JP2016105096A - バイオマーカー及び治療の方法 - Google Patents

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Abstract

【課題】ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性がある癌患者を同定するための方法を提供する。【解決手段】患者の癌が大量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含み、ここで、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性があることを示す。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１０年８月３１日に出願された米国特許出願第６１／３７８，９１１号、２０１０年１０月５日に出願された米国特許出願第６１／３８９，９２２号、２０１０年１０月７日に出願された米国特許出願第６１／３９０，９９５号、２０１０年１２月７日に出願された米国特許出願第６１／４２０，７０３号、２０１１年５月１８日に出願された米国特許出願第６１／４８７，５２７号、２０１１年６月１日に出願された米国特許出願第６１／４９２，３３８号、および２０１１年６月３０日に出願された米国特許出願第６１／５０３，４８９号に対する優先権を主張し、その内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＥＦＳ−ＷＥＢ経由でＡＳＣＩＩフォーマットで提出された配列表を含み、その全体が本明細書中で参照することにより援用される。前記ＡＳＣＩＩコピーは２０１１年８月２０日に作成され、Ｐ４４９２Ｒ１Ｕ．ｔｘｔと命名され、大きさは１６５１３バイトである。
発明の分野
本発明は、癌バイオマーカーに関する。特に、本発明は、患者の選択及び癌の予後のためのバイオマーカーとして、並びに治療的処置の方法、製造品及びそれらを製造するための方法、診断キット、検出の方法及びこれに関連する広告の方法としてのｃ−ｍｅｔに関する。
背景
癌は、ヒトの健康に対して最も致命的な脅威の一つである。米国において、癌は毎年約１３０万人の新規患者に影響を及ぼし、心臓病に続く死亡原因の第２位であり、死者４人に約１人を占める。例えば、乳癌は、２番目に多い癌の病態であり、米国の女性に２番目に多い癌の死亡原因である。また、癌は、５年以内に死亡原因の第１位として、心血管疾患を上回ることが予測されている。固形腫瘍はこれらの死亡のほとんどに関与している。特定の癌の治療に大きな進歩があったものの、全ての癌の全体的な５年生存率は過去２０年間でほんの約１０％向上したにすぎない。癌、又は悪性腫瘍は、転移し、制御不能な様態で急速に増殖し、時宜を得た検出と治療を非常に困難にしている。
癌の治療における著しい進歩にもかかわらず、改善された治療法が今もなお求められている。
本明細書に引用される全ての参考文献は、特許出願および刊行物を含み、その全体が参考により組み込まれる。
効果的に癌患者を治療するためのｃ−ｍｅｔアンタゴニストの使用が提供される。本出願はまた、任意でｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる疾患の治療で使用するための疾患を診断するためのより良い方法を提供する。特に、本発明は、第二及び第三ラインの非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の患者に、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））との併用で、抗ｃ−ｍｅｔ抗体ＭｅｔＭＡｂ（オナルツズマブ（ｏｎａｒｔｕｚｕｍａｂ））の無作為化第ＩＩ相臨床試験からのデータを提供する。ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、無増悪生存期間および全生存期間で評価され、ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブによる治療が、臨床的に意味のある利益を与えた患者集団、及びＭｅｔＭＡｂとエルロチニブによる治療が、（エルロチニブ単独による治療と比較して）癌の進行と死亡のリスクを著しく増加させた患者集団を同定するために使用された。この悪い転帰は、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、ＥＧＦＲアンタゴニストと組み合わせて）を用いた治療の恩恵を受ける患者を選択する必要性を強調する。
臨床試験において、ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブによる治療は、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを高レベルで発現したＮＳＣＬＣ患者に臨床的に有意義な恩恵を与えた。結果は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）および全生存期間（ＯＳ）によって評価され、その効果は、特にエルロチニブの治療単独でのＰＦＳとＯＳのデータと比較したときに陽性であった。その差は統計学的に有意であり、エルロチニブに対するＭｅｔＭＡｂの追加は、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを高レベルで発現したＮＳＣＬＣ患者における無増悪生存期間および全生存期間をほぼ２倍にした。臨床試験データはまた、エルロチニブとの併用によるＭｅｔＭＡｂによる治療は、エルロチニブ単独で治療される患者での増悪と死亡のリスク比べて、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを低レベルで発現するＮＳＣＬＣ患者における増悪 と死亡のリスクを増加させることを示した。結果は、その効果が、無増悪生存期間（ＰＦＳ）および全生存期間（ＯＳ）によって評価される場合、特にエルロチニブの治療単独でのＰＦＳとＯＳのデータと比較したときに、ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブで治療された患者において不良であることを示した。その差は統計的に有意であった。
臨床試験データはまた、エルロチニブで治療したＮＳＣＬＣ患者において、高い（「上昇した」とも称する）ｃ−ｍｅｔの発現が予後の不良と強く関連付けられていることを示した。高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現するＮＳＣＬＣ患者は、低いｃ−Ｍｅｔバイオマーカーを発現するＮＳＣＬＣ患者に比較して、進行のリスクを増加させ、死亡リスクを約２倍とている。従って、高度なｃ−ｍｅｔの発現は、エルロチニブで治療された第二または第三ラインのＮＳＣＬＣ患者において、増悪と生存についての非常に重要な予後因子であった。
一態様において、本発明は、患者の癌が大量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含む、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性がある癌患者を同定するための方法を提供し、ここで、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性があることを示す。本明細書に使用される場合、「上昇した」又は「高い」ｃ−ｍｅｔとは治療に対する患者の応答性に関連したｃ−ｍｅｔの量を言及する。
別の態様において、本発明は、患者の癌が、大量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含む、癌患者の予後を決定するための方法を提供し、ここで患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されたときの、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、患者が全生存期間（ＯＳ）及び／又は無増悪生存期間（ＰＦＳ）が増加している可能性が高いことを示している。
別の態様において、本発明は、患者の癌が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含むｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定するための方法であって、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現がタンパク質の発現であって、患者からのサンプルにおいてＩＨＣを用いて決定され、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞であり、ｃ−ｍｅｔの発現がｃ−ｍｅｔ抗体を用いて決定され、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるときに、増加したＯＳ及び／又はＰＦＳを有する可能性があることを示す方法を提供する。
一態様において、本発明は、患者の癌サンプル中のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量を決定することを含み、患者の予後を決定する方法を提供する。幾つかの実施態様において、患者が抗ｃ−ｍｅｔ抗体とエルロチニブの併用により治療されるとき、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は増加したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、患者が抗ｃ−ｍｅｔ抗体とエルロチニブの併用により治療されるとき、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は減少したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。
一態様において、本発明は、患者の癌サンプル中のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定することを含み、治療効果を最適化する方法を提供する。
高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を含む本発明の方法の幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカータンパク質の発現が免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて患者からのサンプルにおいて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは２又は３である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは２である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは３である。幾つかの実施態様において、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度／高ｃ−ｍｅｔ染色強度の混合性又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロールの細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される。幾つかの実施態様において、細胞株Ａ５４９は中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。幾つかの実施態様において、細胞株Ｈ４４１は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、核酸の発現であり、遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（ｒｔＰＣｒｔＰＣなど）、ＲＮＮ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はＦＩＳＨを用いて患者由来のサンプルにおいて決定される。幾つかの実施態様において、癌が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有する患者は、癌が高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有さない患者と比較して大きいＰＦＳ及び／又はＯＳの可能性が増加している。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陽性（ｍｅｔ診断陽性臨床状態）である。
別の態様において、本発明は、患者の癌が少量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含む、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性が低い癌患者を同定するための方法を提供し、ここで、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性が低いことを示す。本明細書で使用される場合、「低い」量のｃ−ｍｅｔは、治療に対する応答の欠如と関連したｃ−ｍｅｔの量を指し、又は幾つかの実施態様において、治療に対してのより悪い応答（例えば無治療と比較して、減少した臨床的利益）に関連したｃ−ｍｅｔの量を指す。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて患者由来の試料において決定されるタンパク質の発現である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは１又は０である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは１である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは０である。幾つかの実施態様において、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が陰性ｃ−ｍｅｔ染色であり、５０％未満の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度であるが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロールの細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される。幾つかの実施態様において、細胞株Ｈ１１５５は陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。幾つかの実施態様において、細胞株ＨＥＫ２９３は低ｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陰性（ｍｅｔ診断陰性臨床状態）である。
一実施態様によれば、本発明は、患者が上昇した（多）量のｃ−ｍｅｔ（すなわち、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現）を有することを見出されている場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を患者に投与することを含む、癌の患者を治療するための方法に関する。
一態様において、本発明は、患者が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することを見出されている場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を患者に投与することを含む、癌の患者を治療するための方法を提供する。幾つかの実施態様において、患者の癌は多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見いだされている。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様において、高ｃ−ｍｅｔ抗体はＭｅｔＭＡｂ（オナルツズマブ（ｏｎａｒｔｕｚｕｍａｂ））である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカータンパク質の発現は、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて患者由来のサンプルにおいて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは２又は３である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは２である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは３である。幾つかの実施態様において、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度／高の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロールの細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される。幾つかの実施態様において、細胞株Ａ５４９は中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。幾つかの実施態様において、細胞株Ｈ４４１は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、核酸の発現であり、遺伝子発現プロファイル、ＰＣＲ（ｒｔＰＣｒｔＰＣなど）、ＲＮＮ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はＦＩＳＨを用いて患者由来のサンプルにおいて決定される。幾つかの実施態様において、患者は、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有さない患者と比較して大きいＰＦＳ及び／又はＯＳを有する（有する可能性が増加している）。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陽性臨床状態である。
加えて、本発明は、患者が少量（すなわち低いか又は実質的に検出不可能な量）のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見いだされている場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む、癌患者を治療するための方法に関する。
別の態様において、本発明は、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する（すなわち少量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有する）ことが見いだされている患者に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬の治療的有効量を投与することを含む、癌患者を治療するための方法を提供する。幾つかの実施態様において、患者の癌は低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見いだされている。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカータンパク質の発現は、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて患者由来のサンプルにおいて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは１又は０である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは１である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは０である。幾つかの実施態様において、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は陰性ｃ−ｍｅｔ染色の存在により検出され、５０％未満の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度であるが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロールの細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される。幾つかの実施態様において、細胞株Ｈ１１５５は陰性ｃ−ｍｅｔ染色を有する。幾つかの実施態様において、細胞株ＨＥＫ２９３は低ｃ−ｍｅｔ染色強度を有する。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陰性臨床状態である。
本発明はまた、患者からのサンプルにおいてｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定し、バイオマーカーの発現のレベルに基づいて癌の医薬を選択することを含む、癌患者の治療を選択するための方法に関する。一実施態様において、癌サンプルが高レベルでｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現している場合、患者はｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）による治療のために選択される。幾つかの実施態様において、患者は、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を用いて癌を治療される。従って、幾つかの実施態様において、患者の癌サンプルが高レベルでｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する場合、患者はｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）による治療のために選択され、（選択の後に）患者はｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を用いて癌を治療される。別の実施態様において、患者は、癌サンプルがｃ−ｍｅｔバイオマーカーを低レベルで発現する（例えば、癌サンプルがバイオマーカーを低レベル又は実質的に検出不可能なレベルで発現する）場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬による治療のために選択される。幾つかの実施態様において、患者は、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬の治療的有効量を用いて癌を治療される。従って、幾つかの実施態様において、癌サンプルが低レベル（すなわち低いか又は又は実質的に検出不可能なレベル）でｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する場合、患者はｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬（例えばエルロチニブなどのＥＧＦＲアンタゴニスト）による治療のために選択され、（選択の後に）患者はｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を用いて癌を治療される。
更に、本発明は、ターゲット層に対して、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するための癌医薬の使用を宣伝することを含む、癌医薬（例えばｃ−ｍｅｔ抗体）を広告するための方法に関する。宣伝は、利用できる任意の手段によって行うことができる。幾つかの実施態様において、宣伝はｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（抗ｃ−ｍｅｔ抗体など）の市販製剤に付随するパッケージ挿入物による。宣伝はまた、（治療がｃ−ｍｅｔアンタゴニストと第二医薬、例えばエルロチニブなどのＥＧＦＲアンタゴニストとの併用療法であるとき）第二医薬の市販製剤に付随するパッケージ挿入物による。宣伝は、医師又はヘルスケア提供者への書面若しくは口頭伝達によるものであってもよい。幾つかの実施態様において、宣伝は、パッケージ挿入物がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療を、幾つかの実施態様においてはＥＧＦＲアンタゴニスト（エルロチニブなど）など第二医薬との併用で、又は他の実施態様においては抗ＶＥＧＦ抗体との併用で、受けるための使用説明を与えるパッケージ挿入物による。幾つかの実施態様において、宣伝の後に第二医薬（例えばエルロチニブ）を含むか又は含まないｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる患者の治療が続く。幾つかの実施態様において、宣伝の後にｃ−ｍｅｔアンタゴニストを含むか又は含まない第二医薬による患者の治療が続く。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきであることを示している。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきではないことを示している。幾つかの実施態様において、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されるとき（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき）、ＰＦＳ及び／又はＯＳが増加した可能性を意味する。幾つかの実施態様において、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されるとき（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき）、ＰＦＳ及びＯＳが減少した可能性を意味する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが減少する。幾つかの実施態様において、宣伝は、パッケージ挿入物がＥＧＦＲとの併用による抗ｃ−ｍｅｔ抗体による治療を受けるための使用説明を提供するパッケージ挿入物による。幾つかの実施態様において、宣伝の後に第二医薬を含むか又は含まない抗ｃ−ｍｅｔ抗体による患者の治療が続く。
幾つかの態様において、本発明は、例えば、患者の生存を増加させ、患者の癌の再発のリスクを減少させ、及び／又は患者の生存の可能性を増加させるために、高レベルのｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する癌（ＮＳＣＬＣなど）患者に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体）による治療、幾つかの実施態様においては、第二医薬（例えばエルロチニブなどのＥＧＦＲアンタゴニスト）による治療を受けるための指示を提供することにより指示する方法を特徴とする。、幾つかの実施態様において、治療はＮＳＣＬＣ患者に、エルロチニブなどＥＧＦＲアンタゴニストと併用して投与される抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）を投与することを含む。幾つかの実施態様において、本方法は少なくとも化学療法剤による治療を受けるための使用説明を提供することを含む。ある実施態様において、患者は指示する方法により指導される。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきであることを示している。幾つかの実施態様において、使用説明は、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、患者の癌サンプルが低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する場合、患者の治療に使用されるべきではないことを示しており、ここで低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療される（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療される）とき、ＰＦＳ及びＯＳの減少を意味する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが減少する。
本発明はまた、例えば、生存を増加させ、患者の癌の再発の可能性を減少させ、及び／又は患者の生存の可能性を増加させるために、患者の癌が高い（上昇した）ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を発現しているヒト患者における癌（例えばＮＳＣＬＣ）の治療ためのｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）を販売することを含む、ビジネス方法を提供する。幾つかの実施態様において、治療は癌患者に、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）、幾つかの実施態様において、第二医薬（エルロチニブなどのＥＧＦＲアンタゴニスト）を投与することを含む。幾つかの実施態様において、販売後にｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（抗ｃ−ｍｅｔ抗体など）による患者の治療、幾つかの実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体及び／又はＥＧＦＲアンタゴニストによる治療が続く。幾つかの態様において、本発明はｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬による治療を受けるための使用説明を提供することにより、低い（低レベル又は実質的に検出不可能なレベル）のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する癌（ＮＳＣＬＣなど）患者に指示する方法を特徴とする。ある実施態様において、患者は指示する方法により指導される。
一態様において、本発明は、患者が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する、癌患者の治療のために使用のためのｃ−ｍｅｔアンタゴニストを提供する。幾つかの実施態様において、患者の癌は多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する。
一態様において、本発明は、患者が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現し、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に適した癌患者を同定するためのｃ−ｍｅｔ ＩＨＣアッセイのインビトロでの使用を提供する。幾つかの実施態様において、患者の癌は多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する。
一態様において、本発明は、癌（例えばＮＳＣＬＣ）患者由来のサンプル中でｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定するための一以上の試薬を包含する診断キットを提供する。診断キットは本明細書に記載の方法の何れかによる使用に適している。幾つかの実施態様において、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出は、増加したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出は、減少したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、キットはＮＳＣＬＣ患者を治療するためのｃ−ｍｅｔ医薬を選択するためのキットを使用するための説明書を更に含む。
一態様において、本発明は、患者が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現し、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に適した癌患者を同定するための診断キットの使用を提供する。幾つかの実施態様において、患者の癌は多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する。
本発明はまた、薬学的に許容される担体及びｃ−ｍｅｔアンタゴニストがｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現にもとづく癌患者の治療用であることを示したパッケージ挿入物を一緒にパッケージされて含有する製造品に関する。治療方法は、本明細書に開示される治療方法のいずれかを含む。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきであることを示している。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが増加する可能性がある。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきではないことを示している。幾つかの実施態様において、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されるとき（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき）、ＰＦＳ及びＯＳの減少を意味する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが減少する可能性がある。
関連した態様において、本発明は、癌の医薬を含む薬学的組成物と、薬学的組成物がｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現に基づき癌患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物をパッケージ中に組み合わせることを含む製造品を製造するための方法に関する。治療方法は、本明細書に開示される治療方法のいずれかを含む。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきであることを示している。幾つかの実施態様において、パッケージ挿入物は、患者の癌サンプルが低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現した場合に、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは患者を治療するために使用されるべきではないことを示している。幾つかの実施態様において、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されるとき（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき）、ＰＦＳ及びＯＳが増加した可能性を意味する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが減少する。
本明細書に記載の発明の何れかのある実施態様において、癌は、非小細胞肺癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）を含む）、腎細胞癌、膵臓癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、黒色腫、乳癌（トリプルネガティブ乳癌を含む）、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、骨肉腫、前立腺癌か又は神経膠芽腫であり得る。幾つかの実施態様において、癌はＮＳＣＬＣである。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣが第二ライン又は第３ラインの局所進行性又は転移性非小細胞肺癌である。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは腺癌である。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは扁平上皮癌である。他の典型的な癌は本明細書に記載される。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは、少なくとも１回の前の化学療法が奏効しなかった後の局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣである。
本明細書に与えられる発明の何れかのある実施態様において、患者はＩＩＩＢ／ＩＶ期に２つを上回る前治療を受けなかった。幾つかの実施態様において、患者は、ＥＧＦＲ阻害又は用量の変更を生じる既知のＥＧＦＲに関連した毒性により作用することができる治験薬又は市販薬に３０日を超えた曝露を受けなかった。ＥＧＦＲ阻害は、（限定されないが）ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びセツキシマブを含む。幾つかの実施態様において、患者は、無作為化の前２８日以内に化学療法、生物学的療法、放射線療法または治験薬を受けなかった（場合によっては、薬剤関連毒性が適切に解決されたとする条件で、キナーゼ阻害剤が無作為化の前２週間以内に用いられる場合がある）。幾つかの実施態様において、患者は未治療及び／又は活動性（進行しているか又は症候性制御のための抗けいれん薬やコルチコステロイドを必要とする）ＣＮＳ転移を持つ患者ではない。幾つかの実施態様において、患者の癌のサンプルは野生型ＥＧＦＲを有することが示されている。幾つかの実施態様において、患者の癌のサンプルは野生型ＥＧＦＲを有することが示されていない。他の患者除外基準は、実施例に記載されており、本発明では、そこに記載されている一以上の除外の使用を意図している。
例えば本明細書に記載の発明の何れかにおける使用に適したｃ−ｍｅｔアンタゴニストは当該分野で知られており、幾つかは、さらに、本明細書に記載される。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはアンタゴニスト抗ｃ−ｍｅｔ抗体である。ある実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号２）を含むＨＶＲ２；（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ３−ＨＣ；（ｄ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｅ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｆ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む。ある実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が一価であり、（ａ）重鎖を含む第一のポリペプチドであって、配列番号１１の配列を含む該ポリペプチド；（ｂ）軽鎖を含む第二のポリペプチドであって、配列番号１２の配列を含むポリペプチド；及びＦｃ配列を含む第三のポリペプチドであって、配列番号１３の配列を含むポリペプチドを含み、重鎖可ドメイン域及び軽鎖可変ドメインが複合体として存在し、単一の抗原結合の腕を形成し、第一及び第二のＦｃポリペプチドが複合体中に存在し、前記抗原結合の腕を含むＦａｂ分子と比較して前記抗体断片の安定性を増加させたＦｃ領域を形成する。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔ抗体はＭｅｔＭＡｂ（同じ意味で”オナルツズマブ（ｏｎａｒｔｕｚｕｍａｂ）”と称す）である。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、クリゾチニブ（ｃｒｉｚｏｔｉｎｉｂ）、チバンチニブ（ｔｉｖａｎｔｉｎｉｂ）、カボザンチニブ（ｃａｒｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ）、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ（ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ（ｒｉｌｏｔｕｍｕｍａｂ）、フォレチニブ（ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ）、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／又はＬＡ４８０である。本発明で使用するのに適した他のｃ−ｍｅｔアンタゴニストが、本明細書に記載される。
