JP2022513719A - オリゴヌクレオチド組成物及びその方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド組成物及びその方法 Download PDF

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Abstract

【課題】とりわけ、本開示は、設計されたＤＭＤオリゴヌクレオチド、その組成物及び使用方法を提供する。【解決手段】一部の実施形態において、本開示は、内部的にトランケートされているが、少なくとも部分的に機能性のジストロフィンタンパク質変異体に転写物が翻訳され得るように、エクソン５１をスキップすることにより、突然変異体ＤＭＤ転写物を修復するのに有用な技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤ転写物スプライシングを調節するのに有用な技術を提供する。一部の実施形態において、提供される技術は、ジストロフィン（ＤＭＤ）ＤＭＤ転写物のスプライシングを変化させることができる。一部の実施形態において、本開示は、限定はされないが、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー筋ジストロフィー等を含む筋ジストロフィーなどの疾患を治療する方法を提供する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年１２月６日に出願された米国仮出願第６２／７７６，４３２号、２０１９年１０月１６日に出願された同第６２／９１６，１９２号及び２０１９年１０月１６日に出願された同第６２／９１６，１９４号並びに２０１９年４月１１日に出願され、２０１９年１０月１７日に国際公開第２０１９／２００１８５号として公開されたＰＣＴ出願ＰＣＴ／米国特許出願公開第２０１９／０２７１０９号及び２０１９年５月１０日に出願され、２０１９年１１月１４日に国際公開第２０１９／２１７７８４号として公開されたＰＣＴ出願ＰＣＴ／米国特許出願公開第２０１９／０３１６７２号に対する優先権を主張するものであり、これらの各々の全体は、参照により本明細書に援用される。
背景
オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究及びナノマテリアル適用において有用である。天然に存在する核酸（例えば、非修飾ＤＮＡ又はＲＮＡ）を治療薬に使用するには、例えば、細胞外及び細胞内ヌクレアーゼに対するその不安定性及び／又はその細胞透過及び分布の不足に起因して限界があり得る。新規の改良されたオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物、例えば様々な疾患の治療に適した新規オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物などが必要とされている。
概要
とりわけ、本開示は、塩基配列、化学修飾（例えば、糖、塩基及び／又はインターヌクレオチド結合の修飾及びそのパターン）、及び／又は立体化学（例えば、骨格キラル中心（キラルインターヌクレオチド結合）の立体化学、及び／又はそのパターン）などのオリゴヌクレオチドの構造要素が、オリゴヌクレオチド特性、例えばエクソン（例えば、ＤＭＤのエクソン５１）のスキッピング、毒性、安定性、タンパク質結合特性等に大きい影響を与え得るという認識を包含する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤ遺伝子のエクソン、例えばエクソン５１のスキップを媒介することができ、筋ジストロフィーを治療するのに有用なオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、筋ジストロフィーの治療に有用である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書（例えば、表Ａ１）において開示されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物であるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態において、本明細書で実証されるとおり、提供される技術（例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など）は、突然変異体ｍＲＮＡ（例えば、有害な突然変異を含むＤＭＤ転写物）及び／又はそれによってコードされるタンパク質のレベルを低減すること並びに修復されたｍＲＮＡ（例えば、エクソン５１がスキップされることにより有害な突然変異が欠失するか、修正されるか、又は補償されているＤＭＤ転写物）及び／又はそれによってコードされるタンパク質のレベルを増加させることに特に有用である。
一部の実施形態において、提供される技術は、ＤＭＤ転写物のスプライシングを調節すること、例えばそれにより望ましいスプライシング産物のレベルを増加させ、及び／又は望ましくないスプライシング産物のレベルを低減することに特に有用である。一部の実施形態において、提供される技術は、ＤＭＤ転写物、例えばプレｍＲＮＡ、ＲＮＡ等のレベルを低減すること及び多くの場合にｍＲＮＡ、タンパク質等、かかるＤＭＤ転写物から生じるか又はそれによってコードされる産物のレベルを低減することに特に有用である。一部の実施形態において、プレｍＲＮＡ、又はｍＲＮＡ、又はＲＮＡは、ある細胞内コンパートメント（例えば、核、細胞質等）から別のコンパートメントに輸送され、及び／又は１つ以上の酵素によって修飾されている。
例えば、一部の実施形態において、ジストロフィン遺伝子は、筋ジストロフィー（限定はされないが、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）及びベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を含む）に関連する１つ以上の突然変異を含むエクソンを含み得る。一部の実施形態において、疾患関連エクソンは、エクソンに突然変異（例えば、ミスセンス突然変異、フレームシフト突然変異、ナンセンス突然変異、未成熟終止コドン等）を含む。一部の実施形態において、本開示は、より短い（例えば、内部でトランケートされている）ながらも、部分的に機能性のジストロフィン（例えば、変異体）が産生され得るようにリーディングフレームを維持するか又は回復させつつ、１つ若しくは複数の疾患関連ジストロフィンエクソンを有効にスキッピングするための組成物及び方法を提供する。
とりわけ、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物によるＤＭＤ転写物スプライシングの調節に化学修飾及び／又は立体化学を用い得ることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの特性、例えばそれがＤＭＤ転写物のスプライシングを変化させる能力を改良する化学修飾及び立体化学の組み合わせを提供する。一部の実施形態において、本開示は、参照条件（例えば、その組成物が存在しないこと、参照組成物（例えば、同じ化学構成を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物（当業者が理解するとおり、特に指示されない限り、化学構成とは、概して、分子実体中の原子のアイデンティティ及び結合の方法（及び対応する結合多重度）の記述であって、但し、その空間配置から生じる任意の差異を省いた記述を指す）、異なるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物等）が存在すること、これらの組み合わせ等）と比較したとき、修飾された（例えば、修復された）ｍＲＮＡを生じさせるＤＭＤエクソン５１のスキッピングの増加をもたらし、そうしたｍＲＮＡが翻訳されて、内部的にトランケートされているが、少なくとも部分的に機能性のジストロフィンタンパク質変異体を生じさせることのできるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、参照条件と比較して、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、意外にも有効である。一部の実施形態では、ＤＭＤエクソン５１のスプライシングを５、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０又は１００倍超亢進させることができる。
とりわけ、本開示は、低毒性のオリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供することが課題であることを認識する。一部の実施形態において、本開示は、毒性が減少したＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、免疫応答の誘導が減少したＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ｈＴＬＲ９活性の拮抗作用が亢進したオリゴヌクレオチド組成物（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物）を提供する。一部の実施形態において、筋ジストロフィーは、例えば、筋組織の炎症を伴う。一部の実施形態において、提供される技術（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド、組成物、方法等）は、亢進した活性（例えば、エクソンスキッピング活性）及び炎症を伴う１つ以上の病態及び／又は疾患に有益となり得るｈＴＬＲ９アンタゴニスト活性の両方を提供する。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び／又はその組成物は、エクソンスキッピング能と、毒性及び／又は炎症レベルの低下との両方を提供する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各々が様々なタイプから独立に選択される多重インターヌクレオチド結合を含む。インターヌクレオチド結合の様々なタイプは、特性が異なる。いかなる理論による拘束も望むものではないが、天然リン酸結合（リン酸ジエステルインターヌクレオチド結合）は、アニオン性であり、他の化学修飾なしに単独で使用したときにインビボで不安定なこともあり；ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、アニオン性であり、概してインビボでの安定性が天然リン酸結合より高く、一部の例では疎水性がより高いことができ；環状グアニジン部分を含む、本開示で例示されるものなどの中性インターヌクレオチド結合は、生理的ｐＨで中性であり、インビボでの安定性が天然リン酸結合より高く、且つ疎水性がより高いものであり得ることを本開示は指摘しておく。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、あるｐＨ［例えば、ヒト生理的ｐＨ（約７．４）、送達部位（例えば、細胞小器官、細胞、組織、器官、生物等）のｐＨ等］における点で非負電荷（中性又はカチオン性）インターヌクレオチド結合である修飾インターヌクレオチド結合を含む。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、少なくとも一部の例では、オリゴヌクレオチド中の中性インターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合を含まない同等の核酸と比較して改良された特性及び／又はエクソン５１のスキッピング、例えば改良された送達、改良されたエキソヌクレアーゼ及びエンドヌクレアーゼ耐性、改良された細胞取込み、改良されたエンドソームエスケープ及び／又は改良された核取込み等をもたらし得る。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、
Figure 2022513719000002
又はその立体異性体（例えば、ｎ００１Ｒ又はｎ００１Ｓ）の構造を有する。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含む中性インターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも１つの中性インターヌクレオチド結合と、少なくとも１つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも１つの中性インターヌクレオチド結合、少なくとも１つの天然リン酸結合及び少なくとも１つのホスホロチオエートのインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなＤＭＤオリゴヌクレオチド製剤が、例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造の点で互いに異なる複数の個別的な化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学の制御がない場合、ステレオランダムなＤＭＤオリゴヌクレオチド製剤は、不確定なレベルのＤＭＤオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されない（又はステレオランダムな）組成物を提供する。これらの立体異性体が同じ塩基配列及び／又は化学修飾を有し得るとしても、その骨格立体化学が異なることに少なくとも起因して、それらは、異なる化学的実体であり、それらは、本明細書において実証されるとおり、異なる特性、例えばエクソン５１のスキッピング、毒性、分布等を有し得る。とりわけ、本開示は、目的のＤＭＤオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか又はそれを含むキラル制御された組成物を提供し；キラル制御されていない組成物と対照的に、キラル制御された組成物は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体の制御されたレベルを含む。一部の実施形態において、特定の立体異性体は、例えば、その塩基配列、その骨格結合のパターン、その骨格キラル中心のパターン及び骨格リン修飾のパターン等によって定義され得る。当技術分野において理解されるとおり、一部の実施形態において、塩基配列とは、単にひと続きの塩基を指し、及び／又はＤＭＤオリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の（例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシルなどの標準的な天然に存在するヌクレオチドと比べた糖及び／又は塩基成分の）アイデンティティ及び／又は修飾状態を指し、及び／又はかかる残基のハイブリダイゼーション特性（即ち特定の相補的残基とハイブリダイズする能力）を指し得る。一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド内における特定のキラル構造の包含及び／又は位置によって実現する特性の改良（例えば、エクソン５１の改良されたスキッピング、低下した毒性等）が、化学修飾、例えば特定の骨格結合、残基修飾等を用いることによって（例えば、ある種の修飾リン酸［例えば、ホスホロチオエート、置換ホスホロチオエート等］、糖修飾［例えば、２’－修飾等］及び／又は塩基修飾［例えば、メチル化等］を用いることによって）実現するものと同等であるか又はそれよりむしろ良好であり得ることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、ある種の化学修飾（例えば、２’－Ｆ、２’－ＯＭｅ、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合等）を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物が予想外に高いエクソンスキッピング効率を実証することを実証する。
一部の実施形態において、本開示は、
１）ＤＭＤ転写物中の標的配列に相補的な共通の塩基配列を有し；及び
２）１つ以上の修飾糖部分及び修飾インターヌクレオチド結合を含む、
複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、それがＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）ことを特徴とする。
一部の実施形態において、参照条件は、その組成物が存在しないことである。一部の実施形態において、参照条件は、参照組成物が存在することである。参照の複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む例示的参照組成物については、本開示に詳細に記載される。一部の実施形態において、参照の複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、提供される組成物における複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドと比較して異なる構造要素（化学修飾、立体化学等）を有する。一部の実施形態において、参照組成物は、同じ化学修飾を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドのステレオランダムな製剤である。一部の実施形態において、参照組成物は、立体異性体の混合物である一方、提供される組成物は、１つの立体異性体のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、参照の複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、提供される組成物における複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列、同じ糖修飾、同じ塩基修飾、同じインターヌクレオチド結合修飾及び／又は同じ立体化学を有するが、異なる化学修飾、例えば塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等を有する。
例示的スプライシングシステムは、当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、関連性のある標的ＤＭＤ転写物のスプライシングを実現するのに十分な成分を含むインビボ又はインビトロシステムである。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、スプライソソーム（例えば、タンパク質及び／又はそのＲＮＡ成分）であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、細胞小器官膜（例えば、核膜）及び／又は細胞小器官（例えば、核）であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、細胞又はその集団であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、組織であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、生物、例えば動物、例えばマウス、ラット、サル、イヌ、ヒト等の哺乳類であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本開示は、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
この組成物は、キラル制御されており、及びそれは、同じ塩基配列を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドが強化されており、
このＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、それがＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）ことを特徴とし、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本開示は、表Ａ１にあるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個又はそれを超える）のキラル制御されたインターヌクレオチド結合（例えば、Ｓ、Ｒ、ｎＳ又はｎＲのもの）を含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、任意選択で、薬学的に許容可能な塩形態である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩として提供される。
一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成を共有する。一部の実施形態において、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのキラル制御されたインターヌクレオチド結合について、複数のオリゴヌクレオチドの同じ化学構成を共有する組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％、好ましくは少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合に同じ結合リン配置を共有する。
一部の実施形態において、ＤＭＤ転写物は、ジストロフィン遺伝子又はその変異体のものである。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書（例えば、表Ａ１）において記載される任意の個々のＤＭＤオリゴヌクレオチドに関する。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び／又は組成物は、エクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物の非限定的な例として、ＷＶ－２００１１、ＷＶ－２００５２、ＷＶ－２００５９、ＷＶ－２００７２、ＷＶ－２００７３、ＷＶ－２００７４、ＷＶ－２００７５、ＷＶ－２００７６、ＷＶ－２００９６、ＷＶ－２００９７、ＷＶ－２０１０１及びＷＶ－２０１１９のもの並びにこれらのＤＭＤオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも１５隣接塩基を含む塩基配列を有する他のＤＭＤオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００１１を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００５２を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００５９を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００７２を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００７３を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００７４を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００７５を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００７６を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００９６を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２００９７を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２０１０１を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、ＷＶ－２０１１９を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物又はその使用方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書（例えば、表Ａ１）において開示される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチドの製造方法に関する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書（例えば、表Ａ１）において開示される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む医薬に関する。
いくつかの実施形態において、本明細書のオリゴヌクレオチド配列（限定はされないが、表Ａ１を含む）では、糖が指定されていない場合、その糖は、天然ＤＮＡ糖であり；及びインターヌクレオチド結合が指定されていない場合、そのインターヌクレオチド結合は、天然リン酸結合である。
一部の実施形態において、本開示は、本表のいずれかから選択されるＤＭＤオリゴヌクレオチドのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合又はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であるインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、キラル制御されていない。一部の実施形態において、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である（例えば、Ｓｐ又はＲｐ）。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合は、環状グアニジン部分であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、ｎ００１の構造を有する。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合又は環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、立体化学的に制御されている。
一般に、本明細書に記載されるとおりのＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の特性は、任意の適切なアッセイを用いて評価することができる。典型的には、異なる組成物（例えば、立体制御された組成物対立体制御されていない組成物及び／又は別の立体制御された組成物）の相対毒性及び／又はタンパク質結合特性は、同じアッセイにおいて、一部の実施形態では実質的に同時に及び一部の実施形態では過去の結果を参照して望ましくは決定される。
当業者は、特定のＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物に適切なアッセイを分かっており、及び／又はそれを容易に開発することができるであろう。本開示は、例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物挙動の１つ以上の特徴、例えば補体活性化、注射部位炎症、タンパク質結合等を評価することにおいて有用であり得るある種の特定のアッセイについての説明を提供する。
例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の毒性及び／又はタンパク質結合特性を評価することにおいて有用であり得るある種のアッセイには、本明細書に説明及び／又は例示される任意のアッセイが含まれ得る。
一部の実施形態において、本開示は、同じ塩基配列を共有する複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、同じ化学構成を共有する複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物がＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されると、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）。一部の実施形態では、１つのエクソン（例えば、一部の実施形態ではエクソン５１）がスキップされているスプライシング産物及び／又はそれによってコードされるタンパク質は、参照条件と比較して増加したレベル（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００倍又はそれを超える）で提供される。
一部の実施形態において、本開示は、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み；及び
このＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、それがＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）ことを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、筋ジストロフィーを治療又は予防する方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、
１）ＤＭＤ転写物中の標的配列に相補的な共通の塩基配列を有し；及び
２）１つ以上の修飾糖部分及び修飾インターヌクレオチド結合を含む、
複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、筋ジストロフィーを治療又は予防する方法を提供し、
このＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、それがＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）ことを特徴とし、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本開示は、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、筋ジストロフィーを治療又は予防する方法を提供し、
この組成物は、キラル制御されており、及びそれは、同じ塩基配列を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドが強化されおり、
このＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、それがＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）ことを特徴とし、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つ、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含み、これらは、任意選択で且つ独立に、キラル制御されている。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、ｎ００１である。
一部の実施形態において、本開示は、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み；及び
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーでは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピング後、内部的にトランケートされているが、少なくとも部分的に機能性のジストロフィンタンパク質変異体によってジストロフィンの機能が回復するか又は少なくとも部分的に回復し得る。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーには、限定はされないが、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）及びベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）が含まれる。
一部の実施形態において、本開示は、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本開示に記載される組成物を投与することを含む方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法を提供する。一部の実施形態において、組成物は、有効量のオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物であり、キラル制御されている。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、塩形態、例えばナトリウム塩として提供される。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療する方法であって、（ａ）それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与すること、及び（ｂ）筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）の少なくとも１つの症状を予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する追加の治療を対象に投与することを含む方法を提供する。
定義
本明細書で使用される場合、別に記載のない限り、以下の定義が適用されるものとする。本開示の目的のために、化学元素は、元素周期表、ＣＡＳバージョン、Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edに従って同定される。加えて、有機化学の一般的原理は、“Organic Chemistry”, Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999並びに“March’s Advanced Organic Chemistry”, 5th Ed., Ed.: Smith, M. b. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001に記載されている。
脂肪族：本明細書で使用される場合、「脂肪族」又は「脂肪族基」という用語は、完全に飽和しているか、又は１つ若しくは複数の不飽和単位を含む直鎖（即ち非分岐）若しくは分岐、置換若しくは非置換炭化水素鎖或いは完全に飽和しているか、又は１つ若しくは複数の単位の不飽和を含むが、芳香族（本明細書では「炭素環」、「脂環式」若しくは「シクロアルキル」とも呼ばれる）でもこれらの組み合わせでもない単環式炭化水素若しくは二環式若しくは多環式炭化水素を意味する。一部の実施形態において、脂肪族基は、１～１００個の脂肪族炭素原子を含む。一部の実施形態において、脂肪族基は、１～２０個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態において、脂肪族基は、１～１０個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態において、脂肪族基は、１～９個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態において、脂肪族基は、１～８個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態において、脂肪族基は、１～７個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態において、脂肪族基は、１～６個の脂肪族炭素原子を含む。さらに他の実施形態において、脂肪族基は、１～５個の脂肪族炭素原子を含み、さらなる他の実施形態において、脂肪族基は、１、２、３又は４個の脂肪族炭素原子を含む。一部の実施形態において、「脂環式」（又は「炭素環」、又は「シクロアルキル」）は、完全に飽和しているか、又は１つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではない単環式若しくは二環式若しくは多環式炭化水素を指す。一部の実施形態において、「脂環式」（又は「炭素環」、又は「シクロアルキル」）は、完全に飽和しているか、又は１つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではない単環式Ｃ３～Ｃ６炭化水素を指す。適切な脂肪族基には、限定はされないが、線状又は分枝状、置換又は非置換アルキル、アルケニル、アルキニル基及びそれらのハイブリッド、例えば（シクロアルキル）アルキル、（シクロアルケニル）アルキル又は（シクロアルキル）アルケニルが含まれる。
アルケニル：本明細書で使用される場合、「アルケニル」という用語は、本明細書で定義するとおり、１つ又は複数の二重結合を有する脂肪族基を指す。
アルキル：本明細書で使用される場合、「アルキル」という用語は、当技術分野でのその通常の意味が付与され、直鎖アルキル基、分岐鎖アルキル基、シクロアルキル（脂環式）基、アルキル置換シクロアルキル基及びアルキル基で置換されたシクロアルキルを含む飽和脂肪族基を含み得る。一部の実施形態において、アルキルは、１～１００個の炭素原子を有する。特定の実施形態において、直鎖又は分岐鎖アルキルは、その骨格に約１～２０個の炭素原子を有し（例えば、直鎖の場合にはＣ１～Ｃ２０、分枝鎖の場合にはＣ２～Ｃ２０）、代わりに約１～１０個の炭素原子を有する。一部の実施形態において、シクロアルキル環は、それらの環構造に約３～１０個の炭素原子を有し、そのような環は、単環式、二環式若しくは多環式であるか又は環構造に約５、６若しくは７個の炭素を有する。一部の実施形態において、アルキル基は、低級アルキル基であり得、ここで、低級アルキル基は、１～４個の炭素原子を含む（例えば、直鎖低級アルキルの場合にはＣ１～Ｃ４）。
アルキニル：本明細書で使用される場合、「アルキニル」という用語は、本明細書で定義するとおり、１つ又は複数の三重結合を有する脂肪族基を指す。
アリール：本明細書で使用される場合、単独で又は「アラルキル」、「アラルコキシ」若しくは「アリールオキシアルキル」のようにより大きい部分の一部として使用される「アリール」という用語は、合計で例えば５～３０個の環員を有する単環式環系、二環式環系又は多環式環系を指し、ここで、この系における少なくとも１つの環は、芳香族である。一部の実施形態において、アリール基は、合計５～１４個の環員を有する単環式環系、二環式又は多環式環系であり、ここで、この系の少なくとも１つの環は、芳香族であり、この系の各環は、３～７個の環員を含む。一部の実施形態において、アリール基は、ビアリール基である。「アリール」という用語は、「アリール環」という用語と同義に使用することができる。本開示の特定の実施形態において、「アリール」は、限定はされないが、１つ又は複数の置換基を有し得るフェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル及びアントラシルなどを含む芳香族環系を指す。また、本明細書で使用される場合、「アリール」という用語の範囲内には、インダニル、フタリミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル又はテトラヒドロナフチルなどの１つ又は複数の非芳香族環に縮合した芳香族環も含まれる。
同等の：「同等の」という用語は、本明細書において、得られる結果又は観察される現象の比較を可能にする上で互いに十分に類似する２つ（以上）のセットの条件又は状況を表すために使用される。一部の実施形態では、同等セットの条件又は状況は、複数の実質的に同一の特性と、１つ又は少数のまちまちの特性を特徴とする。当業者は、様々なセットの条件又は状況下で得られる結果又は観察される現象の差が、まちまちの特徴の相違に起因するか、又はそれを示すという合理的結論の根拠となるのに十分な数及び種類の実質的に同一の特性を特徴とするとき、複数のセットの条件が互いに同等であることを理解されよう。
脂環式：「脂環式」、「炭素環」、「カルボシクリル」、「炭素環式ラジカル」及び「炭素環式環」という用語は、同義に使用され、本明細書で使用される場合、飽和又は部分不飽和であるが、特に指定されない限り３～３０個の環員を有する、本明細書に記載される非芳香族系、環状脂肪族単環式環系、二環式環系又は多環式環系であることを指す。脂環式基には、限定はされないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル及びシクロオクタジエニルが含まれる。一部の実施形態において、脂環式基は、３～６個の炭素を有する。一部の実施形態において、脂環式基は、飽和しており、シクロアルキルである。「脂環式」という用語は、デカヒドロナフチル又は１，２，３，４－テトラヒドロナフト－１－イルなどの１つ又は複数の芳香族環又は非芳香族環に融合された脂肪族環も含み得る。一部の実施形態において、脂環式基は、二環式である。一部の実施形態において、脂環式基は、三環式である。一部の実施形態において、脂環式基は、多環式である。一部の実施形態において、「脂環式」は、完全に飽和しているか、又は１つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではないＣ３～Ｃ６単環式炭化水素又はＣ８～Ｃ１０二環式若しくは多環式炭化水素或いは完全に飽和しているか、又は１つ又は複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではないＣ９～Ｃ１６多環式炭化水素を指す。
投与レジメン：本明細書で使用されるとき、「投与レジメン」又は「治療レジメン」は、対象に個別に典型的には時間を空けて投与される単位用量（典型的には２用量以上）の組を指す。一部の実施形態において、所与の治療用薬剤には推奨投与レジメンがあり、これは、１用量以上を含み得る。一部の実施形態において、投与レジメンは、複数の用量を含み、その各々は、互いの間が同じ長さの時間だけ空けられている。一部の実施形態において、投与レジームは、複数の用量と、個々の用量間に空いた少なくとも２つの異なる時間とを含む。一部の実施形態において、投与レジメン内にあるすべての用量は、同じ単位用量値である。一部の実施形態において、投与レジメン内の異なる用量は、異なる値である。一部の実施形態において、投与レジメンは、第１の用量値の第１の用量を含み、続いて第１の用量値と異なる第２の用量値の１つ以上の更なる用量を含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、第１の用量値の第１の用量を含み、続いて第１の用量値と同じ第２の用量値の１つ以上の更なる用量を含む。
ヘテロ脂肪族：「ヘテロ脂肪族」という用語は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２及びＣＨ３から選択される１つ又は複数の単位が、独立に、１つ又は複数のヘテロ原子によって置き換えられている脂肪族基を指す。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアリール：本明細書で使用される場合、単独で又はより大きい部分、例えば「ヘテロアラルキル」又は「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される「ヘテロアリール」及び「ヘテロア－（heteroar-）」という用語は、合計で例えば５～３０個の環員を有する単環式環系、二環式環系又は多環式環系を指し、ここで、この系における少なくとも１つの環は、芳香族であり、少なくとも１つの芳香族環原子は、ヘテロ原子である。一部の実施形態において、ヘテロアリール基は、５～１０個の環原子（即ち単環式、二環式又は多環式）、一部の実施形態において５、６、９又は１０個の環原子を有する基である。一部の実施形態において、ヘテロアリール基は、環状アレイで共有される６、１０又は１４個のπ電子を有し；炭素原子に加えて、１～５個のヘテロ原子を有する。ヘテロアリール基には、限定はされないが、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル及びプテリジニルが含まれる。一部の実施形態において、ヘテロアリールは、ビピリジルなどのヘテロビアリール基である。本明細書で使用される場合、「ヘテロアリール」及び「ヘテロア－」という用語には、ヘテロ芳香族環が、ラジカル又は結合点がヘテロ芳香族環上にある１つ又は複数のアリール環、脂環式環又はヘテロシクリル環に融合している脂肪族基も含まれる。非限定的な例には、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ－キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル及びピリド［２，３－ｂ］－１，４－オキサジン－３（４Ｈ）－オンが含まれる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式又は多環式であり得る。「ヘテロアリール」という用語は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」又は「ヘテロ芳香族」という用語と同義に使用することができ、これらの用語のいずれも、任意選択で置換されている環を含む。「ヘテロアラルキル」という用語は、ヘテロアリール基によって置換されたアルキル基を指し、ここで、アルキル部分及びヘテロアリール部分は、独立に、任意選択で置換されている。
ヘテロ原子：「ヘテロ原子」という用語は、炭素又は水素ではない原子を意味する。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素又はケイ素（窒素、硫黄、リン又はケイ素の任意の酸化型；複素環の任意の塩基性窒素又は置換可能な窒素の４級化型（例えば、３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリルの場合などのＮ）、ＮＨ（ピロリジニルの場合など）又はＮＲ＋（Ｎ－置換ピロリジニルの場合など）などを含む）である。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素又は硫黄である。
ヘテロ環：本明細書で使用される場合、「ヘテロ環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロ環ラジカル」及び「ヘテロ環」という用語は、本明細書で使用される場合、同義に使用され、飽和しているか、又は部分不飽和である、１つ又は複数のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式又は多環式環部分（例えば、３～３０員）を指す。一部の実施形態において、ヘテロシクリル基は、安定な５～７員単環式又は７～１０員二環式ヘテロ環式部分であり、この５～７員単環式又は７～１０員二環式ヘテロ環式部分は、飽和又は部分不飽和のいずれかであり、炭素原子に加えて、上記に定義したとおり、１つ又は複数、好ましくは１～４個のヘテロ原子を有する。ヘテロ環の環原子に関して使用される場合、「窒素」という用語は、置換窒素を含む。例として、酸素、硫黄及び窒素から選択された０～３個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和の環では、窒素は、Ｎ（３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリルのように）、ＮＨ（ピロリジニルのように）又は＋ＮＲ（Ｎ－置換ピロリジニルのように）であり得る。ヘテロ環は、安定した構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、任意の環原子を任意選択で置換することができる。そのような飽和又は部分不飽和のヘテロ環式ラジカルの例には、限定はされないが、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル及びキヌクリジニルが含まれる。「ヘテロ環（heterocycle）」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロ環（heterocyclyl ring）」、「ヘテロ環基」、「ヘテロ環部分」及び「ヘテロ環式ラジカル」という用語は、本明細書で同義に使用され、インドリニル、３Ｈ－インドリル、クロマニル、フェナントリジニル又はテトラヒドロキノリニルなど、１つ又は複数のアリール、ヘテロアリール又は脂環式環に融合したヘテロシクリル環も含む。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式又は多環式であり得る。「ヘテロシクリルアルキル」という用語は、ヘテロシクリルによって置換されたアルキル基を指し、ここで、アルキル部分及びヘテロシクリル部分は、独立に、任意選択で置換されている。
インビトロ：本明細書で使用される場合、「インビトロ」という用語は、生物（例えば、動物、植物及び／又は微生物）内ではなく、人工の環境、例えば試験管又は反応容器、細胞培養物中で起こる事象を指す。
インビボ：本明細書で使用される場合、「インビボ」という用語は、生物（例えば、動物、植物及び／又は微生物）内で起こる事象を指す。
任意選択で置換されている：本明細書に記載されているとおりの本開示の化合物、例えばオリゴヌクレオチド、脂質、炭水化物などは、「任意選択で置換された」部分を含み得る。一般に、「置換された」という用語は、「任意選択で」という用語が先行するかどうかに関わらず、指定された部分の１つ又は複数の水素が適切な置換基で置換されていることを意味する。特に指定されない限り、「任意選択で置換されている」基は、基の各置換可能位置における適切な置換基を有し得、任意の所与の構造における複数の位置が、特定の基から選択される複数の置換基で置換され得る場合、置換基は、各位置で同じであるか又は異なるかのいずれかであり得る。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定した化合物又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書で使用される場合、「安定した」という用語は、それらの生成、検出並びに特定の実施形態においてそれらの回収、精製及び本明細書に開示される１つ又は複数の目的のための使用を可能にする条件にさらされたときに実質的に変化しない化合物を指す。
適切な一価の置換基は、ハロゲン；－（ＣＨ２）０～４Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４ＯＲ○；－Ｏ（ＣＨ２）０～４Ｒｏ、－Ｏ－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＣＨ（ＯＲ○）２；Ｒ°で置換され得る－（ＣＨ２）０～４Ｐｈ；Ｒ°で置換され得る－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ；Ｒ°で置換され得る－ＣＨ＝ＣＨＰｈ；Ｒ°で置換され得る－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１－ピリジル；－ＮＯ２；－ＣＮ；－Ｎ３；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｓ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（Ｓ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉ（Ｒ○）３；－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｒ○；－ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０～４ＳＲ°、－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＳＣ（Ｏ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｃ（Ｓ）ＳＲ°；－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°、－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲ○）Ｒ○；－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（ＮＯＲ○）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４ＳＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＯＳ（Ｏ）２Ｒ○；－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｓ（Ｏ）２Ｒ○；－Ｎ（ＯＲ○）Ｒ○；－Ｃ（ＮＨ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｓｉ（Ｒ○）３；－ＯＳｉ（Ｒ○）３；－Ｐ（Ｒ○）２；－Ｐ（ＯＲ○）２；－Ｐ（Ｒ○）（ＯＲ○）；－ＯＰ（Ｒ○）２；－ＯＰ（ＯＲ○）２；－ＯＰ（Ｒ○）（ＯＲ○）；－Ｐ［Ｎ（Ｒ○）２］２－Ｐ（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｐ（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＯＰ［Ｎ（Ｒ○）２］２；－ＯＰ（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＯＰ（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（ＯＲ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）（ＯＲ○）；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ［Ｎ（Ｒ○）２］２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｂ（Ｒ○）２；－Ｂ（Ｒ○）（ＯＲ○）；－Ｂ（ＯＲ○）２；－ＯＢ（Ｒ○）２；－ＯＢ（Ｒ○）（ＯＲ○）；－ＯＢ（ＯＲ○）２；－Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）２；－Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）（ＯＲ○）；－Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）（ＳＲ○）；－Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ○）２；－Ｐ（Ｏ）（ＳＲ○）２；－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｐ（Ｏ）（ＳＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ○）（ＳＲ○）；－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ○）２］２；－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ○）２；－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ○）（ＯＲ○）；－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ○）（ＳＲ○）；－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ○）２；－ＯＰ（Ｏ）（ＳＲ○）２；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＯＰ（Ｏ）（ＳＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ○）（ＳＲ○）；－ＯＰ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ○）２］２；－ＳＰ（Ｏ）（Ｒ○）２；－ＳＰ（Ｏ）（Ｒ○）（ＯＲ○）；－ＳＰ（Ｏ）（Ｒ○）（ＳＲ○）；－ＳＰ（Ｏ）（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＳＰ（Ｏ）（ＯＲ○）２；－ＳＰ（Ｏ）（ＳＲ○）２；－ＳＰ（Ｏ）（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＳＰ（Ｏ）（ＳＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－ＳＰ（Ｏ）（ＯＲ○）（ＳＲ○）；－ＳＰ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ○）２］２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）（ＯＲ○）；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）（ＳＲ○）；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（ＯＲ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（ＳＲ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（ＳＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（ＯＲ○）（ＳＲ○）；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ○）２］２；－Ｐ（Ｒ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｐ（ＯＲ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｐ（ＮＲ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｐ（Ｒ○）（ＯＲ○）［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｐ（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｐ（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］［Ｂ（Ｒ○）３］；－ＯＰ（Ｒ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－ＯＰ（ＯＲ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－ＯＰ（ＮＲ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－ＯＰ（Ｒ○）（ＯＲ○）［Ｂ（Ｒ○）３］；－ＯＰ（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］［Ｂ（Ｒ○）３］；－ＯＰ（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（ＯＲ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（ＮＲ○）２［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）（ＯＲ○）［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）［Ｎ（Ｒ○）２］［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（ＯＲ○）［Ｎ（Ｒ○）２］［Ｂ（Ｒ○）３］；－Ｐ（ＯＲ’）［Ｂ（Ｒ’）３］－；－（Ｃ１～４直鎖又は分岐鎖アルキレン）Ｏ－Ｎ（Ｒ○）２；又は－（Ｃ１～４直鎖又は分岐鎖アルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｎ（Ｒ○）２、ここで、各Ｒ°は、以下に定義するように置換することができ、独立に、水素、Ｃ１～２０脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される１～５個のヘテロ原子を有するＣ１～２０ヘテロ脂肪族であり；－ＣＨ２－（Ｃ６～２０アリール）、－Ｏ（ＣＨ２）０～１（Ｃ６～２０アリール）、－ＣＨ２－（窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される１～５個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環）、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される０～５個のヘテロ原子を有する５～２０員単環式、二環式又は多環式の飽和、部分不飽和の環又はアリール環であるか、又は上記の定義に関わらず、２つのＲ°の独立した出現がそれらの介在原子と一緒になって、以下に定義するように置換することができる、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される０～５個のヘテロ原子を有する３～２０員単環式、二環式又は多環式の飽和、部分不飽和の環又はアリール環を形成する。
Ｒ°上の適切な一価置換基（又は２つのＲ°の独立した出現がそれらの介在原子と一緒になって形成される環）は、独立に、ハロゲン、－（ＣＨ２）０～２Ｒ●、－（ハロＲ●）、－（ＣＨ２）０～２ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＣＨ（ＯＲ●）２；－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｎ３、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＨ、－（ＣＨ２）０～２ＮＨ２、－（ＣＨ２）０～２ＮＨＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＮＲ● ２、－ＮＯ２、－ＳｉＲ● ３、－ＯＳｉＲ● ３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、－（Ｃ１～４直鎖又は分岐鎖アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●又は－ＳＳＲ●であり、ここで、各Ｒ●は、置換されていないか、又は「ハロ」が前に付いている場合、１つ又は複数のハロゲンでのみ置換され、独立に、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される０～４個のヘテロ原子を有するＣ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ及び５～６員飽和、部分不飽和の環又はアリール環から独立に選択される。Ｒ°の飽和炭素原子上の適切な二価置換基には、＝Ｏ及び＝Ｓが含まれる。
例えば、適切な炭素原子、窒素原子上の適切な二価置換基は、独立に、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＣＲ＊ ２、＝ＮＮＲ＊ ２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、－Ｏ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２～３Ｏ－又は－Ｓ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２～３Ｓ－であり、ここで、各Ｒ＊は、以下に定義するように置換することができ、独立に、水素、Ｃ１～２０脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される１～５個のヘテロ原子を有するＣ１～２０ヘテロ脂肪族、－ＣＨ２－（Ｃ６～２０アリール）、－Ｏ（ＣＨ２）０～１（Ｃ６～２０アリール）、－ＣＨ２－（窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される１～５個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環）、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される０～５個のヘテロ原子を有する５～２０員単環式、二環式又は多環式の飽和、部分不飽和環又はアリール環であるか、又は上記の定義に関わらず、２つのＲ＊の独立した出現がそれらの介在原子と一緒になって、以下に定義するように置換することができる、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される０～５個のヘテロ原子を有する３～２０員単環式、二環式又は多環式の飽和、部分不飽和の環又はアリール環を形成する。「任意選択で置換されている」基の隣接する置換可能な原子に結合する適切な二価置換基には、－Ｏ（ＣＲ＊ ２）２～３Ｏ－が含まれる。
Ｒ＊上の適切な一価の置換基（又は２つのＲ＊の独立した出現がそれらの介在原子と一緒になって形成される環）は、独立に、ハロゲン、－（ＣＨ２）０～２Ｒ●、－（ハロＲ●）、－（ＣＨ２）０～２ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＣＨ（ＯＲ●）２；－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｎ３、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＨ、－（ＣＨ２）０～２ＮＨ２、－（ＣＨ２）０～２ＮＨＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＮＲ● ２、－ＮＯ２、－ＳｉＲ● ３、－ＯＳｉＲ● ３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、－（Ｃ１～４直鎖又は分岐鎖アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●又は－ＳＳＲ●であり、ここで、各Ｒ●は、置換されていないか、又は「ハロ」が前に付いている場合、１つ又は複数のハロゲンのみで置換され、独立に、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ及び窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員飽和、部分不飽和環又はアリール環から選択される。Ｒ＊の飽和炭素原子上の適切な二価置換基には、＝Ｏ及び＝Ｓが含まれる。
一部の実施形態において、「任意選択で置換されている」基の置換可能な窒素上の適切な置換基には、－Ｒ†、－ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｓ）ＮＲ† ２、－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ† ２又は－Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†が含まれ；ここで、各Ｒ†は、独立に、水素、以下に定義するように置換することができるＣ１～６脂肪族、非置換－ＯＰｈ又は窒素、酸素若しくは硫黄から独立に選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換５～６員飽和、部分不飽和環又はアリール環であるか、又は上記の定義に関わらず、２つの独立したＲ†の出現がそれらの介在原子と一緒になって、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の３～１２員飽和、部分不飽和又はアリール単環式環若しくは二環式環を形成する。
一部の実施形態において、Ｒ†の脂肪族基上の適切な置換基は、独立に、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２又は－ＮＯ２であり、ここで、各Ｒ●は、置換されていないか、又は「ハロ」が前に付いている場合、１つ又は複数のハロゲンのみで置換され、独立に、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ又は窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員飽和、部分不飽和環又はアリール環である。
部分不飽和：本明細書で使用される場合、「部分不飽和」という用語は、少なくとも１つの二重又は三重結合を含む環部分を指す。「部分不飽和」という用語は、複数の不飽和部位を有する環を包含することが意図されるが、本明細書に定義するとおり、アリール又はヘテロアリール部分を含むことは意図されない。
医薬組成物：本明細書で使用される場合、「医薬組成物」という用語は、１つ又は複数の薬学的に許容される担体と一緒に製剤化される活性剤を指す。一部の実施形態では、活性剤は、関連集団に投与されると、制御された治療効果を達成する統計的に有意な確率を示す治療レジメンでの投与に適切な単位用量で存在する。一部の実施形態では、医薬組成物は、固体又は液体剤形での投与のために専用に製剤化され得、それは、下記の投与の目的で設計されるものを含む：経口投与、例えば飲薬（水性又は非水性溶液又は懸濁液）、錠剤、例えば口腔、舌下及び全身吸収を目標とするもの、ボラス、粉末、顆粒、舌への適用のためのペースト；非経口投与、例えば滅菌溶液又は懸濁液又は徐放性製剤としての例えば皮下、筋肉内、静脈内又は硬膜外注射；局所適用、例えばクリーム、軟膏又は皮膚、肺若しくは口腔に適用される制御放出パッチ若しくはスプレー；膣内又は直腸内、例えばペッサリー、クリーム又はフォームとして；舌下；眼；経皮；又は鼻内、肺並びに他の粘膜表面への投与。
薬学的に許容される：本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」という語句は、信頼できる医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応又は他の障害若しくは合併症なしに、ヒト及び動物の組織と接触させる使用に好適であり、適正な利益／リスク比と相応する化合物、材料、組成物及び／又は剤形を指す。
薬学的に許容される担体：本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」という用語は、１つの器官、又は身体の一部分から対象化合物を別の器官、又は身体の部分に運搬又は輸送することに関与する、液体若しくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤又は溶媒封入材などの薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の材料と適合性であり、且つ患者に対して有害ではないという意味で「許容可能」でなければならない。薬学的に許容される担体としては、以下のものが挙げられる：ラクトース、グルコース及びスクロースなどの糖；トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプンなどのデンプン；セルロース並びにその誘導体、例えばナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース及び酢酸セルロース；粉末状トラガカンス；麦芽；タルク；ココアバター及び座剤蝋などの賦形剤；ピーナッツ油、綿実油、サフラワー油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油及びダイズ油などの油；プロピレングリコールなどのグリコール；グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールなどのポリオール；オレイン酸エチル及びラウリン酸エチルなどのエステル；寒天；水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；アルギニン酸；発熱性物質除去蒸留水；等張食塩水；リンガー液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル；ポリカーボネート及び／又はポリ無水物；並びに医薬製剤に使用される他の非毒性適合性物質。
薬学的に許容される塩：「薬学的に許容される塩」という用語は、本明細書で使用される場合、製剤に関連する使用に適した化合物の塩、即ち信頼できる医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などを起こさずに、ヒト及び下等動物の組織と接触させる使用に好適であり、適正な利益／リスク比と相応する塩を指す。薬学的に許容される塩は、当技術分野で公知である。例えば、S. M. Berge, et al.は、J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)において、薬学的に許容される塩を詳細に記載している。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、限定はされないが、非毒性酸付加塩があり、これらは、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸などの無機酸と一緒に又は酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸若しくはマロン酸などの有機酸と一緒に又はイオン交換など、当技術分野で使用される他の方法によって形成されるアミノ基の塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、限定はされないが、以下のものが挙げられる：アジピン酸塩、アルギニン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、カンファー硫酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタン硫酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩など。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、１～６個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成される非毒性アンモニウム、第４級アンモニウム及びアミンカチオンが挙げられる。一部の実施形態では、提供される化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、１つ又は複数の酸性基（例えば、天然のリン酸結合基、ホスホロチオエート結合基等）を含み、薬学的に許容される塩は、アルカリ、アルカリ土類金属又はアンモニウム（例えば、Ｎ（Ｒ）３のアンモニウム塩、ここで、各Ｒは、独立に、本開示に定義され、記載されるとおりである）塩である。代表的なアルカリ又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムの塩などが挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、カルシウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、適切であれば、非毒性アンモニウム、４級アンモニウム並びにハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、１～６個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて形成されるアミンカチオンを含む。一部の実施形態では、提供される化合物は、１を超える酸性基を含み、例えば、オリゴヌクレオチドは、２つ以上の酸性基を含み得る（例えば、天然のリン酸結合及び／又は修飾されたインターヌクレオチド結合に）。一部の実施形態において、かかる化合物の薬学的に許容可能な塩又は一般的に塩は、同じであるか又は異なり得る２つ以上のカチオンを含む。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩（又は一般的に、塩）では、十分な酸性度を有する各酸性基は、独立に、その塩形態として存在する（例えば、天然リン酸結合とホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドでは、天然リン酸結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合の各々は、独立に、その塩形態として存在する）。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えば提供されるオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は、そのようなオリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、ここで、各酸性結合、例えば各天然リン酸結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合がナトリウム塩形態として存在する（すべてナトリウム塩）。
保護基：「保護基」という用語は、本明細書で使用される場合、当技術分野で公知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene及びP. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons,1999（これらの全体が参照により本明細書に援用される）に詳細に記載されるものを含む。更に、ヌクレオシド及びヌクレオチドケミストリーのために専用に設計された保護基、例えばSerge L. Beaucage et al. 06/2012により編集されたCurrent Protocols in Nucleic Acid Chemistry（第２章の全体が参照により本明細書に援用される）に記載のものも含まれる。好適なアミノ保護基としては、以下のものが挙げられる：カルバミン酸メチル、カルバミン酸エチル、９－フルオレニルメチルカルバメート（Ｆｍｏｃ）、９－（２－スルホ）フルオレニルメチルカルバメート、９－（２，７－ジブロモ）フルオロエニルメチルカルバメート、２，７－ジ－ｔ－ブチル－［９－（１０，１０－ジオキソ－１０，１０，１０，１０－テトラヒドロチオキサンチル）］メチルカルバメート（ＤＢＤ－Ｔｍｏｃ）、４－メトキシフェナシルカルバメート（Ｐｈｅｎｏｃ）、２，２，２－トリクロロエチルカルバメート（Ｔｒｏｃ）、２－トリメチルシリルエチルカルバメート（Ｔｅｏｃ）、２－フェニルエチルカルバメート（ｈＺ）、１－（１－アダマンチル）－１－メチルエチルカルバメート（Ａｄｐｏｃ）、１，１－ジメチル－２－ハロエチルカルバメート、１，１－ジメチル－２，２－ジブロモエチルカルバメート（ＤＢ－ｔ－ＢＯＣ）、１，１－ジメチル－２，２，２－トリクロロエチルカルバメート（ＴＣＢＯＣ）、１－メチル－１－（４－ビフェニリル）エチルカルバメート（Ｂｐｏｃ）、１－（３，５－ジ－ｔ－ビフェニルカルバメート）－１－メチルエチルカルバメート（ｔ－Ｂｕｍｅｏｃ）、２－（２’－及び４’－ピリジル）エチルカルバメート（Ｐｙｏｃ）、２－（Ｎ，Ｎ－ジシクロヘキシルカルボキサミド）エチルカルバメート、ｔ－ブチルカルバメート（ＢＯＣ）、１－アダマンチルカルバメート（Ａｄｏｃ）、ビニルカルバメート（Ｖｏｃ）、アリルカルバメート（Ａｌｌｏｃ）、１－イソプロピルアリルカルバメート（Ｉｐａｏｃ）、シンナミルカルバメート（Ｃｏｃ）、４－ニトロシンナミルカルバメート（Ｎｏｃ）、８－キノリルカルバメート、Ｎ－ヒドロキシピペリジニルカルバメート、アルキルジチオカルバメート、ベンジルカルバメート（Ｃｂｚ）、ｐ－メトキシベンジルカルバメート（Ｍｏｚ）、ｐ－ニトロベンジルカルバメート、ｐ－ブロモベンジルカルバメート、ｐ－クロロベンジルカルバメート、２，４－ジクロロベンジルカルバメート、４－メチルスルフィニルベンジルカルバメート（Ｍｓｚ）、９－アントリルメチルカルバメート、ジフェニルメチルカルバメート、２－メチルチオエチルカルバメート、２－メチルスルホニルエチルカルバメート、２－（ｐ－トルエンスルホニル）エチルカルバメート、［２－（１，３－ジチアニル）］メチルカルバメート（Ｄｍｏｃ）、４－メチルチオフェニルカルバメート（Ｍｔｐｃ）、２，４－ジメチル－チオフェニルカルバメート（Ｂｍｐｃ）、２－ホスフィノエチルカルバメート（Ｐｅｏｃ）、２－トリフェニルホスホニオイソプロピルカルバメート（Ｐｐｏｃ）、１，１－ジメチル－２－シアノエチルカルバメート、ｍ－クロロ－ｐ－アシルオキシベンジルカルバメート、ｐ－（ジヒドロキシボリル）ベンジルカルバメート、５－ベンズイソキサゾリルメチルカルバメート、２－（トリフルオロメチル）－６－クロモニルメチルカルバメート（Ｔｃｒｏｃ）、ｍ－ニトロフェニルカルバメート、３，５－ジメトキシベンジルカルバメート、ｏ－ニトロベンジルカルバメート、３，４－ジメトキシ－６－ニトロベンジルカルバメート、フェニル（ｏ－ニトロフェニル）メチルカルバメート、フェノチアジニル－（１０）－カルボニル誘導体、Ｎ’－ｐ－トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、Ｎ’－フェニルアミノチオカルボニル誘導体、ｔ－アミルカルバメート、Ｓ－ベンジルチオカルバメート、ｐ－シアノベンジルカルバメート、シクロブチルカルバメート、シクロヘキシルカルバメート、シクロペンチルカルバメート、シクロプロピルメチルカルバメート、ｐ－デシロキシベンジルカルバメート、２，２－ジメトキシカルボニルビニルカルバメート、ｏ－（Ｎ，Ｎ－ジメチル－カルボキサミド）ベンジルカルバメート、１，１－ジメチル－３－（Ｎ，Ｎ－ジメチル－カルボキサミド）プロピルカルバメート、１，１－ジメチル－プロピニルカルバメート、ジ（２－ピリジル）メチルカルバメート、２－フラニルメチルカルバメート、２－ヨードエチルカルバメート、イソボルニルカルバメート、イソブチルカルバメート、イソニコチルカルバメート、ｐ－（ｐ’－メトキシフェニルアゾ）ベンジルカルバメート、１－メチルシクロブチルカルバメート、１－メチルシクロヘキシルカルバメート、１－メチル－１－シクロプロピルメチルカルバメート、１－メチル－１－（３，５－ジメトキシフェニル）エチルカルバメート、１－メチル－１－（ｐ－フェニルアゾフェニル）エチルカルバメート、１－メチル－１－フェニルエチルカルバメート、１－メチル－１－（４－ピリジル）エチルカルバメート、フェニルカルバメート、ｐ－（フェニルアゾ）ベンジルカルバメート、２，４，６－トリ－ｔ－ブチルフェニルカルバメート、４－（トリメチルアンモニウム）ベンジルカルバメート、２，４，６－トリメチルベンジルカルバメート、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、３－フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、３－ピリジルカルボキサミド、Ｎ－ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、ｐ－フェニルベンズアミド、ｏ－ニトロフェニルアセトアミド、ｏ－ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、（Ｎ’－ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ）アセトアミド、３－（ｐ－ヒドロキシフェニル）プロパンアミド、３－（ｏ－ニトロフェニル）プロパンアミド、２－メチル－２－（ｏ－ニトロフェノキシ）プロパンアミド、２－メチル－２－（ｏ－フェニルアゾフェノキシ）プロパンアミド、４－クロロブタンアミド、３－メチル－３－ニトロブタンアミド、ｏ－ニトロシンナミド、Ｎ－アセチルメチオニン誘導体、ｏ－ニトロベンズアミド、ｏ－（ベンゾイルオキシメチル）ベンズアミド、４，５－ジフェニル－３－オキサゾリン－２－オン、Ｎ－フタルイミド、Ｎ－ジチアスクシンイミド（Ｄｔｓ）、Ｎ－２，３－ジフェニルマレイミド、Ｎ－２，５－ジメチルピロール、Ｎ－１，１，４，４－テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物（ＳＴＡＢＡＳＥ）、５－置換１，３－ジメチル－１，３，５－トリアザシクロヘキサン－２－オン、５－置換１，３－ジベンジル－１，３，５－トリアザシクロヘキサン－２－オン、１－置換３，５－ジニトロ－４－ピリドン、Ｎ－メチルアミン、Ｎ－アリルアミン、Ｎ－［２－（トリメチルシリル）エトキシ］メチルアミン（ＳＥＭ）、Ｎ－３－アセトキシプロピルアミン、Ｎ－（１－イソプロピル－４－ニトロ－２－オキソ－３－ピロオリ－３－イル）アミン、４級アンモニウム塩、Ｎ－ベンジルアミン、Ｎ－ジ（４－メトキシフェニル）メチルアミン、Ｎ－５－ジベンゾスベリルアミン、Ｎ－トリフェニルメチルアミン（Ｔｒ）、Ｎ－［（４－メトキシフェニル）ジフェニルメチル］アミン（ＭＭＴｒ）、Ｎ－９－フェニルフルオレニルアミン（ＰｈＦ）、Ｎ－２，７－ジクロロ－９－フルオレニルメチレンアミン、Ｎ－フェロセニルメチルアミノ（Ｆｃｍ）、Ｎ－２－ピコリルアミノＮ’－オキシド、Ｎ－１，１－ジメチルチオメチレンアミン、Ｎ－ベンジリデンアミン、Ｎ－ｐ－メトキシベンジリデンアミン、Ｎ－ジフェニルメチレンアミン、Ｎ－［（２－ピリジル）メシチル］メチレンアミン、Ｎ－（Ｎ’，Ｎ’－ジメチルアミノメチレン）アミン、Ｎ，Ｎ’－イソプロピリデンジアミン、Ｎ－ｐ－ニトロベンジリデンアミン、Ｎ－サリチリデンアミン、Ｎ－５－クロロサリチリデンアミン、Ｎ－（５－クロロ－２－ヒドロキシフェニル）フェニルメチレンアミン、Ｎ－シクロヘキシリデンアミン、Ｎ－（５，５－ジメチル－３－オキソ－１－シクロヘキセニル）アミン、Ｎ－ボラン誘導体、Ｎ－ジフェニルボリン酸誘導体、Ｎ－［フェニル（ペンタカルボニルクロミウム－又はタングステン）カルボニル］アミン、Ｎ－銅キレート、Ｎ－亜鉛キレート、Ｎ－ニトロアミン、Ｎ－ニトロソアミン、アミンＮ－オキシド、ジフェニルホスフィンアミド（Ｄｐｐ）、ジメチルチオホスフィンアミド（Ｍｐｔ）、ジフェニルチオホスフィンアミド（Ｐｐｔ）、ジアルキルホスホロアミデード、ジベンジルホスホロアミデード、ジフェニルホスホロアミデード、ベンゼンスルフェンアミド、ｏ－ニトロベンゼンスルフェンアミド（Ｎｐｓ）、２，４－ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、２－ニトロ－４－メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、３－ニトロピリジンスルフェンアミド（Ｎｐｙｓ）、ｐ－トルエンスルホンアミド（Ｔｓ）、ベンゼンスルホンアミド、２，３，６，－トリメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｒ）、２，４，６－トリメトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｂ）、２，６－ジメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｐｍｅ）、２，３，５，６－テトラメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｅ）、４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｂｓ）、２，４，６－トリメチルベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｓ）、２，６－ジメトキシ－４－メチルベンゼンスルホンアミド（ｉＭｄｓ）、２，２，５，７，８－ペンタメチルクロマン－６－スルホンアミド（Ｐｍｃ）、メタンスルホンアミド（Ｍｓ）、β－トリメチルシリルエタンスルホンアミド（ＳＥＳ）、９－アントラセンスルホンアミド、４－（４’，８’－ジメトキシナフチルメチル）ベンゼンスルホンアミド（ＤＮＭＢＳ）、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド及びフェナシルスルホンアミド。
好適に保護されたカルボン酸としては、シリル－、アルキル－、アルケニル－、アリール－及びアリールアルキル保護されたカルボン酸が更に挙げられるが、これらに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。好適なアルキル基の例としては、メチル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、トリチル、ｔ－ブチル、テトラヒドロピラン－２－イルが挙げられる。好適なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、任意選択で置換されているフェニル、ビフェニル又はナフチルが挙げられる。好適なアリールアルキル基の例としては、任意選択で置換されているベンジル（例えば、ｐ－メトキシベンジル（ＭＰＭ）、３，４－ジメトキシベンジル、Ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル）並びに２－及び４－ピコリルが挙げられる。
