JP2017534262A - L13Rα2を標的とする共刺激性キメラ抗原レセプターT細胞 - Google Patents

L13Rα2を標的とする共刺激性キメラ抗原レセプターT細胞 Download PDF

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Abstract

IL−13又はその変異体インターロイキン−13Rα2(IL13Rα2)に結合するIL−13又はその変異体と、膜貫通領域と、共刺激ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインと、を含む細胞外ドメインを含むキメラ膜貫通免疫受容体(CAR)が記載される。【選択図】 図1

Description

操作された(engineered)T細胞を用いる治療を含む、腫瘍特異的T細胞に基づく免疫療法が、抗腫瘍治療について研究されている。ある場合には、このような療法に使用されるT細胞は、十分長い期間、in vivoで活性を維持しない。ある場合には、T細胞の腫瘍特異性は比較的低い。従って、より長期の抗腫瘍作用(functioning)を持つ腫瘍特異的癌治療のための当該技術分野における必要性が存在する。
未分化星状細胞腫(AA−グレードIII)及びグリア芽細胞腫(GBMグレードIV)を含む悪性神経膠腫(Malignant gliomas, MG)は、米国において毎年新たに診断される約2万例の発生率を有する。American Brain Tumor Associationによると、米国の2010年の国勢調査データに基づく悪性脳腫瘍患者の総有病者数は約14万人である。MGはまれな疾患であるが、悪性の挙動及びほぼ均一に致死的な点で、非常に攻撃的で異種である。高度(high-grade)MGの現在の標準治療法は、短期間の利益しかもたらさず、且つ、これらの脳腫瘍は事実上治癒不可能である。実際、中枢神経系(CNS)における位置によって課せられた既に重度の病的状態をしばしば悪化させる現代の外科的及び放射線治療技術であっても、5年生存率はかなり低い。さらに、疾患が再発した大部分の患者にとって、治療選択肢はほとんどない。従って、特に最先端(frontline)療法に続いて再発/進行した患者に対して、より効果的な治療法に対する重要な必要性があり、この患者集団の臨床試験への参加が正当である。
CAR T細胞は、抗原特異的な腫瘍集団を特異的に認識するように操作することができるので、キメラ抗原受容体(CAR)操作されたT細胞を利用する養子T細胞療法(adoptive T cell therapy)(ACT)は、MGの再発率を低下させる安全かつ有効な方法を提供し得(Cartellieri et al. 2010 J Biomed Biotechnol 2010:956304; Ahmed et al. 2010 Clin Cancer Res 16:474; Sampson et al. 2014 Clin Cancer Res 20:972; Brown et al. 2013 Clin Cancer Res 2012 18:2199; Chow et al. 2013 Mol Ther 21:629)、且つ、T細胞は脳実質を通過して標的に移動し、浸潤性悪性細胞を死滅させることができる(Hong et al. 2010 Clin Cancer Res 16:4892; Brown et al. 2007 J Immunol 179:3332; Hong et al. 2010 Clin Cancer Res 16:4892; Yaghoubi 2009 Nat Clin PRact Oncol 6:53)。前臨床試験は、IL13Rα2標的化CAR + T細胞が、幹様(stem-like)及び分化した神経膠腫細胞の両方に対して強力な主要組織適合複合体(MHC)非依存性のIL13Rα2特異的細胞溶解活性を示し、且つ、in vivoで確立された神経膠腫異種移植の退縮を誘発することを実証した(Kahlon et al. 2004 Cancer Res 64:9160; Brown et al. 2012 Clin Cancer Res 18:2199)。
概要
本明細書には、細胞外ドメインと、膜貫通(transmembrane)領域と、細胞内シグナル伝達(signaling)ドメインと、を含むキメラ膜貫通免疫受容体(キメラ抗原レセプター(chimeric antigen receptors)又は「CAR」)が記載されている。細胞外ドメインは、インターロイキン−13Rα2(IL13Rα2)に結合するIL−13リガンド、及び場合により、例えばヒトFcドメインの一部を含むスペーサーで構成されている。膜貫通部分は、CD4膜貫通ドメイン、CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、CD3膜貫通ドメイン又は4IBB膜貫通ドメインを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3複合体のζ鎖由来のシグナル伝達ドメイン(CD3ζ)及び1つ以上の共刺激ドメイン(costimulatory domains)、例えば、4−1BB共刺激ドメインを含む。細胞外ドメインは、CARが、T細胞の表面上に発現されると、T細胞の活性を、神経膠腫を含む腫瘍細胞の表面上に発現される受容体であるIL13Rα2を発現するこれらの細胞に導く(direct)ことを可能にする。重要なことに、CARのIL13Rα2結合部分は、結合特異性を増加させるアミノ酸改変(modification)、例えばE13Y突然変異を含む。細胞内領域にCD3ζと直列の(in series)4−1BB(CD137)共刺激ドメインなどの共刺激ドメインを含めることにより、T細胞は共刺激シグナルを受け取ることができる。T細胞、例えば患者特異的な自己T細胞は、本明細書に記載のCARを発現するように操作することができ、且つ、操作された細胞は、ACTにおいて拡大され、使用され得る。種々のT細胞サブセットを使用することができる。加えて、CARは、NK細胞などの他の免疫細胞で発現され得る。患者が、本明細書に記載のCARを発現する免疫細胞で治療される場合、その細胞は、自己由来(autologous)又は同種異系の(allogenic)T細胞であり得る。場合によっては、CD45RO+CD62L+であるCD4+及びCD8+セントラルメモリー(central memory)T細胞(TCM)であり、且つ、このような細胞の使用は、患者特異的T細胞の他のタイプの使用と比較して養子移植(adoptive transfer)後の細胞の長期持続性を改善することができる。
本明細書に記載されるのは、キメラ抗原受容体(CAR)rをコードする核酸分子であって、前記キメラ抗原レセプターが、
ヒトIL−13又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体(variant)と;
CD4膜貫通ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、CD8膜貫通ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、CD28膜貫通ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、及びCD3ζ膜貫通ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、から選択される膜貫通ドメインと;
共刺激ドメインと;及び
CD3ζシグナル伝達ドメイン又は(of)1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
を含む、核酸分子である。
様々な実施形態において、共刺激ドメインは、CD28共刺激ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、4IBB共刺激ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、及びOX40共刺激ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体からなる群から選択される。特定の実施形態では、1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有する4IBB共刺激ドメイン又はその変異体が存在する。
さらなる実施形態は、前記CARは、
IL13Rα2対(versus)IL13Rα1の結合特異性を増加させる1〜10個のアミノ酸改変を有するヒトIL13の変異体;
前記ヒトIL−13又はその変異体が、1〜5個のアミノ酸改変を有する配列番号(SEQ ID NO:)3のアミノ酸配列を含むIL−13変異体であり、ただし、配列番号3の11位におけるアミノ酸がE以外であり;
CD28共刺激ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、4IBB共刺激ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、及びOX40共刺激ドメイン又は1〜10個(例えば、1又は2)のアミノ酸改変を有するその変異体、からなる群から選択される2つの異なる共刺激ドメイン;
CD28共刺激ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、4IBB共刺激ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びOX40共刺激ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、からなる群から選択される2つの異なる共刺激ドメイン;
共刺激ドメイン;及び
CD3ζシグナル伝達ドメイン又は(of)1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体;
前記IL−13又はその変異体と前記膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサー領域(例えば、前記スペーサー領域が、配列番号4,14〜20,50及び521からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む);
前記スペーサーがIgGヒンジ領域を含み;
前記スペーサー領域が10〜150のアミノ酸を含み;
前記4−1BBシグナル伝達ドメインが、配列番号6のアミノ酸配列を含み;
前記CD3ζシグナル伝達ドメインが、配列番号7のアミノ酸配列を含み;及び
3〜15個のアミノ酸のリンカーが前記共刺激ドメインと前記CD3ζシグナル伝達ドメイン又はその変異体との間に位置する。2つの共刺激ドメインが存在する特定の実施形態では、一方は4−IBB共刺激ドメインであり、他方はCD28及びCD28ggから選択される共刺激ドメインである。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを発現し;
前記キメラ抗原レセプターは、配列番号11のアミノ酸を含むIL−13/IgG4/CD4t/41−BB領域及び配列番号7のアミノ酸配列を含むCD3ζシグナル伝達ドメインを含み;
前記キメラ抗原レセプターは、配列番号10,31〜48及び52のアミノ酸配列を含む。
また、キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むベクターによって形質導入されたヒトT細胞の集団であって、キメラ抗原レセプターが、
ヒトIL−13又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
CD4膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD8膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD28膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びCD3ζ膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、から選択される膜貫通ドメインと;
共刺激ドメインと;及び
CD3ζシグナル伝達ドメイン又は(of)1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
を含む、集団が開示される。種々の実施形態において、
ヒトT細胞の集団は、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含むキメラ抗原レセプターを発現するベクターを含み;
T細胞の前記集団が、セントラルメモリー(central memory)T細胞(Tcm cells)に含まれる(例えば、前記細胞の少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%はTcm細胞であり;
前記Tcm細胞の少なくとも15%、20%、25%、30%、35%がCD4+であり、前記Tcm細胞の少なくとも15%、20%、25%、30%、35%がCD8+細胞である)。
また、患者の癌を治療する方法であって、
キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むベクターによって形質導入された自己又は同種異系のヒトT細胞の集団(例えば、Tcm細胞を含む自己又は同種異系のヒトT細胞、例えば細胞の少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%がTcm細胞であり;Tcm細胞の少なくともの15%、20%、25%、30%、35%がCD4+であり、Tcm細胞の少なくともの15%、20%、25%、30%、35%がCD8+である)を投与することを含み、
キメラ抗原レセプターが配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含む、
方法が記載される。様々な実施形態において、ヒトT細胞の集団は、セントラルメモリーT細胞を含み;
癌はグリア芽腫(glioblastoma)であり;及び
形質導入されたヒトT細胞は、前記患者からT細胞を得るステップと、前記T細胞を処理してセントラルメモリーT細胞を単離するステップと、及び前記セントラルメモリー細胞の少なくとも一部分をT細胞に変換するステップと、
を含む方法によって、キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むウイルスベクターにより(to with)調製され(where prepared)、
キメラ抗原レセプターは、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含む。
配列番号10及び配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;
5個以下のアミノ酸置換、欠失又は挿入の存在を除いて、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;
5個以下のアミノ酸置換の存在を除いて、配列番号10及び配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;及び
2個以下のアミノ酸置換の存在を除いて、配列番号10及び配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子.
