JP2010538968A - 宿主細胞代謝経路の調節によるウイルス感染治療 - Google Patents

宿主細胞代謝経路の調節によるウイルス感染治療 Download PDF

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Abstract

ウイルス感染に反応して発生する一定の代謝生成物の濃度および流束の変化について記載している。ウイルス伝播を制限するために、すなわち、ウイルス複製に不都合をもたらす代謝流束を回復するか、またはウイルス感染細胞（ただし、非感染細胞ではない）の「自殺行為」に結果的につながる代謝流束の混乱を促進するなどの処置の標的として、関連する代謝系路における宿主細胞の酵素が選択される。関連性のある代謝経路において任意の酵素を選択できるが、その一方これらの代謝系路における主要な管理点での中心的な酵素が、抗ウイルス剤標的の候補として望ましい。これらの酵素の阻害剤は、ウイルス感染の効果を逆転または再配向するために使用される。薬物候補を、生体外および宿主細胞、また動物モデルでのスクリーニング試験法を使用して、抗ウイルス活動について試験する。次に、動物モデルを使用して、ウイルス感染の予防および治療における化合物候補の効力を試験する。酵素阻害剤の抗ウイルス活動について例証している。
【選択図】なし

Description

本出願は、35 U.S.C. § 119 (e) に基づき、2007年6月1日出願の米国仮出願番号第60/932,769号および2008年3月3日出願の米国仮出願番号第61/033,243号に対する優先権の利益を主張し、それぞれの全文を参照により本書に組み込む。
本発明は、部分的にBeckman Foundationの後援を受けたものである。米国政府が、本発明に対する権利を持ちうる。
1. 序文
[0001]本出願は、抗ウイルス療法および抗ウイルス剤の設計に関連する。
2. 発明の背景
[0002]抗ウイルス剤設計の方法は、一般にウイルス自体を攻撃する化合物の特定に焦点が当てられてきた。そのため、最も一般的な抗ウイルス標的は、ウイルスタンパク質 - すなわち、ウイルス粒子の構造成分、ならびにウイルスの増殖に必要なウイルスのゲノム符号化された酵素であった。こうして、抗ウイルス化合物は、宿主細胞の薄膜へのウイルスの付着、および細胞への侵入、ウイルス遺伝子の複製、転写および翻訳、細胞内部のウイルス粒子の増殖、および／または細胞からの子孫ビリオンの放出に関与するウイルスタンパク質に干渉するための設計および開発がなされてきた。
[0003]それにもかかわらず、ウイルスタンパク質を標的とするアプローチには、1）ウイルス標的の数が限定的であること、2）ウイルス標的は、特定のウイルス、またさらにはウイルスの菌株に対して特異性が高い傾向にあること、および3）抗ウイルス剤に対する耐性を発達させるために遺伝子組成を急速に変化させるウイルスの能力といった幾つかの限界がある。
[0004]抗ウイルス剤開発での別のアプローチは、ウイルス感染自体と闘うのではなく、ウイルス感染と闘うための宿主の免疫系を強化する薬物を設計することである。この方法を使用して、薬物は、宿主がウイルスにより感染をより良く撃退できるように、宿主の免疫系を強化するよう設計される。
[0005]一方、細胞の標的は、伝統的には抗ウイルス療法にはあまり望ましくない候補として考えられてきた。いくつかの理由（最も顕著なものは宿主自体に対する毒性リスクが高いこと）から、比較的少数の抗ウイルス剤が宿主酵素に対して配向されてきた。宿主細胞の要因はウイルスの成長および増殖の促進において重要な役割を果たしているものの、こうした宿主因子を攻撃する方法は、依然として理解しにくいままである。
[0006]抗ウイルス剤開発の主な課題は、ウイルス感染と闘うための新しい方法を見つけることである。
3. 発明の要約
[0007]本発明は、抗ウイルス化合物、該化合物のスクリーニングの方法、該化合物を使用したウイルス感染を治療する方法、および宿主細胞の酵素に対して配向する抗ウイルス療法に関連する。
[0008]ウイルス感染過程でのウイルスの増殖には、エネルギーおよび宿主細胞の代謝ネットワークに由来する高分子の先駆物質を必要とする。ウイルスは、ウイルスのニーズを満たすために多様な経路を通して、細胞代謝活性を変化させる。代謝流束において誘発される変化は、ウイルスの生存および増殖にとって重要である可能性が高い。ところが最近になるまで、宿主代謝に対するウイルス感染の高価を評価するための適切な技術を利用することはできなかった。
[0009]本発明は、部分的に、本書で代謝流束のプロファイリングについて「速度論的フラックスプロファイリング（kinetic flux profiling）」と呼んだ統合的アプローチの出願人による開発に基づくものである。このアプローチを使用して、出願人は、ウイルス感染への反応における一定の代謝生成物の濃度および流束の変化を発見した。これらの発見をもとに、出願人は、関連する代謝経路における処置の標的としての、すなわち、ウイルス増殖を制限するために、ウイルス複製に不都合をもたらす代謝流束を回復するか、またはウイルス感染細胞（ただし、非感染細胞ではない）の死滅（例えばウイルス感染細胞の「自殺行為」）に結果的につながる代謝流束の混乱を促進する宿主細胞の酵素を選択した。関連性のある代謝経路において任意の酵素を選択できるが、その一方これらの代謝経路における主要な管理点での中心的な酵素が、抗ウイルス剤標的の候補として望ましい。これらの酵素の阻害剤は、ウイルス感染の効果を逆転または再配向するために使用される。薬物候補を、生体外および宿主細胞、また動物モデルでのスクリーニング試験法を使用して、抗ウイルス活動について試験する。次に、動物モデルを使用して、ウイルス感染の予防および治療における化合物候補の効力を試験する。
[0010]本書で説明した速度論的フラックスプロファイリングのアプローチが、エンベロープウイルスが代謝流束プロファイルを変化させ、エンベロープウイルスがそのエネルギーのニーズを達成するための宿主代謝経路の再配向の共通についてのメカニズムを使用している可能性を示唆する、予想外の発見につながった。本発明の実施例において、出願人は、その宿主細胞の感染に伴い、ヒトサイトメガロウイルス（HCMV）が、脂肪酸を生成するためのブドウ糖から脂肪酸生合成経路への流束、および／またはブドウ糖-3リン酸塩脱水素酵素によるブドウ糖からグリセロールへの流束を増やすことを示した。こうして、脂肪酸生合成経路における酵素は、主要な抗ウイルス剤標的を構成する。各種の実施態様において、ウイルスは、エンベロープのあるものでも、裸（すなわち、無エンベロープウイルス）のものでもよい。この原理の証明を実施例において実証しているが、そこではこれらの代謝経路における宿主酵素の阻害剤が、子孫ウイルスの生成を少なくとも2 log抑制することを示している。特に、エロンガーゼおよび／または関連する脂肪酸伸長酵素、脂肪酸不飽和化酵素、およびコレステロール代謝および／またはリピド関連の過程を調節する酵素も、主な抗ウイルス剤標的を構成しうる。
[0011]特定の何らかの理論に拘束されることなく、このアプローチにより特定されたこうした抗ウイルス化合物候補は、ウイルスによるそれ自身の代謝上のニーズを達成するための宿主酵素の利用を遮断することで機能でき、またそれによって少なくとも部分的に宿主細胞の正常な代謝活性が回復される。こうして、本発明は、ヒト被験者におけるウイルス感染により変化を受けた代謝流束を再配向する方法にも関連し、これはあらかじめ選択した化合物の有効量を、それを必要とするヒト被験者に投与することから構成され、ここであらかじめ選択したその化合物は、細胞の酵素の阻害剤であり、また培養したウイルス感染細胞における代謝流束を逆転または再配向する。
3.1 用語
[0012]本書で使用するとき、「メタボローム」という用語は、ある一時点で細胞内にある代謝生成物の全体集合である。
[0013]本書で使用するとき、数値とともに使用するとき「約」または「およそ」という用語は、言及した数字の1%、5%または10%以内の任意の数値を意味する。
[0014]本書で使用するとき、「化合物」という用語は、標的酵素の活性を抑制するその能力について試験の対象となっている任意の薬剤、あるいは標的酵素（本書で提供した特定の構造、または本書に参照により組み込んだ特定の構造を含む）およびその溶媒和物、水和物、プロドラッグ、立体異性体および医薬品として容認できる塩の活性を阻害するものとして識別された任意の薬剤を意味する。化合物には、ペプチド（そうしたペプチドの二量体および多量体を含む）、ポリペプチド、タンパク質（翻訳後に修飾されたタンパク質を含む）、共役体、抗体、抗体断片など（これらに限定されない）を含むタンパク質性の分子や、無機化合物や有機化合物を含む小分子や、二本鎖DNAや一本鎖DNA、または二本鎖RNAや一本鎖RNA、アンチセンスRNA、RNA干渉（RNAi）分子（例えば、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA（miRNA）、低分子ヘアピン型RNA（shRNA）など）、イントロン配列、三重螺旋核酸分子およびアプタマーなど（これらに限定されない）の核酸分子や、炭水化物、および脂質などがあるが、これらに限定されない。一実施態様において、構造(I)-(XLIV)の化合物には次がある。一実施態様において、化合物は精製される。
[0015]本書で使用するとき、化学的に合成した化合物の文脈での「精製した」という用語は、化学的に合成した際に化学前駆物質またはその他の化学物質が実質的に含まれていない化合物を意味する。特定の実施態様において、化合物にはその他の異なる化合物が60%、好ましくは65%、70%、75%、80%、85%、90%、または99%含まれていない。
[0016]「単離した」または「精製した」RNAi分子（例えば、siRNA、miRNA、shRNAなど）などの核酸配列またはヌクレオチド配列や、RNAi分子の生成のためのベクター構成物は、組み換え技術により生成した際に実質的にその他の細胞材料または培地が含まれていないものでも、化学的に合成した際に実質的に化学前駆物質が含まれていないものでもよい。一定の実施態様において、「単離した」核酸配列またはヌクレオチド配列は、異質細胞内で組み換えにより発現された核酸配列またはヌクレオチド配列である。
[0017]本書で使用するとき、「精製した」および「単離した」という用語は、天然原料（例えば、細胞）から獲得しうる化合物（ペプチドなどのタンパク質性の薬剤を含む）の文脈で使用するとき、天然原料からの、例えば、土粒子、鉱物、環境からの化学物質や、天然原料からの細胞材料（壊死組織片、細胞壁材料、膜、細胞小器官のほか、細胞内に存在する大量の核酸、炭水化物、タンパク質、脂質などであるが、これに限定されない）など、実質的に汚染物質が含まれていない化合物または薬剤を意味する。「実質的に天然材料が含まれていない」という成句は、単離した元の材料（例えば、細胞の細胞構成成分）から分離された化合物または薬剤の調製品を意味する。こうして、単離された化合物には、（乾燥重量で）約30%未満、約20%未満、約10%未満、約5%未満、約2%未満、または約1%未満の細胞材料および／または汚染物質を有する化合物または薬剤の調製品が含まれる。
[0018]より一般的に詳説した化学基の定義を下記に掲載する。本書で開示した化合物のクラスにおける一定の変数は、その他の化学基を列挙する。本書で詳説しているが具体的には定義していない化学基は、当業者である化学者に周知の通常の意味を持つ。
[0019]「C1-xアルキル」基は、1〜xの炭素原子を有する直鎖または分岐の飽和非環状炭化水素である。代表的な-(C1-8アルキル)には、-メチル、-エチル、-n-プロピル、-n-ブチル、-n-ペンチル、-n-ヘキシル、-n-ヘプチルおよび-n-オクチルが含まれ、一方で飽和分岐アルキルには、-イソプロピル、-sec-ブチル、-イソブチル、-tert-ブチル、-イソペンチル、2-メチルペンチル、3-メチルペンチル、4-メチルペンチル、2、3-ジメチルブチルおよびこれに類するものが含まれる。-(C1-xアルキル)基は、置換されたものでも、置換されていないものでもよい。
[0020]「ハロゲン」および「ハロ」という用語は、フッ素、塩素、臭素およびヨウ素を意味する。
[0021]「アリール」基は、単環（例えば、フェニル）または複数の縮合環（例えば、ナフチルまたはアントリル）を有する6〜14個の炭素原子の不飽和の芳香族炭素環式基である。特定のアリールには、フェニル、ビフェニル、ナフチルおよびこれに類するものが含まれる。アリール基は、置換されたものでも、置換されていないものでもよい。
[0022]「ヘテロアリール」基は、複素環式芳香族環系内に環原子として1〜4個のヘテロ原子を有するアリール環系であり、ここで残りの原子は炭素原子である。適切なヘテロ原子には、酸素、硫黄および窒素が含まれる。一定の実施態様において、複素環系は単環式または二環式である。非限定的な例には、以下から選択した芳香族基が含まれる。
Figure 2010538968
[0023]ここで、QはCH2、CH=CH、O、SまたはNHである。さらに、ヘテロアリール基の代表的な実施態様には、限定されないものの、ベンゾフラニル、ベンゾチエニル、インドリル、ベンゾピラゾリル、クマリニル、フラニル、イソチアゾリル、イミダゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、チオフェニル、ピリミジニル、イソキノリニル、キノリニル、ピリジニル、ピロリル、ピラゾリル、1H-インドリル、1H-インダゾリル、ベンゾ[d]チアゾリルおよびピラジニルが含まれる。ヘテロアリールは、任意の環原子で（すなわち、ヘテロアリール環のどの炭素原子またはヘテロ原子でも）結合しうる。ヘテロアリール基は、置換されたものでも、置換されていないものでもよい。一実施態様において、ヘテロアリール基は、C3-10ヘテロアリールである。
[0024]「シクロアルキル」基は、飽和または不飽和の非芳香族炭素環式の環である。代表的なシクロアルキル基には、限定されないものの、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンタジエニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、1,3-シクロヘキサジエニル、1,4-シクロヘキサジエニル、シクロヘプチル、1,3-シクロヘプタジエニル、1,3,5-シクロヘプタトリエニル、シクロオクチル、およびシクロオクタジエニルが含まれる。シクロアルキル基は、置換されたものでも、置換されていないものでもよい。一実施態様において、シクロアルキル基は、C3-8シクロアルキル基である。
[0025]「ヘテロシクロアルキル」基は、環炭素原子のうち1〜4個が、O、SおよびNから構成される群からのヘテロ原子で独立的に置換される非芳香族シクロアルキルである。ヘテロシクロアルキル基の代表的な例には、限定されないものの、モルホリニル、ピロリル、ピロリジニル、チエニル、フラニル、チアゾリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、ピペリジニル、イソチアゾリル、イソオキサゾリル、(1,4)-ジオキサン、(1,3)-ジオキソラン、4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾリルおよびテトラゾリルが含まれる。ヘテロシクロアルキルは、任意の環原子で（すなわち、ヘテロアリール環のどの炭素原子またはヘテロ原子でも）結合しうる。ヘテロシクロアルキル基は、置換されたものでも、置換されていないものでもよい。一実施態様において、ヘテロシクロアルキルは、3〜7員環のヘテロシクロアルキルである。
[0026]一実施態様において、本書で記述した基が「置換された」というとき、それらは任意の適切な（単数もしくは複数の）置換基で置換されうる。置換基の実例には、本書で開示した模範的な化合物および実施態様にあるもののほか、ハロゲン（クロロ、ヨード、ブロモ、またはフルオロ）、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、ヒドロキシル、C1-6アルコキシル、アミノ、ニトロ、チオール、チオエテル、イミン、シアノ、アミド、ホスホナト、ホスフィン、カルボキシル、チオカルボニル、スルホニル、スルホンアミド、ケトン、アルデヒド、エステル、酸素（＝O）、ハロアルキル（例えば、トリフルオロメチル）、炭素環式シクロアルキル（単環式あるいは融合または非融合の多環式でもよい）は、（例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、またはシクロヘキシル）、またはヘテロシクロアルキル（単環式あるいは融合または非融合の多環式でもよい）は、（例えば、ピロリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、モルホリニル、またはチアゾール）、炭素環式あるいは複素環式、単環式、または融合または非融合の多環式のアリール（例えば、フェニル、ナフチル、ピロリル、インドリル、フラニル、チオフェニル、イミダゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ピラゾリル、ピリジニル、キノリニル、イソキノリニル、アクリジニル、ピラジニル、ピリダジニル、ピリミジニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチオフェニル、またはベンゾフラニル）、アミノ（一級、二級、または三級）、o-低級アルキル、o-アリール、アリール、アリール-低級アルキル、CO2CH3、CONH2、OCH2CONH2、NH2、SO2NH2、OCHF2、CF3、OCF3が含まれる。
[0027]本書で使用するとき、「医薬品として容認できる塩」という用語は、無機の酸や塩基および有機の酸や塩基を含めた医薬品として容認できる非中毒性の酸または塩基から調製した塩を意味する。化合物の適切な医薬品として容認できる塩基付加塩には、限定されないものの、アルミニウム、カルシウム、リチウム、マグネシウム、カリウム、ナトリウムおよび亜鉛から作られる金属塩、またはリジン、N,N’-ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン（N-メチルグルカミン）およびプロカインで作られる有機塩が含まれる。適切な無毒性の酸には、限定されないものの、酢酸、アルギン酸、アントラニル酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、ショウノウスルホン酸、クエン酸、エタンスルホン酸、ギ酸、フマル酸、フロ酸、ガラクツロン酸、グルコン酸、グルクロン酸、グルタミン酸、グリコール酸、臭化水素酸、塩酸、イセチオン酸、乳酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、粘液酸、硝酸、パモ酸、パントテン酸、フェニル酢酸、リン酸、プロピオン酸、サリチル酸、ステアリン酸、コハク酸、スルファニル酸、硫酸、酒石酸、およびp-トルエンスルホン酸などの無機酸および有機酸が含まれる。特定の無毒性の酸には、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、およびメタンスルホン酸が含まれる。よって、特定の塩の例には、塩酸塩およびメシラート塩が含まれる。それ以外は、当該技術では周知であり、例えば『Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th eds., Mack Publishing、Easton PA (1990)』または『Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 19th eds., Mack Publishing、Easton PA (1995)』を参照のこと。
[0028]本書で使用するとき、また別途表記しない限り、「水和物」という用語は、さらに非共有の分子間力により結合された化学量論的または不定比性な量の水が含まれる化合物、またはその塩を意味する。
[0029]本書で使用するとき、また別途表記しない限り、「溶媒和」という用語は、さらに非共有の分子間力により結合された化学量論的または不定比性な量の水が含まれる化合物、またはその塩を意味する。
[0030]本書で使用するとき、また別途表記しない限り、「プロドラッグ」という用語は、生物学的条件（生体外または生体内）下で加水分解、酸化、またはその他の方法で反応して化合物を供給する化合物誘導体を意味する。プロドラッグの例には、限定されないものの、生物加水分解性アミド、生物加水分解性エステル、生物加水分解性カルバミン酸、生物加水分解性炭酸塩、生物加水分解性ウレイド、および生物加水分解性リン酸塩類似体などの生物学的に加水分解可能な部分が含まれる化合物の誘導体および代謝生成物が含まれる。一定の実施態様において、カルボキシル官能基のある化合物のプロドラッグは、カルボン酸の低級アルキルエステルである。カルボン酸エステルは、分子上に存在する任意のカルボン酸部分をエステル化することで都合よく形成しうる。プロドラッグは、一般的には、『Burger’s Medicinal Chemistry and Drug Discovery 6th ed. (Donald J. Abraham ed., 2001, Wiley)』および『Design and Application of Prodrugs (H. Bundgaard ed., 1985, Harwood Academic Publishers Gmfh)』で説明されている方法など、周知の方法を使用して調製できる。
[0031]本書で使用するとき、また別途表記しない限り、「立体異性体」または「立体化学的に純粋な」という用語は、有機分子または無機分子の文脈において、その化合物の他の立体異性体が実質的に含まれない、化合物の1つの立体異性体を意味する。例えば、1つの不斉中心を有する立体化学的に純粋な化合物には、化合物の反対のエナンチオマーは実質的に含まれない。2つの不斉中心を有する立体化学的に純粋な化合物には、化合物の他のジアステレオマーは実質的に含まれない。典型的な立体化学的に純粋な化合物は、重量で約80%を超える化合物の立体異性体と、かつ重量で約20%未満の化合物の他の立体異性体、重量で約90%を超える化合物の立体異性体と、重量で約10%未満の化合物の他の立体異性体、重量で約95%を超える化合物の立体異性体と、重量で約5%未満の化合物の他の立体異性体、または重量で約97%を超える化合物の立体異性体と、重量で約3%未満の化合物の他の立体異性体で構成される。化合物は不斉中心を持つことができ、またラセミ化合物、個別のエナンチオマーまたはジアステレオマー、およびその混合物として存在しうる。こうしたすべての異性体の型は、その混合物を含めて、本書で開示した実施態様の範囲内に含まれる。
[0032]さまざまな化合物には、1つ以上の不斉中心が含まれ、およびエナンチオマーのラセミ混合物、ジアステレオマーの混合物または鏡像異性的または光学的に純粋な化合物として存在しうる。こうした化合物の立体化学的に純粋な型の使用、ならびにこれらの型の混合物の使用は、本書で開示した実施態様に含まれる。例えば、特定の化合物の等しいまたは等しくない量のエナンチオマーから構成される混合物は、本書で開示された方法および組成（物）で使用しうる。これらの異性体は、非対称的に合成されているものでも、またはキラルなカラムまたはキラルな分離剤などの標準的な技術を用いて分離されているものでもよい。例えば、『Jacques, J., et al., Enantiomers, Racemates and Resolutions (Wiley-Interscience, New York, 1981)』、『Wilen, S. H., et al., Tetrahedron 33:2725 (1977)』、『Eliel, E. L., Stereochemistry of Carbon Compounds (McGraw-Hill, NY, 1962)』および『Wilen, S. H., Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions p. 268 (E.L. Eliel, Ed., Univ. of Notre Dame Press, Notre Dame, IN, 1972)』を参照のこと。
[0033]有機分子および無機分子という文脈において、化合物には、E異性体およびZ異性体、またはその混合物、およびシス異性体およびトランス異性体またはその混合物も含まれることに注意すべきである。一定の実施態様において、化合物はE異性体またはZ異性体のいずれかとして単離されている。その他の実施態様において、化合物はE異性体およびZ異性体の混合物である。
[0034]本書で使用するとき、「有効量」という用語は、被験者への治療の管理という文脈で、（i）ウイルス感染またはそれに関連した症状の重症度を低減または回復する、（ii）ウイルス感染またはそれに関連した症状の持続時間を短縮する、（iii）ウイルス感染またはそれに関連した症状の進行を阻止する、（IV）ウイルス感染またはそれに関連した症状を回帰させる、（v）ウイルス感染またはそれに関連した症状の進展または発症を阻止する、（vi）ウイルス感染またはそれに関連した症状の再発を阻止する、（vii）1つの細胞から別の細胞、または1つの組織から別の組織へのウイルスの蔓延を低減または阻止する、（ix）1人の被験者から別の被験者へのウイルスの蔓延を阻止または低減する、（x）ウイルス感染に関連した（伴う）器官の不全を低減する、（xi）被験者の入院を減少させる、（xii）入院期間を短縮する、（xiii）ウイルス感染した被験者の生存率を増加させる、（xiv）ウイルス感染を除去する、および／または（xv）別の治療の予防効果または療法効果を高めるか改善する、のうち1つ、2つ、3つ、4つ、またはそれ以上の効果を達成するのに十分な治療の量を意味する。
[0035]本書で使用するとき、「有効量」という用語は、細胞培養に関連した生成物で使用する化合物という文脈で、細胞培養におけるウイルス価を減少させるか、または細胞培養におけるウイルスの複製を阻止するために十分な化合物の量を意味する。
[0036]本書で使用するとき、「組み合わせで」という用語は、被験者への2つ以上の治療の投与という文脈で、2つ以上の治療（例えば、2つ以上の予防薬および／または治療薬）の使用を意味する。「組み合わせで」という用語の使用は、ウイルス感染のある被験者に治療薬が投与される順序を制限しない。第一の治療薬（例えば、第一の予防薬または治療薬）は、ウイルス感染のある被験者への第二の治療薬の投与の前（例えば、5分、15分、30分、45分、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、8週間、または12週間前）、同時、または後（例えば、5分、15分、30分、45分、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、8週間、または12週間後）に投与できる。
[0037]本書で使用するとき、「感染」という用語は、細胞または被験者内の、ウイルスによる侵入、その増殖および／またはその存在を意味する。一実施態様において、感染とは、「活性の」感染、すなわち、ウイルスが細胞または被験者内で複製する感染である。こうした感染は、他の細胞、組織、および／または器官への、ウイルスによって当初感染された細胞、組織、および／または器官からのウイルスの蔓延により特徴づけられる。潜在性の感染、すなわち、ウイルスが複製しない感染であることもある。一実施態様において、感染は、細胞または被験者内のウイルスの存在、またはウイルスによる細胞または被験者への侵入の結果生じる病理学的状態を意味する。
[0038]本書で使用するとき、「ライブラリ」という用語は、複数の化合物を意味する。ライブラリは、コンビナトリアルライブラリとすることができ、例えば、コンビナトリアル化学技術を使用して合成された化合物のコレクション、または低分子量（1000ダルトン未満）の独特な化学物質のコレクションでありえる。
[0039]本書で使用するとき、「管理する」、「管理している」、および「管理」という用語は、被験者への治療薬の投与という文脈で、ウイルス感染の治癒には結果的には至らないが、被験者が治療から得る有益な効果を意味する。一定の実施態様において、被験者は、ウイルス感染の進行または悪化を阻止するように病気を「管理」するために1つ以上の治療薬の投与を受ける。
[0040]本書で使用するとき、「感染多重度（multiplicity of infection）」または「MOI」という語句は、感染細胞当たりの平均ウイルス数である。MOIは、追加されたウイルスの数（追加されたml数×PFU）を追加された細胞の数（追加されたml数×細胞/ml）で割ったものとして決定される。
[0041]本書で使用するとき、「ヒト早産児」という用語は、在胎期間37週間未満で産まれたヒト乳児を意味する。
[0042]本書で使用するとき、「ヒト乳児」という用語は、新生児から1歳のヒトを意味する。
[0043]本書で使用するとき、「ヒト小児」という用語は、1歳から18歳のヒトを意味する。
[0044]本書で使用するとき、「ヒト小児」という用語は18歳以上のヒトを意味する。
[0045]本書で使用するとき、「高齢者」という用語は、65歳以上のヒトを意味する。
[0046]本書で使用するとき、ウイルス感染を阻止するための被験者への治療の投与という文脈での「阻止」（およびその活用形）という用語は、治療薬または治療薬の組み合わせの投与により結果的に生じる（i）ウイルス感染および／またはそれに関連する症状の進展または発症の阻害、および（ii）ウイルス感染および／またはそれに関連する症状の再発の阻害のうち1つ以上の効果を意味する。
[0047]本書で使用するとき、「予防薬」（単数形および複数形）という用語は、ウイルス感染またはそれに関連した症状の予防に使用しうる任意の薬剤を意味する。好ましくは、予防薬は、ウイルス感染またはそれに関連した症状の発症、進展、進行および／または重症度を阻止または妨害するために有用であることが知られているか、またはそのために現時点で使用されている薬剤である。
[0048]本書で使用するとき、「予防的に効果的な量」という用語は、被験者におけるウイルス感染またはその症状を阻止するために十分な治療薬（例えば、予防薬）の量を意味する。
[0049]本書で使用するとき、「小分子」という用語、および類似した用語には、限定されないものの、ペプチド、ペプチド模倣体、アミノ酸、アミノ酸類似体、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド類似体、ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、1モル当たり約10,000グラム未満の分子量を持つその他の有機化合物および無機化合物（すなわち、ヘテロオーガニックおよび有機金属の化合物を含む）、1モル当たり約5,000グラム未満の分子量を持つ有機化合物または無機化合物、1モル当たり約1,000グラム未満の分子量を持つ有機化合物または無機化合物、1モル当たり約500グラム未満の分子量を持つ有機化合物または無機化合物、1モル当たり約100グラム未満の分子量を持つ有機化合物または無機化合物、およびそうした化合物の塩、エステル、およびその他の医薬品として容認できる形態が含まれる。そうした化合物の塩、エステル、およびその他の医薬品として容認できる形態も含まれる。
[0050]本書で使用するとき、「被験者」または「患者」という用語は、置き換えて使用される。本書で使用するとき、「被験者」（単数形および複数形）という用語は、動物（例えば、鳥、爬虫類、および哺乳類）を意味し、好ましくは非霊長類（例えば、ラクダ、ロバ、シマウマ、雌ウシ、ブタ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ラット、およびマウス）および霊長類（例えば、サル、チンパンジー、およびヒト）を含めた哺乳動物であり、最も好ましくはヒトである。
[0051]本書で使用するとき、「治療」（単数形および複数形）という用語は、ウイルス感染またはそれに関連した症状の予防、治療、管理、または改善に使用しうる任意の手順、方法、組成物、製剤、および／または薬剤を意味しうる。一定の実施態様において、「治療」（単数形および複数形）という用語は、生物療法、支持療法、および／またはウイルス感染またはそれに関連した症状の治療、管理、予防、または改善に有用な当業者に周知のその他の治療を意味する。
[0052]本書で使用するとき、「相乗的な」という用語は、治療の効果という文脈において、任意の2つ以上の単独治療の相加効果よりも効果的な治療の組み合わせを意味する。特定の実施態様において、治療の組み合わせの相乗的な効果により、ウイルス感染のある被験者への、1つ以上の治療の低い投与量での使用、および／または前記治療の低い頻度での投与ができるようになる。一定の実施態様において、治療（例えば、予防薬または治療薬）の低い投与量の利用、および／または前記治療の低い頻度での投与の能力により、ウイルス感染の予防または治療において、前記治療の効力を低減することなく、被験者への前記治療の投与に関連した毒性が低減される。一部の実施態様において、相乗効果によって、ウイルス感染の予防、管理および／または治療において、結果的に治療（例えば、予防薬または治療薬）の効力が改善される。一部の実施態様において、治療（例えば、予防薬または治療薬）の組み合わせの相乗効果により、任意の単独の治療の使用に関連した有害なまたは望ましくない副作用が回避または低減される。
[0053]本書で使用するとき、「治療的に有効な量」という用語は、ウイルス感染を治療および／または管理するために十分な治療薬の量を意味する。本書で使用するとき、「治療薬」（単数形および複数形）という用語は、ウイルス感染またはそれに関連した症状の予防、治療および／または管理に使用しうる任意の薬剤を意味する。好ましくは、治療薬は、ウイルス感染またはそれに関連した症状の予防、治療および／または管理に有用であることが知られているか、またはそのために現時点で使用されている薬剤である。
[0054]本書で使用するとき、「治療」（およびその活用形）という用語は、ウイルス感染を治療するために被験者に治療薬を投与するという文脈において、治療薬の投与または治療薬の組み合わせにより結果的に生じる（i）ウイルス感染および／またはそれに関連する症状の重症度の低減または改善、（ii）ウイルス感染および／またはそれに関連する症状の持続時間の短縮、（iii）ウイルス感染および／またはそれに関連する症状の回復、（iv）ウイルス価の低減、（v）ウイルス感染に関連した器官不全の低減、（vi）被験者の入院の低減、（vii）入院期間の短縮、（viii）被験者の生存率の増加、（ix）ウイルス感染の除去、（x）ウイルス感染および／またはそれに関連する症状の進行の阻止、（xi）細胞、組織または被験者から別の細胞、組織または被験者へのウイルス蔓延の予防、および／または（xii）別の治療の療法効果の増強または改善、といったの効果の1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたはそれ以上を意味する。
4. 図の説明
ウイルス分類の系統図。 CMV感染は、脂肪酸生合成への解糖流出を配向する。 CMV感染により、14C-ブドウ糖から脂質の新規合成が誘発される。 C75によりHSVウイルス複製が抑制される。 C75により、HCMVウイルス複製が抑制される。 エトモキシルにより、HCMVウイルス複製が抑制される。 CMV感染により、解糖および関連する化合物の代謝流束が配向される。 CMV感染は、ヌクレオチド三リン酸塩およびそれらの前駆物質PRPPの代謝流束を配向する。 CMV感染により、TCAサイクル化合物の代謝流束：グルタミン標識化が配向される。 CMV感染は、TCAサイクル化合物の代謝流束。グルタミン標識化を配向する。 CMV感染細胞における中心的炭素代謝の流れの図式。 細胞のウイルス感染に対する反応の統合的なメタボローム解析およびフラクソーム解析。 HCMV複製の阻害におけるC75およびTOFAの用量反応。 HCMV複製の阻害におけるTOFAの用量反応。 HCMVおよびインフルエンザAウイルスの複製に対するC75およびTOFAの効果。 中枢代謝およびその生合成との関係のネットワーク図。 HCMV感染の線維芽細胞のメタボロームに対するTOFAの効果。 抗HCMV活性を持つ二重ACC1/ACC2阻害剤。 抗HCMV活性を持つ選択的ACC2阻害剤。 ACC阻害剤の抗ウイルス効果。 高分解能質量分析法を使用した、ウイルス感染により上方制御された代謝経路の特定。 3-メチルアデニンは、HCMVのウイルス複製を抑制する。
[0055]図1は、ウイルスの種およびその構造特性の分類を示す。図1は、『Flint et al., Principles of Virology: Molecular Biology, Pathogenesis and Control of Animal Virus. 2nd edition, ASM Press, 2003』からの図を修正したものである。それに対する化合物の抗ウイルス活動について評価できるウイルスの部分集合を示す。
[0056]図2Aは、速度論的フラックスプロファイリング（KFP）実験の結果を要約したものであるが、ここで、CMV感染細胞での代謝生成物の標識化パターンが、非標識から均一に13C-ブドウ糖に変換された後で観察された。急速に完全に標識化されることが分かった化合物はネズミ色で、部分的に標識化されたものはネズミ色／薄い灰色の混合で、また標識化されていないものは、薄い灰色のみで示す。アセチル補酵素A（AcCoA）の標識化は、アセチル部分に限定され、またクエン酸塩の標識化は、AcCoAから直接の2つのC-原子に限定されたものであった。観察された標識化パターンと一致した経路は実線で示し、ビルビン酸塩から脂肪酸生合成につながる。破線は、その活性が、観察されたものとは結果的に実質的に異なる標識化パターンとなるため、大部分が不活性に見える主要な代謝経路を示す。図2Bは、図2Aを生成するために使用した模範的な動態学的データを示す。クエン酸塩とリンゴ酸塩の標識化の動態学の比較により、トリカルボン酸（TCA）サイクル（これは、リンゴ酸塩がクエン酸塩と類似した動態学で標識化され、最終的により高い完全性で標識化されたクエン酸塩の生成につながることになる）を駆動するために、リピド生合成（これはリンゴ酸塩標識化にはつながらない）のためのクエン酸塩の使用を、クエン酸塩の使用と区別する際の中心的情報が提供される。例2を参照。
[0057]図3は、例4を参照。
[0058]図4は、C75により、初代線維芽細胞MRC-5細胞の感染後に、HSVの複製が効果的に阻害されることを示す。C75により、HSVウイルス複製が、2 log以上低減される。例8を参照。
[0059]図5は、C75により、初代線維芽細胞MRC-5細胞の感染の後、HCMVの複製が効果的に阻害されることを示す。C75により、HCMVウイルス複製が、3 log以上低減される。例8を参照。
[0060]図6は、エトモキシルにより、初代線維芽細胞の感染の後、HCMVの複製が効果的に阻害されることを示す。エトモキシルにより、HCMVウイルス複製が、1 log以上低減される。例8を参照。
[0061]図7Aおよび7Bは、それぞれモック感染およびCMV感染のヒト線維芽細胞における解糖および関連する化合物の標識化動態学を示す。例9、セクション6.9.1を参照。
[0062]図8は、モック感染（ラベル「2」）およびCMV感染のヒト線維芽細胞（ラベル「1」）におけるヌクレオチド三リン酸塩およびそれらの前駆物質PRPPの標識化動態学を示す。例9、セクション6.9.2を参照。
[0063]図9Aおよび9Bは、TCAサイクル化合物の標識化動態学およびこれらの化合物の断片的標識化をそれぞれ示す。例9、セクション6.9.3を参照。
[0064]図10Aおよび10Bは、TCAサイクル化合物の標識化動態学およびこれらの化合物の断片的標識化をそれぞれ示す。例9、セクション6.9.4を参照。
[0065]図11は、ウイルス性感染細胞における中心的な炭素代謝の流れの図式を示す。ブドウ糖およびブドウ糖から形成された代謝生成物は斜線部分で表現し、またグルタミンおよびグルタミンから形成された代謝生成物は、非斜線部分で表現している。例9、セクション6.9.5を参照。
[0066]図12は、セクション6にさらに詳細に説明する細胞のウイルス感染に対する反応の、統合的なメタボローム解析およびフラクソーム解析の概要を提供する。
[0067]図13は、10 μg/mLのC75およびTOFAのどちらも、HCMVに感染した初代線維芽細胞におけるウイルス複製をおよそ1 log減少させるために適切なことを示す。エラーバーは、重複した測定の標準偏差を示す。例11を参照。
[0068]図14は、20 μg/mLのTOFAにより、HCMVに感染した初代線維芽細胞におけるウイルス複製がおよそ2 log減少したことを示す。エラーバーは、重複した測定の標準偏差を示す。例12を参照。
[0069]図15Aは、10 μg/mLのC75およびTOFAのどちらも、感染性HCMVウイルス粒子のウイルス製造（PFU/ml）を、感染後96時間にそれぞれ100倍以上および1000倍以上減少させたことを示す（高い感染多重度（MOI）= 3.0）。図15Bは、10 μg/mLのC75およびTOFAにより、感染性インフルエンザAウイルス粒子のウイルス複製において、感染後24時間にそれぞれ10倍および1000倍減少したことを示す（MOI = 0.1）。例13を参照。
[0070]図16は、中枢代謝およびその生合成との関係のネットワーク図を示すが、この図表は、例14に説明する常微分方程式（ODE）モデルの組立の基礎として使用されたものである。
[0071]図17は、モック感染をした線維芽細胞（灰色のバー）、HCMV感染の線維芽細胞（縞模様のバー）、およびTOFAを含む媒体内で培養したHCMV感染の線維芽細胞（黒一色のバー）における、マロニル-CoA、NADP+、NADPH、およびクエン酸塩の倍数の変化（偽に対する）を示す。ウイルス誘発によるマロニル-CoAの増加および細胞のNADPHの欠乏（NADP+の増加）が、TOFAにより遮断されている。例22を参照。
[0072]図18は、二重ACC1/ACC2阻害剤化合物の構造、そのそれぞれの生体外およびげっ歯類でのIC50値、およびウイルス複製の阻害における各化合物の抗HCMV効果を示す。例23を参照。
[0073]図19は、選択的ACC2阻害剤化合物の構造、そのそれぞれのACC2およびACC1の阻害についての生体外でのIC50値、およびウイルス複製の阻害における各化合物の抗HCMV効果を示す。例23を参照。
[0074]図20は、指示されたACC阻害剤化合物のウイルス収率（pfu/ml）に対する効果をプロットした棒グラフを示す。棒グラフは、表13に提示された生データに対応する。例23を参照。
[0075]図21は、モック感染またはHCMVに感染した細胞からの抽出物を、液体クロマトグラフィー高分解能質量分析法を用いて、Orbitrap装置でフルスキャンモードにより分析した実験からのデータを示す。グラフは、モック感染またはHCMVに感染した細胞からの抽出物の、信号強度を時間に対してプロットしたものである。この実験では、N-アセチル-アスパラギン酸塩（NAA）が、HCMV-感染細胞内でその生成が増加する代謝生成物として識別された。例24を参照。
[0076]図22は、相対的なHCMV感染単位数を感染後の日数（dpi）に対してプロットしたグラフを示す。グラフは、3-メチルアデニン（クラスIII PI（3）キナーゼの阻害剤）が抗ウイルス活性を持つことを示す。例25を参照。
5. 詳細な説明
[0077]ウイルス複製には、宿主細胞の代謝ネットワークに由来するエネルギーおよび高分子の先駆物質を必要とする。代謝流束のプロファイリングをするための統合的なアプローチを使用して、発明者は、ウイルス感染に応答した一定の代謝生成物の濃度や流束の変化を発見した。これらの発見をもとに、さまざまな代謝経路における一定の酵素、特に主要な「スイッチ」としての役割を果たすものを、処置用に、すなわち、ウイルス複製を不利にし、かつ正常な代謝流束プロファイルを回復して、それによって抗ウイルス療法のための標的としての役目を果たすための標的として選択した。代謝経路の最初のステップに関与する酵素は、好ましい酵素標的である。さらに、代謝経路における「不可逆的」反応または確定的ステップ（committed steps）を触媒する酵素を、抗ウイルス療法のための酵素標的として、有利に使用することができる。
[0078]例えば、解糖の脂肪酸生合成への流出を方向付けるウイルス感染は、脂肪酸合成の遮断により治療できる。脂肪酸生合成に関与する任意の酵素は標的として使用できるが、ブドウ糖を脂肪酸に変換するための確定的ステップに関与する酵素が好ましく、例えば、これらには、限定されないものの、アセチルCoAカルボキシラーゼ（ACC）、その上流調節因子AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）、またはATPクエン酸リアーゼが含まれる。
[0079]エロンガーゼおよび／または脂肪酸伸長に関連する酵素、脂肪酸不飽和化酵素（これには、限定されないものの、ステアロイル-CoAデサチュラーゼ（SCD）、δ-6-デサチュラーゼ、δ-5-デサチュラーゼが含まれる）、およびコレステロール代謝および／またはリピド関連のプロセスを調節する酵素も、主要な抗ウイルス剤標的を構成しうる。
[0080]別の例として、ウイルス感染により、アンモニア取り込みの配向をする窒素の流束が変化することもある。この代謝経路の酵素標的は、限定されないものの、グルタミン酸脱水素酵素およびグルタミナーゼを含めて、ウイルス性の感染細胞における窒素の流れを再配向するために使用することもできる。
[0081]下記のサブセクションでは、本発明の標的酵素、そうした標的酵素を抑制し、それ故に抗ウイルス化合物として使用しうる化合物、新しい抗ウイルス化合物の特定および特徴づけのためのスクリーニング試験法、ならびにウイルス感染を治療および阻止するための抗ウイルス治療薬としてそれらを使用する方法についてより詳しく説明する。
5.1 宿主細胞標的酵素
[0082]代謝生成物の濃度および／または流束がウイルス感染に応答して変調する細胞代謝経路の任意の酵素が、抗ウイルス治療のための標的として意図される。特定の実施態様において、脂肪酸生合成および代謝に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。ウイルスにより宿主代謝流束が調節され、またそれにより宿主細胞の正常なエネルギーの流れ（例えば、ブドウ糖からリピドへの）が干渉されるという発見に基づき、こうした経路に関与する宿主酵素は、抗ウイルス剤標的として特定されてきた。抗ウイルス治療の標的であるこうした酵素の非限定的な例を、表1に提示する。
[0083]観察されたアセチル-CoAフラックス（特に細胞質型アセチル-CoAによる流束）の増加および関連する新規の脂肪酸生合成の増加が、ウイルス、特にエンベロープウイルスのための多数の機能の役目を果たす。例えば、新規の脂肪酸合成により、リン脂質の合成のための先駆物質が供給されるが、リン脂質は、数ある機能の中でも、ウイルスのエンベロープの生成に寄与する。重要なことに、エンベロープの化学組成および物理的性質（例えば、リン脂質脂肪アシル鎖の長さおよび／または不飽和化、および関連するエンベロープの流動性）の管理を含めた目的で、新しく合成された脂肪酸およびリン脂質がウイルスによって必要となることもある。あらかじめ存在する細胞のリン脂質は、ウイルスの成長および複製を支援するための絶対量、化学組成、または物理的性質において不適切なことがある。
[0084]そうであるため、リン脂質生合成の任意の手順の阻害剤は、抗ウイルス薬としうる。これには、初期的な脂肪酸生合成を、ウイルスのリン脂質の合成に適切な脂肪性アシル-CoA化合物の合成に関連付けるステップが含まれる。これらのステップには、限定されないものの、脂肪酸伸長および不飽和化が含まれる。脂肪酸伸長は、脂肪酸シンターゼ（FAS）の末端生成物である、パルミトイル-CoA（C16-脂肪酸）を獲得し、追加的な2個の炭素単位（例えば、C18以上の長さの脂肪酸を形成するため）によりそれをさらに伸張させる。関与する酵素は、エロンガーゼである。C18以上の長さの脂肪酸の生成は、ウイルスのエンベロープ化学組成および物理的性質の管理のため、ならびにその他のウイルスの機能のために必要であるため、エロンガーゼの阻害剤は、ウイルスの成長および／または複製の阻害剤としての役目を果たしうる。こうして、新規の脂肪酸生合成酵素（例えば、アセチル-CoAカルボキシラーゼおよび脂肪酸シンターゼ）の阻害によるウイルス感染治療のための化合物に加え、本発明には、エロンガーゼおよび／または脂肪酸伸長に関連する酵素の阻害によるウイルス感染治療のための化合物も含まれる。限定されないものの、α-リノレン酸固有のエロンガーゼを含め、エロンガーゼについては、当該技術で説明されており、例えば、米国特許出願公開第US 2005/0089981 A1号および第US 2005/00009140 A1号にあるとおりで、これらそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。
[0085]哺乳類における単不飽和脂肪酸の主要な生成経路では、主要な基質として、パルミトイル-CoA（FASの生成物で、その生成には、アセチル-CoAカルボキシラーゼ[ACC]による細胞質型アセチル-CoAのカルボキシル化を必要とする）およびステアロイル-CoA（エロンガーゼの最初の生成物）が使用される。主要な酵素は、ステアロイル-CoAデサチュラーゼ（SCD）1〜5（総称して脂肪酸デサチュラーゼ1またはδ-9-デサチュラーゼとしても知られる）である。SCDアイソザイム1および5は、ヒトを含めた霊長類で発現し（『Wang et al., Biochem. Biophys. Res. Comm. 332:735-42, 2005』）、従って、それを必要とするヒト患者でのウイルス感染治療のための標的である。その他のアイソザイムは、他の哺乳類で発現し、従って、それらが発現する種におけるウイルス感染治療のための標的である。こうして、新規の脂肪酸生合成酵素（例えば、アセチル-CoAカルボキシラーゼおよび脂肪酸シンターゼ）の阻害によるウイルス感染治療のための化合物に加え、本発明には、脂肪酸不飽和化酵素（例えば、SCD1、SCD5のほか、不飽和度の高い脂肪酸の生成に関与する酵素、例えば、δ-6-デサチュラーゼ、δ-5-デサチュラーゼ）の阻害によるウイルス感染治療のための化合物も含まれる。模範的なSCDの阻害剤については、セクション5.2に記載する。
[0086]上記で考察したとおり、リピドに関連したプロセスの管理は、ウイルスの成長、複製、および／またはその他の感染の要素にとって不可欠である。これらのプロセスの重要性は、部分的には、細胞の薄膜の組成および／または物理的性質（すなわち、原形質膜または細胞内膜状構造様の小胞体の）を管理するためのウイルスの必要性に由来し、また部分的には、そのエンベロープの組成および／または物理的性質を管理するためのエンベロープウイルスの必要性に由来する。これまで認識されていなかったこの管理の重要性は、部分的には、細胞質型アセチル-CoAなどのコレステロール生合成に関与する代謝生成物による劇的に増加した流束の観察により、また本書で説明したメタボロームおよび流束のプロファイリング実験により明らかとなった。哺乳類の細胞膜の主な構成要素は、コレステロール（およびその誘導体）である。コレステロールは、脂肪アシル鎖の長さおよび不飽和化と同様に、薄膜／エンベロープの物理的性質（流動性、凝固点など）の管理において重要な役割を果たす。コレステロールのパーセント値は、リン脂質組成の詳細と同様に、薄膜タンパク質の性質および／またはリピド信号伝達の機能に影響を及ぼしうる。これらの事象の一部または全部がウイルス感染において重要な役割を果たすため、コレステロール代謝の阻害剤またはその他の修飾因子は抗ウイルス薬の役割を果たしうる。例えば、アセチル-CoAアセチルトランスフェラーゼ、HMG-CoAシンターゼ、HMG-CoAレダクターゼ、メバロン酸キナーゼ、ホスホメバロン酸キナーゼ、イソペンテニルニリン酸イソメラーゼ、ゲラニル-二リン酸塩シンターゼ、ファルネシル-二リン酸塩シンターゼ、ファルネシル-二リン酸塩ファルネシルトランスフェラーゼ、スクアレンモノオキシゲナーゼ、ラノステロールシンターゼ、およびステロール系統群の関連するデメチラーゼ、オキシダーゼ、レダクターゼ、異性化酵素、およびデサチュラーゼといった酵素の阻害剤は、抗ウイルス薬の役割を果たしうる。HMG-CoAリダクターゼ阻害剤およびその構造は、当該技術分野でよく知られている。模範的なHMG-CoAリダクターゼ阻害剤については、セクション5.2で説明する。
[0087]脂肪酸生合成酵素の阻害剤は、一般にウイルス感染治療において有用性を持つが、アセチル-CoAカルボキシラーゼ（ACC）は、ウイルス感染治療のために特に価値の高い標的となる特異的な性質を持つ。特に、ACCは、脂肪酸生合成により流束を管理する独特な位置にある。上流酵素（例えば、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ、クエン酸シンターゼ、ATP-クエン酸リアーゼ、アセチル-CoAシンターゼ）によって、潜在的な抗ウイルス標的ではあるが、複数の反応経路に関与する生成物が生成されるのに対して、ACCでは、脂肪酸経路の明確な基質であるマロニル-CoAが生成される。アセチル-CoAシンターゼおよびATP-クエン酸リアーゼはどちらも、細胞質型アセチル-CoAを生成する潜在性を持つ。従って、一部の状況では、他と部分的に置き換えうる。対照的に、アセチル-CoA（ACC反応）のカルボキシル化以外には、マロニル-CoAへの適切な代替的な反応経路は存在しない。この点で、ACCをさらに完全かつ特異的に標的にすることで、上流反応を標的にするよりも脂肪酸生合成が管理される。
[0088]ACCの標的化の代わりに、またはそれに加えて、FASの標的化によっても、脂肪酸の新規の生合成の全体としての適切な管理が可能となる。ACCの標的化とFASの標的化の主な違いは、ACC（アセチル-CoA）の基質が、多数の経路で使用されることである。従って、ACCの標的化は、他の経路でも消費できるために、必ずしもアセチル-CoAの顕著な蓄積につながるわけではない。対照的に、FAS（マロニル-CoA）の基質は、大部分がFASによって使用される。従って、FASの標的化は、マロニル-CoAの顕著な蓄積につながる傾向にある。一部のケースでは、こうした蓄積がウイルス感染治療においての有用性を持つこともあるが、他のケースでは副作用をもたらしうる。こうした副作用は、（1）マロニル-CoAの重要な信号伝達および代謝調節の機能、および（2）哺乳類における生体内での副作用が最低限の現行のFAS阻害剤が欠如していることから、特に懸念される。細胞内（の）マロニル-CoAの結果的な増加によるFASの阻害は、細胞のDNA複製の遮断およびアポトーシスの発症による細胞周期の停止をもたらす可能性があり（『Pizer et al., Cancer Res. 56:2745-7, 1996』、『Pizer et al., Cancer Res. 58:4611-5, 1998』、『Pizer et al., Cancer Res. 60:213-8, 2000』）、またこの毒性反応は、潜在的にFAS阻害剤によるウイルス複製の阻害の原因となりうることが示唆されてきた（『Rassmann et al., Antiviral Res. 76:150-8, 2007』）。対照的に、TOFAなどのACC阻害剤は、哺乳類において著しく良性である（例えば『Gibson et al., Toxicity and teratogenicity studies with the hypolipidemic drug RMI 14,514 in rats. Fundam. Appl. Toxicol. 1981 Jan-Feb;1(1):19-25』を参照）。例えば、ラットにおいて、TOFAの経口LD50は、5,000 mg/kgを超えることもあり、また副作用は6カ月間、100 mg/kg/日で観察されなかった。さらに、TOFAは、ラットにおいて150 mg/kg/日での催奇性はない。ACC阻害剤の非限定的な例については、セクション5.2に提供する。
[0089]注目すべきことに、ACCは、ヒトにおいて2つのアイソザイム、ACC1およびACC2として存在する。本書に記載した化合物には、限定されないものの、アイソザイム特異的なACC阻害剤が含まれる。アイソザイム選択的化合物は、セクション5.2で説明する。
[0090]特定のウイルス感染および特定の感染部位（例えば、脳、抹消神経系、皮膚、結合組織、肝臓、心臓、脂肪、等）に応じて、ACCの単一のアイソザイムのみの標的化により、そのリスクに対するACC阻害剤治療の抗ウイルスの利益を最適化しうる（これは恐らく、アイソザイム固有の薬剤の使用により低減される）。一般に、標的とする好ましいアイソザイムは、（1）最も懸念となる特定の感染した組織において優勢のアイソザイム、および／または（2）関心のある特定のウイルスによって、活性がより強力に上方制御されるアイソザイムとなる。
[0091]特定の実施態様において、解糖経路に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。一実施態様において、トリカルボン酸（TCA）サイクルの宿主酵素は、抗ウイルス治療のために標的とされる。一実施態様において、脂肪酸代謝および生合成に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。一実施態様において、脂肪酸酸化に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。一部の実施態様において、脂肪酸生合成に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。一実施態様において、コレステロール生合成および代謝に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。一実施態様において、ブドウ糖輸送に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。一実施態様において、プロトンATPアーゼなどのバリアーを越えたイオン恒常性およびエネルギー輸送に関与する細胞構成成分は、ウイルスが宿主代謝流束を調節するという当方の発見によれば、抗ウイルス治療のための実行可能な標的である。本発明の模範的な標的酵素を表1に列挙する。細胞代謝に関連したこれらまたはその他の経路におけるその他の酵素も、本発明の化合物の潜在的な標的である。一部の実施態様において、酵素は脂肪酸生合成の酵素ではない。本発明の一部の実施態様において、標的酵素は、脂肪酸分解に関与する酵素ではない。一定の実施態様において、酵素標的は、コレステロールの生合成または代謝には関与しない。一部の実施態様において、脂肪酸分解に関与する酵素は、解糖経路の一部ではない。特定の実施態様において、酵素はTCAサイクルの一部ではない。一部の実施態様において、酵素標的は、脂肪酸シンターゼではない。一部の実施態様において、酵素はATPクエン酸リアーゼではない。一部の実施態様において、酵素標的は、アセチル-CoAカルボキシラーゼではない。一部の実施態様において、標的はAMP活性化タンパク質キナーゼではない。一部の実施態様において、酵素はカルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ（CPT I）ではない。一部の実施態様において、酵素はマロニル-CoA脱炭酸酵素ではない。一部の実施態様において、酵素はメチルマロニル-CoAムターゼではない。一部の実施態様において、酵素はグルタミン酸脱水素酵素ではない。一部の実施態様において、酵素はHMG-CoAシンターゼではない。一部の実施態様において、抗ウイルス治療のために標的とされる酵素は、リゾホスファチジン酸アセチルトランスフェラーゼまたはリゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼではない。その他の実施態様において、酵素はステアロイル-CoAデサチュラーゼ（SCD）ではない。一定の実施態様において、酵素はδ-6-デサチュラーゼではない。一部の実施態様において、酵素はδ-5-デサチュラーゼではない。
[0092]一定の実施態様において、リン脂質の製造および／またはリン脂質活性の調節に関与する宿主酵素は、抗ウイルス治療の標的である。リン脂質の種は、多様な頭部基（例えば、コリン、セリン、イノシトール、等）とともに存在する。これらの種の生成は、脂肪酸、グリセロール、および頭部基が利用できるかどうかに依存する。従って、ウイルス感染細胞（またはウイルス感染細胞への供給をする役割の細胞）において、これらのいずれかの化学部分の同化作用または生合成を阻害することは、抗ウイルス効果を持ちうる。その上、これらの成分の縮合の阻害により、リン脂質が生成され、また結果的に生じるリン脂質生成物のその後の代謝を阻害することは、抗ウイルス効果を持ちうる。
[0093]さまざまなリン脂質の種があるなかで、イノシトールを含有する頭部基は、ウイルス感染中に特に重要なものである。メタボロームデータは、イノシトールが、ヒト線維芽細胞のHCMV感染によって特異的に枯渇することを示している。この枯渇は、イノシトールが線維芽細胞の成長に使用する培養液中に存在する場合に、特に著しい。本書に記載したその他のデータに照らして、このイノシトールの枯渇は、イノシトール-リン脂質の種の合成のための、そのウイルス誘発された消費を示す可能性が高い。発明者は、最近、一定のイノシトールを含有する種が、HCMVの複製において本質的な役割を果たすことを見出した。これらには、ホスファチジルイノシトールおよびホスファチジルイノシトール（3）-リン酸塩が含まれる。従って、一定の実施態様において、本書で説明した化合物は、イノシトールまたはイノシトールを含有する代謝生成物および／またはリン脂質の同化作用または代謝の1つ以上の手順を標的としたウイルス複製の阻害剤である。例25、セクション6.25.1を参照。一部の実施態様において、本書で記載したウイルス感染の治療の方法は、化合物をウイルス感染に罹患した被験者に投与することから構成される。特定の実施態様において、ウイルス感染に罹患した被験者でのウイルス感染の治療の方法は、化合物によりクラスIII PI(3)Kを阻害することから構成される。その他の実施態様において、本書で説明した化合物は、イノシトールを含有する化学種を隔離し、またそれによってウイルス感染中にその正常な本質的役割を遮断する、ウイルス複製の阻害剤である。例25、セクション6.25.2を参照。一定の実施態様において、ウイルス感染に罹患した被験者におけるウイルス感染の治療の方法は、化合物によるPI(3)Pの隔絶から構成される。
[0094]ホスホイノシチド3-キナーゼ（PI(3)K）は、イノシトールまたはイノシトールを含有する代謝生成物および／またはリン脂質の同化作用または代謝の1つ以上の手順を標的にした非限定的な例である。PI(3)Kは、ホスホイノシチドのイノシトール環をリン酸化するキナーゼ系統群である（例えば、『Toker and Cantley, Nature 387:673-676, 1997』を参照）。PI3Kは、その構造特性および基質の特異性をもとに3つのクラスに分類される。クラスIの酵素は、p110触媒サブユニットおよびp85またはp101調節サブユニットで構成されるヘテロ二量体で、チロシンキナーゼをベースにしたシグナル経路またはヘテロ三量体のGタンパク質をベースにしたシグナル経路により活性化される。クラスIIの酵素は、それらのC末端のC2ドメインを特徴とする巨大な酵素（>200 kDa）である。出芽型酵母菌のVps34pと相同的なクラスIIIの酵素は、PtdInsに限定される基質特異性を持ち、PtdIns (3）Pを生成する（例えば、『Schu et al., Science 260:88-91, 1993』を参照）。ヒト液胞タンパク質選別34 [hVps34]としても知られているクラスIII PI (3) Kは、PIのイノシトール環で3’-ヒドロキシル基をリン酸化し、PI (3) Pを生成する。特定の実施態様において、標的は、クラスIII PI (3) K（ヒト液胞タンパク質選別34（hVps34）としても知られる）である。
[0095]一部の実施態様において、標的は、ホスホイノシチド3-キナーゼではない。その他の実施態様において、標的は、クラスIII PI (3) Kではない。
[0096]上記で考察したとおり、リピドに関連したプロセスは、ウイルスの成長、複製および／または感染のその他の要素にとって不可欠である。従って、リピド代謝において機能する複数の細胞酵素が首尾よい感染にとって必要である可能性が高く、また複数の酵素（例えば、2つ以上の異なる酵素）の同時阻害によって、感染の相乗的な阻害が生じるか、またはそれぞれの化合物の用量を少なめに使用して、希望の療法効果が達成される可能性がある。従って、本発明は、それを必要とする哺乳動物において、哺乳動物への2つ以上の本書で説明した化合物の投与による、ウイルス感染の予防および治療に関連するが、ここでそれぞれの化合物は、本書に記載した1つ以上の異なる酵素を標的とする。一部の実施態様において、こうした併用療法は経時的である一方、他の実施態様では同時的である。一部の実施態様において、2つ以上の薬剤がまとめて調製され、宿主細胞リピドおよび／またはコレステロール代謝の調節によるウイルス感染の予防および／または治療のための2つ以上の化合物から構成される組成が作られる。一部の実施態様において、化合物の1つの用量は、ウイルス感染の予防および／または治療のために独立的に使用するときに必要とされるよりも、実質的に少なく、例えば、1.5倍、2倍、3倍、5倍、7倍、または10倍少ない。一部の実施態様において、両方の薬剤の用量が、1.5倍、2倍、3倍、5倍、7倍、または10倍以上低減される。
[0097]組み合わせで抑制するための酵素の模範的な対には、限定されないものの、ACCおよびクエン酸リアーゼ、ACCおよびFAS、ACCおよびエロンガーゼ、ACCおよびSCD、ACCおよびHMG-CoAレダクターゼ、FASおよびHMG-CoAレダクターゼ、エロンガーゼおよびHMG-CoAレダクターゼ、SCDおよびHMG-CoAレダクターゼ、エロンガーゼおよびSCD、およびアセチル-CoAシンターゼおよびATP-クエン酸リアーゼが含まれる。
[0098]模範的な宿主細胞経路および標的酵素を、表1にリストする。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
Figure 2010538968
5.2 化合物
[0099]ウイルス感染の治療または予防のための本書に記載した方法で使用できる化合物には、限定されないものの、有機分子および無機分子、ペプチドおよびペプチド類似体、小分子、および核酸分子（例えば、RNA干渉（RNAi）分子（低分子干渉RNA（siRNA）を含む）、マイクロRNA（miRNA）、低分子ヘアピン型RNA（shRNA）、等）が含まれる。
[00100]実例となる化合物を以下に記載する。
[00101]一実施態様において、化合物は次の構造（I）を持つ（構造の識別名を、本書では代わりに「式」ともいう）:
Figure 2010538968
 [00102]ここで、Aは、-(CH2)X-または、
Figure 2010538968
 [00103]ここで、xは、0〜6である。
[00104]構造（I）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、またHadvary他（米国特許第4,958,089号）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第8カラム1行目〜11ページ10行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00105]構造（I）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00106]これは、オルリスタットとしても識別される。
[00107]別の実施態様において、構造（I）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00108]一実施態様において、構造（I）の化合物は、オルリスタットではない。
[00109]一実施態様において、化合物は次の構造（II）を持つ。
Figure 2010538968
 (II)
[00110]ここで、点線は結合を表し、それによって二重結合が存在することを、また点線がない場合には、それによって単結合が存在することを表す、
[00111]Rlは、水素、ハロゲン、脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分、またはN（RA）2で、ここで、RAのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分である、
[00112]R2は、水素、ハロゲン、シアノ-ORB、-N(RB)2、-SRB、-O(C=O)RB、-N(RB)(C=O)(RB)、-C(O)RB,-C(O)ORB,-CON(RB)2、-OCO2RB、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分で、ここで、RBのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分である、
[00113]R3は、水素、ハロゲン、脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分、または-N（RC）2で、ここで、Rのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分である、
[00114]R4は、水素、ハロゲン、シアノ、-ORD、-N(RD)2、-SRD、-O(C=O)RD、-N(RD)(C=O)(RD)、-C(O)RD、-C(O)ORD、-CON(RD)2、-OCO2RD、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分で、ここで、RDのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分である、
[00115]Zは、O、SまたはNREで、ここで、REは、水素、保護基、脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分であるか、またはORFで、ここで、RFは、水素、保護基、脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分である、
[00116]Xは、O、SまたはNRG、ここで、RGは、水素または低級アルキルであり、AおよびBはまとめて、
Figure 2010538968
 [00117]-CHR5-CHR6-、-CR5=CR6-を表し、ここで、R5およびR6は、それぞれ独立的に水素、ハロゲン、シアノ、-ORJ、-N(RJ)2、-SRJ、-O(C=O)RJ、-O(S=O)RJ、-N(RJ)(C=O)(RJ)、-C(=O)RJ、-C(=O)ORB、-CON(RJ)2、-OCO2RJ、-OS(=O)ORJまたは脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分で、ここで、RJのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分であり、またここで、R7は、水素、保護基、-ORK、-SRK、-C(O)ORK、-C(O)NRK、-S(O)2RK、-O(C=O)RK、-N(RK)(C=O)(RK)、-C(O)RK、-C(O)ORK、-CON(RK)2、-OCO2RK、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分で、ここで、RKのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基または脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分、またはAおよびBがまとめて-CHR5- CHR6-と表されるとき、R5 およびR6 は、まとめて置換したまたは置換されていない3〜7員環の脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリールまたはヘテロアリール環を表す、
[00118]DおよびEは、まとめて-CHR8-CHR9-,-CR8=CR9-を表し、ここでR8およびR9は、それぞれ独立的に水素または低級アルキルである、
[00119]GおよびJは、まとめて-CHR10-CHR11-、-CR10=CR11-を表し、ここでR10およびR11は、それぞれ独立的に水素または低級アルキルである、
[00120]KおよびLは、まとめてC=O、C=S、CH-CH3、CH-CH(RL)2、C=C (RL)2、-CH2-、-C(-S (CH2)3S-)-、CH-ORL、CH-SRL、CH-N(RL)2、CH-N(RL)(C=O)(RL)、C=N-O-RL、CH-N=O、C=C(RL)-N(RL)2、C=N-RL、C=N-N-(RL)2を表すか、または、点線---が結合を表す場合、これによって二重結合が存在し、よってKおよびLは、まとめてC-N(RL)2を表し、ここで、RLのそれぞれの存在は、独立的に水素、保護基、脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、またはアルキルヘテロアリール部分、または2つのRLの存在をまとめて3〜7員環の周期（性）脂肪族、ヘテロ脂肪族、芳香族または芳香族複素部分で、これによって上記のそれぞれの脂肪族およびヘテロ脂肪族部分は、独立的に、置換したまたは置換されていない、周期（性）または非環式、または分岐のあるものまたは分岐のないもののどちらでもよく、またそれぞれのアリール、ヘテロアリール、アルキルアリール、およびアルキルヘテロアリール部分は、置換したまたは置換されていないもののどちらでもよく、ここでRl、RA、R2、RB、R3、RC、R4、RD、RS、R6、RJ、またはRLのうち1つまたは任意の2つは、ラジシコール、モノシリン、ラジシコール類似物、モノシリン、ゲルダナマイシン、ゲルダナマイシン類似物、およびステロイド、および医薬品として容認できるその誘導体から構成される群から選択した化合物と任意にリンカー共有結合的に結合される。
[00121]構造（II）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、Danishefsky他（国際公開公報第WO 02/16369号）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、69ページ25行目〜87ページ28行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00122]構造（II）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00123]これは、ラジシコールおよびモノルデンとして識別される。
[00124]別の実施態様において、構造（II）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00125]一実施態様において、構造（II）の化合物は、ラジシコールではない。
[00126]一実施態様において、化合物は次の構造（III）を持つ。
Figure 2010538968
 （III）
[00127]ここで、それぞれの基R1は、独立的に親油基および／または電子吸引基である、
[00128]nは5〜8で、またR2およびR3がどちらも水素で、R4が水素またはヒドロキシ、およびR5がCH(R6)R7で、ここでR6は水素またはヒドロキシ、およびR7はカルボキシル基またはカルボキシル基に加水分解可能なカルボン酸エステル基、あるいはR4が水素およびR5が水素またはヒドロキシ、R2がヒドロキシ、およびR3がカルボキシル基またはカルボキシル基に加水分解可能なカルボン酸エステル基、あるいはR2およびR3が水素で、R4およびR5がまとめて=C（R6）R7基を形成し、ここでR6およびR7が上記に定義されるもの、およびその塩のいずれかである。
[00129]構造（III）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、Gribble他（米国特許第5,447,954号）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第10カラム37行目〜第24カラム50行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00130]構造IIIの化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
 これは、化合物名SB-204990として識別される。
[00131]別の実施態様において、構造（III）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00132]一実施態様において、構造（III）の化合物は、SB-204990ではない。
[00133]一実施態様において、化合物は次の構造（IV）を持つ。
Figure 2010538968
 (IV)
[00134]ここで、それぞれの基R1は、独立的に親油基および／または電子吸引基である、
[00135]ここで、nは、5〜8であり、および
[00136]R2およびR3がどちらも水素で、R4が水素またはヒドロキシ、およびR5がCH(R6)COOHで、ここでR6が水素またはヒドロキシ、あるいはR4が水素で、R5が水素またはヒドロキシ、R2がヒドロキシおよびR3 COOH、あるいはR2およびR3が水素で、R4およびR5がまとめて=C(R6)COOH基を形成し、ここでR6は上記に定義したとおりおよび医薬品として容認できるその塩のいずれかである。
[00137]構造（IV）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、Gribble他（米国特許第5,447,954号）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第10カラム37行目〜第24カラム50行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00138]構造（IV）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00139]これは、化合物名SB-201076として識別される。
[00140]別の実施態様において、構造（IV）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00141]一実施態様において、構造（IV）の化合物は、SB-201076ではない。
[00142]一実施態様において、化合物は次の構造（V）を持つ。
Figure 2010538968
 （V）
[00143]ここで、Yは、CH、CH2、N、C=O、O、S、およびNR3から構成される群から選択され、ここで、R3は、H、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アルコキシルから構成される群から選択され、またYは、存在しても不在でもよい、
[00144]Xは、O、S、およびNR4で、ここでそれぞれのR4は、H、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、およびアルコキシルから構成される群から独立的に選択される。
[00145]R1は、アルキル、ハロ、ヒドロキシル、アルコキシ、アリールオキシル、およびアルコキシから構成される群から選択される、
[00146]R2は、H、アルキル、ハロ、ヒドロキシル、アルコキシ、アリールオキシル、およびアルコキシから構成される群から選択される、
[00147]nは、0〜3の整数である。
[00148]構造（V）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、（国際特許公報WO 2005/051296）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、38ページ4行目〜49ページ11行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00149]構造Vの化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00150]別の実施態様において、構造（V）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00151]一実施態様において、構造（V）の化合物は次ではない。
Figure 2010538968
[00152]一実施態様において、化合物は次の構造（VI）を持つ。
Figure 2010538968
 （VI）
[00153]ここで、A-Bは、N-CHまたはCH-Nであり、
Kは、(CH2)r、ここで、rは、2、3または4、mおよびnは、A-BがN-CHであるとき、それぞれ独立的に1、2または3、またはmおよびnは、A-BがCH-Nであるとき、それぞれ独立的に2または3、破線は、随意的な二重結合の存在を表す、
[00154]Dは、カルボニルまたはスルホニルである、
