JP2019537558A - 抗体薬物コンジュゲートの調製方法 - Google Patents

抗体薬物コンジュゲートの調製方法 Download PDF

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Abstract

ここに記載の主題は、抗体がリンカーを介して薬物に連結され、薬物が第二級窒素を有するヘテロアリール基を含み、かつリンカーが第二級窒素を介して薬物に結合している、所定の抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を調製する方法に関する。得られるコンジュゲートは様々な疾患及び状態を治療するのに有用である。【選択図】なし

Description

［関連出願の相互参照］
この出願は、２０１６年１０月５日出願の米国仮出願第６２／４０４５１４号に基づく優先権の利益を主張し、その出願の内容はその全体が出典明示によりここに援用される。
［ＥＦＳ−ＷＥＢによってテキストファイルとして提出された配列表の参照］
配列表の正式な写しは、２０１７年１０月３日に作成され、７３．３キロバイトのサイズを持つＳＥＱＬＩＳＴ＿ＳＴ２５．ＴＸＴとの名称が付されたファイルと共にＡＳＣＩＩフォーマットの配列表としてＥＰＯ Ｆｉｌｅ Ｍａｎａｇｅｒによって電子的に提出され、本明細書と同時に出願されている。このＡＳＣＩＩフォーマットの文書に含まれる配列表は本明細書の一部であり、その全体が出典明示によりここに援用される。
［発明の分野］
ここに記載の主題は、抗体がリンカーを介して薬物に連結され、薬物が第二級窒素を有するヘテロアリール基を含み、かつリンカーが第二級窒素を介して薬物に結合している、所定の抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を調製する方法に関する。
がん専門医ががんの治療に使用する主な治療様式は、外科的切除、放射線療法、そして古典的な化学療法薬である。残念なことに、外科的切除は多くの腫瘍又はがんの形態に対して実行可能な選択肢ではない。更に、放射線療法と化学療法薬は異常細胞のみを標的としていないため、オフターゲットの健康な細胞に損傷が生じることが多い。
抗原の腫瘍特異的発現又は腫瘍細胞内の特定のタンパク質の不適切な過剰発現もしくは活性化を利用することによって、腫瘍細胞をより特異的に標的とする治療法が開発されている。しかしながら、腫瘍細胞は変異する傾向があり、腫瘍細胞を特異的に標的とする薬物に対して耐性になりうる。
抗体療法は、オフターゲットの毒性がより少ない、より標的を絞った治療を提供しうる。細胞傷害剤又は細胞分裂阻害剤の局所送達のための抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の使用は、腫瘍への薬物部分の送達と、その中での細胞内蓄積をもたらしうる。ＡＤＣをデザインする努力は、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の選択性並びに薬物作用機序、薬物連結、及び薬物／抗体比（負荷）に焦点を当ててきた。
上記の努力内で、薬物リンカーのデザインは、それがＡＤＣの有効性と安全性の双方に影響を及ぼすため、重要である。リンカーは、全身循環中において十分な安定性をもたらすが、活性形態での薬物の迅速かつ効率的な細胞内放出を可能にする必要がある。
しかしながら、現在のところ、リンカーと薬物との間の結合を形成するのに使用されうる化学官能基は限られている。これは、ＡＤＣに使用されうるリンカーと薬物の双方を制限する。従って、ＡＤＣの製造において様々な化学官能基を持つ薬物を使用することを可能にする方法が必要とされている。
実施態様では、ここに記載の主題は、式ＩのＡＤＣを製造する方法に関する。
実施態様では、ここに記載の主題は、式ＩのＡＤＣに関する。
実施態様では、ここに記載の主題は、式ＩＩＩの化合物を製造する方法に関する。
実施態様では、ここに記載の主題は、式ＩＩＩの化合物に関する。
他の実施態様もまた記載される。
ＣＮＪ−１（ＨＥＲ２、青のトレース）又はＣＮＪ−２（Ｂ７Ｈ４、赤のトレース）の何れかで処置したＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２細胞におけるＥＲαレベルの減少を示すグラフである。 ＣＮＪ−３（ＨＥＲ２、青のトレース）又はＣＮＪ−４（Ｂ７Ｈ４、赤のトレース）の何れかで処置したＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２細胞におけるＥＲαレベルの減少を示すグラフである。 緩衝液中及び様々な種由来の全血中において２４時間にわたって測定されたＣＮＪ−１の安定性を示す一連のグラフである。ＤＡＲ＝示された薬物抗体比を有する抗体−薬物コンジュゲート。 緩衝液中及び様々な種由来の全血中において２４時間にわたって測定されたＣＮＪ−３の安定性を示す一連のグラフである。ＤＡＲ＝示された薬物抗体比を有する抗体−薬物コンジュゲート。 ＣＮＪ−３（ＨＥＲ２）又はＣＮＪ−４（Ｂ７Ｈ４）の何れかを用いた単回ＩＶ処置後のマウスにおけるＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２腫瘍中のＥＲαレベルの減少を示すグラフである。時点＝４日目。エラーバー＝平均値の標準誤差。 ＣＮＪ−３（ＨＥＲ２）又はＣＮＪ−４（Ｂ７Ｈ４）の何れかを用いた単回ＩＶ処置後のマウスにおけるＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２腫瘍中のＥＲαレベルの減少を示すグラフである；別の統計的分析。時点＝４日目。エラーバー＝平均値の標準誤差。
ここに記載されるのは、生物学的に活性な分子の構造中に含まれる第二級窒素に共有結合しているリンカーを介して抗体を生物学的に活性な分子にコンジュゲートするための方法である。以下に記載されるように、本方法は、抗体とのコンジュゲーションに適している式ＩＩ及びＩＩＩの化合物を提供する。式ＩＩ及びＩＩＩの化合物は、生物学的に活性な分子上の第二級窒素とリンカー部分上のオキシカルボニルとによって形成されるカルバメートを含む。ついで、式ＩＩ及びＩＩＩの化合物を、多種多様な抗体、改変抗体、抗体断片等々とコンジュゲートさせて、式ＩのＡＤＣを調製することができる。
本開示の主題を以下に更に十分に説明する。しかし、ここに記載された本開示の主題の多くの変形態様及び他の実施態様が、前述の説明に提示された教示の利益を享受する本開示の主題が関係する分野の当業者には思い浮かぶであろう。従って、本開示の主題は開示された特定の実施態様に限定されるべきではなく、変形態様及び他の実施態様が添付の特許請求の範囲内に含まれることが意図されることを理解されたい。言い換えれば、ここに記載の主題は、あらゆる代替態様、変形態様、及び均等物に及ぶ。定義された用語、用語の使用法、記載された技術などを含むがそれらに限定されない、援用された文献、特許、及び類似の資料の一又は複数がこの出願と異なるか又は矛盾する場合、この出願が優先する。他に定義されない限り、ここで使用される全ての技術的及び科学的用語は、この分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。ここで言及された全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、その全体が出典明示により援用される。
Ｉ．定義
ここで使用される場合、「アルキル」という用語は、１〜１２の炭素原子を含む直鎖又は分岐の炭化水素基を指す。アルキル基の例には、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｔｅｒｔ−ブチル、及びｎ−ペンチルが含まれる。アルキル基は、場合によっては一又は複数の置換基で置換されていてもよい。
「置換基」という用語は、分子上の水素原子を置き換える原子又は原子団を指す。「置換（された）」という用語は、特定の分子が一又は複数の置換基を有することを示す。置換基の例には、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロが含まれる。
「アルコキシ」という用語は、−Ｏ−アルキル基を指す。アルコキシ基は、場合によっては一又は複数の置換基で置換されていてもよい。
「ハロアルコキシ」という用語は、一又は複数のハロ置換基によって置換されている−Ｏ−アルキル基を指す。ハロアルコキシ基の例には、トリフルオロメトキシ及び２，２，２−トリフルオロエトキシが含まれる。
「アリールアルコキシ」という用語は、アリール置換基で置換されている−Ｏ−アルキル基を指す。アリールアルコキシ基の例は、Ｏ−ベンジルである。
「アルキルアミノ」という用語は、１又は２のアルキル基で更に置換されているアミノ置換基を指す。
「アルキルチオ」という用語は、−Ｓ−アルキル基を指す。アルキルチオ基は、場合によっては一又は複数の置換基で置換されていてもよい。
「アシルアミノ」という用語は、−ＣＯ−Ｒ基で更に置換されているアミノ置換基を指す。アシルアミノ基の例には、アセトアミド及び２−フェニルアセトアミドが含まれる。
「式の化合物（a compound of the formula）」又は「式の化合物（a compound of formula）」又は「式の化合物（compounds of the formula）」又は「式の化合物（compounds of formula）」という用語は、式ＩＩ、ＩＩＩ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、及びＸＩによって定義される化合物の属から選択される任意の化合物を指す。
「ベンジル」という用語は、問題の基への結合点がＣＨ２位にある式Ｃ６Ｈ５ＣＨ２の炭化水素を指す。ベンジルは芳香環上で置換されていてもよい。一実施態様では、アリール基の０、１、２、３、４、又は５個の原子が置換基によって置換されていてもよい。
ここで使用される場合、「ハロゲン」、「ｈａｌ」又は「ハロ」という用語は、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ又は−Ｉを意味する。
「シクロアルキル」という用語は、少なくとも一つの飽和環を有するか又は少なくとも一つの非芳香族環を有する炭化水素３〜８員の単環式又は７〜１４員の二環式環系を指し、非芳香族環は幾らかの不飽和度を有していてもよい。シクロアルキル基は、場合によっては一又は複数の置換基で置換されていてもよい。一実施態様では、シクロアルキル基の各環の０、１、２、３、又は４個の原子が置換基によって置換されていてもよい。シクロアルキル基の代表例には、シクロプロピル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロブチル、シクロヘプチル、シクロペンテニル、シクロペンタジエニル、シクロヘキセニル、シクロヘキサジエニル等々が含まれる。
「アリール」という用語は、炭化水素単環式、二環式又は三環式芳香環系を指す。アリール基は、場合によっては一又は複数の置換基で置換されていてもよい。一実施態様では、アリール基の各環の０、１、２、３、４、５又は６個の原子が置換基によって置換されていてもよい。アリール基の例には、フェニル、ナフチル、アントラセニル、フルオレニル、インデニル、アズレニル等々が含まれる。
「ヘテロアリール」という用語は、単環式ならば１〜４個の環ヘテロ原子を、二環式ならば１〜６個のヘテロ原子を、又は三環式ならば１〜９個のヘテロ原子を有する芳香族５〜８員単環式、８〜１２員二環式、又は１１〜１４員三環式環系を指し、前記ヘテロ原子はＯ、Ｎ、又はＳから選択され、残りの環原子は炭素である（他に示されない限り適切な水素原子を有する）。ヘテロアリール基は、１、２、又はそれ以上の異なる互変異性型を有していてもよい。ヘテロアリール基は、場合によっては一又は複数の置換基で置換されていてもよい。一実施態様では、ヘテロアリール基の各環の０、１、２、３、又は４個の原子が置換基によって置換されていてもよい。そのようなヘテロアリール基の非限定的な例としては、イミダゾリル、キノリル、イソキノリル、インドリル、インダゾリル、ピリダジル、ピリジル、ピロリル、ピラゾリル、ピラジニル、キノキソリル、ピラニル、ピリミジニル、フリル、チエニル、トリアゾリル、チアゾリル、カルボリニル（carbolinyl）、テトラゾリル、ベンゾフラニル、チアモルホリニルスルホン、オキサゾリル、ベンゾオキサゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、オキソピペリジニル、オキソピロリジニル、オキソアゼピニル、アゼピニル、イソオキサゾリル、イソチアゾリル、フラザニル、チアジアジル、オキサチオリル、アクリジニル、フェナントリジニル、及びベンゾシンノリニル等々が含まれる。
「互変異性体」又は「互変異性型」という用語は、低エネルギー障壁を介して相互変換可能である異なるエネルギーの構造異性体を指す。例えば、プロトン互変異性体（プロトトロピー互変異性体としても知られる）は、ケト−エノール及びイミン−エナミン異性化のようなプロトンの移動を介する相互変換を含む。原子価互変異性体は、幾つかの結合電子の再編成による相互変換を含む。
「ヘテロシクロアルキル」という用語は、窒素、酸素、及び硫黄から選択される少なくとも１個のヘテロ原子を含む環又は環系を指し、ここで前記ヘテロ原子は非芳香環中にある。ヘテロシクロアルキル環は、場合によっては、他のヘテロシクロアルキル環及び／又は非芳香族炭化水素環及び／又はフェニル環と縮合しているか、又は別の結合をしている。ヘテロシクロアルキル基の例には、例えば、ピペラジニル、モルホリニル、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリニル、ピペリジニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、ピリジノイル、及びピラゾリジニルが含まれる。ヘテロシクロアルキル基は置換されていてもよい。
ここで使用される場合、請求項において別の定義がなされない限り、「場合によっては」という用語は、次に記載される事象が生じても生じなくてもよいことを意味し、起こる事象と起こらない事象の双方を含む。
ここで使用される場合、別の定義がなされない限り、「置換されていてもよい（場合によっては置換された）」、「置換（された）」という語句又はそれらの変形語は、一又は複数の置換基、例えば一つ、二つ又は三つの置換基を含む多置換度を含む任意選択の置換を示す。この語句は、ここに記載され示された置換の重複として解釈されるべきではない。
「キラル」という用語は、鏡像パートナーの重ね合わせることができないという性質を有する分子を指す一方、「アキラル」という用語は、それらの鏡像パートナーに重ね合わせることができる分子を指す。ここで使用される場合、キラル原子は、前記キラル原子における絶対配置を示すために「Ｒ」及び「Ｓ」命名法を使用する。
「ジアステレオマー」という用語は、２つ以上の非対称中心を有し、その分子が互いにマイナーな像ではない立体異性体を指す。
「エナンチオマー」という用語は、互いに重ね合わせることができない鏡像である化合物の２つの立体異性体を指す。２つのエナンチオマーの等モル混合物は、「ラセミ混合物」又は「ラセミ体」と呼ばれる。
「異性体」又は「立体異性体」という用語は、同一の化学構造を有するが、空間における原子又は基の配置に関しては異なる化合物を指す。
ここで使用される場合、「脱離基」とは、共役反応において求核剤によって置換される基である。脱離基は、アニオン又は中性分子でありうる。アニオン性脱離基は、例えば、ハロゲン化物及びスルホン酸エステルでありうる。脱離基を置換する基は、例えば求核剤でありうる。「求核剤」又は「求核基」は、非共有対電子を有する化学種（例えば、任意のルイス塩基）であり、中性でありうるか又は負電荷を有しうる。求核剤は、化学反応中に電子対を供与して化学結合を形成する。求核基の非限定的な例には、酸素含有基（例えば、ヒドロキシル、アルコキシ、又はアシルオキシ）、硫黄含有基（例えば、メルカプト、アルキルチオ、又はスルホネート）、窒素含有基（例えば、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、ニトロ、アジド、又はイソシアナト）、及びハロゲンが含まれる。
「保護基」という用語は、官能基（例えば、第一級又は第二級アミン、カルボン酸、又はチオール）の保護のために化合物又は抗体−薬物コンジュゲートの調製中に使用される化学部分を指す。保護基とそれらの使用の一般的な説明については、T. W. Greene, Protective Groups in Organic Synthesis, John Wiley & Sons, New York, 1991を参照のこと。
適切なアミノ保護基には、アセチル、トリフルオロアセチル、ｔ−ブトキシカルボニル（Ｂｏｃ）、ベンジルオキシカルボニル（ＣＢｚ又はＣＢＺ）及び９−フルオレニルメチレンオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）が含まれる。適切なチオール保護基は、例えば、非置換又は置換ベンジル基、例えばベンジル基、ｐ−メトキシベンジル基、４−メチルベンジル基、３，４−ジメチルベンジル基、ｐ−ヒドロキシベンジル基、ｐ−アセトキシベンジル基、及びｐ−ニトロベンジル基、ジフェニルメチル基、トリチル基、ｔ−ブチル基、アセチル基、ベンゾイル基等々であり、酸に不安定な保護基がより好ましい。酸に不安定なチオール保護基は、例えば、トリチル、フルオレニル、ジメトキシベンジル、メトキシベンジル、２，４，６−トリメチルベンジル、キサンテニル、フェロセニル、メトキシメチル、イソブトキシメチル、及びジフェニルメチルでありうる。適切なカルボン酸保護基は、例えば、分枝及び非分枝のアルキル基及びシリル基でありうる。
一般に、保護基の種は、それが化合物の他の位置でのその後の反応の条件に対して安定であり、分子の残りに悪影響を及ぼすことなく適切な時点で除去されうる限り、重要ではない。
ここで使用される場合、「接触させる」とは、反応が起こりうるように近接した試薬を指す。
ここで使用されるとき、「周囲温度」又は「室温」は、約２０〜２５℃の範囲の温度を指す。
「薬学的に許容可能な」という語句は、物質又は組成物が、製剤を構成する他の成分及び／又はそれを用いて治療される対象と、化学的及び／又は毒物学的に適合性でなければならないことを示す。
ここで使用される「薬学的に許容可能な塩」という語句は、ここに記載される主題の化合物の薬学的に許容可能な有機又は無機塩を指す。例示的な塩には、限定されないが、硫酸塩、クエン酸塩、酢酸塩、シュウ酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硝酸塩、重硫酸塩、リン酸塩、過リン酸塩、イソニコチン酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、過クエン酸塩、酒石酸塩、オレイン酸塩、タンニン酸塩、パントテン酸塩、酒石酸水素塩、アスコルビン酸塩、コハク酸塩、マレイン酸塩、ゲンチシン酸塩、フマル酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸塩、サッカリン酸塩、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、メタンスルホン酸塩「メシル酸塩」、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、パモ酸（すなわち１，１’−メチレン−ビス−（２−ヒドロキシ−３−ナフトエ酸）塩、アルカリ金属（例えばナトリウム及びカリウム）塩、アルカリ土類金属（例えばマグネシウム）塩、及びアンモニウム塩が含まれる。薬学的に許容可能な塩は、酢酸イオン、コハク酸イオン又は他の対イオンなどの他の分子の含有物を含みうる。対イオンは、親化合物上の電荷を安定させる任意の有機又は無機部分でありうる。更に、薬学的に許容可能な塩は、その構造中に複数の荷電原子を有していてもよい。複数の荷電原子が薬学的に許容可能な塩の一部である場合、塩は複数の対イオンを有しうる。従って、薬学的に許容可能な塩は、一又は複数の荷電原子及び／又は一又は複数の対イオンを有しうる。
薬学的に許容可能ではない他の塩が、ここに記載の化合物の調製において有用である場合があり、これらは本主題の更なる態様を形成すると考えられるべきである。シュウ酸又はトリフルオロ酢酸塩などのこれらの塩は、それ自体は薬学的に許容可能ではないが、ここに記載の化合物とそれらの薬学的に許容可能な塩を得る際の中間体として有用な塩の調製に有用な場合がある。
ＡＤＣの構成要素はまた「残基」、「部分」又は「基」に関して記載することもでき、これはその構成要素が別の構成要素に共有結合していることを指す。
「共有結合（covalently bound）」又は「共有結合（covalently linked）」という用語は、一又は複数対の電子を共有することによって形成される化学結合を指す。
ここでの「抗体」という用語は最も広義に使用され、特にモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、二量体、多量体、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及びそれらが所望の生物活性を示す限り抗体断片を包含する（Miller 等(2003) Jour. of Immunology 170:4854-4861）。抗体はマウス、ヒト、ヒト化、キメラ、又は他の種由来でありうる。抗体は特定の抗原を認識しそれに結合することができる免疫系によって産生されるタンパク質である。（Janeway,C., Travers, P., Walport, M., Shlomchik (2001) Immuno Biology, 5版, Garland Publishing, New York）。標的抗原は、一般に、複数の抗体上のＣＤＲによって認識されるエピトープとも呼ばれる多くの結合部位を有している。異なったエピトープに特異的に結合する各抗体は異なった構造を有している。よって、一つの抗原は一を越える対応の抗体を有しうる。抗体は、完全長免疫グロブリン分子又は完全長免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、つまり、対象の標的の抗原又はその一部に免疫特異的に結合する抗原結合部位を含む分子を含み、かかる標的は、限定しないが、がん細胞又は自己免疫疾患に関連する自己免疫抗体を産生する細胞を含む。ここに開示される免疫グロブリンは、免疫グロブリン分子の任意のタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＡ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）又はサブラスでありうる。免疫グロブリンは、任意の種に由来しうる。しかしながら、一態様では、免疫グロブリンはヒト、マウス、又はウサギ由来である。
ここで使用される場合、「還元抗体」とは、少なくとも一つのシステインが遊離チオール基を有する抗体を指す。
ここで使用される場合、「酸性条件」という用語は、７．０未満のｐＨを有する環境、具体的には脱離基又は保護基の開裂に適している条件、例えば１．０未満、２．０未満、３．０未満、４．０未満、５．０未満、又は６．０未満のｐＨを指す。
ここで使用される場合、「還元剤」は、他の物質を還元させ、その過程で酸化される試薬である。抗体の存在下では、還元剤は、遊離システインを安定化し、ジスルフィド結合を還元するために使用されうる。還元剤の非限定的な例は、２−メルカプトエタノール、２−メルカプトエチルアミン、ジチオトレイトール、及びトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィンである。
ここで使用される場合、「酸化剤」は、他の物質を酸化させ、その過程で還元される物質である。酸化剤の非限定的な例はＤＨＡＡである。
ここで使用される場合、「緩衝液」は、酸又は塩基がそれに添加されたときにｐＨの変化に抵抗する溶液である。緩衝液は典型的には弱酸又は塩基をその塩の一つと共に含む。緩衝液の非限定的な例は、トリス、ＨＥＰＥＳ、ＰＢＳ（リン酸緩衝食塩水）、酢酸トリエチルアンモニウム緩衝液、及び重炭酸トリエチルアンモニウム緩衝液である。
ここで使用される「抗体断片」という用語は、全長抗体の一部、一般にはその抗原結合又は可変領域を含む。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；線状抗体；ミニボディ（Olafsen等(2004) Protein Eng. Design & Sel. 17(4):315-323）、Ｆａｂ発現ライブラリーによって産生される断片、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、ＣＤＲ（相補性決定領域）、及びがん細胞抗原、ウイルス抗原又は微生物抗原に免疫特異的に結合する上記の何れかのエピトープ結合断片、一本鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。
ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味する。すなわち、少量で存在しうる可能な天然に生じる変異を除いて、集団を構成する個々の抗体が同一である。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、単一の抗原部位に対するものである。更に、異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは異なり、各モノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基に対するものである。その特異性に加えて、モノクローナル抗体は、それらが他の抗体によって汚染されないで合成されうる点で有利である。「モノクローナル」との修飾語句は、実質的に均一な抗体の集団から得たものとしての抗体の性質を示すものであり、抗体が何か特定の方法により産生されることが必要であると解釈されるものではない。例えば、ここに記載の主題に従って使用されるモノクローナル抗体は、最初にKohler等(1975) Nature, 256:495に記載されたハイブリドーマ法によって作製することができ、あるいは組換えＤＮＡ法によって作製することができる（例えば、米国特許第４８１６５６７号；同第５８０７７１５号を参照）。またモノクローナル抗体は、例えば、Clackson等(1991) Nature, 352:624-628；Marks等(1991) J. Mol. Biol., 222:581-597に記載された技術を使用してファージ抗体ライブラリーから単離することもできる。
ここでのモノクローナル抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種由来又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列に一致するか又は相同であり、鎖の残りが、別の種由来又は別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列に一致するか又は相同である「キメラ」抗体、並びにそれらが所望の生物学的活性を示す限り、そのような抗体の断片を特に含む（米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等(1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855）。ここでの対象のキメラ抗体は、非ヒト霊長類（例えば旧世界ザル、類人猿等）由来の可変ドメイン抗原結合配列とヒト定常領域配列を含む「プリマタイズ」抗体を含む。
「キメラ」抗体という用語は、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の供給源又は種に由来し、重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なる供給源又は種に由来する抗体を指す。
抗体の「クラス」とは、その重鎖が有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらの幾つかはサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２に更に分割されうる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
ここで使用される「インタクトな抗体」という用語は、ＶＬ及びＶＨドメイン、並びに軽鎖定常ドメイン（ＣＬ）及び重鎖定常ドメインＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含むものである。定常ドメインは天然配列定常ドメイン（例えば、ヒト天然配列定常ドメイン）又はそのアミノ酸配列バリアントでありうる。インタクトな抗体は、抗体のＦｃ定常領域（天然配列Ｆｃ領域又はアミノ酸配列バリアントＦｃ領域）に起因する生物学的活性を指す一又は複数の「エフェクター機能」を有しうる。抗体エフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合；補体依存性細胞傷害性；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス；並びにＢ細胞受容体及びＢＣＲのような細胞表面受容体のダウンレギュレーションが含まれる。
ここで使用される「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を意味する。本用語は、天然配列Ｆｃ領域とバリアントＦｃ領域を含む。一実施態様では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端へと伸長する。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在しても存在していなくともよい。ここで別段の特定がない限り、Ｆｃ領域又は定常領域におけるアミノ酸残基の番号付けは、Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されているような、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
ここで使用される「フレームワーク」又は「ＦＲ」という用語は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般に４つのＦＲドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。従って、ＨＶＲ及びＦＲ配列は、一般にＶＨ（又はＶＬ）において以下の配列で現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
「全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、ここでは同じ意味で使用され、天然抗体構造と実質的に類似した構造を有するか又はここで定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞により産生される抗体、又はヒト抗体レパートリーもしくはその他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲのアミノ酸残基とヒトＦＲのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。所定の実施態様では、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てがヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は場合によってはヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。抗体、例えば、非ヒト抗体の「ヒト化型」は、ヒト化を受けた抗体を指す。
「単離抗体」は、その自然環境の構成成分から分離されているものである。幾つかの実施態様では、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換もしくは逆相ＨＰＬＣ）により定量されて、９５％又は９９％超の純度まで精製される。抗体純度の評価方法の概説については、例えば、Flatman等, J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)を参照のこと。
「単離核酸」は、その自然環境の構成成分から分離されている核酸分子を指す。単離核酸は、核酸分子を通常含んでいる細胞内に含まれる核酸分子を含むが、その核酸分子は、染色体外に、又はその自然の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する。
「抗体をコードする単離核酸」は、抗体重鎖及び軽鎖（又はそれらの断片）をコードする一又は複数の核酸分子を指し、単一ベクター又は別々のベクター内のそのような核酸分子（複数可）と、宿主細胞内の一又は複数の位置に存在するそのような核酸分子を含む。
「ネイキッド抗体」は、異種部分（例えば、細胞傷害性部分）又は放射標識とコンジュゲートされていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在していてもよい。
「天然抗体」は、様々な構造を有する天然に生じる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合した２本の同一の軽鎖と２本の同一の重鎖で構成される約１５００００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端へと、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、それに３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３）が続く。同様に、Ｎ末端からＣ末端へと、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）を有し、それに定常軽鎖（ＣＬ）ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）とラムダ（λ）と呼ばれる２種のうち一方に割り当てられうる。
参照ポリペプチド配列に対する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させて、最大のパーセント配列同一性を得るために必要であればギャップを導入した後、如何なる保存的置換も配列同一性の一部として考慮せずに、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である、候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するためのアラインメントは、当該分野の技術の範囲内である様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成されうる。当業者であれば、比較されている配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するのに必要とされる任意のアルゴリズムを含む、配列を整列させるための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、ここでの目的では、％アミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ社によって著作され、ソースコードが、米国著作権局（Washington D.C., 20559）にユーザー向け書類と共に申請され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ社（South San Francisco, California）から公的に入手可能であり、又はソースコードからコンパイルされてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄを含む、ＵＮＩＸオペレーティングシステム上での使用のためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変動しない。
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ａの、所与のアミノ酸配列Ｂへの、所与のアミノ酸配列Ｂとの、又は所与のアミノ酸配列Ｂに対する％アミノ酸配列同一性（これは、所与のアミノ酸配列Ｂに、所与のアミノ酸配列Ｂと、又は所与のアミノ酸配列Ｂに対して、所定の％アミノ酸配列同一性を有するか又は含む所与のアミノ酸配列Ａと言い換えることもできる）は、次の通りに算出される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
（式中、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２によって、ＡとＢのそのプログラムのアラインメントにおいて同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの総アミノ酸残基数である）。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さとは等しくない場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは等しくないことが理解される。別段の記載が特にない限り、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して、直前の段落に記載されるようにして得られる。
その重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、インタクトな抗体には異なった「クラス」が割り当てられうる。インタクトな免疫グロブリン抗体の５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらの幾つかは更に「サブクラス」(アイソタイプ)、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、及びＩｇＡ２に更に分割されうる。抗体の異なったクラスに対応する重鎖定常ドメインはそれぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なったクラスのサブユニット構造及び三次元立体構造はよく知られている。Ｉｇ形態は、ヒンジ修飾されたもの又はヒンジレス形態を含む（Roux等(1998) J. Immunol. 161:4083-4090；Lund等(2000) Eur. J. Biochem. 267:7246-7256；米国特許出願公開第２００５／００４８５７２号；米国特許出願公開第２００４／０２２９３１０号）。
ここで使用される「ヒトコンセンサスフレームワーク」という用語は、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選別において最も共通して生じるアミノ酸残基を表すフレームワークを指す。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列の選別は、可変ドメイン配列のサブグループからである。一般に、配列のサブグループはKabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3によるサブグループである。一実施態様では、ＶＬについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔによるサブグループカッパＩである。一実施態様では、ＶＨについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔによるサブグループＩＩＩである。
ここでの目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に定義されるように、ヒト免役グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークに由来する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワーク又は重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免役グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「に由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含みうるか、又はアミノ酸配列変化を含みうる。幾つかの実施態様では、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下である。幾つかの実施態様では、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、配列において、ＶＬヒト免役グロブリンフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列と同一である。
