JP2017212988A5 - - Google Patents
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Claims (32)
- データベースを用いて被験体のT細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)の可変領域のレパトア(repertoire)を定量的に解析する方法であって、該方法は、
(1)該被験者から非バイアス的に増幅した、T細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)の核酸配列を含む核酸試料を提供する工程;
(2)該核酸試料に含まれる該核酸配列を決定する工程;および
(3)決定された該核酸配列にもとづいて、各遺伝子の出現頻度またはその組み合わせを算出し、該被験体のTCRもしくはBCRレパトアを導出する工程
を包含し、
該核酸試料は、複数種類のT細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)の核酸配列を含み、該工程(2)は、共通アダプタープライマーを用いる単一の配列決定により前記核酸配列が決定される、方法。 - 前記工程(1)は、以下の工程:
(1−1)標的となる細胞に由来するRNA試料を鋳型として相補的DNAを合成する工程;
(1−2)該相補的DNAを鋳型として二本鎖相補的DNAを合成する工程;
(1−3)該二本鎖相補的DNAに共通アダプタープライマー配列を付加してアダプター付加二本鎖相補的DNAを合成する工程;
(1−4)該アダプター付加二本鎖相補的DNAと、該共通アダプタープライマー配列からなる共通アダプタープライマーと、第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーとを用いて第1のPCR増幅反応を行う工程であって、
該第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、該TCRまたはBCRの目的とするC領域に十分に特異的であり、かつ、他の遺伝子配列に相同性のない配列を含み、かつ、増幅された場合に下流にサブタイプ間に不一致塩基を含むよう設計される、工程(1−5)(1−4)のPCR増幅産物と、該共通アダプタープライマーと、第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーとを用いて第2のPCR増幅反応を行う工程であって、該第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、該第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーの配列より下流の配列において該TCRまたはBCRのC領域に完全マッチの配列を有するが他の遺伝子配列に相同性のない配列を含み、かつ、増幅された場合に下流にサブタイプ間に不一致塩基を含むよう設計される、工程;および
(1−6)(1−5)のPCR増幅産物と、該共通アダプタープライマーの核酸配列に第1の追加アダプター核酸配列を含む付加共通アダプタープライマーと、第2の追加アダプター核酸配列を第3のTCRまたはBCRのC領域特異的配列に付加したアダプター付の第3のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーとを用いて第3のPCR増幅反応を行う工程であって、
該第3のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、該第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーの配列より下流の配列において該TCRまたはBCRのC領域に完全マッチの配列を有するが他の遺伝子配列に相同性のない配列を含み、かつ、増幅された場合に下流にサブタイプ間に不一致塩基を含むよう設計される、工程;
を包含する、請求項1に記載の方法。 - 前記単一の配列決定は、前記核酸試料から配列決定用の試料への増幅において、プライマーとして使用する配列は少なくとも一方がC領域をコードする核酸配列またはその相補鎖と同一配列を有することを特徴とする、請求項1または2に記載の方法。
- 前記非バイアス的な増幅が、V領域特異的な増幅ではない、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記レパトアはBCRの可変領域のレパトアであり、前記核酸配列はBCRの核酸配列である、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 前記工程(1)は、分子同定(MID Tag)配列を使用することを包含する、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- (3)前記TCRもしくはBCRレパトアの導出は以下の工程
