JP2022535880A - ｃ－ＭＥＴ阻害剤を使用して癌患者を処置するための方法 - Google Patents

Abstract

本発明は、全体的に、分子生物学および増殖因子調節の分野に関する。より具体的には、増大したｃ－Ｍｅｔ発現ならびに少なくとも１つのｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化、例えばｃ－Ｍｅｔ変異、ｃ－Ｍｅｔ融合遺伝子およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の同定に基づいて、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を使用して癌患者を処置するのに有用な方法が、本明細書中で提供される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、参照により開示が本明細書に組み込まれている、２０１９年６月６日に出願したＰＣＴ／ＣＮ２０１９／０９０２９４号、２０１９年６月２５日に出願したＰＣＴ／ＣＮ２０１９／０９２７０６号、および２０１９年１０月８日に出願したＰＣＴ／ＣＮ２０１９／１０９９０６号の優先権を主張するものである。

本発明は、全体的に、癌処置に関する。具体的には、本発明は、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化、例えばｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ融合遺伝子、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅またはｃ－Ｍｅｔ発現レベルに基づいてｃ－Ｍｅｔ阻害剤を使用して癌患者を処置するための方法に関する。

ｃ－Ｍｅｔとも称される肝細胞増殖因子受容体は、増殖、運動性、移動性および浸潤を含む広範囲の種々の細胞シグナル伝達経路を調節する受容体型チロシンキナーゼである。発癌および癌の進行において重要な細胞プロセスにおける多面的な役割のために、ｃ－Ｍｅｔは小細胞肺癌（ＳＣＬＣ：Ｓｍａｌｌ Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ）およびＮＳＣＬＣ等の様々な悪性腫瘍において過剰発現することが示されており（Ｏｌｉｖｅｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，７４：１８６２－８（１９９６）およびＩｃｈｉｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｐｎ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，８７：１０６３－９（１９９６））、抗癌剤治療において重要な標的と考えられている。

特異的にｃ－Ｍｅｔに対する阻害剤は、魅力的な新しい標的治療手段を代表する。例えば、ｃ－Ｍｅｔの新しい低分子特異的阻害剤、ＳＵ１１２７４の有効性は、Ｓａｔｔｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．（Ｐｆｉｚｅｒ；以前はＳｕｇｅｎ）によって、モデルとしての発癌性Ｔｐｒ－Ｍｅｔによって形質転換された細胞において、およびＳＣＬＣにおいて最初に報告された（Ｓａｔｔｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６３，（１７），５４６２－９（２００３））。最近、ＡＰＬ－１０１およびカプマチニブ〔Capmatilib〕等のｃ－Ｍｅｔの低分子阻害剤は、肺癌および脳腫瘍に対して臨床で有望な効能を示している。しかしながら、臨床データから、多くの癌患者がｃ－Ｍｅｔ阻害剤に応答性がないことが示され、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の効能は限定される。したがって、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を使用して癌患者を処置するための新しい方法を開発することが急務である。

ある態様において、本開示は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に対する、癌を有する対象の応答性を予測するための方法を提供し、該方法は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅、ｃ－Ｍｅｔ発現レベルまたはそれらの組み合わせを検出すること、および癌がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあるか否かを決定することを含む。ある実施形態において、該方法は、対象由来の癌試料における活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出するステップ；癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅を検出するステップ；活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルがｃ－Ｍｅｔの参照発現レベルより高いことを決定するステップ；および対象がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあることを決定するステップを含む。

別の態様において、本開示は、癌を有する対象を処置するための方法を提供し、該方法は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子レベルまたはそれらの組み合わせを検出すること；癌がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあるか否かを決定すること；および、癌がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがある場合に対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与し、癌がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがなさそうな場合に対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤を投与することを含む。ある実施形態において、該方法は、対象由来の癌試料における活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出するステップ；癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅を検出するステップ；活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルがｃ－Ｍｅｔの参照発現レベルより高いことを決定するステップ；対象がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあることを決定するステップ；および対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与するステップを含む。

ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルはｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルである。ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔは野生型ｃ－Ｍｅｔ、変異ｃ－Ｍｅｔ、ｃ－Ｍｅｔ融合またはそれらの組み合わせである。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異は、Ｋ６Ｎ、Ｖ１３Ｌ、Ｇ２４Ｅ、Ｅ３４Ａ、Ｅ３４Ｋ、Ａ３４７Ｔ、Ｍ３５Ｖ、Ａ４８Ｇ、Ｈ６０Ｙ、Ｄ９４Ｙ、Ｇ１０９Ｒ、Ｓ１３５Ｎ、Ｄ１５３Ａ、Ｈ１５９Ｒ、Ｅ１６７Ｋ、Ｅ１６８Ｄ、Ｅ１６８Ｋ、Ｔ１７Ｉ、Ｐ１７３Ａ、Ｒ１９１Ｗ、Ｓ１９７Ｆ、Ｔ２００Ａ、Ａ２０４ＰｆｓＴｅｒ３、Ｆ２０６Ｓ、Ｌ２１１Ｗ、Ｇ２１２Ｖ、Ｓ２１３Ｌ、Ｔ２２２Ｍ、Ｌ２３８ＹｆｓＴｅｒ２５、Ｓ２４４Ｙ、Ｉ２５９Ｆ、Ｔ２７３Ｎ、Ｆ２８１Ｌ、Ｅ２９３Ｋ、Ｋ３０５＿Ｒ３０７ｄｅｌ、Ａ３２０Ｖ、Ｓ３２３Ｇ、Ｇ３４４Ｒ、Ｍ３６２Ｔ、Ｎ３７５Ｋ、Ｎ３７５Ｓ、Ｖ３７８Ｉ、Ｈ３９６Ｑ、Ｃ３９７Ｓ、Ｓ４０６Ｔｅｒ、Ｆ４３０Ｌ、Ｆ４４５Ｌ、Ｌ４５５Ｉ、Ｔ４５７ＨｆｓＴｅｒ２１、Ｐ４７２Ｓ、Ｅ４９３Ｋ、Ｙ５０１Ｈ、Ｌ５１５Ｍ、Ｌ５３０Ｖ、Ｖ５４６Ｍ、Ｒ５４７Ｑ、Ｓ５７２Ｎ、Ｒ５９１Ｗ、Ｋ５９５Ｔ、Ｒ６０２Ｋ、Ｌ６０４Ｉ、Ｌ６０４Ｖ、Ｔ６１８Ｍ、Ｔ６２１Ｉ、Ｍ６３０Ｔ、Ｍ６３６Ｖ、Ｉ６３８Ｌ、Ｇ６４５Ｒ、Ｔ６４６Ａ、Ｔ６５１Ｓ、Ｇ６７９Ｖ、Ｒ７３１Ｑ、Ｓ７５２Ｙ、Ｆ７５３Ｃ、Ｐ７６１Ｓ、Ｖ７６５Ｄ、Ｋ７８３Ｅ、Ｆ８０４Ｃ、Ｒ８１１Ｈ、Ｅ８１５Ｄ、Ｔ８３５ＰｆｓＴｅｒ７、Ｇ８４３Ｒ、Ｉ８５２Ｆ、Ｉ８５２Ｎ、Ｙ８５３Ｈ、Ｄ８８２Ｎ、Ｄ８８２Ｙ、Ｅ８９１Ｋ、Ｌ９０５＿Ｈ９０６ｄｅｌｉｎｓＹ、Ｈ９０６Ｙ、Ｖ９１０Ｆ、Ｑ９３１Ｒ、Ｖ９３７Ｉ、Ｖ９４１Ｌ、Ｑ９４４Ｔｅｒ、Ｌ９６７Ｆ、Ｒ９７６Ｔ、Ｌ９８２＿Ｄ１０２８ｄｅｌ、Ｒ９８８Ｃ、Ｙ９８９Ｃ、Ｙ９８９Ｔｅｒ、Ａ９９１Ｐ、Ｔ９９５Ｎ、Ｖ１００７Ｉ、Ｐ１００９Ｓ、Ｔ１０１０Ｉ、Ｍ１０１３Ｉ、Ｓ１０１５Ｔｅｒ、Ｄ１０２８Ｈ、Ｓ１０３３Ｌ、Ｒ１０４０Ｑ、Ｙ１０４４Ｃ、Ｑ１０８５Ｋ、Ｇ１１２０Ｖ、Ｇ１１３７Ａ、Ｌ１１５８Ｆ、Ｓ１１５９Ｌ、Ｒ１１６６Ｑ、Ｒ１１６６Ｔｅｒ、Ｒ１１８４Ｑ、Ｒ１１８８Ｔｅｒ、Ｄ１１９８Ｈ、Ｖ１２３８Ｉ、Ａ１２３９Ｖ、Ｄ１２４０Ｎ、Ｙ１２４８Ｈ、Ａ１２９９Ｖ、Ｌ１３３０ＹｆｓＴｅｒ４、Ｉ３１６Ｍ、Ｉ３３３Ｌ、Ａ１３５７Ｖ、Ｖ１３６８Ｄ、Ａ１３８１Ｔ、Ｌ１３８６ＶおよびＳ１４０３Ｙならびにそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸変化を有する変異ｃ－Ｍｅｔタンパク質をもたらす。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合は、ＡＣＴＧ１／ＭＥＴ、ＡＮＸＡ２／ＭＥＴ、ＣＡＰＺＡ２／ＭＥＴ、ＤＮＡＬ１／ＭＥＴ、ＦＮ１／ＭＥＴ、ＧＴＦ２Ｉ／ＭＥＴ、ＫＡＮＫ１／ＭＥＴ、ＭＥＣＰ２／ＭＥＴ、ＭＥＴ／ＡＧＭＯ、ＭＥＴ／ＡＮＸＡ２、ＭＥＴ／ＣＡＰＺＡ２、ＭＥＴ／ＣＡＶ１、ＭＥＴ／ＩＧＦ２、ＭＥＴ／ＩＮＴＵ、ＭＥＴ／ＩＴＧＡ３、ＭＥＴ／ＮＥＤＤ４Ｌ、ＭＥＴ／ＰＩＥＺＯ１、ＭＥＴ／ＰＬＥＣ、ＭＥＴ／ＰＯＬＲ２Ａ、ＭＥＴ／ＳＬＣ１６Ａ３、ＭＥＴ／ＳＭＹＤ３、ＭＥＴ／ＳＴ７、ＭＥＴ／ＳＴＥＡＰ２－ＡＳ１、ＭＥＴ／ＴＥＳ、ＭＥＴ／ＴＴＣ２８－ＡＳ１、ＭＧＥＡ５／ＭＥＴ、ＰＰＭ１Ｇ／ＭＥＴ、ＲＰＳ２７Ａ／ＭＥＴ、ＳＴ７／ＭＥＴ、ＴＥＳ／ＭＥＴ、ＺＫＳＣＡＮ１／ＭＥＴおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される遺伝子融合産物をもたらす。

ある実施形態において、癌は、肺癌、黒色腫、腎癌、肝癌、骨髄腫、前立腺癌、乳癌、結腸直腸癌、膵癌、甲状腺癌、血液癌、白血病および非ホジキンリンパ腫からなる群より選択される。

ある実施形態において、癌は非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌または肝細胞癌である。

ある実施形態において、癌試料は組織または血液である。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅は、次世代シーケンシングを使用して検出される。

ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルは増幅アッセイ、ハイブリダイゼーションアッセイ、シーケンシングアッセイ、または免疫測定法を使用して検出される。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、クリゾチニブ、カボザンチニブ、テポチニブ、ＡＭＧ３３７ ＡＰＬ－１０１（ＰＬＢ１００１、ボジチニブ）、ＳＵ１１２７４、ＰＨＡ６６５７５２、Ｋ２５２ａ、ＰＦ－２３４１０６６、ＡＭ７、ＪＮＪ－３８８７７６０５、ＰＦ－０４２１７９０３、ＭＫ２４６１、ＧＳＫ１３６３０８９（ＸＬ８８０、フォレチニブ）、ＡＭＧ４５８、チバンチニブ（ＡＲＱ１９７）、ＩＮＣＢ２８０６０（ＩＮＣ２８０、カプマチニブ）、Ｅ７０５０、ＢＭＳ－７７７６０７、サボリチニブ（ボリチニブ）、ＨＱＰ－８３６１、メレスチニブ、ＡＲＧＸ－１１１、オナルツズマブ、リロツムマブ、エミベツズマブ、およびＸＬ１８４からなる群より選択される。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は抗ｃ－Ｍｅｔ抗体である。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、以下の式の化合物を含む。

