JP2018050617A - デュシェンヌ型及びベッカー型筋ジストロフィーの治療のための改善された特徴を有するｒｎａ調節オリゴヌクレオチド - Google Patents

デュシェンヌ型及びベッカー型筋ジストロフィーの治療のための改善された特徴を有するｒｎａ調節オリゴヌクレオチド Download PDF

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Abstract

【課題】神経筋障害の分野において、臨床適用性を増強する改善された特徴を有するオリゴヌクレオチド並びにＤＭＤ又はＢＭＤの治療、改善、予防及び／又は遅延のためのその使用の提供。
【解決手段】デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの治療における使用のためのオリゴヌクレオチドであって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含み、５−メチルウラシル及び／又は５−メチルシトシン塩基を含みジヌトロフィンｍＲＮＡ前駆体エノソン５３の少なくとも一部に対して逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする配列を含む又はからなり、オリゴヌクレオチド部分が１０〜３３ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド。
【選択図】なし

Description

発明の分野
本発明は、ヒト遺伝学、より具体的には神経筋障害の分野に関する。本発明は、本明細書にさらに定義される臨床適用性を増強する改善された特徴を有するオリゴヌクレオチドの使用に特に関する。
発明の背景
神経筋疾患は、筋肉又は神経病変（ミオパチー及びニューロパチー）のいずれかによる筋肉の機能障害によって特徴付けられる。ミオパチーは、骨格筋、心筋及び／又は平滑筋の進行性の衰弱及び変性によって特徴付けられる遺伝性筋ジストロフィーを含む。デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）及びベッカー型筋ジストロフィー（ＢＭＤ）は、筋ジストロフィーの最も一般的な小児型である。ＤＭＤは、１２歳までに車いす補助への依存をもたらす重症で致命的な神経筋障害であり、患者は呼吸不全又は心不全により３０歳までにしばしば死亡する。それは、１つ若しくは複数のエクソンの読み枠シフト欠失（約６７％）若しくは重複（約７％）、又は２．２４Ｍｂ ＤＭＤ遺伝子中の点変異（約２５％）によって引き起こされ、機能性ジストロフィンの欠如をもたらす。ＢＭＤは、ＤＭＤ遺伝子中の変異によっても引き起こされるが、これらはオープンリーディングフレームを維持し、半機能性ジストロフィンタンパク質を生成し、典型的にはより軽度の表現型及びより長い生存期間をもたらす。過去１０年間に、転写物の破壊された読み枠を修復するためのスプライシングの特異的修飾がＤＭＤに対する有望な治療として出現した（ｖａｎ Ｏｍｍｅｎら、２００８；Ｙｏｋｏｔａら、２００７；ｖａｎ Ｄｅｕｔｅｋｏｍら、２００７；Ｇｏｅｍａｎｓら、２０１１；Ｃｉｒａｋら、２０１１）。変異に隣接する又はそれを含有するエクソンに結合し、スプライシングシグナルを妨げる高度に配列特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を用いて、ＤＭＤ ｍＲＮＡ前駆体のプロセシングの際にそのエクソンのスキッピングを誘導できる。生じる切断型転写物にもかかわらず、オープンリーディングフレームは修復され、ＢＭＤ患者において見出されるものと類似のタンパク質が導入される。ＡＯＮ誘導エクソンスキッピングは変異特異的で、それ故個別化された、ＤＭＤ患者のための治療アプローチを提供する。国際公開第０２／０２４９０６号、国際公開第２００４／０８３４４６号、国際公開第２００６／１１２７０５号、国際公開第２００７／１３５１０５号、国際公開第２００９／１３９６３０号、国際公開第２０１０／０５０８０１号又は国際公開第２０１０／０５０８０２号に記載されているように、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体の多くの関連エクソン（例えば、エクソン２、８、９、１７、２９、４３、４４、４５、４６、４７、４８、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０〜６３、７１〜７８）をスキッピングするために、いくつかのオリゴヌクレオチドが現在開発中である。
変異の多くがエクソン４５〜５５周辺にクラスター化していることから、１つの具体的なエクソンのスキッピングは、種々の変異を有する多くの患者の治療に有効である可能性がある。エクソン５１のスキッピングは、患者の最も大きなサブセット（約１３％）（エクソン４５〜５０、４８〜５０、５０又は５２の欠失を有する患者を含む。）に適用される。適用されるＡＯＮは、エンドヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ及びＲＮａｓｅＨに抵抗性を有するように、また、ＲＮＡ結合及び二重鎖安定性を促進するように化学的に修飾される。次の２つの異なるＡＯＮ化学が、現在ＤＭＤにおけるエクソン５１スキッピングのために開発されている：２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ ＡＯＮ（２ＯＭｅＰＳ、ＧＳＫ２４０２９６８／ＰＲＯ０５１）及びホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ、ＡＶＩ−４６５８）（Ｇｏｅｍａｎｓら、２０１１；Ｃｉｒａｋら、２０１１）。２つの独立した第Ｉ／ＩＩ相試験では、両者は、全身投与後にエクソン５１スキッピングを特異的に誘導し、筋繊維膜でジストロフィン発現を少なくとも部分的に修復することが示された。ＡＯＮは、通常は健常な筋繊維によっては十分に取り込まれないが、ＤＭＤでのジストロフィン欠乏（損傷され、その結果透過性が向上した繊維膜を生じる。）は実際に取り込みを促進する。ジストロフィン欠乏ｍｄｘマウスモデルでの研究では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡオリゴヌクレオチドは、野生型マウスと比較して、種々の筋肉群における１０倍までの高い取り込みを実証した（Ｈｅｅｍｓｋｅｒｋら、２０１０）。ＤＭＤ患者における２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ及びホスホロジアミデートモルホリノＡＯＮの両方の近年の第Ｉ／ＩＩ相結果はジストロフィー筋肉でのこの取り込みの増強を確認するが、異なる化学的修飾は筋肉による差次的取り込み及び筋肉を通じた分布を生じると考えられた。処置の３ヶ月後での両研究における新規ジストロフィンのレベルは、次世代オリゴ化学を調査するための有望だが、いまだ控えめであり、挑戦的な分野であった。
選ばれた化学の具体的な特徴は、標的転写物へのＡＯＮの送達に少なくとも部分的に影響を与える：投与経路、生体内安定性、生体内分布、組織内分布並びに細胞取り込み及び輸送。さらにオリゴヌクレオチド化学のさらなる最適化は、結合親和性及び安定性を増強し、活性を増強し、安全性を改善し、及び／又は長さを短くする又は合成及び／又は精製手順を改善することによって品物の経費を低減すると考えられている。複数の化学的修飾が研究団体に一般に及び／又は商業的に入手可能になった（２’−Ｏ−メチルＲＮＡ及び５置換ピリミジン及び２，６−ジアミノプリンなど）一方で他の大部分は得るために著しい合成の努力をいまだ示す。本明細書で明らかにされるように、特に予備的な期待の持てる結果が、ピリミジン及びプリン塩基に修飾を含有する２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを用いて得られている。
結論として、ＤＭＤのためのＡＯＮの治療的適用性を増強するために、さらに改善された特徴を有するＡＯＮに対する必要性がある。
発明の説明
オリゴヌクレオチド：
第一の態様において、本発明は、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含むか、或いはホスホロチオエート骨格によって連結された２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーからなるオリゴヌクレオチドであって、５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、好ましくはデュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーを治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドを提供する。
したがって、本発明は、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー、ホスホロチオエート骨格、並びに５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチドであって、好ましくはデュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーを治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドを提供する。
また、本発明は、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格からなり、５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチドであって、好ましくはデュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーを治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドを提供する。
本発明のオリゴヌクレオチドにおいて示される「ＲＮＡモノマー」が「ＲＮＡヌクレオチド残基」としても同定され得ることは当業者に明らかである。両用語は、本明細書全体を通じて互換的に用いることができる。
本発明において、次の表現のそれぞれにおける「ａ」は「少なくとも１つの」を意味する。２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマー、５−メチルピリミジン塩基、２，６−ジアミノプリン塩基。
本発明において、「２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー、ホスホロチオエート骨格を含むオリゴヌクレオチド」が「ホスホロチオエート骨格によって連結された２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーを含むオリゴヌクレオチド」によって置き換えられることは当業者に明らかである。「２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格からなるオリゴヌクレオチド」が「ホスホロチオエート骨格によって連結された２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーからなるオリゴヌクレオチド」によって置き換えられることについても同様である。
本発明において、表現「デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーを治療するための薬物としての使用のため」は、表現「デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの治療における使用のため」によって置き換えられる。
オリゴヌクレオチドは、３４未満のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドが好ましい。前記オリゴヌクレオチドは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを有する場合がある。そのようなオリゴヌクレオチドは、１０〜３３ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドとしても同定できる。
すなわち、本発明のオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含み、３４未満のヌクレオチドを含む（すなわち、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを含む）。
また、本発明のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格によって連結された２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーからなり、３４未満のヌクレオチドを含む（すなわち、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを含む）。
また、本発明のオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー、ホスホロチオエート骨格を含み、３４未満のヌクレオチド（すなわち、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを含む。）と、５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基と、を含む。
また、本発明のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格によって連結された２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーからなり、３４未満のヌクレオチド（すなわち、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを含む。）と、５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基と、を含む。
これらのオリゴヌクレオチドの各々は、デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーを治療するための使用のためのものである。あるいは、デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーを治療するための薬物としての使用のためのものであり得る。
本発明のオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又はからなる。そのようなオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格を通じて繋がれた若しくはそれによって連結された２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなる。そのようなオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなることが好ましい。そのような化学は当業者に公知である。本明細書全体を通じて、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含むオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含むオリゴヌクレオチドによって置き換えられ得る。本明細書全体を通じて、ホスホロチオエート骨格によって連結された又は通じて繋がれた２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーからなるオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなるオリゴヌクレオチドによって置き換えられ得る。
本発明において、「骨格」は、２つの糖単位又は糖単位若しくは糖部分（本明細書で後に定義される。）の修飾バージョンの間の連結（すなわちヌクレオシド間連結）を同定するために用いられる。本明細書全体を通じて、語「骨格」、「ヌクレオシド間連結」及び「連結」は互換的に用いられる場合がある。したがって、１０ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドは、１０個の糖単位又は糖単位若しくは糖部分（本明細書で後に定義される。）の修飾バージョンを連結する９個の骨格を一緒に含有する。本発明によるオリゴヌクレオチドの骨格の少なくとも１つは、２個の糖単位又は糖単位若しくは糖部分（本明細書で後に定義される。）の修飾バージョンを連結するホスホロチオエート部分からなる。したがって、ＲＮＡに存在する少なくとも１つのリン酸ジエステル骨格はホスホロチオエート部分によって置き換えられる。天然に存在するヌクレオシド間連結又は骨格は３’から５’へのリン酸ジエステル連結である。
さらに、本発明のオリゴヌクレオチドは、標的鎖への結合親和性を増加させる、及び／又は前記オリゴヌクレオチドの標的と生じた二重鎖の融解温度を上昇させる、及び／又は免疫賦活効果を低減する、及び／又は生体内安定性を増加させる、及び／又は生体内分布及び／又は組織内分布及び／又は細胞取り込み及び輸送を改善する塩基修飾を含み得る。
さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む。５−メチルピリミジン塩基は、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又はチミン（チミンは５−メチルウラシルと同一である）から選択される。
したがって、表現「５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む」は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドに関しては、「５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリン塩基からなる群から選択される塩基修飾を含む」によって置き換えられ得る。
本発明のオリゴヌクレオチドが２つ以上のそのような塩基修飾を有する場合、前記塩基修飾は同一であり得、例えば、オリゴヌクレオチド中のすべてのそのような修飾塩基は５−メチルシトシンであり得る。あるいは、前記塩基修飾は種々の塩基修飾の組み合わせであり得、例えば、オリゴヌクレオチドは１つ又は複数の５−メチルシトシン及び１つ又は複数の５−メチルウラシルを有し得る。
「チミン」及び「５−メチルウラシル」は本明細書全体を通じて互換的であり得る。また、２，６−ジアミノプリンは２−アミノアデニンと同一であり、これらの用語は本明細書全体を通じて互換的であり得る。２，６−ジアミノプリンの使用は、米国特許第７，７４５，４２０号において別の内容で開示されている。
本明細書において、用語「塩基修飾」又は「修飾塩基」は、既存の塩基（すなわちピリミジン又はプリン塩基）の修飾又は塩基の新規合成を指す。この新規合成塩基は、既存の塩基との比較により「修飾」と認定できる。５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む本発明のオリゴヌクレオチドは、それぞれ、前記オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基の少なくとも１つがピリミジン環の５位のプロトンのメチル基での置換、すなわち５置換シトシンによって修飾されている、及び／又は前記オリゴヌクレオチドのウラシル核酸塩基の少なくとも１つがピリミジン環の５位のプロトンのメチル基での置換によって修飾されている（すなわち５−メチルウラシル）、及び／又は前記オリゴヌクレオチドのアデニン核酸塩基の少なくとも１つが２位のプロトンのアミノ基での置換によって修飾されている（すなわち２，６−ジアミノプリン）。本発明において、表現「ピリミジン環の５位でのプロトンのメチル基での置換」は表現「ピリミジンの５−メチルピリミジンでの置換」によって置き換えられ得、ピリミジンはウラシルだけ、シトシンだけ又は両方を指し得る。また、本発明において、表現「アデニンの２位でのプロトンのアミノ基での置換」は表現「アデニンの２，６−ジアミノプリンでの置換」によって置き換えられ得る。前記オリゴヌクレオチドが、１、２、３、４、５、６、７、８、９個以上のシトシン、ウラシル及び／又はアデニンを含む場合、少なくとも１つ、２、３、４、５、６、７、８、９個以上のシトシン、ウラシル及び／又はアデニンはそれぞれこの方法で修飾される。すべてのシトシン、ウラシル及び／又はアデニンは、この方法で修飾される又は５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンによってそれぞれ置換されることが好ましい。本発明のこの態様が、少なくとも１つのシトシン、ウラシル又はアデニンをそれらの配列中にそれぞれ含むオリゴヌクレオチドにだけ適用できることは言うまでもない。少なくとも１つの５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンを含むオリゴヌクレオチドは、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンを含まないその非修飾対応物を参照することによって修飾オリゴヌクレオチドと称することができる。非修飾対応物は、未修飾シトシン、未修飾ウラシル及び未修飾アデニンを含むオリゴヌクレオチドであるとして同定される場合もある。好ましい非修飾配列は、配列番号９１、９３〜１７０を含む又はからなる次の塩基又はヌクレオチド配列の１つによって表される。
本発明者らは、本発明のオリゴヌクレオチド中の５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンの存在が、前記オリゴヌクレオチドのパラメーターの少なくとも１つに好影響を有することを発見した。ここで、パラメーターは、以下に説明されるように、前記オリゴヌクレオチドの結合親和性及び／又は動態、エクソンスキッピング活性、生体内安定性、（組織内）分布、細胞取り込み及び／又は輸送、及び／又は免疫原性を含み得る。前記好影響は、組み込まれる塩基修飾の数又は百分率に相関する場合がある。エクソンスキッピング活性のパラメーターに関して、本発明者らは、いくつかのオリゴヌクレオチドに関して、核酸塩基の修飾それ自体が比較的高いレベルのエクソンスキッピングを得るために必要ではないことを見出した。これは、スプライシング工程においてエクソン内で特異的に標的化される配列の特異的役割（及び強度）に関連し得る。
結合親和性及び動態はＡＯＮの熱力学的特性に依存する。これらは、前記オリゴヌクレオチドの融解温度（Ｔｍ；１本鎖ＲＮＡについては基本Ｔｍ及び隣接モデルを用いて、例えばオリゴヌクレオチド特性計算（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｃ．ｅｄｕ／〜ｃａｉｌ／ｂｉｏｔｏｏｌ／ｏｌｉｇｏ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ又はｈｔｔｐ：／／ｅｕ．ｉｄｔｄｎａ．ｃｏｍ／ａｎａｌｙｚｅｒ／Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ＯｌｉｇｏＡｎａｌｙｚｅｒ／）で算出される）によって及び／又はオリゴヌクレオチド標的エクソン複合体の自由エネルギー（ＲＮＡストラクチャーバージョン４．５又はＲＮＡ ｍｆｏｌｄバージョン３．５を用いて）によって、少なくとも部分的に決定される。Ｔｍが上昇する場合、エクソンスキッピング活性は典型的には増加するが、Ｔｍが高すぎる場合は、ＡＯＮはあまり配列−特異的でなくなると予測される。許容されるＴｍ及び自由エネルギーは、オリゴヌクレオチドの配列に依存する。したがって、これらのパラメーターの各々について好ましい範囲を与えることは難しい。
エクソンスキッピング活性は、（Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、２００３）に記載されるように、標的化エクソンに隣接するＤＭＤ遺伝子特異的プライマーを用いる逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によってＡＯＮ処置筋肉細胞培養物又は筋肉組織から単離された全ＲＮＡを分析することによって好ましくは測定される。ＲＴ−ＰＣＲ産生物は、１〜２％アガロースゲル上で、又はアジレント２１００バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）で分析される。短い転写断片（標的化エクソンがスキップされる転写物を表す）の全転写産生物に対する割合は、評価される（ＡＯＮによって誘導されるエクソンスキッピングの百分率として算出される）。短い断片は、標的化エクソンスキッピングの正確さ及び特異性を決定するために配列決定される場合もある。エクソンスキッピングの百分率における増加は、本発明の修飾オリゴヌクレオチド（すなわち２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー、ホスホロチオエート骨格並びに５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチド）について、その非修飾対応物（すなわち２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー、ホスホロチオエート骨格を含み、いかなる５−メチルピリミジン及び２，６−ジアミノプリン塩基も含まないオリゴヌクレオチド）と比較して検出できる。前記増加は、好ましくは、ＲＴ−ＰＣＲを用いて上述のように評価された検出可能な増加である。前記増加は、好ましくは少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、２００％、２１０％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、又は少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０倍高い、又はさらに１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０倍又はそれを超えて高い増加である。
生体内分布及び生体内安定性は、Ｙｕら、２００２出典の検証されたハイブリダイゼーションライゲーションアッセイによって好ましくは少なくとも部分的に決定される。一実施形態では血漿又は均質化された組織試料は、特異的捕捉オリゴヌクレオチドプローブと共にインキュベートされる。分離後に、ＤＩＧ標識化オリゴヌクレオチドは複合体にライゲーションされ、抗ＤＩＧ抗体連結ペルオキシダーゼを用いる検出が続く。非コンパートメント薬物動態解析がＷＩＮＮＯＮＬＩＮソフトウエアパッケージ（モデル２００、バージョン５．２、Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ、Ｍｏｕｎｔａｉｎｖｉｅｗ、ＣＡ）を用いて実施される。血漿１ｍＬ又は組織１ｍｇ当たりのＡＯＮ（ｕｇ）のレベルは、曲線下面積（ＡＵＣ）、ピーク濃度（Ｃｍａｘ）、ピーク濃度までの時間（Ｔｍａｘ）、終末相半減期及び吸収ラグ時間（ｔｌａｇ）を評価するために経時的にモニターされる。そのような好ましいアッセイは実験パートで開示されている。
ＡＯＮは、ＴＬＲ９及びＴＬＲ７を含むトール様受容体（ＴＬＲ）を活性化することによって自然免疫応答を刺激できる（Ｋｒｉｅｇら、１９９５）。ＴＬＲ９の活性化は、オリゴデオキシヌクレオド（ＯＤＮ）中に存在する非メチル化ＣＧ配列の存在により、ＴＬＲ９媒介サイトカイン放出を通じて自然免疫系を活性化する細菌性ＤＮＡを模倣することによって典型的には生じる。しかし２’−Ｏ−メチル修飾は、そのような可能な影響を顕著に低減することが示唆されている。ＴＬＲ７は、ＲＮＡ中のウラシルリピートを認識することが記載されている（Ｄｉｅｂｏｌｄら、２００６）。
ＴＬＲ９及びＴＬＲ７の活性化は、自然免疫（マクロファージ、樹状細胞（ＤＣ）及びＮＫ細胞）を含む一連の調和免疫応答を生じる（Ｋｒｉｅｇら、１９９５；Ｋｒｉｅｇ、２０００）。ＩＰ−１０、ＴＮＦα、ＩＬ−６、ＭＣＰ−１及びＩＦＮαなどのいくつかのケモ−及びサイトカインが（Ｗａｇｎｅｒ、１９９９；Ｐｏｐｏｖｉｃら、２００６）、この工程に関連している。炎症性サイトカインは、血液から、Ｔ及びＢ細胞などの追加的防御細胞を誘引する。これらのサイトカインのレベルは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ検査によって調査できる。簡潔には、濃度を漸増させたＡＯＮと共にヒト全血はインキュベートされ、その後サイトカインのレベルは標準的な商業的に入手できるＥＬＩＳＡキットによって決定される。そのような好ましいアッセイは実験パートに記載されている。５−メチルシトシンを有しない対応するオリゴヌクレオチドで処置した細胞と比較する、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含むオリゴヌクレオチドで処置した細胞でのアッセイにおける対応するサイトカイン濃度の比較によって、免疫原性の低下は上に述べた少なくとも１つのサイトカインの濃度の検出可能な減少に好ましくは対応する。
したがって、本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンを含まない２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなる対応するオリゴヌクレオチド（すなわち、いわゆる非修飾オリゴヌクレオチド）と比較して、許容される若しくは減少した免疫原性及び／又はよりよい生体内分布及び／又は許容される若しくは改善されたＲＮＡ結合動態及び／又は熱力学的特性などの改善されたパラメーターを有する。前記非修飾オリゴヌクレオチドは、未修飾シトシン、未修飾ウラシル及び未修飾アデニンを含むオリゴヌクレオチドであるとして同定される場合もある。これらのパラメーターの各々は、当業者に公知の又は好ましくは本明細書に開示のアッセイを用いて評価できる。
本発明のオリゴヌクレオチドの他の化学及び修飾については後述される。これらの追加的化学及び修飾は、前記オリゴヌクレオチドについて既に記載された化学、すなわち５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンの存在と２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなるオリゴヌクレオチドとの組み合わせで存在する場合もある。
本発明の好ましいオリゴヌクレオチドはＲＮＡ分子又は修飾ＲＮＡ分子を含む又はからなる。好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは１本鎖である。しかし、当業者は、１本鎖オリゴヌクレオチドが内部２本鎖構造を形成できることを理解する。しかし、このオリゴヌクレオチドは、本発明ではいまだ１本鎖オリゴヌクレオチドと称される。
上述の修飾に加えて、本発明のオリゴヌクレオチドは、後述の種々の核酸モノマー又はヌクレオチドなどのさらなる修飾を含む場合がある。種々の核酸モノマーが、本発明のオリゴヌクレオチドを生成するために用いられる場合がある。前記オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡに基づくオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも１つの骨格及び／又は糖修飾及び／又は少なくとも１つの塩基修飾を有し得る。
塩基修飾は、ヒポキサンチン、オロト酸、アグマチジン、ライシジン、２−チオピリミジン（例えば２−チオウラシル、２−チオチミン）、Ｇ−クランプ及びその誘導体、５置換ピリミジン（例えば５−ハロウラシル、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、５−アミノメチルウラシル、５−ヒドロキシメチルウラシル、５−アミノメチルシトシン、５−ヒドロキシメチルシトシン、スーパーＴ）、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、７−アザ−２，６−ジアミノプリン、８−アザ−７−デアザグアニン、８−アザ−７−デアザアデニン、８−アザ−７−デアザ−２，６−ジアミノプリン、スーパーＧ、スーパーＡ及びＮ４−エチルシトシン又はこれらの誘導体；Ｎ２−シクロペンチルグアニン（ｃＰｅｎｔ−Ｇ）、Ｎ２−シクロペンチル−２−アミノプリン（ｃＰｅｎｔ−ＡＰ）及びＮ２−プロピル−２−アミノプリン（Ｐｒ−ＡＰ）、シュードウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）又はこれらの誘導体などの天然プリン及びピリミジン塩基（例えばアデニン、ウラシル、グアニン、シトシン及びチミン）の修飾バージョン；並びに２，６−ジフルオロトルエン又は脱塩基部位などの欠損塩基（例えば１−デオキシリボース、１，２−ジデオキシリボース、１−デオキシ−２−Ｏ−メチルリボース；又は、環酸素が窒素で置換されているピロリジン誘導体（アザリボース））などの縮重又はユニバーサル塩基、を含む。スーパーＡ、スーパーＧ及びスーパーＴの誘導体の例は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，６８３，１７３号（Ｅｐｏｃｈ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）において見出すことができる。ｃＰｅｎｔ−Ｇ、ｃＰｅｎｔ−ＡＰ及びＰｒ−ＡＰは、ｓｉＲＮＡに組み込まれた場合に免疫賦活性効果を低減することが示された（Ｐｅａｃｏｃｋ Ｈ．ら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１、１３３、９２００）。
シュードウラシルは、ウリジン中に通常のＮ−グリコシドではなくＣ−グリコシドを有するウラシルの天然に存在する異性化バージョンである。シュードウリジン含有合成ｍＲＮＡは、ウリジン含有ｍＲＮＡと比較して改善された安全性プロファイルを有する場合がある（国際公開第２００９１２７２３０号、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは脱塩基部位又は脱塩基モノマーを含む。本発明において、そのようなモノマーは、脱塩基部位又は脱塩基モノマーと称される場合がある。脱塩基モノマー又は脱塩基部位は、核酸塩基を含む対応するモノマーと比較して核酸塩基を欠失しているモノマー又は構成要素である。したがって、本発明において、脱塩基モノマーは（核酸塩基を欠失している）オリゴヌクレオチドの構成要素部分である。そのような脱塩基モノマーは、オリゴヌクレオチドの遊離末端に存在又は連結又は付着又はコンジュゲートする場合がある。
さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは１〜２０個以上の脱塩基モノマーを含む。したがって、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個以上の脱塩基モノマーが本発明のオリゴヌクレオチド中に存在する場合がある。
脱塩基モノマーは、当業者に公知及び想定できるいかなる種類のものであってもよい。その非限定的例を以下に示す。
Figure 2018050617
式中、Ｒ１及びＲ２は独立に、Ｈ、オリゴヌクレオチド又は他の脱塩基部位である（但し、Ｒ１及びＲ２の両方がＨである場合並びにＲ１及びＲ２の両方がオリゴヌクレオチドである場合を除く）。脱塩基モノマーは、先に規定されたオリゴヌクレオチドの末端のいずれか又は両方に結合できる。１つ又は２つの脱塩基部位又は脱塩基モノマーに結合したオリゴヌクレオチドが１０個未満のヌクレオチドを含み得ることに留意すべきである。この点に関して、本発明によるオリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチドを含み得る（任意選択で、１つ又は複数の脱塩基部位又は脱塩基モノマーをその一方又は両方の末端に含む）。
本発明のオリゴヌクレオチドは、その長さに応じて１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３個の塩基修飾を含む場合がある。前記オリゴヌクレオチド中に１つより多い異なる塩基修飾を導入することも本発明に包含される。
糖修飾は、２’−Ｏ−アルキル又は２’−Ｏ−（置換）アルキル、例えば、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−（２−シアノエチル）、２’−Ｏ−（２−メトキシ）エチル（２’−ＭＯＥ）、２’−Ｏ−（２−チオメチル）エチル、２’−Ｏ−ブチリル、２’−Ｏ−プロパルギル、２’−Ｏ−アリル、２’−Ｏ−（３−アミノ）プロピル、２’−Ｏ−（３−（ジメチルアミノ）プロピル）、２’−Ｏ−（２−アミノ）エチル、２’−Ｏ−（２−（ジメチルアミノ）エチル）；２’−デオキシ（ＤＮＡ）；２’−Ｏ−（ハロアルコキシ）メチル（Ａｒａｉ Ｋ．ら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２０１１，２１，６２８５）、例えば、２’−Ｏ−（２−クロロエトキシ）メチル（ＭＣＥＭ）、２’−Ｏ−（２，２−ジクロロエトキシ）メチル（ＤＣＥＭ）、２’−Ｏ−アルコキシカルボニル、例えば、２’−Ｏ−［２−（メトキシカルボニル）エチル］（ＭＯＣＥ）、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］（ＭＣＥ）、２’−Ｏ−［２−（Ｎ，Ｎ−ジメチルカルバモイル）エチル］（ＤＣＭＥ）；２’−ハロ、例えば、２’−Ｆ、ＦＡＮＡ（２’−Ｆアラビノシル核酸）などの２’−Ｏ−修飾ＲＮＡなどのリボシル部位の修飾バージョン；カルバ糖、スルファ及びスルホ糖（ｓｕｌｆｏｓｕｇａｒ）並びにアザ糖修飾；３’−Ｏ−アルキル（例えば３’−Ｏ−メチル、３’−Ｏ−ブチリル、３’−Ｏ−プロパルギル）；４’−カルボキシ（例えば４’−カルボキシチミジン）（Ｈａｒｉら、）；並びにそれらの誘導体を含む。
他の糖修飾は、「架橋」又は「二環」核酸（ＢＮＡ）、例えば、ロックド核酸（ＬＮＡ）、キシロ−ＬＮＡ、α−Ｌ−ＬＮＡ、β−Ｄ−ＬＮＡ、ｃＥｔ（２’−Ｏ，４’−Ｃ束縛（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）エチル）ＬＮＡ、ｃＭＯＥｔ（２’−Ｏ，４’−Ｃ束縛メトキシエチル）ＬＮＡ、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ、ｔｃ−ＰＳ−ＤＮＡ、例えば米国特許出願第２０１２０１４９７５６号）；３’−Ｓ−ホスホロチオレートＤＮＡ（例えばＯｒｇ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２０１３、１１、９６６）；二重束縛核酸（トリ−ＮＡ、例えばＨａｎｅｓｓｉａｎら、）；アンロックド核酸（ＵＮＡ）；シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、アルトリオール（ａｌｔｒｉｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、フッ化ＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）、ピラノシル−ＲＮＡ（ｐ−ＲＮＡ）、３’−デオキシピラノシル−ＤＮＡ（ｐ−ＤＮＡ）；モルホリノ（例えば、ＰＭＯ、ＰＰＭＯ、ＰＭＯＰｌｕｓ、ＰＭＯ−Ｘ）；及びそれらの誘導体を含む。本発明のオリゴヌクレオチドは、その長さに応じて１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個の糖修飾を含む場合がある。前記オリゴヌクレオチド中に１つより多い異なる糖修飾を導入することも本発明に包含される。一実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、ＬＮＡ又はその誘導体を含む又はからなる。ＢＮＡ誘導体は、例えばその全体が参照により組み込まれる国際公開第２０１１／０９７６４１号に記載されている。さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、完全に２’−Ｏ−メチル修飾される。ＰＭＯ−Ｘの例は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１１１５０４０８号に記載されている。