[00155]Eは、a）融合した2つの完全に不飽和の5〜7員環から構成される二環式の環で、独立的に、前記の環のそれぞれが任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持つ、あるいはb）融合した2つの完全に不飽和の5〜7員環から構成される三環式の環で、独立的に、前記の環のそれぞれが任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持ち、前記の2つの縮合環が、第三の部分飽和、完全不飽和または完全飽和の5〜7員環に融合され、前記第三の環が任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持つ、あるいはc）融合した2つの完全に不飽和の5〜7員環から構成される二環式の環から構成される四環式の環で、独立的に、前記の環のそれぞれが任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持ち、前記の二環式の環が、2つの完全飽和、部分飽和または完全不飽和の5〜7員環の単環式の環に融合され、独立的に、前記の環のそれぞれが任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持つか、または前記の二環式の環が2つの融合した完全飽和、部分飽和または完全不飽和の5〜7員環から構成される第二の二環式の環に融合され、独立的に、前記の環のそれぞれが任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持つ、あるいはd）完全不飽和の5〜7員環から構成されるテルアリール環で、前記の環が任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持ち、および前記の環が独立的に完全不飽和の5〜7員環で二置換されてテルアリール非縮合環系を形成し、前記置換基環のそれぞれは任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持ち、ここで、前記E二環式、三環式または四環式の環またはテルアリール環は、独立的に任意に、ハロ、ヒドロキシ、アミノ、シアノ、ニトロ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルコキシカルボニルとともに二環式、三環式または四環式の環またはテルアリール環を形成するために使用されるそれぞれの環で一置換、二置換または三置換されるかのいずれかであり、
[00156]ここで、前記のE二環式、三環式または四環式の環またはテルアリール環は、部分飽和、完全に飽和したまたは完全に不飽和の3〜8員環R10により任意に一置換され、任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持つか、または2つの融合した部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜8員環からなる二環式の環R"で、独立的に、前記の環のそれぞれが任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜4個のヘテロ原子を持ち、前記のR10およびR"環が、任意に追加的に架橋され、また前記のR10およびR"環が、完全飽和、部分的不飽和または完全不飽和の1〜4員環の直鎖状または分岐の炭素鎖により任意に連鎖され、ここで、前記のE二環式の環に少なくとも1つの置換基があり、かつDに結合されているE二環式の環の原子が炭素であれば、炭素を酸素、窒素および硫黄から独立的に選択される1つまたは2つのヘテロ原子により任意に置換することができ、ここで、前記のR10またはR"環は、独立的にハロ、ヒドロキシ、アミノ、シアノ、ニトロ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1- C6)アルコキシカルボニル、(C1-C6)アルキルカルボニル、(C1-C6)アルキルカルボニルアミノ、またはモノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノまたはモノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノカルボニルにより、任意に一置換、二置換または三置換され、ここで、前記(C1-C6)アルキルおよび(C1-C6)アルコキシ置換基も、独立的にハロ、ヒドロキシ、(C1-C6)アルコキシ、アミノ、モノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノまたは1〜9のフッ素により、任意に一置換、二置換または三置換され、
Gは、カルボニル、スルホニルまたはCR7R8で、ここで、R7およびR8は、それぞれ独立的にH、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニルまたは(C2-C6)アルキニルまたは5〜7員環の任意に酸素、硫黄および窒素から独立的に選択される部分飽和、完全飽和または完全不飽和の環で、Jは、OR'、NR2R3またCR4R5R6で、ここで、R'、R2およびR3は、それぞれ独立的にH、Q、または(Cl- C10)アルキル、(C3-C10)アルケニルまたは(C3-C10)アルキニル置換基で、ここで前記の炭素は、任意に酸素、窒素および硫黄から独立的に選択した1つまたは2つのヘテロ原子と置換することができ、またここで、前記の硫黄は、任意にオキソで一置換または二置換され、前記の炭素は、任意にオキソで一置換され、前記の窒素は、任意にオキソで二置換され、前記の炭素は、独立的にハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、カルボキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルキルオキシカルボニル、モノ-N-またはジ-N、N-(Cl-C6)アルキルアミノまたはモノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノカルボニルで任意に一置換、二置換または三置換され、また前記鎖は、任意にQ1で一置換され、ここで、QおよびQ1は、それぞれ独立的に部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜8員環で、任意に1〜3個のヘテロ原子を持つか、または2つの融合したまたはスピロ環状の部分飽和、完全飽和または完全に不飽和の3〜6員環から構成される二環式の環で、独立的に、前記の二環式の環は、任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜3個のヘテロ原子を持ち、前記の一環式または二環式の環は、任意に追加的に(C1-C3)アルキレンで架橋され、ここで、前記の(C1-C3)アルキレン炭素は、任意に酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1個〜2個のヘテロ原子で置換され、ここで、前記のQおよびQ1の環は、それぞれ独立的に任意に、独立的にハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルキルカルボニル、(C1- C6)アルキルカルボニルアミノ、(C1-C6)アルキルオキシカルボニル、モノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノ、モノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノスルホニル、モノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノカルボニルにより一置換、二置換、三置換または四置換され、ここで、前記(C1-C6)アルキル置換基は、任意にハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1- C6)アルキルオキシカルボニルまたはモノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノで独立的に一置換、二置換または三置換され、ここで、前記の(C1-C6)アルキル置換基も、任意に1〜9のフッ素で置換されるか、
[00157]あるいはここで、R2およびR3は、窒素原子と1つになって付着し、部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜8員環を形成し、任意に酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した追加1〜3個のヘテロ原子を持つか、または2つの融合した、架橋したまたはスピロ環状の部分飽和、完全に飽和したまたは完全に不飽和の3〜6員環から構成される二環式の環で、独立的に、前記二環式の環が任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した追加1〜3個のヘテロ原子を持つか、または3つの融合、架橋またはスピロ環の部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜6員環から構成される三環式の環で、独立的に、前記三環式の環が任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した追加1〜3個のヘテロ原子を持ち、ここで、前記NR2R3環は、任意にR15、ハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルキルカルボニルアミノまたはモノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノで独立的に一置換、二置換、三置換または四置換され、ここで、前記(C1-C6)アルキル置換基は、任意にハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルキルオキシカルボニル、モノ-N-またはジ-N、N-(Cl-C6)アルキルアミノで独立的に一置換、二置換または三置換され、前記(C1-C6)アルキル置換基も、任意に1〜9のフッ素で置換される、
[00158]ここで、3個のヘテロ原子は酸素、硫黄および窒素から独立的に選択され、ここで、前記の環は、ハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルコキシ、(C1- C6)アルキルカルボニルアミノ、モノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノで任意に一置換、二置換または三置換され、ここで、前記NR2R3環は、部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜8員環で任意に置換され、任意に酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜3個のヘテロ原子を持つか、または2つの融合した部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜6員環から構成される二環式の環で、独立的に、前記二環式の環が任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜3個のヘテロ原子を持ち、前記モノまたは二環式の環が任意に追加的に前記に環架橋され、任意に酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜3個のヘテロ原子を持ち、ここで、前記(C1-C6)アルキルおよび前記環は、任意にハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C2-C6)アルケニル、(C3-C6)アルキニル、(C1-C6)アルキルカルボニルアミノ、ヒドロキシ、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(Cl-C6)アルコキシ、モノ-N-またはジ-N、N-(Cl-C6)アルキルアミノで一置換、二置換または三置換され、ここで、R4、R5およびR6 は、独立的にH、ハロ、ヒドロキシ、(C1-C6)アルキルまたはR4およびR5は、まとめて部分飽和、完全飽和または完全不飽和の3〜8員環を形成し、前記の環が任意に、酸素、硫黄および窒素から独立的に選択した1〜3個のヘテロ原子を持ち、ここで、前記(C1-C6)アルキルおよび前記環は、任意にハロ、ヒドロキシ、アミノ、ニトロ、シアノ、オキソ、カルボキシ、(C-2-C6)アルケニル、(C3-C6)アルキニル、(C1-C6)アルキルカルボニルアミノ、ヒドロキシ、(C1-C6)アルコキシ、(C1-C4)アルキルチオ、(C1-C6)アルコキシ、モノ-N-またはジ-N、N-(C1-C6)アルキルアミノで一置換、二置換または三置換されるが、ただし1'-(アントラセン-9-カルボニル)-[1、4'] ビピペリジニル- 3-カルボン酸ジエチルアミド、1'-(1-オキサ-2、3-ジアザ-シクロペンタ[a]ナフタレン-5-スルホニル)- [1、4'] ビピペリジニル-3カルボン酸ジエチルアミド、1'-(5-ジメチルアミノ-ナフタレン-1-スルホニル)-[1、4'] ビピペリジニル-3-カルボン酸ジエチルアミド、1'-(9、10、10-トリオキソ-9、10-ジヒドロ-チオキサンテン-3-カルボニル)-[1-4'] ビピペリジニル-3-カルボン酸ジエチルアミド、および1'-(2-オキソ-2H-クロメン-3-カルボニル)-[1-4'] ビピペリジニル-3-カルボン酸ジエチルアミドは含まれない。
[00159]構造（VI）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また（国際特許公報WO 03/072197）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、103ページ14行目〜160ページ17行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00160]構造（VI）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00161]CP-610431としても知られている。
[00162]構造（VI）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00163]CP-640186としても知られている。
[00164]別の実施態様において、構造（VI）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00165]一実施態様において、構造（VI）の化合物は、CP-610431ではない。
[00166]別の実施態様において、構造（VI）の化合物は、CP-640186ではない。
[00167]一実施態様において、化合物は次の構造（VII）を持つ。
Figure 2010538968
 （VII）
[00168]ここでそれぞれのR1は、独立的に水素、(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルケニル、(C1-C6)アルキニル、フェニル、ベンジル、またはC(O)R3で、
[00169]R2は、-HまたはOR1で、
[00170]R3は、(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルケニル、(C1-C6)アルキニル、NR4、またはフェニルで、
[00171]R4 は、(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルケニル、(C1-C6)アルキニル、またはフェニルである。
[00172]構造（VII）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また（『Peschko et. al., Tetrahedron Letters, 41: 9477-9481, 2000』）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00173]構造（VII）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00174]これはププロン（Pupurone）としても知られている。
[00175]別の実施態様において、構造（VII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00176]これはニンガリンDとしても知られている。
[00177]別の実施態様において、構造（VII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00178]一実施態様において、構造（VII）の化合物は、ププロン（Puporone）ではない。
[00179]別の実施態様において、構造（VII）の化合物は、ニンガリンDではない。
[00180]一実施態様において、化合物は次の構造（VIII）を持つ。
Figure 2010538968
 （VIII）
[00181]この式において、点線は、独立的に二者択一的に飽和した結合または二重結合であり、一方、Rは、水素、CH3または-C(O)Aで、ここで、Aは、水素、(C3 -C6)シクロアルキルまたは(C1-C6)アルキルであり、これは、置換されていないか、またはハロゲンまたは(C1 -C3)アルコキシで置換され、および
[00182]Xは、結合が飽和の場合には-OHで、また不飽和の結合がある場合には=O、=N-OYまたは=N-N(R1)(R2)で、ここで、
[00183]Yは、水素、(C1 -C6)アルキル、(C3 -C6)アルケニル、(C3 -C6)アルキニルまたはアシル基-C(O)-Zであり、ここで、
[00184]Zは、フェニル、またはハロゲンまたは(C1-C4)アルコキシで置換した(C1-C6)アルキル基、または水素、(C1-C6)アルキル、(C2 -C6)アルケニルまたは(C2-C6)アルキニルである、
[00185]R1は、水素または(C1-C6)アルキル、および
[00186]R2は、水素、(C1 -C6)アルキル、フェニル、カルバモイル(CONH2)、-COAまたは-SO2-R3、ここで、
[00187]R3は、(C1-C6)アルキル、または置換されていないかまたは(C1-C4)アルキルで置換されたフェニルである。
[00188]構造（VIII）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、Bohlendorf他（米国特許第5,026,878号）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第10カラム25行目〜第16カラム14行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00189]構造（VIII）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00190]これはソラフェンAとしても知られている。
[00191]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00192]これはソラフェンBとしても知られている。
[00193]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00194]一実施態様において、構造（VIII）の化合物は、ソラフェンAではない。
[00195]一実施態様において、構造（VIII）の化合物は、ソラフェンBではない。
[00196]一実施態様において、化合物は次の構造（IX）を持つ。
Figure 2010538968
[00197]ここで、Tは、酸素または硫黄で、
[00198]Xは、Cl、BrまたはCF3であり、
[00199]Yは、H、Cl、BrまたはCF3で、ただしXおよびYの少なくとも1つは、CF3で、
[00200]Zは、-C(O)OR1、-C(O)NR2R3、-C(O)O - M+、-C(O)SR4、-CNで、R1は、H、(C1-C8)アルキル、ベンジル、クロロベンジルまたはC3 -C6アルコキシアルキルで、
[00201]R4は(C1 -C4)アルキルで、
[00202]R5は、Hまたは(C1 -C4)アルキルで、
[00203]R6は(C1 -C7)アルキルで、
[00204]Mは、NHR2R3R7、Na、K、MgまたはCaで、
[00205]R2およびR3は、それぞれ独立的にR7または-OCH3から選択されるが、ただしR2およびR3の両方が同時に-OCH3であることはできず、またどちらも-NHR2R3R7にある-OCH3ではなく、および
[00206]R7は、H、(C1-C4)アルキルまたは(C2 -C3)ヒドロキシアルキルである。
[00207]構造（IX）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00208]これはハロキシホップとしても知られている。
[00209]別の実施態様において、構造（IX）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00210]一実施態様において、構造（IX）の化合物は、ハロキシホップではない。
[00211]一実施態様において、化合物は次の構造（X）を持つ。
Figure 2010538968
 （X）
[00212]ここで、破線が結合のとき、R2 およびR3は存在しない、
[00213]R1は、H、OR4、NR4R5、SR6、ハロ、C(O)OR4またはR3と共有してエポキシド環を形成するOで、
[00214]R2は、Hまたはハロで、
[00215]R3はH、SR6、またはR1と共有してエポキシド環を形成するOで、
[00216]R4は、H、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、アリール、またはベンジルで、
[00217]R5は、H、(C1-C6)アルキル、またはOR4で、
[00218]R6は、H、(C1-C6)アルキル、SH、またはS-(C1-C6)アルキルで、
[00219]ただし、R1がOR4またはR3と共有してエポキシド環を形成するOのとき、R2はハロではあり得ない。
[00220]構造（X）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また（『Saxty et. al. 1992 Eur. J. BioChem. 202:889-896.』および『Dolle et. al. 1995 Journal of Medicinal Chemistry 38(3):537-543』）に記載されている方法で作ることができ、これを参照しその全文を本書に組み込む。さらに、これらの化合物の特定の例は、これらの公報に記載されている。
[00221]構造（X）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00222]2S-ヒドロキシシトラートとしても知られている。
[00223]特定の実施態様において、構造（X）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00224]2,2-ジフルオロクエン酸としても知られている。
[00225]特定の実施態様において、構造（X）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00226]特定の実施態様において、構造（X）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00227]特定の実施態様において、構造（X）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00228]特定の実施態様において、構造（X）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00229]別の実施態様において、構造（X）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00230]一実施態様において、化合物は次の構造（XI）を持つ。
Figure 2010538968
 （XI）
[00231]ここで、Xは、S、S=Oまたは-CH2-で、
[00232]nは、0〜6である、
[00233]Zは、(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルキル-COOH、OR1、またはNR1R2で、
[00234]R1は、H、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、フェニル、またはベンジルで、
[00235]R2は、H、(C1-C6)アルキル、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、フェニル、またはベンジルである。
[00236]構造（XI）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また（『Usher et. al. 1994 Biochemistry 33: 7753-7759.』および『Charlier et. al. 1997 Biochemistry 36: 1551-1558』）に記載されている方法で作ることができ、これを参照しその全文を本書に組み込む。さらに、これらの化合物の特定の例は、これらの公報に記載されている。
[00237]構造（XI）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00238]これは3-オキソブチル-CoAとしても知られている。
[00239]別の実施態様において、構造（XI）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00240]一実施態様において、構造（XI）の化合物は、-オキソブチル-CoAではない。
[00241]一実施態様において、化合物は次の構造（XII）を持つ。
Figure 2010538968
 （XII）
[00242]ここで、
[00243]Raは、C1-C6-アルキルで、
[00244]Rbは、水素（農業で有用な陽イオンと同等なもの）、C2-C8 -アルキルカルボニルオキシ、C1-C10-アルキルスルホニル、C1-C10-アルキルホスホニルまたはベンゾイル、ベンゼンスルホニルまたはベンゼンホスホニルで、ここで、最後に言及した3つの基は、さらに、それぞれが1〜5個のハロゲン原子を持ちうる、
[00245]Rcは、水素、シアノ、ホルミル、C1-C6-アルキル、C1-C4-アルコキシ-C1-C6-アルキルまたはC1-C4-アルキルチオ-C1-C6-アルキル、フェノキシ- C1-C6-アルキル、フェニルチオ- C1-C6-アルキル、ピリジルオキシ- C1-C6-アルキルまたはピリジルチオ- C1-C6-アルキルで、ここで、フェニルおよびピリジル環は、それぞれさらにニトロ、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシ、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルコキシ、C1-C4-アルキルチオ、C3-C6-アルケニル、C3-C6-アルケニルオキシ、C3-C6-アルキニル、C3-C6-アルキニルオキシおよび-NRgRhから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持ちうるが、ここで、
[00246]Rgは、水素、C1-C4-アルキル、C3-C6-アルケニル、C3-C6-アルキニル、C1-C6-アシルまたはベンゾイルで、ニトロ、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシおよびC1-C4-アルキルチオから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持ちえ、および
[00247]Rhは、水素、C1-C4-アルキル、C3-C6-アルケニルまたはC3-C6-アルキニル、C3-C7-シクロアルキルまたはC5-C7-シクロアルケニル〔ここで、これらの基は、さらにヒドロキシル、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシ、C1-C4-アルキルチオ、ベンジルチオ、C1-C4-アルキルスルホニル、C1-C4-アルキルスルフェニルおよびC1-C4-アルキルスルフィニルから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持つことができる〕、ヘテロ原子として1個または2個の酸素または硫黄原子または1個の酸素および1個の硫黄原子をふくむ5員環の飽和複素環式構造で、かつさらにC1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシおよびC1-C4-アルキルチオから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持つことができ、ヘテロ原子として1個または2個の酸素または硫黄原子または1個の酸素および1個の硫黄原子を含む6員環または7員環の飽和した複素環式構造または一不飽和または二不飽和の複素環式構造で、かつさらにヒドロキシル、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシおよびC1-C4-アルキルチオから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持つことができ、1個または2個の窒素原子および1個の酸素または硫黄原子から構成される群から選択した1〜3個のヘテロ原子を持つ5員環の芳香族複素構造で、ここで、芳香族複素構造は、さらに、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシ、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルコキシ、C1-C4-アルキルチオ、C2-C6-アルケニル、C2-C6-アルケニルオキシ、C3-C6-アルキニルオキシおよびC1-C4-アルコキシ- C1-C4-アルキル、フェニルまたはピリジルから構成される群から選択される1〜3個の遊離基を持つことができ、そのそれぞれがさらに、ニトロ、シアノ、ホルミル、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシ、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルコキシ、C1-C4-アルキルチオ、C3-C6-アルケニル、C3-C6-アルケニルオキシ、C3-C6-アルキニル、C3-C6-アルキニルオキシおよび-NRgRhから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を有する構造を持つことができ、ここで、RgおよびRhは、上述の意味を持つ、
[00248]Rdは、水素、ヒドロキシルまたはC1-C6-アルキルで、
[00249]Roは、水素、ハロゲン、シアノ、C1-C4-アルコキシカルボニルまたはC1-C4-アルキルケトオキシム基であり、
[00250]Wは、C1-C6-アルキレン、C3-C6-アルケニレンまたはC3-C6-アルキニレン鎖で、そのそれぞれが3個のC3-C6-アルキル置換基、3個のハロゲン原子および1個のメチレン置換基から構成される群から選択した1〜3個遊離基を持つことができ、C3-C6-アルキレンまたはC4-C6-アルケニレン鎖で、そのどちらもさらに1〜3個のC3-C6-アルキル遊離基を持つことができ、ここで、それぞれのケースで鎖のうち1個のメチレン基は、酸素原子または硫黄原子、スルホキシル基またはスルホニル基または-N(Ri)-基で置換ができ、ここで、Riは、水素、C1-C4-アルキル、C3-C6-アルケニルまたはC3-C6-アルキニルであり、
[00251]Rfは、水素、C1-C6-アルキル、ビニール、-CH=CH-Z基で、ここでZは、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C3-C6-シクロアルキルで、これは希望に応じて、ヒドロキシル、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキルおよびC1-C4-アルコキシ、カルボキシル、C1-C8-アルコキシカルボニル、ベンジルオキシカルボニル、フェニル、チエニルまたはピリジルから構成される群から選択した1〜3個の置換基を持つことができ、ここで、これらの3つの芳香族遊離基は、置換されていないか、またはニトロ、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシ、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルコキシ、C1-C4-アルキルチオおよびC3-C6-シクロアルキルから構成される群から選択した1〜3個の置換基を持つことができ、ここで、シクロアルキル置換基は、置換されていないか、またはさらに、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキルおよびC1-C4-アルコキシから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持つことができ、エチニルは、C1-C4-アルキル、C3-C6-シクロアルキルといった遊離基の1つを持つことができ、これは希望に応じて、ヒドロキシ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキルおよびC1-C4-アルコキシ、またはフェニル、チエニルまたはピリジルから構成される群から選択した1〜3個の置換基を持つことができ、ここで、これらの芳香族遊離基は、置換されていないか、またはそれぞれがさらに、ニトロ、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシ、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルコキシおよびC1-C4-アルキルチオ、フェニル、ハロフェニル、ジハロフェニルから構成される群から選択した1〜3個の置換基を持つことができ、1〜3個の窒素原子および1個の酸素原子または硫黄原子、または6員環のヘテロ芳香族基、1〜4個の窒素原子（これらのどれもが、互いに同時には隣接することはできない）から構成される群から選択した1〜3個のヘテロ原子を持つ5員環のヘテロ芳香族基で、ここで、フェニルおよびヘタリール基は、希望に応じてさらに、ニトロ、C1-C4-アルコキシ、C1-C4-アルキルチオ、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルコキシ、遊離基Zおよび-NRkRlから構成される群から選択した1〜3個の遊離基を持つことができ、ここで、
[00252]Rkは、水素、C1-C4-アルキル、C3-C6-アルケニルまたはC3-C6-アルキニルで、および
[00253]Rlは、水素、C1-C4-アルキル、C3-C6-アルケニル、C3-C6-アルキニル、C1-C6-アシルまたはベンゾイルで、これらは、希望に応じてさらに、ニトロ、シアノ、ハロゲン、C1-C4-アルキル、部分的または完全にハロゲン化したC1-C4-アルキル、C1-C4-アルコキシおよびC1-C4-アルキルチオから構成される群から選択した1〜3個の置換基を持ちうる。
[00254]構造（XII）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また米国特許第5,491,123号（1996年2月13日発行）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第11カラム62行目〜第13カラム5行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この特許に記載されている。構造（XII）の化合物のその他の例は、米国特許第6,383,987号（2002年5月7日発行）、米国特許第6,103,664号（2000年8月15日発行）、および米国特許第4,334,913（1982年6月15日発行）に記載されており、それぞれを参照しその全文を本書に組み込む。
[00255]構造（XII）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00256]これは、セトキシジムとしても識別される。
[00257]別の実施態様において、構造（XII）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00258]一実施態様において、構造（XII）の化合物は、セトキシジムではない。
[00259]一実施態様において、化合物は次の構造（XIII）を持つ。
Figure 2010538968
 （XIII）
[00260]ここで、
[00261]Rは、C1-10アルキル、C2-10アルケニル、アリールまたはアラルキルで、
[00262]Xは、NHR1またはOR2で、および
[00263]R1およびR2は、HまたはC1-6アルキルである。
[00264]構造（XIII）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また米国特許第5,188,830号（1993年2月23日発行）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第5カラム1行目〜第6カラム62行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この特許に記載されている。構造（XIII）の化合物のその他の例は、米国出願公開番号第2003/0158156号（2005年8月21日公開）、FR 2425432（1980年1月11日公開）、FR 2457864（1908年12月26日公開）、および『Lawrence et al., 1999, J. Med. Chem. 42:4932-4941』に記載されており、それぞれを参照しその全文を本書に組み込む。
[00265]一実施態様において、構造（XIII）の化合物は、RがC2-10アルケニルである化合物である。
[00266]構造（XIII）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00267]これは、セルレニンとしても識別される。
[00268]別の実施態様において、構造（XIII）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00269]一実施態様において、構造（XIII）の化合物は、セルレニンではない。
[00270]一実施態様において、化合物は次の構造（XIV）を持つ。
Figure 2010538968
 （XIV）
[00271]ここで、
[00272]Rは、-CH2OH、-CO2R2、-CONR3R4またはCOR5から選択され、ここで、R2は、水素または低級アルキル基、R3およびR4は、それぞれ独立的に水素または低級アルキル基、R5は、アミノ酸残基（前記アミノ酸にある終端窒素を介して結合）または少なくとも2つのアミノ酸残基を持つペプチドであり、および
[00273]ここで、R1は、アラルキル、アラルキル(低級アルキル)エーテルまたはC5-C13アルキル(低級アルキル)エーテルである。
[00274]構造（XIV）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また米国特許第6,153,589号（2000年11月28日発行）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、第4カラム21行目〜第17カラム24行目）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この特許に記載されている。
[00275]一実施態様において、構造（XIV）の化合物は、レトロウイルスに対する活性は持たない。
[00276]別の実施態様において、構造（XIV）の化合物は、プロテアーゼのための符号化をするウイルスに対する活性は持たない。
[00277]別の実施態様において、構造（XIV）の化合物は、C型レトロウイルス、D型レトロウイルス、HTLV-1、HTLV-2、HIV-1、HIV-2、マウスの白血病ウイルス、マウス乳がんウイルス、ネコ白血病ウイルス、ウシ白血病ウイルス、ウマ伝染性貧血ウイルス、またはトリ肉腫ウイルス（ラウス肉腫ウイルスなど）に対する活性はもたない。
[00278]別の実施態様において、構造（XIV）の化合物は次のとおりである。
[00279]2R-シス-ノニルオキシランメタノール、2S-シス-ノニルオキシランメタノール、2R-シス-ヘプチルオキシランメタノール、2S-シス-ヘプチルオキシランメタノール、2R-シス-(ヘプチルオキシメチル)オキシラン、メタノール、2S-シス-(ヘプチルオキシメチル)オキシラン、メタノール、2-シス-ウンデシルオキシランメタノール、2R-シス-(ベンジルオキシメチル)オキシラン、メタノール、2S-シス-(ベンジルオキシメチル)オキシランメタノール、シス-2-エポキシデカン、2R-トランス-ノニルオキシランメタノール、2S-トランス-ノニルオキシランメタノール、2R-トランス-ヘプチルオキシランメタノール、2S-トランス-ヘプチルオキシランメタノール、2R-トランス-ウンデシルオキシランメタノール、2S-トランス-ウンデシルオキシランメタノール、2-トランス-ウンデシルオキシランメタノール、2R-シス-ノニルオキシランカルボン酸、2S-シス-ノニルオキシランカルボン酸、2R-シス-ヘプチルオキシランカルボン酸、2S-シス-ヘプチルオキシランカルボン酸、2-シス-ウンデシルオキシランカルボン酸、2R-トランス-ノニルオキシランカルボン酸、2S-トランス-ノニルオキシランカルボン酸、2R-トランス-ウンデシルオキシランカルボン酸、2S-トランス-ウンデシルオキシランカルボン酸、2R-シス-ノニルオキシランカルボキシアミド、2S-シス-ノニルオキシランカルボキシアミド、N,N-ジエチル-2R-シス-ノニルオキシランカルボキシアミド、またはN-(2R-シス-ノニルオキシランアシル)-L-プロリンメチルエステル。
[00280]一実施態様において、化合物は次の構造（XV）を持つ。
Figure 2010538968
 （XV）
[00281]ここで、
[00282]R11は、H、またはC1-C20アルキル、シクロアルキル、アルケニル、アリール、アリールアルキル、またはアルキルアリールで、=CHR13、-C(O)OR13、-C(O)R13、-CH2C(O)OR13、-CH2C(O)NHR13、ここで、R13は、HまたはC1-C10アルキル、シクロアルキル、またはアルケニルであり、
[00283]R12 は、C1-C20アルキル、シクロアルキル、アルケニル、アリール、アリールアルキル、またはアルキルアリールであり、
[00284]X3は、OR14またはNHR14で、ここでR14は、H、C1-C20アルキル、ヒドロキシアルキル、シクロアルキル、アルケニル、アリール、アリールアルキル、またはアルキルアリールで、R14基は、任意にカルボニル基、カルボキシル基、カルボキシアミド基、アルコール基、またはエーテル基を含み、R14基はさらに、任意に1つ以上のハロゲン原子を含む。
[00285]構造（XV）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また米国出願公開番号第2006/0241177号（2006年10月26日発行）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、7〜10ページおよび図1および2）。さらに、これらの化合物の特定の例は、これらの公報に記載されている。構造（XV）の化合物の別の例は、国際特許公報第WO 2004/041189号（2004年5月21日）、国際特許公報第WO 97/18806号（1997年5月29日発行）、および米国出願公開番号第2005/0239877号（2005年10月27日発行）に記載されており、参照しその全文を本書に組み込む。
[00286]構造（XV）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00287]これは、C75（トランス-4-カルボキシ-5-オクチル-3-メチレン-ブチロラクトン）としても識別される。
[00288]別の実施態様において、構造（XV）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00289]一実施態様において、構造（XV）の化合物は、C75ではない。
[00290]一実施態様において、化合物は次の構造（XVI）を持つ。
Figure 2010538968
 （XVI）
[00291]ここで、
[00292]R1〜R5は、独立的にH、OH、アルキル、アルコキシ、ハロゲン、NH2、NHR、NR2、またはCR3であり、ここで、Rはそれぞれの存在位置で、独立的にH、ハロゲンまたはアルキル、
[00293]Qは、NH、OまたはSであり、
[00294]およびX、YおよびZのうち2つはNで、第三はNまたはCHである。
[00295]構造（XVI）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、また米国出願公開番号第2003/0153570号（2003年8月14日発行）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む（特に、8〜41ページの例1〜90）。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。構造（XVI）の化合物の別の例は、米国特許第6,875,781号（2005年4月5日発行）に記載されており、参照しその全文を本書に組み込む。
[00296]構造（XVI）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00297]これは、CT-32228としても識別される。
[00298]別の実施態様において、構造（XVI）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00299]一実施態様において、構造（XVI）の化合物は、CT32228ではない。
[00300]一実施態様において、化合物は次の構造（XVII）を持つ。
Figure 2010538968
 （XVII）
[00301]ここで、
[00302]R1は、直鎖または分岐鎖のモノ-、ポリ-または不置換アルキル基、直鎖または分岐鎖のモノ-、ポリ-または不置換アルキレン基、直鎖または分岐鎖のモノ-、ポリ-または不置換アラリキル、アルキルアリールまたはアリール基であり、
[00303]R6は、OH、O-M+、O-M2+、ここでMは、アルカリ金属、アルカリ土類金属または土類金属または有機性窒素ベースの陽イオン、およびORから構成される群から選択され、ここで、Rは、1〜15個の炭素原子を持つ置換したまたは不置換のアルキルまたはアルキレン遊離基である。
[00304]構造（XVII）の化合物は、当業者に周知の有機合成技術を使用して、またCernerud他（米国特許第7,078,543号）により記載された方法で作ることができ、その全文を参照し本書に組み込む。さらに、これらの化合物の特定の例は、この公報に記載されている。
[00305]構造（XVII）の化合物の特定の例には次がある。
Figure 2010538968
[00306]これは、エトモキシルとしても識別される。
[00307]一実施態様において、構造（XVII）の化合物は、エトモキシルではない。
[00308]一実施態様において、化合物は、次の構造（XVIII）を持つ。
Figure 2010538968
 [00309]化学名6-[4-(2-ピペリジン-1-イル-エトキシ)-フェニル)]-3-ピリジン-4-イル-ピラゾロ[1,5-a]-ピリミジンを持つ。
[00310]一実施態様において、化合物は次の構造（XIX）を持つ。
Figure 2010538968
[00311]これは、オクスフェニシンともいう。
[00312]一実施態様において、化合物は次の構造（XX）を持つ。
Figure 2010538968
[00313]これはクロロキンともいう。
[00314]一実施態様において、化合物は次の構造（XXI）を持つ。
Figure 2010538968
[00315]これは、トリクロサンともいう。
[00316]一実施態様において、化合物は次の構造（XXII）を持つ。
Figure 2010538968
[00317]これは、エピガロカテキン-3-没食子酸塩ともいう。
[00318]一実施態様において、化合物は自然発生的なフラボノイドである。
[00319]特定の実施態様において、化合物は以下の自然発生的なフラボノイドの1つである。
Figure 2010538968
 [00320]これは、ルテオリンともいう、
Figure 2010538968
 [00321]これは、ケルセチンともいい、または
Figure 2010538968
 [00322]これは、ケンフェロールともいう。
[00323]一実施態様において、化合物はCBM-301106である。
[00324]一実施態様において、化合物は次の構造（XXIV）を持つ。
Figure 2010538968
 [00325]または治療的にふさわしいその塩、エステルまたはプロドラッグで、
[00326]ここで、
[00327]Aは、アルケニル、アルコキシアルキル、アルキル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、複素環、および複素環アルキルから構成される群から選択され、
[00328]Bは、アリール環およびヘテロアリール環から構成される群から選択され、これは、ハロ、-ハロ、-OH、-NO2、NHC(O)-(C1-6)アルキル、CHO、ビニール、アリル、(C1-6)ヒドロキシアルキル、NH2、NH(C1-6)アルキル、N[(C1-6)アルキル]2 CH=NOH、CH2N[(C1-6)アルキル]2またはCNで任意に置換でき、
[00329]Dは、アリール環およびヘテロアリール環から構成される群から選択され、
[00330]L1は、不在か、またはヒドロキシアルキレン、-C(RaRb)-、-C(O)-、-C(O)O-、-C(O)NH-、-NRc-、-NRcCH2-、-NRcC(O)-、-NRcC(O)-O-、-NH-N=CH-、--NRcS(O)2-、-O-、-OC(O)NH-、-OC(O)-、-O-N=CH-、-S-、-S(O)2-、-S(O)2NH-から構成される群から選択され、
[00331]L2は、-C(RdRe)-、-(CH2)n-、-NH-、-O-および-S-から構成される群から選択され、
[00332]nは、1、2または3で、
[00333]Zは、アルコキシ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、Rg-O-およびRj-NH-から構成される群から選択した構成要素で、
[00334]R1は、水素、(C1-6)ハロアルキルまたは(C1-6)アルキル、RaおよびRbは、それぞれ独立的に水素、アルキル、ハロアルキルおよびヒドロキシまたはから構成される群から選択され、
[00335]RaおよびRbは、それが結合している原子とともに、Rf−N=を形成し、
[00336]Rcは、水素、アルキル、アリール、ハロアルキル、およびヘテロアリールから構成される群から選択され、
[00337]Rdは、アルキル、ハロアルキル、ヒドロキシおよびハロから構成される群から選択され、
[00338]Reは、水素、アルキル、ハロアルキル、ヒドロキシおよびハロから構成される群から選択されるか、またはRdおよびReは、それが結合している原子とともにオキソを形成し、
[00339]Rfは、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシおよびヒドロキシから構成される群から選択され、
[00340]Rgは、H2N-C(O)-または(C1-6)アルキルHN-C-(O)-で、およびRjは、アルキルカルボニル、アルキル-NH-C(O)-、アルコキシアルキル、アルコキシアルキルカルボニル、アルコキシカルボニル、アルコキシカルボニル-NH-アルキル-NHC(O)-、アルコキシ-NH-C(O)-、シアノアルキルカルボニル、ヒドロキシ、HONH-C(O)-、H2NC(O)-、H2NC(=NH)-、H2NC(O)アルキル-NHC(O)-、H2N-O-C(O)-、ヘテロアリール、ヘテロアリールカルボニル、複素環、および複素環カルボニルから構成される群から選択した構成要素である。
[00341]構造（XXIV）の実施態様は、次の構造（XXIVa）である。
Figure 2010538968
ここで
[00342]Rは、(C1-6)アルキル、(C1-6)アルキル-シクロアルキル、(C1-6)アルキル-ヘテロアリール、(C1-6)アルキル-ヘテロシクロアルキルで、およびここで、Xは、-ハロ、-OH、-NO2、NHC(O)-(C1-6)アルキル、CHO、ビニール、アリル、(C1-6)ヒドロキシアルキル、NH2、NH(C1-6)アルキル、N[(C1-6)アルキル]2 CH=NOH、CH2N[(C1-6)アルキル]2またはCNである、
[00343]構造（XXIVa）の特定の実施態様を、下記の表に掲載する。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00344]構造（XXIV）の別の実施態様は、次の構造（XXIVb）である。
Figure 2010538968
ここで、
[00345]Rは、(C1-6)アルキル、(C1-6)アルキル-シクロアルキル、(C1-6)アルキル-ヘテロアリール、(C1-6)アルキル-ヘテロシクロアルキルで、およびここで、Xは、-ハロ、-OH、-NO2、NHC(O)-(C1-6)アルキル、CHO、ビニール、アリル、(C1-6)ヒドロキシアルキル、NH2、NH(C1-6)アルキル、N[(C1-6)アルキル]2 CH=NOH、CH2N[(C1-6)アルキル]2またはCNである、
[00346]特定の実施態様において、構造（XXIVb）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00347]特定の実施態様において、構造（XXIV）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00348]特定の実施態様において、構造（XXIV）の化合物は次ではない。
Figure 2010538968
[00349]一実施態様において、化合物は次の構造（XXV）を持つ。
Figure 2010538968
[00350]ここで、
[00351]xおよびyは、それぞれ独立的に1、2または3、Wは、-C(O)N(R1)-、-C(O)N[C(O)R1a]-、-N(R1)C(O)N(R1a)- または-N(R1)C(O)-、Vは、-C(O)-、-C(S)-、-C(R10)H、-O-または-CH2-、
[00352]それぞれのR1は、水素、ハロ、メチルまたはトリフルオロメチルから構成される群から選択した1つ以上の置換基で任意に置換される(C1-C6)アルキル、およびメトキシおよびヒドロキシルから構成される群から選択した1つ以上の置換基で任意に置換される(C2-C6)アルキルから構成される群から独立的に選択され、
[00353]R1aは、水素、(C1-C6)アルキルおよびシクロアルキルから構成される群から選択され、
[00354]R2は、(C1-C6)アルキル、(C2-C12)アルケニル、(C2-C12)ヒドロキシアルキル、(C2-C12)ヒドロキシアルケニル、(C2-C12)アルコキシ、(C2-C12)アルコキシアルキル、(C3-C12)シクロアルキル、(C4-C12)シクロアルキルアルキル、アリール、(C7-C12)アラルキル、(C3-C12)ヘテロシクリル、(C3-C12)ヘテロシクリルアルキル、(C3-C12)ヘテロアリール、および(C3-C12)ヘテロアリールアルキルから構成される群から選択されるか、または
[00355]R2は、2〜4環を持つ複数環構造で、ここでこの環は、独立的にシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリールおよびヘテロアリールから構成される群から選択され、またここで、一部またはすべての環は、互いに融合されていてもよい、
[00356]R3は、(C1-C6)アルキル、(C2-C12)アルケニル、(C2-C12)ヒドロキシアルキル、(C2-C12)ヒドロキシアルケニル、(C2-C12)アルコキシ、(C2-C12)アルコキシアルキル、(C3-C12)シクロアルキル、(C4-C12)シクロアルキルアルキル、置換アリール、置換した(C7-C12)アラルキル、(C3-C12)ヘテロシクリル、(C3-C12)ヘテロシクリルアルキル、(C3-C12)ヘテロアリール、および(C3-C12)ヘテロアリールアルキルから構成される群から選択されるか、
またはR3は、2〜4環を持つ複数環構造で、ここでこの環は、シクロアルキル、ヘテロシクリル、アリールおよびヘテロアリールから構成される群から独立的に選択され、ここで一部またはすべての環は、互いに融合されていてもよい、
[00357]R4およびR5は、それぞれ水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロまたは-N(R12)2から独立的に選択される、
[00358]R6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C1-C3)アルキルから独立的に選択されるか、または
[00359]R6およびR6aはまとめて、あるいはR7およびR7aはまとめて、あるいはR8およびR8aはまとめて、あるいはR9およびR9aはまとめてオキソ基であるが、ただしVが-C(O)-、R7およびR7aがまとめてまたはR8およびR8aがまとめてオキソ基を形成せず、一方、残りのR6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aが、それぞれ水素または(C3-C12)アルキルから独立的に選択されるときか、または
[00360]R6、R6a、R7、およびR7aのどれか1つが、R8、R8a、R9およびR9aのどれか1つとまとめて、アルキレン架橋を形成する一方、残りのR6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C3-C12)アルキルから独立的に選択されるときに限り、
[00361]R10は、水素または(C3-C12)アルキルで、またそれぞれのR12は、水素または(C1-C6)アルキル、立体異性体、エナンチオマーまたはその互変異性体、医薬品として容認できるその塩、その薬剤の組成またはそのプロドラッグから独立的に選択される。
[00362]特定の実施態様において、構造（XXV）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
ここで、
[00363]Arは、2-トリフルオロメチルフェニル、フェニル、2-フルオロフェニル、3-フルオロフェニル、4-フルオロフェニル、2,3-ジフルオロフェニル、2,4-ジフルオロフェニル、2,5-ジフルオロフェニル、2,6-ジフルオロフェニル、2-クロロフェニルまたは2,5-ジクロロフェニルである。
[00364]構造（XXV）の別の特定の実施態様は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00365]一実施態様において、化合物は次の構造（XXVI）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00366]mは、1、2または3で、
[00367]nは、1、2、3または4で、
[00368]pは、2、3または4で、
[00369]Vは、-C(O)-、-S(O)-または-S(O)2、-O-または-CH2-で、
[00370]R1は、水素、アルキル、アルケニル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アラルケニルまたはシクロアルキルで、
[00371]R2は、水素、-R7-OR8、-R7-N(R8)2、-R7-S(O)tR10（ここで、tは、0、1または2）、アルキル、アルケニル、任意に置換したアリール、任意に置換したアラルキル、任意に置換したアラルケニル、任意に置換したシクロアルキル、任意に置換したシクロアルキルアルキル、任意に置換したシクロアルキルアルケニル、任意に置換したヘテロシクリル、任意に置換したヘテロシクリルアルキル、任意に置換したヘテロシクリルアルケニル、任意に置換したヘテロアリール、任意に置換したヘテロアリールアルキルおよび任意に置換したヘテロアリールアルケニルから構成される群から選択され、
[00372]R3は、水素、-R9-OR8、-R9-N(R8)2、アルキル、アルケニル、任意に置換したアリール、任意に置換したアラルキル、任意に置換したアラルケニル、任意に置換したシクロアルキル、任意に置換したシクロアルキルアルキル、任意に置換したシクロアルキルアルケニル、任意に置換したヘテロシクリル、任意に置換したヘテロシクリルアルキル、任意に置換したヘテロシクリルアルケニル、任意に置換したヘテロアリール、任意に置換したヘテロアリールアルキルおよび任意に置換したヘテロアリールアルケニルから構成される群から選択され、
[00373]それぞれのR4は、独立的に水素、アルキル、アルケニル、ハロ、ハロアルキル、アリール、シアノ、ニトロ、-R9-OR8、-R9-N(R8)2または-S(O)t-R10（ここで、tは、0、1または2）であり、
[00374]それぞれのR5およびR6は、独立的に水素、オキソ、アルキル、アルケニル、ハロ、ハロアルキルまたはアリール、または
[00375]1つのR5および1つのR6は、まとめて直鎖または分岐鎖のアルキレン架橋を形成することができ、
[00376]それぞれのR7は、独立的に直鎖または分岐鎖のアルキレンまたはアルケニレン鎖で、
[00377]それぞれのR8は、独立的に水素、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシリルアルキル、ヘテロアリールまたはヘテロアリールアルキルで、
[00378]それぞれのR9は、独立的に直接結合または直鎖または分岐鎖のアルキレンまたはアルケニレン鎖で、および
[00379]R10は、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシリルアルキル、ヘテロアリールまたはヘテロアリールアルキル、単一の立体異性体、立体異性体の混合物、立体異性体のそのラセミ混合物として、または互変異性体として、またはその医薬品として容認できる塩、プロドラッグ、溶媒和または多形として存在する。
[00380]構造（XXVI）の特定の実施態様は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00381]一実施態様において、化合物は次の構造（XXVII）を持つ。
Figure 2010538968
[00382]ここで、
[00383]xおよびyは、それぞれ独立的に1、2または3で、Wは、-C(O)N(R1)-、-C(O)N[C(O)R1a]-、-N(R1)C(O)N(R1a)-または-N(R1)C(O)-で、Vは、-C(O)-、-C(S)-、-C(R10)H、-O-または-CH2-であり、
[00384]それぞれのR1は、水素、ハロ、メチルまたはトリフルオロメチルから構成される群から選択した1つ以上の置換基で任意に置換した(C1-C6)アルキル、およびメトキシおよびヒドロキシルから構成される群から選択した1つ以上の置換基で任意に置換した(C2-C6)アルキルから構成される群から独立的に選択され、
R1aは、水素、(C1-C6)アルキルおよびシクロアルキルから構成される群から選択され、
R2は、(C1-C6)アルキル、(C2-C12)アルケニル、(C2-C12)ヒドロキシアルキル、(C2-C12)ヒドロキシアルケニル、(C2-C12)アルコキシ、(C2-C12)アルコキシアルキル、(C3-C12)シクロアルキル、(C4-C12)シクロアルキルアルキル、アリール、(C7-C12)アラルキル、(C3-C12)ヘテロシクリル、(C3-C12)ヘテロシクリルアルキル、(C3-C12)ヘテロアリール、および(C3-C12)ヘテロアリールアルキルから構成される群から選択されるか、
[00385]あるいはR2は、2〜4環を持つ複数環構造で、ここで、この環は、独立的にシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリールおよびヘテロアリールから構成される群から選択され、またここで、一部またはすべての環は、互いに融合されていてもよく、
[00386]R3は、(C1-C6)アルキル、(C2-C12)アルケニル、(C2-C12)ヒドロキシアルキル、(C2-C12)ヒドロキシアルケニル、(C2-C12)アルコキシ、(C2-C12)アルコキシアルキル、(C3-C12)シクロアルキル、(C4-C12)シクロアルキルアルキル、置換アリール、置換した(C7-C12)アラルキル、(C3-C12)ヘテロシクリル、(C3-C12)ヘテロシクリルアルキル、(C3-C12)ヘテロアリール、および(C3-C12)ヘテロアリールアルキルから構成される群から選択されるか、または
[00387]R3は、2〜4環を持つ複数環構造で、ここで、この環は、独立的にシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリールおよびヘテロアリールから構成される群から選択され、またここで、一部またはすべての環は、互いに融合されていてもよく、
[00388]R4およびR5は、それぞれ水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロまたは-N(R12)2から独立的に選択され、
[00389]R6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C1-C3)アルキルから独立的に選択されるか、または
[00390]R6およびR6aはまとめて、あるいはR7およびR7aはまとめて、あるいはR8およびR8aはまとめて、あるいはR9およびR9aはまとめてオキソ基であるが、ただしVが-C(O)-、R7およびR7aがまとめてまたはR8およびR8aがまとめてオキソ基を形成せず、一方、残りのR6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C3-C12)アルキルから独立的に選択されるときか、または
[00391]R6、R6a、R7、およびR7aのどれか1つが、R8、R8a、R9およびR9aのどれか1つとまとめて、アルキレン架橋を形成する一方、残りのR6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C3-C12)アルキルから独立的に選択されるときに限り、
[00392]R10は、水素または(C3-C12)アルキルで、および
[00393]それぞれのR12は、水素または(C1-C6)アルキルから独立的に選択され、
[00394]立体異性体、エナンチオマーまたはその互変異性体、医薬品として容認できるその塩、その薬剤の組成またはそのプロドラッグである。
[00395]構造（XXVII）の一実施態様は、次の（XXVIIa）である。
Figure 2010538968
ここで、R2aは、-H、CH3、HOCH2CH2、
Figure 2010538968
 であり、
またここで、Arは、2-フルオロフェニル、2-クロロフェニル、2-ブロモフェニル、2-シアノフェニルまたは2-クロロ-5-フルオロフェニルである。
[00396]一実施態様において、化合物は次の構造（XXVIII）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00397]xおよびyは、それぞれ独立的に1、2または3で、
[00398]Vは、-C(O)-、-C(S)-、-C(R10)H、-O-または-CH2-で、
[00399]それぞれのR1は、水素、ハロ、メチルまたはトリフルオロメチルから構成される群から選択した1つ以上の置換基で任意に置換される(C1-C6)アルキル、およびメトキシおよびヒドロキシルから構成される群から選択した1つ以上の置換基で任意に置換される(C2-C6)アルキルから構成される群から独立的に選択され、
[00400]R1aは、水素、(C1-C6)アルキルおよびシクロアルキルから構成される群から選択され、
[00401]R2は、(C1-C6)アルキル、(C2-C12)アルケニル、(C2-C12)ヒドロキシアルキル、(C2-C12)ヒドロキシアルケニル、(C2-C12)アルコキシ、(C2-C12)アルコキシアルキル、(C3-C12)シクロアルキル、(C4-C12)シクロアルキルアルキル、アリール、(C7-C12)アラルキル、(C3-C12)ヘテロシクリル、(C3-C12)ヘテロシクリルアルキル、(C3-C12)ヘテロアリール、および(C3-C12)ヘテロアリールアルキルから構成される群から選択されるか、または
[00402]R2は、2〜4環を持つ複数環構造で、ここでこの環は、独立的にシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリールおよびヘテロアリールから構成される群から選択され、またここで、一部またはすべての環は、互いに融合されていてもよく、R3は、(C1-C6)アルキル、(C2-C12)アルケニル、(C2-C12)ヒドロキシアルキル、(C2-C12)ヒドロキシアルケニル、(C2-C12)アルコキシ、(C2-C12)アルコキシアルキル、(C3-C12)シクロアルキル、(C4-C12)シクロアルキルアルキル、置換アリール、置換した(C7-C12)アラルキル、(C3-C12)ヘテロシクリル、(C3-C12)ヘテロシクリルアルキル、(C3-C12)ヘテロアリール、および(C3-C12)ヘテロアリールアルキルから構成される群から選択されるか、または
[00403]R3は、2〜4環を持つ複数環構造で、ここでこの環は、独立的にシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリールおよびヘテロアリールから構成される群から選択され、またここで、一部またはすべての環は、互いに融合されていてもよく、
[00404]R4およびR5は、それぞれ水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロまたは-N(R12)2から独立的に選択され、
[00405]R6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C1-C3)アルキルから独立的に選択されるか、または
[00406]R6およびR6aはまとめて、あるいはR7およびR7aはまとめて、あるいはR8およびR8aはまとめて、あるいはR9およびR9aはまとめてオキソ基であるが、ただしVが-C(O)-、R7およびR7aがまとめてまたはR8およびR8aがまとめてオキソ基を形成せず、一方、残りのR6、R 6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C3-C12)アルキルから独立的に選択されるときか、または
[00407]R6、R6a、R7、およびR7aのどれか1つが、R8、R8a、R9およびR9aのどれか1つとまとめて、アルキレン架橋を形成する一方、残りのR6、R6a、R7、R7a、R8、R8a、R9、およびR9aは、それぞれ水素または(C3-C12)アルキルから独立的に選択されるときに限り、
[00408]R10は、水素または(C3-C12)アルキルで、および
[00409]それぞれのR12は、水素または(C1-C6)アルキルから独立的に選択され、立体異性体、エナンチオマーまたはその互変異性体、医薬品として容認できるその塩、その薬剤の組成またはそのプロドラッグである。
[00410]一実施態様において、構造（XVIII）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
[00411]構造（XXVIII）の特定の一実施態様は、（XXVIIIa）で次のとおりである。
Figure 2010538968
ここで、
[00412]R13は、-CH3、-CF3、n-Prまたは-CH2Phで、またここで、
[00413]Arは、フェニル、2-クロロフェニル、2-フルオロフェニル、2-メチルフェニルまたは2-クロロ-5-フルオロフェニルである。
[00414]構造（XXVIII）の別の特定の一実施態様は、（XVIIIb）で次のとおりである。
Figure 2010538968
 [00415]ここで、R13は、-CH3、-CF3、n-Prまたは-CH2Phで、
[00416]またここで、Arは、フェニル、2-クロロフェニル、2-フルオロフェニル、2-メチルフェニルまたは2-クロロ-5-フルオロフェニルである。
[00417]構造（XXVIII）の別の特定の一実施態様は、（XXVIIIc）で次のとおりである。
Figure 2010538968
[00418]ここで、R13は、-CH3、-CF3、n-Prまたは-CH2Phで、
[00419]またここで、Arは、フェニル、2-クロロフェニル、2-フルオロフェニル、2-メチルフェニルまたは2-クロロ-5-フルオロフェニルである。
[00420]構造（XXVIII）のさらに別の特定の一実施態様は、（XXVIIId）で次のとおりである。
Figure 2010538968
 ここでHetは次のとおりである。
Figure 2010538968
[00421]またここで、Arは、フェニル、2-クロロフェニル、2-フルオロフェニル、2-メチルフェニルまたは2-クロロ-5-フルオロフェニルである。
[00422]一実施態様において、化合物は次の構造（XXIX）を持つ。
Figure 2010538968
[00423]ここで、Xは、-(C5-C20)アルキル、-O-(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシで、Rは、-O-(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルコキシ、O-(C1-C6)アルキル-NHC(O)-(C1-C6)アルキル、-NH2または-NH-(C1-C6)アルキルで、
[00424]立体異性体、エナンチオマーまたはその互変異性体、医薬品として容認できるその塩、その金属キレート、その薬剤の組成またはそのプロドラッグである。
[00425]特定の実施態様において、構造（XXIX）の化合物は次のとおりである。
Figure 2010538968
 である。
[00426]一実施態様において、化合物は次の構造（XXX）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00427]Xは、-(C1-C6)アルキル、-(C1-C6)アルコキシ、-(C1-C6)アルケノキシ、-(C1-C6)ヒドロキシアルキル、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、-CN、-CHO、-CO(C1-C6)アルキル、-S(C1-C6)アルキル、-CON[(C1-C6)アルキル]2、-CONH2、-(C1-C6)アルキルCOO(C1-C6)アルキル、-(C1-C6)アルキルOCOO(C1-C6)アルキル、-(C1-C6)アルケニルCOO(C1-C6)アルキル、-CO(C1-C6)アルキルCOO(C1-C6)アルキル、CO(C1-C6)アルキルCOOH、-O(C1-C6)アルキルCOO(C1-C6)アルキルまたは-S(C1-C6)アルキルCOO(C1-C6)アルキルである。
[00428]特定の実施態様において、構造（XXX）の化合物は、
Figure 2010538968
 である。
[00429]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXI）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00430]Xは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O-(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C20)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシであり、
[00431]Rは、-Hまたは-(C1-C6)アルキルで、
[00432]mは、1、2または3である。
[00433]特定の実施態様において、構造（XXXI）の化合物は、
Figure 2010538968
 である。
[00434]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXIII）を持つ。
Figure 2010538968
ここで：
[00435]Yは、OまたはS、-NHまたはN(C1-C6)アルキルで、
[00436]Xは、-COOH、-CO2(C1-C6)アルキル、-CONH-2、-H、-CO(C1-C6)アルキル、-COC(ハロ)3、
Figure 2010538968
 または補酵素Aとともに付加物を形成しうる部分で、および
[00437]Zは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O-(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C20)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシである。
[00438]一実施態様において、構造（XXXIII）の化合物は、YがOである化合物である。
[00439]別の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物は、Xが-COOHである化合物である。
[00440]別の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物は、Zが-O(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニルまたは-O(C5-C20)アルコキシである化合物である。
[00441]別の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物は、YがO、Xが-COOHおよびZが-O(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニルまたは-O(C5-C20)アルコキシである化合物である。
[00442]別の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物は、Xが補酵素Aとエステル連鎖を形成しうる部分である化合物である。例えばXは、構造の化合物の生成ができる部分でもよい。
Figure 2010538968
[00443]特定の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
ここで、
[00444]Xは、-COOH、-CO2(C1-C6)アルキル、-CONH2、-H、-CO(C1-C6)アルキル、-COC(ハロ)3、
Figure 2010538968
 または補酵素Aとともに付加物を形成しうる部分である。
[00445]別の特定の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00446]特定の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物は、『Parker et al., J. Med. Chem. 1977, 20, 781-791』に開示されている化合物で、その全文を参照し本書に組み込む。
[00447]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXII）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00448]Xは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C20)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシで、
[00449]Yは、O、S、-NHまたはN(C1-C6)アルキルである。
[00450]特定の実施態様において、構造（XXXII）の化合物は、
Figure 2010538968
Figure 2010538968
 である。
[00451]特定の実施態様において、構造（XXXII）の化合物は、『Parker et al., J. Med. Chem. 1977, 20, 781-791』に開示されている化合物で、その全文を参照し本書に組み込む。
[00452]一実施態様において、構造（XXXIII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
 [構造（XXIII）]、これは、またTOFAともいわれ、化学名5-(テトラデシルオキシ)-2-フロ酸を持つ。
[00453]特定の実施態様において、構造（XXXIII）の化合物はTOFAではなく、またこれは、次の構造でも描写される。
Figure 2010538968
[00454]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXIV）を持つ。
Figure 2010538968
[00455]ここで、
[00456]R1は、水素、シクロアルキル、アルキルおよびハロアルキルから構成される群から選択される、
[00457]Yは、-(CR4aR4b)m-、-C(O)-、-O-、-N(H)-、-N(アルキル)-および-S-から構成される群から選択され、ここで、
[00458]mは、1、2または3で、
[00459]R4a、R4bのそれぞれは、mが1、2または3のとき、各々の存在位置で独立的に水素、アルキル、ヒドロキシアルキル、およびハロアルキルから構成される群から選択され、
