JP2020010711A - Mdck、ベロ細胞又は卵内で増強された複製を有する高力価の組換えインフルエンザウイルス - Google Patents

Mdck、ベロ細胞又は卵内で増強された複製を有する高力価の組換えインフルエンザウイルス Download PDF

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Abstract

【課題】ヘルパーウイルスの非存在下での高力価インフルエンザウイルスの調製に有用な組成物の提供。【解決手段】本発明は、MDCK細胞などの培養中の細胞内又は卵内で成長促進をもたらし、例えば、ヒトにおいて安全である、例えば、重篤な疾患を生じない、インフルエンザウイルスワクチン株又は単離株由来の内部遺伝子を含む、例えばヘルパーウイルスの非存在下での高力価インフルエンザウイルスの調製に有用な組成物を提供する。【選択図】図17

Description

関連出願の相互参照
本願は、2013年7月15日に出願された米国特許出願第61/846,460号に係る優先権を主張し、斯かる出願の開示を参照により本明細書中に援用する。
政府の権利に関する記載事項
本発明は、米国立保健研究所からAI070010及びHHSN266200700010Cとして受けた政府の支援で完成した。米国政府は、本発明の一定の権利を有する。
インフルエンザは、ウマを含む一部の哺乳類において主要な呼吸器疾患であり、例年、かなりの死亡率及び経済損失の原因となっている。さらに、インフルエンザウイルスの感染は、一部の種のトリで重度の全身性疾患を生じ、死につながり得る。インフルエンザウイルスゲノムの分割特性は、2つ以上のインフルエンザウイルスに感染した細胞においてウイルス複製中にセグメントの再集合を可能にする。遺伝子変異及びドリフトと結合したセグメントの再集合(reassortment)は、時間とともに無数のインフルエンザウイルス株を生じ得る。斯かる株は、その赤血球凝集素(HA)及び/又はノイラミニダーゼ(NA)タンパク質において抗原変異を示し、特にHAタンパク質をコードする遺伝子は高い変異率を有する。インフルエンザの予防のための現在の主要な慣習は、ワクチン接種である。インフルエンザHAタンパク質は宿主のウイルスへの防御免疫応答のための主要な標的抗原であり、非常に可変性があるので、インフルエンザウイルスの単離及び最近の大流行と関係するウイルス中のHA抗原の同定及び性質決定は、ワクチン製造に重要である。ワクチンは、蔓延及び予想に基づいて、主要であり且つ予想されたインフルエンザウイルス株に対する防御免疫応答を刺激するようデザインされる(Park et al., 2004)。
インフルエンザウイルスは3つの一般型、A型、B型及びC型が存在し、それらの内部タンパク質間の血清交差反応性の欠如によって定義される。インフルエンザA型ウイルスは、さらにそれらの糖タンパク質、HA及びNAタンパク質の抗原性及び遺伝的差異に基づきサブタイプに分類される。周知の全てのHA及びNAサブタイプ(H1〜H15及びN1〜N9)は水鳥から単離されており、インフルエンザの天然の貯蔵所として機能すると考えられている。H1N1汎発性ウイルスは2009年に世界的蔓延を引き起こした。2009年に試験された最初のワクチン候補株は高力価で成長しなかったので、ワクチンウイルス候補に効率的な複製をもたらすワクチンウイルスバックボーンを開発する必要性をはっきりと示した。
細胞培養及び/又は孵化鶏卵内でウイルスの複製能力を増強する変異は、インフルエンザウイルスを増幅するために、及び強固なインフルエンザワクチンプラットフォームを樹立するために有用である。現在、ほとんどのインフルエンザワクチンが孵化鶏卵で産生される。MDCK細胞で産生されたインフルエンザワクチンは、現在、米国及び欧米でヒトでの使用が承認され、そして、ベロ細胞に由来するインフルエンザワクチンは、欧米でヒトでの使用が承認されている。ワクチンウイルス単離株(例えば、UW−PR8)の「内部」ウイルス遺伝子(すなわち、ウイルス表面糖タンパク質HA及びNAをコードするもの以外のすべてのウイルス遺伝子)のランダム変異を有するウイルスライブラリが、MDCK細胞において作製され、そして、継代された。同定された変異は、MDCK細胞内でより高いウイルス力価をもたらし(そしてまた、ベロ細胞及び/又は孵化鶏卵においてもウイルス力価を増強する可能性があり)、より効果的なインフルエンザウイルス増殖、及びより経済的なワクチン生産を可能にした。そのうえ、先に記載した変異は、UW−PR8ワクチンバックボーンウイルスの複製能力を増強した。6つの内部遺伝子セグメントのコード領域の変異に加えて、プロモーター変異、例えばPB2、PB1、及び/又はPA vRNAセグメントの3末端から4位におけるCからUへの変異を含めた、非コード領域における変異は、ウイルスの力価を増強することが観察された。また、得られた配列は、コドン利用が最適化され得、例えば、イヌ細胞、霊長類細胞、又はニワトリ細胞、例えば、鶏胚などの哺乳動物細胞内での発現のために最適化され得る。変異は、使用中の細胞株(又は卵)によって影響される結果、並びにウイルスの複製における所望の改善レベルを有する様々な組み合わせで使用できる。
本発明は、選択されたアミノ酸残基を、PA、PB1、PB2、NP、M(M1及びM2タンパク質をコードする)、及び/又はNS(NS1及びNS2タンパク質をコードする)の1若しくは複数の遺伝子セグメントの1若しくは複数の特定の位置に有する、例えば、選択されたアミノ酸残基をPB1、PB2、及びNS1;PA、PB1、PB2、NP、及びNS1;PB1、PB2、NP、M、及びNS1;及びPA、PB1、PB2、NP、及びNS1;又はPA、PB1、PB2、NP、M、及びNS1の特定の位置に有し、且つ、例えば、毎年の及び世界的流行株由来の着目のHA及びNA遺伝子/タンパク質を含む、単離された組換え、例えば、再集合体インフルエンザウイルスを提供し、該ウイルスは、細胞培養によって(MDCK又はベロ細胞内で)又は孵化鶏卵内でより効率的に、且つ、コスト効率よく産生される。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PAの142位にリジンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵を含めた細胞内で成長促進をもたらす、アミノ酸残基をPAの142位に有する、すなわち、組換えインフルエンザウイルスのPA遺伝子セグメントのPAの142位の残基は、リジンでないが、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での複製促進と相関がある残基、且つ、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置において任意に選択されるアミノ酸残基である。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PAの142位にリジンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内で1若しくは複数の宿主タンパク質との相互作用の強化をもたらすアミノ酸残基をPAの142位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PAの142位にアスパラギン又はグルタミンを有し、且つ、任意に選択されたアミノ酸残基をPB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PB1の247位にグルタミンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵を含めた細胞内で成長促進をもたらすアミノ酸残基をPB1の247位に有する、すなわち、組換えインフルエンザウイルスのPB1遺伝子セグメントのPB1の247位の残基は、グルタミンでないが、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での複製促進と相関がある残基、且つ、本明細書中に記載したPA、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置で任意に選択されたアミノ酸残基である。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PB1の247位にグルタミンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内で1若しくは複数の宿主タンパク質との相互作用の強化をもたらすアミノ酸残基をPB1の247位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PB1の247位にヒスチジン、アルギニン又はリジンを有し、且つ、任意に選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載したPA、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、例えば、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PB2の202位にメチオニン又は323位にフェニルアラニンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵を含めた細胞内で成長促進をもたらすアミノ酸残基をPB2の202位及び/又は323位に有する、すなわち、組換えインフルエンザウイルスのPB2遺伝子セグメントのPB2の202及び/又は323位の残基は、メチオニンでない又はフェニルアラニンでないが、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での複製促進と相関がある残基、且つ、本明細書中に記載したPA、PB1、NP、M1、及び/又はNSの1若しくは複数の特定の位置で任意に選択されたアミノ酸残基である。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PB2の323位にフェニルアラニンを有する対応するウイルスと比較して、変更されたキャップ結合相互作用をもたらすアミノ酸残基をPB2の323位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PB2の202位及び/又は323位にロイシン、アラニン、トレオニン、バリン、イソロイシン、又はグリシンを有し、且つ、任意に選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載したPA、PB1、NP、M1、及び/又はNSの1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、NPの74位にアルギニンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵を含めた細胞内で成長促進をもたらすアミノ酸残基をNPの74位に有する、すなわち、組換えインフルエンザウイルスのNP遺伝子セグメントのNPの74位の残基は、アルギニンでないが、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での複製促進と相関がある残基、且つ、本明細書中に記載したPA、PB1、PB2、M1、及び/又はNSの1若しくは複数の特定の位置で任意に選択されたアミノ酸残基である。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、NPの74位にアルギニンを有する対応するウイルスと比較して、折り重なり、安定性、及び/又は他のウイルス又は宿主タンパク質との相互作用を変更し得るアミノ酸残基をNPの74位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、NPの74位にリジン又はヒスチジンを有し、且つ、任意に選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載したPA、PB1、PB2、M1、及び/又はNSの1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、M1の97位にバリン又は100位にチロシンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵を含めた細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をM1の97位、及び/又は100位に有する、すなわち、組換えインフルエンザウイルスのM遺伝子セグメントのM1の97及び/又は100位の残基は、それぞれバリンでない又はチロシンでないが、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での複製促進と相関がある残基であり、且つ、本明細書中に記載したPA、PB1、PB2、NP、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置で選択されたアミノ酸残基である。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、M1の97位にバリンを有する対応するウイルスと比較して、二量体化を変更し得るアミノ酸残基をM1の97位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、M1の100位にチロシンを有する対応するウイルスと比較して、ウイルス集合を変更し得るアミノ酸残基をM1の100位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、M1の97位にロイシン、トレオニン、イソロイシン、アラニン、又はグリシン、及び/又は100位にリジン、アルギニン、又はヒスチジンを有し、且つ、選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載したPA、PB1、PB2、NP、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、NS1の55位にリジンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵を含めた細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をNS1の55位に有し、且つ、選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載したPA、PB1、PB2、NP、及び/又はM1の1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、NS1の55位にアスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン酸又はグルタミンを有し、且つ、選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載したPA、PB1、PB2、NP、及び/又はM1の1若しくは複数の特定の位置に有する。一実施形態において、本発明は、2以上の選択されたアミノ酸残基を本明細書中に記載した特定の位置に有するワクチンインフルエンザウイルス由来の6つの「内部」の遺伝子セグメント、第一のインフルエンザウイルス単離株から選択されたNA遺伝子セグメント、及び同じ単離株又は異なった単離株由来のHA遺伝子セグメントを有する、単離された組換え再集合体インフルエンザウイルスを提供する。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、着目のHA及びNA遺伝子と共に利用され得る、2以上の選択されたアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の遺伝子セグメントの特定の位置に有する組換えインフルエンザウイルスである。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PAの142位にリジンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をPAの142位に有するか;例えば、PB1の247位にグルタミンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をPB1の247位に有するか;例えば、PB2の202位にメチオニン又は323位にフェニルアラニンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をPB2の202位及び/又は323位に有するか;例えば、NPの74位にアルギニンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をNPの74位に有するか;例えば、M1の97位にバリン又は100位にチロシンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をM1の97位及び/又は100位に有するか;又はNS1の55位にリジンを有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞、ベロ細胞又は卵内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をNS1の55位に有するか;或いはその組み合わせを有する。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、着目のHA及びNA遺伝子と共に利用され得る、2以上の選択されたアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の遺伝子セグメントの特定の位置に有する組換えインフルエンザウイルスである。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PAの142位のリジン;PB1の247位のグルタミン; PB2の202位及び/又は323位のロイシン;NPの74位のリジン; M1の97位のアラニン及び100位のヒスチジン;又はNS1の55位のグルタミン酸のうちの2以上を有する。