骨格修飾は、ホスホロチオエート（ＰＳ）、キラル的に純粋なホスホロチオエート、ホスホロジチオエート（ＰＳ２）、ホスホノ酢酸（ＰＡＣＥ）、ホスホノアセトアミド（ＰＡＣＡ）、チオホスホノ酢酸、チオホスホノアセトアミド、ホスホロチオエートプロドラッグ、Ｈ−ホスホネート、メチルホスホネート、メチルホスホノチオエート、メチルリン酸、メチルホスホロチオエート、エチルリン酸、エチルホスホロチオエート、ボラノリン酸、ボラノホスホロチオエート、メチルボラノリン酸、メチルボラノホスホロチオエート、メチルボラノホスホネート、メチルボラノホスホノチオエート及びそれらの誘導体などのＲＮＡ中に存在するリン酸ジエステルの修飾バージョンを含む。別の修飾は、ホスホラミダイト、ホスホラミデート、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホラミデート、ホスホルジアミデート、ホスホロチオジアミデート、スルファミン酸、ジメチレンスルホキシド、スルホン酸、トリアゾール、オキサリル、カルバメート、メチレンイミノ（ＭＭＩ）、３’−Ｓ−ホスホロチオレート（Ｏｒｇ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２０１３、１１、９６６）及びチオアセトアミド核酸（ＴＡＮＡ）；並びにそれらの誘導体を含む。本発明のオリゴヌクレオチドは、その長さに応じて１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２個の骨格修飾を含む場合がある。前記オリゴヌクレオチド中に１つより多い異なる骨格修飾を導入することも本発明に包含される。
好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホロチオエート修飾を含む。より好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは完全にホスホロチオエート修飾される。
本発明のオリゴヌクレオチドの他の化学的修飾は、ペプチドベース核酸（ＰＮＡ）、ホウ素クラスター修飾ＰＮＡ、ピロリジンベースオキシペプチド核酸（ＰＯＰＮＡ）、グリコール又はグリセロールベース核酸（ＧＮＡ）、トレオースベース核酸（ＴＮＡ）、非環式トレオニノールベース核酸（ａＴＮＡ）、モルホリノベースオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ、ＰＰＭＯ、ＰＭＯ−Ｘ）、カチオニックモルホリノベースオリゴマー（ＰＭＯＰｌｕｓ）、統合塩基（ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｂａｓｅｓ）及び骨格を有するオリゴヌクレオチド（ＯＮＩＢ）、ピロリジンアミドオリゴヌクレオチド（ＰＯＭ）；及びそれらの誘導体を含む。
別の実施形態ではオリゴヌクレオチドは、ペプチド核酸及び／又はモルホリノホスホロジアミデート、又はその誘導体を含む。
別の実施形態ではオリゴヌクレオチドは、５’末端残基の５’位にモノチオリン酸部位及び／又は３’末端残基の３’位にモノチオリン酸部位を含む。これらのモノチオリン酸基は、オリゴヌクレオチド安定性を改善することが示されている（例えば米国特許出願第２０１２０１４８６６４号−ｍｉＲａｇｅｎ）。
核酸模倣技術の出現により、核酸それ自体と全体が同種である必要はなく、類似の、好ましくは同じハイブリダイゼーション特徴を有する分子を生成することが可能になった。そのような機能性等価物は、当然のことながら本発明における使用のためにも好適である。
当業者は、各糖、塩基及び／又は骨格が同様に修飾されない場合があることを理解する。いくつかの異なる修飾糖、塩基及び／又は骨格は、本発明の１つのオリゴヌクレオチド中に組み合わせられ得る。
当業者は、オリゴヌクレオチドの多数の合成誘導体があることも認識する。骨格修飾は、ホスホロチオエート（ＰＳ）、キラル的に純粋なホスホロチオエート、ホスホロジチオエート（ＰＳ２）、ホスホノ酢酸（ＰＡＣＥ）、ホスホノアセトアミド（ＰＡＣＡ）、チオホスホノ酢酸、チオホスホノアセトアミド、ホスホロチオエートプロドラッグ、Ｈ−ホスホネート、メチルホスホネート、メチルホスホノチオエート、メチルリン酸、メチルホスホロチオエート、エチルリン酸、エチルホスホロチオエート、ボラノリン酸、ボラノホスホロチオエート、メチルボラノリン酸、メチルボラノホスホロチオエート、メチルボラノホスホネート、メチルボラノホスホノチオエート及びそれらの誘導体などのＲＮＡ中に存在するリン酸ジエステルの修飾バージョンを含む。別の修飾は、ホスホラミダイト、ホスホラミデート、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホラミデート、ホスホルジアミデート、ホスホロチオジアミデート、スルファミン酸、ジメチレンスルホキシド、スルホン酸及びチオアセトアミド核酸（ＴＡＮＡ）；並びにそれらの誘導体を含む。
ＲＮＡ／ＲＮＡ二重鎖が非常に安定であることから、前記オリゴヌクレオチドはＲＮＡを含むことが好ましい。ＲＮＡオリゴヌクレオチドが、例えばエンドヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ及びＲＮａｓｅＨに対する耐性、追加的ハイブリダイゼーション強度、（例えば体液中での）安定性の増加、可動性の増加又は減少、活性の増加、毒性の低減、細胞内輸送の増加、組織特異性などの追加的特性を有するＲＮＡを提供する修飾を含むことは好ましい。さらに本発明のオリゴヌクレオチドと複合体化したｍＲＮＡは、好ましくはＲＮａｓｅＨ切断に感受性ではない。好ましい修飾は上に同定されている。
したがって、本発明は、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。このオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格を通じて繋がれた２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマーからなり、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンは、独立に５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンによってそれぞれ置換されていることが最も好ましい。本発明に包含され、本明細書で開示される好ましい修飾及び非修飾オリゴヌクレオチドは、表１に示す配列番号１４〜９０の内の１つから選択される塩基若しくはヌクレオチド配列の１つを含む又はからなる。表現「配列番号１４〜９０から選択されるヌクレオチド又は塩基配列によって表されるオリゴヌクレオチド」は、表現「配列番号１４〜９０の１つから選択されるヌクレオチド又は塩基配列によって表されるオリゴヌクレオチド」又は表現「配列番号１４〜９０の一覧表から選択されるヌクレオチド又は塩基配列によって表されるオリゴヌクレオチド」によって置き換えることができる。本明細書に参照する配列番号の他の群についても同様である。
好ましい非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１４〜９０の１つに由来するものであり、配列番号９１、９３〜１７０から選択される塩基又はヌクレオチド配列の１つを含む又はからなる（本発明に包含され、本明細書に開示される）。
修飾オリゴヌクレオチドは、好ましくは配列番号１４〜９０の１つに由来するものであり、配列番号９２、１７１〜２１３、２１５から選択される塩基又はヌクレオチド配列の１つを含む又はからなる（本発明に包含され、本明細書に開示される）。
配列表中に同一の２つの配列が存在すること、すなわち、配列番号９１は配列番号１３２と同一であり、配列番号９２は配列番号１９９と同一であることに留意されたい。
これらのオリゴヌクレオチドの各々を表す配列は表１〜３及び配列表に開示されている。最も好ましいオリゴヌクレオチドは以下により詳細に記載される。
したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置換されているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置換され、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置換されているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置換され、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置換されているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置換され、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置換され、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置換されているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置換されているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置換され、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置換されているもの、又は
少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置換されているもの
であり得る。
しかし、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの又は少なくとも２つの又は少なくとも半分の又はすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置換されているものでもあり得る。好ましくは配列番号１４〜９０に基づく本発明の非修飾オリゴヌクレオチドがｘ個のシトシンを有する場合、ｘは１〜３３の範囲の整数であり、本発明の対応する修飾オリゴヌクレオチドは１、２、３、…（ｘ−２）、（ｘ−１）、ｘ個の５−メチルシトシンを有し得る。
そのような非修飾オリゴヌクレオチドにおいてｘが３である場合、対応する修飾オリゴヌクレオチド中の５−メチルシトシンの数は、１、２又は３個である。
そのような非修飾オリゴヌクレオチドにおいてｘが４である場合、対応する修飾オリゴヌクレオチドにおける５−メチルシトシンの数は１、２、３又は４個である。
そのような非修飾オリゴヌクレオチドにおいてｘが５である場合、対応する修飾オリゴヌクレオチドにおける５−メチルシトシンの数は１、２、３、４又は５個である。
そのような非修飾オリゴヌクレオチドにおいてｘが６である場合、対応する修飾オリゴヌクレオチドにおける５−メチルシトシンの数は１、２、３、４、５又は６個である。
そのような非修飾オリゴヌクレオチドにおいてｘが７である場合、対応する修飾オリゴヌクレオチドにおける５−メチルシトシンの数は１、２、３、４、５、６又は７個である。
そのような非修飾オリゴヌクレオチドにおいてｘが８である場合、対応する修飾オリゴヌクレオチドにおける５−メチルシトシンの数は１、２、３、４、５、６、７又は８個である。
５−メチルウラシルでのウラシル置換及び２，６−ジアミノプリンでのアデニン置換についても同様。
本発明のオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤのための薬物としての使用のためであることが好ましく、前記オリゴヌクレオチドは治療用ＲＮＡ調節における使用のためであることがより好ましい。したがって、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）である。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＤＭＤ又は個体のＤＮＡのコードセンス鎖由来のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体の特異的配列に逆相補的であるオリゴヌクレオチドである。このオリゴヌクレオチドは、前記ｍＲＮＡ前駆体の前記配列に対して結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる。ＤＭＤに関するＲＮＡ調節の対象は、疾患の経過を妨げることができる最終目的を伴って、転写物のオープンリーディングフレームを修復し、短いが（さらに）機能性のジストロフィンタンパク質の発現を誘導するために、ＤＭＤ又はジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中の１つ又は複数の特異的エクソンをスキップすることである。
したがって、好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、細胞において、器官において、組織において及び／又は個体においてＤＭＤ又はジストロフィンｍＲＮＡ前駆体におけるエクソンスキッピングを誘導するために用いられる。エクソンスキッピングによって、成熟ＤＭＤ又はスキップされたエクソンを含有しないジストロフィンｍＲＮＡが生じ、それにより前記エクソンがアミノ酸をコードする場合、さらに短いタンパク質産生物の発現をもたらすことができる。エクソンのスキッピングは、スプライシング調節エレメント、スプライス部位及び／又はイントロン分岐点配列を含む特異的エクソン内部配列へのＡＯＮの結合によって好ましくは誘導される。
本明細書において、ＤＭＤ ｍＲＮＡ前駆体は、ジストロフィンタンパク質をコードしているＤＭＤ遺伝子のｍＲＮＡ前駆体を好ましくは意味する。変異体ＤＭＤ ｍＲＮＡ前駆体は、罹患していないヒトの野生型ＤＭＤ ｍＲＮＡ前駆体と比較して、ＢＭＤ又はＤＭＤ患者の変異を有するｍＲＮＡ前駆体に対応し、異常なタンパク質（ＢＭＤ）（のレベルの低下）又は機能性ジストロフィンの欠如（ＤＭＤ）を生じる。ＤＭＤ ｍＲＮＡ前駆体はジストロフィンｍＲＮＡ前駆体とも称される。ＤＭＤ遺伝子は、ジストロフィン遺伝子と称されることもある。ジストロフィンとＤＭＤとは、本明細書全体を通じて互換的に用いられ得る。
患者は、本明細書で後に定義されるＤＭＤ若しくはＢＭＤを有する患者又は患者の遺伝的背景のためにＤＭＤ若しくはＢＭＤを発症しやすい患者を意味することを好ましくは意図する。ＤＭＤ患者の場合では、使用されるオリゴヌクレオチドは前記患者のＤＭＤ遺伝子中に存在する１つの変異を好ましくは補正し、ＢＭＤタンパク質様のタンパク質を生成する。前記タンパク質は、好ましくは、本明細書で後に定義される機能性又は半機能性ジストロフィンである。ＢＭＤ患者の場合、使用されるオリゴヌクレオチドは、好ましくは、前記患者のＢＭＤ遺伝子中に存在する１つの変異を補正し、前記ＢＭＤ患者に元々存在していたジストロフィンよりも機能的なジストロフィンを生成する。
本明細書において、機能性ジストロフィンは、好ましくは、配列番号１に同定するアミノ酸配列を有するタンパク質に対応する野生型ジストロフィンである。本明細書において、半機能性ジストロフィンは、好ましくはそのＮ末端部分（Ｎ末端の最初の２４０アミノ酸）における作用性結合ドメイン、システインリッチドメイン（アミノ酸３３６１〜３６８５まで）及びＣ末端ドメイン（Ｃ末端の最後の３２５アミノ酸）（当業者に知られているように、これらのドメインの各々は野生型ジストロフィンに存在する。）を有するタンパク質に対応するＢＭＤ様ジストロフィンである。本明細書に示すアミノ酸は、配列番号１によって示される野生型ジストロフィンのアミノ酸に対応する。換言すると、機能性又は半機能性ジストロフィンは、野生型ジストロフィンと少なくとも同程度の活性を示すジストロフィンである。「少なくとも同程度の」は好ましくは、野生型機能性ジストロフィンの対応する活性の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又は１００％を意味する。これに関して、機能性ジストロフィンの活性は、好ましくはアクチンへの及びジストロフィン関連糖タンパク質複合体（ＤＧＣ又はＤＡＰＣ）への結合である（Ｅｈｍｓｅｎ Ｊら、２００２）。
当業者に知られているように、アクチンへの及びＤＧＣ若しくはＤＡＰＣ複合体へのジストロフィンの結合は、ジストロフィーが疑われる筋肉についての治療前及び／又は治療後のコントロール（非ＤＭＤ）生検から、全タンパク質抽出物を用いる共免疫沈降又は複合体の異なるメンバーと反応する種々の抗体を用いる横断面の免疫蛍光分析のいずれかによって可視化され得る。
デュシェンヌ型筋ジストロフィーを罹患している個体又は患者は、典型的にはジストロフィンをコードしている遺伝子（ＤＭＤ又はジストロフィン遺伝子）中に（完全なタンパク質の合成を妨害する）変異を有する、すなわち中途の終止コドンがＣ−末端の合成を妨害する。ベッカー型筋ジストロフィーではジストロフィン遺伝子も野生型と比較して変異を有するが、変異は典型的には中途の終止コドンを生じず、Ｃ−末端は典型的には合成される。結果として、野生型タンパク質と必ずしも同程度の活性ではないが、少なくとも同じ種類の活性を有する機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質が合成される。典型的にはＢＭＤ患者のゲノムは、Ｎ末端部分（Ｎ末端の最初の２４０アミノ酸）、システインリッチドメイン（アミノ酸３３６１〜３６８５まで）及びＣ末端ドメイン（Ｃ末端の最後の３２５アミノ酸）を含むが、大部分の場合にはその中央桿状ドメインが野生型ジストロフィンのものよりも短いジストロフィンタンパク質をコードする（Ｍｏｎａｃｏら、１９８８）。ＤＭＤの治療のためのアンチセンスオリゴヌクレオチド誘導エクソンスキッピングは、典型的にはエクソンをスキッピングすることによってｍＲＮＡ前駆体中（好ましくは中央桿状ドメイン中）の中途の終止を克服し、オープンリーディングフレームを補正し、（タンパク質はより小さな桿状ドメインの結果としていくらか小さいが）Ｃ−末端を含むジストロフィンタンパク質の残りの合成を可能にすることを対象とする。好ましい実施形態では、ＤＭＤを有し、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドで処置されている個体は、野生型ジストロフィンと少なくとも同程度の活性を示すジストロフィンを提供される。前記個体がデュシェンヌ患者である又はデュシェンヌ患者であると疑われる場合、機能性又は半機能性ジストロフィンは、ＢＭＤを有する個体のジストロフィンである。典型的には、前記ジストロフィンはアクチン及びＤＧＣ又はＤＡＰＣの両方と相互作用できるが、その中央桿状ドメインは野生型ジストロフィンのものよりも短い場合があることがより好ましい（Ｍｏｎａｃｏら、１９８８）。野生型ジストロフィンの中央桿状ドメインは２４個のスペクトリン様リピートを含む。例えば、本明細書で提供するジストロフィンの中央桿状ドメインは、アクチンに及びＤＧＣに結合できる限り、５〜２３、１０〜２２又は１２〜１８個のスペクトリン様リピートを含み得る。
本発明のオリゴヌクレオチドを用いて個体においてデュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの１つ又は複数の症状を緩和することは、任意の次のアッセイによって評価できる：歩けなくなるまでの時間の延長、筋力の改善、重量物を持ち上げる能力の改善、床から起き上がるために要する時間の改善、９メートル歩行時間の改善、４段上るために要する時間の改善、脚機能グレード（ｌｅｇ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｇｒａｄｅ）の改善、肺機能の改善、心臓機能の改善、生活の質の改善。これらのアッセイの各々は当業者に公知である。一例としてＭａｎｚｕｒら（２００８）の発表は、これらのアッセイの各々の詳細な説明を示している。これらのアッセイの各々について、アッセイで測定されたパラメーターの検出可能な改善又は延長が見出されると、それはデュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの１つ又は複数の症状が本発明のオリゴヌクレオチドを用いて個体において緩和されていることを好ましくは意味する。検出可能な改善又は延長は、好ましくはＨｏｄｇｅｔｔｓら（２００６）に記載の統計的に有意な改善又は延長である。代替的に、デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの１つ又は複数の症状の緩和は、筋繊維の機能、完全性及び／又は生存時間の改善を測定することによって評価できる。好ましい方法では、ＤＭＤ若しくはＢＭＤ患者の１つ若しくは複数の症状は、緩和される及び／又はＤＭＤ若しくはＢＭＤ患者由来の１つ若しくは複数の筋肉細胞の１つ又は複数の特徴は改善される。そのような症状又は特徴は、細胞、組織レベル又は患者自身についても評価できる。
患者由来の筋肉細胞の１つ又は複数の特徴の緩和は、患者由来の筋原細胞又は筋肉細胞での次の任意のアッセイによって評価できる：筋肉細胞によるカルシウム取り込みの低減、コラーゲン合成の低下、形態の変化、脂質生合成の変化、酸化ストレスの低下、及び／又は筋繊維の機能、完全性及び／又は生存時間の改善。これらのパラメーターは、筋肉生検の横断面の免疫蛍光及び／又は組織化学的分析を用いて通常評価される。
筋繊維の機能、完全性及び／又は生存時間の改善は、次のアッセイの少なくとも１つを用いて評価できる：血液中のクレアチンキナーゼの検出可能な減少、ジストロフィーであると疑われる筋肉の生検横断面中の筋繊維の壊死の検出可能な減少及び／又はジストロフィーであると疑われる筋肉の生検横断面における筋繊維の直径の均一性の検出可能な増加。これらのアッセイの各々は当業者に公知である。
クレアチンキナーゼは、Ｈｏｄｇｅｔｔｓら（２００６）に記載されるように血液中に検出できる。クレアチンキナーゼにおける検出可能な減少は、治療前の同じＤＭＤ又はＢＭＤ患者におけるクレアチンキナーゼの濃度と比較して５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上の減少を意味し得る。
筋繊維の壊死の検出可能な減少は、好ましくは筋肉生検において、より好ましくは、Ｈｏｄｇｅｔｔｓら（２００６）に記載されるように生検横断面を用いて評価される。壊死の検出可能な減少は、面積の５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上の減少（壊死は生検横断面を用いて同定された）である場合がある。減少は、治療前の同じＤＭＤ又はＢＭＤ患者において評価された壊死と比較することによって測定される。
筋繊維の直径の均一性の検出可能な増加は、好ましくは筋肉生検横断面において、より好ましくはＨｏｄｇｅｔｔｓら（２００６）に記載されるように評価される。増加は、治療前の同じＤＭＤ又はＢＭＤ患者における筋繊維の直径の均一性との比較によって測定される。
本発明のオリゴヌクレオチドは、前記個体に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質（典型的にはＤＭＤの場合）を提供し、前記個体における異常なジストロフィンタンパク質の産生を少なくとも部分的に減少させることができる（典型的にはＢＭＤの場合）ことが好ましい。
異常なジストロフィンｍＲＮＡ、又は異常なジストロフィンタンパク質の産生を減少させることは、好ましくは異常なジストロフィンｍＲＮＡ、又は異常なジストロフィンタンパク質の初期量の９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％以下を意味し、ＲＴ ＰＣＲ（ｍＲＮＡ）又は免疫蛍光又はウエスタンブロット分析（タンパク質）によってまだ検出可能である。異常なジストロフィンｍＲＮＡ又はタンパク質は、本明細書において少機能性（ｌｅｓｓ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ）（前述の野生型機能性ジストロフィンタンパク質と比較）又は非機能性ジストロフィンｍＲＮＡ又はタンパク質とも称される。非機能性ジストロフィンタンパク質は、好ましくはアクチン及び／又はＤＧＣタンパク質複合体のメンバーに結合できないジストロフィンタンパク質である。非機能性ジストロフィンタンパク質又はジストロフィンｍＲＮＡは、タンパク質の無処理のＣ−末端を有するジストロフィンタンパク質を典型的には有しない又はコードしない。機能性又は半機能性ジストロフィンｍＲＮＡ又はタンパク質の検出は、異常なジストロフィンｍＲＮＡ又はタンパク質についてと同様に行うことができる。
ＤＭＤ患者に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質が提供されると、ＤＭＤの原因の少なくとも一部は除かれる。したがって、ＤＭＤの症状が少なくとも部分的に緩和されることが期待される。スキッピング頻度の増強もＤＭＤ又はＢＭＤ個体の筋肉細胞において産生される機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質のレベルを増加させる。
エクソンは、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての有効な標的であることが示されているスプライシング調節エレメントを含む１つ又は複数の特異的配列を含有する（Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、２０１０）。したがって一実施形態は、前記個体に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質を提供するためのオリゴヌクレオチドを提供し、前記オリゴヌクレオチドは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソン中のこれらのスプライシング制御エレメントを特異的に対して結合する、標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は遮断する配列を含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のこれらのスプライシング制御エレメントに対して結合及び／又は標的化及び／又はハイブリダイズ及び／又は遮断できる。さらに、両方のスプライス部位がスプライソソーム複合体によって認識される場合にだけ、エクソンが生じるｍＲＮＡ中に含まれることから、スプライス部位は本発明のオリゴヌクレオチドの他の標的である。したがって一実施形態は、前記個体に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質を提供するためのオリゴヌクレオチドであって、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエクソンのスプライス部位の一方又は両方に特異的に対して結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は遮断する配列を含むオリゴヌクレオチドを提供する。そのようなオリゴヌクレオチドは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエクソンのこれらのスプライス部位の一方又は両方に対して結合及び／又は標的化、ハイブリダイズ及び／又は遮断できる。通常エクソンのスプライス部位は、前記エクソン中に存在する１、２、３個以上のヌクレオチド及び隣接する又は近隣のイントロン中に存在する１、２、３以上のヌクレオチドを含む。一実施形態では、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のイントロン領域に単独で結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズするオリゴヌクレオチドが用いられる。そのようなオリゴヌクレオチドは、前記イントロン領域に結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる。しかし、これは必要ではない。イントロン特異的配列及びエクソン特異的配列に標的化する及び／又は結合する及び／又はハイブリダイズする及び／又は標的化できる及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできるオリゴヌクレオチドを用いることもできる。当然のことながらオリゴヌクレオチドは、ジストロフィンエクソン又はイントロンの配列全体に対して結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする必要はない。そのようなオリゴヌクレオチドもジストロフィンエクソン又はイントロンの配列全体に対して結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる必要はない。そのようなエクソン又はイントロンの一部に対して特異的に結合、標的化及び／又はハイブリダイズする及び／又は特異的に結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできるオリゴヌクレオチドは、好ましい。オリゴヌクレオチドが用いられ、前記オリゴヌクレオチドは、ジストロフィンエクソン及び／又はイントロンの少なくとも一部（前記部分は少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを有する）に好ましくは逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングは、イントロン分岐点及び隣接イントロンのスプライス部位が関与する２つの連続エステル転移反応を介して生じる。したがってオリゴヌクレオチドは、エクソンスキッピングのために用いられ、前記オリゴヌクレオチドは、そのような分岐点及び／又はスプライス部位に対して結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる配列を含む。前記スプライス部位及び／又は分岐点は、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中に存在することが好ましい。
スプライス部位が共通配列を含有することから、スプライス部位に対して結合可能である及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド部分又はその機能性等価物の使用は、偶然のハイブリダイゼーションの危険を含む。スキップされるエクソン部位以外の他のスプライス部位への前記オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、スプライシング工程の正確さを容易に妨げる場合がある。スプライス部位に対して結合する及び／又はハイブリダイズする及び／又は標的化する及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできるオリゴヌクレオチドの使用に関連するこれら及び他の潜在的な問題を克服するために、最も好ましい実施形態は、前記個体に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質を提供するためのオリゴヌクレオチドを提供し、前記オリゴヌクレオチド又はその機能性等価物は、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソンの特異的部分に対して結合する及び／又はハイブリダイズする及び／又は標的化する及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は標的化できる。エクソンは、非コードイントロン配列に典型的にはさらに特異的であるコード配列を含有する。ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソンの特異的部分に対して結合する及び／又はハイブリダイズする及び／又は標的化する及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は標的化できる前記オリゴヌクレオチドは、前記ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中の予測される（ａｎｔｉｃｐａｔｅｄ）エクソンのスプライシング制御配列及び／又は構造を特異的に遮断、妨げる及び／又は阻害できることが好ましい。そのようなスプライシング制御配列及び／又は構造を妨げることは、そのようなエレメントがエクソン内に位置づけられる有利点を有する。配列関連標的外効果についての危険性は、したがって限定的である。スキップされるエクソンの内部のオリゴヌクレオチドを提供することによって、スプライシング装置からエクソンを遮蔽できる。したがってスキップされるエクソンを認識するスプライシング装置の不全は、最終ｍＲＮＡからのエクソンの排除をもたらす。本実施形態は、スプライシング機構（エクソンの接合）の酵素工程を直接妨げない。これは、方法をさらに特異的及び／又は信頼できるものにすると考えられる。エクソンに任意の点で結合可能である及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は結合する及び／又はハイブリダイズする及び／又は標的化するオリゴヌクレオチドは、前記エクソンのスキッピングを誘導できることが見出されている。
本発明のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの機能性等価物又は等価物を含む場合がある。オリゴヌクレオチドの機能性等価物又は等価物は、好ましくは本明細書に記載のオリゴヌクレオチドを意味し、１つ又は複数のヌクレオチドが置換されており、前記機能性等価物又は等価物の活性は、少なくともある程度保持されている。オリゴヌクレオチドの機能性等価物又は等価物を含む前記オリゴヌクレオチドの活性は、機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質を提供することが好ましい。オリゴヌクレオチドの機能性等価物又は等価物を含む前記オリゴヌクレオチドの前記活性は、したがって、機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質の量を定量することによって好ましくは評価される。本明細書において、好ましくは、機能性又は半機能性ジストロフィンは、アクチン及びＤＧＣ（又はＤＡＰＣ）タンパク質複合体のメンバーに結合できるジストロフィンであるとして定義される。オリゴヌクレオチドの前記機能性等価物の前記活性の評価は、好ましくはＲＴ−ＰＣＲ及び配列決定（ＲＮＡレベルで；特異的エクソンスキッピングの検出のために）によって、又は免疫蛍光及びウエスタンブロット分析（タンパク質レベルで：タンパク質修復の検出のために）によって行われる。前記活性は、それが機能性等価物又は等価物が由来する前記オリゴヌクレオチドの対応する活性の少なくとも５０％又は少なくとも６０％又は少なくとも７０％又は少なくとも８０％又は少なくとも９０％又は少なくとも９５％以上を示す場合に好ましくは少なくともある程度保持されている。本明細書全体を通じて、オリゴヌクレオチドという語が用いられる場合、それは本明細書に記載のその機能性等価物又はその等価物によって置き換えられ得る。一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの等価物又は機能性等価物は修飾を含む。本明細書全体を通じて、オリゴヌクレオチドという語が用いられる場合、特に断らない限り、それは本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドによって置き換えられ得る。
したがって、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソンに逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる配列を含む又はからなるヌクレオチド配列よって表される、オリゴヌクレオチド又はその機能性等価物又はその等価物の使用は、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンのいずれも含まないそれらの対応物（すなわち、いわゆる非修飾オリゴヌクレオチド）と比較して、前記オリゴヌクレオチドのパラメーター（本明細書で先に定義されている。）の少なくとも１つに好影響を有すると考えられ、したがって、患者のＤＭＤ若しくはＢＭＤ細胞及び／又はＤＭＤ若しくはＢＭＤ患者において治療結果の改善を呈すると考えられる。そのような治療結果は、
ＤＭＤ若しくはＢＭＤの１つ又は複数の症状を緩和すること、及び／又は
患者由来の筋肉細胞の１つ又は複数の特徴を緩和すること、及び／又は
前記個体に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質を提供すること、及び／又は
前記個体における異常なジストロフィンタンパク質の産生を少なくとも部分的に低下させること
によって特徴付けられ得る。
これらの特性の各々は本明細書において既に説明されている。
オリゴヌクレオチドは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソン４４〜５５の少なくとも一部に対して結合する及び／又は標的化する及び／又は逆相補的である及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、前記オリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチドの長さを有することが好ましい。しかし、前記オリゴヌクレオチドの長さは、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドであり得る。本明細書全体を通じて、オリゴヌクレオチドを表す前記配列は塩基又はヌクレオチド配列と称されることもある。
本発明のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエクソンの一部に対して結合する及び／又は標的化する及び／又は逆相補的である及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は標的化できることが可能である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列又は塩基配列によって表されることが好ましい。前記結合又は標的化部分は、本発明のオリゴヌクレオチドの長さの少なくとも５０％、又は少なくとも６０％、又は少なくとも７０％、又は少なくとも８０％、又は少なくとも９０％又は少なくとも９５％、又は９８％及び１００％までであり得る。オリゴヌクレオチドはヌクレオチド又は塩基配列によって表され得、前記ヌクレオチド又は塩基配列は、本明細書に記載のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエクソン４４〜５５からなる群から選択されるエクソンの少なくとも一部及び追加的隣接配列に対して結合する及び／又は標的化する及び／又は逆相補的である及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は標的化できる配列を含む。さらに好ましい実施形態では、前記オリゴヌクレオチドの前記結合部分又は標的化部分の長さは、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドである。いくつかの種類の隣接配列が使用され得る。隣接配列は、前記オリゴヌクレオチドへのタンパク質の結合を改変するために、又は前記オリゴヌクレオチドの熱力学的特性を改変するために使用されることが好ましく、標的ＲＮＡ結合親和性を改変するために使用されることがより好ましい。別の好ましい実施形態では、追加的隣接配列は、前記エクソン中に存在しないジストロフィンｍＲＮＡ前駆体の配列に逆相補的である。そのような隣接配列は、前記エクソンの分岐点及び／又はスプライス部位受容体若しくはドナー共通配列を含む又はからなる配列に好ましくは結合及び／又は標的化可能である。好ましい実施形態では、そのような隣接配列は、前記エクソンに隣接するジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のイントロンの配列を含む又はからなる配列に対して結合及び／又は標的化可能である。
