JP2016135784A - 核酸の精製方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】本発明は、8〜13のpKaを有する不足量の核酸結合性のA基を備えているか、またはA基と、結合中および好ましくは溶出中、中性電荷を有する結合阻害性のN基とを有する、核酸結合相を用いて核酸を精製する方法であって、(a)核酸結合性のA基のpKよりも小さいpH(結合pH)で、核酸を核酸結合相に結合させる工程;(b)結合pHよりも大きいpH(溶出pH)で、該核酸を溶出させる工程を含む方法に関する。さらに、核酸の精製に使用され得る対応するキットおよび核酸結合相も開示する。本発明による手法により、低塩濃度の使用による核酸の精製、特に溶出が可能になり、そのため、精製された核酸の処理過程を直接行なうことができる、例えば、PCRに使用することができる。
【選択図】なし
Description
(a)核酸結合性のA基のpKよりも小さいpH(結合pH)で、核酸を核酸結合相に結合させる工程;
(b)結合pHよりも大きいpH(溶出pH)で、該核酸を溶出させる工程
を有する。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
核酸結合相を用いて結合と溶出によって核酸を精製する方法であって、該核酸結合相が:
(i)8〜13のpKを有する核酸結合性のA基と、
(ii)使用される結合pHにおいて中性電荷を有する電荷中性のN基と
を有すること;および
該方法が、少なくとも以下の工程:
(a)該核酸結合性のA基のpKよりも小さいpH(結合pH)で、該核酸を該核酸結合相に結合させる工程と、
(b)該結合pHよりも大きいpH(溶出pH)で、該核酸を溶出させる工程と
を有すること
を特徴とする方法。
(項目2)
前記核酸結合相が修飾支持材であり、前記修飾が:
(i)リガンドIが少なくとも1つのA基を有し、リガンドIIが少なくとも1つのN基を有する、少なくとも該リガンドIと該リガンドIIとを有する混合物での該支持材の修飾;
(ii)核酸結合リガンドでの該支持材の修飾であって、該リガンドのそれぞれが該リガンド内に1つ以上のA基と1つ以上のN基とを有する、修飾;
(iii)該A基が、少なくとも1つのN基を有する化合物によって立体遮蔽される、該A基および該N基での該支持材の修飾;および
(iv)該実施形態(i)〜(iii)の少なくとも2つの組合せによる該支持材の修飾
からなる群より選択されることを特徴とする、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記支持材が核酸結合性のA基で修飾されており、該支持材の一部だけがA基で占有されていることを特徴とする、核酸結合支持材を用いて結合と溶出によって核酸を精製する方法。
(項目4)
前記支持材が、以下の特徴:
(i)該支持材が、A基を有するシランでコートされたシリカ表面を有し、シランの量が0.1〜50μmol、好ましくは0.1〜10μmolであること;および/または
(ii)該支持材が、さらに、項目1によるN基を有すること;および/または
(iii)該支持材が、項目2において規定される1つ以上の修飾を有すること
の1つ以上を有することを特徴とする、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記核酸結合相が、以下の特徴:
(i)前記支持材が酸化物材料であること;および/または
(ii)該支持材が、Al2O3、TiO2、ZrO2、Ta2O5、SiO2およびポリケイ酸からなる群より選択されること;および/または
(iii)該支持材がSiO2もしくはポリケイ酸であること;および/または
(iv)該支持材が、特に、ポリスチレンおよびその誘導体、ポリアクリレートおよびポリメタクリレート、ならびにその誘導体、ポリウレタン、ナイロン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリブチリデン、ならびにこれらの材料のコポリマーからなる群より選択される有機ポリマーであること;および/または
(v)該支持材が多糖、特に、ヒドロゲル、例えば、アガロース、セルロース、デキストラン、セファデックス、セファクリルもしくはキトサンであること;および/または
(vi)該支持材がガラスもしくは金属であること;および/または
(vii)該支持材が磁性であること
の1つ以上を満たす支持材を有することを特徴とする、項目1〜4の1つ以上に記載の方法。
(項目6)
前記核酸結合相が、以下の特徴:
