JP2017515887A - タグ付けされたヌクレオチドを製造するための化学的方法 - Google Patents
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Abstract
Description
この出願は、タグ付けされたヌクレオチド組成物、核酸をシークエンシングするための、開示されたタグ付けされたヌクレオチド組成物を調製し及び使用する方法、並びに、特に、ナノポアベースのシークエンシング方法に関する。
この明細書内で言及された全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個々の刊行物、特許又は特許出願が具体的かつ個別に参照により援用されることが示されたのと同程度に参照により援用される。
核酸のシークエンシングは、核酸のヌクレオチド配列を決定するためのプロセスである。そのような配列情報は、対象を診断及び/又は治療することにおいて有用であり得る。例えば、対象の核酸の配列は、遺伝子疾患を特定し、診断し及びそのための治療法を潜在的に開発するために用いることができる。他の例として、病原体の研究は、伝染病の治療につながり得る。幾つかの疾患は、数百万のヌクレオチドの鎖のうち、わずか1つのヌクレオチドの違いによってキャラクタリゼーションされることから、高度に正確なシークエンシングが不可欠である。
本明細書において、結合されたタグを有するヌクレオチド及びヌクレオチドにタグを結合するための方法が提供される。タグは、「クリックケミストリー」のような化学反応により結合することができる。
R1及びR3は、結合して環状部を形成し;及び結合したR1及びR3は、タグを含み、R2は、ヌクレオチドを含み;或いは、結合したR1及びR3は、ヌクレオチドを含み、R2は、タグを含む。幾つかの実施形態において、トリアゾールは、アジド及びアルキン間の反応によって形成される。
(a)膜中のナノポアと接触している電解質溶液中にあり、かつ一部にハイブリダイズしたプライマーを有する一本鎖核酸を、核酸ポリメラーゼと少なくとも4つのタグ付けされたヌクレオチドとに、それが、前記プライマーの3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し、直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記核酸ポリメラーゼにプライマーへのタグ付けされたヌクレオチドの一つの組み込みを触媒させることを許容する条件のもとで、核酸伸長生成物を形成させるために、接触させること、
ただし、前記少なくとも4つのタグ付けされたヌクレオチドの各々は、末端リン酸、アデニン、グアニン、シトシン、チミン若しくはウラシルである塩基、又はそれらそれぞれの誘導体、及びトリアゾール、1,2−ジアジン、ジスルフィド、ヒドラゾン、第2級アミン、チオアセトアミド、又はマレイミド−チオ付加体によってヌクレオチドの末端リン酸に共有結合したタグを有するポリリン酸基を含み、
ただし、(i)各タグ付けされたヌクレオチド中の塩基の種類は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々中の塩基の種類と異なっており、及び(ii)各タグ付けされたヌクレオチドのポリリン酸基中のリン酸の数は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドのポリリン酸基中のリン酸の数と異なっているか、或いは、各タグ付けされたヌクレオチドのポリリン酸基中のリン酸の数は、同じであり、かつ各タグ付けされたヌクレオチド上のタグの種類は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々のタグの種類とは異なっており、
ただし、タグ付けされたヌクレオチドの組み込みは、タグが結合したリン酸の解離をもたらし、
(b)前記膜を通して電圧を印加し、及びナノポアに入っていく、ナノポア中に位置するようになる、及び/又はナノポアを通り抜けて転座する、工程(a)において生成した、タグが結合したポリリン酸に起因する、ナノポアを通した電子的変化を測定することによって、工程(a)における核酸伸長生成物を形成するために、どのタグ付けされたヌクレオチドがプライマーに組み込まれたかを決定すること、ただし、電子的変化は、ポリリン酸基中のリン酸の各異なる数、若しくはタグの各異なる種類のうち、適切な方について異なり、それによって組み込まれたタグ付けされたヌクレオチドに相補的な一本鎖核酸中のヌクレオチド残基を特定し、
(c)シークエンシングされている一本鎖核酸の各核酸残基について、工程(a)及び(b)を反復して繰り返すこと、ただし、工程(a)の各反復において、タグ付けされたヌクレオチドは、それが、前記核酸伸長生成物の3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し、直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記工程(a)の先行の反復に起因する核酸伸長生成物中に組み込まれ、
それによって、一本鎖核酸の配列を決定すること
を含む、一本鎖核酸(DNA又はRNA)のヌクレオチド配列を決定する方法を提供する。
(a)膜中のナノポアと接触している電解質溶液中にあり、かつ一部にハイブリダイズしたプライマーを有する一本鎖核酸を、核酸ポリメラーゼとタグ付けされたヌクレオチドとに、前記核酸ポリメラーゼが、前記プライマーの3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し、直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記核酸ポリメラーゼにプライマーへのタグ付けされたヌクレオチドの一つの組み込みを触媒させることを許容する条件のもとで、核酸伸長生成物を形成させるために、接触させること、