好適なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシルメチル（ＭＯＭ）、メチルチオメチル（ＭＴＭ）、ｔ－ブチルチオメチル、（フェニルジメチルシリル）メトキシメチル（ＳＭＯＭ）、ベンジルオキシメチル（ＢＯＭ）、ｐ－メトキシベンジルオキシメチル（ＰＭＢＭ）、（４－メトキシフェノキシ）メチル（ｐ－ＡＯＭ）、グアヤコールメチル（ＧＵＭ）、ｔ－ブトキシメチル、４－ペンテニルオキシメチル（ＰＯＭ）、シロキシメチル、２－メトキシエトキシメチル（ＭＥＭ）、２，２，２－トリクロロエトキシメチル、ビス（２－クロロエトキシ）メチル、２－（トリメチルシリル）エトキシメチル（ＳＥＭＯＲ）、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、３－ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、１－メトキシシクロヘキシル、４－メトキシテトラヒドロピラニル（ＭＴＨＰ）、４－メトキシテトラヒドロチオピラニル、４－メトキシテトラヒドロチオピラニルＳ、Ｓ－ジオキシド、１－［（２－クロロ－４－メチル）フェニル］－４－メトキシピペリジン－４－イル（ＣＴＭＰ）、１，４－ジオキサン－２－イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、２，３，３ａ，４，５，６，７，７ａ－オクタヒドロ－７，８，８－トリメチル－４，７－メタノベンゾフラン－２－イル、１－エトキシエチル、１－（２－クロロエトキシ）エチル、１－メチル－１－メトキシエチル、１－メチル－１－ベンジルオキシエチル、１－メチル－１－ベンジルオキシ－２－フルオロエチル、２，２，２－トリクロロエチル、２－トリメチルシリルエチル、２－（フェニルセレニル）エチル、ｔ－ブチル、アリル、ｐ－クロロフェニル、ｐ－メトキシフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル、ｐ－フェニルベンジル、２－ピコリル、４－ピコリル、３－メチル－２－ピコリルＮ－オキシド、ジフェニルメチル、ｐ，ｐ’－ジニトロベンゾヒドリル、５－ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α－ナフチルジフェニルメチル、ｐ－メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ（ｐ－メトキシフェニル）フェニルメチル、トリ（ｐ－メトキシフェニル）メチル、４－（４’－ブロモフェナシルオキシフェニル）ジフェニルメチル、４，４’，４’’－トリス（４，５－ジクロロフタルイミドフェニル）メチル、４，４’，４’’－トリス（レブリノイルオキシフェニル）メチル、４，４’，４’’－トリス（ベンゾイルオキシフェニル）メチル、３－（イミダゾール－１－イル）ビス（４’，４’’－ジメトキシフェニル）メチル、１，１－ビス（４－メトキシフェニル）－１’－ピレニルメチル、９－アントリル、９－（９－フェニル）キサンテニル、９－（９－フェニル－１０－オキソ）アントリル、１，３－ベンゾジチオラン－２－イル、ベンゾイソチアゾリルＳ、Ｓ－ジオキシド、トリメチルシリル（ＴＭＳ）、トリエチルシリル（ＴＥＳ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）、ジメチルイソプロピルシリル（ＩＰＤＭＳ）、ジエチルイソプロピルシリル（ＤＥＩＰＳ）、ジメチルテキシルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、ｔ－ブチルジフェニルシリル（ＴＢＤＰＳ）、トリベンジルシリル、トリ－ｐ－キシルイルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル（ＤＰＭＳ）、ｔ－ブチルメトキシフェニルシリル（ＴＢＭＰＳ）、ギ酸塩、ギ酸ベンゾイル、酢酸塩、クロロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩、トリクロロ酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メトキシ酢酸塩、トリフェニルメトキシ酢酸塩、フェノキシ酢酸塩、ｐ－クロロフェノキシ酢酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、４－オキソ吉草酸塩（レブリナート）、４，４－（エチレンジチオ）ペンタン酸塩（レブリノイルジチオアセタール）、ピバロエート、アダマントエート、クロトナート、４－メトキシクロトナート、安息香酸塩、ｐ－フェニル安息香酸塩、２，４，６－トリメチル安息香酸塩（メシトエート）、炭酸アルキルメチル、９－フルオレニルメチル炭酸塩（Ｆｍｏｃ）、炭酸アルキルエチル、アルキル２，２，２－トリクロロエチル炭酸塩（Ｔｒｏｃ）、２－（トリメチルシリル）エチル炭酸塩（ＴＭＳＥＣ）、２－（フェニルスルホニル）エチル炭酸塩（Ｐｓｅｃ）、２－（トリフェニルホスホニオ）エチル炭酸塩（Ｐｅｏｃ）、アルキルイソブチル炭酸塩、アルキルビニル炭酸塩、アルキルアリル炭酸塩、アルキルｐ－ニトロフェニル炭酸塩、アルキルベンジル炭酸塩、アルキルｐ－メトキシベンジル炭酸塩、アルキル３，４－ジメトキシベンジル炭酸塩、アルキルｏ－ニトロベンジル炭酸塩、アルキルｐ－ニトロベンジル炭酸塩、アルキルＳ－ベンジルチオ炭酸塩、４－エトキシ－１－ナフトチル炭酸塩、メチルジチオ炭酸塩、２－ヨード安息香酸塩、４－アジド酪酸塩、４－ニトロ－４－メチル吉草酸塩、ｏ－（ジブロモメチル）安息香酸塩、２－ホルミルベンゼンスルホン酸塩、２－（メチルチオメトキシ）エチル、４－（メチルチオメトキシ）酪酸塩、２－（メチルチオメトキシメチル）安息香酸塩、２，６－ジクロロ－４－メチルフェノキシ酢酸、２，６－ジクロロ－４－（１，１，３，３－テトラメチルブチル）フェノキシ酢酸、２，４－ビス（１，１－ジメチルプロピル）フェノキシ酢酸、クロロジフェニル酢酸、イソ酪酸塩、モノスクシノエート、（Ｅ）－２－メチル－２－ブテン酸塩、ｏ－（メトキシカルボニル）安息香酸塩、α－ナフトエ酸、硝酸塩、アルキルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルホスホロジアミデート、アルキルＮ－フェニルカルバミン酸塩、ホウ酸塩、ジメチルホスフィノチオイル、アルキル２，４－ジニトロフェニルスルフェン酸塩、硫酸塩、メタンスルホン酸塩（メシル酸塩）、ベンジルスルホン酸塩及びトシル酸塩（Ｔｓ）が挙げられる。１，２－又は１，３－ジオールを保護する場合、保護基としては、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、１－ｔ－ブチルエチリデンケタール、１－フェニルエチリデンケタール、（４－メトキシフェニル）エチリデンアセタール、２，２，２－トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、ｐ－メトキシベンジリデンアセタール、２，４－ジメトキシベンジリデンケタール、３，４－ジメトキシベンジリデンアセタール、２－ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、１－メトキシエチリデンオルトエステル、１－エトキシエチリデンオルトエステル、１，２－ジメトキシエチリデンオルトエステル、α－メトキシベンジリデンオルトエステル、１－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ）エチリデン誘導体、α－（Ｎ，Ｎ’－ジメチルアミノ）ベンジリデン誘導体、２－オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ－ｔ－ブチルシリレン基（ＤＴＢＳ）、１，３－（１，１，３，３－テトライソプロピルジシロキサニリデン）誘導体（ＴＩＰＤＳ）、テトラ－ｔ－ブトキシジシロキサン－１，３－ジイリデン誘導体（ＴＢＤＳ）、環状炭酸塩、環状ボロン酸塩、ボロン酸エチル及びボロン酸フェニルが挙げられる。
一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、ｔ－ブチル、ｔ－ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１－エトキシエチル、１－（２－クロロエトキシ）エチル、２－トリメチルシリルエチル、ｐ－クロロフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、ｐ－フェニルベンゾイル、２，６－ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ－ニトロベンジル、トリフェニルメチル（トリチル）、４，４’－ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ギ酸ベンゾイル、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、９－フルオレニルメチル炭酸塩、メシル酸塩、トシル酸塩、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、４，４’－ジメトキシトリチル、（ＤＭＴｒ）及び４，４’，４’’－トリメトキシトリチル（ＴＭＴｒ）、２－シアノエチル（ＣＥ又はＣｎｅ）、２－（トリメチルシリル）エチル（ＴＳＥ）、２－（２－ニトロフェニル）エチル、２－（４－シアノフェニル）エチル２－（４－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ）、２－（４－ニトロフェニルスルホニル）エチル、３，５－ジクロロフェニル、２，４－ジメチルフェニル、２－ニトロフェニル、４－ニトロフェニル、２，４，６－トリメチルフェニル、２－（２－ニトロフェニル）エチル、ブチルチオカルボニル、４，４’，４’’－トリス（ベンゾイルオキシ）トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、２－（ジブロモメチル）ベンゾイル（Ｄｂｍｂ）、２－（イソプロピルチオメトキシメチル）ベンゾイル（Ｐｔｍｔ）、９－フェニルキサンテン－９－イル（ピキシル）又は９－（ｐ－メトキシフェニル）キサンチン－９－イル（ＭＯＸ）である。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル及び４，４’－ジメトキシトリチルから選択される。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチル及び４，４’－ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。
一部の実施形態では、リン保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体を通して、インターヌクレオチドリン結合に付加される基である。一部の実施形態では、リン保護基は、インターヌクレオチドホスホロチオエート結合の硫黄原子に付加される。一部の実施形態では、リン保護基は、インターヌクレオチドホスホロチオエート結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、リン保護基は、インターヌクレオチドリン酸結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、リン保護基は、２－シアノエチル（ＣＥ又はＣｎｅ）、２－トリメチルシリルエチル、２－ニトロエチル、２－スルホニルエチル、メチル、ベンジル、ｏ－ニトロベンジル、２－（ｐ－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ又はＮｐｅ）、２－フェニルエチル、３－（Ｎ－ｔｅｒｔ－ブチルカルボキサミド）－１－プロピル、４－オキソペンチル、４－メチルチオ－ｌ－ブチル、２－シアノ－１，１－ジメチルエチル、４－Ｎ－メチルアミノブチル、３－（２－ピリジル）－１－プロピル、２－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２－ピリジル）］アミノエチル、２－（Ｎ－ホルミル、Ｎ－メチル）アミノエチル、４－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２，２，２－トリフルオロアセチル）アミノ］ブチルである。
タンパク質：本明細書で使用されるとき、用語「タンパク質」は、ポリペプチド（即ちペプチド結合によって互いに結合したひと続きの少なくとも２個のアミノ酸）を指す。一部の実施形態において、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。一部の実施形態において、タンパク質は、１つ以上の天然に存在しないアミノ酸（例えば、隣接アミノ酸と１つ以上のペプチド結合を形成する部分）を含む。一部の実施形態において、タンパク質鎖中の１つ以上の残基は、非アミノ酸部分（例えば、グリカン等）を含有する。一部の実施形態において、タンパク質は、例えば、１つ以上のジスルフィド結合によって結合するか、又は他の手段によって結び付いた２つ以上のポリペプチド鎖を含む。一部の実施形態において、タンパク質は、Ｌ－アミノ酸、Ｄ－アミノ酸又は両方を含有し；一部の実施形態において、タンパク質は、当技術分野において公知の１つ以上のアミノ酸修飾又は類似体を含有する。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化等が挙げられる。用語「ペプチド」は、概して、約１００アミノ酸未満、約５０アミノ酸未満、２０アミノ酸未満又は１０アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドを指して用いられる。
対象：本明細書で使用される場合、「対象」又は「被験対象」という用語は、例えば、実験、診断、予防及び／又は治療目的のために、提供される化合物又は組成物が本開示に従って投与される任意の生物を指す。典型的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類及びヒトなどの哺乳類；昆虫；蠕虫；その他など）並びに植物が挙げられる。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹患し得、及び／又はそれに罹り易いことができる。
実質的に：本明細書で使用される場合、「実質的に」という用語は、対象となる特徴又は特性のすべて又はほとんどすべての範囲又は程度を示す定性条件を指す。当業者であれば、生物学的現象及び化学的現象が、あったとしも、めったに完結に到達しないこと及び／又は完了まで進行しないこと又は絶対的帰結を達成若しくは回避しないことを理解するであろう。従って、「実質的」という用語は、多くの生物学的現象及び／又は化学的現象に本来備わる完全性の潜在的欠如を捉えるために、本明細書で使用される。
に罹患している：疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに「罹患している」個体は、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーの１つ以上の症状を有すると診断され及び／又は示している。
罹り易い：疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに「罹り易い」個体は、一般の人々よりも、その疾患、障害及び／又は病態を発生するリスクが高い個体である。一部の実施形態において、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹り易い個体は、その疾患、障害及び／又は病態と診断されていないこともある。一部の実施形態において、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹り易い個体は、その疾患、障害及び／又は病態の症状を呈することもある。一部の実施形態において、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹り易い個体は、その疾患、障害及び／又は病態の症状を呈しないこともある。一部の実施形態において、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹り易い個体は、その疾患、障害及び／又は病態を発症することになる。一部の実施形態において、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹り易い個体は、その疾患、障害及び／又は病態を発症することにはならない。
全身：語句「全身投与」、「全身投与される」、「末梢投与」及び「末梢投与される」は、本明細書で使用されるとき、それが被投与者の全身に入り込むような化合物又は組成物の投与を指して、その当技術分野で理解される意味を有する。
互変異性型：語句「互変異性型」は、本明細書で使用され、及び当技術分野において概して理解されるとおり、容易な相互変換能を有する有機化合物の異なる異性体形態を表して用いられる。互変異性体は、単結合及び隣接する二重結合の転換を伴う水素原子又はプロトンのホルマール移動によって特徴付けられ得る。一部の実施形態において、互変異性体は、プロトトロピック互変異性（即ちプロトンの再配置）によって生じ得る。一部の実施形態において、互変異性体は、原子価互変異性（即ち結合電子の急速な再編成）によって生じ得る。かかる互変異性型は、すべて本開示の範囲内に含まれることが意図される。一部の実施形態において、化合物の互変異性型は、互いに可動平衡状態で存在し、そのため、別個の物質を調製しようと試みると、混合物が形成されることになる。一部の実施形態において、化合物の互変異性型は、分離可能及び単離可能な化合物である。本開示の一部の実施形態において、単一の互変異性型の化合物の純粋な製剤であるか又はそれを含む化学組成物が提供され得る。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物の２つ以上の互変異性型の混合物として提供され得る。特定の実施形態において、かかる混合物は、異なる互変異性型を等量で含有し；特定の実施形態において、かかる混合物は、化合物の少なくとも２つの異なる互変異性型を異なる量で含有する。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物のすべての互変異性型を含有し得る。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物のすべてには満たない互変異性型を含有し得る。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物の１つ以上の互変異性型を、相互変換の結果として時間と共に変化する量で含有し得る。本開示の一部の実施形態において、互変異性は、ケト－エノール互変異性である。化学技術分野の当業者であれば、化学技術分野において公知の任意の好適な試薬を使用してケト－エノール互変異性体を「捕捉する」（即ちそれが「エノール」型のまま留まるように化学的に修飾する）ことによりエノール誘導体を提供することができ、続いてそれが、当技術分野において公知の１つ以上の好適な技法を用いて分離され得ることを認識するであろう。特に指示されない限り、本開示は、純粋な形態であるか又は互いの混合であるかに関わらず、関連性のある化合物のすべての互変異性型を包含する。
治療薬：本明細書で使用される場合、「治療薬」という語句は、対象に投与されると、治療効果を有し、及び／又は所望の生物学的作用及び／又は薬理学的作用を誘発する任意の薬剤を指す。一部の実施形態では、治療薬は、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーの１つ以上の症状又は特徴を緩和、改善、軽減、阻害、予防する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させ、及び／又はその発生率を低下させるために用いることができる任意の物質である。
治療有効量：本明細書で使用される場合、「治療有効量」という語は、治療レジメンの一環として投与されると、所望の生物学的応答を誘発する物質（例えば、治療薬、組成物及び／又は製剤）の量を意味する。一部の実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーに罹患するか又はそれに罹り易い対象に投与されるとき、その疾患、障害及び／又は病態を治療、診断、予防し、及び／又はその発症を遅延させる上で十分な量である。当業者によって理解されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的細胞又は組織などといった要因に応じて変動し得る。例えば、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーを治療するための製剤中の化合物の有効量は、その疾患、障害及び／又は病態の１つ又は複数の症状又は特徴を、緩和、改善、軽減、阻害、予防する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させ、及び／又はその発生率を低下させる量である。一部の実施形態では、治療有効量は、単回用量で投与され；一部の実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために利用である。
治療する：本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療」又は「治療すること」という用語は、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーの１つ又は複数の症状又は特徴を、部分的に又は完全に、緩和、改善、軽減、阻害、予防する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させ、及び／又はその発生率を低下させるために使用される任意の方法を指す。治療は、疾患、障害及び／又は病態、例えば筋ジストロフィーの兆候を示さない対象に対して行い得る。一部の実施形態では、例えば、疾患、障害及び／又は病態に関連した病態を発生するリスクを低減する目的で、その疾患、障害及び／又は病態の初期兆候のみを示す対象に治療を行い得る。
単位用量：「単位用量」という表現は、本明細書で使用される場合、医薬組成物の単回投与として投与され、及び／又は物理的に別個の単位で投与される量を指す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性剤を含む。一部の実施形態では、単位用量は、薬剤の単回投与全体を含む。一部の実施形態では、２以上の単位用量が、全単回投与を達成するために投与される。一部の実施形態では、意図される効果を達成するために、複数の単位用量の投与が必要であるか又は必要であると予想される。単位用量は、例えば、所定量の１つ又は複数の治療薬、所定量の固形の１つ又は複数の治療薬を含有する液体（例えば、許容可能な担体）の体積であり得、所定量の１つ又は複数の治療薬を含有する徐放製剤又は薬剤送達デバイスであり得る。単位用量が、治療薬に加えて各種成分の何れかを含む製剤中に存在し得ることは理解されよう。例えば、許容可能な担体（例えば、薬学的に許容される担体）、希釈剤、安定剤、緩衝剤、防腐剤などが、後述するように含有され得る。当業者であれば、多くの実施形態において、特定の治療薬の適切な１日総投与量が、一部の単位用量又は複数の単位用量を含み得ること、これが、信頼できる医学的判断の範囲内で担当医により決定され得ることは理解されよう。一部の実施形態では、何れか特定の対象又は生物に対する具体的な有効用量レベルは、治療対象である障害及び障害の重症度、使用される具体的活性化合物の活性；使用される具体的組成物；対象の年齢、体重、健康状態、性別及び食事；使用される具体的な活性化合物の投与時間及びその排泄率；治療期間；使用される具体的な化合物と組み合わせて若しくは同時に用いられる薬物及び／又は追加療法並びに医学分野で公知の類似要因を含め、様々な要因に応じて変動し得る。
不飽和：用語「不飽和」は、本明細書で使用されるとき、ある部分が１つ以上の不飽和単位を有することを意味する。
野生型：本明細書で使用されるとき、用語「野生型」は、天然で「正常な」（突然変異体、罹患しているもの、改変されているもの等と対照的に）状態又はコンテクストにおいて見られるとおりの構造及び／又は活性を有する実体を指す、その当技術分野で理解される意味を有する。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが多くの場合に複数の異なる形態で存在する（例えば、アレル）ことを理解するであろう。
核酸：用語「核酸」には、任意のヌクレオチド、その類似体及びそのポリマーが含まれる。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、任意の長さのポリマー形態のヌクレオチド、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）若しくはデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）のいずれか又はその類似体を指す。これらの用語は、分子の一次構造を指し、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ並びに二本鎖及び一本鎖ＲＮＡを含む。これらの用語には、均等物として、ヌクレオチド類似体で作られているＲＮＡ又はＤＮＡのいずれかの類似体、及び限定はされないが、メチル化、保護及び／又はキャッピングされたヌクレオチド又はポリヌクレオチドなど、修飾ポリヌクレオチドが含まれる。これらの用語は、ポリリボヌクレオチド又はオリゴリボヌクレオチド（ＲＮＡ）及びポリデオキシリボヌクレオチド又はオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）；核酸塩基及び／又は修飾核酸塩基のＮ－グリコシド又はＣ－グリコシドから誘導されるＲＮＡ又はＤＮＡ；糖及び／又は修飾糖から誘導される核酸；及びリン酸架橋及び／又は修飾リン原子架橋（本明細書では「インターヌクレオチド結合」とも称される）から誘導される核酸を包含する。この用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、天然の天然リン酸インターヌクレオチド結合又は非天然インターヌクレオチド結合の任意の組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分及びデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分及び修飾リボース部分を含む核酸が挙げられるが、限定はされない。特に指定されない限り、接頭語ポリは、２～約１０，０００ヌクレオチド単量体単位を含む核酸を指し、ここで、接頭語オリゴは、２～約２００ヌクレオチド単量体単位を含む核酸を指す。
ヌクレオチド：用語「ヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、ヘテロ環式塩基、糖及び１つ以上のリン酸基又はリン含有インターヌクレオチド結合からなるポリヌクレオチドの単量体単位を指す。天然に存在する塩基（グアニン、（Ｇ）、アデニン、（Ａ）、シトシン、（Ｃ）、チミン、（Ｔ）及びウラシル（Ｕ））は、プリン又はピリミジンの誘導体であるが、天然に存在する及び天然に存在しない塩基類似体も包含されることが理解されなければならない。天然に存在する糖としては、ペントース（五炭糖）デオキシリボース（これは、天然ＤＮＡに見られる）又はリボース（これは、天然ＲＮＡに見られる）が挙げられるが、天然に存在する及び天然に存在しない糖類似体、例えば２’－修飾を有する糖、ロックド核酸（ＬＮＡ）及びホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）中の糖なども包含されることが理解されなければならない。ヌクレオチドは、インターヌクレオチド結合によって結合されて核酸又はポリヌクレオチドを形成する。多数のインターヌクレオチド結合が当技術分野において公知である（限定はされないが、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ボラノホスフェート結合など）。人工核酸には、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、リン酸トリエステル、ホスホロチオネート、Ｈ－ホスホン酸、ホスホロアミデート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、ホスホノアセテート、チオホスホノアセテート及び天然核酸のリン酸骨格の他のバリアント等が含まれる。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、天然に存在する核酸塩基、天然に存在する糖及び天然リン酸結合を含む天然ヌクレオチドである。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、天然ヌクレオチドの代わりに使用することのできる構造的類似体である修飾ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体である。
修飾ヌクレオチド：「修飾ヌクレオチド」という用語は、天然のヌクレオチドとは構造的に異なるが、天然ヌクレオチドの少なくとも１つの機能を実施することができる任意の化学部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、糖、塩基及び／又はインターヌクレオチド結合における修飾を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾核酸塩基及び／又は修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、ヌクレオチドの少なくとも１つの機能、例えばポリマー中において、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができるサブユニットを形成することができる。
類似体：「類似体」という用語は、参照化学部分又は参照クラスの化学部分とは構造的に異なるが、そうした参照化学部分又は参照クラスの化学部分の少なくとも１つの機能を実施することができる任意の化学部分を含む。非限定的な例として、ヌクレオチド類似体は、ヌクレオチドと構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも１つの機能を果たす；核酸塩基類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも１つの機能を果たす；糖類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、糖の少なくとも１つの機能を果たす等である。
ヌクレオシド：用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基又は修飾核酸塩基が糖又は修飾糖に共有結合的に結合している部分を指す。
修飾ヌクレオシド：用語「修飾ヌクレオシド」は、天然ヌクレオシドと化学的に異なるが、ヌクレオシドの少なくとも１つの機能を果たす能力を有する化学的部分を指す。一部の実施形態において、修飾ヌクレオシドは、天然ヌクレオシドから誘導されるか又はそれと化学的に類似しているが、しかし、これは、それを天然ヌクレオシドと区別する化学修飾を含む。修飾ヌクレオシドの非限定的な例として、塩基及び／又は糖の修飾を含むものがある。修飾ヌクレオシドの非限定的な例として、糖に２’修飾を有するものがある。更に、修飾ヌクレオシドの非限定的な例として、脱塩基ヌクレオシド（核酸塩基が欠失している）がある。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも１つの機能が可能であり、例えばポリマー中において、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができる部分を形成することができる。
ヌクレオシド類似体：「ヌクレオシド類似体」という用語は、天然ヌクレオシドとは化学的に異なるが、ヌクレオシドの少なくとも１つの機能を実施することができる化学部分を指す。一部の実施形態では、ヌクレオシド類似体は、糖の類似体及び／又は核酸塩基の類似体を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも１つの機能、例えばポリマー中において、相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができる部分を形成することができる。
糖：「糖」という用語は、閉状態及び／又は開状態の単糖又は多糖を指す。一部の実施形態では、糖は、単糖である。一部の実施形態では、糖は、多糖である。糖としては、限定はされないが、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース及びヘキソピラノース部分が挙げられる。本明細書で使用される場合、「糖」という用語は、例えば、グリコールのように、従来の糖分子に代わり使用される構造類似体も包含し、そのポリマーは、核酸類似体のグリコール核酸（ＧＮＡ）などの骨格を形成する。本明細書で使用される場合、「糖」という用語は、天然又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに用いられる構成類似体、例えば修飾糖及びヌクレオチド糖も含む。一部の実施形態において、糖は、Ｄ－２－デオキシリボースである。一部の実施形態において、糖は、β－Ｄ－デオキシリボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、β－Ｄ－デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、Ｄ－リボースである。一部の実施形態において、糖は、β－Ｄ－リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、β－Ｄ－リボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、任意選択で置換されているβ－Ｄ－デオキシリボフラノース又はβ－Ｄ－リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されているβ－Ｄ－デオキシリボフラノース又はβ－Ｄ－リボフラノース部分である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド、核酸等における糖部分／単位は、インターヌクレオチド結合にそれぞれ独立に連結した１個以上の炭素原子を含む糖、例えばその５’－Ｃ及び／又は３’－Ｃがそれぞれ独立にインターヌクレオチド結合（例えば、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合、キラル制御されたインターヌクレオチド結合等）に連結している、任意選択で置換されているβ－Ｄ－デオキシリボフラノース又はβ－Ｄ－リボフラノースである。
修飾糖：用語「修飾糖」は、糖を置き換えることのできる部分を指す。修飾糖は、糖の空間配置、電子特性又は他の何らかの物理化学的特性を模倣する。一部の実施形態において、修飾糖は、置換β－Ｄ－デオキシリボフラノース又はβ－Ｄ－リボフラノースである。一部の実施形態において、修飾糖は、２’－修飾を含む。一部の実施形態において、修飾糖は、例えば、ＬＮＡに見られるとおり、２つの糖炭素原子（例えば、Ｃ２及びＣ４）を連結するリンカー（例えば、任意選択で置換されている二価のヘテロ脂肪族）を含む。一部の実施形態において、リンカーは、－Ｏ－ＣＨ（Ｒ）－であり、式中、Ｒは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、リンカーは、－Ｏ－ＣＨ（Ｒ）－であり、式中、Ｏは、糖のＣ２に連結し、－ＣＨ（Ｒ）－は、Ｃ４に連結し、及びＲは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｒは、メチルである。一部の実施形態において、Ｒは、－Ｈである。一部の実施形態において、－ＣＨ（Ｒ）－は、Ｓ配置である。一部の実施形態において、－ＣＨ（Ｒ）－は、Ｒ配置である。
核酸塩基：「核酸塩基」という用語は、配列特異的な様式で１つの核酸鎖を別の相補的な鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を指す。最も一般的な天然核酸塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びチミン（Ｔ）である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、その核酸塩基がＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態では、核酸塩基は、「修飾核酸塩基」、例えばアデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びチミン（Ｔ）以外の核酸塩基である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、空間配置、電子的性質又は核酸塩基の何れか他の物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で、１つの核酸鎖を別の核酸鎖に結合する水素結合の特性を保持する。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識又はオリゴヌクレオチド二重らせん鎖の活性に実質的に影響を及ぼすことなく、５種のすべての天然塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニン）と対合することができる。本明細書で使用される場合、「核酸塩基」という用語は、天然又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに用いられる構成類似体、例えば修飾核酸塩基及び核酸塩基類似体も含む。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ若しくはＵ又はその核酸塩基がＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。
修飾核酸塩基：「修飾核酸塩基」、「修飾塩基」などといった用語は、核酸塩基と化学的に異なるが、核酸塩基の少なくとも１つの機能を実施することができる化学部分を指す。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、修飾を含む核酸塩基である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、核酸塩基の少なくとも１つの機能が可能であり、例えばポリマー中において、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができる部分を形成することができる。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、その核酸塩基がＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。
キラルリガンド：用語「キラルリガンド」又は「キラル補助基」は、キラルである部分であって、反応が一定の立体選択性で行われ得るように反応に取り込むことのできる部分を指す。一部の実施形態において、この用語は、かかる部分を含む化合物も指し得る。
ブロッキング基：「ブロッキング基」という用語は、官能基の反応性をマスキングする基を指す。後に、ブロッキング基の除去により官能基をアンマスキングし得る。一部の実施形態では、ブロッキング基は、保護基である。
部分：「部分」という用語は、分子の官能基の特定のセグメントを指す。化学的部分は、分子中に埋め込まれるか又は分子に付加された、一般に認識されている化学的実体である。一部の実施形態において、化合物の部分は、化合物から１つ以上の－Ｈ及び／又はその均等物を除去することによってその化合物から形成される一価、二価又は多価の基である。一部の実施形態において、その文脈に応じて、「部分」は、その部分の誘導元の化合物又は実体も指し得る。
リーディングフレーム：用語「リーディングフレーム」は、二本鎖ＤＮＡ分子の、各方向に３つずつ、６つの可能なリーディングフレームの１つを指す。使用されるリーディングフレームにより、ＤＮＡ分子のコード配列内でアミノ酸のコードにいずれのコドンが使用されるかが決まる。
オリゴヌクレオチド：用語「オリゴヌクレオチド」は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、天然リン酸結合又は非天然インターヌクレオチド結合の任意の組み合わせを含むヌクレオチド単量体のポリマー又はオリゴマーを指す。
本開示のオリゴヌクレオシドは、様々な長さであり得る。詳細な実施形態において、オリゴヌクレオシドは、約２０～約２００ヌクレオシド長の範囲であり得る。様々な関連する実施形態において、一本鎖、二本鎖及び三本鎖のオリゴヌクレオシドは、長さが約４～約１０ヌクレオシド、約１０～約５０ヌクレオシド、約２０～約５０ヌクレオシド、約１５～約３０ヌクレオシド、約２０～約３０ヌクレオシド長の範囲であり得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、約９～約３９ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも１５ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも２０ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも２５ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも３０ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも１８ヌクレオシド長の相補鎖の二重鎖である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも２１ヌクレオシド長の相補鎖の二重鎖である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド長の目的上、考慮される各ヌクレオシドは、独立に、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ及びその互変異性体から選択される、任意選択で置換されている核酸塩基を含む。
インターヌクレオチド結合：本明細書で使用されるとき、語句「インターヌクレオチド結合」は、概して、核酸又はオリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合、典型的にはリン含有結合を指し、上記及び本明細書において使用されるとおり、「糖間結合」、「インターヌクレオシド結合」及び「リン原子架橋」と同義である。当業者が理解するとおり、天然ＤＮＡ及びＲＮＡは、天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡ分子に見られるとおりの天然リン酸結合（－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ－、典型的には例えば約７．４のｐＨでそのアニオン型－ＯＰ（Ｏ）（Ｏ－）Ｏ－として存在する）である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然リン酸結合と構造的に異なるが、天然リン酸結合の代わりに利用し得る修飾インターヌクレオチド結合（又は非天然インターヌクレオチド結合）、例えばホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、ＰＭＯ結合等である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然リン酸ジエステル結合の１つ以上の酸素原子が１つ以上の有機又は無機部分によって独立に置き換えられている修飾インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかる有機又は無機部分は、限定はされないが、＝Ｓ、＝Ｓｅ、＝ＮＲ’、－ＳＲ’、－ＳｅＲ’、－Ｎ（Ｒ’）２、Ｂ（Ｒ’）３、－Ｓ－、－Ｓｅ－及び－Ｎ（Ｒ’）－（式中、各Ｒ’は、独立に、以下に定義及び記載されるとおりである）から選択される。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合はリン酸トリエステル結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートジエステル結合（ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、
Figure 2022513719000003
、典型的には例えば約７．４のｐＨでそのアニオン型－ＯＰ（Ｏ）（Ｓ－）Ｏ－として存在する）である。当業者によれば、インターヌクレオチド結合は、その結合中の酸又は塩基部分の存在に起因して所与のｐＨでアニオン又はカチオンとして存在し得ることが理解される。
特に指定されない限り、オリゴヌクレオチド配列の前に付されるＲｐ／Ｓｐの表記は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合中の結合リンの立体配置をオリゴヌクレオチド配列の５’から３’の順に記述する。
オリゴヌクレオチドタイプ：本明細書で使用されるとき、語句「オリゴヌクレオチドタイプ」は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン（即ちインターヌクレオチド結合タイプ、例えば天然リン酸結合、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等のパターン）、骨格キラル中心のパターン（即ち結合リン立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン）及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドを定義して使用される。一部の実施形態において、共通の表記の「タイプ」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当技術分野の当業者であれば、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド）鎖合成を行う間にある程度の制御をもたらし、それによってそのオリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンで特定の立体化学及び／又は結合リンで特定の修飾、及び／又は特定の塩基、及び／又は特定の糖を有するように、事前に設計可能であり及び／又は選択可能であることを理解されるであろう。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように、事前に設計及び／又は選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように、設計及び／又は決定される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように、設計及び／又は選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上述の構造特性の１つ又は複数の特定の組み合わせを有するように設計及び／又は選択される。本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか又はそれからなる組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。一部の実施形態において、かかる分子は、すべて同じタイプである。一部の実施形態において、かかる分子は、すべて構造的に互いに同一である。一部の実施形態において、提供される組成物は、異なるタイプの複数のオリゴヌクレオチドを典型的には所定の（ランダムではない）相対量で含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおりのＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
キラル制御：本明細書で使用される場合、「キラル制御」とは、オリゴヌクレオチド（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド）内のキラルインターヌクレオチド結合中の、キラル結合リンの立体化学的指定の制御を指す。一部の実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖部分及び塩基部分から非存在のキラル要素を介して達成され、例えば一部の実施形態では、制御は、本開示において例示されるように、オリゴヌクレオチド調製工程中に１つ以上のキラル補助基を介して達成され、このキラル補助剤は、多くの場合、オリゴヌクレオチド調製工程で用いられるキラルホスホロアミダイトの一部である。キラル制御とは対照的に、当業者は、キラル補助剤を使用しない従来のオリゴヌクレオチド合成は、こうした従来のオリゴヌクレオチド合成を用いてキラルインターヌクレオチド結合を形成する場合、キラルインターヌクレオチド結合での立体化学を制御することができないことを理解されよう。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド内のキラルインターヌクレオチド結合中の各キラル結合リンの立体化学指定が制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：用語「キラル制御された（立体制御された又は立体定義された）オリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された（立体制御された又は立体定義された）核酸組成物」などは、本明細書で使用されるとき、１）共通の塩基配列、２）共通の骨格結合のパターン、３）共通の骨格キラル中心のパターン、及び４）共通の骨格リン修飾のパターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸、キラル制御されたオリゴヌクレオチド若しくはキラル制御された核酸）（特定のタイプのオリゴヌクレオチド）を含む組成物を指し、ここで、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、１つ以上のキラルインターヌクレオチド結合に同じ立体化学を共有する（キラル制御されたインターヌクレオチド結合、そのキラル結合リンがＲｐ又はＳｐであり、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合のようにランダムなＲｐ及びＳｐ混合物ではない）。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）のレベルは、非ランダムである（予め決められている、制御されている）。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、典型的には、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製による１つ以上のキラルインターヌクレオチド結合の立体選択的な形成を通じて調製される（例えば、立体選択性を意図的に制御するためのキラル補助基又はキラル触媒を使用しない従来のホスホロアミダイトベースのオリゴヌクレオチド合成など、キラル制御されない（ステレオランダムな、非立体選択的な、ラセミの）オリゴヌクレオチド合成と比較して、本開示に例示されるとおりのキラル補助基を使用する）。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて複数のオリゴヌクレオチドが強化されている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１）塩基配列；２）骨格結合のパターン；３）骨格キラル中心のパターン；及び４）骨格リン修飾のパターンによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含み、ここで、同じ塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、これは、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されている。当業者が容易に理解するとおり、かかる強化は、実質的にラセミ体の製剤と比較して、各キラル制御されたインターヌクレオチド結合において、より高いレベルの結合リンが望ましい立体配置を有することを特徴とし得る。一部の実施形態において、各キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンに関して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも９０％のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも９５％のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも９７％のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも９８％のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成を有する。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成及び立体化学を有し、構造的に同一である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、存在する場合には同じ核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合修飾並びに１つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心における独立に同じ立体化学（Ｒｐ又はＳｐ）を共有し、但し特定の結合リンキラル中心の立体化学は、異なることもある。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの約０．１％～１００％（例えば、約１％～１００％、５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％）が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、共通の塩基配列を共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの約０．１％～１００％（例えば、約１％～１００％、５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％）が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの約０．１％～１００％（例えば、約１％～１００％、５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％）が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のすべてのオリゴヌクレオチド又は共通の塩基配列（例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプのもの）を共有する組成物中のすべてのオリゴヌクレオチド又は共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターン（例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプのもの）を共有する組成物中のすべてのオリゴヌクレオチド又は共通の塩基配列、共通の塩基修飾パターン、共通の糖修飾パターン、共通のインターヌクレオチド結合タイプパターン及び／又は共通のインターヌクレオチド結合修飾パターン（例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプのもの）を共有する組成物中のすべてのオリゴヌクレオチド又は同じ化学構成を共有する組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの約０．１％～１００％（例えば、約１％～１００％、５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％）が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも（ＤＰ）ＮＣＩ（式中、ＤＰは、８５％～１００％から選択されるパーセンテージであり、及びＮＣＩは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数である）である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも８５％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも９０％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも９５％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも９６％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも９７％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも９８％である。一部の実施形態において、ＤＰは、少なくとも９９％である。一部の実施形態において、ＤＰは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心のジアステレオ純度を反映する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心のジアステレオ純度は、典型的には、かかるインターヌクレオチド結合と、そのインターヌクレオチド結合によって連結された２つのヌクレオシド単位とを含む適切な二量体を使用して評価され得る。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、約１～５０（例えば、約１～１０、１～２０、５～１０、５～２０、１０～１５、１０～２０、１０～２５、１０～３０又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０）のキラルインターヌクレオチド結合で、同じ立体化学を有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルインターヌクレオチド結合の約０．１％～１００％（例えば、約１％～１００％、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０％～１００％、９０％～１００％、９５％～１００％、５０％～９０％又は約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％若しくは１００％又は少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％若しくは９９％）で、同じ立体化学を有する。一部の実施形態では、各キラルインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラルインターヌクレオチド結合のすべてがキラル制御されたインターヌクレオチド結合であるのではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチド又は核酸タイプを含む。例えば、一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチドタイプを所定レベル（例えば、上記に記載されるとおり）で含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを、それぞれ独立に所定レベルで含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、多数のオリゴヌクレオチドタイプをそれぞれ独立に所定レベルで含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの組成物であり、この組成物は、所定レベルのそのオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの組成物である。
キラル的に純粋：本明細書で使用されるとき、語句「キラル的に純粋」は、オリゴヌクレオチド分子のすべて又はほぼすべて（残りは、不純物である）が結合リン原子に関して単一のジアステレオマー形態で存在するオリゴヌクレオチド又はその組成物を記載して使用される。多くの実施形態において、当業者が理解するとおり、キラル的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの実質的にすべてが構造的に同一である（同じ立体異性体である）点で実質的に純粋である。
結合リン：本明細書において定義されるとき、語句「結合リン」は、言及されている特定のリン原子がインターヌクレオチド結合に存在するリン原子であることを指して使用され、このリン原子は、天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡに存在するとおりの天然リン酸結合のリン原子に対応する。一部の実施形態において、結合リン原子は、修飾インターヌクレオチド結合中のものである。一部の実施形態において、結合リン原子は、キラルである。
インターヌクレオチド結合：本明細書で使用される場合、「インターヌクレオチド結合」という語句は、一般に、核酸又はオリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合、典型的にはリン含有結合を指し、上記及び本明細書において使用されるとおり、「糖間結合」、「インターヌクレオチド結合」及び「リン原子架橋」と同義である。当業者が理解するとおり、天然ＤＮＡ及びＲＮＡは、天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡ分子に見られるとおりの天然リン酸結合（－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ－、典型的には例えば約７．４のｐＨでそのアニオン型－ＯＰ（Ｏ）（Ｏ－）Ｏ－として存在する）である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然リン酸結合と構造的に異なるが、天然リン酸結合の代わりに利用し得る修飾インターヌクレオチド結合（又は非天然インターヌクレオチド結合）、例えばホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、ＰＭＯ結合等である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然リン酸ジエステル結合の１つ又は複数の酸素原子が１つ又は複数の有機又は無機部分によって独立に置き換えられている修飾インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかる有機又は無機部分は、限定はされないが、＝Ｓ、＝Ｓｅ、＝ＮＲ’、－ＳＲ’、－ＳｅＲ’、－Ｎ（Ｒ’）２、Ｂ（Ｒ’）３、－Ｓ－、－Ｓｅ－及び－Ｎ（Ｒ’）－（式中、各Ｒ’は、独立に、以下に定義及び記載されるとおりである）から選択される。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、リン酸トリエステル結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートジエステル結合（ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、
Figure 2022513719000004
、典型的には例えば約７．４のｐＨでそのアニオン型－ＯＰ（Ｏ）（Ｓ－）Ｏ－として存在する）である。当業者によれば、インターヌクレオチド結合は、その結合中の酸又は塩基部分の存在に起因して所与のｐＨでアニオン又はカチオンとして存在し得ることが理解される。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、所与のｐＨで負に帯電していないインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、所与のｐＨにおいて中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、所与のｐＨは、ｐＨ約７．４である。一部の実施形態において、所与のｐＨは、ｐＨ約０、１、２、３、４、５、６又は７～ｐＨ約７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４の範囲である。一部の実施形態において、所与のｐＨは、ｐＨ５～９の範囲である。一部の実施形態において、所与のｐＨは、ｐＨ６～８の範囲である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、例えば、ＰＮＡ（ペプチド核酸）結合又はＰＭＯ（ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー）結合の１つである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル結合リンを含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、ｓ（ホスホロチオエート）、ｓ１、ｓ２、ｓ３、ｓ４、ｓ５、ｓ６、ｓ７、ｓ８、ｓ９、ｓ１０、ｓ１１、ｓ１２、ｓ１３、ｓ１４、ｓ１５、ｓ１６、ｓ１７又はｓ１８から選択され、ここで、ｓ１、ｓ２、ｓ３、ｓ４、ｓ５、ｓ６、ｓ７、ｓ８、ｓ９、ｓ１０、ｓ１１、ｓ１２、ｓ１３、ｓ１４、ｓ１５、ｓ１６、ｓ１７及びｓ１８のそれぞれは、独立に、国際公開第２０１７／０６２８６２号に記載されるとおりである。
特に指定されない限り、化合物（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド、薬剤等）の塩、例えば薬学的に許容可能な酸付加塩又は塩基付加塩、立体異性型及び互変異性型が包含される。特に指定されない限り、単数形「１つの（a）」、「１つの（an）」及び「その」は、文脈上特に明確に指示されない限り複数形への言及を含む（及び逆も同様である）。従って、例えば、「化合物」への言及は、複数のかかる化合物を含み得る。
図面の簡単な説明
ＨＥＬＩＳＡアッセイの例である。
特定の実施形態の詳細な説明
合成オリゴヌクレオチドは、幅広い種類の適用において有用な分子ツールを提供する。例えば、オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究及び新規ナノマテリアル適用において有用である。天然に存在する核酸（例えば、非修飾ＤＮＡ又はＲＮＡ）の使用は、例えば、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼに対するその脆弱性によって制限される。そのため、こうした欠点を回避しようと様々な合成の対応物が開発されている。これには、とりわけそうした分子を、分解を受けにくいものにし、且つオリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドの他の特性を改良する化学修飾、例えば塩基修飾、糖修飾、骨格修飾等を含む合成オリゴヌクレオチドが含まれる。化学修飾は、毒性の増加等、ある種の望ましくない効果にもつながり得る。構造上の観点から、天然リン酸結合に対する修飾はキラリティーを導入することができ、オリゴヌクレオチドのある種の特性は、オリゴヌクレオチドの骨格を形成するリン原子の立体配置の影響を受け得る。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤ標的核酸に少なくとも部分的に相補的な配列を有し、且つ一部の実施形態ではＤＭＤエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物に関する。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、インターヌクレオチド結合（例えば、骨格）、糖及び／又は核酸塩基に対する様々な修飾の任意のものを含む。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書（例えば、表Ａ１）において開示される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態において、骨格のキラリティー（例えば、リン原子の立体配置）又は骨格における天然リン酸結合若しくは非天然インターヌクレオチド結合の包含及び／又は糖及び／又は核酸塩基の修飾及び／又は化学的部分の付加が、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの特性及び活性、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド（例えば、ジストロフィン（ＤＭＤ）ＤＭＤ転写物配列にとってアンチセンスのＤＭＤオリゴヌクレオチド）がＤＭＤエクソン５１をスキップする能力及び／又は限定はされないが、安定性の増加、薬物動態の改良及び／又は免疫原性の低下等を含めたＤＭＤオリゴヌクレオチドの他の特性に影響を及ぼし得る。提供される化合物、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド及びその組成物の特性及び／又は活性の評価に好適なアッセイは当技術分野において広く公知であり、本開示において利用することができる。
一部の実施形態において、ＤＭＤ転写物は、プレｍＲＮＡである。一部の実施形態において、スプライシング産物は、成熟ＲＮＡである。一部の実施形態において、スプライシング産物は、ｍＲＮＡである。一部の実施形態において、スプライシングの調節又は変化は、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを含む。
一部の実施形態において、提供される組成物中の提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド、例えば複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾及び／又はインターヌクレオチド結合修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、塩基修飾及び糖修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、塩基修飾及びインターヌクレオチド結合修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、糖修飾及びインターヌクレオチド修飾を含む。一部の実施形態において、提供される組成物は、塩基修飾、糖修飾及びインターヌクレオチド結合修飾を含む。塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等の例示的化学修飾は、限定はされないが本開示に記載されるものを含め、当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、修飾塩基は、置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵである。一部の実施形態において、糖修飾は２’－修飾である。一部の実施形態において、２’－修飾は２－Ｆ修飾である。一部の実施形態において、２’－修飾は２’－ＯＲ１であり、式中、Ｒ１は水素でない。一部の実施形態において、２’－修飾は２’－ＯＲ１であり、式中、Ｒ１は、任意選択で置換されているアルキルである。一部の実施形態において、２’－修飾は２’－ＯＭｅである。一部の実施形態において、２’－修飾は２’－ＭＯＥである。一部の実施形態において、修飾糖部分は架橋二環式又は多環式環である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、５～２０個の環原子を有する架橋二環式又は多環式環であり、ここで、１つ以上の環原子は、任意選択で且つ独立に、ヘテロ原子である。例示的環状構造は、ＢＮＡ、ＬＮＡ等に見られるものなど、当技術分野において広く公知である。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上のキラル制御されたキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と１つ以上の天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、各修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と１つ以上の天然リン酸結合との両方を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合と天然リン酸結合との両方を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド及びその組成物は、特性、例えばエクソン５１のスキッピング及び毒性等の改良をもたらす。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、キラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、置換ホスホロチオエート結合である。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなＤＭＤオリゴヌクレオチド製剤が、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格結合リンキラル中心の立体化学構造の点で互いに異なる複数の個別的な化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学の制御がない場合、ステレオランダムなＤＭＤオリゴヌクレオチド製剤は、制御されないキラル中心、例えばキラル結合リンに関して不確定なレベルのＤＭＤオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されない組成物を提供する。これらの立体異性体が同じ塩基配列を有し得るとしても、その骨格立体化学が異なることに少なくとも起因して、それらは異なる化学的実体であり、及びそれらは、本明細書において実証されるとおり、異なる特性、例えばエクソン５１のスキッピング、毒性等を有し得る。とりわけ、本開示は、１つ以上の結合リンキラル中心の立体化学が独立に（例えば、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の点で）制御されている新規ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、目的のＤＭＤオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか、又はそれを含有するキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド中、骨格キラル中心のパターンは、限定はされないが、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングの改良、安定性の増加、活性の増加、低毒性、低免疫応答、タンパク質結合プロファイルの改良、特定のタンパク質への結合の増加及び／又は送達の亢進を含め、１つ若しくは複数の活性又は１つ若しくは複数の特性の改良をもたらすことができる。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、正電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合（例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合）は、任意選択で置換されているグアニジン部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含み、
Figure 2022513719000005
の構造を有し、式中、Ｗは、Ｏである。一部の実施形態において、負に帯電していないインターヌクレオチド結合（例えば、中性インターヌクレオチド結合）は、
Figure 2022513719000006
の構造を有し、ここで、各変数は、独立に、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態において、２つのＲ１（同じ又は異なる窒素原子上のいずれかにある）は、Ｒであり、それらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるように任意選択で置換されている環を形成する。一部の実施形態において、負に帯電していないインターヌクレオチド結合（例えば、中性インターヌクレオチド結合）は、
Figure 2022513719000007
の構造を有し、ここで、各変数は、独立に、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｗは、Ｏである。一部の実施形態において、そのようなインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。様々な変数、例えばＲ１、Ｒ’、Ｒｓなどの有用な実施形態は、米国特許出願第６２／７７６，４３２号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び同第２０１９／２１７７８４号に記載されているものを含み、各変数の実施形態を含む説明は、独立に、参照により本明細書に援用される。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤ転写物に結合し、エクソン５１のスキッピングを誘導（例えば、媒介）することによりＤＭＤ転写物のスプライシングパターンを変えることができる。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、例えば、本明細書に記載されるとおりの１つ以上の好適な条件下において同等のＤＭＤオリゴヌクレオチドと比べて高い効率でエクソンのエクソンスキッピングを提供する。一部の実施形態において、提供されるスキッピング効率は、例えば、本明細書に記載されるとおりの１つ以上の好適な条件下において同等のＤＭＤオリゴヌクレオチドより少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％高いか、又はそれの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０倍若しくはそれを超える。
一部の実施形態において、参照条件と比較して、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、意外にも有効である。一部の実施形態において、変化は、参照条件と比較した望ましいｍＲＮＡレベルの増加によって測る。一部の実施形態において、変化は、参照条件と比較した望ましくないｍＲＮＡレベルの低下によって測る。一部の実施形態において、参照条件は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド処理が存在しないことである。一部の実施形態において、参照条件は、同じ塩基配列及び化学修飾を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物である。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、それがＤＭＤ転写物スプライシングシステム内のＤＭＤ転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１がスキップされる）ことを特徴とする。一部の実施形態において、望ましいスプライシング産物（例えば、エクソン５１を欠失しているもの）が、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％若しくは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００倍又はそれを超えて増加する。一部の実施形態において、望ましいスプライシング参照は、参照条件下に存在しない（例えば、定量的ＰＣＲによって確実に検出することができない）。一部の実施形態において、本開示に例示されるとおり、提供される組成物におけるその複数のＤＭＤオリゴヌクレオチド、例えばある複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドのレベルは予め決められている。
一部の実施形態において、共通の塩基配列を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、同じパターンのヌクレオシド修飾、例えば糖修飾、塩基修飾等を有し得る。一部の実施形態において、ヌクレオシド修飾のパターンは、位置及び修飾の組み合わせによって表され得る。一部の実施形態において、非キラル結合（例えば、ＰＯ）は、すべて省略され得る。一部の実施形態において、同じ塩基配列を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成を有する。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されている。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、ステレオランダムではなく、且つジアステレオマーのラセミ製剤ではない。
当業者が理解するとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチドのステレオランダムな又はラセミ体の製剤は、典型的にはいかなるキラル補助基、キラル修飾試薬及び／又はキラル触媒も使用することなく、ヌクレオチド単量体の非立体選択的及び／又は低立体選択的カップリングにより調製される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の（又はキラル制御されていない）製剤では、すべて又はほとんどのカップリングステップは、そのカップリングステップが亢進した立体選択性をもたらすように特別に行われない点でキラル制御されていない。ＤＭＤオリゴヌクレオチドの例示的な実質的にラセミ体の製剤は、当技術分野で周知の方法である、一般的に使用されるホスホロアミダイトＤＭＤオリゴヌクレオチド合成からのテトラエチルチウラムジスルフィド又は（ＴＥＴＤ）又は３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール－３－オン１，１－ジオキシド（ＢＤＴＤ）のいずれかによる亜リン酸トリエステルの硫化を通じたホスホロチオエートＤＭＤオリゴヌクレオチドの製剤である。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤は、実質的にラセミ体のＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物（又はキラル制御されていないＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。一部の実施形態において、ヌクレオチド単量体の少なくとも１つのカップリングは、約６０：４０、７０：３０、８０：２０、８５：１５、９０：１０、９１：９、９２：８、９７：３、９８：２又は９９：１より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、約６０：４０、７０：３０、８０：２０、８５：１５、９０：１０、９１：９、９２：８、９７：３、９８：２又は９９：１より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約６０：４０より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約７０：３０より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約８０：２０より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約９０：１０より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約９１：９より低い。一部の実施形態において、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合が約９０：１０より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、約９０：１０より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合は、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％又は５５％以下のジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、純度は９０％以下である。一部の実施形態において、純度は８５％以下である。一部の実施形態において、純度は８０％以下である。
対照的に、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物では、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物のＤＭＤオリゴヌクレオチドのものなど、少なくとも１つ及び典型的には各キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル結合リンに関して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれを超えるジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は９５％以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は９６％以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は９７％以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は９８％以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は９９％以上である。とりわけ、本開示の技術は、高いジアステレオマー純度のキラル制御されたインターヌクレオチド結合をルーチンで提供する。
当業者が理解するとおり、カップリングのジアステレオ選択性又はインターヌクレオチド結合のジアステレオマー純度（ジアステレオ純度）は、同じ又は同等の条件下における二量体形成のジアステレオ選択性／形成された二量体のインターヌクレオチド結合のジアステレオマー純度によって評価することができ、ここで、二量体は同じ５’－及び３’－ヌクレオシド及びインターヌクレオチド結合を有する。
一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立に１つ又は複数（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５又はそれを超える）のキラルインターヌクレオチド結合（「キラル制御されたインターヌクレオチド結合」）における同じ結合リン立体化学
を共有する。
一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立に１つ又は複数（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５又はそれを超える）のキラルインターヌクレオチド結合（「キラル制御されたインターヌクレオチド結合」）における同じ結合リン立体化学
を共有し；
組成物は、共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比較して、複数のオリゴヌクレオチドについて濃縮されている。
一部の実施形態において、すべてのインターヌクレオチド結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％など）は、キラル制御されている。一部の実施形態において、すべてのキラルインターヌクレオチド結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％など）は、キラル制御されている。一部の実施形態において、すべてのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％など）は、キラル制御されている。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも５０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも６０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも７０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも８０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも９０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも９０％である。一部の実施形態において、各キラルインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比較して、オリゴヌクレオチド及び／又はその薬学的に許容可能な塩形態について濃縮されている。