もまた記載される。
本明細書に記載されるある種のCAR、例えばIL13(EQ)BBζCAR及びIL13(EQ)CD28−BBζCARは、特定の他のIL13標的化CARと比較して特定の有益な特徴を有する。例えば、これらはIL13Rαに対する選択性が改善し、より低いTh2サイトカイン産生、特に低いIL13産生を引き出す。
IL13Rα2を標的とするCARを発現するT細胞は、膠芽細胞腫のような癌、ならびに髄芽細胞腫、乳癌、頭頸部癌、腎癌、卵巣癌及びカポジ肉腫を含むがこれらに限定されないIL13Rα2を発現する他の癌の治療に有用であり得る。したがって、本開示は、本明細書に記載のCARを発現するT細胞を用いて癌を治療するための方法を含む。
本開示はまた、本明細書に記載のCARのいずれかをコードする核酸分子(例えば、CARのうちの1つをコードする核酸配列を含むベクター)及び本明細書に記載のCARのいずれかを発現する単離されたTリンパ球をコードする。
本明細書に記載のCARは、IL13ドメインと膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサー領域を含むことができる。様々な異なるスペーサーを使用することができる。それらのいくつかは、ヒトFc領域の少なくとも一部、例えばヒトFc領域のヒンジ部分又はCH3ドメイン又はその変異体を含む。以下の表1は、本明細書に記載されるCARにおいて使用され得る様々なスペーサーを提供する。
表1: スペーサーの例
Figure 2017534262

Figure 2017534262
いくつかのスペーサー領域は、免疫グロブリン(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)ヒンジ領域、すなわち免疫グロブリンのCH1ドメインとCH2ドメインとの間にある配列の全部又は一部、例えばIgG4 Fcヒンジ又はCD8ヒンジ、を含む。いくつかのスペーサー領域は、免疫グロブリンCH3ドメイン又はCH3ドメイン及びCH2ドメインの両方を含む。免疫グロブリン由来の配列は、1つ以上のアミノ酸改変、例えば、1,2,3,4又は5個の置換、例えば、オフターゲット結合を減少させる置換、を含むことができる。
「アミノ酸改変」とは、タンパク質又はペプチド配列におけるアミノ酸の置換、挿入及び/又は欠失を指す。「アミノ酸置換」又は「置換」とは、親ペプチド又はタンパク質配列における特定の位置のアミノ酸を、別のアミノ酸で置換することを意味する。置換は、得られたタンパク質中のアミノ酸を非保存的な(non-conservative)やり方で(すなわち、特定のサイズ又は特徴を有するアミノ酸のグループに属するアミノ酸から別のグループに属するアミノ酸にコドンを変化させることによって)、又は保存的な(conservative)やり方で(すなわち、特定のサイズ又は特徴を有するアミノ酸のグループに属するアミノ酸から、同じグループに属するアミノ酸へのコドンを変化させることによって)、変更するためにすることができる。このような保存的(conservative)変化は、一般に、得られるタンパク質の構造及び機能の変化をより少なくする。以下はアミノ酸の種々のグループの例である:
1)無極性R基を有するアミノ酸:アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン;
2)非荷電極性R基を有するアミノ酸:グリシン、セリン、スレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン;
3)荷電した極性R基を有するアミノ酸(pH6.0で負に荷電した):アスパラギン酸、グルタミン酸;
4)塩基性アミノ酸(pH6.0で正に帯電):リジン、アルギニン、ヒスチジン(pH6.0)。別のグループは、フェニル基を有するアミノ酸、フェニルアラニン、トリプトファン、及びチロシン、であり得る。
特定の実施形態では、スペーサーは、非修飾スペーサー中に存在するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基で置換された1つ以上のアミノ酸残基を含むIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4に由来する。1つ以上の置換されたアミノ酸残基は、限定されないが、220,226,228,229,230,233,234,235,234,237,238,239,243,247,267,268,280,290,292,297,298,299,300,305,309,218,326,330,331,332,333,334,336,339の位置における1以上のアミノ酸残基、又はそれらの組み合わせから選択される。以下でより詳細に説明するこの番号付けスキームにおいて、表1のIgGヒンジ配列及びIgG4ヒンジリンカー(HL)配列の最初のアミノ酸がそうであるように(as is)、表1のIgG4(L235E、N297Q)スペーサーの最初のアミノ酸は219であり、表1のIgG4(HL−CH3)スペーサーの最初のアミノ酸は219である。
いくつかの実施形態では、改変スペーサーは、限定されないが、以下のアミノ酸残基置換:C220S,C226S,S228P,C229S,P230S,E233P,V234A,L234V,L234F,L234A,L235A,L235E,G236A,G237A,P238S,S239D,F243L,P247I,S267E,H268Q,S280H,K290S,K290E,K290N,R292P,N297A,N297Q,S298A,S298G,S298D,S298V,T299A,Y300L,V305I,V309L,E318A,K326A,K326W,K326E,L328F,A330L,A330S,A331S,P331S,I332E,E333A,E333S,E333S,K334A,A339D,A339Q,P396L、又はそれらの組み合わせ、を含む(ただしこれらに限定されない)IgG1,IgG2,IgG3,又はIgG4から誘導される。
特定の実施形態では、改変スペーサーは、未改変領域に存在するものとは異なるアミノ酸残基で置換された1つ以上のアミノ酸残基を含むIgG4領域に由来する。1つ以上の置換アミノ酸残基は、位置220,226,228,229,230,233,234,235,234,237,238,239,243,247,267,268,280,290,292,297,298,299,300,305,309,218,326,330,331,332,333,334,336,339の1つ以上のアミノ酸残基から選択されるが、又はそれらの組合せのうちの少なくとも1つを含む(ただしこれらに限定されない)。
いくつかの実施形態では、改変スペーサーは、以下のアミノ酸残基置換: 220S,226S,228P,229S,230S,233P,234A,234V,234F,234A,235A,235E,236A,237A,238S,239D,243L,247I,267E,268Q,280H,290S,290E,290N,292P,297A,297Q,298A,298G,298D,298V,299A,300L,305I,309L,318A,326A,326W,326E,328F,330L,330S,331S,331S,332E,333A,333S,333S,334A,339D,339Q,396L、又はそれらの組み合わせのうちの1つ以上を含むIgG4領域に由来する(ただしこれらに限定されない)。ここで未改変スペーサー中のアミノ酸は、示された位置で上記の同定されたアミノ酸で置換されている。
本明細書で論じる免疫グロブリン中のアミノ酸位置については、番号付けは、EUインデックス又はEU番号付けスキームによる(Kabat et al. 1991 Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., United States Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda,本明細書にその全体が参考として援用される)。Kabat又はEU番号付けスキームにおけるようなEUインデックス又はEUインデックスは、EU抗体の番号付けを指す(Edelman et al. 1969 Proc Natl Acad Sci USA 63:78−85)。
様々な膜貫通ドメインを、IL13Ra2に対するCARに使用することができる。表2は、適切な膜貫通ドメインの例を含む。スペーサードメインが存在する場合、膜貫通ドメインはスペーサードメインに対するカルボキシ末端に位置する。
表2: 膜貫通ドメインの例
Figure 2017534262
本明細書に記載されるCARの多くは、1つ以上(例えば、2つ)の共刺激ドメインを含む。共刺激ドメイン(複数可)は、膜貫通ドメインとCD3ζシグナル伝達ドメインとの間に位置する。表3は、CD3ζシグナル伝達ドメインの配列と共に適切な共刺激ドメインの例を含む。
表3: 共刺激ドメインの例
Figure 2017534262
示されるようにIL13Rα2特異的ヒトIL−13変異体(huIL−13(E13Y))、ヒトIgG4 Fcスペーサー(huγ)、ヒトCD3ζ鎖の細胞質(huCD3ζcyt)部分から構成される、IL13(E13Y)−ゼータカインCAR(左)の概略描写である。また、IgG4スペーサーのCH2ドメインに位置する2つの点突然変異L235E及びN297Q(赤で示されている)を除いてIL13(E13Y)−ゼータカインと同じIL13(EQ)BBζCAR、及び共刺激4−1BB細胞質ドメイン(4−1BB細胞)の添加も示されている。 図2のA〜Cは、オープンリーディングフレームの特定のベクターを示す。Aは、2670ヌクレオチドIL13(EQ)BBZ−T2ACD19t構築物のcDNAオープンリーディングフレームの図であり、ここで、IL13Rα2特異的リガンドIL13(E13Y)、IgG4(EQ)Fcヒンジ、CD4トランスメンブラン、4−1BB細胞質シグナル伝達、3つのグリシンリンカー、及びIL13(EQ)BBZ CARのCD3ζ細胞質シグナル伝達ドメイン、並びにT2Aリボソームスキップ及び短縮型(truncated)CD19配列が示されている。IL13(EQ)BBζCAR及びCD19tの表面発現を駆動するヒトGM−CSF受容体α及びCD19シグナル配列もまた示される。Bは、宿主ゲノムに組み込まれるであろう長い末端反復(「R」で示される)が隣接する(flanked)配列の図である。Cは、IL13(EQ)BBZ−T2A−CD19t_epHIV7プラスミドのマップである。 pHIV7の構築を示す。 pHIV7の要素を示す。 IL13(EQ)BBζ/CD19t+TCMの生産スキームを示す。 図6のA〜Cは、表面トランスジーン及びT細胞マーカー発現のフローサイトメトリー分析の結果を示す。IL−13(EQ)BBζ/CD19t+TCM HD006.5及びHD187.1は、抗IL−13−PE及び抗CD8−FITCで同時染色して、CD8+CAR+及びCD4+(すなわちCD8陰性)CAR+細胞(A)を検出するか、 抗CD19−PE及び抗CD4−FITCで、CD4+CD19t+及びCD8+(すなわちCD4陰性)CAR+細胞(B)を検出する。蛍光色素共役(fluorochromeconjugated)抗CD3、TCR、CD4、CD8、CD62L及びCD28(灰色ヒストグラム)又はアイソタイプ対照(黒ヒストグラム)で染色したIL13(EQ)BBζ/CD19t+TCM HD006.5及びHD187.1(C)。すべての場合において、生存可能なリンパ球に基づく百分率(DAPI陰性)はアイソタイプより上に染色された。 図7のA〜Bは、IL13(EQ)BBZ+TCMのIL13Rα2特異的エフェクター機能のin vitro機能的特徴付けを示す。