリン酸結合は、天然のリン酸結合又はその塩形態ではないヌクレオチド間結合である。修飾されたヌクレオチド間結合は、それらの構造に応じて、それらの塩形態において存在し得る。例えば、当業者によって理解されるとおり、-OP(O)(SH)O-の構造を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、例えば、生理的pH(約7.4)で様々な塩形態において存在してもよく、アニオンは、-OP(O)(S)O-である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、異なる型のヌクレオチド間リン結合を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然のリン酸結合及び少なくとも1つの修飾された(非天然)ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含まない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然のリン酸結合及び少なくとも1つのホスホロチオエートを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然のリン酸結合及び少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合及び少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、少なくとも1つの天然のリン酸結合、及び少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上、例えば、1~50、1~40、1~30、1~20、1~15、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、水溶液中の所定のpHで、ヌクレオチド間結合の50%、40%、40%、30%、20%、10%、5%、又は1%未満が、負に荷電した塩形態において存在するという点で負に荷電されていない。いくつかの実施形態では、pHは、約pH7.4である。いくつかの実施形態では、pHは、約4~9である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、10%未満である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、5%未満である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、1%未満である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ヌクレオチド間結合の中性形態が、水中で約1、2、3、4、5、6、又は7以下のpKaを有しないという点で負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、pKaは、7以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、6以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、5以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、4以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、3以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、2以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、1以下ではない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合の中性形態のpKaは、CH-ヌクレオチド間結合-CHの構造を有する化合物の中性形態のpKaによって示すことができる。例えば、
Figure 2023526975000059

のpKaは、pKa
Figure 2023526975000060

によって表され得る。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ヘテロアリール塩基部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、アルキニル部分を含む。
いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、中性のヌクレオチド間結合が、中性のリン酸結合(PO)より疎水的であり得るホスホロチオエートヌクレオチド間結合(PS)より疎水的であり得ることを認める。通常、PS又はPOとは異なり、中性のヌクレオチド間結合は、より少ない電荷を有する。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドへの1つ以上の中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、細胞によって取り込まれ及び/又はエンドソームから逃避するオリゴヌクレオチドの能力を増大させ得ることを認める。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、1つ以上の中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、オリゴヌクレオチドとその標的核酸の間で形成される二重鎖の融解温度を調節するために利用され得ることを認める。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドへの負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、標的核酸及び/又はそれによりコードされる産物のレベル、発現及び/又は活性を、例えば、ノックダウン(例えば、RNase Hによる)、エクソンスキッピングなどを介して調節するオリゴヌクレオチドの能力を増大させることができる可能性があることを認める。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチドの送達及び/又は活性を向上させることができる。
いくつかの実施形態では、結合は、-Y-P(-X-R)-Z-、又はその塩形態(式中、
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
は、アニオンであり;
X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-L-N(-L-R)-L-、-L-N=C(-L-R)-L-、又はLであり;
各Rは、独立して、リンカーを介して任意選択により連結される-L-N(R’)、-L-R’、-N=C(-L-R’)、-L-N(R’)C(NR’)N(R’)、-L-N(R’)C(O)N(R’)、炭水化物、又は1つ以上の追加の化学的部分であり;
L1及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(NR’)N(R’)-、-N(R’)C(NR’)N(R’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、-OP(OR’)[B(R’)]O-、及び-[C(R’)C(R’)O]n-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、nは、1~50であり、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)N(R)、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有するか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-Y-P(-X-R)-Z-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(-X-R)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-X-R)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N(-L-R)-R]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-NH-L-R)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N(R’)]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-NHR’)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-NHSOR)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=O)(-NHSOCH)-O-である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N=C(-L-R’)]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N=C[N(R’)]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N=C(R”))-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N(R”))-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(-X-R)-Z-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(-X-R)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-X-R)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N(-L-R)-R]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-NH-L-R)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N(R’)]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-NHR’)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-NHSOR)-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHSOCH)-O-である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N=C(-L-R’)]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N=C[N(R’)]-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-N=C(R”))-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-N(R”))-O-の構造を有し、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合のPは、糖のNに結合される。
いくつかの実施形態では、結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、結合は、チオ-ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、本明細書に記載されるとおりの部分と置き換えられる。いくつかの実施形態では、L又はLは、-SO-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-SON(R’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-C(O)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-C(O)O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-C(O)N(R’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(=W)(R’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(=O)(R’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(=S)(R’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(R’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(=W)(OR’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(=O)(OR’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(=S)(OR’)-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLは、-P(OR’)-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)SOである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)C(O)Rである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)P(=O)(R’)Rである。
いくつかの実施形態では、結合、例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-N=C(R”))-、-P(=W)(-N(R’)SOR”)-、-P(=W)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(=W)(-N(R”))-、-P(=W)(-N(R’)P(O)(R”))-、-OP(=W)(-N=C(R”))O-、-OP(=W)(-N(R’)SOR”)O-、-OP(=W)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(=W)(-N(R”))O-、-OP(=W)(-N(R’)P(O)(R”))O-、-P(=W)(-N=C(R”))O-、-P(=W)(-N(R’)SOR”)O-、-P(=W)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(=W)(-N(R”))O-、若しくは-P(=W)(-N(R’)P(O)(R”))O-、又はその塩形態(式中、
Wは、O又はSであり;
各R”は、独立して、R’、-OR’、-P(=W)(R’)、又は-N(R’)であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)N(R)、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有するか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N=C(R”))-、-P(=O)(-N(R’)SOR”)-、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(=O)(-N(R”))-、-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”))-、-OP(=O)(-N=C(R”))O-、-OP(=O)(-N(R’)SOR”)O-、-OP(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(=O)(-N(R”))O-、-OP(=O)(-N(R’)P(O)(R”))O-、-P(=O)(-N=C(R”))O-、-P(=O)(-N(R’)SOR”)O-、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(=O)(-N(R”))O-、若しくは-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N=C(R”))- -P(=O)(-N(R”))-、-OP(=O)(-N=C(R”))-O-、-OP(=O)(-N(R”))-O-、-P(=O)(-N=C(R”))-O-若しくは-P(=O)(-N(R”))-O-又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C(R”))-O-若しくは-OP(=O)(-N(R”))-O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C(R”))-O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R”))-O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)SOR”)O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)P(O)(R”))O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、n001である。
いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N=C(R”))-、-P(=S)(-N(R’)SOR”)-、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(=S)(-N(R”))-、-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”))-、-OP(=S)(-N=C(R”))O-、-OP(=S)(-N(R’)SOR”)O-、-OP(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(=S)(-N(R”))O-、-OP(=S)(-N(R’)P(O)(R”))O-、-P(=S)(-N=C(R”))O-、-P(=S)(-N(R’)SOR”)O-、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(=S)(-N(R”))O-、若しくは-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”))O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N=C(R”))- -P(=S)(-N(R”))-、-OP(=S)(-N=C(R”))-O-、-OP(=S)(-N(R”))-O-、-P(=S)(-N=C(R”))-O-若しくは-P(=S)(-N(R”))-O-又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N=C(R”))-O-若しくは-OP(=S)(-N(R”))-O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N=C(R”))-O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R”))-O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)SOR”)O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)P(O)(R”))O-、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、*n001である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)SOR”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)SOR”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)SOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)SOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)SOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)SOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R’(例えば、-N(R’)-の)は、水素又は任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、水素である。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-SOR”における)は、本明細書に記載されるとおりのR’である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHSOR”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHSOR”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHSOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHSOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHSOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-NHSOR”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)SO(式中、R’及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、R”である。いくつかの実施形態では、Rは、R’である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)SOR”(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)SOR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHSOR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-SOR”における)は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意選択により置換された基である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルケニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHSOCHである。いくつかの実施形態では、Rは、-CFである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHCHFである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHCHOCHである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、n-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHNHである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C2~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、p-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、4-ジメチルアミノフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、3-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000061

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000062

である。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(CHである。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-SOR”における)は、-OR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCHである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOR)O-(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換された直鎖アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりの直鎖アルキルである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOCH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOCHCH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOCHCHOCH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOCHPh)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOCHCHF)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO(4-メチルフェニル))O-である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000063

である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-X-R)O-(式中、-X-Rは、
Figure 2023526975000064

である)である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSOCH(CH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSON(CH)O-である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R’(例えば、-N(R’)-の)は、水素又は任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、水素である。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-C(O)R”における)は、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHC(O)R”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHC(O)R”)-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)COR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)COR”(式中、R”は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)COR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHCOR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-C(O)R”における)は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意選択により置換された基である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルケニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキニルである。いくつかの実施形態において、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHC(O)CHである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CFである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたエチルである。いくつかの実施形態において、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHCHFである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHCHOCHである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20など)脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20など)アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C2~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC2~20アルキルである。いくつかの実施形態において、Rは、直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、p-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHNHである。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000065

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000066

である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(CHである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)CON(R(式中、R’及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHCON(R(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、2つのR’又は2つのRを、それらが結合される窒素原子と合わせて、本明細書に記載されるとおりの環、例えば、任意選択により置換された
Figure 2023526975000067

を形成する。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-C(O)R”における)は、-OR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCHである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)C(O)OR(式中、R’及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000068

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHC(O)OCHである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHC(O)N(CHである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)CH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)OCH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)(p-メチルフェニル))O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)N(CH)O-である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)R(式中、R’及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)R(式中、R’及びRの各々は、独立して、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、水素でない。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアリール又はヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)(式中、各R’は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、R(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)(式中、各R’は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-NHR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-NHR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)(式中、各R’は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-N(R’)におけるR’はいずれも水素ではない。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)(式中、各R’は、独立して、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、-L-R’(式中、L及びR’の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-L-R(式中、L及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-N(R’)-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-C(O)-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-O-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-SO-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-SO-N(R’)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-C(O)-N(R’)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-Cy-OP(O)(R”)である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された二価アリール基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、Rは、-N(CHである。いくつかの実施形態では、Rは、-N(i-Pr)である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000069

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000070

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000071

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000072

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000073

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000074

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000075

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000076

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000077

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000078

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000079

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000080

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000081

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000082

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000083

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000084

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000085

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000086

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000087

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-Rである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-O-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-R’である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-N(R’)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-SO-N(R’)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)である。いくつかの実施形態では、Rは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)-SO-R’である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000088

である。
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、L、又はLを含むか若しくはLである可変要素の1つ以上のメチレン単位は、独立して、-O-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(O)N(R’)-、-SO-、-SON(R’)-、又は-Cy-で置き換えられる。いくつかの実施形態では、メチレン単位は、-Cy-で置き換えられる。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された二価アリール基である。いくつかの実施形態において、-Cy-は、任意選択により置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態において、-Cy-は、任意選択により置換された1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の5~20(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)員ヘテロアリール基である。いくつかの実施形態において、-Cy-は、単環式である。いくつかの実施形態において、-Cy-は、二環式である。いくつかの実施形態において、-Cy-は、多環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-における各単環単位は、独立して、3~10(例えば、3、4、5、6、7、8、9、又は10)員であり、且つ独立して、飽和、部分飽和、又は芳香族である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された3~20(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)員の単環式、二環式又は多環式脂肪族基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~20(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)員の単環式、二環式又は多環式ヘテロ脂肪族基である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”))-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”))-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)P(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)P(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R’(例えば、-N(R’)-の)は、水素又は任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、水素である。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-P(O)(R”)における)は、本明細書に記載されるとおりのR’である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHP(O)(R”))-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHP(O)(R”))-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHP(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHP(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHP(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-NHP(O)(R”))O-(式中、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-P(O)(R”)における)の存在は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意選択により置換された基である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルケニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキニルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CFである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHCHFである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHCHOCHである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20など)脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20など)アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C2~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、各R”は、独立して、本明細書に記載されるとおりのRであり、例えば、いくつかの実施形態では、各R”は、メチルである。いくつかの実施形態では、R”は、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、p-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、R”の存在は、-N(R’)である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(CHである。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-P(O)(R”)における)の存在は、-OR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCHである。いくつかの実施形態では、各R”は、本明細書に記載されるとおりの-OR’である。いくつかの実施形態では、各R”は、-OCHである。いくつかの実施形態では、各R”は、-OHである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHP(O)(OH))O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHP(O)(OCH)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHP(O)(CH)O-である。
いくつかの実施形態では、-N(R”)は、-N(R’)である。いくつかの実施形態では、-N(R”)は、-NHRである。いくつかの実施形態では、-N(R”)は、-NHR(O)Rである。いくつかの実施形態では、-N(R”)は、-NHC(O)ORである。いくつかの実施形態では、-N(R”)は、-NHS(O)Rである。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、本明細書に記載されるとおりの-X-Rである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-L-Rである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(Rである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[NR’Rである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R](CHRL1L2)(式中、RL1及びRL2の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’R)(CHRL1L2)(式中、RL1及びRL2の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)(式中、RL1及びRL2の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R’)](CHR’RL2)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R](R)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’R)(R)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’R)(R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R’)](R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)(式中、各RL1及びRL2は、独立して、Rであり、各R’及びRは、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)(式中、可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’RL1)(CHR’RL2)(式中、可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(NR’RL1)(R’)(式中、可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000089

である。いくつかの実施形態では、R’、R、RL1、RL2などから選択される2つの基(いくつかの実施形態では、同じ原子上(例えば、-N(R’)、又は-NR’R、又は-N(R(式中、R’及びRは、独立して、本明細書に記載されるとおりのRであり得る)など)、又は異なる原子上(例えば、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)などにおける2つのR’)は、R、例えば、R、RL1、RL2などであり得る2つの他の可変要素であり得る))は、独立して、Rであり、それらの介在原子と合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上のR、R’、R、RL1、又はRL2のうちの2つ(例えば、-N(R’)、-N(R、-NR’R、-NR’RL1、-NR’RL2、-CR’RL1L2などの)を合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、2つの異なる原子上の2つのR’、R、RL1、又はRL2(例えば、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)などにおける2つのR’)を合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、0~5個の追加のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~20(例えば、3~15、3~12、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、4~15、4~12、4~10、4~9、4~8、4~7、4~6、5~15、5~12、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20など)単環式、二環式又は三環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、本明細書に記載されるとおりの単環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された5~10員単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、多環式である。いくつかの実施形態では、Rであるか又はRである場合がある2つの基(例えば、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)における2つのR’、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)などにおける2つのR’)を合わせて、任意選択により置換された二価炭化水素鎖、例えば、任意選択により置換されたC1~20脂肪族鎖、任意選択により置換された-(CH)n-(式中、nは1~20(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)である)を形成する。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、飽和である。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、不飽和である。いくつかの実施形態では、Rであるか又はRである場合がある2つの基(例えば、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)における2つのR’、-N=C(NR’R)(CR’RL1L2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)などにおける2つのR’)を合わせて、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価のヘテロ脂肪族鎖、例えば、任意選択により置換されたC1~20ヘテロ脂肪族鎖を形成する。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、不飽和である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH)-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH)-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-(CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された-CH=CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000090

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000091

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000092

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000093

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000094

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000095

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000096

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000097

である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000098

である。いくつかの実施形態では、異なる原子上のR、R’、R、RL1、RL2などのうちの2つを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。例えば、いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000099

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000100

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000101

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000102

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000103

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000104

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000105

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000106

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000107

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000108

である。いくつかの実施形態では、-N(R’)、-N(R)、-N(R、-NR’R、-NR’RL1、-NR’RL2、-NRL1L2などは、形成される環である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000109

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000110

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000111

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000112

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000113

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000114

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000115

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000116

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000117

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000118

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000119

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000120

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000121

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000122

である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000123

である。
いくつかの実施形態では、RL1及びRL2は、同じである。いくつかの実施形態では、RL1とRL2は、異なる。いくつかの実施形態では、RL1及びRL2の各々は、独立して、本明細書、例えば、下に記載されるとおりのRである。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~30脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~30アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された直鎖C1~30アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、n-プロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、n-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、tert-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、(E)-CH-CH=CH-CH-CHである。いくつかの実施形態では、Rは、(Z)-CH-CH=CH-CH-CHである。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000124

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000125

である。いくつかの実施形態では、Rは、CH(CHC≡CC≡C(CH-である。いくつかの実施形態では、Rは、CH(CHC≡C-である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、1つ以上のハロゲンで置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、ハロゲン、-N(R’)、又は-N(R’)C(O)R’で任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、-Cl、-Br、-F、-N(Me)、又は-NHCOCHで任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、-L-R’(式中、Lは、任意選択により置換されたC1~20飽和、部分不飽和、又は不飽和炭化水素鎖である)である。いくつかの実施形態では、そのような炭化水素鎖は、直鎖である。いくつかの実施形態では、そのような炭化水素鎖は、置換されていない。いくつかの実施形態では、Lは、(E)-CH-CH=CH-である。いくつかの実施形態では、Lは、-CH-C≡C-CH-である。いくつかの実施形態では、Lは、-(CH-である。いくつかの実施形態では、Lは、-(CH-である。いくつかの実施形態では、Lは、-(CH-(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30など)である)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、2’-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、R’は、3’-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000126

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000127

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000128

である。いくつかの実施形態では、Rは、-L-N(R’)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、本明細書に記載されるとおりのC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、-N(R’)は、-N(CHである。いくつかの実施形態では、-N(R’)は、-NHである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CH-N(R’)(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30など)である)である。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHCHO)-CHCH-N(R’)(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30など)である)である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000129

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000130

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000131

である。いくつかの実施形態では、Rは、-(CH-NHである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHCHO)-CHCH-NHである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHCHO)-CHCH-R’(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30など)である)である。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHCHO)-CHCHCH(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30など)である)である。いくつかの実施形態では、Rは、-(CHCHO)-CHCHOH(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30など)である)である。いくつかの実施形態では、Rは、炭水化物部分、例えば、GalNAcであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、Rは、-L-GalNAcである。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000132

である。いくつかの実施形態では、Lの1つ以上のメチレン単位は、独立して、-Cy-(例えば、任意選択により置換された1,4-フェニレン、3~30員の二価の任意選択により置換された単環式、二環式、又は多環式脂環式環など)、-O-、-N(R’)-(例えば、-NH)、-C(O)-、-C(O)N(R’)-(例えば、-C(O)NH-)、-C(NR’)-(例えば、-C(NH)-)、-N(R’)C(O)(N(R’)-(例えば、-NHC(O)NH-)、-N(R’)C(NR’)(N(R’)-(例えば、-NHC(NH)NH-)、-(CHCHO)-などで置き換えられる。例えば、いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000133

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000134

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000135

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000136

である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000137

(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、Rは、リンカー(二価又は多価であり得る)を介して連結される任意選択により置換された1つ以上の追加の化学的部分(例えば、炭水化物部分、GalNAc部分など)であるか又はそれを含む。例えば、いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000138

(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、Rは、
Figure 2023526975000139

(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりのR’である。本明細書に記載されるとおり、多くの可変要素は、独立して、R’であり得る。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。本明細書に記載されるとおり、様々な可変要素は、独立して、Rであり得る。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子(例えば、そのうちの1個は窒素である)を有する任意選択により置換されたC1~20ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000140

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000141

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000142

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000143

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000144

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000145

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000146

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000147

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000148

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000149

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000150

いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000151

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000152

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000153

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000154

である。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000155

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000156

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000157

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000158

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000159

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000160

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000161

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000162

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000163

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000164

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000165

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000166

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000167

(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000168

(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000169

から選択される。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000170

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000171

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000172

である。
いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりのR”である。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。
いくつかの実施形態では、R”又はRは、追加の化学的部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R”又はRは、追加の化学的部分であるか又はそれを含み、追加の化学的部分は、炭水化物部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R”又はRは、GalNAcであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R又はR”は、追加の化学的部分と置き換えられるか、又はそれに連結するために利用される。
いくつかの実施形態では、Xは、-O-である。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-L-N(-L-R)-L-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N(-L-R)-L-である。いくつかの実施形態では、Xは、-L-N(-L-R)-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N(-L-R)-である。いくつかの実施形態では、Xは、-L-N=C(-L-R)-L-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N=C(-L-R)-L-である。いくつかの実施形態では、Xは、-L-N=C(-L-R)-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N=C(-L-R)-である。いくつかの実施形態では、Xは、Lである。いくつかの実施形態では、Xは、共有結合である。
いくつかの実施形態では、Yは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Yは、-O-である。いくつかの実施形態では、Yは、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、Zは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Zは、-O-である。いくつかの実施形態では、Zは、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、プロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
本明細書に記載されるとおり、本開示の構造における様々な可変要素は、Rであり得るか又はRを含み得る。Rに関する好適な実施形態が、本開示において広範に記載される。当業者によって理解されるとおり、Rであり得る可変要素に関して記載されるRの実施形態はまた、Rであり得る別の可変要素にも適用可能であり得る。同様に、可変要素に関する構成成分/部分(例えば、L)に関して記載される実施形態もまた、その構成成分/部分であり得るか又はそれを含み得る他の可変要素に適用可能であり得る。
いくつかの実施形態では、R”は、R’である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)である。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-SHである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-OHである。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、メチルである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C((N(R’)-O-の構造を有する。いくつかの実施形態では、一方のN(R’)のR’基は、Rであり、他方のN(R’)のR’基は、Rであり、2つのR基を、それらの介在原子と合わせて、任意選択により置換された環、例えば、n001の場合の5員環を形成する。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rであり、ここで、各Rは、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-L-R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-LL1-LL2-LL3-R’)であり、各LL1、LL2及びLL3は、独立して、L”であり、各L”は、独立して、共有結合、又はC1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、LL2は、-Cy-である。いくつかの実施形態では、LL1は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LL3は、共有結合である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-LL1-Cy-LL3-R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000173

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000174

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000175

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000176

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000177

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000178

である。
いくつかの実施形態では、本開示において利用されるとおり、Lは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、且つ1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~10脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、且つ1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R’)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000179

である。いくつかの実施形態では、窒素原子上の一方のR’を、他方の窒素上のR’と合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000180

(式中、R及びRは、独立して、R’である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000181

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000182

である。いくつかの実施形態では、同じ窒素原子上の2つのR’を合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000183

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000184

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000185

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000186

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000187

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000188

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000189

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000190

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000191

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000192

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000193

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000194

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000195

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000196

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000197

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000198

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000199

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000200

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000201

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000202

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000203

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000204

(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000205

(式中、nは、1~20である)である。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、Rは、水素ではない。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合、例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N=C(R”))-O-、-OP(=W)(-N(R”))-O-、-P(=W)(-N=C(R”))-O-又は-P(=W)(-N(R”))-O-(式中、
Wは、O又はSであり;
各R”は、独立して、R’又は-N(R’)であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される、任意選択により置換された基であるか、又は:
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は:
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する。
いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。
いくつかの実施形態では、Yは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Yは、-O-である。いくつかの実施形態では、Yは、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、Zは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Zは、-O-である。いくつかの実施形態では、Zは、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、プロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
本明細書に記載されるとおり、本開示の構造における様々な可変要素は、Rであり得るか又はRを含み得る。Rに関する好適な実施形態が、本開示において広範に記載される。当業者によって理解されるとおり、Rであり得る可変要素に関して記載されるRの実施形態はまた、Rであり得る別の可変要素にも適用可能であり得る。同様に、可変要素に関する構成成分/部分(例えば、L)に関して記載される実施形態もまた、その構成成分/部分であり得るか又はそれを含み得る他の可変要素に適用可能であり得る。
いくつかの実施形態では、R”は、R’である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)である。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-SHである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-OHである。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N(R’)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、メチルである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C((N(R’)-O-の構造を有する。いくつかの実施形態では、一方のN(R’)のR’基は、Rであり、他方のN(R’)のR’基は、Rであり、且つ2つのR基を、それらの介在原子と合わせて、任意選択により置換された環、例えば、n001の場合の5員環を形成する。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、独立してRであり、ここで、Rは、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-L-R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-LL1-LL2-LL3-R’)であり、各LL1、LL2及びLL3は、独立して、L”であり、各L”は、独立して、共有結合、又はC1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、且つ1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、LL2は、-Cy-である。いくつかの実施形態では、LL1は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LL3は、共有結合である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C(-LL1-Cy-LL3-R’)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000206

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000207

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000208

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000209

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000210

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000211

である。
いくつかの実施形態では、本開示において利用されるとおり、Lは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、且つ1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される基により置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~20脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される基により置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~10(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10、1~9、1~8、1~7、1~6など)脂肪族基及び1~5個(例えば、1、2、3、4、又は5個)のヘテロ原子を有するC1~10(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10、1~9、1~8、1~7、1~6など)から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される基により置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、且つ1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~10脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、且つ1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられる。いくつかの実施形態では、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、Lは、C1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)















-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=C[N(R’)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000212

である。いくつかの実施形態では、窒素原子上の一方のR’を、他方の窒素上のR’と合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個の窒素原子に加えて0~3個の追加のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~10員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個の窒素原子に加えて追加のヘテロ原子を有しない任意選択により置換された5~10員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個の窒素原子に加えて追加のヘテロ原子を有しない任意選択により置換された5員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個の窒素原子に加えて追加のヘテロ原子を有しない任意選択により置換された6員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個の窒素原子に加えて追加のヘテロ原子を有しない任意選択により置換された7員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個の窒素原子に加えて追加のヘテロ原子を有しない任意選択により置換された8員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、単環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二重結合又は三重結合を含まない。いくつかの実施形態では、形成される環は、二重結合を含む。いくつかの実施形態では、-X-Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000213

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000214

(式中、R及びRは、独立して、R’である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000215

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000216

である。いくつかの実施形態では、同じ窒素原子上の2つのR’を合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000217

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000218

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000219

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000220

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000221

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000222

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000223

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000224

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000225

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000226

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000227

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000228

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000229

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000230

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000231

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000232

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000233

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000234

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000235

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000236

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000237

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000238

(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000239

(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000240

から選択される。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000241

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000242

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、
Figure 2023526975000243

から選択される。いくつかの実施形態では、-X-Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000244

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000245

(式中、R及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのR’である)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000246

である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000247

(式中、R及びRの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのR’である)である。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~30、C1~20、C1~10、又はC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~30、C1~20、C1~10、又はC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、-X-Rは、下の表から選択される。いくつかの実施形態では、Xは、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、結合は、-Y-P(-X-R)-Z-の構造を有し、-X-Rは、下の表から選択され、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、結合は、-P(O)(-X-R)-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(S)(-X-R)-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(-X-R)-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(O)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(S)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(O)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-P(S)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-P(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、Pは、窒素原子(例えば、sm01における窒素原子)に結合される。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(O)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(S)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有するか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(O)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(S)(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(-X-R)-O-(式中、-X-Rは、下の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、下の表、nは、0~20であるか又は本明細書に記載されるとおりである。当業者が理解するとおり、結合は、塩形態で存在する場合がある。
表L-1.結合リンに結合されるある特定の有用な部分(例えば、-X-R)。
Figure 2023526975000248

Figure 2023526975000249

Figure 2023526975000250

式中、各RLSは、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、各RLSは、独立して、-Cl、-Br、-F、-N(Me)、又は-NHCOCHである。
表L-2.結合リンに結合されるある特定の有用な部分(例えば、-X-R)。
Figure 2023526975000251

表L-3.結合リンに結合されるある特定の有用な部分(例えば、-X-R)。
Figure 2023526975000252

表L-4.結合リンに結合されるある特定の有用な部分(例えば、-X-R)。
Figure 2023526975000253

Figure 2023526975000254

表L-5.結合リンに結合されるある特定の有用な部分(例えば、-X-R)。
Figure 2023526975000255

Figure 2023526975000256

Figure 2023526975000257

表L-6.結合リンに結合されるある特定の有用な部分(例えば、-X-R)。
Figure 2023526975000258
いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHSOR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-NHCOR’(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書に記載されるとおりのRである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたヘテロアリールである。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合、例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、-LL1-CyIL-LL2-の構造を有する。いくつかの実施形態では、LL1は、糖の3’-炭素に結合される。いくつかの実施形態では、LL2は、糖の5’-炭素に結合される。いくつかの実施形態では、LL1は、-O-CH-である。いくつかの実施形態では、LL2は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LL2は、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、LL2は、-NH-である。いくつかの実施形態では、LL2は、糖の5’-炭素に結合され、5’-炭素は、=Oで置換される。いくつかの実施形態では、CyILは、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~10員の飽和、部分不飽和、又は芳香環である。いくつかの実施形態では、CyILは、任意選択により置換されたトリアゾール環である。いくつかの実施形態では、CyILは、
Figure 2023526975000259

である。いくつかの実施形態では、結合は、
Figure 2023526975000260

である。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N(R’))-O-の構造を有する。
いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、R’は、Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)ORである。いくつかの実施形態では、R’は、-S(O)Rである。
いくつかの実施形態では、R”は、-NHR’である。いくつかの実施形態では、-N(R’)は、-NHR’である。
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、Rは、Hである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、置換されたエチルである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、任意選択により置換されたトリアゾリルを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、任意選択により置換されたアルキニルを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分、例えば、トリアゾリル基は、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分、例えば、トリアゾリル基は、置換される。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分は、置換されない。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された環式グアニジン部分を含み、且つ
Figure 2023526975000261

の構造を有し、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分(例えば、任意選択により置換されたトリアゾリル基)を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000262

の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000263

の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合、例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合は、環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、環式グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000264

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000265

(式中、Wは、O又はSである)から選択される構造であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基
Figure 2023526975000266

を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基を含み、
Figure 2023526975000267

(「Tmgヌクレオチド間結合」)の構造を有する。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合としては、PNA及びPMOのヌクレオチド間結合、並びにTmgヌクレオチド間結合が挙げられる。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000268

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000269

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000270

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000271

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000272

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000273

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000274

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000275

の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000276

の構造を有する。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、上記の負に荷電していないヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~20員ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~20員ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、5員環のものである。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、6員環のものである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~20員ヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~20員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~6員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、結合リンに直接的に結合される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~20員ヘテロシクリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~20員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~6員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、少なくとも2個のヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されていないトリアゾリル基、例えば、
Figure 2023526975000277

を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されたトリアゾリル基、例えば、
Figure 2023526975000278

を含む。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、結合リンに直接的に結合される。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基が、その=N-を介して結合リンに直接的に結合されるグアニジン部分の一部であるとき、ヘテロシクリル基は、リンカー、例えば、=N-を介して結合リンに結合される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000279

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
Figure 2023526975000280

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000281

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000282

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
Figure 2023526975000283

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000284

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000285

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
Figure 2023526975000286

基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000287

基を含む。いくつかの実施形態では、各Rは、独立して、任意選択により置換された:C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、各Rは、独立して、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、そのような基である。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、その結合リンは、Rpである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、その結合リンは、Spである。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、結合リンを含まない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-C(O)-(O)-又は-C(O)-N(R’)-(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-C(O)-(O)-の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-C(O)-N(R’)-(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。様々な実施形態では、-C(O)-は、窒素に結合される。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、カルバミン酸部分の一部である-C(O)-O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、尿素部分の一部である-C(O)-O-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1~20、1~15、1~10、1~5、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はそれ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1~20、1~15、1~10、1~5、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はそれ以上のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合及び/又は中性のヌクレオチド間結合の各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれの中性のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2023526975000288

の構造を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、その結合リンがRp配置である少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合、及びその結合リンがSp配置である少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。
多くの実施形態では、広範に実証されるとおり、本開示のオリゴヌクレオチドは、2つ以上の異なるヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合及び負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び中性のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001、
Figure 2023526975000289

である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、1つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。
天然のDNA及びRNAの場合のような典型的な連結は、ヌクレオチド間結合が、2つの糖(修飾されないか又は本明細書に記載されるとおりに修飾され得る)との結合を形成することである。多くの実施形態では、本明細書に例示されるとおり、ヌクレオチド間結合は、その5’炭素で1つの任意選択により修飾されたリボース又はデオキシリボース、及びその3’炭素で他の任意選択により修飾されたリボース又はデオキシリボースとその酸素原子又はヘテロ原子を介する結合を形成する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、リボース糖ではない糖、例えば、本明細書に記載されるとおりのN環原子を含む糖及び非環式糖を連結する。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド結合によって連結される各ヌクレオシド単位は、独立して任意選択により置換されたA、T、C、G、若しくはU、又は任意選択により置換されたA、T、C、G若しくはUの互変異性体である核酸塩基を独立して含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、式I、I-a、I-b、若しくはI-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2などの構造を有する修飾されたヌクレオチド間結合)を含み、その各々のヌクレオチド間結合(例えば、式I、I-a、I-b、若しくはI-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2など)は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ以上の中性のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合(例えば、式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2などの1つ)は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、国際公開第2018/223056号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりの式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2などの1つであり、各々のそのようなヌクレオチド間結合は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる。
当業者によって理解されるとおり、多くの他の型のヌクレオチド間結合、例えば、米国特許第3,687,808号;同第4,469,863号;同第4,476,301号;同第5,177,195号;同第5,023,243号;同第5,034,506号;同第5,166,315号;同第5,185,444号;同第5,188,897号;同第5,214,134号;同第5,216,141号;同第5,235,033号;同第5,264,423号;同第5,264,564号;同第5,276,019号;同第5,278,302号;同第5,286,717号;同第5,321,131号;同第5,399,676号;同第5,405,938号;同第5,405,939号;同第5,434,257号;同第5,453,496号;同第5,455,233号;同第5,466,677号;同第5,466,677号;同第5,470,967号;同第5,476,925号;同第5,489,677号;同第5,519,126号;同第5,536,821号;同第5,541,307号;同第5,541,316号;同第5,550,111号;同第5,561,225号;同第5,563,253号;同第5,571,799号;同第5,587,361号;同第5,596,086号;同第5,602,240号;同第5,608,046号;同第5,610,289号;同第5,618,704号;同第5,623,070号;同第5,625,050号;同第5,633,360号;同第5,64,562号;同第5,663,312号;同第5,677,437号;同第5,677,439号;同第6,160,109号;同第6,239,265号;同第6,028,188号;同第6,124,445号;同第6,169,170号;同第6,172,209号;同第6,277,603号;同第6,326,199号;同第6,346,614号;同第6,444,423号;同第6,531,590号;同第6,534,639号;同第6,608,035号;同第6,683,167号;同第6,858,715号;同第6,867,294号;同第6,878,805号;同第7,015,315号;同第7,041,816号;同第7,273,933号;同第7,321,029号;又は米国再発行特許発明第39464号に記載されるものは、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、各々の核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合、不斉補助剤/試薬、及びオリゴヌクレオチド合成のための技術(試薬、条件、周期など)が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、国際公開第2012/030683号、国際公開第2021/030778号、国際公開第2019112485号、米国特許出願公開第20170362270号、国際公開第2018156056号、国際公開第2018056871号、国際公開第2020/154344号、国際公開第2020/154343号、国際公開第2020/154342号、国際公開第2020/165077号、国際公開第2020/201406号、国際公開第2020/216637号、又は国際公開第2020/252376号において記載され、本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001、n003、n004、n006、n008、n009、又はn013)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001、n003、n004、n006、n008、n009、又はn013)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、n001、n002、n003、n004、n006、n008、n009、n012、n013 n020、n021、n024、n025、n026、n029、n030、n031、n033、n034、n035、n036、n037、n041、n043、n044、n046、n047、n048、n051、n052、n054、n055、及びn057から選択されるヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1個以上(例えば、1~20、1~15、1~10、1~8、1~5、1~4、1~3、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2個以上の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以上の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以上の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以上の連続的な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、1個以上又は全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのウィング中にある。いくつかの実施形態では、1個以上又は全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドの1つのウィング中にある。いくつかの実施形態では、1個以上又は全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのコア中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ウィング中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、同じウィング中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、コア中にある。いくつかの実施形態では、1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ウィング中にあり、1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、コア中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、糖を結合に連結する窒素原子に結合される結合リンを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、-NR’-N=C[N(R’)、又は-N=C(-L-R’)を含む。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n003である。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n004である。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n008である。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n025である。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n026である。いくつかの実施形態では、1個以上(例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、n029である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001、n003、n004、n008、n025、n026、n029、n030、n031、n033、n036、及びn037から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001、n003、n004、n025、n026、及びn029から選択される。いくつかの実施形態では、1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001であり、1個以上のヌクレオチド間結合は、n003、n004、n008、n025、n026、n029、n030、n031、n033、n036、及びn037から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、同じである。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n003である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n004である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n008である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n025である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n026である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n029である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1個以上(例えば、1~20、1~15、1~10、1~8、1~5、1~4、1~3、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)のn001を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下のn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下の連続的なn001を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2個以上の連続的なn001を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以上の連続的なn001を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以上の連続的なn001を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以上の連続的なn001を含む。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのn001は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのウィング中にある。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのn001は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのウィング中にある。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのn001は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのコア中にある。いくつかの実施形態では、各n001は、ウィング中にある。いくつかの実施形態では、各n001は、同じウィング中にある。いくつかの実施形態では、各n001は、コア中にある。いくつかの実施形態では、1個以上のn001は、ウィング中にあり、1個以上のn001は、コア中にある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1個以上(例えば、1~20、1~15、1~10、1~8、1~5、1~4、1~3、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)のn013を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下のn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個以下の連続的なn013を含有する。いくつかの実施形態では、1個以上のn013は、それぞれ独立して、窒素原子(例えば、sm01n013の場合のsm01の)に結合される。いくつかの実施形態では、各n013は、独立して、窒素原子(例えば、sm01n013の場合のsm01の)に結合される。実施例において確認されるとおり、n013を含むオリゴヌクレオチドの様々な組成物は、所望の活性をもたらすことができる。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのn013は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのウィング中にある。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのn013は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのウィング中にある。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのn013は、ウィング-コア-ウィングを含むオリゴヌクレオチドのコア中にある。いくつかの実施形態では、各n013は、ウィング中にある。いくつかの実施形態では、各n013は、同じウィング中にある。いくつかの実施形態では、各n013は、コア中にある。いくつかの実施形態では、1個以上のn013は、ウィング中にあり、且つ1個以上のn013は、コア中にある。
いくつかの実施形態では、結合は、-CHC(O)NR’-(式中、-CH-は、任意選択により置換される)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R’は、Hである。いくつかの実施形態では、-NR’-は、3’側の糖に連結される。
いくつかの実施形態では、結合は、
Figure 2023526975000290

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、-O-は、5’側の糖に連結される。いくつかの実施形態では、結合は、
Figure 2023526975000291

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、-CH-は、5’側の糖に連結される。
オリゴヌクレオチドは、様々な数、例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~10、1~5、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個以上の天然のリン酸結合を含み得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける1個以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~10、1~5、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個以上)の天然のリン酸結合は、連続的である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然のリン酸結合を含まない。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の天然リン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1~30個以上の天然のリン酸結合を含む。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関してキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関して立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の位置及び結合リンの配置(Rp又はSp)並びにアキラルヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合)の位置を含むか又はそれらからなる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の中性のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの中性のヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの中性のヌクレオチド間結合及び負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合、及び天然のリン酸結合から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、n001、及び天然のリン酸結合から選択される。
様々な型のヌクレオチド間結合が、所望のオリゴヌクレオチド特性及び/又は活性を達成するために、他の構造的要素、例えば、糖と組み合わせて利用され得る。例えば、本開示は、設計されるオリゴヌクレオチドにおいて、任意選択により天然のリン酸結合及び天然の糖とともに修飾されたヌクレオチド間結合及び修飾された糖を慣例的に利用する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ以上の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ以上の修飾された糖及び1つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合(これらの1つ以上は天然のリン酸結合である)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジン、ホスホリルアミジン、ホスホリルイソ尿素、ホスホリルイソチオ尿素、ホスホリルイミダート、又はホスホリルイミドチオアートヌクレオチド間結合、例えば、米国特許出願公開第20170362270号に記載されるとおりのものである。
いくつかの実施形態では、様々なヌクレオチド間結合の安定性が評価される。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチド製造、例えば、試薬、溶媒、温度(いくつかの場合、室温より高い温度)、切断条件、脱保護条件、精製条件など)を含む固相オリゴヌクレオチド合成のために利用される様々な条件に曝され、安定性が評価される。いくつかの実施形態では、安定なヌクレオチド間結合(例えば、1つ以上の条件及び/又はプロセスに曝されるとき、又は完全なオリゴヌクレオチド製造プロセスの後に10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.9%、0.8%、0.7%、0.6%、0.5%、0.4%、0.3%、0.2%又は0.1%の分解を有するもの)は、様々なオリゴヌクレオチド組成物及び適用における利用のために選択される。
本明細書に記載されるとおり、様々な可変要素は、R、例えば、R’、Rなどであり得る。Rに関する様々な実施形態は、本開示において記載される(例えば、Rであり得る可変要素を記載するとき)。そのような実施形態は一般に、Rであり得る全ての可変要素に関して有用である。いくつかの実施形態では、Rは、水素である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~30(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたペンチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘキシルである。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された3~30員(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、脂環式は、単環式、二環式、又は多環式であり、それぞれの単環式単位は、独立して、飽和又は部分飽和である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたシクロプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたシクロブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたシクロペンチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたシクロヘキシルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたアダマンチルである。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたC1~30(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)ヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたC1~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)ヘテロ脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたヘテロシクロアルキル(heteroclycloalkyl)である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂環式は、単環式、二環式、又は多環式であり、それぞれの単環式単位は、独立して、飽和又は部分飽和である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC6~30アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、C6~14アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された二環式アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された多環式アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC6~30アリール脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族である。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~30(5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~20員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~10員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された単環式ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された二環式ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された多環式ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された2-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された3-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された4-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000292

である。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30(3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された4員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~20員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~10員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された単環式ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された二環式ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された多環式ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された飽和ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された部分不飽和ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000293

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000294

である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000295

である。
いくつかの実施形態では、2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する。
様々な可変要素は、任意選択により置換された環を含み得るか、又はそれらの介在原子と合わせて、環を形成することができる。いくつかの実施形態では、環は、3~30(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)員である。いくつかの実施形態では、環は、3~20員である。いくつかの実施形態では、環は、3~15員である。いくつかの実施形態では、環は、3~10員である。いくつかの実施形態では、環は、3~8員である。いくつかの実施形態では、環は、3~7員である。いくつかの実施形態では、環は、3~6員である。いくつかの実施形態では、環は、4~20員である。いくつかの実施形態では、環は、5~20員である。いくつかの実施形態では、環は、単環式である。いくつかの実施形態では、環は、二環式である。いくつかの実施形態では、環は、多環式である。いくつかの実施形態では、各単環式環又は二環式若しくは多環式環における各単環式環単位は、独立して、飽和、部分飽和又は芳香族である。いくつかの実施形態では、各単環式環又は二環式若しくは多環式環における各単環式環単位は、独立して、3~10員であり、0~5個のヘテロ原子を有する。
いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、及びリンから選択される。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、酸素、窒素、硫黄、及びリンから選択される。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、酸素、窒素、及び硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸化形態で存在する。
核酸塩基
様々な核酸塩基が、本開示に従って提供されるオリゴヌクレオチド中で利用され得る。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基であり、最も一般的に存在するものは、A、T、C、G及びUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、それがA、T、C、G又はUではないという点で修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたA、T、C、G若しくはU、又はA、T、C、G若しくはUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたA、T、C、G又はU、例えば、5mC、5-ヒドロキシメチルCなどである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、アルキル置換されたA、T、C、G又はUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、5mCである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、置換されたA、T、C、G又はUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、A、T、C、G又はUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、置換は、核酸塩基中のある特定の官能基を保護して、オリゴヌクレオチド合成中の望まれない反応を最小限にする。オリゴヌクレオチド合成における核酸塩基の保護のための好適な技術は、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を向上させる。例えば、多くの場合、5mCは、ある特定の望まれない生物学的作用、例えば、免疫反応を調節するためにCの代わりに利用され得る。いくつかの実施形態では、配列同一性を決定するとき、同じ水素結合パターンを有する置換された核酸塩基は、置換されていない核酸塩基と同じものとして処理され、例えば、5mCは、Cと同じものとして処理され得る[例えば、Cの代わりに5mCを有するオリゴヌクレオチド(例えば、AT5mCG)は、対応する位置でCを有するオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列(例えば、ATCG)を有するとみなされる]。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のA、T、C、G又はUを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択により置換されたA、T、C、G又はUを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の5-メチルシチジン、5-ヒドロキシメチルシチジン、5-ホルミルシトシン、又は5-カルボキシルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の5-メチルシチジンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択により置換されたA、T、C、G及びU、並びにA、T、C、G及びUの任意選択により置換された互変異性体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択により保護されたA、T、C、G及びUである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択により置換されたA、T、C、G又はUである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、A、T、C、G、U、及び5mCからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基又は天然の核酸塩基から誘導される修飾された核酸塩基である。例としては、アシル保護基によって保護された対応するアミノ基を任意選択により有するウラシル、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニン、2-フルオロフラシル、2-フルオロシトシン、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、2,6-ジアミノプリン、アザシトシン、シュードイソシトシン及びシュードウラシルなどのピリミジン類似体並びに8-置換プリン、キサンチン、又はヒポキサンチン(後の2つは天然の分解産物である)などの他の修飾された核酸塩基が挙げられる。修飾された核酸塩基のある特定の例は、Chiu and Rana, RNA,2003, 9, 1034-1048, Limbach et al.Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196及びRevankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7,313に開示される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、又はグアニンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、水素結合及び/又はウラシル、チミン、アデニン、シトシン、若しくはグアニンの塩基対形成に関する機能的置換である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5-メチルシトシン、又はグアニンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5-メチルシトシン、又はグアニンである。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の5-メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、塩基配列が本明細書、例えば、表A1、A2、A3、及びA4で開示されるオリゴヌクレオチドを提供し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、各シトシンは、任意選択により且つ独立して、5-メチルシトシンで置き換えられるか又はその逆である。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、5mCは、オリゴヌクレオチドの塩基配列に関してCとして処理されてもよい(そのようなオリゴヌクレオチドは、C位置で核酸塩基修飾を含む(例えば、表A1、A2、A3、及びA4の様々なオリゴヌクレオチドを参照のこと))。オリゴヌクレオチドの記載において、典型的には、別段の記載がない限り、核酸塩基、糖及びヌクレオチド間結合は、修飾されない。
いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、任意選択により置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシル、又はその互変異性体である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、
(1)核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換されたシリル、及びその組み合わせから独立して選択される1つ以上の任意選択により置換された基によって修飾されるか;
(2)核酸塩基の1つ以上の原子が、独立して、炭素、窒素及び硫黄から選択される異なる原子で置き換えられるか;
(3)核酸塩基中の1つ以上の二重結合が、独立して、水素化されるか;又は
(4)1つ以上のアリール又はヘテロアリール環が、独立して、核酸塩基に挿入される、
1つ以上の修飾によって修飾される修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、当技術分野、例えば、国際公開第2017/210647号で知られる修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、フェニル環などの1つ以上のアリール及び/又はヘテロアリール環が付加された拡大したサイズの核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換されたピリミジン、アルキル置換されたプリン、並びにN-2、N-6及びO-6置換されたプリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、2-アミノプロピルアデニン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、6-N-メチルグアニン、6-N-メチルアデニン、2-プロピルアデニン、2-チオウラシル、2-チオチミン及び2-チオシトシン、5-プロピニル(-C≡C-CH)ウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、5-リボシルウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシl、8-アザ及び他の8-置換プリン、5-ハロ、特に、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-ハロウラシル、及び5-ハロシトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、6-N-ベンゾイルアデニン、2-N-イソブチリルグアニン、4-N-ベンゾイルシトシン、4-N-ベンゾイルウラシル、5-メチル4-N-ベンゾイルシトシン、5-メチル4-N-ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、乱雑な塩基、サイズが拡大された塩基、及びフッ化塩基から選択される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、l,3-ジアザフェノキサジン-2-オン、l,3-ジアザフェノチアジン-2-オン又は9-(2-アミノエトキシ)-l,3-ジアザフェノキサジン-2-オン(G-クランプ)などの三環式ピリミジンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、プリン又はピリミジン塩基が、他の複素環、例えば、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン又は2-ピリドンで置き換えられているものである。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されている。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、それが、例えば、ヘテロ原子、アルキル基、又は蛍光部分、ビオチン若しくはアビジン部分、又は他のタンパク質若しくはペプチドに連結される連結部分を含有するように置換される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、最も古典的な意味での核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。ユニバーサル塩基の一例は、3-ニトロピロールである。
いくつかの実施形態では、提供される技術において利用され得るヌクレオシドは、修飾された核酸塩基及び/又は修飾された糖、例えば、4-アセチルシチジン;5-(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン;2’-O-メチルシチジン;5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン;5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン;ジヒドロウリジン;2’-O-メチルシュードウリジン;ベータ,D-ガラクトシルキューオシン;2’-O-メチルグアノシン;N-イソペンテニルアデノシン;1-メチルアデノシン;1-メチルシュードウリジン;1-メチルグアノシン;l-メチルイノシン;2,2-ジメチルグアノシン;2-メチルアデノシン;2-メチルグアノシン;N-メチルグアノシン;3-メチル-シチジン;5-メチルシチジン;5-ヒドロキシメチルシチジン;5-ホルミルシトシン;5-カルボキシルシトシン;N-メチルアデノシン;7-メチルグアノシン;5-メチルアミノエチルウリジン;5-メトキシアミノメチル-2-チオウリジン;ベータ,D-マンノシルキューオシン;5-メトキシカルボニルメチルウリジン;5-メトキシウリジン;2-メチルチオ-N-イソペンテニルアデノシン;N-((9-ベータ,D-リボフラノシル-2-メチルチオプリン-6-イル)カルバモイル)スレオニン;N-((9-ベータ,D-リボフラノシルプリン-6-イル)-N-メチルカルバモイル)スレオニン;ウリジン-5-オキシ酢酸メチルエステル;ウリジン-5-オキシ酢酸(v);シュードウリジン;キューオシン;2-チオシチジン;5-メチル-2-チオウリジン;2-チオウリジン;4-チオウリジン;5-メチルウリジン;2’-O-メチル-5-メチルウリジン;及び2’-O-メチルウリジンを含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、修飾された核酸塩基は、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、又はキレート化部分などの1つ以上の生体分子結合部分を含む。他の実施形態では、核酸塩基は、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、又は2,6-ジアミノプリンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、蛍光性又は生体分子結合部分との置換を含む。いくつかの実施形態では、置換基は、蛍光性部分である。いくつかの実施形態では、置換基は、ビオチン又はアビジンである。
いくつかの実施形態では、様々な式において、BAは、本明細書に記載されるとおりの核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAは、C3~30脂環式、C6~30アリール、1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然の核酸塩基部分、及び修飾された核酸塩基部分から選択される任意選択により置換された基である。いくつかの実施形態では、BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された、飽和、部分不飽和又は芳香族C3~30単環式、二環式又は多環式環である。いくつかの実施形態では、BAにおけるそれぞれの単環式ねじり(wring)は、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~10員飽和、部分不飽和又は芳香環である。いくつかの実施形態では、1個以上の環ヘテロ原子が、窒素である。いくつかの実施形態では、BAは、1つ以上の部分不飽和単環式環を含む。いくつかの実施形態では、BAは、1つ以上の芳香環を含む。いくつかの実施形態では、BAは、1つ以上のヘテロアリール環を含む。いくつかの実施形態では、BAは、1つ以上のヘテロアリール環を含み、そのうちの1つ以上は、独立して、窒素原子を含む。いくつかの実施形態では、BAは、1つ以上のヘテロシクリル環を含み、そのうちの1つ以上は、独立して、窒素原子を含む。いくつかの実施形態では、環、例えば、BAにおける単環式環単位、又はBAは、5員である。いくつかの実施形態では、BAにおける単環式環単位、又はBAは、6員である。いくつかの実施形態では、BAにおける二環式環単位、又はBAは、8~10員である。いくつかの実施形態では、それは、8員である。いくつかの実施形態では、それは、9員である。いくつかの実施形態では、それは、10員である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、ヘテロ原子の環原子を含む少なくとも1つの任意選択により置換された環を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、窒素環原子を含む少なくとも1つの任意選択により置換された環を含む。いくつかの実施形態では、そのような環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロ原子を介して糖に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、窒素原子を介して糖に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、環窒素原子を介して糖に結合される。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、各々の核酸塩基が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるものである。
例えば、いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000296

、又はその互変異性体から-Hを除去することにより形成される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000297

から-Hを除去することにより形成される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000298

、並びにその互変異性形態から選択される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000299

から選択される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000300

、並びにその互変異性体から-Hを除去することにより形成される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000301

から-Hを除去することにより形成される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000302

、並びにその互変異性形態から選択される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された基であり、この基は、
Figure 2023526975000303

から選択される。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000304

又はその互変異性形態である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000305

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000306

又はその互変異性形態である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000307

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000308

又はその互変異性形態である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000309

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000310

又はその互変異性形態である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000311

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000312

又はその互変異性形態である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000313

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000314

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000315

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000316

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000317

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000318

である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000319

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000320

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000321

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000322

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000323

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000324

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000325

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000326

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000327

である。いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、
Figure 2023526975000328

である。いくつかの実施形態では、保護基は、-Acである。いくつかの実施形態では、保護基は、-Bzである。いくつかの実施形態では、保護基は、核酸塩基に対する-iBuである。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換されたヒポキサンチン又はその互変異性体である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、BAは、任意選択により置換されたプリン塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたプリン塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたアデニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたアデニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたグアニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたグアニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたチミン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたチミン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたウラシル残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたウラシル残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換された5-メチルシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護された5-メチルシトシン残基である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、各々の塩基及び修飾された核酸塩基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第2018/022473号、国際公開第2018/098264号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりの核酸塩基又は修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、米国特許第5552540号、米国特許第6222025号、米国特許第6528640号、米国特許第4845205号、米国特許第5681941号、米国特許第5750692号、米国特許第6015886号、米国特許第5614617号、米国特許第6147200号、米国特許第5457187号、米国特許第6639062号、米国特許第7427672号、米国特許第5459255号、米国特許第5484908号、米国特許第7045610号、米国特許第3687808号、米国特許第5502177号、米国特許第5525711号、同第6235887号、米国特許第5175273号、米国特許第6617438号、米国特許第5594121号、米国特許第6380368号、米国特許第5367066号、米国特許第5587469号、米国特許第6166197号、米国特許第5432272号、米国特許第7495088号、米国特許第5134066号、又は米国特許第5596091号に記載される修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、国際公開第2020/154344号、国際公開第2020/154343号、国際公開第2020/154342号、国際公開第2020/165077号、国際公開第2020/201406号、国際公開第2020/216637号、又は国際公開第2020/252376号において記載され、本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、オリゴヌクレオチド調製において使用されるとおりの保護された塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、各々の塩基残基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2011/0294124号、米国特許出願公開第2015/0211006号、米国特許出願公開第2015/0197540号、国際公開第2015/107425号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2018/022473号、国際公開第2018/098264号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号及び/又は国際公開第2021/071858号に示される塩基残基である。
塩基配列
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸配列(例えば、転写物、RNA、mRNAなどの塩基配列)と少なくとも約50%、約60%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%、又は100%相補的であるか又は同一である。
当業者によって理解されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は通常、それらの標的に結合するのに十分な長さ及びそれらの標的核酸、例えば、RNA転写物(例えば、プレ-mRNA、成熟mRNAなど)との相補性を有する。
ある特定の配列は、例えば、例として表A1、A2、A3、及びA4において提供される。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%、又は100%の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と約85%以上の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と約90%以上の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と約95%以上の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と100%の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの15以上の塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの16以上の塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの17以上の塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの18以上の塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの19以上の塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの20以上の塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、その標的とアラインメントされるときに1~5個、例えば、1、2、又は3個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、1個以上又は全てのミスマッチは、5’末端及び/又は3’末端の近傍にあるか又は5’末端及び/又は3’末端にある。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、オリゴヌクレオチドがそれらの機能を果たすためにそれらの標的と100%相補的である必要はない。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性又は相補性は、約60%~100%、例えば、約又は少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%、又は100%である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、その標的核酸内の標的領域(例えば、標的配列)と約75%~100%(例えば、約又は少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%、又は100%)の配列相補性を有する。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約80%以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約85%以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約90%以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約95%以上である。通常、相補性を決定するとき、A、T、C、G及び/又はUによって形成される配列に関して、A及びT(又はU)が相補的な核酸塩基であり、C及びGが相補的な核酸塩基である。
長さ
当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドは、様々な用途のための所望の特性及び/又は活性を提供する様々な長さのものであり得る。オリゴヌクレオチドの長さを評価し、選択し及び/又は最適化するための多くの技術が当技術分野で利用可能であり、本開示に従って利用され得る。本明細書で実証されるとおり、多くの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、それらの標的とハイブリダイズし且つそれらの標的及び/又はコードされるその産物のレベルを低減するのに好適な長さのものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸(例えば、mRNA)を認識するのに十分な長さである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と他の核酸の間を区別して、オフターゲット効果を低減するために十分に長いものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、製造又は生産の複雑さを低減し且つ製品のコストを下げるために十分に短いものである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、約10~500の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約10~500の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約10~50の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約15~50の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約15~約30の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約10~約25の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約15~約22の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも12の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも13の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも14の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも15の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも16の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも17の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも18の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも19の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも20の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも21の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも22の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも23の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも24の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも25の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、15の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、16の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、17の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、18の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、19の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、20の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、21の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、22の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、23の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、24の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、25の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも30の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも18の核酸塩基長の相補鎖の二重鎖である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、少なくとも21の核酸塩基長の相補鎖の二重鎖である。いくつかの実施形態では、それぞれの核酸塩基は、独立して、任意選択により置換された単環式、二環式又は多環式環を含み、少なくとも1つの環原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、長さが数えられるそれぞれの核酸塩基は、独立して、任意選択により置換された単環式、二環式又は多環式環を含み、少なくとも1つの環原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、それぞれの核酸塩基は、独立して、任意選択により置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシル、又はアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシルの任意選択により置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、長さが数えられるそれぞれの核酸塩基は、独立して、任意選択により置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシル、又はアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシルの任意選択により置換された互変異性体である。
立体化学及び骨格のキラル中心のパターン
天然のリン酸結合とは対照的に、キラル修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合リンは、キラルである。特に、本開示は、キラルヌクレオチド間結合中のキラル結合リンの立体化学の制御を含む技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など)を提供する。いくつかの実施形態では、立体化学の制御は、所望の安定性、毒性の低減、標的核酸の減少の向上などを含む、向上した特性及び/又は活性を提供することができる。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及び/又はその領域に関する骨格のキラル中心の有用なパターンを提供し、パターンは、5’から3’のキラル結合リンのそれぞれのキラル結合リン(Rp又はSp)の立体化学、それぞれのアキラル結合リン(Op、もしあれば)の表示などの組み合わせである。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、それらが切断系(例えば、インビトロアッセイ、細胞、組織、器官、生物体、対象など)において提供されオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触されるときに標的核酸の切断パターンを制御することができる。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、切断系において提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触されるときに標的核酸の切断効率及び/又は選択性を向上させる。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、活性及び/又は特性、例えば、編集、スプライシング調節、切断、阻害、安定性、送達、毒性、クリアランスなどを向上させる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Np)n(Op)mを含むか又はそれであり、Npは、Rp又はSpであり、Opは結合リンがアキラルであることを表し(例えば、天然のリン酸結合の結合リンの場合)、n及びmの各々は、独立して、1~50である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)mを含むか又はそれであり、n及びmの各々は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Sp)mを含むか又はそれであり、n及びmの各々は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)n(Op)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)n(Op)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)mを含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Op)mを含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、mは、2である;いくつかの実施形態では、mは、3である;いくつかの実施形態では、mは、4である;いくつかの実施形態では、mは、5である;いくつかの実施形態では、mは、6である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Np)nを含むか又はそれであり、Npは、Rp又はSpであり、Opは結合リンがアキラルであることを表し(例えば、天然のリン酸結合の結合リンの場合)、n及びmの各々は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)nを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)nを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)を含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)を含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、mは、2である;いくつかの実施形態では、mは、3である;いくつかの実施形態では、mは、4である;いくつかの実施形態では、mは、5である;いくつかの実施形態では、mは、6である。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つ又はそれぞれのRpは、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、n001の配置である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つ又はそれぞれのRpは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の配置である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、任意の(Np)n(Op)mを含むか又はそれであり、Npは、Rp又はSpであり、Opは結合リンがアキラルであることを表し(例えば、天然のリン酸結合の結合リンの場合)、n及びmの各々は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)n(Op)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)n(Op)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)mを含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Op)mを含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Np)n(Op)mであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)n(Op)mであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)n(Op)mであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)mであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Op)mであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)mである。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Op)mである。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)mであり、Spは、5’末端からオリゴヌクレオチドの1番目のヌクレオチド間結合の結合リンの配置である。いくつかの実施形態では、5’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Op)mであり、Rpは、5’末端からオリゴヌクレオチドの1番目のヌクレオチド間結合の結合リンの配置である。いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、mは、2である;いくつかの実施形態では、mは、3である;いくつかの実施形態では、mは、4である;いくつかの実施形態では、mは、5である;いくつかの実施形態では、mは、6である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Np)nを含むか又はそれであり、Npは、Rp又はSpであり、Opは結合リンがアキラルであることを表し(例えば、天然のリン酸結合の結合リンの場合)、n及びmの各々は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)nを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)nを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)を含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)を含むか又はそれであり、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Np)nであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)nであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)nであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)である。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)である。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Sp)であり、Spは、5’末端からオリゴヌクレオチドの最後のヌクレオチド間結合の結合リンの配置である。いくつかの実施形態では、3’-ウィングの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)m(Rp)であり、Rpは、5’末端からオリゴヌクレオチドの最後のヌクレオチド間結合の結合リンの配置である。いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、mは、2である;いくつかの実施形態では、mは、3である;いくつかの実施形態では、mは、4である;いくつかの実施形態では、mは、5である;いくつかの実施形態では、mは、6である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp/Op)n又は(Rp/Op)n(Sp)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n又は(Rp)n(Sp)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)m(Op)n又は(Op)n(Sp)mを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Np)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Np)tを含むか又はそれであり、yは、1~50であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Np)t[(Rp)n(Sp)m]y又は[(Rp)n(Sp)m]y(Np)tを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれであり、kは、1~50であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、[(Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、コア領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、コア領域を含み、コア領域中の各糖は、2’-OR(式中、Rは、本開示に記載されるとおりである)を含有しない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、コア領域を含み、コア領域中の各糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)(Sp)mを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)mを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Np)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Np)tを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Np)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Np)tを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Np)t[(Rp)n(Sp)m]y又は[(Rp)n(Sp)m]y(Np)tを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y、又は(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)kを含む。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)を含む。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]yを含む。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]yを含む。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)kを含む。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)を含む。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)kである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)である。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp)n(Sp)m]yである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]yである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)kである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)である。いくつかの実施形態では、各nは、1である。いくつかの実施形態では、各tは、1である。いくつかの実施形態では、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、t及びnの各々は、1である。いくつかの実施形態では、各mは、2以上である。いくつかの実施形態では、kは、1である。いくつかの実施形態では、kは、2~10である。
いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n(Sp)m、(Np)t[(Rp)n(Sp)m]2、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]2、(Np)t(Op)n(Sp)m、(Sp)t(Op)n(Sp)m、(Np)t[(Op)n(Sp)m]2、又は(Sp)t[(Op)n(Sp)m]2を含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)m(Op/Rp)n(Sp)mである。いくつかの実施形態では、パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)1-5(Op/Rp)n(Sp)mである。いくつかの実施形態では、パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)2-5(Op/Rp)n(Sp)mである。いくつかの実施形態では、パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)2(Op/Rp)n(Sp)mである。パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)3(Op/Rp)n(Sp)mである。いくつかの実施形態では、パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)4(Op/Rp)n(Sp)mである。いくつかの実施形態では、パターンは、(Np)t(Op/Rp)n(Sp)5(Op/Rp)n(Sp)mである。
いくつかの実施形態では、Npは、Spである。いくつかの実施形態では、(Op/Rp)は、Opある。いくつかの実施形態では、(Op/Rp)は、Rpある。いくつかの実施形態では、NpはSpであり、(Op/Rp)はRpである。いくつかの実施形態では、NpはSpであり、(Op/Rp)はOpである。いくつかの実施形態では、NpはSpであり、少なくとも1つの(Op/Rp)はRpであり、少なくとも1つの(Op/Rp)はOpである。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、又は(Sp)t(Rp)n(Sp)m(式中、m>2)を含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、又は(Sp)t(Rp)n(Sp)m(式中、nは1であり、少なくとも1つのtは>1であり、少なくとも1つのmは>2である)を含むか又はそれである。
いくつかの実施形態では、その骨格のキラル中心のパターンがRpで始まるコア領域を含むオリゴヌクレオチドは、高い活性及び/又は向上した特性を提供することができる。いくつかの実施形態では、その骨格のキラル中心のパターンがRpで終わるコア領域を含むオリゴヌクレオチドは、高い活性及び/又は向上した特性を提供することができる。いくつかの実施形態では、その骨格のキラル中心のパターンがRpで始まるコア領域を含むオリゴヌクレオチドは、その特性、例えば、安定性に著しい影響を及ぼすことなく高い活性(例えば、標的切断)を提供する。いくつかの実施形態では、その骨格のキラル中心のパターンがRpで終わるコア領域を含むオリゴヌクレオチドは、その特性、例えば、安定性に著しい影響を及ぼすことなく高い活性(例えば、標的切断)を提供する。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、Rpで始まり、Spで終わる。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、Rpで始まり、Rpで終わる。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、Spで始まり、Rpで終わる。通常、骨格のキラル中心のパターンに関して、コアヌクレオシド及びウィングヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、コア領域のパターンに含まれる。本開示に記載されるとおりの多くの実施形態では(例えば、表1の様々なオリゴヌクレオチド)、そのような連結ヌクレオチド間結合によって連結されるウィング糖は、同じ連結ヌクレオチド間結合によって連結されるコア糖とは異なる構造を有する(例えば、いくつかの実施形態では、ウィング糖は、2’-修飾を含む一方で、コア糖は、同じ2’-修飾を含有しないか又は2’位で2つの-Hを有する)。いくつかの実施形態では、ウィング糖は、コア糖が含有しない糖修飾を含む。いくつかの実施形態では、ウィング糖は、修飾された糖である一方で、コア糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、ウィング糖は、2’位で糖修飾を含み(2’位で2つ未満の-H)、コア糖は、2’位で修飾を有しない(2’位で2つの-H)。
いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、追加のRpヌクレオチド間結合は、2’-置換を含有しない糖(例えば、コア糖)及び2’-修飾を含む糖(例えば、2’-OR’、式中、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族(例えば、2’-OMe、2’-MOEなど)であり、ウィング糖であり得る)を連結する。いくつかの実施形態では、2’-置換を含有しない糖を5’末端に(例えば、糖の3’-炭素に)連結し且つ2’-修飾を含む糖を3’末端に(例えば、糖の5’-炭素に)連結するヌクレオチド間結合は、Rpヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、2’-置換を含有しない糖を3’末端に(例えば、糖の5’-炭素に)連結し且つ2’-修飾を含む糖を5’末端に(例えば、糖の3’-炭素に)連結するヌクレオチド間結合は、Rpヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、2’-置換を含有しない糖及び2’-修飾を含む糖を連結する各ヌクレオチド間結合は、独立して、Rpヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、Rpヌクレオチド間結合は、Rpホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)、(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)、又は(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)を含むか又はそれであり、kは、1~50であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)、(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)、又は(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)を含むか又はそれであり、f、g、h及びjの各々は、独立して、1~50であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりであり、オリゴヌクレオチドは、その骨格のキラル中心のパターンが本開示に記載されるとおりの[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y、又は(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれであるコア領域を含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)[(Rp)n(Sp)m]y(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Op)(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、各nは、1である。いくつかの実施形態では、kは、1である。いくつかの実施形態では、kは、2~10である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)j、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)j、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)j、又は(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jを含むか又はそれであり、f、g、h及びjの各々は、独立して、1~50であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)j、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)j、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)j、又は(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jを含むか又はそれであり、オリゴヌクレオチドは、その骨格のキラル中心のパターンが本開示に記載されるとおりの[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y、又は(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれであるコア領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)j、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)j、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)j、又は(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jであり、オリゴヌクレオチドは、その骨格のキラル中心のパターンが、本開示に記載されるとおりの[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y、又は(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)kを含むか又はそれであるコア領域を含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Np)jであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのNpは、Spである。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのNpは、Rpである。いくつかの実施形態では、5’の最多数のNpは、Spである。いくつかの実施形態では、3’の最多数のNpは、Spである。いくつかの実施形態では、各Npは、Spである。いくつかの実施形態では、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、(Np)f(Op)g[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)jは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Op)h(Np)jは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、(Np)f(Op)g(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)(Op)g(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)(Op)h(Sp)である。いくつかの実施形態では、各nは、1である。いくつかの実施形態では、fは、1である。いくつかの実施形態では、gは、1である。いくつかの実施形態では、gは、1より大きい。いくつかの実施形態では、gは、2である。いくつかの実施形態では、gは、3である。いくつかの実施形態では、gは、4である。いくつかの実施形態では、gは、5である。いくつかの実施形態では、gは、6である。いくつかの実施形態では、gは、7である。いくつかの実施形態では、gは、8である。いくつかの実施形態では、gは、9である。いくつかの実施形態では、gは、10である。いくつかの実施形態では、hは、1である。いくつかの実施形態では、hは、1より大きい。いくつかの実施形態では、hは、2である。いくつかの実施形態では、hは、3である。いくつかの実施形態では、hは、4である。いくつかの実施形態では、hは、5である。いくつかの実施形態では、hは、6である。いくつかの実施形態では、hは、7である。いくつかの実施形態では、hは、8である。いくつかの実施形態では、hは、9である。いくつかの実施形態では、hは、10である。いくつかの実施形態では、jは、1である。いくつかの実施形態では、kは、1である。いくつかの実施形態では、kは、2~10である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその領域(例えば、コア)の骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yRp、[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]y(Rp)k(Op)h(Np)jを含むか又はそれであり、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態では、提供される骨格のキラル中心のパターンにおいて、少なくとも1つの(Rp/Op)は、Rpである。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの(Rp/Op)は、Opである。いくつかの実施形態では、各(Rp/Op)は、Rpである。いくつかの実施形態では、各(Rp/Op)は、Opである。いくつかの実施形態では、パターンの[(Rp)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]yの少なくとも1つは、RpSpである。いくつかの実施形態では、パターンの[(Rp)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]yの少なくとも1つは、RpSpSpである。いくつかの実施形態では、パターンにおける[(Rp)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]yの少なくとも1つは、RpSpであり、且つパターンにおける[(Rp)n(Sp)m]y又は[(Rp/Op)n(Sp)m]yの少なくとも1つは、RpSpSpであるか又はそれを含む。例えば、いくつかの実施形態では、パターンにおける[(Rp)n(Sp)m]yは、(RpSp)[(Rp)n(Sp)m](y-1)であり;いくつかの実施形態では、パターンにおける[(Rp)n(Sp)m]yは、(RpSp)[RpSpSp(Sp)(m-2)][(Rp)n(Sp)m](y-2)である。いくつかの実施形態では、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)は、(Sp)t(RpSp)[(Rp)n(Sp)m](y-1)(Rp)である。いくつかの実施形態では、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y(Rp)は、(Sp)t(RpSp)[RpSpSp(Sp)(m-2)][(Rp)n(Sp)m](y-2)(Rp)である。いくつかの実施形態では、各[(Rp/Op)n(Sp)m]は、独立して、[Rp(Sp)m]である。いくつかの実施形態では、(Sp)tの1番目のSpは、5’から3’のオリゴヌクレオチドの1番目のヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学を表す。いくつかの実施形態では、(Sp)tの1番目のSpは、5’から3’の領域、例えば、コアの1番目のヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学を表す。いくつかの実施形態では、(Np)jの最後のNpは、5’から3’のオリゴヌクレオチドの最後のヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学を表す。いくつかの実施形態では、最後のNpは、Spである。いくつかの実施形態では、コアの骨格のキラル中心のパターンは、[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、mは、2以上である。いくつかの実施形態では、mは、2、3、4、5、6、7、8、9、10である。いくつかの実施形態では、tは、1以上である。いくつかの実施形態では、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。いくつかの実施形態では、約又は少なくとも約1~20個、例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合が存在し、その各々は、独立して、1つ以上のコア糖に(その配置が、[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yのRpであるコアヌクレオチド間結合の5’側に)結合される。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約1個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約2個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約3個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約4個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約5個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約6個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約7個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約8個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約9個である。いくつかの実施形態では、それは、約又は少なくとも約10個である。いくつかの実施形態では、配置が[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yのRpであるヌクレオチド間結合は、少なくとも1つのコア糖に結合される5番目、6番目、7番目、8番目、9番目、10番目、11番目又は12番目のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yの各Spは、独立して、少なくとも1つのコア糖に結合されるヌクレオチド間結合の配置である。いくつかの実施形態では、窒素を含む糖は、Rpヌクレオチド間結合に対して位置+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、+8、-1、-2、-3、-4、-5、-6、-7、又は-8にある(5’-...N+4+3+2+1-1-2-3-4...-3’、Rpは、N+1及びN-1を連結するヌクレオチド間結合の配置である)。いくつかの実施形態では、位置は、+1である。いくつかの実施形態では、位置は、+2である。いくつかの実施形態では、位置は、+3である。いくつかの実施形態では、位置は、+4である。いくつかの実施形態では、位置は、+5である。いくつかの実施形態では、位置は、+6である。いくつかの実施形態では、位置は、+7である。いくつかの実施形態では、位置は、+8である。いくつかの実施形態では、位置は、-1である。いくつかの実施形態では、位置は、-2である。いくつかの実施形態では、位置は、-3である。いくつかの実施形態では、位置は、-4である。いくつかの実施形態では、位置は、-5である。いくつかの実施形態では、位置は、-6である。いくつかの実施形態では、位置は、-7である。いくつかの実施形態では、位置は、-8である。いくつかの実施形態では、窒素を含む糖は、
Figure 2023526975000329

である。いくつかの実施形態では、窒素を含む糖は、sm01である。いくつかの実施形態では、それは、ヌクレオチド間結合(例えば、
Figure 2023526975000330

における)とともにsm01n001
Figure 2023526975000331

を形成する。いくつかの実施形態では、それは、
Figure 2023526975000332

(例えば、
Figure 2023526975000333

における)を形成する。
いくつかの実施形態では、各Rp及びSpは、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合(Xは、Sである)の配置である。いくつかの実施形態では、各Rp及びSpは、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の配置である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、5’-ウィングの)の骨格のキラル中心のパターンは、Sp(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、5’-ウィングの)の骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Op)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、3’-ウィングの)の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)Spであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、3’-ウィングの)の骨格のキラル中心のパターンは、(Op)Rpであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、コアの)の骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Sp)Rp(Sp)Rpであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、コアの)の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)Rp(Sp)Rpであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、コアの)の骨格のキラル中心のパターンは、(Sp)Rp(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は領域(例えば、コアの)の骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Sp)Rp(Sp)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Np(Op)Rp(Sp)Rp(Sp)Rp(Op)Npであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Np(Op)(Sp)Rp(Sp)Rp(Op)Npであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Np(Op)(Sp)Rp(Sp)(Op)Npであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Np(Op)Rp(Sp)Rp(Sp)(Op)Npであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Sp(Op)Rp(Sp)Rp(Sp)Rp(Op)Spであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Sp(Op)(Sp)Rp(Sp)Rp(Op)Spであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Sp(Op)(Sp)Rp(Sp)(Op)Spであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Sp(Op)Rp(Sp)Rp(Sp)(Op)Spであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Op)Rp(Sp)Rp(Sp)Rp(Op)Rpであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Op)(Sp)Rp(Sp)Rp(Op)Rpであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Op)(Sp)Rp(Sp)(Op)Rpであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、Rp(Op)Rp(Sp)Rp(Sp)(Op)Rpであるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、m、y、t、n、k、f、g、h、及びjの各々は、独立して、1~25である。
いくつかの実施形態では、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンにおいて、各mは、独立して、2以上である。いくつかの実施形態では、各mは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、各mは、独立して、2~3、2~5、2~6、又は2~10である。いくつかの実施形態では、mは、2である。いくつかの実施形態では、mは、3である。いくつかの実施形態では、mは、4である。いくつかの実施形態では、mは、5である。いくつかの実施形態では、mは、6である。いくつかの実施形態では、mは、7である。いくつかの実施形態では、mは、8である。いくつかの実施形態では、mは、9である。いくつかの実施形態では、mは、10である。いくつかの実施形態では、mが2つ以上存在する場合、それらは同じであってもよいし、又は異なっていてもよく、それらの各々は、独立して、本開示に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態では、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。いくつかの実施形態では、yは、1である。いくつかの実施形態では、yは、2である。いくつかの実施形態では、yは、3である。いくつかの実施形態では、yは、4である。いくつかの実施形態では、yは、5である。いくつかの実施形態では、yは、6である。いくつかの実施形態では、yは、7である。いくつかの実施形態では、yは、8である。いくつかの実施形態では、yは、9である。いくつかの実施形態では、yは、10である。
いくつかの実施形態では、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、各tは、独立して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。いくつかの実施形態では、tは、2以上である。いくつかの実施形態では、tは、1である。いくつかの実施形態では、tは、2である。いくつかの実施形態では、tは、3である。いくつかの実施形態では、tは、4である。いくつかの実施形態では、tは、5である。いくつかの実施形態では、tは、6である。いくつかの実施形態では、tは、7である。いくつかの実施形態では、tは、8である。いくつかの実施形態では、tは、9である。いくつかの実施形態では、tは、10である。いくつかの実施形態では、tが2つ以上存在する場合、それらは同じであってもよいし、又は異なっていてもよく、それらの各々は、独立して、本開示に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態では、nは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、nは、2である。いくつかの実施形態では、nは、3である。いくつかの実施形態では、nは、4である。いくつかの実施形態では、nは、5である。いくつかの実施形態では、nは、6である。いくつかの実施形態では、nは、7である。いくつかの実施形態では、nは、8である。いくつかの実施形態では、nは、9である。いくつかの実施形態では、nは、10である。いくつかの実施形態では、nが2つ以上存在する場合、それらは同じであってもよいし、又は異なっていてもよく、それらの各々は、独立して、本開示に記載されるとおりである。多くの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンにおいて、nの少なくとも1つの存在は、1であり;いくつかの場合において、各nは、1である。
いくつかの実施形態では、kは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、kは、1である。いくつかの実施形態では、kは、2である。いくつかの実施形態では、kは、3である。いくつかの実施形態では、kは、4である。いくつかの実施形態では、kは、5である。いくつかの実施形態では、kは、6である。いくつかの実施形態では、kは、7である。いくつかの実施形態では、kは、8である。いくつかの実施形態では、kは、9である。いくつかの実施形態では、kは、10である。
いくつかの実施形態では、fは、1~20である。いくつかの実施形態では、fは、1~10である。いくつかの実施形態では、fは、1~5である。いくつかの実施形態では、fは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、fは、1である。いくつかの実施形態では、fは、2である。いくつかの実施形態では、fは、3である。いくつかの実施形態では、fは、4である。いくつかの実施形態では、fは、5である。いくつかの実施形態では、fは、6である。いくつかの実施形態では、fは、7である。いくつかの実施形態では、fは、8である。いくつかの実施形態では、fは、9である。いくつかの実施形態では、fは、10である。
いくつかの実施形態では、gは、1~20である。いくつかの実施形態では、gは、1~10である。いくつかの実施形態では、gは、1~5である。いくつかの実施形態では、gは、2~10である。いくつかの実施形態では、gは、2~5である。いくつかの実施形態では、gは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、gは、1である。いくつかの実施形態では、gは、2である。いくつかの実施形態では、gは、3である。いくつかの実施形態では、gは、4である。いくつかの実施形態では、gは、5である。いくつかの実施形態では、gは、6である。いくつかの実施形態では、gは、7である。いくつかの実施形態では、gは、8である。いくつかの実施形態では、gは、9である。いくつかの実施形態では、gは、10である。
いくつかの実施形態では、hは、1~20である。いくつかの実施形態では、hは、1~10である。くつかの実施形態では、hは、1~5である。くつかの実施形態では、hは、2~10である。いくつかの実施形態では、hは、2~5である。いくつかの実施形態では、hは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、hは、1である。いくつかの実施形態では、hは、2である。いくつかの実施形態では、hは、3である。いくつかの実施形態では、hは、4である。いくつかの実施形態では、hは、5である。いくつかの実施形態では、hは、6である。いくつかの実施形態では、hは、7である。いくつかの実施形態では、hは、8である。いくつかの実施形態では、hは、9である。いくつかの実施形態では、hは、10である。
いくつかの実施形態では、jは、1~20である。いくつかの実施形態では、jは、1~10である。いくつかの実施形態では、jは、1~5である。いくつかの実施形態では、jは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、jは、1である。いくつかの実施形態では、jは、2である。いくつかの実施形態では、jは、3である。いくつかの実施形態では、jは、4である。いくつかの実施形態では、jは、5である。いくつかの実施形態では、jは、6である。いくつかの実施形態では、jは、7である。いくつかの実施形態では、jは、8である。いくつかの実施形態では、jは、9である。いくつかの実施形態では、jは、10である。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのnは1であり、且つ少なくとも1つのmは2以上である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのnは1であり、少なくとも1つのtは2以上であり、且つ少なくとも1つのmは、3以上である。いくつかの実施形態では、各nは、1である。いくつかの実施形態では、tは、1である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのtは、>1である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのtは、>2である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのtは、>3である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのtは、>4である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのmは、>1である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのmは、>2である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのmは、>3である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのmは、>4である。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、1つ以上のアキラルな天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、m、t、及びn(又はパターンにない場合、m及びn)の合計は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20以上である。いくつかの実施形態では、合計は、5である。いくつかの実施形態では、合計は、6である。いくつかの実施形態では、合計は、7である。いくつかの実施形態では、合計は、8である。いくつかの実施形態では、合計は、9である。いくつかの実施形態では、合計は、10である。いくつかの実施形態では、合計は、11である。いくつかの実施形態では、合計は、12である。いくつかの実施形態では、合計は、13である。いくつかの実施形態では、合計は、14である。いくつかの実施形態では、合計は、15である。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合におけるいくつかの結合リンは、Spである。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%は、Sp結合リンを有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%若しくは95%、又は100%は、Sp結合リンを有する。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%は、Spの結合リンを有するキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、中性のヌクレオチド間結合、n001など)の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%は、Rp結合リンを有する。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも5個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも6個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも7個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも8個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも9個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも10個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも11個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも12個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも13個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも14個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも15個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のヌクレオチド間結合は、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以下のヌクレオチド間結合は、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ1個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ2個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ3個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ4個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ5個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのRpキラルヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのRpキラルヌクレオチド間結合は、独立して、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのRpキラルヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ1つのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2つ以上のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3つ以上のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4つ以上のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5つ以上のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約5%~50%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約5%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約10%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約15%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約20%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約25%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約30%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約35%~40%は、Rpである。
いくつかの実施形態では、Rpヌクレオチド間結合の代わりに、天然のリン酸結合が、任意選択により修飾、例えば、糖修飾(例えば、本明細書に記載されるとおりのR5sなどの5’-修飾)を伴って同様に利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾は、天然のリン酸結合の安定性を向上させる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約25%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約30%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約40%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約50%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約60%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約65%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約70%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約75%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約80%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約85%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約90%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも約95%は、キラル制御され、Spの結合リンを有する。
追加の化学的部分
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の追加の化学的部分を含む。様々な追加の化学的部分、例えば、標的化部分、炭水化物部分、脂質部分などは、当技術分野で知られており、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性、例えば、安定性、半減期、活性、送達、薬力学特性、薬物動態特性などを調節するために本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の化学的部分は、所望の細胞、組織及び/又は器官へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの内部移行を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド安定性を増大させる。いくつかの実施形態では、本開示は、様々な追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込むための技術を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、参照オリゴヌクレオチド、例えば、追加の化学的部分を有しないが、他の点では同一である参照オリゴヌクレオチドと比較して、組織又は器官(例えば、眼又はその一部)への送達及び/又は組織又は器官(例えば、眼又はその一部)中での活性の増大を示す追加の化学的部分を含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドに組み込まれるとき、1つ以上の特性を向上させることができる炭水化物部分、標的化部分などである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、グルコース、GluNAc(N-アセチルアミングルコサミン)及びアニスアミド部分から選択される。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、標的化部分である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、炭水化物部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、脂質部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、シグマ受容体、アシアロ糖タンパク質受容体などの細胞受容体のためのリガンド部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンド部分は、シグマ受容体のためのリガンド部分であり得るアニスアミド部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンド部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンドは、GalNAcであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンドは、
Figure 2023526975000334