式中：
Ｒ^１およびＲ^２は独立して水素またはハロゲンであり；
ＸおよびＸ^１は独立して水素またはハロゲンであり；
ＡおよびＧは独立してＣＨもしくはＮであるか、またはＣＨ＝Ｇは硫黄原子で置換されており；
ＥはＮであり；
ＪはＣＨ、Ｓ、またはＮＨであり；
ＭはＮまたはＣであり；
Ａｒは、任意で、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ、ハロＣ_１－６アルキル、ハロＣ_１－６アルコキシ、Ｃ_３－７シクロアルキル、ハロゲン、シアノ、アミノ、－ＣＯＮＲ^４Ｒ^５、－ＮＨＣＯＲ^６、－ＳＯ_２ＮＲ^７Ｒ^８、Ｃ_１－６アルコキシ－、Ｃ_１－６アルキル－、アミノ－Ｃ_１－６アルキル－、ヘテロシクリルおよびヘテロシクリル－Ｃ_１－６アルキル－より独立して選択される１～３個の置換基で置換された、アリールもしくはヘテロアリールであるか、または２つの連結した置換基が、それらが結合する原子とともに、該アリールもしくはヘテロアリールと融合した４～６員ラクタムを形成し；
Ｒ^３は水素、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ、ハロＣ_１－６アルキル、ハロゲン、アミノ、または－ＣＯＮＨ－Ｃ_１－６アルキル－ヘテロシクリルであり；
Ｒ^４およびＲ^５は独立して水素、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_３－７シクロアルキル、ヘテロシクリル－Ｃ_１－６アルキルであるか、またはＲ^４およびＲ^５は、それらが結合するＮとともにヘテロシクリルを形成し；
Ｒ^６はＣ_１－６アルキルまたはＣ_３－７シクロアルキルであり；かつ
Ｒ^７およびＲ^８は独立して水素またはＣ_１－６アルキルである。

以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本開示のある態様をさらに実証するために含まれる。本開示は、本明細書中で提供される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせてこれらの図面の１つまたは複数を参照して、よりよく理解され得る。

ＬＵ０８５８ ＰＤＸモデルに対するＡＰＬ－１０１の効果を示す図である。 ＬＵ１９０２ ＰＤＸモデルに対するＡＰＬ－１０１の効果を示す図である。 ＬＵ２５０３ ＰＤＸモデルに対するＡＰＬ－１０１の効果を示す図である。 ＭＫＮ４５ ＣＤＸモデルに対するＡＰＬ－１０１の効果を示す図である。 ウエスタンブロットによって測定された、種々の腫瘍細胞株におけるｃ－Ｍｅｔおよび融合誘導体のタンパク質発現を示す図である。Ａ５４９は、この細胞株におけるｃ－Ｍｅｔ発現が非常に低いことが公知であるので、陰性対照として含まれた。

本開示をより詳細に説明する前に、本開示は記載される特定の実施形態に限定されず、それゆえに勿論変化し得ることが理解されるべきである。本開示の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるものであるので、本明細書中で使用される用語法もまた、特定の実施形態だけを説明する目的であり、限定することを意図しないこともまた、理解されるべきである。

他に定義されなければ、本明細書中で使用される全ての専門用語および科学用語は、本開示が属する技術分野における当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に記載されるものと類似した、または同等な任意の方法および材料もまた、本開示の実行または試験において使用され得るが、好ましい方法および材料をここに記載する。

本明細書中で引用される全ての刊行物および特許は、各それぞれの刊行物または特許が特異的かつそれぞれに参照により組み込まれていると示されているかのように本明細書中に参照により組み込まれており、関連して刊行物が引用される方法および／または材料を開示および記載するように参照により組み込まれている。任意の刊行物の引用は、出願日以前の開示についてであって、本開示が先の開示によってかかる刊行物より日付が前である権利を与えることを認めることとして解釈されるべきではない。さらに、提供される刊行物の日付は、独立して確認する必要があり得る実際の公開日と異なり得る。

本開示を読む際に当業者に明白であるように、本明細書中に記載および例証されるそれぞれの実施形態の各々は、本開示の範囲または精神から逸脱することなく、他のいくつかの実施形態のいずれかの特徴から容易に分離され得る、または当該特徴と組み合わされ得る、別々の成分および特徴を有する。任意の引用される方法は、引用される事象の順で、または論理的に可能な任意の他の順序で行い得る。

定義
以下の定義は、読者を手伝うために提供される。他に定義されなければ、本明細書中で使用される全ての技術の用語、表記法および他の科学用語もしくは医学用語または用語法は、生物学および医学の当業者に一般に理解される意味を有するよう意図される。いくつかの場合において、一般に理解される意味を有する用語が、明確さおよび／または即時参照のために本明細書中で定義され、本明細書中にかかる定義を含むことは、必ずしも当該分野で一般に理解される用語の定義に対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。

本明細書中で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈によって他に明らかに示されなければ、複数の参照を含む。

本明細書中で使用される場合、用語「投与する」は、対象に薬剤または医薬組成物を提供することを意味し、医療従事者および自己投与によって投与することを含むが、これらに限定されない。

本発明中で使用される場合、「抗体」は、天然に発生する免疫グロブリン、ならびに例えば単鎖抗体、キメラ抗体（例えば、ヒト化マウス抗体）、およびヘテロ共役抗体（例えば、二重特異性抗体）を含む天然に発生しない免疫グロブリンを包含する。抗体の断片としては、抗原に結合するもの、（例えば、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、Ｆｖ、およびｒＩｇＧ）が挙げられる。例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃａｔａｌｏｇ ａｎｄ Ｈａｎｄｂｏｏｋ，１９９４－１９９５（Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）；Ｋｕｂｙ，Ｊ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，３ｒｄ Ｅｄ．，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９８）も参照。用語、抗体はまた、二価または二重特異性分子、二重特異性抗体、三重特異性抗体〔triabodies〕、および四重特異性抗体〔tetrabodies〕を含む。用語「抗体」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の両方をさらに含む。

本明細書中で使用される場合、用語「癌」は、異常な細胞増殖を伴う任意の疾患をいい、体内の任意の組織、器官または細胞を冒す疾患の全てのステージおよび全ての形態を含む。該用語は、悪性、良性、軟部組織、または固形のいずれに特徴づけられるものであろうと全ての公知の癌および新生物病態、ならびに転移前および転移後の癌を含む全ての段階および悪性度の癌を含む。一般に、癌は、癌が位置する、または開始する組織または器官、ならびに癌性の組織および細胞の形態に従って分類され得る。本明細書中で使用される場合、癌のタイプとしては、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、肛門癌、星状細胞腫、小児小脳または大脳、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍、脳癌、乳癌、バーキットリンパ腫、小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、子宮頸癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、結腸癌、気腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング腫瘍、ユーイング肉腫、胃〔gastric〕（胃〔stomach〕）癌、神経膠腫、頭頚部癌、心臓癌、ホジキンリンパ腫、膵島細胞癌（膵島）、カポジ肉腫、腎癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病、肝癌、肺癌、髄芽腫、黒色腫、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵癌、咽頭癌〔pharyngeal cancer〕、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎癌）、網膜芽細胞腫、皮膚癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、精巣癌、咽頭癌〔throat cancer〕、甲状腺癌、膣癌、視経路および視床下部神経膠腫が挙げられる。

用語「癌試料」としては、生体試料、または１つもしくは複数の癌細胞を含む生物源由来の試料が挙げられる。生体試料としては、体液、例えば血液、血漿、血清、もしくは尿由来の試料、または、例えば細胞、組織もしくは器官、好ましくは癌細胞を含むか、もしくは本質的に癌細胞からなる疑いのある腫瘍組織に由来する生検によって得られた試料が挙げられる。

用語「ｃ－Ｍｅｔ」は、肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦＲ）として公知のタンパク質をコードする癌原遺伝子をいう。ｃ－Ｍｅｔタンパク質は、ｃ－Ｍｅｔの前駆体（プロｃ－Ｍｅｔ）を切断することによって生じるα鎖およびβ鎖で構成され、ジスルフィド結合によって二量体を形成する。ｃ－Ｍｅｔは細胞膜を貫通する受容体であり、完全なα鎖およびβ鎖の一部が細胞外に存在する（例えば、Ｍａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９２）２６７：２６１６６－７１；Ａｙｕｍｉ Ｉ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２００８）２２４：５１－５５参照）。ヒトｃ－Ｍｅｔならびにそのα鎖およびβ鎖については、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号：ＮＰ＿０００２３６．２も参照のこと。癌における異常なｃ－Ｍｅｔ活性化が予後不良と相関し、ここで異常に活性のあるｃ－Ｍｅｔが腫瘍増殖、腫瘍に栄養分を供給する新しい血管の形成、および癌の拡散または他の器官の引き金となることが示されている。

用語「活性ｃ－Ｍｅｔ」は、ｃ－Ｍｅｔの触媒ドメインを有するタンパク質またはそれをコードするヌクレオチドをいう。活性ｃ－Ｍｅｔは野生型ｃ－Ｍｅｔタンパク質であり得る。ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔは変異ｃ－Ｍｅｔタンパク質であり得るが、野生型ｃ－Ｍｅｔタンパク質のように触媒活性を保持している。ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔはｃ－Ｍｅｔ融合タンパク質、例えば、野生型ｃ－Ｍｅｔタンパク質のように触媒ドメインを保持した、第二のタンパク質に融合したｃ－Ｍｅｔまたはその断片であり得る。ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔタンパク質は、野生型ｃ－Ｍｅｔタンパク質と比較して増大した触媒活性を有し得る。

用語「ｃ－Ｍｅｔ変化」または「ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化」は、本明細書中で使用される場合、生物のゲノムまたは染色体外ＤＮＡにおけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子のヌクレオチド配列の変化をいう。ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化としては、１つもしくは複数のヌクレオチドの置換、欠失、および／または挿入が挙げられる。例えば、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化は、１つもしくは複数のヌクレオチドがｃ－Ｍｅｔ遺伝子から欠失するか、他のヌクレオチドと置換されるか、またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子に挿入される、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異であり得る。ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化はまた、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子の断片が別の遺伝子もしくは別のヌクレオチド配列の少なくとも断片、または上述のものの任意の組み合わせに融合する融合であり得る。ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化としてはまた、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子のコピー数が増大するｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅が挙げられる。

「ｃ－Ｍｅｔ阻害剤」は、本明細書中で使用される場合、ｃ－Ｍｅｔタンパク質の発現または活性を抑制し得る薬剤をいう。ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の例としては、限定されないが、クリゾチニブ、カボザンチニブ、テポチニブ、ＡＭＧ３３７ ＡＰＬ－１０１（ＰＬＢ１００１、ボジチニブ）、ＳＵ１１２７４、ＰＨＡ６６５７５２、Ｋ２５２ａ、ＰＦ－２３４１０６６、ＡＭ７、ＪＮＪ－３８８７７６０５、ＰＦ－０４２１７９０３、ＭＫ２４６１、ＧＳＫ１３６３０８９（ＸＬ８８０、フォレチニブ）、ＡＭＧ４５８、チバンチニブ（ＡＲＱ１９７）、ＩＮＣＢ２８０６０（ＩＮＣ２８０、カプマチニブ）、Ｅ７０５０、ＢＭＳ－７７７６０７、サボリチニブ（ボリチニブ）、ＨＱＰ－８３６１、メレスチニブ、ＡＲＧＸ－１１１、オナルツズマブ、リロツムマブ、エミベツズマブＸＬ１８４およびＵＳ２０１５０２１８１７１に開示されている化合物が挙げられる。

用語「相補性」は、核酸が、伝統的なワトソン・クリックまたは他の非伝統的なタイプのいずれかによって別の核酸配列と水素結合を形成する能力をいう。相補率〔percent complementarity〕は、第二の核酸配列と水素結合（例えば、ワトソン・クリック塩基対形成）を形成し得る、核酸分子における残基のパーセンテージを示す（例えば、１０の中から５、６、７、８、９、１０が５０％、６０％＞、７０％＞、８０％＞、９０％、および１００％相補的）。

本開示において、「含む〔comprises〕」「含まれる〔comprised〕」、「含む〔comprising〕」、「含む〔contains〕」、「含む〔containing〕」等の用語は、米国特許法に帰する意味を有し；それらは包括的またはオープンエンドであり、追加の、引用されていない要素または方法ステップを排除するものではないということを特筆する。

用語「決定する」、「評価する」、「測定する」および「検出する」は、互換的に使用し得、定量的および半定量的決定の両方をいう。定量的および半定量的決定のいずれかが意図される場合、目的のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドの「レベルを決定する」または目的のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドを「検出する」という語句を使用し得る。