好ましい一実施形態は、機能性若しくは半機能性ジストロフィンタンパク質を前記個体に提供するためのオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチド又はその機能性等価物又はその等価物は、
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソン（閉構造）の別の部分にハイブリダイズするジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソンの領域に対して結合する、結合できる、標的化する、ハイブリダイズする又は逆相補的である配列、及び
前記ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体（開構造）中にハイブリダイズしないジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソンの領域に対して結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は逆相補的である及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる配列
を含む配列又は塩基配列によって表される、オリゴヌクレオチドを提供する。
本実施形態に関して特許出願国際公開第２００４／０８３４４６号を参照する。ＲＮＡ分子は、主に同じＲＮＡ内の相補的な又は部分的に相補的なストレッチの塩基対形成のために強固な二次構造を示す。ＲＮＡ中の構造がＲＮＡの機能において役割を果たすと長い間考えられてきた。理論に制約されることなく、エクソンのＲＮＡの二次構造がスプライシング工程を構築することにおいて役割を果たすと考えられる。その構造を通じて、エクソンはｍＲＮＡに含まれる必要がある部分として認識される。一実施形態では、オリゴヌクレオチドはエクソンの構造を妨げることができ、したがって、前記エクソンのスプライシング装置を妨げることができ、スプライシング装置からエクソンをマスキングでき、それにより前記エクソンのスキッピングを誘導できる。多数のオリゴヌクレオチドが実際にこの能力を含み、他よりもいくらか効率的であることが見出された。理論に制約されることなく、開構造を有する重複がオリゴヌクレオチドの浸潤効率を改善する（すなわちオリゴヌクレオチドが構造に侵入できる効率を増加させる）、一方で閉構造を有する重複は次にエクソンのＲＮＡの二次構造を妨げる効率を増加させると考えられる。閉及び開両方の構造への部分的逆相補性の長さは極度に制限されてはいないことが見出されている。本発明者らは、いずれの構造でも種々の長さの逆相補性を有するオリゴヌクレオチドを含む化合物で高い効率を観察した。（逆）相補性という用語は、本明細書において生理的条件下で核酸の別のストレッチにハイブリダイズできる核酸のストレッチを指して用いられる。ハイブリダイゼーション条件は本明細書において後述される。したがって、相補性の領域中のすべての塩基が反対鎖の塩基と対合できることが絶対に要求されるわけではない。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドを設計する場合、例えば相補鎖上の塩基と塩基対合しない残基を組み込みたい場合がある。細胞中の環境条件下ではミスマッチは、ある程度許容される場合があり、ヌクレオチドのストレッチは相補部分にハイブリダイズできる。
好ましい実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド（前記開構造又は前記閉構造のいずれか）の逆相補的部分は、少なくとも３個、より好ましくは少なくとも４個の連続的なヌクレオチドを含む。逆相補的領域は、好ましくは、組み合わされた場合にそれらがｍＲＮＡ前駆体中のエクソンに特異的であるように設計される。そのような特異性は、系の他のｍＲＮＡ（前駆体）中の実際の配列に依存することから、種々の長さの逆相補的領域とともに作出され得る。１つ又は複数の他のｍＲＮＡ前駆体もオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできるというリスクは、オリゴヌクレオチドのサイズの増加とともに減少する。逆相補性の領域中にミスマッチを含むが、ｍＲＮＡ前駆体中の標的化領域にはハイブリダイズする能力を保持しているアンチセンスオリゴヌクレオチドが本発明において使用可能であることは明らかである。しかし、少なくとも逆相補的部分は、１つ又は複数の逆相補的領域中にそのようなミスマッチを有するオリゴヌクレオチドより高い効率及び高い特異性を通常有することから、そのようなミスマッチを含まないことが好ましい。より高いハイブリダイゼーション強度（すなわち反対鎖内の相互作用の数の増加）は、系のスプライシング機構を妨げる工程の効率の増加において好適であると考えられる。逆相補性は９０〜１００％が好ましい。一般にこれは、２０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドにおいて１又は２個のミスマッチを、４０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドにおいて１〜４個のミスマッチを許容する。したがって、本発明者らは、１０〜５０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドにおいて１、２、３、４、５個のミスマッチを有する場合がある。０、１又は２個のミスマッチが１０〜５０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドにおいて存在することが好ましい。
構造（すなわち開構造及び閉構造）は、エクソンが属するｍＲＮＡ前駆体の内容において十分分析される。そのような構造は、実際のＲＮＡにおいて分析できる。しかし、構造モデル化プログラムを用いてＲＮＡ分子の（最も低いエネルギーコストでの）二次構造を非常に良く予測することが現在可能である。好適なプログラムの非限定的例は、ＲＮＡ構造バージョン４．５又はＲＮＡ ｍｆｏｌｄバージョン３．５（Ｚｕｋｅｒら、２００３）である。当業者は、好適な再現性でエクソンの期待できる構造を、所与のヌクレオチド配列に予測できる。最良の予測は、そのようなモデリングが前記エクソン及び隣接イントロン配列両方を伴って提供される場合に得られる。全長ｍＲＮＡ前駆体の構造をモデル化する必要は典型的にはない。
オリゴヌクレオチドが対象とする開構造及び閉構造は好ましくは相互に隣接する。このようにオリゴヌクレオチドの開構造へのアニーリングが閉構造の開放を誘導し、直ちにアニーリングはこの閉構造に進行すると考えられる。この作用を通じて、それまでの閉構造は異なるコンホメーションになる。しかし、潜在的（隠された（ｃｒｙｐｔｉｃ））スプライス受容体及び／又はドナー配列が標的化エクソン内に存在する場合、新規エクソンインクルージョンシグナル又はスプライシング制御配列、エレメント、構造若しくはシグナルが生成され、異なる（ネオ）エクソン（すなわち、異なる５’末端、異なる３’末端、又はその両方を有する。）が明らかになることがある。この種の活性は、標的化エクソンがｍＲＮＡから排除されることから本発明の範囲内である。（標的化エクソンの一部を含有する）新規エクソンのｍＲＮＡ中での存在は、標的化エクソン（それ自体が）排除されるという事実を変化させない。ネオエクソンのインクルージョンは、時折生じるだけの副作用として観察される場合がある。エクソンスキッピングが、変異の結果として破壊されるジストロフィンのオープンリーディングフレーム（の一部）を修復するために用いられる場合、２つの可能性がある。１つは、ネオエクソンが読み枠の修復において機能的である、一方で他の場合には読み枠は修復されないことである。エクソンスキッピングの手段によってジストロフィン読み枠を修復するためのオリゴヌクレオチドを含む化合物を選択する場合、これらの状態下でこれらのオリゴヌクレオチドを含むこれらの化合物だけが選択され、（ネオエクソンを含む又は含まない）ジストロフィンオープンリーディングフレームを修復するエクソンスキッピングを実際に生じることは当然のことながら明白である。
さらに提供されるのは、前記個体に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質を提供するためのオリゴヌクレオチドであり、前記オリゴヌクレオチド又はその機能性等価物又はその等価物は、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエクソンのＲＮＡ中のセリン−アルギニン（ＳＲ）タンパク質についての結合部位に逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる配列を含むヌクレオチド又は塩基配列によって表される。特許出願国際公開第２００６／１１２７０５号において本発明者らは、エクソンスキッピングを誘導することにおけるエクソン内部アンチセンスオリゴヌクレオチドの有効性と前記ＡＯＮの標的ｍＲＮＡ前駆体部位において（例えばＥＳＥｆｉｎｄｅｒによって）予測されるＳＲ結合部位の存在との間の相関の存在を開示した。したがって、一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ジストロフィンエクソンのＲＮＡにおけるＳＲ（Ｓｅｒ−Ａｒｇ）タンパク質のための（推定）結合部位を決定すること、並びに、前記ＲＮＡに逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできるオリゴヌクレオチドを含み、前記（推定）結合部位に少なくとも部分的に重複する対応する化合物を製造することを含む方法によって生成される。用語「少なくとも部分的に重複」は、ＳＲ結合部位の単一のヌクレオチドだけの重複及び前記結合部位の複数のヌクレオチド並びに前記結合部位の完全な重複を含むこととして本明細書において定義される。本実施形態は、前記ＲＮＡの二次構造から前記ＲＮＡ（閉構造）の別の部分にハイブリダイズされる領域及び前記構造（開構造）にハイブリダイズされない領域を決定すること、並びに次に前記（推定）結合部位に少なくとも部分的に重複し、前記閉構造の少なくとも一部に重複し、前記開構造の少なくとも一部に重複するオリゴヌクレオチドを生成することを好ましくはさらに含む。このように本発明者らは、ｍＲＮＡ前駆体からｍＲＮＡへのエクソンインクルージョンを妨げられるオリゴヌクレオチドを得る機会を増加させる。最初に選択されるＳＲ−結合領域が要求される開−閉構造を有さず、その場合、別の（第二）ＳＲタンパク質結合部位が選択され、次いで、開−閉構造の存在について検査されることは可能である。この工程は、ＳＲタンパク質結合部位及び（部分的に重複する）開−閉構造を含有する配列が同定されるまで継続される。次いで、この配列は、前記配列に逆相補的であるオリゴヌクレオチドを設計するために使用される。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを生成するためのそのような方法は、記載された順序を逆にすることによっても実行される、すなわち最初に（ジストロフィンエクソン由来のＲＮＡの二次構造から）前記ＲＮＡ（閉構造）の別の部分にハイブリダイズされる構造になる領域及び前記構造（開構造）中にハイブリダイズされない領域を決定すること並びに次に前記オリゴヌクレオチド少なくとも一部が前記閉構造に逆相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの少なくとも別の一部が前記開構造に逆相補的であるオリゴヌクレオチドを生成することを含んでオリゴヌクレオチドを生成する。次いでこれには、ＳＲタンパク質結合部位が前記開／閉構造に少なくとも重複するかどうかを決定することが続く。このように国際公開第２００４／０８３４４６号の方法は改善される。さらに別の実施形態では選択は、同時に実行される。
いかなる理論にも制約されることなく、ＳＲタンパク質結合部位を対象とする又は標的化するオリゴヌクレオチドの使用は、ＳＲタンパク質のＳＲタンパク質の結合部位への結合を（少なくとも部分的に）損ない、破壊されたスプライシング又は損なわれたスプライシングを生じると現在考えられている。
開／閉構造及びＳＲタンパク質結合部位は、部分的に重複することが好ましく、さらに好ましい開／閉構造は、ＳＲタンパク質結合部位に完全に重複する又はＳＲタンパク質結合部位が開／閉構造に完全に重複する。これは、エクソンインクルージョンの破壊の改善を可能にする。
共通スプライス部位及び分岐点イントロン配列に加えて、多数の（すべてではないが）エクソンは、これだけに限らないがスプライソソームによる本来のスプライス部位の認識を促進するためのエクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）配列などのスプライシング制御配列を含有する（Ｃａｒｔｅｇｎｉら、２００２；及びＣａｒｔｅｇｎｉら、２００３）。ＳＲタンパク質と称される、スプライシング因子のサブグループは、これらのＥＳＥに結合でき、Ｕ１及びＵ２ＡＦなどの他のスプライシング因子を（明らかにされていない）スプライス部位に動員する。４個の最も豊富なＳＲタンパク質（ＳＦ２／ＡＳＦ、ＳＣ３５、ＳＲｐ４０及びＳＲｐ５５）の結合部位は、詳細に分析されており、これらの結果はＥＳＥｆｉｎｄｅｒ（これらのＳＲタンパク質についての潜在的結合部位を予測するウェブ情報源）で実行される（Ｃａｒｔｅｇｎｉら、２００２；及びＣａｒｔｅｇｎｉら、２００３）。オリゴヌクレオチドの有効性と、前記オリゴヌクレオチドによって標的化される部位でのＳＦ２／ＡＳＦ、ＳＣ３５及びＳＲｐ４０結合部位の存在／欠如と、の間には相関がある。したがって、好ましい実施形態では、本発明は、ＳＲタンパク質に対する結合部位に逆相補的である及び／又は標的化する及び／又は結合する及び／又はハイブリダイズする及び／又は標的化できる及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできる上記オリゴヌクレオチドを提供する。前記ＳＲタンパク質は、ＳＦ２／ＡＳＦ又はＳＣ３５又はＳＲｐ４０が好ましい。
一実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、転写物においてジストロフィンエクソンのスプライシングを補正するために必要である制御ＲＮＡ配列に特異的に対して結合することができる若しくは標的化することができる及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできるオリゴヌクレオチド若しくはその機能性等価物又はその等価物を用いることによって、ＤＭＤ患者に機能性又は半機能性ジストロフィンタンパク質が提供される。いくつかのｃｉｓ−作用性ＲＮＡ配列が転写物中のエクソンのスプライシングの補正のために必要である。特に、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソン認識配列（ＥＲＳ）及び／又はエクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）などのエレメントは、構成的及び代替的エクソンの特異的及び効率的なスプライシングを制御するために同定される。エレメントに対して結合する及び／又は標的化する及び／又は逆相補的である及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又はハイブリダイズできる及び／又は標的化できる配列特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド又は塩基特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を用いて、それらの制御機能は乱され、ＤＭＤについて示されるようにエクソンはスキップされる。したがって、好ましい一実施形態では、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソン認識配列（ＥＲＳ）及び／又はエクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）に逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできるオリゴヌクレオチド若しくはその機能性等価物又はその等価物は用いられる。
好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソン４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４又は５５の少なくとも一部に逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる配列又は塩基配列を含む又はからなり、前記部分は少なくとも１０ヌクレオチドを有する。しかし、前記部分は、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドを有する場合もある。上述のジストロフィンエクソンに関して、本発明者らは、オリゴヌクレオチドが結合する及び／又は逆相補的である及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる前記エクソンのヌクレオチドのストレッチ（以下に規定される配列番号２〜１３）を提供する。
エクソン４４のスキッピングに関して、
５’−ＧＣＧＡＵＵＵＧＡＣＡＧＡＵＣＵＧＵＵＧＡＧＡＡＡＵＧＧＣＧＧＣＧＵＵＵＵＣＡＵＵＡＵＧＡＵＡＵＡＡＡＧＡＵＡＵＵＵＡＡＵＣＡＧＵＧＧＣＵＡＡＣＡＧＡＡＧＣＵＧＡＡＣＡＧＵＵＵＣＵＣＡＧＡＡＡＧＡＣＡＣＡＡＡＵＵＣＣＵＧＡＧＡＡＵＵＧＧＧＡＡＣＡＵＧＣＵＡＡＡＵＡＣＡＡＡＵＧＧＵＡＵＣＵＵＡＡＧ−３’（配列番号２）
エクソン４５のスキッピングに関して、
５’−ＧＡＡＣＵＣＣＡＧＧＡＵＧＧＣＡＵＵＧＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＡＡＣＵＧＵＵＧＵＣＡＧＡＡＣＡＵＵＧＡＡＵＧＣＡＡＣＵＧＧＧＧＡＡＧＡＡＡＵＡＡＵＵＣＡＧＣＡＡＵＣＣＵＣＡＡＡＡＡＣＡＧＡＵＧＣＣＡＧＵＡＵＵＣＵＡＣＡＧＧＡＡＡＡＡＵＵＧＧＧＡＡＧＣＣＵＧＡＡＵＣＵＧＣＧＧＵＧＧＣＡＧＧＡＧＧＵＣＵＧＣＡＡＡＣＡＧＣＵＧＵＣＡＧＡＣＡＧＡＡＡＡＡＡＧＡＧ−３’（配列番号３）
エクソン４６のスキッピングに関して、
５’−ＧＣＵＡＧＡＡＧＡＡＣＡＡＡＡＧＡＡＵＡＵＣＵＵＧＵＣＡＧＡＡＵＵＵＣＡＡＡＧＡＧＡＵＵＵＡＡＡＵＧＡＡＵＵＵＧＵＵＵＵＡＵＧＧＵＵＧＧＡＧＧＡＡＧＣＡＧＡＵＡＡＣＡＵＵＧＣＵＡＧＵＡＵＣＣＣＡＣＵＵＧＡＡＣＣＵＧＧＡＡＡＡＧＡＧＣＡＧＣＡＡＣＵＡＡＡＡＧＡＡＡＡＧＣＵＵＧＡＧＣＡＡＧＵＣＡＡＧ−３’（配列番号４）
エクソン４７のスキッピングに関して、
５’−ＵＵＡＣＵＧＧＵＧＧＡＡＧＡＧＵＵＧＣＣＣＣＵＧＣＧＣＣＡＧＧＧＡＡＵＵＣＵＣＡＡＡＣＡＡＵＵＡＡＡＵＧＡＡＡＣＵＧＧＡＧＧＡＣＣＣＧＵＧＣＵＵＧＵＡＡＧＵＧＣＵＣＣＣＡＵＡＡＧＣＣＣＡＧＡＡＧＡＧＣＡＡＧＡＵＡＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＵＡＡＧＣＵＣＡＡＧＣＡＧＡＣＡＡＡＵＣＵＣＣＡＧＵＧＧＡＵＡＡＡＧ−３’（配列番号５）
エクソン４８のスキッピングに関して、
５’−ＧＵＵＵＣＣＡＧＡＧＣＵＵＵＡＣＣＵＧＡＧＡＡＡＣＡＡＧＧＡＧＡＡＡＵＵＧＡＡＧＣＵＣＡＡＡＵＡＡＡＡＧＡＣＣＵＵＧＧＧＣＡＧＣＵＵＧＡＡＡＡＡＡＡＧＣＵＵＧＡＡＧＡＣＣＵＵＧＡＡＧＡＧＣＡＧＵＵＡＡＡＵＣＡＵＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＧＧＵＵＡＵＣＵＣＣＵＡＵＵＡＧＧＡＡＵＣＡＧＵＵＧＧＡＡＡＵＵＵＡＵＡＡＣＣＡＡＣＣＡＡＡＣＣＡＡＧＡＡＧＧＡＣＣＡＵＵＵＧＡＣＧＵＵＣＡＧ−３’（配列番号６）
エクソン４９のスキッピングに関して、
５’−ＧＡＡＡＣＵＧＡＡＡＵＡＧＣＡＧＵＵＣＡＡＧＣＵＡＡＡＣＡＡＣＣＧＧＡＵＧＵＧＧＡＡＧＡＧＡＵＵＵＵＧＵＣＵＡＡＡＧＧＧＣＡＧＣＡＵＵＵＧＵＡＣＡＡＧＧＡＡＡＡＡＣＣＡＧＣＣＡＣＵＣＡＧＣＣＡＧＵＧＡＡＧ−３’（配列番号７）
エクソン５０のスキッピングに関して、
５’−ＡＧＧＡＡＧＵＵＡＧＡＡＧＡＵＣＵＧＡＧＣＵＣＵＧＡＧＵＧＧＡＡＧＧＣＧＧＵＡＡＡＣＣＧＵＵＵＡＣＵＵＣＡＡＧＡＧＣＵＧＡＧＧＧＣＡＡＡＧＣＡＧＣＣＵＧＡＣＣＵＡＧＣＵＣＣＵＧＧＡＣＵＧＡＣＣＡＣＵＡＵＵＧＧＡＧＣＣＵ−３’（配列番号８）
エクソン５１のスキッピングに関して、
５’−ＣＵＣＣＵＡＣＵＣＡＧＡＣＵＧＵＵＡＣＵＣＵＧＧＵＧＡＣＡＣＡＡＣＣＵＧＵＧＧＵＵＡＣＵＡＡＧＧＡＡＡＣＵＧＣＣＡＵＣＵＣＣＡＡＡＣＵＡＧＡＡＡＵＧＣＣＡＵＣＵＵＣＣＵＵＧＡＵＧＵＵＧＧＡＧＧＵＡＣＣＵＧＣＵＣＵＧＧＣＡＧＡＵＵＵＣＡＡＣＣＧＧＧＣＵＵＧＧＡＣＡＧＡＡＣＵＵＡＣＣＧＡＣＵＧＧＣＵＵＵＣＵＣＵＧＣＵＵＧＡＵＣＡＡＧＵＵＡＵＡＡＡＡＵＣＡＣＡＧＡＧＧＧＵＧＡＵＧＧＵＧＧＧＵＧＡＣＣＵＵＧＡＧＧＡＵＡＵＣＡＡＣＧＡＧＡＵＧＡＵＣＡＵＣＡＡＧＣＡＧＡＡＧ−３’（配列番号９）
エクソン５２のスキッピングに関して、
５’−ＧＣＡＡＣＡＡＵＧＣＡＧＧＡＵＵＵＧＧＡＡＣＡＧＡＧＧＣＧＵＣＣＣＣＡＧＵＵＧＧＡＡＧＡＡＣＵＣＡＵＵＡＣＣＧＣＵＧＣＣＣＡＡＡＡＵＵＵＧＡＡＡＡＡＣＡＡＧＡＣＣＡＧＣＡＡＵＣＡＡＧＡＧＧＣＵＡＧＡＡＣＡＡＵＣＡＵＵＡＣＧＧＡＵＣＧＡＡ−３’（配列番号１０）
エクソン５３のスキッピングに関して、
５’−ＵＵＧＡＡＡＧＡＡＵＵＣＡＧＡＡＵＣＡＧＵＧＧＧＡＵＧＡＡＧＵＡＣＡＡＧＡＡＣＡＣＣＵＵＣＡＧＡＡＣＣＧＧＡＧＧＣＡＡＣＡＧＵＵＧＡＡＵＧＡＡＡＵＧＵＵＡＡＡＧＧＡＵＵＣＡＡＣＡＣＡＡＵＧＧＣＵＧＧＡＡＧＣＵＡＡＧＧＡＡＧＡＡＧＣＵＧＡＧＣＡＧＧＵＣＵＵＡＧＧＡＣＡＧＧＣＣＡＧＡＧＣＣＡＡＧＣＵＵＧＡＧＵＣＡＵＧＧＡＡＧＧＡＧＧＧＵＣＣＣＵＡＵＡＣＡＧＵＡＧＡＵＧＣＡＡＵＣＣＡＡＡＡＧＡＡＡＡＵＣＡＣＡＧＡＡＡＣＣＡＡＧ−３’（配列番号１１）
エクソン５４のスキッピングに関して、
５’−ＣＡＧＵＵＧＧＣＣＡＡＡＧＡＣＣＵＣＣＧＣＣＡＧＵＧＧＣＡＧＡＣＡＡＡＵＧＵＡＧＡＵＧＵＧＧＣＡＡＡＵＧＡＣＵＵＧＧＣＣＣＵＧＡＡＡＣＵＵＣＵＣＣＧＧＧＡＵＵＡＵＵＣＵＧＣＡＧＡＵＧＡＵＡＣＣＡＧＡＡＡＡＧＵＣＣＡＣＡＵＧＡＵＡＡＣＡＧＡＧＡＡＵＡＵＣＡＡＵＧＣＣＵＣＵＵＧＧＡＧＡＡＧＣＡＵＵＣＡＵＡＡＡＡＧ−３’（配列番号１２）
エクソン５５のスキッピングに関して、
５’−ＧＧＵＧＡＧＵＧＡＧＣＧＡＧＡＧＧＣＵＧＣＵＵＵＧＧＡＡＧＡＡＡＣＵＣＡＵＡＧＡＵＵＡＣＵＧＣＡＡＣＡＧＵＵＣＣＣＣＣＵＧＧＡＣＣＵＧＧＡＡＡＡＧＵＵＵＣＵＵＧＣＣＵＧＧＣＵＵＡＣＡＧＡＡＧＣＵＧＡＡＡＣＡＡＣＵＧＣＣＡＡＵＧＵＣＣＵＡＣＡＧＧＡＵＧＣＵＡＣＣＣＧＵＡＡＧＧＡＡＡＧＧＣＵＣＣＵＡＧＡＡＧＡＣＵＣＣＡＡＧＧＧＡＧＵＡＡＡＡＧＡＧＣＵＧＡＵＧＡＡＡＣＡＡＵＧＧＣＡＡ−３’（配列番号１３）
したがって、好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２〜１３から選択されるエクソンヌクレオチド配列のうちの１つの配列内の１０〜３３ヌクレオチドの連続的なストレッチに対して結合する及び／又は逆相補的である及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる。
好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
上記配列番号２〜１３から選択されるエクソンヌクレオチド配列のうちの１つの配列内の１０〜３３ヌクレオチドの連続的なストレッチに対して結合する及び／又は逆相補的である及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする及び／又は結合できる及び／又は標的化できる及び／又はハイブリダイズできる。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
より好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１４〜９０を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４〜９０の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。配列番号１４〜９０は表１に示されている。これに関して、「５−メチルピリミジン」は少なくとも１つの５−メチルピリミジンを意味する。したがって「少なくとも１つの５−メチルピリミジン」は、少なくとも１つの５−メチルシトシン及び／又は少なくとも１つの５−メチルウラシルを意味する。
したがって、好ましい非修飾オリゴヌクレオチドは、好ましくは、Ｘ＝Ｃ、Ｙ＝Ｕ、Ｚ＝Ａである配列番号１４〜９０のヌクレオチド又は塩基配列の１つに由来し、及び／又は配列番号９１、９３、９４〜１７０によって表される。これらの非修飾オリゴヌクレオチドの各々は、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び２，６−ジアミノプリンを含まない。配列番号９１は配列番号１３２と同一であることに留意されたい。
また、好ましい修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１４〜９０のヌクレオチド又は塩基配列の１つに由来し、少なくとも１つの５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は少なくとも１つの２，６−ジアミノプリン（すなわち少なくとも１つのＸはｍ５Ｃ＝Ｘ１であり及び／又は少なくとも１つのＹはｍ５Ｕ＝Ｙ１であり及び／又は少なくとも１つのＺはａ２Ａ＝Ｚ１である。）を含む。配列番号９２は配列番号１９９と同一であることに留意されたい。さらに好ましい修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号９２、１７１〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９を含む又はからなるヌクレオチド又は塩基配列によって表される。さらに好ましい修飾オリゴヌクレオチド（すべてのＸ＝ｍ５Ｃ＝Ｘ１及び／又はすべてのＹ＝ｍ５Ｕ＝Ｙ１及び／又はすべてのＺ＝ａ２Ａ＝Ｚ１）は、最も好ましいヌクレオチド又は塩基配列（配列番号１５、２１、３１、４０、５２及び５７）に由来し、配列番号９２、１７１〜１７４、１８５〜１８８、１９９、２００、２０２〜２１５、２１７、２１８、２１９によって表される。最も好ましい修飾オリゴヌクレオチドは表３に開示されている。
本発明において、配列番号１４〜９０の断片又は配列番号９１〜２１９の断片は、前記配列番号１４〜９０からの又は前記配列番号９１〜２１９からの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む又はからなるヌクレオチド又は塩基配列を好ましくは意味する。
そのようなより好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号１４〜９０、９１、９３〜１７０を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４〜９０、９１、９３〜１７０の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１４〜９０、９２、１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４〜９０、９２、１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９の断片を含む若しくはからなり、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。配列番号１４〜９０、９２及び１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９の内の好ましい配列（すなわち好ましいヌクレオチド又は塩基配列）は、配列番号１５、２１、３１、４０、４３、５２、５７、５９、１７１〜１７４、１８５〜１８８、１９９、２００、２０２〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９を含み、より好ましくは配列番号４０、４３、５２、５７、５９、２０８、２０７、２００、２１０、２０６、１７１、１７３、１９９、２１３、１８５、１８７を含む。
そのようなさらに好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号１４〜９０、９１、９３〜１７０、２１６を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４〜９０、９１、９３〜１７０の断片を含む若しくはからなり、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
そのような修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号９２、１７１〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９２、１７１〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９の断片を含む若しくはからなり、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって表されることがさらに好ましい。さらに好ましい修飾オリゴヌクレオチドは、最も好ましいヌクレオチド又は塩基配列（配列番号１５、２１、３１、４０、５２及び５７）に由来し、配列番号９２、１７１〜１７４、１８５〜１８８、１９９、２００、２０２〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９２、１７１〜１７４、１８５〜１８８、１９９、２００、２０２〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９の断片を含む若しくはからなり、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体由来のエクソン４４のスキッピングを誘導するために好ましいオリゴヌクレオチドは以下の通りである。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１４を含み、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１４の断片によって表される。
したがって、配列番号１４由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９４によって表され、配列番号９４の好ましい断片は配列番号１４３によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９４を含み、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号９４の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号１４の好ましい断片は配列番号６３を含み、配列番号９４の好ましい断片は配列番号１４３を含み、前記好ましい断片の各々は、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１５を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１５の断片によって表される。
したがって、配列番号１５由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９５によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９５を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号９５の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号１５の好ましい断片は配列番号６４を含み、配列番号９５の好ましい断片は配列番号１４４を含み、前記断片の各々は、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号１５若しく９５若しくは６４若しくは１４４を含む若しくはからなり、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１５若しくは９５若しくは６４若しくは１４４の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号１５若しくは９５若しくは６４若しくは１４４の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置き換えられており、
配列番号１５を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１５の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置き換えられており、
配列番号２０４を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０４の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置き換えられており、
配列番号２０８を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０８の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置き換えられており、すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置き換えられており、
配列番号２０５を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０５の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンは２，６−ジアミノプリンによって置き換えられており、
配列番号２０７を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０７の連続したヌクレオチド若しくは塩基なくとも１０個を含む若しくはからなる配列番号２０７の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１６を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１６の断片によって表される。
したがって、配列番号１６由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９６によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９６を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号９６の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１７を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７の断片によって表される。
したがって、配列番号１７由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９７によって表され、配列番号９７の好ましい断片は配列番号１４５によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９７を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号９７の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号１７の好ましい断片は配列番号６５を含み、配列番号９７の好ましい断片は配列番号１４５を含み、前記断片の各々は、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１８を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８の断片によって表される。
したがって、配列番号１８由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９８によって表され、配列番号９８の好ましい断片は配列番号１４６によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号１８の好ましい断片は配列番号６６を含み、配列番号９８の好ましい断片は配列番号１４６を含み、前記断片の各々は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９８を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号９８の断片によって表される。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号１９を含み、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９の断片によって表される。
したがって、配列番号１９由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９９によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９９を含み、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号９９の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２０を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０の断片によって表される。
したがって、配列番号２０由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１００によって表され、配列番号１００の好ましい断片は配列番号１４７、１４８又は１４９によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１００を含み２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１００の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１００の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号２０の好ましい断片は配列番号６７を含み、配列番号１００の好ましい断片は配列番号１４７を含み、前記断片の各々は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号２０の別の好ましい断片は配列番号６８を含み、配列番号１００の別の好ましい断片は配列番号１４８を含み、前記断片の各々は、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号２０の別の好ましい断片は配列番号６９を含み、配列番号１００の別の好ましい断片は配列番号１４９を含み、前記断片の各々は、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体由来のエクソン４５のスキッピングを誘導するために好ましいオリゴヌクレオチドは以下の通りである。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１の断片によって表される。