(i)前記A基が、9〜13、好ましくは10〜12、特に好ましくは10〜11のpKを有すること;および/または
(ii)該A基が、第3級、第2級もしくは第1級アミノ基であること;および/または
(iii)該A基が、重合性モノマーの一部であること;および/または
(iv)該A基が、事前に反応性シランとして適用しておいた開始剤分子に結合されていること;および/または
(v)該A基が、反応性シラン基の一部として導入したものであること;および/または
(vi)該A基が:
(式中
nは、1〜5であり、
Rは、C1〜C6、好ましくはC1〜C3アルキル基であり、
*は、アミノ、アミノメチル、アミノエチル、アミノプロピル、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジイソプロピルアミノ、ジプロピルアミノ、ジエタノールアミノ、ジプロパノールアミノ、ジエチレントリアミン、トリエチレンテトラミン、テトラエチレンペンタミン、エーテルアミン、ポリエーテルアミン、4−ジイソブチルアミノ−1−ブタン、6−ジプロピルアミノ−1−ヘキサンである)
からなる群より選択される化合物の一部として導入したものであること;および/または
(vi)該A基が、ジエチルアミノプロピルトリメトキシシラン、ジメチルアミノプロピルトリメトキシシランおよびN,N−ジイソプロピルアミノプロピルトリメトキシシランからなる群より選択される化合物の一部として導入したものであること
の1つ以上を満たすA基を有することを特徴とする、項目1〜5の1つ以上に記載の方法。
(項目7)
前記結合させる工程(a)および/または前記溶出させる工程(b)が、以下の特徴:
(i)該溶出させる工程(b)において、前記溶出pHはA基の前記pKよりも小さいこと;および/または
(ii)結合バッファーおよび/または溶出バッファーの塩濃度が1mM〜1000mM、1mM〜500mM、1mM〜250mMまたは1mM〜100mMであること;および/または
(iii)該塩濃度を、該結合させる工程(a)および/または該溶出させる工程(b)で変更しないか、あるいは溶出中で上昇させること;および/または
(iv)該結合バッファーのpHがpH2〜pH8、pH2〜pH7.5、pH4〜pH8またはpH4〜pH7.5であること、および/または
(v)該溶出バッファーのpHがpH2〜pH10、pH4〜pH10、pH7〜pH10またはpH8〜pH9であること;および/または
(vi)温度を、該結合させる工程(a)および/または該溶出させる工程(b)で変更しないか、あるいは溶出中で上昇させること;および/または
(vii)該溶出させる工程の温度が2℃〜95℃または21℃〜60℃であること
の1つ以上を満たす条件下で行なわれることを特徴とする、項目1〜6の1つ以上に記載の方法。
(項目8)
前記N基が、以下の特徴:
(i)該N基が、ヒドロキシル基、ジオール基、トリオール基、ポリオール基、糖類、エポキシド基、ハライド、アルキル基、好ましくは、C1〜C6アルキル基、アルケン基、アルキレン基、イミド基、エーテル基、もしくはポリエーテル基からなる群より選択されること、および/または
(ii)該N基が、2<pH<12のpH範囲の電荷中性であること;および/または
(iii)該N基が、使用される前記溶出pHにおいて中性電荷を有すること;および/または
(iv)該N基が、重合性モノマーの一部として導入したものであること;および/または
(v)該N基が、事前に反応性シランとして適用しておいた開始剤分子に結合されていること;および/または
(vi)該N基が、反応性シラン基の一部として導入したものであること;および/または
(vii)該N基が、
(式中
nは、1〜5であり、
Rは、C1〜C6、好ましくはC1〜C3アルキル基、特に、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルであり;
*は、アミノ、アミノメチル、アミノエチル、アミノプロピル、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジイソプロピルアミノ、ジプロピルアミノ、ジエタノールアミノ、ジプロパノールアミノ、ジエチレントリアミン、トリエチレンテトラミン、テトラエチレンペンタミン、エーテルアミン、ポリエーテルアミン、4−ジイソブチルアミノ−1−ブタン、6−ジプロピルアミノ−1−ヘキサン、ヒドロキシメチル、ヒドロキシエチル、ヒドロキシプロピル、エタンジオール、プロパンジオール、プロパントリオール、ブタントリオール、3−グリシドオキシプロピル、エチルグリシジルエーテル、アルキル原子団、特に、C1〜C4アルキル原子団、特に、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ハライドまたは水素である)