癌の医薬は、単独で、または他の癌医薬と組み合わせて使用することができる。例えば本明細書、幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体）は、ＥＧＦＲアンタゴニスト（例えば、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。ある実施態様において、エルロチニブは、３週間サイクルの毎日、１５０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。ある実施態様において、エルロチニブは、３週間サイクルの毎日、１００ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。ある実施態様において、エルロチニブは、３週間サイクルの毎日、５０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。典型的なプロトコルは、ＮＳＣＬＣ患者に対して、（ａ）３週間ごとに約１５ｍｇ／ｋｇの用量で抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）；及び（ｂ）３週間のサイクルの毎日に１５０ｍｇの用量でエルロチニブ（Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミン）を投与することである。他の実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体）は、抗ＶＥＧＦ抗体と化学療法（例えば、タキサン）と組み合わせて使用される。典型的なプロトコルは、トリプルネガティブ転移性乳癌患者に対して、２８日周期の１日目と１５日目に１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）、２８日周期の１日目と１５日目に１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）、及び２８日周期の１日目、８日目及び１５日目に静脈注射により９０ｍｇ／ｍ２の用量で投与されるパクリタキセルを投与することである。別の典型的なプロトコルは、トリプルネガティブ転移性乳癌患者に対して、２８日周期の１日目と１５日目に１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）、及び２８日周期の１日目、８日目及び１５日目に静脈注射により９０ｍｇ／ｍ２の用量で投与されるパクリタキセルを投与することである。ある実施態様において、ＭｅｔＭＡｂは約１５ｍｇ／ｋｇを３週間毎の投与量で、又は約１０ｍｇ／ｋｇを隔週の用量で投与される。幾つかの実施態様において、クリゾチニブ（ｃｒｉｚｏｔｉｎｉｂ）はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、カボザンチニブ（ｃａｒｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ）はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、フォレチニブ（ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ）はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、チバンチニブ（ｔｉｖａｎｔｉｎｉｂ）はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、ＭＧＣＤ−２６５はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、リロツムマブ（ｒｉｌｏｔｕｍｕｍａｂ）はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、フィクラツズマブ（ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。幾つかの実施態様において、ヒト化抗ＨＧＦ抗体ＴＡＫ−７０１はＥＧＦＲアンタゴニスト（幾つかの実施態様において、エルロチニブ）と組み合わせて使用される。他の癌の医薬が本明細書に記載される。
ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出が開示され、本明細書に例示される。本明細書に記載の方法の何れかの幾つかの実施態様において、患者の癌のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの高発現は高タンパク質発現であり、更なる実施態様において、ＩＨＣを用いて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは２又は３である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは３である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは２である。幾つかの実施態様において、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／高の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である（意味する）。幾つかの実施態様において、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは中程度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの高発現は（幾つかの実施態様においては定量的ＲＴ−ＰＣＲ又はインサイツハイブリダイゼーションを用いて検出される）高ｍＲＮＡ発現である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの高発現は（幾つかの実施態様においてはＦＩＳＨを用いて検出される）ｃ−ｍｅｔ遺伝子増幅である。他の実施態様において、遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（例えばｒｔＰＣＲなど）、ＲＮＮ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はＦＩＳＨが、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを検出するために使用される。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが増加する可能性がある（すなわち増加したＰＦＳ及び／又はＯＳの可能性がある）。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陽性臨床状態である。
本明細書に記載の方法の何れかの幾つかの実施態様において、患者の癌のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの低発現は低タンパク質発現であり、ＩＨＣを用いて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは１である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは０である。幾つかの実施態様において、ＩＨＣのスコアは０又は１である。幾つかの実施態様において、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーは陰性ｃ−ｍｅｔ染色であり、５０％未満の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度であるが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度である。幾つかの実施態様において、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されるとき（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき）、ＰＦＳ及びＯＳが増加した可能性を意味する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されない（又は幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲアンタゴニストとの併用でｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されない）患者に比較して、ＰＦＳ及び／又はＯＳが減少する可能性がある（すなわち減少したＰＦＳ及び／又はＯＳの可能性がある）。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陰性臨床状態である。
任意で、追加のバイオマーカーが、患者の試料中で検出され得る。幾つかの実施態様において、患者の癌が、野生型ＥＧＦＲを発現し（幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ遺伝子増幅を更に発現し、更なる実施態様において、ｃ−ｍｅｔ遺伝子増幅を発現しない）ことが見いだされている。幾つかの実施態様において、患者の癌が、ｋｒａｓとＥＧＦＲから選択されるバイオマーカーを発現することが見いだされている。幾つかの実施態様において、患者の癌が、変異型ｋｒａｓを発現することが見いだされている。幾つかの実施態様において、患者の癌が、野生型ｋｒａｓを発現することが見いだされている。幾つかの実施態様において、患者の癌が、変異型ＥＧＦＲを発現することが見いだされている。幾つかの実施態様において、患者の癌（例えば患者のＮＳＣＬＣ）が、未分化のリンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）トランスロケーションを発現することが見いだされている。幾つかの実施態様において、ＡＬＫのトランスロケーションは、ＥＭＬ４−ＡＬＫのトランスロケーションである。幾つかの実施態様において、患者の癌が、変異型ｃ−ｍｅｔを発現することが見いだされている。幾つかの実施態様において、患者の癌が、野生型ｃ−ｍｅｔを発現することが見いだされている。
バイオマーカー（例えば、ｃ−ｍｅｔバイオマーカー）の決定に関する更なる実施態様が、本明細書に開示される。
その他の態様において、本発明はｃ−ｍｅｔバイオマーカーを大量に発現する癌の治療に関連した患者における有害事象を評価するための方法を提供し、治療が、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、）ＭｅｔＭＡｂ（オナルツズマブ（ｏｎａｒｔｕｚｕｍａｂ）））により、その方法は、一以上の有害事象の数及び／又は重症度をモニタリングする工程を含む。典型的な有害事象が本明細書に開示される。
本特許又は特許出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含む。カラー図面を含むこの特許又は特許出願公報の複製は、請求と必要な料金の支払いによって特許庁により提供される。
図１は、コントロール細胞ペレットの典型的なＩＨＣ分析を示す。 図２は、ＮＳＣＬＣ腫瘍サンプルのＩＨＣ分析の例を示す。 図３は、エルロチニブ＋プラセボ（実線）対エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ（破線）によるＭｅｔの高い患者の治療の解析を示す。 図４は、エルロチニブ＋プラセボ（実線）対エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ（破線）によるＭｅｔの低い患者の治療の分析を示す。 図５は、エルロチニブ＋プラセボ（実線）対エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ（破線）による全患者の治療の分析を示す。 図６は、サブグループによって調べられたＰＦＳを示す。 図７は、サブグループによって調べられたＯＳを示す。 図８は、エルロチニブ＋プラセボで治療された患者におけるＭｅｔ発現による予後の分析を示す。Ｍｅｔ低＝破線；Ｍｅｔ高＝実線。 図９は、Ｍｅｔが高い患者におけるＰＦＳのサブグループ分析を示す。 図１０は、Ｍｅｔが高い患者におけるＯＳのサブグループ分析を示す。 図１１は、Ｍｅｔが低い患者におけるＰＦＳのサブグループ分析を示す。 図１２は、Ｍｅｔが低い患者におけるＯＳのサブグループ分析を示す。 図１３は、エルロチニブ＋プラセボ（実線）対エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ（破線）によるＭｅｔ診断陽性患者の治療の分析を示す。 図１４は、エルロチニブ＋プラセボ（実線）対エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ（破線）によるＭｅｔ診断陰性患者の治療の分析を示す。 図１５は、エルロチニブ＋プラセボ（実線）対エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ（破線）による全患者の治療の分析を示す。 図１６は、サブグループによって調べられたＯＳを示す。 図１７は、Ｍｅｔ診断陰性患者におけるＯＳの最終分析を示す。 図１８は、患者の特定の亜集団におけるＯＳ分析を示す。 図１９は、Ｍｅｔ発現がエルロチニブ＋プラセボで治療された患者において悪い転帰と関連していたことを示す。 図２０は、ｍｅｔＩＨＣの臨床スコアによるＭＥＴ ｍＲＮＡレベルの関係を示す。 図２１は、あまり厳格でないＭｅｔ発現のカットオフとより厳格なＭｅｔ発現のカットオフを使用して定められる、患者で評価されるエルロチニブとの併用によるＭｅｔＭＡｂの治療効果を示す。全てのハザード比は無成層の解析から推定された。
本発明の実施態様の詳細な記述
Ｉ．定義
ここでは、「患者」はヒトの患者である。患者は癌患者、すなわち、癌の一以上の症状に罹患しているか又は罹患するリスクにある者であり得る更に、患者は以前に治療された癌患者であり得る。患者はＮＳＣＬＣ癌患者、すなわち、ＮＳＣＬＣの一以上の症状に罹患しているか又は罹患するリスクにある者であり得る。更に、患者は以前に治療されたＮＳＣＬＣ患者であって良い。
用語「ｃ−ｍｅｔ」又は「Ｍｅｔ」は本明細書で使用される場合、特に明記しないない限り、任意の天然又は変異体（天然又は合成であろうとなかろうと）ｃ−ｍｅｔポリペプチドを指す。用語「野生型ｃ−ｍｅｔ」は一般に、天然に生じるｃ−ｍｅｔタンパク質のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。用語「野生型ｃ−ｍｅｔ配列」は一般に天然に生じるｃ−ｍｅｔに見いだされるアミノ酸配列を指す。
「抗ｃ−ｍｅｔ抗体」は、十分な親和性及び特異性でｃ−ｍｅｔに結合する抗体である。選択される抗体は通常ｃ−ｍｅｔに十分に強い結合親和性を有し、例えば、抗体はヒトｃ−ｍｅｔにＫｄ値が１００ｎＭから１ｐＭの間で結合し得る。抗体の親和性は、表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ（例えばＰＣＴ出願公開番号第２００５／０１２３５９号に記載されてビアコアアッセイなど）；酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）；及び競合アッセイ（例えばＲＩＡ）により決定することができる。ある実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、ｃ−ｍｅｔの活性が関与している疾患又は症状を標的とすること及び妨げることにおける治療剤として使用することができる。また、抗体は、例えば治療としての有効性を評価するために、他の生物学的活性アッセイを施してもよい。このようなアッセイは、当技術分野で公知であり、標的抗原に依存し、抗体としての使用を意図している。
「ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト」（同じ意味で「ｃ−ｍｅｔ阻害剤」と称す）はｃ−ｍｅｔの活性化又は機能を妨げる薬剤である。ｃ−ｍｅｔ阻害剤の例は、ｃ−ｍｅｔ抗体；ＨＧＦ抗体；小分子のｃ−ｍｅｔアンタゴニスト；ｃ−ｍｅｔチロシンキナーゼ阻害剤、アンチセンス及び阻害性ＲＮＡ（例えば、ｓｈＲＮＡ）分子（例えば、国際公開第２００４／８７２０７号を参照）を含む。好ましくは、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、ｃ−ｍｅｔと特異的に結合する抗体または小分子である。特定の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、約１，０００ｎＭ以下のｃ−ｍｅｔに対する結合親和性（解離定数）を有する。別の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、約１００ｎＭ以下のｃ−ｍｅｔに対する結合親和性を有する。その他の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、約５０ｎＭ以下のｃ−ｍｅｔに対する結合親和性を有する。特定の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、共有結合でｃ−ｍｅｔに結合している。特定の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、ＩＣ５０が１，０００ｎＭ以下でｃ−ｍｅｔシグナル伝達を阻害する。別の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、ＩＣ５０が５００ｎＭ以下でｃ−ｍｅｔシグナル伝達を阻害する。別の実施態様では、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、ＩＣ５０が５０ｎＭ以下でｃ−ｍｅｔシグナル伝達を阻害する。
「ｃ−ｍｅｔの活性化」とはｃ−ｍｅｔ受容体の、活性化、又はリン酸化を指す。一般に、ｃ−ｍｅｔの活性化はシグナル伝達（例えば、ｃ−ｍｅｔ受容体の細胞内キナーゼドメインにより、ｃ−ｍｅｔ又は基質ポリペプチドのチロシン残基のリン酸化を引き起こされる）を結果的に生じる。ｃ−ｍｅｔの活性化は、ｃ−ｍｅｔリガンド（ＨＧＦ）の、目的のｃ−ｍｅｔ受容体への結合により媒介されうる。ＨＧＦのｃ−ｍｅｔへの結合は、ｃ−ｍｅｔのキナーゼドメインを活性化する場合があり、それによって、ｃ−ｍｅｔのチロシン残基のリン酸化及び／又は付加的な基質ポリペプチドのチロシン残基のリン酸化を生じる。
被験体の「集団」は、臨床試験における場合、又は乳癌治療などの特定の効能に対するＦＤＡの承認後に腫瘍学者によって見られる場合、癌を有する被験体の群を指す。
本明細書で使用される場合、バイオマーカーに関して、「実質的なバイオマーカーの発現を保有していない」又は「実質的にバイオマーカーの発現は無い」という語句は、バイオマーカーが、統計的有意性のあるバックグラウンドレベルを超えた発現レベルを示していないことを意味する。本明細書で使用される場合、バイオマーカーに関して、「バイオマーカー発現が皆無かそれに近い」という語句は、バイオマーカーが生物学的に意味のある量の発現を示さないことを意味する。当技術分野で理解されるように、発現量は、バイオマーカーのサンプルと基準の対応物との間の比較を行うことが可能な限り、定量的又は定性的に決定することができる。発現は、例えば本明細書に記載のもの（例えば、ＩＨＣなど）を含み、当該分野で公知の任意のアッセイまたは技術に従って測定または検出することができる。
「遺伝子増幅」なる語句は、遺伝子又は遺伝子断片の複数のコピーが特定の細胞又は細胞株において形成されるプロセスを意味する。
本発明の方法のために、患者を「指導する」なる用語は、適用可能な治療、薬物、治療、治療レジメンなどを、任意の方法により、しかし好ましくは、パッケージ挿入物又は他の書面による宣伝資料の形態による等の文書で提供することを意味する。
本発明の方法では、用語「宣伝する」とは、特定の薬物、薬物の併用、又は治療法を、パッケージ挿入物の形態にあるような文書を含む任意の手段によって、提供し、広告し、販売し又は説明することを意味する。本明細書における宣伝とは、ＮＳＣＬＣの治療などの適応症のために、例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体及び／又はエルロチニブなどの治療薬の宣伝を言い、ここでその宣伝は、被験者の集団において統計的に有意な治療効果と許容される安全性に関連することが実証されたとして、食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認されている。
用語「マーケティング」は、製品（例えば、薬物）の宣伝、販売又は配布を記述するために本明細書で使用される。マーケティングは、製品の商品化を目的とした梱包、広告、および任意の事業活動を含む。
本明細書における目的のために、「以前に治療された」癌患者は以前に癌治療を受けている。
「難治性」癌は、化学療法剤などの抗腫瘍剤によってさえも進行するが、癌患者に投与されている。
「癌医薬」は癌の治療に有効な薬剤である。癌の医薬の例は、下記の化学療法剤および化学療法レジメン；ＭｅｔＭＡｂなどの抗ｃ−Ｍｅｔの抗体を含むｃ−ｍｅｔアンタゴニストを含む。
本明細書で用いられる「バイオマーカー」又は「マーカー」なる用語は一般的に、遺伝子、ｍＲＮＡ、タンパク質、糖質構造又は糖脂質を含む分子を指し、組織内又は組織上、又は細胞内又は細胞上、又は分泌内又は分泌上でのその発現は既知の方法（又はここで開示される方法）で検出することができ、かつ細胞、組織又は治療レジメンに対する患者の応答性に対して予測的であるか又は予測する（又は予測を補助する）ことに用いることができる。本明細書中で特に関心があるバイオマーカーは、ｃ−ｍｅｔである。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーはｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅（例えば、細胞の集団の平均は３以上、４以上、又は５以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピーか、又はそれ以上、例えば８以上、又は１０以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピー）を含まない。
「患者のサンプル」により、癌患者から得た類似細胞の収集物を意味する。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、血清又は血漿、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。一実施態様において、サンプルでは、ＮＳＣＬＣ（例えば、扁平上皮サブタイプまたは非扁平上皮サブタイプ）の腫瘍サンプルを含む。
医薬による処置に対する患者の「効果的な応答」又は患者の「応答性」及び類似した表現は、医薬の投与によって癌（例えばＮＳＣＬＣ）に罹患しているか又は癌のリスクにある患者に与えられる臨床的又は治療的利益を指す。このような利点は、生存（全生存および無増悪生存を含む）を延長すること；客観的奏効（完全寛解又は部分寛解を含む）をもたらすこと；又は癌の徴候又は症状を改善するなどのいずれか１つ以上を含む。一実施態様において、バイオマーカー（例えば、ＩＨＣを用いて決定されるｃ−ｍｅｔの発現）は、同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、医薬（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）で治療されたときに大きな無増悪生存（ＰＦＳ）を有することが期待されている患者を特定するのに使用される。一実施態様において、医薬で治療されて同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者に対して、又は医薬で治療されておらず同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者に対して、バイオマーカーは医薬で治療をうけたときにＰＦＳが減少することが期待される患者を同定するために使用される。一実施態様において、バイオマーカーは、同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者に対して、医薬で治療したときに、大きい全生存期間（ＯＳ）を有することが期待されている患者を同定するために使用される。一実施態様において、医薬で治療されて同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者に対して、又は医薬で治療されておらず同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者に対して、バイオマーカーは全生存期間（ＯＳ）が減少することが期待される患者を同定するために使用される。本明細書においてバイオマーカーの発現率は、そのような効果的な応答を効果的に予測したり、又は高感度に予測する。
「生存」は、生存している患者を指し、全生存並びに無増悪生存を含む。
「全生存期間」は、診断又は治療の時から例えば１年、５年などの定められた期間において生存している患者を指す。
「無増悪生存期間」とは、癌の進行又は悪化することなく、患者が生き残っていることを言う。
「生存の延長」とは、未治療の患者と比較して（すなわち、医薬で治療されていない患者と比較して）、又は指定レベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、及び／又は承認された抗腫瘍薬（エルロチニブの化学療法レジメンなど）で治療された患者と比較して、治療された患者における全生存期間又は無増悪生存期間の増加を意味する。
「客観的反応」とは、完全寛解（ＣＲ）又は部分寛解（ＰＲ）を含めて、測定可能な反応を意味する。
「完全寛解」又は「ＣＲ」は、治療に反応して癌の全ての徴候の消失を対象としている。これは、常に癌が治癒されたという意味ではない。
「部分寛解」又は「ＰＲ」は、治療に応答して、１つ以上の腫瘍又は病変の大きさの減少、又は体内での癌の範囲の減少を指す。
癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）患者に対する臨床的利点の増加に関連したバイオマーカーの「量」又は「レベル」は、バイオマーカーのレベルが患者の臨床的利点の増加に関連付けられており、生物学的試料中において検出可能なレベルを指す。これらは、当業者に知られており、また、本発明によって開示された方法により測定することができる。評価するのバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療に対する反応を決定するために使用することができる。幾つかの実施態様において、バイオマーカーの量又はレベルは、（例えば、患者の腫瘍サンプルの）ＩＨＣを用いて決定される。幾つかの実施態様において、癌患者における臨床的利点の増加に関連付けられているｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量又はレベルは、ＩＨＣスコアが２、ＩＨＣスコアが３、又はＩＨＣスコアが２又は３である。幾つかの実施態様において、癌患者における臨床的利点の増加に関連付けられているｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量又はレベルは、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、癌患者における臨床的利点の増加に関連付けられているｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量又はレベルは、中程度又は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。
癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）患者に対する臨床的利点の減少に関連したバイオマーカーの「量」又は「レベル」は、バイオマーカーのレベルが患者の臨床的利点の減少に関連付けられており、生物学的試料中において検出可能なバイオマーカーの欠損又は低い検出可能なレベルを指す。これらは、当業者に知られており、また、本発明によって開示された方法により測定することができる。評価するのバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療に対する反応を決定するために使用することができる。幾つかの実施態様において、バイオマーカーの量又はレベルは、（例えば、患者の腫瘍サンプルの）ＩＨＣを用いて決定される。幾つかの実施態様において、癌患者における臨床的利点の減少に関連付けられているｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量又はレベルは、ＩＨＣスコアが０、ＩＨＣスコアが１、又はＩＨＣスコアが０又は１である。幾つかの実施態様において、癌患者における臨床的利点の減少に関連したバイオマーカーの量又はレベルは陰性ｃ−ｍｅｔ染色であり、５０％未満の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度であるが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度である。
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のポリヌクレオチド、ｍＲＮＡ、又はアミノ酸生成物又はタンパク質の量を指す。「発現」は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し操作する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本発明によれば、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳後修飾を意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。幾つかの実施態様において、「表現のレベル」は、 ＩＨＣを用いて決定されるような生物学的サンプル中のタンパク質の量を指す。
本明細書中で使用されるとき「の発現に基づいて」という言い回しは、本明細書における一以上のバイオマーカー発現レベルに関する情報は、治療法の決定、パッケージ挿入物に提供された情報、又はマーケティング／宣伝指針などを通知するために使用されることを意味する。バイオマーカーが高発現の場合には、患者は、例えばｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（ＭｅｔＭＡｂなどの抗ｃ−ｍｅｔ抗体など）などの癌（例えばＮＳＣＬＣ）医薬で治療され得る。バイオマーカーの発現レベルの減少の場合には、患者は、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌の医薬（例えば、ＭｅｔＭＡｂなどの抗ｃ−ｍｅｔ抗体）で治療することができる。
「治療」は、治療的処置及び予防手段又は防止手段の両方を指す。治療が必要なものは、良性、前癌性又は非転移性腫瘍を既に有するもの、並びに癌の発生又は再発が防止されるべきものを含む。
「治療的有効量」という用語は、哺乳動物の疾患又は疾病を治療又は予防するための薬剤の量を指す。癌の場合、治療的に有効量の薬剤は、癌細胞の数を減じ；原発腫瘍の大きさを減じ；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害（すなわち、ある程度まで減速、好ましくは停止）し；腫瘍転移を阻害（すなわち、ある程度まで減速及び好ましくは停止）し；腫瘍増殖をある程度まで阻害し；及び／又は疾病に関連する一又は複数の症状をある程度まで緩和する。既存の癌細胞の増殖を妨げ及び／又は死滅させる程度まで、薬剤は、細胞分裂停止及び／又は細胞障害性であり得る。癌治療の場合、インビボでの有効性は、生存期間、細胞増殖停止時間（ＴＴＰ）、奏功率（ＲＲ）、奏功期間、及び／又は生活の質を評価することにより測定することができる。
「癌」及び「癌性」なる用語は、一般的に調節されない細胞増殖を特徴とする哺乳動物の生理学的状態を指す又は表わす。この定義には、良性及び悪性の癌が含まれる。「初期癌」又は「初期腫瘍」とは、侵襲性又は転移性でない癌を意味するか、或いはステージ０、Ｉ、又はＩＩの癌を意味する。癌の例には、限定するものではないが、細胞腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリン産生腫瘍、及び島細胞癌を含む）、中皮腫、シュワン腫（聴神経腫瘍を含む）、髄膜腫、腺癌、メラノーマ、及び白血病又はリンパ性悪性腫瘍が含まれる。このような癌のより具体的な例には、扁平上皮癌（例えば上皮の扁平細胞癌）、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）を含む肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌及び肺の扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞性癌、胃腸癌を含む胃（ｇａｓｔｒｉｃ、ｓｔｏｍａｃｈ）癌、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌（転移性乳癌を含む）、大腸癌、直腸癌、大腸直腸癌、子宮内膜ないし子宮細胞腫、唾液腺細胞腫、腎臓癌又は腎癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝細胞腫、食道細胞腫、肝細胞腫、肛門部の細胞腫、陰茎細胞腫、精巣癌、食道癌、胆道癌、並びに頭部及び頚部の癌が含まれる。幾つかの実施態様において、局所的な再発又は転移性疾患（局所再発疾患が治癒目的で切除を受けられない場合）を有する、任意の組織学的に確認されたトリプルネガティブ（ＥＲ、ＰＲ、ＨＥＲ２）な乳房の腺癌を含む、癌は、トリプルネガティブ転移性乳癌である。
「ｃ−ｍｅｔの発現を示す」癌又は生物学的サンプルは、診断検査において、ｃ−ｍｅｔの受容体を発現する（過剰発現を含む）ものである。
「ｃ−ｍｅｔの増幅を示す」癌又は生物学的サンプルは、診断検査において、増幅したｃ−ｍｅｔの遺伝子を有するものである。幾つかの実施態様において、増幅されたｃ−ｍｅｔ遺伝子は（細胞の集団において）平均で５以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子の複製を上回るか、又は平均で８以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子の複製かそれ以上である。
「ｃ−ｍｅｔの増幅を示さない」癌又は生物学的サンプルは、診断検査において、増幅したｃ−ｍｅｔの遺伝子を有しないものである。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅を示さないサンプルは、平均で４コピー未満のｃ−ｍｅｔ遺伝子を有するサンプルである。
「ＥＧＦＲ」は、Ullrich et al, Nature (1984) 309:418425に記述されるレセプターチロシンキナーゼポリペプチド上皮増殖因子受容体を意味し、あるいはＨｅｒ−１及びｃ−ｅｒｂＢ遺伝子産物、並びにＥＧＦＲｖＩＩＩなどその変異体を言う。ＥＧＦＲの変異体はまた、例えばLynch et al (New England Journal of Medicine 2004, 350:2129), Paez et al (Science 2004, 304:1497), Pao et al (PNAS 2004, 101:13306)に記述されるものなど欠失、置換、及び挿入変異体をも含む。
「ＥＧＦＲアンタゴニスト」（同じ意味で「ＥＧＦＲ阻害剤」と称す）はＥＧＦＲの活性化又は機能を妨げる薬剤である。ＥＧＦＲ阻害剤の例は、ＥＧＦＲ抗体；ＥＧＦＲリガンド抗体；小分子のＥＧＦＲアンタゴニスト；ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤、アンチセンス及び阻害性ＲＮＡ（例えば、ｓｈＲＮＡ）分子（例えば、国際公開第２００４／８７２０７号を参照）を含む。好ましくは、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲと特異的に結合する抗体または小分子である。幾つかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤はＥＧＦＲ標的薬である。特定の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、約１，０００ｎＭ以下のＥＧＦＲに対する結合親和性（解離定数）を有する。その他の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、約１００ｎＭ以下のＥＧＦＲに対する結合親和性を有する。その他の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、約５０ｎＭ以下のＥＧＦＲに対する結合親和性を有する。特定の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、共有結合でＥＧＦＲに結合している。特定の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＩＣ５０が１，０００ｎＭ以下でＥＧＦＲのシグナル伝達を阻害する。別の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＩＣ５０が５００ｎＭ以下でＥＧＦＲのシグナル伝達を阻害する。別の実施態様では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＩＣ５０が５０ｎＭ以下でＥＧＦＲのシグナル伝達を阻害する。ある実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、ＥＧＦＲの発現レベル又は生物学的活性を少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又はそれ以上低減又は阻害する。
「ＥＧＦＲの活性化」とはＥＧＦＲ受容体の、活性化、又はリン酸化を指す。一般に、ＥＧＦＲの活性化はシグナル伝達（例えば、ＥＧＦＲ受容体の細胞内キナーゼドメインにより、ＥＧＦＲ又は基質ポリペプチドのチロシン残基のリン酸化を引き起こされる）を結果的に生じる。ＥＧＦＲ活性化は、ＥＧＦＲを含むＥＧＦＲ二量体へのＥＧＦＲリガンドの結合によって媒介され得る。ＥＧＦＲ二量体へのＥＧＦＲリガンドの結合は二量体におけるＥＧＦＲの一つ以上のキナーゼドメインを活性化することができ、それによって一以上のＥＧＦＲのチロシン残基のリン酸化及び／又は付加的な基質ポリペプチドのチロシン残基のリン酸化をもたらす。
本明細書で使用される場合、用語「ＥＧＦＲ標的薬」は、ＥＧＦＲに結合し、ＥＧＦＲの活性化を阻害する治療薬を指す。このような薬剤の例は、ＥＧＦＲに結合する抗体及び小分子を含む。ＥＧＦＲに結合する抗体の例は、ＭＡｂ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ ８５０６）、ＭＡｂ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８）、ＭＡｂ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９）（米国特許第４９４３５３３号，Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ等を参照）及びその変異体、例えばキメラ化２２５（Ｃ２２５又はセツキシマブ；ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））及び再形成ヒト２２５（Ｈ２２５）（国際公開第９６／４０２１０号， Ｉｍｃｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．を参照）；ＩＭＣ−１１Ｆ８，完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；タイプＩＩ変異体ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５２１２２９０号）；米国特許第５８９１９９６号に記載されているようなＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ化抗体；及びＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えばＡＢＸ−ＥＧＦ（国際公開第９８／５０４３３，Ａｂｇｅｎｉｘを参照）；ＥＭＤ５５９００（Stragliotto等 Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)）；ＥＭＤ７２００（マツズマブ），ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦ及びＴＧＦ−α双方と競合するＥＧＦＲに対するヒト化ＥＧＦＲ及びｍＡｂ８０６又はヒト化ｍＡｂ８０６（Johns等，J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004））を含む。抗ＥＧＦＲ抗体は細胞傷害剤とコンジュゲートされ得、よってイムノコンジュゲートを生じる（例えば、欧州特許出願公開第６５９４３９Ａ２号，Ｍｅｒｃｋ Ｐａｔｅｎｔ ＧｍｂＨを参照）。ＥＧＦＲに結合する小分子の例は、ＺＤ１８３９又はゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ；Ａｓｔｒａ Ｚｅｎｅｃａ）；ＣＰ−３５８７７４又はエルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡＴＭ；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ）；及びＡＧ１４７８，ＡＧ１５７１（ＳＵ ５２７１；Ｓｕｇｅｎ）；ＥＭＤ−７２００を含む。