したがって、配列番号２１由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０１によって表され、配列番号１０１の好ましい断片は配列番号１５０、１５１又は１５２によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０１の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号２１の好ましい断片は配列番号７０を含み、配列番号１０１の好ましい断片は配列番号１５０を含み、前記断片の各々は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号２１の別の好ましい断片は配列番号７１を含み、配列番号１０１の別の好ましい断片は配列番号１５１を含み、前記断片の各々は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号２１の別の好ましい断片は配列番号７２を含み、配列番号１０１の別の好ましい断片は配列番号１５２を含み、前記断片の各々は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号２１を含む若しくはからなり、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号２１の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置き換えられており、
配列番号２１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１の断片によって表されることがより好ましい。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号２００を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２００の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２００の断片によって特に表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置き換えられており、すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置き換えられており、
配列番号２１若しくは配列番号２０９を特に含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１若しくは２０９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１若しくは２０９の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置き換えられており、
配列番号２１若しくは配列番号２１０を特に含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１若しくは２１０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１若しくは２１０の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有する。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２２を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２２の断片によって表される。
したがって、配列番号２２由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０２によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０２を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０２の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２３の断片によって表される。
したがって、配列番号２３由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０３によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０３の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２４を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２４の断片によって表される。
したがって、配列番号２４由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０４によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０４を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０４の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２５を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２５の断片によって表される。
したがって、配列番号２５由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０５によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０５を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０５の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２６を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２６の断片によって表される。
したがって、配列番号２６由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０６によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０６を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０６の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２７を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２７の断片によって表される。
したがって、配列番号２７由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０７によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０７を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０７の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２８の断片によって表される。
したがって、配列番号２８由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０８によって表される。表１に記載の配列番号２８及び配列番号１０８は各々７位にヒポキサンチン塩基を含む。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０８の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号２９を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２９の断片によって表される。
したがって、配列番号２９由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１０９によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０９を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１０９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１０９の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３０を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３０の断片によって表される。
したがって、配列番号３０由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１０によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１０を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１０の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体からエクソン５１のスキッピングを誘導するための好ましいオリゴヌクレオチドは以下の通りである。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３１を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３１の断片によって表される。
したがって、配列番号３１由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１１によって表され、配列番号１１１の好ましい断片は配列番号１５３又は１５４によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１１を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１１の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号３１の好ましい断片は配列番号７３を含み、配列番号１１１の好ましい断片は配列番号１５３を含み、前記断片の各々は、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号３１の別の好ましい断片は配列番号７４を含み、配列番号１１１の別の好ましい断片は配列番号１５４を含み、前記断片の各々は、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号３１を含む若しくはからなり、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３１の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号３１の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号３１若しくは配列番号２１５を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３１若しくは配列番号２１５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む若しくはからなる配列番号３１若しくは配列番号２１５の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号２０２を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０２の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号２０３を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０３の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号２０６を含み、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０６の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３２を含み、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３２の断片によって表される。
したがって、配列番号３２由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１２によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１２を含み、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１２の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含み、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３３を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３３の断片によって表される。
したがって、配列番号３３由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１３によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１３を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１３の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号３４を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３４の断片によって表される。
したがって、配列番号３４由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１４によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１４を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド配列によって、又は配列番号１１４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む若しくはからなる配列番号１１４の断片によって表される。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号３４の好ましい断片は配列番号９３（ＰＳ１１１６：５’−ＣＡＡＣＡＵＣＡＡＧＧＡＡＧＡＵＧＧＣＡＵＵＵＣＵ−３’）を含む又はからなる。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号３４若しくは９３若しくは１１４を含む若しくはからなり、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３４若しくは９３若しくは１１４の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列であって、前記断片は配列番号３４若しくは９３若しくは１１４の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号３４を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３４の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号３４を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基によって、又は配列番号３４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３４の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３５を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３５の断片によって表される。
したがって、配列番号３５由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１５によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１５を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１５の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３６を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３６の断片によって表される。
したがって、配列番号３６由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１６によって表され、配列番号１１６の好ましい断片は配列番号１５５又は１５６又は１５７によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエオートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１６を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１６の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号３６の好ましい断片は配列番号７５を含み、配列番号１１６の好ましい断片は配列番号１５５を含み、前記断片の各々は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号３６の別の好ましい断片は配列番号７６を含み、配列番号１１６の別の好ましい断片は配列番号１５６を含み、前記断片の各々は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号３６の別の好ましい断片は配列番号７７を含み、配列番号１１６の別の好ましい断片は配列番号１５７を含み、前記断片の各々は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３７を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３７の断片によって表される。
したがって、配列番号３７由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１７によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１７を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１７の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１，１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデノシンが、本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３８の断片によって表される。
したがって、配列番号３８由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１８によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１８の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体からエクソン５２のスキッピングを誘導するための好ましいオリゴヌクレオチドは以下の通りである。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号３９を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号３９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号３９の断片によって表される。
したがって、配列番号３９由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１１９によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１９を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１１９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１１９の断片によって表される。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号２０１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２０１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２０１の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有する。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４０を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４０の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、配列番号４０由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２０によって表され、配列番号１２０の好ましい断片は配列番号１５８又は１５９又は１６０によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２０を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２０の断片によって表される。
配列番号４０の好ましい断片は配列番号７８を含み、配列番号１２０の好ましい断片は配列番号１５８を含み、各断片は１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号４０の別の好ましい断片は配列番号７９を含み、配列番号１２０の別の好ましい断片は配列番号１５９を含み、各断片は１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号４０の別の好ましい断片は配列番号８０を含み、配列番号１２０の別の好ましい断片は配列番号１６０を含み、各断片は１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号４０若しくは１２０を含む若しくはからなり、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４０若しくは１２０の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列であって、前記断片は配列番号４０若しくは１２０の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号４０を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４０の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１７１を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７１の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の４個のシトシンのすべてが配列番号１７１に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２又は３個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１７２を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７２の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の７個のウラシルのすべてが配列番号１７２に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのウラシルの１、２、３、４、５又は６個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１７３を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７３の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の５個のアデニンのすべてが配列番号１７３に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１、２、３又は４個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１７４を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７４の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１７４を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７４の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の４個のシトシンのすべて及び７個のウラシルのすべてが配列番号１７４に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２若しくは３個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５若しくは６個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１７５を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７５の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１７５を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド配列によって、又は配列番号１７５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７５の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の４個のシトシンのすべて及び５個のアデニンのすべてが配列番号１７５に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２若しくは３個及び／又はこれらのアデニンの１、２、３若しくは４個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１７６を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７６の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の５個のアデニンのすべて及び７個のウラシルのすべてが配列番号１７６に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１、２、３若しくは４個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５若しくは６個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、すべてのシトシンが５−メチルウラシルによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１７７を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７７の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４０の４個のシトシンのすべて及び７個のウラシルのすべて及び５個のアデニンのすべてが配列番号１７７に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２若しくは３個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５若しくは６個及び／又はこれらのアデニンの１、２、３若しくは４個が修飾されている場合が含まれる。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド配列若しくは塩基によって、又は配列番号４１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４１の断片によって表される。
したがって、配列番号４１由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２１によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２１の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４２を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４２の断片によって表される。
したがって、配列番号４２由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２２によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２２を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２２の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４３の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号４３若しくは１２３を含む若しくはからなり、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４３若しくは１２３の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列であって、前記断片は配列番号４３若しくは１２３の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド配列によって表される。したがって、配列番号４３由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２３によって表され、配列番号１２３の好ましい断片は配列番号１６１によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２３を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２３の断片によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号４３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４３の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１７８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７８の断片によって表される。また、配列番号４３の６個のシトシンのすべてが配列番号１７８に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４又は５個が修飾されている場合が含まれる。
配列番号４３の好ましい断片は配列番号８１を含み、配列番号１２３の好ましい断片は配列番号１６１を含み、前記断片の各々は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１７９を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１７９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１７９の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４３の１１個のウラシルのすべてが配列番号１７９に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのウラシルの１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１８０を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８０の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４３の２個のアデニンのすべてが配列番号１８０に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１８１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８１の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１８１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８１の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４３の６個のシトシンのすべて及び１１個のウラシルのすべてが配列番号１８１に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４若しくは５個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１８２を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８２の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１８２を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８２の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４３の６個のシトシンのすべて及び２個のアデニンのすべてが配列番号１８２に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４若しくは５個及び／又はこれらのアデニンの１個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１８３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８３の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４３の２個のアデニンのすべて及び１１個のウラシルのすべてが配列番号１８３に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１８４を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８４の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号４３の６個のシトシンのすべて及び１１個のウラシルのすべて及び２個のアデニンのすべてが配列番号１８４に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４若しくは５個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０個及び／又はこれらのアデニンの１個が修飾されている場合が含まれる。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体由来のエクソン５３のスキッピングを誘導するための好ましいオリゴヌクレオチドは以下の通りである。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４４を含み、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４４の断片によって表される。
したがって、配列番号４４由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２４によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２４を含み、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２４の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４５を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４５の断片によって表される。
したがって、配列番号４５由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２５によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２５を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２５の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４６を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４６の断片によって表される。
したがって、配列番号４６由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２６によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２６を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２６の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４７を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４７の断片によって表される。
