JP2005508191A - ワイン酵母の尿素分解の調節 - Google Patents
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Abstract
【課題】発酵生産物中に含まれ得るエチルカルバメート等の有害物質の生成を可及的に抑制すること。
【解決手段】発酵状態下で当該酵母株によって発現される尿素分解酵素活性をコードする遺伝子の窒素カタボライト抑制を減少するよう形質転換された酵母株。
【選択図】図１
【解決手段】発酵状態下で当該酵母株によって発現される尿素分解酵素活性をコードする遺伝子の窒素カタボライト抑制を減少するよう形質転換された酵母株。
【選択図】図１
Description
【技術分野】
【０００１】
本発明は、微生物生化学の分野に関する。１つの側面では、本発明は、エチルアルコールを生産するための炭水化物の発酵能を有する微生物における窒素異化反応に関する生化学的経路の操作に関する。選択された実施形態では、本発明は、ワイン及びその他の発酵産物を製造するための培養（物）及びプロセスに関する。
【背景技術】
【０００２】
アルギニンは、ブドウのマスト（果汁ないし果粒）に含まれる主要なアミノ酸の１つである（Henschke and Jiranek, 1993）。アルギニンは、ＧＡＰ１遺伝子によってコードされる一般的なアミノ酸透過酵素によって（Jauniaux and Grenson, 1990）、又はＣＡＮ１遺伝子によってコードされるアルギニン透過酵素によって（Hoffmann, 1985）酵母細胞へ輸送されると考えられる。酵母サッカロミセス・セレビシエでは、アルギニンは、ＣＡＲ１遺伝子産物であるアルギナーゼによって尿素とオルニチンに分解されると報告されている（Middelhoven, 1964；Sumrada and Cooper, 1982）。
【０００３】
ＤＵＲ１，２遺伝子は、尿素をアンモニアと二酸化炭素とに分解できる二機能性酵素、即ち尿素カルボキシラーゼ−アロファナート(allophanate)ヒドロラーゼ（Ｄｕｒ１，２；ウレアアミドリアーゼ）をコードする。尿素カルボキシラーゼ機能は、緑藻類由来の酵素に独立的にコードされている。この酵素は、以下の反応を触媒する：ＡＴＰ＋尿素＋ＣＯ２＝ＡＤＰ＋リン酸塩＋尿素−１−カルボキシレート（EC 6.3.4.6；系統名：尿素：二酸化炭素リガーゼ（ＡＤＰ生成）；他の名称：ウレアーゼ（ＡＴＰ加水分解）；尿素カルボキシラーゼ（加水分解）；ＡＴＰ−ウレアアミドリアーゼ；ＣＡＳ登録番号：9058-98-4；Roon et al., 1970；Roon and Levenberg, 1972；Sumrada and Cooper, 1982）。アロファナートヒドロラーゼ機能も、緑藻類由来の酵素に独立的にコードされている。この酵素は、以下の反応を触媒する：尿素−１−カルボキシレート＋Ｈ２Ｏ＝２ＣＯ２＋２ＮＨ３（EC 3.5.1.54；系統名：尿素−１−カルボキシレートアミドヒドロラーゼ；他の名称：アロファナートリアーゼ；ＣＡＳ登録番号：79121-96-3；Maitz et al., 1982；Roon, et al., 1972; Sumrada and Cooper, 1982）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
サッカロミセス・セレビシエでは、ＤＵＲ１，２遺伝子は、ブドウマストに含まれる好適な窒素源による窒素カタボライト抑制（ＮＣＲ）を受けやすい（Genbauffe and Cooper, 1991）。分解されない尿素は、酵母細胞によって発酵ブドウマスト中に分泌され得る。分泌された尿素は、当該マスト中のエタノールと反応しエチルカルバメートを生成し得る。エチルカルバメートは、種々の実験動物において種々の良性及び悪性腫瘍を引き起こすことが示されており（Mirvisch, 1968）、従って人間に対しても健康上の危険の可能性があると考えられ得る。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
１つの側面において、本発明は、発酵しているブドウマスト、ワイン又は蒸留飲料中の尿素の濃度が、尿素カルボキシラーゼ及びアロファナートヒドロラーゼ活性に関してコードしているサッカロミセス・セレビシエのＤＵＲ１，２遺伝子の窒素カタボライト抑制を調節することにより制御され得るという認識に関連する。従って、１つの側面では、本発明は、発酵状態下で当該酵母株によって発現される尿素分解酵素活性に関してコードしている遺伝子の窒素カタボライト抑制を減少するよう形質転換された酵母株を提供する。酵母株は、例えば、尿素分解酵素活性をコードするコード配列を含む組換え核酸によって、又は発酵状態下で尿素分解酵素活性の発現を媒介するよう適合されたプロモータによって形質転換され得る。他の実施形態では、本発明は、サッカロミセス・セレビシエ ＤＵＲ１，２のプロモータ及びコード領域に相同な天然型又は改変型配列を使用する。本発明の酵母株及び核酸は、例えば、ワイン及びその他の発酵産物のような発酵アルコール飲料を製造するためのプロセスで使用され得る。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００６】
幾つかの側面では、本発明は、遺伝子の修飾及び組換え遺伝子の使用に関する。この文脈において、用語「遺伝子」は、その通常の定義に従って使用され、機能的に連関する一群の核酸配列を意味するものとする。本発明の文脈において、遺伝子の修飾は、当該遺伝子中の機能的に連関する複数の配列のうちの任意の１つの修飾を含み得る。ここに、「機能的に連関する」とは、特定の複数の配列が、遺伝子発現の媒介又は調節のようなそれらの目的の機能を実行するために、直接的又は間接的に相互作用することを意味するものとする。機能的に連関する配列間の相互作用は、例えば、それら配列と順に相互作用するタンパク質によって媒介され得る。
【０００７】
遺伝子の発現は、一般的には、当該遺伝子の一部によってコードされているポリペプチドの生成を伴う。このプロセスは、一般的には、少なくとも２つのステップを含む。その１つは、ＲＮＡを生成するためのコード配列の転写であるが、ＲＮＡは、それ自体直接的な生物学的役割を有し得るか、又はｍＲＮＡの一部からポリペプチドへの翻訳を受け得る。転写及び翻訳のプロセスは、完全には解明されていないが、ＤＮＡ配列からｍＲＮＡへの転写プロセスはＤＮＡの複数の領域によって制御されると信じられている。個々の領域は、目的の配列中の一続きの塩基（即ちアデノシン（Ａ）、チミジン（Ｔ）、シチジン（Ｃ）及びグアニジン（Ｇ）を含む一続きのヌクレオチド残基）から構成される。
【０００８】
遺伝子中に通常存在する領域（複数）は、ＲＮＡポリメラーゼ及びその他の転写ファクタをＤＮＡのプロモータセグメントと関連させる（１つの）領域を有するプロモータ配列をそれぞれ１つ含む。ＲＮＡポリメラーゼは、通常、プロモータの介在領域に沿って移動し、その後、ＲＮＡポリメラーゼにｍＲＮＡ合成の開始をさせる転写開始配列において転写を開始する。ＲＮＡポリメラーゼは、転写開始配列を越えて、例えば凡そ２０〜凡そ３０塩基離れた適切な位置からｍＲＮＡの合成を開始すると信じられている。上述の配列は、遺伝子のプロモータ領域と総称されるが、これは、遺伝子の発現を修飾する他の要素（因子）も含み得る。そのような複合プロモータは、遺伝子の誘導又は抑制に関係する１又は２以上の配列を含み得る。
【０００９】
本発明の文脈において、「プロモータ」は、転写調節領域が目的の配列と機能的に連関したとき、所望の空間的又は時間的パターンで及び所望の程度で目的のヌクレオチド配列の転写を媒介又は調節することが可能なヌクレオチド配列を意味するものとする。転写調節領域と目的の配列は、当該転写調節領域によって媒介又は調節されるべき当該目的の配列の転写が可能となるよう複数の配列が機能的に結合するとき、「機能的に連関」する。ある実施形態では、機能的な連関のために、転写調節領域は、目的の配列と同じストランドに位置され得る。転写調節領域は、ある実施形態では、目的の配列の５’（側）に位置し得る。そのような実施形態では、転写調節領域は、目的の配列の５’に直接結合し得るが、これらの領域の間に介在配列が存在していてもよい。転写調節領域は、ある実施形態では、目的の配列の３’（側）に位置し得る。転写調節領域と目的の配列との機能的な結合は、転写調節領域に結合すべき（転写活性化タンパク質のような）適切な分子が必要となり得る。従って、本発明は、in vitro又はin vivoにおけるそのような分子を提供する実施形態も含む。
【００１０】
ＲＮＡポリメラーゼによってメッセンジャーＲＮＡに転写されるＤＮＡの配列は、通常、タンパク質に翻訳されない配列から開始されるが、この（配列に対応するＲＮＡの）配列は、ｍＲＮＡのストランドの５’非翻訳末端と称され、リボソームと結合し得る。この非翻訳配列（ＣＡＰ）は、遺伝子の転写後に付加されることもある。ｍＲＮＡは、「開始コドン」に出会うまでリボソーム内を突き進む。開始コドンは、通常、一続きの３つの塩基、即ちＡＵＧであるが、まれに、コドンＧＵＧから翻訳が開始することもある。
【００１１】
遺伝子中の複数の塩基からなる次の配列は、通常、コード配列又は構造配列と呼ばれる。開始コドンは、リボソームに、一連の複数のアミノ酸をペプチド結合によって互いに結合してポリペプチドを生成することを開始させる。このポリペプチドの生成は、当該ポリペプチドのアミの末端を構成するメチオニンから開始される（メチオニン残基は、次いで、他の酵素によって当該ポリペプチドから除去されることもある）。ＡＵＧ開始コドンに続く塩基（複数）は、３つ一組のグループに分けられ、それら個々のグループが、それぞれ１つのコドンを構成する。「リーディングフレーム」は、複数の塩基が、どのように３つ一組のグループに組分けされるかを特定するものであるが、開始コドンによって決定される。個々のコドンは、生成中のポリペプチドに付加されるべき特定のアミノ酸をコードする。コドンのうちの３つ（ＵＡＡ、ＵＡＧ及びＵＧＡ）は、通常、「終止」コドンを構成する。終止コドンがリボソームの翻訳機構に到達すると、生成していたポリペプチドは、リボソームから分離され、その直前の最後のアミノ酸残基が、当該ポリペプチドのカルボキシ末端となる。
【００１２】
単一シストロン遺伝子の終止コドンの３’側に位置するｍＲＮＡの領域は、３’非翻訳領域と称される。この領域は、転写後のｍＲＮＡのプロセッシング、安定性及び／又は輸送に関係し得る。また、この領域は、ポリＡ鎖を生成するために相当数のアデノシン残基をｍＲＮＡ分子に付加する細胞中の１つの酵素によって認識されるポリアデニレーションシグナルを含み得る。
【００１３】
本発明の種々の遺伝子及び核酸配列は、組換え配列であってもよい。用語「組換え」は、あるものが組み換えられたことを意味するが、核酸構築体に関していえば、この用語は、分子生物学的技術によってある点において互いに結合され又は生成された複数の核酸配列から構成される１つの分子をいう。用語「組換え」は、タンパク質又はポリペプチドに関して使用される場合は、分子生物学的技術によって生成された組換え核酸構築体を用いて発現されたタンパク質又はポリペプチド分子をいうものとする。用語「組換え」は、遺伝子組成物に関して使用される場合は、自然発生的な親ゲノムには発生しなかった対立遺伝子の新たな組合せを有する配偶子又は子孫又は細胞又はゲノムをいうものとする。組換え核酸構築体は、天然においてはライゲートされないか又は天然においては異なる位置でライゲートされる核酸配列に、ライゲートするか又はライゲートするよう操作されたヌクレオチド配列を含んでもよい。従って、「組換え体」としての核酸構築体は、核酸分子が遺伝子工学を用いた人間の介入によって操作されたことを示す。
【００１４】
組換え核酸構築体は、例えば、形質転換によって宿主細胞に導入され得る。そのような組換え核酸構築体は、単離されかつ宿主種の細胞に再導入された、同一の宿主細胞種又は異なる宿主細胞主に由来する配列を含み得る。
【００１５】
組換え核酸配列は、宿主細胞の最初の形質転換の結果として、又は次の組換え及び／又は修復現象の結果として、宿主細胞のゲノムに組込まれることも可能である。或いは、組換え配列は、染色体外成分として維持されることも可能である。そのような配列は、例えば突然変異、集団交配又は原形質融合によって実行される菌株改良法のための開始菌株のような形質転換酵母株のような生物を用いて再生産され得る。本発明の組換え配列を保存している生成株は、それ自体、本書において使用される意義における「組換え（体）」と考えられる。
【００１６】
本発明の種々の側面では、核酸分子は、例えばItakura et al. 米国特許第4,598,049号;Caruthers et al. 米国特許第4,458,066号;及びItakura米国特許第4,401,796号及び同第4,373,071号に開示されているような技術を用いて化学的に合成することも可能である。そのような合成核酸は、それ自体、本書において使用される意義における「組換え（体）」である（これは、分子の複数の構成要素を結合する複数の連続的ステップの産物である）。
【００１７】
形質転換とは、ある細胞が保有する遺伝子材料を、１又は２以上の外因性核酸を当該細胞に導入することによって改変するプロセスである。例えば、酵母は、種々のプロトコール（Gietz et al., 1995）を用いて形質転換することができる。そのような形質転換は、外因性核酸を細胞の遺伝子材料に組み込むことによって、又は外因性核酸に細胞を曝露することによって生じる当該細胞の内因性遺伝子材料の改変によっても行うことができる。形質転換体又は形質転換細胞は、外因性核酸の取り込みによって遺伝子的に改変された細胞、又は細胞の子孫である。これらの用語は、本書において使用される意義において、後の数世代に亘って細胞に存在し得る他の突然変異又は改変の存在の有無に関わらず、目的の遺伝子的改変が後の細胞の数世代に亘って保存されている形質転換細胞の子孫にも適用される。