「ポリメラーゼ連鎖反応」又は「ＰＣＲ」の技術は、本明細書で使用される場合、微量の特有な１片の核酸、ＲＮＡ及び／又はＤＮＡが、１９８７年７月２８日発行の米国特許第４６８３１９５号中に記載されたように増幅される手法に全般的に関する。一般的に、対象とする領域の末端から又は利用可能の必要性を越える配列情報は、オリゴヌクレオチドプライマーの設計を可能にし；これらのプライマーは増幅されるテンプレートの反対鎖の配列と同一又は類似している。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは増幅された物質の末端と一致する。ＰＣＲは、特異的ＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特異的ＤＮＡ配列、及び全細胞性ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡ、バクテリオファージまたはプラスミド配列などを増幅するために用いることができる。一般的に、Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989）を参照。本明細書で使用する場合、ＰＣＲは、唯一ではないが、プライマーとして既知の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）の使用を含む核酸試験サンプルを増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例と考えられており、核酸ポリメラーゼを利用して、核酸の特定の部分を増幅又は生成し、または特定の核酸に相補的である核酸の特定の部分を増幅又は生成する。
「定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」または「定量ＲＴ−ＰＣＲ」はＰＣＲの一形態を指し、ここではＰＣＲ産物の量はＰＣＲ反応の各工程で測定される。この手法は、Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004)；及びMa et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004）を含む様々な出版物に記載されている。
「マイクロアレイ」なる用語は、基質上の、ハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの秩序だった配置を意味する。
単数又は複数で使用される場合、「ポリヌクレオチド」なる用語は、一般に任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを意味し、これは未修飾ＲＮＡ又はＤＮＡ又は修飾ＲＮＡ又はＤＮＡであり得る。よって、例えば、ここで定義されるポリヌクレオチドには、限定するものではないが、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖であってもよく、又はより典型的には二本鎖であっても又は一本鎖又は二本鎖領域を含んでもよいＤＮＡ及びＲＮＡを含む混成分子が含まれる。また「ポリヌクレオチド」なる用語は、ここで使用される場合ＲＮＡ又はＤＮＡ又はＲＮＡとＤＮＡの双方を含む三本鎖領域を意味する。そのような領域のストランドは同じ分子由来でも又は異なった分子由来でもよい。その領域は一又は複数の分子の全てを含みうるが、より典型的には幾らかの分子の領域のみを含む。三本ヘリックス領域の分子の一つがしばしばオリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」なる用語は特にｃＤＮＡｓを含む。その用語には、一又は複数の修飾塩基を含むＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）及びＲＮＡが含まれる。よって、安定性又は他の理由のために修飾された骨格を持つＤＮＡ又はＲＮＡは、その用語がここで意図するところの「ポリヌクレオチド」である。更に、イノシンのような希な塩基又はトリチウム化塩基のような修飾された塩基を含むＤＮＡ又はＲＮＡはここで定義される「ポリヌクレオチド」という用語内に含まれる。一般に、「ポリヌクレオチド」という用語は未修飾のポリヌクレオチドの全ての化学的、酵素的及び／又は代謝的に修飾された形態並びに単純細胞及び複雑細胞を含む細胞及びウイルスに特徴的なＤＮＡ及びＲＮＡの化学的形態を包含する。
「オリゴヌクレオチド」という用語は、限定するものではないが、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖ＤＮＡを含む比較的短いポリヌクレオチドを意味する。一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドのようなオリゴヌクレオチドは、例えば市販されている自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して、化学的方法によってしばしば合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えＤＮＡ媒介法を含む様々な他の方法によって、及び細胞及び生物中でのＤＮＡの発現によって、作製することができる。
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化学物質である。化学療法剤の例には、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル類；ベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、及びウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）などのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含むエチレンイミン及びメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン（ｂｕｌｌａｔａｃｉｎｏｎｅ））；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成アナログであるトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン（ｓｃｏｐｏｌｅｃｔｉｎ）、及び９−アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；ズオカルマイシン（合成アナログＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビキン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン（ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ）、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）などのニトロソ尿素；エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１（例えば、Nicolaou et al., Angew.Chem Intl. Ed. Engl., 33:183-186(1994)参照））；ＣＤＰ３２３、経口アルファ−４インテグリン阻害剤；ジネマイシンＡを含むジネマイシン；エスペラマイシン；並びに、ネオカルチノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルチノフィリン、クロモマイシン（ｃｈｒｏｍｏｃｙｃｉｎｉｓ）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射液（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、リポソームドキソルビシンＴＬＣ Ｄ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ＰＥＧ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、クエラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エピチロン、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗物質；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリンアナログ；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジンなどのピリミジンアナログ；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤；フロリニン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）などの葉酸補給剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デホファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルシン；ジアジクオン；エルホルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシン及びアンサミトシンなどのメイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２毒素、ベラクリン（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ）Ａ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン加工ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））、及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチンなどのプラチナ剤；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、微小管形成からチューブリン重合を阻止するビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボビン（ｌｅｕｃｏｖｏｖｉｎ）；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含めたレチノイン酸などのレチノイド；クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））などのビスホスフォネート；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関係づけられているシグナル伝達経路における遺伝子発現、例えばＰＫＣ−アルファ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、及び上皮成長因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）を阻害するもの；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン並びに遺伝子治療用ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチンなどのワクチン；トポイソメラーゼ１阻害剤（例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えば、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ペリホシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ（ｏｒａｆｅｎｉｂ）、ＡＢＴ５１０；オブリマーセン（ｏｂｌｉｍｅｒｓｅｎ）ナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））などのＢｃｌ−２阻害剤；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（下記定義参照）；チロシンキナーゼ阻害剤（下記定義参照）；並びに上記いずれかの薬学的に許容できる塩、酸若しくは誘導体；並びにＣＨＯＰ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法についての略語、及びＦＯＬＦＯＸ、５−ＦＵ及びロイコボリンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））を用いた治療方式についての略語、などの、上記のうち２つ以上の組み合わせがある。
ここで、化学療法剤は、癌の増殖を促進しうるホルモンの作用を調節、低減、遮断、又は阻害するように働く「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療剤」が含まれる。それらはそれ自体がホルモンであってもよく、限定するものではないが、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを持つ抗エストロゲン、例えばタモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン（ｒａｌｏｘｉｆｅｎｅ）（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン（ｔｒｉｏｘｉｆｅｎｅ）、ケオキシフェン（ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ）、及びＳＥＲＭ３などの選択的なエストロゲン受容体調節因子（ＳＥＲＭ）；アゴニスト特性を有さない純粋な抗エストロゲン類、例えばフルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、及びＥＭ８００（このような薬剤はエストロゲン受容体（ＥＲ）二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる）；アロマターゼインヒビター、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタン（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））などのステロイド系アロマターゼインヒビター、及びアナストロゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド性アロマターゼインヒビター、及びボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、メゲストロールアセテート（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール及び４（５）−イミダゾールを含む他のアロマターゼインヒビター；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリン；性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン／レチノイド、例えばフルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸及びフェンレチニド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方制御因子（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン類、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに、上記のうちの２以上の組合せを含む。
本明細書における化学療法剤または化学療法レジメンの具体例としては：アルキル化剤（例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド）；ヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬（例えばフルダラビン）、フルダラビンとシクロホスファミド（ＦＣ）；プレドニゾン又はプレドニゾロン；ビンクリスチン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＨＯＰ）、又はシクロホスファミド、プレドニゾロン（ＣＶＰ）などを含むアルキル化剤含有併用療法を含む。
「ターゲット層（ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ）」は、個々の患者、患者集団；新聞、医学文献、雑誌の読者；テレビやインターネットの視聴者；ラジオやインターネットのリスナー：医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。
「パッケージ挿入物」は、効能、用法、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品、及び／又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造を包含し、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び、所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む。
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原を結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨは、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、直鎖状抗体、単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）、及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
「親和性成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）において一又は複数の改変を持つものである。
参照抗体として「同一のエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて５０％以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なる起源又は種から由来する抗体を指す。
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主要なクラスがあり：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ、及びこれらのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２に、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
本明細書で用いられる「細胞傷害性薬物」という用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞死又は破壊を生ずる物質を指す。細胞傷害性薬物は、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）：化学療法剤又は薬物（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他の挿入剤）、成長阻害剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など、抗生物質、小分子毒素などの毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はその変異体を含む）、及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗癌剤を包含する。
「エフェクター機能」とは、抗体のアイソタイプにより変わる、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）、貪食、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）のダウンレギュレーション、及びＢ細胞の活性化を含む。
用語「Ｆｃ領域」は、定常領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。その用語は、天然配列Ｆｃ領域と変異体Ｆｃ領域を含む。一実施態様において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで伸長する。しかし、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は存在しているか、又は存在していない場合がある。本明細書に明記されていない限り、Ｆｃ領域又は定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般的に４つのＦＲのドメイン、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４で構成される。従っ従って、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般にＶＨ（又はＶＬ）の以下の配列に現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」は、本明細書中で互換的に使用され、天然型抗体構造と実質的に類似の構造を有するか、又は本明細書で定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基、及びヒトＦＲ由来アミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。所定の実施態様において、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、全てまたは実質的にＦＲの全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでもよい。抗体の「ヒト化型」、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化を遂げた抗体を指す。
本明細書で使用される用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」は、配列が超可変であるか、及び／又は構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般的に、天然型４鎖抗体は、ＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）に３つ、及びＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）に３つの６つのＨＶＲを含む。ＨＶＲは、一般的に超可変ループ由来及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最高の配列可変性であり、及び／又は抗原認識に関与している。典型的な超可変ループはアミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる。（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）典型的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２に生じる。（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)）ＶＨのＣＤＲ１の例外とともに、ＣＤＲは一般に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲは、抗原に接触する残基である「特異性決定残基」又は「ＳＤＲ」を含む。ＳＤＲは、略称（ａｂｂｒｅｖｉａｔｅｄ−）ＣＤＲ、又はａ−ＣＤＲと呼ばれる、ＣＤＲの領域内に含まれている。典型的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の３１−３４、Ｌ２の５０−５５、Ｌ３の８９−９６、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−５８、及びＨ３の９５−１０２に生じる。（ Almagro and Fransson, Front.Biosci.13:1619-1633 (2008）を参照）；特に断らない限り、可変ドメイン内のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上掲のＫａｂａｔらに従い、本明細書において番号が付けられる。一実施態様において、本明細書のｃ−ｍｅｔ抗体は配列番号１−６のＨＶＲを含む。
「イムノコンジュゲート」は、１つ以上の異種分子にコンジュゲートした抗体であり、限定されないが、細胞傷害性薬物を含む。
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、例えば、天然に生じる変異を含み、又はモノクローナル抗体製剤の製造時に発生し、一般的に少量で存在している変異体などの、可能性のある変異体抗体を除き、集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を一般的に含む、ポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。従って、修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作成され、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。
「ネイキッド抗体」とは、異種の部分（例えば、細胞傷害性部分）又は放射性標識にコンジュゲートしていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在してもよい。
「天然型抗体」は、天然に生じる様々な構造をとる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然型ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一の軽鎖と２つの同一の重鎖から成る約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）が続く。同様に、Ｎ末端からＣ末端に、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）を有し、定常軽鎖（ＣＬ）ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）とラムダ（λ）と呼ばれる、２つのタイプのいずれかに割り当てることができる。
用語「薬学的製剤」は、医薬の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被検体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない無菌調製物を指す。
「無菌」製剤は、無菌であるか又は全ての生きている微生物及びそれらの胞子が無い。
「キット」は、少なくとも１つの試薬、例えば、癌（例えば、ＮＣＳＬＣまたはトリプルネガティブ乳癌）の治療のための医薬、又は本発明のバイオマーカー遺伝子またはタンパク質を特異的に検出するための試薬（例えば抗体）を含んでなる任意の製品（パッケージ又は容器など）である。製品は、好ましくは、本発明の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、配布され又は販売される。
「薬学的に許容される担体」は、被検体に非毒性であり、有効成分以外の製剤処方中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。
「参照ポリペプチド配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入した後、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、参照ポリペプチドのアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアのような公に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインするための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用することによって生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテック社によって作製され、ソースコードは米国著作権庁、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２もまた、ジェネンテック社、サウスサンフランシスコ、カリフォルニアから公的に入手可能であり、又はそのソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸのＶ４．０Ｄを含む、ＵＮＩＸオペレーティングシステム上での使用のためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され変動しない。
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（或いは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して所定の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により、ＡとＢのそのプログラムのアラインメントにおいて同一と一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。特に断らない限り、本明細書で使用されるすべての％アミノ酸配列同一性値が、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用し、直前の段落で説明したように、得られる。
ＩＩ．癌の医薬
一態様において、本発明は、本明細書に開示された一以上のバイオマーカーの発現に基づいて、癌の医薬を用いて治療することができる患者を選別することに関係する。癌の医薬の例としては、限定されないが、以下を含む：
−抗ｃ−ｍｅｔ抗体を含むｃ−ｍｅｔアンタゴニスト
−化学療法薬および化学療法レジメン
−ＮＳＣＬＣなどの癌の治療のために承認されたか開発中の他の薬剤又はそれらの組み合わせ。
一実施態様において、医薬は、例えばｃ−ｍｅｔに対する又は結合する抗体である。抗体は、本明細書では、キメラ抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体が含まれる。一実施態様において、抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、片腕型抗体、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。その他の態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。一実施態様では、抗体は一価である。別の実施態様において、抗体はＦｃ領域を含む片腕型抗体（すなわち、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは単一の抗原結合の腕を形成する）であり、Ｆｃ領域は第一及び第二のＦｃポリペプチドを含み、第一及び第二のＦｃポリペプチドは複合体で存在し、前記抗原結合の腕を含むＦａｂ分子と比較して前記抗体断片の安定性を増加させたＦｃ領域を形成する。片腕型抗体は一価であり得る。
一実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは抗ｃ−ｍｅｔ抗体である。別の実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はＭｅｔＭＡｂ（オナルツズマブ（ｏｎａｒｔｕｚｕｍａｂ））又はその後発生物製剤型である。ＭｅｔＭＡｂは、例えば、国際公開第２００６／０１５３７１号；Jin et al, Cancer Res (2008) 68:4360に開示される。別の実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号２）を含むＨＶＲ２；及び／又は配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ３−ＨＣの一以上を含む重鎖可変ドメインを含む。幾つかの実施態様において、抗体は（ａ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号４）を含むＨＶＲ１−Ｌ１；（ｂ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び／又は配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号６）を含むＨＶＲ３−ＬＣの一以上を含む軽鎖可変ドメインを含む。一実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号２）を含むＨＶＲ２；及び（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ３−ＨＣを含む重鎖可変ドメイン；及び（ａ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｂ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｃ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む軽鎖可変ドメインを含む。
上記実施態様の何れかにおいて、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はヒト化されている。一実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、上記実施態様の何れかにおけるＨＶＲを含み、更に、アクセプターヒトフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンのフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
その他の態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号７のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。ある実施態様において、少なくとも９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％、又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、ヒトｃ−ｍｅｔへ結合する能力を保持する。ある実施態様において、配列番号７において、合計１から１０のアミノ酸が、置換、変更、挿入及び／又は欠失している。ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲ外の（すなわちＦＲ内の）領域で生じる。任意で、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号７のＶＨ配列を、その配列の翻訳後修飾を含み、含む。
その他の態様において、配列番号８のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が提供される。ある実施態様において、少なくとも９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％、又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、ｃ−ｍｅｔへ結合する能力を保持する。ある実施態様において、配列番号８において、合計１から１０のアミノ酸が、置換、挿入及び／又は欠失している。ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲ外の（すなわちＦＲ内の）領域で生じる。任意で、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号８のＶＬ配列を、その配列の翻訳後修飾を含み、含む。
更に別の実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，又は１００％の配列同一性を有するＶＬ領域、及び配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，又は１００％の配列同一性を有するＶＨ領域を含む。更なる実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
その他の態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が提供され、その抗体は、上記に与えられた実施態様の何れかにあるＶＨ、及び上記に与えられた実施態様の何れかにあるＶＬを含む。
更なる態様において、本発明は、本明細書に与えられた抗ｃ−ｍｅｔ抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。例えば、ある実施態様において、配列番号７のＶＨ配列及び配列番号８のＶＬ配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体と同じエピトープに結合するか、又は該抗体により競合的に阻害されうる抗体が提供される。
本発明の更なる態様では、上記実施態様のいずれかに記載の抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、一価、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、抗体断片、例えば、片腕型、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。その他の態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ１又はＩｇＧ４抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。その他の実施態様において、抗体は二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、上述されたＶＨ領域及びＶＬ領域を含むか又はＨＶＲを含む。
