CN1691964A - 表位序列 - Google Patents
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Abstract
本文公开的是多肽,包括表位,聚簇,和抗原。
还公开包括所述多肽的组合物和它们的使用方法。
Description
发明领域
本发明通常涉及肽,和编码肽的核酸,所述肽是靶相关抗原的有效表位。更具体地,本发明涉及具有对I类MHC的高亲和力和由靶特异性蛋白酶体产生的表位。
相关技术的描述
瘤形成与免疫系统
通常称为癌的肿瘤性疾病状态被认为是通常由一个生长不受控制的单细胞引起。不受控制的生长状态典型地由一个多级过程引起,其中一系列细胞系统衰竭,导致赘生性细胞的发生。产生的赘生性细胞迅速繁殖它自身,形成一种或多种肿瘤,最终可导致宿主的死亡。
由于赘生性细胞的先祖共享宿主的遗传物质,赘生性细胞大多不受宿主免疫系统攻击。在免疫监视期间,该过程中宿主免疫系统监视和定位外源物质,在宿主免疫监视机器看来赘生性细胞为“自身”细胞。
病毒与免疫系统
与癌细胞相反,病毒感染涉及明显非自身抗原的表达。结果,免疫系统以最小的临床后遗症成功对付了许多病毒感染。此外,对于导致严重疾病的那些感染中的许多已经可以开发有效疫苗。已经成功使用多种疫苗方法来抗击各种疾病。这些方法包括亚单位疫苗,其由通过重组DNA技术生产的单独蛋白质组成。尽管有了这些进展,用作病毒疫苗的最小表位的选择和有效给药仍然有问题。
除与表位选择有关的困难之外,存在已经进化逃避宿主免疫系统能力的病毒的问题。许多病毒,特别是建立持久感染的病毒,如疱疹和痘病毒家族的成员,产生免疫调制分子,其允许病毒逃避宿主免疫系统。这些免疫调制分子对抗原呈递的作用可以通过将用于给药的选择表位作为免疫原性组合物的目标来克服。为了更好理解赘生性细胞和病毒感染细胞与宿主免疫系统的相互作用,下面接着讨论系统组分。
免疫系统起将对于一种生物内源的分子(“自身”分子)从对于该生物外源或异质的物质(“非自身”分子)区别开来的作用。基于介导应答的组分,免疫系统具有两类针对外物的适应性应答:体液应答和细胞介导应答。体液应答是由抗体介导的,而细胞介导的应答涉及归类为淋巴细胞的细胞。近来的抗癌和抗病毒策略已集中在调动宿主免疫系统作为一种抗癌或抗病毒治疗或疗法的方法。
免疫系统在三个阶段中起作用来保护宿主免受外物伤害:识别阶段,活化阶段和效应阶段。在识别阶段,免疫系统识别并发出信号体内存在外源抗原或侵入物。外源抗原可以是例如来源于赘生性细胞的细胞表面标记或病毒蛋白。一旦系统察觉到侵入物,响应于侵入物触发的信号,免疫系统的抗原特异性细胞增殖并分化。最后阶段是效应阶段,其中免疫系统的效应细胞应答并中和检测的侵入物。
一系列效应细胞实施对侵入物的免疫应答。一类效应细胞,B细胞产生靶向宿主遇到的外源抗原的抗体。与补体系统结合,抗体指导携带靶抗原的细胞或生物的破坏。另一类效应细胞是天然杀伤细胞(NK细胞),一类淋巴细胞,其具有同时识别和破坏多种病毒感染的细胞以及恶性细胞类型的能力。不大理解NK细胞识别靶细胞所使用的方法。
另一类效应细胞,T细胞,具有分类为三亚类的成员,每亚类在免疫应答中发挥不同作用。辅助T细胞分泌细胞因子,其刺激产生有效免疫应答所必需的其它细胞的增殖,而抑制性T细胞下调免疫应答。第三类T细胞,细胞毒性T细胞(CTL),能够直接溶解在它表面呈递外源抗原的靶细胞。
主要组织相容性复合体和T细胞目标识别
T细胞是在对特异性抗原信号的应答中发挥作用的抗原特异性免疫细胞。B淋巴细胞和它们产生的抗体也是抗原特异性的实体。然而,不同于B淋巴细胞,T细胞对游离或可溶形式的抗原不应答。为了T细胞对抗原应答,需要将抗原加工成肽,其然后与主要组织相容性复合体(MHC)中编码的呈递结构结合。该要求称为“MHC限制性”并且这是T细胞从“非自身”细胞区分“自身”的机制。如果一种抗原不为可识别的MHC分子所展示,T细胞将不识别和作用于该抗原信号。与可识别MHC分子结合的肽的特异性T细胞与这些MHC-肽复合体结合,并进入免疫应答的下一阶段。
存在两类MHC,I类MHC和II类MHC。T辅助细胞(CD4+)主要与II类MHC蛋白质相互作用,而溶细胞的T细胞(CD8+)主要与I类MHC蛋白质相互作用。两类MHC蛋白质都是跨膜蛋白质,它们大部分结构在细胞外表面。此外,两类MHC蛋白质在它们的外部都具有肽结合裂缝(binding cleft)。内源或外源蛋白质的小片段被结合在该裂缝中并呈递于胞外环境中。
称为“专职抗原呈递细胞”(pAPCs)的细胞利用MHC蛋白质将抗原展示给T细胞,但另外表达各种共同刺激分子,其取决于pAPC的分化/激活的具体状态。当与可识别MHC蛋白质结合的肽的特异性T细胞与pAPCs上的这些MHC-肽复合体结合时,作用于T细胞的特异性共刺激分子指导T细胞所采取的分化/激活途径。即,共刺激分子影响在未来遭遇中当它进入免疫应答的下一阶段时T细胞将如何作用于抗原信号。
如上讨论,大多赘生性细胞被免疫系统忽略。大量努力正花在努力控制宿主免疫系统以帮助对抗宿主中赘生性细胞的存在。一个该研究领域涉及配制抗癌疫苗。
抗癌疫苗
患者的免疫系统是肿瘤学家抗癌的战斗中可利用的各种武器之一。在各种努力中已经进行工作以使免疫系统抗击癌症或肿瘤性疾病。不幸地,到此为止的结果大多是令人失望的。特别感兴趣的一个领域涉及生产和使用抗癌疫苗。
为了生产疫苗或其它免疫原性组合物,必需将针对其可产生免疫应答的抗原或表位引入受试者。尽管赘生性细胞是来源于正常细胞并因此在遗传水平上与正常细胞基本上相同,但已知许多赘生性细胞呈递肿瘤相关抗原(TuAAs)。理论上,受试者的免疫系统可以利用这些抗原来识别这些抗原并攻击赘生性细胞。然而,实际上赘生性细胞通常看来似乎为宿主的免疫系统所忽略。
已经开发许多不同策略试图生产具有抗赘生性细胞活性的疫苗。这些策略包括使用肿瘤相关抗原作为免疫原。例如,美国专利号5,993,828描述了一种通过对受试者给药有效剂量的一种组合物来产生针对尿肿瘤相关抗原(Urinary Tumor Associated Antigen)特定亚基的免疫应答的方法,所述组合物包含在细胞表面具有尿肿瘤相关抗原的灭活肿瘤细胞和至少一种选自GM-2,GD-2,胎儿抗原和黑素瘤相关抗原的肿瘤相关抗原。因此,本专利描述将完整的灭活肿瘤细胞用作抗癌疫苗中的免疫原。
使用抗癌疫苗的另一种策略涉及给药一种含有单独肿瘤抗原的组合物。在一种方法中,将MAGE-A1抗原性肽用作免疫原(参见Chaux,P.,等,“Identification of Five MAGE-A1 Epitopes Recognized by Cytolytic TLymphocytes Obtained by In Vitro Stimulation with Dendritic CellsTransduced with MAGE-A1,”J.Immunol.,163(5):2928-2936(1999))。已经有几个将MAGE-A1肽用于接种的治疗实验,尽管该接种疗法的效力有限。在Vose,J.M.,“TumorAntigens Recognized by T Lymphocytes,”10thEuropean Cancer Conference,Day2,Sept.14,1999中讨论了这些试验中的一些的结果。
在另一个用作疫苗的肿瘤相关抗原的实例中,Scheinberg等使用5次注射I类相关的bcr-abl肽和辅助肽加上佐剂QS-21来治疗12位已经接受干扰素(IFN)或羟脲的慢性髓细胞性白血病(CML)患者。Scheinberg,D.A.,等,“BCR-ABL Breakpoint Derived Oncogene Fusion Peptide VaccinesGenerate Specific Immune Responses in Patients with Chronic MyelogenousLeukemia(CML)[摘要1665],American Society of Clinical Oncology 35thAnnual Meeting,亚特兰大(1999)。引发了表示T-辅助细胞活性的增殖和迟发型超敏反应(DTH)T细胞应答,但在新鲜血样中未观测到溶细胞的杀伤T细胞活性。
在Cebon等和Scheibenbogen等的近来工作中看到尝试鉴定用作疫苗的TuAAs的另外实例。Cebon等使用皮内给药的MART-126-35肽和以增大剂量皮下或静脉内给予的IL-12免疫具有转移性黑素瘤的患者。最初的15位患者中,注意到1位完全缓解,1位部分缓解,和1位混合应答。对于T细胞产生的免疫测定包括DTH,其在使用或不使用IL-12的患者中发现。
在有临床益处(clinical benefit)迹象的患者中发现阳性CTL测定,但在没有肿瘤退化的患者中未发现。Cebon等,“Phase I Studies of Immunizationwith Melan-A and IL-12 in HLA A2+Positive Patients with Stage III and IVMalignant Melanoma,”[摘要1671],American Society of Clinical Oncology35th Annual Meeting,亚特兰大1999)。
Scheibenbogen等用4种I类HLA限制性酪氨酸酶肽免疫18位患者,其中16位患者用转移性黑素瘤免疫和用佐剂免疫2位患者。Scheibenbogen等“Vaccination with Tyrosinase peptides and GM-CSF in MetastaticMelanoma:a Phase II Trial,”[摘要1680],American Society of ClinicalOncology 35th Annual Meeting,亚特兰大(1999)。在4/15患者中,其中2位用佐剂免疫和2位有肿瘤退化迹象的患者中观测到增强的CTL活性。如在Cebon等的试验中,患有进行性疾病(progressive disease)的患者未显示增强的免疫性。尽管到此为止花了各种努力来产生有效的抗癌疫苗,仍未开发出该组合物。
抗病毒疫苗
保护免患病毒病的疫苗策略已经取得许多成功。或许这些中最显著的是对抗疾病天花已取得的进步,天花已经被灭绝。脊髓灰质炎疫苗的成功具有类似的重要性。
可将病毒疫苗分为三类:活减毒病毒疫苗,如对于天花的牛痘,萨宾脊髓灰质炎病毒疫苗,和麻疹流行性腮腺炎和风疹;完全杀死或灭活的病毒疫苗,如索尔克脊髓灰质炎病毒疫苗,甲型肝炎病毒疫苗和典型流感病毒疫苗;和亚单位疫苗,如乙型肝炎。由于它们缺乏完整的病毒基因组,亚单位疫苗比基于完整病毒的那些提供更大程度的安全性。
成功的亚单位疫苗的范例是基于病毒包膜蛋白的重组乙型肝炎疫苗。尽管许多学术者对将超越单个蛋白质的还原论者亚单位概念推至单独表位感兴趣,但该努力尚未产生许多成果。病毒疫苗研究也已集中在诱导抗体应答,尽管也发生细胞应答。然而,许多亚单位制剂在产生CTL应答方面特别差。
发明概述
引发专职抗原呈递细胞(pAPCs)展示靶细胞表位的先前方法已经简单依赖于使pAPCs表达靶相关抗原(TAAs),或那些被认为具有对MHC I类分子高亲和力的抗原的表位。然而,这类抗原的蛋白酶体加工导致在pAPC上呈递的表位与靶细胞上的表位不相对应。
利用有效的细胞免疫应答要求pAPCs呈递相同的由靶细胞呈递的表位的知识,本发明提供具有对MHC I高亲和力,并且与在周围细胞中活跃的管家蛋白酶体的加工特异性相对应的表位。这些表位因此与在靶细胞上呈递的那些相对应。将这类表位用于组合物,例如疫苗和其它免疫原性组合物(包括药物组合物和免疫治疗性组合物)可以激活细胞免疫应答来识别正确加工的TAA并可导致去除呈递这类表位的靶细胞。在一些实施方案中,这里提供的管家表位可与免疫表位结合使用,产生细胞免疫应答,其在干扰素诱导之前和之后都能够攻击靶细胞。在其它实施方案中将该表位用于诊断和监测靶相关疾病和用于生产针对这类目的的免疫试剂。
本发明的实施方案涉及分离的(isolated)表位、抗原和/或多肽。分离的抗原和/或多肽可以包括表位。优选的实施方案包括具有表1A或1B中公开序列的表位或抗原。其它实施方案可包括一种包含来自表1A或1B的多肽的表位聚簇。此外,多个实施方案包括一种与已经提及的表位、多肽,抗原或聚簇实质上类似的多肽。其它优选的实施方案包括一种与上述的任何一种功能相似的多肽。还有另外的实施方案涉及一种编码来自表1A或1B和这里提及的所述表位、聚簇、抗原和多肽中任何一种的多肽的核酸。
为了本发明的其它实施方案的下列总结和讨论的目的,参考“表位”、“多种表位”或“来自表1A或1B的表位”可以包括,不限于所有前述形式的表位,其包括具有表中或本文其它处所述序列的表位,包含这种表位或多个表位的聚簇,与那些表位或聚簇具有实质上或功能相似性的多肽,等等。
多肽或表位可以是免疫活性的。包含表位的多肽长度可以小于大约30个氨基酸,更优选地,例如,多肽长度为8-10个氨基酸。物质(substantial)或功能的相似性可包括例如增加至少一个氨基酸,和至少一个附加的氨基酸可以是在多肽的N-末端。物质或功能的相似性可以包括替代至少一个氨基酸。
表位,聚簇或包含它的多肽可具有对HLA-A2分子的亲和力。该亲和力可以通过结合试验,表位识别限制性试验,预测算法等测定。表位,聚簇或包含它的多肽可具有对HLA-B7,HLA-B51分子等的亲和力。
在优选的实施方案中,多肽可以是一种管家表位。该表位或多肽可对应于在肿瘤细胞上展示的表位,对应于在新脉管系统(neovasculature)细胞上展示的表位等。该表位或多肽可以是免疫表位。该表位,聚簇和/或多肽可以是核酸。该表位,聚簇和/或多肽可以由核酸编码。
其它实施方案涉及组合物,包括药物组合物或免疫原性组合物,其包含包括来源于表1A或1B的表位,聚簇,或包含它的多肽的多种多肽,和药用佐剂,载体,稀释剂,赋形剂等。所述佐剂可以是多核苷酸。该多核苷酸可包括二核苷酸,其例如可以是CpG。所述佐剂可以为一种多核苷酸所编码。该佐剂可以是一种细胞因子,所述细胞因子例如可以是GM-CSF。
药物组合物可另外包括一种专职抗原呈递细胞(pAPC)。pAPC例如可以是树突细胞。药物组合物可另外包括第二表位。第二表位可以是多肽,核酸,管家表位,免疫表位等。
还有另外的实施方案涉及组合物,包括药物组合物和免疫原性组合物,其包括这里讨论的任何核酸,包括编码包含来自表1A或1B的表位或抗原的多肽的那些核酸。这类组合物可包括药用佐剂,载体,稀释剂,赋形剂等。
其它实施方案涉及包括如这里所描述的这种核酸的重组构建体,其包括编码包含来自表1A或1B的表位或抗原的多肽的那些核酸。构建体可另外包括质粒,病毒载体,人工染色体等。构建体可另外包括一种序列,其编码至少一种特征(feature),例如,第二表位,IRES,ISS,NIS,遍在蛋白质等。
另外的实施方案涉及纯化的抗体,其与至少一种表1A或1B中的表位特异性结合。其它实施方案涉及与一种肽-MHC蛋白质复合体特异性结合的纯化抗体,所述肽-MHC蛋白质复合体包含一种表1A或1B中公开的表位或任何其它适当的表位。来源于任何实施方案的抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体。
还有其它实施方案涉及多聚体MHC-肽复合体,其包括一种表位,如,例如一种表1A或1B中公开的表位。同样,考虑对复合体特异性的抗体。
多种实施方案涉及表达对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体的分离的T细胞。所述复合体可包括一种表位,如,例如表1A或1B中公开的表位。T细胞可以通过体外免疫生产并且可以从免疫动物中分离。多种实施方案涉及T细胞克隆,包括克隆的T细胞,如上面讨论的那些。多种实施方案还涉及T细胞的多克隆群体。该群体可包括例如如上所述的T细胞。
还有另外的实施方案涉及组合物,包括药物组合物和免疫原性组合物,其包括例如如上所述的那些的T细胞和药用佐剂,载体,稀释剂,赋形剂等。
本发明的多种实施方案涉及分离的蛋白质分子,其包含对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体的结合域。复合体可包括表1A或1B公开的表位。蛋白质可以是多价体。其它实施方案涉及编码该蛋白质的分离的核酸。还有另外的实施方案涉及包括该核酸的重组构建体。
本发明的其它实施方案涉及表达如在上和本文其它处所述的重组构建体的宿主细胞,所述宿主细胞可以包括编码表位、聚簇或包含所述表位或所述聚簇的多肽的构建体。表位或表位聚簇可以是例如那些公开于表1A或1B中的一种或多种,和如另外所定义。宿主细胞可以是树突细胞,巨噬细胞,肿瘤细胞,肿瘤衍生的细胞,细菌,真菌,原生动物等。多种实施方案还涉及组合物,包括药物组合物和免疫原性组合物,其包括一种宿主细胞,如在这里讨论的那些,和一种药用佐剂,载体,稀释剂,赋形剂等。
还有其它实施方案涉及组合物,其包括免疫原性组合物,如例如疫苗或免疫治疗组合物。该组合物包括至少一种组分,例如表1A或1B中公开或在这里另外描述的表位;包括该表位的聚簇,包括该表位的抗原或多肽;如上面和在这里描述的组合物;如上面和在这里描述的构建体,T细胞,包含编码对MHC-肽复合物特异的T细胞受体结合结构域的核酸的构建体和包括其的组合物,或如上面和在这里描述的宿主细胞,和包含其的组合物。
另外的实施方案涉及治疗动物的方法。方法可包括对动物给药一种组合物,包括药物组合物和免疫原性组合物,例如一种疫苗或免疫治疗组合物,其包括如上面和在这里公开的那些。给药步骤可包括一种送递方式,如,例如,经皮的,结节内的(intranodal),结节周围的(perinodal),口服的,静脉内的,皮内的,肌内的,腹膜内的,粘膜的,气溶胶吸入,滴注等。该方法可另外包括一测定步骤以测定一种靶细胞或多种靶细胞状态的特征表现。方法可包括第一测定步骤和第二测定步骤,其中第一测定步骤在给药步骤之前,并且其中第二测定步骤在给药步骤之后。方法可另外包括一个比较第一测定步骤中测定的特性与第二测定步骤中测定的特性以获得一个结果的步骤。该结果可以是例如免疫应答的迹象,靶细胞数量的减小,包含靶细胞的肿瘤的质量或尺寸的减小,感染靶细胞的胞内寄生物数量和浓度的减小等。
多种实施方案涉及评估组合物的免疫原性,所述组合物包括疫苗或免疫治疗组合物。该方法可包括对动物给药一种疫苗或免疫治疗,如上面和在这里别处描述的那些,和基于动物一种特性评估免疫原性。动物可以是MHC-转基因的动物。
其它实施方案涉及评估免疫原性的方法,其包括用疫苗或免疫治疗组合物,如上面和在这里别处描述的那些,体外刺激T细胞,和基于T细胞的一种特性评估免疫原性。刺激可以是原发刺激(primary stimulation)。
还有另外的实施方案涉及进行被动/过继免疫治疗的方法。该方法可以包括将T细胞或宿主细胞,如上面和在这里别处描述的那些,与药用佐剂,载体,稀释剂,赋形剂等结合。
其它实施方案涉及测定特异性T细胞频率的方法,并可以包括将T细胞与MHC-肽复合体或包含含有这样一种表位的聚簇或抗原的复合体接触的步骤,所述MHC-肽复合体包含表1A或1B中公开的表位。接触步骤可包含至少一种特征,例如,免疫,再刺激(restimulation),检测,计数等。该方法可另外包括ELISPOT分析,有限稀释分析,流式细胞计量术,原位杂交,聚合酶链反应,它们的任何组合等。
多种实施方案涉及评估免疫应答的方法。该方法可包括在免疫步骤之前和之后实行的测定特异性T细胞频率的上述方法。
其它实施方案涉及评估免疫应答的方法。该方法可包括在用MHC-肽复合体刺激之前和之后测定T细胞的频率,细胞因子产生量或溶细胞活性,所述MHC-肽复合体包含一种表位,例如来自表1A或1B的表位,包含该表位的聚簇或多肽。
另外的实施方案涉及诊断疾病的方法。方法包括将受试者组织与至少一种组分接触,所述组分包括,例如T细胞,宿主细胞,抗体,蛋白质,其包括上面和在这里别处描述的那些;和基于组织或组分的一种特征诊断疾病。接触步骤可以例如在体内或体外发生。
还有其它实施方案涉及制备组合物包括例如疫苗的方法。方法可以包括将至少一种组分与药用佐剂,载体,稀释剂,赋形剂等结合,例如组分可以是表位,组合物,构建体,T细胞,宿主细胞;其包括上面和在这里别处描述的那些中的任何一种,。
多种实施方案涉及其上已经记录SEQ ID NOS:108-610中任何一种序列的计算机可读介质,其是在一种具有计算含有所述序列的分子的物理,生物化学,免疫学,分子遗传特性的硬件或软件等的机器中。
还有其它实施方案涉及治疗动物的方法。方法可以包括结合治疗动物的方法,其包括对动物给药一种疫苗或免疫治疗组合物,例如上面和在这里别处所描述的,与至少一种治疗方式结合,所述治疗方式包括例如放射治疗,化学疗法,生物化学疗法(biochemotherapy),外科手术等。
另外的实施方案涉及包括一种表位聚簇的分离的多肽。在优选的实施方案中,该聚簇可以是来自含有如表68-73任何一个中所公开的序列的靶相关抗原,其中氨基酸序列包括至多约80%的抗原氨基酸序列。
其它实施方案涉及免疫原性组合物,包括疫苗或免疫治疗产品,其包括如上面和在这里别处描述的分离的肽。还有其它实施方案涉及一种分离的的多核苷酸,其编码如上面和在这里别处描述的多肽。其它实施方案涉及包括这些多核苷酸的疫苗或免疫治疗产品。该多核苷酸可以是DNA,RNA等。
还有其它的实施方案涉及包含一种递送装置的试剂盒和任何在上面和在这里别处提及的实施方案。所述递送装置可以是导管,注射器,内泵或外泵,贮器,吸入器,微量注射器,膜片(patch)和适合任何递送途径的任何其它类似装置。如上所述,除了递送装置之外试剂盒还包括在这里公开的实施方案中的任一种。例如,无限制地,试剂盒可以包括分离的表位,多肽,聚簇,核酸,抗原,包括前述任何一种的药用组合物,抗体,T细胞,T细胞受体,表位-MHC复合体,疫苗,免疫治疗剂等。试剂盒还可包括物品如详细的使用说明书和其它任何类似的物品。
附图简述
图1A-1C是NY-ESO-1与几个相似蛋白质序列的序列对比。
图2图示用于递送核酸编码的表位的质粒疫苗主链。
图3A和3B是显示酪氨酸酶207-215和酪氨酸酶208-216HLA-A2结合试验结果的FACS曲线。
图3C显示通过体外免疫诱导的人CTL针对酪氨酸酶表位的溶细胞活性。
图4是由蛋白酶体切割SSX-231-68产生片段T=120min时刻的质谱。
图5显示HLA-A2:SSX-241-49与对照的结合曲线。
图6显示来源于SSX-241-49免疫的HLA-A2转基因小鼠的CTL对SSX-241-49-脉冲目标的特异性溶解。
图7A,B和C显示T=60min时刻PSMA163-192蛋白酶体消化的等分部分N-末端池测序(pool sequencing)的结果。
图8显示HLA-A2:PSMA168-177和HLA-A2:PSMA288-297与对照的结合曲线。
图9显示T=60min时刻PSMA281-310蛋白酶体消化的等分部分N-末端池测序的结果。
图10显示HLA-A2:PSMA461-469,HLA-A2:PSMA460-469和HLA-A2:PSMA663-671与对照的结合曲线。
图11显示检测PSMA463-471-反应性HLA-A1+CD8+T细胞的基于γ-IFN的ELISPOT试验结果。
图12显示用抗-HLA-A1mAb封闭在图10中使用的T细胞的活性,其显示HLA-A1-限制性识别。
图13显示HLA-A2:PSMA663-671与对照的结合曲线。
图14显示HLA-A2:PSMA662-671与对照的结合曲线。
图15.比较在用不同剂量DNA通过不同注射途径免疫后的抗-肽CTL应答。
图16.移植的gp33表达肿瘤在通过淋巴结内注射表达gp33表位的或对照,质粒而免疫的小鼠中的生长。
图17.分别在淋巴结内和肌内注射后的不同时间通过实时PCR检测的在注射或引流(draining)淋巴节中质粒DNA的量。
图18-70是描述来自在指示的底物序列上的消化物的质谱峰图谱的蛋白酶体消化图谱。
优选实施方案的详述
定义
除非另外从使用这里的术语的上下文中清楚得知,为了本描述的目的下面列出的术语应该通常具有指明的含义。
专职抗原呈递细胞(pAPC)-具有T细胞共刺激分子并能够诱导T细胞应答的细胞。完全表征的pAPCs包括树突细胞,B细胞和巨噬细胞。
周围细胞——不是pAPC的细胞。
管家蛋白酶体——通常在周围细胞中活跃的蛋白酶体,通常在pAPCs中不存在或没有强活性。
免疫蛋白酶体——通常在pAPCs中活跃的蛋白酶体;免疫蛋白酶体在感染组织的一些周围细胞中也是活跃的。
表位——能够刺激免疫应答的分子或物质。在优选的实施方案中,按照本定义的表位包括但不一定限于一种多肽和一种编码多肽的核酸,其中所述多肽能够刺激免疫应答。在其它优选的实施方案中,按照本定义的表位包括但不一定限于存在细胞表面的肽,所述肽非共价键地与I类MHC的结合裂缝结合,这样它们可以与T细胞受体(TCR)相互作用。由I类MHC提呈的表位可以是未成熟或成熟的形式。“成熟”是指区别于任何前体(“未成熟的”)MHC表位,其可以包括或基本上由管家表位组成,还包括通过加工去除的初级翻译产物中的其它序列,所述加工包括,但不限于单独或任何联合地蛋白酶体消化,N-末端修剪(trimming)或外源酶活性的作用。因此,成熟表位可以分别以被嵌入稍微更长多肽中的形式提供,其免疫效能归因于,至少部分归因于嵌入的表位;或为其最终形式,其在将被TCR识别的MHC结合裂缝中结合。
MHC表位——对哺乳动物I类或II类主要组织相容性复合体(MHC)分子具有已知或预测结合亲和力的多肽。
管家表位——在一个优选的实施方案中,将管家表位定义为一种多肽片段,其是一种MHC表位,并且展示在其中管家蛋白酶体活性突出的细胞上。在另一个优选实施方案中,将管家表位定义为一种含有按照前述定义的管家表位的多肽,其侧邻一个至几个附加的氨基酸。在另一个优选实施方案中,将管家表位定义为一种编码按照前述定义的管家表位的核酸。
免疫表位——在一个优选实施方案中,将免疫表位定义为一种多肽片段,其是一种MHC表位,并且展示在其中免疫蛋白酶体活性突出的细胞上。在另一个优选实施方案中,将免疫表位定义为一种含有按照前述定义的免疫表位的多肽,其侧邻一个至几个附加的氨基酸。在另一个优选实施方案中,将免疫表位定义为一种包括一个表位聚簇序列,含有至少两个对I类MHC具有已知或预测亲和力的多肽序列的多肽。在还有的另一个优选实施方案中,将免疫表位定义为一种编码按照上述定义中任何一种的免疫表位的核酸。
靶细胞——被疫苗和本发明方法所靶向的细胞。按照本定义的靶细胞的实例包括但不一定限于:赘生性细胞和含有胞内寄生物的细胞,所述寄生物例如病毒,细菌或原生动物。
靶相关抗原(TAA)-在靶细胞中存在的蛋白质或多肽。
肿瘤相关抗原(TuAA)-TAA,其中靶细胞是赘生性细胞。
HLA表位——对人I类或II类HLA复合体分子具有已知或预测结合亲和力的多肽。
抗体——多克隆或单克隆天然免疫球蛋白(Ig),或任何完全或部分由Ig结合域组成的分子,不管生物化学衍生的或通过使用重组DNA得到。实施例包括,尤其是F(ab),单链Fv和Ig可变区-噬菌体外被蛋白融合。
编码——可扩充的(open-ended)术语以致编码特定氨基酸序列的核酸可由确定那个(多)肽的密码子组成,但还可包含附加的序列,其是可译的或用于控制转录,翻译或复制,或便于操作一些宿主的核酸构建体。
物质相似性——该术语用来指如通过检查序列判断以间接的方式不同于参考序列的序列。尽管在简并位置的差异或在长度或任何非编码区组成上的适度差异,编码相同氨基酸序列的核酸序列基本上相似。只是通过保守置换或小的长度变化而相异的氨基酸序列基本上是相似的。另外,包含在N-末端侧翼残基数量不同的管家表位,或在任一末端侧翼残基数量不同的免疫表位和表位聚簇的氨基酸序列基本上是相似的。编码实质上相似的氨基酸序列的核酸它们自己也实质上相似。
功能相似性——该术语用于指如通过检测生物或生物化学特性判断以无意义的方式不同于参考序列的序列,尽管序列可能不是基本上相似。例如,可将两种核酸用作针对相同序列但编码不同氨基酸序列的杂交探针。即使它们通过非保守氨基酸置换而相异(因此不符合物质相似性的定义),诱导交叉反应性CTL应答的两种肽在功能上相似。识别相同表位的成对抗体或TCRs可以是在功能上彼此相似,尽管存在任何结构差异。在检验免疫原性的功能相似性中,通常用“改变的”抗原免疫个体并检验引发应答(Ab,CTL,细胞因子产生等)识别靶抗原的能力。因此,可以设计在某些方面不同而保持相同功能的两种序列。该设计的序列变体在本发明的实施方案中。
疫苗——该术语用于指那些免疫原性组合物,其能激发预防、治愈或改善疾病的预防性和/或治疗性应答。
免疫原性组合物——该术语用于指能诱导免疫应答、反应、效果和/或事件的组合物。在一些实施方案中,该应答、反应、效果和/或事件可以在例如体外或体内诱导。在这些实施方案中包括的是例如在细胞介导的免疫中涉及的细胞的诱导、活化或扩展。这类细胞的一个实例是细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)。疫苗是一种类型的免疫原性组合物。这种组合物的其它实例是体外诱导、活化或扩展CTLs的组合物。其它实例包括药物组合物等。
表1A.包括实施例1-7,13,14中的表位的SEQ ID NOS.*
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
1 | Tyr 207-216 | FLPWHRLFLL |
2 | 酪氨酸酶蛋白 | 登记号**:P14679登记号:NP_003138登记号:NP_004467登记号:NM_000372登记号:NM_003147登记号:NM_004476 |
3 | SSX-2蛋白 | |
4 | PSMA蛋白 | |
5 | 酪氨酸酶cDNA | |
6 | SSX-2 cDNA | |
7 | PSMA cDNA | |
8 | Tyr 207-215 | FLPWHRLFL |
9 | Tyr 208-216 | LPWHRLFLL |
10 | SSX-2 31-68 | YFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKLGFKATLP |
11 | SSX-2 32-40 | FSKEEWEKM |
12 | SSX-2 39-47 | KMKASEKIF |
13 | SSX-2 40-48 | MKASEKIFY |
14 | SSX-2 39-48 | KMKASEKIFY |
15 | SSX-2 41-49 | KASEKIFYV |
16 | SSX-2 40-49 | MKASEKIFYV |
17 | SSX-2 41-50 | KASEKIFYVY |
18 | SSX-2 42-49 | ASEKIFYVY |
19 | SSX-2 53-61 | RKYEAMTKL |
20 | SSX-2 52-61 | KRKYEAMTKL |
21 | SSX-2 54-63 | KYEAMTKLGF |
22 | SSX-2 55-63 | YEAMTKLGF |
23 | SSX-2 56-63 | EAMTKLGF |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
24 | HBV18-27 | FLPSDYFPSV |
25 | HLA-B44结合剂 | AEMGKYSFY |
26 | SSX-1 41-49 | KYSEKISYV |
27 | SSX-3 41-49 | KVSEKIVYV |
28 | SSX-4 41-49 | KSSEKIVYV |
29 | SSX-5 41-49 | KASEKIIYV |
30 | PSMA 163-192 | AFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDM |
31 | PSMA 168-190 | GMPEGDLVYVNYARTEDFFKLER |
32 | PSMA 169-177 | MPEGDLVYV |
33 | PSMA 168-177 | GMPEGDLVYV |
34 | PSMA 168-176 | GMPEGDLVY |
35 | PSMA 167-176 | QGMPEGDLVY |
36 | PSMA 169-176 | MPEGDLVY |
37 | PSMA 171-179 | EGDLVYVNY |
38 | PSMA 170-179 | PEGDLVYVNY |
39 | PSMA 174-183 | LVYVNYARTE |
40 | PSMA 177-185 | VNYARTEDF |
41 | PSMA 176-185 | YVNYARTEDF |
42 | PSMA 178-186 | NYARTEDFF |
43 | PSMA 179-186 | YARTEDFF |
44 | PSMA 181-189 | RTEDFFKLE |
45 | PSMA 281-310 | RGIAFAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLEKMG |
46 | PSMA 283-307 | LAEAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLE |
47 | PSMA 289-297 | LPSIPVHPI |
48 | PSMA 288-297 | GLPSIPVHPI |
49 | PSMA 297-305 | IGYYDAQKL |
50 | PSMA 296-305 | PIGYYDAQKL |
51 | PSMA 291-299 | SIPVHPIGY |
52 | PSMA 290-299 | PSIPVHPIGY |
53 | PSMA 292-299 | IPVHPIGY |
54 | PSMA 299-307 | YYDAQKLLE |
55 | PSMA 454-481 | SSIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHLTKEL |
56 | PSMA 456-464 | IEGNYTLRV |
57 | PSMA 455-464 | SIEGNYTLRV |
58 | PSMA 457-464 | EGNYTLRV |
59 | PSMA 461-469 | TLRVDCTPL |
60 | PSMA 460-469 | YTLRVDCTPL |
61 | PSMA 462-470 | LRVDCTPLM |
62 | PSMA 463-471 | RVDCTPLMY |
63 | PSMA 462-471 | LRVDCTPLMY |
64 | PSMA 653-687 | FDKSNPIVLRMMNDQLMFLERAFIDPLGLPDRPFY |
65 | PSMA 660-681 | VLRMMNDQLMFLERAFIDPLGL |
66 | PSMA 663-671 | MMNDQLMFL |
67 | PSMA 662-671 | RMMNDQLMFL |
68 | PSMA 662-670 | RMMNDQLMF |
69 | Tyr 1-17 | MLLAVLYCLLWSFQTSA |
70 | GP100蛋白2 | 登记号:P40967 |
71 | MAGE-1蛋白 | 登记号:P43355 |
72 | MAGE-2蛋白 | 登记号:P43356 |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
73 | MAGE-3蛋白 | 登记号:P43357 |
74 | NY-ESO-1蛋白 | 登记号:P78358 |
75 | LAGE-1a蛋白 | 登记号:CAA11116 |
76 | LAGE-1b蛋白 | 登记号:CAA11117 |
77 | PRAME蛋白 | 登记号:NP 006106 |
78 | PSA蛋白 | 登记号:P07288 |
79 | PSCA蛋白 | 登记号:O43653 |
80 | GP100 cds | 登记号:U20093 |
81 | MAGE-1 cds | 登记号:M77481 |
82 | MAGE-2 cds | 登记号:L18920 |
83 | MAGE-3 cds | 登记号:U03735 |
84 | NY-ESO-1 cDNA | 登记号:U87459 |
85 | PRAME cDNA | 登记号:NM_006115 |
86 | PSA cDNA | 登记号:NM_001648 |
87 | PSCA cDNA | 登记号:AF043498 |
88 | CEA蛋白 | 登记号:P06731 |
89 | CEA cDNA | 登记号:NM_004363 |
90 | Her2/Neu蛋白 | 登记号:P04626 |
91 | Her2/Neu cDNA | 登记号:M11730 |
92 | SCP-1蛋白 | 登记号:Q15431 |
93 | SCP-1 cDNA | 登记号:X95654 |
94 | SSX-4蛋白 | 登记号:O60224 |
95 | SSX-4 cDNA | 登记号:NM 005636 |
96 | GAGE-1蛋白 | 登记号:Q13065 |
97 | GAGE-1 cDNA | 登记号:U19142 |
98 | Suvivin蛋白 | 登记号:O15392 |
99 | Survivin cDNA | 登记号:NM_001168 |
100 | Melan-A蛋白 | 登记号:Q16655 |
101 | Melan-A cDNA | 登记号:U06452 |
102 | BAGE蛋白 | 登记号:Q13072 |
103 | BAGE cDNA | 登记号:U19180 |
104 | PSA 59-67 | WVLTAAHCI |
105 | 腺激肽释放酶1 | 登记号:P06870 |
106 | 弹性蛋白酶2A | 登记号:P08217 |
107 | 胰腺弹性蛋白酶IIB | 登记号:NP_056933 |
表1B.包括实施例15-67中的表位的SEQ ID NOS.*
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
108 | Tyr 171-179 | NIYDLFVWM |
109 | Tyr 173-182 | YDLFVWMHYY |
110 | Tyr 174-182 | DLFVWMHYY |
111 | Tyr 186-194 | DALLGGSEI |
112 | Tyr 191-200 | GSEIWRDIDF |
113 | Tyr 192-200 | SEIWRDIDF |
114 | Tyr 193-201 | EIWRDIDFA |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
115 | Tyr 407-416 | LQEVYPEANA |
116 | Tyr 409-418 | EVYPEANAPI |
117 | Tyr 410-418 | VYPEANAPI |
118 | Tyr 411-418 | YPEANAPI |
119 | Tyr 411-420 | YPEANAPIGH |
120 | Tyr 416-425 | APIGHNRESY |
121 | Tyr 417-425 | PIGHNRESY |
122 | Tyr 417-426 | PIGHNRESYM |
123 | Tyr 416-425 | APIGHNRESY |
124 | Tyr 417-425 | PIGHNRESY |
125 | Tyr 423-430 | ESYMVPFI |
126 | Tyr 423-432 | ESYMVPFIPL |
127 | Tyr 424-432 | SYMVPFIPL |
128 | Tyr 424-433 | SYMVPFIPL |
129 | Tyr 425-433 | YMVPFIPLY |
130 | Tyr 426-434 | MVPFIPLYR |
131 | Tyr 426-435 | MVPFIPLYRN |
132 | Tyr 427-434 | VPFIPLYR |
133 | Tyr 430-437 | IPLYRNGD |
134 | Tyr 430-439 | IPLYRNGDFF |
135 | Tyr 431-439 | PLYRNGDFF |
136 | Tyr 431-440 | PLYRNGDFFI |
137 | Tyr 434-443 | RNGDFFISSK |
138 | Tyr 435-443 | NGDFFISSK |
139 | Tyr 463-471 | YIKSYLEQA |
140 | Tyr 466-474 | SYLEQASRI |
141 | Tyr 469-478 | EQASRIWSWL |
142 | Tyr 470-478 | QASRIWSWL |
143 | Tyr 471-478 | ASRIWSWL |
144 | Tyr 471-479 | ASRIWSWLL |
145 | Tyr 473-481 | RIWSWLLGA |
146 | CEA 92-100 | GPAYSGREI |
147 | CEA 92-101 | GPAYSGREII |
148 | CEA 93-100 | PAYSGREI |
149 | CEA 93-101 | PAYSGREII |
150 | CEA 93-102 | PAYSGREIIY |
151 | CEA 94-102 | AYSGREIIY |
152 | CEA 97-105 | GREIIYPNA |
153 | CEA 98-107 | REIIYPNASL |
154 | CEA 99-107 | EIIYPNASL |
155 | CEA 99-108 | EIIYPNASLL |
156 | CEA 100-107 | IIYPNASL |
157 | CEA 100-108 | IIYPNASLL |
158 | CEA 100-109 | IIYPNASLLI |
159 | CEA 102-109 | YPNASLLI |
160 | CEA 107-116 | LLIQNIIQND |
161 | CEA 132-141 | EEATGQFRVY |
162 | CEA 133-141 | EATGQFRVY |
163 | CEA 141-149 | YPELPKPSI |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
164 | CEA 142-149 | PELPKPSI |
165 | CEA 225-233 | RSDSVILNV |
166 | CEA 225-234 | RSDSVILNVL |
167 | CEA 226-234 | SDSVILNVL |
168 | CEA 226-235 | SDSVILNVLY |
169 | CEA 227-235 | DSVILNVLY |
170 | CEA 233-242 | VLYGPDAPTI |
171 | CEA 234-242 | LYGPDAPTI |
172 | CEA 235-242 | YGPDAPTI |
173 | CEA 236-245 | GPDAPTISPL |
174 | CEA 237-245 | PDAPTISPL |
175 | CEA 238-245 | DAPTISPL |
176 | CEA 239-247 | APTISPLNT |
177 | CEA 240-249 | PTISPLNTSY |
178 | CEA 241-249 | TISPLNTSY |
179 | CEA 240-249 | PTISPLNTSY |
180 | CEA 241-249 | TISPLNTSY |
181 | CEA 246-255 | NTSYRSGENL |
182 | CEA 247-255 | TSYRSGENL |
183 | CEA 248-255 | SYRSGENL |
184 | CEA 248-257 | SYRSGENLNL |
185 | CEA 249-257 | YRSGENLNL |
186 | CEA 251-259 | SGENLNLSC |
187 | CEA 253-262 | ENLNLSCHAA |
188 | CEA 254-262 | NLNLSCHAA |
189 | CEA 260-269 | HAASNPPAQY |
190 | CEA 261-269 | AASNPPAQY |
191 | CEA 264-273 | NPPAQYSWFV |
192 | CEA 265-273 | PPAQYSWFV |
193 | CEA 266-273 | PAQYSWFV |
194 | CEA 272-280 | FVNGTFQQS |
195 | CEA 310-319 | RTTVTTITVY |
196 | CEA 311-319 | TTVTTITVY |
197 | CEA 319-327 | YAEPPKPFI |
198 | CEA 319-328 | YAEPPKPFIT |
199 | CEA 320-327 | AEPPKPFI |
200 | CEA 321-328 | EPPKPFIT |
201 | CEA 321-329 | EPPKPFITS |
202 | CEA 322-329 | PPKPFITS |
203 | CEA 382-391 | SVTRNDVGPY |
204 | CEA 383-391 | VTRNDVGPY |
205 | CEA 389-397 | GPYECGIQN |
206 | CEA 391-399 | YECGIQNEL |
207 | CEA 394-402 | GIQNELSVD |
208 | CEA 403-411 | HSDPVILNV |
209 | CEA 403-412 | HSDPVILNVL |
210 | CEA 404-412 | SDPVILNVL |
211 | CEA 404-413 | SDPVILNVLY |
212 | CEA 405-412 | DPVILNVL |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
213 | CEA 405-413 | DPVILNVLY |
214 | CEA 408-417 | ILNVLYGPDD |
215 | CEA 411-420 | VLYGPDDPTI |
216 | CEA 412-420 | LYGPDDPTI |
217 | CEA 413-420 | YGPDDPTI |
218 | CEA 417-425 | DPTISPSYT |
219 | CEA 418-427 | PTISPSYTYY |
220 | CEA 419-427 | TISPSYTYY |
221 | CEA 418-427 | PTISPSYTYY |
222 | CEA 419-427 | TISPSYTYY |
223 | CEA 419-428 | TISPSYTYYR |
224 | CEA 424-433 | YTYYRPGVNL |
225 | CEA 425-433 | TYYRPGVNL |
226 | CEA 426-433 | YYRPGVNL |
227 | CEA 426-435 | YYRPGVNLSL |
228 | CEA 427-435 | YRPGVNLSL |
229 | CEA 428-435 | RPGVNLSL |
230 | CEA 428-437 | RPGVNLSLSC |
231 | CEA 430-438 | GVNLSLSCH |
232 | CEA 431-440 | VNLSLSCHAA |
233 | CEA 432-440 | NLSLSCHAA |
234 | CEA 438-447 | HAASNPPAQY |
235 | CEA 439-447 | AASNPPAQY |
236 | CEA 442-451 | NPPAQYSWLI |
237 | CEA 443-451 | PPAQYSWLI |
238 | CEA 444-451 | PAQYSWLI |
239 | CEA 449-458 | WLIDGNIQQH |
240 | CEA 450-458 | LIDGNIQQH |
241 | CEA 450-459 | LIDGNIQQHT |
242 | CEA 581-590 | RSDPVTLDVL |
243 | CEA 582-590 | SDPVTLDVL |
244 | CEA 582-591 | SDPVTLDVLY |
245 | CEA 583-590 | DPVTLDVL |
246 | CEA 583-591 | DPVTLDVLY |
247 | CEA 588-597 | DVLYGPDTPI |
248 | CEA 589-597 | VLYGPDTPI |
249 | CEA 596-605 | PIISPPDSSY |
250 | CEA 597-605 | IISPPDSSY |
251 | CEA 597-606 | IISPPDSSYL |
252 | CEA 599-606 | SPPDSSYL |
253 | CEA 600-608 | PPDSSYLSG |
254 | CEA 600-609 | PPDSSYLSGA |
255 | CEA 602-611 | DSSYLSGANL |
256 | CEA 603-611 | SSYLSGANL |
257 | CEA 604-613 | SYLSGANLNL |
258 | CEA 605-613 | YLSGANLNL |
259 | CEA 610-618 | NLNLSCHSA |
260 | CEA 620-629 | NPSPQYSWRI |
261 | CEA 622-629 | SPQYSWRI |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
262 | CEA 627-635 | WRINGIPQQ |
263 | CEA 628-636 | RINGIPQQH |
264 | CEA 628-637 | RINGIPQQHT |
265 | CEA 631-639 | GIPQQHTQV |
266 | CEA 632-639 | IPQQHTQV |
267 | CEA 644-653 | KITPNNNGTY |
268 | CEA 645-653 | ITPNNNGTY |
269 | CEA 647-656 | PNNNGTYACF |
270 | CEA 648-656 | NNNGTYACF |
271 | CEA 650-657 | NGTYACFV |
272 | CEA 661-670 | ATGRNNSIVK |
273 | CEA 662-670 | TGRNNSIVK |
274 | CEA 664-672 | RNNSIVKSI |
275 | CEA 666-674 | NSIVKSITV |
276 | GAGE-1 7-16 | STYRPRPRRY |
277 | GAGE-1 8-16 | TYRPRPRRY |
278 | GAGE-1 10-18 | RPRPRRYVE |
279 | GAGE-1 16-23 | YVEPPEMI |
280 | GAGE-1 22-31 | MIGPMRPEQF |
281 | GAGE-1 23-31 | IGPMRPEQF |
282 | GAGE-1 24-31 | GPMRPEQF |
283 | GAGE-1 105-114 | KTPEEEMRSH |
284 | GAGE-1 106-115 | TPEEEMRSHY |
285 | GAGE-1 107-115 | PEEEMRSHY |
286 | GAGE-1 110-119 | EMRSHYVAQT |
287 | GAGE-1 113-121 | SHYVAQTGI |
288 | GAGE-1 115-124 | YVAQTGILWL |
289 | GAGE-1 116-124 | VAQTGILWL |
290 | GAGE-1 116-125 | VAQTGILWLL |
291 | GAGE-1 117-125 | AQTGILWLL |
292 | GAGE-1 118-126 | QTGILWLLM |
293 | GAGE-1 118-127 | QTGILWLLMN |
294 | GAGE-1 120-129 | GILWLLMNNC |
295 | GAGE-1 121-129 | ILWLLMNNC |
296 | GAGE-1 124-131 | LLMNNCFL |
297 | GAGE-1 123-131 | WLLMNNCFL |
298 | GAGE-1 122-130 | LWLLMNNCF |
299 | GAGE-1 121-130 | ILWLLMNNCF |
300 | GAGE-1 121-129 | ILWLLMNNC |
301 | GAGE-1 120-129 | GILWLLMNNC |
302 | GAGE-1 118-127 | QTGILWLLMN |
303 | GAGE-1 118-126 | QTGILWLLM |
304 | GAGE-1 117-125 | AQTGILWLL |
305 | GAGE-1 116-125 | VAQTGILWLL |
306 | GAGE-1 116-124 | VAQTGILWL |
307 | GAGE-1 115-124 | YVAQTGILWL |
308 | GAGE-1 113-121 | SHYVAQTGI |
309 | MAGE-1 62-70 | SAFPTTINF |
310 | MAGE-1 61-70 | ASAFPTTINF |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
311 | MAGE-1 60-68 | GASAFPTTI |
312 | MAGE-1 57-66 | SPQGASAFPT |
313 | MAGE-1 144-151 | FGKASESL |
314 | MAGE-1 143-151 | IFGKASESL |
315 | MAGE-1 142-151 | EIFGKASESL |
316 | MAGE-1 142-149 | EIFGKASE |
317 | MAGE-1 133-140 | IKNYKHCF |
318 | MAGE-1 132-140 | VIKNYKHCF |
319 | MAGE-1 131-140 | SVIKNYKHCF |
320 | MAGE-1 132-139 | VIKNYKHC |
321 | MAGE-1 131-139 | SVIKNYKHC |
322 | MAGE-1 128-136 | MLESVIKNY |
323 | MAGE-1 127-136 | EMLESVIKNY |
324 | MAGE-1 126-134 | AEMLESVIK |
325 | MAGE-2 274-283 | GPRALIETSY |
326 | MAGE-2 275-283 | PRALIETSY |
327 | MAGE-2 276-284 | RALIETSYV |
328 | MAGE-2 277-286 | ALIETSYVKV |
329 | MAGE-2 278-286 | LIETSYVKV |
330 | MAGE-2 278-287 | LIETSYVKVL |
331 | MAGE-2 279-287 | IETSYVKVL |
332 | MAGE-2 280-289 | ETSYVKVLHH |
333 | MAGE-2 282-291 | SYVKVLHHTL |
334 | MAGE-2 283-291 | YVKVLHHTL |
335 | MAGE-2 285-293 | KVLHHTLKI |
336 | MAGE-2 303-311 | PLHERALRE |
