JP7391831B2 - Car t細胞標的を発現する腫瘍溶解性ウイルス、及びその使用 - Google Patents

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Description

[0001] がんは、米国における死因の第2位を占める。近年、免疫チェックポイント阻害剤、キメラ抗原レセプターを備えるT細胞(CAR T細胞)、及び腫瘍溶解性ウイルスを含む、がん免疫療法が大きく進展した。腫瘍溶解性ウイルスは、健康な細胞を損傷せずに、がん細胞に感染し、そのがん細胞中で複製し、最終的にはそのがん細胞を死滅させる、天然由来の、又は遺伝子改変された、ウイルスである。
[0002] 腫瘍溶解性ウイルスは、健康な細胞を損傷せずに、がん細胞に感染し、そのがん細胞中で複製し、最終的にはそのがん細胞を死滅させる、天然由来の、又は遺伝子改変された、ウイルスである(非特許文献1,2)。メラノーマが切除不能なIIIB期、IIIC期、又はIV期の患者436人を対象とした、腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルスT-VECの、最近完了した第III相臨床試験では、主要な評価項目が満たされ、T-VECを投与された患者で持続的な効果が認められたのは、16.3%であったのに対し、GM-CSFを投与された患者では2.1%であったこと、が報告された(非特許文献3)。本臨床試験の結果に基づき、FDAは2015年10月27日にT-VECを承認した。
[0003] アデノウイルス、単純ヘルペスウイルス1、ニューカッスル病ウイルス、レオウイルス、麻疹ウイルス、コクサッキーウイルス、セネカバレーウイルス、ワクシニアウイルス等、少なくとも8つの異なる種由来の腫瘍溶解性ウイルス構築物が、臨床試験の様々な段階で試験されている。腫瘍溶解性ウイルスは、がん患者では忍容性が良好であることが、明らかである。しかしながら、単独治療としての腫瘍溶解性ウイルスの臨床的利益は、限られている(非特許文献5)。腫瘍溶解性ウイルスの安全性に関する懸念により、前臨床試験、及び臨床試験で共に用いられてきたのは、(天然で無毒であるか、又は遺伝子工学により弱毒化されているかのいずれかの)高度に弱毒化された腫瘍溶解性ウイルスのみである。現在では、腫瘍溶解性ウイルスの安全性が十分に確立されたため、抗腫瘍効果を最大に発揮しうる腫瘍溶解性ウイルスを設計し、試験することができるようになった。強力な腫瘍崩壊効果を発揮する、腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍抗原を多量に放出することで、強力な免疫療法効果をもたらす。
[0004] ポックスウイルスファミリーの原型であるワクシニアウイルスは、天然痘ワクチンとして用いられ、19及び20世紀だけで5億人が死亡したと推定される天然痘を、根絶した。すなわち、紛れもなく、最も成功した、生きた生物製剤である。ワクシニアウイルスの安全性は、世界中の何百万人もの人々で、十分に実証された。ワクシニアウイルスはまた、実験室でウイルス性腫瘍溶解が示された、最初の腫瘍溶解性ウイルスである。腫瘍溶解性ウイルスとしてのワクシニアウイルスは、多くの臨床試験で検証されており、末期がん患者での忍容性が良好であることが示されてきた(非特許文献2)。いくつかの研究では、腫瘍溶解活性に関して、ワクシニアウイルスはアデノウイルスより優れていることが示された(非特許文献6)が、当該アデノウイルスは、最もよく研究されてきた腫瘍溶解性ウイルス種の1つであり、中国で、がん治療に承認された、最初の腫瘍溶解性ウイルスである(非特許文献7)。ワクシニアウイルスの他、アライグマポックスウイルス(raccoonpox virus)(非特許文献8)、羊痘ウイルス(orf virus)(非特許文献9)、粘液腫ウイルス(myxoma virus)(非特許文献10)等の、ポックスウイルスファミリーの他のウイルスもまた、腫瘍溶解性ウイルスとして、検証された。
Chen NG & Szalay AA (2011)Oncolytic virotherapy of cancer. Cancer Managment in Man: Chemotherapy,Biological Therapy, Hyperthermia and Supporting Measures, Cancer Growth andProgression, ed Minev BR (Springer, New York), Vol 13, pp 295-316. Chen NG & Szalay AA (2010)Oncolytic vaccinia virus: a theranostic agent for cancer. Future Virol.5(6):763-784. Andtbacka RH, et al. (2015)Talimogene Laherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients WithAdvanced Melanoma. J Clin Oncol 33(25):2780-2788. Anonymous (2015) First OncolyticViral Therapy for Melanoma. Cancer discovery. Russell SJ, Peng KW, & Bell JC(2012) Oncolytic virotherapy. Nat Biotechnol 30(7):658-670. Thorne SH, et al. (2007) Rationalstrain selection and engineering creates a broad-spectrum, systemicallyeffective oncolytic poxvirus, JX-963. J Clin Invest 117(l l):3350-3358. Yu W & Fang H (2007) Clinicaltrials with oncolytic adenovirus in China. Curr Cancer Drug Targets 7(2):141-148. Evgin L, et al. (2010) PotentOncolytic Activity of Raccoonpox Virus in the Absence of Natural Pathogenicity.Mol Ther. Rintoul JL, et al. (2012) ORFV: anovel oncolytic and immune stimulating parapoxvirus therapeutic. Mol Ther20(6): 1148-1157. Chan WM & McFadden G (2014)Oncolytic Poxviruses. Annu Rev Virol 1(1): 119-141.
[0005] 本明細書の記載は、配列番号1、又は配列番号2と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%、98%)の配列同一性がある(又は、TK遺伝子の欠損により改変された、配列番号1、又は配列番号2と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%、98%)の配列同一性がある)ヌクレオチド配列、及びさらに、ヒトCD19、又はその部分をコードするヌクレオチド配列、を含む、組換えキメラポックスウイルス、に関する。当該組換えポックスウイルスは腫瘍溶解性であり、特定のがん細胞に感染することができ、かつ、当該細胞を殺傷することができる。また、感染細胞に、細胞表面CD19(又は、細胞表面に発現されることができる、CD19の部分)を発現させることもできる。CD19が発現すると、CD19を標的とするCAR T細胞(CD19 CAR T細胞)による殺傷に対して細胞が脆弱になる。すなわち、組換えキメラポックスウイルス、又はCD19の全体、又は部分をコードする導入遺伝子を含む、他の腫瘍溶解性ウイルス(まとめて「CD19を発現する腫瘍溶解性ウイルス」)を、CD19 CAR T細胞とともに、又は連続して、投与することにより、様々ながんを治療することができる。場合によっては、CD19を発現する腫瘍溶解性ウイルスで最初に処置した後、細胞が感染し、CD19を発現できるようになるまで時間が経過した後(例えば、1、2、3、4、5日以上)、CD19 CAR T細胞で処置するのが、好ましい。一方、又は両方の処置を繰り返すことができる。
[0006] 一態様では、導入遺伝子、例えば、ヒトCD19(UniProt ID P15391)の全体、又は部分をコードする、発現カセット中の導入遺伝子を含む、組換え腫瘍性ウイルスが提供される。CD19の発現部分とは、細胞表面に発現されることができ、かつ、抗CD19抗体によって認識されうる部分をいう。
[0007] 他の態様では、治療が必要な被験体のがんを処置する方法であって、本明細書に記載のキメラポックスウイルスを、及び、同時に、又はその後、CD19を標的とするCARを発現するT細胞を、治療有効量で、被験体に投与する工程を含み、当該被験体のがんを処置する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、がんは、例えば、B細胞がん、ALL、CLL、又はB-NHL、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、又はマントル細胞リンパ腫である。
[0008] 一態様では、配列番号1、又は配列番号2と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)牛痘ウイルス(cowpox virus)Brighton株、アライグマポックスウイルス(raccoonpox virus)Herman株、ウサギポックスウイルス(rabbitpox virus)Utrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、ワクシニアウイルスAS株、羊痘ウイルス(orf virus)NZ2株、及び偽牛痘ウイルス(pseudocowpox virus)TJS株からなる群から選択される、少なくとも2つのポックスウイルス株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;又は(iii)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0009] 他の態様では、配列番号1と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;又は(iii)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0010] 他の態様では、配列番号2と、少なくとも70%の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;又は(iii)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0011] 他の態様では、配列番号3と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;又は(iii)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0012] 一態様では、配列番号1、又は配列番号2と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、ワクシニアウイルスAS株、羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株からなる群から選択される、少なくとも2つのポックスウイルス株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;(iii)1又はそれ以上の核酸結合配列;又は(iv)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0013] 他の態様では、配列番号1と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、ワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;(iii)1又はそれ以上の核酸結合配列;又は(iv)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0014] 他の態様では、配列番号2と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;(iii)1又はそれ以上の核酸結合配列;又は(iv)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0015] 他の態様では、配列番号3と、少なくとも70%(80%、85%、90%、95%又は98%)の配列同一性があるヌクレオチド配列としては:(i)牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、ワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片;(ii)1又はそれ以上の抗がん核酸配列;(iii)1又はそれ以上の核酸結合配列;又は(iv)検出可能な部分をコードする核酸配列があげられる。