幾つかの実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は一価であり、（ａ）配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号７）を有する重鎖可変ドメイン、ＣＨ１配列、及び第一のＦｃポリペプチドを含む第一のポリペプチド；（ｂ）配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲ ＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＡＹＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号８）を有する軽鎖可変ドメイン、及びＣＬ１配列を含む第二のポリペプチド；及び（ｃ）第二のＦｃポリペプチドを含む第三のポリペプチドを含み、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインは複合体として存在して単一の抗原結合の腕を形成し、第一及び第二のＦｃポリペプチドは複合体として存在し、前記抗原結合の腕を含むＦａｂ分子と比較して、前記抗体断片の安定性を増加させたＦｃ領域を形成する。幾つかの実施態様において、第一のポリペプチドは、Ｆｃ配列ＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＳＣＡＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＶＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号９）を含み、第二のポリペプチドは、Ｆｃ配列ＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＷＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１０）を含む。
その他の実施態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が一価であり、（ａ）重鎖を含む第一のポリペプチドであって、配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＳＣＡＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＶＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１１）を含む該ポリペプチド；（ｂ）軽鎖を含む第二のポリペプチドであって、配列ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＡＹＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１２）を含むポリペプチド；及びＦｃ配列を含む第三のポリペプチドであって、配列ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＷＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１３）を含むポリペプチドを含み、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインが複合体として存在し、単一の抗原結合の腕を形成し、第一及び第二のＦｃポリペプチドが複合体中に存在し、前記抗原結合の腕を含むＦａｂ分子と比較して前記抗体断片の安定性を増加させたＦｃ領域を形成する。
本発明の方法における使用に適した別の抗ｃ−ｍｅｔ抗体が本明細書に記載され、当技術分野で知られている。例えば、国際公開第０５／０１６３８２号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが抗体１３．３．２，９．１．２，８．７０．２，８．９０．３を含む）；ジェノアのＣＢＡでＩＣＬＣ番号ＰＤ ０３００１により寄託されたハイブリドーマ細胞株により産生される抗ｃ−ｍｅｔ抗体、又はＨＧＦレセプターのβ鎖の細胞外ドメイン上のエピトープを認識し、前記エピトープがモノクローナル抗体により認識されるものと同じである抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２００７／１２６７９９号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが０４５３６，０５０８７，０５０８８，０５０９１，０５０９２，０４６８７，０５０９７，０５０９８，０５１００，０５１０１，０４５４１，０５０９３，０５０９４，０４５３７，０５１０２，０５１０５，０４６９６，０４６８２を含む）；国際公開第２００９／００７４２７号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが、ＣＮＣＭ、パスツール研究所（フランス、パリ）に２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７３１で、２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７３２で、２００７年７月６日に番号Ｉ−３７８６で、２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７２４で寄託された抗ｃ−ｍｅｔ抗体）；２０１１０１２９４８１に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；米国特許出願公開第２０１１０１０４１７６号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２００９／１３４７７６号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２０１０／０５９６５４号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２０１１０２０９２５号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが、ＣＮＣＭ、パスツール研究所（フランス、パリ）に２００８年３月１２日に番号Ｉ−３９４９で寄託されたハイブリドーマから分泌される抗体、及び２０１０年１月１４日に番号Ｉ−４２７３で寄託されたハイブリドーマからから分泌される抗体）。
一態様において、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、抗体断片内のＦｃ配列のホモ２量体化を最小にしつ、ヘテロ２量体化を促進する少なくとも一つの特性を含む。そうした特徴は免疫グロブリン集団の収率及び／又は純度及び／又は均一性を改良する。一実施態様では、国際公開第２００５／０６３８１６号に記述されるように、抗体は、「ノブ（ｋｎｏｂ）」及び「ホール（ｈｏｌｅ）」を構成するＦｃ突然変異を含む。例えば、ホール（ｈｏｌｅ）突然変異は、Ｆｃポリペプチド内のＴ３６６Ａ、Ｌ３６８Ａ及び／又はＹ４０７Ｖの一又は複数でありえ、キャビティ（ｃａｖｉｔｙ）突然変異はＴ３６６Ｗでありうる。
幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは抗肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）抗体、例えば、ヒト化抗ＨＧＦ抗体ＴＡＫ７０１、リロツムマブ（ｒｉｌｏｔｕｍｕｍａｂ）、フィクラツズマブ（ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）、及び／又は国際公開第２００７／１４３０９０号に記載されるヒト化抗体２Ｂ８である。幾つかの実施態様において、抗ＨＧＦ抗体は米国特許第７７１８１７４Ｂ２号に記載された抗ＨＧＦ抗体である。
幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ｃ−ｍｅｔ小分子阻害剤である。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔ小分子阻害剤は、選択的ｃ−ｍｅｔ小分子阻害剤である。
一実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはｃ−ｍｅｔ細胞外ドメインに結合する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはｃ−ｍｅｔのキナーゼドメインに結合する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）とｃ−ｍｅ結合について競合する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはＨＧＦに結合する。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、細胞増殖、例えば、細胞株ＥＢＣ−１、Ｈ４４１および／またはＫＰ４のＨＧＦ誘導性細胞増殖を阻害する。幾つかの実施態様において、細胞増殖はＫｉが６００ｎＭ以下（より強力）、５００ｎＭ以下、４００ｎＭ以下、３００ｎＭ以下又はより強力に阻害される。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ＥＢＣ−１細胞が１０％ウシ胎児血清の存在下においてｃ−ｍｅｔアンタゴニストで処置されたときに、ｃ−ｍｅｔシグナル伝達（例えば、ホスホｃ−ｍｅｔ、ホスホＡＫＴ、ホスホＭＡＰＫ）を阻害する。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔシグナル伝達はＫｉが６００ｎＭ以下（より強力）、５００ｎＭ以下、４００ｎＭ以下、３００ｎＭ以下（より強力）に阻害される。
ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは扁平上皮癌を治療する（治療が可能である）。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは野生型ｋ−ｒａｓを発現するＮＳＣＬＣを治療する（治療が可能である）。
ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔ阻害剤は、非ＡＴＰ競合性小分子ではない。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、細胞増殖、例えば、細胞株ＥＢＣ−１、Ｈ４４１および／またはＫＰ４のＨＧＦ誘導性細胞増殖を阻害する。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ＥＢＣ−１細胞が１０％ウシ胎児血清の存在下においてｃ−ｍｅｔアンタゴニストで処置されたときに、ｃ−ｍｅｔシグナル伝達（例えば、ホスホｃ−ｍｅｔ、及び下流のｃ−ｍｅｔシグナル伝達経路、例えばホスホＡＫＴ、ホスホＭＡＰＫ）を阻害する。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは（外因性ＨＧＦの存在下または非存在下で）細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−２３１及びＨＴ２９の細胞増殖を阻害しない。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、１０％ウシ胎児血清の存在下で、細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−２３１及びＨＴ２９の細胞増殖を阻害しない。細胞増殖をアッセイするための方法は当技術分野でよく知られており、幾つかの方法が、国際公開第２００９／１１１６９１号；国際公開第２００６／０１５３７１号；及びJin et al, Cancer Res (2008) 68:4360に記載されている。
ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは扁平上皮癌を治療する（治療が可能である）。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは野生型ｋ−ｒａｓを発現するＮＳＣＬＣを治療する（治療が可能である）。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはチバンチニブ（ＡＲＱ−１９７）でない。特定の実施態様では、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ｃ−ｍｅｔシグナル伝達を、ＩＣ５０が１，０００ｎＭ以下（すなわちより強力）で阻害する。その他の実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ｃ−ｍｅｔシグナル伝達を、ＩＣ５０が４００ｎＭ以下、５００ｎＭ以下、６００ｎＭ以下、７００ｎＭ以下で阻害する。別の実施態様では、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ｃ−ｍｅｔシグナル伝達を、ＩＣ５０が５０ｎＭ以下で阻害する。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはクリゾチニブ（ｃｒｉｚｏｔｉｎｉｂ）でない。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはフォレチニブ（ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ）でない。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはフィクラツズマブ（ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）でない。
ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、ＳＧＸ−５２３、クリゾチニブ（ＰＦ−０２３４１０６６；３−［（１Ｒ）−１−（２，６−ジクロロ−３−フルオロフェニル）エトキシ］−５−（１−ピペリジン−４−イルピラゾール−４−イル）ピリジン−２−アミン；ＣＡＳ番号８７７３９９−５２−５）；ＪＮＪ−３８８７７６０５（ＣＡＳ番号９４３５４０−７５−８），ＢＭＳ−６９８７６９、ＰＨＡ−６６５７５２（ファイザー）、ＳＵ５４１６、ＩＮＣ−２８０（Ｉｎｃｙｔｅ、ＳＵ１１２７４（Ｓｕｇｅｎ；［（３Ｚ）−Ｎ−（３−クロロフェニル）−３−（｛３，５−ジメチル−４−［（４−メチルピペラジン−１−イル）カルボニル］−１Ｈ−ピロール−２−イル｝メチレン）−Ｎ−メチル−２−オキソインドリン−５−スルホンアミド；ＣＡＳ番号６５８０８４−２３−２］）Ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ（ＧＳＫ１３６３０８９）、ＸＬ８８０（ＣＡＳ番号８４９２１７−６４−７；ＸＬ８８０はｍｅｔとＶＥＧＦＲ２とＫＤＲの阻害剤である）；ＭＧＣＤ−２６５（ＭｅｔｈｙｌＧｅｎｅ；ＭＧＣＤ−２６５はｃ−ｍｅｔ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、Ｒｏｎ及びＴｉｅ−２レセプターを標的にする；ＣＡＳ番号８７５３３７−４４−３）、チバンチニブ（ＡＲＱ １９７；（−）−（３Ｒ，４Ｒ）−３−（５，６−ジヒドロ−４Ｈ−ピロロ［３，２，１−ｉｊ］キノリン−１−イル）−４−（１Ｈ−インドール−３−ｙｌ）ピロリジン−２，５−ジオン；Munchi et al,Mol Cancer Ther June 2010 9;1544を参照；ＣＡＳ番号９０５８５４−０２−６），ＬＹ−２８０１６５３（Ｌｉｌｌｙ），ＬＹ２８７５３５８（Ｌｉｌｌｙ），ＭＰ−４７０，リロツムマブ（ＡＭＧ１０２，抗ＨＧＦモノクローナル抗体），抗体２２３Ｃ４又はヒト化抗体２２３Ｃ４（国際公開第２００９／００７４２７号），ヒト化Ｌ２Ｇ７（ヒト化ＴＡＫ７０１；ヒト化抗ＨＧＦモノクローナル抗体）；ＥＭＤ１２１４０６３（Ｍｅｒｃｋ Ｓｏｒｏｎｏ），ＥＭＤ １２０４８３１（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ），ＮＫ４，カボザンチニブ（Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ）（ＸＬ−１８４，ＣＡＳ番号８４９２１７−６８−１；カボザンチニブ（ｃａｒｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ）はｍｅｔとＶＥＧＦ２の二重阻害剤である），ＭＰ−４７０（ＳｕｐｅｒＧｅｎ；ｃ−ＫＩＴ，ＭＥＴ，ＰＤＧＦＲ，Ｆｌｔ３，及びＡＸＬの新規阻害剤），Ｃｏｍｐ−１，フィクラツズマブ（Ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）（ＡＶ−２９９；抗ＨＧＦモノクローナル抗体），Ｅ７０５０（Ｃａｓ番号１１９６６８１−４９−８；Ｅ７０５０は二重のｃ−ｍｅｔとＶＥＧＦＲ２阻害剤である（Ｅｓａｉ）；ＭＫ−２４６１（Ｍｅｒｃｋ；Ｎ−（（２Ｒ）−１，４−ジオキサン−２−イルメチル）−Ｎ−メチル−Ｎ’−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）−５−オキソ−５Ｈ−ベンゾ［４，５］シクロヘプタ［１，２−ｂ］ピリジン−７−イル］スルファミド；ＣＡＳ番号９１７８７９−３９−１）；ＭＫ８０６６（Ｍｅｒｃｋ），ＰＦ４２１７９０３（Ｐｆｉｚｅｒ），ＡＭＧ２０８（Ａｍｇｅｎ），ＳＧＸ−１２６，ＲＰ１０４０，ＬＹ２８０１６５３，ＡＭＧ４５８，ＥＭＤ６３７８３０，ＢＡＹ−８５３４７４，ＤＰ−３５９０の何れか一である。
ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、クリゾチニブ（ｃｒｉｚｏｔｉｎｉｂ）、チバンチニブ（ｔｉｖａｎｔｉｎｉｂ）、カボザンチニブ（ｃａｒｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ）、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ（ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ（ｒｉｌｏｔｕｍｕｍａｂ）、フォレチニブ（ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ）、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／又はＬＡ４８０である。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストは、クリゾチニブ（ｃｒｉｚｏｔｉｎｉｂ）、チバンチニブ（ｔｉｖａｎｔｉｎｉｂ）、カボザンチニブ（ｃａｒｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ）、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ（ｆｉｃｌａｔｕｚｕｍａｂ）、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ（ｒｉｌｏｔｕｍｕｍａｂ）、及び／又はフォレチニブ（ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ）の何れか一か又は複数である。
ＥＧＦＲアンタゴニストには、例えばニモツズマブ（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）として知られているヒト化モノクローナル抗体、全長ヒトＡＢＸ−ＥＧＦ（パニツムマブ、Ａｂｇｅｎｉｘ Ｉｎｃ．）、並びにＥ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３及びＥ７．６．３として知られており、米国特許第６，２３５，８８３号に記載の全長ヒト抗体；ＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ Ｉｎｃが）含まれる。ペルツズマブ（２Ｃ４）はＨＥＲ２に直接結合するが、ＨＥＲ２−ＥＧＦＲ二量体化に干渉し、よってＥＧＦＲシグナル伝達を阻害するヒト化抗体である。ＥＧＦＲに結合する抗体の他の例は、ＭＡｂ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ ８５０６）、ＭＡｂ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８）、ＭＡｂ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９）（米国特許第４９４３５３３号，Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ等を参照）及びその変異体、例えばキメラ化２２５（Ｃ２２５又はセツキシマブ；ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））及び再形成ヒト２２５（Ｈ２２５）（国際公開第９６／４０２１０号，Ｉｍｃｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．を参照）；ＩＭＣ−１１Ｆ８，完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；タイプＩＩ変異体ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５２１２２９０号）；米国特許第５８９１９９６号に記載されているようなＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ化抗体；及びＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えばＡＢＸ−ＥＧＦ（国際公開第９８／５０４３３，Ａｂｇｅｎｉｘを参照）；ＥＭＤ５５９００（Stragliotto等 Eur.J. Cancer 32A:636-640 (1996)）；ＥＭＤ７２００（マツズマブ），ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦ及びＴＧＦ−α双方と競合するＥＧＦＲに対するヒト化ＥＧＦＲ及びｍＡｂ８０６又はヒト化ｍＡｂ８０６（Johns等， J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)）を含む。抗ＥＧＦＲ抗体は細胞傷害剤とコンジュゲートされ得、よってイムノコンジュゲートを生じる（例えば、欧州特許出願公開第６５９４３９Ａ２号，Ｍｅｒｃｋ Ｐａｔｅｎｔ ＧｍｂＨを参照）。
本発明の方法において有用な抗ＥＧＦＲ抗体は、ＥＧＦＲに十分な親和性と特異性で結合し、ＥＧＦＲ活性を減少又は阻害することができる任意の抗体が含まれている。選択される抗体は通常ＥＧＦＲに十分に強い結合親和性を有し、例えば、抗体はヒトｃ−ｍｅｔにＫｄ値が１００ｎＭから１ｐＭの間で結合し得る。抗体の親和性は、表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ（例えばＰＣＴ出願公開番号第２００５／０１２３５９号に記載されてビアコアアッセイなど）；酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）；及び競合アッセイ（例えばＲＩＡ）により決定することができる。好ましくは、本発明の抗ＥＧＦＲ抗体は、ＥＧＦＲ／ＥＧＦＲリガンドの活性が関与している疾患又は症状を標的とすること及び妨げることにおける治療剤として使用することができる。また、抗体は、例えば治療としての有効性を評価するために、他の生物学的活性アッセイを施してもよい。このようなアッセイは、当技術分野で公知であり、標的抗原に依存し、抗体としての使用を意図している。
二重特異性抗体は、少なくとも二つの異なるエピトープに対して結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異性抗体は、ＥＧＦＲ及びｃ−ｍｅｔに結合しうる。他の例において、二重特異性抗体は、同じタンパク質、例えばｃ−ｍｅｔタンパク質の２つの異なるエピトープに結合しうる。また、ｃ−ｍｅｔ又はＥＧＦＲは、ｃ−ｍｅｔ又はＥＧＦＲ発現細胞に対する細胞防御メカニズムを集中させるように、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）等のＩｇＧ（ＦｃγＲ）に対するＦｃレセプター、又はＴ細胞レセプター分子（例えばＣＤ２又はＣＤ３）等の白血球上のトリガー分子に結合するアームと結合しうる。また、二重特異性抗体は、ｃ−ｍｅｔ又はＥＧＦＲを発現する細胞に細胞傷害剤を局在化するためにも使用されうる。これらの抗体は、ＥＧＦＲ又はｃ−ｍｅｔ結合アーム、及び細胞傷害剤（例えば、サポリン（ｓａｐｏｒｉｎ）、抗インターフェロン−α、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキセート又は放射性同位体ハプテン）と結合するアームを有する。二重特異性抗体は全長抗体又は抗体断片（例えばＦ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製することができる。一実施態様において、２重特異性抗体は、米国特許出願公開第２０１００２５４９８９Ａ号に開示された２重特異性ＭＥＴ−ＥＧＦＲ抗体の何れかである。
また、ＥＧＦＲアンタゴニストには、小分子、例えば米国特許第５６１６５８２号、米国特許第５４５７１０５号、米国特許第５４７５００１号、米国特許第５６５４３０７号、米国特許第５６７９６８３号、米国特許第６０８４０９５号、米国特許第６２６５４１０号、米国特許第６４５５５３４号、米国特許第６５２１６２０号、米国特許第６５９６７２６号、米国特許第６７１３４８４号、米国特許第５７７０５９９号、米国特許第６１４０３３２号、米国特許第５８６６５７２号、米国特許第６３９９６０２号、米国特許第６３４４４５９号、米国特許第６６０２８６３号、米国特許第６３９１８７４号、国際公開第９８１４４５１号、国際公開第９８５００３８号、国際公開第９９０９０１６号、国際公開第９９２４０３７号、国際公開第９９３５１４６号、国際公開第０１３２６５１号、米国特許第６３４４４５５号、米国特許第５７６００４１号、米国特許第６００２００８号、米国特許第５７４７４９８号に記載されている化合物が含まれる。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストには、ＯＳＩ−７７４（ＣＰ−３５８７７４、エルロチニブ，ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＰＤ １８３８０５（ＣＩ １０３３、２−プロペンアミド、Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−７−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−６−キナゾリニル］−，二塩酸塩，Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）；Ｉｒｅｓｓａ（登録商標）（ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ １０５１８０（（６−アミノ−４−（３−メチルフェニル−アミノ）−キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ−１３８２（Ｎ８−（３−クロロ−４−フルオロ−フェニル）−Ｎ２−（１−メチル−ピペリジン−４−イル）−ピリミド［５，４−ｄ］ピリミジン−２，８−ジアミン，Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ−１６６（（Ｒ）−４−［４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］−フェノール）；（Ｒ）−６−（４−ヒドロキシフェニル）−４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン）；ＣＬ−３８７７８５（Ｎ−［４−［（３−ブロモフェニル）アミノ］−６−キナゾリニル］−２−ブチナミド）；ＥＫＢ−５６９（Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−３−シアノ−７−エトキシ−６−キノリニル］−４−（ジメチルアミノ）−２−ブテナミド）；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ， ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＺＤ６４７４（Ｚａｃｔｉｍａ，ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＣＵＤＣ−１０１（Ｃｕｒｉｓ）；カネルチニブ（ＣＩ−１０３３）；ＡＥＥ７８８（６−［４−［（４−エチル−１−ピペラジニル）メチル］フェニル］−Ｎ−［（１Ｒ）−１−フェニルエチル］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン、国際公開第２００３０１３５４１号、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）及びＰＫＩ１６６ ４−［４−［［（１Ｒ）−１−フェニルエチル］アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］−フェノール、国際公開第９７０２２６６号、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）が含まれる。
一実施態様において、抗体、例えば、本明細書の方法で使用される抗体は、以下のセクション１−６で説明されるように、単独または組み合わせで任意の特徴を組み込むことができる：
１．抗体断片
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ，Ｆａｂ’，Ｆａｂ’−ＳＨ，Ｆ（ａｂ’）２，Ｆｖ，及びｓｃＦｖ断片、片腕型抗体及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照。ｓｃＦｖ断片の総説については、例えば、Pluckthuen, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)を参照；また、国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５，５７１，８９４号及び第５，５８７，４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
ダイアボディは２価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４，０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及びHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照。トリアボディ及びテトラボディもまた Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。ある実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ， Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ；例えば、米国特許第６，２４８，５１６ Ｂ１号を参照）。
片腕型抗体（すなわち重鎖可変領域および軽鎖可変ドメインは単一の抗原結合の腕を形成する）は例えば国際公開第２００５／０６３８１６号；Martens et al, Clin Cancer Res (2006), 12: 6144に開示される。拮抗的機能を必要とする病的状態の治療のために、抗体の２価性が望まれないアゴニスト作用をもたらす場合、片腕型抗体（すなわち単一の抗原結合の腕を含む抗体）の一価の特性が、ターゲット分子に対する抗体の結合に際し拮抗的機能をもたらすか及び／又は確実にする。更に、Ｆｃ領域を含む片腕型抗体は、類似した／実質的に同一の抗原結合特性を有するＦａｂ形態と比較して、優れた薬物動態学的性質（例えばインビボでの拡張された半減期および／またはクリアランス速度の減少など）によって特徴付けられ、従って従来の一価Ｆａｂ抗体の使用における主要な欠点を克服している。片腕型抗体を作成する技術は、限定されないが、「ｋｎｏｂ−ｉｎ−ｈｏｌｅ」エンジニアリング（米国特許第５，７３１，１６８号）を含む。ＭｅｔＭＡｂは片腕型抗体の例である。［別の片腕型の一価形態を追加？ Ｇｅｎｍａｂ？］
抗体断片は様々な技術で作成することができ、限定されないが、本明細書に記載するように、インタクトな抗体の分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による生産を含む。
２．キメラ及びヒト化抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。特定のキメラ抗体が、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
ある実施態様において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
ヒト化抗体およびそれらの製造方法は、例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に総説され、更に、Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５，８２１，３３７，７，５２７，７９１，６，９８２，３２１，及び７，０８７，４０９； Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) （ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記述）； Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) （「リサーフェシング」を記述）；Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) （「ＦＲシャッフリング」を記述）；及びOsbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 及びKlimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) （ＦＲのシャッフリングへの「誘導選択」アプローチを記述）に記載されている。
ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、「ベストフィット」法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)）；軽鎖または重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域（例えば、Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）；及びＦＲライブラリスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及び Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照）を含む。
３．ヒト抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は一般的にvan Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つ又はインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、 Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している、米国特許第６，０７５，１８１号及び６，１５０，５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載している米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７，０４１，８７０号及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）を参照。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変される可能性がある。
ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ細胞株が記載されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987);及びBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) （ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）もまた、Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 及びVollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載される。
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。
４．ライブラリー由来の抗体
本発明の抗体は、所望の活性または活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)に総説され、更に、例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 及びLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
特定のファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994）に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、またはＦａｂ断片のいずれかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性なしで免疫原に高親和性抗体を提供する。代わりに、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーが、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローン化することができる。最後に、ナイーブなライブラリはまた、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)に記載されるように、非常に可変なＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の未転位Ｖ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、２００５／０１１９４５５号、２００５／０２６６０００号、２００７／０１１７１２６号、２００７／０１６０５９８号、２００７／０２３７７６４号、２００７／０２９２９３６号及び２００９／０００２３６０を含む。
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体または抗体断片は、本明細書でヒト抗体またはヒト抗体の断片とみなされる。
５．多重特異性抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様において、結合特異性の一つはｃ−ｍｅｔに対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、二重特異性抗体は、ｃ−ｍｅｔの２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体はまたｃ−ｍｅｔを発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いることができる。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現（Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)）、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照）及び「ｋｎｏｂ−ｉｎ−ｈｏｌｅ」エンジニアリング（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照）を含む。多重特異抗体はまた、抗体のＦｃ−ヘテロ２量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）、２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば米国特許第４，６７６，９８０号、及びBrennan et al., Science, 229: 81 (1985)を参照）、２重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）、二重特異性抗体フラグメントを作製するため、「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）、単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること（例えば、Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）、及び、例えばTutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。