337 | MAGE-2 302-309 | PPLHERAL |
338 | MAGE-2 301-309 | YPPLHERAL |
339 | MAGE-2 300-309 | SYPPLHERAL |
340 | MAGE-2 299-307 | ISYPPLHER |
341 | MAGE-2 298-307 | HISYPPLHER |
342 | MAGE-2 292-299 | KIGGEPHI |
343 | MAGE-2 291-299 | LKIGGEPHI |
344 | MAGE-2 290-299 | TLKIGGEPHI |
345 | MAGE-3 303-311 | PLHEWVLRE |
346 | MAGE-3 302-309 | PPLHEWVL |
347 | MAGE-3 301-309 | YPPLHEWVL |
348 | MAGE-3 301-308 | YPPLHEWV |
349 | MAGE-3 300-308 | SYPPLHEWV |
350 | MAGE-3 299-308 | ISYPPLHEWV |
351 | MAGE-3 298-307 | HISYPPLHEW |
352 | MAGE-3 293-301 | ISGGPHISY |
353 | MAGE-3 292-301 | KISGGPHISY |
354 | Melan-A 45-54 | CWYCRRRNGY |
355 | Melan-A 46-54 | WYCRRRNGY |
356 | Melan-A 47-55 | YCRRRNGYR |
357 | Melan-A 49-57 | RRRNGYRAL |
358 | Melan-A 51-60 | RNGYRALMDK |
359 | Melan-A 52-60 | NGYRALMDK |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
360 | Melan-A 55-63 | RALMDKSLH |
361 | Melan-A 56-63 | ALMDKSLH |
362 | Melan-A 55-64 | RALMDKSLHV |
363 | Melan-A 56-64 | ALMDKSLHV |
364 | PRAME 275-284 | YISPEKEEQY |
365 | PRAME 276-284 | ISPEKEEQY |
366 | PRAME 277-285 | SPEKEEQYI |
367 | PRAME 278-285 | PEKEEQYI |
368 | PRAME 279-288 | EKEEQYIAQF |
369 | PRAME 280-288 | KEEQYIAQF |
370 | PRAME 283-292 | QYLAQFTSQF |
371 | PRAME 284-292 | YIAQFTSQF |
372 | PRAME 284-293 | YIAQFTSQFL |
373 | PRAME 285-293 | IAQFTSQFL |
374 | PRAME 286-295 | AQFTSQFLSL |
375 | PRAME 287-295 | QFTSQFLSL |
376 | PRAME 290-298 | SQFLSLQCL |
377 | PRAME 439-448 | VLYPVPLESY |
378 | PRAME 440-448 | LYPVPLESY |
379 | PRAME 446-455 | ESYEDIHGTL |
380 | PRAME 448-457 | YEDIHGTLHL |
381 | PRAME 449-457 | EDIHGTLHL |
382 | PRAME 451-460 | IHGTLHLERL |
383 | PRAME 454-463 | TLHLERLAYL |
384 | PRAME 455-463 | LHLERLAYL |
385 | PRAME 456-463 | HLERLAYL |
386 | PRAME 456-465 | HLERLAYLHA |
387 | PRAME 458-467 | ERLAYLHARL |
388 | PRAME 459-467 | RLAYLHARL |
389 | PRAME 459-468 | RLAYLHARLR |
390 | PRAME 460-467 | LAYLHARL |
391 | PRAME 460-468 | LAYLHARLR |
392 | PRAME 461-470 | AYLHARLREL |
393 | PRAME 462-470 | YLHARLREL |
394 | PRAME 462-471 | YLHARLRELL |
395 | PRAME 463-471 | LHARLRELL |
396 | PRAME 464-471 | HARLRELL |
397 | PRAME 464-472 | HARLRELLC |
398 | PRAME 469-478 | ELLCELGRPS |
399 | PRAME 470-478 | LLCELGRPS |
400 | PSA 144-153 | QEPALGTTCY |
401 | PSA 145-153 | EPALGTTCY |
402 | PSA 162-171 | PEEFLTPKKL |
403 | PSA 163-171 | EEFLTPKXL |
404 | PSA 165-173 | FLTPKKLQC |
405 | PSA 165-174 | FLTPKKLQCV |
406 | PSA 166-174 | LTPKKLQCV |
407 | PSA 167-174 | TPKKLQCV |
408 | PSA 167-175 | TPKKLQCVD |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
409 | PSA 170-179 | KLQCVDLHVI |
410 | PSA 171-179 | LQCVDLHVI |
411 | PSCA 73-81 | DSQDYYVGK |
412 | PSCA 74-82 | SQDYYVGKK |
413 | PSCA 74-83 | SQDYYVGKKN |
414 | PSCA 76-84 | DYYVGKKNI |
415 | PSCA 77-84 | YYVGKKNI |
416 | PSCA 78-86 | YVGKKNITC |
417 | PSCA 78-87 | YVGKKNITCC |
418 | PSMA 381-390 | WVFGGIDPQS |
419 | PSMA 385-394 | GIDPQSGAAV |
420 | PSMA 386-394 | IDPQSGAAV |
421 | PSMA 387-394 | DPQSGAAV |
422 | PSMA 387-395 | DPQSGAAVV |
423 | PSMA 387-396 | DPQSGAAVVH |
424 | PSMA 388-396 | PQSGAAVVH |
425 | PSMA 389-398 | QSGAAVVHEI |
426 | PSMA 390-398 | SGAAVVHEI |
427 | PSMA 391-398 | GAAVVHEI |
428 | PSMA 391-399 | GAAVVHEIV |
429 | PSMA 392-399 | AAVVHEIV |
430 | PSMA 597-605 | CRDYAVVLR |
431 | PSMA 598-607 | RDYAVVLRKY |
432 | PSMA 599-607 | DYAVVLRKY |
433 | PSMA 600-607 | YAVVLRKY |
434 | PSMA 602-611 | VVLRKYADKI |
435 | PSMA 603-611 | VLRKYADKI |
436 | PSMA 603-612 | VLRKYADKIY |
437 | PSMA 604-611 | LRKYADKI |
438 | PSMA 604-612 | LRKYADKIY |
439 | PSMA 605-614 | RKYADKIYSI |
440 | PSMA 606-614 | KYADKIYSI |
441 | PSMA 607-614 | YADKIYSI |
442 | PSMA 616-625 | MKHPQEMKTY |
443 | PSMA 617-625 | KHPQEMKTY |
444 | PSMA 618-627 | HPQEMKTYSV |
445 | SCP-1 62-71 | IDSDPALQKV |
446 | SCP-1 63-71 | DSDPALQKV |
447 | SCP-1 67-76 | ALQKVNFLPV |
448 | SCP-1 70-78 | KVNFLPVLE |
449 | SCP-1 71-80 | VNFLPVLEQV |
450 | SCP-1 72-80 | NFLPVLEQV |
451 | SCP-1 75-84 | PVLEQVGNSD |
452 | SCP-1 76-84 | VLEQVGNSD |
453 | SCP-1 202-210 | YEREETRQV |
454 | SCP-1 202-211 | YEREETRQVY |
455 | SCP-1 203-211 | EREETRQVY |
456 | SCP-1 203-212 | EREETRQVYM |
457 | SCP-1 204-212 | REETRQVYM |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
458 | SCP-1 211-220 | YMDLNSNIEK |
459 | SCP-1 213-221 | DLNSNIEKM |
460 | SCP-1 216-226 | SNIEKMITAF |
461 | SCP-1 217-225 | NIEKMITAF |
462 | SCP-1 218-225 | IEKMITAF |
463 | SCP-1 397-406 | RLENYEDQLI |
464 | SCP-1 398-406 | LENYEDQLI |
465 | SCP-1 398-407 | LENYEDQLII |
466 | SCP-1 399-407 | ENYEDQLII |
467 | SCP-1 399-408 | ENYEDQLIIL |
468 | SCP-1 400-408 | NYEDQLIIL |
469 | SCP-1 400-409 | NYEDQLIILT |
470 | SCP-1 401-409 | YEDQLIILT |
471 | SCP-1 401-410 | YEDQLIILTM |
472 | SCP-1 402-410 | EDQLIILTM |
473 | SCP-1 406-415 | IILTMELQKT |
474 | SCP-1 407-415 | ILTMELQKT |
475 | SCP-1 424-432 | KLTNNKEVE |
476 | SCP-1 424-433 | KLTNNKEVEL |
477 | SCP-1 425-433 | LTNNKEVEL |
478 | SCP-1 429-438 | KEVELEELKK |
479 | SCP-1 430-438 | EVELEELKK |
480 | SCP-1 430-439 | EVELEELKKV |
481 | SCP-1 431-439 | VELEELKKV |
482 | SCP-1 530-539 | ETSDMTLELK |
483 | SCP-1 531-539 | TSDMTLELK |
484 | SCP-1 548-556 | NKKQEERML |
485 | SCP-1 553-562 | ERMLTQIENL |
486 | SCP-1 554-562 | RMLTQIENL |
487 | SCP-1 555-562 | MLTQIENL |
488 | SCP-1 555-564 | MLTQIENLQE |
489 | SCP-1 560-569 | ENLQETETQL |
490 | SCP-1 561-569 | NLQETETQL |
491 | SCP-1 561-570 | NLQETETQLR |
492 | SCP-1 567-576 | TQLRNELEYV |
493 | SCP-1 568-576 | QLRNELEYV |
494 | SCP-1 571-580 | NELEYVREEL |
495 | SCP-1 572-580 | ELEYVREEL |
496 | SCP-1 573-580 | LEYVREEL |
497 | SCP-1 574-583 | EYVREELKQK |
498 | SCP-1 575-583 | YVREELKQK |
499 | SCP-1 675-684 | LLEEVEKAKV |
500 | SCP-1 676-684 | LEEVEKAKV |
501 | SCP-1 676-685 | LEEVEKAKVI |
502 | SCP-1 677-685 | EEVEKAKVI |
503 | SCP-1 681-690 | KAKVIADEAV |
504 | SCP-1 683-692 | KVIADEAVKL |
505 | SCP-1 684-692 | VIADEAVKL |
506 | SCP-1 685-692 | IADEAVKL |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
507 | SCP-1 694-702 | KEIDKRCQH |
508 | SCP-1 694-703 | KEIDKRCQHK |
509 | SCP-1 695-703 | EIDKRCQHK |
510 | SCP-1 695-704 | EIDKRCQHKI |
511 | SCP-1 696-704 | IDKRCQHKI |
512 | SCP-1 697-704 | DKRCQHKI |
513 | SCP-1 698-706 | KRCQHKIAE |
514 | SCP-1 698-707 | KRCQHKIAEM |
515 | SCP-1 699-707 | RCQHKIAEM |
516 | SCP-1 701-710 | QHKIAEMVAL |
517 | SCP-1 702-710 | HKIAEMVAL |
518 | SCP-1 703-710 | KIAEMVAL |
519 | SCP-1 737-746 | QEQSSLRASL |
520 | SCP-1 738-746 | EQSSLRASL |
521 | SCP-1 739-746 | QSSLRASL |
522 | SCP-1 741-750 | SLRASLEIEL |
523 | SCP-1 742-750 | LRASLEIEL |
524 | SCP-1 743-750 | RASLEIEL |
525 | SCP-1 744-753 | ASLEIELSNL |
526 | SCP-1 745-753 | SLEIELSNL |
527 | SCP-1 745-754 | SLEIELSNLK |
528 | SCP-1 746-754 | LEIELSNLK |
529 | SCP-1 747-755 | EIELSNLKA |
530 | SCP-1 749-758 | ELSNLKAELL |
531 | SCP-1 750-758 | LSNLKAELL |
532 | SCP-1 751-760 | SNLKAELLSV |
533 | SCP-1 752-760 | NLKAELLSV |
534 | SCP-1 752-761 | NLKAELLSVK |
535 | SCP-1 753-761 | LKAELLSVK |
536 | SCP-1 753-762 | LKAELLSVKK |
537 | SCP-1 754-762 | KAELLSVKK |
538 | SCP-1 755-763 | AELLSVKKQ |
539 | SCP-1 787-796 | EKKDKKTQTF |
540 | SCP-1 788-796 | KKDKKTQTF |
541 | SCP-1 789-796 | KDKKTQTF |
542 | SCP-1 797-806 | LLETPDIYWK |
543 | SCP-1 798-806 | LETPDIYWK |
544 | SCP-1 798-807 | LETPDIYWKL |
545 | SCP-1 799-807 | ETPDIYWKL |
546 | SCP-1 800-807 | TPDIYWKL |
547 | SCP-1 809-817 | SKAVPSQTV |
548 | SCP-1 810-817 | KAVPSQTV |
549 | SCP-1 812-821 | VPSQTVSRNF |
550 | SCP-1 815-824 | QTVSRNFTSV |
551 | SCP-1 816-824 | TVSRNFTSV |
552 | SCP-1 816-825 | TVSRNFTSVD |
553 | SCP-1 823-832 | SVDHGISKDK |
554 | SCP-1 829-838 | SKDKRDYLWT |
555 | SCP-1 832-840 | KRDYLWTSA |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
556 | SCP-1 832-841 | KRDYLWTSAK |
557 | SCP-1 833-841 | RDYLWTSAK |
558 | SCP-1 835-843 | YLWTSAKNT |
559 | SCP-1 835-844 | YLWTSAKNTL |
560 | SCP-1 837-844 | WTSAKNTL |
561 | SCP-1 841-850 | KNTLSTPLPK |
562 | SCP-1 842-850 | NTLSTPLPK |
563 | SCP-1 832-840 | KRDYLWTSA |
564 | SCP-1 832-841 | KRDYLWTSAK |
565 | SCP-1 833-841 | RDYLWTSAK |
566 | SCP-1 835-843 | YLWTSAKNT |
567 | SCP-1 839-846 | SAKNTLST |
568 | SCP-1 841-850 | KNTLSTPLPK |
569 | SCP-1 842-850 | NTLSTPLPK |
570 | SCP-1 843-852 | TLSTPLPKAY |
571 | SCP-1 844-852 | LSTPLPKAY |
572 | SSX-2 5-12 | DAFARRPT |
573 | SSX-2 7-15 | FARRPTVGA |
574 | SSX-2 8-17 | ARRPTVGAQI |
575 | SSX-2 9-17 | RRPTVGAQI |
576 | SSX-2 10-17 | RPTVGAQI |
577 | SSX-2 13-21 | VGAQIPEKI |
578 | SSX-2 14-21 | GAQIPEKI |
579 | SSX-2 15-24 | AQIPEKIQKA |
580 | SSX-2 16-24 | QIPEKIQKA |
581 | SSX-2 16-25 | QIPEKIQKAF |
582 | SSX-2 17-24 | IPEKIQKA |
583 | SSX-2 17-25 | IPEKIQKAF |
584 | SSX-2 18-25 | PEKIQKAF |
585 | Survivin 116-124 | ETNNKKKEF |
586 | Survivin 117-124 | TNNKKKEF |
587 | Survivin 122-131 | KEFEETAKKV |
588 | Survivin 123-131 | EFEETAKKV |
589 | Survivin 127-134 | TAKKVRRA |
590 | Survivin 126-134 | ETAKKVRRA |
591 | Survivin 128-136 | AKKVRRAIE |
592 | Survivin 129-138 | KKVRRAIEQL |
593 | Survivin 130-138 | KVRRAIEQL |
594 | Survivin 130-139 | KVRRAIEQLA |
595 | Survivin 131-138 | VRRAIEQL |
596 | BAGE 24-31 | SPVVSWRL |
597 | BAGE 21-29 | KEESPVVSW |
598 | BAGE 19-27 | LMKEESPVV |
599 | BAGE 18-27 | RLMKEESPVV |
600 | BAGE 18-26 | RLMKEESPV |
601 | BAGE 14-22 | LLQARLMKE |
602 | BAGE 13-22 | QLLQARLMKE |
603 | Survivin 13-28 | FLKDHRISTFKNWPFL |
604 | Survivin 79-111 | KHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKN |
SEQ ID NO | 同一性 | 序列 |
605 | Survivin 130-141 | KVRRAIEQLAAM |
606 | GAGE-1 116-133 | VAQTGILWLLMNNCFLNL |
607 | BAGE 7-17 | FLALSAQLLQA |
608 | BAGE 18-27 | RLMKEESPVV |
609 | BAGE 2-27 | AARAVFLALSAQLLQARLMKEESPVV |
610 | BAGE 30-39 | RLEPEDGTAL |
*SEQ ID NOS.108-602的任何一个可以用作本发明各种实施方案中任一种中的表位。SEQ ID NOS.603-610的任一个可以用作含有表位或表位聚簇的序列,如本发明各实施方案中所述。
**这里和从头到尾使用的所有登记号可以通过NCBI数据库访问,例如通过万维网上的Entrez搜索和检索系统。
注意下列讨论阐明发明人对本发明操作的理解。然而,不意图用本讨论将本专利限制于在后附权利要求中未阐明的任何具体操作理论。
在进行表位疫苗开发中,其他人已经产生基于MHC结合基序的预测表位列表。这类肽可以是免疫原性的,但可能不对应任何天然产生的抗原片段。因此,整个抗原将不引发类似的应答或使靶细胞对通过CTL的细胞溶解敏感。因此该列表不区分可以用作疫苗的那些序列和不可以用作疫苗的那些序列。测定这些预测表位中的哪些实际上是天然产生的努力已经经常依赖于筛选它们与肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的反应性。然而,尽管肿瘤(和慢性感染细胞)将通常呈递管家表位,但TIL强烈偏向于识别免疫表位。因此,除非表位是由管家和免疫蛋白酶体两者生产,靶细胞将通常不为用TIL-鉴定的表位诱导的CTL所识别。相反,本发明的表位是通过特定蛋白酶体的作用产生,表明可以天然生产它们,并赋予它们适当的用途。在PCT出版物WO 01/82963A2中更充分地阐明了管家和免疫表位之间的差别对于疫苗设计的重要意义。考虑将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案作为与本发明有关和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
本发明的表位包括或编码TAAs的多肽片段,其是通过管家或免疫蛋白酶体进行蛋白酶体切割的前体或产物,并含有或包括对至少一个MHC I等位基因具有已知或预测亲和力的序列。在一些实施方案中,所述表位包括或编码长度约为6-25个氨基酸的多肽,其优选长度约为7-20个氨基酸,更优选长度约为8-15个氨基酸,还更优选长度约为9或10个氨基酸。然而,应当理解只要N-末端修剪可以产生MHC表位或它们不含有导致多肽被引导远离蛋白酶体或被蛋白酶体破坏的序列,所述多肽可以更大。对于免疫表位,如果更大的肽不含有这类序列,它们可以在pAPC中为免疫蛋白酶体所加工。如果通过免疫蛋白酶体作用序列适合于促进表位C-末端的释放,也可将管家表位内嵌于更长的序列中。上述讨论已经假定更长表位的加工通过pAPC免疫蛋白酶体的作用进行。然而,加工还可以通过设计一些其它机制来完成,如提供外源蛋白酶活性和适应的序列结果蛋白酶的作用释放MHC表位。可以对这些表位序列进行计算机分析以计算物理,生物化学,免疫学或分子遗传特性,如质量,等电点,预测电泳迁移率,预测与其它MHC分子的结合,核酸探针的解链温度,反向翻译,与其它序列的相似性或同源性等。
在构建编码本发明多肽表位的多核苷酸中,可以使用相关TAA的基因序列,或者多核苷酸可以由任何对应的密码子组装。对于10个氨基酸的表位,这可以组成大约106种不同序列,其取决于具体的氨基酸组成。尽管大,这是一种相异(distinct)的和容易定义的集合,其表示>1018该长度可能的多核苷酸中的一个很小部分,因此在一些实施方案中,在这里公开的具体序列的等价物包括在列表序列上的这类相异的和容易定义的变异。在选择这些序列中的具体一个用于疫苗过程中,如对于本领域技术人员将是明显的,可以利用条件如密码子使用,自身互补性,限制位点,化学稳定性等。
本发明意图生产肽表位。具体地,这些表位来源于AA序列,并对至少一个MHC I等位基因具有已知或预测的亲和力。这类表位典型地与在靶细胞或pAPCs上产生的那些相同。
包含活性表位的组合物
本发明的实施方案提供多肽组合物,其包括疫苗,治疗法,诊断学,药理学和药物组合物。各种组合物包括新鉴定的TAAs的表位以及这些表位的变体。本发明的其它实施方案提供编码本发明多肽表位的多核苷酸。本发明另外提供用于表达适于纯化的多肽表位的载体。另外,本发明提供用作抗肿瘤疫苗的在APC中表达多肽表位的载体。可以使用来源于表1的任何表位或抗原,或编码它的核酸。其它实施方案涉及生产和使用各种组合物的方法。
可以描述I类MHC-结合表位的总体结构,其在Madden,D.R.Annu.Rev.Immunol.13:587-622,1995中已经被更全面地综述。许多结合能产生于MHC分子中的保守残基与肽的N-和C-末端之间的主链接触。产生另外的主链接触但在MHC等位基因中不同。序列特异性是由所谓的锚定残基的侧链与又在MHC等位基因中变化的口袋接触所赋予的。可以将锚定残基分为主要的(primary)和次要的(secondary)。主要锚定位点显示强烈优选相对严格定义的氨基酸残基组。次要位点显示较弱和/或较少严格定义的优选残基,所述严格定义的优选可经常根据较少优选而不是较多优选来更好地描述。另外,一些次要锚定位点中的残基根本不是总被定位与MHC分子上的口袋接触。因此,存在一种肽亚型,其与特定的MHC分子结合并在正在讨论中的位点处存在侧链-口袋接触,并且存在另一种亚型,其显示与相同MHC分子的结合,所述结合不依赖于肽在MHC分子肽-结合沟中呈现的构象。C-末端残基(PΩ;ω)优选是主要锚定残基。对于许多研究更好的HLA分子(例如A2,A68,B27,B7,B35和B53)第二位置(P2)也是一个锚定残基。然而,也已经观察到中央锚定残基,其包括HLA-B8中的P3和P5,以及分别在鼠MHC分子H-2Db和H-2Kb中的P5和PΩ(ω)-3。因为更稳定的结合通常将改善免疫原性,不管它们的位置,在设计变体中优选锚定残基是保守的或最优化的。
由于锚定残基通常是位于表位末端附近,肽向上弯曲而到肽-结合沟以外,其允许长度上的一些变化。对于HLA-A68已经发现8-11个氨基酸的表位,对于HLA A2高达13个氨基酸。除锚定位置之间的长度变化之外,已经报道单个残基平截和延伸并且分别在N-和C-末端。在非锚定残基中,一些突出到沟以外,不与MHC分子发生接触但可以用来与TCR接触,对于HLA-A2最经常是P1,P4和PΩ(ω)-1。其它非锚定残基可以变成插入肽结合沟上边缘和TCR之间,与两者接触。这些侧链残基的精确定位,和如此它们对结合,MHC精细构象和最终免疫原性的影响是高度依赖序列的。对于高度免疫原性的表位,它必须不仅促进对于发生激活稳定的足够的TCR结合,而且TCR还必须具有足够高的脱离速率(off-rate)以便多个TCR分子可以顺序与相同的肽-MHC复合体相互作用(Kalergis,A.M.等,Nature Immunol.2:229-234,2001)。因此,在没有关于三元复合体另外信息的情况下,当设计变体时,在这些位置的保守和非保守置换都值得考虑。
例如使用任何用于保守和非保守突变的技术和指南可以产生多肽表位变体。变体可以衍生于与天然序列比较的一个或多个氨基酸的置换,缺失或插入。氨基酸置换可以是用另一个具有相似结构和/或化学特性的氨基酸置换一个氨基酸的结果,例如用丝氨酸置换苏氨酸。该置换被称为保守氨基酸置换,并且所有适当的保守氨基酸置换被认为是一种发明的实施方案。插入或缺失可以任选为大约1-4,优选1-2个氨基酸。通常优选保持肽的“锚定位点”,其负责与正在讨论中的MHC分子结合。确实,在许多情形中通过在锚定位点置换更多的优选残基可以改善肽的免疫原性(Franco,等,Nature Immunology,1(2):145-150,2000)。在保持与原表位充分的交叉反应性以构成有效疫苗的同时,通过用更大体积的氨基酸取代在非锚定位点发现的小氨基酸也经常可以改善肽的免疫原性。通过常规插入,缺失或置换序列中的氨基酸和检验产生的变体通过多肽表位显示的活性可以测定允许的变异。由于多肽表位经常是9个氨基酸,优选对最短的活性表位进行置换,例如9个氨基酸的表位。
还可以通过将任何序列加至多肽表位变体的N末端产生变体。这类N-末端增加可以是从1个氨基酸直至至少25个氨基酸。因为肽表位经常被pAPC中活泼的N-末端外肽酶修剪,必须理解所增加序列中的变异可以对表位活性没有影响。在优选实施方案中,末尾的上游蛋白酶体切割位点与MHC表位N-末端之间的氨基酸残基不包括脯氨酸残基。Serwold,T.等,Nature Immunol.2:644-651,2001。因此,可以从比优选9-链节(9-mer)I类基序更大的前体产生有效表位。
通常,就它们对应于在靶细胞或pACP表面上由MHC I实际展示的表位而言肽是有效的。单个的肽对不同MHC分子可具有不同亲和力,与一些结合良好,有些适当结合,还有些一点也不结合(表2)。传统上已将MHC等位基因按照血清学反应性分类,所述血清学反应性不反映在相同类型的等位基因中可以不同的肽-结合沟的结构。类似地,跨越类型(acrosstype)可以共享结合特性;已经将基于共享结合特性的类群称为超类型(supertype)。在人种群中存在许多MHC I等位基因;基于患者的基因型可以选择对某些等位基因特异性的表位。
表2
酪氨酸酶207-216(SEQ ID NO.1)与各种MHC类型的预测结合
MHC I类型 | *解离半衰期(min) |
A1 | 0.05 |
A*0201 | 1311. |
A*0205 | 50.4 |
A3 | 2.7 |
A*1101(部分A3超类型) | 0.012 |
A24 | 6.0 |
B7 | 4.0 |
B8 | 8.0 |
B14(部分B27超类型) | 60.0 |
B*2702 | 0.9 |
B*2705 | 30.0 |
B*3501(部分B7超类型) | 2.0 |
B*4403 | 0.1 |
B*5101(部分B7超类型) | 26.0 |
B*5102 | 55.0 |
B*5801 | 0.20 |
B60 | 0.40 |
B62 | 2.0 |
*HLA肽结合预测(万维网超文本传输协议“访问bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bin”)。
在本发明的另外实施方案中,可以将作为肽或编码多核苷酸的所述表位作为药物组合物给药,例如,疫苗或免疫原性组合物,单独或与各种佐剂,载体或赋形剂结合。应当指出,尽管术语疫苗可以贯穿这里的讨论中使用,该概念可以与包括在这里提及的那些的任何其它药物组合物一起施用或使用。特别有利的佐剂包括各种细胞因子和包含免疫刺激序列的寡核苷酸(如在这里参考的同时待审的申请中所更详细地阐明)。另外,可将编码表位的多核苷酸包含于病毒(例如牛痘或腺病毒)中或微生物宿主细胞(例如沙门氏菌属(Salmonella)或单核细胞增生利斯特氏菌(Listeriamonocytogenes))中,其随后被用作多核苷酸的载体(Dietrich,G.等Nat.Biotech.16:181-185,1998)。备选地,可以离体转化pAPC以表达所述表位,或用肽表位脉冲以其自身作为疫苗给药。为了提高这些方法的效率,可以用病毒或细菌载体携带编码的表位,或者与pAPC上发现的受体的配体络合。类似地,肽表位可以与pAPC配体络合或偶联。一种疫苗可以包括多于一个单个表位。
在PCT公开号WO01/82963和2000年4月28日提交的题为“EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS,”的美国专利申请号09/560,465中公开了对于将表位和/或表位聚簇结合至疫苗或药物组合物中的特别有利的策略。将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。在PCT公开号WO01/82963中和在2000年4月28号提交的题为“EPITOPE CLUSTERS”的美国专利申请号09/561,571中公开了用于本发明的表位聚簇。将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
本发明的优选实施方案是以使pAPC或pAPCs群体呈递对应于在特定靶细胞上展示的表位的管家表位的疫苗和方法为目标。例如可使用表1中的任何表位或抗原。在一个实施方案中,管家表位是由特定肿瘤类型的管家蛋白酶体加工的TuAA表位。在另一个实施方案中,管家表位是由感染病毒的细胞的管家蛋白酶体加工的病毒相关表位。这促进对靶细胞的特异性T细胞应答。因为它们展示管家表位或免疫表位,对应于不同诱导状态(攻击前或攻击后)pAPCs同时表达多种表位可以激发有效对抗靶细胞的CTL应答。
通过含有在pAPC上呈递的管家和免疫表位,本实施方案可以最优化对靶细胞的细胞毒性T细胞应答。通过双重表位表达,当肿瘤细胞在由IFN的诱导下从管家蛋白酶体转换至免疫蛋白酶体时,pAPCs可以继续维持对免疫类型表位的CTL应答,所述IFN例如可以通过肿瘤浸润CTLs产生。
在一个优选实施方案中,使用包括管家表位的疫苗免疫患者。许多优选的TAAs专门与一种靶细胞相关,特别是在感染细胞的情形中。在另一个实施方案中,许多优选的TAAs是在转化细胞中解除控制(deregulated)的基因表达的结果,但在睾丸,卵巢和胎儿组织中也发现。在另一个实施方案中,有效的TAAs在靶细胞中比在其它细胞中更高水平地表达。在其它实施方案中,与其它细胞相比TAAs在靶细胞中不差异表达,但还是有效的,因为它们与细胞的一种特定功能有关并将靶细胞从大多数其它周围细胞区别开来;在这些实施方案中,也显示TAA的健康细胞可能被诱导的T细胞应答并联攻击,但该附带损害被认为远比靶细胞导致的情形优选。
疫苗以导致pAPC或pAPCs群体展示管家表位的有效浓度包含一种管家表位。有利地,疫苗可包括多种管家表位或任选与一种或多种免疫表位结合的一种或多种管家表位。疫苗制剂以足以导致pAPCs呈递表位的浓度包含肽和/或核酸。制剂优选以大约1μg-1mg/100μl疫苗制剂的总浓度包含表位。本发明可使用适于肽疫苗和/或核酸疫苗的常规剂量和定量给药,该给药方法在本领域是被很好理解的。在一个实施方案中,对于成人的单剂量可便利地为大约1μl至大约5000μl的该组合物,一次或多次给药,例如间隔1周,2周,一个月或更长的2,3,4或更多剂量。参照结节内方法专利胰岛素泵(insulin pump)每小时送递1μl(最低频率)。
这里公开的本发明的组合物和方法还意图将佐剂结合至制剂中以增强疫苗的性能。具体地,设计将佐剂加入制剂以增强pAPCs的表位送递或摄取。本发明考虑的佐剂为本领域中的技术人员已知并包括例如GMCSF,GCSF,IL-2,IL-12,BCG,破伤风毒素,骨桥蛋白和ETA-1。
在本发明的一些实施方案中,疫苗可包括一种重组生物,如被遗传改造以在宿主中表达表位的病毒,细菌或寄生物。例如,单核细胞增生利斯特氏菌,一种革兰氏阳性,兼性胞内细菌,是一种将TuAAs靶向免疫系统的有效载体。在一个优选的实施方案中,可以改造该载体来表达一种管家表位以诱导治疗应答。该生物感染的正常途径是通过肠并且可以口服递送。在另一个实施方案中,可以使用一种编码针对TuAA的管家表位的腺病毒(Ad)载体来诱导抗病毒或抗肿瘤应答。可以使用病毒构建体转导衍生于骨髓的树突细胞并随后注射,或者可以直接通过皮下注射将病毒递送至动物中以诱导有效的T-细胞应答。另一个实施方案使用一种重组牛痘病毒,其被改造来编码相应于针对TAA的管家表位的氨基酸序列。携带小基因构建体形式的含有适当核苷酸置换的构建体的牛痘病毒可以指导管家表位的表达,导致针对表位的治疗性T细胞应答。
使用DNA免疫要求APCs摄取DNA并且表达编码的蛋白质或肽。可以在DNA上编码离散的I类肽。通过用该构建体免疫,可使APCs表达管家表位,其然后在细胞表面I类MHC上展示以刺激适当的CTL应答。在PCT公开号WO01/82963和在2000年4月28提交的题为EXPRESSIONVECTORS ENCODING EPITOPES OF TARGET-ASSOCIATEDANTIGENS的美国专利申请号09/561,572中已经描述了通常依赖于翻译终止或非蛋白酶体蛋白酶以产生适当的管家表位末端的构建体。将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
如所提及的,理想的是在更大的蛋白质前后序列中表达管家肽。即使当少量的氨基酸存在表位末端以外也能检测到加工。小肽激素是通常从经常尺寸大小约为60-120个氨基酸的较长的翻译产物蛋白水解加工而来。该事实导致一些人设想这是可以有效翻译的最小尺寸。在一些实施方案中,可将管家肽内嵌在至少约60个氨基酸的翻译产物中。在其它实施方案中可将管家肽内嵌在至少约50,30或15个氨基酸的翻译产物中。
由于有差别的蛋白酶体加工,pAPC的免疫蛋白酶体产生与由周围体细胞中的管家蛋白酶体产生的那些不同的肽。因此,在较大蛋白质的前后序列中表达管家肽过程中,优选在APC中在不同于它全长天然序列的前后序列中表达它,因为,作为管家表位,通常只能通过管家蛋白酶体从天然蛋白质有效加工,所述管家蛋白酶体在APC中不活跃。为了在编码较大蛋白质的DNA序列中编码管家表位,在编码表位的序列的任意一侧找到允许免疫蛋白酶体适当切割以释放管家表位的侧翼区域是有用的。改变所需管家表位N-末端和C-末端的侧翼氨基酸残基可以促进在APC中适当切割和产生管家表位。可以从新设计并筛选内嵌管家表位的序列以确定哪个可以被免疫蛋白酶体成功加工来释放管家表位。
备选地,另一种策略对于鉴定允许在APC中产生管家表位的序列是非常有效的。一种邻接氨基酸序列可以从一种或多种管家表位从头至尾的排列产生。使用表达该序列的构建体免疫动物,并评估产生的T细胞应答以确定它对排列中一种或多种表位的特异性。由定义,这些免疫应答显示在pAPC中被有效加工的管家表位。由此确定了该表位周围的必需的侧翼区域。使用期望肽任意一侧约4-6个氨基酸的侧翼区域可以提供促进通过免疫蛋白酶体的管家表位的蛋白酶体加工所必需的信息。因此,可以将保证表位同步化的约16-22个氨基酸的序列有效插入或融合至任何蛋白质序列以导致在APC中产生管家表位。在备选实施方案中,可以将整个头尾排列的表位,或只是紧邻着正确加工管家表位的表位类似地从测试构建体转移至疫苗载体。
在一个优选实施方案中,可以将管家表位内嵌在已知的免疫表位,或这样的区段之间,从而提供适于加工的前后序列。管家和免疫表位的接合点可以产生使免疫蛋白酶体释放管家表位所必需的前后序列,或优选包括正确C-末端的更大片段。筛选构建体以证实产生了所需表位是有用的。管家表位的结合点可以产生可以被免疫蛋白酶体切割的位点。本发明的一些实施方案使用已知表位侧邻测试底物中的管家表位;在其它实施方案中,使用如下所述的筛选来确定侧翼区域是任意序列还是天然侧翼序列的突变体,在设计底物中是否使用蛋白酶体切割优选的知识。
尽管有利,在成熟表位N-末端的切割是不必需的,因为在细胞中存在多种N-末端修剪活性,其能够在蛋白酶体加工之后产生成熟的表位N-末端。优选该N-末端延伸小于大约25个氨基酸长度,并进一步优选该延伸含有很少或没有脯氨酸残基。优选地,在筛选中,不仅对在表位末端(或至少在它的C-末端)的切割给予考虑,而且对确保在表位内部的有限切割给予考虑。
可以将鸟枪法用于设计测试底物并可提高筛选效率。在一个实施方案中可以依次组合多种表位,单个表位可出现多次。可以筛选底物以确定可以产生哪种表位。在其中一种特定表位是所关心的情形中,可以设计其中它在多种不同前后序列中出现的底物。当将在多于一种前后序列中出现的单个表位从底物释放时,可以使用附加的第二测试底物来确定哪个是被释放和真正构成保证表位同时化的序列,所述第二测试底物中表位的特殊实例(individual instances)被去除,禁止或是唯一的。
存在几种容易实行的筛选。一种优选的体外筛选利用蛋白酶体消化分析,其使用纯化的免疫蛋白酶体,来确定所需的管家表位是否能从包含正在讨论中的该序列的合成肽中释放出来。可以通过技术如质谱,HPLC和N-末端池测序来测定获得切割的位置;如在题为METHOD OF EPITOPEDISCOVERY,EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGENPRESENTING CELLS的美国专利申请,PCT出版物,题为EPITOPESEQUENCES的美国申请和临时美国专利申请中更详细地描述。
备选地,可以使用体内筛选如免疫或目标敏化(target sensitization)。对于免疫使用可以表达正在讨论中的序列的核酸构建体。可以检验收获的CTL识别呈递正在讨论中的管家表位的靶细胞的能力。通过用含成熟管家表位的合成肽脉冲表达适当MHC分子的细胞极其容易获得这类靶细胞。备选地,可以使用已知表达管家蛋白酶体的细胞和抗原,从所述抗原可内源地或通过遗传工程衍生管家表位。为了将目标敏化用作筛子,可以使用识别管家表位的CTL,或优选CTL克隆。在该情形中,它是表达内嵌的管家表位的靶细胞(而不是在免疫期间的pAPC)并且它必须表达免疫蛋白酶体。通常,可以使用一种适当的核酸构建体转化靶细胞以赋予内嵌管家表位的表达。使用装载肽的脂质体或蛋白质转移试剂如BIOPORTERTM(Gene Therapy Systems,San Diego,CA)装载一种包含内嵌表位的合成肽代表一种备选方案。
在WO01/82963和在2000年4月28日提交的题为“EXPRESSIONVECTORS ENCODING EPITOPES OF TARGET-ASSOCIATEDANTIGENS”的美国专利申请号No.09/561,572中公开了关于用作依照本发明疫苗的核酸构建体的另外指导。此外,PCT公开号WO03/063770;2002年11月7日提交的美国专利申请号10/292,413;和在11/7/2001提交的题为“EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OFTARGET-ASSOCIATED ANTIGENS AND METHODS FOR THEIRDESIGN”的美国临时专利申请号60/336,968(律师备案号(attorney docketnumber)CTLIMM.022PR)中公开了依照本发明有用的表达载体和关于它们设计的方法。将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
本发明的一个优选实施方案包括给药包括一种表位(或多种表位)的疫苗以诱导治疗性免疫应答的方法。将疫苗以与本领域已知的标准疫苗递送方案一致的方法对患者给药。给药TAAs表位的方法包括,不限于经皮的,结节内的,结节周围的,口服的,静脉内的,皮内的,肌内的,腹膜内的和粘膜给药,包括通过注射,滴注或吸入递送。在2002年1月17日颁发的澳大利亚专利号739189;PCT公开号WO099/02183;标题都为“AMETHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE,”的1999年9月1日提交的美国专利申请号09/380,534;和在2001年2月2日提交的其部分继续申请美国专利申请号09/776,232(公开为20020007173);和PCT公开号WO02/062368中公开了一种递送疫苗以引发CTL应答的特别有用的方法。将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
试剂识别表位
在本发明的另一方面,考虑对表位和/或表位-MHC分子复合体具有结合特异性的蛋白质,以及通过其可以表达它们的分离的细胞。在一组实施方案中,这些试剂采取免疫球蛋白的方式:多克隆血清或单克隆抗体(mAb),生产其的方法在本领域是众所周知的。产生对肽-MHC分子复合体具有特异性的mAb在本领域是已知的。参见例如Aharoni等,Nature351:147-150,1991;Andersen等Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:1820-1824,1996;Dadaglio等Immunity 6:727-738,1997;Duc等Int.Immunol.5:427-431,1993;Eastman等Eur.J.Immunol.26:385-393,1996;Engberg等Immunotechnology 4:273-278,1999;Porgdor等Immunity 6:715-726,1997;Puri等J.Immunol.158:2471-2476,1997;和Polakova,K.,等J.Immunol.165 342-348,2000。
在其它实施方案中,可将所述组合物用来体内和体外诱导和产生对任何表位和/或表位-MHC复合体特异的T-细胞。在优选实施方案中,表位可以是例如在表1中列出的那些中的任何一种或多种。因此,实施方案还涉及和包括分离的T细胞,T细胞克隆,T细胞杂交瘤或含有衍生于克隆基因的T细胞受体(TCR)结合域的蛋白质,以及表达该蛋白质的重组细胞。该TCR衍生的蛋白质可以仅仅是TCR的胞外域,或与另外一种蛋白质的部分的融合以赋予所需的性质或功能。该融合的一个实例是将TCR结合域附着在抗体分子的恒定区以便产生二价分子。已经报道按照该常规模式的分子的构建和活性,例如Plaksin,D.等J.Immunol.158:2218-2227,1997和Lebowitz,M.S.等Cell Immunol.192:175-184,1999。在题为T CELLRECEPTORS AND THEIR USE IN THERAPEUTIC AND DIAGNOSTICMETHODS的美国专利5,830,755中也讨论了这类分子更多的常规构建和使用。
通过标准免疫实验室动物可以容易地实现这类T细胞的生产,并且通过用人靶细胞免疫或通过用抗原/表位免疫HLA-转基因动物可以获得对人靶细胞的反应性。对于一些治疗方法,衍生于相同物种的T细胞是理想的。尽管该细胞可以通过例如将鼠TCR克隆于如上所考虑的人T细胞中产生,但体外免疫人细胞提供一种潜在地更快的选择。即使使用首次用于实验的供体(naive donors),用于体外免疫的技术在本领域也是已知的,例如Stauss等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7871-7875,1992;Salgaller等Cancer Res.55:4972-4979,1995;Tsai等,J.Immunol.158:1796-1802,1997;和Chung等,J.Immunother.22:279-287,1999。
可以将这些分子的任一种与酶,放射化学试剂,荧光标签和毒素偶联,以便用于诊断(成象或其它检测),监测和治疗与表位相关的致病疾病。
因此可以给药毒素偶联物以杀死肿瘤细胞,放射化学试剂可以促进表位阳性肿瘤的成象,可将酶偶联物用于类似ELISA的试验来诊断癌症和证实在活体解剖组织中的表位表达。在另一个实施方案中,在通过用表位和/或细胞因子刺激完成扩增后,作为一种过继免疫治疗可以对患者给药如上阐明的这样的T细胞。
包含表位的试剂
本发明的另一方面提供分离的表位-MHC复合体。在本发明这方面的特别有利的实施方案中,复合体可以是可溶的,多亚基蛋白如在美国专利号5,635,363(四聚体)或美国专利号6,015,884(Ig-二聚体)中描述的那些。该试剂可用于检测和监测特异性的T细胞应答,和纯化这类T细胞。
还可将与表位肽络合的分离的MHC分子结合至平面脂双层或脂质体中。这类组合物可用来体外或在脂质体的情形中,体内刺激T细胞。可将共同刺激分子(例如B7,CD40,LFA-3)结合于相同组合物中,或者特别是对于体外操作,可以通过抗-共同-受体的抗体(例如抗-CD28,抗-CD154,抗-CD2)或细胞因子(例如IL-2,IL-12)来提供共同刺激。这样的T细胞刺激可以在免疫治疗中构成接种,驱动T细胞体外扩增以接下来融合,或构成T细胞功能测定中的一步。
表位,或更直接地它与MHC分子的复合体可以是在激活或读出步骤或两者中抗原特异性T细胞的功能测定的重要组分。在当前本领域中T细胞功能的许多种测定中(详细的方法可以在标准免疫学参考如CurrentProtocols in Immnology 1999 John Wiley & Sons Inc.,N.Y中发现)可以定义两大类,测量许多细胞应答的那些和测量单独细胞应答的那些。尽管前者传达应答强度的总体测量,但后者允许测定应答细胞的相对频率。测量总体应答的试验的实例是细胞毒性测定,ELISA和检测细胞因子分泌的增殖测定。测量单独细胞(或衍生于它们的小克隆)应答的测定包括有限稀释分析(LDA),ELISPOT,未分泌细胞因子的流式细胞仪检测(在题为“METHOD FOR ASSESSMENT OF THE MONONUCLEARLEUKOCYTE IMMUNE SYSTEM”的美国专利号5,445,939和标题都为“METHOD FOR THE ASSESSMENT OF THE MONONUCLEARLEUKOCYTE IMMUNE SYSTEM,”的美国专利号5,656,446;和5,843,689中描述,试剂是由Becton,Dickinson & Company以商品名‘FASTIMMUNE’出售并且用如上说明和提及的四聚体或Ig-二聚体检测特异性的TCR。在Yee,C.等Current OPinion in Immunology,13:141-146,2001中综述这些技术的相对优点。如对于本领域的一名技术人员将是明显的,通过多种建立的基于核酸的技术,特别是原位和单细胞PCR技术可以完成另外的检测特异性TCR的重排或表达。
这些功能测定可用来评估免疫的内源水平,对免疫刺激(例如疫苗)的应答和监测贯穿疾病和治疗期间的免疫状态。除当测量免疫的内源水平时,这些测定的任何一种假定预先的免疫步骤,不管体内或体外,其取决于所论述问题的性质。使用上述本发明的各种实施方案或可以激发相似免疫的其它形式的免疫原(例如pAPC-肿瘤细胞融合)可以进行该免疫。除了能够检测关联TCR(cognate TCR)表达的PCR和四聚体/Ig-二聚体类型的分析以外,这些测定通常受益于一步体外抗原刺激,其可以方便地使用上述本发明的各种实施方案以便检测特定的功能活性(有时可以直接检测高度溶细胞应答)。最后,检测溶细胞活性需要展示表位的靶细胞,其可以使用本发明的各种实施方案产生。对于任何具体步骤选择的具体实施方案取决于所论述的问题,使用的简易,成本等,但对于任何具体一组情形一个实施方案对另一种的优势对于本领域的一名技术人员来说将是明显的。
在传统上已将在该部分描述的肽MHC复合体理解为是非共价结合。然而产生一个共价键是可能并且可以是有益的,例如通过编码作为单个蛋白的表位和MHC重链或表位,β2-微球蛋白,和MHC重链(Yu,Y.L.Y.,等,J.Immunol.168:3145-3149,2002;Mottez,E.,等,J.Exp.Med.181:493,1995;Dela Cruz,C.S.,等,Int.Immunol.12:1293,2000;Mage,M.G.,等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10658,1992;Toshitani,K.,等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:236,1996;Lee,L.,等,Eur.J.Immunol.24:2633,1994;Chung,D.H.,等,J.Immunol.163:3699,1999;Uger,R.A.和B.H.Barber,J.Immunol.160:1598,1998;Uger,R.A.,等,J.Immunol.162:6024,1999;和White,J.,等,J.Immunol.162:2671,1999。这类构建体可具有优越的稳定性并且克服了在加工-呈递途径中的困难。它们可以类似方式用于已经描述的疫苗,试剂和测定中。
肿瘤相关抗原
本发明的表位是衍生于TuAAs酪氨酸酶(SEQ ID NO.2),SSX-2,(SEQ ID NO.3),PSMA(前列腺-特异性膜抗原)(SEQ ID NO.4),MAGE-1,(SEQ ID NO.71),MAGE-2,(SEQ ID NO.72),MAGE-3,(SEQ ID NO.73),PRAME,(SEQ ID NO.77),PSA,(SEQ ID NO.78),PSCA,(SEQ ID NO.79),CEA(癌胚抗原)(SEQ ID NO.88),SCP-1(SEQ ID NO.92),GAGE-1(SEQID NO.96),survivin,(SEQ ID NO.98),Melan-A/MART-1(SEQ ID NO.100)和BAGE(SEQ ID NO.102)。从它们的cDNA或完全编码(cds)序列,分别为SEQ ID NOS.5-7,81-83,85-87,89,93,97,99,101和103可以确定这十五种蛋白质的天然编码序列,或它们内部的任何区段。
酪氨酸酶是一种黑色素生物合成酶,其被认为是黑色素细胞分化的最特异性的标记之一。酪氨酸酶在很少的几种细胞类型中表达,主要在黑色素细胞中表达,并且经常在黑素瘤中发现高水平。在题为“METHOD FORIDENTIFYING INDIVIDUALS SUFFERING FROM A CELLULARABNORMALITY SOME OF WHOSE ABNORMAL CELLS PRESENTCOMPLEXES OF HLA-A2/TYROSINASE DERIVED PEPTIDES,ANDMETHODS FOR TREATING SAID INDIVIDUALS”的美国专利5,747,271中教导了将酪氨酸酶用作TuAA。
GP100,也称为PMe117,也是一种在黑素瘤中高水平表达的黑色素生物合成蛋白质。在题为“MELANOMAANTIGENS AND THEIR USE INDIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC METHODS,”的美国专利5,844,075中公开了作为一种TuAA的GP100。