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2つ以上(例えば、2、3、4、5以上)の追加の部分(例えば、GalNAc、
Figure 2023526975000335

など)(例えば、Mod001、Mod155などを含むオリゴヌクレオチド)を含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、GalNac部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000336

(式中、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000337

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000338

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000339

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000340

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000341

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000342

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000343

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000344

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000345

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000346

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000347

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000348

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000349

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000350

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000351

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2023526975000352

であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000353

であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、炭化水素部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、疎水性部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、脂質部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、炭化水素、疎水性又は脂質部分は、C1~100、例えば、約C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15~約C15、C16、C17、C18、C19、C20、C25、C35、C40、C45、若しくはC50、又は約C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C25、C35、C40、C45、若しくはC50の任意選択により置換された脂肪族である。いくつかの実施形態では、それは、直鎖状である。いくつかの実施形態では、それは、分岐状ある。いくつかの実施形態では、それは、環状部分を含まない。いくつかの実施形態では、それは、飽和である。いくつかの実施形態では、それは、1つ以上の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、それは、CH-(CH11-である。
追加の部分は、任意選択によりリンカー部分を介して様々な位置でオリゴヌクレオチド鎖に連結され得る。いくつかの実施形態では、例えば、WV-28763の場合、追加の部分は、リンカー(例えば、L009及びn009)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結される。いくつかの実施形態では、追加の部分は、1つ以上の個々の標的、炭水化物、脂質、及び/又は炭化水素部分を含んでもよく、その各々は、同じであってもよいし、又は異なっていてもよい(例えば、WV-28763を参照のこと)。
いくつかの実施形態では、追加の部分は、各々が独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)の構造を有する1つ以上の部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000354

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000355

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000356

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000357

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000358

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000359

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000360

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、
Figure 2023526975000361

であるか又はそれを含む。
ある特定の有用な追加の化学的部分は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載され、その各々の追加の化学的部分、並びにその連結及び使用は独立して参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、系、細胞、組織、器官、対象などに投与された後、オリゴヌクレオチド、例えば、オリゴヌクレオチド鎖の残部から切断される。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、ある特定の細胞への送達を促進し、増大させ、及び/又は加速し、オリゴヌクレオチドのそのような細胞への送達の後、追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドから切断される。いくつかの実施形態では、リンカー部分は、望ましい位置(例えば、ある特定の型の細胞、リソソームなどの細胞内区画などの中)及び/又はタイミングで切断され得る1つ以上の切断可能な部分を含む。いくつかの実施形態では、切断可能な部分は、ポリペプチド、例えば、ヌクレアーゼなどの酵素によって選択的に切断される。多くの有用な切断可能な部分及び切断可能なリンカーが、報告され、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、切断可能な部分は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステル、ジスルフィド、カルバマートなどから選択される1つ以上の官能基であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、国際公開第2012/030683号、国際公開第2021/030778号、国際公開第2020/154344号、国際公開第2020/154343号、国際公開第2020/154342号、国際公開第2020/165077号、国際公開第2020/201406号、国際公開第2020/216637号、又は国際公開第2020/252376号に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、追加の化学的部分は、リンカー、例えば、本明細書に記載されるとおりのL001、L009、L016、L017、L018、L019、L023、又はLを介してオリゴヌクレオチド鎖に連結される。いくつかの実施形態では、リンカーは、以下のものであるか又はそれを含む:
L012:-CHCHOCHCHOCHCH-。L012が、オリゴヌクレオチドの中程に存在するとき、その2つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))に結合される;
L022:
Figure 2023526975000362

L022は、別段の指定がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される;
L025:
Figure 2023526975000363

式中、-CH-の連結部位が、糖(例えば、DNA糖)のC5連結部位として利用され、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、環上の連結部位は、C3連結部位として利用され、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、各々は独立して、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))を介する。L025が、いずれの修飾も有しないa5’末端であるとき、その-CH-の連結部位は、-OHに結合される。例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおけるL025L025L025-は、
Figure 2023526975000364

(様々な塩形態として存在し得る)の構造を有し、指定の結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’-炭素に連結される。
オリゴヌクレオチド
とりわけ、本開示は、様々なデザインのオリゴヌクレオチドを提供し、それらは、様々な核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合修飾並びにそのパターン、及び/又は様々な追加の化学的部分及びそのパターンを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、窒素を含む糖及びそのような窒素に結合される修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、非環式糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおりの修飾のパターン(例えば、糖及び/又はヌクレオチド間結合修飾の)及び/又は骨格のキラル中心のパターンを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸に対してアンチセンスである塩基配列を有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、二本鎖、例えば、siRNAである。提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、様々な機構を介して多くの目的及び機能について利用され得る。いくつかの実施形態では、それらは、標的核酸及び/又はその産物のレベル、発現、活性などを低減することができる(例えば、RNase H、RNAiなどを介して)。いくつかの実施形態では、それらは、所望の標的核酸及び/又はその産物のレベル、発現、活性などを増大させることができる(例えば、エクソンスキッピング、エクソンインクルージョン、編集などを介して)。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも1個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも2個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも3個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも4個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも5個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個の連続した修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合及び少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個の連続したホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラルに純粋(又は「立体的に純粋」、「立体化学的に純粋」)であり、オリゴヌクレオチドは、単一の立体異性形態として存在する(多くの場合、複数のキラル中心がオリゴヌクレオチド中で、例えば、結合リン、糖、炭素などで存在し得るため、単一のジアステレオ異性(又は「ジアステレオマーの」)形態)。当業者によって理解されるとおり、キラルに純粋なオリゴヌクレオチドは、その他の立体異性形態から分離される(化学的及び生物学的プロセス、選択性及び/又は精製などは、たとえあったとしても、絶対的に完全であることはまれであるため、いくつかの不純物が存在する可能性がある程度まで)。キラルに純粋なオリゴヌクレオチドにおいて、各キラル中心は、独立して、その配置に関して定義される(キラルに純粋なオリゴヌクレオチドに関して、各ヌクレオチド間結合は、独立して、立体的に規制されるか又はキラル制御される)。立体的に規制された結合リンを含むキラル制御され且つキラルに純粋なオリゴヌクレオチドとは対照的に、例えば、従来の硫化(立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合を生成する)と組み合わせたカップリング工程の間に立体化学的制御を伴わない従来のホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成に由来するキラル結合リンを含むラセミ(又は「立体的に不規則な」、「キラル制御されない」)オリゴヌクレオチドは、様々な立体異性体の不規則な混合物を指す(典型的には、複数のキラル中心がオリゴヌクレオチド中にあるため、ジアステレオ異性体(又は「ジアステレオマー」);例えば、ヌクレオチド及び結合リンにおけるもの以外にキラル元素を含有しない試薬を使用する従来のオリゴヌクレオチド調製に由来する)。例えば、A*A*Aに関して(*は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合(キラル結合リンを含む)である)、ラセミオリゴヌクレオチドの調製は、4種のジアステレオマー[2=4、2つのキラル結合リンを考慮して、その各々は、2種の配置(Sp又はRp)のいずれかにおいて存在し得る]:A*S A*S A、A*S A*R A、A*R A*S A、及びA*R A*R A(*Sは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を表し、*Rは、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を表す)を含む。キラルに純粋なオリゴヌクレオチド、例えば、A*S A*S Aに関して、それは、単一の立体異性形態で存在し、それは他の立体異性体(例えば、ジアステレオマーA*S A*R A、A*R A*S A、及びA*R A*R A)から分離される。いくつかの実施形態では、Spのホスホロチオエートは、*S又は* Sとして与えられる。いくつかの実施形態では、Rpのホスホロチオエートは、*R又は* Rとして与えられる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2~30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5~30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10~30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の約1~100%は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%~100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、965、96%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、965、96%、98%、又は99%である。
いくつかの実施形態では、結合リンの立体化学は、オリゴヌクレオチド合成中、例えば、カップリング工程で制御され得る。いくつかの実施形態では、カップリング工程は、結合リンで60%の立体選択性(他のキラル中心があるとき、ジアステレオ選択性)を有する。そのようなカップリング工程の後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、60%の立体化学的純度(オリゴヌクレオチドに関して、典型的には、他のキラル中心の存在に鑑みてジアステレオマー純度)を有すると参照され得る。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも60%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも70%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも80%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも85%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも90%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも91%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも92%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも93%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも94%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも95%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも96%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも97%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも98%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも99%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも99.5%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、実質的に100%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、カップリング工程は、実質的に100%の立体選択性を有し、この場合、分析方法(例えば、NMR、HPLCなど)により、分析されるカップリング工程からのそれぞれの検出可能な生成物が、意図される立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は通常、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99.5%又は実質的に100%の立体選択性を有して形成される(いくつかの実施形態では、少なくとも90%;いくつかの実施形態では、少なくとも95%;いくつかの実施形態では、少なくとも96%;いくつかの実施形態では、少なくとも97%;いくつかの実施形態では、少なくとも98%;いくつかの実施形態では、少なくとも99%)。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンで少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99.5%又は実質的に100%の立体化学的純度(複数のキラル中心を有するオリゴヌクレオチドに関しては典型的にはジアステレオマー純度)を有する(いくつかの実施形態では、少なくとも90%;いくつかの実施形態では、少なくとも95%;いくつかの実施形態では、少なくとも96%;いくつかの実施形態では、少なくとも97%;いくつかの実施形態では、少なくとも98%;いくつかの実施形態では、少なくとも99%)。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、そのキラル結合リンで少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99.5%又は実質的に100%の立体化学的純度(複数のキラル中心を有するオリゴヌクレオチドに関しては典型的にはジアステレオマー純度)を有する(いくつかの実施形態では、少なくとも90%;いくつかの実施形態では、少なくとも95%;いくつかの実施形態では、少なくとも96%;いくつかの実施形態では、少なくとも97%;いくつかの実施形態では、少なくとも98%;いくつかの実施形態では、少なくとも99%)。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は通常、60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有して形成される(いくつかの実施形態では、60%未満;いくつかの実施形態では、70%未満;いくつかの実施形態では、80%未満;いくつかの実施形態では、85%未満;いくつかの実施形態では、90%未満)。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されていないヌクレオチド間結合は、独立して、60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有して形成される(いくつかの実施形態では、60%未満;いくつかの実施形態では、70%未満;いくつかの実施形態では、80%未満;いくつかの実施形態では、85%未満;いくつかの実施形態では、90%未満)。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンで60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体化学的純度(通常、複数のキラル中心を有するオリゴヌクレオチドに関するジアステレオマー純度)を有する(いくつかの実施形態では、60%未満;いくつかの実施形態では、70%未満;いくつかの実施形態では、80%未満;いくつかの実施形態では、85%未満;いくつかの実施形態では、90%未満)。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されていないヌクレオチド間結合は、独立して、そのキラル結合リンで60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体化学的純度(通常、複数のキラル中心を有するオリゴヌクレオチドに関するジアステレオマー純度)を有する(いくつかの実施形態では、60%未満;いくつかの実施形態では、70%未満;いくつかの実施形態では、80%未満;いくつかの実施形態では、85%未満;いくつかの実施形態では、90%未満)。
いくつかの実施形態では、単量体の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個のカップリング(当業者によって理解されるとおり、多くの実施形態において、オリゴヌクレオチド合成に関してはホスホラミダイト)は、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する[オリゴヌクレオチド合成に関して、形成される結合リンのキラル中心については典型的にはジアステレオ選択性]。いくつかの実施形態では、少なくとも1個のカップリングは、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも2個のカップリングは、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも3個のカップリングは、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個のカップリングは、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個のカップリングは、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリングは、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されていないヌクレオチド間結合は、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有して形成される。いくつかの実施形態では、立体選択性は、約60%未満である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、約70%未満である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、約80%未満である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、約90%未満である。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のカップリングは、独立して、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも1個のカップリングは、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも2個のカップリングは、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも3個のカップリングは、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個のカップリングは、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個のカップリングは、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリングは、独立して、約90%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のカップリングは、独立して、約85%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリングは、独立して、約85%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のカップリングは、独立して、約80%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリングは、独立して、約80%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のカップリングは、独立して、約70%未満の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリングは、独立して、約70%未満の立体選択性を有する。
いくつかの実施形態では、立体化学的純度、例えば、ジアステレオマー純度は、約60%~100%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、約60%~100%である。いくつかの実施形態では、キラル制御された結合リンのジアステレオマー純度は、約60%~100%、典型的には、85%~100%又は90%~100%である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合のジアステレオマー純度は、約90%~100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、93%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、93%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも90%、91%、92%、93%、93%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも91%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも92%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも93%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも94%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも96%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも97%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも98%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも99%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも99.5%である。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、カップリングのジアステレオ選択性又はキラル結合リンの中心のジアステレオマー純度は、二量体形成のジアステレオ選択性又は同じ若しくは比較可能な条件下で調製される二量体のジアステレオマー純度を介して評価することができ、二量体は、同じヌクレオシド及びヌクレオチド間結合を有する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、不斉補助剤、例えば、反応、例えば、オリゴヌクレオチド合成サイクルにおけるカップリング反応の立体選択性を制御するために使用される不斉補助剤を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、不斉補助剤を含む。
様々な技術が、キラル元素の立体化学(例えば、キラル結合リンの配置)及び/又は骨格のキラル中心のパターンを同定するか又は確認するため、及び/又は立体選択性(例えば、オリゴヌクレオチド合成におけるカップリング工程のジアステレオ選択性)及び/又は立体化学的純度(例えば、ヌクレオチド間結合、化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)などのジアステレオマー純度)を評価するために利用され得る。技術の例としては、NMR[例えば、1D(1次元)及び/又は2D(2次元)H-31P HETCOR(異種核相関分光法)]、HPLC、RP-HPLC、質量分析、LC-MS、及び立体特異的ヌクレアーゼによるヌクレオチド間結合の切断などが挙げられ、それらは、個別に又は組み合わせて利用され得る。有用なヌクレアーゼの例としては、Rpの結合リンを有するある特定のヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエート結合)に特異的なベンゾナーゼ、小球菌ヌクレアーゼ、及びsvPDE(ヘビ毒ホスホジエステラーゼ);並びにSpの結合リンを有するヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエート結合)に特異的なヌクレアーゼP1、マングビーンヌクレアーゼ、及びヌクレアーゼS1が挙げられる。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、少なくともいくつかの場合において、特定のヌクレアーゼによるオリゴヌクレオチドの切断が、構造的要素、例えば、化学修飾(例えば、糖の2’-修飾)、塩基配列、又は立体化学的文脈によって影響される場合があることを認める。例えば、いくつかの場合において、Rpの結合リンを有するヌクレオチド間結合に特異的なベンゾナーゼ及び小球菌ヌクレアーゼは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合に隣接する単離されたRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を切断できなかった。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体に連結される。いくつかの実施形態では、固体支持体は、オリゴヌクレオチド合成のための支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ガラスを含む。いくつかの実施形態では、固体支持体は、CPG(コントロールドポアガラス)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリマーである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリスチレンである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、高度に架橋したポリスチレン(HCP)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス(CPG)と高度に架橋したポリスチレン(HCP)のハイブリッド支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、金属フォームである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、樹脂である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。
本開示で使用する場合、いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、1~200、1~150、1~100、1~90、1~80、1~70、1~60、1~50、1~40、1~30であるか、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25であるか若しくは約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、1である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、2である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、3である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、4である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、5である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、6である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、7である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、8である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、9である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、10である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも1である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも2である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも3である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも4である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも5である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも6である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも7である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも8である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも9である。いくつかの実施形態では、「1つ以上」は、少なくとも10である。
本開示で使用する場合、いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、1~200、1~150、1~100、1~90、1~80、1~70、1~60、1~50、1~40、1~30であるか、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25であるか若しくは約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、1である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、2である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、3である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、4である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、5である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、6である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、7である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、8である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、9である。いくつかの実施形態では、「少なくとも1つ」は、10である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、それらの塩形態として存在する負に荷電したヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合など)を含む塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、金属塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、金属塩、例えば、ナトリウム塩として提供され、それぞれの負に荷電したヌクレオチド間結合は、独立して、塩形態で存在する(例えば、ナトリウム塩に関して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合については-O-P(O)(SNa)-O-、天然のリン酸結合については-O-P(O)(ONa)-O-など)。
いくつかの実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上の立体的に不規則なヌクレオチド間結合(ヌクレオチド間結合でのRp及びSp結合リンの混合物、例えば、従来のキラル制御されないオリゴヌクレオチド合成に由来する)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25以上)のキラル制御されたヌクレオチド間結合(ヌクレオチド間結合でのRp又はSp結合リン、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成に由来する)を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000365

又はその塩(式中、
BAは、任意選択により置換されたか又は保護された核酸塩基であり;
T5は、任意選択により置換されたか又は保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
T3は、水素、任意選択により置換されたか若しくは保護されたか又はヌクレオシドヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
INLは、-Y-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-(式中、-C(O)-は窒素原子に結合される)、-C(O)-N(R’)-、又は-LL1-CyIL-LL2-であり、
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
は、アニオンであり;
X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される、任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000366

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000367

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000368

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000369

又はその塩の構造を有する。
いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、Zは、Oである。
いくつかの実施形態では、RT5は、任意選択により置換された-OHである。いくつかの実施形態では、RT5は、任意選択により置換された-OHである。いくつかの実施形態では、RT5は、-OHである。いくつかの実施形態では、RT5は、任意選択により置換されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、RT5は、任意選択により保護されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、RT5は、任意選択により置換されたオリゴヌクレオチド部分である。オリゴヌクレオチド部分は、本明細書に記載されるとおりの1つ以上の糖、核酸塩基及び/又は結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合など、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して且つ任意選択により、キラル制御される)、及び/又はそのパターンを含み得る。いくつかの実施形態では、RT5は、本明細書に記載されるとおりの骨格のキラル中心のパターンを含む。いくつかの実施形態では、Rは、1つ以上の追加の化学的部分、例えば、GalNAcを含む。いくつかの実施形態では、RT5は、R’である。いくつかの実施形態では、RT5は、5’末端基(例えば、RNAiに好適なもの)である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分などは、リンカー、例えば、Lを介して連結され得る。
いくつかの実施形態では、RT3は、-Hである。いくつかの実施形態では、RT3は、R’である。いくつかの実施形態では、RT3は、-OHである。いくつかの実施形態では、RT3は、任意選択により置換されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、RT3は、任意選択により保護されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、RT3は、任意選択により置換されたヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、RT3は、任意選択により保護されたヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、RT3は、任意選択により置換されたオリゴヌクレオチド部分である。オリゴヌクレオチド部分は、本明細書に記載されるとおりの1つ以上の糖、核酸塩基及び/又は結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合など、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して且つ任意選択により、キラル制御される)、及び/又はそのパターンを含み得る。いくつかの実施形態では、RT3は、本明細書に記載されるとおりの骨格のキラル中心のパターンを含む。いくつかの実施形態では、Rは、1つ以上の追加の化学的部分、例えば、GalNAcを含む。いくつかの実施形態では、RT3は、R’である。いくつかの実施形態では、RT3は、5’末端基(例えば、RNAiに好適なもの)である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分などは、リンカー、例えば、Lを介して連結され得る。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド、ヌクレオシド、追加の化学的部分又はオリゴヌクレオチド部分は、任意選択によりリンカー、例えば、Lを介して、支持体、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なものに連結される。いくつかの実施形態では、支持体は、固体支持体である。本明細書に記載されるとおりのある特定の支持体及びリンカー。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000370

又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)を含む。いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000371

又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)を含む。いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000372

又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)を含む。いくつかの実施形態では、化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2023526975000373

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、Zは、Oである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%、又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%が純粋である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%、又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%がジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合は、1個以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25以上)のキラルヌクレオチド間結合を含むか又はそれらからなり、その各々は、独立して、約又は少なくとも約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.5%、典型的には、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.5%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、1個以上又はそれぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.5%のジアステレオマー純度を有する。いくつかの実施形態では、-O-P(=O)-(X-L-R)-O-の構造を有する1個以上又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.5%のジアステレオマー純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも85%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも90%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも95%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも96%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも97%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも98%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、少なくとも99%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、(DS)CILのジアステレオ純度を有し、DSは、本開示に記載されるとおりのジアステレオ純度(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は99.5%以上)であり、CILは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25以上)である。いくつかの実施形態では、DSは、95%~100%である。
オリゴヌクレオチド組成物
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示に記載される複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない(立体的に不規則)。
天然のリン酸結合の結合リンは、アキラルである。多くの修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合リンは、キラルである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物の調製の間(例えば、従来のホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成において)、キラル結合リンの配置は、意図的に設計又は制御されず、様々な立体異性体(ジアステレオ異性体)の複雑で不規則な混合物であるキラル制御されていない(立体的に不規則な)オリゴヌクレオチド組成物(実質的にラセミの調製物)をもたらし、n個のキラルヌクレオチド間結合(結合リンがキラルである)を有するオリゴヌクレオチドに関して、通常2個の立体異性体(例えば、nが10であるとき、210=1,032;nが20であるとき、220=1,048,576)がある。これらの立体異性体は、同じ構成を有するが、それらの結合リンの立体化学のパターンに関して異なる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物は、ある特定の目的及び/又は適用のために十分な特性及び/又は活性を有する。立体的に不規則な組成物内の立体異性体は、異なる特性、活性、及び/又は毒性を有する場合があり、いくつかの場合、特に、同じ構成のオリゴヌクレオチドのある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と比較して、立体的に不規則な組成物によって不定の治療効果及び/又は意図しない副作用がもたらされる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物は、不規則ではない又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、複数のオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列を共有し、且つ独立して1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ配置の結合リンを共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成を共有する。
いくつかの実施形態では、例えば、提供される組成物中において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じオリゴヌクレオチド型のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同一である。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、同じ構成又は同じ構造のオリゴヌクレオチドは、異なる形態、例えば、異なる薬学的に許容される塩形態で存在し得る(例えば、pHが7.4付近である緩衝系及び/又は1種以上の有機及び/又は無機塩を含む液体医薬組成物中において)。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計し、調製するための技術を包含する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、表A1、A2、A3、及びA4においてそれらの立体化学/結合にS及び/又はRを含有する多くのオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、制御された/既定の(立体的に不規則な組成物のように不規則ではない)レベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、骨格のキラル中心(結合リンの立体化学)の同じパターンを共有する。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、本開示に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の構成、及び
2)1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)共通の骨格のキラル中心のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)共通の骨格のキラル中心のパターン(パターンは、少なくとも1つのRpを含む)
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%は、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の構成、及び
2)1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%は、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)共通の骨格のキラル中心のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%は、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)共通の骨格のキラル中心のパターン(パターンは、少なくとも1つのRpを含む)
を共有し、
共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%は、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合での同じ結合リンの立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5つ以上(例えば、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合での同じ結合リンの立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩である。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施形態では、そのような組成物は、特定のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。当業者によって理解されるとおり、複数のオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチドの塩基配列である共通の配列を共有する。いくつかの実施形態では、特定のオリゴヌクレオチドの塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも10%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、それは、約5~100%である。いくつかの実施形態では、それは、約10~100%である。いくつかの実施形態では、それは、約20~100%である。いくつかの実施形態では、それは、約30~90%である。いくつかの実施形態では、それは、約30~80%である。いくつかの実施形態では、それは、約30~70%である。いくつかの実施形態では、それは、約40~90%である。いくつかの実施形態では、それは、約40~80%である。いくつかの実施形態では、それは、約40~70%である。いくつかの実施形態では、特定のオリゴヌクレオチドは、本明細書で例示されるオリゴヌクレオチド、例えば、表A1、A2、A3、A4又は別の表のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、ラセミの調製物と比較した濃縮は、共通の塩基配列及び骨格の結合のパターンを共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%)が、複数のオリゴヌクレオチドであることである。いくつかの実施形態では、ラセミの調製物と比較した濃縮は、共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであることである。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、そのオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、そのオリゴヌクレオチドと同じ骨格のキラル中心のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、そのオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、そのオリゴヌクレオチドと同じオリゴヌクレオチド鎖を共有する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、そのオリゴヌクレオチドと同じ構成(いくつかの実施形態では、独立して、様々な酸、塩基、又は塩形態において)を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、そのオリゴヌクレオチドの構造を有する(いくつかの実施形態では、独立して、様々な酸、塩基、又は塩形態において)。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、そのオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、そのオリゴヌクレオチドの構造を有する(いくつかの実施形態では、独立して、様々な酸、塩基、又は塩形態において)。いくつかの実施形態では、組成物は、液体組成物であり、オリゴヌクレオチドは、溶液中で溶解される。
いくつかの実施形態では、本開示におけるパーセンテージ、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物におけるオリゴヌクレオチドのレベルのパーセンテージは、約、又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約97%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約98%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約、又は少なくとも約99%である。当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドの様々な形態は、同じ構成及び/又は構造を有すると適切にみなされる場合があり、同じ構成を共有するオリゴヌクレオチドの様々な形態は、同じ構成を有すると適切にみなされる場合がある。いくつかの実施形態では、パーセンテージとしてのレベル(例えば、制御されたレベル、既定のレベル、濃縮)は、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、90%~100%であり、ncは、本開示に記載されるとおりのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、ncは、キラルヌクレオチド間結合の数である。いくつかの実施形態では、DSは、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は99.5%以上である。いくつかの実施形態では、DSは、90%又は少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、DSは、91%又は少なくとも91%である。いくつかの実施形態では、DSは、92%又は少なくとも92%である。いくつかの実施形態では、DSは、93%又は少なくとも93%である。いくつかの実施形態では、DSは、94%又は少なくとも94%である。いくつかの実施形態では、DSは、95%又は少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、DSは、96%又は少なくとも96%である。いくつかの実施形態では、DSは、97%又は少なくとも97%である。いくつかの実施形態では、DSは、98%又は少なくとも98%である。いくつかの実施形態では、DSは、99%又は少なくとも99%である。いくつかの実施形態では、レベル(例えば、制御されたレベル、既定のレベル、濃縮)は、同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのパーセンテージであり、パーセンテージは、(DS)nc又は少なくとも(DS)ncである。例えば、DSは99%であり、且つncは10であり、パーセンテージは、90%又は少なくとも90%である((99%)10≒0.90=90%)。当業者によって理解されるとおり、立体的に不規則な調製物において、パーセンテージは通常、約1/2ncである(ncが10であるとき、パーセンテージは約1/210≒0.001=0.1%である)。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは90%~100%であり、ncはキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の構成、及び
2)1つ以上(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは90%~100%であり、ncはキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)共通の骨格のキラル中心のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは90%~100%であり、ncはキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)共通の骨格のキラル中心のパターン(パターンは、少なくとも1つのRpを含む)
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは90%~100%であり、ncはキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、構造的に同一であり、組成物におけるその複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは、90%~100%であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、異なる塩形態のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の形態、例えば、単一のオリゴヌクレオチドの様々な薬学的に許容される塩形態を含む。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の形態、例えば、2つ以上のオリゴヌクレオチドの様々な薬学的に許容される塩形態を含む。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の形態、例えば、2NCCのオリゴヌクレオチドの様々な薬学的に許容される塩形態を含み、NCCは、キラル制御されていないキラルヌクレオチド間結合の数である。いくつかの実施形態では、2NCCのオリゴヌクレオチドは、例えば、それらのうちのいずれも、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成を使用して特異的に濃縮されないため、組成物内で相対的に同様のレベルを有する。
いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度の生成物として決定され得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(又は核酸)において2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じ2つのヌクレオシドを連結する二量体のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度によって表され、二量体は、比較可能な条件、いくつかの例では、同一の合成サイクル条件を使用して調製される(例えば、オリゴヌクレオチドにおけるNxとNyの間の結合・・・.NxNy・・・..に関して、二量体はNxNyである)。
いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御されたヌクレオチド間結合というわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、-O-P(-X-R)-O-の構造を有する各ヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。
オリゴヌクレオチドは、骨格のキラル中心の様々なパターン(キラル結合リンの立体化学のパターン)を含み得るか又はそれらからなり得る。骨格のキラル中心のある特定の有用なパターンは、本開示に記載される。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、本開示に記載されるパターンであるか又はそれを含む共通の骨格のキラル中心のパターン(例えば、「結合リンの立体化学及びそのパターン」、表A1、A2、A3、及びA4などにおけるキラル制御されたオリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンなど)を共有する。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラルに純粋(又は立体的に純粋、立体化学的に純粋)なオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、同一であり[(それぞれのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれのキラル元素が独立して規定される(立体的に規制される)ことを含む]、且つ組成物は、他の立体異性体を含有しない。オリゴヌクレオチド立体異性体のキラルに純粋(又は立体的に純粋、立体化学的に純粋)なオリゴヌクレオチド組成物は、他の立体異性体を含有しない(当業者によって理解されるとおり、1種以上の意図されない立体異性体が不純物として存在する場合がある-例の純度は、本開示に記載される)。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を超えるいくつかの利点を示すことができる。特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド構造に関して、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物より均一である。立体化学を制御することによって、個々の立体異性体の組成物を調製し且つ評価することができ、その結果、所望の特性及び/又は活性を有する立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を開発することができる。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、より良好な送達、安定性、クリアランス、活性、選択性、及び/又は毒性プロファイルを提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より良好な有効性、より少ない副作用、及び/又はより簡便であり且つ効果的な投薬レジメンを提供する。とりわけ、本明細書に記載されるとおりの骨格のキラル中心のパターンは、オリゴヌクレオチド標的(例えば、プレ-mRNA、成熟mRNAなどの転写物;切断部位、速度及び/又は切断部位での切断の程度、及び/又は切断の全体的な速度及び程度などの制御を含む)の制御された切断及び標的選択性の大幅な増大をもたらすために利用され得る。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のある特定のパターンを含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、非常に少ない位置での、いくつかの実施形態では、単一の位置での(例えば、SNP部位、点変異部位などでの)核酸塩基の相違で配列を区別することができる。
例として、ある特定の例の塩基配列、核酸塩基修飾及びそのパターン、糖修飾及びそのパターン、ヌクレオチド間結合及びそのパターン、及び/又は結合リンの立体化学及びそのパターンを含むある特定のオリゴヌクレオチドは、下の表A1、A2、A3、及びA4に示される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、下の表A1、A2、A3、又はA4に記載されるオリゴヌクレオチドの塩基配列(又はその一部)、1つ以上の核酸塩基修飾、核酸塩基修飾のパターン(又はその一部)、1つ以上の糖修飾、糖修飾のパターン(又はその一部)、1つ以上のヌクレオチド間結合、ヌクレオチド間結合修飾のパターン(又はその一部)、結合リンの立体化学のパターン(又はその一部)を含む。
Figure 2023526975000374
Figure 2023526975000375
Figure 2023526975000376
Figure 2023526975000377
Figure 2023526975000378
Figure 2023526975000379
Figure 2023526975000380
Figure 2023526975000381
Figure 2023526975000382
Figure 2023526975000383
Figure 2023526975000384
Figure 2023526975000385
Figure 2023526975000386
Figure 2023526975000387
Figure 2023526975000388
Figure 2023526975000389
注記:
内容、塩基配列及び立体化学/結合は、それらの長さに起因して、表A1~A4(例えば、表A1、表A2、表A3及び表A4)において複数の系列に分類され得る。別段の指定がない限り、表A1~A4の全てのオリゴヌクレオチドは、一本鎖である。当業者によって理解されるとおり、ヌクレオシド単位は、別段の指示がない限り(例えば、r、m、m5、eoなど;示されない場合、糖は、天然のDNA糖である)、修飾されず、修飾されていない核酸塩基及び2’-デオキシ糖を含有し;結合は、別段の指示がない限り、天然のリン酸結合であり;酸性/塩基性基は、独立して、それらの塩形態で存在し得る。部分及び修飾:
m:2’-OMe;
m5:Cの5位でのメチル(核酸塩基は5-メチルシトシンである);
l:LNA糖;
f:2’-F;
eo:2’-MOE(2’-OCHCHOCH);
m5Ceo:5-メチル 2’-O-メトキシエチル C;
O、PO:ホスホジエステル(リン酸)。それは、結合、例えば、リンカーとオリゴヌクレオチド鎖の間の結合、ヌクレオチド間結合(天然のリン酸結合)などであり得る。ホスホジエステルは通常、立体化学/結合の列において「O」で示され、通常内容の列において標識されない(それが末端基、例えば、5’末端基である場合、それは内容において示され、通常は立体化学/結合において示されない);結合が内容の列で示されない場合、別段の指示がない限り、それは通常、ホスホジエステルである。リンカー(例えば、L001)とオリゴヌクレオチド鎖の間のリン酸結合は、内容の列において標識され得ないが、立体化学/結合の列において「O」で示され得ることに留意されたい;
*、PS:ホスホロチオエート。それは、結合、例えば、リンカー(例えば、L001)とオリゴヌクレオチド鎖の間の結合、ヌクレオチド間結合(ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)などであり得る;
R、Rp:Rp配置におけるホスホロチオエート。内容における*Rは、Rp配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい;
S、Sp:Sp配置におけるホスホロチオエート。内容における*Sは、Sp配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい;
X:立体的に不規則なホスホロチオエート;
n001:
Figure 2023526975000390


nX(n001に関して利用されるとき):立体的に不規則なn001;
nR(n001に関して利用されるとき)又はn001R;Rp配置におけるn001;
nS(n001に関して利用されるとき)又はn001S;Sp配置におけるn001;
sm01n001:
Figure 2023526975000391


n002:
Figure 2023526975000392


nX(n002に関して利用されるとき):立体的に不規則なn002;
nR(n002に関して利用されるとき)又はn002R;Rp配置におけるn002;
nS(n002に関して利用されるとき)又はn002S;Sp配置におけるn002;
n003:
Figure 2023526975000393


nX(n003に関して利用されるとき):立体的に不規則なn003;
nR(n003に関して利用されるとき)又はn003R;Rp配置におけるn003;
nS(n003に関して利用されるとき)又はn003S;Sp配置におけるn003;
n004:
Figure 2023526975000394


nX(n004に関して利用されるとき):立体的に不規則なn004;
nR(n004に関して利用されるとき)又はn004R;Rp配置におけるn004;
nS(n004に関して利用されるとき)又はn004S;Sp配置におけるn004;
n006:
Figure 2023526975000395


nX(n006に関して利用されるとき):立体的に不規則なn006;
nR(n006に関して利用されるとき)又はn006R;Rp配置におけるn006;
nS(n006に関して利用されるとき)又はn006S;Sp配置におけるn006;
n008:
Figure 2023526975000396


nX(n008に関して利用されるとき):立体的に不規則なn008;
nR(n008に関して利用されるとき)又はn008R;Rp配置におけるn008;
nS(n008に関して利用されるとき)又はn008S;Sp配置におけるn008;
n009:
Figure 2023526975000397


nX(n009に関して利用されるとき):立体的に不規則なn009;
nR(n009に関して利用されるとき)又はn009R;Rp配置におけるn009;
nS(n009に関して利用されるとき)又はn009S;Sp配置におけるn009;
n012:
Figure 2023526975000398


nX(n012に関して利用されるとき):立体的に不規則なn012;
nR(n012に関して利用されるとき)又はn012R;Rp配置におけるn012;
nS(n012に関して利用されるとき)又はn012S;Sp配置におけるn012;
n020:
Figure 2023526975000399


nX(n020に関して利用されるとき):立体的に不規則なn020;
nR(n020に関して利用されるとき)又はn020R;Rp配置におけるn020;
nS(n020に関して利用されるとき)又はn020S;Sp配置におけるn020;
n021:
Figure 2023526975000400


nX(n021に関して利用されるとき):立体的に不規則なn021;
nR(n021に関して利用されるとき)又はn021R;Rp配置におけるn021;
nS(n021に関して利用されるとき)又はn021S;Sp配置におけるn021;
n025:
Figure 2023526975000401


nX(n025に関して利用されるとき):立体的に不規則なn025;
nR(n025に関して利用されるとき)又はn025R;Rp配置におけるn025;
nS(n025に関して利用されるとき)又はn025S;Sp配置におけるn025;
n026:
Figure 2023526975000402


nX(n026に関して利用されるとき):立体的に不規則なn026;
nR(n026に関して利用されるとき)又はn026R;Rp配置におけるn026;
nS(n026に関して利用されるとき)又はn026S;Sp配置におけるn026;
n029:
Figure 2023526975000403


nX(n029に関して利用されるとき):立体的に不規則なn029;
nR(n029に関して利用されるとき)又はn029R;Rp配置におけるn029;
nS(n029に関して利用されるとき)又はn029S;Sp配置におけるn029;
n030:
Figure 2023526975000404


nX(n030に関して利用されるとき):立体的に不規則なn030;
nR(n030に関して利用されるとき)又はn030R;Rp配置におけるn030;
nS(n030に関して利用されるとき)又はn030S;Sp配置におけるn030;
n031:
Figure 2023526975000405


nX(n031に関して利用されるとき):立体的に不規則なn031;
nR(n031に関して利用されるとき)又はn031R;Rp配置におけるn031;
nS(n031に関して利用されるとき)又はn031S;Sp配置におけるn031;
n033:
Figure 2023526975000406


nX(n033に関して利用されるとき):立体的に不規則なn033;
nR(n033に関して利用されるとき)又はn033R;Rp配置におけるn033;
nS(n033に関して利用されるとき)又はn033S;Sp配置におけるn033;
n034:
Figure 2023526975000407


nX(n034に関して利用されるとき):立体的に不規則なn034;
nR(n034に関して利用されるとき)又はn034R;Rp配置におけるn034;
nS(n034に関して利用されるとき)又はn034S;Sp配置におけるn034;
n035:
Figure 2023526975000408


nX(n035に関して利用されるとき):立体的に不規則なn035;
nR(n035に関して利用されるとき)又はn035R;Rp配置におけるn035;
nS(n035に関して利用されるとき)又はn035S;Sp配置におけるn035;
n036:
Figure 2023526975000409


nX(n036に関して利用されるとき):立体的に不規則なn036;
nR(n036に関して利用されるとき)又はn036R;Rp配置におけるn036;
nS(n036に関して利用されるとき)又はn036S;Sp配置におけるn036;
n037:
Figure 2023526975000410


nX(n037に関して利用されるとき):立体的に不規則なn037;
nR(n037に関して利用されるとき)又はn037R;Rp配置におけるn037;
nS(n037に関して利用されるとき)又はn037S;Sp配置におけるn037;
n041:
Figure 2023526975000411


nX(n041に関して利用されるとき):立体的に不規則なn041;
nR(n041に関して利用されるとき)又はn041R;Rp配置におけるn041;
nS(n041に関して利用されるとき)又はn041S;Sp配置におけるn041;
n043:
Figure 2023526975000412


nX(n043に関して利用されるとき):立体的に不規則なn043;
nR(n043に関して利用されるとき)又はn043R;Rp配置におけるn043;
nS(n043に関して利用されるとき)又はn043S;Sp配置におけるn043;
n046:
Figure 2023526975000413


nX(n046に関して利用されるとき):立体的に不規則なn046;
nR(n046に関して利用されるとき)又はn046R;Rp配置におけるn046;
nS(n046に関して利用されるとき)又はn046S;Sp配置におけるn046;
n047:
Figure 2023526975000414


nX(n047に関して利用されるとき):立体的に不規則なn047;
nR(n047に関して利用されるとき)又はn047R;Rp配置におけるn047;
nS(n047に関して利用されるとき)又はn047S;Sp配置におけるn047;
n051:
Figure 2023526975000415


nX(n051に関して利用されるとき):立体的に不規則なn051;
nR(n051に関して利用されるとき)又はn051R;Rp配置におけるn051;
nS(n051に関して利用されるとき)又はn051S;Sp配置におけるn051;
n052:
Figure 2023526975000416


nX(n052に関して利用されるとき):立体的に不規則なn052;
nR(n052に関して利用されるとき)又はn052R;Rp配置におけるn052;
nS(n052に関して利用されるとき)又はn052S;Sp配置におけるn052;
n054:
Figure 2023526975000417


nX(n054に関して利用されるとき):立体的に不規則なn054;
nR(n054に関して利用されるとき)又はn054R;Rp配置におけるn054;
nS(n054に関して利用されるとき)又はn054S;Sp配置におけるn054;
n055:
Figure 2023526975000418


nX(n055に関して利用されるとき):立体的に不規則なn055;
nR(n055に関して利用されるとき)又はn055R;Rp配置におけるn055;
nS(n055に関して利用されるとき)又はn055S;Sp配置におけるn055;
n057:
Figure 2023526975000419


nX(n057に関して利用されるとき):立体的に不規則なn057;
nR(n057に関して利用されるとき)又はn057R;Rp配置におけるn057;
nS(n057に関して利用されるとき)又はn057S;Sp配置におけるn057;
n013:
Figure 2023526975000420

(式中、-C(O)-は、窒素に結合される。n013は、Oとして示され得る(例えば、WV-40562に関して、SnRnRnRSSOSSRSSRSSSSSS));
*n001:
Figure 2023526975000421


n*X(*n001に関して利用されるとき):立体的に不規則な*n001;
*n002:
Figure 2023526975000422


n*X(*n002に関して利用されるとき):立体的に不規則な*n002;
*n006:
Figure 2023526975000423


n*X(*n006に関して利用されるとき):立体的に不規則な*n006;
*n020:
Figure 2023526975000424


n*X(*n020に関して利用されるとき):立体的に不規則な*n020;
sm01:
Figure 2023526975000425

(例えば、Gsm01は
Figure 2023526975000426

である)。当業者によって理解されるとおり、sm01が5’末端にあるとき、その-CH-は、様々な他の糖の場合、5’末端基に結合され得る(例えば、別段の指示がない限り、典型的には多くのオリゴヌクレオチドにおける-OH);
sm01n013:
Figure 2023526975000427

(例えば、
Figure 2023526975000428

など);
Tsm01n024Geosm10:
Figure 2023526975000429

。いくつかの実施形態では、中間の結合はOとして示される(例えば、WV-40835に関して、OOOOSSRSSRSSRSSSSSSの1番目のO);
mUsm05Geosm06:
Figure 2023526975000430

。いくつかの実施形態では、中間の結合はOとして示される(例えば、WV-40807に関して、OOOOSSRSSRSSRSSSSSSの1番目のO);
mUsm09Geosm10:
Figure 2023526975000431

。いくつかの実施形態では、中間の結合はOとして示される(例えば、WV-40808に関して、OOOOSSRSSRSSRSSSSSSの1番目のO);
sm04:
Figure 2023526975000432

(例えば、Usm04は
Figure 2023526975000433

である);
Figure 2023526975000434


L001:-NH-(CH-リンカー(C6リンカー、C6アミンリンカー又はC6アミノリンカー)。-NH-は、Modに連結され(例えば、Mod001;Modでない場合、-Hに連結される)、-CH-は、別段の指定がない限り、リン酸を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結される。例えば、WV-27457において、L001は、リン酸結合(O又はPO)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に連結される;
L023:HO-(CH-(式中、CHは、別段の指示がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される)。例えば、WV-28763において(
Figure 2023526975000435

における
Figure 2023526975000436

は、分子の残部にL023を連結するリン酸結合を示す);
L009:-CHCHCH-。L009は、他の部分、例えば、L023、L009、オリゴヌクレオチド鎖などに、様々な結合(例えば、n001;示されない場合、典型的にはリン酸)を介して連結する。他の部分が存在しないとき、L009は-OHに結合される。例えば、WV-28763において、L009は、n009とともに利用されて、L009n009を形成し、これは
Figure 2023526975000437

の構造を有する。いくつかの実施形態では、複数のL009が利用され得る。例えば、WV-28763は、L023L009n009L009n009L009n009を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000438

。いくつかの実施形態では、例えば、WV-23578において、L009は、n001とともに利用されて、L009n001を形成し、これは
Figure 2023526975000439

の構造を有する。いくつかの実施形態では、複数のL009n001が利用され得る。例えば、WV-23578は、L009n001L009n001L009n001L009を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000440


L010:
Figure 2023526975000441

。いくつかの実施形態では、L010がオリゴヌクレオチドの中程に存在するとき、それは、他の糖(例えば、DNA糖)としてヌクレオチド間結合に結合され、例えば、その5’-炭素は、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、その3’-炭素は、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、独立して、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))を介する。L010は、他の部分、例えば、L023、L010、オリゴヌクレオチド鎖などに、様々な結合(例えば、n001;示されない場合、典型的にはリン酸)を介して連結する。他の部分が存在しないとき、L010は-OHに結合される。例えば、WV-28764において、L010は、n009とともに利用されて、L010n009を形成し、これは
Figure 2023526975000442

の構造を有する。いくつかの実施形態では、複数のL010n009が利用され得る。例えば、WV-28764は、L023L010n009L010n009L010n009を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000443

。いくつかの実施形態では、例えば、WV-23938において、L010は、n001とともに利用されて、L010n001を形成し、これは
Figure 2023526975000444

の構造を有する。いくつかの実施形態では、複数のL010n001が利用され得る。例えば、WV-23938は、L010n001L010n001L010n001L009を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000445


L012:-CHCHOCHCHOCHCH-。L012が、オリゴヌクレオチドの中程に存在するとき、その2つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))に結合される;
L022:
Figure 2023526975000446

L022は、別段の指示がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される;
L025:
Figure 2023526975000447

式中、-CH-の連結部位が、糖(例えば、DNA糖)のC5連結部位として利用され、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、環上の連結部位は、C3連結部位として利用され、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、各々は独立して、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))を介する。L025が、いずれの修飾も有しないa5’末端であるとき、その-CH-の連結部位は、-OHに結合される。例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおけるL025L025L025-は、
Figure 2023526975000448

(様々な塩形態として存在し得る)の構造を有し、指定の結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい(Sp又はRp)))を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’-炭素に連結される。
L016:
Figure 2023526975000449

。いくつかの実施形態では、例えば、WV-28767において、L016は、n001とともに利用されて、L016n001を形成し、これは
Figure 2023526975000450

。いくつかの実施形態では、複数のL016n001が利用され得る。例えば、WV-28767は、L023L016n001L016n001L016n001を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000451


L017:
Figure 2023526975000452

。いくつかの実施形態では、例えば、WV-28768において、L017は、n001とともに利用されて、L017n001を形成し、これは
Figure 2023526975000453

。いくつかの実施形態では、複数のL017n001が利用され得る。例えば、WV-28768は、L023L017n001L017n001L017n001を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000454


L018:
Figure 2023526975000455

。いくつかの実施形態では、例えば、WV-28765において、L018は、n009とともに利用されて、L018n009を形成し、これは
Figure 2023526975000456

の構造を有する。いくつかの実施形態では、複数のL018n009が利用され得る。例えば、WV-28765は、L023L018n009L018n009L018n009を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000457


L019:
Figure 2023526975000458

。いくつかの実施形態では、例えば、WV-28766において、L019は、n009とともに利用されて、L019n009を形成し、これは
Figure 2023526975000459

の構造を有する。いくつかの実施形態では、複数のL019n009が利用され得る。例えば、WV-28766は、L023L019n009L019n009L019n009を含み、これは、以下の構造(オリゴヌクレオチド鎖の5’末端の5’-炭素に結合される)を有する:
Figure 2023526975000460

。ある特定のオリゴヌクレオチドの構造は、下に示される。当業者は、それらが、様々な形態、例えば、様々な塩形態、特に、薬学的に許容される塩形態で存在し得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、本開示は、以下の化合物/オリゴヌクレオチドを提供する:
mU*SGsm01n001Csm01n001Csm01n001mA*SG*SG*RC*ST*SG*RG*ST*ST*RA*ST*SmG*SmA*SmC*SmU*SmC(A-B):
Figure 2023526975000461

mU*SGeom5Ceom5CeomA*SG*SG*RC*ST*SG*RG*ST*ST*RA*ST*SmG*SAsm01n013mC*SmU*SmC(A-B):
Figure 2023526975000462
オリゴヌクレオチド及び組成物の生成
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド及び組成物、特に、本明細書に記載されるとおりの窒素を含む糖及び/又は非環式糖を含むものを生成するための技術を提供する。とりわけ、出願人は、典型的には他の型の糖及びヌクレオチド間結合と組み合わせて、ある特定の構造的特徴、例えば、窒素を含む糖及び/又は非環式糖並びに関連するヌクレオチド間結合の存在が、重要な生産上の課題を提示することができることを認識しており;いくつかの実施形態では、本開示は、本開示の様々なオリゴヌクレオチド及び組成物を製造するためのそのような課題に対処する発展した技術を提供する。
例えば、いくつかの実施形態では、本開示は、窒素を含む糖を含むオリゴヌクレオチドを調製するための技術(例えば、試薬、方法、中間体など)を提供する。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドはまた、各々が独立して且つ任意選択により修飾される1つ以上のリボース糖を含む。いくつかの実施形態では、窒素を含む1つ以上の糖は、独立して、環窒素原子を含む環を含む。いくつかの実施形態では、窒素を含む1つ以上の糖は、独立して、ヌクレオチド間結合に結合される環窒素原子を含む環を含む。いくつかの実施形態では、窒素を含む1つ以上の糖は、独立して、ヌクレオチド間結合の結合リンに結合される環窒素原子を含む環を含む。いくつかの実施形態では、窒素を含む1つ以上の糖は、独立して、非環式糖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合の結合リンに結合される環窒素原子を含む環をそれぞれ独立して含む1つ以上の糖、及び1つ以上の任意選択により修飾されたリボース糖を含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、
塩基の存在下で第1の化合物を第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含む。
様々な実施形態では、第1の化合物は、本明細書に記載されるとおりのカップリングパートナー化合物である。いくつかの実施形態では、第2の化合物は、好適な反応性基、例えば、ヒドロキシル又はアミノ基を含む。いくつかの実施形態では、第2の化合物は、好適な反応性基、例えば、ヒドロキシル、アミノ基などを含むヌクレオシド(多くの実施形態において、オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド)である。いくつかの実施形態では、ヌクオシドは、-OHを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、-NHRを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、-NHを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、支持体、例えば、CPGのような固体支持体に連結される。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、支持体、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なCPGのような固体支持体に連結される。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオシドである。当業者によって理解されるとおり、カップリング工程が、オリゴヌクレオチドなどのオリゴマー又はポリマーを調製するための合成サイクルにおいて利用され得る。通常、カップリング工程は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオチド間結合の構造を有する第1と第2の化合物の間に結合を形成する(ただし、結合が2つのヌクレオシドを連結しないとき、必ずしもヌクレオチド間結合である必要はない場合がある)。
いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング工程、キャップ付加工程、及び脱保護工程を含む。いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング工程、キャップ付加工程、及び脱保護工程からなる。いくつかの実施形態では、各工程は、独立して、繰り返されてもよく、接触、インキュベート、洗浄などの様々な手順を含んでもよい。いくつかの実施形態では、サイクルはさらに、修飾工程(例えば、=O、=S、=N-などの結合リンに対して部分を組み込むこと)を含んでもよい。いくつかの実施形態では、サイクルは、結合リン原子を直接的に修飾する修飾工程を含まない。
カップリングパートナー化合物
いくつかの実施形態では、本開示は、とりわけ、オリゴヌクレオチドを調製するために利用され得る様々な化合物を提供する。いくつかの実施形態では、それらが利用されて、オリゴヌクレオチド鎖を伸長するためにヌクレオシド及び/又はオリゴヌクレオチドにカップリングされ得る。
いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000463

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を含む。いくつかの実施形態では、Xは、-O-である。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000464

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を含む。いくつかの実施形態では、Pは、X及びXに加えて酸素原子に結合される。いくつかの実施形態では、Pは、X及びXに加えて窒素原子に結合される。いくつかの実施形態では、化合物は、式M-I:
Figure 2023526975000465

又はその塩(式中、
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
各LL1は、独立して、Lであり;
は、アニオンであり;
M1、RM2及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
及びLの各々は、独立して、Lであり;
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;
PSは、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する。
いくつかの実施形態では、Xは、-S-又は-NRMN-である。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-NRMN-である。いくつかの実施形態では、Xは、-O-又は-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-O-である。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、式M-Iの化合物は、
Figure 2023526975000466

又はその塩の構造を有する。
いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、各々がRであり得る2つ(例えば、RM1及びRM2)又はそれ以上(例えば、RM1、RM2及びRMN)基を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する環、例えば、任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、RM1、RM2及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、3~20、3~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30員である。いくつかの実施形態では、それは、5員である。いくつかの実施形態では、それは、6員である。いくつかの実施形態では、それは、7員である。いくつかの実施形態では、それは、8員である。いくつかの実施形態では、それは、9員である。いくつかの実施形態では、それは、10員である。いくつかの実施形態では、それは、置換される。いくつかの実施形態では、それは、置換されない(介在原子に連結される部分を除く)。いくつかの実施形態では、それは、単環式である。いくつかの実施形態では、それは、二環式である。いくつかの実施形態では、それは、多環式である。いくつかの実施形態では、それは、介在原子に加えて追加のヘテロ原子を有しない。いくつかの実施形態では、環が二環式又は多環式であるとき、それぞれの単環式環(例えば、二環式環の2つの単環式環の各々)は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~10員環である。いくつかの実施形態では、単環式環は、飽和である。いくつかの実施形態では、各単環式環は、飽和である。いくつかの実施形態では、単環式環は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、各単環式環は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、単環式環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、各単環式環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、単環式環は、脂環式である。いくつかの実施形態では、各単環式環は、脂環式である。いくつかの実施形態では、単環式環は、ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、各単環式環は、ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、各単環式環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、単環式環は、アリールである。いくつかの実施形態では、各単環式環は、アリールである。いくつかの実施形態では、単環式環は、ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、各単環式環は、ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの単環式環は、芳香族であり、少なくとも1つの単環式環は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの単環式環は、飽和であり、少なくとも1つの単環式環は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの単環式環は、芳香族であり、少なくとも1つの単環式環は、飽和である。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000467

は、
Figure 2023526975000468

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000469

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000470

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000471

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000472

である。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、-X-RM1は、-O-CH-CH-CNである。いくつかの実施形態では、-X-RM2は、-N(R)である。いくつかの実施形態では、-X-RM2は、-N(i-Pr)である。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000473

は、
Figure 2023526975000474

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000475

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000476

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000477

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000478

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000479

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000480

である。
いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000481

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を含む。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000482

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を含む。いくつかの実施形態では、Pは、X及びXに加えて酸素原子に結合される。いくつかの実施形態では、Pは、X及びXに加えて窒素原子に結合される。いくつかの実施形態では、化合物は、式M-II:
Figure 2023526975000483

又はその塩(式中、
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
各LL1は、独立して、Lであり;
は、アニオンであり;
M1及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
tは、0~10であり;
及びLL1の各々は、独立して、Lであり;
環Mは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;
PSは、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する。
いくつかの実施形態では、Xは、-S-又は-NRMN-である。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-NRMN-である。いくつかの実施形態では、Xは、-O-又は-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-O-である。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、式M-IIの化合物は、
Figure 2023526975000484

又はその塩の構造を有する。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000485

は、
Figure 2023526975000486

(式中、LRMは、L’であり;L’は、共有結合、又はC1~20脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000487

は、
Figure 2023526975000488

(式中、RM1’の各々は、独立して、Rであり、それぞれの他の可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000489

は、
Figure 2023526975000490

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、LRMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、共有結合である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000491

は、
Figure 2023526975000492

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000493

は、
Figure 2023526975000494

(式中、XM2、XM3、XM4、及びXM5の各々は、独立して、共有結合、任意選択により置換された-CH-又は-C(R-であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000495

は、
Figure 2023526975000496

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000497

は、
Figure 2023526975000498

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000499

は、
Figure 2023526975000500

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000501

は、
Figure 2023526975000502

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000503

は、
Figure 2023526975000504

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000505

は、
Figure 2023526975000506

(式中、RM1’の各々は、独立して、Rであり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000507

は、
Figure 2023526975000508

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、LRMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、共有結合である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000509

は、
Figure 2023526975000510

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000511

は、
Figure 2023526975000512

(式中、XM2、XM3、XM4、及びXM5の各々は、独立して、共有結合、任意選択により置換された-CH-又は-C(R-であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000513

は、
Figure 2023526975000514

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000515

は、
Figure 2023526975000516

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000517

は、
Figure 2023526975000518

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000519

は、
Figure 2023526975000520

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000521

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000522

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000523

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000524

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000525

は、
Figure 2023526975000526

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000527

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000528

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000529

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000530

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000531

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000532

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000533

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000534

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000535

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000536

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000537

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000538

である。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000539

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000540

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000541

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000542

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000543

は、
Figure 2023526975000544

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000545

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000546

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000547

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000548

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000549

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000550

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000551

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000552

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000553

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000554

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000555

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000556

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000557

は、
Figure 2023526975000558

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、各RM1は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、1つのRM1は、水素である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000559

は、
Figure 2023526975000560

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員飽和又は部分不飽和単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員単環式飽和環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、4員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、5員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、6員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された5員飽和環である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000561

は、
Figure 2023526975000562

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000563

は、
Figure 2023526975000564

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000565

は、
Figure 2023526975000566

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000567

は、
Figure 2023526975000568

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000569

は、
Figure 2023526975000570

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000571

は、
Figure 2023526975000572

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000573

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000574

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000575

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000576

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000577

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000578

である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-Si(R)(式中、-CH-は、任意選択により置換され、各Rは、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SiPhMeである。いくつかの実施形態では、RM1は、電子求引性基を含み、例えば、いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、-CH-は、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりであり、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000579

は、
Figure 2023526975000580

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000581

は、
Figure 2023526975000582

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000583

は、
Figure 2023526975000584

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、各RM1は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、1つのRM1は、水素である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000585

は、
Figure 2023526975000586

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員飽和又は部分不飽和単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員単環式飽和環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、4員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、5員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、6員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された5員飽和環である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000587

は、
Figure 2023526975000588

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000589

は、
Figure 2023526975000590

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000591

は、
Figure 2023526975000592

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000593

は、
Figure 2023526975000594

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000595

は、
Figure 2023526975000596

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000597

は、
Figure 2023526975000598

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000599

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000600

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000601

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000602

である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000603

は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000604

である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-Si(R)(式中、-CH-は、任意選択により置換され、各Rは、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SiPhMeである。いくつかの実施形態では、RM1は、電子求引性基を含み、例えば、いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、-CH-は、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりであり、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、transである。いくつかの実施形態では、RM1は、Pに結合される追加の部分(O及びS以外)に対してcisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の各々は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、RM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の各々は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RM2は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の各々は、独立して、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、-Hではない。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hではなく、且つRM2は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2のいずれも-Hではない。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM2は、-CHである。
いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の各々は、独立して、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の各々は、-CH-である。
いくつかの実施形態では、XM3は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、RM1に対してcisである。いくつかの実施形態では、Rは、RM2に対してtransである。いくつかの実施形態では、Rは、-C(CH)=CHである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH(CHである。いくつかの実施形態では、XM2、XM4及びXM5の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。
いくつかの実施形態では、XM4は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、RM1に対してtransである。いくつかの実施形態では、Rは、RM2に対してcisである。いくつかの実施形態では、Rは、-C(CH)=CHである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH(CHである。いくつかの実施形態では、XM2、XM3及びXM5の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。
いくつかの実施形態では、XM2は、-C(R)-であり、且つXM5は、-C(R)-である。いくつかの実施形態では、XM2は、-C(R)-であり、且つXM5は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM2の1つのR及びXM5の1つのRを合わせて、-LXM-(式中、LXMは、任意選択により置換された二価C1~4脂肪族又は1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である)を形成する。いくつかの実施形態では、LXMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LXMは、-C(CH-である。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM5の一方のRは、cisである。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM5の一方のRは、cisであり、RM1に対してtransである。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM5の一方のRは、cisであり、RM1に対してcisである。いくつかの実施形態では、XM2の他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、XM2の他方のRは、C1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、XM2の他方のRは、メチルである。いくつかの実施形態では、XM3及びXM4の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、transである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。
いくつかの実施形態では、XM2は、-C(R)-であり、且つXM5は、-C(R)-である。いくつかの実施形態では、XM5は、-C(R)-であり、且つXM2は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM2の1つのR及びXM5の1つのRを合わせて、-LXM-(式中、LXMは、任意選択により置換された二価C1~4脂肪族又は1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である)を形成する。いくつかの実施形態では、LXMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LXMは、-C(CH-である。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM5の一方のRは、cisである。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM5の一方のRは、cisであり、RM1に対してtransである。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM5の一方のRは、cisであり、RM1に対してcisである。いくつかの実施形態では、XM5の他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、XM5の他方のRは、C1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、XM5の他方のRは、メチルである。いくつかの実施形態では、XM3及びXM4の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、transである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。
いくつかの実施形態では、XM2は、-C(R)-であり、且つXM4は、-C(R)-である。いくつかの実施形態では、XM2は、-C(R)-であり、且つXM4は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM4は、-C(R)-であり、且つXM2は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM2は、-CHR-であり、且つXM4は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM2の1つのR及びXM4の1つのRを合わせて、-LXM-(式中、LXMは、任意選択により置換された二価C1~4脂肪族又は1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である)を形成する。いくつかの実施形態では、LXMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LXMは、-C(CH-である。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM4の一方のRは、cisである。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM4の一方のRは、cisであり、RM1に対してtransである。いくつかの実施形態では、XM2の一方のR及びXM4の一方のRは、cisであり、RM1に対してcisである。いくつかの実施形態では、XM2の他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、XM2の他方のRは、C1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、XM2の他方のRは、メチルである。いくつかの実施形態では、XM4の他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、XM4の他方のRは、C1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、XM4の他方のRは、メチルである。いくつかの実施形態では、XM3及びXM5の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、transである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。
いくつかの実施形態では、XM3は、-C(R)-であり、且つXM5は、-C(R)-である。いくつかの実施形態では、XM3は、-C(R)-であり、且つXM5は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM5は、-C(R)-であり、且つXM3は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM3は、-CHR-であり、且つXM5は、-CHR-である。いくつかの実施形態では、Xの1つのR及びXM5の1つのRを合わせて、-LXM-(式中、LXMは、任意選択により置換された二価C1~4脂肪族又は1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である)を形成する。いくつかの実施形態では、LXMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LXMは、-C(CH-である。いくつかの実施形態では、XM3の一方のR及びXM5の一方のRは、cisである。いくつかの実施形態では、XM3の一方のR及びXM5の一方のRは、cisであり、RM1に対してtransである。いくつかの実施形態では、XM3の一方のR及びXM5の一方のRは、cisであり、RM1に対してcisである。いくつかの実施形態では、XM3の他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、XM3の他方のRは、C1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、XM3の他方のRは、メチルである。いくつかの実施形態では、XM5の他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、XM5の他方のRは、C1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、XM5の他方のRは、メチルである。いくつかの実施形態では、XM2及びXM4の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、transである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。
いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の各々は、独立して、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の各々は、-CH-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の各々は、共有結合である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の2つ以上はそれぞれ、共有結合である。いくつかの実施形態では、XM2は、共有結合である。いくつかの実施形態では、XM3は、共有結合である。いくつかの実施形態では、XM4は、共有結合である。いくつかの実施形態では、XM5は、共有結合である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の1つは、共有結合であり、且つ他の各々は、独立して、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の1つは、共有結合であり、他の各々は、独立して、-CH-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の2つ以上は、独立して、-C(R)-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の2つは、独立して、-CHR-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5のうちの2つの2つのR基を合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。例えば、いくつかの実施形態では、XM4及びXM5は、独立して、-CHR-であり、2つのR基を、それらの介在原子と合わせて、任意選択により置換されたフェニル環を形成する。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000605

は、
Figure 2023526975000606

(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000607

は、
Figure 2023526975000608

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000609

は、
Figure 2023526975000610

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、LRMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、共有結合である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000611

は、
Figure 2023526975000612

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000613

は、
Figure 2023526975000614

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。
いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000615

は、
Figure 2023526975000616

(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000617

は、
Figure 2023526975000618

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000619

は、
Figure 2023526975000620

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、LRMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、-CH-である。いくつかの実施形態では、LRMは、共有結合である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000621

は、
Figure 2023526975000622

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000623

は、
Figure 2023526975000624

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、transである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、-Hである。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1は、-Hであり、且つRM2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM2は、-Hであり、且つRM1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、独立して、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2の両方は、メチルである。いくつかの実施形態では、RM1の1つ又は各々は、独立して、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RM1の1つ又は各々は、独立して、フェニルである。いくつかの実施形態では、RM1の各々は、フェニルである。いくつかの実施形態では、RM2の一方は、-Hであり、且つ他方は、-Hではない。いくつかの実施形態では、RM2の一方は、-Hであり、且つ他方は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、C1~6脂肪族基は、イソプロピルである。
いくつかの実施形態では、Xは、-CH-S-(式中、-CHは、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、Xは、-CH-S-である。いくつかの実施形態では、XM2、XM3、XM4及びXM5の1つは、独立して、-C(R)-である。いくつかの実施形態では、RM2及び-C(R)-の1つのRを合わせて、本明細書に記載されるとおりの-LXM-を形成する。いくつかの実施形態では、LXMは、任意選択により置換された-CH-である。いくつかの実施形態では、LXMは、-C(CH-である。いくつかの実施形態では、RM2及びRは、cisである。いくつかの実施形態では、他方のRは、-Hである。いくつかの実施形態では、他方のRは、-Hではない。いくつかの実施形態では、他方のRは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、他方のRは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、他方のRは、メチルである。
いくつかの実施形態では、HO-LRM-X-Hは、本明細書に記載されるとおりの補助化合物(例えば、式AC-Iの化合物(例えば、AC-I-a、AC-I-b、AC-I-c、AC-I-d、又はAC-I-eの化合物)又はその塩若しくはその塩)である。いくつかの実施形態では、
Figure 2023526975000625


Figure 2023526975000626

は、式M-IIのものであり、O及びXは両方ともにPに結合される)は、本明細書に記載されるとおりの補助化合物(例えば、式AC-Iの化合物(例えば、AC-I-a、AC-I-b、AC-I-c、AC-I-d、又はAC-I-eの化合物)又はその塩)である。いくつかの実施形態では、HO-LRM-X-H又は
Figure 2023526975000627

は、各々の不斉補助剤及び試薬が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりの補助化合物である。
いくつかの実施形態では、Pは、Pである。いくつかの実施形態では、Pは、P=Sである。いくつかの実施形態では、Pは、P=Oである。いくつかの実施形態では、Pは、Pである。いくつかの実施形態では、Pは、P=N-L-Rである。いくつかの実施形態では、Pは、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)である。いくつかの実施形態では、Lは、=N(R’)(Q)-LL1-である。いくつかの実施形態では、Pは、=N-C(=N(R’))(N(R’))Q(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)である。いくつかの実施形態では、Qは、PF である。いくつかの実施形態では、=N-C(=N(R’))(N(R’))は、
Figure 2023526975000628

である。いくつかの実施形態では、Pは、=N-SOR’である。いくつかの実施形態では、Pは、=N-C(O)R’である。いくつかの実施形態では、そのようなP化合物は、-Nを含む化合物(例えば、
Figure 2023526975000629

に関してはADIH)と接触させることによってP上に=N-部分を組み込むことによって調製される。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(=N(R’))(N(R’))Qである。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(-L-R’)(=L-R’)又はその塩である。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(=N(R’))(N(R’))Qである。いくつかの実施形態では、化合物は、N-SOR’又はその塩である。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(O)R’又はその塩である。
いくつかの実施形態では、化合物は、式M-III:
BA-SU-C(O)-LG
M-III
又はその塩(式中、
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;且つ
LGは、脱離基である)の構造を有する。
いくつかの実施形態では、脱離基、例えば、LGは、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、脱離基は、-Clである。いくつかの実施形態では、LGは、任意選択により置換されたヘテロアリールであり、LGは、窒素を介して-C(O)-に結合される。いくつかの実施形態では、LGは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000630

である。いくつかの実施形態では、LGは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000631

である。いくつかの実施形態では、LGは、
Figure 2023526975000632

である。いくつかの実施形態では、LGは、
Figure 2023526975000633

である。いくつかの実施形態では、LGは、
Figure 2023526975000634

である。いくつかの実施形態では、LGは、
Figure 2023526975000635

である。いくつかの実施形態では、LGは、-OSuである。いくつかの実施形態では、-C(O)-LGは、例えば、アミド化に好適な活性化されたカルボン酸基である。
BA及びSUは、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、BAは、本明細書に記載されるとおりの核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAは、任意選択により置換されたヘテロアリール又はヘテロシクリル環であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、BAは、脂環式環であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、BAは、飽和環を含む。いくつかの実施形態では、BAは、部分不飽和環を含む。いくつかの実施形態では、BAは、芳香環を含む。いくつかの実施形態では、BAは、任意選択により置換されたA、T、C、又はGである。いくつかの実施形態では、BAは、A、T、C、又はGの任意選択により置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、BAは、保護されたA、T、C又はG;特に、いくつかの実施形態では、BAは、オリゴヌクレオチド合成に好適な保護されたA、T、C、又はGである。
SUは、本明細書に記載されるとおりの環式糖又は非環式糖であり得る。いくつかの実施形態では、SUは、RSU-SU’-(式中、RSUは、Rであり、-SU’-は、本明細書に記載されるとおりの糖である)である。例えば、いくつかの実施形態では、SU’は、本明細書に記載されるとおりの
Figure 2023526975000636

である。いくつかの実施形態では、SU’は、sm01である。いくつかの実施形態では、SU’は、本明細書に記載されるとおりの
Figure 2023526975000637

である。いくつかの実施形態では、SU’は、本明細書に記載されるとおりの
Figure 2023526975000638

である。いくつかの実施形態では、SU’は、本明細書に記載されるとおりの
Figure 2023526975000639

である。いくつかの実施形態では、SU’は、本明細書に記載されるとおりの
Figure 2023526975000640

である。いくつかの実施形態では、RSUは、任意選択により保護されたヒドロキシル基である。いくつかの実施形態では、RSUは、オリゴヌクレオチド合成に好適な保護されたヒドロキシルである。いくつかの実施形態では、RSUは、任意選択により保護されたアミノ基である。いくつかの実施形態では、RSUは、-ODMTrである。いくつかの実施形態では、LPSは、共有結合、-O-、-S-、又は-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、LPSは、共有結合、-O-又は-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、LPSは、共有結合(例えば、糖窒素に直接的に結合されるとき)である。いくつかの実施形態では、LPSは、-O-(例えば、SU’が
Figure 2023526975000641

であるとき)である。いくつかの実施形態では、LPSは、-N(R’)-である。
いくつかの実施形態では、本開示は、カップリングパートナー化合物、例えば、式M-I、M-II、M-IIIの化合物、又はその塩を調製するための技術を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、式LG-Iの化合物:
Figure 2023526975000642

又はその塩(式中、LGは、脱離基であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)を、
ヒドロキシル又はアミノ基を有する化合物と接触させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、式LG-IIの化合物:
Figure 2023526975000643


又はその塩(式中、LGは、脱離基であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)を、
ヒドロキシル又はアミノ基を有する化合物と接触させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、脱離基は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、脱離基は、-Clである。いくつかの実施形態では、脱離基は、-N(R)(式中、各Rは、独立して、任意選択により置換されたC1~30脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、各Rは、イソプロピルである。
いくつかの実施形態では、本開示は、式LG-I若しくはLG-IIの化合物又はその塩を調製するための方法であって、式AC-Iの化合物(例えば、AC-I-a、AC-I-b、AC-I-c、AC-I-d、又はAC-I-eの化合物)又はその塩を第2の化合物、例えば、PClと接触させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、Pは、例えば、式M-I、M-II、LG-I、LG-IIなどの化合物において、Pである。
いくつかの実施形態では、方法は、P(例えば、式M-I若しくはM-IIの化合物、又はその塩における)であるPを、P(=W)、P->B(-L-R、又はP(例えば、式M-I若しくはM-IIの化合物、又はその塩における)であるPに変換することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、PをP=Sに変換することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、PをPに変換することを含む。いくつかの実施形態では、Pは、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)(式中、Lは、=N(R’)(Q)-LL1-である)である。いくつかの実施形態では、変換工程は、PをP=Sに変換する硫化を含む。いくつかの実施形態では、変換工程は、本明細書に記載されるとおりの-Nを含む試薬(例えば、ADIH)を利用してPをPに変換することを含む。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(=N(R’))(N(R’))Qである。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(-L-R’)(=L-R’)又はその塩である。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(=N(R’))(N(R’))Qである。いくつかの実施形態では、化合物は、N-SOR’又はその塩である。いくつかの実施形態では、化合物は、N-C(O)R’又はその塩である。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、カップリングパートナー化合物、例えば、式M-I若しくはM-IIの化合物、又はその塩を調製するのに有用である。いくつかの実施形態では、化合物は、ヒドロキシル基を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、アミノ基を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、化合物は、本明細書に記載されるとおりのBA-SU-Hである。
いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、短いオリゴヌクレオチド、例えば、二量体である。そのような短いオリゴヌクレオチドが、調製され、精製され(例えば、固体支持体を使用することなく)、続いて好適な技術(例えば、あたかもそれが単量体化合物であるかのように3’末端ヌクレオシドを介してカップリングすること)を使用してオリゴヌクレオチド鎖にカップリングされ得る。
当業者によって理解されるとおり、調製している間、1つ以上の化学基が、独立して且つ任意選択により、保護される。オリゴヌクレオチド合成に好適な多くのものを含む様々な保護技術が、本開示に従って利用され得る。ある特定の技術は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載され、試薬、保護、条件(例えば、カップリング、キャップ付加、修飾、脱保護、切断、塩基の脱保護、補助剤の除去などの様々な工程のためのもの)、補助剤、サイクルなどを含むオリゴヌクレオチド合成技術が、参照により本明細書に組み込まれる。
補助化合物
いくつかの実施形態では、本開示は、合成、例えば、オリゴヌクレオチド調製のための補助剤を提供する。いくつかの実施形態では、補助剤は、不斉補助剤であり、これは、キラル中心、例えば、キラル結合リンの形成を立体選択的に促進することができる。
いくつかの実施形態では、補助化合物は、式AC-1:
Figure 2023526975000644

又はその塩(式中、
CA1は、任意選択により置換された-CH-、又は-C(RM1)(RMX1)-であり;
CA2は、任意選択により置換された-CH-、又は-C(RM2)(RMX2)-であり;
MX1及びRMX2の各々は、独立して、Rであるか、又はそれらを合わせて、-LCA又は-XM2-XM3-XM4-XM5-を形成し;
M2、XM3、XM4、及びXM5の各々は、独立して、共有結合、任意選択により置換された-CH-又は-C(R-であり、
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
M1、RM2及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
RM及びLCAの各々は、独立して、Lであり;
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する。
いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、式AC-Iの化合物は、
Figure 2023526975000645

の化合物である。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、化合物、例えば、式AC-Iの化合物は、式AC-I-a:
Figure 2023526975000646

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、式AC-I-aの化合物は、
Figure 2023526975000647

の化合物である。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、化合物、例えば、式AC-Iの化合物は、式AC-I-b:
Figure 2023526975000648

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、式AC-I-bの化合物は、
Figure 2023526975000649

の化合物である。
いくつかの実施形態では、LRMは、共有結合である。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、化合物、例えば、式AC-Iの化合物は、式AC-I-c:
Figure 2023526975000650

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、式AC-I-bの化合物は、
Figure 2023526975000651

の化合物である。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、化合物、例えば、式AC-Iの化合物は、式AC-I-d:
Figure 2023526975000652

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、式AC-I-bの化合物は、
Figure 2023526975000653

の化合物である。
いくつかの実施形態では、化合物、例えば、化合物、例えば、式AC-Iの化合物は、式AC-I-e:
Figure 2023526975000654

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、Xは、Oである。いくつかの実施形態では、Xは、Sである。いくつかの実施形態では、式AC-I-bの化合物は、
Figure 2023526975000655

の化合物である。いくつかの実施形態では、式AC-I-bの化合物は、
Figure 2023526975000656

の化合物である。
いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000657

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000658

又はその塩(式中、XM2、XM3、XM4、及びXM5の各々は、独立して、共有結合、任意選択により置換された-CH-又は-C(R-であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000659

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000660

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000661

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000662

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000663

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000664

又はその塩である。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000665

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000666

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000667

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000668

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000669

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000670

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000671

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000672

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、各RM1は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、1つのRM1は、水素である。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000673

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員飽和又は部分不飽和単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員単環式飽和環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、4員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、5員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、6員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された5員飽和環である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000674

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000675

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000676

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000677

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000678

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000679

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000680

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000681

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000682

の構造を有する。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-Si(R)(式中、-CH-は、任意選択により置換され、各Rは、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SiPhMeである。いくつかの実施形態では、RM1は、電子求引性基を含み、例えば、いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、-CH-は、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりであり、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000683

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000684

又はその塩(式中、XM2、XM3、XM4、及びXM5の各々は、独立して、共有結合、任意選択により置換された-CH-又は-C(R-であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000685

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000686

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000687

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000688

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000689

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000690

又はその塩である。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000691

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000692

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000693

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000694

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000695

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000696

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000697

又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000698

又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、各RM1は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、1つのRM1は、水素である。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000699

(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員飽和又は部分不飽和単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択により置換された3~10員単環式飽和環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、4員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、5員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、6員である。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された5員飽和環である。いくつかの実施形態では、RM1及びRM2は、cisである。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000700

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000701

(式中、RM2及びRMNを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する)の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000702