したがって、配列番号４７由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２７によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２７を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２７の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４８を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４８の断片によって表される。
したがって、配列番号４８由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２８によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２８を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２８の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号４９を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号４９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号４９の断片によって表される。
したがって、配列番号４９由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１２９によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２９を含み、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１２９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１２９の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５０を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５０の断片によって表される。
したがって、配列番号５０由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３０によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３０を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３０の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５１の断片によって表される。
したがって、配列番号５１由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３１によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３１の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５２を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５２の断片によって表される。
したがって、配列番号５２由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号９１によって表され、配列番号９１の好ましい断片は配列番号１６２、１６３又は１６４によって表される。配列番号９１は配列番号１３２と同一である。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９１の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号５２若しくは９１を含む若しくはからなり、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２若しくは９１の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列であって、前記断片は配列番号５１若しくは９１の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号５２を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５２の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
配列番号５２の好ましい断片は配列番号８２を含み、配列番号９１の好ましい断片は配列番号１６２を含み、前記断片の各々は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５２の別の好ましい断片は配列番号８３を含み、配列番号９１の別の好ましい断片は配列番号１６３を含み、前記断片の各々は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５２の別の好ましい断片は配列番号８４を含み、配列番号９１の別の好ましい断片は配列番号１６４を含み、前記断片の各々は、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５２の最も好ましい断片は配列番号９１（ＰＳ２２９Ｌ：５’−ＧＵＵＧＣＣＵＣＣＧＧＵＵＣＵＧＡＡＧＧＵＧＵＵＣ−３’）を含む又はからなる。配列番号５２の別の最も好ましい断片は配列番号９２（ＰＳ５２４：５’−ＧＵＵＧＸＸＵＸＸＧＧＵＵＸＵＧＡＡＧＧＵＧＵＵＸ−３’（ここでＸは５−メチルシトシン））を含む又はからなる。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号８２、８３、８４、９１若しくは９２若しくは１６２若しくは１６３若しくは１６４を含む若しくはからなり、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号８２、８３、８４、９１若しくは９２若しくは１６２若しくは１６３若しくは１６４の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号８２、８３、８４、９１若しくは９２若しくは１６２若しくは１６３若しくは１６４の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号８２、８３、８４若しくは９２を含み、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号８２、８３、８４若しくは９２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号８２、８３、８４若しくは９２の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号９２は配列番号１９９と同一である。また、配列番号５２の６個のシトシンのすべてが配列番号９２に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４又は５個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
そのシトシンの２つが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号２１８を含み、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１８の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
そのシトシンの３つが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号２１９を含み、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１９の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
そのシトシンの４つが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号２１７を含み、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１７の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号２１１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１１の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号２１１を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１１の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５２の９個のウラシルのすべてが配列番号２１１に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのウラシルの１、２、３、４、５、６、７又は８個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号２１２を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１２の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号２１２を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１２の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５２の６個のシトシンのすべて及び９個のウラシルのすべてが配列番号２１２に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４若しくは５個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５、６、７若しくは８個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号２１３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号２１３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号２１３の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５２の２個のアデニンのすべてが配列番号２１３に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１個が修飾されている場合が含まれる。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５３の断片によって表される。
したがって、配列番号５３由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３３によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３３を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３３の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５４を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５４の断片によって表される。
したがって、配列番号５４由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３４によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３４を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３４の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５５を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５５の断片によって表される。
したがって、配列番号５５由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３５によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３５を含み、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３５の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５６を含み、３３、３４若しくは３５ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５６の断片によって表される。
したがって、配列番号５６由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３６によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３６を含み、３３、３４若しくは３５ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３６の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体からエクソン５５のスキッピングを誘導するための好ましいオリゴヌクレオチドは以下の通りである。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５７を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５７の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号５７を含む若しくはからなり、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５７の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列であって、前記断片は配列番号５７の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド配列によって表される。
したがって、配列番号５７由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３７によって表され、配列番号１３７の好ましい断片は配列番号１６５又は１６６によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３７を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３７の断片によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号５７を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５７の断片によって表されることがより好ましい。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１８５を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８５の断片によって表される。また、配列番号５７の８個のシトシンのすべてが配列番号１８５に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４、５、６又は７個が修飾されている場合が含まれる。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
配列番号５７の好ましい断片は配列番号８５を含み、配列番号１３７の好ましい断片は配列番号１６５を含み、前記断片の各々は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５７の別の好ましい断片は配列番号８６を含み、配列番号１３７の別の好ましい断片は配列番号１６６を含み、前記断片の各々は、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１８６を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８６の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５７の７個のウラシルのすべてが配列番号１８６に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのウラシルの１、２、３、４、５又は６個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１８７を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８７の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５７の５個のアデニンのすべてが配列番号１８７に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１、２、３又は４個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１８８を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８８の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１８８を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８８の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５７の８個のシトシンのすべて及び７個のウラシルのすべてが配列番号１８８に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４、５、６若しくは７個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５若しくは６個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１８９を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８９の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１８９を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１８９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１８９の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５７の８個のシトシンのすべて及び５個のアデニンのすべてが配列番号１８９に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４、５、６若しくは７個及び／又はこれらのアデニンの１、２、３若しくは４個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンよって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１９０を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９０の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５７の５個のアデニンのすべて及び７個のウラシルのすべてが配列番号１９０に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１、２、３若しくは４個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５若しくは６個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンよって置換されており、すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１９１を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９１の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５７の８個のシトシンのすべて及び７個のウラシルのすべて及び５個のアデニンのすべてが配列番号１９１に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３、４、５、６若しくは７個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４、５若しくは６個及び／又はこれらのアデニンの１、２、３若しくは４個が修飾されている場合が含まれる。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５８の断片によって表される。
したがって、配列番号５８由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３８によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３８の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号５８若しくは１３８を含む若しくはからなり、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５８若しくは１３８の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号５８若しくは１３８の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号５８を含み、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５８の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号５９を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５９の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
そのような好ましいオリゴヌクレオチドはまた、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
配列番号５９を含む若しくはからなり、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５９の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列であって、前記断片は配列番号５９の少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる、ヌクレオチド配列によって表される。
したがって、配列番号５９由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１３９によって表され、配列番号１３９の好ましい断片は配列番号１６７又は１６８又は１６９又は１７０によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３９を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１３９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１３９の断片によって表される。
そのようなオリゴヌクレオチドは、前述の５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、
配列番号５９を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号５９の断片によって表されることがより好ましい。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１９２を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９２の断片によって表される。また、配列番号５９の５個のシトシンのすべてが配列番号１９２に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３又は４個が修飾されている場合が含まれる。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
配列番号５９の好ましい断片は配列番号８７を含み、配列番号１３９の好ましい断片は配列番号１６７を含み、前記断片の各々は、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５９の別の好ましい断片は配列番号８８を含み、配列番号１３９の別の好ましい断片は配列番号１６８を含み、前記断片の各々は、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５９の別の好ましい断片は配列番号８９を含み、配列番号１３９の別の好ましい断片は配列番号１６９を含み、前記断片の各々は、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。配列番号５９の別の好ましい断片は配列番号９０を含み、配列番号１３９の別の好ましい断片は配列番号１７０を含み、前記断片の各々は、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１９３を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９３の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９３の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５９の６個のウラシルのすべてが配列番号１９３に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのウラシルの１、２、３、４又は５個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１９４を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９４の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９４の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５９の６個のアデニンのすべてが配列番号１９４に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１、２、３、４又は５個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１９５を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９５の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１９５を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９５の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９５の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５９の５個のシトシンのすべて及び６個のウラシルのすべてが配列番号１９５に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３若しくは４個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４若しくは５個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、
配列番号１９６を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９６の断片によって表されることがより好ましい。したがって、前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１９６を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９６の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９６の断片によって表される。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５９の５個のシトシンのすべて及び６個のアデニンのすべてが配列番号１９６に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３若しくは４個及び／又はこれらのアデニンの１、２、３、４若しくは５個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１９７を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９７の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９７の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５９の６個のアデニンのすべて及び６個のウラシルのすべてが配列番号１９７に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのアデニンの１、２、３、４若しくは５個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４若しくは５個が修飾されている場合が含まれる。
オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、
すべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンによって置換されており、すべてのシトシンが５−メチルシトシンによって置換されており、すべてのウラシルが５−メチルウラシルによって置換されており、
配列番号１９８を含み、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１９８の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１９８の断片によって表されることがより好ましい。そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。また、配列番号５９の５個のシトシンのすべて及び６個のウラシルのすべて及び６個のアデニンのすべてが配列番号１９８に表されているように修飾されている場合に限定されない。これらのシトシンの１、２、３若しくは４個及び／又はこれらのウラシルの１、２、３、４若しくは５個及び／又はこれらのアデニンの１、２、３、４若しくは５個が修飾されている場合が含まれる。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号６０を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号６０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号６０の断片によって表される。
したがって、配列番号６０由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１４０によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４０を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４０の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１４０の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号６１を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号６１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号６１の断片によって表される。
したがって、配列番号６１由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１４１によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４１を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４１の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１４１の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、より好ましくは５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、配列番号６２を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号６２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号６２の断片によって表される。
したがって、配列番号６２由来の非修飾オリゴヌクレオチドは配列番号１４２によって表される。
したがって、好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡモノマーを含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４２を含み、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号１４２の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなる配列番号１４２の断片によって表される。
そのような断片は、好ましくは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有する。
したがって、前記オリゴヌクレオチドは、５−メチルピリミジン（すなわち５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル）及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むことがより好ましい。また、前記オリゴヌクレオチドは、すべてのシトシン及び／又はすべてのウラシル及び／又はすべてのアデニンが本明細書に記載のように置換又は修飾されていることがさらに好ましい。
組成物：
第２の態様では、「オリゴヌクレオチド」という標題のセクションに記載されているオリゴヌクレオチドを含む組成物が提供される。この組成物は、好ましくは上記オリゴヌクレオチドを含む又はからなる。
好ましい実施形態では、前記組成物は、医薬としての使用のためのものである。したがって、前記組成物は医薬組成物である。医薬組成物は通常、薬学的に許容される担体、希釈剤及び／又は賦形剤を含む。好ましい実施形態では、本発明の組成物は本明細書に記載の化合物を含み、任意選択でさらに、薬学的に許容される製剤、充填剤、防腐剤、可溶化剤、担体、希釈剤、賦形剤、塩、アジュバント及び／又は溶媒を含む。そのような薬学的に許容される担体、充填剤、防腐剤、可溶化剤、希釈剤、塩、アジュバント、溶媒及び／又は賦形剤は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ、第２０版、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ、ＭＤ：Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ、２０００に見出され得る。本発明に記載されている化合物は少なくとも１つのイオン化基を有し得る。イオン化基は塩基又は酸であり得、電荷を帯びていても又は中性であってもよい。イオン化基は、反対の電荷を保有する適切な対イオンとのイオン対として存在してもよい。カチオン性対イオンの例は、ナトリウム、カリウム、セシウム、トリス、リチウム、カルシウム、マグネシウム、トリアルキルアンモニウム、トリエチルアンモニウム及びテトラアルキルアンモニウムである。アニオン性対イオンの例は、塩化物、臭化物、ヨウ化物、乳酸塩、メシル酸塩、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩及びクエン酸塩である。対イオンの例は記載されている（例えば、Ｋｕｍａｒ、２００８、これは参照によりその全体が本明細書に組み入れられている）。
好ましい実施形態では、組成物は本発明のオリゴヌクレオチド及び対イオンとしてナトリウムを含む。前記組成物中に存在する前記オリゴヌクレオチドはまた、そのナトリウム形態のオリゴヌクレオチドと命名され得る。
別の好ましい実施形態では、組成物は、本発明のオリゴヌクレオチド並びに対イオンとしてカルシウム及び／又はマグネシウムを含む。前記組成物中に存在する前記オリゴヌクレオチドはまた、そのカルシウム若しくはマグネシウム又は混合されたカルシウム／マグネシウム形態のオリゴヌクレオチドと命名され得る。
本発明のオリゴヌクレオチド及び対イオンを含むそのような種類の組成物は、オリゴヌクレオチドの対イオン塩を製剤化することにより、又は適切な量の前記塩をオリゴヌクレオチドに添加することによってのいずれかで得られ得る。前記オリゴヌクレオチドの免疫賦活効果に対するオリゴヌクレオチドを含む組成物中に存在するカルシウム塩のプラス効果は記載されている（例えば、特許出願国際公開第２０１２０２１９８５号（Ｒｅｐｌｉｃｏｒ）、その全体は参照により本明細書に組み込まれている）。
医薬組成物は、前記化合物の安定性、溶解性、吸収性、バイオアベイラビリティ、活性、薬物動態、薬力学及び細胞取り込みを増強する助剤、特に錯体、ナノ粒子、微小粒子、ナノチューブ、ナノゲル、ヒドロゲル、ポロキサマー又はプルロニック、ポリマーソーム、コロイド、微小気泡、ベシクル、ミセル、リポプレックス及び／又はリポソームを形成できる賦形剤を含み得る。ナノ粒子の例には、ポリマーナノ粒子、金ナノ粒子、磁性ナノ粒子、シリカナノ粒子、脂質ナノ粒子、糖粒子、タンパク質ナノ粒子及びペプチドナノ粒子が含まれる。