またこれとは別にmが1のとき、R4aおよびR4bは、それが結合される炭素とともに単環式のシクロアルキルまたは複素環を形成し、
[00460]Ar3は、フェニルまたは単環式のヘテロアリールで、ここで、Ar3は、アルキル、アルケニル、-CN、-NO2、ハロゲン、-OR5、-O-N=CH(R2)、-OC(O)R2、-OC(O)N(R3)(R5)、-OC(O)OR2、-OS(O)2R5、-SR2、-S(O)R2、-S(O)2R5、-S(O)2OR5、-S(O)2N(R3)(R5)、-C(O)R5、-C(O)N(R3)(R5)、-C(O)OR5、-C(O)N(R3)(R5)、-N(R3)(R5)、-N(H)-N=CH(R2)、--N(R3)C(O)R2、-N(R3)C(O)OR5、-N(R3)S(O)2R5、-N(R3)C(O)N(R3)(R5)、-N(R3)S(O)2N(R3)(R5)、-R8、ハロアルキル、シアノアルキル、ニトロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-アルキレニル-OC(O)R2、-アルキレニル-OC(O)N(R3)(R5)、-アルキレニル-OC(O)OR2、-アルキレニル-OS(O)2R5、-アルキレニル-SR2、-アルキレニル-S(O)R2、-アルキレニル-S(O)2R5、-アルキレニル-S(O)2OR5、-アルキレニル-S(O)2N(R3)(R5)、-アルキレニル-C(O)R5、-アルキレニル-C(O)N(R3)(R5)、-アルキレニル-C(O)OR5、-アルキレニル-C(O)N(R3)(R5)、-アルキレニル-N(R3)(R5)、-アルキレニル-N(R3)C(O)R2、-アルキレニル-N(R2)C(O)OR5、-アルキレニル-N(R3)S(O)2R5、-アルキレニル-N(R3)C(O)N(R3)(R5)、-アルキレニル-N(R3)S(O)2N(R3)(R5)、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択される1、2または3または4個の置換基で独立的に置換され、
[00461]R2は、各々の存在位置で独立的に、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-R8、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00462]R3は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アリールアルキル、ハロアルキル、およびヘテロアリールアルキルから構成される群から選択され、
[00463]R5は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-R8、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00464]Ar1は、フェニルおよび単環式の、5または6員環のヘテロアリールから構成される群から選択され、
[00465]Ar2は、単環式の5員環のヘテロアリール、ここでそれぞれのAr2は、独立的に、置換されていないかまたはアルキル、アルケニル、ハロゲン、-CN、-NO2、ヒドロキシ、アルコキシ、-NH2、-N(H)(アルキル)、-N(アルキル)2、-C(O)OH、-C(O)Oアルキル、-C(O)H、-C(O)アルキル、およびハロアルキルから構成される群から選択される1つまたは2つの置換基で置換され、
[00466]Zは、-OR9a、-アルキレニル-OR9a、-NR6R9bおよび-アルキレニル-NR6R9bから構成される群から選択され、
[00467]R6は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキルおよびハロアルキルから構成される群から選択され、
[00468]R9aは、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ハロアルキル、R8、-C(O)OR10、-S(O)2R10、-C(O)NR7R11、-S(O)2NR7R11、-C(O)R10、-アルキレニル-OR10、-アルキレニル-NR7R11、-アルキレニル-N(R7)C(O)OR10、-アルキレニル-N(R7)C(O)R10、-アルキレニル-C(O)OR10、-アルキレニル-S(O)2R10、-アルキレニル-S(O)2NR7R11、-アルキレニル-C(O)NR7R11、-アルキレニル-C(O)R10、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00469]R9bは、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、R8、-C(=NH)NH2、-C(O)OR10、-S(O)2R10、-C(O)NR7R12、-C(O)ONH2、-S(O)2NR7R12、-C(O)R10、-C(O)CH2C(O)R10、ハロアルキル、-アルキレニル-OR10、-アルキレニル-NR7R12、-アルキレニル-N(R7)C(O)OR10、-アルキレニル-N(R7)C(O)R10、-アルキレニル-C(O)OR10、-アルキレニル-S(O)2R10、-アルキレニル-S(O)2NR7R12、-アルキレニル-C(O)NR7R12、-アルキレニル-C(O)R10、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00470]R7は、その各々の存在位置でそれぞれ、独立的に、水素、アルキルおよびハロアルキルから構成される群から選択され、
[00471]R10は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アルコキシアルキル、シアノアルキル、ハロアルキル、-R8、およびアルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00472]R11は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルコキシアルキル、シアノアルキル、ハロアルキル、-R8、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00473]R12は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、--R8、アルコキシアルキル、シアノアルキル、ハロアルキル、-アルキレニル-C(O)NH2、-アルキレニル-C(O)N(H)(アルキル)、-アルキレニル-C(O)N(アルキル)2、-アルキレニル-N(H)C(O)Oアルキル、-アルキレニル-N(アルキル)C(O)Oアルキル、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、および
[00474]R8は、各々の存在位置で独立的に、アリール、ヘテロアリール、複素環、シクロアルキルおよびシクロアルケニルから構成される群から選択され、またAr1、R3およびR8で表現されるフェニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アリール、ヘテロアリール、複素環、アリールアルキルのアリール部分、およびヘテロアリールアルキルのヘテロアリール部分は、それぞれ独立的に、置換されていないかまたは、1、2、3または4個の置換基で独立的に置換され、アルキル、アルケニル、-CN、-NO2、ハロゲン、エチレンジオキシ、メチレンジオキシ、オキソ、-ORa、-OC(O)Ra、-OC(O)ORa、-OS(O)2Ra、-S(アルキル)、-S(O)アルキル、-S(O)2アルキル、-S(O)2ORa、-S(O)2NRaRb、-C(O)ORa、-C(O)NRaRa、-C(O)ORa、-C(O)NRaRb、-NRaRb、-NORa、-N(Rb)C(O)Ra、-N(Rb)C(O)ORa、-N(Rb)S(O)2Ra、-N(Rb)C(O)NRaRb、-N(Rb)S(O)2NRaRb、ハロアルキル、シアノアルキル、ニトロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-アルキレニル-OC(O)Ra、-アルキレニル-OC(O)ORa、-アルキレニル-OS(O)2アルキル、-アルキレニル-S(アルキル)、-アルキレニル-S(O)アルキル、-アルキレニル-S(O)2アルキル、-アルキレニル-S(O)2ORa、-アルキレニル-S(O)2NRaRb、-アルキレニル-C(O)Ra、-アルキレニル-C(O)NRaRb、-アルキレニル-C(O)ORa、-アルキレニル-C(O)NRaRb、-アルキレニル-NRaRb、-アルキレニル-N(Rb)C(O)Ra、-アルキレニル-N(Rb)C(O)ORa、-アルキレニル-N(Rb)S(O)2Ra、-アルキレニル-N(Rb)C(O)NRaRb、および-アルキレニル-N(Rb)S(O)2NRaRbから構成される群から選択され、ここで、
[00475]Raは、その各々の存在位置で、水素、アルキル、アルケニルおよびハロアルキルから構成される群から独立的に選択され、および
[00476]Rbは、その各存在位置で、水素およびアルキルから構成される群から独立的に選択される。
[00477]特定の実施態様において、構造（XXXIV）の化合物は、
Figure 2010538968
 である。
[00478]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXV）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00479]R1は、水素、アルキル、ハロアルキル、またはシクロアルキル、L1は、-CRxRy-、-C(O)-、-O-、-S-、-N(アルキル)-、または-N(H)-、ここで、RxおよびRyは各々、水素、アルキル、ヒドロキシアルキルおよびハロアルキルから構成される群から独立的に選択されるか、またはRx、およびRyは、それらが結合される炭素とともにシクロアルキルおよび複素環から構成される群から選択される3〜6員環の単環式の環を形成し、
[00480]RA、RBおよびRCは、それぞれ独立的に水素、アルキル、ハロゲンまたはハロアルキルで、
[00481]Zは、-CN、-OR2、-アルキレニル-OR2、--N(R3)(R4)または-アルキレニル-N(R3)(R4)、
[00482]R2は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ハロアルキル、-C(O)ORa、-S(O)2Ra、-C(O)N(Ra)(Rb)、-S(O)2N(Ra)(Rb)、-C(O)Ra、-アルキレニル-ORa、-アルキレニル-N(Ra)(Rb)、-アルキレニル-N(Rb)C(O)ORa、-アルキレニル-N(Rb)C(O)N(Ra)(Rb)、-アルキレニル-N(Rb)C(O)Ra、-アルキレニル-N(Rb)S(O)2Ra、-アルキレニル-C(O)ORa、-アルキレニル-S(O)2Ra、-アルキレニル-S(O)2ORa、-アルキレニル-S(O)2N(Ra)(Rb)、-アルキレニル-C(O)N(Ra)(Rb)および-アルキレニル-C(O)Raから構成される群から選択され、
[00483]R3は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキルおよびハロアルキルから構成される群から選択され、
[00484]R4は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、-C(=NH)NH2、-C(O)ORa、-S(O)2Ra、-C(O)N(Ra)(Rb)、--S(O)2N(Ra)(Rb)、-C(O)Ra、-C(O)CH2C(O)Ra、ハロアルキル、-アルキレニル-ORa、-アルキレニル-N(Ra)(Rb)、-アルキレニル-N(Rb)C(O)ORa、-アルキレニル-N(Rb)C(O)N(Ra)(Rb)、-アルキレニル-N(Rb)S(O)S2Ra、-アルキレニル-N(Rb)C(O)Ra、-アルキレニル-C(O)ORa、-アルキレニル-S(O)2Ra、-アルキレニル-S(O)2ORa、-アルキレニル-S(O)2N(Ra)(Rb)、-アルキレニル-C(O)N(Ra)(Rb)および-アルキレニル-C(O)Raから構成される群から選択され、
[00485]Ar1は、フェニルまたは単環式のヘテロアリール、そのそれぞれは、シクロアルキル、シクロアルケニル、複素環およびヘテロアリールから構成される群から選択されるフェニルまたは単環式、5員環または6員環に任意に融合し、またそれぞれのAr1は、独立的に、置換されていないか、またはアルキル、アルケニル、-CN、-NO2、ハロゲン、-OR6、-O-N=CH(R5)、-OC(O)R5、-OC(O)N(R7)(R6)、-OC(O)OR5、-OS(O)2R5、-SR6、-S(O)R5、-S(O)2R5、-S(O)2OR6、-S(O)2N(R7)(R6)、-C(O)R6、-C(O)N(R7)(R6)、-C(O)OR6、-C(O)N(R7)(R6)、-N(R7)(R6)、-N(H)-N=CH(R5)、-N(R7)C(O)R6、--N(R7)C(O)OR6、--N(R7)S(O)2R6、--N(R7)C(O)N(R7)(R6)、-N(R7)S(O)2N(R7)(R6)、-R8、ハロアルキル、シアノアルキル、ニトロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-アルキレニル-OC(O)R5、-アルキレニル-OC(O)N(R7)(R6)、-アルキレニル-OC(O)OR5、-アルキレニル-OS(O)2R5、-アルキレニル-SR6、-アルキレニル-S(O)R5、-アルキレニル-S(O)2R5、-アルキレニル-S(O)2OR6、-アルキレニル-S(O)2N(R7)(R6)、-アルキレニル-C(O)R6、-アルキレニル-C(O)N(R7)(R6)、-アルキレニル-C(O)OR6、-アルキレニル-C(O)N(R7)(R6)、-アルキレニル-N(R7)(R6)、-アルキレニル-N(R7)C(O)R5、-アルキレニル-N(R7)C(O)OR5、-アルキレニル-N(R7)S(O)2R5、-アルキレニル-N(R7)C(O)N(R7)(R6)、-アルキレニル-N(R7)S(O)2N(R7)(R6)、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択される1、2、3または4個の置換基で独立的に置換され、
[00486]R5は、各々の存在位置で独立的に、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-R8、およびアルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00487]R6は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-R8、および-アルキレニル-R8から構成される群から選択され、
[00488]R7は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アリールアルキル、ハロアルキル、およびヘテロアリールアルキルから構成される群から選択され、
[00489]R8は、各々の存在位置で独立的に、アリール、ヘテロアリール、複素環、シクロアルキルおよびシクロアルケニルから構成される群から選択され、R7およびR8で表現されるフェニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アリール、ヘテロアリール、複素環、アリールアルキルのアリール部分、およびヘテロアリールアルキルのヘテロアリール部分は、それぞれの独立的に、置換されていないか、または独立的にアルキル、アルケニル、-CN、-NO2、ハロゲン、エチレンジオキシ、メチレンジオキシ、オキソ、-ORa、-OC(O)Ra、-OC(O)ORa、-OS(O)2Ra、-S(アルキル)、-S(O)アルキル、-S(O)2アルキル、-S(O)2ORa、-S(O)2NRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRaRb、C(O)ORa、-C(O)NRaRb、-NRaRb、-NORa、-N(Rb)C(O)Ra、-N(Rb)C(O)ORa、-N(Rb)S(O)2Ra、N(Rb)C(O)NRaRb、-N(Rb)S(O)2NRaRb、ハロアルキル、シアノアルキル、ニトロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-アルキレニル-OC(O)Ra、-アルキレニル-OC(O)ORa、-アルキレニル-OS(O)2アルキル、-アルキレニル-S(アルキル)、-アルキレニル-S(O)アルキル、-アルキレニル-S(O)2アルキル、-アルキレニル-S(O)2ORa、-アルキレニル-S(O)2NRaRa、-アルキレニル-C(O)Ra、-アルキレニル-C(O)NRaRb、-アルキレニル-C(O)ORa、-アルキレニル-C(O)NRaRb、-アルキレニル-NRaRb、-アルキレニル-N(Rb)C(O)Ra、-アルキレニル-N(Rb)C(O)ORa、-アルキレニル-N(Rb)S(O)2Ra、-アルキレニル-N(Ra)C(O)NRaRb、および-アルキレニル-N(Rb)S(O)2NRaRbから構成される群から選択された1、2、3または4個の置換基で置換され、
[00490]Raは、各々の存在位置で、水素、アルキル、アルケニルおよびハロアルキルから構成される群から独立的に選択され、および
[00491]Rbは、その各々の存在位置で、水素およびアルキルから構成される群から独立的に選択される。
[00492]特定の実施態様において、構造（XXXV）の化合物は、
Figure 2010538968
 である。
[00493]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXVI）を持つ。
Figure 2010538968
 または医薬品として容認できる塩、プロドラッグ、プロドラッグの塩、またはその組み合わせで、ここで、
[00494]Yは、-CRxRy--、-C(O)-、-O-、-N(H)-、-N(アルキル)-および-S-から構成される群から選択され、ここで、
[00495]RxおよびRyのそれぞれは、水素、アルキル、ヒドロキシアルキル、およびハロアルキルから構成される群から独立的に選択されるか、またはRxおよびRyは、それらが結合される炭素とともに単環式のシクロアリルまたは複素環を形成し、
[00496]Ar1は、フェニルおよび単環式の、5または6員環のヘテロアリールから構成される群から選択され、
[00497]Ar3は、フェニルまたは単環式のヘテロアリールで、ここで、Ar3は、アルキル、アルケニル、-CN、-NO2、ハロゲン、-OR2、-O-N=CH(R1)、-OC(O)R1、-OC(O)N(R3)(R2)、-OC(O)OR1、-OS(O)2R1、-SR2、--S(O)R1、-S(O)2R2、-S(O)2OR2、-S(O)2N(R3)(R2)、-C(O)R-、-C(O)N(R3)(R2)、-C(O)OR2、-C(O)N(R3)(R2)、-N(R3)(R2)、-N(H)-N-CH(R1)、-N(R3)C(O)R2、-N(R3)C(O)OR2、-N(R3)S(O)2R1、-N(R3)C(O)N(R3)(R2)、-N(R3)S(O)2N(R3)(R2)、-R4、ハロアルキル、シアノアルキル、ニトロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-アルキレニル-CO(O)R1、-アルキレニル-OC(O)N(R3)(R2)、-アルキレニル-OC(O)OR1、-アルキレニル-OS(O)R1、-アルキレニル-SR2、-アルキレニル-S(O)R1、-アルキレニル-S(O)2R1、-アルキレニル-S(O)2OR2、-アルキレニル-S(O)2N(R3)(R2)、-アルキレニル-C(O)R2、-アルキレニル-C(O)N(R3)(R2)、-アルキレニル-C(O)O R2、-アルキレニル-C(O)N(R2)(R2)、-アルキレニル-N(R3)(R2)、-アルキレニル-N(R3)C(O)R2、-アルキレニル-N(R3)C(O)OR2、-アルキレニル-N(R3)S(O)2R1、-アルキレニル-N(R3)C(O)N(R3)(R2)、-アルキレニル-N(R3)S(O)2N(R3)(R2)、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択される1、2、3または4個の置換基で独立的に置換され、
[00498]R1は、各々の存在位置で独立的に、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-R4、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、
[00499]R2は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-R4、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、
[00500]R3は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アリールアルキル、ハロアルキル、およびヘテロアリールアルキルから構成される群から選択され、
[00501]R4は、各々の存在位置で独立的に、アリール、ヘテロアリール、複素環、シクロアルキルおよびシクロアルケニルから構成される群から選択され、
[00502]Ar2は、式（a）、（b）、（c）、（d）、または（e）の基であり、
Figure 2010538968
 [00503]ここで
[00504]Rは、水素、シクロアルキル、アルキルまたはハロアルキルで、
[00505]Z1、Z2、Z3およびZ4は、C(R101)であるか、またはZ1、Z2、Z3 およびZ4のうち1つまたは2つは、Nで、それ以外はC(R101)であり、
[00506]Z5、Z6およびZ7は、C(R102)であるか、またはZ5、Z6およびZ7のうち1つまたは2つはNで、それ以外はC(R102)で、R101およびR102は、その各々の存在位置でそれぞれ、独立的に水素、アルキル、アルケニル、ハロゲン、-CN、-NO2、ヒドロキシ、アルコキシ、-NH2、-N(H)(アルキル)、-N(アルキル)2、-C(O)OH、-C(O)Oアルキル、-C(O)H、-C(O)アルキル、またはハロアルキルであり、
[00507]W1は、CH2で、およびW2は、CH2、CH2-CH2、またはX-CH2で、ここでXは、W1に結合し、およびXは、N(Rz)、OまたはSであり、または
[00508]W1は、N(Rz)、OまたはSで、およびW2は、CH2-CH2であり、
[00509]Rzは、その各々の存在位置で、独立的に水素、アルキル、ハロアルキル、-C(O)Oアルキル、-C(O)アルキル、-C(O)NH2)、-C(O)N(H)(アルキル)、-C(O)N(アルキル)2、-S(O)2NH2、-S(O)2N(H)(アルキル) or --S(O)2N(アルキル)2;
[00510]Zは、-OR5、-アルキレニル-OR5、-N(R6)(R7)および-アルキレニル-N(R6)(R7)から構成される群から選択され、
[00511]R5は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ハロアルキル、R4、-C(O)OR8、-S(O)2R8、-C(O)N(R9)(R10)、-S(O)2N(R9)(R10)、--C(O)R8、-アルキレニル-OR8、-アルキレニル-N(R9)(R10)、-アルキレニル-N(R9)C(O)OR8、-アルキレニル-N(R9)C(O)R8、-アルキレニル-C(O)OR9、-アルキレニル-S(O)2R8、-アルキレニル-S(O)2N(R9)(R10)、-アルキレニル-C(O)N(R9)(R10)、-アルキレニル-C(O)R8、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、
[00512]R6は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキルおよびハロアルキルから構成される群から選択され、
[00513]R7は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、R4、-C(=NH)NH2、-C(O)OR8、--S(O)2R8、-C(O)N(R9)(R11)、-C(O)ON(R9)(R11)、-S(O)2N(R9)(R11)、-C(O)R8、-C(O)CH2C(O)R8、ハロアルキル、-アルキレニル-OR8、-アルキレニル-N(R9)(R11)、-アルキレニル-N(R9)C(O)OR8、-アルキレニル-N(R9)C(O)R9、-アルキレニル-C(O)OR8、-アルキレニル-S(O)2R8、-アルキレニル-S(O)2N(R9)(R11)、-アルキレニル-C(O)N(R9)(R11)、-アルキレニル-C(O)R8、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、
[00514]R8は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、アルコキシアルキル、シアノアルキル、ハロアルキル、--R4、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、
[00515]R9は、その各々の存在位置でそれぞれ、独立的に、水素、アルキルおよびハロアルキルから構成される群から選択され、
[00516]R10は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルコキシアルキル、シアノアルキル（cyanolakyl）、ハロアリル、-R4、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、
[00517]R11は、各々の存在位置で独立的に、水素、アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、-R4、アルコキシアルキル、シアノアルキル、ハロアルキル、-アルキレニル-C(O)NH2、-アルキレニル-C(O)N(H)(アリル)、-アルキレニル-C(O)N(アルキル)2、-アルキレニル-N(H)C(O)Oアルキル、-アルキレニル-N(アルキル)C(O)Oアルキル、および-アルキレニル-R4から構成される群から選択され、および
[00518]Ar1、R3およびR4で表現されるフェニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アリール、ヘテロアリール、複素環、アリールアルキルのアリール部分、およびヘテロアリールアルキルのヘテロアリール部分は、それぞれ独立的に、置換されていないか、またはアルキル、アルケニル、-CN、-NO2、ハロゲン、エチレンジオキシ、メチレンジオキシ、オキソ、-ORa、-OC(O)Ra、-OC(O)ORa、-OS(O)2Ra、-S(アルキル)、-S(O)アルキル、-S(O)2アルキル、-S(O)2ORa、-S(O)2NRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRaRb、-C(O)ORaRb、-C(O)NRaRb、-NRaRb、-NORa、N(Rb)C(O)Ra、-N(Rb)C(O)ORa、-N(Rb)S(O)2Ra、-N(Rb)C(O)NRaRb、-N(Rb)S(O)2NRaRb、ハロアルキル、シアノアルキル、ニトロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルコキシアルキル、-アルキレニル-OC(O)Ra、-アルキレニル-OC(O)ORa、-アルキレニル-OS(O)2アルキル、-アルキレニル-S(アルキル)、-アルキレニル-S(O)アルキル、-アルキレニル-S(O)2アルキル、-アルキレニル-S(O)2ORa、-アルキレニル-S(O)2NRaRb、-アルキレニル-C(O)Ra、-アルキレニル-C(O)NRaRb、-アルキレニル-C(O)ORa、-アルキレニル-C(O)NRaRb、-アルキレニル-NRaRb、-アルキレニル-N(Rb)C(O)Ra、-アルキレニル-N(Rb)C(O)ORa、-アルキレニル-N(Rb)S(O)2Ra、-アルキレニル-N(Rb)C(O)NRaRb、および-アルキレニル-N(Rb)S(O)2NRaRbから構成される群から選択される1、2、3または4置換基で独立的に置換され、ここで
[00519]Raは、各々の存在位置で、水素、アルキル、アルケニルおよびハロアルキルから構成される群から独立的に選択され、および
[00520]Rbは、その各々の存在位置で、水素およびアルキルから構成される群から独立的に選択される。
[00521]特定の実施態様において、構造（XXXVI）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
 [00522]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXVII）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00523]Wは、-OH、-O(C1-C6)アルキル、-NH2、N((C1-C6)アルキル)2、-NH(C1-C6)アルキル、-SH、-S(C1-C6)アルキル、ハロ、-CN、-Hまたは-(C1-C6)アルキルで、
[00524]Xは、-OH、-O(C1-C6)アルキル、-NH2、N((C1-C6)アルキル)2、-NH(C1-C6)アルキル、-SH、-S(C1-C6)アルキル、ハロ、-CN、-Hまたは-(C1-C6)アルキルで、
[00525]Yは、-OH、-O(C1-C6)アルキル、-NH2、N((C1-C6)アルキル)2、-NH(C1-C6)アルキル、-SH、-S(C1-C6)アルキル、ハロ、-CN、-Hまたは-(C1-C6)アルキルで、
[00526]Zは、-OH、-O(C1-C6)アルキル、-NH2、N((C1-C6)アルキル)2、-NH(C1-C6)アルキル、-SH、-S(C1-C6)アルキル、ハロ、-CN、-Hまたは-(C1-C6)アルキルである。
[00527]特定の実施態様において、構造（XXXVII）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、クルクミンともいう。
[00528]特定の実施態様において、構造（XXXVII）の化合物は、クルクミンではない。
[00529]別の特定の実施態様において、構造（XXXVII）の化合物は、
Figure 2010538968
 である。
[00530]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXVIII）を持つ。
Figure 2010538968
ここで
[00531]R1は、-H、-(C1-C6)アルキル、-(C1-C6)アルケニル、-(C1-C6)アルキニルまたは-(C1-C6)アルコキシで、
[00532]R2は、-H、-(C1-C6)アルキル、-(C1-C6)アルケニル、-(C1-C6)アルキニル、-(C3-C6)シクロアルキル、または1つ以上のハロ、-(C1-C6)アルキル、-(C1-C6)アルケニル -および／または(C1-C6)アルキニル基で任意に置換しうるフェニルであり、
[00533]Xは、-CH2O、-CH2S、O、-S、-NH、-N(C1-C6)アルキル、-CH2-、
Figure 2010538968
 で、
[00534]Yは、-ハロ、
Figure 2010538968
 である。
[00535]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は
Figure 2010538968
 であり、フルフェナセットともいう。
[00536]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、フルフェナセットではない。
[00537]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物にはがあり、
Figure 2010538968
 アニロホスともいう。
[00538]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、アニロホスではない。
[00539]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、フェントラザミドともいう。
[00540]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、フェントラザミドではない。
[00541]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、カフェンストロールともいう。
[00542]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、カフェンストロールではない。
[00543]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、アラクロールともいう。
[00544]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、アラクロールではない。
[00545]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、アリドクロルともいう。
[00546]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、アリドクロルではない。
[00547]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、トリアレートともいう。
[00548]特定の実施態様において、構造（XXXVIII）の化合物は、トリアレートではない。
[00549]一実施態様において、化合物は次の構造（XXXIX）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00550]R1は、-C(ハロ)3、または
Figure 2010538968
 で、
[00551]R2aおよびR2bは、組み合わせてオキシラン環または（=CH2）を形成することもでき、
[00552]Xは、-ハロで、
[00553]Yは、ハロで、
[00554]mは、0、1または2で、および
[00555]nは、0、1または2である。
[00556]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物には
Figure 2010538968
 があり、これは、インダノファンともいう。
[00557]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物は、S-インダノファンである。
[00558]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物は、R-インダノファンである。
[00559]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物は、インダノファンではない。
[00560]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物は、S-インダノファンではない。
[00561]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物は、R-インダノファンではない。
[00562]特定の実施態様において、構造（XXXIX）の化合物には
Figure 2010538968
Figure 2010538968
 がある。
[00563]一実施態様において、化合物は次の構造（XL）を持つ。
Figure 2010538968
ここで
[00564]Rは、炭化水素遊離基またはヒドロカルボノキシ遊離基で、好ましくはアルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アルコキシ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、シクロアルキルオキシ、シクロアルケニルオキシ、アリールおよびアリールオキシから構成される群からの遊離基で、これは、置換されていないか置換され、また置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはRは、置換されていないかまたは置換されたヘテロシクリル遊離基またはヘテロシクリルオキシ遊離基、またはRは、水素原子、ハロゲンまたは遊離基C(O)R3、OC(O)R3、S(O) nR3、OS(O)nR3、OH、CN、NO2、NH2、SF5、NR4R5またはSi(R6)3であり、ここで、
[00565]nは、0、1または2で、
[00566]R1は、独立的にそれぞれの存在位置で、ハロゲン、OH、SH、炭素を含まず窒素を含む遊離基または炭素を含み1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つ遊離基で、
[00567]lは、0、1、2または3、好ましくは0、1または2、より好ましくは0〜1、非常に好ましくは0で、
[00568]R2は、置換されたかまたは置換されていないヘテロシクリル遊離基で、5個の環の構成要素を持ち、そのうち好ましくは少なくとも1つは、酸素、硫黄または窒素で、およびさらなる1〜4個の環の構成要素は、窒素でもよく、
[00569]R3は、炭化水素遊離基またはヒドロカルボノキシ遊離基、好ましくはアルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アルコキシ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、シクロアルキルオキシ、シクロアルケニルオキシ、アリールおよびアリールオキシから構成される群からの遊離基で、これは、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはR3は、置換されていないか置換されたヘテロシクリル遊離基またはヘテロシクリルオキシ遊離基であるか、またはR3は、水素原子、CNまたはNR4R5で、
[00570]R4は、式R0-Q0-の基で、ここでR0は、水素原子、アシル遊離基、炭化水素遊離基またはヘテロシクリル遊離基であり、最後に言及した2つの遊離基は、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持ち、またQ0は、式-O-または-N(R#)-、R#の直接結合または二価の基で、水素原子、アシル遊離基または炭化水素遊離基であり、最後に言及した遊離基は置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはR0およびR#は、互いに窒素を含む複素環を形成し、
[00571]R5は、水素原子、アシル遊離基、炭化水素遊離基またはヘテロシクリル遊離基であり、最後に言及した2つの遊離基はそれぞれ、置換されていないかまたは置換され、置換基含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはR4およびR5は、互いに窒素を含む複素環を形成する、
R6は、置換されていないかまたは置換された炭化水素遊離基で、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持ち、好ましくは(C1-C4)アルキルまたは(C6-C10)アリールで、および
[00572]Wは、酸素原子または硫黄原子である。
[00573]特定の実施態様において、構造（XL）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00574]一実施態様において、化合物は次の構造（XLI）を持つ。
Figure 2010538968
ここで
[00575]Rは、炭化水素遊離基またはヒドロカルボノキシ遊離基、好ましくはアルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アルコキシ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、シクロアルキルオキシ、シクロアルケニルオキシ、アリールおよびアリールオキシから構成される群からの遊離基で、これは、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはRは、置換されていないかまたは置換したヘテロシクリル遊離基またはヘテロシクリルオキシ遊離基であるか、Rは、水素原子、ハロゲンまたは遊離基C(O)R3、OC(O)R3、S(O)nR3、OS(O)nR3、OH、CN、NO2、NH2、SF5、NR4R5またはSi(R6)3で、ここで、nは、0、1または2であり、R1は、独立的にそれぞれの存在位置で、ハロゲン、OH、SH、炭素を含まず窒素を含む遊離基または炭素を含み1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つ遊離基で、
[00576]lは、0、1、2または3で、好ましくは0、1または2、より好ましくは0〜1、非常に好ましくは0である、
[00577]R2は、水素原子または置換されていないかまたは置換された炭化水素遊離基で、置換基を含めて1〜20個の炭素原子、好ましくは1〜10個の炭素原子を持ち、例えば、置換されていないかまたは置換された(C1-C4)アルキルで、好ましくはHまたはCH3であり、
[00578]R3は、炭化水素遊離基またはヒドロカルボノキシ遊離基で、好ましくはアルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アルコキシ、アルケニルオキシ、アルキニルオキシ、シクロアルキルオキシ、シクロアルケニルオキシ、アリールおよびアリールオキシから構成される群からの遊離基で、これは、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはR3は、置換されていないか置換されたヘテロシクリル遊離基またはヘテロシクリルオキシ遊離基であるか、またはR3は、水素原子、CNまたはNR4R5であり、
[00579]R4は、式R0-Q0-の基で、ここでR0は、水素原子、アシル遊離基、炭化水素遊離基またはヘテロシクリル遊離基であり、最後に言及した2つの遊離基のそれぞれは、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持ち、またQ0は、式-O-または-N(R#)-の直接結合または二価の基で、R#は、水素原子、アシル遊離基または炭化水素遊離基で、最後に言及した遊離基は置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはR0およびR#は、互いに窒素を含む複素環を形成し、
[00580]R5は、水素原子、アシル遊離基、炭化水素遊離基またはヘテロシクリル遊離基で、最後に言及した2つの遊離基のそれぞれは、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持つか、またはR4およびR5は、互いに窒素を含む複素環を形成し、R6は、炭化水素遊離基で、これは、置換されていないかまたは置換され、置換基を含めて1〜30個の炭素原子、好ましくは1〜20個の炭素原子を持ち、好ましくは(C1-C4)アルキルまたは(C6-C10)アリールであり、
[00581]Wは、酸素原子または硫黄原子で、
[00582]XおよびYは、互いに独立的に、それぞれ水素原子、ハロゲン、(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルコキシまたは(C1-C6)アルキルチオで、最後に言及した3つの遊離基のそれぞれは、置換されていないかまたはハロゲン、(C1-C4)アルコキシ、および(C1-C4)アルキルチオから構成される群からの1つ以上の遊離基で置換されるか、あるいはモノ-またはジ[(C1-C6)アルキル]アミノ、(C2-C6)アルケニル、(C2-C6)アルキニル、(C3-C6)アルケニルオキシまたは(C3-C6)アルキニルオキシであり、および
[00583]VおよびZは、互いに独立的に、それぞれCHまたはNである。
[00584]特定の実施態様において、構造（XLI）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00585]一実施態様において、化合物は次の構造（XLII）を持つ。
Figure 2010538968
 および医薬品として容認できる塩、溶媒和物、水和物、クラスレート、またはそのプロドラッグで、
ここで、
[00586]Z1およびZ2は、独立的に-OH、-OPO3H、-OP2O6H2、-OPO2-(ヌクレオチド）、-OP2O6(H)-(ヌクレオチド)で、
[00587]R1およびR3は、独立的に水素、メチル、またはフェニルで、
[00588]R2およびR4は、独立的にメチルまたはフェニルで、
[00589]mおよびnは、独立的に0、1、2、3、4、5、または6で、
[00590]Y1およびY2は、独立的に-CH2、
Figure 2010538968
 で、また、Xは、O、S、Se、C(O)、C(H)F、CF2、S(O)、NH、O-P(O)(OH)-O、NH-C(O)-NHまたはNH-C(S)-NHである。
[00591]特定の実施態様において、構造（XLII）の化合物には次がある。
Figure 2010538968
[00592]一実施態様において、化合物は次の構造（XLIII）を持つ。
Figure 2010538968
 ここで、
[00593]R1は、Hまたは任意に置換した低級アルキル、アリール、アラルキル、またはアルキルオキシアルキルで、
[00594]それぞれのR2は、独立的にH、保護基、または-C(=O)-CHRa-NHRbで、ここで、
[00595]Raは、アルキル、アリール、アシル、ケト、アジド、ヒドロキシル、ヒドラジン、シアノ、ハロ、ヒドラジド、アルケニル、アルキニル、エーテル、チオール、セレノ、スルホニル、ホウ酸塩、ボロン酸塩、ホスホ、ホスホノ、ホスフィン、複素環式、エノン、イミン、アルデヒド、エステル、チオ酸、ヒドロキシルアミン、アミノ基、およびその組み合わせから構成される群から選択され、および
[00596]Rbは、Hまたはアミノ保護基で、
[00597]それぞれのVおよびZは、独立的に(CRcRd)n、O、NRe、S、Ar、CRcRdAr、OAr、NR4Ar、SAr、またはArで、ここで、
[00598]それぞれのRcおよびRdは、独立的にH、低級アルキル、OH、O-低級アルキルであるか、または
[00599]RcおよびRdは、まとめて、=O、=N-OH、=N-O-低級アルキル、または=N-O-CH2CH2-O-CH3で、
[00600]Reは、H、低級アルキル、または-CH2CH2-O-CH3で、および
[00601]nは、1〜7で、
[00602]qは、0〜3で、
[00603]Arは、任意に置換したアリールまたはヘテロアリールで、
[00604]uは、0または1で、
[00605]それぞれのXは、独立的にHまたはハロゲンで、および
[00606]mは、4〜12である。
[00607]特定の実施態様において、構造（XLIII）の化合物は、
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[00608]一実施態様において、化合物は次の構造（XLIV）を持つ。
Figure 2010538968
ここで、
[00609]R1は、-H、-(C1-C6)アルキル、-(C3-C6)シクロアルキル、-(C1-C6)アルコキシ、-O(C1-C6)アルキル、-N((C1-C6)アルキル)2または-NH(C1-C6)アルキルで、
[00610]R2は、-Hまたは-(C1-C6)アルキル、
[00611]R3は、-Hまたは-(C1-C6)アルキル、および
[00612]R4は
Figure 2010538968
 である。
[00613]特定の実施態様において、構造（XLIV）の化合物は、
Figure 2010538968
 であり、これは、モイラミドBと呼ばれる。
[00614]特定の実施態様において、構造（XLIV）の化合物は、モイラミドBではない。
[00615]特定の実施態様において、構造（XLIV）の化合物は、
Figure 2010538968
 であり、これは、アンドリミドと呼ばれる。
[00616]特定の実施態様において、構造（XLIV）の化合物は、アンドリミドではない。
[00617]特定の実施態様において、構造（XLIV）の化合物は、
Figure 2010538968
Figure 2010538968
 である。
[00618]一実施態様において、化合物はクラスIIIホスホイノシチド3-キナーゼ（III PI3K）の阻害剤である。
[00619]特定の実施態様において、構造（XLV）の化合物は、
Figure 2010538968
 これは3-メチルアデニンとしても知られている。
[00620]特定の実施態様において、化合物は3-メチルアデニンの誘導体である。
[00621]特定の実施態様において、構造（XLVI）の化合物は、
Figure 2010538968
 これはLY 294002としても知られている。
[00622]特定の実施態様において、化合物はLY 294002の誘導体である。
[00623]特定の実施態様において、構造（XLVII）の化合物は、
Figure 2010538968
 これはワートマニンとしても知られている。
[00624]特定の実施態様において、化合物はワートマニンの誘導体である。
[00625]特定の実施態様において、化合物はHMG-CoAレダクターゼ阻害剤である。模範的なHMG-CoAリダクターゼ阻害剤は、当該技術ではよく知られており、また限定されないものの、メバスタチンおよび関連する分子（例えば、米国特許第3,983,140号を参照）、ロバスタチン（メビノリン）および関連する分子（例えば、米国特許第4,231,938号を参照）、プラバスタチンおよび関連する分子（例えば、米国特許第4,346,227号を参照）、シンバスタチンおよび関連する分子（例えば、米国特許第4,448,784号および4,450,171号を参照）、フルバスタチン（例えば、米国特許第5,354,772号を参照）、セリバスタチン（例えば、米国特許第5,006,530号および第5,177,080号を参照）、アトルバスタチン（例えば、米国特許第4,681,893号、第5,273,995号、第5,385,929号および5,686,104号を参照）、イタバスタチン（例えば、米国特許第5,011,930号を参照）、シオノギ・アストラゼネカのビサスタチン（ZD-4522）（例えば、米国特許第5,260,440号を参照）、関連するスタチン化合物（例えば、米国特許第5,753,675号を参照）、メバロノラクトン誘導体のピラゾール類似体（例えば、米国特許第4,613,610号を参照）、メバロノラクトン誘導体のインデン類似体（例えば、国際特許出願公開第WO 1986/03488号を参照）、6-[2-(置換-ピロール(pyrrol)-l-イル)-アルキル）ピラン-2-オンおよびその誘導体（例えば、米国特許第4,647,576号を参照）、SearleのSC-45355（3-置換ペンタン2酸誘導体）ジクロロ酢酸塩、メバロノラクトンのイミダゾール類似体（例えば、国際特許出願第WO 1986/07054号を参照）、3-カルボキシ-2-ヒドロキシ-プロパン-ホスホン酸誘導体、メバロノラクトンのナフチル類似体（例えば、米国特許第4,686,237号を参照）、オクタヒドロナフタレン（例えば、米国特許第4,499,289号を参照）、メビノリン（ロバスタチン）のケト類似体、ホスフィン酸化合物（例えば、GB 2205837を参照）、およびキノリンおよびピリジン誘導体（例えば、米国特許第5,506,219号および第5,691,322号を参照）が含まれる。上記の参考資料のそれぞれを、参照によりその全文を本書に組み込む。こうした模範的なHMG-CoAリダクターゼ阻害剤の構造は、当該技術でよく知られている。一部の実施態様において、化合物はHMG-CoAレダクターゼ阻害剤ではない。
[00626]SCDの模範的な阻害剤については、『Liu et al., J. Med. Chem. 50:3086-3100, 2007』、国際特許出願公開第WO 2005/011655 A2号、米国出願公開第2005/0119251号、および国際特許出願公開第WO 2007/0099236 A1号に記載されており、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。こうした阻害剤には、限定されないものの、ピリダジン誘導体およびピリダジンヘテロアリールをベースにしたSCD1阻害剤が含まれる。
[00627]一部の実施態様において、ACCを標的化および抑制する化合物には、限定されないものの、擬似ペプチドピロリジンジオン抗生物質、例えば、モイラミドBおよびその合成類似体、およびアンドリミドおよびその合成類似体、およびピロリジンジオン誘導体が含まれる。『Freiberg et al., J. Biol. Chem. 279:26066-26073, 2004』、『Freiberg et al., Antimicrob. Agents Chemother. 49:749-759, 2005』、および『Pohlmann et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 15:1189-1192, 2005』を参照し、その全文を本書に組み込む。その他の実施態様において、化合物は擬似ペプチドピロリジンジオン抗生物質ではない。一定の実施態様において、化合物はモイラミドBではない。
[00628]一部の実施態様において、化合物はピロリジンジオン誘導体である。ピロリジンジオン誘導体の非限定的な例は、『Pohlmann et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005 15:1189-1192』に開示されている。その他の実施態様において、化合物はピロリジンジオン誘導体ではない。
[00629]注目すべきことに、ACCはヒトにおいて2つのアイソザイム、ACC1およびACC2として存在する。本書に記載した化合物には、限定されないものの、アイソザイム固有の（特異的な）ACC阻害剤が含まれる。アイソザイム選択的化合物については、例えば、『Clark et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007 17:1961-1965』、および『Gu et al., J. Med. Chem. 2006 49:3770-3773』に記載があり、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。一部の実施態様において、フェニル環置換から構成されるフェノキシチアゾリル系のACC阻害剤である化合物は、ACC2の選択的阻害剤である。特定の実施態様において、化合物はおよそ少なくとも10倍、100倍、1,000倍、2,000倍、3,000倍、4,000倍、5,000倍、または10,000倍、ACC1阻害よりもACC2阻害についての選択性が高い。
[00630]一定の実施態様において、ホスホイノシチド3-キナーゼ（PI(3)Ks）を標的化および抑制する化合物には、限定されないものの、2-メチルアデニン、ワートマニン、LY294002、5-フェニルチアドール誘導体（例えば、国際特許出願第WO 2003/072557号、第WO 2004/078754号および第WO 2005/021519号を参照）、一定の5-ヘテロアリール置換したチアドール誘導体（例えば、国際特許出願第WO 2004/096797号を参照）、一定の2-アシルアミノ-5-チアゾール-4-イルチアドール誘導体（例えば、国際特許出願第WO 2005/068444号を参照）、AS-605240（例えば、『Camp et al., Nat. Med. 2005, 11(9)：936-43』を参照）、およびチアゾリジンジオン誘導体（例えば、国際特許出願第WO 2008/014219号を参照）が含まれる。3-メチルアデニンは、クラスIII PI(3)Kを抑制する（例えば、『Petiot et al., J. Biol. Chem. 275:992-998、2000』を参照）。特定の実施態様において、化合物はクラスIII PI(3)Kを標的化および抑制する。特定の実施態様において、化合物は3-メチルアデニンである。その他の実施態様において、化合物は3-メチルアデニンではない。一部の実施態様において、化合物はPI(3)Kの阻害剤ではない。
[00631]一定の実施態様において、化合物はPI(3)Pを隔絶する薬剤である。PI(3)Pを隔絶する薬剤の非限定的な例には、1つ以上のFYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフを含むペプチドまたは化学的に変性したペプチド、これには、エイズウイルス1型（HIV-1）Tatタンパク質の細胞-薄膜形質導入領域（アミノ酸配列：YGRKKRRQRRR（SEQ ID NO: 56）またはその部分集合またはその拡張版）などといった、細胞形質導入領域のあるFYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフを含むペプチドが含まれる。その他の細胞-薄膜形質導入領域は、当該技術ではよく知られており、また抗ウイルス治療薬の設計においてFYVE（SEQ ID NO: 55）配列（その複数の反復体または変異体を含む）と、またはPI(3)Pを隔絶するその他の配列と組み合わせることができる。その他の実施態様において、FYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフ（細胞薄膜形質導入領域のあるもの、またはないもの）は、その他の化学的部分と組み合わせて、FYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフのプラズマ半減期を増加させることができる（例えば、循環および／または細胞のプロテアーゼによる加水分解からFYVEモチーフの保護による）。
[00632]一実施態様において、本書で化合物を説明または参照するとき、そうした説明または参照には、医薬品として容認できる、その塩、プロドラッグ、プロドラッグの塩、溶媒和物、クラスレートおよび立体異性体が含まれる。
RNAi分子
[00633]一定の実施態様において、化合物は標的酵素の発現レベルを低減できるRNA干渉（RNAi）分子である。RNAi分子には、限定されないものの、低分子干渉RNA（siRNA）、低分子ヘアピン型RNA（shRNA）、マイクロRNA（miRNA）、および配列特異的RNAiを媒介できる任意の分子が含まれる。
[00634]RNA干渉（RNAi）は、標的mRNAに対する相同配列を持つ二本鎖RNA（dsRNA）により引き起こされる配列特異的転写後遺伝子抑制機序である。RNAiは、転写後遺伝子抑制またはPTGSとも呼ばれる。例えば、『Couzin, 2002, Science 298:2296-2297』、『McManus et al., 2002, Nat. Rev. Genet. 3, 737-747』、『Hannon, G. J., 2002, Nature 418, 244-251』、『Paddison et al., 2002, Cancer Cell 2, 17-23』を参照。dsRNAは、RNaseIII-type酵素と呼ばれるダイサーによる切断のために認識され、標的とされる。ダイサー酵素は、RNAを、完全に対のリボヌクレオチドの19のヌクレオチドと、それぞれのストランドの3'端にある約2、3の不対のヌクレオチドから構成されるsiRNAまたは低分子干渉RNA（siRNA）と呼ばれる約21〜23ヌクレオチドの短い二重鎖に「切断」する。これらの短い二重鎖は、RISCと呼ばれる多タンパク質錯体に関連し、またこの錯体をsiRNAと類似した配列を持つmRNA転写物に配向する。その結果、RNA誘導サイレンシング複合体（RISC）に存在するヌクレアーゼにより、標的のmRNA転写物が切断・分解され、それによって遺伝子生成物の発現がなくなる。
[00635]文献の多数の報告書が、siRNAの特異性を主張し、siRNA配列とのほぼ完全な同一性の要件が示唆されている（『Elbashir et al., 2001. EMBO J. 20:6877-6888』、『Tuschl et al., 1999, Genes Dev. 13:3191-3197』、『Hutvagner et al., Sciencexpress 297:2056-2060』）。ある1つの報告書では、完全な配列の補完性がsiRNA-標的化された転写物の切断に必要であるが、一方で部分的な補完性は、microRNAに倣って転写物の劣化なしに翻訳抑圧につながることが示唆されている（『Hutvagner et al., Sciencexpress 297:2056-2060』）。
[00636]miRNAは、ゲノムから発現される調節RNAで、前駆物質の幹ループ（低分子ヘアピン）構造（長さおよそ80ヌクレオチド）から処理されて、標的mRNAの3' UTRにある相補配列に結合（またはハイブリッド形成）される一本鎖の核酸（長さおよそ22ヌクレオチド）が生成される（『Lee et al., 1993, Cell 75:843-854』、『Reinhart et al., 2000, Nature 403:901-906』、『Lee et al., 2001, Science 294:862-864』、『Lau et al., 2001, Science 294:858-862』、『Hutvagner et al., 2001, Science 293:834-838』）。miRNAは、部分的な補完性のみをもって転写物の配列に結合し（『Zeng et al., 2002, Molec. Cell 9:1327-1333』）、定常状態のRNAレベルに影響を及ぼすことなく翻訳を抑圧する（『Lee et al., 1993, Cell 75:843-854』、『Wightman et al., 1993, Cell 75:855-862』）。miRNAおよびsiRNAのどちらも、ダイサーにより処理され、RNA誘導サイレンシング複合体の成分に関連する（『Hutvagner et al., 2001, Science 293:834-838』、『Grishok et al., 2001, Cell 106: 23-34』、『Ketting et al., 2001, Genes Dev. 15:2654-2659』、『Williams et al., 2002, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:6889-6894』、『Hammond et al., 2001, Science 293:1146-1150』、『Mourlatos et al., 2002, Genes Dev. 16:720-728』）。
[00637]低分子ヘアピン型RNA（shRNA）は、オーバーハングのある二本鎖RNA（例えば、siRNAおよびmiRNA）への処理にあたり、RNAiの媒介を行うのに十分な長さを持つ、二本鎖構造を形成するためにハイブリッド形成された、またはハイブリッド形成の能力を持つ少なくとも2個の相補的な部分で構成される一本鎖のRNA分子である。shRNAには、二本鎖構造を形成するための相補的な部分のハイブリッド形成にあたり、ループ構造を形成する少なくとも1つの非相補的な部分も含まれる。shRNAは、miRNAおよびsiRNAの先駆物質としての役目を果たす。
[00638]普通、shRNAを符号化する配列は、ベクターにクローン化され、ベクターが細胞に導入され、細胞転写の仕組みにより転写される（『Chen et al., 2003, Biochem Biophys Res Commun 311:398-404』）。次に、例えば、RNAポリメラーゼIII（Pol III）により、ベクター内にあるPol III-typeプロモーターに反応してshRNAが転写できる（『Yuan et al., 2006, Mol Biol Rep 33:33-41』および『Scherer et al., 2004, Mol Ther 10:597-603』）。発現されたshRNAは、次に、細胞質に運び出され、ここで、ダイサーなどのタンパク質によりsiRNAに処理され、これが次にRNAiのトリガーとなる（『Amarzguioui et al., 2005, FEBS Letter 579:5974-5981』）。最適なRNAポリメラーゼIII転写のために、新しく開始されたRNAの5′端でプリンが必要であることがこれまでに報告されている。より詳細な考察については、『Zecherle et al., 1996, Mol. Cell. Biol. 16:5801-5810』、『Fruscoloni et al., 1995, Nucleic Acids Res, 23:2914-2918』、および『Mattaj et al., 1988, Cell, 55:435-442』に記載されている。shRNAの中核的配列は、細胞に安定して発現でき、生体外および生体内のどちらでも、例えば、動物内など、細胞内での長期的な遺伝子サイレンシングが可能となる（『McCaffrey et al., 2002, Nature 418:38-39』、『Xia et al., 2002, Nat. Biotech. 20:1006-1010』、『Lewis et al., 2002, Nat. Genetics 32:107-108』、『Rubinson et al., 2003, Nat. Genetics 33:401-406』、および『Tiscornia et al., 2003, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:1844-1848』を参照）。
[00639]Martinez他は、発がん性変異を選択的に標的化するために、RNA干渉を利用できることを報告している（『Martinez et al., 2002, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:14849-14854』）。この報告書では、点突然変異を含むR248W突然変異体の領域であるp53を標的とするsiRNAは、突然変異体p53の発現のサイレンシングをするが、野生型p53ではそうではないことが示された。
[00640]Wilda他は、M-BCR/ABL融合mRNAを標的としたsiRNAは、白血病性細胞でのM-BCR/ABL mRNAおよびM-BCR/ABL腫瘍性タンパク質を枯渇させるために使用できることを報告している（『Wilda et al.、2002、Oncogene 21:5716-5724』）。
[00641]米国特許第6,506,559号では、細胞における標的遺伝子の発現を阻止するためのRNA干渉プロセスが開示されている。このプロセスは、標的遺伝子の配列と同一な二重鎖領域に配列を持つ部分的または完全に二本鎖のRNAを、細胞に、または細胞外の環境に導入することから構成される。
[00642]米国出願公開番号第US 2002/0086356号では、長さ21〜23ヌクレオチド（nt）のRNAセグメントを使用した、ショウジョウバエ生体外システムでのRNA干渉が開示されている。この特許出願公報では、これらの21〜23 ntの断片を精製して、ショウジョウバエ抽出物に戻したとき、長鎖dsRNAの不在のなか、配列特異的RNA干渉が媒介されることが教示されている。また、この特許出願公報では、同一または類似した性質の化学的に合成したオリゴヌクレオチドも、哺乳類の細胞での劣化に特異的なmRNAの標的化に使用できることも教示している。
[00643]国際特許出願公開第WO 2002/44321号では、長さ19〜23 ntの二本鎖RNA（dsRNA）により、ショウジョウバエ生体外システムで配列特異的転写後遺伝子抑制が誘発されることが開示されている。PCT公報では、長鎖dsRNAまたはオーバーハングした3'端を持つ化学的に合成したsiRNA二重鎖からRNase III様の処理反応により生成された低分子干渉RNA（siRNA）が、可溶化液中で効率的な標的RNA切断を媒介すること、また切断部位は、案内となるsiRNAの長さにあたる領域の中心付近に位置することが教示されている。
[00644]米国出願公開番号第US 2002/016216号では、標的遺伝子のヌクレオチド配列に対する厳密な条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列で構成される二本鎖RNA（dsRNA）を、標的遺伝子の発現を弱めるのに十分な量を細胞内に導入することで、培養した細胞中で標的遺伝子の発現を弱める方法が開示されている。
[00645]国際特許出願公開第WO 2003/006477号では、細胞内で発現されたとき、細胞により処理され、細胞自体のRNA干渉（RNAi）経路を用いて、標的の遺伝子を選択的にサイレンシングする（特定のmRNAを切断することで）標的の低分子干渉RNA（siRNA）を生成する、人工RNA先駆物質が開示されている。このPCT公報では、これらの人工RNA先駆物質を符号化する核酸分子を、適切な制御配列を持つ生体内の細胞内に導入することにより、人工RNA先駆物質の発現が時間的および空間的のどちらでも選択的に、すなわち、特定の時点で、および／または特定の組織、器官、または細胞で制御できることが教示されている。
[00646]国際特許出願公開第WO 02/44321号では、長さ19〜23 ntの二本鎖RNA（dsRNA）により、ショウジョウバエ生体外システムで配列特異的転写後遺伝子抑制が誘発されることが開示されている。このPCT公報では、siRNA二重鎖は、長鎖dsRNAからRNase III様の処理反応により、または可溶化液中で効率的な標的RNA切断を媒介するオーバーハングした3′端を持つ化学的に合成したsiRNA二重鎖により生成ができ、ここで切断部位は、案内となるsiRNAの長さにあたる領域の中心付近に位置することが教示されている。また、このPCT公報では、dsRNA処理の方向によって、センスまたはアンチセンスが同一の標的RNAが生成されたsiRNA錯体により切断可能であるかどうかが決定される証拠も提供されている。長さの効果、二次的な構造、糖骨格およびsiRNAのRNA干渉に対する配列特異性の系統的分析が、siRNA設計を支援するために開示されている。さらに、効力のサイレンシングは、19塩基対標的配列の5′および3′領域のGC含量と相関することが示されている。GC含量の多い5′およびGC含量の少ない3′を持つ配列を標的としたsiRNAが、最も機能性が高いことが分かった。より詳細な考察については、『Elbashir et al., 2001, EMBO J. 20:6877-6888』および『Aza-Blanc et al., 2003, Mol. Cell 12:627-637』に記載があり、それぞれの全文を参照により本書に組み込む。
[00647]さらに、siRNA設計アルゴリズムがPCT公報WO 2005/018534 A2およびWO 2005/042708 A2に開示されており、それぞれの全文を参照により本書に組み込む。特に、国際特許出願公開第WO 2005/018534 A2号には、その標的遺伝子に対する部分的配列相同性を持つsiRNAを使用した遺伝子サイレンシングのための方法および組成が開示されている。この出願では、遺伝子を標的とした異なるsiRNAへの共通の反応および／または差異的な反応を識別する方法が提供されている。またこの出願では、siRNAにある2つの鎖の相対活量を評価する方法が提供されている。さらにこの出願では、siRNAを疾患の治療のための治療薬として使用する方法が提供されている。国際特許出願公開第WO 2005/042708 A2号では、位置特異的スコア行列アプローチを使用して、転写物でsiRNA標的モチーフを識別するための方法が提供されている。また、位置特異的スコア行列アプローチを使用して、siRNAの標的外遺伝子を識別する方法が提供されている。この出願ではさらに、サイレンシング効力および特異性が改善され、また模範的なsiRNAのライブラリのあるsiRNAを設計する方法が提供されている。
[00648]本書に記載した方法でsiRNAを標的としうる標的酵素mRNA内の潜在的な配列を識別するために、設計ソフトウェアを使用できる。例えば、http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html（「Ambion siRNA Target Finder Software」）を参照。例えば、当該技術（GenBank受入番号NM_198834）で知られているACC1のヌクレオチド配列を、Ambion siRNA Target Finder Software（http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html）に入力すると、ソフトウェアにより、ACC1発現を下方制御することによりヒトACC1活性を抑制するために、評価法で使用しうる潜在的なACC1標的配列および対応するsiRNA配列が識別される。この方法を使用して、ACC1を抑制するためのACC1標的配列（5’〜3’）および対応するセンス鎖およびアンチセンス鎖siRNA配列（5’〜3’）の非限定的な例が特定されており、これを下記に記載する。
Figure 2010538968
[00649]ACC2標的配列（5’〜3’）および対応するsiRNA配列（センス鎖およびアンチセンス鎖、5’〜3’）を識別するために、同じ方法を適用できる。ACC2を阻止するためのsiRNA配列の非限定的な例を、下記に記載する。
Figure 2010538968
[00650]RNAi分子を獲得するために任意の酵素および対応するsiRNA配列（センス鎖およびアンチセンス鎖）の標的配列を識別するために、同じ方法を適用できる。
[00651]一定の実施態様において、化合物は標的酵素（例えば、ACCまたはFAS）の発現を抑制するのに効果的なsiRNAで、ここで、siRNAは、標的酵素mRNAのセンス配列から構成される第一の鎖および標的酵素のセンス配列の補体から構成される第二の鎖から構成され、またここで、第一および第二の鎖は、長さ約21〜23のヌクレオチドである。一部の実施態様において、siRNAは、それぞれ長さ約17、18、19、または20のヌクレオチドである標的酵素mRNAのセンス配列および補体配列から構成される第一および第二の鎖で構成される。
[00652]RNAi分子（例えば、siRNA、shRNA、miRNA）は、部分的または完全に二本鎖にすることも、また鎖当たり、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、および少なくとも50以上のヌクレオチドの断片を含むこともできる。RNAi分子（例えば、siRNA、shRNA、miRNA）は、少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4のヌクレオチドの3′オーバーハングで構成することもできる。RNAi分子（例えば、siRNA、shRNA、miRNA）は、標的遺伝子発現を抑制する能力が維持される限り、使用者の希望する任意の長さとすることができる。
[00653]ACC2を標的とするRNAi分子について、例えば、米国特許第7,211,423号および米国出願公開番号第US 2008/0026363 A1号に記載されており、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。
[00654]一部の実施態様において、標的酵素の発現レベルを低下させることにより標的酵素（例えば、ACC、FAS、SCD）の活性を抑制する、有効量のRNAi分子（例えば、siRNA、shRNA、miRNA）の投与から構成される、ヒト被験者におけるウイルス感染の治療または予防の方法。RNAi分子により阻害されうる模範的な標的酵素は、セクション5.1に提供する。
[00655]RNAi分子は、当業者に周知の任意の数の技術を使用して獲得することができる。一般に、RNAi分子の製造は、化学的合成的な方法により、または組み換え核酸技術により実行できる。dsRNAを調製する方法については、例えば、『Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology (Supplement 56), John Wiley & Sons, New York (2001)』、『Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3.sup.rd ed., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor (2001)』に記載があり、本書に記載した方法に採用することができる。例えば、RNAは、PCR生成物から転写した後、ゲル精製をすることができる。当該技術で知られているPCRテンプレートからのRNAの生体外転写の標準的な手順。例えば、dsRNAは、PCRテンプレートおよびAmbion T7 MEGASCRIPT、またはその他の類似したキット（テキサス州オースティン）を用いて合成でき、その後でRNAをLiClで沈殿させ、および緩衝液中に再懸濁させることができる。
[00656]細胞中のRNAi活性を検定するために、当業者に周知の任意の数の技術を採用することができる。例えば、RNAi分子を細胞に導入した上で、標的酵素の発現レベルを、当該技術で知られている評価法、例えば、ELISAおよび免疫ブロット法を使用して検定できる。また、標的酵素のmRNA転写物レベルは、当該技術で周知の方法、例えば、ノーザン分析評価法および定量的リアルタイムPCRを使用して検定できる。さらに、標的酵素の活性は、当該技術で周知の方法および／または本書のセクション5.3に記載した方法で検定しうる。特定の実施態様において、RNAi分子により、標的酵素のタンパク質発現レベルが、少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95%低下する。一実施態様において、RNAi分子により、標的酵素のmRNA転写物レベルが、少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95％低下する。特定の実施態様において、RNAi分子により、標的酵素の酵素活性が、少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または95％低下する。
5.3 宿主細胞標的酵素の阻害剤を特定するスクリーニング試験法
[00657]宿主細胞標的酵素の阻害剤であると知られている化合物は、当該技術で知られているかおよび／または下に記載した評価法（例えば、セクション5.4以降を参照）を使用して、抗ウイルス活動のスクリーニングを直接行うことができる。随意ではあるが、当業者に周知の評価法および／または下記を使用して、こうした酵素阻害剤の誘導体または同属種、またはその他任意の化合物を、酵素標的の調整の能力について検定することができる。これらの標的を調節することが分かっている化合物は、抗ウイルス活動についてさらに検定することができる。これらの標的を調節するか、または抗ウイルス活動を持つ（あるいはその両方）ことが分かっている化合物も、細胞の代謝流束に対する化合物の効果を確認するために、例1に記載した代謝流束評価法で検定することができる。これは、ウイルスの細胞代謝流束を変化させる能力を遮断するにあたっての化合物の効果の判断をするために、またその化合物により標的としうる可能性のあるその他の代謝経路を特定するために、特に有用である。
[00658]別の方法として、化合物は抗ウイルス活動について直接的に検定できる。抗ウイルス活性を示すそれらの化合物、または抗ウイルス性があるが、許容できない特異性または毒性を持つことが知られているそれらの化合物を、本発明の酵素標的に対してスクリーニングすることができる。酵素標的を調節する抗ウイルス化合物は、活性プロファイルが改善されるように最適化することができる。
[00659]当該技術で知られているおよび／またはセクション5.1に記載した任意の宿主細胞酵素は、抗ウイルス治療のための潜在的標的として意図されている。さらに、細胞の代謝の調節に直接的または間接的に役割を持つ、その他の宿主細胞酵素は、抗ウイルス治療のための潜在的標的として意図される。セクション5.2で開示した化合物またはその他任意の化合物などの化合物（例えば、公に利用できる化合物ライブラリ）は、これらの宿主細胞酵素の活性を調節（活性化または抑制）する能力について検定できる。ある化合物が、特定の酵素の活性を調節することが分かった場合には、潜在的抗ウイルス性の化合物が特定されたことになる。
[00660]一実施態様において、脂肪酸生合成および／または代謝に影響を及ぼすかまたはそれに関与する酵素がその化合物に対する標的として検定されているが、例えばこれには、ATPクエン酸リアーゼおよびそのアイソフォーム、HMG-CoAシンターゼ、アセチル-CoAカルボキシラーゼおよびそのアイソザイム、脂肪酸シンターゼおよびそのサブユニット、リゾホスファチジン酸アセチルトランスフェラーゼまたはリゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼおよびそのアイソフォーム、またはマロニル-CoA脱炭酸酵素がある。一実施態様において、解糖経路の酵素は、化合物による調節について検定される。一実施態様において、トリカルボン酸（TCA）サイクルの成分が検定される。一実施態様において、イオン恒常性およびバリアーを越えたエネルギー輸送に関与する細胞構成成分（プロトンATPアーゼなど）が、本発明の化合物による調節（modulation）（阻害または活性化）についてスクリーニングされる。一部の実施態様において、ブドウ糖輸送に関与する宿主酵素の活性が、化合物の標的として検定される。