IL19(EQ)BBZ/CD19t+TCM HD006.5及びHD187.1を、CD19t発現に基づく10:1のE:T比を用いた6時間51Cr放出アッセイにおいてエフェクターとして使用した。IL13Rα2陽性腫瘍標的は、IL13Rα2(K562−IL13Rα2)及び一次神経膠腫系統PBT030−2を発現するように操作されたK562であり、IL13Rα2陰性腫瘍標的対照はK562親系統であった(A)。IL13Rα2陽性(positive)及び陰性(negative)標的との10:1のE:T比での一晩の同時培養後、IL13(EQ)BBZ/CD19t+TCM HD006.5及びHD187.1を抗原依存性サイトカイン産生について評価した。サイトカインレベルは、Bio−Plex ProヒトサイトカインTH1/TH2アッセイキットを用いて測定し、INF−γを報告した(B)。 図8のA〜Cは、IL13(EQ)BBζ/CD19t+TCMの養子移入後の確立された神経膠腫腫瘍異種移植片の退行を実証する研究の結果を示す。EGFP−ffLuc+PBT030−2腫瘍細胞(1×10)を、NSGマウスの右前脳に定位固定した。5日目に、マウスは、2×10IL13(EQ)BBζ/CD19t+TCM(1.1×10CAR+;n=6)、2×10モック(mock)TCM(CARなし、n=6)又はPBS(n=6)のいずれかを受けた。各群の代表的なマウスは、Xenogen Living Imageを用いて相対的な腫瘍負荷(burden)を示した(A)。ffLucフラックス(光子/秒)の定量化は、モック(mock)形質導入TCM及びPBSと比較してIL13BQζ/CD19t+TCMが腫瘍退縮を誘導することを示す(#p<0.02、*p<0.001、反復測定ANOVA)(B)。カプランマイヤー生存曲線(n=6/グループ)は、IL13(EQ)BBζ/CD19t+TCMで処置したマウスの有意に改善した生存率(p=0.0008;対数ランク検定)を示す(C)。 図9のA〜Cは、IL13(EQ)BBZTCM及びIL13−ゼータカインCTLクローンの抗腫瘍効果を比較する研究の結果を示す。EGFP−ffLuc+PBT030−2TSs(1×10)をNSGマウスの右前脳内に定位固定的に移植した。8日目に、マウスは、1.6×10モックTCM(CARなし)か、1.0×10CAR+IL13(EQ)BBζTCM(1.6×10総T細胞、63%CAR)か、1.0×10IL13−ゼータカインCD8+CTL cl.2D7(クローナルCAR+)か、処置なしのいずれかを受けた(1群当たりn=6)。各グループの代表的なマウスは、Xenogen Living Imageを用いて相対的な腫瘍負荷を示した(A)。経時的な(over time)ffLucフラックス(flux)(光子/秒)の自然対数の線形回帰線であり、P値は、時間ごとの相互作用比較である(B)。IL13−ゼータカインCD8+CTL cl.2D7と比較してIL13(EQ)BBζTCMで処置したマウスについて、Kaplan Meier生存分析(1群あたりn=6)が有意に改善された生存を示した(p=0.02;対数ランク検定)(C)。 図10のA〜Cは、IL13(EQ)BBζTCM及びIL13−ゼータカインCTLクローンの抗(ant)腫瘍効果を比較する研究の結果を示す。EGFP−ffLuc+PBT030−2 TSs(1×10)をNSGマウスの右前脳内に定位固定的に移植した。8日目に、マウスは、1.3×10モックTCM(CARなし;n=6),1.0,0.3か、0.1×10CAR+IL13(EQ)BBζTCM(78%CAR+;n=6),1.0,0.3か、0.1×10 IL13−ゼータカインCD8+CTL cl.2D7(クローナルCAR+;n=6〜7)か、処置なしのいずれかを受けた(n=5)。各グループの代表的なマウスのXenogen Living Imageは、相対的な腫瘍負荷を示した(A)。ffLucフラックス(flux)(光子/秒)の自然対数の線形回帰線は、IL−13(EQ)BBζTCMは、第1世代のIL13−ゼータカインCTL cl.2D7、モック(mock)TCM及び腫瘍のみと比較して優れた腫瘍退縮を達成することが示されている(B)。腫瘍注射後27日の群あたりの平均フラックス(flux)は、0.1×10 IL13(EQ)BBζTCM用量が、IL13−ゼータカインCD8 + CTL cl. 2D7の10倍高い1.0×10用量よりも優れていることを実証する(p=0.043;ウェルチ2サンプルt−検定)(C)。 図11は、IL13−ゼータカインCTLクローンと比較して改善された持続性を示すIL13(EQ)BBζTcmディスプレイを実証する研究の結果を示す。CD3免疫組織化学は、T細胞注入の7日後の腫瘍部位におけるT細胞持続性を評価する。有意な数のT細胞がIL13(EQ)BBζTcmについて検出される(上のパネル)。対照的に、生存可能なCD3+ IL13−ゼータカインT細胞はごくわずかしか検出されない(下のパネル)。 図12のA〜Dは、大きな確立された腫瘍についてのCAR+ T細胞送達(i.c.対i.v.)の経路を比較する実験の結果を示す。EGFP−ffLuc+ PBT030−2 TSs(1×10)をNSGマウスの右前脳内に移植した。19及び26日目に、マウスに5×10 CAR+ IL13(EQ)BBζ+ Tcm(11.8×10全細胞;n=4)か、又はモックTcm(11.8×10細胞;n=4)のいずれかを、尾静脈を介してi.v.注入した。あるいは、19日目、22日目、26日目及び29日目に、マウスに、1×10 CAR+ IL13(EQ)BBζ+ Tcm(2.4×10個の全細胞;n=4)か、又はモックTcm(2.4×10細胞;n=5)のいずれかを、i.c.注入した。経時的な(over time)平均ffLucフラックス(flux)(光子/秒)は、i.c.送達されたIL13(EQ)BBζTcmは、19日目の腫瘍の腫瘍退行を媒介する。比較すると、i.v.送達されたT細胞は、未処理又はモックTcm対照と比較して腫瘍負荷の減少を示さなかった(A)。Kaplan Meier生存曲線は、i.v.投与したCAR+ Tcmで処置したマウスと比較して、IL13(EQ)BBZTcmでi.c.処置したマウスの生存率の改善を示す(p=0.0003対数ランク検定)(B)。IL13(EQ)BBZTcmでi.v.処置したマウス(C)対(versus) i.c.処置したマウス(D)の代表的なH&E及びCD3 IHC。CD3+ T細胞は、i.c.処置した群においてのみ検出され、i.v.処置したマウスの場合、腫瘍又は周囲の脳実質においてCD3+細胞は検出されなかった。 図13のA〜Bは、腫瘍内(i.c.t)か、又は脳室内(i.c.v.)のいずれかの頭蓋内に注入されたCAR+ T細胞が、反対側の半球上の腫瘍に往来する(traffic)ことができることを示す研究結果を示す図である。EGFP−ffLuc+ PBT030−2 TSs(1×10)をNSGマウスの左右の前脳部に定位移植した。6日目に、マウスに、1.0×10 IL13(EQ)BBζ+ Tcmを、右腫瘍部位において、i.c.注入した(1.6×10総細胞;63%CAR;n=4)。多巣性神経膠腫実験モデルの模式図(A)。CD3 IHCは、左右の腫瘍部位の両方に浸潤するT細胞を示す(B)。 図14のA〜Cは、IL13Rα2特異的CARの共刺激ドメインを評価する一連の研究の結果を示す。CD28及び41BBの両方を含む第3世代のCARに対して、4−1BB又はCD28のいずれかを組み込んだ第2世代のCARに対して、補助刺激を欠く第1世代のCD3z CARを含む様々な細胞内エンド/シグナル伝達ドメインを比較するIL13Ra2特異的CAR構築物の概略図。すべてのCARカセットはまた、形質導入された細胞のマーカーとして、T2Aリボソームスキップ及び短縮型(truncated)CD19(CD19t)配列を含む(A)。CD4及びCD8 TCMをレンチウイルスで形質導入し、CAR発現T細胞を、抗CD19を介して免疫学的に濃縮した。フローサイトメトリーによって測定されるCD19及びIL13(すなわち、CAR)発現レベル(B)。各CAR構築物の安定性は、CAR(IL13)平均蛍光強度(MFI)を形質導入マーカー(CD19t)のそれで割ることによって決定した(C)。CARを含む4−1BBは、CD19t形質導入マーカーと比較して最も低い発現レベルを示した。 図15のA〜Bは、4−1BB補助刺激ドメインを含むIL13Rα2特異的CARがより少ないTh1及びTh2サイトカインを産生することを実証する研究の結果を示す。L13Rα2発現PBT030−2腫瘍細胞標的を死滅させる指示されたモック形質導入又はCAR発現T細胞の能力を、示されたエフェクター:標的比で4時間51 Cr放出アッセイで測定した。3重の(triplicate)ウェルの平均%クロム放出+S.D.が描かれている(A)。予想通り、モック形質導入T細胞は標的を効率的に溶解しなかった。対照的に、全てのCAR発現T細胞は同様の様式で腫瘍細胞を溶解した。指示されたモック形質導入又はCAR発現T細胞を、IL13Rα2発現PBT030−2腫瘍細胞と10:1の比で一晩共培養し、上清をサイトメトリービーズアレイによりIL−13及びIFN−γレベルについて分析した(B)。3重の(triplicate)ウェルの平均+S.D.が描かれている。興味深いことに、ζ、41BB−ζ又はCD28−41BB−ζCARを発現するT細胞は、CD28−ζCARを発現するT細胞よりも低い抗原刺激性サイトカイン産生を示した。 図16のA〜Cは、IL13Rα2特異的CARのin vivo有効性の一連の研究の結果を示す。NSGマウスは、0日目にffLuc + PBT030−2腫瘍細胞の頭蓋内注射を受け、8日目にPBS(腫瘍のみ)か、モック形質導入T細胞か、又は指定されたIL13Rα2特異的CARを発現するT細胞のいずれかでi.c.処置のために、(n=9〜10マウス/群)の6群にランダム化した。次いで、定量的生物発光イメージングを行って、時間の経過とともに腫瘍増殖をモニターした。各グループの代表的なマウスの生物発光画像(A)。各群における経時的なルシフェラーゼ活性の総フラックスレベルの平均+S.E.(B)。27日目の各マウスのフラックスレベル。CD27−CARを発現するT細胞で処置したものを除いて、IL13Rα2特異的CAR T細胞で処置した全ての群は、模擬形質導入T細胞で処置したマウスと比較して、統計的に有意な腫瘍体積の減少を示す(C)。 図17は、IL13(EQ)BBζ/ CD19t+(配列番号10)のアミノ酸配列を示す。 図18は、IL13(EQ)41BBζ[IL13(EQ)41BBζT2A−CD19t_epHIV7;pF02630](配列番号12)及びCD19Rop_epHIV7(pJ01683)(配列番号13)の配列比較を示す。黄色の強調表示は、GM CSFシグナル配列(IL13op)を含むIL−13最適化コンドン領域を示す。強調表示は、IgG4最適化コドン領域(IgG4op [L235E、N297Q])を示す。強調表示は、IgG4ヒンジ領域(L235E及びN297Q)内の予想される2つのアミノ酸変化を示す。強調表示は、CD4膜貫通型の最適化コドン領域を示す。強調表示は41BB細胞質シグナル伝達領域(41BB cyto)を示す。灰強調表示は、3つのグリシンリンカー(g3)を示す。灰色の強調表示は、CD3ゼータ最適化コドン領域(zeta op)を示す。強調表示はT2A配列(T2A)を示す。強調表示は、短縮型CD19配列(CD19t)を示す。 図19は、IL13(EmY)−CD8h3−CD8tm2−41BBゼータ(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号31;GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号39)のアミノ酸配列を示す。 