好ましい組成物は、前記組成物及び／又は前記オリゴヌクレオチドの組織及び／又は細胞に対する及び／又は組織及び／又は細胞中への標的化及び／又は送達を増強することをさらに補助できる少なくとも１種の賦形剤を含む。好ましい組織又は細胞は筋肉組織又は細胞である。
これらの賦形剤の多くは当該技術分野において公知であり（例えばＢｒｕｎｏ、２０１１を参照のこと）、第１の種類の賦形剤と分類され得る。第１の種類の賦形剤の例には、ポリマー（例えば、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、ポリ−２−ヒドロキシプロピレンイミン（ｐＨＰ）、ポリプロピレンイミン（ＰＰＩ）、デキストラン誘導体、ブチルシアノアクリレート（ＰＢＣＡ）、ヘキシルシアノアクリレート（ＰＨＣＡ）、ポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）、ポリアミン（例えば、スペルミン、スペルミジン、プトレシン、カダベリン）、キトサン、ポリ（アミドアミン）（ＰＡＭＡＭ）、ポリ（エステルアミン）、ポリビニルエーテル、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）シクロデキストリン、ヒアルロン酸、コロミン酸及びそれらの誘導体）、デンドリマー（例えばポリ（アミドアミン））、脂質｛例えば、１，２−ジオレオイル−３−ジメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＤＡＰ）、ジオレオイルジメチルアンモニウムクロライド（ＤＯＤＡＣ）、ホスファチジルコリン誘導体［例えば、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＳＰＣ）］、リゾ−ホスファチジルコリン誘導体［例えば、１−ステアロイル−２−リゾ−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（Ｓ−ＬｙｓｏＰＣ）、スフィンゴミエリン、２−｛３−［ビス−（３−アミノ−プロピル）−アミノ］−プロピルアミノ｝−Ｎ−ジテトラセジルカルバモイルメチルアセトアミド（ＲＰＲ２０９１２０）、ホスホグリセロール誘導体［例えば、１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホグリセロール、ナトリウム塩（ＤＰＰＧ−Ｎａ）、ホスファチジン酸（ｐｈｏｓｐｈａｔｉｃｉｄ ａｃｉｄ）誘導体［１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスファチジン酸、ナトリウム塩（ＤＳＰＡ）、ホスファチジルエタノールアミン誘導体［例えば、ジオレオイル−Ｌ−Ｒ−ホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン（ＤＳＰＥ）、２−ジフィタノイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン（ＤＰｈｙＰＥ），］、Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウム（ＤＯＴＡＰ）、Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウム（ＤＯＴＭＡ）、１，３−ジ−オレオイルオキシ−２−（６−カルボキシ−スペルミル−プロピルアミド（ＤＯＳＰＥＲ）、（１，２−ジミリスチオールキシプロピル−３−ジメチルヒドロキシエチルアンモニウム（ＤＭＲＩＥ）、（Ｎ１−コレステリルオキシカルボニル−３，７−ジアザノナン−１，９−ジアミン（ＣＤＡＮ）、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド（ＤＤＡＢ）、１−パルミトイル−２−オレオイル−ｓｎ−グリセロール−３−ホスホコリン（ＰＯＰＣ）、（ｂ−Ｌ−アルギニル−２，３−Ｌ−ジアミノプロピオン酸−Ｎ−パルミチル−Ｎ−オレリル−アミドトリヒドロクロライド（ＡｔｕＦＥＣＴ０１）、１，，Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン誘導体［例えば、１，２−ジステアロイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン］（ＤＳＤＭＡ）、１，２−ジオレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン（ＤｏＤＭＡ）、１，２−ジリノレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎＤＭＡ）、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノメチル［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ）、ホスファチジルセリン誘導体［１，２−ジオレイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホ−Ｌ−セリン、ナトリウム塩（ＤＯＰＳ）］、コレステロール｝タンパク質（例えば、アルブミン、ゼラチン、アテロコラーゲン）及びペプチド（例えば、プロタミン、ＰｅｐＦｅｃｔｓ、ＮｉｃｋＦｅｃｔｓ、ポリアルギニン、ポリリシン、ＣＡＤＹ、ＭＰＧ）が含まれる。
別の好ましい組成物は、第２のタイプの賦形剤に分類される少なくとも１種の賦形剤を含み得る。第２のタイプの賦形剤は、本発明の組成物及び／又はオリゴヌクレオチドの、組織及び／又は細胞（例えば筋組織又は細胞）に対する及び／又は組織及び／又は細胞内中への標的化及び／又は送達を増強するために本明細書に記載のコンジュゲート基を含み得る。両方の種類の賦形剤は、本明細書に記載の１つの単一組成物内に一緒に混合され得る。
当業者は、本発明に使用するための化合物を製剤化し、送達するために上記又は他の代替の賦形剤及び送達系の１つ又は複数を選択、混合及び／又は適合できる。
本発明のそのような医薬組成物は、設定時間において有効濃度で動物、好ましくは哺乳動物に投与され得る。より好ましい哺乳動物はヒトである。本発明に従って使用するための本明細書に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物は、本明細書に記載の疾患又は状態を罹患している又は発症するリスクのある個体のｉｎ ｖｉｖｏでの細胞、組織及び／又は器官への直接投与に好適であり得、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｖｉｔｒｏで直接投与され得る。投与は、局所、全身及び／又は非経口経路、例えば静脈内、皮下、腹腔内、髄腔内、筋肉内、眼内、鼻腔、尿生殖器、皮内、真皮、腸内、硝子体内、陰茎海綿体内、大脳内、髄腔内、硬膜外又は経口経路経由であり得る。
本発明のそのような医薬組成物は、経口送達のためにエマルション、懸濁剤、丸薬、錠剤、カプセル剤若しくは軟質ゲルの形態又は気道及び肺に送達するためにエアロゾル若しくは乾燥粉末の形態でカプセル化され得ることが好ましい。
一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、前記疾患の治療に使用されることが既に知られている別の化合物と一緒に使用され得る。そのような他の化合物は、炎症を減少させるため、好ましくは筋組織炎症を減少させるため、及び／又は筋繊維機能、完全性及び／又は生存を改善するための補助化合物のため、及び／又は心臓機能を改善、増加若しくは修復するために使用され得る。例としては、これらに限定されないが、ステロイド、好ましくは（糖質）コルチコステロイド、ＡＣＥ阻害剤（好ましくはペリンドプリル）、アンジオテンシンＩＩ１型受容体遮断薬（好ましくはロサルタン）、腫瘍壊死因子−アルファ（ＴＮＦα）阻害剤、ＴＧＦβ阻害剤（好ましくはデコリン）、ヒト組換えビグリカン、ｍＩＧＦ−１源、ミオスタチン阻害剤、マンノース−６−リン酸、酸化防止剤、イオンチャネル阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤（好ましくはシルデナフィル又はタダラフィルなどのＰＤＥ５阻害剤）、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤（ＨＤＡＣ阻害剤、アンドロゲン受容体モジュレーター、クレアチン、クレアチンリン酸及び／又はＬ−アルギニンがある。そのような組み合わされた使用は逐次使用であり得、各成分は別個の組成物で投与され得る。あるいは、各成分は単一組成物中で一緒に使用され得る。
使用：
さらなる態様では、医薬若しくは治療の一部として使用するための、先のセクションに記載されている組成物又はオリゴヌクレオチドの使用、又は前記オリゴヌクレオチドがその活性を細胞内に与える適用が提供される。
本発明のオリゴヌクレオチド又は組成物は、ＤＭＤ又はＢＭＤを予防、遅延、治癒、改善及び／又は治療するための医薬又は治療の一部としての使用のためのものであることが好ましい。
方法：
さらなる態様では、個体、前記個体の細胞、組織又は器官における先のセクションに記載の状態又は疾患を予防、治療、治癒、改善及び／又は遅延する方法が提供される。その方法は、本発明のオリゴヌクレオチド又は組成物を、それを必要とする前記個体又は対象に投与するステップを含む。
本発明に係る方法において、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物は、本明細書に記載の疾患のいずれかに罹患している個体のｉｎ ｖｉｖｏでの細胞、組織及び／又は器官への投与に好適であり得、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｖｉｔｒｏで投与され得る。必要とする個体又は対象は好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。
さらなる態様では、本発明のオリゴヌクレオチドが放射性標識又は蛍光標識と共に提供される、診断するための方法が提供される。
一実施形態では、本発明の方法において、オリゴヌクレオチド又は組成物の濃度は０．０１ｎＭ〜１μＭの範囲である。使用される濃度は０．０５〜５００ｎＭ又は０．１〜５００ｎＭ又は０．０２〜５００ｎＭ又は０．０５〜５００ｎＭであることがより好ましく、１〜２００ｎＭであることがさらに好ましい。
本発明に係るオリゴヌクレオチド又は組成物の用量範囲は好ましくは、厳格なプロトコール要件が存在する臨床試験（ｉｎ ｖｉｖｏでの使用）における上昇用量研究に基づいて設計される。本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、０．０１〜２００ｍｇ／ｋｇ又は０．０５〜１００ｍｇ／ｋｇ又は０．１〜５０ｍｇ／ｋｇ又は０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、好ましくは０．５〜１０ｍｇ／ｋｇの範囲の用量で使用され得る。
上述のオリゴヌクレオチド又は組成物の濃度又は用量の範囲は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｅｘ ｖｉｖｏでの使用に好ましい濃度又は用量である。当業者は、使用されるオリゴヌクレオチド、治療される標的細胞、遺伝子標的及びその発現レベル、使用される培地、並びにトランスフェクション及びインキュベーション条件に応じて、使用されるオリゴヌクレオチドの濃度又は用量がさらに変更され得、さらに最適化される必要があり得ることを理解するであろう。
本明細書において、「含む」という動詞及びその活用は、その非限定的な意味で、その用語に続く項目が含まれるが、特に述べられていない項目を排除しないことを意味するように使用される。さらに、「からなる」という動詞は「から本質的になる」によって置き換えられ得、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物が、特に規定されているもの以外の追加成分を含んでもよく、該追加成分は本発明の固有の特徴を変化させないことを意味する。さらに、不定冠詞「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」による要素の参照は、１つ及び１つのみの要素が存在することが文脈上明らかでない限り、１つより多い要素が存在する可能性を排除しない。したがって、不定冠詞「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」は通常「少なくとも１つ」を意味する。
本明細書に記載されている各実施形態は、特に断らない限り、一緒に組み合わされ得る。本明細書で引用されるすべての特許及び参考文献は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み入れられる。
定義：
本明細書全体を通じて、「結合する」、「標的する」、「ハイブリダイズする」という用語は、本明細書で特定されているｍＲＮＡ前駆体の一部に対して逆相補的であるアンチセンスオリゴヌクレオチドに関連して使用される場合、交換可能に使用され得る。
さらに、本明細書全体を通じて、「結合できる」、「標的できる」、「ハイブリダイズできる」という表現は、本明細書に特定されており、そのための条件が見出され得るｍＲＮＡ前駆体の一部に対して逆相補的であるアンチセンスオリゴヌクレオチドに関連して使用される場合、交換可能に使用され得、前記オリゴヌクレオチドは前記ｍＲＮＡ前駆体の前記一部に結合、標的又はハイブリダイズできる。
本明細書において、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的オリゴマー化合物（例えば、アンチセンス化合物及びその標的核酸）の対合を指す。特定の機構に限定されないが、対合の最も一般的な機構は、相補的ヌクレオシド又はヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の水素結合（ワトソン−クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る。）を伴う。例えば、天然塩基アデニンは、水素結合の形成により対になる天然核酸塩基チミン及びウラシルに対して相補的な核酸塩基である。天然塩基グアニンは天然塩基シトシン及び５−メチルシトシンに対して相補的な核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは種々の状況下で起こり得る。
本明細書において、「特異的にハイブリダイズする」とは、別の核酸部位にハイブリダイズするより高い親和性で１つの核酸部位にハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力を指す。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは１つより多い標的部位に特異的にハイブリダイズする。
本発明において、「ハイブリダイズする」は、特に断らない限り、細胞、好ましくは筋肉細胞中の生理学的条件下で使用される。
本明細書において、「ヌクレオシド」とは、複素環塩基部分及び糖部分を含む化合物を指す。ヌクレオシドには、これらに限定されないが、天然に存在するヌクレオシド（ＤＮＡ及びＲＮＡに見出される）、脱塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド及び糖修飾ヌクレオシドが含まれる。ヌクレオシドは種々の置換基のいずれかで修飾され得る。
本明細書において、「糖部分」とは、天然（フラノシル）又は修飾糖部分又は糖代用物を意味する。
本明細書において、「修飾糖部分」とは、化学的に修飾されたフラノシル糖又は非フラノシル糖部分を意味する。また、三環系糖、二環系糖、テトラヒドロピラン、モルホリン、２’修飾糖、４’修飾糖、５’修飾糖及び４’置換糖を含むフラノシル糖類似体及び誘導体もこの用語に含まれる。
本明細書において、「糖修飾ヌクレオシド」とは、修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書において、「糖代用物」とは、天然に存在するヌクレオシドのフラノース環と置き換えることができる構造を指す。特定の実施形態では、糖代用物は非フラノース（又は４’置換フラノース）環又は環系若しくは開放系である。そのような構造は、６員環などの天然フラノース環に対して単純な変化を含み、あるいは、ペプチド核酸に使用される非環系と同様により複雑であり得る。糖代用物には、限定されないが、モルホリン及びシクロヘキセニル及びシクロヘキシトールが含まれる。糖代用物基を有するほとんどのヌクレオシドにおいて、複素環塩基部分は一般にハイブリダイゼーションを可能にするように維持される。
本明細書において、「ヌクレオチド」とは、修飾又は非修飾リン酸塩連結基又は非リン酸塩ヌクレオシド間連結をさらに含むヌクレオシドを指す。
本明細書において、「連結ヌクレオシド」は、リン酸塩連結により連結していてもいなくてもよく、それ故「連結ヌクレオチド」を含む。
本明細書において、「核酸塩基」とは、ヌクレオシドの複素環塩基部分を指す。核酸塩基は天然に存在するものであっても修飾されたものであってもよく、したがって、これらに限定されないが、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン及び５−メチルシトシンなどのそれらの類似体を含む。特定の実施形態では、核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合できる任意の原子又は原子の集団を含み得る。
本明細書において、「修飾ヌクレオシド」とは、天然に存在するＲＮＡ又はＤＮＡヌクレオシドと比較して少なくとも１つの修飾を含むヌクレオシドを指す。そのような修飾は糖部分及び／又は核酸塩基であり得る。
本明細書において、「Ｔｍ」とは、二本鎖の核酸の二本の鎖が分離する温度である融解温度を意味する。Ｔｍはしばしば二本鎖の安定又は相補的ＲＮＡ分子に対するアンチセンス化合物の結合親和性の尺度として使用される。
本明細書において、「２’修飾」又は「２’置換」とは、Ｈ又はＯＨ以外の２’位に置換基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。２’修飾ヌクレオシドには、限定されないが、糖環の２つの炭素原子を接続する架橋が２’炭素及び糖環の別の炭素を接続する二環式ヌクレオシド並びにアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）又はＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（式中、Ｒｍ及びＲｎの各々は独立してＨ又は置換若しくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである）などの非架橋２’置換を有するヌクレオシドが含まれる。２’修飾ヌクレオシドは、例えば糖の他の位置及び／又は核酸塩基において他の修飾をさらに含み得る。
本明細書において、「２’−ＯＭｅ」又は「２’−ＯＣＨ３」又は「２’−Ｏ−メチル」とは、各々、糖環の２’位にて−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書において、「ＭＯＥ」又は「２’−ＭＯＥ」又は「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」又は「２’−Ｏ−メトキシエチル」とは、各々、糖環の２’位において−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書において、「アデニン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のチミン又はウラシルのいずれかとワトソン−クリック塩基対を形成できる化学的に修飾されたプリン核酸塩基を意味する。
本明細書において、「ウラシル類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のアデニンのいずれかとワトソン−クリック塩基対を形成できる化学的に修飾されたピリミジン核酸塩基を意味する。
本明細書において、「チミン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のアデニンとワトソン−クリック塩基対を形成できる化学的に修飾されたピリミジン核酸塩基を意味する。
本明細書において、「シトシン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のグアニンとワトソン−クリック塩基対を形成できる化学的に修飾されたピリミジン核酸塩基を意味する。例えば、シトシン類似体は５−メチルシトシンであり得る。
本明細書において、「グアニン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のシトシンとワトソン−クリック塩基対を形成できる化学的に修飾されたプリン核酸塩基を意味する。
本明細書において、「グアノシン」という用語は、グアニン又はグアニン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「ウリジン」という用語は、ウラシル又はウラシル類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「チミジン」という用語は、チミン又はチミン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「シチジン」という用語は、シトシン又はシトシン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「アデノシン」という用語は、アデニン又はアデニン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「オリゴヌクレオチド」とは、複数の連結ヌクレオシドを含む化合物を指す。特定の実施形態では、複数のヌクレオシドのうちの１つ又は複数が修飾される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは１つ又は複数のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／又はデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
本明細書において、「オリゴヌクレオシド」とは、ヌクレオシド間連結のどれもリン原子を含有しないオリゴヌクレオチドを指す。本明細書において、オリゴヌクレオチドはオリゴヌクレオシドを含む。
本明細書において、「修飾オリゴヌクレオチド」又は「化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾糖、修飾核酸塩基及び／又は修飾ヌクレオシド間連結若しくは骨格を含むオリゴヌクレオチドを指す。
本明細書において、「ヌクレオシド間連結」又は「骨格」とは、隣接するヌクレオシド間の共有結合を指す。
本明細書において、「天然に存在するヌクレオシド間連結」とは、３’から５’ホスホジエステル連結を指す。
本明細書において、「修飾ヌクレオシド間連結」とは、天然に存在するヌクレオシド間連結以外の任意のヌクレオシド間連結を指す。
本明細書において、「オリゴマー化合物」とは、２つ以上の基礎構造を含むポリマー構造を指す。特定の実施形態では、オリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は二本のオリゴヌクレオチドを含む二本鎖である。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は１つ又は複数のコンジュゲート基及び／又は末端基を含む一本鎖又は二本鎖オリゴヌクレオチドである。
本明細書において、「コンジュゲート」とは、オリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物に結合した原子又は原子の基を指す。一般に、コンジュゲート基は、限定されないが、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含む、コンジュゲート基が結合する化合物の１つ又は複数の性質を修飾する。コンジュゲート基は化学分野において慣用的に使用され、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介して、オリゴマー化合物などの親化合物に連結される。特定の実施形態では、コンジュゲート基には、限定されないが、挿入剤、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が含まれる。特定の実施形態では、コンジュゲートは末端基である。特定の実施形態では、コンジュゲートは、３’若しくは５’末端ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの内部ヌクレオシドに結合される。
本明細書において、「コンジュゲート連結基」とは、コンジュゲートをオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物に結合するために使用される任意の原子又は原子の基を指す。当該技術分野で知られているものなどの連結基又は二官能性連結部分は本発明に従う。
本明細書において、「アンチセンス化合物」とは、オリゴマー化合物を指し、その少なくとも一部は、そのオリゴマー化合物がハイブリダイズする標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的であり、前記標的核酸の活性、プロセシング又は発現を調節する。
本明細書において、「発現」とは、遺伝子が最終的にタンパク質を生じるプロセスを指す。発現には、限定されないが、転写、スプライシング、転写後修飾及び翻訳が含まれる。
本明細書において、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドであるアンチセンス化合物を指す。
本明細書において、「アンチセンス活性」とは、その標的核酸に対するアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／又は測定可能な活性を指す。特定の実施形態では、そのような活性は核酸又はタンパク質の量の増加又は減少であり得る。特定の実施形態では、そのような活性は核酸又はタンパク質のスプライスバリアントの比の変化であり得る。アンチセンス活性の検出及び／又は測定は直接又は間接であり得る。特定の実施形態では、アンチセンス活性は細胞又は動物における表現型の変化を観察することによって評価される。
本明細書において、「標的核酸」とは、任意の核酸分子を指し、その発現、量又は活性はアンチセンス化合物によって調節できる。特定の実施形態では、標的核酸はＤＮＡ又はＲＮＡである。特定の実施形態では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ前駆体、非コードＤＮＡ、プリマイクロＲＮＡ、プレマイクロＲＮＡ、成熟マイクロＲＮＡ、プロモーター指向性ＲＮＡ（ｐｒｏｍｏｔｅｒ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ＲＮＡ）又は天然アンチセンス転写産物である。例えば、標的核酸は細胞遺伝子（又は遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）であり得、その発現は特定の障害若しくは疾患状態又は感染因子由来の核酸分子に関連する。特定の実施形態では、標的核酸はウイルス又は細菌核酸である。
本明細書において、「標的ｍＲＮＡ」とは、タンパク質をコードする予め選択されたＲＮＡ分子を指す。
本明細書において、「標的としている」又は「を標的とする」とは、特定の標的核酸分子又は標的核酸分子内のヌクレオチドの特定の領域に対するアンチセンス化合物の会合を指す。アンチセンス化合物は、それが生理学的条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために標的核酸に対して十分に相補的である場合、標的核酸を標的とする。
本明細書において、「標的部位」とは、アンチセンス化合物が結合する標的核酸の領域を指す。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子の３’非翻訳領域内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子の５’非翻訳領域内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のコード領域内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のエクソン内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のイントロン内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のマイクロＲＮＡ標的部位内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子の反復領域内にある。
本明細書において、「標的タンパク質」とは、その発現がアンチセンス化合物によって調節される、タンパク質を指す。特定の実施形態では、標的タンパク質は標的核酸によってコードされる。特定の実施形態では、標的タンパク質の発現は別様で標的核酸による影響を受ける。
本明細書において、核酸塩基に関する「相補性」とは、別の核酸塩基と塩基対合できる核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）に対して相補的である。例えば、ＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）に対して相補的である。特定の実施形態では、相補的核酸塩基とは、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合できるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物の特定の位置における核酸塩基が標的核酸の特定の位置において核酸塩基と水素結合できる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置はその核酸塩基対において相補的であると考えられる。特定の修飾を含む核酸塩基は、対応する核酸塩基と対になる能力を維持できるので、依然として核酸塩基相補性であり得る。
本明細書において、核酸塩基に関して「非相補的」とは、互いに水素結合を形成しない又はそうでなければハイブリダイゼーションを支持しない核酸塩基の対を指す。
本明細書において、連結ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド又は核酸に関して「相補的」とは、核酸塩基相補性によって別のオリゴマー化合物又は核酸にハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力を指す。特定の実施形態では、アンチセンス化合物及びその標的は、各分子内の十分な数の対応する位置がアンチセンス化合物と標的との間の安定な会合を可能にするために互いに結合できる核酸塩基により占められている場合、互いに相補的である。当業者は、ミスマッチの含有が、会合を維持するオリゴマー化合物の能力を除外せずに可能であることを認識している。したがって、ミスマッチしている（すなわち、標的の対応するヌクレオチドに対して相補的な核酸塩基でない）最大約２０％のヌクレオチドを含み得るアンチセンス化合物が本明細書に記載されている。アンチセンス化合物は、約１５％以下、より好ましくは約１０％以下、最も好ましくは５％以下のミスマッチを含有する又はミスマッチを含有しないことが好ましい。残りの核酸塩基は相補的な核酸塩基である又はそうでなければハイブリダイゼーションを破壊しない核酸塩基（例えば普遍的な塩基）である。当業者は、本明細書に提供されている化合物が、標的核酸に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は少なくとも１００％相補的であると認識するであろう。
本明細書において、「調節」とは、調節前の機能又は活性と比較して機能又は活性の量又は質の撹乱を指す。例えば、調節は、遺伝子発現の変化、増加（刺激又は誘導）又は減少（阻害又は低下）のいずれかを含む。さらなる例として、発現の調節は、ｍＲＮＡ前駆体プロセシングのスプライス部位選択を撹乱し、その結果、撹乱しなかった条件と比較して特定のスプライスバリアントの存在の量の変化が生じることを含み得る。さらなる例として、調節はタンパク質の翻訳を撹乱することを含む。
本明細書において、「モチーフ」とは、オリゴマー化合物又はその領域における修飾のパターンを指す。モチーフはオリゴマー化合物の特定のヌクレオシド及び／又は特定の連結基における修飾により規定され得る。
本明細書において、「ヌクレオシドモチーフ」とは、オリゴマー化合物又はその領域におけるヌクレオシド修飾のパターンを指す。そのようなオリゴマー化合物の連結は修飾されていてもいなくてもよい。特に断らない限り、ヌクレオシドのみを記載している本明細書におけるモチーフはヌクレオシドモチーフを意図する。したがって、そのような場合、連結は限定されない。
本明細書において、「連結モチーフ」とは、オリゴマー化合物又はその領域における連結修飾のパターンを指す。そのようなオリゴマー化合物のヌクレオシドは修飾されていてもいなくてもよい。特に断らない限り、連結のみを記載している本明細書におけるモチーフは連結モチーフを意図する。したがって、そのような場合、ヌクレオシドは限定されない。
本明細書において、「同じ修飾」とは、修飾の非存在を含む、互いに同じである天然に存在する分子に対する修飾を指す。したがって、例えば、２つの非修飾ＤＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドが修飾されていないとしても、「同じ修飾」を有する。
本明細書において、ヌクレオシド又はヌクレオシドの「種類」に関する「修飾の種類」とは、ヌクレオシドの修飾を指し、修飾及び非修飾ヌクレオシドを含む。したがって、特に断らない限り、「第１の種類の修飾を有するヌクレオシド」は非修飾ヌクレオシドであり得る。
本明細書において、「分離領域」とは、領域内のヌクレオシド及びヌクレオシド間連結がすべて同じ修飾を含み、任意の隣接する部分のヌクレオシド及び／又はヌクレオシド間連結が少なくとも１つの異なる修飾を含む、オリゴマー化合物の一部を指す。
本明細書において、「薬学的に許容される塩」とは、活性化合物の所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性効果をその塩に与えない活性化合物の塩を指す。
本明細書において、「キャップ構造」又は「末端キャップ部分」とは、アンチセンス化合物のいずれかの末端に組み込まれる化学修飾を指す。
本明細書において、「独立して」という用語は、請求されるオリゴヌクレオチド内の繰り返し可変物の各存在が互いに独立して選択されることを意味する。例えば、各々の繰り返し可変物は、（ｉ）繰り返し可変物の各々が同じである、（ｉｉ）２つ以上が同じである、又は（ｉｉｉ）繰り返し可変物の各々が異なり得るように選択され得る。
一般化学の定義：
本明細書において、「アルキル」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有する飽和直鎖又は分岐鎖炭化水素置換基又はラジカルを指す。アルキル基の例には、限定されないが、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｎ−ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシルなどが含まれる。アルキル基は典型的には１〜２４個の炭素原子、より典型的には１〜１２個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ１２アルキル）を含み、１〜６個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ６アルキル）がより好ましい。本明細書において、「低級アルキル」という用語は１〜６個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ６アルキル）を含む。本明細書において、アルキル基は任意選択で１つ又は複数のさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アルケニル」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有し、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を有する直鎖又は分岐鎖炭化水素ラジカル又は置換基を指す。アルケニル基の例には、限定されないが、エテニル、プロペニル、ブテニル、１−メチル−２−ブテン−１−イル、１，３−ブタジエニルなどのジエンが含まれる。アルケニル基は典型的には２〜２４個の炭素原子、より典型的には２〜１２個の炭素原子を含み、２〜６個の炭素原子がより好ましい。本明細書において、アルケニル基は任意選択で１つ又は複数のさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アルキニル」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有し、少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を有する直鎖又は分岐鎖炭化水素ラジカル又は置換基を指す。アルキニル基の例には、限定されないが、エチニル、１−プロピニル、１−ブチニルなどが含まれる。アルキニル基は典型的には２〜２４個の炭素原子、より典型的には２〜１２個の炭素原子が含まれ、２〜６個の炭素原子がより好ましい。本明細書において、アルキニル基は任意選択で１つ又は複数のさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アミノアルキル」とは、アミノ置換アルキルラジカル又は置換基を指す。この用語は、任意の位置においてアミノ置換基を有し、アミノアルキル基がそのアルキル部分を介して親分子に結合されるＣ１〜Ｃ１２アルキル基を含むことを意味する。アミノアルキル基のアルキル及び／又はアミノ部分は置換基によりさらに置換され得る。
本明細書において、「脂肪族化合物」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有し、任意の２つの炭素原子間の飽和が一重、二重又は三重結合である、直鎖又は分岐鎖炭化水素ラジカル又は置換基を指す。脂肪族基は好ましくは１〜２４個の炭素原子、より典型的には１〜１２個の炭素原子を含有し、１〜６個の炭素原子がより好ましい。脂肪族基の直鎖又は分岐鎖は、窒素、酸素、硫黄及びリンを含む１つ又は複数のヘテロ原子によって割り込まれていてもよい。ヘテロ原子によって割り込まれているそのような脂肪族基には、これらに限定されないが、ポリアルキレングリコール、ポリアミン及びポリイミンなどのポリアルコキシが含まれる。本明細書において、脂肪族基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「脂環式」又は「アリシクリル」とは、環系が脂肪族である、環式ラジカル又は置換基を指す。環系は、少なくとも１つの環が脂肪族である１つ又は複数の環を含み得る。好ましい脂環式部分は環内に５〜９個の炭素原子を有する環を含む。本明細書において、脂環式基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アルコキシ」とは、アルコキシ基がその酸素原子を介して親分子に結合される、アルキル基及び酸素原子を含むラジカル又は置換基を指す。アルコキシ基の例には、これらに限定されないが、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｓｅｃ−ブトキシ、ｔｅｒｔ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ネオペントキシ、ｎ−ヘキソキシなどが含まれる。本明細書において、アルコキシ基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ハロ」、「ハロゲン化物」及び「ハロゲン」とは、フッ素、塩素、臭素及びヨウ素から選択される原子、ラジカル又は置換基を指す。