Melan-A,也称为MART-1(由T细胞识别的黑素瘤抗原),是另一种在黑素瘤中高水平表达的黑素生物合成蛋白。Melan-A/MART-1作为TuAA的用途在美国专利号5,874,560和5,994,523、标题均为“MELANOMAANTIGENS AND THEIR USE IN DIAGNOSTIC AND THERAPFUTICMETHODS”,以及标题为“ISOLATED NUCLEIC ACID SEQUENCECODING FOR A TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSORPROCES SED TO AT LEAST ONE TUMOR REJECTION ANTIGENPRESENTED BY HLA-A2”的美国专利号5,620,886中进行了教导。
SSX-2,也称为Hom-Mel-40,是高度保守的癌-睾丸抗原家族的成员(Gure,A.O.等Int.J. Cancer 72:965-971,1997)。在题为“ISOLATEDNUCLEIC ACID MOLECULES WHICH ENCODE A MELANOMASPECIFIC ANTIGEN AND USES THEREOF,”的美国专利6,025,191中教导了将其鉴定为一种TuAA。在多种肿瘤中发现癌-睾丸抗原,但通常在除睾丸以外的正常成人组织中不存在。已经发现在肿瘤细胞系中SSX家族的不同成员的表达不同。由于在SSX家族成员之间高度的序列同一性,将产生来自多于一个家族成员的相似表位并且其可以与MHC分子结合,因此指向该家族一个成员的一些疫苗可以交叉反应和对该家族的其它成员有效(参见下面实施例3)。
MAGE-1,MAGE-2,和MAGE-3是最初在黑素瘤(MAGE是黑素瘤相关抗原的缩写)中发现但在许多肿瘤中发现的的另一个癌-睾丸抗原家族的成员。在题为NUCLEOTIDE SEQUENCE ENCODING THE TUMORREJECTION ANTIGEN PRECURSOR,MAGE-1的美国专利5,342,774和许多后来专利中教导了将MAGE蛋白鉴定为TuAAs。当前在SWISS蛋白质数据库中存在17条关于(人)MAGE的记录。在这些蛋白质中存在广泛的相似性因此在许多情形中,来源于一种的表位可诱导针对其它家族成员的交叉反应性应答。还未在肿瘤中观测到这些中的一些,最显著地MAGE-H1和MAGE-D1,其分别在睾丸和脑,和骨髓基质细胞中表达。由它们是在对其它MAGE蛋白质最小相似性之中的事实改善了在正常组织上交叉反应性的可能性。
GAGE-1是癌睾丸抗原的GAGE家族的成员(Van den Eynde,B.,等.,J.Exp.Med.182:689-698,1995;美国专利号5,610,013;5648226;5,858,689;6,013,481和6,069,001)。PubGene数据库目前列出了12种独特可获得成员,它们中的一些同义已知为PAGE或XAGE。GAGE-1至GAGE-8具有非常高度的序列同一性,所以大多数表位可以在该家族的多个成员中共享。
BAGE是癌-睾丸抗原,其通常表达在黑素瘤、特别是转移性黑素瘤,以及在肺癌、乳腺癌、膀胱癌,和头及颈的扁平细胞。在美国专利号5,683,88标题为“TUMOR REJECTION ANTIGENS WHICH CORRESPOND TOAMINO ACID SEQUENCES IN TUMOR REJECTION ANTIGENPRECURSOR BAGE,AND USES THEREOF”和5,571,711标题为“ISOLATED NUCLEIC AICD MOLECULES CODING FOR BAGETUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSORS”中教导了其用作TuAA。
NY-ESO-1,是一种在各种各样的肿瘤中发现的癌-睾丸抗原,也称为CTAG-1(癌-睾丸抗原-1)和CAG-3(癌抗原-3)。在题为ISOLATEDNUCLEIC ACID MOLECULE ENCODING AN ESOPHAGEAL CANCERASSOCIATED ANTIGEN,THE ANTIGEN ITSELF,AND USES THEREOF的美国专利5,804,381中公开了作为一种TuAA的NY-ESO-1。编码具有广泛序列同一性的抗原的共生同源基因座(paralogous locus),LAGE-1a/s(SEQ ID NO.75)和LAGE-1b/L(SEQ ID NO.76)已经在公众可利用的人基因组集群(assemblies)中公开,并且已经被推断是通过可变剪接(alternatesplicing)产生的。另外,CT-2(或CTAG-2,癌-睾丸抗原-2)似乎是LAGE-1b/L的等位基因,突变体或测序差异。由于广泛的序列同一性,许多来源于NY-ESO-1的表位也可以诱导针对表达这些其它抗原的肿瘤的免疫性。参见图1。蛋白质直至氨基酸70实际上是相同的。从71-134NY-ESO-1和LAGE之间相同的最长长度是6个残基,但存在潜在交叉反应序列。从135-180,NY-ESO和LAGE-1a/s除单个残基以外是相同的,但由于可变剪接LAGE-1b/L是不相关的。CAMEL和LAGE-2抗原似乎是来源于LAGE-1 mRNA,但是源于可变的读框(alternate reading frame),因此产生不相关的蛋白质序列。新近,GenBank登记号AF277315.5,人染色体X克隆RP5-865E18,RP5-1087L19,完全序列,报道了在该区域中的三个独立的基因座,其标记为LAGE1(对应于基因组集群的CTAG-2),加上LAGE2-A和LAGE2-B(两者对应于基因组集群的CTAG-1)。
PSMA(前列腺特异性膜抗原),在题为“PROSTATE-SPECIFICMEMBRANES ANTIGEN”的美国专利5,538,866中描述的一种TuAA,是由正常前列腺上皮细胞表达,并且在前列腺癌中高水平表达。也已经发现它存在于非前列腺肿瘤的新脉管系统中。PSMA因此可以形成指向前列腺癌和其它肿瘤的新脉管系统两者的疫苗的基础。在美国专利公开号20030046714;PCT公开号WO02/069907;和在2001年3月7日提交的题为“ANTI-NEOVASCULAR VACCINES FOR CANCER”的临时美国专利申请号60/274,063和在2002年3月7日提交的题为“ANTI-NEOVASCULAR PREPARATIONS FOR CANCER”的美国申请号10/094,699,律师备案号CTLIMM.015A中更充分地描述这一后者概念。将在所述出版物和申请中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。简短地,当肿瘤生长时,它们吸收(recruit)新血管的向内生长物(ingrowth)。这被认为对于维持生长是必需的,因为未血管化的肿瘤中心通常坏死并且已经报道血管发生抑制剂导致肿瘤退化。这些新血管,或新脉管系统,表达在建立的血管中未发现的抗原,因此可以被特异性地瞄准。通过诱导针对新血管抗原的CTL可以使血管破裂,中断养分流向肿瘤(和从肿瘤去除废弃物),导致退化。
如在题为“ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULE ENCODINGALTERNATIVELY SPLICED PRO STATE-SPECIFIC MEMBRANESANTIGEN AND USES THEREOFOF”的美国专利5,935,818中所述,PSMAmRNA的可变剪接还导致一种在Met58处含有明显起始的蛋白质,从而删除了假定的PSMA膜锚定区域。一种称为类PSMA蛋白的蛋白质,Genbank登记号AF261715,与PSMA的氨基酸309-750几乎相同并且具有不同的表达图谱(expression profile)。因此最优选的表位是含有位于氨基酸58-308的N-末端的那些。
PRAME,也称为MAPE,DAGE和OIP4,最初是被作为一种黑素瘤抗原观测。后来,它已被认为是一种CT抗原,但不像许多CT抗原(例如MAGE,GAGE,和BAGE)它在急性骨髓白血病中表达。PRAME是MAPE家族的一个成员,所述MAPE家族主要由假想蛋白质组成,PRAME与这些假想蛋白质共有有限的序列相似性。在题为“ISOLATED NUCLEICACID MOLECULES CODING FOR TUMOR REJECTION ANTIGENPRECURSOR DAGE AND USES THEREOF”的美国专利5,830,753中教导了将PRAME用作一种TuAA。
PSA,前列腺特异性抗原,是激肽释放酶家族的一种肽酶和前列腺的一种分化抗原。也已经报道在乳房组织中的表达。替代的名称包括γ-seminoprotein,激肽释放酶3,seminogelase,seminin和P-30抗原。PSA具有与各种可变剪接产物前列腺/腺激肽释放酶-1和-2以及激肽释放酶4的高度序列同一性,其也在前列腺和乳房组织中表达。其它激肽释放酶通常共享更小的序列同一性和具有不同的表达图谱。但是,在设计疫苗时应该考虑可能通过任何特定表位激发的交叉反应性,以及表位将通过在非靶组织中的加工(最通常由管家蛋白酶体加工)而被释放的可能性。
PSCA,前列腺干细胞抗原,也称为SCAH-2,是一种优选在前列腺上皮细胞中表达和在前列腺癌中过量表达的分化抗原。在包括消化道的神经内分泌细胞和肾的集合管的一些正常组织中发现低水平表达。在题为“HUMAN STEM CELL ANTIGENS”的美国专利5,856,136中描述了PSCA。
联会复合体蛋白1(SCP-1),也称为HOM-TES-14,是一种减数分裂相关蛋白并且也是一种癌-睾丸抗原(Tureci,O.,等Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:5211-5216,1998)。作为一种癌抗原,它的表达不是受细胞周期调节并且经常在神经胶质瘤,乳房,肾细胞和卵巢癌中发现它。它具有与肌球蛋白的一些相似性,但具有足够小的同一性以致交叉反应表位不可直接寻找(immediate prospect)。
纤连蛋白的ED-B结构域也是一种潜在的目标。纤连蛋白进行受发育调节的可变剪接,主要在胎性癌组织中使用的单个外显子编码ED-B结构域(Matsuura,H.和S.Hakomori Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:6517-6521,1985;Carnemolla,B.等J.Cell Biol.108:1139-1148,1989;Loridon Rosa,B.等Cancer Res.50:1608-1612,1990;Nicolo,G.等Cell Differ.Dev.32:401-408,1990;Borsi,L.等Exp.Cell Res.199:98-105,1992;Oyama,F.等Cancer Res.53:2005-2011,1993;Mandel,U.等APMIS 102:695-702,1994;Farnoud,M.R.等Int.J.Cancer 61:27-34,1995;Pujuguet,P.等Am.J.Pathol.148:579-592,1996;Gabler,U.等Heart 75:358-362,1996;Chevalier,X.Br.J.Rheumatol.35:407-415,1996;Midulla,M.Cancer Res.60:164-169,2000)。
ED-B结构域也在新脉管系统的纤连蛋白中表达(Kaczmarek,J.等Int.J.Cancer 59:11-16,1994;Castellani,P.等Int.J.Cancer 59:612-618,1994;Neri,D.等Nat.Biotech.15:1271-1275,1997;Karelina,T.V.和A.Z.EisenCancer Detect.Prev. 22:438-444,1998;Tarli,L.等Blood 94:192-198;1999;Castellani,P.等Acta Neurochir.(Wien)142:277-282,2000)。作为一种胎性癌结构域,除被新脉管系统表达以外一般在由赘生性细胞表达的纤连蛋白中发现ED-B结构域。因此,靶向ED-B结构域的CTL诱导疫苗可显示两种作用机制:直接溶解肿瘤细胞和通过破坏肿瘤相关新脉管系统破坏肿瘤的血液供给。因为CTL活性在停用疫苗后迅速衰减,对正常血管发生的干扰可以最小。在题为“ANTI-NEOVASCULATURE VACCINES FORCANCER”的临时美国专利申请号60/274,063和甚至在日期(2002年3月7日)与本申请一起提交的题为“ANTI-NEOVASCULATUREPREPARATIONS FOR CANCER”的美国专利申请号10/094,699,律师备案号CTLIMM.015A中描述了设计和检验靶向新脉管系统的疫苗。在题为“HLA-TRANSGENIC MURINE TUMOR CELL LINE,”律师备案号CTLIMM.028PR,2002年3月7日提交的临时美国专利申请号60/363,131中公开了一种肿瘤细胞系。
癌胚抗原(CEA)是一种典型的癌胚蛋白,其最初在1965年被首先描述(Gold和Freedman,J.Exp.Med.121:439-462,1965。更全的参考可以在Online Medelian Inheritance in Man;记录*114890中找到)。它已经正式改名为癌胚抗原相关细胞粘着分子5(CEACAM5)。它的表达与消化道和胎结肠中的上皮层(epithelial lining)的腺癌强烈相关。CEA是免疫球蛋白超基因家族的成员并且是CEA亚家族的定义成员(defining member)。
Survivin,也已知为杆状病毒含IAP重复的蛋白5(BIRC5),是具有胎性癌模式表达的另一种蛋白。它是程序性细胞死亡蛋白(IAP)基因家族的抑制剂的成员。它在癌症中广泛地过表达(Ambrosini,G.等.,Nat,Med,3:917-921,1997;Velcuiscu V.E.等.,Nat.Genet.23:387-388,1999)和认为它作为程序性细胞死亡抑制剂的功能有助于恶性表型。
HER2/NEU与表皮生长因子受体相关的癌基因(van de Vijver,等,NewEng.J.Med. 319:1239-1245,1988),并且显然与c-ERBB2癌基因相同(DiFiore,等,Science 237:178-182,1987)。ERBB2的过量表达已经和前列腺癌的致瘤性转化牵连。作为HER2,它在其它肿瘤中的乳腺癌的25-30%中被扩增和过表达,所述其它肿瘤中表达水平与肿瘤的进攻性相关(Slamon,等,New Eng.J.Med. 344:783-792,2001)。在Online Medelian Inheritance in Man;记录*164870中可获得更详细的描述。
如下列实施例中所描述鉴定和检验有效表位。然而这些实例是意图只是用作说明目的,而不应该解释为是以任何方式限制本发明的范围。
实施例
实施例1
表位的制备
A.表位的人工生产
使用FMOC或tBOC固相合成方法合成含有SEQ ID NO:1,8,9,11-23,26-29,32-44,47-54,56-63,66-68或108-602中任一个的氨基酸序列的肽。合成后,在存在适当的保护清除剂的条件下,分别用三氟乙酸或氟化氢将肽从它们的载体上切开。在通过蒸发去除酸后,用醚萃取肽以去除清除剂,然后将粗制的沉淀的肽冻干。通过HPLC,序列分析,氨基酸分析,平衡离子含量分析和其它适当的方法测定粗制肽的纯度。如果粗制肽足够纯(大于或等于约90%纯度),它们可以原样使用。如果要求纯化满足药物规范,使用下列各项的一种或组合来纯化肽:再沉淀;反相,离子交换,尺寸排阻或疏水相互作用色谱法;或逆流分布。
药品制剂
在肠胃外可接受的水,有机或水-有机缓冲液或溶剂系统中配制GMP-级的肽,其中它们保持物理和化学稳定以及生物有效性。通常,缓冲液或缓冲液的组合或缓冲液与有机溶剂的组合是适当的。pH值范围典型地为6-9。可以加入有机改性剂或其它赋形剂来帮助溶解和稳定肽。这些包括去污剂,脂类,共溶剂,抗氧化剂,螯合剂和还原剂。在冻干产品的情形中,可以加入蔗糖或甘露醇或其它冻干的酸类。通过膜过滤于它们最后的容器-密封系统之中将肽溶液灭菌并冻干以备临床中溶解或保存至使用。
B.构建用作核酸疫苗的表达载体
下面介绍三类表位表达载体的构建。在PCT公开号WO01/82963和在是为“EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OFTARGET-ASSOCIATED ANTIGENS,”的美国专利申请号09/561,572中阐明了这些设计的具体优势。在PCT公开号WO03/063770;2002年11月7日提交的美国专利申请号10/292,413;和2001年11月7日提交的题为“ EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OFTARGET-ASSOCIATED ANTIGENS AND METHODS FOR THEIRDESIGN”的临时美国专利申请号60/336,968中公开了用于它们设计的另外的载体策略。将在所述PCT出版物和申请中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
于是用质粒转染适当的大肠杆菌菌株并涂布在选择性培养基上。几个克隆在悬浮培养中生长并且通过限制酶图谱鉴定阳性克隆。然后培养阳性克隆,等分于储存小瓶中并储存在-70℃。
然后由这些细胞的样品进行质粒的小量制备(QIAprep Spin Mini-prep:Qiagen,Valencia,CA)并且使用自动荧光双脱氧测序分析证实构建体含有所需序列。
B.1构建pVAX-EP1-IRES-EP2
综述:
该构建体的起始质粒是购自Invitrogen(Carlsbad,CA)的pVAX1。表位EP1和EP2是由GIBCO BRL(Rockville,MD)合成。IRES是从购自Clontech(Palo Alto,CA)的pIRES切断的。
步骤:
1用EcoRI和NotI消化pIRES。通过琼脂糖凝胶电泳分离消化片段,并且从切断条带纯化IRES片段。
2用EcoRI和NotI消化pVAX1,并凝胶纯化pVAX1片段。
3然后将纯化的pVAX1和IRES片段连接在一起。
4用连接混合物转化感受态的大肠杆菌菌株DH5α。
5从产生的4个菌落进行小量制备。
6对小量制备的DNA进行限制酶消化分析。将一个含有IRES插入片段的重组菌落用于进一步的EP1和EP2的插入。该中间构建体称为pVAX-IRES。
7合成编码EP1和EP2的寡核苷酸。
8将EP1亚克隆至pVAX-IRES的AfIII和EcoRI位点之间,以构造pVAX-EP1-IRES;
9将EP2亚克隆至pVAX-EP1-IRES的SalI和NotI位点之间,以构造最后的构建体pVAX-EP1-IRES-EP2。
10通过DNA测序证实EP1-IRES-EP2插入片段的序列。
B2.构建pVAX-EP1-IRES-EP2-ISS-NIS
综述:
该构建体的起始质粒是pVAX-EP1-IRES-EP2(实施例1)。引入该构建体的ISS(免疫刺激序列)是AACGTT,并且使用的NIS(代表核输入序列(nuclear import sequence))是SV40 72bp重复序列。ISS-NIS是由GIBCO BRL合成。参见图2。
步骤:
1用NruI消化pVAX-EP1-IRES-EP2;凝胶纯化线性化的质粒。
2合成ISS-NIS寡核苷酸。
3将纯化的线性化pVAX-EP1-IRES-EP2和合成的ISS-NIS连接在一起。
4用连接产物转化感受态的大肠杆菌菌株DH5α。
5从产生的菌落进行小量制备。
6进行小量制备的限制酶消化。
7将含有插入片段的质粒测序
B3.构建pVAX-EP2-UB-EP1
综述:
该构建体的起始质粒是pVAX1(Invitrogen)。EP2和EP1是由GIBCOBRL合成。从酵母克隆在构建体中编码76个氨基酸的野生型遍在蛋白质。
步骤:
1使用酵母mRNA进行RT-PCR。设计引物来扩增酵母遍在蛋白质的完整编码序列。
2使用琼脂糖凝胶电泳分析RT-PCR产物。凝胶纯化具有预测大小的条带。
3将纯化的DNA条带在EcoRV位点亚克隆至pZERO1。将得到的克隆命名为pZERO-UB。
4在进一步操作之前将几个pZERO-UB克隆测序以证实遍在蛋白质序列。
5合成EP1和EP2。
6将EP2,遍在蛋白质和EP1连接并且将插入克隆至pVAX1的BamHI和EcoRI位点中间,使它在CMV启动子的控制之下。
7通过DNA测序证实插入片段EP2-UB-EP1的序列。
实施例2
鉴定有效的表位变体
10-链节的FLPWHRLFLL(SEQ ID NO.1)被鉴定为一种有效表位。基于该序列,制备许多变体。将在HLA结合试验(参见实施例3,部分6)中显示活性的变体鉴定为有效,并随后结合于疫苗中。分析的增加结合稳定性的变体是特别有用的,例如如在WO97/41440题为“Methods forSelecting and Producing T Cell Peptide Epitopes and Vaccines IncorporatingSaid Selected Epitopes”所述。将在所述PCT出版物中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
已经评估FLPWHRLFLL长度变体的HLA-A2结合。蛋白酶体消化分析说明也产生9-链节FLPWHRLFL(SEQ ID NO.8)的C-末端。另外,9-链节LPWHRLFLL(SEQ ID NO.9)也可由10-链节的N-末端修剪产生。两者都被预测与HLA-A*0201分子结合,然而在这两个9-链节中,FLPWHRLFL显示更显著的结合并是优选的(参见图3A和B)。
体外蛋白酶体消化和N-末端池测序说明酪氨酸酶207-216(SEQ ID NO.1)比酪氨酸酶207-215(SEQ ID NO.8)被更普遍地生产,然而较后的肽显示优越的免疫原性,其在实现最佳疫苗设计中可能关注。将FLPWHRLFL,酪氨酸酶207-215(SEQ ID NO.8)用于HLA-A2+血液的体外免疫以产生CTL(参见下面CTL诱导培养)。在标准铬释放测定中将肽脉冲的T2细胞用作目标,发现由酪氨酸酶207-215(SEQ ID NO.8)诱导的CTL同样很好地识别酪氨酸酶207-216(SEQ ID NO.1)的目标(参见图3C)。这些CTL还识别HLA-A2+,酪氨酸酶+肿瘤细胞系624.38和HTB64,但不识别624.28,624.38的HLA-A2-衍生物(图3C)。因此体内产生的这两种表位的相对数量在疫苗设计中不成为一个问题。
CTL诱导培养
通过在Ficoll-Hypaque中离心从血沉棕黄层(buffy coat)纯化来源于正常供体的PBMCs。使用自身血浆(AP)进行所有的培养以避免暴露于可能的异源病原体和FBS肽的识别。为了促进体外产生肽-特异性的CTL,我们使用自身树突细胞(DC)作为APCs。如同所描述,产生DC并且用DC和来源于PBMCs的肽诱导CTL(Keogh等,2001)。简短地,用GM-CSF和IL-4培养富集单核细胞的细胞组分5天,并在含有2μg/ml CD40配体的培养基中另外培养2天以诱导成熟。在24孔平板中2ml补充有10%AP,10ng/ml IL-7和20 IU/ml IL-2的RPMI中共培养2×106富集CD8+的T淋巴细胞/孔和2×105肽脉冲的DC/孔。在第7和第14天用自身辐射的肽脉冲的DC再刺激培养物。
如下构建FLPWHRLFL的序列变体。与来源于NIH/BIMAS MHC结合预测程序(参见下面实施例3中的参考)的结合系数表(参见表3)一致,通过将位置9的L,一个锚定位置改变成V可以改善结合。尽管通常在更小程度上,通过在非锚定位置的改变也可改变结合。通常参照表3,通过使用具有相对较大系数的残基可以提高结合。与它们对结合MHC的影响无关,序列的改变还可改变免疫原性。因此如下可以改善结合和/或免疫原性:
通过用F,L,M,W,或Y替换位置3的P;这些都是体积较大的残基,其也可以改善免疫原性而与对结合的影响无关。具有胺和羟基的残基,分别为Q和N,S和T,也可激发较强的交叉反应性应答。
通过用D或E替换位置4的W以改善结合,这加入负电也可使表位更有免疫原性,而在一些情形中减小与天然表位的交叉反应性。备选地保守替换F或Y可以激发交叉反应性应答。
通过用F替换位置5的H改善结合。可以将H视为部分带电,因此在一些情形中电荷的损失可阻碍交叉反应性。替换在该位置充分带电残基R或K可增强免疫原性而不破坏依赖电荷的交叉反应性。
通过用I,L,M,V,F,W,或Y替换位置6的R。如位置5的相同告诫(caveats)和备选适用于这里。
通过用W或F替换位置7的L以改善结合。通过该模型(NIH算法)通常不预测在该位置V,I,S,T,Q,或N替换减少结合亲和力,然而如上所讨论可以是有利的。
Y和W,其是同等优选为位置1和8的Fs,可以激发有效的交叉反应性。最后虽然朝体积大的方向的替换通常是偏向于改善免疫原性,按照尺寸的对比,而不是本身体积大,是免疫原性的重要因素的理论,替换较小残基如位置3-7的A,S和C可以是有效的。C中巯基的反应性可以引入如在Chen,J.-L.,等J.Immunol.165:948-955,2000中所讨论的其它特性中。
表3.对于HLA-A*0201*的9-链节系数表
文件“A 0201标准”的HLA系数表 | |||||||||
氨基酸类型 | 1st | 2nd | 3rd | 4th | 5th | 6th | 7th | 8th | 9th |
A | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
C | 1.000 | 0.470 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
D | 0.075 | 0.100 | 0.400 | 4.100 | 1.000 | 1.000 | 0.490 | 1.000 | 0.003 |
E | 0.075 | 1.400 | 0.064 | 4.100 | 1.000 | 1.000 | 0.490 | 1.000 | 0.003 |
F | 4.600 | 0.050 | 3.700 | 1.000 | 3.800 | 1.900 | 5.800 | 5.500 | 0.015 |
G | 1.000 | 0.470 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.130 | 1.000 | 0.015 |
H | 0.034 | 0.050 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.015 |
I | 1.700 | 9.900 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 2.300 | 1.000 | 0.410 | 2.100 |
K | 3.500 | 0.100 | 0.035 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.003 |
L | 1.700 | 72.000 | 3.700 | 1.000 | 1.000 | 2.300 | 1.000 | 1.000 | 4.300 |
M | 1.700 | 52.000 | 3.700 | 1.000 | 1.000 | 2.300 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
N | 1.000 | 0.470 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.015 |
P | 0.022 | 0.470 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.003 |
Q | 1.000 | 7.300 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.003 |
R | 1.000 | 0.010 | 0.076 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.200 | 1.000 | 0.003 |
S | 1.000 | 0.470 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.015 |
T | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.500 |
V | 1.700 | 6.300 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 2.300 | 1.000 | 0.410 | 14.000 |
W | 4.600 | 0.010 | 8.300 | 1.000 | 1.000 | 1.700 | 7.500 | 5.500 | 0.015 |
Y | 4.600 | 0.010 | 3.200 | 1.000 | 1.000 | 1.500 | 1.000 | 5.500 | 0.015 |
*将该表和公众可利用的其它可比较数据用于设计表位变体和确定一种特定变体是否是在物质上相似,或是在功能上相似。
实施例3
聚簇分析(SSX-231-68)
1.表位聚簇区域预测:
计算机算法:基于H.G.Rammensee,J.Bachmann和S.Stevanovic的书“MHC Ligands and Peptide Motifs”SYFPEITHI(因特网访问http://syfpeithi.bmi-heidelberg.com/Scripts/MHCServer.dll/EpPredict.htm);和在Parker,K.C.,等,J.Immunol.152:163,1994中描述的HLA肽结合预测(NIH)(因特网访问http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bin);用来分析SSX-2(GI:10337583)的蛋白质序列。如在2000年4月28日提交的题为“EPITOPE CLUSTERS,”的美国专利号09/561,571中所充分描述的那样定义表位聚簇(含有比具有高预测MHC亲和力的肽片段的平均密度高的区域)。使用表位密度比率的截止值(cutoff)为2,分别使用SYFPETHI和NIH算法定义5个和2个聚簇,并且肽记分截止值为16(SYFPETHI)和5(NIH)。使用NIH算法得分最高的肽,SSX-241-49,具有估计>1000min的解离半衰期,在NIH分析中不重叠任何其它预测的表位但确实与SSX-257-65聚簇。
2.肽合成和表征:
通过MPS(Multiple Peptide Systems,San Diego,CA 92121)使用标准固相化学合成SSX-231-68,YFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKLGFKATLP(SEQID NO.10)。按照提供的“分析证明书”,该肽的纯度为95%。
3.蛋白酶体消化:
使用在2000年4月28日提交的题为“METHOD OF EPITOPEDISCOVERY,”的美国专利申请号09/561,074中描述的蛋白酶体分离方案从人红细胞分离蛋白酶体。将在所述PCT出版物和申请中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。将SDS-PAGE,蛋白质印迹,和ELISA用作质量控制测定。蛋白酶体的最终浓度为4mg/ml,其是通过无干扰蛋白质测定法(Geno Technologies Inc.)测定的。将蛋白酶体-70℃保存在25μl等分试样中。
将SSX-231-68溶解在Milli-Q水中,制备2mM母液,并将20μl等分试样保存在-20℃。
从-70℃存储器取出1管蛋白酶体(25μl)并在冰上解冻。然后通过反复吸取(将样品保持在冰上)将它与12.5μL 2mM的肽彻底混合。在混合后立即取5μL样品并转移至含有1.25μL 10%TFA的试管中(TFA的终浓度为2%);T=0min样品。然后开始并在37℃程控热控制器中进行蛋白酶体消化反应。分别在15,30,60,120,180和240min取出另外的5μL样品,如以前通过将样品加入1.25μL 10%TFA中终止反应。将样品保持在冰上或冷冻直至通过MALDI-MS分析。为了HPLC分析和N-末端测序所有的样品被保留和储存在-20℃。将单独的肽(没有蛋白酶体)用作空白对照:2μL肽+4μL Tris缓冲液(20mM,pH7.6)+1.5μL TFA。
4.MALDI-TOF MS测量:
对于每个时间点首先将0.3μL基质溶液(10mg/ml α-氰基-4-羟基肉桂酸的AcCN/H2O溶液(70∶30))施加于样品载玻片上,然后在载玻片上将等体积的消化样品与基质溶液轻轻混合。在获得质谱前使载玻片室温空气干燥3-5分钟。在用肽/蛋白质标样校准的Lasermat 2000 MALDI-TOF质谱仪上进行MS。为了改善测量的准确度,将肽底物的分子离子量(MH+)用作内校准标准物。在图4中显示T=120min.消化样品的质谱。
5.MS数据分析和表位鉴定:
为了指定测量的质量峰,使用计算机程序MS-Product,一种来源于UCSF Mass Spectrometry Facility(可访问http://prospector.ucsf.edu/ucsfhtml3.4/msprod.htm)的工具来产生所有可能的片段(N-和C-末端离子,和内部片段)和它们对应的分子量。由于质谱仪的灵敏度,使用平均分子量。如表4中总结,鉴定了在消化期间观测到的质量峰。
选择通过SYFPEITHI或NIH算法预测与HLA结合的具有8-10个氨基酸长序列的共C末端片段来进一步研究。方法的消化和预测步骤可以以任何顺序有效实行。尽管在此描述的蛋白酶体消化中使用的底物肽是特别设计来包括预测的HLA-A2.1结合序列,但是可事后检测实际的消化产物对其它MHC分子的实际或预测的结合。选择的结果在表5中显示。
表4.SSX-231-68质量峰鉴定
MS峰(测量) | 肽 | 序列 | 计算质量(MH+) |
988.23 | 31-37 | YFSKEEW | 989.08 |
1377.68±2.38 | 31-40 | YFSKEEWEKM | 1377.68 |
1662.45±1.30 | 31-43 | YFSKEEWEKMKAS | 1663.90 |
2181.72±0.85 | 31-47 | YFSKEEWEKMKASEKIF | 2181.52 |
2346.6 | 31-48 | YFSKEEWEKMKASEKIFY | 2344.71 |
1472.16±1.54 | 38-49 | EKMKASEKIFYV | 1473.77 |
2445.78±1.18 | 31-49* | YFSKEEWEKMKASEKIFYV | 2443.84 |
2607. | 31-50 | YFSKEEWEKMKASEKIFYVY | 2607.02 |
1563.3 | 50-61 | YMKRKYEAMTKL | 1562.93 |
3989.9 | 31-61 | YFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKL | 3987.77 |
1603.74±1.53 | 51-63 | MKRKYEAMTKLGF | 1603.98 |
1766.45±1.5 | 50-63 | YMKRKYEAMTKLGF | 1767.16 |
1866.32±1.22 | 49-63 | VYMKRKYEAMTKLGF | 1866.29 |
4192.6 | 31-63 | YFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKLGF | 4192.00 |
4392.1 | 31-65** | YFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKLGFKA | 4391.25 |
黑体序列对应于预测与MHC结合的肽。
*仅仅基于质量该峰也可指定为肽32-50,然而,蛋白酶体只去除N-末端氨基酸是不大可能的。N-末端测序(下面)证实确定为31-49。
**基于质量该片段也可能表示33-68。下面的N-末端测序与确定为31-65一致。
表5.预测通过蛋白酶体产生片段的HLA结合
SEQ ID NO. | 肽 | HLA | SYFPEITHI | NIH |
11 | FSKEEWEKM | B*3501 | NP_ | 90 |
12 | KMKASEKIF | B*08 | 17 | <5 |
13 & (14) | (K)MKASEKIFY | A1 | 19(19) | <5 |
15 & (16) | (M)KASEKIFYV | A*0201 | 22(16) | 1017 |
B*08 | 17 | <5 | ||
B*5101 | 22(13) | 60 | ||
B*5102 | NP | 133 | ||
B*5103 | NP | 121 | ||
17 & (18) | (K)ASEKIFYVY | A1 | 34(19) | 14 |
19 & (20) | (K)RKYEAMTKL | A*0201 | 15 | <5 |
A26 | 15 | NP | ||
B14 | NP | 45(60) | ||
B*2705 | 21 | 15 | ||
B*2709 | 16 | NP | ||
B*5101 | 15 | <5 | ||
212223 | KYEAMTKLGFYEAMTKLGFEAMTKLGF | A1 | 16 | <5 |
A24 | NP | 300 | ||
B*4403 | NP | 80 | ||
B*08 | 22 | <5 |
_未预测
如表5所示,将真实序列(authentic sequence)附加在表位N-末端可产生针对相同或不同MHC限制性元件的表位。特别注意(K)RKYEAMTKL(SEQ ID NOS 19和(20))与HLA-B14的配对,其中10-链节具有比共-C-末端9-链节更长的预测解离半衰期。还注意10-链节KYEAMTKLGF(SEQ ID NO.21)的情形,通过依赖于N-末端修剪以产生针对HLA-B*4403和-B*08的表位其可用作对几种MHC类别有效的疫苗。
6.HLA-A0201结合测定:
使用Stauss等的方法(Proc Natl Acad Sci USA 89(17):7871-5(1992))的改进测定候选表位KASEKIFYV,SSX-241-49,(SEQ ID NO.15)与HLA-A2.1的结合。具体地,在它们表面表达空的或不稳定MHC分子的T2细胞用Iscove的改进Dulbecco′s培养基(IMDM)洗涤两次,并于96孔平底平板中以3×105细胞/200μl/孔的浓度在补充有3μg/ml人β2-微球蛋白的无血清AIM-V培养基(Life Technologies,Inc.,Rockville,MD)中培养过夜,并加入800,400,200,100,50,25,12.5和6.25μg/ml的肽。在分配至平板前通过反复吸取将肽与细胞混合(备选地可将肽加入单独孔),轻轻摇动平板2分钟。在37℃5%CO2的培养箱中温育。次日通过用无血清RPMI培养基洗涤两次去除未结合的肽并加入饱和量的抗-I类HLA单克隆抗体,异硫氰酸荧光素(FITC)-偶联的抗-HLAA2,A28(One Lambda,Canoga Park,CA)。在4℃温育30分钟后,用补充有0.5%BSA,0.05%(w/v)叠氮化钠,pH7.4-7.6(染色缓冲液)的PBS洗涤细胞3次。(备选地可以将W6/32(Sigma)用作抗-I类HLA单克隆抗体,用染色缓冲液洗涤细胞,与偶联异硫氰酸荧光素(FITC)的羊F(ab’)抗鼠-IgG(Sigma)4℃温育30min并如上洗涤3次)。将细胞再悬浮于0.5ml染色缓冲液中。通过使用FACScan(Becton Dickinson,San Jose,CA)的流式细胞仪进行通过肽结合稳定的表面HLA-A2.1分子的分析。如果流式细胞计量术不是立即实行,可以通过加入四分之一体积的2%低聚甲醛并暗处保存在4℃来固定细胞。
实验的结果在图5中显示。发现SSX-241-49(SEQ ID NO.15)与HLA-A2.1结合,其结合程度与用作阳性对照的已知A2.1结合物FLPSDYFPSV(HBV18-27;SEQ ID NO:24)类似。将HLA-B44结合肽,AEMGKYSFY(SEQ ID NO:25)用作阴性对照。从阴性对照获得的荧光与当在测定中不使用肽时获得的信号类似。阳性和阴性对照肽是选自Current Protocols in Immunology p.18.3.2,John Wiley和Sons,New York,1998的表18.3.1。
7.免疫原性:
A.小鼠体内免疫
麻醉并在尾底避开侧尾静脉,使用100μl含有100nmol的SSX-241-49(SEQ ID NO.15)和20μg用50μl IFA(不完全弗氏佐剂)乳化的PBS中的HTL表位肽皮下注射HHD1转基因A*0201小鼠(Pascolo,S.,等,J.Exp.Med.185:2043-2051,1997)。
B.制备刺激细胞(LPS胚细胞)
对于每组免疫小鼠使用来源于2只稚鼠(naive mice)的脾,处死未免疫小鼠并将尸体放置于酒精中。使用无菌工具,刺穿小鼠左侧(较低的中间部分)皮肤的上皮层,暴露腹膜。用乙醇饱和腹膜,无菌取出脾。将脾放置于含有无血清培养基的培养皿中。通过使用来自3ml注射器的无菌柱塞捣碎脾来分离脾细胞。漂洗皿孔,将脾细胞收集在50ml锥形管中的无血清培养基中。将细胞离心(12000rpm,7min)并用RPMI洗涤一次。在RPMI-10%FCS(胎牛血清)中再悬浮新鲜脾细胞至浓度为每ml 1×106细胞。加入25g/ml脂多糖和7μg/ml葡聚糖硫酸酯。在含有5%CO2的37℃T-75烧瓶中将细胞温育3天。将脾胚细胞收集在50ml试管中,离心(pellet)(12000rpm,7min),并在RPMI中再悬浮至3X107/ml。用50μg/ml引发肽(priming peptide)室温脉冲胚细胞4小时,25μg/ml丝裂霉素C 37℃处理20min,并用DMEM洗涤三次。
C.体外刺激
在LPS刺激胚细胞3天后和肽加样的同一天,如上处死接触过抗原的小鼠(免疫后14天)以取出脾。将3×106脾细胞与1×106 LPS胚细胞/孔在DMEM培养基的24孔平板中在5%CO2的条件下37℃共培养,所述DMEM培养基补充有10%FCS,5×10-5 Mβ-巯基乙醇,100μg/ml链霉素和100IU/ml青霉素。在第3天向培养物加入5%(vol/vol)ConA上清液并在第7天在51Cr-释放测定中测定溶细胞活性。
D.测量CTL活性的铬释放测定
为了评估肽特异性溶解,将2×106 T2细胞与100μCi铬酸钠加上50μg/ml肽一起37℃温育1小时。在温育期间,每15分钟将它们轻轻振荡。在标记和加样后,用10ml DMEM-10%FCS将细胞洗涤3次,在流出上清液后用新鲜的Kimwipe擦拭每个试管。将靶细胞再悬浮于DMEM-10%FBS浓度为1×105/ml。在DMEM-10%FCS中将效应细胞调整至1×107/ml并在U-底96孔平板中制备100μl系列3倍稀释度的效应物。每孔加100μl靶细胞。为了测定自发释放和最大释放,对于每个靶子准备含有100μl靶细胞的6个附加孔。通过将靶细胞与100μl培养基温育来显示自发释放;通过将靶细胞与100μl 2%SDS温育来显示最大释放。然后将平板600rpm离心5分钟并在5%CO2和80%湿度条件下37℃温育4小时。在温育后,然后将平板1200rpm离心5min。收获上清液并用γ计数器计数。如下测定特异性裂解:%特异性释放=[(实验释放-自发释放)/(最大释放-自发释放)]×100。
在图6中显示证明肽脉冲的靶细胞特异性裂解的铬释放测定的结果。8.与其它SSX蛋白质的交叉反应性:
SSX-241-49(SEQ ID NO.15)与其它SSX蛋白质的相同区域共享高度序列同一性。周围区域也通常已经十分保守。因此在所有5个序列中管家蛋白酶体可以在V49之后切割。此外,预测SSX-241-49与HLA-A*0201结合(参见表6)。通过用SSX-241-49免疫产生的CTL与表达其它SSX蛋白质的肿瘤细胞交叉反应。
表6.SSX41-49-A*0201预测结合
SEQ ID NO. | 家族成员 | 序列 | SYFPEITHI得分 | NIH得分 |
15 | SSX-2 | KASEKIFYV | 22 | 1017 |
26 | SSX-1 | KYSEKISYV | 18 | 1.7 |
27 | SSX-3 | KVSEKIVYV | 24 | 1105 |
28 | SSX-4 | KSSEKIVYV | 20 | 82 |
29 | SSX-5 | KASEKIIYV | 22 | 175 |
实施例4
聚簇分析(PSMA163-192)
在433A ABI肽合成仪上使用标准固相F-moc化学合成一种肽,AFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDM,PSMA163-192,(SEQ ID NO.30),其含有来源于前列腺特异性膜抗原的A1表位聚簇,PSMA168-190(SEQID NO.31)。在侧链脱保护和从树脂切割后,在反相制备HPLC C4柱上以下列条件:流速为4ml/min的线性AB梯度(5%B/min),其中洗脱剂A是0.1%TFA水溶液并且洗脱剂B是0.1%TFA的乙腈溶液,运行首先溶解在甲酸中,然后稀释在30%乙酸中的肽。将根据质谱分析,在时间16.642min处的含有期望肽的组分汇集和冻干。然后基本上如上所述将该肽进行蛋白酶体消化和质谱分析。在表7中总结来源于质谱的显著峰。
表7.PMSA163-192质量峰鉴定
肽 | 序列 | 计算质量(MH+) |
163-177 | AFSPQGMPEGDLVYV | 1610.0 |
178-189 | NYARTEDFFKLE | 1533.68 |
170-189 | PEGDLVYVNYARTEDFFKLE | 2406.66 |
178-191 | NYARTEDFFKLERD | 1804.95 |
170-191 | PEGDLVYVNYARTEDFFKLERD | 2677.93 |
178-192 | NYARTEDFFKLERDM | 1936.17 |
163-176 | AFSPQGMPEGDLVY | 1511.70 |
177-192 | VNYARTEDFFKLERDM | 2035.30 |
163-179 | AFSPQGMPEGDLVYVNY | 1888.12 |
180-192 | ARTEDFFKLERDM | 1658.89 |
163-183 | AFSPQGMPEGDLVYVNYARTE | 2345.61 |
184-192 | DFFKLERDM | 1201.40 |
176-192 | YVNYARTEDFFKLERDM | 2198.48 |
167-185 | QGMPEGDLVYVNYARTEDF | 2205.41 |
178-186 | NYARTEDFF | 1163.22 |
黑体序列对应于预测与MHC结合的肽,参见表8。
N-末端池测序(pool sequence)分析
通过ABI 473A蛋白质测序仪(Applied Biosystems,Foster City,CA)将蛋白酶体消化一小时的一个等分试样(参见上述实施例3部分3)进行N-末端氨基酸序列分析。切割位点和效率的测定是基于测序循环(sequencecycle),蛋白质测序仪的重复产率和在分析序列中唯一的氨基酸的相对产率的考虑。即如果唯一的(在分析序列中)残基X只出现在第n个循环中,在它N-末端方向n-1个残基之前存在一个切割位点。除帮助解析在将质量指定为序列中的任何错读,这些数据还提供一种比质谱更可靠的各种片段相对产率的指示法。
对于PSMA163-192(SEQ ID NO.30)该池测序支持在V177后单一的主要切割位点和几个次要切割位点,特别是在Y179后的一个。综述在图7A-C中表示的结果显示下列各项:
第3循环的S表明底物N-末端的存在。
第5循环的Q表明底物N-末端的存在。
第1循环的N表明在V177后的切割。
第3循环的N表明在V175后的切割。注意表7中的片段176-192。
第5循环的T表明在V177后的切割。
第1至第3循环的T表明在R181,A180和Y179后愈加普通的切割。只有这些的最后一项对应通过质谱检测的峰;163-179和180-192,参见表7。缺少其它可表明它们是在比质谱中检测更小的片段上。
第4,第8,和第10循环的K表明分别在E183,Y179和V177后的切割,
所有这些对应通过质谱观测到的片段。参见表7。
第1和第3循环的A分别表明底物N-末端的存在和在V177后的切割。
在第4和第8循环的P表明底物N-末端的存在。
第6和第10循环的G表明底物N-末端的存在。
第7循环的M表明底物N-末端的存在和/或在F185后的切割。
第15循环的M表明在V177后的切割。
第1循环可以表明在D191后的切割,参见表7。
第4和第13循环的R表明在V177后的切割。
第2和第11循环的R表明在Y179后的切割。
第2,第6和第13循环的V分别表明在V175,M169后的切割和底物N-末端的存在。注意表7中在176和170开始的片段。
第1,第2和第14循环的Y分别表明在V175,V177后的切割和底物N-末端的存在。
第11和第12循环的L分别表明在V177后的切割和底物N-末端的存在,是与其它数据最一致的解释。与质谱结果相比我们发现第2,第5和第9循环的L分别与在Fz186,E183或M169,和Y179后的切割一致。参见表7。
表位鉴定
选择通过SYFPEITHI或NIH算法预测与HLA结合的具有8-10个氨基酸长序列的共C-末端片段进一步分析。方法的消化和预测步骤可以以任何顺序有效实行。尽管在此描述的蛋白酶体消化中使用的底物肽是特别设计来包括预测的HLA-A1结合序列,但是可事后检测实际的消化产物对其它MHC分子的实际或预测的结合。选择的结果在表8中显示。
表8.通过蛋白酶体产生的片段预测HLA结合
SEQ ID NO | 肽 | HLA | SYFPEITHI | NIH |
32 & (33) | (G)MPEGDLVYV | A*0201 | 17(27) | (2605) |
B*0702 | 20 | <5 | ||
B*5101 | 22 | 314 | ||
34 & (35)36 | (Q)GMPEGDLVYMPEGDLVY | A1 | 24(26) | <5 |
A3 | 16(18) | 36 | ||
B*2705 | 17 | 25 | ||
B*5101 | 15 | NP_ | ||
37 & (38) | (P)EGDLVYVNY | A1 | 27(15) | 12 |
A26 | 23(17) | NP | ||
39 | LVYVNYARTE | A3 | 21 | <5 |
40 & (41) | (Y)VNYARTEDF | A26 | (20) | NP |
B*08 | 15 | <5 | ||
B*2705 | 12 | 50 | ||
4243 | NYARTEDFFYARTEDFF | A24 | NP_ | 100 |
Cw*0401 | NP | 120 | ||
B*08 | 16 | <5 | ||
44 | RTEDFFKLE | A1 | 21 | <5 |
A26 | 15 | NP |
_未预测
HLA-A*0201结合测定:
基本上如实施例3中所述使用PSMA168-177,GMPEGDLVYV,(SEQ IDNO.33)进行HLA-A*0201结合研究。如图8所示,在即使比阳性对照肽更低的浓度下该表位也显示显著的结合。在该测定中(并贯穿本公开内容)用作对照的Melan-A肽,ELAGIGILTV实际上是天然序列(EAAGIGILTV)的一种变体并且在该测定中显示高亲和力。
实施例5
聚簇分析(PSMA281-310)
在433A ABI肽合成仪上使用标准固相F-moc化学合成另一种肽,RGIAEAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLEKMG,PSMA281-310,(SEQ ID NO.45),其含有来源于前列腺特异性膜抗原A1表位,PSMA283-307(SEQ ID NO.46)。在侧链脱保护和从树脂切割后,在反相制备HPLC C18柱上以下列条件:流速为4ml/min的线性AB梯度(5%B/min),其中洗脱剂A是0.1%TFA水溶液并且洗脱剂B是0.1%TFA的乙腈溶液,运行去离子水(ddH2O)中的肽。将根据质谱分析,在时间17.061min处的含有期望肽的组分汇集和冻干。然后基本上如上所述将肽进行蛋白酶体消化和质谱分析。在表9中总结来源于质谱的显著峰。
表9.PSMA281-310质量峰鉴定
黑体序列对应于预测与MHC结合的肽,参见表10。
*只根据质量该峰也可以是296-310或288-303。
**只根据质量该峰也可以是298-307。HPLC与质谱的结合显示在一些较后的时间点该峰是两种物质的混合物。
_只根据质量该峰也可以是289-298。
?只根据质量该峰也可以是281-295或294-306。
§只根据质量该峰也可以是297-303。
#只根据质量该峰也可以是288-303。
N-末端池测序分析不支持任何这些备选的指定。
N-末端池测序分析
通过ABI 473A蛋白质测序仪(Applied Biosystems,Foster City,CA)将蛋白酶体消化一小时的一个等分试样(参见上述实施例3部分3)进行N-末端氨基酸序列分析。切割位点和效率的测定是基于测序循环(sequencecycle),蛋白质测序仪的重复产率和在分析序列中唯一的氨基酸的相对产率的考虑。即如果唯一的(在分析序列中)残基X只出现在第n个循环中,在它N-末端方向n-1个残基之前存在一个切割位点。除帮助解析在将质量指定为序列中的任何错读,这些数据还提供一种比质谱更可靠的各种片段相对产率的指示法。
对于PSMA281-310(SEQ ID NO.45)该池测序支持在其它次要切割位点中的V287和I297后的两个主要切割位点。综述图9中表示的结果显示下列各项:
第4和第11循环的S分别表明在V287后的切割和底物N-末端的存在。
第8循环的H表明在V287后的切割。相对于在10至11存在的高度下降,在位置9和10处缺乏峰高的下降,而不是表示测序反应中潜伏状态的峰可提示在A286和E285后也切割。
第2,第4和第7循环的D分别表明在Y299,I297和V294后的切割。在表10中的任何片段中或在下面注释的备选指定中未观测到这最后的切割。
第6循环的Q表明在I297后的切割。
第10和第12循环的M分别表明在Y299和I297后的切割。
表位鉴定
选择通过SYFPEITHI或NIH算法预测与HLA结合的具有8-10个氨基酸长序列的共C-末端片段进一步分析。方法的消化和预测步骤可以以任何顺序有效实行。尽管在此描述的蛋白酶体消化中使用的底物肽是特别设计来包括预测的HLA-A1结合序列,但是可事后检测实际的消化产物对其它MHC分子的实际或预测的结合。选择的结果在表10中显示。
表10.