図20は、IL13(EmY)−CD8h3−CD28tm−CD28gg−41BB−ゼータ(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号32;GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号40)のアミノ酸配列を示す。 図21は、IL13(EmY)−IgG4(HL−CH3)−CD4tm−41BB−ゼータ(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号33;GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号41)のアミノ酸配列を示す。 図22は、IL13(EmY)−IgG4(L235E、N297Q)−CD8tm−41BB−ゼータ(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号34; GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号42)のアミノ酸配列を示す。 図23は、IL13(EmY)−リンカー−CD28tm−CD28gg−41BB−ゼータのアミノ酸配列を示す(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号35; GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号43)。 図24は、IL13(EmY)−HL−CD28m−CD28gg−41BB−ゼータのアミノ酸配列を示す(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号36; GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号44)。 図25は、IL13(EmY)−IgG4(HL−CH3)−CD28tm−CD28gg−41BB−ゼータのアミノ酸配列を示す(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号37; GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号45)。 図26は、IL13(EmY)IgG4を示す(L235E、N297Q)−CD28tm−CD28gg−41BB−ゼータのアミノ酸配列(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号38; GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号46)。 図27は、IL13(EmY)−CD8h3−CD8tm−41BBゼータのアミノ酸配列を示す(GMSCFRaシグナルペプチドを有する配列番号47; GMSCFRaシグナルペプチドを含まない配列番号48)。
以下に、様々なIL13Rα2特異的キメラ抗原レセプターの構造、構築及び特徴付けについて説明する。キメラ抗原(CAR)は、少なくとも細胞外認識ドメイン、膜貫通(transmembrane)領域、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む組換え生体分子である。したがって、用語「抗原」は、抗体に結合する分子に限定されず、標的に特異的に結合することができるいずれの分子に限定されない。例えば、CARは、細胞表面受容体に特異的に結合するリガンドを含むことができる。細胞外認識ドメイン(細胞外ドメインとも呼ばれるか、又は単にそれが含む認識要素によっても言及される)は、標的細胞の細胞表面上に存在する分子に特異的に結合する認識要素を含む。膜貫通領域は膜中のCARを固定する(anchors)。細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3複合体のζ鎖由来のシグナル伝達ドメインを含み、及び必要に応じて1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインを含む。CARは、MHC制限とは無関係に、抗原に結合し、且つ、T細胞活性化を伝達する(transduce)ことができる。従って、CARは、それらのHLA遺伝子型にかかわらず、抗原陽性腫瘍を有する患者集団を治療することができる「普遍的な(universal)」免疫受容体である。腫瘍特異的CARを発現するTリンパ球を用いる養子(adoptive)免疫療法は、癌の治療のための強力な治療戦略であり得る。
本明細書に記載される1つのIL13Rα2特異的CARは、IL13(EQ)BBζと呼ばれる。このCARは、様々な重要な機能(features)を含み、IL13α2への結合の特異性を改善するアミノ酸変化を有するIL13α2リガンド;有益な共刺激を提供するためにCD3ζと直列のCD137(4−1BB)のドメイン;Fc受容体(FcR)による結合を減少させる様式でCH2領域(L235E; N297Q)内の2つの部位で変異したIgG4 Fc領域を含む。本明細書に記載の他のCARは、第2の共刺激ドメインを含む。
場合によっては、IL13(EQ)BBζCARを含む本明細書に記載のCARは、CARオープンリーディングフレームの後にT2Aリボソームスキップ配列及びトランケートされたCD19(CD19t)(細胞質シグナル伝達テイルを欠く(アミノ酸323でトランケートされた))が続くベクターを用いて作製することができる。この配置では、CD19tの同時発現(co-expression)は、遺伝子改変細胞の正確な測定を可能にし、且つ、遺伝子改変細胞のポジティブな選択を可能にする不活性で非免疫原性の表面マーカーを提供するだけでなく、細胞の効率的な細胞追跡及び/又は養子移植後のin vivoでの治療用T細胞のイメージングを可能にする。CD19tの共発現は、臨床的に利用可能な抗体及び/又は治療細胞を選択的に除去し、それによって自殺スイッチとして機能する免疫毒素試薬を使用して、in vivoでの形質導入細胞の免疫学的標的化のためのマーカーを提供する。
グリオーマは、IL13受容体、及び特に高親和性IL13受容体を発現する。しかし、IL13受容体とは異なり、神経膠腫(glioma)細胞は、IL4Rβ又はγc44の必要条件とは無関係にIL13に結合することができるユニークなIL13Rα2鎖を過剰発現する。そのホモログIL4と同様に、IL13はCNSの外側に多面的(pleotropic)免疫調節活性を有する。IL13及びIL4の両方は、Bリンパ球によるIgE産生を刺激し、且つ、マクロファージによる前炎症性サイトカイン産生を抑制する。
放射性標識IL13でのオートラジオグラフィーを用いた詳細な研究は、研究されたほとんどすべての悪性神経膠腫組織において豊富なIL13結合を示した。この結合は、腫瘍セクション内で及び単一細胞分析において非常に均一である。しかしながら、IL13Rα2mRNAに特異的な分子プローブ分析は、正常な脳要素による神経膠腫特異的受容体の発現を検出せず、且つ、放射性標識IL13によるオートラジオグラフィーも、正常なCNSにおける特異的IL13結合を検出できなかった。これらの研究は、共有されたIL13Rα1/IL4β/γc受容体が正常なCNSにおいて検出可能に発現されないことを示唆している。したがって、IL13Rα2は、神経膠腫の非常に特異的な細胞表面標的であり、且つ、神経膠腫の治療のために設計されたCARのための適切な標的である。
しかし、広く発現されるIL13Rα1/IL4β/γc受容体複合体へのIL13ベースの治療分子の結合は、CNS外側の正常組織に対する望ましくない毒性を媒介する可能性を有し、及びしたがって、これらの薬剤(agents)の全身投与を制限する。天然の(native)グルタミン酸に対するチロシンのアミノ酸13におけるIL13アルファヘリックスAにおけるアミノ酸置換は、IL13Rα1/IL4β/γc受容体に対するIL13の親和性を選択的に減少させる。しかしながら、この変異体(IL13(E13Y)と称される)のIL13Rα2への結合は、野生型(wild-type)IL13と比較して増加した。したがって、この最小限に改変されたIL13類似体は、グリオーマ細胞に対するIL13の特異性及び親和性を同時に増加させる。したがって、本明細書に記載されるCARは、アミノ酸13に変異(EからY又はEから何かほかのアミノ酸、例えばK又はR又はL又はVなど)を含むIL13を含む(Debinski et al. 1999 Clin Cancer Res 5:3143sのナンバリングによる)。しかしながら、天然の(natural)配列を有するIL13も使用することができ、及び特に、改変T細胞を腫瘍塊に直接注射するなどの局所的に投与する場合に有用であり得る。
本明細書中に記載されるCARは、当技術分野で公知の任意の手段によって産生され得るが、好ましくは組換えDNA技術を用いて産生される。キメラ受容体のいくつかの領域をコードする核酸は、当該分野で公知の標準的な分子クローニング技術(ゲノムライブラリースクリーニング、PCR、プライマーアシストライゲーション、部位特異的突然変異誘発など)によって調整され、完全なコード配列に組み立てることができる。得られたコード領域は、好ましくは発現ベクターに挿入され、適切な発現宿主細胞株、好ましくはTリンパ球細胞株、及び最も好ましくは自己Tリンパ球細胞株を形質転換するために使用される。
選択されていないPBMC又は富化(enriched)CD3 T細胞又は富化CD3又はメモリーT細胞サブセットを含む、患者から単離された様々なT細胞サブセットは、CAR発現のためのベクターで形質導入され得る。セントラルメモリーT細胞は、1つの有用なT細胞サブセットである。セントラルメモリーT細胞は、所望の受容体を発現する細胞を免疫学的に選択するために、例えばCliniMACS(登録商標)装置を使用して、CD45RO+/CD62L+細胞を選択することにより末梢血単核細胞(PBMC)から単離することができる。セントラルメモリーT細胞のために富化された細胞は、例えば、IL13Rα2特異的CAR(例えば、IL13(EQ)BBζ)の発現を導くSINレンチウイルスベクターで形質導入された抗CD3/CD28で、並びに、in vivo検出及び潜在的なex vivo選択の両方のための非免疫原性表面マーカーであるトランケートされたヒトCD19(CD19t)で、活性化され得る。活性化/遺伝子改変されたセントラルメモリーT細胞は、IL−2/IL−15でin vitroで拡大され、次いで凍結保存され得る。
実施例1: IL13Rα2特異的CARの構築及び構造
有用なIL13Rα2特異的CARの構造を以下に記載する。コドン最適化CAR配列は、Fcレセプター媒介認識モデルを大きく減少させる2つの突然変異(L235E;N297Q)を含むIgG4FcスペーサーであるIL13Rα1への潜在的結合を減少させるために、単一部位で突然変異した膜結合(membrane-tethered)IL−13リガンド(E13Y)、CD4膜貫通ドメイン、共刺激4−1BB細胞質シグナル伝達ドメイン、及びCD3ζ細胞質シグナル伝達ドメインを含む。T2Aリボソームスキップ配列は、このIL13(EQ)BBζCAR配列を、不活性で非免疫原性の細胞表面検出/選択マーカーであるCD19tから分離する。このT2A結合は、単一の転写産物からのIL13(EQ)BBζ及びCD19tの両方の座標発現をもたらす。図1Aは、IL13(EQ)BBZ−T2ACD19t構築物をコードする2670ヌクレオチドのオープンリーディングフレームの概略図である。この図では、IL13Rα2特異的リガンドIL13(E13Y)、IgG4(EQ)Fc、CD4膜貫通、4−1BB細胞質シグナル伝達、3−グリシンリンカー及びIL13(EQ)BBZCARのCD3ζ細胞質シグナル伝達ドメイン、並びにT2Aリボソームスキップ及びIL13(EQ)BBZCARの短縮型(truncated)CD19配列は、すべて示されている。IL13(EQ)BBZCAR及びCD19tの表面発現を駆動するヒトGM−CSF受容体α及びCD19シグナル配列も示される。したがって、IL13(EQ)BBZ−T2ACD19t構築物は、IL13Rα2特異的ヒンジ最適化、共刺激性キメラ免疫レセプター配列(IL13(EQ)BBZと呼ばれる)、リボソームスキップT2A配列及びCD19t配列を含む。