からなる群より選択される化合物の一部として導入したものであること
の1つ以上を満たすことを特徴とする、項目1〜7の1つ以上に記載の方法。
(項目9)
以下の特徴:
(i)前記支持材が、シラン処理によって前記A基と前記N基とを備えたものであること;および/または
(ii)該A基および/または該N基および/またはT基が、反応性シランによって導入されたものであること;および/または
(iii)該A基および/または該N基が、単官能性、二官能性もしくは三官能性の反応性シランまたは異なる官能基を有する少なくとも2つの反応性シランの混合物によって導入されたものであること;および/または
(iv)該A基および/または該N基が、アミノシラン、ジシラザン、クロロシランもしくはアルコキシシランからなる群より選択される反応性シランによって導入されたものであること;および/または
(v)該N基に対する該A基の比率が1%〜99%、1〜50%、好ましくは1%〜25%であること
の1つ以上を満たすことを特徴とする、項目1〜8の1つ以上に記載の方法。
(項目10)
以下の特徴:
(i)前記支持材が、開始剤分子Tで修飾し、続いてモノマーの形態で導入された前記A基および/または前記N基で修飾したものであること;および/または
(ii)該支持材が、以下の特徴:
(aa)該開始剤分子が反応性シランであること;および/または
(bb)該開始剤分子が、
(式中、Xは、ハロゲン、特にCl、Br、Iであり、
Y1、Y2、Y3またはY4は、互いに独立して、R、OR、OHまたはHであり、
Rは、C1−C3アルキルである)
からなる群より選択されることの1つ以上を有する該開始剤分子Tで修飾したものであること、
(iii)該開始剤分子が2−(クロロメチル)アリルトリメトキシシランであること;
(iv)該開始剤分子が[3−(2−ブロモイソブチリル)プロピル]エトキシジメチルシランであること、
(v)該A基が、
N−(3−アミノメチル)メタクリルアミド、N−(3−アミノエチル)メタクリルアミド、N−(3−アミノプロピル)メタクリルアミド、N−(3−アミノイソプロピル)メタクリルアミド、N,N−ジメチルアクリルアミド、N,N−ジエチルアクリルアミド、N,N−ジイソプロピルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルアクリレート、N,N−(ジメチルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルメタクリレート、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルアクリレート、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリレート、N,N−(ジエチルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)エチルアクリレート、N,N−(ジエチルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)エチルメタクリレート、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルアクリレート、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルメタクリレート、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルアクリレート、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリレート、N,N−(ジイソプロピルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)プロピルアクリレート、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリレート、2−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリレート
からなる群より選択されるモノマーによって導入されたものであること、および/または
(vi)該N基が、