通过蛋白酶体产生的片段:PSMA281-310预测HLA结合
SEQ ID NO. | 肽 | HLA | SYFPEITHI | NIH |
47 & (48) | (G)LPSIPVHPI | A*0201 | 16(24) | (24) |
B*0702/B7 | 23 | 12 | ||
B*5101 | 24 | 572 | ||
Cw*0401 | NP_ | 20 | ||
49 & (50) | (P)IGYYDAQKL | A*0201 | (16) | <5 |
A26 | (20) | NP | ||
B*2705 | 16 | 25 | ||
B*2709 | 15 | NP | ||
B*5101 | 21 | 57 | ||
Cw*0301 | NP | 24 | ||
51 & (52)53 | (P)SIPVHPIGYIPVHPIGY | A1 | 21(27) | <5 |
A26 | 22 | NP | ||
A3 | 16 | <5 | ||
B*5101 | 16 | NP | ||
54 | YYDAQKLLE | A1 | 22 | <5 |
_未预测
如表10所示,将真实序列附加在表位N-末端经常可以产生对相同或不同MHC限制性元件仍然有效,甚至更好的表位。注意例如(G)LPSIPVHPI与HLA-A*0201的配对,其中通过依赖于N-末端修剪以产生针对HLA-B7,-B*5101,和Cw*0401的表位,可以将10-链节用作对几种MHC类型有效的疫苗。
HLA-A*0201结合测定:
基本上如上面实施例3和4中所述使用PSMA288-297,GLPSIPVHPI,(SEQ ID NO.48)进行HLA-A*0201结合研究。如图8所示,在即使比阳性对照肽更低的浓度下该表位也显示显著的结合。
实施例6
聚簇分析(PSMA454-481)
通过MPS(纯度>95%)合成另一种肽,SSIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHLTKEL,PSMA454-481,(SEQ ID NO.55),其含有来源于前列腺特异性膜抗原的表位聚簇,如上所述将其进行蛋白酶体消化和质谱分析。在表11中总结来源于质谱的显著峰。
表11.PSMA454-481质量峰鉴定
MS峰(测量) | 肽 | 序列 | 计算质量(MH+) |
1238.5 | 454-464 | SSIEGNYTLRV | 1239.78 |
1768.38±0.60 | 454-469 | SSIEGNYTLRVDCTPL | 1768.99 |
1899.8 | 454-470 | SSIEGNYTLRVDCTPLM | 1900.19 |
1097.63±0.91 | 463-471 | RVDCTPLMY | 1098.32 |
2062.87±0.68 | 454-471* | SSIEGNYTLRVDCTPLMY | 2063.36 |
1153 | 472-481** | SLVHNLTKEL | 1154.36 |
1449.93±1.79 | 470-481 | MYSLVHNLTKEL | 1448.73 |
黑体序列对应于预测与MHC结合的肽,参见表12。
*只基于质量该峰同样可以充分指定为肽455-472,然而蛋白酶体只去除N-末端氨基酸是不大可能的。如果问题重要可以通过N-末端测序解决它。
**基于质量该片段也可表示455-464。
表位鉴定
选择通过SYFPEITHI或NIH算法预测与HLA结合的具有8-10个氨基酸长序列的共C-末端片段进一步分析。方法的消化和预测步骤可以以任何顺序有效实行。尽管在此描述的蛋白酶体消化中使用的底物肽是特别设计来包括预测的HLA-A2.1结合序列,但是可事后检测实际的消化产物对其它MHC分子的实际或预测的结合。选择的结果在表12中显示。
表12.通过蛋白酶体产生的片段预测HLA结合
SEQ ID NO | 肽 | HLA | SYFPEITHI | NIH |
56 & (57) | (S)IEGNYTLRV | A1 | (19) | <5 |
58 | EGNYTLRV | A*0201 | 16(22) | <5 |
B*5101 | 15 | NP_ | ||
59 & (60) | (Y)TLRVDCTPL | A*0201 | 20(18) | (5) |
A26 | 16(18) | NP | ||
B7 | 14 | 40 | ||
B8 | 23 | <5 | ||
B*2705 | 12 | 30 | ||
Cw*0301 | NP | (30) | ||
61 | LRVDCTPLM | B*2705 | 20 | 600 |
B*2709 | 20 | NP | ||
62 & (63) | (L)RVDCTPLMY | A1 | 32(22) | 125(13.5) |
A3 | 25 | <5 | ||
A26 | 22 | NP | ||
B*2702 | NP | (200) | ||
B*2705 | 13(NP) | (1000) |
_未预测
如表12所示,将真实序列附加在表位N-末端经常可以产生对相同或不同MHC限制性元件仍然有效,甚至更好的表位。注意例如(L)RVDCTPLMY(SEQ ID NOS 62和(63))与HLA-B*2702/5的配对,其中10-链节具有具体的(substantial)预测解离半衰期而共-C-末端9-链节没有。还注意SIEGNYTLRV(SEQ ID NO 57),一种预测的HLA-A*0201表位的情形,通过依赖于N-末端修剪产生表位可以将其用作对HLA-B*5101有效的疫苗。
HLA-A*0201结合测定
基本上如上面实施例3中所述使用PSMA460-469,TLRVDCTPL,(SEQID NO.60)进行HLA-A*0201结合研究。如图10所示,发现该表位和HLA-A2.1以与用作阳性对照的已知A2.1结合物FLPSDYFPSV(HBV18-27;SEQ ID NO:24)类似程度的结合。此外,PSMA461-469,(SEQ ID NO.59)几乎也结合。
ELISPOT分析:
PSMA463-471
,(SEQ ID NO.62)
通过使用50μl/孔的4μg/ml在包被缓冲液(35mM碳酸氢钠,15mM碳酸钠,pH9.5)中的鼠抗人γ-IFN单克隆抗体在4℃温育过夜,用捕捉抗体将硝化纤维基底(nitrocellulose-backed)的微量滴定板的孔包被。通过用PBS洗涤4次5min去除未结合抗体。然后通过加入200μl/孔含有10%血清的RPMI培养基并在室温温育1小时封闭膜上的未结合位点。将抗原刺激的CD8+T细胞,以1∶3的系列稀释接种于微量滴定板的孔中,使用100μl/孔,从2×105细胞/孔开始。(先前的抗原刺激基本上是如Scheibenbogen,C.等Int.J.Cancer 71:932-936,1997中所述)。将PSMA462-471(SEQ ID NO.62)加至终浓度为10μg/ml,IL-2至100U/ml,并且在5%CO2,水饱和空气中37℃培养细胞40小时。在该温育后,用200μl/孔的含有0.05%吐温-20的PBS(PBS-吐温)洗涤6次。加入检测抗体,50μl/孔的2g/ml在PBS+10%胎牛血清中的生物素化的鼠抗人γ-IFN单克隆抗体,并将平板在室温温育2小时。通过用200μl PBS-吐温洗涤4次除去未结合的检测抗体。将100μl抗生物素蛋白偶联的辣根过氧化物酶(Pharmingen,San Diego,CA)加至每个孔,并在室温温育1小时。通过用200μl PBS-吐温洗涤6次去除未结合酶。通过将20mg 3-amino9-ethylcoarbasole药片溶解在2.5ml N,N-二甲基甲酰胺并将那个溶液加至47.5ml 0.05M磷酸盐-柠檬酸盐缓冲液(pH5.0)来制备底物。在将以100μl/孔分配底物并于室温温育平板之前立即将25μl 30%H2O2加入底物溶液中。在显色后(通常15-30min),通过用水洗涤平板终止反应。风干平板并使用立体显微镜对斑点计数。
图11显示检测PSMA463-471(SEQ ID NO.62)-反应性HLA-A1+CD8+T细胞,其是先前在HLA-A1+CD8+T细胞与自身树突细胞加上肽的培养物中产生。从不含肽的培养物中未检测到反应性(数据未显示)。在该情形中可以看到肽反应性T细胞是以2.2×104分之一至6.7×104分之一的频率存在于培养物中。由抗-HLA-A1单克隆抗体阻断γ-IFN产生的能力证明这确实是一种HLA-A1-限制性应答;参见图12。
实施例7
聚簇分析(PSMA653-687)
通过MPS(纯度>95%)合成另一种肽,FDKSNPIVLRMMNDQLMFLERAFIDPLGLPDRPFY PSMA653-687,(SEQ ID NO.64),其含有来源于前列腺特异性膜抗原的A2表位聚簇,PSMA660-681(SEQ ID NO 65),并如上所述进行蛋白酶体消化和质谱分析。在表13中总结来源于质谱的显著峰。
表13.PSMA653-687质量峰鉴定
MS峰(测量) | 肽 | 序列 | 计算质量(MH+) |
906.17±0.65 | 681-687** | LPDRPFY | 908.05 |
1287.73±0.76 | 677-687** | DPLGLPDRPFY | 1290.47 |
1400.3±1.79 | 676-687 | IDPLGLPDRPFY | 1403.63 |
1548.0±1.37 | 675-687 | FIDPLGLPDRPFY | 1550.80 |
1619.5±1.51 | 674-687** | AFIDPLGLPDRPFY | 1621.88 |
1775.48±1.32 | 673-687* | RAFIDPLGLPDRPFY | 1778.07 |
2440.2±1.3 | 653-672 | FDKSNPIVLRMMNDQLMFLE | 2442.932 |
1904.63±1.56 | 672-687* | ERAFIDPLGLPDRPFY | 1907.19 |
2310.6±2.5 | 653-671 | FDKSNPIVLRMMNDQLMFL | 2313.82 |
2017.4±1.94 | 671-687 | LERAFIDPLGLPDRPFY | 2020.35 |
2197.43±1.78 | 653-670 | FDKSNPIVLRMMNDQLMF | 2200.66 |
黑体序列对应于预测与MHC结合的肽,参见表13。
*仅仅基于质量该峰同样可以充分指定为在654开始的肽,然而蛋白酶体只去除N-末端氨基酸被认为不大可能。如果问题重要,可以通过N-末端测序解决它。
**仅仅基于质量这些峰可以已指定为内部片段,但考虑到消化的总体模式认为它不大可能。
表位鉴定
选择通过SYFPEITHI或NIH算法预测与HLA结合的具有8-10个氨基酸长序列的共C-末端片段进一步分析。方法的消化和预测步骤可以以任何顺序有效实行。尽管在此描述的蛋白酶体消化中使用的底物肽是特别设计来包括预测的HLA-A2.1结合序列,但是可事后检测实际的消化产物对其它MHC分子的实际或预测的结合。选择的结果在表14中显示。
表14.通过蛋白酶体产生的片段预测HLA结合
SEQ ID NO | 肽 | HLA | SYFPEITHI | NIH |
66 & (67) | (R)MMNDQLMFL | A*0201 | 24(23) | 1360(722) |
A*0205 | NP_ | 71(42) | ||
A26 | 15 | NP | ||
B*2705 | 12 | 50 | ||
68 | RMMNDQLMF | B*2705 | 17 | 75 |
_未预测
如表14所示,将真实序列附加在表位N-末端经常可以产生对相同或不同MHC限制性元件仍然有效,甚至更好的表位。注意例如(R)MMNDQLMFL(SEQ ID NOS.66和(67))与HLA-A*02的配对,其中10-链节保持显著的(substantial)预测结合潜力。
HLA-A*0201结合测定
基本上如上面实施例3所述,使用PSMA663-671(SEQ ID NO.66)和PSMA662-671,RMMNDQLMFL(SEQ NO.67)进行HLA-A*0201结合研究。如图10,13和14所示,在即使比阳性对照肽(FLPSDYFPSV(HBV18-27);SEQ ID NO:24)低的浓度下该表位也显示显著的结合。尽管不是平行进行,与对照的比较提示PSMA662-671(其在亲和力方面接近MelanA肽)具有这两种PSMA肽的优越结合活性。
实施例8
用表位疫苗接种。
1.用肽疫苗接种:
A.结节内递送
使用为胰岛素递送开发的微型泵系统(MiniMed;Northridge,CA)将一种制剂,其包含在含有抗菌剂,抗氧化剂和免疫调制细胞因子的水性缓冲剂中的肽,连续几天注射于腹股沟淋巴结。为了模拟在自然感染中抗原呈递的动力学选择该灌输周期。
B.控释
使用本领域已知的可控PLGA微球体递送肽制剂,所述PLGA微球体改变肽的药物动力学和改善免疫原性。将该制剂注射或口服。
C.基因枪送递
制备一种肽制剂,其中将肽粘附在本领域已知的金微粒上。在基因枪中递送颗粒,其被高速加速以便穿透皮肤,将颗粒携带至包含pAPCs的皮肤组织中。
D.气溶胶送递
为了吸收于肺中适当的血管或淋巴组织之中将肽制剂作为一种本领域已知的气溶胶吸入。
2.用核酸疫苗接种
使用微型泵系统,如MiniMed胰岛素泵将核酸疫苗注射于淋巴结中。为了模拟在自然感染中抗原呈递的动力学,经几天的灌输周期递送一种核酸构建体,其是在含有抗菌剂,抗氧化剂和免疫调制细胞因子的水性缓冲剂中配制。
任选地,使用控释物质,如PLGA微球体或其它生物可降解物质递送核酸构建体。将这些物质注射或口服。使用口服送递给予核酸疫苗,通过吸收于GALT组织中引发免疫应答。备选地,使用基因枪递送核酸疫苗,其中将核酸疫苗粘附在微细金颗粒上。为了吸收于肺中适当的血管或淋巴组织之中,还可以将核酸构建体作为气溶胶吸入。
实施例9
测定表位疫苗的效力
1.四聚体分析:
使用I类四聚体分析来测定给药管家表位之前和之后动物中的T细胞频率。对表位应答的T细胞克隆扩增表明表位由pAPCs呈递至T细胞。在对动物给药表位之前和之后测量针对管家表位的特异性T细胞频率,以确定表位是否呈递在pAPCs上。给药后表位特异性T细胞频率的增大表明表位是在pAPC上呈递。
2.增殖测定:
在用管家表位接种动物大约24小时后,使用为亲和纯化而固定在磁珠上的针对pAPCs上存在的特异性标记的单克隆抗体从PBMCs,脾细胞或淋巴结细胞收获pAPCs。使用该技术从粗血液或脾细胞制剂富集pAPCs。然后将富集的pAPCs用于针对T细胞克隆的增殖测定,所述T细胞克隆是已经产生并且对所关心管家表位是特异性的。将pAPCs与T细胞克隆共温育并通过测量T细胞放射性标记胸苷的掺入监测T细胞增殖活性。增殖表明对管家表位特异性的T细胞正被pAPCs上的表位所刺激。
3.铬释放测定:
使用管家表位免疫人类患者或被遗传改造而表达人I类MHC的非人类动物。将来源于免疫受试者的T细胞用于标准铬释放测定,其使用人肿瘤目标或改造来表达相同I类MHC的目标。T细胞杀死目标表明患者中T细胞的刺激将有效杀死表达相似TuAA的肿瘤。
实施例10
通过淋巴结内免疫用裸DNA诱导CTL应答是有效的。
为了定量比较由不同途径免疫诱导的CD8+CTL应答使用一种质粒DNA疫苗(pEGFPL33A),其含有完全表征(well-characterized)的来源于LCMV-糖蛋白(G)(gp33;氨基酸33-41)(Oehen,S.,等.Immunology99,163-169 2000)的免疫显性CTL表位,因为该系统允许广泛评估抗病毒CTL应答。用滴定剂量(200-0.02μg)的pEGFPL33A DNA或对照质粒pEGFP-N3免疫几组2只C57BL/6小鼠,其被i.m.(肌内),i.d.(皮内),i.spl.(脾内),或i.ln.(淋巴结内)给药。阳性对照小鼠i.v.(静脉内)接收500pfuLCMV。免疫10天后,分离脾细胞并在体外第二次再刺激之后测定gp33特异性CTL活性。如图15所示,当给药高剂量的pEFGPL33A DNA(200μg)时,i.m.或i.d.免疫诱导微弱的可检测的CTL应答。相反,仅使用2μgpEFGPL33A DNAi.spl.和使用少至0.2μg pEFGPL33A DNA i.ln.给予来免疫引发有效的gp33特异性CTL应答(图15;符号表示个体小鼠,并且显示了三个类似实验中的一个)。使用对照pEGFP-N3 DNA免疫未引发任何可检测的gp33特异性CTL应答(数据未显示)。
实施例11
淋巴结内DNA免疫引发抗肿瘤免疫性
为了检验在i.ln.免疫后引发的有效CTL应答是否能够赋予针对外周肿瘤的保护,使用10μg pEFGPL33A DNA或对照pEGFP-N3 DNA以6天的间隔免疫几组6只C57BL/6小鼠3次。在最后一次免疫5天后,将小块表达gp33表位(EL4-33)的实体瘤s.c.转移至两胁腹并且每3-4天测量肿瘤的生长。尽管在已经反复用对照pEGFP-N3 DNA免疫的小鼠中EL4-33肿瘤生长良好(图16),用pEFGPL33A DNA i.ln.免疫的小鼠迅速铲除外周EL4-33肿瘤(图16)。
实施例12
淋巴结中DNA含量的差异反映在淋巴结内和肌内注射后CTL应答中的差异。
i.ln.或i.m.注射pEFGPL33A DNA,并在6,12,24,48小时和4和30天后通过实时PCR评估注射或引流淋巴结的质粒含量。i.m.注射后,在6,12和24小时,注射淋巴结的质粒DNA含量大约比引流淋巴结的质粒DNA含量大3个数量级。在随后的时间点在引流淋巴结中未检测到质粒DNA(图17)。这与i.ln.注射相比使用i.m.以取得相似水平的CTL活性需要大3个数量级的剂量一致。同样i.ln.注射CD8-/-剔除小鼠,其不发展针对该表位的CTL应答,显示从淋巴结清除DNA不是因为CD8+CTL在淋巴结中杀死细胞。该观察也支持i.ln.给药将不激发对淋巴结的免疫病理损伤的结论。
实施例13
对人给药针对黑素瘤的治疗疫苗DNA质粒制剂
在1%苯甲醇,1%乙醇,0.5mM EDTA,柠檬酸盐-磷酸盐,pH7.6中配制SYNCHROTOPE TA2M,一种黑素瘤疫苗,其编码HLA-A2-限制性酪氨酸酶表位SEQ ID NO.1和表位聚簇SEQ ID NO.69。为了装载至MINIMED 407C灌输泵中,制备80,160和320μg DNA/ml的等分试样。将SILHOUETTE灌输装置的导管置于通过超声成像显现的腹股沟淋巴结中。泵和灌输装置装配最初是设计用于将胰岛素递送至糖尿病患者,对于本申请用31mm导管替换通常的17mm导管。将灌输装置保持开放4天(约96小时),灌输速率为大约25μl/小时,导致大约2.4ml的总灌输体积。因此对于上述的3种浓度,每种灌输的总给药剂量分别是约200和400μg;并可以为800μg。开始后来的灌输之前给灌输的受试者10天的休息期。假定在给药后质粒DNA在淋巴结中持续滞留(如在实施例12中)和在抗原消失后CTL通常的应答动力学,该时间表将足以保持免疫CTL应答。
实施例14
评估表位对非靶组织的交叉反应性
如上所提及,PSA是蛋白酶的激肽释放酶家族的一个成员,其自身是丝氨酸蛋白酶家族的一个亚型。虽然与PSA共享最大程度序列同一性的该家族成员也共享相似的表达图谱,但仍然可能具有显著不同表达图谱的蛋白质共享单独的表位序列。评估不希望有的交叉反应性的第一步是鉴定共享序列。完成这个的一种方法是使用“Searchfor short nearly exactmatches”选项对SWISSPROT或Entrez非冗余肽序列数据库进行BLAST搜索表位序列;可在万维网(http://www)“ncbi.nlm.nih.gov/blast/index.html”上访问超文本传输协议。因此对SWISSPROT搜索SEQ ID NO.104,WVLTAAHCI(局限于人的记录),发现四个精确匹配,包括PSA。其它3个是来源于激肽释放酶1(组织激肽释放酶),和弹性蛋白酶2A和2B。虽然这9个氨基酸区段是相同的,但侧翼序列完全不同,特别是C-末端一侧,提示可进行不同加工并因此从这些其它的蛋白质可能不释放相同的表位。(请注意激肽释放酶命名是混乱的)。因此激肽释放酶1[登记号P06870]是与在关于肿瘤-相关抗原部分中上面关于PSA段落中提及的那种[登记号AAD13817]不同的一种蛋白质)。
可以以几种方法检验该可能性。可以将含有内嵌在这些蛋白质每一种的前后序列中的表位序列的合成肽进行如上所述的体外蛋白酶体消化和分析。备选地,为了确定表位是否被加工和呈递,在利用识别该表位的CD8+T细胞的细胞毒性(或类似的)测定中可以将通过天然或重组表达来表达这些其它蛋白质的细胞用作目标。
实施例16
表位
上述方法学,特别是在实施例3-7中,已应用于另外的合成肽底物,如图18-70所归纳的,导致如下表15-67所述的另外的表位的鉴定。此处使用的底物通常设计以鉴定产生HLA-A*0201结合表位的管家蛋白酶体加工的产物,但可以预测另外的MHC-结合反应性,如上所讨论。然而,公开了许多这类反应性,这些列表是用于解释的,而非穷举或限制性的。还如上所讨论,在改变组合和顺序过程中可以使用分析物的单独组分。当在底物的消化物产生在MALDI-TOF质谱不能良好飞行的片段时,允许定量各种切割和可以在需要的部位解决质谱中的不明确的N-末端池测序也可用于鉴定切割位点。由于这些优势,它被常规使用。尽管它优选在观察的片段的C-末端基础上鉴定表位,也可以在邻近表位的观察的片段的N-末端基础上鉴定表位。
并非所有的底物必需满足如实施例3中引用的表位聚簇的正式定义。一些聚簇是如此大以致它更方便地使用扫描仅部分聚簇的底物。在其它情形,底物扩展超过满足正式定义的聚簇以包括临近预测的表位或围绕与任何聚簇无关的预测表位设计。在一些情形中,在设计合成底物前,实际结合活性指示当确定HLA结合活性以选择具有预测亲和力的肽时制备何种底物。
图18-70显示作为质谱峰图谱的在底物序列上的蛋白酶体消化分析的结果。每个图表示来自判断为全部数据代表的消化的单独时间点,然而,在表15-67中列出的一些表位是基于在说明的特定时间点未观察的片段而鉴定的。如上所述,通过N-末端池测序消化物形成对序列的峰图谱。用断线表示可能对应多于一个片段的峰。但是,表位鉴定由明确存在相关切割而支持。
实施例15:酪氨酸酶171-203
表15
通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
171-179 | NIYDLFVWM | 108 | A0201 | 17 | 93.656 |
A26 | 25 | N/A | |||
A3 | 18 | <5 | |||
173-182174-182 | YDLFVWMHYYDLFVWMHYY | 109110 | A1A1 | 1716 | <5<5 |
A26 | 30 | N/A | |||
A3 | 16 | 27 | |||
186-194 | DALLGGSEI | 111 | A0201 | 17 | <5 |
B5101 | 26 | 440 | |||
191-200 | GSEIWRDIDF | 112 | A1 | 18 | 67.5 |
192-200 | SEIWRDIDF | 113 | B08 | 16 | <5 |
193-201 | EIEWRDIDFA | 114 | A26 | 20 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图18。
实施例16:酪氨酸酶401-427
表16
通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequeuceID No. | ELA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
407-416 | LQEVYPEANA | 115 | A0203 | 18 | N/A |
409-418 | EVYPEANAPI | 116 | A26 | 19 | N/A |
A3 | 20 | <5 | |||
410-418 | VYPEANAPI | 117 | B5101 | 15 | 6.921 |
411-418 | YPEANAPI | 118 | B5101 | 22 | N/A |
411-420 | YPEANAPIGH | 119 | A1 | 16 | <5 |
416-425 | APIGHNRESY | 120 | A1 | 18 | <5 |
A26 | 15 | N/A | |||
417-425 | PIGHNRESY | 121 | A1 | 16 | <5 |
A26 | 21 | N/A | |||
A3 | 17 | <5 | |||
417-426 | PIGHNRESYM | 122 | A26 | 19 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图19。
实施例17:酪氨酸酶415-449
表17通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
416-425 | APIGHNRESY | 120 | A1 | 18 | <5 |
A26 | 15 | N/A | |||
A3 | 17 | <5 | |||
B0702 | 15 | N/A | |||
417-425 | PIGHNRESY | 124 | A1 | 16 | <5 |
A26 | 21 | N/A | |||
A3 | 17 | <5 | |||
423-430 | ESYMVPFI | 125 | B5101 | 17 | N/A |
423-432 | ESYMVPFIPL | 126 | A26 | 18 | N/A |
424-432 | SYMVPFIPL | 127 | B0702 | 16 | N/A |
424-433 | SYMVPFIPLY | 128 | A1 | 19 | <5 |
A26 | 15 | N/A | |||
425-433 | YMVPFIPLY | 129 | A0201 | 18 | <5 |
A1 | 23 | 5 | |||
A26 | 17 | N/A | |||
426-434 | MVPFIPLYR | 130 | A3 | 18 | <5 |
426-435 | MVPFIPLYRN | 131 | A26 | 16 | N/A |
427-434 | VPFIPLYR | 132 | B5101 | 18 | N/A |
430-437 | IPLYRNGD | 133 | B08 | 16 | <5 |
430-439 | IPLYRNGDFF | 134 | B0702 | 18 | N/A |
431-439 | PLYRNGDFF | 135 | A26 | 18 | N/A |
A3 | 24 | <5 | |||
431-440 | PLYRNGDFFI | 136 | A0201 | 16 | 23.43 |
A3 | 17 | <5 | |||
434-443 | RNGDFFISSK | 137 | A3 | 20 | <5 |
435-443 | NGDFFISSK | 138 | A3 | 15 | <5 |
B2705 | 15 | 5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图20。
实施例18:酪氨酸酶457-484
表18通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
463-471 | YIKSYLEQA | 139 | A0201 | 18 | <5 |
A26 | 17 | N/A | |||
466-474 | SYLEQASRI | 140 | B5101 | 16 | <5 |
469-478 | EQASRIWSWL | 141 | A26 | 17 | N/A |
470-478 | QASRIWSWL | 142 | B5101 | 16 | 55 |
471-478 | ASRIWSWL | 143 | B08 | 16 | <5 |
471-479 | ASRTWSWLL | 144 | B08 | 16 | <5 |
473-481 | RIWSWLLGA | 145 | A0201 | 19 | 13.04 |
A26 | 16 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图21。
实施例19:CEA 92-118
表19通过管家蛋白酶消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
92-100 | GPAYSGREI | 146 | B0702 | 18 | 8 |
B08 | 15 | <5 | |||
B5101 | 22 | 484 | |||
92-101 | GPAYSGREII | 147 | B0702 | 18 | 12 |
93-100 | PAYSGREI | 148 | B5101 | 22 | N.A. |
93-101 | PAYSGREII | 149 | B5101 | 24 | 48.4 |
93-102 | PAYSGREIIY | 150 | A1 | 19 | <5 |
94-102 | AYSGREIIY | 151 | A1 | 21 | <5 |
97-105 | GREIIYPNA | 152 | B2705 | 17 | 200 |
B2709 | 16 | ||||
98-107 | REIIYPNASL | 153 | A0201 | 16 | <5 |
99-107 | EIIYPNASL | 154 | A0201 | 21 | <5 |
A26 | 28 | N.A. | |||
A3 | 16 | <5 | |||
B0702 | 15 | 6 | |||
B08 | 18 | <5 | |||
B2705 | 16 | <5 | |||
99-108 | EIIYPNASLL | 155 | A0201 | 16 | <5 |
A26 | 27 | N.A. | |||
A3 | 17 | <5 | |||
100-107 | IIYPNASL | 156 | B08 | 15 | <5 |
100-108 | IIYPNASLL | 157 | A0201 | 23 | 15.979 |
A26 | 21 | N.A. | |||
A24 | N.A. | <5 | |||
A3 | 23 | <5 | |||
B08 | 15 | <5 | |||
B1510 | 15 | N.A. | |||
B2705 | 16 | 50 | |||
B2709 | 15 | ||||
100-109 | IIYPNASLLI | 158 | A0201 | 22 | 7.804 |
A3 | 20 | <5 | |||
102-109 | YPNASLLI | 159 | B5101 | 23 | N.A. |
107-116 | LLIQNIIQND | 160 | A0201 | 18 | <5 |
A26 | 17 | N.A. |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图22。
实施例20:CEA 131-159
表20通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
132-141 | EEATGQFRVY | 161 | A1 | 19 | <5 |
A26 | 21 | N.A. | |||
133-141 | EATGQFRVY | 162 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 23 | N.A. | |||
B5101 | 16 | <5 | |||
141-149 | YPELPKPSI | 163 | B0702 | 20 | <5 |
B5101 | 22 | 572 | |||
142-149 | PELPKPSI | 164 | B08 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图23。
实施例21:CEA 225-251
表21通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
225-233 | RSDSVILNV | 165 | A0201 | 15 | <5 |
A1 | 22 | <5 | |||
B2709 | 15 | N.A. | |||
225-234 | RSDSVILNVL | 166 | A0201 | 15 | <5 |
226-234 | SDSVILNVL | 167 | A0201 | 17 | <5 |
226-235 | SDSVILNVLY | 168 | A1 | 20 | <5 |
227-235 | DSVILNVLY | 169 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 18 | N.A. | |||
233-242 | VLYGPDAPTI | 170 | A0201 | 25 | 56.754 |
A3 | 23 | <5 | |||
234-242 | LYGPDAPTI | 171 | A0201 | 15 | <5 |
B5101 | 15 | 5.72 | |||
235-242 | YGPDAPTI | 172 | B5101 | 22 | N.A. |
236-245 | GPDAPTISPL | 173 | A0201 | 15 | <5 |
B0702 | 23 | 24 | |||
237-245 | PDAPTISPL | 174 | A0201 | 15 | <5 |
A26 | 16 | N.A. | |||
B2705 | 15 | <5 | |||
238-245 | DAPTISPL | 175 | B5101 | 25 | N.A. |
239-247 | APTISPLNT | 176 | B0702 | 20 | 6 |
240-249 | PTISPLNTSY | 177 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
241-249 | TISPLNTSY | 178 | A1 | 20 | 5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
A3 | 20 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图24。
实施例22:CEA239-270
表22通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
240-249 | PTISPLNTSY | 179 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
241-249 | TISPLNTSY | 180 | A1 | 20 | 5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
A3 | 20 | <5 | |||
246-255 | NTSYRSGENL | 181 | A26 | 19 | N.A. |
247-255 | TSYRSGENL | 182 | B2705 | 15 | 50 |
248-255 | SYRSGENL | 183 | B08 | 18 | <5 |
248-257 | SYRSGENLNL | 184 | B0702 | 14 | <5 |
249-257 | YRSGENLNL | 185 | A0201 | 15 | <5 |
B0702 | 16 | <5 | |||
B2705 | 27 | 2000 | |||
B2709 | 22 | N.A. | |||
251-259 | SGENLNLSC | 186 | A1 | 19 | <5 |
253-262 | ENLNLSCHAA | 187 | A0203 | 19 | <5 |
254-262 | NLNLSCHAA | 188 | A0201 | 17 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图25。
实施例23:CEA259-286
表23通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | LA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
260-269 | HAASNPPAQY | 189 | A1 | 15 | <5 |
261-269 | AASNPPAQY | 190 | A1 | 17 | <5 |
A3 | 17 | <5 | |||
264-273 | NPPAQYSWFV | 191 | B0702 | 18 | <5 |
265-273 | PPAQYSWFV | 192 | B0702 | 18 | <5 |
B5101 | 19 | 20 | |||
266-273 | PAQYSWFV | 193 | B5101 | 18 | N.A. |
272-280 | FVNGTFQQS | 194 | A26 | 18 | N.A. |
A3 | 15 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图26。
实施例24:CEA 309-336
表24通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
310-319 | RTTVTTITVY | 195 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
A3 | 15 | <5 | |||
311-319 | TTVTTITVY | 196 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
B2705 | 15 | 5 | |||
319-327 | YAEPPKPFI | 197 | A0201 | 17 | <5 |
A1 | 17 | 18 | |||
B5101 | 22 | 286 | |||
319-328 | YAEPPKPFIT | 198 | A1 | 16 | 45 |
320-327 | AEPPKPFI | 199 | B08 | 16 | <5 |
321-328 | EPPKPFIT | 200 | B5101 | 16 | N.A. |
321-329 | EPPKPFITS | 201 | B0702 | 16 | <5 |
B5101 | 16 | 12.1 | |||
322-329 | PPKPFITS | 202 | B08 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图27。
实施例25:CEA 381-408
表25通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
382-391 | SVTRNDVGPY | 203 | A1 | 18 | <5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
A3 | 21 | <5 | |||
383-391 | VTRNDVGPY | 204 | A1 | 23 | <5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
389-397 | GPYECGIQN | 205 | B5101 | 17 | 11 |
391-399 | YECGIQNEL | 206 | A0201 | 17 | <5 |
B2705 | 17 | 30 | |||
394-402 | GIQNELSVD | 207 | A26 | 15 | N.A. |
A3 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图28。
实施例26:CEA 403-429
表26通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
403-411 | HSDPVILNV | 208 | A0201 | 17 | <5 |
A1 | 26 | 37.5 | |||
403-412 | HSDPVILNVL | 209 | A0201 | 17 | <5 |
A1 | 19 | 7.5 | |||
A26 | 15 | N.A. | |||
A24 | N.A. | 8.064 | |||
B4402 | 17 | N.A. | |||
404-412 | SDPVILNVL | 210 | A0201 | 17 | <5 |
B4402 | 16 | N.A. | |||
404-413 | SDPVILNVLY | 211 | A1 | 20 | <5 |
405-412 | DPVILNVL | 212 | B08 | 16 | <5 |
B5101 | 24 | N.A. | |||
405-413 | DPVILNVLY | 213 | A1 | 18 | <5 |
A26 | 18 | N.A. | |||
B5101 | 16 | 7.26 | |||
408-417 | ILNVLYGPDD | 214 | A3 | 15 | <5 |
411-420 | VLYGPDDPTI | 215 | A0201 | 25 | 56.754 |
A3 | 20 | <5 | |||
412-420 | LYGPDDPTI | 216 | A0201 | 15 | <5 |
A24 | N.A. | 60 | |||
413-420 | YGPDDPTI | 217 | B5101 | 22 | N.A. |
417-425 | DPTISPSYT | 218 | B0702 | 16 | <5 |
418-427 | PTISPSYTYY | 219 | A1 | 21 | <5 |
A26 | 27 | N.A. | |||
419-427 | TISPSYTYY | 220 | A1 | 19 | 5 |
A26 | 27 | N.A. |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图29。
实施例27:CEA 416-448
表27通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
418-427 | PTISPSYTYY | 221 | A1 | 21 | <5 |
A26 | 27 | N.A. | |||
419-427 | TISPSYTYY | 222 | A1 | 19 | 5 |
A26 | 27 | N.A. | |||
A3 | 18 | <5 | |||
419-428 | TISPSYTYYR | 223 | A3 | 15 | 5.4 |
424-433 | YTYYRPGVNL | 224 | A0201 | 18 | <5 |
A24 | N.A. | <5 | |||
A26 | 20 | N.A. | |||
425-433 | TYYRPGVNL | 225 | A0201 | 14 | <5 |
A24 | N.A. | 200 | |||
B0702 | 16 | <5 | |||
B2705 | 16 | 5 | |||
426-433 | YYRPGVNL | 226 | B08 | 16 | <5 |
426-435 | YYRPGVNLSL | 227 | A0201 | 17 | <5 |
B0702 | 15 | <5 | |||
427-435 | YRPGVNLSL | 228 | A0201 | 17 | <5 |
B2705 | 26 | 2000 | |||
B2709 | 21 | N.A. | |||
428-435 | RPGVNLSL | 229 | B08 | 17 | <5 |
B5101 | 17 | N.A. | |||
428-437 | RPGVNLSLSC | 230 | B0702 | 14 | <5 |
430-438 | GVNLSLSCH | 231 | A26 | 16 | N.A. |
B2705 | 15 | <5 | |||
431-440 | VNLSLSCHAA | 232 | A0203 | 19 | N.A. |
432-440 | NLSLSCHAA | 233 | A0201 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图30。
实施例28:CEA 437-464
表28通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
438-447 | HAASNPPAQY | 234 | A1 | 15 | <5 |
439-447 | AASNPPAQY | 235 | A1 | 17 | <5 |
A3 | 17 | <5 | |||
442-451 | NPPAQYSWLI | 236 | B0702 | 17 | 8 |
443-451 | PPAQYSWLI | 237 | B0702 | 17 | <5 |
B5101 | 21 | 40 | |||
444-451 | PAQYSWLI | 238 | B5101 | 20 | N.A. |
449-458 | WLIDGNIQQH | 239 | A0201 | 17 | <5 |
A26 | 17 | N.A. | |||
A3 | 21 | <5 | |||
450-458 | LIDGNIQQH | 240 | A0201 | 16 | <5 |
A26 | 19 | N.A. | |||
A3 | 17 | <5 | |||
450-459 | LIDGNIQQHT | 241 | A0201 | 16 | <5 |
A26 | 15 | N.A. |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图31。
实施例29:CEA 581-607
表29通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
581-590 | RSDPVTLDVL | 242 | A0201 | 16 | <5 |
A1 | 19 | 7.5 | |||
A26 | 15 | N.A. | |||
A24 | N.A. | 9.6 | |||
582-590 | SDPVTLDVL | 243 | A0201 | 16 | <5 |
582-591 | SDPVTLDVLY | 244 | A1 | 19 | <5 |
583-590 | DPVTLDVL | 245 | B08 | 16 | <5 |
B5101 | 25 | N.A. | |||
583-591 | DPVTLDVLY | 246 | A1 | 17 | <5 |
A26 | 18 | N.A. | |||
B5101 | 16 | 6 | |||
588-597 | DVLYGPDTPI | 247 | A26 | 16 | N.A. |
589-597 | VLYGPDTPI | 248 | A0201 | 25 | 56.754 |
A3 | 17 | 6.75 | |||
B5101 | 17 | 11.44 | |||
596-605 | PIISPPDSSY | 249 | A1 | 15 | <5 |
A26 | 25 | N.A. | |||
A3 | 22 | <5 | |||
597-605 | IISPPDSSY | 250 | A1 | 20 | 5 |
A26 | 24 | N.A. | |||
A3 | 24 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图32。
实施例30:CEA 595-622
表30通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
597-606 | IISPPDSSYL | 251 | A0201 | 22 | 27.464 |
A26 | 21 | N.A. | |||
A3 | 16 | <5 | |||
B0702 | 14 | <5 | |||
599-606 | SPPDSSYL | 252 | B08 | 18 | <5 |
B5101 | 17 | N.A. | |||
600-608 | PPDSSYLSG | 253 | A1 | 16 | <5 |
600-609 | PPDSSYLSGA | 254 | B0702 | 17 | <5 |
602-611 | DSSYLSGANL | 255 | A26 | 16 | N.A. |
603-611 | SSYLSGANL | 256 | A0201 | 15 | <5 |
B2705 | 17 | 50 | |||
604-613 | SYLSGANLNL | 257 | A0201 | 15 | <5 |
A24 | N.A. | 300 | |||
605-613 | YLSGANLNL | 258 | A0201 | 25 | 98.267 |
A26 | 19 | N.A. | |||
A3 | 15 | <5 | |||
B0702 | 16 | <5 | |||
B08 | 17 | <5 | |||
B2705 | 16 | 30 | |||
610-618 | NLNLSCHSA | 259 | A0201 | 18 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图33。
实施例31:CEA 615-641
表31通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
620-629 | NPSPQYSWRI | 260 | B0702 | 19 | 8 |
622-629 | SPQYSWRI | 261 | B08 | 15 | 5 |
B5101 | 20 | N.A. | |||
627-635 | WRINGIPQQ | 262 | B2705 | 19 | 20 |
628-636 | RINGIPQQH | 263 | A3 | 22 | <5 |
B2705 | 16 | <5 | |||
628-637 | RINGIPQQHT | 264 | A0201 | 15 | <5 |
631-639 | GIPQQHTQV | 265 | A0201 | 19 | 9.563 |
632-639 | IPQQHTQV | 266 | B5101 | 20 | N.A. |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图34。
实施例32:CEA 643-677
表32通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
644-653 | KITPNNNGTY | 267 | A1 | 20 | 5 |
A26 | 22 | N.A. | |||
A3 | 25 | <5 | |||
645-653 | ITPNNNGTY | 268 | A1 | 22 | <5 |
A26 | 21 | N.A. | |||
A3 | 14 | <5 | |||
647-656 | PNNNGTYACF | 269 | A26 | 15 | N.A. |
648-656 | NNNGTYACF | 270 | A26 | 17 | N.A. |
650-657 | NGTYACFV | 271 | B5101 | 15 | N.A. |
661-670 | ATGRNNSIVK | 272 | A3 | 20 | <5 |
662-670 | TGRNNSIVK | 273 | A3 | 18 | <5 |
664-672 | RNNSIVKSI | 274 | B2709 | 15 | N.A. |
666-674 | NSIVKSITV | 275 | A0201 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图35。
实施例33:GAGE-1 6-32
表33通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
7-16 | STYRPRPRRY | 276 | A1 | 23 | <5 |
A26 | 21 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 | |||
8-16 | TYRPRPRRY | 277 | A1 | 19 | <5 |
A3 | 15 | <5 | |||
10-18 | RPRPRRYVE | 278 | A3 | 17 | <5 |
B0702 | 16 | N/A | |||
B08 | 20 | <5 | |||
16-23 | YVEPPEMI | 279 | B5101 | 15 | N/A |
22-31 | MIGPMRPEQF | 280 | A26 | 23 | N/A |
A3 | 19 | <5 | |||
23-31 | IGPMRPEQF | 281 | B08 | 15 | <5 |
24-31 | GPMRPEQF | 282 | B5101 | 16 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图36。
实施例34:GAGE-1 105-131
表34通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
105-114 | KTPEEEMRSH | 283 | A26 | 18 | N/A |
106-115 | TPEEEMRSHY | 284 | A1 | 26 | 11.25 |
107-115 | PEEEMRSHY | 285 | A1 | 26 | <5 |
110-119 | EMRSHYVAQT | 286 | A0201 | 15 | <5 |
113-121 | SHYVAQTGI | 287 | B5101 | 15 | <5 |
115-124 | YVAQTGILWL | 288 | A0201 | 23 | 108.769 |
A26 | 24 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 | |||
116-124 | VAQTGILWL | 289 | A0201 | 22 | 6.381 |
B08 | 16 | <5 | |||
B2705 | 16 | 10 | |||
B5101 | 20 | 78.65 | |||
116-125 | VAQTGILWLL | 290 | A0201 | 19 | 8.701 |
117-125 | AQTGILWLL | 291 | A0201 | 17 | 373.362 |
B2705 | 16 | 200 | |||
118-126 | QTGILWLLM | 292 | A26 | 19 | N/A |
118-127 | QTGILWLLMN | 293 | A26 | 15 | N/A |
120-129 | GILWLLMNNC | 294 | A26 | 15 | N/A |
121-129 | ILWLLMNNC | 295 | A0201 | 15 | 161.227 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图37。
实施例35:GAGE-1 122-137
表35通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
124-131 | LLMNNCFL | 296 | B08 | 16 | <5 |
123-131 | WLLMNNCFL | 297 | A0201 | 22 | 1999.734 |
A26 | 16 | N/A | |||
B08 | 17 | <5 | |||
122-130 | LWLLMNNCF | 298 | B2705 | 15 | <5 |
121-130 | ILWLLMNNCF | 299 | A26 | 18 | N/A |
A3 | 17 | 10 | |||
121-129 | ILWLLMNNC | 295 | A0201 | 15 | 161.227 |
120-129 | GILWLLMNNC | 294 | A26 | 15 | N/A |
118-127 | QTGILWLLMN | 293 | A26 | 15 | N/A |
118-126 | QTGILWLLM | 292 | A26 | 19 | N/A |
117-125 | AQTGILWLL | 291 | A0201 | 17 | 37.362 |
B2705 | 16 | 200 | |||
B4402 | 17 | N/A | |||
116-125 | VAQTGILWLL | 290 | A0201 | 19 | 8.701 |
116-124 | VAQTGILWL | 289 | A0201 | 22 | 6.381 |
B08 | 16 | <5 | |||
B2705 | 16 | 10 | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
B5101 | 20 | 78.65 | |||
115-124 | YVAQTGILWL | 288 | A0201 | 23 | 108.769 |
A26 | 24 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 | |||
113-121 | SHYVAQTGI | 287 | B5101 | 15 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图38。
实施例36:MAGE-1 51-77
表36通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | Sequence IDNo. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
62-70 | SAFPTTINF | 309 | A26 | 15 | N/A |
B4402 | 18 | N/A | |||
B2705 | 17 | 25 | |||
61-70 | ASAFPTTINF | 310 | B4402 | 15 | N/A |
60-68 | GASAFPTTI | 311 | A0201 | 16 | <5 |
B5101 | 25 | 220 | |||
57-66 | SPQGASAFPT | 312 | B0702 | 19 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图39。
实施例37:Mage-1 126-153
表37通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
144-151 | FGKASESL | 313 | B08 | 21 | <5 |
143-151 | IFGKASESL | 314 | A26 | 16 | N/A |
B2705 | 15 | <5 | |||
142-151 | EIFGKASESL | 315 | A0201 | 20 | <5 |
A26 | 29 | N/A | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
142-149 | EIFGKASE | 316 | B08 | 16 | <5 |
133-140 | IKNYKHCF | 317 | B08 | 18 | <5 |
132-140 | VIKNYKHCF | 318 | A26 | 21 | N/A |
B08 | 21 | <5 | |||
131-140 | SVIKNYKHCF | 319 | A26 | 23 | N/A |
A3 | 18 | <5 | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
132-139 | VIKNYKHC | 320 | B08 | 15 | <5 |
131-139 | SVIKNYKHC | 321 | A26 | 18 | N/A |
128-136 | MLESVIKNY | 322 | A1 | 28 | 45 |
A26 | 24 | N/A | |||
A3 | 17 | <5 | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
127-136 | EMLESVIKNY | 323 | A1 | 15 | <5 |
A26 | 23 | N/A | |||
B4402 | 18 | N/A | |||
126-134 | AEMLESVIK | 324 | A3 | 18 | <5 |
B2705 | 15 | 30 | |||
B4402 | 16 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图40。
实施例38:MAGE-2 272-299
表38通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
274-283 | GPRALIETSY | 325 | A1 | 15 | <5 |
275-283 | PRALIETSY | 326 | A1 | 15 | <5 |
B2705 | 23 | 100 | |||
276-284 | RALIETSYV | 327 | A0201 | 18 | 19.658 |
B5101 | 20 | 55 | |||
277-286 | ALIETSYVKV | 328 | A0201 | 30 | 427.745 |
A26 | 18 | N/A | |||
A3 | 21 | <5 | |||
278-286 | LIETSYVKV | 329 | A0201 | 23 | <5 |
A26 | 17 | N/A | |||
B5101 | 15 | <5 | |||
278-287 | LIETSYVKVL | 330 | A0201 | 22 | <5 |
A26 | 22 | N/A | |||
279-287 | IETSYVKVL | 331 | A0201 | 15 | <5 |
B1510 | 15 | N/A | |||
B5101 | 15 | <5 | |||
280-289 | ETSYVKVLHH | 332 | A26 | 21 | N/A |
282-291 | SYVKVLHHTL | 333 | A0201 | 15 | <5 |
283-291 | YVKVLHHTL | 334 | A0201 | 19 | <5 |
A26 | 20 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 | |||
B08 | 21 | <5 | |||
285-293 | KVLHHTLKI | 335 | A0201 | 20 | 11.822 |
A3 | 18 | <5 | |||
B5101 | 15 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图41。
实施例39:MAGE-2 287-3 14
表39通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
303-311 | PLHERALRE | 336 | A3 | 19 | <5 |
B08 | 16 | <5 | |||
302-309 | PPLHERAL | 337 | B08 | 16 | <5 |
B5101 | 18 | N/A | |||
301-309 | YPPLHERAL | 338 | B0702 | 21 | N/A |
B08 | 18 | <5 | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
B5101 | 20 | 143 | |||
300-309 | SYPPLHERAL | 339 | A0201 | 15 | <5 |
B4402 | 18 | N/A | |||
299-307 | ISYPPLHER | 340 | B2705 | 17 | 25 |
298-307 | HISYPPLHER | 341 | A26 | 15 | N/A |
292-299 | KIGGEPHI | 342 | B5101 | 15 | N/A |
291-299 | LKIGGEPHI | 343 | A0201 | 17 | <5 |
290-299 | TLKIGGEPHI | 344 | A0201 | 18 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图42。
实施例40:Mage-3 287-314
表40通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
303-311 | PLHEWVLRE | 345 | A26 | 15 | N/A |
302-309 | PPLHEWVL | 346 | B08 | 16 | <5 |
B5101 | 19 | N/A | |||
301-309 | YPPLHEWVL | 347 | B0702 | 21 | N/A |
B08 | 17 | <5 | |||
B5101 | 22 | 130 | |||
301-308 | YPPLHEWV | 348 | B5101 | 22 | N/A |
300-308 | SYPPLHEWV | 349 | A0201 | 15 | <5 |
299-308 | ISYPPLHEWV | 350 | A0201 | 15 | 6.656 |
298-307 | HISYPPLHEW | 351 | A26 | 15 | N/A |
293-301 | ISGGPHISY | 352 | A1 | 25 | <5 |
292-301 | KISGGPHISY | 353 | A1 | 20 | <5 |
A26 | 23 | N/A | |||
A3 | 21 | 5.4 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图43。
实施例41:Melan-A 44-71
表41通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
45-54 | CWYCRRRNGY | 354 | A1 | 16 | <5 |
46-54 | WYCRRRNGY | 355 | A1 | 16 | <5 |
47-55 | YCRRRNGYR | 356 | B08 | 15 | <5 |
49-57 | RRRNGYRAL | 357 | B08 | 17 | <5 |
B2705 | 26 | 1800 | |||
B2709 | 24 | N/A | |||
51-60 | RNGYRALMDK | 358 | A3 | 15 | <5 |
52-60 | NGYRALMDK | 359 | A3 | 18 | <5 |
55-63 | RALMDKSLH | 360 | B2705 | 16 | <5 |
56-63 | ALMDKSLH | 361 | B08 | 16 | <5 |
55-64 | RALMDKSLHV | 362 | A0201 | 17 | <5 |
56-64 | ALMDKSLHV | 363 | A0201 | 26 | 1055.104 |
A3 | 18 | <5 | |||
B08 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图44。
实施例42:PRAME 274-301
表42通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
275-284 | YISPEKEEQY | 364 | A1 | 21 | 5 |
A26 | 23 | N/A | |||
A3 | 20 | <5 | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
276-284 | ISPEKEEQY | 365 | A1 | 19 | <5 |
A26 | 15 | N/A | |||
277-285 | SPEKEEQYI | 366 | B0702 | 17 | N/A |
B5101 | 21 | 484 | |||
278-285 | PEKEEQYI | 367 | B08 | 18 | <5 |
279-288 | EKEEQYIAQF | 368 | A26 | 24 | N/A |
B4402 | 16 | N/A | |||
280-288 | KEEQYIAQF | 369 | A26 | 17 | N/A |
B2705 | 19 | 45 | |||
B4402 | 25 | N/A | |||
283-292 | QYIAQFTSQF | 370 | A3 | 17 | <5 |
B4402 | 15 | N/A | |||
284-292 | YIAQFTSQF | 371 | A0201 | 15 | <5 |
A26 | 24 | N/A | |||
A3 | 19 | <5 | |||
284-293 | YIAQFTSQFL | 372 | A0201 | 22 | 74.314 |
A26 | 21 | N/A | |||
285-293 | IAQFTSQFL | 373 | A0201 | 15 | <5 |
B08 | 15 | <5 | |||
B5101 | 19 | 78.65 | |||
286-295 | AQFTSQFLSL | 374 | A0201 | 16 | 15.226 |
A26 | 15 | N/A | |||
B0702 | 15 | N/A | |||
A4402 | 18 | N/A | |||
287-295 | QFTSQFLSL | 375 | A26 | 21 | N/A |
290-298 | SQFLSLQCL | 376 | A0201 | 17 | 18.432 |
A26 | 16 | N/A | |||
B2705 | 16 | 1000 | |||
B4402 | 15 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图45。
实施例43:PRAME 434-463
表43通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
439-448 | VLYPVPLESY | 377 | A0201 | 20 | <5 |
A1 | 21 | 5 | |||
A26 | 25 | N/A | |||
A3 | 25 | 67.5 | |||
440-448 | LYPVPLESY | 378 | A1 | 16 | <5 |
446-455 | ESYEDIHGTL | 379 | A26 | 16 | N/A |
448-457 | YEDIHGTLHL | 380 | A1 | 18 | <5 |
449-457 | EDIHGTLHL | 381 | B2705 | 15 | <5 |
451-460 | IHGTLHLERL | 382 | A0201 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图46。
实施例44:PRAME 452-480
表44通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
454-463 | TLHLERLAYL | 383 | A0201 | 26 | 270.234 |
A26 | 21 | N/A | |||
455-463 | LHLERLAYL | 384 | A0201 | 22 | <5 |
B08 | 20 | <5 | |||
B1510 | 21 | N/A | |||
B2705 | 15 | <5 | |||
456-463 | HLERLAYL | 385 | B08 | 17 | <5 |
456-465 | HLERLAYLHA | 386 | A3 | 16 | <5 |
A1 | 17 | <5 | |||
458-467 | ERLAYLHARL | 387 | A26 | 16 | N/A |
459-467 | RLAYLHARL | 388 | A0201 | 24 | 21.362 |
B08 | 17 | <5 | |||
B2705 | 18 | 90 | |||
B2709 | 15 | N/A | |||
459-468 | RLAYLHARLR | 389 | A3 | 22 | <5 |
460-467 | LAYLHARL | 390 | B08 | 15 | <5 |
B5101 | 20 | N/A | |||
460-468 | LAYLHARLR | 391 | B5101 | 18 | <5 |
461-470 | AYLHARLREL | 392 | A0201 | 20 | <5 |
B4402 | 16 | N/A | |||
462-470 | YLHARLREL | 393 | A0201 | 28 | 45.203 |
B08 | 25 | 8 | |||
462-471 | YLHARLRELL | 394 | A0201 | 22 | 48.151 |
A26 | 16 | N/A | |||
463-471 | LHARLRELL | 395 | A0201 | 15 | <5 |
B1510 | 22 | N/A | |||
464-471 | HARLRELL | 396 | B08 | 30 | 320 |
B5101 | 17 | N/A | |||
464-472 | HARLRELLC | 397 | B08 | 20 | 16 |
469-478 | ELLCELGRPS | 398 | A3 | 15 | <5 |
470-478 | LLCELGRPS | 399 | A0201 | 15 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图47。
实施例45:PSA 143-169
表45通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
144-153 | QEPALGTTCY | 400 | A1 | 15 | <5 |
145-153 | EPALGTTCY | 401 | A1 | 17 | <5 |
A26 | 17 | N/A |
+从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图48。
实施例46:PSA 156-1883
表46通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测+ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
162-171 | PEEFLTPKKL | 402 | B4402 | 24 | N.A. |
163-171 | EEFLTPKKL | 403 | A26 | 17 | N.A. |
B4402 | 29 | N.A. | |||
165-173 | FLTPKKLQC | 404 | A3 | 20 | <5 |
B08 | 17 | <5 | |||
165-174 | FLTPKKLQCV | 405 | A0201 | 26 | 735.86 |
A26 | 15 | N.A. | |||
166-174 | LTPKKLQCV | 406 | A0201 | 21 | <5 |
A26 | 18 | N.A. | |||
167-174 | TPKKLQCV | 407 | B08 | 16 | <5 |
B5101 | 22 | N.A. | |||
167-175 | TPKKLQCVD | 408 | B5101 | 15 | <5 |
170-179 | KLQCVDLHVI | 409 | A0201 | 24 | 34.433 |
A3 | 17 | <5 | |||
171-179 | LQCVDLHVI | 410 | A0201 | 15 | <5 |
B5101 | 16 | 6.292 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图49。
实施例47:PSCA 67-94
表47通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
73-81 | DSQDYYVGK | 411 | A3 | 15 | <5 |
74-82 | SQDYYVGKK | 412 | A1 | 16 | <5 |
74-83 | SQDYYVGKKN | 413 | A1 | 15 | <5 |
76-84 | DYYVGKKNI | 414 | B5101 | 19 | 23.426 |
77-84 | YYVGKKNI | 415 | B08 | 16 | <5 |
78-86 | YVGKKNITC | 416 | A3 | 15 | <5 |
78-87 | YVGKKNITCC | 417 | A26 | 15 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图50。
实施例48:PSMA 378-405
表48通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
381-390 | WVFGGIDPQS | 418 | A26 | 16 | N/A |
A3 | 15 | <5 | |||
385-394 | GIDPQSGAAV | 419 | A0201 | 24 | <5 |
A0203 | 17 | N/A | |||
A1 | 15 | 10 | |||
A26 | 15 | N/A | |||
A3 | 18 | <5 | |||
386-394 | IDPQSGAAV | 420 | A0201 | 15 | <5 |
387-394 | DPQSGAAV | 421 | B5101 | 22 | N/A |
387-395 | DPQSGAAVV | 422 | B0702 | 18 | N/A |
B5101 | 26 | 440 | |||
387-396 | DPQSGAAVVH | 423 | A3 | 15 | <5 |
388-396 | PQSGAAVVH | 424 | A3 | 17 | <5 |
389-398 | QSGAAVVHEI | 425 | A0201 | 15 | <5 |
390-398 | SGAAVVHEI | 426 | A0201 | 19 | <5 |
B5101 | 21 | 88 | |||
391-398 | GAAVVHEI | 427 | B5101 | 23 | N/A |
391-399 | GAAVVHEIV | 428 | A0201 | 17 | <5 |
B5101 | 20 | 133.1 | |||
392-399 | AAVVHEIV | 429 | B5101 | 19 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图51。
实施例49:PAMA 597-623
表49通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceIK No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
597-605 | CRDYAVVLR | 430 | B2705 | 22 | N/A |
598-607 | RDYAVVLRKY | 431 | A1 | 17 | <5 |
A26 | 15 | N/A | |||
A3 | 16 | <5 | |||
599-607 | DYAVVLRKY | 432 | A1 | 19 | <5 |
A26 | 22 | N/A | |||
600-607 | YAVVLRKY | 433 | B5101 | 17 | N/A |
602-611 | VVLRKYADKI | 434 | A0201 | 17 | <5 |
A3 | 18 | <5 | |||
603-611 | VLRKYADKI | 435 | A0201 | 22 | <5 |
A3 | 16 | <5 | |||
B08 | 19 | <5 | |||
B5101 | 16 | 5.72 | |||
603-612 | VLRKYADKIY | 436 | A1 | 17 | <5 |
A26 | 19 | N/A | |||
A3 | 19 | <5 | |||
604-611 | LRKYADKI | 437 | B08 | 17 | <5 |
604-612 | LRKYADKIY | 438 | A1 | 15 | <5 |
B2705 | 19 | N/A | |||
605-614 | RKYADKIYSI | 439 | A0201 | 16 | <5 |
606-614 | KYADKIYSI | 440 | A0201 | 20 | <5 |
B08 | 17 | <5 | |||
607-614 | YADKIYSI | 441 | B5101 | 27 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图52。
实施例50:PSMA 615-642
表50通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
616-625 | MKHPQEMKTY | 442 | A1 | 19 | <5 |
A26 | 16 | N/A | |||
617-625 | KHPQEMKTY | 443 | A1 | 15 | <5 |
A26 | 16 | N/A | |||
618-627 | HPQEMKTYSV | 444 | A0201 | 15 | <5 |
B0702 | 17 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图53。
实施例51:SCP-1 57-86
表51通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHL | NIH | ||||
62-71 | IDSDPALQKV | 445 | A0201 | 19 | <5 |
63-71 | DSDPALQKV | 446 | A0201 | 17 | <5 |
A1 | 20 | 7.5 | |||
A26 | 15 | N/A | |||
B5101 | 15 | 5.324 | |||
67-76 | ALQKVNFLPV | 447 | A0201 | 23 | 132.149 |
A3 | 16 | <5 | |||