用語「ハイブリダイゼーションする」は、ストリンジェントな条件下で核酸分子を特定のヌクレオチド配列に優先的に結合、二本鎖化、またはハイブリダイゼーションさせることをいう。用語「ストリンジェントな条件」は、プローブがその標的配列に優先的にハイブリダイゼーションするが、混合集団（例えば、組織生検由来の細胞溶解物またはＤＮＡ調製物）中の他の配列にはより低い程度でハイブリダイゼーションするか、もしくは全くハイブリダイゼーションしない、ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件をいう。核酸ハイブリダイゼーションとの関係におけるストリンジェントな条件は配列特異的であり、環境パラメータによって異なる。核酸のハイブリダイゼーションの広範な手引きは、例えば、Ｔｉｊｓｓｅｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ－Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ ｐａｒｔ Ｉ，Ｃｈ．２，”Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｐｒｏｂｅ ａｓｓａｙｓ”，（１９９３）Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．に見られる。一般に、高度のストリンジェントなハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は、定義されたイオン強度およびｐＨでの特異的配列の融点（Ｔｍ）よりも約５℃低いように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全に一致するプローブにハイブリダイゼーションする温度（定義されたイオン強度およびｐＨ下）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブのＴｍと等しいように選択される。サザンまたはノーザンブロットにおいてアレイ上またはフィルター上に１００より多い相補的残基を有する相補的核酸のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例は、標準的なハイブリダイゼーション溶液を使用した４２℃である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ ｅｄ．）Ｖｏｌ．１－３（２００１）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ参照）。高度にストリンジェントな洗浄条件の例は、７２℃で約１５分間の０．１５Ｍ ＮａＣｌである。ストリンジェントな洗浄条件の例は、６５℃で１５分間の０．２×ＳＳＣ洗浄である。しばしば、高ストリンジェンシーの洗浄の前に低ストリンジェンシーの洗浄があって、バックグラウンドのプローブ信号を除去する。例えば１００より多いヌクレオチドの二本鎖についての中程度のストリンジェンシーの洗浄の例は、４５℃で１５分間の１×ＳＳＣである。例えば１００より多いヌクレオチドの二本鎖についての低ストリンジェンシーの洗浄の例は、４０℃で１５分間の４×ＳＳＣ～６×ＳＳＣである。

用語「遺伝子産物」または「遺伝子発現産物」は、遺伝子によってコードされるＲＮＡまたはタンパク質をいう。

用語「ｃ－Ｍｅｔ発現レベル」および「ｃ－Ｍｅｔの発現レベル」は、試料中に存在するｃ－Ｍｅｔ発現の量〔amount〕または量〔quantity〕をいう。かかる量〔amount〕または量〔quantity〕は、絶対的表現、すなわち試料中のｃ－Ｍｅｔ発現の総量、または相対的表現、すなわち試料中のｃ－Ｍｅｔの濃度もしくはパーセンテージで表し得る。ｃ－Ｍｅｔ発現のレベルは、ＲＮＡレベル（例えばｍＲＮＡ量〔amount〕もしくは量〔quantity〕）で、またはタンパク質レベル（例えばタンパク質もしくはタンパク質複合体量〔amount〕もしくは量〔quantity〕）で測定し得る。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ発現レベルはｃ－Ｍｅｔタンパク質レベルのサブセット、例えばリン酸化ｃ－Ｍｅｔタンパク質のレベルで測定し得る。

用語「核酸」および「ポリヌクレオチド」は、互換的に使用され、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチド、またはそれらのアナログのいずれでも、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態をいう。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有し得、既知または未知の任意の機能を果たし得る。ポリヌクレオチドの非限定的な例としては、遺伝子、遺伝子断片、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、ｓｈＲＮＡ、一本鎖の短いまたは長いＲＮＡ〔single-stranded short or long RNAs〕、組換えポリヌクレオチド、分枝ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離ＤＮＡ、制御領域、任意の配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ、およびプライマーが挙げられる。核酸分子は、線状または環状であり得る。

用語「応答する」または「応答性」は、癌治療に対する患者の応答の関係において使用される場合、互換的に使用され、好ましくない応答、すなわち有害事象と対照的な、処置に対する有利な患者の応答をいう。患者において、有利な応答は、おそらく腫瘍の退縮もしくは排除をもたらす、検出可能な腫瘍の喪失（完全奏効）、腫瘍サイズおよび／または癌細胞数の減少（部分奏効）、腫瘍増殖停止（不変）、抗腫瘍免疫応答の促進；腫瘍と関連する１つまたは複数の症状のある程度までの緩和；処置の後の生存の長さの増大；および／または処置の後の所定の時点での死亡率の減少を含む、多数の臨床パラメータの点から表し得る。腫瘍サイズおよび／もしくは癌細胞数の継続的な増大ならびに／または腫瘍転移は、処置に対する有利な応答の欠如、したがって応答性の減少を示す。

本明細書中で使用される場合、「対象」は、ヒトまたは任意の非ヒト動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ウマまたは霊長動物）をいう。ヒトとしては、出生前および出生後の形態が挙げられる。多くの実施形態において、対象は人間である。対象は患者であり得、これは疾患の診断または処置のために医療提供者に出向いたヒトをいう。用語「対象」は、本明細書中で、「個体」または「患者」と互換的に使用される。対象は、疾患または障害に悩まされていてもよく、またはかかりやすい、疾患または障害の症状を呈していてもいなくてもよい。

用語「試料」は、本明細書中で使用される場合、対象から得られ、１つまたは複数の目的のｃ－ＭＥＴ遺伝子変化を含む生体試料をいう。試料の例としては、限定されないが、血液、血漿、血清、尿、膣液、子宮または膣の洗浄液、複数の流体、腹水、脳脊髄液、唾液、汗、涙、痰、気管支肺胞洗浄液等の体液、および生検組織（例えば、生検骨組織、骨髄、乳房組織、消化管組織、肺組織、肝組織、前立腺組織、脳組織、神経組織、髄膜組織、腎組織、子宮内膜組織、子宮頸部組織、リンパ節組織、筋組織、または皮膚組織）、パラフィン包埋組織等の組織が挙げられる。ある実施形態において、試料は癌細胞を含む生体試料であり得る。いくつかの実施形態において、試料は、例えば腫瘍生検または穿刺吸引によって腫瘍から得られた、新鮮な、または保管された試料である。試料はまた、癌細胞を含む任意の生体体液であり得る。対象からの試料の収集は、通常生検の間等に病院または診療所によって追跡されて、標準的なプロトコルに従って行われる。

用語「処置」「処置する〔treat〕」、または「処置する〔treating〕」は、癌（例えば、乳癌、肺癌、卵巣癌等）の効果または癌の症状を減少させる方法をいう。よって、開示される方法において、処置は、癌の重症度または癌の症状の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の減少をいい得る。例えば、疾患を処置する方法は、対照と比較して、対象において疾患の症状の１つまたは複数に１０％の減少がある場合に、処置であると考えられる。よって、減少は、天然または対照のレベルと比較して、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％または１０～１００％の間の任意のパーセントの減少であり得る。処置は必ずしも疾患、状態、または疾患もしくは状態の症状の治癒または完全な消失をいわないことが理解される。

ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化
本明細書中に記載される方法および組成物は、部分的に、癌試料中の存在がｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する癌患者の応答性を暗示する、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の発見に基づく。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化としては、限定されないが、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅が挙げられる。

癌原遺伝子ｃ－ＭＥＴは、受容体型チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）ｃ－Ｍｅｔをコードする。上皮－内皮由来の細胞は、ｃ－ＭＥＴを幅広く発現し、これは胚発生および組織修復に必須である。肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦ）はｃ－Ｍｅｔ受容体の唯一の公知のリガンドであり、主に間葉系由来の細胞において発現される。通常の条件下で、ｃ－Ｍｅｔは二量体化し、リガンド結合の際に自己リン酸化し、次に活性のある、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＡＰＫ）、ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）－ＡＫＴ、ｖ－ｓｒｃ肉腫ウイルス発癌遺伝子（ＳＲＣ）、シグナル伝達性転写因子（ＳＴＡＴ）シグナル伝達経路の活性化につながる下流のシグナル伝達を媒介するタンパク質への活性ドッキング部位を生じる。かかる活性化は、増大した細胞増殖、拡散および運動性、浸潤、アポトーシスからの保護、分枝形態形成、ならびに血管新生につながる様々な多面的な生物反応を引き起こす。しかしながら、病態下では、ｃ－Ｍｅｔの不適当な活性化が、癌細胞の増殖、生存および浸潤／転移能力を与え得る。

調節解除および結果として生じるｃ－Ｍｅｔの異常なシグナル伝達が、遺伝子増幅および活性化突然変異を含む種々のメカニズムで起こり得る。肺、乳房、卵巣、腎臓、結腸、甲状腺、肝臓および胃癌を含む様々な癌腫においてｃ－Ｍｅｔが過剰発現されていることが報告されている。かかる過剰発現は、転写活性化、低酸素誘導過剰発現の結果であり得、またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の結果としてあり得る。遺伝子増幅は、ｃ－Ｍｅｔの頻繁な遺伝的改変であり、ＮＳＣＬＣ、結腸直腸癌および胃癌における予後不良と関連すると報告されており、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子上の発癌性変異は、非遺伝性の癌の患者にはめったに見られない。潜在的な発癌性変異は主に、ｃ－Ｍｅｔの膜近接ドメインをコードする、エクソン１４を欠いたより短いタンパク質をコードする選択的スプライシングを生じる点変異；酵素を恒常的活性型にするキナーゼドメインの点変異；および恒常的ｃ－Ｍｅｔ発現につながる、Ｃｂ１結合部位を不活性化するＹ１００３変異を伴う。対照的に、いくつかの他の変異（すなわち、Ｎ３７５Ｓ、Ｒ９８８ＣおよびＴ１０１０Ｉ）が、形質転換能力を欠くことが見出されているため、ＳＮＰとして報告されている。本開示において、本発明者らは、驚くべきことに、いくつかのｃ－ＭＥＴ遺伝子変化が、癌患者がｃ－Ｍｅｔ阻害剤で処置された場合の応答性を暗示することを見出した。

ある実施形態において、本明細書中に開示されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化は、転写の間にｃ－Ｍｅｔ遺伝子のエクソン１４のスキッピングをもたらす。

ある実施形態において、本明細書中に開示されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化は、表１に示されるアミノ酸変化を有する変異ｃ－Ｍｅｔタンパク質をもたらすｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異である。

本開示の発明者らはまた、驚くべきことに、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合をもたらすｃ－Ｍｅｔ遺伝子のいくつかの変化が、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤で処置されている癌患者の応答性を暗示することを見出した。

「遺伝子融合」は、本明細書中で使用される場合、キメラゲノムＤＮＡ、キメラメッセンジャーＲＮＡ、短縮型タンパク質、または第一の遺伝子の少なくとも一部の、第二の遺伝子の少なくとも一部への融合によって生じるキメラタンパク質をいう。遺伝子融合は、完全な遺伝子または遺伝子のエクソンを含まなくてもよい。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合は表２に示される遺伝子融合産物をもたらす。

遺伝子融合産物「ＡＣＴＧ１／ＭＥＴ」は、本明細書中で使用される場合、上流の遺伝子ＡＣＴＧ１が下流の遺伝子ＭＥＴと融合していることを意味する。同様の表現を有する他の遺伝子融合産物は、同様に説明し得る。

「ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅」は、細胞におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子のコピー数増大をいう。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅は、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子の過剰発現をもたらす。

組み合わせｃ－Ｍｅｔバイオマーカー
ある態様における本開示は、癌処置における多数のｃ－Ｍｅｔ関連バイオマーカーの使用に関する。ある実施形態において、多数のｃ－Ｍｅｔ関連バイオマーカーの存在は、癌を有する対象のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する促進された応答性を示す。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ関連バイオマーカーとしては、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅、およびｃ－Ｍｅｔ発現レベルが挙げられる。