本明細書中の抗体又は断片はまた、ｃ−ｍｅｔ並びにその他の異なる抗原、例えばＥＧＦＲ（例えば米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号を参照）に結合する抗原結合部位を含む、「２重作用（Ｄｕａｌ Ａｃｔｉｎｇ） ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」を含む。
６．抗体変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、またはペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び／又は挿入及び／又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。
ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換突然変異の対象となる部位は、ＨＶＲとＦＲを含む。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされた。
置換変異体の一つのタイプは、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体など）の一以上の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性を減少）を有し、及び／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイベースの親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一つ以上のＨＶＲ残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のＮ末端またはＣ末端への融合（例えばＡＤＥＰＴの場合）、または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は抗体がグリコシル化される程度を増加または減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、一以上のグリコシル化部位が作成または削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えばWright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐糖鎖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合した、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、本発明の抗体におけるオリゴ糖の改変は一定の改善された特性を有する抗体変異型を作成するために行われ得る。
一実施態様において、抗体変異体は、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、または２０％から４０％であり得る。 フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に付着しているすべての糖構造の合計（例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）でおよそ２９７の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流または下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と３００の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を改善させた可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照。「フコース非修飾」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号、国際公開第２０００／６１７３９号、国際公開第２００１／２９２４６号、米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号、米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号、米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号、米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号、米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号、米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号、国際公開第２００３／０８５１１９号、国際公開第２００３／０８４５７０号、国際公開第２００５／０３５５８６号、国際公開第２００５／０３５７７８号、国際公開第２００５／０５３７４２号、国際公開第２００２／０３１１４０号、Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。非フコシル化抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８ Ａ１号，Ｐｒｅｓｔａ， Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２ Ａ１号，Ａｄａｍｓら，特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、アルファ−１、６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）を含む。
抗体変異体が、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖とともに更に与えられる。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び／又はＡＤＣＣ機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔｔら）；米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａら）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａら）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はＣＤＣ機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌら）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
ある実施態様において、１つまたは複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入することができ、それによってＦｃ領域変異体を生成する。Ｆｃ領域の変異体は、１つまたは複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域の配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含んでもよい。
ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（例えば補体およびＡＤＣＣなど）が不要または有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。
エフェクター機能が減少した抗体は、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、３２９の一つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２以上での置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７，３３２，５８１号）。
ＦｃＲへの改善又は減少させた結合を持つ特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照）。
ある実施態様において、抗体変異体はＡＤＣＣを改善する１つまたは複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４における置換（ＥＵの残基番号付け）を含む。
幾つかの実施態様において、改変された（すなわち改善されたか減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる、Ｆｃ領域における改変がなされ、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に説明される。
増加した半減期を持ち、胎仔への母性ＩｇＧの移送を担う、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体（Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 及びKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Ｈｉｎｔｏｎら）に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一つまたは複数の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域の残基：２３８，２５６，２６５，２７２，２８６，３０３，３０５，３０７，３１１，３１２，３１７，３４０，３５６，３６０，３６２，３７６，３７８，３８０，３８２，４１３，４２４又は４３４の１以上の置換、例えば、Ｆｃ領域の残基４３４の置換を有するものが含まれる（米国特許第７，３７１，８２６号）。
Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；及び、Ｆｃ領域の変異体の他の例に関しては国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
ある実施態様において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン改変抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂｓ」を作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で起きる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中でさらに記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分またはリンカー−薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔの番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン改変抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載のように生成され得る。
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、当技術分野で知られ、容易に入手されている追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキソラン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体の何れか）及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性のために製造上の利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体に結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であることができる。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が特定の条件下で治療に使用されるのか等を考慮しながら決定することができる。
その他の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱されてもよい抗体と非タンパク質部分とのコンジュゲートが、提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである（Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005）。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体−非タンパク質部分の近位にある細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。
一実施態様において、本医薬は、化学療法剤又は薬物、成長抑制剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素活性毒素、又はそれらの断片）、又は放射性同位元素など、１つ以上の細胞傷害性薬物にコンジュゲートした抗体（例えばｃ−ｍｅｔ抗体）を含むイムノコンジュゲートである。
一実施態様において、イムノコンジュゲートは、抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、そこでは抗体は、限定されないが、メイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、第５４１６０６４号及び欧州特許ＥＰ０ ４２５２３５ Ｂ１を参照）；モノメチルアウリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５６３５４８３号及び５７８０５８８号及び７４９８２９８号を参照）などのアウリスタチン；ドラスタチン、カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、５７１４５８６号、５７３９１１６号、５７６７２８５号、５７７０７０１号、５７７０７１０号、５７７３００１号、及び５８７７２９６号を参照；Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)；及びLode et al., Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)）；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン(Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006); Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002); King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)；及び米国特許第６，６３０，５７９号を参照）；メトトレキサート、ビンデシン、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなどのタキサン、トリコテセン、及びＣＣ１０６５を含む一つ以上の薬物とコンジュゲートしている。
その他の実施態様において、イムノコンジュゲートは、酵素的に活性な毒素又はその断片にコンジュゲートした、本明細書に記載の抗体を含み、限定されないが、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、アルファ−サルシン、アレウリテス・フォーディ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、モモルディカ・チャランチア（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ）インヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、サパオナリア・オフィシナリス（ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｉｃｉｎａｌｉｓ）インヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）及びトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎｅ）が含まれる。
その他の実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性コンジュゲートを形成するために放射性原子にコンジュゲートした本明細書に記載されるような抗体を含む。様々な放射性同位体が放射性コンジュゲートの生産のために入手可能である。例としては、Ａｔ２１１，Ｉ１３１，Ｉ１２５，Ｙ９０，Ｒｅ１８６，Ｒｅ１８８，Ｓｍ１５３，Ｂｉ２１２，Ｐ３２，Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体を含む。検出のために放射性コンジュゲートを使用するとき、それはシンチグラフィー試験のための放射性原子、例えばｔｃ９９ｍ又はＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像化（磁気共鳴画像化ｍｒｉとしても知られている）のためのスピン標識、例えば再び、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含んでよい。
抗体と細胞傷害性薬物のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えばジメチルアジピミデートＨＣｌ）、活性エステル（例えばジスクシンイミジルズベレート）、アルデヒド（例えばグルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えばビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えばビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えばトルエン２，６−ジイソシアネート）及びビス活性フッ素化合物（例えば１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）など、を使って作成され得る。Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)に記載されるように、例えば、リシンイムノトキシンを調製することができる。カーボン−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体へのコンジュゲーションのためのキレート剤の例である国際公開第９４／１１０２６号を参照。リンカーは、細胞中に細胞毒性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ過敏性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992)；米国特許第５，２０８，０２０号）が使用され得る。
本明細書において、イムノコンジュゲート又はＡＤＣは、限定されないが、市販の（例えばＰｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ．，Ｕ．Ｓ．Ａからの）、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＰＢ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、ＳＶＳＢ（スクシンイミジル（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）を含むクロスリンカー試薬を用いて調製されるコンジュゲートを特に熟考する。
ＩＩＩ．診断方法
一態様において、本発明は、患者の癌が大量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含む、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性がある癌患者を同定するための方法を提供し、ここで、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性があることを示す。
別の態様において、本発明は、患者の癌が、大量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含む、癌患者の予後を決定するための方法を提供し、ここで患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されたときの、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、患者が全生存期間（ＯＳ）及び／又は無増悪生存期間（ＰＦＳ）が増加している可能性が高いことを示している。
別の態様において、本発明は、患者の癌が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含むｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定するための方法であって、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現がタンパク質の発現であって、患者からのサンプルにおいてＩＨＣを用いて決定され、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞であり、ｃ−ｍｅｔの発現がｃ−ｍｅｔ抗体を用いて決定され、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるときに、増加したＯＳ及び／又はＰＦＳを有する可能性があることを示す方法を提供する。
一態様において、本発明は、患者からのサンプルにおいてｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定し、バイオマーカーの発現のレベルに基づいて癌の医薬を選択することを含む、癌（例えばＮＳＣＬＣ）患者の治療を選択するための方法に関する。一実施態様において、高レベルのバイオマーカー（複数）は、患者の治療に使用するためのｃ−ｍｅｔ抗体などｃ−ｍｅｔアンタゴニストの選択を結果としてもたらす。その他の実施態様において、バイオマーカーが低レベル（低いレベルか又は実質的に検出不可能なレベル）で存在している場合、患者はｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬による治療のために選択される。幾つかの実施態様において、サンプルは患者の癌（例えばＮＳＣＬＣ）のものである。
一態様において、本発明は、患者の癌サンプル中のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定することを含み、治療効果を最適化する方法を提供する。幾つかの実施態様において、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出は、増加したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出は、減少したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、癌はＮＳＣＬＣである。
一態様において、本発明は、患者の癌サンプル中のｃ−ｍｅｔバイオマーカーのレベルを決定することを含み、患者の予後を決定する方法を提供する。幾つかの実施態様において、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、癌が低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有する患者に比較して、ＰＳＦ及び／又はＯＳが減少した可能性を意味する。幾つかの実施態様において、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、増加したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、減少したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、癌はＮＳＣＬＣであり、患者がＥＧＦＲアンタゴニストと併用してｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、増加したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。幾つかの実施態様において、癌はＮＳＣＬＣであり、患者がＥＧＦＲアンタゴニストと併用してｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるとき、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、減少したＰＦＳ及び／又はＯＳを意味する。
一態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量は、（ａ）サンプル（例えば患者の癌サンプル）の抗ｃ−ｍｅｔ抗体によるＩＨＣ解析の実施；及びｂ）サンプル中のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現の決定を含む方法を用いて決定される。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔのＩＨＣ染色強度は基準値に比較して決定される。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、本明細書に開示される、例えば。下のセクションＩＩＩ．７の表Ａにあるｃ−ｍｅｔ染色強度のスコアリング方式を用いて決定される。幾つかの実施態様において、本方法はＩＨＣスコアに基づいく患者の層別化を更に含む。
一態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカー発現の量は、サンプル（例えば患者の癌サンプル）のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定する工程を含む方法を用いて決定され、ここで患者のサンプルは抗ｃ−ｍｅｔ抗体を用いたＩＨＣ分析に供されている。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔのＩＨＣ染色強度は基準値に比較して決定される。幾つかの実施態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現は、本明細書に開示される、例えば。下のセクションＩＩＩ．７の表Ａにあるｃ−ｍｅｔ染色強度のスコアリング方式を用いて決定される。
幾つかの実施態様において、ＩＨＣ分析は、その前後のどちらかで形態学的な染色を含む。一態様において、ヘマトキシリンはスライドの細胞核を染色するための用途である。ヘマトキシリンは広く利用可能である。適切なヘマトキシリンの例は、ヘマトキシリンＩＩ（ベンタナ）である。明るい青色の核が望まれる場合、ヘマトキシリン染色後にブルーイング試薬が使用され得る。
ＩＨＣを用いるｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出は本明細書に開示され、ｃ−ｍｅｔ染色強度のスコアリング方式は、本明細書中例えば下のセクションＩＩＩ．７の表Ａに開示される。本明細書に記載されるように、他のバイオマーカーを検出することができる。典型的な他のバイオマーカーが本明細書に開示される。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陽性臨床状態である。本明細書に開示される発明の何れかの幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陰性臨床状態である。
一態様において、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量は、（ａ）サンプル（癌患者のサンプルなど）上での遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（例えばｒｔＰＣＲ）、ＲＮＮ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術又はＦＩＳＨの実施；及びｂ）サンプル中のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現の決定を含む方法を用いて決定される。本明細書に記載されるように、他のバイオマーカーを検出することができる。典型的な他のバイオマーカーが本明細書に開示される。
患者からのサンプルは、本明細書中のバイオマーカーの１以上の発現について検査される。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、腫瘍細胞、血清又は血漿、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。一実施態様において、患者のサンプルはホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍サンプル（例えば、ＮＳＣＬＣ腫瘍サンプル又は乳癌腫瘍サンプル）である。サンプルは、癌医薬（例えば、抗ｃ−ｍｅｔアンタゴニストなど）による患者の治療に先立って得ることができる。サンプルは原発腫瘍からか又は転移性腫瘍から得ることができる。サンプルは、癌が最初に診断されるか、又は、例えば、腫瘍が転移した後で得ることができる。幾つかの実施態様において、腫瘍サンプルは、肺、リンパ節、肝臓又は脳である。
ｍＲＮＡ、タンパク質の発現、又は遺伝子増幅を決定するための様々方法としては、限定されないが、遺伝子発現プロファイリング、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、マイクロアレイ解析、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、免疫組織化学（ＩＨＣ）などを含む。好ましくｍＲＮＡが定量化される。幾つかの実施態様において、タンパク質の発現が定量化される。そうしたタンパク質分析は、ＩＨＣを用いて、例えば患者の腫瘍サンプルについて行うことができる。
バイオマーカー発現を決定するための様々な例示的な方法を詳細に説明する。
１．遺伝子発現プロファイリング
一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、二つの大きなグループに分けることができる：ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション解析に基づく方法と、生化学的検出又はポリヌクレオチドの配列決定に基づく他の方法である。試料中のｍＲＮＡ発現を定量化するために当該分野で最も広く用いられている方法には、ノーザンブロット及びインサイツハイブリダイゼーション（Parker及びBarnes, Methods in Molecular Biology 106: 247-283(1999)；ＲＮＡｓｅ保護アッセイ（Hod, Biotechniques 13: 852-854(1992）；及び逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（Weis等，Trends in Genetics 8: 263-264(1992)）が含まれる。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ二重鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二重鎖又はＤＮＡ−タンパク質二重鎖を含む特定の二重鎖を認識できる抗体を用いてもよい。配列ベースの遺伝子発現解析の代表的な方法には、連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、及びＭａｓｓｉｖｅｌｙ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析を含む。
２．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）
上に列挙した技術のうち、最も感度が良く最も柔軟性がある定量法はＰＣＲであり、これは、正常組織及び腫瘍組織中の異なった試料集団におけるｍＲＮＡレベルを、薬剤処置を含むか又は含まずに、比較し、遺伝子発現のパターンを特徴付けし、密接に関連したｍＲＮＡ間を識別し、ＲＮＡ構造を解析するために使用することができる。
第一工程は標的試料からのｍＲＮＡの単離である。出発材料は典型的には、ヒト腫瘍または腫瘍細胞株、および対応する正常組織または細胞株から単離された全ＲＮＡである。従って、ＲＮＡは、乳房、肺、大腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮、等を含む様々な原発腫瘍、腫瘍又は腫瘍細胞株から、健常者ドナー由来のプールされたＤＮＡとともに単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍の場合、ｍＲＮＡは凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された（例えば、ホルマリン固定）組織試料から、例えば、抽出することができる。ｍＲＮＡ抽出に関する一般的方法は当該分野で良く知られており、Ausubel等，Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997)を含む分子生物学の標準的教科書に開示されている。パラフィン包埋組織からのＲＮＡ抽出の方法は、例えば、Rupp and Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987), and De Andres et al., BioTechniques 18:42044 (1995)に開示されている。特に、ＲＮＡの単離は、Ｑｉａｇｅｎ等の商業的製造者の精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを、製造者の説明書に従って使用することで実施することができる。例えば、培養液中の細胞からの全ＲＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙミニカラムを使用して単離できる。他の市販のＲＮＡ分離キットには、ＭＡＳＴＥＲＰＵＲＥ（登録商標）完全ＤＮＡ及びＲＮＡ精製キット（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＤＮＡ ａｎｄ ＲＮＡ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）（ＥＰＩＣＥＮＴＲＥ（登録商標），Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．），及びパラフィンブロックＲＮＡ単離キット（Ｐａｒａｆｆｉｎ ＢｌｏｃｋＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）（Ａｍｂｉｏｎ， Ｉｎｃ．）を含む。組織試料からの全ＲＮＡは、ＲＮＡ Ｓｔａｔ−６０（Ｔｅｌ−Ｔｅｓｔ）を使用して単離できる。腫瘍から調製したＲＮＡは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離できる。
ＲＮＡはＰＣＲのテンプレートとならないので、ＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングの最初のステップはＲＮＡテンプレートのｃＤＮＡへの逆転写と、それに続くＰＣＲ反応でのそれの指数関数的な増幅である。２つの最も広く用いられている逆転写酵素はトリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）及びモロニーマウス白血球ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）である。逆転写段階は、典型的には、発現プロファイリングの環境及び目的に依存し、特異的プライマー、ランダムヘキサマー、又はオリゴ−ｄＴプライマーを使用してプライムされる。例えば、製造者説明書に従い、ＧＥＮＥＡＭＰＴＭ ＲＮＡ ＰＣＲキット（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）を使用して抽出ＲＮＡを逆転写することができる。誘導したｃＤＮＡは、ついで、後のＰＣＲ反応のテンプレートとして使用できる。ＰＣＲ工程では、様々な熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用することができるが、典型的には、５’−３’ヌクレアーゼ活性を有するが３’−５’プルーフリーディングエンドヌクレアーゼ活性を欠くＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼを用いる。よって、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲでは、典型的には、Ｔａｑ又はＴｔｈポリメラーゼの５’−ヌクレアーゼ活性を用いて、その標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するが、５’ヌクレアーゼ活性と同等の任意の酵素を用いることができる。ＰＣＲ反応にとって典型的なアンプリコンを生成するために２つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用する。三番目のオリゴヌクレオチド、又はプローブを、２つのＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するために設計する。該プローブは、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素によって伸長せず、レポーター蛍光色素及び消光蛍光色素で標識される。このレポーター色素のどんなレーザー誘導放射も、プローブ上でこの２つの色素が近接して位置している場合には、消光色素によって消光する。増幅反応の間、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、テンプレートに依存する形でプローブを切断する。生じたプローブ断片は溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルは、二番目のフルオロフォアの消光効果とは無関係である。新しい分子が合成される度にレポーター色素の１分子が遊離させられ、消光しないレポーター色素の検出がデータの定量的な解釈の基礎を提供する。
ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲは、例えば、ＡＢＩ ＰＲＩＺＭ ７７００（商品名）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）、又はＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）等の商業的に入手可能な装置を使用しておこなうことができる。好ましい実施態様では、５’ヌクレアーゼ手法は、ＡＢＩ ＰＲＩＺＭ７７００（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ等のリアルタイム定量ＰＣＲ装置ですすめられる。該システムは、サーモサイクラー、レーザー、電荷結合素子（ＣＣＤ）、カメラ及びコンピューターからなる。該システムでは、サーモサイクラー上の９６−ウェルフォーマットで試料を増幅する。増幅の間、９６ウェル全てに関する光ファイバーケーブルを通してレーザー励起した蛍光シグナルがリアルタイムで収集され、ＣＣＤカメラで検出される。該システムは、装置を作動し、データを分析するソフトウェアを含む。
５’−ヌクレアーゼアッセイのデータは、Ｃｔ又は閾値サイクルとして最初に表される。上で検討したように、蛍光値は毎サイクルの間に記録され、増幅反応においてそのポイントまでに増幅した産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意であるとして最初に記録されたポイントが閾値サイクル（Ｃｔ）である。