【００１８】
他の側面では、本発明は、例えばワイン、ビール、生パン、エタノール又は酢のような種々の産物を生産するための発酵に使用される酵母株に関する。他の実施形態では、本発明は、例えば、サッカロミセス・セレビシエ酵母株、サッカロミセス・バイヤヌス酵母株、又はシゾサッカロミセス酵母株を使用することができる。ワイン製造に使用するための形質転換宿主細胞は、例えば、ブルゴビン（ＲＣ ２１２ サッカロミセス・セレビシエ）、ＩＣＶ Ｄ−４７ サッカロミセス・セレビシエ、７１Ｂ−１１２２ サッカロミセス・セレビシエ、Ｋ１Ｖ−１１１６ サッカロミセス・セレビシエ、ＥＣ−１１１８ サッカロミセス・バイヤヌス、Ｖｉｎ１３、Ｖｉｎ７、Ｎ９６及びＷＥ３５２のようなサッカロミセス・セレビシエ又はシゾサッカロミセス株を含み得る。酵母株の商業上の供給源は、多々存在する（例えばモントリオール、ケベック、カナダのLallemand Inc.）。
【００１９】
ある実施形態では、本発明の複数の側面は、ＤＵＲ１，２の尿素カルボキシラーゼ及びアロファナートヒドロラーゼ活性のような尿素分解活性を有する内因性又は異種性酵素を使用することができる。このような酵素は、例えば、ＤＵＲ１，２に相同であるか、又は関連する活性を有するＤＵＲ１，２の複数の領域に相同であり得る。
【００２０】
天然型ＤＵＲ１，２タンパク質又は天然型ＤＵＲ１，２核酸配列及び本発明において使用される代替タンパク質又は核酸の配列のような）配列間の相同性の程度は、配列同士が適切に整列（アラインメント）されたときの同一性のパーセント値で表すことができ、当該配列間の正確な一致（複数）の出現率を意味する。同一性比較のための配列間での適切な整列は、種々のアルゴリズム、例えばSmith and Waterman, 1981,Adv. Appl. Math 2: 482の局所的ホモロジアルゴリズム、Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48: 443のホモロジアラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444の類似方法の研究、及びこれらアルゴリズムのコンピュータによる実行（例えばGenetics Computer Group, Madison, WI, U.S.A.のウィスコンシン（Wisconsin）ジェネティックスソフトウェアパッケージのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ及びＴＦＡＳＴＡ）によって実行することができる。配列のアラインメントは、Altschulet al., 1990, J. Mol. Biol. 215: 403-10に記載されたＢＬＡＳＴアルゴリズム（公表されたデフォルト設定を使用）を用いて実行することも可能である。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、National Center for Biotechnology Informationから（ウェブサイトhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/から）入手可能である。ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、データベース配列中の同じ長さの１つのワードと整列されたとき、ある正の値の閾値スコアＴと一致又は充足する、問い合わせ配列（query sequence）中の長さＷの短い複数のワードを同定することによってハイスコア配列対（ＨＳＰｓ）を最初に同定することを含む。Ｔは、近接ワードスコア閾値と称する。初期近接ワードヒット（複数）は、より長いＨＳＰｓを探索するサーチを開始するためのシーズとして作用する。ワードヒット（複数）は、累積アラインメントスコアが増大可能である間、個々の配列に沿って両方向に拡張（進行）される。各方向におけるワードヒットの拡張は、以下のパラメータが充足されたとき停止される。即ち、累積アラインメントスコアが、最大達成値から量Ｘだけ低下すること；累積スコアが、１又は２以上の負のスコアの残基アラインメントの蓄積に応じてゼロ以下になること；又は何れかの配列の末端に到達すること。ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメータＷ、Ｔ及びＸは、アラインメントの感度及び速度を決定する。ＢＬＡＳＴプログラムは、２つのストランドの核酸の比較に対して、デフォルト値として以下の値を使用することができる：ワード長（Ｗ）を１１、ＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Henikoff and Henikoff, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915-10919）アラインメント（Ｂ）を５０、予期（期待）値（Ｅ）を１０（これは、他の実施形態では１又は０．１又は０．０１又は０．００１又は０．０００１に変えることができる；０．１より遥かに大きい値のＥは機能的に類似の配列を同定することができないかもしれないが、短い領域の類似性のための重要性がより低い、０．１〜１０の値のＥ、ヒットを調べるために有用である。）、Ｍ＝５、Ｎ＝４。タンパク質の比較に対しては、ＢＬＡＳＴＰは、以下のデフォルト値で使用することができる：Ｇ＝１１（ギャップを開くためのコスト）；Ｅ＝１（ギャップを拡張するためのコスト）；Ｅ＝１０（予期値、この設定では、規定のアラインメントスコアＳと等しいかより良いスコアを有する１０ヒットが、サーチされるものと同じサイズのデータベースに偶然に現れることが期待される；値Ｅは、増加又は減少してサーチの厳密性を変えることができる。）；及びＷ＝３（ワードサイズ、デフォルト値は、ＢＬＡＳＴＮに対しては１１、他のブラスト（blast）プログラムに対しては３）。ＢＬＯＳＵＭマトリックスは、関連するタンパク質内のコンセンサスブロック間で生起することが知られている置換の頻度に基づくアラインメントにおける各位置に対する確率スコアを指定する（割り当てる）。ＢＬＯＳＵＭ６２（ギャップ存在コスト＝１１；残基当りのギャップコスト＝１；ラムダ比（lambda ratio）＝０．８５）置換マトリックスは、ＢＬＡＳＴ ２．０ではデフォルト値で使用される。ＢＬＯＳＵＭ６２の代わりに種々の他のマトリックスを使用することができる：例えば、ＰＡＭ３０（9, 1, 0.87）；ＰＡＭ７０（10, 1, 0.87）；ＢＬＯＳＵＭ８０（10, 1, 0.87）；ＢＬＯＳＵＭ６２（11, 1, 0.82）及びＢＬＯＳＵＭ４５（14, 2, 0.87）を使用することができる。ＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いた２つの配列間の統計的類似性の１つの尺度として、２つのヌクレオチド又はアミノ酸配列間での一致が偶然発生する確率の指標を提供する最少和確率（smallest sum probability）（Ｐ（Ｎ））がある。本発明の他の実施形態では、ヌクレオチド又はアミノ酸配列は、テスト配列と比べた最小和確率が凡そ１以下、好ましくは凡そ０．１以下、より好ましくは凡そ０．０１以下、最も好ましくは凡そ０．００１以下であれば、実質的に同一であるとみなされる。
【００２１】
本発明の核酸配列（複数）は、ある実施形態では、例えばＤＵＲ１，２タンパク質又はＤＵＲ１，２核酸配列と実質的に同一であるように、実質的に同一であり得る。そのような配列（複数）の実質的な同一性は、適切に整列されたときの同一性のパーセント値に反映され得る。このパーセント値は、例えば５０％超、８０％〜１００％、少なくとも８０％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％であり得る。実質的な同一性は、遺伝子ターゲッティング基質の場合は、遺伝子ターゲッティング基質の一部とターゲット配列の一部との同一性に適用され得るが、この場合、同一性度は、相同的対合及び組換え及び／又は修復を促進し得る。２つの核酸配列が実質的に同一であることを示す他の指標の１つは、当該２つの配列同士が、中程度のストリンジェントな条件下で、好ましくはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることである。中程度のストリンジェントな条件下でのフィルタに結合した配列へのハイブリダイゼーションは、例えば、６５℃で０．５Ｍ ＮａＨＰ０４、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭ ＥＤＴＡ、及び４２℃で０．２ｘＳＳＣ／０．１％ＳＤＳでの洗浄（Ausubel, et al. (eds), 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Vol. 1, Green Publishing Associates, Inc., and John Wiley & Sons, Inc., New York, p.2.10. 3参照）によって行うことができる。或いは、ストリンジェントな条件下でのフィルタ結合配列へのハイブリダイゼーションは、例えば、６５℃で０．５Ｍ ＮａＨＰ０４、７％ＳＤＳ、１ｍＭ ＥＤＴＡ及び６８℃で０．１ｘＳＳＣ／０．１％ＳＤＳでの洗浄（上記Ausubel, et al. (eds), 1989参照）によって実行することができる。ハイブリダイゼーション条件は、目的の配列に応じて既知の方法に従って修正してもよい（Tijssen, 1993, Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology- - Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part I, Chapter 2 “Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays”, Elsevier, New York参照）。 一般的には、ストリンジェント条件は、所与のイオン強度及びｐＨにおける特定の配列のための熱融解温度より凡そ５℃低くなるよう選択される。ストリンジェントハイブリダイゼーションのための洗浄は、例えば、少なくとも１５分、３０分、４５分、６０分、７５分、９０分、１０５分、又は１２０分とすることができる。
【００２２】
例えばＤＵＲ１，２のようなポリペプチドの構造に、当該ペプチドの生物学的機能を実質的に変化することなく幾つかの修正及び変更を加えて、生物学的に等価なポリペプチドを生成できることは、当業者によく知られている。本発明の１つの側面では、尿素カルボキシラーゼ及び／又はアロファナートヒドロラーゼ活性（を有する）タンパク質は、保存的アミノ酸置換によって天然（野生）型ＤＵＲ１，２配列と異なるタンパク質を含み得る。本書で使用する用語「保存的アミノ酸置換」は、タンパク質の所与の位置における或るアミノ酸の他のアミノ酸による置換をいうものとするが、この置換は、関連する機能の実質的な喪失無しで実行可能である。そのような改変の実行に際し、類似するアミノ酸残基の置換は、側鎖置換基の相対的類似性、例えばサイズ、電荷、疎水性、親水性等に基づいて実行することができる。また、そのような置換は、通常の検査法により、タンパク質の機能に対するその影響に関してアッセイすることができる。
【００２３】
ある実施形態では、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基を類似の親水性値（例えば±２．０の範囲内の値）を有する他のアミノ酸残基で置換することによって実行することができる。以下に、アミノ酸残基に割り当てられた例えばＴｙｒ（−１．３）又はＰｒｏ（−１．６）のような凡そ−１．６の疎水性親水性指標を有するアミノ酸を示す（詳細は米国特許第4,554,101号参照。この文献は引用を持って本書に繰り込まれその開示内容は本書に記載されているものとみなす）：Ａｒｇ（＋３．０）；Ｌｙｓ（＋３．０）；Ａｓｐ（＋３．０）；Ｇｌｕ（＋３．０）；Ｓｅｒ（＋０．３）；Ａｓｎ（＋０．２）；Ｇｌｎ（＋０．２）；Ｇｌｙ（０）；Ｐｒｏ（−０．５）；Ｔｈｒ（−０．４）；Ａｌａ（−０．５）；Ｈｉｓ（−０．５）；Ｃｙｓ（−１．０）；Ｍｅｔ（−１．３）；Ｖａｌ（−１．５）；Ｌｅｕ（−１．８）；Ｉｌｅ（−１．８）；Ｔｙｒ（−２．３）；Ｐｈｅ（−２．５）及びＴｒｐ（−３．４）。
【００２４】
他の実施形態では、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基を類似の疎水性親水性指標（例えば±２．０の範囲内の値）を有する他のアミノ酸残基で置換することによって実行することができる。そのような実施形態では、個々のアミノ酸残基には、以下のように、その疎水性及び電荷特性に基づいた疎水性親水性指標を割り当てることができる：Ｉｌｅ（＋４．５）；Ｖａｌ（＋４．２）；Ｌｅｕ（＋３．８）；Ｐｈｅ（＋２．８）；Ｃｙｓ（＋２．５）；Ｍｅｔ（＋１．９）；Ａｌａ（＋１．８）；Ｇｌｙ（−０．４）；Ｔｈｒ（−０．７）；Ｓｅｒ（−０．８）；Ｔｒｐ（−０．９）；Ｔｙｒ（−１．３）；Ｐｒｏ（−１．６）；Ｈｉｓ（−３．２）；Ｇｌｕ（−３．５）；Ｇｌｎ（−３．５）；Ａｓｐ（−３．５）；Ａｓｎ（−３．５）；Ｌｙｓ（−３．９）及びＡｒｇ（−４．５）。