ここで使用される「可変領域」又は「可変ドメイン」という用語は、抗体の抗原に対する結合に関与する抗体重鎖又は抗体軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれＶＨ及びＶＬ）は一般に類似構造を有し、各ドメインは、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つの超可変領域（ＨＶＲ）を含む。（例えば、Kindt等 Kuby Immunology, 6版, W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)を参照のこと）。単一のＶＨ又はＶＬドメインが、抗原結合特異性を与えるのに十分でありうる。更に、特定の抗原に結合する抗体を、その抗原に結合する抗体に由来するＶＨドメイン又はＶＬドメインを使用して単離して、それぞれ相補的ＶＬ又はＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングしうる。例えば、Portolano等, J. Immunol. 150:880-887 (1993)；Clarkson等, Nature 352:624-628 (1991)を参照のこと。
ここで使用される「超可変領域」又は「ＨＶＲ」という用語は、配列が超可変性であり、構造的に定まったループ（「超可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般に、天然の４本鎖抗体は、６つのＨＶＲ（ＶＨにおいて３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）及びＶＬにおいて３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３））を含む。ＨＶＲは一般に、超可変ループ及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）からのアミノ酸残基を含み、後者は最も高い配列可変性であり、及び／又は抗原認識に関与する。例示的な超可変ループは、アミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる。（Chothia及びLesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。例示的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２に生じる。（Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)）。ＶＨ中のＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは一般に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲはまた、抗原と接触する残基である「特異性決定残基」又は「ＳＤＲ」を含む。ＳＤＲは、短縮型（abbreviated）ＣＤＲ、又はａ−ＣＤＲと呼ばれるＣＤＲの領域内に含まれる。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基３１−３４、Ｌ２のアミノ酸残基５０−５５、Ｌ３のアミノ酸残基８９−９６、Ｈ１のアミノ酸残基３１−３５Ｂ、Ｈ２のアミノ酸残基５０−５８、及びＨ３のアミノ酸残基９５−１０２に生じる。（Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）。別に示されない限り、ＨＶＲ残基及び可変ドメイン中の他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上掲のＫａｂａｔ等に従ってここで番号付けされる。
「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域に起因する生物活性を指し、抗体のアイソタイプにより変化する。抗体エフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）のダウンレギュレーション；並びにＢ細胞活性化が含まれる。
「エピトープ」という用語は、抗体が結合する抗原分子上の特定の部位を指す。
「エピトープ４Ｄ５」又は「４Ｄ５エピトープ」又は「４Ｄ５」は、抗体４Ｄ５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １０４６３）及びトラスツズマブが結合するＨＥＲ２の細胞外ドメイン内の領域である。このエピトープは、ＨＥＲ２の膜貫通ドメインの近くにあり、ＨＥＲ２のドメインＩＶ内にある。４Ｄ５エピトープに結合する抗体をスクリーニングするために、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow及びDavid Lane (1988)に記載されるもののような常套的クロスブロッキングアッセイを実施することができる。あるいは、エピトープマッピングを実施し、抗体がＨＥＲ２の４Ｄ５エピトープ（例えば、ＨＥＲ２のおよそ残基５５０からおよそ残基６１０までの領域内の任意の一又は複数の残基（配列番号：３９））に結合するかどうかを評価することができる。
「エピトープ２Ｃ４」又は「２Ｃ４エピトープ」は、抗体２Ｃ４が結合するＨＥＲ２の細胞外ドメイン内の領域である。２Ｃ４エピトープに結合する抗体をスクリーニングするために、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow及びDavid Lane (1988)に記載されるもののような常套的クロスブロッキングアッセイを実施することができる。あるいは、エピトープマッピングを実施し、抗体がＨＥＲ２の２Ｃ４エピトープに結合するかどうかを評価することができる。エピトープ２Ｃ４は、ＨＥＲ２の細胞外ドメイン内のドメインＩＩに由来する残基を含む。２Ｃ４抗体及びペルツズマブは、ドメインＩ、ＩＩ、及びＩＩＩの接合部でＨＥＲ２の細胞外ドメインに結合する（Franklin等 Cancer Cell 5:317-328 (2004)）。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有結合相互作用の総和の強度を指す。ここで使用される場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋｄ）によって表すことができる。親和性は、ここに記載されたものを含む当該技術分野で知られた一般的な方法により測定することができる。結合親和性を測定するための特定の例証的かつ例示的な実施態様は次に記載される。所定の実施態様では、ここに記載の抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦５ｎｍ、≦４ｎＭ、≦３ｎＭ、≦２ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
「親和性成熟」抗体は、そのような改変を持たない親抗体と比較して、一又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）に一又は複数の改変を有する抗体を指し、そのような改変によって抗原に対する抗体の親和性が改善される。
ここで使用される「遊離システインアミノ酸」という用語は、親抗体中に操作され、チオール官能基（−ＳＨ）を有し、分子内又は分子間ジスルフィド架橋として対合していないシステインアミノ酸残基を指す。
ここで使用される「アミノ酸」という用語は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、メチオニン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、トリプトファン、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン又はシトルリンを意味する。
ここで使用される「リンカー」、「リンカーユニット」、又は「リンク」という用語は、薬物を抗体に共有結合させる原子鎖を含む化学部分を意味する。様々な実施態様では、リンカーは、Ｌ１として特定される二価基である。
ここで使用される場合、「複数」という用語は二以上のコンジュゲートを指す。各コンジュゲートは複数の中の任意の他のコンジュゲートと同じか又は異なりうる。
ここでの他の用語、定義及び略語には、以下のものが含まれる：野生型（「ＷＴ」）；システイン操作変異抗体（「チオ」）；軽鎖（「ＬＣ」）；重鎖（「ＨＣ」）；６−マレイミドカプロイル（「ＭＣ」）；マレイミドプロパノイル（「ＭＰ」）；バリン−シトルリン（「ｖａｌ−ｃｉｔ」又は「ｖｃ」）、アラニン−フェニルアラニン（「ａｌａ−ｐｈｅ」）、ｐ−アミノベンジル（「ＰＡＢ」）、及びｐ−アミノベンジルオキシカルボニル（「ＰＡＢＣ」）；Ａ１１８Ｃ（ＥＵ番号付け）＝Ａ１２１Ｃ（シーケンシャル番号付け）＝重鎖のＡ１１４Ｃ（カバット番号付け）軽鎖のＫ１４９Ｃ（カバット番号付け）。また更なる定義及び略語がここの他の個所に提供される。
更なる定義が以下にまた提供される。
ＩＩ．抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）及び調製方法
ここに記載の抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）分子は、リンカー（Ｌ１）を介して薬物にコンジュゲートした抗体を含む。ＡＤＣの一般式Ｉは、
であり、式中、Ｄは生物学的に活性な分子、例えば薬物であり；Ｌ１はＡｂと、Ｄとに共有結合したリンカーであり；かつｐは、約１から約１０、又は約１から約９、又は約１から約８、又は約１から約７、又は約１から約６、又は約１から約５、又は約１から約４、又は約１から約３の値を有する。一実施態様では、ｐは約２である。
ここに記載の方法は、式ＩのＡＤＣ、並びに式Ｉにおけるように、一を超える、つまり１から１０の整数のリンカー−生物活性分子が単一抗体にコンジュゲートしているＡＤＣを調製するのに有用である。
実施態様において、式Ｉ：
［上式中、
Ａｂは抗体であり；
Ｌ１は連結部分であり；
Ｄは第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、Ｌ１は第二級窒素に共有結合しており；かつ
ｐは約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくは約２である］
の抗体−薬物コンジュゲート又はその薬学的に許容可能な塩を調製するための方法であって；
ｉ 式ＩＩ
［上式中、
Ｌ１とＤは上記の通りであり、
Ｔは構造Ｒ５−Ｓを有する脱離基であり、
Ｒ５は置換されていてもよいピリジンである］
の化合物を抗体と接触させて、式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートを調製することを含む、方法。
任意の上記実施態様に記載のように、
Ｌ１が、構造
［上式中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよい］
を有する、方法。
Ｔ−Ｌ１−Ｄが次の式：
［上式中、Ｒ５は、置換されていてもよいピリジン及びニトロピリジンからなる群から選択される］
を有する、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｒ５が５−ニトロピリジンである、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４が、Ｈ及び置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルからなる群から独立して選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４の一つが置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルで、他のものがＨである、任意の上記実施態様に記載の方法。
置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルがメチルである、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｒ１がメチルであり、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４がそれぞれＨである、任意の上記実施態様に記載の方法。
式Ｉの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐが約２である］
を有する、任意の上記実施態様に記載の方法。
式Ｉの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐが約２である］
を有する、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記Ａｂがシステイン操作抗体又はそのバリアントである、任意の上記実施態様に記載の方法。
抗体がＨＥＲ２又はＢ７−Ｈ４に結合する、任意の上記実施態様に記載の方法。
抗体がＨＥＲ２に結合する、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記接触が、
ｉ． 前記Ａｂを適切な還元剤と接触させて還元Ａｂを調製する工程、
ｉｉ． 前記還元Ａｂを酸化してＡｂ’を調製する工程、及び
ｉｉｉ． 適切な緩衝液の存在下で前記Ａｂ’をＴ−Ｌ１−Ｄと接触させる工程
を含む、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記緩衝液が約８．５のｐＨを有する、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記接触が、
ｉ． 前記Ａｂを周囲温度においてモル過剰のＤＴＴと接触させて還元Ａｂを調製する工程、
ｉｉ． 前記還元されたＡｂを精製する工程、
ｉｉｉ． 前記精製された還元Ａｂを周囲温度でＤＨＡＡで酸化してＡｂ’を調製する工程、
ｉｖ． 前記Ａｂ’を精製する工程、
ｖ． 前記精製されたＡｂ’を約８．５のｐＨの緩衝液中でＴ−Ｌ１−Ｄと接触させてＡｂ−Ｌ１−Ｄを調製する工程、及び
ｖｉ． 前記Ａｂ−Ｌ１−Ｄを精製する工程
を含む、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｌ１のカルボニルがＤのヘテロアリールの前記第二級窒素に共有結合しており、前記ヘテロアリールが、
からなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
ヘテロアリールが、
からなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
ヘテロアリールが、
からなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
ヘテロアリールが、
である、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｄが、
からなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｄが、
である、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｄが、
である、任意の上記実施態様に記載の方法。
式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートが
［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
からなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記抗体が抗ＨＥＲ２ ７Ｃ２ ＬＣ Ｋ１４９Ｃ又は抗Ｂ７Ｈ４１ Ｄ１１ｖ１．９ｖａｒＤ ＬＣ Ｋ１４９Ｃである、任意の上記実施態様に記載の方法。
実施態様において、ここでの主題は、式ＩＶ：
［上式中、
Ａｂは抗体であり；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＶ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合しており；かつ
ｐは１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
の抗体−薬物コンジュゲート又はその薬学的に許容可能な塩に関する。
任意の上記実施態様におけるように、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４が、Ｈ及び置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルからなる群から独立して選択される、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４の一つが置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルで、他のものがＨである、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、前記置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルがメチルである、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、Ｒ１がメチルであり、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４がそれぞれＨである、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、式ＩＶの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
を有する、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、式ＩＶの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
を有する、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、前記Ａｂがシステイン操作抗体又はそのバリアントである、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、抗体がＨＥＲ２又はＢ７−Ｈ４に結合する、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、抗体がＨＥＲ２に結合する、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、式ＩＶのカルボニルがＤのヘテロアリールの前記第二級窒素に共有結合しており、ヘテロアリールが、
からなる群から選択される、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、ヘテロアリールが、
からなる群から選択される、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、ヘテロアリールが、
からなる群から選択される、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、ヘテロアリールが、
である、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、Ｄが、
からなる群から選択される、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、Ｄが、
である、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、Ｄが、
である、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、
［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
からなる群から選択される、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、構造
［上式中、抗体が抗ＨＥＲ２ ７Ｃ２ ＬＣ Ｋ１４９Ｃであり、ｐが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
を有する、抗体−薬物コンジュゲート。
任意の上記実施態様におけるように、構造
［上式中、抗体が抗Ｂ７Ｈ４ １Ｄ１１ｖ１．９ｖａｒＤ ＬＣ Ｋ１４９Ｃであり、ｐが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくはｐは約２である］
を有する、抗体−薬物コンジュゲート。
実施態様において、式ＩＩＩ：
［上式中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＩＩ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合しており；
Ｒ５は、置換されていてもよいピリジン及びニトロピリジンからなる群から選択される］の化合物を調製するための方法であって、
ｉ． 式Ｖ：
［上式中、ＬＧは脱離基であり、ＰＧは保護基である］の化合物を化合物Ｄと接触させて、式ＶＩ：
の化合物を調製する工程と、
ｉｉ． 式ＶＩの化合物を酸性条件下で脱保護して式ＩＩＩ：
の化合物を調製する工程
を含む方法。
保護基ＰＧが、チオール保護に適した保護基である、任意の上記実施態様に記載の方法。
保護基ＰＧが酸不安定性保護基である、任意の上記実施態様に記載の方法。
保護基ＰＧが、トリチル、フルオレニル、ジメトキシベンジル、メトキシベンジル、２，４，６−トリメチルベンジル、キサンテニル、フェロセニル、メトキシメチル、イソブトキシメチル、及びジフェニルメチルからなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
保護基ＰＧがトリチル基である、任意の上記実施態様に記載の方法。
脱離基ＬＧが、求核剤による置換に適した基である、任意の上記実施態様に記載の方法。
脱離基ＬＧがハロゲンである、任意の上記実施態様に記載の方法。
脱離基ＬＧが塩素である、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｒ５がニトロピリジンである、任意の上記実施態様に記載の方法。
Ｒ５が５−ニトロピリジンである、任意の上記実施態様に記載の方法。
実施態様において、式ＩＩＩ：
［上式中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
Ｒ５は、置換されていてもよいピリジン及びニトロピリジンからなる群から選択され；
かつ
Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＩＩ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合している］
の化合物。
任意の上記実施態様におけるように、Ｒ５が５−ニトロピリジンである、化合物。
任意の上記実施態様におけるように、Ｒ１がメチルであり、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４がそれぞれＨである、化合物。
任意の上記実施態様におけるように、Ｒ１がメチルであり、かつＲ立体化学を有する、化合物。
任意の上記実施態様におけるように、式ＩＩＩの化合物が、
からなる群から選択される。
実施態様において、式ＩＶ：
［上式中、
Ａｂは抗体であり；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＶ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合しており；かつ
ｐは１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、好ましくは２である］
の抗体−薬物コンジュゲート又はその薬学的に許容可能な塩を調製するための方法であって、
ｉ． 式Ｖ：
［上式中、ＬＧは脱離基であり、ＰＧは保護基である］の化合物を化合物Ｄと接触させて、式ＶＩ：
の化合物を調製する工程；
ｉｉ． 式ＶＩの化合物を酸性条件下でジスルフィドＲ５−Ｓ−Ｓ−Ｒ５と接触させて、式ＩＩＩ：
［上式中、Ｒ５は置換されていてもよいピリジンである］
の化合物を調製する工程；及び
ｉｉｉ． 式ＩＩＩの化合物を抗体と接触させて、式ＩＶの抗体−薬物コンジュゲートを調製する工程
を含む、方法。
実施態様において、式ＶＩＩ：
［上式中、
ＰＧは保護基であり；かつ
Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで式ＶＩＩ中のエステルカルボニルは、Ｄ中の第二級窒素とカルバメートを形成する］
の化合物を調製するための方法であって、
ｉ． 式ＶＩＩＩ：
の化合物を、式ＩＸ：
［上式中、ＬＧは脱離基である］
の化合物と接触させて、式ＶＩＩの化合物を調製する工程
を含む、方法。
式ＶＩＩの化合物が
である、任意の上記実施態様に記載の方法。
実施態様において、上記任意の実施態様に記載の方法によって調製された抗体−薬物コンジュゲート。
実施態様において、上記任意の実施態様に記載の方法によって調製された式ＩＩＩの化合物。
前記ヘテロアリールが、インドール、インダゾール、ベンズイミダゾール、ベンゾトリアゾール、ピロール、ピロロピリジン、イミダゾール、トリアゾール、及びテトラゾールからなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記Ｄが、細胞傷害剤；増殖阻害剤；抗生物質；毒素；抗腫瘍又は抗がん剤；アルキル化剤；アルキルスルホネート；アジリジン；エチレンイミン及びメチラメラミン（methylamelamine）；アセトゲニン；トポイソメラーゼ１阻害剤；プロテオソーム阻害剤；ＥＧＦＲ阻害剤；チロシンキナーゼ阻害剤；セリン−トレオニンキナーゼ阻害剤；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤；抗ホルモン剤；選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）；抗エストロゲン；アロマターゼ阻害剤；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト；性ステロイド；エストロゲン；及びアンドロゲン／レチノイド；エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン；免疫抑制剤；非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）；抗炎症剤；シクロオキシゲナーゼ阻害剤、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト；プリンアンタゴニスト；ステロイド；ジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害剤；及び抗マラリア剤からなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
前記Ｄが、アマニチン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、デュオカルマイシンＡ、デュオカルマイシンＳＡ、ＣＣ−１０６５、アドゼレシン、Ｕ−７６０７４、Ｕ−７３０７３、カルゼレシン（Ｕ−８０２４４）、ＫＷ−２１８９、ジアゾナミドＡ、エソメプラゾール、アリピプラゾール、バルサルタン、ランソプラゾール、ラベプラゾール、ポメトレキセド、オルメサルタン、タダラフィル、パントプラゾール、カンドサルタン、オメプラゾール、スニチニブ、ペメトレキセド、アレクチニブ、ダカルバジン、セマキサニブ、ダシノスタット、ドビチニブ、メベンダゾール、及びピモベンダンからなる群から選択される、任意の上記実施態様に記載の方法。
化合物は、特にここに含まれる説明に照らして、化学技術分野においてよく知られているものと、その各々が出典明示により明示的にここに援用される Comprehensive Heterocyclic Chemistry II, 編者Katritzky及びRees, Elsevier, 1997, 例えば3巻；Liebigs Annalen der Chemie, (9):1910-16, (1985)；Helvetica Chimica Acta, 41:1052-60, (1958)；Arzneimittel-Forschung, 40(12):1328-31, (1990)に記載された他の複素環に対するものに類似した方法を含む合成経路によって合成することができる。出発物質はアルドリッチ・ケミカルズ（Milwaukee, WI）のような市販元から一般に入手でき、又は当業者によく知られている方法を使用して直ぐに調製される（例えば、Louis F. Fieser及びMary Fieser, Reagents for Organic Synthesis, v. 1-23, Wiley, N.Y. (1967-2006版)、又はBeilsteins Handbuch der organischen Chemie, 4, Aufl.版 Springer-Verlag, Berlinで補遺版を含むもの（Beilsteinオンラインデータベースによってもまた入手可能）に一般に記載された方法によって調製される）。ＤＴＴはジチオトレイトールを指す。ＤＨＡＡはデヒドロアスコルビン酸を指す。
化合物と必要な試薬と中間体の合成に有用な合成化学変換及び保護基法（保護及び脱保護）は、当該技術分野で知られており、例えば、R. Larock, Comprehensive Organic Transformations, VCH Publishers (1989)；T. W. Greene及びP. G .M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3版, John Wiley and Sons (1999)；及びL. Paquette編, Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1995)とその続版に記載されたものを含む。
化合物は、単独で、又は少なくとも２種、例えば５〜１０００種の化合物、もしくは１０〜１００種の化合物を含む化合物ライブラリーとして調製することができる。式Ｉの化合物のライブラリーは、コンビナトリアル「スプリット及びミックス」アプローチによって、又は溶液相もしくは固相化学の何れかを使用する複数のパラレル合成によって、当業者に知られている手順によって調製することができる。従って、更なる態様によれば、少なくとも２種の化合物、又はその薬学的に許容可能な塩を含む化合物ライブラリーが提供される。
抗体を精製するための方法論は当該技術分野において周知である。ここに記載されるように、抗体、還元抗体などを精製するために、任意の既知の方法を使用することができる。
一般手順及び実施例は、化合物を調製するための例示的な方法を提供する。当業者であれば、化合物を合成するために他の合成経路を使用してもよいことは理解されるであろう。特定の出発物質と経路がスキーム、一般手順、及び実施例において示され、検討されるが、他の出発物質及び経路も様々な誘導体及び／又は反応条件を提供するために容易に代用されうる。加えて、記載された方法で調製される例示的化合物の多くは、当業者によく知られた常套的化学を使用して、この開示に照らして更に改変することができる。
一般に、本主題は、一般スキームＡのような方法でＡＤＣを作製するための方法を記載する：
反応条件：
Ａ：適当な溶媒中の適当な塩基。
Ｂ：リンカーと反応するための遊離システインチオールを提供する反応条件。一実施態様では、工程Ｂは、ｉ）Ａｂを還元剤と接触させること、ｉｉ）還元抗体の精製、ｉｉｉ）精製抗体を酸化剤と接触させてＡｂ’を形成すること、及びｉｖ）Ａｂ’の精製を含みうる。
Ｃ：適切な溶媒中の適切な塩基。
スキーム１は、ここに記載の薬物ジスルフィド−リンカー分子を調製するための合成経路を示す。
スキーム２は、ここに記載の薬物ジスルフィド−リンカー分子を調製するための合成経路を示す。
スキーム３は、ここに記載の薬物−保護ペプチドリンカー分子を調製するための合成経路を示す。
スキーム４は、薬物−ペプチドリンカーを調製するための合成経路を示す。
ここに記載のＡＤＣは、次の構成要素からなる：
１．抗体（Ａｂ）
ここに記載されるように、抗体、例えばモノクローナル抗体（ｍＡＢ）は、標的細胞、例えば薬物によって標的化される特定のタンパク質を発現する細胞に薬物を送達するために使用される。
ａ．ヒト抗体
所定の実施態様では、ここで提供される抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野において知られている様々な技術を使用して産生することができる。ヒト抗体は一般にvan Dijk及びvan de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)とLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してインタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を生成するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって調製することができる。そのような動物は、典型的には内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれているヒト免疫グロブリン遺伝子座の全て又は一部を含む。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座が一般に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の概説については、Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照のこと。また、例えばＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している米国特許第６０７５１８１号及び第６１５０５８４号、ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を記載している米国特許第５７７０４２９号、Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７０４１８７０号、及びＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号を参照のこと。そのような動物により産生されるインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変されうる。
ヒト抗体は、ハイブリドーマに基づく方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異種骨髄腫細胞株が記述されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及びBoerner等, J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により作製されるヒト抗体もまたLi等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法には、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株由来のモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載）に記載されるものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）もまたVollmers及びBrandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005)並びにVollmers及びBrandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載されている。
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによってもまた作製されうる。ついで、そのような可変ドメイン配列を、所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術を以下に記載する。
ｂ．ライブラリー由来抗体
ＡＤＣにおいて使用される抗体は、所望の活性又は活性群を有する抗体のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離されうる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを作成して所望の結合特性を有する抗体のそのようなライブラリーをスクリーニングするための様々な方法が、当該技術分野で知られている。更なる方法は、例えば、Hoogenboom等, in Methods in Molecular Biology 178:1-37（O’Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, 2001）に概説があり、更に例えば、McCafferty等, Nature 348:552-554；Clackson等, Nature 352: 624-628 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks及びBradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175（Lo編, Human Press, Totowa, NJ, 2003）；Sidhu等, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及びLee等, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
所定のファージディスプレイ法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により別個にクローニングし、ファージライブラリーにおいてランダムに再結合させ、これをついで、Winter等, Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、典型的には単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片又はＦａｂ断片の何れかとして抗体断片を提示する。免疫化された供給源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対して高親和性の抗体を提供する。あるいは、Griffiths等, EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーを、如何なる免疫感作も無く、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローニングすることができる。最後に、ナイーブなライブラリーは、幹細胞由来の再配置されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用して高度に可変性のＣＤＲ３領域をコードし、Hoogenboom及びWinter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)により記載されるようにインビトロでの再配置を達成することにより、合成的に作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載している特許刊行物には、例えば米国特許第５７５０３７３号、並びに米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号、及び第２００９／０００２３６０号が含まれる。
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、ここではヒト抗体又はヒト抗体の断片とみなされる。
ｃ．キメラ、ヒト化及びヒト抗体
所定の実施態様では、ここで提供される抗体はキメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号、及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）とヒト定常領域とを含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
所定の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したままヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体に由来し、かつＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、一又は複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、場合によっては、ヒト定常領域の少なくとも一部をまた含むであろう。幾つかの実施態様では、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復させ又は改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