70-78 | KVNFLPVLE | 448 | A3 | 18 | <5 |
71-80 | VNFLPVLEQV | 449 | A0201 | 16 | <5 |
72-80 | NFLPVLEQV | 450 | A0201 | 18 | <5 |
75-84 | PVLEQVGNSD | 451 | A3 | 18 | <5 |
76-84 | VLEQVGNSD | 452 | A1 | 15 | <5 |
A3 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图54。
实施例52:SCP-1 201-227
表52通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
202-210 | YEREETRQV | 453 | A0201 | 16 | <5 |
202-211 | YEREETRQVY | 454 | A1 | 19 | <5 |
A3 | 15 | <5 | |||
A4402 | 22 | N/A | |||
203-211 | EREETRQVY | 455 | A1 | 27 | <5 |
A26 | 19 | N/A | |||
B2705 | 20 | N/A | |||
203-212 | EREETRQVYM | 456 | A26 | 17 | N/A |
204-212 | REETRQVYM | 457 | B2705 | 15 | N/A |
211-220 | YMDLNSNIEK | 458 | A1 | 17 | 25 |
213-221 | DLNSNIEKM | 459 | A0201 | 20 | <5 |
A26 | 28 | N/A | |||
216-226 | SNIEKMITAF | 460 | A26 | 19 | N/A |
B4402 | 19 | N/A | |||
217-225 | NIEKMITAF | 461 | A26 | 26 | N/A |
B2705 | 17 | N/A | |||
B4402 | 16 | N/A | |||
218-225 | IEKMITAF | 462 | B08 | 17 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图55。
实施例53:SCP-1 395-424
表53通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
397-406 | RLENYEDQLI | 463 | A0201 | 17 | <5 |
A3 | 15 | <5 | |||
398-406 | LENYEDQLI | 464 | B4402 | 19 | N/A |
398-407 | LENYEDQLII | 465 | B4402 | 19 | N/A |
399-407 | ENYEDQLII | 466 | B5101 | 17 | 19.36 |
399-408 | ENYEDQLIIL | 467 | A26 | 20 | N/A |
400-408 | NYEDQLIIL | 468 | A1 | 16 | <5 |
400-409 | NYEDQLIILT | 469 | A1 | 16 | <5 |
401-409 | YEDQLIILT | 470 | A1 | 18 | <5 |
B4402 | 16 | N/A | |||
401-410 | YEDQLIILTM | 471 | A1 | 18 | <5 |
B4402 | 16 | N/A | |||
402-410 | EDQLIILTM | 472 | A26 | 18 | N/A |
B2705 | 15 | <5 | |||
406-415 | IILTMELQKT | 473 | A0201 | 22 | 14.824 |
A26 | 16 | N/A | |||
407-415 | ILTMELQKT | 474 | A0201 | 21 | 29.137 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图56。
实施例54:SCP-1 416-442
表54通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
424-432 | KLTNNKEVE | 475 | A3 | 18 | <5 |
424-433 | KLTNNKEVEL | 476 | A0201 | 24 | 74.768 |
A26 | 18 | N/A | |||
A3 | 18 | <5 | |||
425-433 | LTNNKEVEL | 477 | A0201 | 22 | <5 |
A26 | 21 | N/A | |||
B08 | 22 | <5 | |||
429-438 | KEVELEELKK | 478 | A3 | 17 | <5 |
430-438 | EVELEELKK | 479 | A1 | 18 | 90 |
A26 | 17 | N/A | |||
A3 | 24 | <5 | |||
B2705 | 15 | <5 | |||
430-439 | EVELEELKKV | 480 | A0201 | 15 | <5 |
A26 | 21 | N/A | |||
431-439 | VELEELKKV | 481 | A0201 | 20 | 80.217 |
A4402 | 15 | N/A | |||
B5101 | 17 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图57。
实施例55:SCP-1 518-545
表55通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
530-539 | ETSDMTLELK | 482 | A26 | 21 | N/A |
531-539 | TSDMTLELK | 483 | A1 | 16 | 15 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图58。
实施例56:SCP-1 545-578
表56通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NHL | ||||
548-556 | NKKQEERML | 484 | B08 | 20 | <5 |
553-562 | ERMLTQIENL | 485 | A26 | 19 | N/A |
B4402 | 17 | N/A | |||
554-562 | RMLTQIENL | 486 | A0201 | 24 | 64.335 |
B2705 | 21 | 150 | |||
B2709 | 17 | N/A | |||
B4402 | 15 | N/A | |||
555-562 | MLTQIENL | 487 | B08 | 16 | <5 |
555-564 | MLTQIENLQE | 488 | A3 | 16 | <5 |
560-569 | ENLQETETQL | 489 | A26 | 16 | N/A |
561-569 | NLQETETQL | 490 | A0201 | 22 | 87.586 |
A26 | 19 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 | |||
B08 | 18 | <5 | |||
561-570 | NLQETETQLR | 491 | A3 | 15 | 6 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图59。
实施例57:SCP-1 559-585
表57通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
567-576 | TQLRNELEYV | 492 | A0201 | 16 | 161.729 |
568-576 | QLRNELEYV | 493 | A0201 | 24 | 32.765 |
A3 | 16 | <5 | |||
571-580 | NELEYVREEL | 494 | A0201 | 16 | <5 |
B4402 | 23 | N/A | |||
572-580 | ELEYVREEL | 495 | A0201 | 17 | <5 |
A26 | 23 | N/A | |||
B08 | 20 | <5 | |||
573-580 | LEYVREEL | 496 | B08 | 19 | <5 |
574-583 | EYVREELKQK | 497 | A3 | 16 | <5 |
575-583 | YVREELKQK | 498 | A26 | 17 | N/A |
A3 | 27 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图60。
实施例58:SCP-1 665-701
表58通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
675-684 | LLEEVEKAKV | 499 | A0201 | 27 | 31.026 |
676-684 | LEEVEKAKV | 500 | A0201 | 15 | <5 |
676-685 | LEEVEKAKVI | 501 | A4402 | 22 | N/A |
677-685 | EEVEKAKVI | 502 | B08 | 21 | <5 |
B4402 | 24 | N/A | |||
B5101 | 18 | <5 | |||
681-690 | KAKVIADEAV | 503 | A0201 | 15 | <5 |
683-692 | KVIADEAVKL | 504 | A0201 | 21 | 6.542 |
A26 | 22 | N/A | |||
A3 | 25 | <5 | |||
B4402 | 17 | N/A | |||
684-692 | VIADEAVKL | 505 | A0201 | 26 | 20.473 |
A26 | 22 | N/A | |||
A3 | 17 | <5 | |||
B08 | 16 | <5 | |||
B2705 | 15 | N/A | |||
685-692 | IADEAVKL | 506 | B08 | 17 | <5 |
B5101 | 21 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图61。
实施例59:SCP-1 694-720
表59通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
694-702 | KEIDKRCQH | 507 | A3 | 16 | <5 |
A4402 | 17 | N/A | |||
694-703 | KEIDKRCQHK | 508 | A3 | 17 | <5 |
B4402 | 15 | N/A | |||
695-703 | EIDKRCQHK | 509 | A26 | 20 | N/A |
A3 | 20 | <5 | |||
695-704 | EIDKRCQHKI | 510 | A0201 | 16 | <5 |
A26 | 19 | N/A | |||
696-704 | IDKRCQHKI | 511 | B08 | 17 | <5 |
697-704 | DKRCQHKI | 512 | B5101 | 16 | N/A |
698-706 | KRCQHKIAE | 513 | B2705 | 16 | 60 |
698-707 | KRCQHKIAEM | 514 | A26 | 15 | N/A |
699-707 | RCQHKIAEM | 515 | A26 | 15 | N/A |
B2705 | 18 | 9 | |||
701-710 | QHKIAEMVAL | 516 | A26 | 15 | N/A |
702-710 | HKIAEMVAL | 517 | A0201 | 15 | <5 |
A26 | 16 | N/A | |||
B4402 | 16 | N/A | |||
703-710 | KIAEMVAL | 518 | B08 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图62。
实施例60:SCP-1 735-769
表60通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHL | NIH | ||||
737-746 | QEQSSLRASL | 519 | B4402 | 21 | N.A. |
738-746 | EQSSLRASL | 520 | A26 | 22 | N.A. |
B0702 | 15 | 6 | |||
739-746 | QSSLRASL | 521 | B08 | 19 | <5 |
741-750 | SLRASLEIEL | 522 | A0201 | 24 | <5 |
A26 | 17 | N.A. | |||
A3 | 16 | <5 | |||
742-750 | LRASLEIEL | 523 | A0201 | 17 | <5 |
B2705 | 23 | 2000 | |||
B2709 | 21 | NA. | |||
743-750 | RASLEIEL | 524 | B5101 | 17 | NA. |
744-753 | ASLEIELSNL | 525 | A0201 | 20 | <5 |
A26 | 16 | N.A. | |||
745-753 | SLEIELSNL | 526 | A0201 | 25 | <5 |
A26 | 22 | N.A. | |||
A3 | 15 | <5 | |||
B08 | 18 | <5 | |||
745-754 | SLEIELSNLK | 527 | A1 | 15 | 18 |
A3 | 22 | 20 | |||
746-754 | LEIELSNLK | 528 | B2705 | 16 | 30 |
B4402 | 15 | N.A. | |||
747-755 | EIELSNLKA | 529 | A1 | 19 | <5 |
A26 | 18 | N.A. | |||
749-758 | ELSNLKAELL | 530 | A0201 | 17 | <5 |
A26 | 22 | N.A. | |||
750-758 | LSNLKAELL | 531 | B08 | 21 | <5 |
751-760 | SNLKAELLSV | 532 | A0201 | 21 | <5 |
752-760 | NLKAELLSV | 533 | A0201 | 26 | 5.599 |
A3 | 18 | <5 | |||
B08 | 16 | <5 | |||
752-761 | NLKAELLSVK | 534 | A3 | 30 | 30 |
753-761 | LKAELLSVK | 535 | A3 | 19 | <5 |
753-762 | LKAELLSVKK | 536 | A3 | 16 | <5 |
754-762 | KAELLSVKK | 537 | A3 | 18 | <5 |
B2705 | 18 | 30 | |||
755-763 | AELLSVKKQ | 538 | B4402 | 19 | N.A. |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图63。
实施例61:SCP-1 786-816
表61通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
787-796 | EKKDKKTQTF | 539 | A26 | 19 | N/A |
B4402 | 15 | N/A | |||
788-796 | KKDKKTQTF | 540 | B08 | 16 | <5 |
B2705 | 16 | <5 | |||
789-796 | KDKKTQTF | 541 | B08 | 16 | <5 |
797-806 | LLETPDIYWK | 542 | A0201 | 16 | <5 |
A3 | 21 | 90 | |||
798-806 | LETPDIYWK | 543 | B2705 | 15 | 30 |
B4402 | 16 | N/A | |||
798-807 | LETPDIYWKL | 544 | A0201 | 15 | 7.944 |
A26 | 15 | N/A | |||
A4402 | 24 | N/A | |||
799-807 | ETPDIYWKL | 545 | A26 | 31 | N/A |
B4402 | 16 | N/A | |||
800-807 | TPDIYWKL | 546 | B08 | 16 | <5 |
B5101 | 19 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图64。
实施例62:SCP-1 806-833
表62通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NI | ||||
809-817 | SKAVPSQTV | 547 | A0201 | 17 | <5 |
810-817 | KAVPSQTV | 548 | B5101 | 19 | N/A |
812-821 | VPSQTVSRNF | 549 | B0702 | 18 | N/A |
815-824 | QTVSRNFTSV | 550 | A0201 | 16 | <5 |
A26 | 16 | N/A | |||
816-824 | TVSRNFTSV | 551 | A0201 | 16 | 11.426 |
A26 | 15 | N/A | |||
A3 | 16 | <5 | |||
816-825 | TVSRNFTSVD | 552 | A3 | 20 | <5 |
823-832 | SVDHGISKDK | 553 | A3 | 21 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图65。
实施例63:SCP-1 826-853
表63通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
829-838 | SKDKRDYLWT | 554 | A1 | 18 | <5 |
832-840 | KRDYLWTSA | 555 | B2705 | 16 | 600 |
832-841 | KRDYLWTSAK | 556 | A3 | 17 | <5 |
833-841 | RDYLWTSAK | 557 | A3 | 23 | <5 |
B2705 | 18 | 15 | |||
835-843 | YLWTSAKNT | 558 | A0201 | 16 | 284.517 |
835-844 | YLWTSAKNTL | 559 | A0201 | 26 | 815.616 |
A26 | 16 | N/A | |||
837-844 | WTSAKNTL | 560 | B08 | 20 | <5 |
841-850 | KNTLSTPLPK | 561 | A3 | 18 | <5 |
842-850 | NTLSTPLPK | 562 | A3 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图66。
实施例64:SCP-1832-859
表64通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
832-840 | KRDYLWTSA | 563 | B2705 | 16 | 600 |
832-841 | KRDYLWTSAK | 564 | A3 | 17 | <5 |
833-841 | RDYLWTSAK | 565 | A3 | 23 | <5 |
B2705 | 18 | 15 | |||
835-843 | YLWTSAKNT | 566 | A0201 | 16 | 284.517 |
839-846 | SAKNTLST | 567 | B08 | 16 | <5 |
841-850 | KNTLSTPLPK | 568 | A3 | 18 | <5 |
842-850 | NTLSTPLPK | 569 | A3 | 16 | <5 |
843-852 | TLSTPLPKAY | 570 | A1 | 16 | <5 |
26 | 19 | N/A | |||
A3 | 18 | <5 | |||
B4402 | 17 | N/A | |||
844-852 | LSTPLPKAY | 571 | A1 | 23 | 7.5 |
A4402 | 18 | N/A |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图67。
实施例65:SSX-2 1-27
表65通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
5-12 | DAFARRPT | 572 | B5101 | 18 | N/A |
7-15 | FARRPTVGA | 573 | A0201 | 15 | <5 |
8-17 | ARRPTVGAQI | 574 | A3 | 18 | <5 |
9-17 | RRPTVGAQI | 575 | B2705 | 23 | 1800 |
B2709 | 23 | N/A | |||
10-17 | RPTVGAQI | 576 | B5101 | 20 | N/A |
13-21 | VGAQIPEKI | 577 | B5101 | 20 | 125.84 |
14-21 | GAQIPEKI | 578 | B5101 | 25 | N/A |
15-24 | AQIPEKIQKA | 579 | A0201 | 16 | <5 |
16-24 | QIPEKIQKA | 580 | A0201 | 21 | 6.442 |
A26 | 20 | N/A | |||
B08 | 17 | <5 | |||
16-25 | QIPEKIQKAF | 581 | A26 | 24 | N/A |
A3 | 16 | <5 | |||
17-24 | IPEKIQKA | 582 | B5101 | 19 | N/A |
17-25 | IPEKIQKAF | 583 | B0702 | 19 | N/A |
B08 | 15 | <5 | |||
B2705 | 16 | <5 | |||
18-25 | PEKIQKAF | 584 | B08 | 16 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。参见图68。
实施例66:Survivin 116-142
表66通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
116-124 | ETNNKKKEF | 585 | A26 | 28 | N/A |
B08 | 20 | <5 | |||
117-124 | TNNKKKEF | 586 | B08 | 16 | <5 |
122-131 | KEFEETAKKV | 587 | A0201 | 15 | 71.806 |
123-131 | EFEETAKKV | 588 | A26 | 15 | N/A |
B5101 | 15 | 5.324 | |||
127-134 | TAKKVRRA | 589 | B5101 | 17 | N/A |
126-134 | ETAKKVRRA | 590 | A26 | 24 | N/A |
128-136 | AKKVRRAIE | 591 | B08 | 19 | <5 |
129-138 | KKVRRAIEQL | 592 | A0201 | 15 | <5 |
130-138 | KVRRAIEQL | 593 | A0201 | 19 | <5 |
A26 | 23 | N/A | |||
A3 | 22 | <5 | |||
B08 | 17 | <5 | |||
B2705 | 16 | 30 | |||
130-139 | KVRRAIEQLA | 594 | A3 | 19 | <5 |
131-138 | VRRAIEQL | 595 | B08 | 17 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图69。
实施例67:BAGE 1-35
表67通过管家蛋白酶体消化显示的优选表位
表位 | 序列 | SequenceID No. | HLA类型 | HLA结合预测_ | |
SYFPEITHI | NIH | ||||
24-31 | SPVVSWRL | 596 | B08 | 19 | <5 |
B5101 | 17 | N/A | |||
21-29 | KEESPVVSW | 597 | B4402 | 23 | N/A |
19-27 | LMKEESPVV | 598 | A0201 | 22 | 5.024 |
B5101 | 15 | <5 | |||
18-27 | RLMKEESPVV | 599 | A0201 | 22 | 105.51 |
A3 | 18 | <5 | |||
18-26 | RLMKEESPV | 600 | A0201 | 21 | 257.342 |
A3 | 17 | <5 | |||
14-22 | LLQARLMKE | 601 | A0201 | 18 | <5 |
A3 | 15 | 5 | |||
13-22 | QLLQARLMKE | 602 | A0201 | 18 | 5 |
A26 | 15 | N/A | |||
A3 | 15 | <5 |
_从参考上述(参见实施例3)的两个结合预测程序得出的分数。还参见图70。
实施例68
表位聚簇
已知和预测的表位通常在蛋白质抗原序列中不均匀分布。如上所述,我们已经将含有比(已知或预测)表位平均密度更高的序列区段定义为表位聚簇。在表位聚簇的使用中是将它们的序列结合至在这里描述的蛋白酶体消化分析中使用的底物肽中,或另外告知这类底物的选择和设计。还可将表位聚簇用作疫苗组分。在PCT公开号WO01/82963;PCT公开号WO03/057823;和题为EPITOPE CLUSTERS的美国专利申请No.09/561,571和在题为“EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGENPRESENTING CELLS”的美国申请号10/026,066中发现表位聚簇定义和使用的更详尽的讨论。此处提及的TAA的多数表位或表位聚簇先前已在PCT申请号WO02/081646;专利申请号09/561,571;美国专利申请号10/117,937;2001年11月7日提交的美国临时申请号60/337,017,和2002年3月7日提交的60/363,210,全部题为“EPITOPE SEQUENCES”中公开。将在所述出版物和申请中公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
对于TuAA survivin(SEQ ID NO.98)和GAGE-1(SEQ ID NO.96),下列各表(68-73)表示使用SYFPEITHI和NIH算法预测HLA-A2结合的9-链节表位和重叠表位区域的表位密度,以及表位在整个蛋白中的表位密度,和这两个密度的比率。(由上述定义该比率必须超过1以成为簇;要求更高的这个比率值反映优选实施方案)。通过得分排列和通过它们在完整蛋白序列中的第一个氨基位置鉴定单独的9-链节。编号来源于蛋白质的每个可能的簇。将簇包含的完整序列内氨基酸位置范围表示为组成它的单独预测表位的等级。
表68
Survivin的HLA-A2表位聚簇分析(NIH算法)
蛋白序列长度:142个氨基酸
9-链节数:134
NIH分数≥5的9-链节数:2
聚簇 AA 肽 列 起始位置 分数 肽/AAs 比率(rank) 聚簇 全部蛋白 | |||||||
1SEQ IDNO:603 | 13-28 | 12 | 1320 | 10.264.919 | 0.125 | 0.014 | 8.875 |
表69
Survivin的HLA-A2表位聚簇分析(SYFPEITHI算法)
蛋白序列长度:142个氨基酸
9-链节数:134
SYFPEITHI分数≥15的9-链节数:10
聚簇 AA 肽列 起始位置分数 肽/AAs 比率聚簇 全部蛋白 | |||||||
1SEQ IDNO:603 | 13-28 | 54 | 1320 | 1718 | 0.125 | 0.070 | 1.775 |
2SEQ IDNO:604 | 79-111 | 8961710 | 7981889697103 | 151517231615 | 0.182 | 0.070 | 2.597 |
3SEQ IDON:605 | 130-141 | 23 | 130133 | 1919 | 0.167 | 0.070 | 2.381 |
表70
GAGE-1的HLA-A2表位聚簇分析(NIH算法)
蛋白序列长度:138个氨基酸
9-链节数:130
NIH分数≥5的9-链节数:5
聚簇 AA 肽列 起始位置 分数 肽/AAs 比率聚簇 全部蛋白 | |||||||
1SEQ IDNO:606 | 116-133 | 12345 | 123121125117116 | 1999.734161.22749.83437.3626.381 | 0.278 | 0.036 | 7.667 |
表71
GAGE-1的HLA-A2表位聚簇分析(SYFPEITHI算法)
蛋白序列长度:138个氨基酸
9-链节数:130
SYFPEITHI分数≥5的9-链节数:6
聚簇 AA 肽列 起始位置 分数 肽/AAs 比率聚簇 全部蛋白 | |||||||
1SEQ IDNO:606 | 116-133 | 123456 | 116123125117120121 | 222222171615 | 0.333 | 0.043 | 7.667 |
表72
BAGE的HLA-A2表位聚簇分析(NIH算法)
蛋白序列长度:43个氨基酸
包括的9-链节数:35
NIH分数≥5的9-链节数:4
聚簇 AA 肽 列 起始位置 分数 肽/AAs 比率(rank) 聚簇 全部蛋白 | |||||||
1SEQ IDNO:607 | 7-17 | 23 | 79 | 98.26711.426 | 0.182 | 0.093 | 1.955 |
2SEQ IDNO:608 | 18-27 | 14 | 1819 | 257.3425.024 | 0.200 | 0.093 | 2.151 |
表73
BAGE的HLA-A2表位聚簇分析(SYFPEITHI算法)
蛋白序列长度:43个氨基酸
包括的9-链节数:35
SYFPEITHI分数≥15的9-链节数:10
聚簇 AA 肽列 起始位置 分数 肽/AAs 比率聚簇 全部蛋白 | |||||||
1SEQ IDNO:609 | 2-27 | 69135472 | 267911141819 | 1816232119182122 | 0.308 | 0.233 | 1.323 |
2SEQ IDNO:610 | 30-39 | 810 | 3031 | 1715 | 0.200 | 0.233 | 0.858 |
本发明的实施方案适用于并且考虑在这里提供的靶抗原序列中的变异,其包括在可以通过万维网访问的各种数据库中公开的那些。具体地对于在这里公开的具体序列,通过使用提供的登记号访问关于每种抗原的信息可以发现序列中的变异。
酪氨酸酶蛋白;SEQ ID NO 2
1 MLLAVLYCLL WSFQTSAGHF PRACVSSKNL MEKECCPPWS GDRSPCGQLSGRGSCQNILL
61 SNAPLGPQFP FTGVDDRESW PSVFYNRTCQ CSGNFMGFNC GNCKFGFWGPNCTERRLLVR
121 RNIFDLSAPE KDKFFAYLTL AKHTISSDYV IPIGTYGQMK NGSTPMFNDINIYDLFVWMH
181 YYVSMDALLG GSEIWRDIDF AHEAPAFLPW HRLFLLRWEQ EIQKLTGDENFTIPYWDWRD
241 AEKCDICTDE YMGGQHPTNP NLLSPASFFS SWQIVCSRLE EYNSHQSLCNGTPEGPLRRN
301 PGNHDKSRTP RLPSSADVEF CLSLTQYESG SMDKAANFSP RNTLEGFASPLTGIADASQS
361 SMHNALHIYM NGTMSQVQGS ANDPIFLLHH AFVDSIFEQW LRRHRPLQEVYPEANAPIGH
421 NRESYMVPFI PLYRNGDFFI SSKDLGYDYS YLQDSDPDSF QDYIKSYLEQASRIWSWLLG
481 AAMVGAVLTA LLAGLVSLLC RHKRKQLPEE KQPLLMEKED YHSLYQSHL
SSX-2蛋白;SEQ ID NO 3
1 MNGDDAFARR PTVGAQIPEK IQKAFDDIAK YFSKEEWEKM KASEKIFYVYMKRKYEAMTK
61 LGFKATLPPF MCNKRAEDFQ GNDLDNDPNR GNQVERPQMT FGRLQGISPKIMPKKPAEEG
121 NDSEEVPEAS GPQNDGKELC PPGKPTTSEK IHERSGPKRG EHAWTHRLRERKQLVIYEEI
181 SDPEEDDE
PSMA蛋白;SEQ ID NO 4
1 MWNLLHETDS AVATARRPRW LCAGALVLAG GFFLLGFLFG WFIKSSNEATNITPKHNMKA
61 FLDELKAENI KKFLYNFTQI PHLAGTEQNF QLAKQIQSQW KEFGLDSVELAHYDVLLSYP
121 NKTHPNYISI INEDGNEIFN TSLFEPPPPG YENVSDIVPP FSAFSPQGMPEGDLVYVNYA
181 RTEDFFKLER DMKINCSGKI VIARYGKVFR GNKVKNAQLA GAKGVILYSDPADYFAPGVK
241 SYPDGWNLPG GGVQRGNILN LNGAGDPLTP GYPANEYAYR RGIAEAVGLPSIPVHPIGYY
301 DAQKLLEKMG GSAPPDSSWR GSLKVPYNVG PGFTGNFSTQ KVKMHIHSTNEVTRIYNVIG
361 TLRGAVEPDR YVILGGHRDS WVFGGIDPQS GAAVVHEIVR SFGTLKKEGWRPRRTILFAS
421 WDAEEFGLLG STEWAEENSR LLQERGVAYI NADSSIEGNY TLRVDCTPLMYSLVHNLTKE
481 LKSPDEGFEG KSLYESWTKK SPSPEFSGMP RISKLGSGND FEVFFQRLGIASGRARYTKN
541 WETNKFSGYP LYHSVYETYE LVEKFYDPMF KYHLTVAQVR GGMVFELANSIVLPFDCRDY
601 AVVLRKYADK IYSISMKHPQ EMKTYSVSFD SLFSAVKNFT EIASKFSERLQDFDKSNPIV
661 LRMMNDQLMF LERAFIDPLG LPDRPFYRHV IYAPSSHNKY AGESFPGIYDALFDIESKVD
721 PSKAWGEVKR QIYVAAFTVQ AAAETLSEVA
人酪氨酸酶(眼皮白化病IA)(TYR),mRNA.;
ACCESSION NM_000372
VERSION NM_000372.1 GI:4507752
SEQ ID NO 2
/翻译=″MLLAVLYCLLWSFQTSAGHFPRACVSSKNLMEKECCPPWSGDRS
PCGQLSGRGSCQNILLSNAPLGPQFPFTGVDDRESWPSVFYNRTCQCSGNFMGFNCGN
CKFGFWGPNCTERRLLVRRNIFDLSAPEKDKFFAYLTLAKHTISSDYVIPIGTYGQMK
NGSTPMFNDINIYDLFVWMHYYVSMDALLGGSEIWRDIDFAHEAPAFLPWHRLFLLRW
EQEIQKLTGDENFTIPYWDWRDAEKCDICTDEYMGGQHPTNPNLLSPASFFSSWQIVC
SRLEEYNSHQSLCNGTPEGPLRRNPGNHDKSRTPRLPSSADVEFCLSLTQYESGSMDK
AANFSFRNTLEGFASPLTGIADASQSSMHNALHIYMNGTMSQVQGSANDPIFLLHHAF
VDSIFEQWLRRHRPLQEVYPEANAPIGHNRESYMVPFIPLYRNGDFFISSKDLGYDYS
YLQDSDPDSFQDYIKSYLEQASRIWSWLLGAAMVGAVLTALLAGLVSLLCRHKRKQLP
EEKQPLLMEKEDYHSLYQSHL″
SEQ ID NO 5
起始
1 atcactgtag tagtagctgg aaagagaaat ctgtgactcc aattagccagttcctgcaga
61 ccttgtgagg actagaggaa gaatgctcct ggctgttttg tactgcctgctgtggagttt
121 ccagacctcc gctggccatt tccctagagc ctgtgtctcc tctaagaacctgatggagaa
181 ggaatgctgt ccaccgtgga gcggggacag gagtccctgt ggccagctttcaggcagagg
241 ttcctgtcag aatatccttc tgtccaatgc accacttggg cctcaatttcccttcacagg
301 ggtggatgac cgggagtcgt ggccttccgt cttttataat aggacctgccagtgctctgg
361 caacttcatg ggattcaact gtggaaactg caagtttggc ttttggggaccaaactgcac
421 agagagacga ctcttggtga gaagaaacat cttcgatttg agtgccccagagaaggacaa
481 attttttgcc tacctcactt tagcaaagca taccatcagc tcagactatgtcatccccat
541 agggacctat ggccaaatga aaaatggatc aacacccatg tttaacgacatcaatattta
601 tgacctcttt gtctggatgc attattatgt gtcaatggat gcactgcttgggggatctga
661 aatctggaga gacattgatt ttgcccatga agcaccagct tttctgccttggcatagact
721 cttcttgttg cggtgggaac aagaaatcca gaagctgaca ggagatgaaaacttcactat
781 tccatattgg gactggcggg atgcagaaaa gtgtgacatt tgcacagatgagtacatggg
841 aggtcagcac cccacaaatc ctaacttact cagcccagca tcattcttctcctcttggca
901 gattgtctgt agccgattgg aggagtacaa cagccatcag tctttatgcaatggaacgcc
961 cgagggacct ttacggcgta atcctggaaa ccatgacaaa tccagaaccccaaggctccc
1021 ctcttcagct gatgtagaat tttgcctgag tttgacccaa tatgaatctggttccatgga
1081 taaagctgcc aatttcagct ttagaaatac actggaagga tttgctagtccacttactgg
1141 gatagcggat gcctctcaaa gcagcatgca caatgccttg cacatctatatgaatggaac
1201 aatgtcccag gtacagggat ctgccaacga tcctatcttc cttcttcaccatgcatttgt
1261 tgacagtatt tttgagcagt ggctccgaag gcaccgtcct cttcaagaagtttatccaga
1321 agccaatgca cccattggac ataaccggga atcctacatg gttccttttataccactgta
1381 cagaaatggt gatttcttta tttcatccaa agatctgggc tatgactatagctatctaca
1441 agattcagac ccagactctt ttcaagacta cattaagtcc tatttggaacaagcgagtcg
1501 gatctggtca tggctccttg gggcggcgat ggtaggggcc gtcctcactgccctgctggc
1561 agggcttgtg agcttgctgt gtcgtcacaa gagaaagcag cttcctgaagaaaagcagcc
1621 actcctcatg gagaaagagg attaccacag cttgtatcag agccatttataaaaggctta
1681 ggcaatagag tagggccaaa aagcctgacc tcactctaac tcaaagtaatgtccaggttc
1741 ccagagaata tctgctggta tttttctgta aagaccattt gcaaaattgtaacctaatac
1801 aaagtgtagc cttcttccaa ctcaggtaga acacacctgt ctttgtcttgctgttttcac
1861 tcagcccttt taacattttc ccctaagccc atatgtctaa ggaaaggatgctatttggta
1921 atgaggaact gttatttgta tgtgaattaa agtgctctta tttt
人滑膜肉瘤,X断裂点2(SSX2),mRNA。
ACCESSION NM_003147
VERSION NM_003147.1 GI:10337582
SEQ ID NO 3
/翻译=″MNGDDAFARRPTVGAQIPEKIQKAFDDIAKYFSKEEWEKMKASE
KIFYVYMKRKYEAMTKLGFKATLPPFMCNKRAEDFQGNDLDNDPNRGNQVERPQMTFG
RLQGISPKIMPKKPAEEGNDSEEVPEASGPQNDGKELCPPGKPTTSEKIHERSGPKRG
EHAWTHRLRERKQLVIYEEISDPEEDDE″
SEQ ID NO 6
起始
1 ctctctttcg attcttccat actcagagta cgcacggtct gattttctctttggattctt
61 ccaaaatcag agtcagactg ctcccggtgc catgaacgga gacgacgcctttgcaaggag
121 acccacggtt ggtgctcaaa taccagagaa gatccaaaag gccttcgatgatattgccaa
181 atacttctct aaggaagagt gggaaaagat gaaagcctcg gagaaaatcttctatgtgta
241 tatgaagaga aagtatgagg ctatgactaa actaggtttc aaggccaccctcccaccttt
301 catgtgtaat aaacgggccg aagacttcca ggggaatgat ttggataatgaccctaaccg
361 tgggaatcag gttgaacgtc ctcagatgac tttcggcagg ctccagggaatctccccgaa
421 gatcatgccc aagaagccag cagaggaagg aaatgattcg gaggaagtgccagaagcatc
481 tggcccacaa aatgatggga aagagctgtg ccccccggga aaaccaactacctctgagaa
541 gattcacgag agatctggac ccaaaagggg ggaacatgcc tggacccacagactgcgtga
601 gagaaaacag ctggtgattt atgaagagat cagcgaccct gaggaagatgacgagtaact
661 cccctcaggg atacgacaca tgcccatgat gagaagcaga acgtggtgacctttcacgaa
721 catgggcatg gctgcggacc cctcgtcatc aggtgcatag caagtg
人叶酸水解酶(前列腺特异性膜抗原)1(FOLH1),mRNA。
ACCESSION NM_004476
VERSION NM_004476.1 GI:4758397
SEQ ID No.4
/翻译=″MWNLLHETDSAVATARRPRWLCAGALVLAGGFFLLGFLFGWFIK
SSNEATNITPKHNMKAFLDELKAENIKKFLYNFTQIPHLAGTEQNFQLAKQIQSQWKE
FGLDSVELAHYDVLLSYPNKTHPNYISIINEDGNEIFNTSLFEPPPPGYENVSDIVPP
FSAFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDMKINCSGKIVIARYGKVFRGNKVKNAQ
LAGAKGVILYSDPADYFAPGVKSYPDGWNLPGGGVQRGNILNLNGAGDPLTPGYPANE
YAYRRGIAEAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLEKMGGSAPPDSSWRGSLKVPYNVGPGFT
GNFSTQKVKMHIHSTNEVTRIYNVIGTLRGAVEPDRYVILGGHRDSWVFGGIDPQSGA
AVVHEIVRSFGTLKKEGWRPRRTILFASWDAEEFGLLGSTEWAEENSRLLQERGVAYI
NADSSIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHNLTKELKSPDEGFEGKSLYESWTKKSPSPEFSG
MPRISKLGSGNDFEVFFQRLGIASGRARYTKNWETNKFSGYPLYHSVYETYELVEKFY
DPMFKYHLTVAQVRGGMVFELANSIVLPFDCRDYAVVLRKYADKIYSISMKHPQEMKT
YSVSFDSLFSAVKNFTEIASKFSERLQDFDKSNPIVLRMMNDQLMFLERAFIDPLGLP
DRPFYRHVIYAPSSHNKYAGESFPGIYDALFDIESKVDPSKAWGEVKRQIYVAAFTVQ
AAAETLSEVA″
SEQ ID NO 7
起始
1 ctcaaaaggg gccggatttc cttctcctgg aggcagatgt tgcctctctctctcgctcgg
61 attggttcag tgcactctag aaacactgct gtggtggaga aactggaccccaggtctgga
121 gcgaattcca gcctgcaggg ctgataagcg aggcattagt gagattgagagagactttac
181 cccgccgtgg tggttggagg gcgcgcagta gagcagcagc acaggcgcgggtcccgggag
241 gccggctctg ctcgcgccga gatgtggaat ctccttcacg aaaccgactcggctgtggcc
301 accgcgcgcc gcccgcgctg gctgtgcgct ggggcgctgg tgctggcgggtggcttcttt
361 ctcctcggct tcctcttcgg gtggtttata aaatcctcca atgaagctactaacattact
421 ccaaagcata atatgaaagc atttttggat gaattgaaag ctgagaacatcaagaagttc
481 ttatataatt ttacacagat accacattta gcaggaacag aacaaaactttcagcttgca
541 aagcaaattc aatcccagtg gaaagaattt ggcctggatt ctgttgagctagcacattat
601 gatgtcctgt tgtcctaccc aaataagact catcccaact acatctcaataattaatgaa
661 gatggaaatg agattttcaa cacatcatta tttgaaccac ctcctccaggatatgaaaat
721 gtttcggata ttgtaccacc tttcagtgct ttctctcctc aaggaatgccagagggcgat
781 ctagtgtatg ttaactatgc acgaactgaa gacttcttta aattggaacgggacatgaaa
841 atcaattgct ctgggaaaat tgtaattgcc agatatggga aagttttcagaggaaataag
901 gttaaaaatg cccagctggc aggggccaaa ggagtcattc tctactccgaccctgctgac
961 tactttgctc ctggggtgaa gtcctatcca gatggttgga atcttcctggaggtggtgtc
1021 cagcgtggaa atatcctaaa tctgaatggt gcaggagacc ctctcacaccaggttaccca
1081 gcaaatgaat atgcttatag gcgtggaatt gcagaggctg ttggtcttccaagtattcct
1141 gttcatccaa ttggatacta tgatgcacag aagctcctag aaaaaatgggtggctcagca
1201 ccaccagata gcagctggag aggaagtctc aaagtgccct acaatgttggacctggcttt
1261 actggaaact tttctacaca aaaagtcaag atgcacatcc actctaccaatgaagtgaca
1321 agaatttaca atgtgatagg tactctcaga ggagcagtgg aaccagacagatatgtcatt
1381 ctgggaggtc accgggactc atgggtgttt ggtggtattg accctcagagtggagcagct
1441 gttgttcatg aaattgtgag gagctttgga acactgaaaa aggaagggtggagacctaga
1501 agaacaattt tgtttgcaag ctgggatgca gaagaatttg gtcttcttggttctactgag
1561 tgggcagagg agaattcaag actccttcaa gagcgtggcg tggcttatattaatgctgac
1621 tcatctatag aaggaaacta cactctgaga gttgattgta caccgctgatgtacagcttg
1681 gtacacaacc taacaaaaga gctgaaaagc cctgatgaag gctttgaaggcaaatctctt
1741 tatgaaagtt ggactaaaaa aagtccttcc ccagagttca gtggcatgcccaggataagc
1801 aaattgggat ctggaaatga ttttgaggtg ttcttccaac gacttggaattgcttcaggc
1861 agagcacggt atactaaaaa ttgggaaaca aacaaattca gcggctatccactgtatcac
1921 agtgtctatg aaacatatga gttggtggaa aagttttatg atccaatgtttaaatatcac
1981 ctcactgtgg cccaggttcg aggagggatg gtgtttgagc tagccaattccatagtgctc
2041 ccttttgatt gtcgagatta tgctgtagtt ttaagaaagt atgctgacaaaatctacagt
2101 atttctatga aacatccaca ggaaatgaag acatacagtg tatcatttgattcacttttt
2161 tctgcagtaa agaattttac agaaattgct tccaagttca gtgagagactccaggacttt
2221 gacaaaagca acccaatagt attaagaatg atgaatgatc aactcatgttctggaaaga
2281 gcatttattg atccattagg gttaccagac aggccttttt ataggcatgtcatctatgct
2341 ccaagcagcc acaacaagta tgcaggggag tcattcccag gaatttatgatgctctgttt
2401 gatattgaaa gcaaagtgga cccttccaag gcctggggag aagtgaagagacagatttat
2461 gttgcagcct tcacagtgca ggcagctgca gagactttga gtgaagtagcctaagaggat
2521 tctttagaga atccgtattg aatttgtgtg gtatgtcact cagaaagaatcgtaatgggt
2581 atattgataa attttaaaat tggtatattt gaaataaagt tgaatattatatataaaaaa
2641 aaaaaaaaaa aaa
人黑素细胞特异性(pmel 17)基因,外显子2-5,和全cds。
ACCESSION U20093
VERSION U20093.1 GI:1142634
SEQ ID NO 70
/翻译=″MDLVLKRCLLHLAVIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEW
TEAQRLDCWRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGG
QPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTM
EVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTFALQLHDPSGY
LAEADLSYTWDFGDSSGTLISRAPVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPGTTDGHRPT
AEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVS
EVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTE
SITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTV
SCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVV
STQLIMPGQEAGLGQVPLIVGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCS
CPIGENSPLLSGQQV″
SEQ ID NO 80
起始
1 gtgctaaaaa gatgccttct tcatttggct gtgataggtg ctttgtggctgtgggggcta
61 caaaagtacc cagaaaccag gactggcttg gtgtctcaag gcaactcagaaccaaagcct
121 ggaacaggca gctgtatcca gagtggacag aagcccagag acttgactgctggagaggtg
181 gtcaagtgtc cctcaaggtc agtaatgatg ggcctacact gattggtgcaaatgcctcct
241 tctctattgc cttgaacttc cctggaagcc aaaaggtatt gccagatgggcaggttatct
301 gggtcaacaa taccatcatc aatgggagcc aggtgtgggg aggacagccagtgtatcccc
361 aggaaactga cgatgcctgc atcttccctg atggtggacc ttgcccatctggctcttggt
421 ctcagaagag aagctttgtt tatgtctgga agacctgggg tgagggactcccttctcagc
481 ctatcatcca cacttgtgtt tacttctttc tacctgatca cctttcttttggccgcccct
541 tccaccttaa cttctgtgat tttctctaat cttcattttc ctcttagatcttttctcttt
601 cttagcacct agcccccttc aagctctatc ataattcttt ctggcaactcttggcctcaa
661 ttgtagtcct accccatgga atgcctcatt aggacccctt ccctgtccccccatatcaca
721 gccttccaaa caccctcaga agtaatcata cttcctgacc tcccatctccagtgccgttt
781 cgaagcctgt ccctcagtcc cctttgacca gtaatctctt cttccttgcttttcattcca
841 aaaatgcttc aggccaatac tggcaagttc tagggggccc agtgtctgggctgagcattg
901 ggacaggcag ggcaatgctg ggcacacaca ccatggaagt gactgtctaccatcgccggg
961 gatcccggag ctatgtgcct cttgctcatt ccagctcagc cttcaccattactggtaagg
1021 gttcaggaag ggcaaggcca gttgtagggc aaagagaagg cagggaggcttggatggact
1081 gcaaaggaga aaggtgaaat gctgtgcaaa cttaaagtag aagggccaggaagacctagg
1141 cagagaaatg tgaggcttag tgccagtgaa gggccagcca gtcagcttggagttggaggg
1201 tgtggctgtg aaaggagaag ctgtggctca ggcctggttc tcaccttttctggctccaat
1261 cccagaccag gtgcctttct ccgtgagcgt gtcccagttg cgggccttggatggagggaa
1321 caagcacttc ctgagaaatc agcctctgac ctttgccctc cagctccatgaccccagtgg
1381 ctatctggct gaagctgacc tctcctacac ctgggacttt ggagacagtagtggaaccct
1441 gatctctcgg gcacctgtgg tcactcatac ttacctggag cctggcccagtcactgccca
1501 ggtggtcctg caggctgcca ttcctctcac ctcctgtggc tcctccccagttccaggcac
1561 cacagatggg cacaggccaa ctgcagaggc ccctaacacc acagctggccaagtgcctac
1621 tacagaagtt gtgggtacta cacctggtca ggcgccaact gcagagccctctggaaccac
1681 atctgtgcag gtgccaacca ctgaagtcat aagcactgca cctgtgcagatgccaactgc
1741 agagagcaca ggtatgacac ctgagaaggt gccagtttca gaggtcatgggtaccacact
1801 ggcagagatg tcaactccag aggctacagg tatgacacct gcagaggtatcaattgtggt
1861 gctttctgga accacagctg cacaggtaac aactacagag tgggtggagaccacagctag
1921 agagctacct atccctgagc ctgaaggtcc agatgccagc tcaatcatgtctacggaaag
1981 tattacaggt tccctgggcc ccctgctgga tggtacagcc accttaaggctggtgaagag
2041 acaagtcccc ctggattgtg ttctgtatcg atatggttcc ttttccgtcaccctggacat
2101 tgtccagggt attgaaagtg ccgagatcct gcaggctgtg ccgtccggtgagggggatgc
2161 atttgagctg actgtgtcct gccaaggcgg gctgcccaag gaagcctgcatggagatctc
2221 atcgccaggg tgccagcccc ctgcccagcg gctgtgccag cctgtgctacccagcccagc
2281 ctgccagctg gttctgcacc agatactgaa gggtggctcg gggacatactgcctcaatgt
2341 gtctctggct gataccaaca gcctggcagt ggtcagcacc cagcttatcatgcctggtag
2401 gtccttggac agagactaag tgaggaggga agtggataga ggggacagctggcaagcagc
2461 agacatgagt gaagcagtgc ctgggattct tctcacaggt caagaagcaggccttgggca
2521 ggttccgctg atcgtgggca tcttgctggt gttgatggct gtggtccttgcatctctgat
2581 atataggcgc agacttatga agcaagactt ctccgtaccc cagttgccacatagcagcag
2641 tcactggctg cgtctacccc gcatcttctg ctcttgtccc attggtgagaatagccccct
2701 cctcagtggg cagcaggtct gagtactctc atatgatgct gtgattttcctggagttgac
2761 agaaacacct atatttcccc cagtcttccc tgggagacta ctattaactgaaataaa∥
人激肽释放酶3,(前列腺特异性抗原)(KLK3),mRNA。
ACCESSION NM_001648
VERSION NM_001648.1 GI:4502172
SEQ ID NO 78
/翻译=″MWVPVVFLTLSVTWIGAAPLILSRIVGGWECEKHSQPWQVLVAS
RGRAVCGGVLVHPQWVLTAAHCIRNKSVILLGRHSLFHPEDTGQVFQVSHSFPHPLYDMSLLKNRF
LRPGDDSSHDLMLLRLSEPAELTDAVKVMDLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLTPKKLQCVDL
HVISNDVCAQVHPQKVTKFMLCAGRWTGGKSTCSGDSGGPLVCNGVLQGITSWGSEPCALPERPSL
YTKVVHYRKWIKDTIVANP″
SEQ ID NO 86
起始
1 agccccaagc ttaccacctg cacccggaga gctgtgtgtc accatgtgggtcccggttgt
61 cttcctcacc ctgtccgtga cgtggattgg tgctgcaccc ctcatcctgtctcggattgt
121 gggaggctgg gagtgcgaga agcattccca accctggcag gtgcttgtggcctctcgtgg
181 cagggcagtc tgcggcggtg ttctggtgca cccccagtgg gtcctcacagctgcccactg
241 catcaggaac aaaagcgtga tcttgctggg tcggcacagc ctgtttcatcctgaagacac
301 aggccaggta tttcaggtca gccacagctt cccacacccg ctctacgatatgagcctcct
361 gaagaatcga ttcctcaggc caggtgatga ctccagccac gacctcatgctgctccgcct
421 gtcagagcct gccgagctca cggatgctgt gaaggtcatg gacctgcccacccaggagcc
481 agcactgggg accacctgct acgcctcagg ctggggcagc attgaaccagaggagttctt
541 gaccccaaag aaacttcagt gtgtggacct ccatgttatt tccaatgacgtgtgtgcgca
601 agttcaccct cagaaggtga ccaagttcat gctgtgtgct ggacgctggacagggggcaa
661 aagcacctgc tcgggtgatt ctgggggccc acttgtctgt aatggtgtgcttcaaggtat
721 cacgtcatgg ggcagtgaac catgtgccct gcccgaaagg ccttccctgtacaccaaggt
781 ggtgcattac cggaagtgga tcaaggacac catcgtggcc aacccctgagcacccctatc
841 aaccccctat tgtagtaaac ttggaacctt ggaaatgacc aggccaagactcaagcctcc
901 ccagttctac tgacctttgt ccttaggtgt gaggtccagg gttgctaggaaaagaaatca
961 gcagacacag gtgtagacca gagtgtttct taaatggtgt aattttgtcctctctgtgtc
1021 ctggggaata ctggccatgc ctggagacat atcactcaat ttctctgaggacacagatag
1081 gatggggtgt ctgtgttatt tgtggggtac agagatgaaa gaggggtgggatccacactg
1141 agagagtgga gagtgacatg tgctggacac tgtccatgaa gcactgagcagaagctggag
1201 gcacaacgca ccagacactc acagcaagga tggagctgaa aacataacccactctgtcct
1261 ggaggcactg ggaagcctag agaaggctgt gagccaagga gggagggtcttcctttggca
1321 tgggatgggg atgaagtaag gagagggact ggaccccctg gaagctgattcactatgggg
1381 ggaggtgtat tgaagtcctc cagacaaccc tcagatttga tgatttcctagtagaactca
1441 cagaaataaa gagctgttat actgtg∥
人自身免疫原性癌/睾丸抗原NY-ESO-1mRNA,全cds
ACCESSION U87459
VERSION U87459.1 GI:1890098
SEQ ID NO 74
/翻译=″MQAEGRGTGGS TGDADGPGGPGIPDGPGGNAGGPGEAG
ATGGRGPRGAGAARASGPGGGAPRGPHGGAASGLNGCCRCGARGPESRLLEF
YLAMPFATPMEAELARRSLAQDAPPLPVPGVLLKEFTVSGNILTIRLTAADH
RQLQLSISSCLQQLSLLMWITQCFLPVFLAQPPSGQRR″
SEQ ID NO 84
起始
1 atcctcgtgg gccctgacct tctctctgag agccgggcag aggctccggagccatgcagg
61 ccgaaggccg gggcacaggg ggttcgacgg gcgatgctga tggcccaggaggccctggca
121 ttcctgatgg cccagggggc aatgctggcg gcccaggaga ggcgggtgccacgggcggca
181 gaggtccccg gggcgcaggg gcagcaaggg cctcggggcc gggaggaggcgccccgcggg
241 gtccgcatgg cggcgcggct tcagggctga atggatgctg cagatgcggggccagggggc
301 cggagagccg cctgcttgag ttctacctcg ccatgccttt cgcgacacccatggaagcag
361 agctggcccg caggagcctg gcccaggatg ccccaccgct tcccgtgccaggggtgcttc
421 tgaaggagtt cactgtgtcc ggcaacatac tgactatccg actgactgctgcagaccacc
481 gccaactgca gctctccatc agctcctgtc tccagcagct ttccctgttgatgtggatca
541 cgcagtgctt tctgcccgtg tttttggctc agcctccctc agggcagaggcgctaagccc
601 agcctggcgc cccttcctag gtcatgcctc ctcccctagg gaatggtcccagcacgagtg
661 gccagttcat tgtgggggcc tgattgtttg tcgctggagg aggacggcttacatgtttgt
721 ttctgtagaa aataaaactg agctacgaaa aa//
LAGE-1a蛋白(人)
ACCESSION CAA11116
PID g3255959
VERSION CAA11116.1 GI:3255959
SEQ ID NO 75
起始
1 mqaegrgtgg stgdadgpgg pgipdgpggn aggpgeagat ggrgprgagaarasgprgga
61 prgphggaas aqdgrcpcga rrpdsrllel hitmpfsspm eaelvrrilsrdaaplprpg
121 avlkdftvsg nllfirltaa dhrqlqlsis sclqqlsllm witqcflpvflaqapsgqrr
181//
LAGE-1b蛋白(人)
ACCESSION CAA11117
PID g3255960
VERSION CAA11117.1 GI:3255960
SEQ ID NO 76
起始
1 mqaegrgtgg stgdadgpgg pgipdgpggn aggpgeagat ggrgprgagaarasgprgga
61 prgphggaas aqdgrcpcga rrpdsrllel hitmpfsspm eaelvrrilsrdaaplprpg
121 avlkdftvsg nllfmsvwdq dregagrmrv vgwglgsasp egqkardlrtpkhkvseqrp
181 gtpgppppeg aqgdgcrgva fnvmfsaphi//
人抗原(MAGE-1)基因,全cds,
ACCESSION M77481
VERSION M77481.1 GI:416114
SEQ ID NO 71
/翻译=″MSLEQRSLHCKPEEALEAQQEALGLVCVQAATSSSSPL
VLGTLEEVPTAGSTDPPQSPQGASAFPTTINFTRQRQPSEGSSSREEEGPST
SCILESLFRAVITKKVADLVGFLLLKYRAREPVTKAEMLESVIKNYKHCFPE
IFGKASESLQLVFGIDVKEADPTGHSYVLVTcLGLSYDGLLGDNQIMPKTGF
LIIVLVMIAMEGGHAPEEEIWEELSVMEVYDGREHSAYGEPRKLLTQDLVQE
KYLEYRQVPDSDPARYEFLWGPRALAETSYVKVLEYVIKVSARVRFFFPSLR
EAALREEEEGV″
SEQ ID NO 81
起始
1 ggatccaggc cctgccagga aaaatataag ggccctgcgt gagaacagagggggtcatcc
61 actgcatgag agtggggatg tcacagagtc cagcccaccc tcctggtagcactgagaagc
121 cagggctgtg cttgcggtct gcaccctgag ggcccgtgga ttcctcttcctggagctcca
181 ggaaccaggc agtgaggcct tggtctgaga cagtatcctc aggtcacagagcagaggatg
241 cacagggtgt gccagcagtg aatgtttgcc ctgaatgcac accaagggccccacctgcca
301 caggacacat aggactccac agagtctggc ctcacctccc tactgtcagtcctgtagaat
361 cgacctctgc tggccggctg taccctgagt accctctcac ttcctccttcaggttttcag
421 gggacaggcc aacccagagg acaggattcc ctggaggcca cagaggagcaccaaggagaa
481 gatctgtaag taggcctttg ttagagtctc caaggttcag ttctcagctgaggcctctca
541 cacactccct ctctccccag gcctgtgggt cttcattgcc cagctcctgcccacactcct
601 gcctgctgcc ctgacgagag tcatcatgtc tcttgagcag aggagtctgcactgcaagcc
661 tgaggaagcc cttgaggccc aacaagaggc cctgggcctg gtgtgtgtgcaggctgccac
721 ctcctcctcc tctcctctgg tcctgggcac cctggaggag gtgcccactgctgggtcaac
781 agatcctccc cagagtcctc agggagcctc cgcctttccc actaccatcaacttcactcg
841 acagaggcaa cccagtgagg gttccagcag ccgtgaagag gaggggccaagcacctcttg
901 tatcctggag tccttgttcc gagcagtaat cactaagaag gtggctgatttggttggttt
961 tctgctcctc aaatatcgag ccagggagcc agtcacaaag gcagaaatgctggagagtgt
1021 catcaaaaat tacaagcact gttttcctga gatcttcggc aaagcctctgagtccttgca
1081 gctggtcttt ggcattgacg tgaaggaagc agaccccacc ggccactcctatgtccttgt
1141 cacctgccta ggtctctcct atgatggcct gctgggtgat aatcagatcatgcccaagac
1201 aggcttcctg ataattgtcc tggtcatgat tgcaatggag ggcggccatgctcctgagga
1261 ggaaatctgg gaggagctga gtgtgatgga ggtgtatgat gggagggagcacagtgccta
1321 tggggagccc aggaagctgc tcacccaaga tttggtgcag gaaaagtacctggagtaccg
1381 gcaggtgccg gacagtgatc ccgcacgcta tgagttcctg tggggtccaagggccctcgc
1441 tgaaaccagc tatgtgaaag tccttgagta tgtgatcaag gtcagtgcaagagttcgctt
1501 tttcttccca tccctgcgtg aagcagcttt gagagaggag gaagagggagtctgagcatg
1561 agttgcagcc aaggccagtg ggagggggac tgggccagtg caccttccagggccgcgtcc
1621 agcagcttcc cctgcctcgt gtgacatgag gcccattctt cactctgaagagagcggtca
1681 gtgttctcag tagtaggttt ctgttctatt gggtgacttg gagatttatctttgttctct
1741 tttggaattg ttcaaatgtt tttttttaag ggatggttga atgaacttcagcatccaagt
1801 ttatgaatga cagcagtcac acagttctgt gtatatagtt taagggtaagagtcttgtgt
1861 tttattcaga ttgggaaatc cattctattt tgtgaattgg gataataacagcagtggaat
1921 aagtacttag aaatgtgaaa aatgagcagt aaaatagatg agataaagaactaaagaaat
1981 taagagatag tcaattcttg ccttatacct cagtctattc tgtaaaatttttaaagatat
2041 atgcatacct ggatttcctt ggcttctttg agaatgtaag agaaattaaatctgaataaa
2101 gaattcttcc tgttcactgg ctcttttctt ctccatgcac tgagcatctgctttttggaa
2161 ggccctgggt tagtagtgga gatgctaagg taagccagac tcatacccacccatagggtc
2221 gtagagtcta ggagctgcag tcacgtaatc gaggtggcaa gatgtcctctaaagatgtag
2281 ggaaaagtga gagaggggtg agggtgtggg gctccgggtg agagtggtggagtgtcaatg
2341 ccctgagctg gggcattttg ggctttggga aactgcagtt ccttctgggggagctgattg
2401 taatgatctt gggtggatcc//
人MAGE-2基因外显子1-4,全cds
ACCESSION L18920
VERSION L18920.1 GI:436180
SEQ ID NO 72
/翻译=″MPLEQRSQHCKPEEGLEARGEALGLVGAQAPATEEQQTASSSSTLVEVT
LGEVPAADSPSPPHSPQGASSFSTTINYTLWRQSDEGSSNQEEEGPRMFPDLE
SEFQAAISRKMVELVHFLLLKYRAREPVTKAEMLESVLRNCQDFFPVIFSKASEYLQLVFGIE
VVEVVPISHLYILVTCLGLSYDGLLGDNQVMPKTGLLIIVLAIIAIEGDCAPEEKIWEELSML
EVFEGREDSVFAHPRKLLMQDLVQENYLEYRQVPGSDPACYEFLWGPRALIETSYVKVLHHTL
KIGGEPHISYPPLHERALREGEE″
SEQ ID NO 82
起始
1 attccttcat caaacagcca ggagtgagga agaggaccct cctgagtgaggactgaggat
61 ccaccctcac cacatagtgg gaccacagaa tccagctcag cccctcttgtcagccctggt
121 acacactggc aatgatctca ccccgagcac acccctcccc ccaatgccacttcgggccga
181 ctcagagtca gagacttggt ctgaggggag cagacacaat cggcagaggatggcggtcca
241 ggctcagtct ggcatccaag tcaggacctt gagggatgac caaaggcccctcccaccccc
301 aactcccccg accccaccag gatctacagc ctcaggatcc ccgtcccaatccctacccct
361 acaccaacac catcttcatg cttaccccca cccccccatc cagatccccatccgggcaga
421 atccggttcc acccttgccg tgaacccagg gaagtcacgg gcccggatgtgacgccactg
481 acttgcacat tggaggtcag aggacagcga gattctcgcc ctgagcaacggcctgacgtc
541 ggcggaggga agcaggcgca ggctccgtga ggaggcaagg taagacgccgagggaggact
601 gaggcgggcc tcaccccaga cagagggccc ccaataatcc agcgctgcctctgctgccgg
661 gcctggacca ccctgcaggg gaagacttct caggctcagt cgccaccacctcaccccgcc
721 accccccgcc gctttaaccg cagggaactc tggcgtaaga gctttgtgtgaccagggcag
781 ggctggttag aagtgctcag ggcccagact cagccaggaa tcaaggtcaggaccccaaga
841 ggggactgag ggcaacccac cccctaccct cactaccaat cccatcccccaacaccaacc