本明細書において、「アリール」及び「芳香族」とは、１つ又は複数の芳香環を有する単又は多環式炭素環系を含むラジカル又は置換基を指す。アリール基の例には、これらに限定されないが、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、イデニルなどが含まれる。好ましいアリール環系は１つ又は複数の環内に５〜２０個の炭素原子を有する。本明細書において、アリール基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アラルキル」及び「アリールアルキル」とは、アラルキル又はアリールアルキル基がそのアルキル部分を介して親分子に結合されるアルキル基及びアリール基を含むラジカル又は置換基を指す。例には、これらに限定されないが、ベンジル、フェネチルなどが含まれる。本明細書において、アラルキル基は、任意選択で、ラジカル又は置換基を形成するアルキル、アリール又は両方の基に結合されるさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ヘテロシクリル」とは、少なくとも１つのヘテロ原子を含み、不飽和、部分的に飽和又は完全に飽和された単又は多環式環系を含み、それによりヘテロアリール基を含む、ラジカル又は置換基を指す。ヘテロシクリルはまた、融合環の１つ若しくは複数が少なくとも１つのヘテロ原子を含有し、他の環が１つ若しくは複数のヘテロ原子を含有し得る又は任意選択でヘテロ原子を含有しない融合環系部分を含むことを意味する。複素環式基は典型的に、硫黄、窒素又は酸素から選択される少なくとも１つの原子を含む。複素環式基の例には、［１，３］ジオキソラン、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルなどが含まれる。本明細書において、複素環式基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ヘテロアリール」及び「複素芳香環」とは、環の少なくとも１つが芳香族であり、１つ又は複数のヘテロ原子を含む、単又は多環芳香族環、環系又は融合環系を含むラジカル又は置換基を指す。ヘテロアリールはまた、融合環の１つ又は複数がヘテロ原子を含有しない系を含む融合環系を含むことを意味する。ヘテロアリール基は典型的に硫黄、窒素又は酸素から選択される１つの環原子を含む。ヘテロアリール基の例には、これらに限定されないが、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニル、などが含まれる。ヘテロアリールラジカル又は置換基は、親分子に直接又は脂肪族基若しくはヘテロ原子などの連結部分を介して結合され得る。本明細書において、ヘテロアリール基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ヘテロアリールアルキル」とは、ヘテロアリールアルキル基がそのアルキル部分を介して親分子に結合される、上記ヘテロアリール基及びアルキル部分を含むラジカル又は置換基を指す。例には、これらに限定されないが、ピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピルなどが含まれる。本明細書において、ヘテロアリールアルキル基は任意選択でヘテロアリール又はアルキル部分の１つ又は両方においてさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「単又は多環式」とは、融合又は連結される環を有する単環又は多環式系などの任意の環系を指し、脂肪族、脂環式、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、複素環式、ヘテロアリール、複素芳香環及びヘテロアリールアルキルから個々に選択される単及び混合環系を包含することを意味する。そのような単及び多環式構造は、完全に飽和された、部分的に飽和された又は完全に不飽和の環を含む、均一又は種々の程度の飽和を有する環を含有し得る。各環は、複素環及びＣ環原子のみを含む環を生じさせるようにＣ、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される環原子を含み得る。複素環及びすべての炭素環は、融合環系の１つの環が炭素環原子のみを有し、他の環が２つの窒素原子を有する、例えばベンズイミダゾールなどの混合モチーフに存在し得る。単又は多環式構造は、例えば、環の１つに結合される２つのオキソ基（＝Ｏ）を有するフタルイミドなどの置換基によりさらに置換され得る。別の態様では、単又は多環式構造は、直接環原子を介して、置換基又は二官能性連結部分を介して親分子に結合され得る。
本明細書において、「アシル」とは、アシル基がそのカルボニル部分を介して親分子に結合されるカルボニル部分（Ｃ＝Ｏ又は−Ｃ（Ｏ）−）及びさらなる置換基Ｘを含むラジカル又は置換基を指す。このように、アシル基は有機酸からのヒドロキシル基の除去によって形式的に得られ、一般式−Ｃ（Ｏ）−Ｘ（式中、Ｘは典型的に脂肪族、脂環式又は芳香族である）を有する。「アシル」という用語はまた、一般式−Ｙ（Ｏ）ｎ−Ｘ（式中、Ｘは上記と同義であり、Ｙ（Ｏ）ｎは典型的にスルホニル、スルフィニル又はリン酸塩である。）を有するヘテロアシルラジカル又は置換基を含むことを意味する。アシル基の例には、脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族リン酸塩、脂肪族リン酸塩などが含まれる。本明細書において、アシル基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「置換基」は、所望の特性を増強するため又は所望の効果を与えるために典型的に他の置換基又は親化合物に付加される基を含む。置換基は保護されていてもいなくてもよく、親化合物内の１つの利用可能な部位又は多くの利用可能な部位に結合され得る。置換基はまた、他の置換基によりさらに置換されていてもよく、直接又はアルキル若しくはヘテロカルビル基などの連結基を介して親化合物に結合され得る。本明細書において、「ヒドロカルビル」とは、Ｃ、Ｏ及びＨを含む任意の基を指す。任意の程度の飽和性を有する直鎖状、分岐鎖状及び環状基が含まれる。そのようなヒドロカルビル基は、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１つ又は複数のヘテロ原子を含み得、１つ又は複数の置換基によりさらに置換され得る。
特に断らない限り、置換された又は「任意選択で置換された」という用語は、以下の置換基のいずれかの任意選択の存在を指す：ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル（−Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、カルボキシル（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｒａａ）、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ、置換されたオキソ（−Ｏ−Ｒａａ）、アリール、アラルキル、ヘテロ環式、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、アミノ（−ＮＲｂｂＲｃｃ）、イミノ（＝ＮＲｂｂ）、アミド（−Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、アジド（−Ｎ３）、ニトロ（−ＮＯ２）、シアノ（−ＣＮ）、カルバミド（−ＯＣ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＯＲａａ）、ウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、チオウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｓ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、グアニジニル（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、アミジニル（−Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（ＮＲｂｂ）Ｒａａ）、チオール（−ＳＲｂｂ）、スルフィニル（−Ｓ（Ｏ）Ｒｂｂ）、スルホニル（−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）、スルホンアミジル（−Ｓ（Ｏ）２ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）及びコンジュゲート基。本明細書において、Ｒａａ、Ｒｂｂ及びＲｃｃの各々は、独立して、Ｈ及び任意選択で連結された化学官能基又はさらなる置換基であり、好ましくは、これらに限定されないが、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、脂肪族、アルコキシ、アシル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、脂環式、複素環、及びヘテロアリールアルキルからなる群から選択される。本明細書に記載の化合物内の選択された置換基はある再帰度まで存在する。
ここで、「再帰的な置換基」とは、置換基がそれ自身の別のインスタンスを出現させ得ることを意味する。そのような置換基の再帰的性質のために、理論的には、任意の所与の請求項に多数が存在し得る。医薬化学及び有機化学の分野の当業者は、そのような置換基の総数が、目的化合物の所望の特性によって合理的に制限されることを理解している。そのような特性には、例えば、物理的特性（例えば、分子量、溶解度、ｌｏｇ Ｐ）、適用性（例えば、標的に対する活性）及び実用的な特性（例えば、合成の容易性）が含まれる。
再帰的な置換基は本発明の意図される態様である。医薬及び有機化学の分野の当業者はそのような置換基の多様性を理解している。再帰的な置換基が本発明の請求項に存在する程度まで、総数は上記のように決定される。
本明細書において、「安定な化合物」及び「安定な構造」という用語は、反応混合物からの有用な程度の純度までの単離を存続するのに十分に強力である化合物及び有効な治療剤への製剤化を示すことを意味する。安定な化合物のみが本明細書において意図される。
本明細書において、特定の単位の数を示す範囲においてゼロ（０）は、単位が存在し得ないことを意味する。例えば、特定のモチーフの０〜２個の領域を含むオリゴマー化合物は、オリゴマー化合物が特定のモチーフを有する１つ又は２つのそのような領域を含み得ること、或いはオリゴマー化合物が特定のモチーフを有する領域を１つも有しなくてもよいことを意味する。分子の内部部分が非存在である場合、非存在部分に隣接する部分は互いに直接結合する。同様に、本明細書において、「なし」という用語は、特定の特徴が存在しないことを示す。
本明細書において、「類似体」又は「誘導体」とは、構造において類似であるが、化合物が作製される方法に関わらず、親化合物とは元素組成に対して異なる化合物又は部分のいずれかを意味する。例えば、類似体又は誘導体化合物は、化学的出発物質などの親化合物から作製されることを必要とされない。
以下の実施例は例示目的のためにのみ提供され、本発明の範囲を限定することを意図したものではない。
Ｆｉｇ．１： （ａ）ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４（配列番号５２）（配列番号９１（非修飾配列）及び配列番号９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）又は（ｂ）ＰＳ２２０／ＰＳ３３９（配列番号２１）（配列番号１０１（非修飾配列）及び配列番号２００（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）又は（ｃ）ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９（配列番号５２）（配列番号９２（ＰＳ５２４）（６個すべてのシトシンが修飾されている。）、配列番号２１７（ＰＳ１３１７）（６個のシトシンのうちの４個が修飾されている。）、配列番号２１８（ＰＳ１３１８）（６個のシトシンのうちの２個が修飾されている。）、及び配列番号２１９（ＰＳ１３１９）（６個のシトシンのうちの３個が修飾されている。）に対応）でのトランスフェクション後の分化した健常な筋肉細胞における、シトシンから５−メチルシトシンへの置換を有する又は有しないＡＯＮのｉｎ ｖｉｔｒｏでの比較。平均スキッピング率を、１つの濃度当たり３連（ｔｒｉｐｌｏ）（ｎ＝３）（ａ，ｂ）又は２連（ｄｕｐｌｏ）（ｎ＝２）（ｃ）のトランスフェクションから計算した。実線は５−メチルシトシンを有するＡＯＮを示し、点線は非置換シトシンを有するＡＯＮを示す（ａ，ｂ）。 Ｆｉｇ．１： （ａ）ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４（配列番号５２）（配列番号９１（非修飾配列）及び配列番号９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）又は（ｂ）ＰＳ２２０／ＰＳ３３９（配列番号２１）（配列番号１０１（非修飾配列）及び配列番号２００（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）又は（ｃ）ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９（配列番号５２）（配列番号９２（ＰＳ５２４）（６個すべてのシトシンが修飾されている。）、配列番号２１７（ＰＳ１３１７）（６個のシトシンのうちの４個が修飾されている。）、配列番号２１８（ＰＳ１３１８）（６個のシトシンのうちの２個が修飾されている。）、及び配列番号２１９（ＰＳ１３１９）（６個のシトシンのうちの３個が修飾されている。）に対応）でのトランスフェクション後の分化した健常な筋肉細胞における、シトシンから５−メチルシトシンへの置換を有する又は有しないＡＯＮのｉｎ ｖｉｔｒｏでの比較。平均スキッピング率を、１つの濃度当たり３連（ｔｒｉｐｌｏ）（ｎ＝３）（ａ，ｂ）又は２連（ｄｕｐｌｏ）（ｎ＝２）（ｃ）のトランスフェクションから計算した。実線は５−メチルシトシンを有するＡＯＮを示し、点線は非置換シトシンを有するＡＯＮを示す（ａ，ｂ）。 Ｆｉｇ．２： ５−メチルシトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ５２４（配列番号５２）（配列番号９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）及びＰＳ６５２（配列番号５７）（配列番号１８５（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）］及び非修飾（非メチル化）シトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ２２９Ｌ（配列番号５２）（配列番号９１（非修飾配列）に対応）及びＰＳ５３１（配列番号５７）（配列番号１３７（非修飾配列）に対応）］の血漿及び筋組織プロファイルを比較した、野生型（コントロール）及びｍｄｘマウスにおける薬物動態試験の要約。（ａ）１）単回ｓｃ注射後のｍｄｘマウス対コントロールマウスにおける筋肉内のＡＯＮの平均レベルの比、２）１４日目におけるいくつかのｍｄｘ筋肉内のＡＯＮ（μｇ／ｇ）のレベル、３）１４日目における相対的な筋肉／腎臓及び筋肉／肝臓レベル、及び４）三頭筋内の異なるＡＯＮの推定半減期の薬物動態学的組織分析。（ｂ）１）Ｔｍａｘ（Ｃｍａｘに到達した時点、２回の分析時点のみが含まれる（１５又は６０分）、２）Ｃｍａｘ（到達した最高血漿濃度）、３）ＡＵＣ（曲線下面積、バイオアベイラビリティの指標）、及び４）Ｃｌ（２４時間における血漿クリアランス）の薬物動態学的血漿分析。 Ｆｉｇ．３： 非修飾シトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ２３２（配列番号３９）（配列番号１１９（非修飾配列）に対応）及びＰＳ５３４（配列番号５９）（配列番号１３９（非修飾配列）に対応）］（黒色のバー）又は５−メチルシトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ６４８（配列番号３９）（配列番号２０１（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）及びＰＳ６５３（配列番号５９）（配列番号１９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）］（灰色のバー）の０、１０、２５又は５０μｇ／ｍｌとのインキュベーション後のヒト全血中のサイトカインレベルの分析。ＴＮＦα（ａ，ｂ）、ＭＣＰ−１（ｄ，ｅ）、ＩＰ−１０（ｅ，ｆ）及びＩＬ６（ｇ，ｈ）のレベルは市販のＥＬＩＳＡキットを用いて決定した。各実験は４回繰り返した（ｎ＝４）。データは、各サイトカインの最も顕著な反応について示す。 Ｆｉｇ．３： 非修飾シトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ２３２（配列番号３９）（配列番号１１９（非修飾配列）に対応）及びＰＳ５３４（配列番号５９）（配列番号１３９（非修飾配列）に対応）］（黒色のバー）又は５−メチルシトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ６４８（配列番号３９）（配列番号２０１（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）及びＰＳ６５３（配列番号５９）（配列番号１９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）］（灰色のバー）の０、１０、２５又は５０μｇ／ｍｌとのインキュベーション後のヒト全血中のサイトカインレベルの分析。ＴＮＦα（ａ，ｂ）、ＭＣＰ−１（ｄ，ｅ）、ＩＰ−１０（ｅ，ｆ）及びＩＬ６（ｇ，ｈ）のレベルは市販のＥＬＩＳＡキットを用いて決定した。各実験は４回繰り返した（ｎ＝４）。データは、各サイトカインの最も顕著な反応について示す。 Ｆｉｇ．３： 非修飾シトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ２３２（配列番号３９）（配列番号１１９（非修飾配列）に対応）及びＰＳ５３４（配列番号５９）（配列番号１３９（非修飾配列）に対応）］（黒色のバー）又は５−メチルシトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ６４８（配列番号３９）（配列番号２０１（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）及びＰＳ６５３（配列番号５９）（配列番号１９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）］（灰色のバー）の０、１０、２５又は５０μｇ／ｍｌとのインキュベーション後のヒト全血中のサイトカインレベルの分析。ＴＮＦα（ａ，ｂ）、ＭＣＰ−１（ｄ，ｅ）、ＩＰ−１０（ｅ，ｆ）及びＩＬ６（ｇ，ｈ）のレベルは市販のＥＬＩＳＡキットを用いて決定した。各実験は４回繰り返した（ｎ＝４）。データは、各サイトカインの最も顕著な反応について示す。 Ｆｉｇ．３： 非修飾シトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ２３２（配列番号３９）（配列番号１１９（非修飾配列）に対応）及びＰＳ５３４（配列番号５９）（配列番号１３９（非修飾配列）に対応）］（黒色のバー）又は５−メチルシトシンを有するＡＯＮ［ＰＳ６４８（配列番号３９）（配列番号２０１（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）及びＰＳ６５３（配列番号５９）（配列番号１９２（すべてのシトシンが修飾されている。）に対応）］（灰色のバー）の０、１０、２５又は５０μｇ／ｍｌとのインキュベーション後のヒト全血中のサイトカインレベルの分析。ＴＮＦα（ａ，ｂ）、ＭＣＰ−１（ｄ，ｅ）、ＩＰ−１０（ｅ，ｆ）及びＩＬ６（ｇ，ｈ）のレベルは市販のＥＬＩＳＡキットを用いて決定した。各実験は４回繰り返した（ｎ＝４）。データは、各サイトカインの最も顕著な反応について示す。 Ｆｉｇ．４： ５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシルを有するＡＯＮと、これらの塩基修飾を有しない対応するＡＯＮと、の活性比較。（ａ）分化した健常な筋肉細胞中へのｉｎ ｖｉｔｒｏでの２連の２００ｎＭのトランスフェクション。活性は平均エクソン５１（ＰＳ４３：配列番号１１１（非修飾配列）に対応；ＰＳ５５９：配列番号２０２（すべてのウラシルが修飾されている。）に対応；ＰＳ１１０６：配列番号２０３（すべてのシトシン及びすべてのウラシルが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号３１に由来）、エクソン４４（ＰＳ１８８：配列番号９５（非修飾配列）に対応；ＰＳ７８５：配列番号２０４（すべてのウラシルが修飾されている。）に対応；ＰＳ１１０７：配列番号２０５（すべてのシトシン及びすべてのウラシルが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号１５に由来）又はエクソン５２（ＰＳ２３５：配列番号１２０（非修飾配列）に対応；ＰＳ７８６：配列番号１７２（すべてのウラシルが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号４０に由来）スキッピング率（ｎ＝２）として表した。ＡＯＮ配列（５’から３’）及び塩基修飾（太字、下線付きのヌクレオチド）を表の下部に示す。（ｂ）ｍｄｘマウスの腓腹筋における２０μｇのＰＳ４９（非修飾配列，配列番号２１６）又はＰＳ９５９（すべてのウラシルが修飾されている修飾配列，配列番号２１４）の筋肉注射。活性は平均マウスエクソン２３スキッピング率（ｎ＝４）として表した。ＡＯＮ配列（５’から３’）及び塩基修飾（太字、下線付きのヌクレオチド）を表の下部に示す。 Ｆｉｇ．４： ５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシルを有するＡＯＮと、これらの塩基修飾を有しない対応するＡＯＮと、の活性比較。（ａ）分化した健常な筋肉細胞中へのｉｎ ｖｉｔｒｏでの２連の２００ｎＭのトランスフェクション。活性は平均エクソン５１（ＰＳ４３：配列番号１１１（非修飾配列）に対応；ＰＳ５５９：配列番号２０２（すべてのウラシルが修飾されている。）に対応；ＰＳ１１０６：配列番号２０３（すべてのシトシン及びすべてのウラシルが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号３１に由来）、エクソン４４（ＰＳ１８８：配列番号９５（非修飾配列）に対応；ＰＳ７８５：配列番号２０４（すべてのウラシルが修飾されている。）に対応；ＰＳ１１０７：配列番号２０５（すべてのシトシン及びすべてのウラシルが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号１５に由来）又はエクソン５２（ＰＳ２３５：配列番号１２０（非修飾配列）に対応；ＰＳ７８６：配列番号１７２（すべてのウラシルが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号４０に由来）スキッピング率（ｎ＝２）として表した。ＡＯＮ配列（５’から３’）及び塩基修飾（太字、下線付きのヌクレオチド）を表の下部に示す。（ｂ）ｍｄｘマウスの腓腹筋における２０μｇのＰＳ４９（非修飾配列，配列番号２１６）又はＰＳ９５９（すべてのウラシルが修飾されている修飾配列，配列番号２１４）の筋肉注射。活性は平均マウスエクソン２３スキッピング率（ｎ＝４）として表した。ＡＯＮ配列（５’から３’）及び塩基修飾（太字、下線付きのヌクレオチド）を表の下部に示す。 Ｆｉｇ．５： ２，６−ジアミノプリンを有するＡＯＮと、この塩基修飾を有しない対応するＡＯＮと、の活性比較。（ａ）分化した健常な筋肉細胞中へのｉｎ ｖｉｔｒｏでの２連の２００ｎＭのトランスフェクション。活性は平均エクソン５１（ＰＳ４３：配列番号１１１（非修飾配列）に対応；ＰＳ４０３：配列番号２０６（すべてのアデニンが修飾されている）に対応；すべての配列は配列番号３１に由来）、エクソン５２（ＰＳ２３５：配列番号１２０（非修飾配列）に対応；ＰＳ８９７：配列番号１７３（すべてのアデニンが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号４０に由来）又はエクソン４４（ＰＳ１８８：配列番号９５（非修飾配列）に対応；ＰＳ７３３：配列番号２０７（すべてのアデニンが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号１５に由来）スキッピング率（ｎ＝２）として表した。ＡＯＮ配列（５’から３’）及び塩基修飾（太字、下線付きのヌクレオチド）を表の下部に示す。（ｂ）及び（ｃ）すべての非修飾アデニン（ＰＳ１８８，配列番号９５）を２，６−ジアミノプリン（ＰＳ７３３，配列番号２０７）で置換したことの、ｉｎ ｖｉｔｒｏ安全性に対する効果。補体第二経路の活性化についてのマーカーとして、分裂因子Ｃ３ａ（ｂ）及びＢｂ（ｃ）をサル血漿中で測定した。 Ｆｉｇ．５： ２，６−ジアミノプリンを有するＡＯＮと、この塩基修飾を有しない対応するＡＯＮと、の活性比較。（ａ）分化した健常な筋肉細胞中へのｉｎ ｖｉｔｒｏでの２連の２００ｎＭのトランスフェクション。活性は平均エクソン５１（ＰＳ４３：配列番号１１１（非修飾配列）に対応；ＰＳ４０３：配列番号２０６（すべてのアデニンが修飾されている）に対応；すべての配列は配列番号３１に由来）、エクソン５２（ＰＳ２３５：配列番号１２０（非修飾配列）に対応；ＰＳ８９７：配列番号１７３（すべてのアデニンが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号４０に由来）又はエクソン４４（ＰＳ１８８：配列番号９５（非修飾配列）に対応；ＰＳ７３３：配列番号２０７（すべてのアデニンが修飾されている。）に対応；すべての配列は配列番号１５に由来）スキッピング率（ｎ＝２）として表した。ＡＯＮ配列（５’から３’）及び塩基修飾（太字、下線付きのヌクレオチド）を表の下部に示す。（ｂ）及び（ｃ）すべての非修飾アデニン（ＰＳ１８８，配列番号９５）を２，６−ジアミノプリン（ＰＳ７３３，配列番号２０７）で置換したことの、ｉｎ ｖｉｔｒｏ安全性に対する効果。補体第二経路の活性化についてのマーカーとして、分裂因子Ｃ３ａ（ｂ）及びＢｂ（ｃ）をサル血漿中で測定した。
表１：
ＡＯＮの一般構造［Ｘ＝Ｃ又はｍ５Ｃ、Ｙ＝Ｕ又はｍ５Ｕ、Ｚ＝Ａ又はａ２Ａ、Ｉ＝イノシン（ヒポキサンチン塩基）、Ｘ１＝ｍ５Ｃ、Ｙ１＝ｍ５Ｕ、Ｚ１＝ａ２Ａ］
Figure 2018050617
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Figure 2018050617
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Figure 2018050617
表２：
ＡＯＮの一般構造［Ｘ＝Ｃ又はｍ５Ｃ、Ｙ＝Ｕ又はｍ５Ｕ、Ｚ＝Ａ又はａ２Ａ、Ｉ＝イノシン（ヒポキサンチン塩基）、Ｘ１＝ｍ５Ｃ、Ｙ１＝ｍ５Ｕ、Ｚ１＝ａ２Ａ］
Figure 2018050617
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Figure 2018050617
表３（最も好ましいＡＯＮ）：
ＡＯＮの一般構造［Ｘ＝Ｃ又はｍ５Ｃ、Ｙ＝Ｕ又はｍ５Ｕ、Ｚ＝Ａ又はａ２Ａ、Ｉ＝イノシン（ヒポキサンチン塩基）、Ｘ１＝ｍ５Ｃ、Ｙ１＝ｍ５Ｕ、Ｚ１＝ａ２Ａ］
Figure 2018050617
Figure 2018050617
好ましい非修飾オリゴヌクレオチド（Ｘ＝Ｃ、Ｙ＝Ｕ、Ｚ＝Ａ）は、より好ましくはオリゴヌクレオチド塩基配列（配列番号１４〜９０）の各々に由来し、ヌクレオチド又は塩基配列の配列番号９１、９３〜１７０によって表される。
好ましい修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１４〜９０のヌクレオチド又は塩基配列の１つに由来し、ｍ５Ｃである少なくとも１つのＸ及び／又はｍ５Ｕである少なくとも１つのＹ及び／又はａ２Ａである少なくとも１つのＺを含み、配列番号９２、１７１〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９を含む又はからなるヌクレオチド又は塩基配列によって表される。より好ましい修飾オリゴヌクレオチド（すべてのＸ＝ｍ５Ｃ＝Ｘ１及び／又はすべてのＹ＝ｍ５Ｕ＝Ｙ１及び／又はすべてのＺ＝ａ２Ａ＝Ｚ１）は、最も好ましいヌクレオチド又は塩基配列（配列番号１５、２１、３１、４０、５２及び５７）に由来し、配列番号９２、１７１〜１７４、１８５〜１８８、１９９、２００、２０２〜２１３、２１５、２１７、２１８、２１９によって表される。最も好ましい修飾オリゴヌクレオチドは表３に開示される。
［実施例１］
材料及び方法：
ＡＯＮ：
すべてのオリゴヌクレオチド［ＰＳ２２０／ＰＳ３９９（配列番号２１に基づく。）（非修飾配列の配列番号１０１（ＰＳ２２０）及びすべてのシトシンが修飾されている配列番号２００（ＰＳ３９９）に対応）；ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９（配列番号５２に基づく。）（非修飾配列の配列番号９１（ＰＳ２２９Ｌ）、６個すべてのシトシンが修飾されている配列番号９２（ＰＳ５２４）、６個のシトシンのうちの４個が修飾されている配列番号２１７（ＰＳ１３１７）、６個のシトシンのうちの２個が修飾されている配列番号２１８（ＰＳ１３１８）、及び６個のシトシンのうちの３個が修飾されている配列番号２１９（ＰＳ１３１９）に対応）；ＰＳ２３２／ＰＳ６４８（配列番号３９に基づく。）（非修飾配列の配列番号１１９（ＰＳ２３２）及びすべてのシトシンが修飾されている配列番号２０１（ＰＳ６４８）に対応；ＰＳ５３１／ＰＳ６５２（配列番号５７に基づく。）（非修飾配列の配列番号１３７（ＰＳ５３１）及びすべてのシトシンが修飾されている配列番号１８５（ＰＳ６５２）に対応）；ＰＳ５３４／ＰＳ６５３（配列番号５９に基づく。）（非修飾配列の配列番号１３９（ＰＳ５３４）及びすべてのシトシンが修飾されている配列番号１９２（ＰＳ６５３）に対応）］は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡであり、４０ｎｍｏｌ〜４．５ｍｍｏｌの合成スケールで、標準的なホスホラミダイトプロトコールによってＯＰ−１０合成器（ＧＥ／ＡＫＴＡ Ｏｌｉｇｏｐｉｌｏｔ）を用いて合成するか又は供給業者から得た。Ｐｒｏｓｅｎｓａにより合成されたオリゴヌクレオチドを切断し、２ステップの順序（ＤＩＥＡ、続いて濃ＮＨ４ＯＨによる処理）で脱保護し、ＨＰＬＣにより精製し、水に溶解し、過剰なＮａＣｌを交換イオンに加えた。蒸発後、化合物を水に再溶解し、ＦＰＬＣ又は限外濾過によって脱塩し、凍結乾燥した。質量分析により、すべての化合物の同一性を確認し、純度（ＵＰＬＣにより決定した）はすべての化合物について許容されることを見出した（＞７５〜８０％）；供給業者から得た化合物は受領時の状態で使用した：ＰＳ３９９（ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、１μｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）、ＰＳ１３１７、ＰＳ１３１８及びＰＳ１３１９（ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、２００ｎｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）、ＰＳ２２９Ｌ、ＰＳ２３２、ＰＳ５２４及びＰＳ６４８（ＥｕｒｏＧｅｎｔｅｃ、４０ｎｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）、ＰＳ２２９Ｌ（Ｐｒｏｓｅｎｓａ，取得物質５．９ｇ，純度８１％）、ＰＳ５２４（Ａｖｅｃｉａ、４．５ｍｍｏｌの合成スケール、純度９３％）、ＰＳ５３４（Ｐｒｏｓｅｎｓａ、２μｍｏｌの合成スケール、純度８６％）、ＰＳ６５３（Ｐｒｏｓｅｎｓａ、４０ｎｍｏｌの合成スケール、純度７７％）、ＰＳ５３１（Ａｖｅｃｉａ，取得物質４．６ｇ，純度８５％）、ＰＳ６５２（Ａｖｅｃｉａ，取得物質２．４ｇ，純度８４％、及び取得物質３．８ｇ，純度８２％）。本明細書に記載されているｉｎ ｖｉｔｒｏトランスフェクション実験のために、ＡＯＮの５０μＭの希釈標準溶液を２０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ７．０）中で調製した。この実施例における全血サイトカイン放出アッセイのために、ストック溶液（ＤＮａｓｅ／ＲＮａｓｅを含まない蒸留水（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中で調製した）の濃度は種々であった：ＰＳ２３２（８．７５ｍｇ／ｍＬ）、ＰＳ５３４（７．０２ｍｇ／ｍＬ）、ＰＳ６４８（８．５５ｍｇ／ｍＬ）、ＰＳ６５３（８．１２ｍｇ／ｍＬ）。
トランスフェクション及びＲＴ−ＰＣＲ分析：
非ＧＬＰ標準操作手順に従って、分化したヒトの健常なコントロール筋肉細胞（筋管）に０−１００−２００−４００ｎＭ（Ｆｉｇ．１ａ、ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４、配列番号９１／９２）若しくは０−５０−１００−２００−４００−８００ｎＭ（Ｆｉｇ．１ｂ、ＰＳ２２０／ＰＳ３９９、配列番号１０１／２００）の３連のＡＯＮ濃度シリーズ又は４００ｎＭ（Ｆｉｇ．１ｃ、ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９、配列番号９２／２１７／２１８／２１９）の２連の濃度を６ウェルプレート中でトランスフェクトした。トランスフェクションのために、ポリエチレンイミン（ＥｘＧｅｎ５００、Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ）を使用した（０．１５ＭのＮａＣｌ中に２μｌ／μｇＡＯＮ）。上述のトランスフェクション手順を以前に報告されている材料及び方法から適合した（Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、２００３）。トランスフェクションの２４時間後、ＲＮＡを単離し、ＲＴ−ＰＣＲによって分析した。簡潔に述べると、ジストロフィンに特異的なｃＤＮＡを生成するために、エクソン４７（ＰＳ２２０／ＰＳ３９９）又はエクソン５５（ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９）におけるＤＭＤ遺伝子特異的リバースプライマーを１０００ｎｇの入力ＲＮＡに対する逆転写酵素（ＲＴ）反応において使用した。ＰＣＲ分析を続いて各試料について３μｌのジストロフィンｃＤＮＡで行い、エクソン４５（ＰＳ２２０／ＰＳ３９９）又は５３（ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９）に隣接するエクソンにおけるＤＭＤ遺伝子特異的プライマーを使用した第１及びネステッドＰＣＲを含めた。ＲＮＡ単離及びＲＴ−ＰＣＲ分析を、記載されている（Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、２００３）ように非ＧＬＰ標準操作手順に従って実施した。ＲＴ−ＰＣＲ産物をゲル電気泳動（２％アガロースゲル）によって分析した。得られたＲＴ−ＰＣＲ断片をＤＮＡ Ｌａｂ−ｏｎ−ａ−Ｃｈｉｐ分析（Ａｇｉｌｅｎｔ）により定量した。データを「アジレント２１００バイオアナライザー」ソフトウェア及びエクセル２００７により処理した。転写産物の総量に対して少ない転写産物（エクソン４５（ＰＳ２２０／ＰＳ３９９）又は５３スキップ（ＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４／ＰＳ１３１７／ＰＳ１３１８／ＰＳ１３１９）を含有する）の割合を評価し（パーセンテージでエクソン４５又は５３スキッピング効率を表す）、非トランスフェクト細胞における割合と直接比較した。
野生型及びｍｄｘマウスにおける薬物動態試験：
５週齢のＭｄｘ（Ｃ５７Ｂ１／１０ＳｃＳｎ−Ｄｍｄｍｄｘ／Ｊ）及び野生型（Ｃ５７Ｂ１／１０ＳｃＳｎＪ）マウスをＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｍａｉｎｅ ＵＳＡ）から得た。ＡＯＮ（配列番号９１／９２に対応するＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４、配列番号１３７／１８５に対応するＰＳ５３１／ＰＳ６５２）を、２週間にわたって１週間に３回、皮下注射により１００ｍｇ／ｋｇの用量にて生理的食塩水中で投与した。ＡＯＮの血漿プロファイルを決定するために、血漿試料を、動物について以下の時間：投与後１５分、１時間、２時間、６時間及び２４時間の時点ごとに（ＡＯＮ群につき）２匹の動物から得た。血漿を得るために、静脈全血をＬｉ−ヘパリンチューブ内に採取し、遠心分離し、分析するまで−８０℃に維持した。分布分析のために、７個の器官（心臓、腎臓皮質、肝臓、横隔膜、腓腹筋、四頭筋、三頭筋）を動物の屠殺時に収集した。組織を即座に凍結させ、分析するまで−８０℃に保存した。
ＡＯＮハイブリダイゼーションアッセイ：
血漿及び組織中のＡＯＮ（配列番号９１／９２に対応するＰＳ２２９Ｌ／ＰＳ５２４、配列番号１３７／１８５に対応するＰＳ５３１／ＰＳ６５２）の濃度を決定するために、Ｙｕら、２００２に記載されているアッセイに基づいた、ＡＯＮハイブリダイゼーションアッセイを使用した。組織分布分析のために、ＭａｇＮａＬｙｚｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）を使用して、２ｍｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫを含有するｐｒｏｔＫ緩衝液（１００ｍｍｏｌ／ｌのトリス−ＨＣｌ ｐＨ８．５、２００ｍｍｏｌ／ｌのＮａＣｌ、５ｍｍｏｌ／ｌのＥＤＴＡ、０．２％のＳＤＳ）中で６０ｍｇ／ｍｌの濃度に組織を均質化し、続いて５５℃にて回転ハイブリダイゼーションオーブン中で２時間のインキュベーション（肝臓）又は４時間のインキュベーション（他のすべての器官）を行い、次いで使用するまで−２０℃に保存した。すべての組織ホモジネート及び校正曲線を、６０倍に希釈したプールしたｍｄｘコントロール組織ホモジネート（腎臓、肝臓、いくつかの筋肉群）中で希釈した（アッセイの基準に合わせた）。各ＡＯＮに特異的な鋳型プローブ（５’ｇａａｔａｇａｃｇ−抗ＡＯＮ−ビオチン３’、ＤＮＡリン酸オリゴヌクレオチド）及びライゲーションプローブ（ｐ−ｃｇｔｃｔａｔｔｃ−ＤＩＧ ＤＮＡリン酸オリゴヌクレオチド）をハイブリダイゼーションアッセイに使用した。ホモジネートを鋳型プローブ（５０ｎｍｏｌ／ｌ）と共に３７℃にて１時間インキュベートし、ハイブリダイズした試料をストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルプレートに移し、３７℃にて３０分間インキュベートした。その後、プレートを４回洗浄し、ジゴキシゲニンで標識したライゲーション（２ｎｍｏｌ／ｌ）を加え、周囲温度にて３０分間インキュベートした。抗ＤＩＧ−ＰＯＤ（１：７，５００〜１：３０，０００、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）を使用してＤＩＧ標識を検出し、それを３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン基質（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、オランダ）を用いて可視化し、酸性溶液（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）を使用して反応を停止させた。ＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ ＨＴプレートリーダー（Ｂｅｕｎ ｄｅ Ｒｏｎｄｅ、Ａｂｃｏｕｄｅ、オランダ）を使用して吸収を４５０ｎｍにて測定した。１００倍希釈したプールしたｍｄｘ血漿を使用して、同じプロトコールに従って血漿試料を分析した。