ヒト化抗体とそれらの作製方法は、例えば、Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)において概説され、更に、例えばRiechmann等, Nature 332:323-329 (1988)；Queen等, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５８２１３３７号、同第７５２７７９１号、同第６９８２３２１号、及び同第７０８７４０９号；Kashmiri等, Methods 36:25-34 (2005)（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記載）；Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)（「リサーフェシング」を記載）；Dall’Acqua等, Methods 36:43-60 (2005)（「ＦＲシャッフリング」を記載）；及びOsbourn等, Methods 36:61-68 (2005)及びKlimka等, Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」手法を記載）に記載されている。
ヒト化に使用されうるヒトフレームワーク領域には、限定されないが、「ベストフィット」法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims等 J. Immunol. 151:2296 (1993)を参照）；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Carter等 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta等 J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系列フレームワーク領域（例えば、Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 （2008）を参照）；及びＦＲライブラリーのスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca等, J. Biol. Chem. 272:10678-10684 （1997）及びRosok等, J. Biol. Chem. 271:22611-22618 （1996）を参照）が含まれる。
ｄ．多重特異性抗体
所定の実施態様では、ここに提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。ここで使用される「多重特異性抗体」という用語は、ポリエピトープ（polyepitopic）特異性を有する（すなわち、１個の分子上の２つ以上の異なるエピトープに結合可能であるか、又は２個以上の異なる分子上のエピトープに結合可能である）抗原結合ドメインを含む抗体を指す。
幾つかの実施態様では、多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる抗原結合部位に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体（例えば、二重特異性抗体）である。幾つかの実施態様では、多重特異性抗体の第一の抗原結合ドメインと第二の抗原結合ドメインが、１個の同じ分子内の２つのエピトープと結合してもよい（分子内結合）。例えば、多重特異性抗体の第一の抗原結合ドメインと第二の抗原結合ドメインが、同じタンパク質分子上の２つの異なるエピトープに結合してもよい。所定の実施態様では、多重特異性抗体が結合する２つの異なるエピトープは、１つの単一特異性抗体、例えば、一般的な抗体又は一つの免疫グロブリン単一可変ドメイン等によって通常は同時に結合されないエピトープである。幾つかの実施態様では、多重特異性抗体の第一の抗原結合ドメインと第二の抗原結合ドメインは、２個の明確に異なる分子内に位置するエピトープと結合してもよい（分子間結合）。例えば、多重特異性抗体の第一の抗原結合ドメインは、１個のタンパク質分子上の一つのエピトープに結合してもよく、一方で、多重特異性抗体の第二の抗原結合ドメインは、異なるタンパク質分子上の別のエピトープに結合し、それによって２個の分子を架橋してもよい。
幾つかの実施態様では、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）の抗原結合ドメインは、２つのＶＨ／ＶＬユニットを含み、第一のＶＨ／ＶＬユニットは、第一のエピトープと結合し、第二のＶＨ／ＶＬユニットは、第二のエピトープに結合し、各ＶＨ／ＶＬユニットは、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。このような多重特異性抗体には、完全長抗体、２つ以上のＶＬ及びＶＨドメインを有する抗体、及び抗体断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、二重特異性ダイアボディ及びトリアボディ、共有結合又は非共有結合で連結されている抗体断片）が含まれるが、これらに限定されない。重鎖可変領域の少なくとも一部及び／又は軽鎖可変領域の少なくとも一部を更に含むＶＨ／ＶＬユニットは、「アーム」又は「ヘミマー」又は「半抗体」とも称されうる。幾つかの実施態様では、ヘミマーは、第二のヘミマーとの分子内ジスルフィド結合の形成を可能にするのに十分な重鎖可変領域の部分を含む。幾つかの実施態様では、ヘミマーは、例えば、相補的なホール変異もしくはノブ変異を含む第二のヘミマー又は半抗体とのヘテロ二量体化を可能にするノブ変異又はホール変異を含む。ノブ変異及びホール変異は、以下に更に考察される。
所定の実施態様では、ここに提供される多重特異性抗体は二重特異性抗体でありうる。ここで使用される「二重特異性抗体」という用語は、一つの分子上の二つの異なるエピトープに結合可能であるか、又は二つの異なる分子上のエピトープに結合可能である抗原結合ドメインを含む多重特異性抗体を指す。二重特異性（bispecific）抗体は、「二重特異性（dual specificity）」を有するもの、又は「二重特異的（dual specific）」であるものと称される場合もある。例示的な二重特異性抗体は、タンパク質と任意の他の抗原の両方に結合しうる。所定の実施態様では、結合特異性のうちの一方は、タンパク質に対するものであり、他方はＣＤ３に対するものである。例えば、米国特許第５８２１３３７号を参照のこと。所定の実施態様では、二重特異性抗体は、同じタンパク質分子の二つの異なるエピトープに結合しうる。所定の実施態様では、二重特異性抗体は、二つの異なるタンパク質分子上の二つの異なるエピトープに結合しうる。二重特異性抗体はまたタンパク質を発現する細胞に細胞傷害性薬剤を局在化させるために使用されうる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
多重特異性抗体を作製するための技法には、異なる特異性を有する二つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え同時発現（Milstein及びCuello, Nature 305: 537 (1983)、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker等, EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照）、及び「ノブ・イン・ホール（knob-in-hole）」操作（例えば、米国特許第５７３１１６８号、国際公開第２００９／０８９００４号、米国特許出願公開第２００９／０１８２１２７号、米国特許出願公開第２０１１／０２８７００９号、Marvin及びZhu, Acta Pharmacol. Sin. (2005) 26(6):649-658、及びKontermann (2005) Acta Pharmacol. Sin., 26:1-9を参照）が含まれるが、これらに限定されない。ここで使用される「ノブ・イントゥ・ホール」又は「ＫｎＨ」技術という用語は、それらが相互作用する界面において一方のポリペプチド中に隆起（ノブ）を導入し、他方のポリペプチド中に空洞（ホール）を導入することにより、インビトロ又はインビボで二つのポリペプチドの一緒の対形成を誘導する技術を指す。例えば、ＫｎＨは、抗体のＦｃ：Ｆｃ結合界面、ＣＬ：ＣＨ１界面、又はＶＨ／ＶＬ界面に導入されている（例えば、米国特許出願公開第２０１１／０２８７００９号、米国特許出願公開第２００７／０１７８５５２号、国際公開第９６／０２７０１１号、国際公開第９８／０５０４３１号、Zhu等, 1997, Protein Science 6:781-788、及び国際公開第２０１２／１０６５８７号を参照）。幾つかの実施態様では、ＫｎＨは、多重特異性抗体の製造中に二つの異なる重鎖が一緒になる対形成を推進する。例えば、そのＦｃ領域内にＫｎＨを有する多重特異性抗体は、各Ｆｃ領域に連結された単一可変ドメインを更に含むことができ、あるいは、同様のもしくは異なる軽鎖可変ドメインと対になる異なる重鎖可変ドメインを更に含む。ＫｎＨ技術はまた、二つの異なる受容体の細胞外ドメイン、又は異なる標的認識配列を含む任意の他のポリペプチド配列（例えば、アフィボディ、ペプチボディ及び他のＦｃ融合物を含む）を一緒に対形成するために使用することができる。
ここで使用される「ノブ変異」という用語は、ポリペプチドが別のポリペプチドと相互作用する界面において、ポリペプチドに隆起（ノブ）を導入する変異を指す。幾つかの実施態様では、他方のポリペプチドは、ホール突然変異を有する。
ここで使用される「ホール変異」という用語は、ポリペプチドが別のポリペプチドと相互作用する界面において、ポリペプチドに空洞（ホール）を導入する変異を指す。幾つかの実施態様では、他方のポリペプチドは、ノブ変異を有する。
「隆起」は、第一のポリペプチドの界面から突出し、従ってヘテロ多量体を安定化させるように隣接界面（すなわち、第二のポリペプチドの界面）にある補償的空洞内に位置付け可能であり、よって、例えば、ホモ多量体形成と比べてヘテロ多量体形成を優先する、少なくとも一つのアミノ酸側鎖を指す。隆起は、元の界面に存在してもよく、又は合成的に（例えば、界面をコードする核酸を変化させることによって）導入されてもよい。幾つかの実施態様では、第一のポリペプチドの界面をコードする核酸は、隆起をコードするように変化させられる。これを達成するために、第一のポリペプチドの界面にある少なくとも一つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも大きな側鎖体積を有する少なくとも一つの「移入」アミノ酸残基をコードする核酸と置換される。一を超える元の残基及び対応する移入残基がありうることは理解されよう。様々なアミノ残基の側鎖体積は、例えば、米国特許出願公開第２０１１／０２８７００９号の表１に示されている。「隆起」を導入する変異は、「ノブ変異」と称される場合がある。
幾つかの実施態様では、隆起の形成のための移入残基は、アルギニン（Ｒ）、フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）及びトリプトファン（Ｗ）から選択される天然に生じるアミノ酸残基である。幾つかの実施態様では、移入残基は、トリプトファン又はチロシンである。幾つかの実施態様では、隆起の形成のための元の残基は、アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、スレオニン又はバリンのように、小さな側鎖体積を有する。
「空洞」は、第二のポリペプチドの界面から凹んでおり、従って第一のポリペプチドの隣接界面上の対応する隆起を収容する少なくとも一つのアミノ酸側鎖を指す。空洞は、元の界面内に存在してもよく、又は合成的に（例えば、界面をコードする核酸を変化させることによって）導入されてもよい。幾つかの実施態様では、第二のポリペプチドの界面をコードする核酸は、空洞をコードするように変化させられる。これを達成するために、第二のポリペプチドの界面にある少なくとも一つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも小さな側鎖体積を有する少なくとも一つの「移入」アミノ酸残基をコードするＤＮＡで置換される。一を超える元の残基及び対応する移入残基がありうることは理解されよう。幾つかの実施態様では、空洞の形成のための移入残基は、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）及びバリン（Ｖ）から選択される天然に生じるアミノ酸残基である。幾つかの実施態様では、移入残基は、セリン、アラニン又はスレオニンである。幾つかの実施態様では、空洞の形成のための元の残基は、チロシン、アルギニン、フェニルアラニン又はトリプトファンのように、大きな側鎖体積を有する。「空洞」を導入する変異は、「ホール変異」と称される場合がある。
隆起は空洞内に「位置付け可能」であり、これは、それぞれ第一のポリペプチドと第二のポリペプチドの界面上の隆起と空洞の空間的位置、並びに隆起と空洞の大きさが、界面における第一及び第二のポリペプチドの正常な会合を著しく乱すことなく隆起が空洞内に位置しうるようなものであることを意味する。Ｔｙｒ、Ｐｈｅ及びＴｒｐのような隆起は、典型的には界面の軸から直交して延びず、好ましい立体構造を有していないため、隆起の対応する空洞とのアライメントは、ある場合には、Ｘ線結晶解析又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）によって得られるもの等の三次元構造に基づく隆起／空洞対のモデリングに依存しうる。これは、当該技術分野で広く受け入れられている技法を使用して達成することができる。
幾つかの実施態様では、ＩｇＧ１定常領域内のノブ変異は、Ｔ３６６Ｗ（ＥＵ番号付け）である。幾つかの実施態様では、ＩｇＧ１定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）から選択される一又は複数の変異を含む。幾つかの実施態様では、ＩｇＧ１定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）を含む。
幾つかの実施態様では、ＩｇＧ４定常領域内のノブ変異は、Ｔ３６６Ｗ（ＥＵ番号付け）である。幾つかの実施態様では、ＩｇＧ４定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）から選択される一又は複数の変異を含む。幾つかの実施態様では、ＩｇＧ４定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）を含む。
多重特異性抗体はまた、静電ステアリングエフェクト効果を操作して抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子を作製すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）；二以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば、米国特許第４６７６９８０号、及びBrennan等, Science, 229: 81 (1985)を参照）；ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を産生すること（例えば、Kostelny等, J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）；「ダイアボディ」技術を使用して二重特異性抗体断片を作製すること（例えば、Hollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）；及び１本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用すること（例えば、Gruber等, J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）；並びに例えばTutt等 J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されるように三重特異性抗体を調製することによって、作製されてもよい。
「オクトパス（Octopus）抗体」又は「二重可変ドメイン免疫グロブリン」（ＤＶＤ）を含む、三以上の機能的抗原結合部位を有する操作抗体もまたここに含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号、及びWu等 Nature Biotechnology (2007))を参照。）。ここでの抗体又は断片にはまた標的タンパク質並びに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用（Dual Acting）ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」が含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号を参照）。
ｅ．抗体断片
所定の実施態様では、ここで提供される抗体は抗体断片である。抗体断片には、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、並びに以下に記載される他の断片が含まれる。所定の抗体断片の概説については、Hudson等 Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照のこと。ｓｃＦｖ断片の概説については、例えば、Pluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg及びMoore編, （Springer-Verlag, New York）, pp. 269-315 （1994）を参照；また、国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５５７１８９４号及び同第５５８７４５８号もまた参照のこと。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期が増加したＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の検討については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
ダイアボディは、二価又は二重特異性でありうる二つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許出願公開第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson等, Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及びHollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照のこと。トリアボディ及びテトラボディはまたHudson等, Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。所定の実施態様では、単一ドメイン抗体はヒト単一ドメイン抗体である（Domantis, Inc., Waltham, MA；例えば、米国特許第６２４８５１６Ｂ１号を参照）。
抗体断片は、ここに記載されるように、限定されないが、インタクトな抗体のタンパク質消化、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による産生を含む、様々な技術によって作製することができる。
ｆ．抗体バリアント
所定の実施態様では、ここで提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが考慮される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列中に適切な修飾を導入することにより、又はペプチド合成により調製されうる。そのような修飾には、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／又は残基中への挿入、及び／又は残基の置換が含まれる。最終コンストラクトが所望の特徴、例えば、抗原結合性を有する限り、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが最終コンストラクトに到達するように行なわれうる。
ｉ．置換、挿入、及び欠失バリアント
所定の実施態様では、一又は複数のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換変異誘発の目的の部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。保存的置換は、「好ましい置換」と題して表１に示される。より実質的な変化は、「例示的置換」と題して表１に提供され、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下に更に記載される。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の低下、又はＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善についてスクリーニングされる。
アミノ酸は共通の側鎖特性に従ってグループ化することができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖の配向に影響を与える残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの一つのメンバーを別のクラスのものと交換することを必要とする。
置換バリアントの一種は、親抗体（例えばヒト化又はヒト抗体）の一又は複数の超可変領域残基の置換を伴う。一般には、更なる研究のために選択される得られたバリアントは、親抗体と比較して、所定の生物学的特性に修飾（例えば、改善）（例えば、親和性の向上、免疫原性の低下）を有し、及び／又は親抗体の所定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。例示的な置換バリアントは、親和性成熟抗体であり、これは、例えば、ここに記載されるもののようなファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を使用して、簡便に作製されうる。簡潔に言えば、一又は複数のＨＶＲ残基が変異させられ、バリアント抗体がファージ上に提示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
改変（例えば、置換）は、例えば抗体親和性を改善するために、ＨＶＲにおいて行うことができる。そのような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟過程中に高頻度で変異を受けるコドンによりコードされた残基（例えばChowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）で行うことができ、得られたバリアントＶＨ又はＶＬが結合親和性について試験される。二次ライブラリーから構築し選択し直すことによる親和性成熟が、例えばHoogenboom等 Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O’Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, (2001))に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様では、多様性が、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチド指定突然変異）の何れかにより、成熟のために選択された可変遺伝子中に導入される。ついで、二次ライブラリーが作成される。ついで、ライブラリーが、所望の親和性を持つあらゆる抗体バリアントを同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入する別の方法は、幾つかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４〜６残基）がランダム化されるＨＶＲ指向性手法を含む。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発又はモデリングを使用して、特異的に同定することができる。特に、ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的とされる。
所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、一又は複数のＨＶＲ内で生じうる。例えば、実質的に結合親和性を低下させない保存的改変（例えばここで提供される保存的置換）をＨＶＲ内で行うことができる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってもよい。上に与えられたバリアントＶＨ及びＶＬ配列の所定の実施態様では、各ＨＶＲは不変であるか、又は多くとも一つ、二つ又は三つのアミノ酸置換しか含まない。
突然変異誘発のために標的とすることができる抗体の残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham及びWells (1989) Science, 244:1081-1085により記載されるように「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、残基又は標的残基群（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ及びｇｌｕなどの荷電残基）が特定され、抗原と抗体との相互作用が影響を受けるかどうかを決定するために、中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）により置き換えられる。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸位置に導入されうる。あるいは又は加えて、抗体と抗原の間の接触点を特定するために抗原−抗体複合体の結晶構造が使用される。そのような接触残基と隣接残基が、置換の候補として標的とされ得、又は排除されうる。バリアントは、それらが所望の性質を含んでいるかどうかを決定するためにスクリーニングされうる。
アミノ酸配列挿入物は、１残基から、１００以上の残基を有するポリペプチドの長さに及ぶアミノ末端及び／又はカルボキシル末端融合体、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入物を含む。末端挿入物の例は、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体を含む。抗体分子の他の挿入バリアントは、抗体の血清半減期を延ばすポリペプチド又は酵素（例えばＡＤＥＰＴのための）に対する抗体のＮ末端又はＣ末端への融合体を含む。
ｉｉ．システイン操作抗体バリアント
所定の実施態様では、抗体の一又は複数の残基がシステイン残基で置換されているシステイン操作抗体、例えば、「ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体」をつくり出すことが望ましい場合がある。特定の実施態様では、置換残基は抗体の到達可能な部位に生じる。その残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基がそれにより抗体の到達可能な部位に位置させられ、ここに更に記載されるように、抗体を薬物又はリンカーＬ１−薬物中間体のような他の部分にコンジュゲートさせて、ＡＤＣをつくり出すために使用されうる。所定の実施態様では、次の残基のうちの任意の一又は複数が、システインで置換されうる：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１４０（ＥＵ番号付け）；重鎖のＬ１７４（ＥＵ番号付け）；重鎖のＹ３７３（ＥＵ番号付け）；軽鎖のＫ１４９（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。特定の実施態様では、ここに記載の抗体は、ＨＣ−Ａ１４０Ｃ（ＥＵ番号付け）システイン置換を含む。特定の実施態様では、ここに記載の抗体は、ＬＣ−Ｋ１４９Ｃ（Ｋａｂａｔ番号付け）システイン置換を含む。特定の実施態様では、ここに記載の抗体は、ＨＣ−Ａ１１８Ｃ（ＥＵ番号付け）システイン置換を含む。
システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載されるように作製されてもよい。
所定の実施態様では、抗体は、次の重鎖システイン置換のうちの一つを含む：
所定の実施態様では、抗体は、次の軽鎖システイン置換のうちの一つを含む：
非限定的で例示的なｈｕ７Ｃ２．ｖ２．２．ＬＡ軽鎖（ＬＣ）Ｋ１４９Ｃ ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）は、それぞれ配列番号：２６及び３０の重鎖及び軽鎖アミノ酸配列を有する。非限定的で例示的なｈｕ７Ｃ２．ｖ２．２．ＬＡ重鎖（ＨＣ）Ａ１１８Ｃ ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）は、それぞれ配列番号：３１及び２５の重鎖及び軽鎖アミノ酸配列を有する。
ＡＤＣは、野生型又は親抗体の一又は複数のアミノ酸がシステインアミノ酸で置き換えられているシステイン操作抗体を含む。任意の形態の抗体がそのように操作される、すなわち変異させられうる。例えば、親Ｆａｂ抗体断片は、ここで「ＴｈｉｏＦａｂ」と呼ばれるシステイン操作Ｆａｂを形成するように操作されうる。同様に、親モノクローナル抗体は、「ＴｈｉｏＭａｂ」を形成するように操作されうる。ＩｇＧ抗体の二量体の性質のために、単一部位変異はＴｈｉｏＭａｂ中に２つの操作システイン残基をもたらすが、単一部位変異はＴｈｉｏＦａｂ中に単一の操作システイン残基をもたらすことに留意すべきである。置き換えられた（「操作」）システイン（Ｃｙｓ）残基を有する変異体は、新しく導入された操作システインチオール基の反応性について評価される。チオール反応性値は、０〜１．０の範囲の相対的な数値であり、任意のシステイン操作抗体について測定されうる。 ＡＤＣに使用されるシステイン操作抗体のチオール反応性値は、０．６〜１．０；０．７〜１．０；又は０．８〜１．０の範囲にある。
突然変異誘発によりシステイン操作抗体を調製するために、出発ポリペプチドのアミノ酸配列バリアントをコードするＤＮＡが当該技術分野において既知の様々な方法により調製される。これらの方法には、限定されないが、ポリペプチドをコードする先に調製されたＤＮＡの部位特異的（又はオリゴヌクレオチド媒介）突然変異誘発、ＰＣＲ突然変異誘発、及びカセット突然変異誘発による調製が含まれる。組換え抗体のバリアントは、制限断片操作又は合成オリゴヌクレオチドを用いたオーバーラップ伸長ＰＣＲによっても構築することができる。変異原性プライマーはシステインコドン置換をコードする。標準的な突然変異誘発技術を用いて、そのような変異システイン操作抗体をコードするＤＮＡを作製することができる。一般的なガイダンスは、Sambrook等 Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989；及びAusubel等 Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York, N.Y., 1993に見出すことができる。
システインアミノ酸は抗体内の反応性部位で操作され得、鎖内又は分子間ジスルフィド結合を形成しない（Junutula等, 2008b Nature Biotech., 26(8):925-932；Dornan等 (2009) Blood 114(13):2721-2729；米国特許第７５２１５４１号；米国特許第７７２３４８５号；国際公開第２００９／０５２２４９号，Shen等(2012) Nature Biotech., 30(2):184-191；Junutula等(2008) Jour of Immun. Methods 332:41-52）。操作システインチオールは、マレイミド又はアルファ−ハロアミドなどのチオール反応性求電子基を有する、ここに記載のリンカー試薬又はリンカー−薬物中間体と反応して、システイン操作抗体（ＴｈｉｏＭａｂ）と薬物残基を含むＡＤＣを形成しうる。薬物部分の位置がこのようにしてデザインされ、制御され、知られうる。操作システインチオール基は典型的にはチオール反応性リンカー試薬又はリンカー−薬物中間体と高収率で反応するので、薬物／抗体比（「ＰＡＲ」）を制御することができる。重鎖又は軽鎖上の単一部位での置換によってシステインアミノ酸を導入するために抗体を操作すると、対称な抗体上に２つの新しいシステインがもたらされる。約２のＰＡＲを達成することができ、共役生成物の均一性に近い。
システイン操作抗体は、好ましくはそれらの野生型の親抗体対応物の抗原結合能を保持する。従って、システイン操作抗体は、好ましくは特異的に、抗原に結合することができる。そのような抗原には、例えば、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、細胞表面受容体タンパク質及び他の細胞表面分子、膜貫通タンパク質、シグナル伝達タンパク質、細胞生存調節因子、細胞増殖調節因子、組織発生又は分化に（例えば機能的に寄与することが知られ又は疑われている）関連する分子、リンホカイン、サイトカイン、細胞周期調節に関与する分子、脈管形成に関与する分子、及び血管形成に（例えば機能的に寄与することが知られ又は疑われている）関連する分子が含まれる。腫瘍関連抗原は、クラスター分化因子（すなわち、ＣＤタンパク質）でありうる。システイン操作抗体が結合することができる抗原は、上記のカテゴリーのうちの一つのサブセットのメンバーであり得、ここで前記カテゴリーの他のサブセットは、（興味のある抗原に関して）明確に異なる特徴を有する他の分子／抗原を含む。
システイン操作抗体は、鎖内ジスルフィド基の還元及び再酸化によるリンカー又はリンカー−薬物中間体とのコンジューションのために調製される。
ｉｉｉ．グリコシル化バリアント
所定の実施態様では、ここで提供される抗体は、抗体がグリコシル化される度合いを増大又は低下させるように改変される。抗体に対するグリコシル化部位の付加又は欠失は、一又は複数のグリコシル化部位がつくり出され又は除去されるようにアミノ酸配列を改変させることによって、簡便に達成されうる。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合する炭水化物を改変させることができる。哺乳動物細胞によって産生される天然抗体は、一般的にはＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７へＮ結合によって結合した、分枝した二分岐オリゴ糖を典型的には含む。例えば、Wright等 TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照のこと。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、並びに二分岐のオリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースを含みうる。幾つかの実施態様では、所定の改善した性質を有する抗体バリアントをつくり出すために、抗体中のオリゴ糖の修飾がなされうる。
一実施態様では、Ｆｃ領域に（直接的又は間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。例えば、そのような抗体におけるフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％又は２０％〜４０％でありうる。フコースの量は、例えば国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されて、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（例えば複合、ハイブリド及び高マンノース構造）の合計に対する、Ａｓｎ２９７における糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指す；しかしながら、Ａｓｎ２９７は、抗体の軽微な配列多様性のため、２９７位の約±３アミノ酸上流又は下流、すなわち２９４位と３００位の間に位置する場合もありうる。そのようなフコシル化バリアントは、改善したＡＤＣＣ機能を有しうる。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Presta, L.）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照のこと。「脱フコシル化」又は「フコース欠損」抗体バリアントに関する刊行物の例には、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号；米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号；米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号；米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号；米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；国際公開第２００５／０５３７４２号；国際公開第２００２／０３１１４０号；Okazaki等 J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)；Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。脱フコシル化抗体を産生することができる細胞株の例には、タンパク質のフコシル化を欠いたＬｅｃ１３ＣＨＯ細胞（Ripka等 Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号，Presta, L；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号，Adams等、特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えば、アルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子，ＦＵＴ８，ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y.等, Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照のこと）が含まれる。
抗体バリアントは、二分されたオリゴ糖を更に備えており、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐のオリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている。そのような抗体バリアントは、フコシル化が低減されている、及び／又はＡＤＣＣ機能が改善されている場合がある。そのような抗体バリアントの例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Jean-Mairet等）；米国特許第６６０２６８４号（Umana等）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Umana等）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖中に少なくとも一つのガラクトース残基を有する抗体バリアントもまた提供される。そのような抗体バリアントは、ＣＤＣ機能が改善されている場合がある。そのような抗体バリアントは、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Patel等）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Raju, S.）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Raju, S.）に記載されている。
ｉｖ．Ｆｃ領域バリアント
所定の実施態様では、一又は複数のアミノ酸修飾が、ここで提供される抗体のＦｃ領域中に導入され得、それによって、Ｆｃ領域バリアントが作製される。Ｆｃ領域バリアントは、一又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含みうる。