アクリル酸ブチル、アクリル酸プロピル、アクリル酸エチル、アクリル酸メチル、メタクリル酸グリシジル、メタクリル酸ヒドロキシエチル(HEMA)、メタクリル酸グリシドオキシプロピル、グリセロールモノメタクリレート(異性体混合物)、グリコールモノメタクリレート、アクリル酸グリシジル、アクリル酸ヒドロキシエチル、アクリル酸グリシドオキシプロピル、グリセロールモノアクリレート(異性体混合物)、グリコールモノアクリレートおよびN−アクリルオキシスクシンイミド
からなる群より選択されるモノマーによって導入されたものであること
の1つ以上を特徴とする、項目2〜9の1つ以上に記載の方法。
(項目11)
前記支持材が、A基を有する化合物で少なくとも一部が官能性付与されている開始剤基Tを有し、該A基がN基によって立体遮蔽されており、該立体遮蔽が、以下の修飾:
(i)該N基が、該A基を立体遮蔽する分枝鎖もしくは非分枝鎖のオリゴマーもしくはポリマーの形態であること;および/または
(ii)該N基が、n=10〜1000、好ましくはn=10〜100の鎖長を有するモノマーで構成されたオリゴマーもしくはポリマーの形態であること;および/または
(iii)該N基が、好ましくは、下記式:
によるポリアクリレートとして存在していること、
(iv)該N基が、例えば、イソプロピル、イソブチル、tert−ブチルもしくはn−ヘキシル原子団などの空間的に広がった基を有すること、あるいは該基であること
の1つ以上によってもたらされることを特徴とする、項目1〜10の1つ以上に記載の方法。
(項目12)
以下の代替法(A)〜(F):
代替法(A):前記リガンドIが少なくとも1つのA基を有し、前記リガンドIIが少なくとも1つのN基を有する、少なくとも該リガンドIと該リガンドIIとを有する混合物での前記支持材の官能性付与;および/または
代替法(B):
(a)開始剤分子Tと少なくとも1つのA基を有するリガンドとの混合物での該支持材の官能性付与ならびに、(b)少なくとも1つのN基を有する化合物の添加ならびに該開始剤分子Tへの該化合物の結合;および/または
代替法(C):核酸結合リガンドでの該支持材の官能性付与であって、該リガンドのそれぞれが該リガンド内に1つ以上のA基と1つ以上のN基とを有する官能性付与;および/または
代替法(D):該A基が、少なくとも1つのN基を有する化合物によって立体遮蔽される、該A基および該N基での該支持材の官能性付与;および/または
代替法(E):準化学量論量のA基での該支持材の官能性付与;および/または
代替法(F):代替法(A)〜(E)の少なくとも2つの組合せによる該支持材の官能性付与
の少なくとも1つに従って行なわれる、項目1〜6および8〜11の1つ以上において規定される核酸結合支持材の調製方法。
(項目13)
以下の特徴:
(i)前記A基が、第3級、第2級もしくは第1級アミノ基であること;および/または
(ii)前記N基が、ヒドロキシル基、ジオール基、トリオール基、ポリオール基、糖類、エポキシド基、ハライド、C1〜C6アルキル基、アルケン基、アルキレン基、イミド基、エーテル基、もしくはポリエーテル基からなる群より選択されること、および/または
(iii)該N基が、前記溶出pHにおいて、好ましくは2<pH<12の特定のpH範囲において電荷中性であること;および/または
(iv)該A基および/または該N基がモノマーによって導入されること;および/または
(v)該A基および/または該N基がシラン処理によって導入されること;および/または
(vi)該A基および/または該N基が反応性シランによって導入されること;および/または
(vii)該A基および/または該N基が、単官能性または二官能性および/または三官能性の反応性シランの使用によって導入されること;および/または
(viii)該A基および/または該N基が、アミノシラン、ジシラザン、クロロシランもしくはアルコキシシランからなる群より選択される反応性シランの使用によって導入されること;および/または
(ix)該A基および/または該N基が:
(式中
nは、1〜5であり、
Rは、C1〜C6、好ましくはC1〜C3アルキル基、特に、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルであり;
*は、アミノ、アミノメチル、アミノエチル、アミノプロピル、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジイソプロピルアミノ、ジプロピルアミノ、ジエタノールアミノ、ジプロパノールアミノ、ジエチレントリアミン、トリエチレンテトラミン、テトラエチレンペンタミン、エーテルアミン、ポリエーテルアミン、4−ジイソブチルアミノ−1−ブタン、6−ジプロピルアミノ−1−ヘキサン、ヒドロキシメチル、ヒドロキシエチル、ヒドロキシプロピル、エタンジオール、プロパンジオール、プロパントリオール、ブタントリオール、3−グリシドオキシプロピル、エチルグリシジルエーテル、アルキル原子団、特に、C1〜C4アルキル原子団、特に、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ハライドまたは水素である)