本発明は、本明細書中に記載した1若しくは複数の特徴的な残基を含む、選択されたアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の遺伝子セグメントの1若しくは複数の特定の位置、例えば、選択されたアミノ酸残基をPB1、PB2、及びNS;PB1、PB2、NP、及びNS;PA、PB1、PB2、NP、及びNS;PB1、PB2、NP、M、及びNS;又はPA、PB1、PB2、NP、M、及びNSの特定の位置に有する、単離された組換え、例えば、再集合体インフルエンザウイルスを提供する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PAの105又は401位それぞれにフェニルアラニン又はアルギニンを有する対応するウイルスと比較して、細胞、例えば、MDCK細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をPAの105及び/又は401位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PB1の40、54、59、62、63、66(F2)、73(F2)、75、76、78、79、80、112、180、504、507、624、644、667、694、695、697、699、700、701、702、705、713、又は714位それぞれにメチオニン、アルギニン、トレオニン、グリシン、アラニン、アスパラギン、リジン、グルタミン酸、アスパラギン酸、グルタミン酸、プロリン、セリン、グルタミン酸、グリシン、イソロイシン、メチオニン、ロイシン、バリン、イソロイシン、アスパラギン、ロイシン、グルタミン酸、フェニルアラニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、チロシン、セリン又はメチオニンを有する対応するウイルスと比較して、細胞、例えば、MDCK細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をPB1の40、54、59、62、63、66(F2)、73(F2)、75、76、78、79、80、112、180、327、507、624、644、667、694、695、697、699、700、701、702、705、713、及び/又は714位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、PB2の57、58、59、61、66、202、323、368、391、504、591、677、678又は679位それぞれにイソロイシン、トレオニン、アラニン、リジン、メチオニン、メチオニン、フェニルアラニン、アルギニン、グルタミン酸、イソロイシン、グルタミン、グルタミン酸、アスパラギン酸、又はフェニルアラニンを有する対応するウイルスと比較して、細胞、例えばMDCK細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をPB2の57、58、59、61、66、202、323、368、391、504、591、677、678、又は679位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、NPの116、224、293、371、417、422、又は442位それぞれにロイシン、アスパラギン、アルギニン、メチオニン、アスパラギン酸、アルギニン又はトレオニンを有する対応するウイルスと比較して、細胞、例えば、MDCK細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をNPの116、224、293、371、417、422又は442位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、M1の90位にセリンを有する対応するウイルスと比較して、細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をM1の90位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、例えば、NS1の30、49、140、161又は223位それぞれにプロリン、アラニン、グルタミン、トレオニン又はグルタミン酸を有する対応するウイルスと比較して、MDCK細胞内での成長促進をもたらすアミノ酸残基をNS1の30、49、140、161又は223位に有する。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PB2の504位にバリン残基を有さず、且つ、PAの550位にロイシン残基を有しない。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、PA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1、2、3又はそれ以上の特定の位置に特定のアミノ酸残基を有し、且つ、PAのK142、S225、K356又はI550以外;PB1のE112、Q247、M507又はV644以外;PB2のM202、F323又はI504以外;NPのR74、I112、I116、T442、又はN417以外;M1のV97、及び/又はY100以外;及び/又はNSのR140又はK55以外の残基を有するポリペプチドなどの配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされる対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数を含めた、90%、92%、95%、97%、98%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有する組換えインフルエンザウイルスである。指定された残基以外の残基は保存的置換であってもよい。保存的なアミノ酸置換とは、類似側鎖を有する残基間の互換性を意味する。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の基は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンであり、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸の基は、セリン及びスレオニンであり、アミド含有側鎖を有するアミノ酸の基は、アスパラギン及びグルタミンであり、芳香族側鎖を有するアミノ酸の基は、フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファンであり、塩基性側鎖を有するアミノ酸の基は、リジン、アルギニン及びヒスチジンであり、硫黄含有側鎖を有するアミノ酸の基は、システイン及びメチオニンである。一実施形態において、保存的アミノ酸置換基は、バリン−ロイシン−イソロイシン;フェニルアラニン−チロシン;リジン−アルギニン;アラニン−バリン;グルタミン酸−アスパラギン酸;及びアスパラギン−グルタミンである。一実施形態において、インフルエンザウイルスポリペプチドは、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされるポリペプチドと比較して、1又は2以上の、例えば、2、3又は4個の、非保存的アミノ酸置換を有する。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、特定のアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に有し、且つ、PB2のM202、NPのR74、及び/又はM1のV97に対する保存的置換である残基を有するポリペプチドなどの配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされる対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数を含めた、90%、92%、95%、97%、98%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有する組換えインフルエンザウイルスである。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、特定のアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の特定の位置に有し、且つ、例えば、PAのK142、PB1のQ247、PB2のM202、F323又はI504、NPのR74、I112、I116、J442又はN417、M1のV97及び/又はY100、及び/又はNS1のK55又はR140に対する非保存的置換である残基を有するポリペプチドなどの配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされた対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数、90%、92%、95%、97%、98%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有する組換えインフルエンザウイルスである。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、特定のアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の特定の位置に有し、且つ、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされた対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数を含めた、90%、92%、95%、97%、98%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、例えば、残基504にイソロイシン以外のイソロイシンの保存的置換である残基を有するPB2遺伝子セグメント;E112の非保存的置換を有するPB1遺伝子セグメント;S225の置換を有するPA遺伝子セグメント;R74及びN417の保存的置換を有するNP遺伝子セグメント;V97の保存的置換及びY100の非保存的置換を有するM遺伝子セグメント;並びにK55の非保存的置換を有するNS遺伝子セグメントを有する組換えインフルエンザウイルスである。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、特定のアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の特定の位置に有し、且つ、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされた対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数を含めた、90%、92%、95%、97%、98%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、例えば、M202及びF323の非保存的置換を有するPB2遺伝子セグメント;Q247の非保存的置換を有するPB1遺伝子セグメント;K142の非保存的置換を有するPA遺伝子セグメント;R74の保存的置換を有するNP遺伝子セグメント;V97の保存的置換及びY100の非保存的置換を有するM遺伝子セグメント;並びにK55Eの保存的置換を有するNS遺伝子セグメントを有する組換えインフルエンザウイルスである。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、特定のアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の特定の位置に有し、且つ、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされた対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数、90%、92%、95%、97%、98%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、例えば、I504の保存的置換を有するPB2セグメント;M40Lの保存的置換及びG180の非保存的置換を有するPB1セグメント;R401の保存的置換を有するPAセグメント;I116の保存的置換を有するNPセグメント;並びにA30又はR118の保存的置換を有するNS遺伝子セグメントを有する組換えインフルエンザウイルスである。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、特定のアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に有し、且つ、PAのK142、PB1のQ247、PB2のF323、M1のY100、及び/又はNS1のK55に対する非保存的置換である残基を有するポリペプチドなどの配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされる対応するポリペプチドに対して少なくとも80%、例えば、80〜99のいずれかの整数を含めた、90%、92%、95%、97%、又は99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有する組換えインフルエンザウイルスである。一実施形態において、置換されるアミノ酸残基は、脂肪族側鎖、アミド含有側鎖、塩基性側鎖、硫黄含有側鎖を有するので、芳香族側鎖又は酸性側鎖の置換(非保存的置換)である。一実施形態において、組換えインフルエンザウイルスは、極性又は陰性荷電残基で置換される中性又は陽性荷電残基である残基を有する。
任意の組み合わせの選択されたアミノ酸残基もまた、本明細書中に記載した特定の位置に含まれる。
残基を特定の位置に有するPA、PB1、PB2、NP、M、及び/又はNSの遺伝子セグメントは、本発明の再集合体ワクチンウイルスを提供するために、HAの遺伝子セグメント、例えば、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、H16、又はH17と、NAの遺伝子セグメント、例えば、N1、N2、N3、N4、N5、N6、N7、N8、N9、又はN10とを組み合わせても、及びHAとNAとの任意の組み合わせであってもよい。一実施形態において、HAは、H1、H5又はH7である。一実施形態において、NAは、N1又はN9である。一実施形態において、再集合体ウイルスのHA遺伝子セグメントは、PA、PB1、PB2、NP、M、及びNSの遺伝子セグメントにとって異種である。一実施形態において、再集合体ウイルスのNA遺伝子セグメントは、PA、PB1、PB2、NP、M、及びNSの遺伝子セグメントにとって異種である。一実施形態において、再集合体ウイルスのHA遺伝子セグメントは、1つのインフルエンザウイルス単離株若しくは菌株(「親」)、又はその変異株、例えば、親インフルエンザウイルス単離株又は菌株の配列に対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.5%のアミノ酸配列同一性を有するか、又は1、2、5、10、又は20の置換を有するインフルエンザウイルスタンパク質をコードする遺伝子セグメントを有するもの、に由来するPA、PB1、PB2、NP、M、及びNSの遺伝子セグメントを有する。