所定の実施態様では、ここに記載の主題は、インビボでの抗体半減期は重要であるが、所定のエフェクター機能（例えば補体及びＡＤＣＣなど）が不要であるか又は有害である用途に対して望ましい候補とならしめる、全てではないが幾つかのエフェクター機能を有する抗体バリアントを対象としている。インビトロ及び／又はインビボ細胞傷害性アッセイは、ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低下／欠乏を確認するために実施することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実施して、抗体が、ＦｃγＲ結合を欠く（従っておそらくＡＤＣＣ活性を欠く）がＦｃＲｎ結合能を保持することを確認することができる。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)の４６４頁の表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５５００３６２号（例えば、Hellstrom等 Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照）及びHellstrom, I等, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；米国特許第５８２１３３７号（Bruggemann, M.等, J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法を用いてもよい（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Promega, Madison, WI）を参照）。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は加えて、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Clynes等, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)に開示されているもののような動物モデルにおいて、インビボで評価されうる。また、Ｃ１ｑ結合アッセイを、抗体がＣ１ｑに結合できず、よってＣＤＣ活性を欠くことを確認するために実施することができる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号におけるＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照のこと。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えば、Gazzano-Santoro等, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg, M.S.等, Blood 101:1045-1052 (2003)；並びにCragg, M.S.及びM.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。ＦｃＲｎ結合及びインビボクリアランス／半減期の決定もまた当該分野で知られている方法を使用して実施することができる（例えば、Petkova, S.B.等, Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照）。
幾つかの実施態様では、新生児Ｆｃ受容体へのＩｇＧの結合を増加させるために、ここで提供される抗体のＦｃ部分中に一又は複数のアミノ酸修飾が導入されうる。所定の実施態様では、抗体は、ＥＵ番号付けに従って次の３つの変異を含む：Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、及びＴ２５６Ｅ（「ＹＴＥ変異」）（米国特許第８６９７６５０号；Dall'Acqua等, Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006)も参照）。所定の実施態様では、ＹＴＥ変異は抗体のその同族抗原に結合する能力に影響を与えない。所定の実施態様では、ＹＴＥ変異は、天然（すなわち、非ＹＴＥ変異型）抗体と比較して、抗体の血清半減期を増加させる。幾つかの実施態様では、ＹＴＥ変異は、天然（すなわち、非ＹＴＥ変異型）抗体と比較して、抗体の血清半減期を３倍増加させる。幾つかの実施態様では、ＹＴＥ変異は、天然（すなわち、非ＹＴＥ変異型）抗体と比較して、抗体の血清半減期を２倍増加させる。幾つかの実施態様では、ＹＴＥ変異は、天然（すなわち、非ＹＴＥ変異型）抗体と比較して、抗体の血清半減期を４倍増加させる。幾つかの実施態様では、ＹＴＥ変異は、天然（すなわち、非ＹＴＥ変異型）抗体と比較して、抗体の血清半減期を少なくとも５倍増加させる。幾つかの実施態様では、ＹＴＥ変異は、天然（すなわち、非ＹＴＥ変異型）抗体と比較して、抗体の血清半減期を少なくとも１０倍増加させる。例えば、米国特許第８６９７６５０号を参照のこと；またDall'Acqua等, Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006)を参照のこと。
所定の実施態様では、ＹＴＥ変異体は、抗体の抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を調節する手段を提供する。所定の実施態様では、ＹＴＥＯ変異体は、ヒト抗原に対するヒト化ＩｇＧ抗体のＡＤＣＣ活性を調節する手段を提供する。例えば、米国特許第８６９７６５０号を参照のこと；またDall'Acqua等, Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006)を参照のこと。
所定の実施態様では、ＹＴＥ変異体は、血清半減期、組織分布、及び抗体活性（例えば、ＩｇＧ抗体のＡＤＣＣ活性）の同時調節を可能にする。例えば、米国特許第８６９７６５０号を参照のこと；またDall'Acqua等, Journal of Biological Chemistry 281(33):23514-23524 (2006)を参照のこと。
エフェクター機能が低下した抗体には、ＥＵ番号付けに従ってＦｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９の一又は複数の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体には、ＥＵ番号付けに従ってアミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７のうちの２つ以上に置換を有するＦｃ変異体が含まれ、ＥＵ番号付けに従って残基２６５及び２９７がアラニンに置換された（すなわち、ＥＵ番号付けに従ってＤ２６５Ａ及びＮ２９７Ａ）いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体が含まれる（米国特許第７３３２５８１号）。所定の実施態様では、Ｆｃ変異体は次の２つのアミノ酸置換を含む：Ｄ２６５Ａ及びＮ２９７Ａ。所定の実施態様では、Ｆｃ変異体は、次の２つのアミノ酸置換からなる：Ｄ２６５Ａ及びＮ２９７Ａ。
所定の実施態様では、野生型ヒトＦｃ領域の３２９位（ＥＵ番号付け）のプロリン（Ｐ３２９）が、グリシンもしくはアルギニン、又はＦｃのＰ３２９とＦｃｇＲＩＩＩのトリプトファン残基Ｗ８７及びＷ１１０との間に形成されるＦｃ／Ｆｃγ受容体界面内のプロリンサンドイッチを破壊するのに十分に大きいアミノ酸残基で置換される（Sondermann等: Nature 406, 267-273 (20 July 2000)）。更なる実施態様では、Ｆｃバリアントにおける少なくとも一つの更なるアミノ酸置換は、Ｓ２２８Ｐ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｄ、又はＰ３３１Ｓであり、更に別の実施態様では、前記少なくとも一つの更なるアミノ酸置換は、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域のＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ、あるいはヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域のＳ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅであり、全てＥＵ番号付けによる（その全体が出典明示により援用される米国特許第８９６９５２６号）。
所定の実施態様では、ポリペプチドは、ポリペプチドが、グリシンで置換されたヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＰ３２９を有し、Ｆｃバリアントが、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域のＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ又はヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域のＳ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅに少なくとも２つの更なるアミノ酸置換を含み、残基がＥＵ番号付けに従って番号付けされている、野生型ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＦｃバリアントを含む（その全体が出典明示により援用される米国特許第８９６９５２６号）。所定の実施態様では、Ｐ３２９Ｇ、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ（ＥＵ番号付け）置換を含むポリペプチドは、野生型ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域を含むポリペプチドによって誘導されるＡＤＣＣの少なくとも２０％までのＡＤＣＣの下方調節について、及び／又はＡＤＣＰの下方調節について、ヒトＦｃγＲＩＩＩＡ及びＦｃγＲＩＩＡに対する親和性の低下を示す（その全体が出典明示により援用される米国特許第８９６９５２６号）。
特定の実施態様では、野生型ヒトＦｃポリペプチドのＦｃバリアントを含むポリペプチドは、三重変異を含む：ＥＵ番号付け（Ｐ３２９／ＬＡＬＡ）によるＰｒｏ３２９位のアミノ酸置換、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ変異（その全体が出典明示により援用される米国特許第８９６９５２６号）。特定の実施態様では、ポリペプチドは次のアミノ酸置換を含む：EＵの番号付けによるＰ３２９Ｇ、Ｌ２３４Ａ、及びＬ２３５Ａ。
ＦｃＲへの改善された又は減少した結合を有する所定の抗体バリアントが記載されている。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields等, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照。）
所定の実施態様では、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する一又は複数のアミノ酸置換、例えばＦｃ領域の２９８位、３３３位、及び／又は３３４位に置換（ＥＵ番号付け）を有するＦｃ領域を含む。
幾つかの実施態様では、例えば、米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie等 J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に記載されているように、改変されたＣ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる改変がＦｃ領域においてなされる。
半減期が増加し、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体は、母体ＩｇＧの胎児への転移の原因であり（Guyer等, J. Immunol. 117:587 (1976)及びKim等, J. Immunol. 24:249 (1994)）、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Hinton等）に記載されている。それら抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合を改善する一又は複数の置換をそこに有するＦｃ領域を含む。そのようなＦｃバリアントは、Ｆｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４の一又は複数に置換を有するもの、例えばＥＵ番号付けによる、Ｆｃ領域残基４３４の置換（米国特許第７３７１８２６号）を有するものを含む。またDuncan及びWinter, Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及びＦｃ領域バリアントの他の例に関する国際公開第９４／２９３５１号を参照のこと。
ｇ．抗体誘導体
所定の実施態様では、ここで提供される抗体は、当該技術分野で知られており容易に利用可能な更なる非タンパク質性部分を含むように、更に改変されうる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーが含まれる。水溶性ポリマーの非限定例としては、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマー又はランダムコポリマーの何れか）、及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール、並びにそれらの混合物が含まれる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のため、製造において利点を有しうる。ポリマーは、任意の分子量のものでよく、分枝でも非分枝でもよい。抗体に結合したポリマーの数は変動し得、一種を超えるポリマーが結合する場合、それらは同じ分子でも異なる分子でもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／又はタイプは、限定されないが、改善される抗体の特定の性質又は機能、抗体誘導体が定まった条件下で治療法に使用されるかどうか等々を含む考慮に基づいて決定することができる。
別の実施態様では、放射線への曝露によって選択的に加熱されうる非タンパク質性部分と抗体のコンジュゲートが提供される。一実施態様では、非タンパク質性部分は、カーボンナノチューブ（Kam等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)）である。放射線は任意の波長のものであり得、限定はされないが、通常の細胞を害さないが、抗体−非タンパク質性部分の近位細胞が死滅する温度に非タンパク質性部分を加熱する波長が含まれる。
ｈ．腫瘍関連抗原
がんの治療においてここに記載のＡＤＣに有用でありうる、限定されないがシステイン操作抗体を含む抗体には、限定されないが、細胞表面受容体及び腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に対する抗体が含まれる。所定の腫瘍関連抗原は当該分野で知られており、当該分野で周知である方法及び情報を使用して抗体の作製に使用するために調製されうる。がんの診断及び治療のための効果的な細胞標的を発見する試みにおいて、研究者等は、一又は複数の正常な非がん性細胞と比較して一又は複数の特定の種類のがん細胞の表面上に特異的に発現される膜貫通又はその他の腫瘍関連ポリペプチドを同定しようとした。多くの場合、そのような腫瘍関連ポリペプチドは、非がん性細胞の表面上と比較してがん細胞の表面上でより豊富に発現される。そのような腫瘍関連細胞表面抗原ポリペプチドの同定は、抗体ベースの治療法による破壊のためにがん細胞をより特異的に標的とする能力をもたらした。
腫瘍関連抗原ＴＡＡの例としては、限定されないが、以下に列挙されるものが含まれる。便宜上、その全てが当該技術分野で知られているこれらの抗原に関する情報を以下に列挙するが、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）の核酸及びタンパク質配列同定規約に従って、名称、代替名、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号及び主要文献を含む。以下に列挙されるＴＡＡに対応する核酸及びタンパク質配列は、ＧｅｎＢａｎｋなどの公共のデータベースで入手可能である。抗体によって標的化される腫瘍関連抗原には、引用文献において同定された配列に対して少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、又は９５％の配列同一性を有する、及び／又は引用文献に見出される配列を有するＴＡＡと実質的に同じ生物学的性質又は特徴を示す、全てのアミノ酸配列バリアント及びアイソフォームが含まれる。例えば、バリアント配列を有するＴＡＡは一般に、列挙された対応する配列を有するＴＡＡに特異的に結合する抗体に特異的に結合することができる。ここに特に列挙された文献中の配列及び開示は、出典明示により明示的に援用される。
ｉ．組換え法及び組成物
抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号に記載されているような組換え法及び組成物を使用して産生することができる。一実施態様では、ここに記載の抗体をコードする単離核酸が提供される。そのような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／又は抗体のＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードしうる。更なる実施態様では、そのような核酸を含む一又は複数のベクター（例えば発現ベクター）が提供される。更なる実施態様では、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。そのような一実施態様では、宿主細胞は、次のものを含む（例えば、次のもので形質転換されている）：（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列と抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一のベクターと、抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第二のベクター。一実施態様では、宿主細胞は、真核細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞又はリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様では、抗体を作製する方法が提供され、その方法は、上に提供された抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体の発現に適した条件下で培養することと、場合によっては、宿主細胞（又は宿主細胞培地）から抗体を回収することを含む。
抗体の組換え産生のために、例えば上に記載のような、抗体をコードする核酸が単離され、更なるクローニング及び／又は宿主細胞での発現のために一又は複数のベクター中に挿入される。そのような核酸は、一般的な手順を使用して（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）、容易に単離され、配列決定されうる。
抗体をコードするベクターのクローニング又は発現に適切な宿主細胞としては、ここに記載の原核又は真核細胞が含まれる。例えば、抗体は、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要でない場合は、細菌中で産生させることができる。細菌中での抗体断片及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５６４８２３７号、第５７８９１９９号、及び第５８４０５２３号を参照のこと（大腸菌中での抗体断片の発現を記載する、Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp.245-254も参照のこと）。発現後、抗体は、可溶性画分の細菌細胞ペーストから単離することができ、更に精製することができる。
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母などの真核微生物が、抗体をコードするベクターのための適切なクローニング又は発現宿主であり、これには、そのグリコシル化経路が「ヒト化され」、その結果、部分的に又は完全にヒトグリコシル化パターンを有する抗体を生じる真菌及び酵母株が含まれる。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)、及びLi等, Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照のこと。
グリコシル化抗体の発現に適切な宿主細胞はまた多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）にも由来する。無脊椎動物細胞の例には植物細胞及び昆虫細胞が含まれる。昆虫細胞と併せて使用することができ、特にヨトウガ細胞のトランスフェクションのために使用することができる、多数のバキュロウイルス株が同定されている。
植物細胞培養物もまた宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５９５９１７７号、第６０４０４９８号、第６４２０５４８号、第７１２５９７８号及び第６４１７４２９号（トランスジェニック植物において抗体を産生するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術を記載）を参照のこと。
脊椎動物細胞もまた宿主として使用することができる。例えば、懸濁液中で増殖するように適合されている哺乳動物細胞株が有用でありうる。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７）によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株；ヒト胎児由来腎臓株（例えば、Graham等, J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載されているような２９３又は２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えば、Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されているようなＴＭ４細胞）；サル腎臓細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頚がん細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えば、Mather等, Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されているようなＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株には、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞（Urlaub等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)）を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞；及びＹ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が含まれる。抗体産生に適した所定の哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えば、Yazaki及びWu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003)を参照こと。
以下、抗体親和性に注目すると、実施態様において、抗体は、（１）−（５３）から選択される一又は複数の腫瘍関連抗原もしくは細胞表面受容体に結合する：
（１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体ＩＢ型、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１２０３）
ten Dijke,P.等 Science 264 (5155):101-104 (1994), Oncogene 14 (11):1377-1382 (1997)）；国際公開第２００４０６３３６２号（請求項２）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３１３４７９０−Ａ１号（３８〜３９頁）；国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；２９６頁）；国際公開第２００３０５５４４３号（９１〜９２頁）；国際公開第２００２９９１２２号（実施例２；５２８〜５３０頁）；国際公開第２００３０２９４２１号（請求項６）；国際公開第２００３０２４３９２号（請求項２；図１１２）；国際公開第２００２９８３５８号（請求項１；１８３頁）；国際公開第２００２５４９４０号（１００〜１０１頁）；国際公開第２００２５９３７７号（３４９〜３５０頁）；国際公開第２００２３０２６８号（請求項２７；３７６頁）；国際公開第２００１４８２０４号（実施例；図４）；
ＮＰ＿００１１９４骨形成タンパク質受容体，ＩＢ型／ｐｉｄ＝ＮＰ＿００１１９４．１
相互参照：ＭＩＭ：６０３２４８；ＮＰ＿００１１９４．１；ＡＹ０６５９９４
（２）Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００３４８６）
Biochem. Biophys. Res. Commun. 255 (2), 283-288 (1999), Nature 395 (6699):288-291 (1998), Gaugitsch, H.W.等 (1992) J. Biol. Chem. 267 (16):11267-11273)；国際公開第２００４０４８９３８号（実施例２）；国際公開第２００４０３２８４２号（実施例ＩＶ）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；国際公開第２００２７８５２４号（実施例２）；国際公開第２００２９９０７４号（請求項１９；１２７〜１２９頁）；国際公開第２００２８６４４３号（請求項２７；２２２頁、３９３頁）；国際公開第２００３００３９０６号（請求項１０；２９３頁）；国際公開第２００２６４７９８号（請求項３３；９３〜９５頁）；国際公開第２０００１４２２８号（請求項５；１３３〜１３６頁）；米国特許出願公開第２００３２２４４５４号（図３）；国際公開第２００３０２５１３８号（請求項１２；１５０頁）；
ＮＰ＿００３４７７溶質担体ファミリー７（カチオン性アミノ酸輸送体，ｙ＋系）、メンバー５／ｐｉｄ＝ＮＰ＿００３４７７．３−Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ
相互参照：ＭＩＭ：６００１８２；ＮＰ＿００３４７７．３；ＮＭ＿０１５９２３；ＮＭ＿００３４８６＿１
（３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１２４４９）
Cancer Res. 61 (15), 5857-5860 (2001), Hubert, R.S.等 (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (25):14523-14528)；国際公開第２００４０６５５７７号（請求項６）；国際公開第２００４０２７０４９号（図１Ｌ）；欧州特許出願公開第１３９４２７４号（実施例１１）；国際公開第２００４０１６２２５号（請求項２）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３１５７０８９号（実施例５）；米国特許出願公開第２００３１８５８３０号（実施例５）；米国特許出願公開第２００３０６４３９７号（図２）；国際公開第２００２８９７４７号（実施例５；６１８〜６１９頁）；国際公開第２００３０２２９９５号（実施例９；図１３Ａ、実施例５３；１７３頁、実施例２；図２Ａ）；
ＮＰ＿０３６５８１ 前立腺の６回膜貫通上皮抗原
相互参照：ＭＩＭ：６０４４１５；ＮＰ＿０３６５８１．１；ＮＭ＿０１２４４９＿１
（４）０７７２Ｐ（ＣＡ１２５、ＭＵＣ１６、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ３６１４８６）
J. Biol. Chem. 276 (29):27371-27375 (2001)）；国際公開第２００４０４５５５３号（請求項１４）；国際公開第２００２９２８３６号（請求項６；図１２）；国際公開第２００２８３８６６号（請求項１５；１１６〜１２１頁）；米国特許出願公開第２００３１２４１４０号（実施例１６）；米国特許第７９８９５９号。相互参照：ＧＩ：３４５０１４６７；ＡＡＫ７４１２０．３；ＡＦ３６１４８６＿１
（５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００５８２３）Yamaguchi, N.等 Biol. Chem. 269 (2), 805-808 (1994), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (20):11531-11536 (1999), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (1):136-140 (1996), J. Biol. Chem. 270 (37):21984-21990 (1995)）；国際公開第２００３１０１２８３号（請求項１４）；（国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；２８７〜２８８頁）；国際公開第２００２１０１０７５号（請求項４；３０８〜３０９頁）；国際公開第２００２７１９２８号（３２０〜３２１頁）；国際公開第９４１０３１２号（５２〜５７頁）；相互参照：ＭＩＭ：６０１０５１；ＮＰ＿００５８１４．２；ＮＭ＿００５８２３＿１
（６）Ｎａｐｉ２ｂ（Ｎａｐｉ３ｂ、ＮＡＰＩ−３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質担体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２，ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸輸送体３ｂ、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００６４２４）
J. Biol. Chem. 277 (22):19665-19672 (2002), Genomics 62 (2):281-284 (1999), Feild, J.A.等 (1999) Biochem. Biophys. Res. Commun. 258 (3):578-582）；国際公開第２００４０２２７７８号（請求項２）；欧州特許出願公開第１３９４２７４号（実施例１１）；国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；３２６頁）；欧州特許出願公開第８７５５６９号（請求項１；１７〜１９頁）；国際公開第２００１５７１８８号（請求項２０；３２９頁）；国際公開第２００４０３２８４２号（実施例ＩＶ）；国際公開第２００１７５１７７号（請求項２４；１３９〜１４０頁）；
相互参照：ＭＩＭ：６０４２１７；ＮＰ＿００６４１５．１；ＮＭ＿００６４２４＿１
（７）Ｓｅｍａ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジン反復（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）及びショート細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＢ０４０８７８）
Nagase T.等 (2000) DNA Res. 7 (2):143-150）；国際公開第２００４０００９９７号（請求項１）；国際公開第２００３００３９８４号（請求項１）；国際公開第２００２０６３３９号（請求項１；５０頁）；国際公開第２００１８８１３３号（請求項１；４１〜４３頁、４８〜５８頁）；国際公開第２００３０５４１５２号（請求項２０）；国際公開第２００３１０１４００号（請求項１１）；アクセッション：Ｑ９Ｐ２８３；ＥＭＢＬ；ＡＢ０４０８７８；ＢＡＡ９５９６９．１．Ｇｅｎｅｗ；ＨＧＮＣ：１０７３７；
（８）ＰＳＣＡ ｈｌｇ（２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２７０００５０Ｃ１２遺伝子、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＹ３５８６２８）；Ross等 (2002) Cancer Res. 62:2546-2553；米国特許出願公開第２００３１２９１９２号（請求項２）；米国特許出願公開第２００４０４４１８０号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００４０４４１７９号（請求項１１）；米国特許出願公開第２００３０９６９６１号（請求項１１）；米国特許出願公開第２００３２３２０５６号（実施例５）；国際公開第２００３１０５７５８号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３２０６９１８号（実施例５）；欧州特許出願公開第１３４７０４６号（請求項１）；国際公開第２００３０２５１４８号（請求項２０）；
相互参照：ＧＩ：３７１８２３７８；ＡＡＱ８８９９１．１；ＡＹ３５８６２８＿１
（９）ＥＴＢＲ（エンドセリンＢ型受容体、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＹ２７５４６３）；
Nakamuta M.等 Biochem. Biophys. Res. Commun. 177, 34-39, 1991；Ogawa Y.等 Biochem. Biophys. Res. Commun. 178, 248-255, 1991；Arai H.等 Jpn. Circ. J. 56, 1303-1307, 1992；Arai H.等 J. Biol. Chem. 268, 3463-3470, 1993；Sakamoto A., Yanagisawa M.等 Biochem. Biophys. Res. Commun. 178, 656-663, 1991；Elshourbagy N.A.等 J. Biol. Chem. 268, 3873-3879, 1993；Haendler B.等 J. Cardiovasc. Pharmacol. 20, s1-S4, 1992；Tsutsumi M.等 Gene 228, 43-49, 1999；Strausberg R.L.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 16899-16903, 2002；Bourgeois C.等 J. Clin. Endocrinol. Metab. 82, 3116-3123, 1997；Okamoto Y.等 Biol. Chem. 272, 21589-21596, 1997；Verheij J.B.等 Am. J. Med. Genet. 108, 223-225, 2002；Hofstra R.M.W.等 Eur. J. Hum. Genet. 5, 180-185, 1997；Puffenberger E.G.等 Cell 79, 1257-1266, 1994；Attie T.等, Hum. Mol. Genet. 4, 2407-2409, 1995；Auricchio A.等 Hum. Mol. Genet. 5:351-354, 1996；Amiel J.等 Hum. Mol. Genet. 5, 355-357, 1996；Hofstra R.M.W.等 Nat. Genet. 12, 445-447, 1996；Svensson P.J.等 Hum. Genet. 103, 145-148, 1998；Fuchs S.等 Mol. Med. 7, 115-124, 2001；Pingault V.等 (2002) Hum. Genet. 111, 198-206；国際公開第２００４０４５５１６号（請求項１）；国際公開第２００４０４８９３８号（実施例２）；国際公開第２００４０４００００号（請求項１５１）；国際公開第２００３０８７７６８号（請求項１）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；国際公開第２００２６１０８７号（図１）；国際公開第２００３０１６４９４号（図６）；国際公開第２００３０２５１３８号（請求項１２；１４４頁）；国際公開第２００１９８３５１号（請求項１；１２４〜１２５頁）；欧州特許出願公開第５２２８６８号（請求項８；図２）；国際公開第２００１７７１７２号（請求項１；２９７〜２９９頁）；米国特許出願公開第２００３１０９６７６号；米国特許第６５１８４０４号（図３）；米国特許第５７７３２２３号（請求項１ａ；３１〜３４欄）；国際公開第２００４００１００４号；
（１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮想タンパク質ＦＬＪ２０３１５、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１７７６３）；
国際公開第２００３１０４２７５号（請求項１）；国際公開第２００４０４６３４２号（実施例２）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；国際公開第２００３０８３０７４号（請求項１４；６１頁）；国際公開第２００３０１８６２１号（請求項１）；国際公開第２００３０２４３９２号（請求項２；図９３）；国際公開第２００１６６６８９号（実施例６）；
相互参照：ＬｏｃｕｓＩＤ：５４８９４；ＮＰ＿０６０２３３．２；ＮＭ＿０１７７６３＿１
（１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ−１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺がん関連遺伝子１、前立腺がん関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ４５５１３８）
Lab. Invest. 82 (11):1573-1582 (2002)）；国際公開第２００３０８７３０６号；米国特許出願公開第２００３０６４３９７号（請求項１；図１）；国際公開第２００２７２５９６号（請求項１３；５４〜５５頁）；国際公開第２００１７２９６２号（請求項１；図４Ｂ）；国際公開第２００３１０４２７０号（請求項１１）；国際公開第２００３１０４２７０号（請求項１６）；米国特許出願公開第２００４００５５９８号（請求項２２）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；米国特許出願公開第２００３０６０６１２号（請求項１２；図１０）；国際公開第２００２２６８２２号（請求項２３；図２）；国際公開第２００２１６４２９号（請求項１２；図１０）；
相互参照：ＧＩ：２２６５５４８８；ＡＡＮ０４０８０．１；ＡＦ４５５１３８＿１
（１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１７６３６）
Xu, X.Z.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (19):10692-10697 (2001), Cell 109 (3):397-407 (2002), J. Biol. Chem. 278 (33):30813-30820 (2003)）；米国特許出願公開第２００３１４３５５７号（請求項４）；国際公開第２０００４０６１４号（請求項１４；１００〜１０３頁）；国際公開第２００２１０３８２号（請求項１；図９Ａ）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；国際公開第２００２３０２６８号（請求項２７；３９１頁）；米国特許出願公開第２００３２１９８０６号（請求項４）；国際公開第２００１６２７９４号（請求項１４；図１Ａ〜Ｄ）；
相互参照：ＭＩＭ：６０６９３６；ＮＰ＿０６０１０６．２；ＮＭ＿０１７６３６＿１
（１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形がん由来増殖因子、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００３２０３又はＮＭ＿００３２１２）
Ciccodicola, A.等 EMBO J. 8 (7):1987-1991 (1989), Am. J. Hum. Genet. 49 (3):555-565 (1991)）；米国特許出願公開第２００３２２４４１１号（請求項１）；国際公開第２００３０８３０４１号（実施例１）；国際公開第２００３０３４９８４号（請求項１２）；国際公開第２００２８８１７０号（請求項２；５２〜５３頁）；国際公開第２００３０２４３９２号（請求項２；図５８）；国際公開第２００２１６４１３号（請求項１；９４〜９５、１０５頁）；国際公開第２００２２２８０８号（請求項２；図１）；米国特許第５８５４３９９号（実施例２；１７〜１８欄）；米国特許出願公開第５７９２６１６号（図２）；
相互参照：ＭＩＭ：１８７３９５；ＮＰ＿００３２０３．１；ＮＭ＿００３２１２＿１
（１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）又はＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／エプスタインバーウイルス受容体）又はＨｓ．７３７９２ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｍ２６００４）