からなる群より選択される反応性シランによって導入されること、
(x)該A基および該N基が、該A基の比率が1%〜99%、1〜50%、好ましくは1%〜25%となるような比で導入されること;および/または
(xi)該支持材が、以下の特徴:
(aa)該開始剤分子がシラン処理によって適用されること;および/または
(bb)該開始剤分子がシランであること;および/または
(cc)該開始剤分子が、
(式中、Xは、ハロゲン、特にCl、Br、Iであり、
Y1、Y2、Y3またはY4は、互いに独立して、R、OR、OHまたはHであり、
Rは、C1〜C3アルキルである)
からなる群より選択されること
の1つ以上を有する開始剤分子Tで修飾されること、
(xii)使用される該開始剤分子が、2−(クロロメチル)アリルトリメトキシシランであること;
(xiii)使用される該開始剤分子が、[3−(2−ブロモイソブチリル)プロピル]エトキシジメチルシランであること;および/または
(xiv)該A基が、
2−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリレート、
N−(3−アミノメチル)メタクリルアミド、N−(3−アミノエチル)メタクリルアミド、
N−(3−アミノプロピル)メタクリルアミド、N−(3−アミノイソプロピル)メタクリルアミド、
N,N−ジメチルアクリルアミド、N,N−ジエチルアクリルアミド、N,N−ジイソプロピルアクリルアミド、
N,N−(ジメチルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルアクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルメタクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルアクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)エチルアクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)エチルメタクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルアクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルメタクリレート、
N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルアクリレート、
N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリレート、
N,N−(ジイソプロピルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)プロピルアクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリレート
からなる群より選択されるモノマーによって導入されること、および/または
(xiv)N基が、アクリル酸ブチル、アクリル酸プロピル、アクリル酸エチル、アクリル酸メチル、メタクリル酸ヒドロキシエチル(HEMA)、メタクリル酸グリシジル、メタクリル酸グリシドオキシプロピル、グリセロールモノメタクリレート(異性体混合物)、N−アクリルオキシスクシンイミドおよびグリコールモノメタクリレート
からなる群より選択されるモノマーによって導入されること
の少なくとも1つを満たすことを特徴とする、項目12に記載の方法。
(項目14)
核酸を精製するための、項目1〜6および8〜11の1つ以上において規定される、または項目12と13のいずれかにより得られ得る、核酸結合支持材の使用。
(項目15)
項目1〜6および8〜11の1つ以上による支持材、または項目12もしくは13により得られ得る支持材を有することを特徴とする、核酸を精製するためのキット。
この実施形態を図2により詳細に示す。この概念の実現には種々の可能性がある。
したがって、この実施形態でも、特に、核酸結合相からの核酸の溶出に低塩濃度が使用され得るため、前記核酸のさらなる処理過程を直接行なうことが可能な条件下で核酸を溶出させることが可能である。
N−(3−アミノメチル)メタクリルアミド、N−(3−アミノエチル)メタクリルアミド、