一部の実施形態において、組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、同じ塩基配列（例えば、共通の塩基配列）である組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、実質的にラセミ体の製剤と比較した濃縮は、組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％が複数のオリゴヌクレオチドであることである。一部の実施形態において、実質的にラセミ体の製剤と比較した濃縮は、同じ塩基配列（例えば、共通塩基配列）である組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％が複数のオリゴヌクレオチドであることである。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、それぞれ独立に、その１つ又は複数の様々な形態（例えば、酸、塩基、様々な塩形態など）のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、それぞれ独立に、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列である組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、それぞれ独立に、その１つ又は複数の様々な形態（例えば、酸、塩基、様々な塩形態など）のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列である組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、それぞれ独立に、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列であり、且つオリゴヌクレオチドと同じ核酸塩基、糖及び／又はインターヌクレオチド結合修飾（存在する場合）のパターンである組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、それぞれ独立に、その１つ又は複数の様々な形態（例えば、酸、塩基、様々な塩形態など）のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列であり、且つオリゴヌクレオチドと同じ核酸塩基、糖及び／又はインターヌクレオチド結合修飾（存在する場合）のパターンである組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、それぞれ独立に、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドと１つ又は複数の特徴（例えば、上記）を共有する組成物中のすべてのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％～１００％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、オリゴヌクレオチドの１つ又は複数の薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドの１つのみの薬学的に許容可能な塩を含む。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドの２つ以上の薬学的に許容可能な塩を含む。一部の実施形態において、組成物は、液体組成物であり、オリゴヌクレオチド及び／又はその１つ又は複数の塩形態は、溶解される。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも５０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも６０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも７０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも８０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも９０％である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも９５％である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表Ａ１の配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ又は複数の天然リン酸結合、１つ又は複数のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合及び１つ又は複数の中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、表Ａ１に記載されるオリゴヌクレオチドであり、ここで、各キラルオリゴヌクレオチドは、独立に、Ｒｐ又はＳｐである。
一部の実施形態において、本開示は、
１）共通の塩基配列；
２）共通の骨格結合のパターン；及び
３）共通の骨格キラル中心のパターン
を有することによって定義される複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン並びに共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で単一のＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な製剤であり、ここで、オリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において提供される。
一部の実施形態において、本開示は、複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、この組成物は、同じＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、単一のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドが強化されている。一部の実施形態において、本開示は、複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、この組成物は、同じＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される単一のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドが強化されており、ここで、オリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において提供される。
一部の実施形態において、本開示は、
１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
ここで、この組成物は、同じ塩基配列及び長さを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドが強化されており、ここで、オリゴヌクレオチドは、本明細書（例えば、表Ａ１）において提供される。
一部の実施形態において、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の糖修飾パターンを有する。一部の実施形態において、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の塩基修飾パターンを有する。一部の実施形態において、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通のヌクレオシド修飾パターンを有する。一部の実施形態において、特定のタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドは同じ化学構成を有する。一部の実施形態において、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドは同一である。
一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプではない組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドが、前記ＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの調製過程からの、ある場合には特定の精製手順後の不純物である点で、ＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は９５％が、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有する。
一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通のヌクレオシド修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の糖修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の塩基修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドは同一である。
一部の実施形態において、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の純度は、組成物中にあるそのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプであるＤＭＤオリゴヌクレオチドのパーセンテージとして表される。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９２％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９４％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９６％が同じＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９７％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９８％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物中のＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも約９９％が、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプである。
一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の純度は、その調製過程における各カップリングステップの立体選択性によって制御することができる。一部の実施形態において、カップリングステップは６０％の立体選択性（例えば、ジアステレオ選択性）を有する（そのカップリングステップから形成される新規インターヌクレオチド結合の６０％が、意図した立体化学を有する）。かかるカップリングステップの後、形成される新規インターヌクレオチド結合は、６０％純度を有すると言うことができる。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも６０％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも７０％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも８０％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも８５％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９０％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９１％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９２％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９３％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９４％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９５％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９６％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９７％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９８％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９９％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも９９．５％の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは事実上１００％の立体選択性を有する。
一部の実施形態では、提供される組成物において、特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプ（１）塩基配列；２）骨格結合のパターン；３）骨格キラル中心のパターン；及び４）骨格リン修飾のパターンによって定義される）の塩基配列を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７％又は９９％が、その特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７％又は９９％が、その特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは１つ以上のキラルな修飾リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、１つ以上の修飾骨格結合、塩基及び／又は糖を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドのものである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約８０％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約８５％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９０％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９１％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９２％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９３％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９４％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９５％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９６％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９７％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９８％より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された（及び／又は立体化学的に純粋な）製剤は、約９９％より高い立体化学純度である。
一部の実施形態において、１つ以上とは、１である。一部の実施形態において、１つ以上とは、２である。一部の実施形態において、１つ以上とは、３である。一部の実施形態において、１つ以上とは、４である。一部の実施形態において、１つ以上とは、５である。一部の実施形態において、１つ以上とは、６である。一部の実施形態において、１つ以上とは、７である。一部の実施形態において、１つ以上とは、８である。一部の実施形態において、１つ以上とは、９である。一部の実施形態において、１つ以上とは、１０である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも１である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも２である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも３である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも４である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも５である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも６である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも７である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも８である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも９である。一部の実施形態において、１つ以上とは、少なくとも１０である。
一部の実施形態において、塩基配列、例えば複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドの共通の塩基配列、特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列等は、遺伝子又はＤＭＤ転写物（例えば、ジストロフィン又はＤＭＤの）に相補的な配列を含むか又はそれである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、遺伝子に１００％相補的な配列を含むか又はそれである。
一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合の結合リンは、キラル制御されている。一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供される組成物のＤＭＤオリゴヌクレオチド中の各キラルインターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。
当業者が理解するとおり、インターヌクレオチド結合、天然リン酸結合、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合等は、その環境のｐＨに応じてその塩形態で存在し得る。特に指示されない限り、かかるインターヌクレオチド結合が言及されるとき、かかる塩形態が本願に包含される。
一部の実施形態において、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチドは１つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチドは１つ以上の修飾塩基部分を含む。当業者に公知であり、且つ本開示に記載されるとおり、糖及び塩基部分に様々な修飾を導入することができる。例えば、一部の実施形態において、修飾は、米国特許第９００６１９８号、国際公開第２０１４／０１２０８１号、国際公開第２０１５／１０７４２５号及び国際公開第２０１７／０６２８６２号（これらの各々の糖及び塩基修飾は、参照により本明細書に援用される）に記載される修飾である。
本開示において本明細書で使用される場合、文脈から他の解釈が明らかでない限り、（ｉ）「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」という語は、「少なくとも１つ」を意味すると理解され得；（ｉｉ）「又は」という語は、「及び／又は」を意味すると理解され得；（ｉｉｉ）「含んでいる」、「含む」、「包含している」（「限定されない」で使用されるかどうかに関わらず）及び「包含する」（「限定されない」で使用されるかどうかに関わらず）という語は、単独で又は１つ若しくは複数の追加の構成要素若しくはステップと一緒に提示されるかに関わらず、項目別の構成要素又はステップを包含すると理解され得；（ｉｖ）「別の」という語は、少なくとも追加の／第２の１つ又は複数を意味すると理解され得；（ｖ）「約」及び「ほぼ」という語は、当業者によって理解されるであろう標準的なばらつきを許容すると理解され得；及び（ｖｉ）範囲が指定されている場合、エンドポイントが含まれる。
特に記載がない限り、オリゴヌクレオチド及びその要素（例えば、塩基配列、糖修飾、インターヌクレオチド結合、結合リン立体化学、それらのパターンなど）の説明は、５’から３’である。当業者が理解するように、一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、塩形態、特に薬学的に許容可能な塩形態、例えばナトリウム塩として提供及び／又は利用することができる。また、当業者が理解するように、一部の実施形態において、組成物内の個々のオリゴヌクレオチドは、たとえそのような組成物（例えば、液体組成物）内において、特定のそのようなオリゴヌクレオチドが特定の瞬間に異なる塩形態である可能性がある（且つ例えば液体組成物中で溶解され得、オリゴヌクレオチド鎖がアニオン形態で存在し得る）としても、同じ構成及び／又は構造であると見なすことができる。例えば、当業者は、所与のｐＨにおいて、オリゴヌクレオチド鎖に沿った個々のインターヌクレオチド結合が酸（Ｈ）形態又は複数の可能な塩形態（例えば、いずれのイオンが製剤又は組成物に存在する可能性があるかに応じてナトリウム塩又は異なるカチオンの塩）の１つであり得ることを理解し、且つそれらの酸形態（例えば、存在する場合、すべてのカチオンをＨ＋で置き換える）が同じ構成及び／又は構造である限り、そのような個々のオリゴヌクレオチドが同じ構成及び／又は構造であると適切に見なされ得ることを理解するであろう。
一部の実施形態において、提供される技術で利用することができる核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合などは、米国特許第９６９５２１１号、同第９６０５０１９号、同第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、同第２０１５０２１１００６号、同第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、同第２０１７／０６２８６２号、同第２０１７／１６０７４１号、同第２０１７／１９２６６４号、同第２０１７／１９２６７９号、同第２０１７／２１０６４７号、同第２０１８／２２３０５６号、同第２０１８／２３７１９４号、同第２０１９／０５５９５１号、同第２０１９／２００１８５号及び／又は同第２０１９／２１７７８４号に記載されており、これらのそれぞれの核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合は、独立に、参照により本明細書に援用される。一部の実施形態において、様々な有用な技術（例えば、核酸塩基、糖、インターヌクレオチド結合、立体化学及びそれらのパターン、塩基配列、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など）は、米国特許出願第６２／７７６，４３２号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び同第２０１９／２１７７８４号に記載されており、これらのそれぞれは、独立に、参照により本明細書に援用される。
ジストロフィン
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィン（ＤＭＤ）遺伝子又はそれによってコードされる産物（ＤＭＤ転写物、タンパク質（例えば、ジストロフィンタンパク質の様々な変異体）等）に関する技術、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド、組成物、方法等を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、限定はされないが、デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤとも略される）及びベッカー型筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を含めた筋ジストロフィーの治療のための、ＤＭＤオリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用方法を含む技術を提供する。一部の実施形態において、ＤＭＤは１つ以上の突然変異を含む。一部の実施形態において、かかる突然変異は、筋ジストロフィーに罹患している又はそれに罹り易い対象におけるジストロフィンタンパク質の生物学的機能の低下に関連する。
一部の実施形態において、ジストロフィン（ＤＭＤ）遺伝子又はその産物又はその変異体若しくは一部分は、ＤＭＤ、ＢＭＤ、ＣＭＤ３Ｂ、ＤＸＳ１４２、ＤＸＳ１６４、ＤＸＳ２０６、ＤＸＳ２３０、ＤＸＳ２３９、ＤＸＳ２６８、ＤＸＳ２６９、ＤＸＳ２７０、ＤＸＳ２７２、ＭＲＸ８５又はジストロフィン；外部ＩＤ：OMIM：３００３７７ＭＧＩ：９４９０９；HomoloGene：２０８５６；GeneCards：ＤＭＤ；ヒトにおいて：Entrez：１７５６；Ensembl：ＥＮＳＧ０００００１９８９４７；UniProt：Ｐ１１５３２；RefSeq（ｍＲＮＡ）：ＮＭ＿０００１０９；ＮＭ＿００４００６；ＮＭ＿００４００７；ＮＭ＿００４００９；ＮＭ＿００４０１０；RefSeq（タンパク質）：ＮＰ＿０００１００；ＮＰ＿００３９９７；ＮＰ＿００４０００；ＮＰ＿００４００１；ＮＰ＿００４００２；位置（UCSC）：Ｃｈｒ Ｘ：３１．１－３３．３４Ｍｂ；マウスにおいて：Entrez：１３４０５；Ensembl：ＥＮＳＭＵＳＧ００００００４５１０３；UniProt：Ｐ１１５３１；RefSeq（ｍＲＮＡ）：ＮＭ＿００７８６８；ＮＭ＿００１３１４０３４；ＮＭ＿００１３１４０３５；ＮＭ＿００１３１４０３６；ＮＭ＿００１３１４０３７；RefSeq（タンパク質）：ＮＰ＿００１３００９６３；ＮＰ＿００１３００９６４；ＮＰ＿００１３００９６５；ＮＰ＿００１３００９６６；ＮＰ＿００１３００９６７；位置（UCSC）：Ｃｈｒ Ｘ：８２．９５－８５．２１Ｍｂと称されることもある。
ＤＭＤ遺伝子は、報告によれば、Ｘ染色体上の遺伝子スペースの２３０万ｂｐにわたって分布する７９エクソンを含有する。しかしながら、タンパク質への翻訳に使用されるのは（コード配列）、約１４，０００ｂｐのみ（１％未満）であることが報告されている。２３０万ｂｐの当初のヘテロ核ＲＮＡ ＤＭＤ転写物から、その遺伝子配列の約９９．５％であるイントロン配列がスプライシングにより除去されて、ジストロフィンタンパク質産生の鍵となるあらゆる情報を含む成熟１４，０００ｂｐ ｍＲＮＡが提供されることが報告されている。一部の実施形態において、ＤＭＤ患者はこのＤＭＤ遺伝子に、野生型ＤＭＤ ｍＲＮＡの適切な構築及び／又は野生型ジストロフィンタンパク質の産生を妨げる１つ又は複数の突然変異を有し、ＤＭＤ患者は、その筋肉に顕著なジストロフィン欠損を示すことが多い。
一部の実施形態において、ジストロフィンＤＭＤ転写物、例えばｍＲＮＡ又はタンパク質は、選択的スプライシングに関係する又はそれから産生されるものを包含する。例えば、骨格筋、脳及び心臓組織におけるＤＭＤ遺伝子のスプライシングパターンの分析後、ジストロフィン遺伝子の１６の選択的ＤＭＤ転写物が報告された。Sironi et al. 2002 FEBS Letters 517: 163-166。
ジストロフィンには幾つかのアイソフォームがあることが報告される。一部の実施形態において、ジストロフィンとは、特定のアイソフォームを参照する。各々組織特異的プロモーターによって制御される、少なくとも３つの完全長ジストロフィンアイソフォームが報告されている。Klamut et al. 1990 Mol. Cell. Biol. 10: 193-205；Nudel et al. 1989 Nature 337: 76-78；Gorecki et al. 1992 Hum. Mol. Genet. 1: 505-510。筋肉アイソフォームは、報告によれば主に骨格筋に発現するが、平滑筋及び心筋にも発現し［Bies, R.D., Phelps, S.F., Cortez, M.D., Roberts, R., Caskey, C.T. and Chamberlain, J.S. 1992 Nucleic Acids Res. 20: 1725-1731］、脳ジストロフィンは、報告によれば皮質ニューロンに特異的であるが、心臓及び小脳ニューロンにも検出することができ、一方、プルキンエ細胞型は、報告によれば、ほぼすべての小脳ジストロフィンを占める［Gorecki et al. 1992 Hum. Mol. Genet. 1: 505-510］。選択的スプライシングは、報告によれば、ジストロフィン多様化手段を提供する：報告によれば、この遺伝子の３’領域が選択的スプライシングを受けると、脳ニューロン、心臓プルキンエ線維及び平滑筋細胞に組織特異的ＤＭＤ転写物が生じ［Bies et al. 1992 Nucleic Acids Res. 20: 1725-1731；及びFeener et al. 1989 Nature 338: 509-511］、一方で骨格筋ではこの遺伝子の５’領域に１２パターンの選択的スプライシングが報告されている［Surono et al. 1997 Biochem. Biophys. Res. Commun. 239: 895-899］。
一部の実施形態において、ジストロフィンｍＲＮＡ、遺伝子又はタンパク質は、復帰突然変異体バージョンである。とりわけ、復帰突然変異体ジストロフィンについては、例えば：Hoffman et al. 1990 J. Neurol. Sci. 99:9-25；Klein et al. 1992 Am. J. Hum. Genet. 50: 950-959；及びChelly et al. 1990 Cell 63: 1239-1348；Arahata et al. 1998 Nature 333: 861-863；Bonilla et al. 1988 Cell 54: 447-452；Fanin et al. 1992 Neur. Disord. 2: 41-45；Nicholson et al. 1989 J. Neurol. Sci. 94: 137-146；Shimizu et al. 1988 Proc. Jpn. Acad. Sci. 64: 205-208；Sicinzki et al. 1989 Science 244: 1578-1580；及びSherratt et al. Am. J. Hum. Genet. 53: 1007-1015に報告された。
本明細書で引用されるすべての文献は、存在する場合、補足データを含む。
ＤＭＤ遺伝子における様々な突然変異は、エクソン５１における一部のものを含む筋ジストロフィーを引き起こし得るものであり、及び／又は引き起こすことが報告された。
筋ジストロフィー
本明細書に記載される１つ以上のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物は、筋ジストロフィー又はその少なくとも１つの症状を治療するか、又はその発症を遅延させるために使用することができる。一部の実施形態において、筋ジストロフィー（ＭＤ）は、時間と共に骨格筋の（進行性）脱力及び破壊を生じる一群の筋病態、疾患又は障害の任意のものである。こうした病態、疾患又は障害は、主にいずれの筋肉が冒されるか、症状が現れたときの脱力の程度及び症状が悪化する速さの点で異なる。多くのＭＤ患者は、最終的には歩行困難になる。多くの場合、筋ジストロフィーは致死的である。型によっては、中枢神経系を含めた他の器官の障害も伴う。一部の実施形態において、筋ジストロフィーは、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）である。
一部の実施形態において、デュシェンヌ型筋ジストロフィーの症状は、報告によると、筋消耗を伴う筋脱力であり、随意筋、特に、股関節、骨盤領域、大腿、肩及びふくらはぎの随意筋が最初に冒される。筋脱力は、報告によると、後に腕、頸部及び他の領域にも起こり得る。報告によると、ふくらはぎが肥大することが多い。症状は、報告によると、通常、６歳までに現れ、乳児期早期に現れ得る。他の身体症状は、報告によると、ぎこちない歩き方、足の踏み出し方又は走り方（ある場合には、患者は、腓筋の筋緊張が増加するため、その前足部で歩行する傾向がある）、頻繁な転倒、疲労、運動技能（例えば、走る、跳ぶ、飛び越える）の障害、股関節屈筋の短縮につながる可能性のある腰椎脊柱前弯過度、全体的姿勢及び／又は歩き方、足の踏み出し方又は走り方の異常、アキレス腱及び膝腱の筋拘縮が機能を損なう、進行性の歩行困難、筋線維の変形、舌及び腓筋の仮性肥大（腫大）、脳内ジストロフィンの消失又は機能不全の結果であると考えられている神経行動障害（例えば、ＡＤＨＤ）、学習障害（例えば、失読症）及び特定の認知技能（例えば、短期言語記憶）の非進行性の低下のリスク上昇、最終的な歩行能力の喪失（通常は１２歳までに喪失）、骨格変形（ある場合には脊柱側彎症を含む）及び臥位又は座位からの起立困難である。
一部の実施形態において、ベッカー型筋ジストロフィー（ＢＭＤ）は、報告によると、短くなった、しかしインフレームであるＤＭＤ転写物を生じる結果、トランケートされているが部分的には機能性の１つ又は複数のタンパク質の産生をもたらす突然変異によって引き起こされる。かかる部分的に機能性の１つ又は複数のタンパク質は、決定的に重要なアミノ末端、システインリッチ及びＣ末端ドメインを保持しているが、通常、機能的意義が低いと報告される中心桿状ドメインのエレメントを欠いていることが報告された。England et al. 1990 Nature, 343, 180-182。
一部の実施形態において、ＢＭＤ表現型の範囲は、突然変異の詳細及びジストロフィンの産生レベルに応じて軽度ＤＭＤから事実上無症候にまで及ぶ。Yin et al. 2008 Hum. Mol. Genet. 17: 3909-3918。
一部の実施形態において、アウトオブフレーム突然変異を有するジストロフィー患者は、概して、重症度の高いデュシェンヌ型筋ジストロフィーと診断され、インフレーム突然変異を有するジストロフィー患者は、概して、重症度の低いベッカー型筋ジストロフィーと診断される。しかしながら、インフレーム欠失を有する患者の少数は、エクソン４７～５１、４８～５１及び４９～５３の欠失など、ヒンジ領域の一部をコードするエクソン５０又は５１を始端又は終端とする欠失突然変異を有する患者を含め、デュシェンヌ型筋ジストロフィーと診断される。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、同じエクソン欠失が存在するにも関わらず疾患重症度に患者間変動がある点が、報告によれば、ｍＲＮＡスプライシング効率及び／又はパターン；ゲノム再配列後の翻訳又はＤＭＤ転写効率；及びトランケート型タンパク質構造の安定性又は機能に及ぼす具体的な欠失区切り点の効果に関係し得ることを指摘しておく。Yokota et al. 2009 Arch. Neurol. 66: 32。
筋ジストロフィーの治療としてのエクソンスキッピング
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療は、ジストロフィン（ＤＭＤ）エクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの使用を含む。一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィーを治療する方法を提供し、この方法は、それに罹患している又はそれに罹り易い対象に、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む。特に、とりわけ、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド／キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物が、予想外にも、他の点で同一の、しかしキラル制御されていないＤＭＤオリゴヌクレオチド／オリゴヌクレオチド組成物と比較してエクソンスキッピングの調節に有効であることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドへの１つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合の取込みが送達及び／又は全体的なエクソンスキッピング効率を大きく改良し得ることを実証する。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの使用を利用し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する（例えば、指図する）能力を有する。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、突然変異（例えば、フレームシフト、挿入、欠失、ミスセンス若しくはナンセンス突然変異又は他の突然変異）を含むエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、ここで、エクソンがスキップされたｍＲＮＡの翻訳により、トランケートされているが機能性の（又はほぼ機能性の）ＤＭＤタンパク質が生じる。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物は、中枢神経系のジストロフィン関連障害の治療に有用である。一部の実施形態において、本開示は、中枢神経系のジストロフィン関連障害を治療する方法に関し、ここで、この方法は、中枢神経系のジストロフィン関連障害に罹患している患者に治療有効量のＤＭＤオリゴヌクレオチドを投与するステップを含む。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、中枢神経系のジストロフィン関連障害に罹患している患者に対して中枢神経系外（非限定的な例として、静脈内又は筋肉内）に投与され、このＤＭＤオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を通過して中枢神経系に入り込む能力を有する。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは中枢神経系に直接（非限定的な例として、髄腔内、脳室内、頭蓋内等の送達により）投与される。
一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害又はその症状は、知能低下、長期記憶低下、短期記憶低下、言語機能障害、てんかん、自閉症スペクトラム障害、注意欠陥多動障害（ＡＤＨＤ）、強迫性障害、学習障害、行動障害、脳容積の低下、灰白質容積の低下、低い白質異方性度、高い白質半径方向拡散率、頭蓋形状の異常又は海馬、淡蒼球、尾状核被殻、視床下部、前交連、中脳水道周囲灰白質、内包、扁桃、脳梁、中隔核、側坐核、海馬采、脳室若しくは中脳視床の容積若しくは構造の有害な変化のいずれか１つ以上であり得る。一部の実施形態では、筋ジストロフィーの筋肉関連症状を呈する患者が、中枢神経系のジストロフィン関連障害の症状も呈する。
一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害は、完全長ジストロフィン又は限定はされないが、Ｄｐ２６０、Ｄｐ１４０、Ｄｐ１１６、Ｄｐ７１又はＤｐ４０を含めたジストロフィンの小型アイソフォームなど、ジストロフィン遺伝子の遺伝子産物のレベル、活性、発現及び／又は分布の異常に関係し、それを伴い、及び／又はそれによって引き起こされる。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、中枢神経系のジストロフィン関連障害の１つ以上のシステムの改善のために、筋ジストロフィー患者の中枢神経系に投与される。一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害は、完全長ジストロフィン又は限定はされないが、Ｄｐ２６０、Ｄｐ１４０、Ｄｐ１１６、Ｄｐ７１又はＤｐ４０を含めたジストロフィンの小型アイソフォームなど、ジストロフィン遺伝子の遺伝子産物のレベル、活性、発現及び／又は分布の異常に関係し、それを伴い、及び／又はそれによって引き起こされる。一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害に罹患している患者にＤＭＤオリゴヌクレオチドを投与することにより、ジストロフィン遺伝子の遺伝子産物のレベル、活性及び／又は発現が増加し、及び／又は分布が改良される。
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンプレｍＲＮＡスプライシングを調節する技術であって、それによってエクソン５１が切り出されて突然変異が除去される技術を提供する。
一部の実施形態において、ＤＭＤ患者では、ＤＭＤ遺伝子は、突然変異を含むエクソンを含み、この障害は、少なくとも部分的にＤＭＤエクソン５１のスキッピングにより治療される。
一部の実施形態において、ＤＭＤ患者では、ＤＭＤ遺伝子又はＤＭＤ転写物が１つ又は複数のエクソンに突然変異を有し、この突然変異は、ミスセンス又はナンセンス突然変異及び／又は欠失、挿入、逆位、転座若しくは重複である。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、ＤＭＤのエクソン（例えば、エクソン５１）がスキップされ、ここで、このエクソンは、ＤＭＤタンパク質機能に必須でない一連のアミノ酸をコードするか、又はそのスキッピングは、完全に又は少なくとも部分的に機能性のＤＭＤタンパク質をもたらし得る。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、それにより作り出されるｍＲＮＡは、人工的な内部トランケート型ＤＭＤタンパク質変異体に翻訳され得るものであり、それは、少なくとも部分的に改良された又は完全に回復した生物学的活性をもたらす。
一部の実施形態において、エクソン５１がスキップされたジストロフィンＤＭＤ転写物から産生される内部トランケート型ＤＭＤタンパク質変異体は、アウトオブフレーム欠失を有するジストロフィンＤＭＤ転写物から産生される末端トランケート型ＤＭＤタンパク質と比べて機能性が高い。
一部の実施形態において、エクソン５１がスキップされたジストロフィンＤＭＤ転写物から産生される内部トランケート型ＤＭＤタンパク質変異体は、例えば、アウトオブフレーム欠失を有するジストロフィンＤＭＤ転写物から産生される末端トランケート型ＤＭＤタンパク質を分解し得るナンセンス変異依存分解機構に対する耐性が高い。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの使用を利用し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、本開示は、エクソンスキッピング戦略の設計にＤＭＤ突然変異の性質及び位置を利用し得るという認識を包含する。一部の実施形態において、ＤＭＤ患者がエクソンに突然変異を有する場合、その突然変異エクソンのスキッピングにより、内部的にトランケートされた（内部的に短くなった）が、少なくとも部分的に機能性のＤＭＤタンパク質変異体が産生され得る。
一部の実施形態において、ＤＭＤ患者は、例えば、スプライシングに必要な部位を不活性化することによるか、又は潜在部位を活性化し、そのためそれがスプライシングに際して活性になることによるか、又は代替的な（例えば、非天然の）スプライス部位を作り出すことによってＤＭＤ転写物のスプライシングを変化させる突然変異を有する。一部の実施形態において、かかる突然変異は、低活性又は不活性のタンパク質の産生を引き起こす。一部の実施形態において、スプライシング調節、例えばエクソンスキッピング、かかる突然変異の抑制等を用いると、例えば適切なスプライシングの回復による活性が回復したタンパク質の産生又は活性が改良された若しくは回復した内部トランケート型ジストロフィンタンパク質変異体の産生等により、かかる突然変異の効果を除去又は低減することができる。
一部の実施形態において、リーディングフレームを回復させると、アウトオブフレーム突然変異をインフレーム突然変異に変換することができる；一部の実施形態において、ヒトでは、かかる変化により、重度のデュシェンヌ型筋ジストロフィーをより軽度のベッカー型筋ジストロフィーに変えることができる。
一部の実施形態において、ＤＭＤ患者又はＤＭＤを有する疑いがある患者は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にＤＭＤ遺伝子型に関して分析される。
一部の実施形態において、ＤＭＤ患者又はＤＭＤを有する疑いがある患者は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にＤＭＤ表現型に関して分析される。
一部の実施形態において、ＤＭＤ患者は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にＤＭＤ遺伝子型及びＤＭＤ表現型の関係を決定するため遺伝子型及び表現型に関して分析される。
一部の実施形態において、患者は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にジストロフィーを有することが遺伝的に確認される。
一部の実施形態において、ＤＭＤ遺伝子型の分析又はＤＭＤ若しくは患者の遺伝的確認は、患者がＤＭＤに１つ以上の有害な突然変異を有するかどうかを決定することを含む。
一部の実施形態において、ＤＭＤ遺伝子型の分析又はＤＭＤ若しくは患者の遺伝的確認は、患者がＤＭＤに１つ以上の有害な突然変異を有するかどうかを決定すること、及び／又はＤＭＤスプライシングを分析すること、及び／又はＤＭＤのスプライス変異体を検出することを含み、ここで、スプライス変異体は、異常なＤＭＤスプライシングによって産生される。
一部の実施形態において、ＤＭＤ遺伝子型の分析又はＤＭＤの遺伝的確認は、治療に有用なＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の選択に関する情報を与える。
一部の実施形態では、異常な又は突然変異体のＤＭＤ遺伝子又はその一部分が患者又は患者の１つ又は複数の細胞又は１つ又は複数の組織から除去又はコピーされ、異常な若しくは突然変異体のＤＭＤ遺伝子又は異常若しくは突然変異を含むその一部分若しくはそのコピーが細胞に挿入される。一部の実施形態では、この細胞を使用して、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む様々な組成物を試験することにより、かかる組成物が患者にとって治療として有用となり得るかどうかを予測することができる。一部の実施形態において、細胞は筋芽細胞又は筋細管である。
一部の実施形態において、個体又は患者は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドによる治療前、ＤＭＤの１つ以上のスプライス変異体を産生し得、多くの場合に各変異体が極めて低レベルで産生される。一部の実施形態では、任意の適切な方法を用いることにより、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの投与前、投与中又は投与後に患者において低レベルのスプライス変異体が産生されていることを検出し得る。
一部の実施形態において、患者及び／又はその組織は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前に、ＤＭＤ遺伝子の様々なスプライシング変異体の産生に関して分析される。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド（例えば、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有するＤＭＤオリゴヌクレオチド）の設計方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は本明細書に記載される合理的設計及び任意選択でシーケンスウォークを利用して、例えば１つ以上のアッセイ及び／又は条件におけるエクソンスキッピングの試験のためのＤＭＤオリゴヌクレオチドを設計する。一部の実施形態では、所与の生体システムの様々な情報を用いることを含め、合理的設計後に効果的なＤＭＤオリゴヌクレオチドが開発される。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの開発方法では、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の潜在的なスプライシング関連モチーフにアニールするように設計され、次にエクソンスキッピングを媒介するその能力が試験される。
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を評価する例示的技術
本開示において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性の評価には、例えば、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０１５５７５号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号等、様々な技術を利用することができる。
例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、エクソンスキッピングを媒介するその能力に関して、本開示に係るインビトロ及びインビボアッセイを含めた様々なアッセイで判定することができる。インビトロアッセイは、限定はされないが、Δ４８－５０患者由来筋芽細胞を含め、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の様々な試験細胞で実施することができる。インビボ試験は、限定はされないが、マウス、ラット、ネコ、ブタ、イヌ、サル又は非ヒト霊長類を含め、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の試験動物で実施することができる。
非限定的な例として、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの特性／活性を評価するための幾つものアッセイを以下に記載する。様々な他の好適なアッセイが利用可能であり、エクソンスキッピング用に設計されるのでないＤＭＤオリゴヌクレオチドのものを含め、ＤＭＤオリゴヌクレオチド特性／活性の評価に利用し得る（例えば、標的ＤＭＤ転写物レベルの低下にＲＮアーゼＨが関わり得るＤＭＤオリゴヌクレオチドについては、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０１５５７５号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号等に記載されるアッセイ）。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、エクソン５１のスキッピングを媒介するその能力に関してジストロフィンＲＮＡで判定することができ、これは、非限定的な例として、ネステッドＰＣＲ、ｑＲＴ－ＰＣＲ及び／又はシーケンシングを用いて試験することができる。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、タンパク質の回復（例えば、スキップされたエクソンにコードされるコドンに対応するアミノ酸を欠く内部トランケート型ジストロフィンタンパク質変異体の産生、これは、エクソンスキッピング前に産生されるタンパク質（存在する場合）と比較して改良された機能を有する）を媒介するその能力に関して判定することができ、これは、ウエスタンブロット、免疫染色等、幾つものタンパク質検出及び／又は定量化方法によって判定することができる。ジストロフィンに対する抗体は、市販されているか、又は必要に応じて所望の目的に合わせて開発することができる。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、回復した安定タンパク質の産生を媒介するその能力に関して判定することができる。回復したタンパク質の安定性は、非限定的な例では、血清及び組織安定性に関するアッセイで試験することができる。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、アルブミンなどのタンパク質と結合するその能力に関して判定することができる。例示的な関連技術としては、例えば、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０１５５７５号等に記載されるものが挙げられる。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、免疫活性に関して、例えばサイトカイン活性化、補体活性化、ＴＬＲ９活性等に関するアッセイを通じて判定することができる。例示的な関連技術としては、例えば、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０１５５７５号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号等に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの有効性は、例えば、インシリコ解析及び予測、無細胞抽出物、人工的コンストラクトをトランスフェクトした細胞、ヒトジストロフィントランス遺伝子又はその一部分を有するマウスなどの動物、正常な及びジストロフィー性のヒト筋原細胞株及び／又は臨床試験で試験することができる。正常な及びジストロフィー性のヒト筋原細胞株は時に、一定の条件下で異なる有効性結果を生じ得るため、２つ以上のアッセイを利用することが望ましい場合もある（Mitrpant et al. 2009 Mol. Ther. 17: 1418）。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビトロで細胞において試験することができる。一部の実施形態において、細胞におけるインビトロでの試験は、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドのジムノシスによる送達又はデリバリー剤又はトランスフェクタントを使用した送達を伴い、これらの多くは当技術分野において公知であり、本開示において利用し得る。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビトロで正常ヒト骨格筋細胞（ｈＳｋＭＣ）において試験することができる。例えば、Arechavala et al. 2007 Hum. Gene Ther. 18: 798-810を参照されたい。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤ患者からの筋外植片で試験することができる。ＤＭＤ患者からの筋外植片については、例えば、Fletcher et al. 2006 J. Gene Med. 8: 207-216；McClorey et al. 2006 Neur. Dis. 16: 583-590；及びArechavala et al. 2007 Hum. Gene Ther. 18: 798-810に報告されている。
一部の実施形態において、細胞は、ＤＭＤ患者からの培養筋細胞であるか又はそれを含む。例えば、Aartsma-Rus et al. 2003 Hum. Mol. Genet. 8: 907-914を参照されたい。
一部の実施形態において、個別のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ある状況下では、エクソン５１をスキップするその能力について実験間変動を示し得る。一部の実施形態において、個別のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、いずれの細胞が使用されるか、成長条件及び他の実験要因に応じて、１つ又は複数のエクソン５１をスキップするその能力について変動を示し得る。変動を制御するため、典型的には試験しようとするＤＭＤオリゴヌクレオチド及び対照ＤＭＤオリゴヌクレオチドが同じ又は実質的に同じ条件下で評価される。
インビトロ実験には、患者由来筋芽細胞で行われるものも含まれる。かかる実験の特定の結果は本明細書に記載した。特定のかかる実験では、細胞を骨格成長培地において培養して、細胞を分裂／未熟筋芽細胞状態に保った。次に培地を「分化」培地（インスリン及び２％ウマ血清を含有する）に交換し、同時に投与のため培地中のＤＭＤオリゴヌクレオチドをスパイクした。細胞は、それが好適な期間、例えばＲＮＡ実験について合計４日及びタンパク質実験について６日にわたって投与を受けるにつれ筋管に分化した（かかる条件は「０日間前分化」（ＲＮＡについて０日＋４日、タンパク質について０日＋６日）として参照される）。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドが成熟筋管に入り込み、その細胞並びに「未熟」細胞においてスキッピングを誘導可能かどうかが分かっていることが望ましい場合もあることを指摘しておく。一部の実施形態において、本開示は、筋管におけるＤＭＤオリゴヌクレオチドの効果を試験するアッセイを提供した。一部の実施形態では、「０日間前分化」と異なる投薬スケジュールを使用しており、ここで、筋芽細胞を分化培地で数日間（４日又は７日又は１０日）にわたって筋管に予め分化させ、次にＤＭＤオリゴヌクレオチドを投与した。特定の関連するプロトコルについては実施例１９に記載する。
一部の実施形態において、本開示は、前分化実験において、投与前に細胞を分化培地で培養した日数に関わらず、ＤＭＤオリゴヌクレオチド（ＰＭＯであるものを除く）が通常、ほぼ同じレベルのＲＮＡスキッピング及びジストロフィンタンパク質回復をもたらすことを実証した。一部の実施形態において、本開示は、筋芽細胞及び筋管に入り込み、そこで活性となることが可能であり得るＤＭＤオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビトロでΔ４５－５２ ＤＭＤ患者細胞（Ｄ４５－５２又はｄｅｌ４５－５２とも称される）又はΔ５２ ＤＭＤ患者細胞（Ｄ５２又はｄｅｌ５２とも称される）において０、４又は７日の前分化を伴い試験される。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、非哺乳類及び哺乳類モデルを含め；非限定的な例として、線虫属（Caenorhabditis）、ショウジョウバエ属（Drosophila）、ゼブラフィッシュ、マウス、ラット、ネコ、イヌ及びブタを含め、様々な動物モデルのいずれか１つ以上で試験することができる。例えば、McGreevey et al. 2015 Dis. Mod. Mech. 8: 195-213にあるレビューを参照されたい。
ｍｄｘマウスの例示的な使用が、例えば、Lu et al. 2003 Nat. Med. 9: 1009；Jearawiriyapaisarn et al. 2008 Mol. Ther., 16, 1624-1629；Yin et al. 2008 Hum. Mol. Genet., 17, 3909-3918；Wu et al. 2009 Mol. Ther., 17, 864-871；Wu et al. 2008 Proc. Natl Acad. Sci. USA, 105, 14814-14819；Mann et al. 2001 Proc. Nat. Acad. Sci. USA 98: 42-47；及びGebski et al. 2003 Hum. Mol. Gen. 12: 1801-1811に報告されている。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドの有効性は、ゴールデン・レトリバー筋ジストロフィー（ＧＲＭＤ）動物モデルなど、イヌで試験することができる。Lu et al. 2005 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:198-203；Alter et al. 2006 Nat. Med. 12:175-7；McClorey et al. 2006 Gene Ther. 13:1373-81；及びYokota et al. 2012 Nucl. Acid Ther. 22: 306。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、様々な組織（例えば、骨格筋、心筋及び／又は横隔膜筋）への効率的な送達に関して試験動物においてインビボで判定することができる；これは、非限定的な例において、ハイブリダイゼーションＥＬＩＳＡ及び動物組織における分布に関する試験によって試験することができる。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、血漿ＰＫに関して試験動物においてインビボで判定することができる；これは、非限定的な例として、ＡＵＣ（曲線下面積）及び半減期をアッセイすることにより試験され得る。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビボで試験動物の筋肉への筋肉内投与によって試験することができる。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビボで試験動物の腓腹筋への筋肉内投与によって試験することができる。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビボでマウスの腓腹筋への筋肉内投与によって試験することができる。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、インビボで、ヒトジストロフィン遺伝子座全体がトランスジェニックのマウスモデルの腓腹筋への筋肉内投与によって試験することができる。例えば、Bremmer-Bout et al. 2004 Mol. Ther. 10, 232-240を参照されたい。
ＤＭＯ ＤＭＤオリゴヌクレオチドの有効性を判定するために実施することのできる追加の試験としては、中心核線維数及びジストロフィン陽性線維数及び機能性握力分析が挙げられる。非限定的な例として、Yin et al. 2009 Hum. Mol. Genet. 18: 4405-4414に報告される実験プロトコルを参照されたい。
ＤＭＤオリゴヌクレオチドの追加の試験方法としては、非限定的な例として、Kinali et al. 2009 Lancet 8: 918；Bertoni et al. 2003 Hum. Mol. Gen. 12: 1087-1099に報告される方法が挙げられる。
オリゴヌクレオチド及び組成物の特定の実施例
一部の実施形態において、本開示は、様々な目的、例えばスキッピングの調節、ＤＭＤ転写物のレベルの低減、有益なタンパク質のレベルの改良、病態、疾患及び障害の治療等に有用なＤＭＤオリゴヌクレオチド及び／又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、改良された特性、例えばエクソン５１の増加したスキッピング、低下した毒性等を備えるＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。とりわけ、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの様々な特性及び活性を改良することのできる化学修飾、立体化学及び／又はこれらの組み合わせを含む。非限定的な例を表Ａ１に挙げる。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプは、表Ａ１のＤＭＤオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン及び骨格リン修飾のパターンによって定義されるとおりのタイプであり、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合（「立体化学／結合」中の少なくとも１つのＲ又はＳ）を含む。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書、例えば表Ａ１に記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドに関する。
以下の表において、「ＩＤ」は、識別情報又はオリゴヌクレオチド番号を示し；及び「説明」は、修飾配列を示す。
Figure 2022513719000008
Figure 2022513719000009
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表Ａ１では、スペースを利用して体裁を整え、読み易さを図っており、例えばＯＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸは、ＯＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸと同じ立体化学を示し；＊Ｓ及び＊Ｓは、両方とも結合リンがＳｐ配置を有するホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を示す等である。
表Ａ１に挙げられるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、すべて一本鎖である。本願に記載されるとおり、これらは、一本鎖として使用され得るか、又は１つ以上の他の鎖と複合体を形成する鎖として使用され得る。
一部の配列は、その長さに起因して複数行に分割している。
当業者が理解するとおり、ヌクレオシド単位は、未修飾であり、（例えば、ｒ、ｍ、ｍ５、ｅｏなどで）特に示されない限り、未修飾の核酸塩基及び２’－デオキシ糖（２つの２’－Ｈ）を含み；結合は、特に示されない限り、天然リン酸結合であり；及び酸性／塩基性基は、独立に、それらの塩形態で存在し得る。
ＩＤ：オリゴヌクレオチドの識別番号
ＷＶ－１３４０５、ＷＶ－１３４０６及びＷＶ－１３４０７は、完全ＰＭＯ（モルホリノオリゴヌクレオチド）である。
ｎ００１：非負電荷結合
Figure 2022513719000030
（これは、（例えば、ｎ００１Ｒ又はｎ００１Ｓのように）特に指示されない限りステレオランダムである）；
ｎ００１Ｒ：キラル制御されていて、且つＲｐ配置を有するｎ００１；
ｎ００１Ｓ：キラル制御されていて、且つＳｐ配置を有するｎ００１；
ｎＸ：「結合／立体化学」中、ｎＯ又はｎＸは、ステレオランダムなｎ００１を示す；
ｎＲ：「結合／立体化学」中、ｎＲは、キラル制御されていて、且つＲｐ配置を有するｎ００１を示す；
ｎＳ：「結合／立体化学」中、ｎＳは、キラル制御されていて、且つＳｐ配置を有するｎ００１を示す；
Ｆ、ｆ：後ろに続くヌクレオシド上の２’－Ｆ修飾（例えば、ｆＡ（
Figure 2022513719000031
式中、ＢＡは核酸塩基Ａである））；
ｍ：後ろに続くヌクレオシド上の２’－ＯＭｅ修飾（例えば、ｍＡ（
Figure 2022513719000032
式中、ＢＡは核酸塩基Ａである））；
＊、ＰＳ：ホスホロチオエート；
＊Ｒ、Ｒ、Ｒｐ：Ｒｐ配座のホスホロチオエート；
＊Ｓ、Ｓ、Ｓｐ：Ｓｐ配座のホスホロチオエート；
Ｘ：ステレオランダムなホスホロチオエート；
Ｏ、ＰＯ：リン酸ジエステル（リン酸）。２つのヌクレオシド単位間にインターヌクレオチド結合が指定されない場合、そのインターヌクレオチド結合は、リン酸ジエステル結合（天然リン酸結合）である。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、表Ａ１に挙げられるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、本開示は、複数の提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる組成物（例えば、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。一部の実施形態において、複数のすべてのＤＭＤオリゴヌクレオチドが同じタイプであり、即ちすべてが同じ塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する。一部の実施形態において、同じタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドは、すべて構造的に同一である。一部の実施形態において、提供される組成物は、複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプのＤＭＤオリゴヌクレオチドを、典型的には制御された量で含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上の提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。
一部の実施形態において、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、その複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドの配列は、表Ａ１に挙げられる塩基配列を含むか又はそれからなる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表Ａ１に記載される配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵＧであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧＧＵＵであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＧＵＡＣＣＵＣＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＵＧＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基配列は、ＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧであるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００１１である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００５２である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００５９である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７２である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７３である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７４である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７５である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７６である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００９６である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００９７である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２０１０１である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２０１１９である。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００１１のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００５２のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００５９のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７２のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７３のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７４のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７５のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７６のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００９６のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００９７のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２０１０１のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２０１１９のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００１１のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００５２のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００５９のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７２のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７３のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７４のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７５のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００７６のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００９６のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２００９７のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２０１０１のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤオリゴヌクレオチドＷＶ－２０１１９のキラル制御された組成物を提供する。
本明細書に記載されているとおり、一部の実施形態において、本開示は、エクソンスキッピング、例えばエクソン５１スキッピングに適している病態、障害又は疾患（例えば、ＢＭＤ、ＤＭＤなど）を予防及び／又は治療するのに有用なオリゴヌクレオチド及び組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、薬学的に許容可能な組成物など）を提供する。一部の実施形態において、本開示は、エクソンスキッピング、例えばエクソン５１スキッピングに適した病態、障害又は疾患（例えば、ＢＭＤ、ＤＭＤなど）を予防及び／又は治療するための方法を提供し、この方法は、それに罹患しやすい又はそれに罹患した対象に、治療有効量のオリゴヌクレオチド若しくはその薬学的に許容可能な塩又は組成物を投与することを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、様々な形態のオリゴヌクレオチドを含む組成物、例えば緩衝系中にオリゴヌクレオチドの１つ又は複数の溶解した酸形態及び／又は１つ又は複数の塩形態を含む液体組成物で投与することができる。一部の実施形態において、塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５８２又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６５又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６８又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６１又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５７６又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６７又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６９又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５８３又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６２又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５７８又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５８０又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５７３又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６３又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６４又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、高いジアステレオ純度、例えば１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％であるか又はそれを超える。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも１０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも２０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも３０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも４０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも５０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも６０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも７０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも８０％である。一部の実施形態において、ジアステレオ純度は、少なくとも９０％である。
本明細書に記載されているとおり、一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチド（例えば、少なくとも約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又はそれを超える）は、それぞれ独立に、単一のオリゴヌクレオチド又はその塩の構造を有する。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、あるレベルの、組成物中の共通の塩基配列を共有するすべてのオリゴヌクレオチド（例えば、少なくとも約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又はそれを超える）は、それぞれ独立に、単一のオリゴヌクレオチド又はその塩の構造を有する。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも１０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも２０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも３０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも４０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも５０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも６０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも７０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも８０％である。一部の実施形態において、レベルは、少なくとも９０％である。一部の実施形態において、各塩は、独立に、薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５８２である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６５である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６８である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６１である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５７６である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６７である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６９である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５８３である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６２である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５７８である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５８０である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５７３である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６３である。一部の実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－３１５６４である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、様々な形態（例えば、酸形態及び／又は１つ若しくは複数の薬学的に許容可能な塩形態）で存在し得る治療有効量の単一のオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物である。一部の実施形態において、医薬組成物は、本明細書に記載されているとおりの薬学的に許容可能な担体及び他の成分をさらに含み得る。一部の実施形態において、医薬組成物は、液体組成物、例えば１つ又は複数の溶解したオリゴヌクレオチドを含む、適切なｐＨ（例えば、約７、約７～８、約７．４など）を有する緩衝液である。
一部の実施形態において、かかる提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御され得、複数のそのオリゴヌクレオチドを含み、ここで、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個又はそれを超える）のインターヌクレオチド結合がキラル制御されている。一部の実施形態において、各キラルインターヌクレオチド結合が独立にキラル制御されている。一部の実施形態において、キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、表Ａ１の「結合／立体化学」に示されるとおりのＳ、Ｒ、ｎＲ又はｎＳのものである。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００１１である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００５２である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００５９である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７２である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７３である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７４である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７５である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００７６である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００９６である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２００９７である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２０１０１である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤエクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＷＶ－２０１１９である。
一部の実験では、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、意外にも、例えばドリサペルセン及び／又はエテプリルセンと比較したときにエクソン５１の高いスキッピングを提供することができる。例えば、様々なキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、各々が、ドリサペルセン及び／又はエテプリルセンと比較して、ジストロフィンにおけるエクソン５１のスキッピングを媒介する優れた能力を示し、一部の実施形態では何倍も高かった。特定のデータを本開示に例として提供する。
一部の実施形態において、マウスにおいて例示的ＤＭＤオリゴヌクレオチドをアッセイするとき、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは雄Ｃ５７ＢＬ／１０ＳｃＳｎｄｍｄｍｄｘマウス（４～５週齢）の尾静脈に、被験量、例えば１０ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ等で静脈内注射される。一部の実施形態において、注射後の被験時点、例えば２、７及び／又は１４日目等の例えば日数で組織が回収され、一部の実施形態では、液体窒素中に新鮮凍結されて、分析時まで－８０℃で保存される。
本開示では、様々なアッセイを用いてＤＭＤオリゴヌクレオチドレベルを評価することができる。一部の実施形態では、ハイブリッドＥＬＩＳＡを用いて、被験物質段階希釈を標準曲線として使用して組織中のＤＭＤオリゴヌクレオチドレベルが定量化される：例えば、例示的手順では、無水マレイン酸で活性化した９６ウェルプレート（Pierce 15110）を５０μｌの捕捉プローブによって２．５％ＮａＨＣＯ３（Gibco、25080-094）中５００ｎＭで３７℃において２時間コートした。このプレートを次にＰＢＳＴ（ＰＢＳ＋０．１％Tween-20）で３回洗浄し、５％無脂肪乳－ＰＢＳＴで３７℃において１時間ブロックした。被験物質ＤＭＤオリゴヌクレオチドをマトリックス中に段階希釈した。この標準を元の試料と共に溶解緩衝液（４Ｍグアニジン；０．３３％Ｎ－ラウリルサルコシン；２５ｍＭクエン酸ナトリウム；１０ｍＭ ＤＴＴ）で希釈し、すべての試料中のＤＭＤオリゴヌクレオチド量が１００ｎｇ／ｍＬ未満となるようにした。２０μｌの希釈試料と、ＰＢＳＴ中に希釈した１８０μｌの３３３ｎＭ検出プローブとを混合し、次にＰＣＲ機で変性させた（６５℃、１０分、９５℃、１５分、４Ｃ ∞）。５０μｌの変性試料を、ブロックしたＥＬＩＳＡプレートにトリプリケートで分配し、４℃で一晩インキュベートした。ＰＢＳＴで３回洗浄した後、ＰＢＳＴ中の１：２０００ストレプトアビジン－ＡＰをウェル当たり５０μｌで加え、室温で１時間インキュベートした。大量のＰＢＳＴで洗浄した後、１００μｌのAttoPhos（Promega S1000）を加え、暗所下室温で１０分間インキュベートし、プレートリーダー（Molecular Device、M5）蛍光チャンネル：Ｅｘ４３５ｎｍ、Ｅｍ５５５ｎｍで読み取った。試料中のオリゴヌクレオチドを標準曲線に基づき４パラメータ回帰式によって計算した。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは血漿及び組織ホモジネートの両方で安定している。
エクソン５１のエクソンスキッピングのための例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤ（例えば、マウス、ヒト等の）におけるエクソン５１のスキッピングを媒介するためのＤＭＤオリゴヌクレオチド、ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び／又は組成物は、エクソン５１のスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態では、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物の非限定的な例としては、ＷＶ－２００１１、ＷＶ－２００５２、ＷＶ－２００５９、ＷＶ－２００７２、ＷＶ－２００７３、ＷＶ－２００７４、ＷＶ－２００７５、ＷＶ－２００７６、ＷＶ－２００９６、ＷＶ－２００９７、ＷＶ－２０１０１及びＷＶ－２０１１９のもの並びにこれらのＤＭＤオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも１５隣接塩基を含む塩基配列を有する他のＤＭＤオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態において、エクソン５１スキッピングの目的の領域の配列はマウスとヒトとの間で異なる。
本開示では、エクソンスキッピングに関するＤＭＤオリゴヌクレオチドの評価に様々なアッセイを利用することができる。一部の実施形態において、ヒトにおけるエクソン５１スキッピングが意図されるＤＭＤオリゴヌクレオチドの特定の組み合わせの化学及び立体化学の有効性を試験するため、マウス配列を有する対応するＤＭＤオリゴヌクレオチドを調製し、次にマウスで試験することができる。本開示は、エクソン５１のヒト及びマウスホモログに数個の違いが存在することを認識する（以下の下線箇所）。
Figure 2022513719000033
ここで、Ｍはマウスのｎｔ７５７１～７６３０であり；及びＨはヒトのｎｔ７６６５～７７２４である。
これらの違いにより、マウス及びヒトでの試験用には、エクソン５１のスキッピングに関して僅かに異なるＤＭＤオリゴヌクレオチドが調製され得る。非限定的な例として、ヒト及びマウスでの試験に以下のＤＭＤオリゴヌクレオチド配列を使用することができる。
Figure 2022513719000034
Figure 2022513719000035
ヒトとマウスの間のミスマッチは下線で示す。
ヒト対象の治療を意図するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、塩基配列（例えば、
Figure 2022513719000036