[0016] キメラオルソポックスウイルス分離株#33(配列番号1)及び#17は、各々親の野生型ウイルス株、及び対照ウイルスGLV-1h68、及びOncoVEX GFPと比較して、優れたがん細胞殺傷能があることを示すグラフである。 [0017] キメラパラポックスウイルス分離株#189(配列番号2)は、親の野生型ウイルス株、及び対照ウイルスGLV-1h68、及びOncoVEX GFPと比較して、優れたがん細胞殺傷能があることを示すグラフである。 [0018] キメラオルソポックスウイルス分離株#17及び#33(配列番号1)は、各々親の野生型ウイルス株、及び対照ウイルスGLV-1h68、及びOncoVEX GFPと比較して、膵臓がん細胞株において強力ながん細胞殺傷能があることを示すグラフである。 [0019] キメラパラポックスウイルス分離株#189(配列番号2)は、親の野生型ウイルス株、及び対照ウイルスGLV-1h68、及びOncoVEX GFPと比較して、膵臓がん細胞株において強力ながん細胞殺傷能があることを示すグラフである。 [0020] キメラウイルス分離株#33(配列番号1)、及び#189(配列番号2)は、胃がん細胞株において優れた細胞殺傷能を示す。がん細胞に、各ウイルスを、MOIを0.01、0.1、及び1.0で感染させた。感染96時間後の細胞生存率を、胃細胞株MKN-45(A)、OCUM-2M(B)、KATO-3(C)のMOIに対してプロットしたグラフである。 [0021] フローサイトメトリーで測定した、MDA-MB-468の親株、及びCD19t株の、CD19発現を示すグラフである。 [0022] 本明細書に記載の実験で用いられる、CD19 CARの模式図である。 [0023] CD19 CARの存在を示す、切断型EGFR発現を、フローサイトメトリーにより測定したグラフである。 [0024] MDA-MB-468腫瘍と、Mock、又はCD19 CAR T細胞のいずれか、及び、33-CD19tウイルスの共培養物を染色し、フローサイトメトリーにより分析して、標的細胞上のCD19t発現を決定した図である。上段:CD19 CART細胞の処置なし。下段:CD19 CAR T細胞による処置あり。 [0025] 33-CD19tウイルスを用いた48時間の長期殺傷実験で採取した上清から、IL‐2(下)とIFN‐γ(上)のT細胞産生を酵素免疫測定法(ELISA)で検出したグラフである。 [0026] ウイルス処理から24、48、及び72時間後の、MockとCAR T細胞を比較した、腫瘍殺傷アッセイの細胞培養画像(10x)である。 [0027] MDA-MB-468細胞の長期殺傷アッセイ:Mock、又はCD19 CAR T細胞、及び33-CD19tウイルスを細胞に曝露から、(A)24時間後、(B)48時間後、(C)72時間後で、培養物を分析し、ウイルス対照(左)と比較した、CD19t発現、及び腫瘍殺傷率%を測定した結果を示すグラフである。 [0001] 腫瘍溶解性ウイルスは、CD19tを効果的に固形腫瘍に送達し、in vitroでCD19-CAR T細胞を活性化しことを示す図である。(A)ワクシニア腫瘍溶解性ウイルス[CF33(SE)hCD19t]の模式図であり、J2R遺伝子座に挿入され、チミジンキナーゼ遺伝子と置換された、合成初期プロモーター(PSE)の制御下における、切断型ヒトCD19(CD19t)の取り込みを示す。(B)MDA-MB-468細胞を、OV19tを、MOIを0.025(左)、及び1(中央)で、24時間感染させた細胞、又はレンチウイルスを形質導入してCD19tを安定発現させた細胞(右)の免疫蛍光顕微鏡の写真である。画像の倍率は10x、挿入画像の倍率は40xである。(C)MOIが上昇する、OV19t感染24時間後にフローサイトメトリーで測定した、MDA-MB-468腫瘍細胞上のCD 19tの細胞表面発現、及びワクシニアウイルスの細胞内発現を示すFACSプロットを示す図である。(D)MDA-MB-468腫瘍細胞と、MOIが示されたOV19tで共培養24時間、48時間、及び72時間後の、CD19t(左)、ワクシニア(中央)、及び生存率(右)の定量を行った実験結果を示すグラフである。(E)腫瘍細胞との共培養24時間後、エフェクター:腫瘍(E:T)の比を1:2で、かつOV19tの示したMOIでの処理の有無により、Mock(非形質導入)、又はCD19-CAR T細胞上で発現した、CD25(左)及びCD137(右)を定量した、実験結果を示すグラフである。 [0002] OV19t腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍細胞における、CD19tの発現を促進することができ、in vitroでのCD19-CAR T細胞の活性化、及び細胞傷害性を再志向することを示すグラフである。(A)MDA-MB-468腫瘍細胞との共培養16時間後、E:T比1:1、かつOV19tの示したMOIでの処理の有無により、CD8CART細胞における、細胞表面CD107a(左)、及び細胞内IFNy発現(右)について、代表的なフローサイトメトリー分析を行ったグラフである。(B)OV19tの示したMOIでの処理の有無により、共培養24、48、72時間後に採取した上清中のIFNy産生をELISAで測定したグラフである。(C)OV19tの示したMOIで処理された、MDA-MB-468腫瘍細胞との共培養24、48、又は72時間後に、Mock、又はCD19-CAR T細胞を比較する、フローサイトメトリーによって評価した腫瘍殺傷アッセイの結果を示すグラフである。(D)(C)に記載の殺傷アッセイにおける腫瘍細胞上のCD19t発現を示すグラフである。(E)OV19tの示したMOIで処理された、腫瘍細胞とT細胞との共培養から採取した上清のウイルス力価を示すグラフである。 [0003] TNBC異種移植モデルにおける、OV19tとCD19-CAR T細胞の併用療法の抗腫瘍効果を示す図である。(A)マウスに皮下MDAMB-468腫瘍(5×10細胞)を生着させ、マウス当たり0、10、10、又は10プラーク形成単位(pfu)で腫瘍内処理し、処理後3日目(左)、7日目(中央)、又は10日目(右)に、採取して、フローサイトメトリーにより、CD19t発現の定量を行った。(+)は、上記のとおり、レンチウイルスで形質導入された、CD19tを安定発現した、MDA-MB-468腫瘍を示す。(B)試験0日目に、MDA-MB-468(5x10細胞)の皮下腫瘍があるNSGマウスを、36日目にOV19t(10pfu)で処理し、46日目に、当該マウスを、Mock、又はCD19-CAR T細胞(5x10細胞)のいずれかで処理した場合の、腫瘍体積(mm)を示すグラフである。(C)(B)に記載の、in vivo実験の73日目における平均腫瘍体積を示すグラフである。(D)難治性固形腫瘍へのCAR標的導入のためのOVを用いる、併用療法の概念を示す模式図である。
[0028] 本明細書は、ヒトCD19の全体、又は部分を発現する組換え腫瘍溶解性ウイルスに関する。当該ウイルスは、腫瘍溶解性、又は他の腫瘍溶解性ウイルスであるキメラポックスウイルス組成物由来である。適当な組換え腫瘍溶解性ウイルスは、2017年8月9日に出願され、参照により本明細書に組み込まれる、PCT/US2017/46163に記載されるように、ヒトCD19、又はその部分をコードする配列を含む、発現カセットを、キメラウイルス、又は他の腫瘍溶解性ウイルスに挿入することにより、作製することができる。
[0029] 用語「組換え」は、例えば、細胞、又は核酸、タンパク質、又はベクターに参照して用いられる場合、細胞、核酸、タンパク質、又はベクターが、異種の核酸、若しくはタンパク質の導入により、又は天然の核酸、若しくはタンパク質の改変により、改変されたか、又は当該細胞がそのように改変された細胞に由来することをいう。
[0030] 用語「ウイルス」又は「ウイルス粒子」は、ウイルス学における、通常の意味に従って用いられ、ウイルスゲノム(例えば、DNA、RNA、一本鎖、二本鎖)、ウイルスカプシド、及び関連タンパク質、を含むビリオン、並びにエンベロープを備えるウイルス(例えば、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス)の場合、脂質、及び場合により宿主細胞膜成分を含むエンベロープ、及び/又はウイルスタンパク質をいう。
[0031] 用語「ポックスウイルス」は、ウイルス学における、通常の意味に従って用いられ、脊椎動物、及び無脊椎動物に感染し、当該宿主の細胞質中で複製することができる、ポックスウイルス科の種をいう。いくつかの実施形態では、ポックスウイルスビリオンは、直径が約200nm、長さが約300nmの大きさで、通常、130~375キロベースの、DNAの単一の線状二本鎖のセグメントにゲノムが存在する。用語ポックスウイルスとしては、ポックスウイルス科のすべての属があげられる(例えば、ベータエントモポックスウイルス(betaentomopoxvirus)、ヤタポックスウイルス(yatapoxvirus)、セルビドポックスウイルス(cervidpoxvirus)、ガンマエントポックスウイルス(gammaentomopoxvirus)、レポリポックスウイルス(leporipoxvirus)、スイポックスウイルス(suipoxvirus)、molluscipoxvirus、crocodylidpoxvirus、アルファエントモポックスウイルス(alphaentomopoxvirus)、カプリポックスウイルス(capripoxvirus)、オルソポックスウイルス、アビポックスウイルス(avipoxvirus)、及びパラポックスウイルス)が、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、当該ポックスウイルスは、オルソポックスウイルス(例えば、天然痘ウイルス、ワクシニアウイルス、牛痘ウイルス、サル痘ウイルス)、パラポックスウイルス(例えば、羊痘ウイルス、偽牛痘ウイルス、ウシ流行性口内炎ウイルス(bovine popular stomatitis virus))、ヤタポックスウイルス(例えば、タナポックスウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス(yaba monkey tumor virus))、又はmolluscipoxvirus(例えば、伝染性軟属腫ウイルス)である。いくつかの実施形態では、当該ポックスウイルスは、オルソポックスウイルス(例えば、牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、又はワクシニアウイルスAS株)である。いくつかの実施形態では、ポックスウイルスはパラポックスウイルス(例えば、羊痘ウイルスNZ2株、又は偽牛痘ウイルスTJS株)である。