N−(3−アミノプロピル)メタクリルアミド、N−(3−アミノイソプロピル)メタクリルアミド、
N,N−ジメチルアクリルアミド、N,N−ジエチルアクリルアミド、N,N−ジイソプロピルアクリルアミド、
N,N−(ジメチルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルアクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)エチルメタクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルアクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)エチルアクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)エチルメタクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルアクリレート、
N,N−(ジエチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジエチルアミノ)プロピルメタクリレート、
N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルアクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルアクリレート、
N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリレート、
N,N−(ジイソプロピルアミノ)プロピルアクリルアミド、N,N−(ジイソプロピルアミノ)プロピルアクリレート、
N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリルアミド、N,N−(ジメチルアミノ)プロピルメタクリレート、2−(ジメチルアミノ)エチルメタクリレート(DMAEMA)および2−(ジイソプロピルアミノ)エチルメタクリレート
などである。
nは、1〜5であり、
Rは、C1〜C6、好ましくはC1〜C3アルキル基であり、
*は、アミノ、アミノメチル、アミノエチル、アミノプロピル、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジイソプロピルアミノ、ジプロピルアミノ、ジエタノールアミノ、ジプロパノールアミノ、ジエチレントリアミン、トリエチレンテトラミン、テトラエチレンペンタミン、エーテルアミン、ポリエーテルアミン、4−ジイソブチルアミノ−1−ブタン、6−ジプロピルアミノ−1−ヘキサンである)
である。
nは、1〜5であり、
Rは、C1〜C6、好ましくはC1〜C3アルキル基であり;
*は、ヒドロキシメチル、ヒドロキシエチル、ヒドロキシプロピル、エタンジオール、プロパンジオール、プロパントリオール、ブタントリオール、3−グリシドオキシプロピル、エチルグリシジルエーテル、アルキル原子団、特に、C1〜C4アルキル原子団、ハライドまたは水素である)
である。
nは、1〜5であり、
Rは、C1〜C6、好ましくはC1〜C3アルキル基、特に、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルであり;
*は、アミノ、アミノメチル、アミノエチル、アミノプロピル、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジイソプロピルアミノ、ジプロピルアミノ、ジエタノールアミノ、ジプロパノールアミノ、ジエチレントリアミン、トリエチレンテトラミン、テトラエチレンペンタミン、エーテルアミン、ポリエーテルアミン、4−ジイソブチルアミノ−1−ブタン、6−ジプロピルアミノ−1−ヘキサン、ヒドロキシメチル、ヒドロキシエチル、ヒドロキシプロピル、エタンジオール、プロパンジオール、プロパントリオール、ブタントリオール、3−グリシドオキシプロピル、エチルグリシジルエーテル、アルキル原子団、特に、C1〜C4アルキル原子団、特に、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ハライドまたは水素である。
(a)1〜13のpH;および/または
(b)1mM〜1000mM、特に好ましくは1mM〜200mM、1mM〜250mM、または1mM〜100mMの塩濃度
の少なくとも1つを有する結合バッファーを有する。
(a)2〜7、好ましくは4〜7のpH;
および/または