[00661]望ましい実施態様において、化合物は、化合物から構成される組成を酵素から構成され酵素の活性を測定する組成に接触させることにより、宿主代謝性の酵素を調節するその能力について検定される。酵素の活性が、化合物の存在下で対照と比較して変化する場合には、化合物により酵素の活性が調節される。本発明の一部の実施態様において、化合物により、酵素の活性が増加する（例えば、脂肪酸生合成の負の調節因子である酵素は、潜在的な抗ウイルス性の化合物によりその活性を増加させうる）。特定の実施態様において、化合物により、酵素の活性が、少なくともおよそ10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%または90％増加する。一部の実施態様において、化合物により、酵素の活性が低下する。特定の実施態様において、化合物により、酵素の活性が、少なくともおよそ10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または100%低下する。一定の実施態様において、化合物により、単一の酵素が排他的に調節される。一部の実施態様において、化合物により、1つの酵素が他に比べて大きな度合いで調節されるかもしれないが、複数の酵素が調節される。本書に記載した標準的な酵素活性評価法を使用して、化合物の活性を特性づけできる。一実施態様において、化合物は特定の酵素の不可逆的な阻害または活性化を示す。一部の実施態様において、化合物は酵素を可逆的に抑制または活性化する。一部の実施態様において、化合物は酵素の動態を変化させる。
[00662]一実施態様において、例えば、試験化合物および宿主標的酵素の間の相互作用の評価には、（i）試験化合物の酵素に対する結合の評価、（ii）酵素の生物活性の評価、（iii）試験化合物の存在下および不在下での酵素の酵素活性（例えば、キナーゼ活性）の評価のうち、1つ以上が含まれる。生体外での接触には、試験化合物、酵素、任意の必要な補助因子（例えば、ビオチン）またはエネルギー源（例えば、ATP、または放射標識したATP）、基質（例えば、アセチル-CoA、糖、ポリペプチド、ヌクレオシド、または標識の有無によらずその他任意の代謝生成物）が含まれる反応混合物の形成、および基質の生成物への変換の評価が含まれうる。生成物の形成の評価には、例えば、炭素またはリン酸塩（例えば、化学的に、または標識、例えば、放射標識を使用して）の移動の検出、反応生成物の検出、第一の反応に依存した二次的な反応の検出、または基質の物理的性質（例えば、分子量、電荷、またはpIの変化）の検出などが含まれうる。
[00663]スクリーニング試験法に使用するための標的酵素は、天然原料、例えば、細胞、脂肪細胞（例えば、脂肪組織）から構成される組織または器官、肝臓、等から精製できる。別の方法として、標的酵素は、任意の数の異なる組み換えDNA発現系で発現でき、また大量に獲得でき、生物活性について検定できる。組み換えバクテリアの細胞（例えば、大腸菌の発現について、細胞は、任意の数の適切な培養液（例えばLB）中で成長し、および組み換えポリペプチドの発現は、IPTGを培養液に加えることで、または培養を高い温度に切り換えることで誘発される。さらにバクテリアを2時間〜24時間の間で培養した後、細胞は遠心分離で回収され、洗浄して残留した培養液が除去される。次に、バクテリアの細胞を、例えば細胞破砕機内での分裂により溶解させ、遠心分離して、高密度の封入体および細胞膜を可溶性の細胞成分から分離する。この遠心分離は、蔗糖などの糖類を緩衝液に取り込み、および選択的な速度で遠心分離することで、高密度の封入体が選択的に濃縮される条件下で実施できる。組み換えポリペプチドが封入内で発現される場合、これらは、いくつかあるうちどれかの溶液中で洗浄し、汚染する宿主タンパク質の一部を除去した後、βメルカプトエタノールまたはDTT（ジチオスレイトール）などの還元剤の存在下で、高濃度の尿素（例えば、8 M）または塩酸グアニジンなどのカオトロピック剤が含まれる溶液に可溶化することができる。この段階で、ポリペプチドがリフォールディングプロセスを起こして、天然のポリペプチドとより厳密に類似した高次構造となるために適切な条件下で、ポリペプチドを数時間培養することが有益となりうる。こうした条件には、一般に、低ポリペプチド（濃度が500 mg/ml未満）、低レベルの還元剤、2 M未満の濃度の尿素、また時には、タンパク質分子内でのジスルフィド結合の交換を促進する還元型および酸化型のグルタチオンの混合物などの試薬の存在が含まれる。リフォールディングプロセスは、例えば、SDS-PAGEにより、または天然の分子に特異的な抗体を用いて監視することができる。リフォールディングに続き、ポリペプチドは、イオン交換樹脂、ゲル透過樹脂などいくつかあるうちどれかの担体上で、または各種のアフィニティーカラム上で、クロマトグラフィーにより、さらに精製してリフォールディングする混合物から分離できる。
[00664]宿主細胞を発現したポリペプチド、またはその断片の分離および精製は、限定はされないものの、調製用クロマトグラフィーおよび単クローン性または多クローン性の抗体が関与する免疫学的分離を含む従来の手段により実施できる。
[00665]これらのポリペプチドは、組み換えDNA技術によるなどを含め多様な方法で生成して、本発明の目的で化合物をスクリーニングするために有用な純粋で生物学的に活性の標的酵素の大規模製造が可能となる。別の方法として、スクリーニングの対象となる標的酵素は、細胞可溶化物中またはその他の溶液または混合物中で、部分的に精製または検定しうる。
[00666]標的酵素活性評価法は、溶液中の酵素を使用するか、またはそうした酵素を発現する細胞または細胞可溶化物を使用した生体外評価法であることが好ましいが、本発明はそれには限定されない。一定の実施態様において、酵素は溶液中にある。その他の実施態様において、酵素はミクロソームに関連するか、または洗浄剤中にある。その他の実施態様において、酵素は固体またはゲル担体に固定化される。一定の実施態様において、酵素は精製および／または検出を容易にするために標識化される。その他の実施態様において、基質は、精製および／または検出を容易にするために標識化される。標識には、ポリペプチドタグ、ビオチン、放射標識、蛍光標識、または比色分析用標識が含まれる。代謝性の酵素の活性を試験する当該技術で許容される任意の試験法を本発明の実施において使用できる。高速大量処理スクリーニング評価法を用いて、数多くの化合物を複数ターゲットに対してスクリーニングすることが好ましい。
[00667]基質および生成物のレベルは、生体外の系内、例えば、生化学的抽出物内、例えば、タンパク質の抽出物内で評価できる。例えば、抽出物には、可溶性のすべてのタンパク質またはタンパク質の部分集合（例えば、70%または50%のアンモニウム硫酸塩切片）、標的酵素を含む部分集合として定義されたタンパク質の有用な部分集合が含まれうる。試験化合物の効果は、例えば、試験化合物を含む反応で、かつ試験化合物を含まない並行した制御反応で、基質および生成物のレベルを時間経過の開始時点で測定し、そのレベルを予定時間（例えば、0.5時間、1時間、または2時間）経過後と比較することで評価できる。これは、生体外での基質と生成物の比率に対する試験化合物の影響を判断する1つの方法である。反応率は、それぞれの培養についての反応時間に対して取り込んだ放射能またはその他の標識の線形回帰分析により入手できる。KMおよびVmaxの値は、初期速度の非線形回帰分析により、標準的なアンリ-ミヒャエリス-メンテン方程式に従い決定できる。kcatは、Vmax値を、例えば、比色タンパク質測定（例えば、Bio-RADタンパク質試験法、ブラッドフォード法、ローリー法）により導き出された酵素の反応濃度で割ることで入手できる。一実施態様において、化合物は標的酵素を不可逆的に不活性化する。別の実施態様において、化合物は標的酵素を可逆的に抑制する。一部の実施態様において、化合物は拮抗阻害により標的酵素を可逆的に抑制する。一部の実施態様において、化合物は非拮抗阻害により標的酵素を可逆的に抑制する。一部の実施態様において、化合物は不拮抗阻害により標的酵素を可逆的に抑制する。さらなる実施態様において、化合物は混合型阻害により標的酵素を抑制する。化合物による阻害の機序は、当業者に周知の標準的な評価法により決定できる。
[00668]位相分割システムを利用した酵素活性の定量的測定の方法が、米国特許第6,994,956号に記載されており、この全文を参照により本書に組み込む。特に、放射標識した基質およびその反応の生成物は、水相および非混合性のシンチレーション流体を含む有機相に差別的に分離され、放射標識を含む有機可溶部分を生成物分子に取り込む（信号試験法の利得）、または放射標識を含む有機可溶部分を基質分子から欠失させる（信号試験法の欠失）のいずれかにより酵素活性が評価される。シンチレーションは、放射性核種が有機の閃光体（scintillant）を含む相であるときにのみ検出される。こうした方法は、標的酵素の活性を抑制する化合物の能力の試験に採用できる。
[00669]細胞評価法を採用することもできる。模範的な細胞試験法には、試験化合物を培養細胞（例えば、哺乳類の培養細胞、例えば、ヒト培養細胞）に接触させ、次に、例えば、本書に記載した任意の方法（逆相HPLCなど）を使用して細胞内での基質および生成物のレベルを評価する方法が含まれる。
[00670]基質および生成物のレベルは、例えば、NMR、HPLC（例えば、『Bak, M. I., and Ingwall, J. S. (1994) J. Clin. Invest. 93, 40-49』を参照）、質量分析法、薄層クロマトグラフィー、または放射標識した成分（例えば、キナーゼ試験法用に放射標識したATP）の使用により評価できる。例えば、31P NMRを使用してATPおよびAMPのレベルを評価できる。一実施において、細胞および／または組織を、10mm NMR試料チューブ内に配置し、89 cmの穴付の9.4-Tesla超電導磁石内に位置する1H/31P二重同調プローブに挿入することができる。希望に応じて、細胞は、スキャンに指標を付けるために、明確なピークのある物質と接触させることができる。6つの31P NMRスペクトル（それぞれ104の自由誘導減衰を平均した信号により得られる）は、GE-400 Ω NMR分光計（Bruker Instruments、米国カリフォルニア州フリーモント）を用いて、フリップ角60°、パルス15ミリ秒、遅延2.14秒、掃引幅6,000 Hz、およびデータ点2048個を使用して収集することができる。スペクトルは、20-Hz指数乗算および0次および1次位相修正を使用して分析される。共振ピーク領域は、NMR1ソフトウェア（New Methods Research Inc.、米国ニューヨーク州シラキュース）を使用して、ローレンツ型線形により、当てはめることができる。完全緩和スペクトル（再循環時間：15秒）および部分的飽和スペクトル（再循環時間：2.14秒）のピーク領域を比較することで、ピークについて飽和の補正因子を計算できる。ピーク領域は、細胞および／または組織の重さまたは数に対して基準化し、任意の面積単位で表現できる。例えば、ATPおよびAMPのレベルなど評価の別の方法には、抽出物を形成するための試料内での細胞の溶解、および逆相HPLCによる抽出物の分離（260 nmで吸光度を監視）が含まれる。
[00671]別のタイプの生体外での試験法では、第一の酵素経路構成要素と第二の酵素経路構成要素との間（例えば、AMPK αおよびβ-γの間）の相互作用、または脂肪酸シンターゼの異なる酵素活性を調節する試験化合物の能力を評価する。このタイプの試験法は、標識化した構成要素の第二の経路構成要素に対する結合が、錯体において標識化した化合物を検出することで決定できるように、例えば、成分の1つを放射性同位元素または酵素ラベルと結合させることで達成できる。酵素経路構成要素は、125I、35S、14C、または3H、および放射放出の直接計数により、またはシンチレーション計数により検出される放射性同位元素直接的または間接的に標識化できる。別の方法として、構成要素は、例えば、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、またはルシフェラーゼ、および適切な基質の生成物への変換の決定により検出される酵素ラベルにより酵素的に標識化できる。拮抗評価法を使用して、試験化合物と標的との間の物理的相互作用を評価することができる。
[00672]可溶性および／または膜結合型の単離したタンパク質（例えば、酵素経路構成要素およびその受容体またはその生物学的に活性のタンパク質）を本発明の無細胞評価法で使用できる。酵素の膜結合型を使用するとき、可溶化剤を利用することが望ましい。こうした可溶化剤の例には、n-オクチルグルコシド、n-ドデシルグルコシド、n-ドデシルマルトシド、オクタノイル-N-メチルグルクアミド、デカノイル-N-メチルグルクアミド、トリトンX-100、トリトンX-114、テシット、イソトリデシルポリ(エチレングリコールエーテル)n、3-[(3-コラミドプロピル)ジメチルアンミニオ]-1-プロパンスルホナート（CHAPS）、3-[(3-コラミドプロピル)ジメチルアンミニオ]-2-ヒドロキシ-1-プロパンスルホナート（CHAPSO）、またはN-ドデシル-N、N-ジメチル-3-アンモニオ-1-プロパンスルホナートなどの非イオン性洗浄剤が含まれる。別の例において、酵素経路構成要素（例えば、AMPKの場合にGLUT-4）は、薄膜（例えば、リポソームまたはその他の小胞）内に存在できる。
[00673]無細胞評価法には、標的酵素および試験化合物が相互作用および結合して、除去および／または検出ができる錯体を形成するために十分な条件下、および時間での、この2つの成分の反応混合物の調製が関与する。
[00674]2つの分子（例えば、標的酵素および試験化合物）の間の相互作用は、例えば、少なくとも1つの分子が例えば蛍光的に標識化されている蛍光性試験法を使用して検出して、試験化合物と標的酵素との間の相互作用を評価することもできる。こうした試験法の一例には、蛍光性エネルギー移動（蛍光共鳴エネルギー移動のFETまたはFRET）が含まれる（例えば、『Lakowicz et al.』、米国特許第5,631,169号、『Stavrianopoulos, et al.』、米国特許第4,868,103号を参照）。第一の「ドナー」分子のフルオロフォア標識は、その放出された蛍光エネルギーが、第二の「アクセプター」分子の蛍光標識により吸収され、吸収されたエネルギーにより今度はこれが蛍光を発することができるように選択される。別の方法として、タンパク質性の「ドナー」分子は、単にトリプトファン残基の自然の蛍光エネルギーを利用することもできる。ラベルは、「アクセプター」分子の標識を「ドナー」の標識から区別しうるように、異なる光の波長を発するものが選択される。ラベル間でのエネルギー移動の効率は、分子を隔てる距離に関連するため、分子間の空間的関係が評価できる。結合が分子間で発生する場合には、この試験法での「アクセプター」分子標識の蛍光放出は、最大値とすべきである。FET結合事象は、当該技術でよく知られた標準的な蛍光定量的検出手段（例えば、蛍光分光計の使用）によって都合よく測定できる。
[00675]蛍光性試験法の別の例は、蛍光偏光（FP）である。FPでは、1つの構成要素のみを標識化する必要がある。結合相互作用は、標識化した構成要素の分子サイズの変化により検出される。サイズの変化により、溶液中の構成要素の反転率が変化し、FPの変化として検出される。例えば、『Nasir et al. (1999) Comb Chem HTS 2:177-190』、『Jameson et al. (1995) Methods Enzymol 246:283』、『Anal Biochem. 255:257 (1998)』を参照。蛍光偏光は、複数ウェルプレートで監視できる。例えば、『Parker et al. (2000) Journal of Biomolecular Screening 5 :77-88』、および『Shoeman, et al.. (1999) 38, 16802-16809』を参照。
[00676]別の実施態様において、目標の分子を結合する標的酵素の能力の判断は、リアルタイムの生体分子相互作用分析（BIA）を用いて達成できる（例えば、『Sjolander, S. and Urbaniczky, C. (1991) Anal. Chem. 63:2338-2345』および『Szabo et al. (1995) Curr. Opin. Struct. Biol. 5:699-705』を参照）。「表面プラズモン共鳴」または「BIA」は、どの反応体（例えば、BIAcore）も標識化することなく、生物特異性相互作用をリアルタイムで検出する。結合表面での質量の変化（結合事象を表示）は、表面付近での光の屈折率の変化（表面プラズモン共鳴（SPR）の光学的現象）をもたらし、結果的に、生体分子間のリアルタイムの反応の指標として使用できる検出可能な信号が発生する。
[00677]一実施態様において、標的酵素は、固相に固定される。固相上に固定された標的酵素／試験化合物の複合体は、反応、例えば、結合反応の終わりに検出できる。例えば、標的酵素は、固体の表面に固定させることができ、また試験化合物（これは固定されない）は、本書で考察した検出可能ラベルにより直接的または間接的に標識化できる。
[00678]一方または両方のタンパク質について非複合型からの複合型の分離を促すために、また、試験法を自動化するための便宜を図るために、標的酵素または抗標的酵素抗体のいずれかを固定することが望ましいともいえる。標的酵素への試験化合物の結合、または化合物候補の存在下や不在下での標的酵素の第二の構成要素との相互作用は、反応物質を含むために適切な任意の容器内で達成できる。こうした容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心チューブが含まれる。一実施態様において、一方または両方のタンパク質が基質に結合できるようにするドメインを追加する融合タンパク質を提供できる。例えば、グルタチオン-S-転移酵素／標的酵素融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Sigma Chemical、米国ミズーリ州セントルイス）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレートに吸収させ、次にこれを試験化合物または試験化合物と非吸収性の標的酵素のどれかと混合し、その混合物を錯体の生成を助長する条件下（例えば、塩およびpHについて生理学的条件）で培養することができる。培養の後、ビーズまたはマイクロタイタープレートのウェルを洗浄し、未結合の成分があれば除去し、ビーズの場合には基質を固定化し、および錯体を直接的または間接的に、例えば上記のとおりに決定する。別の方法として、複合体は、基質から解離することができ、また標的酵素の結合または活性のレベルは、標準技術を使用して決定される。
[00679]標的酵素または試験化合物のいずれかを基質に固定化するその他の技術には、ビオチンおよびストレプトアビジンの接合の使用が含まれる。ビオチン化した標的酵素または試験化合物は、当該技術で知られている技術（例えば、ビオチン化キット、Pierce Chemical、イリノイ州ロックフォード）を用いて、ビオチン-NHS(N-ヒドロキシ-スクシニミド)から準備でき、ストレプトアビジン-被覆した96ウェルプレートのウェル（Pierce Chemical）に固定化される。
[00680]この試験法を実施するために、固定化されていない構成要素が、固定させた構成要素を含む被覆した表面に追加される。反応が完了した後、形成された任意の複合体が固体表面上に固定されたまま残るような条件下で、未反応の成分が除去される（例えば、洗浄による）。固体表面上に固定化した複合体の検出は、多数の方法で達成できる。それ以前に固定化されていなかった構成要素が前標識されている場合、表面に固定化された標識が検出されると、複合体が形成されたことを示す。それ以前に固定化されていなかった構成要素が前標識されていない場合には、間接的な標識を使用して、表面に固定させた複合体の検出をすることができ、これには例えば、固定化した構成要素に特異的な標識化した抗体を使用するなどがある（この抗体が今度は、例えば、標識化されたアンチ-Ig抗体などによって直接的に標識化または間接的に標識化することができる）。
[00681]一実施態様において、この試験法は、抗体の標的酵素との反応性を利用して実施されるが、標的酵素の試験化合物および／または基質との結合を干渉することはない。こうした抗体によって、プレートのウェルに誘導体化でき、ウェルに捕捉された標的酵素が抗体の結合により開放される。こうした複合体を検出する方法には、GST-固定化した複合体について上記に記載したものに加え、抗体の標的酵素との反応性を使用した複合体の免疫検出、および標的酵素に関連した酵素活性の検出に依存した酵素結合評価法が含まれる。
[00682]別の方法として、無細胞評価法を液相で実施できる。こうした試験法において、反応生成物が、多数の標準技術のどれかにより、未反応の成分から分離されるが、この技術には、限定されないものの、分画遠心法（例えば、『Rivas, G., and Minton, A. P., (1993) Trends Biochem Sci 18:284-7』を参照）、クロマトグラフィー（ゲル濾過クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー）、電気泳動法（例えば、『Ausubel, F. et al., eds. Current Protocols in Molecular Biology 1999, J. Wiley: New York』を参照）、および免疫沈降（例えば、『Ausubel, F. et al., eds. (1999) Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley: New York』を参照）がある。こうした樹脂およびクロマトグラフ技術は、当業者に知られている（例えば、『Heegaard, N. H., (1998) J Mol Recognit 11:141-8』、『Hage, D. S., and Tweed, S. A. (1997) J Chromatogr B Biomed Sci Appl. 699:499-525』を参照）。さらに、蛍光性エネルギー移動も、錯体を溶液からそれ以上精製することなく結合を検出するために、本書に記載のとおり、好都合に利用される。
[00683]1つの望ましい実施態様において、試験法には、標的酵素またはその生物学的に活性な部分を標的酵素と結合する既知の化合物と接触させて、試験法の混合物を形成する手順、試験法の混合物を試験化合物と接触させる手順、および標的酵素と相互作用する試験化合物の能力を決定する手順が含まれ、ここで、標的酵素と相互作用する試験化合物の能力を決定する手順には、試験化合物を標的酵素に優先的に結合するか、または標的酵素の活性を調製する能力を、既知の化合物と比較して決定する手順が含まれる（例えば、拮抗実験法）。別の実施態様において、試験化合物の標的酵素に結合しその活性を調節する能力が、そうした標的酵素の既知の活性化剤または阻害剤と比較される。
[00684]本発明の標的酵素は、1つ以上の細胞またはタンパク質など細胞外の高分子と生体内で相互に作用することができるが、これらは宿主細胞にとって異質であるか、宿主細胞に内在し、また組み換え型として発現されていても、またそうでなくてもよい。この考察の目的で、こうした細胞および細胞外の高分子は、本書では「結合パートナー」と呼ぶ。こうした相互作用を妨害する化合物は、標的酵素の活性の調節において有用でありうる。こうした化合物には、限定されないものの抗体、ペプチド、および小分子などの分子が含まれうる。別の一実施態様において、本発明は、こうした標的酵素の下流エフェクターの活性を調節することによって試験化合物の標的酵素の活性を調節する能力を決定する方法を提供する。例えば、該当する標的に対するエフェクター分子の活性、また該当する標的に対するエフェクターの結合は、前述のとおりに決定できる。
[00685]標的酵素およびその細胞または細胞外の結合パートナーの間の相互作用に干渉する化合物を特定するために、標的酵素および結合パートナーを含む反応混合物は、2つの生成物が錯体を形成できるような条件下およびそれに十分な時間で調製される。抑制化合物を試験するために、反応混合物は、試験化合物の存在下および不在下で提供される。試験化合物は、最初から反応混合物に含めることも、標的およびその細胞または細胞外の結合パートナーを追加した後で追加することもできる。制御反応混合物は、試験化合物なしで、またはプラシーボとともに培養される。その後、標的生成物と細胞または細胞外の結合パートナー間での何らかの複合体の生成について検出される。試験化合物を含む反応混合物においてではなく、制御反応における錯体の生成は、化合物が標的生成物および相互作用的な結合パートナーの相互作用に干渉することを示す。さらに、試験化合物および正常な標的酵素を含む反応混合物内での錯体生成も、試験化合物および突然変異体の標的酵素を含む反応混合物内での錯体生成と比較することができる。この比較は、正常な標的酵素ではなく突然変異体の相互作用を妨害する化合物の識別が望ましいケースでは重要なものとなりうる。
[00686]本書に記載した評価法は、不均一または均一な型で実施できる。不均一な評価法には、標的酵素または結合パートナー、基質、または試験化合物のいずれかを固相に固着し、反応終了時に固相に固定した複合体を検出する手順が関与する。均一な評価法では、反応全体は、液相中で実施される。どちらのアプローチでも、反応物質を加える順序は、試験の対象の化合物についての異なる情報を得るために変化させることができる。例えば、標的酵素と結合パートナーまたは基質との間の相互作用に（例えば、拮抗により）干渉する試験化合物は、試験物質の存在下で反応を実施することにより識別できる。別の方法として、前もって形成した錯体を妨害する試験化合物、例えば、錯体から成分の1つを置き換える高めの結合定数を持つ化合物は、錯体が形成された後に試験化合物を反応混合物に加えることにより検査することができる。様々な型について、以下に簡単に説明する。
[00687]不均一な評価法システムにおいて、標的酵素または相互作用的な細胞または細胞外の結合パートナーまたは基質のいずれかが固体表面（例えば、マイクロタイタープレート）に固定される一方、固定させていない種は、直接的または間接的に標識化される。固定させた種は、非共有結合または共有結合により固定化できる。別の方法として、固定化する種に特異的な固定化した抗体を、固体表面に種を固着するために使用できる。
[00688]この試験法を実施するために、固定化した種のパートナーは、試験化合物を用いて、または用いずに被覆した表面にさらされる。反応が完了した後、未反応の成分が除去され（例えば洗浄による）、形成された錯体は固体表面上に固定されたまま残る。固定化されなかった種が前標識されている場合、表面に固定化された標識が検出されると、錯体が形成されたことを示す。固定化されなかった種が前標識されていない場合には、間接的な標識を使用して、表面に固定させた錯体を検出することができ、これには例えば、固定化した種に特異的な標識化した抗体を使用するなどがある（この抗体が今度は、例えば、標識化された抗Ig抗体などで直接的に標識化または間接的に標識化することができる）。反応成分を加える順序に応じて、錯体の生成を抑制するか、またはあらかじめ形成された錯体を妨害する試験化合物が検出できる。
[00689]別の方法として、反応は、液相中で、試験化合物、未反応の成分から分離した反応生成物、および検出された複合体の存在下または不在下で実施でき、例えば、溶液中に形成された任意の複合体を固着させるための、結合成分の1つに特異的な固定化した抗体、および固定させた錯体を検出するための、他のパートナーに特異的な標識化された抗体を使用するなどである。繰り返しになるが、反応物質を液相に加える順序に応じて、錯体を抑制するか、またはあらかじめ形成した錯体を妨害する試験化合物を識別できる。
[00690]別の発明の一実施態様において、均質な評価法を使用できる。例えば、標的酵素および相互作用的な細胞または細胞外の結合パートナー生成物または基質から成るあらかじめ形成された錯体は、標的酵素またはその結合パートナーまたは基質のいずれかが標識化されているが、錯体の生成のために標識により生成される信号は消滅した状態で調製される（例えば、イムノアッセイにこのアプローチを利用した米国特許第4,109,496号を参照）。あらかじめ形成された錯体からの種の1つと競合し、それを置き換える試験物質を加えることにより、上記背景の信号が生成されることになる。このように、標的酵素結合パートナーまたは基質接触面を妨害する試験化合物が識別される。
[00691]またさらに別の一面で、標的酵素は、two-hybrid試験法またはthree-hybrid試験法（例えば、米国特許第5,283,317号、『Zervos et al. (1993) Cell 72:223-232』、『Madura et al. (1993) J. Biol. Chem. 268:12046-12054』、『Bartel et al. (1993) Biotechniques 14:920-924』、『Iwabuchi et al. (1993) Oncogene 8:1693-1696』、およびBrent、国際特許出願公開第WO94/10300）で、標的酵素に結合するか、または相互に作用し（「標的酵素結合タンパク質」または「標的酵素-bp」）、標的酵素経路活性に関与する他のタンパク質を識別するために「おとりのタンパク質」として使用できる。こうした標的酵素-bpは、例えば、標的酵素経路の下流要素として、標的酵素または標的酵素標的の活性化剤または阻害剤とすることができる。
[00692]別の実施態様において、標的酵素の遺伝子発現の修飾因子が識別される。例えば、細胞または無細胞の混合物を化合物候補と接触させ、標的酵素mRNAまたはタンパク質の発現を化合物候補の不在下での標的酵素mRNAまたはタンパク質の発現レベルに対して評価する。標的酵素構成要素mRNAまたはタンパク質の発現が、化合物候補の存在下においてその不在下よりも大きいとき、その化合物候補は、標的酵素mRNAまたはタンパク質の発現の刺激物質として識別される。逆に、標的酵素mRNAまたはタンパク質の発現が、化合物候補の存在下においてその不在下よりも小さい（統計的に有意なだけ小さい）とき、化合物候補は、標的酵素mRNAまたはタンパク質の発現の阻害剤として識別される。標的酵素mRNAまたはタンパク質の発現レベルは、標的酵素mRNAまたはタンパク質を検出する方法により決定でき、例えば、これには、Westerns、Northerns、PCR、質量分析、2-Dゲル電気泳動などがあるが、これらはすべて当業者には周知のものである。
[00693]酵素標的の生成、その活性の試験、およびその阻害または活性化についての選定の実施のための評価法を、脂肪酸生合成に関連する酵素の例を使用しながら下記に説明する。これらの評価法は、本発明のその他の標的の活性を試験するために、当業者により改変することができ、また当該技術で知られているその他の評価法を使用することもできる。
AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）
[00694]本発明の一実施態様において、AMPKはアセチルCoAカルボキシラーゼの阻害剤であるため、脂肪酸生合成を上方制御するウイルスによって、AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）を活性化する化合物により阻害される。1つの望ましい実施態様において、解糖の上方制御に依存し、AMPK活性に依存するウイルスは、AMPK阻害剤により阻害されることになるため、AMPK阻害は好ましい結果である。
[00695]模範的には、AMPKは豚の肝臓から精製される。肝臓（1 kg）は、4,000 mlの緩衝液中で均質化される。2.5〜7.0%（w/v）のPEG 6000の断片が調製され、および結果的にできる断片が1,500 mlのDEAEセルロース（Whatman、ニュージャージー州クリフトン）上でバッチ処理され、0.25 M NaClを含む緩衝液で溶出される。溶出液を、例えば、Blue Sepharose（Pharmacia、スウェーデン、ウプサラ）上でクロマトグラフィーにより分離し、AMPKが1 M NaClを含む緩衝液で溶出される。酵素断片が濃縮され、ペプチド基質アフィニティークロマトグラフィーによるクロマトグラフィーの前に、10%（w/v）PEG-6000析出により脱塩される。ペプチド基質親和性カラムを、0.1%（v/v）トリトンX-100および0.5 M NaClを含む同じ緩衝液により洗浄し、またAMPKが2 M NaClおよび30%（v/v）エチレングリコールを含むこの緩衝液により溶出される。
[00696]上記の酵素活性および化合物スクリーニングのための一般の評価法に加え、潜在的な抗ウイルス性の化合物の効果を試験するために使用できるAMPKの活性を測定する評価法が、米国特許公報第20060147947号、米国特許第7220729号、米国特許第6124125号、および『Feng et al. 2004. Antiviral Res. 62, A43』に教示されており、これを参照することによりその全文を本書に組み込む。AMPK活性の生体外での評価法には、試験化合物、AMPK、AMP、基質（例えば、タンパク質）、およびATP（例えば、放射標識したATP）を含む反応混合物を形成する手順、およびATPからのリン酸塩の基質への転換を評価する手順が含まれうる。リン酸塩の転換の評価には、例えば、リン酸塩（例えば、化学的にまたは標識を使用して、例えば、放射標識）の検出、または基質の物理的性質（例えば、分子量、電荷、またはpIの変化）の検出が含まれる。
[00697]AMPK活性は、生体外で評価できる。例えば、『Hardie et al. (1997) Eur. J. Biochem. 246: 259』、『Hardie et al., (1998) Annu Rev. Biochem. 67:851』、『Vavvas et al. (1997) J. Biol. Chem. 272:13256』、および『Winder et al. (1996) Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab. 270:E299』を参照。反応混合物には、放射標識したATP、例えば、[32P]ATPおよび人工ペプチド基質、例えば、アセチル-CoAカルボキシラーゼ（ACC）酵素からのアミノ酸配列である「SAMS」と呼ばれる15-アミノ酸ペプチドが含まれうる。SAMSペプチドには、配列：HMRSAMSGLHLVKRRが含まれうる。例えば、『Davies et al. (1989) Eur. J. Biochem, 186:123』を参照。グリコーゲンシンターゼからのペプチド、例えば、配列PLSRTLSVAAKKを含むペプチドを使用することもできる。
[00698]AMPK活性の増加は、ペプチドのリン酸化の増大の原因となる。一部の実施において、反応混合物には、AMPまたはクレアチンリン酸塩が含まれうる。リン酸化は、例えば、ペプチドからのfree ATPの分離後にシンチレーションカウンターを使用して検出しうる。
アセチル-CoAカルボキシラーゼ（ACC）
[00699]アセチル-CoAカルボキシラーゼ（ACC）は、脂肪酸生合成の最初の実行手順を触媒するもので、ATP、重炭酸塩およびアセチル-CoAをマロニル-CoA、ADPおよび無機リン酸塩に変換させる脂肪酸生合成の律速段階の1つである。ACC酵素による評価法は、ACC1および／またはACC2で精製した組み換え体を使用して実施できる。ヒトおよびラットACC2のヌクレオチドおよびアミノ酸配列についてこれまで説明されてきており、例えば、米国特許第7,211,423号を参照し、その全文を本書に組み込む。よって、本発明の一部の実施態様において、特定のアイソザイムまたは酵素イソ型について、特定の化合物に対する特異性を決定することが一般に望ましいことが注目される。組み換え体ACC1またはACC2は、タグ（例えば、Myc、グルタチオンS-転移酵素（GST）、polyHis、HA、Flag、またはマンノース結合タンパク質（MBP））による標識化、任意の適切な宿主細胞（例えば、バクテリア、昆虫の細胞、酵母菌、または哺乳類の細胞）での発現、およびアフィニティークロマトグラフィーによる精製が可能である。模範的な評価法において、定常状態動態パラメータは、酸安定性のマロニル-CoA生成物を形成するための、酸不安定性H[14C]O3 -からアセチル-CoAへのACC-およびATP-依存の放射能取り込みを監視することで決定できる。反応は37°で実施され、例えば、96ウェルマイクロプレートなどで、大規模に実施できる。反応は急冷され、取り込まれなかった標識は除去される。プレートに存在する14Cの量は、シンチレーション計数により測定でき、また反応レートは、それぞれの培養について反応時間に対して取り込まれた放射能の線形回帰分析により得られる。KMおよびVmaxの値は、初期速度の非線形回帰分析により、標準的なHenri-Michaelis-Menten方程式に従い決定できる。kcatは、Vmax値を、比色タンパク質定量により得られた酵素の反応濃度で割って得られる。特定の化合物の滴定によるこれらの値の変化は、化合物によりACC活性が調節されることを示す（『Cheng et al. 2007. Protein Exp and Purif. 51:11-21』を参照し、その全文を本書に組み込む）。ACC活性のその他の評価法が、米国特許第6069298号、国際特許出願公開第WO 2003/072602号、欧州特許出願第EP1607477号、『Oizumi et al. 1990. J Chromatogr 529: 55-63』、Bijleveld et al. 1987. Biochim Biophys Acta 918:274-283』、および『Haas A. 1994. Methods 126: 87-97』に教示されており、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。
[00700]ACCの酵素活性を測定する評価法が当該技術で説明されており、例えば、米国特許第6,994,956号（これを参照し、その全文を本書に組み込む）で開示されたものなど、ACC酵素活性を抑制する化合物の能力を試験するために使用できる。こうした評価法は、高速大量処理スクリーニング評価法にも使用できる。米国特許第6,994,956号に記載のある方法により、NaHCO3およびACCにより触媒した[1-14C]アセチル-CoAの間での反応の[2-14C]マロニル-CoA生成物を使用した信号評価法の利得によるACC活性の放射測定による、FASの基質としての検出が可能となる。ACC活性の放射測定による検出は、ACC-FAS結合評価法の放射性生成物（14C-放射標識されたオレイン酸およびパルミチン酸）を反応混合物の酸性化の後でPPSF（MicroscintTM-E）に分配することで媒介される。例えば、96ウェル密度反応は、次の方法で分割される。酵素（ACCおよびFAS）、基質、試験化合物、および緩衝液成分を含む100 μLの酵素評価法阻害剤試験混合物が、室温で培養され、脂肪酸生成物が生成される。20 μLの2N HClを加えて酵素性の反応が停止した後、150 μLのMicroscintTM-Eを加える。分割には、特定の混合ステップは必要としないが、定着に数時間を必要とし、24時間安定している。放射性の基質[1-14C]アセチル-CoAと、ACC反応の生成物[2-14C]マロニル-CoAのどちらも、有機相には分割されない。
[00701]酵素活性は、液体シンチレーション計数によって決定される有機相内の放射能に比例する。PPSF（相分割シンチレーション流体）で検出される放射能の量は、ウェル内のFASの量、および酵素反応を進めることのできる時間に依存し、つまり、CPMは反応時間およびACCの濃度に対して用量依存的である。酸性化の有効性および長鎖脂肪酸のPPSFへの分割におけるPPSFは、既知の量の確証的な放射標識されたパルミチン酸を使用して評価ができる。評価法のバックグラウンドへの理論的な信号は、放射標識された基質および生成物の等モル量および等量の放射能を使用して、PPSF内のCPMを比較することで確立できる。
[00702]下記の試料の反応は、化合物：ACCの存在下または不在下で実施でき、また異なる濃度でのFASが、4 mM ATP、400 μM NADPH、および16 μMアセチル-CoA（0.015 μCi、[アセチル-1- 14 C]-CoA）を50 mM HEPES（pH 7.5）、20 mM NaHCO 3、10 mMクエン酸、5 mM DTT、10 mM MgCl 2、1 mM EDTA、および0.03% BSA（合計容量100 μL）を含む緩衝液に入れたものとともに、室温で75分間培養される。反応を、10 μLの10 N酢酸を加えて停止させた後、150 μL MicroscintTM-CATを加える。データ取得の前に、混合物を一晩培養させる。
[00703]その他のACCの酵素活性を測定する評価法の非限定的な例は、以下のとおりである。分光光度アッセイは、ATP-依存性のビオチンの部分的な反応を測定するために使用でき、ここで、ビオチンカルボキシラーゼによるATP加水分解のレートは、ADPの生成をビルビン酸キナーゼおよび乳酸脱水素酵素に結合させることにより、340 nmで分光光度的に測定される（『Levert et al., Biochemistry 39:4122-3128, 2000』を参照）。また、マロニル-CoAのACC触媒による脱炭酸を監視するために分光光度アッセイを使用することができ、ここで、ACC反応で生成されるアセチル-CoAは、リンゴ酸脱水素酵素のリンゴ酸塩およびNADに対する作用により生成されるオキザロ酢酸により濃縮され、クエン酸シンターゼ触媒反応においてクエン酸塩が生成され、またNADH生成は、340 nmでの吸光度の増加として測定される（『Winder et al., J. Appl. Physiol. 882219-2226, 2000』を参照）。放射標識評価法は、NaH14CO3およびアセチル-CoAからの[3-14C]マロニル-CoAの生成を測定するために使用できる（『Herbert et al., Biochem. J. 318:997-1006, 1996』を参照）。
リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ（リゾホスファチジン酸アセチルトランスフェラーゼを含む）（LPAAT）評価法
[00704]LPAATポリペプチドは、多数の異なる組み換えDNA発現システムのいずれかで発現でき、例えば、組み換え体LPAATは、大腸菌で発現し、そこから精製して、本発明の目的のための化合物のスクリーニング用に有用な生物学的に活性の純粋なhLPAAT-α、hLPAAT-β、hLPAAT-γ-1、hLPAAT-γ2、およびhLPAAT-δの大規模な製造が可能となる。
[00705]LPAAT酵素の阻害のための化合物のスクリーニングは、例えば、LPAAT（特にLPAおよび脂肪性アシル-CoA）のための化合物および基質の存在下での、hLPAAT-α、hLPAAT-β、hLPAAT-γ1、hLPAAT-γ2、および／またはhLPAAT-δとの接触から構成される。これらのhLPAATタンパク質は、培養の前に精製するか、これらのポリペプチドを符号化するcDNAで形質移入された株細胞（単一または複数）（例えば、Sf9、ECV304、A549）からの抽出物に含めるかのいずれかができる（『West et al., DNA Cell Biol. 16:691, 1997』）。別の方法として、hLPAATタンパク質は、形質移入細胞から精製することができ、その後、膜貫通型タンパク質であるタンパク質をリピド二重層内で再構成して、細胞への送達のためのリポソームを形成することができる（『Weiner, Immunomethods 4:201, 1994』）。
[00706]hLPAAT-α、hLPAAT- β、hLPAAT-γ1、hLPAAT-γ2、またはhLPAAT-δ活性に対する化合物または組成物の効果は、例えば、PAおよびCoAの生成を測定することで決定できる。PAは、例えば、下記の例3および例7で説明したTLC方法により測定できる。別の方法として、反応における遊離CoAの生成を検出することにより、LPAAT活性を評価できる。遊離スルフヒドリル基を含むCoAは、例えば、5,5'-ジチオビス-(2-ニトロ安息香酸)（DTNB）またはThioGlo（Covalent Associates、マサチューセッツ州ウォーバーン）などのスルフヒドリル特異的な試薬により、比色法または蛍光法のいずれかにより測定できる。hLPAAT-α、hLPAAT-β、hLPAAT-γ1、hLPAAT-γ2、またはhLPAAT-δに対する観察された効果は、抑制性または刺激性のいずれかである。
[00707]リゾホスファチジン酸アセチルトランスフェラーゼの活性の模範的な評価法は、米国特許公報第20040043465号、『Bonham et al. 2003, Expert Opin. Ther. Targets 7/5:643-661』、および米国特許第6136964号に記載があり、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。
HMG-CoAシンターゼ
[00708]HMG-CoAシンターゼは、肝臓から精製できる。模範的な手順において、雄のCharles River CDラット（225〜350 g）からの肝臓を、0.25M蔗糖中で均質化し、これをそれぞれの最終濃度がそれぞれ50 μg/mlおよび25 μg/mlとなるように、フェニルメチルスルホニルフルオリド（PMSF）およびN-p-トシル-1-リジンクロロメチルケトン（TLCK）で調節した。均質化物を、まず700xgで10分間遠心分離し、上澄をデカントして、7,700xgで20分間、再び遠心分離する。この上澄を、細かいナイロン網目を通して濾過し、脂肪層のほとんどを除去した後、100,000xgで1時間、再び遠心分離する。この上澄を除去し、1Mカリウムリン酸塩、ジチオスレイトール（DTT）およびエチレングリコールビス(βアミノエチルエーテル)-N,N,N',N'-テトラ酢酸（EGTA）を加えると、最終濃度それぞれ0.1M（pH 7.2）、0.5 mMおよび0.1 mMが得られる。固体アンモニウム硫酸塩を50%飽和までタンパク質溶液に加え、これを15,000xgで遠心分離し、上澄を破棄する。この沈殿したタンパク質は、活性の損失はほとんどなしに、-70°Cで少なくとも1カ月間保管することができる。アンモニウム硫酸塩沈殿物を0.5 mMジチオスレイトールおよび0.1 mM EGTA（0.06Mリン酸緩衝液という）を含む最少量の0.06Mカリウムリン酸緩衝液（pH 7.2）で溶解し、同一の緩衝液2リットルに対して一晩透析し、アンモニウム硫酸塩を除去し、HMG-CoAリアーゼを不活性化する（『Clinkenbeard, et al., J. Biol. Chem. 250, 3108-3116 (1975)』）。
[00709]透析した抽出物を、0.06Mリン酸緩衝液で平衡化されているDEAE-52（Whatman）のカラムに加える（樹脂総容量1 mlに対してタンパク質10 mg）。DEAE-セルロースを、280 nmでの光学濃度が、本質的にゼロになるまで0.06Mリン酸緩衝液で溶出する。この断片には、βケトアセチル-CoAチオラーゼ活性が含まれる。HMG-CoAシンターゼは、0.5 mM DTTおよび0.1 mM EGTAを含む0.06Mリン酸緩衝液（pH 7.2）に加えた0.1M KClを含むカラムから溶出されるが、この酵素には実質的にチオラーゼ活性は一切なかったものである。タンパク質は、アンモニウム硫酸塩を加えることで沈殿し、50%飽和が得られる。この溶液を4°Cで10分間攪拌し、沈殿物を15,000 rpmで10分間遠心分離し、回収した。上澄は捨て、沈殿物を最小0.06Mのリン酸緩衝液、pH 7.2（約10 ml）で溶解し、酵素を-80°Cで保管する。
[00710]HMG-CoAシンターゼの内因性の活性は、下記の生体外での評価法により測定される。酵素タンパク質（ca. 12.2 μg）を、117 mMトリス-HCl（pH 8.0）、11.7 mM MgCl2、1.17 mM エチレンジアミン四酢酸（EDTA）、0.58 mMジチオスレイトールを含む溶液に、試験化合物の存在下または不在下で加える（例えば、ジメチルスルホキシド中の2 μg/ml 溶液として加える）。培養は、振盪する水槽中で0.085 mlの容量かつ30°Cで行う。5分後、アセトアセチル-CoAを含む15 μlの溶液および0.1 μCiの1[14 C]-アセチル-CoAを加えると、最終濃度それぞれ0.1および0.4 mMが得られる。培養をさらに2分間続け、ガラスシンチレーションバイアルに入れた50 μlの評価法混合物を0.2 mlの6N HClに加えて、反応を停止させる。バイアルを1時間、110°Cで加熱し、その後、さらに0.2 mlの6N HClを各バイアルに加え、加熱をさらに1時間続ける。これに続き、1.0 mlの0.9%生理食塩水を各バイアルに加え、最終的に10 mlのシンチレーション液体を加える。放射能をPackard Tri-Carb液体シンチレーションカウンターで決定する。阻害率を標準的な公式で計算する。IC50値は、試験化合物の濃度のログ値を阻害率に対してプロットし、最小二乗法を使用して結果的なデータに直線を当てはめることで決定される。
[00711]HMG-CoAシンターゼの活性を測定するための模範的な評価法は、米国特許第5064856号、欧州特許出願第EP99107413号、および『Omura S. 1992. J Industrial Microbiol 10:135-156』に記載があり、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。
ATPクエン酸リアーゼ
[00712]ラットまたはヒトATPクエン酸リアーゼを精製して、本発明の方法に従い使用できる。雄のWistarラットを24時間絶食させた後、肝臓を取り出す前に高炭水化物の食餌を72時間与える。ATPクエン酸リアーゼは、Wraight et al.の方法（『Anal. Biochem., 1985, 144, 604-609』）に従い調製し、Wells（『Eur. J. Biochem., 1991, 199, 163-168』）に従い、大規模精製用に修飾される。タンパク質の純度は、SDS-PAGEにより決定できる。ヒトATPクエン酸リアーゼは、『European Journal of Biochemistry, 1992, 204, 491-99』に記載されているとおり調製され、上記で参照したWellsに従い大規模精製用に修飾される。この方法で得られたタンパク質の純度はSDS-PAGEにより判定される。
[00713]ATPクエン酸リアーゼの活性は、リンゴ酸脱水素酵素およびNADHにより生成されるオキサロ酢酸塩の減少により25°Cで評価される一方、Beckman DU50分光光度計を使用して340 nmで監視される（『Linnet al (J. Biol. Chem., 1979, 254, 1691-1698)』の方法による）。手短に言えば、ATPクエン酸リアーゼ（ヒトまたはラット）を、50 mMトリス/HCl、pH=8.0、0.2 mM NADH、10 mM MgCl2、10 mM KCl、5 mM ATP、200 μM 補酵素A、10 mMジチオスレイトールおよびリンゴ酸脱水素酵素を含む、1 mlキュベットに加える。阻害剤の水溶液を加える（水に不溶性の阻害剤用であるが、原液はDMSO中で調製される。ただし、キュベット内の最終的なDMSO濃度は、1%を超えてはならない）。最後に、三カリウムクエン酸塩を加え、最終的に100 μMにする。これは、クエン酸塩用のKMである（『Wells et al (Eur. J. Biochem., 1992, 204, 249-255)』および『Houston et al (Biochim. Biophys. Acta, 1985, 844, 233-239)』）。データ分析は、曲線適合パッケージEnzfitter（Elsevier Biosoft）を使用して実施される。
[00714]ATPクエン酸リアーゼの活性について、参照によりその全文を本書に組み込んだ評価法は、米国特許第5447954号、国際特許出願公開第WO 2004/100885号に記載があり、また酵母中の評価法は、『Holdsworth et al. 1998. J Gen Microbiol 134:2907-2915』に記載がある。
脂肪酸シンターゼ
[00715]模範的には、皮下脂肪組織を分裂させ、細胞を溶解させ、溶解性可溶化液が酵素評価法で使用される。マロニルCoAの追加により開始され、NADPHの酸化のレートが測定される。脂肪酸シンターゼの分離およびその活性の試験の方法については、『Wiesner et al. 1988 European J Biochemistry 177:69-79』および『A K Joshi and S Smith. 1993. Biochem J. 296: 143-149』に記載されている。
[00716]脂肪酸シンターゼの活性は、分光光度法を修正したものにより測定できる（『Lowry et al. 1951. “Protein measurement with the Folin phenol reagent,” J Biol Chem. 193(1):265-75』）。脂肪酸シンターゼの活性についての詳細な評価法は、米国特許第4735895号、国際特許出願公開第WO 2003/051307号、および米国特許出願刊行物第US20070099230号および第US20020151463号に記載があり、そのそれぞれの全文を参照により本書に組み込む。
5.3.1 化合物および標的酵素の高速大量処理スクリーニング
[00717]一実施態様において、例えば、質量分析法を使用した高速大量処理スクリーニングを、多数の化合物および多数の潜在的標的酵素を同時にスクリーニングするために使用できる。質量分析法を、代謝生成物レベルおよび酵素活性の決定用に利用できる。
[00718]特定の代謝生成物（例えば、AMP、ATP）のレベルは、液体クロマトグラフィー質量分析法（LC-MS/MS）により数量化できる。当該代謝生成物は、特定のクロマトグラフ保持時間を持ち、その時点で質量分析計によって、以下の3つの識別子から構成される選択反応モニタリングスキャンイベント（SRM）が実施される。
1） 代謝生成物の質量（親イオン）、
2） アルゴンとの衝突にあたり親イオンを細分化して、特定の質量を持つ断片を得るために必要なエネルギー、および
3） 特定の断片イオンの質量
上記の識別子を利用して、当該代謝酵素の活性に応じて生成される代謝生成物の蓄積が測定できる。酵素活性のレートが制限されるように、過剰な酵素基質を細胞可溶化物に加えることにより、その後で、時間経過に伴う酵素生成物の蓄積が、上記に概説したLC-MS/MSにより測定され、代謝性の酵素の活性の機能を果たす。こうした評価法の例は、『Munger et al, 2006 PLoS Pathogens, 2: 1-11』で報告されているが、これを参照しその全文を本書に組み込み、ここで、感染した可溶化液に存在するホスホフルクトキナーゼの活性が、過剰なホスホフルクトキナーゼ基質ATPおよび果糖リン酸塩を加え、LC-MS/MSによりフルクトースビスホスファターゼの蓄積を測定することで測定された。このアプローチは、多数の宿主標的酵素の活性の測定に適応させることができる。
5.3.2 潜在的な抗ウイルス化合物を評価する速度論的フラックスプロファイリング（KFP）
[00719]さらなる発明の一実施態様において、速度論的フラックスプロファイリング（KFP）（セクション6、『Munger et al. 2006 PLoS Pathogens, 2: 1-11』を参照）を使用して、ウイルスの存在下または不在下での細胞代謝流束が、前述の評価法の1つにおいて標的酵素を抑制することが判明している化合物の存在下または不在下でプロファイリングされる。こうした代謝流束プロファイリングにより、ウイルス感染細胞に特異的なウイルスに起因する代謝流束をオフセットするか、または細胞にとって致命的な代謝の混乱を引き起こすそれらの能力をもとに、追加的な（i）宿主の代謝のどの成分が抗ウイルス治療の標的とできるかについてのガイダンス、（ii）異なるウイルスにより標的化された代謝系路についてのガイダンス、および（iii）化合物の潜在的な抗ウイルス薬としての確証が提供される。一実施態様において、本発明の速度論的フラックスプロファイリング方法を、（i）異なるウイルスに起因する代謝の特異的な変化および（ii）異なるウイルスに起因する代謝流束の変化をオフセット（または特異的に増強）する化合物の能力を決定するスクリーニングのために使用できる。
[00720]こうして、発明の一実施態様において、細胞をウイルスに感染させて、代謝流束は、当業者に周知のウイルス感染後の異なる時点で評価される。例えば、流束は、感染後、24時間、48時間、または72時間に測定できる。代謝流束が、ウイルスの存在下で変化した場合には、ウイルスによって感染時の細胞代謝が変化する。観察された代謝流束の変化のタイプ（上記および本書の例を参照）により、ウイルスが作用する細胞経路についてのガイダンスが提供される。従って、当業者によく知られ、また本書の下記に記載した評価法をウイルスの標的を確認するために採用できる。例えば、ウイルスが脂肪酸シンターゼの活性を調節していると思われる場合には、下記のセクション5.4に記載した抗ウイルス活動の評価法においてウイルスを妨害するその能力について、セルレニンを検査することができる。ウイルスがATPクエン酸リアーゼを調節していると思われる場合には、ラジシコールおよびその誘導体をその抗ウイルス効果について試験することができる。これらのよく特性づけされた化合物が効果的な抗ウイルス剤である場合、特定のウイルス代謝性の標的が特定されたことになり、およびこれらの標的を調節するその他の化合物が、潜在的な抗ウイルス剤として同様に評価できる。本発明で使用できる試験化合物、抗ウイルス剤として使用しうる化合物、および抗ウイルス治療のための新しい薬物またはその他のウイルスの代謝標的を特定するために試験化合物として有用な化合物の例については、表2を参照のこと。
Figure 2010538968
[00721]発明の一実施態様において、ウイルス感染細胞を化合物に接触させ、代謝流束が測定される。化合物の存在下での代謝流束が、化合物の不在下での代謝流束とある意味で異なる場合には、ここで、ウイルスの代謝効果は、阻害されたか、または増強されたことになり、よって、代謝流束を変化させるウイルスの能力を調節する化合物が特定されたことになる。観察された代謝流束の変化のタイプにより、化合物が作用する細胞経路についてのガイダンスが提供される。従って、当業者によく知られ、また本書の下記に記載した評価法を抗ウイルス性の化合物の標的を確認するために採用できる。
[00722]一実施態様において、ウイルスの感染に起因する代謝の変化について、また化合物または化合物ライブラリによってこれらの変化がオフセットされるかどうかについて、スクリーニングするために、高い処理能力のメタボローム定量化質量分析法を使用できる。『Munger et al. 2006. PLoS Pathogens, 2: 1-11』を参照。
5.3.3 化合物
[00723]ウイルス感染細胞のメタボロームおよびフルキソームをベースにした分析を使用して、発明者は、表1（セクション5.1）にリストした宿主細胞標的酵素が、ウイルス感染による影響を受けることを発見した。これらの所見をもとに、これらの酵素の既知の阻害剤と構造的に関連する化合物を特定し、これらの酵素の活性のその特異的な調節についてスクリーニングした。表2（上記セクション5.3.2）を参照。さらに、任意の当該化合物を、これらの酵素の活性を調製するその能力について試験することができる。別の方法として、代謝に関連するその他任意の宿主細胞酵素を抑制するその能力について化合物を試験できる。こうした化合物が代謝酵素調節活性を持つものとして特定されたら、セクション5.4に説明したとおり、その抗ウイルス活性についてさらに試験することができる。別の方法として、化合物は、抗ウイルス活性についてスクリーニングすることができ、また本書で説明した代謝スクリーニング評価法を使用して任意に特性づけができる。
[00724]一実施態様において、高速大量処理スクリーニング法を使用して、多数の潜在的な治療用化合物（潜在的な修飾因子またはリガンド化合物）を含む、コンビナトリアルケミカルライブラリまたはペプチドライブラリ（例えば、公に利用できるライブラリ）が提供される。こうした「コンビナトリアルケミカルライブラリ」または「リガンドライブラリ」が次に、本書のセクション5.3に記載したとおり、1つ以上の評価法でスクリーニングされ、望ましい特性的な活性を示すライブラリ構成要素（特定の化学物質種またはサブクラス）が特定される。こうして、特定された化合物は、従来的な「リード化合物」としての役目を果たすか、または潜在的または実際の治療薬としてそれ自体を使用することができる。
[00725]コンビナトリアルケミカルライブラリは、化学合成または生物学的合成のいずれかにより、試薬などの多数の化学物質「基本要素」を組み合わせることにより生成された多様な化学物質を集めたものである。例えば、ポリペプチドライブラリなどの線形コンビナトリアルケミカルライブラリは、化学物質基本要素（アミノ酸）の組を所定の化合物の長さについて考えられるすべての方法で組み合わせることにより形成されたものである（すなわち、ポリペプチド化合物内のアミノ酸の数）。数百万の化学物質を、化学物質基本要素のこうしたコンビナトリアル混合によって合成できる。
[00726]コンビナトリアルケミカルライブラリ準備およびスクリーニングについては、当業者にはよく知られている。こうしたコンビナトリアルケミカルライブラリには、限定されないものの、ペプチドライブラリが含まれる（例えば、米国特許第5,010,175号、『Furka, Int. J. Pept. Prot. Res. 37:487-493 (1991)』および『Houghton et al., Nature 354:84-88 (1991)』を参照）。化学物質の多様性ライブラリを生成するためにその他の化学反応も使用できる。こうした化学反応には、限定されないものの、ペプトイド（例えば、PCT公報第WO 91/19735号）、符号化されたペプチド（例えば、PCT公報第WO 93/20242号）、無作為なバイオ-オリゴマー（例えば、PCT公報第WO 92/00091号）、ベンゾジアゼピン（例えば、米国特許第5,288,514号）、ヒダントイン、ベンゾジアゼピンおよびジペプチドなどのダイバーソマー（『Hobbs et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 90:6909-6913 (1993)』）、ビニローグ性ポリペプチド（『Hagihara et al., J. Amer. Chem. Soc. 114:6568 (1992)』）、ブドウ糖足場材料を持つ非ペプチド性ペプチド模倣分子（『Hirschmann et al., J. Amer. Chem. Soc. 114:9217-9218 (1992)』）、小規模化合物ライブラリの類似した有機合成（『Chen et al., J. Amer. Chem. Soc. 116:2661 (1994)』）、オリゴカルバミン酸塩（『Cho et al., Science 261:1303 (1993)』）、および／またはホスホン酸ペプチジル（『Campbell et al., J. Org. Chem. 59:658 (1994)』）、核酸ライブラリ（Ausubel、BergerおよびSambrook（すべて上記）を参照）、ペプチド核酸ライブラリ（例えば、米国特許第5,539,083号を参照）、抗体ライブラリ（例えば、『Vaughn et al., Nature Biotechnology, 14(3):309-314 (1996)』およびPCT/US96/10287を参照）、炭水化物ライブラリ（例えば、『Liang et al., Science, 274:1520-1522 (1996)』および国際特許出願公開第WO 1997/000271号を参照）、低分子有機分子ライブラリ（例えば、ベンゾジアゼピン、『Baum C&EN, January 18, page 33 (1993)』、イソプレノイド、米国特許第5,569,588号、チアゾリジノンおよびメタチアザノン、米国特許第5,549,974号、ピロリジン、米国特許第5,525,735号および第5,519,134号、モルホリノ化合物、米国特許第5,506,337号、ベンゾジアゼピン、米国特許第5,288,514号、およびこれに類するものを参照）が含まれる。分子ライブラリ合成のその他の例については、当該技術に、例えば、『DeWitt et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90:6909』、『Erb et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:11422』、『Zuckermann et al. (1994) . J. Med. Chem. 37:2678』、『Cho et al. (1993) Science 261:1303』、『Carrell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059』、『Carell et al. (1994) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2061』、および『Gallop et al. (1994) J. Med. Chem. 37:1233』に記載がある。
[00727]一部の模範的なライブラリは、特定のリード化合物からの変異体の生成に使用される。1つの方法には、コンビナトリアルライブラリの生成が含まれ、ここでリード化合物の1つ以上の官能基が、例えば、誘導体化により変化する。こうして、コンビナトリアルライブラリには、共通の構造的特徴（例えば、足場（scaffold）や枠組み）を持つクラスの化合物が含まれうる。ライブラリ生成の出発分子として使用できるリード化合物の例には、例えば、AMPKの場合には、メトホルミンなどのビグアナイド、チアゾリジンジオン（例えば、ロシグリタゾンおよびピオグリタゾン）、AMP類似体（AICAR=5'-アミノイミダゾール-4-カルボキシアミド-リボシドなど）、レプチンおよびレプチンに関連した分子、アディポネクチンおよびアディポネクチンに関連した分子が含まれる。
[00728]コンビナトリアルライブラリの準備用の装置は市販されている（例えば、357 MPS、390 MPS、Advanced Chem Tech、ケンタッキー州ルイビル、Symphony、Rainin、マサチューセッツ州ウォーバーン、433A Applied Biosystems、カリフォルニア州フォスターシティ、9050 Plus、Millipore、マサチューセッツ州ベッドフォードを参照）。さらに、多数のコンビナトリアルライブラリはそれ自体が市販されている（例えば、ComGenex、ニュージャージー州プリンストン、Asinex、ロシア、モスクワ、Tripos, Inc.、ミズーリ州セントルイス、ChemStar, Ltd、ロシア、モスクワ、3D Pharmaceuticals、ペンシルバニア州エクストン、Martek Biosciences、メリーランド州コロンビア等を参照）。試験化合物は、生物学的ライブラリ、ペプチドライブラリ（ペプチドの機能性を持つ分子のライブラリであるが、酵素による劣化に対する抵抗性があるにもかかわらず生物活性を維持する新規の非ペプチドバックボーンを持つライブラリ、例えば、『Zuckermann, R. N. et al. (1994) J. Med. Chem. 37:2678-85』）を参照、空間的にアドレス可能な並列の固相または溶液の位相ライブラリ、逆重畳積分を必要とする合成ライブラリ法、「1ビーズ1化合物」ライブラリ法、およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用した合成ライブラリ法から得ることもできる。生物学的ライブラリには、核酸ライブラリおよびタンパク質ライブラリが含まれる。一部の核酸ライブラリは、多様なセットのタンパク質（例えば、天然および人工のタンパク質）を符号化し、その他は、例えば核酸アプタマーまたはリボザイムなどの機能的RNAおよびDNA分子を提供する。ペプトイドライブラリは、ペプチドライブラリに類似した構造が含まれるように作成できる。（『Lam (1997) Anticancer Drug Des. 12:145』も参照）。タンパク質ライブラリは、発現ライブラリまたはディスプレイライブラリ（例えば、ファージディスプレイライブラリ）により生成することもできる。化合物のライブラリは、溶液中（例えば、『Houghten (1992) Biotechniques 13:412-421』）、またはビーズ（『Lam (1991) Nature 354:82-84』）、チップ（『Fodor (1993) Nature 364:555-556』）、バクテリア（Ladner、米国特許第5,223,409号）、胞子（Ladner 米国特許第5,223,409号）、プラスミド（『Cull et al. (1992) Proc Natl Acad Sci USA 89:1865-1869』）またはファージ（『Scot and Smith (1990) Science 249:386-390』、『Devlin (1990) Science 249:404-406』、『Cwirla et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. 87:6378-6382』、『Felici (1991) J. Mol. Biol. 222:301-310』、Ladner上掲）上で提示することもできる。酵素は、コンビナトリアルケミカルライブラリまたはその他何らかの適切な出所から選択可能な化合物を特定するためにスクリーニングできる（『Hogan, Jr., Nat. Biotechnology 15:328, 1997』）。
[00729]本書にある任意の評価法、例えば、生体外での評価法または生体内での評価法は、個別に、例えば、試験化合物のみとともに、または適切な対照群とともに実施できる。例えば、試験化合物のない並列評価法、またはその他の反応成分のない、例えば、標的のないものや基質のないものなど、その他の並列評価法である。別の方法として、評価法の結果を基準、例えば、基準値、例えば、評価の前に文献から入手できるもの、およびその他などと比較することが可能である。適切な相関および当該技術で既知の統計的方法を使用して、評価結果を評価できる。上記のセクション5.3.1を参照。
[00730]化合物が望ましい効果を持つことが判明したら、製造量の化合物を合成することができ、例えば、少なくとも50 mg、500 mg、5 g、または500 gの化合物が製造される。宿主細胞を貫通できる化合物が、本発明の実施において望ましいものの、化合物は、またはその溶解性を維持するために、または宿主細胞への侵入を助けるために、可溶化剤と組み合わせたり、別の化合物（単一または複数）と組み合わせて投与（例えば、脂質との混合物により）することができる。化合物は、例えば、被験者への投与のために製剤化でき、また被験者のために投与することもできる。
5.4 化合物の抗ウイルス活性の特性化
5.4.1 ウイルス
[00731]本発明は、ウイルス感染の予防、管理および／または治療に使用するための化合物を提供する。任意のウイルスに対する化合物の抗ウイルス活性は、本書で後述のセクション5.4.2に記載した技術を使用して検定できる。ウイルスは、エンベロープのあるものでも裸でも、DNAまたはRNAゲノムのどちらを持っていても、または二本鎖または一本鎖のゲノムのどちらでもよい。ウイルスの各科の部分集合およびその分類のほか、化合物によって抗ウイルス活動についての評価が可能なウイルスの部分集合については、例えば、『Flint et al., Principles of Virology: Molecular Biology, Pathogenesis and Control of Animal Viruses. 2nd edition, ASM Press, 2003』を修正した図1を参照のこと。特定の実施態様において、ウイルスはヒトに感染する。その他の実施態様において、ウイルスはヒト以外の動物に感染する。特定の実施態様において、ウイルスは、ブタ、家禽、その他の家畜、またはペットに感染する。
[00732]一定の実施態様において、ウイルスはエンベロープウイルスである。エンベロープウイルスには、限定されないものの、ヘパドナウイルス科、ヘルペスウイルス科、イリドウイルス科、ポックスウイルス科、フラビウイルス科、トガウイルス科、レトロウイルス科、コロナウイルス科、フィロウイルス科、ラブドウイルス科、ブニアウイルス科、オルソミクソウイルス科、パラミクソウイルス科、およびアレナウイルス科の構成種であるウイルスが含まれる。これらの科に属するウイルスの非限定的な例については、表3に記載している。
Figure 2010538968
[00733]一部の実施態様において、ウイルスは、無エンベロープウイルス、すなわち、ウイルスはエンベロープを持たず、裸である。こうしたウイルスの非限定的な例には、パルボウイルス科、サーコウイルス科、ポリオーマウイルス科、パピローマウイルス科、アデノウイルス科、イリドウイルス科、レオウイルス科、ビルナウイルス科、カリシウイルス科、およびピコルナウイルス科の構成種であるウイルスが含まれる。これらの科に属するウイルスの例には、限定されないものの、表4に記載したものが含まれる。
Figure 2010538968
[00734]一定の実施態様において、ウイルスはDNAウイルスである。その他の実施態様において、ウイルスはRNAウイルスである。一実施態様において、ウイルスは一本鎖ゲノムを持つDNAまたはRNAウイルスである。別の実施態様において、ウイルスは二本鎖ゲノムを持つDNAまたはRNAウイルスである。
[00735]一部の実施態様において、ウイルスは直鎖状ゲノムをもつ。その他の実施態様において、ウイルスは環状ゲノムをもつ。一部の実施態様において、ウイルスは分節型ゲノムを持つ。その他の実施態様において、ウイルスは非分節型ゲノムを持つ。
[00736]一部の実施態様において、ウイルスはプラス鎖RNAウイルスである。その他の実施態様において、ウイルスはマイナス鎖RNAウイルスである。一実施態様において、ウイルスは分節型マイナス鎖RNAウイルスである。別の実施態様において、ウイルスは非分節型マイナス鎖RNAウイルスである。
[00737]一部の実施態様において、ウイルスは正二十面体ウイルスである。その他の実施態様において、ウイルスは螺旋ウイルスである。さらに、その他の実施態様において、ウイルスは複雑型ウイルスである。
[00738]一定の実施態様において、ウイルスはヘルペスウイルス、例えば、HSV-1、HSV-2、およびCMVである。その他の実施態様において、ウイルスはヘルペスウイルス（例えば、HSV-1、HSV-2、およびCMV）ではない。特定の実施態様において、ウイルスはHSVである。別の一実施態様において、ウイルスはHSVではない。別の実施態様において、ウイルスはHCMVである。さらに別の実施態様において、ウイルスはHCMVではない。別の実施態様において、ウイルスは肝臓栄養性ウイルスである。別の一実施態様において、ウイルスは肝臓栄養性ウイルスではない。別の実施態様において、ウイルスは肝炎ウイルスである。別の実施態様において、ウイルスは肝炎ウイルスではない。別の実施態様において、ウイルスはC型肝炎ウイルスである。さらに別の実施態様において、ウイルスはC型肝炎ウイルスではない。別の特定の実施態様において、ウイルスはインフルエンザウイルスである。別の一実施態様において、ウイルスはインフルエンザウイルスではない。一部の実施態様において、ウイルスはHIVである。その他の実施態様において、ウイルスはHIVではない。一定の実施態様において、ウイルスはB型肝炎ウイルスである。また別の面において 実施態様、ウイルスはB型肝炎ウイルスではない。特定の実施態様において、ウイルスはEBVである。別の特定の一実施態様において、ウイルスはEBVではない。一部の実施態様において、ウイルスはカポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（KSHV）である。別の一部の実施態様において、ウイルスはKSHVではない。一定の実施態様においてウイルスは痘瘡ウイルスである。別の一定の実施態様において、ウイルスは痘瘡ウイルスではない。一実施態様において、ウイルスはデング熱ウイルスである。別の一実施態様において、ウイルスはデング熱ウイルスではない。その他の実施態様において、ウイルスはSARSウイルスである。別のその他の実施態様において、ウイルスはSARSウイルスではない。特定の実施態様において、ウイルスはエボラウイルスである。別の一実施態様において、ウイルスはエボラウイルスではない。一部の実施態様において ウイルスはマールブルグウイルスである。別の一実施態様において、ウイルスはマールブルグウイルスではない。一定の実施態様において、ウイルスは麻疹ウイルスである。別の一部の実施態様において、ウイルスは麻疹ウイルスではない。特定の実施態様において、ウイルスはワクシニアウイルスである。別の実施態様において、ウイルスはワクシニアウイルスではない。一部の実施態様において、ウイルスは水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）である。別の一実施態様において ウイルスはVZVではない。一部の実施態様において、ウイルスはピコルナウイルスである。別の実施態様において、ウイルスはピコルナウイルスではない。一定の実施態様においてウイルスはライノウイルスではない。一定の実施態様において、ウイルスはポリオウイルスである。別の実施態様において、ウイルスはポリオウイルスではない。一部の実施態様において、ウイルスはアデノウイルスである。別の実施態様において、ウイルスはアデノウイルスではない。特に 実施態様、ウイルスはコクサッキーウイルス（例えば、コクサッキーウイルスB3）である。その他の実施態様において、ウイルスはコクサッキーウイルス（例えば、コクサッキーウイルスB3）ではない。一部の実施態様において、ウイルスはライノウイルスである。その他の実施態様において、ウイルスはライノウイルスではない。一定の実施態様において、ウイルスはヒト乳頭腫ウイルス（HPV）である。その他の実施態様において、ウイルスはヒト乳頭腫ウイルスではない。一定の実施態様において、ウイルスは、表3および表4に列挙したウイルスから構成される群から選択したウイルスである。その他の実施態様において、ウイルスは、表3および表4に列挙したウイルスから構成される群から選択したウイルスではない。一実施態様において、ウイルスは、表3および表4に列挙したウイルスから構成される群から選択した1種以上のウイルスではない。
[00739]ウイルスの任意のタイプ、サブタイプまたは株に対する化合物の抗ウイルス活性を評価できる。例えば、自然発生的な株、変異体または突然変異体、突然変異誘発ウイルス、リアソータントおよび／または遺伝子組み換えウイルスに対する、化合物の抗ウイルス活性を評価できる。
[00740]一定のウイルスの死亡率、一定のウイルスでの作業に関連した安全性の問題および／または一定のウイルスでの作業の難易度によって、（少なくとも当初は）こうしたウイルスに対する化合物の抗ウイルス活性の特性づけが妨げられることがある。こうした状況下では、そうしたウイルスの代理である他の動物ウイルスが利用されることがある。例えば、HIVに対する化合物の抗ウイルス活性を特性づけるために、当初のうちはSIVを使用することができる。さらに、ラッサ熱ウイルスに対する化合物の抗ウイルス活性を特性づけるために、ピキンデウイルスを当初のうちは使用することができる。
[00741]一部の実施態様において、ウイルスは、細胞培養または被験者において、4時間以下、6時間以下、8時間以下、12時間以下、16時間以下、または24時間以下以内にピーク力価を達成する。その他の実施態様において、ウイルスは、細胞培養または被験者において、48時間以下、72時間以下、または1週間以下以内にピーク力価を達成する。その他の実施態様において、ウイルスは、約1週間よりも後にピーク力価を達成する。これらの実施態様に従い、ウイルス力価は感染した組織内または血清中で測定することができる。
[00742]一部の実施態様において、ウイルスは、細胞培養内で104 pfu/ml以上、5×104 pfu/ml以上、105 pfu/ml以上、5×105 pfu/ml以上、106 pfu/ml以上、5×106 pfu/ml以上、107 pfu/ml以上、5×107 pfu/ml以上、108 pfu/ml以上、5×108 pfu/ml以上、109 pfu/ml以上、5×109 pfu/ml以上、または1010 pfu/ml以上のウイルス力価を達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、細胞培養内で104 pfu/ml以上、5×104 pfu/ml以上、105 pfu/ml以上、5×105 pfu/ml以上、106 pfu/ml以上、5×106 pfu/ml以上、107 pfu/ml以上、5×107 pfu/ml以上、108 pfu/ml以上、5×108 pfu/ml以上、109 pfu/ml以上、5×109 pfu/ml以上、または1010 pfu/ml以上のウイルス力価を、4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、または24時間以下以内に達成する。その他の実施態様において、ウイルスは、細胞培養内で104 pfu/ml以上、5×104 pfu/ml以上、105 pfu/ml以上、5×105 pfu/ml以上、106 pfu/ml以上、5×106 pfu/ml以上、107 pfu/ml以上、5×107 pfu/ml以上、108 pfu/ml以上、5×108 pfu/ml以上、109 pfu/ml以上、5×109 pfu/ml以上、または1010 pfu/ml以上のウイルス力価を、48時間、72時間、または1週間以内に達成する。