ヒトGM−CSF受容体αリーダーペプチドとIL13(E13Y)リガンド5L235E/N297Q改変IgG4Fcヒンジ(二重変異がFcR認識を妨害する)、CD4膜貫通、4−1BB細胞質シグナル伝達ドメイン、及びCD3ζ細胞質シグナル伝達ドメイン配列との融合によりIL13(EQ)BBZ配列を生成した。この配列は、コドン最適化の後に新規に(de novo)合成された。T2A配列は、T2A含有プラスミドの消化から得た。CD19t配列は、リーダーペプチド配列にまたがるものから、CD19含有プラスミドの膜貫通成分(すなわち、塩基対1〜972)まで得られた。全3つの断片、1)IL13(EQ)BBZ、2)T2A、及び3)CD19tを、epHIV7レンチウイルスベクターの多重クローニング部位にクローン化した。適切な細胞にトランスフェクトされると、ベクターは図1Bに模式的に示された配列を宿主細胞ゲノムに組み込む。図1Cは、9515塩基対IL13(EQ)BBZ−T2A−CD19t_epHIV7プラスミドそれ自体の模式図を提供する。
図2に概略的に示すように、IL13(EQ)BBZ CARは、いくつかの重要な点において、IL13(E13Y)R−ゼータカインと呼ばれる先に記載されたIL13Rα2特異的CARとは異なる(Brown et al. 2012 Clinical Cancer Research 18:2199)。IL13(E13Y)−ゼータカインは、示されるように、IL13Rα2特異的ヒトIL−13ムテイン(mutein)(huIL−13(E13Y))、ヒトIgG4 Fcスペーサー(huγ4Fc)、ヒトCD4膜貫通(huCD4 tm)及びヒトCD3ζ鎖細胞質huCD3ζcyt)部分から構成される。対照的に、IL13(EQ)BBζ)は、IgG4スペーサーのCH2ドメインに位置する2つの点変異、L235E及びN297Q、及び共刺激4−1BB細胞質ドメイン(4−1BB細胞)を有する。対照的に、IL13(EQ)BBζ)は、IgG4スペーサーのCH2ドメインに位置する2つの点変異、L235E及びN297Q、及び共刺激4−1BB細胞質ドメイン(4−1BB細胞)を有する。
実施例2: IL13Rα2特異的CARの発現に使用されるepHIV7の構築及び構造
pHIV7プラスミドは、臨床ベクターIL13(EQ)BBZ−T2A−CD19t_epHIV7がCity of Hope(COH)のT細胞治療研究研究所(TCTRL)で得られた親プラスミドである。CARの発現に用いたepHIV7ベクターは、pHIV7ベクターから作製した。重要なことに、このベクターは、ヒトEF1プロモーターを用いてCARの発現を駆動する。ベクターの5’及び3’配列はいずれも以前にHXBc2プロウイルスから派生したように、pv653RSN由来であった。ポリプリントラクトフラップ配列(cPPT)は、NIH AIDS Reagent RepositoryからのHIV−1株pNL4−3由来であった。ウッドチャック転写後調節エレメント(WPRE)配列は以前に記載されている。
pHIV7の構築を図3に概略的に示す。簡単に説明すると、介在するSL3−ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子(Neo)を有するgag−polプラス5‘及び3’長末端反復配列(LTR)由来653bpを含むpv653RSNは、以下のようにpBluescriptにサブクローニングした。: ステップ1では、5’LTRからrev−応答エレメント(RRE)の配列がp5‘HIV−1 51となり、次に5’LTRがTATAボックスの上流の配列を除去することによって改変され、最初にCMVエンハンサーに連結し、次にSV40複製起点に連結した(p5‘HIV−2)。ステップ2では、3’LTRをpBluescriptにクローニングして、p3’HIV−1を作製した後、3’LTRエンハンサー/プロモーターにおける400bpの欠失を行い、HIV U3中のシス調節エレメントを除去し、p3’HIV−2を形成した。ステップ3では、p5’HIV−3及びp3’HIV−2から単離した断片をライゲーションしてpHIV−3を作製した。ステップ4では、p3’HIV−3を生成するために余分な上流のHIV配列を除去することによりp3’HIV−2をさらに修飾し、p3’HIV−3にWPREを含む600bpのBamHI−SalIフラグメントを添加してp3’HIV−4を作製した。ステップ5では、pHIV−3 RREをPCRによりサイズを減少させ、pHIV−3(示さず)由来5’断片に、及びp3’HIV−4ライゲーションして、pHIV−6を作製した。ステップ6では、HIV−1 pNL4−3(55)由来のcPPT DNAフラップ配列を含む190bpのBglII−BamHIフラグメントをpNL4−3から増幅し、pHIV6のRRE配列とWPRE配列の間に配置してpHIV−7を作製した。この親プラスミドpHIV7−GFP(GFP、緑色蛍光タンパク質)を用いて、4−プラスミド系を用いて親ベクターをパッケージングした。
ウイルスゲノムをベクターに効率的にパッケージングするためには、パッケージングシグナル、psiΨが必要とされる。RRE及びWPREは、RNA転写物の輸送及び導入遺伝子の発現を増強する。フラップ配列は、WPREと組み合わせて、哺乳類細胞におけるレンチウイルスベクターの形質導入効率を高めることが実証されている。
ウイルスベクターの産生に必要なヘルパー機能)は、3つの別個のプラスミドに分割され、組換えによる複製コンピテントレンチウイルスの生成の確率を低下させる。:
1)pCgpは、ウイルスベクターアセンブリに必要なgag/polタンパク質をコードする。
2)pCMV−Rev2は、効率的なパッケージングのためにウイルスゲノムの輸送を助けるためにRRE配列に作用するRevタンパク質をコードする。
3)pCMV−Gは、ウイルスベクターの感染性のために必要とされる水疱性口炎ウイルス(vesiculo-stomatitis virus, VSV)の糖タンパク質をコードする。
pHIV7にコードされたベクターゲノムとヘルパープラスミドとの間に最小のDNA配列相同性が存在する。相同性の領域は、
pCgpヘルパープラスミドのgag/pol配列中に位置する約600ヌクレオチドのパッケージングシグナル領域;
3種全てのヘルパープラスミド中のCMVプロモーター配列;及び
ヘルパープラスミドpCgp中のRRE配列
を含む。多数の組換え事象を必要とするので、これらの領域の相同性に起因して複製コンピテント組換えウイルスが生成される可能性は非常に低い。加えて、得られたいずれの組換え体は、レンチウイルス複製に必要な機能的LTR及びtat配列を欠いているであろう。
CMVプロモーターをEF1α−HTLVプロモーター(EF1p)で置き換え、新しいプラスミドをepHIV7と命名した(図4)。EF1pは563bpを有し、CMVプロモーターを切除した後、NruI及びNheIを用いてepHIV7に導入した。
野生型ウイルスの病原性に必要であり、標的細胞の生産的感染に必要とされるgag/pol及びrevを除くレンチウイルスゲノムは、この系から除かれている。加えて、IL13(EQ)BBZ−T2ACD19t_epHIV7ベクター構築物はインタクトな3’LTRプロモーターを含有しないので、標的細胞における発現及び逆転写DNAプロウイルスゲノムは不活性LTRを有する。この設計の結果、HIV−1由来(derived)配列はプロウイルスから転写されず、治療配列のみがそれぞれのプロモーターから発現される。SINベクターにおけるLTRプロモーター活性の除去は、宿主遺伝子の意図しない活性化の可能性を有意に減少させることが期待される(56)。表4は、IL13(EQ)BBZ−T2ACD19t_epHIV7に存在する種々のレギュレーター要素をまとめたものである。
表4: IL13(EQ)41BBZ−T2A−CD19t_epHIV7の機能的要素
Figure 2017534262
実施例3:患者T細胞の形質導入のためのベクターの作製
各プラスミド(IL13(EQ)BBZ−T2A−CD19t_epHIV7;pCgp;pCMV−G;及びpCMV−Rev2)について、十分な量のプラスミドDNAを産生するために発酵槽に接種するために使用されるシードバンクが生成される。プラスミドDNAは、レンチウイルスベクターの産生に使用する前に、同一性、無菌性及びエンドトキシンについて試験される。
簡単に述べると、細胞を、293T作業細胞(WCB)から増殖させ、無菌性及びウイルス汚染の存在を確認するために試験した。293T WCBからの293T細胞のバイアルを解凍した(thawed)。十分な数の細胞が存在し、ベクター産生及び細胞培養の維持のために適切な数の10層細胞工場(CF)をプレートするまで、細胞を成長させ、増殖させた。単一の細胞列を生産に使用することができる。
レンチウイルスベクターは、10 CFまでのサブバッチで産生された。同じ週に2つのサブバッチを作製することができ、約20Lのレンチウイルス上清/週の産生をもたらす。1つのロットの製品を製造するために、すべてのサブバッチから製造された材料を下流の処理段階でプールした。293T細胞を293T培地(10%FBSを含むDMEM)中でCF中に播種した。ファクトリーを37℃のインキュベーターに置き、CFのすべての層上に細胞の均一な分布を得るために水平に平らにした。2日後、Tris:EDTA、2M CaCl、2X HBS、及び4つのDNAプラスミドの混合物を含むCaPO法を用いて、上記の4つのレンチウイルスプラスミドを細胞にトランスフェクトした。トランスフェクション後3日目に、分泌されたレンチウイルスベクターを含む上清を回収し、精製し、濃縮した。上清をCFから取り除いた後、各CFからエンド・オブ・プロダクション・セルを回収した。各ファクトリーから細胞をトリプシン処理し、遠心分離により収集した。細胞を凍結培地に再懸濁し、凍結保存した。これらの細胞は、その後、複製能力のある(replication-competent)レンチウイルス(RCL)試験に使用された。
ベクターを精製及び製剤化するために、細胞の破片(debris)を除去するために膜濾過によって粗製上清を清澄化した。宿主細胞DNA及び残存プラスミドDNAは、エンドヌクレアーゼ消化(Benzonase(登録商標))によって分解された。ウイルス上清を0.45μmのフィルターを用いて細胞破片について清澄化した。清澄化された上清を予め秤量した容器に採取し、そこにBenzonase(登録商標)を加えた(最終濃度50U/mL)。残留プラスミドDNA及び宿主ゲノムDNAに対するエンドヌクレアーゼ消化は、37℃で6時間行った。エンドヌクレアーゼ処理した上清の初期接線流限外濾過(TFF)濃度を用いて、粗上清から残留低分子量成分を除去し、ウイルスを約20倍濃縮した。浄化されたエンドヌクレアーゼ処理ウイルス上清を、500kDのNMWCOを有する中空繊維カートリッジに、流速(flux rate)を最大にしながら、剪断速度を約4,000秒−1以下に維持するように設計された流速で循環させた。ヌクレアーゼ処理された上清のダイアフィルトレーションは、カートリッジの性能を維持するために濃縮プロセスの間に開始された。ダイアフィルトレーション緩衝液としてPBS中に4%ラクトースを使用して、80%透過物置換率を確立した。ウイルス上清を標的体積に持ってきて、20倍濃度の粗上清を示し、透析液交換率を100%として4回の追加交換容量でダイアフィルトレーションを続けた。