エラー及び試料と試料間の変化による効果を最小限にするために、通常は内部標準を使用してＰＣＲを実施する。理想的な内部標準は、異なる組織間では一定のレベルで発現し、実験上の処理によって影響を受けない。遺伝子発現のパターンを正規化するために最も頻繁に使用されているＲＮＡは、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド−３−リン酸−デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）及びＰ−アクチンのｍＲＮＡである。
ＰＣＲ技術のより最近の変形例は、二重標識蛍光発生プローブ（つまり、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）プローブ）によってＰＣＲ産物の蓄積を測定する定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。リアルタイムＰＣＲは、各標的配列に対する内部競合体が正規化のために使用される定量的競合ＰＣＲと、試料内に含まれる正規化遺伝子、又はＰＣＲのためのハウスキーピング遺伝子を使用する定量的比較ＰＣＲの双方に匹敵する。更なる詳細については、例えばHeld等, Genome Research 6:986-994 (1996)を参照のこと。
ＲＮＡの供給源として固定された、パラフィン包埋組織を用い、ｍＲＮＡの単離、精製、プライマー伸長及び増幅を含む、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコル工程が、様々な出版された雑誌の記事に記載されている（例えば：Godfrey et al., J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht et al., Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001)）。簡単に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの１０マイクログラム厚切片の切断から始まる。ＲＮＡを抽出し、タンパク質やＤＮＡが除去される。ＲＮＡ濃度を分析した後、ＲＮＡの修復および／または増幅ステップが必要に応じて含まれ得、ＲＮＡは遺伝子特異的プロモーターを用いて転写され、ＰＣＲが続く。
本発明の一態様によれば、増幅される遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいてＰＣＲプライマー及びプローブが設計される。この実施態様では、プライマー／プローブ設計の第一工程は遺伝子内のイントロン配列の描写である。これは、公に入手可能なソフトウェア、例えばKent, W.J., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)によって開発されたＤＮＡ ＢＬＡＴソフトウェア、あるいはその変形形を含むＢＬＡＳＴソフトウェアによって行うことができる。ＰＣＲプライマー及びプローブ設計の十分に確立された方法が次の工程として続く。
非特異的シグナルを避けるために、プライマーとプローブを設計する場合、イントロン内において反復配列をマスクすることが重要である。これは、反復エレメントのライブラリに対してＤＮＡ配列をスクリーニングし、反復エレメントがマスクされる問い合わせ配列を返すベイラー医科大学からオンラインで入手可能なＲｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒプログラムを使用して容易に達成することができる。ついで、マスクされたイントロン配列を使用し、例えばＰｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）；ＭＧＢアッセイ−バイ−デザイン（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）；プライマー３（Rozen及びSkaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S編 Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365-386）のような任意の商業的に又は他の好適に入手できるプライマー／プローブ設計パッケージを使用して、プライマー及びプローブ配列を設計することができる。
ＰＣＲプライマー設計で考慮される因子は、プライマー長、融解温度（Ｔｍ）、及びＧ／Ｃ含有量、特異性、相補的プライマー配列、及び３’末端配列を含む。一般に、最適なＰＣＲプライマーは、一般に１７−３０塩基長であり、約２０−８０％、例えば約５０−６０％のＧ＋Ｃ塩基を含む。５０℃から８０℃の間、例えば約５０℃から７０℃のＴｍが典型的には好ましい。
ＰＣＲプライマー及びプローブ設計のための更なる指針については、その開示全体が出典明示によりここに明示的に援用される例えばDieffenbach等，“General Concepts for PCR Primer Design" in: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp. 133-155; Innis 及びGelfand, “Optimization of PCRs" in: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC Press, London, 1994, pp. 5-11；及びPlasterer, T.N. Primerselect: Primer and probe design. Methods Mol. Biol. 70:520-527 (1997)を参照のこと。
３．ＲＮＮ−Ｓｅｑ
全トランスクリプトーショットガンシーケンシング（ＷＴＳＳ）とも呼ばれるＲＮＡ−ＳＥＱは、サンプルのＲＮＡ含有量に関する情報を取得するために、ｃＤＮＡの配列に対してハイスループットシークエンシング技術を使用することを指す。ＲＮＡ−Ｓｅｑを記述している出版物は、 Wang et al. “RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics" Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (January 2009); Ryan et al. BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008)；及びMaher et al. "Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer". Nature 458 (7234): 97-101 (January 2009)を含む。
４．マイクロアレイ
差次的遺伝子発現も、マイクロアレイ技術を用いて同定し、又は確かめることができる。よって、乳癌関連遺伝子の発現プロファイルを、マイクロアレイ技術を使用して新鮮組織又はパラフィン包埋組織の何れかで測定することができる。この方法では、興味あるポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロチップ基板上にプレートし、整列させる。ついで、この整列させた配列を、興味ある細胞又は組織からの特異的ＤＮＡプローブでハイブリダイズする。丁度ＰＣＲ法のように、ｍＲＮＡのソースは、典型的にはヒト腫瘍又は腫瘍細胞株及び対応する正常な組織又は細胞株からの全ＲＮＡである。したがってＲＮＡは様々な原発腫瘍または腫瘍細胞株から単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍の場合、ｍＲＮＡは、毎日の臨床の現場で日常的に調製され保持される凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された（例えば、ホルマリン固定）組織試料から、例えば、抽出することができる。
マイクロアレイ技術の特定の実施態様では、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅挿入部分を高密度アレイの基板へ塗布する。好ましくは、少なくとも１００００のヌクレオチド配列を基板へ塗布する。それぞれ１００００エレメントがマイクロチップ上に固定化された、マイクロアレイ遺伝子は、ストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションに適している。蛍光標識ｃＤＮＡプローブは、興味ある組織から抽出したＲＮＡの逆転写によって蛍光ヌクレオチドを取り込むことで作製できる。チップへ塗布した標識ｃＤＮＡプローブは、アレイ上の各スポットのＤＮＡと特異性をもってハイブリダイズする。非特異的に結合したプローブを除くためにストリンジェントに洗浄した後、チップを共焦点レーザー顕微鏡によって又はＣＣＤカメラのような他の検出法によってスキャンする。各整列したエレメントのハイブリダイゼーションの定量化によって、対応するｍＲＮＡ発生量の評価が可能となる。二色蛍光によって、２つのソースのＲＮＡから作製した別々の標識ｃＤＮＡプローブを２つ１組でアレイへハイブリダイズする。従って、各特定の遺伝子に対応する２つのソースからの転写物の相対発生量が、同時に決定される。小型化したハイブリダイゼーションのスケールによって、非常に多くの遺伝子に関する発現パターンの簡便で迅速な評価が可能となる。このような方法が、細胞当たり少数のコピーが発現する希な転写物を検出するため、また発現レベルにおける少なくともおよそ２倍の違いを再現可能に検出するために必要とされる感度を有していることが示されている（Schena等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(20): 106-49(1996)）。マイクロアレイ解析は、製造者のプロトコルに従って、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧＥＮＣＨＩＰＴＭ技術、又はＩｎｃｙｔｅのマイクロアレイ技術を使用することによって、市販の装置によって実施することができる。
遺伝子発現の大規模解析のためのマイクロアレイ法の開発により、様々な腫瘍のタイプにおいて、癌の分類と予後予測の分子マーカーについて体系的に探索することが可能となる。
５．遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）
遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）は、各転写物に対して個々のハイブリダイゼーションプローブを提供することを要せず、多数の遺伝子転写物の同時の定量解析を可能にせしめる方法である。先ず、タグが各転写物内の独特の位置から得られるとの前提で、転写物をユニークに同定するのに十分な情報を含む短い配列タグ（約１０−１４ｂｐ）が生成される。ついで、多くの転写物を互いに結合させて長い連続の分子を形成し、これを配列決定して、複数タグの同一性を同時に明らかにすることができる。転写物の任意の集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を決定し、各タグに対応する遺伝子を同定することによって定量的に評価することができる。更なる詳細については、例えばVelculescu等, Science 270:484-487 (1995);及びVelculescu等, Cell 88:243-51 (1997)を参照のこと。
６．ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術
ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）の技術は、検出用質量分析（ＭＳ）を用いた遺伝子発現解析の自動化したハイスループットな方法である。この方法によれば、ＲＮＡの単離、逆転写およびＰＣＲ増幅の後に、ｃＤＮＡがプライマー伸長に供される。ｃＤＮＡ由来のプライマー伸長産物を精製し、ＭＡＬＴＩ−ＴＯＦ ＭＳのサンプル調製に必要な成分があらかじめロードされているチップアレイ上に分配される。反応物に存在する様々なｃＤＮＡが、得られた質量スペクトルのピーク面積を分析することによって定量される。
７．免疫組織化学法
免疫組織化学法（「ＩＨＣ」）はまた本発明のマーカーの発現レベルを検出するのに適している。組織切片の免疫組織化学的染色は、サンプル中のタンパク質の存在を評価又は検出するの信頼性の高い方法であることが示されている。免疫組織化学技術は、一般的に発色法又は蛍光法により、インサイツで細胞の抗原を探索し、可視化する抗体を利用する。よって、抗体又は抗血清、好ましくはポリクローナル抗血清、最も好ましくは各マーカーに特異的なモノクローナル抗体が発現の検出に使用される。下に更に詳細に議論されるように、抗体は、例えば、放射標識、蛍光標識、例えばビオチン等のハプテン標識、又は西洋ワサビペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼのような酵素によって、検出することができる。あるいは、未標識一次抗体が、抗血清、ポリクローナル抗血清又は一次抗体に特異的なモノクローナル抗体を含む、標識二次抗体との関連で使用される。免疫組織化学プロトコル及びキットは当該分野でよく知られており、商業的に入手可能である。
ＩＨＣの２つの一般的な方法が利用可能である；直接アッセイ及び間接アッセイ。第一ののアッセイによれば、標的抗原への抗体の結合が直接的に決定される。この直接的なアッセイは、更なる抗体相互作用無しに可視化することができる標識試薬、例えば蛍光タグ、酵素標識一次抗体などを使用する。典型的な間接的なアッセイでは、非結合型一次抗体が抗原に結合し、その後、標識二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識に結合されると、発色性又は蛍光基質が抗原の可視化を提供するために添加される。複数の二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応する可能性があるため、シグナル増幅が発生する。
免疫組織化学のために使用される一次及び／又は二次抗体は、典型的には、検出可能な部分で標識される。以下の種類に通常分類できる多くの標識が利用可能である：
（ａ）ラジオアイソトープ、例えば３５Ｓ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ及び１３１Ｉ。抗体は例えばImmunology, Volumes 1 and 2, Coligenら編, Wiley-Interscience, New York, New York, Pubs. (1991)のCurrent Protocolsに記載される技術を用いて放射性同位体にて標識することができ、放射能はシンチレーション計測器を用いて測定することができる。
（ｂ）コロイド金粒子
（ｃ）希有土類キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン（ｐｈｙｃｏｃｒｙｔｈｅｒｉｎ）、フィコシアニン又はＳＰＥＣＴＲＵＭ ＯＲＡＮＧＥ（登録商標）及びＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ（登録商標）などの市販のフルオロフォア及び／又は上記の何れか一ないしは複数の誘導体を含むが、これらに限定されるものではない蛍光標識。蛍光標識は、例えば、上記のＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙのＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓに開示される技術を用いて抗体にコンジュゲートすることができる。蛍光は、蛍光計を用いて定量化することができる。
（ｄ）様々な酵素基質標識が利用可能であり、米国特許第４，２７５，１４９号はこれらの幾つかの概説を提供する。一般に、酵素は、様々な技術を用いて測定することができる発色性基質の化学変化を触媒する。例えば、酵素は、分光測光法で測定することができる基質の変色を触媒するかもしれない。あるいは、酵素は、基質の蛍光又は化学発光を変えうる。蛍光の変化を定量化する技術は上記の通りである。化学発光基質は、化学反応によって電子的に励起され、測定することができる（例えば化学発光計測器を用いて）か、又はエネルギーを蛍光アクセプターに与える光を発しうる。酵素標識の例には、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４，７３７，４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタルアジネジオン（ｄｉｈｙｄｒｏｐｈｔｈａｌａｚｉｎｅｄｉｏｎｅｓ）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）などのペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカライドオキシダーゼ（例えばグルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環のオキシダーゼ（例えばウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼなどが含まれる。抗体に酵素をコンジュゲートする技術は、O'Sullivanら., Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, in Methods in Enzym. (ed J. Langone & H. Van Vunakis), Academic press, New York, 73:147-166 (1981）に記載されている。
酵素基質の組合せの例には、例えば以下のものが含まれる：
（ｉ）基質として水素ペルオキシダーゼを有する西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）、ここで水素ペルオキシダーゼが染料前駆体（例えば、オルソフェニレン（ｏｒｔｈｏｐｈｅｎｙｌｅｎｅ）ジアミン（ＯＰＤ）又は３，３’，５，５’テトラメチルのベンジジン塩酸塩（ＴＭＢ））を酸化する；３，３−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）もまたＨＲＰ標識抗体を可視化するために使用することができる。
（ｉｉ）色素生産性基質としてリン酸パラグラフ−ニトロフェニルを有するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）；及び
（ｉｉｉ）色素生産性基質（例えばｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光発生基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル（ｍｅｔｈｙｌｕｍｂｅｌｌｉｆｅｒｙｌ）−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）を有するβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）。
多数の他の酵素基質の組合せは当業者にとって利用可能である。これらの一般的な概要については、米国特許第４，２７５，１４９号及び４，３１８，９８０を参照。
ときには標識は、抗体と間接的にコンジュゲートされることがある。これを行うための様々な技術は当分野の技術者に公知である。例えば、抗体は、ビオチンとコンジュゲートさせることができ、前述した大きな４つの分類のうちの何れかはアビジンとコンジュゲートさせることができ、その逆もまた可能である。ビオチンは選択的にアビジンと結合し、したがって、標識はこの間接的な方法で抗体にコンジュゲートさせることができる。あるいは、抗体と標識を間接的にコンジュゲートさせるために、抗体は小ハプテンとコンジュゲートさせ、前述した標識の異なるタイプのうちの１つは抗ハプテン抗体とコンジュゲートさせる。したがって、抗体と標識は間接的にコンジュゲートすることができる。
上記の試料調製手順以外に、ＩＨＣ前、ＩＨＣの間又はＩＨＣ後に組織切片の更なる処置が所望されてもよい。例えば、クエン酸塩バッファ中で組織サンプルを加熱するなどのエピトープ検索方法が実施されてもよい（例として、Leong等 Appl. Immunohistochem. 4(3): 201 (1996)を参照）。
任意のブロック工程の後に、一次抗体が組織試料中の標的タンパク質抗原と結合するような好適な条件下と十分な時間、組織切片を一次抗体に曝露させる。これを達成するための好適な条件は慣例的な実験によって決定できる。
試料に対する抗体の結合の範囲は、上で議論された検出可能な標識の何れか一つを用いて決定される。好ましくは、標識は、３，３’−ジアミノベンジジンクロモゲンなどの色素生産性基質の化学変化を触媒する酵素標識（例えばＨＲＰＯ）である。好ましくは、酵素標識は、一次抗体（例えば、一次抗体はウサギポリクローナル抗体であり、二次抗体はヤギ抗ウサギ抗体である）に特異的に結合する抗体にコンジュゲートさせる。
こうして調製される検体はマウントしてカバーグラスをかけてもよい。その後、例えば顕微鏡を使用してスライドの評価が決定される。
その前か又はその後のいずれかで、ＩＨＣが形態学的染色と組み合わされても良い。脱パラフィン後、スライドにマウントされた切片が、評価のために形態学的染色により染色され得る。使用される形態学的染色は、組織切片の正確な形態学的評価を提供する。切片は、異なる細胞成分を明瞭に染色する一以上の色素の各々で染色され得る。一態様において、ヘマトキシリンはスライドの細胞核を染色するための使用である。ヘマトキシリンは広く利用可能である。適切なヘマトキシリンの例は、ヘマトキシリンＩＩ（ベンタナ）である。明るい青色の核が望まれる場合、ヘマトキシリン染色後にブルーイング試薬が使用され得る。当業者は、染色は、スライドが色素中にとどまる時間の長さを増加又は減少させることによって、与えられた組織に対して最適化され得ることを理解するであろう。
スライドの調整とＩＨＣ処理用の自動化システムは市販されている。Ｖｅｎｔａｎａ（登録商標）ＢｅｎｃｈＭａｒｋ ＸＴシステムはそうした自動化システムの例である。
染色後、組織切片を顕微鏡の標準的な技術により分析することができる。一般的に、病理学者らが異常細胞または正常細胞または特定の細胞型の存在について組織を評価し、目的の細胞型の遺伝子座を提供する。従って、例えば、病理学者らはスライドを精査し、正常細胞（例えば、正常肺細胞など）と異常細胞（例えば、異常又は腫瘍性の肺細胞など）を識別する。目的の細胞の遺伝子座を定義するする任意の手段が用いられ得る（例えば、ＸＹ軸上の座標）。
ＩＨＣで使用するのに適した抗ｃ−ｍｅｔ抗体は当該技術分野において良く知られており、ＳＰ−４４（Ｖｅｎｔａｎａ），ＤＬ−２１（Ｕｐｓｔａｔｅ），ａｂ２７４９２（Ａｂｃａｍ），ＰＡ１−３７４８３（Ｐｉｅｒｃｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）を含む。当業者は、追加の適切な抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、例えば、本明細書に開示されるＩＨＣプロトコルを使用してｃ−ｍｅｔ抗体と比較することにより識別されて特徴付けられ得ることを理解している。
種々の染色強度を持つコントロール細胞ペレットが、ＩＨＣ分析並びにスコアリングのコントロールとして利用することができる。例えば、Ｈ４４１（強ｃ−ｍｅｔ染色強度）；Ａ５４９（中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度）；Ｈ１７０３（弱いｃ−ｍｅｔ染色強度），ＨＥＫ−２９３（２９３）（弱いｃ−ｍｅｔ染色強度）；およびＴＯＶ−１１２Ｄ（陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度）又はＨ１１５５（陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度）。幾つかの実施態様において、本明細書の図１及び／又は２が典型的なｃ−ｍｅｔのＩＨＣスコアリング強度のために参照される。幾つかの実施態様において、図１は、例えば、下の表Ａのスコアリング方式に従った、典型的な０、１＋、２＋及び３＋ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣのスコアリング強度を示す。幾つかの実施態様において、図２は、例えば、下の表Ａのスコアリング方式に従った、典型的なｃ−ｍｅｔ ＩＨＣのスコアの０、１、２、及び３を示す。
ｃ−ｍｅｔ免疫組織化学プロトコル及びスコアリング方式は本明細書に例示される。ｃ−ｍｅｔ染色強度の判定基準は表Ａに従って評価することができる。
幾つかの実施態様において、臨床的「Ｍｅｔ診断陽性」と「Ｍｅｔ診断陰性」の区分は以下のように定義される。
Ｍｅｔ診断陽性：ＩＨＣスコアが２又は３（表Ａに定義される）、及び
Ｍｅｔ診断陰性：ＩＨＣスコアが０又は１（表Ａに定義される）。
幾つかの実施態様において、関連した高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、ＩＨＣスコアが２、ＩＨＣスコアが３、又はＩＨＣスコアが２又は３である。幾つかの実施態様において、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／高ｃ−ｍｅｔ染色強度の混合性又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは中程度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、サンプル中で少なくとも５０の腫瘍細胞が分析される。幾つかの実施態様において、サンプル中で少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、または７０又はそれ以上の腫瘍細胞が分析される。幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陽性（ｍｅｔ診断陽性臨床状態）である。
幾つかの実施態様において、低ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、ＩＨＣスコアが０、ＩＨＣスコアが１、又はＩＨＣスコアが０又は１である。幾つかの実施態様において、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーは陰性ｃ−ｍｅｔ染色であり、５０％未満の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度であるが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度である。幾つかの実施態様において、サンプル中で少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、または７０又はそれ以上の腫瘍細胞が分析される。幾つかの実施態様において、本明細書の表Ａに従って定められるように、低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現はｍｅｔ診断陰性（ｍｅｔ診断陰性臨床状態）である。
８．プロテオミクス
「プロテオーム」なる用語は、ある時点でのサンプル（例えば組織、生物、又は細胞培養物）中に存在するタンパク質の全体として定義される。プロテオミクスは、とりわけ、サンプル中のタンパク質発現の網羅的変化の研究を含む（「発現プロテオミクス」とも称される）。プロテオミクスは典型的には次の工程を含む：（１）２−Ｄゲル電気泳動（２−Ｄ ＰＡＧＥ）によるサンプル中の個々のタンパク質の分離；（２）例えば質量スペクトル又はＮ末端配列決定によるゲルから回収された個々のタンパク質の同定、及び（３）バイオインフォマティクスを使用するデータ解析。プロテオミクス法は、遺伝子発現プロファイリングの他の方法に対する貴重な補充手段であり、単独で又は他の方法と組み合わせて、本発明のマーカーの産物を検出するために使用することができる。
９．遺伝子増幅
ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅の検出は、当業者に知られているある種の技術を使用して達成される。例えば、比較ゲノムハイブリダイゼーションが、染色体位置の関数としてＤＮＡ配列コピー数のマップを作成するために使用され得る。例えば。Kallioniemi et al. (1992) Science 258:818-821を参照。ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅は、例えば、ｃ−ｍｅｔ遺伝子に特異的なプローブを用いるサザンハイブリダイゼーションにより又はリアルタイム定量ＰＣＲによって、検出することもできる。
ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅の検出は、ｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピー数を直接評価することにより、例えば、ｃ−ｍｅｔ遺伝子にハイブリダイズするプローブを用いることにより達成される。例えば、ＦＩＳＨアッセイが行われ得る。ある実施態様において、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅の検出は、ｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピー数を間接的に評価することにより、例えば、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の外側にあるが、ｃ−ｍｅｔ遺伝子と共増幅される染色体領域のコピー数を評価することにより達成される。バイオマーカーの発現はまた、インビボでの診断アッセイを使用して、例えば、検出されるべき分子に結合し検出可能なラベル（例えば、放射性同位元素など）でタグ付けされた分子（例えば抗体）を投与し、そのラベルの局在化について患者を外部からスキャンすることにより評価することができる。
ＩＶ．治療方法
一態様において、本発明は、患者が多（増加した）量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することを見出されている場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を患者に投与することを含む、癌の患者を治療するための方法を提供する。
本発明はまた、患者が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見いだされた場合（例えば、患者の癌が、例えばＩＨＣを用いて決定される、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する場合）、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えばＭｅｔＭＡｂなどの抗ｃ−ｍｅｔ抗体）の治療的有効量を患者に投与することを含む、ＮＳＣＬＣ患者を治療するための方法に関する。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは扁平上皮癌である。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは腺癌である。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣが第二ライン又は第３ラインの局所進行性又は転移性のＮＳＣＬＣである。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは、少なくとも１回の前の化学療法が奏効しなかった後の局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣである。ＩＨＣを用いたｃ−ｍｅｔ発現を決定するための方法が議論され、本明細書に例示される。幾つかの実施態様において、患者の癌はＩＨＣスコアが２、ＩＨＣスコアが３、又はＩＨＣスコアが少なくとも２（２又は３）で高ｃ−ｍｅｔを発現することが示されている。幾つかの実施態様において、患者の癌（患者の癌からのサンプル）は、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞を含有することが示されている。幾つかの実施態様において、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは中程度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である。幾つかの実施態様において、本明細書に開示された基準はｃ−ｍｅｔバイオマーカーの状態を高い又は低いとしてスコアリングするために用いられる。
更に、本発明は、患者が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見いだされた場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、ＭｅｔＭＡｂなどの抗ｃ−ｍｅｔ抗体など）とＥＧＲＦアンタゴニスト（エルロチニブなど）の組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む、ＮＳＣＬＣを有する患者を治療する方法を提供する。本明細書において治療される患者は望ましくは、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの量が減少した患者に比較して、より大きい無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び全生存期間（ＯＳ）から恩恵を受ける（又は示す可能性がある）であろう。典型的なＥＧＦＲアンタゴニストが本明細書に記載される。幾つかの実施態様において、ＮＳＣＬＣは、少なくとも１回の前の化学療法が奏効しなかった後の局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣである。
本発明は、患者が減少した量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見いだされた場合（例えば、患者の癌が、例えばＩＨＣを用いて決定される、減少したｃ−ｍｅｔバイオマーカーを発現する場合）、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌の治療的有効量を患者に投与することを含む、癌（例えばＮＳＣＬＣ）患者を治療するための方法に更に関する。幾つかの実施態様において、患者の癌は、ｃ−ｍｅｔを検出可能に発現しないか又はＩＨＣスコアが０、ＩＨＣスコアが１、又はＩＨＣスコアが０又は１でｃ−ｍｅｔを発現する。幾つかの実施態様において、本明細書に開示された基準はｃ−ｍｅｔバイオマーカーの状態を陰性としてスコアリングするために用いられる。幾つかの実施態様において、患者の癌（患者の癌からのサンプル）は、陰性ｃ−ｍｅｔ染色を含むことが示され、５０％未満の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱いｃ−ｍｅｔ染色強度又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度であるが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度である。
本発明の癌医薬は、単独で、または他の癌医薬と組み合わせて使用することができる。例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）は、約１５ｍｇ／ｋｇを３週間毎の投与量で、又は約１０ｍｇ／ｋｇを隔週の投与量で投与される。
例えば、ｃ−ｍｅｔ抗体は、少なくとも一の付加的治療薬とともに、例えば、化学療法薬とともに、他のｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（他のｃ−ｍｅｔ抗体など）とともに、ＥＧＦＲアンタゴニスト（エルロチニブなど）とともに、又は抗ＶＥＧＦ抗体（ベバシズマブなど）とともに共投与することができる。ｃ−ｍｅｔ抗体は、付加的なｃ−ｍｅｔアンタゴニストとともに共投与することができる。上記のこうした併用療法は、併用投与（２つ以上の治療剤が、同一または別々の製剤に含まれている）及び分離投与を包含し、その場合、第一の医薬の投与が、第二の医薬の投与投与の前、同時、及び／又はその後に起きうる。一実施態様において、３週間ごとに約１５ｍｇ／ｋｇの用量で抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）が、３週間のサイクルの毎日に１５０ｍｇの用量でのエルロチニブ（Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミン）と併用で使用される。他の実施態様において、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体）は、抗ＶＥＧＦ抗体と化学療法（例えば、タキサン）と組み合わせて使用される。典型的なプロトコルは、トリプルネガティブ転移性乳癌患者に対して、２８日周期の１日目と１５日目に１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）、２８日周期の１日目と１５日目に１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）、及び２８日周期の１日目、８日目及び１５日目に静脈注射により９０ｍｇ／ｍ２の用量で投与されるパクリタキセルを投与することである。典型的なプロトコルは、トリプルネガティブ転移性乳癌患者に対して、２８日周期の１日目と１５日目に１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えばＭｅｔＭＡｂ）、及び２８日周期の１日目、８日目及び１５日目に静脈注射により９０ｍｇ／ｍ２の用量で投与されるパクリタキセルを投与することである。
癌医薬はまた放射線治療と併用して用いることができる。
本発明の医薬は、任意の適切な手段によって投与することができ、経口、肺内、および鼻腔内、及び局所治療が所望される場合、病巣内投与が含まれる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。投薬は、その投与が短期間か又は長期であるかどうかに部分的に依存し、任意の適切な経路、例えば、静脈内または皮下注射などの注射により行うことができる。限定されないが、様々な時間点にわたる、単一または複数回投与、ボーラス投与、パルス注入を含む様々な投与スケジュールが本明細書で考えられている。
疾患の予防又は治療のためには、本発明の抗体の適切な用量（単独で使用されるか、又は、一以上の更なる治療的薬剤との組み合わされる場合）は治療すべき疾患の種類、抗体の種類、疾患の重症度及び経過、抗体を予防又は治療目的のいずれにおいて投与するか、以前の治療、患者の臨床的履歴及び抗体に対する応答性、及び担当医の判断に依存する。抗体は、患者に対して、単回、又は一連の治療にわたって適切に投与される。１つの典型的な一日当たり用量は上記した要因に応じて約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上の範囲である。数日間以上に渡る反復投与の場合には、状態に応じて、治療は疾患症状の望まれる抑制が起こるまで持続するであろう。しかしながら、他の投与計画は有効でありうる。この治療の進行は、従来技術及びアッセイにより容易にモニターされる。
上記の製剤または治療方法のいずれかが、医薬としての抗体の代わりか又は抗体に加えて、本発明のイムノコンジュゲートを用いて行うことができることが理解される。
幾つかの実施態様において、患者はＩＩＩＢ／ＩＶ期に２つを上回る前治療を受けなかった。幾つかの実施態様において、患者は、ＥＧＦＲ阻害又は用量の変更を生じる既知のＥＧＦＲに関連した毒性により作用することができる治験薬又は市販薬に３０日を超えた曝露を受けなかった。ＥＧＦＲ阻害は、（限定されないが）ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びセツキシマブを含む。幾つかの実施態様において、患者は、無作為化の前２８日以内に化学療法、生物学的療法、放射線療法または治験薬を受けなかった（場合によっては、薬剤関連毒性が適切に解決されたとする条件で、キナーゼ阻害剤が無作為化の前２週間以内に用いられる場合がある）。幾つかの実施態様において、患者は未治療及び／又は活動性（進行しているか又は症候性制御のための抗けいれん薬やコルチコステロイドを必要とする）ＣＮＳ転移を持つ患者ではない。他の患者除外基準は、実施例に記載されており、本発明では、そこに記載されている一以上の除外の使用を意図している。幾つかの実施態様において、患者の癌のサンプルは野生型ＥＧＦＲを有することが示されている。幾つかの実施態様において、患者の癌のサンプルは野生型ＥＧＦＲを有することが示されていない。
Ｖ．製造品