一実施形態において、親株は、配列番号1〜6又は10〜15に対応する配列を有する遺伝子セグメントを有する。一実施形態において、再集合体ウイルスのHA遺伝子セグメントは、キメラのHA遺伝子セグメント、例えば、親単離株若しくは菌株、又はその変異株のHA遺伝子セグメント由来のHAシグナルペプチド配列及び/又はHA膜貫通ドメイン配列に連結した異種HAエクトドメイン配列のキメラである。一実施形態において、単離された組換えウイルスのNA遺伝子セグメントは、キメラNA遺伝子セグメント、例えば、親単離株若しくは菌株、又はその変異株のNA遺伝子セグメント由来のNA膜貫通ドメイン配列、及び/又は親単離株若しくは菌株、又はその変異株由来のストーク(stalk)配列に連結した異種NAエクトドメイン配列のキメラである。一実施形態において、単離された組換えウイルスのNA遺伝子セグメントは、キメラNA遺伝子、例えば親単離株若しくは菌株、又はその変異株のNA遺伝子セグメント由来のNA膜貫通ドメイン配列に連結された異種NAエクトドメイン配列、及び/又は第2の単離株若しくは菌株、又はその変異株由来のストーク配列のキメラである。一実施形態において、単離された組換えウイルスは、異種HA遺伝子セグメント、異種NA遺伝子セグメント、キメラHA遺伝子セグメント、キメラNA遺伝子セグメント、又はそれらの任意の組み合わせを有する。vRNAを調製するために利用される核酸配列は、組換え法によって特定の位置に残基を導入するものであっても、又は特定の位置に残基を有するとして選択されてもよい。
A/Puerto Rico/8/34(H1N1)、「PR8」は、不活化インフルエンザワクチンの作出のための遺伝子バックボーンとしての役割を担う。時折、PR8バックボーンベースのワクチン株は、卵及び細胞培養内で比較的低力価で複製し、遅いワクチン生産及びワクチン不足につながる。MDCK細胞、鶏卵、及びベロ細胞内での繁殖に関して高収率ワクチン株バックボーンが季節性流行性感冒及び高病原性世界的流行ウイルスの要求を満たすように調製され得るかどうか判断するために、様々な変異誘発ストラテジーが用いられた。例えば、PR8バックボーンランダム変異ライブラリは、例えば、エラー傾向があるPCRによって内部PR8遺伝子にランダム変異を導入し、高い複製及び高いポリメラーゼ活性を付与する変異を導入し、そして、コドンバイアスによってPR8内部遺伝子を最適化することによって、高複製変異株をスクリーニングされた。別のアプローチでは、例えば、強いプロモーターを作り出すためにHAプロモーターを最適化し、HA非コード領域を最適化し、及び/又はHAシグナルペプチドを最適化することによって、HA遺伝子がウイルス複製及びHA含有量を増強するように最適化された。
本明細書中に記載のように、NA及び/又はHAの異種遺伝子セグメントを運ぶワクチンウイルスとして有用なインフルエンザウイルス単離株(例えば、UW−PR8などの特定の単離株を含めたA/Puerto Rico/8/34、「PR8」)は、MDCK細胞で、例えば、10〜12回、連続的に継代されても、或いは、それらの細胞で複製促進があるウイルスを得るためにより少ない継代が利用されてもよい。一実施形態において、複製促進がある、連続継代後に得られたウイルスは、連続継代しなかったウイルスに比べて、少なくとも1又は2ログ高い力価を有する。一実施形態において、連続継代後に得られたウイルスは、親ウイルスと比較して2以上の内部遺伝子セグメントに置換を有した。
よって、培養状態の細胞、例えば、MDCK若しくはベロ細胞又は卵内での増殖させる又は継代するためのワクチンウイルスのために、着目のHA及びNA配列と共に利用した場合に、培養細胞内でウイルスの成長促進を付与する、PA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に開示した残基を有する配列の選択又は該開示した残基の置換は、顕著に高いウイルスの力価をもたらし得る。これにより、本発明は、細胞培養において複製促進があるインフルエンザウイルスを選択する方法を提供する。前記方法は、インフルエンザワクチン生産に好適な細胞を提供し;細胞内で1若しくは複数のインフルエンザウイルス単離株を連続的に培養し;そして、連続培養前の1若しくは複数の単離株と比較して、成長促進がある連続的に培養したウイルスを単離することを含む。一実施形態において、前記細胞は、イヌ又は霊長類、例えば、ヒト又は猿の細胞である。
一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、着目のHA及びNA遺伝子と共に利用され得る、2以上の選択されたアミノ酸残基をPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の1若しくは複数の特定の位置に有する組換えインフルエンザウイルスである。一実施形態において、組換え再集合体インフルエンザウイルスは、PAの142位にアスパラギン又はグルタミン、225位にシステイン、PAの356位にアルギニン又はヒスチジン、又はPAの550位にロイシン、バリン、トレオニン、又はグリシンを有するか;PB1の247位にヒスチジン、アルギニン、又はリジン、PB1の507位にバリン、ロイシン、イソロイシン、トレオニン、アラニン又はグリシン及び/又はPB1の644位にアラニン、グリシン、ロイシン又はイソロイシンを有するか;PB2の202位及び/又は323位にロイシン、アラニン、バリン、イソロイシン、グリシン、又はトレオニン、又はPB2の504位にバリン、ロイシン、グリシン、トレオニン、又はアラニンを有するか;NPの74位にリジン又はヒスチジン、NPの位112、116又は442位にロイシン、バリン、グリシン又はアラニンを有するか;M1の97位にロイシン、イソロイシン、アラニン、グリシン、又はトレオニン、及び/又は100位にリジン、アルギニン又はヒスチジンを有するか;或いは、NS1の55位にアスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン酸又はグルタミン、又は140位にグルタミン又はアスパラギンを有する。
本発明は、例えば、6:1:1 再集合体、6:2 再集合体及び7:1再集合体を含む再集合体ウイルスの調製に有用な、本発明の複数のインフルエンザウイルスベクターを供する。本発明の範囲内の6:1:1 再集合体は、ワクチンウイルス由来の6個の内部遺伝子セグメント、異なる(第二の)ウイルス単離株由来のNA遺伝子セグメント、及び第三の単離株由来のHA遺伝子セグメントを有するインフルエンザウイルスである。本発明の範囲内の6:2再集合体は、ワクチンウイルス由来の6個の内部遺伝子セグメント、及び異なる(第二の)ウイルス単離株由来のNA遺伝子セグメント及びHA遺伝子セグメントを有するインフルエンザウイルスであり;そして、本発明の範囲内の7:1再集合体は、6個の内部遺伝子セグメント、及びワクチンウイルス由来のNA遺伝子セグメント、及び前記ワクチンウイルスと異なったウイルス起源由来のHA遺伝子セグメントを有するインフルエンザウイルスであるか、或いは、6個の内部遺伝子セグメント及びワクチンウイルス由来のHA遺伝子セグメントを有し、NA遺伝子セグメントが前記ワクチンウイルスと異なるウイルス起源由来であるインフルエンザウイルスである。
本発明の一実施形態において、その多数は、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスPA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスPB1 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスPB2 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルス HA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスNP DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスNA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスM DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、及び転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスNS DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、から選択されたvRNA産生のためのベクターを含む。一実施形態において、PB1、PB2、PA、NP、M、及びNSのvRNA産生のためのDNAは、例えばMDCK細胞、ベロ細胞又はPER.C6(登録商標)細胞などの培養された哺乳類細胞、又は任意には孵化卵内で高い力価で複製するインフルエンザウイルス、及び/又は例えば、ヒトにおいて重症疾患を生じないワクチンウイルス由来の配列を有する。NAのvRNA産生のためのDNAは、任意のNA、例えば、N1〜N10のいずれかの由来とすることができ、HAのvRNA産生のためのDNAは、任意のHA、例えば、H1〜H17いずれか由来とすることができる。一実施形態において、vRNA産生のためのDNAは、インフルエンザB又はCウイルス用とすることができる。NA及びHAのvRNA産生のためのDNAは、異なる株又は異なる単離株(6:1:1再集合体)又は同一の株又は同一の単離株(6:2 再集合体)に由来する、或いはNAは内部遺伝子と同一の株又は同一の単離株由来(7:1 再集合体)とすることができる。その多数に、インフルエンザウイルスPAをコードするベクター、インフルエンザウイルスPB1をコードするベクター、インフルエンザウイルスPB2をコードするベクター、インフルエンザウイルスNPをコードするベクター、任意にはNP、NS、M、例えば、M1及びM2、HA又はNAをコードする1又は2以上のベクター、から選択されるmRNA産生のためのベクターもまた含まれる。ウイルスタンパク質をコードするベクターは、転写終結配列をさらに含むことができる。
本発明の範囲内の再集合体のための内部遺伝子を供し得るウイルスは、MDCK細胞内で高い力価、例えば、少なくとも約10 PFU/mL、例えば、少なくとも10 PFU/mL、10 PFU/mL又は10 PFU/mLの力価;孵化卵内で高い力価、例えば、少なくとも約10 EID50/mL、例えば、少なくとも10 EID50/mL、10 EID50/mL又は1010 EID50/mLの力価;MDCK細胞などの細胞内で高い力価、例えば、少なくとも約10 PFU/mL、例えば、少なくとも10 PFU/mLの力価、又はそれらの2以上の宿主細胞内で高い力価を有するウイルスを含む。
一実施形態において、例えばMDCK細胞又はベロ細胞などの細胞における本発明の再集合体ウイルスの力価は、特定の位置の特定の残基を欠く対応のウイルスの力価の1ログ、2ログ、3ログ、又はそれ以上とすることができる。
他のPR8単離株又はワクチンウイルス由来の内部遺伝子を有する他の再集合体は、本発明の組換え再集合体ウイルスにおいて利用可能である。特に、UW−PR8 PB1、PB2、PA、NP、及びM(「5」)及びPR8(Cam)NS(「1」)を有する5:1:2 再集合体;UW−PR8 NA、PB1、PB2、PA、NP、及びM(「6」)及びPR8(Cam)NS(「1」)を有する6:1:1再集合体;及びUW−PR8 PB1、PB2、PA、NP、M、NA、及びNS(「7」)を有する7:1再集合体が利用可能である。
一実施形態において、PB1、PB2、PA、NP、M、及びNSの内部遺伝子に関するDNAは、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされる対応のポリペプチドとして実質的に同一の活性を有するタンパク質をコードする。本明細書において、「実質的に同一の活性」とは、活性又はタンパク質レベルそれぞれについて、対応する全長ポリペプチドの約0.1%、1%、10%、30%、50%、90%、例えば、100%又はそれ以上の活性、又は約80%、90%又はそれ以上の検出可能なタンパク質レベルを含む。一実施形態において、核酸配列は、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされたポリペプチドと、例えば、80〜99のいずれかの整数%、少なくとも80%、例えば、90%、92%、95%、97%、98%又は99%の、連続したアミノ酸配列同一性を有することと実質的に同一であるポリペプチドをコードする配列である。一実施形態において、単離及び/又は精製された核酸分子は、例えば、配列番号1〜6又は33−38の1つと50〜100のいずれかの整数%、少なくとも50%、例えば、60%、70%、80%又は90%、又はそれ以上の連続した核酸配列同一性を有することと実質的に同一であるヌクレオチド配列を含む。一実施形態において、インフルエンザウイルスポリペプチドは、1若しくは複数の、例えば2、5、10、15、20若しくはそれ以上の保存的アミノ酸置換、例えば、保存的アミノ置換と非保存的アミノ酸置換の組み合わせ2、5、10、15、20若しくはそれ以上の最大10%又は20%の保存的置換、例えば、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされたポリペプチドと比較して残基の最大10%又は20%の保存的置換を有し、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされるポリペプチドと比較して、PA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の2以上に特徴的な残基を有し、並びにPA、PB1、PB2、NP、M1、及び/又はNS1の遺伝子セグメントの2以上に特徴的な残基を有する、例えば、PAの142位にアスパラギン又はグルタミン;PB1の247位にヒスチジン、アルギニン又はリジン;PB2の202位及び/又は323位にロイシン、アラニン、バリン、イソロイシン、グリシン、又はセリン;NPの74位にリジン又はヒスチジン;M1の202位にロイシン、イソロイシン、アラニン、グリシン、又はセリン及び/又は100位にリジン、アルギニン、又はヒスチジン;或いは、NS1の44位にアスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン酸又はグルタミンが存在する。一実施形態において、インフルエンザウイルスポリペプチドは、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされるポリペプチド、例えば、表4の1、4、36、38、P17、P25又はP61のウイルス単離株のものに対して、1若しくは複数の、例えば、2、3、4、5、6、7又は8個の保存的アミノ酸置換及び/又は非保存的アミノ酸置換を有する。
従って、本発明は、インフルエンザウイルスのタンパク質を発現する又はコードする、或いはインフルエンザvRNA、未変性及び組換えvRNA双方を発現又はコードする、単離及び精製ベクター又はプラスミドの使用を含む。ベクターは、インフルエンザcDNA、例えば、インフルエンザA(例えば、16 HA又は9 NAサブタイプのいずれかを含む任意のインフルエンザA遺伝子)、B又はC DNAを含む(Fields Virology(Fields et al.(eds.), Lippincott, Williams and Wickens(2006)を参照されたい。それらは特に参照により本明細書に組み込まれる)。任意の適したプロモーター又は転写終結配列は、タンパク質又はペプチド、例えば、ウイルスタンパク質又はペプチド、非ウイルス性病原体のタンパク質又はペプチド、又は治療タンパク質又はペプチドを発現するために利用可能である。
本発明のベクターの組成物又は多数のベクターには、例えば、ワクチンとして又は遺伝子置換において有用な免疫原性ペプチド又はタンパク質をコードする外来遺伝子などの、例えば癌治療若しくはワクチンにおいて有用なエピトープ、又は遺伝子治療において有用なペプチド若しくはポリペプチドをコードすることができる異種遺伝子又は翻訳領域もまた含むことができる。ウイルスを調製する場合、目的の遺伝子又はcDNAを含むベクター又はプラスミドは、インフルエンザウイルス遺伝子に関するベクター又はプラスミドと置換する、又は、全てのインフルエンザウイルス遺伝子に関するベクター又はプラスミドに加えることができる。従って、本発明の他の実施形態は、ベクターの1つが置換された上記ベクターの組成物又は斯かるベクターを複数含み、さらに5’ インフルエンザウイルス配列をさらに含む。任意には、5’ インフルエンザウイルス配列は、目的の核酸配列、例えば、目的のcDNAに結合された、任意には3’ インフルエンザウイルスコード配列又はその部分を含む3’ インフルエンザウイルス配列に結合された、5’インフルエンザウイルスコード配列又はその部分を含む。一実施形態において、例えばcDNAなどの目的の核酸配列は、アンチセンス(アンチゲノム)方向にある。上記の他のベクターと組み合わせたこれらのベクターの、インフルエンザウイルス複製に許容される宿主細胞への導入は、斯かるベクターの異種配列に対応したvRNAを含む組換えウイルスを生じる。