ウイルス産物のさらなる濃縮は、高速遠心分離技術を使用することによって達成された。レンチウイルスの各サブバッチを、Sorvall RC−26プラス6000 RPM(6,088 RCF)で、6℃で16−20時間遠心分離してペレット化した(pelleted)。次いで、各サブバッチからのウイルスペレットをPBS中の4%ラクトースを含む50mL容量で再構成した。この緩衝液中の再構成されたペレットは、ウイルス調製のための最終製剤を表す。ベクター濃縮プロセス全体は約200倍の体積減少をもたらした。全てのサブバッチの完了後、材料を次に−80℃に置き、各サブバッチからの試料を無菌性について試験した。サンプルの無菌性を確認した後、サブバッチを37℃で頻繁に撹拌しながら急速に解凍した。次いで、この物質をプールし、ウイルスベクタースイート(suite)のクラスII型A/B3バイオセーフティキャビネット内にマニュアルでアリコートした。滅菌USPクラス6、外周ネジ(externally threaded)Oリングクリオバイアル中の濃縮レンチウイルス1mLの充填構成を使用した。COHの応用技術開発センター(CATD)の品質システム(QS)は、CBGのためのポリシーと標準的な運用手順に従い、現在のグッド・マニュファクチャリング・プラクティス(cGMP)に準拠してすべての材料(materials)をリリースした。
レンチウイルスベクター調製物の純度を保証するために、残留宿主DNA混入物及び残留宿主及びプラスミドDNAの移入について試験した。他の試験の中でも、正確なベクターが存在することを確実にするために、RT−PCRによってベクター同一性を評価した。すべての放出基準は、この研究での使用を意図したベクターについて満たされた。
実施例4: ACTでの使用に適したT細胞の調製
Tリンパ球は、白血球除去(leukopheresis)によって患者から得られ、適切な同種異系又は自己T細胞サブセット、例えばセントラルメモリーT細胞(TCM)は、CARを発現するように遺伝的に改変され、次いで抗癌治療を達成するために、いずれの臨床上許容される手段を提供する。
CMの製造戦略の概要を図8に示す(IL13(EQ)BBζ/CD19t+ TCMの製造スキーマ)。具体的には、合意された研究参加者から得られたアフェレーシス(apheresis)産物を、フィコール(ficolled)、洗浄し、一晩インキュベートする。GMPグレードの抗CD14、抗CD25及び抗CD45RA試薬(Miltenyi Biotec)及びCliniMACS(登録商標)分離装置を用いて、単球、調節性T細胞及びナイーブT細胞集団を細胞から枯渇させる。枯渇(depletion)後、CliniMACS(登録商標)分離装置でDREG56−ビオチン(COH臨床グレード)及び抗ビオチンマイクロビーズ(Miltenyi Biotec)を使用して、CD62L+ TCM細胞について陰性画分細胞を富化する(enriched)。
富化後、TCM細胞を、完全なX−Vivo15プラス50IU/mLのIL−2及び0.5ng/mLのIL−15中に処方し、Teflon(登録商標)細胞培養バッグに移し、Dynal ClinEx(登録商標)Vivo CD3/CD28ビーズで刺激した。刺激の5日後まで、IL13(EQ)BBZ−T2A−CD19t_epHIV7レンチウイルスベクターを用いて感染多重度(MOI)1.0〜0.3で細胞に形質導入する。細胞増殖に必要な完全なX−Vivo15及びIL−2及びIL−15サイトカインの添加により42日まで培養を維持する(細胞密度は3×10〜2×10生存細胞/mL、培養の毎週月曜日、水曜日及び金曜日のサイトカイン補充を維持する)。細胞は、典型的には、21日以内にこれらの条件下で約10細胞に拡大する。培養期間の終わりに、細胞を採取し、2回洗浄し、臨床等級の凍結保存培地(Cryostore CS5,BioLife Solutions)中で処方する。
T細胞注入の日(複数可)に、低温保存及び放出された生成物を解凍し、洗浄し、再注入のために処方する。放出された細胞産物を含有する低温保存バイアルを液体窒素貯蔵から取り出し、解凍し、冷却し、PBS/2%ヒト血清アルブミン(HSA)洗浄緩衝液で洗浄する。遠心分離後、上清を除去し、細胞を保存料なし通常生理食塩水(PFNS)/2%HSA輸液希釈液に再懸濁する。品質管理試験のためにサンプルを取り除く。
健康ドナーから調達された細胞についての2つの適格試験(qualification runs)を、上記の製造プラットフォームを使用して実施した。各前臨床適格試験製品には、ヒトドナー(HD)番号HD006.5及びHD187.1が割り当てられた。重要なことに、表5に示すように、これらの適格試験は28日以内に>80倍に拡大し、増殖した細胞はIL13(EQ)BBγ/CD19tトランスジーンを発現した。
表5: 臨床前の適格試験製品からの発現データの要約
Figure 2017534262
実施例5: IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMにおける表面トランスジーン導入遺伝子及びT細胞マーカー発現のフローサイトメトリー分析
実施例4に記載されている2つの前臨床適格試験製品を、前臨床試験で以下に記載するように使用した。図6A〜Cは、表面トランスジーン及びT細胞マーカー発現のフローサイトメトリー分析の結果を示す。IL−13(EQ)BBγ/CD19t+ TCM HD006.5及びHD187.1を抗IL−13−PE及び抗CD8−FITCで共染色してCD8+ CAR+及びCD4+(すなわちCD8陰性)CAR+細胞を検出した(図6A)。又は抗CD19−PE及び抗CD4−FITCを用いてCD4+ CD19t+及びCD8+(すなわちCD4陰性)CAR+細胞を検出することができる(図6B)。TCR、CD4、CD8、CD62L及びCD28(灰色ヒストグラム)又はアイソタイプ対照(黒色ヒストグラム)でIL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCM HD006.5及びHD187.1を染色した。(図6C)。図6A〜Cのそれぞれにおいて、示されたパーセンテージは、アイソタイプの上に染色された生存リンパ球(DAPI陰性)に基づく。
実施例6: IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMのエフェクター活性
IL13(EQ)BBζ/ CD19t+ TCMのエフェクター活性を評価し、この分析の結果を図7A〜Bに示す。簡単に説明すると、IL19(EQ)BBγ/CD19t+ TCM HD006.5及びHD187.1を、CD19t発現に基づく10E:1T比を使用する6時間51Cr放出アッセイにおいてエフェクターとして使用した。IL13Rα2陽性腫瘍標的は、IL13Rα2(K562−IL13Rα2)及び一次神経膠腫系統PBT030−2を発現するように操作されたK562であり、IL13Rα2陰性腫瘍標的対照はK562親系統であった(図7A)。IL13(EQ)BBγ/CD19t+ HD006.5及びHD187.1を、上記のように同じIL13Rα2陽性及び陰性標的を用いて10E:1T比で一晩の共培養後の抗原依存性サイトカイン産生について評価した。サイトカインレベルは、Bio−Plex ProヒトサイトカインTH1/TH2アッセイキットを用いて測定し、INF−γレベルを示す(図7B)。
実施例7:IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMのin vivo抗腫瘍活性
以下に記載される研究は、IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMがin vivoマウスモデルにおいて抗腫瘍効果を示すことを実証する。具体的には、我々は、EGFP及びホタルルシフェラーゼ(ffLuc)レポーター遺伝子の両方を発現するように操作されたIL13Rα2+初代低−継代グリア芽細胞腫腫瘍球系統(line)PBT030−2に対するIL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMの抗腫瘍効力を評価した(PBT030−2 EGFP:ffLuc)(6)。無血清培地中で腫瘍球(TS)として増殖した患者の神経膠芽腫標本由来の一次系統(PBT)のパネル。これらの拡張されたTS系統は、幹細胞マーカーの発現、多細胞分化及び低い細胞数で免疫無防備状態のマウス(NSG)において同所性腫瘍を開始する能力を含む幹細胞様の特徴を示す。IL−13Rα2特異的CAR発現T細胞のNSGマウスにおけるin vivo抗腫瘍活性を評価するために、PBT030−2 EGFP:ffLuc TS開始異種移植片モデル(0.1×10細胞; 5日生着)を以前に使用しており、それにより、2×10 2週間にわたる細胞溶解性Tリンパ球(CTL)の3回の注入は、腫瘍増殖を減少させることが示された。しかし、これらの実験では、PBT030−2腫瘍の大部分が最終的に再発した。対照的に、PBT030−2 EGFP:ffLuc TS開始腫瘍(0.1×10細胞; 5日間の生着)に対して、IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCM(1.1×10 CAR+ TCM; 2×10全TCM)の単一回注射は、図8A〜Cに示すように)。IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMは、PBS又はモック(mock)形質導入TCM(CAR無し)で処置したNSGマウスと比較して、ffLucフラックス(flux)を有意に減少させ(p<0.001、>18日)、生存率を有意に改善する(p=0.0008)。
簡潔には、EGFP−ffLuc+ PBT030−2腫瘍細胞(1×10)をNSGマウスの右前脳内に定位固定的に移植した。5日目に、2×10 IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCM(1.1×10 CAR+; n=6)、2×10モックTCM(CARなし、n=6)又はPBS(n=6)のいずれかを受けた。図8Aは、各群の代表的なマウスを示し、Xenogen Living Imageを用いた相対腫瘍負荷を示す。ffLucフラックス(光子/秒)の定量化は、モック形質導入TCM及びPBSと比較してIL13(EQ)BBζ/CD19t+ TCMが腫瘍退縮を誘導することを示す(#p<0.02、*p<0.001、反復測定ANOVA)(図8B)。図8Cに示すように、IL13(EQ)BBγ/CD19t+ TCMで処置したマウスについて、Kaplan Meier生存曲線(1群につきn=6)が有意に改善された生存を示す(p=0.0008;対数ランク検定)。
実施例8: 抗腫瘍効力及びT細胞持続性におけるIL13(EQ)BBζ+ Tcm及び非Tcm IL13−ゼータカインCD8+ CTLクローンの比較