本発明の別の実施態様において、癌（例えばＮＳＣＬＣ又は乳癌）の治療で使用のための製造品が提供される。製造品は、容器とラベルまたは容器上にあるまたは容器に付属するパッケージ挿入物を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、活性剤として癌医薬を含む組成物を保持しているか又は含み、かつ無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下注射針による穴あきストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい）。
製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液を含む第二の容器をさらに含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。
本発明の製造品はまた、例えばパッケージ挿入物の形で、本組成物が、本明細書におけるバイオマーカーに基づいて癌の治療のために使用されることを示す情報を含む。挿入物またはラベルは、紙媒体又は磁気記録媒体（例えば、フロッピーディスク）やＣＤ−ＲＯＭなどの電子媒体上など任意の形態をとることができる。ラベル又は挿入物はまた、キット又は製造品のキットにおける薬学的組成物及び剤形に関する他の情報を含んでもよい。
本発明の一実施態様によれば、薬学的に許容される担体中のｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）及びｃ−ｍｅｔアンタゴニストがｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現にもとづく癌（例えばＮＳＣＬＣ）患者の治療用であることを示したパッケージ挿入物を一緒にパッケージされて含有する製造品が提供される。
本発明はまた、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）を含む薬学的組成物と、薬学的組成物がｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現に基づき癌（例えばＮＳＣＬＣ）患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物をパッケージ中に組み合わせることを含む製造品を製造するための方法に関する。
製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液及び／又はデキストロース溶液を含む付加的な容器をさらに含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。
ＶＩ．診断キット
本発明はまた、本明細書中で同定するバイオマーカーの任意の１つまたは複数のを検出するのに有用な診断キットに関する。従って、診断キットは、癌患者由来のサンプルにおいて、ｃ−ｍｅｔ，ｋ−ｒａｓ，ＡＬＫ及びＥＧＦＲバイオマーカーの一以上の発現を決定するための一以上の試薬を含み提供される。任意で、キットは、患者がｃ−ｍｅｔバイオマーカーを高レベルで発現する場合、癌患者を治療するための癌医薬（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体などのｃ−ｍｅｔアンタゴニスト）を選択するためのキットを使用するための説明書を更に含む。別の実施態様において、説明書は、患者がバイオマーカーを低下したレベルで発現する場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外（又は抗ｃ−ｍｅｔ抗体以外）の癌医薬を選択するためのキットを使用するためである。
ＶＩＩ．広告の方法
本明細書の発明はまた、ターゲット層に対して、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するための癌医薬（例えば抗ｃ−ｍｅｔ抗体）の使用を宣伝することを含む、癌医薬を広告するための方法に関する。
広告は一般的にはスポンサーが識別され、メッセージが制御された非個人的な媒体を介する有料の通信である。本明細書における目的のための広告は、広報、広報活動、製品の配置、スポンサーシップ、引受業務、及び販売宣伝を含む。該用語はまた、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する良好なパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、宣伝し、動機付けし、あるいは行動を変更するようにアピールするように計画された、印刷通信媒体の何れかに現れるスポンサー提供の情報公告を含む。
本明細書中の診断方法の広告や宣伝は、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを配信するために使用する広告媒体の例としては、放送メディアに現れるメッセージであるコマーシャルを含む、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。広告はまた、食料品のカートの座席上、空港の通路の壁、バスの側面にあるもの、または電話保留メッセージ、または店舗内のＰＡシステムで聞くもの、または視覚的にも又は聴覚的にも通信が配置されうる任意の場所を含む。
宣伝や広告手段のより具体的な例は、テレビ、ラジオ、映画、ウェブキャスト及びウェビナーなどのインターネット、同時にユーザに届くこように意図されたインタラクティブなコンピュータネットワーク、固定または電光掲示板、およびその他の公共看板、ポスター、雑誌や新聞などの伝統的または電子的な文献、他の報道発信地、プレゼンテーション、又は、例えば、電子メール、電話、インスタントメッセージ、郵便、宅配便、大量一斉メール又はキャリアメール、対面での訪問などによる個別の接触を含む。
使用される広告の種類は、到達されるべきターゲト層、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、並びに、コストの考慮、及び医薬と診断の広告を規制する関連法律及び規制など、多くの要因に依存する。広告は、サービスの相互作用及び／又はユーザーの人口統計及び地理的な場所など他のデータによって定義されたユーザの特性評価に基づいて、個別化又はカスタマイズされ得る。
材料と方法
サンプル：治療前の患者のサンプルが、ＮＳＣＬＣにおけるＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブに対するエルロチニブ＋プラセボによる治療の安全性及び予備的活性を評価するために計画された、盲検、第ＩＩ相無作為化、多施設試験から分析された（下記に更に記述）。代表的な腫瘍のホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍標本又は未染色のパラフィンスライド（１５スライド）の提出が、試験に登録された全患者において必要とされた。
免疫組織化学（ＩＨＣ）：抗原回復、ブロッキング、及び一次抗ｃ−Ｍｅｔ抗体とインキュベーションの前に、ホルマリン固定化されたパラフィン包埋組織切片が脱パラフィン処理された。二次抗体とのインキュベーション及び酵素発色に続いて、カバーガラス装着前に、封入前に対比染色されてアルコールとキシレンのシリーズで脱水した。
以下のプロトコールがＩＨＣについて用いられた。Ｖｅｎｔａｎａ Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ ＸＴシステムが以下の試薬と材料を用いてｃ−ｍｅｔ ＩＨＣ染色を実施するために用いられた。
一次抗体：ベンタナ抗トータル（Ｔｏｔａｌ）ｃＭＥＴ（ＳＰ４４）ウサギモノクローナル一次抗体（カタログ番号Ｍ３４４４．Ｒ）
検体型：ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプル及び様々な染色強度のコントロール細胞ペレット
治療される種：ヒト
機器：ＢｅｎｃｈＭａｒｋ ＸＴ
エピトープの回復条件：細胞の前処置１（ＣＣ１、ベンタナ、カタログ番号＃９５０−１２４）
一次抗体の条件：３７℃で１０ｕ／ｍｌ／１６分
希釈剤：ベンタナ抗体希釈バッファー（Ｔｒｉｓ ＨＣｌバッファー、カタログ番号９５１１９）
陰性コントロール用のナイーブ抗体：ナイーブウサギＩｇＧを３ｕ／ｍｌ（ベンタナ確認用陰性コントロールのウサギＩｇＧ、カタログ番号＃７６０−１０２９）
検出：ウルトラビューユニバーサルＤＡＢ検出キット（ベンチマーク試薬、ポリマー系、ベンタナ カタログ番号＃７６０−５００）を製造業者の説明に従って使用
対比染色：ベンタナヘマトキシリンＩＩ（カタログ番号＃７９０−２２０８）／ブルーイング試薬（カタログ番号７６０−２０３７）
ベンチマークＸＴプロトコールは以下であった：
１．パラフィン（選択）
２．脱パラフィン（選択）
３．細胞の前処置（選択）
４．コンディショナ＃１（選択）
５．穏やかなＣＣ１（選択）
６．標準のＣＣ１（選択）
７．抗体（Ａｂ）インキュベーション温度（選択）
８．３７℃での抗体インキュベーション（Ａｂ Ｉｎｃ．）（選択）
９．滴定（選択）
１０．ハンドアプライ（Ｈａｎｄ Ａｐｐｌｙ）、（０時間１６分）のインキュベート
１１．対比染色（Ｃｏｕｎｔｓｔａｉｎ）（選択）
１２．一ドロップの（ヘマトシアニンＩＩ）（対比染色（Ｃｏｕｎｔｓｔａｉｎ））を加え、カバーガラスを装着し、（４分間）インキュベート。
１３．対比染色（Ｃｏｕｎｔｓｔａｉｎ）後（選択）
１４．一ドロップの（ブルーイング試薬）（対比染色（Ｃｏｕｎｔｓｔａｉｎ）後）を加え、カバーガラスを装着し、（４分間）インキュベート。
１５．油を除去するために石鹸水でスライドを洗浄
１６．水でスライドをすすぐ
１７．９５％エタノール、１００％エタノールとキシレン（ライカの自動染色プログラム＃９）
１８．カバーガラスを装着
ＩＨＣによるｃ−ｍｅｔの発現のスコアリング：腫瘍標本におけるｃ−ｍｅｔ発現の有無は、ＩＨＣを用いて評価した。ＮＳＣＬＣにおいてｃ−ｍｅｔ染色強度に広いダイナミックレンジがあり、腫瘍細胞は陰性、弱、中程度、又は強い強度を持っていた。加えて、ＮＳＣＬＣ腫瘍組織内におけるｃ−ｍｅｔの発現はしばしば不均一であり、つまり、腫瘍細胞はサンプル中で異なるレベルのｃ−ｍｅｔの発現を示した。ＩＨＣ染色の強度（陰性、弱、中程度、又は強）と異なるレベルの強度で染色された腫瘍細胞の割合の両方がＩＨＣによるｃ−ｍｅｔの発現を評価するときに考慮された。ｍｅｔ診断陽性腫瘍とｍｅｔ診断陰性腫瘍を定義するための基準は、非盲検試験前に下記のスコアリングシステムによるＩＨＣにより定義されるように定められた。
腫瘍細胞を、ｃ−Ｍｅｔの染色のためにスコア化した。多くの場合、染色はいくつかの細胞質のシグナル（Ｍ、ｃ）を持ち主に膜性であったが、しかしながら、優勢な細胞質染色（Ｃ、ｍ）はまた５−１０％のサンプルで観察された。染色は、強（３＋）、中程度（２＋）、弱（１＋）、曖昧（＋／−）又は陰性（−）に分類された。強い染色強度は、暗褐色から黒い細胞質、及び／又は類似の強度の肥厚性の暗い膜により特徴付けられた。中程度の染色強度は、褐色の細胞質及び／又は膜によって特徴付けられた。中程度の染色は強いシグナル強度で見られる黒さを欠いており、膜はより薄かった。弱いシグナル強度が淡褐色の細胞質によって特徴付けられた。弱いシグナルは中程度の染色強度で見られる濃い茶色を欠いており、膜はより薄かった。陰性又は曖昧なシグナル強度は、茶色よりも、任意の検出可能なシグナルまたは薄灰色または黄褐色のシグナルよって特徴付けられ、膜染色が増強した証拠は無かった。
染色強度の評価に加えて、様々な染色強度／パターンの割合が、不均一なシグナルを持つサンプルで視覚的に評価された。
種々の染色強度を持つ以下のコントロール細胞ペレットが、ＩＨＣ分析並びにスコアリングのコントロールとして含められた。Ｈ４４１（＋＋＋（強い）染色）、Ａ５４９（＋＋（中程度の）染色）、Ｈ１７０３（＋（弱い）染色）と、ＴＯＶ−１１２Ｄ（−（陰性）染色）又はＨ１１５５（−（陰性）染色）。肺サンプル用に、気管支上皮が、中程度（２＋）の膜染色を示したため、内部コントロールとしても用いられた。アイソタイプコントロール抗体はまた、試験サンプルの基底バックグラウンド染色を決定するためにも使用した。例えばＫｉ−６７のような陽性コントロール抗体が、組織の品質を評価するために用いられた。図２は、上記ＩＨＣプロトコルに従って調製され、ＩＨＣのスコアが、０、１、２、又は３を有するＮＳＣＬＣの組織サンプルの一例を示す図である。図２に示すように、ｃ−ｍｅｔ染色強度は腫瘍の腫瘍部分全体で均一なレベルの強度を有して均質に分布し得るか又は一以上の強度レベルを有して不均一に分布し得る。染色は不均一であって良く、例えば、サンプルは複数の強度レベルを有し得る。図１は、上記のＩＨＣプロトコールに従って調製された典型的なコントロール細胞ペレットを示す。
ＩＨＣ染色を評価した後、ＩＨＣスコアは、以下のスコアリングカットオフを持つ少なくとも５０の腫瘍細胞の分析に基づいて報告された。
血管染色が文書化されたが、しかし、幾つかの生検サンプルにおいて十分な血管系が欠如していることに一部起因し、ＩＨＣスコアのためには使用されなかった。
臨床的「Ｍｅｔ診断陽性」と「Ｍｅｔ診断陰性」の区分は以下のように定義される。
Ｍｅｔ診断陰性：ＩＨＣスコアが０又は１
Ｍｅｔ診断陽性：ＩＨＣスコアが２又は３
明確にするために、本出願は、以下の用語を使用することが留意される。
加えて、本出願に関連した特許出願である、２０１０年８月３１日に出願された米国特許出願第６１／３７８，９１１において、「ｍｅｔ陽性」及び「ｍｅｔ陰性」なる用語は、それぞれＩＨＣのスコアが２又は３、ＩＨＣのスコアが０又は１を言及するために用いられた。
臨床試験
肺癌は世界的に癌による死亡の第一の原因である：それは、乳癌、大腸癌、腎臓癌、肝臓癌、黒色腫、及び前立腺癌を合わせたものより多くの人々を殺に至らす。毎年、１１８万の人々が病気の結果として死亡する（Parkin DM. CA Cancer J Clin (2005) 55:74-108）。肺癌患者の大半は、疾患が進行した段階にあり、体の他の部分に拡散したときに診断される。
非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は、全症例のおよそ８５％を占める、疾患の最も一般的な病態である。進行型（ステージＩＶ）ＮＳＣＬＣと診断された人々のわずか７．５％が５年後に生存していると予測される。ＮＳＣＬＣは、腺癌、扁平上皮癌又は大細胞癌であるとして分類することができる。腺癌はＮＳＣＬＣのの最も一般的な形態である。二つの主なＮＳＣＬＣの組織学的サブタイプである、腺癌（肺癌の約４０％を占める）とＳＣＣ（肺癌の約２５％を占める）は、類似した治療に対して差次的応答をもたらす固有の生物学的特性を示すという証拠が増えている。ペメトレキセド（Ｐｅｍｔｒｅｘｅｄ）は、腺癌で活性であるが、ＳＣＣにおいては比較的低い有効性を示している（Scagliotti et al, 2008, J Clin Oncol. 26(21):3543-51. Epub 2008 May 27）。中心部に位置するＳＣＣを持つＮＳＣＬＣ患者におけるベバシズマブによる治療は、出血リスクの増大をもたらした（Sandler et al 2006, N Engl J Med. 355(24):2542-50）。最後に、転移性疾患を有するＳＣＣ患者は、歴史的にみて腺癌と比較して一層悪い全生存期間を有する。従って、この組織学的サブセットための効果的なレジメンを同定する必要性が残っている。
この研究のための元々のプロトコールは、例えば国際公開第２０１０／０４５３４５号に記載されているが、しかし、その研究は後に修正されて以下のように扁平上皮組織構造を持つ５０人の患者の登録が追加された。患者は、２つの治療群の何れかに１：１の比率で無作為に割り付けられた：ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブに対するエルロチニブ＋プラセボ。「全体」集団を含む１２０人の患者が登録されると、合計約８０人のＳＣＣ患者が本研究に登録されたことを確実にするため、適格性は扁平上皮癌（ＳＣＣ）組織構造を持つ患者に制限された。「全体」集団を含む第一の１２０人の患者についての無作為化が、喫煙状況、全身状態、及び組織構造で層別化され、次の５０人のＳＣＣ患者についての無作為化は喫煙状態と全身状態により層別化されるようになった。本研究の間に、研究者を含む、患者と治療する個体は、治験薬（ＭｅｔＭＡｂまたはプラセボ）による治療の割り当てに対して盲検化された。２０１０年６月８日又はそれ以前に得られたこの研究のデータのプロトコール特異的解析（ｎ＝１２８患者）は、腫瘍がｃ−ｍｅｔを低レベルで発現する患者はＭｅｔＭＡｂからの利益を引き出さないことを示唆した。これらのデータに基づいて、スクリーニング及び研究への新規患者の登録は停止され、試験は以下のように変更された。
ＭｅｔＭＡｂは、治験責任医師の判断で、患者が治験薬から利益を導き出している場合、特定の患者を除いて、ｃ−ｍｅｔ診断陰性の腫瘍を有する患者において中止された。
疾患の進行以外の理由でＭｅｔＭＡｂを中止した、ｃ−ｍｅｔによる診断の腫瘍を持つ患者は、エルロチニブ単剤療法を受け続けることが許容された。
プラセボ＋エルロチニブの群に無作為化されたｃ−ｍｅｔによる診断が陰性である腫瘍を持つ患者は、新鮮な組織生検が疾患の進行で得られ、ＩＨＣの結果は腫瘍がｃ−ｍｅｔ診断陽性であることを示した場合、（エルロチニブを続けることに加え）ＭｅｔＭＡｂを受けるためにクロスオーバーすることを許容されるだけであった。
他の全患者は、プロトコルに従って治療を受け続けた。
改訂された研究の主な目的は、Ｍｅｔ陽性腫瘍（免疫組織化学によって決定される）を持つ患者において、扁平上皮組織構造を持つ患者並びに全患者（すなわち、Ｍｅｔ陰性腫瘍を持つ患者を含む）においてエルロチニブ＋プラセボに対するＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブの無増悪生存期間（ＰＦＳ）を評価することであった。
この研究の二次目的は、（ａ）扁平上皮組織構造を持つ患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）を評価すること；（ｂ）ｃ−ｍｅｔ陽性腫瘍、扁平上皮組織構造を持つ患者、並びに全患者集団において、全ＲＥＣＩＳＴ １．０奏効率と反応持続期間を決定すること；（ｂ）ＮＳＣＬＣ患者におけるＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブの安全性と耐容性の特性を明らかにすること；（ｃ）ＮＳＣＬＣ患者におけるＭｅｔＭＡｂとエルロチニブの両方の最小濃度（Ｃｍｉｎ）と最大濃度（Ｃｍａｘ）を評価することである。
本研究での更なる目的は、（ａ）扁平上皮組織構造、ｃ−ｍｅｔ陽性腫瘍を持つ患者において並びに全集団において全生存期間を評価すること；（ｂ）治療群による及びｃ−ｍｅｔ陽性腫瘍を持つ患者、並びに全体においてＦＤＧ−ＰＥＴの奏効率を評価すること；（ｃ）治療群による及びＭｅｔ陽性腫瘍、扁平上皮組織構造における、並びに全集団におけるＦＤＧ−ＰＥＴ応答者対非応答者における無増悪生存期間（ＰＦＳ）を評価すること；（ｄ）最初の腫瘍評価での固形がんの治療効果判定のためのガイドライン（ＲＥＣＩＳＴ）の１．０応答とＰＦＳとの間の関係を評価すること；（ｅ）ＨＧＦ／Ｍｅｔ及び／又はＥＦＧＲシグナル伝達経路（限定されないがＩＬ８と血清ＨＧＦを含む）に関連する、バイオマーカー（又は発現ベースライン）における変化と応答との間の関係を評価すること；（ｆ）研究で進行する患者における潜在的な耐性機構を評価すること；及び（ｇ）ｃ−ｍｅｔ陽性腫瘍を持つ患者と全体において病勢進行までの時間を評価することであった。
研究計画：この研究は、第二及び第三ラインのＮＳＣＬＣにおけるＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ対エルロチニブ＋プラセボによる治療の予備的な活性と安全性を評価するために設計されたフェーズＩＩ、二重盲検、無作為化、多施設試験であった。およそ４０の多国籍な場所からの約１２０人の組織学的に特定されていない患者が２つの治療群：ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ対エルロチニブ＋プラセボの一つに１：１の比率で無作為化された。「全体」集団を含む１２０人の患者が登録されると、合計約８０人のＳＣＣ患者が本研究に登録されたことを確実にするため、適格性は扁平上皮癌（ＳＣＣ）組織像を持つ患者に制限された。「全体」集団を含む第一の１２０人の患者に対する無作為化は、喫煙状態（非喫煙者と１０年以上前に止めた喫煙者対現喫煙者と止めて１０年未満の喫煙者）、全身状態及び組織構造により層別化され、次の５０人のＳＣＣ患者は喫煙状況及び全身状態によって層別化されるであろう。各群の治療は、疾患の進行、許容できぬ毒性、又は任意の他の中断基準に至るまで継続した。疾患の進行の際、エルロチニブ＋プラセボ治療群に無作為化された患者は、彼らが適格基準を満たし続けるならば、ＭｅｔＭＡｂを（エルロチニブの継続に加えて）受ける選択肢を与えられた。このクロスオーバーから収集された安全性のデータは、仮説作成を目的としてま要約された。上述したように、２０１０年６月８日またはそれ以前に得られたこの研究からのデータのプロトコル特有な分析（ｎ＝１２８人の患者）では、腫瘍がｃ−ｍｅｔの低レベルを発現する患者はＭｅｔＭＡｂから利益を得ないことを示唆した。これらのデータに基づいて、スクリーニングと研究への新規患者の登録が停止され、上述のように試験が変更された。
研究の期間中、腫瘍の測定、生存状態に関するデータを、ＰＦＳ、全生存期間（ＯＳ）及び全奏効率（ＯＲＲ）の評価のために収集した。ＣＴスキャンは、ベースライン時、及び、最初の４サイクルの間、およそ６週間の間隔で（すなわち、ＭｅｔＭＡｂ／プラセボの２回の３週間のサイクルごと）で得られた。４サイクル後、ルーチン的なＣＴスキャンがおよそ９週間ごと（ＭｅｔＭＡｂ／プラセボの３サイクルごと）に実施された。ＦＤＧ−ＰＥＴイメージングは、ベースライン時及びサイクル１の１０日〜１４日で得られる。この研究の経過の最中、画像読取施設（ＩＲＦ）でＦＤＧ−ＰＥＴの結果を評価し、ＦＤＧ−ＰＥＴイメージングを全参加サイトにて継続すべきかどうか、又はＦＤＧ−ＰＥＴイメージングを受け取ったデータに基づいて少数のサイトに限定されるべきであるかどうかを決定した。
幾つかの患者において、探索血清サンプルおよび血漿サンプルを、限定されないがＩＬ−８およびＨＧＦを含む活性の潜在的なマーカーの循環レベルにおける、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブの作用を決定するために収集した。これらおよび他のマーカーを臨床転帰と関連付けることは、予測バイオマーカー、例えば、薬物活性又は治療に対する応答を反映し得る循環マーカーを同定する上で有用である。同意した患者から、血清および血漿用の血液を既定の時刻で集めて、これらの探索マーカーのレベルを評価した。
ｃ−ｍｅｔ及び／又はＥＧＦＲの発現は、腫瘍の治療前のサンプルで決定された。ｃ−ｍｅｔ及び／又はＥＧＦＲの発現は、ＩＨＣ及び／又はＦＩＳＨ分析により決定された。
ＥＧＦＲによる療法で治療されるとき東アジアでの生存利益が確立しているため、この研究では、評価可能な試験集団の２０％以上が東アジアとなることを許容しなかった。
評価項目：この試験の主要評価項目は、固形がんの治療効果判定のためのガイドライン（ＲＥＣＩＳＴ））１．０によって定義された無増悪生存期間（ＰＦＳ）または最後の治療の３０日以内のあらゆる原因による死亡であった。
この試験の二次的評価項目は以下の通りであった：
（ａ）Ｍｅｔ陽性腫瘍及び全対においてＲＥＣＩＳＴ １．０を用いて決定される奏効率（ＯＲ）（部分応答プラス完全応答）；および
（ｂ）ＯＲの持続時間。
典型的な評価項目は以下を包含した：
（ａ）癌研究のための欧州機関（ＥＯＲＴＣ）の定義に基づいたＦＤＧ−ＰＥＴ奏効率；
（ｂ）発生率、：有害事象および重篤な有害事象の性質と重症度：および治験薬投与の最中と後の、生命兆候、身体所見、及び臨床検査結果の変化が監視され；及び
（ｃ）全生存期間（無作為化から最後の試験治療の３０日以内のあらゆる原因による死亡まで時間）。
一次および二次の評価項目は、ｃ−ｍｅｔ陽性腫瘍、ＳＣＣ患者、及び「全」集団において評価される。
血清サンプルをＭｅｔＭＡｂとエルロチニブの薬物動態および薬物動力学の分析のために収集する。
患者の選択基準。成人患者は、彼らが手術不能な局所進行性または転移性（ステージＩＩＩｂ／ＩＶ）のＮＳＣＬＣ（例えば、組織学的検査によって決定）を有し、ステージＩＩＩｂ／ＩＶのＮＳＣＬＣ疾患について少なくとも一の前投薬計画を受けたが二以上の前投薬計画は受けていない場合、この研究に参加する資格があった。組織ブロック（推奨）又は１５の未染色連続スライドで十分生存可能な腫瘍細胞を持つＮＳＣＬＣの確定診断を可能にし、関連する病理学報告が付随した代表的なホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍試料の部位で利用できるものが、無作為化の前に必要であった。細胞学的サンプルまたは細針吸引サンプルは許容可能ではなかった。患者が少なくとも５以上の未染色の連続スライドを提供したか又は腫瘍のコア生検または切除生検の前処置に同意し受ける意志がある場合、患者はまだ適格である可能性がある。細胞学的または細針吸引サンプルは許容可能ではなかった。
この研究において、癌の病期分類は、癌のＡＪＣＣ癌病期分類に関する米国合同委員会マニュアル（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｉｎｔ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ｃａｎｃｅｒ’ｓ ＡＪＣＣ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｔａｇｉｎｇ Ｍａｎｕａｌ）に従った。第一ラインのレジメン（ステージＩＩＩｂ／ＩＶについて）の前に、ステージＩ−ＩＩＩａの疾患のネオアジュバント及び／又はアジュバント療法を受けた患者は、彼らが、ステージＩＩＩｂ／ＩＶの疾患の第一ラインの治療も受けていた場合、研究への参加に適格であった。幾つかの実施態様において、少なくとも一の化学療法レジメン（任意のステージ）は白金に基づくものであった。ＲＥＣＩＳＴによって決定された患者は、測定可能な疾患を有していなければならない。幾つかの実施態様において、患者は、ＲＥＳＩＳＴによるＣＴにおける標的病変でもある、治療前のＦＤＧ−ＰＥＴスキャンにおいて、少なくとも一つの測定可能な病変を有していた。幾つかの実施態様において、患者は、治療前の腫瘍サンプルを提供し、ＲＥＳＩＳＴによるＣＴにおける標的病変でもある、治療前のＦＤＧ−ＰＥＴスキャンにおいて少なくとも一つの測定可能な病変を有していた。
幾つかの実施態様において、除外された被験体はステージＩＩＩＢ／ＩＶに２つを上回る前治療を受けた被験体であった。幾つかの実施態様において、除外された被験体は、ＥＧＦＲ阻害又は用量の変更を生じる既知のＥＧＦＲに関連した毒性により作用することができる治験薬又は市販薬に３０日を超えた曝露を受けた被験体を含んでいた。ＥＧＦＲ阻害は、（限定されないが）ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びセツキシマブを含む。幾つかの実施態様において、除外された被験体は、化学療法、放射線療法又は治験薬を無作為化前の２８日以内に受けた被験体（任意の薬物関連毒性が十分に消散されている場合、キナーゼ阻害剤を無作為化前の２週間以内に使用することができることを除き）、又は未治療及び／又は活動性（進行中か又は症状の制御のための抗けいれん薬やコルチコステロイドを必要としている）ＣＮＳ転移を有する被験体を含んでいた。幾つかの実施態様において、脳転移の既往歴のある被験体は、彼らが以下の基準を満たしている限り、研究への参加に適格であった：（ａ）ＲＥＣＩＳＴによって定義されたＣＮＳの外部の測定可能な疾患；（ｂ）ＣＮＳ指向性治療の完了とスクリーニングの放射線検査の間に暫定的な悪化のＸ線撮影上の証拠が無いこと；（ｃ）脳外科手術や定位放射線手術を含むＣＮＳ指向性治療；（ｄ）ＣＮＳのＸ線撮影検査のスクリーニングは放射線治療の終了から４週間以上、及びコルチコステロイドおよび抗けいれん薬の中止から２週間以上であった；（ｅ）放射線治療と定位放射線手術は、第一日の４週間以上前に完了し、及び（ｆ）脳外科手術は第一日目の２４週間以上前に完了し、脳生検は第一日の１２週間以上前に完了した。
幾つかの実施態様において、除外された被験体は、無作為化前の最後の６ヶ月以内の心筋梗塞、制御不能な高血圧症（抗高血圧の持続血圧が１５０／１００ｍｍＨｇ以上）、不安定狭心症、ニューヨーク心臓協会（ＮＹＨＡ）グレードＩＩ以上のうっ血性心不全、薬物治療を要する不安定な症状を伴う不整脈（慢性心房性不整脈、すなわち、心房細動または発作性上室性頻拍の患者が適格である）：またはグレードＩＩ以上の末梢血管疾患；空腹時血清血糖値＞２００ｍｇ／ｄＬによって証明される制御不能の糖尿病；無作為化前に２８日以内の大きな外科手術または著しい外傷；試験の過程での大きな外科的処置の必要性の予想；無作為化またはグレードＩＩまたは無作為にあまり前に解決されていない放射線治療から永続的な悪影響から７または１４日以内の局所緩和放射線療法；無作為化前の７又は１４日以内の局所緩和放射線療法又は無作為化前にグレードＩＩ未満に対して解決されていない放射線治療法からの永続的な有害作用；経口薬の服用不能又は静脈栄養補給または脂質による完全非経口栄養の必要性、又は消化管吸収に影響を与える外科的処置を含む重篤な全身性疾患の既往歴を有する被験体が含まれていた。幾つかの実施態様において、除外された被験体は以下の校正不要の異常な血液学的値の何れかを（無作為化前の２週間以内に）有する被験体を含んでいた。赤血球輸血後にＡＮＣ＜１，５００細胞／Ｌ，血小板数＜１００，０００細胞／Ｌ，ヘモグロビン＜９．０ｇ／ｄＬ、その他のベースラインの臨床検査値（無作為化前２週間以内に），血清ビリルビン＞１．５ｘＵＬＮ，血清中クレアチニン＞１．５ｘＵＬＮ，コントロール不良の高カルシウム血症（＞１１．５ｍｇ／ｄＬ又は＞１．５イオン化カルシウム）．幾つかの実施態様において、除外された被験体は、制御不能な糖尿病を有する被験体、及びビスフォスフォネート療法の継続使用を必要とする症候性高カルシウム血症を持つ被験体を含んでいた。
幾つかの実施態様において、除外された被験体は、妊娠中または授乳女性；無作為化の前の５年以内に手術又は放射線治療を受けたと推定される他の悪性腫瘍を有する被験体（例えば、子宮の上皮内癌、前立腺切除術後の限局性前立腺癌、又は皮膚の基底／扁平上皮細胞癌）が医療モニタ−で議論され得る；又は錯乱見当識障害の証拠、又は主要な精神疾患の病歴をを含んでいる。エルロチニブのラベルにおける更なる除外を参照。
統計的方法と有効性の解析。一次及び二次の有効性解析は、無作為化された治療群に割り当てられた患者とともに全ての無作為化患者を含んでいた。安全性の解析は、実際に受けたレジメンに関連した治療群に割り当てられた患者とともに、試験治療の少なくとも一投与を受けた全無作為化患者が含まれていた。個体群統計学及びベースラインの特性（年齢と性別など）が、平均値、標準偏差、中央値、及び連続変数の範囲そして必要に応じてカテゴリ変数に対する割合を使用して要約された。要約は全患者集団によって、及び治療群によって発表された。任意の変数のベースライン値は、試験治療の最初の投与の前の最後の利用可能な値として定義された。
カプランマイヤーの方法論が、各治療群についてのＰＳＦ中央値の推定に用いられた。層別因子は、ＣＲＦのデータが欠損していない限り、無作為化時の対話型音声読みよりシステムによって収集されたデータによってでなく、コンピュータ可読形式（ＣＲＦ）によるデータにより決定した。ハザード比（すなわち、治療効果の大きさと９５％信頼区間）の推定は、ＭｅｔＭＡｂ治療に対る標識変数を層別化Ｃｏｘ回帰モデルを用いて決定した。「全」集団の患者におけるＰＦＳについて説明したものと同じ分析方法が、ｍｅｔ陽性腫瘍を持つ患者とＳＣＣ組織構造を持つ患者に適用された。最後の治療から３０日以内に何らかの原因による全ての死亡がＰＦＳの事象として含まれた。客観的反応は、４週間以上離れた連続する２回にて決定された完全又は部分的な応答として定義された。ポストベースラインの腫瘍の評価の無い患者は、非応答者とみなした。客観的反応率および９５％信頼区間（Ｂｌｙｔｈ−Ｓｔｉｌｌ−Ｃａｓｅｌｌａ）の推定値を、各治療群について計算した。腫瘍の応答速度の差の信頼区間（Satnes and Snell 1980; Berger and Boos 1994）を計算した。客観的反応を持つ患者について、客観的反応の持続期間とは、最初の反応から、最後の治療の３０日以内における任意の原因による死亡又は疾患の進行までの時間として定義された。打ち切り（ｃｅｎｓｏｒｉｎｇ）を扱う方法と分析の方法はＰＦＳについて記載されたのと同じであった。すべての二次有効性エンドポイントを、ｍｅｔ陽性腫瘍を持つ患者、ＳＣＣ組織構造を持つ患者に対して、及び「全」患者集団によって評価した。
試験薬：ＭｅｔＭＡｂは、ｃ−ｍｅｔに対して指向された公知の組換え、ヒト化、一価モノクローナル抗体である。ＭｅｔＭＡｂは、単回使用１５ｃｃのバイアル中で無菌の液体として供給される。各バイアルは、１０ｍＭのヒスチジン酢酸、１２０ｎＭのトレハロース、０．０２％ポリソルベート２０、ｐＨ５．４で、６０ｍｇ／ｍｌの濃度で１０ミリリットル中にＭｅｔＭＡｂの６００ｍｇを含んでいる。ＭｅｔＭＡｂのバイアルは２Ｃ−８Ｃで冷蔵され、使用する直前まで冷蔵されたままである。ＭｅｔＭＡｂは、生理食塩水（０．９％）で希釈の後に、静脈内投与される。
エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））は塩酸塩としてエルロチニブを含有する通常の即時放出錠としてとして提供される。加えて、活性成分、エルロチニブ、錠剤は、ラクトース（含水）、微結晶性セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム及びステアリン酸マグネシウムを含んでいる。２５ｍｇ、１００ｍｇ、及び１５０ｍｇのとエルロチニブを含有する錠剤が入手可能である。
プラセボは、２５０ｃｃの０．９％ＮＳＳ（生理食塩水静脈注射（ＩＶ）溶液、０．９％）を含有していた。
研究治療：ＭｅｔＭＡｂの投与量は、３週間のサイクルの第１日目に静脈内注射で１５ｍｇ／ｋｇであった。スクリーニング時の体重がＭｅｔＭＡｂの実際の投与量を決定するために使用された。エルロチニブの投与量は、３週間のサイクルの各日に経口によって１５０ｍｇであった。エルロチニブについての投与量レベルは、エルロチニブに起因する可能性のある毒性（例えば、発疹、下痢）のため、１００ｍｇ（最初の削減）または５０ｍｇ（２回目の削減）へと減少されても良い。
ＭＥＴとＥＧＦＲのコピー数：ＭＥＴとＥＧＦＲ遺伝子コピー数は、インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）における蛍光により評価した。５コピー以上のＭＥＴ／細胞がＦＩＳＨ陽性として選定された（Cappuzzo et al, J Clin Oncol (2009) 27:1667-9を参照）。真のＭＥＴの増幅は、１０％以上の腫瘍細胞におけるＭＥＴの１５コピー以上の緊密な遺伝子クラスターとして、又は２以上のＭＥＴ／ＣＥＰ７比として定義された。ＭＥＴのとＥＧＦＲのコピー数の両方が評価される実験では、複数の臨床試験で使用されるスコアリング基準をもとにして腫瘍はＭＥＴ及びＥＧＦＲ ＦＩＳＨ陽性であった（例えば、Varella-Garcia et al, J Clin Pathol (2009) 62, 970-7; Capuzzo et al, JNCI (2005); 97:643−55を参照）：ＦＩＳＨ陽性：遺伝子増幅又は高多染色体性、ＦＩＳＨ陰性：低多染色体性、三染色体性又は二染色体性、遺伝子増幅：緊密な遺伝子クラスター又は腫瘍細胞中における１５コピー以上のＭＥＴ又はＣＥＰ７に対するＭｅｔの比が２以上、高多染色体性：腫瘍細胞の４０％以上において４コピー以上のＭＥＴ。
ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ及びＭＥＴの遺伝子型：ＤＮＡは、マクロ解剖腫瘍組織スライドから単離した。ＥＧＦＲおよびＫＲＡＳの変異をＤＸＳ遺伝子型決定キットを用いて評価し、ＭＥＴエクソン１４の変異体をＤＨＰＬＣ（Ｔｒａｎｓｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｉｎｃ，Ｏｍａｈａ ＮＥ）により評価し、ＭＥＴ Ｎ２７５Ｓの多型性をピロシーケンスにより評価した。
ｍＲＮＡプロファイリング：ＭＥＴ、ＨＧＦ、ＥＧＦＲ、ＡＲＥＧ、及びＥＲＥＧのｍＲＮＡ発現はＦｌｕｉｄｉｇｍのプラットフォームを使用して、顕微解剖マクロ解剖腫瘍組織スライドから抽出されたＲＮＡに関して評価した。転写レベルは、安定して肺組織で発現される２つの基準遺伝子の平均値に対して規格化し、結果は正規化された発現値（２−ΔＣｔ）として表される。
血漿ＨＧＦ；治療前に収集された血漿中のＨＧＦレベルが捕捉ＥＬＩＳＡによって評価された。
２０１０年６月８日以前のデータカットオフに基づいた分析の結果
２００９年３月から２０１０年３月まで第二又は第三ラインのＮＳＣＬＣに罹患した１２８人の患者が登録され２５のグローバルサイトで無作為化された：（ａ）ＭｅｔＭＡｂ（１５ｍｇ／ｋｇＩＶ ｑ３ｗｋｓ）とエルロチニブ治療（互換的に”ＭＥ”と称する）（ｎ＝６４）又は（ｂ）プラセボとエルロチニブ治療（互換的に”ＰＥ”と称する）（ｎ＝６４）。この分析で使用されるデータカットオフの日は２０１０年６月８日以前であった。
患者の性質を表１に示す。
患者の個体群統計学を表２に示す。
ベースラインの特性は、Ｍｅｔの高い腫瘍（５１％／５６．５％；ＰＥ／ＭＥ）、突然変異（２３％／２３％）およびＥＧＦＲ変異（１１％／１２．５％）を持つ患者の有病率を含み、全体（ＩＴＴ）集団でよくバランスが取れていた。組織は、１２１人の患者（患者の９５％）におけるＭｅｔ ＩＨＣ分析及び１１２人の患者におけるＥＧＦＲおよびＫＲＡＳ突然変異について評価可能であった。
Ｍｅｔの状態によるベースライオン特性を表３に示す。
本研究では、組織は患者の１００％から得られた。９５％の患者はＩＤＣによるＭｅｔの評価において十分な組織を有していた。５４％の患者は「Ｍｅｔが高い」ＮＳＣＬＣを有していた。
ＭｅｔＭＡｂ及びエルロチニブによる治療は、Ｍｅｔが高いＮＳＣＬＣ患者に対して臨床的に有意義な利益を提供した（図３）。ＰＦＳの利益（ハザード比（ＨＲ）が０．５６；９５％ＣＩが０．３１、１．０２、Ｐ＝０．０５）とＯＳの利益（ＨＲが０．５５；９５％ＣＩが０．２５、１．１６、Ｐ＝０．１１）の両方が、ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブで治療されたＭｅｔが高い患者において観察された。曲線の早期の持続的な分離が観察された。エルロチニブに対するＭｅｔＭＡｂの追加は、エルロチニブ＋プラセボによる治療に比べ、ｍｅｔが高いＮＳＣＬＣ患者において無増悪生存期間及び全生存期間をほぼ倍増させた（ＭＥにおけるＰＦＳが１２．４週に対してＰＥにおいて６．４週；ＭＥにおいてＯＳが７．７週に対してＰＥにおいて７．４週）。エルロチニブ＋プラセボの治療群からの２３人の患者はＭｅｔＭＡｂにクロスオーバーしており、ＭＥにクロスオーバーした２３人の患者のうち１２人がＭｅｔの高いバイオマーカー発現を持っていた。
Ｍｅｔが低いＮＳＣＬＣ患者はＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブによる治療から利益を得なかった（図４）。ＭｅｔＭＡｂはＭｅｔが低いＮＳＣＬＣ患者における進行と死亡のリスクをエルロチニブと＋プラセボによる治療に対して、増加させた。ＰＦＳ（ＨＲ ２．０１；９５％ ＣＩ １．０４，３．９１；ｐ＝０．０４）およびＯＳ（ＨＲ ３．２６；９５％ ＣＩ１．２０，８．８０；ｐ＝０．０１）の両方ともＭＥコホートにおいていっそう悪かった。ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブで治療されたおよそ７０％のＭｅｔの低い患者が最初の評価によって進行していた（第６週でのＣＡＴスキャン）。
全集団におけるＰＦＳとＯＳ（図５）。ＰＦＳとＯＳは全集団において、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療群及びプラセボ＋エルロチニブ治療群において有意に違いは無かった。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブの治療は、プラセボ＋エルロチニブの治療に比べて全集団において利益を示さなかった。全体（同じ意味で「治療する意図」又はＩＴＴと称す）集団におけるＰＦＳおよびＯＳに対するＨＲは、１．０９（９５％ ＣＩ ０．７１，１．６７；ｐ＝０．７０）および１．０９（９５％ ＣＩ ０．６２，１．９１；ｐ＝０．７６）であった。ＰＦＳ中央値とＯＳ中央値は、類似疾患の設定で以前に報告されたと一致していた。エルロチニブ＋プラセボの治療群からの２３人の患者はＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブの治療に対してクロスオーバーしていた。奏効率は、エルロチニブ＋プラセボ ｎ＝３（４．７％）、エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂ ｎ＝４（６．３％）。