）と、特定のパターンの化学、インターヌクレオチド結合、立体化学及び追加の化学的部分（存在する場合）との特定の組み合わせで構築することができる。かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドはインビトロでヒト細胞において又はインビボでヒト対象において試験することができ、しかし、例えば２つの塩基配列にミスマッチがあるため、マウスでの試験については、適合性が限られていることもある。
対応するＤＭＤオリゴヌクレオチドは、対応するマウス塩基配列
Figure 2022513719000037
並びに同じパターンの化学、インターヌクレオチド結合、立体化学及び追加の化学的部分（存在する場合）で構築することができる。かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、マウスにおいてインビボで試験することができる。マウス塩基配列を含む幾つかのＤＭＤオリゴヌクレオチドを構築し、試験した。
一部の実施形態において、ヒトＤＭＤエクソンスキッピングＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ヒト配列を含むＤＭＤ遺伝子を含むように修飾されたマウスにおいて試験することができる。
様々な修飾パターンを含む様々なＤＭＤオリゴヌクレオチドが本明細書に記載される。以下の表は、特定のＤＭＤオリゴヌクレオチドの試験結果を示す。概して、数字はスキッピング量を示し、ここで、特に指示されない限り、１００であれば１００％のスキッピングを示し、０であればスキッピングがないことを示す。ＤＭＤのエクソンスキッピングをアッセイするため、Δ５２ヒト患者由来筋芽細胞及び／又はΔ４５－５２ヒト患者由来筋芽細胞（エクソン５２又はエクソン４５～５２が既に欠失したヒト細胞）においてＤＭＤオリゴヌクレオチドをインビトロで試験した。特に注記しない限り、様々な実験において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドはジムノシスにより送達した。
Figure 2022513719000038
Figure 2022513719000039
Figure 2022513719000040
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Figure 2022513719000042
ＤＭＤ転写物においてエクソン５１のスキッピングを誘導することが示されている様々なオリゴヌクレオチドを、対応する内部的にトランケートされたＤＭＤタンパク質の産生を促進するそれらの能力についてさらに試験した。実験では、抗ジストロフィン抗体（Abcam, Cambridge, MA）によって認識され、且つエクソン５１がスキップされたＤＭＤ転写物の転写によって理論的に生成されるサイズに対応するサイズのタンパク質の生成を測定した。実験は、５μＭのオリゴヌクレオチドによって裸で処理し、７日間処理したδ４８－５０細胞でインビトロにおいて行った。オリゴヌクレオチドＷＶ－３１５２（５μＭ）は、野生型（健康な）ヒト不死化筋芽細胞で観察された野生型ジストロフィンレベルに正規化すると、１８％の内部的にトランケートされたＤＭＤタンパク質を産生し；ＷＶ－１５８６０（５μＭ）では３１％であった。
Figure 2022513719000043
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Figure 2022513719000065
ＤＭＤオリゴヌクレオチド、その活性、その合成及び使用並びに他の態様に関連する追加情報は、国際公開第２０１９／２００１８５号及び同第２０１９／２１７７８４号で得ることができ、そのＤＭＤオリゴヌクレオチドは、参照により本明細書に援用される。
オリゴヌクレオチド及び組成物の例示的調製方法
とりわけ、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチドヌクレオチドを含め、オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製するための技術（方法、試薬、条件、精製方法等）を提供する。本開示に係る提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物の調製には、限定はされないが、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の調製技術は、参照により本明細書に援用される）に記載されるものを含め、本明細書に記載されるとおりの様々な技術（方法、試薬、条件、精製方法等）を利用することができる。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは５０％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約５５％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約６０％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約６５％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約７０％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約７５％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約８０％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約８５％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９０％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９１％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９２％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９３％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９４％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９５％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９６％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９７％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９８％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９９％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９９．５％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９９．６％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９９．７％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９９．８％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは約９９．９％を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは少なくとも約９９％を上回る純度である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、例えばキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、単一のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。特定の実施形態において、かかる組成物は約５０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約５０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約５０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約５５％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約６０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約６５％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約７０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約７５％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約８０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約８５％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９０％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９１％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９２％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９３％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９４％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９５％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９６％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９７％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９８％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９９％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９９．５％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９９．６％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９９．７％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９９．８％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約９９．９％のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は少なくとも約９９％のジアステレオ純度である。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドの立体選択的な（ステレオランダム又はラセミ体でない）調製についての課題を認識する。とりわけ、本開示は、多重の（例えば、５、６、７、８、９又は１０個以上の）インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの、及び特に多重の（例えば、５、６、７、８、９又は１０個以上の）キラルインターヌクレオチド結合を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドについての立体選択的調製のための方法及び試薬を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドのステレオランダムな又はラセミ体の製剤では、少なくとも１つのキラルインターヌクレオチド結合が、９０：１０、９５：５、９６：４、９７：３又は９８：２未満のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が９０：１０、９５：５、９６：４、９７：３又は９８：２より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が９５：５より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が、９６：４より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が９７：３より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が９８：２より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が９９：１より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド中のキラルインターヌクレオチド結合のジアステレオ選択性は、モデル反応、例えば本質的に同じ又は同等の条件下での二量体の形成を通じて測定され得、ここで、二量体は、キラルインターヌクレオチド結合と同じインターヌクレオチド結合を有し、二量体の５’－ヌクレオシドはキラルインターヌクレオチド結合の５’末端に対するヌクレオシドと同じであり、及び二量体の３’－ヌクレオシドはキラルインターヌクレオチド結合の３’末端に対するヌクレオシドと同じである。
一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、多数のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。一部の実施形態では、本開示の方法により、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドのライブラリの作成が可能であり、予め選択された量の任意の１つ以上のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプを任意の１つ以上の他のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプと混合してキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を作り出すことができるようになる。一部の実施形態において、予め選択された量のＤＭＤオリゴヌクレオチドタイプは、上述のジアステレオマー純度のいずれか１つを有する組成物である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド）の作製方法を提供し、この方法は、
（１）カップリングステップ；
（２）キャッピングステップ；
（３）任意選択で修飾ステップ；
（４）脱ブロック化ステップ；及び
（５）望ましい長さが実現するまでステップ（１）～（４）を繰り返すステップ
を含む。
一部の実施形態において、本開示は、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドを調製する方法を提供し、この方法は、１つ以上のサイクルを含み、その各々は、独立に、
（１）カップリングステップ；
（２）任意選択で修飾前キャッピングステップ；
（３）修飾ステップ；
（４）任意選択で修飾後キャッピングステップ；及び
（５）任意選択で脱ブロック化ステップ
を含む。
一部の実施形態において、サイクルは、１つ以上の修飾前キャッピングステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、１つ以上の修飾後キャッピングステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、１つ以上の修飾前及び修飾後キャッピングステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、１つ以上の脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、カップリングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、１つ以上のサイクルは、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、１つ以上のサイクルは、カップリングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。
提供される方法を記載するとき、語句「サイクル」は、当業者が理解するとおりのその通常の意味を有する。一部の実施形態において、１ラウンドのステップ（１）～（４）がサイクルと称される。一部の実施形態において、一部のサイクルは、修飾することを含む。一部の実施形態において、一部のサイクルは、修飾することを含まない。一部の実施形態において、一部のサイクルは修飾することを含み、一部のサイクルは修飾することを含まない。一部の実施形態において、各サイクルは、独立に、修飾ステップを含む。一部の実施形態において、各サイクルはサイクリングステップを含まない。
一部の実施形態において、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を形成するため、キラル補助基を含むキラル的に純粋なホスホロアミダイトを利用してキラル制御されたインターヌクレオチド結合を立体選択的に形成する。本開示では、様々なホスホロアミダイト及びキラル補助基、例えば米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々のホスホロアミダイト及びキラル補助基は、参照により本明細書に援用される）に記載されるものを利用し得る。
一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル補助基部分を含む。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル補助基部分を含まない。一部の実施形態において、キラル補助基部分は修飾中に外れ落ちる。
提供される技術は様々な利点を提供する。とりわけ、本明細書において実証されるとおり、提供される技術は、特に、治療目的に決定的に重要な幾つもの特性及び活性をもたらす修飾された及び／又はキラル的に純粋なオリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドについて、オリゴヌクレオチド合成粗純度及び収率を大幅に改良することができる。治療的に重要なＤＭＤオリゴヌクレオチドについて予想外にも高い粗純度及び収率をもたらす能力により、提供される技術は製造コストを（例えば、精製の簡略化、全収率の大幅な改良等を通じて）大きく削減することができる。一部の実施形態において、提供される技術は容易にスケールアップすることができ、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを臨床目的に十分な量及び品質で生産し得る。一部の実施形態において、Ｇ２に電子求引基を含むキラル補助基（例えば、ＰＳＭキラル補助基）を含む提供される技術は、Ｐ－Ｎ結合を含むキラル制御されたインターヌクレオチド結合（例えば、ｎ００１の非負電荷インターヌクレオチド結合）の調製に特に有用であり、製造作業を大きく簡略化し、コストを削減し、及び／又は下流形成を促進することができる。
一部の実施形態において、提供される技術は、試薬適合性の改良をもたらす。例えば、本開示において実証されるとおり、提供される技術は、特にキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド合成について、酸化、硫化及び／又はアジド反応に異なる試薬系を使用する柔軟性をもたらす。
とりわけ、本開示は、高い粗純度のＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度のキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度及び／又は高い立体純度のＤＭＤオリゴヌクレオチドを提供する。
支持体及びリンカー
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは溶液中で調製され得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは支持体を使用して調製され得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは固体支持体を使用して調製される。本開示において利用することができる好適な支持体としては、例えば、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の固体支持体は、参照により本明細書に援用される）に記載される固体支持体が挙げられる。
一部の実施形態において、合成中にオリゴヌクレオチド鎖を支持体に連結するため、リンカー部分が利用される。好適なリンカーは当技術分野で広く利用されており、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々のリンカーは、参照により本明細書に援用される）に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、結合部分はスクシンアミド酸リンカー、又はコハク酸リンカー（－ＣＯ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＯ－）、又はオキサリルリンカー（－ＣＯ－ＣＯ－）である。一部の実施形態において、結合部分とヌクレオシドとはエステル結合で一体に結合される。一部の実施形態において、結合部分とヌクレオシドとはアミド結合で一体に結合される。一部の実施形態において、結合部分はヌクレオシドを別のヌクレオチド又は核酸に連結する。好適なリンカーは、例えば、Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N.Y., 1991, Chapter 1及びSolid-Phase Supports for Oligonucleotide Synthesis, Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28に開示される。一部の実施形態では、ユニバーサルリンカー（UnyLinker）を使用してオリゴヌクレオチドが固体支持体に取り付けられる（Ravikumar et al., Org. Process Res. Dev., 2008, 12 (3), 399-410）。一部の実施形態では、他のユニバーサルリンカーが使用される（Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28）。一部の実施形態において、様々な直交性リンカー（ジスルフィドリンカーなど）が使用される（Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28）。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド合成に用いられる反応条件の組に適合するようにリンカーを選択又は設計し得ることを認識する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの分解を回避し、及び脱硫を回避するため、脱保護前に補助基が選択的に除去される。一部の実施形態において、ＤＰＳＥ基はＦ－イオンによって選択的に除去することができる。一部の実施形態において、本開示は、例えばＭｅＣＮ中０．１Ｍ ＴＢＡＦ、ＴＨＦ又はＭｅＣＮ中０．５Ｍ ＨＦ－Ｅｔ３Ｎ等、ＤＰＳＥ脱保護条件下で安定しているリンカーを提供する。一部の実施形態において、提供されるリンカーは、以下に例証するとおりのリンカーである。
Figure 2022513719000066
溶媒
オリゴヌクレオチドの合成は、概して非プロトン性有機溶媒中で実施される。一部の実施形態において、溶媒は、ニトリル溶媒、例えばアセトニトリルなどである。一部の実施形態において、溶媒は、塩基性アミン溶媒、例えばピリジンなどである。一部の実施形態において、溶媒は、エーテル溶媒、例えばテトラヒドロフランなどである。一部の実施形態において、溶媒は、ハロゲン化炭化水素、例えばジクロロメタンなどである。一部の実施形態において、溶媒の混合物が使用される。特定の実施形態において、溶媒は、上述の溶媒クラスの任意の１つ以上の混合物である。
一部の実施形態において、非プロトン性有機溶媒が塩基性ではないとき、反応ステップに塩基が存在する。塩基が存在する一部の実施形態では、塩基はアミン塩基、例えばピリジン、キノリン又はＮ，Ｎ－ジメチルアニリンなどである。例示的な他のアミン塩基としては、ピロリジン、ピペリジン、Ｎ－メチルピロリジン、ピリジン、キノリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）又はＮ，Ｎ－ジメチルアニリンが挙げられる。
一部の実施形態において、塩基はアミン塩基以外である。
一部の実施形態において、非プロトン性有機溶媒は無水である。一部の実施形態において、無水非プロトン性有機溶媒は新鮮に蒸留される。一部の実施形態において、新鮮に蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、塩基性アミン溶媒、例えばピリジンなどである。一部の実施形態において、新鮮に蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、エーテル溶媒、例えばテトラヒドロフランである。一部の実施形態において、新鮮に蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、ニトリル溶媒、例えばアセトニトリルである。
キラル試薬／キラル補助基
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの作製において立体選択性を付与するため、キラル試薬（キラル補助基と称されることもある）が使用される。本開示の方法では、当業者により及び本明細書でキラル補助基とも称される多くのキラル試薬を使用し得る。かかるキラル試薬の例は、本明細書並びに米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々のキラル補助基は、参照により援用される）に記載される。
一部の実施形態において、キラル試薬は、式３－ＡＡ：
Figure 2022513719000067
（式中、各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである）
の化合物である。
式３－ＡＡの一部の実施形態において、Ｗ１及びＷ２は、独立に、－ＮＧ５－、－Ｏ－又は－Ｓ－であり；Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４及びＧ５は、独立に、水素であるか、又は脂肪族、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロ脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール若しくはアリールから選択される任意選択で置換されている基であるか；又はＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４及びＧ５の２つがＧ６であり（一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約２０個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和炭素環式環又はヘテロ原子含有環を形成する）、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４及びＧ５の４つ以下がＧ６である。式３－Ｉの化合物と同様に、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４又はＧ５のいずれかは、オキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール又はアリール部分によって任意選択で置換されている。一部の実施形態では、かかる置換は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの作製において立体選択性を生じさせる。一部の実施形態において、ヘテロ原子含有部分、例えばヘテロ脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール等は、１～５個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄及びケイ素から選択される。一部の実施形態において、少なくとも１つのヘテロ原子が窒素である。一部の実施形態において、脂肪族、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロ脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール又はアリール基は、１～２０、１～１５、１～１０、１～９、１～８、１～７又は１～６個の炭素原子を有する。
一部の実施形態において、Ｗ１は－ＮＧ５－Ｏ－である。一部の実施形態において、Ｗ１は－ＮＧ５－Ｏ－であり、式中、－Ｏ－は－Ｈに結合する。一部の実施形態において、Ｗ１は－ＮＧ５－である。一部の実施形態において、Ｇ５と、Ｇ３及びＧ４の一方とが一緒になって、０～３個のヘテロ原子をＷ１の窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている３～１０員環を形成する。一部の実施形態では、Ｇ５とＧ３とが一緒になって、０～３個のヘテロ原子をＷ１の窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている３～１０員環を形成する。一部の実施形態では、Ｇ５とＧ４とが一緒になって、０～３個のヘテロ原子をＷ１の窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている３～１０員環を形成する。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている４、５、６、７又は８員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている４員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている５員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている６員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている７員環である。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000068
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000069
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000070
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000071
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000072
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000073
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000074
の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000075
の構造を有する。
一部の実施形態において、Ｗ１は、－ＮＧ５であり、Ｗ２は、Ｏであり、Ｇ１及びＧ３の各々は、独立に、水素であるか、又はＣ１～１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される任意選択で置換されている基であり、Ｇ２は、－Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、及びＧ４とＧ５とは、一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約２０個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和ヘテロ原子含有環を形成する。一部の実施形態において、各Ｒは、独立に、水素であるか、又はＣ１～Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Ｇ２は、－Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、式中、－Ｃ（Ｒ）２－は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、及び－Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは、独立に、Ｃ１～１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているＣ１～１０アルキルである。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているフェニルであり、他の２つのＲの各々は、独立に、任意選択で置換されているＣ１～１０アルキルである。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているＣ１～１０アルキルであり、他の２つのＲの各々は、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ２Ｓｉ（Ｐｈ）（Ｍｅ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は、－ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｇ４とＧ５とは、一緒になって、１個の窒素原子（それにＧ５が結合する）を含有する任意選択で置換されている飽和５～６員環を形成する。一部の実施形態において、Ｇ４とＧ５とは、一緒になって、１個の窒素原子を含有する任意選択で置換されている飽和５員環を形成する。一部の実施形態において、Ｇ１は、水素である。一部の実施形態において、Ｇ３は、水素である。一部の実施形態において、Ｇ１及びＧ３は、両方とも水素である。
一部の実施形態において、Ｗ１は、－ＮＧ５であり、Ｗ２は、Ｏであり、Ｇ１及びＧ３の各々は、独立に、Ｒ１であり、Ｇ２は、－Ｒ１であり、及びＧ４とＧ５とは、一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約２０個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和ヘテロ原子含有環を形成し、式中、Ｒ１は、Ｃ１～２０脂肪族、１～５個のヘテロ原子を有するＣ１～２０脂肪族、Ｃ６～２０アリール、１～５個のヘテロ原子を有するＣ５～２０ヘテロアリール及びこれらの組み合わせ（例えば、脂肪族－アリール／ヘテロアリール、ヘテロ脂肪族－アリール／ヘテロアリール）から選択される任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Ｇ１及びＧ３の各々は、独立に、Ｒである。一部の実施形態において、Ｇ１及びＧ３の各々は、独立に、－Ｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は、炭素原子によって分子の残りの部分に連結され、この炭素原子は１つ以上の電子求引基で置換される。一部の実施形態において、Ｇ２は、１つ以上の電子求引基で置換されたメチルである。一部の実施形態において、Ｇ２は、１つの且つ１つのみの電子求引基で置換されたメチルである。一部の実施形態において、Ｇ２は、２つ以上の電子求引基で置換されたメチルである。とりわけ、電子求引基を含むＧ２を有するキラル補助基は塩基によって容易に除去することができ（例えば実質的に水のない無水条件下で塩基に不安定であり；多くの場合、好ましくはかかるキラル補助基を含むインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドが、特に塩基の存在下で相当量の水を含む条件／試薬系（例えば、ＮＨ４ＯＨを使用する切断条件／試薬系）に曝露される前）、本明細書に記載されるとおりの様々な利点、例えば高い粗純度、高収率、高い立体選択性、より簡略化された作業、より少ないステップ、更なる製造コストの削減及び／又はより簡略化された下流製剤化（例えば、切断後の低量の１つ又は複数の塩）等をもたらす。一部の実施形態において、実施例に記載されるとおり、かかる補助基は、他の官能基及び／又は保護基との代替的又は追加的な化学適合性をもたらし得る。一部の実施形態において、実施例で実証されるとおり、塩基に不安定なキラル補助基は、キラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合（例えば、ｎ００１などの中性インターヌクレオチド結合）の構築に特に有用であり；一部の例では、実施例で実証されるとおり、それが例えば無水条件下での塩基を用いた除去と共に利用されるとき、高い立体選択性を伴う大きく改良された収率及び／又は粗純度をもたらすことができる。一部の実施形態において、かかるキラル補助基は酸素原子（例えばこれは、対応するキラル補助基化合物における－ＯＨ基に対応する）を介して結合リンに結合し、その酸素が結合するキラル補助基中の炭素原子（α炭素）は、－Ｈにも結合し（他の基に加えて；一部の実施形態では、第二級炭素）、及びキラル補助基中の次の炭素原子（β炭素）が１つ又は２つの電子求引基に結合する。一部の実施形態において、－Ｗ２－Ｈは－ＯＨである。一部の実施形態において、Ｇ１は－Ｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は１つ又は２つの電子求引基を含むか、又は他の形で塩基によるキラル補助基の除去を促進することができる。一部の実施形態において、Ｇ１は－Ｈであり、Ｇ２は１つ又は２つの電子求引基を含み、－Ｗ２－Ｈは－ＯＨである。一部の実施形態において、Ｇ１は－Ｈであり、Ｇ２は１つ又は２つの電子求引基を含み、－Ｗ２－Ｈは－ＯＨであり、－Ｗ１－Ｈは－ＮＧ５－Ｈであり、Ｇ３及びＧ４の一方はＧ５と一緒になって、それらの介在原子と共に本明細書に記載されるとおりの環（例えば、Ｇ５がその上にある窒素原子に加えて０～５個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～２０員環単環式、二環式又は多環式環（例えば、Ｇ５がその上にある窒素原子に加えて他のヘテロ原子を有しない、任意選択で置換されている３、４、５又は６員環単環式飽和環））を形成する。
当業者が理解するとおり、様々な電子求引基が当技術分野において公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、電子求引基は炭素原子を含み、及び／又は例えば－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）－、－Ｐ（Ｓ）Ｒ１－又は－Ｃ（Ｏ）－を介して炭素原子に連結される。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２の１つ以上で置換されているアリール又はヘテロアリール、例えばフェニルである。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｌ”－Ｒ’であり、式中、Ｌ’は－Ｃ（Ｒ）２－又は任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、及びＬ”は、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－又は－Ｓ－であり、ここで、各Ｒ’は、独立に、本明細書において記載されるとおりのＲ１である。一部の実施形態において、Ｌ’は－Ｃ（Ｒ）２－である。一部の実施形態において、Ｌ’は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－である。
一部の実施形態において、Ｌ’は－Ｃ（Ｒ）２－である。一部の実施形態において、各Ｒは、独立に、水素であるか、又はＣ１～Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Ｌ’は－ＣＨ２－である。一部の実施形態において、Ｌ”は、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｓ（Ｏ）２－である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に、本開示に記載されるとおり（例えば、Ｒについて記載される実施形態）の任意選択で置換されている脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に、任意選択で置換されているフェニルであり、ここで、１つ以上の置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に置換フェニルであり、ここで、１つ以上の置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に置換フェニルであり、ここで、置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に一置換フェニルであり、ここで、置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、２つのＲ’は同じである。一部の実施形態において、２つのＲ’は異なる。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｒ’は、本開示に記載されるとおり（例えば、Ｒについて記載される実施形態）の任意選択で置換されている脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Ｒ’は、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Ｒ’は、任意選択で置換されているフェニルであり、ここで、１つ以上の置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、Ｒ’は置換フェニルであり、ここで、１つ以上の置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、Ｒ’は置換フェニルであり、ここで、各置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、Ｒ’は一置換フェニルである。一部の実施形態において、Ｒ’は一置換フェニルであり、ここで、置換基は、－ＣＮ、－ＯＭｅ、－Ｃｌ、－Ｂｒ及び－Ｆから独立に選択される。一部の実施形態において、置換基は電子求引基である。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である。
一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－Ｌ”－Ｒであり、式中、Ｌ”及びＲの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ（－Ｌ”－Ｒ）２であり、式中、Ｌ”及びＲの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ（－Ｓ－Ｒ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－Ｓ－Ｒである。一部の実施形態において、２つのＲ基がそれらの介在原子と一緒になって環を形成する。一部の実施形態において、形成される環は、介在ヘテロ原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている５、６、７員環である。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている
Figure 2022513719000076
である。一部の実施形態において、Ｇ２は、
Figure 2022513719000077
である。一部の実施形態において、例えば塩基による除去を促進するため、例えば酸化によって－Ｓ－が－Ｓ（Ｏ）－又は－Ｓ（Ｏ）２－に変換され得る。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｒ’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｃ（Ｒ’）３である。一部の実施形態において、Ｒ’は、任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Ｒ’は置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、１つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、－Ｌ’－は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、及びＲ’はＲであり、式中、Ｒは、任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Ｒは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、１つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Ｒは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Ｒは、２つ以上の置換基で置換されたアリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000078
である。一部の実施形態において、Ｒ’はｐ－ＮＯ２Ｐｈ－である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000079
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000080
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000081
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000082
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000083
である。一部の実施形態において、Ｇ２は、
Figure 2022513719000084
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000085
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000086
である。一部の実施形態において、Ｒ’は２，４，６－トリクロロフェニルである。一部の実施形態において、Ｒ’は２，４，６－トリフルオロフェニルである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ（４－クロロフェニル）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ（Ｒ’）２であり、式中、各Ｒ’は、
Figure 2022513719000087
である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ（Ｒ’）２であり、式中、各Ｒ’は、
Figure 2022513719000088
である。一部の実施形態において、Ｒ’は－Ｃ（Ｏ）Ｒである。一部の実施形態において、Ｒ’はＣＨ３Ｃ（Ｏ）－である。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）Ｒ’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｃ（Ｏ）２Ｒ’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）２Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｃ（Ｏ）Ｒ’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）Ｒ’である。一部の実施形態において、－Ｌ’－は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、及びＲ’はＲである。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されている脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているヘテロアリールである。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているアリールである。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Ｒはフェニルではないか、又は一置換、二置換若しくは三置換フェニルであり、ここで、各置換基は、－ＮＯ２、ハロゲン、－ＣＮ、－Ｃ１～３アルキル及びＣ１～３アルキルオキシから選択される。一部の実施形態において、Ｒは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、１つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Ｒは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Ｒは、２つ以上の置換基で置換されたアリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である。一部の実施形態において、Ｒ’はフェニルである。一部の実施形態において、Ｒ’は置換フェニルである。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000089
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000090
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、
Figure 2022513719000091
である。一部の実施形態において、Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒ’はｔ－ブチルである。一部の実施形態において、Ｒ’はイソプロピルである。一部の実施形態において、Ｒ’はメチルである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＯＭｅである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｐｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｃ（Ｏ）－ｔＢｕである。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－ＮＯ２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－ＮＯ２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２ＮＨＲ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨＲ’である。一部の実施形態において、Ｒ’はメチルである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨ（ＣＨ３）である。一部の実施形態において、Ｒ’は－ＣＨ２Ｐｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨ（ＣＨ２Ｐｈ）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ２Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｒ’はフェニルである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨＰｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ３）Ｐｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨ（ＣＨ２Ｐｈ）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨＰｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＮＨ（ＣＨ２Ｐｈ）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ３）Ｐｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）（ＯＲ’）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）（ＯＲ’）である。一部の実施形態において、各Ｒ’はメチルである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ３）（ＯＣＨ３）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｐｈ）（ＯＣＨ３）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ２Ｐｈ）（ＯＣＨ３）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（ＣＨ２Ｐｈ）（ＯＣＨ３）である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２ＯＲ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＯＲ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＯＰｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＯＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２ＯＣＨ２Ｐｈである。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）［Ｏ（Ｒ’）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）［Ｏ（Ｒ’）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）［Ｎ（Ｒ’）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）［Ｎ（Ｒ’）２］である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）［Ｏ（Ｒ’）］である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）［Ｏ（Ｒ’）］である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）［Ｎ（Ｒ’）２］である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）［Ｎ（Ｒ’）２］である。一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２である。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に、Ｒである。一部の実施形態において、１つのＲ’は、任意選択で置換されている脂肪族であり、１つのＲは、任意選択で置換されているアリールである。一部の実施形態において、１つのＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族であり、１つのＲは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、各Ｒ’は、独立に、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＣＨ３）Ｐｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＯＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＣＨ２Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（ＣＨ３）Ｐｈ］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（ＣＨ３）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（ＣＨ２Ｐｈ）２］２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＯＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－Ｐ（Ｏ）（ＯＰｈ）２である。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｌ’－ＳＲ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２－ＳＲ’である。一部の実施形態において、Ｒ’は、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Ｒ’はフェニルである。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000092
の構造を有し、式中、各Ｒ１は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000093
の構造を有し、式中、各Ｒ１は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、各Ｒ１は、独立に、本開示に記載されるとおりのＲである。一部の実施形態において、各Ｒ１は、独立に、Ｒであり、式中、Ｒは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されている脂肪族、アリール、ヘテロ脂肪族又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、各Ｒ１はフェニルである。一部の実施形態において、Ｒ１は－Ｌ－Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｒ１は－Ｌ－Ｒ’であり、式中、Ｌは、－Ｏ－、－Ｓ－又は－Ｎ（Ｒ’）である。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000094
の構造を有し、式中、各Ｘ１は、独立に、－Ｈ、電子求引基、－ＮＯ２、－ＣＮ、－ＯＲ、－Ｃｌ、－ＢＲ又は－Ｆであり、及びＷはＯ又はＳである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000095
の構造を有し、式中、各Ｘ１は、独立に、－Ｈ、電子求引基、－ＮＯ２、－ＣＮ、－ＯＲ、－Ｃｌ、－ＢＲ又は－Ｆであり、及びＷはＯ又はＳである。一部の実施形態において、各Ｘ１は、独立に、－ＣＮ、－ＯＲ、－Ｃｌ、－ＢＲ又は－Ｆであり、式中、Ｒは－Ｈでない。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ３である。一部の実施形態において、１つ以上のＸ１は、独立に、電子求引基（例えば、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２等）である。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000096
の構造を有し、式中、Ｒ１は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000097
の構造を有し、式中、Ｒ１は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｒ１は、本開示に記載されるとおりのＲである。一部の実施形態において、Ｒ１はＲであり、式中、Ｒは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されている脂肪族、アリール、ヘテロ脂肪族又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Ｒ１は－Ｌ－Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｒ１は－Ｌ－Ｒ’であり、式中、Ｌは、－Ｏ－、－Ｓ－又は－Ｎ（Ｒ’）である。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000098
の構造を有し、式中、Ｘ１は、－Ｈ、電子求引基、－ＮＯ２、－ＣＮ、－ＯＲ、－Ｃｌ、－ＢＲ又は－Ｆであり、及びＷはＯ又はＳである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000099
の構造を有し、式中、Ｘ１は、－Ｈ、電子求引基、－ＮＯ２、－ＣＮ、－ＯＲ、－Ｃｌ、－ＢＲ又は－Ｆであり、及びＷはＯ又はＳである。一部の実施形態において、Ｘ１は、－ＣＮ、－ＯＲ、－Ｃｌ、－ＢＲ又は－Ｆであり、式中、Ｒは－Ｈでない。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒは、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｘ１は電子求引基（例えば、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２等）である。一部の実施形態において、Ｘ１は、－ＣＮ、－ＮＯ２又はハロゲンでない電子求引基である。一部の実施形態において、Ｘ１は、－Ｈ、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン又はＣ１～３アルキルオキシでない。
一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ（Ｒ２１）－ＣＨ（Ｒ２２）＝Ｃ（Ｒ２３）（Ｒ２４）であり、式中、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３及びＲ２４の各々は、独立に、Ｒである。一部の実施形態において、Ｒ２２及びＲ２３は両方ともＲであり、これらの２つのＲ基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されているアリール環又はヘテロアリール環を形成する。一部の実施形態において、１つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Ｒ２１及びＲ２４は両方ともＲであり、これらの２つのＲ基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている環を形成する。一部の実施形態において、Ｒ２１及びＲ２４は両方ともＲであり、これらの２つのＲ基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている飽和又は部分飽和環を形成する。一部の実施形態において、Ｒ２２及びＲ２３は両方ともＲであり、これらの２つのＲ基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されているアリール環又はヘテロアリール環を形成し、且つＲ２１及びＲ２４は両方ともＲであり、これらの２つのＲ基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている部分飽和環を形成する。一部の実施形態において、Ｒ２１は－Ｈである。一部の実施形態において、Ｒ２４は－Ｈである。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている
Figure 2022513719000100
である。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている
Figure 2022513719000101
であり、式中、各環Ａ２は、独立に、本明細書に記載されるとおりの３～１５員環単環式、二環式又は多環式環である。一部の実施形態において、環Ａ２は、本明細書に記載されるとおりの１～５個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている５～１０員環単環式アリール環又はヘテロアリール環である。一部の実施形態において、環Ａ２は、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されているフェニル環である。一部の実施形態において、一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている
Figure 2022513719000102
である。一部の実施形態において、Ｇ２は、
Figure 2022513719000103
である。一部の実施形態において、Ｇ２は、
Figure 2022513719000104
である。一部の実施形態において、Ｇ２は、
Figure 2022513719000105
である。
一部の実施形態において、キラル補助基は、ＤＰＳＥ補助基である。一部の実施形態において、キラル補助基は、ＰＳＭ補助基である。
一部の実施形態において、その対応する化合物が式３－Ｉ又は式３－ＡＡの化合物である、例えばインターヌクレオチド結合のキラル補助基部分は、塩基と接触すると、対応する化合物からの水分子の脱離（Ｇ２の－Ｗ２－Ｈ＝－ＯＨ及びα－Ｈの脱離）によって形成される生成物と同じ構造を有するアルケンとして放出され得る。一部の実施形態において、かかるアルケンは、（電子求引基）２＝Ｃ（Ｒ１）－Ｌ－Ｎ（Ｒ５）（Ｒ６）、（電子求引基）Ｈ＝Ｃ（Ｒ１）－Ｌ－Ｎ（Ｒ５）（Ｒ６）、ＣＨ（－Ｌ”－Ｒ’）＝Ｃ（Ｒ１）－Ｌ－Ｎ（Ｒ５）（Ｒ６）（式中、ＣＨ基は、任意選択で置換されている）又はＣｘ＝Ｃ（Ｒ１）－Ｌ－Ｎ（Ｒ５）（Ｒ６）（式中、Ｃｘは、任意選択で置換されている
Figure 2022513719000106
であり、及び任意選択で１つ以上の任意選択で置換されている環と縮合し得、及び他の各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである）の構造を有する。一部の実施形態において、Ｃｘは、任意選択で置換されている
Figure 2022513719000107
である。一部の実施形態において、Ｃｘは、
Figure 2022513719000108
である。一部の実施形態において、かかるアルケンは、
Figure 2022513719000109
である。一部の実施形態において、かかるアルケンは、
Figure 2022513719000110
である。一部の実施形態において、かかるアルケンは、
Figure 2022513719000111
である。
一部の実施形態において、キラル試薬はアミノアルコールである。一部の実施形態において、キラル試薬はアミノチオールである。一部の実施形態において、キラル試薬はアミノフェノールである。一部の実施形態において、キラル試薬は、（Ｓ）－及び（Ｒ）－２－メチルアミノ－１－フェニルエタノール、（１Ｒ，２Ｓ）－エフェドリン又は（１Ｒ，２Ｓ）－２－メチルアミノ－１，２－ジフェニルエタノールである。
本開示の一部の実施形態において、キラル試薬は、以下の式の１つの化合物である。
Figure 2022513719000112
当業者が理解するとおり、キラル試薬は典型的には立体的に純粋であるか又は実質的に立体的に純粋であり、典型的には実質的に他の立体異性体のない単一の立体異性体として利用される。一部の実施形態において、本開示の化合物は立体的に純粋であるか又は実質的に立体的に純粋である。
本明細書において実証されるとおり、キラルインターヌクレオチド結合の調製に使用されるとき、立体選択性を得るために、概して立体化学的に純粋なキラル試薬が利用される。とりわけ、本開示は、記載される構造を有するものを含め、立体化学的に純粋なキラル試薬を提供する。
キラル試薬、例えば式Ｑ又はその立体異性体である式Ｒによって表される異性体の選択により、結合リンにおけるキラリティーの具体的な制御が可能となる。従って、各合成サイクルにおいてＲｐ配置又はＳｐ配置のいずれかを選択することにより、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドの全体的な三次元構造の制御を可能にすることができる。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは、すべてがＲｐの立体中心を有する。本開示の一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは、すべてがＳｐの立体中心を有する。本開示の一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド中の各結合リンは、独立に、Ｒｐ又はＳｐである。本開示の一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド中の各結合リンは、独立に、Ｒｐ又はＳｐであり、少なくとも１つがＲｐであり、少なくとも１つがＳｐである。一部の実施形態において、Ｒｐ及びＳｐ中心の選択は、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドに特定の三次元超構造を付与するように行われる。かかる選択の例は本明細書に更に詳細に記載される。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、例えばインターヌクレオチド結合にキラル補助基部分を含む。一部の実施形態において、キラル補助基は結合リンに連結される。一部の実施形態において、キラル補助基はＷ２によって結合リンに連結される。一部の実施形態において、キラル補助基はＷ２によって結合リンに連結され、式中、Ｗ２はＯである。任意選択で、Ｗ１は、例えばＷ１が－ＮＧ５－であるとき、ＤＭＤオリゴヌクレオチド合成中にキャッピングされる。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド中のキラル補助基におけるＷ１は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド合成中に例えばキャッピング試薬によってキャッピングされる。一部の実施形態において、Ｗ１は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド特性を調節するため目的を持ってキャッピングされ得る。一部の実施形態において、Ｗ１は－Ｒ１でキャッピングされる。一部の実施形態において、Ｒ１は－Ｃ（Ｏ）Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒ’はメチルである。
一部の実施形態において、本開示に係る使用のためのキラル試薬は、上述のサイクル中の特定のステップで除去されるその能力に関して選択される。例えば、一部の実施形態では、結合リンを修飾するステップの間にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、結合リンを修飾するステップの前にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、結合リンを修飾するステップの後にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、１回目のカップリングステップが行われた後であるが、２回目のカップリングステップが行われる前にキラル試薬を除去して、そのため第２のカップリングの間に（及び同様に更なる後続のカップリングステップについても）成長中のＤＭＤオリゴヌクレオチド上にキラル試薬が存在しないようにすることが望ましい。一部の実施形態において、キラル試薬は、結合リンの修飾後であるが、後続のサイクルが始まる前に行われる「脱ブロック化」反応の間に除去される。除去の例示的方法及び試薬は本明細書に記載される。
一部の実施形態において、キラル補助基の除去は、スキームＩに示されるとおり、修飾及び／又は脱ブロック化ステップの実施時に実現される。キラル補助基の除去を修飾及び脱ブロック化などの他の転換と共に組み合わせることが有益であり得る。当業者であれば、ステップ／転換の省力化が、特により長いＤＭＤオリゴヌクレオチドについて、例えば収率及び生成物純度の点で全体的な合成効率を改良し得ることを理解するであろう。修飾及び／又は脱ブロック化の間にキラル補助基が除去される１つの例がスキームＩに示される。
一部の実施形態において、本開示の方法に係る使用のためのキラル試薬は、それが一定の条件下で除去可能であることを特徴とする。例えば、一部の実施形態において、キラル試薬は、酸性条件下で除去されるその能力に関して選択される。特定の実施形態において、キラル試薬は、弱酸性条件下で除去されるその能力に関して選択される。特定の実施形態において、キラル試薬は、Ｅ１脱離反応によって除去されるその能力に関して選択される（例えば、酸性条件下におけるキラル試薬上でのカチオン中間体の形成に起因して、ＤＭＤオリゴヌクレオチドからのキラル試薬の切断が引き起こされることで除去が起こる）。一部の実施形態において、キラル試薬は、それがＥ１脱離反応を受け入れる又はそれを促進することが可能なものとして認識される構造を有することを特徴とする。関連性のある技術分野の当業者は、いずれの構造であれば、かかる脱離反応を受け易いものと想定され得るかについて理解するであろう。
一部の実施形態において、キラル試薬は、求核剤で除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミン求核剤で除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミン以外の求核剤で除去されるその能力に関して選択される。
一部の実施形態において、キラル試薬は、塩基で除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミンで除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミン以外の塩基で除去されるその能力に関して選択される。
一部の実施形態において、キラル補助基を含むキラル的に純粋なホスホロアミダイトは、使用前に分離され得る。一部の実施形態において、キラル補助基を含むキラル的に純粋なホスホロアミダイトは、分離なしに使用され得る－一部の実施形態において、これは形成後に直接使用され得る。
活性化
当業者が理解するとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチド調製は、例えば、ホスホロアミダイト調製の間、サイクル中の１つ以上のステップの間、サイクル後切断／脱保護の間等に、様々な条件、試薬等を用いて反応成分を活性化し得る。本開示において利用することができる様々な活性化技術としては、限定はされないが、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の活性化技術は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。特定の活性化技術、例えば試薬、条件、方法等は、実施例に示す。
カップリング
一部の実施形態において、本開示のサイクルは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を形成するための立体選択的縮合／カップリングステップを含む。縮合には、多くの場合、４，５－ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、４，５－ジクロロイミダゾール、１－フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンズイミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、ベンズトリアゾール、３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、５－エチルチオテトラゾール（ＥＴＴ）、５－ベンジルチオテトラゾール（ＢＴＴ）、５－（４－ニトロフェニル）テトラゾール、Ｎ－シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）、Ｎ－シアノメチルピペリジニウムトリフレート、Ｎ－シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートなどの活性化試薬が使用される。好適な条件及び試薬としては、キラルホスホロアミダイトを含め、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の縮合試薬、条件及び方法は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。特定のカップリング技術、例えば試薬、条件、方法等は、実施例に示される。
一部の実施形態において、カップリングのためのキラルホスホロアミダイトは、
Figure 2022513719000113
の構造を有し、式中、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－Ｆ又は－ＯＲであり、それぞれの他の可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｇ１又はＧ２は、本開示に記載されるとおりの電子求引基を含む。一部の実施形態において、カップリングのためのキラルホスホロアミダイトは、
Figure 2022513719000114
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｒ１は、本開示に記載されるとおりのＲ’である。一部の実施形態において、Ｒ１は、本開示に記載されるとおりのＲである。一部の実施形態において、Ｒは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Ｒは、フェニルである。一部の実施形態において、Ｒは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、Ｒは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである。例えば、一部の実施形態において、Ｒは、メチルであり；一部の実施形態において、Ｒは、イソプロピルであり；一部の実施形態において、Ｒは、ｔ－ブチルである等である。一部の実施形態において、Ｒ’は、オリゴヌクレオチド合成における５’ブロック化基、例えばＤＭＴｒである。一部の実施形態において、ＢＡは、本明細書に記載されるとおりの任意選択で保護されている核酸塩基である。一部の実施形態において、ＢＡは、任意選択で置換されているＡ、Ｔ、Ｇ、Ｃ、Ｕ又はその互変異性体である。一部の実施形態において、ＢＡは、保護されている核酸塩基である。一部の実施形態において、ＢＡは、任意選択で置換されている保護されたＡ、Ｔ、Ｇ、Ｃ、Ｕ又はその互変異性体である。一部の実施形態において、Ｒ’は、保護基である。一部の実施形態において、Ｒ’は、ＤＭＴｒである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－Ｆ又は－ＯＭｅである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－Ｈである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－Ｆである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－ＯＭｅである。
一部の実施形態において、結合リンに結合した、
Figure 2022513719000115
（式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである）
を含むカップリングステップで形成されるインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、カップリングは、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれを超える立体選択性でインターヌクレオチド結合を形成する。一部の実施形態において、立体選択性は８５％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は８５％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９０％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９１％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９２％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９３％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９４％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９５％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９６％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９７％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９８％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９９％以上である。
キャッピング
最終的な核酸が二量体より大きい場合、未反応の－ＯＨ部分が概してブロック化基／キャッピング基でキャッピングされる。オリゴヌクレオチド中のキラル補助基もブロック化基でキャッピングして、キャッピングされた縮合中間体を形成し得る。好適なキャッピング技術（例えば、試薬、条件等）としては、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々のキャッピング技術は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態において、キャッピング試薬はカルボン酸又はその誘導体である。一部の実施形態において、キャッピング試薬はＲ’ＣＯＯＨである。一部の実施形態において、キャッピングステップにより、キラル補助基中の未反応５’ＯＨ基及び／又はアミノ基にＲ’ＣＯＯ－が導入される。一部の実施形態において、サイクルは２つ以上のキャッピングステップを含み得る。一部の実施形態において、サイクルは、カップリング生成物の修飾前に第１のキャッピング（例えば、Ｐ（ＩＩＩ）からＰ（Ｖ）への変換）を含み、カップリング生成物の修飾後に別のキャッピングを含む。一部の実施形態において、第１のキャッピングはアミド化条件下で実施され、これは例えば、アシル化試薬（例えば、（ＲＣ（Ｏ））２Ｏの構造を有する無水物（例えば、Ａｃ２Ｏ））及び塩基（例えば、２，６－ルチジン）を含む。一部の実施形態において、第１のキャッピングにより、アミノ基、例えばインターヌクレオチド結合中のキラル補助基のアミノ基がキャッピングされる。一部の実施形態において、キャッピングステップで形成されるインターヌクレオチドは、
Figure 2022513719000116
を含み、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである。一部の実施形態において、Ｒ１はＲ－Ｃ（Ｏ）－である。一部の実施形態において、ＲはＣＨ３－である。一部の実施形態において、各キラル制御されたカップリング（例えば、キラル補助基を使用する）の後に第１のキャッピングが続く。典型的には、従来のホスホロアミダイトを用いて天然リン酸結合を構築するキラル制御されていないカップリングについてのサイクルは、第１のキャッピングを含まない。一部の実施形態において、第２のキャッピングは、例えば、遊離５’－ＯＨがキャッピングされるエステル化条件下（例えば、従来のホスホロアミダイトオリゴヌクレオチド合成のキャッピング条件下）で実施される。
特定のキャッピング技術、例えば試薬、条件、方法等は実施例に示す。
修飾
一部の実施形態において、その結合リンがＰ（ＩＩＩ）として存在するインターヌクレオチド結合は、別の修飾インターヌクレオチド結合を形成するように修飾される。多くの実施形態において、Ｐ（ＩＩＩ）は、求電子剤との反応によって修飾される。本開示では、Ｐ（ＩＩＩ）に好適な各種の反応を利用し得る。好適な修飾技術（例えば、試薬（例えば、硫化試薬、酸化試薬等）、条件等）としては、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の修飾技術は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、実施例に示されるとおり、本開示は、中性インターヌクレオチド結合を含めた非負電荷インターヌクレオチド結合を導入するための修飾試薬を提供する。
一部の実施形態において、修飾はサイクル内である。一部の実施形態において、修飾はサイクル外であり得る。例えば、一部の実施形態では、１つ以上の修飾ステップが、１つ以上のインターヌクレオチド結合及び／又は他の位置に同時に修飾を導入するためのＤＭＤオリゴヌクレオチド鎖に到達した後に実施され得る。
一部の実施形態において、修飾はクリックケミストリーの使用を含み、例えば、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチド、例えばインターヌクレオチド結合のアルキン基がアジドと反応する。本開示では、クリックケミストリーの様々な試薬及び条件を利用することができる。一部の実施形態において、アジドはＲ１－Ｎ３の構造を有し、式中、Ｒ１は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｒ１は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである。一部の実施形態において、Ｒ１はイソプロピルである。
一部の実施形態において、実施例で実証されるとおり、Ｐ（ＩＩＩ）結合をアジド又はアジドイミダゾリニウム塩（例えば、
Figure 2022513719000117
を含む化合物；一部の実施形態では、アジド反応と称される）と好適な条件下で反応させることにより、Ｐ（ＩＩＩ）結合を非負電荷インターヌクレオチド結合に変換することができる。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩はＰＦ６ －の塩である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、
Figure 2022513719000118
の塩である。一部の実施形態において、有用な試薬塩は、
Figure 2022513719000119
の塩であり、式中、各Ｒｓは、独立に、Ｒ１である。一部の実施形態において、有用な試薬は、
Figure 2022513719000120
の塩である。窒素カチオンを含むかかる試薬は、対アニオン（例えば、本開示に記載されるとおりのＱ－）も含有し、これは、当技術分野において広く公知であり、様々な化学的試薬中に含まれる。一部の実施形態において、有用な試薬はＱ＋Ｑ－であり、式中、Ｑ＋は、
Figure 2022513719000121
であり、及びＱ－は対アニオンである。一部の実施形態において、Ｑ＋は、
Figure 2022513719000122
である。一部の実施形態において、Ｑ＋は、
Figure 2022513719000123
である。一部の実施形態において、Ｑ＋は、
Figure 2022513719000124
である。当業者が理解するとおり、Ｑ＋Ｑ－の構造を有する化合物において、典型的には、Ｑ＋中の正電荷の数がＱ－中の負電荷の数に等しい。一部の実施形態において、Ｑ＋は一価カチオンであり、Ｑ－は一価アニオンである。一部の実施形態において、Ｑ－は、Ｆ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、ＢＦ４ －、ＰＦ６ －、ＴｆＯ－、Ｔｆ２Ｎ－、ＡｓＦ６ －、ＣｌＯ４ －又はＳｂＦ６ －である。一部の実施形態において、Ｑ－はＰＦ６ －である。当業者は、他にも多くのタイプの対アニオンが利用可能であり、本開示に利用し得ることを容易に理解する。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェートである。
一部の実施形態において、Ｐ（ＩＩＩ）結合は、Ｒ－ＧＺ（式中、Ｒは本開示に記載されるとおりであり、及びＧＺは脱離基、例えば－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＴｆ、－Ｏｍｓ、－Ｏトシル等である）の構造を有する求電子剤と反応する。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ２ＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ２ＯＣＨ３である。一部の実施形態において、ＲはＣＨ３ＣＨ２ＯＣＨ２－である。一部の実施形態において、ＲはＰｈＣＨ２ＯＣＨ２－である。一部の実施形態において、ＲはＨＣ≡Ｃ－ＣＨ２－である。一部の実施形態において、ＲはＨ３Ｃ－Ｃ≡ＣＨ２－である。一部の実施形態において、ＲはＣＨ２＝ＣＨＣＨ２－である。一部の実施形態において、ＲはＣＨ３ＳＣＨ２－である。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ２ＣＯＯＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ２ＣＯＯＣＨ２ＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｒは－ＣＨ２ＣＯＮＨＣＨ３である。