ある実施形態において、活性ｃ－Ｍｅｔの増大した発現、ならびにｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅等の少なくとも１つのｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料における活性ｃ－Ｍｅｔの増大した発現レベル、ならびにｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅から選択されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、癌における活性ｃ－Ｍｅｔの増大した発現レベルとｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化との組み合わせは、癌がｃ－Ｍｅｔ活性を調節解除したこと、およびゲノム不安定性を示す。ある実施形態において、癌における活性ｃ－Ｍｅｔの増大した発現レベルとｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化との組み合わせは、調節解除されたｃ－Ｍｅｔ活性が癌に至らせるものであることを示し、癌をｃ－Ｍｅｔ阻害剤の影響を受けやすくする。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異はエクソン１４スキッピングをもたらす。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異および増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルの両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異および増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルの両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異はエクソン１４スキッピングをもたらす。ある実施形態において、増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、増大したレベルのｃ－Ｍｅｔタンパク質をもたらす。ある実施形態において、増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、ｃ－Ｍｅｔタンパク質の増大したリン酸化をもたらす。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅および増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルの両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅および増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルの両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、増大したレベルのｃ－Ｍｅｔタンパク質をもたらす。ある実施形態において、増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、ｃ－Ｍｅｔタンパク質の増大したリン酸化をもたらす。

ある実施形態において、少なくとも２つのｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料における、本明細書中に記載される少なくとも２つのｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、少なくとも２つのｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異の１つはエクソン１４スキッピングをもたらす。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合の両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合の両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異はエクソン１４スキッピングをもたらす。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合およびｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合および増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルの両方の存在は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する増大した応答性を示す。かかる場合において、本開示は、対象由来の癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合および増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルの両方を検出すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、増大したレベルのｃ－Ｍｅｔタンパク質をもたらす。ある実施形態において、増大したｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、ｃ－Ｍｅｔタンパク質の増大したリン酸化をもたらす。

ある実施形態において、癌を有する対象における多数のｃ－Ｍｅｔ関連バイオマーカーの存在は、対象が、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の処置に応答する見込みを有することを示す。

ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子発現のための検出試薬
ある態様において、本開示は、本明細書中に開示されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子発現を検出するための検出試薬を提供する。

ある実施形態において、検出試薬は、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子またはｃ－Ｍｅｔ ｍＲＮＡのポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションし得るプライマーまたはプローブを含む。

用語「プライマー」は、本明細書中で使用される場合、標的ポリヌクレオチド配列の配列内のプライマーの少なくとも一部の配列相補性のために、標的ポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイゼーションし得るオリゴヌクレオチドをいう。プライマーは、少なくとも８ヌクレオチド、典型的には８～７０ヌクレオチド、通常１８～２６ヌクレオチドの長さを有し得る。標的配列への適切なハイブリダイゼーションのために、プライマーは、標的ポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションした部分に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％配列相補性を有し得る。プライマーとして有用なオリゴヌクレオチドは、Ｎｅｅｄｈａｍ－Ｖａｎ Ｄｅｖａｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９８４）１２：６１５９－６１６８に記載されているように、自動化合成装置を使用して、Ｂｅａｕｃａｇｅ ａｎｄ Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｓ．（１９８１）２２：１８５９－１８６２によって最初に記載された固相ホスホルアミダイトトリエステル法に従って化学的に合成し得る。

プライマーは、プライマーが伸長されて新しいポリヌクレオチドの鎖を生じる、核酸増幅反応において有用である。プライマーは、本明細書中に開示されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異または遺伝子融合の標的ヌクレオチド配列のヌクレオチド配列に特異的にアニーリングし得るように、当該分野で公知の常識を使用して、当業者によって容易に設計し得る。通常、プライマーの３’ヌクレオチドが、対応するヌクレオチド位置で標的配列に相補的になるよう設計されて、ポリメラーゼによる最適なプライマー伸長を提供する。

用語「プローブ」は、本明細書中で使用される場合、標的ポリヌクレオチド配列の配列内のプローブの少なくとも一部の配列相補性のために、標的ポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイゼーションし得るオリゴヌクレオチドまたはそのアナログをいう。例示的なプローブは、例えばＤＮＡプローブ、ＲＮＡプローブ、またはタンパク質核酸（ＰＮＡ）プローブであり得る。プローブは、少なくとも８ヌクレオチド、典型的には８～７０ヌクレオチド、通常１８～２６ヌクレオチドの長さを有し得る。標的配列への適切なハイブリダイゼーションのために、プローブは、標的ポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションした部分に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％配列相補性を有し得る。プローブもまた、上述のような固相ホスホルアミダイトトリエステル法に従って化学的に合成し得る。ＤＮＡおよびＲＮＡプローブの調製のための方法、ならびに標的ヌクレオチド配列へのそのハイブリダイゼーションのための条件は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９，Ｃｈａｐｔｅｒｓ １０ ａｎｄ １１に記載されている。

ある実施形態において、本明細書中で提供されるプライマーおよびプローブは、検出可能に標識される。プライマーおよびプローブを標識するのに適した検出可能な標識の例としては、例えば、発色団、放射性同位体、発蛍光団、化学発光部分、粒子（可視もしくは蛍光）、核酸、リガンド、または酵素等の触媒が挙げられる。

ある実施形態において、検出試薬は、ｃ－Ｍｅｔタンパク質に特異的に結合する抗体を含む。

用語「抗体」は、本明細書中で使用される場合、標的タンパク質抗原に特異的に結合し得る免疫グロブリンまたはその抗原結合断片をいう。抗体は、ファージまたは同様のベクターにおける組換え抗体のライブラリーからの抗体の選択、ならびにウサギまたはマウス等の動物を免疫化することによるポリクローナルおよびモノクローナル抗体の調製によって、同定および調製し得る（例えば、Ｈｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８９）２４６：１２７５－１２８１；Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３４１：５４４－５４６参照）。

ある実施形態において、抗体が、種々の検出アッセイにおいて適切に使用されるように修飾または標識されることが理解できる。ある実施形態において、抗体は検出可能に標識される。

試料調製
本明細書中で提供される方法を行うのに適した任意の生体試料は、対象から得ることができる。ある実施形態において、試料は、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の検出を行うために、望ましい方法によってさらに加工し得る。

ある実施形態において、方法は、対象から得られた（末梢血試料等の）生体体液試料または組織試料から（循環腫瘍細胞等の）癌細胞を単離または抽出することをさらに含む。癌細胞は、Ｉｍｍｕｎｉｃｏｎ（Ｈｕｎｔｉｎｇｄｏｎ Ｖａｌｌｅｙ、Ｐａ．）から入手可能なもの等の免疫磁気分離技術によって分離し得る。

ある実施形態において、組織試料を加工してｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行い得る。例えば、組織試料は、顕微鏡用スライドガラス〔glass microscope slide〕上に固定する前にパラフィン包埋し、次いで溶媒、典型的にはキシレンで脱パラフィンし得る。

ある実施形態において、方法は、試料から核酸、例えばＤＮＡまたはＲＮＡを単離することをさらに含む。フェノールおよびクロロホルム抽出、ならびに例えばＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９７）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ ＳｏｎｓおよびＳａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ３^ｒｄ ｅｄ．（２００１）に記載されるような種々の他の方法等、細胞または組織からＤＮＡまたはＲＮＡを単離するのに、種々の抽出の方法が適している。

例えばＮｕｃｌｉＳｅｎｓ抽出キット（Ｂｉｏｍｅｒｉｅｕｘ、Ｍａｒｃｙ ｌ’Ｅｔｏｉｌｅ、フランス）、ＱＩＡａｍｐ（商標）Ｂｌｏｏｄ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ Ｇｅｎｆｉｎｄ（商標）、Ｒｎｅａｓｙ（登録商標）ミニカラム（Ｑｉａｇｅｎ）、ＰｕｒｅＬｉｎｋ（登録商標）ＲＮＡ Ｍｉｎｉキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、およびＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｐｈａｓｅ Ｌｏｃｋ Ｇｅｌｓ（商標）を含む市販のキットを使用して、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを単離することもできる。当業者は、製造業者のプロトコルに従って、ＲＮＡまたはＤＮＡを容易に抽出または単離し得る。

ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化またはｃ－Ｍｅｔ発現レベルを検出する方法
本開示の方法は、癌を有する、または癌を有する疑いのある対象から得られた試料における、本明細書中に記載されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化またはｃ－Ｍｅｔ発現レベルを検出することを含む。ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅等のｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化は、限定されないが、増幅アッセイ、ハイブリダイゼーションアッセイ、およびシーケンシングアッセイを含む当該分野で公知の適切な方法を使用して、ＤＮＡ（例えば、ゲノムＤＮＡ）またはＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）のレベルにおいて検出し得る。ｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、限定されないが、増幅アッセイ、ハイブリダイゼーションアッセイ、シーケンシングアッセイ、および免疫測定法を含む当該分野で公知の適切な方法を使用して、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）レベルまたはタンパク質レベルにおいて検出し得る。

増幅アッセイ
核酸増幅アッセイは、標的核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を複製し、それによって増幅された核酸配列のコピー数を増大させることを伴う。増幅は、指数関数的または一次関数的であり得る。例示的な核酸増幅法としては、限定されないが、ＴａｑＭａｎ（登録商標）、ネステッドＰＣＲ、リガーゼ連鎖反応（Ａｂｒａｖａｙａ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２３：６７５－６８２（１９９５）参照）、分岐ＤＮＡシグナル増幅法（Ｕｒｄｅａ，Ｍ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，ＡＩＤＳ，７（ｓｕｐｐｌ ２）：Ｓ１１－Ｓ１４（１９９３）参照）、増幅可能なＲＮＡレポーター、Ｑ－ベータ増幅（Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９８８）６：１１９７参照）、転写ベースの増幅（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８９）８６：１１７３－１１７７参照）、ブーメランＤＮＡ増幅、鎖置換活性化、サイクリングプローブ技術、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９０）８７：１８７４－１８７８）、ローリングサークル複製（米国特許第５，８５４，０３３号）、等温核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）および遺伝子発現逐次分析法（ＳＡＧＥ）等の、ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」、米国特許第４，６８３，１９５号および第４，６８３，２０２号；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ Ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９０）、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）；定量的ＰＣＲを使用した増幅が挙げられる。

ある実施形態において、核酸増幅アッセイはＰＣＲベースの方法である。ＰＣＲは、増幅する標的核酸配列にハイブリダイゼーションする一対のプライマーで開始し、次いで、標的核酸配列を鋳型とし、ｄＮＴＰを基礎的要素として使用して新しい鎖を合成するポリメラーゼによって、プライマーの伸長が起こる。次いで、新しい鎖および標的鎖を変性させて、プライマーを次のサイクルの伸長および合成のために結合させる。多数の増幅サイクルの後、標的核酸配列の合計コピー数は指数関数的に増大し得る。

ある実施形態において、二本鎖ＤＮＡに挿入された場合にシグナルを生じる挿入剤を使用し得る。例示的な薬剤としては、ＳＹＢＲ ＧＲＥＥＮ（商標）およびＳＹＢＲ ＧＯＬＤ（商標）が挙げられる。これらの薬剤は鋳型特異的でないので、シグナルは鋳型特異的に増幅に基づいて生じると想定される。これは、鋳型配列の融点が、例えばプライマーダイマー等よりも一般にさらに高いために、シグナルを温度の関数としてモニタリングすることによって確認し得る。

ある実施形態において、検出可能に標識されたプライマーまたは検出可能に標識されたプローブを使用して、そのプライマーまたはプローブに対応したｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の検出が可能になる。ある実施形態において、種々の検出可能な標識での、多数の標識されたプライマーまたは標識されたプローブを使用して、多数のｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の同時の検出が可能になる。

ハイブリダイゼーションアッセイ
核酸ハイブリダイゼーションアッセイは、標的核酸にハイブリダイゼーションするようプローブを使用し、それによって標的核酸の検出が可能になる。ハイブリダイゼーションアッセイの非限定的な例としては、ノーザンブロット法、サザンブロット法、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、マイクロアレイ解析、および多重ハイブリダイゼーションベースの解析が挙げられる。

ある実施形態において、ハイブリダイゼーションアッセイのためのプローブは、検出可能に標識される。ある実施形態において、ハイブリダイゼーションアッセイのための核酸ベースのプローブは、標識されていない。かかる標識されていないプローブは、マイクロアレイ等の固体支持体上に固定し得、検出可能に標識された標的核酸分子にハイブリダイゼーションし得る。

ある実施形態において、ハイブリダイゼーションアッセイは、核酸（例えばＲＮＡまたはＤＮＡ）を単離すること、（例えばゲル電気泳動によって）核酸を分離し、次いで分離された核酸を適した膜フィルター（例えばニトロセルロースフィルター）に転写することによって行い得、ここでプローブは、標的核酸にハイブリダイゼーションして検出を可能にする。例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９，Ｃｈａｐｔｅｒ ７参照。プローブと標的核酸とのハイブリダイゼーションは、当該分野で公知の方法によって検出または測定し得る。例えば、ハイブリダイゼーションしたフィルターを写真フィルムに触れさせることによって、ハイブリダイゼーションのオートラジオグラフィー検出を行い得る。