【００２５】
他の実施形態では、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基を同じクラスの他のアミノ酸残基で置換することにより実行することができる。アミノ酸は、以下のように、非極性、酸性、塩基性及び中性の各クラスに分類することができる：非極性：Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；塩基性：Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ；中性：Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｔｙｒ。
【００２６】
他の実施形態では、保存的アミノ酸変化は、親水性又は疎水性、サイズ又は容積、又は電荷を考慮した変化を含む。アミノ酸は、一般に、主としてアミノ酸側鎖の性質に基づき、疎水性又は親水性として特徴付けることができる。Eisenberg et al（J. Mol. Bio. 179: 125-142, 184）の標準化されたコンセンサスである疎水性スケールに基づくと、疎水性アミノ酸はゼロより大きい疎水性を示し、親水性アミノ酸はゼロ未満の親水性を示す。遺伝的にコードされた疎水性アミノ酸にはＧｌｙ、Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ及びＴｒｐが含まれ、遺伝的にコードされた親水性アミノ酸にはＴｈｒ、Ｈｉｓ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ及びＬｙｓが含まれる。非遺伝的にコードされた疎水性アミノ酸にはｔ−ブチルアラニンが含まれ、非遺伝的にコードされた親水性アミノ酸にはシトルリン及びホモシステインが含まれる。
【００２７】
更に、疎水性又は親水性アミノ酸は、その側鎖の性質に基づいて細分類される。例えば、芳香性アミノ酸は、少なくとも１つの芳香環又は芳香族複素環を含む側鎖を有する疎水性アミノ酸であるが、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＣＮ、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−ＮＯ２、−ＮＯ、−ＮＨ２、−ＮＨＲ、−ＮＲＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ等のような１又は２以上の置換基を含み得る。ここに、Ｒは、独立的に、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、置換（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ１−Ｃ６）アルケニル、置換（Ｃ１−Ｃ６）アルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）アルキニル、置換（Ｃ１−Ｃ６）アルキニル、（Ｃ５−Ｃ２０）アリール、置換（Ｃ５−Ｃ２０）アリール、（Ｃ６−Ｃ２６）アルカリール（alkaryl）、置換（Ｃ６−Ｃ２６）アルカリール、５−２０員ヘテロアリール、置換５−２０員ヘテロアリール、６−２６員アルクヘテロアリール（alkheteroaryl）又は置換６−２６員アルクヘテロアリールである。遺伝的にコードされた芳香族アミノ酸には、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、及びＴｒｐが含まれる。
【００２８】
無極性アミノ酸は、生理的ｐＨで非帯電であり、かつ２つの原子間の共有電子対が一般的に当該２つの原子の両者によって等しく保有される（複数の）結合を有する側鎖（即ち側鎖は極性ではない）を有する疎水性アミノ酸である。遺伝的にコードされた無極性アミノ酸には、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ａｌａ及びＭｅｔが含まれる。更に、無極性アミノ酸は、脂肪族炭化水素側鎖を有する疎水性アミノ酸である脂肪族アミノ酸を含むように細分類することができる。遺伝的にコードされた脂肪族アミノ酸には、Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ及びＩｌｅが含まれる。
【００２９】
極性アミノ酸は、生理的ｐＨで非帯電であるが、２つの原子間の共有電子対が当該２つの原子の何れか一方に偏って保有される１つの結合を有する側鎖を有する親水性アミノ酸である。遺伝的にコードされた極性アミノ酸には、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ及びＧｌｎが含まれる。
【００３０】
酸性アミノ酸は、７未満のｐＫａ値を有する側鎖を有する親水性アミノ酸である。酸性アミノ酸は、通常、水素イオンの放出により生理的ｐＨで負に帯電した側鎖を有する。遺伝的にコードされた酸性アミノ酸には、Ａｓｐ及びＧｌｕが含まれる。塩基性アミノ酸は、７より大きいｐＫａ値を有する側鎖を有する親水性アミノ酸である。塩基性アミノ酸は、通常、ヒドロニウムイオンの受容により生理的ｐＨで正に帯電した側鎖を有する。遺伝的にコードされた塩基性アミノ酸には、Ａｒｇ、Ｌｙｓ及びＨｉｓが含まれる。
【００３１】
上述の分類は絶対的なものではなく、１つのアミノ酸が２以上のカテゴリーに分類し得ることは、当業者であれば理解することができる。更に、アミノ酸は、特定のアッセイにより又は予め同定されたアミノ酸との比較により、既知の挙動及び／又は特徴的な化学的、物理的又は生物学的性質に基づいて分類することも可能である。
【００３２】
本発明の種々の側面では、宿主の尿素分解活性は、例えばワイン発酵条件下のような発酵条件下で所望のレベルになるよう調節可能である。用語「発酵条件“fermentation conditions”」又は「発酵状態“fermenting conditions”」は、サッカロミセス・セレビシエのような生物による発酵によってエネルギが産生される条件、即ち発酵が行われる培養状態を意味するものとする。広義の発酵には、酸素の不存在下で微生物の増殖・成長のためのエネルギを産生可能な嫌気反応がすべて含まれる。発酵のエネルギは、基質準位リン酸化によって供給される。発酵においては、或る有機化合物（エネルギ源）が電子ドナー（供与体）として作用し、他の有機化合物が電子アクセプタ（受容体）となる。発酵には、例えば炭水化物、アミノ酸、プリン及びピリミジンのような種々の有機基質を使用することができる。１つの側面では、本発明は、例えば酵母のような、エチルアルコールを生産するため炭水化物を発酵できるような生物に関する。
【００３３】
ワインの発酵では、マストの培養条件は、開始材料（原料）として使用される果汁によって決められる。例えば、ブドウ果汁の主成分は、グルコース（通常凡そ７５〜１５０ｇ／Ｌ）、フルクトース（通常凡そ７５〜１５０ｇ／Ｌ）、酒石酸（通常凡そ２〜１０ｇ／Ｌ）、マレイン酸（通常凡そ１〜８ｇ／Ｌ）及び遊離アミノ酸（通常凡そ０．２〜２．５ｇ／Ｌ）である。しかしながら、炭水化物のエチルアルコールへの変換が主反応であるプロセスにおいて、殆どすべての果物又は甘い植物液汁を処理してアルコール飲料を製造することができる。
【００３４】
ワイン酵母は、通常、凡そ４〜４．５の範囲のｐＨで増殖及び発酵し、凡そ０．８５の最小水分活性（又は凡そ８８％の相対湿度）を必要とする。発酵は、自然発生的な進行が許容されうるか、又は予め発酵させられていたマストを接種することにより開始可能であるが、その場合、果汁は、個体数凡そ１０６〜凡そ１０７ｃｆｕ／ｍＬ果汁の酵母で接種することも可能である。マストは、酵母の個体数を増加するために通気してもよい。ひとたび発酵が始まると、通常、急速に生成する二酸化炭素により嫌気条件が維持される。発酵温度は、通常、１０℃〜３０℃であり、発酵プロセスの期間は、例えば、数日間から数週間に亘り得る。
【００３５】
１つの側面では、本発明は、発酵アルコール飲料中のエチルカルバメートの濃度を低下させることが可能な酵母株を提供する。例えば、本発明は、４０ｐｐｂ（μｇ／Ｌ）以下、３５ｐｐｂ（以下）、３０ｐｐｂ（以下）、２５ｐｐｂ（以下）、２０ｐｐｂ（以下）、１５ｐｐｂ（以下）、１０ｐｐｂ（以下）又は５ｐｐｂ（以下）（又は５０ｐｐｂ〜１ｐｐｂの間の任意の整数値（以下））の濃度のエチルカルバメートを含むワインの提供に使用することができる。他の実施形態では、本発明は、凡そ５００ｐｐｂ以下、４００ｐｐｂ（以下）、３００ｐｐｂ（以下）、２００ｐｐｂ（以下）、１５０ｐｐｂ（以下）、１００ｐｐｂ（以下）、９０ｐｐｂ（以下）、８０ｐｐｂ（以下）、７０ｐｐｂ（以下）、６０ｐｐｂ（以下）、５０ｐｐｂ（以下）、４０ｐｐｂ（以下）、３０ｐｐｂ（以下）、２０ｐｐｂ（以下）又は１０ｐｐｂ（以下）（又は５００ｐｐｂ〜１０ｐｐｂの間の任意の整数値（以下））の濃度のエチルカルバメートを含む強化ワイン又は蒸留酒の提供に使用することができる。
【００３６】
他の実施形態では、本発明は、ブドウマスト中の低下された尿素濃度を維持することが可能な酵母株を提供することができる。例えば、尿素濃度は、凡そ１５ｍｇ／Ｌ（以下）、１０ｍｇ／Ｌ（以下）、５ｍｇ／Ｌ（以下）、４ｍｇ／Ｌ（以下）、３ｍｇ／Ｌ（以下）、２ｍｇ／Ｌ（以下）又は１ｍｇ／Ｌ以下に維持することができる。
【００３７】
１つの側面では、本発明は、発酵状態下で所望のレベルの尿素分解活性を有する発酵生物の自然変異体を選択するための方法を提供する。例えば、ＤＵＲ１，２のＮＣＲを欠失している酵母株を選択することができる。酵母の突然変異及び選択プロトコールの一例として、2000年10月31日にMortimer et al.に発行された米国特許第6,140,108号を参照されたい。そのような方法では、酵母株は、エチルメタンサルフォネート、亜硝酸又はヒドロキシルアミンのような、塩基対置換を有する突然変異体を生成する突然変異原で処理することもできる。尿素分解活性が変化された突然変異体は、例えば適切な培地でプレーティングすることによってスクリーニングすることができる。
【００３８】
代替的実施形態では、宿主において尿素分解活性のレベルを変化するために部位特異的突然変異誘発を利用することもできる。例えば、部位特異的突然変異誘発は、ＤＵＲ１，２プロモータからＮＣＲ媒介要素（因子）（mediating elements）の除去に利用することができる。例えば、天然型ＤＵＲ１，２プロモータ配列のＧＡＴＡＡ（Ｇ）ボックスは、図２に示したように、置換によって削除又は修飾することができる。１つの実施形態では、例えば、ＧＡＴＡＡボックスの一方又は両方を修飾してＧをＴで置換することにより、配列をＴＡＴＡＡとすることができる。部位特異的突然変異誘発方法は、例えば、Rothstein, 1991; Simon and Moore, 1987; Winzeler et al., 1999、及びNegritto et al., 1997に開示されている。代替的実施形態では、サッカロミセス・セレビシエにおいてＮＣＲを媒介するＧｌｎ３ｐ及びＧａｔ１ｐをコードする遺伝子を突然変異させて、ＮＣＲを調節することもできる。
【００３９】
本発明の酵母株の相対尿素分解酵素活性は、形質転換されていない親株を基準として測定することができる。例えば、本発明の形質転換酵母株は、発酵状態下で親株よりも大きい尿素分解活性を有するもの、又は同じ発酵状態下で親株活性の相当により大きな割合の活性、例えば親株活性の少なくとも１５０％、（少なくとも）２００％、（少なくとも）２５０％、（少なくとも）３００％、（少なくとも）４００％又は（少なくとも）５００％の活性を有するものが選択される。同様に、本発明の組換え核酸によって発現又はコードされた酵素の活性は、それらが由来する非組換え配列を基準とし、上述のような倍数の活性を用いて決定することができる。
【００４０】
本発明の１つの側面では、ＤＵＲ１，２ポリペプチドの発現の調節を媒介する異種（非相同的）プロモータ配列の制御下にあるＤＵＲ１，２コード配列、又はそのホモログを有する組換え核酸分子を含むベクターを提供することができる。そのようなベクターを提供するために、サッカロミセス・セレビシエからのＤＵＲ１，２オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を、組換えＤＵＲ１，２遺伝子の発現を調節する発現カセットを含むプラスミドに挿入することができる。組換え分子を選択された酵母株に導入することにより、尿素分解活性が変化された形質転換株を提供することができる。代替的実施形態では、サッカロミセス・セレビシエのような宿主における天然型ＤＵＲ１，２コード配列ホモログの発現は、天然型プロモータを他のプロモータで置換することによって達成することもできる。付加的な調節要素（因子）を使用して、内因性コード配列を利用する組換え発現カセットを構築することも可能である。組換え遺伝子又は組換え発現カセットを、サッカロミセス・セレビシエのような宿主の染色体ＤＮＡに組込むことも可能である。
【００４１】
本発明の他の側面で使用するプロモータは、ＰＧＫ１又はＣＡＲ１プロモータのような適切な天然型サッカロミセス・セレビシエのプロモータから選択することができる。そのようなプロモータは、ＰＧＫ１及びＣＡＲ１ターミネータのような付加的な調節要素（因子）と共に使用することができる。種々の天然型又は組換えプロモータを使用することができるが、このようなプロモータは、ワイン製造条件のような選択された条件下でのＤＵＲ１，２活性のような尿素分解活性の発現を媒介するよう選択又は構築される。