ただし、前記タグ付けされたヌクレオチドは、末端リン酸、アデニン、グアニン、シトシン、チミン若しくはウラシルである塩、又はそれらそれぞれの誘導体、及びトリアゾール、1,2−ジアジン、ジスルフィド、第2級アミン、ヒドラゾン、チオアセトアミド、又はマレイミド−チオ付加体によってヌクレオチドの末端リン酸に共有結合したタグを有するポリリン酸基を含み、
ただし、タグ付けされたヌクレオチドの組み込みは、結合しているタグを有するポリリン酸の解離をもたらし、タグ付けされたヌクレオチドが組み込まれない場合、タグ付けされたヌクレオチドが組み込まれるまで、異なるタグ付けされたヌクレオチドを接触させることを反復して繰り返し、ただし、(1)各タグ付けされたヌクレオチド中の塩基の種類は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々中の塩基の種類と異なっており、及び(2)各タグ付けされたヌクレオチドのポリリン酸基中のリン酸の数のは、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドのポリリン酸基中のリン酸の数と異なっているか、或いは、各タグ付けされたヌクレオチドのポリリン酸基中のリン酸の数は、同じであり、各タグ付けされたヌクレオチド上のタグの種類は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々のタグの種類とは異なっており、
(b)前記膜を通して電圧を印加し、及びナノポアに入っていく、ナノポア中に位置するようになる、及び/又は通り抜けて転座する、工程(a)において生成された、タグが結合したポリリン酸に起因する、ナノポアを通した電子的変化を測定することによって、工程(a)における核酸伸長生成物を形成するために、どのタグ付けされたヌクレオチドがプライマーに組み込まれたかを決定すること、ただし、電子的変化は、nの各値、又はタグの各異なる種類のうちの適切な方について異なり、それによって組み込まれたタグ付けされたヌクレオチドに相補的な一本鎖核酸中のヌクレオチド残基を特定すること;
(c)シークエンシングされている一本鎖核酸の各核酸残基について、工程(a)及び(b)を反復して繰り返すこと、ただし、工程(a)の各反復において、タグ付けされたヌクレオチドは、それが、前記核酸伸長生成物の3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し、直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記工程(a)の先行の反復に起因する核酸伸長生成物中に組み込まれ、
それによって、一本鎖核酸のヌクレオチド配列を決定すること
を含む、一本鎖核酸(DNA又はRNA)のヌクレオチド配列を決定するための方法を提供する。
R1は、タグを含み、R2は、ヌクレオチドを含み;又は、
R1は、ヌクレオチドを含み、R2は、タグを含む。
R1及びR3は、結合して環状部を形成し;及び
結合したR1及びR3は、タグを含み、R2は、ヌクレオチドを含み;或いは、
結合したR1及びR3は、ヌクレオチドを含み、R2は、タグを含む。
本発明の種々の実施形態が、本明細書に示され、記載されているが、それらの実施形態が単なる例として提供されることは当業者には明らかであろう。本発明から逸脱しないで、多数の変形、変更及び置換を当業者が思いつくであろう。本明細書に記載された本発明の実施形態の種々の代替物が採用されうることが理解されるべきである。
本明細書には、化学結合を用いてヌクレオチドにタグを結合させるための方法が記載されている。幾つかの実施形態において、タグは、「クリックケミストリー」反応又は「クリック反応」を用いてヌクレオチドに結合されている。クリック反応は、アジド及びアルキン(若しくはシクロオクチン)、又はテトラジン及びトランス−シクロオクテンのような特定の化学基のペア間の高速の不可逆反応である。クリック反応に使用される特定の化学基のペアは、共有結合の一部としてのトリアゾール、又は1,2−ジアジン(若しくはその互変異性体、ジヒドロピリジン)のような特定の化学基を含む共有結合を提供する。図21は、本発明に開示されたタグ付けされたヌクレオシド結合を調製するのに有用な3つの例示的なクリック反応を示す一般的な反応スキームを示す。それらの3つの例示的な反応を更に下で記載する。
幾つかの場合において、タグ付けされたヌクレオチドは、ポリメラーゼで触媒されたヌクレオチドの組み込み事象の間、ヌクレオチドから解離されるタグ(又は標識)を含む。タグは、ヌクレオチドの5’−リン酸又は5’−ポリリン酸鎖に結合され得る。幾つかの場合において、タグは、フルオロフォアを含まない。タグは、ナノポアによって検出されることが可能であり、その電荷、形状、サイズ、又はそれらの何れかの組み合わせによって同定(例えば、他のタグと区別)され得る。タグの例は、種々のポリマーを含む。各種類のヌクレオチド(即ち、A、C、G、T、U)は、一般的に、一意的に認識可能なタグを含む。
R1は、タグを含み、R2は、ヌクレオチドを含み;或いは、R1は、ヌクレオチドを含み、R2は、タグを含む。
R1及びR3は、結合して環状部を形成し;及び結合したR1及びR3は、タグを含み、R2は、ヌクレオチドを含み;或いは、結合したR1及びR3は、ヌクレオチドを含み、R2は、タグを含む。
R1は、OHであり、R2は、H又はOHであり、塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ウラシル、7−デアザプリン又は5−メチルピリミジンである。
本開示は、分子の検出及び/又は特定のための方法を提供する。そのような方法は、核酸、タンパク質及び抗体などの様々な種類の生物学的なスピーシーズを検出するのに用いられ得る。幾つかの実施形態において、分子の特定のための方法が核酸分子をシークエンシングするために用いられる。