いくつかの実施形態において、ハイブリダイゼーションアッセイはマイクロアレイ上で行い得る。マイクロアレイは、多数の標的核酸分子のレベルの同時測定のための方法を提供する。標的核酸はＲＮＡ、ＤＮＡ、ｍＲＮＡから逆転写されたｃＤＮＡ、または染色体ＤＮＡであり得る。標的核酸を、基板表面１平方センチメートルあたり数百万までのプローブの密度で整列した多数の固定された核酸プローブを有する基板を含むマイクロアレイにハイブリダイゼーションさせ得る。試料中のＲＮＡまたはＤＮＡは、アレイ上の相補的なプローブにハイブリダイゼーションし、次いでレーザースキャンによって検出される。アレイ上の各プローブのハイブリダイゼーション強度が測定され、ＲＮＡまたはＤＮＡの相対レベルを表す定量値に変換される。米国特許第６，０４０，１３８号、第５，８００，９９２号および第６，０２０，１３５号、第６，０３３，８６０号、および第６，３４４，３１６号参照。

機械的合成方法を使用したこれらのアレイの合成のための技術は、例えば、米国特許第５，３８４，２６１号に記載されている。平面状のアレイ表面がしばしば採用されるが、アレイは、実質的に任意の形状の表面または多数の表面上にも加工し得る。アレイは、ビーズ、ゲル、ポリマー表面、ファイバーオプティックス等の繊維、ガラスまたは任意の他の適当な基板上のペプチドまたは核酸であり得る、米国特許第５，７７０，３５８号、第５，７８９，１６２号、第５，７０８，１５３号、６，０４０，１９３号および５，８００，９９２号参照。アレイは、診断または包括的な装置の他の操作を可能にするように包装し得る。有用なマイクロアレイはまた、市販されており、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘのマイクロアレイ、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのマイクロアレイ、ＰａｎｏｍｉｃｓのＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ ２．０ Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ Ａｓｓａｙである。

ある実施形態において、ハイブリダイゼーションアッセイは、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイであり得る。ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイは、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅の存在を検出するのに有用である。ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイに有用なプローブは、特定のｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異または遺伝子融合にハイブリダイゼーションして目的の特定の変異または遺伝子融合の有無を検出する、変異または遺伝子融合特異的プローブであり得る。ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションのための、ユニーク配列プローブの使用のための方法は、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第５，４４７，８４１号に記載されている。プローブは、蛍光顕微鏡、および各発蛍光団のための適当なフィルターで、または多数の発蛍光団を観察するようつけられたデュアルもしくはトリプルバンドパスフィルターを使用することによって、見ることができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれている、Ｂｉｔｔｎｅｒ ｅｔ ａｌ．による米国特許第５，７７６，６８８号参照。自動化デジタル撮像システムを含む、任意の適した顕微鏡撮像法を使用して、ハイブリダイゼーションしたプローブを可視化し得る。あるいは、フローサイトメトリー等の技術を使用して、プローブのハイブリダイゼーションパターンを調べ得る。

シーケンシング方法
ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化の測定において有用なシーケンシング法は、標的核酸のシーケンシングを伴う。当該分野で公知の任意のシーケンシングを使用して、目的のｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化を検出し得る。一般に、シーケンシング法は、伝統的または典型的な方法および高スループットシーケンシング（次世代シーケンシング）に分類し得る。伝統的シーケンシング法としては、マキサム・ギルバートシーケンシング（化学シーケンシングとしても知られる）およびサンガーシーケンシング（チェーンターミネーション法としても知られる）が挙げられる。

サンガーシーケンシング等の伝統的な方法と区別される方法を使用することによる高スループットシーケンシング、または次世代シーケンシングは、高度にスケーラブルであり、ゲノムまたはトランスクリプトーム全体を一度にシーケンシングすることができる。高スループットシーケンシングは、（Ｍａｒｇｕｉｌｅｓｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４３７（７０５７）：３７６－８０（２００５）に記載されるような）合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、およびウルトラディープシーケンシングを伴う。合成によるシーケンシングは、ポリメラーゼ増幅において標識されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを取り込むことによって、標的核酸の相補鎖を合成することを伴う。標的ヌクレオチドの取り込みの成功の直後、または取り込みの成功の際に、標識のシグナルが測定され、ヌクレオチドの同一性が記録される。取り込まれたヌクレオチド上の検出可能な標識は取り込みの前に除去され、検出および同定ステップが繰り返される。合成によるシーケンシングの方法の例は当該分野で公知であり、例えば、内容が参照により本明細書に組み込まれている米国特許第７，０５６，６７６号、米国特許第８，８０２，３６８号および米国特許第７，１６９，５６０号に記載されている。合成によるシーケンシングは、フォールドバックＰＣＲおよびアンカードプライマーを使用して、固体表面（またはマイクロアレイもしくはチップ）上で行い得る。標的核酸断片は、アンカードプライマーにハイブリダイゼーションすることによって固体表面に付着させ、ブリッジ増幅し得る。この技術は、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）シーケンシングプラットフォームにおいて使用される。

パイロシーケンシングは、標的核酸領域をプライマーにハイブリダイゼーションさせること、ならびにポリメラーゼの存在下でＡ、Ｃ、Ｇ、およびＴ（Ｕ）塩基に対応するデオキシヌクレオチド三リン酸を順次取り込むことによって新しい鎖を伸長させることを伴う。各塩基取り込みは、スルフリラーゼによってＡＴＰに変換され、オキシルシフェリンの合成および可視光の放出を駆動する、ピロリン酸の放出を伴う。ピロリン酸放出は取り込まれた塩基の数と等モルなので、発せられた光は任意の１つのステップにおけるヌクレオチド付加の数に比例する。該プロセスは、配列全体が決定されるまで繰り返される。

ある実施形態において、本明細書中に記載されるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、遺伝子融合または遺伝子増幅は、トランスクリプトーム全体のショットガンシーケンシング（ＲＮＡシーケンシング）によって検出される。ＲＮＡシーケンシングの方法が記載されている（Ｗａｎｇ Ｚ，Ｇｅｒｓｔｅｉｎ Ｍ ａｎｄ Ｓｎｙｄｅｒ Ｍ，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２００９）１０：５７－６３；Ｍａｈｅｒ ＣＡ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（２００９）４５８：９７－１０１；Ｋｕｋｕｒｂａ Ｋ ＆ Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙ ＳＢ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（２０１５）２０１５（１１）：９５１－９６９参照）。

免疫測定法
本明細書中で使用される免疫測定法は、典型的には、ｃ－Ｍｅｔタンパク質に特異的に結合する抗体を使用することを伴う。かかる抗体は、当該分野で公知の方法を使用して得る（Ｈｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８９）２４６：１２７５－１２８１；Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３４１：５４４－５４６参照）か、または商業的な源から得ることができる。免疫測定法の例としては、限定されないが、ウエスタンブロット法、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降、サンドイッチアッセイ、競合アッセイ、免疫蛍光染色および撮像、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ならびに蛍光標示式細胞分取器（ＦＡＣＳ）が挙げられる。免疫学的および免疫測定法手順の総説については、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｉｔｅｓ ＆ Ｔｅｒｒ ｅｄｓ．，７^ｔｈ ｅｄ．１９９１）参照。さらに、免疫測定法は、いくつかの構成のいずれでも行うことができ、これらはＥｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ（Ｍａｇｇｉｏ ｅｄ．，１９８０）；およびＨａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ、上記参照に広範囲にわたって総説されている。一般的な免疫測定法の総説については、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌｕｍｅ ３７（Ａｓａｉ，ｅｄ．１９９３）；Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｉｔｅｓ ＆ Ｔｅｒｒ，ｅｄｓ．，７^ｔｈ ｅｄ．１９９１）も参照。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、修飾されたｃ－Ｍｅｔタンパク質、例えばリン酸化ｃ－Ｍｅｔタンパク質のレベル等のｃ－Ｍｅｔタンパク質のサブセットのレベルとして測定される。かかる場合において、ｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、修飾されたｃ－Ｍｅｔタンパク質に特異的に結合する抗体を使用して検出し得る。

ｃ－Ｍｅｔ発現レベルの測定のために本明細書中で提供されるアッセイおよび方法のいずれも、自動化および半自動化システム、またはポイントオブケアアッセイシステムにおける使用のために適合または最適化させ得る。

本明細書中に記載されるｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、当該分野で公知の適切な方法を使用して標準化し得る。例えば、ｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、予め決定するか、同時に決定するか、または対象から試料を得た後に決定し得る標準マーカーの標準レベルに対して標準化し得る。標準マーカーは同じアッセイにおいて流すものか、以前のアッセイからの既知の標準マーカーであり得る。別の例では、ｃ－Ｍｅｔ発現レベルは、内部マーカー、または複数の内部マーカーの平均レベルもしくは総レベルであり得る内部標準に対して標準化し得る。

参照レベルとの比較
ある実施形態において、本明細書中に開示される方法は、検出されたｃ－Ｍｅｔ発現レベルを参照ｃ－Ｍｅｔレベルと比較するステップを含む。

用語「参照ｃ－Ｍｅｔレベル」は、参照試料を表すｃ－Ｍｅｔ発現のレベルをいう。ある実施形態において、参照試料は健常な対象または組織から得られる。ある実施形態において、参照試料は、癌または腫瘍組織である。ある実施形態において、参照ｃ－Ｍｅｔレベルは、試験試料におけるｃ－Ｍｅｔ発現レベルの検出で使用されるのと同じまたは同等の測定方法またはアッセイを使用して得られる。

ある実施形態において、参照ｃ－Ｍｅｒレベルは予め決定し得る。例えば、参照ｃ－Ｍｅｔレベルは、一般的な癌もしくは腫瘍試料の収集物または同じタイプの腫瘍由来もしくは血液癌由来の組織におけるｃ－Ｍｅｔレベルの測定に基づいて、計算または一般化し得る。別の例では、参照ｃ－Ｍｅｔレベルは、一般的な癌もしくは腫瘍集団由来の平均的な癌もしくは腫瘍試料で一般に観察されるｃ－Ｍｅｔのレベルの統計に基づき得る。

ある実施形態において、本明細書中で提供される方法における比較するステップは、検出されたｃ－Ｍｅｔ発現レベルと参照ｃ－Ｍｅｔレベルとの間の差を決定することを含む。参照ｃ－Ｍｅｔレベルとの差は、上昇または低下であり得る。

ある実施形態において、参照ｃ－Ｍｅｔレベルとの差をさらに閾値と比較する。ある実施形態において、閾値は統計学的方法によって、参照ｃ－Ｍｅｔレベルとの差が閾値に達した場合にかかる差が統計学的に有意であるとみなされるように設定し得る。有用な統計学的解析方法は、Ｌ．Ｄ．Ｆｉｓｈｅｒ ＆ Ｇ．ｖａｎＢｅｌｌｅ，Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ：Ａ Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，ＮＹ，１９９３）に記載されている。統計学的有意性は、対応のない両側ｔ検定を使用して計算し得る信頼（「ｐ」）値に基づいて決定し得る。例えば０．１、０．０５、０．０２５、または０．０１より小さいか、またはそれと等しいｐ値を通常使用して、統計学的有意性を示し得る。信頼区間およびｐ値は、当該分野で周知の方法によって決定し得る。例えば、Ｄｏｗｄｙ ａｎｄ Ｗｅａｒｄｅｎ，Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８３参照。

ｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置
別の態様において、本開示は、癌を有する対象を処置するための方法を提供する。ある実施形態において、該方法は：対象由来の癌試料における、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅またはそれらの組み合わせを検出すること、ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む。ある実施形態において、該方法は：対象由来の癌試料における活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出すること；癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅を検出すること；活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルがｃ－Ｍｅｔの参照発現レベルより高いことを決定すること；対象がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあることを決定すること；ならびに対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、クリゾチニブ、カボザンチニブ、テポチニブ、ＡＭＧ３３７ ＡＰＬ－１０１（ＰＬＢ１００１、ボジチニブ）、ＳＵ１１２７４、ＰＨＡ６６５７５２、Ｋ２５２ａ、ＰＦ－２３４１０６６、ＡＭ７、ＪＮＪ－３８８７７６０５、ＰＦ－０４２１７９０３、ＭＫ２４６１、ＧＳＫ１３６３０８９（ＸＬ８８０、フォレチニブ）、ＡＭＧ４５８、チバンチニブ（ＡＲＱ１９７）、ＩＮＣＢ２８０６０（ＩＮＣ２８０、カプマチニブ）、Ｅ７０５０、ＢＭＳ－７７７６０７、サボリチニブ（ボリチニブ）、ＨＱＰ－８３６１、メレスチニブ、ＡＲＧＸ－１１１、オナルツズマブ、リロツムマブ、エミベツズマブ、およびＸＬ１８４からなる群より選択される。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、以下の式の化合物を含む。