【００４２】
本発明の１つの側面によれば、炭水化物の発酵方法、例えば宿主の尿素分解活性を調節する組換え核酸で形質転換された酵母株のような宿主を用いたワインの発酵方法が提供される。例えば、ＤＵＲ１，２遺伝子のＮＣＲは、ワイン製造酵母株において尿素のアンモニア及び二酸化炭素への分解を促進するよう調節可能である。本発明のこの側面によれば、酵母株によるブドウマストの発酵は、エチルカルバメートが限定された量しか産生されないように実行することができる。
【実施例】
【００４３】
標準的な組換え技術（Ausubel et al., 1995）を用いた１つの実施例では、フレオマイシン耐性遺伝子カセットを酵母シャトルベクターに組込み、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏと称するプラスミドを作成した。ＤＵＲ１，２遺伝子オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、ＰＣＲで増幅し、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏプラスミドに組込み、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏと称するベクターを作成した。ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏベクターは、マルチコピーでエピソームのサッカロミセス・セレビシエシェリキア・コリシャトルプラスミドであるが、このプラスミドでは、ＤＵＲ１，２コード配列は、酵母ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ１）遺伝子の調節配列間に挿入されているため、ＰＧＫ１プロモータ及びターミネータ配列は、ＤＵＲ１，２コード配列と機能的に連関する。ＬＥＵ２マーカーを用いることにより、ロイシンに対して栄養要求性である形質転換酵母細胞を選択することができる。ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏプラスミドは、構成型ＴＥＦ１酵母プロモータ及び（構成型）ＣＹＣ１（酵母）ターミネータによって駆動されるＴｎ５Ｂｌｅ遺伝子も含む。培養培地中の尿素濃度を測定した形質転換体のIn vivo分析により、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏプラスミドで形質転換されたサッカロミセス・セレビシエ細胞の尿素分解能は、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏで形質転換された細胞と比べると著しく増強されたことが示された。
【００４４】
本書には、本発明の種々の実施形態を開示したが、当業者の通常の知識に基づき本発明の範囲内において適合化・修正を多々行うことができる。そのような修正には、実質的に同じ方法で同じ結果を達成するために、本発明の任意の側面を既知の同等の態様で置換することが含まれる。数値範囲には、当該範囲を画する数値も含まれる。本書において、用語「含む（comprising）」は、開放型の用語として使用されるが、これは、「〜を含むが、それらに限定されない（including, but not limited to）」という言い回しに実質的に等しく、用語「含む（comprises）」は、これに対応する意味を有する。本書における文献の引用は、そのような文献が本発明の先行技術を構成することを承認したものと解するべきではない。本書で引用したすべての刊行物−特許及び特許出願を含むがこれらに限定されない−は、引用を持って本書に繰り込み、その開示内容は本書に記載されているものとみなす。本発明は、上述の、及び実施例及び図面に示した実質的にすべての実施形態・変形形態を含む。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】図１は、ＤＵＲ１，２コード配列の開始部で終端しているＤＵＲ１，２遺伝子の上流域の記号図である。図の情報源は、公表されたサッカロミセス・セレビシエ第２番染色体完全染色体配列（Genbank LOCUS NC_001134, ACCESSION NC_001134, REGION: complement (635670..643177), VERSION NC_001134.2, GI:14270686; Feldmann, H., Aigle, M., Aljinovic, G., Andre, B., Baclet, M.C., Barthe, C., Baur, A., Becam, A.M., Biteau, N., Boles, E. et al.“Complete DNA sequence of yeast chromosome 11”EMBO J. 13 (24), 5795-5809 (1994); Goffeau, A., Barrel, B.G., Bussey, H., Davis, R.W., Dujon, B., Feldmann, H., Galibert, F., Hoheisel, J. D., Jacq, C., Johnson, M., Louis, E.J., Mewes, H.W., Murakami, Y., Philippsen, P., Tettelin, H. and Oliver, S.G. “Life with 6000 genes”Science 274 (5287), 546 (1996)）である。
【図２】図２は、ＤＵＲ１，２開始コドンＡＴＧで終端しているＤＵＲ１，２遺伝子の上流域の一部の配列を示す。２つの推定ＮＣＲ要素（因子）ＧＡＴＡＡ（Ｇ）ボックスは強調表示されている（一方は部位−５４〜−５８に、他方は部位−３２０〜−３２４にある）。同様に複数の推定ＴＡＴＡＡボックスも強調表示してある。
【図３】図３は、ＤＵＲ１，２発現カセットによって（遺伝子）操作された酵母のＤＵＲ１，２転写・翻訳の上方制御を示す。（Ａ）形質転換ＧＶＹ４００細胞におけるＤＵＲ１，２の発現（ＤＵＲ１，２ｃＤＮＡを含むものはレーン２に、含まないものはレーン１に示した）を、α３２Ｐ−ｄＡＴＰ標識ＤＵＲ１，２プローブを用いた全ＲＮＡのノーザン分析によって比較した。ＲＮＡ添加基準物質（RNA loading standard）としてヒストン４をコードするＨＨＦ１（HHF1 encoding histone 4）を用いた。（Ｂ）形質転換ＧＶＹ４００細胞におけるウレアアミドリアーゼの発現（ＤＵＲ１，２ｃＤＮＡを含むものはレーン３に、含まないものはレーン２に示した）を、形質転換体から抽出した全タンパク質中に存在するビオチン化タンパク質のウエスタンブロットで視覚化した。ホースラディッシュペルオキシダーゼと結合したストレプトアビジンを用いたＸ線フィルムへの化学ルミネセンスによって検出を行った。分子量マーカー（レーン１）として高分子量のビオチン化基準物質（レーン当たり５μｇ）が含まれている。
【図４】図４は、ＤＩ／ＴＲＩＳＥＣ法（Dietmaler and Fabry, 1995）に従った、ＤＵＲ１，２遺伝子をｐＨＶＸ２プラスミドに組込んでＰＪＣｌを作成するためのクローニングストラテジーの模式図である。サッカロミセス・セレビシエＴＣＹ １から得たゲノムＤＮＡは、標準的な方法（Ausubel et al., 1995）に従って調製した。ＤＵＲ１，２遺伝子のコード配列は、ＥｘＴａｑ（Takara）ＤＮＡポリメラーゼを用いたＰＣＲによって増幅した。使用したプライマーは、当該遺伝子の５’末端に対しては５ＴＴＡＡＡＡＡＡＡＴＧＡＣＡＧＴＴＡＧＴＴＣＣＧＡＴＡＣＡ３’（配列番号１）であり、３’末端に対しては、５ＴＣＧＡＡＡＡＡＧＧＴＡＴＴＴＣＡＴＧＣＣＡＡＴＧＴＴＡＴＧＡＣ３’（配列番号２）であった。選択された開始コドン及び終止コドンの相補配列は太字で示した。増幅産物は、３’フランキング末端の幾つかのヌクレオチドを除去するために、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼで処理した。酵素の３’−５’エキソヌクレアーゼ活性は、必要に応じて、十分なヌクレオチドを添加して停止された。プラスミドｐＨＶＸ２（Volschenk et al., 1997）は、ＥｃｏＲ１及びＢｇｌＩＩ制限酵素によって切断し、次いでＥ.ｃｏｌｉポリメラーゼＩのクレノーフラグメントで処理した。制限酵素部位は、インサートのクローニングと適合的な配列を有するようにするために、ｄＡＴＰ及びｄＧＴＰの存在下で部分的に充填した。
【図５】図５は、フレオマイシン耐性遺伝子カセットの、ＤＵＲ１，２遺伝子を含むｐＪＣ１（標識ｐＨＶＸ２又はｐＲＵＲ１，２）へのクローニングを示す模式図である。ｐＪＣ２（標識ｐＨＶＸ２ｐｈｌｅｏ又はｐＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ）を構築するために標準的な方法（Ausubel et al., 1995）を用いた。
【図６】図６は、プラスミドｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ（図では標識pＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ）の模式図である。このプラスミドは、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏベクターに由来するマルチコピーでエピソームのサッカロミセス・セレビシエシェリキア・コリシャトルプラスミドであり、ＤＵＲ１，２遺伝子が、酵母ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ１）遺伝子の調節配列（プロモータ及びターミネータ配列）間に挿入されている。ＬＥＵ２マーカーは、ロイシンに対し栄養要求性である形質転換酵母細胞の選択を容易にする。このプラスミドは、構成型ＴＥＦ９酵母プロモータ及び（構成型）ＣＹＣ１酵母ターミネータによって駆動されるＴｎ５Ｂｌｅ遺伝子も含む。このカセットを保有する酵母細胞は、フレオマイシンに耐性になる。このポジティブ選択マーカーの使用は、栄養要求性マーカーを保有しない形質転換工業酵母株を用いた操作にとりわけよく適合する。
【図７】図７は、培養培地中の尿素の濃度を低下させる本発明の形質転換酵母の特性を示すグラフである。ＤＵＲ１，２染色体部位で中断された半数性の実験用酵母株を、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏプラスミド又はＤＵＲ１，２遺伝子を含まないｐＪＣ２ｐｈｌｅｏプラスミドで形質転換した。この突然変異株を使用することにより、ウレアアミドリアーゼ内因性活性によりバックグラウンド無しで菌株の能力を評価することができる。形質転換細胞は、０．１％グルタミンを含む最小培地で増殖させて集菌し、新鮮培地に接種した。一時間後、尿素３３ｍｇ／Ｌを添加した。二時間おきに培地のアリコートを収集し、ガラスビーズを含む培地中で細胞を破壊し、細胞の残滓は遠心分離で除去した。上清を収集した後直ぐに、加熱して酵素を不活性化し、サンプル中に含まれている尿素を測定した。この方法は、細胞内及び細胞外尿素の測定を同時に促進し、細胞内に取り込まれた尿素と細胞によって代謝された尿素との間でなされる区別を可能にする。また、各培地の増殖期を調べるために、６００ｎｍ吸光度（ａｂｓ６００ｎｍ）も定期的に測定した。ｎ＝６の標準偏差を示す。黒丸で示したデータは、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏで形質転換した実験用菌株で接種された培地中の尿素濃度である。黒塗りの正方形で示したデータは、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏで形質転換した実験用菌株で接種された培地中の尿素濃度である。白丸で示したデータは、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏ株のａｂｓ６００ｎｍである。白抜きの正方形で示したデータは、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ株のａｂｓ６００ｎｍである。左側のＹ軸は、ｍｇ/Ｌで表した尿素濃度［ｕｒｅａ］である。右側のＹ軸は、ａｂｓ６００ｎｍである。Ｘ軸は、接種後の経過時間である。
【引用文献】
【００４６】
以下の文献は、引用を持って本書に繰り込まれ記載されているものとする。
Ausubel, F.M., Brent, R., Kingston, R.E., Moore, D.D., Seidman, J.G., Smith, J.A., and Struhl, K., editors. 1999. Short Protocols in Molecular Biology, 4thEd. John Wiley and Sons, N.Y.
Ausubel, FM, Brent, R, Kingston, RE, Moore, DD, Seidman, JG, Smith, JA, Struhl, K eds. Current Protocols in Molecular Biology. 1987-2000. John Wiley and Sons, Inc.
Dietmaier, W. and Pabry S. (1995). Protocol: DI/tri nucleotide Sticky End Cloning. Boerhinger Mannheim PCR Application Manual.