一部の実施形態において、修飾ステップの後、Ｐ（ＩＩＩ）結合リンがＰ（Ｖ）インターヌクレオチド結合に変換される。一部の実施形態において、Ｐ（ＩＩＩ）結合リンはＰ（Ｖ）インターヌクレオチド結合に変換され、その結合リンに結合したすべての基は変化しないままである。一部の実施形態において、結合リンはＰからＰ（＝Ｏ）に変換される。一部の実施形態において、結合リンはＰからＰ（＝Ｓ）に変換される。一部の実施形態において、結合リンはＰからＰ（＝Ｎ－Ｌ－Ｒ５）に変換される。一部の実施形態において、結合リンはＰから
Figure 2022513719000125
（式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである）
に変換される。一部の実施形態において、Ｐは、
Figure 2022513719000126
に変換される。一部の実施形態において、Ｐは、
Figure 2022513719000127
に変換される。一部の実施形態において、Ｐは、
Figure 2022513719000128
に変換される。一部の実施形態において、Ｐは、
Figure 2022513719000129
に変換される。当業者が理解するとおり、各カチオンに典型的には対アニオンが存在し、従ってシステム内（例えば、化合物、組成物等）の正電荷の総数は負電荷の総数に等しくなる。一部の実施形態において、対アニオンは、本開示に記載されるとおりのＱ－（例えば、Ｆ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、ＢＦ４ －、ＰＦ６ －、ＴｆＯ－、Ｔｆ２Ｎ－、ＡｓＦ６ －、ＣｌＯ４ －、ＳｂＦ６ －等）である。
一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、すべてのかかるインターヌクレオチド結合がキラル制御されている。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合の少なくとも１つの結合リンはＲｐである。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合の少なくとも１つの結合リンはＳｐである。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合の少なくとも１つの結合リンはＲｐであり、及びかかるインターヌクレオチド結合の少なくとも１つの結合リンはＳｐである。一部の実施形態において、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の（例えば、１～５、１～１０、１～１５、１～２０、１～２５、１～３０、１～４０、１～５０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５個等の）かかるインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、１つ以上の他のタイプのインターヌクレオチド結合、例えば１つ以上の天然リン酸結合及び／又は１つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合（例えば、一部の実施形態では、独立にキラル制御されているものの１つ以上；一部の実施形態では、その各々が独立にキラル制御されている；一部の実施形態では、少なくとも１つがＲｐである；一部の実施形態では、少なくとも１つがＳｐである；一部の実施形態では、少なくとも１つがＲｐであり、且つ少なくとも１つがＳｐである等）を更に含む。一部の実施形態において、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドは立体的に純粋である（実質的に他の立体異性体がない）。一部の実施形態において、本開示は、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドのキラル的に純粋なＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、修飾は、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれを超える立体選択性で進む。一部の実施形態において、立体選択性は８５％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は８５％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９０％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９１％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９２％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９３％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９４％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９５％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９６％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９７％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９８％以上である。一部の実施形態において、立体選択性は９９％以上である。一部の実施形態において、修飾は立体特異的である。
脱ブロック化
一部の実施形態において、サイクルはサイクルステップを含む。一部の実施形態において、成長するＤＭＤオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキシル基はブロック化され（即ち保護され）、続いてヌクレオシドカップリングパートナーと反応させるため脱ブロック化されなければならない。
一部の実施形態では、酸性化を用いてブロック化基が除去される。好適な脱ブロック化技術（例えば、試薬、条件等）としては、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の脱ブロック化技術は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。特定の脱ブロック化技術、例えば試薬、条件、方法等は実施例に示す。
切断及び脱保護
特定の段階では、例えば望ましいＤＭＤオリゴヌクレオチド長さが実現した後、切断及び／又は脱保護が実施されることにより、ブロック化した核酸塩基等が脱保護され、及び支持体からＤＭＤオリゴヌクレオチド生成物が切断される。一部の実施形態において、切断及び脱保護は別々に実施される。一部の実施形態において、切断及び脱保護は、１つのステップにおいて又は２つ以上のステップにおいて、但しその間に生成物の分離を挟まずに実施される。一部の実施形態において、切断及び／又は脱保護には塩基条件及び高温が利用される。一部の実施形態において、特定のキラル補助基には、フッ化物条件が必要である（例えば、ＴＢＡＦ、ＨＦ－ＥＴ３Ｎ等、任意選択で追加の塩基と共に）。好適な切断及び脱保護技術（例えば、試薬、条件等）としては、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／０２１７７８４号（これらの各々の切断及び脱保護技術は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。特定の切断及び脱保護技術、例えば試薬、条件、方法等は実施例に示す。
一部の実施形態において、特定のキラル補助基は塩基性条件下で除去される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを塩基、例えばＮ（Ｒ）３の構造を有するアミンと接触させることにより、特定のキラル補助基（例えば、本開示に記載されるとおりのＧ２中の電子求引基を含むもの）が除去される。一部の実施形態において、塩基はＮＨＲ２である。一部の実施形態において、各Ｒは、独立に、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である。一部の実施形態において、各Ｒは、独立に、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである。一部の実施形態において、アミンはＤＥＡである。一部の実施形態において、アミンはＴＥＡである。一部の実施形態において、アミンは、溶液、例えばアセトニトリル溶液として提供される。一部の実施形態において、かかる接触は無水条件下で実施される。一部の実施形態において、かかる接触は、望ましいＤＭＤオリゴヌクレオチド長さが実現した直後に実施される（例えば、合成サイクル後最初のステップ）。一部の実施形態において、かかる接触は、キラル補助基及び／又は保護基の除去及び／又は固体支持体からのＤＭＤオリゴヌクレオチドの切断の前に実施される。一部の実施形態において、塩基との接触により、標準的なＤＭＤオリゴヌクレオチド合成において利用されるシアノエチル基が除去され、塩形態で存在し得る天然リン酸結合がもたらされる（ここで、カチオンは、例えばアンモニウム塩である）。
サイクル
本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチドの調製に好適なサイクルとしては、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号（例えば、スキームＩ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃ、Ｉ－ｄ、Ｉ－ｅ、Ｉ－ｆ等）、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々のサイクルは、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。例えば、一部の実施形態において、例示的サイクルはスキームＩ－ｆである。特定のサイクルは実施例に示す（例えば、天然リン酸結合の調製については、他のキラル補助基を利用する等）。
スキームＩ－ｅ．ＤＰＳＥキラル補助基を用いた例示的サイクル
Figure 2022513719000130
一部の実施形態において、Ｒ２ｓはＨ又は－ＯＲ１であり、式中、Ｒ１は水素でない。一部の実施形態において、Ｒ２ｓはＨ又は－ＯＲ１であり、式中、Ｒ１は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓはＨである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは－ＯＭｅである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは－Ｆである。一部の実施形態において、Ｒ４ｓは－Ｈである。一部の実施形態において、Ｒ４ｓ及びＲ２ｓは一緒になって、本開示に記載されるとおりの架橋－Ｌ－Ｏ－を形成する。一部の実施形態において、－Ｏ－は２’位の炭素に連結される。一部の実施形態において、Ｌは－ＣＨ２－である。一部の実施形態において、Ｌは－ＣＨ（Ｍｅ）－である。一部の実施形態において、Ｌは－（Ｒ）－ＣＨ（Ｍｅ）－である。一部の実施形態において、Ｌは－（Ｓ）－ＣＨ（Ｍｅ）－である。
精製及び特徴付け
本開示におけるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の精製及び／又は特徴付けには、様々な精製及び／又は特徴付け技術（方法、計器、プロトコル等）を利用することができる。一部の実施形態において、精製は、各種のＨＰＬＣ／ＵＰＬＣ技術を用いて実施される。一部の実施形態において、特徴付けは、ＭＳ、ＮＭＲ、ＵＶ等を含む。一部の実施形態において、精製及び特徴付けは、例えばＨＰＬＣ－ＭＳ、ＵＰＬＣ－ＭＳ等、共に実施され得る。例示的な精製及び特徴付け技術としては、米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／２００１８５号及び／又は国際公開第２０１９／２１７７８４号（これらの各々の精製及び特徴付け技術は、参照により援用される）に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法を提供する。一部の実施形態において、提供される方法は、本明細書に記載されるとおりの式３－ＡＡの構造を有する提供されるキラル試薬を提供することを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、
Figure 2022513719000131
（式中、Ｗ１は－ＮＧ５であり、Ｗ２はＯであり、Ｇ１及びＧ３の各々は、独立に、水素であるか、又はＣ１～１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり、Ｇ２は－Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３又は－Ｃ（Ｒ）２ＳＯ２Ｒ１であり、及びＧ４とＧ５とは一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約２０個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和ヘテロ原子含有環を形成し、式中、各Ｒは、独立に、水素であるか、又はＣ１～Ｃ６脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である）
の構造を有する提供されるキラル試薬を提供することを含む。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、
Figure 2022513719000132
の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供される方法は、
Figure 2022513719000133
の構造を有するキラル試薬からの部分を含むホスホロアミダイトを提供することを含み、ここで、－Ｗ１Ｈ及び－Ｗ２Ｈ又はヒドロキシル基及びアミノ基は、ホスホロアミダイトのリン原子と結合を形成する。一部の実施形態において、－Ｗ１Ｈ及び－Ｗ２Ｈ又はヒドロキシル基及びアミノ基は、例えば、
Figure 2022513719000134
におけるホスホロアミダイトのリン原子と結合を形成する。一部の実施形態において、ホスホロアミダイトは、
Figure 2022513719000135
の構造を有し、式中、他の各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－Ｈである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－Ｆである。一部の実施形態において、Ｒ２ｓは、－ＯＭｅである。一部の実施形態において、Ｒ’は、ＤＭＴｒである。一部の実施形態において、ＢＡは、任意選択で置換されているＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ又はＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ若しくはＵの任意選択で置換されている互変異性体である。
一部の実施形態において、Ｇ２は－Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、式中、－Ｃ（Ｒ）２－は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、及び－Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは、独立に、Ｃ１～１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているＣ１～１０アルキルである。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の少なくとも１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているフェニルであり、他の２つのＲの各々は、独立に、任意選択で置換されているＣ１～１０アルキルである。一部の実施形態において、－Ｓｉ（Ｒ）３の１つのＲは、独立に、任意選択で置換されているＣ１～１０アルキルであり、他の２つのＲの各々は、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ２Ｓｉ（Ｐｈ）（Ｍｅ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は、任意選択で置換されている－ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｓｉ（Ｍｅ）（Ｐｈ）２である。一部の実施形態において、Ｇ４とＧ５とは一緒になって、１個の窒素原子（それにＧ５が結合する）を含有する、任意選択で置換されている飽和５～６員環を形成する。一部の実施形態において、Ｇ４とＧ５とは一緒になって、１個の窒素原子を含有する、任意選択で置換されている飽和５員環を形成する。一部の実施形態において、Ｇ１は水素である。一部の実施形態において、Ｇ３は水素である。一部の実施形態において、Ｇ１及びＧ３は両方とも水素である。一部の実施形態において、Ｇ１及びＧ３は両方とも水素であり、Ｇ２は－Ｃ（Ｒ）２Ｓｉ（Ｒ）３であり、式中、－Ｃ（Ｒ）２－は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、及び－Ｓｉ（Ｒ）３の各Ｒは、独立に、Ｃ１～１０脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり、及びＧ４とＧ５とは一緒になって、１個の窒素原子を含有する、任意選択で置換されている飽和５員環を形成する。一部の実施形態において、提供される方法は、フルオロ含有試薬を提供することを更に含む。一部の実施形態において、提供されるフルオロ含有試薬は、キラル試薬又はキラル試薬から形成される生成物を合成後にオリゴヌクレオチドから除去する。本開示では、－ＳｉＲ３基の除去のためのＦ－源を含め、様々な公知のフルオロ含有試薬、例えばＴＢＡＦ、ＨＦ３－Ｅｔ３Ｎ等を利用することができる。一部の実施形態において、フルオロ含有試薬は、濃アンモニアなどの従来方法と比較して、より良好な結果、例えばより短い処理時間、より低い温度、より少ない脱硫化等を提供する。一部の実施形態において、特定のフルオロ含有試薬については、本開示は、結果の改良のため、例えばキラル試薬（又はＤＭＤオリゴヌクレオチド合成時にそれから形成される生成物）の除去時における支持体からのＤＭＤオリゴヌクレオチドの切断を減らすため、リンカーを提供する。一部の実施形態において、提供されるリンカーはＳＰリンカーである。一部の実施形態において、本開示は、ＨＦ－ＮＲ３などのＨＦ－塩基錯体を利用すると、キラル試薬（又はＤＭＤオリゴヌクレオチド合成時にそれから形成される生成物）の除去時に切断を制御し得ることを実証した。一部の実施形態において、ＨＦ－ＮＲ３はＨＦ－ＮＥｔ３である。一部の実施形態において、ＨＦ－ＮＲ３は、従来のリンカー、例えばスクシニルリンカーの使用を可能にする。
一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、Ｇ２は、例えばそのα位に電子求引基を含む。一部の実施形態において、Ｇ２は、１つ以上の電子求引基で置換されたメチルである。一部の実施形態において、電子求引基は炭素原子を含み、及び／又は例えば、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）－、－Ｐ（Ｓ）Ｒ１－又は－Ｃ（Ｏ）－を介して炭素原子に連結される。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である。一部の実施形態において、電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２の１つ以上で置換されているアリール又はヘテロアリール、例えばフェニルである。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｓ（Ｏ）Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｓ（Ｏ）２Ｒ’である。一部の実施形態において、Ｇ２は－ＣＨ２Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）２である。更なる例示的実施形態が、例えばキラル試薬／補助基に関して記載される。
立体制御されたオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書又は当技術分野において記載される方法により調製されるもの）が意図した立体制御された（キラル制御された）インターヌクレオチド結合を含むことの確認は、種々の好適な技術を用いて実施することができる。立体制御された（キラル制御された）オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの立体制御されたインターヌクレオチド結合を含み、これは、例えば、リンを含む立体制御されたインターヌクレオチド結合、Ｒｐ配置の立体制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合（ＰＳ）、Ｓｐ配置のＰＳ等であり得る。有用な技術としては、非限定的な例として：ＮＭＲ（例えば、１Ｄ（一次元）及び／又は２Ｄ（二次元）１Ｈ－３１Ｐ ＨＥＴＣＯＲ（異核相関分光法））、ＨＰＬＣ、ＲＰ－ＨＰＬＣ、質量分析法、ＬＣ－ＭＳ及び／又は立体特異的ヌクレアーゼが挙げられる。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼとしては、Ｒｐ配置のインターヌクレオチド結合（例えば、Ｒｐ配置のＰＳ）に特異的な、ベンゾナーゼ、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びｓｖＰＤＥ（ヘビ毒ホスホジエステラーゼ）；及びＳｐ配置のインターヌクレオチド結合（例えば、Ｓｐ配置のＰＳ）に特異的な、ヌクレアーゼＰ１、マングビーンヌクレアーゼ及びヌクレアーゼＳ１が挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドの骨格の立体化学パターン及び／又は特定のインターヌクレオチド結合の立体化学を確認又は同定する方法に関する。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、リンを含む立体制御されたインターヌクレオチド結合、Ｒｐ配置の立体制御されたホスホロチオエート（ＰＳ）又はＳｐ配置のＰＳを含む。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの立体制御されたインターヌクレオチド結合と、立体制御されていない少なくとも１つのインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、方法は、立体特異的ヌクレアーゼによるＤＭＤオリゴヌクレオチドの消化を含む。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼは、Ｒｐ配置のインターヌクレオチド結合（例えば、Ｒｐ配置のＰＳ）に特異的な、ベンゾナーゼ、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びｓｖＰＤＥ（ヘビ毒ホスホジエステラーゼ）；及びＳｐ配置のインターヌクレオチド結合（例えば、Ｓｐ配置のＰＳ）に特異的な、ヌクレアーゼＰ１、マングビーンヌクレアーゼ及びヌクレアーゼＳ１から選択される。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼによる消化によって生成されたＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその断片が分析される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその断片（例えば、立体特異的ヌクレアーゼによる消化によって生成される）は、ＮＭＲ、１Ｄ（一次元）及び／又は２Ｄ（二次元）１Ｈ－３１Ｐ ＨＥＴＣＯＲ（異核相関分光法）、ＨＰＬＣ、ＲＰ－ＨＰＬＣ、質量分析法、ＬＣ－ＭＳ、ＵＰＬＣ等によって分析される。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその断片は、既知の立体化学パターンを有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの化学的に合成した断片と比較される。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、少なくとも一部の例において、糖の修飾（例えば、２’－修飾）、塩基配列又は立体化学的コンテクストにより、特定のヌクレアーゼの立体特異性が変化し得ることを指摘しておく。例えば、一部の実施形態において、Ｒｐインターヌクレオチド結合に特異的なベンゾナーゼ及びミクロコッカスヌクレアーゼの両方は、ＰＳ Ｓｐインターヌクレオチド結合が隣接する単離されたＰＳ Ｒｐインターヌクレオチド結合を切断することができなかった。
様々な技法及び材料を利用することができる。一部の実施形態において、本開示は、技術の有用な組み合わせを提供する。例えば、一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの１つ以上の特定のインターヌクレオチド結合の立体化学は、立体特異的ヌクレアーゼによるＤＭＤオリゴヌクレオチドの消化及び種々の技法のいずれか（例えば、質量電荷比に基づく分離、ＮＭＲ、ＨＰＬＣ、質量分析法等）による、得られた断片（例えば、ヌクレアーゼ消化生成物）の分析によって確認することができる。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼによるＤＭＤオリゴヌクレオチドの消化の立体化学は、例えば立体化学を制御する技術によって生成された化学合成断片（例えば、二量体、三量体、四量体等）との比較（例えば、ＮＭＲ、ＨＰＬＣ、質量分析法等）によって確認することができる。
更に別の例では、異なるＤＭＤオリゴヌクレオチドを試験して、インターヌクレオチド結合が意図した立体配置であることを確認した。ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤのエクソン５１のスキッピング能力を有する；ＤＭＤオリゴヌクレオチド中の大多数のヌクレオチドが２’－Ｆであり、残りは２’－ＯＭｅであった；ＤＭＤオリゴヌクレオチド中の大多数のインターヌクレオチド結合がＳｐ配置のＰＳであり、残りはＰＯであった。このＤＭＤオリゴヌクレオチドを立体特異的ヌクレアーゼによる消化によって試験し、得られた消化断片を分析した（例えば、ＬＣ－ＭＳにより、及び既知の立体化学の化学合成断片との比較により）。この結果から、このＤＭＤオリゴヌクレオチドが、立体制御されたインターヌクレオチド結合の意図したパターンを有することが確認された。
一部の実施形態において、立体化学の特徴付け及び／又は確認にはＮＭＲが有用である。例示的な実験の組において、立体制御されたＣｐＧモチーフを含むＤＭＤオリゴヌクレオチドの組を試験して、ＣｐＧモチーフの意図した立体化学を確認した。この組内のオリゴヌクレオチドは、ｐＣｐＧｐの構造を有するモチーフを含み、ここで、Ｃは、シトシンであり、Ｇはグアニンであり、及びｐは、ステレオランダムな又は立体制御された（例えば、Ｒｐ又はＳｐ配置の）ホスホロチオエートである。例えば、あるＤＭＤオリゴヌクレオチドはｐＣｐＧｐ構造を含み、ここで、ホスホロチオエートの立体化学パターン（例えば、ｐｐｐ）はＲＲＲであった；別のＤＭＤオリゴヌクレオチドでは、ｐｐｐの立体化学パターンはＲＳＳであった；別のＤＭＤオリゴヌクレオチドでは、ｐｐｐの立体化学パターンはＲＳＲであった等である。この組において、ｐｐｐの可能なすべての立体化学パターンが表された。ＤＭＤオリゴヌクレオチドのうち、ｐＣｐＧｐ構造の外部にある一部分において、すべてのインターヌクレオチド結合がＰＯであった；このＤＭＤオリゴヌクレオチド中のすべてのヌクレオシドが２’－デオキシであった。これらの様々なＤＭＤオリゴヌクレオチドを立体特異的ヌクレアーゼによる消化なしにＮＭＲで試験し、特徴的なピークパターンが観察されたことから、Ｒｐ又はＳｐである各ＰＳがユニークなピークを生じたことが示され、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドが意図した立体化学の立体制御されたＰＳインターヌクレオチド結合を含んだことが確認された。
様々な他の立体制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドのインターヌクレオチド結合の立体化学パターンを確認した。ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、種々の化学修飾及び立体化学パターンを含む。
オリゴヌクレオチドを評価、検出及び／又は定量化するための技術
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドを評価、検出及び／又は定量化するための技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、例えば、試料中のオリゴヌクレオチドのレベルを評価する方法に関する。一部の実施形態において、方法は、ハイブリダイゼーション酵素結合免疫吸着アッセイ（ＨＥＬＩＳＡ）であるか、それを利用するか又はそれを含む。
一部の実施形態において、ＨＥＬＩＳＡを使用して、オリゴヌクレオチド（様々な試料の分析物と呼ばれ得る）を定量化することができる。一部の実施形態において、試験試料は、限定はされないが、血漿、脳脊髄液、尿及び組織ホモジネート（例えば、脳、脊髄、肝臓、腎臓、脾臓及び他の組織）を含む。一部の実施形態において、提供される技術、例えばＨＥＬＩＳＡは、例えば、開発中、臨床試験中、承認後など、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物の薬物動態学的評価及び毒物動態学的評価に有用である。
一部の実施形態において、本開示は、
その塩基配列が、第１のオリゴヌクレオチド又はその一部の塩基配列に相補的である配列であるか又はそれを含む、捕捉プローブオリゴヌクレオチドを得ること；
捕捉プローブオリゴヌクレオチドを第１のオリゴヌクレオチドと接触させて、この捕捉プローブオリゴヌクレオチドを第１のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせること；
その塩基配列が、第１のオリゴヌクレオチドの塩基配列と相補的ではない捕捉プローブオリゴヌクレオチドの一部の塩基配列に相補的な配列であるか又はそれを含む、検出プローブオリゴヌクレオチドを得ること；
検出プローブオリゴヌクレオチドを捕捉プローブオリゴヌクレオチドと接触させて、検出プローブオリゴヌクレオチドを、第１のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズする捕捉プローブオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること；
第１のオリゴヌクレオチドと検出プローブオリゴヌクレオチドとを共有結合させること；及び
第１のオリゴヌクレオチドに共有結合していない検出プローブオリゴヌクレオチドを除去すること
を含む方法を提供する。
一部の実施形態において、提供される方法は、試料中の第１のオリゴヌクレオチドを検出及び／又は定量化するのに有用である。
一部の実施形態において、捕捉プローブオリゴヌクレオチドはタグを含む。一部の実施形態において、タグを利用して、捕捉プローブオリゴヌクレオチドを固定することができる。一部の実施形態において、タグは、オリゴヌクレオチドの３’末端にある。一部の実施形態において、タグはビオチンである。
一部の実施形態において、検出プローブオリゴヌクレオチドは、検出、定量化などのための標識を含む。有用な標識は、広く利用可能であり、本開示に従って利用することができる。例えば、一部の実施形態において、標識は、抗体によって検出することができ、その後、別のアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ又はそれに類似する技術など）によって評価することができる抗原である。一部の実施形態において、標識は蛍光標識である。一部の実施形態において、標識は放射性標識である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、例えば、ライゲーションを介して共有結合している。当業者が理解するとおり、様々なライゲーション技術が利用可能であり、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態において、第１のオリゴヌクレオチドに共有結合していない検出プローブオリゴヌクレオチドの除去は、遊離検出プローブオリゴヌクレオチド並びに補足プローブオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドと検出プローブオリゴヌクレオチドとによって形成されたライゲーション産物によって形成されたものではない複合体の除去を含み、ここで、捕捉プローブオリゴヌクレオチドは、ライゲーション産物に相補的である。一部の実施形態において、捕捉プローブオリゴヌクレオチド及びライゲーション産物は、同じ長さであり、互いに完全に相補的である。一部の実施形態において、除去後、実質的にすべての標識は、ライゲーション産物及び捕捉プローブオリゴヌクレオチドによって形成された複合体に存在する。一部の実施形態において、除去は、系をＳ１ヌクレアーゼと接触させることによって行われ、ここで、一本鎖オリゴヌクレオチド及び／又はミスマッチのあるオリゴヌクレオチド鎖は消化される。
一部の実施形態において、提供される方法は、検出プローブオリゴヌクレオチドを検出及び／又は定量化することを含む。当業者が理解するとおり、様々な技術、例えばＥＬＩＳＡ及び／又は同様の技術におけるものを検出及び／又は定量化に利用することができる。一部の実施形態において、検出プローブオリゴヌクレオチドの検出／定量化により、第１のオリゴヌクレオチドが検出及び／又は定量化される。
一部の実施形態において、検出プローブオリゴヌクレオチドは、９ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、第１のオリゴヌクレオチドは、２０ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、捕捉プローブオリゴヌクレオチドは、検出プローブオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドの合計である長さを有する（例えば、第１のオリゴヌクレオチドが２０量体である場合、検出プローブオリゴヌクレオチドは９量体であり、捕捉プローブオリゴヌクレオチドは２９量体である）。
一部の実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及び捕捉プローブオリゴヌクレオチドを含む複合体を提供する。一部の実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドと検出プローブオリゴヌクレオチドとのライゲーション産物であるオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、捕捉プローブオリゴヌクレオチド及びライゲーション産物オリゴヌクレオチドを含む複合体を提供する。一部の実施形態において、捕捉プローブオリゴヌクレオチドは、例えば、表面、固体支持体などに固定される。
図１は、有用な例を示す。図１において、アッセイは、オリゴヌクレオチドと塩基対を形成し、捕捉プローブの５’末端にオーバーハングが残る捕捉プローブオリゴヌクレオチドを使用する。捕捉プローブは、３’末端にビオチンが共有結合でタグ付けされ、これにより、捕捉プローブ：オリゴヌクレオチド複合体を、アビジン、ニュートラアビジン、ストレプトアビジン、抗ビオチン抗体及び他のビオチン結合分子などの分子でプレコートされたプレートにプルダウンすることが可能になる。次に、検出プローブオリゴヌクレオチド、この場合にはジゴキシゲニンなどの共有結合３’－検出タグを有する短い９量体オリゴヌクレオチドが、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼとともに追加される。検出プローブオリゴヌクレオチド塩基は、捕捉プローブの５’オーバーハングと対を形成する。検出プローブと捕捉プローブとの塩基対形成は、オリゴヌクレオチドの３’末端を検出プローブの５’末端にライゲーションするためのＴ４ ＤＮＡリガーゼのテンプレートを提供する。とりわけ、ライゲーションは、必要に応じて、検出プローブオリゴヌクレオチドが捕捉プローブにハイブリダイズしたままであるように行われる。ライゲーション後、Ｓ１ヌクレアーゼを使用して、対になっていないすべての捕捉プローブをビオチン又は非二本鎖複合体からクリップする。図１に示すとおり、検出プローブの完全長親オリゴヌクレオチドへのライゲーションが効率的に進行すると、Ｓ１ヌクレアーゼによる切断及び分解に耐性がある完全２９量体二本鎖複合体が形成される。検出タグがジゴキシゲニンである状態では、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）コンジュゲート抗ジゴキシゲニン抗体を添加すると、ＡＰ基質の添加でＡＰによる脱リン酸化により蛍光シグナルが発生し、複合体の検出及び／又は定量化が可能になる。
一部の実施形態において、感度及び／又は特異性は、第１のオリゴヌクレオチドの検出プローブへの共有結合によるライゲーションによる影響を受け得ることが観察された。一部の実施形態において、検出プローブオリゴヌクレオチドは、共有結合（例えば、ライゲーション）なしでは、検出／定量化まで捕捉プローブへの結合を維持できない。従って、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ媒介ライゲーションが効率的でない場合、シグナルの重大な障害が起きる。一部の実施形態において、第１のオリゴヌクレオチドの共有結合、例えばライゲーションは、第１のオリゴヌクレオチド（分析物）を、そのより短い代謝産物（例えば、３’Ｎ単量体（例えば、Ｎが２０、１９量体の場合））と区別することができる。一部の実施形態において、より短い代謝産物オリゴヌクレオチドは、ライゲーション、例えばＴ４ ＤＮＡ媒介ライゲーションをテンプレート化するのに十分な長さではない。一部の実施形態において、ライゲーションされていない検出プローブオリゴヌクレオチドを含む複合体が除去される。一部の実施形態において、そのような複合体は、例えば、Ｓ１ヌクレアーゼによって媒介される分解に対して不安定である。本開示に従って様々な技術を利用して、結合効率、例えばライゲーション効率、従って全体の検出／定量化効率を改善することができる。一部の実施形態において、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を利用して、提供される技術、例えばＨＥＬＩＳＡアッセイを改善してきた。
一部の実施形態において、提供される技術は、洗剤、例えばＰＥＧ、ＤＭＳＯ及び／又はベタインの利用を含む。一部の実施形態において、提供される技術は、洗剤、例えばＰＥＧの利用を含む。一部の実施形態において、提供される技術は、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）の利用を含む。一部の実施形態において、提供される技術は、ベタインの利用を含む。
一部の実施形態において、ＰＥＧ（２０００～６０００の平均分子量の範囲）、５％ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）及び／又は０．５Ｍ～１．５Ｍベタインの１０～２０％溶液の添加が、バックグラウンドシグナルへの影響を最小限に抑えてシグナル全体を増強することが観察された。一部の実施形態において、シグナルは、約１０倍改善され、それにより、方法の感度が著しく改善された。一部の実施形態において、ＰＥＧでは、ポリマーのパーセンテージを５から２０％に増加させると、シグナルの用量依存的な増加が観察され、異なる平均分子量のＰＥＧ種（２０００、４０００及び６０００）にわたって同等であった（表６）。
Figure 2022513719000136
一部の実施形態において、ベタインでは、例えばベタインの濃度を０．１Ｍ、０．５Ｍから１．５Ｍに増加させるとき、シグナルの用量依存的な増加が観察された（表７）。一部の実施形態において、ＤＭＳＯでは、１０％ＰＥＧ－６０００又は１．５Ｍベタインに匹敵するシグナルの増加をもたらすには５％で十分である。一部の実施形態において、１０％ＰＥＧ－６０００とベタイン又はＤＭＳＯとの組み合わせもシグナルの増加をもたらした。
Figure 2022513719000137
様々な配列及び／又は化学修飾を含む様々な他のオリゴヌクレオチドでのＰＥＧ－６０００の評価は、同様の感度の向上をもたらした。
Figure 2022513719000138
生物学的適用、例示的使用及び投与レジメン
本明細書に記載されるとおり、提供される組成物及び方法は、様々な目的、例えば米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号及び／又は国際公開第２０１７／２１０６４７号に記載されるものに有用である。
一部の実施形態において、提供される技術は、標的ＤＭＤ転写物中のエクソン５１をスキップする。様々な塩基配列を有し及び／又は様々な核酸（例えば、様々な遺伝子のＤＭＤ転写物）を標的化する、様々なタイプの修飾インターヌクレオチド結合を含む幾つものＤＭＤオリゴヌクレオチドが、非負電荷インターヌクレオチド結合（例えば、ｎ００１）を含む多くのものを含めて調製され、様々な有用な特性、活性及び／又は利点が実証された。
一部の実施形態において、本開示は、システム内のＤＭＤ転写物又はそれによってコードされる産物のレベルを調節するための方法を提供し、この方法は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物の有効量を投与することを含む。一部の実施形態において、本開示は、システム内のＤＭＤ転写物又はそれによってコードされる産物のレベルを調節するための方法を提供し、この方法は、ＤＭＤ転写物を提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させることを含む。一部の実施形態において、システムはインビトロシステムである。一部の実施形態において、システムは細胞である。一部の実施形態において、システムは組織である。一部の実施形態において、システムは器官である。一部の実施形態において、システムは生物である。一部の実施形態において、システムは対象である。一部の実施形態において、システムはヒトである。一部の実施形態において、ＤＭＤ転写物のレベルの調節により、ＤＭＤ転写物のレベルが低下する。一部の実施形態において、ＤＭＤ転写物のレベルの調節により、ＤＭＤ転写物のレベルが増加する。
一部の実施形態において、本開示は、核酸配列又はそれによってコードされる産物に関連する病態、疾患又は障害を予防又は治療する方法を提供し、この方法は、それに罹患している又はそれに罹り易い対象に、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物の有効量を投与することを含み、ここで、ＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物は核酸配列のＤＭＤ転写物のレベルを調節する。一部の実施形態において、核酸配列は遺伝子である。一部の実施形態において、ＤＭＤ転写物のレベルの調節により、ＤＭＤ転写物のレベルが低下する。一部の実施形態において、ＤＭＤ転写物のレベルの調節により、ＤＭＤ転写物のレベルが増加する。
一部の実施形態において、例えばノックダウン、エクソンスキッピング等を通じて調節されたＤＭＤ転写物のレベルの変化は、少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、２００、５００又は１０００倍である。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物はスプライシングを調節する。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物はエクソンスキッピングを促進し、それによりエクソンスキッピング前のＤＭＤ転写物と比べて有益な機能が増加したＤＭＤ転写物のレベルを生じさせる。一部の実施形態において、有益な機能は、生物学的機能が増加したタンパク質をコードすることである。一部の実施形態において、本開示は、スプライシングの調節方法を提供し、この方法は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物をスプライシングシステムに投与することを含み、ここで、少なくとも１つのＤＭＤ転写物のスプライシングが変化される（例えば、エクソン５１のスキッピングが増加される）。一部の実施形態において、少なくとも１つのスプライシング産物のレベルが少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、２００、５００又は１０００倍に増加する。一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤスプライシングの調節方法を提供し、この方法は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物をスプライシングシステムに投与することを含む。
一部の実施形態において、本開示は、ＤＭＤを予防又は治療する方法を提供し、この方法は、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の有効量を含む医薬組成物を投与することを含む。
一部の実施形態において、提供される組成物及び方法は、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件からのパターンである参照パターンと比較して改良されたＤＭＤ転写物スプライシングパターンを提供する。改良は、任意の望ましい生物学的機能の改良であり得る。一部の実施形態において、例えばＤＭＤでは、改良は、生物学的活性が改良されたジストロフィンタンパク質を産生するｍＲＮＡの産生である。
一部の実施形態では、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物であって、任意選択で１つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むＤＭＤオリゴヌクレオチド（又はキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物における複数のＤＭＤオリゴヌクレオチド）が特に有用及び有効である。とりわけ、かかるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、大幅に改良された効果、より良好な送達、より低い毒性等をもたらすことができる。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、標的ＤＭＤ転写物のスプライシングを変化させることにおいて同等の効果を有する、他の点で同等の参照ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物と比べて低い用量及び／又は頻度で投与される。一部の実施形態において、立体制御された（キラル制御された）ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、標的ＤＭＤ転写物のスプライシングを変化させることにおいて同等の効果を有する、他の点で同等のステレオランダムな参照ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物と比べて低い用量及び／又は頻度で投与される。必要であれば、提供される組成物は、その低い毒性のため、より高い用量／頻度で投与することもできる。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド、組成物及び方法は、例えば参照組成物と比較したとき低毒性である。当技術分野において広く公知のとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、例えば細胞、組織、生物等への投与時に毒性を誘導し得る。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは望ましくない免疫応答を誘導し得る。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは補体活性化を誘導し得る。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは補体の代替経路の活性化を誘導し得る。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは炎症を誘導し得る。とりわけ、補体系は細胞に損傷を与え得る強力な細胞溶解活性を有し、従って調節して傷害の可能性を低減すべきである。一部の実施形態では、ＤＭＤオリゴヌクレオチド誘導性血管外傷が、例えば医薬用途のＤＭＤオリゴヌクレオチドの開発において頻発する難題である。一部の実施形態において、高用量のＤＭＤオリゴヌクレオチドを投与したときの主な炎症源は、代替補体カスケードの活性化を伴う。一部の実施形態において、補体活性化は、ホスホロチオエート含有ＤＭＤオリゴヌクレオチドに関連する共通の難題であり、ホスホロチオエートの一部の配列が自然免疫細胞活性化を誘導する可能性もある。一部の実施形態では、サイトカイン放出がＤＭＤオリゴヌクレオチドの投与に関連する。例えば、一部の実施形態では、インターロイキン－６（ＩＬ－６）単球走化性タンパク質（ＭＣＰ－１）及び／又はインターロイキン－１２（ＩＬ－１２）の増加が観察される。例えば、Frazier, Antisense Oligonucleotide Therapies: The Promise and the Challenges from a Toxicologic Pathologist’s Perspective. Toxicol Pathol., 43: 78-89, 2015；及びEngelhardt, et al., Scientific and Regulatory Policy Committee Points-to-consider Paper: Drug-induced Vascular Injury Associated with Nonsmall Molecule Therapeutics in Preclinical Development: Part 2. Antisense Oligonucleotides. Toxicol Pathol. 43: 935-944, 2015を参照されたい。
本明細書に提供されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物は、限定はされないが、ＤＭＤ転写、翻訳、免疫応答、エピジェネティクス等を含めた幾つもの細胞過程及び機構を調節するための薬剤として使用することができる。加えて、本明細書に提供されるとおりのＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、研究及び／又は診断目的の試薬として使用することができる。当業者は、本明細書における本開示、開示が、特定の使用に限定されるものではなく、合成オリゴヌクレオチドの使用が望ましい任意の状況に適用可能であることを容易に認識するであろう。とりわけ、提供される組成物は、種々の治療、診断、農業及び／又は研究適用において有用である。
提供されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の投与には、様々な投与レジメン、例えば米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号及び／又は国際公開第２０１７／２１０６４７号（これらの各々の投与レジメンは、参照により本明細書に援用される）に記載されるものを利用することができる。
一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物は、その低い毒性に伴い、より高い投薬量及び／又はより高い頻度で投与することができる。一部の実施形態において、提供される組成物は、その改良された送達（及び他の特性）に伴い、生物学的効果、例えば臨床的有効性の実現に、より低い投薬量及び／又はより低い頻度で投与することができる。
単回用量は、様々な量のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含有することができる。一部の実施形態において、単回用量は、適用に応じて好適な所望のとおり、あるタイプのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドを様々な量で含有することができる。一部の実施形態において、単回用量は、あるタイプのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドを約１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００ｍｇ又はそれを超えて（例えば、約３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００ｍｇ又はそれを超えて）含有する。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないＤＭＤオリゴヌクレオチドと比べてより低量での単回用量及び／又は総用量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは、有効性の改良により、キラル制御されていないＤＭＤオリゴヌクレオチドと比べてより低量での単回用量及び／又は総用量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないＤＭＤオリゴヌクレオチドと比べてより高量での単回用量及び／又は総用量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドは、安全性の改良により、キラル制御されていないＤＭＤオリゴヌクレオチドと比べてより高量での単回用量及び／又は総用量で投与される。
医薬組成物
療法薬として使用されるとき、本明細書に記載される提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は医薬組成物として投与される。一部の実施形態において、医薬組成物は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩の治療有効量と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤及び薬学的に許容可能な担体から選択される少なくとも１つ薬学的に許容可能な不活性成分とを含む。一部の実施形態において、提供される組成物中では、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは、塩、好ましくは薬学的に許容可能な塩、例えばナトリウム塩、アンモニウム塩等として存在し得る。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドの塩は、２つ以上のカチオンを例えば一部の実施形態では最大でＤＭＤオリゴヌクレオチド中の負電荷酸性基（例えば、リン酸、ホスホロチオエート等）の数に至るまで含む。当業者が理解するとおり、本明細書に記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドは塩形態、特に薬学的に許容可能な塩形態で提供され、及び／又は利用され得る。
一部の実施形態において、本開示は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドの塩及びその医薬組成物を提供する。一部の実施形態において、塩は、薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態では、塩基に（例えば、水溶液、医薬組成物等の条件下で）供与され得る各水素イオンが非Ｈ＋カチオンに置き換えられる。例えば、一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は全金属イオン塩であり、ここで、各インターヌクレオチド結合（例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートジエステル結合等）の各水素イオン（例えば、水中で十分に酸性の、－ＯＨ、－ＳＨ等のもの）が金属イオンに置き換えられる。一部の実施形態において、提供される塩は全ナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供される薬学的に許容可能な塩は全ナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供される塩は全ナトリウム塩であり、ここで、存在する場合に天然リン酸結合（酸性形態－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－）である各インターヌクレオチド結合が、そのナトリウム塩形態（－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＮａ）－Ｏ－）として存在し、及び存在する場合にホスホロチオエートジエステル結合（ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合；酸性形態－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＨ）－Ｏ－）である各インターヌクレオチド結合が、そのナトリウム塩形態（－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＮａ）－Ｏ－）として存在する。
一部の実施形態において、医薬組成物は、静脈内注射、経口投与、頬側投与、吸入、経鼻投与、局所投与、眼内投与又は耳内投与用に製剤化される。一部の実施形態において、医薬組成物は、錠剤、丸薬、カプセル、液体、吸入薬、鼻腔内噴霧溶液、坐薬、懸濁液、ゲル、コロイド、分散液、懸濁液、溶液、エマルション、軟膏、ローション、点眼薬又は点耳薬である。
一部の実施形態において、本開示は、薬学的に許容可能な賦形剤との混合でのキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者は、本医薬組成物が、上記に記載されるキラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩又はその組成物を包含することを認識するであろう。
種々の超分子ナノ担体を使用して核酸を送達することができる。例示的ナノ担体としては、限定はされないが、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体及び様々な高分子物質が挙げられる。核酸と様々なポリカチオンとの複合体形成は、もう１つの細胞内送達手法であり；これには、ＰＥＧ化ポリカチオン、ポリエチレンアミン（ＰＥＩ）複合体、カチオン性ブロック共重合体及びデンドリマーの使用が含まれる。幾つかのカチオン性ナノ担体は、ＰＥＩ及びポリアミドアミンデンドリマーを含め、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他の手法としては、ポリマーナノ粒子、ポリマーミセル、量子ドット及びリポプレックスの使用が挙げられる。一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは別の分子にコンジュゲートされる。
本明細書に記載される例示的な送達戦略に加えて、更なる核酸送達戦略が公知である。
治療及び／又は診断適用では、本開示の化合物は、全身及び局所又は限局投与を含め、種々の投与様式用に製剤化することができる。技法及び製剤については、概して、Remington, The Science and Practice of Pharmacy, (20th ed. 2000)を参照し得る。
提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びその組成物は、幅広い投薬量範囲にわたって有効である。例えば、成人ヒトの治療では、１日約０．０１～約１０００ｍｇ、約０．５～約１００ｍｇ、約１～約５０ｍｇ及び１日約５～約１００ｍｇの投薬量が、用いられ得る投薬量の例である。正確な投薬量は、投与経路、化合物の投与形態、治療下の対象、治療下の対象の体重並びに主治医の意向及び経験に依存することになる。
薬学的に許容可能な塩は、概して当業者に周知であり、例として、限定されないが、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、重炭酸塩、酒石酸水素塩、臭化物、エデト酸カルシウム、カンシル酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストル酸塩、エシル酸塩、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコアルサニル酸塩、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヒドロキシナフトエ酸塩、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、硝酸塩、パモ酸塩（エンボン酸塩）、パントテン酸塩、リン酸塩／二リン酸塩、ポリガラクツロン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩又はテオクル酸塩を挙げることができる。他の薬学的に許容可能な塩については、例えば、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)を参照し得る。好ましい薬学的に許容可能な塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、パモ酸塩（エンボン酸塩）、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩又は酒石酸塩が挙げられる。
当業者は理解するとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、例えば医薬用途のため、幾つもの塩として製剤化され得る。一部の実施形態において、塩は金属カチオン塩及び／又はアンモニウム塩である。一部の実施形態において、塩はＤＭＤオリゴヌクレオチドの金属カチオン塩である。一部の実施形態において、塩はＤＭＤオリゴヌクレオチドのアンモニウム塩である。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態において、塩はＤＭＤオリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合、非毒性アンモニウム、第４級アンモニウム及びＤＭＤオリゴヌクレオチドと共に形成されるアミンカチオンが挙げられる。当業者は理解するとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチド内に２つ以上のアニオンがあり得るため、ＤＭＤオリゴヌクレオチドの塩は２つ以上のカチオン、例えばナトリウムイオンを含有し得る。
治療下の具体的な病態に応じて、かかる薬剤は液体又は固形剤形に製剤化され、全身又は局所投与され得る。薬剤は、例えば、当業者に公知のとおりの時限型又は持続型低量放出形態で送達され得る。製剤化及び投与技法については、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)を参照し得る。好適な経路としては、経口、頬側、吸入スプレーによるもの、舌下、直腸、経皮、腟内、経粘膜、鼻腔又は腸内投与；筋肉内、皮下、髄内注射を含む非経口送達並びに髄腔内、脳室内に直接、静脈内、関節内、胸骨内、滑液嚢内、肝内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内又は眼内注射又は他の送達様式を挙げることができる。
注射用には、本開示の薬剤は、ハンクス液、リンゲル液又は生理食塩緩衝液などの生理的に適合性のある緩衝液中など、水溶液中に製剤化及び希釈され得る。かかる経粘膜投与には、通過しようとする関門に適切な透過剤が製剤中に使用される。かかる透過剤は、概して、当技術分野において公知である。
薬学的に許容可能な不活性担体を使用して、本開示の実施のため本明細書に開示される化合物を全身投与に好適な投薬量に製剤化することは、本開示の範囲内である。担体の適切な選択及び好適な製造実践により、本開示の組成物、詳細には、溶液として製剤化されるものは、静脈内注射によるなど、非経口的に投与し得る。
化合物、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドは、当技術分野において周知の薬学的に許容可能な担体を使用して経口投与に好適な投薬量に容易に製剤化することができる。かかる担体により、本開示の化合物を治療下の対象（例えば患者）による経口摂取用に錠剤、丸薬、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化することが可能になる。
鼻腔又は吸入送達には、本開示の薬剤は、当業者に公知の方法によっても製剤化され得、例えば、限定はされないが、生理食塩水、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤及びフルオロカーボンなど、可溶化、希釈又は分散物質の例を挙げることができる。
特定の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物はＣＮＳに送達される。特定の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物は脳脊髄液に送達される。特定の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物は脳実質に投与される。特定の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物は、髄腔内投与又は脳室内投与によって動物／対象に送達される。実質内投与、髄腔内投与又は脳室内投与では、中枢神経系内での本明細書に記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び組成物の広範な分布が実現し得る。
特定の実施形態において、非経口投与は、例えばシリンジ、ポンプ等による注射によるものである。特定の実施形態において、注射はボーラス注射である。特定の実施形態において、注射は、線条体、尾状核、皮質、海馬及び小脳などの組織に直接投与される。
特定の実施形態において、ボーラス注射によるなど、医薬剤を特異的に局在化させる方法は、半有効濃度（ＥＣ５０）を２０、２５、３０、３５、４０、４５又は５０分の１に低下させる。特定の実施形態において、標的組織は脳組織である。特定の実施形態において、標的組織は線条体組織である。特定の実施形態において、ＥＣ５０の低下は、それを必要としている患者において薬理学的結果を達成するために必要な用量が減少するため望ましい。
特定の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは、注射又は注入によって１ヵ月毎、２ヵ月毎、９０日毎、３ヵ月毎、６ヵ月毎に１回、年２回又は年１回送達される。
本開示での使用に好適な医薬組成物としては、活性成分がその意図される目的を実現するための有効量で含まれる組成物が挙げられる。有効量の決定は、特に本明細書に提供される詳細な本開示を踏まえれば、十分に当業者の能力の範囲内である。
これらの医薬組成物は、活性成分に加えて、活性化合物を医薬品として使用し得る製剤にする処理を促進する賦形剤及び助剤を含む好適な薬学的に許容可能な担体を含有し得る。経口投与用に製剤化される製剤は、錠剤、糖衣錠、カプセル又は溶液の形態であり得る。
経口使用向けの医薬製剤は、活性化合物を固体賦形剤と合わせ、任意選択で得られた混合物を粉砕し、及びこの顆粒混合物を、必要に応じて好適な助剤を添加した後に処理して錠剤又は糖衣錠コアを入手することにより入手し得る。好適な賦形剤は、詳細には、充填剤、例えばラクトース、スクロース、マンニトール又はソルビトールを含めた糖類；セルロース調製物、例えばトウモロコシデンプン、小麦デンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース（ＣＭＣ）ナトリウム及び／又はポリビニルピロリドン（ＰＶＰ：ポビドン）である。必要であれば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天又はアルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
糖衣錠コアには、好適なコーティングが付与される。この目的上、濃縮糖液が使用され得、これは、任意選択で、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）及び／又は二酸化チタン、ラッカー溶液及び好適な有機溶媒若しくは溶媒混合物を含有し得る。錠剤又は糖衣錠コーティングには、異なる組み合わせの活性化合物用量の識別又は特徴付けのため、色素又はピグメントが添加され得る。
経口的に使用することのできる医薬製剤には、ゼラチンで作られたプッシュフィットカプセル並びにゼラチン及びグリセロール又はソルビトールなどの可塑剤で作られたソフトシールカプセルが含まれる。プッシュフィットカプセルは、活性成分を、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤及び／又はタルク又はステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤並びに任意選択で安定剤との混合で含有し得る。ソフトカプセルでは、活性化合物が脂肪油、流動パラフィン又は液体ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの好適な液体中に溶解又は懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
一部の実施形態において、本明細書に記載される任意のＤＭＤオリゴヌクレオチド若しくはこれらの組み合わせ又は本明細書に記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む任意の組成物は、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の任意の医薬製剤と組み合わせることができる。
併用療法
一部の実施形態において、対象には、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物に加えて、追加の治療（限定はされないが、療法剤又は方法を含む）が投与される。一部の実施形態において、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物（又は２つ以上の組成物、各々がＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む）が追加の治療と共に患者に投与される。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療する方法に関し、この方法は、（ａ）それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与すること、及び（ｂ）筋ジストロフィーを予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する追加の治療を対象に投与することを含む。一部の実施形態において、追加の治療は、第２のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物である。
一部の実施形態において、追加の治療は、それ自体が筋ジストロフィーを予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する。一部の実施形態において、追加の治療は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドと共に投与したとき、筋ジストロフィーを予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する。
一部の実施形態において、追加の治療は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド、例えば提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物の前、その後又はそれと同時に対象に投与される。一部の実施形態において、組成物は、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドと追加の治療との両方を含む。一部の実施形態において、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドと１つ又は複数の追加の治療とは別個の組成物中にある。一部の実施形態において、本開示は、例えば他の療法剤及び／又は医療手技との併用療法のための技術（例えば、組成物、方法等）を提供する。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及び／又は組成物は、１つ以上の他の療法剤と一緒に使用され得る。一部の実施形態において、提供される組成物は、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドと、１つ以上の他の療法剤とを含む。一部の実施形態において、１つ以上の他の療法剤は、組成物中の提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチドと比較して、１つ以上の異なる標的及び／又は標的に対する１つ以上の異なる機構を有し得る。一部の実施形態において、療法剤はＤＭＤオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、療法剤は小分子薬物である。一部の実施形態において、療法剤はタンパク質である。一部の実施形態において、療法剤は抗体である。本開示では、幾つもの療法剤を利用し得る。例えば、ＤＭＤに対するＤＭＤオリゴヌクレオチドが、ユートロフィン産生を調節する１つ以上の療法剤（ユートロフィン調節物質）と一緒に使用され得る。一部の実施形態において、ユートロフィン調節物質はユートロフィン産生を促進する。一部の実施形態において、ユートロフィン調節物質はエズトロミドである。一部の実施形態において、ユートロフィン調節物質は、
Figure 2022513719000139
又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物は、１つ以上の他の療法剤及び／又は医療手技の前、それと同時又はその後に投与される。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物は、１つ以上の他の療法剤及び／又は医療手技と同時に投与される。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物は、１つ以上の他の療法剤及び／又は医療手技の前に投与される。一部の実施形態において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド又はその組成物は、１つ以上の他の療法剤及び／又は医療手技の後に投与される。一部の実施形態において、提供される組成物は、１つ以上の他の療法剤を含む。
一部の実施形態において、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物は、目的のＤＭＤエクソンのスキッピングを改良するため、追加の薬剤と共投与される。一部の実施形態において、追加の薬剤は、抗体、ＤＭＤオリゴヌクレオチド、タンパク質又は小分子である。一部の実施形態において、追加の薬剤は、スプライシングに関与するタンパク質に干渉する。一部の実施形態において、追加の薬剤は、スプライシングに関与するタンパク質に干渉し、ここで、タンパク質はＳＲタンパク質である。
一部の実施形態において、追加の薬剤は、スプライシングに関与するタンパク質に干渉し、ここで、タンパク質はＳＲタンパク質であり、これは、セリン（Ｓ）及びアルギニン（Ｒ）アミノ酸残基の１つ以上のロングリピートを含むタンパク質ドメインを含有する。ＳＲタンパク質は、報告によれば、細胞内で重度にリン酸化され、構成的及び選択的スプライシングに関与する。Long et al. 2009 Biochem. J. 417: 15-27；Shepard et al. 2009 Genome Biol. 10: 242。一部の実施形態において、追加の薬剤は、ＳＲプロテインキナーゼを阻害する又は低下させる化学的化合物である。一部の実施形態において、ＳＲプロテインキナーゼを阻害し又は低下させる化学的化合物は、ＳＲＰＩＮ３４０である。ＳＲＰＩＮ３４０については、例えば、Fukuhura et al. 2006 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103: 11329-11333に報告されている。一部の実施形態において、化学的化合物は、ＳＲタンパク質をリン酸化することも可能なＣｄｃ様キナーゼ（Ｃｌｋ）に特異的なキナーゼ阻害薬である。一部の実施形態において、ＳＲタンパク質をリン酸化することも可能なＣｄｃ様キナーゼ（Ｃｌｋ）に特異的なキナーゼ阻害薬は、ＴＧ００３である。ＴＧ００３は、報告によれば、インビトロ及びインビボの両方でスプライシングに影響を及ぼした。Nowak et al. 2010 J. Biol. Chem. 285: 5532-5540；Muraki et al. 2004 J. Biol. Chem. 279: 24246-24254；Yomoda et al. 2008 Genes Cells 13: 233-244；及びNishida et al. 2011 Nat Commun. 2:308。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーに罹患している患者では、筋組織が脂肪及び結合組織に置き換わり、冒されている筋肉が脂肪含量の増加に起因して大きく見えることがあり、これは仮性肥大として知られる病態である。一部の実施形態において、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物が、脂肪、若しくは線維、若しくは結合組織の発達又は脂肪、若しくは線維、若しくは結合組織による筋組織の置換を低減又は予防する治療と共に投与される。
一部の実施形態において、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物は、脂肪、若しくは又は線維、若しくは結合組織の発達又は脂肪、若しくは線維、若しくは結合組織による筋組織の置換を低減又は予防する治療と共に投与され、ここで、この治療は、線維化の中心メディエーターである結合組織成長因子（ＣＴＧＦ）に対する抗体（例えば、ＦＧ－３０１９）である。一部の実施形態において、１つ又は複数のＤＭＤオリゴヌクレオチドを含む組成物は、人体の脂肪含量を低減する薬剤と共に投与される。
追加の治療としては、免疫調節薬により疾患の進行を減速させること（例えば、ステロイド及び形質転換成長因子β阻害薬）、筋線維のジストロフィン欠乏を補償し得るタンパク質を誘導又は導入すること（例えば、ユートロフィン、バイグリカン及びラミニン）又は筋肉の再生応答を支えること（例えば、ミオスタチン及びアクチビン２Ｂ）が挙げられる。
一部の実施形態において、追加の治療は、筋細胞内の正常なカルシウムバランスを回復させる能力を有する小分子である。
一部の実施形態において、追加の治療は、リアノジン受容体カルシウムチャネル複合体（ＲｙＲ）と呼ばれるある種のチャネルの活性を修正することにより、筋細胞内の正常なカルシウムバランスを回復させる能力を有する小分子である。一部の実施形態において、かかる小分子は、Rycal ARM210（ARMGO Pharma、Tarry Town, NY）である。
一部の実施形態において、追加の治療はフラボノイドである。
一部の実施形態において、追加の治療は、エピカテキンなどのフラボノイドである。エピカテキンは、カカオの木から採取されるダークチョコレートに見られるフラボノイドであり、動物及びヒトにおいて心臓及び筋肉における新規ミトコンドリアの産生（例えば、ミトコンドリアバイオジェネシス）を増加させると同時に、筋組織の再生を刺激することが報告されている。
一部の実施形態において、追加の治療はフォリスタチン遺伝子療法である。
一部の実施形態において、追加の治療は、フォリスタチン３４４のアデノ随伴ウイルス送達により筋力を増加させ、筋消耗及び線維化を防ぐことである。
一部の実施形態において、追加の治療はグルココルチコイドである。
一部の実施形態において、追加の治療はプレドニゾンである。
一部の実施形態において、追加の治療はデフラザコートである。
一部の実施形態において、追加の治療はバモロロン（ＶＢＰ１５）である。
一部の実施形態において、追加の治療は、マイクロジストロフィン遺伝子など、外因性ジストロフィン遺伝子又はその合成バージョン若しくは一部分の送達である。
一部の実施形態において、追加の治療は、外因性ジストロフィン遺伝子又はその一部分、例えばＳＧＴ－００１などのマイクロジストロフィン遺伝子、合成ジストロフィン遺伝子又はマイクロジストロフィンの送達のためのアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター媒介性遺伝子導入システム（Solid BioSciences、Cambridge, Mass.）の送達である。
一部の実施形態において、追加の治療は幹細胞治療である。
一部の実施形態において、追加の治療はステロイドである。
一部の実施形態において、追加の治療はコルチコステロイドである。
一部の実施形態において、追加の治療はプレドニゾンである。
一部の実施形態において、追加の治療はβ－２アゴニストである。
一部の実施形態において、追加の治療はイオンチャネル阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療はカルシウムチャネル阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は、キサンチンであるカルシウムチャネル阻害薬である。一部の実施形態において、追加の治療は、メチルキサンチンであるカルシウムチャネル阻害薬である。一部の実施形態において、追加の治療は、ペントキシフィリンであるカルシウムチャネル阻害薬である。一部の実施形態において、追加の治療は、ペントキシフィリン、フラフィリン、リソフィリン、プロペントフィリン、ペンチフィリン、テオフィリン、トルバフィリン、アルビフィリン、エンプロフィリン及びその誘導体から選択されるメチルキサンチン誘導体であるカルシウムチャネル阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は心疾患又は心血管疾患の治療である。
一部の実施形態において、追加の治療は血圧治療薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は外科手術である。
一部の実施形態において、追加の治療は、短縮した筋肉を直すか、脊柱を真っすぐにするか、又は心臓若しくは肺の障害を治療する外科手術である。
一部の実施形態において、追加の治療は、装具、歩行器、立位歩行器又は他の機械的歩行補助具である。
一部の実施形態において、追加の治療は運動及び／又は理学療法である。
一部の実施形態において、追加の治療は補助換気である。
一部の実施形態において、追加の治療は、抗痙攣薬、免疫抑制薬又は便秘の治療である。
一部の実施形態において、追加の治療はＮＦ－κＢ阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療はサリチル酸及び／又はドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）を含む。
一部の実施形態において、追加の治療は、サリチル酸及びドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）のコンジュゲートであるエダサロネクセント（CAT-1004、Catabasis）である。
一部の実施形態において、追加の治療は細胞ベースの療法薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は、同種異系カーディオスフェア由来細胞である、それを含む。
一部の実施形態において、追加の治療はCAP-1002（Capricor）である。
一部の実施形態において、例えば立体化学パターン中のｙ、ｔ、ｎ及びｍは、それぞれ独立に、本開示に記載されるとおり１～２０である。一部の実施形態において、ｙは１である。一部の実施形態において、ｙは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｙは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｙは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一部の実施形態において、ｙは１である。一部の実施形態において、ｙは２である。一部の実施形態において、ｙは３である。一部の実施形態において、ｙは４である。一部の実施形態において、ｙは５である。一部の実施形態において、ｙは６である。一部の実施形態において、ｙは７である。一部の実施形態において、ｙは８である。一部の実施形態において、ｙは９である。一部の実施形態において、ｙは１０である。
一部の実施形態において、ｎは１である。一部の実施形態において、ｎは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｎは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｎは１～１０である。一部の実施形態において、ｎは、１、２、３、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは１である。一部の実施形態において、ｎは、２、３、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは、３、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは、７又は８である。一部の実施形態において、ｎは１である。一部の実施形態において、ｎは２である。一部の実施形態において、ｎは３である。一部の実施形態において、ｎは４である。一部の実施形態において、ｎは５である。一部の実施形態において、ｎは６である。一部の実施形態において、ｎは７である。一部の実施形態において、ｎは８である。一部の実施形態において、ｎは９である。一部の実施形態において、ｎは１０である。
一部の実施形態において、ｍは０～５０である。一部の実施形態において、ｍは１～５０である。一部の実施形態において、ｍは１である。一部の実施形態において、ｍは２～５０である。一部の実施形態において、ｍは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｍは、２、３、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｍは、３、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｍは、４、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｍは、５、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｍは、６、７又は８である。一部の実施形態において、ｍは、７又は８である。一部の実施形態において、ｍは０である。一部の実施形態において、ｍは１である。一部の実施形態において、ｍは２である。一部の実施形態において、ｍは３である。一部の実施形態において、ｍは４である。一部の実施形態において、ｍは５である。一部の実施形態において、ｍは６である。一部の実施形態において、ｍは７である。一部の実施形態において、ｍは８である。一部の実施形態において、ｍは９である。一部の実施形態において、ｍは１０である。一部の実施形態において、ｍは１１である。一部の実施形態において、ｍは１２である。一部の実施形態において、ｍは１３である。一部の実施形態において、ｍは１４である。一部の実施形態において、ｍは１５である。一部の実施形態において、ｍは１６である。一部の実施形態において、ｍは１７である。一部の実施形態において、ｍは１８である。一部の実施形態において、ｍは１９である。一部の実施形態において、ｍは２０である。一部の実施形態において、ｍは２１である。一部の実施形態において、ｍは２２である。一部の実施形態において、ｍは２３である。一部の実施形態において、ｍは２４である。一部の実施形態において、ｍは２５である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも３である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも４である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも５である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも６である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも７である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも８である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも９である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１０である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１１である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１２である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１３である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１４である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１５である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１６である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１７である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１８である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも１９である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２０である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２１である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２２である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２３である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２４である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２５である。一部の実施形態において、ｍは少なくとも２５より大きい。