(3−1)V領域、D領域、J領域および必要に応じてC領域の少なくとも1つを含む遺伝子領域ごとの参照データベースを提供する工程:
(3−2)必要に応じてトリミングを行い、必要に応じて適切な長さのものを抽出した入力配列セットを提供する工程;
(3−3)該入力配列セットについて、該遺伝子領域ごとに、該参照データベースと相同性検索を行い、近似する参照アリルおよび/または該参照アリルの配列とのアラインメントを記録する工程;
(3−4)該入力配列セットについてV領域およびJ領域をアサインし、アサイン結果に基づいて、D領域の核酸配列を抽出する工程;
(3−5)該D領域の核酸配列をアミノ酸配列に翻訳し、該アミノ酸配列を利用してD領域を分類する工程;
(3−6)(3−5)での分類に基づいて、V領域、D領域、J領域および必要に応じてC領域の各出現頻度、もしくはその組合せの出現頻度を算出することで、TCRもしくはBCRレパトアを導出する工程;
を包含する方法によって達成される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。 - 前記共通アダプタープライマー配列は、増幅に適切な塩基長であり、ホモダイマーおよび分子内ヘアピン構造が取りにくく、安定して2本鎖を形成できるように設計され、該データベース内のすべてのBCR遺伝子配列と相同性が高くなく、かつ、該C領域特異的プライマーと同じ程度のTmになるように設計される、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第1、第2および第3のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、それぞれ独立して、TCRまたはBCRのレパトア解析のためのものであり、BCRである場合、IgM,IgG,IgA,IgD,またはIgEの各アイソタイプC領域に完全マッチする配列であって、該IgGおよびIgAの場合は、サブタイプについても完全マッチし、該データベースに含まれる他の配列に相同性を持たない配列であり、かつ、該プライマーの下流においてサブタイプ間に不一致塩基が含まれるように選択される、請求項2に記載の方法。
- 前記第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、以下の構造:CM1(配列番号5)、CA1(配列番号8)、CG1(配列番号11)、CD1(配列番号14)、CE1(配列番号17)、CA1(配列番号35)、またはCB1(配列番号37)を有する、請求項2または9に記載の方法。
- 前記第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、以下の構造:CM2(配列番号6)、CA2(配列番号9)、CG2(配列番号12)、CD2(配列番号15)、CE2(配列番号18)、CA2(配列番号35)、またはCB2(配列番号37)を有する、請求項2、9または10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第3のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、以下の構造:CM3−GS(配列番号7)、CA3−GS(配列番号10)、CG3−GS(配列番号13)、CD3−GS(配列番号16)またはCE3−GS(配列番号19)を有する、請求項2または9〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 前記TCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、いずれも、TCRまたはBCRのすべてのサブクラスに対応するセットで提供される、請求項2または9〜12のいずれか1項に記載の方法。
- データベースを用いて被験体のT細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)の可変領域のレパトア(repertoire)を定量的に解析するためのシステムであって、該システムは、
(1)該被験者から非バイアス的に増幅した、T細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)の核酸配列を含む核酸試料を提供するためのキット;
(2)該核酸試料に含まれる該核酸配列を決定するための装置;および
(3)決定された該核酸配列にもとづいて、各遺伝子の出現頻度またはその組み合わせを算出し、該被験体のTCRもしくはBCRレパトアを導出するための装置を備え、
該核酸試料は、複数種類のT細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)の核酸配列を含み、(2)該核酸試料に含まれる該核酸配列を決定するための装置は、共通アダプタープライマーを用いる単一の配列決定により前記核酸配列が決定されるように構成される、システム。 - 前記キットは、以下:
(1−1)標的となる細胞に由来するRNA試料を鋳型として相補的DNAを合成する手段;
(1−2)該相補的DNAを鋳型として二本鎖相補的DNAを合成する手段;
(1−3)該二本鎖相補的DNAに共通アダプタープライマー配列を付加してアダプター付加二本鎖相補的DNAを合成する手段;
(1−4)該アダプター付加二本鎖相補的DNAと、該共通アダプタープライマー配列からなる共通アダプタープライマーと、第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーとを用いて第1のPCR増幅反応を行う手段であって、
該第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、該TCRまたはBCRの目的とするC領域に十分に特異的であり、かつ、他の遺伝子配列に相同性のない配列を含み、かつ、増幅された場合に下流にサブタイプ間に不一致塩基を含むよう設計される、手段
(1−5)(1−4)のPCR増幅産物と、該共通アダプタープライマーと、第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーとを用いて第2のPCR増幅反応を行う手段であって、該第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、該第1のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーの配列より下流の配列において該TCRまたはBCRのC領域に完全マッチの配列を有するが他の遺伝子配列に相同性のない配列を含み、かつ、増幅された場合に下流にサブタイプ間に不一致塩基を含むよう設計される、手段;および
(1−6)(1−5)のPCR増幅産物と、該共通アダプタープライマーの核酸配列に第1の追加アダプター核酸配列を含む付加共通アダプタープライマーと、第2の追加アダプター核酸配列を第3のTCRまたはBCRのC領域特異的配列に付加したアダプター付の第3のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーとを用いて第3のPCR増幅反応を行う手段であって、
該第3のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーは、該第2のTCRまたはBCRのC領域特異的プライマーの配列より下流の配列において該TCRまたはBCRのC領域に完全マッチの配列を有するが他の遺伝子配列に相同性のない配列を含み、かつ、増幅された場合に下流にサブタイプ間に不一致塩基を含むよう設計される、手段;
を包含する、請求項14に記載のシステム。 - 前記キットが、分子同定(MID Tag)配列を備える、請求項14または15に記載のシステム。
- (3)前記TCRもしくはBCRレパトアの導出のための装置は以下:
(3−1)V領域、D領域、J領域および必要に応じてC領域の少なくとも1つを含む遺伝子領域ごとの参照データベースを提供する手段:
(3−2)必要に応じてトリミングを行い、必要に応じて適切な長さのものを抽出した入力配列セットを提供する手段;
(3−3)該入力配列セットについて、該遺伝子領域ごとに、該参照データベースと相同性検索を行い、近似する参照アリルおよび/または該参照アリルの配列とのアラインメントを記録する手段;
(3−4)該入力配列セットについてV領域およびJ領域をアサインし、アサイン結果に基づいて、D領域の核酸配列を抽出する手段;
(3−5)該D領域の核酸配列をアミノ酸配列に翻訳し、該アミノ酸配列を利用してD領域を分類する手段;
(3−6)(3−5)での分類に基づいて、V領域、D領域、J領域および必要に応じてC領域の各出現頻度、もしくはその組合せの出現頻度を算出することで、TCRもしくはBCRレパトアを導出する手段;
を備える、請求項14〜16のいずれか1項に記載のシステム。 - 該共通アダプタープライマー配列は、増幅に適切な塩基長であり、ホモダイマーおよび分子内ヘアピン構造が取りにくく、安定して2本鎖を形成できるように設計され、該データベース内のすべてのBCR遺伝子配列と相同性が高くなく、かつ、該C領域特異的プライマーと同じ程度のTmになるように設計される、請求項14〜17のいずれかに記載のシステム。
- 請求項14〜18のいずれか1項に記載のシステムと、該システムに基づいて導出されたTCRもしくはBCRレパトアに基づいて前記被験者の疾患、障害または状態を分析する手段とを備える、被験者の疾患、障害または状態を分析するシステム。
- 請求項19に記載のシステムで決定された被験者の疾患、障害または状態と、前記TCRもしくはBCRレパトアとを定量的に関連付ける手段、および該定量的な関連から、適切な処置または予防のための手段を選択する手段とを備える、該被験者の疾患、障害または状態を処置または予防するためのシステム。