[00743]一部の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1 pfu/ml以上、10 pfu/ml以上、5×101 pfu/ml以上、102 pfu/ml以上、5×102 pfu/ml以上、103 pfu/ml以上、2.5×103 pfu/ml以上、5×103 pfu/ml以上、104 pfu/ml以上、2.5×104 pfu/ml以上、5×104 pfu/ml以上、または105 pfu/ml以上のウイルス収率を達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1 pfu/ml以上、10 pfu/ml以上、5×101 pfu/ml以上、102 pfu/ml以上、5×102 pfu/ml以上、103 pfu/ml以上、2.5×103 pfu/ml以上、5×103 pfu/ml以上、104 pfu/ml以上、2.5×104 pfu/ml以上、5×104 pfu/ml以上、または105 pfu/ml以上のウイルス収率を、4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、24時間、または48時間以内に達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1 pfu/ml以上、10 pfu/ml以上、101 pfu/ml以上、5×101 pfu/ml以上、102 pfu/ml以上、5×102 pfu/ml以上、103 pfu/ml以上、2.5×103 pfu/ml以上、5×103 pfu/ml以上、104 pfu/ml以上、2.5×104 pfu/ml以上、5×104 pfu/ml以上、または105 pfu/ml以上のウイルス収率を、48時間、72時間、または1週間以内に達成する。これらの実施態様に従い、ウイルス収率は感染した組織内または血清中で測定することができる。特定の実施態様において、被験者は免疫適格性である。別の実施態様において、被験者は免疫無防備状態または免疫抑制性である。
[00744]一部の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1 pfu以上、10 pfu以上、5×101 pfu以上、102 pfu以上、5×102 pfu以上、103 pfu以上、2.5×103 pfu以上、5×103 pfu以上、104 pfu以上、2.5×104 pfu以上、5×104 pfu以上、または105 pfu以上のウイルス収率を達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1 pfu以上、10 pfu以上、5×101 pfu以上、102 pfu以上、5×102 pfu以上、103 pfu以上、2.5×103 pfu以上、5×103 pfu以上、104 pfu以上、2.5×104 pfu以上、5×104 pfu以上、または105 pfu以上のウイルス収率を、4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、24時間、または48時間以内に達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1 pfu以上、10 pfu以上、101 pfu以上、5×101 pfu以上、102 pfu以上、5×102 pfu以上、103 pfu以上、2.5×103 pfu以上、5×103 pfu以上、104 pfu以上、2.5×104 pfu以上、5×104 pfu以上、または105 pfu以上のウイルス収率を、48時間、72時間、または1週間以内に達成する。これらの実施態様に従い、ウイルス収率は感染した組織内または血清中で測定することができる。特定の実施態様において、被験者は免疫適格性である。別の実施態様において、被験者は免疫無防備状態または免疫抑制性である。
[00745]一部の実施態様において、ウイルスは、被験者において、感染単位数1以上、感染単位数10以上、感染単位数5×101以上、感染単位数102以上、感染単位数5×102以上、感染単位数103以上、感染単位数2.5×103以上、感染単位数5×103以上、感染単位数104以上、感染単位数2.5×104以上、感染単位数5×104以上、または感染単位数105以上のウイルス収率を達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、感染単位数1以上、感染単位数10以上、感染単位数5×101以上、感染単位数102以上、感染単位数5×102以上、感染単位数103以上、感染単位数2.5×103以上、感染単位数5×103以上、感染単位数104以上、感染単位数2.5×104以上、感染単位数5×104以上、または感染単位数105以上のウイルス収率を、4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、24時間、または48時間以内に達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、感染単位数1以上、感染単位数10以上、感染単位数101以上、感染単位数5×101以上、感染単位数102以上、感染単位数5×102以上、感染単位数103以上、感染単位数2.5×103以上、感染単位数5×103以上、感染単位数104以上、感染単位数2.5×104以上、感染単位数5×104以上、または感染単位数105以上のウイルス収率を、48時間、72時間、または1週間以内に達成する。これらの実施態様に従い、ウイルス収率は感染した組織内または血清中で測定することができる。特定の実施態様において、被験者は免疫適格性である。別の実施態様において、被験者は免疫無防備状態または免疫抑制性である。特定の実施態様において、ウイルスは、感染単位数104未満の収量を達成する。その他の実施態様において、ウイルスは、感染単位数105以上の収量を達成する。
[00746]一部の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1ml当たりの感染単位数1以上、1ml当たりの感染単位数10以上、1ml当たりの感染単位数5×101以上、1ml当たりの感染単位数102以上、1ml当たりの感染単位数5×102以上、1ml当たりの感染単位数103以上、1ml当たりの感染単位数2.5×103以上、1ml当たりの感染単位数5×103以上、1ml当たりの感染単位数104以上、1ml当たりの感染単位数2.5×104以上、1ml当たりの感染単位数5×104以上、または1ml当たりの感染単位数105以上のウイルス力価を達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1ml当たりの感染単位数10以上、1ml当たりの感染単位数5×101以上、1ml当たりの感染単位数102以上、1ml当たりの感染単位数5×102以上、1ml当たりの感染単位数103以上、1ml当たりの感染単位数2.5×103以上、1ml当たりの感染単位数5×103以上、1ml当たりの感染単位数104以上、1ml当たりの感染単位数2.5×104以上、1ml当たりの感染単位数5×104以上、または1ml当たりの感染単位数105以上のウイルス力価を4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、24時間、または48時間以内に達成する。一定の実施態様において、ウイルスは、被験者において、1ml当たりの感染単位数1以上、1ml当たりの感染単位数10以上、1ml当たりの感染単位数5×101以上、1ml当たりの感染単位数102以上、1ml当たりの感染単位数5×102以上、1ml当たりの感染単位数103以上、1ml当たりの感染単位数2.5×103以上、1ml当たりの感染単位数5×103以上、1ml当たりの感染単位数104以上、1ml当たりの感染単位数2.5×104以上、1ml当たりの感染単位数5×104以上、または1ml当たりの感染単位数105以上のウイルス力価を48時間、72時間、または1週間以内に達成する。これらの実施態様に従い、ウイルス力価は感染した組織内または血清中で測定することができる。特定の実施態様において、被験者は免疫適格性である。別の実施態様において、被験者は免疫無防備状態または免疫抑制性である。特定の実施態様において、ウイルスは、1 ml当たりの感染単位数104未満の力価を達成する。一部の実施態様において、ウイルスは、1ml当たりの感染単位数105以上の力価を達成する。
[00747]一部の実施態様において、ウイルスは細胞に感染し、細胞1個当たり101以上、2.5×101以上、5×101以上、7.5×101以上、102以上、2.5×102以上、5×102以上、7.5×102以上、103以上、2.5×103以上、5×103以上、7.5×103以上、104以上、2.5×104以上、5×104以上、7.5×104以上、または105以上のウイルス粒子を生成する。一定の実施態様において、ウイルスは細胞に感染し、細胞1個当たり10以上、101以上、2.5×101以上、5×101以上、7.5×101以上、102以上、2.5×102以上、5×102以上、7.5×102以上、103以上、2.5×103以上、5×103以上、7.5×103以上、104以上、2.5×104以上、5×104以上、7.5×104以上、または105以上のウイルス粒子を4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、または24時間以内に生成する。その他の実施態様において、ウイルスは細胞に感染し、細胞1個当たり10以上、101以上、2.5×101以上、5×101以上、7.5×101以上、102以上、2.5×102以上、5×102以上、7.5×102以上、103以上、2.5×103以上、5×103以上、7.5×103以上、104以上、2.5×104以上、5×104以上、7.5×104以上、または105以上のウイルス粒子を48時間、72時間、または1週間以内に生成する。
[00748]その他の実施態様において、ウイルスは、約少なくとも1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、または15日間潜伏する。別の実施態様において、ウイルスは、約少なくとも1週間、または2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、または10週間潜伏する。さらなる実施態様において、ウイルスは、約少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、または11カ月間潜伏する。さらに、別の実施態様において、ウイルスは、約少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年、13年、14年、または15年間潜伏する。一部の実施態様において、ウイルスは15年よりも長く潜伏する。
5.4.2 抗ウイルス活性を検出するための生体外での評価法
[00749]化合物の抗ウイルス活性は、本書に記載したか、または当業者に周知の他の様々な生体外での評価法で評価することができる。こうしたウイルスに対する抗ウイルス活性を持つ化合物について検定しうるウイルスの非限定的な例については、上記のセクション5.4.1に掲載している。特定の実施態様において、化合物は、そのウイルス複製を抑制する能力にみあった活性プロファイルを示し、一方で真核細胞、好ましくは哺乳類の細胞に関して低い毒性を維持する。例えば、ウイルスの複製に対する化合物の効果は、様々な希釈度の化合物の存在下または不在下で、異なる希釈度のウイルスで感染させる手順、および例えば、ウイルス複製、ウイルスゲノム複製および／またはウイルスタンパク質の合成に対する化合物の効果を評価する手順により決定しうる。別の方法として、ウイルスの複製に対する化合物の効果は、細胞を様々な希釈度の化合物またはプラシーボと接触させる手順、細胞を異なる希釈度のウイルスで感染させる手順、および例えば、ウイルス複製、ウイルスゲノム複製、および／またはウイルスタンパク質の合成に対する化合物の効果を評価する手順により決定しうる。ウイルス複製の変化は、例えば、粥腫の生成により評価しうる。ウイルスタンパク質の生成は、例えば、ELISA、ウエスタンブロット、またはフローサイトメトリー分析により評価しうる。ウイルス核酸の生成は、例えば、RT-PCR、PCR、ノーザン分析、またはサザンブロットにより評価しうる。
[00750]一定の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスの複製をおよそ10%、好ましくは15%、25%、30%、45%、50%、60%、75%、95%以上減少させる。一部の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスの複製を約少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、75倍、100倍、500倍、または1000倍減少させる。その他の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスの複製を約少なくとも1.5〜3倍、2〜4倍、3〜5倍、4〜8倍、6〜9倍、8〜10倍、2〜10倍、5〜20倍、10〜40倍、10〜50倍、25〜50倍、50〜100倍、75〜100倍、100〜500倍、500〜1000倍、または10〜1000倍減少させる。その他の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスの複製を約1 log、1.5 log、2 log、2.5 log、3 log、3.5 log、4 log、4.5 log、5 log以上減少させる。これらの実施態様に従い、こうした化合物は、上記のセクション5.4に記載した評価法で、安全性および効力についてさらに評価することができる。
[00751]一定の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルス性ゲノムの複製をおよそ10%、好ましくは15%、25%、30%、45%、50%、60%、75%、95%以上減少させる。一部の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルス性ゲノムの複製を約少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、75倍、100倍、500倍、または1000倍減少させる。その他の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルス性ゲノムの複製を約少なくとも1.5〜3倍、2〜4倍、3〜5倍、4〜8倍、6〜9倍、8〜10倍、2〜10倍、5〜20倍、10〜40倍、10〜50倍、25〜50倍、50〜100倍、75〜100倍、100〜500倍、500〜1000倍、または10〜1000倍減少させる。その他の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルス性ゲノムの複製を約1 log、1.5 log、2 log、2.5 log、3 log、3.5 log、4 log、4.5 log、5 log以上減少させる。これらの実施態様に従い、こうした化合物は、上記のセクション5.4に記載した評価法で、安全性および効力についてさらに評価することができる。
[00752]一定の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスタンパク質の合成をおよそ10%、好ましくは15%、25%、30%、45%、50%、60%、75%、95%以上減少させる。一部の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスタンパク質の合成をおよそ少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、75倍、100倍、500倍、または1000倍減少させる。その他の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスタンパク質の合成をおよそ少なくとも1.5〜3倍、2〜4倍、3〜5倍、4〜8倍、6〜9倍、8〜10倍、2〜10倍、5〜20倍、10〜40倍、10〜50倍、25〜50倍、50〜100倍、75〜100倍、100〜500倍、500〜1000倍、または10〜1000倍減少させる。その他の実施態様において、化合物は、本書に記載した評価法または当業者に周知の他の評価法で、負の対照群（例えば、PBS、DMSO）に対してウイルスタンパク質の合成をおよそ1 log、1.5 log、2 log、2.5 log、3 log、3.5 log、4 log、4.5 log、5 log以上減少させる。これらの実施態様に従い、こうした化合物は、上記のセクション5.5に記載した評価法で、安全性および効力についてさらに評価することができる。
[00753]一部の実施態様において、化合物により、ウイルス複製1ラウンド当たり約1.5倍以上、2倍以上、3倍以上、4倍以上、5倍以上、6倍以上、7倍以上、8倍以上、9倍以上、10倍以上、15倍以上、20倍以上、25倍以上、30倍以上、35倍以上、40倍以上、45倍以上、50倍以上、60倍以上、70倍以上、80倍以上、90倍以上、または100倍以上のウイルス収率の低減がもたらされる。一定の実施態様において、化合物により、ウイルス複製1ラウンド当たり約2倍以上のウイルス収率の低減がもたらされる。特定の実施態様において、化合物により、ウイルス複製1ラウンド当たり約10倍以上のウイルス収率の低減がもたらされる。
[00754]生体外での抗ウイルスアッセイは、初代細胞および樹立株細胞を含めた任意の真核細胞を使用して実施できる。選択した細胞または株細胞は、所定のウイルスにより感染の影響を受けやすいべきである。それぞれのウイルスについて標準的な生体外での抗ウイルスアッセイ（例えば、ウイルス細胞変性効果評価法、ニュートラルレッド摂取評価法、ウイルス収率評価法、プラーク減少評価法に使用可能な哺乳類株細胞の非限定的な例を、表5に掲載する。
Figure 2010538968
[00755]以下のセクション5.4.2.1〜5.4.2.7は、それぞれのウイルスに対する化合物の抗ウイルス活性を特性づけるために使用できる抗ウイルスアッセイの非限定的な例を記載したものである。当業者であれば、セクション5.4.2.1〜5.4.2.7に記載した方法を、例えば、表5に記載したものなどの細胞系およびウイルス病原体を変化させることによるなど、その他のウイルスに対して適応させる方法が分かる。
5.4.2.1 ウイルス細胞変性効果（CPE）評価法
[00756]CPEは、培養した細胞が大抵のウイルスによって感染すると経験する形態学的な変化である。これらの形態学的な変化は、固定も染色もされていない細胞で顕微鏡によって簡単に観察できる。CPEの形態には、ウイルスに応じて変化があるが、限定されないものの、細胞の円形化、感染細胞の細胞核および／または細胞質内の封入体の外観、および合胞体の生成、または多核細胞（多数の核を含む大規模な細胞質の集団）などが含まれる。アデノウイルス感染では、アデノウイルスカプシドの結晶性アレイ（crystalline arrays）が、細胞核に蓄積され、封入体が形成される。
[00757]CPE評価法によって、化合物の抗ウイルス効果の手段が提供されうる。こうした評価法の非限定的な例の1つにおいて、化合物は、（例えば、1000、500、100、50、10、1 μg/ml）に連続的に希釈され、96ウェル式プレートのうち、細胞単層（好ましくは、80〜100%集密の哺乳類の細胞）を含む3つのウェルに追加される。5分以内に、ウイルスを加えてプレートを密封し、37°Cで、近似最大値のウイルスのCPEを誘発するために必要な標準時間だけ培養する（例えば、ウイルスおよび感染多重度（multiplicity of infection）にも依るがおよそ48〜120時間）。CPEは、各試験において化合物と並行して既知の正の対照薬物が評価された後で、顕微鏡によって読み取られる。正の対照の非限定的な例としては、デング熱、インフルエンザ、麻疹、呼吸器合胞体、パラインフルエンザ、ピキンデ、プンタトロ（Punta Toro）およびベネズエラウマ脳炎などのウイルス用のリバビリン、アデノウイルス用のシドホビル、ライノウイルス用のピロダビル（pirodovir）、西ナイルウイルスおよび黄熱病ウイルス用の6-アザウリジン、およびSARSウイルス用のアルフェロン（インターフェロンα-n3）がある。データは、50%有効濃度または近似的なウイルス-抑制性濃度、50%エンドポイント（EC50）および細胞-抑制性濃度、50%エンドポイント（IC50）として表現される。一般的な選択性指標（「SI」）は、IC50をEC50で割ったものとして計算される。これらの値は、例えば、M.N. Prichard、K.R. Asaltine、およびC. Shipman, Jr.（ミシガン大学、ミシガン州アンアーバー）によるコンピュータソフトウェアプログラムMacSynergy IIなど、当該技術で既知の任意の方法を使用して計算できる。
[00758]一実施態様において、化合物は、3、または4、または5、または6、または7、または8、または9、または10、または11、または12、または13、または14、または15、または20、または21、または22、または23、または24、または25、または30、または35、または40、または45、または50、または60、または70、または80、または90、または100、または200、または300、または400、または500、1,000、または10,000よりも大きいSIを持つ。一部の実施態様において、化合物は、10よりも大きいSIを持つ。特定の実施態様において、10よりも大きいSIを持つ化合物が、さらに本書に記載したかまたは当該技術で既知の生体外および生体内でのその他の評価法で評価され、安全性および効力が特性づけられる。
5.4.2.2 ニュートラルレッド（NR）染料摂取評価法
[00759]NR染料摂取評価法を、CPE阻害評価法（セクション5.4.2.1を参照）を検証するために使用することができる。こうした評価法の非限定的な一例において、CPE阻害評価法に使用されるものと同一の96ウェル式マイクロプレートを使用できる。ニュートラルレッドを媒体に加えると、ウイルスによる損傷を受けていない細胞が、より大きな量の染料を取り込む。生存可能な細胞を示す摂取のパーセント値を、マイクロプレートオートリーダー上で、バックグラウンドを除去するための差異のある405および540 nmの二波長で読み取る。（『McManus et al.、Appl. Environment. Microbiol. 31:35-38、1976』を参照）。EC50は、感染細胞があり化合物と接触した試料について決定され、またIC50は、化合物と接触した非感染性の細胞のある試料について決定される。
5.4.2.3 ウイルス収率評価法
[00760]溶解させた細胞およびCPE阻害評価法（セクション5.3.2.1を参照）でのものなど、環線細胞からの上澄をウイルス収率（初代感染語のウイルス粒子の生成）の評価法に使用できる。非限定的な一例において、これらの上澄は、連続的に希釈され、単層の影響を受けやすい細胞（例えば、ベロ細胞）上に追加される。これらの細胞内でのCPEの発生は、上澄内の感染性ウイルスの存在を示すものである。ウイルス収率を1 log10抑制する試験化合物の濃度である90%有効濃度（EC90）が、当該技術で既知の計算方法を使用したこれらのデータから決定される。一実施態様において、化合物のEC90は、負の対照試料のEC90よりも少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、または50倍少ない。
5.4.2.4 プラーク減少評価法
[00761]こうした評価法の非限定的な一例において、ウイルスは、様々な濃度に希釈され、3通りに作成された単層の標的の哺乳類細胞を含むそれぞれのウェルに加えられる。次にプレートを培養し、対照試料の効果的な感染を達成するための時間だけ培養する（例えば、15分ごとに振盪して1時間）。培養期間の後、同量の1%アガロースを、2×の濃度で準備した同量のそれぞれの化合物希釈物に加える。一定の実施態様において、0.03 μg/ml〜100 μg/mlの間の最終的な化合物濃度が、0.5%の最終アガロースオーバーレイ濃度で検査できる。薬物アガロースの混合物を、2 mlの容積のそれぞれのウェルに注ぎ、およびプレートを3日間培養し、その後、細胞をニュートラルレッド1.5%溶液で染色する。4〜6時間の培養期間の終わりに、ニュートラルレッド溶液を吸引し、実体顕微鏡を使用してプラークを計数する。別の方法として、最終アガロース濃度0.4%を使用しうる。その他の実施態様において、プレートは3日よりも長く培養され、適切な場合に4日目および8日目に追加的なオーバーレイが注がれる。別の実施態様において、オーバーレイ媒体は、半流動性ではなく液体である。
5.4.2.5 ウイルス力価評価法
[00762]この非限定的な例において、単層の標的の哺乳類の細胞株を、異なる量（例えば、3プラーク形成単位（pfu）または5 pfuの多重度）のウイルス（例えば、HCMVまたはHSV）で感染させ、その後、様々な希釈度の化合物（例えば、0.1 μg/ml、1 μg/ml、5 μg/ml、または10 μg/ml）の存在下または不在下で培養する。感染した細胞は、感染後48時間または72時間に収穫し、適切な標的株細胞（例えば、ベロ細胞、MRC5 細胞）上で、当該技術で既知の標準プラーク評価法で力価を測定する。一定の実施態様において、化合物の存在下で感染細胞を培養することで、化合物の不在下での感染細胞の培養に比較して、感染性ウイルスの収量が少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、100倍、500倍、または1000倍減少する。特定の実施態様において、化合物の存在下で感染細胞を培養することで、化合物の不在下での感染細胞の培養に比較して、PFU/mlが少なくとも10倍減少する。
[00763]一定の実施態様において、化合物の存在下で感染細胞を培養することで、化合物の不在下での感染細胞の培養に比較して、感染性ウイルスの収量が少なくとも0.5 log10、1 log10、1.5 log10、2 log10、2.5 log10、3 log10、3.5 log10、4 log10、4.5 log10、5 log10、5.5 log10、6 log10、6.5 log10、7 log10、7.5 log10、8 log10、8.5 log10、または9 log10だけ減少する。特定の実施態様において、化合物の存在下で感染細胞を培養することで、化合物の不在下での感染細胞の培養に比較して、感染性ウイルスの収量が少なくとも1 log10または2 log10だけ減少する。別の特定の実施態様において、化合物の存在下で感染細胞を培養することで、化合物の不在下での感染細胞の培養に比較して、感染性ウイルスの収量が少なくとも2 log10だけ減少する。
5.4.2.6 フローサイトメトリー評価法
[00764]化合物の存在下または不在下で培養した、感染した標的の細胞におけるウイルス抗原の発現を検出するために、フローサイトメトリーを利用できる（例えば、『McSharry et al., Clinical Microbiology Rev., 1994, 7:576-604』を参照）。フローサイトメトリーによって細胞表面上で検出可能なウイルスの抗原の非限定的な例には、限定されないものの、HSVのgB、gC、gC、およびgE、日本脳炎のEタンパク質、マウス乳がんウイルスのウイルスgp52、水痘帯状疱疹ウイルスのgpI、HCMVのgB、HIVのgp160/120、インフルエンザのHA、HHV-6のgp110/60、および麻疹ウイルスのHおよびFが含まれる。その他の実施態様において、細胞内のウイルス抗原またはウイルス核酸は、当該技術で既知の技術により、フローサイトメトリーにより検出可能である。
5.4.2.7 抗ウイルス評価法のための遺伝子組み換え株細胞
[00765]抗ウイルス評価法で使用するための様々な株細胞は、ウイルス感染またはウイルス複製のためのより適切な宿主、またウイルス-感染細胞を迅速に検出するためにより都合の良い基質とするために遺伝子操作ができる（例えば、『Olivo, P.D., Clin. Microbiol. Rev., 1996, 9:321-334』を参照）。一部の面において、これらの株細胞は、転写、翻訳、プリゲノムキャプシド形成、逆転写、粒子集合および放出などの、ウイルス複製の任意の手順の遮断に対する化合物の抗ウイルス活性の試験に利用できる。それぞれのウイルスについて、抗ウイルス評価法に使用するための遺伝子組み換え細胞の非限定的な例について、以下に説明する。
[00766]HepG2-2.2.15は、転写、翻訳、プリゲノムキャプシド形成、逆転写、粒子集合および放出などのウイルス複製の任意の手順を遮断する化合物の識別および特性づけに有用な、B型肝炎ウイルス（HBV）ayw菌株ゲノムを含む、安定した株細胞である。一面において、HBV DNA複製を測定するリアルタイム定量的PCR（TaqMan）評価法を利用して、細胞から分泌されたHBVの生成が減少するかどうかを試験するため、化合物をHepG2-2.2.15培養液に加えることができる。特に、96ウェル式平底組織培養プレート上で培養したHepG2-2.2.15細胞の集蜜的な培養液は、様々な濃度の1日量の化合物で処理される。培地におけるHBVウイルス粒子のDNAは、定量的ブロットハイブリッド形成またはリアルタイム定量的PCR（TaqMan）評価法により、最後の処理の24時間後に評価できる。ニュートラルレッド染料（内在化された染料の510nM [A510]での吸光度）の摂取を、最後の処理から24時間後の相対的毒性レベルを決定するために使用できる。値は、同一プレート上に保持されている未処置細胞の別個の培養液についての平均A510値のパーセント値として提示される。細胞内のHBV DNA複製中間体は、定量的サザンブロットハイブリッド形成により評価できる。細胞内のHBV粒子は、処理したHepG2-2.2.15細胞から単離でき、またプリゲノムRNAは、サザンブロット分析により検査できる。ELISAを、HBVエンベロープタンパク質、表面抗原（HBsAg）、および培養液から放出される分泌されたe-抗原（HBeAg）の量を定量化するために使用できる。ラミブジン（3TC）を、評価法の正の対照群として使用できる。（『Korba & Gerin, Antivir.Res.19:55-70,1992』を参照）。
[00767]一面において、安定したルシフェラーゼ（LUC）レポーターを持つ新しいHCV RNAレプリコンを含む株細胞Huh7 ET（luc-ubi-neo/ET）を、化合物のC型肝炎ウイルス複製に対する抗ウイルス活性を評価するために使用できる（『Krieger, N., V. Lohmann, and R. Bartenschlager J. Virol., 2001, 75:4614-4624』を参照）。LUCレポーターの活性は、HCV RNAレベルに正比例し、また正の対照である抗ウイルス化合物は、LUCエンドポイントとRNAエンドポイントのどちらを使用しても同等に作用する。Huh7 ET細胞の亜集密培養液を96ウェル式プレートに入れ、翌日に化合物を適切なウェルに加え、試料ならびに正の対照（例えば、ヒトインターフェロン-α 2b）と負の対照の試料を、細胞がまだ亜集密である72時間後に処理する。HCV RNAレベルは、定量的PCR（TaqMan）を使用して評価できる。一部の実施態様において、化合物により、LUC信号（またはHCV RNAレベル）が、未処理の試料対照と比較して20%、35%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、90%、または95%以上だけ低下する。1つの望ましい実施態様において、化合物により、未処理の細胞対照と比較してLUC信号（またはHCV RNAレベル）が50%以上だけ低下する。HCVを研究するその他の関連する細胞培養モデルについてこれまでに説明されており、例えば、『Durantel et al., J. Hepatology, 2007, 46:1-5』を参照のこと。
[00768]EBVに対する化合物の抗ウイルス効果は、Daudi細胞内のウイルスカプシド抗原（VCA）生成レベルを、ELISA評価法を使用して測定することで評価できる。化合物の様々な濃度について検査でき（例えば、50 mg/ml〜0.03 mg/ml）、また、未処理の細胞および化合物で処理した細胞から得られた結果が、EC50値の計算に使用される。EBV VCA生成に対する毒性のなく良い活性を持つ選択した化合物を、EBV DNA合成を抑制する能力について試験できる。
[00769]HSVを用いた評価法では、HSV-1 UL39プロモーターの転写制御下で大腸菌lacZ遺伝子により安定的に形質転換させたBHKICP6LacZ株細胞を使用できる（『Stabell et al., 1992, Methods 38:195-204』を参照）。感染細胞は、当該技術で既知のβ-ガラクトシダーゼ評価法、例えば、比色分析法を使用して検出される。
[00770]インフルエンザウイルスについての標準的な抗ウイルス評価法が、これまでに説明されており、例えば、『Sidwell et al., Antiviral Research, 2000, 48:1-16』を参照。これらの評価法は、その他のウイルスを用いた用途にも適応ができる。
5.5 化合物の安全性および効力の特性づけ
[00771]化合物の安全性および効力は、当業者に周知の技術を使用して評価できる。下記のセクション5.5.1および5.5.2では、化合物の安全性および効力を特性づけるための、細胞毒性試験および動物モデル評価法についてそれぞれ、非限定的な例を提供している。一定の実施態様において、セクション5.5.1に記載した細胞毒性試験は、上記のセクション5.4に記載した生体外での抗ウイルス評価法に従い実施される。その他の実施態様において、セクション5.5.1に記載した細胞毒性試験は、上記のセクション5.4に記載した生体外での抗ウイルス評価法の前に、または同時に実施される。
[00772]一部の実施態様において、化合物は、非感染性の細胞およびウイルス感染した細胞の生存能力に差異的に影響する。ウイルス感染細胞および非感染性の細胞の生存能力に対する化合物の特異的効果は、下記のセクション5.5.1に記載した技術などの技術、または当業者にとって既知のその他の技術を使用して評価しうる。一定の実施態様において、化合物は、非感染性の細胞よりもウイルスに感染した細胞に対する毒性が高い。特定の実施態様において、化合物は、ウイルスに感染した細胞の生存能力に優先的に影響する。任意の特定の概念に拘束されることなく、未感染の細胞およびウイルス感染細胞の生存能力に対する化合物の差異的な効果は、差異的に発現または調節されるか、または未感染の細胞およびウイルス感染細胞において差異的な活性を持つ特定の酵素またはタンパク質を標的化した化合物の結果でありうる。例えば、感染した宿主細胞におけるウイルス感染および／またはウイルス複製は、酵素および／またはタンパク質の発現、調節、および／または活性により変化しうる。従って、一部の実施態様において、同一の酵素、タンパク質または代謝経路を標的とするその他の化合物が、抗ウイルス活性について検査される。その他の実施態様において、ウイルス感染した細胞の生存能力に差異的に影響する化合物の同属種が設計され、抗ウイルス活性について検査される。化合物の抗ウイルス活性を評価するために使用できる抗ウイルス評価法の非限定的な例について、上記のセクション5.4に記載されている。
5.5.1 細胞毒性研究
[00773]1つの望ましい実施態様において、細胞は、初代細胞および株細胞を含めた動物の細胞である。一部の実施態様において、細胞は、ヒト細胞である。一定の実施態様において、細胞毒性は、U937（ヒト単球株細胞）、初代末梢血単核細胞（PBMC）、Huh7（ヒト肝芽腫株細胞）、293T（ヒト胎児由来腎臓株細胞）、およびTHP-1（単球細胞）といった1つ以上の株細胞で評価される。化合物の細胞毒性の試験に使用可能なその他の株細胞の非限定的な例を、表5に掲載する。
[00774]化合物への暴露の後で、細胞（感染または未感染）の生存能力または株細胞の評価するために、当該技術でよく知られた数多くの評価法が使用でき、こうして、化合物の細胞毒性が決定される。例えば、細胞増殖は、ブロモデオキシウリジン（BrdU）の取り込みの測定（例えば、『Hoshino et al., 1986, Int. J. Cancer 38, 369』、『Campana et al., 1988, J. Immunol. Meth. 107:79』を参照）により、（3H）チミジンの取り込みの測定（例えば、『Chen, J., 1996, Oncogene 13:1395-403』、『Jeoung, J., 1995, J. Biol. Chem. 270:18367 73』を参照）により、直接的な細胞計数により、またはがん原遺伝子（例えば、fos、myc）または細胞周期マーカー（Rb、cdc2、cyclin A、D1、D2、D3、E、等）など既知の遺伝子の転写、翻訳または活性の変化の検出により評価できる。こうしたタンパク質およびmRNAおよび活性のレベルは、当該技術でよく知られた任意の方法により決定できる。例えば、タンパク質は、ELISA、ウエスタンブロッティングまたは免疫沈降など、既知の免疫診断法により、市販の抗体を含めた、抗体を使用して定量化できる。mRNAは、例えば、ノーザン分析、RNaseプロテクション、またはポリメラーゼ連鎖反応を逆転写とともに使用するなど、当該技術で既知および日常的な方法を使用して、定量化できる。細胞の生存能力は、トリパンブルー染色または当該技術で既知のその他の細胞死または生存能力マーカーを使用して評価できる。特定の実施態様において、細胞のATPレベルが測定され、細胞の生存能力が決定される。
[00775]特定の実施態様において、細胞の生存能力は、細胞内ATPレベルを測定するCellTiter-Gloアッセイキット（Promega）など、当該技術で標準的な評価法を使用して、3日および7日の期間で測定される。細胞のATPの減少は、細胞障害効果を示すものである。別の特定の実施態様において、細胞の生存能力は、ニュートラルレッド摂取評価法で測定できる。その他の実施態様において、形態学的な変化の目視観察には、拡張、粒度（granularity）、ギザギザの縁（ragged edges）のある細胞、薄膜様の外観、円形化、ウェル表面からの脱離、またはその他の変化（変更）が含まれうる。これらの変化は、観察された細胞毒性の度合いに従い、T（100%毒性）、PVH（部分的毒性-非常に重度-80%）、PH（部分的毒性-重度-60%）、P（部分的毒性-40%）、P（部分的に毒性-軽度-20%）、または0（無毒性-0%）が指定される。これらのデータの回帰分析により50%の細胞抑制性（細胞毒性）濃度（IC50）が決定される。
[00776]化合物は、動物モデルにおける生体内毒性について試験できる。例えば、化合物の抗ウイルス活性を試験するために使用される、本書に記載したおよび／または当該技術で既知のその他の動物モデルを、これらの化合物の生体内毒性を決定するために使用することもできる。例えば、動物には、化合物の多様な濃度で投与される。その後、動物は時間経過に伴って、組織損傷を示すことになりうる、死亡率、体重減少または体重増加の不成功、および／または血清マーカーレベルについて監視される（例えば、一般的な組織損傷の指標としてのクレアチンホスホキナーゼレベル、肝臓損傷の可能性の指標としてのグルタミン酸シュウ酸トランスアミラーゼまたはピルビン酸トランスアミラーゼのレベル）。これらの生体内での評価法は、投与量に加えて、様々な投与モードおよび／または療法の毒性の試験に適応させることもできる。
[00777]本発明による化合物の毒性および／または効力は、細胞培養または実験動物における、例えば、LD50（母集団の50%に対して致命的な用量）およびED50（母集団の50%で治療的に効果的な用量）の決定についての標準的な製薬の手順により決定できる。毒性および療法効果の用量比が治療係数で、これはLD50/ED50の比として表現しうる。本発明に従い識別された化合物で、大きな治療計数を示すものが望ましい。本発明に従い識別された化合物で、毒性副作用を示すものを使用することもできるが、影響のある組織の部位へのこうした薬剤を標的とした送達システムの設計には、非感染性の細胞への潜在的損傷を最小限に抑えるために、またそれにより副作用を低減するために、注意が必要である。
[00778]細胞培養評価法および動物実験から得られたデータは、本発明に従い識別された化合物の多様な投薬をヒトで使用するための調剤のために使用できる。こうした薬剤の投薬は、循環濃度の範囲内が好ましく、これには、ED50値で低毒性か無毒性のものが含まれる。投薬は、採用される剤形および利用される投与経路に応じて、この範囲内で変化しうる。本発明の方法で使用される任意の薬剤について、治療的に効果的な用量は、当初、細胞培養評価法により予想できる。用量は、動物モデルで循環する血漿濃縮の範囲を達成するために策定することができ、これには、細胞培養で決定されたIC50（すなわち、症状の最大半減阻害を達成する試験化合物の濃度）が含まれる。こうした情報は、ヒトにおける有用な用量をより正確に決定するために使用できる。プラズマのレベルは、例えば、高性能液体クロマトグラフィーにより測定できる。投薬量の決定に関するそれ以外の情報については、下記のセクション5.7.4に記載する。
5.5.2 動物モデル
[00779]化合物および組成物は、ヒトでの使用の前に、望ましい治療または予防の活性を得るために、生体内で評価するのが望ましい。例えば、生体内での評価法は、化合物および／または別の治療薬を投与することが好ましいかどうかを決定するために使用される。例えば、ウイルス感染を阻止するための化合物の使用を評価するために、動物がウイルスに感染する前に化合物を投与することができる。別の実施態様において、化合物は、動物に、動物がウイルスに感染するのと同時に投与できる。ウイルス感染を治療または管理するための化合物の使用を評価するために、一実施態様において、化合物は、動物のウイルス感染の後で投与される。別の実施態様において、化合物は、ウイルス感染を治療および／または管理するために、動物がウイルスに感染するのと同時に動物に投与される。特定の実施態様において、2回以上にわたり化合物が動物に投与される。
[00780]化合物は、限定されないものの、ラット、マウス、ニワトリ、雌ウシ、サル、ブタ、ヤギ、ヒツジ、イヌ、ウサギ、モルモット等を含めた動物モデルシステムで、ウイルスに対する抗ウイルス活性について試験することができる。発明の特定の実施態様において、化合物は、マウスモデルシステムで試験される。こうしたモデルシステムは、幅広く使用され、当業者によく知られている。
[00781]動物をウイルスに感染させ、それと同時的または経時的に化合物またはプラシーボで処理する。動物（例えば、血清、尿、痰、精液、唾液、プラズマ、または組織の試料）から得られた試料は、当該技術でよく知られた方法、例えば、変化したウイルス複製（例えば、プラーク生成により決定されるもの）またはウイルスタンパク質の生成（例えば、ウエスタンブロット、ELISA、またはフローサイトメトリー分析により決定されるもの）またはウイルス核酸（例えば、室温-PCR、ノーザン分析またはサザンブロットにより決定されるもの）を測定する方法により、ウイルス複製を試験できる。組織試料におけるウイルスの定量化のために、組織試料をリン酸緩衝生理食塩水（PBS）中で均質化し、浄化した均質物の希釈液を、37°Cで単層の細胞（例えば、Vero、CEFまたはMDCK細胞）に1時間吸収させる。その他の評価法において、病理組織検査は感染後に実施されるが、ウイルスが感染の標的として知られている器官の評価が好ましい。ウイルス特異的単クローン抗体を使用してウイルス免疫組織化学が実施される。下記の非限定的な模範的な動物モデル（セクション5.5.2.1〜5.5.2.5）を、その他のウイルス系に適応させることができる。
[00782]ウイルスの毒性に対する化合物の効果は、化合物の投与を受けた感染した被験者におけるウイルスの力価、化合物の投与を受けた感染した被験者の生存期間、化合物の投与を受けた感染した被験者での免疫応答、化合物の投与を受けた感染した被験者における症状の数、持続時間および／または重症度、および／または化合物の投与を受けた感染した被験者における1つ以上の症状が発症する前の期間が評価される生体内評価法を使用して決定できる。当業者に周知の技術が、こうした効果を測定するために使用できる。
5.5.2.1 単純ヘルペスウイルス（HSV）
[00783]生体内での化合物の抗ウイルス活性を評価するために、単純ヘルペスウイルス1型または2型（HSV-1またはHSV-2）のマウスモデルを採用できる。BALB/cマウスは一般的に使用されるが、感受性のあるその他の適切なマウス系を使用できる。マウスは、適切な感染多重度（multiplicity of infection）のHSV（例えば、105 pfuのHSV-1菌株E-377または4×104 pfuのHSV-2菌株MS）を持つ様々な経路により培養した後、化合物およびプラシーボを投与する。腹腔内（i.p.）接種では、HSV-1は、腸、肝臓、および脾臓で複製し、CNSに伝播する。経鼻（i.n.）接種では、HSV-1は、上咽喉で複製し、CNSに伝播する。最適な投与量および治療法を決定するために、化合物をその他の治療と組み合わせて使用して、投与の任意の適切な投与経路（例えば、経口、局所的、全身性、経鼻）、頻度および用量を検査できる。
[00784]HSV-2性病のマウスモデルにおいて、HSV-1またはHSV-2のある雌のスイスウェブスターマウスの膣内接種を実施し、および膣スワブを入手し、ウイルス複製に対する治療の効果を評価する（例えば、『Crute et al., Nature Medicine, 2002, 8:386-391』を参照）。例えば、プラーク評価法によるウイルス力価は、膣スワブから決定できる。皮膚の病変を研究するための、SKH-1マウス（免疫適格性の無毛マウスの菌株）を使用したHSV-1のマウスモデルも、当該技術で説明されている（例えば、『Crute et al., Nature Medicine, 2002, 8:386-391』および『Bolger et al., Antiviral Res., 1997, 35:157-165』を参照）。HSVのモルモットモデルについても説明があり、例えば、『Chen et al., Virol. J, 2004 Nov 23, 1:11』を参照のこと。統計的分析を実施して有意性を計算する（例えば、P値が0.05以下）。
5.5.2.2 HCMV
[00785]HCMVは、一般には実験動物に感染しないため、マウスCMV（MCMV）感染のマウスモデルは、生体内での化合物の抗ウイルス活性の評価に使用できる。例えば、BALB/cマウスMCMVマウスモデルを、感染したマウスに投与したときの生体内での化合物の抗ウイルス活性を評価するために使用できる（例えば、『Kern et al., Antimicrob. Agents Chemother., 2004, 48:4745-4753』を参照）。化合物で治療したまたは未治療の感染したマウスから単離した組織の均質物を、マウス胚線維芽細胞（MEF）を用いた標準プラーク評価法を使用して試験する。次に、統計的分析を実施して有意性を計算する（例えば、P値が0.05以下）。
[00786]別の方法として、ヒトの組織（すなわち、網膜組織または胎児胸腺および肝臓組織）をSCIDマウスに移植して、その後、マウスを、好ましくは組織グラフトの部位でHCMVに感染させる（例えば、『Kern et al., Antimicrob. Agents Chemother., 2004, 48:4745-4753』を参照）。接種に使用するHCMVのpfuは、実験およびウイルス菌株に応じて変化しうる。任意の適切な投与経路（例えば、経口、局所的、全身性、経鼻）、頻度および投与の用量を試験して、化合物を使用し、随意にその他の治療と組み合わせて、最適な投与量および治療法を決定できる。化合物で治療したかまたは未治療の感染したマウスから、様々な時点で単離した移植組織の均質物を、ヒト包皮線維芽細胞（HFF）を用いた標準プラーク評価法を使用して試験する。次に、統計的分析を実施して有意性を計算する（すなわち、P値が0.05以下）。
[00787]抗ウイルス薬を研究するためのCMVのモルモットモデルについてもこれまでに記載があり、例えば、『Bourne et al., Antiviral Res., 2000, 47:103-109』、『Bravo et al., Antiviral Res., 2003, 60:41-49』、および『Bravo et al, J. Infectious Diseases, 2006, 193:591-597』を参照のこと。
5.5.2.3 インフルエンザ
[00788]インフルエンザウイルスに対する抗ウイルス薬の試験に使用するために開発されたケナガイタチ、マウスおよびニワトリなどの動物モデルについて、これまで説明されてきており、例えば、『Sidwell et al., Antiviral Res., 2000, 48:1-16』、および『McCauley et al., Antiviral Res., 1995, 27:179-186』を参照のこと。インフルエンザのマウスモデルについて、インフルエンザ感染のマウスに投与した化合物の抗ウイルス活性を評価するために使用できるパラメータの非限定的な例には、肺炎に関連した死亡、血清α1-酸糖タンパク質の増加、動物の体重、赤血球凝集素により評価した肺ウイルス、プラーク評価法により評価した肺ウイルス、および肺の組織病理学的変化が含まれる。統計的分析を実施して有意性を計算する（例えば、P値が0.05以下）。
[00789]鼻甲介および気管を、上皮の変化および上皮下の炎症について検査することもできる。肺は、大、中、および小または終端の細気管支での、細気管支上皮の変化および細気管支周囲の炎症について検査することができる。肺胞も、炎症性の変化について評価することができる。中程度の細気管支は、0（正常：繊毛性の肺尖（apical）の境界および基底の偽重層核のある中程度から高い円柱状の上皮細胞により裏打ち、最小の炎症）、1+（上皮層は円柱状で輪郭が均一で、ほんのわずかの増殖がある、多くの細胞でまだ繊毛が見える）、2+（衰弱から顕著な増殖までの多様性で上皮層に著しい変化、細胞の組織が乱れ、層の輪郭が管腔の境界で不規則）、3+（上皮層が著しく分裂し、組織が乱れ、管腔内に壊死性の細胞が見える、気管支梢が衰弱したものや、また著しい反応性増殖中のものがある）のとおり0〜3+のスケールで段階的に評価できる。
[00790]気管は、0（正常：中程度から背の高い円柱状の上皮細胞による裏打ちがあり、繊毛性の肺尖の境界、核の基底および偽重層がある。細胞質が肺尖の境界と細胞核の間に見られる。時には扁平細胞の小規模な病巣）、1+（上皮層の限局性扁平上皮化生）、2+（上皮層の大部分に散在性扁平上皮化生があり、繊毛が限局的に見られることがある）、2.5+（散在性扁平上皮化生があり、繊毛はほとんど見られない）のとおり、0〜2.5+のスケールで段階的に評価される。
[00791]ウイルス免疫組織化学は、ウイルス特異的単クローン抗体（例えば NP-、N-またはHN-特異的単クローン抗体）を使用して実施される。染色は、0（感染細胞がない）、0.5+（少数の感染細胞がある）、1+（少数の感染細胞が、広範囲に分離された個別の細胞として存在する）、1.5+（少数の感染細胞が、広範囲に分離された単独として、および小規模な集団として存在する）、2+（ある程度の数の感染細胞があり、通常は、気管支梢の内面の上皮層の各部分にある隣接した細胞の集団に影響を及ぼすか、または小規模な小葉下病巣として肺胞内に存在する）、3+（多数の感染細胞があり、細気管支梢のほとんどの上皮層に影響を及ぼすか、または大規模な小葉下病巣で肺胞内の広範囲に及ぶ）のとおり、0〜3+で段階的に評価される。
5.5.2.4 肝炎
[00792]HBV遺伝子導入マウスモデル、血統1.3.46（正式名称、Tg[HBV 1.3 ゲノム] Chi46）がこれまでに記載されており、化合物の生体内での抗ウイルス活性ならびに投与量および投与法の試験に使用できる（例えば、『Cavanaugh et al., J. Virol., 1997, 71:3236-3243』、および『Guidotti et al., J. Virol., 1995, 69:6158-6169』を参照）。これらのHBV遺伝子導入マウスにおいて、これらの遺伝子導入マウスの肝臓の実質細胞および腎臓の近位曲尿細管で、高レベルのウイルス複製が、慢性のHBV肝炎患者感染した肝臓で見られるものに匹敵するレベルで発生する。年齢（すなわち、6〜10週間）、性別（すなわち、雄）、および血清中のB型肝炎表面抗原（HBsAg）レベルと一致させたHBV遺伝子導入マウスを、化合物またはプラシーボで治療した後、化合物の抗ウイルス活性を評価するための抗ウイルス活性分析をすることができる。化合物で治療済みおよび未治療のこれらのマウスに対して実施できる評価法の非限定的な例には、肝臓におけるHBV DNAを測定するサザン分析、肝臓内でのHBV RNAを測定する定量的逆転写酵素PCR（qRT-PCR）、血清中のE型肝炎の抗原（HBeAg）およびHBV表面抗原（HBsAg）を測定するイムノアッセイ、肝臓内でのHBV抗原を測定する免疫組織化学、および血清HBV DNAを測定する定量的PCR（qPCR）が含まれる。巨視的および微視的な病理学検査を必要に応じて実施できる。
[00793]当該技術で説明のある様々なＣ型肝炎ウイルス（HCV）マウスモデルがHCV感染に対する化合物の抗ウイルス活性の評価に使用できる（『Zhu et al., Antimicrobial Agents and Chemother., 2006, 50:3260-3268』、『Bright et al., Nature, 2005, 436:973-978』、『Hsu et al., Nat. Biotechnol., 2003, 21:519-525』、『Ilan et al., J. Infect. Dis.. 2002, 185:153-161』、『Kneteman et al., Hepatology, 2006, 43:1346-1353』、『Mercer et al., Nat. Med., 2001, 7:927-933』、および『Wu et al., Gastroenterology, 2005, 128:1416-1423』を参照）。例えば、キメラのヒト肝臓を持つマウスは、正常なヒト肝実質細胞をプラスミノゲン活性化因子形質転換（Alb-uPA）を有するSCIDマウスに移植することで生成できる（『Mercer et al., Nat. Med., 2001, 7:927-933』を参照）。これらのマウスは、HCV（例えば、感染したヒト血清からのもの）の接種後に高いウイルス力価での長期にわたるHCV感染を発症しうる。こうして、これらのマウスは、HCV感染の前、それと同時、またはその後に化合物またはプラシーボを投与でき、ウイルスの複製は、移植した肝臓内での負鎖ウイルスのRNAの検出によるか、または移植した幹細胞小節内のHCVウイルスタンパク質の発現により確認できる。ウイルス複製レベルの減少の統計的有意性が決定される。
[00794]HCVのマウスモデルの別の例には、HCVサブゲノムに連鎖したルシフェラーゼレポーターをSCIDマウスに、皮下にまたは肝臓に直接発現させる、HuH7株細胞の移植が関与する（『Zhu et al., Antimicrobial Agents and Chemother., 2006, 50:3260-3268』を参照）。マウスは、化合物またはプラシーボにより治療され、全身の撮像を使用して生物発光信号強度の検出および数量化を行う。HCVに対して有効な化合物で治療したマウスは、プラシーボまたは負の対照で治療したマウスに比べて生物発光信号強度が低い。
5.5.2.5 HIV
[00795]HIVに対する化合物の安全性および効力は、当該技術でよく知られた定評のある動物モデルで生体内で評価できる。例えば、HIV-1に感染したTrimeraマウスモデルは、マウスのSCID骨髄および移植したヒト末梢血単核細胞を持つ照射を受けた正常なBALB/cマウスを再構成することで開発されてきた（『Ayash-Rashkovsky et al., FASEB J., 2005, 19:1149-1151』を参照）。これらのマウスに、T-tropicおよびM-tropicのHIV-1実験室株を腹腔内注射する。HIV感染の後、ヒトCD4+ T細胞の急速な損失、CD4/CD8比の低下、およびT細胞活性化の増加が観察できる。化合物は、これらのマウスに投与でき、また当該技術において既知の標準的評価法が、化合物により治療済みまたは未治療の動物におけるウイルス複製の能力を決定するために使用できる。こうした評価法の非限定的な例には、血漿ウイルス付加を決定するCOBAS AMPLICOR（登録商標）室温-PCR評価法（Roche Diagnostics、ニュージャージー州ブランチバーグ）（HIV-1 RNA copies/ml）、感染したTrimeraマウスから回収したヒトリンパ球を、標的T細胞（MT-2細胞）とともに培養し、HIV依存の合胞体の生成を検査する活性HIV-1ウイルス複製評価法、また感染したTrimeraマウスから回収したヒトリンパ球を、cMAGI指標細胞とともに培養し、β-ガラクトシダーゼのHIV-1 LTR駆動のトランス-活性化を測定する方法などが含まれる。これらのマウス内で生成された抗HIV-1抗体のレベルも、ELISAにより測定できる。当該技術で説明のあるその他の確立されたマウスモデルを、生体内での化合物の抗ウイルス活性の試験に使用することもできる（『Mosier et al., Semin. Immunol., 1996, 8:255-262』、『Mosier et al., Hosp. Pract. (Off Ed)., 1996, 31:41-48, 53-55, 59-60』、『Bonyhadi et al., Mol. Med. Today, 1997, 3:246-253』、『Jolicoeur et al., Leukemia, 1999, 13:S78-S80』、『Browning et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94:14637-14641』、および『Sawada et al., J. Exp. Med., 1998, 187:1439-1449』を参照）。サル免疫不全ウイルス（SIV）非ヒト霊長類モデルも、これまでに説明されている（『Schito et al., Curr. HIV Res., 2006, 4:379-386』を参照）。
5.6 医薬組成物
[00796]本書に記載したか、または参照により組み込んだ任意の化合物は、化合物で構成される組成物の形態とすることができる。
[00797]本書で提供した一定の実施態様において、組成物（医薬組成物を含む）は、化合物および医薬品として容認できる担体、賦形剤、または希釈剤から構成される。
[00798]その他の実施態様において、本書で提供したものは、有効量の化合物および医薬品として容認できる担体、賦形剤、または希釈剤から構成される医薬組成物である。医薬組成物は、獣医用および／またはヒトへの投与に適切である。
[00799]本書で提供した医薬組成物は、被験者に投与されるようにする任意の形態を取ることができ、前記被験者は、動物であることが好ましく、これには、限定はされないものの、ヒト、哺乳動物、または雌ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、家禽、ネコ、イヌ、マウス、ラット、ウサギ、モルモット等などヒト以外の動物、また、哺乳動物であることがさらに好ましく、およびヒトが最も好ましい。
[00800]特定の実施態様において、またこの文脈において、「医薬品として容認できる担体、賦形剤または希釈剤」という用語は、連邦政府または州政府の規制当局により認可を受けたか、または米国薬局方（U.S. Pharmacopeia）または動物での、さらに具体的にはヒトでの使用にその他一般に認められている薬局方にリストされている担体、賦形剤または希釈剤を意味する。「担体」という用語は、それとともに治療が投与される希釈剤、アジュバント（例えば、フロイントアジュバント（完全および不完全））、賦形剤、または媒体を意味する。こうした薬剤学的担体は、水および油などの無菌の液体とすることができ、ラッカセイ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油およびこれに類するものなど、石油、動物、植物を起源とするものや、合成的なものが含まれる。水は、医薬組成物が静脈内に投与されるとき、好ましい担体である。生理食塩水および水溶性のブドウ糖およびグリセロール溶液も、液体担体として、特に注射用溶液用に採用できる。適切な薬剤学的担体の例については、E.W. Martinによる『Remington’s Pharmaceutical Sciences』に記載がある。
[00801]一般的な組成物および剤形は、1つ以上の賦形剤から構成される。適切な賦形剤は、製薬学の当業者にとってよく知られており、また適切な賦形剤の非限定的な例には、デンプン、ブドウ糖、ラクトース、蔗糖、ゼラチン、麦芽、イネ、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ナトリウムステアリン酸塩、モノステアリン酸グリセリン、タルク、塩化ナトリウム、乾燥脱脂乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールおよびこれに類するものが含まれる。特定の賦形剤が医薬組成物または剤形への組み込みにとって適切かどうかは、当該技術でよく知られている多様な要因に依存し、これには、限定はされないものの、剤形が患者に投与される方法およびその剤形に含まれる特定の有効成分などがある。望ましい場合、組成物または単一単位の剤形には、少量の湿潤剤または乳化剤、またはpH緩衝薬を含めることができる。
[00802]ラクトースを含まない組成物は、当該技術でよく知られており、また例えば、米国薬局方（USP）SP (XXI)/NF (XVI）にリストされている賦形剤で構成されうる。一般に、ラクトースを含まない組成物は、医薬品としての適合性がありかつ医薬品として容認できる量の有効成分、結合剤／賦形剤、および潤滑剤で構成される。好ましいラクトースを含まない剤形は、化合物、微結晶性セルロース、アルファ化でんぷん、およびステアリン酸マグネシウムで構成される。
[00803]さらに、本書で提供されているのは、水は一部の化合物の劣化を促進することがあるため、1つ以上の化合物から構成される無水の医薬組成物および剤形である。例えば、水（例えば、5%）を加えることは、製薬の技術では、有効期間や時間経過に伴う製剤の安全性などの特性を決定するために、長期的な保管をシミュレートする手段として広く受け入れられている。例えば、『Jens T. Carstensen, Drug Stability: Principles & Practice, 2d. Ed., Marcel Dekker, NY, NY, 1995, pp. 379 80』を参照のこと。事実上、水および熱によって、一部の化合物の分解が促進される。こうして、水分および／または湿気は、製剤の製造、取り扱い、包装、保管、出荷、および使用中に一般的に遭遇するものであるため、製剤形態に対する水の効果は、大きな有意性を持つものとなりうる。
[00804]本書で提供した無水の組成物および剤形は、無水または低水分を含む成分および低水分または低湿度の条件を使用して、調製できる。一級または二級アミンから構成されるラクトースおよび少なくとも1つの化合物から構成される組成物および剤形は、製造、包装、および／または保管中に水分および／または湿気とかなり接触することが予想される場合には、無水であることが好ましい。
[00805]無水の組成物は、その無水の性質が維持されるように調製および保管されるべきである。従って、無水の組成物は、適切な処方キットに含めることができるよう、水への暴露を阻止することが知られている素材を使用して包装することが好ましい。適切な包装の例には、限定されないものの、密閉された箔、プラスチック、単位用量容器（例えば、バイアル）、ブリスター包装、およびストリップ包装が含まれる。
[00806]さらに、本書で提供されているのは、化合物が分解する速度を低下させる1つ以上の薬剤から構成される組成物および剤形である。本書では「安定剤」と呼ぶこうした薬剤には、限定されないものの、アスコルビン酸、pH緩衝液、または塩緩衝液などの酸化防止剤がある。
[00807]組成物および単一単位の剤形は、溶液、懸濁液、乳濁液、錠剤、ピル、カプセル、粉末、徐放性製剤およびこれに類する形態を取りうる。経口の製剤形態には、製薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム、等の標準的担体が含まれうる。こうした組成物および剤形には、予防的または治療的に有効な量の化合物（好ましくは精製した形態）と、それとともに行う患者への適切な投与のための形態が提供されるように適切な量の担体が含まれる。製剤形態は、投与方法に適したものであるべきである。1つの望ましい実施態様において、組成物または単一単位の剤形は、無菌で、被験者、好ましくは被験動物、より好ましくは哺乳類の被検体、および最も好ましくはヒト被験者への投与に適した形態である。
[00808]本書で提供した組成物は、意図される投与経路に適合するように調製される。投与経路の例には、限定されないものの、非経口的、例えば、静脈内、皮内、皮下、経口的（例えば、吸入）、鼻腔内、経皮的（局所的）、経粘膜、滑液包内および直腸投与が含まれる。特定の実施態様において、組成物は、日常的な手順に従い、ヒトへの静脈内、皮下、筋肉内、経口、鼻腔内または局所的投与に適応させた組成物として、調製される。1つの望ましい実施態様において、組成物は、日常的な手順に従い、ヒトに対する皮下投与用に調製される。一般に、静脈内投与のための組成物は、無菌で等張性の水溶性緩衝液に入れた溶液である。必要に応じて、組成物には、可溶化剤および注射の部位での苦痛を和らげるためのリグノカインなどの局所麻酔薬も含まれうる。剤形の例には、限定されないものの、錠剤、カプレット、カプセル（弾性ゼラチン軟カプセルなど）、カシェー、トローチ、ロゼンジ（トローチ剤）、分散性顆粒剤、座薬、軟膏、パップ剤（パップ）、ペースト、粉末、ドレッシング（包帯）、クリーム、プラスター、溶液、パッチ、エアロゾル（例えば、スプレー式点鼻剤または吸入器）、ゲル、患者への経口または経粘膜の投与に適した液体剤形（懸濁液を含む）（例えば、水溶性のまたは非水溶性の液体懸濁液、水中油乳濁液、または油中水乳濁液）、溶液、および特効薬、患者への非経口的投与に適した液体剤形、および無菌の固体（例えば、患者への非経口的投与に適した液体剤形を提供するために再構成されうる結晶性または非晶質の個体）が含まれる。
[00809]本発明の組成物、形状、および剤形タイプは、一般に、これらの用途に応じて変化する。
[00810]一般に、本書で提供した組成物の成分は、例えば、その量の活性薬剤を表示したアンプルまたはサッシェなどの密閉容器に入れた冷凍乾燥粉末または無水の濃縮物として、別個にまたは単位剤形に一緒に混入して供給される。組成物が注入により投与される場合には、無菌製薬グレードの水または生理食塩水の入った注入ビンで調剤しうる。組成物が注射により投与される場合、投与の前に成分を混合することができるよう、注射用の無菌水または生理食塩水のアンプルを提供しうる。
[00811]経口投与に適した本書で提供した医薬組成物は、限定されないものの、錠剤（例えば、咀嚼錠）、カプレット、カプセル、および液体（例えば、味付きシロップ）などの個々の剤形として提供しうる。こうした剤形には、所定の量の有効成分が含まれ、また当業者にとってよく知られた製薬学の方法により調製しうる。『Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th ed., Mack Publishing, Easton PA (1990)』を全般的に参照のこと。
[00812]本書で提供されている典型的な経口投与形態は、伝統的な製薬の配合技術に従い、少なくとも1つの賦形剤と均質に混合した化合物を組み合わせることで調製される。賦形剤は、投与のために望ましい調製の形態に応じて、非常に多様な形態を取ることができる。例えば、経口液体またはエアロゾル剤形での使用に適した賦形剤には、限定されないものの、水、グリコール、油、アルコール類、香味剤、防腐剤、および着色剤が含まれる。固体の経口剤形（例えば、粉末、錠剤、カプセル、およびカプレット）での使用に適した賦形剤の例には、限定されないものの、デンプン、糖類、微結晶セルロース、希釈剤、顆粒薬、潤滑剤、結合剤、および崩壊剤が含まれる。
[00813]投与のしやすさから、錠剤およびカプセルは、最も有利な単位経口剤形であり、この場合、固体賦形剤が採用される。希望に応じて、錠剤は、標準的な水性または非水系の技術により被覆することができる。こうした剤形は、製薬学の任意の方法により調製できる。一般に、医薬組成物および剤形は、有効成分を液体担体と均一かつ均質に混合する、固体担体を細粒にする、またはその両方を行った後、必要に応じて、生成物を希望の体裁に形作ることで調製される。
[00814]例えば、錠剤は圧縮または成型により調製できる。圧縮錠剤は、粉末または顆粒などの自由に流動する形態の有効成分を適切な機械で圧縮することにより調製でき、これが任意に賦形剤と混合される。成型錠剤は、不活性の液体希釈剤で湿らせた粉末の化合物の混合物を適切な機械で成型することにより作成できる。
[00815]本書で提供されている経口剤形で使用できる賦形剤の例には、限定されないものの、結合剤、賦形剤、錠剤分解物質、および潤滑剤が含まれる。医薬組成物および剤形での使用に適した結合剤には、限定されないものの、コーンスターチ、ポテトスターチ、またはその他のデンプン、ゼラチン、天然ゴムおよび合成ゴム（アカシアなど）、アルギン酸ナトリウム、アルギン酸、その他のアルギン酸塩、粉末トラガカント、グアールガム、セルロースおよびその誘導体（例えば、エチルセルロース、酢酸繊維素、カルボキシメチルセルロースカルシウム、ナトリウムカルボキシメチルセルロース）、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、アルファ化でんぷん、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、（例えば、2208番、2906番、2910番）、微結晶性セルロース、およびその混合物が含まれる。
[00816]本書で提供されている医薬組成物および剤形での使用に適した賦形剤の例には、限定されないものの、タルク、炭酸カルシウム（例えば、顆粒または粉末）、微結晶性セルロース、粉末セルロース、デキストレート、カオリン、マンニトール、ケイ酸、ソルビトール、デンプン、アルファ化でんぷん、およびその混合物が含まれる。本書で提供されている医薬組成物中の結合剤または賦形剤は、一般的に医薬組成物または剤形の約50〜約99重量パーセントで存在する。
[00817]微結晶性セルロースの適切な形態には、限定されないものの、AVICEL PH 101、AVICEL PH 103、AVICEL RC 581、AVICEL PH 105（FMC Corporation、American Viscose Division、Avicel Sales（ペンシルベニア州マーカスフック）より入手可能）として販売されている素材、およびその混合物が含まれる。特定の結合剤は、AVICEL RC 581として販売されている微結晶性セルロースおよびナトリウムカルボキシメチルセルロースの混合物である。適切な無水または低水分の賦形剤または添加物には、AVICEL PH 103TMおよびデンプン1500 LMが含まれる。
[00818]錠剤分解物質は、水性の環境にさらされたときに分解する錠剤を提供するために、本書で提供した組成物に使用される。錠剤分解物質の含有量が多すぎる錠剤は、保管中に分解することがあり、一方、含有量が少なすぎる錠剤は、望ましい速度でまたは望ましい条件で分解しないことがある。従って、有効成分の放出を不利益に変化させるために多過ぎでも少な過ぎでもない十分な量の錠剤分解物質を、本書で提供されている固体の経口剤形を形成するために使用すべきである。使用する錠剤分解物質の量は、製剤タイプによって異なり、また、当業者には容易に認識できる。典型的な医薬組成物は、約0.5〜約15重量パーセントの錠剤分解物質で構成され、特に、約1〜約5重量パーセントの錠剤分解物質で構成される。
[00819]本書で提供されている医薬組成物および剤形で使用できる錠剤分解物質には、限定されないものの、寒天、アルギン酸、炭酸カルシウム、微結晶性セルロース、クロスカルメロースナトリウム、クロスポビドン、ポラクリリンカリウム、グリコール酸デンプンナトリウム、バレイショデンプンまたはタピオカデンプン、アルファ化でんぷん、その他のデンプン、粘土、その他のアルギン、その他のセルロース、歯茎、およびその混合物が含まれる。
[00820]本書で提供されている医薬組成物および剤形で使用できる潤滑剤には、限定されないものの、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、鉱油、軽油、グリセリン、ソルビトール、マンニトール、ポリエチレングリコール、その他のグリコール、ステアリン酸、ラウリル硫酸ナトリウム、タルク、硬化植物油（例えば、ラッカセイ油、綿実油、ヒマワリ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、およびダイズ油）、亜鉛ステアリン酸塩、オレイン酸エチル、エチルラウレアート、寒天、およびその混合物が含まれる。それ以外の潤滑剤には、例えば、シロイドシリカゲル（AEROSIL 200、製造元W.R. Grace Co.、メリーランド州ボルチモア）、合成シリカの凝固エアロゾル（販売元Degussa Co.、テキサス州プレーノ）、CAB O SIL（焼成二酸化ケイ素製品、販売元Cabot Co.、マサチューセッツ州ボストン）、およびその混合物が含まれる。使用する場合には、潤滑剤は、一般に約1重量パーセント未満の量の医薬組成物または剤形が、組み込み先に使用される。
[00821]化合物は、放出制御手段または当業者によく知られた送達装置により投与することができる。例には、限定されないものの、米国特許第3,845,770号、第3,916,899号、第3,536,809号、第3,598,123号、および第4,008,719号、第5,674,533号、第5,059,595号、第5,591,767号、第5,120,548号、第5,073,543号、第5,639,476号、第5,354,556号、および第5,733,566号に記載されたものが含まれ、それぞれを参照し本書に組み込む。こうした剤形は、例えば、ヒドロプロピルメチルセルロース、その他の高分子マトリクス、ゲル、隔膜、浸透圧システム、多層膜コーティング、微小粒子、リポソーム、細粒、またはその組み合わせを使用して異なる比率での希望の放出プロファイルを提供するために、1つ以上の有効成分の緩徐なまたは制御された放出を提供するために使用できる。当業者に周知の適切な徐放性製剤は、本書に記載されているものも含めて、発明の有効成分とともに使用するために、容易に選択できる。こうして、発明には、経口投与に適した単一単位剤形が含まれ、これには限定はされないものの、放出制御に適応させる錠剤、カプセル、ジェルキャップ、およびカプレットなどがある。
[00822]すべての徐放性製薬製品は、制御しない対応物により達成されるものよりも薬物治療を改善するという共通の目的を持つ。理想的には、薬物療法における最適に設計された徐放性調製品の使用は、最小限の薬剤原料が、最小限の時間で、病状を治癒または管理するために採用されることで特性づけられる。徐放性製剤の利点には、薬物の長時間にわたる活性、投薬頻度の減少、および患者の服薬順守の増加が含まれる。さらに、徐放性製剤は、薬物の血液レベルなど、作用の発現またはその他の特性の時間に影響を及ぼすために使用できるため、副作用（例えば、有害な副作用）の発生に影響を与えることができる。
[00823]ほとんどの徐放性製剤は、その治療的または予防的な効果のレベルを長時間にわたり維持するために、望ましい療法効果を即座に起こすある量の薬物（有効成分）を当初放出し、またその他の量の薬物を徐々にかつ連続的に放出するよう設計されている。薬物のこの体内での一定レベルを維持するためには、代謝されて体内から排出される薬物量を置き換えるレートで剤形から放出される必要がある。有効成分の放出制御は、限定はされないものの、pH、温度、酵素、水、またはその他の生理学的条件または薬剤などを含めた、様々な条件により促すことができる。
[00824]非経口的な剤形は、限定はされないものの、皮下、静脈内（大量瞬時投与を含む）、筋肉内、および動脈内を含めた様々な経路により、患者に投与できる。こうした投与は、一般的に患者の汚染物質に対する自然防御を迂回するため、非経口的剤形は、無菌であるか、または患者に投与する前に滅菌できることが好ましい。非経口的な剤形の例には、限定されないものの、注射用にすぐ使用できる溶液、注射用に医薬品として容認される溶媒にすぐに溶解または懸濁できる乾燥物、注射用にすぐに使用できる懸濁液、および乳濁液が含まれる。
[00825]本書で提供されている非経口的な剤形を提供するために使用できる適切な媒体は、当業者によく知られている。例には、限定されないものの、注射USP用の水のほか、限定はされないものの、生理食塩液注射液、リンガー液、ブドウ糖注射、ブドウ糖および生理食塩液注射液、および乳酸リンゲル液といった水溶性溶媒、限定はされないものの、エチルアルコール、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコールといった水混和性媒体、ならびに限定はされないものの、トウモロコシ油、綿実油、ラッカセイ油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、および安息香酸ベンジルといった非水溶性媒体が含まれる。
[00826]本書で提供されている1つ以上の化合物の溶解性（溶解度）を増加させる薬剤を、本書で提供されている非経口的な剤形に組み込むこともできる。
[00827]本書で提供されている経皮的、局所的、および経粘膜の剤形には、限定されないものの、眼科用溶液、噴霧剤、エアロゾル、クリーム、ローション、軟膏、ゲル、溶液、乳濁液、懸濁液、または当業者に周知のその他の形態が含まれる。例えば、『Remington’s Pharmaceutical Sciences, 16th and 18th eds., Mack Publishing, Easton PA (1980 & 1990)』、および『Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, 4th ed., Lea & Febiger, Philadelphia (1985)』を参照のこと。口腔内の粘膜組織の治療に適した剤形は、うがい薬または経口ゲル剤として調製できる。さらに、経皮的剤形には、「リザーバー型」または「マトリクス型」のパッチが含まれ、これが、皮膚に貼られ、望ましい量の有効成分の浸透が許容されるよう特定の期間だけ着用される。
[00828]本書で提供されている経皮的、局所的、および経粘膜の剤形を提供するために使用できる適切な賦形剤（例えば、担体および希釈剤）およびその他の素材は、製薬技術の当業者によく知られており、また所定の医薬組成物または剤形が貼り付けられる特定の組織によっても異なる。その事実を念頭に置き、典型的な賦形剤には、限定されないものの、水、アセトン、エタノール、エチレングリコール、プロピレングリコール、ブタン1,3ジオール、ミリスチン酸イソプロピル、イソプロピル パルミチン酸塩、鉱油、およびローション、チンキ、クリーム、乳濁液、ゲルまたは軟膏を形成するためのその混合物が含まれ、これらは、無毒性でかつ医薬品として容認できるものである。保湿剤または湿潤剤を、希望に応じて、医薬組成物および剤形に加えることもできる。それ以外のこうした成分の例は、当該技術でよく知られている。例えば、『Remington’s Pharmaceutical Sciences, 16th and 18th eds., Mack Publishing, Easton PA (1980 & 1990)』を参照のこと。
[00829]治療の対象となる特定の組織に応じて、それ以外の成分を、化合物による治療の前に、それと同時に、またはその後に使用することもできる。例えば、組織への有効成分の送達を支援するために浸透エンハンサーを使用することもできる。適切な透過促進剤には、限定されないものの、アセトン、様々なアルコール類（エタノール、オレイル、およびテトラヒドロフリルなど）、アルキルスルホキシド類（ジメチルスルホキシドなど）、ジメチルアセトアミド、ジメチルホルムアミド、ポリエチレングリコール、ピロリドン（ポリビニルピロリドンなど）、コリドングレード（ポビドン、ポリビドン）、尿素、および様々な水溶性または不溶性の糖エステル（Tween 80（ポリソルビン酸80）およびSpan 60（ソルビタンモノステアラート）など）が含まれる。
[00830]医薬組成物または剤形のpH、または医薬組成物または剤形を適用する組織のpHも、1つ以上の化合物の送達を改善するために調節することができる。同様に、溶剤の担体の極性、そのイオン強度、または緊張度を調節して、送達を改善することができる。ステアリン酸塩などの薬剤を、医薬組成物または剤形に加えて、送達を改善するために1つ以上の化合物の親水性または親油性を有利に変化させることもできる。これに関連して、ステアリン酸塩は、製剤形態のためのリピド媒体として、乳化剤または界面活性剤として、また送達を促進または浸透を促進する薬剤としての役割を果たさせることができる。化合物の異なる塩、水和物または溶媒和物を、結果的に生じる組成物の性質（特性）をさらに調節するために使用することができる。