一部の実施形態において、ｔは１～２０である。一部の実施形態において、ｔは１である。一部の実施形態において、ｔは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｔは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｔは１～５である。一部の実施形態において、ｔは２である。一部の実施形態において、ｔは３である。一部の実施形態において、ｔは４である。一部の実施形態において、ｔは５である。一部の実施形態において、ｔは６である。一部の実施形態において、ｔは７である。一部の実施形態において、ｔは８である。一部の実施形態において、ｔは９である。一部の実施形態において、ｔは１０である。一部の実施形態において、ｔは１１である。一部の実施形態において、ｔは１２である。一部の実施形態において、ｔは１３である。一部の実施形態において、ｔは１４である。一部の実施形態において、ｔは１５である。一部の実施形態において、ｔは１６である。一部の実施形態において、ｔは１７である。一部の実施形態において、ｔは１８である。一部の実施形態において、ｔは１９である。一部の実施形態において、ｔは２０である。
一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも３である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも４である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも５である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも６である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも７である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも８である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも９である。一部の実施形態において、ｔ及びｍの各々は、独立に、少なくとも１０である。
本開示において使用されるとき、一部の実施形態において、「１つ以上」は、１～２００、１～１５０、１～１００、１～９０、１～８０、１～７０、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５である。一部の実施形態において、「１つ以上」は１である。一部の実施形態において、「１つ以上」は２である。一部の実施形態において、「１つ以上」は３である。一部の実施形態において、「１つ以上」は４である。一部の実施形態において、「１つ以上」は５である。一部の実施形態において、「１つ以上」は６である。一部の実施形態において、「１つ以上」は７である。一部の実施形態において、「１つ以上」は８である。一部の実施形態において、「１つ以上」は９である。一部の実施形態において、「１つ以上」は１０である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも１である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも２である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも３である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも４である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも５である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも６である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも７である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも８である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも９である。一部の実施形態において、「１つ以上」は少なくとも１０である。本開示において使用されるとき、一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は、１～２００、１～１５０、１～１００、１～９０、１～８０、１～７０、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は１である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は２である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は３である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は４である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は５である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は６である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は７である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は８である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は９である。一部の実施形態において、「少なくとも１つ」は１０である。
とりわけ、本開示は、以下の例示的な実施形態を提供する。
１．ｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＡｆＡ＊ＳｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ；
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ；
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＵｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ；
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ；
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ；
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ；
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ；
ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＧ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ；
ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｍＧｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ；
ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ；
ｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ；
ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ；
ｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｍＣｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ；
ｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＡｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｍＣｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ
（式中、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000140
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
２．塩形態である、実施形態１のオリゴヌクレオチド。
３．塩形態は、ナトリウム塩である、実施形態２のオリゴヌクレオチド。
４．ナトリウム塩中のナトリウムイオンの数は、オリゴヌクレオチド中のホスホロチオエート及びリン酸結合の総数に等しい、実施形態３のオリゴヌクレオチド。
５．実施形態１～４のいずれか１つの複数のオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、そのオリゴヌクレオチドの同じ塩基配列のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤に対して、そのオリゴヌクレオチドについて強化されている、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
６．治療有効量の、実施形態１～４のいずれか１つのオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤及び薬学的に許容可能な担体から選択される薬学的に許容可能な不活性成分とを含む医薬組成物。
７．溶液である、実施形態１０の医薬組成物。
８．疾患の治療における使用のためのオリゴヌクレオチド組成物であって、前記使用は、標的転写物のスプライシングを変化させることを含み、オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の標的転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、オリゴヌクレオチド組成物。
９．（ａ）標的転写物のスプライシングは、その組成物が存在しない場合に対して変化され、好ましくは、標的転写物は、ジストロフィンのプレｍＲＮＡであり、変化は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルで１つ以上のエクソンがスキップされることであり、より好ましくは、ジストロフィンのエクソン５１は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされるか；又は
（ｂ）オリゴヌクレオチド組成物は、実施形態６～７のいずれか１つの組成物である、実施形態８の使用のためのオリゴヌクレオチド組成物。
１０．前記使用は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、実施形態１～９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は実施形態９～１３のいずれか１つの組成物を投与することを含む、デュシェンヌ型筋ジストロフィーの治療における使用のための、実施形態１～４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は実施形態６～７のいずれか１つの組成物。
１１．ＤＭＤを予防又は治療する方法であって、ＤＭＤに罹り易いか又はそれに罹患している対象に有効量のＤＭＤオリゴヌクレオチドを投与することを含む方法。
１２．対象は、エクソン５１スキッピングに適しているＤＭＤ遺伝子の突然変異を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、エクソン５１スキッピングを提供することができる、実施形態１５の方法。
１３．対象は、エクソン５１スキッピングに適しているＤＭＤ遺伝子のフレームシフト突然変異を有し、及びＤＭＤオリゴヌクレオチドは、エクソン５１スキッピングを提供することができる、実施形態１１の方法。
１４．オリゴヌクレオチドは、実施形態１～４のいずれか１つのオリゴヌクレオチドである、実施形態１１の方法。
１５．オリゴヌクレオチドは、実施形態５～７のいずれか１つの組成物において投与される、実施形態１５の方法。
１６．オリゴヌクレオチドを調製する方法であって、本明細書に記載されるキラル補助基、ホスホロアミダイト若しくはアジド試薬又は条件を使用することを含む方法。
１７．本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、キラル補助基、ホスホロアミダイト、組成物又は方法。
とりわけ、本開示は、以下の例示的な実施形態を提供する。
１．１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み；及び
転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されると、転写物のスプライシングが、組成物の非存在、参照組成物の存在及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して変化されることを特徴とするオリゴヌクレオチド組成物。
２．転写物はジストロフィン転写物である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３．転写物のスプライシングは、エクソン４５、５１若しくは５３又は複数のエクソンのスキッピングのレベルが増加するように変化されている、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４．複数のオリゴヌクレオチドの各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５．各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンにおいて少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の立体純度を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
６．塩基配列は、表Ａ１の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の１５個の連続する塩基であるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７．骨格結合のパターンは、少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８．骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９．骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン若しくは環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも１つの中性インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１０．オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール；Ｌ－カルニチン（アミド及びカルバメート結合）；葉酸；ガンボギン酸；切断可能な脂質（１，２－ジラウリン及びエステル結合）；インスリン受容体リガンド；ＣＰＰ；グルコース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖）；又はマンノース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖、α及びβ）のいずれかを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１．オリゴヌクレオチドタイプが表Ａ１に記載されている任意のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２．１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
キラル制御されており、且つ特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドでは、同じ塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比較して濃縮されており、
オリゴヌクレオチド組成物は、転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されると、組成物の非存在、参照組成物の存在及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるレベルと比較してスキッピングのエクソンのレベルが増加するように、転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする組成物。
１３．転写物は、ジストロフィン転写物である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４．エクソンは、ＤＭＤエクソン４５、５１若しくは５３又は複数のＤＭＤエクソンであり、ここで、エクソン４５、５１若しくは５３又は複数のエクソンのスキッピングのレベルが増加するように、転写物のスプライシングが変化される、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５．骨格キラル中心のパターンは、少なくとも１つのＳｐを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６．骨格キラル中心のパターンは、少なくとも１つのＲｐを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１７．キラル的に純粋な組成物である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１８．各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンにおいて少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の立体純度を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１９．塩基配列は、表Ａ１の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の１５個の連続する塩基であるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２０．骨格結合のパターンは、少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２１．骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２．骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも１つの中性インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３．オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール；Ｌ－カルニチン（アミド及びカルバメート結合）；葉酸；ガンボギン酸；切断可能な脂質（１，２－ジラウリン及びエステル結合）；インスリン受容体リガンド；ＣＰＰ；グルコース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖）；又はマンノース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖、α及びβ）のいずれかを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２４．オリゴヌクレオチドタイプは、表Ａ１に記載されている任意のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２５．１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；及び
３）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含み；
オリゴヌクレオチド組成物は、転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されると、組成物の非存在、参照組成物の存在及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるレベルと比較してスキッピングのエクソンのレベルが増加するように、転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする組成物。
２６．転写物は、ジストロフィン転写物である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２７．エクソンは、ＤＭＤエクソン４５、５１若しくは５３又は複数のＤＭＤエクソンであり、ここで、エクソン４５、５１若しくは５３又は複数のエクソンのスキッピングのレベルが増加するように、転写物のスプライシングが変化される、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２８．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、その少なくとも５０％がｐＨ７．４で負に帯電していない形態で存在するインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２９．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、中性インターヌクレオチド結合であり、このインターヌクレオチド結合の少なくとも５０％は、ｐＨ７．４において中性形態で存在する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３０．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合の中性形態は、独立に、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４以上のｐＫａを有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３１．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合の中性形態は、結合する単位が－ＣＨ３で置き換えられた場合、独立に、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４以上のｐＫａを有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３２．参照条件は、組成物の非存在である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３３．参照条件は、参照組成物の存在である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３４．参照組成物は、他の点では同一の組成物であり、ここで、複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含まない、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３５．参照組成物は、他の点では同一の組成物であり、ここで、複数のオリゴヌクレオチドは、負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含まない、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３６．骨格結合のパターンは、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合及びホスホジチオエート結合から選択される１つ又は複数の骨格結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３７．複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、１つ又は複数の糖修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３８．糖修飾は、２’－Ｏ－メチル、２’－ＭＯＥ、２’－Ｆ、モルホリノ及び二環式糖部分から選択される１つ又は複数の修飾を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３９．１つ又は複数の糖修飾は２’－Ｆ修飾である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４０．複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、２’－Ｆ修飾糖部分を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオシド単位を含む５’末端領域を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４１．複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、２’－Ｆ修飾糖部分を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオシド単位を含む３’末端領域を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４２．複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、５’末端領域とホスホジエステル結合を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオチド単位を含む３’領域との間の中間領域を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４３．塩基配列は、表Ａ１の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の１５個の連続する塩基であるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４４．骨格結合のパターンは、少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４５．骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４６．骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも１つの中性インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４７．オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール；Ｌ－カルニチン（アミド及びカルバメート結合）；葉酸；ガンボギン酸；切断可能な脂質（１，２－ジラウリン及びエステル結合）；インスリン受容体リガンド；ＣＰＰ；グルコース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖）；又はマンノース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖、α及びβ）のいずれかを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４８．オリゴヌクレオチドタイプは、表Ａ１に記載されている任意のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
４９．１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；及び
３）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、
１）２’－Ｆ修飾糖部分を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオシド単位を含む５’末端領域；
２）２’－Ｆ修飾糖部分を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオシド単位を含む３’末端領域；及び
３）５’末端領域とホスホジエステル結合を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオチド単位を含む３’領域との間の中間領域
を含む組成物。
５０．オリゴヌクレオチド組成物は、転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されると、組成物の非存在、参照組成物の存在及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるレベルと比較してスキッピングのエクソンのレベルが増加するように、転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、実施形態４３又は４９の組成物。
５１．転写物は、ジストロフィン転写物である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５２．エクソンは、ＤＭＤエクソン４５、５１若しくは５３又は複数のＤＭＤエクソンであり、エクソン４５、５１若しくは５３又は複数のエクソンのスキッピングのレベルが増加するように、転写物のスプライシングが変化される、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５３．５’末端領域は、２’－Ｆ修飾糖部分を含まない１つ又は複数のヌクレオシド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５４．３’末端領域は、２’－Ｆ修飾糖部分を含まない１つ又は複数のヌクレオシド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５５．中間領域は、ホスホジエステル結合を含まない１つ又は複数のヌクレオチド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５６．２’－Ｆ修飾糖部分及び５’末端の修飾インターヌクレオチド結合を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオシド単位の最初のものは、５’末端からのオリゴヌクレオチドの１番目、２番目、３番目、４番目又は５番目のヌクレオシド単位であり、２’－Ｆ修飾糖部分及び３’末端の修飾インターヌクレオチド結合を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のヌクレオシド単位の最後のものは、オリゴヌクレオチドの最後、最後から２番目、最後から３番目、最後から４番目又は最後から５番目のヌクレオシド単位である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５７．５’末端領域は、２’－Ｆ修飾糖部分を含む２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するヌクレオシド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５８．５’末端領域は、２’－Ｆ修飾糖部分を含む５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するヌクレオシド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
５９．３’末端領域は、２’－Ｆ修飾糖部分を含む２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するヌクレオシド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
６０．３’末端領域は、２’－Ｆ修飾糖部分を含む５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するヌクレオシド単位を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
６１．５’末端領域に２’－Ｆ修飾糖部分を含む２つのヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
６２．３’末端領域に２’－Ｆ修飾糖部分を含む２つのヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
６３．各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラルインターヌクレオチド結合である、実施形態６１又は６２の組成物。
６４．各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態６１又は６２の組成物。
６５．各修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態６１又は６２の組成物。
６６．各修飾インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態６１又は６２の組成物。
６７．各修飾インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたＳｐホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態６１又は６２の組成物。
６８．中間領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の天然リン酸結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
６９．中間領域は、２’－ＯＲ１修飾糖部分を含むヌクレオシド単位と２’－Ｆ修飾糖部分を含むヌクレオシド単位との間又はそれぞれ独立に２－ＯＲ１修飾糖部分を含む２つのヌクレオシド単位間に、それぞれ独立に、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の天然リン酸結合を含み、ここで、Ｒ１は、Ｃ１～６アルキルで任意選択で置換されている、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７０．中間領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７１．中間領域は、２’－ＯＲ１修飾糖部分を含むヌクレオシド単位と２’－Ｆ修飾糖部分を含むヌクレオシド単位との間又はそれぞれ独立に２－ＯＲ１修飾糖部分を含む２つのヌクレオシド単位間に、それぞれ独立に、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含み、ここで、Ｒ１は、Ｃ１～６アルキルで任意選択で置換されている、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７２．２’－ＯＲ１は、２’－ＯＣＨ３である、実施形態６９又は７１の組成物。
７３．２’－ＯＲ１は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である、実施形態６９又は７１の組成物。
７４．５’末端領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７５．５’末端領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７６．５’末端領域の各インターヌクレオチド結合は、キラル修飾インターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７７．３’末端領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７８．３’末端領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
７９．３’末端領域の各インターヌクレオチド結合は、キラル修飾インターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８０．中間領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８１．中間領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８２．各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態７４～８１のいずれか１つの組成物。
８３．各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、ここで、そのキラル制御された結合リンはＳｐ配置を有する、実施形態７４～８１のいずれか１つの組成物。
８４．各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態７４～８３のいずれか１つの組成物。
８５．中間領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８６．中間領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の中性インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８７．中性インターヌクレオチド結合は、キラルインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８８．中性インターヌクレオチド結合は、その結合リンにおけるＲｐ又はＳｐとは独立にキラル制御されたインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
８９．塩基配列は、ジストロフィン遺伝子の２０塩基長の部分又はその相補体に対して５個以下のミスマッチを有する配列を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９０．複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列の長さは５０塩基以下である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９１．骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ又はＳｐとは独立に、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５のキラル制御された中心を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９２．骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ又はＳｐとは独立に、少なくとも５個のキラル制御された中心を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９３．骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ又はＳｐとは独立に、少なくとも６個のキラル制御された中心を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９４．骨格キラル中心のパターンは、Ｒｐ又はＳｐとは独立に、少なくとも１０個のキラル制御された中心を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９５．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子の１つ又は複数のエクソンのスキッピングを媒介することができる、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９６．複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン４５、５１又は５３のスキッピングを媒介することができる、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
９７．複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン４５のスキッピングを媒介することができる、実施形態９６の組成物。
９８．複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン５１のスキッピングを媒介することができる、実施形態９６の組成物。
９９．複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン５３のスキッピングを媒介することができる、実施形態９６の組成物。
１００．塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列に対して５個以下のミスマッチを有する配列を含む、実施形態９７の組成物。
１０１．塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか又はその配列である、実施形態９７の組成物。
１０２．塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列である、実施形態９７の組成物。
１０３．塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列に対して５個以下のミスマッチを有する配列を含む、実施形態９７の組成物。
１０４．塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含むか又はそれである、実施形態９７の組成物。
１０５．塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドである、実施形態９７の組成物。
１０６．複数のオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１０７．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドである、実施形態１８の組成物。
１０８．塩基配列は、表Ａ１の任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の１５個の連続する塩基であるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１０９．骨格結合のパターンは、少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１０．オリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１１．オリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のキラル制御された負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１２．オリゴヌクレオチドは、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続する負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１３．オリゴヌクレオチドは、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するキラル制御された負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１４．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１５．ウィングは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１６．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、ウィングは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のキラル制御された負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１７．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、ウィングは、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続する負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１８．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、ウィングは、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するキラル制御された負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１１９．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング構造を含むか又はそれからなり、１つのウィングのみが、１つ又は複数の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２０．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、コアは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２１．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、コアは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上のキラル制御された負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２２．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、コアは、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続する負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２３．オリゴヌクレオチドは、ウィング－コア－ウィング、コア－ウィング又はウィング－コア構造を含み、コアは、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の連続するキラル制御された負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２４．ウィングのインターヌクレオチド結合の４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％は、独立に、負に帯電していないインターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はＲｐキラルインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２５．ウィングのインターヌクレオチド結合の４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％は、独立に、負に帯電していないインターヌクレオチド結合又は天然リン酸インターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２６．ウィングのインターヌクレオチド結合の４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％は、独立に、負に帯電していないインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１２７．パーセンテージは５０％以上である、実施形態１２４～１２６のいずれか１つの組成物。
１２８．パーセンテージは６０％以上である、実施形態１２４～１２６のいずれか１つの組成物。
１２９．パーセンテージは７５％以上である、実施形態１２４～１２６のいずれか１つの組成物。
１３０．パーセンテージは８０％以上である、実施形態１２４～１２６のいずれか１つの組成物。
１３１．パーセンテージは９０％以上である、実施形態１２４～１２６のいずれか１つの組成物。
１３２．オリゴヌクレオチドはそれぞれ、負に帯電していないインターヌクレオチド結合及び天然リン酸インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３３．オリゴヌクレオチドはそれぞれ、負に帯電していないインターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合及びＲｐキラルインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３４．ウィングは、負に帯電していないインターヌクレオチド結合及び天然リン酸インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３５．ウィングは、負に帯電していないインターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合及びＲｐキラルインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３６．コアは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個以上の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３７．同じオリゴヌクレオチドのすべての負に帯電していないインターヌクレオチド結合は同じ構成を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３８．負に帯電していないインターヌクレオチド結合のそれぞれは、独立に、式Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１３９．負に帯電していないインターヌクレオチド結合のそれぞれは、独立に、式Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４０．負に帯電していないインターヌクレオチド結合のそれぞれは、独立に、式ＩＩ、Ｉｌ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４１．負に帯電していないインターヌクレオチド結合のそれぞれは、独立に、式ＩＩ、Ｉｌ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４２．骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４３．骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも１つの中性インターヌクレオチド結合を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４４．オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール；Ｌ－カルニチン（アミド及びカルバメート結合）；葉酸；ガンボギン酸；切断可能な脂質（１，２－ジラウリン及びエステル結合）；インスリン受容体リガンド；ＣＰＰ；グルコース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖）；又はマンノース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖、α及びβ）のいずれかを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４５．オリゴヌクレオチドタイプは、表Ａ１に記載されている任意のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４６．オリゴヌクレオチドのそれぞれは、任意選択でリンカー部分を介してオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされた化学部分を含み、ここで、化学部分は、炭水化物部分、ペプチド部分、受容体リガンド部分又は－Ｎ（Ｒ１）２、－Ｎ（Ｒ１）３若しくは－Ｎ＝Ｃ（Ｎ（Ｒ１）２）２の構造を有する部分を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４７．オリゴヌクレオチドのそれぞれは、任意選択でリンカー部分を介してオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされた化学部分を含み、ここで、化学部分はグアニジン部分を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４８．オリゴヌクレオチドのそれぞれは、任意選択でリンカー部分を介してオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされた化学部分を含み、ここで、化学部分は、－Ｎ＝Ｃ（Ｎ（ＣＨ３）２）２を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１４９．特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列を有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５０．特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５１．特定のタイプのオリゴヌクレオチドは構造的に同一である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５２．負に帯電していないインターヌクレオチド結合はホスホルアミデート結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５３．負に帯電していないインターヌクレオチド結合はグアニジン部分を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５４．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ：
Figure 2022513719000141
（式中、
ＰＬは、Ｐ（＝Ｗ）、Ｐ又はＰ→Ｂ（Ｒ’）３であり；
Ｗは、Ｏ、Ｎ（－Ｌ－Ｒ５）、Ｓ又はＳｅであり；
Ｒ１及びＲ５のそれぞれは、独立に、－Ｈ、－Ｌ－Ｒ’、ハロゲン、－ＣＮ、－ＮＯ２、－Ｌ－Ｓｉ（Ｒ’）３、－ＯＲ’、－ＳＲ’又は－Ｎ（Ｒ’）２であり；
Ｘ、Ｙ及びＺのそれぞれは、独立に、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ５）－又はＬであり；
各Ｌは、独立に、共有結合又はＣ１～３０脂肪族基及び１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～３０ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択で置換されている直鎖基又は分岐鎖基であり、ここで、１つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で独立に、Ｃ１～６アルキレン、Ｃ１～６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、１～５個のヘテロ原子を有する二価Ｃ１～Ｃ６ヘテロ脂肪族基、－Ｃ（Ｒ’）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＳＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＮＲ’）－、－Ｐ（Ｓ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｓ）（ＳＲ’）－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｓ）（ＮＲ’）－、－Ｐ（Ｒ’）－、－Ｐ（ＯＲ’）－、－Ｐ（ＳＲ’）－、－Ｐ（ＮＲ’）－、－Ｐ（ＯＲ’）［Ｂ（Ｒ’）３］－、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｏ）（ＳＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｏ）（ＮＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（ＯＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（ＳＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（ＮＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｒ’）Ｏ－又は－ＯＰ（ＯＲ’）［Ｂ（Ｒ’）３］Ｏ－であり、且つ１つ又は複数のＣＨ又は炭素原子は、任意選択で独立にＣｙＬで置換されており；
各－Ｃｙ－は、独立に、Ｃ３～２０脂環式環、Ｃ６～２０アリール環、１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～２０員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価基であり；
各ＣｙＬは、独立に、Ｃ３～２０脂環式環、Ｃ６～２０アリール環、１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～２０員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり；
各Ｒ’は、独立に、－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ又は－Ｓ（Ｏ）２Ｒであり；
各Ｒは、独立に、－Ｈ又はＣ１～３０脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６～３０アリール、Ｃ６～３０アリール脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ６～３０アリールヘテロ脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有する５～３０員ヘテロアリール及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～３０員ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換される基であるか、又は
２つのＲ基は、任意選択で独立に、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の２つ以上のＲ基は、任意選択で独立に、原子と一緒になって、原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
２つ以上の原子上の２つ以上のＲ基は、任意選択で独立に、それらの介在原子と一緒になって、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する）
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５５．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉの構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５６．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｎ－１：
Figure 2022513719000142
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５７．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉ－ｎ－１の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５８．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｎ－２：
Figure 2022513719000143
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１５９．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｎ－３：
Figure 2022513719000144
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６０．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉ－ｎ－３の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６１．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｎ－３の構造又はその塩形態を有し、１つの－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’と他の－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’が、それらの介在原子と一緒になって、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６２．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉ－ｎ－３の構造又はその塩形態を有し、１つの－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’と他の－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’が、それらの介在原子と一緒になって、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６３．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｎ－３の構造又はその塩形態を有し、１つの－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’と他の－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’が、それらの介在原子と一緒になって、２つ以下の窒素原子を有する、任意選択で置換されている５員単環式環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６４．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉ－ｎ－３の構造又はその塩形態を有し、１つの－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’と他の－Ｎ（Ｒ’）２の１つのＲ’が、それらの介在原子と一緒になって、２つ以下の窒素原子を有する、任意選択で置換されている５員単環式環を形成する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６５．形成された環は飽和環である、実施形態１５９～１６２のいずれか１つの組成物。
１６６．形成された環は部分不飽和環である、実施形態１５９～１６２のいずれか１つの組成物。
１６７．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｎ－４：
Figure 2022513719000145
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１６８．Ｌａは、共有結合である、実施形態１６７の組成物。
１６９．Ｌａは、－Ｎ（Ｒ１）－である、実施形態１６７の組成物。
１７０．Ｌａは、－Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態１６７の組成物。
１７１．Ｌａは、－Ｎ（Ｒ）－である、実施形態１６７の組成物。
１７２．Ｌａは、－Ｓ（Ｏ）－である、実施形態１６７の組成物。
１７３．Ｌａは、－Ｓ（Ｏ）２－である、実施形態１６７の組成物。
１７４．Ｌａは、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態１６７の組成物。
１７５．Ｌｂは、共有結合である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１７６．Ｌｂは、－Ｎ（Ｒ１）－である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１７７．Ｌｂは、－Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１７８．Ｌｂは、－Ｎ（Ｒ）－である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１７９．Ｌｂは、－Ｓ（Ｏ）－である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１８０．Ｌｂは、－Ｓ（Ｏ）２－である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１８１．Ｌｂは、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態１６７～１７４のいずれか１つの組成物。
１８２．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ：
Figure 2022513719000146
（式中、
ＰＬは、Ｐ（＝Ｗ）、Ｐ又はＰ→Ｂ（Ｒ’）３であり；
Ｗは、Ｏ、Ｎ（－Ｌ－Ｒ５）、Ｓ又はＳｅであり；
Ｘ、Ｙ及びＺのそれぞれは、独立に、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ５）－又はＬであり；
Ｒ５は、－Ｈ、－Ｌ－Ｒ’、ハロゲン、－ＣＮ、－ＮＯ２、－Ｌ－Ｓｉ（Ｒ’）３、－ＯＲ’、－ＳＲ’又は－Ｎ（Ｒ’）２であり；
環ＡＬは、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている３～２０員単環式、二環式又は多環式環であり；
各ＲＳは、独立に、－Ｈ、ハロゲン、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－Ｌ－Ｒ’、－Ｌ－Ｓｉ（Ｒ）３、－Ｌ－ＯＲ’、－Ｌ－ＳＲ’、－Ｌ－Ｎ（Ｒ’）２、－Ｏ－Ｌ－Ｒ’、－Ｏ－Ｌ－Ｓｉ（Ｒ）３、－Ｏ－Ｌ－ＯＲ’、－Ｏ－Ｌ－ＳＲ’又は－Ｏ－Ｌ－Ｎ（Ｒ’）２であり；
ｇは０～２０であり；
各Ｌは、独立に、共有結合又はＣ１～３０脂肪族基及び１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～３０ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択で置換されている直鎖基又は分岐鎖基であり、ここで、１つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で独立に、Ｃ１～６アルキレン、Ｃ１～６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、１～５個のヘテロ原子を有する二価Ｃ１～Ｃ６ヘテロ脂肪族基、－Ｃ（Ｒ’）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＳＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＮＲ’）－、－Ｐ（Ｓ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｓ）（ＳＲ’）－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｓ）（ＮＲ’）－、－Ｐ（Ｒ’）－、－Ｐ（ＯＲ’）－、－Ｐ（ＳＲ’）－、－Ｐ（ＮＲ’）－、－Ｐ（ＯＲ’）［Ｂ（Ｒ’）３］－、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｏ）（ＳＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｏ）（ＮＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（ＯＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（ＳＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（ＮＲ’）Ｏ－、－ＯＰ（Ｒ’）Ｏ－又は－ＯＰ（ＯＲ’）［Ｂ（Ｒ’）３］Ｏ－であり、且つ１つ又は複数のＣＨ又は炭素原子は、任意選択で独立にＣｙＬで置換されており；
各－Ｃｙ－は、独立に、Ｃ３～２０脂環式環、Ｃ６～２０アリール環、１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～２０員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価基であり；
各ＣｙＬは、独立に、Ｃ３～２０脂環式環、Ｃ６～２０アリール環、１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～２０員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり；
各Ｒ’は、独立に、－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ又は－Ｓ（Ｏ）２Ｒであり；
各Ｒは、独立に、－Ｈ又はＣ１～３０脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６～３０アリール、Ｃ６～３０アリール脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ６～３０アリールヘテロ脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有する５～３０員ヘテロアリール及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～３０員ヘテロシクリルから選択される任意選択で置換される基であるか、又は
２つのＲ基は、任意選択で独立に、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の２つ以上のＲ基は、任意選択で独立に、原子と一緒になって、原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
２つ以上の原子上の２つ以上のＲ基は、任意選択で独立に、それらの介在原子と一緒になって、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する）
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１８３．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式ＩＩの構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１８４．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ－ａ－１：
Figure 2022513719000147
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１８５．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ－ａ－２：
Figure 2022513719000148
の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１８６．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式ＩＩ－ａ－１又はＩＩ－ａ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１８７．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ－ｂ－１：
Figure 2022513719000149
の構造又はその塩形態を有し、式中、ｇは０～１８である、実施形態１８２～１８６のいずれか１つの組成物。
１８８．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ－ｂ－２：
Figure 2022513719000150
の構造又はその塩形態を有し、式中、ｇは０～１８である、実施形態１８２～１８７のいずれか１つの組成物。
１８９．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式ＩＩ－ｂ－１又はＩＩ－ｂ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１９０．環ＡＬは、０～１０個のヘテロ原子（式ＩＩ－ｂ－１又はＩＩ－ｂ－２のための２つの窒素原子に加えて）を有する任意選択で置換されている３～２０員単環式環である、実施形態１８２～１８８のいずれか１つの組成物。
１９１．環ＡＬは、任意選択で置換されている５員単環式飽和環である、実施形態１８２～１８８のいずれか１つの組成物。
１９２．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ－ｃ－１：
Figure 2022513719000151
の構造又はその塩形態を有し、式中、ｇは０～４である、実施形態１８２～１９１のいずれか１つの組成物。
１９３．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、式ＩＩ－ｃ－２：
Figure 2022513719000152
の構造又はその塩形態を有し、式中、ｇは０～４である、実施形態１８２～１９３のいずれか１つの組成物。
１９４．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、独立に、式ＩＩ－ｃ－１又はＩＩ－ｃ－２の構造又はその塩形態を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１９５．それぞれの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は同じ構造を有する、実施形態１８２～１９３のいずれか１つの組成物。
１９６．該当する場合、負に帯電していないインターヌクレオチド結合ではない複数のオリゴヌクレオチドの各インターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉの構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１９７．複数のオリゴヌクレオチドの各インターヌクレオチド結合は、独立に、式Ｉの構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１９８．１つ又は複数のＰＬはＰ（＝Ｗ）である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
１９９．各ＰＬは、独立に、Ｐ（＝Ｗ）である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２００．１つ又は複数のＷはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２０１．各ＷはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２０２．１つ又は複数のＷはＳである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２０３．１つ又は複数のＷは、独立に、Ｎ（－Ｌ－Ｒ５）である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２０４．１つ又は複数のインターヌクレオチド結合は、独立に、式ＩＩＩ：
Figure 2022513719000153
の構造又はその塩形態を有し、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２０５．ＰＮは、Ｐ（＝Ｎ－Ｌ－Ｒ５）である、実施形態２０４の組成物。
２０６．ＰＮは、
Figure 2022513719000154
Ｑ－である、実施形態２０４の組成物。
２０７．ＰＮは、
Figure 2022513719000155
Ｑ－である、実施形態２０４の組成物。
２０８．Ｌａは、共有結合である、実施形態２０７の組成物。
２０９．Ｌａは、－Ｎ（Ｒ１）－である、実施形態２０７の組成物。
２１０．Ｌａは、－Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態２０７の組成物。
２１１．Ｌａは、－Ｎ（Ｒ）－である、実施形態２０７の組成物。
２１２．Ｌａは、－Ｓ（Ｏ）－である、実施形態２０７の組成物。
２１３．Ｌａは、－Ｓ（Ｏ）２－である、実施形態２０７の組成物。
２１４．Ｌａは、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態２０７の組成物。
２１５．ＰＮは、
Figure 2022513719000156
Ｑ－である、実施形態２０４の組成物。
２１６．ＰＮは、
Figure 2022513719000157
Ｑ－である、実施形態２０４の組成物。
２１７．ＰＮは、
Figure 2022513719000158
Ｑ－である、実施形態２０４の組成物。
２１８．１つ又は複数のＹはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２１９．各ＹはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２０．１つ又は複数のＺはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２１．各ＺはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２２．１つ又は複数のＸはＯである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２３．１つ又は複数のＸはＳである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２４．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、
Figure 2022513719000159
の構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２５．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、
Figure 2022513719000160
の構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２６．負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、
Figure 2022513719000161
の構造を有する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２７．負に帯電していないインターヌクレオチド結合ではない式Ｉ又その塩形態の各インターヌクレオチド結合では、Ｘは、独立に、Ｏ又はＳであり、且つ－Ｌ－Ｒ１は－Ｈ（それぞれ天然リン酸結合又はホスホロチオエート結合）である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２８．複数のオリゴヌクレオチドにホスホロチオエート結合が存在する場合、各ホスホロチオエート結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２２９．少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３０．少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３１．複数のオリゴヌクレオチドは、リンカーを介してオリゴヌクレオチド骨格に独立に結合されている標的部分を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３２．標的部分は炭水化物部分である、実施形態２３１の組成物。
２３３．標的部分は、ＧａｌＮａｃ部分を含むか又はＧａｌＮａｃ部分である、実施形態２３１又は２３２の組成物。
２３４．複数のオリゴヌクレオチドは脂質部分を含み、ここで、脂質部分は、独立に、リンカーを介してオリゴヌクレオチド骨格に結合されている、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３５．複数のオリゴヌクレオチドは塩として存在し、ここで、組成物の状態での１つ又は複数の非中性インターヌクレオチド結合は、独立に、塩形態として存在する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３６．複数のオリゴヌクレオチドは塩として存在し、ここで、組成物の状態での１つ又は複数の負に帯電したインターヌクレオチド結合は、独立に、塩形態として存在する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３７．複数のオリゴヌクレオチドは塩として存在し、ここで、組成物の状態での１つ又は複数の負に帯電したインターヌクレオチド結合は、独立に、金属塩として存在する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３８．複数のオリゴヌクレオチドは塩として存在し、ここで、組成物の状態でのそれぞれの負に帯電したインターヌクレオチド結合は、独立に、金属塩として存在する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２３９．複数のオリゴヌクレオチドは塩として存在し、ここで、組成物の状態でのそれぞれの負に帯電したインターヌクレオチド結合は、独立に、ナトリウム塩として存在する、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２４０．複数のオリゴヌクレオチドは塩として存在し、ここで、それぞれの負に帯電したインターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合（その中性型は－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏである）又はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合（その中性型は－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＨ）－Ｏである）である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２４１．１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み；及び
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個の負に帯電していないインターヌクレオチド結合を含む組成物。
２４２．少なくとも１つの負に帯電していないインターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２４３．中性インターヌクレオチド結合は、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２４４．オリゴヌクレオチド組成物は、転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されると、転写物のスプライシングが、組成物の非存在、参照組成物の存在及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して変化されることを特徴とする、先行する実施形態のいずれか１つのオリゴヌクレオチド組成物。
２４５．転写物は、ジストロフィン転写物である、先行する実施形態のいずれか１つのオリゴヌクレオチド組成物。
２４６．転写物のスプライシングは、エクソン４５、５１若しくは５３又は複数のエクソンのスキッピングのレベルが増加するように変化される、先行する実施形態のいずれか１つのオリゴヌクレオチド組成物。
２４７．標的遺伝子のノックダウンを媒介することができる、先行する実施形態のいずれか１つのオリゴヌクレオチド組成物。
２４８．１）塩基配列；
２）骨格結合のパターン；
３）骨格キラル中心のパターン；及び
４）骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、コレステロール；Ｌ－カルニチン（アミド及びカルバメート結合）；葉酸；切断可能な脂質（１，２－ジラウリン及びエステル結合）；インスリン受容体リガンド；ガンボギン酸；ＣＰＰ；グルコース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖）；又はマンノース（３分岐型及び１６分岐型糖鎖、α及びβ）を含むオリゴヌクレオチド組成物。
２４９．複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む、実施形態２４８の組成物。
２５０．オリゴヌクレオチド組成物は、転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されると、転写物のスプライシングが、組成物の非存在、参照組成物の存在及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して変化されることを特徴とする、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２５１．転写物は、ジストロフィン転写物である、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２５２．転写物のスプライシングは、エクソン４５、５１若しくは５３又は複数のエクソンのスキッピングのレベルが増加するように変化される、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２５３．オリゴヌクレオチド組成物は、標的遺伝子のノックダウンを媒介することができる、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２５４．複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立に１つ又は複数（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５個以上）のキラルインターヌクレオチド結合（「キラル制御されたインターヌクレオチド結合」）における同じ結合リン立体化学
を共有する、オリゴヌクレオチド組成物。
２５５．複数のオリゴヌクレオチドは、独立に５つ以上のインターヌクレオチド結合における同じ結合リン立体化学を共有する、実施形態２５４の組成物。
２５６．複数のオリゴヌクレオチドは、独立に５つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合における同じ結合リン立体化学を共有する、実施形態２５４の組成物。
２５７．複数のオリゴヌクレオチドは、独立に各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合における同じ結合リン立体化学を共有する、実施形態２５４～２５６のいずれか１つの組成物。