vRNA産生のためのベクター中のプロモーターは、RNAポリメラーゼIプロモーター、RNAポリメラーゼIIプロモーター、RNAポリメラーゼIIIプロモーター、T7 プロモーター、又はT3 プロモーターとすることができ、任意にはベクターは、例えばRNAポリメラーゼI転写終結配列、RNAポリメラーゼII転写終結配列、RNAポリメラーゼIII転写終結配列、又はリボザイムなどの転写終結配列を含む。本発明の範囲内のリボザイムは、テトラヒメナリボザイム、リボヌクレアーゼP、ハンマーヘッド型リボザイム、ヘアピンリボザイム、肝炎リボザイム、及び合成リボザイムを含むがこれらに限定されない。一実施形態において、RNAポリメラーゼIプロモーターは、ヒトRNAポリメラーゼIプロモーターである。
vRNA又はウイルスタンパク質発現ベクター中のプロモーター又は転写終結配列は、プロモーター又は任意の他のベクターと同一又は異なるものとすることができる。一実施形態において、インフルエンザvRNAを発現するベクター又はプラスミドは、少なくとも1つの特定の宿主細胞、例えば、トリ、又は、例えばイヌ、ネコ、ウマ、ウシ、又はヒト細胞を含む霊長類細胞などの哺乳類宿主細胞における発現、又は1以上の宿主における発現に適したプロモーターを含む。
一実施形態において、vRNAに関する少なくとも1つのベクターは、他のリボザイム配列に結合されたウイルスコード配列に結合されたリボザイム配列に結合された、任意にはRNAポリメラーゼII転写終結配列に結合された、RNAポリメラーゼIIプロモーターを含む。一実施形態において、vRNA産生のための少なくとも2、例えば、3、4、5、6、7又は8個のベクターは、RNAポリメラーゼIIプロモーター、第一のリボザイム配列を含み、それはウイルスコード配列を含むウイルス配列に相当する配列に対して5’に、第二のリボザイム配列に対して5’に、転写終結配列に対して5’に存在する。各vRNAベクター中の各RNAポリメラーゼIIプロモーターは、任意の他のvRNAベクターにおけるRNAポリメラーゼIIプロモーターと同一又は異なるものとすることができる。同様に、各vRNAベクター中の各リボザイム配列は、任意の他のvRNAベクター中のリボザイム配列と同一又は異なるものとするこができる。一実施形態において、単一ベクター中のリボザイム配列は同一でない。
一実施形態において、本発明は、再集合体のための多数のインフルエンザウイルスベクターを供し、斯かるベクターは、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルス PA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスPB1 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスPB2 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスHA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスNP DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスNA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスM DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、及び転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルス NS cDNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクターであると共に、PB1、PB2、PA、NP、NS、及びMのDNAが1又は2以上のインフルエンザワクチンシードウイルス由来であり、そして、2以上の特徴的な残基を(単数若しくは複数の)特定の位置に含み;インフルエンザウイルスPAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスPB1をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスPB2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、及びインフルエンザウイルスNPをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、任意にはインフルエンザウイルスHAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスNAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスM1をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスM2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、又はインフルエンザウイルスNS2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、を含む。一実施形態において、少なくとも1つのベクターは、PB1、PB2、PA、NP、M、又はNS、又はそれらの部分をコードする配列に対応する配列を含み、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされる対応するポリペプチドと実質的に同一の活性を有し、例えば、配列番号1〜6又は10〜15の1つによってコードされるポリペプチドと、80〜100のいずれかの整数%、少なくとも80%、例えば、85%、90%、92%、95%、98%、99%又は100%のアミノ酸同一性を有するポリペプチドをコードする配列を含む。任意には、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスM cDNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクターの代わりに、例えば、転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスM1 cDNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクター、及び転写終結配列に結合されたインフルエンザウイルスM2 cDNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むベクターなどの2つのベクターが利用可能である。
本発明の多数のベクターは物理的に結合する、又は各ベクターは個々のプラスミド又は他の、例えば、線状の、核酸送達ビヒクル上に存在することができる。一実施形態において、各vRNA産生ベクターは、別々のプラスミド上である。一実施形態において、各mRNA産生ベクターは、別々のプラスミド上である。
本発明はまた、インフルエンザウイルスの調製方法を供する。斯かる方法は、例えば、連続して又は同時に、感染性インフルエンザウイルスを得るのに有効な量の多数の本発明のベクターと細胞を接触させる工程を含む。本発明はまた、多数のベクターと結合した細胞からウイルスを単離する工程を含む。従って、本発明は、単離ウイルス、及び本発明の多数のベクター又はウイルスと結合した宿主細胞をさらに供する。他の実施形態において、本発明は、他のベクター、vRNA又はタンパク質産生ベクターに先立ち、1又は2以上のベクター、vRNA又はタンパク質産生ベクターと細胞を接触させる工程を含む。一実施形態において、方法で利用されるvRNAベクターに関するプロモーターは、RNAポリメラーゼIプロモーター、RNAポリメラーゼIIプロモーター、RNAポリメラーゼIIIプロモーター、T3プロモーター又はT7プロモーターである。一実施形態において、RNAポリメラーゼIプロモーターは、ヒトRNAポリメラーゼIプロモーターである。一実施形態において、方法で利用される各vRNAベクターは、別々のプラスミド上に存在する。一実施形態において、前記方法で利用されるvRNAベクターは、1つのプラスミド又は2つ又は3つの異なるプラスミド上に存在する。一実施形態において、方法で利用される各mRNAベクターは、別々のプラスミド上に存在する。一実施形態において、前記方法で利用されるPA、PB1、PB2及びNPに関するmRNAベクターは、1つのプラスミド又は2つ若しくは3つの異なるプラスミド上に存在する。
一実施形態において、本発明は、細胞培養において増強された複製を有するインフルエンザウイルスの選択方法を供する。斯かる方法は、インフルエンザワクチン製造に適した細胞を供する工程;前記細胞中で、1又は2以上のインフルエンザウイルス単離株を連続的に培養する工程;及び連続培養前の1又は2以上の単離株と比較して増強された成長を有する、連続的に培養されたウイルスを単離する工程を含む。一実施形態において、細胞は齧歯類又は霊長類細胞である。
本明細書に記載される、ヘルパーウイルス感染が必要ないウイルスの製造方法は、ウイルス変異原性試験、ワクチン(例えば、AIDS、インフルエンザ、肝炎B、肝炎C、ライノウイルス、フィロウイルス、マラリア、ヘルペス、及び足部及び口腔疾患用)の製造、及び遺伝子治療ベクター(例えば、癌、AIDS、アデノシンデアミナーゼ、筋ジストロフィー、オルニチントランスカルバミラーゼ欠乏症及び中枢神経腫瘍用)の製造において有用である。従って、医学療法における使用(例えば、ワクチン又は遺伝子治療)用ウイルスを供する。
本発明はまた、単離ウイルスポリペプチド、及び本発明の組換えウイルスの調製及び使用方法を供する。斯かる方法は、本発明のインフルエンザウイルス、例えば、不活化ウイルス調製物の有効量を、任意にはアジュバント及び/又は担体と併用して、宿主生物、例えば、哺乳類に、そのウイルス又は抗原性に密接に関係したウイルスによる例えば哺乳類などの動物の感染を予防又は寛解するのに有効な量で投与する工程を含む。一実施形態においてウイルスは、筋肉内に投与され、一方他の実施形態において、ウイルスは鼻腔内に投与される。一部の投与プロトコールにおいて、用量は全て筋肉内又は鼻腔内に投与することができ、他のプロトコールにおいては、筋肉内と鼻腔内投与との組み合わせを利用することができる。ワクチンは、例えば、多価ワクチンを形成するために、組換えインフルエンザウイルスを含むインフルエンザウイルスの他の単離株、他の病原体、さらなる生物由来物質又は微生物成分をさらに含むことができる。一実施形態において、例えば、不活化インフルエンザウイルス、及び粘膜アジュバントを含む鼻腔内ワクチン接種は、鼻咽頭におけるウイルス特異的IgA及び中和抗体、並びに血清IgGを誘発することができる。
本発明のインフルエンザウイルスは、他の抗ウイルス剤の、例えば、アマンタジン、リマンタジン、及び/又はノイラミニダーゼ阻害剤と共に利用することができ、例えば、それらの抗ウイルス剤と組み合わせて、例えば、投与前、中、及び/又は後に別々に投与することができる。
PR8(Cambridge)遺伝子のヌクレオチド配列(配列番号10〜15)。 PR8(Cambridge)遺伝子のヌクレオチド配列(配列番号10〜15)。 PR8(Cambridge)遺伝子のヌクレオチド配列(配列番号10〜15)。 ライブラリ継代の概略と高収率候補の識別。 特定のHA力価を有するランダム変異を伴うクローン数。 選択的変異を有するクローンの力価。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 MDCK細胞内で高い複製特性を付与する変異の概要。 A)HA力価(2単位)及びウイルス力価(PFU/mL単位)に関してウイルス株を試験した。B)MDCK細胞における成長曲線。 A)HA力価(2単位)及びウイルス力価(PFU/mL単位)に関してウイルス株を試験した。B)MDCK細胞における成長曲線。 A)野性型(UW−PR8)とクローン#4のHA力価。B)野性型(UW−PR8)と#4のウイルスタンパク質。C)野性型及び#4のウイルスタンパク質のSDS−PAGE分析。 A)野性型(UW−PR8)とクローン#4のHA力価。B)野性型(UW−PR8)と#4のウイルスタンパク質。C)野性型及び#4のウイルスタンパク質のSDS−PAGE分析。 A)野生型ウイルス(UW−PR8)とM1に変異を有する高複製ウイルスとの力価の比較。B)野生型ウイルス(UW−PR8)及びM1に変異を有する高複製ウイルスの成長速度。 A)野生型ウイルス(UW−PR8)とM1に変異を有する高複製ウイルスとの力価の比較。B)野生型ウイルス(UW−PR8)及びM1に変異を有する高複製ウイルスの成長速度。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)PR8及びIndo/NC/09の各遺伝子のヌクレオチド4位。B)すべての3’C4U変異株。C)PB2、PB1、及びPA遺伝子の4位に「C」をコードする組換えUW−PR8ウイルス(黒色)及び8つのセグメントすべての4位に「U」をコードする変異株(赤)の成長速度。 A)PR8及びIndo/NC/09の各遺伝子のヌクレオチド4位。B)すべての3’C4U変異株。C)PB2、PB1、及びPA遺伝子の4位に「C」をコードする組換えUW−PR8ウイルス(黒色)及び8つのセグメントすべての4位に「U」をコードする変異株(赤)の成長速度。 A)PR8及びIndo/NC/09の各遺伝子のヌクレオチド4位。B)すべての3’C4U変異株。C)PB2、PB1、及びPA遺伝子の4位に「C」をコードする組換えUW−PR8ウイルス(黒色)及び8つのセグメントすべての4位に「U」をコードする変異株(赤)の成長速度。 ワクチン向けの高力価インフルエンザウイルスを提供するのに有効な、本明細書中に開示した内部遺伝子セグメント配列と共に使用するための代表的な配列であるH7及びN9のヌクレオチド及びアミノ酸配列。 ワクチン向けの高力価インフルエンザウイルスを提供するのに有効な、本明細書中に開示した内部遺伝子セグメント配列と共に使用するための代表的な配列であるH7及びN9のヌクレオチド及びアミノ酸配列。 ワクチン向けの高力価インフルエンザウイルスを提供するのに有効な、本明細書中に開示した内部遺伝子セグメント配列と共に使用するための代表的な配列であるH7及びN9のヌクレオチド及びアミノ酸配列。 A)ウイルス力価を増強するキメラHA及びNA遺伝子の図解。B)キメラウイルスの成長速度。 A)ウイルス力価を増強するキメラHA及びNA遺伝子の図解。B)キメラウイルスの成長速度。 A)変異の組み合わせを有するウイルスの成長速度。B)変異の組み合わせを有するウイルスのPFU及びHA力価。 A)変異の組み合わせを有するウイルスの成長速度。B)変異の組み合わせを有するウイルスのPFU及びHA力価。 卵におけるスクリーニング。 ベロ細胞から単離された216個のクローンのHA力価。 異なるPR8バックボーン変異を用いて作出した組換えウイルス。 MDCK細胞及びベロ細胞内で成長促進があるウイルス作出の概略。 MDCK細胞及びベロ細胞内で成長促進があるウイルス作出の概略。
本発明の詳細な説明
定義
本明細書において、用語「単離」とは、本発明の核酸分子、例えば、ベクター又はプラスミド、ペプチド又はポリペプチド(タンパク質)、又はウイルスのインビトロ(in vitro)での調製及び/又は単離を意味し、よってインビボ(in vivo)の物質と関係がない、又は実質的にインビトロ(in vitro)の物質から精製される。単離ウイルスの調製は、通常インビトロ(in vitro)での培養及び増殖によって、且つ/又は卵内の継代を介して得られ、実質的に他の感染病原体を含まない。
本明細書において、「実質的に精製」とは、組成物において対象の種が優勢種である、例えば、モル基準で、任意の他の個々の種より豊富、好ましくは、組成物中に存在する種の少なくとも約80%、任意には90%以上、例えば、存在する種の95%、98%、99%又はそれ以上であることを意味する。
本明細書において、「実質的に含まない」とは、特定の感染病原体に対する標準検出方法を使用して、その病原体に関して検出レベル以下を意味する。
「組換え」ウイルスとは、ウイルスゲノムに変更を導入するために、例えば、組換えDNA技術を使用してインビトロ(in vitro)で操作されたウイルスである。再集合体ウイルスは、組換え又は非組換え技術によって調製することができる。
本明細書において、用語「組換え核酸」又は「組換えDNA配列又はセグメント」とは、ある起源に由来する又は起源から単離されたもので、その後にインビトロ(in vitro)で化学的に変化し得る核酸、例えば、DNAであって、その配列が自然起源でない、又は未変性ゲノムに存在しない自然起源の配列に相当するものを意味する。ある起源に「由来する」DNAの例は、有用な断片として認識され、続いて本質的に純粋な形態で化学的に合成されるDNA配列とすることができる。そのようなある起源から「単離」されたDNAの例は、化学的手段、例えば、制限酵素の使用によって斯かる起源から切除又は除去された有用なDNA配列となり得るものであり、本発明の使用のために、遺伝工学方法によってさらに操作、例えば、増幅することができる。