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000703

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000704

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
Figure 2023526975000705

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000706

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000707

の構造を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000708

の構造を有する。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-Si(R)(式中、-CH-は、任意選択により置換され、各Rは、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SiPhMeである。いくつかの実施形態では、RM1は、電子求引性基を含み、例えば、いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、-CH-は、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、RM1は、-CH-SOR(式中、Rは、本明細書に記載されるとおりであり、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、可変要素、例えば、RM1、RM2、XM2、XM3、XM4、XM5などは、独立して、例えば、式M-I又はM-IIに関する関連する節に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、-X-は、-S-である。いくつかの実施形態では、-X-は、-CH-S-(式中、-CH-は、任意選択により置換される)である。いくつかの実施形態では、-X-は、-NRMN-である。
いくつかの実施形態では、補助化合物は、
Figure 2023526975000709

Figure 2023526975000710

から選択される。
いくつかの実施形態では、補助部分は、式AC-Iの化合物(例えば、AC-I-a、AC-I-b、AC-I-c、AC-I-d、又はAC-I-eの化合物)又はその塩から誘導体化される。いくつかの実施形態では、補助部分は、一価である。いくつかの実施形態では、補助部分は、-O-XCA1-LRM-XCA2-X-Hの構造を有する。いくつかの実施形態では、補助部分は、H-O-XCA1-LRM-XCA2-X-の構造を有する。いくつかの実施形態では、補助部分は、二価である。いくつかの実施形態では、補助部分は、-O-XCA1-LRM-XCA2-X-の構造を有する。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-NRMN(式中、RMNは、RM2、XM2、XM3、XM4、及び/又はXM5を有する環を形成し得る)である。
いくつかの実施形態では、本開示は、補助化合物を調製するための技術を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本開示は、式AC-I-c、AC-I-d、若しくはAC-I-eの化合物、又はその塩(式中、Xは、-S-である)を調製するための方法であって、
構造:
Figure 2023526975000711

を有する化合物、又はその塩をHS又はその塩と接触させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、方法は、水を含む溶媒中でHSの塩と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、塩は、NaSである。可変要素の様々な実施形態は、本開示、例えば、カップリングパートナー化合物又は補助化合物のための関連する節に記載される。
いくつかの実施形態では、本開示は、式AC-I-c、AC-I-d、若しくはAC-I-eの化合物、又はその塩(式中、Xは、-S-である)を調製するための方法であって、
構造:
Figure 2023526975000712

を有する化合物又はその塩を還元剤と接触させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、脱離基は、-S-R(式中、Rは、任意選択により置換されたフェニルである)である。いくつかの実施形態では、Rは、1つ以上の電子求引性基で置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、5つの-Fで置換されたフェニルである。
サイクル
当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドの調製は通常、1つ以上のサイクルを利用する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド、特に、本明細書に記載されるとおりの様々な糖及び/又はヌクレオチド間結合を含むものの調製に有用なサイクルを提供する。とりわけ、提供される技術は、先行技術と比較して著しく向上した収率、純度、選択性及び/又は化学的適合性を提供することができる。
例えば、いくつかの実施形態では、提供されるサイクルは、
1)カップリング;
2)キャップ付加;及び
3)脱保護
を含む。
いくつかの実施形態では、カップリング工程は、本明細書に記載されるとおりのカップリングであって、例えば、ヌクレオシド(例えば、伸長されることになるオリゴヌクレオチド鎖の)を本明細書に記載されるとおりのカップリングパートナー化合物と接触させることを含むカップリングである。いくつかの実施形態では、カップリングパートナー化合物は、式M-I、M-II、若しくはM-IIIの化合物、又はその塩(式中、Pは、P(=W)、P->B(-L-R、又はPである)である。いくつかの実施形態では、Xは、O又はSであり、且つXは、Sである。いくつかの実施形態では、Xは、Oであり、且つXは、Sである。いくつかの実施形態では、Xは、Sであり、且つXは、Sである。いくつかの実施形態では、Xは、O又はSであり、且つXは、Nである。いくつかの実施形態では、P(=W)、P->B(-L-R、又はPを含むカップリングパートナー化合物が利用されるカップリング工程を含むサイクルにおいて、そのようなサイクルは、PであるPをP(=W)、P->B(-L-R、又はPであるPに変換する修飾工程を含まなくてもよい。いくつかの実施形態では、カップリングパートナー化合物は、式M-IIIの化合物又はその塩である。いくつかの実施形態では、P(=W)、P->B(-L-R、又はPを含むカップリングパートナー化合物が利用されるカップリング工程を含むサイクルにおいて、そのようなサイクルは、修飾工程(例えば、カップリング工程中に形成されるヌクレオチド間結合を修飾するもの)を含まない。
例えば、いくつかの実施形態では、サイクルは、スキーム3、4又は5に記載されるとおりである。当業者は、様々な好適なカップリングパートナー化合物が、様々なヌクレオシドを連結する様々なヌクレオチド間結合を調製するために同様に利用され得ることを理解する。
いくつかの実施形態では、提供されるサイクルは、
1)カップリング;
2)キャップ付加;
3)修飾;及び
4)脱保護
を含む。
いくつかの実施形態では、そのようなサイクルにおいて、カップリング工程は、ヌクレオシド(例えば、伸長されることになるオリゴヌクレオチド鎖の)をカップリングパートナー化合物、例えば、式M-I、若しくはM-IIの化合物、又はその塩(式中、Pは、Pである)と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、Xは、O又はSであり、且つXは、Sである。いくつかの実施形態では、Xは、Oであり、且つXは、Sである。いくつかの実施形態では、Xは、Sであり、且つXは、Sである。いくつかの実施形態では、Xは、O又はSであり、且つXは、Nである。いくつかの実施形態では、PであるPを含むカップリングパートナー化合物が利用されるカップリング工程を含むサイクルにおいて、そのようなサイクルは、カップリング工程中に形成されるヌクレオチド間結合を修飾する修飾工程、例えば、PであるPをP(=W)、P->B(-L-R、又はPであるPに変換する修飾工程を含み得る。いくつかの実施形態では、修飾工程は、硫化(PからP=Sへの変換)である。いくつかの実施形態では、修飾工程は、酸化(PからP=Oへの変換)である。いくつかの実施形態では、修飾工程は、-Nを含む化合物(例えば、ADIH)との接触を含み、これは、PをP(例えば、P=N-を含むP)に変換し得る。いくつかの実施形態では、そのようなサイクルにおいて、修飾工程後に第2のキャップ付加工程が存在する場合がある。いくつかの実施形態では、修飾工程の前のキャップ付加工程は、アミド化条件を含む。いくつかの実施形態では、アミド化条件は、ヒドロキシル基よりアミノ基を優先的にキャップ付加する。いくつかの実施形態では、第2のキャップ付加工程は、エステル化条件を含む。いくつかの実施形態では、エステル化条件は、-OH、例えば、未反応の5’-OH基をキャップ付加する。有用な工程、試薬、条件などを含む様々なサイクルは、各々のサイクルが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載される。
いくつかの実施形態では、脱保護基は、保護されたヒドロキシル基、例えば、5’-DMTrO-を脱保護し、その結果、脱保護された-OHは、所望であれば、例えば、さらなるサイクル、切断及び脱保護などのために利用され得る。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、修飾工程を含む1つ以上のサイクル及び修飾工程を含まない1つ以上のサイクルを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の工程が、独立して、キラル制御される。
様々な技術が、本開示に従うオリゴヌクレオチド及び組成物の生成のために利用され得る。例えば、従来のホスホラミダイト化学反応が、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及び組成物を調製するために利用されてもよく、ある特定の試薬及びキラル制御される技術は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製する(例えば、リボース糖を連結するヌクレオチド間結合を構築する)のに有用であり得る。ある特定の有用な技術は、各々の試薬及び方法が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及びその組成物のキラル制御された/立体選択的な調製は、例えば、カップリングパートナー化合物、例えば、単量体ホスホラミダイトの一部として、不斉補助剤の利用を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、式AC-1、AC-I-a、AC-I-b、AC-I-c、AC-I-d、若しくはAC-I-3eの化合物、又はその塩であり、化合物は、キラルである。本開示に従って有用であり得る追加の不斉補助試薬及びカップリングパートナー化合物、例えば、ホスホラミダイトの例としては、各々の不斉補助試薬及びホスホラミダイトが独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるものが挙げられる。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、
Figure 2023526975000713

(DPSE不斉補助剤)である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、
Figure 2023526975000714

である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、
Figure 2023526975000715

である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、-SOAU(式中、RAUは、C1~20脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、C6~20アリール、C6~20アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~20アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基である)を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、
Figure 2023526975000716

である。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、
Figure 2023526975000717

(PSM不斉補助剤)である。いくつかの実施形態では、そのような不斉補助剤の利用、例えば、調製、そのような不斉補助剤を含むホスホラミダイト、そのような補助剤を含む中間体オリゴヌクレオチド、保護、除去などは、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、不斉補助剤化合物及び不斉カップリングパートナー化合物、例えば、ホスホラミダイトは、例えば、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の立体純度を有して、キラルに純粋な化合物として提供される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド合成サイクル、試薬及び条件を含むある特定の有用なキラル制御される調製技術は、各々のオリゴヌクレオチド合成方法、サイクル、試薬及び条件が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載される。
合成されると、オリゴヌクレオチド及び組成物は通常、さらに精製される。好適な精製技術は、広く知られ、当業者によって実践され、それらには、各々の精製技術が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるものが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、及びデブロッキングを含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、修飾及びデブロッキングを含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、修飾、キャップ付加及びデブロッキングを含むか又はそれらからなる。これらの工程は通常、それらが列挙される順序で実施されるが、いくつかの実施形態では、当業者によって理解されるとおり、ある特定の工程、例えば、キャップ付加及び修飾の順序は、変更されてもよい。必要があれば、当業者がしばしば合成において実施するように、1つ以上の工程が、変換、収率及び/又は純度を向上させるために繰り返されてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、カップリングが繰り返されてもよい;いくつかの実施形態では、修飾(例えば、=Oを導入するための酸化、=Sを導入するための硫化など)が繰り返されてもよい;いくつかの実施形態では、カップリングが、P(III)結合をある特定の条件下でより安定である場合があるP(V)結合に変換できる修飾の後に繰り返され、カップリングの後、慣例的に、新たに形成されたP(III)結合をP(V)結合に変換する修飾が行われる。いくつかの実施形態では、工程が繰り返されるとき、異なる条件が利用されてもよい(例えば、濃度、温度、試薬、時間など)。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体に連結される。いくつかの実施形態では、固体支持体は、オリゴヌクレオチド合成のための支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ガラスを含む。いくつかの実施形態では、固体支持体は、CPG(コントロールドポアガラス)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリマーである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリスチレンである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、高度に架橋したポリスチレン(HCP)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス(CPG)と高度に架橋したポリスチレン(HCP)のハイブリッド支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、金属フォームである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、樹脂である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。
いくつかの実施形態では、本開示は、本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物を調製するのに特に有用な固体支持体を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、ヌクレオシド/オリゴヌクレオチドを固体支持体に連結するために使用されるリンカーは、典型的に利用される-NH-の代わりに、-NR-(式中、Rは-Hではない)を含み、1つ以上の合成条件下で向上した安定性をもたらし、それにより、収率及び/又は純度を著しく向上させ、固体支持体からの望まれない切断を劇的に低減する。いくつかの実施形態では、提供されるリンカーは、-N(R)-C(O)-L-C(O)-(式中、Rは、-Hではない)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、Lは、任意選択により置換された二価のC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Lは、任意選択により置換された-(CH)n-(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、Lは、-(CH)n-(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、nは、2である。いくつかの実施形態では、nは、3である。いくつかの実施形態では、リンカーは、-L-N(R)-C(O)-L-C(O)-(式中、Rは、-Hではない)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、-(CH)m-N(R)-C(O)-L-C(O)-(式中、各-CH-は、独立して且つ任意選択により置換され、mは、1~30である)でかるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、mは、1~20である。いくつかの実施形態では、mは、1~10である。いくつかの実施形態では、mは、1~5である。いくつかの実施形態では、mは、3である。いくつかの実施形態では、リンカーは、-(CH-N(R)-C(O)-(CH-C(O)-(式中、Rは、-Hではない)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、-(CH-N(R)-C(O)-(CH-N(R)-C(O)-(CH-C(O)-(式中、Rは、-Hではない)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~10アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、-C(O)-は、酸素を介してヌクレオシド、例えば、3’-炭素に連結される。
いくつかの実施形態では、支持体(例えば、固体支持体、1つ以上の条件/工程において可溶性であるが、他の条件/工程において沈殿させられる可能性がある支持体(例えば、疎水性部分、AJIPHASEを含む様々な支持体)など)が、調製のために利用される。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド合成に有用な様々な支持体を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体に連結される。いくつかの実施形態では、固体支持体は、オリゴヌクレオチド合成のための支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ガラスを含む。いくつかの実施形態では、固体支持体は、CPG(コントロールドポアガラス)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリマーである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリスチレンである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、高度に架橋したポリスチレン(HCP)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス(CPG)及び高度に架橋したポリスチレン(HCP)のハイブリッド支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、PS5Gである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、PS200である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、CPSである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、金属フォームである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、樹脂である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。いくつかの実施形態では、支持体は、合成のために第1のヌクレオシド(例えば、-ODMTrとして保護された5’-OHなどの-OHを有する)とともに負荷される。いくつかの実施形態では、5’-OHなどの-OHは、脱保護され、カップリングの準備ができている。いくつかの実施形態では、支持体は、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの負荷のために官能化される(例えば、Glen UnySupportなどの様々な汎用支持体)。
いくつかの実施形態では、本開示は、本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物を調製するのに特に有用な支持体、例えば、様々な固体支持体を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、リンカーは、ヌクレオシド/オリゴヌクレオチドを様々な支持体、例えば、固体支持体に連結するために使用される。いくつかの実施形態では、そのような支持体は、様々な条件下で、例えば、本明細書に記載されるとおりのDBUを含むオリゴヌクレオチド合成条件に曝されるとき、安定である。
いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書に記載されるとおりのLである。いくつかの実施形態では、リンカーは、二価部分LSP(式中、-LSP-は、本明細書に記載されるとおりのLである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、共有結合であるか又は任意選択により置換された、直鎖状若しくは分岐状C~C30アルキレンであり、-リンカー-の1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、任意選択により置換されたC~Cアルキレン、C~Cアルキレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-、又は-C(O)O-により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、本開示は、
SP-LSP-NSP
又はその塩の構造を有する薬剤(式中、
SPは、支持体であり;
SPは、リンカーであり;且つ
SPは、-H、ヒドロキシル保護基、R、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオシド若しくはヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチドである)を提供する。
いくつかの実施形態では、SSPは、本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド合成に好適な支持体、例えば、本明細書に記載されるCPG、HCPなどである。いくつかの実施形態では、SSPは、CPGである。いくつかの実施形態では、SSPは、PS5Gである。いくつかの実施形態では、SSPは、PSM200である。いくつかの実施形態では、SSPは、HCPである。いくつかの実施形態では、SSPは、CPSである。いくつかの実施形態では、SSPは、NPHLである。
いくつかの実施形態では、LSPは、本明細書に記載されるとおりのLである。いくつかの実施形態では、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、-O-、-N(R’)-、-C(O)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、又は-C(O)O-で置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-C(O)-(CHn2-C(O)-O-(式中、n2のn1の各々は、独立して、0~20であり、RSP1は、本明細書に記載されるとおりのR’である)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RSP1は、水素ではない。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-N(CH)-C(O)-(CH-C(O)-O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-N(RSP1)-(dT)n1-O-(CHn2-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)-O-(式中、n1、n2及びn3の各々は、独立して、0~20であり、RSP1及びRSP2の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのR’である)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-LCAA-N(RSP1)-(dT)n1-O-(CHn2-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)-O-(式中、n1、n2及びn3の各々は、独立して、0~20であり、RSP1及びRSP2の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのR’である)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-LCAA-NH-(dT)n1-O-(CHn2-NH-C(O)-(CHn3-C(O)-O-(式中、n1、n2及びn3の各々は、独立して、0~20である)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-LCAA-NH-(dT)-O-(CH-NH-C(O)-(CH-C(O)-O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-NH-C(O)-(CH-C(O)-O-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、n1、n2、及びn3の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのnである。いくつかの実施形態では、n1は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、n1は、1~10である。いくつかの実施形態では、n1は、3~5である。いくつかの実施形態では、n1は、1である。いくつかの実施形態では、n1は、2である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n1は、4である。いくつかの実施形態では、n1は、5である。いくつかの実施形態では、n2は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、n2は、5~20である。いくつかの実施形態では、n2は、10~20である。いくつかの実施形態では、n2は、10である。いくつかの実施形態では、n2は、11である。いくつかの実施形態では、n2は、12である。いくつかの実施形態では、n2は、13である。いくつかの実施形態では、n2は、14である。いくつかの実施形態では、n2は、15である。いくつかの実施形態では、n2は、16である。いくつかの実施形態では、n3は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、n3は、1~10である。いくつかの実施形態では、n3は、3~5である。いくつかの実施形態では、n3は、1である。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、n3は、3である。いくつかの実施形態では、n3は、4である。いくつかの実施形態では、n3は、5である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、2である。いくつかの実施形態では、n1は5であり、n2は6であり、且つn3は2である。
いくつかの実施形態では、RSP1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RSP1は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RSP1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RSP1は、-Hである。いくつかの実施形態では、RSP2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RSP2は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RSP2は、メチルである。いくつかの実施形態では、RSP2は、-Hである。
いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-C(O)-O-(CHn2-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RSP1及びRSP2の各々は、水素である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、6である。いくつかの実施形態では、n2は、10である。いくつかの実施形態では、n2は、14である。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-NHC(O)O-(CH-NHC(O)(CH-C(O)O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-NHC(O)O-(CH10-NHC(O)(CH-C(O)O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-NHC(O)O-(CH14-NHC(O)(CH-C(O)O-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-C(O)-(OCHCHn2-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RSP1及びRSP2の各々は、水素である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、4である。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-NHC(O)-(OCHCH-NH-C(O)-(CH-C(O)O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-NHC(O)-(OCHCH-NH-C(O)-(CH-C(O)O-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-C(O)-N(RSP2)-(CHn2-CH(OR’)-(CHn3-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RSP1及びRSP2の各々は、水素である。いくつかの実施形態では、n1は、1である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、1である。いくつかの実施形態では、n2は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、4である。いくつかの実施形態では、n3は、1である。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CHClである。いくつかの実施形態では、LSPは、-CH-NH-C(O)-NH-CH-CH[OC(O)CCl]-CH-O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CH-NH-C(O)-NH-CH-CH[OC(O)CCl]-CH-O-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、LSPは、本明細書に記載されるとおりの-Cy-であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、-Cy-は、酸素、窒素、硫黄から独立して選択される1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~10員ヘテロシクリレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、酸素、窒素、硫黄から独立して選択される1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員ヘテロシクリレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、酸素、窒素、硫黄から独立して選択される1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された6員ヘテロシクリレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000718

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000719

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000720

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000721

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000722

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000723

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000724

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000725

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000726

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、酸素、窒素及び硫黄から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~30員ヘテロアリーレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、酸素、窒素、硫黄から独立して選択される1~2個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5~10員ヘテロアリーレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000727

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000728

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、0~4個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された4~10員飽和単環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、窒素原子を有する任意選択により置換された4~7員飽和単環式であり、-Cy-は、窒素原子で連結される。いくつかの実施形態では、-Cy-は、3~30員カルボシクリレン、6~30員アリーレン、酸素、窒素及び硫黄から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリーレン、並びに例えば、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリレンから選択される任意選択により置換された二価の環である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000729

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000730

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000731

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000732

である。
いくつかの実施形態では、LSPは、-N(RSP1)-C(O)-Cy-C(O)-(CHn3-C(O)O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RSP1は、-Hである。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000733

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、任意選択により置換された
Figure 2023526975000734

である。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000735

である。
いくつかの実施形態では、LSPは、-O-Cy-O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-C(O)O-Cy-O-であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-N(RSP1)-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-NH-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-C(O)O-(CHn2-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-NH-C(O)O-(CHn2-NH-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-N(RSP1)-(CHn2-N(RSP2)-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、-(CHn1-NH-(CHn2-NH-C(O)-(CHn3-C(O)O-Cy-O-(式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、n1、n2、及びn3の各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりのnである。いくつかの実施形態では、n1は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、n1は、1~10である。いくつかの実施形態では、n1は、3~5である。いくつかの実施形態では、n1は、1である。いくつかの実施形態では、n1は、2である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n1は、4である。いくつかの実施形態では、n1は、5である。いくつかの実施形態では、n2は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、n2は、5~20である。いくつかの実施形態では、n2は、10~20である。いくつかの実施形態では、n2は、10である。いくつかの実施形態では、n2は、11である。いくつかの実施形態では、n2は、12である。いくつかの実施形態では、n2は、13である。いくつかの実施形態では、n2は、14である。いくつかの実施形態では、n2は、15である。いくつかの実施形態では、n2は、16である。いくつかの実施形態では、n3は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、n3は、1~10である。いくつかの実施形態では、n3は、3~5である。いくつかの実施形態では、n3は、1である。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、n3は、3である。いくつかの実施形態では、n3は、4である。いくつかの実施形態では、n3は、5である。いくつかの実施形態では、n1は、3である。いくつかの実施形態では、n2は、2である。いくつかの実施形態では、n3は、2である。いくつかの実施形態では、RSP1は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RSP1は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RSP1は、メチルである。いくつかの実施形態では、RSP2は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RSP2は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RSP2は、メチルである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000736

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000737

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000738

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000739

である。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000740

(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)を含む。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、R’は、メチルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000741

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000742

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000743

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000744

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000745

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択により置換された
Figure 2023526975000746

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000747

である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、
Figure 2023526975000748

である。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000749

(式中、-O-は、NSPに結合される)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000750

(式中、-O-は、NSPに結合される)であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000751

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000752

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000753

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000754

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000755

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000756

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000757

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000758

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000759

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000760

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000761

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000762

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000763

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000764

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000765

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000766

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000767

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000768

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000769

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000770

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000771

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000772

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LSPは、
Figure 2023526975000773

であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、LSPは、LSPの酸素原子を介してNNSに結合される。いくつかの実施形態では、-O-は、NSP、例えば、-H、-DMTr、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオシド若しくはヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチドに連結される。いくつかの実施形態では、NNSは、-Hである。いくつかの実施形態では、NNSは、-Hであり、且つ水素は、LSPの酸素原子に結合されて、カップリングパートナー、例えば、ホスホラミダイトとのカップリングのために-OHを形成する。いくつかの実施形態では、NNSは、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、NNSは、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオシド、例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護されたものである。いくつかの実施形態では、NNSは、オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、NNSのそれぞれの核酸塩基(もしあれば)は、独立して、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なように任意選択により保護される。いくつかの実施形態では、NNSは、本明細書に記載されるとおりの結合、例えば、リン酸結合を介して-O-に連結される。いくつかの実施形態では、薬剤は、
Figure 2023526975000774

(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、
Figure 2023526975000775

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、
Figure 2023526975000776

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、
Figure 2023526975000777

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、
Figure 2023526975000778

(式中、R’は、本明細書に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、R’は、メチルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、-OHは、カップリングパートナー、例えば、ホスホラミダイトと反応する。
リンカー及び/又は負荷されたヌクレオシドで機能を持たされたものを含む様々な支持体は、例として実施例1に記載される。
いくつかの実施形態では、R’は、独立して、-R、-C(O)R、-COR、又は-SORであるか、又は2つ以上のR’を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された単環式、二環式又は多環式の飽和、部分不飽和、又はアリールの3~30員環を形成する。いくつかの実施形態では、各Rは、独立して、水素、又はC1~30脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール環、並びに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~30員複素環式環から選択される任意選択により置換された基である。
いくつかの実施形態では、LSPは、任意選択により置換された直鎖状又は分岐状C~C20アルキレンであり、LSPの1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、本明細書で定義される基により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPは、共有結合であるか又は任意選択により置換された、直鎖状若しくは分岐状C~C10アルキレンであり、LSPの1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、本明細書で定義される基により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPは、共有結合であるか又は任意選択により置換された、直鎖状若しくは分岐状C20~C30アルキレンであり、LSPの1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、本明細書で定義される基により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)-(式中、R’は、Hである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)-(式中、R’は、Meである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)-(式中、R’は、エチルである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)-(式中、R’は、プロピルである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)-(式中、R’は、イソプロピルである)により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)O-(式中、R’は、Hである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)O-(式中、R’は、Meである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)O-(式中、R’は、エチルである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)O-(式中、R’は、プロピルである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)O-(式中、R’は、イソプロピルである)により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)N(R’)-(式中、各R’は、Hである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)N(R’)-(式中、各R’は、Meである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)N(R’)-(式中、各R’は、独立して、H又はMeである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)N(R’)-(式中、各R’は、独立して、H、Me、又はエチルである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)N(R’)-(式中、各R’は、独立して、H、Me、エチル、又はプロピルである)により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-N(R’)C(O)N(R’)-(式中、各R’は、独立して、H、Me、エチル、プロピル、又はイソプロピルである)により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの1つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの2つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの3つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの4つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの5つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの6つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、LSPの7つのメチレン単位は、-O-により置き換えられる。
いくつかの実施形態では、LSPの1つ以上のメチレン単位は、-C(O)-により置き換えられる。いくつかの実施形態では、-C(O)-は、酸素を介してヌクレオシド、例えば、3’-炭素に連結される。
例えば、様々な経路を介する対象への投与のための提供されるオリゴヌクレオチドを製剤化し及び/又は医薬組成物を調製するための技術は、当技術分野で容易に利用可能であり、本開示、例えば、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるものに従って利用され得る。
生物学的適用
当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチド及び組成物は、複数の目的のために有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物など)は、標的核酸(例えば、様々な転写物)及びその産物(例えば、mRNA、タンパク質など)のレベル、発現、活性などを低減するのに有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、スプライシング調節、例えば、エクソンスキッピング又はインクルージョンのために利用され得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、遺伝子編集に有用である。当業者によって理解されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、いくつかの機構、例えば、RNase H経路、RNAi、エクソンスキッピング、塩基/配列編集などの1つ以上を介して機能し得る。例として、いくつかのオリゴヌクレオチド及び組成物のある特定の特性及び/又は活性は、実施例において示される。いくつかの実施形態では、適用は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載される。
特徴付け及び評価
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物の特性及び/又は活性は、当業者に利用可能な様々な技術、例えば、生化学的アッセイ(例えば、RNA切断アッセイ、エクソンスキッピングアッセイ)、細胞系アッセイ、動物モデル、臨床試験などを使用して特徴付けられ及び/又は評価され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物の特性及び/又は活性は、それぞれ参照オリゴヌクレオチド及びその組成物と比較される。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、全てのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、全てがリン酸結合を有するDNAオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されないことを除いて提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と他の点で同一である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、異なるパターンの立体化学を有することを除いて提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と他の点で同一である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の糖、塩基、及び/又はヌクレオチド間結合の異なる修飾、又は修飾のパターンを有することを除いて提供されるオリゴヌクレオチド組成物と同様である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則であり、参照オリゴヌクレオチド組成物もまた立体的に不規則であるが、それらは、糖及び/又は塩基修飾又はそのパターンに関して異なる。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列及び同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列及び化学修飾の同じパターンを有するオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列及び化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていない(又は立体的に不規則な)組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ構成のオリゴヌクレオチドのキラル制御されていない(又は立体的に不規則な)組成物であるが、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と他の点で同一である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、限定はされないが、本明細書に記載される化学修飾を含む、異なる化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、ヌクレオチド間結合及び/又はヌクレオチド間結合及び/又は化学修飾の立体化学の異なるパターンを有する、オリゴヌクレオチドの組成物である。
遺伝子産物、提供されるオリゴヌクレオチドの導入若しくは投与後に変化され得るその発現、レベル及び/又は活性を検出するための様々な方法は、当技術分野で知られる。例えば、エクソンがスキップされる転写物及びそれらのバリアントを、qPCRで検出し、定量化することができ、タンパク質レベルを、ウエスタンブロットに介して決定することができる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの有効性の評価は、生化学的アッセイ又は細胞においてインビトロで実施され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、当業者に利用可能な様々な方法、例えば、gymnosisによる送達、トランスフェクション、リポフェクションなどを介して細胞に導入され得る。
ある特定の有用な技術は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載される。
医薬組成物
いくつかの実施形態では、本開示は、提供される化合物、例えば、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩及び医薬担体を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、治療及び臨床目的のために、本開示のオリゴヌクレオチドは、医薬組成物として提供される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
当業者によって理解されるとおり、本開示のオリゴヌクレオチドは、それらの酸、塩基又は塩形態で提供され得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば、-OP(O)(OH)O-の形態における天然のリン酸結合について;-OP(O)(SH)O-の形態におけるホスホロチオエートヌクレオチド間結合などについては酸形態で存在し得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、ナトリウム塩における-OP(O)(ONa)O-の形態の天然のリン酸結合について;ナトリウム塩の-OP(O)(SNa)O-の形態のホスホロチオエートヌクレオチド間結合などについては塩形態で存在し得る。特に注記がない限り、本開示のオリゴヌクレオチドは、酸、塩基及び/又は塩形態で存在し得る。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、静脈内注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻内投与、局所投与、点眼又は点耳用に製剤化する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸薬、カプセル、液剤、吸入剤、鼻内噴霧溶液、座薬、懸濁液、ゲル、コロイド、分散液、懸濁液、溶液、エマルジョン、軟膏、ローション、点眼薬又は点耳薬である。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの塩及びその医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、塩は、薬学的に許容される塩である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、任意選択によりその塩形態のオリゴヌクレオチド、及びナトリウム塩を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、任意選択によりその塩形態のオリゴヌクレオチド、及び塩化ナトリウムを含む。いくつかの実施形態では、塩基に供与され得るオリゴヌクレオチドのそれぞれの水素イオン(例えば、水溶液、医薬組成物などの条件下で)は、非Hカチオンにより置き換えられる。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの薬学的に許容される塩は、全金属イオン塩であり、ここで、各ヌクレオチド間結合(例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートジエステル結合など)の各水素イオン(例えば、-OH、-SHなどの)は、金属イオンにより置き換えられる。医薬組成物のための様々な好適な金属塩は当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、マグネシウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カルシウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、アンモニウム塩(カチオンN(R) )である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ただ1種のカチオンを含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、2種以上のカチオンを含む。いくつかの実施形態では、カチオンは、Li、Na、K、Mg2+又はCa2+である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、全ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、全ナトリウム塩であり、ここで、天然リン酸結合(酸形態-O-P(O)(OH)-O-)である各ヌクレオチド間結合は、存在する場合、そのナトリウム塩形態(-O-P(O)(ONa)-O-)として存在し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合(酸形態-O-P(O)(SH)-O-)である各ヌクレオチド間結合は、存在する場合、そのナトリウム塩形態(-O-P(O)(SNa)-O-)として存在する。
核酸及び/又はオリゴヌクレオチドを送達するための様々な技術が当技術分野で知られており、本開示に従って利用され得る。例えば、様々な超分子ナノキャリアを使用して、核酸を送達することができる。ナノキャリアの例として、限定はされないが、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体及び各種ポリマー化合物が挙げられる。核酸と様々なポリカチオンとの複合体化は、別の細胞内送達手法である;これは、PEG化ポリカチオン、ポリエチレンアミン(polyethyleneamine)(PEI)複合体、カチオン性ブロック共重合体及びデンドリマーの使用を含む。PEI及びポリアミドアミンデンドリマーを含むいくつかのカチオン性ナノキャリアは、エンドソームからの内容物の放出を補助する。他のアプローチとしては、ポリマーナノ粒子、ミクロスフェア、リポソーム、デンドリマー、生分解性ポリマー、コンジュゲート、プロドラッグ、硫黄若しくは鉄などの無機コロイド、抗体、インプラント、生分解性インプラント、生分解性ミクロスフェア、浸透圧調節インプラント、脂質ナノ粒子、エマルジョン、油性溶液、水溶液、生分解性ポリマー、ポリ(ラクチド-コグリコール酸)、ポリ(乳酸)、液体デポ、ポリマーミセル、量子ドット及びリポプレックスの使用が挙げられる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、別の分子にコンジュゲートされる。
治療及び/又は診断用途では、全身及び局所又は限局投与を含む、様々な投与方法のために、本開示の化合物、例えば、オリゴヌクレオチドを製剤化することができる。技術及び製剤化は一般に、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.2000)に見出され得る。
治療下の具体的な状態、障害又は疾患に応じて、提供される薬剤、例えば、オリゴヌクレオチドは、液体又は固体剤形に製剤化され、全身又は局所投与され得る。提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、当業者に知られるとおり、時限式又は徐放性の形態で送達され得る。製剤化及び投与のための技術は、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)に見出され得る。好適な経路には、経口、頬側、吸入スプレーによる、舌下、直腸、経皮、腟内、経粘膜、鼻腔又は腸内投与;筋肉内、皮下、髄内注射を含めた非経口送達並びに髄腔内、直接脳室内、静脈内、関節内、胸骨内、滑膜内、肝臓内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内又は眼内注射又は別の送達様式が含まれ得る。
注射のために、提供される薬剤、例えば、オリゴヌクレオチドは、ハンクス溶液、リンゲル溶液、又は生理食塩緩衝液などの生理学的に適合性の緩衝液中などの水溶液中で製剤化され、希釈され得る。こうした経粘膜投与の場合、透過されることになる障壁に適した浸透剤が製剤に使用される。このような浸透剤は、当技術分野において広く知られており、本開示に従って利用され得る。
提供される化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、当技術分野においてよく知られる薬学的に許容される担体を使用して経口投与に好適な投薬量に容易に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、そのような担体により、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドを、治療されることになる対象(例えば、患者)による経口摂取用に錠剤、丸薬、カプセル、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化することが可能になる。
経鼻又は吸入送達のために、提供される化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、当業者に知られる方法によって製剤化されてもよく、例えば、生理食塩水、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤、及びフルオロカーボンなど、可溶化、希釈、又は分散物質の例を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、CNSに送達される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、脳脊髄液に送達される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、脳実質に投与される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、髄腔内投与又は脳室内投与により、動物/対象に送達される。オリゴヌクレオチド及び組成物の広範な分布は、本明細書に記載され及び/又は当技術分野で知られる投与の方法により達成され得る。
ある特定の実施形態では、非経口投与は、例えば、シリンジ、ポンプなどによる注射によるものである。ある特定の実施形態では、注射は、ボーラス注射である。ある特定の実施形態では、注射は、線条体、尾状核、皮質、海馬及び/又は小脳などの組織又は部位に直接的に投与される。
本開示での使用に好適な医薬組成物は、活性成分、例えば、オリゴヌクレオチドがそれらの意図される目的を達成するのに有効な量で含有される組成物を含む。有効量の決定は、特に本明細書に提供される詳細な開示に照らして、十分に当業者の能力の範囲内である。
活性成分に加えて、医薬組成物は、活性化合物の薬学的に使用可能な製剤への処理を促進する賦形剤及び助剤を含む、薬学的に許容される好適な担体を含有し得る。経口投与のために製剤化される製剤は、錠剤、糖衣錠、カプセル、又は溶液の形態であり得る。
いくつかの実施形態では、経口使用のための医薬組成物は、活性化合物を固体賦形剤と合わせ、得られた混合物を任意選択により粉砕し、必要に応じて適切な助剤を添加した後、顆粒の混合物を処理して、錠剤又は糖衣錠コアを取得することにより得ることができる。好適な賦形剤は、特に、ラクトース、スクロース、マンニトール又はソルビトールを含む糖などの充填剤;セルロース製剤、例えばトウモロコシデンプン、コムギデンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロース(CMC)、及び/又はポリビニルピロリドン(PVP:ポビドン)である。所望であれば、崩壊剤、例えば架橋ポリビニルピロリドン、寒天又はアルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩が添加されてもよい。
いくつかの実施形態では、糖衣錠コアには、好適なコーティングが付与される。この目的のために、濃縮糖溶液が使用されてもよく、これは任意選択により、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコール(PEG)及び/又は二酸化チタン、ラッカー溶液並びに適切な有機溶媒又は溶媒混合物を含有し得る。識別のため又は活性化合物用量の様々な組み合わせを特徴付けるために、染料又は顔料が錠剤又は糖衣錠コーティングに添加され得る。
経口的に使用することのできる医薬製剤には、ゼラチンで作られたプッシュフィットカプセル並びにゼラチン及びグリセロール又はソルビトールなどの可塑剤で作られたソフトシールカプセルが含まれる。プッシュフィットカプセルは、活性成分、例えば、オリゴヌクレオチドを、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤、及び/又はタルク若しくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、並びに任意選択により安定剤との混合において含有し得る。ソフトカプセルでは、活性化合物、例えば、オリゴヌクレオチドが、脂肪油、流動パラフィン、又は液体ポリエチレングリコール(PEG)などの好適な液体中に溶解又は懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、活性化合物、例えば、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、脂質は、活性化合物にコンジュゲートされない。いくつかの実施形態では、脂質は、C10~C40直鎖状飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、1つ以上のC1~4脂肪族基により任意選択により置換されたC10~C40直鎖状飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ-リノール酸、ガンマ-リノール酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、タービナリア酸(turbinaric acid)及びジリノレイルアルコールからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、活性化合物、提供されるオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、組成物は、脂質及び活性化合物を含み、さらに、別の脂質又は標的化化合物若しくは部分である別の構成要素を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、アミノ脂質;両親媒性脂質;アニオン性脂質;アポリポタンパク質;カチオン性脂質;低分子量カチオン性脂質;CLinDMA及びDLinDMAなどのカチオン性脂質;イオン化カチオン性脂質;クローキング成分;ヘルパー脂質;リポペプチド;中性脂質;中性双性イオン脂質;疎水性小分子;疎水性ビタミン;PEG脂質;1つ以上の親水性ポリマーで修飾された非荷電脂質;リン脂質;1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミンなどのリン脂質;ステルス脂質;ステロール;コレステロール;標的化脂質;又は本明細書に記載されるか又は医薬での使用に好適な当技術分野で報告されている別の脂質である。いくつかの実施形態では、組成物は、脂質と、別の脂質の少なくとも1つの機能を媒介することができる別の脂質の一部分を含む。いくつかの実施形態では、標的化化合物又は部分は、特定の細胞若しくは組織又は細胞若しくは組織のサブセットに化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)を標的化することができる。いくつかの実施形態では、標的化部分は、特定の標的、受容体、タンパク質、又は別の細胞内構成要素の細胞若しくは組織特異的発現を利用するように設計される。いくつかの実施形態では、標的化部分は、組成物を細胞若しくは組織に標的化し、及び/又は標的、受容体、タンパク質、若しくは別の細胞内構成要素に結合するリガンド(例えば、小分子、抗体、ペプチド、タンパク質、炭水化物、アプタマーなど)である。
活性化合物、例えば、オリゴヌクレオチドの送達のためのある特定の例の脂質は、活性化合物の機能を可能にする(例えば、それを妨げないか又はそれに支障をきたさない)。いくつか実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ-リノール酸、ガンマ-リノール酸、ドコサヘキサエン酸(cis-DHA)、タービナリア酸(turbinaric acid)又はジリノレイルアルコールである。
本開示に記載されるとおり、脂肪酸とのコンジュゲーションなどの脂質コンジュゲーションにより、オリゴヌクレオチドの1つ以上の特性を向上させ得る。
いくつかの実施形態では、活性化合物、例えば、オリゴヌクレオチドの送達のための組成物は、活性化合物を、所望であれば、特定の細胞又は組織に標的化することができる。いくつかの実施形態では、活性化合物の送達のための組成物は、活性化合物を筋肉細胞又は組織に標的化することができる。いくつかの実施形態では、本開示は、活性化合物の送達に関連する組成物及び方法を提供し、ここで、組成物は、活性化合物及び脂質を含む。筋肉細胞又は組織に対する様々な実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ-リノール酸、ガンマ-リノール酸、ドコサヘキサエン酸(cis-DHA)、タービナリア酸(turbinaric acid)及びジリノレイルアルコールから選択される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下のいずれか1つ以上を含む組成物、又は以下のいずれか1つ以上の使用を伴う送達の方法を介して送達される:トランスフェリン受容体-標的化ナノ粒子;カチオン性リポソーム系送達戦略;カチオン性リポソーム;ポリマーナノ粒子;ウイルスキャリア;レトロウイルス;アデノ随伴ウイルス;好適な核酸脂質粒子;ポリマー;細胞透過ペプチド;脂質;デンドリマー;中性脂質;コレステロール;脂質様分子;膜融合脂質;親水性分子;ポリエチレングリコール(PEG)若しくはその誘導体;遮蔽脂質;ペグ化脂質;PEG-C-DMSO;PEG-C-DMSA;DSPC;イオン化可能脂質;グアニジウム系コレステロール誘導体;イオンコーティングされたナノ粒子;金属イオンコーティングされたナノ粒子;マンガンイオンコーティングされたナノ粒子;angubindin-1;ナノゲル;オリゴヌクレオチドの分岐状核酸構造への組み込み;及び/又はオリゴヌクレオチドの2、3、4個以上のオリゴヌクレオチドを含む分岐状核酸構造への組み込み。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、凍結乾燥され、凍結乾燥されたオリゴヌクレオチドはバイアル中に存在する。いくつかの実施形態では、バイアルは、窒素で再充填される。いくつかの実施形態では、凍結乾燥されたオリゴヌクレオチド組成物は、投与前に再構成される。いくつかの実施形態では、凍結乾燥されたオリゴヌクレオチド組成物は、投与前に塩化ナトリウム溶液で再構成される。いくつかの実施形態では、凍結乾燥されたオリゴヌクレオチド組成物は、投与前に0.9%の塩化ナトリウム溶液で再構成される。いくつかの実施形態では、再構成は、投与のための臨床現場で行われる。いくつかの実施形態では、凍結乾燥された組成物において、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されるか又は少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合及び/又はオリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるとおりに製剤化され及び/又は投与され、製剤及び投与技術は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる。
とりわけ、本開示は、以下の実施形態を提供する:
1.
Figure 2023526975000779

又はその塩の構造を有するオリゴヌクレオチド(式中、
BAは、任意選択により置換されたか又は保護された核酸塩基であり;
T5は、任意選択により置換されたか又は保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
T3は、水素、任意選択により置換されたか若しくは保護されたか又はヌクレオシドヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
Wは、O、S又はSeであり、
Zは、-O-、-S-、-N(R’)-であり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
2.
Figure 2023526975000780

又はその塩の構造を有するオリゴヌクレオチド(式中、
BAは、任意選択により置換されたか又は保護された核酸塩基であり;
T5は、任意選択により置換されたか又は保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
T3は、水素、任意選択により置換されたか若しくは保護されたか又はヌクレオシドヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
Zは、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
3.オリゴヌクレオチドが、
Figure 2023526975000781

又はその塩の構造を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
4.オリゴヌクレオチドが、
Figure 2023526975000782

又はその塩(式中、
BAは、任意選択により置換されたか又は保護された核酸塩基であり;
T5は、任意選択により置換されたか又は保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
T3は、水素、任意選択により置換されたか若しくは保護されたか又はヌクレオシドヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
INLは、-Y-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-(式中、-C(O)-は窒素原子に結合される)、-C(O)-N(R’)-、又は-LL1-CyIL-LL2-であり、
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
は、アニオンであり;
X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する、オリゴヌクレオチド。
5.RT5が、-OHである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
6.RT5が、保護されたヒドロキシルである、実施形態1~4のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
7.RT5が、-ODMTrである、実施形態1~4のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
8.RT5が、R’である、実施形態1~4のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
9.RT5が、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分である、実施形態1~4のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
10.RT5が、リンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分である、実施形態1~4のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
11.RT5が、1つ以上のASGPRリガンドを含む、実施形態10のオリゴヌクレオチド。
12.RT5が、1つ以上のGalNAcを含む、実施形態10のオリゴヌクレオチド。
13.RT5が、オリゴヌクレオチド部分である、実施形態1~4のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
14.RT5が、1つ以上の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13のオリゴヌクレオチド。
15.RT5が、1つ以上の修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13~14のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
16.RT5が、1つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13~15のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
17.RT5が、1つ以上のキラル制御された修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13~15のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
18.RT5が、1つ以上のキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13~17のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
19.RT5が、1つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13~18のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
20.RT5が、1つ以上のキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態13~19のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
21.RT3が、水素である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
22.RT3が、R’である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
23.RT3が、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分である、実施形態1~20のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
24.RT3が、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオシド部分である、実施形態1~20のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
25.RT3が、リンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分である、実施形態1~20のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
26.RT3が、1つ以上のASGPRリガンドを含む、実施形態25のオリゴヌクレオチド。
27.RT3が、1つ以上のGalNAcを含む、実施形態25のオリゴヌクレオチド。
28.RT3が、オリゴヌクレオチド部分である、実施形態1~20のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
29.RT3が、1つ以上の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28のオリゴヌクレオチド。
30.RT3が、1つ以上の修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28~29のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
31.RT3が、1つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28~30のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
32.RT3が、1つ以上のキラル制御された修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28~30のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
33.RT3が、1つ以上のキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28~32のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
34.RT3が、1つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28~33のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
35.RT3が、1つ以上のキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド部分である、実施形態28~34のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
36.ヌクレオシド部分、ヌクレオチド部分、追加の化学的部分、又はオリゴヌクレオチド部分が、任意選択によりリンカーを介して支持体に連結される、実施形態23~35のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
37.支持体が、オリゴヌクレオチド合成に好適な固体支持体である、実施形態36のオリゴヌクレオチド。
38.
Figure 2023526975000783

の構造を有する糖
及び非環式糖から独立して選択される1つ以上の糖単位、又は
それぞれ独立して
-Y-P(-X-R)-Z-、
-C(O)-O-(式中、-C(O)-は窒素原子に結合される)、
-C(O)-N(R’)-、若しくは
-LL1-CyIL-LL2
(式中、
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
は、アニオンであり;
X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する1つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド。
39.モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、モルホリン単位の窒素が、-P(=W)(-N=C[N(R‘))-O-の構造を有するヌクレオチド間結合に結合される、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
40.Pの存在が、P(=O)である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
41.Pの存在が、P(=S)である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
42.Pの存在が、Pである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
43.Pの存在が、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
44.Pの存在が、P=N-L-Rである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
45.Yの存在が、共有結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
46.Yの存在が、-O-である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
47.オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、ヌクレオシド単位が、
Figure 2023526975000784

又はその塩形態の構造(式中、BAは、核酸塩基であり、Nは、ヌクレオチド間結合に結合される)を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
48.オリゴヌクレオチドが、-Y-P(=W)(-X-L-R)-Z-の構造をそれぞれ独立して有する1つ以上のヌクレオチド間結合を含み、Yが、-O-である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
49.オリゴヌクレオチドが、-P(=W)(-X-L-R)-Z-の構造をそれぞれ独立して有する1つ以上のヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
50.オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、ヌクレオシド単位が、
Figure 2023526975000785

又はその塩形態の構造(式中、BAは、核酸塩基であり、Nは、-P(-X-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合のPに結合される)を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
51.オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、ヌクレオシド単位が、
Figure 2023526975000786

又はその塩形態の構造(式中、BAは、核酸塩基であり、Nは、-P(=W)(-X-L-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合のPに結合される)を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
52.オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、ヌクレオシド単位が、
Figure 2023526975000787

又はその塩形態(式中、BAは、核酸塩基であり、Nは、-C(O)-O-に結合され、-C(O)-は、Nに結合される)の構造を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
53.各Zが、-O-である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
54.Wの存在が、Oである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
55.Wの存在が、Sである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
56.各Wが、Oである、実施形態1~54のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
57.Xの存在が、Oである、実施形態48~56のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
58.-X-Rの存在が、-OHである、実施形態57のオリゴヌクレオチド。
59.Xの存在が、Sである、実施形態48~56のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
60.-X-Rの存在が、-SHである、実施形態59のオリゴヌクレオチド。
61.Xの存在が、共有結合である、実施形態48~56のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
62.-L-Rの存在が、-N(R’)である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
63.-L-Rの存在が、-N(CHである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
64.Rの存在が、-N=C(-L-R’)である、実施形態1~61のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
65.-L-の存在が、-N(R’)-である、実施形態64のオリゴヌクレオチド。
66.Rが、-N=C[N(R’)である、実施形態64又は65のオリゴヌクレオチド。
67.同じ窒素上の2つのR’を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態66のオリゴヌクレオチド。
68.第1の窒素上の2つのR’を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、且つ第2の窒素上の2つのR’を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態66のオリゴヌクレオチド。
69.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態66のオリゴヌクレオチド。
70.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態66のオリゴヌクレオチド。
71.形成される環が、飽和である、実施形態67~70のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
72.Rが、
Figure 2023526975000788

である、実施形態61~71のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
73.Rが、
Figure 2023526975000789

である、実施形態61~74のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
74.Rが、
Figure 2023526975000790

である、実施形態61~71のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
75.Rが、
Figure 2023526975000791

である、実施形態61~74のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
76.オリゴヌクレオチドが、-C(O)-O-の構造をそれぞれ独立して有する1つ以上のヌクレオチド間結合を含み、-C(O)-が、窒素原子に結合される、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
77.オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、ヌクレオシド単位が、
Figure 2023526975000792

又はその塩形態の構造(式中、BAは、核酸塩基であり、Nは、-C(O)-O-の構造を有するヌクレオチド間結合の-C(O)-に結合される)を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
78.オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、ヌクレオシド単位が、
Figure 2023526975000793

又はその塩形態の構造(式中、BAは、核酸塩基であり、Nは、-C(O)-N(R’)-の構造を有するヌクレオチド間結合の-C(O)-に結合される)を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
79.
Figure 2023526975000794

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000795

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
80.
Figure 2023526975000796

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000797

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
81.
Figure 2023526975000798

が、
Figure 2023526975000799

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
82.
Figure 2023526975000800

の存在が、
Figure 2023526975000801

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
83.
Figure 2023526975000802

の存在が、
Figure 2023526975000803

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
84.
Figure 2023526975000804

の存在が、
Figure 2023526975000805

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
85.-L-又は-CH-が、ヌクレオチド間結合に結合される、実施形態1~84のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
86.オリゴヌクレオチドが、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の天然のリン酸結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
87.オリゴヌクレオチドが、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
88.オリゴヌクレオチドが、2~200個の核酸塩基を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
89.オリゴヌクレオチドが、15~50個の核酸塩基を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
90.オリゴヌクレオチドが、約15個以上の核酸塩基を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
91.オリゴヌクレオチドが、約20個以上の核酸塩基を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
92.1個以上のヌクレオチド間結合が、それぞれ独立して、Sp配置の立体的に規制された結合リンを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
93.全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、独立して、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
94.全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Spである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
95.全てのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Rpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
96.全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Spである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
97.全ての修飾されたヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
98.全ての修飾されたヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Sp配置を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
99.全てのヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
100.全てのヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Sp配置を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
101.それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
102.骨格のキラル中心のパターンが、[(Rp/Op)n(Sp)m]yを含み、n、m、及びyの各々が、独立して、1~50であり、且つ各Npが、独立して、Rp又はSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
103.骨格のキラル中心のパターンが、(Np)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yを含み、t、n、m、及びyの各々が、独立して、1~50であり、且つ各Npが、独立して、Rp又はSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
104.骨格のキラル中心のパターンが、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yを含み、t、n、m、及びyの各々が、独立して、1~50である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
105.各Opが、天然のリン酸結合においてアキラルである結合リンを示す、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
106.オリゴヌクレオチドが、修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
107.独立して
Figure 2023526975000806

の構造を有する1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全てのうちの約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
108.R5sの存在が、-CHである、実施形態107のオリゴヌクレオチド。
109.糖の1つの存在において、一方のR5sが、-CHであり、且つ他方が、-Hである、実施形態107~108のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
110.5’-炭素が、Rである。実施形態109のオリゴヌクレオチド。
111.5’-炭素が、Sである、実施形態109のオリゴヌクレオチド。
112.R5sの存在が、-Hである、実施形態107~111のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
113.R4sの存在が、-Hである、実施形態107~112のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
114.R4sの各存在が、独立して、-Hであるか、又はR2sと合わせて、-L-L-の構造を有する架橋を形成し、各Lが、独立して、Lである、実施形態107~112のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
115.R3sの存在が、-Hである、実施形態107~114のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
116.R3sの各存在が、-Hである、実施形態107~114のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
117.R2sの存在が、-Hである、実施形態107~116のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
118.R1sの存在が、-Hである、実施形態107~117のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
119.R1sの各存在が、-Hである、実施形態107~117のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
120.各
Figure 2023526975000807

が、独立して、
Figure 2023526975000808

である、実施形態107のオリゴヌクレオチド。
121.R2sの存在が、-Hである、実施形態107~120のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
122.R2sの存在が、-Fである、実施形態107~121のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
123.R2sの存在が、-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである)である、実施形態107~122のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
124.R2sの存在が、-OMeである、実施形態107~123のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
125.R2sの存在が、-OCHCHOCHである、実施形態107~124のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
126.R2sの存在が、R4s -OCHCHOCHと合わせられる、実施形態107~125のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
127.Lの存在が、任意選択により置換された-CH-である、実施形態107~126のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
128.Lの各存在が、独立して、任意選択により置換された-CH-である、実施形態107~127のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
129.Lの存在が、-CH-である、実施形態107~128のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
130.Lの各存在が、-CH-である、実施形態107~129のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
131.オリゴヌクレオチドが、5’-第1の領域-第2の領域-第3の領域-3’の構造からなるか又はそれを含み、領域の各々が、独立して、1~20個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
132.第1の領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
133.第1の領域が、5個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
134.第2の領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
135.第2の領域が、4個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
136.第2の領域が、8個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
137.第2の領域が、10個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
138.第3の領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
139.第3の領域が、5個以上のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
140.第1の領域の糖修飾のパターンが、第3の領域の糖修飾のパターンと異なる、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
141.第1の領域の糖修飾のパターンが、第3の領域の糖修飾のパターンと同じである、実施形態1~140のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
142.第1の領域が、1個以上(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の2’-F修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
143.第1の領域が、2個以上(例えば、約2~20、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の連続した2’-F修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
144.第1の領域中の全ての2’-F修飾された糖が、連続している、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
145.第1の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
146.第1の領域中の全ての糖の少なくとも50%が、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
147.第1の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の糖が、独立して、
Figure 2023526975000809

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
148.第1の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の糖が、独立して、非環式糖である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
149.第1の領域中の各糖が、2’-Fを含む、実施形態1~146のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
150.第1の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
151.第1の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御される、実施形態150のオリゴヌクレオチド。
152.第1の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態150のオリゴヌクレオチド。
153.第1の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態150のオリゴヌクレオチド。
154.第1の領域が、それぞれ独立して構造-O-P(O)[-N=C[N(R’)]-O-の1つ以上のヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
155.第1の領域が、1つ以上のn001ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
156.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御される、実施形態154~155のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
157.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御され、且つRpである、実施形態154~155のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
158.第2の領域が、1個以上(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の2’-F修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
159.第2の領域が、2個以上(例えば、2~20、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の連続した2’-F修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
160.第2の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
161.第2の領域中の全ての糖の少なくとも50%が、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
162.第2の領域が、1個以上(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
163.第2の領域が、2個以上(例えば、2~20、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の連続した2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
164.第2の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
165.第2の領域中の全ての糖の少なくとも50%が、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
166.第2の領域中の全ての2’-F修飾された糖が、連続している、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
167.第2の領域中の全ての2’-OR修飾された糖が、連続している、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
168.第2の領域が、交互の2’-F及び2’-OR修飾を含む、実施形態131~165のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
169.第2の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の糖が、独立して、
Figure 2023526975000810

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
170.第2の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の糖が、独立して、非環式糖である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
171.2’-ORが、2’-OMeである、実施形態131~168のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
172.第2の領域中の各糖が、2’-Fを含む、実施形態131~161のいずれかのオリゴヌクレオチド。
173.第2の領域中の各糖が、2つの2’-Hを含む、実施形態134~157のいずれかのオリゴヌクレオチド。
174.第2の領域中の各糖が、独立して、DNA糖である、実施形態134~157のいずれかのオリゴヌクレオチド。
175.第2の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
176.第2の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御される、実施形態175のオリゴヌクレオチド。
177.第2の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態175のオリゴヌクレオチド。
178.第2の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態175のオリゴヌクレオチド。
179.第2の領域が、それぞれ独立して構造-O-P(O)[-N=C[N(R’)]-O-の1つ以上のヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
180.第2の領域が、1つ以上のn001ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
181.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御される、実施形態179~180のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
182.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御され、且つRpである、実施形態179~180のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
183.第3の領域が、1個以上(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の2’-F修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
184.第3の領域が、2個以上(例えば、2~20、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の連続した2’-F修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
185.第3の領域中の全ての2’-F修飾された糖が、連続している、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
186.第3の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
187.第3の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
188.第3の領域中の全ての糖の少なくとも50%が、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
189.第1の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の糖が、独立して、
Figure 2023526975000811

である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
190.第1の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)の糖が、独立して、非環式糖である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
191.第3の領域中の各糖が、2’-Fを含む、実施形態1~190のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
192.第3の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
193.第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御される、実施形態192のオリゴヌクレオチド。
194.第3の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態192のオリゴヌクレオチド。
195.第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態192のオリゴヌクレオチド。
196.第3の領域が、それぞれ独立して構造-O-P(O)[-N=C[N(R’)]-O-の1つ以上のヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
197.第3の領域が、1つ以上のn001ヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
198.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御される、実施形態196~197のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
199.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御され、且つRpである、実施形態196~197のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
200.第1の領域が、2’-修飾を含む1つ以上の糖を含む、実施形態1~141のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
201.糖が、2’-修飾であって、2’-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである)を含む、実施形態200のオリゴヌクレオチド。
202.糖が、2’-OMeを含む、実施形態200又は201のオリゴヌクレオチド。
203.糖が、2’-MOEを含む、実施形態200~202のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
204.第1の領域が、
Figure 2023526975000812

の構造を有する1つ以上の糖を含む、実施形態1~141のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
205.第1の領域が、それぞれ独立して
Figure 2023526975000813

の構造を有する2つ以上の連続した糖を含む、実施形態1~141のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
206.第1の領域中の各糖が、独立して、
Figure 2023526975000814

の構造を有する2’-修飾又は糖を含む糖である、実施形態200~205のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
207.Nが、-P(=W)(-X-L-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合のPに結合され、且つ核酸塩基が、環Aに結合される、実施形態204~206のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
208.第1の領域が、1つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態200~207のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
209.第1の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態200~208のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
210.第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御される、実施形態209のオリゴヌクレオチド。
211.第3の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態209のオリゴヌクレオチド。
212.第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態209のオリゴヌクレオチド。
213.第3の領域が、それぞれ独立して構造-O-P(O)[-N=C[N(R’)]-O-の1つ以上のヌクレオチド間結合を含む、実施形態200~212のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
214.第3の領域が、1つ以上のn001ヌクレオチド間結合を含む、実施形態213のオリゴヌクレオチド。
215.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御される、実施形態213~214のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
216.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御され、且つRpである、実施形態213~214のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
217.第2の領域が、2’-ORを含む糖を含まない、実施形態1~141及び200~216のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
218.第2の領域中の各糖が、独立して、2つの2’-Hを含む糖、又は
Figure 2023526975000815

の構造を有する糖である、実施形態1~141及び200~216のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
219.第2の領域中の各糖が、独立して、2つの2’-Hを含む糖である、実施形態1~141及び200~216のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
220.第2の領域中の1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上)の糖が、独立して、
Figure 2023526975000816

の構造を有する糖である、実施形態1~141及び200~216のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
221.Nが、-P(=W)(-X-L-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合のPに結合され、且つ核酸塩基が、環Aに結合される、実施形態218~220のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
222.第2の領域の骨格のキラル中心(結合リン)のパターンが、
[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]y、又は(Np)t[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]y
(式中、
tは、1~50であり;
nは、1~10であり;
mは、1~50であり;
yは、1~10であり;
Npは、Rp又はSpであり;
Spは、キラル修飾されたヌクレオチド間結合のキラル結合リンのS配置を示し;
Mpは、
Figure 2023526975000817

の構造を有する糖のNに結合されるキラル修飾されたヌクレオチド間結合のキラル結合リンの配置を示し、Mpは、Sp又はRpであるか、又はキラル修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御されず、Xpであり;
Opは、天然のリン酸結合のアキラル結合リンを示し;且つ
Rpは、キラル修飾されたヌクレオチド間結合のキラルな結合リンのS配置を示し;且つ
yは、1~10である)であるか又はそれを含む、実施形態1~141及び200~221のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
223.第2の領域の骨格のキラル中心のパターンが、(Np)t[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
224.第2の領域の骨格のキラル中心のパターンが、(Np)t[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
225.各Npが、Spである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
226.少なくとも1つの(Op/Rp/Mp)が、Rpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
227.少なくとも1つの(Op/Rp/Mp)が、Opである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
228.少なくとも1つの(Op/Rp/Mp)が、Mpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
229.第2の領域の骨格のキラル中心のパターンが、[(Mp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
230.パターンが、(Np)t[(Rp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
231.パターンが、少なくとも1つのRpを含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
232.少なくとも1つのnが、1である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
233.各nが、1である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
234.yが、1である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
235.yが、2である、実施形態1~233のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
236.tが、2以上である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
237.tが、2~20である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
238.tが、3以上である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
239.tが、3~20である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
240.少なくとも1つのmが、2~20である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
241.少なくとも1つのmが、2である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
242.少なくとも1つのmが、3、4、5、6、7、8、9、又は10である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
243.各mが、独立して、2~20である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
244.5’からの第2の領域中の[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yの第1の存在が、RpSpSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
245.5’からの第2の領域中の[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yの第1の存在が、RpSpSpSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
246.5’からの第2の領域中の[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yの第1の存在が、RpSpSpSpSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
247.3’からの第2の領域中の[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yの第1の存在が、RpSpSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
248.3’からの第2の領域中の[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yの第1の存在が、RpSpSpSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
249.3’からの第2の領域中の[(Op/Rp/Mp)n(Sp)m]yの第1の存在が、RpSpSpSpSpである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
250.第2の領域中の[(Op/Rp)(Sp)m]yモチーフの最後のSpが、第2の領域の糖及び第3の領域の糖に結合されるヌクレオチド間結合の結合リンの配置を表す、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
251.コアの骨格のキラル中心のパターンが、[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yを含むか又はそれである、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
252.約又は少なくとも約1~20個、例えば、約又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合が存在し、その各々が、独立して、1つ以上のコア糖に(その配置が、[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yのRpであるコアヌクレオチド間結合の5’側に)結合される、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
253.約3~10個のヌクレオチド間結合が存在し、その各々が、独立して、1つ以上のコア糖に(その配置が、[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yのRpであるコアヌクレオチド間結合の5’側に)結合される、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
254.配置が[(Rp(Sp)m]y、(Np)t[Rp(Sp)m]y、又は(Sp)t[Rp(Sp)m]yのRpであるヌクレオチド間結合が、少なくとも1つのコア糖に結合される5番目、6番目、7番目、8番目、9番目、10番目、11番目又は12番目のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
255.窒素を含む糖が、Rpヌクレオチド間結合に対して位置+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、+8、-1、-2、-3、-4、-5、-6、-7、又は-8にある(5’-...N+4+3+2+1-1-2-3-4...-3’、Rpは、N+1及びN-1を連結するヌクレオチド間結合の配置である)、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
256.位置が、+7である、実施形態255のオリゴヌクレオチド。
257.位置が、+6である、実施形態255のオリゴヌクレオチド。
258.位置が、+4である、実施形態255のオリゴヌクレオチド。
259.位置が、+3である、実施形態255のオリゴヌクレオチド。
260.位置が、-2である、実施形態255のオリゴヌクレオチド。
261.位置が、-3である、実施形態255のオリゴヌクレオチド。
262.窒素を含む糖が、
Figure 2023526975000818

の構造を有する、実施形態255~261のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
263.骨格のキラル中心のパターンにおける各Rpが、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のものである、実施形態102~262のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
264.骨格のキラル中心のパターンにおける各Spが、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のものである、実施形態102~263のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
265.第3の領域が、2’-修飾を含む1つ以上の糖を含む、実施形態1~141及び200~264のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
266.糖が、2’-修飾であって、2’-OR(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6アルキルである)を含む、実施形態265のオリゴヌクレオチド。
267.糖が、2’-OMeを含む、実施形態265又は266のオリゴヌクレオチド。
268.糖が、2’-MOEを含む、実施形態265~267のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
269.第3の領域が、
Figure 2023526975000819

の構造を有する1つ以上の糖を含む、実施形態1~141及び200~268のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
270.第3の領域が、それぞれ独立して
Figure 2023526975000820

の構造を有する2つ以上の連続した糖を含む、実施形態1~141及び200~268のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
271.第3の領域中の各糖が、独立して、2’-修飾を含む糖又は
Figure 2023526975000821

の構造を有する糖である、実施形態1~141及び200~270のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
272.Nが、-P(=W)(-X-L-R)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合のPに結合され、且つ核酸塩基が、環Aに結合される、実施形態269~271のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
273.第3の領域が、1つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態200~272のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
274.第3の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態200~273のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
275.第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御される、実施形態274のオリゴヌクレオチド。
276.第3の領域中の1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全ての約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態274のオリゴヌクレオチド。
277.第3の領域中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、キラル制御され、且つSpである、実施形態274のオリゴヌクレオチド。
278.第3の領域が、それぞれ独立して構造-O-P(O)[-N=C[N(R’)]-O-の1つ以上のヌクレオチド間結合を含む、実施形態200~277のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
279.第3の領域が、1つ以上のn001ヌクレオチド間結合を含む、実施形態278のオリゴヌクレオチド。
280.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御される、実施形態278~279のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
281.ヌクレオチド間結合の1つ以上が、独立して、キラル制御され、且つRpである、実施形態278~279のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
282.Zが、-O-である、実施形態131~281のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
283.Wが、-O-である、実施形態131~282のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
284.Xが、-S-である、実施形態131~283のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
285.Xが、-O-である、実施形態131~283のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
286.Rが、Hである、実施形態284~285のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
287.-X-Rが、-N(R’)-L-R’である、実施形態131~283のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
288.-X-Rが、-N=C(-L-R’)である、実施形態131~283のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
289.-X-Rが、-N=C(-L-R’)[N(R’)]である、実施形態131~283のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
290.-X-Rが、-N=C[N(R’)である、実施形態131~283のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
291.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態131~290のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
292.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態291のオリゴヌクレオチド。
293.形成される環が、飽和である、実施形態291~292のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
294.Rが、
Figure 2023526975000822

である、実施形態291~293のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
295.Rが、
Figure 2023526975000823

である、実施形態291~296のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
296.Rが、
Figure 2023526975000824

である、実施形態291~293のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
297.Rが、
Figure 2023526975000825

である、実施形態291~296のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
298.
Figure 2023526975000826

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000827

である、131~297のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
299.
Figure 2023526975000828

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000829

である、実施形態298のオリゴヌクレオチド。
300.
Figure 2023526975000830

が、
Figure 2023526975000831

である、実施形態298のオリゴヌクレオチド。
301.オリゴヌクレオチドが、式I、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、又はII-d-2の構造を有する1つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
302.オリゴヌクレオチドが、式I、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、又はII-d-2の構造を有する1つ以上の中性のヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
303.各核酸塩基が、独立して、任意選択により置換されたA、T、C、G若しくはU、又はA、T、C、G若しくはUの任意選択により置換された互変異性体である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
304.オリゴヌクレオチド鎖が、脂質部分、炭水化物部分、及び/又は標的化部分であるか又はそれを含む追加の部分とコンジュゲートされる、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
305.追加の部分が、
Figure 2023526975000832

であるか又はそれを含む、実施形態304のオリゴヌクレオチド。
306.
Figure 2023526975000833

を含む化合物。
307.
Figure 2023526975000834

を含むオリゴヌクレオチド。
308.オリゴヌクレオチドが、2つ以上の
Figure 2023526975000835

を含む、実施形態304又は307のオリゴヌクレオチド。
309.オリゴヌクレオチドが、3つ以上の
Figure 2023526975000836

を含む、実施形態304又は307のオリゴヌクレオチド。
310.R’が、-Acである、実施形態305~309のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
311.追加の部分が、
Figure 2023526975000837

であるか又はそれを含む、実施形態304のオリゴヌクレオチド。
312.追加の部分が、
Figure 2023526975000838

であるか又はそれを含む、実施形態304のオリゴヌクレオチド。
313.追加の部分が、
Figure 2023526975000839

であるか又はそれを含む、実施形態304のオリゴヌクレオチド。
314.オリゴヌクレオチドが、薬学的に許容される塩の形態で存在する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
315.オリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩形態である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
316.オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%のジアステレオマー純度を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
317.オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合が、独立して、少なくとも55%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%のジアステレオマー純度を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
318.オリゴヌクレオチドが、少なくとも(DS)ncのジアステレオマー純度を有し、DSが、55%~100%(例えば、約又は少なくとも約55%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%)であり、且つncが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
319.DSが、約80%である、実施形態318のオリゴヌクレオチド。
320.DSが、約85%である、実施形態318のオリゴヌクレオチド。
321.DSが、約90%である、実施形態318のオリゴヌクレオチド。
322.DSが、約95%以上である、実施形態318のオリゴヌクレオチド。
323.オリゴヌクレオチドが、約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%のジアステレオマー純度を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
324.オリゴヌクレオチドが、少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%のジアステレオマー純度を有する、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド。
325.複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドが、
1)共通の塩基配列、
2)共通の骨格結合のパターン、及び
3)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
共通の塩基配列及び共通の骨格結合のパターンを共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであり、
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態1~315のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
326.複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドが、
1)共通の構成、及び
2)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
組成物が、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮され、且つ
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態1~315のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
327.共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%以上が、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態326の組成物。
328.複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドが、
1)共通の構成、及び
2)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
共通の構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであり、且つ
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態1~315のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
329.複数のオリゴヌクレオチドが、5個以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
330.複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で独立して同じ結合リンの立体化学を共有する、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
331.複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合で独立して同じ結合リンの立体化学を共有する、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
332.複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合で独立して同じRpの結合リンの立体化学を共有する、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
333.共通の塩基配列を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
334.複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、
特定のオリゴヌクレオチド又はその塩と同じ構成を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであり、且つ
特定のオリゴヌクレオチドが、実施形態1~315のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである、オリゴヌクレオチド組成物。
335.複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、
特定のオリゴヌクレオチド又はその塩と同じ塩基配列を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであり、且つ
特定のオリゴヌクレオチドが、実施形態1~315のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである、オリゴヌクレオチド組成物。
336.パーセンテージが、約又は約(DS)ncを超え、DSが、55%~100%(例えば、約又は少なくとも約55%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%)であり、且つncが、複数のオリゴヌクレオチドの中のキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
337.DSが、約80%である、実施形態336のオリゴヌクレオチド。
338.DSが、約85%である、実施形態336のオリゴヌクレオチド。
339.DSが、約90%である、実施形態336のオリゴヌクレオチド。
340.DSが、約95%以上である、実施形態336のオリゴヌクレオチド。
341.パーセンテージが、5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%である、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
342.パーセンテージが、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%以上である、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
343.パーセンテージが、50%以上である、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
344.複数のオリゴヌクレオチドが、同一である、先行する実施形態のいずれか1つの組成物。
345.複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれ独立して、薬学的に許容される塩形態で存在する、実施形態218~224のいずれか1つの組成物。
346.複数のオリゴヌクレオチドがそれぞれ、ナトリウム塩である、実施形態218~225のいずれか1つの組成物。
347.複数のオリゴヌクレオチドが、2種以上の薬学的に許容される塩形態で存在する、実施形態218~225のいずれか1つの組成物。
348.先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物及び薬学的に許容される担体を含むか又は送達する医薬組成物。
349.オリゴヌクレオチドが、薬学的に許容される塩形態である、実施形態348の組成物。
350.オリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩形態である、実施形態349の組成物。
351.標的核酸及び/又はその産物の発現、レベル及び/又は活性を調節するための方法であって、標的核酸を先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、オリゴヌクレオチドの塩基配列、又は組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの共通の塩基配列が、標的核酸のものと相補的である方法。
352.標的核酸を発現する系に先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法であって、オリゴヌクレオチドの塩基配列、又は組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの共通の塩基配列が、標的核酸のものと相補的である方法。
353.系が、細胞である、実施形態352の方法。
354.系が、組織である、実施形態352の方法。
355.系が、器官である、実施形態352の方法。
356.系が、対象である、実施形態352の方法。
357.標的核酸及び/又はその産物の発現、レベル及び/又は活性が、低減される、実施形態351~356のいずれか1つの方法。
358.産物が、mRNAである、実施形態357のいずれか1つの方法。
359.産物が、タンパク質である、実施形態357のいずれか1つの方法。
360.産物の発現、レベル及び/又は活性が、増大され、産物が、mRNA又はそれによりコードされるタンパク質である、実施形態351~356のいずれか1つの方法。
361.mRNAが、スプライシング調節の産物である、実施形態360のいずれか1つの方法。
362.mRNAが、エクソンスキッピングの産物である、実施形態360のいずれか1つの方法。
363.系が、ヒトである、実施形態351の方法。
364.式AC-Iの化合物又はその塩。
365.式AC-I-aの化合物又はその塩。
366.式AC-I-bの化合物又はその塩。
367.式AC-I-cの化合物又はその塩。
368.式AC-I-dの化合物又はその塩。
369.式AC-I-eの化合物又はその塩。
370.
Figure 2023526975000840

Figure 2023526975000841

から選択される化合物。
371.LG-I:
Figure 2023526975000842

の構造を有する化合物又はその塩(式中、
LGは、脱離基であり;
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
各LL1は、独立して、Lであり;
は、アニオンであり;
M1、RM2及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
及びLの各々は、独立して、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
372.Xが、-S-である、実施形態367の化合物。
373.Xが、-NRMN-である、実施形態367の化合物。
374.RM1及びRM2を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態367~373のいずれか1つの化合物。
375.形成される環が、5員である、実施形態374の化合物。
376.形成される環が、6員である、実施形態374の化合物。
377.形成される環が、置換される、実施形態374~376のいずれか1つの化合物。
378.形成される環が、単環式である、実施形態374~377のいずれか1つの化合物。
379.形成される環が、二環式である、実施形態374~377のいずれか1つの化合物。
380.形成される環が、飽和である、実施形態374~379のいずれか1つの化合物。
381.形成される環が、介在原子に加えてヘテロ原子を有しない、実施形態374~380のいずれか1つの化合物。
382.RM1、RM2及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態373の化合物。
383.形成される環が、任意選択により置換された8~10員二環式環である、実施形態382の化合物。
384.形成される環が、任意選択により置換された[5,5]縮合二環式環である、実施形態382~383のいずれか1つの化合物。
385.形成される環が、介在原子に加えてヘテロ原子を含まない、実施形態382~384のいずれか1つの化合物。
386.形成される環が、飽和である、実施形態382~385のいずれか1つの化合物。
387.LGが、-Clである、実施形態367~386のいずれか1つの化合物。
388.LGが、-N(R’)である、実施形態367~386のいずれか1つの化合物。
389.LGが、-N(iPr)である、実施形態367~386のいずれか1つの化合物。
390.LG-II:
Figure 2023526975000843

の構造を有する化合物又はその塩(式中、
LGは、脱離基であり;
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
各LL1は、独立して、Lであり;
は、アニオンであり;
M1及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
tは、0~10であり;
及びLの各々は、独立して、Lであり;
環Mは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
391.Xが、-S-である、実施形態390の化合物。
392.Xが、-NRMN-である、実施形態390の化合物。
393.環Mが、5員である、実施形態390~392のいずれか1つの化合物。
394.環Mが、6員である、実施形態390~392のいずれか1つの化合物。
395.環Mが、単環式である、実施形態390~394のいずれか1つの化合物。
396.環Mが、二環式である、実施形態390~394のいずれか1つの化合物。
397.環Mが、飽和である、実施形態390~396のいずれか1つの化合物。
398.環Mが、介在原子に加えてヘテロ原子を有しない、実施形態390~397のいずれか1つの化合物。
399.tが、1~10である、実施形態390~398のいずれか1つの化合物。
400.tが、2である、実施形態390~399のいずれか1つの化合物。
401.各RM1が、独立して、Rである、実施形態390~400のいずれか1つの化合物。
402.各RM1が、独立して、任意選択により置換されたC1~30脂肪族である、実施形態390~400のいずれか1つの化合物。
403.
Figure 2023526975000844

が、
Figure 2023526975000845

である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
404.
Figure 2023526975000846

が、
Figure 2023526975000847

である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
405.
Figure 2023526975000848

が、
Figure 2023526975000849

(式中、RM1及びRM2は、transである)である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
406.
Figure 2023526975000850

が、
Figure 2023526975000851

(式中、H及びRM2は、transである)である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
407.
Figure 2023526975000852

が、
Figure 2023526975000853

である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
408.
Figure 2023526975000854

が、
Figure 2023526975000855

である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
409.RM1が、-C(CH)=CHである、実施形態404~408のいずれか1つの化合物。
410.RM2が、-CHである、実施形態404~409のいずれか1つの化合物。
411.
Figure 2023526975000856

が、
Figure 2023526975000857

である、実施形態390~402のいずれか1つの化合物。
412.1つのRM1及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態392~401のいずれか1つの化合物。
413.形成される環が、単環式である、実施形態412の化合物。
414.形成される環が、5員である、実施形態412~413のいずれか1つの化合物。
415.形成される環が、介在原子に加えてヘテロ原子を含まない、実施形態412~414のいずれか1つの化合物。
416.形成される環が、飽和である、実施形態412~415のいずれか1つの化合物。
417.形成される環が、環Mと縮合される、実施形態412~416のいずれか1つの化合物。
418.LGが、-Clである、実施形態390~417のいずれか1つの化合物。
419.LGが、-N(R’)である、実施形態390~417のいずれか1つの化合物。
420.LGが、-N(iPr)である、実施形態390~417のいずれか1つの化合物。
421.式M-I:
Figure 2023526975000858

の構造を有する化合物又はその塩(式中、
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
各LL1は、独立して、Lであり;
は、アニオンであり;
M1、RM2及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
及びLの各々は、独立して、Lであり;
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;
PSは、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
422.Xが、-S-である、実施形態421の化合物。
423.Xが、-NRMN-である、実施形態421の化合物。
424.RM1及びRM2を、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態421~423のいずれか1つの化合物。
425.形成される環が、5員である、実施形態424の化合物。
426.形成される環が、6員である、実施形態424の化合物。
427.形成される環が、置換される、実施形態421~426のいずれか1つの化合物。
428.形成される環が、単環式である、実施形態421~427のいずれか1つの化合物。
429.形成される環が、二環式である、実施形態421~427のいずれか1つの化合物。
430.形成される環が、介在原子に加えてヘテロ原子を有しない、実施形態421~429のいずれか1つの化合物。
431.RM1、RM2及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態423の化合物。
432.形成される環が、任意選択により置換された8~10員二環式環である、実施形態431の化合物。
433.形成される環が、任意選択により置換された[5,5]縮合二環式環である、実施形態431~432のいずれか1つの化合物。
434.形成される環が、介在原子に加えてヘテロ原子を含まない、実施形態431~433のいずれか1つの化合物。
435.形成される環が、飽和である、実施形態431~434のいずれか1つの化合物。
436.式M-II:
Figure 2023526975000859

の構造を有する化合物又はその塩(式中、
及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
各LL1は、独立して、Lであり;
は、アニオンであり;
M1及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
tは、0~10であり;
及びLL1の各々は、独立して、Lであり;
環Mは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;
PSは、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
437.Xが、-S-である、実施形態436の化合物。
438.Xが、-NRMN-である、実施形態436の化合物。
439.環Mが、5員である、実施形態436~438のいずれか1つの化合物。
440.環Mが、6員である、実施形態436~438のいずれか1つの化合物。
441.環Mが、単環式である、実施形態436~440のいずれか1つの化合物。
442.環Mが、二環式である、実施形態436~440のいずれか1つの化合物。
443.環Mが、飽和である、実施形態436~442のいずれか1つの化合物。
444.環Mが、介在原子に加えてヘテロ原子を有しない、実施形態436~443のいずれか1つの化合物。
445.tが、1~10である、実施形態436~444のいずれか1つの化合物。
446.tが、2である、実施形態436~445のいずれか1つの化合物。
447.各RM1が、独立して、Rである、実施形態436~446のいずれか1つの化合物。
448.各RM1が、独立して、任意選択により置換されたC1~30脂肪族である、実施形態436~447のいずれか1つの化合物。
449.
Figure 2023526975000860

が、
Figure 2023526975000861

である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
450.
Figure 2023526975000862

が、
Figure 2023526975000863

である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
451.
Figure 2023526975000864

が、
Figure 2023526975000865

(式中、RM1及びRM2は、transである)である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
452.
Figure 2023526975000866