２５８．複数のオリゴヌクレオチドは、独立に各キラルインターヌクレオチド結合における同じ結合リン立体化学を共有する、実施形態２５４～２５６のいずれか１つの組成物。
２５９．複数のオリゴヌクレオチドは、１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個）の中性インターヌクレオチド結合を含む、実施形態２５４～２５８のいずれか１つの組成物。
２６０．複数のオリゴヌクレオチドは、１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個）のｎ００１を含む、実施形態２５４～２５８のいずれか１つの組成物。
２６１．複数のオリゴヌクレオチドは、１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個）の天然リン酸結合を含む、実施形態２５４～２６０のいずれか１つの組成物。
２６２．塩基配列は、ＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６３．塩基配列は、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６４．塩基配列は、ＧＵＡＣＣＵＣＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６５．塩基配列は、ＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６６．塩基配列は、ＧＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６７．塩基配列は、ＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６８．塩基配列は、ＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２６９．塩基配列は、ＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７０．塩基配列は、ＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵＧであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７１．塩基配列は、ＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７２．塩基配列は、ＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７３．塩基配列は、ＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧＧＵＵであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７４．塩基配列は、ＵＵＧＵＧＵＣＡＣＣＡＧＡＧＵＡＡＣＡＧであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７５．塩基配列は、ＵＧＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７６．塩基配列は、ＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧであるか又はそれを含む、実施形態２５４～２６１のいずれか１つの組成物。
２７７．複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列を有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、複数のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２７８．複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、複数のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２７９．複数のオリゴヌクレオチドは同じ構成を有し、同じ構成を有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、複数のオリゴヌクレオチドである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２８０．各ヘテロ原子は、独立に、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
２８１．先行する実施形態のいずれか１つのオリゴヌクレオチド組成物及び薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
２８２．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＡｆＡ＊ＳｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000162
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８３．組成物であって、ＧＵＡＣＣＵＣＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＡｆＡ＊ＳｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000163
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８４．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000164
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８５．組成物であって、ＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000165
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８６．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＵｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000166
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８７．組成物であって、ＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＵｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000167
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８８．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000168
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２８９．組成物であって、ＵＧＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000169
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９０．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000170
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９１．組成物であって、ＵＧＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000171
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９２．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000172
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９３．組成物であって、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000173
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９４．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000174
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９５．組成物であって、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000175
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９６．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＧ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000176
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９７．組成物であって、ＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＧ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000177
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９８．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｍＧｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000178
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
２９９．組成物であって、ＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｍＧｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000179
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３００．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000180
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０１．組成物であって、ＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000181
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０２．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000182
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０３．組成物であって、ＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵＧの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000183
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０４．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000184
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０５．組成物であって、ＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000185
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０６．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｍＣｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000186
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０７．組成物であって、ＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｍＣｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000187
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０８．組成物であって、組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＡｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｍＣｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000188
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３０９．組成物であって、ＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧＧＵＵの塩基配列を有する組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
ｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＡｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｍＣｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ
の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であり、ここで、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000189
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、組成物。
３１０．液体組成物であり、オリゴヌクレオチドは、組成物に溶解された１つ又は複数の塩である、実施形態２８２～３０９のいずれか１つの組成物。
３１１．オリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、薬学的に許容可能な塩である、実施形態２８２～３１０のいずれか１つの組成物。
３１２．オリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、ナトリウム塩、カリウム塩及びアンモニウム（例えば、［Ｎ（Ｒ）４］＋の構造（例えば、各Ｒは、独立に、－Ｈ又は任意選択で置換されているＣ１～６アルキルを有する））塩から独立に選択される薬学的に許容可能な塩である、実施形態２８２～３１１のいずれか１つの組成物。
３１３．オリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、ナトリウム塩である、実施形態２８２～３１２のいずれか１つの組成物。
３１４．レベルは、約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％若しくは１００％又は少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％若しくは９９％）である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３１５．レベルは、約５０％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３１６．レベルは、約６０％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３１７．レベルは、約７０％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３１８．レベルは、約８０％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３１９．レベルは、約８５％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３２０．レベルは、約９０％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３２１．レベルは、約９５％以上である、実施形態２８２～３１３のいずれか１つの組成物。
３２２．ｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＡｆＡ＊ＳｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000190
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２３．ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000191
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２４．ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＵｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000192
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２５．ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000193
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２６．ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000194
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２７．ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000195
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２８．ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000196
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３２９．ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＧ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000197
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３０．ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｍＧｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000198
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３１．ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000199
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３２．ｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000200
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３３．ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000201
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３４．ｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｍＣｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000202
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３５．ｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＡｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｍＣｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵの構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩であって、
ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
ｎ００１Ｒは、
Figure 2022513719000203
であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである、オリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
３３６．オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容可能な塩である、実施形態３２２～３３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３７．オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩、カリウム塩及びアンモニウム（例えば、［Ｎ（Ｒ）４］＋の構造（例えば、各Ｒは、独立に、－Ｈ又は任意選択で置換されているＣ１～６アルキルを有する））塩から選択される薬学的に許容可能な塩である、実施形態３２２～３３６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３８．オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩である、実施形態３２２～３３７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３９．オリゴヌクレオチドは、約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％若しくは１００％又は少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％若しくは９９％）のジアステレオマー純度を有する、実施形態３２２～３３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４０．ジアステレオマー純度は約５０％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４１．ジアステレオマー純度は約６０％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４２．ジアステレオマー純度は約７０％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４３．ジアステレオマー純度は約８０％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４４．ジアステレオマー純度は約８５％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４５．ジアステレオマー純度は約９０％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４６．ジアステレオマー純度は約９５％以上である、実施形態３２２～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４７．有効量の実施形態３２２～３４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
３４８．先行する実施形態のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む、標的転写物のスプライシングを変化させるための方法。
３４９．標的転写物のスプライシングは、組成物の非存在と比較して変化される、実施形態３４８の方法。
３５０．変化は、組成物の非存在と比較して増加したレベルで１つ又は複数のエクソンがスキップされることである、先行する実施形態のいずれか１つの方法。
３５１．標的転写物は、ジストロフィンのプレｍＲＮＡである、先行する実施形態のいずれか１つの方法。
３５２．ジストロフィンのエクソン４５は、組成物の非存在と比較して増加したレベルでスキップされる、先行する実施形態のいずれか１つの方法。
３５３．ジストロフィンのエクソン５１は、組成物の非存在と比較して増加したレベルでスキップされる、先行する実施形態のいずれか１つの方法。
３５４．ジストロフィンのエクソン５３は、組成物の非存在と比較して増加したレベルでスキップされる、実施形態３４８～３５１のいずれか１つの方法。
３５５．エクソンスがスキップされたｍＲＮＡによってコードされるタンパク質は、エクソンがスキップされていない対応するｍＲＮＡによってコードされるタンパク質よりも優れた１つ又は複数の機能を提供する、先行する実施形態のいずれか１つの方法。
３５６．筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療するための方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、先行する実施形態のいずれか１つの組成物を投与することを含む方法。
３５７．筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療するための方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法。
３５８．筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療するための方法であって、（ａ）それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与すること、及び（ｂ）筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）の進行を予防、治療、改善又は遅延させることができる追加の治療を対象に施すことを含む方法。
３５９．追加の治療は、第２のオリゴヌクレオチドである、実施形態３５８の方法。
３６０．転写物スプライシングシステムは筋芽細胞又は筋管を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３６１．転写物スプライシングシステムは筋芽細胞を含む、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３６２．転写物スプライシングシステムは筋芽細胞を含み、この筋芽細胞は、前分化の０日後、４日後又は７日後に組成物と接触される、先行する実施形態のいずれか１つの組成物。
３６３．（ａ）先行する実施形態のいずれかの第１の組成物；（ｂ）先行する実施形態のいずれかの第２の組成物；及び任意選択の（ｃ）先行する実施形態のいずれかの第３の組成物を含む組み合わせを含み、第１、第２及び第３の組成物が異なる組成物。
３６４．オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって、
Figure 2022513719000204
の構造を有する化合物又はその塩を提供することを含む方法。
３６５．オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって、
Figure 2022513719000205
の構造を有する化合物又はその塩を提供することを含む方法。
３６６．オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって、
Figure 2022513719000206
の構造を有する化合物又はその塩を提供することを含む方法。
３６７．化合物は、立体化学的に純粋である、実施形態３６４～３６６のいずれか１つの方法。
３６８．化合物は、表ＣＡ－１、ＣＡ－２、ＣＡ－３、ＣＡ－４、ＣＡ－５、ＣＡ－６、ＣＡ－７、ＣＡ－８、ＣＡ－９、ＣＡ－１０、ＣＡ－１１又はＣＡ－１２の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーある、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３６９．化合物は、表ＣＡ－２の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７０．化合物は、表ＣＡ－３の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７１．化合物は、表ＣＡ－４の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７２．化合物は、表ＣＡ－５の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７３．化合物は、表ＣＡ－６の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７４．化合物は、表ＣＡ－７の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７５．化合物は、表ＣＡ－８の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７６．化合物は、表ＣＡ－９の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７７．化合物は、表ＣＡ－１０の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７８．化合物は、表ＣＡ－１１の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３７９．化合物は、表ＣＡ－１２の化合物又は関連するそのジアステレオマー又はエナンチオマーである、実施形態３６４～３６７のいずれか１つの方法。
３８０．オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって、
Figure 2022513719000207
の構造を有するキラル補助部分を含むホスホルアミダイト化合物を提供することを含む方法。
３８１．オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって、
Figure 2022513719000208
の構造を有するホスホルアミダイト化合物又はその塩を提供することを含む方法。
３８２．Ｗ１は－ＮＧ５－である、実施形態３６４～３８１のいずれか１つの方法。
３８３．Ｇ５とＧ３及びＧ４の１つとが一緒になって、－ＮＧ５－の窒素に加えて０～３個のヘテロ原子を有する任意選択で置換されている３～８員飽和環を形成する、実施形態３６４～３８２のいずれか１つの方法。
３８４．Ｇ５とＧ３及びＧ４の１つとが一緒になって、－ＮＧ５－の窒素の他にヘテロ原子を有していない任意選択で置換されている５員飽和環を形成する、実施形態３６４～３８２のいずれか１つの方法。
３８５．Ｗ２は、－Ｏ－である、実施形態３６４～３８４のいずれか１つの方法。
３８６．Ｇ２は、電子求引基を含む、実施形態３６４～３８５のいずれか１つの方法。
３８７．Ｇ２は、１つ又は複数の電子求引基で置換されているメチルである、実施形態３６４～３８５のいずれか１つの方法。
３８８．電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２又は－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２の１つ若しくは複数で置換されているアリール若しくはヘテロアリールである、実施形態３８６～３８７のいずれか１つの方法。
３８９．電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２又は－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２の１つ若しくは複数で置換されているフェニルである、実施形態３８６～３８７のいずれか１つの方法。
３９０．電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である、実施形態３８６～３８７のいずれか１つの方法。
３９１．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｌ’’－Ｒ’であり、ここで、Ｌ’は、－Ｃ（Ｒ）２－又は任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、Ｌ’’は、共有結合、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態３６４～３８６のいずれか１つの方法。
３９２．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｌ’’－Ｒ’であり、ここで、Ｌ’は、－Ｃ（Ｒ）２－又は任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、Ｌ’’は、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態３６４～３８６のいずれか１つの方法。
３９３．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’である、実施形態３６４～３９２のいずれか１つの方法。
３９４．Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である、実施形態３９３の方法。
３９５．Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである、実施形態３９３の方法。
３９６．Ｒ’は、メチル、イソプロピル又はｔ－ブチルである、実施形態３９３の方法。
３９７．Ｒ’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態３９３の方法。
３９８．Ｒ’はフェニルである、実施形態３９３の方法。
３９９．Ｒ’は、置換フェニルである、実施形態３９３の方法。
４００．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）２である、実施形態３６４～３９２のいずれか１つの方法。
４０１．１つのＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である、実施形態４００の方法。
４０２．１つのＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである、実施形態４００の方法。
４０３．１つのＲ’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態４００の方法。
４０４．１つのＲ’はフェニルである、実施形態４００の方法。
４０５．１つのＲ’は置換フェニルである、実施形態４００の方法。
４０６．他のＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４０７．他のＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４０８．他のＲ’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４０９．他のＲ’はフェニルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４１０．他のＲ’は置換フェニルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４１１．Ｌ’は、－Ｃ（Ｒ’）２ ＿である、実施形態３９１～４１０のいずれか１つの方法。
４１２．Ｌ’は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－である、実施形態３９１～４１０のいずれか１つの方法。
４１３．Ｌ’は、－ＣＨ２－である、実施形態３９１～４１０のいずれか１つの方法。
４１４．１つ又は複数の追加の化合物を提供することを含み、ここで、各化合物は、独立に、実施形態３６４～４１３のいずれか１つの化合物である、実施形態３６４～４１３のいずれか１つの方法。
４１５．追加の化合物は、化合物とは異なる構造を有する、実施形態４１４の方法。
４１６．追加の化合物において、Ｇ２は、－Ｌ’－Ｓｉ（Ｒ）３であり、ここで、各Ｒは、独立に、－Ｈではない、実施形態４１４の方法。
４１７．追加の化合物において、Ｇ２は、－ＣＨ２ＳｉＣＨ３Ｐｈ２である、実施形態４１４の方法。
４１８．１つ又は複数のサイクルを含み、サイクルのそれぞれは、独立に、
１）脱ブロック化；
２）カップリング；
３）任意選択で第１のキャッピング；
４）修飾；及び
５）任意選択で第２のキャッピング
を含むか又はそれらからなる、実施形態３６４～４１７のいずれか１つの方法。
４１９．オリゴヌクレオチド又はその組成物を調製するための方法であって、１つ又は複数のサイクルを含み、それぞれのサイクルは、独立に、
１）脱ブロック化；
２）カップリング；
３）任意選択で第１のキャッピング；
４）修飾；及び
５）任意選択で第２のキャッピング
を含むか又はそれらからなる、方法。
４２０．少なくとも１つのサイクルは、１）～５）を含むか又はそれらからなる、実施形態４１８～４１９のいずれか１つの方法。
４２１．ステップは、１）～５）まで順次行われる、実施形態４１８～４２０のいずれか１つの方法。
４２２．サイクルは、オリゴヌクレオチドの所望の長さが達成されるまで行われる、実施形態４１８～４２１のいずれか１つの方法。
４２３．脱ブロック化により、５’－ＯＨ上の保護基が除去され、遊離５’－ＯＨが提供される、実施形態４１８～４２２のいずれか１つの方法。
４２４．保護基は、Ｒ’－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態４２３の方法。
４２５．保護基は、ＤＭＴｒである、実施形態４２３の方法。
４２６．脱ブロックされるオリゴヌクレオチドを酸と接触させることを含む、実施形態４２３～４２５のいずれか１つの方法。
４２７．１）ホスホルアミダイトを提供すること；及び２）ホスホルアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、ここで、Ｐ－Ｏ結合は、ホスホルアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの５’－ＯＨとの間に形成される、実施形態３６４～４２６のいずれか１つの方法。
４２８．１）ホスホルアミダイトを提供すること；及び２）ホスホルアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、ここで、Ｐ－Ｏ結合は、ホスホルアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの５’－ＯＨとの間に形成され、ここで、ホスホルアミダイトは、実施形態３８０～４１３のいずれか１つの化合物である、実施形態３６４～４２７のいずれか１つの方法。
４２９．１）ホスホルアミダイトを提供すること；及び２）ホスホルアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、ここで、Ｐ－Ｏ結合は、ホスホルアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの５’－ＯＨとの間に形成され、ここで、ホスホルアミダイトは、実施形態３８０～３８５のいずれか１つの化合物であり、Ｇ２は、－Ｌ’－Ｓｉ（Ｒ）３であり、ここで、各Ｒは、独立に、－Ｈではない、実施形態３６４～４２８のいずれか１つの方法。
４３０．Ｇ２は、－ＣＨ２ＳｉＣＨ３Ｐｈ２である、実施形態４２９の方法。
４３１．カップリングは、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれを超える立体選択性でインターヌクレオチド結合を形成する、実施形態４２８～４３０のいずれか１つの方法。
４３２．形成されるインターヌクレオチド結合は、式Ｉ又はその塩形態のインターヌクレオチド結合である、実施形態４３１の方法。
４３３．－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 2022513719000209
である、実施形態４３２の方法。
４３４．ＰＬはＰである、実施形態４３２又は４３３の方法。
４３５．１）ホスホルアミダイトを提供すること；及び２）ホスホルアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、ここで、Ｐ－Ｏ結合が、ホスホルアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの５’－ＯＨとの間に形成され、ここで、ホスホルアミダイトは、リン原子が保護されたヌクレオシド、－Ｎ（ｉ－Ｐｒ）２及び２－シアノエチルに結合されるオリゴヌクレオチド合成のための標準的なホスホルアミダイトである、実施形態３６４～４３４のいずれか１つの方法。
４３６．１）アシル化試薬を提供すること；及び２）オリゴヌクレオチドをアシル化試薬と接触させることを含む第１のキャッピング含み、ここで、第１のキャッピングは、インターヌクレオチド結合のアミノ基をキャッピングする、実施形態３６４～４３５のいずれか１つの方法。
４３７．式Ｉ又はその塩形態のインターヌクレオチド結合を形成する第１のキャッピングを含み、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 2022513719000210
である、実施形態３６４～４３６のいずれか１つの方法。
４３８．ＰＬはＰであり、Ｒ１は－Ｃ（Ｏ）Ｒである、実施形態４３７の方法。
４３９．第１のキャッピングは、実施形態４３１の各カップリングの後に行われる、実施形態３６４～４３８のいずれか１つの方法。
４４０．硫化であるか又は硫化を含む修飾ステップを含む、実施形態３６４～４３９のいずれか１つの方法。
４４１．硫化は、結合リンに＝Ｓを導入する、実施形態４４０の方法。
４４２．硫化は、式Ｉ又はその塩形態のインターヌクレオチド結合を形成し、ＰＬはＰ（＝Ｓ）である、実施形態４４０又は４４１の方法。
４４３．－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 2022513719000211
である、実施形態４４２の方法。
４４４．Ｒ１は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである、実施形態４４３の方法。
４４５．酸化であるか又は酸化を含む修飾ステップを含む、実施形態３６４～４４４のいずれか１つの方法。
４４６．硫化は、結合リンに＝Ｏを導入する、実施形態４４０の方法。
４４７．結合リンに＝Ｎ－Ｌ－Ｒ５を導入する修飾ステップを含む、実施形態３６４～４４６のいずれか１つの方法。
４４８．結合リンを、
Figure 2022513719000212
に変換する修飾ステップを含む、実施形態３６４～４４６のいずれか１つの方法。
４４９．オリゴヌクレオチドをアジドイミダゾリニウム塩と接触させることを含む修飾ステップを含む、実施形態３６４～４４８のいずれか１つの方法。
４５０．オリゴヌクレオチドを、
Figure 2022513719000213
を含む化合物と接触させることを含む修飾ステップを含む、実施形態３６４～４４８のいずれか１つの方法。
４５１．オリゴヌクレオチドを、
Figure 2022513719000214
の構造を有する化合物と接触させることを含む修飾ステップを含み、ここで、Ｑ－はアニオンである、実施形態３６４～４４８のいずれか１つの方法。
４５２．Ｑ－は、Ｆ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、ＢＦ４ －、ＰＦ６ －、ＴｆＯ－、Ｔｆ２Ｎ－、ＡｓＦ６ －、ＣｌＯ４ －又はＳｂＦ６ －である、実施形態４５１の方法。
４５３．Ｑ－は、ＰＦ６ －である、実施形態４５２の方法。
４５４．修飾ステップは、式Ｉ又はその塩形態のインターヌクレオチド結合を形成し、ここで、ＰＬは、Ｐ（＝Ｎ－Ｌ－Ｒ５）である、実施形態３６４～４５４のいずれか１つの方法。
４５５．修飾ステップは、式ＩＩＩ又はその塩形態のインターヌクレオチド結合を形成する、実施形態３６４～４５４のいずれか１つの方法。
４５６．－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 2022513719000215
である、実施形態４５４又は４５５の方法。
４５７．Ｒ１は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである、実施形態４５６の方法。
４５８．遊離５’－ＯＨをキャッピングする第２のキャッピングを含む、実施形態３６４～４５７のいずれか１つの方法。
４５９．遊離５’－ＯＨをキャッピングする第２のキャッピングを含み、第２のキャッピングは各サイクルで行われる、実施形態３６４～４５８のいずれか１つの方法。
４６０．遊離５’－ＯＨをキャッピングする第２のキャッピングを含み、第２のキャッピングは、各サイクルで行われ、その後に別のサイクルが続く、実施形態３６４～４５８のいずれか１つの方法。
４６１．５’－ＯＨは、－ＯＡｃとしてキャッピングされている、実施形態４５８～４６０のいずれか１つの方法。
４６２．オリゴヌクレオチドは、固体支持体に付着されている、実施形態３６４～４６１のいずれか１つの方法。
４６３．固体支持体がＣＰＧである、実施形態４６２の方法。
４６４．オリゴヌクレオチドが塩基と接触される接触を含む、実施形態４６２～４６３のいずれか１つの方法。
４６５．接触は、実質的に水なしで行われる、実施形態４６４の方法。
４６６．接触は、オリゴヌクレオチドの長さが達成された後、且つオリゴヌクレオチドの脱保護及び切断の前に行われる、実施形態４６４又は４６５の方法。
４６７．塩基は、ＮＲ３の構造を有するアミン塩基である、実施形態４６４～４６６のいずれか１つの方法。
４６８．塩基は、トリエチルアミンである、実施形態４６７の方法。
４６９．塩基は、Ｎ，Ｎ－ジエチルアミンである、実施形態４６７の方法。
４７０．接触は、キラル補助剤を除去する、実施形態４６４～４６９のいずれか１つの方法。
４７１．接触は、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１基を除去する、実施形態４６４～４７０のいずれか１つの方法。
４７２．－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 2022513719000216
である、実施形態４７１の方法。
４７３．接触は、式Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１又はＩＩ－ｄ－２のインターヌクレオチド結合を形成し、ＰＬはＰ（Ｏ）である、実施形態４６４～４７２のいずれか１つの方法。
４７４．Ｇ２は、電子求引基を含む、実施形態４５６～４７３のいずれか１つの方法。
４７５．Ｇ２は、１つ又は複数の電子求引基で置換されているメチルである、実施形態４５６～４７４のいずれか１つの方法。
４７６．電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２又は－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２の１つ若しくは複数で置換されているアリール若しくはヘテロアリールである、実施形態４７４～４７５のいずれか１つの方法。
４７７．電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２又は－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２若しくは－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２の１つ若しくは複数で置換されているフェニルである、実施形態４７４～４７５のいずれか１つの方法。
４７８．電子求引基は、－ＣＮ、－ＮＯ２、ハロゲン、－Ｃ（Ｏ）Ｒ１、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ１、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ１、－Ｐ（Ｗ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ１）２、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）２又は－Ｐ（Ｓ）（Ｒ１）２である、実施形態４７４～４７５のいずれか１つの方法。
４７９．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｌ’’－Ｒ’であり、ここで、Ｌ’は、－Ｃ（Ｒ）２－又は任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、Ｌ’’は、共有結合、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態４５６～４７８のいずれか１つの方法。
４８０．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｌ’’－Ｒ’であり、ここで、Ｌ’は、－Ｃ（Ｒ）２－又は任意選択で置換されている－ＣＨ２－であり、Ｌ’’は、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）－、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）－、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］Ｏ－、－Ｐ（Ｏ）［Ｎ（Ｒ’）］［Ｎ（Ｒ’）］－、－Ｐ（Ｓ）（Ｒ’）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－である、実施形態４５６～４７８のいずれか１つの方法。
４８１．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’である、実施形態４５６～４８０のいずれか１つの方法。
４８２．Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である、実施形態４８１の方法。
４８３．Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである、実施形態４８１の方法。
４８４．Ｒ’は、メチル、イソプロピル又はｔ－ブチルである、実施形態４８１の方法。
４８５．Ｒ’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態４８１の方法。
４８６．Ｒ’は、フェニルである、実施形態４８１の方法。
４８７．Ｒ’は、置換フェニルである、実施形態４８１の方法。
４８８．Ｇ２は、－Ｌ’－Ｐ（Ｏ）（Ｒ’）２である、実施形態４５６～４８０のいずれか１つの方法。
４８９．１つのＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である、実施形態４８８の方法。
４９０．１つのＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである、実施形態４８８の方法。
４９１．１つのＲ’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態４８８の方法。
４９２．１つのＲ’は、フェニルである、実施形態４８８の方法。
４９３．１つのＲ’は、置換フェニルである、実施形態４８８の方法。
４９４．他のＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族である、実施形態４８９～４９３のいずれか１つの方法。
４９５．他のＲ’は、任意選択で置換されているＣ１～６アルキルである、実施形態４８９～４９３のいずれか１つの方法。
４９６．他のＲ’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４９７．他のＲ’は、フェニルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４９８．他のＲ’は、置換フェニルである、実施形態４０１～４０５のいずれか１つの方法。
４９９．Ｌ’は、－Ｃ（Ｒ’）２ ＿である、実施形態４７９～４９８のいずれか１つの方法。
５００．Ｌ’は、任意選択で置換されている－ＣＨ２－である、実施形態４７９～４９８のいずれか１つの方法。
５０１．Ｌ’は、－ＣＨ２－である、実施形態４７９～４９８のいずれか１つの方法。
５０２．接触は、２’－シアノエチルを除去する、実施形態４６４～５０１のいずれか１つの方法。
５０３．接触は、天然リン酸結合又はその塩形態を形成する、実施形態４６４～５０２のいずれか１つの方法。
５０４．実施形態４７０～５０２のいずれか１つの構造とは異なる構造を有する別のキラル補助剤又は基を除去することを含む、実施形態３６４～５０２のいずれか１つの方法。
５０５．
Figure 2022513719000217
を除去することを含み、ここで、Ｇ２は－Ｌ’－Ｓｉ（Ｒ）３であり、各Ｒは、独立に、－Ｈではない、実施形態３６４～５０２のいずれか１つの方法。
５０６．Ｇ２は、－ＣＨ２ＳｉＣＨ３Ｐｈ２である、実施形態５０５の方法。
５０７．オリゴヌクレオチドをフッ化物と接触させることを含む、実施形態５０４～５０６のいずれか１つの方法。
５０８．オリゴヌクレオチドをＴＥＡ－ＨＦ及び塩基を含む溶液と接触させることを含む、実施形態５０４～５０６のいずれか１つの方法。
５０９．固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断することを含む、実施形態３６４～５０８のいずれか１つの方法。
５１０．オリゴヌクレオチド又はその組成物は、実施形態１～３４７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物である、実施形態３６４～５０９のいずれか１つの方法。
５１１．実施形態３６４～４１３のいずれか１つの化合物又は関連するジアステレオマー又はエナンチオマー。
５１２．各ヘテロ原子は、独立に、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである、先行する実施形態のいずれか１つの方法。
実施例
上記は、本開示の特定の非限定的な実施形態の説明であった。従って、本明細書に説明される本開示の実施形態は、単に本開示の原理の適用の例示に過ぎないことが理解されるべきである。本明細書における例示される実施形態の詳細への言及は、特許請求の範囲を限定することを意図するものではない。
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製し、及びその特性及び／又は活性を評価する特定の方法は、限定はされないが、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１５／０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７／００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／０１５５７５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号（これらの各々の方法及び試薬は、参照により本明細書に援用される）に記載されるものを含め、当技術分野において広く公知である。本出願人は、本明細書において、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物を調製する例示的な方法について説明する。
本開示の特定の実施形態の機能及び利点は、以下に記載する例からより深く理解され得る。以下の例は、かかる実施形態の特定の利益を例示することを意図している。
実施例１．ＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物の例示的合成
ＤＭＤオリゴヌクレオチド及びその組成物の特定の調製技術は当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、本開示のＤＭＤオリゴヌクレオチド及びＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物は、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１５／０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７／００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／０１５５７５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号及び国際公開第２０１９／０５５９５１号の１つ以上に記載される技術、例えば試薬（例えば、固体支持体、カップリング試薬、切断試薬、ホスホロアミダイト等）、キラル補助基、溶媒（例えば、反応、洗浄用等）、サイクル、反応条件（例えば、時間、温度等）等を用いて調製した。
実施例２．環状グアニジン部分を含むホスホロアミデートインターヌクレオチド結合の例示的合成
本明細書に例示されるとおり、ホスホロアミデートインターヌクレオチド結合は、本開示において、立体的に純粋な亜リン酸インターヌクレオチド結合を含めた亜リン酸インターヌクレオチド結合から容易に調製することができる。
Figure 2022513719000218
乾燥アセトニトリル（５．２ｍｌ）中のアミダイト（４７４ｍｇ、０．６２４ｍｍｏｌ、１．５当量、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも１２時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた）及びＴＢＳ保護アルコール（１５０ｍｇ、０．４１ｍｍｏｌ、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも１２時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた）の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で５－（エチルチオ）－１Ｈ－テトラゾール（ＥＴＴ、２．０８ｍｌ、０．６Ｍ、３当量）を加えた。この反応混合物を５分間撹拌し、次にＬＣＭＳによってモニタし、次にアセトニトリル（１ｍｌ）中の２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート（３５６ｍｇ、１．２４ｍｍｏｌ、３当量）の溶液を加えた。反応が完了したところで（約５分後、ＬＣＭＳによりモニタした）、次にトリエチルアミン（０．１７ｍｌ、１．２４ｍｍｏｌ、３当量）を加え、反応をＬＣＭＳによりモニタした。反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン（５０ｍｌ）に再溶解し、水（２５ｍｌ）、飽和重炭酸ナトリウム水溶液（２５ｍｌ）及びブライン（２５ｍｌ）で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。ＤＣＭ（５％トリエチルアミン）及びＭｅＯＨを溶離液として使用してシリカゲルカラム（８０ｇ）によって粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、溶媒を蒸発させた。得られた生成物はＴＥＡ．ＨＣｌ塩を含有し得る。この塩を除去するため、生成物をＤＣＭ（５０ｍｌ）に再溶解させて、飽和重炭酸ナトリウム水溶液（２０ｍｌ）及びブライン（２０ｍｌ）で洗浄し、次に硫酸マグネシウムで乾燥させて、溶媒を蒸発させた。淡黄色の固体が得られた。収率：４４０ｍｇ（８９％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．３４，－１．９８．Ｃ５１Ｈ６５ＦＮ７Ｏ１４ＰＳｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ計算値１０７８．１７，実測値：１０７８．５７［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000219
立体的に純粋な（Ｒｐ）二量体の合成
乾燥アセトニトリル（１８ｍＬ）中のＬ－ＤＰＳＥキラルアミダイト（１．８７ｇ、２．０８ｍｍｏｌ、１．５当量、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも１２時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた）及びＴＢＳ保護アルコール（５００ｍｇ、１．３８ｍｍｏｌ、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも１２時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた）の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で２－（１Ｈ－イミダゾール－１－イル）アセトニトリルトリフルオロメタンスルホネート（ＣＭＩＭＴ、５．５４ｍＬ、０．５Ｍ、２当量）を加えた。得られた反応混合物を５分間撹拌し、次にＬＣＭＳによってモニタし、次にアセトニトリル（２ｍＬ）中の２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート（１．１８ｇ、４．１６ｍｍｏｌ、３当量）の溶液を加えた。反応が完了したところで（約５分後、ＬＣＭＳによりモニタした）、反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン（７０ｍＬ）に再溶解し、水（４０ｍＬ）、飽和重炭酸ナトリウム水溶液（４０ｍＬ）及びブライン（４０ｍＬ）で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。ＤＣＭ（５％トリエチルアミン）及びＭｅＯＨを溶離液として使用してシリカゲルカラム（１２０ｇ）によって粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、溶媒を蒸発させた。得られた生成物はＴＥＡ．ＨＣｌ塩を含有した。この塩を除去するため、生成物をＤＣＭ（５０ｍＬ）に再溶解させて、飽和重炭酸ナトリウム水溶液（２０ｍＬ）及びブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、次に硫酸マグネシウムで乾燥させて、溶媒を蒸発させた。淡黄色の泡沫状固体が得られた。収率：７１０ｍｇ（４７％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．３８．Ｃ５１Ｈ６５ＦＮ７Ｏ１４ＰＳｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ計算値１０７８．１７，実測値：１０７８．１９．
Figure 2022513719000220
立体的に純粋な（Ｓｐ）二量体の合成
Ｒｐ二量体と同じ手順に従った。Ｌ－ＤＰＳＥキラルアミダイトの代わりにＤ－ＤＰＳＥキラルアミダイトを使用した。淡黄色の泡沫状固体が得られた。収率：８９０ｍｇ（５９％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．９３．Ｃ５１Ｈ６５ＦＮ７Ｏ１４ＰＳｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ計算値１０７８．１７，実測値：１０７８．００．
例示的な３１Ｐ ＮＭＲ（δ０．０におけるリン酸の内部標準）では、ステレオランダムな製剤は、それぞれ－１．３４及び－１．９８に２つのピークを示した；立体的に純粋なＲｐ製剤は－１．９３にピークを示した、及び立体的に純粋なＳｐ製剤は－１．３８にピークを示した。
実施例３．中性グアニジニウム基を含むインターヌクレオチド結合を有するＤＭＤオリゴヌクレオチドの調製
本開示に記載される技術によれば、様々な中性及び／又はカチオン性インターヌクレオチド結合を（例えば、生理的ｐＨで）有するＤＭＤオリゴヌクレオチドを調製することができる。以下に、代表的なかかるインターヌクレオチド結合を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドの調製を例示する。
ＷＶ－１１２３７は、骨格に中性の性質を導入して骨格の全体的な負電荷を低下させる
Figure 2022513719000221
の構造を有する４個のインターヌクレオチド結合を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドである。予測分子量：７１１３．４。
例として、ＷＶ－１１２３７の１つの調製を、特定の合成条件及び分析的結果を含め、以下に記載する。簡潔に言えば、Ｌ－ＤＰＳＥアミダイト及び脱トリチル化－＞カップリング－＞Ｐｒｅ－Ｃａｐ－＞チオール化－＞Ｐｏｓｔ－Ｃａｐを含む典型的なＤＰＳＥカップリングサイクルを用いて、立体的に純粋なインターヌクレオチド結合を構築した。ｎ００１インターヌクレオチド結合のサイクルを改変し、これは脱トリチル化－＞カップリング－＞ジメチルイミダゾリウム処理－＞Ｐｏｓｔ－ｃａｐを含んだ。特定の酸化サイクルと比較すると、Ｐ（ＩＩＩ）を例えばＩ２－ピリジン－水で酸化する酸化ステップがジメチルイミダゾリウム処理に置き換えられた。
例示的調製の特定の条件及び／又は結果
合成スケール：１２７μｍｏｌ
Figure 2022513719000222
Figure 2022513719000223
合成プロセスパラメータ：
合成機：AKTA Oligopilot 100
固体支持体：ＣＰＧ ２’フルオロ－Ｕ（８５ｕｍｏｌ／ｇ）
合成スケール：１２７ｕｍｏｌ；１．５ｇｍ
カラム直径：２０ｍｍ
カラム容積：６．３ｍＬ
立体的に純粋なカップリング試薬：
単量体：ＭｅＣＮ中０．２Ｍ（２’フルオロ－ｄＡ－Ｌ－ＤＰＳＥ、２’フルオロ－ｄＧ－Ｌ－ＤＰＳＥ、２’－ＯＭｅ－Ａ－Ｌ－ＤＰＳＥ）；２０％イソブチロニトリル／ＭｅＣＮ中０．２Ｍ（２’フルオロ－ｄＣ－Ｌ－ＤＰＳＥ、２’フルオロ－Ｕ－Ｌ－ＤＰＳＥ）
脱ブロック化：トルエン中３％ＤＣＡ
活性化剤：ＭｅＣＮ中０．６Ｍ ＣＭＩＭＴ
硫化：ピリジン中０．２Ｍキサンタンヒドリド
Ｃａｐ Ａ：ＭｅＣＮ中２０％ＮＭＩ
Ｃａｐ Ｂ：無水酢酸、ルチジン、ＭｅＣＮ（２０：３０：５０）
Ｐｒｅ－Ｃａｐ：Neat Cap B
ステレオランダムなカップリング試薬：
単量体：ＭｅＣＮ中０．２Ｍ（２’ＯＭｅＡ及び２’ＯＭｅＧ）
脱ブロック化：トルエン中３％ＤＣＡ
活性化剤：ＭｅＣＮ中０．６Ｍ ＥＴＴ
２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリニウム－ヘキサフルオロホスフェート：ＭｅＣＮ中０．１Ｍ
Ｃａｐ Ａ：ＭｅＣＮ中２０％ＮＭＩ
Ｃａｐ Ｂ：無水酢酸、ルチジン、ＭｅＣＮ
脱保護条件：
初めに支持体をＤＭＳＯ、Ｈ２Ｏ、トリエチルアミン（ｐＨ６．８）中５Ｍ ＴＥＡ．ＨＦで処理することによるワンポット脱保護。インキュベーション：３時間、室温、８０μＬ／μｍｏｌ。続いてアンモニア水（２００μＬ／μｍｏｌ）の添加。インキュベーション：２４時間、３５℃。脱保護した材料を０．４５μｍフィルタを用いて滅菌ろ過した。
収率：７２Ｏ．Ｄ．／μｍｏｌ
Figure 2022513719000224
例示的な粗ＵＰＬＣクロマトグラムには、いずれも７１１３．２の同じ望ましい分子量を有する４つの個別的なピークがあった。
Figure 2022513719000225
例示的な最終ＱＣ ＵＰＬＣクロマトグラムは４つの個別的なピークを示し、いずれも７１１３．２の望ましい分子量を有した（％純度９５．３２）。粗ＬＣ－ＭＳは７１１３．２の望ましい分子量の単一のピークを示した（データは示さず）。例示的な最終ＱＣ ＬＣ－ＭＳは、７１１３．１の望ましい分子量の主ピークを示した。
同様のサイクル条件又は各ＤＭＤオリゴヌクレオチドの具体的なケミストリーに応じてその変形例を用いて他のＤＭＤオリゴヌクレオチドが調製され得る。
実施例４．キラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合
二量体合成
この手順は、立体的に純粋な二量体リン酸骨格を作製し、続いてそれをオリゴヌクレオチド（例えば、ＤＭＤオリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡｉ剤又はｓｓＲＮＡ等）の選択的な部位に取り込むものである。第２の手法は、自動ＤＭＤオリゴヌクレオチド合成機を使用して分子を合成することにより、完全ＤＭＤオリゴヌクレオチドの特異的部位に非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合を導入するものである。
Figure 2022513719000226
立体的に純粋な（Ｒｐ）二量体についての一般的実験手順（Ｂ）：乾燥アセトニトリル（１８ｍＬ）中のＬ（又は）Ｄ－ＤＰＳＥキラルアミダイト（１．８７ｇ、２．０８ｍｍｏｌ、１．５当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発によって予め乾燥させて、それを真空下に最低でも１２時間置いた）及びＴＢＳ保護アルコール（５００ｍｇ、１．３８ｍｍｏｌ、乾燥アセトニトリルとの共蒸発によって予め乾燥させて、それを真空下に最低でも１２時間置いた）の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で２－（１Ｈ－イミダゾール－１－イル）アセトニトリルトリフルオロメタンスルホネート（ＣＭＩＭＴ、５．５４ｍＬ、０．５Ｍ、２当量）を加えた。得られた反応混合物を５分間撹拌し、次にＬＣＭＳによってモニタし、次にアセトニトリル（２ｍＬ）中の２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート（１．１８ｇ、４．１６ｍｍｏｌ、３当量）の溶液を加えた。反応が完了したところで（約５分後、ＬＣＭＳによりモニタした）、次にこの反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン（７０ｍＬ）に再溶解し、水（４０ｍＬ）、飽和重炭酸ナトリウム水溶液（４０ｍＬ）及びブライン（４０ｍＬ）で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。ＤＣＭ（２％トリエチルアミン）及びＭｅＯＨを溶離液として使用してシリカゲルカラム（１２０ｇ）によって粗生成物を精製した。生成物含有画分を蒸発させた。淡黄色の泡沫状固体１００２が得られた。収率：７１０ｍｇ（４７％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．３８．Ｃ５１Ｈ６５ＦＮ７Ｏ１４ＰＳｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１０７７．４０，実測値：１０７８．１９［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000227
立体的に純粋な（Ｓｐ）二量体１００３：上記に示すとおりの手順Ｂに従った。Ｄ－ＤＰＳＥキラルアミダイトを使用した。淡黄色の泡沫状固体が得られた。収率：８９０ｍｇ（５９％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．９３．Ｃ５１Ｈ６５ＦＮ７Ｏ１４ＰＳｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１０７７．４０，実測値：１０７８．００［Ｍ＋Ｈ］＋．
ＴＢＳ基の脱保護についての一般的実験手順（Ｃ）：ＴＨＦ（７０ｍＬ）中のＴＢＳ保護化合物（９．０４ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、室温でＴＢＡＦ（１．０Ｍ、１３．６ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を室温で２～４時間撹拌した。ＬＣＭＳにより、出発材料が残っていないことが示され、次に濃縮し、続いてISCO－コンビフラッシュシステム（３ＣＶのＤＣＭ中２％ＴＥＡで予め平衡化した３３０ｇ gold rediSep高性能シリカカラム）及びグラジエント溶離液としてＤＣＭ／メタノール／２％ＴＥＡを使用して精製した。生成物含有カラム画分を合わせてプールし、蒸発させた後、続いて高真空下で乾燥させると、純粋な生成物がもたらされた。
キラルアミダイトについての一般的実験手順（Ｄ）：ＴＢＳ保護化合物（２．５ｍｍｏｌ）を３５℃で８０ｍＬの無水トルエン（３０ｍＬ×２）と共蒸発することにより乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。次に乾燥したそれを乾燥ＴＨＦ（３０ｍＬ）に溶解し、続いてトリエチルアミン（１７．３ｍｍｏｌ）を加え、次にこの反応混合物を－６５℃に冷却した［グアニンフレーバーについて：ＴＭＳ－Ｃｌ、２．５ｍｍｏｌを－６５℃で加えた、非グアニンフレーバーについてＴＭＳ－Ｃｌを加えなかった］。［（１Ｒ，３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（又は）（１Ｓ，３Ｒ，３ａＲ）－１－クロロ－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（１．８当量）のＴＨＦ溶液を上記の反応混合物にシリンジで２分かけて加え、次に徐々に室温に温めた。室温で２０～３０分後、ＴＬＣ並びにＬＣＭＳにより、出発材料が生成物に変換された（反応時間：１時間）ことが示された。次にこの反応混合物を、エアフリーろ過チューブを使用してアルゴン下でろ過し、ＴＨＦで洗浄し、２６℃において回転蒸発下で乾燥させると、粗固体材料がもたらされ、これをＤＣＭ／ＣＨ３ＣＮ／５％ＴＥＡを溶媒として使用してISCO－コンビフラッシュシステム（４０ｇ gold rediSep高性能シリカカラム（３ＣＶのＣＨ３ＣＮ／５％ＴＥＡ、次に３ＣＶのＤＣＭ／５％ＴＥＡで予め平衡化した）により精製した（化合物は１０～４０ＤＣＭ／ＣＨ３ＣＮ／５％ＴＥＡで溶出した）。合わせてプールしたカラム画分の蒸発後、高真空下で乾燥させると、白色の固体がもたらされ、分離収率が求まった。
３１Ｐ ＮＭＲ（δ０．０におけるリン酸の内部標準）：１００１：－１．３４及び－１．９８。１００２：－１．９３。１００３：－１．３８。１００１、１００２及び１００３の１Ｈ ＮＭＲは、ジアステレオマーの複数の水素について異なる化学シフトを実証した。ＬＣＭＳも同様に、２つのジアステレオマーについて異なる保持時間を示した。一条件下では、以下の保持時間が観察された：１００１について１．９０及び２．１５、一方のジアステレオマーについて１．９２及び他方について２．１７。
Figure 2022513719000228
化合物１００４：手順Ｂ及びＣに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（３６％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．２３．Ｃ４７Ｈ５４ＦＮ８Ｏ１４Ｐ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１００４．３４，実測値：１０４３．２１［Ｍ＋Ｋ］＋．
化合物１００５：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（８１％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５４．４３，－２．５２．Ｃ６６Ｈ７６ＦＮ９Ｏ１５Ｐ２Ｓｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１３４３．４６，実測値：１３４４．８５［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000229
化合物１００６：手順Ｂ及びＣに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（４７％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －２．５４．Ｃ４７Ｈ５４ＦＮ８Ｏ１４Ｐ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１００４．３４，実測値：１０４３．１２［Ｍ＋Ｋ］＋．
化合物１００７：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（８１％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５３．５５，－２．２０．Ｃ６６Ｈ７６ＦＮ９Ｏ１５Ｐ２Ｓｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１３４３．４６，実測値：１３４４．７５［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000230
化合物１００８：手順Ｂ及びＣに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（３６％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．３８．Ｃ５８Ｈ６３ＦＮ１３Ｏ１３Ｐ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１１９９．４３，実測値：１２００．７６［Ｍ＋Ｈ］＋．
化合物１００９：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（６０％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５７．２６，－２．８６．Ｃ７７Ｈ８５ＦＮ１４Ｏ１４Ｐ２Ｓｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１５３８．５５，実測値：１５３９．９３［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000231
化合物１０１０：手順Ｂ及びＣに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（３６％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －２．８２．Ｃ５８Ｈ６３ＦＮ１３Ｏ１３Ｐ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１１９９．４３，実測値：１２００．１９［Ｍ＋Ｈ］＋．
化合物１０１１：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（６３％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５９．５６，－２．９９．Ｃ７７Ｈ８５ＦＮ１４Ｏ１４Ｐ２Ｓｉ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１５３８．５５，実測値：１５３９．８３［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000232
化合物１０１２：手順Ｂ及びＣに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（３６％）。
Figure 2022513719000233
３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ －１．８３．１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １２．１４（ｓ，１Ｈ），１１．２８（ｓ，１Ｈ），９．１５（ｓ，１Ｈ），８．５６（ｓ，１Ｈ），８．２５－７．９４（ｍ，２Ｈ），７．９０（ｓ，１Ｈ），７．７２－７．４８（ｍ，２Ｈ），７．４４（ｄｄ，Ｊ＝８．２，６．７Ｈｚ，２Ｈ），７．３５－７．２６（ｍ，２Ｈ），７．２４－７．０２（ｍ，８Ｈ），６．８１－６．５６（ｍ，４Ｈ），６．０４（ｄ，Ｊ＝５．２Ｈｚ，１Ｈ），５．６７（ｄ，Ｊ＝５．５Ｈｚ，１Ｈ），４．８３（ｄｔ，Ｊ＝８．６，４．４Ｈｚ，１Ｈ），４．７１－４．５４（ｍ，２Ｈ），４．４９（ｄｔ，Ｊ＝１４．２，４．８Ｈｚ，２Ｈ），４．３５（ｄｄｔ，Ｊ＝１１．０，５．１，３．２Ｈｚ，１Ｈ），４．２８－４．０９（ｍ，２Ｈ），３．６８（ｓ，６Ｈ），３．３７（ｄ，Ｊ＝３．３Ｈｚ，７Ｈ），３．３３－３．１７（ｍ，５Ｈ），２．８２（ｓ，５Ｈ），２．７４－２．６０（ｍ，１Ｈ），１．９２（ｓ，２Ｈ），１．７２－１．５０（ｍ，１Ｈ），１．０８（ｄ，Ｊ＝６．９Ｈｚ，３Ｈ），０．９４（ｄ，Ｊ＝６．９Ｈｚ，３Ｈ）．Ｃ５９Ｈ６６Ｎ１３Ｏ１４ＰについてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１２１１．４５［Ｍ］＋，実測値：１２１２．４２［Ｍ＋Ｈ］＋．
化合物１０１３：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（７８％）。
Figure 2022513719000234
３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １５９．４２，－２．４７．Ｃ７８Ｈ８８Ｎ１４Ｏ１５Ｐ２ＳｉについてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１５５０．５７［Ｍ］＋，実測値：１５５１．９６［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000235
化合物１０１４：手順Ｂ及びＣに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（３０％）。
Figure 2022513719000236
Ｃ５９Ｈ６６Ｎ１３Ｏ１４ＰについてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１２１１．４５［Ｍ］＋，実測値：１２１２．８０［Ｍ＋Ｈ］＋．
化合物１０１５：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（６８％）。
Figure 2022513719000237
Ｃ７８Ｈ８８Ｎ１４Ｏ１５Ｐ２ＳｉについてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１５５０．５７［Ｍ］＋，実測値：１５５１．７７［Ｍ＋Ｈ］＋．
化合物１０１６：手順Ｄを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率：（６４％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５６．６４，－２．６７．Ｃ７８Ｈ８８Ｎ１４Ｏ１５Ｐ２ＳｉについてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１５５０．５７［Ｍ］＋，実測値：１５５１．７７［Ｍ＋Ｈ］＋．
Figure 2022513719000238
スルホニルアミダイトを使用した立体的に純粋な二量体についての一般的実験手順（Ｅ）：乾燥アセトニトリル（２ｍＬ）中の立体的に純粋なスルホニルアミダイト１０１７（２５９ｍｇ、０．２７５ｍｍｏｌ、１．５当量）及びＴＢＳ保護アルコール（１００ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で２－（１Ｈ－イミダゾール－１－イル）アセトニトリルトリフルオロメタンスルホネート（ＣＭＩＭＴ、０．７３ｍＬ、０．３６ｍｍｏｌ、０．５Ｍ、２当量）を加えた。得られた反応混合物を５分間撹拌し、ＬＣＭＳによりモニタし、次に無水酢酸（ＡＣＮ中２Ｍ、０．１８ｍｌ、０．３６ｍｍｏｌ、２当量）とルチジン（ＡＣＮ中２Ｍ、０．１８ｍｌ、０．３６ｍｍｏｌ、２当量）との混合物を加え、次に約５分間撹拌し、次にアセトニトリル（１ｍＬ）中の２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート（１０４．７ｍｇ、０．３６７ｍｍｏｌ、２当量）の溶液を加えた。反応が完了したところで（約５分後、ＬＣＭＳによりモニタした）、次にトリエチルアミン（０．１３ｍＬ、０．９１ｍｍｏｌ、５当量）を加え、ＬＣＭＳによりモニタした。反応が完了したところで、これを減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン（５０ｍＬ）に再溶解し、水（２５ｍＬ）、飽和重炭酸ナトリウム水溶液（２５ｍＬ）及びブライン（２５ｍＬ）で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。ＤＣＭ（２％トリエチルアミン）及びＭｅＯＨを溶離液として使用してシリカゲルカラム（８０ｇ）により粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、蒸発させた。オフホワイトの固体１０１８が得られた。収率：２０４ｍｇ（８２％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ －１．８７．Ｃ７４Ｈ７５ＦＮ１０Ｏ１４Ｐ［Ｍ］＋についてのＭＳ（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値１３５９．４４，実測値：１３６０．３９［Ｍ＋Ｈ］＋．
合成に利用し得る追加のホスホロアミダイトとしては、以下が挙げられる。
Figure 2022513719000239
追加の有用なキラル補助基としては、以下が挙げられる。
Figure 2022513719000240
他のホスホロアミダイト及びキラル補助基、例えば米国特許第９６９５２１１号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１３／０１７８６１２号、米国特許出願公開第２０１５０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号及び／又は国際公開第２０１８／２３７１９４号（これらの各々のキラル補助基及びホスホロアミダイトは、参照により援用される）などに記載されるもの。
実施例５．キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製についての例示的技術－例示的な有用なキラル補助基
とりわけ、本開示は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の調製に有用な技術（例えば、キラル補助基、ホスホロアミダイト、サイクル、条件、試薬等）を提供する。一部の実施形態において、提供される技術は、Ｐ－Ｎ＝（式中、Ｐは結合である）を含む特定のインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等の調製に特に有用である。一部の実施形態において、結合リンは三価である。特定の例示的技術（キラル補助基及びその調製、ホスホロアミダイト及びその調製、サイクル、条件、試薬等）は、本明細書の実施例に記載される。とりわけ、かかるキラル補助基は、参照キラル補助基（例えば、式Ｏ、Ｐ、Ｑ、Ｒのもの又はＤＰＳＥ）と比較したとき、より穏やかな反応条件、より高い官能基適合性、代替的脱保護及び／又は切断条件、より高い粗収率及び／又は精製後収率、より高い粗純度、より高い生成物純度及び／又はより高い（又は実質的に同じ若しくは同等の）立体選択性をもたらす。
Figure 2022513719000241
２つの並列バッチ：ＴＨＦ（６００ｍＬ）中のメチルスルホニルベンゼン（１０２．９３ｇ、６５８．９６ｍｍｏｌ、１．５当量）の溶液に－７０℃でＫＨＭＤＳ（１Ｍ、６５８．９６ｍＬ、１．５当量）を滴下して加え、３０分かけて－３０℃にゆっくりと温めた。次にこの混合物を－７０℃に冷却した。ＴＨＦ（４００ｍＬ）中の化合物１（１５０ｇ、４３９．３１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液を－７０℃で滴下して加えた。この混合物を－７０℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝３：１、Ｒｆ＝０．１）により、化合物１が完全に消費され、極性がより大きい１つの新規主スポットが検出されたことが指示された。２つのバッチを合わせた。この反応混合物を飽和ＮＨ４Ｃｌ（水溶液１０００ｍＬ）に加えることによりクエンチし、次にＥｔＯＡｃ（１０００ｍＬ×３）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、１０００ｍＬ溶液を生じさせた。次にＭｅＯＨ（６００ｍＬ）を加え、減圧下で濃縮して、１０００ｍＬ溶液を生じさせ、次に残渣をろ過し、ＭｅＯＨ（１５０ｍＬ）で洗浄した；残渣をＴＨＦ（１０００ｍＬ）及びＭｅＯＨ（６００ｍＬ）で溶解し、次に減圧下で濃縮して、１０００ｍＬ溶液を生じさせた。次にろ過して残渣を生じさせ、ＭｅＯＨ（１５０ｍＬ）で洗浄した。及びもう１回繰り返した。化合物２（２４８ｇ、粗製）が白色の固体として得られた。及び合わせた母液を減圧下で濃縮すると、化合物３（２００ｇ、粗製）が黄色の油として生じた。