本明細書において、「異種」インフルエンザウイルス遺伝子又は遺伝子セグメントとは、組換え、例えば、再集合体、インフルエンザウイルス中の、大部分の他のインフルエンザウイルスの遺伝子又は遺伝子セグメントとは異なるインフルエンザウイルス源に由来するものである。
用語「単離ポリペプチド」、「単離ペプチド」又は「単離タンパク質」とは、合成起源の1つを含むcDNA又は組換えRNAによってコードされたポリペプチド、ペプチド又はタンパク質、又はそれらの組み合わせを含む。
本明細書で用いられる用語「組換えタンパク質」又は「組換えポリペプチド」とは、組換えDNA分子から発現されたタンパク質分子を意味する。対照的に、本明細書では用語「未変性タンパク質」とは、自然起源(すなわち、非組換え起源)から単離されたタンパク質を示すために用いられる。分子生物学的技術は、タンパク質の未変性形態と比較して同一特性を有するタンパク質の組換え形態を産生するために使用することができる。
配列比較の方法は当技術分野で周知である。従って、任意の2つの配列間のパーセント同一性の測定は、数学アルゴリズムを使用して達成することができる。
これらの数学アルゴリズムのコンピューターによる実行は、配列同一性を測定する配列比較のために利用することができる。これらのプログラムを使用する配列比較は、デフォルトパラメータを使用して行うことができる。BLAST分析を実行するためのソフトウェアは、国立バイオテクノロジー情報センターを通じて公的に利用できる(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。アルゴリズムは、問い合わせの配列中の長さWの短いワードを同定することによる、高スコア配列ペア(HSP)の最初の同定を含み、斯かる同定は、データベース配列においてワードが同長のワードと整列された場合に、正の値の閾値Tに一致するか又はこれを満たすかを同定する。Tは、近接ワードスコア閾値(neighborhood word score threshold)と呼ばれる。これらの最初の近隣ワードヒットは、それらを含むより長いHSPを見つける検索を開始するためのシード(seed)として機能する。続いてワードヒットは、累積配列比較スコアが増加され得る限り、各配列に沿って両方向に伸長される。累積スコアは、ヌクレオチド配列に関して、パラメータM(マッチする残基のペアのリウォードスコア;常に> 0)及びN(ミスマッチの残基のペナルティスコア;常に<0)を使用して計算される。アミノ酸配列に関して、スコアマトリックスは累積スコアを計算するために使用される。各方向のワードヒットの伸長は、累積配列比較スコアがその最大達成値から量Xまで減少する、1又は2以上の不のスコアの残基配列比較の累積によって累積スコアがゼロ又はそれ以下となる、又は一方の配列末端に到達した場合に停止される。
さらに、パーセント配列同一性の算定のために、BLASTアルゴリズムもまた、2つの配列間の類似性の統計分析を実施することができる。BLASTアルゴリズムによって供される類似性の1つの測定値は、2つのヌクレオチド又はアミノ酸配列間の一致が偶然に生じうる可能性を示す、最小の合計確率(P(N))とすることができる。例えば、試験核酸配列の参照核酸配列との比較の最小の合計確率が約0.1未満、より好ましくは約0.01未満、及び最も好ましくは約0.001未満である場合に、試験核酸配列は参照配列と類似と考えられる。
BLASTNプログラム(ヌクレオチド配列に関する)は、11のワード長(W)、10の期待値(E)、100のカットオフ値、M=5、N=4、及び両鎖の比較をデフォルトとして使用することができる。アミノ酸配列に関して、BLASTPプログラムは、3のワード長(W)、10の期待値(E)、及びBLOSUM62スコアマトリックスをデフォルトとして使用することができる。http://www.ncbi.n1m.nih.govを参照されたい。配列比較はまた、観察によって手動で実施できる。
配列比較に関して、典型的には1つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験及び参照配列は、コンピューターに入力され、必要な場合サブシーケンス座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムパラメータが指定される。続いて、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づき、参照配列と比較して試験配列に関してパーセント配列同一性を計算する。
インフルエンザウイルスの構造及び増殖
インフルエンザAウイルスは、少なくとも10個のタンパク質をコードする8つの単一鎖ネガティブセンスのウイルスRNA(vRNA)のゲノムを有する。インフルエンザウイルスの生活環は、宿主細胞の表面上のシアル酸含有受容体への赤血球凝集素(HA)の結合から始まり、受容体媒介エンドサイトーシスが続く。後期エンドソームにおける低pHは、HAにおいて立体構造変化を引き起こし、その結果HA2サブユニット(いわゆる融合ペプチド)のN末端を露呈する。融合ペプチドは、ウイルス及びエンドソーム膜の融合を惹起し、マトリックスタンパク質(M1)及びRNP複合体を細胞質中に遊離する。RNPは、vRNAをキャプシド形成するヌクレオプロテイン(NP)、及びPA、PB1、及びPB2タンパク質によって形成されるウイルスポリメラーゼ複合体から成る。RNPは核中に輸送され、転写及び複製が行われる。RNAポリメラーゼ複合体は、3つの異なる反応:5’キャップ及び3’ ポリA構造を有するmRNAの合成、全長相補RNA(cRNA)の合成、及び鋳型としてcRNAを使用したゲノムvRNAの合成を触媒する。新たに合成されたvRNA、NP、及びポリメラーゼタンパク質は、続いてRNP中に構築され、核から排出され、細胞膜に輸送され、そこで後代ウイルス粒子の出芽が生じる。ノイラミニダーゼ(NA)タンパク質は、シアル酸をシアリルオリゴ糖から除去することによって感染の終盤において重要な役割を担い、これにより、細胞表面から新たに構築されたウイルス粒子を放出し、ウイルス粒子の自己凝集を防止する。ウイルス集合はタンパク質−タンパク質及びタンパク質−vRNA相互作用を含むが、これらの相互作用の性質はほとんど知られていない。
インフルエンザB及びCウイルスは、インフルエンザAウイルスと構造的及び機能的に類似するが、一部の差異が存在する。例えば、インフルエンザBウイルスは、イオンチャネル活性を有するM2タンパク質を有しないが、BM2を有し、NA及びNB配列双方を有する遺伝子セグメントを有する。インフルエンザCウイルスは、7つの遺伝子セグメントのみ有する。
本発明において使用することができる細胞株
例えば、任意のトリ細胞、又は、例えばヒトなどの、例えば、293T又はPER.C6(登録商標)細胞、又はイヌ、例えば、MDCK、ウシ、ウマ、ネコ、ブタ、ヒツジ、齧歯類の細胞、例えば、ミンクの細胞、例えば、MvLu1細胞、又はハムスターの細胞、例えば、CHO細胞、又は非ヒト霊長類の細胞、例えば、ベロ細胞などの哺乳類細胞などの、変異体細胞を含む任意の細胞であって、インフルエンザウイルスの効率複製を補助する細胞は、インフルエンザウイルスを単離及び/又は増殖するために使用することができる。単離ウイルスは、再集合体ウイルスを調製するために使用することができる。一実施形態において、ワクチン製造のための宿主細胞は、維持された哺乳類又はトリ株化細胞又は細胞株である。使用される細胞の完全な性質決定は、最終産物の純度に関する適切な試験を含むことが可能となるように行うことができる。細胞の性質決定に使用することができるデータは、(a)その起源、由来、及び継代歴に関する情報;(b)その成長及び形態的特徴に関する情報;(c)外来病原体(adventitious agent)の試験結果;(d)他の株化細胞の中で明確に認識することができる、例えば生化学、免疫学、及び細胞遺伝的パターンなどの際立った特徴;及び(e)腫瘍形成能に関する試験結果を含む。一実施形態において、使用される宿主細胞の継代レベル、又は集団倍加は、可能な限り低いものとする。
一実施形態において、細胞はWHO認可の、又は認可され得る、連続株化細胞である。このような株化細胞の認定に必要な条件は、系統、成長特性、免疫マーカー、ウイルス感受性腫瘍形成能及び保存条件の少なくとも1つに関する性質決定、及び動物、卵、及び細胞培養における試験を含む。このような性質決定は、細胞が検出可能な外来病原体を含まないことを確認するために使用される。一部の国においては、核学もまた必要とすることができる。さらに、腫瘍形成能は、ワクチン製造に使用されるものと同一継代レベルである細胞内で試験することができる。ウイルスは、ワクチン製造前に、一貫した結果を生じることが示されている工程によって精製することができる(例えば、世界保健機関、1982を参照されたい)。
宿主細胞によって生成されたウイルスは、ワクチン又は遺伝子治療の製剤化前に高度に精製することができる。一般的に、精製方法は、細胞DNA及び他の細胞成分、及び外来病原体の広範な除去を生じる。DNAを広範に分解又は変性する方法もまた使用することができる。
インフルエンザワクチン
本発明のワクチンは、本発明の単離組換えインフルエンザウイルス、及び任意には他の単離インフルエンザウイルスを含む1又は2以上の他の単離ウイルス、1又は2以上の単離インフルエンザウイルス又は1又は2以上の他の病原体、例えば、1又は2以上の細菌、非インフルエンザウイルス、酵母又は真菌由来の免疫原性タンパク質の1又は2以上の免疫原性タンパク質又は糖タンパク質、或いは本発明の単離インフルエンザウイルスの1又は2以上の免疫原性タンパク質を含む1又は2以上のウイルスタンパク質をコードする単離核酸をコードする単離核酸(例えば、DNAワクチン)を含む。一実施形態において、本発明のインフルエンザウイルスは、インフルエンザウイルス又は他の病原体のためのワクチンベクターとすることができる。
完全なウイルス粒子ワクチンは、限外濾過によって濃縮し、続いてゾーン遠心分離又はクロマトグラフィーによって精製することができる。本発明のウイルス以外、例えば多価ワクチンに含まれるウイルスは、例えば、ホルマリン又はベータプロピオラクトンを使用して、精製前又は後に不活化することができる。
サブユニットワクチンは、精製糖タンパク質を含む。このようなワクチンは、次の通り調製することができる:界面活性剤での処理によって断片化されたウイルス懸濁液を使用して、例えば、超遠心分離法によって表面抗原が精製される。従って、サブユニットワクチンは、主にHAタンパク質、及びNAもまた含有する。使用される界面活性剤は、例えば、ヘキサデシルトリメチル臭化アンモニウム(Bachmeyer, 1975)などの陽イオン界面活性剤、例えばデオキシコール酸アンモニウム(Laver & Webster, 1976)などの陰イオン界面活性剤、又は例えば市販の名称トリトンX100などの非イオン界面活性剤、とすることができる。赤血球凝集素は、ウイルス粒子の処理後に、例えばブロメリンなどのプロテアーゼで単離し、続いて精製することもまたできる。サブユニットワクチンは、多価ワクチン中で本発明の弱毒化ウイルスと組み合わせることもまたできる。
スプリットワクチンは、脂質を溶解する薬剤での処理に供されたウイルス粒子を含む。スプリットワクチンは、次の通り調製することができる:上記の不活化された又は不活化されていない、得られた精製ウイルスの水性懸濁液を、界面活性剤と組み合わせて、例えばエチルエーテル又はクロロホルムなどの脂質溶媒によって撹拌下で処理する。ウイルス外被脂質の溶解は、ウイルス粒子の断片化を生じる。取り出された水相には、除去されたウイルス起源の脂質環境、及びコア又はその分解生成物と共に、主に赤血球凝集素及びノイラミニダーゼから成るスプリットワクチンが含まれる。続いて、残渣感染性粒子は、まだ不活化されていない場合は、不活化される。スプリットワクチンは、多価ワクチン中で本発明の弱毒化ウイルスと組み合わせることができる。
不活化ワクチン
不活化インフルエンザウイルスワクチンは、例えば、ホルマリン又はβ−プロピオラクトン処理などのこれらに限定されない周知の方法を使用して、複製されたウイルスの不活化によって供される。本発明において使用することができる不活化ワクチン型は、全ウイルス(WV)ワクチン又はサブビリオン粒子(SV)(スプリット)ワクチンを含むことができる。WVワクチンは、未処理の不活化ウイルスを含有し、一方SVワクチンは、脂質含有ウイルス外被を可溶化する界面活性剤で、続いて残渣ウイルスの化学的不活化によって破壊された精製ウイルスを含有する。
さらに、使用することができるワクチンは、単離HA及びNA表面タンパク質含有ワクチンを含み、表面抗原又はサブユニットワクチンと呼ばれる。
弱毒化生ウイルスワクチン
例えば、本発明の組換えウイルスを含むワクチンなどの弱毒化生インフルエンザウイルスワクチンは、インフルエンザウイルス感染を予防又は治療するために使用することができる。弱毒化は、周知の方法に従って一段階で、複製単離株又は再集合(reassorted)ウイルスへの弱毒化ドナーウイルス由来の弱毒化遺伝子の転移によって達成することができる。インフルエンザAウイルスへの抵抗性は、HA及び/又はNA糖タンパク質への免疫応答の発生によってまず媒介されるので、これらの表面抗体をコードする遺伝子は、再集合ウイルス又は臨床単離株に由来する。弱毒化遺伝子は、弱毒化された親に由来する。このアプローチにおいて、弱毒化を与える遺伝子は通常、HA及びNA糖タンパク質をコードしない。
再現性よくインフルエンザウイルスの弱毒化が可能なウイルス(ドナーインフルエンザウイルス)を利用でき、例えば、低温に順化した(ca)ドナーウイルスを弱毒化ワクチン製造に使用することができる。生きた、弱毒化再集合体ウイルスワクチンは、caドナーウイルスを病原性複製ウイルスと接合することによって産生することができる。再集合体の後代は、続いて25°Cにおいて(病原性ウイルスの複製に制限される)、適した抗血清の存在下で選択され、それは弱毒化caドナーウイルスの表面抗体を有するウイルスの複製を阻害する。有用な再集合体は、(a)感染性があり、(b)血清陰性の非成体哺乳類及び免疫学的に初回刺激を受けた成体哺乳類用に弱毒化され、(c)免疫原性があり、そして(d)遺伝的に安定である。ca再集合体の免疫原性は、それらの複製レベルに匹敵する。従って、新規な野生型ウイルスによるcaドナーウイルスの6つの伝達性遺伝子の獲得は、成体及び非成体両方の感受性哺乳類のワクチン接種における使用のためのこれらのウイルスを再現性よく弱毒化している。
他の弱毒化変異は、部位特異的な変異誘発によって、インフルエンザウイルス遺伝子中に導入し、これらの変異体遺伝子を有する感染性ウイルスを取り出す(rescue)ことができる。弱毒化変異は、ゲノムの非翻訳領域、及び翻訳領域中に導入することができる。これらの弱毒化変異は、HA又はNA以外の遺伝子、例えば、PB2ポリメラーゼ遺伝子中に導入することもまたできる。従って、部位特異的変異誘発によって導入された弱毒化変異を有する新たなドナーウイルスもまた産生することができ、caドナーウイルスに関する上記方法に類似の方法で、このような可能性のある新たなドナーウイルスを弱毒化生再集合体ワクチンの製造において使用することができる。同様に、他の周知且つ適した弱毒化ドナー株をインフルエンザウイルスと再集合させて、哺乳類のワクチン接種における使用に適した弱毒化ワクチンを得ることができる。
一実施形態において、このような弱毒化ウイルスは、本来の臨床単離株と実質的に同様の抗原決定基をコードするウイルス由来の遺伝子を維持する。これは、弱毒化ワクチンが、ウイルスの本来の臨床単離株と実質的に同一の抗原性を供する一方で同時に、ワクチン接種を受けた哺乳類におけるワクチンの重篤な疾患状態を誘発する可能性が最小となる程度まで病原性を欠失していることを目的とするからである。
従って、多価ワクチン中のウイルスは、動物、例えば、哺乳類に免疫応答を導入するために、弱毒化又は不活化し、ワクチンとして周知の方法に従って製剤し且つ投与することができる。このような弱毒化又は不活化ワクチンが、臨床単離株又はそれに由来する高成長の株と類似の抗原性を保持するかを測定する方法は、当技術分野で周知である。このような周知の方法は、ドナーウイルスの抗原決定基を発現するウイルスを除去するための抗血清又は抗体の使用;化学的選択(例えば、アマンタジン又はリマンタジン );HA及びNA活性及び抑制;及び抗原決定基をコードするドナー遺伝子(例えば、HA又はNA遺伝子)が弱毒化ウイルス中に存在しないことを確認する核酸スクリーニング(例えば、プローブハイブリダイゼーション又はPCRなど)を含む。
医薬組成物
接種、例えば、経鼻、非経口又は経口投与に適した本発明の医薬組成物は、1又は2以上のインフルエンザウイルス単離株、例えば、1又は2以上の弱毒化又は不活化インフルエンザウイルス、それらのサブユニット、それらの単離タンパク質、及び/又は1又は2以上のそのタンパク質をコードする単離核酸を含み、それらは任意にはさらに無菌水性又は非水性溶液、懸濁液、及び乳濁液を含む。斯かる組成物は、さらに当技術分野で周知の補助剤又は賦形剤を含むことができる。本発明の斯かる組成物は、一般的に、個々の用量形態(単位用量)で表される。