本開示は、分子の検出及び/又は特定のためのシステムを提供する。そのようなシステムは、核酸、タンパク質及び抗体などの様々な種類の生物学的なスピーシーズを検出するのに用いられ得る。幾つかの実施形態において、分子の検出及び/又は特定のためのシステムは、核酸分子をシークエンシングするために用いられる。
本開示の核酸シークエンシングシステム及び方法は、コンピュータシステムの補助によって制御され得る。図14は、核酸シークエンシングシステム1402と接続したコンピュータシステムを含むシステム1400を示す。コンピュータシステム1401は、1つのサーバ又は複数のサーバであり得る。コンピュータシステム1401は、試料調整及び処理、並びにシークエンシングシステム1402による核酸シークエンシングを制御するようにプログラムされ得る。シークエンシングシステム1402は、本明細書の他の箇所に記載されるように、ナノポアに基づくシークエンサー(又は検出器)であり得る。
例1 クマリン−PEG−dG4Pでタグ付けされたヌクレオチドの合成
この例において、ヌクレオチドは、150x4.6mmカラム(スペルコ)での逆相HPLCによって精製され、移動相は、Aは、水(pH8.1)中の8.6mMのEt3N/100mMの1,1,1,3,3,3−ヘキサフルオロ−2−プロパノール、Bは、メタノールである。溶出は、100%のAの定組成で10分間、続いて、0%〜50%のBの直線勾配で20分間、その後50%のBの定組成で更に30分間で行った。
予想されるクマリン−PFG−NH2分子は、HPLC精製の後、MALDI−TOF−MS分析によって確認される(図17)。MALDI−TOF−MSの結果は、酸加水分解によって生成されるクマリン−PEG−NH2タグは、アルカリホスファターゼ処理後にポリメラーゼ反応中に生成される解離されたタグと同一であることを示す。
ナノポアアレイ装置(例えば、図12参照のこと)は、4つの異なるタグにおける4つの異なる電流値を検出するのに用いられる。図18で見られるように、各タグは他の3つの何れと区別され得る(即ち、ヒストグラムは、対応するタグと一緒に画像にラベルされた4つの別々のピークを示す)。各タグは、約30塩基長の「T」のオリゴヌクレオチドホモポリマーであり、潜在的に修飾された鎖中の2つの領域を有する3’末端がビオチン化されている。30塩基長の分子の各々において、修飾されている領域は、3’末端から11、12、及び13の塩基位置、並びに17、18、及び19の位置である。ここにおいて用いられる「x」は、無塩基部位(塩基が無い)、「T」はチミンである。4つのタグは、
(a)「フェイクタグ−XXX_XXX」は、ストレプトアビジン−ビオチン−10T−xxx−3T−xxx−11T(配列番号1)の配列を有し、
(b)「フェイクタグ−TTT_XXX」は、ストレプトアビジン−ビオチン−10T−TTT−3T−xxx−11T(配列番号2)の配列を有し、
(c)「30T」タグは、ストレプトアビジン−ビオチン−30T(配列番号3)の配列を有し、
(d)「フェイクタグ−iFluorT」は、ストレプトアビジン−ビオチン−10T−TTT−3T−iFluorT−T−11Tの配列を有し、ここで、18位のTはフルオレセインで標識されている(配列番号4)。
結合反応の例を図20に示す。示されるように(i)アミンはNHSエステルと結合してアミドを形成し、(ii)アミンは酸ハロゲン化物と反応してアミドを形成し、(iii)アミン又はオキシアミンは、ケトンと反応してオキシムを形成し、(iv)アミンはアルデヒドと反応して還元によりシッフ塩基及びメチルアミノを形成し、及び(v)ヒドラジンは、アルデヒドと反応してヒドラジドを形成する。示されるように、チオールは、チオール、マレイミド又はハロアセトアミドと反応する。
アジド、アルキン、アルケン及びテトラジンを含む官能基を有する化合物を用いたクリックケミストリーの例を図21に示す。示されるように、結合は、トリアゾール又は1,2−ジアジン(ジヒドロピリダジン互変異性体)結合を提供するように達成され得る。アジドを含む分子Aは、アルキンを含む分子Bと反応してトリアゾールを介したA及びBの結合を形成する。また、アジドを含む分子Aは、シクロオクチンを含む分子Bと反応してシクロオクチルと融合したトリアゾールを介したA及びBの結合を形成し得る。そうでなければ、テトラジンを含む分子Aは、トランス−シクロオクテンを含む分子Bと反応し、ジヒドロピリダジンを介したA及びBの結合を形成する。
表4は、合成され、ポリメラーゼの基質として働き得ることが見いだされたタグ付けされたヌクレオチドの例を示す。表4に示される全ての例示的なタグ付けされたヌクレオチドは、5’−アジド−六リン酸−ヌクレオチド(「dN6P−N3」)及びアルキン−タグから、アジド−アルキン又はアジド−シクロオクチン「クリック」反応(例えば、図21を参照のこと)の何れかを用いて合成された。アジド−アルキン又はアジド−シクロオクチンクリック反応合成のための更なる試薬及び条件の更なる説明を以下の例7〜例11に提供する。
図22は、dA6P−N3とDBCO−Cy3との間のクリック反応の結果を示す。この例において、dT6P−N3(500nmol、100μlH2O)及びDBCO−Cy3(700nmol、100μlDMF)を1つに混合し、室温で2時間撹拌する。図23は、アジド−ヌクレオチドの、生成物、DBCO−Cy3−dT6Pへの変換を示すMALDI−TOF質量スペクトルを示す。生成物は、MALDI−TOF質量分析及び単一塩基伸長反応によってキャラクタリゼーションされる。MALDI−TOFによれば、分子量は、1933ダルトンである。