901 ccacccccat ccctcaaaca ccaaccccac ccccaaaccc cattcccatctcctccccca
961 ccaccatcct ggcagaatcc ggctttgccc ctgcaatcaa cccacggaagctccgggaat
1021 ggcggccaag cacgcggatc ctgacgttca catgtacggc taagggagggaaggggttgg
1081 gtctcgtgag tatggccttt gggatgcaga ggaagggccc aggcctcctggaagacagtg
1141 gagtccttag gggacccagc atgccaggac agggggccca ctgtacccctgtctcaaact
1201 gagccacctt ttcattcagc cgagggaatc ctagggatgc agacccacttcagcaggggg
1261 ttggggccca gcctgcgagg agtcaagggg aggaagaaga gggaggactgaggggacctt
1321 ggagtccaga tcagtggcaa ccttgggctg ggggatcctg ggcacagtggccgaatgtgc
1381 cccgtgctca ttgcaccttc agggtgacag agagttgagg gctgtggtctgagggctggg
1441 acttcaggtc agcagaggga ggaatcccag gatctgccgg acccaaggtgtgcccccttc
1501 atgaggactg gggatacccc cggcccagaa agaagggatg ccacagagtctggaagtccc
1561 ttgttcttag ctctggggga acctgatcag ggatggccct aagtgacaatctcatttgta
1621 ccacaggcag gaggttgggg aaccctcagg gagataaggt gttggtgtaaagaggagctg
1681 tctgctcatt tcagggggtt gggggttgag aaagggcagt ccctggcaggagtaaagatg
1741 agtaacccac aggaggccat cataacgttc accctagaac caaaggggtcagccctggac
1801 aacgcacgtg ggggtaacag gatgtggccc ctcctcactt gtctttccagatctcaggga
1861 gttgatgacc ttgttttcag aaggtgactc aggtcaacac aggggccccatctggtcgac
1921 agatgcagtg gttctaggat ctgccaagca tccaggtgga gagcctgaggtaggattgag
1981 ggtacccctg ggccagaatg cagcaagggg gccccataga aatctgccctgcccctgcgg
2041 ttacttcaga gaccctgggc agggctgtca gctgaagtcc ctccattatcctgggatctt
2101 tgatgtcagg gaaggggagg ccttggtctg aaggggctgg agtcaggtcagtagagggag
2161 ggtctcaggc cctgccagga gtggacgtga ggaccaagcg gactcgtcacccaggacacc
2221 tggactccaa tgaatttgga catctctcgt tgtccttcgc gggaggacctggtcacgtat
2281 ggccagatgt gggtcccctc atatccttct gtaccatatc agggatgtgagttcttgaca
2341 tgagagattc tcaagccagc aaaagggtgg gattaggccc tacaaggagaaaggtgaggg
2401 ccctgagtga gcacagaggg gaccctccac ccaagtagag tggggacctcacggagtctg
2461 gccaaccctg ctgagacttc tgggaatccg tggctgtgct tgcagtctgcacactgaagg
2521 cccgtgcatt cctctcccag gaatcaggag ctccaggaac caggcagtgaggccttggtc
2581 tgagtcagtg tcctcaggtc acagagcaga ggggacgcag acagtgccaacactgaaggt
2641 ttgcctggaa tgcacaccaa gggccccacc cgcccagaac aaatgggactccagagggcc
2701 tggcctcacc ctccctattc tcagtcctgc agcctgagca tgtgctggccggctgtaccc
2761 tgaggtgccc tcccacttcc tccttcaggt tctgaggggg acaggctgacaagtaggacc
2821 cgaggcactg gaggagcatt gaaggagaag atctgtaagt aagcctttgtcagagcctcc
2881 aaggttcagt tcagttctca cctaaggcct cacacacgct ccttctctccccaggcctgt
2941 gggtcttcat tgcccagctc ctgcccgcac tcctgcctgc tgccctgaccagagtcatca
3001 tgcctcttga gcagaggagt cagcactgca agcctgaaga aggccttgaggcccgaggag
3061 aggccctggg cctggtgggt gcgcaggctc ctgctactga ggagcagcagaccgcttctt
3121 cctcttctac tctagtggaa gttaccctgg gggaggtgcc tgctgccgactcaccgagtc
3181 ctccccacag tcctcaggga gcctccagct tctcgactac catcaactacactctttgga
3241 gacaatccga tgagggctcc agcaaccaag aagaggaggg gccaagaatgtttcccgacc
3301 tggagtccga gttccaagca gcaatcagta ggaagatggt tgagttggttcattttctgc
3361 tcctcaagta tcgagccagg gagccggtca caaaggcaga aatgctggagagtgtcctca
3421 gaaattgcca ggacttcttt cccgtgatct tcagcaaagc ctccgagtacttgcagctgg
3481 tctttggcat cgaggtggtg gaagtggtcc ccatcagcca cttgtacatccttgtcacct
3541 gcctgggcct ctcctacgat ggcctgctgg gcgacaatca ggtcatgcccaagacaggcc
3601 tcctgataat cgtcctggcc ataatcgcaa tagagggcga ctgtgcccctgaggagaaaa
3661 tctgggagga gctgagtatg ttggaggtgt ttgaggggag ggaggacagtgtcttcgcac
3721 atcccaggaa gctgctcatg caagatctgg tgcaggaaaa ctacctggagtaccggcagg
3781 tgcccggcag tgatcctgca tgctacgagt tcctgtgggg tccaagggccctcattgaaa
3841 ccagctatgt gaaagtcctg caccatacac taaagatcgg tggagaacctcacatttcct
3901 acccacccct gcatgaacgg gctttgagag agggagaaga gtgagtctcagcacatgttg
3961 cagccagggc cagtgggagg gggtctgggc cagtgcacct tccagggccccatccattag
4021 cttccactgc ctcgtgtgat atgaggccca ttcctgcctc tttgaagagagcagtcagca
4081 ttcttagcag tgagtttctg ttctgttgga tgactttgag atttatctttctttcctgtt
4141 ggaattgttc aaatgttcct tttaacaaat ggttggatga acttcagcatccaagtttat
4201 gaatgacagt agtcacacat agtgctgttt atatagttta ggggtaagagtcctgttttt
4261 tattcagatt gggaaatcca ttccattttg tgagttgtca cataataacagcagtggaat
4321 atgtatttgc ctatattgtg aacgaattag cagtaaaata catgatacaaggaactcaaa
4381 agatagttaa ttcttgcctt atacctcagt ctattatgta aaattaaaaatatgtgtatg
4441 tttttgcttc tttgagaatg caaaagaaat taaatctgaa taaattcttcctgttcactg
4501 gctcatttct ttaccattca ctcagcatct gctctgtgga aggccctggtagtagtggg//
人MAGE-3抗原(MAGE-3)基因,全cds
ACCESSION U03735
VERSION U03735.1 GI:468825
SEQ ID NO 73
/翻译=″MPLEQRSQHcKPEEGLEARGEALGLVGAQAPATEEQEAASSSSTLVEVTLGE
VPAAESPDPPQSPQGASSLPTTMNYPLWSQSYEDSSNQEEEGPSTFPDLESEFQAALSRKVAELVH
FLLLKYRAREPVTKAEMLGSVVGNWQYFFPVIFSKASSSLQLVFGIELMEVDPIGHLYIFATCLGL
SYDGLLGDNQIMPKAGLLIIVLAIIAREGDCAPEEKIWEELSVLEVFEGREDSILGDPKKLLTQHF
VQENYLEYRQVPGSDPACYEFLWGPRALVETSYVKVLHHMVKISGGPHISYPPLHEWVLREGEE″
SEQ ID NO 83
起始
1 acgcaggcag tgatgtcacc cagaccacac cccttccccc aatgccacttcagggggtac
61 tcagagtcag agacttggtc tgaggggagc agaagcaatc tgcagaggatggcggtccag
121 gctcagccag gcatcaactt caggaccctg agggatgacc gaaggccccgcccacccacc
181 cccaactccc ccgaccccac caggatctac agcctcagga cccccgtcccaatccttacc
241 ccttgcccca tcaccatctt catgcttacc tccaccccca tccgatccccatccaggcag
301 aatccagttc cacccctgcc cggaacccag ggtagtaccg ttgccaggatgtgacgccac
361 tgacttgcgc attggaggtc agaagaccgc gagattctcg ccctgagcaacgagcgacgg
421 cctgacgtcg gcggagggaa gccggcccag gctcggtgag gaggcaaggtaagacgctga
481 gggaggactg aggcgggcct cacctcagac agagggcctc aaataatccagtgctgcctc
541 tgctgccggg cctgggccac cccgcagggg aagacttcca ggctgggtcgccactacctc
601 accccgccga cccccgccgc tttagccacg gggaactctg gggacagagcttaatgtggc
661 cagggcaggg ctggttagaa gaggtcaggg cccacgctgt ggcaggaatcaaggtcagga
721 ccccgagagg gaactgaggg cagcctaacc accaccctca ccaccattcccgtcccccaa
781 cacccaaccc cacccccatc ccccattccc atccccaccc ccacccctatcctggcagaa
841 tccgggcttt gcccctggta tcaagtcacg gaagctccgg gaatggcggccaggcacgtg
901 agtcctgagg ttcacatcta cggctaaggg agggaagggg ttcggtatcgcgagtatggc
961 cgttgggagg cagcgaaagg gcccaggcct cctggaagac agtggagtcctgaggggacc
1021 cagcatgcca ggacaggggg cccactgtac ccctgtctca aaccgaggcaccttttcatt
1081 cggctacggg aatcctaggg atgcagaccc acttcagcag ggggttggggcccagccctg
1141 cgaggagtca tggggaggaa gaagagggag gactgagggg accttggagtccagatcagt
1201 ggcaaccttg ggctggggga tgctgggcac agtggccaaa tgtgctctgtgctcattgcg
1261 ccttcagggt gaccagagag ttgagggctg tggtctgaag agtgggacttcaggtcagca
1321 gagggaggaa tcccaggatc tgcagggccc aaggtgtacc cccaaggggcccctatgtgg
1381 tggacagatg cagtggtcct aggatctgcc aagcatccag gtgaagagactgagggagga
1441 ttgagggtac ccctgggaca gaatgcggac tgggggcccc ataaaaatctgccctgctcc
1501 tgctgttacc tcagagagcc tgggcagggc tgtcagctga ggtccctccattatcctagg
1561 atcactgatg tcagggaagg ggaagccttg gtctgagggg gctgcactcagggcagtaga
1621 gggaggctct cagaccctac taggagtgga ggtgaggacc aagcagtctcctcacccagg
1681 gtacatggac ttcaataaat ttggacatct ctcgttgtcc tttccgggaggacctgggaa
1741 tgtatggcca gatgtgggtc ccctcatgtt tttctgtacc atatcaggtatgtgagttct
1801 tgacatgaga gattctcagg ccagcagaag ggagggatta ggccctataaggagaaaggt
1861 gagggccctg agtgagcaca gaggggatcc tccaccccag tagagtggggacctcacaga
1921 gtctggccaa ccctcctgac agttctggga atccgtggct gcgtttgctgtctgcacatt
1981 gggggcccgt ggattcctct cccaggaatc aggagctcca ggaacaaggcagtgaggact
2041 tggtctgagg cagtgtcctc aggtcacaga gtagaggggg ctcagatagtgccaacggtg
2101 aaggtttgcc ttggattcaa accaagggcc ccacctgccc cagaacacatggactccaga
2161 gcgcctggcc tcaccctcaa tactttcagt cctgcagcct cagcatgcgctggccggatg
2221 taccctgagg tgccctctca cttcctcctt caggttctga ggggacaggctgacctggag
2281 gaccagaggc ccccggagga gcactgaagg agaagatctg taagtaagcctttgttagag
2341 cctccaaggt tccattcagt actcagctga ggtctctcac atgctccctctctccccagg
2401 ccagtgggtc tccattgccc agctcctgcc cacactcccg cctgttgccctgaccagagt
2461 catcatgcct cttgagcaga ggagtcagca ctgcaagcct gaagaaggccttgaggcccg
2521 aggagaggcc ctgggcctgg tgggtgcgca ggctcctgct actgaggagcaggaggctgc
2581 ctcctcctct tctactctag ttgaagtcac cctgggggag gtgcctgctgccgagtcacc
2641 agatcctccc cagagtcctc agggagcctc cagcctcccc actaccatgaactaccctct
2701 ctggagccaa tcctatgagg actccagcaa ccaagaagag gaggggccaagcaccttccc
2761 tgacctggag tccgagttcc aagcagcact cagtaggaag gtggccgagttggttcattt
2821 tctgctcctc aagtatcgag ccagggagcc ggtcacaaag gcagaaatgctggggagtgt
2881 cgtcggaaat tggcagtatt tctttcctgt gatcttcagc aaagcttccagttccttgca
2941 gctggtcttt ggcatcgagc tgatggaagt ggaccccatc ggccacttgtacatctttgc
3001 cacctgcctg ggcctctcct acgatggcct gctgggtgac aatcagatcatgcccaaggc
3061 aggcctcctg ataatcgtcc tggccataat cgcaagagag ggcgactgtgcccctgagga
3121 gaaaatctgg gaggagctga gtgtgttaga ggtgtttgag gggagggaagacagtatctt
3181 gggggatccc aagaagctgc tcacccaaca tttcgtgcag gaaaactacctggagtaccg
3241 gcaggtcccc ggcagtgatc ctgcatgtta tgaattcctg tggggtccaagggccctcgt
3301 tgaaaccagc tatgtgaaag tcctgcacca tatggtaaag atcagtggaggacctcacat
3361 ttcctaccca cccctgcatg agtgggtttt gagagagggg gaagagtgagtctgagcacg
3421 agttgcagcc agggccagtg ggagggggtc tgggccagtg caccttccggggccgcatcc
3481 cttagtttcc actgcctcct gtgacgtgag gcccattctt cactctttgaagcgagcagt
3541 cagcattctt agtagtgggt ttctgttctg ttggatgact ttgagattattctttgtttc
3601 ctgttggagt tgttcaaatg ttccttttaa cggatggttg aatgagcgtcagcatccagg
3661 tttatgaatg acagtagtca cacatagtgc tgtttatata gtttaggagtaagagtcttg
3721 ttttttactc aaattgggaa atccattcca ttttgtgaat tgtgacataataatagcagt
3781 ggtaaaagta ttgcttaaa attgtgagcg aattagcaat aacatacatgagataactca
3841 agaaatcaaa agatagttga ttcttgcctt gtacctcaat ctattctgtaaaattaaaca
3901 aatatgcaaa ccaggatttc cttgacttct ttgagaatgc aagcgaaattaaatctgaat
3961 aaataattct tcctcttcac tggctcgttt cttttccgtt cactcagcatctgctctgtg
4021 ggaggccctg ggttagtagt ggggatgcta aggtaagcca gactcacgcctacccatagg
4081 gctgtagagc ctaggacctg cagtcatata attaaggtgg tgagaagtcctgtaagatgt
4141 agaggaaatg taagagaggg gtgagggtgt ggcgctccgg gtgagagtagtggagtgtca
4201 gtgc//
人前列腺干细胞抗原(PSCA)mRNA,全cds
ACCESSION AF043498
VERSION AF043498.1 GI:2909843
SEQ ID NO 79
/翻译=″MKAVLLALLMAGLALQPGTALLCYSCKAQVSNEDCLQVENCTQLGEQCW
TARIRAVGLLTVISKGCSLNCVDDSQDYYVGKKNITCCDTDLCNASGAHALQPAAAILALLPA
LGLLLWGPGQL″
SEQ ID NO 87
起始
1 agggagaggc agtgaccatg aaggctgtgc tgcttgccct gttgatggcaggcttggccc
61 tgcagccagg cactgccctg ctgtgctact cctgcaaagc ccaggtgagcacgaggact
121 gcctgcaggt ggagaactgc acccagctgg gggagcagtg ctggaccgcgcgcatccgcg
181 cagttggcct cctgaccgtc atcagcaaag gctgcagctt gaactgcgtggatgactcac
241 aggactacta cgtgggcaag aagaacatca cgtgctgtga caccgacttgtgcaacgcca
301 gcggggccca tgccctgcag ccggctgccg ccatccttgc gctgctccctgcactcggcc
361 tgctgctctg gggacccggc cagctatagg ctctgggggg ccccgctgcagcccacactg
421 ggtgtggtgc cccaggcctt tgtgccactc ctcacagaac ctggcccagtgggagcctgt
481 cctggttcct gaggcacatc ctaacgcaag tttgaccatg tatgtttgcaccccttttcc
541 ccnaaccctg accttcccat gggccttttc caggattccn accnggcagatcagttttag
601 tganacanat ccgcntgcag atggcccctc caaccntttn tgttgntgtttccatggccc
661 agcattttcc acccttaacc ctgtgttcag gcacttnttc ccccaggaagccttccctgc
721 ccaccccatt tatgaattga gccaggtttg gtccgtggtg tcccccgcacccagcagggg
781 acaggcaatc aggagggccc agtaaaggct gagatgaagt ggactgagtagaactggagg
841 acaagagttg acgtgagttc ctgggagttt ccagagatgg ggcctggaggcctggaggaa
901 ggggccaggc ctcacatttg tggggntccc gaatggcagc ctgagcacagcgtaggccct
961 taataaacac ctgttggata agccaaaaaa//
腺激肽释放酶1前体(组织激肽释放酶)(肾/胰腺/唾液腺激肽释放酶)
ACCESSION P06870
PID g125170
VERSION P06870 GI:125170
SEQ ID NO 105
起始
1 mwflvlclal slggtgaapp iqsrivggwe ceqhsqpwqa alyhfstfqcggilvhrqwv
61 ltaahcisdn yqlwlgrhnl fddentaqfv hvsesfphpg fnmsllenhtrqadedyshd
121 lmllrltepa dtitdavkvv elptqepevg stclasgwgs iepenfsfpddlqcvdlkil
181 pndecekahv qkvtdfmlcv ghleggkdtc vgdsggplmc dgvlqgvtswgyvpcgtpnk
241 psvavIvlsy vkwiedtiae ns//
弹性蛋白酶2A前体
ACCESSION P08217
PID g119255
VERSION P08217 GI:119255
SEQ ID NO 106
起始
1 mirtlllstl vagalscgdp typpyvtrvv ggeearpnsw pwqvslqyssngkwyhtcgg
61 slianswvlt aahcisssrt yrvglgrhnl yvaesgslav svskivvhkdwnsnqiskgn
121 diallklanp vsltdkiqla clppagtilp nnypcyvtgw grlqtngavpdvlqqgrllv
181 vdyatcsssa wwgssvktsm icaggdgvis scngdsggpl ncqasdgrwqvhgivs fgsr
241 lgcnyyhkps vftrvsnyid winsviann//
胰弹性蛋白酶IIB[人]
ACCESSION NP_056933
PID g7705648
VERSION NP_056933.1 GI:7705648
SEQ ID NO 107
起始
1 mirtlllstl vagalscgvs tyapdmsrml ggeearpnsw pwqvslqyssngqwyhtcgg
61 slianswvlt aahcisssri yrvmlgqhnl yvaesgslav svskivvhkdwnsnqvskgn
121 diallklanp vsltdkiqla clppagtilp nnypcyvtgw grlqtngalpddlkqgrllv
181 vdyatcsssg wwgstvktnm icaggdgvic tcngdsggpl ncqasdgrwevhgigsltsv
241 lgcnyyykps iftrvsnynd winsviann//
PRAME人黑素瘤中优选表达的抗原
(PRAME),mRNA.
ACCESSION NM_006115
VERSION NM_006115.1 GI:5174640
SEQ ID NO 77
/翻译=″MERRRLWGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPREL
FPPLFMAAFDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWK
LQVLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVDLFLK
EGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEVTCTWKLPTLA
KFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQALYVDSLFFLRGRLDQL
LRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGVMLTDVSPEPLQALLERASATLQD
LVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSISISALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESY
EDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSMVWLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN″
SEQ ID NO 85
起始
1 gcttcagggt acagctcccc cgcagccaga agccgggcct gcagcccctcagcaccgctc
61 cgggacaccc cacccgcttc ccaggcgtga cctgtcaaca gcaacttcgcggtgtggtga
121 actctctgag gaaaaaccat tttgattatt actctcagac gtgcgtggcaacaagtgact
181 gagacctaga aatccaagcg ttggaggtcc tgaggccagc ctaagtcgcttcaaaatgga
241 acgaaggcgt ttgtggggtt ccattcagag ccgatacatc agcatgagtgtgtggacaag
301 cccacggaga cttgtggagc tggcagggca gagcctgctg aaggatgaggccctggccat
361 tgccgccctg gagttgctgc ccagggagct cttcccgcca ctcttcatggcagcctttga
421 cgggagacac agccagaccc tgaaggcaat ggtgcaggcc tggcccttcacctgcctccc
481 tctgggagtg ctgatgaagg gacaacatct tcacctggag accttcaaagcgtgcttga
541 tggacttgat gtgctccttg cccaggaggt tcgccccagg aggtggaaacttcaagtgct
601 ggatttacgg aagaactctc atcaggactt ctggactgta tggtctggaaacagggccag
661 tctgtactca tttccagagc cagaagcagc tcagcccatg acaaagaagcgaaaagtaga
721 tggtttgagc acagaggcag agcagccctt cattccagta gaggtgctcgtagacctgtt
781 cctcaaggaa ggtgcctgtg atgaattgtt ctcctacctc attgagaaagtgaagcgaaa
841 gaaaaatgta ctacgcctgt gctgtaagaa gctgaagatt tttgcaatgcccatgcagga
901 tatcaagatg atcctgaaaa tggtgcagct ggactctatt gaagatttggaagtgacttg
961 tacctggaag ctacccacct tggcgaaatt ttctccttac ctgggccagatgattaatct
1021 gcgtagactc ctcctctccc acatccatgc atcttcctac atttccccggagaaggaaga
1081 gcagtatatc gcccagttca cctctcagtt cctcagtctg cagtgcctgcaggctctcta
1141 tgtggactct ttatttttcc ttagaggccg cctggatcag ttgctcaggcacgtgatgaa
1201 ccccttggaa accctctcaa taactaactg ccggctttcg gaaggggatgtgatgcatct
1261 gtcccagagt cccagcgtca gtcagctaag tgtcctgagt ctaagtggggtcatgctgac
1321 cgatgtaagt cccgagcccc tccaagctct gctggagaga gcctctgccaccctccagga
1381 cctggtcttt gatgagtgtg ggatcacgga tgatcagctc cttgccctcctgccttccct
1441 gagccactgc tcccagctta caaccttaag cttctacggg aattccatctccatatctgc
1501 cttgcagagt ctcctgcagc acctcatcgg gctgagcaat ctgacccacgtgctgtatcc
1561 tgtccccctg gagagttatg aggacatcca tggtaccctc cacctggagaggcttgccta
1621 tctgcatgcc aggctcaggg agttgctgtg tgagttgggg cggcccagcatggtctggct
1681 tagtgccaac ccctgtcctc actgtgggga cagaaccttc tatgacccggagcccatcct
1741 gtgcccctgt ttcatgccta actagctggg tgcacatatc aaatgcttcattctgcatac
1801 ttggacacta aagccaggat gtgcatgcat cttgaagcaa caaagcagccacagtttcag
1861 acaaatgttc agtgtgagtg aggaaaacat gttcagtgag gaaaaaacattcagacaaat
1921 gttcagtgag gaaaaaaagg ggaagttggg gataggcaga tgttgacttgaggagttaat
1981 gtgatctttg gggagataca tcttatagag ttagaaatag aatctgaatttctaaaggga
2041 gattctggct tgggaagtac atgtaggagt taatccctgt gtagactgttgtaaagaaac
2101 tgttgaaaat aaagagaagc aatgtgaagc aaaaaaaaaa aaaaaaaa//
CEA人癌胚抗原相关细胞粘附分子5(CEACAM5),mRNA。
ACCESSION NM_004363
VERSION NM_004363.1 GI:11386170
SEQ ID NO 88
/翻译=″MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFN
VAEGKEVLLLVHNLPQHLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIY
PNASLLIQNIIQNDTGFYTLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDK
DAVAFTCEPETQDATYLWWVNNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDTASYKCETQ
NPVSARRSDSVILNVLYGPDAPTISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGT
FQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQAHNSDTGLNRTTVTTITVYAEPPKPFITSNNSNP
VEDEDAVALTCEPEIQNTTYLWWVNNQSLPVSPRLQLSNDNRTLTLLSVTRNDVGPYE
CGIQNELSVDHSDPVILNVLYGPDDPTISPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWL
IDGNIQQHTQELFISNITEKNSGLYTCQANNSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSN
NSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTTYLWWVNGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDA
RAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVLYGPDTPIISPPDSSYLSGANLNLSCHSASNPSPQ
YSWRINGIPQQHTQVLFIAKITPNNNGTYACFVSNLATGRNNSIVKSITVSASGTSPG
LSAGATVGIMIGVLVGVALI″
SEQ ID NO 89
起始
1 ctcagggcag agggaggaag gacagcagac cagacagtca cagcagccttgacaaaacgt
61 tcctggaact caagctcttc tccacagagg aggacagagc agacagcagagaccatggag
121 tctccctcgg cccctcccca cagatggtgc atcccctggc agaggctcctgctcacagcc
181 tcacttctaa ccttctggaa cccgcccacc actgccaagc tcactattgaatccacgccg
241 ttcaatgtcg cagaggggaa ggaggtgctt ctacttgtcc acaatctgccccagcatctt
301 tttggctaca gctggtacaa aggtgaaaga gtggatggca accgtcaaattataggatat
361 gtaataggaa ctcaacaagc taccccaggg cccgcataca gtggtcgagagataatatac
421 cccaatgcat ccctgctgat ccagaacatc atccagaatg acacaggattctacacccta
481 cacgtcataa agtcagatct tgtgaatgaa gaagcaactg gccagttccgggtatacccg
541 gagctgccca agccctccat ctccagcaac aactccaaac ccgtggaggacaaggatgct
601 gtggccttca cctgtgaacc tgagactcag gacgcaacct acctgtggtgggtaaacaat
661 cagagcctcc cggtcagtcc caggctgcag ctgtccaatg gcaacaggaccctcactcta
721 ttcaatgtca caagaaatga cacagcaagc tacaaatgtg aaacccagaacccagtgagt
781 gccaggcgca gtgattcagt catcctgaat gtcctctatg gcccggatgcccccaccatt
841 tcccctctaa acacatctta cagatcaggg gaaaatctga acctctcctgccacgcagcc
901 tctaacccac ctgcacagta ctcttggttt gtcaatggga ctttccagcaatccacccaa
961 gagctcttta tccccaacat cactgtgaat aatagtggat cctatacgtgccaagcccat
1021 aactcagaca ctggcctcaa taggaccaca gtcacgacga tcacagtctatgcagagcca
1081 cccaaaccct tcatcaccag caacaactcc aaccccgtgg aggatgaggatgctgtagcc
1141 ttaacctgtg aacctgagat tcagaacaca acctacctgt ggtgggtaaataatcagagc
1201 ctcccggtca gtcccaggct gcagctgtcc aatgacaaca ggaccctcactctactcagt
1261 gtcacaagga atgatgtagg accctatgag tgtggaatcc agaacgaattaagtgttgac
1321 cacagcgacc cagtcatcct gaatgtcctc tatggcccag acgaccccaccatttccccc
1381 tcatacacct attaccgtcc aggggtgaac ctcagcctct cctgccatgcagcctctaac
1441 ccacctgcac agtattcttg gctgattgat gggaacatcc agcaacacacacaagagctc
1501 tttatctcca acatcactga gaagaacagc ggactctata cctgccaggccaataactca
1561 gccagtggcc acagcaggac tacagtcaag acaatcacag tctctgcggagctgcccaag
1621 ccctccatct ccagcaacaa ctccaaaccc gtggaggaca aggatgctgtggccttcacc
1681 tgtgaacctg aggctcagaa cacaacctac ctgtggtggg taaatggtcagagcctccca
1741 gtcagtccca ggctgcagct gtccaatggc aacaggaccc tcactctattaatgtcaca
1801 agaaatgacg caagagccta tgtatgtgga atccagaact cagtgagtgcaaaccgcagt
1861 gacccagtca ccctggatgt cctctatggg ccggacaccc ccatcatttcccccccagac
1921 tcgtcttacc tttcgggagc gaacctcaac ctctcctgcc actcggcctctaacccatcc
1981 ccgcagtatt cttggcgtat caatgggata ccgcagcaac acacacaagttctctttatc
2041 gccaaaatca cgccaaataa taacgggacc tatgcctgtt ttgtctctaacttggctact
2101 ggccgcaata attccatagt caagagcatc acagtctctg catctggaacttctcctggt
2161 ctctcagctg gggccactgt cggcatcatg attggagtgc tggttggggttgctctgata
2221 tagcagccct ggtgtagttt cttcatttca ggaagactga cagttgttttgcttcttcct
2281 taaagcattt gcaacagcta cagtctaaaa ttgcttcttt accaaggatatttacagaaa
2341 agactctgac cagagatcga gaccatccta gccaacatcg tgaaaccccatctctactaa
2401 aaatacaaaa atgagctggg cttggtggcg cgcacctgta gtcccagttactcgggaggc
2461 tgaggcagga gaatcgcttg aacccgggag gtggagattg cagtgagcccagatcgcacc
2521 actgcactcc agtctggcaa cagagcaaga ctccatctca aaaagaaaagaaaagaagac
2581 tctgacctgt actcttgaat acaagtttct gataccactg cactgtctgagaatttccaa
2641 aactttaatg aactaactga cagcttcatg aaactgtcca ccaagatcaagcagagaaaa
2701 taattaattt catgggacta aatgaactaa tgaggattgc tgattctttaaatgtcttgt
2761 ttcccagatt tcaggaaact ttttttcttt taagctatcc actcttacagcaatttgata
2821 aaatatactt ttgtgaacaa aaattgagac atttacattt tctccctatgtggtcgctcc
2881 agacttggga aactattcat gaatatttat attgtatggt aatatagttattgcacaagt
2941 tcaataaaaa tctgctcttt gtataacaga aaaa//
Her2/Neu人酪氨酸激酶型受体(HER2)mRNA,全cds
ACCESSION M11730
VERSION M11730.1 GI:183986
SEQ ID NO 90
/翻译=″MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLD
MLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIV
RGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQ
LCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRT
VCAGGCARCKGPLPTDCCHEQCAAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNT
DTFESMPNPEGRYTFGASCVTACPYNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKC
SKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSANIQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPL
QPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLPDLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGI
SWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTVPWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEG
LACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQECVEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPE
CQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQ
PCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIVSAVVGILLVVVLGVVFGILIKRRQQKI
RKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWI
PDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVT
QLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVRLVHRDLAARNVLVKSP
NHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWE
LMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFREL
VSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGF
FCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDG
DLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYVNQPDVR
PQPPSPREGPLPAARPAGATLERAKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQGGAA
PQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV″
SEQ ID NO 91
起始 染色体17q21-q22。
1 aattctcgag ctcgtcgacc ggtcgacgag ctcgagggtc gacgagctcgagggcgcgcg
61 cccggccccc acccctcgca gcaccccgcg ccccgcgccc tcccagccgggtccagccgg
121 agccatgggg ccggagccgc agtgagcacc atggagctgg cggccttgtgccgctggggg
181 ctcctcctcg ccctcttgcc ccccggagcc gcgagcaccc aagtgtgcaccggcacagac
241 atgaagctgc ggctccctgc cagtcccgag acccacctgg acatgctccgccacctctac
301 cagggctgcc aggtggtgca gggaaacctg gaactcacct acctgcccaccaatgccagc
361 ctgtccttcc tgcaggatat ccaggaggtg cagggctacg tgctcatcgctcacaaccaa
421 gtgaggcagg tcccactgca gaggctgcgg attgtgcgag gcacccagctctttgaggac
481 aactatgccc tggccgtgct agacaatgga gacccgctga acaataccacccctgtcaca
541 ggggcctccc caggaggcct gcgggagctg cagcttcgaa gcctcacagagatcttgaaa
601 ggaggggtct tgatccagcg gaacccccag ctctgctacc aggacacgattttgtggaag
661 gacatcttcc acaagaacaa ccagctggct ctcacactga tagacaccaaccgctctcgg
721 gcctgccacc cctgttctcc gatgtgtaag ggctcccgct gctggggagagagttctgag
781 gattgtcaga gcctgacgcg cactgtctgt gccggtggct gtgcccgctgcaaggggcca
841 ctgcccactg actgctgcca tgagcagtgt gctgccggct gcacgggccccaagcactct
901 gactgcctgg cctgcctcca cttcaaccac agtggcatct gtgagctgcactgcccagcc
961 ctggtcacct acaacacaga cacgtttgag tccatgccca atcccgagggccggtataca
1021 ttcggcgcca gctgtgtgac tgcctgtccc tacaactacc tttctacggacgtgggatcc
1081 tgcaccctcg tctgccccct gcacaaccaa gaggtgacag cagaggatggaacacagcgg
1141 tgtgagaagt gcagcaagcc ctgtgcccga gtgtgctatg gtctgggcatggagcacttg
1201 cgagaggtga gggcagttac cagtgccaat atccaggagt ttgctggctgcaagaagatc
1261 tttgggagcc tggcatttct gccggagagc tttgatgggg acccagcctccaacactgcc
1321 ccgctccagc cagagcagct ccaagtgttt gagactctgg aagagatcacaggttaccta
1381 tacatctcag catggccgga cagcctgcct gacctcagcg tcttccagaacctgcaagta
1441 atccggggac gaattctgca caatggcgcc tactcgctga ccctgcaagggctgggcatc
1501 agctggctgg ggctgcgctc actgagggaa ctgggcagtg gactggccctcatccaccat
1561 aacacccacc tctgcttcgt gcacacggtg ccctgggacc agctctttcggaacccgcac
1621 caagctctgc tccacactgc caaccggcca gaggacgagt gtgtgggcgagggcctggcc
1681 tgccaccagc tgtgcgcccg agggcactgc tggggtccag ggcccacccagtgtgtcaac
1741 tgcagccagt tccttcgggg ccaggagtgc gtggaggaat gccgagtactgcaggggctc
1801 cccagggagt atgtgaatgc caggcactgt ttgccgtgcc accctgagtgtcagccccag
1861 aatggctcag tgacctgttt tggaccggag gctgaccagt gtgtggcctgtgcccactat
1921 aaggaccctc ccttctgcgt ggcccgctgc cccagcggtg tgaaacctgacctctcctac
1981 atgcccatct ggaagtttcc agatgaggag ggcgcatgcc agccttgccccatcaactgc
2041 acccactcct gtgtggacct ggatgacaag ggctgccccg ccgagcagagagccagccct
2101 ctgacgtcca tcgtctctgc ggtggttggc attctgctgg tcgtggtcttgggggtggtc
2161 tttgggatcc tcatcaagcg acggcagcag aagatccgga agtacacgatgcggagactg
2221 ctgcaggaaa cggagctggt ggagccgctg acacctagcg gagcgatgcccaaccaggcg
2281 cagatgcgga tcctgaaaga gacggagctg aggaaggtga aggtgcttggatctggcgct
2341 tttggcacag tctacaaggg catctggatc cctgatgggg agaatgtgaaaattccagtg
2401 gccatcaaag tgttgaggga aaacacatcc cccaaagcca acaaagaaatcttagacgaa
2461 gcatacgtga tggctggtgt gggctcccca tatgtctccc gccttctgggcatctgcctg
2521 acatccacgg tgcagctggt gacacagctt atgccctatg gctgcctcttagaccatgtc
2581 cgggaaaacc gcggacgcct gggctcccag gacctgctga actggtgtatgcagattgcc
2641 aaggggatga gctacctgga ggatgtgcgg ctcgtacaca gggacttggccgctcggaac
2701 gtgctggtca agagtcccaa ccatgtcaaa attacagact tcgggctggctcggctgctg
2761 gacattgacg agacagagta ccatgcagat gggggcaagg tgcccatcaagtggatggcg
2821 ctggagtcca ttctccgccg gcggttcacc caccagagtg atgtgtggagttatggtgtg
2881 actgtgtggg agctgatgac ttttggggcc aaaccttacg atgggatcccagcccgggag
2941 atccctgacc tgctggaaaa gggggagcgg ctgccccagc cccccatctgcaccattgat
3001 gtctacatga tcatggtcaa atgttggatg attgactctg aatgtcggccaagattccgg
3061 gagttggtgt ctgaattctc ccgcatggcc agggaccccc agcgctttgtggtcatccag
3121 aatgaggact tgggcccagc cagtcccttg gacagcacct tctaccgctcactgctggag
3181 gacgatgaca tgggggacct ggtggatgct gaggagtatc tggtaccccagcagggcttc
3241 ttctgtccag accctgcccc gggcgctggg ggcatggtcc accacaggcaccgcagctca
3301 tctaccagga gtggcggtgg ggacctgaca ctagggctgg agccctctgaagaggaggcc
3361 cccaggtctc cactggcacc ctccgaaggg gctggctccg atgtatttgatggtgacctg
3421 ggaatggggg cagccaaggg gctgcaaagc ctccccacac atgaccccagccctctacag
3481 cggtacagtg aggaccccac agtacccctg ccctctgaga ctgatggctacgttgccccc
3541 ctgacctgca gcccccagcc tgaatatgtg aaccagccag atgttcggccccagccccct
3601 tcgccccgag agggccctct gcctgctgcc cgacctgctg gtgccactctggaaagggcc
3661 aagactctct ccccagggaa gaatggggtc gtcaaagacg tttttgcctttgggggtgcc
3721 gtggagaacc ccgagtactt gacaccccag ggaggagctg cccctcagccccaccctcct
3781 cctgccttca gcccagcctt cgacaacctc tattactggg accaggacccaccagagcgg
3841 ggggctccac ccagcacctt caaagggaca cctacggcag agaacccagagtacctgggt
3901 ctggacgtgc cagtgtgaac cagaaggcca agtccgcaga agccctgatgtgtcctcagg
3961 gagcagggaa ggcctgactt ctgctggcat caagaggtgg gagggccctccgaccacttc
4021 caggggaacc tgccatgcca ggaacctgtc ctaaggaacc ttccttcctgcttgagttcc
4081 cagatggctg gaaggggtcc agcctcgttg gaagaggaac agcactggggagtctttgtg
4141 gattctgagg ccctgcccaa tgagactcta gggtccagtg gatgccacagcccagcttgg
4201 ccctttcctt ccagatcctg ggtactgaaa gccttaggga agctggcctgagaggggaag
4261 cggccctaag ggagtgtcta agaacaaaag cgacccattc agagactgtccctgaaacct
4321 agtactgccc cccatgagga aggaacagca atggtgtcag tatccaggctttgtacagag
4381 tgcttttctg tttagttttt actttttttg ttttgttttt ttaaagacgaaataaagacc
4441 caggggagaa tgggtgttgt atggggaggc aagtgtgggg ggtccttctccacacccact
4501ttgtccattt gcaaatatat tttggaaaac//
人SCP1蛋白mRNA
ACCESSION X95654
VERSION X95654.1 GI:1212982
SEQID NO 92
/翻译=″MEKQKPFALFVPPRSSSSQVSAVKPQTLGGDSTFFKSFNKCTED
DLEFPFAKTNLSKNGENIDSDPALQKVNFLPVLEQVGNSDCHYQEGLKDSDLENSEGL
SRVFSKLYKEAEKIKKWKVSTEAELRQKESKLQENRKIIEAQRKAIQELQFGNEKVSL
KLEEGIQENKDLIKENNATRHLCNLLKETCARSAEKTKKYEYEREETRQVYMDLNNNI
EKMITAHGELRVQAENSRLEMHFKLKEDYEKIQHLEQEYKKEINDKEKQVSLLLIQIT
EKENKMKDLTFLLEESRDKVNQLEEKTKLQSENLKQSIEKQHHLTKELEDIKVSLQRS
VSTQKALEEDLQIATKTICQLTEEKETQMEESNKARAAHSFVVTEFETTVCSLEELLR
TEQQRLEKNEDQLKILTMELQKKSSELEEMTKLTNNKEVELEELKKVLGEKETLLYEN
KQFEKIAEELKGTEQELIGLLQAREKEVHDLEIQLTAITTSEQYYSKEVKDLKTELEN
EKLKNTELTSHCNKLSLENKELTQETSDMTLELKNQQEDINNNKKQEERMLKQIENLQ
ETETQLRNELEYVREELKQKRDEVKCKLDKSEENCNNLRKQVENKNKYIEELQQENKA
LKKKGTAESKQLNVYEIKVNKLELELESAKQKFGEITDTYQKEIEDKKISEENLLEEV
EKAKVIADEAVKLQKEIDKRCQHKIAEMVALMEKHKHQYDKIIEERDSELGLYKSKEQ
EQSSLRASLEIELSNLKAELLSVKKQLEIEREEKEKLKREAKENTATLKEKKDKKTQT
FLLETPEIYWKLDSKAVPSQTVSRNFTSVDHGISKDKRDYLWTSAKNTLSTPLPKAYT
VKTPTKPKLQQRENLNIPIEESKKKRKMAFEFDINSDSSETTDLLSMVSEEETLKTLY
RNNNPPASHLCVKTPKKAPSSLTTPGPTLKFGAIRKMREDRWAVIAKMDRKKKLKEAE
KLFV″
SEQ ID NO 93
起始
1 gccctcatag accgtttgtt gtagttcgcg tgggaacagc aacccacggtttcccgatag
61 ttcttcaaag atatttacaa ccgtaacaga gaaaatggaa aagcaaaagccctttgcatt
121 gttcgtacca ccgagatcaa gcagcagtca ggtgtctgcg gtgaaacctcagaccctggg
181 aggcgattcc actttcttca agagtttcaa caaatgtact gaagatgatttggagtttcc
241 atttgcaaag actaatctct ccaaaaatgg ggaaaacatt gattcagatcctgctttaca
301 aaaagttaat ttcttgcccg tgcttgagca ggttggtaat tctgactgtcactatcagga
361 aggactaaaa gactctgatt tggagaattc agagggattg agcagagtgttttcaaaact
421 gtataaggag gctgaaaaga taaaaaaatg gaaagtaagt acagaagctgaactgagaca
481 gaaagaaagt aagttgcaag aaaacagaaa gataattgaa gcacagcgaaaagccattca
541 ggaactgcaa tttggaaatg aaaaagtaag tttgaaatta gaagaaggaatacaagaaaa
601 taaagattta ataaaagaga ataatgccac aaggcattta tgtaatctactcaaagaaac
661 ctgtgctaga tctgcagaaa agacaaagaa atatgaatat gaacgggaagaaaccaggca
721 agtttatatg gatctaaata ataacattga gaaaatgata acagctcatggggaacttcg
781 tgtgcaagct gagaattcca gactggaaat gcattttaag ttaaaggaagattatgaaaa
841 aatccaacac cttgaacaag aatacaagaa ggaaataaat gacaaggaaaagcaggtatc
901 actactattg atccaaatca ctgagaaaga aaataaaatg aaagatttaacatttctgct
961 agaggaatcc agagataaag ttaatcaatt agaggaaaag acaaaattacagagtgaaaa
1021 cttaaaacaa tcaattgaga aacagcatca tttgactaaa gaactagaagatattaaagt
1081 gtcattacaa agaagtgtga gtactcaaaa ggctttagag gaagatttacagatagcaac
1141 aaaaacaatt tgtcagctaa ctgaagaaaa agaaactcaa atggaagaatctaataaagc
1201 tagagctgct cattcgtttg tggttactga atttgaaact actgtctgcagcttggaaga
1261 attattgaga acagaacagc aaagattgga aaaaaatgaa gatcaattgaaaatacttac
1321 catggagctt caaaagaaat caagtgagct ggaagagatg actaagcttacaaataacaa
1381 agaagtagaa cttgaagaat tgaaaaaagt cttgggagaa aaggaaacactttatatga
1441 aaataaacaa tttgagaaga ttgctgaaga attaaaagga acagaacaagaactaattgg
1501 tcttctccaa gccagagaga aagaagtaca tgatttggaa atacagttaactgccattac
1561 cacaagtgaa cagtattatt caaaagaggt taaagatcta aaaactgagcttgaaaacga
1621 gaagcttaag aatactgaat taacttcaca ctgcaacaag ctttcactagaaaacaaaga
1681 gctcacacag gaaacaagtg atatgaccct agaactcaag aatcagcaagaagatattaa
1741 taataacaaa aagcaagaag aaaggatgtt gaaacaaata gaaaatcttcaagaaacaga
1801 aacccaatta agaaatgaac tagaatatgt gagagaagag ctaaaacagaaaagagatga
1861 agttaaatgt aaattggaca agagtgaaga aaattgtaac aatttaaggaaacaagttga
1921 aaataaaaac aagtatattg aagaacttca gcaggagaat aaggccttgaaaaaaaaagg
1981 tacagcagaa agcaagcaac tgaatgttta tgagataaag gtcaataaattagagttaga
2041 actagaaagt gccaaacaga aatttggaga aatcacagac acctatcagaaagaaattga
2101 ggacaaaaag atatcagaag aaaatctttt ggaagaggtt gagaaagcaaaagtaatagc
2161 tgatgaagca gtaaaattac agaaagaaat tgataagcga tgtcaacataaaatagctga
2221 aatggtagca cttatggaaa aacataagca ccaatatgat aagatcattgaagaaagaga
2281 ctcagaatta ggactttata agagcaaaga acaagaacag tcatcactgagagcatcttt
2341 ggagattgaa ctatccaatc tcaaagctga acttttgtct gttaagaagcaacttgaaat
2401 agaaagagaa gagaaggaaa aactcaaaag agaggcaaaa gaaaacacagctactcttaa
2461 agaaaaaaaa gacaagaaaa cacaaacatt tttattggaa acacctgaaatttattggaa
2521 attggattct aaagcagttc cttcacaaac tgtatctcga aatttcacatcagttgatca
2581 tggcatatcc aaagataaaa gagactatct gtggacatct gccaaaaatactttatctac
2641 accattgcca aaggcatata cagtgaagac accaacaaaa ccaaaactacagcaaagaga
2701 aaacttgaat atacccattg aagaaagtaa aaaaaagaga aaaatggcctttgaatttga
2761 tattaattca gatagttcag aaactactga tcttttgagc atggtttcagaagaagagac
2821 attgaaaaca ctgtatagga acaataatcc accagcttct catctttgtgtcaaaacacc
2881 aaaaaaggcc ccttcatctc taacaacccc tggacctaca ctgaagtttggagctataag
2941 aaaaatgcgg gaggaccgtt gggctgtaat tgctaaaatg gatagaaaaaaaaaactaaa
3001 agaagctgaa aagttatttg tttaatttca gagaatcagt gtagttaaggagcctaataa
3061 cgtgaaactt atagttaata ttttgttctt atttgccaga gccacattttatctggaagt
3121 tgagacttaa aaaatacttg catgaatgat ttgtgtttct ttatatttttagcctaaatg
3181 ttaactacat attgtctgga aacctgtcat tgtattcaga taattagatgattatatatt
3241 gttgttactt tttcttgtat tcatgaaaac tgtttttact aagttttcaaatttgtaaag
3301 ttagcctttg aatgctagga atgcattatt gagggtcatt ctttattctttactattaaa
3361 atattttgga tgcaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa//
人滑膜肉瘤,X断裂点4(SSX4),mRNA。
ACCESSION NM_005636
VERSION NM_005636.1 GI:5032122
SEQ ID NO 94
/翻译=″MNGDDAFARRPRDDAQISEKLRKAFDDIAKYFSKKEWEKMKSSEKIVY
VYMKLNYEVMTKLGFKVTLPPFMRSKRAADFHGNDFGNDRNHRNQVERPQMTFG
SLQRIFPKIMPKKPAEEENGLKEVPEASGPQNDGKQLCPPGNPSTLEKINKTSGPKRG
KHAWTHRLRERKQLVVYEEISDPEEDDE″
SEQ ID NO 95
起始
1 atgaacggag acgacgcctt tgcaaggaga cccagggatg atgctcaaatatcagagaag
61 ttacgaaagg ccttcgatga tattgccaaa tacttctcta agaaagagtgggaaaagatg
121 aaatcctcgg agaaaatcgt ctatgtgtat atgaagctaa actatgaggtcatgactaaa
181 ctaggtttca aggtcaccct cccacctttc atgcgtagta aacgggctgcagacttccac
241 gggaatgatt ttggtaacga tcgaaaccac aggaatcagg ttgaacgtcctcagatgact
301 ttcggcagcc tccagagaat cttcccgaag atcatgccca agaagccagcagaggaagaa
361 aatggtttga aggaagtgcc agaggcatct ggcccacaaa atgatgggaaacagctgtgc
421 cccccgggaa atccaagtac cttggagaag attaacaaga catctggacccaaaaggggg
481 aaacatgcct ggacccacag actgcgtgag agaaagcagc tggtggtttatgaagagatc
541 agcgaccctg aggaagatga cgagtaactc ccctcg
U19142.Human GAGE-1 prot...[gi:914898]
LOCUS HSU19142 646bp mRNA 线性的
DEFINITION 人GAGE-1蛋白mRNA,全cds
ACCESSION U19142
VERSION U19142.1 GI:914898
SEQ ID No.96
/翻译=″MSWRGRSTYRPRPRRYVEPPEMIGPMRPEQFSDEVEPATPEEGE
PATQRQDPAAAQEGEDEGASAGQGPKPEADSQEQGHPQTGCECEDGPDGQEMDPPNPE
EVKTPEEEMRSHYVAQTGILWLLMNNCFLNLSPRKP″
SEQ ID NO.97
1 ctgccgtccg gactcttttt cctctactga gattcatctg tgtgaaatatgagttggcga
61 ggaagatcga cctatcggcc tagaccaaga cgctacgtag agcctcctgaaatgattggg
121 cctatgcggc ccgagcagtt cagtgatgaa gtggaaccag caacacctgaagaaggggaa
181 ccagcaactc aacgtcagga tcctgcagct gctcaggagg gagaggatgagggagcatct
241 gcaggtcaag ggccgaagcc tgaagctgat agccaggaac agggtcacccacagactggg
301 tgtgagtgtg aagatggtcc tgatgggcag gagatggacc cgccaaatccagaggaggtg
361 aaaacgcctg aagaagagat gaggtctcac tatgttgccc agactgggattctctggctt
421 ttaatgaaca attgcttctt aaatctttcc ccacggaaac cttgagtgactgaaatatca
481 aatggcgaga gaccgtttag ttcctatcat ctgtggcatg tgaagggcaatcacagtgtt
541 aaaagaagac atgctgaaat gttgcaggct gctcctatgt tggaaaattcttcattgaag
601 ttctcccaat aaagctttac agccttctgc aaagaaaaaa aaaaaa//
NM_001168.Homo sapiens bacu...[gi:4502144]
LOCUS BIRC5 1619bp mRNA 线性的
DEFINITION 人含有杆状病毒IAP重复5
(survivin) (BIRC5),mRNA。
ACCESSION NM_001168
VERSION NM_001168.1 GI:4502144
SEQ ID NO.98
/翻译=″MGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFI
HCPTENEPDLAQCFFCFKELEGWEPDDDPIEEHKKHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFL
KLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD″
SEQ ID NO. 99
1 ccgccagatt tgaatcgcgg gacccgttgg cagaggtggc ggcggcggcatgggtgcccc
61 gacgttgccc cctgcctggc agccctttct caaggaccac cgcatctctacattcaagaa
121 ctggcccttc ttggagggct gcgcctgcac cccggagcgg atggccgaggctggcttcat
181 ccactgcccc actgagaacg agccagactt ggcccagtgt ttcttctgcttcaaggagct
241 ggaaggctgg gagccagatg acgaccccat agaggaacat aaaaagcattcgtccggttg
301 cgctttcctt tctgtcaaga agcagtttga agaattaacc cttggtgaatttttgaaact
361 ggacagagaa agagccaaga acaaaattgc aaaggaaacc aacaataagaagaaagaatt
421 tgaggaaact gcgaagaaag tgcgccgtgc catcgagcag ctggctgccatggattgagg
481 cctctggccg gagctgcctg gtcccagagt ggctgcacca cttccagggtttattccctg
541 gtgccaccag ccttcctgtg ggccccttag caatgtctta ggaaaggagatcaacatttt
601 caaattagat gtttcaactg tgctcctgtt ttgtcttgaa agtggcaccagaggtgcttc
661 tgcctgtgca gcgggtgctg ctggtaacag tggctgcttc tctctctctctctctttttt
721 gggggctcat ttttgctgtt ttgattcccg ggcttaccag gtgagaagtgagggaggaag
781 aaggcagtgt cccttttgct agagctgaca gctttgttcg cgtgggcagagccttccaca
841 gtgaatgtgt ctggacctca tgttgttgag gctgtcacag tcctgagtgtggacttggca
901 ggtgcctgtt gaatctgagc tgcaggttcc ttatctgtca cacctgtgcctcctcagagg
961 acagtttttt tgttgttgtg tttttttgtt tttttttttt ggtagatgcatgacttgtgt
1021 gtgatgagag aatggagaca gagtccctgg ctcctctact gtttaacaacatggctttct
1081 tattttgttt gaattgttaa ttcacagaat agcacaaact acaattaaaactaagcacaa
1141 agccattcta agtcattggg gaaacggggt gaacttcagg tggatgaggagacagaatag
1201 agtgatagga agcgtctggc agatactcct tttgccactg ctgtgtgattagacaggccc
1261 agtgagccgc ggggcacatg ctggccgctc ctccctcaga aaaaggcagtggcctaaatc
1321 ctttttaaat gacttggctc gatgctgtgg gggactggct gggctgctgcaggccgtgtg
1381 tctgtcagcc caaccttcac atctgtcacg ttctccacac gggggagagacgcagtccgc
1441 ccaggtcccc gctttctttg gaggcagcag ctcccgcagg gctgaagtctggcgtaagat
1501 gatggatttg attcgccctc ctccctgtca tagagctgca gggtggattgttacagcttc
1561 gctggaaacc tctggaggtc atctcggctg ttcctgagaa ataaaaagcctgtcatttc//
U06452.Human melanoma an...[gi:476131]
LOCUS HSU06452 1524bp mRNA 线性的
DEFINITION 由T细胞识别的人黑素瘤抗原(MART-1)
mRNA.