Genbauffe, F.S., and Cooper, T.G. 1991. The urea amidolyase (DUR1,2) gene of Saccharomyces cerevisiae. DNA Seq. 2(1): 19-32.
Gietz, RD, Schiestl, RH, Willems, AR, Woods, RA: Studies on the transformation of intact yeast cells by the LiAc/SS-DNA/PEG procedure. Yeast 11: 355-360 (1995)
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Volschenk, H., M. Viljoen, M. Grober, J. Bauer, F.F., Subden, R.E., Denayrolles, M., Lonvaud, A, Young, R.A. & H.J.J. van Vuuren. 1997. Engineering a pathway for malate degradation in Saccharomyces cerevisiae. Nature Biotechnol. 15:253-257.
Winzeler, EA, Shoemaker, DD, Astromoff, A, Liang, H, Anderson, K, Andre, B, Bangham, R, Benito, R, Boeke, JD, Bussey, H, Chu, AM, Connelly, C, Davis, K, Dietrich, F, Dow, SW, EI Bakkoury, M, Foury, F, Friend, SH, Gentalen, E, Giaever, G, Hegemann, JH, Jones, T, Laub, M, Liao, H, Davis, RW: Functional characterization of the S. cerevisiae genome by gene deletion and parallel analysis. Science 285: 901-906(1999).
【０００１】
本発明は、微生物生化学の分野に関する。１つの側面では、本発明は、エチルアルコールを生産するための炭水化物の発酵能を有する微生物における窒素異化反応に関する生化学的経路の操作に関する。選択された実施形態では、本発明は、ワイン及びその他の発酵産物を製造するための培養（物）及びプロセスに関する。
【背景技術】
【０００２】
アルギニンは、ブドウのマスト（果汁ないし果粒）に含まれる主要なアミノ酸の１つである（Henschke and Jiranek, 1993）。アルギニンは、ＧＡＰ１遺伝子によってコードされる一般的なアミノ酸透過酵素によって（Jauniaux and Grenson, 1990）、又はＣＡＮ１遺伝子によってコードされるアルギニン透過酵素によって（Hoffmann, 1985）酵母細胞へ輸送されると考えられる。酵母サッカロミセス・セレビシエでは、アルギニンは、ＣＡＲ１遺伝子産物であるアルギナーゼによって尿素とオルニチンに分解されると報告されている（Middelhoven, 1964；Sumrada and Cooper, 1982）。
【０００３】
ＤＵＲ１，２遺伝子は、尿素をアンモニアと二酸化炭素とに分解できる二機能性酵素、即ち尿素カルボキシラーゼ−アロファナート(allophanate)ヒドロラーゼ（Ｄｕｒ１，２；ウレアアミドリアーゼ）をコードする。尿素カルボキシラーゼ機能は、緑藻類由来の酵素に独立的にコードされている。この酵素は、以下の反応を触媒する：ＡＴＰ＋尿素＋ＣＯ２＝ＡＤＰ＋リン酸塩＋尿素−１−カルボキシレート（EC 6.3.4.6；系統名：尿素：二酸化炭素リガーゼ（ＡＤＰ生成）；他の名称：ウレアーゼ（ＡＴＰ加水分解）；尿素カルボキシラーゼ（加水分解）；ＡＴＰ−ウレアアミドリアーゼ；ＣＡＳ登録番号：9058-98-4；Roon et al., 1970；Roon and Levenberg, 1972；Sumrada and Cooper, 1982）。アロファナートヒドロラーゼ機能も、緑藻類由来の酵素に独立的にコードされている。この酵素は、以下の反応を触媒する：尿素−１−カルボキシレート＋Ｈ２Ｏ＝２ＣＯ２＋２ＮＨ３（EC 3.5.1.54；系統名：尿素−１−カルボキシレートアミドヒドロラーゼ；他の名称：アロファナートリアーゼ；ＣＡＳ登録番号：79121-96-3；Maitz et al., 1982；Roon, et al., 1972; Sumrada and Cooper, 1982）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
サッカロミセス・セレビシエでは、ＤＵＲ１，２遺伝子は、ブドウマストに含まれる好適な窒素源による窒素カタボライト抑制（ＮＣＲ）を受けやすい（Genbauffe and Cooper, 1991）。分解されない尿素は、酵母細胞によって発酵ブドウマスト中に分泌され得る。分泌された尿素は、当該マスト中のエタノールと反応しエチルカルバメートを生成し得る。エチルカルバメートは、種々の実験動物において種々の良性及び悪性腫瘍を引き起こすことが示されており（Mirvisch, 1968）、従って人間に対しても健康上の危険の可能性があると考えられ得る。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
１つの側面において、本発明は、発酵しているブドウマスト、ワイン又は蒸留飲料中の尿素の濃度が、尿素カルボキシラーゼ及びアロファナートヒドロラーゼ活性に関してコードしているサッカロミセス・セレビシエのＤＵＲ１，２遺伝子の窒素カタボライト抑制を調節することにより制御され得るという認識に関連する。従って、１つの側面では、本発明は、発酵状態下で当該酵母株によって発現される尿素分解酵素活性に関してコードしている遺伝子の窒素カタボライト抑制を減少するよう形質転換された酵母株を提供する。酵母株は、例えば、尿素分解酵素活性をコードするコード配列を含む組換え核酸によって、又は発酵状態下で尿素分解酵素活性の発現を媒介するよう適合されたプロモータによって形質転換され得る。他の実施形態では、本発明は、サッカロミセス・セレビシエ ＤＵＲ１，２のプロモータ及びコード領域に相同な天然型又は改変型配列を使用する。本発明の酵母株及び核酸は、例えば、ワイン及びその他の発酵産物のような発酵アルコール飲料を製造するためのプロセスで使用され得る。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００６】
幾つかの側面では、本発明は、遺伝子の修飾及び組換え遺伝子の使用に関する。この文脈において、用語「遺伝子」は、その通常の定義に従って使用され、機能的に連関する一群の核酸配列を意味するものとする。本発明の文脈において、遺伝子の修飾は、当該遺伝子中の機能的に連関する複数の配列のうちの任意の１つの修飾を含み得る。ここに、「機能的に連関する」とは、特定の複数の配列が、遺伝子発現の媒介又は調節のようなそれらの目的の機能を実行するために、直接的又は間接的に相互作用することを意味するものとする。機能的に連関する配列間の相互作用は、例えば、それら配列と順に相互作用するタンパク質によって媒介され得る。
【０００７】
遺伝子の発現は、一般的には、当該遺伝子の一部によってコードされているポリペプチドの生成を伴う。このプロセスは、一般的には、少なくとも２つのステップを含む。その１つは、ＲＮＡを生成するためのコード配列の転写であるが、ＲＮＡは、それ自体直接的な生物学的役割を有し得るか、又はｍＲＮＡの一部からポリペプチドへの翻訳を受け得る。転写及び翻訳のプロセスは、完全には解明されていないが、ＤＮＡ配列からｍＲＮＡへの転写プロセスはＤＮＡの複数の領域によって制御されると信じられている。個々の領域は、目的の配列中の一続きの塩基（即ちアデノシン（Ａ）、チミジン（Ｔ）、シチジン（Ｃ）及びグアニジン（Ｇ）を含む一続きのヌクレオチド残基）から構成される。
【０００８】
遺伝子中に通常存在する領域（複数）は、ＲＮＡポリメラーゼ及びその他の転写ファクタをＤＮＡのプロモータセグメントと関連させる（１つの）領域を有するプロモータ配列をそれぞれ１つ含む。ＲＮＡポリメラーゼは、通常、プロモータの介在領域に沿って移動し、その後、ＲＮＡポリメラーゼにｍＲＮＡ合成の開始をさせる転写開始配列において転写を開始する。ＲＮＡポリメラーゼは、転写開始配列を越えて、例えば凡そ２０〜凡そ３０塩基離れた適切な位置からｍＲＮＡの合成を開始すると信じられている。上述の配列は、遺伝子のプロモータ領域と総称されるが、これは、遺伝子の発現を修飾する他の要素（因子）も含み得る。そのような複合プロモータは、遺伝子の誘導又は抑制に関係する１又は２以上の配列を含み得る。
【０００９】
本発明の文脈において、「プロモータ」は、転写調節領域が目的の配列と機能的に連関したとき、所望の空間的又は時間的パターンで及び所望の程度で目的のヌクレオチド配列の転写を媒介又は調節することが可能なヌクレオチド配列を意味するものとする。転写調節領域と目的の配列は、当該転写調節領域によって媒介又は調節されるべき当該目的の配列の転写が可能となるよう複数の配列が機能的に結合するとき、「機能的に連関」する。ある実施形態では、機能的な連関のために、転写調節領域は、目的の配列と同じストランドに位置され得る。転写調節領域は、ある実施形態では、目的の配列の５’（側）に位置し得る。そのような実施形態では、転写調節領域は、目的の配列の５’に直接結合し得るが、これらの領域の間に介在配列が存在していてもよい。転写調節領域は、ある実施形態では、目的の配列の３’（側）に位置し得る。転写調節領域と目的の配列との機能的な結合は、転写調節領域に結合すべき（転写活性化タンパク質のような）適切な分子が必要となり得る。従って、本発明は、in vitro又はin vivoにおけるそのような分子を提供する実施形態も含む。
【００１０】
ＲＮＡポリメラーゼによってメッセンジャーＲＮＡに転写されるＤＮＡの配列は、通常、タンパク質に翻訳されない配列から開始されるが、この（配列に対応するＲＮＡの）配列は、ｍＲＮＡのストランドの５’非翻訳末端と称され、リボソームと結合し得る。この非翻訳配列（ＣＡＰ）は、遺伝子の転写後に付加されることもある。ｍＲＮＡは、「開始コドン」に出会うまでリボソーム内を突き進む。開始コドンは、通常、一続きの３つの塩基、即ちＡＵＧであるが、まれに、コドンＧＵＧから翻訳が開始することもある。
【００１１】
遺伝子中の複数の塩基からなる次の配列は、通常、コード配列又は構造配列と呼ばれる。開始コドンは、リボソームに、一連の複数のアミノ酸をペプチド結合によって互いに結合してポリペプチドを生成することを開始させる。このポリペプチドの生成は、当該ポリペプチドのアミの末端を構成するメチオニンから開始される（メチオニン残基は、次いで、他の酵素によって当該ポリペプチドから除去されることもある）。ＡＵＧ開始コドンに続く塩基（複数）は、３つ一組のグループに分けられ、それら個々のグループが、それぞれ１つのコドンを構成する。「リーディングフレーム」は、複数の塩基が、どのように３つ一組のグループに組分けされるかを特定するものであるが、開始コドンによって決定される。個々のコドンは、生成中のポリペプチドに付加されるべき特定のアミノ酸をコードする。コドンのうちの３つ（ＵＡＡ、ＵＡＧ及びＵＧＡ）は、通常、「終止」コドンを構成する。終止コドンがリボソームの翻訳機構に到達すると、生成していたポリペプチドは、リボソームから分離され、その直前の最後のアミノ酸残基が、当該ポリペプチドのカルボキシ末端となる。
【００１２】
単一シストロン遺伝子の終止コドンの３’側に位置するｍＲＮＡの領域は、３’非翻訳領域と称される。この領域は、転写後のｍＲＮＡのプロセッシング、安定性及び／又は輸送に関係し得る。また、この領域は、ポリＡ鎖を生成するために相当数のアデノシン残基をｍＲＮＡ分子に付加する細胞中の１つの酵素によって認識されるポリアデニレーションシグナルを含み得る。
【００１３】
本発明の種々の遺伝子及び核酸配列は、組換え配列であってもよい。用語「組換え」は、あるものが組み換えられたことを意味するが、核酸構築体に関していえば、この用語は、分子生物学的技術によってある点において互いに結合され又は生成された複数の核酸配列から構成される１つの分子をいう。用語「組換え」は、タンパク質又はポリペプチドに関して使用される場合は、分子生物学的技術によって生成された組換え核酸構築体を用いて発現されたタンパク質又はポリペプチド分子をいうものとする。用語「組換え」は、遺伝子組成物に関して使用される場合は、自然発生的な親ゲノムには発生しなかった対立遺伝子の新たな組合せを有する配偶子又は子孫又は細胞又はゲノムをいうものとする。組換え核酸構築体は、天然においてはライゲートされないか又は天然においては異なる位置でライゲートされる核酸配列に、ライゲートするか又はライゲートするよう操作されたヌクレオチド配列を含んでもよい。従って、「組換え体」としての核酸構築体は、核酸分子が遺伝子工学を用いた人間の介入によって操作されたことを示す。
【００１４】
組換え核酸構築体は、例えば、形質転換によって宿主細胞に導入され得る。そのような組換え核酸構築体は、単離されかつ宿主種の細胞に再導入された、同一の宿主細胞種又は異なる宿主細胞主に由来する配列を含み得る。
【００１５】