[00831]一定の特定の実施態様において、組成物は、経口剤、注射剤、または経皮剤である。特定の一実施態様において、組成物は、経口投与の形態である。別の特定の実施態様において、組成物は、注射剤の形態である。別の特定の実施態様において、組成物は経皮剤の形態である。
5.7 予防および治療の方法
[00832]本発明により、ウイルス感染を予防、治療および／または管理する方法が提供され、前記方法は、1つ以上の化合物を、それを必要とする被験者に投与する手順から構成される。特定の実施態様において、発明によりウイルス感染を予防、治療および／または管理する方法が提供され、前記方法は、予防的にまたは治療的に有効な量の1つ以上の化合物または化合物から構成される組成物の1用量を、それを必要とする被験者に投与する手順から構成される。化合物または化合物から構成される組成物は、ウイルス感染について、どの系統の治療にも使用しうる（例えば、第一選択、第二選択、第三選択、第四選択または第五選択の治療）。
[00833]別の実施態様において、本発明は、ヒト被験者において、それを必要とするヒト被験者に、有効量の1つ以上の化合物または1つ以上の化合物から構成される組成物を投与することにより、ウイルス感染によって変化した代謝流束を反転または再配向する方法に関連する。例えば、ウイルス感染は、有益な結果（例えば、相乗効果、副作用の低減、治療係数の向上）を生み出す酵素阻害化合物の組み合わせを使用して治療ができる。こうした一実施態様において、クエン酸リアーゼ阻害剤は、アセチル-CoAカルボキシラーゼ（ACC）と組み合わせて使用できる。
[00834]特定の実施態様において、化合物が、前記ウイルス感染を阻止、治療、管理または改善するために投与される唯一の有効成分である。一定の一実施態様において、化合物から構成される組成物が唯一の有効成分である。
[00835]使用する化合物の選択は、限定されないが、ウイルス感染のタイプ、患者の健康状態や年齢、および毒性または副作用を含めた、多くの要因によって異なる。例えば、プロトンATPアーゼなどの中核的なATP生成に必要な酵素を抑制する治療は、毒性を補正する療法で定められていない限り、好ましくなく、これには例えば、薬物の全身的な分布を制限する局在的な送達システムの使用などがある。
[00836]本発明には、そのための抗ウイルス療法が全くない、ウイルス感染を予防、治療および／または管理する方法が含まれる。また本発明には、他の従来的な治療に代わるものとしての、ウイルス感染を予防、治療および／または管理する方法が含まれる。
[00837]また本発明は、ウイルス感染を予防、治療および／または管理する方法を提供するが、前記方法は、それを必要とする被験者に1つ以上の化合物および1つ以上のその他の治療（例えば、予防薬または治療薬）を投与することから構成される。特定の実施態様において、他の治療は、現時点で使用されているもの、使用されてきたもの、またはウイルス感染の予防、治療および／または管理に有用であることが知られているものである。こうした治療の非限定的な例については、上記のセクション5.6.3に掲載している。特定の実施態様において、1つ以上の化合物が、上記のセクション5.6.3に記載した1つ以上の治療との組み合わせで被験者に投与される。別の実施態様において、1つ以上の化合物が、支持療法、苦痛を軽減する治療、または抗ウイルス活性を持たないその他の治療との組み合わせで、被験者に投与される。
[00838]本発明の併用療法は、経時的または同時的に投与できる。一実施態様において、本発明の併用療法は、化合物および同一の作用機序を持つ少なくとも1つのその他の治療から構成される。別の実施態様において、本発明の併用療法は、化合物および化合物とは異なる作用機序を持つ少なくとも1つのその他の治療から構成される。
[00839]特定の実施態様において、本発明の併用療法は、化合物とともに機能して、相加効果または相乗効果を持つことにより、化合物の予防的および／または療法効果を改善する。別の実施態様において、本発明の併用療法は、各治療を単独で受けた場合に関連した副作用を低減する。
[00840]併用療法の予防薬または治療薬は、同一の医薬組成物で被験者に投与できる。別の方法として、併用療法の予防薬または治療薬は、別個の医薬組成物で、被験者に同時的に投与できる。予防薬または治療薬は、同一または異なる投与経路で被験者に投与しうる。
5.7.1 患者母集団
[00841]一部の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ウイルス感染を受けた被験者に投与される。その他の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ウイルス感染にかかりやすいまたは敏感な被験者に投与される。一部の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ウイルス感染の発生があったか、またはそれが考えられる地域に住む被験者に投与される。一部の実施態様において、ウイルス感染は、潜伏性のウイルス感染である。一実施態様において、化合物または併用療法が、ヒト乳児に投与される。一実施態様において、化合物または併用療法が、ヒト早産児ヒト乳児に投与される。その他の実施態様において、ウイルス感染は、活動性感染である。さらに、その他の実施態様において、ウイルス感染は、慢性ウイルス感染である。ウイルス感染のタイプの非限定的な例には、上記のセクション5.4.1に記載したものを原因とする感染が含まれる。特定の実施態様において、ウイルス感染は、エンベロープウイルス感染である。一部の実施態様において、エンベロープウイルスは、DNAウイルスである。その他の実施態様において、エンベロープウイルスは、RNAウイルスである。一部の実施態様において、エンベロープウイルスは二本鎖のDNAまたはRNAゲノムを持つ。その他の実施態様において、エンベロープウイルスは一本鎖のDNAまたはRNAゲノムを持つ。特定の実施態様において、ウイルスはヒトに感染する。
[00842]一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、0〜6カ月、6〜12カ月、1〜5歳、5〜10歳、10〜15歳、15〜20歳、20〜25歳、25〜30歳、30〜35歳、35〜40歳、40〜45歳、45〜50歳、50〜55歳、55〜60歳、60〜65歳、65〜70歳、70〜75歳、75〜80歳、80〜85歳、85〜90歳、90〜95歳または95〜100歳である哺乳動物に投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ウイルス感染の危険にさらされているヒトに投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ウイルス感染したヒトに投与される。一定の実施態様において、患者は、0〜6カ月、6〜12カ月、1〜5歳、5〜10歳、5〜12歳、10〜15歳、15〜20歳、13〜19歳、20〜25歳、25〜30歳、20〜65歳、30〜35歳、35〜40歳、40〜45歳、45〜50歳、50〜55歳、55〜60歳、60〜65歳、65〜70歳、70〜75歳、75〜80歳、80〜85歳、85〜90歳、90〜95歳または95〜100歳のヒトである。一部の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ヒト乳児に投与される。その他の実施態様において、化合物、または併用療法が、ヒト小児に投与される。その他の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ヒト成人に投与される。さらに、その他の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、高齢者に投与される。
[00843]一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、ペット、例えば、イヌまたはネコに投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、家畜または家畜、例えば、ブタ、雌ウシ、ウマ、ニワトリなどに投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、鳥、例えば、アヒルまたはニワトリに投与される。
[00844]一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、免疫無防備状態や免疫抑制状態にあるか、または免疫無防備状態や免疫抑制状態になる危険性のある霊長類、好ましくはヒト、またはその他の哺乳動物（ブタ、雌ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコおよびげっ歯類など）に投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、免疫抑制薬治療を受けているか、その治療から回復中の被験者に投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、がん、エイズ、その他のウイルス感染、または細菌感染を持つか、またはそれらに感染する危険性のある被験者に投与される。一定の実施態様において、被験者は、手術、化学療法および／または放射線療法を受けているか、それを受ける予定であるか、またはそれを受けた被験者である。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、嚢胞性線維症、肺線維症、または被験者がウイルス感染しやすくなるその他の病気を持つ被験者に投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、組織移植を行った組織移植予定の、またはその経験のある被験者に投与される。一部の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、養護施設、グループホーム（すなわち、被験者10人以上の施設）、または刑務所に住む被験者に投与される。一部の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、学校（例えば、小学校、中学校、高校または大学）または託児所に通う被験者に投与される。一部の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、医師または看護師などヘルスケア分野または病院で働く被験者に投与される。一定の実施態様において、化合物、化合物から構成される組成物、または併用療法が、妊娠中または妊娠する予定の被験者に投与される。
[00845]一部の実施態様において、何らかの有害影響または化合物以外の治療に対する不耐性が現れる前に、患者に、化合物または化合物から構成される組成物、または併用療法が投与される。一部の実施態様において、化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物が、難治性の患者に投与される。一定の一実施態様において、難治性の患者は、標準的な抗ウイルス療法に対して難治性の患者である。一定の実施態様において、ウイルス感染している患者は、感染が有意には根絶されていないとき、および／または症状が有意には軽減されていないとき、治療に対して難治性である。患者が難治性かどうかの決定は、感染症の治療の効果を評価するために当該技術で知られている任意の方法により、そうした状況において当該技術で容認されている「難治性」の意味を用いて、生体内または生体外のいずれでも行うことができる。各種の実施態様において、ウイルス感染している患者は、ウイルス複製が減少しないかまたは増加したとき、難治性である。
[00846]一部の実施態様において、化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物が、こうした感染症を発症する危険性のある患者において、ウイルス感染の発症または再発を阻止するために、患者に投与される。一部の実施態様において、化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物が、従来的な治療に対する有害な反応に影響を受けやすい患者に投与される。
[00847]一部の実施態様において、1つ以上の化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物が、化合物以外の治療に対して難治性であることが判明しており、それらの治療をもはや受けていない患者に投与される。一定の実施態様において、本発明の方法に従い管理または治療を受けている患者は、抗生物質、抗ウイルス薬、抗真菌薬、またはその他の生物療法／免疫療法による治療を既に受けている患者である。これらの患者のなかには、難治性の患者、従来的な治療には若すぎる患者、および従来の治療による管理または治療にもかかわらず、ウイルス感染を併発している患者がいる。
[00848]一部の実施態様において、1つ以上の化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物を投与する被験者は、化合物や組成物または併用療法の投与前には、治療を受けていない。その他の実施態様において、1つ以上の化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物が、1つ以上の化合物または1つ以上の化合物、または併用療法から構成される組成物の投与の前に治療を受けたことのある被験者に投与される。一部の実施態様において、化合物または化合物から構成される組成物の投与を受けた被験者は、以前の治療に対して難治性であったか、または以前の治療に対して有害副作用を経験したか、または被験者に対する容認できない毒性レベルが理由で以前の治療が中断された。
5.7.2 投与方法
[00849]患者に投与するとき、化合物は、医薬品として容認される溶媒から構成される任意の組成物の構成要素として投与することが好ましい。組成物は、経口的に、またはその他の任意の好都合な経路により、例えば、注入または大量瞬時投与により、上皮または粘膜皮膚層による吸収（例えば、口腔粘膜、直腸、および腸管粘膜）により投与でき、また他の生物活性のある薬剤とともに投与することもできる。投与は、全身的でも局所的でもよい。様々な送達システムが知られており、例えば、リポソーム、微小粒子、マイクロカプセル、カプセルへの封入があり、化合物およびその医薬品として容認できる塩を投与するため使用できる。
[00850]投与の方法には、限定されないものの、非経口的な、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔内、硬膜外、経口、舌下、鼻腔内、脳内、膣内、経皮的、直腸、吸入、または局所的、特に耳、鼻、眼、または皮膚が含まれる。投与方法は、開業医の裁量に任せられている。ほとんどの場合に、投与によって、化合物が血流に放出されることになる。
[00851]特定の実施態様において、化合物を局所的に投与することが望ましい場合がある。これは、例えば、限定はされないが、局所的な注入、局所投与、例えば、創傷包帯とともに、注射により、カテーテルの手段により、坐薬の手段により、または植え込み錠の手段により達成することができるが、前記植え込み錠は、多穴性、非多孔、または膜（シアラスティック膜など）、または繊維を含めたゼラチン質材料のものである。
[00852]一定の実施態様において、脳室内、くも膜下腔内および硬膜外注射を含めた何らかの適切な経路により、化合物を中枢神経系に導入することが望ましい場合がある。脳室内注射は、脳室内カテーテルにより、例えば、オンマヤリザーバーなどのリザーバーに取り付けて、促進することもできる。
[00853]肺投与も採用することができ、例えば、吸入器または噴霧器の使用により、またエアロゾル剤による製剤形態で、または過フッ化炭化水素または合成肺胞界面活性物質内の灌流による。一定の実施態様において、化合物は、トリグリセリドなどの従来的な結合剤および媒体とともに、坐薬として調製される。
[00854]皮膚徴候を伴うウイルス感染については、化合物は局所的に管理できる。同様に、眼の症候を伴うウイルス感染については、化合物は眼から投与できる。
[00855]別の実施態様において、化合物は、小胞、特にリポソームに入れて送達される（『Langer, 1990, Science 249:1527 1533』、『Treat et al.（Liposomes in the Therapy of Infectious Disease and Bacterial infection）』、『Lopez-Berestein and Fidler (eds.), Liss, New York, pp. 353 365 (1989)』、『Lopez Berestein, ibid., pp. 317 327』を参照、同書を全般的に参照）。
[00856]別の実施態様において、化合物は徐放性システムに入れて送達される（例えば、『Goodson, in Medical Applications of Controlled Release, supra, vol. 2, pp. 115 138 (1984)』を参照）。徐放性システムの例については、『Langer, 1990, Science 249:1527 1533』によるレビューに考察があり、それを使用しうる。一実施態様において、ポンプを使用することもできる（『Langer, supra; Sefton, 1987, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201』、『Buchwald et al., 1980, Surgery 88:507』、『Saudek et al., 1989, N. Engl. J. Med. 321:574』を参照）。別の実施態様において、高分子材料を使用することができる（『Medical Applications of Controlled Release, Langer and Wise (eds.), CRC Pres., Boca Raton, Florida (1974)』、『Controlled Drug Bioavailability, Drug Product Design and Performance, Smolen and Ball (eds.), Wiley, New York (1984)』、『Ranger and Peppas, 1983, J. Macromol. Sci. Rev. Macromol. Chem. 23:61』を参照、また『Levy et al., 1985, Science 228:190』、『During et al., 1989, Ann. Neurol. 25:351』、『Howard et al., 1989, J. Neurosurg. 71:105』も参照）。特定の実施態様において、化合物から構成される徐放性システムは、予防、治療および／または管理の対象となるウイルスに感染した組織のすぐそばに配置される。この実施態様に従い、徐放性システムが感染のごく近くにあることで、全身的に投与する場合に、化合物の用量の一部分のみを必要としうる。
[00857]一定の実施態様において、化合物がそれに対する抗ウイルス活性を持つ、ウイルス感染の自然な経路により投与することが望ましい場合がある。例えば、発明の化合物を、ウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）による気道の感染を治療または阻止するために、何らかの適切な経路で肺に投与することが望ましい場合がある。肺投与は、例えば、吸入器または噴霧器の使用により、また噴霧剤としての使用するためのエアロゾル剤による製剤形態を採用することもできる。
5.7.3 化合物との組み合わせに使用するための薬剤
[00858]ウイルス感染の予防、治療および／または管理のために、化合物との組み合わせに使用できる治療薬または予防薬には、限定されないものの、小分子、合成薬物、ペプチド（環状ペプチドを含む）、ポリペプチド、タンパク質、核酸（例えば、DNAおよびRNAヌクレオチドで、これには限定はされないものの、アンチセンスヌクレオチド配列、三重らせん体、RNAi、および生物学的に活性のタンパク質、ポリペプチドまたはペプチドを符号化するヌクレオチド配列を含む）、抗体、合成的または天然の無機分子、模倣薬剤、および合成的または天然の有機分子が含まれる。こうした薬剤の特定の例には、限定されないものの、免疫調整薬（例えば、インターフェロン）、抗炎症薬（例えば、副腎コルチコイド、副腎皮質ステロイド（例えば、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、トリアムシノロン、メチルプレドニゾロン、プレドニソロン、プレドニゾン、ヒドロコルチゾン）、糖質コルチコイド、ステロイド、および非ステロイド系抗炎症性薬物（例えば、アスピリン、イブプロフェン、ジクロフェナク、およびCOX-2阻害剤））、鎮痛剤、ロイコトリエン拮抗薬（例えば、モンテルカスト、メチルキサンチン、ザフィルルカスト、およびジロートン）、β2-作動薬（例えば、アルブテロール、ビテロール、フェノテロール、イソエタリー、メタプロテレノール、ピルブテロール、サルブタモール、テルブタリンホルモテロール、サルメテロール、およびサルブタモールテルブタリン）、抗コリン作用薬（例えば、臭化イプラトロピウムおよびオキシトロピウム臭化物）、スルファサラジン、ペニシラミン、ダプソン、抗ヒスタミン薬、抗マラリア剤（例えば、ヒドロキシクロロキン）、抗ウイルス薬（例えば、ヌクレオシド類似体（例えば、ジドブジン、アシクロビル、ガングシクロビル、ビダラビン、イドクスウリジン、トリフルリジン、およびリバビリン）、フォスカーネット、アマンタジン、リマンタジン、サキナビル、インジナビル、リトナビル、およびAZT）ならびに抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（旧称アクチノマイシン）、ブレオマイシン、エリスロマイシン、ペニシリン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（AMC））が含まれる。
[00859]ウイルス感染の予防、管理、および／または治療に有用であることが知られているか、または使用されてきたか、または現在使用されている、あるいは発明に従って化合物と組み合わせて使用できる任意の治療については、本書に記載している。ウイルス感染の予防、治療および／または管理に使用されてきたか、または現在使用されている治療（例えば、予防薬または治療薬）に関する情報については、例えば、『Gilman et al., Goodman and Gilman's: The Pharmacological Basis of Therapeutics, 10th ed., McGraw-Hill, New York, 2001』、『The Merck Manual of Diagnosis and Therapy, Berkow, M.D. et al. (eds.), 17th Ed., Merck Sharp & Dohme Research Laboratories, Rahway, NJ, 1999』、『Cecil Textbook of Medicine, 20th Ed., Bennett and Plum (eds.), W.B. Saunders, Philadelphia, 1996』および『Physicians' Desk Reference (61st ed. 1007)』を参照。
5.7.3.1 抗ウイルス薬
[00860]化合物との組み合わせに使用できる抗ウイルス薬には、限定されないものの、非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、および融合阻害剤が含まれる。一実施態様において、抗ウイルス薬は、アマンタジン、オセルタミビルリン酸塩、リマンタジン、およびザナミビルから構成される群から選択される。別の実施態様において、抗ウイルス薬は、デラビルジン、エファビレンツ、およびネビラピンから構成される群から選択した非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬である。別の実施態様において、抗ウイルス薬は、アバカビル、ジダノシン、エムトリシタビン、エムトリシタビン、ラミブジン、スタブジン、テノホビルDF、ザルシタビン、およびジドブジンから構成される群から選択したヌクレオシド逆転写酵素阻害剤である。別の実施態様において、抗ウイルス薬は、アンプレナビル、アタザナビル、ホスアンプレナビル、インジナビル、ロピナビル、ネルフィナビル、リトナビル、およびサキナビルから構成される群から選択したプロテアーゼ阻害剤である。別の実施態様において、抗ウイルス薬は、エンフビルチドなどの融合阻害剤である。
[00861]それ以外に組み合わせ化合物に使用するための抗ウイルス薬の非限定的な例には、リファンピシン、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（例えば、AZT、ddI、ddC、3TC、d4T）、非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬（例えば、デラビルジン、エファビレンツ、ネビラピン）、プロテアーゼ阻害剤（例えば、アプレナビル、インジナビル、リトナビル、およびサキナビル）、イドクスウリジン、シドホビル、アシクロビル、ガンシクロビル、ザナミビル、アマンタジン、およびパリビズマブが含まれる。その他の抗ウイルス薬の例には、限定されないものの、エースマンナン、アシクロビル、アシクロビルナトリウム、アデホビル、アロブジン、アルビルセプトスドトックス、塩酸アマンタジン（SYMMETRELTM）、アリルドン、アリルドン、アテビルジンメシラート、アブリジン、シドホビル、シパムフィリン、シタラビン塩酸塩、メシル酸デラビルジン、デスシクロビル、ジダノシン、ジソキサリル、エドクスジン、エンビラデン、エンビロキシム、ファムシクロビル、塩酸ファモチン、フィアシタビン、フィアルリジン、ホサリラート、フォスカメットナトリウム、ホスホネットナトリウム、ガンシクロビル、ガンシクロビルナトリウム、イドクスウリジン、ケトキサール、ラミブジン、ロブカビル、メモチン塩酸塩、メチサゾン、ネビラピン、オセルタミビルリン酸塩（TAMIFLUTM）、ペンシクロビル、ピロダビル、リバビリン、リマンタジン塩酸塩（FLUMADINETM）、メシル酸サキナビル、ソマンタジン塩酸塩、ソリブジン、スタトロン、スタブジン、チロロン塩酸塩、トリフルリジン、塩酸バラシクロビル、ビダラビン、ビダラビンリン酸塩、ビダラビンリン酸ナトリウム、ビロキシム、ザルシタビン、ザナミビル（RELENZATM）、ジドブジン、およびジンビロキシムが含まれる。
5.7.3.2 抗菌薬
[00862]化合物との組み合わせに使用できる抗菌薬（抗生物質を含む）には、限定されないものの、アミノグリコシド系抗生物質、糖ペプチド、アンフェニコール抗生物質、アンサマイシン系抗生物質、セファロスポリン、セファマイシンオキサゾリジノン、ペニシリン、キノロン、ストレプトグラミン（streptogamins）、テトラサイクリン、およびその類似体が含まれる。一部の実施態様において、抗生物質は、細菌感染を阻止および／または治療するための化合物と組み合わせて投与される。
[00863]特定の実施態様において、化合物は、限定はされないものの、ストレプトマイシン、ネオマイシン、エリスロマイシン、カルボマイシン、およびスピラマイシンを含むその他のタンパク質合成阻害薬と組み合わせて使用される。
[00864]一実施態様において、抗菌性の薬剤は、アンピシリン、アモキシシリン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ペニシリンG、ストレプトマイシン、スルファニルアミド、およびバンコマイシンから構成される群から選択される。別の実施態様において、抗菌性の薬剤は、アジトロマイシン、セフォニシド、セフォテタン、セファロチン、セファマイシン、クロルテトラサイクリン、クラリトロマイシン、クリンダマイシン、サイクロセリン、ダルホプリスチン、ドキシサイクリン、エリスロマイシン、リネゾリド、ムピロシン、オキシテトラサイクリン、キヌプリスチン、リファンピン、スペクチノマイシン、およびトリメトプリムから構成される群から選択される。
[00865]化合物との組み合わせに使用される抗菌薬のそれ以外の非限定的な例には、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、アプラマイシン、アルベカシン、バンベルマイシン、ブチロシン、ジベカシン、ネオマイシン、ネオマイシン、ウンデシレン酸塩、ネチルマイシン、パロモマイシン、リボスタマイシン、シソマイシン、およびスペクチノマイシン）、アンフェニコール抗生物質（例えば、アジダムフェニコール、クロラムフェニコール、フロルフェニコール、およびチアンフェニコール）、アンサマイシン系抗生物質（例えば、リファミドおよびリファンピン）、カルバセフェム（例えば、ロラカルベフ）、カルバペネム（例えば、ビアペネムおよびイミペネム）、セファロスポリン（例えば、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドール、セファトリジン、セファゼドン、セフォゾプラン、セフピミゾール、セフピラミド、およびセフピロム）、セファマイシン（例えば、セフブペラゾン、セフメタゾール、およびセフミノクス）、葉酸類似体（例えば、トリメトプリム）、糖ペプチド（例えば、バンコマイシン）、リンコサミド（例えば、クリンダマイシン、およびリンコマイシン）、マクロライド（例えば、アジトロマイシン、カルボマイシン、クラリスロマイシン、ジリトロマイシン、エリスロマイシン、およびエリスロマイシンアシストラート）、モノバクタム（例えば、アズトレオナム、カルモナム、およびチゲモナム）、ニトロフラン（例えば、フラルタドン、および塩化フラゾリウム）、オキサセフェム（例えば、フロモキセフ、およびモキサラクタム）、オキサゾリジノン（例えば、リネゾリド）、ペニシリン（例えば、アムジノシリン、アムジノシリン・ピボキシル、アモキシシリン、バカンピシリン、ベンジルペニシリン酸、ベンジルペニシリンナトリウム、エピシリン、フェンベニシリン、フロキサシリン、ペナムシリン、ペネタマートヨウ化水素酸塩、ペニシリンoベネタミン、ペニシリン0、ペニシリンV、ペニシリンVベンザチン、ペニシリンVヒドラバミン、ペニメピサイクリン、およびフェンシヒシリンカリウム）、キノロンおよびその類似体（例えば、シノキサシン、シプロフロキサシン、クリナフロキサシン、フルメキン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、およびモキシシリト）、ストレプトグラミン（例えば、キヌプリスチンおよびダルホプリスチン）、スルホンアミド（例えば、アセチルスルファメトキシピラジン、ベンジルスルファミド、ノプリルスルファミド、フタリルスルファセタミド、スルファクリソイジン、およびスルファシチン）、スルホン類（例えば、ジアチモスルホン、グルコスルホンナトリウム、およびソラスルホン）、およびテトラサイクリン（例えば、アピシクリン、クロルテトラサイクリン、クロモサイクリン、およびデメクロサイクリン）が含まれる。それ以外の例には、サイクロセリン、ムピロシン、チュベリンアンホマイシン、バシトラシン、カプレオマイシン、コリスチン、エンデュラシジン、エンビオマイシン、および2,4ジアミノピリミジン（例えば、ブロジモプリム）が含まれる。
5.7.4 投与の用量と頻度
[00866]ウイルス感染の予防、治療および／または管理において有効な化合物の量、または化合物から構成される組成物の量は、標準的な臨床技術により決定できる。生体外でまたは生体内での評価法を、最適な投薬範囲を特定する助けとして任意に採用できる。採用する正確な用量は、例えば、投与経路、発明のタイプ、および感染の重症度にも依存し、また開業医およびそれぞれの患者または被験者の状況の判断に従い決定されるべきである。
[00867]一部の実施態様において、化合物の投薬は、動物実験で決定された最大無毒性量（NOAEL）からの推定により決定される。この推定投薬量は、ヒトの臨床試験についての最大推奨初回投与量の決定において有用である。例えば、NOAELは、ヒト相当用量（HED）を決定するために推定できる。一般に、HEDは、体表面積（すなわち、mg/m2）に対して規準化した用量をもとに、ヒト以外の動物の用量から推定される。特定の実施態様において、NOAELは、マウス、ハムスター、ラット、ケナガイタチ、モルモット、ウサギ、イヌ、霊長類、霊長類（サル、マモセット、リスザル、ヒヒ）、マイクロまたはミニブタで決定される。ヒト相当用量を決定するためのNOAELおよびその推定法の使用に関する考察については、『Guidance for Industry Estimating the Maximum Safe Starting Dose in Initial Clinical Trials for Therapeutics in Adult Healthy Volunteers, U.S. Department of Health and Human Services Food and Drug Administration Center for Drug Evalutaion and Research (CDER)（米国保健福祉省食品医薬品局医薬品評価センター）, Pharmacology and Toxicology, July 2005）』を参照のこと。一実施態様において、化合物またはその組成物は、NOAELのヒト相当用量（HED）よりも低い用量で、1週間、2週間、3週間、1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、6カ月、9カ月、1年、2年、3年、4年以上の期間にわたり投与される。
[00868]一定の実施態様において、ヒト被験者のための投薬方法は、動物モデルの研究から、10%の動物が死ぬ致死量（LD10）を用いて推定できる。一般に、第I相治験の初回投与量は、臨床前試験に基づく。臨床前試験における薬物の標準的な毒性の測定手段は、治療のために死んだ動物の割合である。動物実験でのLD10と、ヒト初回投与量の推定の基礎として、体表面積について修正されたヒトでの最大耐用量（MTD）との相関は、十分に当該技術の範囲内である。一部の実施態様において、1つの動物モデルについての投与量の相互関係は、例えば、『Freireich et al., Cancer Chemother. Rep., 1966, 50:219-244』に記載のある換算係数（体表面積平方メートル当たりのミリグラム数による）を使用して、別の動物での使用に変換できる。体表面積は、患者の身長および体重からおおよそ決定できる。例えば、『Scientific Tables, Geigy Pharmaceuticals, Ardley, N. Y., 1970, 537』を参照のこと。一定の実施態様において、体表面積の調整には、例えば、表面積、体重、代謝、組織分布、吸収速度、および排泄率などの宿主の要因が含まれる。さらに、投与経路、賦形剤の用途、および標的とする特定の病気またはウイルスも、考慮する要因である。一実施態様において、標準的な控えめな初回投与量は、マウスのLD10の約1/10であるが、その他の種（すなわち、イヌ）がその化合物に対して感応性がより高い場合には、これよりもさらに低くなりうる。その他の実施態様において、標準的な控えめな初回投与量は、マウスのLD10の約1/100、1/95、1/90、1/85、1/80、1/75、1/70、1/65、1/60、1/55、1/50、1/45、1/40、1/35、1/30、1/25、1/20、1/15、2/10、3/10、4/10、または5/10である。その他の実施態様において、ヒトにおける化合物の初回投与量は、動物モデルの研究から推定した用量よりも低い。別の実施態様において、ヒトにおける化合物の初回投与量は、動物モデルの研究から推定した用量よりも高い。比較的低いレベルで活性の組成物の用量を開始すること、また最小限の毒性で希望の効果を達成するために、必要に応じて、投薬を増加または減少することは、十分に当該技術の範囲内である。
[00869]化合物または組成物の模範的な用量には、被験者または試料の体重1キログラム当たりのミリグラムまたはマイクログラムの量が含まれる（例えば、1 kg当たり約1マイクログラム〜1 kg当たり約500ミリグラム、1 kg当たり約5ミリグラム〜1 kg当たり約100ミリグラム、または1 kg当たり約1マイクログラム〜1 kg当たり約50ミリグラム）。特定の実施態様において、1日量は、少なくとも50 mg、75 mg、100 mg、150 mg、250 mg、500 mg、750 mg、または少なくとも1 gである。
[00870]一実施態様において、投薬は、0.01〜5000 mM、1〜300 mM、10〜100 mMおよび10 mM〜1 Mの濃度である。別の実施態様において、投薬は、少なくとも5 μM、少なくとも10 μM、少なくとも50 μM、少なくとも100 μM、少なくとも500 μM、少なくとも1 mM、少なくとも5 mM、少なくとも10 mM、少なくとも50 mM、少なくとも100 mM、または少なくとも500 mMの濃度である。
[00871]一実施態様において、投薬は、0.01〜5000 mM、1〜300 mM、10〜100 mMおよび10 mM〜1 Mの濃度である。別の実施態様において、投薬は、少なくとも5 μM、少なくとも10 μM、少なくとも50 μM、少なくとも100 μM、少なくとも500 μM、少なくとも1 mM、少なくとも5 mM、少なくとも10 mM、少なくとも50 mM、少なくとも100 mM、または少なくとも500 mMの濃度である。特定の実施態様において、投薬は、患者の体重に対して0.25 μg/kg以上、好ましくは0.5 μg/kg以上、1 μg/kg以上、2 μg/kg以上、3 μg/kg以上、4 μg/kg以上、5 μg/kg以上、6 μg/kg以上、7 μg/kg以上、8 μg/kg以上、9 μg/kg以上、または10 μg/kg以上、25 μg/kg以上、好ましくは50 μg/kg以上、100 μg/kg以上、250 μg/kg以上、500 μg/kg以上、1 mg/kg以上、5 mg/kg以上、6 mg/kg以上、7 mg/kg以上、8 mg/kg以上、9 mg/kg以上、または10 mg/kg以上である。
[00872]別の実施態様において、投薬は、5 mg、好ましくは10 mg、50 mg、100 mg、150 mg、200 mg、250 mg、300 mg、350 mg、400 mg、500 mg、550 mg、600 mg、650 mg、700 mg、750 mg、800 mg以上の単位用量である。別の実施態様において、投薬は、約5 mg〜約100 mg、約100 mg〜約200 μg、約150 mg〜約300 mg、約150 mg〜約400 mg、250 μg〜約500 mg、約500 mg〜約800 mg、約500 mg〜約1000 mg、または約5 mg〜約1000 mgの範囲の単位用量である。
[00873]一定の実施態様において、経口投与に適した投薬範囲は、体重1キログラム、1日当たりの化合物約0.001ミリグラム〜約500ミリグラムである。発明の特定の実施態様において、経口用量は、体重1キログラム、1日当たり約0.01ミリグラム〜約100ミリグラム、約0.1ミリグラム〜約75ミリグラムまたは約0.5ミリグラム〜5ミリグラムである。本書に記載した投薬量は、投与される総量を意味し、つまり、2種以上の化合物が投与される場合には、一部の実施態様において、投与量は、投与された総量に一致する。特定の実施態様において、経口組成物には、本発明の化合物が体重当たり約10%〜約95％含まれる。
[00874]静脈内（i.v.）投与の適切な投薬範囲は、体重1キログラム1日当たり約0.01ミリグラム〜約100ミリグラム、体重1キログラム1日当たり約0.1ミリグラム〜約35ミリグラム、および体重1キログラム1日当たり約1ミリグラム〜約10ミリグラムである。一部の実施態様において、鼻腔内投与の適切な投薬範囲は、体重1キログラム、1日当たり約0.01 pg/kg〜約1 mg/kgである。座薬には、体重1キログラム、1日当たり一般的に約0.01ミリグラム〜約50ミリグラムの発明の化合物が含まれ、体重当たり約0.5%〜約10%の範囲の有効成分で構成される。
[00875]皮内、筋肉内、腹腔内、皮下、硬膜外、舌下の、脳内、膣内、経皮的な投与または吸入による投与について推奨される投与量は、体重1キログラム、1日当たり約0.001ミリグラム〜約500ミリグラムの範囲である。局所的投与について適切な用量には、投与の領域によっても異なるが、約0.001ミリグラム〜約50ミリグラムの範囲の用量が含まれる。効果的な用量は、生体外でまたは動物モデルでの試験システムから得られた用量-反応曲線から推定することもできる。こうした動物モデルおよびシステムは、当該技術でよく知られている。
[00876]別の実施態様において、被験者には、用量1回分以上の予防的または治療的に有効な量の化合物または組成物が投与され、ここで、予防的または治療的に有効な量は、毎回の用量で同じではない。別の実施態様において、被験者には、用量1回分以上の予防的にまたは治療的に有効な量の化合物または組成物が投与され、ここで、前記被験者に投与される予防的または治療的に有効な量の用量は、例えば、0.01 μg/kg、0.02 μg/kg、0.04 μg/kg、0.05 μg/kg、0.06 μg/kg、0.08 μg/kg、0.1 μg/kg、0.2 μg/kg、0.25 μg/kg、0.5 μg/kg、0.75 μg/kg、1 μg/kg、1.5 μg/kg、2 μg/kg、4 μg/kg、5 μg/kg、10 μg/kg、15 μg/kg、20 μg/kg、25 μg/kg、30 μg/kg、35 μg/kg、40 μg/kg、45 μg/kg、または50 μg/kgにより、治療の進行に伴い増加する。別の実施態様において、被験者には、用量1回分以上の予防的にまたは治療的に有効な量の化合物または組成物が投与され、ここで、用量は、例えば、0.01 μg/kg、0.02 μg/kg、0.04 μg/kg、0.05 μg/kg、0.06 μg/kg、0.08 μg/kg、0.1 μg/kg、0.2 μg/kg、0.25 μg/kg、0.5 μg/kg、0.75 μg/kg、1 μg/kg、1.5 μg/kg、2 μg/kg、4 μg/kg、5 μg/kg、10 μg/kg、15 μg/kg、20 μg/kg、25 μg/kg、30 μg/kg、35 μg/kg、40 μg/kg、45 μg/kg、または50 μg/kgにより、治療の進行に伴い減少する。
[00877]一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルスゲノム複製を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。その他の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルスゲノム複製を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルスゲノム複製を少なくとも1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、8倍、10倍、15倍、20倍、または2〜5倍、2〜10倍、5〜10倍、または5〜20倍抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。
[00878]一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルスのタンパク質合成を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。その他の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルスのタンパク質合成を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルスのタンパク質合成を少なくとも1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、8倍、10倍、15倍、20倍、または2〜5倍、2〜10倍、5〜10倍、または5〜20倍抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。
[00879]一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス感染を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。一部の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス感染を少なくとも1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、8倍、10倍、15倍、20倍、または2〜5倍、2〜10倍、5〜10倍、または5〜20倍抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。
[00880]一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス複製を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。一部の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス複製を少なくとも1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、8倍、10倍、15倍、20倍、または2〜5倍、2〜10倍、5〜10倍、または5〜20倍抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。その他の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス複製を1 log、1.5 log、2 log、2.5 log、3 log、3.5 log、4 log、5 log以上抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。
[00881]一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、他の個人に伝播させるウイルスの能力を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。その他の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、被験者内の他の細胞、組織または器官に蔓延させるウイルスの能力を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。
[00882]一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス誘発性リピド合成を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。その他の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス誘発性リピド合成を少なくとも20%〜25%、好ましくは少なくとも25%〜30%、少なくとも30%〜35%、少なくとも35%〜40%、少なくとも40%〜45%、少なくとも45%〜50%、少なくとも50%〜55%、少なくとも55%〜60%、少なくとも60%〜65%、少なくとも65%〜70%、少なくとも70%〜75%、少なくとも75%〜80%、または最高少なくとも85%抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。一定の実施態様において、被験者には、本書に記載した評価法または当業者に周知のその他の評価法を使用して決定された負の対照に対して、ウイルス誘発性リピド合成を少なくとも1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、8倍、10倍、15倍、20倍、または2〜5倍、2〜10倍、5〜10倍、または5〜20倍抑制するかまたは低減するために効果的な量の化合物または組成物が投与される。
[00883]一定の実施態様において、化合物または組成物の用量が、被験者に毎日、1日おきに、2日に1回、3日目ごと、毎週1回、毎週2回、毎週3回、または2週間に1回投与される。その他の実施態様において、2、3または4用量の化合物または組成物が、被験者に毎日、2日に1回、3日目ごと、毎週1回または2週間に1回投与される。一部の実施態様において、用量1回分の化合物または組成物が、2日間、3日間、5日間、7日間、14日間、または21日間投与される。一定の実施態様において、化合物または組成物の用量が、1カ月間、1.5カ月間、2カ月間、2.5カ月間、3カ月間、4カ月間、5カ月間、6カ月間以上投与される。
[00884]ウイルス感染の予防、治療および／または管理について使用されてきたか、現在使用されている予防薬または治療薬の投与量は、臨床医が利用できる参考資料、例えば『Physicians’ Desk Reference（処方医薬品情報事典）（61st ed. 2007）』を使用して決定できる。好ましくは、感染を阻止、処置および／または管理するために、使用されてきたか、現在使用されている量よりも低い投与量が、1つ以上の化合物または組成物と組み合わせて利用される。
[00885]ウイルス感染の予防、治療または管理以外の用途に認可されてきた化合物について、安全な用量の範囲は、例えば、『Physician’s Desk Reference (61st ed. 2007)』など、臨床医が利用できる参考資料を使用して用意に決定できる。
[00886]上述の投与スケジュールは、例証目的でのみ提供されているもので、および限定的であるとは考慮されるべきではない。当業者であれば、本発明の範囲内であることを容易に理解する。
[00887]一実施態様において、オルリスタット（Xenical（登録商標）という商品名でも市販）が、120 mgのカプセルとして、1日3回、脂肪を含む食事とともに投与される。理論によって制限を受けることなく、上記のオルリスタットの投与量120 mgは、それ以外のいかなる利益も示されないが、1日1回の投与量800mgおよび1日3回の400mgでは、有害副作用は示されていない。
[00888]一定の実施態様において、構造（I）の化合物が、固体剤形として、例えば、カプセルとして投与される。
[00889]その他の実施態様において、構造（I）の化合物が、約100mg〜約800mgの用量で投与される。特定の実施態様において、構造（I）の化合物が、120mg、400mgまたは800mgの用量で投与される。
[00890]その他の実施態様において、構造（I）の化合物が、1日当たり1回、2回または3回投与される。
[00891]特定の実施態様において、構造（I）の化合物が、1日当たり3回、120mgカプセルとして投与される。構造（I）の化合物は、食事、例えば、脂肪を含む食事とともに投与できる。
[00892]一実施態様において、構造（II）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.001 mg〜約50 mgの範囲の用量で投与される。
[00893]別の実施態様において、構造（II）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.01 mg〜約25 mgの範囲の用量で投与される。
[00894]別の実施態様において、構造（II）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.1 mg〜約10 mgの範囲の用量で投与される。
[00895]別の実施態様において、構造（II）の化合物が、1日当たり約50mg/kg〜約100 mg/kgの範囲の用量で投与される。
[00896]別の実施態様において、構造（II）の化合物が、1日当たり0.001 mg未満の用量で投与される。
[00897]一実施態様において、構造（III）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.001 mg〜約100 mgの範囲の用量で投与される。
[00898]別の実施態様において、構造（III）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.01 mg〜約50 mgの範囲の用量で投与される。
[00899]別の実施態様において、構造（III）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり10 mg〜約30 mgの範囲の用量で投与される。
[00900]別の実施態様において、構造（III）の化合物が、1日当たり約50mg/kg〜約100 mg/kgの範囲の用量で投与される。
[00901]別の実施態様において、構造（III）の化合物が、1日当たり0.001 mg未満の用量で投与される。
[00902]一実施態様において、構造（IV）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.001 mg〜約100 mgの範囲の用量で投与される。
[00903]別の実施態様において、構造（IV）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.01 mg〜約50 mgの範囲の用量で投与される。
[00904]別の実施態様において、構造（IV）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり10 mg〜約30 mgの範囲の用量で投与される。
[00905]別の実施態様において、構造（IV）の化合物が、1日当たり約50mg/kg〜約100 mg/kgの範囲の用量で投与される。
[00906]別の実施態様において、構造（IV）の化合物が、1日当たり0.001 mg未満の用量で投与される。
[00907]一実施態様において、構造（VI）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.001 mg〜約50 mgの範囲の用量で投与される。
[00908]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.01 mg〜約25 mgの範囲の用量で投与される。
[00909]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、1日当たり体重1kg当たり0.1 mg〜約10 mgの範囲の用量で投与される。
[00910]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、1日当たり約50mg/kg〜約100 mg/kgの範囲の用量で投与される。
[00911]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、1日当たり0.001 mg未満の用量で投与される。
[00912]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、0.25mg〜約500mgの範囲の用量で、カプセルとして経口的に投与される。
[00913]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、0.25mg〜約500mgの範囲の用量で、錠剤として経口的に投与される。
[00914]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、0.25mg〜約500mgの範囲の用量で、懸濁液として経口的に投与される。
[00915]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、0.10mg〜約100mgの範囲の用量で、吸入エアロゾルとして投与される。
[00916]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、10mg〜約500mgの範囲の用量で、坐薬として投与される。
[00917]別の実施態様において、構造（VI）の化合物が、0.1mg/ml〜約100mg/mlの範囲の用量で、静脈内に投与される。
[00918]一実施態様において、構造（VIII）の化合物が、1日当たり1mg〜約100mgの範囲の用量で投与される。
[00919]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物が、1日当たり1mg〜約10mgの範囲の用量で投与される。
[00920]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物が、1mg〜約100mgの範囲の用量で、錠剤として経口的に投与される。
[00921]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物が、1mg〜約100mgの範囲の用量で、カプセルとして経口的に投与される。
[00922]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物が、1mg〜約100mgの範囲の用量で、サッシェとして経口的に投与される。
[00923]別の実施態様において、構造（VIII）の化合物が、1mg〜約100mgの範囲の用量で、注射として投与される。
[00924]一実施態様において、構造（XIII）の化合物が、約10μg/kg/日〜約100mg/kg/日の用量で投与される。
[00925]別の実施態様において、構造（XIII）の化合物が、経口で（例えば、錠剤）または非経口的な剤形で投与される。
[00926]別の実施態様において、構造（XIII）の化合物が、約2μg〜約1000mgの構造（XIII）の化合物を含む固体剤形として投与される。特定の実施態様において、構造（XIII）の化合物が、500mgの構造（XIII）の化合物を含む固体剤形として投与される。
[00927]一実施態様において、構造（XIV）の化合物が、約0.5mg/kg〜約100mg/kgの範囲の用量で投与される。
[00928]別の実施態様において、構造（XIV）の化合物が、経口的または全身的に投与される。
[00929]一実施態様において、構造（XV）の化合物が、約1mg/kg〜約100mg/kgの範囲の用量で投与される。特定の実施態様において、構造（XV）の化合物が、10mg/kgの用量で投与される。
[00930]別の実施態様において、構造（XV）の化合物が、液体剤形として腹腔内に投与される。特定の実施態様において、構造（XV）の化合物が、液体剤形として腹腔内に10mg/kgの濃度で投与される。
[00931]一実施態様において、構造（XVI）の化合物が、体重1kg当たり約5〜約200 mgの日用量で投与される。別の実施態様において、構造（XVI）の化合物が、体重1kg当たり約10〜約100 mgの日用量で、1日1回以上の投与で投与される。
[00932]特定の実施態様において、化合物TOFAは、ヒトに約500 mg/日〜約1,000 mg/日の用量で投与される。
[00933]別の実施態様において、ACC阻害剤である化合物は、例えばTOFAが、およそ75 μM（またはおよそ30 μg/mL）の血漿レベルが得られるよう、げっ歯類に150 mg/kg/日の用量で投与される。一定の一実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、およそ1,500 mg/日（BSA基準）の用量でヒトに投与される。特定の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、約1,000 mg/日〜約1,500 mg/日（BSA基準）の用量でヒトに投与される。別の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、約1,500 mg/日〜約2,000 mg/日（BSA基準）の用量でヒトに投与される。特定の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、ヒトに投与されるが、組織内、例えば、肺組織または肝臓組織内での化合物の濃度は、血漿中の化合物の濃度よりも高い。一部の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、ヒトに投与されるが、肺組織内での化合物の濃度は、血漿中の化合物の濃度よりも約1.5倍、または約2倍、または約3倍、または約4倍、または約5倍高い。特定の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、ヒトに投与されるが、肺組織内での化合物の濃度は、血漿中の化合物の濃度よりも約3倍高い。一定の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、ヒトに投与されるが、肝臓組織内での化合物の濃度は、血漿中の化合物の濃度よりも約5倍、または約10倍、または約15倍、または約20倍、または約25倍、または約30倍、または約35倍、または約40倍、または約50倍高い。特定の実施態様において、ACC阻害剤である化合物、例えば、TOFAが、ヒトに投与されるが、肝臓組織内での化合物の濃度は、血漿中の化合物の濃度よりも約30倍高い。
5.7.5 細胞培養の用途
[00934]本発明は、抗ウイルス活性を持つことが望ましい細胞培養に関連した生成物の成分としての化合物の用途を提供する。一実施態様において、1つ以上の化合物は、細胞培養液に加えられる。一定の実施態様において、毒性が強すぎることが実証されているか、または被験者に使用されていない化合物が、培養液などの細胞培養に関連した生成物に追加される。
6. 例
[00935]生物学的試薬および細胞培養。MRC-5線維芽細胞（ATCC）を、7.5%ウシ胎児血清および4.5 g/Lブドウ糖を含むダルベッコ変法イーグル培地（DMEM）で培養した。ヒトサイトメガロウイルスによるすべての感染は、BADwtにより実施したが、これはHCMVのAD169菌株の細菌人工染色体（BAC）クローンに由来するものである（『Giaever et al., Nature 418, 387 (Jul 25, 2002)』を参照）。BACを、ウイルス配列に全く欠失のないHCMVのゲノムに挿入し、BACに隣接するloxP部位での組み換えを媒介する同時形質移入したCREリコンビナーゼにより切除し、ウイルスのクローン内のloxP部位のみを残した。このクローンを多様な評価法で試験したが、常に野生型AD169表現型が示された。
[00936]すべての代謝実験について、繊維芽細胞を、10-cmシャーレ内で集蜜するまで培養し、結果的にシャーレ当たり〜1.5×106の細胞が得られた。集蜜状態で3〜5日間培養した後、血清を含む媒体を取り除き、血清を含まない媒体を加え、血清を含まないDMEMで細胞を24時間保持したが、これは細胞周期のG0ステージで同期化することがそれまでに立証されているものである（『Munger et al., PLoS Pathog 2, e132 (Dec 15, 2006)』）。細胞を、多重度3.0 pfu/細胞で、偽の感染またはHCMV感染させた。2時間の吸着期間の後、種菌を吸引し、新鮮な血清を含まないDMEMを加えた。代謝性阻害剤の存在下でのHCMV増殖を決定するために、ウイルス力価をMRC-5細胞ついて標準的なプラーク評価法で決定した。
[00937]メイディン・ダービー・イヌ腎臓上皮細胞（MDCK細胞）をATCCから採取し、7.5%ウシ胎児血清および4.5 g/Lブドウ糖を含むDMEM内で培養した。MDCK細胞を、0.2% BSA、0.01% CaCl2、0.01% MgCl2、1 μg/mlトリプシン（Worthington）および0.1% FBSを含むDMEM中でA/WSN/33インフルエンザ菌株（ATCC）で感染させた。代謝性阻害剤の存在下でのインフルエンザAの増殖を決定するために、ウイルス力価をMDCK細胞について標準的なプラーク評価法で決定した。
[00938]代謝流束実験および代謝生成物の抽出。代謝流束実験中の人為的な実験結果を制限するために、できる限り代謝の動揺が少なくなるようにして、標識化した栄養素を細胞に導入することが重要である。培養液および細胞中の一定の代謝生成物レベルが時間経過とともに変化する（『Munger et al., PLoS Pathog. 2, e132 (Dec 15, 2006)』）ことが判明したため、標識が導入された時点での新鮮な培養液の変化により誘発される代謝の変化を阻止するために、感染後24時間と、感染後47時間に再び、偽の感染およびHCMV感染の培地の培養液を吸引し、新鮮なDMEM（10mM HEPESを含む）で置き換えた。感染後48時間で、偽の感染およびHCMV感染の培地の培養液を吸引し、4.5 g/L 12Cブドウ糖を含むDMEM（10mM HEPESとともに）でt=0の時点で、または4.5 g/Lの普遍的に標識化した13Cブドウ糖（Cambridge isotopes、http://www.isotope.com/）を含むDMEM（10mM HEPESとともに）で別の時点で置き換えた。メタノール：水＝80：20（80%メタノール）を-75°Cで加えて、代謝生成物を抽出したが、培養の直後t=0の時点、または培養後0.5分、1分、2分、5分、15分、30分、60分、または120分のいずれかの時点で加えた。代謝を急冷した後、細胞をドライアイスに載せた状態でプラスチック製組織培養シャーレから擦り取った。結果的に生じる細胞懸濁液を、ボルテックスし、6000×gで5分間遠心分離し、80%メタノールで-75°Cでさらに2回再抽出した。3回分の抽出物をプールした後、窒素ガス下で試料を完全に乾燥させ、220 μlの50%メタノールで溶解し、13,000×gで5分間回転させて、細片を除去し、下記に説明するLC-MS/MSでウイルス感染した試料と偽の感染の試料を交互に分析した（処理時間の差による、安定化合物の測定における人工的結果を避けるため）。代謝生成物抽出のための培養液をサンプリングする際、媒体を取り出し、ある量の-75°Cの100%メタノールと混合させて、80：20のメタノール：培養液混合物を作成した。次に、培養液試料を遠心分離し、乾燥させ、上記のとおり再懸濁した。
[00939]代謝生成物濃度の決定。質量分析法による代謝生成物の絶対的定量化では、内部標準の追加を必要とする。安定同位体標準は高価で、また多数の当該代謝生成物には利用できない。この障壁を克服するために、当方は、線維芽細胞の代謝ネットワークを13炭素で再構成し、12C-代謝生成物を内部標準として使用することを目指した。この目的を達成するために、当方は、12C-ブドウ糖および12C-グルタミンは不足しているが、本来のレベルまで13C-ブドウ糖および13C-グルタミンを補充したDMEM中で、初代線維芽細胞を培養して〜3継代にわたり倍加させた。炭素置換の効率を表S1に示す。細胞を集蜜状態で3日間にわたり培養し、血清飢餓させ、すべての培養液が13C-ブドウ糖および13C-グルタミンを含むDMEMであること以外は上記のとおり感染させた。12C-代謝生成物内部標準を表S4に記載した濃度で含む-75°Cの80%メタノールを加えることで、細胞を収穫した。代謝生成物レベルを数量化するために、12C-内部標準および13C-代謝生成物プールの両方についてSRMピーク高さを測定した。代謝生成物プールの濃度は、内部標準の比ピーク高、当初の内部標準濃度および本来の13C置き換えの効率をもとに計算した。結果は、3つの独立した感染の平均である。
[00940]様々な代謝生成物の摂取および排泄を測定するために、未培養の培養液または偽の感染またはHCMV感染の培地からの培養液からの試料を、感染後44時間から開始して、さらに0.5時間、1時間、2時間、4時間、6時間、8時間後に採った。結果は、6つの独立した感染の平均である。ブドウ糖摂取を獲得するために、標準グルコメーターを利用して、細胞培養培養液中のブドウ糖濃度の変化を測定した。断片化が不十分な乳酸塩を単一イオンモード（SIM）で測定し、一方、グルタミン、アスパラギン酸塩およびグルタミン酸塩レベルを、下記に概説するとおり、SRMピーク高により測定した。乳酸塩、グルタミン、アスパラギン酸塩およびグルタミン酸塩について既知の濃度の13C内部標準を、80%メタノール抽出溶剤に加えた（Cambridge isotopes、http://www.isotope.com）。
[00941]解糖およびペントースリン酸経路推定。解糖とペントースリン酸経路との間の相対的炭素流束の推定を、大部分は『Lee et al., Am J Physiol 274, E843 (May, 1998)』に記載されたとおりに実施した。特に、偽の感染またはMRC5細胞によるウイルス感染の48時間後、組織培養培養液を吸引し、30%の1,2-C13-ブドウ糖および70%のC12 ブドウ糖（合計4.5 g/lのブドウ糖）を含むDMEMを加えた。培養して4時間後、細胞を上記のとおり抽出し、1-C13-乳酸塩の1,2-C13-乳酸塩に対する相対的レベルについて質量分析法で分析した。酸化的ペントースリン酸経路による乳酸塩の生成の相対的比率は、1-C13-乳酸塩で標識化した乳酸塩を1-C13-乳酸塩および1,2-C13-乳酸塩の合計で割った分数に等しい。1-C13-乳酸塩の量は、炭素-13を豊富に含む自然発生的な同位体について修正したが、これは1.1%である。
[00942]酸化によって生じるTCAサイクルに対するビルビン酸塩の寄与の推定およびカルボキシル化。ビルビン酸塩のアセチル-CoAへの酸化が起こると、ビルビン酸塩の第三の炭素がCO2として放出されるが、これはビルビン酸塩カルボキシル化の際には起こらなかったことである。偽の感染またはMRC5細胞によるウイルス感染の48時間後、組織培養培養液を吸引し、100% 3-C13-ブドウ糖を含むDMEMを加えた。3-C13-ブドウ糖を含むDMEM中で6時間培養した後、細胞代謝物を抽出し、上記のとおり処理した。TCA成分の3-C13 標識化の相対的量を、豊富な天然同位体および3-炭素解糖化合物の不完全な標識化の両方について修正した（細胞が3-C13-ブドウ糖のみを酸化した場合には、3つの炭素解糖成分のうち50%のみがブドウ糖から3-炭素を受け取ることになる）。
[00943]LC-MS/MS計測。LC-10A HPLCシステム（Shimadzu、http://www.shimadzu.com）lunaアミノプロピルカラム（100 mm×1 mm、粒径3-μmまたは250 mm×2、粒径5-μmのいずれか（Phenomenex製、http://www.phenomenex.com））を質量分析計と連結して使用して、ポジティブモードのLC-MS/MSを実施した。LCパラメータは、オートサンプラー温度4°C、注射容量20 μL、カラム温度15°C、および流量50 μL/分（100 mmカラムの場合）および150 μL/分（250 mmカラムの場合）であった。両方のカラム用のLC溶剤は、溶剤A：20 mM酢酸アンモニウム+ 20 mM水酸化アンモニウムを95：5＝水：アセトニトリル（pH 9.45）に入れたもの、および溶剤B：アセトニトリルとした。勾配は、100 mmカラムについては、t = 0, 85% B、t = 12, 0% B、t= 24, 0% B、t = 26, 85% B、t = 40, 85% Bで、また250 mmカラムについては、t = 0, 85% B、t = 15分, 0% B、t = 28分, 0% B、t = 30分, 85% B、t = 40分, 85% B、またネガティブモードは、t = 0, 85% B、t = 15分, 0% B、t = 38分, 0% B、t = 40分, 85% B、t = 50分, 85% Bとした。
[00944]ネガティブモードLC-MS/MSは、（『Luo et al.、J. Chromatogr. A 1147、153 (Apr 20、2007)』）に記載があるものをわずかに修正して実施した。試料は、LC-20 AD HPLCシステム（Shimadzu、http://www.shimadzu.com）とluna C18カラム（Phenomenex製150×2 mm、粒径4 μM、http://www.phenomenex.com）を質量分析計に結合したものを使用して分析した。LCパラメータは、オートサンプラー温度、4°C、注射容量、20 μL、カラム温度、25°C、および流量、200 μL/分とした。LC溶剤は、溶剤A：15 mM酢酸、10 mMトリブチルアミンを97：3＝水：酢酸（pH 4.95）に入れたもの、および溶剤B：メタノールとした。勾配は、t = 0, 0% B、t = 5, 0% B、t= 10, 20% B、t= 20, 20% B、t = 35, 65% B、t = 38, 95% B、t = 42, 95% B、t = 43, 0% B、t = 50, 0% Bとした。
[00945]質量分析は、Finnigan TSQ Quantum Ultra（ポジティブモード用）またはFinnigan TSQ Discovery Max（ネガティブモード用）三連四重極質量分析計（Thermo Electron Corporation、http://www.thermo.com）に、エレクトロスプレーイオン化（ESI）ソースを装備したもので実施した。両方のモードについて、ESIスプレー電圧は3,200 Vで、また窒素を、シースガスおよび補助ガスとして、それぞれ20 psiおよび10 psiで使用した。アルゴンを、衝突ガスとして、1.5 mTorr、毛細管温度を325°Cに設定して使用した。各SRM遷移のスキャン時間は0.1秒で、操作幅は1 m/zとした。LCランは、時間セグメントに分割し、各時間セグメント内のSRMスキャンは、その時間間隔中に溶出した化合物に限定した。時間セグメント間の境界で溶出する化合物については、その化合物に対応するSRMスキャンを両方の時間セグメントについて実施した。計器の制御、データ取得、およびデータ分析は、Xcalibarソフトウェア（Thermo Electron Corporation、version 1.4 SR1）で実施したが、これによってクロマトグラフィー システムの制御も行った。
[00946]リピド合成の測定。リン脂質合成に利用するブドウ糖の量を数量化するために、初代繊維芽細胞を、12ウェルプレート中で培養し、3〜5日維持し、その時点で、血清を含む媒体を取り除き、血清を含まない媒体を加えた。血清を含まないDMEM中で24時間保持した後、細胞を偽の感染またはBADwtで感染させた（MOI=3.0）。感染後48時間、8 μC/mlのD-[6-14C]ブドウ糖を、1 g/ Lブドウ糖を含むDMEM中で偽の感染またはウイルス感染した細胞に加えた。37°Cで4時間にわたり培養した後、細胞の培地を吸引し、細胞をPBSで洗浄し、およびリン脂質を500 μLのヘキサン：イソプロパノール（3：2）を加えて抽出した。ウェルをさらに400 μLのヘキサン：イソプロパノール（3：2）で洗浄した。その後、ホスホリピド抽出物をN2ガス下で乾燥させ、500 μL 1N KOHを90%のメタノール：水に入れたものの中で再懸濁させて、70°Cで60分間培養した後、100 μL 2.5 m H2SO4を加えた。次に、700 μLのヘキサンを加えて、脂肪酸を抽出した。有機相および水相を、遠心分離により分離し、シンチレーションを計数した。3つの異なる感染についての結果を、平均値の標準誤差を用いて報告する。
6.1 例1：ウイルス感染により上方制御された代謝流束を識別するためのアプローチ
[00947]ウイルス複製には、宿主細胞の代謝ネットワークに由来するエネルギーおよび高分子の先駆物質を必要とする。ところが最近になるまで、宿主代謝に対するウイルス感染の高価を評価するための適切な技術を利用できなかった。
[00948]ウイルスは、多様な経路を通して、細胞代謝活性を変化させうる。これには、mRNAおよび／またはタンパク質の転写、翻訳、および／または劣化への影響、mRNAおよび／またはタンパク質の再配置、タンパク質の共有結合修飾、および酵素またはその他のタンパク質のアロステリック制御、ならびにその活性を変化させるタンパク質を含む複合体の組成物への変化が含まれる。これらすべての変化の最終的な結果は、ウイルスのニーズを満たすための代謝流束の調節である。こうして、代謝流束の変化は、宿主細胞代謝を調節しようとするウイルスの作用の究極的な指標を表す。従って、ウイルスによって増加した流束は、特に、ウイルスの生存および複製にとって重大なものである可能性が高く、また価値のある薬物標的を表す可能性が高い。
[00949]新規アプローチが、代謝流束のプロファイリングをするために開発されてきた。Rabinowitzとその同僚（『Yuan et al., 2006, Nat. Chem. Biol. 2:529-530』）により開発された大腸菌内の窒素の代謝流束を測定するアプローチを土台にしたもので、これを参照し本書に組み込む。この速度論的フラックスプロファイリング（KFP）アプローチの要点は以下のとおりである。
(1)細胞（未感染またはウイルス感染のいずれか）は、未標識から同位体標識化した栄養素に（またはその逆）に急速に切り替わるが、当面の目的では、好ましい栄養素には、均一にまたは部分的に13C標識化または15N標識化したブドウ糖、グルタミン、グルタミン酸塩、または関連する化合物（限定されないものの、ビルビン酸塩、乳酸塩、グリセロール、酢酸塩、アスパラギン酸塩、アルギニン、および尿素など）が含まれる。標識には、あらゆる既知のH、C、N、O、P、またはSの同位体が含まれ、安定標識および放射標識のどちらも含まれうる。結果は、ウイルス負荷および感染後の時間を含め、宿主細胞タイプおよびウイルス病原体の間の相互作用に依存する。
(2)代謝を、同位体切り替え（例えば、0.2分、0.5分、1分、2分、5分、10分、20分、30分および1時間、2時間、4時間、8時間、12時間、16時間、24時間、36時間、48時間またはその部分集合または変形）の後、様々な時点で急冷する。代謝急冷の伝統的な1つの手段には、低温の（例えば、ドライアイスの温度）メタノールの追加があるが、その他の溶剤および温度が、溶剤の沸騰を含めて、考えられる。
(3)メタボロームを、その同位体標識化の範囲を含めて、収集したそれぞれの試料について定量化する。こうした定量化の伝統的な1つの手段は、細胞から代謝生成物を抽出した後、抽出物の液体クロマトグラフィー-タンデム型質量分析（LC-MS/MS）で分析することである。適切な抽出手段およびLC-MS/MS法が、当該技術で知られている。以下の引用を参照し、これを参照により本書に組み込む（『Bajad et al., 2006, J Chromatogr. A 1125:76-88; Bolling and Fiehn, 2005, Plant Physiol. 139:1995-2005』、『Coulier et al., 2006, Anal Chem. 78:6573-6582』、『Kimball and Rabinowitz, 2006, Anal Biochem. 358:273-280』、『Lu et al., 2006, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 17:37-50』、『Lu et al., 2007, J Am Soc Mass Spectrom. 18:898-909』、『Luo et al., 2007, J. Chromatogr. A 1147:153-164』、『Maharjan and Ferenci, 2003, Anal Biochem 313:145-154』、『Milne et al., 2006, Methods 39:92-103』、『Munger et al., 2006, PLoS Pathog. 2:e132』、『Olsson et al., 2004, Anal Chem. 76:2453-2461』、『Rabinowitz and Kimball, 2007, Anal Chem. 79:6167-73』、『Schaub et al., 2006, Biotechnol. Prog. 22:1434-1442』、『van Winden et al., 2005, FEMS Yeast Research 5:559-568』、『Villas-Boas et al., 2005, Yeast 22:1155-1169.』、『Wittmann et al., 2004, Anal Biochem. 327:135-139』、『Wu et al., 2005, Anal Biochem. 336:164-171』、『Yuan et al., 2006, Nat. Chem. Biol. 2:529-530）』。
(4)結果として得られるデータを分析して、細胞代謝流束を決定する。
[00950]KFPデータを以下の原理をもとに分析するが、その応用より、細胞代謝の当業者は、感染した試料と未感染の試料についての結果を比較することで、ウイルス感染に関連した流束の変化を特定できる。
(1)代謝ネットワーク内で追加した栄養素に近い代謝生成物ほど、下流生成物の前に標識化されることになる。こうして、標識化のパターンにより、特定の代謝生成物の形成につながる経路についての洞察が提供される。例えば、細胞を未標識から均一に13C-標識化ブドウ糖に切り換えたとき、クエン酸塩よりもオキサロ酢酸塩の標識化が急速に起こった場合には、それはトリカルボン酸回路の時計方向の回転によるのではなく、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼまたはホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼによるオキサロ酢酸塩の生成を暗示する。