化合物２：１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．８０（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，２Ｈ），７．７４－７．６６（ｍ，１Ｈ），７．６１－７．５３（ｍ，２Ｈ），７．４７（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，６Ｈ），７．２４－７．１２（ｍ，９Ｈ），４．５０－４．３３（ｍ，１Ｈ），３．３３（ｓ，１Ｈ），３．２６（ｄｄｄ，Ｊ＝２．９，５．２，８．２Ｈｚ，１Ｈ），３．２３－３．１０（ｍ，２Ｈ），３．０５－２．９１（ｍ，２Ｈ），１．５９－１．４８（ｍ，１Ｈ），１．３８－１．２３（ｍ，１Ｈ），１．１９－１．０１（ｍ，１Ｈ），０．３１－０．１２（ｍ，１Ｈ）．
化合物ＷＶ－ＣＡ－１０８の調製
Figure 2022513719000242
ＴＨＦ（１Ｌ）中の化合物２（２４８ｇ、４９８．３５ｍｍｏｌ、１当量）の溶液にＨＣｌ（５Ｍ、９９６．６９ｍＬ、１０当量）を加えた。この混合物を１５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝３：１、Ｒｆ＝０．０３）により、化合物２が完全に消費され、極性がより大きい１つの新規主スポットが検出されたことが指示された。得られた混合物をＭＴＢＥ（５００ｍＬ×３）で洗浄した。合わせた有機層を水（１００ｍＬ）で逆抽出した。合わせた水層を５Ｍ ＮａＯＨ水溶液でｐＨ１２に調整し、ＤＣＭ（５００ｍＬ×３）で抽出した。合わせた有機層を無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させて、ろ過して濃縮すると、白色の固体がもたらされた。ＷＶ－ＣＡ－１０８（１２２．６ｇ、粗製）が白色の固体として得られた。
１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．９５（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，２Ｈ），７．６６（ｔ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，１Ｈ），７．５７（ｔ，Ｊ＝７．７Ｈｚ，２Ｈ），４．０３（ｄｄｄ，Ｊ＝２．６，５．３，８．３Ｈｚ，１Ｈ），３．３７－３．２３（ｍ，２Ｈ），３．２０－３．１４（ｍ，１Ｈ），２．９１－２．７５（ｍ，３Ｈ），２．６９（ｂｒ ｓ，１Ｈ），１．７９－１．５４（ｍ，５Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１３９．５８，１３３．８３，１２９．２８，１２７．９８，６７．９０，６１．７１，５９．９９，４６．８８，２５．９８，２５．８４；ＬＣＭＳ［Ｍ＋Ｈ］＋：２５６．１．ＬＣＭＳ純度：１００％．ＳＦＣ １００％純度．
化合物ＷＶ－ＣＡ－２３７の調製
Figure 2022513719000243
ＴＨＦ（１．５Ｌ）中の化合物３（４００．００ｇ、８０３．７８ｍｍｏｌ）の溶液にＨＣｌ（５Ｍ、１．６１Ｌ）を加えた。この混合物を１５℃で２時間撹拌した。ＴＬＣにより、化合物３が完全に消費され、極性がより大きい１つの新規主スポットが検出されたことが指示された。得られた混合物をＭＴＢＥ（５００ｍＬ×３）で洗浄した。合わせた水層を５Ｍ ＮａＯＨ水溶液でｐＨ１２に調整し、ＤＣＭ（５００ｍＬ×１）及びＥｔＯＡｃ（１０００ｍＬ×２）で抽出した。合わせた有機層を無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させて、ろ過し、濃縮すると、褐色の固体としてもたらされた。ＷＶ－ＣＡ－２３７（１００ｇ、粗製）が褐色の固体として得られた。
残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝３／１～酢酸エチル：メタノール＝１：２）によって精製すると、２４ｇの粗製物が生じた。次に４ｇの残渣を分取ＨＰＬＣ（カラム：Phenomenex luna Ｃ１８ ２５０×５０ｍｍ×１０ｕｍ；移動相：［水（０．０５％ＨＣｌ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：２％→２０％、１５分）によって精製すると、望ましい化合物が（２．６８ｇ、収率６５％，）白色の固体として生じた。ＷＶ－ＣＡ－２３７（２．６８ｇ）が白色の固体として得られた。ＷＶ－ＣＡ－２３７：１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．９８－７．８８（ｍ，２Ｈ），７．６８－７．６１（ｍ，１Ｈ），７．６０－７．５１（ｍ，２Ｈ），４．０４（ｄｔ，Ｊ＝２．４，５．６Ｈｚ，１Ｈ），３．８５（ｄｄｄ，Ｊ＝３．１，５．６，８．４Ｈｚ，１Ｈ），３．３７－３．０９（ｍ，３Ｈ），２．９５－２．７７（ｍ，３Ｈ），１．８９－１．５３（ｍ，４Ｈ），１．５３－１．３９（ｍ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１３９．８９，１３３．８１，１３３．７０，１２９．２６，１２９．１６，１２８．０５，１２７．９６，６８．２０，６１．７７，６１．６１，６１．０１，６０．０５，４６．６７，２８．０２，２６．２４，２５．９３；ＬＣＭＳ［Ｍ＋Ｈ］＋：２５６．１．ＬＣＭＳ純度：８０．０％．ＳＦＣ ｄｒ＝７７．３：２２．７．
Figure 2022513719000244
ＴＨＦ（１４００ｍＬ）中の化合物４（１４０ｇ、４１０．０２ｍｍｏｌ）の溶液にメチルスルホニルベンゼン（９６．０７ｇ、６１５．０３ｍｍｏｌ）を加え、次に０．５時間でＫＨＭＤＳ（１Ｍ、６１５．０３ｍＬ）を加えた。この混合物を－７０～－４０℃で３時間撹拌した。ＴＬＣにより、化合物４が消費され、１つの新規スポットが形成されたことが指示された。０℃で飽和ＮＨ４Ｃｌ水溶液３０００ｍＬを加えることにより反応混合物をクエンチし、次にＥｔＯＡｃ（３０００ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（２０００ｍＬ×３）で抽出した。Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この粗製物にＴＨＦ（１０００ｍＬ）及びＭｅＯＨ（１５００ｍＬ）を加え、約１０００ｍＬ残渣が残るまで４５℃で減圧濃縮し、固体をろ過した。３回繰り返した。化合物５（５９０ｇ、７２．２９％収率）が黄色の固体として得られた。
１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．８１（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，２Ｈ），７．７５－７．６５（ｍ，１Ｈ），７．６２－７．５３（ｍ，２Ｈ），７．４８（ｂｒ ｄ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，６Ｈ），７．２５－７．１１（ｍ，９Ｈ），４．５０－４．３７（ｍ，１Ｈ），３．３１－３．１１（ｍ，３Ｈ），３．０４－２．８７（ｍ，２Ｈ），１．６０－１．４８（ｍ，１Ｈ），１．３９－１．２４（ｍ，１Ｈ），１．１１（ｄｔｄ，Ｊ＝４．５，８．８，１２．８Ｈｚ，１Ｈ），０．３２－０．１２（ｍ，１Ｈ）．
化合物ＷＶ－ＣＡ－２３６の調製
Figure 2022513719000245
ＴＨＦ（１１００ｍＬ）中の化合物５（２８３ｇ、５６８．６８ｍｍｏｌ）の溶液にＨＣｌ（５Ｍ、１．１４Ｌ）を加えた。この混合物を２５℃で２時間撹拌した。ＴＬＣにより、化合物５が消費され、２つの新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をＭＴＢＥ（１０００ｍＬ×３）で洗浄し、次に０℃でｐＨ＝１２になるまでＮａＯＨ（５Ｍ）を加えることにより水相を塩基性化し、次にＤＣＭ（１０００ｍＬ×３）で抽出して残渣を生じさせ、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。化合物ＷＶ－ＣＡ－２３６（２８０ｇ、１．１０ｍｏｌ、９６．４２％収率）が黄色の固体として得られた。
この粗生成物を０℃でＨＣｌ／ＥｔＯＡｃ（１４００ｍＬ、４Ｍ）と加え合わせ、２時間後、白色の固体をろ過し、この固体をＭｅＯＨ（１０００ｍＬ×３）で洗浄した。ＬＣＭＳにより、この固体が別のピーク（ＭＳ＝２９７）を含むことが示された。次に白色の固体をＨ２Ｏ（６００ｍＬ）と加え合わせ、ＤＣＭ（３００ｍＬ×３）で洗浄した。ｐＨ＝１２となるまで水相をＮａＯＨ（５Ｍ）と加え合わせた。次にＤＣＭ（８００ｍＬ）で希釈し、ＤＣＭ（８００ｍＬ×４）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、生成物を生じさせた。化合物ＷＶ－ＣＡ－２３６（２８０ｇ）が黄色の固体として得られた。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．０１－７．８９（ｍ，２Ｈ），７．６９－７．６２（ｍ，１Ｈ），７．６１－７．５１（ｍ，２Ｈ），４．０５（ｄｄｄ，Ｊ＝２．８，５．２，８．４Ｈｚ，１Ｈ），３．３８－３．２２（ｍ，２Ｈ），３．２１－３．０８（ｍ，１Ｈ），２．９５－２．７２（ｍ，４Ｈ），１．８５－１．５１（ｍ，４Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１３９．７５，１３３．７６，１２９．２５，１２７．９４，６７．５７，６１．９０，６０．１６，４６．８６，２５．８６．ＬＣＭＳ［Ｍ＋Ｈ］＋：２５６．ＬＣＭＳ純度：９５．９４．ＳＦＣ純度：９９．８６％．
実施例６．キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製の例示的技術－例示的な有用なホスホロアミダイト
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド合成に有用なホスホロアミダイトを提供する。一部の実施形態において、提供されるホスホロアミダイトは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の調製に特に有用である。一部の実施形態において、提供されるホスホロアミダイトは、Ｐ－Ｎ＝を含むキラル制御されたインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合等の調製に特に有用である。一部の実施形態において、結合リンは三価である。一部の実施形態において、結合リンは五価である。
クロロ誘導体の一般的手順Ｉ：一部の実施形態において、例示的手順では、キラル補助基（１７４．５４ｍｍｏｌ）をロータリーエバポレーターにおいて３５℃で無水トルエン（８０ｍＬ×３）との共沸蒸発により乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。無水ＴＨＦ（２００ｍＬ）に溶解したこの乾燥キラル補助（１７４．５４ｍｍｏｌ）及び４－メチルモルホリン（３６６．５４ｍｍｏｌ）の溶液を、アルゴン下でカニューレを用いて三つ口丸底フラスコに入れられた無水ＴＨＦ（１５０ｍＬ）中のトリクロロホスフィン（３７．０７ｇ、１６．０ｍＬ、１８３．２７ｍｍｏｌ）の氷冷（イソプロピルアルコール－ドライアイス浴）溶液に加え（開始温度：－１０．０℃、最大：温度０℃、２８分添加）、この反応混合物を１５℃で１時間加温した。この後、エアフリーろ過チューブ（Chemglass：ろ過チューブ、２４／４０内側ジョイント、８０ｍｍ外径中粒フリット、Airfree、シュレンク型）を使用して沈降した白色の固体をアルゴン下で真空ろ過した。溶媒をアルゴン下、低温（２５℃）でロータリーエバポレーターによって除去し、得られた粗製半固体を真空下で一晩（約１５時間）乾燥させて、これを次のステップに直接使用した。
クロロ誘導体の一般的手順Ｉ：一部の実施形態において、例示的手順では、キラル補助剤（１７４．５４ｍｍｏｌ）をロータリーエバポレーターにおいて３５℃で無水トルエン（８０ｍＬ×３）との共沸蒸発により乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。無水ＴＨＦ（２００ｍＬ）に溶解したこの乾燥したキラル補助基（１７４．５４ｍｍｏｌ）及び４－メチルモルホリン（３６６．５４ｍｍｏｌ）の溶液をアルゴン下でカニューレを用いて三つ口丸底フラスコに入った無水ＴＨＦ（１５０ｍＬ）中のトリクロロホスフィン（３７．０７ｇ、１６．０ｍＬ、１８３．２７ｍｍｏｌ）の氷冷（イソプロピルアルコール－ドライアイス浴）溶液に加え（開始温度：－１０．０℃、最高温度：０℃、２８分添加）、この反応混合物を１５℃で１時間温めた。この後、エアフリーろ過チューブ（Chemglass：ろ過チューブ、２４／４０内側ジョイント、８０ｍｍ外径中粒フリット、Airfree、シュレンク型）を使用して沈降した白色の固体をアルゴン下で真空ろ過した。溶媒をアルゴン下低温（２５℃）でロータリーエバポレーターによって除去し、得られた粗製半固体を真空下で一晩（約１５時間）乾燥させて、これを次のステップに直接使用した。
カップリングの一般的手順ＩＩＩ：一部の実施形態において、例示的手順では、ヌクレオシド（９．１１ｍｍｏｌ）を３５℃で６０ｍＬの無水トルエン（６０ｍＬ×２）との共蒸発により乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。乾燥したヌクレオシドを乾燥ＴＨＦ（７８ｍＬ）に溶解し、続いてトリエチルアミン（６３．８０ｍｍｏｌ）を加え、次にアルゴン下で－５℃に冷却した（２’Ｆ－ｄＧ／２’ＯＭｅ－ｄＧの場合、０．９５当量のＴＭＳ－Ｃｌを使用）。粗製物（一般的手順Ｉ（又は）ＩＩにより作製されたもの、１４．５７ｍｍｏｌ）のＴＨＦ溶液をカニューレで３分かけて加え、次に徐温して室温にした。室温で１時間後、ＴＬＣにより、ＳＭから生成物への変換が指示され（総反応時間１時間）、次にこの反応混合物を０℃でＨ２Ｏ（４．５５ｍｍｏｌ）によりクエンチし、無水ＭｇＳＯ４（９．１１ｍｍｏｌ）を加え、１０分間撹拌した。次に反応混合物を、エアフリーろ過チューブを使用してアルゴン下でろ過し、ＴＨＦで洗浄し、２６℃において回転蒸発下で乾燥させると、白色の粗固体生成物が得られ、これを高真空下で一晩乾燥させた。溶媒として酢酸エチル／ヘキサン１％ＴＥＡ含有（１００％ＥｔＯＡｃ／ヘキサン／１％Ｅｔ３Ｎで溶出した化合物）（２’Ｆ－ｄＧの場合、アセトニトリル／酢酸エチル１％ＴＥＡ含有を使用）を使用したISCO－コンビフラッシュシステム（アセトニトリルで予め平衡化したrediSep高性能シリカカラム）により、粗生成物を精製した。合わせてプールしたカラム画分の蒸発後、残渣を高真空下で乾燥させると、生成物が白色の固体としてもたらされた。
アミダイト（１０３０～１０３９）の調製
Figure 2022513719000246
１０３０の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７３％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５３．３２．Ｃ４７Ｈ５０ＦＮ６Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９４０．９８［Ｍ］＋，実測値：９４１．７８［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３１の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７８％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５３．６２．Ｃ４２Ｈ４３ＦＮ３Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：８３１．８５［Ｍ］＋，実測値：８７０．５８［Ｍ＋Ｋ］＋．
１０３２の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（６８％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５３．９５．Ｃ４４Ｈ４６ＦＮ４Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：８７２．２６［Ｍ］＋，実測値：８７３．６２［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３３の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。白色の泡沫状固体。収率：（８７％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５１．７０．Ｃ５０Ｈ４８ＦＮ６Ｏ９ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９５８．２９［Ｍ］＋，実測値：９５９．７９，９６０．８３［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３４の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（６５％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５４．８０．Ｃ５１Ｈ５１Ｎ６Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９７１．３１［Ｍ］＋，実測値：９７１．８１［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３５の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７６％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５６．５０．Ｃ５３Ｈ５５Ｎ６Ｏ１１ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：１０１４．３３［Ｍ］＋，実測値：１０１５．８１［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３６の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７８％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５６．４０．Ｃ５０Ｈ５７Ｎ６Ｏ１２ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９９６．３４［Ｍ］＋，実測値：９９７．９０［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３７の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７３％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５４．８７．Ｃ４６Ｈ５２Ｎ３Ｏ１２ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９０１．３０［Ｍ］＋，実測値：９４０．８３［Ｍ＋Ｋ］＋．
１０３８の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７５％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５４．９４．Ｃ５３Ｈ５７Ｎ４Ｏ１２ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：１００４．３４［Ｍ］＋，実測値：１００５．８６［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０３９の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（８０％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５３．５２．Ｃ４４Ｈ４７Ｎ４Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：８５４．２８［Ｍ］＋，実測値：８５５．４１［Ｍ＋Ｈ］＋．
アミダイト（１０４０～１０４９）の調製
Figure 2022513719000247
１０４０の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７８％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５７．８０．Ｃ４７Ｈ５０ＦＮ６Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９４０．９８［Ｍ］＋，実測値：９４１．６８［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４１の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７８％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５７．７９．Ｃ４２Ｈ４３ＦＮ３Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：８３１．８５［Ｍ］＋，実測値：８７０．６８［Ｍ＋Ｋ］＋．
１０４２の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７８％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５８．０７．Ｃ４４Ｈ４６ＦＮ４Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：８７２．２６［Ｍ］＋，実測値：８７３．６２［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４３の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。白色の泡沫状固体。収率：（８６％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５６．４８．Ｃ５０Ｈ４８ＦＮ６Ｏ９ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９５８．２９［Ｍ］＋，実測値：９５９．７９，９６０．８３［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４４の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（６５％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５４．８０．Ｃ５１Ｈ５１Ｎ６Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９７１．３１［Ｍ］＋，実測値：９７１．８１［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４５の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７７％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５４．７４．Ｃ５３Ｈ５５Ｎ６Ｏ１１ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：１０１４．３３［Ｍ］＋，実測値：１０１５．８１［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４６の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７６％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５５．０５．Ｃ５０Ｈ５７Ｎ６Ｏ１２ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９９６．３４［Ｍ］＋，実測値：９９７．９０［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４７の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７５％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５５．４４．Ｃ４６Ｈ５２Ｎ３Ｏ１２ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：９０１．３０［Ｍ］＋，実測値：９４０．８３［Ｍ＋Ｋ］＋．
１０４８の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（７３％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５５．９６．Ｃ５３Ｈ５７Ｎ４Ｏ１２ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：１００４．３４［Ｍ］＋，実測値：１００５．８６［Ｍ＋Ｈ］＋．
１０４９の調製：一般的手順Ｉの後、続いて一般的手順ＩＩＩを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率：（８０％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５６．３７．Ｃ４４Ｈ４７Ｎ４Ｏ１０ＰＳについての（ＥＳ）ｍ／ｚ計算値：８５４．２８［Ｍ］＋，実測値：８５５．３１［Ｍ＋Ｈ］＋．
実施例７．キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製の例示的技術－オリゴヌクレオチド合成のための例示的サイクル、条件及び試薬
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の調製に特に有用である技術（例えば、試薬、溶媒、条件、サイクルパラメータ、切断方法、脱保護方法、精製方法等）を提供する。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合等は、Ｐ－Ｎ＝（式中、Ｐは結合リンである）を含む。一部の実施形態において、結合リンは三価である。一部の実施形態において、結合リンは五価である。本明細書において実証されるとおり、本開示の技術は、穏和な反応条件、高い官能基適合性、代替的脱保護及び／又は切断条件、高い粗収率及び／又は精製後収率、高い粗純度、高い生成物純度及び／又は高い立体選択性をもたらすことができる。
一部の実施形態において、天然リン酸結合の調製サイクルは、脱保護（例えば、脱トリチル化）、カップリング、酸化（例えば、Ｉ２／Ｐｙｒ／水又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法を使用）及びキャッピング（例えば、本明細書に記載されるｃａｐ ２又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法）を含むか又はそれからなる。例示的なサイクルを以下に記載し、ここで、Ｂ１及びＢ２は、独立に、核酸塩基である。当業者が理解するとおり、様々な修飾、例えば糖修飾、塩基修飾等が適合し、それが含まれ得る。
Figure 2022513719000248
一部の実施形態において、非天然リン酸結合（例えば、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合）の調製サイクルは、脱保護（例えば、脱トリチル化）、カップリング、第１のキャッピング（例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング－１）、修飾（例えば、ＸＨを用いたチオール化又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法）及び第２のキャッピング（例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング－２又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法）を含むか又はそれからなる。例示的なサイクルを以下に記載し、ここで、Ｂ１及びＢ２は、独立に、核酸塩基である。当業者が理解するとおり、様々な修飾、例えば糖修飾、塩基修飾等が適合し、それが含まれ得る。一部の実施形態において、ＤＰＳＥキラル補助基を使用したサイクルは、ＤＰＳＥサイクル又はＤＰＳＥアミダイトサイクルと称される。
Figure 2022513719000249
一部の実施形態において、非天然リン酸結合（例えば、特定の非負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等）又はその塩形態の構造を有するものの調製サイクルは、脱保護（例えば、脱トリチル化）、カップリング、第１のキャッピング（例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング－１）、修飾（例えば、ＡＤＩＨ又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法を使用）及び第２のキャッピング（例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング－２又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法）を含むか又はそれからなる。例示的なサイクルを以下に記載し、ここで、Ｂ１及びＢ２は、独立に、核酸塩基である。当業者が理解するとおり、様々な修飾、例えば糖修飾、塩基修飾等が適合し、それが含まれ得る。一部の実施形態において、ＰＳＭキラル補助基を使用したサイクルは、ＰＳＭサイクル又はＰＳＭアミダイトサイクルと称される。
Figure 2022513719000250
本開示では、様々な切断及び脱保護方法を利用し得る。一部の実施形態において、当業者が理解するとおり、切断及び脱保護のパラメータ（例えば、塩基、溶媒、温度、当量、時間等）は、例えば、調製しようとするＤＭＤオリゴヌクレオチドの構造（例えば、核酸塩基、糖、インターヌクレオチド結合及びその修飾／保護）、固体支持体、反応規模等を考慮して調整することができる。一部の実施形態において、切断及び脱保護は、１つ又は２つ以上の個別のステップを含む。例えば、一部の実施形態において、２ステップ切断及び脱保護が利用される。一部の実施形態において、切断及び脱保護ステップは、好適な溶媒（例えば、ＤＭＳＯ／Ｈ２Ｏ）中の好適な量（例えば、約１００ｍＬ／ｍｍｏｌ以上（例えば、１００±５ｍＬ／ｍｍｏｌ））のフッ化物含有試薬（例えば、ＴＥＡ－ＨＦ、任意選択でＴＥＡなどの追加的な塩基によって緩衝される）を含み、好適な温度（例えば、約０～１００、０～８０、０～５０、０～４０、０～３０、０、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０又は１００℃（例えば、一例において、２７±２℃））で好適な期間（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０時間又はそれを超えて（例えば、一例において、６±０．５時間））実施される。一部の実施形態において、切断及び脱保護ステップは、好適な溶媒（例えば、水）（例えば、濃ＮＨ４ＯＨ）中の好適な量（例えば、約２００ｍＬ／ｍｍｏｌ以上（例えば、２００±５ｍＬ／ｍｍｏｌ））の好適な塩基（例えば、ＮＲ３）を含み、好適な温度（例えば、約０～１００、０～８０、０～５０、０～４０、０～３０、０、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０又は１００℃（例えば、一例において、３７±２℃））で好適な期間（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０時間又はそれを超えて（例えば、一例において、２４±１時間））実施される。一部の実施形態において、切断及び脱保護は２つのステップを含むか又はそれからなり、ここで、一方のステップ（例えば、ステップ１）はＤＭＳＯ／Ｈ２Ｏ中１×ＴＥＡ－ＨＦ、１００±５ｍＬ／ｍｍｏｌ、２７±２℃及び６±０．５時間であり、及び他方のステップ（例えば、ステップ２）は、濃ＮＨ４ＯＨ、２００±５ｍＬ／ｍｍｏｌ、３７±２℃及び２４±１時間である。切断及び脱保護方法の特定の例は、本明細書に記載される。
当業者が理解するとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチド合成は固体支持体上で実施されることが多い。多くの種類の固体支持体が市販されており、及び／又は他の方法で調製／入手することができ、及び本開示において利用することができる。一部の実施形態において、固体支持体はＣＰＧである。一部の実施形態において、固体支持体はNittoPhase HLである。固体支持体の種類及びサイズは、望ましい適用に基づき選択することができ、ある場合には具体的な使用に対してある種の固体支持体が他よりも良好に性能を発揮し得る。一部の実施形態において、特定の調製には、NittoPhase HLなどの特定のポリマー固体支持体と比較してＣＰＧがより高い粗収率及び／又は純度をもたらし得ることが観察された。
アミダイトは、典型的には好適な濃度で溶媒に溶解させる。一部の実施形態において、アミダイトはＡＣＮに溶解させる。一部の実施形態において、アミダイトは２つ以上の溶媒の混合物に溶解させる。一部の実施形態において、アミダイトはＡＣＮとＩＢＮとの混合物（例えば、２０％ＡＣＮ／８０％ＩＢＮ）に溶解させる。アミダイトの様々な濃度が利用され得、具体的な条件（例えば、固体支持体、調製しようとするＤＭＤオリゴヌクレオチド、反応時間、規模等）を考慮して調整され得る。一部の実施形態において、約０．０１～０．５、０．０５～０．５、０．１～０．５、０．０５、０．１、０．１５、０．２、０．２５、０．３、０．３５、０．４、０．４５又は０．５Ｍの濃度が利用される。一部の実施形態において、約０．２Ｍの濃度が利用される。多くの実施形態において、アミダイト溶液は乾燥させる。一部の実施形態において、３Å分子篩を利用してアミダイト溶液を乾燥させる（又はアミダイト溶液を乾燥した状態に保つ）。一部の実施形態において、分子篩は約１５～２０％ｖ／ｖで利用される。
様々な当量のアミダイトがＤＭＤオリゴヌクレオチド合成に有用である。当業者は理解し得るとおり、アミダイトの当量は、具体的な条件（例えば、固体支持体、調製しようとするＤＭＤオリゴヌクレオチド、反応時間、規模等）を考慮して調整することができ、合成時に同じ又は異なる当量が利用され得る。一部の実施形態において、アミダイトの当量は、約１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５又はそれを超える。一部の実施形態において、好適な当量は約２である。一部の実施形態において、好適な当量は約２．５である。一部の実施形態において、好適な当量は約３である。一部の実施形態において、好適な当量は約３．５である。一部の実施形態において、好適な当量は約４である。
幾つもの活性化剤が当技術分野で利用可能であり、本開示において利用し得る。一部の実施形態において、活性化剤はＥＴＴである。一部の実施形態において、活性化剤はＣＭＩＭＴである。一部の実施形態において、ＣＭＩＭＴは、キラル制御された合成に利用される。当業者が理解するとおり、異なるアミダイトに同じ又は異なる活性化剤が利用され得、異なる量で利用され得る。一部の実施形態において、活性化剤は、約４０～１００％、例えば４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％の送達で利用される。一部の実施形態において、送達は約６０％である（例えば、ＥＴＴについて）。一部の実施形態において、送達は約７０％である（例えば、ＣＭＩＭＴについて）。一部の実施形態において、活性化剤／アミダイトのモル比は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える。一部の実施形態において、モル比は約３～６である。一部の実施形態において、モル比は約１である。一部の実施形態において、モル比は約２である。一部の実施形態において、モル比は約３である。一部の実施形態において、モル比は約４である。一部の実施形態において、モル比は約５である。一部の実施形態において、モル比は約６である。一部の実施形態において、モル比は約７である。一部の実施形態において、モル比は約８である。一部の実施形態において、モル比は約９である。一部の実施形態において、モル比は約１０である。一部の実施形態において、モル比は約２～５、２～４又は３～４である（例えば、ＥＴＴについて）。一部の実施形態において、モル比は約３．７である（例えば、ＥＴＴについて）。一部の実施形態において、モル比は約３～８、４～８、４～７、４～６、５～７、５～８又は５～６である（例えば、ＣＭＩＭＴについて）。一部の実施形態において、モル比は約５．８である（例えば、ＣＭＩＭＴについて）。
当業者が理解するとおり、ＤＭＤオリゴヌクレオチド合成には様々な好適な流量及び反応時間が利用され得、調製しようとするＤＭＤオリゴヌクレオチド、規模、合成セットアップ等に応じて調整され得る。一部の実施形態において、合成に利用される再循環流量は約２００ｃｍ／ｈである。一部の実施形態において、再循環時間は約１～１０分である。一部の実施形態において、再循環時間は約８分である。一部の実施形態において、再循環時間は約１０分である。
例えばカップリング後のＰ（ＩＩＩ）結合の修飾には、多くの技術が利用可能である。例えば、Ｐ（ＩＩＩ）結合からＰ（Ｖ）Ｐ（＝Ｏ）タイプの結合に例えば酸化によって変換するため、様々な方法が利用可能である。一部の実施形態では、Ｉ２／Ｐｙｒ／Ｈ２Ｏが利用される。同様に、Ｐ（ＩＩＩ）結合をＰ（Ｖ）Ｐ（＝Ｓ）タイプの結合に例えば硫化によって変換するため、多くの方法が利用可能である。一部の実施形態において、本明細書に例示されるとおり、チオール化試薬としてＸＨが利用される。Ｐ（ＩＩＩ）結合をＰ（Ｖ）Ｐ（＝Ｎ－）タイプの結合に変換する技術も本開示において広く利用可能であり、利用することができる。一部の実施形態において、本明細書に例示されるとおりＡＤＩＨが利用される。好適な反応パラメータが本明細書に記載される。一部の実施形態において、ＡＤＩＨは、約０．０１～０．５、０．０５～０．５、０．１～０．５、０．０５、０．１、０．１５、０．２、０．２５、０．３、０．３５、０．４、０．４５又は０．５Ｍの濃度で使用される。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの濃度は約０．２５Ｍである。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの濃度は約０．３Ｍである。一部の実施形態において、ＡＤＩＨは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１０又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５又は５０当量又はそれを超えて利用される。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約７．５である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約１０である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約１５である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約２０である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約２３である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約２５である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約３０である。一部の実施形態において、ＡＤＩＨの当量は約３５である。一部の実施形態において、１つの実験、ＡＤＩＨは、１５．２当量で、及び１５分の接触時間を利用した。一部の実施形態において、アミダイトに応じて、試薬、例えばＡＤＩＨの濃度、当量、接触時間等が調整され得る。
本開示の技術は、様々な規模での調製に好適である。一部の実施形態において、合成は数百ｕｍｏｌ以上で実施される。一部の実施形態において、規模は約２００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約３００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約４００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約５００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約５５０ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約６００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約６５０ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約７００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約７５０ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約８００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約８５０ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約９００ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は約９５０ｕｍｏｌである。一部の実施形態において、規模は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５ｍｍｏｌ又はそれを超える。一部の実施形態において、規模は約１ｍｍｏｌ以上である。一部の実施形態において、規模は約２ｍｍｏｌ以上である。一部の実施形態において、規模は約５ｍｍｏｌ以上である。一部の実施形態において、規模は約１０ｍｍｏｌ以上である。一部の実施形態において、規模は約１５ｍｍｏｌ以上である。一部の実施形態において、規模は約２０ｍｍｏｌ以上である。一部の実施形態において、規模は約２５ｍｍｏｌ以上である。
一部の実施形態において、実測収率は８５～９０ＯＤ／ｕｍｏｌ（例えば、１０．２ｍｍｏｌ合成について８５，０００ＯＤ／ｍｍｏｌ、５８．４％の粗純度（％ＦＬＰ））であった。
本開示の技術は、とりわけ、キラル制御されたインターヌクレオチド結合、例えばＰ－Ｎ＝（式中、Ｐは結合リンである）を含むものを含むＤＭＤオリゴヌクレオチドの調製に利用するとき、様々な利点をもたらし得る。例えば、本明細書において実証されるとおり、本開示の技術は、最小限の量のより短いＤＭＤオリゴヌクレオチドで（例えば、不完全なカップリング、分解等からの）高い粗純度及び収率をもたらすことができる（例えば、多くの実施形態において、２０ｍｅｒ ＤＭＤオリゴヌクレオチドについて約５５～６０％の完全長生成物）。かかる高い粗収率及び／又は純度は、とりわけ、下流精製を大きく削減することができ、且つ生産コスト及び商品原価を大きく削減することができ、一部の実施形態では、商業生産、臨床試験及び／又は市販を大幅に促進し又はその規模拡大を可能にすることができる。
キラル制御されたＤＭＤオリゴヌクレオチド組成物－ＷＶ－１３８６４の例示的調製手順
以下には、コントロールドポアグラス（ＣＰＧ）低バルク密度固体支持体（例えば、ＣＮＡリンカーＣＰＧ（６００Å ＬＢＤ）による２’－ｆＣ（アセチル））を使用したＷＶ－１３８６４の例示的調製手順を記載する。有用なホスホロアミダイトとしては、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＡ（Ｎ６－Ｂｚ）－（Ｌ）－ＤＰＳＥホスホロアミダイト、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＣ（Ｎ４－Ａｃ）－（Ｌ）－ＤＰＳＥホスホロアミダイト、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＧ（Ｎ２－ｉＢｕ）－（Ｌ）－ＤＰＳＥホスホロアミダイト、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＵ－（Ｌ）－ＤＰＳＥホスホロアミダイト、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－ＯＭｅ－Ｇ（Ｎ２－ｉＢｕ）－（Ｌ）－ＤＰＳＥホスホロアミダイト、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＣ（Ｎ４－Ａｃ）－（Ｌ）－ＰＳＭホスホロアミダイト、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＧ（Ｎ２－ｉＢｕ）－（Ｌ）－ＰＳＭホスホロアミダイト、５’－ＤＭＴ－２’－ＯＭｅ－Ａ（Ｂｚ）－β－シアノエチルホスホロアミダイト及び５’－ＤＭＴ－２’－ＯＭｅ－Ｃ（Ａｃ）－β－シアノエチルホスホロアミダイトが挙げられる。
チオール化には、０．１Ｍキサンタンヒドリド溶液（ＸＨ）を使用した。アセトニトリル中の０．３Ｍの２－アジド－１，３－ジメチル－イミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート（ＡＤＩＨ）を利用して中性ＰＮ結合を形成した。酸化溶液は、ピリジン／水、９０／１０、ｖ／ｖ中０．０４～０．０６Ｍヨウ素であった。Ｃａｐ Ａは、アセトニトリル、２０／８０、ｖ／ｖ中Ｎ－メチルイミダゾールであった。Ｃａｐ Ｂは、無水酢酸／２，６－ルチジン／アセトニトリル、２０／３０／５０、ｖ／ｖ／ｖであった。脱ブロック化は、トルエン中３％ジクロロ酢酸を用いて実施した。使用したＮＨ４ＯＨは２８～３０％濃水酸化アンモニウムであった。
脱トリチル化
合成を開始するため、５’－ＯＤＭＴｒ－２’－Ｆ－ｄＣ（Ｎ４－Ａｃ）－ＣＰＧ固体支持体をトルエン中３％（ＤＣＡ）での処理による５’－ヒドロキシルからのＤＭＴｒ保護基の酸触媒除去に供した。ＤＭＴｒ除去ステップは通常、濃い赤色又はオレンジ色で可視化されたと共に、UV watchコマンドによって４３６ｎｍの波長でモニタすることができる。
ＤＭＴｒ除去は、合成サイクルの開始時に繰り返すことができる。いずれの場合においても、脱トリチル化後、合成の次のステップのための調製において、支持体に結合した材料をアセトニトリルで洗浄した。
カップリング
アミダイトをアセトニトリル（ＡＣＮ）又は２０％イソブチロニトリル（ＩＢＮ）／８０％ＡＣＮのいずれかに密度補正なしに０．２Ｍの濃度で溶解させた。この溶液は、使用の４時間以上前に分子篩（３Å）で乾燥させた（１５～２０％、ｖ／ｖ）。
Figure 2022513719000251
二重活性化剤（ＣＭＩＭＴ及びＥＴＴ）カップリング手法を利用した。両方の活性化剤をＡＣＮに０．５Ｍの濃度で溶解させた。ＣＭＩＭＴは、５．８３３／１のＣＭＩＭＴ対アミダイトモル比でのキラル制御されたカップリングに使用されている。ＥＴＴは、標準アミダイト（天然リン酸結合について）のカップリングに３．７５２／１のＥＴＴ対アミダイトモル比で使用した。ＤＰＳＥ及びＰＳＭアミダイトの再循環時間は、すべて１０分であり、但しｍＧ－Ｌ－ＤＰＳＥを除き、これは８分であった。標準アミダイトは、すべて８分間カップリングさせた。
Ｃａｐ－１（キャッピング－１、第１のキャッピング）
Ｃａｐ Ｂ（Ａｃ２Ｏ／２，６－ルチジン／ＭｅＣＮ（２：３：５、ｖ／ｖ／ｖ））を使用した。一部の実施形態において、Ｃａｐ－１は、例えばキラル補助基上の、第二級アミン基をキャッピングした。一部の実施形態において、第二級アミンの不完全な保護は、カップリングの失敗又は１つ以上の副生成物の形成を招く副反応につながり得る。一部の実施形態において、Ｃａｐ－１はエステル化に効率的な条件ではないこともある（例えば、未反応５’－ＯＨのキャッピングに関してＣａｐ－２（第２のキャッピング）と比べて効率が低い条件）。
ＤＰＳＥサイクルのチオール化
Ｃａｐ－１後、亜リン酸中間体Ｐ（ＩＩＩ）を硫化試薬で修飾した。例示的調製では、１．２ＣＶ（６～７当量）の硫化試薬（０．１Ｍ ＸＨ／ピリジン－ＡＣＮ、１：１、ｖ／ｖ）をフロースルーモードの合成カラムを通じて６分の接触時間で送達してＰ（Ｖ）を形成した。
ＰＳＭサイクルのアジド反応
Ｃａｐ－１後、ＡＣＮ中の好適な試薬（例えば、ＡＤＩＨなどの－Ｎ３を含む）を使用して中性インターヌクレオチド結合（ＰＮ結合）を形成した。例示的調製では、それぞれのサイクルにおいて、ｆＧ－Ｌ－ＰＳＭについて１０．３当量の０．２５Ｍ ＡＤＩＨで１０分の接触時間及びｆＣ－Ｌ－ＰＳＭについて２５．８当量の０．３Ｍ ＡＤＩＨで１５分の接触時間を利用した。
標準ヌクレオチドサイクルの酸化
標準アミダイトサイクルにＣａｐ－１ステップは不要であった。固体支持体への標準アミダイトのカップリング後、亜リン酸中間体Ｐ（ＩＩＩ）を０．０５Ｍのヨウ素／水／ピリジン溶液で酸化してＰ（Ｖ）を形成した。例示的調製では、効率的な酸化のため、３．５当量の酸化溶液をフロースルーモードによって２分の接触時間でカラムに送り込んだ。
Ｃａｐ－２（キャッピング－２、第２のキャッピング）
各サイクルの固相ＤＭＤオリゴヌクレオチド合成でのカップリング効率は約９７～１００％であり、例えばＤＭＴｒカチオンの放出によってモニタした。典型的には脱トリチル化モニタリングによれば１～３％の、固体支持体上の未結合の残留５’－ヒドロキシル基を、Ｃａｐ Ａ（アセトニトリル（ＮＭＩ／ＡＣＮ＝２０／８０、ｖ／ｖ）中２０％Ｎ－メチルイミダゾール）及びＣａｐ Ｂ（２０％：３０％：５０％＝Ａｃ２Ｏ：２，６－ルチジン：ＡＣＮ（ｖ／ｖ／ｖ））試薬（例えば、１：１）でブロック化した。両方の試薬（例えば、０．４ＣＶ）をフロースルーモードによって０．８分の接触時間でカラムに送り込み、配列形成の失敗を防止した。キャッピングされていないアミン基もこのステップで保護され得る。
本明細書に例示されるとおり、一部の実施形態において、ＤＰＳＥアミダイト又はＤＰＳＥサイクルは、脱トリチル化－＞カップリング－＞Ｃａｐ－１（キャッピング－１、第１のキャッピング）－＞チオール化－＞Ｃａｐ－２（キャッピング－１、後キャッピング、第２のキャッピング）であり；一部の実施形態において、ＰＳＭアミダイト又はＰＳＭサイクルは、脱トリチル化－＞カップリング－＞Ｃａｐ－１（キャッピング－１、第１のキャッピング）－＞アジド反応－＞Ｃａｐ－２（キャッピング－１、後キャッピング、第２のキャッピング）であり；一部の実施形態において、標準アミダイト又は標準サイクル（従来の、キラル制御されていないもの）は、脱トリチル化－＞カップリング－＞酸化－＞Ｃａｐ－２（キャッピング－１、後キャッピング、第２のキャッピング）である。
合成サイクルを選択し、望ましい長さが実現するまで繰り返した。
アミン洗浄
一部の実施形態において、提供される技術は、Ｐ－Ｎ＝（式中、Ｐは結合リンである）を含むインターヌクレオチド結合を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドの調製に特に有効である。一部の実施形態において、提供される技術は、ＤＭＤオリゴヌクレオチド中間体を塩基と接触させることを含む。一部の実施形態において、接触は、望ましいＤＭＤオリゴヌクレオチド長さが実現した後に実施される。一部の実施形態において、かかる接触により、Ｐ－Ｎ＝（式中、Ｐは結合リンである）を含むインターヌクレオチド結合を含むＤＭＤオリゴヌクレオチドがもたらされる。一部の実施形態において、接触により、キラル補助基（例えば、分子の残りの部分に炭素原子を介して連結したＧ２を含み、且つその炭素原子が少なくとも１つの電子求引基に連結されるもの（例えば、ＷＶ－ＣＡ－２３１、ＷＶ－ＣＡ－２３６、ＷＶ－ＣＡ－２４０等））が除去される。一部の実施形態において、接触は、塩基又は実質的にＯＨ－不含若しくは水不含（無水）の塩基溶液を利用して実施される。一部の実施形態において、塩基はアミン（例えば、Ｎ（Ｒ）３）である。一部の実施形態において、塩基はＮ，Ｎ－ジエチルアミン（ＤＥＡ）である。一部の実施形態において、塩基溶液は２０％ＤＥＡ／ＡＣＮである。一部の実施形態において、塩基とのかかる接触により、Ｐ－Ｎ＝を含むインターヌクレオチド結合の１つ以上の位置に代わりに天然リン酸結合を有する副生成物のレベルが低下する。
例示的調製では、ＤＭＤオリゴヌクレオチドヌクレオチド合成サイクルの完了後、５カラム容量のアセトニトリル中２０％ＤＥＡにより１５分の接触時間でオンカラムアミン洗浄を実施した。
一部の実施形態において、塩基との接触によりまた、標準天然リン酸結合の構築に使用される２－シアノエチル基が除去され得る。一部の実施形態において、塩基との接触により、天然リン酸結合（例えば、カチオンがアミン塩基の対応するアンモニウム塩である塩形態のもの）がもたらされる。
切断及び脱保護
塩基との接触後、ＤＭＤオリゴヌクレオチドは更なる切断及び脱保護に曝される。例示的調製では、補助基の除去（例えば、ＤＰＳＥ）、切断及び脱保護は２ステップのプロセスであった。ステップ１では、ＤＭＤオリゴヌクレオチドを有するＣＰＧ固体支持体を１×ＴＥＡ－ＨＦ溶液（ＤＭＳＯ：水：ＴＥＡ．３ＨＦ：ＴＥＡ＝４３：８．６：２．８：１＝ｖ／ｖ／ｖ／ｖ、１００±５ｕＬ／ｕｍｏｌ）により２７±２℃で６±０．５時間処理した。次にバルクスラリーを濃水酸化アンモニウム（２８～３０％、２００±１０ｍＬ／ｍｍｏｌ）により３７±２℃で２４±１時間処理して（ステップ２）、固体支持体からＤＭＤオリゴヌクレオチドを放出させた。粗生成物をろ過によって回収した。ろ液を固体支持体の洗浄液（例えば、水）と合わせた。一部の実施形態において、実測収率は約８０～９０ＯＤ／ｕｍｏｌであった。
とりわけ、提供される技術は、高い粗純度及び／又は粗収率をもたらした。多くの調製において（様々な規模、試薬濃度、反応時間等）、約５５～６０％の粗純度（％ＦＬＰ）が達成され、短いＤＭＤオリゴヌクレオチド（例えば、不完全なカップリング、分解、副反応等からのもの）の量は最小限であった。多くの実施形態において、最も顕著な短いＤＭＤオリゴヌクレオチドの量は約２～１０％以下に過ぎず、多くの場合に２～４％以下に過ぎない（例えば、一部の実施形態において、約２％もの低さ（最も顕著な短いＤＭＤオリゴヌクレオチドはＮ－３である））。
ＤＭＤオリゴヌクレオチド精製には、様々な技術を利用可能であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態では、例えば、ＡＥＸ精製及び／又はＵＦ／ＤＦを用いて粗生成物を更に精製した（例えば、９０％を超える純度）。
本明細書に記載される技術を用いて、多様な塩基配列、修飾（例えば、核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合修飾）及び／又はそのパターン、結合リン立体化学及び／又はそのパターン等を含む様々なＤＭＤオリゴヌクレオチドをｕｍｏｌからｍｍｏｌに至るまでの様々な規模で調製した。かかるＤＭＤオリゴヌクレオチドは様々な標的を有し、様々な機構を通じて機能し得る。特定のかかるＤＭＤオリゴヌクレオチドを本開示の表に提供する。
当業者が理解するとおり、本明細書に記載される例は、例示のために過ぎない。当業者は、例えば、計装、規模、試薬、反応物、望ましい結果等に応じて様々な条件、パラメータ等を調整し得ることを理解するであろう。本開示において、特定の結果は様々な技術を用いて更に改良し得る。とりわけ、提供されるＤＭＤオリゴヌクレオチド及びその組成物は、例えば様々なアッセイ及びインビボモデルにおいて、大きく改良された特性及び／又はエクソン５１のスキッピングを提供することができ、様々な病態、障害又は疾患の予防及び／又は治療に特に有用であり得る。特定のデータは本明細書の実施例に提供する。
実施例８．患者筋芽細胞の「前分化」のためのジムノシス投与に関するタイムライン
本開示では、本開示の技術の特性及び／又は活性の評価に、様々な技術、例えば米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９５９８４５８号、米国特許出願公開第２０１５／０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１７／００３７３９９号、国際公開第２０１７／０１５５５５号、国際公開第２０１７／１９２６６４号、国際公開第２０１７／０１５５７５号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号及び国際公開第２０１７／２１０６４７号等に記載されるものを利用することができる。一部の実施形態において、本開示の技術、例えばＤＭＤオリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用方法は、予想外にも、好適な参照技術（例えば、同じ塩基配列を有するが、生理的ｐＨで中性及び／又はカチオン性インターヌクレオチド結合を有しないＤＭＤオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物に基づく技術）と比較して優れた結果を実証する。以下には、本開示に記載されるＤＭＤオリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性の評価に有用であり得る例示的技術を記載する。当業者は、以下に例示される条件は異なり得る／変更し得ること並びにそれに加えて及び／又はそれに代えて、他の好適な試薬、温度、条件、時間、量等を本開示において利用し得ることを理解する。
特に注記しない限り、様々な実験において、実験に使用した細胞及び動物は、そうした細胞又は動物に典型的な条件で使用した。特に注記しない限り、インビトロ実験では、様々な細胞は、標準的な条件下（例えば、特定の細胞型、細胞株又は同様の細胞型若しくは細胞株に用いられる最も一般的な条件下）において、例えば通常の成長培地、普通の温度（３７Ｃ）並びにCambridge, MAの典型的な重力及び大気圧で成長させた。動物は、給餌、ケージサイズ等の条件を普通として、標準的な実験室条件下においてほぼ室温又は数度低い温度で飼育した。特に記載がない限り、細胞も動物も、極端な温度（例えば、寒冷ショック又は熱ショック）、圧力、重力、環境音、飼料又は栄養不足等に曝さなかった。
患者由来筋芽細胞株の維持：
ＤＭＤΔ５２及びＤＭＤΔ４５－５２筋芽細胞は、５％ＦＢＳ、１×ペニシリン－ストレプトマイシン及び１×Ｌ－グルタミンを補足した完全骨格筋成長培地（Promocell、Heidelberg、独国）に維持した。フラスコ又はプレートをMatrigel：ＤＭＥＭ溶液（１：１００）で好適な時間、例えば３０分間にわたってコートし、その後Matrigel：ＤＭＥＭ溶液を吸引によって除去してから、細胞を完全骨格筋成長培地に播種した。
標準的な投与手順（０日間前分化）
１日目：好適な細胞成長容器、例えば６ウェルプレート又は２４ウェルプレートをMatrigel：ＤＭＥＭ溶液でコートする。ある条件、例えば３７℃、５％ＣＯ２で好適な時間、例えば３０分間にわたってインキュベートする。吸引し、細胞成長容器に好適な数の細胞、例えば６ウェルプレートでは合計１５００μｌの完全成長培地中に１５０Ｋ細胞／ウェル、２４ウェルプレートでは５００ｕｌの成長培地中に３０Ｋ細胞／ウェルを播種する。好適な条件で好適な期間にわたり、例えば３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートする。
２日目：好適な分化培地、例えばＤＭＥＭ＋５％ウマ血清＋１０μｇ／ｍｌインスリンを調製する。分化培地中に好適なＤＭＤオリゴヌクレオチド希釈液、例えば３０ｕＭ、１０ｕＭ、３．３３ｕＭ、１．１１ｕＭ、０．３７ｕＭの段階希釈液を調製する。接着細胞から成長培地を吸い取り、細胞にＤＭＤオリゴヌクレオチド：分化培地溶液を加える。細胞の回収時までオリゴヌクレオチドは細胞に接し続ける（培地交換なし）。
６日目：ＲＮＡを入手する。典型的な手順では、好適な数の細胞、例えば２４ウェルプレートのウェルからの細胞を例えば冷ＰＢＳで洗浄し、続いて好適な量のＲＮＡ抽出及び試料／ＲＮＡ抽出の保存用試薬、例えば２４ウェルプレートでは５００ｕｌ／ウェルのTRIZOLを加え、プレートを－８０℃で凍結するか、又はＲＮＡ抽出を継続してＲＮＡを得た。
８日目：タンパク質を入手する。典型的な手順では、好適な数の細胞、例えば６ウェルプレートのウェル内の細胞を例えば冷ＰＢＳで洗浄した。次に好適な量の好適な溶解緩衝液－例えば、典型的な手順では、６ウェルプレートについてプロテアーゼ阻害薬を補足した２００ｕｌ／ウェルのＲＩＰＡを加えた。溶解後、試料を保存し、例えば－８０℃で凍結し得るか、又はタンパク質抽出を継続し得る。
他の好適な手順、例えば以下に記載されるものを用い得る。当業者が理解するとおり、試薬、温度、条件、時点、量等の多くのパラメータは、変更され得る。
４日間前分化投与手順
１日目：６ウェルプレート又は２４ウェルプレートをMatrigel：ＤＭＥＭ溶液でコートする。３７℃、５％ＣＯ２で３０分間インキュベートする。吸引し、６ウェルプレートでは合計１５００μｌの完全成長培地中に１５０Ｋ細胞／ウェル、２４ウェルプレートでは５００ｕｌの成長培地中に３０Ｋ細胞／ウェルを播種する。３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートする。
２日目：分化培地を以下のとおり調製する：ＤＭＥＭ＋５％ウマ血清＋１０μｇ／ｍｌインスリン。成長培地を吸引し、分化培地を補充する。
６日目：細胞を４日間分化させる。分化培地中にＤＭＤオリゴヌクレオチド希釈液、例えば３０ｕＭ、１０ｕＭ、３．３３ｕＭ、１．１１ｕＭ、０．３７ｕＭの段階希釈液を調製する。接着細胞から分化培地を吸い取り、細胞にＤＭＤオリゴヌクレオチド：分化培地溶液を加える。オリゴヌクレオチドは細胞の回収時まで細胞に接し続ける（培地交換なし）。
１０日目：２４ウェルプレート内の細胞を冷ＰＢＳで洗浄し、２４ウェルプレートに５００ｕｌ／ウェルのTRIZOLを加え、プレートを－８０℃で凍結するか、又はＲＮＡ抽出を継続する。
１２日目：６ウェルプレート内の細胞を冷ＰＢＳで洗浄する。プロテアーゼ阻害薬を補足した２００ｕｌ／ウェルのＲＩＰＡを加える。プレートを－８０℃で凍結するか、又はタンパク質抽出を継続する。
７日間前分化投与手順
１日目：６ウェルプレート又は２４ウェルプレートをMatrigel：ＤＭＥＭ溶液でコートする。３７℃、５％ＣＯ２で３０分間インキュベートする。吸引し、６ウェルプレートでは合計１５００μｌの完全成長培地中に１５０Ｋ細胞／ウェル、２４ウェルプレートでは５００ｕｌの成長培地中に３０Ｋ細胞／ウェルを播種した。３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートする。
２日目：分化培地を以下のとおり調製する：ＤＭＥＭ＋５％ウマ血清＋１０μｇ／ｍｌインスリン。成長培地を吸収し、分化培地を補充する。
９日目：細胞を７日間分化させる。分化培地中にＤＭＤオリゴヌクレオチド希釈液、例えば３０ｕＭ、１０ｕＭ、３．３３ｕＭ、１．１１ｕＭ、０．３７ｕＭの段階希釈液を調製する。接着細胞から分化培地を吸い取り、細胞にＤＭＤオリゴヌクレオチド：分化培地溶液を加える。オリゴヌクレオチドは細胞の回収時まで細胞に接し続ける（培地交換なし）。
１３日目：２４ウェルプレート内の細胞を冷ＰＢＳで洗浄し、２４ウェルプレートに５００ｕｌ／ウェルのTRIZOLを加え、プレートを－８０℃で凍結するか、又はＲＮＡ抽出を継続する。
１５日目：６ウェルプレート内の細胞を冷ＰＢＳで洗浄する。プロテアーゼ阻害薬を補足した２００ｕｌ／ウェルのＲＩＰＡを加える。プレートを－８０℃で凍結するか、又はタンパク質抽出を継続する。
１０日間前分化投与手順
１日目：６ウェルプレート又は２４ウェルプレートをMatrigel：ＤＭＥＭ溶液でコートする。３７℃、５％ＣＯ２で３０分間インキュベートする。吸引し、６ウェルプレートでは合計１５００μｌの完全成長培地中に１５０Ｋ細胞／ウェル、２４ウェルプレートでは５００ｕｌの成長培地中に３０Ｋ細胞／ウェルを播種した。３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートする。
２日目：分化培地を以下のとおり調製する：ＤＭＥＭ＋５％ウマ血清＋１０μｇ／ｍｌインスリン。成長培地を吸収し、分化培地を補充する。
１２日目：細胞を１０日間分化させる。分化培地中にＤＭＤオリゴヌクレオチド希釈液、例えば３０ｕＭ、１０ｕＭ、３．３３ｕＭ、１．１１ｕＭ、０．３７ｕＭの段階希釈液を調製する。接着細胞から分化培地を吸い取り、細胞にＤＭＤオリゴヌクレオチド：分化培地溶液を加える。オリゴヌクレオチドは細胞の回収時まで細胞に接し続ける（培地交換なし）。
１６日目：２４ウェルプレート内の細胞を冷ＰＢＳで洗浄し、２４ウェルプレートに５００ｕｌ／ウェルのTRIZOLを加え、プレートを－８０℃で凍結するか、又はＲＮＡ抽出を継続する。
１８日目：６ウェルプレート内の細胞を冷ＰＢＳで洗浄する。プロテアーゼ阻害薬を補足した２００ｕｌ／ウェルのＲＩＰＡを加える。プレートを－８０℃で凍結するか、又はタンパク質抽出を継続する。
実施例９．提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物は、機能的なＤＭＤタンパク質を提供することができる。
ＤＭＤδ４８－５０筋芽細胞を、オリゴヌクレオチドを含む分化培地中フリーアップテイク条件下で６日間又は７日間培養した。分化した筋管をＰＢＳで洗浄し、プロテアーゼ阻害剤を添加した７５μｌのＲＩＰＡ溶解緩衝液で溶解した。総タンパク質濃度を、ウシ血清アルブミンの標準曲線と比較することにより、Pierce Protein 660nmアッセイ試薬で希釈して決定した。
使用される一次抗体に応じて、６６ｋＤａ～４４０ｋＤａ分離モジュール、抗ウサギ検出モジュール及び抗マウス検出モジュールを使用して、製造業者の指示に従ってＷＥＳ（商標）機器でジストロフィンを定量した。試料を、０．１×試料緩衝液（分離モジュールからの１０×試料緩衝液）で０．５μｇ／μｌに希釈し、（分離モジュールからの）蛍光マスターミックスと混合し、９５℃で５分間変性させた。モック処理されたＤＭＤ筋管の溶解物に希釈された健康な不死化ヒト筋管（「野生型」）からの溶解物を使用して検量線を作成した。試料、ブロッキング試薬（抗体希釈剤）、一次抗体（タンパク質単純抗体希釈剤中、１：５０抗ジストロフィン［Abcam］、１：１０００抗ビンキュリン［Thermo］）、西洋ワサビペルオキシド（ＨＲＰ）コンジュゲート二次抗体（すぐに使用できる抗ウサギで１：１０に希釈したすぐに使用できる抗マウス）と化学発光基質をピペットでプレート（分離モジュールの一部）に入れた。機器のデフォルト設定を使用した：４７５Ｖで３０分間のスタッキングと分離；ブロッキング試薬を５分間、一次抗体及び二次抗体の両方を３０分間；ルミノール／過酸化物の化学発光検出を約１５分間（１、２、４、８、１６、３２、６４、１２８、５１２秒の露光）。Compassソフトウェアによって検出されたピークの曲線下面積（ＡＵＣ）によって生成された化学発光を自動的に定量し、電気泳動図又は仮想ブロット様画像として表示した。（ジストロフィンのＡＵＣ）／（ビンキュリンのＡＵＣ）の比率に対する％標準をプロットすることによって標準曲線を作成した。計算した試料の濃度をこの標準曲線から補間した（表９）。
Figure 2022513719000252
実施例１０．インシリコ配列設計
インシリコ分析を行って、目的のオリゴヌクレオチド（例えば、長さ２０ヌクレオシド）と３つの主要な種：ホモサピエンス（Homo sapiens）（ヒト）、ハツカネズミ（Mus musculus）（マウス）及びカニクイザル（Macaca fascicularis）（サル）のＤＮＡ又はＲＮＡ内の配列との間の配列相補性を決定した。複数のソフトウェア／プログラムを、本開示に従って配列アラインメントに利用することができる。一部の実施形態において、配列検索は、bowtie及びblastnソフトウェアプログラムを用いて行った。例えば、２０ヌクレオチド長にミスマッチが２つ以下の場合に相補性「ヒット」と見なして記録した。
一部の実施形態において、インシリコ設計を使用して、オリゴヌクレオチドとマウス及びサルのジストロフィン転写物との間の相補性を決定した。オリゴヌクレオチドと、ヒト及び動物（例えば、サル）の両方のジストロフィン転写物との間の完全一致は、一部の実施形態において、様々な種において同じオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を使用する研究、例えば毒物学研究を可能にする。理論に拘束されることを望むものではないが、一部の実施形態において、不完全な一致（例えば、２０核酸塩基長のオリゴヌクレオチドで１８又は１９の核酸塩基の一致）は、効率の低い標的結合をもたらし得る。表１０は、ヒト、マウス及びサルのジストロフィン転写物間で相補性を有するオリゴヌクレオチドの特定の例を示した。
Figure 2022513719000253
一部の実施形態において、本開示は、その塩基配列が表１０の塩基配列であるか又はそれを含むオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態において、インシリコ設計を使用して、オリゴヌクレオチドとマウス及びネズミ科動物ジストロフィン転写物との間の相補性を決定した。マウスは遺伝子操作を受けやすいため、筋ジストロフィーのマウスモデルは、マウスジストロフィン遺伝子からエクソンを欠失させることによって開発できる可能性がある。一部の実施形態において、マウスジストロフィンとの完全な一致は、ジストロフィン内部欠失マウスモデルでの研究を可能にし得る。とりわけ、マウスモデルからのデータ、例えばマウスモデルにおけるインビボでのリーディングフレームの修復及び／又はジストロフィンタンパク質の産生／回復のためのエクソンスキッピングのデータは、ヒトの治療薬の開発に有用であり得る。
均等物
本開示の一部の例示的実施形態を説明したが、前述の説明が単に例示であり、限定するものではなく、単に例として提供されているに過ぎないことが当業者に明らかなはずである。多くの変形形態例及び他の例示的な実施形態が当業者の範囲内にあり、本開示の範囲内に含まれるものと企図される。詳細には、本明細書に提供される例の多くは、方法動作又はシステム要素の具体的な組み合わせを含むが、それらの動作及びそれらの要素が、同じ目的を達成するため他の方法で組み合わされ得ることが理解されなければならない。一実施形態のみに関連して考察される動作、要素及び特徴が、他の実施形態における同様の役割から除外されることは意図されない。更に、以下の特許請求の範囲に記載される１つ以上のミーンズプラスファンクション限定について、存在する場合、記載される機能の実施について本明細書に開示される手段に手段が限定されることは意図されず、記載される機能の実施について現在公知の又は後に開発される任意の手段が範囲内に包含されることが意図される。
特許請求の範囲においてクレーム要素を修飾する「第１」、「第２」、「第３」等の序数用語の使用自体は、１つのクレーム要素の別のクレーム要素と比べた何らかの優先、先行若しくは順序又は方法の動作が実施される時間的順序を含意するものでなく、単に特定の名称の１つのクレーム要素を同じ名称（その序数用語の使用を別にすれば）の別の要素と区別するための符丁として使用される。同様に、ａ）、ｂ）等、又はｉ）、ｉｉ）等の使用自体は、特許請求の範囲におけるステップの何らかの優先、先行又は順序を含意するものでない。同様に、本明細書中でのこれらの用語の使用自体は、何らかの必須の優先、先行又は順序を含意するものでない。
前述の記載されている本明細書は、当業者が本発明を実施可能となるのに十分であると見なされる。提供される例によって本開示の範囲が限定されることはない。例は、本発明の１つ以上の態様の例示として意図され、他の機能的均等物の実施形態が本発明の範囲内にある。本明細書に示され、記載されるものに加えて、前述の記載から様々な変形形態が当業者に明らかになるであろうと共に、それらは、添付の特許請求の範囲内に含まれる。本発明の利点及び目的は、必ずしも本発明の各実施形態に包含されるとは限らない。

Claims (59)

  1. 複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記複数のオリゴヌクレオチドは、
    １）共通の塩基配列、及び
    ２）独立に１つ又は複数（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５又はそれを超える）のキラルインターヌクレオチド結合（「キラル制御されたインターヌクレオチド結合」）における同じ結合リン立体化学
    を共有し、
    前記組成物は、前記複数のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比較して、前記複数のオリゴヌクレオチドについて濃縮されているか、又は前記共通の塩基配列を共有する前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、前記複数のオリゴヌクレオチドである、オリゴヌクレオチド組成物。
  2. 前記複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    Figure 2022513719000254
    の構造及び１つ又は複数の天然リン酸結合を有する１つ又は複数のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含み、且つ独立に各キラルインターヌクレオチド結合における同じ結合リン立体化学を共有する、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記共通の塩基配列は、ＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧである、請求項２に記載の組成物。
  4. 前記塩基配列は、ＧＧＵＡＡＧＵＵＣＵＧＵＣＣＡＡＧＣＣＣであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  5. 前記塩基配列は、ＧＵＡＣＣＵＣＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  6. 前記塩基配列は、ＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  7. 前記塩基配列は、ＧＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  8. 前記塩基配列は、ＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  9. 前記塩基配列は、ＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  10. 前記塩基配列は、ＧＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  11. 前記塩基配列は、ＧＣＡＵＵＵＣＵＡＧＵＵＵＧＧＡＧＡＵＧであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  12. 前記塩基配列は、ＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  13. 前記塩基配列は、ＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  14. 前記塩基配列は、ＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣＡＣＡＧＧＵＵであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  15. 前記塩基配列は、ＵＵＧＵＧＵＣＡＣＣＡＧＡＧＵＡＡＣＡＧであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  16. 前記塩基配列は、ＵＧＧＣＡＧＵＵＵＣＣＵＵＡＧＵＡＡＣＣであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  17. 前記塩基配列は、ＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵであるか又はそれを含む、請求項２に記載の組成物。
  18. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｍＣｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000255
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  19. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＡｆＡ＊ＳｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000256
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  20. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000257
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  21. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＵｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000258
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  22. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000259
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  23. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000260
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  24. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000261
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  25. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000262
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  26. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＧ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000263
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  27. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｍＧｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000264
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  28. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000265
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  29. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000266
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  30. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000267
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  31. 組成物であって、前記組成物中のあるレベルのすべてのオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、
    ｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＡｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｍＣｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000268
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩である、組成物。
  32. 液体組成物であり、前記オリゴヌクレオチドは、前記組成物に溶解された１つ又は複数の塩である、請求項１８～３１のいずれか一項に記載の組成物。
  33. 前記オリゴヌクレオチドは、それぞれ独立に、薬学的に許容可能な塩である、請求項１８～３２のいずれか一項に記載の組成物。
  34. 前記レベルは、約５０％以上である、請求項１８～３３のいずれか一項に記載の組成物。
  35. ｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｍＣｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000269
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  36. ｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＡｆＡ＊ＳｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000270
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  37. ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000271
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  38. ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＵｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000272
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  39. ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000273
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  40. ｆＵ＊ＳｆＧ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000274
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  41. ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＵ＊ＳｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000275
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  42. ｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｍＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000276
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  43. ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＧ＊ＳｆＡ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000277
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  44. ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＣ＊ＳｍＵ＊ＳｆＡ＊ＳｍＧｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000278
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  45. ｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｍＵｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｍＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000279
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  46. ｆＧ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡｆＧ＊ＳｍＵ＊ＳｆＵ＊ＳｍＵｆＧ＊ＳｆＧ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＵ＊ＳｆＧ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000280
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  47. ｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＣ＊ＳｍＵｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＧ＊ＳｍＵｆＡ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000281
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  48. ｆＵ＊ＳｆＵ＊ＳｆＣｎ００１ＲｆＣ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵｎ００１ＲｍＡｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｍＡ＊ＳｆＡ＊ＳｍＣｍＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＣ＊ＳｆＡ＊ＳｆＧｎ００１ＲｆＧ＊ＳｆＵ＊ＳｆＵ
    （式中、
    ｆは、２’－Ｆ修飾ヌクレオシドを表し；
    ＊Ｓは、Ｓｐホスホロチオエートを表し；
    ｍは、２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオシドを表し；及び
    ｎ００１Ｒは、
    Figure 2022513719000282
    であり、ここで、リンは、Ｒｐ配置のものである）
    の構造を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩。
  49. 薬学的に許容可能な塩である、請求項３５～４８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  50. 約５０％以上のジアステレオマー純度を有する、請求項３５～４９のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  51. 有効量の、請求項３５～５０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
  52. 標的転写物のスプライシングを変化させるための方法であって、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法。
  53. ジストロフィンのエクソン５１は、前記組成物の非存在と比較して増加したレベルでスキップされる、請求項５２に記載の方法。
  54. 筋ジストロフィー、デュシェンヌ型（デュシェンヌ）筋ジストロフィー（ＤＭＤ）又はベッカー型（ベッカー）筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を治療するための方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、請求項１～３４又は５１のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、前記対象は、エクソン５１のスキッピングに適したＤＭＤ遺伝子の突然変異を有する、方法。
  55. オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製するための方法であって、
    Figure 2022513719000283
    の構造を有する化合物又はその塩；又は
    Figure 2022513719000284
    の構造を有するキラル補助部分を含むホスホルアミダイト化合物；又は
    Figure 2022513719000285
    の構造を有するホスホルアミダイト化合物又はその塩を提供すること
    を含む方法。
  56. 少なくとも１つの化合物において、Ｇ２は、－Ｌ’－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、任意選択で置換されているＣ１～６脂肪族又はフェニルであり、及びＬ’は、－ＣＨ２－である、請求項５５に記載の方法。
  57. 少なくとも１つの化合物において、Ｇ２は、－ＣＨ２ＳｉＣＨ３Ｐｈ２である、請求項５５又は５６に記載の方法。
  58. １つ又は複数のサイクルを含み、前記サイクルのそれぞれは、独立に、
    １）脱ブロック化；
    ２）カップリング；
    ３）第１のキャッピング；
    ４）修飾；及び
    ５）第２のキャッピング
    を含むか又はそれらからなる、請求項５５～５７のいずれか一項に記載の方法。
  59. ［００５２１］の実施形態１～１７又は［００５２２］の１～５１２の化合物、組成物又は方法。
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