組換え核酸配列は、宿主細胞の最初の形質転換の結果として、又は次の組換え及び／又は修復現象の結果として、宿主細胞のゲノムに組込まれることも可能である。或いは、組換え配列は、染色体外成分として維持されることも可能である。そのような配列は、例えば突然変異、集団交配又は原形質融合によって実行される菌株改良法のための開始菌株のような形質転換酵母株のような生物を用いて再生産され得る。本発明の組換え配列を保存している生成株は、それ自体、本書において使用される意義における「組換え（体）」と考えられる。
【００１６】
本発明の種々の側面では、核酸分子は、例えばItakura et al. 米国特許第4,598,049号;Caruthers et al. 米国特許第4,458,066号;及びItakura米国特許第4,401,796号及び同第4,373,071号に開示されているような技術を用いて化学的に合成することも可能である。そのような合成核酸は、それ自体、本書において使用される意義における「組換え（体）」である（これは、分子の複数の構成要素を結合する複数の連続的ステップの産物である）。
【００１７】
形質転換とは、ある細胞が保有する遺伝子材料を、１又は２以上の外因性核酸を当該細胞に導入することによって改変するプロセスである。例えば、酵母は、種々のプロトコール（Gietz et al., 1995）を用いて形質転換することができる。そのような形質転換は、外因性核酸を細胞の遺伝子材料に組み込むことによって、又は外因性核酸に細胞を曝露することによって生じる当該細胞の内因性遺伝子材料の改変によっても行うことができる。形質転換体又は形質転換細胞は、外因性核酸の取り込みによって遺伝子的に改変された細胞、又は細胞の子孫である。これらの用語は、本書において使用される意義において、後の数世代に亘って細胞に存在し得る他の突然変異又は改変の存在の有無に関わらず、目的の遺伝子的改変が後の細胞の数世代に亘って保存されている形質転換細胞の子孫にも適用される。
【００１８】
他の側面では、本発明は、例えばワイン、ビール、生パン、エタノール又は酢のような種々の産物を生産するための発酵に使用される酵母株に関する。他の実施形態では、本発明は、例えば、サッカロミセス・セレビシエ酵母株、サッカロミセス・バイヤヌス酵母株、又はシゾサッカロミセス酵母株を使用することができる。ワイン製造に使用するための形質転換宿主細胞は、例えば、ブルゴビン（ＲＣ ２１２ サッカロミセス・セレビシエ）、ＩＣＶ Ｄ−４７ サッカロミセス・セレビシエ、７１Ｂ−１１２２ サッカロミセス・セレビシエ、Ｋ１Ｖ−１１１６ サッカロミセス・セレビシエ、ＥＣ−１１１８ サッカロミセス・バイヤヌス、Ｖｉｎ１３、Ｖｉｎ７、Ｎ９６及びＷＥ３５２のようなサッカロミセス・セレビシエ又はシゾサッカロミセス株を含み得る。酵母株の商業上の供給源は、多々存在する（例えばモントリオール、ケベック、カナダのLallemand Inc.）。
【００１９】
ある実施形態では、本発明の複数の側面は、ＤＵＲ１，２の尿素カルボキシラーゼ及びアロファナートヒドロラーゼ活性のような尿素分解活性を有する内因性又は異種性酵素を使用することができる。このような酵素は、例えば、ＤＵＲ１，２に相同であるか、又は関連する活性を有するＤＵＲ１，２の複数の領域に相同であり得る。
【００２０】
天然型ＤＵＲ１，２タンパク質又は天然型ＤＵＲ１，２核酸配列及び本発明において使用される代替タンパク質又は核酸の配列のような）配列間の相同性の程度は、配列同士が適切に整列（アラインメント）されたときの同一性のパーセント値で表すことができ、当該配列間の正確な一致（複数）の出現率を意味する。同一性比較のための配列間での適切な整列は、種々のアルゴリズム、例えばSmith and Waterman, 1981,Adv. Appl. Math 2: 482の局所的ホモロジアルゴリズム、Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48: 443のホモロジアラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444の類似方法の研究、及びこれらアルゴリズムのコンピュータによる実行（例えばGenetics Computer Group, Madison, WI, U.S.A.のウィスコンシン（Wisconsin）ジェネティックスソフトウェアパッケージのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ及びＴＦＡＳＴＡ）によって実行することができる。配列のアラインメントは、Altschulet al., 1990, J. Mol. Biol. 215: 403-10に記載されたＢＬＡＳＴアルゴリズム（公表されたデフォルト設定を使用）を用いて実行することも可能である。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、National Center for Biotechnology Informationから（ウェブサイトhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/から）入手可能である。ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、データベース配列中の同じ長さの１つのワードと整列されたとき、ある正の値の閾値スコアＴと一致又は充足する、問い合わせ配列（query sequence）中の長さＷの短い複数のワードを同定することによってハイスコア配列対（ＨＳＰｓ）を最初に同定することを含む。Ｔは、近接ワードスコア閾値と称する。初期近接ワードヒット（複数）は、より長いＨＳＰｓを探索するサーチを開始するためのシーズとして作用する。ワードヒット（複数）は、累積アラインメントスコアが増大可能である間、個々の配列に沿って両方向に拡張（進行）される。各方向におけるワードヒットの拡張は、以下のパラメータが充足されたとき停止される。即ち、累積アラインメントスコアが、最大達成値から量Ｘだけ低下すること；累積スコアが、１又は２以上の負のスコアの残基アラインメントの蓄積に応じてゼロ以下になること；又は何れかの配列の末端に到達すること。ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメータＷ、Ｔ及びＸは、アラインメントの感度及び速度を決定する。ＢＬＡＳＴプログラムは、２つのストランドの核酸の比較に対して、デフォルト値として以下の値を使用することができる：ワード長（Ｗ）を１１、ＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Henikoff and Henikoff, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915-10919）アラインメント（Ｂ）を５０、予期（期待）値（Ｅ）を１０（これは、他の実施形態では１又は０．１又は０．０１又は０．００１又は０．０００１に変えることができる；０．１より遥かに大きい値のＥは機能的に類似の配列を同定することができないかもしれないが、短い領域の類似性のための重要性がより低い、０．１〜１０の値のＥ、ヒットを調べるために有用である。）、Ｍ＝５、Ｎ＝４。タンパク質の比較に対しては、ＢＬＡＳＴＰは、以下のデフォルト値で使用することができる：Ｇ＝１１（ギャップを開くためのコスト）；Ｅ＝１（ギャップを拡張するためのコスト）；Ｅ＝１０（予期値、この設定では、規定のアラインメントスコアＳと等しいかより良いスコアを有する１０ヒットが、サーチされるものと同じサイズのデータベースに偶然に現れることが期待される；値Ｅは、増加又は減少してサーチの厳密性を変えることができる。）；及びＷ＝３（ワードサイズ、デフォルト値は、ＢＬＡＳＴＮに対しては１１、他のブラスト（blast）プログラムに対しては３）。ＢＬＯＳＵＭマトリックスは、関連するタンパク質内のコンセンサスブロック間で生起することが知られている置換の頻度に基づくアラインメントにおける各位置に対する確率スコアを指定する（割り当てる）。ＢＬＯＳＵＭ６２（ギャップ存在コスト＝１１；残基当りのギャップコスト＝１；ラムダ比（lambda ratio）＝０．８５）置換マトリックスは、ＢＬＡＳＴ ２．０ではデフォルト値で使用される。ＢＬＯＳＵＭ６２の代わりに種々の他のマトリックスを使用することができる：例えば、ＰＡＭ３０（9, 1, 0.87）；ＰＡＭ７０（10, 1, 0.87）；ＢＬＯＳＵＭ８０（10, 1, 0.87）；ＢＬＯＳＵＭ６２（11, 1, 0.82）及びＢＬＯＳＵＭ４５（14, 2, 0.87）を使用することができる。ＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いた２つの配列間の統計的類似性の１つの尺度として、２つのヌクレオチド又はアミノ酸配列間での一致が偶然発生する確率の指標を提供する最少和確率（smallest sum probability）（Ｐ（Ｎ））がある。本発明の他の実施形態では、ヌクレオチド又はアミノ酸配列は、テスト配列と比べた最小和確率が凡そ１以下、好ましくは凡そ０．１以下、より好ましくは凡そ０．０１以下、最も好ましくは凡そ０．００１以下であれば、実質的に同一であるとみなされる。
【００２１】
本発明の核酸配列（複数）は、ある実施形態では、例えばＤＵＲ１，２タンパク質又はＤＵＲ１，２核酸配列と実質的に同一であるように、実質的に同一であり得る。そのような配列（複数）の実質的な同一性は、適切に整列されたときの同一性のパーセント値に反映され得る。このパーセント値は、例えば５０％超、８０％〜１００％、少なくとも８０％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％であり得る。実質的な同一性は、遺伝子ターゲッティング基質の場合は、遺伝子ターゲッティング基質の一部とターゲット配列の一部との同一性に適用され得るが、この場合、同一性度は、相同的対合及び組換え及び／又は修復を促進し得る。２つの核酸配列が実質的に同一であることを示す他の指標の１つは、当該２つの配列同士が、中程度のストリンジェントな条件下で、好ましくはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることである。中程度のストリンジェントな条件下でのフィルタに結合した配列へのハイブリダイゼーションは、例えば、６５℃で０．５Ｍ ＮａＨＰ０４、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭ ＥＤＴＡ、及び４２℃で０．２ｘＳＳＣ／０．１％ＳＤＳでの洗浄（Ausubel, et al. (eds), 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Vol. 1, Green Publishing Associates, Inc., and John Wiley & Sons, Inc., New York, p.2.10. 3参照）によって行うことができる。或いは、ストリンジェントな条件下でのフィルタ結合配列へのハイブリダイゼーションは、例えば、６５℃で０．５Ｍ ＮａＨＰ０４、７％ＳＤＳ、１ｍＭ ＥＤＴＡ及び６８℃で０．１ｘＳＳＣ／０．１％ＳＤＳでの洗浄（上記Ausubel, et al. (eds), 1989参照）によって実行することができる。ハイブリダイゼーション条件は、目的の配列に応じて既知の方法に従って修正してもよい（Tijssen, 1993, Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology- - Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part I, Chapter 2 “Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays”, Elsevier, New York参照）。 一般的には、ストリンジェント条件は、所与のイオン強度及びｐＨにおける特定の配列のための熱融解温度より凡そ５℃低くなるよう選択される。ストリンジェントハイブリダイゼーションのための洗浄は、例えば、少なくとも１５分、３０分、４５分、６０分、７５分、９０分、１０５分、又は１２０分とすることができる。
【００２２】
例えばＤＵＲ１，２のようなポリペプチドの構造に、当該ペプチドの生物学的機能を実質的に変化することなく幾つかの修正及び変更を加えて、生物学的に等価なポリペプチドを生成できることは、当業者によく知られている。本発明の１つの側面では、尿素カルボキシラーゼ及び／又はアロファナートヒドロラーゼ活性（を有する）タンパク質は、保存的アミノ酸置換によって天然（野生）型ＤＵＲ１，２配列と異なるタンパク質を含み得る。本書で使用する用語「保存的アミノ酸置換」は、タンパク質の所与の位置における或るアミノ酸の他のアミノ酸による置換をいうものとするが、この置換は、関連する機能の実質的な喪失無しで実行可能である。そのような改変の実行に際し、類似するアミノ酸残基の置換は、側鎖置換基の相対的類似性、例えばサイズ、電荷、疎水性、親水性等に基づいて実行することができる。また、そのような置換は、通常の検査法により、タンパク質の機能に対するその影響に関してアッセイすることができる。
【００２３】