以下に記載される研究は、IL13(EQ)BBζ+ Tcmと以前に作製されたIL13Rα2特異的ヒトCD8+ CTLを比較した((Brown et al. 2012 Clin Cancer Res 18:2199 及びKahlon et al. 2004 Cancer Res 64:9160に記載される)IL13−ゼータカインCD8+ CTL)。IL13−ゼータカインはCD3ζ刺激ドメインを使用し、共刺激ドメインを欠き、IL13(EQ)BBζ+と同じIL13変異体を使用する。IL13−ゼータカインは、CD3ζ刺激ドメインを使用し、共刺激ドメインを欠き、IL13(EQ)BBζ+と同じIL13変異体を使用する。
無血清培地中で腫瘍球(TS)として増殖させた患者の神経膠芽細胞腫検体からの一次系統(PBT)のパネルを作製した(Brown et al. 2012 Clin Cancer Res 18:2199; Brown et al. 2009 Cancer Res 69:8886)。これらの拡大されたTS系統は、幹細胞マーカーの発現、多系統分化及び低い細胞数で免疫無防備状態のマウス(NSG)において同所性腫瘍を開始する能力を含む幹細胞様の特徴を示す。EGFP及びホタルルシフェラーゼ(ffLuc)レポーター遺伝子(PBT030−2 EGFP:ffLuc)(Brown et al. 2012 Clin Cancer Res 18:2199)の両方を発現するように操作されたIL13Rα2+初代低−継代グリア芽細胞腫TS系PBT030−2を、以下に概説する実験のために使用した。
最初に、IL13(EQ)BBζ+ Tcm産物の単一回投与(1×10 CAR T細胞)を、8日目にPBT030−2 EGFP:ffuc TS開始異種移植片(0.1x10細胞)に対して評価したIL13−ゼータカインCD8+ CTLクローンと比較した。IL13Rα2特異的CAR T細胞(IL13−ゼータカインCTL及びIL13(EQ)BBζTcm)は、未処理及びモックTcm(CAR陰性)コントロール(図9A及び9B)と比較して、確立PBT030−2腫瘍に対する抗腫瘍活性を示したが、IL13(EQ)BBZ+ Tcmは、我々の第1世代のIL13−ゼータカインCD8 + CTLクローンと比較して150日以上生存しているマウスで有意に改善された生存及び耐性腫瘍寛解を媒介した(図9C)。
これらの2つのIL13Rα2−CAR T細胞産物の治療有効性をさらに比較するために、8日目のPBT030−2 EGFP:ffuc TS開始腫瘍に対する1.0,0.3及び0.1×10 6 CAR T細胞の用量滴定を行った(図10A〜C)。IL13−ゼータカインCD8 + CTL cl.2D7の最高用量(1×10)媒介性抗腫瘍応答が、6匹中3匹の動物におけるXenogen Fluxによって測定されたが(図10C)、より低いCAR T細胞用量で有意な抗腫瘍応答は観察されなかった。比較すると、ILx(EQ)BBζ+ Tcm産物の注入は、0.1×10 CAR T細胞のような少数の処置を含む、全ての用量レベルで大部分のマウスにおいて完全な腫瘍退縮を媒介した。これらのデータは、IL13(EQ)BBζ+ Tcmが、抗腫瘍効力においてIL13−ゼータカインCD8+ CTLクローンより少なくとも10倍強力であることを実証する。改善された抗腫瘍効果は、腫瘍微小環境における改善されたT細胞持続性によるものである。i.c.注入の7日後のCD3+ T細胞の評価は、腫瘍微小環境において有意な数のIL13(EQ)BBζ+ Tcmを示したが、第1世代のIL13−ゼータCTLはほとんど存在しなかった(図11)。
実施例9: 大きなTS開始PBT腫瘍の治療のためのCAR T細胞送達経路の比較
以下は、侵襲性原発性PBT系統に対する抗腫瘍活性について、静脈内(i.v.)又は頭蓋内(i.c.)の送達経路を比較する試験である。パイロット研究(データ示さず)では、予想外にi.v. PBT030−2 EGFP:ffLuc腫瘍の処置のためのPBSと比較して、IL13(EQ)BBζ+ Tcm投与の治療効果は得られなかった。これは、i.c.投与したCAR+ T細胞で観察された頑強な治療効力とは対照的である。PBT030−2腫瘍の5日目が、末梢から治療用T細胞を補充するには小さすぎる可能性があると推論すると、より大きい19日目のPBT030−2 EGFP:ffLuc腫瘍に対するi.v.対(versus)i.c.送達から構成される比較をした。これらの研究のために、PBT030−2移植マウスを、IL13(EQ)BBZ+ Tcm、又はモックTcm(CARなし)の2つのi.v.注入(5×10CAR+ Tcm;19日目及び26日目)又は4回のi.c.注入(infusion)(1×10CAR+ Tcm;19、22、26及び29日目)で処置した。ここでも、i.v.投与されたCAR+ T細胞に対するXenogenイメージング又はKaplan−Meier生存分析によってモニターされる治療上の利点はない(図12A及び12B)。対照的に、強力な抗腫瘍活性が、i.c.投与したIL13(EQ)BBζ+ Tcmの場合に観察された(図12A〜B)。次に、T細胞注射の7日後のマウスコホート(cohort)から脳を採取し、IHCによってCD3 +ヒトT細胞について評価した。驚くべきことに、モックTcm又はIL13(EQ)BBζTcmのいずれかで、i.v.処理したマウスの場合、腫瘍又はヒトT細胞が典型的に存在するマウス脳領域(すなわち、軟髄膜)において検出可能なCD3+ヒトT細胞は存在しなかった(図12C)、腫瘍親和性(tropism)の欠損を示唆する。これは、i.c.処理したマウスで検出された有意な数のT細胞とは対照的である(図12D)。
腫瘍由来サイトカイン、特にMCP−1/CCL2は、腫瘍へのT細胞の補充に重要である。したがって、PBT030−2腫瘍細胞を評価したところ、この系統は、これまでにi.c.移植された腫瘍にi.v.投与されたエフェクターCD8+ T細胞を誘引することが示された神経膠腫系統、U251T細胞に匹敵する高レベルのMCP−1/CCL2を産生することが分かった(データは示していない)。悪性神経膠腫は、高度に浸潤性の腫瘍であり、しばしば提示において多焦点である。上記の研究は、IL13BBZ TCMが浸潤したPBT030−2などの腫瘍を排除し、長期耐久性抗腫瘍活性を媒介することができることを立証している。多巣性疾患へのトラフィックへの頭蓋内送達CAR T細胞の能力もまた調べた。この研究のために、PBT030−2 EGFP:左半球及び右半球の両方にffLuc TSを移植し(図13A)、CAR+ T細胞を右の腫瘍部位にのみ注射した。我々は、評価された全てのマウス(n=3)について、注射部位(すなわち右腫瘍)及び左半球の腫瘍内の両方においてT細胞注入後7日目のCD3 IHCによってT細胞を検出した(図13B)。これらの知見は、CAR+ T細胞が離れた部位で腫瘍病巣に入り込んで(traffic)且つ、浸潤することができるというエビデンスを提供する。U251T神経膠腫細胞系を用いた第2の腫瘍モデルにおいても同様の所見が観察された(データ示さず)。
実施例10: 共刺激ドメインの比較
種々の共刺激ドメインを評価するために一連の研究を行った。評価した種々のCARを図14Aに模式的に示し、共刺激ドメインを欠く第一世代のCD3ζCAR、4−1BB共刺激ドメイン又はCD28共刺激ドメインのいずれかを組み込んだ第二世代のCAR2つ、及びCD28共刺激ドメイン及び41BB共刺激ドメインを両方含有する第3世代のCARを含んだ。全てのCAR構築物はまた、形質導入細胞のマーカーとして、T2Aリボソームスキップ配列及び短縮型CD19(CD19t)配列を含む。
CD4及びCD8 TCMをレンチウイルスで形質導入し、CAR発現T細胞を抗CD19を介して免疫学的に富化した(enriched)。フローサイトメトリーで測定したCD19及びIL13(すなわち、CAR)発現レベル。結果を図14Bに示す。各CAR構築物の安定性は、CAR(IL13)平均蛍光強度(MFI)を形質導入マーカー(CD19t)のそれで割ることによって決定した(図14C)。4−1BB共刺激ドメインを含む2つのCARは、CD19t形質導入マーカーと比較して最も低い発現レベルを示した。
IL13Rα2発現PBT030−2腫瘍細胞標的を死滅させる指示されたモック形質導入又はCAR発現T細胞の能力を、指示されたエフェクター:標的比で、4時間51Cr放出アッセイで決定した。この研究の結果を図15Aに示す(3重(triplicate)ウェルの平均クロム放出%±S.D.が示されている)。予想通り、モック形質導入T細胞は標的を効率的に溶解しなかった。対照的に、全てのCAR発現T細胞は同様の様式で腫瘍細胞を溶解した。図15Bは、示されたモック形質導入又はCAR発現T細胞を、IL13Rα2発現PBT030−2腫瘍細胞と10:1の比で一晩共培養し、上清をサイトメトリービーズアレイによるIL−13及びIFN−γレベルについて分析した研究の結果を示す。興味深いことに、ζ、41BB−ζ又はCD28−41BB−ζCARを発現するT細胞は、CD28−ζCARを発現するT細胞よりも低い抗原刺激性サイトカイン産生を示した。
種々のCARのin vivo有効性を以下のように試験した。簡潔に述べると、NSGマウスは、0日目にffLuc+ PBT030−2腫瘍細胞の頭蓋内注射を受け、8日目にPBS(腫瘍のみ)、模擬形質導入T細胞又は指定されたIL13Rα2特異的CARを発現するT細胞のいずれかでi.c.処置した6群に(6〜10匹マウス/群)にランダム化した。次いで、定量的生物発光イメージングを行って、時間の経過とともに腫瘍増殖をモニターした。各群における代表的なマウスの生物発光像(図16A)。27日目の各マウスについてのフラックスレベル(図16B)。CD28−CARを発現するT細胞で処置したものを除いて、IL13Rα2特異的CAR T細胞で処置した全ての群は、モック形質導入T細胞で処置したマウスと比較して、統計的に有意な腫瘍体積の減少を示す(図16C)。
実施例11:IL13(EQ)BBζ/CD19tのアミノ酸配列
IL13(EQ)BBζ/ CD19tの完全アミノ酸配列を図17に示す。全配列(配列番号1)は、:
22アミノ酸のGMCSFシグナルペプチド(配列番号2)、112アミノ酸のIL−13配列(配列番号3;太字で示すアミノ酸置換E13Y);
229アミノ酸のIgG4配列(配列番号4;太字のアミノ酸置換L235E及びN297Qを有する);
22アミノ酸のCD4膜貫通配列(配列番号5);
42アミノ酸4−1BB配列(配列番号6);
3アミノ酸のGlyリンカー;
112アミノ酸のCD3ζ配列(配列番号7);
24アミノ酸T2A配列(配列番号8);及び
323アミノ酸のCD19t配列(配列番号9);
を含む。
成熟キメラ抗原レセプター配列(配列番号10)は、:
112アミノ酸のIL−13配列(配列番号3;太字で示すアミノ酸置換E13Y);
229アミノ酸のIgG4配列(配列番号4;太字のアミノ酸置換L235E及びN297Qを有する);
22アミノ酸のCD4配列(配列番号5);
42アミノ酸4−1BB配列(配列番号6);
3アミノ酸のGlyリンカー;及び
112アミノ酸のCD3ζ配列(配列番号7);
を含む。このCAR配列(配列番号10)内には、IL−13/IgG4/CD4t/41−BB配列(配列番号11)が含まれ、これには:
112アミノ酸のIL−13配列(配列番号3;太字で示すアミノ酸置換E13Y);
229アミノ酸のIgG4配列(配列番号4;太字のアミノ酸置換L235E及びN297Qを有する)
22アミノ酸のCD4配列(配列番号5);及び
42アミノ酸の4−1BB配列(配列番号6);
を含む。IL13/IgG4/CD4t/4−1BB配列(配列番号11)は、Gly Gly Glyリンカーなどのリンカーによって、112アミノ酸のCD3ζ配列(配列番号7)に連結することができる。CAR配列(配列番号10)の前に22アミノ酸のGMCSFシグナルペプチド(配列番号2)を配置することができる。