[0032] 用語「キメラ」は、キメラポックスウイルスに関連して用いられる場合、ウイルス学における、通常の意味に従って用いられ、2又はそれ以上の異なる微生物(例えば、同一のサブファミリー由来の2つのウイルス、異なるサブファミリー由来の2つのウイルス)に由来する、核酸断片を結合して作製される、ハイブリッド微生物(例えば、キメラポックスウイルス)をいう。いくつかの実施形態では、少なくとも2つの核酸断片は各々、複製に必要な必須遺伝子を含む。その実施形態を含む本明細書で提供されるキメラポックスウイルスは、1又はそれ以上の導入遺伝子(すなわち、ウイルスゲノムが固有に備えるのではない核酸配列)を含んでよい。例えば、その実施形態を含む本明細書で提供されるキメラポックスウイルスとしては、抗がん核酸配列、核酸結合配列、検出可能な部分をコードする核酸配列、又はそれらのいかなる組合せがあげられうる。いくつかの実施形態では、キメラポックスウイルスは、抗がん核酸配列、核酸結合配列、及び検出可能な部分をコードする核酸配列を含む核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラポックスウイルスは、抗がん核酸配列、及び検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラポックスウイルスは、核酸結合配列、及び検出可能な部分をコードする核酸配列を含む核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラポックスウイルスは、抗がん核酸配列、及び核酸結合配列を含む核酸配列を含む。
[0033] 用語「牛痘ウイルスBrighton株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、牛痘ウイルスBrighton株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然の牛痘ウイルスBrighton株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然の牛痘ウイルスBrighton株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは牛痘ウイルスBrighton株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、牛痘ウイルスBrighton株ゲノムと、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。牛痘ウイルスBrighton株は、牛痘ウイルスBrighton株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、牛痘ウイルスBrighton株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。牛痘ウイルスBrighton株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、牛痘ウイルスBrighton株は、ATCC(アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション)参照番号ATCC VR-302(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体、又は相同体をいう。
[0034] 用語「アライグマポックスウイルスHerman株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、アライグマポックスウイルスHerman株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のアライグマポックスウイルスHerman株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のアライグマポックスウイルスHerman株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、アライグマポックスウイルスHerman株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、アライグマポックスウイルスHerman株ゲノムと、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。アライグマポックスウイルスHerman株は、アライグマポックスウイルスHerman株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、アライグマポックスウイルスHerman株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。アライグマポックスウイルスHerman株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、アライグマポックスウイルスHerman株は、ATCC参照番号ATCC VR-838(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0035] 用語「ウサギポックスウイルスUtrecht株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ウサギポックスウイルスUtrecht株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のウサギポックスウイルスUtrecht株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のウサギポックスウイルスUtrecht株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ウサギポックスウイルスUtrecht株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、ウサギポックスウイルスUtrecht株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ウサギポックスウイルスUtrecht株は、ウサギポックスウイルスUtrecht株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ウサギポックスウイルスUtrecht株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ウサギポックスウイルスUtrecht株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ウサギポックスウイルスUtrecht株は、ATCC参照番号ATCC VR-1591(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0036] 用語「ワクシニアウイルスWR株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ワクシニアウイルスWR株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のワクシニアウイルスWR株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のワクシニアウイルスWR株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ワクシニアウイルスWR株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスWR株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ワクシニアウイルスWR株は、ワクシニアウイルスWR株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ワクシニアウイルスWR株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ワクシニアウイルスWR株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスWR株は、ATCC参照番号ATCC VR-1354(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0037] 用語「ワクシニアウイルスIHD株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ワクシニアウイルスIHD株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のワクシニアウイルスIHD株、株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のワクシニアウイルスIHD株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ワクシニアウイルスIHD株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスIHD株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ワクシニアウイルスIHD株は、ワクシニアウイルスIHD株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ワクシニアウイルスIHD株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ワクシニアウイルスIHD株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスIHD株は、ATCC参照番号ATCC VR-156(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0038] 用語「ワクシニアウイルスElstree株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ワクシニアウイルスElstree株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のワクシニアウイルスElstree株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のワクシニアウイルスElstree株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ワクシニアウイルスElstree株と、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスElstree株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ワクシニアウイルスElstree株は、ワクシニアウイルスElstree株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ワクシニアウイルスElstree株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ワクシニアウイルスElstree株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスElstree株は、ATCC参照番号ATCC VR-1549(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0039] 用語「ワクシニアウイルスCL株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ワクシニアウイルスCL株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のワクシニアウイルスCL株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のワクシニアウイルスCL株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ワクシニアウイルスCL株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスCL株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ワクシニアウイルスCL株は、ワクシニアウイルスCL株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ワクシニアウイルスCL株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ワクシニアウイルスCL株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスCL株は、ATCC参照番号ATCC VR-1774(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0040] 用語「ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株は、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスWR株は、ATCC参照番号ATCC VR-118(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0041] 用語「ワクシニアウイルスAS株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、ワクシニアウイルスAS株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然のワクシニアウイルスAS株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然のワクシニアウイルスAS株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、ワクシニアウイルスAS株ゲノムと、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスWR株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。