が、
Figure 2023526975000867

(式中、H及びRM2は、transである)である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
453.
Figure 2023526975000868

が、
Figure 2023526975000869

である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
454.
Figure 2023526975000870

が、
Figure 2023526975000871

である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
455.RM1が、-C(CH)=CHである、実施形態450~454のいずれか1つの化合物。
456.RM2が、-CHである、実施形態450~455のいずれか1つの化合物。
457.
Figure 2023526975000872

が、
Figure 2023526975000873

である、実施形態436~448のいずれか1つの化合物。
458.1つのRM1及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態438~447のいずれか1つの化合物。
459.形成される環が、単環式である、実施形態458の化合物。
460.形成される環が、5員である、実施形態458~459のいずれか1つの化合物。
461.形成される環が、介在原子に加えてヘテロ原子を含まない、実施形態458~460のいずれか1つの化合物。
462.形成される環が、飽和である、実施形態458~461のいずれか1つの化合物。
463.形成される環が、環Mと縮合される、実施形態458~462のいずれか1つの化合物。
464.SUが、
Figure 2023526975000874

(式中、
6sは、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態367~463のいずれか1つの化合物。
465.Nが、Pに結合される、実施形態464の化合物。
466.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態464~465のいずれか1つの化合物。
467.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態464~466のいずれか1つの化合物。
468.Lが、-CH-である、実施形態464~467のいずれか1つの化合物。
469.
Figure 2023526975000875

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000876

である、実施形態464~468のいずれか1つの化合物。
470.
Figure 2023526975000877

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000878

である、実施形態464~468のいずれか1つの化合物。
471.
Figure 2023526975000879

が、
Figure 2023526975000880

である、実施形態464~468のいずれか1つの化合物。
472.
Figure 2023526975000881

が、
Figure 2023526975000882

である、実施形態464~468のいずれか1つの化合物。
473.
Figure 2023526975000883

が、
Figure 2023526975000884

である、実施形態464~468のいずれか1つの化合物。
474.
Figure 2023526975000885

が、
Figure 2023526975000886

である、実施形態464~468のいずれか1つの化合物。
475.SUが、
Figure 2023526975000887

(式中、
1s、R2s、R3s、R4s、R5s、及びR6sの各々は、独立して、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態367~457のいずれか1つの化合物。
476.Clが、BAに結合される、実施形態475の化合物。
477.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態475~476のいずれか1つの化合物。
478.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態475~477のいずれか1つの化合物。
479.Lが、-CH-である、実施形態475~478のいずれか1つの化合物。
480.R1sが、-Hである、実施形態475~479のいずれか1つの化合物。
481.R3sが、-Hである、実施形態475~480のいずれか1つの化合物。
482.SUが、
Figure 2023526975000888

である、実施形態475~481のいずれか1つの化合物。
483.R2sが、-Hである、実施形態475~482のいずれか1つの化合物。
484.R2sが、-Fである、実施形態475~482のいずれか1つの化合物。
485.R2sが、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である、実施形態475~482のいずれか1つの化合物。
486.R2sが、-OMeである、実施形態475~482のいずれか1つの化合物。
487.R2sが、-MOEである、実施形態475~482のいずれか1つの化合物。
488.R4sが、-Hである、実施形態475~487のいずれか1つの化合物。
489.R2s及びR4sを合わせて、-L-を形成する、実施形態475~487のいずれか1つの化合物。
490.R2s及びR4sを合わせて、-L-(式中、Lは、2’-O-CH-4’であり、-CH-は、任意選択により置換される)を形成する、実施形態475~487のいずれか1つの化合物。
491.SUが、-LPS-SU’-R6sであり、SU’が、非環式糖である、実施形態367~457のいずれか1つの化合物。
492.LPSが、-O-である、実施形態491の化合物。
493.LPSが、-NR’-である、実施形態491の化合物。
494.LPSが、共有結合である、実施形態491の化合物。
495.R6sが、-O-L-R’である、実施形態464~494のいずれか1つの化合物。
496.R6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHである、実施形態464~494のいずれか1つの化合物。
497.R6sが、DMTrO-である、実施形態464~494のいずれか1つの化合物。
498.Xが、-O-である、先行する実施形態のいずれか1つの化合物。
499.Xが、-S-である、先行する実施形態のいずれか1つの化合物。
500.Xが、-NRMN-である、先行する実施形態のいずれか1つの化合物。
501.Pが、Pである、実施形態371~500のいずれか1つの化合物。
502.Pが、P(=W)(式中、Wは、Oである)である、実施形態371~500のいずれか1つの化合物。
503.Pが、P(=W)(式中、Wは、Sである)である、実施形態371~500のいずれか1つの化合物。
504.Pが、P(=W)(式中、Wは、Seである)である、実施形態371~500のいずれか1つの化合物。
505.Pが、P(=W)(式中、Wは、N(-L-R)である)である、実施形態371~500のいずれか1つの化合物。
506.Pが、Pである、実施形態371~500のいずれか1つの化合物。
507.Pが、P=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]である、実施形態506の化合物。
508.Pが、P=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-R’)]である、実施形態506の化合物。
509.Pが、P=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)-LL1-R’]である、実施形態506の化合物。
510.Pが、P=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)]である、実施形態506の化合物。
511.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態509~510のいずれか1つの化合物。
512.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態511の化合物。
513.形成される環が、飽和である、実施形態511~512のいずれか1つの化合物。
514.Pが、
Figure 2023526975000889

である、実施形態506~513のいずれか1つの化合物。
515.Pが、
Figure 2023526975000890

である、実施形態506~516のいずれか1つの化合物。
516.Pが、
Figure 2023526975000891

である、実施形態506~513のいずれか1つの化合物。
517.Pが、
Figure 2023526975000892

である、実施形態506~516のいずれか1つの化合物。
518.Qが、PF である、先行する実施形態のいずれか1つの化合物。
519.式M-III:
BA-SU-C(O)-LG
M-III
又はその塩(式中、
BAは、核酸塩基であり;
SUは、糖であり;且つ
LGは、脱離基である)の構造を有する化合物。
520.LGが、任意選択により置換されたヘテロアリールである、実施形態519の化合物。
521.LGが、任意選択により置換された
Figure 2023526975000893

である、実施形態520の化合物。
522.LGが、
Figure 2023526975000894

である、実施形態521の化合物。
523.LGが、任意選択により置換された
Figure 2023526975000895

である、実施形態520の化合物。
524.LGが、
Figure 2023526975000896

である、実施形態523の化合物。
525.SUが、
Figure 2023526975000897

(式中、
6sは、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態519~524のいずれか1つの化合物。
526.Nが、-C(O)-Rに結合される、実施形態525の化合物。
527.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態525~526のいずれか1つの化合物。
528.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態525~527のいずれか1つの化合物。
529.Lが、-CH-である、実施形態525~528のいずれか1つの化合物。
530.
Figure 2023526975000898

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000899

である、実施形態525~529のいずれか1つの化合物。
531.
Figure 2023526975000900

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000901

である、実施形態525~530のいずれか1つの化合物。
532.
Figure 2023526975000902

が、
Figure 2023526975000903

である、実施形態525~531のいずれか1つの化合物。
533.
Figure 2023526975000904

が、
Figure 2023526975000905

である、実施形態525~531のいずれか1つの化合物。
534.
Figure 2023526975000906

が、
Figure 2023526975000907

である、実施形態525~531のいずれか1つの化合物。
535.
Figure 2023526975000908

が、
Figure 2023526975000909

である、実施形態525~531のいずれか1つの化合物。
536.SUが、
Figure 2023526975000910

(式中、
1s、R2s、R3s、R4s、R5s、及びR6sの各々は、独立して、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態519~524のいずれか1つの化合物。
537.Clが、BAに結合される、実施形態536の化合物。
538.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態536~537のいずれか1つの化合物。
539.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態536~538のいずれか1つの化合物。
540.Lが、-CH-である、実施形態536~539のいずれか1つの化合物。
541.R1sが、-Hである、実施形態536~540のいずれか1つの化合物。
542.R3sが、-Hである、実施形態536~541のいずれか1つの化合物。
543.SUが、
Figure 2023526975000911

である、実施形態536~542のいずれか1つの化合物。
544.R2sが、-Hである、実施形態536~543のいずれか1つの化合物。
545.R2sが、-Fである、実施形態536~543のいずれか1つの化合物。
546.R2sが、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である、実施形態536~543のいずれか1つの化合物。
547.R2sが、-OMeである、実施形態536~543のいずれか1つの化合物。
548.R2sが、-MOEである、実施形態536~543のいずれか1つの化合物。
549.R4sが、-Hである、実施形態536~548のいずれか1つの化合物。
550.R2s及びR4sを合わせて、-L-を形成する、実施形態536~548のいずれか1つの化合物。
551.R2s及びR4sを合わせて、-L-(式中、Lは、2’-O-CH-4’であり、-CH-は、任意選択により置換される)を形成する、実施形態536~548のいずれか1つの化合物。
552.SUが、-LPS-SU’-R6sであり、SU’が、非環式糖である、実施形態519~524のいずれか1つの化合物。
553.LPSが、-O-である、実施形態552の化合物。
554.LPSが、-NR’-である、実施形態552の化合物。
555.LPSが、共有結合である、実施形態552の化合物。
556.R6sが、-O-L-R’である、実施形態519~555のいずれか1つの化合物。
557.R6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHである、実施形態519~556のいずれか1つの化合物。
558.R6sが、DMTrO-である、実施形態519~557のいずれか1つの化合物。
559.実施形態364~370の化合物を第2の化合物と接触させることを含む実施形態371~420のいずれか1つの化合物を調製するための方法。
560.第2の化合物が、PClである、実施形態559の方法。
561.
第1の化合物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、第1の化合物が、実施形態502~558のいずれか1つの化合物である方法。
562.
第1の化合物を塩基の存在下でヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、第1の化合物が、実施形態506~518のいずれか1つの化合物である方法。
563.第1の化合物中のPのPが、第2の化合物の-OHのOと結合を形成する、実施形態561の方法。
564.
第1の組成物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、第1の組成物が、実施形態501の化合物を式AZ-1:
-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]
AZ-I
の化合物と接触させることを含む方法によって調製される方法。
565.第1の化合物が、実施形態501の化合物を式AZ-1:
-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]
AZ-I
の構造を有する化合物と接触させることによって調製される、実施形態561の方法。
566.第1の化合物が、単離及び/又は精製を伴わずに利用される、実施形態561の方法。
567.式AZ-Iの化合物が、式N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-R’]の化合物である、実施形態564~566のいずれか1つの方法。
568.式AZ-Iの化合物が、式N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)-LL1-R’]の化合物である、実施形態564~566のいずれか1つの方法。
569.式AZ-Iの化合物が、式N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)]の化合物である、実施形態564~566のいずれか1つの方法。
570.式AZ-Iの化合物が、式N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)]の化合物である、実施形態564~566のいずれか1つの方法。
571.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態564~570のいずれか1つの方法。
572.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態571の方法。
573.形成される環が、飽和である、実施形態571~572のいずれか1つの方法。
574.式AZ-1の化合物が、
Figure 2023526975000912

である、実施形態571~573のいずれか1つの方法。
575.式AZ-1の化合物が、
Figure 2023526975000913

である、実施形態571~576のいずれか1つの方法。
576.式AZ-1の化合物が、
Figure 2023526975000914

である、実施形態571~573のいずれか1つの方法。
577.式AZ-1の化合物が、
Figure 2023526975000915

である、実施形態571~576のいずれか1つの方法。
578.Qが、PF である、実施形態571~577のいずれか1つの方法。
579.接触によって、-P(=W)(-X-L-R)-Z-を含む第3の化合物を生成する、実施形態561~578のいずれか1つの方法。
580.Zが、-O-である、実施形態579の方法。
581.Wが、Oである、実施形態579~580のいずれか1つの方法。
582.Xの存在が、共有結合であり、且つRが、-N=C(-L-R’)である、実施形態579~581のいずれか1つの方法。
583.-L-の存在が、-N(R’)-である、実施形態579~582のいずれか1つの方法。
584.Rが、-N=C[N(R’)である、実施形態579~583のいずれか1つの方法。
585.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態584の方法。
586.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態584の方法。
587.形成される環が、飽和である、実施形態585~586のいずれか1つの方法。
588.Rが、
Figure 2023526975000916

である、実施形態579~587のいずれか1つの方法。
589.Rが、
Figure 2023526975000917

である、実施形態579~590のいずれか1つの方法。
590.Rが、
Figure 2023526975000918

である、実施形態579~587のいずれか1つの方法。
591.Rが、
Figure 2023526975000919

である、実施形態579~590のいずれか1つの方法。
592.-P(=W)(-X-L-R)-Z-のPが、第1の化合物のPのPである、実施形態579~591のいずれか1つの方法。
593.PがP=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P-N=C(-L-R’)[N(R’)-LL1-R’]に変換することを含む、実施形態561~592のいずれか1つの方法。
594.PがP=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-R’]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P-N=C(-L-R’)[-N(R’)]に変換することを含む、実施形態561~592のいずれか1つの方法。
595.PがP=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)-LL1-R’]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P=N-C[N(R’)][-N(R’)-LL1-R’]に変換することを含む、実施形態561~592のいずれか1つの方法。
596.PがP=N-C[N(R’)][=N+(R’)(Q)]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P=N-C[N(R’)][-N(R’)]に変換することを含む、実施形態561~592のいずれか1つの方法。
597.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態593~596のいずれか1つの方法。
598.一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成する、実施形態597の方法。
599.形成される環が、飽和である、実施形態597~598のいずれか1つの方法。
600.
Figure 2023526975000920


Figure 2023526975000921

に変換することを含む、実施形態593~599のいずれか1つの方法。
601.
Figure 2023526975000922


Figure 2023526975000923

に変換することを含む、実施形態593~602のいずれか1つの方法。
602.
Figure 2023526975000924


Figure 2023526975000925

に変換することを含む、実施形態593~599のいずれか1つの方法。
603.
Figure 2023526975000926


Figure 2023526975000927

に変換することを含む、実施形態593~602のいずれか1つの方法。
604.Qが、PF である、実施形態593~603のいずれか1つの方法。
605.
第1の化合物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、第1の化合物が、実施形態503の化合物である方法。
606.第1の化合物中のP=SのPが、第2の化合物の-OHのO又はアミノ基上のNと結合を形成する、実施形態561の方法。
607.
第1の組成物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、第1の組成物が、実施形態501の化合物を硫化剤と接触させることを含む方法によって調製される方法。
608.第1の化合物が、実施形態501の化合物を硫化剤と接触させることによって調製される、実施形態607の方法。
609.第1の化合物が、単離及び/又は精製を伴わずに利用される、実施形態608の方法。
610.硫化剤が、
Figure 2023526975000928

である、実施形態607~609のいずれか1つの方法。
611.接触によって、-P(=W)(-X-L-R)-Z-を含む第3の化合物を生成する、実施形態605~610のいずれか1つの方法。
612.Zが、-O-である、実施形態611の方法。
613.Wが、Oである、実施形態611~612のいずれか1つの方法。
614.-X-L-Rが、-S-Hである、実施形態611~613のいずれか1つの方法。
615.
第1の化合物をヒドロキシル又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、第1の化合物が、実施形態519~558のいずれか1つの化合物である方法。
616.第2の化合物が、-OH基を含むヌクレオシドであるか又はそれを含む、実施形態561~615のいずれか1つの方法。
617.第2の化合物が、-OH基を含むオリゴヌクレオチドであるか又はそれを含む、実施形態561~618のいずれか1つの方法。
618.第2の化合物が、アミノ基を含むヌクレオシドであるか又はそれを含む、実施形態561~615のいずれか1つの方法。
619.第2の化合物が、アミノ酸基を含むオリゴヌクレオチドであるか又はそれを含む、実施形態561~618のいずれか1つの方法。
620.ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが、
Figure 2023526975000929

(式中、
6sは、-OHであり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態564~619のいずれか1つの方法。
621.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態620の方法。
622.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態620~621のいずれか1つの方法。
623.Lが、-CH-である、実施形態620~622のいずれか1つの方法。
624.
Figure 2023526975000930

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000931

である、実施形態620~623のいずれか1つの方法。
625.
Figure 2023526975000932

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000933

である、実施形態620~624のいずれか1つの方法。
626.
Figure 2023526975000934

が、
Figure 2023526975000935

である、実施形態620~625のいずれか1つの方法。
627.
Figure 2023526975000936

が、
Figure 2023526975000937

である、実施形態620~625のいずれか1つの方法。
628.
Figure 2023526975000938

が、
Figure 2023526975000939

である、実施形態620~625のいずれか1つの方法。
629.
Figure 2023526975000940

が、
Figure 2023526975000941

である、実施形態620~625のいずれか1つの方法。
630.ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが、
Figure 2023526975000942

(式中、
6sは、-OHであり;
1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態564~619のいずれか1つの方法。
631.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態630の方法。
632.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態630~631のいずれか1つの方法。
633.Lが、-CH-である、実施形態630~632のいずれか1つの方法。
634.R1sが、-Hである、実施形態630~633のいずれか1つの方法。
635.R3sが、-Hである、実施形態630~634のいずれか1つの方法。
636.ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが、
Figure 2023526975000943

であるか又はそれを含む、実施形態630~635のいずれか1つの方法。
637.R2sが、-Hである、実施形態630~636のいずれか1つの方法。
638.R2sが、-Fである、実施形態630~636のいずれか1つの方法。
639.R2sが、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である、実施形態630~636のいずれか1つの方法。
640.R2sが、-OMeである、実施形態630~636のいずれか1つの方法。
641.R2sが、-MOEである、実施形態630~636のいずれか1つの方法。
642.R4sが、-Hである、実施形態630~641のいずれか1つの方法。
643.R2s及びR4sを合わせて、-L-を形成する、実施形態630~641のいずれか1つの方法。
644.R2s及びR4sを合わせて、-L-(式中、Lは、2’-O-CH-4’であり、-CH-は、任意選択により置換される)を形成する、実施形態630~641のいずれか1つの方法。
645.SUが、-LPS-SU’-R6sであり、SU’が、非環式糖である、実施形態564~619のいずれか1つの方法。
646.LPSが、-O-である、実施形態645の方法。
647.LPSが、-NR’-である、実施形態645の方法。
648.LPSが、共有結合である、実施形態645の方法。
649.R6sが、-O-L-R’である、先行する実施形態のいずれか1つの方法。
650.R6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHである、先行する実施形態のいずれか1つの方法。
651.R6sが、DMTrO-である、先行する実施形態のいずれか1つの方法。
652.第2の化合物が、任意選択によりリンカーを介して固体支持体に連結される、実施形態561~651のいずれか1つの方法。
653.第2の化合物が、リンカーを介して固体支持体に連結されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドである、実施形態652の方法。
654.リンカーが、1つ以上の-N(R’)-(式中、R’は、-Hではない)を含む、実施形態652~653のいずれか1つの方法。
655.リンカーが、1つ以上の-(CH)m-N(R’)-C(O)-(CH)n-C(O)(式中、R’は、-Hではなく、m及びnの各々は、独立して、1~20であり、且つ各-CH-は、独立して、任意選択により置換される)を含む、実施形態652~653のいずれか1つの方法。
656.リンカーが、1つ以上の-(CH)m-N(R’)-C(O)-(CH-C(O)(式中、R’は、-Hではなく、m及びnの各々は、独立して、1~20であり、且つ各-CH-は、独立して、任意選択により置換される)を含む、実施形態652~653のいずれか1つの方法。
657.リンカーが、1つ以上の-N(R’)-(式中、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、実施形態652~653のいずれか1つの方法。
658.リンカーが、1つ以上の-N(R’)-(式中、R’は、メチルである)を含む、実施形態652~653のいずれか1つの方法。
659.リンカーが、-NH-を含まない、実施形態652~658のいずれか1つの方法。
660.固体支持体が、CPGである、実施形態652~659のいずれか1つの方法。
661.接触が、塩基の存在下で実施される、先行する実施形態のいずれか1つの方法。
662.塩基が、DBUである、実施形態661の方法。
663.-OH基がキャップ付加され得る条件を含むキャップ付加工程を含む、実施形態561~662のいずれか1つの方法。
664.
カップリング工程の生成物を、[R’C(O)]の構造を有する化合物を含むキャップ付加組成物と接触させることを含むキャップ付加工程を含む、実施形態561~663のいずれか1つの方法。
665.キャップ付加工程が、カップリング工程の生成物を、AcOを含むキャップ付加組成物と接触させることを含む、実施形態604~663のいずれか1つの方法。
666.保護された-OH基が脱保護され得る条件を含む脱保護工程を含む、実施形態561~665のいずれか1つの方法。
667.
カップリング又はキャップ付加工程の生成物を、酸を含む脱保護組成物と接触させることを含む脱保護工程を含む、実施形態561~666のいずれか1つの方法。
668.
カップリング又はキャップ付加工程の生成物を、酸を含む脱保護組成物と接触させることを含む脱保護工程を含み、DMTrO-が-OHに変換される、実施形態561~666のいずれか1つの方法。
669.
a)カップリング工程、
b)キャップ付加工程、及び
c)任意選択により、脱保護工程
をそれぞれ独立して含む1つ以上のサイクルを含み、
カップリング工程、キャップ付加工程、及び脱保護工程の各々が、独立して、実施形態561~667のいずれか1つに記載されるとおりである方法。
670.少なくとも1つのサイクルが、脱保護工程を含む、実施形態669の方法。
671.1つ以上のサイクルのそれぞれ1つが、独立して、脱保護工程を含む、実施形態669の方法。
672.サイクルが、結合リンを修飾する工程を含まない、実施形態669~671のいずれか1つの方法。
673.カップリング工程が、実施形態502~558のいずれか1つの化合物と接触させることを含む、実施形態669~672のいずれか1つの方法。
674.各々が、
a)カップリング工程、
b)任意選択により、第1のキャップ付加工程、
c)修飾工程、
d)任意選択により、第2のキャップ付加工程、及び
e)任意選択により、脱保護工程
を独立して含む1つ以上のサイクルをさらに含む、実施形態564~673のいずれか1つの方法。
675.カップリング工程が、実施形態501の化合物とカップリングすることを含む、実施形態674の方法。
676.アミド化条件を含む第1のキャップ付加工程を含む、実施形態674~675のいずれか1つの方法。
677.結合リン形態PをP=O、P=S又はP=N-に修飾する修飾工程を含む、実施形態674~676のいずれか1つの方法。
678.エステル化条件を含む第2のキャップ付加工程を含む、実施形態674~677のいずれか1つの方法。
679.実施形態367~418のいずれか1つの化合物をヌクレオシドと接触させることを含む、実施形態501の化合物を調製するための方法。
680.ヌクレオシドが、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により保護されたA、T、C又はGである、実施形態679の方法。
681.ヌクレオシドが、構造H-SU-BAのもの又はその塩である、実施形態679の方法。
682.SUが、
Figure 2023526975000944

(式中、
6sは、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態681の方法。
683.Nが、Hに結合される、実施形態682の方法。
684.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態682又は683の方法。
685.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態682~683のいずれか1つの方法。
686.Lが、-CH-である、実施形態682~685のいずれか1つの方法。
687.
Figure 2023526975000945

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000946

である、実施形態682~686のいずれか1つの方法。
688.
Figure 2023526975000947

が、任意選択により置換された
Figure 2023526975000948

である、実施形態682~687のいずれか1つの方法。
689.
Figure 2023526975000949

が、
Figure 2023526975000950

である、実施形態682~688のいずれか1つの方法。
690.SUが、
Figure 2023526975000951

(式中、
1s、R2s、R3s、R4s、R5s、及びR6sの各々は、独立して、Rであり;
各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
は、Lであり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、実施形態681の方法。
691.Clが、BAに結合される、実施形態690の方法。
692.Lが、-C(R5s(式中、各R5sは、独立して、Rである)である、実施形態690~691のいずれか1つの化合物。
693.Lが、任意選択により置換された-CH-である、実施形態690~692のいずれか1つの方法。
694.Lが、-CH-である、実施形態690~693のいずれか1つの方法。
695.R1sが、-Hである、実施形態690~694のいずれか1つの方法。
696.R3sが、-Hである、実施形態690~695のいずれか1つの方法。
697.SUが、
Figure 2023526975000952

である、実施形態690~696のいずれか1つの方法。
698.R2sが、-Hである、実施形態690~697のいずれか1つの方法。
699.R2sが、-Fである、実施形態690~697のいずれか1つの方法。
700.R2sが、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である、実施形態690~697のいずれか1つの方法。
701.R2sが、-OMeである、実施形態690~697のいずれか1つの方法。
702.R2sが、-MOEである、実施形態690~697のいずれか1つの方法。
703.R4sが、-Hである、実施形態690~702のいずれか1つの方法。
704.R2s及びR4sを合わせて、-L-を形成する、実施形態690~702のいずれか1つの方法。
705.R2s及びR4sを合わせて、-L-(式中、Lは、2’-O-CH-4’であり、-CH-は、任意選択により置換される)を形成する、実施形態690~702のいずれか1つの方法。
706.SUが、-LPS-SU’-R6s(式中、SU’は、非環式糖である)である、実施形態681の方法。
707.LPSが、-O-である、実施形態706の方法。
708.LPSが、-NR’-である、実施形態706の方法。
709.LPSが、共有結合である、実施形態706の方法。
710.R6sが、-O-L-R’である、実施形態682~709のいずれか1つの方法。
711.R6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHである、実施形態682~710のいずれか1つの方法。
712.R6sが、DMTrO-である、実施形態682~712のいずれか1つの方法。
713.非環式糖が、a’-LSA1-LSA2(-LSA3-)-LSA4-b’の構造を有し、LSA1、LSA3、及びLSA4の各々が、独立して、任意選択により置換された二価のC1~4脂肪族又は1~3個のヘテロ原子を有するC1~4脂肪族であり、且つLSA2が、任意選択により置換されたCH又はNである、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
714.非環式糖が、a’-CH-CH(-LSA3-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、且つ-LSA3-が、核酸塩基に結合され、且つ-O-CH-であり、-CH-が、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
715.非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
716.非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH(CH)-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
717.非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH(CH)-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
718.非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH(CHOH)-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
719.非環式糖が、a’-CH-CH(-LSA3-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
720.非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH-)-CH-NHR’-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
721.非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH-)-CH-N(CH)-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
722.非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH(CH)-)-CH-N(CH)-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
723.非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH(CHOH)-)-CH-b’の構造を有し、CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、実施形態1~712のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
724.各ヘテロ原子が、独立して、ホウ素、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
725.各ヘテロ原子が、独立して、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
726.各環ヘテロ原子が、独立して、酸素、硫黄、又は窒素である、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
727.核酸又はその産物の発現、レベル及び/又は活性を調節するための方法であって、核酸を先行する実施形態のいずれか1つのいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法。
728.系において核酸又はその産物の発現、レベル及び/又は活性を調節するための方法であって、系に先行する実施形態のいずれか1つのいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
729.核酸又はその産物の発現、レベル及び/又は活性が、低減される、実施形態727~728のいずれか1つの方法。
730.核酸のスプライシングを調節するための方法であって、核酸を先行する実施形態のいずれか1つのいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法。
731.系において核酸のスプライシングを調節するための方法であって、系に先行する実施形態のいずれか1つのいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
732.標的エクソンのスキッピングが、増加される、実施形態730~731のいずれか1つの方法。
733.標的エクソンのインクルージョンが、増加される、実施形態730~731のいずれか1つの方法。
734.核酸が、転写物である、実施形態727~733のいずれか1つの方法。
735.組成物中のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド(複数)の塩基配列が、核酸の塩基配列と相補的であるか又は同一である、実施形態727~734のいずれか1つの方法。
736.系が、インビトロアッセイである、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
737.系が、細胞である、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
738.系が、組織である、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
739.系が、器官である、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
740.系が、生物体である、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
741.系が、動物である、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
742.系が、対象である、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
743.系が、ヒトである、実施形態727~735のいずれか1つの方法。
実施例
提供される技術(化合物(オリゴヌクレオチド、試薬など)、組成物、方法(調製、使用、評価の方法など)など)のある特定の例が、本明細書で提示される。
実施例1.オリゴヌクレオチド生成のための有用な固体支持体の開発。
未処理の600A CPGの乾燥及びシリル化:乾燥された1Lの3つのRBフラスコに、未処理の600A CPG(50g)、トルエン(500mL、CPGの1g当たり10mL)を加え、ディーン・スターク装置を準備した。フラスコを、オーバーヘッド撹拌機で固定し、穏やかに撹拌しながら、溶液を148℃で4時間加熱し、続いてシリル化試薬(リンカー1~8、146μmol/g)を還流温度で加え、反応をさらに4時間続けた。次に、シリル化試薬(リンカー1~8、146μmol/g)を還流温度で再び加え、反応をさらに4時間続けた。フラスコをアルゴン下で室温まで冷却した。CPGを、ACN(1L)、DCM(2L)、ACN(1L及びジエチルエーテル(500mL)で逐次的に洗浄し、CPGを1Lのフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させた。
3’-スクシナートヌクレオシド負荷:乾燥された1LのRBフラスコに、5’-ODMTr-2’-X(X=H、F、OCH3、メトキシエトキシ-O-)-3’-トリエチルアンモニウム-スクシナートヌクレオシド(2.81g、1.0eq.)、HBTU(3.6g、2.5eq.)、続いてCH3CN(500mL、CPGの1g当たり10mL)を加えた。この溶液に、Et3N(2.6mL、5.0eq.)及び工程1の誘導体化された600A CPG(50g)を加え、フラスコを機械式回転撹拌機上で一晩固定した。CPGを、ACN(1L)、DCM(2L)及びACN(1L)で逐次的に洗浄し、CPGを1LのRBフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させた。
キャップ付加:ピリジン(400mL)及び無水酢酸(100mL)を、5’-ODMTr-3’-スクシニル-LCAA-600A-CPG-2’-X(X=H、F、OCH3、メトキシエチル)ヌクレオシド含有フラスコに加え、フラスコを機械式回転撹拌機上で1時間固定した。CPGを、ACN(1L)、DCM(2L)及びACN(1L)並びにジエチルエーテル(500mL)で逐次的に洗浄し、CPGを1LのRBフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させて、対応する5’-ODMTr-3’-スクシニル-LCAA-600A-CPG-2’-X(X=H、F、OCH3、メトキシエチル-O-)ヌクレオシドを得た。
スキーム1:未処理のCPGの誘導体化のためのスキーム。
Figure 2023526975000953
スキーム2:CPG上へのヌクレオシド負荷のスキーム。
Figure 2023526975000954
Figure 2023526975000955
Figure 2023526975000956
Figure 2023526975000957
とりわけ、提供される固体支持体技術は、本明細書のオリゴヌクレオチド及び組成物を調製するのに特に有用である。いくつかの実施形態では、提供されるリンカー部分は、合成中に向上した安定性をもたらすが、望まれる場合には効率的に切断することができ、他のリンカー(例えば、同等の構造を有するが窒素上にメチルを有しないもの)と比較して著しく向上した収率及び/又は純度をもたらすことができる。
オリゴヌクレオチド生成物のためのさらなる有用な固体支持体が開発された。
スクシニルピペリジンリンカー(SP-リンカー)
ピペリジンリンカーの負荷:乾燥された100mLのRBのフラスコに、アミノ-リンカー固体支持体(10g)、1-(tert-ブトキシカルボニル)-4-ピペリジンカルボン酸(688mg、3mmol)、PyNTP(4.5g、9mmol)を加え、DCM(50mL)中で溶解させ、DIPEA(2.6mL、15mmol)を加えた。フラスコを、オーバーヘッド撹拌機で固定し、溶液を室温で3.5時間穏やかに撹拌した。固体支持体を、DCM(200mL)、ピリジン(200mL)、及びEtO(100mL)で逐次的に洗浄した。固体支持体を、100mLのフラスコに移した。ピリジン(10mL)及び無水酢酸(10mL)、NMI(10mL)、並びにMeCN(20mL)を加え、フラスコを機械式回転撹拌機上に1.5時間固定した。固体支持体を、MeCN(200mL)、及びEtO(100mL)で逐次的に洗浄した。固体支持体を、100mLのフラスコに移した。MeCN(500mL)中の0.1M TsOHをフラスコに加え、フラスコを機械式回転撹拌機上に16時間固定した。固体支持体を、MeCN(200mL)、MeCN中の10% TEA(200mL)、MeCN(200mL)、及びEtO(100mL)で逐次的に洗浄し、固体支持体を、500mLのフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させた。
3’-スクシナートヌクレオシド負荷:乾燥された15mLの試験管に、5’-ODMTr-2’-X(X=H、OMe、LNA)-3’-トリエチルアンモニウム-スクシナート-ヌクレオシド(160umol)、PyNTP(240mg、480umol)を加え、MeCN(5mL)中で溶解させた。この溶液に、DIPEA(140uL、800umol)及びピペリジンリンカーで誘導体化された固体支持体(500mg)を加え、フラスコを、機械式回転撹拌機上に一晩固定した。固体支持体を、DCM(20mL)、ピリジン(20mL)及びEtO(20mL)で逐次的に洗浄し、固体支持体を、100mLのフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させた。
キャップ付加:ピリジン(1mL)及び無水酢酸(1mL)、NMI(1mL)、並びにMeCN(2mL)を、5’-O-DMTr-3’-スクシニル-ピペリジン-固体支持体-2’-X(X=H、OMe、LNA)ヌクレオシド含有フラスコに加え、フラスコを機械式回転撹拌機上に1.5時間固定した。固体支持体を、MeCN(20mL)、及びEtO(10mL)で逐次的に洗浄した。固体支持体を、100mLフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させて、対応する5’-O-DMTr-3’-スクシニル-ピペリジン-固体支持体-2’-X(X=H、OMe、LNA)ヌクレオシドを得た。
Figure 2023526975000958
Figure 2023526975000959
Figure 2023526975000960
イミドリンカー(IM-リンカー)
イミド-リンカーの負荷:乾燥された20mLの試験管に、アミノ-リンカー固体支持体(1g)、トリメリット酸無水物(192mg、1mmol)及びピリジン(5mL)を加えた。フラスコを、オーバーヘッド撹拌機で固定し、溶液を室温で18時間穏やかに撹拌した。固体支持体を、DCM(25mL)及びEtO(25mL)で逐次的に洗浄した。固体支持体を50mLのフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させた。
3’-OHヌクレオシド負荷:乾燥された20mLの試験管に、5’-ODMTr-2’-X(X=H、LNA)-3’-OH-ヌクレオシド(200umol)、PyNTP(300mg、600umol)を加え、DCM(5mL)中で溶解させた。この溶液に、TEA(139uL、1mmol)及びイミド-リンカーで誘導体化された固体支持体(1g)を加え、フラスコを、機械式回転撹拌機上に一晩固定した。固体支持体を、DCM(20mL)、ピリジン(20mL)及びEtO(20mL)で逐次的に洗浄し、固体支持体を、100mLのフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させた。
キャップ付加:ピリジン(5.4mL)及び無水酢酸(0.6mL)を、5’-O-DMTr-3’-イミド-リンカー-固体支持体-2’-X(X=H、LNA)ヌクレオシド含有フラスコに加え、フラスコを機械式回転撹拌機上に3時間固定した。固体支持体を、MeCN(20mL)、及びEtO(10mL)で逐次的に洗浄した。固体支持体を、100mLフラスコに移し、真空下で一晩乾燥させて、対応する5’-O-DMTr-3’-イミド-リンカー-固体支持体-2’-X(X=H、LNA)ヌクレオシドを得た。
Figure 2023526975000961
新たなリンカーを評価するために、WV-14118を、DPSEキラルアミダイトを使用して合成した。
WV-14118:fA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU
塩基配列:AUUUCU
結合/立体化学:SSSSS
この実施例において、WV-14118の調製を、およそ200μmolのスケールで2.7×2.1cmステンレス鋼カラムを使用して、様々な固体支持体上で実行した。
Figure 2023526975000962
Figure 2023526975000963
Figure 2023526975000964
Figure 2023526975000965
Figure 2023526975000966
Figure 2023526975000967
Figure 2023526975000968
切断及び脱保護(C&D)を、200μmolのスケールで実行した。ある特定の有用な切断及び脱保護プロセスパラメーターは、下に示される:
Figure 2023526975000969
Figure 2023526975000970
粗製の6-merのSQD分析は下に要約される。
様々なリンカーを使用するWV-14118の粗分析。
Figure 2023526975000971
実施例2.オリゴヌクレオチド合成のためのカップリングパラメーター。
クロロ試薬(化合物504~506)のための有用な実験手順(A)
Figure 2023526975000972
チオール(82.12mmol)を、アルゴン下でトルエン(100mL)中において溶解させ(250mL一口フラスコ)、続いて4-メチルモルホリン(18.0mL、164.24mmol)を加えた。この混合物を、トルエン(100mL)中の三塩化リン(7.2mL、82.12mmol)の氷冷溶液にアルゴン雰囲気下で30分間かけてカニューレを介して滴下して加えた。室温まで1時間温めた後、混合物を真空/アルゴン下で注意深く濾過した。得られた濾液を、回転蒸発(Arでフラッシング)により濃縮し、続いて高真空下で4時間乾燥させた。得られた粗製の化合物を、粘稠な油として単離し、これをTHF中で溶解させて、1M原液を得て、この溶液をさらに精製することなく次の工程において使用した。
化合物504:化合物501から合成される。31P NMR(162 MHz,THF-CDCl,1:2)δ 207.89.
化合物505:化合物502から合成される。31P NMR(162 MHz,THF-CDCl,1:2)δ 207.89.
化合物506:化合物503から合成される。31P NMR(162 MHz,THF-CDCl,1:2)δ 205.92,205.67,205.53.
単量体(化合物511~514)のための有用な実験手順(B)
Figure 2023526975000973
5’-ODMTr保護されたモルホリノヌクレオシド(45.9mmol)を、無水トルエン(100mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口250mL丸底フラスコ中で乾燥させた。乾燥されたヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で乾燥THF(150mL)中において溶解させた。次に、トリエチルアミン(170.2mmol、3.7当量)を、反応混合物に加え、続いて約-10℃まで冷却した。粗製のクロロ試薬のTHF溶液(1M溶液、1.6当量、73.5mmol)を、カニューレを介して約5分間かけて上の混合物に加え、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。反応混合物を、真空/アルゴン下で注意深く濾過し、得られた濾液を減圧下で濃縮して、黄色泡を得て、これをさらに高真空下で一晩乾燥させた。粗製の混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。
ある特定の保護されたモルホリノヌクレオシドの構造:
Figure 2023526975000974
ある特定のモルホリノ単量体の構造:
Figure 2023526975000975
化合物511:収率:82%。反応を、506及び507を使用して手順Bに従って実行した。31P NMR(202MHz,CDCl)δ 158.56,158.28,153.27,152.28,143.23,141.61,138.59,137.11;MS(ES)C3540PSに関するm/z計算値[M+Na]700.22,観測値:700.63[M+Na]
化合物512:収率:61%。反応を、506及び508を使用して手順Bに従って実行した。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 158.59,158.38,153.11,152.94,143.39,142.59,138.10,137.80;MS(ES)C4243PSに関するm/z計算値[M+H]791.27、観測値:791.42[M+H]
化合物513:収率:81%。反応を、506及び509を使用して手順Bに従って実行した。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 158.75,158.67,153.14,151.90,144.47,141.45,139.07,136.52;MS(ES)C4143PSに関するm/z計算値[M+H]767.26、観測値:767.63[M+H]
化合物514:収率:81%。反応を、506及び510を使用して手順Bに従って実行した。31P NMR(202MHz,CDCl)δ 158.25,157.89,152.75,152.72、143.67、141.94、137.81、137.62;MS(ES)C3945PSに関するm/z計算値[M+H]773.28、観測値:773.70[M+H]
ある特定の立体的に純粋なモルホリノ単量体の構造:
Figure 2023526975000976
化合物515:収率:48%。反応を、501及び507を使用して手順Bに従って実行した。31P NMR(162MHz、CDCl)(R:S=97:3);δ 156.27(S),138.87(R);MS(ES)C4148PSに関するm/z計算値[M+Na]780.87、観測値:780.33[M+Na]
化合物516:収率:62%。反応を、502及び507を使用して手順Bに従って実行した。31P NMR(162MHz、CDCl)(R:S=3:97);δ 155.47(R),137.60(S);MS(ES)C4148PSに関するm/z計算値[M+Na]780.87、観測値:780.24[M+Na]
モルホリノP-N二量体(化合物518~520)のための有用な実験手順(C):
Figure 2023526975000977
乾燥アセトニトリル(1.3mL)中のモルホリノ単量体(0.27mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)の撹拌溶液に、アセトニトリル(0.4mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(0.34mmol、2.5当量)の溶液をアルゴン雰囲気下にて室温で加えた。得られた反応混合物を10分間撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(1mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.14mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.68mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中の0.68mlの1M溶液)を加えた。反応が完了されてから(LCMSによりモニターされる)、反応混合物を減圧下で濃縮し、続いてDCM中で再溶解させ、NaHCO水溶液で洗浄し、有機層を蒸発させて、粗生成物を得た。粗製の混合物を、溶出液としてジクロロメタン及びメタノールを使用してシリカゲルカラムにより精製した。
ある特定の立体的に純粋なモルホリノPN-二量体の構造:
Figure 2023526975000978
化合物518(立体的に不規則):収率82%。反応を、511及び517を使用して手順Cに従って実行した。31P NMR(162MHz、CDCl)δ 4.13,3.99;MS(ES)C677314Pに関するm/z計算値[M+Na]1267.48、観測値:1267.91[M+Na]
化合物519(立体的に純粋(Rp)):収率93%。反応を、516及び517を使用して手順Cに従って実行した。31P NMR(162MHz,CDCl)(R:S=96:4)δ 4.28(R),3.95(S);MS(ES)C677314Pに関するm/z計算値[M+Na]1267.48、観測値:1267.34[M+Na]
化合物520(立体的に純粋(Sp)):反応を、515及び517を使用して手順Cに従って実行した。31P NMR(162MHz,CDCl)(R:S=8:92);δ 4.24(R),4.02(S);MS(ES)C677314Pに関するm/z計算値[M+Na]1267.48、観測値:1267.91[M+Na]
モルホリノP-S二量体(化合物521~523)のための有用な実験手順(D):
Figure 2023526975000979
乾燥アセトニトリル(2mL)中のモルホリノ単量体(0.73mmol、1当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)の撹拌溶液に、アセトニトリル中の5-フェニル-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-オン(0.95mmol、1.3当量、0.2M)の溶液をアルゴン雰囲気下にて室温で加えた。得られた反応混合物を10分間撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(2mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.73mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(7.3mmol、10当量、乾燥アセトニトリル中の1M溶液)を加えた。反応が完了されてから(LCMSによりモニターされる)、反応混合物を減圧下で濃縮し、続いて溶出液としてジクロロメタン及びメタノールを使用してシリカゲルカラムにより精製した。
ある特定の立体的に純粋なモルホリノPS-二量体の構造:
Figure 2023526975000980
化合物521(立体的に不規則):収率62%。反応を、511及び517を使用して手順Dに従って実行した。31P NMR(162MHz、CDCl)δ 62.20、61.01;MS(ES)C626314PSに関するm/z計算値[M]1164.38、観測値:1164.49(M)
化合物522(立体的に純粋(Rp)):収率56%。反応を、516及び517を使用して手順Dに従って実行した。31P NMR(162MHz、CDCl)(R:S=97:3)δ 62.23(R),61.03(S);MS(ES)C626314PSに関するm/z計算値[M]1164.38、観測値:1164.61(M)
化合物523(立体的に純粋(Sp)):収率52%。反応を、515及び517を使用して手順Dに従って実行した。31P NMR(162MHz、CDCl)(R:S=4:96)δ 62.20(R),61.01(S);MS(ES)C626314PSに関するm/z計算値[M]1164.38、観測値:1164.41(M)
立体化学の割り当て
以下の手順を利用して、立体的に純粋な単量体及び二量体のリン中心の立体化学を割り当てた。以前のデータに基づいて、カップリングに続く修飾のためにCMIMTを使用するL-DPSEホスホラミダイトにより、Rpを有する4を得た。最初にP修飾され、続いてDBU条件下でカップリングされたD-DPSEは、Rpを有する化合物4をもたらした。最初にP修飾され、続いてDBU条件下でカップリングされた化合物3は、Rpを有する化合物4をもたらした。化合物3と同じRp配置を有する化合物5は、最初にP修飾され、続いてDBU条件下でカップリングされたとき、Spを有する化合物6をもたらすであろうと推測された。
Figure 2023526975000981
実施例3.ある特定のオリゴヌクレオチド及び組成物の調製。
実施例において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の自動化された固相合成を、24umolスケールで表2A(PO結合(天然のリン酸結合)のための定型的なアミダイトサイクル)、表2B(キラル制御されたPS結合(ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)のためのDPSEアミダイトサイクル)、及び表2C(モルホリノPN結合のためのMBOアミダイトサイクル)に示されるサイクルに従って実施した。
Figure 2023526975000982
Figure 2023526975000983
Figure 2023526975000984
スキーム3:キラル制御されたモルホリノ-PNオリゴヌクレオチドの合成サイクル:
Figure 2023526975000985

(Bは、本明細書に記載されるとおりのBAであり;BPROは、保護されたBAである)。
スキーム4:立体的に不規則なされたモルホリノ-PNオリゴヌクレオチドの合成サイクル:
Figure 2023526975000986

(Bは、本明細書に記載されるとおりのBAであり;BPROは、保護されたBAである)。いくつかの実施形態では、cis補助剤(-O-CH(CH)CH(CH)S-)が利用される。いくつかの実施形態では、trans補助剤が利用される。いくつかの実施形態では、cis及びtransの両方が利用される。
C&D条件(24μmolスケール)のための有用な手順。
合成の完了後、CPG固体支持体を乾燥させ、15mLのプラスチックチューブに移した。CPGを、1X試薬(2.4mL;100uL/umol)により28℃で6時間処理し、続いて濃NH(水溶液、4.8mL;200umol/umol)を37℃で24時間加えた。反応混合物を室温まで冷却し、CPGを膜濾過により分離し、14mLのHOで洗浄した。粗製の材料(濾液)を、LTQ及びRP-UPLCにより分析した。
粗製の材料を、20mMのNaOH中の2.5MのNaClの直線勾配でAEX-HPLCにより精製し、tC18 SepPakカートリッジにより脱塩し、凍結乾燥させて、生成物を得た。ある特定の調製からの結果は、下に示される。
Figure 2023526975000987
略語:
1X試薬:
ADIH:2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリウムヘキサフルオロホスフェート
AEX-HPLC:アニオン交換高圧液体クロマトグラフィー
CMIMT:N-シアノメチルイミダゾリウムトリフレート
CPG:コントロールドポアガラス
DBU:1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン
DCM:ジクロロメタン、CHCl
DMTr:4,4’-ジメトキシトリチル
HF:ヒドロフルオリド
IBN:イソブチロニトリル
MeIm:N-メチルイミダゾール
TCA:トリクロロ酢酸
TEA:トリエチルアミン
XH:キサンタンヒドリド
実施例4.ある特定のオリゴヌクレオチド及び組成物の調製。
実施例において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の自動化された固相合成を、表3A(PO結合(天然のリン酸結合)のための定型的なアミダイトサイクル)、表3B(キラル制御されたPS結合(ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)のためのDPSEアミダイトサイクル)、及び表3C(モルホリノカルバマート結合(カルバマート基の一部である-C(O)-O-)のためのM-CBMアミダイトサイクル)に示されるサイクルに従って実施した。
Figure 2023526975000988
Figure 2023526975000989
Figure 2023526975000990
C&D条件(24μmolスケール)のための有用な手順:
合成の完了後、CPG固体支持体を乾燥させ、15mLのプラスチックチューブに移した。CPGを、1X試薬(2.4mL;100uL/umol)により28℃で6時間処理し、続いて濃NH(水溶液、4.8mL;200umol/umol)を37℃で24時間加えた。反応混合物を室温まで冷却し、CPGを膜濾過により分離し、14mLのHOで洗浄した。粗製の材料(濾液)を、LTQ及びRP-UPLCにより分析した。粗製の材料を、20mMのNaOH中の2.5MのNaClの直線勾配でAEX-HPLCにより精製し、tC18 SepPakカートリッジにより脱塩し、凍結乾燥させて、生成物を得た。ある特定の結果は、表3Dに示された。
Figure 2023526975000991
スキーム5:モルホリン-カルバマート結合のための合成サイクル
Figure 2023526975000992

(Bは、本明細書に記載されるとおりのBAであり;BPROは、保護されたBAである)。
オリゴヌクレオチドを調製するのに有用な様々な試薬、例えば、表A1、A2、A3、A4に記載されるものなどは、例えば、下の実施例において記載される。
実施例5.WV-NU-097の合成。
Figure 2023526975000993
化合物1(5’-DMTr-T)(100g、178.38mmol)を、MeOH(2L)中で溶解させ、NaIO(41.97g、196.22mmol)及びNHHCO(28.20g、356.77mmol)を加えた。混合物を25℃で3時間撹拌した。TLCは、化合物1が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を濾過した。化合物2(99.46g、粗製)はMeOH中で得られた。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.69。
MeOH中の化合物2(99.46g、549.44mmol)の溶液に、NaBHCN(39.23g、624.31mmol)、4ÅmS(32g、178.37mmol)及びAcOH(16.07g、267.56mmol)を加えた。混合物を15℃で17時間撹拌した。TLCは、化合物2が消費され、新しいメインスポットが形成されたことを示した。反応混合物を濾過し、3つの同一のバッチからの濾液を合わせ、濃縮した。残渣を、2-メチルテトラヒドロフラン(4L)中で溶解させ、NaHCO飽和水溶液(2L)で洗浄した。合わせた水層を、2-メチルテトラヒドロフラン(1L)で逆抽出した。合わせた有機層を、無水NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製の黄色固体を得た。粗製物を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=3/1~0/1、続いて酢酸エチル/メタノール=20/1~10/1、5% TEA)により精製して、白色固体として化合物WV-NU-097(193.4g、収率62.69%、純度91.187%)を得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ ppm 1.27(t,J=7.32Hz,2H)1.80-1.88(m,3H)2.46-2.64(m,2H)2.92-3.07(m,4H)3.12-3.28(m,2H)3.67(d,J=1.00Hz,6H)3.91-3.99(m,1H)5.81-5.88(m,1H)6.72(d,J=8.88Hz,4H)7.06-7.13(m,1H)7.14-7.20(m,2H)7.21-7.29(m,5H)7.36(d,J=7.38Hz,2H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=171.20,164.63,158.52,151.40,144.77,135.93,135.80,135.59,130.09,130.07,128.16,127.79,126.78,113.13,111.45,85.99,80.35,64.61,60.40,55.23,55.17,49.11,46.70,46.36,21.04,14.20,12.60,8.74.LCMS(M-H):542.2;純度:91.19%.TLC(石油エーテル / 酢酸エチル=0:1),Rf=0.11.
実施例6.WV-NU-099の合成。
Figure 2023526975000994
MeOH(2000mL)中の化合物1(100g、148.43mmol)の溶液に、NaIO(34.92g、163.27mmol)及びNHHCO(23.47g、296.86mmol)を加えた。混合物を15℃で3時間撹拌した。4Å MS(60g)、NaBHCN(32.65g、519.51mmol)、及びAcOH(13.37g、222.65mmol)を、混合物に加えた。混合物を20℃で17時間撹拌した。TLCは、化合物1が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を濾過し、濾液を合わせ、濃縮した。残渣を、2-メチルテトラヒドロフラン(3L)中で溶解させ、NaHCO飽和水溶液(1.5L)に続いて塩水(1.5L)で洗浄した。合わせた有機層を、無水NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製の黄色固体を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル/メタノール=1/1、5% TEA)により精製した。粗生成物WV-NU-099(54g)を、黄色固体として得た。粗製物を、カラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル/メタノール=1/0~10/1)により精製した。化合物WV-NU-099(37.5g、純度90.025mmol)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.07-8.77(m,1H),8.59(s,1H),8.03(s,1H),7.79(d,J=7.4Hz,2H),7.42-7.35(m,1H),7.33-7.26(m,2H),7.22(d,J=7.5Hz,2H),7.14-7.03(m,6H),7.02-6.96(m,1H),6.60(d,J=8.3Hz,4H),5.77(dd,J=2.4,10.1Hz,1H),3.89(s,1H),3.66-3.51(m,6H),3.19(dd,J=2.1,12.1Hz,1H),3.10(dd,J=5.1,9.6Hz,1H),2.99-2.88(m,3H),2.66-2.52(m,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=171.21,158.52,152.63,151.22,149.54,144.66,140.85,135.86,135.74,133.53,132.86,130.28,130.07,130.03,128.84,128.11,127.94,127.84,126.86,122.82,113.63,113.13,86.10,80.82,77.73,64.28,60.42,55.24,50.52,47.40,46.47,21.08,14.21,8.65.LCMS:NEG(M-H)=655.3;純度、90.02%.TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)Rf=0.12。
実施例7.WV-NU-100の合成。
Figure 2023526975000995
化合物1(5’-DMTr-T)(100g、152.51mmol)を、MeOH(1.5L)中で溶解させ、NaIO(39.14g、183.01mmol)及びNHHCO(30.14g、381.27mmol)を加えた。混合物を20℃で5時間撹拌した。TLCは、出発材料の完全な消費を示した。得られた混合物を濾過した。化合物2(102g、粗製)はMeOH中で得られた。
MeOH中の化合物2(102g、152.08mmol)の溶液に、NaBHCN(33.45g、532.27mmol)、4A MS(60g、152.08mmol)及びAcOH(13.70g、228.12mmol)を加えた。撹拌を20℃で18時間続けた。TLCは、化合物2が完全に消費され、多くの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を濾過し、4つの同一のバッチからの濾液を合わせ、濃縮した。残渣を、2-メチルテトラヒドロフラン(3L)中で溶解させ、NaHCO飽和水溶液(2L)で洗浄した。合わせた有機層を、無水NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製の黄色固体を得た。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(酢酸エチル/MeOH=100/1~9/1、5% TEA)により精製して、化合物WV-NU-100(70g)及びさらなる精製を必要とする190gの粗製物を得た。190gの粗製物を、MPLC(SiO、酢酸エチル/MeOH=1/0~8/1、5% TEA)により精製して、白色固体として化合物WV-NU-100(40g)を得た。全量のWV-NU-100(110g、収率31.43%、純度88.21%)及び途中の100gの粗製物を得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ ppm 1.15-1.26(m,9H)2.54-2.67(m,1H)2.67-2.91(m,2H)3.06-3.24(m,5H)3.30(br d,J=11.26Hz,1H)3.73(s,6H)4.22(br s,1H)5.95(br d,J=8.50Hz,1H)6.77(br d,J=8.63Hz,4H)7.09-7.32(m,8H)7.40(br d,J=7.50Hz,2H)7.86(s,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ ppm 8.84(s,1 C)14.18(s,1 C)18.93(s,1 C)19.08(s,1 C)21.01(s,1 C)36.15(s,1 C)46.67(s,1 C)49.98(s,1 C)55.23(s,1 C)60.37(s,1 C)64.43(s,1 C)80.48(s,1 C)86.05(s,1 C)113.14(s,1 C)113.66(s,1 C)120.43(s,1 C)126.82(s,1 C)127.79(s,1 C)128.13(s,1 C)130.08(s,1 C)130.26(s,1 C)135.85(s,1 C)136.83(s,1 C)144.77(s,1 C)148.03(s,1 C)148.22(s,1 C)158.54(s,1 C)171.12(s,1 C).LCMS(M-H):637.4;純度:88.21%.TLC(酢酸エチル/ メタノール=5:1),Rf=0.14.
実施例8.WV-NU-099-イミダゾールの合成。
Figure 2023526975000996
DCM(200mL)中のWV-NU-099(6.5g、9.90mmol)の溶液に、DIEA(1.92g、14.85mmol)、及びCDI(2.41g、14.85mmol)を加えた。混合物を25℃で3時間撹拌した。LCMSは、WV-NU-099が完全に消費され、所望の質量を有する1つの主要なピークが検出されたことを示した。反応混合物をHO(300mL)によりクエンチし、DCM(100mL)で希釈した。次に、この混合物を、DCM(100mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、HO(200mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=2/1~酢酸エチル:ACN=5/1)により精製した。WV-NU-099-イミダゾール(13.6g、収率88.02%、純度96.192%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.78(s,1H),8.24(s,1H),8.06-7.97(m,3H),7.77-7.71(m,4H),7.66-7.60(m,1H),7.57-7.48(m,2H),7.39(d,J=7.3Hz,2H),7.27(s,8H),7.12(s,8H),6.82(dd,J=2.1,8.9Hz,4H),6.03(dd,J=2.8,10.3Hz,1H),4.57(br d,J=12.8Hz,1H),4.21(br d,J=13.5Hz,1H),4.13-4.03(m,1H),3.79(d,J=1.0Hz,6H),3.64(dd,J=10.4,13.1Hz,1H),3.42(dd,J=4.6,10.1Hz,1H),3.28(dt,J=4.4,10.1Hz,2H).LC-MS(M-H):749.3;LCMS 純度 96.19%.
実施例9.WV-DL-109Aの合成。
Figure 2023526975000997
THF(300mL)中のトリホスゲン(1.64g、5.52mmol)及びDIEA(5.71g、44.15mmol)の溶液に、THF(60mL)中のWV-DL-097(6g、11.04mmol)をN下にて0℃で加えた。混合物を25℃で12時間撹拌した。TLCは、WV-DL-097が完全に消費され、新たなスポットが形成されたことを示した。反応を、NaHCO飽和水溶液(100mL)によりクエンチし、続いてEtOAc(50mL*2)で抽出した。合わせた有機相を塩水(100mL)で洗浄し、無水NaSOで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮した。化合物WV-NU-109A(4.7g、収率40.49%、純度57.632%)を、黄色固体として得た。LCMS:(M-H)=604.2;純度:57.63%。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)、R=0.30。
実施例10.WV-DL-109Cの合成。
Figure 2023526975000998
DCM(50mL)中の化合物WV-NU-097(5g、9.20mmol)の溶液に、ビス(1,2,4-トリアゾール-4-イル)メタノン(2.26g、13.80mmol)及びDIEA(1.78g、13.80mmol、2.40mL)を加えた。混合物を25℃で1時間撹拌した。TLCは、化合物WV-NU-097が完全に消費され、新たなスポットが形成されたことを示した。混合物を真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~10/1、5/1、1/1、1/2、1/0)により精製した。化合物WV-NU-109C(3.2g、粗製物)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.31-9.11(m,1H),8.90-8.84(m,1H),8.23(s,4H),8.05(s,1H),7.44(d,J=7.3Hz,2H),7.35-7.28(m,7H),7.26-7.21(m,1H),6.88-6.79(m,4H),5.87(dd,J=2.8,10.1Hz,1H),4.11-4.07(m,1H),3.82-3.78(m,6H),3.38(dd,J=4.6,9.9Hz,1H),3.30-3.19(m,1H),3.15-3.06(m,2H),1.97(d,J=1.0Hz,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.72,158.70,152.43,149.91,148.58,147.07,144.42,135.51,135.46,134.70,130.04,128.05,127.95,127.07,113.26,113.15,111.72,86.43,79.02,75.72,63.52,60.50,55.28,21.10,14.22,12.66.LCMS:M-H=637.3;純度:98.73%.TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)、R=0.10。
実施例11.モルホリンN-カルバマート(M-C)二量体の合成。
無水アセトニトリル中の精製されたか又は粗製のいずれかのカルバマート(1.25当量)、DBU(5当量)、及びアルコール(1当量)を、25℃で撹拌した。撹拌を、報告される時間の間続けた。混合物を真空中で濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製した。代表的なモルホリノN-カルバマートのための反応条件は、下の表4に示される。実証されるとおり、様々な試薬が有用であり得る。いくつかの実施形態では、入力4の試薬は、十分な安定性(例えば、カラム精製に関して)、純度、及び反応性をもたらし、オリゴヌクレオチド生成のために利用される。
Figure 2023526975000999
Figure 2023526975001000
H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.78-9.43(m,1H),7.52-7.17(m,13H),6.80(br d,J=8.1Hz,5H),5.96(br s,1H),5.69(br s,1H),4.52-3.85(m,8H),3.81-3.68(m,7H),3.26(br d,J=5.1Hz,1H),3.19-3.05(m,1H),2.79(br s,3H),2.28(br s,2H),1.89(br d,J=10.3Hz,7H),0.85(s,9H),0.04(s,6H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=178.19,110.18,88.96,80.77,78.43,76.60,73.31,65.55,56.65,53.83.LCMS:M-H=924.4.純度:90.96%.TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)R=0.51。
Figure 2023526975001001
トルエン(300mL)中のビス(トリクロロメチル)カルバマート(9.99g、33.66mmol、0.083eq.)の溶液に、THF(300mL)中で溶解された化合物1B(60g、405.51mmol、1eq.)を10分以内に20℃で滴下して加え、混合物を20℃で10分間撹拌した。ケーキを溶液から分離した。混合物を濾過し、濾過物を濃縮して、白色固体として化合物1D(32g、粗製物)を得た。
Figure 2023526975001002
DCM(400mL)中のモルホリンアミンWV-NU-097-100(63.22mmol、1eq.)及びDIEA(94.83mmol、16.52mL、1.5eq.)の溶液に、化合物1D(94.83mmol、1.5eq.)を加え、混合物を、20℃で12時間撹拌した。LCMSは、WV-NU-097-100が消費され、所望の物質が見出されたことを示した。混合物を濃縮して、粗生成物を得た。混合物を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル(5% TEA))により精製して、白色固体としてWV-NU-109D-112Dを得た。
Figure 2023526975001003
WV-NU-109D(19g、23.92mmol、収率43.84%、純度90.35%)を、白色固体として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.74(s,1H),7.44(br d,J=7.5Hz,2H),7.36-7.27(m,7H),7.27(s,2H),6.85(d,J=8.6Hz,5H),5.84(dd,J=2.6,10.2Hz,1H),4.10-4.04(m,1H),3.80(s,6H),3.39(br dd,J=4.4,9.8Hz,1H),3.23(br s,1H),3.15-3.05(m,2H),1.96(s,3H).LCMS :(MS-H+):715.2,純度:94.70%.
Figure 2023526975001004
白色固体としてのWV-NU-110D(15g、17.56mmol、収率27.78%、純度94.437%)。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.66(br s,1H),7.95-7.77(m,3H),7.61-7.33(m,5H),7.29-7.12(m,8H),6.77(br d,J=7.9Hz,4H),5.84(br d,J=8.3Hz,1H),4.81(br s,1H),4.04(br d,J=6.9Hz,2H),3.72(br s,6H),3.43-3.15(m,2H),3.14-2.96(m,2H),0.00-0.00(m,1H).LCMS(M-H+):806.2、LCMS純度:94.437%。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.56。
Figure 2023526975001005
白色固体としてのWV-NU-110D(16g、18.19mmol、収率36.91%、純度94.464%)。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.74(s,1H),8.69(s,1H),8.16(d,J=3.9Hz,2H),8.02-7.79(m,2H),7.60-7.50(m,1H),7.49-7.42(m,2H),7.35(d,J=7.4Hz,2H),7.27-7.09(m,8H),6.76(dd,J=1.3,8.8Hz,4H),5.98(br d,J=8.1Hz,1H),4.13-4.07(m,1H),3.71(s,6H),3.42-3.29(m,1H),3.19(br dd,J=11.1,13.6Hz,2H).LCMS純度:96.538%、(M-H+):830.2。
Figure 2023526975001006
WV-NU-112D(17g、19.86mmol、収率34.75%、純度94.929%)を、黄色固体として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ ppm 1.27(s,5H)2.63(dt,J=13.57,6.85Hz,1H)2.88(q,J=7.38Hz,1H)3.23(br dd,J=13.51,11.13Hz,2H)3.34-3.49(m,3H)3.79(s,6H)4.10(s,1H)5.69(br d,J=9.38Hz,1H)6.83(dd,J=8.82,1.81Hz,4H)7.19-7.35(m,8H)7.43(d,J=7.38Hz,2H)7.83(s,1H)8.21(s,1H)8.80(s,1H).LCMS:(M-H):812.2、純度:94.929%。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、R=0.35)。
実施例12.WV-SM-047aの合成。
Figure 2023526975001007
ピリジン(30mL)中の化合物10(10g、31.02mmol)の溶液に、DMTCl(12.61g、37.23mmol)を加えた。混合物を15℃で4時間撹拌した。TLCは、化合物10が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液、100mL)で希釈し、EtOAc(200mL*5)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1:5、5% TEA)により精製した。化合物13(19g、収率98.04%)を、黄色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.35(s,1H),7.50(d,J=0.9Hz,1H),7.32-7.22(m,4H),7.21-7.08(m,5H),6.83(dd,J=1.3,8.8Hz,4H),5.94(q,J=6.0Hz,1H),4.37-4.28(m,1H),4.20(dd,J=5.3,11.0Hz,1H),3.78-3.68(m,7H),3.13(s,3H),3.04-2.85(m,2H),1.59(s,3H),1.42(d,J=6.1Hz,3H).LCMS:(M+Na):647.3、LCMS純度:97.22%。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.65。
DMSO(60mL)及びHO(60mL)中の化合物13(10g、16.01mmol)、NaOH(7.68g、192.09mmol)の混合物を脱気し、Nで3回パージし、続いて混合物を、N雰囲気下にて90℃で16時間撹拌した。LCMS及びTLCは、反応が完了し、所望のMS 545(NEG、M-H)を有する1つのメインピークが見出されたことを示した。反応混合物を、EtOAc(200mL)の添加によりクエンチし、続いてHO(200mL)で希釈し、EtOAc(200mL*4)で抽出した。合わせた有機層を塩水(200mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1:3、5% TEA)により精製した。化合物WV-SM-047a(5.30g、収率57.88%、純度95.564%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.31(s,1H),7.50(s,1H),7.31-7.21(m,4H),7.21-7.08(m,5H),6.83(dd,J=2.2,8.8Hz,4H),5.96(q,J=5.9Hz,1H),4.73(t,J=5.4Hz,1H),3.71(s,6H),3.54-3.45(m,1H),3.37(br d,J=2.9Hz,1H),2.99-2.84(m,2H),2.52(s,1H),1.58(s,3H),1.41(d,J=6.0Hz,3H).13C NMR(101MHz,DMSO-d6)δ=163.86,157.96,150.92,144.94,135.82,135.66,135.54,129.54,129.48,127.74,127.51,126.52,113.11,109.76,85.29,79.92,78.34,63.72,60.59,54.98,20.76,12.10.LCMS:(M-H):545.0,LCMS 純度:97.39%.HPLC:HPLC純度:95.56%。キラルSFC:100%純度。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、5% TEA)、Rf=0.29。
実施例13.WV-SM-10の合成。
Figure 2023526975001008
4個のバッチ:アセトン(2500mL)中の化合物1(350g、1.36mol)の溶液に、CuSO(700.00g、4.39mol)及びHSO(16.10g、164.15mmol、8.75mL)を加えた。混合物を15℃で24時間撹拌した。TLCは、化合物1が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。4個のバッチ:反応混合物を濾過し、続いて濾液をNaHCO(粉末)で中和して、pH=8にし、続いて濾過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。化合物2(1.76kg、粗製物)を、黄色油として得た。TLC(ジクロロメタン:メタノール=9:1)、Rf=0.85。
Figure 2023526975001009
4個のバッチ:ピリジン(1700mL)中の化合物2(400g、1.34mol)の溶液に、ピリジン(800mL)中のBzCl(282.74g、2.01mol)を加えた。混合物を15℃で5時間撹拌した。TLCは、化合物2が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。4個のバッチ:反応混合物を減圧下で濃縮して、ピリジンを除去した。残渣の固体にEtOAc(1000mL)を加え、飽和NaHCO(水溶液、500mL)で洗浄した。混合物を濾過し、固相が所望の生成物であった。化合物3(2.8kg、粗製物)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.95(br d,J=7.5Hz,2H),7.71-7.58(m,1H),7.56-7.47(m,2H),7.43(s,1H),5.80(s,1H),5.08-4.87(m,2H),4.60-4.49(m,1H),4.46-4.37(m,1H),4.33(br s,1H),1.59(s,3H),1.51-1.46(m,1H),1.48(s,2H),1.29(s,3H).TLC(酢酸エチル:石油エーテル=3:1)、R=0.75。
Figure 2023526975001010
4個のバッチ:化合物3(540g、1.34mol)を、TFA(2.31kg、20.26mol)及びHO(300mL)中で溶解させた。次に、溶液を15℃で10時間撹拌した。TLCは、化合物3が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣をさらに、EtOAc(500mL)中で再結晶させ、濾過した。化合物4(1.6kg、収率51.42%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.33(s,1H),8.03-7.93(m,2H),7.71-7.63(m,1H),7.57-7.48(m,2H),7.35(d,J=0.9Hz,1H),5.79(d,J=4.2Hz,1H),4.56(dd,J=3.1,12.1Hz,1H),4.46-4.36(m,1H),4.18-4.06(m,3H),1.57(s,3H).LCMS:(M+Na):384.9。TLC(酢酸エチル:石油エーテル=3:1)、R=0.13。
Figure 2023526975001011
EtOH(1000mL)中の化合物4(50g、137.99mmol)の溶液に、HO(500mL)中のNaIO(30.00g、140.26mmol)を加えた。混合物を暗所において15℃で2時間撹拌した。TLCは、化合物4が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。化合物5(49.72g、粗製物)を、白色懸濁液として得て、これを次の工程で使用した。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.49。
Figure 2023526975001012
最後の工程からのEtOH(1000mL)及びHO(500mL)中の化合物5(49.72g、137.99mmol)の撹拌溶液に、NaBH(10.44g、275.98mmol)を0℃で少量ずつ加えた。混合物を15℃で1時間撹拌した。TLCは、化合物5が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。溶媒を除去して、褐色固体を得た。固体に、飽和NaSO(水溶液、500mL)を加え、続いてEtOAc(500mL*5)で抽出した。合わせた有機相を、NaSOにより乾燥させた。減圧下での溶媒の除去によって、生成物を得た。化合物6(37.2g、収率73.99%、-純度)を、白色固体として得た。LCMS:(M+Na):386.9;TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.38。
Figure 2023526975001013
DCM(300mL)中の化合物6(33.7g、92.49mmol)及びTEA(46.80g、462.47mmol)の溶液に、DCM(150mL)中のMsCl(23.31g、203.49mmol)を加えた。混合物を0℃で4時間撹拌した。TLCは、化合物6が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、水(100mL)の添加によりクエンチし、36時間静置した。TLCは、化合物6Aが消費され、1つのスポット(化合物7)がそのままであったことを示した。水層を、DCM(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0:1)により精製した。化合物7(35g、収率89.16%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=7.96-7.86(m,2H),7.77(d,J=1.3Hz,1H),7.70-7.64(m,1H),7.55-7.43(m,2H),6.09(dd,J=1.3,5.7Hz,1H),4.77(dd,J=5.7,10.5Hz,1H),4.66-4.59(m,1H),4.56-4.44(m,3H),4.41-4.29(m,2H),3.27(s,3H),1.59(d,J=1.3Hz,3H).LCMS:(M+H):425.2.TLC石油エーテル:酢酸エチル=0:1、R=0.38;酢酸エチル:メタノール=9:1、R=0.13。
Figure 2023526975001014
DMF(300mL)中の化合物7(36g、84.82mmol)の溶液に、HI(48.22g、169.64mmol、28.36mL、純度45%)を加えた。混合物を15℃で0.5時間撹拌した。TLCは、化合物7が消費され、1つのメインスポットが検出されたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液)によりクエンチして、pH=7にした。残渣を、EtOAc(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(500mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物8(49.8g、粗製物)を、褐色油として得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.80。
Figure 2023526975001015
EtOH(1000mL)中の化合物8(46g、83.28mmol)、Pd/C(14g、純度10%)及びNaOAc(62.10g、757.00mmol)の混合物を脱気し、Hで3回パージし、続いて混合物を、H雰囲気下(15psi)にて15℃で10時間撹拌した。TLC及びLC-MSは、化合物8が消費され、1つのメインスポットが見出されたことを示した。Pd/Cを濾別し、濾液を蒸発させた。残渣を水(200mL)とともに加え、水相をEtOAc(300mL*6)で抽出した。次に、有機層を、塩水(200mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1:1)により精製した。化合物9(30g、収率84.47%)を、無色油として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.30(s,1H),7.91-7.81(m,2H),7.71-7.62(m,1H),7.54-7.44(m,3H),6.04(q,J=6.0Hz,1H),4.55(dd,J=3.7,11.2Hz,1H),4.40(dd,J=4.8,11.2Hz,1H),4.34-4.21(m,2H),4.18-4.10(m,1H),3.28(s,3H),1.49-1.42(m,6H).LCMS:(M+H):427.2.キラルSFC:100%純度。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:3)、Rf=0.12。
Figure 2023526975001016
MeOH(1000mL)中の化合物9(30g、70.35mmol)の溶液に、NH.HO(493.09g、3.52mmol、541.86mL、純度25%)を加えた。混合物を15℃で16時間撹拌した。TLCは、化合物9が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮してMeOHを除去し、水相をEtOAc(300mL*8)で抽出した。有機相を、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0:1)により精製した。化合物10(19g、収率83.79%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.27(s,1H),7.55(d,J=1.3Hz,1H),5.92(q,J=6.0Hz,1H),4.83(t,J=5.7Hz,1H),4.37(dd,J=3.3,11.2Hz,1H),4.20(dd,J=5.3,11.0Hz,1H),3.64-3.54(m,1H),3.33-3.29(m,2H),3.20(s,3H),1.78(s,3H),1.39(d,J=6.1Hz,3H).LCMS:(M+H):323.2,(M+Na):345.2.TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.39。
Figure 2023526975001017
DCM(150mL)中の化合物10(9g、27.92mmol)の溶液に、イミダゾール(4.56g、67.01mmol)及びTBDPSCl(9.21g、33.51mmol)を加えた。混合物を15℃で4時間撹拌した。TLCは、化合物10が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を水(100mL)の添加によりクエンチし、水相をDCM(100mL*5)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、MPLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=19/1~1:1)により精製した。化合物11(15.2g、収率97.08%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.34(s,1H),7.57(br t,J=6.1Hz,4H),7.51-7.34(m,7H),5.99(q,J=6.0Hz,1H),4.56-4.29(m,2H),3.84-3.73(m,1H),3.65-3.50(m,2H),3.22(s,3H),1.61(s,3H),1.43(d,J=6.0Hz,3H),0.95(s,9H).LCMS:(M+Na):583.2、LCMS純度:95.16%。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.72。
Figure 2023526975001018
5個のバッチ:化合物11(2.5g、4.46mmol)の溶液に、MeNH(THF中の2M、85.00mL)を加えた。混合物を80℃で48時間撹拌した。TLCは、化合物11が少量残され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1:20)により精製した。化合物WV-SM-10(5.9g、収率51.93%、純度97.262%)を、褐色油として得た。
H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.61-7.52(m,4H),7.49-7.36(m,7H),5.98(q,J=5.9Hz,1H),3.65-3.48(m,3H),2.73-2.53(m,3H),2.32-2.23(m,3H),1.65-1.58(m,3H),1.46-1.36(m,3H),0.99-0.91(m,9H).13C NMR(101MHz,DMSO-d6)δ=163.73,150.85,135.48,134.96,134.89,132.88,132.80,129.83,127.83,109.82,79.30,77.32,64.59,51.62,36.46,26.48,18.70,12.08.LCMS:(M+H):496.3、LCMS純度:97.26%。キラルSFC:dr=97.05:2.95。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.12。
実施例14.ある特定の結合の構築。
立体的に純粋なPN-二量体2001、2002及び立体的に不規則な二量体2001/2002のための実験手順(A):乾燥アセトニトリル(1.5mL)中のアミダイト/チオイト(thioite)(0.29mmol、1.6当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間置かれる)の撹拌溶液に、アセトニトリル(0.4mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート((ADIH)98mg、0.34mmol、1.9当量)の溶液をアルゴン雰囲気下にて室温で加えた。得られた反応混合物を10分間撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(1mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.18mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間乾燥される)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.55mmol、3当量、乾燥アセトニトリル中の0.55mlの1M溶液)を加えた。反応が完了された後(LCMSによりモニターされる)、反応混合物を減圧下で濃縮し、続いてDCM中で再溶解させ、NaHCO水溶液で洗浄した後、有機層の濃縮によって、粗生成物(様々な収率55%~90%)を得て、全ての生成物を、31P NMR及びLCMSにより分析した。
クロロ試薬(2003、2005及び2007)のための実験手順(B):チオアルコール(82.12mmol)を、トルエン(100mL、250mLの一口フラスコ、水浴温度=35℃)中で溶解させ、続いてトルエンとの共蒸発させた後、高真空下に2~3時間置くことによって乾燥させた。次に、それを真空から取り出し、乾燥トルエン(100mL)中で再溶解させた。得られた溶液に、4-メチルモルホリン(18.0mL、164.24mmol)を加えた。この混合物を、トルエン(100mL)中の三塩化リン(7.2mL、82.12mmol)の氷冷溶液に30分間かけてカニューレを介して滴下して加えた。室温まで1時間温めた後、混合物を真空/アルゴン下で注意深く濾過した。得られた濾液を、回転蒸発(Arでフラッシングする)により濃縮し、続いて高真空下で一晩乾燥させた。得られた粗製の化合物を粘稠な油として単離し、これをTHF中で溶解させて、1Mの原液を得て、この溶液をさらに精製することなく次の工程において使用した。
ホスホロチオイト(phosphorothoite)(2004、2006及び2008)のための実験手順(C):5’-ODMTr保護されたヌクレオシド(3g、5.50mmol)を、無水トルエン(50mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口100mL丸底フラスコにおいて乾燥させた。乾燥されたヌクレオシドを、乾燥THF(30mL)中で溶解させた。次に、CaHで乾燥されたトリエチルアミン(2.3mL、16.5mmol、3当量)を、反応混合物に加え、続いて約-10℃まで冷却した。粗製のクロロ試薬のTHF溶液(1M溶液、16.5mL、3当量、16.5mmol)を、カニューレを介して約15分間かけて上の混合物に加え、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。反応混合物を、真空/アルゴン下で注意深く濾過し、得られた濾液を減圧下で濃縮して、黄色泡を得て、これをさらに高真空下で一晩乾燥させた。粗製の混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。収率は、65%と90%の間の範囲である。
スキーム6:立体的に純粋な(Sp)PN-二量体2001の合成。
Figure 2023526975001019
スキーム7:立体的に純粋な(Rp)二量体2002の合成。
Figure 2023526975001020
化合物2001(立体的に純粋な(Sp)):手順Aに従った。L-DPSEキラルアミダイトを使用した。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.82.MS(ES)C677215Pに関するm/z計算値[M+Na]1268.47、観測値:1268.38[M+Na]
化合物2002(立体的に純粋な(Rp)):手順Aに従った。D-DPSEキラルアミダイトを使用した。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.20.MS(ES)C677215Pに関するm/z計算値[M+Na]1268.47、観測値:1268.48[M+Na]
スキーム8:立体的に純粋な(Rp)二量体2002の合成。
Figure 2023526975001021
スキーム9:立体的に純粋な(Sp)二量体2001の合成。
Figure 2023526975001022
スキーム10:立体的に純粋な(Sp/Rp)二量体2001/2002の合成。
Figure 2023526975001023
化合物2003:手順Bに従った。31P NMR(162MHz,THF-CDCl,1:2)δ 207.89
化合物2005:手順Bに従った。31P NMR(162MHz,THF-CDCl3,1:2)δ 207.89
化合物2007:手順Bに従った。31P NMR(162MHz,THF-CDCl3,1:2)δ 205.92,205.67,205.53
化合物2004(立体的に純粋な(Sp):手順Cに従った。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 189.86 MS(ES)C4147PSに関するm/z計算値[M+K] 797.24、観測値:797.20[M+K]
化合物2006(立体的に純粋な(Rp)):手順Cに従った。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 189.51 MS(ES)C4147PSに関するm/z計算値[M+K] 797.24、観測値:797.20[M+K]
化合物2008(立体的に不規則):手順Cに従った。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 175.56,174.79,174.44,173.85,173.38,172.90 MS(ES)C3539PSに関するm/z計算値[M+K] 717.18、観測値:717.22[M+K]
固相上のPS/PO/PN 20merの合成。
使用される略語:
1X溶液:HO-DMSO(1:5、v/v)中の1MHF-TEA
Ac:アセチル
AcO:無水酢酸
ADIH:2-アジド-1,3-ジメチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)
Cap-A:MeCN中の20vol% MeIm
Cap-B:AcO-2,6-ルチジン-MeCN(2:3:5、v/v/v)
CMIMT:N-シアノメチルイミダゾリウムトリフレート
CPG:コントロールドポアガラス
DCA:ジクロロ酢酸
DCM:ジクロロメタン
DEA:ジエチルアミン
DMTr:4,4’-ジメトキシトリチル
DMSO:ジメチルスルホキシド
HF:フッ化水素
HFIP:1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール
MeCN:アセトニトリル
MeIm:N-メチルイミダゾール
Ph:フェニル
RP-UPLC:逆相超高速液体クロマトグラフィー
TEA:トリエチルアミン
XH:キサンタンヒドリド
P(V)化学を含有するオリゴヌクレオチド組成物の固相合成のための手順:実施例において、キラルPS及びPO結合のためのWV-27145の自動化された固相合成(24umolスケール)を、表5に示されるサイクルに従って3’-O-位置でスクシニルリンカーによって2’F-dUを誘導体化した325mgのN-メチル化アミノプロピルCPGで充填されたTWIST(商標)10um/15umカラム(GlenResearch、カタログ#20-0040)を使用して実施した。立体的に不規則なPN結合に関して、合成を、表6に記載されるP(V)化学を使用して実施した。
自動化されたオリゴヌクレオチド合成の完了後、CPG支持体を、MeCN中において20% DEAで12分間処理し、乾燥MeCNで洗浄し、アルゴン及び真空下で乾燥させた。乾燥CPG支持体を、15mLのプラスチックチューブに移し、1X溶液(100uL/umol)により28℃で6時間処理し、続いて濃NH(水溶液、200uL/umol)を加え、37℃で24時間処理した。混合物を室温まで冷却し、CPGを膜濾過により除去し、55℃の0.8mL/分の速度での(10mM TEA、水中の100mMHFIP)中のMeCNの直線勾配(1~15%/15分)によるLTQ及びRP-UPLCにより分析した。粗製のWV-27145を、2.5M NaClまで20mM NaOHにより溶出するAEX-HPLCにより精製し、脱塩して、生成物を得た。
Figure 2023526975001024
Figure 2023526975001025
*化合物2008(407mg、0.6mmol)を、3mLの無水MeCN中で溶解させ、MS3Å(410mg)を加えた。30分後、ADIH(205mg、0.72mmol、生成されるNガス)を加え、十分に混合した。
実施例における結果の概要:
粗OD:1648 OD
粗UPLC純度:46.26%
粗質量純度:61.90%
最終OD:510 OD
最終UPLC純度:85.48%
最終質量純度:87.97%
観測された質量:6965.1
実施例15.WV-CA-299の合成。
Figure 2023526975001026
THF(300mL)中の化合物1(15g、98.53mmol、1eq.)の溶液に、PtO(2.24g、9.85mmol、0.1eq.)を加えた。混合物を15℃で0.5時間撹拌した。HNMRは、化合物1が消費され、化合物が所望のものであったことを示した。PtOを濾別し、残渣を減圧下で濃縮して、粗製物を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物2(10g、64.83mmol、収率65.80%)を、黄色油として得た。
Figure 2023526975001027
O(180mL)中の化合物2(9g、58.35mmol、1eq.)の溶液に、NaS(13.66g、175.04mmol、7.34mL、3eq.)を加えた。混合物を50~80℃で48時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=5:1、R=0.28)は、化合物2が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、pH約8になるまでNHCl水溶液の添加により0℃でクエンチし、EtOAc(100mL×4)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物WV-CA-299(4g、21.24mmol、収率36.40%)を、無色の油として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=3.69(br d,J=2.8Hz,1H),1.86-1.74(m,2H),1.71(br d,J=4.1Hz,1H),1.61-1.56(m,2H),1.55(br s,2H),1.46-1.38(m,1H),1.36(s,3H),1.32(br d,J=10.0Hz,2H),0.82(dd,J=4.4,6.6Hz,6H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d):δ=75.66,60.38,48.45,36.89,35.29,32.48,31.59,25.31,19.99,19.81,14.19.TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=5:1)R=0.28。
Figure 2023526975001028
化合物3(30g、199.71mmol、31.09mL、1eq.)を、MeOH(200mL)中で溶解させ、H(65.67g、579.16mmol、55.65mL、純度30%、2.9eq.)を加えた。水酸化ナトリウム(6M、66.57mL、2eq.)を、0℃下で滴下し、混合物を0℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1、Rf=0.43)は、化合物3が消費されたことを示した。水(300mL)を加え、MTBE(200mL×2)で抽出した。合わせた有機物を、NaSO飽和水溶液(100mL)及びNaHCO飽和水溶(100mL)で洗浄した。有機物を、NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。混合物を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=10:1、5:1)により精製して、無色油として化合物4(28g、168.46mmol、収率84.35%)を得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.84-4.67(m,2H),3.44(d,J=2.0Hz,1H),2.76-2.65(m,1H),2.57(ddd,J=1.2,4.5,17.7Hz,1H),2.40-2.32(m,1H),2.08-1.96(m,1H),1.89(ddd,J=0.9,11.2,14.7Hz,1H),1.70(s,3H),1.45-1.36(m,3H).TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)、Rf=0.43。
実施例16.WV-CA-299及びWV-CA-296Aの合成。
Figure 2023526975001029
O(600mL)中の化合物4(28g、168.46mmol、1eq.)の溶液に、NaS(39.44g、505.37mmol、21.20mL、3eq.)を加えた。混合物を0℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)は、化合物4が消費され、新たなスポットが見出されたことを示した。混合物に、pH約7~8までNHCl固体を加え、DCM(100mL×3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=1/0、10:1)により精製して、無色油として化合物WV-CA-296A(27g、130.73mmol、収率77.60%、純度96.98%)を得た。
HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.73(br d,J=12.5Hz,2H),4.15-4.07(m,1H),3.09-2.94(m,1H),2.86-2.72(m,1H),2.36-2.26(m,2H),2.19-2.09(m,1H),2.02(s,1H),1.94-1.85(m,1H),1.73-1.66(m,3H),1.53-1.45(m,3H).LCMS純度:96.98%、[M+H]201.0。TLC:(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)、Rf=0.32。
実施例17.WV-CA-292の合成。
Figure 2023526975001030
並行した2個のバッチ:2Lの三口フラスコに、H(486.81g、4.29mol、412.55mL、純度30%、1.17eq.)、フェニルホスホン酸(5.80g、36.70mmol、0.01eq.)、硫酸水素塩メチル(トリオクチル)アンモニウム(34.19g、73.40mmol、0.02eq.)、NaSO(156.39g、1.10mol、111.71mL、0.3eq.)、二ナトリウムジオキシド(ジオキソ)-タングステン二水和物(24.21g、73.40mmol、0.02eq.)に続いてHO(200mL)を20℃で加えた。撹拌溶液に、(4S)-4-イソプロペニル-1-メチル-シクロヘキセン(5)(500g、3.67mol、588.24mL、1eq.)を、氷水浴上で3時間かけて30℃未満に温度を維持しながら滴下してゆっくりと加えた。30℃で18時間撹拌した。TLC(石油エーテル)は、反応が完了したことを示した。
2個のバッチの反応混合物を合わせ、ヘキサン(1200mL)で希釈した。分離された有機層を、亜硫酸水素ナトリウム(400mL、10%水溶液)、NaHCO(400mL、飽和水溶液)、続いて塩水(400mL)で洗浄した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製のリモネンオキシドに、ピロリジン(522g、612mL、1.0eq.)、続いて水(105.6mL、0.80eq.)を加えた。反応物を、100℃で18時間撹拌した。反応物を、25℃まで冷却し、ヘキサン(1000mL)を加えた。有機物を、クエン酸(20%水溶液、1600mL×4)で洗浄した。有機物を、pH>7まで飽和NaHCO(300mL)で洗浄した後、塩水(300mL)で洗浄した。化合物を、NaSOで乾燥させ、濾過し、続いて減圧下で濃縮して、褐色油(300g)を得た。粗生成物を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル:石油エーテル 0:1、50:1、20:1)により精製した。化合物6(272g、1.79mol、収率24.34%)を、淡黄色油として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.73(d,J=1.4Hz,1H),4.67(s,1H),3.08-3.02(m,1H),2.19-2.04(m,2H),1.92-1.78(m,2H),1.74-1.64(m,4H),1.58-1.49(m,1H),1.34-1.30(m,3H),1.24-1.12(m,1H).TLC:(石油エーテル)R=0.10。
化合物WV-CA-292の調製(方法I)
Figure 2023526975001031
O(1000mL)中の化合物(-)-cis-リモネンオキシド(6)(50g、328.44mmol、1eq.)の溶液に、NaS(76.90g、985.33mmol、41.34mL、3eq.)を加えた。混合物を50~80℃で48時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=10:1、R=0.27)は、化合物(-)-cis-リモネンオキシド(6)が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物に、NHCl飽和水溶液をpH=7~8まで加え、反応混合物にDCM(100mL)を加え、DCM(100mL×3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~1/1)により精製した。化合物WV-CA-292(23.7g、127.20mmol、収率38.73%)を、無色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.88-4.66(m,2H),3.80(br d,J=1.9Hz,1H),2.34-2.23(m,1H),2.09(ddd,J=2.6,11.7,14.0Hz,1H),1.99-1.81(m,2H),1.79-1.51(m,9H),1.45(s,3H).13CNMR(101MHz,クロロホルム-d):δ=149.05,109.24,109.15,75.41,60.45,48.13,37.71,35.22,33.88,29.59,29.49,29.32,27.22,22.67,21.05,20.99,20.95,14.19.GCMS:MS=186.TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=10:1)R=0.27。
実施例18.WV-CA-292Aの合成。
Figure 2023526975001032
-20℃(乾燥氷浴)まで冷却されたTHF(40mL)中のLiAlH(10mL、THF中の2M)の溶液に、THF(60)中の(+)-PSI試薬(7)(9g、22.4mool)の溶液を滴下して加え、氷浴を取り外し、室温で1~1.5時間撹拌した(反応混合物は、わずかに桃色がかった色になる)。反応の完了後(TLCによるモニタリング)、0℃まで冷却し、続いてMeOH(2eq.2mL)でクエンチし、溶媒を蒸発させて残渣を得て、この残渣に水を加え、セライトで濾過した。濾液をEtOAc(250×2)で抽出し、合わせた有機相をNaSOで乾燥させ、濃縮して無色油を得て、これを、EtOAc/ヘキサン溶媒(化合物はヘキサン中の30~40%のEtOAcで溶出される)を使用してCombiflash(80g redsep高性能シリカカラム)により精製した。カラムの蒸発の後、合わせてプールされた画分を真空下で乾燥させて(1時間)、無色油としてWV-CA-292を得た(単離された収率85%)。分析データは、方法Iと同一であった。
Figure 2023526975001033
2Lの三口フラスコに、H(540.69g、4.77mol、458.21mL、純度30%、1.15eq.)フェニルホスホン酸(6.56g、41.47mmol、0.01eq.)、硫酸水素塩メチル(トリオクチル)アンモニウム(38.63g、82.95mmol、0.02eq.)、NaSO(176.72g、1.24mol、126.23mL、0.3eq.)、二ナトリウムジオキシド(ジオキソ)タングステン二水和物(27.36g、82.95mmol、0.02eq.)に続いてHO(240mL)を20℃で加えた。撹拌溶液に、(4R)-4-イソプロペニル-1-メチル-シクロヘキセン(8)(565g、4.15mol、1eq.)を、30℃未満に温度を維持しながら2時間かけてゆっくりと加えた。30℃で18時間撹拌した。TLC(石油エーテル)は、反応が完了したことを示した。反応物をヘキサン(600mL)で希釈した。分離された有機層を、亜硫酸水素ナトリウム(250mL、10%水溶液)、NaHCO(250mL、飽和水溶液)、続いて塩水(250mL)で洗浄した。合わせた有機層を減圧下で濃縮した。粗製のリモネンオキシドに、ピロリジン(346mL、1.0eq.)、続いて水(60mL、0.80eq.)を加えた。反応物を100℃で26時間撹拌した(試料を採取し、HNMRにより検出し、それは生成物がきれいであることを示した)。反応物を、25℃まで冷却し、ヘキサン(500mL)を加えた。有機物を、クエン酸(20%水溶液、800mL×4)で洗浄した。有機物を、pH>7まで飽和NaHCO(300mL)で洗浄した後、塩水(300mL)で洗浄した。化合物を、NaSOで乾燥させ、濾過し、続いて減圧下で濃縮して、淡褐色油(150g)を得た。粗製物を、シリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル:石油エーテル=0:1、1:20、10:1)により精製した。化合物9(124g、814.54mmol、収率19.64%)を、粗製の淡黄色油として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.75-4.70(m,1H),4.67(s,1H),3.07-3.02(m,1H),2.18-2.06(m,2H),1.92-1.78(m,2H),1.73-1.66(m,4H),1.58-1.49(m,1H),1.30(s,3H),1.24-1.14(m,1H).TLC:(石油エーテル)R=0.10.
化合物WV-CA-292Aの調製(方法I)
Figure 2023526975001034
O(2100mL)中の化合物(+)-cis-リモネンオキシド(9)(105g、689.73mmol、1eq.)の溶液に、NaS(161.48g、2.07mmol、86.82mL、3eq.)を加えた。混合物を50~80℃で48時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=10:1、R=0.24)は、化合物(+)-cis-リモネンオキシド(9)が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物に、NaHCO飽和水溶液をpH=7~8まで0℃で加えた。DCM(200mL)を加え、DCM(200mL×3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~1/1)により精製した。化合物WV-CA-292A(76g、407.91mmol、収率59.14%)を、黄色油として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.74(s,2H),3.80(br d,J=2.4Hz,1H),2.34-2.23(m,1H),2.09(ddd,J=2.6,11.7,14.1Hz,1H),1.99-1.87(m,1H),1.75-1.50(m,9H),1.44(s,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d):δ=171.20,149.08,109.22,109.13,75.42,60.42,48.12,37.71,35.22,33.90,29.47,27.23,21.03,20.98,14.18.GCMS:MS=186.TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=10:1),R=0.24.
化合物WV-CA-292A(方法II)の調製
Figure 2023526975001035
-20℃(乾燥氷浴)まで冷却されたTHF(200mL)中のLiAlH(55mL、THF中の2M)の溶液に、THF(300)中の(-)-PSI試薬(10)(50g、108.4mool)の溶液を滴下して加え、氷浴を取り外し、室温で1~1.5時間撹拌した(反応混合物は、わずかに桃色がかった色になる)。反応の完了後(TLCによるモニタリング)、0℃まで冷却し、続いてMeOH(2eq.10mL)でクエンチし、溶媒を蒸発させて残渣を得て、この残渣に水を加え、セライトで濾過した。濾液をEtOAc(500×2)で抽出し、合わせた有機相をNaSOで乾燥させ、濃縮して無色油を得て、これを、EtOAc/ヘキサン溶媒(化合物はヘキサン中の30~40%のEtOAcで溶出される)を使用してCombiflash(220g redsep高性能シリカカラム)により精製した。カラムの蒸発の後、合わせてプールされた画分を真空下で乾燥させて(2時間)、無色油としてWV-CA-292Aを得た(単離された収率81%)。分析データは、方法Iと同一であった。
実施例19.WV-CA-296の合成。
Figure 2023526975001036
化合物(11)(30g、199.71mmol、31.28mL、1eq.)を、MeOH(200mL)中で溶解させ、H(65.67g、579.16mmol、55.65mL、純度30%、2.9eq.)を加え、NaOH(6M、66.57mL、2eq.)を0℃下で滴下し、混合物を0℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1、Rf=0.43)は、化合物(11)が消費されたことを示した。水(300mL)を加え、MTBE(200mL×2)で抽出し、合わせた有機物を、NaSO飽和水溶液(100mL)及びNaHCO飽和水溶液(100mL)で洗浄し、有機物をNaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=0/1~10/1)により精製して、無色油として化合物(12)(28.5g、171.46mmol、収率85.86%)を得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.79(s,1H),4.72(s,1H),3.45(d,J=2.2Hz,1H),2.77-2.67(m,1H),2.59(ddd,J=1.1,4.6,17.6Hz,1H),2.37(td,J=3.0,14.8Hz,1H),2.07-2.01(m,1H),1.94-1.86(m,1H),1.72(s,3H),1.41(s,3H).TLC:(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)、Rf=0.43。
Figure 2023526975001037