(b)1mM〜1000mM、特に好ましくは1mM〜800mM、1mM〜600mMの塩濃度;および/または
(c)水、生物学的バッファー、有機バッファー、特に、Tris、Tris−Bis、MIS、MOPS、CHAPSおよびHEPESからなる群より選択されること
の少なくとも1つを有する洗浄バッファーを有する。
(a)8〜10、好ましくは8〜9のpH
および/または
(b)1mM〜1000mM、特に好ましくは1mM〜200mM、1mM〜250mM、または1mM〜100mMの塩濃度;および/または
(c)水、生物学的バッファー、有機バッファー、特に、Tris、Tris−Bis、MIS、MOPS、CHAPSおよびHEPESからなる群より選択されること
の少なくとも1つを有する溶出バッファーを有する。
本実験では、プラスミドDNAを核酸モデル系として使用した。
A.1) 1:1のモル比2−(クロロメチル)アリルトリメトキシシランおよびDEAPSでのシリカゲルのシラン処理(AAK01−10)
材料
支持材:ほぼ150nmの孔径を有するシリカ/シリカゲル。比表面積は、ほぼ25m2/gである。
三つ口フラスコに、70mlの水、2.5mlのQSP1バッファー(QIAGEN)、322μlの2−(クロロメチル)アリルトリメトキシシランおよび413μlのDEAPSを仕込み(pHは5.3となった)、次いで、18gのシリカゲルを添加した。混合物を攪拌しながら95℃まで20分間以内で加熱し、この温度でさらに4時間攪拌し、次いで、攪拌しながら1時間冷却した。シリカゲルをP3ガラスフリットによって除去し、逐次、32.3gのTris/NaClバッファー、30mlの脱イオン水で2回、35mlのメタノールで2回、最後に30mlのメタノールで洗浄した。最終支持材AAK01−10を125℃で一晩乾燥させた。
結合は、50mM Tris−HCl(pH7.0)、15%エタノールのバッファー中で行なった。溶出は、バッファーB(50mM Tris−HCl(pH7.0),15%エタノール,2M NaCl)の0%〜100%の段階的勾配の23分間にわたる流動、およびUV分光法による連続的な溶出DNAの量の測定を伴った。有意な量のDNAが最初に溶出されたNaCl濃度を溶出点として記録した。ここでは、N基の導入により、溶出点が有意に低下することが示された。
材料
出発材料:修飾シリカゲルAAK01−10(プロトコルA.1を参照のこと)
コーティング試薬:メタクリル酸ヒドロキシエチル(HEMA)
調製プロトコル
HEMAオリゴマーを、Cu(I)触媒型原子移動ラジカル重合(ATRP)の補助により、事前に結合させたクロロシラン上で合成する。
NaCl/100mM EDTAバッファーで数回洗浄し、次いで、VE水で数回洗浄し、8mlのメタノールで1回、7mlのメタノールで2回洗浄する。最終支持材AAK01−11を60℃で14時間乾燥させた。
実験は、A.1に記載のようにして行なった。プロトン化性基(DEAPS)のみでコートした支持材AAK01−31は、pH7.0で1500mM NaClに溶出点を示す。したがって、核酸の溶出には、かなり高い塩濃度が必要とされる。HEMA修飾シリカゲルAK01−11の溶出点は約400mM NaClである。したがって、溶出に必要とされるイオン強度は、ほぼ75%低下した。
a)FFシリカビーズ
以下の実験設定を選択した。使用した支持材はFFシリカビーズであった。
**:QNバッファーの組成:1600mM 塩化ナトリウム;50mM Tris15%エタノール水溶液,pH7に調整
結果を図6に示す。
b)MagAttract Beads G(QIAGEN)
以下の実験設定を選択した。使用した支持材は、磁性シリカビーズであるMagAttract Beads G(QIAGEN製)であった。
**:QNバッファーの組成:1600mM 塩化ナトリウム;50mM Tris15%エタノール水溶液,pH7に調整.
結果を図7に示す。
本発明によるランダムおよび/またはブロック(コ)ポリマーは、まず、開始剤基Tを適切な支持材に、本明細書において以下に一例として示すようにして適用することにより調製する。次いで、前記開始剤基を、後続の工程においてA基および/またはN基のリガンド/ポリマー鎖を適用する開始点として使用する。
材料
支持材:シリカゲル(Fuji MB 1500−40/75/ロット:HT70594)
コーティング試薬:[3−(2−ブロモイソブチリル)プロピル]エトキシジメチルシラン(BPDS)
シランの量:800μmol/gの支持材
調製プロトコル
還流冷却器および排水器を備えた250ml容KPG攪拌器(乾燥)に、まず、10.0gの支持材、200mlの乾燥シクロヘキサンおよび2490mgの[3−(2−ブロモイソブチリル)プロピル]エトキシジメチルシランを仕込んだ。