図24は、タグ付けされたヌクレオチド、dT6P−Cy3−dT25を形成する、5’−アジド−六リン酸−ヌクレオチドのdT6P−N3及び5’−アルキン−オリゴヌクレオチドタグである5’−ヘキシニル−Cy3−T25間のクリック反応を示す。dT6P−N3(750nmol)の溶液を5’−ヘキシニル−Cy3−T25オリゴヌクレオチド(トリリンク社から得た,200μlH2O中に500nmol)に添加し、続いて、臭化銅(50μl、3:1のDMSO/t−BuOH中の0.1Mの溶液)及びTBTA(100μl、3:1のDMSO/t−BuOH中の0.1Mの溶液)を添加する。反応混合物を40℃で16時間撹拌した。精製を、HPLCによって、0.1MのTEAC緩衝液(pH7.5)及びアセトニトリル勾配を用いて行った。タグ付けされたヌクレオチド生成物、dT6P−Cy3−dT25をMALDI−TOF質量分析及び単一塩基伸長反応によってキャラクタリゼーションした。MALDI−TOFは、質量が9179ダルトンであることを示す。
この例は、アルキン−アジド環化付加クリック反応を用いてタグ付けされたヌクレオチドを作製するための一般的な合成スキームを示す。図25は、2’−デオキシアデノシン-5’−六リン酸(「dA6P」)の合成及びアジド−アルキンクリックケミストリーを用いた末端リン酸へのタグの結合を示す。最初から最後まで反応矢印に従って、試薬は、(i)POCl3及びピロリン酸、(ii)CDI及びDMF、(iii)dATP、(iv)トリエチルアミン及びアジド−酪酸NHS、並びに(v)TAG−アルキンを含む。
図26は、5’−アジド六リン酸ヌクレオチドのdT6P−N3と5’−アルキンオリゴヌクレオチドタグの5’−ヘキシン−Cy3−T25との間のクリック反応の例を示す。反応は、dT6P−N3で始まり、それに5’−ヘキシン−Cy3−T25をCuBr/ TBTA及びDMSOの存在中で添加し、dT6P−Cy3−T25が形成される。
図27は、ヌクレオチドへのタグのチオール(ジスルフィド結合)カップリングの一例を示す。
図28は、タグ付けされたヌクレオチド六リン酸を用いたDNAポリメラーゼ伸長反応の一例を示す。伸長反応は、鋳型ループプライマーを用いて行われ、そこにおいて、鋳型上の次の相補的な塩基は、単一の相補的なヌクレオチド塩基による伸長を可能にする、A、G、C、又はTの何れかである。各伸長反応は3μM鋳型ループプライマー、2単位のターミネーター(登録商標)γDNAポリメラーゼ若しくはBst2.0DNAポリメラーゼ(ニューイングランドバイオラボ(New England Biolabs))、及び15μMのオリゴヌクレオチドでタグ付けされたdN6Pヌクレオチドのうち1種類からなる20μlの反応物において、25分間、65℃のサーマルサイクラー中で実施される。DNA伸長生成物を、エタノールで沈殿させ、C18ZipTip(登録商標)カラム(ミリポワ(Millipore)社)を通して精製し、MALDI−TOF MS分析によってキャラクタリゼーションされる。
この例は、5’がCy3基に結合しているオリゴヌクレオチドを含み、かつ四つの異なるヌクレオチド六リン酸の末端リン酸に共有結合された、四つの異なるタグの合成、並びにポリメラーゼ伸長反応におけるこれらのタグ付けされたヌクレオチドの特徴付けを示す。
図25に示した一般的な反応スキームに従い、6−Fmoc−アミノヘキサノール(29、1g、2.94mmol)を無水アセトニトリル(2x20ml)で共蒸発した後、リン酸トリエチル(10ml)に溶解させた。冷却し、撹拌したこの溶液に、新鮮な蒸留オキシ塩化リン(550μL、5.88mmol)を加え、混合物を0℃で2時間攪拌した。トリブチルアンモニウムピロリン酸(5eq、15mmol、無水DMF中の0.5M溶液)及びトリブチルアミン(15mmol)を加え、混合物を20分間撹拌した。溶液を、0.1M重炭酸トリエチルアンモニウム緩衝液(TEAB、200ml、pH7.5)でクエンチし、pH約7に調整した。この溶液をセファデックス(登録商標)A25カラムに充填し、0.1Mから1.0MまでのTEAB緩衝液(pH7.0)勾配を用いて溶出した。適切な画分をプールし、SUPELCOSIL(登録商標)LC−18−T(スペルコ社)3μM、15cmx4.6mmでの逆相HPLCで更に精製した。移動相は、Aは、8.6mMのEt3N、pH8.1の水中の100mMのHFIP、Bは、100%メタノールである。100%A/0%Bから開始し、40分で0%A/100%Bへ。純粋な三リン酸、31P−NMR(D2O)δ:−7.68(d、1P)、−10.5(d、1P)、−22.65(t、1P)。製造されたFmoc−アミノヘキシル三リン酸(30、200mg、0.35mmol)を無水アセトニトリル(2x10ml)で共蒸発させた後、無水DMF(3mL)に溶解した。CDI(4当量、1.4mmol)を加え、溶液を4時間室温で撹拌した。メタノール(6当量、85μL)を添加し、更に撹拌を30分間行った。上記の生成物(31)に、DMF及びMgCl2(10当量、3.5mmol)中の所望の2’−デオキシヌクレオシド−5’−三リン酸(dNTP、トリブチルアンモニウム塩、0.5mmol)の溶液を添加した。反応混合物を18時間撹拌し、次いで水中(25ml)の10%のトリエチルアミンを添加することによって、Fmoc基を加水分解し、dN6P−NH2(32)を得た。反応混合物を16時間更に攪拌し、沈殿した固体を濾過し、溶液をエーテルで抽出した。水性の層を濃縮し、逆相HPLCで精製した。
基質としてのこれらの4つのオリゴdN6Psによるポリメラーゼ伸長反応活性のスクリーニングは、室温で迅速かつ正確にプライマー伸長を実施することを可能にするものとしてBst2.0DNAポリメラーゼ(Bst2.0DNAP)を特定した。更に、Bst2.0DNAPは3’→5’エキソヌクレアーゼ活性を欠くという追加的な利点を有した。
DNAポリメラーゼ伸長生成物を変性ゲル上で分離し、ゲル画像を図31(A)に示す。レーン1は、プライマーループ鋳型DNAのみを用いたネガティブコントロールを示し、レーン2は、4つの天然dNTPの添加後のポジティブコントロールであり、レーン3は、4つのオリゴヌクレオチド−Cy3でタグ付けされたヌクレオチドを用いた伸長反応である。レーン2及び3における同様の伸長の結果は、プライマーループ鋳型が、タグ付けされたヌクレオチド及びBst2.0DNAPのみを用いて、48塩基まで正常に伸長されることができることを実証する。反応中のオリゴヌクレオチドタグの解離は、レーン3において下側のバンドを観察することによって実証された。