ワクシニアウイルスAS株は、ワクシニアウイルスAS株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、ワクシニアウイルスAS株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。ワクシニアウイルスAS株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスAS株は、ATCC参照番号ATCC VR-2010(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0042] 用語「羊痘ウイルスNZ2株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、羊痘ウイルスNZ2株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然の羊痘ウイルスNZ2株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然の羊痘ウイルスNZ2株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、羊痘ウイルスNZ2株と、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスWR株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。羊痘ウイルスNZ2株は、羊痘ウイルスNZ2株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、羊痘ウイルスNZ2株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。羊痘ウイルスNZ2株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、羊痘ウイルスNZ2株 は、ATCC参照番号ATCC VR-1548(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0043] 「偽牛痘ウイルスTJS株」は、その一般的な通常の意味に従って用いられ、同一、又は類似の名称のウイルス株、並びにその機能的断片、及びその相同体をいう。当該用語は、偽牛痘ウイルスTJS株の活性を(例えば、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%以内)維持する、組換え、又は天然の偽牛痘ウイルスTJS株、又はその変異体を含む。当該用語は、組換え、又は天然の偽牛痘ウイルスTJS株、又はその変異体を包含し、そのゲノムは、偽牛痘ウイルスTJS株と、配列同一性がある(例えば、ワクシニアウイルスWR株と、約65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、又は100%の同一性がある)。偽牛痘ウイルスTJS株は、偽牛痘ウイルスTJS株の活性、発現、細胞標的化、又は感染能を調節する(例えば、偽牛痘ウイルスTJS株と比較すると、増加、又は減少する)突然変異アミノ酸がある変異体をいう。偽牛痘ウイルスTJS株は、本明細書に記載のように改変することができる。いくつかの実施形態では、偽牛痘ウイルスTJS株は、ATCC参照番号ATCC VR-634(商標)によって同定されたウイルス株、その変異体又は相同体をいう。
[0044] いくつかの実施形態では、牛痘ウイルスBrighton株は、牛痘ウイルスBrighton株 ATCC VR-302(商標)である。いくつかの実施形態では、アライグマポックスウイルスHerman株は、アライグマポックスウイルスHerman株 ATCC VR-838(商標)である。いくつかの実施形態では、ウサギポックスウイルスUtrecht株は、ウサギポックスウイルスUtrecht株 ATCC VR-1591(商標)である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスWR株は、ワクシニアウイルスWR株ATCC VR-1354(商標)である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスIHD株は、ワクシニアウイルスIHD株ATCC VR-156(商標)である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスElstree株は、ワクシニアウイルスElstree株ATCC VR-1549(商標)である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスCL株は、ワクシニアウイルスCL株ATCC VR-1774(商標)である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株は、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株 ATCC VR-118(商標)である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスAS株は、ワクシニアウイルスAS株ATCC VR-2010(商標)である。いくつかの実施形態では、羊痘ウイルスNZ2株は、羊痘ウイルスNZ2株ATCC VR-1548(商標)である。いくつかの実施形態では、偽牛痘ウイルスTJS株は、偽牛痘ウイルスTJS株ATCC VR634(商標)である。
I. キメラポックスウイルス組成物
[0045] 一態様では、配列番号1、又は配列番号2と、少なくとも70%(75%、80%、85%、90%、92%、94%、96%、98%、又は99%)の配列同一性があるヌクレオチド配列、及び細胞表面に発現しうる、ヒトCD19、又はその部分、をコードするヌクレオチド配列、を含むキメラポックスウイルスが提供される。いくつかの実施形態では、配列番号1、又は配列番号2と、少なくとも70%同一性がある配列としては、牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、ワクシニアウイルスAS株、羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株を含む群から選択される、少なくとも2つのポックスウイルス株由来のヌクレオチド配列(「核酸断片」)があげられる。
[0046] 本明細書に記載の、キメラ腫瘍溶解性ポックスウイルスは、機能的シグナル伝達ドメインを欠損するが、細胞外ドメイン、及び膜貫通ドメインを含む、切断型ヒトCD19(CD19t)をコードする、導入遺伝子を含む。当該切断型ヒトCD19は、以下のアミノ酸配列である配列番号C:
Figure 0007391831000001

(又は、少なくとも当該配列番号と、95%、97%、98%、又は99%同一の配列)を含む。ある場合には、当該CD19tは、配列番号Cのアミノ酸22~323を含むか、又はからなる。配列番号3のアミノ酸1~21は、シグナル伝達ドメインであり、異なるシグナル伝達ドメインで、置換できる。すなわち、当該腫瘍崩壊ウイルスは、発現制御配列(例えば、初期プロモーター)に作動可能に連結された、切断型ヒトCD19をコードするヌクレオチド配列、を含む配列を含む。
[0047] いくつかの実施形態では、当該核酸断片は、牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株に由来する。
[0048] いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びアライグマポックスウイルスHerman株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びウサギポックスウイルスUtrecht株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びワクシニアウイルスWR株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びワクシニアウイルスIHD株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びワクシニアウイルスElstree株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びワクシニアウイルスCL株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸配列は、牛痘ウイルスBrighton株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0049] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及びワクシニアウイルスWR株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及びワクシニアウイルスIHD株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及びワクシニアウイルスElstree株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及びワクシニアウイルスCL株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及びワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスUtrecht株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0050] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及びワクシニアウイルスIHD株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及びワクシニアウイルスElstree株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及びワクシニアウイルスCL株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及びワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスWR株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0051] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスIHD株、及びワクシニアウイルスElstree株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスIHD株、及びワクシニアウイルスCL株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスIHD株、及びワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスIHD株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスIHD株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスIHD株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0052] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスElstree株、及びワクシニアウイルスCL株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスElstree株、及びワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスElstree株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスElstree株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスElstree株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0053] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスCL株、及びワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスCL株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスCL株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスCL株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0054] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
[0055] いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスAS株、及び羊痘ウイルスNZ2株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスAS株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株由来の核酸断片を含む。
II. CD19を標的とするキメラ抗原受容体(CAR)
[0056] これまで、米国特許第7,446,179号、及びPark et al. 2016 Blood 128:4035を含む、様々なCD19 CARの報告があり、それらに記載されているものを用いることができる。CD19 CARとしては、CD19と結合するscFv、例えば、FMC63(Zola et al. 1991 Immunol Cell Biol 69:411)、又はSJ25C1(Bejcek et al. 1995 Cancer Research 55:2346)をあげることができ、これらはいずれも商業的に利用可能である。
[0057] 本明細書に記載されるのは、CARをコードする核酸分子であって、当該CARは、以下の:CD19を標的とするscFv(例えば、以下の配列番号D
Figure 0007391831000002

)、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;CD4膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、CD8膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、CD28膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、CD3ゼータ膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、から選択される膜貫通ドメイン;共刺激ドメイン、例えば、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;又は、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、及び4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;並びに、CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、を含む。
[0058] 様々な実施形態では、共刺激ドメインは、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、OX共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、からなる群から選択される。ある実施形態では、4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、が存在する。いくつかの実施形態では、2つの共刺激ドメイン、例えば、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、及び4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体が存在する。様々な実施形態では、1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸の改変は、置換である。
[0059] いくつかの場合には、共刺激ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインの間、及び/又は2つの共刺激ドメインの間に、1~6のアミノ酸の短い配列(例えば、GG G)が存在する。
[0060] さらなる実施形態では、当該CARは、CD19を標的とするscFv;CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変された、その変異体、4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変された、その変異体、OX共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変された、その変異体、からなる群から選択される2つの異なる共刺激ドメイン;CD28共刺激ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、4-1BB共刺激ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、OX共刺激ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、からなる群から選択される2つの異なる共刺激ドメイン;CD19scFv、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体;CD4膜貫通ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、CD8膜貫通ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、CD28膜貫通ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、CD3ゼータ膜貫通ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体、から選択される膜貫通ドメイン;共刺激ドメイン、例えば、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;又は、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、及び4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;並びに、CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、又は1~2のアミノ酸が改変された、その変異体;CD19scFv、又はその変異体と、膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサー領域(例えば、当該スペーサー領域は、配列番号2~12及び42(表3)からなる群から選択されるアミノ酸配列、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変された、その変異体を含む);IgGヒンジ領域を含む、当該スペーサー;1~150のアミノ酸を含む、当該スペーサー領域;スペーサー不存在;配列番号24のアミノ酸配列を含む、4-1BBシグナル伝達ドメイン、配列番号21のアミノ酸配列を含む、CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、及び当該共刺激ドメインと当該CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、又はその変異体との間に位置する3~15個のアミノ酸のリンカー、を含む。共刺激ドメインが2つの場合の特定の実施形態では、1つは4-1BB共刺激ドメインであり、もう1つはCD28、及びCD28ggから選択される共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、様々な実施形態では、1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸の改変は、置換、例えば、保存的置換である。
[0061] 本明細書の開示はまた、キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むベクターにより、形質導入されたヒトT細胞の集団であって、当該キメラ抗原レセプターが:CD19を標的とするscFv;CD4膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、CD8膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、CD28膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、CD3ゼータ膜貫通ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、から選択される膜貫通ドメイン;共刺激ドメイン、例えば、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;又は、CD28共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、及び4-1BB共刺激ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体;並びに、CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、又は1~5(例えば、1、又は2)のアミノ酸が改変(例えば、置換)された、その変異体、を含む。様々な実施形態では、当該ヒトT細胞の集団は、中心記憶T細胞(TCM細胞)を含み、例えば、ヒトT細胞のうち、少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%が、TCM細胞であるか、又は当該T細胞の集団は、中心記憶T細胞、ナイーブT細胞、及び幹中心記憶細胞(TCM/SCM/N細胞)を含み、例えば、当該T細胞の少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%が、TCM/SCM/N細胞である。いずれの場合も、当該T細胞集団は、CD4+細胞、及びCD8+細胞をともに含む(例えば、CD3+T細胞の少なくとも20%が、CD4+であり、かつ、CD3+T細胞の少なくとも3%が、CD8+であり、かつ、少なくとも70、80、又は90%がCD4+、又はCD8+である;当該CD3+細胞の、少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%が、CD4+であり、当該CD3+細胞の、少なくとも4%、5%、8%、10%、20%が、CD8+細胞である)。