ある実施形態では、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基を類似の親水性値（例えば±２．０の範囲内の値）を有する他のアミノ酸残基で置換することによって実行することができる。以下に、アミノ酸残基に割り当てられた例えばＴｙｒ（−１．３）又はＰｒｏ（−１．６）のような凡そ−１．６の疎水性親水性指標を有するアミノ酸を示す（詳細は米国特許第4,554,101号参照。この文献は引用を持って本書に繰り込まれその開示内容は本書に記載されているものとみなす）：Ａｒｇ（＋３．０）；Ｌｙｓ（＋３．０）；Ａｓｐ（＋３．０）；Ｇｌｕ（＋３．０）；Ｓｅｒ（＋０．３）；Ａｓｎ（＋０．２）；Ｇｌｎ（＋０．２）；Ｇｌｙ（０）；Ｐｒｏ（−０．５）；Ｔｈｒ（−０．４）；Ａｌａ（−０．５）；Ｈｉｓ（−０．５）；Ｃｙｓ（−１．０）；Ｍｅｔ（−１．３）；Ｖａｌ（−１．５）；Ｌｅｕ（−１．８）；Ｉｌｅ（−１．８）；Ｔｙｒ（−２．３）；Ｐｈｅ（−２．５）及びＴｒｐ（−３．４）。
【００２４】
他の実施形態では、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基を類似の疎水性親水性指標（例えば±２．０の範囲内の値）を有する他のアミノ酸残基で置換することによって実行することができる。そのような実施形態では、個々のアミノ酸残基には、以下のように、その疎水性及び電荷特性に基づいた疎水性親水性指標を割り当てることができる：Ｉｌｅ（＋４．５）；Ｖａｌ（＋４．２）；Ｌｅｕ（＋３．８）；Ｐｈｅ（＋２．８）；Ｃｙｓ（＋２．５）；Ｍｅｔ（＋１．９）；Ａｌａ（＋１．８）；Ｇｌｙ（−０．４）；Ｔｈｒ（−０．７）；Ｓｅｒ（−０．８）；Ｔｒｐ（−０．９）；Ｔｙｒ（−１．３）；Ｐｒｏ（−１．６）；Ｈｉｓ（−３．２）；Ｇｌｕ（−３．５）；Ｇｌｎ（−３．５）；Ａｓｐ（−３．５）；Ａｓｎ（−３．５）；Ｌｙｓ（−３．９）及びＡｒｇ（−４．５）。
【００２５】
他の実施形態では、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基を同じクラスの他のアミノ酸残基で置換することにより実行することができる。アミノ酸は、以下のように、非極性、酸性、塩基性及び中性の各クラスに分類することができる：非極性：Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；塩基性：Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ；中性：Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｔｙｒ。
【００２６】
他の実施形態では、保存的アミノ酸変化は、親水性又は疎水性、サイズ又は容積、又は電荷を考慮した変化を含む。アミノ酸は、一般に、主としてアミノ酸側鎖の性質に基づき、疎水性又は親水性として特徴付けることができる。Eisenberg et al（J. Mol. Bio. 179: 125-142, 184）の標準化されたコンセンサスである疎水性スケールに基づくと、疎水性アミノ酸はゼロより大きい疎水性を示し、親水性アミノ酸はゼロ未満の親水性を示す。遺伝的にコードされた疎水性アミノ酸にはＧｌｙ、Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ及びＴｒｐが含まれ、遺伝的にコードされた親水性アミノ酸にはＴｈｒ、Ｈｉｓ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ及びＬｙｓが含まれる。非遺伝的にコードされた疎水性アミノ酸にはｔ−ブチルアラニンが含まれ、非遺伝的にコードされた親水性アミノ酸にはシトルリン及びホモシステインが含まれる。
【００２７】
更に、疎水性又は親水性アミノ酸は、その側鎖の性質に基づいて細分類される。例えば、芳香性アミノ酸は、少なくとも１つの芳香環又は芳香族複素環を含む側鎖を有する疎水性アミノ酸であるが、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＣＮ、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−ＮＯ２、−ＮＯ、−ＮＨ２、−ＮＨＲ、−ＮＲＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ等のような１又は２以上の置換基を含み得る。ここに、Ｒは、独立的に、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、置換（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ１−Ｃ６）アルケニル、置換（Ｃ１−Ｃ６）アルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）アルキニル、置換（Ｃ１−Ｃ６）アルキニル、（Ｃ５−Ｃ２０）アリール、置換（Ｃ５−Ｃ２０）アリール、（Ｃ６−Ｃ２６）アルカリール（alkaryl）、置換（Ｃ６−Ｃ２６）アルカリール、５−２０員ヘテロアリール、置換５−２０員ヘテロアリール、６−２６員アルクヘテロアリール（alkheteroaryl）又は置換６−２６員アルクヘテロアリールである。遺伝的にコードされた芳香族アミノ酸には、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、及びＴｒｐが含まれる。
【００２８】
無極性アミノ酸は、生理的ｐＨで非帯電であり、かつ２つの原子間の共有電子対が一般的に当該２つの原子の両者によって等しく保有される（複数の）結合を有する側鎖（即ち側鎖は極性ではない）を有する疎水性アミノ酸である。遺伝的にコードされた無極性アミノ酸には、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ａｌａ及びＭｅｔが含まれる。更に、無極性アミノ酸は、脂肪族炭化水素側鎖を有する疎水性アミノ酸である脂肪族アミノ酸を含むように細分類することができる。遺伝的にコードされた脂肪族アミノ酸には、Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ及びＩｌｅが含まれる。
【００２９】
極性アミノ酸は、生理的ｐＨで非帯電であるが、２つの原子間の共有電子対が当該２つの原子の何れか一方に偏って保有される１つの結合を有する側鎖を有する親水性アミノ酸である。遺伝的にコードされた極性アミノ酸には、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ及びＧｌｎが含まれる。
【００３０】
酸性アミノ酸は、７未満のｐＫａ値を有する側鎖を有する親水性アミノ酸である。酸性アミノ酸は、通常、水素イオンの放出により生理的ｐＨで負に帯電した側鎖を有する。遺伝的にコードされた酸性アミノ酸には、Ａｓｐ及びＧｌｕが含まれる。塩基性アミノ酸は、７より大きいｐＫａ値を有する側鎖を有する親水性アミノ酸である。塩基性アミノ酸は、通常、ヒドロニウムイオンの受容により生理的ｐＨで正に帯電した側鎖を有する。遺伝的にコードされた塩基性アミノ酸には、Ａｒｇ、Ｌｙｓ及びＨｉｓが含まれる。
【００３１】
上述の分類は絶対的なものではなく、１つのアミノ酸が２以上のカテゴリーに分類し得ることは、当業者であれば理解することができる。更に、アミノ酸は、特定のアッセイにより又は予め同定されたアミノ酸との比較により、既知の挙動及び／又は特徴的な化学的、物理的又は生物学的性質に基づいて分類することも可能である。
【００３２】
本発明の種々の側面では、宿主の尿素分解活性は、例えばワイン発酵条件下のような発酵条件下で所望のレベルになるよう調節可能である。用語「発酵条件“fermentation conditions”」又は「発酵状態“fermenting conditions”」は、サッカロミセス・セレビシエのような生物による発酵によってエネルギが産生される条件、即ち発酵が行われる培養状態を意味するものとする。広義の発酵には、酸素の不存在下で微生物の増殖・成長のためのエネルギを産生可能な嫌気反応がすべて含まれる。発酵のエネルギは、基質準位リン酸化によって供給される。発酵においては、或る有機化合物（エネルギ源）が電子ドナー（供与体）として作用し、他の有機化合物が電子アクセプタ（受容体）となる。発酵には、例えば炭水化物、アミノ酸、プリン及びピリミジンのような種々の有機基質を使用することができる。１つの側面では、本発明は、例えば酵母のような、エチルアルコールを生産するため炭水化物を発酵できるような生物に関する。
【００３３】
ワインの発酵では、マストの培養条件は、開始材料（原料）として使用される果汁によって決められる。例えば、ブドウ果汁の主成分は、グルコース（通常凡そ７５〜１５０ｇ／Ｌ）、フルクトース（通常凡そ７５〜１５０ｇ／Ｌ）、酒石酸（通常凡そ２〜１０ｇ／Ｌ）、マレイン酸（通常凡そ１〜８ｇ／Ｌ）及び遊離アミノ酸（通常凡そ０．２〜２．５ｇ／Ｌ）である。しかしながら、炭水化物のエチルアルコールへの変換が主反応であるプロセスにおいて、殆どすべての果物又は甘い植物液汁を処理してアルコール飲料を製造することができる。
【００３４】
ワイン酵母は、通常、凡そ４〜４．５の範囲のｐＨで増殖及び発酵し、凡そ０．８５の最小水分活性（又は凡そ８８％の相対湿度）を必要とする。発酵は、自然発生的な進行が許容されうるか、又は予め発酵させられていたマストを接種することにより開始可能であるが、その場合、果汁は、個体数凡そ１０６〜凡そ１０７ｃｆｕ／ｍＬ果汁の酵母で接種することも可能である。マストは、酵母の個体数を増加するために通気してもよい。ひとたび発酵が始まると、通常、急速に生成する二酸化炭素により嫌気条件が維持される。発酵温度は、通常、１０℃〜３０℃であり、発酵プロセスの期間は、例えば、数日間から数週間に亘り得る。
【００３５】
１つの側面では、本発明は、発酵アルコール飲料中のエチルカルバメートの濃度を低下させることが可能な酵母株を提供する。例えば、本発明は、４０ｐｐｂ（μｇ／Ｌ）以下、３５ｐｐｂ（以下）、３０ｐｐｂ（以下）、２５ｐｐｂ（以下）、２０ｐｐｂ（以下）、１５ｐｐｂ（以下）、１０ｐｐｂ（以下）又は５ｐｐｂ（以下）（又は５０ｐｐｂ〜１ｐｐｂの間の任意の整数値（以下））の濃度のエチルカルバメートを含むワインの提供に使用することができる。他の実施形態では、本発明は、凡そ５００ｐｐｂ以下、４００ｐｐｂ（以下）、３００ｐｐｂ（以下）、２００ｐｐｂ（以下）、１５０ｐｐｂ（以下）、１００ｐｐｂ（以下）、９０ｐｐｂ（以下）、８０ｐｐｂ（以下）、７０ｐｐｂ（以下）、６０ｐｐｂ（以下）、５０ｐｐｂ（以下）、４０ｐｐｂ（以下）、３０ｐｐｂ（以下）、２０ｐｐｂ（以下）又は１０ｐｐｂ（以下）（又は５００ｐｐｂ〜１０ｐｐｂの間の任意の整数値（以下））の濃度のエチルカルバメートを含む強化ワイン又は蒸留酒の提供に使用することができる。
【００３６】
他の実施形態では、本発明は、ブドウマスト中の低下された尿素濃度を維持することが可能な酵母株を提供することができる。例えば、尿素濃度は、凡そ１５ｍｇ／Ｌ（以下）、１０ｍｇ／Ｌ（以下）、５ｍｇ／Ｌ（以下）、４ｍｇ／Ｌ（以下）、３ｍｇ／Ｌ（以下）、２ｍｇ／Ｌ（以下）又は１ｍｇ／Ｌ以下に維持することができる。
【００３７】
１つの側面では、本発明は、発酵状態下で所望のレベルの尿素分解活性を有する発酵生物の自然変異体を選択するための方法を提供する。例えば、ＤＵＲ１，２のＮＣＲを欠失している酵母株を選択することができる。酵母の突然変異及び選択プロトコールの一例として、2000年10月31日にMortimer et al.に発行された米国特許第6,140,108号を参照されたい。そのような方法では、酵母株は、エチルメタンサルフォネート、亜硝酸又はヒドロキシルアミンのような、塩基対置換を有する突然変異体を生成する突然変異原で処理することもできる。尿素分解活性が変化された突然変異体は、例えば適切な培地でプレーティングすることによってスクリーニングすることができる。
【００３８】
代替的実施形態では、宿主において尿素分解活性のレベルを変化するために部位特異的突然変異誘発を利用することもできる。例えば、部位特異的突然変異誘発は、ＤＵＲ１，２プロモータからＮＣＲ媒介要素（因子）（mediating elements）の除去に利用することができる。例えば、天然型ＤＵＲ１，２プロモータ配列のＧＡＴＡＡ（Ｇ）ボックスは、図２に示したように、置換によって削除又は修飾することができる。１つの実施形態では、例えば、ＧＡＴＡＡボックスの一方又は両方を修飾してＧをＴで置換することにより、配列をＴＡＴＡＡとすることができる。部位特異的突然変異誘発方法は、例えば、Rothstein, 1991; Simon and Moore, 1987; Winzeler et al., 1999、及びNegritto et al., 1997に開示されている。代替的実施形態では、サッカロミセス・セレビシエにおいてＮＣＲを媒介するＧｌｎ３ｐ及びＧａｔ１ｐをコードする遺伝子を突然変異させて、ＮＣＲを調節することもできる。
【００３９】
本発明の酵母株の相対尿素分解酵素活性は、形質転換されていない親株を基準として測定することができる。例えば、本発明の形質転換酵母株は、発酵状態下で親株よりも大きい尿素分解活性を有するもの、又は同じ発酵状態下で親株活性の相当により大きな割合の活性、例えば親株活性の少なくとも１５０％、（少なくとも）２００％、（少なくとも）２５０％、（少なくとも）３００％、（少なくとも）４００％又は（少なくとも）５００％の活性を有するものが選択される。同様に、本発明の組換え核酸によって発現又はコードされた酵素の活性は、それらが由来する非組換え配列を基準とし、上述のような倍数の活性を用いて決定することができる。
【００４０】