この例は、本開示の実施形態においてヌクレオチドをタグ付けすることにおいて有用なオリゴヌクレオチドタグが、どのように3’−ヒドロキシルの化学修飾によってエキソヌクレアーゼ活性から保護され得るかを示す。簡潔には、様々な3’修飾を有するオリゴヌクレオチドを調製し、次いでPhi29DNAポリメラーゼ(有意なエキソヌクレアーゼ活性を有する)と共にインキュベートし、インキュベートした試料をSDS−PAGE及びHPLCで分析し、オリゴヌクレオチドのエキソヌクレアーゼ分解を検出した。
図35に示すように、3’修飾を有さないT30オリゴヌクレオチド反応試料は、これらの条件下でエキソヌクレアーゼ活性によって完全に分解された。未修飾3’末端及び内部メチル−リン酸(「Tmp」)結合を有するT30オリゴヌクレオチドも分解されたが、未修飾3’末端から最初のTmp結合へのみであった。一方、リン酸を有する3’修飾を有するオリゴヌクレオチド又はアルキル炭素スペーサー基(例えば、SpC3、SpC6又はdSp)は無傷のままであり、Phi29DNAポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性に対するそれらの耐性を実証した。
この例は、オリゴヌクレオチドでタグ付けされたヌクレオチドの、α溶血素ナノポアに結合したポリメラーゼによるヌクレオチドの捕捉を検出するための使用を示す。更に、当該例は、オリゴヌクレオチドタグとヌクレオチドとの間のリンカー中におけるシアニン色素(「CyDye」)基の含有により、ポリメラーゼ−ナノポア複合体による捕捉速度が優位に改善されることを示す。
リンカー中にCy3を有するオリゴヌクレオチドタグを有するタグ付けされたヌクレオチドがナノポアアレイチップに添加される際に、約12pAから約5pAまでイオン電流を減少させる有意な電流値変化又は「電流遮断」事象が、1分あたり約46の速度で検出された。各電流遮断事象は、Cy3−dT30−C6タグがナノポアに捕捉されていることを示した。リンカー中にCy3基が無いdG6P−dT30−C6でタグ付けされたヌクレオチドを続いて同じナノポアアレイチップに添加した場合、タグの捕捉を示す遮断事象の速度は実質的に毎分約13に低下した。対照として、続いてdG6P−Cy3−dT30−C6でタグ付けされたヌクレオチドをナノポアアレイに戻し、タグの捕捉を示す遮断事象の速度がほぼ元の値にまで増加した。
この例は、ナノポアに結合したBst2.0DNAポリメラーゼの活性部位で相補的なプライマー−鋳型DNA鎖に結合したときに、それぞれが提供する別個の電流遮断信号に基づいて4つの異なるタグ付けされたヌクレオチドを同定するためのナノポアアレイチップの使用を示す。この例で使用した4つの異なるタグ付けされたヌクレオチドは、dT6P−Cy3−T2−dSp8−T20−C3、dC6P−Cy3−T4−dSp3−T23−C3、dG6P−Cy3−T30−C6、dA6P−Cy3−T4−FldT−T−FldT−T23−C3であった。Bst2.0−α−HLナノポア複合体は、6−メチル−テトラジン(6−Me−TZ)試薬に対してトランス−シクロオクテン(TCO)及びIEDDAクリック反応を用いて調製され、米国仮特許出願第62/130,326号に記載の膜に挿入された。
この例は、DNA鋳型の配列を検出するために、ナノポアアレイチップ上での4つの異なるタグ付けされたヌクレオチドの使用を示す。4つの異なるタグ付けされたヌクレオチド(dT6P−Cy3−T2−dSp8−T20−C3、dC6P−Cy3−T4−dSp3−T23−C3、dG6P−Cy3−T30−C6及びdA6P−Cy3−T4−FldT−T−FldT−T23−C3)、ナノポアタンパク質(α溶血素)、DNA鋳型(シンプルベル83量体)及び使用されたナノポアアレイチップ(即ち、浅いウェル中の直径5μmの銀電極の264個のアレイを有する約1x1mmのCMOSマイクロチップ、ゲニアテクノロジー(Genia Technologies)製、マウンテンビュー、CA、USA製)は、例16で用いたものと同じである。しかしながら、この例において使用されたDNAポリメラーゼは、Phi29ポリメラーゼであり、ザケリ(Zakeri)及びホワース(Howarth)(2010)に記載されたスパイキャッチャー法を用いてα溶血素ナノポアに付着された。
図36に示すように、オープン状態の電流値よりも低い4つの異なる電流値が一時的に観察され、4つの異なるヌクレオチドのそれぞれに関する、4つの異なるタグのナノポアによる捕捉を示している。存在する4つのタグ付けされたヌクレオチドの全てによるこのシークエンシング実験中に観察された相対的電流値の変化は、単一のタグ及び非触媒Sr2+二価金属イオンのみ存在するナノポアアレイ測定の間に観察されたものと一致した(例えば例16参照のこと)。予想されたように、4つの異なるタグ付けされたヌクレオチドについて観察された最低から最高への残留電流(I/I0)のランク付けは、例16のナノポアアレイチップを用いたこれらのタグ付けされたヌクレオチドについて観察された相対的残留電流と一致した:dA6P−Cy3−T4−FldT−T−FldT−T23−C3(〜0.15)、<dG6P−Cy3−T30−C6(〜0.25)、<dC6P−Cy3−T4−dSp3−T23−C3(〜0.42)、<dT6P−Cy3−T2−dSp8−T20−C3(〜0.50)。更に、電流値変化のトレースは、図36の上部に示される「伸長プライマー」配列、5’―――TCAGTCAGTGCGCTCGAGAT―――3'(配列番号121)である自己プライミングシンプルベルDNA鋳型の相補的な配列に基づく正確なヌクレオチド配列の組み込みに対応するタグ捕捉事象を示す。
アッセリン(Asseline)ら(1991)「α−L又はβ−Lヌクレオチド単位で構築され、アクリジン誘導体に共有結合したオリゴヌクレオチドの合成及び物理化学的性質」Nucleic Acids Research 19:4067−4074。