式中：
Ｒ^１およびＲ^２は独立して水素またはハロゲンであり；
ＸおよびＸ^１は独立して水素またはハロゲンであり；
ＡおよびＧは独立してＣＨもしくはＮであるか、またはＣＨ＝Ｇは硫黄原子を置換しており；
ＥはＮであり；
ＪはＣＨ、Ｓ、またはＮＨであり；
ＭはＮまたはＣであり；
Ａｒは、任意で、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ、ハロＣ_１－６アルキル、ハロＣ_１－６アルコキシ、Ｃ_３－７シクロアルキル、ハロゲン、シアノ、アミノ、－ＣＯＮＲ^４Ｒ^５、－ＮＨＣＯＲ^６、－ＮＨＣＯＲ^６、－ＳＯ_２ＮＲ^７Ｒ^８、Ｃ_１－６アルコキシ－、Ｃ_１－６アルキル－、アミノ－Ｃ_１－６アルキル－、ヘテロシクリルおよびヘテロシクリル－Ｃ_１－６アルキル－より独立して選択される１～３個の置換基で置換された、アリールもしくはヘテロアリールであるか、または２つの連結した置換基が、それらが結合する原子とともに、アリールもしくはヘテロアリールと融合した４～６員ラクタムを形成し；
Ｒ^３は水素、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ、ハロＣ_１－６アルキル、ハロゲン、アミノ、または－ＣＯＮＨ－Ｃ_１－６アルキル－ヘテロシクリルであり；
Ｒ^４およびＲ^５は独立して水素、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_３－７シクロアルキル、ヘテロシクリル－Ｃ_１－６アルキルであるか、またはＲ^４およびＲ^５は、それらが結合するＮとともにヘテロシクリルを形成し；
Ｒ^６はＣ_１－６アルキルまたはＣ_３－７シクロアルキルであり；かつ
Ｒ^７およびＲ^８は独立して水素またはＣ_１－６アルキルである。

いくつかの実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、以下のものからなる群より選択される。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、以下の式を有する、ＡＰＬ－１０１（以前はＣＢＴ－１０１と称された。参照により全体が本明細書に組み込まれているＵＳ２０１５０２１８１７１参照）である。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、薬学的に許容され得る担体とともに製剤化され得る。担体は、存在する場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤および担体の総体積または重量に基づいて担体の５重量％～９５重量％の量等の任意の適した量でｃ－Ｍｅｔ阻害剤と混合され得る。いくつかの実施形態において、担体の量は、５％、１０％、１２％、１５％、２０％、２５％、２８％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％または７５％のいずれかの下限、および下限より高い、２０％、２２％、２５％、２８％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、および９５％のいずれかの上限を有する範囲にあり得る。特定の実施形態における担体の量は、製剤分野の当業者に公知のように、特定の投薬形態、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の相対量、担体を含む組成物の総重量、担体の物理的および化学的性質、ならびに他の要因を考慮して決定し得る。

ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、経口消化のため、または目への局所投与のための軟膏もしくは液滴として、または腹腔内、皮下、局所、皮内、吸入、肺内、直腸内、膣内、舌下、筋肉内、静脈内、動脈内、脊髄内、もしくはリンパ内等の任意の適当な様式の非経口もしくは他の投与のための、任意の所望の、および効果的な様式で投与し得る。さらに、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、他の処置と組み合わせて投与し得る。ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、所望される場合、カプセル化してもよく、またはそうでなければ胃液もしくは他の分泌物に対して保護してもよい。

本明細書中に開示されるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与量の適した非限定的な例は、１日あたり約１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇを含む、１日あたり約１ｍｇ／ｋｇ～約１２００ｍｇ／ｋｇ、１日あたり７５ｍｇ／ｋｇ～１日あたり約３００ｍｇ／ｋｇ等の、１日あたり約１ｍｇ／ｋｇ～約２４００ｍｇ／ｋｇである。かかる薬剤の、他の代表的な投与量としては、１日あたり約１ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、２５ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、３５ｍｇ／ｋｇ、４０ｍｇ／ｋｇ、４５ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、６０ｍｇ／ｋｇ、７０ｍｇ／ｋｇ、７５ｍｇ／ｋｇ、８０ｍｇ／ｋｇ、９０ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、１２５ｍｇ／ｋｇ、１５０ｍｇ／ｋｇ、１７５ｍｇ／ｋｇ、２００ｍｇ／ｋｇ、２５０ｍｇ／ｋｇ、３００ｍｇ／ｋｇ、４００ｍｇ／ｋｇ、５００ｍｇ／ｋｇ、６００ｍｇ／ｋｇ、７００ｍｇ／ｋｇ、８００ｍｇ／ｋｇ、９００ｍｇ／ｋｇ、１０００ｍｇ／ｋｇ、１１００ｍｇ／ｋｇ、１２００ｍｇ／ｋｇ、１３００ｍｇ／ｋｇ、１４００ｍｇ／ｋｇ、１５００ｍｇ／ｋｇ、１６００ｍｇ／ｋｇ、１７００ｍｇ／ｋｇ、１８００ｍｇ／ｋｇ、１９００ｍｇ／ｋｇ、２０００ｍｇ／ｋｇ、２１００ｍｇ／ｋｇ、２２００ｍｇ／ｋｇ、および２３００ｍｇ／ｋｇが挙げられる。いくつかの実施形態において、ヒトにおけるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与量は、１２時間毎に与えられる約４００ｍｇ／日である。いくつかの実施形態において、ヒトにおけるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与量は３００～５００ｍｇ／日、１００～６００ｍｇ／日または２５～１０００ｍｇ／日の範囲である。有効量の、本明細書中に開示されるｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、１日中適当な間隔で別々投与される２、３、４、５、６回以上のサブ用量として投与し得る。

ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤
本開示の方法はまた、対象がｃ－Ｍｅｔ阻害剤に応答する見込みがなさそうであると決定した後に、対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤を投与することを伴う。これらの抗癌剤としては、限定されないが：シクロホスファミド（ＣＴＸ；例えばシトキサン（登録商標））、クロラムブシル（ＣＨＬ；例えばロイケラン（登録商標））、シスプラチン（ＣｉｓＰ；例えばプラチノール（登録商標））ブスルファン（例えばミレラン（登録商標））、メルファラン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ストレプトゾトシン、トリエチレンメラミン（ＴＥＭ）、マイトマイシンＣ等のアルキル化剤またはアルキル化作用のある薬剤；メトトレキサート（ＭＴＸ）、エトポシド（ＶＰ１６；例えばベプシド（登録商標））、６－メルカプトプリン（６ＭＰ）、６－チオグアニン〔6-thiocguanine〕（６ＴＧ）、シタラビン（Ａｒａ－Ｃ）、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、カペシタビン（例えばゼローダ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）等の代謝拮抗薬；アクチノマイシンＤ、ドキソルビシン（ＤＸＲ；例えばアドリアマイシン（登録商標））、ダウノルビシン（ダウノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン等の抗生物質；ビンクリスチン（ＶＣＲ）、ビンブラスチン等のビンカアルカロイド等のアルカロイド；ならびにパクリタキセル（例えばタキソール（登録商標））およびパクリタキセル〔pactitaxel〕誘導体等の他の抗腫瘍剤、細胞分裂阻害剤、デキサメタゾン（ＤＥＸ；例えばデカドロン（登録商標））等のグルココルチコイドならびにブレドニゾン等の副腎皮質ステロイド、ヒドロキシウレア等のヌクレオシド酵素阻害剤、アルパラギナーゼ等のアミノ酸枯渇酵素、ロイコボリン、フォリン酸、ラルチトレキセド、および他の葉酸誘導体、ならびに同様の多様な抗腫瘍剤が挙げられる。以下の薬剤もまた、さらなる薬剤として使用し得る：アミフォスチン〔arnifostine〕（例えばエチオール（登録商標））、ダクチノマイシン、メクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、ストレプトゾシン、シクロホスファミド、ロムスチン〔lornustine〕（ＣＣＮＵ）、ドキソルビシンリポ〔doxorubicin lipo〕（例えばドキシル（登録商標））、ゲムシタビン（例えばジェムザール（登録商標））、ダウノルビシンリポ〔daunorubicin lipo〕（例えばダウノキソーム（登録商標））、プロカルバジン、マイトマイシン、ドセタキセル（例えばタキソテール（登録商標））、アルデスロイキン、カルボプラチン、オキサリプラチン、クラドリビン、カンプトテシン、ＣＰＴ１１（イリノテカン）、１０－ヒドロキシ７－エチル－カンプトテシン（ＳＮ３８）、フロクスウリジン、フルダラビン、イホスファミド、イダルビシン、メスナ、インターフェロンα、インターフェロンβ、ミトキサントロン、トポテカン、リュープロリド、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、プリカマイシン、ミトタン、ペグアスパラガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、タモキシフェン、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、ウラシルマスタード、ビノレルビン、およびクロラムブシル。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤は、抗ホルモン剤である。本明細書中で使用される場合、用語「抗ホルモン剤」は、腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するよう作用する、天然または合成の有機またはペプチド化合物を含む。