本発明の弱いイオン交換体は、A基および/またはN基のランダムポリマー鎖を、出発材料である開始剤基T(KI04)担持修飾支持材上で伸長させることにより調製した。
この実験の組の出発材料は、開始剤としてBPDSを有するシリカゲル開始剤(KI04d)とした。
DMAEMA:HEMA
100:0 T 16.0mmol:0.0mmol(KI04d−01)
50:50 T 8.0mmol:8.0mmol(KI04d−03)
30:70 T 4.8mmol:11.2mmol(KI04d−04)
20:80 T 3.2mmol:12.8mmol(KI04d−05)
10:90 T 1.6mmol:14.4mmol(KI04d−07)
材料
シリカゲル開始剤:KI04d
モノマー:DMAEMAおよびHEMA
リガンド:0.96mmolの2,2’−ビピリジル(bdy)
銅塩:0.48mmolの臭化銅I(精製済)
溶媒:36mlのジメチルホルムアミド(DMF)
開始剤:Cu(I):リガンド比=1:4:8
開始剤:モノマー(1種類または複数種)比=1:133
調製プロトコル
KPG攪拌器(ガラス製ガイドスリーブ)、アルゴン接続口および計泡器(またはダイヤフラムポンプへの接続口)を備えた100ml容三つ口フラスコに、まず、150mgのbdyと68.8mgの臭化銅Iを仕込んだ。
KI04d−03=1350μlのDMAEMA:972μlのHEMA
KI04d−04=810μlのDMAEMA:1360μlのHEMA
KI04d−05=540μlのDMAEMA:1555μlのHEMA
KI04d−07=270μlのDMAEMA:1750μlのHEMA
リガンドとモノマー(1種類または複数種)の混合物を、まず、超音波浴内で5分間処理した後、ガス空間を高真空下で5分間真空にした。
5×8mlのDMF
5×8mlのTHF
5×8mlの0.1M EDTA/酢酸バッファー(pH3.6)(氷酢酸を含む0.2M酢酸ナトリウム)
2×8mlのTris/NaClバッファー(pH7.0)
3×8mlの水および
3×8mlのメタノール
で洗浄した。
KI04d−01=1.31g
KI04d−03=1.20g
KI04d−04=1.23g
KI04d−05=1.29g
KI04d−07=1.21g
得られたアニオン交換体(修飾支持材、すなわちシリカゲル)および出発材料(シリカゲル開始剤)を、そのpDNA結合能に関して試験し(これは、本明細書において以下により詳細に説明する)、対応する溶出プロフィールを記録した。
この実験の組の出発材料は、BPDSを開始剤とするシリカゲル開始剤(KI04e)とした。
材料
シリカゲル開始剤:KI04e
モノマー:DMAEMA
リガンド:7.2mmolの2,2’−ビピリジル(bdy)
銅塩:3.6mmolの臭化銅I(精製済)
溶媒:270mlのジメチルホルムアミド(DMF)
開始剤:Cu(I):リガンド比=1:4:8
開始剤:モノマー比=1:133
調製プロトコル
KPG攪拌器(ガラス製ガイドスリーブ)、アルゴン接続口および計泡器(またはダイヤフラムポンプへの接続口)を備えた500ml容三つ口フラスコに、まず、1125mgのbdyと516mgの臭化銅Iを仕込んだ。
5×60mlのDMF
5×60mlのTHF
5×60mlの0.1 M EDTA/酢酸バッファー(pH3.6)(氷酢酸を含む0.2M酢酸ナトリウム)
2×60mlのTris/NaClバッファー(pH7.0)および
3×60mlの水
で洗浄した。
材料
シリカゲル開始剤:KI04e−01
モノマー:HEMA
リガンド:0.96mmolの2,2’−ビピリジル(bdy)
銅塩:0.48mmolの臭化銅I(精製済)
溶媒:36mlのジメチルホルムアミド(DMF)
開始剤:Cu(I):リガンド比=1:4:8
開始剤:モノマー比=1:200
調製プロトコル
KPG攪拌器(ガラス製ガイドスリーブ)、アルゴン接続口および計泡器(またはダイヤフラムポンプへの接続口)を備えた100ml容三つ口フラスコに、まず、150mgのbdyと68.8mgの臭化銅Iを仕込んだ。
5×8mlのDMF
5×8mlのTHF
5×8mlの0.1 M EDTA/酢酸バッファー(pH3.6)(氷酢酸を含む0.2M酢酸ナトリウム)
2×8mlのTris/NaClバッファー(pH7.0)
3×8mlの水および
3×8mlのメタノール
で洗浄した。
Claims (1)
- 明細書に記載された発明。
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