Fujisaku等 (1989) J. Biol. Chem. 264 (4):2118-2125)；Weis J.J.等 J. Exp. Med. 167, 1047-1066, 1988；Moore M.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84, 9194-9198, 1987；Barel M.等 Mol. Immunol. 35, 1025-1031, 1998；Weis J.J.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 5639-5643, 1986；Sinha S.K.等 (1993) J. Immunol. 150, 5311-5320；国際公開第２００４０４５５２０号（実施例４）；米国特許出願公開第２００４００５５３８号（実施例１）；国際公開第２００３０６２４０１号（請求項９）；国際公開第２００４０４５５２０号（実施例４）；国際公開第９１０２５３６号（図９．１〜９．９）；国際公開第２００４０２０５９５号（請求項１）；
アクセッション：Ｐ２００２３；Ｑ１３８６６；Ｑ１４２１２；ＥＭＢＬ；Ｍ２６００４；ＡＡＡ３５７８６．１。
（１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０００６２６又は１１０３８６７４）
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) 100 (7):4126-4131, Blood (2002) 100 (9):3068-3076, Muller等 (1992) Eur. J. Immunol. 22 (6):1621-1625）；国際公開第２００４０１６２２５号（請求項２、図１４０）；国際公開第２００３０８７７６８号、米国特許出願公開第２００４１０１８７４号（請求項１、１０２頁）；国際公開第２００３０６２４０１号（請求項９）；国際公開第２００２７８５２４号（実施例２）；米国特許出願公開第２００２１５０５７３号（請求項５、１５頁）；米国特許第５６４４０３３号；国際公開第２００３０４８２０２号（請求項１、３０６頁及び３０９頁）；国際公開第９９／５５８６５８号、米国特許第６５３４４８２号（請求項１３、図１７Ａ／Ｂ）；国際公開第２０００５５３５１号（請求項１１、１１４５〜１１４６頁）；
相互参照：ＭＩＭ：１４７２４５；ＮＰ＿０００６１７．１；ＮＭ＿０００６２６＿１
（１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０３０７６４、ＡＹ３５８１３０）
Genome Res. 13 (10):2265-2270 (2003), Immunogenetics 54 (2):87-95 (2002), Blood 99 (8):2662-2669 (2002), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (17):9772-9777 (2001), Xu, M.J.等 (2001) Biochem. Biophys. Res. Commun. 280 (3):768-775；国際公開第２００４０１６２２５号（請求項２）；国際公開第２００３０７７８３６号；国際公開第２００１３８４９０号（請求項５；図１８Ｄ−１〜１８Ｄ−２）；国際公開第２００３０９７８０３号（請求項１２）；国際公開第２００３０８９６２４号（請求項２５）；
相互参照：ＭＩＭ：６０６５０９；ＮＰ＿１１０３９１．２；ＮＭ＿０３０７６４＿１
（１７）ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ１１７３０）
Coussens L.等 Science (1985) 230(4730):1132-1139)；Yamamoto T.等 Nature 319, 230-234, 1986；Semba K.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82, 6497-6501, 1985；Swiercz J.M.等 J. Cell Biol. 165, 869-880, 2004；Kuhns J.J.等 J. Biol. Chem. 274, 36422-36427, 1999；Cho H.-S.等 Nature 421, 756-760, 2003；Ehsani A.等 (1993) Genomics 15, 426-429；国際公開第２００４０４８９３８号（実施例２）；国際公開第２００４０２７０４９号（図１Ｉ）；国際公開第２００４００９６２２号；国際公開第２００３０８１２１０号；国際公開第２００３０８９９０４号（請求項９）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１１８５９２号；国際公開第２００３００８５３７号（請求項１）；国際公開第２００３０５５４３９号（請求項２９；図１Ａ〜Ｂ）；国際公開第２００３０２５２２８号（請求項３７；図５Ｃ）；国際公開第２００２２２６３６号（実施例１３；９５〜１０７頁）；国際公開第２００２１２３４１号（請求項６８；図７）；国際公開第２００２１３８４７号（７１〜７４頁）；国際公開第２００２１４５０３号（１１４〜１１７頁）；国際公開第２００１５３４６３号（請求項２；４１〜４６頁）；国際公開第２００１４１７８７号（１５頁）；国際公開第２０００４４８９９号（請求項５２；図７）；国際公開第２０００２０５７９号（請求項３；図２）；米国特許第５８６９４４５号（請求項３；３１〜３８欄）；国際公開第９６３０５１４号（請求項２；５６〜６１頁）；欧州特許出願公開第１４３９３９３号（請求項７）；国際公開第２００４０４３３６１号（請求項７）；国際公開第２００４０２２７０９号；国際公開第２００１００２４４号（実施例３；図４）；
アクセッション：Ｐ０４６２６；ＥＭＢＬ；Ｍ１１７６７；ＡＡＡ３５８０８．１．ＥＭＢＬ；Ｍ１１７６１；ＡＡＡ３５８０８．１。
（１８）ＮＣＡ（ＣＥＡＣＡＭ６、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｍ１８７２８）；
Barnett T.等 Genomics 3, 59-66, 1988；Tawaragi Y.等 Biochem. Biophys. Res. Commun. 150, 89-96, 1988；Strausberg R.L.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99:16899-16903, 2002；国際公開第２００４０６３７０９号；欧州特許出願公開第１４３９３９３号（請求項７）；国際公開第２００４０４４１７８号（実施例４）；国際公開第２００４０３１２３８号；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；国際公開第２００２７８５２４号（実施例２）；国際公開第２００２８６４４３号（請求項２７；４２７頁）；国際公開第２００２６０３１７号（請求項２）；
アクセッション：Ｐ４０１９９；Ｑ１４９２０；ＥＭＢＬ；Ｍ２９５４１；ＡＡＡ５９９１５．１．ＥＭＢＬ；Ｍ１８７２８；
（１９）ＭＤＰ（ＤＰＥＰ１、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＢＣ０１７０２３）
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26):16899-16903 (2002)）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；国際公開第２００２６４７９８号（請求項３３；８５〜８７頁）；日本国特許出願公開第０５００３７９０号（図６〜８）；国際公開第９９４６２８４号（図９）；
相互参照：ＭＩＭ：１７９７８０；ＡＡＨ１７０２３．１；ＢＣ０１７０２３＿１
（２０）ＩＬ２０Ｒα（ＩＬ２０Ｒａ、ＺＣＹＴＯＲ７、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ１８４９７１）、
Clark H.F.等 Genome Res. 13, 2265-2270, 2003；Mungall A.J.等 Nature 425, 805-811, 2003；Blumberg H.等 Cell 104, 9-19, 2001；Dumoutier L.等 J. Immunol. 167, 3545-3549, 2001；Parrish-Novak J.等 J. Biol. Chem. 277, 47517-47523, 2002；Pletnev S.等 (2003) Biochemistry 42:12617-12624；Sheikh F.等 (2004) J. Immunol. 172, 2006-2010；欧州特許出願公開第１３９４２７４号（実施例１１）；米国特許出願公開第２００４００５３２０号（実施例５）；国際公開第２００３０２９２６２号（７４〜７５頁）；国際公開第２００３００２７１７号（請求項２；６３頁）；国際公開第２００２２２１５３号（４５〜４７頁）；米国特許出願公開第２００２０４２３６６号（２０〜２１頁）；国際公開第２００１４６２６１号（５７〜５９頁）；国際公開第２００１４６２３２号（６３〜６５頁）；国際公開第９８３７１９３号（請求項１；５５〜５９頁）；
アクセッション：Ｑ９ＵＨＦ４；Ｑ６ＵＷＡ９；Ｑ９６ＳＨ８；ＥＭＢＬ；ＡＦ１８４９７１；ＡＡＦ０１３２０．１。
（２１）ブレビカン（ＢＣＡＮ、ＢＥＨＡＢ、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ２２９０５３）
Gary S.C.等 Gene 256, 139-147, 2000；Clark H.F.等 Genome Res. 13, 2265-2270, 2003；Strausberg R.L.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 16899-16903, 2002；米国特許出願公開第２００３１８６３７２号（請求項１１）；米国特許出願公開第２００３１８６３７３号（請求項１１）；米国特許出願公開第２００３１１９１３１号（請求項１；図５２）；米国特許出願公開第２００３１１９１２２号（請求項１；図５２）；米国特許出願公開第２００３１１９１２６号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１１９１２１号（請求項１；図５２）；米国特許出願公開第２００３１１９１２９号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１１９１３０号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１１９１２８号（請求項１；図５２）；米国特許出願公開第２００３１１９１２５号（請求項１）；国際公開第２００３０１６４７５号（請求項１）；国際公開第２００２０２６３４号（請求項１）；
（２２）ＥｐｈＢ２Ｒ（ＤＲＴ、ＥＲＫ、Ｈｅｋ５、ＥＰＨＴ３、Ｔｙｒｏ５、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００４４４２）
Chan,J.及びWatt, V.M., Oncogene 6 (6), 1057-1061 (1991) Oncogene 10 (5):897-905 (1995), Annu. Rev. Neurosci. 21:309-345 (1998), Int. Rev. Cytol. 196:177-244 (2000)）；国際公開第２００３０４２６６１号（請求項１２）；国際公開第２０００５３２１６号（請求項１；４１頁）；国際公開第２００４０６５５７６号（請求項１）；国際公開第２００４０２０５８３号（請求項９）；国際公開第２００３００４５２９号（１２８〜１３２頁）；国際公開第２０００５３２１６号（請求項１；４２頁）；
相互参照：ＭＩＭ：６００９９７；ＮＰ＿００４４３３．２；ＮＭ＿００４４４２＿１
（２３）ＡＳＬＧ６５９（Ｂ７ｈ、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＸ０９２３２８）
米国特許出願公開第２００４０１０１８９９号（請求項２）；国際公開第２００３１０４３９９号（請求項１１）；国際公開第２００４０００２２１号（図３）；米国特許出願公開第２００３１６５５０４号（請求項１）；米国特許出願公開第２００３１２４１４０号（実施例２）；米国特許出願公開第２００３０６５１４３号（図６０）；国際公開第２００２１０２２３５号（請求項１３；２９９頁）；米国特許出願公開第２００３０９１５８０号（実施例２）；国際公開第２００２１０１８７号（請求項６；図１０）；国際公開第２００１９４６４１号（請求項１２；図７ｂ）；国際公開第２００２０２６２４号（請求項１３；図１Ａ〜１Ｂ）；米国特許出願公開第２００２０３４７４９号（請求項５４；４５〜４６頁）；国際公開第２００２０６３１７号（実施例２；３２０〜３２１頁、請求項３４；３２１〜３２２頁）；国際公開第２００２７１９２８号（４６８〜４６９頁）；国際公開第２００２０２５８７号（実施例１；図１）；国際公開第２００１４０２６９号（実施例３；１９０〜１９２頁）；国際公開第２０００３６１０７号（実施例２；２０５〜２０７頁）；国際公開第２００４０５３０７９号（請求項１２）；国際公開第２００３００４９８９号（請求項１）；国際公開第２００２７１９２８号（２３３〜２３４頁、４５２〜４５３頁）；国際公開第０１１６３１８号；
（２４）ＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原前駆体、アクセッション番号ＡＪ２９７４３６）
Reiter R.E.等 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 1735-1740, 1998；Gu Z.等 Oncogene 19, 1288-1296, 2000; Biochem. Biophys. Res. Commun. (2000) 275(3):783-788；国際公開第２００４０２２７０９号；欧州特許出願公開第１３９４２７４号（実施例１１）；米国特許出願公開第２００４０１８５５３号（請求項１７）；国際公開第２００３００８５３７号（請求項１）；国際公開第２００２８１６４６号（請求項１；１６４頁）；国際公開第２００３００３９０６号（請求項１０；２８８頁）；国際公開第２００１４０３０９号（実施例１；図１７）；米国特許出願公開第２００１０５５７５１号（実施例１；図１ｂ）；国際公開第２０００３２７５２号（請求項１８；図１）；国際公開第９８５１８０５号（請求項１７；９７頁）；国際公開第９８５１８２４号（請求項１０；９４頁）；国際公開第９８４０４０３号（請求項２；図１Ｂ）；
アクセッション：Ｏ４３６５３；ＥＭＢＬ；ＡＦ０４３４９８；ＡＡＣ３９６０７．１．
（２５）ＧＥＤＡ（Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＹ２６０７６３）；
ＡＡＰ１４９５４脂肪腫ＨＭＧＩＣ融合パートナー様タンパク質／ｐｉｄ＝ＡＡＰ１４９５４．１−Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ
種:Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）；国際公開第２００３０５４１５２号（請求項２０）；国際公開第２００３０００８４２号（請求項１）；国際公開第２００３０２３０１３号（実施例３；請求項２０）；米国特許出願公開第２００３１９４７０４号（請求項４５）；
相互参照：ＧＩ：３０１０２４４９；ＡＡＰ１４９５４．１；ＡＹ２６０７６３＿１
（２６）ＢＡＦＦ−Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ１１６４５６）；ＢＡＦＦ受容体／ｐｉｄ＝ＮＰ＿４４３１７７．１−Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ
Thompson, J.S.等 Science 293 (5537), 2108-2111 (2001)；国際公開第２００４０５８３０９号；国際公開第２００４０１１６１１号；国際公開第２００３０４５４２２号（実施例；３２〜３３頁）；国際公開第２００３０１４２９４号（請求項３５；図６Ｂ）；国際公開第２００３０３５８４６号（請求項７０；６１５〜６１６頁）；国際公開第２００２９４８５２号（１３６〜１３７欄）；国際公開第２００２３８７６６号（請求項３；１３３頁）；国際公開第２００２２４９０９号（実施例３；図３）；
相互参照：ＭＩＭ：６０６２６９；ＮＰ＿４４３１７７．１；ＮＭ＿０５２９４５＿１；ＡＦ１３２６００
（２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２−Ｂアイソフォーム、ＢＬ−ＣＡＭ、Ｌｙｂ−８、Ｌｙｂ８、ＳＩＧＬＥＣ−２、ＦＬＪ２２８１４、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＫ０２６４６７）；Wilson等 (1991) J. Exp. Med. 173:137-146；国際公開第２００３０７２０３６号（請求項１；図１）；
相互参照：ＭＩＭ：１０７２６６；ＮＰ＿００１７６２．１；ＮＭ＿００１７７１＿１
（２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９α、免疫グロブリン関連アルファ、Ｉｇベータ（ＣＤ７９Ｂ）と共有結合により相互作用し、ＩｇＭ分子と表面上に複合体を形成し、Ｂ細胞分化に関与するシグナルを伝達するＢ細胞特異的タンパク質）、ｐＩ：４．８４、ＭＷ：２５０２８ ＴＭ：２［Ｐ］遺伝子染色体：１９ｑ１３．２、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００１７７４．１０）
国際公開第２００３０８８８０８号、米国特許出願公開第２００３０２２８３１９号；国際公開第２００３０６２４０１号（請求項９）；米国特許出願公開第２００２１５０５７３号（請求項４；１３〜１４頁）；国際公開第９９５８６５８号（請求項１３、図１６）；国際公開第９２０７５７４号（図１）；米国特許第５６４４０３３号；Ha等 (1992) J. Immunol. 148(5):1526-1531；Mueller等 (1992) Eur. J. Biochem. 22:1621-1625；Hashimoto等 (1994) Immunogenetics 40(4):287-295；Preud'homme等 (1992) Clin. Exp. Immunol. 90(1):141-146；Yu等 (1992) J. Immunol. 148(2) 633-637；Sakaguchi等 (1988) EMBO J. 7(11):3457-3464；
（２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１、ＣＸＣＬ１３ケモカインによって活性化され、リンパ球遊走及び体液性防御において機能し、ＨＩＶ−２感染と恐らくはＡＩＤＳ、リンパ腫、骨髄腫、及び白血病の発症において役割を果たすＧタンパク質共役型受容体）；３７２ａａ、ｐＩ：８．５４ ＭＷ：４１９５９ ＴＭ：７［Ｐ］遺伝子染色体：１１ｑ２３．３、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００１７０７．１）
国際公開第２００４０４００００号；国際公開第２００４０１５４２６号；米国特許出願公開第２００３１０５２９２号（実施例２）；米国特許第６５５５３３９号（実施例２）；国際公開第２００２６１０８７号（図１）；国際公開第２００１５７１８８号（請求項２０；２６９頁）；国際公開第２００１７２８３０号（１２〜１３頁）；国際公開第２０００２２１２９号（実施例１、１５２〜１５３頁、実施例２、２５４〜２５６頁）；国際公開第９９２８４６８号（請求項１、３８頁）；米国特許第５４４００２１号（実施例２、４９〜５２欄）；国際公開第９４２８９３１号（５６〜５８頁）；国際公開第９２１７４９７号（請求項７、図５）；Dobner等 (1992) Eur. J. Immunol. 22:2795-2799；Barella等 (1995) Biochem. J. 309:773-779；
（３０）ＨＬＡ−ＤＯＢ（ペプチドと結合し、ＣＤ４＋Ｔリンパ球にそれらを提示するＭＨＣクラスＩＩ分子（Ｉａ抗原）のベータサブユニット）；２７３ａａ、ｐＩ：６．５６ ＭＷ：３０８２０ ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：６ｐ２１．３、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００２１１１．１）
Tonnelle等 (1985) EMBO J. 4(11):2839-2847；Jonsson等 (1989) Immunogenetics 29(6):411-413；Beck等 (1992) J. Mol. Biol. 228:433-441；Strausberg等 (2002) Proc. Natl. Acad. Sci USA 99:16899-16903；Servenius等 (1987) J. Biol. Chem. 262:8759-8766；Beck等 (1996) J. Mol. Biol. 255:1-13；Naruse等 (2002) Tissue Antigens 59:512-519；国際公開第９９５８６５８号（請求項１３、図１５）；米国特許第６１５３４０８号（３５〜３８欄）；米国特許第５９７６５５１号（１６８〜１７０欄）；米国特許第６０１１１４６号（１４５〜１４６欄）；Kasahara等 (1989) Immunogenetics 30(1):66-68；Larhammar等 (1985) J. Biol. Chem. 260(26):14111-14119；
（３１）Ｐ２Ｘ５（細胞外ＡＴＰによって開閉されるイオンチャネルであるプリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５、シナプス伝達及び神経発生に関与している可能性があり、不足すると特発性排尿筋不安定の病態生理の一因となる場合がある）；４２２ａａ）、ｐＩ：７．６３、ＭＷ：４７２０６ ＴＭ：１［Ｐ］ 遺伝子染色体：１７ｐ１３．３、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００２５５２．２）
Le等 (1997) FEBS Lett. 418(1-2):195-199；国際公開第２００４０４７７４９号；国際公開第２００３０７２０３５号（請求項１０）；Touchman等 (2000) Genome Res. 10:165-173；国際公開第２００２２２６６０号（請求項２０）；国際公開第２００３０９３４４４号（請求項１）；国際公開第２００３０８７７６８号（請求項１）；国際公開第２００３０２９２７７号（８２頁）；
（３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ−２）タンパク質配列全長ｍａｅａｉｔｙ．．．ｔａｆｒｆｐｄ（１．．３５９；３５９ａａ）、ｐＩ：８．６６、ＭＷ：４０２２５ ＴＭ：１［Ｐ］ 遺伝子染色体：９ｐ１３．３、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００１７７３．１）
国際公開第２００４０４２３４６号（請求項６５）；国際公開第２００３０２６４９３号（５１〜５２頁、５７〜５８頁）；国際公開第２０００７５６５５号（１０５〜１０６頁）；Von Hoegen等 (1990) J. Immunol. 144(12):4870-4877；Strausberg等 (2002) Proc. Natl. Acad. Sci USA 99:16899-16903；
（３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチ反復（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質で、Ｂ細胞活性化及びアポトーシスを制御し、機能喪失が全身性エリテマトーデスの患者における疾患活性の増加と関連する）；６６１ａａ、ｐＩ：６．２０、ＭＷ：７４１４７ ＴＭ：１［Ｐ］ 遺伝子染色体：５ｑ１２、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００５５７３．１）
米国特許出願公開第２００２１９３５６７号；国際公開第９７０７１９８号（請求項１１、３９〜４２頁）；Miura等 (1996) Genomics 38(3):299-304；Miura等 (1998) Blood 92:2815-2822；国際公開第２００３０８３０４７号；国際公開第９７４４４５２号（請求項８、５７〜６１頁）；国際公開第２０００１２１３０号（２４〜２６頁）；
（３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１、Ｃ２型Ｉｇ様及びＩＴＡＭドメインを含む免疫グロブリンＦｃドメインの推定受容体で、Ｂリンパ球分化において役割を有する可能性がある）；４２９ａａ、ｐＩ：５．２８、ＭＷ：４６９２５ ＴＭ：１［Ｐ］ 遺伝子染色体：１ｑ２１−１ｑ２２、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿４４３１７０．１）
国際公開第２００３０７７８３６号；国際公開第２００１３８４９０号（請求項６、図１８Ｅ−１〜１８−Ｅ−２）；Davis等 (2001) Proc. Natl. Acad. Sci USA 98(17):9772-9777；国際公開第２００３０８９６２４号（請求項８）；欧州特許出願公開第１３４７０４６号（請求項１）；国際公開第２００３０８９６２４号（請求項７）；
（３５）ＦＣＲＨ５（ＩＲＴＡ２、免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２で、Ｂ細胞発生及びリンパ腫形成において可能な役割を有する推定免疫受容体；転座による遺伝子の制御解除が一部のＢ細胞悪性腫瘍で生じる）；９７７ａａ、ｐＩ：６．８８ ＭＷ：１０６４６８ ＴＭ：１［Ｐ］ 遺伝子染色体：１ｑ２１、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ヒト：ＡＦ３４３６６２、ＡＦ３４３６６３、ＡＦ３４３６６４、ＡＦ３４３６６５、ＡＦ３６９７９４、ＡＦ３９７４５３、ＡＫ０９０４２３、ＡＫ０９０４７５、ＡＬ８３４１８７、ＡＹ３５８０８５；マウス：ＡＫ０８９７５６、ＡＹ１５８０９０、ＡＹ５０６５５８；ＮＰ＿１１２５７１．１
国際公開第２００３０２４３９２号（請求項２、図９７）；Nakayama等 (2000) Biochem. Biophys. Res. Commun. 277(1):124-127；国際公開第２００３０７７８３６号；国際公開第２００１３８４９０号（請求項３、図１８Ｂ−１〜１８Ｂ−２）；
（３６）ＴＥＮＢ２（ＴＭＥＦＦ２、トモレグリン、ＴＰＥＦ、ＨＰＰ１、ＴＲ、推定膜貫通プロテオグリカン、成長因子のＥＧＦ／ヘレグリンファミリー及びフォリスタチンに関連する）；３７４ａａ、ＮＣＢＩアクセッション：ＡＡＤ５５７７６、ＡＡＦ９１３９７、ＡＡＧ４９４５１、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ：ＮＰ＿０５７２７６；ＮＣＢＩ遺伝子：２３６７１；ＯＭＩＭ：６０５７３４；ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ Ｑ９ＵＩＫ５；Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ１７９２７４；ＡＹ３５８９０７、ＣＡＦ８５７２３、ＣＱ７８２４３６
国際公開第２００４０７４３２０号（配列番号８１０）；日本国特許出願公開第２００４１１３１５１号（配列番号２、４、８）；国際公開第２００３０４２６６１号（配列番号５８０）；国際公開第２００３００９８１４号（配列番号４１１）；欧州特許出願公開第１２９５９４４号（６９〜７０頁）；国際公開第２００２３０２６８号（３２９頁）；国際公開第２００１９０３０４号（配列番号２７０６）；米国特許出願公開第２００４２４９１３０号；米国特許出願公開第２００４０２２７２７号；国際公開第２００４０６３３５５号；米国特許出願公開第２００４１９７３２５号；米国特許出願公開第２００３２３２３５０号；米国特許出願公開第２００４００５５６３号；米国特許出願公開第２００３１２４５７９号；Horie等 (2000) Genomics 67:146-152；Uchida等 (1999) Biochem. Biophys. Res. Commun. 266:593-602；Liang等 (2000) Cancer Res. 60:4907-12；Glynne-Jones等 (2001) Int J Cancer. Oct 15;94(2):178-84；
（３７）ＰＭＥＬ１７（シルバーホモログ；ＳＩＬＶ；Ｄ１２Ｓ５３Ｅ；ＰＭＥＬ１７；ＳＩ；ＳＩＬ）；ＭＥ２０；ｇｐ１００）ＢＣ００１４１４；ＢＴ００７２０２；Ｍ３２２９５；Ｍ７７３４８；ＮＭ＿００６９２８；McGlinchey, R.P.等 (2009) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106 (33), 13731-13736；Kummer, M.P.等 (2009) J. Biol. Chem. 284 (4), 2296-2306；
（３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメインを有する膜貫通タンパク質１；トモレグリン−１）；Ｈ７３６５；Ｃ９ｏｒｆ２；Ｃ９ＯＲＦ２；Ｕ１９８７８；Ｘ８３９６１；ＮＭ＿０８０６５５；ＮＭ＿００３６９２；Harms, P.W. (2003) Genes Dev. 17 (21), 2624-2629；Gery, S.等 (2003) Oncogene 22 (18):2723-2727；
（３９）ＧＤＮＦ−Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体アルファ１；ＧＦＲＡ１；ＧＤＮＦＲ；ＧＤＮＦＲＡ；ＲＥＴＬ１；ＴＲＮＲ１；ＲＥＴ１Ｌ；ＧＤＮＦＲ−アルファ１；ＧＦＲ−ＡＬＰＨＡ−１）；Ｕ９５８４７；ＢＣ０１４９６２；ＮＭ＿１４５７９３ ＮＭ＿００５２６４；Kim, M.H.等 (2009) Mol. Cell. Biol. 29 (8), 2264-2277；Treanor, J.J.等 (1996) Nature 382 (6586):80-83；
（４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｅ；Ｌｙ６７、ＲＩＧ−Ｅ、ＳＣＡ−２、ＴＳＡ−１）；ＮＰ＿００２３３７．１；ＮＭ＿００２３４６．２；de Nooij-van Dalen, A.G.等 (2003) Int. J. Cancer 103 (6), 768-774；Zammit, D.J.等 (2002) Mol. Cell. Biol. 22 (3):946-952；国際公開第２０１３／１７７０５号；
（４１）ＴＭＥＭ４６（ｓｈｉｓａホモログ２（アフリカツメガエル）；ＳＨＩＳＡ２）；ＮＰ＿００１００７５３９．１；ＮＭ＿００１００７５３８．１；Furushima, K.等 (2007) Dev. Biol. 306 (2), 480-492；Clark, H.F.等 (2003) Genome Res. 13 (10):2265-2270；
（４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｇ６Ｄ；Ｌｙ６−Ｄ、ＭＥＧＴ１）；ＮＰ＿０６７０７９．２；ＮＭ＿０２１２４６．２；Mallya, M.等 (2002) Genomics 80 (1):113-123；Ribas, G.等 (1999) J. Immunol. 163 (1):278-287；
（４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチ反復含有Ｇタンパク質共役型受容体５；ＧＰＲ４９、ＧＰＲ６７）；ＮＰ＿００３６５８．１；ＮＭ＿００３６６７．２；Salanti, G.等 (2009) Am. J. Epidemiol. 170 (5):537-545；Yamamoto, Y.等 (2003) Hepatology 37 (3):528-533；
（４４）ＲＥＴ（ｒｅｔがん原遺伝子；ＭＥＮ２Ａ；ＨＳＣＲ１；ＭＥＮ２Ｂ；ＭＴＣ１；ＰＴＣ；ＣＤＨＦ１２；Ｈｓ．１６８１１４；ＲＥＴ５１；ＲＥＴ−ＥＬＥ１）；ＮＰ＿０６６１２４．１；ＮＭ＿０２０９７５．４；Tsukamoto, H.等 (2009) Cancer Sci. 100 (10):1895-1901；Narita, N.等 (2009) Oncogene 28 (34):3058-3068；
（４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合体、遺伝子座Ｋ；ＬＹ６Ｋ；ＨＳＪ００１３４８；ＦＬＪ３５２２６）；ＮＰ＿０５９９９７．３；ＮＭ＿０１７５２７．３；Ishikawa, N.等 (2007) Cancer Res. 67 (24):11601-11611；de Nooij-van Dalen, A.G.等 (2003) Int. J. Cancer 103 (6):768-774；
（４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質共役型受容体１９；Ｍｍ．４７８７）；ＮＰ＿００６１３４．１；ＮＭ＿００６１４３．２；Montpetit, A.及びSinnett, D. (1999) Hum. Genet. 105 (1-2):162-164；O'Dowd, B.F.等 (1996) FEBS Lett. 394 (3):325-329；
（４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体；ＫＩＳＳ１Ｒ；ＧＰＲ５４；ＨＯＴ７Ｔ１７５；ＡＸＯＲ１２）；ＮＰ＿１１５９４０．２；ＮＭ＿０３２５５１．４；Navenot, J.M.等 (2009) Mol. Pharmacol. 75 (6):1300-1306；Hata, K.等 (2009) Anticancer Res. 29 (2):617-623；
（４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸ベータ−ヒドロキシラーゼドメイン含有１；ＬＯＣ２５３９８２）；ＮＰ＿８５９０６９．２；ＮＭ＿１８１７１８．３；Gerhard, D.S.等 (2004) Genome Res. 14 (10B):2121-2127；
（４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ；ＯＣＡＩＡ；ＯＣＡ１Ａ；チロシナーゼ；ＳＨＥＰ３）；ＮＰ＿０００３６３．１；ＮＭ＿０００３７２．４；Bishop, D.T.等 (2009) Nat. Genet. 41 (8):920-925；Nan, H.等 (2009) Int. J. Cancer 125 (4):909-917；
（５０）ＴＭＥＭ１１８（ｒｉｎｇフィンガータンパク質、膜貫通２；ＲＮＦＴ２；ＦＬＪ１４６２７）；ＮＰ＿００１１０３３７３．１；ＮＭ＿００１１０９９０３．１；Clark, H.F.等 (2003) Genome Res. 13 (10):2265-2270；Scherer, S.E.等 (2006) Nature 440 (7082):346-351
（５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質共役型受容体１７２Ａ；ＧＰＣＲ４１；ＦＬＪ１１８５６；Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）；ＮＰ＿０７８８０７．１；ＮＭ＿０２４５３１．３；Ericsson, T.A.等 (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (11):6759-6764；Takeda, S.等 (2002) FEBS Lett. 520 (1-3):97-101。
（５２）ＣＤ３３、シアル酸結合免疫グロブリン様レクチンファミリーのメンバーは、６７ｋＤａのグリコシル化膜貫通タンパク質である。ＣＤ３３は、拘束性骨髄単球及び赤血球前駆細胞に加えて、大半の骨髄性及び単球性白血病細胞上で発現される。これは、最も初期の多能性幹細胞、成熟顆粒球、リンパ系細胞、又は非造血細胞上では見られない（Sabbath等, (1985) J. Clin. Invest. 75:756-56；Andrews等, (1986) Blood 68:1030-5）。ＣＤ３３は、その細胞質側末端に２つのチロシン残基を含み、その各々に、多くの阻害性受容体に見られる免疫受容抑制性チロシンモチーフ（ＩＴＩＭ）に類似した疎水性残基が続いている。
（５３）ＣＬＬ−１（ＣＬＥＣ１２Ａ、ＭＩＣＬ、及びＤＣＡＬ２）、これはＣ型レクチン／Ｃ型レクチン様ドメイン（ＣＴＬ／ＣＴＬＤ）スーパーファミリーのメンバーをコードする。このファミリーのメンバーは、共通のタンパク質折り畳みを共有し、多様な機能、例えば、細胞接着、細胞間シグナル伝達、糖タンパク質の代謝回転、並びに炎症及び免疫応答における役割などを有する。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、顆粒球及び単球機能の負の制御因子である。この遺伝子の幾つかの選択的スプライス転写物バリアントが記載されているが、これらのバリアントの一部の全長の性質は分かっていない。この遺伝子は、染色体１２ｐ１３上のナチュラルキラー遺伝子複合体領域におけるその他のＣＴＬ／ＣＴＬＤスーパーファミリーメンバーと密接に関連している（Drickamer K (1999) Curr. Opin. Struct. Biol. 9 (5):585-90；van Rhenen A等, (2007) Blood 110 (7):2659-66；Chen CH等 (2006) Blood 107 (4):1459-67；Marshall AS等 (2006) Eur. J. Immunol. 36 (8):2159-69；Bakker AB等 (2005) Cancer Res. 64 (22):8443-50；Marshall AS等 (2004) J. Biol. Chem. 279 (15):14792-802）。ＣＬＬ−１は、単一のＣ型レクチン様ドメイン（カルシウム又は糖の何れかと結合するとは予測されていない）、ストーク領域、膜貫通ドメイン及びＩＴＩＭモチーフを含む短い細胞質側末端を含む、ＩＩ型膜貫通受容体であることが示されている。
ここに記載されるように、ＡＤＣは、抗体、例えば次のものから選択される抗体を含む：
［抗Ｌｙ６Ｅ抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含みうる。リンパ球抗原６複合体，遺伝子座Ｅ（Ｌｙ６Ｅ）は、レチノイン酸誘導遺伝子Ｅ（ＲＩＧ−Ｅ）及び幹細胞抗原２（ＳＣＡ−２）としても知られる。それは、既知の結合パートナーを持たず、未知の機能の、ＧＰＩ修飾、１３１アミノ酸長の約８．４ｋＤａタンパク質である。それは、マウスにおける未熟胸腺細胞、胸腺髄質上皮細胞において発現された転写物として最初に同定された（Mao等 (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93:5910-5914）。幾つかの実施態様では、ここに記載の主題は、ＰＣＴ公開番号国際公開第２０１３／１７７０５５号に記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むＡＤＣを提供する。
幾つかの実施態様では、ここに記載の主題は、（ａ）配列番号：１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むＡＤＣを提供する。
一態様では、ここに記載の主題は、（ａ）配列番号：１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣを提供する。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
他の態様では、ここに記載の主題は、（ａ）配列番号：９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣを提供する。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）配列番号：１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。
他の態様では、ここに記載の主題は、（ａ）配列番号：１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣを提供する。