Claims (47)
- タグ付けされたヌクレオチドであって、末端リン酸を有するポリリン酸基、及びトリアゾール、1,2−ジアジン、ジスルフィド、第2級アミン、ヒドラゾン、チオアセトアミド、又はマレイミド−チオ付加体によって、前記ヌクレオチドの前記末端リン酸に共有結合したタグを含む、タグ付けされたヌクレオチド。
- 前記タグは、トリアゾールによって前記末端リン酸に共有結合されている請求項1に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記タグは、1,2−ジアジンによって前記末端リン酸に共有結合されている請求項1に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記ポリリン酸基は、前記ヌクレオチドの5’位にある請求項1に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記ポリリン酸基は、少なくとも3つのリン酸、又は4つから6つまでのリン酸を含む請求項1〜6の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記タグは、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ペプチド、ポリエチレングリコール(PEG)、オリゴ糖、炭水化物、ペプチド核酸(PNA)、ビニルポリマー、他の水溶性ポリマー、又はそれらの何れかの組み合わせを含む請求項1〜7の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記タグは、オリゴヌクレオチドを含む請求項8に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記タグの前記オリゴヌクレオチドは、少なくとも7個のモノマー単位、又は少なくとも30個のモノマー単位を含む請求項9に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、非天然のヌクレオチドを含む請求項9に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記非天然のヌクレオチドは、L−ヌクレオチド、2’,5’結合、α−D−ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド間結合、非天然塩基、非天然糖基、及びそれらの何れかの組み合わせからなる群から選択される基を含み、或いは、前記非天然のヌクレオチドは、二トロピロール、ニトロインドール、ネブラリン、ゼブラリン、ベンゼン及びベンゼン誘導体からなる群から選択される非天然塩基を含み、或いは、前記非天然のヌクレオチドは、リン酸トリエステル、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ボロノリン酸、ホスホロアミド酸及びモルホリノ基からなる群から選択される非天然ヌクレオチド間結合を含む請求項11に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドの5’末端は、ポリリン酸基の前記末端リン酸と共有結合している請求項9〜12の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、それをエキソヌクレアーゼ分解から保護する、その3’末端の化学修飾を含む請求項13に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記3’末端の化学修飾は、リン酸化、及びC3アルキルからC12アルキルまでのスペーサーとの共有結合から選択される請求項14に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドの3’末端は、ポリリン酸基の前記末端リン酸に共有結合している請求項9〜12の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、それをエキソヌクレアーゼ分解から保護する、その5’末端の化学修飾を含む請求項16に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記5’末端の化学修飾は、リン酸化、及びC3アルキルからC12アルキルまでのスペーサーとの共有結合から選択される請求項14のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、シアニン色素基、又はCy3基であるシアニン色素基を含むリンカーを含む請求項9〜18の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチド及び/又は前記リンカーは、少なくとも2個の炭素から約12個の炭素までのアルキル基を含むスペーサー基を含む請求項9〜19に何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 請求項1〜20の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチドを含む、核酸をシークエンシングするためのキット。
- タグ付けされたヌクレオチドを作製するためのプロセスであって、
(a)(i)末端リン酸を有するポリリン酸基を含むヌクレオチド、ここで、前記末端リン酸は第1の反応性官能基を含むリンカーと結合しており、及び(ii)第2の反応性官能基を含むタグを提供すること、
ただし、
(1)前記第1の反応性官能基は、チオール、イミダゾール、アミン、アルキン及びジエンからなる群から選択され、前記第2の反応性官能基は、マレイミド、ハロアセトアミド、アルデヒド、エステル、イソチオシアネート、イソシアネート、ビニルスルホン、アジド及びテトラジンからなる群から選択され、或いは、