(2)標識化の速度により、異なる代謝系路を通した定量的流束についての見識が提供され、そのプールを通過する大規模な流束および／またはその絶対的プールサイズが低下により結果的に、代謝生成物プールが急速に標識化される。栄養素が細胞内の代謝生成物に直接変換される、ウェル混合システムの理想的なケースでは、栄養素インプットの同位体標識化形態への瞬時の切り換えにより、システムのその他の調節なしに、時間経過とともに未標識の代謝生成物の消失が起こる。
dXU/dt = - fX XU / XT 方程式（A）
ここで、XTは、代謝生成物Xの合計プール量で、XUは未標識の形態、およびfXは、代謝生成物を消費するすべての流束の合計である。fXおよびXTは一定（すなわち、システムが同位体切り換えの前の擬似定常状態にある）であるため、
XU/XT = exp (- fX t / XT) 方程式（B）
また、fX = XT kX 方程式（C）
ここで、kXは、未標識の代謝生成物の消失についての見かけの一次速度定数である。方程式（C）に従い、代謝生成物Xを通過する合計流束は、実験的に直接測定できる、代謝生成物の細胞内プールサイズおよび未標識の形態の消失速度といった2つのパラメータをもとに決定できる。実施において、同位体切り換えは、瞬時ではなく、これよりわずかに複雑な方程式が必要となるが、完全微分方程式を、なおも分析的に解くことができる場合がよくあり、これには、一般にわずか2個の自由なパラメータが関与するのみで、そのうちの1つであるkXから、上記のとおり合計代謝流束が直接得られる（『Yuan et al., 2006, Nat. Chem. Biol. 2:529-530』）。
[00951]ところが、分岐および環状の経路が関与する一定のケースにおいて、計算はさらに複雑になり、データ分析を促進するためのより高度な計算アルゴリズムの使用が有益な場合がある。細胞の代謝ネットワークは、代謝生成物レベルの時間経過に伴う変化（同位体標識化パターンの変化を含む）を記述する微分方程式のシステムにより記述することができる。以下の引用を参照し、これを参照により本書に組み込む（『Reed et al., 2003, Genome Biol. 4:R54、Sauer, 2006, Mol. Syst. Biol. 2:62』、『Stephanopoulos, 1999, Metab. Eng. 1:1-11』、『Szyperski et al., 1999, Metab. Eng. 1:189-197』、『Zupke et al., 1995』）。方程式の形式が上記の方程式（A）と類似しているこうした記述は、流束fx1、fx2、等について、代謝生成物の濃度および標識化の動態学（擬似定常状態でのXT や、時間の関数としてのXU/XT）を表す実験的に観察されたデータをもとに解くことができる。こうした溶液を得るための1つの適切なクラスのアルゴリズムについては、以下の引用に記載があり、これを参照し本書に組み込む（『Feng and Rabitz, 2004, Biophys. J. 86:1270-1281』、『Feng et al., 2006, J. Phys. Chem. A. Mol. Spectrosc. Kinet. Environ. Gen. Theory 110:7755-7762』）。
[00952]一般に、ウイルス感染により誘発された流束の変化は、代謝生成物の代謝回転と比例して徐々に起こる。従って、定常状態の仮定は一般に短〜中程度の時間尺度をかけてウイルスにより混乱した代謝ネットワークに適用される（例えば、CMVでは、最高2時間まで、正確な時間の長さは、ウイルス病原体の性質に依存し、より攻撃性の高い病原体には一般に短い時間尺度が関連する）。
[00953]定常状態では、線形代謝経路のすべての手順を通過する流束は等しくする必要がある。従って、経路のある手順を通過する流束が、ウイルス感染により著しく増加した場合、他の手順を通過する流束も、増加する可能性が高い。ただし、分岐により複雑となる。側枝分岐が低い相対的流束に関連するケースでは、分岐の効果は小さい一方、分岐の可能性（非定常状態の条件でも）は、実行可能な薬物標的としてその他の経路手順を関係付けるために、測定した1つのみの経路流束よりも多くの実験データの必要性を示す。ところが、経路の未測定の手順の上流および下流の両方の手順で、流束の増加が実験的に示された場合には、（未測定の）中間手順での流束も増加していることについて、かなり自信を高めることができる。従って本書では、当方は、上流および下流の両方の手順での流束の増加（ただし、ある特定の実施態様では、どちらも個別にではなく）が、中間流束（および関連する触媒作用をする酵素）を有効な流束の増加が、抗ウイルス剤標的として確証するのに適切なことを立証するものと考える。
6.2 例2： ヒトサイトメガロウルスによるグリセロール-3-リン酸塩脱水素酵素、クエン酸輸送タンパク質、およびクエン酸リアーゼフラックスの上方制御
[00954]本書に記載した速度論的フラックスプロファイリング（KFP）アプローチを、初代ヒト包皮線線芽細胞のヒトサイトメガロウイルス（CMV）感染により誘発された炭素代謝流束の変化を検査するために使用した。均一に13C標識化したブドウ糖を同位体トレーサーとして使用した。ヘキソースリン酸塩（ブドウ糖-6-リン酸塩、ブドウ糖-1-リン酸塩、および果糖-6-リン酸塩を含む代謝生成物からの混合した信号）、フルクトースビスホスファターゼ、グリエルアルデヒド-3-リン酸塩、ホスホエノールピルビン酸、およびアセチル-補酵素Aなどの解糖および解糖に関連する代謝生成物について、濃度が感染後48時間（hpi）で著しく増加し（未感染、静止状態の線維芽細胞に比べて）、また同位体標識化の速度は無変化かまたは増加した。濃度の増加と回転速度の無変化または増加の組み合わせは、代謝流束の増加を暗示する（方程式Cを参照）。
[00955]リン脂質、ジアシルグリエルコール、およびトリグリセリド（中性脂肪）の生成に必要な、解糖の副産物であるグリセロール-3-リン酸塩の標識化も、CMV感染によって増加することが判明した。これは、グリセロール-3-リン酸塩脱水素酵素フラックスがCMV感染により誘発されたことを示す。
[00956]クエン酸サイクルの成分の標識化についても検査した。結果は図2Aにまとめたとおりで、2つの特に重要な代謝生成物、クエン酸塩およびリンゴ酸塩についての完全データを図2Bに示す。
[00957]CMV感染により、リンゴ酸塩標識化が並行して増加することなく、クエン酸塩標識化が著しく増加したという知見は、ウイルスにより誘発されたクエン酸輸送タンパク質およびクエン酸リアーゼフラックスの著しい上方制御のための診断であった。合計クエン酸塩濃度は、著しくは変化しなかった（すなわち、未標識のクエン酸塩濃度は、標識化したクエン酸塩の増加と並行して減少した）ため、クエン酸塩からの流出が存在するはずである。この流出によって、標識化されたケトグルタル酸塩、コハク酸塩、またはリンゴ酸塩が生成されてはならない（これらの種の急速な標識化は観察されなかったため）。従って、この流出は、イソクエン酸塩からケトグルタル酸塩を経たもの（TCAサイクル、標識化されたケトグルタル酸塩、コハク酸塩、およびリンゴ酸塩が形成される）またはイソクエン酸塩からコハク酸塩を経たもの（グリオキシル酸塩サイクル、標識化されたコハク酸塩およびリンゴ酸塩が形成される）ではあり得ない。残りの唯一の可能性は、下記の手順を経由した細胞質型アセチル-CoA +リンゴ酸塩への促進的な流出であった。
(1)ミトコンドリアのクエン酸輸送タンパク質により、内部のミトコンドリアの薄膜全体で、クエン酸塩に加え、リンゴ酸塩のためのプロトンの交換が触媒される。
(2)サイトゾル内のクエン酸リアーゼにより、クエン酸塩 + ATP + CoA + 水→アセチル-CoA + ADP + Pi + オキサロ酢酸塩の反応が触媒される。
(3)結果的に生じるオキサロ酢酸塩は、細胞質型リンゴ酸脱水素酵素によるNADHによりリンゴ酸塩に還元される。
[00958]グリオキシル酸塩またはTCAサイクルと対称的に、これらの手順により、2C標識化したクエン酸塩から未標識のリンゴ酸塩が形成されることに注意すること（AcCoA [アセチル部分で標識化]とミトコンドリア内の未標識のオキサロ酢酸塩との縮合から結果的に生じるクエン酸塩の標識化を伴うもので、またCMV感染により誘発されたクエン酸塩標識化パターンが、クエン酸塩シンターゼにより触媒されたアセチル-CoA [アセチル基で標識化]とオキサロ酢酸塩[未標識]の縮合により生成されたクエン酸塩について予測されるものと一致することが確認された）。
[00959]よって、結果的に生じる細胞質型リンゴ酸塩は、NADP+-連鎖のリンゴ酸塩酵素（リンゴ酸酵素としても知られる）により、潜在的にビルビン酸塩 + NADPHに変換されうる。
[00960]このプロセスの手順（1）および手順（2）は不可欠で、図2で観察されたデータは、クエン酸輸送タンパク質およびクエン酸リアーゼフラックスの増加がCMVにより誘発されることを証明している。
6.3 例3：ヒトサイトメガロウイルスによるグルタミナーゼおよびグルタミン酸脱水素酵素フラックスの上方制御：
[00961]この例において、均一に13C標識化したグルタミンを、同位体トレーサーとして使用した。アミノ酸グルタミン酸塩、ならびにTCAサイクル成分ケトグルタル酸塩、コハク酸塩、フマル酸塩、およびリンゴ酸塩の標識化の動態が、未感染の静止状態の線維芽細胞と比較してCMV感染後48時間で、線維芽細胞で観察された。代謝生成物の濃度が増加し、またCMV感染の試料で同位体標識化の速度も増加した。標識化されたグルタミンからの、標識化されたグルタミン酸塩（およびケトグルタル酸塩、コハク酸塩、フマル酸塩、およびリンゴ酸塩などの下流TCAサイクル化合物）の生成には、酵素グルタミナーゼを通過する流束が関与する。従って、KFPデータにより、グルタミナーゼフラックスの増加が立証された。次に、グルタミン酸塩は、グルタミン酸脱水素酵素により、ケトグルタル酸塩に変換される必要がある。従って、KFPデータにより、グルタミン酸脱水素酵素フラックスの増加が実証された。ヒトゲノムには、グルタミン酸脱水素酵素Iおよびグルタミン酸脱水素酵素IIの2つの形態のグルタミン酸脱水素酵素があり、これにより、グルタミン酸塩の脱アミノ化によりケトグルタル酸塩 + アンモニアとなることで、それぞれNADHおよびNADPHが生成される。これらのデータをもとに、グルタミナーゼおよび両方の形態のグルタミン酸塩脱水素酵素が新しい抗ウイルス剤標的を構成し、またその阻害剤の感染した個体への送達が、ウイルス感染を治療する方法を構成する。グルタミン酸脱水素酵素を通過する流束の増加は特に興味深く、これは、それによって形成されたNADPHにより、脂肪酸生合成の還元手順が可能となるためである。従って、グルタミン酸脱水素酵素IIの阻害は、脂肪酸生合成を遮断し、それによってウイルス感染を治療する方法を構成する。
例4：
6.4 ヒトサイトメガロウイルスによる遊離脂肪酸および脂質の生合成の上方制御
[00962]この例において、14C標識化したブドウ糖を、同位体トレーサーとして使用し、および下流の代謝物質の標識化を、質量分析法ではなく、放射能をもとに測定（シンチレーション計数により測定）した。標的とした代謝生成物は、自由（すなわち、共有結合的にタンパク質結合されていない）脂質および脂肪酸の合計プール量とし、これを、クロロホルム-酢酸エチル混合物などの疎水性溶剤を使用した抽出により、他の細胞材料（重要なことに、タンパク質に共有結合的に連鎖した脂質を含む）から分離した。CMV感染により、図3に示すとおり、標識化されたブドウ糖から自由脂質および脂肪酸への流束が結果的に増加した。従って、脂肪酸生合成の阻害（限定はされないが、自由脂肪酸およびリピド生合成の阻害も含み、脂質によるタンパク質の共有結合性の修飾の阻害（例えば、タンパク質パルミトイル化）とは区別される）は、ウイルス感染を治療する方法を構成する。脂肪酸生合成は、酵素の脂肪酸シンターゼ（そのアシルキャリアタンパクを含む）に依存するため、これらのデータは、脂肪酸シンターゼが抗ウイルス剤標的であることを実証するものである。
例5：
6.5 抗ウイルス剤標的としての脂肪酸シンターゼの確証
[00963]CMVおよび単純ヘルペスウイルス1（HSV-1）の複製能力が、脂肪酸シンターゼ阻害剤C75の存在下と不在下の比較により決定された。C75はセルレニンとは異なり、タンパク質パルミトイル化を直接的には抑制しないことが注目される。5〜10 μM C75による治療により、CMVおよびHSV-1の両方の力価が100倍を超えて減少した。これらの結果により、脂肪酸シンターゼが、タンパク質パルミトイル化とは異なり、抗ウイルス剤標的として確証された。
例6：
6.6 抗ウイルス剤標的としてのアセチルCoAカルボキシラーゼの識別
[00964]クエン酸リアーゼフラックスおよび脂肪酸シンターゼフラックスの両方が、ヒト線維芽細胞のCMV感染により増加したことの観察は、流束バランスの制約に基づき、アセチルCoAカルボキシラーゼの中間流束も、増加しているはずであることをほのめかすものである。アセチルCoAカルボキシラーゼフラックスが増加するというこの発見は、アセチルCoAカルボキシラーゼが抗ウイルス剤標的を構成することをほのめかすものである。
6.7 例7：CMV感染により誘発された酵素転写性の変化の決定。
[00965]偽の感染またはCMV感染の後、4時間、24時間、48時間または72時間の時点で、メーカー（Invitrogen、カリフォルニア州カリスバッド）の推奨どおりにTrizolを使用してRNAを調製し、その後、RNAeasyカラム（Quiagen、カリフォルニア州バレンシア）を通過させて精製した。すべての試料から、また対照RNAセット（ClontechからのHuman universal reference total RNA）からも、低RNA直鎖増幅キット（Agilent、カリフォルニア州パロアルト）をメーカーの説明書に従い使用して、蛍光cRNA（Cy3およびCy5）を準備した。独立した控えの試料の色素を逆にし、試料cRNAを、交互に標識化した（Cy3対Cy5）対照cRNAと混合し、ヒト全ゲノムオリゴマイクロアレイをメーカー（Agilent、カリフォルニア州パロアルト）の説明書に従いハイブリッド形成した。スライドを、Agilent Scanner（モデル番号G2505B）でスキャンし、およびデータをFeature Extractor 7.5ソフトウェアを用いて抽出した。結果的なデータファイルをGenespring GX 7.3にインポートした。次に、記録した蛍光値に対して、交叉遺伝子（cross-gene）誤差モデルをアクティブにして、デフォルトのチップ当たりおよび遺伝子当たりのLowess正規化を行った。その蛍光信号が存在もしくは不明のものとしてフラグを立てたプローブセットのみを検査した。プローブセットを、対照チャネル発現によりさらにフィルタリングし、cRNA制御信号が33蛍光ユニット未満のすべてのプローブは、それ以上の分析をしなかった。次に、分散分析法（ANOVA）を残りのプローブについて実施したが、偽の感染とCMV感染をパラメータとして使用し、偽の感染の24時間、48時間、および72時間の時点を1つに、またCMV感染の24時間、48時間、および72時間の時点を1つにグループ化した。4時間の時点については、この時点で偽の感染およびCMV感染での代謝遺伝子の間にほとんど変化がなかったため除外した。Welsh ANOVA分析を、誤差モデル分散およびBenjamini/Hochberg多重検定補正を、P値のカットオフ0.05で使用して実施した。このP値カットオフを満たす既知または疑わしい酵素を、表6に示す。
[00966]クエン酸リアーゼ、アセチルCoAカルボキシラーゼ、脂肪酸シンターゼ、グルタミナーゼ、グルタミン酸脱水素酵素IまたはII、またはグリセロール-3-リン酸塩脱水素酵素については、有意な効果は見られなかった。転写データをもとにこれらの酵素が特定されなかったこと（KFPにより立証されたとおり、その反応を通して流束の増加はあったが）は、代謝内での抗ウイルス剤標的の特定のための転写プロファイリングなどの従来の方法の不適切さを実証するものである。これにより、本書に記載したKFPアプローチにより選択した標的の新規性および不測の性質が示される。それにもかかわらず、ウイルスにより転写的に情報制御された酵素も、それ自体として、抗ウイルス剤標的を構成する。リピド生合成を促進するNADPHの生成に関連した酵素であるリンゴ酸酵素1は、ウイルスにより転写的に上方制御されることが注目される。
Figure 2010538968
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 例8：
6.8 HSVおよびHCMVのウイルス複製を抑制する化合物
[00967]これらの例は、脂肪酸シンターゼ阻害剤（すなわち、C75、トランス-4-カルボキシ-5-オクチル-3-メチレン-ブチロラクトン）、およびカルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ1（CPT-1）阻害剤（すなわち、エトモキシル）の、HSVおよび／またはHCMVのウイルス複製を減少させるにあたっての有効性を例証するものである。
6.8.1 C75による単純ヘルペスウイルス（HSV）のウイルス複製の抑制
[00968]初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、7.5% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で培養した。感染前の24時間、細胞は、DMEM（血清のないもの）中で培養して、血清飢餓させた。その後、細胞をC75（5 μg/ml）または等価量の担体（DMSO）の存在下で、細胞1個当たり多重度5.0のプラーク形成単位（PFU）で感染させた。ウイルス吸着から2時間後、37°Cで、ウイルス種菌を吸引し、細胞を低pHクエン酸ナトリウム緩衝液（40mMクエン酸ナトリウム、10 mM KCl、135 mM NACl、pH 3.0）で1回洗浄し、未結合のウイルスを不活性化した後、C75（5 μg/ml）または等価量の担体を含む増殖媒体を加える前にPBS緩衝液で1回洗浄した。感染した線維芽細胞培養を感染後48時間で収穫し、およびウイルス力価をベロ細胞について標準的なプラーク評価法により決定した。図4に示すとおり、C75により、ウイルス複製が、2 log以上低減される。
6.8.2 C75によるヒトサイトメガロウイルス（HCMV）のウイルス複製の抑制
[00969]初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、7.5% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で増殖させ、C75（10 μg/ml）または等価量の担体（DMSO）の存在下で、細胞1個当たり多重度3.0プラーク形成単位で感染させた。ウイルス吸着から2時間後、37°Cで、ウイルス種菌を吸引し、細胞を低pHクエン酸ナトリウム緩衝液（40mMクエン酸ナトリウム、10 mM KCl、135 mM NACl、pH 3.0）で1回洗浄し、未結合のウイルスを不活性化した後、C75（10 μg/ml）または等価量の担体を含む増殖媒体を加える前にPBS緩衝液で1回洗浄した。感染した線維芽細胞培養を感染後72時間で収穫し、およびウイルス力価をMRC-5細胞について標準的なプラーク評価法により決定した。図5に示すとおり、C75により、ウイルス複製が、3 log以上低減される。
6.8.3 エトモキシルによるHCMVウイルス複製の抑制
[00970]エトモキシルは、カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ1（CPT-1）の阻害剤であり、生体外でのウイルス複製評価法においてHCMVに対する抗ウイルス活性を持つ。初代線維芽細胞を、エトモキシル（5 μM）または等価量の担体（DMSO）の存在下で、HCMV（AD169、感染多重度（multiplicity of infection）1.0）の感染前、24時間にわたり血清飢餓させた。感染した線維芽細胞培養を感染後96時間で収穫し、およびウイルス力価を標準的なプラーク評価法により決定した。図6に示すとおり、エトモキシルにより、ウイルス複製が、1 log以上低減される。
6.9 例9：CMVによる代謝流束の調節
6.9.1 CMV感染による解糖および関連する化合物の代謝流束の配向
[00971]図7は、偽の感染およびCMV感染のヒト線維芽細胞における（A）解糖（経路発生の順で）および（B）関連する化合物の標識化の動態を示す。標識化は、t = 0分で発生する未標識から均一に標識化されたブドウ糖への切り替えで、均一に13C-ブドウ糖を使用して実施した。ウイルス感染細胞についての結果は、「1」で標識化し、偽の感染細胞については、「2」で標識化した。黒の四角は、未標識の化合物（均一に12C）のレベルを示し、これは同位体切り換え後に下降する。白抜きの丸は、部分的または完全に13C標識化した化合物を示し、同位体切り換え後に上昇する。この図で示したそれぞれの化合物について、標識化された化合物の初代形態には完全な標識化（均一に13C）が関与した。未標識の形態における降下、および標識化された形態における上昇（リボースリン酸塩を例外とする化合物について）がさらに急激になることは、感染細胞におけるより高速な解糖流量およびグリセロールリン酸塩フラックスを示す。
6.9.2 CMV感染は、ヌクレオチド三リン酸塩およびそれらの前駆物質PRPPの代謝流束を配向する。
[00972]図8は、偽の感染およびCMV感染のヒト線維芽細胞を対比したヌクレオチド三リン酸塩およびそれらの前駆物質PRPPの標識化動態学を示す。標識化は、t = 0分で発生する未標識から均一に標識化されたブドウ糖への切り替えで、均一に13C-ブドウ糖を使用して実施した。ウイルス感染細胞についての結果は、「1」で標識化し、偽の感染細胞については、「2」で標識化した。黒の四角は、未標識の化合物（均一に12C）のレベルを示し、これは同位体切り換え後に下降する。白抜きの丸は、部分的または完全に13C標識化した化合物を示し、同位体切り換え後に上昇する。PRPPについては、標識化された化合物の初代の形態が、完全な標識化（均一に13C）に関与した。ATPおよびUTPについては、リボース部分は、全般的に完全に標識化され、一方、塩基部分は、標識化されないことが頻繁にあった。未標識の形態における降下、および標識化された形態における上昇がさらに急激になることは、感染細胞におけるより高速なヌクレオチド生合成フラックスを示す。
6.9.3 CMV感染により、TCAサイクル化合物の代謝流束：グルタミン標識化が配向される。
[00973]図9は（A）TCAサイクル化合物の標識化の動態および（B）これらの化合物の断片的標識化（比例的標識化 = [標識化の量] / [標識化の量 + 完全に未標識の量]）を示す。結果は、偽の感染とCMV感染のヒト線維芽細胞の対比のためのものである。標識化は、t = 0分で発生する未標識から均一に標識化されたブドウ糖への切り替えで、均一に13C-ブドウ糖を使用して実施した。（A）の部分において、ウイルス感染細胞についての結果は、「1」で標識化し、偽の感染細胞については、「2」で標識化した。さらに（A）の部分において、黒の四角は、未標識の化合物（均一に12C）のレベルを示し、これは同位体切り換え後に下降し、白抜きの丸は2×13C原子（優勢な標識化の形態）を含むリンゴ酸塩およびクエン酸塩のレベルを示し、これは同位体切り換え後に上昇する。未標識の形態の下降および標識化された形態の上昇がより急激になることは、より高速な感染細胞におけるTCAサイクルフラックスであることを示す。ところが、最も顕著な所見は、クエン酸塩標識化がリンゴ酸塩標識化を大きく上回り、これがクエン酸塩が新規の脂肪酸生合成のためにかなり使用されていること（クエン酸リアーゼおよびAcCoAカルボキシラーゼにより）を示すことである。
6.9.4 CMV感染によるTCAサイクル化合物の代謝流束：グルタミン標識化の配向
[00974]図10は（A）TCAサイクル化合物の標識化の動態および（B）これらの化合物の断片的標識化（比例的標識化 = [標識化の量] / [標識化の量 + 完全に未標識の量]）を示す。結果は、偽の感染とCMV感染のヒト線維芽細胞の対比のためのものである。標識化は、t = 0分で発生する未標識から均一に標識化されたグルタミンへの切り替えで、均一に13C-グルタミンを使用して実施した。（A）の部分において、ウイルス感染細胞についての結果は、「1」で標識化し、偽の感染細胞については、「2」で標識化した。さらに（A）の部分において、黒の四角は、未標識の化合物（均一に12C）のレベルを示し、これは同位体切り換え後に下降し、白抜きの丸は部分的または完全に標識化された化合物のレベルを示し、これは同位体切り換え後に上昇する。未標識の形態の下降および標識化された形態の上昇がより急激になることは、より高速な感染細胞におけるTCAサイクルフラックスであることを示す。クエン酸塩およびリンゴ酸塩（リンゴ酸塩の標識化は、クエン酸塩の標識化よりもわずかながら急速に発生する）の標識化の動態は、前のページの結果（これらの化合物のブドウ糖標識化に関する）と併せて、ブドウ糖ではなくグルタミンが、ケトグルタル酸塩からオキサロ酢酸塩にTCAサイクルを時計方向に推進する主燃料であることを示す。
6.9.5 CMV感染細胞での中心的炭素代謝の流れの図式
[00975]図11は、ウイルス感染細胞における中心的炭素代謝の流れの図式を示し（図表の作成のためにCMVからのデータを使用したが、図表は高速に増殖するすべてのエンベロープウイルスに適用されるべきである）、ブドウ糖およびそれにより形成された代謝生成物は陰影付きで表示し、およびグルタミンおよびそれにより形成された代謝生成物は陰影なしで表示した。クエン酸塩は、グルタミンおよびブドウ糖の両方から炭素を受け取るが、リピド生合成を促進するのはブドウ糖の炭素である。
6.10 例10：細胞のウイルス感染に対する反応の統合的なメタボローム解析およびフラクソーム解析。
[00976]図12は、細胞のウイルス感染に対する反応の統合的なメタボローム解析およびフラクソーム解析の概要を提供し、これには、例えば、目的、代謝生成物および流束の測定方法、ウイルス感染が代謝の恒常性を混乱させるかどうかの分析、転写が関与しているかどうかの決定、ウイルス感染が解糖にどのように影響するかの分析（関連する代謝生成物の流速や濃度に関して）などが含まれる。本書に提示されたデータは、ウイルス感染が解糖を上方制御してリピド生合成を促進しうることを示す。こうして、ウイルス感染により誘発されたリピド生合成の遮断により、ウイルス複製が抑制されうる。
6.11 例11：HCMV複製の阻害におけるC75およびTOFAの用量反応。
[00977]初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、10% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で増殖させ、細胞1個当たり多重度3.0プラーク形成単位で感染させた。使用したHCMVは、ウイルス力価の決定を促進する緑蛍光タンパク質レポーターを保有していることを除外して、野生型ウイルスである。感染を、37°Cで1.5時間進行させた。この後、ウイルス種菌を吸引し、細胞を低pHクエン酸ナトリウム緩衝液で1回洗浄して未結合のウイルスおよび細胞表面に残ったウイルス粒子を不活性化した後、表示濃度のC75またはTOFAまたは等価の担体（DMSO）を含む新鮮なDMEM + 10% FBSを加える前にPBS緩衝液で1回洗浄した。感染した繊維芽細胞培養を、感染後72時間に細胞のおよび上澄材料の両方を回収して収穫し、およびウイルス力価をMRC-5細胞について標準的なプラーク評価法（緑蛍光を発するプラークによる）により決定した。図13に示すとおり、10 μg/mLのどちらの薬剤も、ウイルス複製をおよそ1 log減少させるのに適切であり、高い薬物濃度では、さらに顕著な効果を持つ。図13のエラーバーは、重複した測定の標準偏差を示す。
6.12 例12：HCMV複製の阻害におけるTOFAの用量反応。
[00978]初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、10% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で増殖させ、細胞1個当たり多重度3.0プラーク形成単位で感染させた。使用したHCMVは、ウイルス力価の決定を促進する緑蛍光タンパク質レポーターを保有していることを除外して、野生型ウイルスである。感染を、37°Cで1.5時間進行させた。この後、ウイルス種菌を吸引し、細胞を表示濃度のTOFAまたは等価の担体（DMSO）を含む新鮮なDMEM + 10% FBSを加える前にPBS緩衝液で1回洗浄した。感染した線維芽細胞培養を、感染後72時間に、放出されたウイルス（上澄中に存在）のみを回収して収穫し、およびウイルス力価をMRC-5細胞について標準的なプラーク評価法（緑蛍光を発するプラークによる）により決定した。図14に示すとおり、20 μg/mLのTOFAは、ウイルス複製をおよそ2 log減少させるのに適切であり、高い薬物濃度では、さらにより顕著な効果を持つ。図14のエラーバーは、重複した測定の標準偏差を示す。
6.13 例13：HCMVおよびインフルエンザAウイルスの複製に対するC75およびTOFAの効果。
[00979]HCMVを増殖するために、MRC-5線維芽細胞（ATCCから採取）を7.5%ウシ胎児血清および4.5 g/Lブドウ糖を含むダルベッコ変法イーグル培地（DMEM）中で培養した。ヒトサイトメガロウイルスによる感染は、BADwtにより実施したが、これはHCMVのAD169菌株の細菌人工染色体（BAC）クローンに由来するものである（『Giaever et al., Nature 418, 387 (Jul 25, 2002)』を参照）。BACを、ウイルス配列に全く欠失のないHCMVのゲノムに挿入し、BACに隣接するloxP部位での組み換えを媒介する同時形質移入したCREリコンビナーゼにより切除し、ウイルスのクローン内のloxP部位のみを残した。このクローンを多様な評価法で試験したが、常に野生型AD169表現型が示された。ウイルス力価は、MRC-5細胞に対する標準的なプラーク評価法により決定した。
[00980]インフルエンザAの増殖のために、メイディン・ダービー・イヌ腎臓上皮細胞（MDCK細胞）をATCCから採取し、7.5%ウシ胎児血清および4.5 g/Lブドウ糖を含むDMEM内で培養した。MDCK細胞を、0.2% BSA、0.01% CaCl2、0.01% MgCl2、1 μg/mlトリプシン（Worthington）および0.1% FBSを含むDMEM中でA/WSN/33インフルエンザ菌株（ATCC）で感染させた。ウイルス力価は、MDCK細胞に対する標準的なプラーク評価法により決定した。
[00981]図15A〜Bは、（A）HCMV（MOI = 3.0）および（B）インフルエンザA（MOI = 0.1）の複製に対するTOFA（10 μg/mL）、C75（10 μg/mL）および担体のみ（DMSO）の効果の対比を示す。これらの評価法において、C75またはTOFA（10 μg/mL）は、ウイルスを宿主細胞に加えるのと同時に加えた。HCMVによる感染を、96時間進行させた後、ウイルス粒子を回収し、プラーク評価法により計数した（図15A）。インフルエンザAについては、回収の前に感染を24時間進行させ、およびウイルス粒子を回収しプラーク評価法によりそれを計数した（図15B）。図15Aは、担体、TOFA（10 μg/mL）またはC75（10 μg/ml）（平均 + 標準誤差）の存在下での、高い感染多重度（multiplicity of infection）（MOI=3.0）の96時間後の感染性のHCMVウイルス粒子の生成を示す。図15Bは、担体、TOFA（10 μg/mL）またはC75（10 μg/ml）（平均 + 標準誤差）の存在下での、感染（MOI=0.1）24時間後の感染性のインフルエンザAウイルス粒子の生成を示す。図15A〜Bに示すとおり、10 μg/mL TOFAにより、1000倍を超えるHCMV複製の減少、および1000倍を超えるインフルエンザA複製の減少がもたらされた。10 μg/mL C75により、100倍を超えるHCMV複製の減少および10倍を超えるインフルエンザA複製の減少効果がもたらされた。
6.14 例14：未感染細胞とウイルス感染細胞を対比した、定量的な代謝生成物の濃度および流束の予想値を得るための実験および計算の統合
[00982]当例は、本書に記載した方法を使用して、また質量分析法および核磁気共鳴分光法を含む分析技術を使用して、未感染細胞およびウイルス感染細胞における代謝生成物の濃度および同位体の標識化パターンに関する多様なタイプのデータを収集する能力を土台としている。模範的な計算フレームワークの記述をまず説明し、次にフレームワークへのデータおよびHCMV感染について得られた結果の統合を説明する。一般的な実験および計算の体系を使用して、代謝におけるより多くおよび／または異なる要素の調査だけでなく、他の宿主細胞およびウイルスについての調査もすることができる。
[00983]中心炭素代謝の常微分方程式（ODE）モデルを図16に示した図表をもとに構築したが、これは流束バランスを維持するように記述された68個の微分方程式から構成される。モデルの方程式では、U-13C-ブドウ糖またはU-13Cグルタミン媒体の栄養補給による、代謝生成物の未標識の形態の損失（および特定の標識化された形態の生成）の早さを記述した。ブドウ糖とグルタミンの標識化の各ケースを記述するために別個の方程式を使用したが、両方の例で流束は同一であるものと仮定した。モデルに明示的に含まれる標識化された形態は、クエン酸塩（2個、3個、4個、または5個の13C-原子を持ち、それぞれが別々に処理）、ケトグルタル酸塩およびグルタミン酸塩（1個、2個、3個、または4個の13C-原子を持ち、それぞれが別個に処理）、およびリンゴ酸塩、オキサロ酢酸塩、およびアスパラギン酸塩（1個、2個、または3個の13C-原子を持ち、それぞれが別個に処理）がある。ブドウ糖栄養補給では、グルタミン栄養補給よりも、より有益なTCA成分の部分的標識化が得られるため、部分的に標識化された形態の明示的な治療は、当例においてはブドウ糖栄養補給に限定されるが、グルタミン標識化を含めることも可能である。部分的に標識化された形態間での反応は、関連する酵素の既知の作用に従い決定した（表10）。
[00984]このモデルは、12個の細胞内流束、2個の栄養素摂取率、2個の排泄率、および本書では実験的には直接測定しない4個の細胞内濃度（ブドウ糖、グルタミン、およびオキサロ酢酸塩、および解糖から分離されたヘキソース-リン酸塩プールの部分）といった、20個のパラメータで構成される。図11に示した追加的な細胞内流束により、上記の16の流束の一次結合に減った。
[00985]パラメータ（流束および未測定の濃度）は、費用関数で測定される、実験による観察とシミュレートした結果の間の差を最小にするパラメータ値を検索して探すグローバルインバージョンアルゴリズムにより特定した。この最小化は、Matthew Wall（Massachusetts Institute of Technology）によって記述された遺伝的アルゴリズムパッケージである「GAlib」に導入されている遺伝的アルゴリズム（GA）をもとにしたものである（『Wall, 1995; Feng and Rabitz, Biophys. J. 86:1270-1281 (Mar, 2004)』）。各パラメータの検索範囲（表11）は、先行する文献の知識と、広範にわたる範囲を使用した初期検索をもとに選択した。偽の感染およびウイルスのモデルの両方について同一の検索範囲を使用した。
[00986]GAは、自然選択と類似した機構により演算する。まず、パラメータセットの母集団を無作為に生成した。次に、各パラメータセットを、硬い（stiff）Gear積分回路を使用したODEのシステムの統合により、シミュレートした結果を生成するために使用した（例えば、『Hindmarsh, A. C., and L. R. Petzold, "Algorithms and Software for Ordinary Differential Equations and Differential-Algebraic Equations," Computers in Physics, 9, (1995), pp. 34-41』を参照、また『Lawrence Livermore National Lab Technical Report UCRL-JC-116619、April 1994』としても入手可能）。出力データがラボデータとどの程度一致していたかをもとに、適応度スコアをパラメータセットに割り当てた。次に、ラボデータに最も適合するパラメータセット（50%）を保持し、残りのデータセットは、以下の一致プロセスにより置き換えた。すなわち、パラメータセットの対を、適合度スコアに基づき確率論的に選択し、初代子孫におけるそれぞれのパラメータ値が、初代親から来たものである確率が56%、二代目の親から来たものである確率が24%、またあらかじめ定めた検索範囲からの無作為なパラメータ値（「突然変異」）を受ける確率が20%となるように、子孫パラメータセットの対（次世代の構成要素）を得た。その後、プロセスを繰り返した。
[00987]スコアリング関数により、以下の次元で、ラボの結果とシミュレートしたデータとの間の一致を評価した。（1）U-13C-ブドウ糖栄養補給のための速度論的フラックスプロファイリングデータ、（2）U-13C-グルタミン栄養補給のための速度論的フラックスプロファイリングデータ、（3）グルタミンおよびブドウ糖の摂取率測定値、（4）乳酸塩、アラニン、およびグルタミン酸塩の排泄率測定値、（5）1,2-13C-ブドウ糖栄養補給の後で、定常状態で1および2で標識化された炭素を持つ乳酸塩の断片、および（6）3-13C-ブドウ糖栄養補給の後で、定常状態で標識化されたTCA中間体の断片。さらに、負の値を一方向的にとるものとして知られる流束に非常に高いコストが払われていた（すべてのパラメータ検索範囲は正の値に限定されているが、一部の流束はそれ自体がパラメータとして入力されず、その代わりに、流束バランスの制約に基づき、2つ以上のパラメータ化された流束間の差として計算される）。追加的な制約がなされ、代謝の排出が生理学的に妥当なレートに制限され、すなわち、ブドウ糖-1-リン酸塩（例えば、糖タンパク質またはグリコーゲンへの）の消費は、解糖レートの20%に制限され、またアミノ酸の消費は、2 nmolのタンパク質／（プレートの細胞数×時間）に制限された（この限度は、ウイルス感染中のタンパク質生物量の純変化の直接測定に基づくもので、よって、特定のアミノ酸のレートは、総タンパクに占める特定のアミノ酸の断片的な存在に基づき推定された）。
[00988]これらそれぞれの成分の機能的形態を、表12にリストする。一般的なアプローチは、シミュレートした結果が実験データの信頼限界95%（±2標準誤差、SE）を外れた場合にのみ、コストペナルティを適用することであった。これは、毎回の実験測定について、シミュレートしたデータが信頼限界95%（このケースでは、スコア = 1）の範囲内に納まっているか、あるいはその限界の外（このケースではスコア = 偏差の絶対量 / 2 SE）にあるかを評価することによって達成されていた。
[00989]速度論的フラックスプロファイリングの実験では、上式で使用したSEは、所定の代謝生成物についてのすべての実験時点全体にわたる平均SEであった。この誤差の平均は、少数の試料数を考慮に入れるために実施されたものである。量の少ない種の、過剰適合を阻止するために、0.02 nmoleの最小誤差をすべての種に設定した。他の実験についての誤差の推定は、実験的な複製から直接設定した。動的な標識化データが入手できない代謝生成物は、スコアリング関数から除去した。モデルに同一数の標識化された炭素を持つ複数の種が含まれている代謝生成物では、ラボデータを比較するためにそれらの濃度を合計した。
[00990]3-13C-ブドウ糖栄養補給後の定常状態TCA標識化が関与する実験の目的は、ピルビン酸カルボキシラーゼおよびクエン酸シンターゼを通過してTCAサイクルに入る相対的流束を調べるためであった。実験データ（特に、クエン酸塩およびアスパラギン酸塩について（これらは同一であるべき）、またリンゴ酸塩について）を、所定の流束パラメータについて予測した状態安定の標識化断片と比較した。これらの予測は、定常状態TCA活性を記述する一次方程式の解に基づくものである。数学的には、それぞれの種について標識化されることが予測される断片は、以下のとおり記述される。
Figure 2010538968
流束およびXは、図16で定義したとおりである。標識化断片は、実験データからのものである。
[00991]流束を正確に抽出するに当たっての主な課題は、主な経路の最初の実行手順を通過する流束を正しく決定することである。これは、ほとんどの経路について、速度論的フラックスプロファイリングデータ（例えば、解糖についてはブドウ糖摂取、ペントースリン酸経路については1,2-13C-ブドウ糖標識化をブドウ糖摂取と組み合わせて）を超える特定のデータにより促進される。TCAサイクルへの流入については、3-13C-ブドウ糖データにより、ピルビン酸カルボキシラーゼおよびクエン酸シンターゼを経由した断片が与えられるが、絶対流束予想値も必要である。TCAサイクルに流入する合計炭素は、直接測定できないため、余分な重量（4倍の余分）は、未標識のクエン酸塩信号の減衰の5分および15分の時点に置いたが、これらの時点はブドウ糖からTCAサイクルに流入する全体的流束に関して一意的な情報が得られるためである。その他のスコアリング関数およびその他のタイプのデータを含めることも、実現可能であり、一定の状況において価値があると考えられる。ここで挙げた厳密な詳細は、単に模範的なものである。
[00992]それぞれの範囲についてのスコアを、加重平均で統合した。重みは、それぞれの代謝生成物の時間プロファイル（合計測定数8）が相互のデータ入力に対して等しい重みとなるようにした（例えば、ブドウ糖摂取測定、3-13C-ブドウ糖定常状態TCA標識化）。最終的スコアを、完全なスコアが1となるように、合計入力数（およびそれらの重み）により正規化した：
Figure 2010538968
[00993]上記のアプローチを、上述のデータタイプに適用し、本書で説明したとおりに、偽の感染細胞およびHCMV感染の線維芽細胞の両方について48 hpiで収集した。
[00994]代謝生成物の濃度を、HPLC-MS/MSにより直接測定した。培養液中の繊維芽細胞に、U-13C-ブドウ糖およびU-13C-グルタミンを1週間にわたり供給し、HCMV感染または偽の感染をさせた。代謝を急冷して、代謝生成物を「80：20＝メタノール：水」中、-80°C、48 hpiで、本書で説明したとおりに抽出した。内在性代謝生成物の断片的な標識化は、表7に示すとおりである。同様に標識化した感染細胞および偽の感染細胞も、表8に示す既知の濃度の代謝生成物の未標識形態を加えた溶剤で抽出した。標識化されたピーク高さ（標識化された細胞代謝物から得たもの）の未標識のピーク高さ（突出した標準物から主に得たもの）に対する比率を、標準濃度および細胞代謝物（表8）の標識化の範囲の知識と組み合わせて使用して、環線細胞および非感染細胞中の代謝生成物の絶対量を決定した。多数の細胞代謝物は、HCMV感染に伴い濃度が著しく増加した。これらの代謝生成物の一部（例えば、クエン酸塩）の増加は、ウイルスによる脂肪酸生合成に関連したプロセスの増強を示唆するものであった。
[00995]速度論的フラックスプロファイリング（KFP）研究からのデータを、表8にある濃度を、KFP作業で観察された代謝生成物の断片的な標識化で乗算して、標識化された種および未標識の種の絶対濃度に変換した（例えば、未標識分の絶対濃度 = 表8の代謝生成物の絶対濃度×KFP研究による未標識分のピーク振幅 /（KFP研究による未標識分およびすべての標識化された形態のピーク振幅の合計）。
[00996]反復的なKFP実行、代謝生成物の流入および流出を決定する反復的な実験、および1,2-13C-ブドウ糖標識化および3-13C-ブドウ糖標識化の反復的な研究からのデータを使用して、上述のとおりGAにより細胞内代謝流束を決定した。合計20回の独立したGAランをHCMV-感染細胞からのデータについて実施し、また、偽の感染細胞からのデータを使用して、匹敵する回数実施した。実験データと最も一致する100流束セットをこれらの計算的実行から収集した。それらのセットの各流束についての中央値、最大値および最小値は、表9に報告したとおりである。明らかに、多様な流束が、ウイルスによって実質的に上方制御される。これらには、ヌクレオチド生合成への流束（ペントース-PからATP、GTP、UTP、またはCTPへ、最高2.5倍）および脂肪酸合成への流束（クエン酸塩からマロニル-CoAへ、最高20倍）が含まれる。ウイルスによるマロニル-CoAフラックスの著しい度合いの上方制御は、ウイルス感染治療のための脂肪酸合成を標的とした治療薬の一意の値を示すものであった。
[00997]こうして、表8および表9に提供した、ウイルスにより強力に上方制御されている流束は、これらの流束により非感染性の細胞に有害な影響を及ぼすことなく阻害しうる範囲において、抗ウイルス療法のための望ましい標的となりうる。脂肪酸合成の阻害および関連するプロセス（例えば、伸長、不飽和化、コレステロール合成）は、一般に哺乳類では十分な許容性をもつ。従って、これらのプロセスの阻害は、単独または組み合わせて、ウイルス感染治療の価値ある手段である。
[00998]以下の表7には、13C-ブドウ糖および13C-グルタミンを含む培養液中での線維芽細胞の増殖に伴う、中心炭素代謝生成物の標識化の割合を示す。線維芽細胞は、48時間にわたり偽の感染またはHCMV感染させた。
Figure 2010538968
[00999]以下の表8は、偽の感染またはHCMV感染した線維芽細胞中の代謝生成物濃度（nmols/10 cm線維芽細胞プレート）を示す。
Figure 2010538968
[001000]以下の表9は、偽の感染およびHCMV感染中の中心炭素代謝の代謝流束値を示す。
Figure 2010538968
[001001]下記の表10で、第3列のクエン酸塩は、第1列および第2列にリストしたオキサロ酢酸塩（OAA）およびアセチル-補酵素A（AcCoA）から生成したものである。第4列のマロニル補酵素A（MalCoA）、および第5列のリンゴ酸塩およびOAAは、第3列のクエン酸塩から、クエン酸リアーゼを経て生成したものである。第6列のケトグルタル酸塩（KG）は、第3列のクエン酸塩から、イソクエン酸塩脱水素酵素を経て生成した。第7列のリンゴ酸塩およびOAAは、第6列のケトグルタル酸塩から、TCAサイクルの時計方向の反応を経て生成した。表本体の数値およびギリシャ文字は、標識化された炭素の位置を示す。
Figure 2010538968
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Figure 2010538968
Figure 2010538968
6.15 例15：ACC阻害剤によるB型肝炎ウイルス（HBV）の阻害
[001002]セクション5.4および5.5で考察したとおり、非常に多様な評価法を採用して、ウイルス感染に対する化合物の潜在的な療法効果を測定することができ、これには、個別のウイルスのプロセスの評価法、ウイルス成分、粒子、または感染性の子孫の生成の評価法、培養した細胞または動物内でのウイルスの伝播の評価法、または感染した動物内のウイルス病原体の評価法などが含まれる。HBVは、ヒトにおいて重篤な生命にかかわる慢性病の原因となる。ACC阻害剤のHBV複製に対する効果を評価するために実施できる1つの非限定的な評価法の例は、以下のとおりである。セクション5.4で述べたとおり、HepG2-2.2.15（『Sells et al., PNAS 84, 1005-9, 1987』）は、HBV ayw菌株ゲノムを含む安定した株細胞である。ウイルスの複製および放出の任意の手順を遮断する化合物は、これらの細胞内で評価できる（『Korba & Milman, Antiviral Res. 15:217-28, 1991』）。ACC阻害剤、例えば、TOFAは、様々な濃度（1、3、10、30、90 μ/ml）で、血清を含まない媒体または血清を含む媒体内で維持されたHepG2-2.2.15細胞培養に加える。ACC阻害剤を含んだ媒体は、24時間ごとに取り替え、また培養液試料を、薬物治療後、24時間、48時間、72時間または96時間で取り出し、リアルタイム定量的PCRにより細胞外のウイルス性DNAの存在について評価する。細胞外のウイルス性DNAの量の減少、またはACC阻害剤での治療期間中のその蓄積の遅れは、抗HBV活性を示すものである。ニュートラルレッド染料の摂取は、試料が採取されるたびに、複製培養における相対的毒性レベルの決定に使用される。ラミブジン（3TC）は、細胞外のHBV DNA生成の阻害についての評価法の正の対照として使用される（『Korba & Gerin, Antivir.Res.19:55-70,1992』）。模範的な評価法において、ラミブジンにより、その典型的な抗HBV効果が生じる。担体（DMSO）が、細胞外のHBV DNAの生成を変化させることはない。3 μg/mLのTOFAにより、細胞外のHBV DNAに少量であるが、統計的に有意な減少が生じる。10 μg/mLのTOFAにより、細胞外のHBV DNAの生成において最高10倍の減少（最高3〜最高30倍の範囲）が生じる。30 μg/mLのTOFAでは、細胞外のHBV DNAの生成が著しく損なわれ、10倍を超える効果があり、一部のケースでは100倍を超えることもある。90 μg/mLのTOFAでは、細胞外のHBV DNAの生成がほぼ完全に遮断されるが、一部の未感染の宿主株細胞にマイナスの影響もある。
6.16 例16：ACC阻害剤によるC型肝炎ウイルス（HCV）の阻害。
[001003]セクション5.4および5.5で考察したとおり、非常に多様な評価法を採用して、ウイルス感染に対する薬物の潜在的な療法効果を測定することができ、これには、個別のウイルスのプロセスの評価法、ウイルス成分、粒子、または感染性の子孫の生成の評価法、培養した細胞または動物内でのウイルスの伝播の評価法、または感染した動物内のウイルス病原体の評価法などが含まれる。HCVは、ヒトにおいて重篤な生命にかかわる慢性病の原因となる。HCVは、フラビウイルス科の構成種であり、プラス鎖RNA（mRNAの意味）をそのウイルス粒子にパッケージする。数多くのプラス鎖RNAウイルスが、感染細胞内の特有の細胞の薄膜部位で、そのゲノムを複製することが示されてきており（『Sagan et al., Biochem. Cell Biol. 84, 67-79, 2006』、およびその参考資料）、細胞内部でのリピド生合成および組成物を調節する薬物に対して感応性があることが予測されうる。ところが、注目すべきことに、プラス鎖RNAウイルスは試験され（コクサッキーB3ウイルス）、ACC阻害剤TOFAに対して非感受性であることが報告されてきた（『Rassmann et al., Antiviral Res. 76, 150-8, 2007』）。TOFAは、HCVレプリコンを含むHuh-7細胞において、HCV複製を適度にのみ（約3倍）抑制することが報告されてきており（『Kapadia & Chisari, PNAS 102, 2561-6, 2004』）、阻害のレベルは、TOFAがHCV疾患で療法効果を提供するとは示唆していない。ところが、重要なことに、単一の低用量のTOFA（5 microg/ml）で試験されただけである。より高い完全度でHCV複製に対するACC活性を抑制する、より高いTOFA用量の効果を評価するために実施できる1つの非限定的な評価法の例は、以下のとおりである。セクション5.4で述べたとおり、安定したルシフェラーゼ（LUC）レポーターを持つHCV RNAレプリコンを含むHuh7 ET細胞は、HCVに対する抗ウイルス活性を持つ化合物の評価に使用できる（『Krieger et al. Virol., 2001, 75, 4614-24』）。LUCレポーターの活性は、HCV RNAレベルに正比例し、また正の対照群である抗ウイルス化合物は、LUCエンドポイントとRNAエンドポイントのどちらを使用しても同等に作用する。TOFAは、様々な濃度（1、3、10、30、90 μg/ml）で、血清を含まない媒体または血清を含む媒体内で維持されたHuh7 ET細胞培養に加える。薬物を含んだ媒体は、24時間ごとに取り替え、細胞抽出物を準備し、LUC活性をTOFA治療の開始後、24時間、48時間、72時間および96時間で評価する。薬物を受けていない細胞と比較した、薬物治療した細胞でのLUC活性の低下は、抗ウイルス活性を示すものである。LUC評価法がHCVレプリコンの阻害に応答することを確認するために、ヒトインターフェロン-α 2bなどの正の対照群が採用され、また、毎回試料を収穫するたびに、複製培養における相対的毒性レベルを決定するために、ニュートラルレッド染料の摂取が使用される。10 μg/mLのTOFAにより、最高10倍のLUC活性の低下が得られるが、これは、TOFAはHCV病における療法効果を提供しないと示唆した先行文献で見られたよりも大きな効果である。30 μg/mLのTOFAにより、著しいLUC活性の低下が得られ、一部の実験では100倍以上に達する。10 μg/mLと30μg/mLのどちらでも、TOFAによって細胞のニュートラルレッド染料の摂取は得られず、これは宿主細胞毒性がないことを示す。ACC活性の阻害に必要な用量に匹敵する用量でのその他のACC阻害剤での治療により、類似した効果が得られる。
6.17 例17：ACC阻害剤による西ナイルウイルス（WNV）またはデング熱ウイルス（DV）複製の阻害。
[001004]セクション5.4および5.5で考察したとおり、非常に多様な評価法を採用して、ウイルス感染に対する薬物の潜在的な療法効果を測定することができ、これには、個別のウイルスのプロセスの評価法、ウイルス成分、粒子、または感染性の子孫の生成の評価法、培養した細胞または動物内でのウイルスの伝播の評価法、または感染した動物内のウイルス病原体の評価法などが含まれる。WNVおよびDVは、プラス鎖RNAウイルスのフラビウイルス科の構成種で、ヒトにおける重篤な病気の原因となる。WNVおよびDVの複製に対するACC阻害剤の効果を評価するために実施できる1つの非限定的な評価法の例は、以下のとおりである。ACC阻害剤TOFAは、様々な濃度で（1、3、10、30、90 μg/ml）、血清を含まない媒体または血清を含む媒体に維持したWNV感染のまたはDV感染のVeroサル腎臓細胞培養に加える。薬物を含んだ媒体は、24時間ごとに取り替え、また培養液試料を、薬物治療後、24時間、48時間、72時間または96時間で取り出し、リアルタイム定量的RT-PCRにより細胞外のウイルス性RNAの存在について評価する。細胞外のウイルスRNAの量の減少または薬物治療期間中の細胞外のウイルスRNAの蓄積の遅れは、抗WNVまたは抗DVの活性を示すものである。ニュートラルレッド染料の摂取は、試料が採取されるたびに、複製培養における相対的毒性レベルの決定に使用される。20 μg/mLのTOFAにより、細胞外のウイルスRNA蓄積の最高10倍、時にはこれより大きな低下が得られる。また、細胞外のウイルスRNAの蓄積は、未治療の細胞と比べて遅くもなる。
6.18 例18：ACC阻害剤によるエイズウイルス1型（HIV-1）の阻害
[001005]セクション5.4および5.5で考察したとおり、非常に多様な評価法を採用して、ウイルス感染に対する薬物の潜在的な療法効果を測定することができ、これには、個別のウイルスのプロセスの評価法、ウイルス成分、粒子、または感染性の子孫の生成の評価法、培養した細胞または動物内でのウイルスの伝播の評価法、または感染した動物内のウイルス病原体の評価法などが含まれる。HIV-1は、エイズ症候群の原因物質である。HIV-1複製に対するACC阻害剤の効果を評価するために実施できる1つの非限定的な評価法の例は以下のとおりである。ACC阻害剤TOFAは、様々な濃度（1、3、10、30、90 μg/ml）で、10%ウシ胎児血清を含む媒体中に維持したHIV-1菌株IIIB（『Popovic et al., Science 224, 497-500, 1984』）に感染したC8166細胞、HIV-1の複製に許容的なリンパ系株細胞（『Somasundaran & Robinson, Science 242, 1554-7, 1988』）に加える。薬物を含んだ媒体は、24時間ごとに取り替え、また培養液試料を、薬物治療後、24時間、48時間、72時間、96時間、120時間または144時間で取り出し、リアルタイム定量的RT-PCRにより細胞外のウイルス性RNAの存在について、またはELISAによりHIV p24の存在について評価する。薬物治療期間中の、細胞外のウイルスRNAまたはp24抗原の量の減少、または細胞外のウイルスRNAまたはp24の蓄積の遅延は、抗HIV-1活性を示すものである。毎回試料を収穫するたびに、複製培養における相対的毒性レベルを決定するために、ニュートラルレッド染料の摂取が使用される。
6.19 例19：ACC阻害剤によるポックスウイルスおよびワクシニアウイルス（VV）の複製の阻害。
[001006]セクション5.4および5.5で考察したとおり、非常に多様な評価法を採用して、ウイルス感染に対する薬物の潜在的な療法効果を測定することができ、これには、個別のウイルスのプロセスの評価法、ウイルス成分、粒子、または感染性の子孫の生成の評価法、培養した細胞または動物内でのウイルスの伝播の評価法、または感染した動物内のウイルス病原体の評価法などが含まれる。VVは、オルソポックス科のウイルスの構成種で、痘瘡ウイルス（天然痘ウイルス）のモデルとして研究されている。自然の痘瘡感染は、ワクチン接種によって除去されてきたが、生物兵器としての痘瘡の利用についての懸念がでてきている。痘瘡の複製に対するその効果を予測しうる、VV複製に対するACC阻害剤の効果を評価するために実施できる1つの非限定的な評価法の例は以下のとおりである。ACC阻害剤TOFAは、様々な濃度で（1、3、10、30、90 μg/ml）、血清を含まない媒体または血清を含む媒体に維持したVV（変性ワクシニアウイルスアンカラ菌株）感染のBHK-21ハムスター腎臓細胞培養に加える。薬物を含んだ媒体は、24時間ごとに取り替え、また培養液と細胞の試料を、薬物治療後、24時間、48時間、72時間または96時間で取り出し、細胞を培養液中で溶解させ、可溶化液をリアルタイム定量的RT-PCRによりウイルス性DNAの存在について評価する。薬物治療期間中のウイルス性DNAの量の減少またはウイルス性DNAの蓄積の遅れは、抗VV活性を示すものである。毎回試料を収穫するたびに、複製培養における相対的毒性レベルを決定するために、ニュートラルレッド染料の摂取が使用される。
6.20 例20：ACC阻害剤およびHMG-CoAレダクターゼ阻害剤の組み合わせによるHCMV、インフルエンザA、HIV-1、HBVまたはHCVの阻害の改善。
[001007]スタチンは、3-ヒドロキシ-3-メチルグルタリル-CoA（HMG-CoA）レダクターゼの拮抗阻害剤で、メバロン酸塩およびコレステロールの合成において機能する。様々なスタチンが、特定のウイルスの複製サイクルに部分的に干渉することが判明している。例えば、フルバスタチンは、培養した内皮細胞でのHCMV複製を部分的に抑制しえ（『Potena et al., Circulation 109, 532-6, 2004』）、ロバスタチンは、Huh-7細胞中のHCVレプリコンの複製を部分的に抑制しうる（『KapadiaおよびChisari, PNAS 102, 2561-6, 2005』、『Sagan et al., Biochem. Cell Biol. 84, 67-79, 2006』）。ロバスタチンは、感染性HBV粒子の生成の阻害はしないが、HBVの表面抗原HBsAgの分泌を抑制するが、これは、感染した個体で大量に生成され、またHBV病原性への影響が考えられる（『Lin et al., Virology 314, 253-60, 2003』）。面白いことに、インフルエンザAウイルスの増殖および／または複製を損なうスタチンの潜在性は、これまでに示唆されていないが、スタチンを受けている患者では、呼吸性病気の発生やインフルエンザ流行中の死亡は可能性が高くないと見られる（『Hak et al. 16th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Nice, abstr.、http://www.blackwellpublishing.com/eccmid16/abstract.asp?id=49073, 2006』）。上記のとおり、本発明の一実施態様には、スタチン療法に対する感応性があるとはこれまでに認識されていなかった、インフルエンザAおよびその他のウイルスを治療するためのHMG-CoAリダクターゼ阻害剤の使用が関与する。当例は、ウイルスの複製および蔓延を拮抗する、スタチンおよびACC阻害剤を組み合わせた使用に関連する。こうした組み合わせには多くの理論的根拠がある。こうした理論的根拠の非限定的な例には、下記が含まれる。両方の酵素は、リピド代謝において、ACCは脂肪酸合成について律速反応を触媒し、またHMG-CoAレダクターゼは、メバロン酸経路における主な手順を触媒するという具合に機能する。どちらの酵素も、アセチル-CoAをリピド合成のための基質として利用し、どちらの酵素も、タンパク質の修飾のための脂質を生成する経路において重要な役割を果たし（例えば、ACC：パルミトイル化、HMG-CoA レダクターゼ：プレニル化）、またどちらの酵素も、AMP活性化タンパク質キナーゼによりリン酸化されおよび不活性化される。ACC阻害剤とスタチンの組み合わせの、HCMV、インフルエンザA、HBV、またはHCVの複製に対する効果を評価するために実施しうる評価法の非限定的な例には、以下がある。HCMV感染のヒト線維芽細胞、インフルエンザA感染MDCK細胞、HIV-1感染C8166細胞、HBVを生成するHepG2-2.2.15細胞、およびHCV RNAレプリコンを含むHuh7 ET細胞を使用した、TOFA媒介の抗ウイルス活性についての評価法については、本書で説明してきた。それぞれの評価法において、TOFAの様々な濃度を、様々な濃度のロバスタチンと組み合わせることができ、ウイルス複製に対するその効果を評価できる。ロバスタチンは、そのラクトンプロドラッグ形態からその活性の形態に変換することにより、この評価法での使用の前に活性化する必要がある。好ましい一実施態様において、TOFAの用量が増加したとき、生理学的濃度のロバスタチンは一定に保たれる。対照培養液は、薬物なし、ロバスタチン単独またはTOFA単独の様々な濃度で処理する。試料は、薬物治療の開始後、24時間、48時間、72時間および96時間で摂取された。次に、ロバスタチンと各濃度のTOFAの抗ウイルス効果を、ロバスタチン単独またはTOFA単独の様々な濃度の活性と比較する。ニュートラルレッド染料の摂取を、試料が採取されるたびに、複製培養における相対的毒性レベルの決定に使用できる。ウイルスの増殖および／または複製を10倍減少させるために必要なTOFAの濃度が、治療的に有効な濃度の活性形態のロバスタチンの存在により、2倍、また時にはそれ以上減少する。
6.21 例21：ACC阻害剤およびCox阻害剤の組み合わせによるHCMV複製の阻害の改善。
[001008]シクロオキシゲナーゼ2（Cox2）は、HCMVによる線維芽細胞の感染後、強力に誘発され、プロスタグランジンE2合成は、感染後に強力に誘発され、またCox阻害剤の非生理的濃度は、抑制する HCMV複製を抑制しうる（『Zhu et al., PNAS 99, 3932-3937, 2002』）。Cox阻害剤は、第二のメッセージの役割を果たし、非常に広範囲の細胞および組織において生理学的反応を誘発するリピド化合物であるプロスタグランジンの生成を遮断する。ACC阻害剤およびCox阻害剤の組み合わせの有益な抗ウイルス効果についての理論的根拠の非限定的な例は、アラキドン酸に対するCOX作用によりeicosinoidが合成されたという事実から、以下のとおりである。アラキドン酸は、食事および脂肪酸合成により得られ、従って、その利用可能性は、ACC活性による影響を受ける。ACC阻害剤とCox阻害剤の組み合わせのHCMV複製に対する効果を評価するために実施できる評価法の非限定的な例は、以下のとおりである。HCMV感染のヒト線維芽細胞を使用したTOFA媒介の抗ウイルス活性の評価法は、本書に記載されている。それぞれの評価法において、TOFAの様々な濃度を、様々な濃度のインドメタシンと組み合わせ、ウイルス複製に対するその効果を評価できる。好ましい一実施態様において、生理学的濃度のインドメタシンは、TOFAの用量が増加しても、一定が保たれる。対照培養液を、薬物なし、インドメタシン単独またはTOFA単独の様々な濃度で処理する。試料は、薬物治療の開始後、24時間、48時間、72時間および96時間で摂取した。次に、インドメタシンと各濃度のTOFAの抗ウイルス効果を、インドメタシン単独またはTOFA単独の様々な濃度の活性と比較する。ニュートラルレッド染料の摂取は、試料が採取されるたびに、複製培養における相対的毒性レベルの決定に使用される。薬理学的に許容可能な濃度のインドメタシン（苦痛の治療のためにFDA認可の薬物投与を使用する患者で達成される一般的な血漿レベルに等しい）の存在下で、HCMV複製の10倍の減少をするために必要なTOFAの濃度は、最高10 μg/mL〜≦ 5 μg/mLの範囲で著しく減少する。10 μg/mLのTOFAにより、療法効果の程度は、インドメタシン不在下での最高10倍から、存在下での最高100倍にまで増加する。TOFAとインドメタシンの組み合わせ使用では、ニュートラルレッド染料評価法によって測定される宿主細胞の毒性は増大しない。その他のCox2阻害剤およびその他のACC阻害剤について、類似した結果が得られる。
6.22 例22：HCMV感染の線維芽細胞のメタボロームに対するTOFAの効果は、アセチル-CoAカルボキシラーゼ（ACC）の、そしてそれによる脂肪酸合成の効果的な遮断を示す。
[001009]初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、7.5% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で増殖させ、細胞1個当たり多重度3.0プラーク形成単位で感染させた（対照細胞は、ウイルス感染ではなく、偽の感染をさせた）。ウイルス吸着から2時間後、37oCで、ウイルス種菌を吸引し、細胞を低pHクエン酸ナトリウム緩衝液（40mMクエン酸ナトリウム、10 mM KCl、135 mM NACl、pH 3.0）で1回洗浄し、未結合のウイルスを不活性化した後、PBS緩衝液で1回洗浄した。次に、偽の感染細胞を、48時間増殖媒体（+ DMSO媒体）に戻した。HCMV感染細胞を、48時間増殖媒体（+ DMSO媒体）またはTOFA（20 μg/mL）を含む増殖媒体に戻した。48時間の培養期間の終わりの時点で（HCMV感染細胞内での最大のウイルス複製の時点）、増殖媒体を吸引し、-70°Cの80：20＝メタノール：水で即座に置き換えた。代謝生成物をメタノール：水および試料に抽出し、LC-MS/MSにより、本書に記載した多様な代謝生成物について分析した。非常に参考になる細胞内代謝生成物4種の結果を図17に示す。
[001010]マロニル-CoAは、ACCの直接的な生成物である。その濃度は、HCMV感染により最高8倍増加する。TOFAをHCMV感染細胞に加えることで、マロニル-CoA濃度が、検出限界より下まで低下する。このマロニル-CoAの大きな低下は、TOFAによるACCの効果的な阻害と一貫するものである。
[001011]脂肪酸シンターゼは、マロニル-CoAを、成長中の脂肪酸鎖に加えるための基質として使用する。いったん追加されると、これら2個の炭素単位は、NADPHにより2回還元される必要がある。図Aに示すとおり、HCMV感染細胞におけるNADPHレベルは、偽の感染細胞におけるものよりも低く、ウイルス誘発された脂肪酸生合成による急速なNADPH消費と一貫するものである。TOFAにより、ウイルス感染細胞においてNADPH濃度が著しく増大し、これはNADPHを消費する還元手順の上流での脂肪酸生合成を停止させることによる、そのNADPH消費の間接的な遮断と一貫するものである。NADP+レベルは、NADPHとは反対の傾向に従い、ウイルス感染時には上昇し、TOFA治療で下降し、TOFAによるNADPH利用（およびそれによるNADP+の生成）の間接的な遮断と一貫するものである。
[001012]クエン酸塩は、2つの炭素単位をミトコンドリアからサイトソルへ移動させる役割を果たし、そこでACCによって利用される。クエン酸塩濃度は、HCMV感染により増大し、HCMVがクエン酸塩移動の活性を増加させることと一致する。TOFAは、ACCを妨害し、それによってクエン酸塩の利用を妨害することにより、ウイルス感染細胞内のクエン酸塩濃度のさらに大幅な増加につながった。
6.23 例23：構造的に多様なアセチル-coAカルボキシラーゼ（ACC）阻害剤によるHCMV複製の遮断
[001013]図18に提示したCP-640186（セクション5.2の構造VIを参照）、CP-610431（セクション5.2の構造VIを参照）、および化合物8a（セクション5.2の構造XXIVbを参照）などの二重ACC1/ACC2阻害剤でも、HCMV複製をそれぞれおよそ50倍、50倍、および100倍抑制することができる。例えば、『Harwood et al., J. Biol. Chem. 2003 278:37099-37111』、『Clark et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007 17:1961-1965』、および『Gu et al., J. Med. Chem. 2006 49:3770-3773』を参照。
[001014]図19に提示した化合物7a（セクション5.2の構造XXIVa3を参照）、化合物8b（セクション5.2の構造XXIVbを参照）、および化合物9c（セクション5.2の構造XXIVa1を参照）などの選択的なACC2阻害剤でも、HCMV複製をそれぞれおよそ40倍、100倍、および100倍を上回って抑制することができる。例えば、『Harwood et al., J. Biol. Chem. 2003 278:37099-37111』、『Clark et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007 17:1961-1965』、および『Gu et al., J. Med. Chem. 2006 49:3770-3773』を参照。
[001015]図20は、図18および図19に提示したACC阻害剤化合物7b、8a、8bおよび9cから得られた実際の結果の棒グラフを示す。図20の棒グラフを作成するために使用した生データを表13に示す。
Figure 2010538968
Figure 2010538968
[001016]手短に言えば、図20および表13および表14に記載した実験は、以下のとおり遂行した。初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、7.5% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で増殖させ、ACC阻害剤または媒体対照（DMSO）の存在下で、細胞1個当たり多重度3.0プラーク形成単位で感染させた。ウイルス吸着から2時間後、37°Cでウイルス種菌を吸引し、細胞を低pHクエン酸ナトリウム緩衝液（40mMクエン酸ナトリウム、10 mM KCl、135 mM NACl、pH 3.0）で1回洗浄し、未結合のウイルスを不活性化した後、ACC阻害剤または対照媒体を含む増殖媒体を加える前にPBS緩衝液で1回洗浄した。感染した線維芽細胞培養を感染後72時間で収穫し、およびウイルス力価をMRC-5細胞について標準的なプラーク評価法により決定した。表13および表14に示すとおり、ACC2アイソザイムに特異的な化合物を含めて試験したすべてのACC阻害剤は、HCMV複製の遮断に効果的であった。表13において、すべての結果は単一の実験から収集した。表14において、結果は、各実験日について報告された別個の培養液管理および対照媒体の結果を持つ2つの独立した実験（空白行で区切った）からのものである。
[001017]多様なACC阻害剤の宿主細胞に対する毒性は、細胞ローン目視検査のおよびニュートラルレッド生存能力評価法により決定した。ニュートラルレッド評価法により上記で試験した濃度ではどの阻害剤についても、毒性の証拠となるものは見られなかった。目視検査では、CP化合物で、CP31（CP610431）がCP86（CP640186）よりもいくらか大きな効果を持つことのほかは、細胞形態の薬物性変化の証拠は示されなかった（これらの化合物についてのニュートラルレッド評価法は、試験した濃度でのDMSO対照からは区別できなかった）。
6.24 例24：HCMV感染により上方制御される代謝生成物の高分解能質量分析法を使用した特定
[001018]ウイルス感染により上方制御された代謝系路を見つける別の非限定的なアプローチは、不偏性の高分解能質量分析法による分析に基づく。例えば、こうした分析は、下記のとおり採用される。
[001019]初代線維芽細胞（MRC-5細胞）を、7.5% FBSを含むDMEM（高ブドウ糖）中で培養し、集蜜させた。次に、細胞を、血清を含まないDMEM（高ブドウ糖）に切り替え、培養液内に3〜5日間維持した。その後、細胞を細胞1個当たり3.0プラーク形成単位の多重度で感染させた（対照細胞は、ウイルス感染ではなく、偽の感染をさせた）。ウイルス吸着から2時間後、37oCでウイルス種菌を吸引し、細胞を低pHクエン酸ナトリウム緩衝液（40mMクエン酸ナトリウム、10 mM KCl、135 mM NACl、pH 3.0）で1回洗浄し、未結合のウイルスを不活性化した後、PBS緩衝液で1回洗浄した。次に、細胞をDMEM（高ブドウ糖）に戻し、急冷により様々な時点でメタボローム試料を収集し、本書に記載したとおり、低温のメタノール：水中で抽出した。結果的に生じる抽出物を次に、液体クロマトグラフィー-高分解能質量分析法を用いて、フルスキャンモードによりオービトラップ装置上で分析した（TOF装置を使用しても類似した結果が得られる）。結果の生データを、ウイルス感染で著しく増加したLC-MS/MSピークについて検査した。こうしたピークは、その生成がウイルスによって増加した可能性の高い代謝生成物を示し、よって、その生成経路の阻害が抗ウイルス効力を持つ可能性が高いことを示す。図21に提示したとおり、こうしたピークの1つはm/z 174にあった。正確な質量の分析により、分子式C6H8NO5 が特定されたが、これは、C6H9NO5の脱プロトン化分子イオンに該当する。式C6H9NO5は、アスパラギン酸塩とアセチル-CoAの反応により形成されるアスパラギン酸の誘導体であるN-アセチル-アスパラギン酸塩を含む化合物と一致することが分かった（これは、HCMVにより誘発された脂肪酸生合成において重要な役割も果たす）。N-アセチル-アスパラギン酸塩としての同定は、LC保持時間が精製標準品およびMS/MS分析と一致したことに基づき確認された。N-アセチル-アスパラギン酸塩は、脳内に二番目に最も多く含まれる化合物で（グルタミン酸塩の次に）、および流体バランスおよびエネルギー代謝において重要な役割を果たす。N-アセチル-アスパラギン酸塩は、HCMVにより誘発された巨大細胞内での役割を果たすことがあり、その生成の阻害により、このプロセスおよびHCMV複製が妨害されうる。N-アセチル-アスパラギン酸塩は、HCMV感染細胞における2-炭素移行反応またはエネルギー代謝においても不可欠な役割を果たしうる。
6.25 例25：抗ウイルス薬としてのホスホイノシチド3-キナーゼの阻害剤。
6.25.1 クラスIIIのホスホイノシチド3-キナーゼである3-メチルアデニンによるHCMV複製の阻害。
[001020]ホスファチジン酸は、グリセロールバックボーンから構成され、飽和脂肪酸が炭素-1に結合され、不飽和脂肪酸が炭素-2に結合され、およびリン酸基が炭素-3に結合されている。ホスファチジルイノシトール[PI]は、本質的に、そのリン酸基を介してイノシトールに連結された、ホスファチジン酸バックボーンから構成されているリン脂質である。重要なことに、PIの生成は、脂肪酸の利用可能性に依存する。
[001021]ホスホイノシチド3-キナーゼ[PI(3)K]は、ホスホイノシチドのイノシトール環をリン酸化するキナーゼの1系統である。ヒト液胞タンパク質選別34 [hVps34]としても知られているクラスIII PI(3)Kは、PIのイノシトール環で3’-ヒドロキシル基をリン酸化し、PI(3)Pを生成する。
[001022]3-メチルアデニンは、クラスIIIのPI(3)Kを抑制し（『Petiot et al., J Biol Chem 275, 992-998, 2000』）、またヒトサイトメガロウイルスの複製も抑制する（図22）。この観察は、酵素、クラスIIIのPI(3)K、およびその生成物PI(3)Pは、効率的なヒトサイトメガロウイルス子孫の生成にとって重要であることを示すものである。こうして、クラスIIIのPI(3)Kの阻害剤は、新規の抗ウイルス薬となりうる。特定の実施態様において、本書に記載したウイルス感染を治療する方法は、ウイルス感染に罹患した哺乳動物においてクラスIIIのPI(3)Kを抑制することから構成される。クラスIIIのPI(3)Kを抑制する化合物の非限定的な例には、3-メチルアデニンがある。
[001023]図22に提示した結果は、以下のとおり簡略的に説明した実験から得られた。すなわち、線維芽細胞を多重度0.01 pfu/細胞で、メチル3-アデニン（5 mM）の存在下または不在下でHCMVで感染させ、媒体を感染後の表示した時点で感染性ウイルスについて評価した。
6.25.2 イノシトールを含む化学種を隔絶することによるウイルス複製の阻害。
[001024]PI(3)Pは、FYVE（SEQ ID NO: 55）ドメインを含むタンパク質との相互作用による薄膜の輸送など、複数の細胞内の過程を制御する。タンデム型FYVE（SEQ ID NO: 55）ドメインを含むポリペプチド（『Gillooly et al., EMBO J. 19:4577-4588, 2000』）を、細胞に導入したところ、ヒトサイトメガロウイルス感染の遅延相で生成される細胞質小胞の生成が遮断されることが分かった。これらの小胞の出現は、感染性ウイルスの生成と関連がある。特定の理論に一切束縛されることなく、1つの解釈は、FYVEドメインは、PI(3)Pの隔絶であり、タンパク質とのその相互作用および感染性ウイルスの生成に必要な小胞の生成が阻止されるということである。この観察は、PI(3)Pに結合され、またそれによってその通常の機能を遮断する薬剤は、新規の抗ウイルス薬としての作用をしうることを示すものである。こうして、一定の実施態様において、本書に記載したウイルス感染を治療する方法には、PI(3)Pの隔絶が関与する。PI(3)Pを隔絶する薬剤の非限定的な例には、1つ以上のFYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフを含むペプチドまたは化学的に変性したペプチド、これには、エイズウイルス1型（HIV-1）Tatタンパク質の細胞-薄膜形質導入領域（アミノ酸配列：YGRKKRRQRRR（SEQ ID NO: 56）またはその部分集合またはその拡張版）などといった、細胞形質導入領域のあるFYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフを含むペプチドが含まれる。その他の細胞-薄膜形質導入領域は、当該技術ではよく知られており、また抗ウイルス治療薬の設計においてFYVE（SEQ ID NO: 55）配列（その複数の反復体または変異体を含む）と、またはPI(3)Pを隔絶するその他の配列と組み合わせることができる。FYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフ（細胞薄膜形質導入領域のあるもの、またはないもの）は、その他の化学的部分と組み合わせて、FYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフのプラズマ半減期を増加させることができる（例えば、循環および／または細胞のプロテアーゼによる加水分解からFYVE（SEQ ID NO: 55）モチーフの保護による）。
[001025]当業者であれば、日常的な範囲を超えない実験の使用により、本書に記載した特定の発明の実施態様との数多くの同等物を認識するか、またはそれを確認することができる。こうした同等物は、下記の請求項により包含されることが意図されている。
[001026]本書で引用したすべての参考資料は、それぞれ個別の出版物または特許または特許出願が具体的かつ個別的にあらゆる目的で参照によりその全文が組み込まれるものと示されているかのごとく、それと同じ範囲で、およびあらゆる目的で、その全文を参照し本書に組み込まれる。
[001027]本発明は、本書に記載した特定の実施態様により、その範囲が限定されることはない。実際、本書に記載したものに加え、発明の様々な変更は、当業者にとって上述の説明および付随した図から明らかなものとなる。こうした変更は、添付した請求項の範囲内に収まることが意図される。
[001028]本発明を、番号付けした以下の亜項に記載した実施態様によりさらに説明する。
1. 哺乳動物において、それを必要とする哺乳類の被検体に、治療的に有効な量の1つ以上の化合物またはそのプロドラッグ、または前記化合物またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩を投与する手順から構成される、ウイルス感染を治療または予防する方法で、化合物が以下のとおりである方法。
i) 式Iの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00101]-[00108]で定義したもの、
ii) 式IIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00109]-[00125]で定義したもの、