ＰＦＳはサブグループで調べた（図６）。Ｍｅｔ ＩＨＣの状態が３と２の患者は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の利益を示し、状態３の患者はより大きな利益を示した。Ｍｅｔ ＩＨＣの状態が０と１の患者は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療から利益を得なかった。状態０の患者は状態０の患者よりもＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブにおいて悪かった。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の選択的な利益は、組織構造区分（非扁平上皮対扁平上皮）、喫煙経歴、ＥＣＯＧＣＣ、ＥＧＦＲ変異またはＫｒａｓ変異を含む他のサブグループにおいて観察されなかった。
図９は、Ｍｅｔが高い患者におけるＰＦＳのサブグループ分析を示す。
ＯＳはサブグループでも調べた（図７）。ＰＦＳの結果に類似して、Ｍｅｔが高いＩＨＣの状態が３と２の患者は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の利益を示し、状態３の患者はより大きな利益を示した。Ｍｅｔが低いＩＨＣの状態が０と１の患者は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療から利益を得なかった。状態０の患者は状態０の患者よりもＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブにおいて悪かった。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の選択的な利益は、組織構造区分（非扁平上皮対扁平上皮）、喫煙経歴、ＥＣＯＧＣＣ、ＥＧＦＲ変異またはＫｒａｓ変異を含む他のサブグループにおいて観察されなかった。
図１０は、Ｍｅｔが高い患者におけるＯＳのサブグループ分析を示す。図１１と１２は、Ｍｅｔが低い患者におけるＰＦＳとＯＳのサブグループ解析をそれぞれ示す。
既知のＥＧＦＲ変異を持つ患者を除き、全生存期間もまたＭｅｔが高い集団で分析された。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の利益の程度（プラセボ＋エルロチニブに対して）（ＯＳ ＨＲ＝０．５５、９５％ＣＩ０．２６、１．２０、Ｐ＝０．１３）は、既知のＥＧＦＲ変異を有する患者を含むＭｅｔが高い集団における全生存期間とほぼ同等であった。従って、Ｍｅｔが高い患者におけるＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブからの利益はＥＧＦＲ変異の状態によって駆動されなかった。
Ｍｅｔの状態による主な予後変数を表４に示す。
Ｍｅｔの発現は悪い転帰の予後であった（図８）。エルロチニブの＋プラセボによる治療を受けた患者の分析では、Ｍｅｔが高い患者は進行のリスクが増加しており（ＨＲ＝１．７３、ＰＦＳ中央値は６．４週間）、Ｍｅｔが低い患者（ＰＦＳ中央値が１１．４週、ＯＳ中央値が９．２週）に比べて、ほぼ倍増した死のリスク（ＨＲ＝２．５２、７．４週間のＯＳ中央値）を抱えていた。従って、Ｍｅｔの発現は、エルロチニブで治療された第二または第三ラインのＮＳＣＬＣ患者において、進行と生存についての予後因子である。Ｍｅｔが高い患者はエルロチニブで治療されたときに悪化したが、一方Ｍｅｔが低い患者はエルロチニブで治療されると良好であった。
進行のパターン（標的の増殖対新たな病変）は治療群間で、およびｍｅｔの状態によって同等であった（表５）。
進行のパターン（標的の増殖対新たな病変）は治療群間で、およびＭｅｔの状態により同等であった。
ＯＲＲの有効性解析が表６に示されている。
Ｍｅｔの状態による治療に対する曝露を表７に示す。
安全性：エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂによる治療は十分に容認された。表８は、本研究で観察され、１０％を超える頻度で報告された、全有害事象を関連に関わらず示す。エデマ（主にグレード１〜２）の例外を除いて、エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂについての全毒性はエルロチニブ＋プラセボに匹敵した。
表９は、本研究で観察されたグレード３〜５の全ての有害事象（頻度＞５％）を示す。グレード５の事象は無かった。Ｍｅｔが高い亜集団とＭｅｔが低い亜集団の両方の治療群間で、発疹、下痢、疲労は同等であった。グレード３の有害事象の発生率は、Ｍｅｔが高い治療群においてＭＥ対ＰＥで似ていた（５４％対５３％）；しかしながら、グレード３の有害事象の発生率は、Ｍｅｔが低い群においてＭＥ治療群で高かった（ＰＥ治療群で５２％対３５％）。
安全性の要約が表１０に示される。
結論
抗ｃ−ｍｅｔ抗体のＭｅｔＭＡｂは、Ｍｅｔ受容体の選択的かつ強力な阻害剤であった。
Ｍｅｔの高発現はプラセボで処置された患者において悪い転帰と関連していた。
エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂの併用による治療は、Ｍｅｔが高いＮＳＣＬＣ患者に利益をあたえた。
エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂで治療されたＭｅｔが低いＮＳＣＬＣ患者に対する悪い転帰は、有害事象により説明することができない。
エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂは十分に容認さされ、新たな有意な安全上の知見はなかった。
全集団に対するＭｅｔが高いＮＳＣＬＣ患者についての結果は、診断を用いるすることの重要性を強調している。
２０１０年１１月１５日以前のデータカットオフに基づいた最終分析
２００９年３月から２０１０年３月まで第二又は第三ラインのＮＳＣＬＣに罹患した１２８人の患者が登録され２５のグローバルサイトで無作為化された：（ａ）ＭｅｔＭＡｂ（１５ｍｇ／ｋｇＩＶ ｑ３ｗｋｓ）とエルロチニブ治療（互換的に”ＭＥ”と称する）（ｎ＝６４）又は（ｂ）プラセボとエルロチニブ治療（互換的に”ＰＥ”と称する）（ｎ＝６４）。この分析で使用されるデータカットオフの日は２０１０年１１月１５日であった。
患者の性質を表１１に示す。
患者の個体群統計学を表１２に示す。
ベースラインの特性は、Ｍｅｔ診断陽性腫瘍（５１％／５６．５％；ＰＥ／ＭＥ）、突然変異（２３％／２３％）およびＥＧＦＲ変異（１１％／１２．５％）を有する患者の有病率を含み、全体（ＩＴＴ）集団でよくバランスが取れていた。組織は、１２１人の患者（患者の９５％）におけるＭｅｔ ＩＨＣ分析及び１１２人の患者におけるＥＧＦＲおよびＫＲＡＳ突然変異について評価可能であった。
Ｍｅｔの状態によるベースライオン特性を表１３に示す。
本研究では、組織は患者の１００％から得られた。９５％の患者はＩＤＣによるＭｅｔの評価において十分な組織を有していた。５４％の患者は「Ｍｅｔが高い」ＮＳＣＬＣを有していた。
ＭｅｔＭＡｂ及びエルロチニブによる治療は、Ｍｅｔ診断陽性ＮＳＣＬＣ患者に対して統計学的に有意で臨床的に有意義な利益を提供した（図１３）。ＰＦＳの利益（ハザード比（ＨＲ）が０．５３；９５％ＣＩが０．２８−０．９９、Ｐ＝０．０４）とＯＳの利益（ＨＲが３７；９５％ＣＩが０．１９−０．７２、−０．７２、Ｐ＝０．００２）の両方が、ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブで治療されたＭｅｔ診断陽性患者において観察された。曲線の早期の持続的な分離が観察された。エルロチニブに対するＭｅｔＭＡｂの追加は、死亡のリスクがほぼ３倍減少する結果となった。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ（ＭＥ）で治療された患者におけるＰＦＳ中央値は２．９月であるのに対し、プラセボ＋エルロチニブ（ＰＥ）で治療された患者では１．５月であった；ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブで治療された患者のＯＳは１２．６月であるのに対し、プラセボ＋エルロチニブで治療された患者では３．８月であった。
Ｍｅｔ診断陰性ＮＳＣＬＣ患者はＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブによる治療から利益を得なかった（図１４）。ＭｅｔＭＡｂはＭｅｔが低いＮＳＣＬＣ患者における進行と死亡のリスクをエルロチニブと＋プラセボによる治療に対して、増加させた。ＰＦＳの中央値（ＨＲ １．８２；９５％ ＣＩ ０．９９−３．３２；ｐ＝０．０５）およびＯＳの中央値（ＨＲ １．７８；９５％ ＣＩ ０．７９−３．９９；ｐ＝０．１６）の両方ともＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブのコホートにおいていっそう悪かった。ＭｅｔＭＡｂとエルロチニブで治療されたおよそ７０％のＭｅｔの低い患者は最初の評価によって進行していた（第６週でのＣＡＴスキャン）。
全集団におけるＰＦＳとＯＳを図１５に示す。ＰＦＳとＯＳは全集団において、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療群及びプラセボ＋エルロチニブ治療群において有意に違いは無かった。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブの治療は、プラセボ＋エルロチニブの治療に比べて全集団において利益を示さなかった。全体（同じ意味で「治療する意図」又はＩＴＴと称す）集団におけるＰＦＳおよびＯＳに対するハザード比は、１．０９ （９５％ ＣＩ ０．７３，−１．６２；ｐ＝０．６９）および０．８（９５％ ＣＩ ０．５，−１．３；ｐ＝０．７６）であった。ＰＦＳ中央値とＯＳ中央値は、類似疾患の設定で以前に報告された知見と一致していた。
ＯＳはサブグループでも調べた（図１６）。Ｍｅｔ診断陽性ＩＨＣの状態が３と２の患者は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の利益を示し、状態３の患者はより大きな利益を示した。Ｍｅｔ診断陰性ＩＨＣの状態が０と１の患者は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の利益を受けず、状態０の患者は状態１の患者よりもＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブで悪化した。ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の選択的な利益は、組織構造区分（非扁平上皮対扁平上皮）、喫煙経歴、ＥＣＯＧＣＣ、ＥＧＦＲ変異またはＫｒａｓ変異を含む他のサブグループにおいて観察されなかった。
図１７は、Ｍｅｔ診断陰性患者におけるＯＳのサブグループの分析を示す。
全生存はまた患者の主な亜集団にて分析された：ＭＥＴ ＦＩＳＨ陽性患者（５コピー以上のＭＥＴとして定義される）、Ｍｅｔ診断陽性／ＭＥＴ ＦＩＳＨ陰性、Ｍｅｔ診断陽性／ＥＧＦＲ野生型、およびＭＥＴ診断陽性／ＭＥＴ ＦＩＳＨ陰性／ＥＧＦＲ野生型（図１８）。ＭｅｔＭＡｂをエルロチニブに追加する利点はＭＥＴ ＦＩＳＨ陽性患者に排他的でなく、ＭＥＴ ＦＩＳＨ陰性／Ｍｅｔ診断陽性患者でも観察され、ＩＨＣはＭｅｔＭＡｂからの利益のより敏感な予測子であることを示唆している。Ｍｅｔ診断陽性患者におけるＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブからの利益はＥＧＦＲ変異の状態によって駆動されなかった。
Ｍｅｔの状態による主な予後変数を表１４に示す。
Ｍｅｔの発現は悪い転帰の予後であった（図１９）。エルロチニブの＋プラセボによる治療を受けた患者の分析では、Ｍｅｔ診断陽性患者は進行のリスクが増加しており（ＨＲ＝１．７、ＰＦＳ中央値は１．５月）、Ｍｅｔ診断陰性患者（ＰＦＳ中央値が２．７月、ＯＳ中央値が１５．３月）に比べて、死亡のリスクの増大（ＨＲ＝３．８；ＯＳが３．８月）を抱えていた。従って、Ｍｅｔの発現は、エルロチニブで治療された第二または第三ラインのＮＳＣＬＣ患者において、進行と生存についての予後因子である。Ｍｅｔ診断陽性患者はエルロチニブで治療されたときに悪化したが、一方Ｍｅｔ診断陰性患者はエルロチニブで治療されると良好であった。
安全性：エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂによる治療は十分に容認さされた。安全性のデータが表１５に要約される。
ＭｅｔＭＡｂの添加は、末梢性浮腫を除いて、診断される集団の両方において任意の特定の有害事象の頻度を（１０以上）実質的に増加させず、このことはＭｅｔ診断陽性及び診断陰性の集団におけるＭｅｔＭＡｂ治療群において高かった。ＭｅｔＭＡｂ治療は、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブにおけるＭｅｔ診断陽性患者の多くの割合が有害事象のために中止となり、ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブにおけるＭｅｔ診断陰性患者がグレード３以上の有意な有害事象を有していたが、Ｍｅｔの診断状態に関わらず、実質的に新たな毒性を加えたり、既知のエルロチニブの毒性を悪化させなかった。
腫瘍の増殖及び疾患の進行：腫瘍増殖率は、サイクル２におけるＭｅｔの状態による治療群間で有意な違いは無く、その時点までに大半のＰＦＳの事象が生じていた。
ＭｅｔＭＡｂ＋エルロチニブ治療の全生存治療効果はまた、「ｍｅｔ陽性」としてスコア化された患者を定義するため、患者において異なるＩＨＣスコアリング方式を用いて評価された。
ＩＨＣ染色強度が中程度（２＋）又は高い（３＋）１０％以上の腫瘍細胞のそれほど厳密でないカットオフ（「１０％Ｍｅｔ診断陽性」）
ＩＨＣ染色強度が中程度（２＋）又は高い（３＋）９０％以上の腫瘍細胞のより厳密なカットオフ（「９０％Ｍｅｔ診断陽性」）
患者のサブセットにおける治療効果の推定は、９５％信頼区間を含む無成層のコックス・モデルを用いてハザード比として表した。この解析の結果を図２１に示す。カットオフとして１０％を使用するとき、１０％Ｍｅｔ診断陽性として選択された患者におけるＨＲ（ｎ＝８７）は０．５２で９５％ＣＩが０．３０，０．９２であった。５０％をカットオフとして用いるとき（すなわち、５０％以上の腫瘍細胞が中程度（２＋）又は高い（３＋）ＩＨＣ染色強度を持ち）、Ｍｅｔ診断陽性として選択された患者におけるＨＲ（ｎ＝６６）は０．３８で９５％ＣＩが０．２０、０．７１であった。カットオフとして９０％を使用するとき、９０％Ｍｅｔ診断陽性として選択された患者（ｎ＝４７）におけるＨＲは０．３０で９５％ＣＩが０．１４，０．６４であった。（ａ）１０％Ｍｅｔ診断陽性として、かつ（ｂ）５０％カットオフを用いてＭｅｔ診断陽性でないとして選択された患者において（ｎ＝２１）、ＨＲは０．２８で、９５％ＣＩは０．５３、１５．２であった。（ａ）５０％カットオフを用いて１０％Ｍｅｔ診断陽性として、かつ（ｂ）９０％Ｍｅｔ診断陽性でないとして選択された患者において（ｎ＝１９）、ＨＲは０．７５で、９５％ＣＩは０．２４、２．４２であった。異なるＩＨＣのスコアリング方式の本詳細解析は、ＩＨＣによるＭｅｔの中程度（２＋）又は高（３＋）強度での５０％以上の腫瘍細胞の染色として、Ｍｅｔ診断陽性の定義の使用を支持している。
結論
抗ｃ−ｍｅｔ抗体のＭｅｔＭＡｂは、Ｍｅｔ受容体の選択的かつ強力な阻害剤であった。
Ｍｅｔの高発現はプラセボで処置された患者におけるより悪い転帰と関連していた。
エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂの併用による治療は、Ｍｅｔ診断陽性ＮＳＣＬＣ患者に利益をあたえた。
エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂで治療されたＭｅｔ診断陽性ＮＳＣＬＣ患者に対する悪い転帰は、有害事象により説明することができない。
エルロチニブ＋ＭｅｔＭＡｂは十分に容認さされ、新たな有意な安全上の知見はなかった。
全集団に対するＭｅｔ診断陽性ＮＳＣＬＣ患者についての結果は、診断を用いるすることの重要性を強調する。
ＯＡＭ４５５８ｇからの例示的なバイオマーカー解析：進行した非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者におけるエルロチニブ±ＭｅｔＭＡｂのプラセボで制御されたフェーズＩＩ試験
ｃ−Ｍｅｔ及び／又はＥＧＦＲシグナル伝達に関連する探索腫瘍バイオマーカーは、アーカイブ腫瘍組織標本からＦＩＳＨ、ｑＲＴ−ＰＣＲまたは種々の変異検出法により測定された。血漿ＨＧＦレベルは、ＥＬＩＳＡによって測定した。転帰による分析は、Ｍｅｔの臨床診断状態に依存しないで行った。
結果：評価可能な腫瘍または血漿検体による患者のベースライン特性は、一般的に同等であった。
ＥＧＦＲおよびＫＲＡＳ変異：ＥＧＦＲとＫＲＡＳのデータはｎ＝１１２（９３％）の患者から得られ、ＭＥＴ エキソン１４変異体がｎ＝８７（７２％）の患者から、およびＭＥＴ Ｎ３７５Ｓ ｓｎｐがｎ＝１１３（９３％）の患者から得られた。ＥＧＦＲ変異は、研究上の６／７の客観的応答を予測し、治療群間で同等であった。ＫＲＡＳ変異（評価可能な標本の２３％（２６／１１２）で検出された）は、ＥＧＦＲ変異（評価可能な標本の１２％（１３／１１２）で検出された）と互いに排他的であり、ＩＴＴまたはＭｅｔ診断陽性／陰性集団において、ＭｅｔＭＡｂによる転帰に大きな影響を与えなかった。
ＭＥＴ変異体のデータ：ＭＥＴエキソン１４欠失変異が評価可能な標本のうち１％（ｎ＝１）で同定された。ＭＥＴ Ｎ３７５Ｓ ｓｎｐが評価可能な標本のうち１１％（ｎ＝１２）で同定された。治療群間の不均衡により、転帰分析は行うことができなかった。
ＭＥＴ ＦＩＳＨ：ＦＩＳＨデータは、ｎ＝９６（７５％）の患者から得た。ＭＥＴ ＦＩＳＨ陽性であるＥＧＦＲ−野生型患者では、低い閾値（例えば４コピー以上（ＨＲ＝０．８９、Ｐ＝０．８２））でなく、５コピー以上のＭＥＴ／細胞により定義されるように、改善された転帰に向けて有意な傾向は無かった。全体的に、ＦＩＳＨ陽性患者の７４％がＭｅｔ診断が陽性であった。真の遺伝子増幅は、患者の８％で検出された。しかしながら、Ｍｅｔ診断陽性およびＭＥＴ ＦＩＳＨ陰性であるＥＧＦＲ−野生型患者は、改善された転帰への傾向を示し（ＯＳ ＨＲ＝０．４５、Ｐ＝０．０７）、ＦＩＳＨを使用してｍｅｔ遺伝子の増幅を評価することは、ＭｅｔＭＡｂ治療法の恩恵を受ける可能性のある患者の大きなサブグループが潜在的に欠けていることを示している。
ＭＥＴとＥＧＦＲ ＦＩＳＨ陽性患者におけるＯＳにおいて有意な違いは無かった。ｑＲＴ−ＰＣＲによるＭＥＴとＥＧＦＲ経路遺伝子解析、および血漿ＨＧＦレベル分析：ｍＲＮＡのデータは、ｎ＝６７の患者（４９％）から得た（図２０）。腫瘍のＭＥＴ ｍＲＮＡレベルとＭＥＴ ＩＨＣ臨床スコアとの統計的に有意な関連は観察されなかった；しかし、ＭＥＴ ｍＲＮＡ遺伝子又は他の遺伝子の発現は、ｍＲＮＡデータを持つ患者のサブセットにおいてＰＦＳ又はＯＳを独立に予測しなかった（表１６）。
ベースライン血漿ＨＧＦデータは、ｎ＝９６の患者（７０％）から得た。治療の前に採取された血漿中で低いＨＧＦタンパク質レベルを有する患者において、改善された転帰が有意ではない傾向が明らかであった。
結論：本明細書に示されたデータは、ＭｅｔＭＡｂ治療からのＯＳの利益の最も強い、敏感な、独立した予測因子としてＭｅｔ ＩＨＣを支持している。この研究が小規模であることを考慮すると、これらのバイオマーカーの更なる探求が必要とされる。
前述の発明は、理解を明確にする目的のために例示および実施例によってある程度詳細に説明してきたが、説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。

Claims (78)

  1. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性がある癌患者を同定するための方法であって、患者の癌が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含み、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性があることを示す方法。
  2. 癌患者の予後を決定するための方法であって、患者の癌が、多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含み、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストで治療されたとき、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、患者が全生存期間（ＯＳ）及び／又は無増悪生存期間（ＰＦＳ）が増加している可能性が高いことを示している方法。
  3. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性が少ない癌患者を同定するための方法であって、患者の癌が少量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有するかどうかを決定する工程を含み、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に応答する可能性が少ないことを示す方法。
  4. ｃ−ｍｅｔバイオマーカータンパク質の発現が免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて、患者由来のサンプルにおいて決定される、請求項１又は２に記載の方法。
  5. ＩＨＣのスコアが２又は３である、請求項４に記載の方法。
  6. 高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／高の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である、請求項４に記載の方法。
  7. ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロール細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される、請求項１０に記載の方法。
  8. 細胞株Ａ５４９が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項７に記載の方法。
  9. 細胞株Ｈ４４１が強いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項７に記載の方法。
  10. ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、核酸の発現であり、ｒｔＰＣＲ、ＲＮＮ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はＦＩＳＨを用いて患者由来のサンプルにおいて決定される、請求項１又は２に記載の方法。
  11. 患者が、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有さない患者と比較して大きなＰＦＳ及び／又はＯＳを有する、請求項１、２、及び請求項４から１０の何れかに記載の方法。
  12. ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現がタンパク質の発現であり、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて患者由来のサンプルにおいて決定される、請求項３に記載の方法。
  13. ＩＨＣのスコアが１又は０である、請求項１２に記載の方法。
  14. ＩＨＣのスコアが０である、請求項１３に記載の方法。
  15. 低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が陰性ｃ−ｍｅｔ染色であり、５０％未満の腫瘍細胞が弱又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度を持つか、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度を持つが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ、請求項１２に記載の方法。
  16. ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロール細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される、請求項１５に記載の方法。
  17. 細胞株Ｈ１１５５が陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項１６に記載の方法。
  18. 細胞株ＨＥＫ２９３が低ｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項１６に記載の方法。
  19. 患者のサンプルが患者の癌のものである、請求項１から１８の何れかに記載の方法。
  20. サンプルがｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療の前に得られる、請求項１９に記載の方法。
  21. サンプルが癌医薬による治療の前に得られる、請求項２０に記載の方法。
  22. サンプルが癌が転移した後で得られる、請求項２０に記載の方法。
  23. サンプルがホルマリン固定及びパラフィン包埋される、請求項１から２２の何れかに記載の方法。
  24. ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣ１が抗ｃ−ｍｅｔ抗体ＳＰ４４を使用して実施される、請求項１から２３の何れかに記載の方法。
  25. 癌が、非小細胞肺癌、腎細胞癌、膵臓癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、黒色腫、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、骨肉腫、前立腺癌又は神経膠芽腫である、請求項１から２４の何れかに記載の方法。
  26. 癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項２５に記載の方法。
  27. ＮＳＣＬＣが第二ライン又は第三ラインの局所進行性又は転移性非小細胞肺癌である、請求項２６に記載の方法。
  28. ＮＳＣＬＣが腺癌である、請求項２６又は２７に記載の方法。
  29. ＮＳＣＬＣが扁平上皮癌である、請求項２６又は２７に記載の方法。
  30. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストがアンタゴニスト抗ｃ−ｍｅｔ抗体である、請求項１から２９の何れかに記載の抗体。
  31. 抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号２）を含むＨＶＲ２；（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ３−ＨＣ；（ｄ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｅ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｆ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む、請求項３０に記載の方法。
  32. 抗ｃ−ｍｅｔ抗体が一価であり、（ａ）重鎖を含む第一のポリペプチドであって、配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＳＣＡＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＶＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１１）を含む該ポリペプチド；（ｂ）軽鎖を含む第二のポリペプチドであって、配列ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＡＹＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１２）を含むポリペプチド；及びＦｃ配列を含む第三のポリペプチドであって、配列ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＷＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１３）を含むポリペプチドを含み、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインが複合体として存在し、単一の抗原結合の腕を形成し、第一及び第二のＦｃポリペプチドが複合体中に存在し、前記抗原結合の腕を含むＦａｂ分子と比較して前記抗体断片の安定性を増加させるＦｃ領域を形成する、請求項３１に記載の方法。
  33. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストが、クリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、フォレチニブ、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／又はＬＡ４８０である、請求項１から３２の何れかに記載の方法。
  34. 治療がＥＧＦＲアンタゴニストによる治療との併用である、請求項３３の何れかに記載の方法。
  35. ＥＧＦＲアンタゴニストがエルロチニブである、請求項３４に記載の方法。
  36. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストがオナルツズマブであり、治療がエルロチニブによる治療を更に含む、請求項１から３２の何れかに記載の方法。
  37. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストがクリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、又はフォレチニブであり、治療がエルロチニブによる治療を更に含む、請求項３３に記載の方法。
  38. ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定するための方法であって、患者の癌がｃ−ｍｅｔバイオマーカーの高レベルを有するかどうかを決定する工程を含み、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現がタンパク質の発現であって、患者からのサンプルにおいてＩＨＣを用いて決定され、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は強いｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞であり、ｃ−ｍｅｔの発現がｃ−ｍｅｔ抗体を用いて検出され、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されるときに、患者が増加したＯＳ及び／又はＰＦＳを有する可能性があることを示す方法。
  39. 患者の癌が多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見出された場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストの治療的有効量を患者に投与することを含む、癌の患者を治療するための方法。
  40. ｃ−ｍｅｔアンタゴニストがｃ−ｍｅｔ抗体である、請求項３９に記載の方法。
  41. 抗ｃ−ｍｅｔ抗体がオナルツズマブである、請求項３９に記載の方法。
  42. ｃ−ｍｅｔバイオマーカータンパク質の発現が免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて、患者由来のサンプルにおいて決定される、請求項３９から４１の何れかに記載の方法。
  43. ＩＨＣスコアが少なくとも２である、請求項４２に記載の方法。
  44. 高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度、中程度／高の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度又は高ｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ５０％以上の腫瘍細胞である、請求項４２に記載の方法。
  45. ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロール細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される、請求項４４に記載の方法。
  46. 細胞株Ａ５４９が中程度のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項４５に記載の方法。
  47. 細胞株Ｈ４４１が強いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項４５に記載の方法。
  48. ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が、核酸の発現であり、ｒｔＰＣＲ、ＲＮＮ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はＦＩＳＨを用いて患者由来のサンプルにおいて決定される、請求項４２に記載の方法。
  49. 患者が、高いｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有さない患者と比較して大きなＰＦＳ及び／又はＯＳを有する、請求項３９から４８の何れかに記載の方法。
  50. 患者の癌が少量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーを有することが見出された場合、ｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む、癌の患者を治療するための方法。
  51. ｃ−ｍｅｔバイオマーカータンパク質の発現が免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて、患者由来のサンプルにおいて決定される、請求項５０に記載の方法。
  52. ＩＨＣスコアが１以下である、請求項５１に記載の方法。
  53. 低いｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現が陰性ｃ−ｍｅｔ染色の存在により決定され、５０％未満の腫瘍細胞が弱又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度を持つか、又は５０％以上の腫瘍細胞が弱又は弱と中程度の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度を持つが、５０％未満の腫瘍細胞が中程度又は中程度と強の混合性のｃ−ｍｅｔ染色強度を持つ、請求項５１に記載の方法。
  54. ｃ−ｍｅｔ発現の染色強度が、コントロール細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色強度と比較して決定される、請求項５３に記載の方法。
  55. 細胞株Ｈ１１５５が陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項５４に記載の方法。
  56. 細胞株２９３が低いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する、請求項５４に記載の方法。
  57. 癌が、非小細胞肺癌、腎細胞癌、膵臓癌、胃癌、膀胱癌、食道癌、中皮腫、黒色腫、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、骨肉腫、前立腺癌か又は神経膠芽腫である、請求項５０から５６の何れかに記載の方法。
  58. 癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項５７に記載の方法。
  59. ＮＳＣＬＣが第二ライン又は第三ラインの局所進行性又は転移性非小細胞肺癌である、請求項５８に記載の方法。
  60. ＮＳＣＬＣが腺癌である、請求項５８又は５９に記載の方法。
  61. ＮＳＣＬＣが扁平上皮癌である、請求項５８又は５９に記載の方法。
  62. 患者がＮＳＣＬＳＣを有し、抗ｃ−ｍｅｔ抗体とＥＧＦＲアンタゴニストの併用により治療される、請求項２に記載の方法。
  63. ＥＧＦＲアンタゴニストがエルロチニブである、請求項６２に記載の方法。
  64. 患者がＮＳＣＬＣを有し、（ａ）３週間ごとに約１５ｍｇ／ｋｇの投与量でオナルツズマブ；及び（ｂ）３週間のサイクルの毎日１５０ｍｇの投与量でエルロチニブ（Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミン）により治療される、請求項６に記載の方法。
  65. 患者の癌においてｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定し、バイオマーカーの発現のレベルに基づいて癌医薬を選択することを含む、癌患者の治療を選択するための方法。
  66. 癌サンプルがバイオマーカーを高レベルで発現する場合、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療に対して選択される、請求項６５に記載の方法。
  67. 癌サンプルがバイオマーカーを低い又は実質的に検出不可能なレベルで発現する場合、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニスト以外の癌医薬による治療に対して選択される、請求項６５に記載の方法。
  68. ターゲット層に対して、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのｃ−ｍｅｔ抗体の使用を宣伝することを含む、ｃ−ｍｅｔ抗体を広告するための方法。
  69. 宣伝が、抗ｃ−ｍｅｔ抗体の市販製剤に伴うパッケージ挿入物による、請求項６８に記載の方法。
  70. 宣伝が、第二医薬の市販製剤に伴うパッケージ挿入物による、請求項６８に記載の方法。
  71. 第二医薬がＥＧＦＲアンタゴニストである、請求項７０に記載の方法。
  72. ｃ−ｍｅｔ抗体がＭｅｔＭＡｂであり、ＥＧＦＲアンタゴニストがエルロチニブである請求項７１に記載の方法。
  73. 癌サンプルがバイオマーカーを高レベルで発現する場合、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療のために選択される、請求項６８に記載の方法。
  74. 宣伝が、パッケージ挿入物がＥＧＦＲアンタゴニストとの併用による抗ｃ−ｍｅｔ抗体による治療を受けるための使用説明を提供する、パッケージ挿入物による請求項６８に記載の方法。
  75. 宣伝の後に、第二医薬を含むか又は含まない抗ｃ−ｍｅｔ抗体による患者の治療が続く、請求項７４に記載の方法。
  76. ＮＳＣＬＣ患者からのサンプルにおけるｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現を決定するための一以上の試薬を含む診断キットであって、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストにより治療されたとき、多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出が増加したＰＦＳ又はＯＳを意味し、患者がｃ−ｍｅｔアンタゴニストによる治療を受けたとき、少量又は実質的に検出不可能な量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーの検出が減少したＰＦＳを意味するキット。
  77. 多量のｃ−ｍｅｔバイオマーカーが決定される場合に、ＮＳＣＬＣ患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ医薬を選択するためのキットを使用するための使用説明を更に含む、請求項７６に記載の診断キット。
  78. 癌医薬を含む薬学的組成物と、薬学的組成物がｃ−ｍｅｔバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物をパッケージ中に組み合わせることを含む、請求項７６に記載の診断キットを作製する方法。
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