図18は、IL13(EQ)41BBζ[IL13(EQ)41BBζT2A−CD19t_epHIV7;pF02630](配列番号12)及びCD19Rop_epHIV7(pJ01683)(配列番号13)の配列の比較を示す。
実施例12: IL13(EQ)BBζ/CD19tのアミノ酸配列
図19〜26は、IL13Rα2に対して指向された追加のCARのアミノ酸配列を示し、特定の細胞内ドメインの間に位置するGlyGlyGlyスペーサーを除いて、様々なドメインが標識される。それぞれには、ヒトIL13及びTyrを含むGlu(配列番号3;強調されたアミノ酸置換E13Y)が含まれる。これらのCARを発現するために使用される発現ベクターにおいて、発現されるアミノ酸配列は、
24アミノ酸T2A配列(配列番号8);及び
323アミノ酸のCD19t配列(配列番号9)、
を含み得、CAR発現細胞の表面上の切断された(truncated)CD19配列の協調的発現を可能にする。
ヒトIL13(E13Y)ドメイン、CD28tmドメイン、CD28gg共刺激ドメイン、4−1BB共刺激ドメイン、及びCD3ζドメインCAR骨格を含み、且つ、HL(22アミノ酸)スペーサー、CD8ヒンジ(48アミノ酸)スペーサー、IgG4−HL−CH3(129アミノ酸)スペーサーか、又はIgG4(EQ)(229アミノ酸)スペーサーを含む、CARのパネルを、72時間共培養アッセイにおいて評価されるように、IL−13Ra2特異的死滅を媒介するそれらの能力について試験した。この系においてCAR発現が低いと思われるHL(22個のアミノ酸)を除いて、全てが活性であった。

Claims (28)

  1. キメラ抗原レセプターをコードする核酸分子であって、前記キメラ抗原レセプターが、
    ヒトIL−13又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
    CD4膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD8膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD28膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びCD3ζ膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、から選択される膜貫通ドメインと;
    共刺激ドメインと;及び
    CD3ζシグナル伝達ドメイン又は(of)1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
    を含む、核酸分子。
  2. 前記共刺激ドメインが、CD28共刺激ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、4IBB共刺激ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びOX40共刺激ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体からなる群から選択される、請求項1に記載の核酸分子。
  3. IL13Rα2対(versus)IL13Rα1の結合特異性を増加させる1〜10個のアミノ酸改変を有するヒトIL13の変異体を含む、 請求項1に記載の核酸分子。
  4. 前記ヒトIL−13又はその変異体が、1〜5個のアミノ酸改変を有する配列番号3のアミノ酸配列を含むIL−13変異体であり、ただし、配列番号3の11位におけるアミノ酸がE以外である、請求項1に記載の核酸分子。
  5. 前記キメラ抗原レセプターが、CD28共刺激ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、4IBB共刺激ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びOX40共刺激ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、からなる群から選択される2つの異なる共刺激ドメインを含む、請求項2に記載の核酸分子。
  6. 前記キメラ抗原レセプターが、CD28共刺激ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、4IBB共刺激ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びOX40共刺激ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、からなる群から選択される2つの異なる共刺激ドメインを含む、請求項5に記載の核酸分子。
  7. 前記キメラ抗原レセプターが、
    ヒトIL−13又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
    CD4膜貫通ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD8膜貫通ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD28膜貫通ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びCD3ζ膜貫通ドメイン又は1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体、から選択される膜貫通ドメインと;
    共刺激ドメインと;及び
    CD3ζシグナル伝達ドメイン又は(of)1〜2個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
    を含む、請求項1に記載の核酸分子。
  8. 前記IL−13又はその変異体と前記膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサー領域を含む、請求項1に記載の核酸分子。
  9. 前記スペーサー領域が、配列番号4,14〜20,50及び521からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の核酸分子。
  10. 前記スペーサーがIgGヒンジ領域を含む、請求項6に記載の核酸分子。
  11. 前記スペーサーが10〜150のアミノ酸を含む、請求項6に記載の核酸分子。
  12. 前記4−1BBシグナル伝達ドメインが、配列番号6のアミノ酸配列を含む、請求項2に記載の核酸分子。
  13. 前記CD3ζシグナル伝達ドメインが、配列番号7のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の核酸分子。
  14. 3〜15個のアミノ酸のリンカーが前記共刺激ドメインと前記CD3ζシグナル伝達ドメイン又はその変異体との間に位置する、請求項1に記載の核酸分子。
  15. 当該核酸分子が、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを発現する、請求項1に記載の核酸分子。
  16. 前記キメラ抗原レセプターが、配列番号11のアミノ酸を含むIL−13/IgG4/CD4t/41−BB領域、及び配列番号7のアミノ酸を含むCD3ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項1に記載の核酸分子。
  17. 前記キメラ抗原レセプターが、配列番号10,31〜48及び52のアミノ酸配列を含む、請求項14に記載の核酸分子。
  18. キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むベクターによって形質導入されたヒトT細胞の集団であって、キメラ抗原レセプターが、
    ヒトIL−13又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
    CD4膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD8膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、CD28膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、及びCD3ζ膜貫通ドメイン又は1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体、から選択される膜貫通ドメインと;
    共刺激ドメインと;及び
    CD3ζシグナル伝達ドメイン又は(of)1〜10個のアミノ酸改変を有するその変異体と;
    を含む、集団。
  19. 配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含むキメラ抗原レセプターを発現するベクターを含む、T細胞の集団。
  20. 請求項16に記載のT細胞の集団であって、前記T細胞が、セントラルメモリーT細胞の集団に含まれる、集団。
  21. 患者の癌を治療する方法であって、
    キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むベクターによって形質導入された自己又は同種異系のヒトT細胞の集団を投与することを含み、
    キメラ抗原レセプターが配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
  22. ヒトT細胞の前記集団が、セントラルメモリーT細胞を含む、請求項19に記載の方法。
  23. 前記癌がグリア芽細胞腫である、請求項19に記載の方法。
  24. 前記形質導入されたヒトT細胞が、
    患者からT細胞を得るステップと、前記T細胞を処理してセントラルメモリーT細胞を単離するステップと、及び
    前記セントラルメモリー細胞の少なくとも一部分をT細胞に変換するステップと、
    を含む方法によって、キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むウイルスベクターにより(to with)調製され、
    キメラ抗原レセプターは、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
  25. 配列番号10及び配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子。
  26. 5個以下のアミノ酸置換、欠失又は挿入の存在を除き、配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と同一である、アミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子。
  27. 5個以下のアミノ酸置換の存在を除き、配列番号10及び配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と同一である、アミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子。
  28. 2個以下のアミノ酸置換の存在を除き、配列番号10及び配列番号10,31〜48及び52から選択されるアミノ酸配列と同一である、アミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子。

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