(2)前記第1の反応性官能基は、マレイミド、ハロアセトアミド、アルデヒド、エステル、イソチオシアネート、イソシアネート、ビニルスルホン、アジド及びテトラジンからなる群から選択され、前記第2の反応性官能基は、チオール、イミダゾール、アミン、アルキン及びジエンからなる群から選択され、及び
(b)前記タグに前記ヌクレオチドを結合させるために、前記第1の反応性官能基を前記第2の反応性官能基と反応させること
を含むプロセス。 - 前記第1の反応性官能基は、チオール、イミダゾール、アミン、アルキン及びジエンからなる群から選択され、前記第2の反応性官能基は、マレイミド、ハロアセトアミド、アルデヒド、エステル、イソチオシアネート、イソシアネート、ビニルスルホン、アジド及びテトラジンからなる群から選択される請求項22に記載のプロセス。
- 前記第1の反応性官能基は、アルキンであり、前記第2の反応性官能基は、アジドであるか、又は前記第1の反応性官能基は、アジドであり、前記第2の反応性官能基は、アルキンである請求項22に記載のプロセス。
- 前記アルキンは、シクロオクチンである請求項24に記載のプロセス。
- 前記第1の反応性官能基は、マレイミド、ハロアセトアミド、アルデヒド、イソチオシアネート、イソシアネート、ビニルスルホン、アジド及びテトラジンからなる群から選択され、前記第2の反応性官能基は、チオール、イミダゾール、アミン、アルキン及びジエンからなる群から選択される請求項22に記載のプロセス。
- 前記工程(b)は、銅、ルテニウム、銀、又はそれらの何れかの組合せを含む不均一触媒によって促進される請求項22〜26の何れか1項に記載のプロセス。
- 前記工程(b)は、不均一触媒によって促進されない請求項22〜26の何れか1項に記載のプロセス。
- 前記タグは、表4に掲げられたタグからなる群から選択される請求項1〜7の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド又は請求項22〜28の何れか1項に記載のプロセス。
- 前記タグ付けされたヌクレオチドは、表4に掲げられたタグ付けされたヌクレオチドからなる群から選択される請求項1〜7の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド又は請求項22〜28の何れか1項に記載のプロセス。
- 前記タグは、表5に掲げられたタグからなる群から選択される請求項1〜7の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド又は請求項22〜28の何れか1項に記載のプロセス。
- 前記タグは、表6に掲げられた化学修飾からなる群から選択される化学修飾を含む請求項1〜7の何れか1項に記載のタグ付けされたヌクレオチド又は請求項22〜28の何れか1項に記載のプロセス。
- 前記タグ付けされたヌクレオチドは、ポリメラーゼによる改善された補足速度を有する請求項19に記載のタグ付けされたヌクレオチド。
- 一本鎖核酸のヌクレオチド配列を決定するための方法であって、
(a)膜中のナノポアと接触している電解質溶液中にあり、かつ一部にハイブリダイズしたプライマーを有する一本鎖核酸を、核酸ポリメラーゼと少なくとも4つのタグ付けされたヌクレオチドとに、それが、前記プライマーの3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記核酸ポリメラーゼに前記プライマーへの前記タグ付けされたヌクレオチドの一つの組み込みを触媒させることを許容する条件のもとで、核酸伸長生成物を形成させるために、接触させること、
ただし、前記少なくとも4つのタグ付けされたヌクレオチドの各々は、末端リン酸、アデニン、グアニン、シトシン、チミン若しくはウラシルである塩基、又はそれらそれぞれの誘導体、及びトリアゾール、1,2−ジアジン、ジスルフィド、第2級アミン、ヒドラゾン、チオアセトアミド、又はマレイミド−チオ付加体によって前記ヌクレオチドの前記末端リン酸に共有結合したタグを有するポリリン酸基を含み、ただし、(i)各タグ付けされたヌクレオチド中の塩基の種類は、他の3つのタグ付けされた前記ヌクレオチドの各々中の塩基の種類と異なっており、及び(ii)各タグ付けされたヌクレオチドの前記ポリリン酸基中のリン酸の数は、前記他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの前記ポリリン酸基中のリン酸の数と異なっているか、或いは、各タグ付けされたヌクレオチドの前記ポリリン酸基中のリン酸の数は、同じであり、かつ各タグ付けされたヌクレオチド上のタグの種類は、前記他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々のタグの種類とは異なっており、
ただし、前記タグ付けされたヌクレオチドの組み込みは、前記タグが結合したリン酸の解離をもたらし、
(b)前記膜を通して電圧を印加し、及び前記ナノポアに入っていく、前記ナノポア中に位置するようになる、及び/又は前記ナノポアを通り抜けて転座する、工程(a)において生成した、前記タグが結合した前記ポリリン酸に起因する、前記ナノポアを通した電子的変化を測定することによって、前記工程(a)における核酸伸長生成物を形成するために、どのタグ付けされたヌクレオチドが前記プライマーに組み込まれたかを決定すること、ただし、前記電子的変化は、前記ポリリン酸基中のリン酸の各異なる数、若しくは前記タグの各異なる種類のうち、適切な方について異なり、それによって前記組み込まれたタグ付けされたヌクレオチドに相補的な前記一本鎖核酸中のヌクレオチド残基を特定し、
(c)シークエンシングされている前記一本鎖核酸の各核酸残基について、前記工程(a)及び(b)を反復して繰り返すこと、ただし、前記工程(a)の各反復において、前記タグ付けされたヌクレオチドは、それが、前記核酸伸長生成物の3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記工程(a)の先行の反復に起因する前記核酸伸長生成物中に組み込まれ、
それによって、前記一本鎖核酸の配列を決定すること