- 被験者に対するがんイディオタイプペプチド感作免疫細胞療法に使用するための組成物を調製する方法であって、該方法は、
(1)請求項1〜13に記載の方法によって、または請求項14〜18に記載のシステムを用いて該被験者のT細胞レセプター(TCR)またはB細胞レセプター(BCR)レパトアを解析する工程;
(2)該解析の結果に基づいて、該被験者のがん細胞由来のTCRまたはBCRを決定する工程であって、該決定は該被験者のがん細胞由来のTCRまたはBCR遺伝子の存在頻度ランキングにおいて、上位ランクの配列が、該がん細胞由来のTCRまたはBCRとして選択することによってなされる、工程;
(3)決定された該がん由来のTCRまたはBCRに基づいて、HLA検査ペプチドの候補のアミノ酸配列を決定する工程であって、該決定は、HLA結合ペプチド予測アルゴリズムを用いて算出されたスコアに基づきなされる、工程;および
(4)決定されたペプチドを合成する工程;
を包含する、方法。 - (A)被験者に由来する抗原タンパク質または抗原ペプチドまたは該被験者に由来するリンパ球または請求項21に記載の前記決定されたペプチドと、該被験者に由来する不活化がん細胞と、該被験者に由来するTリンパ球とを混合し培養して腫瘍特異的T細胞を生産する工程;
(B)該腫瘍特異的T細胞のTCRを請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法によって、または請求項14〜18に記載のシステムを用いて解析する工程;および
(C)該解析の結果に基づいて、所望の腫瘍特異的T細胞を単離する工程
を包含する、in vitro抗原刺激による単離されたがん特異的TCR遺伝子を調製する方法。 - (A)工程は、前記被験者に由来するリンパ球と、該被験者に由来する不活化がん細胞と、該被験者に由来するTリンパ球とを混合し培養して腫瘍特異的T細胞を生産する工程である、請求項22に記載の方法。
- (A)工程は、請求項21に記載の前記決定されたペプチドと、該被験者に由来する不活化がん細胞と、該被験者に由来するTリンパ球とを混合し培養して腫瘍特異的T細胞を生産する工程である、請求項22に記載の方法。
- (A)共通のHLAを有する被験体から単離されたリンパ球または癌組織を提供する工程;
(B)該リンパ球または癌組織について、該腫瘍特異的T細胞のTCRを請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法によって、または請求項14〜18のいずれか1項に記載のシステムを用いて解析する工程;および
(C)腫瘍特異的T細胞に共通する配列を有するT細胞を単離する工程
を包含する、共通配列検索による単離されたがん特異的TCR遺伝子を調製する方法。 - 請求項25に記載の方法で単離されたがん特異的TCR遺伝子を用いてインビトロで刺激試験を行い有効性および/または安全性評価を行う方法。
- (A)患者から採取されたTリンパ球を提供する工程;
(B)該Tリンパ球を抗原刺激した後に、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法によって、または請求項9〜15のいずれか1項に記載のシステムを用いてTCRを解析する工程であって、該抗原刺激は、前記被験者に由来する抗原タンパク質または抗原ペプチド、該被験者に由来する不活性化がん細胞、または腫瘍由来イディオタイプペプチドによってなされる、工程;
(C)解析された該TCRにおいて最適抗原および最適TCRを選択する工程;および
(D)該最適TCRのTCR遺伝子の腫瘍特異的αおよびβTCR発現ウイルスベクターを生産する工程
を包含する細胞加工療法に使用するための該腫瘍特異的TCR遺伝子導入Tリンパ球を調製する方法。 - 前記抗原刺激は、前記被験者に由来する抗原タンパク質または抗原ペプチドによってなされる、請求項27に記載の方法。
- 前記抗原刺激は、前記被験者に由来する不活性化がん細胞によってなされる、請求項27または28に記載の方法。
- (C)工程は、前記被験体のがん組織に高発現する抗原を選択することを含む、請求項27〜29のいずれか1項に記載の方法。
- (C)工程は、抗原特異的リンパ球刺激試験において最も強くT細胞を活性させる抗原を選択することを含む、請求項27〜30のいずれか1項に記載の方法。
- (C)工程は、抗原刺激前後において請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法によって、または請求14〜18のいずれか1項に記載のシステムを用いてレパトア解析から特定のTCRの頻度を最も増加させる抗原を選択することを含む、請求項27〜31のいずれか1項に記載の方法。
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