[0062] 本明細書の記載はまた、患者のがんを処置する方法であって、自己、又は同種ヒトT細胞の集団(例えば、中心記憶T細胞(TCM細胞)、又は少なくとも当該細胞の20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%は、中心記憶T細胞、ナイーブT細胞、及び幹中心記憶細胞の組合せ(すなわち、T細胞はTCM/SCM/N細胞)を含む、自己又は同種T細胞)を、投与する工程を含む方法である。いずれの場合も、T細胞の集団は、キメラ抗原レセプターをコードする発現カセットを含むベクターによって形質導入された、CD4+細胞、及びCD8+細胞をともに含む(例えば、CD3+T細胞の少なくとも20%が、CD4+であり、かつ、CD3+T細胞の少なくとも3%が、CD8+であり、かつ、少なくとも70、80、又は90%がCD4+、又はCD8+である;当該CD3+細胞の、少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%が、CD4+であり、当該CD3+細胞の、少なくとも4%、5%、8%、10%、20%が、CD8+細胞である)。
[0063] CD19 CARは、CD19結合ドメイン(例えば、CD19scFv)と膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサー領域を含むことができる。様々な、異なるスペーサーを用いることができる。それらのいくつかとして、ヒトFc領域の少なくとも部分、例えば、ヒトFc領域のヒンジ部分、又はCH3ドメイン、又は、それらの変異体があげられる。以下の表1は、本明細書に記載のCARで用いられうる、様々なスペーサーを提供する。
表1:スペーサーの例
Figure 0007391831000003
[0064] いくつかのスペーサー領域は、免疫グロブリン(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)ヒンジ領域、すなわち、免疫グロブリンのCHIドメインとCH2ドメインとの間にある当該配列、例えば、IgG4 Feヒンジ、又はCD8ヒンジの、全体、又は部分を含む。いくつかのスペーサー領域は、免疫グロブリンのCH3ドメイン及びCH2ドメインをともに、又はCH3ドメインを含む。免疫グロブリン由来の配列は、1又はそれ以上のアミノ酸の改変、例えば、1、2、3、4、又は5の置換、例えば、オフターゲット結合を低下させる置換、を含むことができる。
[0065] 「アミノ酸の改変」とは、タンパク質又はペプチド配列における、アミノ酸の置換、挿入、及び/又は欠失を意味し、「アミノ酸の置換」、又は「置換」とは、親ペプチド、又はタンパク質配列における、特定の位置のアミノ酸を、他のアミノ酸で置換することをいう。置換は、得られるタンパク質中のアミノ酸を、非保存的(すなわち、コドンを、特定の大きさ、又は特性があるアミノ酸のグループに属するアミノ酸から、他のグループに属するアミノ酸に、変化させることにより)に、又は保存的(すなわち、コドンを、特定の大きさ、又は特性があるアミノ酸のグループに属するアミノ酸から、同一グループに属するアミノ酸に、変化させることにより)に、変化させるように行うことができる。そのような保存的な変化では、一般に、結果として生じるタンパク質の構造、及び機能の変化はより少なくなる。以下は、様々なアミノ酸グループ分けの例である:1)非極性R基があるアミノ酸:アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン;2)非荷電の極性R基があるアミノ酸:グリシン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン;3)荷電の極性R基があるアミノ酸(pH6.0で負に荷電):アスパラギン酸、グルタミン酸;(4)塩基性アミノ酸(pH6.0で正に荷電):リジン、アルギニン、ヒスチジン(pH6.0)。他のグループ分けとしては、フェニル基があるアミノ酸:フェニルアラニン、トリプトファン、及びチロシンであってよい。
[0066] 本明細書で考察される、免疫グロブリンにおけるアミノ酸の位置に関する、番号付けは、EUインデックス、又はEU番号付けスキームに従う(本明細書中にその全体が援用される、Kabat et al. 1991 Sequences of
Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., United States Public Health
Service, National Institutes of Health, Bethesda)。当該EUインデックス、又はKabatの文献に記載されるEUインデックス、又はEU番号付けスキームは、EU抗体の番号付けをいう(Edelman et al. 1969 Proc Natl Acad
Sci USA 63:78-85)。
[0067] 様々な膜貫通ドメインを用いることができる。表2には、適当な膜貫通ドメインの例が収録される。スペーサードメインが存在する場合、膜貫通ドメインは、当該スペーサードメインのカルボキシ末端に位置する。
表2: 膜貫通ドメインの例
Figure 0007391831000004
[0068] 本明細書に記載のCARの多くは、1又はそれ以上の(例えば、2つの)共刺激ドメインを含む。当該共刺激ドメインは、膜貫通ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインとの間に位置する。表3には、適当な共刺激ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインの配列が収録される。
表3: CD3ゼータドメインと共刺激ドメインの例
Figure 0007391831000005
がんの腫瘍溶解性免疫療法用の新規で強力なキメラポックスウイルス
[0069] 以下に、組換えウイルスに感染した細胞で、ヒトCD19を発現する、組換えキメラポックスウイルスの調製に用いうる、腫瘍溶解性アンカーである、キメラポックスウイルスを記載する。当該組換えウイルスはがん細胞に感染し、CD19を発現させるからである。当該感染細胞は、CD19指向性のCARにより、標的化されることができる。
[0070] 組換えポックスウイルスを作製するのに用いられる、キメラポックスウイルスでは、異なるウイルス種由来の好ましい特徴が組み合わせられうるため、個々の野生型ウイルスよりも優れる。オルソポックスウイルスとパラポックスウイルスは抗原的に異なり、本研究で生成された、強力なキメラオルソポックスウイルスと強力なキメラパラポックスウイルスは、同じ治療計画で組み合わせると、最大の治療効果を達成しうる。2017年8月9日に出願された国際特許出願第PCT/US2017/46163号で詳細に説明されるように、分離株#33(配列番号1)、及び#189(配列番号2)を含むキメラポックスウイルスを、キメラオルソポックスウイルス、及びキメラパラポックスウイルスのプールから生成した。分離株#33、及び#189を含む、いくつかのキメラオルソポックスウイルス、及びパラポックスウイルス分離株の殺傷能は、各親野生型ウイルスと比較して、NCI60がん細胞株のパネルでは、優れていた。
[0071] キメラウイルスプールの生成及び各キメラウイルスの単離
牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、CL、Lederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株を、各ウイルスの感染多重度(MOI)を0.01で、CV-1細胞に共感染させて、キメラオルソポックスウイルスのプールを作製した。MDBK細胞を羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株に、MOIを0.1で共感染させて、キメラパラポックスウイルスのプールを作製した。本出願人のパイロット実験では、CV-1細胞は、本実験で用いた全てのオルソポックスウイルスに感受性であり、羊痘ウイルス、及び偽牛痘ウイルスは、ともにMDBK細胞に感染して、プラークを形成することを示す。
[0072] キメラオルソポックスウイルスプールに感染したCV-1細胞、及びキメラパラポックスウイルスプールに感染したMDBK細胞から、100のキメラオルソポックスウイルスプラーク、及び100のキメラパラポックスウイルスプラークを、各々採取した。これらの200のプラークをさらに2回、各細胞でプラーク精製し、クローン精製した個々のキメラウイルス分離株を200株得た。ウイルス分離株♯14-113は、キメラオルソポックスウイルス分離株であり、ウイルス分離株♯114-213は、キメラパラポックスウイルス分離株である。
[0073] NCI-60細胞株におけるハイスループットスクリーニングによる新規の強力なキメラポックスウイルス分離株の同定
キメラオルソポックスウイルス200株、及びキメラパラポックスウイルス200株、並びに親ウイルス株11株、及び対照腫瘍溶解性ウイルス2株(GLV-1h68、及びOncoVEX GFP)の腫瘍細胞殺傷活性を評価し、NCI-60細胞株のパネルで比較した(表4)。GLV-1h68は、最もよく研究されている腫瘍溶解性ワクシニアウイルスの1つであり、現在臨床開発中である。OncoVEX GFPは、腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルス1型であり、かつ、FDAが承認した最初の腫瘍溶解性ウイルスである、T-VECと骨格が同じである。各細胞株を、各ウイルスにMOIを0.01で感染させた。感染96時間後の細胞生存率を、MTSアッセイを用いて、測定した。このハイスループットスクリーニング実験で用いたウイルス量(MOI 0.01)を意図的に低くして、強力な新規ウイルス分離株が目立つように最適化して、接着細胞株(NCI-60パネルの細胞株の大部分は接着細胞である)における細胞殺傷能を比較した。しかしながら、懸濁細胞株で、有意かつ一貫した細胞殺傷能を観察するには、このウイルス量は低すぎた。そこで、6つの白血病細胞株からの結果は、ウイルス比較分析には含めなかった。
[0074] 表4.NCI-60細胞株のカタログ
Figure 0007391831000006

Figure 0007391831000007

Figure 0007391831000008
[0075] 100の新規キメラオルソポックスウイルス分離株のうち、分離株#17(配列番号3)、及び#33(配列番号1)の細胞殺傷能は、NCI-60固形腫瘍細胞株において、親のオルソポックスウイルス株9株、及び対照ウイルス2株よりも、有意に優れていた(図1)。新規パラポックスウイルス分離株100株のうち、分離株#189(配列番号2)の細胞殺傷能は顕著であり、2つの親パラポックスウイルス株、及び対照ウイルスの細胞殺傷能よりも、有意に良好であった(図2)。3つの新規キメラウイルス分離株(#17、#33、#189)はいずれも、MOIが0.01という低値でも、大多数のNCI-60固形がん細胞株で、有意な細胞死を惹起した。一般に、オルソポックスウイルス株、及びキメラオルソポックスウイルス株は、MOIが0.01という低レベルで、パラポックスウイルス株、及びキメラパラポックスウイルス株よりも、がん細胞の殺傷効果が強かった。
[0076] 新規ポックスウイルス分離株#33、及び#189のゲノムDNAを、精製ビリオンから単離し、1000xを上回る範囲で、Illumina Hiseq 2500を用いた次世代シークエンシングを行った。ギャップをPCR増幅し、サンガー配列決定により配列決定した。#33ゲノムの189,415塩基対(bps)を、完全に配列決定し、189のゲノムで、138,203bpsが得られた。GenBankに対する初期BLAST(Intitial BLAST)では、#33、及び#189のゲノム配列がともに、GenBankのどのゲノム配列とも同一ではないことが示された。#33は、オルソポックスウイルス株のうち、ワクシニアウイルス株に最も近い。#189は、親パラポックスウイルスの1つである羊痘ウイルスNZ2株に、極めて近い。羊痘ウイルスNZ2株で同定されたすべてのORFのヌクレオチド配列は、#189のものと同一である。羊痘ウイルスNZ2株と比較すると、#189のゲノムの6755位に1の「G」が挿入されている。逆方向末端反復領域には、1の反復配列エレメントのコピーが欠失し、#189ゲノムに1の他の反復配列エレメントのコピーが挿入されている。全体として、#33及び#189はいずれも、新規で固有なポックスウイルス分離株である。