を含む方法。 - 一本鎖核酸のヌクレオチド配列を決定するための方法であって、
(a)膜中のナノポアと接触している電解質溶液中にあり、かつ一部にハイブリダイズしたプライマーを有する一本鎖核酸を、核酸ポリメラーゼとタグ付けされたヌクレオチドとに、それが、前記プライマーの3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記核酸ポリメラーゼに前記プライマーへのタグ付けされたヌクレオチドの一つの組み込みを触媒させることを許容する条件のもとで、DNA伸長生成物を形成させるために、接触させること、ただし、前記タグ付けされたヌクレオチドは、末端リン酸、アデニン、グアニン、シトシン、チミン若しくはウラシルである塩、又はそれらそれぞれの誘導体、及びトリアゾール、1,2−ジアジン、ジスルフィド、第2級アミン、ヒドラゾン、チオアセトアミド、又はマレイミド−チオ付加体によって前記ヌクレオチドの前記末端リン酸に共有結合したタグを有するポリリン酸基を含み、
ただし、タグ付けされたヌクレオチドの組み込みは、結合しているタグを有するポリリン酸の解離をもたらし、タグ付けされたヌクレオチドが組み込まれない場合、タグ付けされたヌクレオチドが組み込まれるまで、異なるタグ付けされたヌクレオチドを接触させることを反復して繰り返し、ただし、(1)各タグ付けされたヌクレオチド中の塩基の種類は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々の塩基の種類と異なっており、及び(2)各タグ付けされたヌクレオチドの前記ポリリン酸基中のリン酸の数は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの前記ポリリン酸基中のリン酸の数と異なっているか、或いは、各タグ付けされたヌクレオチドの前記ポリリン酸基中のリン酸の数は、同じであり、各タグ付けされたヌクレオチド上のタグの種類は、他の3つのタグ付けされたヌクレオチドの各々のタグの種類とは異なっており、
(b)前記膜を通して電圧を印加し、及び前記ナノポアに入っていく、前記ナノポア中に位置するようになる、及び/又は前記ナノポアを通り抜けて転座する、工程(a)において生成された、前記タグが結合した前記ポリリン酸に起因する、前記ナノポアを通した電子的変化を測定することによって、前記工程(a)における核酸伸長生成物を形成するために、タグ付けされたヌクレオチドがプライマーに組み込まれたかどうかを決定すること、ただし、前記電子的変化は、nの各値、又はタグの各異なる種類のうちの適切な方について異なり、それによって前記組み込まれたタグ付けされたヌクレオチドに相補的な前記一本鎖核酸中のヌクレオチド残基を特定すること;
(c)シークエンシングされている前記一本鎖核酸の各核酸残基について、工程(a)及び(b)を反復して繰り返すこと、ただし、前記工程(a)の各反復において、前記タグ付けされたヌクレオチドは、それが、前記核酸伸長生成物の3’末端ヌクレオチド残基にハイブリダイズした前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に対し直近の5’である前記一本鎖核酸のヌクレオチド残基に相補的である場合、前記工程(a)の先行の反復に起因する前記核酸伸長生成物中に組み込まれ、
それによって、前記一本鎖核酸のヌクレオチド配列を決定すること
を含む方法。 - 前記核酸は、DNAであり、前記核酸ポリメラーゼは、DNAポリメラーゼであるか、又は前記核酸は、RNAであり、前記核酸ポリメラーゼは、逆転写酵素である請求項34又は35に記載の方法。
- 前記タグ付けされたヌクレオチドの各々の前記ポリリン酸基におけるリン酸の数は、同じであり、前記タグ付けされたヌクレオチドの各々の種類は、他の3種類のタグ付けされたヌクレオチドの各々のタグの種類と異なる請求項34又は35に記載の方法。
- 前記各タグは、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ペプチド、ポリエチレングリコール(PEG)、オリゴ糖、炭水化物、ペプチド核酸(PNA)、ビニルポリマー、他の水溶性ポリマー、又はそれらの何れかの組み合わせを含む請求項34〜37の何れか1項に記載の方法。
- 前記各タグは、チアゾール、又は1,2−ジアジンによって前記末端リン酸に共有結合している請求項34〜38の何れか1項に記載の方法。
- 各ポリリン酸基は、少なくとも3つのリン酸を含む請求項34〜39の何れか1項に記載の方法。
- 前記各ポリリン酸基は、4つから6つまでのリン酸を含む請求項34〜39の何れか1項に記載の方法。
- 前記各タグは、前記トリアゾールによって前記末端リン酸に共有結合されており、前記各トリアゾールは、アジドとアルキンとの間の反応によって形成される請求項39に記載の方法。
- 前記各タグは、表4又は5に掲げられているタグの群から選択されるか、或いは、前記各タグは、表6に掲げられている化学修飾からなる群から選択される化学修飾を含むか、或いは、前記各タグ付けされたヌクレオチドは、表4に掲げられているタグ付けされたヌクレオチドの群から選択される請求項34〜44の何れか1項に記載の方法。
- 前記各タグ付けされたヌクレオチドは、前記タグを前記ヌクレオチドに連結しているリンカー内のシアニン色素基を含み、かつ前記タグ付けされたヌクレオチドは、シアニン色素基を含まないタグ付けされたヌクレオチドと比較して、ポリメラーゼによる改善された補足速度を有する請求項34〜44の何れか1項に記載の方法。
- 前記4つのタグ付けされたヌクレオチドは、dA6P−Cy3−T4−FldT−T−FldT−T23−C3、dT6P−Cy3−T2−dSp8−T20−C3、dG6P−Cy3−T30−C6、及びdC6P−Cy3−T4−dSp3−T23−C3である請求項34又は35に記載の方法。
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