全血サイトカイン放出アッセイ：
選択したＡＯＮ（配列番号１１９／２０１に対応するＰＳ２３２／ＰＳ６４８及び配列番号１３９／１９２に対応するＰＳ５３４／ＰＳ６５３）により誘導される起こり得るサイトカイン刺激を検出するために、健常なヒトボランティア由来の全血（抗凝固剤ＣＰＤ）を使用した。種々のＡＯＮ濃度（約１：０．０１（ｖ／ｖ）の希釈物中に０〜５０μｇ／ｍｌの範囲）を血液に添加し、試料を５％ＣＯ２雰囲気下３７℃にて４時間インキュベートした。インキュベーション後、試料を４℃にて１５分間３２００×ｇにて遠心分離し、血漿上清を採取し、サイトカイン定量まで−２０℃にて保存した。ＭＣＰ−１、ＩＬ−６、ＴＮＦ−α及びＩＰ−１０濃度を、サンドイッチＥＬＩＳＡ（ヒトＭＣＰ−１、ＩＬ−６、ＴＮＦ−α、ＩＰ−１０ＥＬＩＳＡキット（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ））によって決定した。ヒト全血を用いた実験を３〜４回繰り返した。Ｆｉｇ．３は１回の実験のみに基づいているが、代表と考える。
結果：
すべてのシトシンを５−メチルシトシン（ｍ５Ｃ）と置換したＡＯＮ活性（すなわちエクソンスキッピング効率を誘導する）に対する効果を、培養した分化した健常な筋肉細胞中でｉｎ ｖｉｔｒｏで試験した。Ｆｉｇ．１ａ及び１ｂにおいて２つの例を示す。０−１００−２００−４００ｎＭを使用した用量反応トランスフェクション実験においてＰＳ２２９ＬとＰＳ５２４（＝ＰＳ２２９Ｌ−ｍ５Ｃ）を比較した場合（すなわちすべてのシトシンが修飾されている修飾配列の配列番号９２と比較した非修飾配列の配列番号９１）、ＰＳ５２４は２００及び４００ｎＭにおいてＰＳ２２９Ｌより明らかに効果的であった（１．９倍高いエクソン５３スキッピングレベル）（Ｆｉｇ．１ａ）。同様に、０−５０−１００−２００−４００−８００ｎＭを使用した用量反応トランスフェクション実験においてＰＳ２２０とＰＳ３９９（＝ＰＳ２２０−ｍ５Ｃ）を比較した場合（すなわちすべてのシトシンが修飾されている修飾配列の配列番号２００と比較した非修飾配列の配列番号１０１）、ＰＳ３９９は、特に低い濃度でＰＳ２２０より明らかに効果的であった（５０ｎＭにおいて最大で１０倍高いエクソン４５スキッピングレベル）（Ｆｉｇ．１ｂ）。これらの結果より、５−メチルシトシンの存在がＡＯＮの活性に対してプラス効果を有することが実証される。ＰＳ５２４（配列番号９２）において、６個のシトシンのすべては５−メチルシトシン（ｍ５Ｃ）と置換されており、これは、非修飾対応物のオリゴヌクレオチドＰＳ２２９Ｌ（配列番号９１）と比較してエクソンスキッピング活性に対するプラス効果を有した（Ｆｉｇ．１ａ）。そのようなプラス効果が、組み込まれた塩基修飾の数又は割合と関連し得るかどうかを試験するために、６個のシトシンのうちの４、２及び３個のそれぞれが５−メチルシトシン（ｍ５Ｃ）と置換されているＰＳ１３１７、ＰＳ１３１８及びＰＳ１３１９を試験し、培養した分化した健常な筋肉細胞中でｉｎ ｖｉｔｒｏでＰＳ５２４と直接比較した。ＰＳ１３１７、ＰＳ１３１８及びＰＳ１３１９は、エクソン５３スキッピングの誘導においてすべて効果的であった（それぞれ４７％、３７％及び４５％）（Ｆｉｇ．１ｃ）。しかしながら、ＰＳ５２４で得られたレベル（６４％）と比較して、これらの結果により実際に、６個から４、３又は２個の５−メチルシトシンへの５−メチルシトシン（ｍ５Ｃ）の数の減少が、ＡＯＮのエクソンスキッピング活性に対して減少したプラス効果を導くことが示唆される。
５−メチルシトシンが生物学的安定性、生物学的分布及び／又はバイオアベイラビリティに影響を及ぼすかどうかを調べるために、野生型（コントロール）及びｍｄｘマウスの両方において薬物動態試験を実施した。ＤＭＤについてのｍｄｘマウスモデルはエクソン２３において天然のナンセンス変異を有するので、ジストロフィン欠損である。膜におけるジストロフィンの欠損により、ＡＯＮのような比較的小さい分子についての筋繊維の透過性が増加し、実際に１０倍まで筋肉による２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ ＡＯＮ取り込みを増強することが実証されている（Ｈｅｅｍｓｋｅｒｋら、２０１０）。１００ｍｇ／ｋｇの５−メチルシトシンを含有するＡＯＮ（配列番号９２、１８５に対応するＰＳ５２４、ＰＳ６５２）又は非修飾シトシン（配列番号９１、１３７に対応するＰＳ２２９Ｌ、ＰＳ５３１）を有するそれらの対応物のいずれかを２週間にわたって１週間に３回、マウスに皮下注射した。最後の注射後、異なる時点（１、７、１４日目）にて、マウスを屠殺し、異なる筋肉群（心臓、横隔膜、腓腹筋、四頭筋、三頭筋）並びに肝臓及び腎臓を単離してそれらの中のＡＯＮ濃度を決定した（Ｆｉｇ．２ａ）。予測されるように、すべての化合物について、ｍｄｘ筋肉中の濃度（すべての試料の平均）はコントロールマウスにおける濃度より高かった。ｍｄｘ対コントロールＡＯＮレベルの比は、５−メチルシトシンを有するＡＯＮについて比較的高いように見えた。より具体的には、ｍｄｘマウスにおいて、ＰＳ５２４及びＰＳ６５２のレベルはＰＳ２２９Ｌ及びＰＳ５３１のレベルより２〜３倍高かった（Ｆｉｇ．２ａ）。腎臓及び肝臓（既知の毒性器官）内のＡＯＮのレベルをモニタリングすると、筋肉組織と毒性組織との間の比はより小さいままであった又はＰＳ５２４についてさらに好適であった。これらの結果より、５−メチルシトシンを有するＡＯＮが、非修飾シトシンを有するＡＯＮより、筋肉によってより良く取り込まれる又は筋肉内でより安定であることが示唆される。実際に、筋肉内の半減期は、ＰＳ２２９Ｌ（７日）及びＰＳ５３１（１０日）と比較してＰＳ５２４（＞２０日）及びＰＳ６５２（２５日）について、より長かった。血漿中で、注射したＡＯＮのＣｍａｘ値は類似しており、これによりマウスは同等の用量を受けたことが確認される（Ｆｉｇ．２ｂ）。注目すべきことに、ＡＵＣ値（バイオアベイラビリティの指標として）は５−メチルシトシンを含有するＡＯＮについて１．５〜２．３倍高かった。これはより低いクリアランスに関連し、それらのより高い筋肉組織レベルを支持している。したがって、この薬物動態試験の結果により、５−メチルシトシンの存在はＡＯＮの生物学的安定性、生物学的分布及び／又はバイオアベイラビリティに対してプラス効果を有するのに対して、筋肉／毒性器官の比は非修飾シトシンを有するＡＯＮによる比と同様であることが実証される。
５−メチルシトシンを有するＡＯＮ（配列番号２０１、１９２に対応するＰＳ６４８、ＰＳ６５３）のｉｎ ｖｉｔｒｏ安全性プロファイルを、非修飾シトシンを有するＡＯＮ（配列番号１１９、１３９に対応するＰＳ２３２、ＰＳ５３４）のｉｎ ｖｉｔｒｏ安全性プロファイルと比較した。ＡＯＮは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９を含む）を活性化することによって自然免疫応答を刺激でき、その結果、自然免疫を含む調整された免疫応答のセットが得られる。ＩＰ−１０、ＴＮＦα、ＩＬ−６及びＭＣＰ−１などのいくつかのケモカイン及びサイトカインはこの目的において役割を果たし、したがって、（市販のＥＬＩＳＡキットを使用して）０〜５０μｇ／ｍｌの各ＡＯＮとインキュベートしたヒト全血中でモニターした。ＰＳ２３２及びＰＳ５３４の両方は非修飾シトシンを有し、漸増用量でＴＮＦ−α（Ｆｉｇ．３ａ，３ｂ）、ＭＣＰ−１（Ｆｉｇ．３ｃ，３ｄ）、ＩＰ−１０（Ｆｉｇ．３ｅ，３ｆ）及びＩＬ−６（Ｆｉｇ．３ｇ，３ｈ）の放出を誘導した。対照的に、ＰＳ６４８及びＰＳ６５３（５−メチルシトシンを有する）の両方はＴＮＦ−α、ＩＰ−１０及びＩＬ−６に対する効果を有しなかった。ＰＳ６４８ではなく、ＰＳ６５３はＭＣＰ−１のみの少しの放出を誘導するように見えた。結論として、５−メチルシトシンの存在により、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのこれらのＡＯＮの安全性プロファイルが改善された。
［実施例２］
材料及び方法：
ＡＯＮ：
すべてのオリゴヌクレオチド［ＰＳ４３／ＰＳ５５９／ＰＳ１１０６（すべて配列番号３１に基づく。）（非修飾配列の配列番号１１１（ＰＳ４３）、すべてのウラシルが修飾されている配列番号２０２（ＰＳ５５９）、並びにすべてのウラシル及びすべてのシトシンが修飾されている配列番号２０３（ＰＳ１１０６）に対応）；ＰＳ１８８／ＰＳ７８５／ＰＳ１１０７（すべて配列番号１５に基づく。）（非修飾配列の配列番号９５（ＰＳ１８８）、すべてのウラシルが修飾されている配列番号２０４（ＰＳ７８５）、並びにすべてのウラシル及びすべてのシトシンが修飾されている配列番号２０５（ＰＳ１１０７）に対応）；ＰＳ２３５／ＰＳ７８６（いずれも配列番号４０に基づく。）（非修飾配列の配列番号１２０（ＰＳ２３５）及びすべてのウラシルが修飾されている配列番号１７２（ＰＳ７８６）に対応）；非修飾配列のＰＳ４９（配列番号２１６）及びすべてのシトシンが修飾されているＰＳ９５９（配列番号２１４）］は、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡであり、２００ｎｍｏｌ〜２８６．１ｇスケールで、標準的なホスホラミダイトプロトコールによってＯＰ−１０合成器（ＧＥ／ＡＫＴＡ Ｏｌｉｇｏｐｉｌｏｔ）を用いて合成するか又は供給業者から得た。Ｐｒｏｓｅｎｓａにより合成されたオリゴヌクレオチドを切断し、２ステップの順序（ＤＩＥＡ、続いて濃ＮＨ４ＯＨによる処理）で脱保護し、ＨＰＬＣにより精製し、水に溶解し、過剰のＮａＣｌを交換イオンに加えた。蒸発後、化合物を水に溶解し、ＦＰＬＣ又は限外濾過により脱塩し、凍結乾燥した。質量分析により、すべての化合物の同一性を確認し、純度（ＵＰＬＣにより決定した）はすべての化合物について許容されることを見出し（＞７５〜８０％）、供給業者から得た化合物を受領時の状態で使用した：ＰＳ１８８（Ｇｉｒｉｎｄｕｓ、得た生成物２８６．１ｇ、純度９３％）、ＰＳ７８５、ＰＳ７８６、ＰＳ１１０６及びＰＳ１１０７（ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、２００ｎｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）、ＰＳ４３（Ｐｒｏｓｅｎｓａ、１μｍｏｌの合成スケール、純度９０％）、ＰＳ５５９（ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、１μｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）、ＰＳ２３５（Ｐｒｏｓｅｎｓａ、１．９２ｍｍｏｌの合成スケール、純度９１％）。本明細書に記載されているｉｎ ｖｉｔｒｏトランスフェクション実験のために、ＡＯＮの５０μＭの希釈標準溶液を２０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ７．０）中で調製した。
トランスフェクション及びＲＴ−ＰＣＲ分析：
非ＧＬＰ標準操作手順に従って、分化したヒトの健常なコントロール筋肉細胞（筋管）に２００ｎＭの一定の濃度のＡＯＮを６ウェルプレート中でトランスフェクトした。トランスフェクションのために、ポリエチレンイミン（ＥｘＧｅｎ５００、Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ）を使用した（０．１５ＭのＮａＣｌ中に２μｌ／μｇＡＯＮ）。上述のトランスフェクション手順を以前に報告されていた材料及び方法（Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、２００３）から適合した。トランスフェクションの２４時間後、ＲＮＡを単離し、ＲＴ−ＰＣＲによって分析した。簡潔に述べると、ジストロフィンに特異的なｃＤＮＡを生成するために、エクソン５３（ＰＳ４３／ＰＳ５５９／ＰＳ１１０６、配列番号１１１、２０２、２０３）、エクソン４６（ＰＳ１８８／ＰＳ７８５／ＰＳ１１０７、配列番号９５、２０４、２０５）又はエクソン５４（ＰＳ２３５／ＰＳ７８６、配列番号１２０、１７２）におけるＤＭＤ遺伝子特異的リバースプライマーを、１０００ｎｇの入力ＲＮＡに対する逆転写酵素（ＲＴ）反応において使用した。その後、ＰＣＲ分析を各試料について３μｌのジストロフィンｃＤＮＡで行い、エクソン５１（ＰＳ４３／ＰＳ５５９／ＰＳ１１０６）、エクソン４４（ＰＳ１８８／ＰＳ７８５／ＰＳ１１０７）又はエクソン５２（ＰＳ２３５／ＰＳ７８６）に隣接するエクソンにおいてＤＭＤ遺伝子特異的プライマーを使用した第１及びネステッドＰＣＲを含めた。ＲＮＡ単離及びＲＴ−ＰＣＲ分析を、記載されている非ＧＬＰ標準操作手順に従って実施した［Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ ２００３、１２（８）、９０７−１４］。ＲＴ−ＰＣＲ生成物をゲル電気泳動（２％アガロースゲル）によって分析した。得られたＲＴ−ＰＣＲ断片を、ＤＮＡ Ｌａｂ−ｏｎ−ａ−Ｃｈｉｐ分析（Ａｇｉｌｅｎｔ）によって定量した。データを「アジレント２１００バイオアナライザー」ソフトウェア及びエクセル２００７により処理した。転写産物の総量に対する少量の転写産物（エクソン５１（ＰＳ４３／ＰＳ５５９／ＰＳ１１０６）、エクソン４４（ＰＳ１８８／ＰＳ７８５／ＰＳ１１０７）又はエクソン５２スキップ（ＰＳ２３５／ＰＳ７８６）を含有する。）の割合を評価し（パーセンテージでエクソン５１、４４又は５２スキッピング効率を表す。）、非トランスフェクト細胞における割合と直接比較した。
ｉｎ ｖｉｖｏ投与及びＲＴ−ＰＣＲ：
ｍｄｘマウスモデル（Ｃ５７Ｂｌ／１０ＳｃＳｎ−ｍｄｘ／Ｊ、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を用いた実験は地方ＬＵＭＣ動物倫理委員会（Ａｎｉｍａｌ Ｅｔｈｉｃｓ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）（ＤＥＣ番号１１１４５）により承認された。イソフルランを用いて２匹のｍｄｘマウス／群を麻酔し、次いで５０μｌ／注射の全量に無菌食塩水中で希釈した２０ｕｇのＰＳ４９（配列番号２１６）又はＰＳ９５９（配列番号２１４）を用いて両方の腓腹筋内に２日連続して筋肉注射した。最後の注射の１週間後に頸椎脱臼によって動物を屠殺し、筋肉を単離し、マグナライザーグリーンビーズチューブ（ｍａｇｎａｌｙｚｅｒ ｇｒｅｅｎｂｅａｄ ｔｕｂｅ）（Ｒｏｃｈｅ）中で即座に凍結した。６００μｌのトリピュア（Ｔｒｉｐｕｒｅ）（Ｒｏｃｈｅ）をチューブに加え、バレットブレンダー（ｂｕｌｌｅｔｂｌｅｎｄｅｒ）機器、３×１分、速度１０を使用して筋肉をホモジナイズした。溶解物を無菌のチューブに移し、それに１２０μｌのクロロホルムを加えた。試料を激しく振盪し、氷上で５分間インキュベートし、次いで４℃にて最大速度で１５分間遠心分離した。上清を別のチューブに移し、１体積のイソプロパノールを加えた。試料を混合し、少なくとも３０分間、４℃にてインキュベートした。次いで試料を４℃にて最大速度で１５分間遠心分離し、７０％エタノールで洗浄し、続いて１０分の２回目の遠心分離ステップを４℃にて最大速度で行った。ＲＮＡペレットを風乾し、ＤＥＰＣ処理した水に溶解した。製造業者の指示書に従ってトランスクリプター（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｒ）逆転写酵素（ＲＴ）（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）を使用してランダム六量体プライマーと共に４００ｎｇの全ＲＮＡを使用してｃＤＮＡを生成した。マウスエクソン２２及びエクソン２４に特異的なプライマーを使用した鋳型として１．５μｌのｃＤＮＡを使用して５０μｌ反応物中で３０秒間９４度、３０秒間６０度及び３０秒間７２度の３０サイクルによってＰＣＲを実施した。ＰＣＲ生成物を２％アガロースゲル上で可視化し、アジレント２１００バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ、ＵＳＡ）により定量した。
結果：
（ＰＳ１１０６、ＰＳ１１０７、配列番号２０３、２０５におけるように）すべての非修飾シトシンを５−メチルシトシンに置換し、すべての非修飾ウラシルを５−メチルウラシルに置換したもの及び（ＰＳ５５９、ＰＳ７８５、ＰＳ７８６、配列番号２０２、２０４、１７２におけるように）すべての非修飾ウラシルを５−メチルウラシルに置換したもののみのＡＯＮ活性（すなわちエクソンスキッピング効率を誘導する）に対する効果を、培養した分化した健常な筋肉細胞中で一定の２００ｎＭのＡＯＮ濃度にてｉｎ ｖｉｔｒｏで最初に試験した（Ｆｉｇ．４ａ）。５−メチルウラシルを有するＡＯＮ（ＰＳ５５９、ＰＳ７８５及びＰＳ７８６）は、非修飾ウラシルを有するそれらの対応物と比較してエクソンスキッピング効率を１．３〜３倍に増加した。また、非修飾シトシンを５−メチルシトシンに置き換えた場合、スキッピングレベルはさらに増加した（ＰＳ１１０６対ＰＳ５５９、配列番号２０３対２０２）又は同様であった（ＰＳ１１０７対ＰＳ７８５、配列番号２０５対２０４）。次いで、（ＰＳ４９、配列番号２１６におけるように）すべての非修飾ウラシルを（ＰＳ９５９、配列番号２１４におけるように）５−メチルウラシルで置換したもののＡＯＮ活性（すなわちエクソンスキッピング効率を誘導する）に対する効果もｍｄｘマウスモデルの筋肉内で試験した。すべての５−メチルウラシルを有するＰＳ９５９は、非修飾ウラシルを有するＰＳ４９と比較してエクソン２３スキッピング効率を約３倍増加させた（ｎ＝４／ＡＯＮ）（Ｆｉｇ．４ｂ）。これらの結果より、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏの両方で、５−メチルシトシンだけでなく、５−メチルウラシルもまた、エクソンスキッピング活性に対してプラス効果を有し得る（Ｆｉｇ．１にも示した）ことが実証される。さらに、これらの５−メチルピリミジンの組み合わせた使用はさらにもっと活性を増加させ得る。
［実施例３］
材料及び方法：
ＡＯＮ：
すべてのオリゴヌクレオチド［ＰＳ４３／ＰＳ４０３（配列番号３１に基づく。）（非修飾の配列番号１１１（ＰＳ４３）及びすべてのアデニンが修飾されている配列番号２０６（ＰＳ４０３）に対応）；ＰＳ１８８／ＰＳ７３３（配列番号１５に基づく。）（非修飾の配列番号９５（ＰＳ１８８）及びすべてのアデニンが修飾されている配列番号２０７（ＰＳ７３３）に対応）；ＰＳ２３５／ＰＳ８９７（配列番号４０に基づく。）（非修飾の配列番号１２０（ＰＳ２３５）及びすべてのアデニンが修飾されている配列番号１７３（ＰＳ８９７）に対応）］は、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡであり、２００ｎｍｏｌ〜１５１ｇスケールで、標準的なホスホラミダイトプロトコールによってＯＰ−１０合成器（ＧＥ／ＡＫＴＡ Ｏｌｉｇｏｐｉｌｏｔ）を用いて合成するか又は供給業者から得た。Ｐｒｏｓｅｎｓａにより合成されたオリゴヌクレオチドを切断し、２ステップの順序（ＤＩＥＡ、続いて濃ＮＨ４ＯＨによる処理）で脱保護し、ＨＰＬＣにより精製し、水に溶解し、過剰なＮａＣｌを交換イオンに加えた。蒸発後、化合物を水に再溶解し、ＦＰＬＣ又は限外濾過により脱塩し、凍結乾燥した。質量分析により、すべての化合物の同一性を確認し、純度（ＵＰＬＣにより決定した）はすべての化合物について許容されることを見出し（＞７５〜８０％）、供給業者から得た化合物は受領時の状態で使用した：ＰＳ１８８（Ｇｉｒｉｎｄｕｓ、１５１ｇを得た、純度９２％）、ＰＳ７３３（ＴｒｉＬｉｎｋ又はＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、２００ｎｍｏｌ／１ｍｇの合成スケール、受領時の状態で使用した、ＰＳ４３（Ｐｒｏｓｅｎｓａ、１０μｍｏｌの合成スケール、純度８６％）、ＰＳ４０３（ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、１μｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）、ＰＳ２３５（Ｐｒｏｓｅｎｓａ、１．９２ｍｍｏｌの合成スケール、純度９１％）、ＰＳ８９７（ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ、２００ｎｍｏｌの合成スケール、受領時の状態で使用した）。本明細書に記載されているｉｎ ｖｉｔｒｏトランスフェクション実験のために、ＡＯＮの５０μＭの希釈標準溶液を２０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ７．０）中で調製した。本明細書に記載されているｉｎ ｖｉｔｒｏ補体活性化アッセイのために、ＰＳ１８８及びＰＳ７３３の３ｍｇ／ｍｌのストック溶液を２０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ７．０）中で調製した。
トランスフェクション及びＲＴ−ＰＣＲ分析：
非ＧＬＰ標準操作手順に従って、分化したヒトの健常なコントロール筋肉細胞（筋管）に２００ｎＭの一定の濃度のＡＯＮを６ウェルプレート中でトランスフェクトした。トランスフェクションのために、ポリエチレンイミン（ＥｘＧｅｎ５００、Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ）を使用した（０．１５ＭのＮａＣｌ中に２μｌ／μｇＡＯＮ）。上述のトランスフェクション手順を以前に報告されていた材料及び方法（Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、２００３）から適合した。トランスフェクションの２４時間後、ＲＮＡを単離し、ＲＴ−ＰＣＲによって分析した。簡潔に述べると、ジストロフィンに特異的なｃＤＮＡを生成するために、エクソン５３（ＰＳ４３／ＰＳ４０３、配列番号１１１／２０６）、エクソン４６（ＰＳ１８８／ＰＳ７３３、配列番号９５／２０７）又はエクソン５４（ＰＳ２３５／ＰＳ８９７、配列番号１２０／１７３）におけるＤＭＤ遺伝子特異的リバースプライマーを、１０００ｎｇの入力ＲＮＡに対する逆転写酵素（ＲＴ）反応において使用した。その後、ＰＣＲ分析を各試料について３μｌのジストロフィンｃＤＮＡで行い、エクソン５１（ＰＳ４３／ＰＳ４０３）、エクソン４４（ＰＳ１８８／ＰＳ７３３）又はエクソン５２（ＰＳ２３５／ＰＳ８９７）に隣接するエクソンにおいてＤＭＤ遺伝子特異的プライマーを使用した第１及びネステッドＰＣＲを含めた。ＲＮＡ単離及びＲＴ−ＰＣＲ分析を、記載されている非ＧＬＰ標準操作手順に従って実施した［Ａａｒｔｓｍａ−Ｒｕｓら、Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ ２００３、１２（８）、９０７−１４］。ＲＴ−ＰＣＲ生成物をゲル電気泳動（２％アガロースゲル）によって分析した。得られたＲＴ−ＰＣＲ断片を、ＤＮＡ Ｌａｂ−ｏｎ−ａ−Ｃｈｉｐ分析（Ａｇｉｌｅｎｔ）によって定量した。データを「アジレント２１００バイオアナライザー」ソフトウェア及びエクセル２００７により処理した。転写産物の総量に対する少量の転写産物（エクソン５１（ＰＳ４３／ＰＳ４０３）、エクソン４４（ＰＳ１８８／ＰＳ７３３）又はエクソン５２スキップ（ＰＳ２３５／ＰＳ８９７）を含有する。）の割合を評価し（パーセンテージでエクソン５１、４４又は５２スキッピング効率を表す。）、非トランスフェクト細胞における割合と直接比較した。
補体活性化アッセイ：
アンチセンスオリゴヌクレオチドは補体第二経路（Ｃ３ａ及び因子Ｂｂ（因子Ｂｂは第２経路に特有である。）などのいくつかの分裂因子を含む。）を活性化できる。補体経路を可能な限り活性化するＡＯＮの能力をカニクイザル（ＬｉＨｅ血漿、ＣＩＴ、Ｆｒａｎｃｅ）由来の血漿中で評価した。増加させた濃度（０〜３００μｇ／ｍＬ）のＰＳ１８８（配列番号９５）及びＰＳ７３３（ＰＳ２０７）を、１：１０（ｖ／ｖ））の希釈物中で血漿に加え、３７℃にて３０分間インキュベートした。試料を氷に移すことにより反応を停止させ、氷冷希釈物中で希釈を行った。Ｂｂ及びＣ３ａ濃度をＥＬＩＳＡにより決定した（Ｑｕｉｄｅｌ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）。
結果：
すべての非修飾アデニンを２，６−ジアミノプリンに置換したもののＡＯＮ活性（すなわちエクソンスキッピング効率を誘導する）に対する効果を、培養した分化した健常な筋肉細胞中で一定のＡＯＮ濃度（２００ｎＭ）にてｉｎ ｖｉｔｒｏで試験した。Ｆｉｇ．５ａにおいて３つの異なるＡＯＮ配列についての例を示す。２，６−ジアミノプリンを有するＡＯＮ（ＰＳ４０３、ＰＳ８９７及びＰＳ７３３、配列番号２０６、２０７、１７３）は、非修飾アデニンを有するそれらの対応物と比較して（配列番号１１１、９５、１２０と比較して）エクソンスキッピング効率を２から４倍に増加させた。それらは各ＡＯＮにおける２，６−ジアミノプリンの数と相関関係があるようである。
すべての非修飾アデニン（例えばＰＳ１８８（配列番号９５））を２，６−ジアミノプリン（例えばＰＳ７３３（配列番号２０７））で置換することの、ｉｎ ｖｉｔｒｏ安全性、すなわち補体第二経路の活性化の可能性に対する効果をサル血漿中で試験した。ＰＳ１８８は比較的高レベルの分裂因子Ｂｂ及びＣ３ａの両方を誘導したのに対して、ＰＳ７３３における２，６−ジアミノプリンは補体活性化第２経路に対する効果を完全に無効にし、Ｂｂ又はＣ３ａレベルのいずれの増加も示さなかった（Ｆｉｇ．５ｂ）。したがって、２，６−ジアミノプリンの存在はｉｎ ｖｉｔｒｏでＰＳ１８８の安全プロファイルを改善しているように見えた。
これらの結果より、ＡＯＮのエクソンスキッピング活性及び安全性に対する２，６−ジアミノプリンのプラス効果が実証される。
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本明細書に記載されている各実施形態は、特に断らない限り、一緒に組み合わされ得る。本明細書で引用されるすべての特許及び参考文献は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み入れられる。
本発明の実施形態は例えば下記実施形態１〜１４を含む。
実施形態１：
デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの治療における使用のためのオリゴヌクレオチドであって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含み、５−メチルウラシル及び／又は５−メチルシトシン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチド。
実施形態２：
５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル塩基を含む、実施形態１に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態３：
２，６−ジアミノプリン塩基を含む、実施形態１又は２に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態４：
２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含むが、５−メチルシトシン及び５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンは含まない対応オリゴヌクレオチドと比較して改善されたパラメーターを有し、前記改善されたパラメーターは、結合親和性、動態、エクソンスキッピング活性、生体内安定性、（組織内）分布、細胞取り込み、輸送、及び／又は免疫原性である、実施形態１〜３のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態５：
長さが３４ヌクレオチド未満である、実施形態１〜４のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態６：
ジストロフィンエクソン及び／又は非エクソン領域の少なくとも一部に対して逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする、実施形態１〜５のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態７：
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソン４４〜５５の少なくとも一部に対して逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする配列を含む又はからなり、オリゴヌクレオチド部分が１０〜３３ヌクレオチドを有する、実施形態１〜６のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態８：
２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含み、
配列番号５２、１４〜５１、５３〜９０の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２、１４〜５１、５３〜９０の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列によって表され、
５−メチルウラシル及び／又は５−メチルシトシン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む、
実施形態７に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態９：
配列番号５２、１５、２１、３１、４０、５７の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２、１５、２１、３１、４０、５７の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される、実施形態８に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態１０：
配列番号９２、１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９２、１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される、実施形態８又は９に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態１１：
配列番号９２、１７１、１７３、１８５、１８７、２００、２０６、２０７、２０８、２１０、２１３、２１７、２１８若しくは２１９の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９２、１７１、１７３、１８５、１８７、２００、２０６、２０７、２０８、２１０、２１３、２１７、２１８若しくは２１９の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号９２、１７１、１７３、１８５、１８７、２００、２０６、２０７、２０８、２１０、２１３、２１７、２１８若しくは２１９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなり、そのような断片は１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有する、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される、実施形態１０に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態１２：
実施形態１〜１１のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドを含む組成物。
実施形態１３：
前記組成物及び／又は前記オリゴヌクレオチドの組織及び／又は細胞に対する及び／又は組織及び／又は細胞中への標的化及び／又は送達を増強することをさらに補助し得る少なくとも１種の賦形剤を含む、実施形態１２に記載の組成物。
実施形態１４：
デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの予防、治療及び／又は遅延のための方法であって、予防、治療及び／又は遅延は、実施形態１〜１１のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は実施形態１２若しくは１３に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することによって行われる、方法。

Claims (14)

  1. デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの治療における使用のためのオリゴヌクレオチドであって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含み、５−メチルウラシル及び／又は５−メチルシトシン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチド。
  2. ５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル塩基を含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  3. ２，６−ジアミノプリン塩基を含む、請求項１又は２に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. ２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含むが、５−メチルシトシン及び５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンは含まない対応オリゴヌクレオチドと比較して改善されたパラメーターを有し、前記改善されたパラメーターは、結合親和性、動態、エクソンスキッピング活性、生体内安定性、（組織内）分布、細胞取り込み、輸送、及び／又は免疫原性である、請求項１〜３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  5. 長さが３４ヌクレオチド未満である、請求項１〜４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  6. ジストロフィンエクソン及び／又は非エクソン領域の少なくとも一部に対して逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする、請求項１〜５のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  7. ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体エクソン４４〜５５の少なくとも一部に対して逆相補的である及び／又は結合する及び／又は標的化する及び／又はハイブリダイズする配列を含む又はからなり、オリゴヌクレオチド部分が１０〜３３ヌクレオチドを有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  8. ２’−Ｏ−メチルＲＮＡモノマー及びホスホロチオエート骨格を含み、
    配列番号５２、１４〜５１、５３〜９０の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２、１４〜５１、５３〜９０の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド配列によって表され、
    ５−メチルウラシル及び／又は５−メチルシトシン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む、
    請求項７に記載のオリゴヌクレオチド。
  9. 配列番号５２、１５、２１、３１、４０、５７の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号５２、１５、２１、３１、４０、５７の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される、請求項８に記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 配列番号９２、１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９２、１７１〜２１５、２１７、２１８、２１９の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される、請求項８又は９に記載のオリゴヌクレオチド。
  11. 配列番号９２、１７１、１７３、１８５、１８７、２００、２０６、２０７、２０８、２１０、２１３、２１７、２１８若しくは２１９の１つの配列を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列によって、又は配列番号９２、１７１、１７３、１８５、１８７、２００、２０６、２０７、２０８、２１０、２１３、２１７、２１８若しくは２１９の１つの配列の断片を含む若しくはからなるヌクレオチド若しくは塩基配列であって、前記断片は配列番号９２、１７１、１７３、１８５、１８７、２００、２０６、２０７、２０８、２１０、２１３、２１７、２１８若しくは２１９の少なくとも１０個の連続したヌクレオチド若しくは塩基を含む若しくはからなり、そのような断片は１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２若しくは３３ヌクレオチドの長さを有する、ヌクレオチド若しくは塩基配列によって表される、請求項１０に記載のオリゴヌクレオチド。
  12. 請求項１〜１１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドを含む組成物。
  13. 前記組成物及び／又は前記オリゴヌクレオチドの組織及び／又は細胞に対する及び／又は組織及び／又は細胞中への標的化及び／又は送達を増強することをさらに補助し得る少なくとも１種の賦形剤を含む、請求項１２に記載の組成物。
  14. デュシェンヌ型筋ジストロフィー又はベッカー型筋ジストロフィーの予防、治療及び／又は遅延のための方法であって、予防、治療及び／又は遅延は、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は請求項１２若しくは１３に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することによって行われる、方法。
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