iii) 式IIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00126]-[00132]で定義したもの、
iv) 式IVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00123]-[00141]で定義したもの、
v) 式Vの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00142]-[00151]で定義したもの、
vi) 式VIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00152]-[00166]で定義したもの、
vii) 式VIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00167]-[00179]で定義したもの、
viii) 式VIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00180]-[00195]で定義したもの、
ix) 式IXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00196]-[00210]で定義したもの、
x) 式Xの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00211]-[00229]で定義したもの、
xi) 式XIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00230]-[00240]で定義したもの、
xii) 式XIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00241]-[00258]で定義したもの、
xiii) 式XIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00259]-[00269]で定義したもの、
xiv) 式XIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00270]-[00279]で定義したもの、
xv) 式XVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00280]-[00289]で定義したもの、
xvi) 式XVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00290]-[00299]で定義したもの、
xvii) 式XVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00300]-[00307]で定義したもの、
xviii) 式XVIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00308]-[00309]で定義したもの、
xix) 式XIXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00310]-[00311]で定義したもの、
xx) 式XXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00312]-[00313]で定義したもの、
xxi) 式XXIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00314]-[00315]で定義したもの、
xxii) 式XXIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00316]-[00323]で定義したもの、
xxiii) 式XXIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00452]で定義したもの、
xxiv) 式XXIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00324]-[00348]で定義したもの、
xxv) 式XXVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00349]-[00364]で定義したもの、
xxvi) 式XXVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00365]-[00380]で定義したもの、
xxvii) 式XXVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00381]-[00395]で定義したもの、
xxviii) 式XXVIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00396]-[00421]で定義したもの、
xxix) 式XXIXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00422]-[00425]で定義したもの、
xxx) 式XXXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00426]-[00428]で定義したもの、
xxxi) 式XXXIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00429]-[00433]で定義したもの、
xxxii) 式XXXIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00447]-[00451]で定義したもの、
xxxiii) 式XXXIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00434]-[00446]および[00452]-[00453]で定義したもの、
xxxiv) 式XXXIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00454]-[00477]で定義したもの、
xxxv) 式XXXVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00478]-[00492]で定義したもの、
xxxvi) 式XXXVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00493]-[00521]で定義したもの、
xxxvii) 式XXXVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00522]-[00529]で定義したもの、
xxxviii) 式XXXVIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00530]-[00548]で定義したもの、
xxxix) 式XXXIXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00549]-[00562]で定義したもの、
xl) 式XLの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00563]-[00573]で定義したもの、
xli) 式XLIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00574]-[00584]で定義したもの、
xlii) 式XLIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00585]-[00591]で定義したもの、
xliii) 式XLIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00592]-[00607]で定義したもの、
xliv) 式XLIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00608]-[00618]で定義したもの、
xlv) 式XLVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00619]-[00620]で定義したもの、
xlvi) 式XLVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00621]-[00622]で定義したもの、または
xlvii) 式XLVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00623]-[00624]で定義したもの。
2. 哺乳動物において、それを必要とする哺乳類の被検体に、治療的に有効な量の1つ以上の化合物またはそのプロドラッグ、または前記化合物またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩を投与する手順から構成される、ウイルス感染を治療または予防する方法で、ここで化合物は、式XXXIIIの化合物である。
Figure 2010538968
 ここで、
a) Xは、-COOH、-CO2(C1-C6)アルキル、-CONH-2、-H、-CO(C1-C6)アルキル、-COC(ハロ)3、または補酵素とともに付加物を形成しうる部分で、
b) Yは、OまたはS、-NHまたはN(C1-C6)アルキルで、
c)Zは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O-(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C20)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシである。
3. 項2の方法で、式XXXIIIの化合物のXは、補酵素Aによりエステル連鎖を形成しうる部分である。
4. 亜項2の方法で、式XXXIIIの化合物のXは、式の化合物の生成を可能にする部分である。
Figure 2010538968
5. 亜項2の方法で、式XXXIIIのXが-COOHである。
6. 亜項2の方法で、式XXXIIIのYがOである。
7. 亜項2の方法で、式XXXIIIのZが-O(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニルまたは-O(C5-C20)アルコキシである。
8. 亜項2の方法で、式XXXIIIのYがO、Xが-COOHおよびZが-O(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニルまたは-O(C5-C20)アルコキシである。
9. 亜項2の方法で、式XXXIIIが構造
Figure 2010538968
 を持ち、
ここで
Xの化合物が-COOH、-CO2(C1-C6)アルキル、-CONH-2、-H、-CO(C1-C6)アルキル、-COC(ハロ)3、または
Figure 2010538968
 である。
10. 亜項2の方法で、式XXXIIIの化合物が構造
Figure 2010538968
 を持つもの。
11. 亜項2の方法で、式XXXIIIの化合物が構造:
Figure 2010538968
 を持ち、
ここで以下であるもの。
i) Xは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C20)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシであり、および
ii) Yは、O、S、-NHまたはN(C1-C6)アルキルである。
12. 亜項2の方法で、式XXXIIIの化合物が構造
Figure 2010538968
 を持つもの。
13. 亜項2の方法で、化合物が5-(テトラデシルオキシ)-2-フラン酸[TOFA]である。
14. 亜項2の方法で、化合物がTOFAではない。
15. それを必要とする哺乳類の被検体に脂肪酸生合成経路での酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
16. 亜項15の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) アセチルCoAカルボキシラーゼ、
ii) ATPクエン酸リアーゼ、
iii) HMG-CoAシンターゼ、
iv) 脂肪酸シンターゼのドメイン、
v) 脂肪酸シンターゼケト-アシルシンターゼドメイン、
vi) 脂肪酸シンターゼチオエステラーゼドメイン、
vii) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、
viii) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼβ、
ix) マロニル-CoA脱炭酸酵素、
x) AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）、
xi) 脂肪酸エロンガーゼ、
xii) ELOVL（非常に長い鎖の脂肪酸の伸長）、
xiii) ステアロイル-CoAデサチュラーゼ1-5、
xiv) Δ-6-デサチュラーゼ、または
xv) Δ-5-デサチュラーゼ。
17. それを必要とする哺乳類の被検体に、脂肪酸の代謝経路における宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
18. 亜項17の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) メチルマロニル補酵素ムターゼ、
ii) アセチル-補酵素カルボキシラーゼβ、
iii) アシル-補酵素Aオキシダーゼ2、分岐鎖、
iv) 推定上のアシル-CoA脱水素酵素、
v) 短分岐鎖アシル-補酵素A脱水素酵素、
vi) 生体異物／中鎖脂肪酸：CoAリガーゼ、
vii) エノイル補酵素Aヒドラターゼドメイン（3を含む）
viii) リン脂質スクランブラーゼ1、
ix) リン脂質スクランブラーゼ2、
x) リン脂質スクランブラーゼ4、
xi) 脂肪酸デサチュラーゼ1、
xii) カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ（CPT）、
xiii) 脂肪酸結合タンパク質5（乾癬に関連）、
xiv) 脂肪酸結合タンパク質3、筋肉および心臓（哺乳類由来成長阻害剤）。
19. それを必要とする哺乳類の被検体に、ブドウ糖輸送の経路における宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
20. 亜項19の方法で、酵素がGLUT4であるもの。
21. それを必要とする哺乳類の被検体に、解糖経路における宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
22. 亜項21の方法で、酵素が以下であるもの。
i) ブドウ糖リン酸塩異性化酵素、
ii) トリオースリン酸異性化酵素1、
iii) ホスホグリセリン酸キナーゼ1、
iv) エノラーゼ1（α）、または
v) ビルビン酸キナーゼ、筋肉。
23. それを必要とする哺乳類の被検体に、トリカルボン酸（TCA）サイクルにおける宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
24. 亜項23の方法で、酵素が以下であるもの。
i) イソクエン酸塩脱水素酵素、
ii) コハク酸塩-CoAリガーゼ、
iii) コハク酸塩脱水素酵素、
iv) リンゴ酸脱水素酵素、
v) リンゴ酸酵素、または
vi) TCAアコニターゼ。
25. それを必要とする哺乳類の被検体に、宿主プロトンATPアーゼ酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
26. 亜項25の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) F0錯体、サブユニットb、イソ型1、
ii) F0錯体、サブユニットc（サブユニット9）イソ型3、
iii) F0錯体、サブユニットc（サブユニット9）イソ型1、
iv) F0錯体、サブユニットe、
v) F0錯体、サブユニットF6、
vi) F0錯体、サブユニットg、
vii) F1錯体、αサブユニット、イソ型1、
viii) F1錯体、βポリペプチド、
ix) F1錯体、エプシロンサブユニット、または
x) F1錯体、Oサブユニット。
27. それを必要とする哺乳類の被検体に、コレステロール合成または代謝に関与する宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
28. 亜項27の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) アセチル-CoAアセチルトランスフェラーゼ、
ii) HMG-CoAシンターゼ、
iii) HMG-CoAレダクターゼ、
iv) イソペンテニルニリン酸イソメラーゼ、
v) メバロン酸キナーゼ、
vi) ホスホメバロン酸キナーゼ、
vii) ゲラニル-二リン酸塩シンターゼ、
viii) ファルネシル-二リン酸塩シンターゼ、
ix) ファルネシル-二リン酸塩ファルネシルトランスフェラーゼ、
x) スクアレンモノオキシゲナーゼ、
xi) ラノステロールシンターゼ、
xii) スクアレンエポキシダーゼ、または
xiii) スクアレンオキシドシクラーゼ。
29. それを必要とする哺乳類の被検体に、宿主代謝酵素または生合成酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の1つ以上の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
30. 亜項29の方法で、酵素が以下であるもの。
i) 乳酸脱水素酵素B、
ii) ジカルボニル／L-キシルロースレダクターゼ、
iii) ヒドロキシプロスタグランジンデヒドロゲナーゼ15-(NAD)、
iv) リブロース-5-リン酸塩-3-エピメラーゼ、
v) グルタミン酸脱水素酵素、
vi) グルタミナーゼ、
vii) ホスホリパーゼA2、
viii) シクロオキシゲナーゼ1、または
ix) シクロオキシゲナーゼ2。
31. それを必要とする哺乳類の被検体に、治療的に有効な量の脂肪酸生合成阻害薬およびコレステロール生合成阻害薬、またはそのプロドラッグ、または前記阻害剤またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
32. 亜項31の方法で、脂肪酸生合成阻害薬がACC [アセチル-CoAカルボキシラーゼ]阻害剤で、コレステロール生合成阻害薬がHMGCoA（3-ヒドロキシ-3-メチル-グルタリル-CoA）レダクターゼ阻害剤であるもの。
33. それを必要とする哺乳類の被検体において脂肪酸生合成経路での宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
34. 亜項33の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) アセチルCoAカルボキシラーゼ、
ii) ATPクエン酸リアーゼ、
iii) HMG-CoAシンターゼ、
iv) 脂肪酸シンターゼのドメイン、
v) 脂肪酸シンターゼケト-アシルシンターゼドメイン、
vi) 脂肪酸シンターゼチオエステラーゼドメイン、
vii) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、
viii) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼβ、
ix) マロニル-CoA脱炭酸酵素、
x) AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）、
xi) 脂肪酸エロンガーゼ、
xii) ELOVL（非常に長い鎖の脂肪酸の伸長）、
xiii) ステアロイル-CoAデサチュラーゼ1-5、
xiv) Δ-6-デサチュラーゼ、または
xv) Δ-5-デサチュラーゼ。
35. それを必要とする哺乳類の被検体において脂肪酸代謝経路での宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
36. 亜項35の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) メチルマロニル補酵素ムターゼ、
ii) アセチル-補酵素カルボキシラーゼβ、
iii) アシル-補酵素Aオキシダーゼ2、分岐鎖、
iv) 推定上のアシル-CoA脱水素酵素、
v) 短分岐鎖アシル-補酵素A脱水素酵素、
vi) 生体異物／中鎖脂肪酸：CoAリガーゼ、
vii) エノイル補酵素Aヒドラターゼドメイン（3を含む）、
viii) リン脂質スクランブラーゼ1、
ix) リン脂質スクランブラーゼ2、
x) リン脂質スクランブラーゼ4、
xi) 脂肪酸デサチュラーゼ1、
xii) カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ（CPT）、
xiii) 脂肪酸結合タンパク質5（乾癬に関連）、または
xiv) 脂肪酸結合タンパク質3、筋肉および心臓（哺乳類由来成長阻害剤）。
37. それを必要とする哺乳類の被検体に、ブドウ糖輸送の経路における宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
38. 亜項37の方法で、酵素がGLUT4であるもの。
39. それを必要とする哺乳類の被検体における解糖経路での宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
40. 亜項39の方法で、酵素が以下であるもの。
i) ブドウ糖リン酸塩異性化酵素、
ii) トリオースリン酸異性化酵素1、
iii) ホスホグリセリン酸キナーゼ1、
iv) エノラーゼ1（α）、または
v) ビルビン酸キナーゼ、筋肉。
41. それを必要とする哺乳類の被検体においてトリカルボン酸（TCA）サイクルでの宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
42. 亜項41の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
i) イソクエン酸塩脱水素酵素、
ii) コハク酸塩-CoAリガーゼ、
iii) コハク酸塩脱水素酵素、
iv) リンゴ酸脱水素酵素、
v) リンゴ酸酵素、または
vi) TCAアコニターゼ。
43. それを必要とする哺乳類の被検体における宿主プロトンATPアーゼ酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
44. 亜項43の方法で、酵素が以下であるもの。
i) F0錯体、サブユニットb、イソ型1、
ii) F0錯体、サブユニットc（サブユニット9）イソ型3、
iii) F0錯体、サブユニットc（サブユニット9）イソ型1、
iv) F0錯体、サブユニットe、
v) F0錯体、サブユニットF6、
vi) F0錯体、サブユニットg、
vii) F1錯体、αサブユニット、イソ型1、
viii) F1錯体、βポリペプチド、
ix) F1錯体、エプシロンサブユニット、または
x) F1錯体、Oサブユニット。
45. それを必要とする哺乳類の被検体におけるコレステロール合成または代謝に関与する宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
46. 亜項45の方法で、酵素が以下であるもの。
i) アセチル-CoAアセチルトランスフェラーゼ、
ii) HMG-CoAシンターゼ、
iii) HMG-CoAレダクターゼ、
iv) イソペンテニルニリン酸イソメラーゼ、
v) メバロン酸キナーゼ、
vi) ホスホメバロン酸キナーゼ、
vii) ゲラニル-二リン酸塩シンターゼ、
viii) ファルネシル-二リン酸塩シンターゼ、
ix) ファルネシル-二リン酸塩ファルネシルトランスフェラーゼ、
x) スクアレンモノオキシゲナーゼ、
xi) ラノステロールシンターゼ、
xii) スクアレンエポキシダーゼ、または
xiii) スクアレンオキシドシクラーゼ。
47. それを必要とする哺乳類の被検体における宿主代謝酵素または生合成酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
48. 亜項47の方法で、酵素が以下であるもの。
i) 乳酸脱水素酵素B、
ii) ジカルボニル/L-キシルロースレダクターゼ、
iii) ヒドロキシプロスタグランジンデヒドロゲナーゼ15-(NAD)、
iv) リブロース-5-リン酸塩-3-エピメラーゼ、
v) グルタミン酸脱水素酵素、
vi) グルタミナーゼ、
vii) ホスホリパーゼA2、
viii) シクロオキシゲナーゼ1、または
ix) シクロオキシゲナーゼ2。
49. 亜項1、2、15、17、19、21、23、25、27、29、31、32、33、34、35、37、39、41、43、45、または47の方法で、ウイルス感染が、ヘパドナウイルス科〔B型肝炎ウイルス（HBV）、ウッドチャック肝炎ウイルス、地リス肝炎ウイルス、アヒルB型肝炎ウイルス、およびアオサギB型肝炎ウイルスを含む〕、ヘルペスウイルス科〔単純ヘルペスウイルス（HSV）1型および2型、水痘帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（CMV）、ヒトサイトメガロウイルス（HCMV）、エプスタイン・バーウイルス（EBV）、ヒトヘルペスウイルス6（変異体AおよびB）、ヒトヘルペスウイルス7、ヒトヘルペスウイルス8、カポジ肉腫関連のヘルペスウイルス（KSHV）、およびBウイルスを含む〕、ポックスウイルス科（Poxviridae）、ワクシニアウイルス科〔痘瘡ウイルス、天然痘ウイルス、サル痘ウイルス、牛痘ウイルス、ラクダ痘ウイルス、マウスポックスウイルス、ラクーン痘ウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、オルフウイルス、ミルカー結節ウイルス、ウシ丘疹性口炎ウイルス、羊痘ウイルス、ヤギ痘ウイルス、ランピースキン病ウイルス、鶏痘ウイルス、カナリア痘ウイルス、鳩痘ウイルス、スズメ痘ウイルス、粘液腫ウイルス、野ウサギ線維腫ウイルス、ウサギ線維腫ウイルス、リス線維腫ウイルス、豚痘ウイルス、タナポックスウイルス、およびヤバポックスウイルスを含む〕、フラビウイルス科（Flaviviridae）〔デング熱ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス（HCV）、GB肝炎ウイルス（GBV-A、GBV-BおよびGBV-C）、西ナイルウイルス、黄熱病ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、ポワッサンウイルス、ダニ媒介性脳炎ウイルス、およびキャサヌール森林病ウイルスを含む〕、トガウイルス科（Togaviridae）〔ベネズエラウマ脳炎ウイルス、チクングニヤウイルス、ロスリバーウイルス、マヤロウイルス、シンドビス・ウイルス、および風疹ウイルスを含む〕、レトロウイルス（Retroviridae）〔エイズウイルス（HIV）1型および2型、ヒトT細胞白血病ウイルス（HTLV）1型、2型、および5型、マウス乳がんウイルス（MMTV）、ラウス肉腫ウイルス（RSV）、レンチウイルスを含む〕、コロナウイルス科（Coronaviridae）〔重篤の急性呼吸器症候群（SARS）ウイルスを含む〕、フィロウイルス科（Filoviridae）〔エボラウイルス、マールブルグウイルスを含む〕、ラブドウイルス科（Rhabdoviridae）〔狂犬病ウイルス、および水疱性口内炎ウイルスを含む〕、ブニアウイルス科（Bunyaviridae）〔クリミア・コンゴ出血性熱ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ラクロスウイルス、およびハンタンウイルスを含む〕、オルソミクソウイルス科（Orthomyxoviridae）〔インフルエンザウイルス（A型、B型、およびC型）を含む〕、パラミクソウイルス科（Paramyxoviridae）〔パラインフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（A型およびB型）、麻疹ウイルス、およびムンプスウイルスを含む〕、アレナウイルス科（Arenaviridae）〔リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、フニンウイルス、マクポウイルス、グアナリトウイルス、ラッサ熱ウイルス、サビアウイルス（Amapariウイルス）、フレキサルウイルス、Ippyウイルス、モバラウイルス、モペイアウイルス、ラチノウイルス、パラナウイルス、ピキンデウイルス、タカリベウイルス、およびタミアミウイルスを含む〕、パルボウイルス科（Parvoviridae）〔イヌパルボウイルス、およびパルボウイルスB19を含む〕、サーコウイルス科（Circoviridae）〔ブタサーコウイルス1型および2型、BFDV（嘴羽毛病ウイルス）、およびニワトリ貧血ウイルスを含む〕、ポリオーマウイルス科（Polyomaviridae）〔サルウイルス40（SV40）、JCウイルス、BKウイルス、およびセキセイインコヒナ病ウイルスを含む〕、パピローマウイルス科（Papillomaviridae）〔ヒト乳頭腫ウイルス、およびウシパピローマウイルス（BPV）1型を含む〕、アデノウイルス科（Adenoviridae）〔ヒトアデノウイルス（HAdV-A、HAdV-B、HAdV-C、HAdV-D、HAdV-E、およびHAdV-F）、家禽アデノウイルスA、ヒツジアデノウイルスD、およびカエルアデノウイルスを含む〕、レオウイルス科（Reoviridae）〔ヒトオルビウイルス、ヒトコルチウイルス、哺乳類オルトレオウイルス、ブルータングウイルス、ロタウイルスA、ロタウイルス（B群〜G群）、コロラドダニ熱ウイルス、アクアレオウイルスA、サイポウイルス1、フィジー病ウイルス、イネ萎縮ウイルス、イネラギッドスタントウイルス、イドノレオウイルス1、およびマイコレオウイルス1を含む〕、ビルナウイルス科（Birnaviridae）〔ファブリキウス嚢病ウイルス（bursal disease virus）、膵臓壊死ウイルスを含む〕、カリシウイルス（Caliciviridae）〔ブタ水疱疹ウイルス、ウサギ出血性疾患ウイルス、ノーウォークウイルス、およびサッポロウイルスを含む〕、またはピコルナウイルス科（Picornaviridae）〔ヒトポリオウイルス（1-3）、ヒトコクサッキーウイルスA1-22、24（CA1-22およびCA24、CA23 = エコーウイルス9）、ヒトコクサッキーウイルス（B1-6（CB1-6））、ヒトエコーウイルス1-7、9、11-27、29-33、vilyuishウイルス、サルエンテロウイルス1-18（SEV1-18）、ブタエンテロウイルス1-11（PEV1-11）、ウシエンテロウイルス1-2（BEV1-2）、A型肝炎ウイルス、ライノウイルス、ヘパトウイルス、心臓ウイルス、アフトウイルス、およびエコーウイルスを含む〕を原因とするもの。
50. 亜項1、2、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、または47の方法で、哺乳動物がヒト被験者である方法。
51. （i）1つ以上の化合物、そのプロドラッグ、または前記化合物またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩、および（ii）医薬品として容認される担体から構成される、治療的に有効な量の組成から成る、ウイルス感染の治療または予防のための薬剤の組成で、化合物が以下のとおりの組成であるもの。
i) 式Iの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00101]-[00108]で定義したもの、
ii) 式IIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00109]-[00125]で定義したもの、
iii) 式IIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00126]-[00132]で定義したもの、
iv) 式IVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00123]-[00141]で定義したもの、
v) 式Vの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00142]-[00151]で定義したもの、
vi) 式VIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00152]-[00166]で定義したもの、
vii) 式VIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00167]-[00179]で定義したもの、
viii) 式VIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00180]-[00195]で定義したもの、
ix) 式IXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00196]-[00210]で定義したもの、
x) 式Xの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00211]-[00229]で定義したもの、
xi) 式XIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00230]-[00240]で定義したもの、
xii) 式XIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00241]-[00258]で定義したもの、
xiii) 式XIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00259]-[00269]で定義したもの、
xiv) 式XIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00270]-[00279]で定義したもの、
xv) 式XVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00280]-[00289]で定義したもの、
xvi) 式XVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00290]-[00299]で定義したもの、
xvii) 式XVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00300]-[00307]で定義したもの、
xviii) 式XVIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00308]-[00309]で定義したもの、
xix) 式XIXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00310]-[00311]で定義したもの、
xx) 式XXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00312]-[00313]で定義したもの、
xxi) 式XXIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00314]-[00315]で定義したもの、
xxii) 式XXIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00316]-[00323]で定義したもの、
xxiii) 式XXIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00452]で定義したもの、
xxiv) 式XXIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00324]-[00348]で定義したもの、
xxv) 式XXVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00349]-[00364]で定義したもの、
xxvi) 式XXVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00365]-[00380]で定義したもの、
xxvii) 式XXVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00381]-[00395]で定義したもの、
xxviii) 式XXVIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00396]-[00421]で定義したもの、
xxix) 式XXIXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00422]-[00425]で定義したもの、
xxx) 式XXXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00426]-[00428]で定義したもの、
xxxi) 式XXXIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00429]-[00433]で定義したもの、
xxxii) 式XXXIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00447]-[00451]で定義したもの、
xxxiii) 式XXXIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00434]-[00446]および[00452]-[00453]で定義したもの、
xxxiv) 式XXXIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00454]-[00477]で定義したもの、
xxxv) 式XXXVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00478]-[00492]で定義したもの、
xxxvi) 式XXXVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00493]-[00521]で定義したもの、
xxxvii) 式XXXVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00522]-[00529]で定義したもの、
xxxviii) 式XXXVIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00530]-[00548]で定義したもの、
xxxix) 式XXXIXの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00549]-[00562]で定義したもの、
xl) 式XLの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00563]-[00573]で定義したもの、
xli) 式XLIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00574]-[00584]で定義したもの、
xlii) 式XLIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00585]-[00591]で定義したもの、
xliii) 式XLIIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00592]-[00607]で定義したもの、
xliv) 式XLIVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00608]-[00618]で定義したもの、
xlv) 式XLVの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00619]-[00620]で定義したもの、
xlvi) 式XLVIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00621]-[00622]で定義したもの、または
xlvii) 式XLVIIの化合物：
Figure 2010538968
 本書上記の項[00623]-[00624]で定義したもの。
52. 治療的に有効な量の脂肪酸生合成阻害薬およびコレステロール生合成阻害薬および医薬品として容認される担体から構成されるウイルス感染の治療または予防のための薬剤の組成。
53. 亜項52の医薬組成物で、脂肪酸生合成阻害薬、ACC [アセチル-CoAカルボキシラーゼ]阻害剤およびコレステロール生合成阻害薬が、HMGCoA（3-ヒドロキシ-3-メチル-グルタリル-CoA）レダクターゼ阻害剤であるもの。
54. 有効量の4S-ヒドロキシシトラート、2,2-ジフルオロクエン酸、チオール-クエン酸塩、sb201076、sb204990、2-クロロ-1,3,8-トリヒドロキシル-6-メチル-9-アントロン、プルプロン、3-オキソブチルスルホキシル-CoA、CP610431、CP640186、ソラフェン-A、セトキシジム、オルリスタットまたはCT32228、またはその医薬品として容認できる塩を、それを必要とするヒト被験者に投与する手順から構成される、ヒト被験者におけるウイルス感染の治療または予防のための方法。
参考資料
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Claims (36)

  1. 哺乳動物において、それを必要とする哺乳類の被検体に、治療的に有効な量の1つ以上の化合物またはそのプロドラッグ、または前記化合物またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩を投与する手順から構成される、ウイルス感染を治療または予防する方法で、化合物が以下のとおりである方法。
    i) 式Iの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00101]-[00108]で定義したもの、
    ii) 式IIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00109]-[00125]で定義したもの、
    iii) 式IIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00126]-[00132]で定義したもの、
    iv) 式IVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00123]-[00141]で定義したもの、
    v) 式Vの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00142]-[00151]で定義したもの、
    vi) 式VIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00152]-[00166]で定義したもの、
    vii) 式VIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00167]-[00179]で定義したもの、
    viii) 式VIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00180]-[00195]で定義したもの、
    ix) 式IXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00196]-[00210]で定義したもの、
    x) 式Xの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00211]-[00229]で定義したもの、
    xi) 式XIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00230]-[00240]で定義したもの、
    xii) 式XIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00241]-[00258]で定義したもの、
    xiii) 式XIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00259]-[00269]で定義したもの、
    xiv) 式XIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00270]-[00279]で定義したもの、
    xv) 式XVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00280]-[00289]で定義したもの、
    xvi) 式XVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00290]-[00299]で定義したもの、
    xvii) 式XVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00300]-[00307]で定義したもの、
    xviii) 式XVIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00308]-[00309]で定義したもの、
    xix) 式XIXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00310]-[00311]で定義したもの、
    xx) 式XXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00312]-[00313]で定義したもの、
    xxi) 式XXIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00314]-[00315]で定義したもの、
    xxii) 式XXIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00316]-[00323]で定義したもの、
    xxiii) 式XXIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00452]で定義したもの、
    xxiv) 式XXIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00324]-[00348]で定義したもの、
    xxv) 式XXVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00349]-[00364]で定義したもの、
    xxvi) 式XXVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00365]-[00380]で定義したもの、
    xxvii) 式XXVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00381]-[00395]で定義したもの、
    xxviii) 式XXVIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00396]-[00421]で定義したもの、
    xxix) 式XXIXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00422]-[00425]で定義したもの、
    xxx) 式XXXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00426]-[00428]で定義したもの、
    xxxi) 式XXXIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00429]-[00433]で定義したもの、
    xxxii) 式XXXIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00447]-[00451]で定義したもの、
    xxxiii) 式XXXIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00434]-[00446]および[00452]-[00453]で定義したもの、
    xxxiv) 式XXXIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00454]-[00477]で定義したもの、
    xxxv) 式XXXVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00478]-[00492]で定義したもの、
    xxxvi) 式XXXVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00493]-[00521]で定義したもの、
    xxxvii) 式XXXVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00522]-[00529]で定義したもの、
    xxxviii) 式XXXVIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00530]-[00548]で定義したもの、
    xxxix) 式XXXIXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00549]-[00562]で定義したもの、
    xl) 式XLの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00563]-[00573]で定義したもの、
    xli) 式XLIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00574]-[00584]で定義したもの、
    xlii) 式XLIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00585]-[00591]で定義したもの、
    xliii) 式XLIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00592]-[00607]で定義したもの、
    xliv) 式XLIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00608]-[00618]で定義したもの、
    xlv) 式XLVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00619]-[00620]で定義したもの、
    xlvi) 式XLVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00623]-[00624]で定義したもの、または
    xlvii) 式XLVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00620]-[00621]で定義したもの。
  2. 哺乳動物において、それを必要とする哺乳類の被検体に、治療的に有効な量の1つ以上の化合物またはそのプロドラッグ、または前記化合物またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩を投与する手順から構成される、ウイルス感染を治療または予防する方法で、ここで化合物は、式XXXIIIの化合物である、
    Figure 2010538968
     ここで、
    a) Xは、-COOH、-CO2(C1-C6)アルキル、-CONH-2、-H、-CO(C1-C6)アルキル、-COC(ハロ)3、または補酵素とともに付加物を形成しうる部分で、
    b) Yは、OまたはS、-NHまたはN(C1-C6)アルキルで、
    c) Zは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O-(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシである。
  3. 請求項2の方法で、式XXXIIIの化合物のXは、補酵素Aによりエステル連鎖を形成しうる部分である。
  4. 請求項2の方法で、式XXXIIIの化合物のXは、式の化合物の生成を可能にする部分である。
    Figure 2010538968
  5. 請求項2の方法で、式XXXIIIのXが-COOHであるもの。
  6. 請求項2の方法で、式XXXIIIのYがOであるもの。
  7. 請求項2の方法で、式XXXIIIのZが-O(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニルまたは-O(C5-C20)アルコキシであるもの。
  8. 請求項2の方法で、式XXXIIIのYがO、Xが-COOHおよびZが-O(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニルまたは-O(C5-C20)アルコキシであるもの。
  9. 請求項2の方法で、式XXXIIIが構造：
    Figure 2010538968
     を持ち、ここで
    Xの化合物が-COOH、-CO2(C1-C6)アルキル、-CONH-2、-H、-CO(C1-C6)アルキル、-COC(ハロ)3、または
    Figure 2010538968
     であるもの。
  10. 請求項2の方法で、式XXXIIIの化合物が構造：
    Figure 2010538968
     を持つもの。
  11. 請求項2の方法で、式XXXIIIの化合物が構造：
    Figure 2010538968
     を持ち、ここで
    xlviii) Xは、-(C5-C20)アルキル、-O(C5-C20)アルキルまたは-(C5-C20)アルコキシ、-(C5-C20)ハロアルキル、-O(C5-C20)ハロアルキルまたは-(C5-C20)ハロアルコキシ、-ハロ、-OH、-(C5-C20)アルケニル、-(C5-C20)アルキニル、-(C5-C20)アルコキシ-アルケニル、-(C5-C20)ヒドロキシアルキル、-O(C1-C6)アルキル、-CO2(C1-C6)アルキル、-O(C5-C20)アルケニル、-O(C5-C20)アルキニル、-O(C5-C20)シクロアルキル、-S(C5-C20)アルキル、-NH(C5-C20)アルキル、-NHCO(C5-C20)アルキル、-N(C1-C6)アルキルCO(C5-C20)アルキルまたは-O(C5-C20)アルコキシであり、および
    xlix) Yは、O、S、-NHまたはN(C1-C6)アルキルである。
  12. 請求項2の方法で、式XXXIIIの化合物が構造：
    Figure 2010538968
     を持つもの。
  13. 請求項2の方法で、化合物が5-(テトラデシルオキシ)-2-フラン酸[TOFA]である。
  14. 請求項2の方法で、化合物がTOFAではない。
  15. それを必要とする哺乳類の被検体に脂肪酸生合成経路での酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  16. 請求項15の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
    l) アセチルCoAカルボキシラーゼ、
    li) ATPクエン酸リアーゼ、
    lii) HMG-CoAシンターゼ、
    liii) 脂肪酸シンターゼのドメイン、
    liv) 脂肪酸シンターゼケト-アシルシンターゼドメイン、
    lv) 脂肪酸シンターゼチオエステラーゼドメイン、
    lvi) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、
    lvii) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼβ、
    lviii) マロニル-CoA脱炭酸酵素、
    lix) AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）、
    lx) 脂肪酸エロンガーゼ、
    lxi) ELOVL（非常に長い鎖の脂肪酸の伸長）、
    lxii) ステアロイル-CoAデサチュラーゼ1-5、
    lxiii) Δ-6-デサチュラーゼ、または
    lxiv) Δ-5-デサチュラーゼ。
  17. それを必要とする哺乳類の被検体に、脂肪酸の代謝経路における宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  18. 請求項17の方法で、宿主酵素が以下から成るもの。
    lxv) メチルマロニル補酵素ムターゼ、
    lxvi) アシル-補酵素カルボキシラーゼβ、
    lxvii) アシル-補酵素Aオキシダーゼ2、分岐鎖、
    lxviii) 推定上のアシル-CoA脱水素酵素、
    lxix) 短分岐鎖アシル-補酵素A脱水素酵素、
    lxx) 生体異物／中鎖脂肪酸：CoAリガーゼ、
    lxxi) エノイル補酵素Aヒドラターゼドメイン（3を含む）、
    lxxii) リン脂質スクランブラーゼ1、
    lxxiii) リン脂質スクランブラーゼ2、
    lxxiv) リン脂質スクランブラーゼ4、
    lxxv) 脂肪酸デサチュラーゼ1、
    lxxvi) カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ（CPT）、
    lxxvii) 脂肪酸結合タンパク質5（乾癬に関連）、または
    lxxviii) 脂肪酸結合タンパク質3、筋肉および心臓（哺乳類由来成長阻害剤）。
  19. それを必要とする哺乳類の被検体に、コレステロール合成または代謝に関与する宿主酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  20. 請求項19の方法で、酵素が以下であるもの。
    lxxix) アセチル-CoAアセチルトランスフェラーゼ、
    lxxx) HMG-CoAシンターゼ、
    lxxxi) HMG-CoAレダクターゼ、
    lxxxii) イソペンテニルニリン酸イソメラーゼ、
    lxxxiii) メバロン酸キナーゼ、
    lxxxiv) ホスホメバロン酸キナーゼ、
    lxxxv) ゲラニル-二リン酸塩シンターゼ、
    lxxxvi) ファルネシル-二リン酸塩シンターゼ、
    lxxxvii) ファルネシル-二リン酸塩ファルネシルトランスフェラーゼ、
    lxxxviii) スクアレンモノオキシゲナーゼ、
    lxxxix) ラノステロールシンターゼ、
    xc) スクアレンエポキシダーゼ、または
    xci) スクアレンオキシドシクラーゼ。
  21. それを必要とする哺乳類の被検体に、宿主代謝酵素または生合成酵素の活性を抑制する治療的に有効な量の1つ以上の化合物を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  22. それを必要とする哺乳類の被検体に、治療的に有効な量の脂肪酸生合成阻害薬およびコレステロール生合成阻害薬、またはそのプロドラッグ、または前記阻害剤またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩を投与する手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  23. 請求項22の方法で、脂肪酸生合成阻害薬がACC [アセチル-CoAカルボキシラーゼ]阻害剤で、コレステロール生合成阻害薬がHMGCoA（3-ヒドロキシ-3-メチル-グルタリル-CoA）レダクターゼ阻害剤であるもの。
  24. それを必要とする哺乳類の被検体において脂肪酸生合成経路での宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  25. 請求項24の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
    xcii) アセチルCoAカルボキシラーゼ、
    xciii) ATPクエン酸リアーゼ、
    xciv) HMG-CoAシンターゼ、
    xcv) 脂肪酸シンターゼのドメイン、
    xcvi) 脂肪酸シンターゼケト-アシルシンターゼドメイン、
    xcvii) 脂肪酸シンターゼチオエステラーゼドメイン、
    xcviii) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、
    xcix) リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼβ、
    c) マロニル-CoA脱炭酸酵素、
    ci) AMP活性化タンパク質キナーゼ（AMPK）、
    cii) 脂肪酸エロンガーゼ、
    ciii) ELOVL（非常に長い鎖の脂肪酸の伸長）、
    civ) ステアロイル-CoAデサチュラーゼ1-5、
    cv) Δ-6-デサチュラーゼ、または
    cvi) Δ-5-デサチュラーゼ。
  26. それを必要とする哺乳類の被検体において脂肪酸代謝経路での宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  27. 請求項26の方法で、宿主酵素が以下であるもの。
    cvii) メチルマロニル補酵素ムターゼ、
    cviii) アシル-補酵素カルボキシラーゼβ、
    cix) アシル-補酵素Aオキシダーゼ2、分岐鎖、
    cx) 推定上のアシル-CoA脱水素酵素、
    cxi) 短分岐鎖アシル-補酵素A脱水素酵素、
    cxii) 生体異物／中鎖脂肪酸：CoAリガーゼ、
    cxiii) エノイル補酵素Aヒドラターゼドメイン（3を含む）、
    cxiv) リン脂質スクランブラーゼ1、
    cxv) リン脂質スクランブラーゼ2、
    cxvi) リン脂質スクランブラーゼ4、
    cxvii) 脂肪酸デサチュラーゼ1、
    cxviii) カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ（CPT）、
    cxix) 脂肪酸結合タンパク質5（乾癬に関連）、または
    cxx) 脂肪酸結合タンパク質3、筋肉および心臓（哺乳類由来成長阻害剤）。
  28. それを必要とする哺乳類の被検体におけるコレステロール合成または代謝に関与する宿主酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  29. 請求項28の方法で、酵素が以下であるもの。
    cxxi) アセチル-CoAアセチルトランスフェラーゼ、
    cxxii) HMG-CoAシンターゼ、
    cxxiii) HMG-CoAレダクターゼ、
    cxxiv) イソペンテニルニリン酸イソメラーゼ、
    cxxv) メバロン酸キナーゼ、
    cxxvi) ホスホメバロン酸キナーゼ、
    cxxvii) ゲラニル-二リン酸塩シンターゼ、
    cxxviii) ファルネシル-二リン酸塩シンターゼ、
    cxxix) ファルネシル-二リン酸塩ファルネシルトランスフェラーゼ、
    cxxx) スクアレンモノオキシゲナーゼ、
    cxxxi) ラノステロールシンターゼ、
    cxxxii) スクアレンエポキシダーゼ、または
    cxxxiii) スクアレンオキシドシクラーゼ。
  30. それを必要とする哺乳類の被検体における宿主代謝酵素または生合成酵素の活性を低下させる手順から構成される、哺乳動物においてウイルス感染を治療または予防するための方法。
  31. （i）1つ以上の化合物、そのプロドラッグ、または前記化合物またはプロドラッグの医薬品として容認できる塩、および（ii）医薬品として容認される担体から構成される、治療的に有効な量の組成から成る、ウイルス感染の治療または予防のための薬剤の組成で、化合物が以下のとおりの組成であるもの。
    cxxxiv) 式Iの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00101]-[00108]で定義したもの、
    cxxxv) 式IIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00109]-[00125]で定義したもの、
    cxxxvi) 式IIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00126]-[00132]で定義したもの、
    cxxxvii) 式IVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00123]-[00141]で定義したもの、
    cxxxviii) 式Vの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00142]-[00151]で定義したもの、
    cxxxix) 式VIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00152]-[00166]で定義したもの、
    cxl) 式VIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00167]-[00179]で定義したもの、
    cxli) 式VIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00180]-[00195]で定義したもの、
    cxlii) 式IXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00196]-[00210]で定義したもの、
    cxliii) 式Xの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00211]-[00229]で定義したもの、
    cxliv) 式XIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00230]-[00240]で定義したもの、
    cxlv) 式XIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00241]-[00258]で定義したもの、
    cxlvi) 式XIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00259]-[00269]で定義したもの、
    cxlvii) 式XIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00270]-[00279]で定義したもの、
    cxlviii) 式XVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00280]-[00289]で定義したもの、
    cxlix) 式XVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00290]-[00299]で定義したもの、
    cl) 式XVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00300]-[00307]で定義したもの、
    cli) 式XVIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00308]-[00309]で定義したもの、
    clii) 式XIXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00310]-[00311]で定義したもの、
    cliii) 式XXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00312]-[00313]で定義したもの、
    cliv) 式XXIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00314]-[00315]で定義したもの、
    clv) 式XXIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00316]-[00323]で定義したもの、
    clvi) 式XXIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00452]で定義したもの、
    clvii) 式XXIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00324]-[00348]で定義したもの、
    clviii) 式XXVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00349]-[00364]で定義したもの、
    clix) 式XXVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00365]-[00380]で定義したもの、
    clx) 式XXVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00381]-[00395]で定義したもの、
    clxi) 式XXVIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00396]-[00421]で定義したもの、
    clxii) 式XXIXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00422]-[00425]で定義したもの、
    clxiii) 式XXXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00426]-[00428]で定義したもの、
    clxiv) 式XXXIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00429]-[00433]で定義したもの、
    clxv) 式XXXIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00447]-[00451]で定義したもの、
    clxvi) 式XXXIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00434]-[00446]および[00452]-[00453]で定義したもの、
    clxvii) 式XXXIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00454]-[00477]で定義したもの、
    clxviii) 式XXXVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00478]-[00492]で定義したもの、
    clxix) 式XXXVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00493]-[00521]で定義したもの、
    clxx) 式XXXVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00522]-[00529]で定義したもの、
    clxxi) 式XXXVIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00530]-[00548]で定義したもの、
    clxxii) 式XXXIXの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00549]-[00562]で定義したもの、
    clxxiii) 式XLの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00563]-[00573]で定義したもの、
    clxxiv) 式XLIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00574]-[00584]で定義したもの、
    clxxv) 式XLIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00585]-[00591]で定義したもの、
    clxxvi) 式XLIIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00592]-[00607]で定義したもの、
    clxxvii) 式XLIVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00608]-[00618]で定義したもの、
    clxxviii) 式XLVの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00619]-[00620]で定義したもの、
    clxxix) 式XLVIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00621]-[00622]で定義したもの、または
    clxxx) 式XLVIIの化合物：
    Figure 2010538968
     本書上記の項[00623]-[00624]で定義したもの。
  32. 治療的に有効な量の脂肪酸生合成阻害薬およびコレステロール生合成阻害薬および医薬品として容認される担体から構成されるウイルス感染の治療または予防のための薬剤の組成。
  33. 請求項32の医薬組成物で、脂肪酸生合成阻害薬、ACC [アセチル-CoAカルボキシラーゼ]阻害剤およびコレステロール生合成阻害薬が、HMGCoA（3-ヒドロキシ-3-メチル-グルタリル-CoA）レダクターゼ阻害剤であるもの。
  34. 有効量の4S-ヒドロキシシトラート、2、2-ジフルオロクエン酸、チオール-クエン酸塩、sb201076、sb204990、2-クロロ-1,3、8-トリヒドロキシル-6-メチル-9-アントロン、プルプロン、3-オキソブチルスルホキシル-CoA、CP610431、CP640186、ソラフェン-A、セトキシジム、オルリスタットまたはCT32228、またはその医薬品として容認できる塩をそれを必要とするヒト被験者に投与する手順から構成される、ヒト被験者におけるウイルス感染の治療または予防のための方法。
  35. 請求項1、2、15、17、19、21、22、24、26、28、30、31、32、および34の方法で、ウイルス感染が、ヘパドナウイルス科〔B型肝炎ウイルス（HBV）、ウッドチャック肝炎ウイルス、地リス肝炎ウイルス、アヒルB型肝炎ウイルス、およびアオサギB型肝炎ウイルスを含む〕、ヘルペスウイルス科〔単純ヘルペスウイルス（HSV）1型および2型、水痘帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（CMV）、ヒトサイトメガロウイルス（HCMV）、エプスタイン・バーウイルス（EBV）、ヒトヘルペスウイルス6（変異体AおよびB）、ヒトヘルペスウイルス7、ヒトヘルペスウイルス8、カポジ肉腫関連のヘルペスウイルス（KSHV）、およびBウイルスを含む〕 ポックスウイルス科（Poxviridae）、ワクシニアウイルス科〔痘瘡ウイルス、天然痘ウイルス、サル痘ウイルス、牛痘ウイルス、ラクダ痘ウイルス、マウスポックスウイルス、ラクーン痘ウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、オルフウイルス、ミルカー結節ウイルス、ウシ丘疹性口炎ウイルス、羊痘ウイルス、ヤギ痘ウイルス、ランピースキン病ウイルス、鶏痘ウイルス、カナリア痘ウイルス、鳩痘ウイルス、スズメ痘ウイルス、粘液腫ウイルス、野ウサギ線維腫ウイルス、ウサギ線維腫ウイルス、リス線維腫ウイルス、豚痘ウイルス、タナポックスウイルス、およびヤバポックスウイルスを含む〕、フラビウイルス科（Flaviviridae）〔デング熱ウイルス、C型肝炎ウイルス（HCV）、GB肝炎ウイルス（GBV-A、GBV-BおよびGBV-C）、西ナイルウイルス、黄熱病ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、ポワッサンウイルス、ダニ媒介性脳炎ウイルス、およびキャサヌール森林病ウイルスを含む〕、トガウイルス科（Togaviridae）〔ベネズエラウマ脳炎ウイルス、チクングニヤウイルス、ロスリバーウイルス、マヤロウイルス、シンドビス・ウイルス、および風疹ウイルスを含む〕、レトロウイルス（Retroviridae）〔エイズウイルス（HIV）1型および2型、ヒトT細胞白血病ウイルス（HTLV）1型、2型、および5型、マウス乳がんウイルス（MMTV）、ラウス肉腫ウイルス（RSV）、レンチウイルスを含む〕、コロナウイルス科（Coronaviridae）〔重篤の急性呼吸器症候群（SARS）ウイルスを含む〕、フィロウイルス科（Filoviridae）〔エボラウイルス、マールブルグウイルスを含む〕、ラブドウイルス科（Rhabdoviridae）〔狂犬病ウイルス、および水疱性口内炎ウイルスを含む〕、ブニアウイルス科（Bunyaviridae）〔クリミア・コンゴ出血性熱ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ラクロスウイルス、およびハンタンウイルスを含む〕、オルソミクソウイルス科（Orthomyxoviridae）〔インフルエンザウイルス（A型、B型、およびC型）を含む〕、パラミクソウイルス科（Paramyxoviridae）〔パラインフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（A型およびB型）、麻疹ウイルス、およびムンプスウイルスを含む〕、アレナウイルス科（Arenaviridae）〔リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、フニンウイルス、マクポウイルス、グアナリトウイルス、ラッサ熱ウイルス、Ampariウイルス、フレキサルウイルス、Ippyウイルス、モバラウイルス、モペイアウイルス、ラチノウイルス、パラナウイルス、ピキンデウイルス、タカリベウイルス、およびタミアミウイルスを含む〕、パルボウイルス科（Parvoviridae）〔イヌパルボウイルス、およびパルボウイルスB19を含む〕、サーコウイルス科（Circoviridae）〔ブタサーコウイルス1型および2型、BFDV（嘴羽毛病ウイルス）、およびニワトリ貧血ウイルスを含む〕、ポリオーマウイルス科（Polyomaviridae）〔サルウイルス40（SV40）、JCウイルス、BKウイルス、およびセキセイインコヒナ病ウイルスを含む〕、パピローマウイルス科（Papillomaviridae）〔ヒト乳頭腫ウイルス、およびウシパピローマウイルス（BPV）1型を含む〕、アデノウイルス科（Adenoviridae）〔ヒトアデノウイルス（HAdV-A、HAdV-B、HAdV-C、HAdV-D、HAdV-E、およびHAdV-F）、家禽アデノウイルスA、ヒツジアデノウイルスD、およびカエルアデノウイルスを含む〕、レオウイルス科（Reoviridae）〔ヒトオルビウイルス、ヒトコルチウイルス、哺乳類オルトレオウイルス、ブルータングウイルス、ロタウイルスA、ロタウイルス（B群〜G群）、コロラドダニ熱ウイルス、アクアレオウイルスA、サイポウイルス1、フィジー病ウイルス、イネ萎縮ウイルス、イネラギッドスタントウイルス、イドノレオウイルス1、およびマイコレオウイルス1を含む〕、ビルナウイルス科（Birnaviridae）〔ファブリキウス嚢病ウイルス（bursal disease virus）、膵臓壊死ウイルスを含む〕、カリシウイルス（Caliciviridae）〔ブタ水疱疹ウイルス、ウサギ出血性疾患ウイルス、ノーウォークウイルス、およびサッポロウイルスを含む〕、またはピコルナウイルス科（Picornaviridae）〔ヒトポリオウイルス（1-3）、ヒトコクサッキーウイルスA1-22、24（CA1-22およびCA24、CA23 = エコーウイルス9）、ヒトコクサッキーウイルス（B1-6（CB1-6））、ヒトエコーウイルス1-7、9、11-27、29-33、vilyuish ウイルス、サルエンテロウイルス1-18（SEV1-18）、ブタエンテロウイルス1-11（PEV1-11）、ウシエンテロウイルス1-2（BEV1-2）、A型肝炎ウイルス、ライノウイルス、ヘパトウイルス、心臓ウイルス、アフトウイルス、およびエコーウイルスを含む〕を原因とするもの。
  36. 請求項1、2、15、17、19、21、22、24、26、28、30、31、32、および34の方法で、哺乳動物がヒト被験者である方法。
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