上記実施態様の何れにおいても、ＡＤＣの抗Ｌｙ６Ｅ抗体はヒト化されている。一実施態様では、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、上記の実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、更にヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。所定の実施態様では、配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、Ｌｙ６Ｅに結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：８において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：８において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：８のＶＨ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＨは、（ａ）配列番号：１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号：１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供され、その抗体は配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。所定の実施態様では、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、Ｌｙ６Ｅに結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：７のＶＬ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号：９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号：１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＨと、上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＬとを含む。
一実施態様では、抗体が、その配列の翻訳後修飾を含む、それぞれ配列番号：８及び配列番号：７におけるＶＨ及びＶＬ配列を含む、ＡＤＣが提供される。
更なる態様では、ここに提供されるものは、ここに提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣである。例えば、所定の実施態様では、それぞれ配列番号：８のＶＨ配列と配列番号：７のＶＬ配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣが提供される。
更なる態様では、上記の実施態様の何れかによるＡＤＣの抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、ＡＤＣの抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、抗体は実質的に全長の抗体、例えばＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２ａ抗体、又はここで定義されるような他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。幾つかの実施態様では、ＡＤＣは、それぞれ配列番号：１６及び１５のアミノ酸配列を含む重鎖及び軽鎖を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む。
［抗ＨＥＲ２抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは抗ＨＥＲ２抗体を含む。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体は、ヒト化抗ＨＥＲ２抗体、例えば、出典明示によりここに特に援用される米国特許第５８２１３３７号の表３に記載されているような、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−１、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−２、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−３、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−４、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−５、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−６、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−７及びｈｕＭＡｂ４Ｄ５−８を含む。それら抗体は、ＨＥＲ２に結合するマウス抗体（４Ｄ５）の相補性決定領域と共にヒトフレームワーク領域を含む。ヒト化抗体ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−８は、商品名ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）で市販されているトラスツズマブとも呼ばれる。別の実施態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体は、米国特許第７８６２８１７号に記載されているように、ヒト化抗ＨＥＲ２抗体、例えばヒト化２Ｃ４を含む。例示的なヒト化２Ｃ４抗体は、商品名ＰＥＲＪＥＴＡ（登録商標）として市販されているペルツズマブである。
別の実施態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体はヒト化７Ｃ２抗ＨＥＲ２抗体を含む。ヒト化７Ｃ２抗体は抗ＨＥＲ２抗体である。
幾つかの実施態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３、２７、又は２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：２４又は２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗ＨＥＲ２抗体を含むＡＤＣである。幾つかの実施態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗ＨＥＲ２抗体を含むＡＤＣである。
一態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３、２７、又は２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：２４又は２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。一態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：６８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３、２７、又は２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：２４又は２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）（ｉ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号：２３、２７、又は２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号：２４又は２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）（ｉ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号：２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号：２４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３、２７、又は２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：２４又は２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣである。他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣである。
上記実施態様の何れにおいても、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体はヒト化されている。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体は、上記の実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、更にヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体は、配列番号：１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。所定の実施態様では、配列番号：１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＨＥＲ２抗体は、ＨＥＲ２に結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：１８において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：１８において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＨＥＲ２抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：１８のＶＨ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＨは、（ａ）配列番号：２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号：２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体が提供され、その抗体は配列番号：１７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。所定の実施態様では、配列番号：１７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＨＥＲ２抗体は、ＨＥＲ２に結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：１７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：１７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＨＥＲ２抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：１７のＶＬ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号：１９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、抗ＨＥＲ２抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＨと、上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＬとを含む。
一実施態様では、抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体が、その配列の翻訳後修飾を含む、それぞれ配列番号：１８及び配列番号：１７におけるＶＨ及びＶＬ配列を含む、ＡＤＣが提供される。
一実施態様では、抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は、配列番号：３０のヒト化７Ｃ２．ｖ２．２．ＬＡ（ｈｕ７Ｃ２）Ｋ１４９Ｃカッパ軽鎖配列を含む。
一実施態様では、抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は、配列番号：３１のＨｕ７Ｃ２ Ａ１１８Ｃ ＩｇＧ１重鎖配列を含む。
更なる態様では、ここに提供されるものは、ここに提供される抗ＨＥＲ２抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣである。例えば、所定の実施態様では、それぞれ配列番号：１８のＶＨ配列と配列番号：１７のＶＬ配列を含む抗ＨＥＲ２抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣが提供される。
更なる態様では、上記の実施態様の何れかによるＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＨＥＲ２抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、ＡＤＣは、実質的に全長の抗体、例えばＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２ａ抗体、又はここで定義されるような他の抗体クラスもしくはアイソタイプである抗体を含む。
［抗ＭＵＣ１６抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは抗ＭＵＣ１６抗体を含む。
幾つかの実施態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：３５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗ＭＵＣ１６抗体を含むＡＤＣである。
一態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：３５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：３５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）配列番号：３５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号：３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号：３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：３５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣである。
上記実施態様の何れにおいても、ＡＤＣの抗ＭＵＣ１６抗体はヒト化されている。一実施態様では、抗ＭＵＣ１６抗体は、上記の実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、更にヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＭＵＣ１６抗体は、配列番号：３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。所定の実施態様では、配列番号：３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＭＵＣ１６抗体は、ＭＵＣ１６に結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：３９において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：３９において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＭＵＣ１６抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：３９のＶＨ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＨは、（ａ）配列番号：３５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号：３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＭＵＣ１６抗体が提供され、その抗体は配列番号：３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。所定の実施態様では、配列番号：３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＭＵＣ１６抗体は、ＭＵＣ１６に結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：３８において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：３８において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＭＵＣ１６抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：３８のＶＬ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号：３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、抗ＭＵＣ１６抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＨと、上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＬとを含む。
一実施態様では、抗体が、その配列の翻訳後修飾を含む、それぞれ配列番号：３９及び配列番号：３８におけるＶＨ及びＶＬ配列を含む、ＡＤＣが提供される。
更なる態様では、ここに提供されるものは、ここに提供される抗ＭＵＣ１６抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣである。例えば、所定の実施態様では、それぞれ配列番号：３９のＶＨ配列と配列番号：３８のＶＬ配列を含む抗ＭＵＣ１６抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣが提供される。
更なる態様では、上記の実施態様の何れかによるＡＤＣの抗ＭＵＣ１６抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＭＵＣ１６抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、抗体は実質的に全長の抗体、例えばＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２ａ抗体、又はここで定義されるような他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。
［抗ＳＴＥＡＰ−１抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは抗ＳＴＥＡＰ−１抗体を含む。
幾つかの実施態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２及び（ｆ）配列番号：４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗ＳＴＥＡＰ−１抗体を含むＡＤＣである。
一態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）配列番号：４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号：４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣである。
上記実施態様の何れにおいても、ＡＤＣの抗ＳＴＥＡＰ−１抗体はヒト化されている。一実施態様では、抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、上記の実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、更にヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、配列番号：４６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。所定の実施態様では、配列番号：４６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、ＳＴＥＡＰ−１に結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：４６において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：４６において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：４６のＶＨ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＨは、（ａ）配列番号：４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号：４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＳＴＥＡＰ−１抗体が提供され、その抗体は配列番号：４７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。所定の実施態様では、配列番号：４７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、ＳＴＥＡＰ−１に結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：４７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：４７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：４７のＶＬ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号：４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、抗ＳＴＥＡＰ−１抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＨと、上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＬとを含む。
一実施態様では、抗体が、その配列の翻訳後修飾を含む、それぞれ配列番号：４６及び配列番号：４７におけるＶＨ及びＶＬ配列を含む、ＡＤＣが提供される。
更なる態様では、ここに提供されるものは、ここに提供される抗ＳＴＥＡＰ−１抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣである。例えば、所定の実施態様では、それぞれ配列番号：４６のＶＨ配列と配列番号：４７のＶＬ配列を含む抗ＳＴＥＡＰ−１抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣが提供される。
更なる態様では、上記の実施態様の何れかによるＡＤＣの抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＳＴＥＡＰ−１抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、抗体は実質的に全長の抗体、例えばＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２ａ抗体、又はここで定義されるような他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。
［抗ＮａＰｉ２ｂ抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは抗ＮａＰｉ２ｂ抗体を含む。
幾つかの実施態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２及び（ｆ）配列番号：５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗ＮａＰｉ２ｂ抗体を含むＡＤＣである。
一態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）（ｉ）配列番号：４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号：４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号：５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号：５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣである。
上記実施態様の何れにおいても、ＡＤＣの抗ＮａＰｉ２ｂ抗体はヒト化されている。一実施態様では、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、上記の実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、更にヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、配列番号：５４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。所定の実施態様では、配列番号：５４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、ＮａＰｉ２ｂに結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：５４において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：５４において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：５４のＶＨ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＨは、（ａ）配列番号：４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号：４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＮａＰｉ２ｂ抗体が提供され、その抗体は配列番号：５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。所定の実施態様では、配列番号：５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、ＮａＰｉ２ｂに結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：５５において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：５５において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：５５のＶＬ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号：５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＨと、上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＬとを含む。
一実施態様では、抗体が、その配列の翻訳後修飾を含む、それぞれ配列番号：５４及び配列番号：５５におけるＶＨ及びＶＬ配列を含む、ＡＤＣが提供される。
更なる態様では、ここに提供されるものは、ここに提供される抗ＮａＰｉ２ｂ抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣである。例えば、所定の実施態様では、それぞれ配列番号：５４のＶＨ配列と配列番号：５５のＶＬ配列を含む抗ＮａＰｉ２ｂ抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣが提供される。
更なる態様では、上記の実施態様の何れかによるＡＤＣの抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＮａＰｉ２ｂ抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、抗体は実質的に全長の抗体、例えばＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２ａ抗体、又はここで定義されるような他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。
［抗ＣＤ７９ｂ抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは抗ＣＤ７９ｂ抗体を含む。
幾つかの実施態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、二、三、四、五、又は六のＨＶＲを含む抗ＣＤ７９ｂ抗体を含むＡＤＣである。
一態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。更なる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を含むＡＤＣである。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号：６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
他の態様では、ＡＤＣは、（ａ）（ｉ）配列番号：５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号：５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号：６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメインと；（ｂ）（ｉ）配列番号：６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号：６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号：６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一、少なくとも二、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインとを含む抗体を含む。
他の態様では、ここに記載されるものは、（ａ）配列番号：５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号：５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号：６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号：６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号：６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号：６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を含むＡＤＣである。
上記実施態様の何れにおいても、ＡＤＣの抗ＣＤ７９ｂ抗体はヒト化されている。一実施態様では、抗ＣＤ７９ｂ抗体は、上記の実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、更にヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ７９ｂ抗体は、配列番号：５６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。所定の実施態様では、配列番号：５６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＣＤ７９ｂ抗体は、ＣＤ７９ｂに結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：５６において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：５６において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＣＤ７９ｂ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：８のＶＨ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＨは、（ａ）配列番号：５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号：５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号：６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ７９ｂ抗体が提供され、その抗体は配列番号：５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。所定の実施態様では、配列番号：５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ＣＤ７９ｂ抗体は、ＣＤ７９ｂに結合する能力を保持している。所定の実施態様では、合計１〜１０のアミノ酸が、配列番号：５７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、合計１〜５のアミノ酸が、配列番号：５７において置換され、挿入され、及び／又は欠失される。所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲの外側の領域において（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。場合によっては、抗ＣＤ７９ｂ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号：５７のＶＬ配列を含む。特定の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号：６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号：６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号：６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される一、二又は三のＨＶＲを含む。
他の態様では、抗ＣＤ７９ｂ抗体を含むＡＤＣが提供され、その抗体は上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＨと、上で提供される実施態様の何れかにおけるようなＶＬとを含む。
一実施態様では、抗体が、その配列の翻訳後修飾を含む、それぞれ配列番号：５６及び配列番号：５７におけるＶＨ及びＶＬ配列を含む、ＡＤＣが提供される。
更なる態様では、ここに提供されるものは、ここに提供される抗ＣＤ７９ｂ抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣである。例えば、所定の実施態様では、それぞれ配列番号：５６のＶＨ配列と配列番号：５７のＶＬ配列を含む抗ＣＤ７９ｂ抗体と同じエピトープに結合する抗体を含むＡＤＣが提供される。
更なる態様では、上記の実施態様の何れかによるＡＤＣの抗ＣＤ７９ｂ抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ７９ｂ抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、抗体は実質的に全長の抗体、例えばＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２ａ抗体、又はここで定義されるような他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。
［抗ＣＤ２２抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは、３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３）並びに３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３）を含む抗ＣＤ２２抗体を含みうる。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ２２抗体は、それらの配列が以下に示される、３つの軽鎖超可変領域及び３つの重鎖超可変領域（配列番号６６−７１）を含む。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ２２抗体は、配列番号：７２の可変軽鎖配列及び配列番号：７３の可変重鎖配列を含む。一実施態様では、ここに記載の本主題のＡＤＣの抗ＣＤ２２抗体は、配列番号：７４の軽鎖配列及び配列番号：７５の重鎖配列を含む。
［抗ＣＤ３３抗体］
所定の実施態様では、ＡＤＣは、その配列（配列番号７６−８１）が以下に示される、３つの軽鎖超可変領域及び３つの重鎖超可変領域を含む抗ＣＤ３３抗体を含みうる。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、配列番号：８２の可変軽鎖配列及び配列番号：８３の可変重鎖配列を含む。
一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、配列番号：８４の軽鎖配列及び配列番号：８５の重鎖配列を含む。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、その配列（配列番号：８４−８９）が以下に示される、３つの軽鎖超可変領域及び３つの重鎖超可変領域を含む。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、配列番号：９０の可変軽鎖配列及び配列番号：９１の可変重鎖配列を含む。一実施態様では、ＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、配列番号：９２の可変軽鎖配列及び配列番号：９３の可変重鎖配列を含む。一実施態様では、ここに記載の本主題のＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、配列番号：９４の可変軽鎖配列及び配列番号９５の可変重鎖配列を含む。一実施態様では、ここに記載の本主題のＡＤＣの抗ＣＤ３３抗体は、配列番号：９６の可変軽鎖配列及び配列番号：９７の可変重鎖配列を含む。
［抗体親和性］
所定の実施態様では、ここに提供される抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦５０ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦５ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭの解離定数（Ｋｄ）を有し、場合によっては、≧１０−１３Ｍ（例えば１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）である。
一実施態様では、 一実施態様では、Ｋｄは、次のアッセイにより記載されるように、対象の抗体のＦａｂ型とその抗原を用いて実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。非標識抗原の滴定系列の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原でＦａｂを平衡化し、ついで抗Ｆａｂ抗体被覆プレートで結合した抗原を捕捉することによって、抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性を測定する（例えばChen等, J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)を参照）。アッセイの条件を決めるために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Thermo Scientific）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕獲抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コートし、続いてＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）のウシ血清アルブミンで室温（およそ２３℃）において２〜５時間、遮断する。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を、段階希釈した対象のＦａｂと混合する（例えば、Presta等, Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)における抗ＶＥＧＦ抗体，Ｆａｂ−１２の評価と一致する）。ついで対象のＦａｂを一晩インキュベートする；しかし、インキュベーションは平衡状態に達したことを担保するため長時間（例えば約６５時間）かかる場合がある。その後、混合物を捕捉プレートに移し、室温において（例えば１時間）インキュベートする。ついで、溶液を除去し、プレートをＰＢＳ中０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したところで、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０ＴＭ；Packard）を加え、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭガンマカウンター（Packard）で１０分間カウントする。最大結合の２０％より少ないか又は等しい濃度の各Ｆａｂを選択して競合結合アッセイに使用する。