通常のワクチンは、一般的に、それらの組成物に加えられる各株由来のHAを、約0.1〜200 μg、例えば、30〜100 μg含有する。本発明のワクチン組成物の主成分を形成するワクチンは、1つのインフルエンザウイルス、又は1又は2以上の再集合体を含む、例えば、少なくとも2又は3つのインフルエンザウイルスなどの、インフルエンザウイルスの組み合わせを含むことができる。
非経口投与のための調製物は、無菌水性又は非水性溶液、懸濁液、及び/又は乳濁液を含み、当技術分野で周知の補助剤又は賦形剤を含有することができる。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、例えばオリーブ油などの植物油、及び注射可能な例えばオレイン酸エチルなどの有機エステルである。皮膚浸透性を増大し抗原吸収を増強するために、担体又は密封包帯を使用することができる。経口投与用液体剤形は、一般的に、液体剤形を含むリポソーム溶液を含むことができる。リポソームの懸濁に適した形態は、乳濁液、懸濁液、溶液、シロップ、及び例えば精製水などの当技術分野で一般に使用される不活性希釈剤を含有するエリキシル剤を含む。斯かる不活性希釈剤に加え、このような組成物は、アジュバント、湿潤剤、乳化及び懸濁化剤、又は甘味剤、香味料、又は芳香剤を含むこともまたできる。
個体への投与に本発明の組成物が使用される場合、塩、緩衝剤、アジュバント、又は組成物の有効性の改良に望ましい他の物質をさらに含むことができる。ワクチンに関して、アジュバント、特異的免疫応答を増強することができる物質を使用することができる。通常、アジュバント及び組成物は、免疫系への提示の前に混合されるか、免疫化を受けている生物の同一部位中に別々に提示される。
ワクチンの異種性は、少なくとも2つのインフルエンザウイルス株、例えば2〜20株などの又はそれらの任意の範囲又は値の複製されたインフルエンザウイルスを混合することによって供することができる。ワクチンは、当技術分野で周知の技術を使用して、インフルエンザウイルスの単一株中のバリエーションに供することができる。
本発明の医薬組成物は、少なくとも1つの、例えば、遺伝子治療のための化学療法化合物、免疫抑制剤、抗炎症剤又は免疫増強剤、及びワクチン用の、化学療法剤をさらに含む又は追加で含むことができ、それらには、ガンマグロブリン、アマンタジン、グアニジン、ヒドロキシベンズイミダゾール、インターフェロン−α、インターフェロン−β、インターフェロン−γ、腫瘍壊死因子アルファ、チオセミカルバゾン、メチサゾン、リファンピン、リバビリン、ピリミジン類似体、プリン類似体、フォスカーネット、ホスホノ酢酸、アシクロビル、ジデオキシヌクレオシド、プロテアーゼ阻害剤、又はガンシクロビルを含むがこれらに限定されない。
斯かる組成物は、組成物が投与された生物において安全であり且つ望ましくない効果に寄与しないことが分かっている、エンドトキシンを含まないホルムアルデヒド、及び保存剤を可変量であるが少量含有することもできる。
医薬目的
斯かる組成物(又はそれが誘発する抗血清)の投与は、「予防」又は「治療」目的とすることができる。予防に供する場合、ワクチンである本発明の斯かる組成物は、病原体感染のいずれかの症状又は臨床徴候が顕在化する前に提供する。斯かる組成物の予防投与は、続いて生じる感染の予防又は減弱することに役立つ。予防用に供する場合、本発明の遺伝子治療組成物は、疾患のいずれかの症状又は臨床徴候が顕在化する前に提供する。斯かる組成物の予防投与は、疾患と関係がある1又は2以上の症状又は臨床徴候の予防又は減弱に役立つ。
治療上提供する場合、ウイルスワクチンは実際の感染の症状又は臨床徴候の検出に供する。化合物の治療投与は、実際の感染を減弱するのに役立つ。治療上提供する場合、遺伝子治療組成物は、疾患の症状又は臨床徴候の検出に供する。化合物の治療投与は、その疾患の症状又は臨床徴候を減弱するのに役立つ。
従って、本発明のワクチン組成物は、感染の発生の前(予測された感染を予防又は減弱するために)又は実際の感染の惹起後に供することができる。同様に、疾病又は疾患のいずれかの症状又は臨床徴候が顕在化する前又は1又は2以上の症状が検出された後に、遺伝子治療のために、斯かる組成物を供することができる。
組成物は、レシピエント哺乳類がその投与に耐容性を示し得る場合、「医薬的に許容される」とすることができる。このような薬剤は、投与される量が生理的に有意である場合、「治療上有効量」で投与されるという。本発明の組成物は、その存在によりレシピエント患者の生理機能において検出可能な変化を生じる、例えば、感染性インフルエンザウイルスの少なくとも1つの株に対する少なくとも1つの一次又は二次体液性又は細胞性免疫応答を増強する場合、生理的に有効である。
提供される「予防」は、絶対である必要はなく、すなわち、哺乳類の対照群又は集団と比較して統計上有意な改善が存在すればよく、インフルエンザ感染が完全に予防又は根絶される必要はない。予防は、インフルエンザウイルス感染の症状又は臨床徴候の発生の重症度又は速度を軽減することに限定することができる。
医薬投与
本発明の組成物は、受動免疫又は能動免疫によって、1又は2以上の病原体、例えば、1又は2以上のインフルエンザウイルス株に対して抵抗性を与えることができる。能動免疫において、弱毒化生ワクチン組成物は予防上宿主(例えば、哺乳類)に投与され、投与への宿主の免疫応答は感染及び/又は疾患を防ぐ。受動免疫に関して、誘発された抗血清を回収し、少なくとも1つのインフルエンザウイルス株によって生じる感染に罹患する疑いのあるレシピエントに投与することができる。本発明の遺伝子治療組成物は、能動免疫によって予防又は治療レベルの目的の遺伝子生成物を得ることができる。
一実施形態において、ワクチンは、免疫応答を生じるのに十分な時間及び量の条件下で、メス哺乳類(妊娠又は出産時に又は前)に供し、これにより(胎盤を通した又は母乳中の抗体の受動的な取り込みを介して)メス及び胎仔又は新生仔の双方の保護に役立つ。
従って、本発明は、障害又は疾患、例えば、少なくとも病原体の1つの株による感染を予防又は軽減するための方法を含む。本明細書において、ワクチンは、その投与が、疾患の臨床徴候又は状態の全体又は部分的な軽減(すなわち、抑制)、又は疾患への個体の全体又は部分的な免疫を生じる場合、疾患を予防又は軽減するという。本明細書において、遺伝子治療組成物は、その投与が疾患の臨床徴候又は状態の全体又は部分的な軽減(すなわち、抑制)、又は疾患に対する個体の全体又は部分的な免疫を生じる場合、疾患を予防又は軽減するという。
弱毒化されたウイルス及び1又は2以上の他の単離ウイルス、1又は2以上のその単離ウイルスタンパク質、1又は2以上のそのウイルスタンパク質をコードする1又は2以上の単離核酸分子、又はそれらの組み合わせを含む、本発明の少なくとも1つのインフルエンザウイルスを有する組成物は、目的を達成する任意の手段によって投与することができる。
例えば、これらの組成物の投与は、例えば皮下、静脈内、皮内、筋肉内、腹腔内、鼻腔内、経口又は経皮経路などの様々な非経口経路によって行うことができる。非経口投与は、急速静注又は時間をかけた灌流によって達成することができる。
インフルエンザウイルスの関連症状を予防、抑制、又は治療するための典型的な投与計画は、1週〜約24月、又はそれら中の任意の範囲又は値まで及びその期間中、単回治療として投与される、又は増強又は追加投与として反復される、本明細書のワクチン組成物の有効量の投与を含む。
本発明によれば、組成物の「有効量」は、目的の効果を達成するのに十分な量である。効果的な用量は、レシピエントの種、年齢、性別、健康、及び体重、併用する場合は併用治療の種類、処理頻度、及び所望の効果の性質次第とすることができると理解される。以下に供する有効量の範囲は、本発明の用量範囲を限定的に表すことを目的とするものではない。
例えば哺乳類の成体生物などの動物のための弱毒生又は死滅ウイルスワクチンの用量は、約10〜1015、例えば、10〜1012のプラーク形成単位(PFU)/kg、又はその中のいずれかの範囲とすることができる。不活化ワクチンの用量は、約0.1〜1000、例えば、30〜100 μgのHAタンパク質とすることができる。しかしながら、用量は、現存のワクチンをスタートとし使用して、通常の方法によって決定される安全且つ有効な量とすべきである。
複製されたウイルスワクチンの各用量中の免疫反応性HAの用量は、適した用量、例えば、30〜100 μg又はこの中の任意の範囲又は値を含有するよう、又は政府機関又は認可された専門機関によって推奨される量に標準化することができる。NAの量もまた、標準化することができるが、この糖タンパク質は精製及び保存中不安定となり得る。
複製されたウイルスワクチンの各用量中の免疫反応HAの用量は、適量、例えば、1〜50 μg又はこの中の任意の範囲又は値、U.S. Public Heath Service(PHS)に推奨される量を含有するよう標準化することができ、通常、年長児(3歳以上)に対して成分あたり15 μg、及び3歳未満の小児に対して7.5 μgである。NAの量もまた、標準化することができるが、プロセッサ精製及び保存中はこの糖タンパク質は不安定となり得る(Kendal et al., 1980;Kerr et al., 1975)。ワクチンの0.5−mlの用量は各々、約10〜500億のウイルス粒子、好ましくは100億個の粒子を含み得る。
本発明を、以下の非限定的実施例によって説明する。
実施例1
方法
細胞及びウイルス
293Tヒト胚腎臓細胞を、ダルベッコ変法イーグル最小基本培地(DMEM)中で、10%胎仔の仔ウシ血清及び抗生物質で維持する。5%新生仔の仔ウシ血清及び抗生物質のMEM中で、メイディンダービーイヌ腎臓(MDCK)細胞を成長させる。ヒトのワクチン製造における使用のためのバイオセイフティー試験後に確立されたアフリカミドリザルベロWCB細胞(Sugawara et al., 2002)を、抗生物質を含む血清非含有VP−SFM培地(GIBCO−BRL)で維持する。細胞を5% CO2中、37℃で維持する。WHO推奨のワクチンシードウイルスはNIBRG−14である。
プラスミドの作成及びリバースジェネティクス
インフルエンザAウイルスの再集合体を生成するために、プラスミドに基づいてリバースジェネティクス(Neumann et al., 1999)を使用する。ヒトポリメラーゼIプロモーター及びマウスRNAポリメラーゼIターミネーター(PolIプラスミド)の制御下で、全長cDNAをプラスミド中にクローン化した。
A/WSN/33(H5N1;WSN)又はPR8 株に由来する予め生成された一連のPolIコンストラクトを、リバースジェネティクスに使用する(Horimoto et al., 2006;Neumann et al., 1999)。世界保健機関(WHO)はA/Puerto Rico/8/34(H1N1;PR8)を、ヒトにおけるその安全性のためドナーウイルスとして推奨する(Wood & Robertson, 2004;Webby & Webster, 2003)。
ニワトリアクチン、例えば、ベータアクチン、プロモーターの制御下でWSN又はPR8 NP、PA、PB1、又はPB2を発現するプラスミドを、全リバースジェネティクス実験のために使用する(Horimoto et al., 2006;Neumann et al., 1999)。つまり、PolIプラスミド及びタンパク質発現プラスミドを、形質移入試薬、Trans−IT 293T(Panvera)と混合し、室温で15分間インキュベートし、続いて293T細胞に添加する。形質移入細胞をOpti−MEMI(GIBCO−BRL)において48時間インキュベートする。ベロWCB細胞におけるリバースジェネティクスのために、エレクトロポレーター(Amaxa)を使用して、製造者の指示に従ってプラスミド混合物を形質移入する。形質移入の16時間後、フレッシュに調製したベロWCB細胞を形質移入細胞に添加し、6時間後にTPCK−トリプシン(1g/mL)を培養物に添加する。形質移入細胞を血清非含有VP−SFM中で合計4日間インキュベートする。感染性ウイルス含有の上清を回収し、限界希釈によって生物学的に(bebiologically)クローン化することができる。
A/Hong Kong/213/2003(H5N1)由来のHA及びNA遺伝子及びその他の残部はUW−PR8 由来のA型インフルエンザウイルスの遺伝子を有する組換えウイルスを調製した。組換えウイルスの力価は、1010.67 EID50/mLであり、HAの力価は1:1600であった。
Figure 2020010711
PR8(UW)遺伝子の配列は、次の通りである:
Figure 2020010711
Figure 2020010711
Figure 2020010711
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高力価A/PR/8/34(H1N1, UW−PR8 )ウイルスは卵中で、他のA/PR/8/34 PR8株より10倍良好に成長する(1010 EID50/mL;HA力価:1:8,000)。従って、UW−PR8 のHA及びNA遺伝子の、インフルエンザウイルスの現在流通の株のものとの置換は、安全に生成され得るワクチン株を生じ、マスターワクチン株としてのUW−PR8 の使用を確証する。
NIBRG−14 ワクチン株の非HA 及び 非NA遺伝子(図 1)を供する、UW−PR8 とPR8(Cambridge)との間の異なる成長特性に寄与する遺伝子を測定した。内部遺伝子の大部分がUW−PR8 に由来する場合、卵中で高い力価が得られた。最も高い力価は、UW−PR8 のM遺伝子セグメント及びPR8(Cambridge)のNS遺伝子を有するものであった。UW−PR8 のNS遺伝子は、K(リジン)を残基55に有し、一方PR8(Cam)のNS遺伝子は、E(グルタミン酸)を有する。ポリメラーゼサブユニット(PA、PB1、及びPB2)及びUW−PR8 のNP遺伝子は、H5N1ワクチンシードウイルスの成長をニワトリ孵化卵中で増強し、PR8(Cambridge)のNS遺伝子は、ニワトリ孵化卵中でH5N1ワクチンシードウイルスの成長を増強した。UW−PR8 のPB2における360位のチロシン(Y)は、おそらくMDCK細胞におけるそのウイルスの高成長速度に寄与する。
実施例2
特定の宿主細胞におけるワクチンウイルスの成長のための高収率A/PR/8/34(H1N1;PR8)ウイルスバックボーンを開発するために、PR8(HG)(PR8UW)の内部遺伝子のランダム変異導入を実施した。エラープローンPCRによってランダム変異をUW−PR8(実施例1)の内部遺伝子の中に導入し、その後、ランダム変異を個々のUW−PR8内部遺伝子の中に有しているプラスミドライブラリを調製した。次に、A/chicken/Indonesia/NC/09(H5N1)ウイルス(表1)の他の野性型内部遺伝子、NA、及び「解毒化」HA遺伝子と共に、個々のUW−PR8内部遺伝子の中にランダム変異を有するウイルスライブラリ(PR8/H5N1)を作り出して、「6+2」組換えウイルスを作り出した。MDCK細胞内でのウイルスの連続継代を、高成長特性を有する変異株を選択するために利用した。
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ウイルスライブラリを、MDCK細胞内で12回継代するか、又は2回の継代後に、そのライブラリを混合し、そして、もう10回の継代を実施した(図2)。
MDCK細胞内での10〜約12回の連続継代後に、プラークアッセイを実施し、1400個を超える個々のプラークを選び出した。図3は、様々なHA力価を有するクローンの数を示す。成長促進変異は:PB2:M202L、F323L、I504V、PB1:E112G、V644A、NP:R74K、N417D、I116L、及びNS:S161Tを含んでいた。図4は、選択的変異から作り出された組換えウイルスの力価を示す。ランダム変異導入ライブラリからの最も高いHA力価を有する36個のウイルスの配列を決定した(表2)。
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第二のアプローチでは、文献に記載されている成長を促進する潜在的変異を、UW−PR8ウイルスのバックグラウンド(ウイルスストック力価に関して表3を参照)に導入し、そして、複製能力について試験した。図5A〜Dは、様々なウイルスの成長曲線を示す。
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第三のアプローチでは、アプローチ1及び2からの候補株を組み合わせ、そして、HA力価及びPFU/mLを測定した(表4)。