O(200mL)中の化合物(12)(9.2g、55.35mmol、1eq.)の溶液に、NaS(12.96g、166.05mmol、6.97mL、3eq)を加えた。混合物を0℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)は、反応体(12)が消費され、新たなスポットが見出されたことを示し。混合物にpH約7~8までNHCl固体を加え、DCM(100mL×3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して残渣を得て、これを、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=1/0~10/1)により精製して、無色油としてWV-CA-296(6.2g、30.31mmol、収率54.76%、純度97.91%)を得た。TLC:(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)、Rf=0.32。H NMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=4.90-4.74(m,2H),4.19(q,J=3.4Hz,1H),3.16-3.03(m,1H),2.94-2.81(m,1H),2.44-2.35(m,1H),2.30-2.14(m,1H),2.13-2.04(m,2H),2.00-1.90(m,1H),1.83-1.75(m,3H),1.57(s,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d):δ=208.55,146.74,110.68,110.45,75.06,53.21,41.01,40.89,38.76,38.71,36.33,33.48,23.72,23.66,20.46,20.28.LCMS:[M+H]:201.1;LCMS純度:97.91%。SFC:dr=98.85:1.15。
クロロ誘導体のための手順I:いくつかの実施形態では、実施例の手順において、不斉補助剤(174.54mmol)を、ロータリーエバポレーター中において35℃で無水トルエン(80mL×3)との共沸蒸発により乾燥させ、高真空下にて一晩乾燥させた。この乾燥された不斉補助剤(174.54mmol)及び4-メチルモルホリン(366.54mmol)の無水THF(200mL)中で溶解された溶液を、アルゴン下でカニューレを介して三口丸底フラスコに置かれた無水THF(150mL)中のトリクロロホスフィン(183.27mmol)の氷冷(イソプロピルアルコール-乾燥氷浴)溶液に加え(開始温度:-10.0℃、最大:温度0℃、28分の添加)、反応混合物を15℃で1時間温めた。その後、沈殿した白色固体を、airfreeフィルターチューブ(Chemglass:フィルターチューブ、24/40 内部の結合部、80mm OD 中程度のフリット、Airfree,Schlenk)を使用してアルゴン下で真空によって濾過した。溶媒を、アルゴン下にて低温(25℃)でロータリーエバポレーターにより除去し、得られた粗製の半固体を真空下で一晩(約15時間)乾燥させ、次の工程のために直接的に使用した。
カップリングのための手順II:いくつかの実施形態では、実施例の手順において、ヌクレオシド(9.11mmol)を、35℃で60mLの無水トルエン(60mL×2)との共蒸発により乾燥させ、高真空下で一晩乾燥させた。乾燥されたヌクレオシドを、乾燥THF(78mL)中で溶解させた後、トリエチルアミン(63.80mmol)を加え、続いてアルゴン下にて-5℃まで冷却した。粗製物(一般的な手順I(又は)IIから作製される、14.57mmol)のTHF溶液を、3分間かけてカニューレを介して加え、続いて室温まで徐々に温めた。室温で1時間後、TLCは、SMの生成物への変換を示した(総反応時間1時間)。次に、反応混合物を、airfreeフィルターチューブを使用してアルゴン下で濾過し、THFで洗浄し、回転蒸発下にて26℃で乾燥させて、白色の粗製の固体生成物を得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。粗生成物を、溶媒として酢酸エチル/1% TEAを含むヘキサンを使用してISCO-Combiflashシステム(アセトニトリルで予め平衡化されたrediSep高性能シリカカラム)により精製した(化合物は、100% EtOAc/ヘキサン/2% EtNで溶出される)。合わせてプールされたカラム画分の蒸発の後、残渣を高真空下で乾燥させて、白色固体として生成物を得た。
Tsm01-アミダイト(化合物500)の調製
Figure 2023526975001038
手順Iに続いて手順IIが使用される、灰白色の泡沫状固体、収率:(25%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 139.47,154.46,(ES)m/z C4150PSに関する計算値:759.30 [M]、観測値:798.25 [M + K]
実施例20.WV-DL-043R及びWV-DL-043Sの合成。
Figure 2023526975001039
ジオキサン(600mL)中のFmoc-Cl(47.16g、182.28mmol)の溶液に、HO(500mL)中のNaCO(57.96g、546.85mmol)を加えた後、ジオキサン(600mL)中の化合物1R(28g、182.28mmol)を0~5℃で滴下して加え、続いて混合物を5~10℃で12時間撹拌した。LCMSは、所望のMSが検出されたことを示した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費されたことを示した。混合物をHO(500mL)で希釈し、EtOAc(500mL*4)で抽出し、合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物2R(60g、収率96.99%)を、白色油として得た。LCMS:M+H=340.1。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)R=0.32。
化合物3Rの調製
Figure 2023526975001040
DCM(800mL)及びTEA(53.67g、530.37mmol)中の化合物2R(60g、176.79mmol)の溶液に、DMT-Cl(71.88g、212.15mmol)を0℃で加え、続いて混合物を10℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示した。LCMSは、所望の生成物が得られたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液、300mL)の添加によりクエンチし、続いてEtOAc(400mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物3R(78g、粗製物)を、赤色油として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)R=0.67。LCMS:M+H=340.1。
化合物WV-DL-043Rの調製
Figure 2023526975001041
MeOH(125mL)中の化合物3R(49g、76.35mmol)の溶液に、ピペリジン(97.52g、1.15mol)を15℃で加え、続いて反応物を15℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。粗製の反応混合物を、粗生成物の別のバッチ(25gスケール)と合わせ、減圧下で濃縮して、残渣を得た。合わせた粗生成物を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1及び酢酸エチル/メタノール=1/0~1/2)により精製した。最終的に、31gの生成物が得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.36(br d,J=7.8Hz,2H),7.28-7.15(m,7H),6.74(br d,J=8.8Hz,4H),3.78(br d,J=10.9Hz,1H),3.70(s,6H),3.65-3.58(m,1H),3.53(dt,J=2.9,11.1Hz,1H),3.10(dd,J=5.1,9.2Hz,1H),2.98(br d,J=12.0Hz,1H),2.90(dd,J=6.1,9.3Hz,1H),2.82-2.68(m,2H),2.55(br t,J=11.2Hz,1H).LCMS:純度:98.47%。SFC:ee%、99.68%。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1)R=0.1。
Figure 2023526975001042
化合物2Sの調製
Figure 2023526975001043
ジオキサン(600mL)中の化合物1S(25g、162.75mmol)の溶液に、HO(500mL)中のNaCO(69.00g、651.01mmol)を加えた後、ジオキサン(200mL)中のFmoc-Cl(42.10g、162.75mmol)を0~5℃で滴下して加え、続いて混合物を5~10℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費されたことを示した。所望の生成物が得られた。混合物をHO(200mL)で希釈し、EtOAc(400mL*3)で抽出し、合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物2S(50g、147.33mmol、収率90.52%)を、黄色油として得た。LCMS:M+H=340.1。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)R=0.32。
化合物3Sの調製
Figure 2023526975001044
TEA(44.72g、441.98mmol)及びDCM(700mL)中の化合物2S(50g、147.33mmol)の溶液に、DMT-Cl(49.92g、147.33mmol)を0℃で加え、続いて混合物を10℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液、400mL)の添加によりクエンチし、続いてEtOAc(500mL*4)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物3S(65g、粗製物)を、赤色油として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.35-8.22(m,1H),7.66(br s,2H),7.50(br d,J=7.4Hz,2H),7.37(br d,J=7.5Hz,2H),7.33-7.09(m,11H),6.75(d,J=8.6Hz,4H),4.48-4.47(m,1H),4.51-4.28(m,1H),4.22-4.14(m,1H),3.99-3.75(m,2H),3.70(s,6H),3.56-3.33(m,2H),3.13(br dd,J=4.7,8.7Hz,1H),3.03-2.84(m,2H),2.74(br s,1H).TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)R=0.67。
化合物WV-DL-043Sの調製
Figure 2023526975001045
MeOH(270mL)中の化合物3S(65g、101.29mmol)の溶液に、ピペリジン(129.37g、1.52mol)を15℃で加え、続いて反応物を15℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。反応溶液を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1及びEtOAc/MeOH=1/0~1/2)により精製して、黄色のゴム質として化合物WV-DL-043S(30g、収率70.60%)を得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.39-7.33(m,2H),7.28-7.17(m,6H),7.15-7.08(m,1H),6.74(d,J=8.8Hz,4H),3.78(dd,J=1.8,11.4Hz,1H),3.70(s,6H),3.65-3.57(m,1H),3.57-3.49(m,1H),3.10(dd,J=5.1,9.3Hz,1H),3.02-2.95(m,1H),2.90(dd,J=6.2,9.3Hz,1H),2.83-2.67(m,2H),2.55(dd,J=10.3,12.1Hz,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=158.45,144.93,136.11(d,J=5.1Hz,1C),130.09,128.86-125.78(m,1C),113.08,86.75-84.04(m,1C),85.94,76.00,66.43(d,J=294.2Hz,1C),55.21,49.85-48.45(m,1C),47.51(d,J=320.6Hz,1C),46.47-45.26(m,1C).LCMS:純度:99.44%。SFC:ee%、97.72%。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1)R=0.1。
実施例21.WV-DL-045及び様々な有用な試薬の合成。
一般的なスキーム
Figure 2023526975001046
化合物2の調製
Figure 2023526975001047
並行した3個のバッチ。一口丸底フラスコにおいて、エタン-1,2-ジアミン(337.59g、5.62mol)を磁性撹拌子とともに入れ、化合物1(50g、200.62mmol)を0℃でゆっくりと加えた。添加を終えた後、反応混合物を25℃まで温め、さらに1時間静置した。300mLのヘキサンを反応混合物に加え、これを25℃で12時間激しく撹拌した。LCMSは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示し、ヘキサン層を捨て、減圧下で乾燥させて、無色油として粗製の化合物2(123g)を得た。
LCMS:(M+H)229.2
化合物3の調製
Figure 2023526975001048
並行した2個のバッチ。THF(630mL)中の化合物2(61.5g、269.25mmol)及びCDI(43.66g、269.25mmol)の溶液を、15℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示した。粗製の反応混合物(126gスケール)を、さらなる精製のために別の2個のバッチの粗生成物(123gスケール)及び(84gスケール)に合わせた。合わせた粗生成物を、石油エーテル:酢酸エチル(10/1~1/12)で溶出するシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、白色固体として生成物3(95g、収率65.09%)を得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1)Rf1=0.50。
化合物4の調製
Figure 2023526975001049
並行した6個のバッチ。DMF(650mL)中の化合物3(40g、157.23mmol)の溶液に、NaH(7.55g、188.67mmol、純度60%)を0℃で加え、反応物を0.5時間撹拌した。次に、CHI(66.95g、471.68mmol)を上の反応混合物に加え、25℃で3時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示した。反応混合物を、HO(1000mL)の25℃での添加によりクエンチし、酢酸エチル(1000mL*3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1/2)により精製して、黄色油として生成物4(232g、粗製物)を得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=3.25-3.17(m,4H),3.09(t,J=7.3Hz,2H),2.70(d,J=1.6Hz,3H),1.45-1.36(m,2H),1.28-1.14(m,19H),0.85-0.76(m,3H).TLC(石油エーテル :酢酸エチル=0:1)Rf1= 0.5。
化合物5の調製
Figure 2023526975001050
Tol.(250mL)中の化合物4(30g、111.76mmol、1eq.)の混合物を、脱気し、Nで3回パージし、続いて混合物に、塩化オキサリル(212.78g、1.68mol、146.75mL、15eq.)を加え、N雰囲気下にて65℃で72時間撹拌した。LCMSは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。次に、混合物を真空中で濃縮した。白色固体を、冷却されたEtOAc(100mL*2)により洗浄し、続いて固体を真空中で濃縮して、白色固体として生成物5(20g、粗製物)を得た。LCMS:M、287.3。
化合物WV-DL-044の調製
Figure 2023526975001051
DCM(46mL)及びHO(26mL)中の化合物5(8g、24.74mmol)の溶液に、ヘキサフルオロリン酸カリウム(4.55g、24.74mmol)を25℃で加えた。反応混合物を25℃で1時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。濾液をHO(10mL*2)で洗浄し、白色固体が所望の化合物であった。白色固体として生成物WV-DL-044(6.5g、収率60.69%、F6P)を得る。生成物を、分析及び送達のために別の2個のバッチの生成物(2.5g)、及び(2.55g)と合わせた。最終的に、11.5gの生成物が得られた。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)R=0.0。
脂質アジドWV-DL-045の調製
Figure 2023526975001052
2.2gのWV-DL-044及び495mgのNaNを、丸底フラスコに加えた。乾燥ACNを加えて、懸濁液を形成し、室温で2.5時間撹拌した。反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、CANで洗浄した。濾液を、ロータリーエバポレーター(rotovap)上で乾燥させ、続いて最小量のACN中で再溶解させ、溶液をジエチルエーテルで沈殿させて、1.75gのふわふわした白色固体を得た。H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 3.87(dd,J=12.1,8.1Hz,1H),3.81 - 3.75(m,1H),3.29(t,J=7.8Hz,1H),3.12(s,2H),1.57 - 1.50(m,1H),1.22(s,3H),1.19(s,6H),0.84 - 0.78(m,2H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ 154.76,77.29,77.07,76.86,49.38,47.03,46.52,33.13,31.90,29.61,29.61,29.54,29.42,29.34,29.05,26.97,26.47,22.68,14.11.
追加のアジドの合成。様々な追加のアジド試薬が、本開示に従う好適な技術を利用して調製された。いくつかの例が下で提示される。
2-アジド-(1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウム)ヘキサフルオロホスフェート(1d)(n025のために有用)の合成
Figure 2023526975001053
2-クロロ-1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウムクロリド(1b)の合成:乾燥した二口丸底フラスコ(1リットル)中の1,3-ジメチルテトラヒドロピリミジン-2(1H)-オン,1a(25.0g、0.195mol、1.0当量)に、無水四塩化炭素(375mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。反応混合物に、追加の漏斗を使用して新たに蒸留された塩化オキサリル(25.0mL、0.292mol、1.5当量)を20分間かけて加えた。次に、反応混合物を65℃まで48時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を室温まで冷却し、ジエチルエーテル(300mL)を加えた。反応混合物を室温で5分間撹拌した。得られた反応混合物を濾過し、沈殿物をジエチルエーテル(3×500mL)で洗浄した。化合物を高真空上で乾燥させて、褐色固体として2-クロロ-1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウムクロリド1b(31g、収率87%)を得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位3.97(t,4H,J=5.8Hz),3.51(s,6H),2.37-2.31(m,2H).MS:C12Clに関するm/z計算値([M-Cl])、147.06;実測値 146.95。
2-クロロ-1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウムヘキサフルオロホスフェート(1c)の合成:乾燥丸底フラスコ(1リットル)中の2-クロロ-1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウムクロリド、1b(31.0g、0.169mol、1.0当量)に、CHCl(310mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。溶液に、KPF(31.16g、0.169mol、1.0当量)を10分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物を室温で1.5時間撹拌した。反応の完了後(TLC-5% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物をセライトに通して濾過し、濾塊をCHCl(150mL)で洗浄した。濾液を減圧下で濃縮乾固させて、粗生成物を得た。粗生成物を、CHCl(25mL)中で溶解させた。化合物を、ジエチルエーテルの滴下による添加によって沈殿させた。沈殿が完了した後、溶媒を捨てて、生成物を得た。得られたものを真空下で乾燥させて、白色固体として2-クロロ-1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウムヘキサフルオロホスフェート(1c)(45.0g、収率91%)を得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.84(s,4H),3.47(s,6H),2.30(s,2H).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.02及び-74.54.
2-アジド-(1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウム)ヘキサフルオロホスフェート(1d)の合成:乾燥丸底フラスコ(1リットル)中の2-クロロ-1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウムヘキサフルオロホスフェート(1c)、(45.0g、0.154mol、1.0当量)に、無水アセトニトリル(450mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。溶液に、アジ化ナトリウム(14.99g、0.231mol、1.5当量)を10分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物を室温で8時間撹拌した。反応の完了後(TLC-5% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、CHCN(30mL)で洗浄した。得られた濾液を減圧下で乾燥させて、粗生成物を得た。粗製の化合物を、CHCN(150mL)中で溶解させた。生成物を、ジエチルエーテル:ヘキサン混合物の滴下による添加によって沈殿させた。沈殿が完了した後、溶媒を捨て、固体を真空下で乾燥させた。上の沈殿手順を2回繰り返して、白色固体として2-アジド-(1,3-ジメチル-3,4,5,6-テトラヒドロピリミジニウム)ヘキサフルオロホスフェート1dを得た(26g、収率57%)。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.59(t,4H,J=6.0Hz),3.33(s,6H),2.26-2.20(m,2H).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -72.99及び-74.88.MS:C12Pに関するm/z計算値([M-PF)、154.11;実測値 154.29。IR(KBrペレット):N(2184cm-1
2-アジド-(1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウム)ヘキサフルオロホスフェート(2f)(n026のために有用)の合成
Figure 2023526975001054
1,3-ジアゼパン-2-チオン(2b)の合成:乾燥丸底フラスコ(1リットル)中のブタン-1,4-ジアミン2a(50.0g、0.567mol、1.0当量)に、DMSO(500mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。溶液を、氷浴を使用することにより0℃まで冷却し、二硫化炭素(41.2mL、0.682mol、1.2当量)を、添加漏斗を使用することにより加えた。次に、反応混合物を70℃で16時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% CHOH:CHCl)、反応混合物を室温まで冷却した。沈殿した固体を濾別し、高真空下で乾燥させて、32.0gの生成物を得た。得られた濾液に、水(1.0リットル)で希釈し、有機層をCHCl(3×1000mL)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下で蒸発させて、粗生成物を得た。この粗生成物を、最小体積のCHCl中で溶解させ、続いてヘキサンの滴下による添加により沈殿させた。沈殿物を濾過し、高真空下で乾燥させて、白色固体として3-ジアゼパン-2-チオン2b(18.0g)を得た(50 9、収率68%)。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 6.69(s,2H),3.28-3.24(m,4H),1.77-1.74(m,4H).
1,3-ジメチル-1,3-ジアゼパン-2-オン(2c)の合成:乾燥一口丸底フラスコ(250mL)中の1,3-ジアゼパン-2-チオン 2b(21.0g、0.161mol、1.0当量)に、CHCl(100mL)をアルゴン雰囲気下で加え、溶液を、氷浴を使用することにより冷却した。溶液に、ベンジルトリメチルアンモニウムクロリド(BTAC、1.49g、0.008mol、2mol%)を加えた後、それぞれヨウ化メチル(65.0mL、1.044mol、6.5当量)及び50%NaOH水溶液(58.68mL)を滴下して加えた。反応混合物を100℃まで8時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% CHOH:CHCl)、反応混合物を室温まで冷却した。有機層を、クロロホルム(3×1000mL)で抽出した。合わせた有機層を、硫酸ナトリウムで乾燥させ、溶媒を減圧下で除去して、粗生成物を得た。化合物を、シリカゲル(100~200メッシュ)カラムクロマトグラフィーにより精製し、生成物を、ヘキサン中の30~80%酢酸エチルで溶出して、淡黄色油として1,3-ジメチル-1,3-ジアゼパン-2-オン、2c(9.00g、収率39%)を得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.13-3.11(m,4H),2.84(s,6H),1.68-1.65(m,4H).
2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウムクロリド(2d)の合成:乾燥二口丸底フラスコ(1リットル)中の1,3-ジメチル-1,3-ジアゼパン-2-オン2c(25.0g、0.176mol、1.0当量)に、無水四塩化炭素(250mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。溶液に、添加漏斗を使用して新たに蒸留された塩化オキサリル(22.6mL、0.264mol、1.5当量)を20分間かけて加えた。反応混合物を70℃まで16時間加熱した。反応の完了後(TLC-10% CHOH:CHCl)、反応混合物を室温まで冷却し、続いてジエチルエーテル(500mL)で希釈し、5分間撹拌した。沈殿物を濾過後に回収し、ジエチルエーテル(2×500mL)で洗浄した。得られた粗生成物を、最小量の溶媒中で溶解させ、50%の酢酸エチル及びヘキサンの添加により沈殿させた。化合物を濾過により回収し、真空下で乾燥させて、白色固体として2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウムクロリド、2dを得た(30.0g)。粗製の化合物を、いずれのさらなる精製も伴わずに次の反応のために直接的に使用した。
2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウムヘキサフルオロホスフェート(2e)の合成:乾燥丸底フラスコ(1リットル)中の2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウムクロリド、2d(30.0g、0.152mol、1.0当量)に、CHCl(300mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。溶液に、KPF(42.02g、0.228mol、1.5当量)を10分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物を室温で4.5時間撹拌した。反応の完了後(TLC-10% CHOH:CHCl)、反応混合物をセライトに通して濾過し、濾塊を、CHCl(150mL)で洗浄し、濾液を濃縮乾固させた。粗製の化合物を、CHCl中で溶解させ、水(2×500mL)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、溶媒を減圧下で除去して、白色固体として2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウムヘキサフルオロホスフェート、2eを得た(25.0g、収率54%)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.90(t,4H,J=5.9Hz),3.38(s,6H),2.09-2.07(m,4H).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -72.66及び-74.16.
2-アジド-(1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウム)ヘキサフルオロホスフェート(2f)の合成:丸底フラスコ(1リットル)中の2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウムクロリド、2e(25.0g、0.081mol、1.0当量)に、無水CHCN(250mL)をアルゴン雰囲気下で加えた。溶液に、アジ化ナトリウム(7.95g、0.122mol、1.5当量)を10分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物を室温で4時間撹拌した。反応の完了後(TLC-10% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、CHCN(30mL)で洗浄した。有機層を減圧下で蒸発させて、粗生成物を得た。粗生成物を、CHCN(50mL)中で溶解させ、生成物を、ジエチルエーテルを-78℃で加えることにより沈殿させた。溶媒を除去し、得られた固体を真空下で乾燥させた。上の沈殿手順を2回繰り返して、淡黄色固体として2-アジド-(1,3-ジメチル-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-1,3-ジアゼピニウム)ヘキサフルオロホスフェート2fを得た(21.0g、収率82%)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.63(t,4H,J=5.5Hz),3.51(d,4H,J=25.5Hz),3.25(s,6H),3.15(s,6H),2.02-1.96(m,4H),1.89(s,4H).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -72.15,-72.56,-73.67及び-74.08.MS:C6714Pに関するm/z計算値([M-PF)、168.22;実測値 168.15。IR(KBrペレット):N(2162cm-1)。
1-アジド(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウム)ヘキサフルオロホスフェート(n004のために有用)の合成
Figure 2023526975001055
ジ(ピロリジン-1-イル)メタノン(3b)の合成:乾燥三口丸底フラスコ(3リットル)中のピロリジン3a(117mL、1.424mol、1.0当量)に、無水THF(1380mL)を加えた。溶液に、トリエチルアミン(212mL、1.521mol、1.1当量)を加え、反応混合物を、氷浴を使用することにより0℃まで冷却した。反応混合物に、トリホスゲンの溶液(70.0g、0.236mol、0.16当量、224mL THF中)を、30分間かけて滴下漏斗を使用して滴下して加えた。得られた沈殿された混合物を70℃で2時間加熱した。次に、反応混合物を室温まで冷却し、さらに2時間撹拌した。TLCは、反応が完了された(TLC-5% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-KMnO)ことを示した。次に、反応混合物をブフナー漏斗及びワットマン濾紙に通して濾過した。得られたケーキをTHF(250mL)で洗浄した。濾液を回収し、溶媒を減圧下で除去して、褐色液体としてジ(ピロリジン-1-イル)メタノン、3bを得た(124.0g、収率52%)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.37(t,8H,J=6.9Hz),1.81-1.84(m,8H).MS:C16Oに関するm/z計算値([M+H])、169.24;実測値 169.11。
1-(クロロ(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムクロリド(3c)の合成:乾燥三口丸底フラスコ(3リットル)中のジ(ピロリジン-1-イル)メタノン3b(124g、0.737mol、1.0当量)に、乾燥CHCl(1340mL)をアルゴン雰囲気下にて室温で加えた。溶液に、乾燥CHCl(520mL)中の塩化オキサリル(63.2mL、0.737mol、1.0当量)の溶液を、40分間かけて室温で滴下漏斗を使用して滴下して加えた。反応混合物を60℃まで5時間加熱した。TLCは,反応が完了された(TLC-5% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-KMnO)ことを示した。次に、溶媒を蒸発乾固させて、褐色液体として1-(クロロ(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムクロリド3cを得た(160.0g)。粗製の材料を次の工程のために直接的に使用した。
1-(クロロ(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムヘキサフルオロホスフェート(3d)の合成:乾燥丸底フラスコ(2リットル)中の1-(クロロ(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムクロリド3c(160g、0.717mol、1.0当量)に、水(1525mL)を室温で加えた。溶液に、KPF(158.9g、0.863mol、326mL水中の1.2当量)の飽和溶液を、20分間かけて滴下漏斗を使用して滴下して加えた。添加しながら、生成物の一部を沈殿させた。撹拌を室温でさらに10分間続けた。次に、反応混合物を、ワットマン濾紙を使用してブフナー漏斗に通して濾過した。固体を水(1500mL)で洗浄し、高真空で乾燥させて、粗生成物を得た。粗生成物を、アセトン(110mL)中で溶解させ、ジエチルエーテル(1000mL)の滴下による添加により沈殿させた。上の沈殿方法をさらに1回繰り返して、クリーム色の固体として1-(クロロ(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムヘキサフルオロホスフェート、3dを得た。(142.1g、収率60%)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.92(t,8H,J=6.2Hz),2.10(t,8H,J=6.5Hz).
1-(アジド(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムヘキサフルオロホスフェート(3e)の合成:乾燥丸底フラスコ(500mL)中の1-(クロロ(ピロリジン-1-イル)メチレン)ピロリジニウムヘキサフルオロホスフェート、3d(71.0g、0.213mol、1.0当量)を、浴温度28℃を維持しながらアセトニトリル(3×100mL)と共沸(aziotroped)させた。化合物を、高真空ポンプ上で1時間乾燥させた。フラスコに、アルゴン雰囲気下で無水CHCN(213mL)を加えた。溶液に、アジ化ナトリウム(3.58g、0.055mmol)を加え、30℃で3時間撹拌した。反応の完了後(TLC-5% CHOH:CHCl;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、CHCN(50mL)で洗浄した。有機層を減圧下で除去して、粗生成物を得た。得られた固体をCHCN(60mL)中で溶解させ、ジエチルエーテル(850mL)を滴下して加えることにより沈殿させた。上の沈殿方法をさらに1回繰り返して、白色固体として3eを得た(65.1g、収率89%)。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.77(t,8H,J=6.5Hz),2.03-2.06(m,8H).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.36及び-75.26 MS:C16PFに関するm/z計算値([M-PF)、194.26;実測値 194.16。IR(KBrペレット):N(2153cm-1)。
N-(アジド(ジメチルアミノ)メチレン)-N-メチルメタンアミニウムヘキサフルオロホスフェート、(2)(n003のために有用)の合成
Figure 2023526975001056
丸底フラスコ中の市販のN-(クロロ(ジメチルアミノ)メチレン)-N-メチルメタンアミニウムヘキサフルオロホスフェート(V)(1)(35.0g、124.7mmol、1.0当量)に、アセトニトリル(100mL)を加えた。溶液に、アジ化ナトリウム(12.2g、187.1mmol、1.5当量)を加えた。混合物を室温で1.5時間撹拌した。反応の完了後、反応混合物をセライトパッドに通して濾過した。ケーキをアセトニトリル(3×40mL)で洗浄した。濾液を回収し、溶媒を減圧下で除去して、粗生成物を得た。残渣をアセトン(15mL)中で溶解させ、続いてトルエンを加えて生成物を沈殿させて、白色固体としてN-(アジド(ジメチルアミノ)メチレン)-N-メチルメタンアミニウムヘキサフルオロホスフェート、(2)を得た(35.4g、収率99%)。H NMR(400MHz,アセトニトリル-d)δ 3.12(s,12H).19F NMR(400MHz,アセトニトリル-d):δ ppm単位= -69.57及び-70.83
4-(アジド(モルホリノ)メチレン)モルホリニウムヘキサフルオロホスフェート(4b)(n008のために有用)の合成
Figure 2023526975001057
丸底フラスコ中の市販の4-[クロロ(モルホリニウム-4-イリデン)メチル]モルホリンクロリド 4a(41.2g、0.115mole、1.0当量)に、アセトニトリル(115mL)を加えた。溶液に、アジ化ナトリウム(11.2g、0.172mole、1.5当量)を加えた。混合物を室温で1時間撹拌した。反応の完了後、反応混合物をセライトパッドに通して濾過した。ケーキをアセトニトリル(3×40mL)で洗浄した。濾液を回収し、溶媒を減圧下で除去して、粗生成物を得た。残渣を、1:1トルエン:アセトン(160mL)中で溶解させ、結晶化の形成のために冷凍庫中に一晩置いた。化合物を濾過により回収し、真空下で乾燥させて、4-(アジド(モルホリノ)メチレン)モルホリニウムヘキサフルオロホスフェート、4bを得た(27g、収率64%)。H NMR(400MHz,アセトニトリル-d)δ 3.86 - 3.71(m,4H),3.65 - 3.58(m,2H),2.34(br.s,8H).19F NMR(400MHz,アセトニトリル-d):δ ppm単位= -71.98及び-73.80.
2-クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(WV-015A)(n029のために有用)の合成
Figure 2023526975001058
1-(プロパ-2-イン-1-イル)イミダゾリジン-2-オン(2):クロロ-2-イソシアナトエタン1(100g、947.66mmol)を、THF(1000mL)中のプロパ-2-イン-1-アミン(プロパルギルアミン、57.42g、1.04mol、1.0当量)の撹拌溶液に0℃で加えた。溶液を20℃まで温め、NaH(39.80g、995.05mmol、純度60%、0.99当量)を加え、混合物を3時間撹拌した。TLCは、プロパ-2-イン-1-アミンが完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応を酢酸(50.0mL)でクエンチし、THFを減圧下で除去し、残渣を水400mLで希釈し、酢酸エチル900mL(300mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、酢酸エチル/ヘキサンからの結晶化により精製して、白色固体として1-(プロパ-2-イン-1-イル)イミダゾリジン-2-オン(2)を得た(89g、収率75.65%)。
メチル-3-(プロパ-2-イン-1-イル)イミダゾリジン-2-オン(3):THF(900mL)中の1-(プロパ-2-イン-1-イル)イミダゾリジン-2-オン(2)(89g、716.93mmol、1.0当量)の溶液に、NaH(57.35g、1.43mol、純度60%、2.0当量)を0℃で加え、15分後にMeI(122.11g、860.32mmol)を加えた。混合物を0~20℃で2時間撹拌した。TLCは、化合物2が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、HO 500mLの添加によりクエンチし、続いてEtOAc 1500mL(500mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製して、黄色油として1-メチル-3-(プロパ-2-イン-1-イル)イミダゾリジン-2-オン(3)を得た(99g、粗製物)。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.6。
1-(4-(ジメチルアミノ)ブタ-2-イン-1-イル)-3-メチルイミダゾリジン-2-オン(4):ジオキサン(1000mL)中の1-メチル-3-(プロパ-2-イン-1-イル)イミダゾリジン-2-オン(3)(99g、716.53mmol、1.0当量)の溶液に、CuCl(92.22g、931.48mmol、1.3当量)、パラホルムアルデヒド(20g、2.53mmol)及びN-メチルメタンアミン(84.80g、752.35mmol、純度40%、1.05当量)を加えた。混合物を55℃で6時間撹拌した。LCMSは、所望の質量が検出されたことを示した。500gのNaCOを、反応混合物に加え、続いて1時間撹拌し、混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮した。残渣を、RP-MPLC(DAC-150 Agela C18、450ml/分、5~25% 40分;25~25% 40分)により精製して、粗製の混合物を得た。粗製物を、カラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル/メタノール=1/0~5/1)により精製して、黄色油として1-(4-(ジメチルアミノ)ブタ-2-イン-1-イル)-3-メチルイミダゾリジン-2-オン(4)を得た(50g、収率35.74%)。LCMS(M+H+):196.2;TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1)、Rf=0.4。
1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチルイミダゾリジン-2-オン(4A):EtOH(500mL)中の1-(4-(ジメチルアミノ)ブタ-2-イン-1-イル)-3-メチルイミダゾリジン-2-オン(4)(30g、153.64mmol、1.0当量)、Ni(10g)の混合物を、脱気し、Hで3回パージし、続いて混合物をH雰囲気下(15psi)にて80℃で12時間撹拌した。LCMSは、化合物4が完全に消費され、所望の質量を有する1つのメインピークが検出されたことを示した。混合物をセライトパッドに通して濾過し、濾液を減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、ジクロロメタン:メタノール=1/0~0/1)により精製して、黄色油として1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチルイミダゾリジン-2-オン(4A)を得た(30g、粗製物)。LCMS(M+H+):200.3 TLC(DCM:MeOH=5:1、Rf=0.2)。
クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(5A):トルエン(50mL)中の1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチルイミダゾリジン-2-オン(4A)(15g、75.27mmol、1.0当量)の溶液に、(COCl)(191.06g、1.51mol)を加え、混合物を65℃で12時間撹拌した。LCMSは、所望の質量が検出されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、15℃でのACN 100mLからの再結晶により精製して、褐色固体として2-クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(5A)を得た(10g、収率52.27%)。LCMS(M+H+):218.3。
クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(WV-015A)。DCM(50mL)及びHO(30mL)中の2-クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(5A)(9.75g、38.36mmol、1.0当量)の溶液に、カリウム;ヘキサフルオロホスフェート(7.06g、38.36mmol、1.0当量)を15℃で加えた。反応混合物を15℃で1時間撹拌した。大多数の固体を沈殿させて、反応混合物を形成する。反応混合物を濾過し、濾塊をDCM(30mL×2)で洗浄し、減圧下で濃縮して、10gの粗製物を得た。粗製物を、200mLのHOに加え、濾過し、濾塊は所望の化合物2-クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(WV-015A)(8.2g、収率58.75%)であった。
2-アジド-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(WV-015A)。乾燥丸底フラスコ(500mL)中の2-クロロ-1-(4-(ジメチルアミノ)ブチル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(WV-015A)(5.5g、15.1mmol、1.0当量)の溶液に、乾燥アセトニトリル(300mL)を加え、0℃まで冷却した。溶液に、アジ化ナトリウム(1.18g、18.2mmol、1.2当量)を加え、2時間撹拌した。TLCは、反応の完了を示した。反応混合物をセライトパッドに通して濾過した。濾液を減圧下で蒸発させて、粗製の化合物を得た。MS(ESI)371.31(M+1)
ブタン-1-スルホニルアジド(WLS-05)(n020のために有用)の合成
Figure 2023526975001059
ブタン-1-スルホニルアジド(WLS-05):水(95mL)中のアジ化ナトリウム(15.56g、0.24mol)の溶液に、アセトン(320mL)中のブタン-1-スルホニルクロリド(25g、0.16mol)の溶液をアルゴン雰囲気下にて0℃で1時間滴下して加えた。反応混合物を室温にし、3時間撹拌した。反応の完了後(TLCによるモニタリング)、アセトンを減圧下で除去し、反応混合物をEtOAc(100mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗生成物を、EtOAc:ヘキサンを使用するシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、淡褐色油として化合物ブタン-1-スルホニルアジド(WLS-05)(23.53g、90%)を得た。TLC移動相の詳細:ヘキサン中の10% EtOAC。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.32(m,2H,CH),1.91(m,2H,CH),1.51(m,2H,CH),0.99(t,J=7.3Hz,3H,CH).MS:CSに関するm/z計算値([M+Na])、186.18;実測値 186.15。IR(KBr)=2135cm-1
6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサン-1-スルホニルアジド(WLS-06)(n021のために有用)の合成
Figure 2023526975001060
2,2,2-トリフルオロ-N-(6-ヒドロキシヘキシル)アセトアミド(WLS-06b):MeOH(375mL)中の6-アミノヘキサノール(50g、0.43mol)及びトリエチルアミン(148.6mL、1.06mol、2.5当量)の混合物を0℃まで冷却した。アルゴン雰囲気下で20分間かけてトリフルオロ酢酸無水物(83mL、0.59mol)を滴下して加え、反応物を室温まで温め、4時間撹拌し、濃縮し、粗生成物を、EtOAc:ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、白色固体として化合物2,2,2-トリフルオロ-N-(6-ヒドロキシヘキシル)アセトアミド(WLS-06b)(87.57g、96%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 6.67(s,1H,NH),3.64(t,J=6.5Hz,2H,CH),3.36(m,2H,CH),1.69(s,1H,OH),1.59(m,4H,2 x CH),1.39(m,4H,2 x CH).MS:C14NOに関するm/z計算値([M-H])、212.20;実測値 212.04。
6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキシルメタンスルホナート(WLS-06c):WLS-06b(50g、0.23mol)を、アルゴン雰囲気下でピリジン(500mL)中において溶解させた。次に、反応混合物を0℃まで冷却し、メシルクロリド(19mL、0.25mol)を40分間かけて滴下して加えた。その後、反応物を室温まで温めた。溶液を室温で2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を水(500mL)でクエンチし、EtOAc(3×300mL)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗生成物を、MeOH:DCMを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、白色固体として化合物WLS-06c(57.76g、85%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 6.71(s,1H,NH),4.23(t,J=6.4Hz,2H,CH),3.36(m,2H,CH),3.01(s,3H,CH),1.77(m,2H,CH),1.61(m,2H,CH),1.46(m,2H,CH),1.39(m,2H,CH).MS:C16NOSに関するm/z計算値([M+H])、292.29;実測値 292.17。
S-(6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキシル)エタンチオエート(WLS-06d):WLS-06c(74g、0.254mol)を、アルゴン雰囲気下で乾燥DMF(1480mL)中において溶解させた。次に、チオ酢酸カリウム(58.06g、0.509mol)を、反応混合物に室温で少量ずつ加えた(添加の後、ゴム質の液体が形成され、40分間撹拌した後、ゴム質の液体は透明な溶液に変換された)。反応混合物を室温で2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、RMを水(600mL)で希釈し、ジエチルエーテル(3×700mL)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc:ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油として化合物WLS-06d(62.26g、90%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 6.56(s,1H,NH),3.36(m,2H,CH),2.85(d,J=7.3Hz,2H,CH),2.33(s,3H,CH),1.59(m,4H,2 x CH),1.38(m,4H,2 x CH).MS:C1016NOSに関するm/z計算値([M-H])、270.30;実測値 270.17。
6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサン-1-スルホニルクロリド(WLS-06e):WLS-06d(24g、0.088mol)を、アルゴン雰囲気下で乾燥MeCN(432mL)中において溶解させた。次に、反応混合物を氷浴中において0℃まで冷却した。2NHCL(43.2mL)を15分間かけて滴下して加え、同じ温度で10分間10分間撹拌した。次に、N-クロロスクシンイミド(52.00g、0.390mol)を40分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物を室温まで温め、2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を水(200mL)で希釈し、炭酸水素ナトリウム飽和溶液により0℃でクエンチした。次に、ジエチルエーテル(3×300mL)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc:ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、化合物WLS-06e(23.75g、91%)を得た。TLC移動相の詳細:ヘキサン中の30% EtOAc。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 6.42(s,1H,NH),3.68(m,2H,CH),3.38(m,2H,CH),2.06(m,2H,CH),1.65(m,2H,CH),1.55(m,2H,CH),1.42(m,2H,CH).MS:C13ClFNOSに関するm/z計算値([M-H])、294.70;実測値 294.07。
6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサン-1-スルホニルアジド(WLS-06):WLS-06e(20g、0.078mol)を、アルゴン雰囲気下でMeCN(295mL)中において溶解させ、NaN(5.46g、0.084mol)を少量ずつ加えた。反応混合物を室温で2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を水(300mL)で希釈し、酢酸エチル(3×200mL)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、少量のDCM中において溶解させ、ヘキサンの滴下による添加によって沈殿させた。沈殿化合物を濾過し、ヘキサンで洗浄して、白色固体の化合物WLS-06(18.45g、90%)を得た。TLC移動相の詳細:ヘキサン中の30% EtOAc。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 6.33(s,1H,NH),3.36(m,4H,CH),1.94(m,2H,CH),1.64(m,2H,CH),1.52(m,2H,CH),1.42(m,2H,CH).MS:C13Sに関するm/z計算値([M-H])、301.27;実測値 301.08。19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -75.78.IR(KBr)=2147 cm-1
モルホリン-4-カルボニルアジド(WLS-08)の合成
Figure 2023526975001061
モルホリン-4-カルボニルクロリド(WLS-08b):トリホスゲン(8.57g、0.029mol)を、DCM(754mL)中で溶解させ、塩氷浴を使用して-5℃まで冷却し、続いてDCM(75mL)中のモルホリン(5.0g、0.057mol)及びトリエチルアミン(11.9mL、0.085mol)の溶液を、45分間かけて反応混合物にゆっくりと滴下して加えた。反応混合物を同じ温度でさらに1時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応混合物を水で洗浄し、DCMで抽出した。有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc-ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-08b(2.4g、28%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.73(s,6H,3 x CH),3.65(m,2H,CH).MS:CClNOに関するm/z計算値([M+H])、150.57;実測値 149.88。
モルホリン-4-カルボニルアジド(WLS-08):WLS-08b(6.7g、0.045mol)を、アルゴン雰囲気下でMeCN(100mL)中において溶解させ、NaN(3.78g、0.058mol)を0℃で加えた。反応混合物を0℃で3時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を水(200mL)で希釈し、ジエチルエーテル(300mL)、飽和炭酸ナトリウム(100mL)及び塩水(100mL)で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc-ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-08(4.20g、60%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.67(m,4H,2 x CH),3.56(m,2H,CH),3.45(t,J=4.9Hz,2H,CH).MS:Cに関するm/z計算値([M+H])、157.14;実測値 156.80。
ピペリジン-1-カルボニルアジド(WLS-09)の合成
Figure 2023526975001062
ピペリジン-1-カルボニルクロリド(WLS-09b):トリホスゲン(12.19g、0.041mol)を、DCM(525mL)中で溶解させ、塩氷浴を使用して-5℃まで冷却し、続いてピペリジン(7.00g、0.082mol)及びトリエチルアミン(22.97mL、0.164mol)の溶液を、45分間かけて反応混合物にゆっくりと滴下して加えた。反応混合物を同じ温度でさらに2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応混合物を水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物WLS-09b(11.5g)を、次の工程のために直接的に使用した。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。
ピペリジン-1-カルボニルアジド(WLS-09):粗製のWLS-09b(11.5g、0.078mol)を、アルゴン雰囲気下でMeCN(157mL)中において溶解させ、NaN(6.09g、0.094mol)を0℃で加えた。反応混合物を室温で16時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応混合物を水(200mL)で希釈し、ジエチルエーテル(300mL)、飽和炭酸ナトリウム(100mL)及び塩水(100mL)で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc-ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-09(4.42g、2工程で33%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.50(m,2H,CH),3.36(m,2H,CH),3.45(t,J=4.9Hz,2H,CH),1.59(m,6H,3 x CH).MS:C10Oに関するm/z計算値([M+H])、155.17;実測値 154.91。
ピロリジン-1-カルボニルアジド(WLS-10)の合成
Figure 2023526975001063
ピロリジン-1-カルボニルクロリド(WLS-10b):トリホスゲン(12.50g、0.042mol)を、DCM(450mL)中で溶解させ、塩氷浴を使用して-5℃まで冷却し、続いてピロリジン(6.00g、0.084mol)及びトリエチルアミン(23.56mL、0.168mol)の溶液を、20分間かけて反応混合物に滴下して加えた。反応混合物を同じ温度でさらに2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物WLS-10b(10.0g)を、次の工程のために直接的に使用した。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。
ピロリジン-1-カルボニルアジド(WLS-10):粗製のWLS-10b(10.0g、0.075mol)を、アルゴン雰囲気下でMeCN(137mL)中において溶解させ、NaN(5.84g、0.090mol)を0℃で加えた。反応混合物を6時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応混合物を水(200mL)で希釈し、ジエチルエーテル(300mL)、飽和炭酸ナトリウム(100mL)及び塩水(100mL)で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc-ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-10(6.00g、2工程で57%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.45(m,2H,CH),3.33(m,2H,CH),1.90(m,4H,2 xCH).MS:COに関するm/z計算値([M+H])、141.15;実測値 140.80。
4-(2,2,2-トリフルオロアセチル)ピペラジン-1-カルボニルアジド(WLS-11)の合成
Figure 2023526975001064
2,2,2-トリフルオロ-1-(ピペラジン-1-イル)エタン-1-オン(WLS-11b):トリフルオロ酢酸エチル(6.93mL、0.058mol)を、THF(50mL)中のピペラジン(5.0g、0.058mol)の懸濁液に窒素下にて室温で加え、60分間撹拌し、濃縮して溶媒を除去した。油性の残渣をエーテル中で溶解させ、濾過し、濾塊をエーテルで洗浄した。濾液を濃縮し、MeOH-DCMを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)カラムクロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-11b(6.51g、61%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。MS:COに関するm/z計算値([M+H])、183.15;実測値 182.65。
4-(2,2,2-トリフルオロアセチル)ピペラジン-1-カルボニルクロリド(WLS-11c):トリホスゲン(5.29g、0.018mol)を、DCM(487mL)中で溶解させ、塩氷浴を使用して-5℃まで冷却し、続いてWLS-11b(6.50g、0.036mol)及びトリエチルアミン(9.97mL、0.071mol)の溶液を、20分間かけて反応混合物にゆっくりと滴下して加えた。反応混合物を同じ温度でさらに1時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗製の化合物WLS-11c(8.1g)を、次の工程のために直接的に使用した。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。
4-(2,2,2-トリフルオロアセチル)ピペラジン-1-カルボニルアジド(WLS-11):粗製のWLS-11c(8.1g、0.033mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下でMeCN(111mL)中において溶解させ、NaN(2.58g、0.040mol)を0℃で加えた。反応混合物を2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応混合物を水(200mL)で希釈し、ジエチルエーテル(300mL)、飽和炭酸ナトリウム(100mL)及び塩水(100mL)で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc-ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-11(6.31g、2工程で70%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.65(m,6H,2 x CH),3.55(d,J=2.5Hz,2H,CH).MS:Cに関するm/z計算値([M+H])、252.17;実測値 252.00。
4-メチルピペラジン-1-カルボニルアジド(WLS-12)の合成
Figure 2023526975001065
メチルピペラジン-1-カルボニルクロリド(WLS-12b):トリホスゲン(7.40g、0.025mol)を、CHCl(750mL)中で溶解させ、塩氷浴を使用して-5℃まで冷却し、続いてCHCl(150mL)中のN-メチルピペラジン(5.00g、0.050mol)及びジイソプロピルエチライン(diisopropylethylaine)(17.38mL、0.100mol)の溶液を、30分間かけて反応混合物にゆっくりと滴下して加えた。反応混合物を同じ温度でさらに2時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、RMを水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物WLS-12b(8.0g)を、次の工程のために直接的に使用した。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。
メチルピペラジン-1-カルボニルアジド(WLS-12):粗製のWLS-12b(8.0g、0.049mol)を、アルゴン雰囲気下でMeCN(112mL)中において溶解させ、NaN(3.83g、0.059mol)を0℃で加えた。次に、反応混合物を3時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応混合物を水(200mL)で希釈し、ジエチルエーテル(300mL)、飽和炭酸ナトリウム(100mL)及び塩水(100mL)で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、EtOAc-ヘキサンを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、油としてWLS-12(3.60g、2工程で43%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.58(t,J=5.1Hz,2H,CH),3.46(t,J=5.1Hz,2H,CH),2.38(m,4H,2 x CH),2.30(s,3H,CH).MS:C11Oに関するm/z計算値([M+H])、170.19;実測値 169.81。
4-(6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-カルボニルアジド(WLS-13)の合成
Figure 2023526975001066
N-(tert-ブトキシカルボニル)-ピペラジン(WLS-13a:1-Boc-ピペラジン):ピペラジン(12g、139.3mmol)を、乾燥CHCl(240mL)中で溶解させ、溶液を0℃まで冷却した。反応混合物に、乾燥CHCl(160mL)中の二炭酸ジ-tert-ブチル(BocO)(15.2g、69.64mmol)の溶液を滴下して加えた(20分間かけて)。次に、反応混合物を室温で24時間撹拌した。反応の完了後、形成された沈殿物を濾別し、CHCl(2×40mL)で洗浄し、合わせた濾液を分離し、HO(3×80mL)、塩水(60mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗生成物を、CHCl:MeOHを使用するシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、白色固体として化合物WLS-13a(11.6g、45%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の20% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.32(t,J=4.8Hz,4H,2 x CH,),2.74(t,J=4.5Hz,3H,2 x CH),1.68(s,1H,NH),1.40(s,9H,3 x CH).MS:C19に関するm/z計算値([M+H])、187.25;実測値 187.04。
6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサン酸(WLS-13b):MeOH(80mL)中の6-アミノヘキサン酸(21g、0.160mol)及びトリエチルアミン(22.4mL、0.160mol)の溶液を、0℃まで冷却した。トリフルオロ酢酸無水物(24mL、0.192mol)を、アルゴン雰囲気下で20分間かけて滴下して加え、反応を室温にし、16時間撹拌した。反応の完了後、溶媒を蒸発させた。粗製の化合物を0℃まで冷却し、2NHCl(400mL)を滴下して加えた。添加の後、沈殿化合物を濾過して、白色化合物を得た。濾液から残りの化合物を取り出し、濾液はNaClで飽和した溶液であり、ジエチルエーテル(2×200mL)で抽出した。固体化合物はまた、ジエチルエーテル(200mL)中で溶解され、水(2×200mL)で洗浄された。合わせた有機層(固体及び濾液由来)を、硫酸ナトリウムで乾燥させ、蒸発させた。粗製の化合物を、少量のジエチルエーテル中で溶解させ、ヘキサンを滴下して加えることによって沈殿させた。沈殿化合物を濾過し、ヘキサンで洗浄して、白色固体として化合物WLS-13b(33.0g、91%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の10% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 12.00(s,1H,COOH),9.39(s,1H,NH),3.17(dd,J=13.1,6.9Hz,2H,CH),2.20(t,J=7.6Hz,2H,CH),1.50(m,4H,2 x CH),1.26(m,2H,CH).MS:C12NOに関するm/z計算値([M-H])、226.18;実測値 226.02。
4-(6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-カルボン酸tert-ブチル(WLS-13c)。
無水メチレンクロリド(375mL)中のWLS-13b(15.00g、0.066mol)及び1-ヒドロキシベンゾトリアゾール(9.72g、0.072mol)の溶液に、エチル3-(ジメチルアミノ)プロピルカルボジイミド、塩酸塩(13.8g、0.072)をアルゴン雰囲気下にて0℃で加えた。混合物を0℃で30分間撹拌した。次に、WLS-13a(12.3g、0.066mol)及びジイソプロピルエチルアミン(13.8mL、0.793mol)を加え、混合物は均一な溶液になった。反応混合物を0℃で3時間撹拌した。溶液を室温までゆっくりと温め、室温でさらに2時間撹拌した。反応の完了後(TLSモニタリング)、RMを0℃まで冷却し、氷冷水(400mL)でクエンチした。別々の有機層を5%炭酸水素ナトリウム溶液で洗浄した。(2×500mL)。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗生成物を、少量のCHCl中で溶解させ、ヘキサンを滴下して加えることにより沈殿させた。沈殿化合物を濾過し、ヘキサンで洗浄して、白色固体として化合物WLS-13c(33.0g、91%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 9.38(s,1H,NH),3.41(m,2H,CH),3.26(s,2H,CH),3.16(dd,J=13.0,6.8Hz,3H,CH,CH),2.30(t,J=7.5Hz,2H,CH),1.48(m,5H,CH,2 x CH),1.40(s,9H,3 x CH),1.28(m,4H,2 x CH).MS:C1728に関するm/z計算値([M-H])、394.42;実測値 394.33。
2,2,2-トリフルオロ-N-(6-オキソ-6-(ピペラジン-1-イル)ヘキシル)アセトアミド(WLS-13d):WLS-13c(18.30g、0.046mol)を、CHCl(725mL)中で溶解させ、アルゴン雰囲気下で0℃まで冷却した。次に、TFA:CHCl(1;1、181.3mL)溶液を、0℃で45分間かけて滴下して加えた。その後、反応混合物を室温にし、4時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、溶媒を、塩基トラップを使用して蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物を、15% MeOH:CHCl(100mL)中で溶解させ、0℃まで冷却し、飽和炭酸水素ナトリウム溶液(中性までのpH)でクエンチした。次に、400mLの水を加え、15% MeOH:CHCl(6×300mL、水層において生成物がなくなるまで抽出する)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、油として粗製のWLS-13d(12.82g)を得た。粗製の化合物を、次の反応のために直接的に使用した。TLC移動相の詳細:DCM中の10% MeOH。MS:C1220に関するm/z計算値([M-H])、294.31;実測値 294.17。
4-(6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-カルボニルクロリド(WLS-13e):無水THF(610mL)中のWLS-13d(12.2g、0.041mol)及びジイソプロピルエチルアミン(29.0mL、0.166mol)の溶液に、THF(190mL)中のトリホスゲン(triphsogene)(6.13g、0.021)溶液をアルゴン雰囲気下にて0℃で30分間かけて滴下して加えた。反応混合物を、同じ温度でさらに30分間撹拌した。反応混合物を室温にし、さらに3時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、反応塊を濾過し、固体をTHFで洗浄した。濾液を蒸発乾固させた。粗生成物を、CHCl(300mL)中で溶解させ、水(2×300mL)で洗浄した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、ヘキサン:酢酸エチルを使用するシリカゲル(100~200メッシュ)クロマトグラフィーにより精製して、淡黄色固体としてWLS-13e(6.5g、2工程で33%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の10% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 7.27(s,1H,NH),3.71(m,6H,3 x CH),3.58(d,J=15.9Hz,2H,CH),3.49(m,H,CH),3.39(m,2H,CH),2.37(t,2H,J=7.1Hz,CH),1.65(m,4H,2 x CH),1.39(m,2H,CH).MS:C1319ClFに関するm/z計算値([M-H])、356.76;実測値 355.98。
4-(6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-カルボニルアジド(WLS-13):水(8.2mL)中のアジ化ナトリウム(1.31g、0.020mol)の溶液に、アセトン(22.2mL)中のWLS-13e(6g、0.017mol)の溶液をアルゴン雰囲気下にて0℃で20分間かけて滴下して加えた。反応混合物を室温にし、3時間撹拌した。反応の完了後(TLCモニタリング)、アセトンを減圧下で除去した。次に、水を加え(100mL)、EtOAc(80mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、溶媒を減圧下で除去した。粗製の化合物を、EtOAc:ヘキサンを使用するシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、淡褐色油として化合物WLS-13(2.01g、33%)を得た。TLC移動相の詳細:DCM中の5% MeOH。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 7.00(s,1H,NH),3.60(m,4H,3 x CH),3.47(t,J=7.2Hz,4H,2 x CH),3.41(m,2H,CH),2.36(t,J=6.2Hz,2H,CH),1.65(m,4H,2 x CH),1.39(m,2H,CH).MS:C1319に関するm/z計算値([M-H])、363.33;実測値 355.98。
2-アジド-1-ブチル-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロ-ホスフェート(V)(WLS-43)
Figure 2023526975001067
化合物WLS-43bの調製:きれいな乾燥三口3リットル丸底フラスコ中に、エタン-1,2-ジアミン(1000mL、14.975mol、25.65当量)を磁性撹拌子とともに入れ、化合物WLS-43a(80g、0.584mol、1.0当量)を、添加漏斗を使用して0℃で滴下して加えた。添加を終えた後、反応混合物を25℃まで温め、さらに1時間静置した。次に、600mLのヘキサンを反応混合物に加え、25℃で16時間激しく撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。ヘキサン層を、分液漏斗を使用することにより分離し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下で蒸発乾固させて、無色油の粗製物として化合物WLS-43b(44.0g)を得た。粗製の化合物を、いずれのさらなる精製も伴わずに次の工程のために直接的に使用した。MS:C16に関するm/z計算値([M+H])、117.21;実測値 117.15。
化合物WLS-43cの調製:WLS-43b(44.0g、0.379mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。次に、440mLのTHFをRBFに加える。氷浴(0℃)中においてRBを冷却する。1,1’-カルボニルジイミダゾール(63.24g、0.390mol、1.03当量)を10分間で反応混合物に少量ずつ加える。反応混合物を15℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、溶媒を乾燥させ、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)上で精製した。生成物を、80%酢酸エチル:ヘキサン~EtOAcで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、無色油として35.02g(収率65%)のWLS-43cを得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.77(s,1H),3.45-3.48(m,4H),3.18(t,2H,J=7.6Hz),1.52-1.46(m,2H),1.34(td,2H,J=15.0Hz,7.3Hz),0.93(t,3H,J=7.6Hz).MS:C14Oに関するm/z計算値([M+H])、143.20;実測値 143.46。
化合物WLS-43dの調製:WLS-43c(30.0g、0.211mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル三口RBF中に入れた。次に、450mLの乾燥DMFを、出発材料を含有するRBFに加える。氷浴(温度0℃)中において反応混合物を冷却する。次に、60%のNaH(10.14g、0.253mol)を反応混合物に0℃にて20分間で少量ずつ加え、同じ温度で40分間撹拌する。次に、ヨウ化メチル(39.4mL、0.633mol)を15分の期間で0℃にて反応混合物に滴下して加える。次に、反応混合物を室温にし、2時間撹拌する。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷浴中で0℃まで冷却し、氷冷水(1リットル)でクエンチした。次に、酢酸エチル2×800mLで抽出した。有機層を氷冷水(2×1000mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮乾固させた。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、10%~40% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、白色固体として18.0g(収率55%)のWLS-43dを得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.28(s,4H),3.18(t,2H,J=7.3Hz),2.78(s,3H),1.51-1.44(m,2H),1.38-1.30(m,2H),0.93(t,3H,J=7.3Hz).MS:C16Oに関するm/z計算値([M+H])、157.23;実測値 157.48。
化合物WLS-43eの調製:WLS-43d(30.0g、0.192mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル一口丸底フラスコ中に入れた。次に、300mLの乾燥トルエンを、出発材料を含有するRBFにアルゴン雰囲気下で加える。その後、添加漏斗を使用して塩化オキサリル(247.0mL、2.880mol)を室温にて30分間で滴下して加える。次に、反応混合物を65℃まで72時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒を蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物をトルエン(200mL)と共蒸発させ、冷酢酸エチル:ヘキサン(70:30、2×1000mL)、ジエチルエーテル:ヘキサン(20:80、1000mL)で洗浄し、乾燥させて、褐色半固体として34.0gの粗製のWLS-43eを得た。粗製の化合物を、いずれのさらなる精製も伴わずに次の工程のために直接的に使用した。MS:C16Clに関するm/z計算値([M-Cl])、175.68;実測値 176.89。
化合物WLS-43fの調製:WLS-43e(29.0g、0.137mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1L一口丸底フラスコ中に入れ、アルゴン雰囲気下にて290mLのDCM中で溶解させた。次に、KPFの水溶液(25.28g、0.137mol、188mLの水中)を加えた。反応混合物を室温で2時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM)、反応混合物を氷水中に注ぎ、DCM(2×400mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。次に、残渣をDCM中で溶解させ、生成物を、撹拌下でのジエチルエーテルの滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させた。上の沈殿手順をさらに2回繰り返して、白色固体として35.0g(収率80%)のWLS-43fを得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.14-4.04(m,4H),3.53(t,2H,J=7.6Hz),3.23(s,3H),1.67-1.61(m,2H),1.41-1.35(m,2H),0.96(t,3H,J=7.2Hz).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.18及び-74.70.
化合物WLS-43の調製:WLS-43f(39.5g、0.123mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1L一口丸底フラスコ中に入れ、アルゴン雰囲気下にて200mLの乾燥MeCN中で溶解させた。次に、アジ化ナトリウム(12.01g、0.185mol、1.5当量)をRMに少量ずつ加え、室温で4時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(20mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物を最小量のMeCN中で溶解させ、ジエチルエーテル(500mL)を-78で滴下して加えることによって沈殿させた。上の沈殿手順をさらに2回繰り返して、淡黄色固体として38.0g(収率94%)のWLS-43を得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.98-3.94(m,2H),3.89-3.85(m,2H),3.40(t,2H,J=7.6Hz),3.20(s,3H),1.64-1.59(m,2H),1.35(td,2H,J=15.0Hz,J=7.3Hz),0.95(t,3H,J=7.6Hz).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.49及び-75.01.MS:C16Pに関するm/z計算値([M-PF)、182.25;実測値 182.17。IR(KBrペレット):N(2174cm-1)。
2-アジド-1,3-ジブチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-44)
Figure 2023526975001068
化合物WLS-44bの調製:きれいな乾燥二口500mL丸底フラスコにおいて、WLS-44a(20.0g、0.232mol、1.0当量)を磁性撹拌子とともに入れ、DMF(200mL)を加えることにより溶解させた。次に、氷浴を使用することによりRBFを0℃まで冷却する。その後、水素化ナトリウム(18.58g、0.465mol、2.0当量)を0℃にて40分間で少量ずつ加える。反応混合物を0℃で30分間撹拌する。次に、添加漏斗を使用することにより0℃にて20分間でブロモブタン(100mL、0.927mol、4.0当量)を滴下して加え、2時間撹拌する。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が形成されたことを示した(TLC-30% EtOAc:ヘキサン、TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷に注ぎ、酢酸エチル(100mL×2)で抽出し、有機層を氷冷水(1000mL×2)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、15%~30% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、黄色液体として40.0g(収率87%)のWLS-44bを得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.27(s,4H),3.17(t,4H,J=7.4Hz),1.44-1.51(m,4H),1.33(dt,4H,J=22.5Hz,7.2Hz)0.93(t,6H,J=7.4Hz).
化合物WLS-44cの調製:WLS-44b(40.0g、0.202mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。次に、400mLの乾燥トルエンを、SMを含有するRBFにアルゴン雰囲気下で加える。その後、添加漏斗を使用して塩化オキサリル(309.0mL、3.603mol、17.86当量)を30分間で滴下して加える。次に、反応混合物を65℃まで72時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒をロータリーエバポレーター上で蒸発させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物をジエチルエーテル(2×500mL)、冷酢酸エチル(2×400mL)、及び30%の酢酸エチル:ヘキサン(1000mL)で洗浄した。洗浄後、溶媒を捨て、高真空で乾燥させて、褐色のゴム質の液体として50.0gの粗製のWLS-44cを得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.32(s,4H),3.65(t,4H,J=7.4Hz),1.65-1.72(m,4H),1.38(dt,4H,J=22.5Hz,7.4Hz),0.97(t,6H,J=7.4Hz).MS:C1122Clに関するm/z計算値([M-Cl])、217.76;実測値 217.07。
化合物WLS-44dの調製:WLS-44c(50.0g、0.197mol、1.0)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル一口RBF中に入れた。400mLのDCMを、SMを含有するRBFにアルゴン雰囲気下で加える。次に、KPFの水溶液(36.35g、0.197mol、1.0当量、200mLの水中)を加えた。反応混合物を室温で1時間撹拌する。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を氷水(400mL)中に注ぎ、DCM(2×500mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。次に、残渣をDCM(15mL)中で溶解させ、生成物を、撹拌下でのジエチルエーテル(600mL)の滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させた。上の沈殿手順をさらに1回繰り返して、白色固体として54.0g(収率75%)のWLS-44dを得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.10(s,4H),3.54(t,4H,J=7.6Hz),1.62-1.68(m,4H),1.36(td,4H,J=15.0Hz,7.3Hz),0.96(t,6H,J=7.2Hz).
化合物WLS-44の調製:WLS-44d(50.0g、0.138mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル一口RBF中に入れた。250mLの乾燥MeCNを、SMを含有するRBFにアルゴン雰囲気下で加える。次に、アジ化ナトリウム(13.44g、0.207mol、1.5当量)を、10分間で少量ずつ加えた。反応混合物を室温で2.5時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(50mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物を、乾燥氷及びメタノール浴を使用して-20℃まで冷却し、続いてヘキサンを加え、しばらくしてから、化合物は固体を形成し、続いてヘキサンを捨て、固体を高真空で乾燥させて、淡黄色固体として39.0g(収率77%)のWLS-44を得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.91(s,4H),3.43(t,4H,J=7.7Hz),1.60-1.67(m,4H),1.36(dt,4H,J=22.4Hz,7.4Hz),0.95(t,6H,J=7.4Hz).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.10及び-74.99.MS:C1122Pに関するm/z計算値([M-PF)、224.33;実測値 224.20。IR(KBrペレット):N(2173cm-1
2-アジド-1-ヘキシル-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロ-ホスフェート(V)(WLS-45)の合成
Figure 2023526975001069
化合物WLS-45bの調製:きれいな乾燥三口3リットル丸底フラスコ中に、エタン-1,2-ジアミン(1133mL、16.972mol、28.0当量)を磁性撹拌子とともに入れ、化合物WLS-45a(100g、0.606mol、1.0当量)を、添加漏斗を使用して0℃で滴下して加えた。添加を終えた後、反応混合物を25℃まで温め、さらに1時間静置した。次に、600mLのヘキサンを反応混合物に加え、25℃で16時間激しく撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。ヘキサン層を、分液漏斗を使用することにより分離し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下で蒸発乾固させて、無色油の粗製物として化合物WLS-45b(60.0g)を得た。粗製の化合物を、いずれのさらなる精製も伴わずに次の工程のために直接的に使用した。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 2.82-2.79(m,2H),2.66(t,2H,J=5.9Hz),2.60(t,2H,J=7.2Hz),1.52-1.45(m,2H),1.36-1.27(m,9H),0.89(t,3H,J=6.9Hz).MS:C20に関するm/z計算値([M+H])、145.26;実測値 145.00。
化合物WLS-45cの調製:WLS-45b(60.0g、0.416mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル一口RBF中に入れた。次に、600mLのTHFをRBFに加える。氷浴(0℃)中においてRBを冷却する。1,1’-カルボニルジイミダゾール(69.46g、0.428mol、1.03当量)を10分間でRMに少量ずつ加える。反応混合物を15℃で16時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を濾過し、濾塊をTHF(100mL)で洗浄した。濾液を乾燥させ、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)上で精製した。生成物を、80%酢酸エチル:ヘキサン~EtOAcで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、無色油として58.0g(収率82%)のWLS-45cを得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.84(s,1H),3.41(s,4H),3.17(t,2H,J=7.6Hz),1.49(q,2H,J=7.1Hz),1.30(d,6H,J=15.0Hz,2.1Hz),0.88(t,3H,J=7.6Hz).MS:C18Oに関するm/z計算値([M+H])、171.26;実測値 171.10。
化合物WLS-45dの調製:WLS-45c(48.0g、0.282mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル三口RBF中に入れた。次に、800mLの乾燥DMFを、SMを含有するRBFに加える。氷浴(温度℃)中においてRBを冷却する。次に、60%のNaH(8.13g、0.338mol、1.2当量)をRMに0℃にて20分間で少量ずつ加え、同じ温度で45分間撹拌する。次に、ヨウ化メチル(53mL、0.851mol、3.02当量)を30分の期間で0℃にて反応混合物に滴下して加える。次に、RMを室温にし、3時間撹拌する。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷浴中で0℃まで冷却し、氷冷水(200mL)でクエンチした。次に、酢酸エチル3×300mLで抽出した。有機層を氷冷水(2×500mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮乾固させた。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、40%~50% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、白色固体として36.4g(収率70%)のWLS-45dを得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.27(s,4H),3.17(t,2H,J=7.6Hz),2.78(s,3H),1.50-1.45(m,2H),1.29(s,7H),0.88(t,3H,J=6.9Hz).
化合物WLS-45eの調製:WLS-45d(43.0g、0.233mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル三口RBF中に入れた。次に、430mLの乾燥トルエンを、SMを含有するRBFにアルゴン雰囲気下で加える。その後、添加漏斗を使用して塩化オキサリル(300mL、3.498mol、15当量)を室温にて30分間で滴下して加える。次に、反応混合物を65℃まで72時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒を蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物を、DCM-ヘキサン(3回)を使用することにより沈殿させ、固体を高真空下で乾燥させて、油として48.0gの粗製のWLS-45eを得た。粗製の化合物を、いずれのさらなる精製も伴わずに次の工程のために直接的に使用した。MS:C1020Clに関するm/z計算値([M-Cl])、203.73;実測値 203.43。
化合物WLS-45fの調製:WLS-45e(48.0g、0.201mol、1.0当量)を、きれいな乾燥21L一口RBF中に入れ、アルゴン雰囲気下にて480mLのDCM中で溶解させた。次に、KPFの水溶液(36.95g、0.201mol、240mLの水中の1.0当量)を加えた。反応混合物を室温で2時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM)、反応混合物を氷水中に注ぎ、DCM(2×400mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。次に、残渣をDCM中で溶解させ、生成物を、撹拌下でヘキサンの滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させた。上の沈殿手順をさらに2回繰り返して、黄色固体として58.35g(収率83%)のWLS-45fを得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.14-4.03(m,4H),3.51(t,2H,J=7.6Hz),3.22(s,3H),1.64(q,2H,J=7.1Hz),1.31(d,6H,J=4.8Hz),0.89(t,3H,J=6.9Hz).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.16及び-74.68 MS:C1020ClFPに関するm/z計算値([M-Cl])、203.73;実測値 203.96。
化合物WLS-45の調製:WLS-45f(58.35g、0.167mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1L一口RBF中に入れ、アルゴン雰囲気下にて292mLの乾燥MeCN中で溶解させた。次に、アジ化ナトリウム(16.31g、0.251mol、1.5当量)をRMに少量ずつ加え、室温で3時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(200mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物を少量のMeCN中で溶解させ、ジエチルエーテルを加えて、ゴム質の液体を形成し、溶媒を捨て、化合物を乾燥させた。この手順を2回繰り返す。次に、ヘキサンをゴム質の液体に加え、-30℃で撹拌して、固体を得た。溶媒を捨て、固体を乾燥させて、淡黄色固体として55.0g(収率93%)のWLS-45を得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.97-3.92(m,2H),3.88-3.83(m,2H),3.37(t,2H,J=7.7Hz),3.19(s,3H),1.63-1.57(m,2H),1.31(s,6H),0.89(t,3H,J=6.7Hz).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.45及び-74.97.MS:C1020Pに関するm/z計算値([M-PF)、210.30;実測値 210.19。IR(KBrペレット):N(2173cm-1
2-アジド-1,3-ジヘキシル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-46)の合成
Figure 2023526975001070
化合物WLS-46bの調製:きれいな乾燥三口2リットル丸底フラスコ中に、エタン-1,2-ジアミン(1133mL、16.972mol、28.0当量)を磁性撹拌子とともに入れ、化合物WLS-46a(100g、0.606mol、1.0当量)を、添加漏斗を使用して0℃で滴下して加えた。添加を終えた後、反応混合物を25℃まで温め、さらに1時間静置した。次に、600mLのヘキサンを反応混合物に加え、25℃で16時間激しく撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。ヘキサン層を、分離漏斗を使用することにより分離した。再び300mLのヘキサンをアミン層に加え、4時間撹拌した。その後、ヘキサン層を分離し、前のヘキサン層と合わせ、硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下で蒸発乾固させて、粗製の無色液体として化合物WLS-46b(60g)を得た。MS:C20に関するm/z計算値([M+H])、145.26;実測値 145.00。
化合物WLS-46cの調製:WLS-46b(40.0g、0.277mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1リットル一口RBFに入れ、400mLのTHFを加えることにより溶解させた。氷浴(温度0℃)中においてRBを冷却する。1,1’-カルボニルジイミダゾール(45.13g、0.278mol、1.0当量)を15分間でRMに少量ずつ加える。反応混合物を15℃で16時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物をセライトパッドに通して濾過し、酢酸エチル(150mL)で洗浄した。合わせた濾液を蒸発乾固させ、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)を使用することにより精製した。生成物を、30%酢酸エチル:ヘキサン~酢酸エチルで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、白色固体として29.0g(収率61%)のWLS-46cを得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.84(s,1H),3.41(s,4H),3.17(t,2H,J=7.6Hz),1.49(q,2H,J=7.1Hz),1.30(d,6H,J=2.1Hz),0.87-0.90(m,3H).MS:C18Oに関するm/z計算値([M+H])、171.26;実測値 171.10。
化合物WLS-46dの調製:WLS-46c(29.0g、0.170mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1リットル二口RBFに入れ、464mLのDMFをアルゴン雰囲気下で加えることにより溶解させた。氷浴(温度0℃)中においてRBを冷却する。次に、NaH(8.18g、0.204mol、1.2当量)を0℃にて20分間でRMに少量ずつ加える。次に、ブロモヘキサン(71.56mL、0.512mol、3.0当量)を0℃にて30分の期間で反応混合物に滴下して加える。次に、RMを室温にし、3時間撹拌する。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-50% EtOAc:ヘキサン;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷浴中で0℃まで冷却し、氷冷水でクエンチした。次に、酢酸エチル(2×700mL)で抽出した。合わせた有機層を氷冷水(2×1000mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮乾固させた。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、10%~15% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、黄色液体として29.0g(収率67%)のWLS-46dを得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.27(s,4H),3.16(t,4H,J=7.6Hz),1.48(q,4H,J=7.1Hz),1.29(s,12H),0.88(t,6H,J=6.9Hz).MS:C1530Oに関するm/z計算値([M+H])、255.42;実測値 255.27。
化合物WLS-46eの調製:WLS-46d(29.0g、0.114mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1リットル二口RBFに入れ、240mLの乾燥トルエンをアルゴン雰囲気下で加えることにより溶解させた。次に、添加漏斗を使用して塩化オキサリル(146.5mL、1.708mol、15.0当量)を30分間で滴下して反応混合物に加える。次に、反応混合物を70℃まで64時間加熱した。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒を蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物を、最小量の酢酸エチル中で溶解させ、ヘキサンを滴下して加えることによって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を乾燥させた。上の沈殿手順をさらに1回繰り返して、褐色の半固体として34.0g(収率96%)のWLS-46eを得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.33(s,4H),3.65(s,4H),1.69(s,4H),1.30(d,12H,J=28.2Hz),0.90(t,6H,J=6.2Hz).
化合物WLS-46fの調製:WLS-46e(34.0g、0.110mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1リットル一口RBFに入れ、196mLのDCMをアルゴン雰囲気下で加えることにより溶解させた。次に、KPFの水溶液(20.20g、0.110mol、110mLの水中の1.0当量)を加えた。反応混合物を室温で1時間撹拌する。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を氷水中に注ぎ、DCM(2×400mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。次に、残渣をDCM(50mL)中で溶解させ、生成物を、撹拌下でのジエチルエーテル(500mL)の滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させた。上の沈殿手順をさらに1回繰り返して、淡褐色固体として37.0g(収率80%)のWLS-46fを得る。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.10(s,4H),3.54(t,4H,J=7.6Hz),1.65(q,4H,J=7.3Hz),1.32(d,12H,J=2.1Hz),0.88-0.91(m,6H).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -72.87及び-74.76.MS:C1530ClFPに関するm/z計算値([M-PF)、273.86;実測値 273.25。
化合物WLS-46の調製:WLS-46f(37.0g、0.088mol、1.0当量)を、きれいな乾燥1リットル一口RBF中に入れ、アルゴン雰囲気下にて185mLの乾燥MeCNを加えることにより溶解させた。次に、アジ化ナトリウム(8.61g、0.132mol、1.5当量)をRMに加え、室温で2.5時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(50mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物を、DCM(15mL)中で溶解させ、ヘキサン(500mL)を滴下して加えることにより沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させて、淡黄色固体として27.0g(収率72%)のWLS-46を得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.92(s,4H),3.45(t,4H,J=7.7Hz),1.64(q,4H,J=7.4Hz),1.31(s,12H),0.88-0.91(m,6H).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.13及び-75.02.MS:C1530Pに関するm/z計算値([M-PF)、280.44;実測値 280.26。IR(KBrペレット):N(2167cm-1)。
2-アジド-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-56)の合成
Figure 2023526975001071
1,3-ジエチルイミダゾリジン-2-オン(WLS-56B):DMF(300mL)中のイミダゾリジン-2-オン(WLS-56A)(20g、0.2325mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水素化ナトリウム(油中の60%分散体)(28g、0.696mol、3.0当量)を1時間かけて0℃で少量ずつ加え、さらに1時間撹拌した。その後、ヨウ化エチル(73.9mL、0.9808mol、4.0当量)を0℃で50分間かけて滴下して加えた。次に、反応混合物を室温にし、5時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応物を氷水(300mL)で希釈し、酢酸エチル(2×500mL)で抽出した。合わせた有機層を冷塩溶液(3×100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗製物を、30% EA/ヘキサン中で溶出されるシリカゲル(230~400メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、淡黄色油(21g、63%)を得た。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 3.28(s,4H),3.24(q,4H,J=7.3Hz),1.10(t,6H,J=7.2Hz).MS(ESI)143.15(M+1)
2-クロロ-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-56C):トルエン(360mL)中の1,3-ジエチルイミダゾリジン-2-オン(WLS-56B)(36g、0.2531mol)の溶液に、塩化オキサリル(325mL、3.796mol、15当量)をアルゴン下にて0℃で1時間かけて滴下して加えた。次に、混合物を70℃で70時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。反応物を減圧下で濃縮して、粗製の塊を得て、これをジエチルエーテル(2×200mL)で処理した。固体を沈殿させ、濾別し、ジエチルエーテル(3×30mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、(40g、粗製物)を得て、これをさらに精製することなく次の工程のために使用した。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.36(s,4H),3.73(q,4H,J=7.3Hz),1.35(t,6H,J=7.2Hz).MS(ESI)161.14(M-Cl)
2-クロロ-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-56D):DCM(400mL)中の2-クロロ-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-56C)(40g、0.2040mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水(200mL)中のKPF(37.54g、0.2040mol、1.0当量)の溶液を室温で50分間かけて滴下して加えた。上の反応混合物を室温で4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、DCM(3×80mL)で洗浄した。有機層を水(3×100mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。ゴム質の残渣をDCM(50mL)中で再溶解させ、予め冷却したジエチルエーテル(150mL)に撹拌下にて-78℃で滴下して加えた。茶色がかった固体を沈殿させた。固体を濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、所望の化合物2-クロロ-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-56D)(38g、60%)を得た。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.12(s,4H),3.65(m,4H),1.33(m,6H).MS(ESI)161.14(M-PF6)
2-アジド-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-56D):アセトニトリル(360mL)中の2-クロロ-1,3-ジエチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-56D)(WLS-56D)(36g、0.1176mol、1.0当量)の予め冷却した溶液に、アジ化ナトリウム(11.40g、0.1765mol、1.0当量)をN雰囲気下で20分間かけて少量ずつ加えた。上の反応混合物を室温で5時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、アセトニトリル(2×100mL)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発させて、ゴム質の塊を得た。残渣をDCM(45mL)中で再び溶解させ、撹拌下にて-78℃でジエチルエーテル(200mL)に滴下して加えた。固体を沈殿させ、濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、所望の化合物(30g、81%)を得た。1H NMR(400MHz,CDCl3):δ ppm単位= 3.93(s,4H),3.54(q,4H,J=7.3Hz),1.31(t,6H,J=7.4Hz).MS(ESI)168.23(M+).19F NMR(400MHz,CDCl3):δ ppm単位= -73.13及び-75.03.IR(KBrペレット):N(2175.31cm-1)。
2-アジド-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-57)の合成
Figure 2023526975001072
1,3-ジプロピルイミダゾリジン-2-オン(WLS-57B):DMF(225mL)中のイミダゾリジン-2-オン(15g、0.17mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水素化ナトリウム(20.9g、0.52mol.)を0℃で40分間かけて少量ずつ加え、1時間維持した。次に、1-ブロモプロパン(63.5mL、0.69mol、1.2当量)を、30分間かけて滴下して加え、室温で5時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応物を氷水(300mL)で希釈し、酢酸エチル(3×400mL)で抽出した。合わせた有機層を冷塩溶液(3×100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、真空下で濃縮した。粗製物を、30% EA/ヘキサン中で溶出されるシリカゲル(230~400メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、淡黄色油として1,3-ジプロピルイミダゾリジン-2-オン(WLS-57B)を得た(21g、71%)。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 3.21(s,4H),3.07(t,4H,J=7.6Hz),1.45(td,4H,J=14.8Hz,7.6Hz),0.83(t,6H,J=7.2Hz).MS(ESI)171.25(M+1)
2-クロロ-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-57C):トルエン(150mL)中の1,3-ジプロピルイミダゾリジン-2-オン(WLS-57B)(15g、0.088mol、1.0当量)の冷溶液に、塩化オキサリル(113mL、1.32mol.、15.0当量)をアルゴン雰囲気下にて30分間かけて滴下して加えた。上の混合物を70℃で72時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、反応物を減圧下で濃縮して、粗製の塊を得て、これをn-ヘキサン(3×75mL)で処理した後、ジエチルエーテル(2×100mL)で処理して、茶色がかった固体を得た。固体を真空下で乾燥させて(18g、粗製物)を得て、これをさらに精製することなく次の工程のために使用した。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.32(s,4H),3.61(t,4H,J=7.6Hz),1.76(td,4H,J=14.8Hz,7.6Hz),0.99(t,6H,J=7.6Hz).MS(ESI)189.18(M-Cl)
2-クロロ-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-57C):DCM(160mL)中の2-クロロ-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-57C)(16g、0.0714mol、1.0当量)の撹拌溶液に、80mLの水中のKPH(13.14g、0.0714mol.、1.0当量)の溶液を室温で30分間かけて加えた。上の反応混合物を3時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、ベッドをDCM(2×100mL)で洗浄した。合わせた有機層を水(3×100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、蒸発乾固させた。残渣を、DCM(30mL)中で再度溶解させ、続いて撹拌下でジエチルエーテル(200mL)を加えた。固体を沈殿させ、これを濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、赤みがかった固体として2-クロロ-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-57C)を得た(16g、67%)。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.11(s,4H),3.52(t,4H,J=7.6Hz),1.71(td,4H,J=15.1Hz,7.6Hz),0.97(t,6H,J=7.2Hz).MS(ESI)189.19(M-PF
2-アジド-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-57):アセトニトリル(110mL)中の2-クロロ-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-57D)(11g、0.032mol、1.0当量)の撹拌した冷溶液に、アジ化ナトリウム(3.2g、0.049mol.、1.5当量)を窒素下で20分間かけて少量ずつ加えた。上の反応混合物を3時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し;アセトニトリル(2×100mL)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発させて、粗製の塊を得た。残渣を、DCM(30mL)中で溶解させ、続いて撹拌下でジエチルエーテル(200mL)を加えた。固体を捨て、これを濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、茶色がかった固体として2-アジド-1,3-ジプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-57)を得た(10g、89%)。1H NMR(400MHz,CDCl3):δ ppm単位= 3.93(s,4H),3.42(t,4H,J=7.6Hz),1.70(td,4H,J=15Hz,7.6Hz),0.97(t,6H,J=7.4Hz).MS(ESI)196.25(M-PF6).19F NMR(400MHz,CDCl3):δ ppm単位= -73.3及び-74.8.IR(KBrペレット):N3(2175cm-1)。
2-アジド-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-58)の合成
Figure 2023526975001073
1,3-ジイソプロピルイミダゾリジン-2-オン(WLS-58B):トルエン(340mL)中のイミダゾリジン-2-オン(WLS-58B)(20g、0.23mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水酸化カリウム(52g、0.92mol.、4.0当量)、炭酸カリウム(6.41g、0.046mol.、0.2当量)及びテトラブチル塩化アンモニウム(3.22g、0.011mol.、0.05当量)をN雰囲気下にて室温で加えた。次に、2-ブロモプロパン(87.24mL、0.92mol.、4.0当量)をゆっくりと加えた。上の反応混合物を90℃で20時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物を氷水(200mL)で希釈し、DCM(2×400mL)で抽出した。合わせた有機相を塩水溶液(2×100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗製物を、30% EA/ヘキサン中で溶出されるシリカゲル(230~400メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、淡黄色シロップとして1,3-ジイソプロピルイミダゾリジン-2-オン(WLS-58B)を得た(18g、45%)。1H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.09(m,2H),3.17(s,4H),1.06(d,12H,J=6.7Hz)MS(ESI)171.24(M+1)
2-クロロ-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-58C):トルエン(100mL)中の1,3-ジイソプロピルイミダゾリジン-2-オン(WLS-58B)(15g、0.0588mol、1.0当量)の氷冷溶液に、塩化オキサリル(76.2mL、0.088mol.、15.0当量)をアルゴン雰囲気下にて30分間かけて滴下して加えた。上の混合物を70℃で72時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。その後、反応混合物を減圧下で濃縮して、粗製の塊を得て、これを40% EA/ヘキサン(3×75mL)で処理し、30分間撹拌した。次に、固体を沈殿させ、濾過し、ジエチルエーテル(2×50mL)で洗浄した。化合物を真空下で乾燥させて、茶色がかった固体として2-クロロ-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-58C)(13g、粗製物)を得て、これをさらに精製することなく次の工程において使用した。1H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.31(m,6H),1.41(d,12H,J=6.5Hz)MS(ESI)189.14(M-Cl)
2-クロロ-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-58D):DCM(200mL)中の2-クロロ-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-58C)(20g、0.0888mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水(100mL)中のKPHの溶液(16.3g、0.0888mol.、1.0当量)を30分間かけて滴下して加えた。上の反応混合物を4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、ベッドをDCM(2×130mL)で洗浄した。有機層を水(3×100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。残渣を、DCM(25mL)中で溶解させ、続いて撹拌下でジエチルエーテル(165mL)を加えた。沈殿した固体を濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、淡褐色固体として2-クロロ-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-58D)を得た(18g、61%)。1H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.29(m,2H),4.07(s,4H),1.37(d,12H,J=6.9Hz),MS(ESI)189.15(M-PF
アセトニトリル(180mL)中の2-アジド-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-58):2-クロロ-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-58D)(18g、0.032mol、1.0当量)の冷たい撹拌溶液に、アジ化ナトリウム(5.25g、0.080mol.、1.5当量)をN雰囲気下で20分間かけて少量ずつ加えた。上の反応混合物を4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、ベッドをアセトニトリル(2×100mL)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発させて、粗製物を得た。残渣を、DCM(25mL)中で溶解させ、続いて撹拌下でジエチルエーテル(150mL)を加えた。沈殿した固体を濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、茶色がかった固体として2-アジド-1,3-ジイソプロピル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-58)を得た(17g、92%)。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.18(m,2H),3.86(s,4H),1.33(d,12H,J=6.2Hz)MS(ESI)196.26(M-PF.19F NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= -72.86及び-74.37.IR(KBrペレット):N(2165 cm-1).
2-アジド-1,3-ジ((E)-ペンタ-2-エン-1-イル)-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロ-ホスフェート(V)(WLS-60)の合成
Figure 2023526975001074
化合物WLS-60a2の調製:WLS-60a1(41.60g、0.400mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥500mL二口RBF中に入れた。次に、41mLのピリジンを、SMを含有するRBFに加えた。プロピオンアルデヒド(30.23mL、0.519mol、1.3当量)を、添加漏斗を使用して反応混合物に滴下して加える。次に、反応混合物を還流下にて70℃で4時間加熱した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM)、反応混合物を室温で冷却した。pH<2まで50%HSOを加えた。水を加え、EtOAc(2×500mL)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させて、無色油として32.0g(収率80%)のWLS-60a2を得た。WLS-60a2を、いずれの精製も伴わずに次の反応のために直接的に使用した。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位=10.63(bs,1H),7.15(dt,1H,J=15.4Hz,6.4Hz),5.83(dt,1H,J=15.8Hz,1.7Hz),2.29-2.24(m,2H),1.09(t,3H,J=7.2Hz).
化合物WLS-60a3の調製:WLS-60a2(32.0g、0.320mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気できれいな乾燥500mL一口RBFに入れ、EtOH(73mL)に続いてトルエン(30mL)を加えた。氷浴中においてRBを冷却し、HSO(2.75mL)を加える。反応混合物を100℃で20時間加熱した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM)、反応混合物を室温で冷却した。揮発性物質を蒸発させた。残渣をDCM(2×600mL)で抽出し、飽和NaHCO(500mL)溶液に続いて水(500ml)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で乾燥させて、淡黄色油として31.0g(収率76%)のWLS-60a3を得た。WLS-60a3を、いずれの精製も伴わずに次の反応のために直接的に使用した。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 7.08-6.98(m,1H),5.81(dt,1H,J=15.7Hz,1.7Hz),4.21-4.15(m,2H),2.26-2.15(m,2H),1.28(t,3H,J=7.1Hz),1.076(t,3H,J=7.4Hz).
化合物WLS-60a4の調製:水素化リチウムアルミニウム(12.18g、0.321mol、1.87当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル二口RBF中に入れた。次に、366mLの乾燥ジエチルエーテルを加え、0℃まで冷却した。次に、AlCl(15.15g、0.114mol,0.66当量、611mLのエーテル中)を、50分間かけてRBFに滴下して加えた。添加の完了後、室温にし、30分間撹拌した。0℃まで再度冷却し、WLS-60a3(22.00g 0.172mol、1.0当量)を20分間かけて滴下して加えた。反応混合物を室温にし、1時間撹拌した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM、PMAチャーリング)、反応混合物を0℃まで冷却する。次に、20% NaOH溶液(70mL)で反応混合物をクエンチし、45分間撹拌する。残渣をエーテル(2×600mL)で抽出し、水(500ml)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で乾燥させて、淡黄色油として12.0g(収率81%)のWLS-60a4を得た。WLS-60a4を、いずれの精製も伴わずに次の反応のために直接的に使用した。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.77-5.72(m,1H),5.66-5.60(m,1H),4.09(t,2H,J=5.9Hz),2.09-2.04(m,2H),1.00(t,3H,J=7.6Hz).
化合物WLS-60a5の調製:WLS-60a(12.00g、0.139mol、1.0当量)を、240mLのエーテル中においてアルゴン雰囲気下できれいな乾燥500mL二口RBFに入れ、0℃まで冷却し、PBr(15.9mL、0.167mol、1.2当量)を20分間かけて滴下して加えた。反応混合物を室温まで温め、4時間撹拌した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM)、反応混合物を0℃まで冷却する。次に、氷水で注意深くクエンチし(70mL)、ジエチルエーテル(2×150mL)で抽出し、水(300ml)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で乾燥させて、無色油として11.0g(収率53%)のWLS-60a5を得た。WLS-60a5を、いずれの精製も伴わずに次の反応のために直接的に使用した。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.82(dt,1H,J=15.1Hz,6.2Hz),5.71-5.65(m,1H),3.96(d,2H,J=7.6Hz),2.12-2.06(m,2H),1.01(m,3H).
化合物WLS-60bの調製:きれいな乾燥二口500mL丸底フラスコにおいて、WLS-60a(10.0g、0.116mol、1.0当量)を磁性撹拌子とともに入れ、DMF(150mL)を加えることにより溶解させた。次に、氷浴を使用することによりRBFを0℃まで冷却する。水素化ナトリウム(9.29g、0.232mol、3.0当量)を0℃で30分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物を0℃で30分間撹拌する。次に、WLS-60a5(60.12g、0.403mol、3.47当量)を、0℃にて20分間で添加漏斗を使用することにより滴下して加え、反応混合物を5時間撹拌した。TLCによるそのモニタリングは、出発材料が消費され、生成物が形成されたことを示した(TLC-50% EtOAc;ヘキサン、TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷に注ぎ、酢酸エチル(500mL×2)で抽出し、有機層を氷冷水(500mL×2)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、15%~20% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、黄色液体として18.4g(収率71%)のWLS-60bを得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.69-5.62(m,2H),5.41-5.33(m,2H),3.74(dd,4H,J=6.5,J =1.1Hz),3.22(s,4H),2.08- 2.00(m,4H),0.99(t,6H,J=7.4Hz).
化合物WLS-60cの調製:WLS-60b(25.0g、0.112mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル二口RBF中に入れた。次に、アルゴン雰囲気下で350mLの乾燥トルエンを加えた。添加漏斗を使用して塩化オキサリル(144mL、1.679mol、14.93当量)を室温にて45分間で滴下して加えた。反応混合物を65℃まで72時間加熱した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒を、ロータリーエバポレーター上で蒸発させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物を、ヘキサン(2×500mL)で洗浄し、洗浄後、溶媒を捨て、高真空で乾燥させて、褐色のゴム質の液体として31.0gの粗製のWLS-60cを得た。WLS-60cを、いずれの精製も伴わずに次の工程のために直接的に使用した。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.97-5.92(m,2H),5.48-5.33(m,4H),4.23(s,6H),2.17- 2.03(m,4H),1.01(t,6H,J=7.4Hz).MS:C1322Cl に関するm/z計算値[M-Cl]、計算値 241.78;実測値 241.21。
化合物WLS-60dの調製:WLS-60c(31.0g、0.112mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル一口RBF中に入れた。アルゴン雰囲気下で310mLのDCMを加えた。次に、KPFの水溶液(20.58g、0.112mol、1.0当量、124mLの水中)を加えた。反応混合物を室温で2.5時間撹拌した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を氷水(400mL)中に注ぎ、DCM(2×500mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。残渣をDCM(15mL)中で溶解させ、生成物を、撹拌下でのジエチルエーテル(2×500mL)の滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させた。上の沈殿手順をさらに1回繰り返して、灰色固体として39.0g(収率90%)のWLS-60dを得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.92-5.86(m,2H),5.42-5.36(m,2H),4.11(d,4H,J=6.9Hz),4.02(s,4H),2.13- 2.07(m,4H),1.01(t,6H,J=7.6Hz).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -72.96,-74.48.
化合物WLS-60の調製:WLS-60d(39.0g、0.101mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。アルゴン雰囲気下で390mLの乾燥MeCNを加えた。アジ化ナトリウム(9.84g、0.151mol、1.5当量)を、10分間で少量ずつ加えた。反応混合物を室温で3時間撹拌した。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(40mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物をエーテル及びヘキサンで洗浄して、褐色のゴム質の液体を得て、これを高真空で乾燥させて、褐色のゴム質の液体として32.0g(収率81%)のWLS-60を得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ = 5.89-5.84(m,2H),5.44-5.40(m,2H),4.04(d,4H,J=5.5Hz),3.87(s,4H),2.13- 2.08(m,4H),1.01(q,6H,J=7.1Hz).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.22及び-74.74.MS:C1322Pに関するm/z計算値([M-PF)、248.35;実測値 248.80。IR(KBrペレット):N(2170cm-1
2-アジド-1,3-ジ((Z)-ペンタ-2-エン-1-イル)-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロ-ホスフェート(V)(WLS-61)の合成
Figure 2023526975001075
化合物WLS-61a2の調製:WLS-61a1(19.00g、0.221mol、1.0当量)を、380mLの乾燥エーテル中においてアルゴン雰囲気下できれいな乾燥1L二口RBFに入れ、0℃まで冷却し、PBr(25.2mL、0.265mol、1.2当量)を20分間かけて滴下して加えた。反応混合物を室温にし、4時間撹拌した。反応の完了後(TLC-30% EtOAc:ヘキサン;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を0℃まで冷却する。次に、氷水で注意深くクエンチし(70mL)、ジエチルエーテル(2×500mL)で抽出し、水(300ml)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で乾燥させて、無色油として24.0g(収率73%)のWLS-61a2を得た。WLS-60a2を、いずれの精製も伴わずに次の反応のために直接的に使用した。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.74-5.66(m,1H),5.63-5.57(m,1H),4.00(d,2H,J=8.2Hz),2.20-2.09(m,2H),1.02(t,3H,J=7.6Hz).
化合物WLS-61bの調製:きれいな乾燥二口500mL丸底フラスコにおいて、WLS-61a(5.0g、0.058mol、1.0当量)を磁性撹拌子とともに入れ、DMF(100mL)を加えることにより溶解させた。次に、氷浴を使用することによりRBFを0℃まで冷却する。水素化ナトリウム(4.64g、0.116mol)を0℃にて30分間で少量ずつ加えた。反応混合物を0℃で30分間撹拌する。次に、WLS-61a2(21.63g、0.145mol、2.5当量)を、滴下漏斗を使用することにより0℃にて30分間で滴下して加え、反応混合物を0℃で30分間及び室温で3時間撹拌した。TLCによるそのモニタリングは、出発材料が消費され、生成物が形成されたことを示した(TLC-30% EtOAc:ヘキサン、TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷に注ぎ、酢酸エチル(1000mL×2)で抽出し、有機層を氷冷水(1200mL×2)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、5%~10% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、黄色液体として9.69g(収率75%)のWLS-61bを得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.63-5.56(m,2H),5.36-5.29(m,2H),3.84(dt,4H,J=7.1,J =0.6Hz),3.23(s,4H),2.15- 2.07(m,4H),0.98(t,6H,J=7.5Hz).MS:C1322Oに関するm/z計算値([M+H])、223.33;実測値 223.37。
化合物WLS-61cの調製:WLS-61b(30.0g、0.135mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥2リットル三口RBF中に入れた。次に、アルゴン雰囲気下で300mLの乾燥トルエンを加えた。添加漏斗を使用して塩化オキサリル(173.6mL、2.024mol、15.0当量)を室温にて30分間で滴下して加えた。反応混合物を65℃まで72時間加熱した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒を、ロータリーエバポレーター上で蒸発させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物を、ヘキサン(2×500mL)で洗浄し、洗浄後、溶媒を捨て、高真空で乾燥させて、褐色のゴム質の液体として38.0gの粗製のWLS-61cを得た。WLS-61cを、いずれの精製も伴わずに次の工程のために直接的に使用した。MS:C1322Cl に関するm/z計算値[M-Cl]、計算値 241.78;実測値 241.27。
化合物WLS-61dの調製:WLS-61c(37.0g、0.133mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル一口RBF中に入れた。アルゴン雰囲気下で370mLのDCMを加えた。次に、KPFの水溶液(24.57g、0.133mol、1.0当量、148mLの水中)を加えた。反応混合物を室温で3時間撹拌した。反応の完了後(TLC-10% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を氷水(400mL)中に注ぎ、DCM(2×500mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。残渣をDCM(40mL)中で溶解させ、生成物を、撹拌下でのジエチルエーテル(1000mL)の滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させた。上の沈殿手順をさらに1回繰り返して、灰色固体として48.0g(収率93%)のWLS-61dを得る。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.92-5.79(m,2H),5.44-5.33(m,2H),4.21(d,4H,J=7.6Hz),4.03(s,4H),2.16-2.09(m,4H),1.01(t,6H,J=7.2Hz).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.12,-74.64.MS:C1322ClFに関するm/z計算値[M-Cl]、計算値 241.78;実測値 241.18。
化合物WLS-61の調製:WLS-61d(48.0g、0.124mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。アルゴン雰囲気下で480mLの乾燥MeCNを加えた。アジ化ナトリウム(12.103g、0.186mol、1.5当量)を、10分間で少量ずつ加えた。反応混合物を室温で2.5時間撹拌した。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(40mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物を、DCM(100mL)中で溶解させ、エーテル及びヘキサンを-78℃で加えることにより沈殿させ、溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させて、褐色固体として28.0g(収率57%)のWLS-61を得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ =5.80-5.75(m,2H),5.43-5.36(m,2H),4.12(d,4H,J=6.9Hz),3.86(s,4H),2.13- 2.08(m,4H),1.00(q,6H,J=7.1Hz).19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.26及び-74.78.MS:C1322Pに関するm/z計算値([M-PF)、248.35;実測値 248.24。IR(KBrペレット):N(2171cm-1
2-アジド-1,3-ビス(2-メトキシエチル)-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロ-ホスフェート(V)(WLS-64)の合成
Figure 2023526975001076
1,3-ビス(2-メトキシエチル)イミダゾリジン-2-オン(WLS-64B):DMF(20mL)中のイミダゾリジン-2-オン(WLS-64A)(20g、0.23mol、1.0当量)の溶液に、水素化ナトリウム(28g、0.69mol.、3.0当量)を40分間かけて70℃で少量ずつ加え、同じ温度で2時間撹拌した。次に、DMF(60mL)中の2-クロロエチルメチルエーテル(63.9mL、0.69mol、3.0当量)の溶液を、30分間かけて滴下して加えた。上の混合物を70℃で3時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応物を水(300mL)で希釈し、酢酸エチル(2×500mL)で抽出した。合わせた有機層を冷塩溶液(3×100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗製物を、80% EA/ヘキサン中で溶出されるシリカゲル(60~120メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、無色油として1,3-ビス(2-メトキシエチル)イミダゾリジン-2-オン(WLS-64B)を得た(29g、62%)。1H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.52(t,4H,J=5.2Hz)),3.42(s,4H),3.37(t,4H,J=5.3Hz),3.35(s,6H).MS(ESI)203.21(M+1)
2-クロロ-1,3-ビス(2-メトキシエチル)-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムクロリド(WLS-64C):トルエン(150mL)中の(WLS-64B)(15g、0.074mol、1.0当量)の冷溶液に、塩化オキサリル(95mL、1.1138mol.、15.0当量)をアルゴン雰囲気下にて25分間かけて滴下して加えた。上の混合物を70℃で72時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応混合物を減圧下で濃縮して、粗製の化合物を得た。粗製物を、0℃にてn-ヘキサン(2×100mL)及び40% EA/ヘキサン(3×100mL)で処理した。固体沈殿物が0℃で観察され、続いて溶媒を捨て、化合物を真空下で乾燥させて、茶色がかったゴム質のシロップ(17g、粗製物)を得て、これをさらに精製することなく次の工程のために使用した。1H NMR(400MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.38(d,4H,J=18.6Hz),3.89(t,4H,J=4.9Hz)3.66(t,4H,J=4.9Hz),3.39(s,6H).MS(ESI)221.19(M-Cl)+.
2-クロロ-1,3-ビス(2-メトキシエチル)-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-64D):DCM(140mL)中の(WLS-64C)(14g、0.0544mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水(70mL)中のKPH(10g、0.0544mol.、1.0当量)の溶液を室温で30分間かけて滴下して加えた。上の反応混合物を室温で4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、DCM(3×100mL)で洗浄した。有機層を水(2×100mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。残渣をDCM(15mL)中で溶解させ、続いてジエチルエーテル(125mL)を加え、-78℃に冷却した。沈殿した固体を濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、真空下で乾燥させて、褐色固体(25g、64%)を得た。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.21(td,4H,J=10.8Hz,5.3Hz),3.78(m,4H),3.62(q,4H,J=5.5Hz),3.38(d,6H,J=2.8Hz).MS(ESI)221.18(M-PF6)+.
2-アジド-1,3-ビス(2-メトキシエチル)-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-64):アセトニトリル(125mL)中の(WLS-64D)(12.5g、0.034mol、1.0当量)の冷溶液に、アジ化ナトリウム(3.32g、0.051mol.、1.5当量)をN2雰囲気下で20分間かけて少量ずつ加えた。上の反応混合物を室温で4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、ベッドをアセトニトリル(2×80mL)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発させて、粗製の塊を得た。残渣をDCM(25mL)中で再度溶解させ、続いてジエチルエーテル(150mL)を加え、-60℃まで冷却し、40分間撹拌した。固体を沈殿させ、これを濾過し、エーテル(2×50mL)で洗浄し、高真空下で乾燥させて、茶色がかったゴム質の塊(11g、86%)を得た。1H NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= 3.98(s,4H),3.64(q,4H,J=4.4Hz),3.59(dt,4H,J=14.2Hz,5.3Hz),3.40(d,6H,J=8.3Hz).MS(ESI)228.25(M-PF6)+.19F NMR(500MHz,CDCl3):δ ppm単位= -72.95及び-74.46.IR(KBrペレット):N3(2173cm-1)。
アジド-1-メチル-4-(6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキシル)-3,4-ジヒドロ-2H-ピロール-1-イウムヘキサ-フルオロホスフェート(V)(WLS-66)の合成
Figure 2023526975001077
(WLS-66B)の合成:1,4-ジオキサン(650mL、13vol.)中の(WLS-66A)(50g、0.58mol、1.0当量)の溶液に、水素化ナトリウム(27.18g、0.67mol.、1.17当量)を0℃で30分間かけて少量ずつ加え、65℃で3時間さらに撹拌した。次に、ヨードメタン(63.8mL、1.07mol、1.8当量)を0℃で45分間かけて滴下して加えた。反応混合物を室温にし、16時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応物をセライトベッドに通して濾過し、DCM(2×100mL)で洗浄した。濾液を減圧下で濃縮して、粗製の化合物を得て、これを、2% MeOH/DCM中で溶出されるシリカゲル(230~400メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、灰白色固体として(WLS-66B)を得た(18g、31%)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 5.10(s,1H),3.41(m,4H),2.79(s,3H).MS(ESI)101.01(M+1)
(WLS-66C)の合成:DMF(350mL、25vol.)中の(WLS-66B)(14g、0.1398mol、1.0当量)の撹拌溶液に、水素化ナトリウム(60%)(8.38g、0.2097mol.、1.5当量)をアルゴン雰囲気下にて0℃で30分間かけて少量ずつ加えた。反応混合物に、DMF(70ml、5vol.)中の臭化アルキル(58.71g、0.2097mol、1.5当量)の溶液を1時間かけて滴下して加えた。次に、混合物をさらに3時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応物を氷水(300mL)で希釈し、酢酸エチル(3×400mL)で抽出し、NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗製物を、2% MeOH/DCMで溶出されるシリカゲル(230~400メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、淡黄色油として(WLS-66C)を得た(16.5g、39%)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.55(s,1H),3.27(s,4H),3.17(t,2H,J=7.2Hz),3.09(t,2H,J=5.9Hz),2.78(s,3H),1.50(q,4H,J=7.3Hz),1.44(s,9H),1.32(m,4H).MS(ESI)300.33(M+1)
(WLS-66D)の合成:DCM(180mL、10vol.)中の(WLS-66C)(18g、0.06012mol、1.0当量)の撹拌溶液に、トリフルオロ酢酸(23.1mL、0.3006mol.、5.0当量)を0℃で滴下して加えた。上の反応混合物を室温で6時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、反応混合物を減圧下で蒸発させ、トルエンと共蒸留させ、乾燥させて、黄色がかったゴム質の塊(20g、粗製物)を得て、これをさらに精製することなく次の工程のために使用した。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 7.65(d,2H,J=36.6Hz),3.21(s,4H),3.04(t,2H,J=7.1Hz),2.77(m,2H),2.63(s,3H),1.52(m,2H),1.42(m,2H),1.28(m,4H).MS(ESI)200.25(M+1)
(WLS-66E)の合成:DCM(300mL)中の(WLS-66D)(20g、0.06410mol、1.0当量)の冷たい撹拌溶液に、トリエチルアミン(26.87mL、0.1923mol.、3.0当量)を30分間かけて滴下して加えた。次に、トリフルオロ酢酸エチル(11.48mL、0.09615mol.、1.5当量)を15分間かけて滴下して加えた。上の反応混合物を室温で16時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応物を氷水(100mL)で希釈し、DCM(3×100mL)で抽出し、続いてNaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、90% EA/ヘキサンで溶出されるシリカゲル(100~200メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、灰白色固体のとして(WLS-66E)を得た(9.9g、56%、2工程)。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 7.43(s,1H),3.33(q,2H,J=6.5Hz),3.29(t,4H,J=3.6Hz),3.20(t,2H,J=6.8Hz),2.77(s,3H),1.59(m,2H),1.51(m,2H),1.41(m,2H),1.30(m,2H).MS(ESI)296.3(M+1)
(WLS-66F)の合成:トルエン(120mL、10vol.)中の(WLS-66E)(12g、0.0405mol、1.0当量)の冷溶液に、塩化オキサリル(52.6mL、0.6089mol.、15当量)をアルゴン雰囲気下にて20分間かけて滴下して加えた。上の混合物を70℃で72時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。上の反応混合物を減圧下で濃縮して、粗製の化合物を得て、これをジエチルエーテル(2×60mL)で処理し、溶媒を捨て、続いて真空下で乾燥させて、褐色の塊として(WLS-66F)を得て(16g、粗製物)、これをさらに精製することなくさらなる工程のために使用した。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 11.30(s,1H),4.30(t,4H,J=6.9Hz),3.66(m,4H),3.32(d,3H,J=5.5Hz),1.80(m,4H),1.42(m,4H).MS(ESI)314.31(M+1)
(WLS-66G)の合成:アセトニトリル(62.5mL)中の(WLS-66F)(5g、0.0142mol、1.0当量)の冷たい撹拌溶液に、固体KPH(3.41g、0.0185mol.、1.3当量)を10分間かけて少量ずつ加えた。上の反応混合物を室温で4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、アセトニトリル(2×20mL)で洗浄した。濾液を減圧下で蒸発させて、粗製の化合物を得た。残渣を、アセトニトリル(5mL)中で再度溶解させ、続いてジエチルエーテル(60mL)により-78℃で処理し、溶媒を捨て、真空下で乾燥させて、茶色がかったゴム質の塊として(WLS-66G)を得た(4g、粗製物)。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.13(s,4H),3.62(m,4H),3.26(s,3H),1.64(m,4H),1.41(d,4H,J=15.8Hz).MS(ESI)314.26(M+1)
(WLS-66G)の合成:アセトニトリル(480mL)中の(WLS-66G)(48g、0.1044mol、1.0当量)の冷たい撹拌溶液に、アジ化ナトリウム(10.18g、0.1566mol.、1.5当量)を20分間かけて少量ずつ加えた。上の反応混合物を室温で4時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。次に、混合物をセライトベッドに通して濾過し、アセトニトリル(2×100mL)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発させて、粗製の化合物を得た。残渣をアセトニトリル(25mL)中で溶解させ、続いてジエチルエーテル(200mL)を加え、-78℃に冷却した。固体は沈殿せず、溶媒を捨て、真空下で乾燥させて、茶色がかったゴム質の液体を得た(44g)。H NMR(500MHz,DMSO-D6):δ ppm単位= 9.43(s,1H),3.81(ddd,4H,J1=23.1Hz,J2=15.5Hz,J3=4.5Hz)),3.34(t,4H,J=6.9Hz),3.13(s,3H),1.51(m,4H),1.28(s,4H).MS(ESI)321.34(M+1)19F NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= -69.325及び-70.837.IR(KBrペレット):N(2169.53cm-1)。
(WLS-66A2)の合成:(WLS-66A1)(40g、0.3413mol、1.0当量)に、水性HBr(47%)(118mL、1.0239mol.、3.0当量)を0℃で30分間かけて滴下して加えた。上の反応混合物を110℃で24時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。溶媒を真空下で蒸発させて、淡黄色の半固体として化合物(WLS-66A2)を得て(80g)、これをさらに精製することなく次の工程のために使用した。H NMR(500MHz,CDCl3)):δ ppm単位= 7.90(s,2H,-NH2),3.42(q,2H,J=7.1Hz),3.09(q,2H,J=6.4Hz),1.87(m,4H),1.51(m,4H).MS(ESI)180.15(M,M+2)
(WLS-66A3)の合成:DCM(800mL、10vol.)中の(WLS-66A2)(80g、0.3065mol、1.0当量)の冷たい撹拌溶液に、トリエチルアミン(95.5mL、0.6743mol.、2.2当量)を20分間かけて滴下して加えた。次に、Boc無水物(187ml、0.8582mol.、2.8当量)を、45分間かけて滴下して加えた。混合物を室温にし、16時間撹拌した。反応の進行をTLCによりモニターした。混合物をDCM(500mL)で希釈し、水(4×200mL)で洗浄した。有機層をNaSOで乾燥させ、真空下で蒸発させて、粗製の化合物を得た。残渣を、8% EA/ヘキサンで溶出されるシリカゲル(230~400メッシュ)上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、淡黄色シロップとして(WLS-66A3)を得た(57g、59%、2工程)。H NMR(400MHz,CDCl3):δ ppm単位= 4.55(s,1H,-NH),3.40(t,2H,J=6.8Hz),3.11(q,2H,J=6.4Hz),1.83(m,2H),1.49(m,13H),1.34(m,2H).MS(ESI)280.24(M+)
2-アジド-1-((4Z,7Z)-デカ-4,7-ジエン-1-イル)-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WV-RA-016A)の合成
Figure 2023526975001078
化合物2Cの調製:THF(1500mL)中の化合物2A(76g、903.51mmol)の溶液に、TosCl(206.70g、1.08mol)及びKOH(76.04g、1.36mol)を加えた。混合物を0℃で4時間撹拌した。TLCは、化合物2Aが完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、不溶物と濾別し、濾液を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~2/1)により精製した。化合物2C(210g、収率97.53%)を、黄色油として得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.4。
化合物2の調製:DCM(800mL)中の化合物1(72.8g、865.47mmol)の溶液にDIEA(257.27g、1.99mol)を0℃で加えた後、MOMCl(143.89g、1.79mol)を滴下して加えた。混合物をN下にて0℃で2時間撹拌した。TLCは、化合物1が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。飽和NHCl溶液(1000mL)を加え、層を分離し、水性混合物をさらにDCM(2*500mL)で抽出した。合わせた有機画分を乾燥させ(NaSO)、溶媒を真空中で除去した。化合物2(70g、収率63.11%)を、無色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=4.61(s,2H),3.61(t,J=6.2Hz,2H),3.35(s,3H),2.30(dt,J=2.7,7.0Hz,2H),1.94(t,J=2.6Hz,1H),1.80(quin,J=6.6Hz,2H).TLC:石油エーテル:酢酸エチル=2:1、Rf=0.6。
化合物3の調製:テトラブチルアンモニウム;塩化物(33.83g、121.71mmol)、二ナトリウム;炭酸塩(64.50g、608.57mmol)及びヨード銅(77.27g、405.72mmol)をそれぞれ細かく粉砕し、無水物を乾燥DMF(1000mL)中において0℃で撹拌しながら懸濁させた。その後、化合物2(52g、405.72mmol)を一度に全て加え、20分間撹拌を維持した。化合物2C(116.02g、486.86mmol)を滴下して加え、懸濁液をN下にて40℃で12時間撹拌した。TLCは、化合物2が消費され、1つの新たなメインスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、飽和NHCl 500mL、HO 500mLで希釈し、酢酸エチル(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、飽和塩水 500*2mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~5/1)により精製した。化合物3(24g、収率30.45%)を、黄色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=4.62(s,2H),3.60(t,J=6.3Hz,2H),3.36(s,3H),3.11(quin,J=2.3Hz,2H),2.28(tt,J=2.3,7.0Hz,2H),2.17(tq,J=2.3,7.5Hz,2H),1.77(quin,J=6.7Hz,2H),1.11(t,J=7.5Hz,3H).TLC:石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.8。
化合物4の調製:ヘキサン(90mL)及びEtOAc(30mL)の混合溶媒中の化合物3(11g、56.62mmol)の溶液に、キノリン(146.27mg、1.13mmol)及びリンドラー触媒(11.69g、5.66mmol、純度10%)をH雰囲気下(15psi)で加えた。混合物を15℃で12時間撹拌した。TLCは、化合物3が完全に消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。2個のバッチの反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~10/1)により精製した。化合物4(17g、収率75.70%)を、無色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=5.57-5.17(m,4H),4.69-4.58(m,2H),3.56-3.50(m,2H),3.38-3.36(m,3H),2.86-2.65(m,2H),2.22-2.05(m,4H),1.74-1.60(m,2H),1.02-0.92(m,3H).TLC:石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.8。
化合物5の調製:HCl(6M、142.88mL)を、MeOH(150mL)中の化合物4(17g、85.73mmol)の撹拌溶液に加えた。混合物を70℃で2時間撹拌した。TLCは、化合物4が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を1M NaOHでpH約7までクエンチし、続いてEtOAc(3×200mL)で抽出し、合わせた有機層を塩水(200mL)で洗浄し、乾燥させ(NaSO)、濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~1/1)により精製した。化合物5(9g、収率68.06%)を、黄色液体として得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.3。
化合物6の調製:NBS(20.77g、116.69mmol)を、DCM(300mL)中のPPh(30.61g、116.69mmol)の氷冷溶液にN下で少量ずつ加えた。混合物を0℃で15分間撹拌し、続いてDCM(50mL)中の化合物5(9g、58.35mmol)の溶液をゆっくりと加えた。混合物を氷浴中において2時間及び15℃でさらに3時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.9)は、化合物5が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物をHO(100mL)でクエンチし、CHCl(3×200mL)で抽出した。合わせた有機層を真空下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~3/1)により精製した。化合物6(10g、46.05mmol、収率78.93%)を、無色液体として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=5.58-5.21(m,4H),3.47-3.37(m,2H),2.88-2.68(m,2H),2.23(td,J=7.4,14.9Hz,2H),2.13-2.06(m,2H),1.98-1.89(m,2H),1.04-0.92(m,3H).TLC:石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.9。
化合物7の調製:ヘキサン(50mL)中の化合物6(9.5g、43.75mmol)の溶液に、エタン-1,2-ジアミン(78.38g、1.30mol)を0℃で加えた。混合物を0~15℃で5時間撹拌した。TLCは、化合物6が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。混合物を減圧下で濃縮した。化合物7(8.59g、粗製物)を無色油として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0)。
化合物8の調製:THF(90mL)中の化合物7(8.59g、43.75mmol)及びCDI(7.09g、43.75mmol)の溶液を15℃で12時間撹拌した。TLCは、化合物7が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~1/0)によ精製して、4.4gの粗製物を得た。次に、粗製物を、逆相HPLC(カラム:Welch Xtimate C18 250*70mm#10um;移動相:[水(10mM NHHCO)-ACN];B%:45%~65%、20分)により精製した。化合物8(2.5g、収率25.70%)を、黄色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=5.53-5.18(m,4H),3.41(s,4H),3.25-3.13(m,2H),2.82-2.62(m,2H),2.14-2.05(m,3H),2.02(br d,J=3.6Hz,1H),1.65-1.50(m,2H),1.02-0.89(m,3H).TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.25。
化合物9の調製
Figure 2023526975001079
DMF(20mL)中の化合物8(2.1g、9.45mmol)の溶液に、NaH(1.13g、28.34mmol、純度60%)を0℃で加え、反応物を0.5時間撹拌し、続いてMeI(6.70g、47.23mmol)を上の反応混合物に加え、15℃で2時間撹拌した。TLCは、化合物8が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、HO(50mL)の15℃での添加によりクエンチし、酢酸エチル(30mL*3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物9(2.23g、9.44mmol、収率100.00%)を、無色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=5.61-5.13(m,4H),3.31-3.25(m,4H),3.23-3.15(m,2H),2.82-2.70(m,5H),2.15-1.98(m,4H),1.63-1.50(m,2H),1.02-0.92(m,3H).TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.4。
化合物10の調製:Tol.(20mL)中の化合物9(2g、8.46mmol)の混合物を、脱気し、Nで3回パージし、続いて混合物に(COCl)(10.74g、84.62mmol)を加え、N雰囲気下にて65℃で24時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。LCMSは、所望の質量が検出されたことを示した。次に、混合物を真空中で濃縮した。化合物10(2.46g、粗製物、Cl)を、黒褐色油として得た。LCMS(M+H):255.2 TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、R=0。
化合物WV-RA-016の調製:CAN(30mL)中の化合物10(2.4g、8.24mmol、粗製物、Cl)の溶液にカリウム;ヘキサフルオロホスフェート(1.52g、8.24mmol)を加えた。混合物を15℃で2時間撹拌した。大多数の固体が沈殿されて、反応混合物を形成する。反応混合物を濾過し、濾塊をDCM(30mL*2)で洗浄し、有機層を濃縮した。粗製物をEtOAc 20mLで希釈し、HO(10mL*3)で抽出した。有機層を減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物WV-RA-016(3.3g、収率97.70%、PF6)を、褐色固体として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=5.59-5.14(m,4H),3.23-3.18(m,4H),3.08-2.98(m,2H),2.79-2.66(m,2H),2.62(s,3H),2.10-1.98(m,4H),1.52-1.40(m,2H),0.96-0.87(m,3H).19F NMR(376MHz,DMSO-d)δ=-69.19(s,1F),-71.08(s,1F).31P NMR(162MHz,DMSO-d)δ=-135.42(s,1P),-139.81(s,1P),-144.19(s,1P),-148.59(s,1P),-152.98(s,1P).LCMS(M+H):255.2、LCMS純度:97.77%純度。
化合物WV-RA-016 Aの調製:ACN(3mL)中のWV-RA-016(100mg、249.52umol PF6)の溶液に、NaN(20mg、307.65umol)を加えた。混合物を0℃で30分間撹拌した。LCMSは、脱-N質量が検出されたことを示した。混合物をセライトパッドに通して濾過し、濾液を真空中で濃縮した。残渣を、2mL CHCN中で溶解させ、溶液をエーテルに注いで、沈殿物を形成し、濾過し、固体が所望のものであり、有機相を2M NaOHでpH約13に調整し、続いてNaClO(aq.)20mLの添加によりクエンチした。化合物WV-RA-016A(80mg、粗製物、PF6)を、褐色油として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=5.57-5.06(m,3H),3.80-3.48(m,4H),3.39-3.30(m,3H),3.27-3.15(m,2H),2.87-2.72(m,3H),2.12-1.90(m,4H),1.64-1.37(m,2H),1.00-0.83(m,4H).19FNMR(376MHz,DMSO-d)δ=-69.22(s,1F),-71.11(s,1F).31PNMR(162MHz,DMSO-d)δ=-135.42(s,1P),-139.81(s,1P),-144.19(s,1P),-148.59(s,1P),-152.98(s,1P).LCMS(M -N):234.3.
2-アジド-1-ドデシル-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(WV-DL-045)の合成
Figure 2023526975001080
化合物2の調製:一口丸底フラスコにおいて、エタン-1,2-ジアミン(337.59g、5.62mol)を磁性撹拌子とともに入れ、化合物1(50g、200.62mmol)を0℃でゆっくりと加えた。添加を終えた後、反応混合物を25℃まで温め、さらに1時間静置した。300mLのヘキサンを反応混合物に加え、これを25℃で12時間激しく撹拌した。LCMSは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示し、ヘキサン層を捨て、減圧下で乾燥させて、無色油として粗製の化合物2(123g)を得た。LCMS:(M+H)229.2。
化合物3の調製:並行した2個のバッチ。THF(630mL)中の化合物2(61.5g、269.25mmol)及びCDI(43.66g、269.25mmol)の溶液を、15℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示した。粗製の反応混合物(126gスケール)を、さらなる精製のために別の2個のバッチの粗生成物(123gスケール)及び(84gスケール)に合わせた。合わせた粗生成物を、石油エーテル:酢酸エチル(10/1~1/12)で溶出するシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィーにより精製して、白色固体として生成物3(95g、収率65.09%)を得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1)Rf1=0.50。
化合物4の調製:並行した6個のバッチ。DMF(650mL)中の化合物3(40g、157.23mmol)の溶液に、NaH(7.55g、188.67mmol、純度60%)を0℃で加え、反応物を0.5時間撹拌した。次に、CHI(66.95g、471.68mmol)を上の反応混合物に加え、25℃で3時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が得られたことを示した。反応混合物を、HO(1000mL)の25℃での添加によりクエンチし、酢酸エチル(1000mL*3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1/2)により精製して、黄色油として生成物4(232g、粗製物)を得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=3.25-3.17(m,4H),3.09(t,J=7.3Hz,2H),2.70(d,J=1.6Hz,3H),1.45-1.36(m,2H),1.28-1.14(m,19H),0.85-0.76(m,3H).TLC(石油エーテル :酢酸エチル=0:1)Rf1=0.5。
化合物5の調製:Tol.(250mL)中の化合物4(30g、111.76mmol、1eq.)の混合物を、脱気し、Nで3回パージし、続いて混合物に、塩化オキサリル(212.78g、1.68mol、146.75mL、15eq.)を加え、N雰囲気下にて65℃で72時間撹拌した。LCMSは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。次に、混合物を真空中で濃縮した。白色固体を、冷却されたEtOAc(100mL*2)により洗浄し、続いて固体を真空中で濃縮して、白色固体として生成物5(20g、粗製物)を得た。LCMS:M、287.3。
化合物WV-DL-044の調製:DCM(46mL)及びHO(26mL)中の化合物5(8g、24.74mmol)の溶液に、ヘキサフルオロリン酸カリウム(4.55g、24.74mmol)を25℃で加えた。反応混合物を25℃で1時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、所望の生成物が得られたことを示した。濾液をHO(10mL*2)で洗浄し、白色固体が所望の化合物であった。白色固体として生成物WV-DL-044(6.5g、収率60.69%、F6P)を得る。生成物を、分析及び送達のために別の2個のバッチの生成物(2.5g)、及び(2.55g)と合わせた。最終的に、11.5gの生成物が得られた。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)R=0.0。
脂質アジドWV-DL-045の調製:2.2gのWV-DL-044及び495mgのNaNを、丸底フラスコに加えた。乾燥ACNを加えて、懸濁液を形成し、室温で2.5時間撹拌した。反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、CANで洗浄した。濾液を、ロータリーエバポレーター(rotovap)上で乾燥させ、続いて最小量のACN中で再溶解させ、溶液をジエチルエーテルで沈殿させて、1.75gのふわふわした白色固体を得た。H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 3.87(dd,J=12.1,8.1Hz,1H),3.81 - 3.75(m,1H),3.29(t,J=7.8Hz,1H),3.12(s,2H),1.57 - 1.50(m,1H),1.22(s,3H),1.19(s,6H),0.84 - 0.78(m,2H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ 154.76,77.29,77.07,76.86,49.38,47.03,46.52,33.13,31.90,29.61,29.61,29.54,29.42,29.34,29.05,26.97,26.47,22.68,14.11.
2-アジド-1-ヘキサデシル-3-メチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V)(WLS-41)の合成
Figure 2023526975001081
化合物WLS-41bの調製:きれいな乾燥二口2リットル丸底フラスコ中に、エタン-1,1-ジアミン(306mL、4.585mol、28.0当量)を磁性撹拌子とともに入れ、化合物WLS-41a(50g、0.164mol、1.0当量)を、添加漏斗を使用して0℃で滴下して加えた。添加を終えた後、反応混合物を25℃まで温め、さらに1時間静置した。次に、300mLのヘキサンを反応混合物に加え、25℃で16時間激しく撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。ヘキサン層を、分離漏斗を使用することにより分離した。300mLのヘキサンをアミン層に再び加え、室温で4時間撹拌した。その後、ヘキサン層を分離し、前のヘキサン層と合わせ、硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下で蒸発乾固させて、粗製の無色液体として化合物WLS-41b(48g)を得た。MS:C1840に関するm/z計算値([M+H])、285.53;実測値 285.38。
化合物WLS-41cの調製:WLS-41b(48.0g、0.169mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。次に、491mLのTHFをRBFに加える。氷浴(0℃)中においてRBを冷却する。1,1’-カルボニルジイミダゾール(28.17g、0.174mol、1.03)を10分間でRMに少量ずつ加える。反応混合物を15℃で12時間撹拌した。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、生成物が形成されたことを示した(TLC-10% MeOH:EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、溶媒を乾燥させ、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)上で精製した。生成物を、50% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、白色固体として37.1g(収率71%)のWLS-41cを得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 4.33(s,1H),3.40-3.43(m,4H),3.17(t,2H,J=7.4Hz),1.50(t,2H,J=7.0Hz),1.25-1.30(m,28H),0.88(d,3H,J=13.6Hz).MS:C1938Oに関するm/z計算値([M+H])、311.53;実測値 311.42。
化合物WLS-41dの調製:WLS-41c(29.0g、0.093mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。次に、471mLの乾燥DMFを、SMを含有するRBFに加える。氷浴(温度0℃)中においてRBを冷却する。次に、60%のNaH(4.48g、0.112mol、1.20当量)をRMに0℃にて15分間で少量ずつ加え、同じ温度で30分間撹拌する。次に、ヨウ化メチル(17.4mL、0.281mol、3.0当量)を15分の期間で0℃にて反応混合物に滴下して加える。次に、RMを室温にし、3時間撹拌する。TLCは、反応が完了され、出発材料が消費され、新たなスポットが形成されたことを示した(TLC-EtOAc;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)。反応の完了後、反応混合物を氷浴中で0℃まで冷却し、氷冷水(1リットル)でクエンチした。次に、酢酸エチル(3×1000mL)で抽出した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮乾固させた。粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)により精製した。生成物を、25%~35% 酢酸エチル:ヘキサンで溶出した。生成物を含有する画分を蒸発させて、白色固体として29.0g(収率96%)のWLS-41dを得た。H NMR(500MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.27(s,4H),3.16(t,2H,J=7.6Hz),2.78(s,3H),1.48(t,2H,J=7.2Hz),1.29(s,7H),1.25(s,22H),0.88(t,3H,J=6.9Hz).MS:C2040Oに関するm/z計算値([M+H])、325.55;実測値 325.41。
化合物WLS-41eの調製:WLS-41d(30.0g、0.092mol、1.0当量)を、アルゴン雰囲気下できれいな乾燥1リットル二口RBF中に入れた。次に、249mLの乾燥トルエンを、SMを含有するRBFにアルゴン雰囲気下で加える。その後、添加漏斗を使用して塩化オキサリル(118.9mL、1.386mol、15.0)を室温にて30分間で滴下して加える。次に、反応混合物を65℃まで72時間加熱した。反応の完了後(TLC-酢酸エチル;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、溶媒を蒸発乾固させて、粗製の化合物を得た。粗製の化合物を、冷酢酸エチル(2×100mL)で洗浄し、乾燥させて、褐色固体として33.0gの粗製のWLS-41eを得た。MS:C2040ClOに関するm/z計算値([M-Cl])、344.00;実測値 343.30。
化合物WLS-41fの調製:WLS-41e(20.0g、0.053mol、1.0当量)を、きれいな乾燥500mL一口RBF中に入れ、アルゴン雰囲気下にて115mLのDCM中で溶解させた。次に、KPFの水溶液(9.70g、0.053mol、1.0当量、65mLの水中)を加えた。反応混合物を室温で1時間撹拌する。反応の完了後(TLC-5% MeOH:DCM;TLCチャーリング-リンモリブデン酸)、反応混合物を氷水中に注ぎ、DCM(2×400mL)で抽出した。合わせた有機層を水(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、蒸発乾固させた。次に、残渣をDCM(70mL)中で溶解させ、生成物を、撹拌下でのジエチルエーテル(500mL)の滴下による添加によって沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させて、白色固体として18.0g(収率70%)のWLS-41fを得た。MS:C2040ClFPに関するm/z計算値([M-PF)、344.00;実測値 343.34。
化合物WLS-41の調製:WLS-41f(18.0g、0.037mol、1.0当量)を、きれいな乾燥500mL一口RBF中に入れ、アルゴン雰囲気下にて90mLの乾燥MeCN中で溶解させた。次に、アジ化ナトリウム(3.58g、0.055mol、1.5当量)をRMに加え、室温で2.5時間撹拌する。反応の完了後(TLC-酢酸エチル;TLCチャーリング-ニンヒドリン)、反応混合物をセライトのパッドに通して濾過し、MeCN(20mL)で洗浄した。有機層を蒸発乾固させた。粗製の化合物を、MeCN(70mL)中で溶解させ、ジエチルエーテル(500mL)を滴下して加えることにより沈殿させた。溶媒を捨て、固体を高真空下で乾燥させて、白色固体として14.1g(収率77%)のWLS-41を得た。H NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= 3.94-4.00(m,2H),3.85-3.90(m,2H),3.41(t,2H,J=7.6Hz),3.21(s,3H),1.62(t,2H,J=7.1Hz),1.26(s,27H),0.88(t,3H,J=6.8Hz).19F NMR(400MHz,CDCl):δ ppm単位= -73.35及び-75.24.MS:C2040Pに関するm/z計算値([M-PF)、350.57;実測値 350.40。IR(KBrペレット):N(2179cm-1)。
いくつかの実施形態では、市販のアジド、例えば、
Figure 2023526975001082