他の実施態様によれば、Ｋｄは、約１０応答単位（ＲＵ）で固定化抗原ＣＭ５チップを用いて２５℃でＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（BIAcore, Inc., Piscataway, NJ）を使用する表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定される。簡潔に述べると、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５，BIACORE, Inc.）が、供給者の説明書に従い、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化される。抗原を１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）に希釈した後、およそ１０応答単位（ＲＵ）の結合タンパク質を達成するように５μｌ／分の流量で注入する。抗原の注入後、未反応基を遮断するために１Ｍのエタノールアミンを注入する。動態測定のために、Ｆａｂの２倍段階希釈液（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、０．０５％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０ＴＭ）界面活性剤を含むＰＢＳ（ＰＢＳＴ）中、およそ２５ｕｌ／分の流量で２５℃で注入する。会合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を、単純な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２）を使用して、会合及び解離センサーグラムを同時にフィッティングさせることにより算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）は比率ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして算出される。例えば、Chen等, J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)を参照。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによるオン速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を上回る場合、オン速度は、分光計、例えば、ストップフロー式分光光度計（Aviv Instruments）又は撹拌キュベットを用いる８０００シリーズのＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯＴＭ分光光度計（ThermoSpectronic）で測定される、漸増濃度の抗原の存在下でのＰＢＳ（ｐＨ７．２）中２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の２５℃における蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ；発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍのバンドパス）の増加又は減少を測定する蛍光消光技術を使用することによって決定されうる。
２．リンカー（Ｌ１）
ここに記載されるように、「リンカー」（Ｌ１）は、一又は複数の薬物部分（Ｄ）を抗体（Ａｂ）に連結させてＡＤＣを形成するために使用されうる二官能性又は多官能性部分である。幾つかの実施態様では、ＡＤＣは、薬物及び抗体に共有結合させるための反応性官能基を有するＬ１を使用して調製することができる。例えば、幾つかの実施態様では、抗体（Ａｂ）のシステインチオールは、リンカー又はリンカーＬ１−薬物中間体の反応性官能基と結合を形成して、ＡＤＣを作製することができる。特に、リンカーの化学構造は、ＡＤＣの有効性と安全性の双方に重大な影響を及ぼしうる（Ducry & Stump, Bioconjugate Chem, 2010, 21, 5-13）。正しいリンカーの選択が、標的細胞の意図された細胞内コンパートメントへの適切な薬物送達に影響を与える。
リンカーは一般的に２つのカテゴリーに分けることができる：切断可能（ペプチド、ヒドラゾン、又はジスルフィド等）又は切断不可能（チオエーテル等）。リソソーム酵素（カテプシンＢ等）によって加水分解されうるバリン−シトルリン（Ｖａｌ−Ｃｉｔ）などのペプチドリンカーが、薬物を抗体と結合させるために使用されてきた（米国特許第６２１４３４５号）。それらは、部分的には、全身循環中のそれらの相対的安定性と腫瘍中に薬物を効率的に放出する能力のために、特に有用であった。しかしながら、天然ペプチドによって表されるケミカルスペースは限られている；従って、ペプチドのように作用し、かつリソソームプロテアーゼにより効率的に切断されうる様々な非ペプチドリンカーがあることが望ましい。非ペプチド構造のより大きな多様性は、ペプチドリンカーによってもたらされない新規で有益な特性をもたらしうる。ここで提供されるのは、リソソーム酵素によって切断されうるリンカーＬ１のための異なる種類の非ペプチドリンカーである。
ａ．ペプチドミメティックリンカー
ここに提供されるのは、リソソーム酵素によって切断可能である、ＡＤＣのための異なる種類の非ペプチドのペプチドミメティックリンカーである。例えば、ジペプチド（例えばＶａｌ−Ｃｉｔ）の中央のアミド結合をアミド模倣物で置き換え；及び／又は全アミノ酸（例えば、Ｖａｌ−Ｃｉｔジペプチド中のバリンアミノ酸）を非アミノ酸部分（例えば、シクロアルキルジカルボニル構造（例えば、環サイズ＝４又は５））で置き換えた。
Ｌ１がペプチドミメティックリンカーである場合、それは次の式
［上式中、
Ｓｔｒは、Ａｂに共有結合したストレッチャー単位であり；
Ｓｐは、生物学的に活性な部分に共有結合している結合又はスペーサー単位であり；
ＰＭは、
からなる群から選択される非ペプチド化学部分であり；
Ｗは、−ＮＨ−ヘテロシクロアルキル−又はヘテロシクロアルキルであり；
Ｙは、ヘテロアリール、アリール、−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−Ｃ６アルキレン、Ｃ１−Ｃ６アルキレン−ＮＨ２、Ｃ１−Ｃ６アルキレン−ＮＨ−ＣＨ３、Ｃ１−Ｃ６アルキレン−Ｎ−（ＣＨ３）２、Ｃ１−Ｃ６アルケニル又はＣ１−Ｃ６アルキレニルであり；
各Ｒ６は、独立して、Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｃ１−Ｃ１０アルケニル、（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２又は（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２であり；
Ｒ７及びＲ８は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｃ１−Ｃ１０アルケニル、アリールアルキル又はヘテロアリールであるか、あるいはＲ７及びＲ８が一緒になってＣ３−Ｃ７シクロアルキルを形成してもよく；
Ｒ９及びＲ１０は、それぞれ独立して、Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｃ１−Ｃ１０アルケニル、アリールアルキル、ヘテロアリール、（Ｃ１−Ｃ１０アルキル）ＯＣＨ２−であるか、あるいはＲ９及びＲ１０がＣ３−Ｃ７シクロアルキル環を形成してもよく；
ｐは約１から約１０までの値を有する］
によって表される。
実施態様において、Ｙはヘテロアリールであり；Ｒ９及びＲ１０は一緒になってシクロブチル環を形成する。
実施態様において、Ｙは、
からなる群から選択される部分である。
実施態様において、Ｓｔｒは次の式
［上式中、Ｒ１１は、Ｃ１−Ｃ１０アルキレン、Ｃ１−Ｃ１０アルケニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、（Ｃ１−Ｃ８アルキレン）Ｏ−、及びＣ１−Ｃ１０アルキレンＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒａ）Ｃ２−Ｃ６アルキレンからなる群から選択されれ、ここで、各アルキレンは、ハロ、トリフルオロメチル、ジフルオロメチル、アミノ、アルキルアミノ、シアノ、スルホニル、スルホンアミド、スルホキシド、ヒドロキシ、アルコキシ、エステル、カルボン酸、アルキルチオ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ７ヘテロシクロアルキル、アリール、アリールアルキル、及びヘテロアリールからなる群から選択される１〜５個の置換基で置換されてもよく、各Ｒａは独立してＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルである］によって表される化学部分であり；Ｓｐは−Ａｒ−Ｒｂ−であり、ここでＡｒはアリール又はヘテロアリールであり、Ｒｂは（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）Ｏ−である。
実施態様において、Ｓｔｒは、式：
［上式中、Ｒ１２は、Ｃ１−Ｃ１０アルキレン、Ｃ１−Ｃ１０アルケニル、（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）Ｏ−、Ｎ（Ｒｃ）（Ｃ２−Ｃ６アルキレン）−Ｎ（Ｒｃ）及びＮ（Ｒｃ）（Ｃ２−Ｃ６アルキレン）から選択され；各Ｒｃは独立してＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり；Ｓｐは−Ａｒ−Ｒｂ−であり、ここでＡｒはアリール又はヘテロアリールであり、Ｒｂは（Ｃ１−Ｃ１０アルキレン）Ｏ−又はＳｐ−Ｃ１−Ｃ６アルキレン−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−である］を有する。
実施態様において、Ｌは、次の式
［上式中、Ｒ６は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルケニル、（Ｃ１−Ｃ６アルキル）ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２又は（Ｃ１−Ｃ６アルキル）ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２であり；
Ｒ７及びＲ８は、それぞれ独立してＨ又はＣ１−Ｃ１０アルキルである］によって表される非ペプチド化学部分である。
実施態様において、Ｌは、次の式
［上式中、Ｒ６は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、（Ｃ１−Ｃ６アルキル）ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２又は（Ｃ１−Ｃ６アルキル）ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２であり；
Ｒ９及びＲ１０は一緒になってＣ３−Ｃ７シクロアルキル環を形成する］によって表される非ペプチド化学部分である。
実施態様において、Ｌは、次の式
［上式中、Ｒ６はＣ１−Ｃ６アルキル、（Ｃ１−Ｃ６アルキル）ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２又は（Ｃ１−Ｃ６アルキル）ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２である］によって表される非ペプチド化学部分である。
幾つかの実施態様では、リンカーは、国際公開第２０１５／０９５２２７号、国際公開第２０１５／０９５１２４号又は国際公開第２０１５／０９５２２３号（これら文献はその全体が出典明示によりここに援用される）に記載されているものなどのペプチドミメティックリンカーでありうる。
ｂ．非ペプチドミメティックリンカー
一態様では、リンカーＬ１は抗体とジスルフィド結合を形成し、リンカーは構造：
［上式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖のＣ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、あるいはＲ３及びＲ４がそれらが結合する炭素原子と一緒になってＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成する］を有する。リンカーは、次のように抗体及び薬物に共有結合している：
別の態様では、リンカーＬ１は、存在する遊離チオールを含むシステインを有する抗体と反応して共有結合を形成することができる官能基を有する。非限定的で例示的なそのような反応官能基には、マレイミド、ハロアセトアミド、α−ハロアセチル、活性化エステル、例えばスクシンイミドエステル、４−ニトロフェニルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、テトラフルオロフェニルエステル、無水物、酸塩化物、塩化スルホニル、イソシアネート、及びイソチオシアネートが含まれる。例えば、Klussman等 (2004), Bioconjugate Chemistry 15(4):765-773の７６６頁のコンジュゲーション法、及びここでの実施例を参照のこと。
幾つかの実施態様では、リンカーは、抗体上に存在する求電子基と反応することができる官能基を有する。例示的なそのような求電子基には、これらに限定されないが、アルデヒド基及びケトンカルボニル基が含まれる。幾つかの実施態様では、リンカーの反応性官能基のヘテロ原子は、抗体上の求電子基と反応することができ、抗体ユニットに対して共有結合を形成することができる。非限定的で例示的なそのような反応官能基には、これらに限定されないが、ヒドラジド、オキシム、アミノ、ヒドラジン、チオセミカルバゾン、ヒドラジンカルボキシレート、及びアリールヒドラジドが含まれる。
リンカーは、一又は複数のリンカー構成成分を含みうる。例示的リンカー構成成分には、６−マレイミドカプロイル（「ＭＣ」）、マレイミドプロパノイル（「ＭＰ」）、バリン−シトルリン（「ｖａｌ−ｃｉｔ」又は「ｖｃ」）、アラニン−フェニルアラニン（「ａｌａ−ｐｈｅ」）、ｐ−アミノベンジルオキシカルボニル（「ＰＡＢ」）、Ｎ−スクシンイミジル４−（２−ピリジルチオ）ペンタノエート（「ＳＰＰ」）、及び４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１カルボキシレート（「ＭＣＣ」）が含まれる。様々なリンカー構成成分が当該分野で知られており、それらの幾つかを以下に記載する。
リンカーは、薬物の放出を促進する「切断可能リンカー」でありうる。非限定的で例示的な切断可能リンカーには、（例えばヒドラゾンを含む）酸不安定性リンカー、プロテアーゼ感受性（例えばペプチダーゼ感受性）リンカー、感光性リンカー、又はジスルフィド含有リンカー（Chari等, Cancer Research 52:127-131 (1992)；米国特許第５２０８０２０号）が含まれる。
所定の実施態様では、リンカーは、次の式ＩＩ：
［上式中、Ａは「ストレッチャーユニット」であり、ａは０から１の整数であり；Ｗは「アミノ酸ユニット」であり、ｗは０から１２の整数であり；Ｙは「スペーサーユニット」であり、ｙは０、１又は２である］を有する。そのようなリンカーの例示的な実施態様は、出典明示によりここに明示的に援用される、米国特許第７４９８２９８号に記載されている。
幾つかの実施態様では、リンカー構成成分は、抗体を他のリンカー構成成分又は生物学的に活性な部分に連結する「ストレッチャーユニット」を含む。非限定的で例示的なストレッチャーユニットを以下に示す（ここで、波線は抗体、生物学的に活性な、又は更なるリンカー構成成分への共有結合の部位を示す）：
３．薬物（Ｄ）
ここで使用される場合、「薬物」という用語は、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子を指す。「第二級窒素」という用語は、共有結合官能化に利用可能な窒素を指す。すなわち、薬物は、ここで更に定義されるように、前記窒素がリンカー（Ｌ１）への共有結合を形成することができる第二級窒素含有ヘテロアリール基を有する。第二級窒素は、高度に置換されているコア官能基の一部であっても、置換されていてもいなくてもよいペンダントピースであるかにかかわらず、薬物分子の任意の部分内の薬物中に存在しうる。例えば、薬物は、インドール、インダゾール、ベンズイミダゾール、ベンゾトリアゾール、ピロール、ピロロピリジン、イミダゾール、トリアゾール、テトラゾール等々のヘテロアリール基を含みうる。特定の例には、これらに限定されないが、次のヘテロアリール構造が含まれる：
ヘテロアリール基はまた、
のような非限定的な例において見られうるように、別の互変異性型で存在していてもよい。
前述のヘテロアリール基は、例えば更なる官能基化又は縮合環などの多くの形態に置換されうる。第二級窒素は、構造中、Ｎ−Ｈとして表されうる。これは、ＡＤＣにおいて、Ｎ−Ｈが、ＡＤＣにおける薬物の結合点
を指すことを意味すると理解されるべきである。
ここで使用される場合、「生物学的に活性な分子」という用語とは、生物学的状況、例えば生物、細胞、インビトロモデル、又はインビボ系において機能もしくは作用を果たすか又は刺激するか又は機能に応答することができる小分子を指す。特に、対象の疾患又は状態を治療することができる小分子である。機能は、受容体、酵素、イオンチャネル、標的等々に関連しうる。
有用な薬物は、細胞機能を阻害もしくは防止し、及び／又は細胞死もしくは破壊を引き起こす細胞傷害剤；増殖阻害剤；核酸分解酵素などの酵素及びその断片；抗生物質；細菌、真菌、植物又は動物起源の小分子毒素もしくは酵素活性毒素などの毒素（それらの断片及び／又はバリアントを含む）；抗腫瘍剤又は抗がん剤、例えばアルキル化剤；アルキルスルホネート；アジリジン；エチレンイミン及びメチルメラミン；アセトゲニン（特に、ブルラタシン及びブルラタシノン）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの；トポイソメラーゼ１阻害剤；プロテオソーム阻害剤；ＥＧＦＲ阻害剤；チロシンキナーゼ阻害剤；セリン−スレオニンキナーゼ阻害剤；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤；並びに上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体を含みうる。
更なる薬物には、がんの増殖を促進しうるホルモンの作用を調節し、低下させ、遮断し、又は阻害するように作用する「抗ホルモン剤」又は「内分泌療法剤」が含まれる。それらはホルモン自体であり得、限定されないが、アゴニスト／アンタゴニストの混合プロファイルを有する抗エストロゲン；選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）；アゴニスト特性のない純粋な抗エストロゲン；ステロイド系アロマターゼ阻害剤及び非ステロイド系アロマターゼ阻害剤を含むアロマターゼ阻害剤；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト；性ステロイド；エストロゲン；及びアンドロゲン／レチノイド；エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン；並びに上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体を含む。
補助治療に対してここで使用される「免疫抑制剤」という用語は、ここで治療されている哺乳動物の免疫系を抑制し又は遮蔽するように作用する物質を指す。これには、サイトカイン産生を抑制し、自己抗原発現をダウンレギュレートしもしくは抑制し、又はＭＨＣ抗原を遮蔽する物質；非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）；抗炎症剤；シクロオキシゲナーゼ阻害剤、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト；プリンアンタゴニスト；ステロイド；ジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害剤；抗マラリア薬が含まれるであろう。
第二級窒素含有ヘテロアリールを含む薬物の非限定的な例は、アマニチン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、デュオカルマイシンＡ、デュオカルマイシンＳＡ、ＣＣ−１０６５、アドゼレシン、Ｕ−７６０７４、Ｕ−７３０７３、カルゼレシン（Ｕ−８０２４４）、ＫＷ−２１８９、ジアゾナミドＡ、エソメプラゾール、アリピプラゾール、バルサルタン、ランソプラゾール、ラベプラゾール、ポメトレキセド（pometrexed）、オルメサルタン、タダラフィル、パントプラゾール、カンドサルタン（candosartan）、オメプラゾール、スニチニブ、ペメトレキセド、アレクチニブ、ダカルバジン、セマキサニブ、ダシノスタット（dacinostat）、ドビチニブ、メベンダゾール、及びピモベンダンである。薬物の例には、次の化合物もまた含まれる：
加えて、当業者ならば、ここで定義されるカテゴリーに分子を分類するであろう、正式名称を受け取っていないが試験をまだ受けている、窒素含有ヘテロアリールを含む生物活性分子のより多くの例が存在することが分かるであろう。
ここに記載の主題は、式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートの薬学的に許容可能な塩をまた含む。
式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートがカチオン性であるか、又はカチオン性でありうる官能基（例えば、ＮＨ２はＮＨ３ ＋でありうる）を有する場合、所望の薬学的に許容可能な塩は、当該分野で利用可能な任意の適切な方法、例えば、無機酸、例えば塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、メタンスルホン酸、リン酸等々での、あるいは有機酸、例えば酢酸、マレイン酸、コハク酸、マンデル酸、フマル酸、マロン酸、ピルビン酸、シュウ酸、グリコール酸、サリチル酸、ピラノシジル酸、例えばグルクロン酸もしくはガラクツロン酸、アルファヒドロキシ酸、例えばクエン酸もしくは酒石酸、アミノ酸、例えばアスパラギン酸もしくはグルタミン酸、芳香族酸、例えば安息香酸もしくはケイ皮酸、スルホン酸、例えばｐ−トルエンスルホン酸もしくはエタンスルホン酸等々での遊離塩基の処理によって調製されうる。
式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートがアニオン性であるか、又はアニオン性でありうる官能基（例えば、−ＣＯＯＨは−ＣＯＯ−でありうる）を有する場合、所望の薬学的に許容可能な塩は、任意の適切な方法、例えば、無機又は有機塩基、例えばアミン（一級、二級又は三級）、アルカリ金属水酸化物もしくはアルカリ土類金属水酸化物等々での遊離酸の処理によって調製されうる。適切な塩の例示的な例には、限定されないが、グリシン及びアルギニンなどのアミノ酸、アンモニア、一級、二級、及び三級アミン、並びにピペリジン、モルホリン及びピペラジンなどの環状アミンから誘導される有機塩と、ナトリウム、カルシウム、カリウム、マグネシウム、マンガン、鉄、銅、亜鉛、アルミニウム及びリチウムから誘導される無機塩が含まれる。
他の適切な塩の例示的な例には、限定されないが、グリシン及びアルギニンなどのアミノ酸、アンモニア、一級、二級、及び三級アミン、並びにピペリジン、モルホリン及びピペラジンなどの環状アミンから誘導される有機塩と、ナトリウム、カルシウム、カリウム、マグネシウム、マンガン、鉄、銅、亜鉛、アルミニウム及びリチウムから誘導される無機塩が含まれる。
次の実施例は例示のために提供されるもので、限定のためではない。
実施例１ 分析的ＬＣＭＳ条件
［条件Ａ］
イオン化源としてＥＳＩを使用して、ＳＨＩＭＡＤＺＵ ２０１０ＥＶ ＭＳＤ質量分析計を備えたＳＨＩＭＡＤＺＵ ２０Ａ ＨＰＬＣ（ＰＤＡ検出器付き）で実験を実施した。ＬＣ分離は、１．５ｍＬ／分の流量でＭＫ ＲＰ１８ｅ２５−２ｍｍカラムを使用して行った。溶媒Ａは４Ｌの水当たり１．５ｍＬのＴＦＡであり、溶媒Ｂは４Ｌのアセトニトリル当たり０．７５ｍＬのＴＦＡであった。勾配は、０．７分かけて５−９５％の溶媒Ｂ、続いて０．４分間９５％のＢに保持し、続いて０．４分間平衡にすることからなった。ＬＣカラム温度は５０℃であった。ＵＶ吸光度を２２０ｎｍ及び２５４ｎｍでモニターし、質量分析フルスキャンを全ての実験に適用した。
［条件Ｂ］
イオン化源としてＥＳＩを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ＭＳＤ（６１４０）質量分析計と連結されたＡｇｉｌｅｎｔ １２９０ ＵＨＰＬＣで実験を実施した。ＬＣ分離は、０．４ｍＬ／分の流量でＰｈｅｎｏｍｅｎｅｘ ＸＢ−Ｃ１８，１．７ｕｍ，５０×２．１ｍｍカラムを使用して行った。溶媒Ａは０．１％のギ酸を含む水であり、溶媒Ｂは０．１％のギ酸を含むアセトニトリルであった。勾配は、７分かけて２−９８％の溶媒Ｂ、続いて１．５分間９８％のＢに保持し、続いて１．５分間平衡にすることからなった。ＬＣカラム温度は４０℃であった。ＵＶ吸光度を２２０ｎｍ及び２５４ｎｍでモニターし、質量分析フルスキャンを全ての実験に適用した。
［条件Ｃ］
イオン化源としてＥＳＩを使用して、Ｗａｔｅｒｓ ＬＣＴ Ｐｒｅｍｉｅｒ ＸＥ質量分析計を備えたＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣで実験を実施した。ＬＣ分離は、０．６ｍＬ／分の流量でＡｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣ ＢＥＨ Ｃ１８，１．７ｕｍ，２．１×５０ｍｍカラムを使用して行った。溶媒Ａは０．０５％のＴＦＡを含む水であり、溶媒Ｂは０．０５％のＴＦＡを含むアセトニトリルであった。勾配は、５分かけて２−９８％の溶媒Ｂ、続いて０．５分間９８％のＢに保持し、続いて０．５分間平衡にすることからなった。ＬＣカラム温度は４０℃であった。ＵＶ吸光度を２２０ｎｍ及び２５４ｎｍでモニターし、質量分析フルスキャンを全ての実験に適用した。
実施例２ （Ｅ）−３−（３，５−ジフルオロ−４−（（１Ｒ，３Ｒ）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−９−（（（Ｒ）−２−（（５−ニトロピリジン−２−イル）ジスルファネイル）プロポキシ）カルボニル）−２，３，４，９−テトラヒドロ−１Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−１−イル）フェニル）アクリル酸（化合物８）の合成
工程１：（Ｅ）−３−（３，５−ジフルオロ−４−（（１Ｒ，３Ｒ）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−２，３，４，９−テトラヒドロ−１Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−１−イル）フェニル）アクリル酸
ＭｅＯＨ（１００ｍＬ）／水（２５ｍＬ）中の化合物１（J. Med. Chem. 2015, 58, 8128に従って調製；５００ｍｇ，１．１ｍｍｏｌ）の溶液に、水中のＮａＯＨ溶液（３．０Ｍ，９．０ｍＬ，２７ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を２５℃で１８時間撹拌した後、それを約５．０ｍＬに濃縮し、１．０ＭのＨＣｌ（１０ｍＬ）中に注ぎ入れ、ＥｔＯＡｃ（３×５０．０ｍＬ）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮して、粗物質２（４００ｍｇ，８３％）を黄色固形物として得た。この材料を次の工程に直接使用した。
工程２：（Ｅ）−３−（３，５−ジフルオロ−４−（（１Ｒ，３Ｒ）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−２，３，４，９−テトラヒドロ−１Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−１−イル）フェニル）アクリル酸ｔｅｒｔ−ブチル
ＤＣＭ（５．０ｍＬ）中の化合物２（４００．０ｍｇ，０．９０ｍｍｏｌ）の溶液に、２，２，２−トリクロロアセトイミド酸ｔｅｒｔ−ブチル（１５ｍＬ，８３．８９ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を２５℃で約６０時間撹拌し、水（３×５０．０ｍＬ）、ブライン（５０．０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた。有機層を濃縮し、カラムクロマトグラフィー（石油エーテル中１０％のＥｔＯＡｃ）で精製して、３（３１０ｍｇ，６９％）を黄色固形物として得た。
工程３：（Ｒ）−２−（トリチルチオ）プロパン−１−オール
ＣＨＣｌ３（２５ｍＬ）中の化合物４（国際公開第２０１３０５５９８７号に記載のように調製；４８２．０ｍｇ，５．２３ｍｍｏｌ）及びトリフェニルメタノール（９５３ｍｇ，３．６６ｍｍｏｌ）の溶液にＴＦＡ（０．４０ｍＬ，５．２３ｍｍｏｌ）を添加した。混合物を２５℃で５時間撹拌し、ついでＤＣＭ（２５ｍＬ）で希釈した。得られた溶液を飽和ＮａＨＣＯ３（５０．０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、減圧下で濃縮した。残留物をフラッシュカラムクロマトグラフィー（石油エーテル中２０％のＥｔＯＡｃ，Ｒｆ＝０．５）で精製して、化合物５（６００ｍｇ，３４％）を黄色油状物として得た。
工程４：カルボノクロリド酸（Ｒ）−２−（トリチルチオ）プロピル
ＤＣＭ（５．０ｍＬ）中の化合物５（６００ｍｇ，１．７９ｍｍｏｌ）の溶液に、ジホスゲン（４９７ｍｇ，２．５１ｍｍｏｌ）を０℃において２分間かけて加えた。ついでＤＩＥＡ（２３２ｍｇ，１．７９ｍｍｏｌ）を１分かけて加えた。混合物を０℃において１時間、ついで２５℃において２．０時間撹拌した。反応混合物を濃縮し、ＴＨＦ（１．０ｍＬ）に溶解した。ついで、白色固形物が現れるまでヘプタンを添加した。この固形物を、セライトを通して濾過することにより除去した。濾液を減圧下で濃縮して、化合物６（７１０ｍｇ，９９．７％）を白色固形物として得た。この材料を次の工程に直接使用した。
工程５：（１Ｒ，３Ｒ）−１−（４−（（Ｅ）−３−（ｔｅｒｔ−ブトキシ）−３−オキソプロパ−１−エン−１−イル）−２，６−ジフルオロフェニル）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−１，２，３，４−テトラヒドロ−９Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−９−カルボン酸（Ｒ）−２−（トリチルチオ）プロピル
ＤＭＦ（２．０ｍＬ）中の化合物３（１４０．０ｍｇ，０．２８０ｍｍｏｌ）の溶液に、０℃において水素化ナトリウム（６０％，７．４１ｍｇ，０．３１０ｍｍｏｌ）を加えた。得られた混合物を２５℃において３０分間撹拌し、ついでＤＭＦ（１．０ｍＬ）中の化合物６（１１１ｍｇ，０．２８０ｍｍｏｌ）の溶液を添加した。混合物を２５℃で１．０時間撹拌した後、それを減圧下で濃縮し、残留物をカラムクロマトグラフィー（石油エーテル中１０％のＥｔＯＡｃ、Ｒｆ＝０．６）で精製して、化合物７（９２ｍｇ，３８％）を得た。ＬＣＭＳ（条件Ａ）：ＲＴ＝１．１２分，ｍ／ｚ＝８５９．３［Ｍ＋Ｈ］＋。
工程６：（Ｅ）−３−（３，５−ジフルオロ−４−（（１Ｒ，３Ｒ）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−９−（（（Ｒ）−２−（（５−ニトロピリジン−２−イル）ジスルファネイル）プロポキシ）カルボニル）−２，３，４，９−テトラヒドロ−１Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−１−イル）フェニル）アクリル酸
ＤＣＭ（１．０ｍＬ）中の化合物７（８０．０ｍｇ，０．０９０ｍｍｏｌ）、トリイソプロピルシラン（１６．２ｍｇ，０．１０ｍｍｏｌ）、及び２，２’−ジチオビス（５−ニトロピリジン）（８６．７ｍｇ，０．２８０ｍｍｏｌ）の溶液にＴＦＡ（０．３０ｍＬ）を加えた。混合物を２５℃において１８時間撹拌した後、トルエン（４０．０ｍＬ）を加えた。混合物を濃縮し、残留物をカラムクロマトグラフィー（石油エーテル中５０％のＥｔＯＡｃ）で精製して、化合物８（２７．２ｍｇ，３７％）を黄色固形物として得た。ＬＣＭＳ（条件Ａ）：ＲＴ＝０．９２分，ｍ／ｚ＝７１５．０［Ｍ＋Ｎａ］＋；１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．１２（ｓ，１Ｈ），８．１０−８．０４（ｍ，２Ｈ），７．７０−７．６８（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，１Ｈ），７．５１−７．４２（ｍ，２Ｈ），７．２４−７．２３（ｍ，３Ｈ），７．１２−６．８９（ｍ，１Ｈ），６．３２−６．２８（ｄ，Ｊ＝１５．９Ｈｚ，１Ｈ），５．７６（ｂｒ，１Ｈ），４．２２−４．１８（ｍ，２Ｈ），３．２７−３．１５（ｍ，１Ｈ），２．６７−２．４５（ｍ，４Ｈ），２．２２−２．１１（ｍ，１Ｈ），１．４１−１．３６（ｍ，３Ｈ），１．１９−１．０７（ｍ，３Ｈ），０．８９−０．８１（ｍ，３Ｈ）。
実施例３ （Ｅ）−３−（３，５−ジフルオロ−４−（（１Ｒ，３Ｒ）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−９−（（２−（（５−ニトロピリジン−２−イル）ジスルファネイル）エトキシ）カルボニル）−２，３，４，９−テトラヒドロ−１Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−１−イル）フェニル）アクリル酸（化合物１３）の合成
工程１：２−（トリチルチオ）エタン−１−オール
ＴＦＡ（２．２ｍＬ，２８ｍｍｏｌ）を、ＣＨＣｌ３（１００ｍＬ）中の化合物９（２．０ｍＬ，２８．５ｍｍｏｌ）及びトリフェニルメタノール（５．２ｇ，２０ｍｍｏｌ）の溶液に添加した。混合物を２５℃において４時間撹拌し、ついでＤＣＭ（７５ｍＬ）で希釈した。得られた溶液を飽和ＮａＨＣＯ３（２００ｍＬ）で洗浄し、ＭｇＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。残留物をフラッシュカラムクロマトグラフィー（ヘプタン中０−４０％のｉＰｒＯＡｃ）によって精製して、白色固形物として化合物１０（２．１ｇ，３３％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ７．４７−７．３８（ｍ，５Ｈ），７．３２−７．１５（ｍ，１０Ｈ），３．４１（ｑ，Ｊ＝６．２Ｈｚ，２Ｈ），２．４８（ｔ，Ｊ＝６．２Ｈｚ，２Ｈ），１．４８（ｔ，Ｊ＝６．１Ｈｚ，１Ｈ）。
工程２：カルボノクロリド酸２−（トリチルチオ）エチル
ＤＣＭ（３０ｍＬ）中の化合物１０（１．５ｍｇ，４．７ｍｍｏｌ）の溶液に、ジホスゲン（１．３ｇ，６．６ｍｍｏｌ）を０℃において２分間かけて加えた。ついで、ＤＩＥＡ（０．８２ｍＬ，４．７ｍｍｏｌ）を１分かけて加えた。混合物を０℃において１時間、ついで２５℃において３時間撹拌した。反応混合物を濃縮し、ＴＨＦ（１０ｍＬ）に再溶解した。白色固形物が現れるまでヘプタンを加えた（約３０ｍＬ）。この固形物を、セライトを通して濾過することにより除去した。濾液を減圧下で濃縮して、粗化合物１１を黄色油状物として得た。この材料を次の工程に直接使用した。
工程３：（１Ｒ，３Ｒ）−１−（４−（（Ｅ）−３−（ｔｅｒｔ−ブトキシ）−３−オキソプロパ−１−エン−１−イル）−２，６−ジフルオロフェニル）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−１，２，３，４−テトラヒドロ−９Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−９−カルボン酸２−（トリチルチオ）エチル
水素化ナトリウム（６０％，６１ｍｇ，１．５３ｍｍｏｌ）を、ＤＭＦ（２５ｍＬ）中の化合物３（６９３ｍｇ，１．３９ｍｍｏｌ）の溶液に０℃において加えた。得られた混合物を２５℃において３０分間撹拌し、ついでＤＭＦ（５．０ｍＬ）中の化合物１１（５３２ｍｇ，１．３９ｍｍｏｌ）の溶液を添加した。混合物を２５℃において１０分間撹拌した後、揮発物を減圧下で除去した。残留物をｉＰｒＯＡｃ（２×１５０ｍＬ）と０．５ＭのＨＣｌ（１５０ｍＬ）との間で分配した。合わせた有機層をＭｇＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー（ヘプタン中０−２０％のｉＰｒＯＡｃ）によって精製して、白色の泡として化合物１２（１８９ｍｇ，１６％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ８．１４（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，１Ｈ），７．４９−７．１３（ｍ，１１Ｈ），６．７９（ｄ，Ｊ＝１０．５Ｈｚ，２Ｈ），６．２３（ｄ，Ｊ＝１５．９Ｈｚ，１Ｈ），５．７４−５．７０（ｍ，１Ｈ），４．９９（ｈｅｐｔ，Ｊ＝６．３Ｈｚ，１Ｈ），３．８６（ｔ，Ｊ＝７．０Ｈｚ，１Ｈ），３．８４−３．７６（ｍ，１Ｈ），３．７２−３．６２（ｍ，１Ｈ），３．３６−３．２４（ｍ，１Ｈ），２．６８（ｄｄ，Ｊ＝１６．７，４．６Ｈｚ，１Ｈ），２．６３−２．４２（ｍ，６Ｈ），２．３６−２．２７（ｍ，１Ｈ），１．５４（ｓ，３Ｈ），１．５３（ｓ，９Ｈ），１．４４（ｄ，Ｊ＝２１．７Ｈｚ，３Ｈ），１．２７（ｄ，Ｊ＝２１．１Ｈｚ，３Ｈ），１．１２（ｄ，Ｊ＝６．７Ｈｚ，３Ｈ）。
工程４：（Ｅ）−３−（３，５−ジフルオロ−４−（（１Ｒ，３Ｒ）−２−（２−フルオロ−２−メチルプロピル）−３−メチル−９−（（２−（（５−ニトロピリジン−２−イル）ジスルファネイル）エトキシ）カルボニル）−２，３，４，９−テトラヒドロ−１Ｈ−ピリド［３，４−ｂ］インドール−１−イル）フェニル）アクリル酸
ＤＣＭ（１．０ｍＬ）中の化合物１２（１８ｍｇ，０．０２１ｍｍｏｌ）、トリイソプロピルシラン（１６．２ｍｇ，０．１０ｍｍｏｌ）、及び２，２’−ジチオビス（５−ニトロピリジン）（２０ｍｇ，０．０６４ｍｍｏｌ）の溶液にＴＦＡ（０．３０ｍＬ）を加えた。混合物を２５℃において１６時間撹拌した後、トルエン（４０．０ｍＬ）を加えた。混合物を濃縮し、残留物を逆相ＨＰＬＣ（カラム＝Ｇｅｍｉｎｉ−ＮＸ Ｃ１８ ５ｕｍ，１１０Ａ，５０×３０ｍｍ，温度＝２５℃；溶離液：Ａ＝水中０．１％ギ酸；Ｂ＝アセトニトリル；１０分かけて５−９０％Ｂ、流量＝６０ｍＬ／分；検出＝２７０ｎＭ）により精製して、化合物１３（７．０ｍｇ，５０％）をオフホワイトの固形物として得た。ＬＣＭＳ（条件Ｂ）：ＲＴ＝７．２４分，ｍ／ｚ＝７０１．２［Ｍ＋Ｈ］＋；１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ−ｄ６）δ ９．１３（ｄ，Ｊ＝２．６Ｈｚ，１Ｈ），８．３６（ｄｄ，Ｊ＝８．８，２．７Ｈｚ，１Ｈ），８．０９−７．９９（ｍ，１Ｈ），７．９１（ｄ，Ｊ＝８．９Ｈｚ，１Ｈ），７．５９−７．５０（ｍ，１Ｈ），７．４３（ｄ，Ｊ＝１６．０Ｈｚ，１Ｈ），７．３３−７．２５（ｍ，３Ｈ），６．５８（ｄ，Ｊ＝１６．０Ｈｚ，１Ｈ），５．７５（ｓ，１Ｈ），４．５０−４．３５（ｍ，２Ｈ），３．２３−３．０３（ｍ，５Ｈ），２．８０−２．５２（ｍ，４Ｈ），１．３９（ｄ，Ｊ＝２１．５Ｈｚ，３Ｈ），１．２６（ｄ，Ｊ＝２１．１Ｈｚ，３Ｈ），１．１０（ｄ，Ｊ＝６．７Ｈｚ，３Ｈ）。
実施例４ ６−（ベンジルオキシ）−１Ｈ−インドール−１，２−ジカルボン酸１−（４−（（Ｓ）−２−（（Ｓ）−２−（（ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル）アミノ）−３−メチルブタンアミド）−５−ウレイドペンタンアミド）ベンジル）２−メチル（化合物１７）の合成
工程１：６−（ベンジルオキシ）−１Ｈ−インドール−１，２−ジカルボン酸２−メチル１−（４−ニトロフェニル）