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表4に示したように、#1、#4、#36、#38、P17、P16、及びP61などの野性型より良好に複製したいくつかの組換えウイルスを同定した。これらのウイルスの成長特性を同定するために、MDCK細胞内での成長速度を測定した(図7)。1つの候補株について、ショ糖勾配によりウイルスを精製し、そして、HA含有量及びウイルス総タンパク質を評価した。図8Aは、野性型(UW−PR8)及び#4に関するHA力価を示し、図8Bは、野性型(UW−PR8)及び#4に関するウイルスタンパク質を示し、そして、図8Cは、野性型(UW−PR8)及び#4に関するウイルスタンパク質のSDS−PAGE分析である。更なる分析により、M1のV97A/Y100H変異を有するウイルスは、親ウイルスより高いHA力価を生じるが、ウイルス力価は低いことが実証された(図9A〜Bを参照)。M1のV97A/Y100H変異は、より多くのHAタンパク質が組み込まれ得るより大きな表面積の粒子をもたらし得る。不活化インフルエンザウイルスはそれらのHA含有量に基づいて投与されるので、高いHA含有量を有する変異株は魅力的なワクチン候補株である。
複製促進をもたらすインフルエンザプロモーター領域の変異を同定するために、8つのvRNAセグメントすべての3’末端の4位に「U」を有するウイルスを、UW−PR8のPA、PB1、及びPB2の内部遺伝子で調製した(UW−PR8のPB2、PB1、及びPAセグメントは4位に「C」を有する)。得られたウイルスの成長曲線を、図11Cに示す。
プロモーター変異とアミノ酸変化との組み合わせを有するウイルスを調製し、そして、力価を測定した(表5)。
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コドン利用最適化もおこなった。コドンの改変は、タンパク質の発現を増強し得るが、RNAの構造及び安定性も変更する場合がある。例えば、PB2遺伝子セグメントのコドン利用最適化は、イヌ細胞(MDCK細胞がイヌ起源のものなので)(図10A)のコドン利用を反映するようにおこなったが、残った(vRNAの5’及び3’末端に位置する)パッケージングシグナルは変化がなかった。あるアプローチでは、コドン最適化を、PB2遺伝子(図10C)の「内部」領域のすべてのコドンについておこない、そして、別のアプローチでは、コドン最適化を(所定のアミノ酸に関して最も頻繁に使用されるコドンと比較して、著しく低い頻度でしか使用されない)いわゆる「希少」コドンについておこなった(図10B)(図10Fの配列番号25を参照)。「Graphical Codon Usage Analyser」(www.gcua.de)を使用して分析を実施した。それらのウイルスの力価を、表6に示す(図10B〜Cも参照)。
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PB2の希少コドンの最適化は、野生型ウイルス(UW−PR8)と比較して、力価の増強をもたらした(図10Dを参照)。他の遺伝子セグメントをコドン最適化し、そして、それらのセグメント又は最適化セグメントの組み合わせを有するウイルスの力価を測定した(図10E)。
MDCK細胞内でのウイルス力価を増強する別のアプローチでは、キメラHA及びNA遺伝子を調製し(図13A)、そして、それらの遺伝子を有するウイルスの力価を測定した(図13B)。
上記の変異(高成長バックボーン変異、プロモーター変異、キメラHA及びNA遺伝子、及びイヌコドン最適化)の組み合わせを有するウイルスを調製し、そして、それらのウイルスの成長速度、PFU、及びHA力価を測定した(図14を参照)。代表的なバックボーン変異は、イヌコドンopti−PB2+C4U+M202L、F323L;PB1:C4U+Q247H;PA:C4U+K142N;NP:イヌコドンopti−NP+R74K;M:V97A、Y100H;及びNS:K55Eである。
本明細書中に記載した任意の変異又はそれらの任意の組み合わせが、例えば、季節性H1N1及びH3N2、H3N2変異株、PdmH1N1、H5N1、H7N9若しくはH9N2、又は他の分岐群若しくは候補ワクチン株と組み合わせられてもよい。例えば、A/California/04/2009(pdm H1N1)由来のHA及びNA遺伝子を、UW−PR/8の6つの内部遺伝子と組み合わせて、「6+2」組換えウイルスを作り出した。11のウイルスライブラリを作製し、卵内で10回継代した。3段階の限界希釈をおこなって、高成長変異株をスクリーニングした(図15)。一実施形態において、MDCK細胞内で高成長特性を有する変異株は、プロモーター変異(C4U)と(親ウイルスに対する)I504Vをもたらす変異を有するPB2遺伝子セグメント;プロモーター変異(C4U)とE112Gをもたらす変異を有するPB1遺伝子セグメント;プロモーター変異(C4U)とS225Cをもたらす変異を有するPA遺伝子セグメント;R74K及びN417Dをもたらす変異を有するNP遺伝子セグメント;V97A及びY100Hをもたらす変異を有するM遺伝子セグメント;並びにK55Eをもたらす変異を有するNS遺伝子セグメントを有し、ここで、任意には、1若しくは複数の遺伝子セグメントの配列、例えば、NP遺伝子セグメントは、最適化されたイヌコドンを含むように改変される。一実施形態において、MDCK細胞内で高成長特性を有する変異株は、変異のプロモーター変異(C4U)及びM202L及びF323Lをもたらす変異を有するイヌコドン最適化PB2遺伝子セグメント;プロモーター変異(C4U)とQ247Hをもたらす変異を有するPB1遺伝子セグメント;プロモーター変異(C4U)とK142Nをもたらす変異を有するPA遺伝子セグメント;R74Kをもたらす変異を有するイヌコドン最適化NP遺伝子セグメント;V97A及びY100Hをもたらす変異を有するM遺伝子セグメント;並びにK55Eをもたらす変異を有するNS遺伝子セグメントを有する。
同様の実験を、MDCK細胞内での高い複製特性を有するクローンを使用して、ベロ細胞において、例えば、ベロ細胞内での約3〜5回の継代後に実施した(図16を参照)。図17は、ベロ細胞内で高い複製特性を有する可能性がある5つのウイルスを示す。一実施形態において、ベロ細胞内で高成長特性を有するPR8(UW)変異株は、PR8(UW)ウイルスの複製能力を増強するのに様々な組み合わせで使用し得る、以下の変異:PB2セグメント:C4U(プロモーター変異)、I504V(アミノ酸変化);PB1セグメント:C4U(プロモーター変異);M40L(アミノ酸変化)、G180W(アミノ酸変化);PAセグメント:C4U(プロモーター変異)、R401K(アミノ酸変化);NPセグメント:I116L(アミノ酸変化);NSセグメント:A30P(NS1のアミノ酸変化)、又はR118K(NS1のアミノ酸変化)、を有する。
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全出版物、特許及び特許出願は、参照により本明細書に組み込まれる。前記明細書中で、本発明は特定の好適な実施形態に関して記載され、多くのことが説明の目的で詳細に説明されるが、発明はさらなる実施形態に適応でき、発明の基本原理を逸脱することなく本明細書に記載の詳細の一部は相当に変更可能であることは当業者に明らかであろう。
PR8(Cambridge)遺伝子のヌクレオチド配列(配列番号10〜15)。 PR8(Cambridge)遺伝子のヌクレオチド配列(配列番号10〜15)。 PR8(Cambridge)遺伝子のヌクレオチド配列(配列番号10〜15)。 ライブラリ継代の概略と高収率候補の識別。 特定のHA力価を有するランダム変異を伴うクローン数。 選択的変異を有するクローンの力価。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 PB2(A)PB1(B)、PA(C)、NP、M又はNS1(D)において以前に同定された変異を有するUW−PR8ウイルスの成長曲線。 MDCK細胞内で高い複製特性を付与する変異の概要。 A)HA力価(2単位)及びウイルス力価(PFU/mL単位)に関してウイルス株を試験した。B)MDCK細胞における成長曲線。 A)HA力価(2単位)及びウイルス力価(PFU/mL単位)に関してウイルス株を試験した。B)MDCK細胞における成長曲線。 A)野性型(UW−PR8)とクローン#4のHA力価。B)野性型(UW−PR8)と#4のウイルスタンパク質。C)野性型及び#4のウイルスタンパク質のSDS−PAGE分析。 A)野性型(UW−PR8)とクローン#4のHA力価。B)野性型(UW−PR8)と#4のウイルスタンパク質。C)野性型及び#4のウイルスタンパク質のSDS−PAGE分析。 A)野生型ウイルス(UW−PR8)とM1に変異を有する高複製ウイルスとの力価の比較。B)野生型ウイルス(UW−PR8)及びM1に変異を有する高複製ウイルスの成長速度。 A)野生型ウイルス(UW−PR8)とM1に変異を有する高複製ウイルスとの力価の比較。B)野生型ウイルス(UW−PR8)及びM1に変異を有する高複製ウイルスの成長速度。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列。 A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)イヌのコドン利用表。B)野性型(UW−PR8)と「希少(rare)」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。C)野性型(UW−PR8)と「全」コドン最適化PB2ウイルスとの相対適応性。D)PB2コドン最適化ウイルスの成長速度。E)コドン最適化PB2、PB1、PA又はNP遺伝子セグメント又はセグメントの組み合わせを有するウイルスの成長速度。F)UW−PR8のPB2、PB1、PA及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号3、2、1、及び4)とUW−PR8のイヌコドン利用最適化PB2、PB1、PA、及びNP遺伝子セグメントの配列(それぞれ、配列番号25、26、27及び28) A)PR8及びIndo/NC/09の各遺伝子のヌクレオチド4位。B)すべての3’C4U変異株。C)PB2、PB1、及びPA遺伝子の4位に「C」をコードする組換えUW−PR8ウイルス(黒色)及び8つのセグメントすべての4位に「U」をコードする変異株(赤)の成長速度。 A)PR8及びIndo/NC/09の各遺伝子のヌクレオチド4位。B)すべての3’C4U変異株。C)PB2、PB1、及びPA遺伝子の4位に「C」をコードする組換えUW−PR8ウイルス(黒色)及び8つのセグメントすべての4位に「U」をコードする変異株(赤)の成長速度。 A)PR8及びIndo/NC/09の各遺伝子のヌクレオチド4位。B)すべての3’C4U変異株。C)PB2、PB1、及びPA遺伝子の4位に「C」をコードする組換えUW−PR8ウイルス(黒色)及び8つのセグメントすべての4位に「U」をコードする変異株(赤)の成長速度。 ワクチン向けの高力価インフルエンザウイルスを提供するのに有効な、本明細書中に開示した内部遺伝子セグメント配列と共に使用するための代表的な配列であるH7及びN9のヌクレオチド及びアミノ酸配列。 ワクチン向けの高力価インフルエンザウイルスを提供するのに有効な、本明細書中に開示した内部遺伝子セグメント配列と共に使用するための代表的な配列であるH7及びN9のヌクレオチド及びアミノ酸配列。 ワクチン向けの高力価インフルエンザウイルスを提供するのに有効な、本明細書中に開示した内部遺伝子セグメント配列と共に使用するための代表的な配列であるH7及びN9のヌクレオチド及びアミノ酸配列。 A)ウイルス力価を増強するキメラHA及びNA遺伝子の図解。B)キメラウイルスの成長速度。 A)ウイルス力価を増強するキメラHA及びNA遺伝子の図解。B)キメラウイルスの成長速度。 A)変異の組み合わせを有するウイルスの成長速度。B)変異の組み合わせを有するウイルスのPFU及びHA力価。 A)変異の組み合わせを有するウイルスの成長速度。B)変異の組み合わせを有するウイルスのPFU及びHA力価。 卵におけるスクリーニング。 ベロ細胞から単離された216個のクローンのHA力価。 異なるPR8バックボーン変異を用いて作出した組換えウイルス。 MDCK細胞及びベロ細胞内で成長促進があるウイルス作出の概略。 MDCK細胞及びベロ細胞内で成長促進があるウイルス作出の概略。

Claims (44)

  1. 第一のインフルエンザワクチンウイルス単離株由来のPA、PB1、PB2、NP、NS、及びM遺伝子セグメント、異種又はキメラインフルエンザウイルスNA遺伝子セグメント、並びに異種又はキメラHA遺伝子セグメントを有する単離組換えインフルエンザウイルスであって、ここで、該PA、PB1、PB2、NP、NS、及びM遺伝子セグメントの2以上は、選択されたアミノ酸残基をPAの30、31、105、142、149、225、356、357、401、及び/又は550位;PB1の40、54、59、62、63、75、76、78、79、80、112、180、247、327、507、624、644、667、694、695、697、699、700、701、702、705、713、及び/又は714位;PB2の57、58、59、61、66、202、323、368、391、504、591、677、678、及び/又は679位;NPの74、112、116、224、293、371、377、417、422又は442位;M1の90、97、及び/又は100位;或いはNS1の30、49、55、118、140、161、及び/又は223位
    に有する単離組換えインフルエンザウイルス。
  2. PAに142N、225C、356R、又は550Lを有し;PB1に1若しくは複数の112G、247H、507V、又は644Aを有し;PB2に1若しくは複数の202L、323L又は504Vを有し;NPに1若しくは複数の74K、112L、116L、417D、又は442Aを有し;M1に97A及び/又は100Hを有し;並びに/或いはNS1に55E及び/又は140Qを有するか、或いはその組み合わせを有する、請求項1に記載の単離ウイルス。
  3. PB2の202L及び/又は323L、PB1の247H、或いはNPの74Kの少なくとも1つを有し、任意にはPA1の142N、NS1の55K或いはM1の97A及び/又は100Hの少なくとも1つを有する、請求項1又は2に記載の単離ウイルス。
  4. PB2の202L及び/又は323L、PB1の247H或いはNPの74Kの少なくとも1つを有し、且つ、PA1の142N、NS1の55K或いはM1の97A及び/又は100Hの少なくとも1つを有する、請求項1又は2に記載の単離ウイルス。
  5. PB2に202L及び/又は323Lを有する、請求項1に記載の単離ウイルス。
  6. PB1に247Hを有する、請求項1又は5に記載の単離ウイルス。
  7. NPに74Kを有する、請求項1、5又は6に記載の単離ウイルス。
  8. PB1、PB2又はPAのいずれかの遺伝子セグメントの4位にUを有する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  9. PB1に40I、40L、112G、180W、247H、507V、又は644Aを有する、請求項1又は2に記載の単離ウイルス。
  10. PB2に202L及び/又は323Lを有する、請求項1〜2又は9のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  11. NPに74K、112L、116L、377N、417D、又は422Lを有する、請求項1〜2又は9〜10のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  12. NS1に30P、118K、161T又は140Qを有する、請求項1〜2又は9〜11のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  13. PAに142N、225C、356R、401K、又は550Lを有する、請求項1〜2又は9〜12のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  14. 前記PAの特定の位置の選択されたアミノ酸残基が、97、105、142、149、225、356、357、401、404、及び/又は421位(の単数若しくは複数)に存在する、請求項1に記載の単離ウイルス。
  15. 前記PB1の特定の位置の選択されたアミノ酸残基が、12、40、54、59、62、63、66、75、76、78、79、80、180、247、507、624、644、694、695、697、699、700、701、705、713、714、及び/又は762位(の単数若しくは複数)に存在する、請求項1又は14に記載の単離ウイルス。