ACCESSION U06452
VERSION U06452.1 GI:476131
SEQ ID NO.100
/翻译=″MPREDAHFIYGYPKKGHGHSYTTAEEAAGIGILTVILGVLLLIG
CWYCRRRNGYRALMDKSLHVGTQCALTRRCPQEGFDHRDSKVSLQEKNCEPVVPNAPP
AYEKLSAEQSPPPYSP″
SEQ ID NO.101
1 agcagacaga ggactctcat taaggaaggt gtcctgtgcc ctgaccctacaagatgccaa
61 gagaagatgc tcacttcatc tatggttacc ccaagaaggg gcacggccactcttacacca
121 cggctgaaga ggccgctggg atcggcatcc tgacagtgat cctgggagtcttactgctca
181 tcggctgttg gtattgtaga agacgaaatg gatacagagc cttgatggataaaagtcttc
241 atgttggcac tcaatgtgcc ttaacaagaa gatgcccaca agaagggtttgatcatcggg
301 acagcaaagt gtctcttcaa gagaaaaact gtgaacctgt ggttcccaatgctccacctg
361 cttatgagaa actctctgca gaacagtcac caccacctta ttcaccttaagagccagcga
421 gacacctgag acatgctgaa attatttctc tcacactttt gcttgaatttaatacagaca
481 tctaatgttc tcctttggaa tggtgtagga aaaatgcaag ccatctctaataataagtca
541 gtgttaaaat tttagtaggt ccgctagcag tactaatcat gtgaggaaatgatgagaaat
601 attaaattgg gaaaactcca tcaataaatg ttgcaatgca tgatactatctgtgccagag
661 gtaatgttag taaatccatg gtgttatttt ctgagagaca gaattcaagtgggtattctg
721 gggccatcca atttctcttt acttgaaatt tggctaataa caaactagtcaggttttcga
781 accttgaccg acatgaactg tacacagaat tgttccagta ctatggagtgctcacaaagg
841 atacttttac aggttaagac aaagggttga ctggcctatt tatctgatcaagaacatgtc
901 agcaatgtct ctttgtgctc taaaattcta ttatactaca ataatatattgtaagatcc
961 tatagctctt tttttttgag atggagtttc gcttttgttg cccaggctggagtgcaatgg
1021 cgcgatcttg gctcaccata acctccgcct cccaggttca agcaattctcctgccttagc
1081 ctcctgagta gctgggatta caggcgtgcg ccactatgcc tgactaattttgtagtttta
1141 gtagagacgg ggtttctcca tgttggtcag gctggtctca aactcctgacctcaggtgat
1201 ctgcccgcct cagcctccca aagtgctgga attacaggcg tgagccaccacgcctggctg
1261 gatcctatat cttaggtaag acatataacg cagtctaatt acatttcacttcaaggctca
1321 atgctattct aactaatgac aagtattttc tactaaacca gaaattggtagaaggattta
1381 aataagtaaa agctactatg tactgcctta gtgctgatgc ctgtgtactgccttaaatgt
1441 acctatggca atttagctct cttgggttcc caaatccctc tcacaagaatgtgcagaaga
1501 aatcataaag gatcagagat tctg//
U19180.Human B melanoma...[gi:726039]
LOCUS HSU19180 1004bp mRNA 线性的
DEFINITION 人B黑素瘤抗原(BAGE)mRNA,全部的cds
ACCESSION U19180
VERSION U19180.1 GI:726039
SEQ IS NO.102
/翻译=″MAARAVFLALSAQLLQARLMKEESPVVSWRLEPEDGTALCFIF″
SEQ ID NO.103
1 cgccaattta gggtctccgg tatctcccgc tgagctgctc tgttcccggcttagaggacc
61 aggagaaggg ggagctggag gctggagcct gtaacaccgt ggctcgtctcactctggatg
121 gtggtggcaa cagagatggc agcgcagctg gagtgttagg agggcggcctgagcggtagg
181 agtggggctg gagcagtaag atggcggcca gagcggtttt tctggcattgtctgcccagc
241 tgctccaagc caggctgatg aaggaggagt cccctgtggt gagctggaggttggagcctg
301 aagacggcac agctctgtgc ttcatcttct gaggttgtgg cagccacggtgatggagacg
361 gcagctcaac aggagcaata ggaggagatg gagtttcact gtgtcagccaggatggtctc
421 gatctcctga cctcgtgatc cgcccgcctt ggccttccaa agtgccgagattacagcgat
481 gtgcattttg taagcacttt ggagccacta tcaaatgctg tgaagagaaatgtacccaga
541 tgtatcatta tccttgtgct gcaggagccg gctcctttca ggatttcagtcacatcttcc
601 tgctttgtcc agaacacatt gaccaagctc ctgaaagatg taagtttactacgcatagac
661 ttttaaactt caaccaatgt atttactgaa aataacaaat gttgtaaattccctgagtgt
721 tattctactt gtattaaaag gtaataatac ataatcatta aaatctgagggatcattgcc
781 agagattgtt ggggagggaa atgttatcaa cggtttcatt gaaattaaatccaaaaagtt
841 atttcctcag aaaaatcaaa taaagtttgc atgtttttta ttcttaaaacattttaaaaa
901 ccactgtaga atgatgtaaa tagggactgt gcagtatttc tgacatatactataaaatta
961 ttaaaaagtc aatcagtatt caacatcttt tacactaaaa agcc//
将在任何出版物,包括专利、专利申请和非专利出版物中公开的、此处公开的教导和实施方案考虑作为涉及本发明和关于本发明有用的支持原理和实施方案。
可以在缺乏在这里未具体公开的任何要素或多种要素,限制或多种限制的情况下实行在这里例证性适当描述的本发明。已经使用的术语和表述是用作描述术语而不是限制术语,没有打算在使用该术语和表述中表示排除显示和描述的特征的同等物或其部分。应当认识到在要求保护的本发明的范围内各种修饰是可能的。因此,应当理解尽管已经通过优选实施方案和任选的特征具体地公开了本发明,在这里公开的概念的修饰和改变可被本领域那些技术人员所利用,这类修饰和改变被认为是在本发明实施方案的范围内。
序列表
<110>曼康公司
约翰·J·L·西马德
戴维·C·戴蒙德
刘利平
刘征
<120>表位序列
<130>MANNK.032VPC
<150>US 60/4 09123
<151>2002-09-06
<160>610
<170>FastSEQ for Windows Version 4.0
<210>1
<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>1
Phe Leu Pro Trp His Arg Leu Phe Leu Leu
1 5 10
<210>2
<211>529
<212>PRT
<213>人
<400>2
Met Leu Leu Ala Val Leu Tyr Cys Leu Leu Trp Ser Phe Gln Thr Ser
1 5 10 15
Ala Gly His Phe Pro Arg Ala Cys Val Ser Ser Lys Asn Leu Met Glu
20 25 30
Lys Glu Cys Cys Pro Pro Trp Ser Gly Asp Arg Ser Pro Cys Gly Gln
35 40 45
Leu Ser Gly Arg Gly Ser Cys Gln Asn Ile Leu Leu Ser Asn Ala Pro
50 55 60
Leu Gly Pro Gln Phe Pro Phe Thr Gly Val Asp Asp Arg Glu Ser Trp
65 70 75 80
Pro Ser Val Phe Tyr Asn Arg Thr Cys Gln Cys Ser Gly Asn Phe Met
85 90 95
Gly Phe Asn Cys Gly Asn Cys Lys Phe Gly Phe Trp Gly Pro Asn Cys
100 105 110
Thr Glu Arg Arg Leu Leu Val Arg Arg Asn Ile Phe Asp Leu Ser Ala
115 120 125
Pro Glu Lys Asp Lys Phe Phe Ala Tyr Leu Thr Leu Ala Lys His Thr
130 135 140
Ile Ser Ser Asp Tyr Val Ile Pro Ile Gly Thr Tyr Gly Gln Met Lys
145 150 155 160
Asn Gly Ser Thr Pro Met Phe Asn Asp Ile Asn Ile Tyr Asp Leu Phe
165 170 175
Val Trp Met His Tyr Tyr Val Ser Met Asp Ala Leu Leu Gly Gly Ser
180 185 190
Glu Ile Trp Arg Asp Ile Asp Phe Ala His Glu Ala Pro Ala Phe Leu
195 200 205
Pro Trp His Arg Leu Phe Leu Leu Arg Trp Glu Gln Glu Ile Gln Lys
210 215 220
Leu Thr Gly Asp Glu Asn Phe Thr Ile Pro Tyr Trp Asp Trp Arg Asp
225 230 235 240
Ala Glu Lys Cys Asp Ile Cys Thr Asp Glu Tyr Met Gly Gly Gln His
245 250 255
Pro Thr Asn Pro Asn Leu Leu Ser Pro Ala Ser Phe Phe Ser Ser Trp
260 265 270
Gln Ile Val Cys Ser Arg Leu Glu Glu Tyr Asn Ser His Gln Ser Leu
275 280 285
Cys Asn Gly Thr Pro Glu Gly Pro Leu Arg Arg Asn Pro Gly Asn His
290 295 300
Asp Lys Ser Arg Thr Pro Arg Leu Pro Ser Ser Ala Asp Val Glu Phe
305 310 315 320
Cys Leu Ser Leu Thr Gln Tyr Glu Ser Gly Ser Met Asp Lys Ala Ala
325 330 335
Asn Phe Ser Phe Arg Asn Thr Leu Glu Gly Phe Ala Ser Pro Leu Thr
340 345 350
Gly Ile Ala Asp Ala Ser Gln Ser Ser Met His Asn Ala Leu His Ile
355 360 365
Tyr Met Asn Gly Thr Met Ser Gln Val Gln Gly Ser Ala Asn Asp Pro
370 375 380
Ile Phe Leu Leu His His Ala Phe Val Asp Ser Ile Phe Glu Gln Trp
385 390 395 400
Leu Arg Arg His Arg Pro Leu Gln Glu Val Tyr Pro Glu Ala Asn Ala
405 410 415
Pro Ile Gly His Asn Arg Glu Ser Tyr Met Val Pro Phe Ile Pro Leu
420 425 430
Tyr Arg Asn Gly Asp Phe Phe Ile Ser Ser Lys Asp Leu Gly Tyr Asp
435 440 445
Tyr Ser Tyr Leu Gln Asp Ser Asp Pro Asp Ser Phe Gln Asp Tyr Ile
450 455 460
Lys Ser Tyr Leu Glu Gln Ala Ser Arg Ile Trp Ser Trp Leu Leu Gly
465 470 475 480
Ala Ala Met Val Gly Ala Val Leu Thr Ala Leu Leu Ala Gly Leu Val
485 490 495
Ser Leu Leu Cys Arg His Lys Arg Lys Gln Leu Pro Glu Glu Lys Gln
500 505 510
Pro Leu Leu Met Glu Lys Glu Asp Tyr His Ser Leu Tyr Gln Ser His
515 520 525
Leu
<210>3
<211>188
<212>PRT
<213>人
<400>3
Met Asn Gly Asp Asp Ala Phe Ala Arg Arg Pro Thr Val Gly Ala Gln
1 5 10 15
Ile Pro Glu Lys Ile Gln Lys Ala Phe Asp Asp Ile Ala Lys Tyr Phe
20 25 30
Ser Lys Glu Glu Trp Glu Lys Met Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr
35 40 45
Val Tyr Met Lys Arg Lys Tyr Glu Ala Met Thr Lys Leu Gly Phe Lys
50 55 60
Ala Thr Leu Pro Pro Phe Net Cys Ash Lys Arg Ala Glu Asp Phe Gln
65 70 75 80
Gly Asn Asp Leu Asp Asn Asp Pro Asn Arg Gly Asn Gln Val Glu Arg
85 90 95
Pro Gln Met Thr Phe Gly Arg Leu Gln Gly Ile Ser Pro Lys Ile Met
100 105 110
Pro Lys Lys Pro Ala Glu Glu Gly Asn Asp Ser Glu Glu Val Pro Glu
115 120 125
Ala Ser Gly Pro Gln Asn Asp Gly Lys Glu Leu Cys Pro Pro Gly Lys
130 135 140
Pro Thr Thr Ser Glu Lys Ile His Glu Arg Ser Gly Pro Lys Arg Gly
145 150 155 160
Glu His Ala Trp Thr His Arg Leu Arg Glu Arg Lys Gln Leu Val Ile
165 170 175
Tyr Glu Glu Ile Ser Asp Pro Glu Glu Asp Asp Glu
180 185
<210>4
<211>750
<212>PRT
<213>Homo sapiens
<400>4
Met Trp Asn Leu Leu His Glu Thr Asp Ser Ala Val Ala Thr Ala Arg
1 5 10 15
Arg Pro Arg Trp Leu Cys Ala Gly Ala Leu Val Leu Ala Gly Gly Phe
20 25 30
Phe Leu Leu Gly Phe Leu Phe Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Asn Glu
35 40 45
Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Met Lys Ala Phe Leu Asp Glu
50 55 60
Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu Tyr Asn Phe Thr Gln Ile
65 70 75 80
Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln Ile
85 90 95
Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Ala His
100 105 110
Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr Ile
115 120 125
Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu Phe
130 135 140
Glu Pro Pro Pro Pro Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Ile Val Pro Pro
145 150 155 160
Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val Tyr
165 170 175
Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp Met
180 185 190
Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys Val
195 200 205
Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Lys Gly
210 215 220
Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val Lys
225 230 235 240
Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg Gly
245 250 255
Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly Tyr
260 265 270
Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Ile Ala Glu Ala Val Gly
275 280 285
Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys
290 295 300
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305 310 315 320
Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly Asn
325 330 335
Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Asn Glu Val
340 345 350
Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu Pro
355 360 365
Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe Gly
370 375 380
Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val Arg
385 390 395 400
Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr Ile
405 410 415
Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser Thr
420 425 430
Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val Ala
435 440 445
Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
450 455 460
Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val His Asn Leu Thr Lys Glu
465 470 475 480
Leu Lys Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu Ser
485 490 495
Trp Thr Lys Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg Ile
500 505 510
Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg Leu
515 520 525
Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr Asn
530 535 540
Lys Phe Ser Gly Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr Glu
545 550 555 560
Leu Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Met Phe Lys Tyr His Leu Thr Val
565 570 575
Ala Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Ile Val
580 585 590
Leu Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr Ala
595 600 605
Asp Lys Ile Tyr Ser Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys Thr
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Tyr Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe Thr
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Glu Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Gln Asp Phe Asp Lys Ser
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Asn Pro Ile Val Leu Arg Met Met Asn Asp Gln Leu Met Phe Leu Glu
660 665 670
Arg Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg Pro Phe Tyr Arg
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His Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly Glu Ser
690 695 700
Phe Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys Val Asp
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Pro Ser Lys Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Tyr Val Ala Ala
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Phe Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala
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<210>5
<211>1964
<212>DNA
<213>人
<400>5
atcactgtag tagtagctgg aaagagaaat ctgtgactcc aattagccag ttcctgcaga 60
ccttgtgagg actagaggaa gaatgctcct ggctgttttg tactgcctgc tgtggagttt 120
ccagacctcc gctggccatt tccctagagc ctgtgtctcc tctaagaacc tgatggagaa 180
ggaatgctgt ccaccgtgga gcggggacag gagtccctgt ggccagcttt caggcagagg 240
ttcctgtcag aatatccttc tgtccaatgc accacttggg cctcaatttc ccttcacagg 300
ggtggatgac cgggagtcgt ggccttccgt cttttataat aggacctgcc agtgctctgg 360
caacttcatg ggattcaact gtggaaactg caagtttggc ttttggggac caaactgcac 420
agagagacga ctcttggtga gaagaaacat cttcgatttg agtgccccag agaaggacaa 480
attttttgcc tacctcactt tagcaaagca taccatcagc tcagactatg tcatccccat 540
agggacctat ggccaaatga aaaatggatc aacacccatg tttaacgaca tcaatattta 600
tgacctcttt gtctggatgc attattatgt gtcaatggat gcactgcttg ggggatctga 660
aatctggaga gacattgatt ttgcccatga agcaccagct tttctgcctt ggcatagact 720
cttcttgttg cggtgggaac aagaaatcca gaagctgaca ggagatgaaa acttcactat 780
tccatattgg gactggcggg atgcagaaaa gtgtgacatt tgcacagatg agtacatggg 840
aggtcagcac cccacaaatc ctaacttact cagcccagca tcattcttct cctcttggca 900
gattgtctgt agccgattgg aggagtacaa cagccatcag tctttatgca atggaacgcc 960
cgagggacct ttacggcgta atcctggaaa ccatgacaaa tccagaaccc caaggctccc 1020
ctcttcagct gatgtagaat tttgcctgag tttgacccaa tatgaatctg gttccatgga 1080
taaagctgcc aatttcagct ttagaaatac actggaagga tttgctagtc cacttactgg 1140
gatagcggat gcctctcaaa gcagcatgca caatgccttg cacatctata tgaatggaac 1200
aatgtcccag gtacagggat ctgccaacga tcctatcttc cttcttcacc atgcatttgt 1260
tgacagtatt tttgagcagt ggctccgaag gcaccgtcct cttcaagaag tttatccaga 1320
agccaatgca cccattggac ataaccggga atcctacatg gttcctttta taccactgta 1380
cagaaatggt gatttcttta tttcatccaa agatctgggc tatgactata gctatctaca 1440
agattcagac ccagactctt ttcaagacta cattaagtcc tatttggaac aagcgagtcg 1500
gatctggtca tggctccttg gggcggcgat ggtaggggcc gtcctcactg ccctgctggc 1560
agggcttgtg agcttgctgt gtcgtcacaa gagaaagcag cttcctgaag aaaagcagcc 1620
actcctcatg gagaaagagg attaccacag cttgtatcag agccatttat aaaaggctta 1680
ggcaatagag tagggccaaa aagcctgacc tcactctaac tcaaagtaat gtccaggttc 1740
ccagagaata tctgctggta tttttctgta aagaccattt gcaaaattgt aacctaatac 1800
aaagtgtagc cttcttccaa ctcaggtaga acacacctgt ctttgtcttg ctgttttcac 1860
tcagcccttt taacattttc ccctaagccc atatgtctaa ggaaaggatg ctatttggta 1920
atgaggaact gttatttgta tgtgaattaa agtgctctta tttt 1964
<210>6
<211>766
<212>DNA
<213>人
<400>6
ctctctttcg attcttccat actcagagta cgcacggtct gattttctct ttggattctt 60
ccaaaatcag agtcagactg ctcccggtgc catgaacgga gacgacgcct ttgcaaggag 120
acccacggtt ggtgctcaaa taccagagaa gatccaaaag gccttcgatg atattgccaa 180
atacttctct aaggaagagt gggaaaagat gaaagcctcg gagaaaatct tctatgtgta 240
tatgaagaga aagtatgagg ctatgactaa actaggtttc aaggccaccc tcccaccttt 300
catgtgtaat aaacgggccg aagacttcca ggggaatgat ttggataatg accctaaccg 360
tgggaatcag gttgaacgtc ctcagatgac tttcggcagg ctccagggaa tctccccgaa 420
gatcatgccc aagaagccag cagaggaagg aaatgattcg gaggaagtgc cagaagcatc 480
tggcccacaa aatgatggga aagagctgtg ccccccggga aaaccaacta cctctgagaa 540
gattcacgag agatctggac ccaaaagggg ggaacatgcc tggacccaca gactgcgtga 600
gagaaaacag ctggtgattt atgaagagat cagcgaccct gaggaagatg acgagtaact 660
cccctcaggg atacgacaca tgcccatgat gagaagcaga acgtggtgac ctttcacgaa 720
catgggcatg gctgcggacc cctcgtcatc aggtgcatag caagtg 766
<210>7
<211>2653
<212>DNA
<213>人
<400>7
ctcaaaaggg gccggatttc cttctcctgg aggcagatgt tgcctctctc tctcgctcgg 60
attggttcag tgcactctag aaacactgct gtggtggaga aactggaccc caggtctgga 120
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gccggctctg ctcgcgccga gatgtggaat ctccttcacg aaaccgactc ggctgtggcc 300
accgcgcgcc gcccgcgctg gctgtgcgct ggggcgctgg tgctggcggg tggcttcttt 360
ctcctcggct tcctcttcgg gtggtttata aaatcctcca atgaagctac taacattact 420
ccaaagcata atatgaaagc atttttggat gaattgaaag ctgagaacat caagaagttc 480
ttatataatt ttacacagat accacattta gcaggaacag aacaaaactt tcagcttgca 540
aagcaaattc aatcccagtg gaaagaattt ggcctggatt ctgttgagct agcacattat 600
gatgtcctgt tgtcctaccc aaataagact catcccaact acatctcaat aattaatgaa 660
gatggaaatg agattttcaa cacatcatta tttgaaccac ctcctccagg atatgaaaat 720
gtttcggata ttgtaccacc tttcagtgct ttctctcctc aaggaatgcc agagggcgat 780
ctagtgtatg ttaactatgc acgaactgaa gacttcttta aattggaacg ggacatgaaa 840
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gttcatccaa ttggatacta tgatgcacag aagctcctag aaaaaatggg tggctcagca 1200
ccaccagata gcagctggag aggaagtctc aaagtgccct acaatgttgg acctggcttt 1260
actggaaact tttctacaca aaaagtcaag atgcacatcc actctaccaa tgaagtgaca 1320
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ctgggaggtc accgggactc atgggtgttt ggtggtattg accctcagag tggagcagct 1440
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tatgaaagtt ggactaaaaa aagtccttcc ccagagttca gtggcatgcc caggataagc 1800
aaattgggat ctggaaatga ttttgaggtg ttcttccaac gacttggaat tgcttcaggc 1860
agagcacggt atactaaaaa ttgggaaaca aacaaattca gcggctatcc actgtatcac 1920
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ctcactgtgg cccaggttcg aggagggatg gtgtttgagc tagccaattc catagtgctc 2040
ccttttgatt gtcgagatta tgctgtagtt ttaagaaagt atgctgacaa aatctacagt 2100
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gcatttattg atccattagg gttaccagac aggccttttt ataggcatgt catctatgct 2340
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aaaaaaaaaa aaa 2653
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<212>PRT
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Phe Leu Pro Trp His Arg Leu Phe Leu
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<211>9
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<213>人
<400>9
Leu Pro Trp His Arg Leu Phe Leu Leu
1 5
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<211>38
<212>PRT
<213>人
<400>10
Tyr Phe Ser Lys Glu Glu Trp Glu Lys Met Lys Ala Ser Glu Lys Ile
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Phe Tyr Val Tyr Met Lys Arg Lys Tyr Glu Ala Met Thr Lys Leu Gly
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Phe Lys Ala Thr Leu Pro
35
<210>11
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>11
Phe Ser Lys Glu Glu Trp Glu Lys Met
1 5
<210>12
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>12
Lys Met Lys Ala Ser Glu LysIle Phe
1 5
<210>13
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>13
Met Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr
1 5
<210>14
<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>14
Lys Met Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr
1 5 10
<210>15
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>15
Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr Val
1 5
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<211>10
<212>PRT
<213>人
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Met Lys Ala Ser Glu Lys Ile Phe Tyr Val
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<213>人
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<212>PRT
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<211>9
<212>PRT
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<211>10
<212>PRT
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1 5 10
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Tyr Glu Ala Met Thr Lys Leu Gly Phe
1 5
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1 5
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<211>10
<212>PRT
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<210>25
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<212>PRT
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<400>25
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1 5
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<211>9
<212>PRT
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<211>9
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<400>28
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<213>人
<400>29
Lys Ala Ser Glu Lys Ile Ile Tyr Val
1 5
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<211>30
<212>PRT
<213>人
<400>30
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1 5 10 15
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20 25 30
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<212>PRT
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<400>31
Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val Tyr Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu
1 5 10 15
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20
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<212>PRT
<213>人
<400>33
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<213>人
<400>34
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1 5
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1 5 10
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<211>8
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<213>人
<400>36
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1 5
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<211>9
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<213>人
<400>37
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1 5
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<213>人
<400>38
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1 5 10
<210>39
<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>39
Leu Val Tyr Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu
1 5 10
<210>40
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>40
Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe
1 5
<210>41
<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>41
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1 5 10
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<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>42
Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe
1 5
<210>43
<211>8
<212>PRT
<213>人
<400>43
Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe
1 5
<210>44
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>44
Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu
1 5
<210>45
<211>30
<212>PRT
<213>人
<400>45
Arg Gly Ile Ala Glu Ala Val Gly Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro
1 5 10 15
Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys Leu Leu Glu Lys Met Gly
20 25 30
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<213>人
<400>46
Ile Ala Glu Ala Val Gly Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly
1 5 10 15
Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys Leu Leu Glu
20 25
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<213>人
<400>47
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1 5
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<212>PRT
<213>人
<400>48
Gly Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile
1 5 10
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Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys Leu
1 5
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1 5 10
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1 5
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Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr
1 5 10
<210>53
<211>8
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<213>人
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Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr
1 5
<210>54
<211>9
<212>PRT
<213>人
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Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys Leu Leu Glu
1 5
<210>55
<211>27
<212>PRT
<213>人
<400>55
Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val Asp Cys Thr Pro Leu
1 5 10 15
Met Tyr Ser Leu Val His Leu Thr Lys Glu Leu
20 25
<210>56
<211>9
<212>PRT
<213>人
<400>56
Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
1 5
<210>57
<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>57
Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
1 5 10
<210>58
<211>8
<212>PRT
<213>人
<400>58
Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
l 5
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<211>9
<212>PRT
<213>人
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Thr Leu Arg Val Asp Cys Thr Pro Leu
1 5
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<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>60
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1 5 10
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<213>人
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Leu Arg Val Asp Cys Thr Pro Leu Met
1 5
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<212>PRT
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1 5
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<211>10
<212>PRT
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<213>人
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Met Phe Leu Glu Arg Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg
20 25 30
Pro Phe Tyr
35
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<213>人
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1 5 10 15
Ile Asp Pro Leu Gly Leu
20
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1 5
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<211>10
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1 5 10
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1 5
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1 5 10 15
Ala
<210>70
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<213>人
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Met Asp Leu Val Leu Lys Arg Cys Leu Leu His Leu Ala Val Ile Gly
1 5 10 15
Ala Leu Leu Ala Val Gly Ala Thr Lys Val Pro Arg Asn Gln Asp Trp
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
Gln Val Ser Leu Lys Val Ser Asn Asp Gly Pro Thr Leu Ile Gly Ala
65 70 75 80
Asn Ala Ser Phe Ser Ile Ala Leu Asn Phe Pro Gly Ser Gln Lys Val
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Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Trp Val Asn Asn Thr Ile Ile Asn Gly
100 105 110
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130 135 140
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145 150 155 160
Gln Val Leu Gly Gly Pro Val Ser Gly Leu Ser Ile Gly Thr Gly Arg
165 170 175
Ala Met Leu Gly Thr His Thr Met Glu Val Thr Val Tyr His Arg Arg
180 185 190
Gly Ser Arg Ser Tyr Val Pro Leu Ala His Ser Ser Ser Ala Phe Thr
195 200 205
Ile Thr Asp Gln Val Pro Phe Ser Val Ser Val Ser Gln Leu Arg Ala
210 215 220
Leu Asp Gly Gly Asn Lys His Phe Leu Arg Asn Gln Pro Leu Thr Phe
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Ala Leu Gln Leu His Asp Pro Ser Gly Tyr Leu Ala Glu Ala Asp Leu
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Ser Tyr Thr Trp Asp Phe Gly Asp Ser Ser Gly Thr Leu Ile Ser Arg
260 265 270
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Asn Thr Thr Ala Gly Gln Val Pro Thr Thr Glu Val Val Gly Thr Thr
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Met Gly Thr Thr Leu Ala Glu Met Ser Thr Pro Glu Ala Thr Gly Met
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Thr Pro Ala Glu Val Ser Ile Val Val Leu Ser Gly Thr Thr Ala Ala
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420 425 430
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Ser Ile Thr Gly Ser Leu Gly Pro Leu Leu Asp Gly Thr Ala Thr Leu
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Gly Ser Phe Ser Val Thr Leu Asp Ile Val Gln Gly Ile Glu Ser Ala
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Thr Val Ser Cys Gln Gly Gly Leu Pro Lys Glu Ala Cys Met Glu Ile
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530 535 540
Leu Pro Ser Pro Ala Cys Gln Leu Val Leu His Gln Ile Leu Lys Gly
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Leu Ala Val Val Ser Thr Gln Leu Ile Met Pro Gly Gln Glu Ala Gly
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610 615 620
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Pro Arg Ile Phe Cys Ser Cys Pro Ile Gly Glu Asn Ser Pro Leu Leu
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Glu Ala Gln Gln Glu Ala Leu Gly Leu Val Cys Val Gln Ala Ala Thr
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Ser Ser Ser Ser Pro Leu Val Leu Gly Thr Leu Glu Glu Val Pro Thr
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50 55 60
Pro Thr Thr Ile Asn Phe Thr Arg Gln Arg Gln Pro Ser Glu Gly Ser
65 70 75 80
Ser Ser Arg Glu Glu Glu Gly Pro Ser Thr Ser Cys Ile Leu Glu Ser
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Leu Phe Arg Ala Val Ile Thr Lys Lys Val Ala Asp Leu Val Gly Phe
100 105 110
Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu Pro Val Thr Lys Ala Glu Met
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Leu Glu Ser Val Ile Lys Asn Tyr Lys His Cys Phe Pro Glu Ile Phe
130 135 140
Gly Lys Ala Ser Glu Ser Leu Gln Leu Val Phe Gly Ile Asp Val Lys
145 150 155 160
Glu Ala Asp Pro Thr Gly His Ser Tyr Val Leu Val Thr Cys Leu Gly
165 170 175
Leu Ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp Asn Gln Ile Met Pro Lys Thr
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Gly Phe Leu Ile Ile Val Leu Val Met Ile Ala Met Glu Gly Gly His
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Asp Gly Arg Glu His Ser Ala Tyr Gly Glu Pro Arg Lys Leu Leu Thr
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Gln Asp Leu Val Gln Glu Lys Tyr Leu Glu Tyr Arg Gln Val Pro Asp
245 250 255
Ser Asp Pro Ala Arg Tyr Glu Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala Leu Ala
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Glu Thr Ser Tyr Val Lys Val Leu Glu Tyr Val Ile Lys Val Ser Ala
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Arg Val Arg Phe Phe Phe Pro Ser Leu Arg Glu Ala Ala Leu Arg Glu
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Glu Glu Glu Gly Val
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<212>PRT
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Glu Ala Arg Gly Glu Ala Leu Gly Leu Val Gly Ala Gln Ala Pro Ala
20 25 30
Thr Glu Glu Gln Gln Thr Ala Ser Ser Ser Ser Thr Leu Val Glu Val
35 40 45
Thr Leu Gly Glu Val Pro Ala Ala Asp Ser Pro Ser Pro Pro His Ser
50 55 60
Pro Gln Gly Ala Ser Ser Phe Ser Thr Thr Ile Asn Tyr Thr Leu Trp
65 70 75 80
Arg Gln Ser Asp Glu Gly Ser Ser Asn Gln Glu Glu Glu Gly Pro Arg
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Met Phe Pro Asp Leu Glu Ser Glu Phe Gln Ala Ala Ile Ser Arg Lys
100 105 110
Met Val Glu Leu Val His Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu
115 120 125
Pro Val Thr Lys Ala Glu Met Leu Glu Ser Val Leu Arg Asn Cys Gln
130 135 140
Asp Phe Phe Pro Val Ile Phe Ser Lys Ala Ser Glu Tyr Leu Gln Leu
145 150 155 160
Val Phe Gly Ile Glu Val Val Glu Val Val Pro Ile Ser His Leu Tyr
165 170 175
Ile Leu Val Thr Cys Leu Gly Leu Ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp
180 185 190
Asn Gln Val Met Pro Lys Thr Gly Leu Leu Ile Ile Val Leu Ala Ile
195 200 205
Ile Ala Ile Glu Gly Asp Cys Ala Pro Glu Glu Lys Ile Trp Glu Glu
210 215 220
Leu Ser Met Leu Glu Val Phe Glu Gly Arg Glu Asp Ser Val Phe Ala
225 230 235 240
His Pro Arg Lys Leu Leu Met Gln Asp Leu Val Gln Glu Asn Tyr Leu
245 250 255
Glu Tyr Arg Gln Val Pro Gly Ser Asp Pro Ala Cys Tyr Glu Phe Leu
260 265 270
Trp Gly Pro Arg Ala Leu Ile Glu Thr Ser Tyr Val Lys Val Leu His
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His Thr Leu Lys Ile Gly Gly Glu Pro His Ile Ser Tyr Pro Pro Leu
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<212>PRT
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Glu Ala Arg Gly Glu Ala Leu Gly Leu Val Gly Ala Gln Ala Pro Ala
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Thr Glu Glu Gln Glu Ala Ala Ser Ser Ser Ser Thr Leu Val Glu Val
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Thr Leu Gly Glu Val Pro Ala Ala Glu Ser Pro Asp Pro Pro Gln Ser
50 55 60
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Ser Gln Ser Tyr Glu Asp Ser Ser Asn Gln Glu Glu Glu Gly Pro Ser
85 90 95
Thr Phe Pro Asp Leu Glu Ser Glu Phe Gln Ala Ala Leu Ser Arg Lys
100 105 110
Val Ala Glu Leu Val His Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Glu
115 120 125
Pro Val Thr Lys Ala Glu Met Leu Gly Ser Val Val Gly Asn Trp Gln
130 135 140
Tyr Phe Phe Pro Val Ile Phe Ser Lys Ala Ser Ser Ser Leu Gln Leu
145 150 155 160
Val Phe Gly Ile Glu Leu Met Glu Val Asp Pro Ile Gly His Leu Tyr
165 170 175
Ile Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu Ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp
180 185 190
Asn Gln Ile Met Pro Lys Ala Gly Leu Leu Ile Ile Val Leu Ala Ile
195 200 205
Ile Ala Arg Glu Gly Asp Cys Ala Pro Glu Glu Lys Ile Trp Glu Glu
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Leu Ser Val Leu Glu Val Phe Glu Gly Arg Glu Asp Ser Ile Leu Gly
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Asp Pro Lys Lys Leu Leu Thr Gln His Phe Val Gln Glu Asn Tyr Leu
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Glu Tyr Arg Gln Val Pro Gly Ser Asp Pro Ala Cys Tyr Glu Phe Leu
260 265 270
Trp Gly Pro Arg Ala Leu Val Glu Thr Ser Tyr Val Lys Val Leu His
275 280 285
His Met Val Lys Ile Ser Gly Gly Pro His Ile Ser Tyr Pro Pro Leu
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His Glu Trp Val Leu Arg Glu Gly Glu Glu
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Gly Pro Gly Gly Pro Gly Ile Pro Asp Gly Pro Gly Gly Asn Ala Gly
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Gly Pro Gly Glu Ala Gly Ala Thr Gly Gly Arg Gly Pro Arg Gly Ala
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Gly Ala Ala Arg Ala Ser Gly Pro Gly Gly Gly Ala Pro Arg Gly Pro
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65 70 75 80
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Ala Pro Pro Leu Pro Val Pro Gly Val Leu Leu Lys Glu Phe Thr Val
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Ser Gly Asn Ile Leu Thr Ile Arg Leu Thr Ala Ala Asp His Arg Gln
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Leu Gln Leu Ser Ile Ser Ser Cys Leu Gln Gln Leu Ser Leu Leu Met
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Gly Gln Arg Arg
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<212>PRT
<213>人
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Gly Pro Gly Gly Pro Gly Ile Pro Asp Gly Pro Gly Gly Asn Ala Gly
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Gly Pro Gly Glu Ala Gly Ala Thr Gly Gly Arg Gly Pro Arg Gly Ala
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Gly Ala Ala Arg Ala Ser Gly Pro Arg Gly Gly Ala Pro Arg Gly Pro
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65 70 75 80
Arg Arg Pro Asp Ser Arg Leu Leu Glu Leu His Ile Thr Met Pro Phe
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Ser Ser Pro Met Glu Ala Glu Leu Val Arg Arg Ile Leu Ser Arg Asp
100 105 110
Ala Ala Pro Leu Pro Arg Pro Gly Ala Val Leu Lys Asp Phe Thr Val
115 120 125
Ser Gly Asn Leu Leu Phe Ile Arg Leu Thr Ala Ala Asp His Arg Gln
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Leu Gln Leu Ser Ile Ser Ser Cys Leu Gln Gln Leu Ser Leu Leu Met
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Gly Gln Arg Arg
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<213>人
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Met Gln Ala Glu Gly Arg Gly Thr Gly Gly Ser Thr Gly Asp Ala Asp
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Gly Pro Gly Gly Pro Gly Ile Pro Asp Gly Pro Gly Gly Asn Ala Gly
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Gly Pro Gly Glu Ala Gly Ala Thr Gly Gly Arg Gly Pro Arg Gly Als
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Gly Ala Ala Arg Ala Ser Gly Pro Arg Gly Gly Ala Pro Arg Gly Pro
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Arg Arg Pro Asp Ser Arg Leu Leu Glu Leu His Ile Thr Met Pro Phe
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Ser Leu Leu Lys Asp Glu Ala Leu Ala Ile Ala Ala Leu Glu Leu Leu
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Pro Arg Glu Leu Phe Pro Pro Leu Phe Met Ala Ala Phe Asp Gly Arg
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His Gln Asp Phe Trp Thr Val Trp Ser Gly Asn Arg Ala Ser Leu Tyr
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Ser Phe Pro Glu Pro Glu Ala Ala Gln Pro Met Thr Lys Lys Arg Lys
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Val Leu Val Asp Leu Phe Leu Lys Glu Gly Ala Cys Asp Glu Leu Phe
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Cys Cys Lys Lys Leu Lys Ile Phe Ala Met Pro Met Gln Asp Ile Lys
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Met Ile Leu Lys Met Val Gln Leu Asp Ser Ile Glu Asp Leu Glu Val
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Thr Cys Thr Trp Lys Leu Pro Thr Leu Ala Lys Phe Ser Pro Tyr Leu
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Gly Gln Met Ile Asn Leu Arg Arg Leu Leu Leu Ser His Ile His Ala
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Ser Ser Tyr Ile Ser Pro Glu Lys Glu Glu Gln Tyr Ile Ala Gln Phe
275 280 285
Thr Ser Gln Phe Leu Ser Leu Gln Cys Leu Gln Ala Leu Tyr Val Asp
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Gly Asp Val Met His Leu Ser Gln Ser Pro Ser Val Ser Gln Leu Ser
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<212>PRT
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<212>DNA
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gtgctaaaaa gatgccttct tcatttggct gtgataggtg ctttgtggct gtgggggcta 60
caaaagtacc cagaaaccag gactggcttg gtgtctcaag gcaactcaga accaaagcct 120
ggaacaggca gctgtatcca gagtggacag aagcccagag acttgactgc tggagaggtg 180
gtcaagtgtc cctcaaggtc agtaatgatg ggcctacact gattggtgca aatgcctcct 240
tctctattgc cttgaacttc cctggaagcc aaaaggtatt gccagatggg caggttatct 300