水素化ナトリウム（６０％，２３５ｍｇ，５．８８ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（５０ｍＬ）中の化合物１４（１．７４ｇ，６．１９ｍｍｏｌ）の溶液に０℃において加えた。得られた混合物を２５℃において２．５時間撹拌し、ＴＨＦ（１５ｍＬ）中の４−ニトロ−フェニルクロロホルメート（１．２２ｇ，５．８８ｍｍｏｌ）の溶液を加えた。混合物を２５℃において４．０時間撹拌した後、それをセライトを通して濾過した。濾液を減圧下で濃縮して黄色油状物を得た。この物質をＥｔ２Ｏ（１００ｍＬ）とヘプタン（４０ｍＬ）の混合物に溶解し、得られた溶液を固形物が現れるまで減圧下で濃縮した（約８０ｍＬ容量）。固形物を真空濾過により集め、一晩空気乾燥して、相当量（約３３％）の未知の不純物で汚染されている粗物質１５（１．２２ｇ）を得た。この物質を更に精製することなく次の工程に使用した。
工程２：６−（ベンジルオキシ）−１Ｈ−インドール−１，２−ジカルボン酸１−（４−（（Ｓ）−２−（（Ｓ）−２−（（ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル）アミノ）−３−メチルブタンアミド）−５−ウレイドペンタンアミド）ベンジル）２−メチル
ＤＭＦ（１０ｍＬ）中の粗化合物１５（１３５ｍｇ，約０．２５２ｍｍｏｌ）、ジペプチド１６（国際公開第 ２０１５１６２２９３号及び国際公開第２０１５１６２２９３に記載されているようにして調製；０．０２８ｇ，０．０３６ｍｍｏｌ）、及びＤＭＡＰ（０．０３０ｇ，０．２４６ｍｍｏｌ）の溶液を２５℃において５日間攪拌した。ついで揮発物を減圧下で除去し、残留物を分取ＨＰＬＣ（カラム＝Ｇｅｍｉｎｉ−ＮＸ Ｃ１８ ５ｕｍ，１１０Ａ，５０×３０ｍｍ，温度＝２５℃；溶離液：Ａ＝水中０．１％の水酸化アンモニウム，Ｂ＝アセトニトリル；１０分かけて４０−８０％Ｂ、流量＝６０ｍＬ／分；検出＝２５４ｎＭ）により精製して、化合物１７（０．０２８ｇ，１４％）をオフホワイトの固形物として得た。ＬＣＭＳ（条件Ｂ）：ＲＴ＝６．２２分，ｍ／ｚ＝７８７．４［Ｍ＋Ｈ］＋；１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ−ｄ６）δ １０．１３（ｓ，１Ｈ），７．９９（ｄ，Ｊ＝７．７Ｈｚ，１Ｈ），７．６９−７．５９（ｍ，３Ｈ），７．５４（ｄ，Ｊ＝２．３Ｈｚ，１Ｈ），７．４８−７．３０（ｍ，７Ｈ），７．２８（ｄ，Ｊ＝０．８Ｈｚ，１Ｈ），７．０４（ｄｄ，Ｊ＝８．７，２．３Ｈｚ，１Ｈ），６．７４（ｄ，Ｊ＝８．９Ｈｚ，１Ｈ），５．９５（ｔ，Ｊ＝５．９Ｈｚ，１Ｈ），５．４０（ｂｒｓ，２Ｈ），５．３６（ｓ，２Ｈ），５．０９（ｓ，２Ｈ），４．５０−４．４１（ｍ，１Ｈ），３．８７−３．８１（ｍ，１Ｈ），３．７１（ｓ，３Ｈ），３．０７−２．８８（ｍ，２Ｈ），２．０１−１．９０（ｍ，１Ｈ），１．７３−１．５２（ｍ，２Ｈ），１．３８（ｓ，９Ｈ），０．８６（ｄ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，３Ｈ），０．８１（ｄ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，３Ｈ）。
実施例５ ６−（ベンジルオキシ）−１Ｈ−インドール−１，２−ジカルボン酸２−メチル１−（２−（トリチルチオ）エチル）（化合物１８）の合成
水素化ナトリウム（６０％，７８ｍｇ，１．９６ｍｍｏｌ）を、ＤＭＦ（１５ｍＬ）中の化合物１４（５００ｍｇ，１．７８ｍｍｏｌ）の溶液に０℃において加えた。得られた混合物を２５℃において４５分間撹拌し、ついでＤＭＦ（５．０ｍＬ）中の化合物１１（６８１ｍｇ，１．７８ｍｍｏｌ）の溶液を添加した。混合物を２５℃において１．０時間撹拌した後、それをｉＰｒＯＡｃ（２×１５０ｍＬ）と０．５ＭのＨＣｌ（１５０ｍＬ）との間で分配した。合わせた有機層をＭｇＳＯ４で乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー（ヘプタン中０−３０％のｉＰｒＯＡｃ）によって精製して、白色の泡として化合物１８（４４０ｍｇ，３９％）を得た。ＬＣＭＳ（条件Ｃ）：ＲＴ＝５．２６分，ｍ／ｚ＝６２８．１［Ｍ＋Ｈ］＋；１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ−ｄ６）δ ７．６３（ｄｄ，Ｊ＝８．７，０．４Ｈｚ，１Ｈ），７．５６（ｄｔ，Ｊ＝２．２，０．６Ｈｚ，１Ｈ），７．４４−７．２０（ｍ，２１Ｈ），７．０５（ｄｄ，Ｊ＝８．７，２．３Ｈｚ，１Ｈ），５．１５（ｓ，２Ｈ），４．１３（ｔ，Ｊ＝６．３Ｈｚ，２Ｈ），３．７５（ｓ，３Ｈ），２．５７（ｔ，Ｊ＝６．３Ｈｚ，２Ｈ）。
実施例６ 抗体−薬物コンジュゲートの合成
抗ＨＥＲ２ ７Ｃ２ ＬＣ Ｋ１４９Ｃ及び抗Ｂ７Ｈ４ １Ｄ１１ ＬＣ Ｋ１４９Ｃを、操作されたＬＣ Ｋ１４９Ｃシステイン残基を介して化合物８又は化合物１３にコンジュゲートさせた。５０ｍＭのトリス（ｐＨ８．５）中の１０ｍｇ／ｍＬの所与の抗体の溶液を、周囲温度において１６〜１８時間、５０モル過剰のＤＴＴで還元した。ＳＰ ＨＰ陽イオン交換クロマトグラフィーを使用して還元抗体を精製した。５０ｍＭのトリス（ｐＨ８）中の精製抗体を、周囲温度において２〜３時間、ＤＭＡに溶解した１５モル過剰のＤＨＡＡを用使用して再酸化した。ＳＰ ＨＰ陽イオン交換カラムを使用して抗体を再度精製し、ＤＨＡＡ及び凝集物を除去した。ＤＭＦ中の３ないし５倍モル当量の化合物８又は１３を、１００ｍＭのトリス（ｐＨ８．５〜９．０）中の５から１０ｍｇ／ｍＬの精製抗体溶液に加え、続いて１０％ＤＭＦの最終濃度にするために追加のＤＭＦを加えた。ついで、カップリング反応物を周囲温度において３から４時間インキュベートした。次の方法の何れかを使用して、コンジュゲート抗体を精製した：ＨｉＴｒａｐ ＳＰ ＨＰ樹脂を使用するか又はＺｅｂａ ｓｐｉｎ ７ｋＤａ ＭＷＣＯ脱塩樹脂による陽イオン交換クロマトグラフィーと、続くデキストラン被覆チャコールを使用する過剰な遊離薬物の除去。得られた精製コンジュゲートを、１０ｋＤａ ＭＷＣＯ Ｓｌｉｄｅ−ａ−Ｌｙｚｅｒ透析カセットを用いた透析を使用して、２０ｍＭのヒスチジンアセテート（ｐＨ５．５）、２４０ｍＭのスクロース、０．０２％のポリソルベート−２０中に処方した。
コンジュゲーション反応条件と何れかの精製スキームを使用して製造されたコンジュゲートは、典型的には５０〜８０％のタンパク質収率をもたらした。全てのコンジュゲートを、凝集（ＳＥＣ ＨＰＬＣ）、薬物対抗体比（ＬＣ／ＭＳ）、コンジュゲートしたニトロ−ピリジルジスルフィド（ニトロＰＤＳ）種の割合（ＬＣ／ＭＳ）及び最終コンジュゲート中に存在する遊離薬物の量（ＬＣ／ＭＳ）に関して特徴付けた。全てのコンジュゲートにおいて、抗体に対するコンジュゲート種の５％未満が、ジスルフィド結合の薬物側の硫黄ではなくニトロＰＤＳ硫黄へのコンジュゲーションから生じるニトロＰＤＳであった。各コンジュゲートについての詳細な特徴付けデータを以下の表１３に提供する。
実施例７ 生物学的アッセイ
［全血試料の調製］
安定性試料を、マウス（ＣＢ１７ ＳＣＩＤ）、ラット（スプラーグドーリーラット）、カニクイザル及びヒト全血漿並びに緩衝液（０及び２４時間の時点）で作製した。血液はバイオレクラメーション（bioreclamation）によって収集され、ついで低温で一晩かけて出荷され、到着後直ぐに試料を作製した。安定性試料を作製するために、ソースコンジュゲートの初期希釈物を、全ての分子が１ｍｇ／ｍＬ濃度になるように、緩衝液（１×ＰＢＳ，０．５％ＢＳＡ，１５ｐｐｍプロクリン）中で作製した。次に、１：１０倍希釈（３６ｕＬの１ｍｇ／ｍＬ初期希釈物＋３２４ｕＬの血液又は緩衝液）を実施して、１００ｕｇ／ｍＬの最終化合物濃度の安定性試料を作製した。一度混合し、１５０μＬの全血／緩衝液安定性試料を、２つの異なる時点で２つの別々のチューブセットに等分した。ついで、０時間の時点のものを−８０℃の冷凍庫に入れ、２４時間の時点のものを３７℃のインキュベーター中の振盪機に配した。２４時間の試料が所与の時点に達したとき、それらをまた−８０℃の冷凍庫に入れた。
［全血試料の安定性測定のためのアフィニティーキャプチャーＬＣ−ＭＳアッセイ］
全血安定性試料を、アフィニティーキャプチャーＬＣ−ＭＳアッセイを使用して評価した。最初に、ストレプトアビジン被覆磁気ビーズ（Life Technologies Corporation, Grand Island, NY）をＨＢＳ−ＥＰ緩衝液（GE Healthcare, Sunnyvale, CA）で２回洗浄し、ついでＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ Ｆｌｅｘ（Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA）を使用してビオチン化ＨＥＲ２抗イディオタイプ抗体と混合し、穏やかに撹拌しながら室温において２時間インキュベートした。２時間後、ＳＡ−ビーズ／ビオチン−ｘＩｄ Ａｂ複合体をＨＢＳ−ＥＰ緩衝液で２回洗浄し、希釈した全血安定性試料と混合し、ついで穏やかに撹拌しながら室温において２時間インキュベートした。２時間後、ＳＡ−ビーズ／ビオチン−ｘＩｄ Ａｂ／試料複合体をＨＢＳ−ＥＰ緩衝液で２回洗浄し、脱グリコシル化酵素ＰＮＧａｓｅ Ｆ（New England BioLabs, Ipswich, MA）と混合し、穏やかに撹拌しながら３７℃において一晩インキュベートした。一晩のインキュベーション後、脱グリコシル化ＳＡ−ビーズ／ビオチン−ｘＩｄ Ａｂ／試料複合体をＨＢＳ−ＥＰ緩衝液で２回洗浄し、続いて水（Ｏｐｔｉｍａ Ｈ２Ｏ，Fisher Scientific, Pittsburgh, PA）で２回洗浄し、最後に１０％のアセトニトリルで１回洗浄した。ビーズを、溶出のために３０％のアセトニトリル／０．１％のギ酸中に配し、そこでビーズを収集する前にそれらを穏やかに撹拌しながら室温において３０分間インキュベートした。溶出した試料を注入し、６５℃に維持したＴｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ＰｅｐＳｗｉｆｔ ＲＰモノリスカラム（５００μｍ×５ｃｍ）上にロードした。次の勾配を用いて２０μＬ／分の流量でＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣシステムを使用して試料をカラムで分離させた：０−２分で２０％Ｂ（９５％アセトニトリル＋０．１％ギ酸）；２．５分で３５％Ｂ；５分で６５％Ｂ；５．５分で９５％Ｂ；６分で５％Ｂ。カラムを、５００〜５０００Ｔｈ（ｍ／ｚ）の取得質量範囲で、ポジティブＥＳＩで操作されるＷａｔｅｒｓ Ｓｙｎａｐｔ Ｇ２−Ｓ Ｑ−ＴｏＦ質量分析とオンライン検出のために直接連結した。
［乳がん細胞ＥＲα高含有量蛍光イメージングアッセイ（Ｆ１０）］
ＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２乳がん細胞を、１日目に、Ｌ−グルタミンを含む５０ｕｌ／ウェルのＲＰＭＩ（フェノールレッド不含）、１０％のＦＢＳ（チャコール除去）中の、３８４ウェルのポリ−リジンコーティング組織培養プレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ＃Ｔ−３１０１−４）において、１ウェル当たり１００００細胞の密度で播種した。２日目に、抗体コンジュゲートをＲＴにおいて解凍し、３７℃の増殖培地中それぞれ６０ｕｇ／ｍＬに希釈し、続いて３８４ウェルプレート（Ｒｅｆ：７８１０９１）で２０ポイントの２倍段階希釈を行った。段階希釈からの各試料１０ｕＬを細胞プレートのウェルに移した。ＡＤＣの最高の使用濃度は１０ｕｇ／ｍＬであった。細胞プレートカラム１、２、２３及び２４はデータ正規化のために未処理のままにする一方、カラム３〜２２にはＡＤＣ希釈物を含めた。化合物処理後、細胞プレートを３７℃のインキュベーターに７２時間保存した。５日目に次のようにＢｉｏｔｅｋ ＥＬ４０６プレートウォッシャー及びディスペンサーを使用して固定及び透過処理を実施した。Ｂｉｏｔｅｋ ＥＬ４０６上の蠕動ポンプ５ｕＬカセットを使用して、１５ｕＬの１６％のパラホルムアルデヒド（Electron Microscopy Sciences #15710-S）を各ウェル中の５０ｕＬ細胞培養培地に直接添加することによって細胞を固定した（ホルムアルデヒドの最終濃度は３．７％ｗ／ｖであった）。試料を３０分インキュベートした。ウェル内容物を吸引し、０．５％ｗ／ｖのウシ血清アルブミンと０．５％ｖ／ｖのＴｒｉｔｏｎ Ｘ−１００（抗体希釈バッファー）を含むリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）５０ｕｌ／ウェルを各ウェルに添加した。試料を３０分間インキュベートした。ウェル内容物を吸引し、１００ｕｌ／ウェルのＰＢＳで３回洗浄した。次の通りにＢｉｏｔｅｋ ＥＬ４０６プレートウォッシャー及びディスペンサーを使用して、エストロゲン受容体アルファ（ＥＳＲ１）の免疫蛍光染色を実施した。ウェル上清をウェルから吸引し、抗体希釈バッファー中の１：１０００に希釈された抗ＥＳＲ１ ｍＡｂ（Ｆ１０）（Santa Cruz sc-8002）２５ｕＬ／ウェルを分注した。試料を室温において２時間インキュベートし、ついで１００ｕｌ／ウェルのＰＢＳで４回洗浄した。１：１０００に希釈された２５ｕｌ／ウェルの二次抗体溶液（Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ４８８コンジュゲート抗マウスＩｇＧ（ＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃Ａ２１２０２）と抗体希釈バッファー中に希釈された１ｕｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２を各ウェル中に分注した。試料を室温において２時間インキュベートし、ついでＢｉｏｔｅｋ ＥＬ４０６を使用して、１００ｕＬ／ウェルのＰＢＳで３回洗浄した。Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ ＶＴＩ Ａｒｒａｙｓｃａｎ Ｖ（Ｔｈｅｒｍｏ）を使用して、ＥＳＲ１の定量的蛍光イメージングを実施した。両チャネルについて２５％標的飽和に設定された「ピーク標的パーセンタイル」を設定する自動露出（ＤＭＳＯ対照ウェルに基づく）を使用するバイオアプリケーション「コンパートメント解析」を使用するＣｅｌｌｏｍｉｃｓ Ａｒｒａｙｓｃａｎを使用して、試料の蛍光画像［チャネル１：ＸＦ５３ Ｈｏｅｃｈｓｔ（ＤＮＡ染色）；チャネル２：ＸＦ５３ ＦＩＴＣ（ＥＳＲ１染色）］を獲得した。チャネル１（ＤＮＡ染色）を使用して、核領域（Ｃｉｒｃ）を画定した。核領域内のＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ４８８蛍光強度（ＥＳＲ１）である「Ｍｅａｎ＿ＣｉｒｃＡｖｇＩｎｔＣｈ２」の測定値を細胞当たりのベースで測定し、全ての測定細胞にわたり平均した。ＤＭＳＯを用い、ＥＳＲ１の０％及び１００％変化を規定するために使用される一次抗体対照処理試料を伴わないでＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ６を使用してデータ解析を実施した。用量反応対数（阻害剤）対反応を使用して、曲線の変曲点（ＥＣ５０）及び最大効果のプラトーを定義した。
［ＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２由来腫瘍におけるＥＲαレベルのインビボ調節］
ヒト乳がんＭＣＦ７細胞を、もともとアメリカ培養細胞系統保存機関（Rockville, MD）から入手し、ＧｅｎｅｎｔｅｃｈにおいてＨＥＲ２を過剰発現するように操作してＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２を作製した。腫瘍細胞移植の４日前に、５５匹の雌ＮＣＲヌードマウス（Ｔａｃｏｎｉｃ）を０．００３％エタノール中０．８ｕｇ／ｍＬの１７β−エストラジオール（Sigma; St. Louis, MO）を含む自由のエストロゲン強化水に接触させた。５０％のフェノールレッドフリーのＭａｔｒｉｇｅｌ（Becton Dickinson Bioscience; San Jose, CA）及びハンクス平衡塩類溶液中に再懸濁したＭＣＦ７−ｎｅｏ／ＨＥＲ２細胞を、２／３番乳房脂肪パッドに皮下接種した。各マウスに５×１０６細胞を注射した。腫瘍がおよそ４００ｍｍ３の腫瘍体積に達するまで腫瘍をモニターした。腫瘍移植の１７日後（コンジュゲートを投与する４日前）に、マウスを１群当たり４匹のマウスの５群に分け、エストロゲン強化水を除去し、自由の通常の飲料水と交換した。研究の１日目と指定された腫瘍移植の２１日後に、マウスに、２００ｕＬの容量の２、１０、又は２５ｍｇ／ｋｇでビヒクル（２０ｍＭのヒスチジンアセテート（ｐＨ５．５）、２４０ｍＭのスクロース、０．０２％のポリソルベート２０）、ＣＮＪ−１（ＨＥＲ２）の、あるいは２５ｍｇ／ｋｇでＣＮＪ−２（Ｂ７Ｈ４）の単回静脈内注射を施した。投与後２４時間の血液を後眼窩採血により採取し、血清に処理した。４日目に、全てのマウスを安楽死させ、腫瘍と血液を採取した。腫瘍を−８０℃で急速冷凍し、血液を血清に処理した。
タンパク質抽出のために、各凍結腫瘍を組織ＴＵＢＥ（Covaris）に移し、インパクトレベル５に設定したｃｒｙｏＰＲＥＰインパクター（Covaris）を使用して凍結破砕した。粉砕した腫瘍試料の半分を、プロテアーゼ阻害剤カクテル（Roche）、ホスファターゼ阻害剤カクテル（Sigma）が補填され、１／８”のＣｏｎｅｂａｌｌ（Glenmills）を１個と３ｍｍのジルコニアビーズ（Glenmills）を２個含む３００ｕＬの細胞抽出緩衝液（ＦＮＮ００１１，Life Technologies）に再懸濁させた。試料をＧｅｎｏグラインダー（ＳＰＥＸ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｅｐ）で１５００ｒｐｍで１．５分間ホモジナイズし、抽出物を遠心分離（４℃において１４０００ｒｐｍで１０分間）によって２回清澄化した。タンパク質濃度はＢＣＡアッセイ（Thermo Fisher Scientific）によって決定した。各腫瘍試料について、２６μｇの総タンパク質を、ＭＯＰＳ緩衝液（Thermo Fisher Scientific）を使用して４−１２％のＮｕＰＡＧＥ Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓゲル上で分離し、ニトロセルロース膜に移した。膜をＯｄｙｓｓｅｙブロッキング緩衝液（ＬＩ−ＣＯＲ、カタログ番号９２７−４００００）中で１時間ブロックし、ＥＲα（１：１０００希釈，Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ，カタログ番号ＮＢＰ２−２６４８１）及びβ−チューブリン（希釈率１：１０００，ＬＩ−ＣＯＲ、カタログ＃９２６−４２２１２）に対する一次抗体と共に一晩インキュベートした。 ＰＢＳ−ｔｗｅｅｎで１５分間３回洗浄した後、膜を二次抗体ＩＲ Ｄｙｅ８００ ＣＷロバ抗ウサギ（希釈１：１００００，ＬＩ−ＣＯＲ，カタログ＃９２６−３２２１３）及びＩＲ色素６８０ＲＤロバ抗マウス（希釈１：１００００，ＬＩ−ＣＯＲ，カタログ＃９２６−６８０７２）と共に４５分間インキュベートした。ＰＢＳ−ｔｗｅｅｎで１５分間３回洗浄した後、Ｏｄｙｓｓｅｙ ＣＬｘ装置（ＬＩ−ＣＯＲ）を使用して膜をスキャンし、ＥＲα及びチューブリンレベルを定量した。ＥＲα／チューブリン比及び平均の標準誤差（ＳＥＭ）を、エクセルを使用して計算し、Ｐｒｉｓｍ６（Graphpad）を使用してプロットした。
使用される数字（例えば、量、温度等々）に関して正確性を確実にする努力がなされてきたが、幾らかの実験誤差及び偏差は考慮されるべきである。
当業者であれば、ここに記載の主題を実施する際に使用することができる、ここに記載のものと類似するか又は同等の多くの方法及び材料を認識するであろう。本開示は、記載された方法及び材料だけに決して限定されない。
他の定義がなされない限り、ここで使用される技術及び科学用語は、この主題が属する分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有し、Singleton等 (1994) Dictionary of Microbiology and Molecular Biology, 2版, J. Wiley & Sons, New York, NY；及びJaneway, C., Travers, P., Walport, M., Shlomchik (2001) Immunobiology, 5版, Garland Publishing, New Yorkと一致する。
この明細書及び特許請求の範囲を通して、「含む（comprise）」、「含む（comprises）」、及び「含む（comprising）」という用語は、文脈上他の意味が必要とされる場合を除き、非排他的な意味で使用される。ここに記載される実施態様は、「からなる」及び／又は「から本質的になる」実施態様を含むことが理解される。
ここで使用される場合、値について言及するときの「約」という用語は、特定された量から、幾つかの実施態様では±５０％、幾つかの実施態様では±２０％、幾つかの実施態様では±１０％、幾つかの実施態様では±５％、幾つかの実施態様では±１％、幾つかの実施態様では±０．５％、及び幾つかの実施態様では±０．１％の変動を包含することを意味する（開示された方法を実施し又は開示された組成物を用いるにはこのような変動が適当であるため）。
ある範囲の値が提供される場合、文脈が明らかに別の意味を示していない限り、その範囲の上限と下限との間の、下限の単位の１０分の１までの、それぞれの介在する値とその記載された範囲内の任意の他の記載され又は介在する値が包含されることが理解される。記載された範囲内の任意の特に除外された限界を条件として、より狭い範囲に独立して含まれうるこれらの狭い範囲の上限及び下限もまた包含される。記載された範囲が限界の一方又は両方を含む場合、それら含まれた限界の何れか又は両方を除外する範囲もまた含まれる。
ここに記載された多くの変形態様及び他の実施態様が、前述の説明及び関連する図面に提示された教示の恩恵を受けるこの主題が関係する当業者に思い浮かぶであろう。従って、主題が、開示された特定の実施態様に限定されるべきではなく、変形態様及び他の実施態様が、添付の特許請求の範囲内に含まれることが意図されると理解されるべきである。ここでは特定の用語が用いられているが、それらは上位概念的かつ説明的な意味でのみ使用されており、限定の目的ではない。

Claims (65)

  1. 式Ｉ：
    ［上式中、
    Ａｂは抗体であり；
    Ｌ１は連結部分であり；
    Ｄは第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、Ｌ１は第二級窒素に共有結合しており；かつ
    ｐは１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    の抗体−薬物コンジュゲート又はその薬学的に許容可能な塩を調製するための方法であって；
    ｉ 式ＩＩ
    ［上式中、
    Ｌ１とＤは上記の通りであり、
    Ｔは構造Ｒ５−Ｓを有する脱離基であり、
    Ｒ５は置換されていてもよいピリジンである］
    の化合物を抗体と接触させて、式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートを調製する工程を含む、方法。
  2. Ｌ１が、構造
    ［上式中、
    Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
    前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよい］
    を有する、請求項１に記載の方法。
  3. Ｔ−Ｌ１−Ｄが次の式：
    ［上式中、Ｒ５は、置換されていてもよいピリジン及びニトロピリジンからなる群から選択される］
    を有する、請求項１に記載の方法。
  4. Ｒ５が５−ニトロピリジンである、請求項３に記載の方法。
  5. Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４が、Ｈ及び置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルからなる群から独立して選択される、請求項２に記載の方法。
  6. Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４の一つが置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルで、他のものがＨである、請求項５に記載の方法。
  7. 置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルがメチルである、請求項６に記載の方法。
  8. Ｒ１がメチルであり、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４がそれぞれＨである、請求項７に記載の方法。
  9. 式Ｉの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
    ［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    を有する、請求項８に記載の方法。
  10. 式Ｉの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
    ［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    を有する、請求項８に記載の方法。
  11. 前記Ａｂがシステイン操作抗体である、請求項１に記載の方法。
  12. 抗体がＨＥＲ２又はＢ７−Ｈ４に結合する、請求項１に記載の方法。
  13. 抗体がＨＥＲ２に結合する、請求項１に記載の方法。
  14. Ｌ１のカルボニルがＤのヘテロアリールの前記第二級窒素に共有結合しており、前記ヘテロアリールが、
    からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  15. ヘテロアリールが、
    からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
  16. ヘテロアリールが、
    からなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
  17. ヘテロアリールが、
    である、請求項１６に記載の方法。
  18. Ｄが、
    からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
  19. Ｄが、
    である、請求項１８に記載の方法。
  20. Ｄが、
    である、請求項１８に記載の方法。
  21. 式Ｉの抗体−薬物コンジュゲートが、
    ［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
  22. 前記抗体が抗ＨＥＲ２又は抗Ｂ７Ｈ４である、請求項１に記載の方法。
  23. 式ＩＶ：
    ［上式中、
    Ａｂは抗体であり；
    Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
    前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
    Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＶ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合しており；かつ
    ｐは１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    の抗体−薬物コンジュゲート又はその薬学的に許容可能な塩。
  24. Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４が、Ｈ及び置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルからなる群から独立して選択される、請求項２３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  25. Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４の一つが置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルで、他のものがＨである、請求項２４に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  26. 前記置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキルがメチルである、請求項２５に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  27. Ｒ１がメチルであり、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４がそれぞれＨである、請求項２６に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  28. 式ＩＶの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
    ［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    を有する、請求項２７に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  29. 式ＩＶの前記抗体−薬物コンジュゲートが構造：
    ［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    を有する、請求項２７に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  30. 前記Ａｂがシステイン操作抗体又はそのバリアントである、請求項２３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  31. 抗体がＨＥＲ２又はＢ７−Ｈ４に結合する、請求項２３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  32. 抗体がＨＥＲ２に結合する、請求項３１に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  33. 式ＩＶのカルボニルがＤのヘテロアリールの第二級窒素に共有結合しており、ヘテロアリールが、
    からなる群から選択される、請求項２３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  34. ヘテロアリールが、
    からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  35. ヘテロアリールが、
    からなる群から選択される、請求項３４に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  36. ヘテロアリールが、
    である、請求項３５に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  37. Ｄが、
    からなる群から選択される、請求項２３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  38. Ｄが、
    である、請求項３７に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  39. Ｄが、
    である、請求項３７に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  40. ［上式中、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    からなる群から選択される、請求項２３に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  41. 構造
    ［上式中、抗体が抗ＨＥＲ２であり、ｐが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    を有する、請求項４０に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  42. 構造
    ［上式中、抗体が抗Ｂ７Ｈ４であり、ｐが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    を有する、請求項４０に記載の抗体−薬物コンジュゲート。
  43. 式ＩＩＩ：
    ［上式中、
    Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
    前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
    Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＩＩ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合しており；
    Ｒ５は、置換されていてもよいピリジン及びニトロピリジンからなる群から選択される］の化合物を調製するための方法であって、
    ｉ． 式Ｖ：
    ［上式中、ＬＧは脱離基であり、ＰＧは保護基である］の化合物を化合物Ｄと接触させて、式ＶＩ：
    の化合物を調製する工程と、
    ｉｉ． 式ＶＩの化合物を酸性条件下で脱保護して、式ＩＩＩ：
    の化合物を調製する工程
    を含む方法。
  44. 保護基ＰＧが、チオール保護に適した保護基である、請求項４３に記載の方法。
  45. 保護基ＰＧが酸不安定性保護基である、請求項４４に記載の方法。
  46. 保護基ＰＧが、トリチル、フルオレニル、ジメトキシベンジル、メトキシベンジル、２，４，６−トリメチルベンジル、キサンテニル、フェロセニル、メトキシメチル、イソブトキシメチル、及びジフェニルメチルからなる群から選択される、請求項４５に記載の方法。
  47. 保護基ＰＧがトリチル基である、請求項４６に記載の方法。
  48. 脱離基ＬＧが、求核剤による置換に適した基である、請求項４３に記載の方法。
  49. 脱離基ＬＧがハロゲンである、請求項４８に記載の方法。
  50. 脱離基ＬＧが塩素である、請求項４９に記載の方法。
  51. Ｒ５がニトロピリジンである、請求項４３に記載の方法。
  52. Ｒ５が５−ニトロピリジンである、請求項４３に記載の方法。
  53. 式ＩＩＩ：
    ［上式中、
    Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
    前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
    Ｒ５は、置換されていてもよいピリジン及びニトロピリジンからなる群から選択され；
    かつ
    Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＩＩ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合している］
    の化合物。
  54. Ｒ５が５−ニトロピリジンである、請求項５３に記載の化合物。
  55. Ｒ１がメチルであり、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４がそれぞれＨである、請求項５３に記載の化合物。
  56. Ｒ１がメチルであり、かつＲ立体化学を有する、請求項５５に記載の化合物。
  57. 式ＩＩＩの化合物が、
    からなる群から選択される、請求項５３に記載の化合物。
  58. 式ＩＶ：
    ［上式中、
    Ａｂは抗体であり；
    Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、Ｈ、置換されていてもよい分岐もしくは直鎖Ｃ１−Ｃ５アルキル、及び置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルからなる群から独立して選択され、又はＲ３とＲ４はそれらが結合する炭素原子と共にＣ３−Ｃ６シクロアルキル環を形成し、
    前記置換されていてもよいアルキル又はシクロアルキルは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヒドロキシル、ニトリル、ハロ、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールアルコキシ、アシルオキシ、アルキルチオ、スルホネート、アミノ、アルキルアミノ、アシルアミノ、カルバモイル、アルキルカルバモイル、又はニトロで置換されていてもよく；
    Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで、式ＩＶ中のカルボニルがＤ中の第二級窒素に共有結合しており；かつ
    ｐは１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である］
    の抗体−薬物コンジュゲート又はその薬学的に許容可能な塩を調製するための方法であって、
    ｉ． 式Ｖ：
    ［上式中、ＬＧは脱離基であり、ＰＧは保護基である］の化合物を化合物Ｄと接触させて、式ＶＩ：
    の化合物を調製する工程；
    ｉｉ． 式ＶＩの化合物を酸性条件下でジスルフィドＲ５−Ｓ−Ｓ−Ｒ５と接触させて、式ＩＩＩ：
    ［上式中、Ｒ５は置換されていてもよいピリジンである］
    の化合物を調製する工程；及び
    ｉｉｉ． 式ＩＩＩの化合物を抗体と接触させて、式ＩＶの抗体−薬物コンジュゲートを調製する工程
    を含む、方法。
  59. 式ＶＩＩ：
    ［上式中、
    ＰＧは保護基であり；かつ
    Ｄは、第二級窒素含有ヘテロアリールを含む生物学的に活性な分子であり、ここで式ＶＩＩ中のエステルカルボニルは、Ｄ中の第二級窒素とカルバメートを形成する］
    の化合物を調製するための方法であって、
    ｉ． 式ＶＩＩＩ：
    の化合物を、式ＩＸ：
    ［上式中、ＬＧは脱離基である］
    の化合物と接触させて、式ＶＩＩの化合物を調製する工程
    を含む、方法。
  60. 式ＶＩＩの化合物が
    である、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記ヘテロアリールが、インドール、インダゾール、ベンズイミダゾール、ベンゾトリアゾール、ピロール、ピロロピリジン、イミダゾール、トリアゾール、及びテトラゾールからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  62. 前記Ｄが、細胞傷害剤；増殖阻害剤；抗生物質；毒素；抗腫瘍又は抗がん剤；アルキル化剤；アルキルスルホネート；アジリジン；エチレンイミン及びメチラメラミン；アセトゲニン；トポイソメラーゼ１阻害剤；プロテオソーム阻害剤；ＥＧＦＲ阻害剤；チロシンキナーゼ阻害剤；セリン−トレオニンキナーゼ阻害剤；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤；抗ホルモン剤；選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）；抗エストロゲン；アロマターゼ阻害剤；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト；性ステロイド；エストロゲン；及びアンドロゲン／レチノイド；エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン；免疫抑制剤；非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）；抗炎症剤；シクロオキシゲナーゼ阻害剤、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト；プリンアンタゴニスト；ステロイド；ジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害剤；及び抗マラリア剤からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  63. 前記Ｄが、アマニチン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、デュオカルマイシンＡ、デュオカルマイシンＳＡ、ＣＣ−１０６５、アドゼレシン、Ｕ−７６０７４、Ｕ−７３０７３、カルゼレシン（Ｕ−８０２４４）、ＫＷ−２１８９、ジアゾナミドＡ、エソメプラゾール、アリピプラゾール、バルサルタン、ランソプラゾール、ラベプラゾール、ポメトレキセド、オルメサルタン、タダラフィル、パントプラゾール、カンドサルタン、オメプラゾール、スニチニブ、ペメトレキセド、アレクチニブ、ダカルバジン、セマキサニブ、ダシノスタット、ドビチニブ、メベンダゾール、及びピモベンダンからなる群から選択される、請求項６２に記載の方法。
  64. 請求項１に記載の方法によって調製された抗体−薬物コンジュゲート。
  65. 請求項４３に記載の方法によって調製された式ＩＩＩの化合物。
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