などが利用された。
実施例22.N103-009の合成。
2-クロロ-4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホランの調製
Figure 2023526975001083
50gのメルカプト-2-ブタノール及び114mLのN-メチルモルホリンを、600mLのトルエンに加えた。別々の丸底フラスコにおいて、45mLのPClを400mLのトルエンに加え、0℃まで冷却した。メルカプト-2-ブタノール溶液を、20℃未満に温度を維持しながら20分間かけてPCl溶液にカニューレで入れた。反応混合物を1時間室温まで温め、真空濾過し、トルエンで洗浄した。材料を減圧下で濃縮して、淡黄色油として2-クロロ-4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホランを得て(定量的収率)、さらなる工程のために使用した。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 205.72,205.40.
(2S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホラン-2-イル)モルホリン(N103-009)の調製
Figure 2023526975001084
(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)モルホリン(WV-DL-043S、16.4g、39mmole)を、40℃での50mLの無水トルエンとの共蒸発により2回乾燥させ、高真空で一晩維持した。次に、乾燥されたWV-DL-043Sを、500mLの三口フラスコにおいてアルゴン下にて乾燥THF(100mL)中で溶解させた後、トリエチルアミン(20.2g、28mL、200mmole)を加え、-20℃まで冷却した。この冷却された反応混合物に、THF 40mL中で溶解された粗製の2-クロロ-4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホラン(60mmole、10.3g、1.5eq,)の溶液をシリンジにより約15分間滴下して加えた(内部温度を-20℃で維持し、続いて10Cまで徐々に温めた)。10℃で30分後、TLC及びLCMS分析は、SMの生成物への完全な変換を示した(総反応時間2時間)。反応物をAirfree、Schlenkフィルターチューブに通して濾過し、乾燥THF(50mL)で洗浄し、回転蒸発下で30℃にて蒸発させて、ゴム質の固体を得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。乾燥された粗生成物を、溶媒として酢酸エチル/ヘキサン混合物を用いて220シリカカラム(5% TEAを伴う酢酸エチルの3カラム体積で予め不活性化された)を使用してCombi-Flash Rf(Teledyne ISCO)により精製した。カラム画分をTLC及びLCMSにより分析し、合わせてプールし、30℃で再蒸発されたものにおいて蒸発させ、高真空下で乾燥させて、淡黄色固体(2S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホラン-2-イル)モルホリン(N103-009)を得た。収量:14g(65%)。化学式:30H36NO5PS;計算された分子量:553.65;LCMSにおいて観測された質量 m/z:554.58(M+H)。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 7.45(dddd,J=7.0,6.0,3.0,1.9Hz,3H),7.38 - 7.17(m,10H),6.88 - 6.79(m,5H),3.83(s,1H),3.79(s,8H),3.62 - 3.39(m,4H),3.31 - 3.16(m,2H),3.16 - 2.95(m,3H),2.05(s,1H),1.49 - 1.17(m,9H).31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.44,156.32,151.34,151.20,141.44,140.46,135.99,135.94.
実施例23.N103-010の合成
Figure 2023526975001085
(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)モルホリン(WV-DL-043R、8.0g、19mmole)を、40℃で35mLの無水トルエンとの共蒸発により2回乾燥させ、高真空で一晩維持した。次に、乾燥されたWV-DL-043Rを、500mLの三口フラスコにおいてアルゴン下にて乾燥THF(80mL)中で溶解させた後、トリエチルアミン(9.6g、13.5mL、95mmole)を加え、-20℃まで冷却した。この冷却された反応混合物に、THF 30mL中で溶解された粗製の2-クロロ-4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホラン(29mmole、5.0g、1.5eq,)の溶液をシリンジにより約10分間滴下して加えた(内部温度を-20℃で維持し、続いて10Cまで徐々に温めた)。10℃で30分後、TLC及びLCMS分析は、SMの生成物への完全な変換を示した(総反応時間2時間)。反応物をAirfree、Schlenkフィルターチューブに通して濾過し、乾燥THF(40mL)で洗浄し、回転蒸発下で30℃にて蒸発させて、ゴム質の固体を得て、これを高真空下で一晩乾燥させた。乾燥された粗生成物を、溶媒として酢酸エチル/ヘキサン混合物により120シリカカラム(5% TEAを伴う酢酸エチルの3カラム体積で予め不活性化された)を使用してCombi-Flash Rf(Teledyne ISCO)により精製した。カラム画分をTLC及びLCMSにより分析し、合わせてプールし、30℃で再蒸発されたものにおいて蒸発させ、高真空下で乾燥させて、淡黄色固体(2R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(4,5-ジメチル-1,3,2-オキサチアホスホラン-2-イル)モルホリン(N103-010)を得た。収量:6.5g(62%)。化学式:C30H36NO5PS;計算された分子量:553.65;LCMSにおいて観測された質量 m/z:554.59(M+H)。1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 7.45(dddd,J=7.0,6.0,3.0,1.9Hz,3H),7.38 - 7.17.(m,10H),6.88 - 6.79(m,5H),4.13(q,J=7.2Hz,1H),3.83(s,1H),3.79(s,8H),3.62 - 3.39.(m,4H),3.31 - 3.16(m,2H),3.16 - 2.95(m,3H),2.87 - 2.57(m,1H),2.05(s,1H),1.49 -1.17(m,9H).31P NMR(202MHz,CDCl)δ 156.20,156.08,151.10,150.97,141.15,140.18,135.70,135.65.
ある特定の有用なアミダイト:
リンカーL010n001用:
Figure 2023526975001086