[0077] 全てのがん細胞株を、RPMI-1640(Mediatech、Manassas、VA)で増殖させた。アフリカミドリザル腎線維芽細胞(CV-1)、及び牛腎上皮細胞(MDBK)をAmerican Type Culture Collection(ATCC; Rockville,MD,USA)から入手し、DMEM(Mediatech,Manassas,VA)で増殖させた。全ての培地に、10%FBS(Mediatech,Manassas,VA)、及び1%ペニシリン-ストレプトマイシン溶液(Mediatech,Manassas,VA)を添加した。細胞を5%CC下、37℃で培養した。
[0078] ウイルス:牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、CL、Lederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株、又は羊痘ウイルスNZ2株、偽牛痘ウイルスTJS株は、ATCCから購入した。すべてのオルソポックスウイルス株は、CV-1細胞で増殖させ、滴定した。パラポックスウイルス株を、MDBK細胞で、増殖させ、滴定した。
[0079] キメラオルソポックスウイルス及びキメラパラポックスウイルスのプールの生成、ならびに個々のクローン性キメラウイルス分離株の分離:牛痘ウイルスBrighton株、アライグマポックスウイルスHerman株、ウサギポックスウイルスUtrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、Elstree株、CL株、Lederle-Chorioallantoic株、及びワクシニアウイルスAS株を、ウイルス当たり0.01の感染多重度(MOI)で、CV-1細胞に共感染させて、キメラオルソポックスウイルスのプールを、生成した。MDBK細胞を、羊痘ウイルスNZ2株、及び偽牛痘ウイルスTJS株にMOIを0.1で共感染させて、キメラパラポックスウイルスのプールを作製した。感染3日後に感染細胞を採取した。初期キメラオルソポックスウイルスプールを、さらに、CV-1細胞で、0.1のMOIで3回、継代し、初期キメラパラポックスウイルスプールを、さらに、MDBK細胞で、0.1のMOIで3回、継代した。3回さらに継代した。100のキメラオルソポックスウイルスプラークを、最終キメラオルソポックスウイルスプールに感染したCV-1細胞から採取し、100のキメラパラポックスウイルスプラークを、最終キメラパラポックスウイルスプールに感染したMDBK細胞から、採取した。当該200のプラークをさらに2回、各細胞でプラーク精製し、クローン精製したキメラウイルス分離株200株を各々得た。
[0080] NCI-60がん細胞株、並びにPANC1、MIA PaCa-2、BxPC3、FG、Capan-2、及びSu.86.86を含む膵がん細胞株のパネルを、滅菌条件下、epMotion5075液体ハンドラー(Eppendorf)を用いて、96穴プレート(固形腫瘍細胞株は、3000細胞/穴、白血病細胞株は、5000細胞/穴)に分注し、5%(v/v)CO下、37℃で一晩インキュベートした。その後、細胞を、MOIを0.01で、キメラオルソポックスウイルス及びキメラパラポックスウイルス分離株200株、並びに親ウイルス11株、及び対照腫瘍溶解性ウイルスGLV-1h68、及びOncoVEX GFP2株に共感染させた。MTSアッセイ(Promega)を用いて、感染96時間後の細胞生存率を測定した。自動化BMG PHERASTAプレートリーダー(BMG Labtech)を用いて、490nmでの吸光度を、測定した。各実験を二重に行った。Mock感染細胞の細胞生存率を100%とした。
[0081] MK -45、OCUM-2M、及びKATO-3の各細胞を、一穴当たり3,000細胞の濃度で96穴プレートに播種し、5%(v/v)CO下、37℃で一晩インキュベートした。細胞を、MOIを0.01、0.1、及び1で、#33、#189、GLV-1h68、及びOncoVEX GFPに感染させた。MTSアッセイを用いて、37℃、5%(v/v)CO下で、細胞生存率を、4日間毎日モニターした。
[0082] WizardゲノムDNA精製キット(Promega)を用いて、精製ビリオンから#33、及び#189のゲノムDNAを抽出し、超音波処理を行って、断片化した。ライブラリーの調製には、KAPA LTPライブラリー調製キットを用いた。配列決定は、Illumina Hiseq 2500を用いて行った。
膵がん細胞株におけるハイスループットスクリーニング
[0083] NCI-60がん細胞株は、8つの異なる臓器由来の固形がんしか含まない(表4参照)。NCI-60がん細胞株から得られた結果が、他の臓器の固形がんで再現されることを検討するため、6種類の膵がん細胞株(BxPC3、FG、MIA PaCa-2、Capan-2、PANC-1、及びSU.86.86)に、NCI-60がん細胞株のハイスループットスクリーニングで用いたウイルスと同じウイルスを、MOIを0.1で、感染させた。MTSアッセイを用いて、感染96時間後の細胞生存率を再度測定した。全てのキメラオルソポックスウイルス分離株のうち、キメラオルソポックスウイルス分離株#17、及び#33の細胞殺傷能が最良であり、全てのキメラパラポックスウイルス分離株のうち、キメラパラポックスウイルス分離株#189の細胞殺傷能が最良であった。表5、図3、及び図4に示すように、それらは、各親ウイルス株、並びに対照ウイルスGLV-1h68、及びOncoVEX GFPの膵臓がん細胞株の殺傷能よりも、すべて良好であった。すなわち、NCI-60がん細胞株で得られた結果の、膵臓がん細胞株のパネルにおける再現性は、極めて良好であった。
表5:膵がん細胞の生存
Figure 0007391831000009
新規キメラオルソポックスウイルス分離株#33及びキメラパラポックスウイルス分離株#189は、胃がん細胞株において強力な細胞殺傷能を呈する
[0084] NCI-60がん細胞株、及び膵がん細胞株パネルのハイスループットスクリーニングの結果に基づき、新たなキメラオルソポックスウイルス分離株#33、及びキメラパラポックスウイルス分離株#189を選択して、さらなる特徴付けに供した。分離株#33、及び#189の腫瘍細胞殺傷活性を、3つの胃がん細胞株でさらに検討した。MKN-45、OCUM-2M、及びKATO-3細胞を、MOIを0.01、0.1、及び1で、#33、#189、GLV-1h68、及びOncoVEX GFPで感染させた。MTSアッセイを用いて、細胞生存率を、4日間毎日モニターした。MKN-45、及びOCUM-2M細胞株は、#33株に対して最も感受性が高く、OncoVEX GFPに対する感受性は中程度であり、GLV-1h68に対する感受性は最も低かった。一方、KATO-3は、0.01の低MOIで、OncoVEX GFPに対して最も感受性が高かったが、#33、#189、及びOncoVEX GFPは、高MOI(0.1、及び1)では、KATO-3細胞を等しく殺傷した。KATO‐3細胞は、GLV-1h68に対して最も感受性が低かった。全体として、#33は、最も効率的に胃がん細胞株を殺傷させた一方で、GLV-1h68の胃がん細胞株の殺傷能は、最低であった(図5A~C)。
[0085] 表6(略語として、IMV:細胞内成熟ウイルス;IEV:細胞内エンベロープウイルス;EEV:細胞外エンベロープウイルス)に示されるように、すべての配列決定がなされたChPVに存在する90個の遺伝子は、公知の機能と共にリストアップされている。遺伝子は、VACV-COPに対応する遺伝子にちなんで命名される。星印*は、2つのEnPVにも存在する遺伝子を示す。表3は、その全体が全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれるGubserら(Gubser, C, Hue, S., Kellam, P., and Smith, G.L.(2004). Poxvirus genomes: a phylogenetic analysis. J Gen Virol 85, 105-117)から編集される。
[0086] 表6.コードポックスウイルスの最小遺伝子相補体(Complement)
Figure 0007391831000010
Figure 0007391831000011
組換えキメラポックスウイルスの構築
外来遺伝子発現カセットを#33キメラポックスウイルスゲノムへ挿入するシャトルベクターの構築
[0087] チミジンキナーゼ(TK)シャトルベクターを構築するために、Q5 High-Fidelity 2X Master Mix(New England Biolabs,Ipswich,MA)、及び以下のプライマー:
Figure 0007391831000012

を用いて、#33ゲノムDNA由来の#33キメラポックスウイルスの7XT遺伝子の左右の隣接配列を、PCRで増幅した。2つの断片を、オーバーラッピング伸長による遺伝子スプライシング法を用いて、連結した。得られた断片をNdel、及びEcoRIで消化し、同一切断型プラスミドpGPTにクローニングして、p33NC-TKを得た。シャトルベクター中のTKの隣接配列を、配列決定により確認した。p33NC-TKは、Sacl、Sail、BamHI、Nhel、及びNotlで分離したTKの左右の隣接配列、並びに一過性優性選択マーカーとしての、ワクシニアウイルス(VACV)初期プロモーターp7.5Eにより駆動される大腸菌グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(gpt)遺伝子を含む。
[0088] F14.5Lシャトルベクターも同様に、構築した。#33キメラポックスウイルスのF14.5L遺伝子の左右の隣接配列を、Q5 High-Fidelity 2X Master Mix(New England Biolabs,Ipswich,MA)、及び以下のプライマー:
Figure 0007391831000013

を用いて、#33ゲノムDNAからPCRで増幅した。2つの断片を、オーバーラッピング伸長による遺伝子スプライシング法を用いて、連結した。得られた断片を、Ndel、及びEcoRIで消化し、同一切断型プラスミドpGPTにクローニングして、p33NC-F14.5Lを得た。シャトルベクター中のF14.5Lの隣接配列を、配列決定により確認した。p33NC-F14.5Lは、Hindll、Sacl、Xhol、BamHI、Nhel、及びNotlで分離したF14.5Lの左右の隣接配列、並びに一過性優性選択マーカーとしての、VACV初期プロモーターp7.5Eにより駆動される大腸菌gpt遺伝子を含む。
CD19tを発現する組換えキメラポックスウイルスは、CD19を標的とするCARの標的を提供する
[0089] 以下の実験では、2つの乳がん細胞株、MDA-MB-468wt(トリプルネガティブ乳がん細胞株)、親株、及びシグナル伝達ドメイン(MDA-MB-468-CD19t)欠損切断型ヒトCD19を発現するように改変されたMDA-MB-468の変異体を、用いた。図6に示すように、MDA-MB-468-CD19tはCD19tを発現する。CD19を標的とするCARを発現するように改変されたT細胞(以下により詳細に記載)も用いた。これらのT細胞によって発現されるCARは、図7に模式的に示されるが、CD19を標的とするscFv、及びIgG4スペーサー、CD28膜貫通ドメイン、CD28共刺激ドメイン、及びCD3ゼータを含む。このCAR、及び切断EGFRをコードする配列を、レンチウイルスベクターに挿入し、この組換えベクターを用いて、PBMCを形質導入した。切断型EGFRは、CARの発現のマーカーとして、用いることができる。図8に示すように、Mock形質転換PBMC、及びCD19 CARを発現する組換えレンチウイルスで形質転換されたPBMCによる、EGFR発現を、切断型EGFRと比較すると、当該形質転換細胞は、導入遺伝子を効果的に発現することが示される。