gggtcaacaa taccatcatc aatgggagcc aggtgtgggg aggacagcca gtgtatcccc 360
aggaaactga cgatgcctgc atcttccctg atggtggacc ttgcccatct ggctcttggt 420
ctcagaagag aagctttgtt tatgtctgga agacctgggg tgagggactc ccttctcagc 480
ctatcatcca cacttgtgtt tacttctttc tacctgatca cctttctttt ggccgcccct 540
tccaccttaa cttctgtgat tttctctaat cttcattttc ctcttagatc ttttctcttt 600
cttagcacct agcccccttc aagctctatc ataattcttt ctggcaactc ttggcctcaa 660
ttgtagtcct accccatgga atgcctcatt aggacccctt ccctgtcccc ccatatcaca 720
gccttccaaa caccctcaga agtaatcata cttcctgacc tcccatctcc agtgccgttt 780
cgaagcctgt ccctcagtcc cctttgacca gtaatctctt cttccttgct tttcattcca 840
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<222>(1)...(2)
<223>n=A,T,C或G
<400>85
gcttcagggt acagctcccc cgcagccaga agccgggcct gcagcccctc agcaccgctc 60
cgggacaccc cacccgcttc ccaggcgtga cctgtcaaca gcaacttcgc ggtgtggtga 120
actctctgag gaaaaaccat tttgattatt actctcagac gtgcgtggca acaagtgact 180
gagacctaga aatccaagcg ttggaggtcc tgaggccagc ctaagtcgct tcaaaatgga 240
acgaaggcgt ttgtggggtt ccattcagag ccgatacatc agcatgagtg tgtggacaag 300
cccacggaga cttgtggagc tggcagggca gagcctgctg aaggatgagg ccctggccat 360
tgccgccctg gagttgctgc ccagggagct cttcccgcca ctcttcatgg cagcctttga 420
cgggagacac agccagaccc tgaaggcaat ggtgcaggcc tggcccttca cctgcctccc 480
tctgggagtg ctgatgaagg gacaacatct tcacctggag accttcaaag ctgtgcttga 540
tggacttgat gtgctccttg cccaggaggt tcgccccagg aggtggaaac ttcaagtgct 600
ggatttacgg aagaactctc atcaggactt ctggactgta tggtctggaa acagggccag 660
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tatcaagatg atcctgaaaa tggtgcagct ggactctatt gaagatttgg aagtgacttg 960
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tgtggactct ttatttttcc ttagaggccg cctggatcag ttgctcaggc acgtgatgaa 1200
ccccttggaa accctctcaa taactaactg ccggctttcg gaaggggatg tgatgcatct 1260
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tgttgaaaat aaagagaagc aatgtgaagc aaaaaaaaaa aaaaaaaa 2148
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<211>1466
<212>DNA
<213>人
<400>86
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catcaggaac aaaagcgtga tcttgctggg tcggcacagc ctgtttcatc ctgaagacac 300
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Gly Tyr Val Ile Gly Thr Gln Gln Ala Thr Pro Gly Pro Ala Tyr Ser
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Ile Gln Asn Asp Thr Gly Phe Tyr Thr Leu His Val Ile Lys Ser Asp
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Pro Lys Pro Ser Ile Ser Ser Asn Asn Ser Lys Pro Val Glu Asp Lys
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Asp Ala Val Ala Phe Thr Cys Glu Pro Glu Thr Gln Asp Ala Thr Tyr
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Thr Ile Ser Pro Leu Asn Thr Ser Tyr Arg Ser Gly Glu Asn Leu Asn
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Leu Ser Cys His Ala Ala Ser Asn Pro Pro Ala Gln Tyr Ser Trp Phe
260 265 270
Val Asn Gly Thr Phe Gln Gln Ser Thr Gln Glu Leu Phe Ile Pro Asn
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Glu Pro Pro Lys Pro Phe Ile Thr Ser Asn Asn Ser Asn Pro Val Glu
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Ser Asn Ile Thr Glu Lys Asn Ser Gly Leu Tyr Thr Cys Gln Ala Asn
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Asn Ser Ala Ser Gly His Ser Arg Thr Thr Val Lys Thr Ile Thr Val
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<213>人
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<212>PRT
<213>人
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Met Glu Leu Ala Ala Leu Cys Arg Trp Gly Leu Leu Leu Ala Leu Leu
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Gly Asp Leu Thr Leu Gly Leu Glu Pro Ser Glu Glu Glu Ala Pro Arg
1060 1065 1070
Ser Pro Leu Ala Pro Ser Glu Gly Ala Gly Ser Asp Val Phe Asp Gly
1075 1080 1085
Asp Leu Gly Met Gly Ala Ala Lys Gly Leu Gln Ser Leu Pro Thr His
1090 1095 1100
Asp Pro Ser Pro Leu Gln Arg Tyr Ser Glu Asp Pro Thr Val Pro Leu
1105 1110 1115 1120
Pro Ser Glu Thr Asp Gly Tyr Val Ala Pro Leu Thr Cys Ser Pro Gln
1125 1130 1135
Pro Glu Tyr Val Asn Gln Pro Asp Val Arg Pro Gln Pro Pro Ser Pro
1140 1145 1150
Arg Glu Gly Pro Leu Pro Ala Ala Arg Pro Ala Gly Ala Thr Leu Glu
1155 1160 1165
Arg Ala Lys Thr Leu Ser Pro Gly Lys Asn Gly Val Val Lys Asp Val
1170 1175 1180
Phe Ala Phe Gly Gly Ala Val Glu Asn Pro Glu Tyr Leu Thr Pro Gln
1185 1190 1195 1200
Gly Gly Ala Ala Pro Gln Pro His Pro Pro Pro Ala Phe Ser Pro Ala
1205 1210 1215
Phe Asp Asn Leu Tyr Tyr Trp Asp Gln Asp Pro Pro Glu Arg Gly Ala
1220 1225 1230
Pro Pro Ser Thr Phe Lys Gly Thr Pro Thr Ala Glu Asn Pro Glu Tyr
1235 1240 1245
Leu Gly Leu Asp Val Pro Val
1250 1255
<210>91
<211>4530
<212>DNA
<213>人
<400>91
aattctcgag ctcgtcgacc ggtcgacgag ctcgagggtc gacgagctcg agggcgcgcg 60
cccggccccc acccctcgca gcaccccgcg ccccgcgccc tcccagccgg gtccagccgg 120
agccatgggg ccggagccgc agtgagcacc atggagctgg cggccttgtg ccgctggggg 180
ctcctcctcg ccctcttgcc ccccggagcc gcgagcaccc aagtgtgcac cggcacagac 240
atgaagctgc ggctccctgc cagtcccgag acccacctgg acatgctccg ccacctctac 300
cagggctgcc aggtggtgca gggaaacctg gaactcacct acctgcccac caatgccagc 360
ctgtccttcc tgcaggatat ccaggaggtg cagggctacg tgctcatcgc tcacaaccaa 420
gtgaggcagg tcccactgca gaggctgcgg attgtgcgag gcacccagct ctttgaggac 480
aactatgccc tggccgtgct agacaatgga gacccgctga acaataccac ccctgtcaca 540
ggggcctccc caggaggcct gcgggagctg cagcttcgaa gcctcacaga gatcttgaaa 600
ggaggggtct tgatccagcg gaacccccag ctctgctacc aggacacgat tttgtggaag 660
gacatcttcc acaagaacaa ccagctggct ctcacactga tagacaccaa ccgctctcgg 720
gcctgccacc cctgttctcc gatgtgtaag ggctcccgct gctggggaga gagttctgag 780
gattgtcaga gcctgacgcg cactgtctgt gccggtggct gtgcccgctg caaggggcca 840
ctgcccactg actgctgcca tgagcagtgt gctgccggct gcacgggccc caagcactct 900
gactgcctgg cctgcctcca cttcaaccac agtggcatct gtgagctgca ctgcccagcc 960
ctggtcacct acaacacaga cacgtttgag tccatgccca atcccgaggg ccggtataca 1020
ttcggcgcca gctgtgtgac tgcctgtccc tacaactacc tttctacgga cgtgggatcc 1080
tgcaccctcg tctgccccct gcacaaccaa gaggtgacag cagaggatgg aacacagcgg 1140
tgtgagaagt gcagcaagcc ctgtgcccga gtgtgctatg gtctgggcat ggagcacttg 1200
cgagaggtga gggcagttac cagtgccaat atccaggagt ttgctggctg caagaagatc 1260
tttgggagcc tggcatttct gccggagagc tttgatgggg acccagcctc caacactgcc 1320
ccgctccagc cagagcagct ccaagtgttt gagactctgg aagagatcac aggttaccta 1380
tacatctcag catggccgga cagcctgcct gacctcagcg tcttccagaa cctgcaagta 1440
atccggggac gaattctgca caatggcgcc tactcgctga ccctgcaagg gctgggcatc 1500
agctggctgg ggctgcgctc actgagggaa ctgggcagtg gactggccct catccaccat 1560
aacacccacc tctgcttcgt gcacacggtg ccctgggacc agctctttcg gaacccgcac 1620
caagctctgc tccacactgc caaccggcca gaggacgagt gtgtgggcga gggcctggcc 1680
tgccaccagc tgtgcgcccg agggcactgc tggggtccag ggcccaccca gtgtgtcaac 1740
tgcagccagt tccttcgggg ccaggagtgc gtggaggaat gccgagtact gcaggggctc 1800
cccagggagt atgtgaatgc caggcactgt ttgccgtgcc accctgagtg tcagccccag 1860
aatggctcag tgacctgttt tggaccggag gctgaccagt gtgtggcctg tgcccactat 1920
aaggaccctc ccttctgcgt ggcccgctgc cccagcggtg tgaaacctga cctctcctac 1980
atgcccatct ggaagtttcc agatgaggag ggcgcatgcc agccttgccc catcaactgc 2040
acccactcct gtgtggacct ggatgacaag ggctgccccg ccgagcagag agccagccct 2100
ctgacgtcca tcgtctctgc ggtggttggc attctgctgg tcgtggtctt gggggtggtc 2160
tttgggatcc tcatcaagcg acggcagcag aagatccgga agtacacgat gcggagactg 2220
ctgcaggaaa cggagctggt ggagccgctg acacctagcg gagcgatgcc caaccaggcg 2280
cagatgcgga tcctgaaaga gacggagctg aggaaggtga aggtgcttgg atctggcgct 2340
tttggcacag tctacaaggg catctggatc cctgatgggg agaatgtgaa aattccagtg 2400
gccatcaaag tgttgaggga aaacacatcc cccaaagcca acaaagaaat cttagacgaa 2460
gcatacgtga tggctggtgt gggctcccca tatgtctccc gccttctggg catctgcctg 2520
acatccacgg tgcagctggt gacacagctt atgccctatg gctgcctctt agaccatgtc 2580
cgggaaaacc gcggacgcct gggctcccag gacctgctga actggtgtat gcagattgcc 2640
aaggggatga gctacctgga ggatgtgcgg ctcgtacaca gggacttggc cgctcggaac 2700
gtgctggtca agagtcccaa ccatgtcaaa attacagact tcgggctggc tcggctgctg 2760
gacattgacg agacagagta ccatgcagat gggggcaagg tgcccatcaa gtggatggcg 2820
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atccctgacc tgctggaaaa gggggagcgg ctgccccagc cccccatctg caccattgat 3000
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ttctgtccag accctgcccc gggcgctggg ggcatggtcc accacaggca ccgcagctca 3300
tctaccagga gtggcggtgg ggacctgaca ctagggctgg agccctctga agaggaggcc 3360
cccaggtctc cactggcacc ctccgaaggg gctggctccg atgtatttga tggtgacctg 3420
ggaatggggg cagccaaggg gctgcaaagc ctccccacac atgaccccag ccctctacag 3480
cggtacagtg aggaccccac agtacccctg ccctctgaga ctgatggcta cgttgccccc 3540
ctgacctgca gcccccagcc tgaatatgtg aaccagccag atgttcggcc ccagccccct 3600
tcgccccgag agggccctct gcctgctgcc cgacctgctg gtgccactct ggaaagggcc 3660
aagactctct ccccagggaa gaatggggtc gtcaaagacg tttttgcctt tgggggtgcc 3720
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cctgccttca gcccagcctt cgacaacctc tattactggg accaggaccc accagagcgg 3840
ggggctccac ccagcacctt caaagggaca cctacggcag agaacccaga gtacctgggt 3900
ctggacgtgc cagtgtgaac cagaaggcca agtccgcaga agccctgatg tgtcctcagg 3960
gagcagggaa ggcctgactt ctgctggcat caagaggtgg gagggccctc cgaccacttc 4020
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tgcttttctg tttagttttt actttttttg ttttgttttt ttaaagacga aataaagacc 4440
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<212>PRT
<213>人
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Met Glu Lys Gln Lys Pro Phe Ala Leu Phe Val Pro Pro Arg Ser Ser
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Ser Ser Gln Val Ser Ala Val Lys Pro Gln Thr Leu Gly Gly Asp Ser
20 25 30
Thr Phe Phe Lys Ser Phe Asn Lys Cys Thr Glu Asp Asp Leu Glu Phe
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Pro Phe Ala Lys Thr Asn Leu Ser Lys Asn Gly Glu Asn Ile Asp Ser
50 55 60
Asp Pro Ala Leu Gln Lys Val Asn Phe Leu Pro Val Leu Glu Gln Val
65 70 75 80
Gly Asn Ser Asp Cys His Tyr Gln Glu Gly Leu Lys Asp Ser Asp Leu
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Glu Asn Ser Glu Gly Leu Ser Arg Val Phe Ser Lys Leu Tyr Lys Glu
100 105 110
Ala Glu Lys Ile Lys Lys Trp Lys Val Ser Thr Glu Ala Glu Leu Arg
115 120 125
Gln Lys Glu Ser Lys Leu Gln Glu Asn Arg Lys Ile Ile Glu Ala Gln
130 135 140
Arg Lys Ala Ile Gln Glu Leu Gln Phe Gly Asn Glu Lys Val Ser Leu
145 150 155 160
Lys Leu Glu Glu Gly Ile Gln Glu Asn Lys Asp Leu Ile Lys Glu Asn
165 170 175
Asn Ala Thr Arg His Leu Cys Asn Leu Leu Lys Glu Thr Cys Ala Arg
180 185 190
Ser Ala Glu Lys Thr Lys Lys Tyr Glu Tyr Glu Arg Glu Glu Thr Arg
195 200 205
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210 215 220
His Gly Glu Leu Arg Val Gln Ala Glu Asn Ser Arg Leu Glu Met His
225 230 235 240
Phe Lys Leu Lys Glu Asp Tyr Glu Lys Ile Gln His Leu Glu Gln Glu
245 250 255
Tyr Lys Lys Glu Ile Asn Asp Lys Glu Lys Gln Val Ser Leu Leu Leu
260 265 270
Ile Gln Ile Thr Glu Lys Glu Asn Lys Met Lys Asp Leu Thr Phe Leu
275 280 285
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290 295 300
Leu Gln Ser Glu Asn Leu Lys Gln Ser Ile Glu Lys Gln His His Leu
305 310 315 320
Thr Lys Glu Leu Glu Asp Ile Lys Val Ser Leu Gln Arg Ser Val Ser
325 330 335
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340 345 350
Cys Gln Leu Thr Glu Glu Lys Glu Thr Gln Met Glu Glu Ser Asn Lys
355 360 365
Ala Arg Ala Ala His Ser Phe Val Val Thr Glu Phe Glu Thr Thr Val
370 375 380
Cys Ser Leu Glu Glu Leu Leu Arg Thr Glu Gln Gln Arg Leu Glu Lys
385 390 395 400
Asn Glu Asp Gln Leu Lys Ile Leu Thr Met Glu Leu Gln Lys Lys Ser
405 410 415
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420 425 430
Leu Glu Glu Leu Lys Lys Val Leu Gly Glu Lys Glu Thr Leu Leu Tyr
435 440 445
Glu Asn Lys Gln Phe Glu Lys Ile Ala Glu Glu Leu Lys Gly Thr Glu
450 455 460
Gln Glu Leu Ile Gly Leu Leu Gln Ala Arg Glu Lys Glu Val His Asp
465 470 475 480
Leu Glu Ile Gln Leu Thr Ala Ile Thr Thr Ser Glu Gln Tyr Tyr Ser
485 490 495
Lys Glu Val Lys Asp Leu Lys Thr Glu Leu Glu Asn Glu Lys Leu Lys
500 505 510
Asn Thr Glu Leu Thr Ser His Cys Asn Lys Leu Ser Leu Glu Asn Lys
515 520 525
Glu Leu Thr Gln Glu Thr Ser Asp Met Thr Leu Glu Leu Lys Asn Gln
530 535 540
Gln Glu Asp Ile Asn Asn Asn Lys Lys Gln Glu Glu Arg Met Leu Lys
545 550 555 560
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565 570 575
Glu Tyr Val Arg Glu Glu Leu Lys Gln Lys Arg Asp Glu Val Lys Cys
580 585 590
Lys Leu Asp Lys Ser Glu Glu Asn Cys Asn Asn Leu Arg Lys Gln Val
595 600 605
Glu Asn Lys Asn Lys Tyr Ile Glu Glu Leu Gln Gln Glu Asn Lys Ala
610 615 620
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Ile Glu Arg Glu Glu Lys Glu Lys Leu Lys Arg Glu Ala Lys Glu Asn
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Lys Asp Lys Arg Asp Tyr Leu Trp Thr Ser Ala Lys Asn Thr Leu Ser
835 840 845
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850 855 860
Leu Gln Gln Arg Glu Asn Leu Asn Ile Pro Ile Glu Glu Ser Lys Lys
865 870 875 880
Lys Arg Lys Met Ala Phe Glu Phe Asp Ile Asn Ser Asp Ser Ser Glu
885 890 895
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900 905 910
Leu Tyr Arg Asn Asn Asn Pro Pro Ala Ser His Leu Cys Val Lys Thr
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Pro Lys Lys Ala Pro Ser Ser Leu Thr Thr Pro Gly Pro Thr Leu Lys
930 935 940
Phe Gly Ala Ile Arg Lys Met Arg Glu Asp Arg Trp Ala Val Ile Ala
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Lys Met Asp Arg Lys Lys Lys Leu Lys Glu Ala Glu Lys Leu Phe Val
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<212>DNA
<213>人
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gttcgtacca ccgagatcaa gcagcagtca ggtgtctgcg gtgaaacctc agaccctggg 180
aggcgattcc actttcttca agagtttcaa caaatgtact gaagatgatt tggagtttcc 240
atttgcaaag actaatctct ccaaaaatgg ggaaaacatt gattcagatc ctgctttaca 300
aaaagttaat ttcttgcccg tgcttgagca ggttggtaat tctgactgtc actatcagga 360
aggactaaaa gactctgatt tggagaattc agagggattg agcagagtgt tttcaaaact 420
gtataaggag gctgaaaaga taaaaaaatg gaaagtaagt acagaagctg aactgagaca 480
gaaagaaagt aagttgcaag aaaacagaaa gataattgaa gcacagcgaa aagccattca 540
ggaactgcaa tttggaaatg aaaaagtaag tttgaaatta gaagaaggaa tacaagaaaa 600
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aaataaacaa tttgagaaga ttgctgaaga attaaaagga acagaacaag aactaattgg 1500
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aaataaaaac aagtatattg aagaacttca gcaggagaat aaggccttga aaaaaaaagg 1980
tacagcagaa agcaagcaac tgaatgttta tgagataaag gtcaataaat tagagttaga 2040
actagaaagt gccaaacaga aatttggaga aatcacagac acctatcaga aagaaattga 2100
ggacaaaaag atatcagaag aaaatctttt ggaagaggtt gagaaagcaa aagtaatagc 2160
tgatgaagca gtaaaattac agaaagaaat tgataagcga tgtcaacata aaatagctga 2220
aatggtagca cttatggaaa aacataagca ccaatatgat aagatcattg aagaaagaga 2280
ctcagaatta ggactttata agagcaaaga acaagaacag tcatcactga gagcatcttt 2340
ggagattgaa ctatccaatc tcaaagctga acttttgtct gttaagaagc aacttgaaat 2400
agaaagagaa gagaaggaaa aactcaaaag agaggcaaaa gaaaacacag ctactcttaa 2460
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attggattct aaagcagttc cttcacaaac tgtatctcga aatttcacat cagttgatca 2580
tggcatatcc aaagataaaa gagactatct gtggacatct gccaaaaata ctttatctac 2640
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tattaattca gatagttcag aaactactga tcttttgagc atggtttcag aagaagagac 2820
attgaaaaca ctgtatagga acaataatcc accagcttct catctttgtg tcaaaacacc 2880
aaaaaaggcc ccttcatctc taacaacccc tggacctaca ctgaagtttg gagctataag 2940
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Ile Ser Glu Lys Leu Arg Lys Ala Phe Asp Asp Ile Ala Lys Tyr Phe
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gggaatgatt ttggtaacga tcgaaaccac aggaatcagg ttgaacgtcc tcagatgact 300
ttcggcagcc tccagagaat cttcccgaag atcatgccca agaagccagc agaggaagaa 360
aatggtttga aggaagtgcc agaggcatct ggcccacaaa atgatgggaa acagctgtgc 420
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aaacatgcct ggacccacag actgcgtgag agaaagcagc tggtggttta tgaagagatc 540
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<211>94
<212>PRT
<213>人
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ggaagatcga cctatcggcc tagaccaaga cgctacgtag agcctcctga aatgattggg 120
cctatgcggc ccgagcagtt cagtgatgaa gtggaaccag caacacctga agaaggggaa 180
ccagcaactc aacgtcagga tcctgcagct gctcaggagg gagaggatga gggagcatct 240
gcaggtcaag ggccgaagcc tgaagctgat agccaggaac agggtcaccc acagactggg 300
tgtgagtgtg aagatggtcc tgatgggcag gagatggacc cgccaaatcc agaggaggtg 360
aaaacgcctg aagaagagat gaggtctcac tatgttgccc agactgggat tctctggctt 420
ttaatgaaca attgcttctt aaatctttcc ccacggaaac cttgagtgac tgaaatatca 480
aatggcgaga gaccgtttag ttcctatcat ctgtggcatg tgaagggcaa tcacagtgtt 540
aaaagaagac atgctgaaat gttgcaggct gctcctatgt tggaaaattc ttcattgaag 600
ttctcccaat aaagctttac agccttctgc aaagaaaaaa aaaaaa 646
<210>98
<211>98
<212>PRT
<213>人
<400>98
His Cys Pro Thr Glu Asn Glu Pro Asp Leu Ala Gln Cys Phe Phe Cys
1 5 10 15
Phe Lys Glu Leu Glu Gly Trp Glu Pro Asp Asp Asp Pro Ile Glu Glu
20 25 30
His Lys Lys His Ser Ser Gly Cys Ala Phe Leu Ser Val Lys Lys Gln
35 40 45
Phe Glu Glu Leu Thr Leu Gly Glu Phe Leu Lys Leu Asp Arg Glu Arg
50 55 60
Ala Lys Asn Lys Ile Ala Lys Glu Thr Asn Asn Lys Lys Lys Glu Phe
65 70 75 80
Glu Glu Thr Ala Lys Lys Val Arg Arg Ala Ile Glu Gln Leu Ala Ala
85 90 95
Met Asp
<210>99
<211>1619
<212>DNA
<213>人
<400>99
ccgccagatt tgaatcgcgg gacccgttgg cagaggtggc ggcggcggca tgggtgcccc 60
gacgttgccc cctgcctggc agccctttct caaggaccac cgcatctcta cattcaagaa 120
ctggcccttc ttggagggct gcgcctgcac cccggagcgg atggccgagg ctggcttcat 180
ccactgcccc actgagaacg agccagactt ggcccagtgt ttcttctgct tcaaggagct 240
ggaaggctgg gagccagatg acgaccccat agaggaacat aaaaagcatt cgtccggttg 300
cgctttcctt tctgtcaaga agcagtttga agaattaacc cttggtgaat ttttgaaact 360
ggacagagaa agagccaaga acaaaattgc aaaggaaacc aacaataaga agaaagaatt 420
tgaggaaact gcgaagaaag tgcgccgtgc catcgagcag ctggctgcca tggattgagg 480
cctctggccg gagctgcctg gtcccagagt ggctgcacca cttccagggt ttattccctg 540
gtgccaccag ccttcctgtg ggccccttag caatgtctta ggaaaggaga tcaacatttt 600
caaattagat gtttcaactg tgctcctgtt ttgtcttgaa agtggcacca gaggtgcttc 660
tgcctgtgca gcgggtgctg ctggtaacag tggctgcttc tctctctctc tctctttttt 720
gggggctcat ttttgctgtt ttgattcccg ggcttaccag gtgagaagtg agggaggaag 780
aaggcagtgt cccttttgct agagctgaca gctttgttcg cgtgggcaga gccttccaca 840
gtgaatgtgt ctggacctca tgttgttgag gctgtcacag tcctgagtgt ggacttggca 900
ggtgcctgtt gaatctgagc tgcaggttcc ttatctgtca cacctgtgcc tcctcagagg 960
acagtttttt tgttgttgtg tttttttgtt tttttttttt ggtagatgca tgacttgtgt 1020
gtgatgagag aatggagaca gagtccctgg ctcctctact gtttaacaac atggctttct 1080
tattttgttt gaattgttaa ttcacagaat agcacaaact acaattaaaa ctaagcacaa 1140
agccattcta agtcattggg gaaacggggt gaacttcagg tggatgagga gacagaatag 1200
agtgatagga agcgtctggc agatactcct tttgccactg ctgtgtgatt agacaggccc 1260
agtgagccgc ggggcacatg ctggccgctc ctccctcaga aaaaggcagt ggcctaaatc 1320
ctttttaaat gacttggctc gatgctgtgg gggactggct gggctgctgc aggccgtgtg 1380
tctgtcagcc caaccttcac atctgtcacg ttctccacac gggggagaga cgcagtccgc 1440
ccaggtcccc gctttctttg gaggcagcag ctcccgcagg gctgaagtct ggcgtaagat 1500
gatggatttg attcgccctc ctccctgtca tagagctgca gggtggattg ttacagcttc 1560
gctggaaacc tctggaggtc atctcggctg ttcctgagaa ataaaaagcc tgtcatttc 1619
<210>100
<211>74
<212>PRT
<213>人
<400>100
Cys Trp Tyr Cys Arg Arg Arg Asn Gly Tyr Arg Ala Leu Met Asp Lys
1 5 10 15
Ser Leu His Val Gly Thr Gln Cys Ala Leu Thr Arg Arg Cys Pro Gln
20 25 30
Glu Gly Phe Asp His Arg Asp Ser Lys Val Ser Leu Gln Glu Lys Asn
35 40 45
Cys Glu Pro Val Val Pro Asn Ala Pro Pro Ala Tyr Glu Lys Leu Ser
50 55 60
Ala Glu Gln Ser Pro Pro Pro Tyr Ser Pro
65 70
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<212>DNA
<213>人
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agcagacaga ggactctcat taaggaaggt gtcctgtgcc ctgaccctac aagatgccaa 60
gagaagatgc tcacttcatc tatggttacc ccaagaaggg gcacggccac tcttacacca 120
cggctgaaga ggccgctggg atcggcatcc tgacagtgat cctgggagtc ttactgctca 180
tcggctgttg gtattgtaga agacgaaatg gatacagagc cttgatggat aaaagtcttc 240
atgttggcac tcaatgtgcc ttaacaagaa gatgcccaca agaagggttt gatcatcggg 300
acagcaaagt gtctcttcaa gagaaaaact gtgaacctgt ggttcccaat gctccacctg 360
cttatgagaa actctctgca gaacagtcac caccacctta ttcaccttaa gagccagcga 420
gacacctgag acatgctgaa attatttctc tcacactttt gcttgaattt aatacagaca 480
tctaatgttc tcctttggaa tggtgtagga aaaatgcaag ccatctctaa taataagtca 540
gtgttaaaat tttagtaggt ccgctagcag tactaatcat gtgaggaaat gatgagaaat 600
attaaattgg gaaaactcca tcaataaatg ttgcaatgca tgatactatc tgtgccagag 660
gtaatgttag taaatccatg gtgttatttt ctgagagaca gaattcaagt gggtattctg 720
gggccatcca atttctcttt acttgaaatt tggctaataa caaactagtc aggttttcga 780
accttgaccg acatgaactg tacacagaat tgttccagta ctatggagtg ctcacaaagg 840
atacttttac aggttaagac aaagggttga ctggcctatt tatctgatca agaacatgtc 900
agcaatgtct ctttgtgctc taaaattcta ttatactaca ataatatatt gtaaagatcc 960
tatagctctt tttttttgag atggagtttc gcttttgttg cccaggctgg agtgcaatgg 1020
cgcgatcttg gctcaccata acctccgcct cccaggttca agcaattctc ctgccttagc 1080
ctcctgagta gctgggatta caggcgtgcg ccactatgcc tgactaattt tgtagtttta 1140
gtagagacgg ggtttctcca tgttggtcag gctggtctca aactcctgac ctcaggtgat 1200
ctgcccgcct cagcctccca aagtgctgga attacaggcg tgagccacca cgcctggctg 1260
gatcctatat cttaggtaag acatataacg cagtctaatt acatttcact tcaaggctca 1320
atgctattct aactaatgac aagtattttc tactaaacca gaaattggta gaaggattta 1380
aataagtaaa agctactatg tactgcctta gtgctgatgc ctgtgtactg ccttaaatgt 1440
acctatggca atttagctct cttgggttcc caaatccctc tcacaagaat gtgcagaaga 1500
aatcataaag gatcagagat tctg 1524
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<212>PRT
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Met Ala Ala Arg Ala Val Phe Leu Ala Leu Ser Ala Gln Leu Leu Gln
1 5 10 15
Ala Arg Leu Met Lys Glu Glu Ser Pro Val Val Ser Trp Arg Leu Glu
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Pro Glu Asp Gly Thr Ala Leu Cys Phe Ile Phe
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<212>DNA
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cgccaattta gggtctccgg tatctcccgc tgagctgctc tgttcccggc ttagaggacc 60
aggagaaggg ggagctggag gctggagcct gtaacaccgt ggctcgtctc actctggatg 120
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tattctactt gtattaaaag gtaataatac ataatcatta aaatctgagg gatcattgcc 780
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ttaaaaagtc aatcagtatt caacatcttt tacactaaaa agcc 1004
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Trp Val Leu Thr Ala Ala His Cys Ile
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<212>PRT
<213>人
<400>105
Pro Met Trp Phe Leu Val Leu Cys Leu Ala Leu Ser Leu Gly Gly Thr
1 5 10 15
Gly Ala Ala Pro Pro Ile Gln Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Glu Cys
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Glu Gln His Ser Gln Pro Trp Gln Ala Ala Leu Tyr His Phe Ser Thr
35 40 45
Phe Gln Cys Gly Gly Ile Leu Val His Arg Gln Trp Val Leu Thr Ala
50 55 60
Ala His Cys Ile Ser Asp Asn Tyr Gln Leu Trp Leu Gly Arg His Asn
65 70 75 80
Leu Phe Asp Asp Glu Asn Thr Ala Gln Phe Val His Val Ser Glu Ser
85 90 95
Phe Pro His Pro Gly Phe Asn Met Ser Leu Leu Glu Asn His Thr Arg
100 105 110
Gln Ala Asp Glu Asp Tyr Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Thr
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Glu Pro Ala Asp Thr Ile Thr Asp Ala Val Lys Val Val Glu Leu Pro
130 135 140
Thr Gln Glu Pro Glu Val Gly Ser Thr Cys Leu Ala Ser Gly Trp Gly
145 150 155 160
Ser Ile Glu Pro Glu Asn Phe Ser Phe Pro Asp Asp Leu Gln Cys Val
165 170 175
Asp Leu Lys Ile Leu Pro Asn Asp Glu Cys Glu Lys Ala His Val Gln
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Lys Val Thr Asp Phe Met Leu Cys Val Gly His Leu Glu Gly Gly Lys
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Leu Gln Gly Val Thr Ser Trp Gly Tyr Val Pro Cys Gly Thr Pro Asn
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<212>PRT
<213>人
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Pro Met Ile Arg Thr Leu Leu Leu Ser Thr Leu Val Ala Gly Ala Leu
1 5 10 15
Ser Cys Gly Asp Pro Thr Tyr Pro Pro Tyr Val Thr Arg Val Val Gly
20 25 30
Gly Glu Glu Ala Arg Pro Asn Ser Trp Pro Trp Gln Val Ser Leu Gln
35 40 45
Tyr Ser Ser Asn Gly Lys Trp Tyr His Thr Cys Gly Gly Ser Leu Ile
50 55 60
Ala Asn Ser Trp Val Leu Thr Ala Ala His Cys Ile Ser Ser Ser Arg
65 70 75 80
Thr Tyr Arg Val Gly Leu Gly Arg His Asn Leu Tyr Val Ala Glu Ser
85 90 95
Gly Ser Leu Ala Val Ser Val Ser Lys Ile Val Val His Lys Asp Trp
100 105 110
Asn Ser Asn Gln Ile Ser Lys Gly Asn Asp Ile Ala Leu Leu Lys Leu
115 120 125
Ala Asn Pro Val Ser Leu Thr Asp Lys Ile Gln Leu Ala Cys Leu Pro
130 135 140
Pro Ala Gly Thr Ile Leu Pro Asn Asn Tyr Pro Cys Tyr Val Thr Gly
145 150 155 160
Trp Gly Arg Leu Gln Thr Asn Gly Ala Val Pro Asp Val Leu Gln Gln
165 170 175
Gly Arg Leu Leu Val Val Asp Tyr Ala Thr Cys Ser Ser Ser Ala Trp
180 185 190
Trp Gly Ser Ser Val Lys Thr Ser Met Ile Cys Ala Gly Gly Asp Gly
195 200 205
Val Ile Ser Ser Cys Asn Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Asn Cys Gln
210 215 220
Ala Ser Asp Gly Arg Trp Gln Val His Gly Ile Val Ser Phe Gly Ser
225 230 235 240
Arg Leu Gly Cys Asn Tyr Tyr His Lys Pro Ser Val Phe Thr Arg Val
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Pro Met Ile Arg Thr Leu Leu Leu Ser Thr Leu Val Ala Gly Ala Leu
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Ser Cys Gly Val Ser Thr Tyr Ala Pro Asp Met Ser Arg Met Leu Gly
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Gly Glu Glu Ala Arg Pro Asn Ser Trp Pro Trp Gln Val Ser Leu Gln
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Tyr Ser Ser Asn Gly Gln Trp Tyr His Thr Cys Gly Gly Ser Leu Ile
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Ala Asn Ser Trp Val Leu Thr Ala Ala His Cys Ile Ser Ser Ser Arg
65 70 75 80
Ile Tyr Arg Val Met Leu Gly Gln His Asn Leu Tyr Val Ala Glu Ser
85 90 95
Gly Ser Leu Ala Val Ser Val Ser Lys Ile Val Val His Lys Asp Trp
100 105 110
Asn Ser Asn Gln Val Ser Lys Gly Asn Asp Ile Ala Leu Leu Lys Leu
115 120 125
Ala Asn Pro Val Ser Leu Thr Asp Lys Ile Gln Leu Ala Cys Leu Pro
130 135 140
Pro Ala Gly Thr Ile Leu Pro Asn Asn Tyr Pro Cys Tyr Val Thr Gly
145 150 155 160
Trp Gly Arg Leu Gln Thr Asn Gly Ala Leu Pro Asp Asp Leu Lys Gln
165 170 175
Gly Arg Leu Leu Val Val Asp Tyr Ala Thr Cys Ser Ser Ser Gly Trp
180 185 190
Trp Gly Ser Thr Val Lys Thr Asn Met Ile Cys Ala Gly Gly Asp Gly
195 200 205
Val Ile Cys Thr Cys Asn Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Asn Cys Gln
210 215 220
Ala Ser Asp Gly Arg Trp Glu Val His Gly Ile Gly Ser Leu Thr Ser
225 230 235 240
Val Leu Gly Cys Asn Tyr Tyr Tyr Lys Pro Ser Ile Phe Thr Arg Val
245 250 255
Ser Asn Tyr Asn Asp Trp Ile Asn Ser Val Ile Ala Asn Asn
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Asn Ile Tyr Asp Leu Phe Val Trp Met
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<212>PRT
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<211>9
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Asp Leu Phe Val Trp Met His Tyr Tyr
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<211>9
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Asp Ala Leu Leu Gly Gly Ser Glu Ile
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<211>10
<212>PRT
<213>人
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Gly Ser Glu Ile Trp Arg Asp Ile Asp Phe
1 5 10
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<211>9
<212>PRT
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Ser Glu Ile Trp Arg Asp Ile Asp Phe
1 5
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Glu Ile Trp Arg Asp Ile Asp Phe Ala
1 5
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<211>10
<212>PRT
<213>人
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Leu Gln Glu Val Tyr Pro Glu Ala Asn Ala
1 5 10
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<212>PRT
<213>人
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Glu Val Tyr Pro Glu Ala Asn Ala Pro Ile
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<212>PRT
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Val Tyr Pro Glu Ala Asn Ala Pro Ile
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Tyr Pro Glu Ala Asn Ala Pro Ile
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<211>10
<212>PRT
<213>人
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Tyr Pro Glu Ala Asn Ala Pro Ile Gly His
1 5 10
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<211>10
<212>PRT
<213>人
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Ala Pro Ile Gly His Asn Arg Glu Ser Tyr
1 5 10
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<212>PRT
<213>人
<400>121
Pro Ile Gly His Asn Arg Glu Ser Tyr
1 5
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<211>10
<212>PRT
<213>人
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Pro Ile Gly His Asn Arg Glu Ser Tyr Met
1 5 10
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<211>10
<212>PRT
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1 5 10
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1 5
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1 5
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Ser Tyr Met Val Pro Phe Ile Pro Leu Tyr
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Tyr Met Val Pro Phe Ile Pro Leu Tyr
1 5
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1 5
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Ile Pro Leu Tyr Arg Asn Gly Asp Phe Phe
1 5 10
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Pro Leu Tyr Arg Asn Gly Asp Phe Phe
1 5
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Pro Leu Tyr Arg Asn Gly Asp Phe Phe Ile
1 5 10
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Arg Asn Gly Asp Phe Phe Ile Ser Ser Lys
1 5 10
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Asn Gly Asp Phe Phe Ile Ser Ser Lys
1 5
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Tyr Ile Lys Ser Tyr Leu Glu Gln Ala
1 5
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Ser Tyr Leu Glu Gln Ala Ser Arg Ile
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Glu Gln Ala Ser Arg Ile Trp Ser Trp Leu
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Gln Ala Ser Arg Ile Trp Ser Trp Leu
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<400>145
Arg Ile Trp Ser Trp Leu Leu Gly Ala
1 5
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Gly Pro Ala Tyr Ser Gly Arg Glu Ile
1 5
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<211>10
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<400>147
Gly Pro Ala Tyr Ser Gly Arg Glu Ile Ile
1 5 10
<210>148
<211>8
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Pro Ala Tyr Ser Gly Arg Glu Ile
1 5
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<400>149
Pro Ala Tyr Ser Gly Arg Glu Ile Ile
1 5
<210>150
<211>10
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Pro Ala Tyr Ser Gly Arg Glu Ile Ile Tyr
1 5 10
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<211>9
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Ala Tyr Ser Gly Arg Glu Ile Ile Tyr
1 5
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Gly Arg Glu Ile Ile Tyr Pro Asn Ala
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Glu Ile Ile Tyr Pro Asn Ala Ser Leu Leu
1 5 10
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<213>人
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<213>人
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Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val
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Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His
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Ser Leu Glu Ile Glu Leu Ser Asn Leu Lys
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Leu Ser Asn Leu Lys Ala Glu Leu Leu
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<400>532
Ser Asn Leu Lys Ala Glu Leu Leu Ser Val
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<213>人
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<213>人
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Gln Leu Leu Gln Ala Arg Leu Met Lys Glu
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<213>人
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Lys His Ser Ser Gly Cys Ala Phe Leu Ser Val Lys Lys Gln Phe Glu
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Asn
<210>605
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<213>人
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Lys Val Arg Arg Ala Ile Glu Gln Leu Ala Ala Met
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Phe Leu Ala Leu Ser Ala Gln Leu Leu Gln Ala
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<213>人
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1 5 10
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<211>26
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<213>人
<400>609
Ala Ala Arg Ala Val Phe Leu Ala Leu Ser Ala Gln Leu Leu Gln Ala
1 5 10 15
Arg Leu Met Lys Glu Glu Ser Pro Val Val
20 25
<210>610
<211>10
<212>PRT
<213>人
<400>610
Arg Leu Glu Pro Glu Asp Gly Thr Ala Leu
1 5 10
Claims (82)
1.一种多肽,其包含一种选自由下述组成的组的组分:
(i) 具有如在表1B中公开的序列的多肽表位;
(ii) 包含(i)多肽的表位聚簇;
(iii) 具有与(i)或(ii)实质相似性的多肽;
(iv) 具有与(i)至(iii)中任何一种的功能相似性的多肽;和
(v) 编码(i)至(iv)中任何一种所述多肽的核酸。
2.权利要求1的多肽,其中所述多肽是免疫活性的。
3.权利要求1的多肽,其中所述多肽长度小于约30个氨基酸。
4.权利要求1的多肽,其中所述多肽长度为8-10个氨基酸。
5.权利要求1的多肽,其中所述实质或功能相似性包含增加至少一个氨基酸。
6.权利要求5的多肽,其中所述至少一个增加的氨基酸是在所述多肽的N末端。
7.权利要求1的多肽,其中所述实质或功能相似性包含替代至少一个氨基酸。
8.权利要求1的多肽,其中所述多肽对HLA-A2分子具有亲和力。
9.权利要求8的多肽,其中所述亲和力是通过结合测定来确定的。
10.权利要求8的多肽,其中所述亲和力是通过测定表位识别的限制性来确定的。
11.权利要求8的多肽,其中所述亲和力是通过预测算法来测定的。
12.权利要求1的多肽,所述多肽对HLA-B7或HLA-B51分子具有亲和力。
13.权利要求1的多肽,其中所述多肽是一种管家表位。
14.权利要求1的多肽,其中所述多肽对应于肿瘤细胞上展示的一种表位。
15.权利要求1的多肽,其中所述多肽对应于新脉管系统细胞上展示的一种表位。
16.权利要求1的多肽,其中所述多肽是一种免疫表位。
17.权利要求1的多肽,其中所述多肽由核酸编码。
18.一种组合物,其包含权利要求1的多肽和一种药用佐剂,载体,稀释剂或赋形剂。
19.权利要求18的组合物,其中所述佐剂是一种多核苷酸。
20.权利要求19的组合物,其中所述多核苷酸包含一种二核苷酸。
21.权利要求20的组合物,其中所述二核苷酸是CpG。
22.权利要求18的组合物,其中所述佐剂由一种多核苷酸编码。
23.权利要求18的组合物,其中所述佐剂是一种细胞因子。
24.权利要求23的组合物,其中所述细胞因子是GM-CSF。
25.权利要求18的组合物,其另外包含一种专职抗原呈递细胞(pAPC)。
26.权利要求25的组合物,其中所述pAPC是一种树突细胞。
27.权利要求18的组合物,其另外包含一种第二表位。
28.权利要求27的组合物,其中所述第二表位是一种多肽。
29.权利要求27的组合物,其中所述第二表位是一种核酸。
30.权利要求27的组合物,其中所述第二表位是一种管家表位。
31.权利要求27的组合物,其中所述第二表位是一种免疫表位。
32.一种组合物,其包含权利要求1的核酸和一种药用佐剂,载体,稀释剂或赋形剂。
33.一种重组构建体,其包含权利要求1的核酸。
34.权利要求33的构建体,其另外包含一种质粒,一种病毒载体,以一种细菌载体或一种人工染色体。
35.权利要求33的构建体,其另外包含一种序列,所述序列编码选自由第二表位,IRES,ISS,NIS和遍在蛋白质组成的组的至少一种特征。
36.一种纯化抗体,其与权利要求1的多肽特异性结合。
37.一种纯化抗体,其与包含权利要求1多肽的肽-MHC蛋白质复合体特异性结合。
38.权利要求36或权利要求37的抗体,其中所述抗体是一种单克隆抗体。
39.一种多聚体MHC-肽复合体,其包含权利要求1的多肽。
40.一种分离的T细胞,其表达一种对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体,所述复合体包含权利要求1的多肽。
41.权利要求40的T细胞,其是通过体外免疫产生的。
42.权利要求40的T细胞,其是从一种免疫动物分离的。
43.一种T细胞克隆,其包含权利要求40的T细胞。
44.一种T细胞多克隆群体,其包含权利要求40的T细胞。
45.一种药物组合物,其包含权利要求40的T细胞和一种药用佐剂,载体,稀释剂或赋形剂。
46.一种分离的蛋白质分子,其包含对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体结合域,所述复合体包含权利要求1的表位。
47.权利要求46的蛋白质,其中所述蛋白质是多价体。
48.一种分离的核酸,其编码权利要求46的蛋白质。
49.一种重组构建体,其包含权利要求48的核酸。
50.一种表达重组构建体的宿主细胞,所述构建体包含权利要求1的核酸,或者所述构建体编码一种包含对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体结合域的蛋白质分子。
51.权利要求50的宿主细胞,其中所述宿主细胞是一种树突细胞,巨噬细胞,肿瘤细胞或肿瘤衍生的细胞。
52.权利要求50的宿主细胞,其中所述宿主细胞是一种细菌,真菌或原生动物。
53.一种组合物,其含有权利要求50的宿主细胞和一种药用佐剂,载体,稀释剂或赋形剂。
54.一种组合物,其包含至少一种组分,所述组分选自由下述组成的组:权利要求1的表位;权利要求18,32或45的组合物,权利要求33的构建体;权利要求40的T细胞,一种表达重组构建体的宿主细胞,所述构建体包含一种编码对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体结合域的核酸,和一种包含它的组合物,和一种表达包含权利要求1的核酸的重组构建体的宿主细胞和包含它的组合物。
55.一种治疗动物的方法,其包含:对动物给药权利要求54的组合物。
56.权利要求55的方法,其中所述给药步骤包括一种选自由经皮的,结节内的,结节周围的,口服的,静脉内的,皮内的,肌内的,腹膜内的,粘膜的,气溶胶吸入和滴注组成的组的递送方式。
57.权利要求55的方法,其另外包含一个测定步骤以确定表示一种靶细胞或多种靶细胞状态的特性。
58.权利要求57的方法,其包含第一测定步骤和第二测定步骤,其中所述第一测定步骤在所述给药步骤之前,并且其中所述第二测定步骤接着所述给药步骤。
59.权利要求58的方法,其另外包含一个将在所述第一测定步骤中测定的特性与在所述第二测定步骤中测定的特性比较的步骤以获得结果。
60.权利要求59的方法,其中所述结果是选自由免疫应答的迹象,靶细胞数量的减小,包含靶细胞的肿瘤的质量或尺寸的减小,感染靶细胞的胞内寄生物数量和浓度的减小组成的组。
61.一种评估免疫原性组合物的免疫原性的方法,其包含:对动物给药权利要求54的组合物;和基于所述动物特性评估免疫原性。
62.权利要求61的方法,其中所述动物是MHC-转基因的。
63.一种评估免疫原性的方法,其包含:使用权利要求54的组合物体外刺激T细胞;和基于所述T细胞特性评估免疫原性。
64.权利要求63的方法,其中所述刺激是原发刺激。
65.一种进行被动/过继免疫治疗的方法,其包含:将权利要求40的T细胞,或一种表达重组构建体的宿主细胞,所述构建体包含一种编码对MHC-肽复合体特异性的T细胞受体结合域的核酸,或一种表达包含权利要求1核酸的重组构建体的宿主细胞与一种药用佐剂,载体,稀释剂或赋形剂结合。
66.一种测定特异性T细胞频率的方法,其包含将T细胞与包含权利要求1多肽的MHC-肽复合体接触的步骤。
67.权利要求66的方法,其中所述接触步骤包含选自由免疫,再刺激,检测和计数组成的组的至少一种特征。
68.权利要求66的方法,其另外包含ELISPOT分析,有限稀释分析,流式细胞计量术,原位杂交,聚合酶链反应或其任何组合。
69.一种评估免疫应答的方法,其包含在免疫步骤之前或之后实行的权利要求66的方法。
70.一种评估免疫应答的方法,其包含:在使用包含权利要求1多肽的MHC-肽复合体刺激步骤之前或之后测定频率,细胞因子产量,或T细胞的溶细胞活性。
71.一种诊断疾病的方法,其包含:将受试者组织与选自由权利要求40的T细胞,权利要求50的宿主细胞,权利要求36的抗体和权利要求46的蛋白质组成的组的至少一种组分接触;和基于所述组织或所述组分的特征诊断疾病。
72.权利要求71的方法,其中所述接触步骤体内发生。
73.权利要求71的方法,其中所述接触步骤体外发生。
74.一种制造疫苗的方法,包含:将选自由权利要求1的多肽;权利要求18,32,45或53的组合物;权利要求33的构建体;权利要求40的T细胞,和权利要求50的宿主细胞组成的组的至少一种组分与一种药用佐剂,载体,稀释剂或赋形剂结合。
75.一种其上已经记录SEQ ID NOS:108-610中任何一个序列的计算机可读介质,其在一种具有计算含有所述序列的分子的物理,生物化学,免疫学或分子遗传特性的硬件或软件的机器中。
76.一种治疗动物的方法,其包含将权利要求55的方法与选自由放射治疗,化学疗法,生物化学疗法和外科手术的组的至少一种治疗方式结合。
77.一种分离的多肽,其包含一种来源于靶相关抗原的表位聚簇,其具有表68-73中公开的序列,其中所述氨基酸序列由至多约80%的所述抗原氨基酸序列组成。
78.一种疫苗或免疫治疗产品,其包含权利要求77的多肽。
79.一种分离的多核苷酸,其编码权利要求77的多肽。
80.一种疫苗或免疫治疗产品,其包含权利要求79的多核苷酸。
81.权利要求79或80的多核苷酸,其中所述多核苷酸是DNA。
82.权利要求79或80的多核苷酸,其中所述多核苷酸是RNA。
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