  16. 前記PB2の特定の位置の選択されたアミノ酸残基が、57、58、59、61、66、202、243、323、504、677、678、及び/又は679位(の単数若しくは複数)に存在する、請求項1又は14〜15のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  17. 前記NPの特定の位置の選択されたアミノ酸残基が、74、112、116、224、293、417、及び/又は442位(の単数若しくは複数)に存在する、請求項1又は14〜16のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  18. 前記M1の特定の位置の選択されたアミノ酸残基が、90、97、及び/又は100位(の単数若しくは複数)に存在する、請求項1〜17のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  19. 前記NS1の特定の位置の選択されたアミノ酸残基が、49、30、55、161、及び/又は223位(の単数若しくは複数)に存在する、請求項1〜18のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  20. 前記PA、PB1、PB2、NP、NS、及びM遺伝子セグメントの少なくとも1つが、CからUへのプロモーター変異を有する、請求項1〜19のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  21. 前記NA遺伝子セグメント及びHA遺伝子セグメントが、同一のインフルエンザウイルス単離株に由来する、請求項1〜20のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  22. 前記PA、PB1、PB2、NP、NS、及びM遺伝子セグメントが、次の:配列番号2によってコードされるアミノ酸配列を有するPB1又は配列番号2によってコードされるPB1に対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するPB1;配列番号3によってコードされるアミノ酸配列を有するPB2又は配列番号3によってコードされるPB2に対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するPB2;配列番号1によってコードされるアミノ酸配列を有するPA又は配列番号1によってコードされるPAに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するPA;配列番号4によってコードされるアミノ酸配列を有するNP又は配列番号4によってコードされるNPに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するNP;配列番号5によってコードされるアミノ酸配列を有するM又は配列番号5によってコードされるMに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するM;又は、配列番号6によってコードされるアミノ酸配列を有するNS又は配列番号6によってコードされるNSに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するNS、の少なくとも1つの配列を含むか;或いは、前記PA、PB1、PB2、NP、NS、及びM遺伝子セグメントが、次の:配列番号10によってコードされるアミノ酸配列を有するPB1又は配列番号10によってコードされるPB1に対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するPB1;配列番号11によってコードされるアミノ酸配列を有するPB2又は配列番号11によってコードされるPB2に対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するPB2;配列番号12によってコードされるアミノ酸配列を有するPA又は配列番号12によってコードされるPAに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するPA;配列番号13によってコードされるアミノ酸配列を有するNP又は配列番号13によってコードされるNPに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するNP;配列番号14によってコードされるアミノ酸配列を有するM又は配列番号14によってコードされるMに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するM;又は、配列番号15によってコードされるアミノ酸配列を有するNS又は配列番号15によってコードされるNSに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するNS、の少なくとも1つの配列を含む、請求項1〜21のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  23. 異種HA遺伝子セグメント、異種NA遺伝子セグメント、キメラHA遺伝子セグメント、キメラNA遺伝子セグメント、又はそれらの任意の組み合わせを有する、請求項1〜22のいずれか1項に記載の単離ウイルス。
  24. 請求項1〜23のいずれか1項に記載の単離された組換えウイルスを有するワクチン。
  25. 再集合体を調製するための複数のインフルエンザウイルスベクターであって、
    a)転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスPA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスPB1 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスPB2 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスHA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスNP DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスNA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスM DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、及び転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスNS cDNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクターであって、vRNA産生のためのベクター内のPB1、PB2、PA、NP、NS、及びM DNAが、1若しくは複数のインフルエンザワクチンウイルス単離株に由来すると共に、NAのvRNA産生のためのベクター内のNA DNAが、異種NAに関する配列を有し、HAのvRNA産生のためのベクター内のHA DNAが、PAの30、31、105、142、149、225、356、357、401、及び/又は550;PB1の40、54、59、62、63、75、76、78、79、80、112、180、247、327、507、624、644、667、694、695、697、699、700、701、702、705、713、若しくは714、及び/又は247;PB2の57、58、59、61、66、202、323、368、391、504、591、677、678、679、202、及び/又は323;NPの74、112、116、224、293、371、377、417、422、及び/又は442;M1の90、97、及び/又は100;或いはNSの30、49、55、118、140、161、及び/又は223の異種HAの配列を有するベクター;及び
    b)インフルエンザウイルスPAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスPB1をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスPB2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスNPをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、及び任意には、インフルエンザウイルスHAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスNAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスM1をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスM2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、又はインフルエンザウイルスNS2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、
    を含むベクター。
  26. vRNA産生のためのベクター内のPB1、PB2、PA、NP、NS、及びM DNAが、配列番号1〜6又は10〜15によってコードされる対応するポリペプチドと少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNAに相当する配列を有する、請求項25に記載のベクター。
  27. vRNAベクターに関するプロモーターが、RNAポリメラーゼIプロモーター、RNAポリメラーゼIIプロモーター、RNAポリメラーゼIIIプロモーター、T3プロモーター又はT7プロモーターである、請求項25又は26に記載のベクター。
  28. 前記NAがN9である、請求項25〜27のいずれか1項に記載のベクター。
  29. 前記HAがH7である、請求項25〜28のいずれか1項に記載のベクター。
  30. 前記PA、PB1、PB2、NP、NS、及びM遺伝子セグメントが、プロモーターのCに対する変異を有する、請求項25〜29のいずれか1項に記載のベクター。
  31. インフルエンザウイルスの調製方法であって、
    感染性インフルエンザウイルスを得るのに有効な量の、
    転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスPA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスPB1 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスPB2 DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスHA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結したインフルエンザウイルスNP DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスNA DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスM DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクター、及び転写終結配列に連結されたインフルエンザウイルスNS DNAに作動可能に連結されたプロモーターを含むvRNA産生のためのベクターであって、
    vRNA産生のためのベクター内のPB1、PB2、PA、NP、NS、及びM DNAが、1若しくは複数のインフルエンザワクチンウイルス単離株に由来すると共に、NAのvRNA産生のためのベクター内のNA DNAが、異種NAに関する配列を有し、HAのvRNA産生のためのベクター内のHA DNAが、PAの30、31、105、142、149、225、356、357、401、及び/又は550;PB1の40、54、59、62、63、75、76、78、79、80、112、180、247、327、507、624、644、667、694、695、697、699、700、701、702、705、713、714、及び/又は247;PB2の57、58、59、61、66、202、323、368、391、504、591、677、678、679、202、及び/又は323;NPの74、112、116、224、293、371、377、417、422、及び/又は442;M1の90、97、及び/又は100;或いはNSの30、49、55、118、140、161又は223の異種HAの配列を有するベクター、及び
    インフルエンザウイルスPAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスPB1をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスPB2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスNPをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、任意にはインフルエンザウイルスHAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスNAをコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスM1をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、インフルエンザウイルスM2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、又はインフルエンザウイルスNS2をコードするDNAセグメントに作動可能に連結されたプロモーターを含むmRNA産生のためのベクター、
    と細胞を接触させることを含む、インフルエンザウイルスの調製方法。
  32. 前記細胞がニワトリの細胞である、請求項31に記載の方法。
  33. 前記細胞が哺乳類の細胞である、請求項31に記載の方法。
  34. 前記細胞が、ベロ細胞、ヒト細胞又はMDCK細胞である、請求項31に記載の方法。
  35. vRNA産生のためのベクター内のPB1、PB2、PA、NP、NS、及びM DNAが、配列番号1〜6又は10〜15によってコードされる対応するポリペプチドと少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNAに相当する配列を有する、請求項31〜34のいずれか1項に記載の方法。
  36. ウイルスを単離する方法を更に含む、請求項31〜35のいずれか1項に記載の方法。
  37. PA、PB1、又はPB2遺伝子セグメントの少なくとも1つが、CからUへのプロモーター変異を有する、請求項31〜36のいずれか1項に記載の方法。
  38. 請求項31〜37のいずれか1項に記載の方法によって得られたウイルス。
  39. 配列番号1によってコードされるポリペプチドに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、30位にトレオニン、31位にリジン、105位にシステイン又は401位にリジンを有する、インフルエンザウイルスPAのvRNA又はmRNA発現のためのベクター。
  40. 配列番号2によってコードされるポリペプチドに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、40位にロイシン、54位にアラニン又はイソロイシン、112位にグリシン、247位にヒスチジン、507位にバリン、644位にアラニン、又は713位にシステインを有する、インフルエンザウイルスPB1のvRNA又はmRNA発現のためのベクター。
  41. 配列番号3によってコードされるポリペプチドに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、202位及び/又は323位にロイシンを有する、PB2のvRNA又はmRNA発現のためのベクター。
  42. 配列番号4によってコードされるポリペプチドに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、74位にリジン、116位にロイシン、224位にイソロイシン、293位にリジン、377位にアスパラギン、又は417位にアスパラギン酸を有する、インフルエンザウイルスNPのvRNA又はmRNA発現のためのベクター。
  43. 配列番号6によってコードされるNS1ポリペプチドに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、30位にプロリン、49位にアラニン、118位にリジン、140位にグルタミン、161位にトレオニン、又は223位にグルタミン酸を有する、インフルエンザウイルスNS1のvRNA又はmRNA発現のためのベクター。
  44. 配列番号5によってコードされるM1ポリペプチドに対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、90位にセリンを有する、インフルエンザウイルスM1のvRNA又はmRNA発現のためのベクター。
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