リンカーL009n001用:
Figure 2023526975001087

リンカーL023用:
Figure 2023526975001088
実施例24.PS-PN及びPS-PS二量体の合成
クロロ試薬(2)のための一般的な実験手順(A)
Figure 2023526975001089
ジチオール(360mmol)を、アルゴン下でトルエン(720mL)中において溶解させ(3000mL一口フラスコ)、続いて4-メチルモルホリン(35.4mL、792mmol)を加えた。この混合物を、トルエン(720mL)中の三塩化リン(720mL、396mmol)の氷冷溶液にアルゴン雰囲気下で30分間かけてカニューレを介して滴下して加えた。室温まで1時間温めた後、混合物を真空/アルゴン下で注意深く濾過した。得られた濾液を、回転蒸発(Arでフラッシング)により濃縮し、続いて高真空下で2時間乾燥させた。得られた粗製の化合物を、粘稠な油として単離し、これをTHF中で溶解させて、1M原液を得て、この溶液をさらに精製することなく次の工程において使用した。化合物2:一般的な手順Aに従って化合物1から合成された。31P NMR(243MHz、THF-CDCl、1:2)δ 168.77、161.4
単量体(5及び6)のための一般的な実験手順(B)
Figure 2023526975001090
5’-ODMTr保護されたヌクレオシド化合物3又は化合物4(6.9mmol)を、無水トルエン(50mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口250mL丸底フラスコ中で乾燥させた。乾燥されたヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で乾燥THF(35mL)中において溶解させた。次に、トリエチルアミン(24.4mmol、3.5当量)を、反応混合物に加え、続いて約-10℃まで冷却した。粗製のクロロ試薬のTHF溶液(1M溶液、2.5当量、17.4mmol)を、カニューレを介して約5分間かけて上の混合物に加え、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。反応混合物を、真空/アルゴン下で注意深く濾過し、得られた濾液を減圧下で濃縮して、黄色泡を得て、これをさらに高真空下で一晩乾燥させた。粗製の混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。
化合物5、立体的に不規則な(Rp/Sp)単量体:収率86%。反応を、ヌクレオシド3及びクロロ試薬2を使用して一般的な手順Bに従って実行した。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 171.62,155.50,146.84,146.17;MS(ES)C3539PSに関するm/z計算値[M+K]733.16、観測値:733.40[M+K]
化合物6、立体的に不規則な(Rp/Sp)単量体:収率73%。反応を、ヌクレオシド4及びクロロ試薬2を使用して一般的な手順Bに従って実行した。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 121.87,106.20,93.58,92.99;MS(ES)C3540PSに関するm/z計算値[M+K]773.28、観測値:773.70[M+K]
PS-PN二量体(7及び8)のための一般的な実験手順(C):
Figure 2023526975001091
乾燥アセトニトリル(0.5mL)中の単量体5又は6(0.10mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)の撹拌溶液に、アセトニトリル(0.2mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(0.11mmol、2.25当量)の溶液をアルゴン雰囲気下にて室温で加えた。得られた反応混合物を10分間撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(0.25mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.05mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.23mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中の0.23mlの1M溶液)を加えた。反応をモニターし、LCMSにより分析した。およその反応完了時間10~20分。
化合物7:反応を、5を使用して一般的な手順Cに従って実行した。C677214PSに関するm/z計算値 [M+K]1300.42、観測値:1300.70[M+K]
化合物8:反応を、6を使用して一般的な手順Cに従って実行した。C677313PSに関するm/z計算値 [M+K]1299.44、観測値:1299.65[M+K]
PS-PS二量体(9及び10)のための一般的な実験手順(D):
Figure 2023526975001092
乾燥アセトニトリル(0.5mL)中の単量体5又は6(0.10mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)の撹拌溶液に、アセトニトリル中の5-フェニル-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-オン(0.12mmol、2.5当量、0.2M)の溶液をアルゴン雰囲気下にて室温で加えた。得られた反応混合物を10分間撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(0.2mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.05mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥され、真空下にて最小で12時間維持される)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.23mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中の1M溶液)を加えた。反応が完了してから(LCMSによりモニターされる)、反応混合物をLCMSにより分析した。
化合物9:反応を、単量体5を使用して一般的な手順Dに従って実行した。反応完了時間約30分。MS(ES)C626214PSに関するm/z計算値[M]1181.34、観測値:1181.66(M)
化合物10:反応を、単量体6を使用して一般的な手順Dに従って実行した。反応完了時間約20時間。MS(ES)C626313PSに関するm/z計算値[M]、1180.36、観測値:1180.71(M)
さらなる有用な化合物を、本開示に従う様々な技術を利用して調製した。ある特定の化合物が例として下に記載される。
WV-NU-161A及びWV-NU-161A-CNE(例えば、WV-39291のために有用)。
Figure 2023526975001093
一般的な合成経路:
Figure 2023526975001094
工程1A.WV-NU-160の調製。
Figure 2023526975001095
THF(300mL)中の化合物1A(30g、53.51mmol、1eq.)の溶液に、NaH(5.35g、133.79mmol、純度60%、2.5eq.)をNとともに0℃で滴下して3回加えた。添加の後、混合物をこの温度で0.5時間撹拌し、続いて3-ブロモプロパ-1-イン(14.32g、120.41mmol、10.38mL、2.25eq.)を20℃で加えた。得られた混合物を、N雰囲気下にて20℃で12時間撹拌した。反応混合物にMeOH 100mLを加え、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=100/1~1/0)により精製して、黄色固体として化合物WV-NU-160(22.1g、36.92mmol、収率68.98%)を得た。LCMS(M-H):597.2。TLC:石油エーテル/酢酸エチル=1:2、Rf=0.20。
工程2A.化合物2の調製。
Figure 2023526975001096
DCM(1200mL)中の化合物1(37g、51.84mmol、1eq.)の溶液に、TFA(11.82g、103.67mmol、7.68mL、2eq.)を加え、混合物を15℃で12時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.15)は、反応体1が消費され、所望の物質が見出されたことを示した。混合物を濃縮して20℃で粗製物を得た。残渣を、MPLC(酢酸エチル:メタノール=0:1、3:1)により精製して、白色固体として化合物2(21g、51.04mmol、収率98.47%)を得た。LCMS(M-H+):410.1。TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.15)。
工程3A.化合物3の調製。
Figure 2023526975001097
THF(200mL)中の化合物2(21g、51.04mmol、1eq.)、PPh(40.16g、153.13mmol、3eq.)、イミダゾール(13.90g、204.18mmol、4eq.)の溶液に、THF(200mL)中のI(38.87g、153.13mmol、30.85mL、3eq.)を加え、混合物を25℃で5時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1)。混合物を濃縮して、粗製物を得て、DCM(50mL)で希釈し、残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(酢酸エチル:メタノール=0:1、5:1)により精製して、黄色固体として化合物3(22g、42.20mmol、収率82.68%)を得た。LCMS(M+H+):522.1。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.38。
工程4A.化合物4の調製。
Figure 2023526975001098
DMF(200mL)中の化合物3(24g、46.04mmol、1eq.)の溶液に、NaN(9.22g、141.82mmol、3.08eq.)を加え、混合物を80℃で3時間撹拌した。反応混合物に水200.0mLを加え、EtOAc 200mL*5により抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、黄色油として化合物4(20g、粗製物)を得た。LCMS:(M+H+):437.2。
工程5A.WV-NU-161Aの調製
Figure 2023526975001099
DMF(160mL)中の化合物4(16g、36.66mmol、0.8eq.)及びWV-NU-160(27.43g、45.83mmol、1eq.)、DIEA(11.85g、91.65mmol、15.96mL、2eq.)の溶液に、CuI(1.75g、9.17mmol、0.2eq.)を加え、混合物を15℃で12時間撹拌した。LCMSは、化合物4が消費され、所望の物質が見出されたことを示した。反応混合物を水(100mL)で希釈し、DCM(300mL*5)で抽出し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(酢酸エチル:メタノール=1/0、10/1、5:1、5% TEA)により精製して、粗製物30gを得て、続いて混合物を酢酸エチル:メタノール=10:1(50mL)で洗浄し、濾過し、ケーキを乾燥させて、黄色固体としてWV-NU161A(21g、20.29mmol、収率44.27%)を得た。2個のバッチ:バッチ1:(9.2g)。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.09(br s,1H),11.70-11.29(m,2H),8.17(s,1H),8.01(s,1H),7.79(d,J=8.1Hz,1H),7.36-7.27(m,4H),7.25-7.13(m,5H),6.89(d,J=8.9Hz,4H),5.91(d,J=5.5Hz,1H),5.78(d,J=3.1Hz,1H),5.44(d,J=4.9Hz,1H),5.22(d,J=8.0Hz,1H),4.77-4.63(m,2H),4.60(d,J=2.4Hz,2H),4.46-4.37(m,2H),4.36-4.32(m,1H),4.30-4.24(m,1H),4.10-4.06(m,1H),3.73(s,6H),3.72-3.67(m,1H),3.60-3.54(m,1H),3.40(t,J=4.7Hz,2H),3.36(s,3H),3.30-3.17(m,3H),3.15(s,3H),2.75(quin,J=6.8Hz,1H),1.11(dd,J=1.3,6.8Hz,6H).LCMS純度:98.55%,(M-H+):1033.3。バッチ2(11.8 g):HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.11(br s,1H),11.61(s,1H),11.43(s,1H),8.20(s,1H),8.03(s,1H),7.81(d,J=8.1Hz,1H),7.40-7.29(m,5H),7.28-7.14(m,7H),6.91(d,J=8.9Hz,5H),5.93(d,J=5.5Hz,1H),5.79(d,J=3.0Hz,1H),5.47(d,J=4.9Hz,1H),5.24(d,J=8.1Hz,1H),4.81-4.64(m,2H),4.64-4.57(m,2H),4.46-4.39(m,2H),4.39-4.22(m,3H),4.13-4.07(m,2H),3.75(s,7H),3.64-3.55(m,1H),3.41(t,J=4.6Hz,3H),3.17(s,3H),1.13(dd,J=1.3,6.8Hz,7H).LCMS純度:94.13%、(M-H+):1033.3。TLC 酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.25。
工程6A.WV-NU161A-CNEの調製。
Figure 2023526975001100
WV-NU161A(7g、6.76mmol、1eq.)を、ロータリーエバポレーター上でのトルエン(30mL*3)との共沸蒸留により乾燥させた。DCM(80mL)中のWV-NU161A(7g、6.76mmol、1eq.)の溶液に、DIEA(1.75g、13.53mmol、2.36mL、2eq.)、続いて3-[クロロ(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル(2.40g、10.14mmol、1.5eq.)を加えた。混合物を15℃で2時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.43)は、反応体1が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、NaHCO飽和水溶液(20mL)の0℃での添加によってクエンチし、DCM(30mL*3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、続いてEtOAc/ACN=1/0~1/1、5% TEA)により精製して、白色固体としてWV-NU161A-CNE(3.4g、2.75mmol、収率40.70%)を得た。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.70-11.27(m,2H),8.31-8.18(m,1H),8.08-7.98(m,1H),7.81(dd,J=2.3,8.1Hz,1H),7.40-7.12(m,9H),6.90(br d,J=8.6Hz,4H),6.01-5.83(m,1H),5.79(d,J=2.6Hz,1H),5.24(br d,J=8.0Hz,1H),4.82-4.56(m,6H),4.53-4.31(m,2H),4.15-4.04(m,2H),3.89-3.79(m,1H),3.73(s,7H),3.68-3.48(m,4H),3.36(br d,J=8.3Hz,11H),3.19-3.08(m,3H),2.86-2.68(m,3H),1.16-1.05(m,14H).31P NMR(162MHz,DMSO-d6)δ=150.28(s,1P),149.82(s,1P).TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1)、Rf=0.43
WV-NU-163及び化合物11.
Figure 2023526975001101
工程1B 化合物2の調製。
Figure 2023526975001102
化合物1(125g、321.47mmol、1eq.)を、乾燥トルエン(1250mL)中で溶解させ、AIBN(1.98g、12.06mmol、3.75e-2eq.)及び(n-Bu)SnH(93.57g、321.47mmol、85.06mL、1eq.)を加えた。溶液を100℃まで3時間加熱した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.39)は、化合物1が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。2個のバッチを後処理のために合わせた。混合物を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=100/1、50/1、30/1)により精製して、黄色油として化合物2(200g、564.34mmol、収率87.78%)を得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=5:1、Rf=0.39。
工程2B.化合物3の調製。
Figure 2023526975001103
MeOH(2L)中の化合物2(200g、564.34mmol、1eq.)の溶液に、NaOMe(91.46g、1.69mol、3eq.)を加え、混合物を25℃で3時間撹拌した。TLCプレート1(石油エーテル:酢酸エチル=5:1)は、反応体1が消費されたことを示し、TLCプレート2(酢酸エチル:メタノール=10:1、Rf=0.21)は、新たなスポットが形成されたことを示した。NHCl(91.5g)を加え、混合物を濃縮して、黄色油として化合物3(66.6g、粗製物)を得た。TLC:酢酸エチル:メタノール=10:1、Rf=0.21。
工程3B.WV-NU-163の調製。
Figure 2023526975001104
ピリジン(700mL)中の化合物3(66.6g、563.78mmol、1eq.)の溶液に、DMTCl(229.23g、676.54mmol、1.2eq.)を加えた。混合物を15℃で12時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.8)は、化合物3が完全に消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物をHO 1000mLで希釈し、EtOAc 3000mL(1000mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10/1~0/1)により精製した。化合物4(170g、398.87mmol、収率70.75%、純度98.66%)を、黄色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.44(d,J=7.38Hz,2H),7.19-7.36(m,8H),6.83(d,J=8.76Hz,4H),4.30(dq,J=6.49,3.38Hz,1H),3.99(dd,J=8.25,5.63Hz,2H),3.86-3.91(m,1H),3.80(s,6H),3.25(dd,J=9.57,4.82Hz,1H),3.09(dd,J=9.57,6.19Hz,1H),2.10-2.21(m,1H),1.85-1.94(m,1H),1.77(d,J=4.00Hz,1H).LCMS(M+H):419.1、LCMS純度:98.66%。
工程4B.化合物7の調製。
Figure 2023526975001105
THF(1500mL)中の化合物WV-NU-163(135g、321.05mmol、1eq.)の溶液に、N下でジ(イミダゾール-1-イル)メタンチオン(85.82、481.57mmol、1.5eq.)を加えた。混合物を、75℃で16時間撹拌し、還流させた。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.4)は、WV-NU-163が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応は、TLCによればきれいであった。WV-NU-163が完全に消費され、所望のm/zを有する1つのメインピークを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10/1~1/1)により精製した。化合物7(150g、粗製物)を黄色油として得た。LCMS(M+H):531.4;純度:62.35。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.4。
工程5B.化合物8の調製。
Figure 2023526975001106
トルエン(1200mL)中の化合物7(122g、144.85mmol、純度63%、1eq.)の溶液に、AIBN(16.65g、101.39mmol、0.7eq.)及びアリルトリブチルスズ(239.81g、724.23mmol、222.04mL、5eq.)を加えた。混合物を110℃で15時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=4/1、Rf=0.8)は、化合物7が完全に消費され、3つの新たなスポットが形成されたことを示した。2個のバッチの反応混合物を合わせ、HO(1000mL)の添加によりクエンチし、続いてEtOAc(1000mL*3)で抽出した。合わせた有機層を減圧下で濃縮して、残渣を得て、溶媒を、飽和KF(水溶液)2000mLによりクエンチした。合わせた粗製物を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=50/1~20/1)により精製した。化合物8(60g、134.96mmol、収率93.18%)を、黄色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.48(br d,J=7.23Hz,2H),7.18-7.41(m,7H),6.83(br d,J=8.99Hz,4H),5.66-5.77(m,1H),4.94-5.06(m,1H),3.84-3.92(m,2H),3.80(s,6H),3.74(q,J=5.26Hz,1H),3.10-3.16(m,2H),2.16-2.26(m,1H),1.61-1.70(m,1H),1.44(s,1H),0.83-1.00(m,5H).
工程6B.化合物9の調製。
Figure 2023526975001107
アセトン(600mL)及びHO(60mL)の混合溶媒中の化合物8(59g、132.72mmol、1eq.)の溶液に、NMO(17.10g、145.99mmol、15.41mL、1.1eq.)及びテトラオキソオスミウム(5.06g、19.91mmol、1.03mL、0.15eq.)を加えた。混合物を15℃で2.5時間撹拌した。反応混合物を、NaSO 1000mLの添加によりクエンチし、続いて酢酸エチル 1200mL(400mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物9(51g、粗製物)を、黒褐色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ =7.44-7.51(m,2H),7.24-7.39(m,8H),6.83(dd,J=8.88,2.96Hz,4H),3.82-3.92(m,2H),3.79(s,6H),3.72(br dd,J=9.21,4.60Hz,2H),3.39(br s,1H),3.11-3.25(m,2H),2.18-2.48(m,2H),1.29-1.41(m,3H),0.89-0.96(m,3H).
工程7B.化合物10の調製。
Figure 2023526975001108
ジオキサン(650mL)及びHO(325mL)の混合溶媒中の化合物9(65g、135.82mmol、1eq.)の溶液に、NaIO(58.10g、271.64mmol、15.05mL、2eq.)を加えた。混合物を15℃で1時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0/1、Rf=0.43)は、化合物9が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応は、TLCによればきれいであった。反応混合物を、HO 500mLの添加により洗浄し、続いて酢酸エチル 1000mL(500mL*2)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物10(51g、粗製物)を、黒褐色油として得た。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.62-9.82(m,1H),7.41-7.50(m,1H),7.14-7.38(m,8H),6.79-6.88(m,4H),3.85-3.92(m,1H),3.80(d,J=3.73Hz,6H),3.10-3.24(m,1H),2.56-2.68(m,1H),2.38-2.55(m,1H),2.24(tt,J=12.93,6.25Hz,1H),1.60-1.69(m,2H),1.29-1.44(m,2H),0.89-0.97(m,2H).
工程8B.化合物11の調製。
Figure 2023526975001109
t-BuOH(500mL)及びHO(250mL)の混合溶媒中の化合物10(51g、114.21mmol、1eq.)の溶液に、ナトリウム;塩化物(61.98g、685.28mmol、6eq.)ナトリウム;リン酸二水素;水和物(63.04g、456.85mmol、4eq.)及び2-メチル-2-ブテン(32.04g、456.85mmol、48.40mL、4eq.)を加えた。混合物を15℃で2時間撹拌した。合わせた有機層を、飽和NaHCO溶液 500mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10/1~1/1、ジクロロメタン:メタノール=10/1~1/1)により精製した。Cpd.11(17.1g、33.31mmol、収率32.78%、純度90.11%)を黒褐色油として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.17-7.42(m,8H),6.88(d,J=8.78Hz,3H),3.73(s,6H),3.58-3.64(m,1H),2.99(br d,J=4.64Hz,1H),2.81(q,J=6.78Hz,3H),2.22-2.31(m,1H),2.11-2.19(m,1H),2.01-2.09(m,1H),1.49-1.59(m,2H),1.21-1.35(m,2H).LCMS(M+H):461.2;純度 90.11%.SFC:AD-3_MeOH_IPAm_10-40_Gradient_4ml_S,dr = 1.02:98.98.TLC:石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.11。
WV-NU-167及びWV-NU-167-CNE(例えば、WV-39402のために有用)
Figure 2023526975001110
一般的な合成経路:
Figure 2023526975001111
工程1C:化合物2の調製。
Figure 2023526975001112
DMF(850mL)中の化合物1(85g、329.17mmol、1eq.)の溶液に、イミダゾール(44.82g、658.33mmol、2eq.)に続いてtert-ブチル-クロロ-ジメチル-シラン(52.09g、345.63mmol、42.35mL、1.05eq.)を加えた。混合物を15℃で16時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1/1、Rf=0.41)化合物1が完全に消費され、所望のm/zを有する1つのメインピーク。反応混合物をHO 250mLで希釈し、EtOAc 900mL(300mL*3)で抽出した。合わせた有機物を、NaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=10:1~0:1)により精製して、白色固体として化合物2(193.2g、518.67mmol、収率78.79%)を得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.41 LCMS(M-H):371.1;純度:96.63。
工程2C.化合物3の調製。
Figure 2023526975001113
THF(2000mL)中の化合物2(193.2g、518.67mmol、1eq.)の溶液に、N下でジ(イミダゾール-1-イル)メタンチオン(92.44g、518.67mmol、1eq.)を加えた。混合物を75℃で16時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1/1、Rf=0.17)は、化合物2が完全に消費され、所望のm/zを有する1つのメインピークを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=5:1~1:5)により精製した。化合物3(230g、476.56mmol、収率92.00%)を、白色固体として得た。HNMR:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ= 8.40(s,1H),7.90(d,J=8.1Hz,1H),7.13-7.08(m,3H),6.22(d,J=5.4Hz,1H),5.86(dd,J=3.9,5.1Hz,1H),5.76(d,J=8.1Hz,1H),4.48-4.45(m,1H),4.16(t,J=5.2Hz,1H),4.06-3.93(m,2H),3.47-3.42(m,3H),0.96(s,9H),0.19-0.12(m,6H).LCMS(M-H):481.1;純度:93.02%。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.17。
工程3C.4の調製。
Figure 2023526975001114
トルエン(1000mL)中の化合物3(90g、186.48mmol、1eq.)の溶液に、N中のAIBN(21.44g、130.54mmol、0.7eq.)及びアリル(トリブチル)スタンナン(279.55g、844.25mmol、258.84mL、4.53eq.)を加えた。混合物を110℃で16時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.67)。反応混合物をHO(1000mL)の添加によりクエンチし、EtOAc(1000mL*3)で抽出した。合わせた有機層を減圧下で濃縮して、残渣を得て、溶媒を、飽和KF(水溶液)1500mLによりクエンチした。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=30:1~0:1)により精製した。化合物4(37g、93.30mmol、収率55.22%)を、黄色油として得た。LCMS(M-H):395.1;純度:55.74%。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.68。
工程4C.化合物5の調製。
Figure 2023526975001115
THF(400mL)中の化合物4(37g、93.30mmol、1eq.)の溶液に、TBAF(1M、139.96mL、1.5eq.)を加えた。混合物を15℃で2時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.23)。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=15:1~1:2)により精製した。化合物5(9g、31.88mmol、収率34.17%)を、黄色油として得た。LCMS(M-H):281.1;純度:75.39%。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.23)。
工程5C.化合物6の調製。
Figure 2023526975001116
ピリジン(90mL)中の化合物5(9g、31.88mmol、1eq.)の溶液に、DMT-Cl(12.96g、38.26mmol、1.2eq.)を加えた。混合物を、15℃で12時間撹拌した。(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.43)。反応混合物を減圧下で濃縮して、ピリジンを除去した。合わせた有機層を、HO 120mL(40mL*3)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=50:1~0:1)により精製した。化合物6(11.8g、20.18mmol、収率65.56%)を、黄色固体として得た。LCMS(M-H):583.2;純度:78.06%。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.44。
工程6C.化合物7の調製。
Figure 2023526975001117
アセトン(300mL)及びHO(30mL)の混合溶媒中の化合物6(11.8g、20.18mmol、1eq.)の溶液に、OsO(0.75g、2.95mmol、153.06uL、1.46e-1eq.)及びNMO(2.60g、22.20mmol、2.34mL、1.1eq.)を加えた。混合物を15℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.17)。反応混合物を、NaSO 300mlの添加により0℃でクエンチし、続いて酢酸エチル 500mL(250mL*2)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物7(12g、粗製物)を、黄色油として得た。LCMS(M-H):617.2;純度:92.16%。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.17。
工程7C.化合物8の調製。
Figure 2023526975001118
ジオキサン(120mL)HO(60mL)の混合溶媒中の化合物7(12g、19.40mmol、1eq.)の溶液に、NaIO(8.30g、38.79mmol、2.15mL、2eq.)を加えた。混合物を15℃で1時間撹拌した。反応混合物を、HO 400mLの添加により洗浄し、続いて酢酸エチル 600mL(300mL*2)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物8(11kg、粗製物)を、白色固体として得た。LCMS(M-H):585.1。
8.化合物WV-NU-148の調製。
Figure 2023526975001119
t-BuOH(110mL)及びHO(60mL)の混合溶媒中の化合物8(11g、18.75mmol、1eq.)の溶液に、2-メチルブタ-2-エン(5.26g、75.00mmol、7.95mL、4eq.)ナトリウム;塩化物(10.18g、112.51mmol、6eq.)及びリン酸二水素ナトリウム水和物(10.35g、75.00mmol、4eq.)を加えた。混合物を15℃で2時間撹拌した。TLC(ジクロロメタン:メタノール=5:1、Rf=0.14)。反応混合物を酢酸エチル 300mL(100mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaHCO 200mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=5:1~0:1~酢酸エチル:MeOH=10:1、5%TEA)により精製した。化合物WV-NU-148(7.3g、12.11mmol、収率64.60%)を白色固体として得た。HNMR:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ ppm 8.18(br d,J=8.00Hz,1H),7.42(br d,J=7.50Hz,2H),7.20-7.34(m,9H),6.84(br d,J=7.88Hz,4H),5.89(s,1H),5.30(br d,J=8.13Hz,1H),3.98-4.07(m,2H),3.79(s,6H),3.52(s,2H),2.99(q,J=7.25Hz,5H),2.71(br s,1H),2.46(br dd,J=16.26,10.51Hz,1H),2.09(br s,1H).LCMS(M-H):601.2;純度:90.26%。TLC:ジクロロメタン:メタノール=5:1、Rf=0.14。
工程9C.化合物WV-NU-167の調製。
Figure 2023526975001120
DCM(60mL)中の化合物WV-NU-148(5.3g、8.79mmol、1eq)の溶液に、EDCI(3.37g、17.59mmol、2eq)、HOBt(2.38g、17.59mmol、2eq)、DIEA(2.27g、17.59mmol、3.06mL、2eq)及び化合物9A(4.33g、10.55mmol、1.2eq)を加えた。混合物を15℃で12時間撹拌した。反応混合物をHO 100mLで希釈し、DCM 100mL*3で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/1~0/1、続いて酢酸エチル/メタノール=10/1~8/1)により精製して、黄色固体としてWV-NU-167(4g、3.66mmol、収率41.60%、純度91.02%)を得た。HNMR(400MHz,DMSO-d)δ= 12.09(br s,1H),11.62(s,1H),11.38(br s,1H),8.27(s,1H),8.08(br s,1H),7.93(d,J=8.13Hz,1H),7.28-7.40(m,4H),7.19-7.27(m,5H),6.82-6.95(m,4H),5.84-5.92(m,1H),5.70-5.77(m,1H),5.19(br d,J=4.63Hz,1H),5.09(d,J=8.00Hz,1H),4.37-4.45(m,1H),4.23(br d,J=3.13Hz,1H),3.88-3.96(m,2H),3.81(d,J=5.13Hz,1H),3.73(d,J=1.88Hz,6H),3.63-3.69(m,1H),3.50-3.58(m,1H),3.38-3.42(m,3H),3.35-3.36(m,5H),3.17(br d,J=3.25Hz,4H),2.65-2.84(m,2H),2.28-2.41(m,1H),δ=1.12(dd,J=6.75,2.50Hz,6H).LCMS:(M-H+):993.3 TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.02)。
工程10C.化合物WV-NU-167-CNEの調製。
Figure 2023526975001121
化合物WV-NU-167(4g、4.02mmol、1eq)を、ロータリーエバポレーターでのトルエン(10mL*3)との共沸蒸留により乾燥させた。DCM(500mL)中の化合物WV-NU-167(4g、4.02mmol、1eq)の溶液に、DIEA(1.56g、12.06mmol、2.10mL、3eq)に続いて3-[クロロ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル(1.90g、8.04mmol、2eq)を加えた。混合物を15℃で2時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1、Rf=0.43)は、化合物WV-NU-167が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、NaHCO飽和水溶液(10mL)の0℃での添加によってクエンチし、DCM(20mL*3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、続いてEtOAc/ACN=1/0~1/1、5% TEA)により精製して、白色固体として化合物WV-NU-167-CNE(3g、2.51mmol、収率62.44%)を得た。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.12(br s,1H),11.69-11.54(m,1H),11.48-11.31(m,1H),8.39-8.28(m,1H),8.20-8.08(m,1H),7.99-7.87(m,1H),7.45-7.30(m,4H),7.26(br d,J=8.4Hz,5H),6.98-6.83(m,4H),5.88(dd,J=7.4,11.7Hz,1H),5.77(s,1H),5.15-5.07(m,1H),4.74-4.59(m,1H),4.54-4.42(m,1H),4.03-3.90(m,2H),3.87-3.79(m,3H),3.76-3.69(m,7H),3.65-3.42(m,5H),3.40-3.36(m,5H),3.17-3.12(m,3H),2.83-2.66(m,4H),2.45-2.31(m,1H),1.20-1.16(m,10H),1.14(br dd,J=2.6,6.6Hz,9H).31PNMR(162MHz,DMSO-d6)δ=149.63(s,1P),149.52(s,1P),149.47(s,1P),13.88(s,1P).
当業者は、WV-NU-167、WU-NU-161A、WV-NU-173、WV-NU-174などのような化合物が、不斉補助試薬(例えば、
Figure 2023526975001122

)と代わりにカップリングされて、結合の立体選択的な構築に有用な化合物をもたらすことができることを理解する。
WV-NU-173及びWV-NU-173-CEP。
Figure 2023526975001123
一般的な合成手順:
Figure 2023526975001124
工程1D.化合物2の調製。
Figure 2023526975001125
DCM(250mL)中の化合物WV-NU-097(25g、45.99mmol、1eq.)の溶液に、2-ブロモ酢酸エチル(11.52g、68.98mmol、7.63mL、1.5eq.)及びTEA(9.31g、91.98mmol、12.80mL、2eq.)を加えた。混合物を15℃で16時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.54)は、反応体1が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、NaHCO 200mLの添加によりクエンチした。合わせた有機層を塩水 200mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物2(28g、粗製物)を、黄色油として得た。LCMS(M-H):628.2;純度:62.35%。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.54。
工程2D.化合物3の調製。
Figure 2023526975001126
MeOH(300mL)中の化合物2(28g、44.47mmol、1eq.)の溶液に、NaOH(2M、44.47mL、2eq.)及びHO(40mL)を加えた。混合物を15℃で5時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メタノールを除去した。残渣を、酢酸エチル(100*3mL)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:C18 20~35um 100A 64g;移動相:[水-MeOH];B%:0%~60% 50mL/分)により精製した。化合物3(16g、25.61mmol、収率57.61%、Na)を、白色固体として得た。LCMS(M-H+):600.2;純度:99.39%。
工程3D.化合物9Aの調製。
Figure 2023526975001127
MeOH(110mL)中の化合物9(9g、20.62mmol、1eq.)、Pd/C(458.27umol、純度50%)の混合物を脱気し、Hで3回パージし、続いて混合物を、H下(41.57mg、20.62mmol、1eq.)(15psi)にて15℃で1時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.04)は、化合物9が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応は、TLCによればきれいであった。混合物を濾過し、濾液を濃縮して、粗製物を得た。化合物9A(8.2g、粗製物)を白色油として得て(10.1g、20.30mmol、収率50.30%)、白色固体として得た。TLC:酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.04。
工程4D.化合物WV-NU-173の調製。
Figure 2023526975001128
DCM(100mL)中の化合物3(8.92g、14.82mmol、1eq.)の溶液に、EDCI(5.68g、29.64mmol、2eq.)、HOBt(4.01g、29.64mmol、2eq.)、DIEA(3.83g、29.64mmol、5.16mL、2eq.)及び化合物9A(7.3g、17.79mmol、1.2eq.)を加えた。混合物を15℃で12時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=6:1、Rf=0.04)は、化合物3が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物をHO 50mLで希釈し、DCM(100mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル:メタノール=1:0~4:1、5% TEA、PE)により精製した。化合物WV-NU-173(4g、4.02mmol、収率25.00%)を白色固体として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.08(br s,1H),11.61(br s,1H),11.38(s,1H),8.26-8.32(m,1H),8.14(br t,J=5.88Hz,1H),7.50(s,1H),7.17-7.39(m,9H),6.86(d,J=8.00Hz,4H),5.88(d,J=6.50Hz,1H),5.71-5.77(m,2H),5.18(d,J=4.88Hz,1H),4.36-4.42(m,1H),4.23-4.30(m,1H),3.63-3.76(m,7H),3.51-3.57(m,1H),3.36-3.49(m,5H),3.12-3.16(m,3H),3.04-3.10(m,3H),2.70-2.91(m,4H),2.35(br t,J=10.38Hz,1H),2.10(br t,J=10.82Hz,1H),1.76(s,3H),1.11(dd,J=6.75,2.38Hz,7H).LCMS(M-H):922.3;純度:98.06% TLC:酢酸エチル:メタノール=6:1、Rf=0.04。
工程5D.化合物WV-NU-173-CEPの調製。
Figure 2023526975001129
化合物WV-NU-173(1.6g、1.61mmol、1eq.)を、ロータリーエバポレーターでのトルエン(10mL*3)との共沸蒸留により乾燥させた。DCM(40mL)中の化合物WV-NU-173(1.6g、1.61mmol、1eq.)、4A MS(2g、1.61mmol、1eq.)の溶液に、DIEA(624.08mg、4.83mmol、841.07uL、3eq.)を加え、続いて3-[クロロ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル(761.90mg、3.22mmol、2eq.)を加えた。混合物を20℃で2時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=5:1、Rf=0.43)は、反応体1の大部分が消失され、所望のスポットが見出されたことを示した。混合物を、氷-飽和NaHCO(水溶液、10mL)中に注ぎ、DCM(10mL*3)で抽出し、合わせた有機物をNaSOで乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。残渣を、MPLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、続いてEtOAc/CAN=1/0~1/1、5% TEA)により精製して、黄色固体としてWV-NU-173-CEP(0.5g、418.67umol、収率26.01%)を得た。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.12(br s,1H),11.66-11.52(m,1H),11.44-11.31(m,1H),8.43-8.30(m,1H),8.28-8.16(m,1H),7.54-7.45(m,1H),7.42-7.35(m,2H),7.33-7.18(m,7H),6.88(br d,J=8.5Hz,4H),5.94-5.74(m,2H),5.09-4.74(m,1H),4.73-4.48(m,1H),4.31-4.20(m,1H),3.79-3.68(m,7H),3.65-3.47(m,4H),3.08(br s,2H),2.93-2.71(m,5H),2.42-2.31(m,1H),2.23-2.10(m,1H),1.13(br dd,J=2.4,6.7Hz,9H).31PNMR(162MHz,DMSO-d)δ=149.67(s,1P),149.44(s,1P),13.91(s,1P),7.14(s,1P).
WV-NU-174及びWV-NU-174-CEP(例えば、WV-40835のために有用)
Figure 2023526975001130
一般的な合成経路:
Figure 2023526975001131
工程1E.化合物Bの調製。
Figure 2023526975001132
2個のバッチに関して:MeOH(300mL)中の化合物A(25g、44.60mmol、1eq.)の撹拌溶液に、HO(75mL)中のNaIO(10.49g、49.06mmol、2.72mL、1.1eq.)の溶液にN雰囲気下で滴下して加えた後、プロパ-2-イン-1-アミン(3.07g、55.74mmol、3.57mL、1.25eq.)を一度に加えた。得られた溶液を15℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.41)。溶液の2個のバッチを15℃で3.08時間撹拌し、その間、白色沈殿が形成され、混合物を濾過した。化合物A1(54g、粗製物)を、白色固体として得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.41。LCMS(M-H):612.2;純度:50%。2個のバッチに関して:HO(75mL)及びMeOH(300mL)の混合溶媒中のA1(27g、44.00mmol、1eq.)の撹拌溶液に、NaBHCN(5.53g、88.00mmol、2eq.)を加えた後、AcOH(3.96g、66.00mmol、3.77mL、1.5eq.)を滴下して加えた。反応物を15℃で12時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.36)は、化合物A1が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応は、TLCによればきれいであった。溶液の2個のバッチ及び揮発性有機物の混合物を蒸発により除去した。残渣を、飽和NaHCO 500mLとEtOAc 500mLの間で分配し、水層をEtOAc 500mLで抽出した。合わせた有機層を塩水(3*200mL)で洗浄、し、NaSOで乾燥させ、蒸発させた。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=10:1~1:2)により精製した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.33)。化合物B(28g、48.14mmol、収率56.00%)を白色固体として得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=1:1、Rf=0.33 LCMS(M-H):580.2;純度:95.86%。
工程2E.化合物WV-NU-174の調製。
Figure 2023526975001133
DMF(50mL)中の化合物4(2.4g、5.50mmol、0.8eq.)及びCpd.B(4.00g、6.87mmol、1eq.)及びDIEA(1.78g、13.75mmol、2.39mL、2eq.)の溶液に、N中においてヨード銅(261.83mg、1.37mmol、0.2eq.)を加えた。混合物を、15℃で12時間撹拌した。反応混合物を水 100mLで希釈し、DCM(50mL*5)で抽出し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1~酢酸エチル:MeOH=10:1)により精製した。化合物WV-NU-174(13g、12.77mmol、収率43.33%)を白色固体として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.10(br s,1H),11.58(br s,1H),11.36(s,1H),8.16(s,1H),7.96(s,1H),7.50(s,1H),7.18-7.39(m,10H),6.87(br d,J=8.50Hz,4H),5.91(br d,J=5.00Hz,1H),5.59(dd,J=9.82,2.19Hz,1H),5.44(br d,J=4.50Hz,1H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.65-4.78(m,2H),4.39(br d,J=3.38Hz,2H),4.27(br s,1H),3.89-3.97(m,1H),3.64-3.77(m,9H),3.52-3.61(m,2H),3.05-3.17(m,5H),2.86-2.96(m,2H),2.70-2.84(m,2H),2.17(br t,J=10.32Hz,1H),1.76(s,3H),1.11(dd,J=6.75,1.88Hz,6H)LCMS(M-H+):1016.3;純度:96.82%。TLC:(酢酸エチル:メタノール=5:1)、Rf=0.27。
工程2F.化合物WV-NU-174-CEPの調製。
Figure 2023526975001134
化合物WV-NU-174(6g、5.89mmol、1eq.)を、ロータリーエバポレーターでのトルエン(30mL*3)との共沸蒸留により乾燥させた。
DCM(80mL)中の化合物WV-NU-174(6g、5.89mmol、1eq.)の溶液に、DIEA(2.29g、17.68mmol、3.08mL、3eq.)に続いて3-[クロロ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル(2.79g、11.79mmol、2eq.)を加えた。混合物を20℃で2時間撹拌した。TLC(ジクロロメタン:メタノール=15:1、Rf=0.43)は、WV-NU-174が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、NaHCO飽和水溶液(20mL)の0℃での添加によってクエンチし、DCM(30mL*3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、続いてEtOAc/ACN=1/0~1/1、5% TEA)により精製して、白色固体として化合物WV-NU-174-CEP(5.2g、4.27mmol、収率72.42%)を得た。HNMR:ET5957-1796-P1A1,PNMR:ET5957-1796-P1A1,LCMS:ET5957-1796-P1B1.HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.15(br s,1H),11.58(br s,1H),11.40(br d,J=5.5Hz,1H),8.34-8.20(m,1H),8.02(d,J=7.6Hz,1H),7.52(s,1H),7.42-7.36(m,2H),7.34-7.21(m,7H),6.89(br d,J=8.8Hz,4H),6.07-5.81(m,1H),5.63(br d,J=9.9Hz,1H),4.89-4.60(m,4H),4.56-4.35(m,1H),4.01-3.90(m,1H),3.89-3.81(m,1H),3.75(s,7H),3.69-3.52(m,5H),3.46-3.38(m,2H),3.46-3.38(m,1H),3.19-3.10(m,4H),2.98-2.90(m,2H),2.87-2.74(m,4H),2.25-2.14(m,1H),1.24-1.10(m,18H),1.04(br d,J=6.6Hz,3H).31P NMR(162MHz,DMSO-d6)δ=150.15(s,1P),149.85(s,1P).
ある特定のL-DPSE-二量体ヌクレオシドアミダイト、例えば、n012のための有用な実験手順。
WV-NU-184Rp-L-DPSE及びWV-NU-184Sp-L-DPSEアミダイトの合成
Figure 2023526975001135

Figure 2023526975001136
工程1G.化合物2の合成。
Figure 2023526975001137
DCM(200mL)中の化合物1(27g、44.88mmol、1eq.)及びイミダゾール(9.17g、134.63mmol、3eq.)の溶液に、TBSCl(13.53g、89.75mmol、11.00mL、2eq.)を加えた。混合物を25℃で12時間撹拌した。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1、Rf=0.59)は、生成物が検出されたことを示した。反応混合物を、HO 300mLの添加によりクエンチし、続いてDCM 300mL*2で抽出し、乾燥させ、減圧下で濃縮して、黄色油として化合物2(30g、粗製物)を得て、これをさらに精製することなく次の工程に使用した。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1)、Rf=0.59。
工程2G.化合物3の合成。
Figure 2023526975001138
CHCOOH(240mL)及びHO(60mL)中の化合物2(35g、48.89mmol、1eq.)の溶液に、混合物を、25℃で12時間撹拌した。反応混合物を、pHを7に調整して0℃でNaHCOの添加によりクエンチし、続いてDCM 400mL*2で抽出した。合わせた有機層を乾燥させ、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(酢酸エチル:メタノール=1:0~0:1)により精製して、白色固体として化合物3(15g、36.27mmol、収率74.19%)を得た。LCMS:(M+H)414.54。TLC(酢酸エチル:メタノール=10:1)、Rf=0.17。
工程3G.化合物4Aの合成。
Figure 2023526975001139
保護でのMeCN(500mL)中の化合物1A(20g、29.12mmol、1eq.)の溶液に、0℃でBrLi(8.09g、93.19mmol、2.34mL、3.2eq.)及びDBU(14.19g、93.19mmol、14.05mL、3.2eq..)を次々に加え、N-ジクロロホスホリル-N-メチル-メタンアミン(7.07g、43.68mmol、1.5eq.)を滴下し、混合物を0℃で1時間撹拌した。LCMSは、反応体1が完全に消費され、所望のm/zが検出されたことを示した。反応混合物を濾過し、15℃にて減圧下で濃縮して、残渣を得た。カラムを、トリエチルアミン:石油エーテル=5:100(1000mL)で最初にアルカリ化し、続いて石油エーテル(1000mL)によって流した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1)により精製した。白色固体としての化合物4A(11g、13.54mmol、収率46.50%)。LCMS:(M-H):811.2。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.22。
工程4G.化合物5の合成。
Figure 2023526975001140
Cpd.3(3.13g、7.58mmol、1eq.)の溶液をN保護でTHF(50mL)中において溶解させ、続いてNaH(606.05mg、15.15mmol、純度60%、2eq.)を0℃で溶液に加え、混合物を0℃で5分間撹拌し、続いてTHF(50mL)中で溶解された化合物3(8g、9.85mmol、1.3eq.)を加え、混合物を15℃で12時間撹拌した。反応混合物を、HO 200mLで希釈し、DCM 200mL*2で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:Agela DuraShell C18 250*70mm*10um;移動相:[水(10mM NHHCO)-ACN];B%:65%~82% 100mL/分)により精製した。化合物5(7g、粗製物)を、白色固体として得た。LCMS:(M-H):1188.5。
工程5G.WV-NU-184Rp及びWV-NU-184Spの合成。
Figure 2023526975001141
THF(60mL)中の化合物5(6g、5.04mmol、1eq)の溶液に、TBAF(1M、25.20mL、6eq)を加えた。混合物を15℃で12時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、DCM 60mL*2で抽出した。泡立ったメチルtert-ブチルエーテル(100mL)を使用し、濾過し、続いて濾塊から固体を回収する。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:Welch Xtimate C18 250*70mm#10um;移動相:[水(10mM NHHCO)-ACN];B%:25%~65%、100mL/分)により精製した。化合物WV-NU-184Rp(1.2g、1.08mmol、収率21.46%、純度97%)及び化合物WV-NU-184Sp(140mg、126.72umol、収率2.51%、純度97.4%)を、白色固体として得た。
WV-NU-184Rp::HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=11.27-11.20(m,1H),10.94-10.90(m,1H),8.67-8.60(m,2H),8.13-8.08(m,1H),8.04(br d,J=7.3Hz,2H),7.68-7.60(m,1H),7.58-7.51(m,2H),7.36(br d,J=7.3Hz,2H),7.28-7.15(m,8H),6.83(dd,J=2.8,8.9Hz,4H),6.22-6.16(m,1H),5.87-5.83(m,1H),5.37-5.32(m,1H),5.19-5.11(m,1H),4.97-4.88(m,1H),4.37-4.31(m,1H),4.31-4.24(m,1H),4.21-4.13(m,1H),4.11-3.98(m,3H),3.76(br dd,J=2.2,4.6Hz,1H),3.71(s,6H),3.46(s,2H),3.41(s,3H),2.60(s,3H),2.57(s,3H).LCMS:純度:97.00%、M-H=1074.3。
WV-NU-184Sp:LCMS:純度:97.40%、M-H=1074.3。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=10.96-10.90(m,1H),8.63(s,1H),8.60(s,1H),8.10(d,J=7.5Hz,1H),8.04(br d,J=7.4Hz,2H),7.68-7.62(m,1H),7.59-7.52(m,2H),7.36(br d,J=7.4Hz,3H),7.23(br dd,J=4.1,8.1Hz,8H),6.82(dd,J=4.3,8.8Hz,5H),6.19(d,J=6.1Hz,1H),5.87-5.83(m,1H),5.37(d,J=6.5Hz,1H),5.10(td,J=3.8,7.5Hz,1H),4.94(br t,J=5.3Hz,1H),4.46-4.41(m,1H),4.24-4.09(m,3H),4.09-3.98(m,3H),3.77(dd,J=2.4,4.7Hz,2H),3.71(s,7H),3.62-3.56(m,1H),3.47(s,4H),3.40-3.36(m,5H),2.65(d,J=10.1Hz,9H),2.35-2.31(m,1H),2.08(s,3H),1.78-1.73(m,1H).
工程6G.WV-NU-184Rp-L-DPSEアミダイトの合成。
Figure 2023526975001142
二口フラスコ(200mL)中の化合物WV-NU-184Rp(2.4g、2.23mmol、1.0eq.)を、無水トルエン(30mL)と3回共沸させ、高真空で24時間乾燥させた。フラスコにアルゴン下で無水THF(12mL)を加え、溶液を-60℃まで冷却した。反応混合物に、トリエチルアミン(1.25mL、8.92mmol、4.0eq.)を加えた後、5分間かけてDPSE-Cl(0.9M)溶液(5mL、4.4mmol、2.0eq.)を加えた。反応混合物を室温まで温め、反応の進行をHPLCによりモニターした。出発材料の消失後、反応を水の添加によりクエンチし、モレキュラーシーブの添加により乾燥させた。反応混合物を、フリットガラスチューブに通して濾過した。反応フラスコ及び沈殿物を無水THF(10mL)で洗浄した。得られた濾液を回収し、溶媒を減圧下で除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、ヘキサン中の50~100% 酢酸エチル(5% EtN))により精製して、白色固体としてWV-NU-184Rp-L-DPSEアミダイト(2.6g、収率82%)を得た。化学式:C72801015Si、計算質量(M-H):1414.52。LCMS:(M-H):1414.86。H NMR(600MHz,CDCl)δ=8.66(s,1H),8.28(d,J=7.5Hz,1H),8.23(s,1H),8.07 - 8.02(m,1H),7.62(td,J=7.2,1.3Hz,1H),7.57 - 7.50(m,4H),7.45 - 7.41(m,1H),7.41 - 7.36(m,1H),7.38 - 7.34(m,1H),7.36 - 7.30(m,4H),7.32 - 7.26(m,1H),7.26 - 7.21(m,1H),6.85 - 6.79(m,3H),6.21(d,J=5.9Hz,1H),5.90(d,J=1.4Hz,1H),5.15(ddd,J=8.3,4.9,3.4Hz,1H),4.94 - 4.86(m,1H),4.46 - 4.37(m,1H),4.30 - 4.17(m,2H),4.14(q,J=7.1Hz,1H),3.79(s,5H),3.61(dd,J=10.6,4.5Hz,1H),3.55(d,J=2.7Hz,4H),3.42(dd,J=10.6,4.2Hz,1H),3.37 - 3.32(m,1H),3.18 - 3.12(m,1H),2.67(d,J=10.2Hz,4H),2.25(s,2H),1.81(dt,J=8.1,4.1Hz,1H),1.72 - 1.63(m,1H),1.45(dd,J=14.6,7.4Hz,1H),1.36 - 1.30(m,1H),1.27(d,J=7.1Hz,1H),1.25 - 1.18(m,1H),1.05(t,J=7.2Hz,1H),0.65(s,3H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ=171.16,170.68,164.64,162.84,158.67,154.82,152.52,151.66,149.57,144.55,144.22,142.38,136.33,136.06,135.43,134.49,134.40,133.74,132.76,130.13,130.10,129.59,129.52,128.87,128.28,127.99,127.96,127.92,127.89,127.12,123.81,113.21,96.42,89.72,86.97,86.79,83.25,83.22,82.98,82.96,81.04,81.02,80.91,80.83,78.97,78.92,73.11,73.08,68.71,68.61,67.43,67.41,63.84,63.81,62.70,60.40,58.87,58.71,55.26,46.81,46.58,46.29,36.72,36.69,26.96,25.93,25.91,24.96,21.07,17.67,17.65,14.22,-3.41.31P NMR(243MHz,CDCl)δ=155.82,10.35.
工程7G.WV-NU-184Sp-L-DPSEアミダイトの合成。
Figure 2023526975001143
化合物のWV-NU-184Sp(510mg)を、WV-NU-184RpからWV-NU-184Rp-L-DPSEアミダイトへのものと同様の反応条件下でWV-NU-184Sp-L-DPSEアミダイトに変換した。化学式:C72801015Si、計算質量(M-H):1414.64。LCMS:(M-H):1414.83。H NMR(600MHz,CDCl)δ 8.91(s,0H),8.67(s,1H),8.29(d,J=2.2Hz,1H),8.19(d,J=7.5Hz,1H),8.04(d,J=7.6Hz,2H),7.64(t,J=7.6Hz,1H),7.55(dd,J=16.6,7.4Hz,7H),7.45(d,J=7.7Hz,2H),7.41 - 7.32(m,13H),7.28(d,J=1.9Hz,8H),7.23(t,J=7.4Hz,1H),6.84 - 6.79(m,4H),6.22(d,J=6.7Hz,1H),5.84(s,1H),5.15 - 5.10(m,1H),4.97(d,J=6.0Hz,1H),4.90(q,J=7.0Hz,1H),4.59(t,J=3.4Hz,1H),4.31(dd,J=12.1,4.9Hz,1H),4.29 - 4.23(m,1H),4.15(t,J=8.4Hz,1H),4.05(d,J=11.9Hz,1H),3.84 - 3.78(m,1H),3.78(s,5H),3.65 - 3.56(m,4H),3.56 - 3.48(m,5H),3.37(t,J=7.4Hz,1H),3.31(t,J=7.2Hz,1H),3.17(d,J=11.3Hz,1H),2.75(dd,J=10.2,2.2Hz,5H),2.55(d,J=7.4Hz,1H),2.20(d,J=2.3Hz,3H),2.07(t,J=1.8Hz,1H),1.99(d,J=2.0Hz,1H),1.83(d,J=10.8Hz,1H),1.68(dd,J=14.3,7.5Hz,2H),1.47(dd,J=14.6,7.5Hz,1H),1.35(dd,J=13.7,7.8Hz,1H),1.31 - 1.19(m,2H),1.19 - 1.14(m,1H),1.05(t,J=7.4Hz,1H),0.71 - 0.64(m,3H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ=-3.42,-3.28,14.22,14.88,17.73,17.75,23.39,25.02,25.91,25.94,26.99,34.49,36.79,36.81,46.55,46.79,55.23,55.26,58.76,60.41,62.85,63.47,63.50,67.43,67.44,68.59,68.67,74.04,74.07,76.82,77.03,77.25,78.99,79.05,80.71,80.93,82.80,83.63,83.65,86.41,86.87,90.20,96.20,113.20,123.69,127.06,127.86,127.91,127.97,128.00,128.10,128.14,128.32,128.90,129.51,129.57,130.12,130.18,132.80,133.73,134.41,134.50,134.56,135.45,135.49,136.07,136.37,142.60,144.31,144.54,149.51,151.79,154.82,158.60,158.62,162.46.31P NMR(243MHz,CDCl)δ=155.38,11.27.
WV-NU-185Sp-L-DPSE及びWV-NU-185Rp-L-DPSEアミダイトの合成
Figure 2023526975001144

Figure 2023526975001145
工程1F.化合物2の合成。
Figure 2023526975001146
DCM(400mL)中の化合物1(35g、50.89mmol、1eq.)の溶液に、イミダゾール(10.39g、152.67mmol、3eq.)及びTBSCl(15.34g、101.78mmol、12.47mL、2eq.)を加えた。混合物を、25℃で12時間撹拌した。LCMSは、化合物1が完全に消費され、所望の質量が検出されたことを示した。反応混合物を、水 200mLの添加により洗浄し、続いてDCM(200mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物2(40.8g、粗製物)を無色油として得た。LCMS(M+H+):801.3。
工程2F.化合物3の合成。
Figure 2023526975001147
AcOH(240mL)及びH2O(60mL)の混合物中の化合物2(40.8g、50.87mmol、1eq.)の溶液、混合物を25℃で12時間撹拌した。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.47。反応混合物を、pH=7に調整して0℃でNaHCO3の添加によりクエンチし、続いてDCM(200mL*4)で抽出した。合わせた有機層を乾燥させ、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=30:1~0:1、5% TEA)により精製して、精製の後、白色固体として化合物3(22g、44.03mmol、収率86.55%)を得た。LCMS(H-M+):498.2、純度:89.4%TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.47。
工程3F.化合物4Aの合成。
Figure 2023526975001148
DCM(8mL)及びMeCN(24mL)中の化合物4(6g、8.31mmol、1eq.)の溶液に、LiBr(2.31g、26.60mmol、667.70uL、3.2eq.)を0℃で加え、続いてDBU(4.05g、26.60mmol、4.01mL、3.2eq.)を加え、N-ジクロロホスホリル-N-メチル-メタンアミン(2.15g、13.30mmol、1.6eq.)をN2中において滴下し、混合物を0℃で2時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.75)は、化合物4が完全に消費され、新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下にて20℃で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=0:1~1:1、5% TEA)により精製した。化合物4A(5g、5.90mmol、収率70.99%)を、白色油として得た。TLC:石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.75。
工程4F.化合物WV-NU-185Sp及びWV-NU-185Rpの合成。
Figure 2023526975001149
THF(50mL)中の化合物3(2.90g、5.81mmol、1eq.)の溶液に、NaH(697.13mg、17.43mmol、純度60%、3eq.)を0℃で0.5時間加え、続いてN2中において化合物4A(5g、5.81mmol、1eq.)を加えた。混合物を、0~20℃で2時間撹拌した。反応混合物を、NH4Cl 30mLにより0℃でクエンチし、DCM(50mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:C18 20~35um 100A 100g;移動相:[水(10mM NH4CO3)-ACN];B%:70%~95%、20分、精製の後、化合物5Sp(1.4g、1.07mmol、収率18.39%)を白色固体として得た。化合物5Rp(2.1g、1.60mmol、収率27.58%)を白色固体として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=12.89(s,1H),11.22(s,1H),8.75(s,1H),8.69(s,1H),8.16(br d,J=7.4Hz,2H),8.04(d,J=7.3Hz,2H),7.77(s,1H),7.68-7.46(m,6H),7.40(br d,J=7.5Hz,2H),7.33-7.18(m,7H),6.88(dd,J=5.3,8.8Hz,4H),6.15(d,J=4.9Hz,1H),5.88(br d,J=4.4Hz,1H),4.93-4.85(m,1H),4.68-4.61(m,2H),4.38(br t,J=4.5Hz,1H),4.28(br d,J=4.1Hz,1H),4.10(br s,3H),3.85-3.78(m,1H),3.71(d,J=1.9Hz,7H),3.46(br s,2H),3.40-3.27(m,11H),3.18(s,3H),2.07(s,1H),1.53(s,2H),0.89(s,9H),0.15-0.06(m,6H).LCMS(M-H):1309.4;純度:98.63%。HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=12.91(br s,1H),11.22(s,1H),8.75(s,1H),8.65(s,1H),8.16(br d,J=7.5Hz,2H),8.03(d,J=7.3Hz,2H),7.81(s,1H),7.67-7.45(m,6H),7.41-7.36(m,2H),7.32(t,J=7.6Hz,2H),7.24(dd,J=4.1,8.8Hz,5H),6.89(dd,J=2.5,9.0Hz,4H),6.17(d,J=5.0Hz,1H),5.89(br d,J=3.5Hz,1H),5.91-5.86(m,1H),4.85-4.77(m,1H),4.65(br d,J=3.9Hz,1H),4.62-4.56(m,1H),4.38-4.33(m,1H),4.27-4.20(m,2H),4.17-4.12(m,2H),3.72(s,6H),3.41(br t,J=4.4Hz,2H),3.35(s,3H),3.17(d,J=5.3Hz,7H),3.11(s,3H),2.40(br d,J=10.3Hz,6H),1.58(s,2H),0.91(s,9H),0.12(d,J=6.3Hz,6H).LCMS(M-H):1309.4;純度:97.74%。
工程5F.化合物WV-NU185Spの合成:THF(14mL)中の化合物5S(1.40g、1.07mmol、1eq.)の溶液に、TBAF(1M、3.20mL、3eq.)を加えた。混合物を、25℃で2時間撹拌した。TLC:(ジクロロメタン:メタノール=8:1、Rf=0.49)は、化合物5Sが完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。次に、反応混合物を、水 20mLで希釈し、DCM 60mL(20mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、メチルtert-ブチルエーテル(200ml)により25℃で30分間トリチュレートした。濾過して白色固体を得た。粗生成物を、逆相HPLC(Phenomenex Titank C18 Bulk 250*70mm 10u;移動相:[水(10mM NH4CO3)-ACN];B%:53%~83%、20分により精製した。化合物WV-NU-185Sp(0.9g、752.38umol、収率75.84%)を、白色固体として得た。HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=8.75(s,1H),8.66(s,1H),8.15(br s,1H),8.04(br d,J=7.5Hz,2H),7.80(br s,1H),7.67-7.46(m,7H),7.41(br d,J=7.8Hz,2H),7.33-7.25(m,6H),7.25-7.19(m,1H),6.93-6.83(m,4H),6.16(d,J=5.3Hz,1H),5.88(br d,J=4.1Hz,1H),5.54(d,J=5.6Hz,1H),4.92-4.86(m,1H),4.52(br t,J=5.1Hz,1H),4.42(br s,1H),4.36(br s,1H),4.31-4.26(m,1H),4.10(br s,3H),3.81(br s,2H),3.71(s,6H),3.46(br s,2H),3.36(d,J=9.8Hz,5H),3.18(s,3H),2.54(s,3H),2.52-2.50(m,6H),1.52(br s,2H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ=-3.32,12.57,14.22,17.75,17.78,25.96,25.98,27.25,36.68,36.70,46.56,46.79,55.27,58.73,59.05,60.40,62.50,64.54,64.57,67.88,67.90,70.06,70.13,70.41,72.48,73.74,73.78,76.87,77.08,77.29,79.30,79.36,81.33,81.36,81.81,81.83,82.06,82.11,82.72,82.76,86.69,87.33,87.77,112.28,113.36,123.79,127.29,127.90,127.93,128.00,128.03,128.09,128.12,128.35,128.87,129.41,129.43,129.92,130.25,132.45,132.78,133.75,134.35,134.43,134.51,134.61,135.03,135.20,135.91,136.58,136.80,137.17,142.27,144.10,148.19,149.72,151.25,152.52,158.79,158.83,159.61,164.65,171.15,179.56.LCMS(M-H):1194.4、純度:97.70%。TLC:ジクロロメタン:メタノール=8:1、Rf=0.49。
工程6F.化合物WV-NU-185Rpの合成:THF(20mL)中の化合物5R(2.1g、1.60mmol、1eq.)の溶液に、TBAF(1M、4.81mL、3eq.)を加えた。混合物を、25℃で2時間撹拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。次に、反応混合物を、水 20mLで希釈し、酢酸エチル 60mL(20mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、メチルtert-ブチルエーテル(100mL)により25℃で30分間トリチュレートした。ケーキを濾過し、続いて減圧下で濃縮して、白色固体を得た。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:Welch Xtimate C18 250*70mm#10um;移動相:[水(10mM NH4CO3)-ACN];B%:55%~90%、20分により精製した。化合物WV-NU-185Rp(1.17g、978.10umol、収率41.35%)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=8.75(s,1H),8.64(s,1H),8.12(br d,J=7.3Hz,2H),8.03(br d,J=7.4Hz,2H),7.83(br s,1H),7.67-7.46(m,7H),7.40-7.29(m,5H),7.24(br dd,J=2.8,8.7Hz,5H),6.90(dd,J=1.8,8.7Hz,4H),6.18(d,J=4.9Hz,1H),5.90(d,J=3.8Hz,1H),5.54(d,J=5.4Hz,1H),4.87-4.80(m,1H),4.48-4.40(m,2H),4.36(br t,J=4.4Hz,1H),4.28-4.20(m,2H),4.16(br d,J=4.1Hz,2H),3.82-3.75(m,2H),3.72(s,6H),3.43(br t,J=4.4Hz,2H),3.36(d,J=11.9Hz,6H),3.14(s,3H),2.42(d,J=10.3Hz,6H),1.55(s,3H).LCMS(M+H):1194.3、純度:97.18%。
Figure 2023526975001150
工程6F.WV-NU-185Rp-L-DPSEアミダイトの合成:二口フラスコ(200mL)中の化合物WV-NU-185Rp(2.3g、2.03mmol、1.0eq.)を、無水トルエン(30mL)と3回共沸させ、高真空で24時間乾燥させた。フラスコにアルゴン下で無水THF(12mL)を加え、溶液を-60℃まで冷却した。反応混合物に、トリエチルアミン(1.15mL、8.21mmol、4.0eq.)を加えた後、5分間かけてDPSE-Cl(0.9M)溶液(4.56mL、4.1mmol、2.0eq.)を加えた。反応混合物を室温まで温め、反応の進行をHPLCによりモニターした。出発材料の消失後、反応を水の添加によりクエンチし、モレキュラーシーブの添加により乾燥させた。反応混合物を、フリットガラスチューブに通して濾過した。反応フラスコ及び沈殿物を無水THF(10mL)で洗浄した。得られた濾液を回収し、溶媒を減圧下で除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、ヘキサン中の50~100% 酢酸エチル(5% EtN))により精製して、白色固体としてWV-NU-185Rp-L-DPSEアミダイト(2.4g、収率80%)を得た。化学式:C81901015Si、計算質量(M-H):1532.70。LCMS:(M-H):1532.81。H NMR(600MHz,CDCl)δ 13.07(s,1H),9.01(s,1H),8.67(s,1H),8.24 - 8.19(m,2H),8.01(s,1H),7.97 - 7.93(m,2H),7.73(d,J=1.4Hz,1H),7.51(td,J=7.2,1.3Hz,1H),7.46(d,J=1.4Hz,1H),7.46 - 7.39(m,6H),7.38 - 7.31(m,3H),7.31 - 7.19(m,10H),7.21 - 7.12(m,3H),6.79 - 6.72(m,3H),6.15(d,J=5.6Hz,1H),5.86(d,J=4.2Hz,1H),4.92(dt,J=8.4,4.3Hz,1H),4.87(dt,J=8.6,5.9Hz,1H),4.72(dt,J=9.7,5.0Hz,1H),4.36 - 4.29(m,2H),4.20(t,J=4.6Hz,1H),4.08 - 3.98(m,2H),3.91 - 3.79(m,2H),3.75 - 3.67(m,6H),3.53 - 3.43(m,3H),3.41(ddd,J=15.5,12.3,6.5Hz,1H),3.34(dd,J=11.0,2.2Hz,1H),3.31(s,2H),3.20(s,2H),3.11(tdd,J=10.3,8.6,4.2Hz,1H),2.58(d,J=10.4Hz,4H),1.79(ddt,J=12.8,8.9,5.1Hz,1H),1.54(dd,J=14.6,8.6Hz,1H),1.41 - 1.32(m,4H),1.24 - 1.14(m,1H),0.57(s,3H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ=-3.35,-3.25,12.44,14.22,17.70,17.73,21.07,25.95,25.97,27.12,36.53,36.55,46.61,46.85,55.30,58.62,58.63,58.85,60.41,61.88,65.23,65.27,67.75,67.77,70.27,70.33,70.41,72.05,72.08,72.30,76.84,77.05,77.27,79.06,79.12,81.48,81.79,81.84,82.23,82.25,82.41,82.45,82.47,87.18,87.20,87.80,112.18,113.29,113.32,123.61,127.43,127.88,127.94,127.95,128.06,128.11,128.51,128.88,129.45,129.48,129.93,130.32,130.35,132.43,132.74,133.80,134.37,134.40,134.51,134.54,134.98,135.11,135.99,136.50,136.66,137.18,142.17,143.90,147.99,149.60,151.51,152.62,158.90,158.91,159.67,164.65,171.15,179.60.31P NMR(243MHz,CDCl)δ=153.87,11.35.
工程7F.WV-NU-185Sp-L-DPSEアミダイトの合成。
Figure 2023526975001151
化合物のWV-NU-185Sp(750mg)を、WV-NU-185RpからWV-NU-185Rp-L-DPSEアミダイトへのものと同様にWV-NU-185Sp-L-DPSEアミダイトに変換した(680mg、収率70%)。化学式:C81901015Si、計算質量(M-H):1532.70。LCMS:(M-H):1532.75。H NMR(600MHz,CDCl)δ=13.17(s,1H),9.08(s,1H),8.77(s,1H),8.33 - 8.29(m,2H),8.11(s,1H),8.05(d,J=7.6Hz,2H),7.82(d,J=1.5Hz,1H),7.64 - 7.58(m,1H),7.58 - 7.48(m,7H),7.45(dd,J=15.4,7.7Hz,4H),7.41 - 7.29(m,9H),7.26(td,J=7.4,5.6Hz,3H),6.88 - 6.82(m,4H),6.24(d,J=5.6Hz,1H),5.95(d,J=4.1Hz,1H),5.02(dt,J=8.3,4.3Hz,1H),4.97(dt,J=8.6,5.9Hz,1H),4.82(dt,J=9.6,5.0Hz,1H),4.46 - 4.39(m,2H),4.30(t,J=4.6Hz,1H),4.17 - 4.07(m,2H),4.00 - 3.88(m,2H),3.82(ddd,J=11.4,5.0,3.4Hz,1H),3.79(d,J=4.3Hz,6H),3.63 - 3.55(m,3H),3.57 - 3.47(m,2H),3.44(dd,J=11.0,2.2Hz,1H),3.41(s,3H),3.30(s,3H),3.25 - 3.16(m,1H),2.67(d,J=10.4Hz,5H),1.88(ddt,J=12.2,8.0,3.8Hz,1H),1.79 - 1.70(m,1H),1.63(dd,J=14.7,8.6Hz,1H),1.50 - 1.42(m,1H),1.34 - 1.24(m,2H),0.67(s,3H).31P NMR(243MHz,CDCl)δ 153.79,11.10.13C NMR(151MHz,CDCl)δ=-3.32,12.57,14.22,17.75,17.78,25.96,25.98,27.25,36.68,36.70,46.56,46.79,55.27,58.73,59.05,60.40,62.50,64.54,64.57,67.88,67.90,70.06,70.13,70.41,72.48,73.74,73.78,76.87,77.08,77.29,79.30,79.36,81.33,81.36,81.81,81.83,82.06,82.11,82.72,82.76,86.69,87.33,87.77,112.28,113.36,123.79,127.29,127.90,127.93,128.00,128.03,128.09,128.12,128.35,128.87,129.41,129.43,129.92,130.25,132.45,132.78,133.75,134.35,134.43,134.51,134.61,135.03,135.20,135.91,136.58,136.80,137.17,142.27,144.10,148.19,149.72,151.25,152.52,158.79,158.83,159.61,164.65,171.15,179.56.
WV-NU-186Sp-L-DPSE及びWV-NU-186Rp-L-DPSEアミダイトの合成。
Figure 2023526975001152

Figure 2023526975001153
工程1H.化合物2の調製。
Figure 2023526975001154
DCM(360mL)中の化合物1(32g、44.33mmol、1eq.)の溶液に、イミダゾール(12.07g、177.34mmol、4eq.)及びTBSCl(20.05g、133.00mmol、16.30mL、3eq.)を加えた。混合物を、20℃で12時間撹拌した。反応混合物を、水 360mLで希釈し、DCM(360mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物2(30g、粗製物)を、黄色油として得て、さらに精製することなく次の工程に使用した。LCMS:(M-H)835.05。
工程2H.化合物3の調製。
Figure 2023526975001155
CHCOOH(320mL)及びHO(80mL)中の化合物2(30g、35.88mmol、1eq.)の溶液、混合物を、15℃で12時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=0/1)は、化合物2が完全に消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、pHを7に調整して0℃でNaHCOの添加によりクエンチし、続いてDCM 400mL*2で抽出した。合わせた有機層を乾燥させ、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物3(17.5g、32.79mmol、収率91.38%)を、白色固体として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.14。
工程3H.化合物4Aの調製。
Figure 2023526975001156
DCM(30mL)及びMeCN(90mL)中の化合物4(10g、14.01mmol、1eq.)の溶液に、LiBr(3.89g、44.83mmol、1.13mL、3.2eq.)及びDBU(6.83g、44.83mmol、6.76mL、3.2eq.)を加え、続いてN-ジクロロホスホリル-N-メチル-メタンアミン(3.40g、21.02mmol、1.5eq.)を加えた。混合物を、0℃で2時間撹拌した。反応混合物を減圧下にて0℃で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製した。化合物4A(7g、8.34mmol、収率59.53%)を白色固体として得た。LCMS:(M-H):837.3。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.09。
工程4H.化合物8の調製。
Figure 2023526975001157
THF(50mL)中の化合物4A(4.45g、8.34mmol、1eq.)の溶液に、NaH(667.18mg、16.68mmol、純度60%、2eq.)を0℃で加え、続いて5分間撹拌し、THF(50mL)中の化合物3(7g、8.34mmol、28.20uL、1eq.)を加えた。混合物を0~15℃で2時間撹拌した。反応混合物を、NHCl 20mLで希釈し、DCM 100mL*2で抽出し、乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:Agela DuraShell C18 250*70mm*10um;移動相:[水(10mM NHHCO)-ACN];B%:75%~95%、100mL/分)により精製した。化合物8(2.09g、1.56mmol、収率18.75%)を、白色固体として得た。LCMS:(M-H):1334.1。
工程5H.化合物WV-NU-186の調製。
Figure 2023526975001158
THF(20mL)中の化合物8(10.00g、7.48mmol、1eq.)の溶液に、TBAF(1M、44.89mL、6eq.)を加えた。混合物を、15℃で2時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、酢酸エチル 50mLで溶解させ、続いてHO 50mL*3で希釈した。合わせた有機層を乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗生成物を、逆相HPLC(カラム:Phenomenex Gemini C18 250*50mm*10um;移動相:[水(10mM NHHCO)-ACN];B%:45%~75%、100mL/分)により精製した。化合物WV-NU-186(4.8g、3.93mmol、収率52.49%)を、白色固体として得た。LCMS:(M-H):1221.6。
工程6H.化合物WV-NU-186Sp及びWV-NU-186Rpの調製。
Figure 2023526975001159
粗生成物を、逆相HPLCにより精製した(カラム:PhenomenexTitank C18 Bulk 250*70mm 10u;移動相:[水(10mM NHHCO)-ACN];B%:60%~72%、20分)、精製の後、参照されたい。化合物WV-NU-186Rp(3.48g、2.85mmol、収率43.50%)及び化合物WV-NU-186Sp(3.06g、2.50mmol、収率38.25%)を、白色固体として得た。WV-NU-186Rp:H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=12.98(s,1H),12.06-11.97(m,1H),11.57(s,1H),8.19-8.11(m,3H),7.75-7.66(m,1H),7.63-7.56(m,1H),7.53-7.45(m,2H),7.37-7.31(m,2H),7.30-7.16(m,8H),6.89-6.79(m,5H),5.93-5.89(m,1H),5.88-5.84(m,1H),5.34-5.29(m,1H),4.98-4.90(m,1H),4.85-4.80(m,1H),4.27-4.20(m,3H),4.09-4.01(m,3H),3.88-3.80(m,1H),3.73-3.69(m,8H),3.45(td,J=4.6,17.4Hz,5H),3.33(s,5H),3.31-3.25(m,2H),2.57(s,3H),2.55(s,3H),1.91-1.87(m,3H),1.11(dd,J=2.9,6.8Hz,7H).LCMS:(M-H):1220.5。WV-NU-186Sp:HNMR(400MHz,DMSO-d)δ=12.95(s,1H),12.11-12.05(m,1H),11.65-11.55(m,1H),8.23-8.09(m,3H),7.79-7.72(m,1H),7.63-7.45(m,3H),7.39-7.34(m,2H),7.31-7.20(m,7H),6.85(dd,J=3.8,8.8Hz,4H),6.00-5.85(m,2H),5.36-5.28(m,1H),4.93-4.78(m,2H),4.41-4.35(m,1H),4.15-3.98(m,5H),3.78-3.66(m,9H),3.65-3.59(m,1H),3.52-3.45(m,2H),3.12(s,3H),2.77-2.70(m,1H),2.66(d,J=10.3Hz,6H),2.09(s,6H),2.02-1.95(m,3H),1.12(dd,J=2.9,6.6Hz,6H).LCMS:(M-H):1220。
工程7H.WV-NU-186Rp-L-DPSEアミダイトの合成。
Figure 2023526975001160
二口フラスコ(200mL)中の化合物WV-NU-186Rp(3.3g、2.7mmol、1.0eq.)を、無水トルエン(30mL)と3回共沸させ、高真空で24時間乾燥させた。フラスコに、アルゴン下で無水THF(12mL)を加え、溶液を-60℃まで冷却した。反応混合物にトリエチルアミン(1.25mL、8.92mmol、4.0eq.)を加えた。反応混合物に、TMSCl(0.34mL、2.7mmol、1.0eq.)を加えた後、5分間かけてDPSE-Cl(0.9M)溶液(5.4mL、6.0mmol、2.0eq.)を加えた。反応混合物を室温まで温め、反応の進行をHPLCによりモニターした。出発材料の消失後、反応を水の添加によりクエンチし、モレキュラーシーブの添加により乾燥させた。反応混合物を、フリットガラスチューブに通して濾過した。反応フラスコ及び沈殿物を無水THF(10mL)で洗浄した。得られた濾液を回収し、溶媒を減圧下で除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、ヘキサン中の50~100% 酢酸エチル(5% EtN))により精製して、白色固体としてWV-NU-186Rp-L-DPSEアミダイト(3.3g、収率76%)を得た。化学式:C79941018Si、計算質量(M-H):1561.71。LCMS:(M-H):1560.34。H NMR(600MHz,CDCl)δ=8.90(s,1H),8.17 - 8.12(m,2H),7.61(s,1H),7.39 - 7.30(m,7H),7.28(t,J=7.7Hz,2H),7.22 - 7.12(m,8H),7.09(s,3H),7.11 - 6.99(m,6H),6.62 - 6.55(m,4H),5.73(d,J=4.5Hz,1H),5.65(d,J=3.9Hz,1H),5.50(dt,J=9.8,5.0Hz,1H),4.85(t,J=4.6Hz,1H),4.73(td,J=7.1,5.4Hz,1H),4.37(dt,J=8.7,5.4Hz,1H),4.13(dt,J=5.7,3.2Hz,1H),4.08(ddd,J=11.6,5.1,2.6Hz,1H),4.03 - 3.93(m,1H),3.90(dd,J=5.7,2.8Hz,1H),3.85(dd,J=5.2,3.9Hz,1H),3.76(ddd,J=11.6,5.2,3.0Hz,1H),3.63 - 3.55(m,8H),3.57 - 3.48(m,1H),3.36 - 3.27(m,6H),3.24 - 3.18(m,1H),3.11(s,3H),3.04(s,3H),2.96(dt,J=9.5,3.1Hz,2H),2.34(d,J=10.3Hz,6H),2.01 - 1.92(m,4H),1.64(dt,J=8.1,4.0Hz,1H),1.47(td,J=13.7,7.4Hz,2H),1.29(dd,J=14.6,6.8Hz,1H),1.22 - 1.17(m,1H),1.12 - 1.02(m,1H),0.90(d,J=6.9Hz,3H),0.83(d,J=6.9Hz,3H),0.47(s,3H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ=178.73,159.66,158.77,158.67,155.54,147.78,147.73,147.41,144.39,138.60,137.65,137.03,136.36,136.05,135.59,135.47,134.47,134.41,134.37,132.60,130.11,130.07,130.00,129.98,129.94,129.60,129.54,128.19,128.14,128.10,128.07,128.03,127.99,127.91,127.11,121.88,113.36,113.29,113.17,111.69,90.02,86.61,86.43,81.74,81.69,81.55,81.53,81.48,81.44,81.00,80.99,78.93,78.87,73.52,73.49,72.47,72.36,72.33,72.17,70.94,70.59,69.99,69.90,67.63,67.61,65.11,65.07,62.59,60.40,59.05,59.01,58.94,58.92,55.29,55.28,46.85,46.61,36.66,36.56,36.54,36.27,27.05,25.93,25.91,21.07,18.78,18.71,17.66,17.63,14.22,13.47,-3.40.31P NMR(243MHz,CDCl)δ=155.61,10.70.
工程8H.WV-NU-186Sp-L-DPSEアミダイトの合成。
Figure 2023526975001161
化合物のWV-NU-186Sp(3.0g)を、WV-NU-186RpからWV-NU-186Rp-L-DPSEアミダイトへのものと同様にWV-NU-186Sp-L-DPSEアミダイトに変換した(2.46mg、収率62%)。化学式:C79941018Si、計算質量(M-H):1561.71。LCMS:(M-H):1560.34。H NMR(600MHz,CDCl)δ=8.12 - 8.08(m,1H),7.56(s,1H),7.36 - 7.29(m,4H),7.24(t,J=7.7Hz,2H),7.18(d,J=1.8Hz,1H),7.18 - 7.11(m,4H),7.11(dd,J=4.1,2.5Hz,2H),7.05(dd,J=6.7,2.2Hz,2H),7.02 - 6.96(m,2H),6.99 - 6.93(m,1H),6.56 - 6.49(m,3H),5.66(d,J=4.4Hz,1H),5.62 - 5.58(m,1H),5.36(d,J=3.4Hz,1H),4.78(t,J=4.6Hz,1H),4.71(q,J=6.8Hz,1H),4.29(dt,J=9.2,5.8Hz,1H),4.15(dt,J=5.3,2.5Hz,1H),3.92(q,J=7.2Hz,1H),3.83 - 3.70(m,3H),3.64 - 3.52(m,1H),3.53(s,4H),3.51 - 3.40(m,1H),3.37 - 3.29(m,1H),3.31 - 3.20(m,4H),3.10(s,2H),3.04(s,2H),3.08 - 2.97(m,1H),2.94(ddd,J=9.6,4.1,2.2Hz,1H),2.52(d,J=10.3Hz,4H),1.84(s,1H),1.64(dt,J=8.2,4.1Hz,1H),1.51 - 1.39(m,1H),1.27(dd,J=14.7,6.7Hz,1H),1.22 - 1.17(m,1H),1.09 - 1.00(m,2H),0.85(d,J=6.9Hz,2H),0.74(d,J=6.9Hz,2H),0.45(s,3H).13C NMR(151MHz,CDCl)δ=-3.87,-3.39,13.47,14.22,17.81,17.84,18.55,18.79,19.05,21.07,25.95,25.97,27.18,36.20,36.71,36.73,46.45,46.69,55.22,55.25,58.88,58.97,59.00,59.03,60.40,61.98,64.80,64.84,67.73,69.60,69.66,70.45,70.57,70.65,72.13,72.16,72.23,72.32,73.39,73.42,76.85,76.88,77.06,77.09,77.27,77.30,79.24,79.30,80.58,81.20,81.27,81.32,81.59,81.63,86.31,86.59,91.53,111.59,113.12,113.18,113.26,122.04,127.02,127.86,127.91,127.97,127.99,128.12,128.16,128.18,129.48,129.53,129.92,129.97,129.99,130.03,130.07,130.11,132.61,134.37,134.40,134.42,134.53,135.61,135.77,136.01,136.49,137.03,138.26,138.98,144.67,147.37,147.55,147.78,155.60,158.59,158.69,159.68,171.15,178.75,179.66,180.34.31P NMR(243MHz,CDCl)δ=153.16,11.22.
ある特定の有用な化合物が調製され、下で記載された。
Figure 2023526975001162
MOE-G単量体451:収率81%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 175.14,158.52,150.30,148.81;MS(ES)C4250PSに関するm/z計算値[M+H]864.29、観測値:864.56[M+H]
OMe-A単量体452:収率92%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 175.65,159.27,151.04,150.10;MS(ES)C4344PSに関するm/z計算値[M+H]838.25、観測値:838.05[M+H]
OMe-U単量体453:収率94%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 175.09,162.04,154.12,153.58;MS(ES)C3539PSに関するm/z計算値[M+K]749.15、観測値:749.06[M+K]
MOE-5-Me-C単量体454:収率91%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 175.53,162.04,153.78,153.61;MS(ES)C4550PSに関するm/z計算値[M+H]872.28、観測値:872.16[M+H]
f-G単量体455:収率97%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 176.88(d),161.94(d),154.16(d),152.48(d);MS(ES)C3943FNPSに関するm/z計算値[M+H]808.24、観測値:808.65[M+H]
f-A単量体456:収率99%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 177.43(d),159.63(d),149.76(d),149.55(d);MS(ES)C4241FNPSに関するm/z計算値[M+H]826.23、観測値:826.56[M+H]
dA単量体457:収率98%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 171.85,154.47,146.19,144.48;MS(ES)C4242PSに関するm/z計算値[M+K]846.20、観測値:846.56[M+K]
Mor-G単量体458:収率72%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 121.26,105.98,93.48,93.24;MS(ES)C3945PSに関するm/z計算値[M+K]827.22、観測値:827.60[M+K]
Mor-A単量体459:収率37%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 121.87,106.17,93.23,93.05;MS(ES)C4243PSに関するm/z計算値[M+K]845.21、観測値:845.32[M+K]
Mor-C単量体460:収率68%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 122.34,106.05,93.33,92.6116;MS(ES)C4143PSに関するm/z計算値[M+K]821.20、観測値:821.54[M+K]
いくつかの実施形態では、様々な立体的に純粋なモルホリン単量体が、下記のとおりに調製された:
Figure 2023526975001163
5’-ODMTr保護されたモルホリンヌクレオシド(11.1mmol)を、無水トルエン(100mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口250mL丸底フラスコ中で乾燥させた。乾燥されたヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で乾燥THF(55mL)中において溶解させた。次に、1-メチルイミダゾール(44.2mmol、4当量)を反応混合物中に加え、続いて約-10℃まで冷却した[この段階で、Bの場合:GiBuクロロトリメチルシラン(0.9当量)が加えられる]。粗製のクロロ試薬のTHF溶液(1M溶液、1.8当量、19.9mmol)を、カニューレを介して約3分間かけて上の混合物に加え、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。得られた反応混合物を室温でさらに24時間撹拌した。次に、真空/アルゴン下で注意深く濾過し、得られた濾液を減圧下で濃縮して、黄色泡を得て、これをさらに高真空下で一晩乾燥させた。粗製の混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。
ある特定の立体的に純粋なモルホリン単量体の構造が、下で記載される:
Figure 2023526975001164
立体的に純粋な(Rp)Csm01-L-MMPC単量体701:収率39%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 137.80;MS(ES)C4751PSに関するm/z計算値[M+K] 885.29,観測値:885.51[M+K]
立体的に純粋な(Sp)Csm01-D-MMPC単量体702:収率28%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 137.42;MS(ES)C4751PSに関するm/z計算値[M+K] 885.29,観測値:885.70[M+K]
立体的に純粋な(Rp)Gsm01-L-MMPC単量体703:収率37%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 136.58;MS(ES)C4555PSに関するm/z計算値[M+K] 891.31,観測値:891.48[M+K]
立体的に純粋な(Sp)Gsm01-D-MMPC単量体704:収率38%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 136.56;MS(ES)C4555PSに関するm/z計算値[M+K] 891.31,観測値:891.67[M+K]
立体的に純粋な(Rp)Tsm01-L-MMPC単量体705:収率30%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 138.52;MS(ES)C4148PSに関するm/z計算値[M+Na] 780.28,観測値:780.52[M+Na]
立体的に純粋な(Sp)Tsm01-D-MMPC単量体706:収率25%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 137.62;MS(ES)C4148PSに関するm/z計算値[M+Na] 780.28,観測値:780.81[M+Na]
いくつかの実施形態では、以下の略語が使用される。
略語
1X試薬:TEA-3HF:TEA:HO:DMSO=5.0:1.8:15.5:77.7(v/v/v/v)
ADIH:2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリウムヘキサフルオロホスフェート
CMIMT:N-シアノメチルイミダゾリウムトリフレート
CPG:コントロールドポアガラス
DBU:1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン
DCM:ジクロロメタン、CHCl
DIPEA:ジイソプロピルエチルアミン
DMSO:ジメチルスルホキシド
DMTr:4,4’-ジメトキシトリチル
GalNAc:N-アセチルガラクトサミン
HF:フッ化水素
HATU:1-[ビス(ジメチルアミノ)メチレン]-1H-1,2,3-トリアゾロ[4,5-b]ピリジニウム3-オキシドヘキサフルオロホスフェート
IBN:イソブチロニトリル
MeCN:アセトニトリル
MeIm:N-メチルイミダゾール
TCA:トリクロロ酢酸
TEA:トリエチルアミン
XH:キサンタンヒドリド
実施例25.ある特定の追加の化学的部分。
本明細書に記載されるとおり、本開示のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の追加の化学的部分を含み得る。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、ASGPRリガンド、例えば、
Figure 2023526975001165

であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンドは、
Figure 2023526975001166