抗ホルモン剤としては、例えば：ステロイド受容体アンタゴニスト、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）－イミダゾール、他のアロマターゼ阻害剤、４２－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ １１７０１８、オナプリストン、およびトレミファン（例えばフェアストン（登録商標））等の抗エストロゲン薬；フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド、およびゴセレリン等の抗アンドロゲン薬；ならびに上述のもののいずれかの薬学的に許容され得る塩、酸または誘導体；卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、および黄体形成ホルモン（ＬＨ）およびＬＨＲＨ（黄体形成ホルモン放出ホルモン）等の糖タンパク質ホルモンのアゴニストおよび／またはアンタゴニスト；ゾラデックス（登録商標）（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）として市販されているＬＨＲＨアゴニストゴセレリン酢酸塩：ＬＨＲＨアンタゴニストＤ－アラニンアミドＮ－アセチル－３－（２－ナフタレニル）－Ｄ－アラニル－４－クロロ－Ｄ－フェニルアラニル－３－（３－ピリジニル）－Ｄ－アラニル－Ｌ－セリル－Ｎ６－（３－ピリジニルカルボニル）－Ｌ－リジル－Ｎ６－（３－ピリジニルカルボニル）－Ｄ－リジル－Ｌ－ロイシル－Ｎ６－（１－メチルエチル）－Ｌ－リジル－Ｌ－プロリン（例えばアンタイド（登録商標）、Ａｒｅｓ－Ｓｅｒｏｎｏ）；ＬＨＲＨアンタゴニストガニレリクス酢酸塩；ステロイド系抗アンドロゲン薬酢酸シプロテロン（ＣＰＡ）、およびメゲース（登録商標）（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）として市販されている酢酸メゲストロール；ユーレキシン（登録商標）（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ Ｃｏｒｐ．）として市販されている非ステロイド系抗アンドロゲン薬フルタミド（２－メチル－Ｎ－［４，２０－ニトロ－３－（トリフルオロメチル）フェニルプロパンアミド）；非ステロイド系抗アンドロゲン薬ニルタミド、（５，５－ジメチル－３－［４－ニトロ－３－（トリフルオロメチル－４’－ニトロフェニル）－４，４－ジメチル－イミダゾリジン－ジオン）；ならびに、ＲＡＲ、ＲＸＲ、ＴＲ、ＶＤＲ等のアンタゴニスト等の、他の非許容受容体のアンタゴニストが挙げられる。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤は血管新生阻害剤である。抗血管新生薬としては、例えば：ＳＵ－５４１６およびＳＵ－６６６８（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．、ＵＳＡのＳｕｇｅｎ Ｉｎｃ．）等または、例えば国際出願番号ＷＯ９９／２４４４０、ＷＯ９９／６２８９０、ＷＯ９５／２１６１３、ＷＯ９９／６１４２２、ＷＯ９８／５０３５６、ＷＯ９９／１０３４９、ＷＯ９７／３２８５６、ＷＯ９７／２２５９６、ＷＯ９８／５４０９３、ＷＯ９８／０２４３８、ＷＯ９９／１６７５５、およびＷＯ９８／０２４３７、ならびに米国特許第５，８８３，１１３号、第５，８８６，０２０号、第５，７９２，７８３号、第５，８３４，５０４号および第６，２３５，７６４号に記載されているような、ＶＥＧＦＲ阻害剤；ＩＭ８６２（Ｋｉｒｋｌａｎｄ、Ｗａｓｈ．、ＵＳＡのＣｙｔｒａｎ Ｉｎｃ．）等のＶＥＧＦ阻害剤；アンギオザイム、Ｒｉｂｏｚｙｍｅ（Ｂｏｕｌｄｅｒ、Ｃｏｌｏ．）およびＣｈｉｒｏｎ（Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ、Ｃａｌｉｆ．）の合成リボザイム；ならびにベバシズマブ（例えばアバスチン（商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．）、ＶＥＧＦに対する組換えヒト化抗体等の、ＶＥＧＦに対する抗体；α_ｖβ_３、α_ｖβ_５およびα_ｖβ_６インテグリン、ならびにそれらのサブタイプに対する等の、インテグリン受容体アンタゴニストおよびインテグリンアンタゴニスト、例えばシレンジタイド（ＥＭＤ １２１９７４）、または、例えばα_ｖβ_３特異的ヒト化抗体（例えばビタキシン（登録商標））等の抗インテグリン抗体；ＩＦＮ－α（米国特許第４１５３０，９０１号、第４，５０３，０３５号、および第５，２３１，１７６号）等の因子；アンギオスタチンおよびプラスミノーゲン断片（例えばクリングル１４、クリングル５、クリングル１～３（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ，Ｍ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｃｅｌｌ ７９：３１５－３２８；Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２９４６１－２９４６７；Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：２２９２４－２２９２８）；エンドスタチン（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ，Ｍ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃｅｌｌ ８８：２７７；および国際特許公開番号ＷＯ９７／１５６６６）；トロンボスポンジン（ＴＳＰ－１；Ｆｒａｚｉｅｒ、（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．３：７９２）；血小板因子４（ＰＦ４）；プラスミノーゲン活性化因子／ウロキナーゼ阻害剤；ウロキナーゼ受容体アンタゴニスト；ヘパリナーゼ；ＴＮＰ－４７０１等のフマギリンアナログ；スラミンおよびスラミンアナログ；血管新生ステロイド；ｂＦＧＦアンタゴニスト；ｆｌｋ－１およびｆｌｔ－１アンタゴニスト；ＭＭＰ－２（マトリックスメタロプロテアーゼ２）阻害剤およびＭＭＰ－９（マトリックスメタロプロテアーゼ９）阻害剤等の抗血管新生剤が挙げられる。有用なマトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤の例は、国際特許公開番号ＷＯ９６／３３１７２、ＷＯ９６／２７５８３、ＷＯ９８／０７６９７、ＷＯ９８／０３５１６、ＷＯ９８／３４９１８、ＷＯ９８／３４９１５、ＷＯ９８／３３７６８、ＷＯ９８／３０５６６、ＷＯ９０／０５７１９、ＷＯ９９／５２９１０、ＷＯ９９／５２８８９、ＷＯ９９／２９６６７、およびＷＯ９９／０７６７５、欧州特許公開第８１８，４４２号、第７８０，３８６号、第１，００４，５７８号、第６０６，０４６号、および第９３１，７８８号；英国特許公開第９９１２９６１号、ならびに米国特許第５，８６３，９４９号および第５，８６１，５１０号に記載されている。好ましいＭＭＰ－２およびＭＭＰ－９阻害剤は、ＭＭＰ－１を阻害する活性を少ししか有さないか、全く有さないものである。より好ましいのは、他のマトリックスメタロプロテアーゼ（すなわちＭＭＰ－１、ＭＭＰ－３、ＭＭＰ－４、ＭＭＰ－５、ＭＭＰ－６、ＭＭＰ－７、ＭＭＰ－８、ＭＭＰ－１０、ＭＭＰ－１１、ＭＭＰ－１２、およびＭＭＰ－１３）と比較してＭＭＰ－２および／またはＭＭＰ－９を選択的に阻害するものである。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤は腫瘍細胞アポトーシス促進剤またはアポトーシス刺激剤である。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤はシグナル伝達阻害剤である。シグナル伝達阻害剤としては、例えば：有機分子等のｅｒｂＢ２受容体阻害剤、またはｅｒｂＢ２受容体に結合する抗体、例えばトラスツズマブ（例えばハーセプチン（登録商標））；他のタンパク質チロシンキナーゼの阻害剤、例えばイマチニブ〔imitinib〕（例えばグリベック（登録商標））；ｒａｓ阻害剤；ｒａｆ阻害剤；ＭＥＫ阻害剤；ｍＴＯＲ阻害剤；サイクリン依存性キナーゼ阻害剤；プロテインキナーゼＣ阻害剤；およびＰＤＫ－１阻害剤（かかる阻害剤の数例の説明、および癌の処置についての臨床試験におけるそれらの使用については、Ｄａｎｃｅｙ，Ｊ．ａｎｄ Ｓａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ２：９２－３１３参照）；ＧＷ－２８２９７４（Ｇｌａｘｏ Ｗｅｌｌｃｏｍｅ ｐｌｃ）；ＡＲ－２０９（Ｔｈｅ Ｗｏｏｄｌａｎｄｓ、Ｔｅｘ．、ＵＳＡのＡｒｏｎｅｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．）および２Ｂ－１（Ｃｈｉｒｏｎ）等のモノクローナル抗体；ならびに国際公開番号ＷＯ９８／０２４３４、ＷＯ９９／３５１４６、ＷＯ９９／３５１３２、ＷＯ９８／０２４３７、ＷＯ９７／１３７６０、およびＷＯ９５／１９９７０、ならびに米国特許第５，５８７，４５８号、第５，８７７，３０５号、第６，４６５，４４９号および第６，５４１，４８１号に記載されているもの等のｅｒｂＢ２阻害剤が挙げられる。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤は、免疫チェックポイント阻害剤に特異的に結合する抗体等の癌免疫療法剤である。免疫チェックポイント阻害剤としては、例えば：Ａ２ＡＲ、Ｂ７．１、Ｂ７．２、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、ＢＴＬＡ、ＣＤ４８、ＣＤ１６０、ＣＤ２４４、ＣＴＬＡ－４、ＩＣＯＳ、ＬＡＧ－３、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ４、ＯＸ４０、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－４、およびＶＩＳＴＡが挙げられる。

ある実施形態において、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤以外の抗癌剤は抗増殖剤である。抗増殖剤としては、例えば：米国特許第６，０８０，７６９号、第６，１９４，４３８号、第６，２５８，８２４号、第６，５８６，４４７号、第６，０７１，９３５号、第６，４９５，５６４号、６，１５０，３７７号、第６，５９６，７３５号および第６，４７９，５１３号、ならびに国際特許公開ＷＯ０１／４０２１７に開示および特許請求される化合物を含む、酵素ファルネシルタンパク質転移酵素の阻害剤ならびに受容体型チロシンキナーゼＰＤＧＦＲの阻害剤が挙げられる。

以下の実施例は、特許請求される発明をより良く説明するために提供され、本発明の範囲を限定すると解釈されるべきではない。下記の全ての特定の組成物、材料、および方法は、全体的または部分的に、本発明の範囲内に含まれている。これらの特定の組成物、材料、および方法は、本発明を限定するよう意図されないが、単に本発明の範囲内に含まれる特定の実施形態を説明しているに過ぎない。当業者は、創作能力を発揮することなく、かつ本発明の範囲から逸脱することなく、同等の組成物、材料、および方法を開発し得る。本明細書中に記載される手順には多くの変化を為し得るが、依然として本発明の範囲内であることが理解されよう。かかる変化が本発明の範囲内に含まれることを本発明者らは意図している。

［実施例１］
この実施例は、あるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変化をバイオマーカーとして使用して、癌がｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対して感受性があることを決定し得ることを説明する。

方法
パブリックドメインにおけるデータを使用して、ｃ－Ｍｅｔ点変異および融合を有する細胞株およびＰＤＸモデルを同定した。腫瘍細胞株におけるｃ－Ｍｅｔ融合遺伝子を確認するために、ＲＴ－ＰＣＲを使用して融合遺伝子産物（ｍＲＮＡ）を増幅し、サンガーシーケンシングのためにクローニングした。ウエスタンブロットを使用して、腫瘍細胞株におけるｃ－Ｍｅｔタンパク質およびｃ－Ｍｅｔ融合タンパク質の発現を確認した。ｑＲＴ－ＰＣＲＰＣＴを使用して、腫瘍細胞株におけるｃ－Ｍｅｔタンパク質およびｃ－Ｍｅｔ融合タンパク質をコードする転写産物のレベルを測定した。次いでｃ－Ｍｅｔ点変異および融合を有する、同定された細胞株のパネルを、ＡＰＬ１０１に対するそれらの感受性について、インビトロで試験した。ｃ－Ｍｅｔ融合および増幅を有するＰＤＸモデルをＡＰＬ－１０１で処置して、インビボでのｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する腫瘍の感受性を調査した。

結果
合計９７６の細胞株および１６１１のＰＤＸをｃ－Ｍｅｔ点変異および融合についてスクリーニングした。点変異については、反復突然変異を選択し、ＩＣ５０について試験した。表３に示されるように、点変異を有するがｃ－Ｍｅｔ増幅を有さない１８の細胞株のいずれも、ＡＰＬ－１０１に対して感受性がなかった。対照的に、細胞株ＨＳ７４６．Ｔは、エクソン１４スキッピングを引き起こす点変異を有し、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅を有するが、ＡＰＬ－１０１に対して感受性があった。ＨＳ７４６．Ｔにおけるｃ－Ｍｅｔタンパク質の発現がＹ．Ａｓａｏｋａ ｅｔ ａｌ．によって報告されている（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（２０１０）３９４：１０４２－１０４６）。

融合については、本発明者らの解析は、全ての解析した腫瘍細胞株およびｃ－Ｍｅｔ融合変異を有するモデルの平均１．１６％を示し、その７０％がキナーゼ生存〔kinase live〕融合変異（解析した全ての腫瘍細胞の０．８１％）を有した（表６参照）。本発明者らは、合計２６のｃ－Ｍｅｔ融合パートナー（表８参照）、および少数の反復パートナーを伴う多数の融合事象による３７の異なる融合事象を同定した。融合は、胆管癌、結腸直腸癌、肝癌、胃癌、肺癌等を含む癌のタイプで見つかっており、肺癌が最も多くの事象を有した（表９参照）。

ＡＰＬ－１０１処置の効能とｃ－ＭＥＴ対立遺伝子の遺伝子型および表現型との間の相関を説明するために、本発明者らは、ｃＭＥＴとの公知の融合遺伝子と関連した転写産物配列をパートナーとして同定し、７つの腫瘍細胞株で接合点を実証した。本発明者らはさらに、定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）およびウエスタンブロットをそれぞれ使用して、選択された細胞株において、ｃ－Ｍｅｔおよび誘導体の転写産物およびタンパク質の発現レベルを測定した。

本発明者らは、インビトロ感受性試験のために、反復融合を有する６つの細胞株を展開した。細胞株のうち３つ、ＭＫＮ４５、ＭＨＣＣ９７Ｈ、ＨＣＣＬＭ３は、全て融合およびｃ－Ｍｅｔ増幅／過剰発現を有し、ＡＰＬ－１０１に対して、ＩＣ５０がそれぞれ０．１８、０．２４、および０．６１ｕＭの高い感受性を示した（表１１参照）。他の３つの細胞株は、ｃ－Ｍｅｔの高い増幅を有さず、全てＡＰＬ－１０１に対して１０ｕＭより高いＩＣ５０で、応答性がなかった。結果から、ＡＰＬ－１０１感受性と、野生型ｃ－ＭＥＴ単独、または野生型ｃ－ＭＥＴとインタクトなＭＥＴ由来タンパク質キナーゼドメインをそれぞれコードする１つもしくは複数の融合遺伝子との、転写およびタンパク質レベルにおける高い発現との間の相関が実証された。

本発明者らは、インビボでＡＰＬ－１０１に対する感受性について、ｃ－Ｍｅｔの融合および増殖の両方を有する３つのＰＤＸ腫瘍および１つのＣＤＸ（細胞株由来異種移植片）腫瘍（ＭＫＮ４）を試験した。図１～４に示されるように、４つ全ての腫瘍モデルはｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対して鋭敏な感受性を示した。