[0090] キメラポックスウイルス#33を、切断型CD19組換え腫瘍溶解性ウイルス(33-CD19t)を発現するように設計した。CD19を発現しない、MDA-MB-48腫瘍細胞を、異なるMOIで、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19t、及び模擬Mock形質転換T細胞に曝露した。図9の上のパネルに示されるように、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tのレベルが高まると、CD19発現が高まり、細胞数が低下した。図9の下のパネルは、MDA-MB-48腫瘍細胞を、異なるMOIで、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19t、及びCD19標的化CARを発現する、形質転換T細胞に曝露した場合の結果を示す。CD19tを発現するMDA-MB-468細胞の数は、大幅に減少したことが明らかである。
[0091] 図10は、長期殺傷アッセイにおける、IL-2(下段)、及びIFN-γ(上段)のレベルを測定した実験結果を示す。本実験では、MDA-MB-468細胞を、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tのみ;組換え腫瘍溶解性ウイルス33CD19t、及びMock形質転換T細胞;又は、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19t及びCD19標的CARを発現する形質転換T細胞に曝露した。
[0092] 図11は、細胞殺傷アッセイで得られた細胞培養物の一連の画像である。本実験では、MDA-MB-468細胞を、Mock形質転換T細胞、又はCD19標的CARを発現する形質転換T細胞の存在下で、MOI=1の組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tに、曝露した。当該画像の上部は、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tの非存在下で培養されたMDA-MB-468細胞、又はCD19標的CARを発現する形質転換されたT細胞のいずれかである。
[0093] 図12は、MDA-MB-468細胞、又はMMDA-MB-231細胞を、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tのみ(異なるMOIで);組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19t(異なるMOIで)、及びMock形質転換T細胞;又は組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19t(異なるMOIで)、及びCD19標的CARを発現する形質転換T細胞、と共に培養した、長期細胞殺傷アッセイの結果を示す。腫瘍細胞殺傷、及びCD19t発現を測定した。
[0094] 総じて、本実施例の実験から、1)組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tに曝露されたMDA-MB-48細胞におけるCD19t発現は、MOIが増えると、高まる;2)CD19-CAR T細胞の存在下で組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD19tに曝露されたMDA-MB-48細胞のT細胞は、MOIが増えると、IL-2、及びIFN-γの産生レベルが高まる;及び、3)CD19 CAR T細胞は、組換え腫瘍溶解性ウイルス33-CD191に曝露されたMDA-MB-48細胞に効能がある、ことが示された。
CD19tを発現する組換えキメラポックスウイルスを、CD19 CARと併用すると、TNBC異種移植モデルに効果を発揮する
[0095] 図13に示すように、腫瘍溶解性ウイルスは、CD19tを固形腫瘍に効果的に送達し、in vitroでCD19-CAR T細胞を活性化させることができる。図13パネルAは、ワクシニア腫瘍溶解性ウイルス[CF33-(SE)hCD19t]の概略図であり、J2R遺伝子座に、チミジンキナーゼ遺伝子を置換して、挿入された合成初期プロモーター(PSE)の制御下での、切断型ヒトCD19(CD19t)の取り込みを示す。図13パネルBは、OV19tを、MOIを0.025(左)、及びMOIを1(中央)で、24時間感染させたMDAMB-468細胞、又はレンチウイルスを形質導入してCD19tを安定発現させた細胞(右)の、免疫蛍光顕微鏡検査を示す。画像の倍率は10x、挿入画像の倍率は40xである。図13パネルCは、MOIを増加させた、OV19t感染24時間後のフローサイトメトリーで測定した、MDA-MB468腫瘍細胞上のCD19tの細胞表面発現、及びワクシニアウイルスの細胞内発現を示す、FACSプロットのセットである。図13パネルDは、OV19tを、示されたMOIで共培養してから、24、48、及び72時間後の、MDA-MB-468腫瘍細胞のCD19t(左)、ワクシニア(中央)、及び生存率(右)の定量を示す。パネルEは、Mock (非形質導入)、又はCD19-CAR T細胞を、エフェクター:腫瘍(E:T)比率1:2で、OV19tの示したMOIでの処理の有無により、腫瘍細胞と共培養してから24時間後の、CD25(左)、及びCD137(右)発現の定量を示す。
[0096] 図14に示されるように、OV19t腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍細胞におけるCD19tの発現を推進でき、これにより、in vitroにおける、CD19-CAR T細胞の活性化、及び細胞毒性が再志向される。図14パネルAは、E:T比を1:1、OV19tの示したMOIでの処理の有無により、MDA-MB-468腫瘍細胞との共培養16時間後の、CD8+CAR+T細胞における、細胞表面CD107a(左)、及び細胞内IFNy発現(右)を示す、代表的なフローサイトメトリー分析である。図14パネルBは、OV19tの示したMOIでの処理の有無により、共培養24、48、及び72時間後に収集した上清を、ELISAで測定した、IFNy産生を示す。図14パネルCは、Mock、又はCD19-CAR T細胞を、OV19tの示したMOIでの処理の有無により、MDAMB-468腫瘍細胞との共培養24、48、又は72時間後に比較する、フローサイトメトリーによって評価した、腫瘍殺傷アッセイを示す。図14パネルDは、パネルCに記載された殺傷アッセイでの腫瘍細胞上のCD19t発現を示し、パネルDは、OV19tを示したMOIで処理した腫瘍細胞、及びT細胞の共培養で、収集した上清におけるウイルス力価を示す。
[0097] 図15に示すように、OV19tとCD19-CAR T細胞との併用療法は、TNBC異種移植モデルで、効果が示された。図15パネルAは、マウスを皮下MDA-MB-468腫瘍(5×10細胞)で生着させ、1匹当たり0、10、10、又は10プラーク形成単位(pfu)で腫瘍内処理し、処理後3日目(左)、7日目(中央)、又は10日目(右)に回収し、フローサイトメトリーにより、CD19t発現の定量化を行ったことを示す。(+)は、予めレンチウイルスで形質導入してCD191を安定発現させたMDA-MB-468腫瘍を示す。図15パネルBは、0日目に、皮下にMDA-MB468腫瘍(5x10細胞)があるNSGマウスを、36日目に、OV19t(10pfu)で処理した、腫瘍体積(mm)を示す。46日目、マウスを、Mock、又はCD19-CAR T細胞(5x10細胞)のいずれかで処理した。図15パネルCは、パネルBに記載されたin vivo実験における、73日目の平均腫瘍体積を示す。図15パネルDは、難治性固形腫瘍にCAR標的を導入するためにOVを利用する併用療法の概念を示す概略図である。

Claims (14)

  1. 機能的シグナル伝達ドメインが欠損した、切断型ヒトCD19をコードするヌクレオチド配列を含む、組換え腫瘍溶解性ウイルスであって、前記切断型ヒトCD19をコードするヌクレオチド配列が、プロモーターに作動可能に連結され、かつ、ここで、前記組換え腫瘍溶解性ウイルスは、配列番号1又は配列番号2と少なくとも90%同一であるヌクレオチド配列を含むがチミジンキナーゼをコードする配列は欠損している、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  2. 配列番号1又は配列番号2と少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含むがチミジンキナーゼをコードする配列は欠損している、請求項1に記載の、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  3. 配列番号1又は配列番号2と少なくとも98%同一であるヌクレオチド配列を含むがチミジンキナーゼをコードする配列は欠損している、請求項に記載の、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  4. ウイルスがキメラポックスウイルスであり、前記キメラポックスウイルスが、牛痘ウイルス(cowpox virus)Brighton株、アライグマポックスウイルス(raccoonpox virus)Herman株、ウサギポックスウイルス(rabbitpox virus)Utrecht株、ワクシニアウイルスWR株、ワクシニアウイルスIHD株、ワクシニアウイルスElstree株、ワクシニアウイルスCL株、ワクシニアウイルスLederle-Chorioallantoic株、ワクシニアウイルスAS株、羊痘ウイルス(orf virus)NZ2株、及び偽牛痘ウイルス(pseudocowpox virus)TJS株からなる群から選択される、少なくとも2つのポックスウイルス株の、少なくとも100個の連続したヌクレオチドを含む、請求項1に記載の、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  5. プロモーターが、ウイルス初期プロモーターである、請求項1に記載の、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  6. プロモーターがポックスウイルス初期プロモーターである、請求項1に記載の、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  7. 機能的シグナル伝達ドメインが欠損した、切断型ヒトCD19は、以下の:
    MPPPRLLFFLLFLTPMEVRPEEPLVVKVEEGDNAVLQCLKGTSDGPTQQLTWSRESPLKPFLKLSLGLPGLGIHMRPLAIWLFIFNVSQQMGGFYLCQPGPPSEKAWQPGWTVNVEGSGELFRWNVSDLGGLGCGLKNRSSEGPSSPSGKLMSPKLYVWAKDRPEIWEGEPPCVPPRDSLNQSLSQDLTMAPGSTLWLSCGVPPDSVSRGPLSWTHVHPKGPKSLLSLELKDDRPARDMWVMETGLLLPRATAQDAGKYYCHRGNLTMSFHLEITARPVLWHWLLRTGGWKVSAVTLAYLIFCLCSLVGILHLQRALVLRRKR
    で表されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の、組換え腫瘍溶解性ウイルス。
  8. がん患者を治療するための請求項1~7のいずれか一項に記載された組換え腫瘍溶解性ウイルスを含む医薬組成物であって、ここで、同時に、又はその後、ヒトCD19を標的とする、キメラ抗原レセプター(CAR)を発現するT細胞集団を患者に投与するための、医薬組成物。
  9. T細胞集団が、CARをコードするレンチウイルスベクターで形質導入された、T細胞を含む、請求項8に記載の、医薬組成物。
  10. T細胞集団が、CARをコードするRNA分子で形質転換された、T細胞を含む、請求項9に記載の、医薬組成物。
  11. T細胞集団が、組換え腫瘍溶解性ウイルスの投与後、1~20日、投与される、請求項9に記載の、医薬組成物。
  12. T細胞集団が、組換え腫瘍溶解性ウイルスの投与後、5~100日、投与される、請求項9に記載の、医薬組成物。
  13. がんが、固形腫瘍である、請求項8に記載の、医薬組成物。
  14. 固形腫瘍が、卵巣がん、又は膵がんである、請求項13に記載の、医薬組成物。
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