であるか又はそれを含む。様々な技術が、本開示に従って追加の化学的部分を調製し、コンジュケートするために利用可能である。ある特定の技術が、例として下で記載される。
5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸(例えば、Mod152用)の合成。
Figure 2023526975001167
工程1:並行した2個のバッチ:DMF(2250mL)中の(2R,3R,4R)-2-(ヒドロキシメチル)-3,4-ジヒドロ-2H-ピラン-3,4-ジオール(75g、513.20mmol、1eq.)の溶液に、0℃でNaH(92.37g、2.31mol、純度60%、4.5eq.)を加え、続いてBnBr(307.21g、1.80mol、213.34mL、3.5eq.)を加えた。混合物を0~20℃で0.5時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=10:1、R=0.40)は、出発材料が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、飽和NHCl(1500mL)により0℃でクエンチし、MTBE(1500mL×3)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0:1)により精製して、黄色固体として318gの(2R,3R,4R)-3,4-ビス(ベンジルオキシ)-2-((ベンジルオキシ)メチル)-3,4-ジヒドロ-2H-ピランを得た。MS:439.1(M=Na);TLC(石油エーテル:酢酸エチル=10:1)R=0.40。
工程2:並行した15個のバッチ:DCM(1800mL)中の(2R,3R,4R)-3,4-ビス(ベンジルオキシ)-2-((ベンジルオキシ)メチル)-3,4-ジヒドロ-2H-ピラン(30g、72.03mmol、1eq.)及びTMSN(24.89g、216.08mmol、28.42mL、3eq.)の混合物に、いずれの介在時間も伴わずに0~5℃でPIFA(68.83g、144.05mmol、純度90%、2eq.)、TEMPO(2.27g、14.41mmol、0.2eq.)、BuNHSO(4.89g、14.41mmol、0.2eq.)及びHO(64.90g、3.60mol、64.90mL、50eq.)を逐次的に加えた。混合物を0~5℃で40分間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1、R=0.35)は、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を、NaHCO飽和水溶液(1500mL)によりクエンチし、水相をジクロロメタン(500mL×3)で抽出した。有機相をHO(1000mL×3)及びNaCl飽和水溶液(1000mL×3)により洗浄し、NaSOで乾燥させた。15個のバッチを減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、MPLC(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=0%~20%)により精製して、黄色油として(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アジド-4,5-ビス(ベンジルオキシ)-6-((ベンジルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-オール(280g、粗製物)を得た。LCMS:M+Na=498.1、純度:63.34%;TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)R=0.35。
工程3:並行した2個のバッチ:EtOH(2000mL)中の(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アジド-4,5-ビス(ベンジルオキシ)-6-((ベンジルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-オール(140g、294.41mmol、1eq.)の溶液に、NaBH(16.64g、439.86mmol、1.49eq.)を0~5℃で加え、混合物を20~25℃で1時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=2:1、R=0.45)及びLCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を、NHCl水溶液(1500mL)によりクエンチし、減圧下で濃縮して、大部分の溶媒を除去し、続いて酢酸エチル(500mL×3)で抽出した。2個のバッチを合わせ、有機相を無水NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、MPLC(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=20%~50%)により精製して、白色固体として2-アジド-3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)ヘキサン-1,5-ジオール(219g、粗製物)を得た。LCMS:M+Na=500.1;TLC(石油エーテル/酢酸エチル=2:1)R=0.45。
工程4.並行した3個のバッチ:MeOH(2000mL)及びHO(400mL)中の2-アジド-3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)ヘキサン-1,5-ジオール(96g、201.03mmol、1eq.)の溶液に、NaS・9HO(241.41g、1.01mol、168.82mL、5eq.)を加え、70℃で12時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=2:1、R=0)は、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、いずれの精製も伴わずに次の工程のために使用した。2-アミノ-3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)ヘキサン-1,5-ジオール(272.32g、粗製物)を、黄色固体として得た。
工程5.並行した3個のバッチ:DCM(1000mL)中の2-アミノ-3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)ヘキサン-1,5-ジオール(90g、199.31mmol、1eq.)の溶液に、DIEA(51.52g、398.62mmol、69.43mL、2eq.)を0~5℃で加えた後、AcO(26.45g、259.11mmol、24.27mL、1.3eq.)を加えた。混合物を5~10℃で3時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を濾過し、合わせ、続いて減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=0:1、R=0.35)は、所望の生成物を示した。粗生成物を、MPLC(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=0%~50%)により精製して、白色固体としてN-(3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)-1,5-ジヒドロキシヘキサン-2-イル)アセトアミド(176g、356.57mmol、収率59.63%)を得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.42-7.28(m,15H),6.16(br d,J=8.7Hz,1H),4.75(d,J=11.0Hz,1H),4.66-4.43(m,5H),4.43-4.36(m,1H),4.08-4.00(m,1H),3.89(dd,J=1.6,7.9Hz,1H),3.75-3.65(m,2H),3.63-3.48(m,3H),2.50(d,J=8.7Hz,1H),2.41(dd,J=5.1,6.8Hz,1H),1.95(s,3H);LCMS:M +H=494.1.
工程6:並行した3個のバッチ:DCM(450mL)中の二塩化オキサリル(67.12g、528.78mmol、46.29mL、4.5eq.)の溶液に、DCM(150mL)中のDMSO(55.08g、705.04mmol、55.08mL、6eq.)を15分間かけて-78~68℃で滴下して加え、混合物を0.5時間撹拌した。DCM(300mL)中のN-(3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)-1,5-ジヒドロキシヘキサン-2-イル)アセトアミド(58g、117.51mmol、1eq.)を、上の混合物に滴下して加え、-78~68℃で0.5時間撹拌した。混合物を、TEA(166.47g、1.65mol、228.98mL、14eq.)により-78~68℃でクエンチし、混合物を0.5時間撹拌し、続いて5~10℃(室温)まで温めた。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を、HO(500mL)及びNaCl水溶液(500mL×2)により洗浄した。有機相を無水NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮して、一部の溶媒を除去した。粗生成物を、それぞれいずれの精製も伴わずに次の工程のために使用した。N-(3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)-1,5-ジオキソヘキサン-2-イル)アセトアミド(172.58g、粗製物)を、黄色液体(DCM中)として得た。LCMS:M+H=490.1、純度:34.07%。
工程7:並行した3個のバッチ:DCM(900mL)中のN-(3,4,6-トリス(ベンジルオキシ)-1,5-ジオキソヘキサン-2-イル)アセトアミド(57.53g、117.51mmol、1eq.)の溶液に、MeOH(900mL)中のフェニルメタンアミン(13.85g、129.27mmol、14.09mL、1.1eq.)を加えた後、NaBHCN(14.77g、235.03mmol、2eq.)を5~10℃で加えた。混合物を5~10℃で12時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を合わせた。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1、R=0.35)は、所望の生成物が形成されたことを示した。生成物を、MPLC(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=30%~45%)により精製して、白色固体としてN-((3S,4R,5S,6R)-1-ベンジル-4,5-ビス(ベンジルオキシ)-6-((ベンジルオキシ)メチル)ピペリジン-3-イル)アセトアミド(46g、75.33mmol、収率21.37%、純度92.477%)を得た。H NMR(400MHz,メタノール-d)δ=7.40-7.17(m,20H),4.78-4.42(m,5H),4.34-4.25(m,1H),4.06(br s,1H),3.95-3.87(m,1H),3.82-3.64(m,3H),3.49(br d,J=6.8Hz,1H),3.12-2.92(m,1H),2.84(dd,J=3.7,12.3Hz,1H),2.09(br dd,J=7.5,12.1Hz,1H),1.90-1.84(m,3H);LCMS:M+H=565.1、純度:92.47%。
工程8:MeOH(500mL)中のN-((3S,4R,5S,6R)-1-ベンジル-4,5-ビス(ベンジルオキシ)-6-((ベンジルオキシ)メチル)ピペリジン-3-イル)アセトアミド(20g、35.42mmol、1eq.)及びPd/C(80g、純度10%)の混合物を、真空中で排気し、H(50Psi)で3回再充填し、続いて40~45℃で24時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、いずれの精製も伴わずに次の工程のために使用した。N-((3S,4R,5S,6R)-4,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)ピペリジン-3-イル)アセトアミド(8.02g、粗製物)を、灰色固体として得た。
工程9:EtOH(120mL)中のN-((3S,4R,5S,6R)-4,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)ピペリジン-3-イル)アセトアミド(8.02g、35.40mmol、1eq.)の溶液に、BocO(8.50g、38.94mmol、8.95mL、1.1eq.)を加え、50℃で12時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。TLC(メタノール/ジクロロメタン=10:1、R=0.30)は、所望の生成物が形成されたことを示した。粗生成物を、MPLC(SiO、メタノール/ジクロロメタン=0%~6%)により精製して、白色固体として(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ジヒドロキシ-2-(ヒドロキシメチル)ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル(9.27g、30.46mmol、収率86.04%)を得た。LCMS:M+Na=327.1、純度:92.22%。
工程10:ピリジン(100mL)中の(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ジヒドロキシ-2-(ヒドロキシメチル)ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル(10g、32.86mmol、1eq.)の溶液に、BzCl(15.24g、108.43mmol、12.60mL、3.3eq.)を0~5℃で加え、10~15℃で1時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費され、所望の生成物が検出されたことを示した。混合物を、酢酸エチル(500mL)で希釈し、HCl水溶液(1M、500mL×3)、NaHCO飽和水溶液(500mL×3)及びNaCl飽和水溶液(500mL×3)により洗浄した。有機相を無水NaSOで乾燥させ、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:2、R=0.35)は、所望の生成物が形成されたことを示した。粗生成物を、MPLC(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=0%~30%)により精製して、白色固体としてジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)-1-(tert-ブトキシカルボニル)ピペリジン-3,4-ジイル(19.21g、31.15mmol、収率94.81%)を得た。LCMS:M-100+H=517.0。
工程11:EtOAc(200mL)中のジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)-1-(tert-ブトキシカルボニル)ピペリジン-3,4-ジイル(19.2g、31.14mmol、1eq.)の溶液に、HCl/EtOAc(4M、200mL、25.69eq.)を0~5℃で加え、5~10℃で12時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、いずれの精製も伴わずに次の工程のために使用した。ジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)-1-(tert-ブトキシカルボニル)ピペリジン-3,4-ジイル(16.34g、28.94mmol、収率92.94%、純度97.937%、HCl)を、白色固体として得た。H NMR(400MHz,メタノール-d)δ=8.11(br d,J=7.3Hz,2H),7.96(br d,J=7.5Hz,2H),7.80(br d,J=7.5Hz,2H),7.65-7.49(m,3H),7.43(br t,J=7.5Hz,2H),7.32(q,J=7.3Hz,4H),6.31(br s,1H),5.68-5.55(m,1H),5.00-4.88(m,1H),4.78-4.64(m,2H),4.52(br s,1H),3.77(br dd,J=4.5,12.5Hz,1H),3.52(br t,J=12.5Hz,1H),1.91(s,3H);LCMS:M+H=517.0、純度:97.93%。
工程12:DMF(70mL)中のジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)-1-(tert-ブトキシカルボニル)ピペリジン-3,4-ジイル(8g、14.47mmol、1eq.、HCl)及びテトラヒドロピラン-2,6-ジオン(4.13g、36.17mmol、2.5eq.)の混合物に、DIEA(9.35g、72.33mmol、12.60mL、5eq.)を5~10℃で加えた。混合物を85℃で12時間撹拌した。LCMSは、出発材料がほとんど消費されたことを示した。混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、HPLCにより検出した。粗生成物を、分取HPLC(HCl、MeCN/HO)により精製して、黄色固体として5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸(5.31g、8.41mmol、収率58.13%、純度99.878%)を得た。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=12.05(br s,1H),8.57(br d,J=7.7Hz,1H),8.08(br d,J=7.1Hz,2H),7.94-7.80(m,4H),7.76-7.69(m,1H),7.67-7.55(m,4H),7.47(br d,J=7.3Hz,4H),5.84-5.65(m,1H),5.56-5.22(m,2H),4.99(br t,J=10.1Hz,1H),4.60(br d,J=8.4Hz,1H),4.41(br d,J=14.6Hz,1H),4.29(br s,1H),4.00-3.74(m,2H),2.42-2.31(m,1H),2.24(br d,J=5.3Hz,2H),1.92(s,3H),1.71(br d,J=6.4Hz,2H);13C NMR(101MHz,DMSO-d)δ=174.77,172.47,170.07,166.04,165.28,164.96,134.36,134.24,133.76,129.65,129.42,129.60(br dd,J=20.9,45.8Hz,1C),129.02,70.30,67.58,60.59,49.08,47.87,41.40,33.32,32.46,22.92,20.53;LCMS:M+H=631.3、純度:99.87%。
5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタン酸(例えば、Mod154用)の合成
Figure 2023526975001168
工程1:DMF(60mL)中のジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-3,4-ジイル(6g、10.85mmol、1eq.、HCl)及び5-ブロモペンタン酸--5-ブロモペンタン酸ベンジル(11.78g、32.55mmol、3eq.)の混合物に、KI(360.22mg、2.17mmol、0.2eq.)及びDIEA(7.01g、54.25mmol、9.45mL、5eq.)を5~10℃で加えた。混合物を100℃で24時間撹拌した。LCMSは、出発材料がほとんど消費され、所望の生成物が検出されたことを示した。混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、HPLCにより検出し、分取HPLC(HCl、MeCN/HO)により精製して、黄色固体としてジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)-1-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンチル)ピペリジン-3,4-ジイル(7.5g、9.83mmol、収率90.62%、純度92.655%)を得た。MS:707.1(M+H)
工程2:EtOAc(80mL)中のジ安息香酸(2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)-1-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンチル)ピペリジン-3,4-ジイル(7.8g、11.04mmol、1eq.)及びPd/C(8g、11.04mmol、純度10%、1.00eq.)の混合物を、真空中で排気し、H(15Psi)で3回排気し、続いて10~15℃で6時間撹拌した。LCMSは、出発材料が完全に消費されたことを示した。混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250*50mm*10um;移動相:[水(0.05%HCl)~ACN];B%:35%~55%、20分)により精製して、白色固体として5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタン酸(2.83g、4.59mmol、収率41.58%)を得た。H NMR(400MHz,メタノール-d)δ=8.10-8.04(m,2H),7.95-7.90(m,2H),7.82-7.77(m,2H),7.64-7.50(m,3H),7.48-7.42(m,2H),7.40-7.30(m,4H),6.29-6.17(m,1H),5.50-5.38(m,1H),4.86-4.79(m,2H),4.67-4.54(m,1H),4.22-4.04(m,1H),3.75-3.61(m,1H),3.43-3.34(m,1H),3.28-3.11(m,2H),2.43-2.35(m,2H),1.93-1.79(m,5H),1.75-1.62(m,2H);13C NMR(101MHz,メタノール-d)δ=175.50,172.28,165.74,165.61,165.47,133.61,133.28,129.77,129.39,129.22,128.96,128.78,128.65,128.35,128.19,128.16,68.65,60.99,60.42,53.18,52.53,44.62,32.78,21.79,21.22;LCMS:M+H=617.3、純度:98.62%。
1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,11,18-トリオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸(例えば、Mod155用)の合成
Figure 2023526975001169
工程1:DCM(2.4mL)中の15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザオクタコサン-28-酸ベンジル(144mg、0.13mmol)の溶液に、2,2,2-トリフルオロ酢酸(trifuloroacetic acid)(0.48mL、6.25mmol)を加えた。反応混合物を室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、粗生成物をトルエンと共蒸発させ、エーテルでトリチュレートし、真空下で一晩乾燥させた。12-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-12-オキソドデカン酸ベンジルを、精製することなく次の工程のために直接的に使用した。LCMS C4173に関する計算値[M+H]:m/z 808.56、実測値:808.30。
工程2:DCM(1.5mL)中の5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタン酸(320mg、0.52mmol)、HATU(209mg、0.55mmol)の溶液に、DMF(0.25mL)中のDIPEA(269mg、2.09mmol)及び粗製の12-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-12-オキソドデカン酸ベンジル(0.13mmol)を加えた。混合物を室温で4時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて、粗残渣を得て、これを、フラッシュクロマトグラフィー(DCM中の5% MeOH~DCM中の30% MeOH)により精製して、白色固体として1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,11,18-トリオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸ベンジル(212mg、収率63%)を得た。
工程3:メタノール:酢酸エチル(1:1、2mL)中の1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,11,18-トリオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸ベンジル(106mg、0.0407mmol)の溶液に、10% Pd(OH)/C(2.9mg、0.0203mmol)及びPd/C(2.6mg、0.0203mmol)を加え、アルゴンでパージした。次に、フラスコをHでパージし、H雰囲気下で撹拌した。LCMSにより確認された出発材料の完全な消費の後に反応が止められた。反応混合物をセライトに通して濾過して、白色固体として1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,11,18-トリオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸(82mg、収率80%)を得た。LCMS C1381691333に関する計算値[M/2+H]:m/z 1257.12、実測値:1257.77。
1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-1,5,11,18-テトラオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸(例えば、Mod153用)の合成
Figure 2023526975001170
工程1:DCM(1.5mL)中の5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸(328mg、0.52mmol)、HATU(209mg、0.55mmol)の溶液に、DMF(0.25mL)中のDIPEA(269mg、2.08mmol)及び12-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-12-オキソドデカン酸ベンジル(0.13mmol)を加えた。混合物を室温で5時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて、粗残渣を得て、これを、フラッシュクロマトグラフィー(DCM中の5% MeOH~DCM中の30% MeOH)により精製して、ベンジル1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビスを得た。工程2:メタノール:酢酸エチル(1:1、2mL)中の1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-1,5,11,18-テトラオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸ベンジル(193mg、0.0729mmol)の溶液に、10% Pd(OH)/C(5.2mg、0.03645mmol)及びPd/C(3.9mg、0.03645mmol)を加え、アルゴンでパージした。次に、フラスコをHでパージし、H雰囲気下で撹拌した。LCMSにより確認された出発材料の完全な消費の後に反応が止められた。反応混合物をセライトに通して濾過し、フラッシュクロマトグラフィー(DCM中の5% MeOH~DCM中の30% MeOH)により精製して、白色固体として1-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-16,16-ビス((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-1,5,11,18-テトラオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-酸(124mg、収率67%)を得た。LCMS C1361631336に関する計算値[M/2+H]:m/z 1278.07、実測値:1278.08。白色固体としての((3-((3-(5-((2R,3S,4R,5S)-5-アセトアミド-3,4-ビス(ベンゾイルオキシ)-2-((ベンゾイルオキシ)メチル)ピペリジン-1-イル)-5-オキソペンタンアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-1,5,11,18-テトラオキソ-14-オキサ-6,10,17-トリアザノナコサン-29-オエート(193mg、収率56%)。LCMS C1431691336に関する計算値[M/3+H]:m/z 882.40、実測値:882.21。
実施例26.オリゴヌクレオチド合成のためのある特定の有用な試薬。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド合成のための試薬を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド合成のための単量体を提供する。ある特定の有用な試薬、例えば、非環式モルホリン単量体、及びそれらの調製が下で記載される。
Figure 2023526975001171
5’-ODMTr保護されたモルホリノヌクレオシド(5.05mmol)を、無水トルエン(50mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口100mL丸底フラスコ中で乾燥させた。乾燥されたヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で乾燥THF(25mL)中において溶解させた。次に、トリエチルアミン(17.6mmol、3.5当量)を、反応混合物に加え、続いて約-10℃まで冷却した。粗製のクロロ試薬のTHF溶液(1.4M溶液、1.8当量、9.09mmol)を、カニューレを介して約3分間かけて上の混合物に加え、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。次に、真空/アルゴン下で注意深く濾過し、得られた濾液を減圧下で濃縮して、黄色泡を得て、これをさらに高真空下で一晩乾燥させた。粗製の混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。801に関するデータ:収率66%。31P NMR(243MHz,CDCl)δ 154.93,154.65,154.58,154.23,150.54,150.17,145.69,145.26;MS(ES)C3746PS[M+K]746.24、観測値:746.38[M+K]
WV-SM-56aの合成。
Figure 2023526975001172
化合物27の調製:DCM(40mL)中のWV-SM-53a/50a(6g、10.70mmol)の溶液に、DCM(20mL)中のEtN(3.25g、32.11mmol)及びMsCl(2.45g、21.40mmol)を0℃で加えた。混合物を0℃で4時間撹拌した。TLCは、WV-SM-53a/50aが消費され、1つの新たなスポットが検出されたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液、50mL)の添加によりクエンチし、続いてEtOAc(50mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(50mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物27(8.0g、粗製物)を、褐色油として得た。TLC石油エーテル:酢酸エチル=1:3、R=0.50。
WV-SM-56aの調製:2個のバッチ:THF(20mL)中の化合物27(3.42g、5.35mmol)の溶液に、メタンアミン(10g、96.60mmol、純度30%)を加えた。混合物を100℃で160時間撹拌した。LC-MSは、化合物27が消費され、所望のMSを有する1つのメインピークが検出されたことを示した。TLCは1つのメインスポットを示した。2個のバッチを合わせ、反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、MPLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=5:1~0:1、5% TEA)により精製した。WV-SM-56a(2.9g、収率47.21%)を、黄色固体として得た。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.29-7.24(m,2H),7.20-7.06(m,8H),6.72(d,J=8.8Hz,4H),6.08-5.87(m,1H),3.71(s,6H),3.58-3.42(m,1H),3.19-3.05(m,1H),3.05-2.91(m,1H),2.83-2.75(m,1H),2.72(d,J=4.8Hz,2H),2.31(s,3H),1.61(dd,J=0.9,5.9Hz,3H),1.36(d,J=5.9Hz,3H),0.96-0.77(m,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.71,163.62,158.47,150.74,150.58,144.72,135.94,135.89,135.86,135.25,135.15,130.02,129.93,129.89,127.90(dd,J=2.9,22.0Hz,1C),126.83,126.81,113.10,113.08,111.28,111.24,86.45,86.39,81.89,81.82,81.00,80.58,63.39,63.15,60.40,56.02,55.23,34.52,34.17,26.41,23.11,21.66,21.59,15.57,15.09,14.20,12.46,12.41.HPLC純度:90.87%。LCMS(M+Na):596.3。SFC:dr=52.46:47.54。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、R=0.19。
WV-SM-53a及びWV-SM-50aの合成
Figure 2023526975001173
化合物1からの調製:2個のバッチ:EtOH(1000mL)中の化合物1(50g、137.99mmol)の溶液に、HO(500mL)中のNaIO(30.00g、140.26mmol)を加えた。混合物を暗所において15℃で2時間撹拌した。TLCは、化合物1が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。化合物2(99.44g、粗製物)を、白色懸濁液として得て、これを次の工程で使用した。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、R=0.49。
化合物3の調製:2個のバッチ:EtOH(1000mL)及びHO(500mL)中の化合物2(49.72g、137.99mmol)の撹拌溶液に、NaBH(10.44g、275.98mmol)を0℃で少量ずつ加えた。混合物を15℃で1時間撹拌した。TLCは、化合物2が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。1NHClを加えて、pH=7に調整した。溶媒を除去して、褐色固体を得た。固体に、飽和NaSO(水溶液、500mL)を加え、続いてEtOAc(500mL*8)で抽出した。合わせた有機相を、NaSOにより乾燥させた。減圧下での溶媒の除去によって、生成物を得た。化合物3(86.7g、収率86.22%)を、白色固体として得た。LCMS(M+Na)386.9、純度96.31%。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、R=0.38。
化合物4の調製:DCM(700mL)中の化合物3(86.7g、237.96mmol)及びTEA(120.40g、1.19mol)の溶液に、DCM(300mL)中のMsCl(59.97g、523.51mmol)を加えた。混合物を0℃で4時間撹拌した。TLCは、化合物3が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、水(500mL)の添加によりクエンチし、36時間静置した。TLCは、中間体が消費され、1つのスポットが残ったことを示した。水層をDCM(800mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0:1、続いてMeOH/EtOAc=0/1~1/10)により精製した。化合物4(75g、収率74.26%)を、白色固体として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、R=0.38;(酢酸エチル:メタノール=9:1)、R=0.13。
化合物5の調製:DMF(650mL)中の化合物4(75g、176.71mmol)の溶液に、HI(100.46g、353.42mmol、59.09mL、純度45%)を加えた。混合物を15℃で0.5時間撹拌した。TLCは、化合物4が消費され、1つのメインスポットが検出されたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液)によりクエンチして、pH=7にした。残渣を、EtOAc(800mL*5)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(600mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物5(91.15g、粗製物)を、褐色油として得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、R=0.80。
化合物6の調製:EtOH(700mL)中の化合物5(91g、164.75mmol)、Pd/C(28g、純度10%)及びNaOAc(122.85g、1.50mol)の混合物を、脱気し、Hで3回パージし、続いて混合物を、H雰囲気(15psi)下にて15℃で24時間撹拌した。TLCは、化合物5が消費され、1つのメインスポットが見出されたことを示した。Pd/Cを濾別し、濾液を蒸発させた。残渣に水(500mL)を加え、EtOAc(500mL*6)で抽出した。次に、有機層を、塩水(500mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物6(76g、粗製物)を、褐色油として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:3)R=0.12。
化合物7の調製:MeOH(1000mL)中の化合物6(70g、164.15mmol)の溶液に、NH.HO(1.15kg、8.21mol、1.26 L、純度25%)を加えた。混合物を15℃で16時間撹拌した。TLCは、化合物6が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮してMeOHを除去し、水相をEtOAc(300mL*8)で抽出した。有機相を、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0:1)により精製した。化合物7(33g、収率62.37%)を、白色固体として得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、R=0.39。
化合物8の調製:ピリジン(120mL)中の化合物7(33g、102.38mmol)の溶液に、DMTCl(41.63g、122.85mmol)を加えた。混合物を15℃で4時間撹拌した。TLCは、化合物7が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液、100mL)で希釈し、EtOAc(200mL*5)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1/5、5% TEA)により精製した。化合物8(55g、収率86.00%)を、黄色固体として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)R=0.65。
WV-SM-47aの調製:DMSO(300mL)及び水(300mL)中の化合物8(55g、88.04mmol)、NaOH(42.26g、1.06mol)の混合物を、脱気し、Nで3回パージし、続いて混合物を、N雰囲気下にて90℃で16時間撹拌した。LCMS及びTLCは、化合物8が完了し、所望のMS 545(NEG、M-H)を有する1つのメインピークが見出されたことを示した。反応混合物を、EtOAc(1000mL)の添加によりクエンチし、続いてHO(1000mL)で希釈し、EtOAc(1000mL*4)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(1000mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1/3、5% TEA)により精製した。WV-SM-47a(37.5g、収率77.92%)を、白色固体として得た。LCMS(M-H)545.3。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、5% TEA)、R=0.29。
化合物9の調製:DCM(400mL)中のWV-SM-47a(37.5g、68.60mmol)の溶液に、ピリジン(81.40g、1.03mol、83.06mL)及びデス-マーチンペルヨージナン(34.92g、82.33mmol)を加えた。混合物を20℃で4時間撹拌した。LC-MSは、WV-SM-47aが完全に消費され、所望のMSを有する新たなピークが検出されたことを示した。反応混合物を、飽和NaHCO(水溶液、1000mL)及び飽和NaSO(水溶液)1000mLの添加によりクエンチし、続いてEtOAc(100mL*5)で抽出した。合わせた有機層を、塩水 500mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物9(43g、粗製物)を、黄色固体として得た。LCMS(M-H)543.3。
WV-NU-53a及びWV-NU-50aの調製:THF(300mL)中の化合物9(37.36g、68.60mmol)の溶液に、MeMgBr(3M、68.60mL)を-40℃で加えた。混合物を-40~15℃で6時間撹拌した。LC-MSは、化合物9が完全に消費され、質量を有する新たなピークが検出されたことを示した。反応混合物を、水(20mL)の0℃での添加によりクエンチし、続いてEtOAc(300mL*3)で抽出した。合わせた有機層を塩水(200mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。TLCは1つのメインスポットを示した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0/1、5% TEA)により精製した。6gの残渣を、SFC(カラム:DAICEL CHIRALPAK AD-H(250mm*30mm、5um);移動相:[0.1%NHO IPA];B%:39%~39%、9.33分)により精製した。粗製のWV-SM-50aを、分取HPLC(カラム:Agela Durashell 10u 250*50mm;移動相:[水(0.04%NHO)-ACN];B%:37%~56%、20分)により精製した。WV-SM-53a(1.4g、収率23.33%)を、白色固体として得た。WV-SM-50a(1.8g、収率30.00%)を、白色固体として得た。0.5gのWV-SM-53a:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.37-7.30(m,2H),7.28-7.18(m,8H),7.12(d,J=1.1Hz,1H),6.80(d,J=8.6Hz,4H),6.08(q,J=5.8Hz,1H),4.09-3.99(m,1H),3.79(d,J=0.9Hz,6H),3.51(q,J=5.0Hz,1H),3.20-3.05(m,2H),2.70(q,J=7.1Hz,2H),1.71(d,J=1.1Hz,3H),1.46(d,J=6.0Hz,3H),1.14-1.10(m,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.19,158.54,150.48,144.39,135.53,134.91,129.86,129.81,127.90,127.86,126.93,113.15,111.48,86.73,81.44,81.24,68.14,63.45,55.22,45.74,21.45,18.01,12.43.HPLC純度:99.04%。LCMS(M-H):559.0。SFC dr=99.83:0.17。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:3)R=0.28。0.9gのWV-SM-53a:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.36-7.30(m,2H),7.29-7.15(m,9H),7.13(s,1H),6.80(d,J=8.8Hz,4H),6.08(q,J=6.0Hz,1H),4.11-3.97(m,1H),3.79(s,6H),3.51(q,J=4.9Hz,1H),3.13(dq,J=5.3,10.1Hz,2H),1.72(s,3H),1.47(d,J=6.2Hz,3H),1.10(d,J=6.4Hz,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.19,158.54,150.47,144.39,135.50,134.92,129.86,129.81,127.89,127.87,126.94,113.15,111.48,86.73,81.44,81.25,68.14,63.45,55.22,45.19,21.46,18.02,12.44.HPLC純度:97.56%。LCMS(M-H):559.1,純度92.9%。SFC dr=98.49:1.51。1.75gのWV-SM-50a:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.41(s,1H),7.35-7.31(m,2H),7.26-7.19(m,7H),7.11(d,J=1.3Hz,1H),6.82-6.77(m,4H),6.00(q,J=5.7Hz,1H),4.09-4.00(m,1H),3.79(d,J=0.9Hz,6H),3.51-3.44(m,1H),3.22(dd,J=5.3,10.1Hz,1H),3.02(dd,J=5.3,10.1Hz,1H),2.20(br s,1H),1.72(d,J=0.9Hz,3H),1.47(d,J=6.1Hz,3H),1.17(d,J=6.6Hz,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.29,158.50,150.43,144.40,135.55,135.45,134.86,129.88,129.84,127.93,127.84,126.94,113.12,111.46,86.55,82.48,82.43,67.59,63.24,55.22,21.40,19.17,12.43.HPLC純度:96.51%。LCMS(M-H):559.2、純度93.04%。SFC dr=0.88:99.12。
実施例27.オリゴヌクレオチド組成物を調製するためのある特定の有用な技術。
本明細書に記載されるとおり、様々な技術が、本開示に従ってオリゴヌクレオチド組成物を調製するために利用され得る。ある特定の有用な技術は、各々のオリゴヌクレオチド合成技術が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許第9982257号、米国特許第10160969号、米国特許第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、米国特許出願公開第2018/0216107号、米国特許出願公開第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、米国特許出願公開第2019/0249173号、米国特許出願公開第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/055951号、国際公開第2019/075357号、国際公開第2019/200185号、国際公開第2019/217784号、国際公開第2019/032612号、国際公開第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号に記載されるオリゴヌクレオチド合成サイクル、試薬及び条件を含む、ある特定の有用なキラル制御された調製技術において記載される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(25μmolスケール)を含むオリゴヌクレオチド組成物を調製するための有用な手順は、例として下に記載される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含むオリゴヌクレオチド組成物の自動化された固相調製は、下の表に示されるサイクルに従って実施された:定型的なアミダイトサイクルを、PO結合のために利用することができ;DPSEアミダイトサイクルを、例えば、キラル制御されたホスホロチオエート結合のために利用することができ;MBR/MMPCアミダイトサイクルは、例えば、立体的に不規則な又はキラル制御されたモルホリノPN結合(例えば、n001)のために利用することができ;定型的なアミダイトサイクルを、例えば、立体的に不規則なPN結合(例えば、n001)のために利用することができ;PSMアミダイトサイクルは、例えば、キラル制御されたPN結合(例えば、n001)のためのものである。
Figure 2023526975001174
Figure 2023526975001175
Figure 2023526975001176
Figure 2023526975001177
Figure 2023526975001178
いくつかの実施形態では、以下の手順が、C&D(25μmolスケール)のために使用された:合成の完了後、CPG固体支持体を乾燥させ、50mLのプラスチックチューブに移した。CPGを、1X試薬(2.5mL;100μL/umol)により28℃で3時間処理し、続いて濃NH(水溶液、5.0mL;200μmol/umol)を45℃で16時間加えた。反応混合物を室温まで冷却し、CPGを膜濾過により分離し、15mLのHOで洗浄した。粗製の材料(濾液)を、LTQ及びRP-UPLCにより分析した。
いくつかの実施形態では、以下の手順が、GalNAcコンジュゲーション条件(1μmolスケール)のために使用された:プラスチックチューブにおいて、トリ-GalNAc(2.0eq.)、HATU(1.9eq.)、及びDIPEA(10eq.)を、無水MeCN(0.5mL)中で溶解させた。混合物を室温で10分間撹拌し、続いて混合物を、HO(1mL)中のアミノ-オリゴ(1μmol)に加え、37℃で1時間撹拌した。反応を、LC-MS及びRP-UPLCによりモニターした。反応が完了された後、結果として生じたGalNAc-コンジュゲートしたオリゴを、濃NH(水溶液、2mL)により37℃で1時間処理した。溶液を真空下で濃縮して、MeCN及び濃NH水溶液を除去した。次に、残渣を、逆相精製のためにHO(10mL)中で溶解させた。
様々なオリゴヌクレオチド組成物、例えば、表A1、A2、A3及びA4における様々な組成物が調製された。ある特定のMSデータが、例として下に提示される。
Figure 2023526975001179
Figure 2023526975001180
Figure 2023526975001181
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合を、例えば、下記のとおりの試薬、条件を使用して構築した。
Figure 2023526975001182
有用な手順:乾燥20mLバイアルに、アミダイト2(1.5eq.)を加え、アルゴン下で無水アセトニトリル(1mL)中において溶解させた。反応混合物に、CMMIT 3(2.0eq.)に続いてアルコール1(50mg、1.5eq)を加え、反応物を室温で撹拌した。反応の進行をLCMSによりモニターした。アルコールの消失後、反応混合物に2,6-ルチジン(2.0eq)及び無水酢酸(2.0eq)を加えた。室温での10分の撹拌後、反応混合物にアジド(2.0eq)を加え、0.5mLの無水アセトニトリル中で溶解させた。反応の進行をLCMSによりモニターした。反応の完了後(反応時間10分)、トリエチルアミン(5.0eq)を加え、反応混合物を室温で5時間~16時間撹拌して、最終生成物(7)を得た。いくつかの実施形態では、Pは、P=NRである。いくつかの実施形態では、-X-Rは、-N=Rである。
Figure 2023526975001183
Figure 2023526975001184
Figure 2023526975001185
固相合成を使用して調製されるものを含む様々な二量体は、例えば、LC、NMR、MS、結晶学などを使用して特徴付けられ、確認された(例えば、fCn001RfC、fCn001SfC)。ある特定の二量体、例えば、Geon001mU、m5Ceon001mU、mGn001mU、mUn001mUなどを使用して、提供される技術は、非常に高い立体選択性(例えば、L-及びD-PSMを使用する場合の様々な実施形態において、99%以上のRp又はSpをもたらす)を提供することができることが確認された。
Figure 2023526975001186
実施例28.提供される技術は、高い活性を提供することができる。
とりわけ、提供される技術は、高い活性及び/又は様々な所望の特性を提供することができる。多くの技術が、本開示に従って提供される技術を評価するために利用されてもよく、例えば、インビトロアッセイ、インビボアッセイ、生化学的アッセイ、細胞ベースのアッセイ、動物モデル、臨床試験などである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、下記の手順によって評価される。
インビトロアッセイを使用して、hMALAT1を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用することによりヒトHPRT「ハウスキーパー」遺伝子に対するヒトMALAT1 mRNA転写物のノックダウンを測定した。ヒトiCell GABAニューロン(CDI)は、人工多能性幹細胞(iPS)細胞に由来する大脳皮質細胞の>95%純粋な集団である。MALAT1に対するオリゴヌクレオチドによる処理の1日前に、96ウェル組織培養プレートを、マトリゲルでコーティングし、細胞を解凍し、完全培地中において約35,000細胞/ウェル密度で蒔いた。オリゴヌクレオチドを、水中において10X最終処理濃度に希釈した。処理の日に、オーバーナイト培地を除去し、180uLの新鮮な培地を加えた。オリゴヌクレオチドを、20uLの体積で加えた。最終オリゴヌクレオチド濃度は、用量反応実験に関して20uM~1pMの範囲であり、3点投与実験に関して1、0.2及び0.04uMであった。処理の4日後、培地を除去し、細胞を、トリゾールを使用して溶解させた。RNAを、Qiagen 96ウェルRNA精製プレートを使用して抽出した。試料を、Qiagen RNA精製カラム上でDNAseにより処理した。或いは、Promega SV96全RNA単離キットもまた、RNA抽出のために使用された。RNAは、Applied Biosystemsからの高性能cDNA逆転写キットを使用して逆転写された。定量PCRを、Biorad CFX384 Touchリアルタイムシステム上で実施した。ヒトMALAT1を検出するプローブは、Thermo Fisher(Hs00273907_s1、FAM-MGB色素)からのものであった。ヒトHPRT1転写物(Hs02800695_m1、VIC-MGB_PL)又はヒトSRSF9が、標準化するものとして使用された(フォワード5’TGGAATATGCCCTGCGTAAA3’、リバース5’TGGTGCTTCTCTCAGGATAAAC、プローブ5’/5HEX/TG GAT GAC A/Zen/C CAA ATT CCG CTC TCA/3IABkFQ/3’。データは、CFX Manager 3.1及びKnime qPCRワークフローを使用して処理され、分析されたか又はGraphPadPRISM8で計算され、分析された。
ある特定の評価結果が、例として図において提供される。ある特定の結果は下で提示された。
Figure 2023526975001187
Figure 2023526975001188
Figure 2023526975001189
Figure 2023526975001190
Figure 2023526975001191
Figure 2023526975001192
Figure 2023526975001193
Figure 2023526975001194
Figure 2023526975001195
Figure 2023526975001196
いくつかの実施形態では、Malat1の減少は、iCellニューロンにおいて観察され、以下のEC50(uM)を有した:WV-8556(1.4)、WV-8587(0.18)、WV-11533(0.02)、WV-13303(0.04)、WV-13304(0.01)、WV-15562(0.03)、及びWV-15563(0.01)。実証されるとおり、本明細書に記載されるとおりの負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、n001を含むオリゴヌクレオチドは、向上した活性を提供することができる。いくつかの実施形態では、切断がRNasHアッセイにおいてRpSpSpよって方向付けられたことが確認された。いくつかの実施形態では、WV-8587、WV-11533、WV-13303、及びWV-13304は、これらのオリゴヌクレオチドのDNA部分と相補的なRNAオリゴヌクレオチドのある領域内に2つの主要な切断部位をもたらしたが、WV-8556は、WV-8556のDNA部分と相補的なRNAオリゴヌクレオチドのある領域内にさらなる主要な切断部位をもたらした。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、n001などのPN結合は効力を増大させる場合があることが観察された。いくつかの実施形態では、以下のEC50(uM)がiCellニューロンにおいて観察された:WV-8556(1.4)、WV-8587(0.18)、WV-11533(0.02)、WV-15562(0.03)、WV-15563(0.01)、WV-30915(0.07)、WV-30916(0.05)、WV-38634(0.04)、WV-38635(0.07)、WV-38636(0.03)、WV-38637(0.03)、及びWV-38638(0.04)。いくつかの実施形態では、以下のEC50(uM)が、iCellニューロンにおいて観察された:WV-8587(0.36)、WV-15562(0.04)、及びWV-24104(0.46)。いくつかの実施形態では、以下のEC50(uM)が、iCellニューロンにおいて観察された:WV-15562(0.01)、WV-43249(0.01)、WV-43250(0.001)、及びWV-43248(0.02)。
いくつかの実施形態では、MALAT1発現は、単回投与、用量漸増試験においてWV-8587又はWV-11533で投与された野生型マウスにおいて評価された。いくつかの実施形態では、活性は、脊髄及び皮質において投与の1週間後に評価された。いくつかの実施形態では、脊髄において、WV-8587の単回10又は20ugの投与は、溶媒治療と比較して50%以上Malat1の発現を低減した。いくつかの実施形態では、WV-11533の単回の5ugの投与は、50%閾値まで発現を低減するのに十分であり(図7、(A))、20ugの投与は、溶媒治療対照のちょうど8%まで平均Malat1発現を低減した。皮質において、WV-8587の20ugの投与は、およそ50%の閾値まで発現を低減したが(PBS:100%平均Malat1発現;20ug:61%平均発現)、WV-11533の5ugの投与は、Malat1発現を同等に低減した(PBS:100%平均Malat1発現;5ug 63%平均発現)。いくつかの実施形態では、n001などの1つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合の組み込みは、効力を向上させた。CNSにおける分布を評価するために、オリゴヌクレオチド濃度及びMalat1発現レベルが、脊髄及び皮質において単回の100ugのICV注射の4週間後に評価された。WV-8587及びWV-11533の両方は、脊髄及び皮質において発現を約80%枯渇させたことが観察された(脊髄 PBS 平均1.0倍の発現、WV-8587 平均0.21倍、WV-11533 平均0.21倍;皮質 PBS 平均1.0倍発現、WV-8587 平均0.15倍、WV-11533 平均0.18倍)(図7、(B))。同じ単回投与実験からの脊髄及び皮質に関するオリゴヌクレオチド濃度が評価された。いくつかの実施形態では、WV-11533の平均濃度は、両方の組織においてWV-8587より約2倍高かった(脊髄:それぞれ2.0ug/g及び0.9ug/g;皮質:それぞれ7.7ug/g及び4.5ug/g)(図7、(B))。いくつかの実施形態では、WV-11533濃度は、両方の組織において溶媒治療陰性対照より有意に高かったが(脊髄 P=0.0009、皮質 P=0.0078、一方向ANOVA)、WV-8587はそうではなかった(脊髄 P=0.93、皮質 P=0.12、一方向ANOVA)ことが観察された。いくつかの実施形態では、WV-11533は、より耐久性があった。単回の100ugのICV投与を受容してから10週間後の野生型マウス由来のCNSにおけるMalat1発現。いくつかの実施形態では、CNS全体にわたるWV-8587及びWV-11533の活性の差が、いくつか場合において観察された。いくつかの実施形態では、WV-8587治療動物において注射の10週間後までに、Malat1発現は、全ての組織において50%閾値を超えるように回復し(脊髄 平均83%発現、皮質 112%、海馬 65%、小脳 70%、線条体 68%)、海馬においてのみ溶媒治療対照と統計的に有意に異なった(図7、(C);脊髄 P=0.89、皮質 P=0.75、海馬 P=0.02、小脳 P=0.29、線条体 P=0.07)。対照的に、WV-11533治療動物において、Malat1発現は非常に低いままであり、10週目に評価された全ての組織において正常発現レベルの20%未満であり、線条体、小脳及び海馬において10%未満であった(脊髄 平均20%発現、P=0.17;皮質 19%、P=0.005;海馬 6.8%、P=0.0001;小脳 10%、P=0.006;線条体 10%、P=0.0005、一方向ANOVA)。いくつかの実施形態では、4週目にWV-11533により皮質及び脊髄において観察されたMalat1ノックダウン(例えば、約80%)は、10週目に変化しなかった。とりわけ、提供される技術、例えば、n001などの様々な負に荷電していないヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドは、より強力であり、より高い組織暴露を達成し及び/又はより耐久性があり得る。
様々なオリゴヌクレオチド及び組成物もまた、スプライシングの調節について評価された。ある手順において、H2K細胞は、4日間分化し、3時間投与され、続いて新たな培地と置き換えられた。細胞はさらに、RNAトリゾール抽出、cDNA調製及びTaqmanマルチプレックス分析の前に4日間分化された。スキッピング値は、gBlocksを使用して生成された絶対曲線から内挿された。WV-28767、WV-28768、WV-28800及びWV-28801などのある特定のオリゴヌクレオチド及び組成物は、WV-11345と同様のスキッピングレベル、及びWV-10258について観察されたものの約2倍をもたらすことができることが観察された。追加のデータは図面において提供され、提供される技術が所望のとおりの効率的なエクソンスキッピングをもたらすことができることを実証した。
Figure 2023526975001197
Figure 2023526975001198
実施例29.提供される技術は、高い活性を提供することができる。
とりわけ、提供される技術は、高い活性及び/又は様々な所望の特性を提供することができる。多くの技術が、本開示に従って提供される技術を評価するために利用されてもよく、例えば、インビトロアッセイ、インビボアッセイ、生化学的アッセイ、細胞ベースのアッセイ、動物モデル、臨床試験などである。オリゴヌクレオチド活性及び/又は特性を評価するためのある特定の有用な技術、並びにオリゴヌクレオチド活性及び/又は特性を確認するある特定のデータが、例として下で提供される。
オリゴヌクレオチド活性のインビトロ決定のための実施例プロトコル:オリゴヌクレオチド活性の決定のために、特定の濃度のオリゴヌクレオチドを、10,000細胞/ウェルにより96ウェルプレートで蒔かれたヒト初代肝細胞にgymnosisにより送達した。処理の48時間後、総RNAを、SV96総RNA単離キット(Promega)を使用して抽出した。RNA試料からのcDNA生成を、製造業者の指示書に従って高性能cDNA逆転写キット(Thermo Fisher)を使用して実施し、qPCR分析を、iQ MultiplexPowermix(Bio-Rad)を使用してCFXシステムにおいて実施した。ヒトMALAT1転写物のために、以下のqPCRアッセイが利用された:ThermoFisher Taqman qPCRアッセイID Hs00273907_s1。ヒトSFRS9が、標準化するものとして使用された(フォワード5’TGGAATATGCCCTGCGTAAA3’、リバース5’TGGTGCTTCTCTCAGGATAAAC3’、プローブ5’TGGATGACACCAAATTCCGCTCTCA/3’。mRNAノックダウンレベルは、モック処理に対して残留している%mRNAとして計算された。IC50(nM):WV-8587:3.5;WV-39603:5.0;WV-39604:7.4;WV-39605:8.9;WV-12503:0.17;及びWV-39601:0.17。別の評価において、IC50(nM):WV-8587:3.2;WV-44468:6.4;WV-12503:0.57;WV-45140:0.27;WV-44470:14.9。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(例えば、WV-12503、WV-39601など)における2つ以上(例えば、3つ)の追加の部分(例えば、炭水化物部分、リガンドなど)は、炭水化物部分がないか又は少ないものと比較して向上した送達及び/又は有効性をもたらし得る。
マウスMALAT1オリゴヌクレオチド活性のインビボ決定:全ての動物の手順を、IACUCガイドライン下で実施した。提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物の効力及び肝臓暴露を評価するために、8~10週齢の雄C57BL/6マウスに、1日目に所望のオリゴヌクレオチド濃度で0.1、0.3又は1mg/kgにて皮下投与により投与した。動物を、CO窒息に続く開胸により8日目に安楽死させた。PBSによる心臓灌流の後、肝臓試料を収集し、乾燥氷中で急速冷凍した。肝臓総RNAを、トリゾール及びブロモクロロプロパンによる組織溶解後にSV96総RNA単離キット(Promega)を使用して抽出した。RNA試料からのcDNA生成を、製造業者の指示書に従って高性能cDNA逆転写キット(Thermo Fisher)を使用して実施し、qPCR分析を、iQ MultiplexPowermix(Bio-Rad)を使用してCFXシステムにおいて実施した。マウスMALAT1 mRNAのために、以下のqPCRアッセイが利用された:ThermoFisher Taqman qPCRアッセイID Mm01227912_s1。マウスHPRTが、標準化するものとして使用された(フォワード5’CAAACTTTGCTTTCCCTGGTT3’、リバース5’TGGCCTGTATCCAACACTTC3’、プローブ5’ACCAGCAAGCTTGCAACCTTAACC/3’。肝臓におけるオリゴヌクレオチド蓄積は、ハイブリッドELISAにより決定された。インビボ送達及び活性は、例えば、図6に示されるデータによって確認された。投与は、下のとおりに実施された:
Figure 2023526975001199
様々な実施形態が本明細書に記載され、図示されているが、当業者は、機能を発揮し及び/又は本開示に記載される結果及び/又は利点の1つ以上を得るための様々な他の手段及び/又は構造を容易に構想することになり、そのような変形形態及び/又は変更形態の各々が含まれるものとみなされる。より一般的には、当業者は、本明細書に記載される全てのパラメーター、寸法、材料、及び構成が、例であることを意味し、前記実際のパラメーター、寸法、材料、及び/又は構成などが、本開示の教示が使用される特定の適用に依存する場合があることを容易に理解するであろう。当業者は、単に日常的な実験を使用して、本開示の実施形態に対する多数の均等物を認識するか、又は確認することができるであろう。したがって、前述の実施形態は、単なる例示であり、添付の特許請求の範囲及びその均等物の範囲内で、請求される技術が、具体的に記載され且つ請求されるものとは異なる方法で実践され得ることが理解されることになる。加えて、2つ以上の特徴、系、物品、材料、キット、及び/又は方法の任意の組み合わせは、そのような特徴、系、物品、材料、キット、及び/又は方法が相互に矛盾していない場合、本開示の範囲内に含まれる。

Claims (88)

  1. Figure 2023526975001200

    又はその塩の構造を有するオリゴヌクレオチド(式中、
    BAは、任意選択により置換されたか又は保護された核酸塩基であり;
    T5は、任意選択により置換されたか又は保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
    T3は、水素、任意選択により置換されたか若しくは保護されたか又はヌクレオシドヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
    Wは、O、S又はSeであり、
    Zは、-O-、-S-、-N(R’)-であり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
    -CyIL-は、-Cy-であり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
  2. 前記オリゴヌクレオチドが、
    Figure 2023526975001201

    又はその塩の構造を有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド。
  3. 前記オリゴヌクレオチドが、
    Figure 2023526975001202

    又はその塩(式中、
    BAは、任意選択により置換されたか又は保護された核酸塩基であり;
    T5は、任意選択により置換されたか又は保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
    T3は、水素、任意選択により置換されたか若しくは保護されたか又はヌクレオシドヌクレオチド部分、オリゴヌクレオチド部分、R’、又はリンカーを介して任意選択により連結される追加の化学的部分であり;
    INLは、-Y-P(-X-R)-Z-、-C(O)-O-(式中、-C(O)-は窒素原子に結合される)、-C(O)-N(R’)-、又は-LL1-CyIL-LL2-であり、
    は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
    は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
    は、アニオンであり;
    X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
    -CyIL-は、-Cy-であり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有するオリゴヌクレオチド。
  4. T5が、任意選択により保護されたヒドロキシル、任意選択により置換されたか又は保護されたヌクレオチド部分若しくはオリゴヌクレオチド部分であり、且つRT3が、任意選択によりリンカーを介して固体支持体に連結されたヌクレオシド、ヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド部分である、請求項1~3のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  5. 独立して以下の構造を有する糖:
    Figure 2023526975001203

    及び非環式糖から選択される1つ以上の糖単位、又は
    それぞれ独立して
    -Y-P(-X-R)-Z-、
    -C(O)-O-(式中、-C(O)-は窒素原子に結合される)、
    -C(O)-N(R’)-、若しくは
    -LL1-CyIL-LL2
    (式中、
    は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
    は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
    は、アニオンであり;
    X、Y及びZの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(-L-R)-、又はLであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    、LL1、LL2及びLの各々は、独立して、Lであり;
    -CyIL-は、-Cy-であり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)の構造を有する1つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド。
  6. モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、前記モルホリン単位の窒素が、-P(=W)(-N=C[N(R‘))-O-の構造を有するヌクレオチド間結合に結合される、請求項1~5のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  7. の存在が、P(=O)又はP(=S)である、請求項1~6のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  8. の存在が、P、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)、又はP=N-L-Rである、請求項1~7のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  9. Yの存在が、共有結合であるか、又はYの存在が、-O-である、請求項1~8のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 前記オリゴヌクレオチドが、モルホリン単位を含むヌクレオシド単位を含み、前記ヌクレオシド単位が、
    Figure 2023526975001204

    又はその塩形態(式中、BAは、核酸塩基であり、前記Nは、-C(O)-O-に結合され、-C(O)-は、Nに結合される)の構造を有する、請求項1~9のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  11. 各Zが、-O-であり、且つWの存在が、O又はSであるか、又は各Wが、Oである、請求項1~10のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  12. -L-Rの存在が、-N(R’)であるか又はRが、-N=C(-L-R’)又は-N=C[N(R’)である、請求項1~11のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  13. 同じ窒素上の2つのR’を、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又はRが、
    Figure 2023526975001205

    である、請求項12に記載のオリゴヌクレオチド。
  14. 前記オリゴヌクレオチドが、15~50個の核酸塩基を含む、請求項1~13のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  15. 前記オリゴヌクレオチドが、1個以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、及び/又は全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、独立して、キラル制御され、及び/又は全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は5%が、Spであり、及び/又は全てのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Rpであり、及び/又は全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Spであり、及び/又は全ての修飾されたヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、及び/又は全ての修飾されたヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Sp配置を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、及び/又は全てのヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、及び/又は全てのヌクレオチド間結合の少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%が、Sp配置を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、請求項1~14のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  16. 骨格のキラル中心のパターンが、[(Rp/Op)n(Sp)m]yを含み、n、m、及びyの各々が、独立して、1~50であり、且つ各Npが、独立して、Rp又はSpであり、及び/又は骨格のキラル中心の前記パターンが、(Np)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yを含み、t、n、m、及びyの各々が、独立して、1~50であり、且つ各Npが、独立して、Rp又はSpであり、及び/又は骨格のキラル中心の前記パターンが、(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yを含み、t、n、m、及びyの各々が、独立して、1~50であり、及び/又は各Opが、天然のリン酸結合においてアキラルである結合リンを示す、請求項1~15のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  17. 独立して
    Figure 2023526975001206

    の構造を有する1個以上(例えば、約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又は全てのうちの約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は全て)の糖を含み、
    任意選択により:
    5sの存在が、-CHであるか、又は糖の1つの存在において、一方のR5sが、-CHであり、且つ他方が、-Hであり、及び/又は5’-炭素が、Rであるか又は5’-炭素が、Sであり;及び/又はR5sの存在が、-Hであり;及び/又はR4sの各存在が、独立して、-Hであるか、又はR2sと合わせて、-L-L-の構造を有する架橋を形成し、各Lが、独立して、Lであり;及び/又はR3sの各存在が、-Hであり;及び/又はR2sの存在が、-H、-F、-ORであり、Rが、任意選択により置換されたC1~6アルキル、-OMe、又は-OCHCHOCHであり;及び/又はR1sの各存在が、-Hである、請求項1~16のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  18. 前記オリゴヌクレオチドが、5’-第1の領域-第2の領域-第3の領域-3’の構造からなるか又はそれを含み、前記領域の各々が、独立して、1~20個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)以上のヌクレオシドを含む、請求項1~17のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  19. 前記第1の領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上のヌクレオシドを含み、及び/又は前記第2の領域が、8個以上のヌクレオシドを含み、及び/又は前記第3の領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上のヌクレオシドを含み、及び/又は前記第1の領域が、それぞれ独立して構造-O-P(O)[-N=C[N(R’)]-O-の1つ以上のヌクレオチド間結合を含み、及び/又は前記第1の領域が、1つ以上のn001ヌクレオチド間結合を含み、及び/又は第2の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含み、及び/又は前記第2の領域中の各糖が、独立して、天然のDNA糖であり、及び/又は第3の領域中の全ての糖の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は100%が、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含む、請求項1~18のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  20. 前記オリゴヌクレオチド又は前記第2の領域の骨格のキラル中心の前記パターンが、(Np)t[(Rp)n(Sp)m]y又は(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含み、t、n及びmの各々が、独立して、1~50であり、且つyが、1~10である、請求項1~19のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  21. 少なくとも1つのnが、1であるか又は各nが、1であり、及び/又はyが、1又は2であり、及び/又はtが、2以上であり、及び/又は各mが、独立して、2~20であり、及び/又は骨格のキラル中心のパターンにおける各Rpが、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のものであり、及び/又は骨格のキラル中心のパターンにおける各Spが、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のものである、請求項1~20のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  22. 各核酸塩基が、独立して、任意選択により置換されたA、T、C、G若しくはU、又はA、T、C、G若しくはUの任意選択により置換された互変異性体である、請求項1~21のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  23. 前記オリゴヌクレオチド鎖が、脂質部分、炭水化物部分、及び/又は標的化部分であるか又はそれを含む追加の部分とコンジュゲートされ、及び/又は前記追加の部分が、
    Figure 2023526975001207

    であるか又はそれを含む、請求項1~22のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  24. Figure 2023526975001208

    又は
    Figure 2023526975001209

    (任意選択により、R’は、-Acである)を含む化合物を含むオリゴヌクレオチド。
  25. 前記オリゴヌクレオチドが、薬学的に許容される塩の形態で存在する、請求項1~24のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  26. 前記オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、独立して、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%のジアステレオマー純度を有し、及び/又は前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも(DS)ncのジアステレオマー純度を有し、DSが、55%~100%(例えば、約又は少なくとも約55%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%)であり、且つncが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数であり、及び/又は前記オリゴヌクレオチドが、約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%のジアステレオマー純度を有する、請求項1~25のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  27. 複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、
    1)共通の塩基配列、
    2)共通の骨格結合のパターン、及び
    3)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
    前記共通の塩基配列及び共通の骨格結合のパターンを共有する前記組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数の前記オリゴヌクレオチドであり、
    複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、請求項1~25のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドであるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物;又は
    複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、
    1)共通の構成、及び
    2)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
    前記組成物が、複数のオリゴヌクレオチドに関して、前記共通の構成を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮され、且つ
    複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、請求項1~25のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドであるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物;又は
    複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、
    1)共通の構成、及び
    2)1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学を共有し、
    前記共通の構成を共有する前記組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数の前記オリゴヌクレオチドであり、且つ
    複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、請求項1~25のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドであるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、
    複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
    複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、
    前記特定のオリゴヌクレオチド又はその塩と同じ構成を共有する前記組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであり、且つ
    前記特定のオリゴヌクレオチドが、請求項1~25のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドであるオリゴヌクレオチド組成物;又は
    複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
    複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、
    前記特定のオリゴヌクレオチド又はその塩と同じ塩基配列を共有する組成物内の全てのオリゴヌクレオチドの約1~100%が、複数のオリゴヌクレオチドであり、且つ
    前記特定のオリゴヌクレオチドが、請求項1~25のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドであるオリゴヌクレオチド組成物。
  28. パーセンテージが、約又は約(DS)ncを超え、DSが、55%~100%(例えば、約又は少なくとも約55%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%)であり、且つncが、複数のオリゴヌクレオチドの中のキラル制御されたヌクレオチド間結合の数であり;及び/又はパーセンテージが、5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%である、請求項1~27のいずれか一項に記載の組成物。
  29. 複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれ独立して、薬学的に許容される塩形態で存在する、請求項1~28のいずれか一項に記載の組成物。
  30. 請求項1~29のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物及び薬学的に許容される担体を含むか又は送達する医薬組成物。
  31. 標的核酸及び/又はその産物の発現、レベル及び/又は活性を調節するための方法であって、前記標的核酸を請求項1~30のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、前記オリゴヌクレオチドの前記塩基配列、又は組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの前記共通の塩基配列が、前記標的核酸のものと相補的である方法;又は
    標的核酸を発現する系に請求項1~30のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法であって、前記オリゴヌクレオチドの前記塩基配列、又は組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの前記共通の塩基配列が、前記標的核酸のものと相補的である方法。
  32. 標的核酸及び/又はその産物の発現、レベル及び/又は活性が、低減され、及び/又は産物が、mRNAであり、及び/又は産物が、タンパク質であり;及び/又は産物の発現、レベル及び/又は活性が、増大され、前記産物が、mRNA又はそれによりコードされるタンパク質であり;及び/又は前記mRNAが、スプライシング調節の産物であり;及び/又は前記mRNAが、エクソンスキッピングの産物であり;及び/又は前記系が、ヒトである、請求項31に記載の方法。
  33. 式AC-I、AC-I-a、AC-I-b、AC-I-c、AC-I-d、AC-I-eの化合物若しくはその塩、又は
    Figure 2023526975001210

    Figure 2023526975001211

    から選択される化合物。
  34. LG-I:
    Figure 2023526975001212

    の構造を有する化合物又はその塩(式中、
    LGは、脱離基であり;
    及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
    は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
    は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
    各LL1は、独立して、Lであり;
    は、アニオンであり;
    M1、RM2及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    及びLの各々は、独立して、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
  35. が、-S-又は-NRMN-であり、及び/又はRM1及びRM2を、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又はRM1、RM2及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又はLGが、-Cl、-N(R’)、又は-N(iPr)である、請求項33に記載の化合物。
  36. LG-II:
    Figure 2023526975001213

    の構造を有する化合物又はその塩(式中、
    LGは、脱離基であり;
    及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
    は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
    は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
    各LL1は、独立して、Lであり;
    は、アニオンであり;
    M1及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    tは、0~10であり;
    及びLの各々は、独立して、Lであり;
    環Mは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
  37. が、-S-又は-NRMNであり、及び/又は環Mが、5員又は6員であり、及び/又は環Mが、飽和であり、及び/又は環Mが、前記介在原子に加えてヘテロ原子を有さず、及び/又はtが、2であり;及び/又は各RM1が、独立して、Rであり;及び/又は各RM1が、独立して、任意選択により置換されたC1~30脂肪族であり;及び/又は
    Figure 2023526975001214

    が、
    Figure 2023526975001215

    であり;及び/又は
    Figure 2023526975001216

    が、
    Figure 2023526975001217

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001218

    が、
    Figure 2023526975001219

    であり、
    M1及びRM2が、transであり;及び/又は
    Figure 2023526975001220

    が、
    Figure 2023526975001221

    であり、
    H及びRM2が、transであり;及び/又は
    Figure 2023526975001222

    が、
    Figure 2023526975001223

    であり、Xが、-S-であり;及び/又はRM1が、-C(CH)=CH又は-CHであり;及び/又は
    Figure 2023526975001224

    が、
    Figure 2023526975001225

    であり;
    及び/又はLGが、-C1、-N(R’)、又は-N(iPr)である、請求項36に記載の化合物。
  38. 式M-I:
    Figure 2023526975001226

    の構造を有する化合物又はその塩(式中、
    及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
    は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
    は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
    各LL1は、独立して、Lであり;
    は、アニオンであり;
    M1、RM2及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    及びLの各々は、独立して、Lであり;
    BAは、核酸塩基であり;
    SUは、糖であり;
    PSは、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
  39. が、-S-又は-NRMN-であり、及び/又はRM1及びRM2を、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は形成される前記環が、5員又は6員であり、及び/又は形成される前記環が、置換され、及び/又はRM1、RM2及びRMNを、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成する、請求項38に記載の化合物。
  40. 式M-II:
    Figure 2023526975001227

    の構造を有する化合物又はその塩(式中、
    及びXの各々は、独立して、-L-O-、-L-S-、又は-L-NRMN-、であり;
    は、P、P(=W)、P->B(-L-R、又はPであり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    は、P=N-C(-L-R’)(=L-R’)又はP=N-L-Rであり;
    は、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択により置換される)、又は=N(R’)(Q)-LL1-であり;
    各LL1は、独立して、Lであり;
    は、アニオンであり;
    M1及びRMNの各々は、独立して、-L-Rであり;
    各Rは、独立して、-L-R’又は-N=C(-L-R’)であり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    tは、0~10であり;
    及びLL1の各々は、独立して、Lであり;
    環Mは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    BAは、核酸塩基であり;
    SUは、糖であり;
    PSは、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)。
  41. が、-S-又は-NRMN-であり、及び/又は環Mが、5員であり、及び/又はMが、6員であり、及び/又はtが、1~10であるか若しくはtが、2であり、及び/又は各RM1が、独立して、R又は独立して任意選択により置換されたC1~30脂肪族である、請求項40に記載の化合物。
  42. Figure 2023526975001228

    が、
    Figure 2023526975001229

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001230

    が、
    Figure 2023526975001231

    であり、
    及び/又は
    Figure 2023526975001232

    が、
    Figure 2023526975001233

    であり、
    M1及びRM2が、transであり、及び/又は
    Figure 2023526975001234

    が、
    Figure 2023526975001235

    であり、
    H及びRM2が、transであり、及び/又は
    Figure 2023526975001236

    が、
    Figure 2023526975001237

    であり、
    及び/又は
    Figure 2023526975001238

    が、
    Figure 2023526975001239

    であり、
    及び/又はRM1が、-C(CH)=CHであり、及び/又はRM2が、-CHであり、及び/又は
    Figure 2023526975001240

    が、
    Figure 2023526975001241

    である、請求項40に記載の化合物。
  43. SUが、
    Figure 2023526975001242

    (式中、
    6sは、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、請求項40~42のいずれか一項に記載の化合物。
  44. 前記Nが、Pに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又は
    Figure 2023526975001243

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001244

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001245

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001246

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001247

    が、
    Figure 2023526975001248

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001249

    が、
    Figure 2023526975001250

    である、請求項43に記載の化合物。
  45. SUが、
    Figure 2023526975001251

    (式中、
    1s、R2s、R3s、R4s、R5s、及びR6sの各々は、独立して、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、請求項33~42のいずれか一項に記載の化合物。
  46. C1が、BAに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又はR1sが、-Hであり、及び/又はR3sが、-Hであり、及び/又はSUが、
    Figure 2023526975001252

    であり、及び/又はR2sが、-H、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)、-OMe、又は-MOEであり、及び/又はR4sが、-Hであり、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、Lが、2’-O-CH-4’であり、前記-CH-が、任意選択により置換される、請求項45に記載の化合物。
  47. SUが、非環式糖又は-LPS-SU’-R6sであり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はR6sが、DMTrO-である、請求項45に記載の化合物。
  48. が、-O-、-S-、又は-NRMN-である、請求項1~47のいずれか一項に記載の化合物。
  49. がPであるか、又はPが、P(=W)(式中、Wは、Oである)であるか、又はPが、P(=W)(式中、Wは、Sである)であるか、又はPがP(=W)(式中、Wは、Seである)であるか、又はPが、P(=W)(式中、Wは、N(-L-R)である)であるか、又はPが、Pであるか、又はPが、P=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]であるか、又はPが、P=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-R’)]であるか、又はPが、P=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)-LL1-R’]であるか、又はPが、P=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)]であり、及び/又は一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成し、形成される前記環が、飽和であり、及び/又はPが、
    Figure 2023526975001253

    であり、及び/又はPが、
    Figure 2023526975001254

    であり、及び/又はPが、
    Figure 2023526975001255

    であり、及び/又はPが、
    Figure 2023526975001256

    であり、及び/又はQが、PF である、請求項1~48のいずれか一項に記載の化合物。
  50. 式M-III:
    BA-SU-C(O)-LG
    M-III
    の構造を有する化合物又はその塩(式中、
    BAは、核酸塩基であり;
    SUは、糖であり;且つ
    LGは、脱離基である)。
  51. LGが、任意選択により置換されたヘテロアリールであり、及び/又はLGが、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001257

    であり、及び/又はLGが、
    Figure 2023526975001258

    であり、及び/又はLGが、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001259

    であり、及び/又はLGが、
    Figure 2023526975001260

    であり、及び/又はSUが、
    Figure 2023526975001261

    (式中、
    6sは、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、請求項50に記載の化合物。
  52. 前記Nが、-C(O)-Rに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又は
    Figure 2023526975001262

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001263

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001264

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001265

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001266

    が、
    Figure 2023526975001267

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001268

    が、
    Figure 2023526975001269

    である、請求項51に記載の化合物。
  53. SUが、
    Figure 2023526975001270

    (式中、
    1s、R2s、R3s、R4s、R5s、及びR6sの各々は、独立して、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)である、請求項51に記載の化合物。
  54. C1が、BAに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又はR1sが、-Hであり、及び/又はR3sが、-Hであり、及び/又はSUが、
    Figure 2023526975001271

    であり、及び/又はR2sが、-H、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)、-OMe、又は-MOEであり、及び/又はR4sが、-Hであり、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、Lが、2’-O-CH-4’であり、前記-CH-が、任意選択により置換される、請求項53に記載の化合物。
  55. SUが、非環式糖又は-LPS-SU’-R6sであり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はLPSが、-O-、-NR’-、又は共有結合であり、及び/又はR6sが、-O-L-R’であり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はR6sが、DMTrO-である、請求項51に記載の化合物。
  56. 請求項33の化合物を第2の化合物と接触させることを含む、請求項34~37のいずれか一項に記載の化合物を調製するための方法。
  57. 前記第2の化合物が、PClである、請求項56に記載の方法。
  58. 第1の化合物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、前記第1の化合物が、請求項49~55のいずれか一項に記載の化合物である方法;又は
    方法であって、
    第1の化合物を塩基の存在下でヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、前記第1の化合物が、請求項49に記載の化合物である方法。
  59. 前記第1の化合物中の前記PのPが、前記第2の化合物の-OHのOと結合を形成する、請求項58に記載の方法。
  60. 第1の組成物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、前記第1の組成物が、請求項49の化合物を式AZ-1:
    -C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]
    AZ-I
    の化合物と接触させることを含む方法によって調製される方法。
  61. 第1の化合物が、請求項49の化合物をAZ-1:
    -C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]
    AZ-I
    の構造を有する化合物と接触させることによって調製される、請求項58に記載の方法。
  62. 第1の化合物が、単離及び/又は精製を伴わずに利用される、請求項58に記載の方法、又は式AZ-Iの化合物が、式N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-R’]の化合物である、請求項60~62のいずれか一項に記載の方法、又は式AZ-Iの化合物が、式N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)-LL1-R’]の化合物である、請求項60~62のいずれか一項に記載の方法、又は式AZ-Iの化合物が、式N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)]の化合物である、請求項60~62のいずれか一項に記載の方法、又は式AZ-Iの化合物が、式N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)]の化合物である、請求項60~62のいずれか一項に記載の方法。
  63. 一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は形成される前記環が、飽和であり、及び/又は式AZ-1の化合物が、
    Figure 2023526975001272

    であり、及び/又は式AZ-1の化合物が、
    Figure 2023526975001273

    であり、及び/又は式AZ-1の化合物が、
    Figure 2023526975001274

    であり、及び/又は式AZ-1の化合物が、
    Figure 2023526975001275

    であり、及び/又はQが、PF である、請求項60~62のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記接触によって、-P(=W)(-X-L-R)-Z-を含む第3の化合物を生成し、及び/又はZが、-O-であり、及び/又はWが、Oであり、及び/又はXの存在が、共有結合であり、且つRが、-N=C(-L-R’)であり、及び/又は-L-の存在が、-N(R’)-であり、及び/又はRが、-N=C[N(R’)であり、及び/又は一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は形成される前記環が、飽和であり、及び/又はRが、
    Figure 2023526975001276

    であり、及び/又は-P(=W)(-X-L-R)-Z-の前記Pが、前記第1の化合物の前記PのPである、請求項58~63のいずれか一項に記載の方法。
  65. がP=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-LL1-R’]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P-N=C(-L-R’)[N(R’)-LL1-R’]に変換することを含むか、又はPがP=N-C(-L-R’)[=N(R’)(Q)-R’]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P-N=C(-L-R’)[-N(R’)]に変換することを含むか、又はPがP=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)-LL1-R’]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P=N-C[N(R’)][-N(R’)-LL1-R’]に変換することを含むか、又はPがP=N-C[N(R’)][=N(R’)(Q)]である第1の化合物又は組成物におけるPを、P=N-C[N(R’)][-N(R’)]に変換することを含み、任意選択により、一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は一方のN上の1つのR’及び1つのR’又は他方のNを、それらの介在原子と合わせて、前記介在原子に加えて0個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された5員単環式、二環式又は多環式環を形成し、及び/又は形成される前記環が、飽和であり、及び/又はRが、
    Figure 2023526975001277

    であり、及び/又は-P(=W)(-X-L-R)-Z-の前記Pが、前記第1の化合物の前記PのPであり、及び/又はQが、PF である、請求項58~64のいずれか一項に記載の方法。
  66. 第1の化合物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、前記第1の化合物が、請求項49の化合物である方法;又は
    方法であって、
    第1の組成物をヒドロキシル基又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、前記第1の組成物が、請求項49の化合物を硫化剤と接触させることを含む方法によって調製される方法。
  67. 第1の化合物が、請求項49の化合物を硫化剤と接触させることにより調製され、及び/又は第1の化合物が、単離及び/又は精製を伴わずに利用され;及び/又は硫化剤が、
    Figure 2023526975001278

    であり、及び/又は前記接触によって、-P(=W)(-X-L-R)-Z-を含む第3の化合物を生成し、及び/又はZが、-O-であり、及び/又はWが、Oであり、及び/又は-X-L-Rが、-S-Hである、請求項66に記載の方法。
  68. 第1の化合物をヒドロキシル又はアミノ基を含む第2の化合物と接触させることを含むカップリング工程を含み、前記第1の化合物が、請求項50~55のいずれか一項に記載の化合物である方法。
  69. 前記第2の化合物が、-OH基を含むヌクレオシドであるか又はそれを含み、及び/又は前記第2の化合物が、-OH基を含むオリゴヌクレオチドであるか又はそれを含み、及び/又は前記第2の化合物が、アミノ基を含むヌクレオシドであるか又はそれを含み、及び/又は前記第2の化合物が、アミノ基を含むオリゴヌクレオチドであるか又はそれを含む、請求項58~68のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが、
    Figure 2023526975001279

    (式中、
    6sは、-OHであり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)であるか又はそれを含む、請求項60~69のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記Nが、-C(O)-Rに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又は
    Figure 2023526975001280

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001281

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001282

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001283

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001284

    が、
    Figure 2023526975001285

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001286

    が、
    Figure 2023526975001287

    である、請求項70に記載の方法。
  72. 前記ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドが、
    Figure 2023526975001288

    (式中、
    6sは、-OHであり;
    1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)であるか又はそれを含む、請求項60~69のいずれか一項に記載の方法。
  73. C1が、BAに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又はR1sが、-Hであり、及び/又はR3sが、-Hであり、及び/又はSUが、
    Figure 2023526975001289

    であり、及び/又はR2sが、-H、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)、-OMe、又は-MOEであり、及び/又はR4sが、-Hであり、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、Lが、2’-O-CH-4’であり、前記-CH-が、任意選択により置換される、請求項72に記載の方法。
  74. SUが、非環式糖又は-LPS-SU’-R6sであり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はLPSが、-O-、-NR’-、又は共有結合であり、及び/又はR6sが、-O-L-R’であり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はR6sが、DMTrO-である、請求項60~69のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記第2の化合物が、任意選択によりリンカーを介して固体支持体に連結され、及び/又は前記第2の化合物が、リンカーを介して固体支持体に連結されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドであり、及び/又は前記リンカーが、1つ以上の-N(R’)-を含み、R’が、-Hではなく、及び/又は前記リンカーが、1つ以上の-(CH)m-N(R’)-C(O)-(CH)n-C(O)(式中、R’は、-Hではなく、m及びnの各々は、独立して、1~20であり、且つ各-CH-は、独立して、任意選択により置換される)を含み、及び/又は前記リンカーが、1つ以上の-(CH)m-N(R’)-C(O)-(CH-C(O)(式中、R’は、-Hではなく、m及びnの各々は、独立して、1~20であり、且つ各-CH-は、独立して、任意選択により置換される)を含み、及び/又は前記リンカーが、1つ以上の-N(R’)-(式中、R’は、任意選択により置換されたC1~6脂肪族である)を含み、及び/又は前記リンカーが、1つ以上の-N(R’)-(式中、R’は、メチルである)を含み、及び/又は前記リンカーが、-NH-を含まず、及び/又は前記固体支持体が、CPGである、請求項58~74のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記接触が、塩基の存在下で実施され、任意選択により、前記塩基が、DBUであり、及び/又は-OH基がキャップ付加され得る条件を含むキャップ付加工程を含み、及び/又は
    カップリング工程の生成物を、[R’C(O)]の構造を有する化合物を含むキャップ付加組成物と接触させることを含むキャップ付加工程を含み、任意選択により、キャップ付加工程が、カップリング工程の生成物を、AcOを含むキャップ付加組成物と接触させる工程を含み、及び/又は
    保護された-OH基が脱保護され得る条件を含む脱保護工程を含み、及び/又は
    カップリング又はキャップ付加工程の生成物を、酸を含む脱保護組成物と接触させることを含む脱保護工程を含み、及び/又は
    カップリング又はキャップ付加工程の生成物を、酸を含む脱保護組成物と接触させることを含む脱保護工程を含み、DMTrO-が-OHに変換される、請求項1~75のいずれか一項に記載の方法。
  77. a)カップリング工程、
    b)キャップ付加工程、及び
    c)任意選択により、脱保護工程
    をそれぞれ独立して含む1つ以上のサイクルを含み、
    前記カップリング工程、キャップ付加工程、及び脱保護工程の各々が、独立して、請求項58~76のいずれか一項に記載されるとおりである方法。
  78. 少なくとも1つのサイクルが、脱保護工程を含み、及び/又は1つ以上の前記サイクルのそれぞれ1つが、独立して、脱保護工程を含み、及び/又は前記サイクルが、結合リンを修飾する工程を含まず、及び/又は前記カップリング工程が、請求項49~55のいずれか一項に記載の化合物とカップリングすることを含む、請求項77に記載の方法。
  79. 各々が、
    a)カップリング工程、
    b)任意選択により、第1のキャップ付加工程、
    c)修飾工程、
    d)任意選択により、第2のキャップ付加工程、及び
    e)任意選択により、脱保護工程
    を独立して含む1つ以上のサイクルをさらに含む、請求項60~78のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記カップリング工程が、請求項49の化合物とカップリングすることを含み、及び/又はアミド化条件を含む第1のキャップ付加工程を含み、及び/又は結合リン形態PをP=O、P=S又はP=N-に修飾する修飾工程を含み、及び/又はエステル化条件を含む第2のキャップ付加工程を含む、請求項79に記載の方法。
  81. 請求項33~37のいずれか一項に記載の化合物をヌクレオシドと接触させることを含む、請求項49の化合物を調製するための方法。
  82. 前記ヌクレオシドが、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により保護されたA、T、C又はGであり、及び/又は前記ヌクレオシドが、構造H-SU-BAのもの又はその塩であり;及び/又は
    SUが、
    Figure 2023526975001290

    (式中、
    6sは、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    環Aは、窒素に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員、単環式、二環式又は多環式環であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、前記原子と合わせて、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)であり;及び/又は
    前記Nが、Hに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又は
    Figure 2023526975001291

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001292

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001293

    が、任意選択により置換された
    Figure 2023526975001294

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001295

    が、
    Figure 2023526975001296

    であり、及び/又は
    Figure 2023526975001297

    が、
    Figure 2023526975001298

    であり;及び/又は
    SUが、
    Figure 2023526975001299

    (式中、
    1s、R2s、R3s、R4s、R5s、及びR6sの各々は、独立して、Rであり;
    各Rは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R’)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R’)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    は、Lであり;
    各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択により置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、1つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される任意選択により置換された基により置き換えられ、1つ以上の窒素又は炭素原子は、任意選択により且つ独立して、Cyで置き換えられ;
    各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各Cyは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された三価又は四価の3~30員単環式、二環式又は多環式環であり;
    各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立して、-H、又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
    2つのR基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
    同じ原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成するか;又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子を前記介在原子に加えて有する任意選択により置換された3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する)であり;及び/又は
    C1が、BAに結合され、及び/又はLが、-C(R5sであり、各R5sが、独立して、Rであり、及び/又はLが、任意選択により置換された-CH-であり、及び/又はLが、-CH-であり、及び/又はR1sが、-Hであり、及び/又はR3sが、-Hであり、及び/又はSUが、
    Figure 2023526975001300

    であり、及び/又はR2sが、-H、-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)、-OMe、又は-MOEであり、及び/又はR4sが、-Hであり、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、及び/又はR2s及びR4sを合わせて、-L-を形成し、Lが、2’-O-CH-4’であり、前記-CH-が、任意選択により置換され;及び/又は
    SUが、非環式糖又は-LPS-SU’-R6sであり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はLPSが、-O-、-NR’-、又は共有結合であり、及び/又はR6sが、-O-L-R’であり、及び/又はR6sが、オリゴヌクレオチド合成のために保護された-OHであり、及び/又はR6sが、DMTrO-である、請求項81に記載の方法。
  83. 非環式糖が、a’-LSA1-LSA2(-LSA3-)-LSA4-b’の構造を有し、LSA1、LSA3、及びLSA4の各々が、独立して、任意選択により置換された二価C1~4脂肪族又は1~3個のヘテロ原子を有するC1~4脂肪族であり、且つLSA2が、任意選択により置換されたCH又はNであり、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(-LSA3-)-CH-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、且つ-LSA3-が、核酸塩基に結合され、且つ-O-CH-であり、前記-CH-が、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH-)-CH(CH)-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH(CH)-)-CH-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(-O-CH(CHOH)-)-CH-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(-LSA3-)-CH-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH-)-CH-NHR’-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH-)-CH-N(CH)-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH(CH)-)-CH-N(CH)-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換され、及び/又は非環式糖が、a’-CH-CH(O-CH(CHOH)-)-CH-b’の構造を有し、前記CH及びCHの各々が、独立して、任意選択により置換される、請求項1~82のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
  84. 各ヘテロ原子が、独立して、ホウ素、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素であり、及び/又は各ヘテロ原子が、独立して、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素であり、及び/又は各環ヘテロ原子が、独立して、酸素、硫黄、又は窒素である、請求項1~83のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、化合物、組成物又は方法。
  85. 核酸又はその産物の発現、レベル及び/又は活性を調節するための方法であって、前記核酸を請求項1~84のいずれか一項のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法、又は
    系において核酸又はその産物の発現、レベル及び/又は活性を調節するための方法であって、前記系に請求項1~84のいずれか一項のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含み、
    任意選択により、核酸又はその産物の前記発現、レベル及び/又は活性が、低減される方法。
  86. 核酸のスプライシングを調節するための方法であって、前記核酸を請求項1~85のいずれか一項のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法、又は
    系において核酸のスプライシングを調節するための方法であって、前記系に請求項1~85のいずれか一項のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含み、
    任意選択により、標的エクソンのスキッピングが、増加され、及び/又は標的エクソンのインクルージョンが、増加され、及び/又は前記核酸が、転写物である方法。
  87. 前記組成物中の前記オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド(複数)の塩基配列が、前記核酸の塩基配列と相補的であるか又は同一であり、及び/又は系が、インビトロアッセイ、細胞、組織、器官、生物体、動物、対象又はヒトである、請求項85~86のいずれか一項に記載の方法。
  88. 本明細書又は実施形態1~743に記載されるオリゴヌクレオチド、組成物、化合物、又は方法。
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