結果から、ｃ－Ｍｅｔ点変異および融合単独ではｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する感受性を指示するのに十分ではないかもしれないが、点変異および融合および増幅および高レベルの発現（転写およびタンパク質レベルで）が合わされば十分かもしれないことが示された。ｃ－Ｍｅｔ発現レベルが低いほとんど全てのｃ－Ｍｅｔエクソン１４スキッピング患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤に応答しないという診療所における最近の知見に加えて、高発現のｃ－Ｍｅｔを有し、エクソン１４スキッピングを有する患者は阻害剤処置に対して感受性を示すが、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する感受性を可能にするには、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異が１つより多い連続した事象を必要とし得るという共通のテーマがｃ－Ｍｅｔに現れてきている。これは、臨床的有用性を得る機会が最も多い患者に療法を向けるように臨床研究を設計することにおいて、重要な意味を有し得る。

Claims (18)

1. ｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に対する、癌を有する対象の応答性を予測するための方法であって、
   対象由来の癌試料における活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出すること；
   癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅を検出すること；
   活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルがｃ－Ｍｅｔの参照発現レベルより高いことを決定すること；および
   対象がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあることを決定することを含む、方法。
2. 活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルがｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルである、請求項１に記載の方法。
3. 活性ｃ－Ｍｅｔが野生型ｃ－Ｍｅｔ、変異ｃ－Ｍｅｔ、ｃ－Ｍｅｔ融合またはそれらの組み合わせである、請求項１に記載の方法。
4. ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異が、Ｋ６Ｎ、Ｖ１３Ｌ、Ｇ２４Ｅ、Ｅ３４Ａ、Ｅ３４Ｋ、Ａ３４７Ｔ、Ｍ３５Ｖ、Ａ４８Ｇ、Ｈ６０Ｙ、Ｄ９４Ｙ、Ｇ１０９Ｒ、Ｓ１３５Ｎ、Ｄ１５３Ａ、Ｈ１５９Ｒ、Ｅ１６７Ｋ、Ｅ１６８Ｄ、Ｅ１６８Ｋ、Ｔ１７Ｉ、Ｐ１７３Ａ、Ｒ１９１Ｗ、Ｓ１９７Ｆ、Ｔ２００Ａ、Ａ２０４ＰｆｓＴｅｒ３、Ｆ２０６Ｓ、Ｌ２１１Ｗ、Ｇ２１２Ｖ、Ｓ２１３Ｌ、Ｔ２２２Ｍ、Ｌ２３８ＹｆｓＴｅｒ２５、Ｓ２４４Ｙ、Ｉ２５９Ｆ、Ｔ２７３Ｎ、Ｆ２８１Ｌ、Ｅ２９３Ｋ、Ｋ３０５＿Ｒ３０７ｄｅｌ、Ａ３２０Ｖ、Ｓ３２３Ｇ、Ｇ３４４Ｒ、Ｍ３６２Ｔ、Ｎ３７５Ｋ、Ｎ３７５Ｓ、Ｖ３７８Ｉ、Ｈ３９６Ｑ、Ｃ３９７Ｓ、Ｓ４０６Ｔｅｒ、Ｆ４３０Ｌ、Ｆ４４５Ｌ、Ｌ４５５Ｉ、Ｔ４５７ＨｆｓＴｅｒ２１、Ｐ４７２Ｓ、Ｅ４９３Ｋ、Ｙ５０１Ｈ、Ｌ５１５Ｍ、Ｌ５３０Ｖ、Ｖ５４６Ｍ、Ｒ５４７Ｑ、Ｓ５７２Ｎ、Ｒ５９１Ｗ、Ｋ５９５Ｔ、Ｒ６０２Ｋ、Ｌ６０４Ｉ、Ｌ６０４Ｖ、Ｔ６１８Ｍ、Ｔ６２１Ｉ、Ｍ６３０Ｔ、Ｍ６３６Ｖ、Ｉ６３８Ｌ、Ｇ６４５Ｒ、Ｔ６４６Ａ、Ｔ６５１Ｓ、Ｇ６７９Ｖ、Ｒ７３１Ｑ、Ｓ７５２Ｙ、Ｆ７５３Ｃ、Ｐ７６１Ｓ、Ｖ７６５Ｄ、Ｋ７８３Ｅ、Ｆ８０４Ｃ、Ｒ８１１Ｈ、Ｅ８１５Ｄ、Ｔ８３５ＰｆｓＴｅｒ７、Ｇ８４３Ｒ、Ｉ８５２Ｆ、Ｉ８５２Ｎ、Ｙ８５３Ｈ、Ｄ８８２Ｎ、Ｄ８８２Ｙ、Ｅ８９１Ｋ、Ｌ９０５＿Ｈ９０６ｄｅｌｉｎｓＹ、Ｈ９０６Ｙ、Ｖ９１０Ｆ、Ｑ９３１Ｒ、Ｖ９３７Ｉ、Ｖ９４１Ｌ、Ｑ９４４Ｔｅｒ、Ｌ９６７Ｆ、Ｒ９７６Ｔ、Ｌ９８２＿Ｄ１０２８ｄｅｌ、Ｒ９８８Ｃ、Ｙ９８９Ｃ、Ｙ９８９Ｔｅｒ、Ａ９９１Ｐ、Ｔ９９５Ｎ、Ｖ１００７Ｉ、Ｐ１００９Ｓ、Ｔ１０１０Ｉ、Ｍ１０１３Ｉ、Ｓ１０１５Ｔｅｒ、Ｄ１０２８Ｈ、Ｓ１０３３Ｌ、Ｒ１０４０Ｑ、Ｙ１０４４Ｃ、Ｑ１０８５Ｋ、Ｇ１１２０Ｖ、Ｇ１１３７Ａ、Ｌ１１５８Ｆ、Ｓ１１５９Ｌ、Ｒ１１６６Ｑ、Ｒ１１６６Ｔｅｒ、Ｒ１１８４Ｑ、Ｒ１１８８Ｔｅｒ、Ｄ１１９８Ｈ、Ｖ１２３８Ｉ、Ａ１２３９Ｖ、Ｄ１２４０Ｎ、Ｙ１２４８Ｈ、Ａ１２９９Ｖ、Ｌ１３３０ＹｆｓＴｅｒ４、Ｉ３１６Ｍ、Ｉ３３３Ｌ、Ａ１３５７Ｖ、Ｖ１３６８Ｄ、Ａ１３８１Ｔ、Ｌ１３８６ＶおよびＳ１４０３Ｙならびにそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸変化を有する変異ｃ－Ｍｅｔタンパク質をもたらす、請求項１に記載の方法。
5. ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合が、ＡＣＴＧ１／ＭＥＴ、ＡＮＸＡ２／ＭＥＴ、ＣＡＰＺＡ２／ＭＥＴ、ＤＮＡＬ１／ＭＥＴ、ＦＮ１／ＭＥＴ、ＧＴＦ２Ｉ／ＭＥＴ、ＫＡＮＫ１／ＭＥＴ、ＭＥＣＰ２／ＭＥＴ、ＭＥＴ／ＡＧＭＯ、ＭＥＴ／ＡＮＸＡ２、ＭＥＴ／ＣＡＰＺＡ２、ＭＥＴ／ＣＡＶ１、ＭＥＴ／ＩＧＦ２、ＭＥＴ／ＩＮＴＵ、ＭＥＴ／ＩＴＧＡ３、ＭＥＴ／ＮＥＤＤ４Ｌ、ＭＥＴ／ＰＩＥＺＯ１、ＭＥＴ／ＰＬＥＣ、ＭＥＴ／ＰＯＬＲ２Ａ、ＭＥＴ／ＳＬＣ１６Ａ３、ＭＥＴ／ＳＭＹＤ３、ＭＥＴ／ＳＴ７、ＭＥＴ／ＳＴＥＡＰ２－ＡＳ１、ＭＥＴ／ＴＥＳ、ＭＥＴ／ＴＴＣ２８－ＡＳ１、ＭＧＥＡ５／ＭＥＴ、ＰＰＭ１Ｇ／ＭＥＴ、ＲＰＳ２７Ａ／ＭＥＴ、ＳＴ７／ＭＥＴ、ＴＥＳ／ＭＥＴ、ＺＫＳＣＡＮ１／ＭＥＴおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される遺伝子融合産物をもたらす、請求項１に記載の方法。
6. 癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、肝癌、骨髄腫、前立腺癌、乳癌、結腸直腸癌、膵癌、甲状腺癌、血液癌、白血病および非ホジキンリンパ腫からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
7. 癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌または肝細胞癌である、請求項１に記載の方法。
8. 癌試料が組織または血液である、請求項１に記載の方法。
9. ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅が、次世代シーケンシングを使用して検出される、請求項１に記載の方法。
10. 活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルが増幅アッセイ、ハイブリダイゼーションアッセイ、シーケンシングアッセイ、または免疫測定法を使用して検出される、請求項１に記載の方法。
11. ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が、クリゾチニブ、カボザンチニブ、テポチニブ、ＡＭＧ３３７ ＡＰＬ－１０１（ＰＬＢ１００１、ボジチニブ）、ＳＵ１１２７４、ＰＨＡ６６５７５２、Ｋ２５２ａ、ＰＦ－２３４１０６６、ＡＭ７、ＪＮＪ－３８８７７６０５、ＰＦ－０４２１７９０３、ＭＫ２４６１、ＧＳＫ１３６３０８９（ＸＬ８８０、フォレチニブ）、ＡＭＧ４５８、チバンチニブ（ＡＲＱ１９７）、ＩＮＣＢ２８０６０（ＩＮＣ２８０、カプマチニブ）、Ｅ７０５０、ＢＭＳ－７７７６０７、サボリチニブ（ボリチニブ）、ＨＱＰ－８３６１、メレスチニブ、ＡＲＧＸ－１１１、オナルツズマブ、リロツムマブ、エミベツズマブ、およびＸＬ１８４からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
12. ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が抗ｃ－Ｍｅｔ抗体である、請求項１に記載の方法。
13. ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が、以下の式の化合物を含む、請求項１に記載の方法。
    

    

    式中：
    Ｒ^１およびＲ^２は独立して水素またはハロゲンであり；
    ＸおよびＸ^１は独立して水素またはハロゲンであり；
    ＡおよびＧは独立してＣＨもしくはＮであるか、またはＣＨ＝Ｇは硫黄原子で置換されており；
    ＥはＮであり；
    ＪはＣＨ、Ｓ、またはＮＨであり；
    ＭはＮまたはＣであり；
    Ａｒは、任意で、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ、ハロＣ_１－６アルキル、ハロＣ_１－６アルコキシ、Ｃ_３－７シクロアルキル、ハロゲン、シアノ、アミノ、－ＣＯＮＲ^４Ｒ^５、－ＮＨＣＯＲ^６、－ＳＯ_２ＮＲ^７Ｒ^８、Ｃ_１－６アルコキシ－、Ｃ_１－６アルキル－、アミノ－Ｃ_１－６アルキル－、ヘテロシクリルおよびヘテロシクリル－Ｃ_１－６アルキル－より独立して選択される１～３個の置換基で置換された、アリールもしくはヘテロアリールであるか、または２つの連結した置換基が、それらが結合する原子とともに、該アリールもしくはヘテロアリールと融合した４～６員ラクタムを形成し；
    Ｒ^３は水素、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６アルコキシ、ハロＣ_１－６アルキル、ハロゲン、アミノ、または－ＣＯＮＨ－Ｃ_１－６アルキル－ヘテロシクリルであり；
    Ｒ^４およびＲ^５は独立して水素、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_３－７シクロアルキル、ヘテロシクリル－Ｃ_１－６アルキルであるか、またはＲ^４およびＲ^５は、それらが結合するＮとともにヘテロシクリルを形成し；
    Ｒ^６はＣ_１－６アルキルまたはＣ_３－７シクロアルキルであり；かつ
    Ｒ^７およびＲ^８は独立して水素またはＣ_１－６アルキルである。
14. 癌を有する対象を処置するための方法であって、
    対象由来の癌試料における活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出すること；
    癌試料におけるｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合またはｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅を検出すること；
    活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルがｃ－Ｍｅｔの参照発現レベルより高いことを決定すること；
    対象がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での処置に応答する見込みがあることを決定すること；および
    対象にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を投与することを含む、方法。
15. 請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法における使用のためのキットであって、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅または活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出するための試薬を含む、キット。
16. 試薬が、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子のポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションし得るプライマーまたはプローブを含む、請求項１５に記載のキット。
17. プライマーまたはプローブが検出可能に標識された、請求項１６に記載のキット。
18. 請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法を行うためのキットの製造における、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子変異、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子融合、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子増幅または活性ｃ－Ｍｅｔの発現レベルを検出するための試薬の使用。

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