本発明の１つの側面では、ＤＵＲ１，２ポリペプチドの発現の調節を媒介する異種（非相同的）プロモータ配列の制御下にあるＤＵＲ１，２コード配列、又はそのホモログを有する組換え核酸分子を含むベクターを提供することができる。そのようなベクターを提供するために、サッカロミセス・セレビシエからのＤＵＲ１，２オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を、組換えＤＵＲ１，２遺伝子の発現を調節する発現カセットを含むプラスミドに挿入することができる。組換え分子を選択された酵母株に導入することにより、尿素分解活性が変化された形質転換株を提供することができる。代替的実施形態では、サッカロミセス・セレビシエのような宿主における天然型ＤＵＲ１，２コード配列ホモログの発現は、天然型プロモータを他のプロモータで置換することによって達成することもできる。付加的な調節要素（因子）を使用して、内因性コード配列を利用する組換え発現カセットを構築することも可能である。組換え遺伝子又は組換え発現カセットを、サッカロミセス・セレビシエのような宿主の染色体ＤＮＡに組込むことも可能である。
【００４１】
本発明の他の側面で使用するプロモータは、ＰＧＫ１又はＣＡＲ１プロモータのような適切な天然型サッカロミセス・セレビシエのプロモータから選択することができる。そのようなプロモータは、ＰＧＫ１及びＣＡＲ１ターミネータのような付加的な調節要素（因子）と共に使用することができる。種々の天然型又は組換えプロモータを使用することができるが、このようなプロモータは、ワイン製造条件のような選択された条件下でのＤＵＲ１，２活性のような尿素分解活性の発現を媒介するよう選択又は構築される。
【００４２】
本発明の１つの側面によれば、炭水化物の発酵方法、例えば宿主の尿素分解活性を調節する組換え核酸で形質転換された酵母株のような宿主を用いたワインの発酵方法が提供される。例えば、ＤＵＲ１，２遺伝子のＮＣＲは、ワイン製造酵母株において尿素のアンモニア及び二酸化炭素への分解を促進するよう調節可能である。本発明のこの側面によれば、酵母株によるブドウマストの発酵は、エチルカルバメートが限定された量しか産生されないように実行することができる。
【実施例】
【００４３】
標準的な組換え技術（Ausubel et al., 1995）を用いた１つの実施例では、フレオマイシン耐性遺伝子カセットを酵母シャトルベクターに組込み、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏと称するプラスミドを作成した。ＤＵＲ１，２遺伝子オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、ＰＣＲで増幅し、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏプラスミドに組込み、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏと称するベクターを作成した。ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏベクターは、マルチコピーでエピソームのサッカロミセス・セレビシエシェリキア・コリシャトルプラスミドであるが、このプラスミドでは、ＤＵＲ１，２コード配列は、酵母ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ１）遺伝子の調節配列間に挿入されているため、ＰＧＫ１プロモータ及びターミネータ配列は、ＤＵＲ１，２コード配列と機能的に連関する。ＬＥＵ２マーカーを用いることにより、ロイシンに対して栄養要求性である形質転換酵母細胞を選択することができる。ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏプラスミドは、構成型ＴＥＦ１酵母プロモータ及び（構成型）ＣＹＣ１（酵母）ターミネータによって駆動されるＴｎ５Ｂｌｅ遺伝子も含む。培養培地中の尿素濃度を測定した形質転換体のIn vivo分析により、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏプラスミドで形質転換されたサッカロミセス・セレビシエ細胞の尿素分解能は、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏで形質転換された細胞と比べると著しく増強されたことが示された。
【００４４】
本書には、本発明の種々の実施形態を開示したが、当業者の通常の知識に基づき本発明の範囲内において適合化・修正を多々行うことができる。そのような修正には、実質的に同じ方法で同じ結果を達成するために、本発明の任意の側面を既知の同等の態様で置換することが含まれる。数値範囲には、当該範囲を画する数値も含まれる。本書において、用語「含む（comprising）」は、開放型の用語として使用されるが、これは、「〜を含むが、それらに限定されない（including, but not limited to）」という言い回しに実質的に等しく、用語「含む（comprises）」は、これに対応する意味を有する。本書における文献の引用は、そのような文献が本発明の先行技術を構成することを承認したものと解するべきではない。本書で引用したすべての刊行物−特許及び特許出願を含むがこれらに限定されない−は、引用を持って本書に繰り込み、その開示内容は本書に記載されているものとみなす。本発明は、上述の、及び実施例及び図面に示した実質的にすべての実施形態・変形形態を含む。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】図１は、ＤＵＲ１，２コード配列の開始部で終端しているＤＵＲ１，２遺伝子の上流域の記号図である。図の情報源は、公表されたサッカロミセス・セレビシエ第２番染色体完全染色体配列（Genbank LOCUS NC_001134, ACCESSION NC_001134, REGION: complement (635670..643177), VERSION NC_001134.2, GI:14270686; Feldmann, H., Aigle, M., Aljinovic, G., Andre, B., Baclet, M.C., Barthe, C., Baur, A., Becam, A.M., Biteau, N., Boles, E. et al.“Complete DNA sequence of yeast chromosome 11”EMBO J. 13 (24), 5795-5809 (1994); Goffeau, A., Barrel, B.G., Bussey, H., Davis, R.W., Dujon, B., Feldmann, H., Galibert, F., Hoheisel, J. D., Jacq, C., Johnson, M., Louis, E.J., Mewes, H.W., Murakami, Y., Philippsen, P., Tettelin, H. and Oliver, S.G. “Life with 6000 genes”Science 274 (5287), 546 (1996)）である。
【図２】図２は、ＤＵＲ１，２開始コドンＡＴＧで終端しているＤＵＲ１，２遺伝子の上流域の一部の配列を示す。２つの推定ＮＣＲ要素（因子）ＧＡＴＡＡ（Ｇ）ボックスは強調表示されている（一方は部位−５４〜−５８に、他方は部位−３２０〜−３２４にある）。同様に複数の推定ＴＡＴＡＡボックスも強調表示してある。
【図３】図３は、ＤＵＲ１，２発現カセットによって（遺伝子）操作された酵母のＤＵＲ１，２転写・翻訳の上方制御を示す。（Ａ）形質転換ＧＶＹ４００細胞におけるＤＵＲ１，２の発現（ＤＵＲ１，２ｃＤＮＡを含むものはレーン２に、含まないものはレーン１に示した）を、α３２Ｐ−ｄＡＴＰ標識ＤＵＲ１，２プローブを用いた全ＲＮＡのノーザン分析によって比較した。ＲＮＡ添加基準物質（RNA loading standard）としてヒストン４をコードするＨＨＦ１（HHF1 encoding histone 4）を用いた。（Ｂ）形質転換ＧＶＹ４００細胞におけるウレアアミドリアーゼの発現（ＤＵＲ１，２ｃＤＮＡを含むものはレーン３に、含まないものはレーン２に示した）を、形質転換体から抽出した全タンパク質中に存在するビオチン化タンパク質のウエスタンブロットで視覚化した。ホースラディッシュペルオキシダーゼと結合したストレプトアビジンを用いたＸ線フィルムへの化学ルミネセンスによって検出を行った。分子量マーカー（レーン１）として高分子量のビオチン化基準物質（レーン当たり５μｇ）が含まれている。
【図４】図４は、ＤＩ／ＴＲＩＳＥＣ法（Dietmaler and Fabry, 1995）に従った、ＤＵＲ１，２遺伝子をｐＨＶＸ２プラスミドに組込んでＰＪＣｌを作成するためのクローニングストラテジーの模式図である。サッカロミセス・セレビシエＴＣＹ １から得たゲノムＤＮＡは、標準的な方法（Ausubel et al., 1995）に従って調製した。ＤＵＲ１，２遺伝子のコード配列は、ＥｘＴａｑ（Takara）ＤＮＡポリメラーゼを用いたＰＣＲによって増幅した。使用したプライマーは、当該遺伝子の５’末端に対しては５ＴＴＡＡＡＡＡＡＡＴＧＡＣＡＧＴＴＡＧＴＴＣＣＧＡＴＡＣＡ３’（配列番号１）であり、３’末端に対しては、５ＴＣＧＡＡＡＡＡＧＧＴＡＴＴＴＣＡＴＧＣＣＡＡＴＧＴＴＡＴＧＡＣ３’（配列番号２）であった。選択された開始コドン及び終止コドンの相補配列は太字で示した。増幅産物は、３’フランキング末端の幾つかのヌクレオチドを除去するために、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼで処理した。酵素の３’−５’エキソヌクレアーゼ活性は、必要に応じて、十分なヌクレオチドを添加して停止された。プラスミドｐＨＶＸ２（Volschenk et al., 1997）は、ＥｃｏＲ１及びＢｇｌＩＩ制限酵素によって切断し、次いでＥ.ｃｏｌｉポリメラーゼＩのクレノーフラグメントで処理した。制限酵素部位は、インサートのクローニングと適合的な配列を有するようにするために、ｄＡＴＰ及びｄＧＴＰの存在下で部分的に充填した。
【図５】図５は、フレオマイシン耐性遺伝子カセットの、ＤＵＲ１，２遺伝子を含むｐＪＣ１（標識ｐＨＶＸ２又はｐＲＵＲ１，２）へのクローニングを示す模式図である。ｐＪＣ２（標識ｐＨＶＸ２ｐｈｌｅｏ又はｐＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ）を構築するために標準的な方法（Ausubel et al., 1995）を用いた。
【図６】図６は、プラスミドｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ（図では標識pＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ）の模式図である。このプラスミドは、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏベクターに由来するマルチコピーでエピソームのサッカロミセス・セレビシエシェリキア・コリシャトルプラスミドであり、ＤＵＲ１，２遺伝子が、酵母ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ１）遺伝子の調節配列（プロモータ及びターミネータ配列）間に挿入されている。ＬＥＵ２マーカーは、ロイシンに対し栄養要求性である形質転換酵母細胞の選択を容易にする。このプラスミドは、構成型ＴＥＦ９酵母プロモータ及び（構成型）ＣＹＣ１酵母ターミネータによって駆動されるＴｎ５Ｂｌｅ遺伝子も含む。このカセットを保有する酵母細胞は、フレオマイシンに耐性になる。このポジティブ選択マーカーの使用は、栄養要求性マーカーを保有しない形質転換工業酵母株を用いた操作にとりわけよく適合する。
【図７】図７は、培養培地中の尿素の濃度を低下させる本発明の形質転換酵母の特性を示すグラフである。ＤＵＲ１，２染色体部位で中断された半数性の実験用酵母株を、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏプラスミド又はＤＵＲ１，２遺伝子を含まないｐＪＣ２ｐｈｌｅｏプラスミドで形質転換した。この突然変異株を使用することにより、ウレアアミドリアーゼ内因性活性によりバックグラウンド無しで菌株の能力を評価することができる。形質転換細胞は、０．１％グルタミンを含む最小培地で増殖させて集菌し、新鮮培地に接種した。一時間後、尿素３３ｍｇ／Ｌを添加した。二時間おきに培地のアリコートを収集し、ガラスビーズを含む培地中で細胞を破壊し、細胞の残滓は遠心分離で除去した。上清を収集した後直ぐに、加熱して酵素を不活性化し、サンプル中に含まれている尿素を測定した。この方法は、細胞内及び細胞外尿素の測定を同時に促進し、細胞内に取り込まれた尿素と細胞によって代謝された尿素との間でなされる区別を可能にする。また、各培地の増殖期を調べるために、６００ｎｍ吸光度（ａｂｓ６００ｎｍ）も定期的に測定した。ｎ＝６の標準偏差を示す。黒丸で示したデータは、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏで形質転換した実験用菌株で接種された培地中の尿素濃度である。黒塗りの正方形で示したデータは、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏで形質転換した実験用菌株で接種された培地中の尿素濃度である。白丸で示したデータは、ｐＪＣ２ｐｈｌｅｏ株のａｂｓ６００ｎｍである。白抜きの正方形で示したデータは、ｐＪＣ２／ＤＵＲ１，２ｐｈｌｅｏ株のａｂｓ６００ｎｍである。左側のＹ軸は、ｍｇ/Ｌで表した尿素濃度［ｕｒｅａ］である。右側のＹ軸は、ａｂｓ６００ｎｍである。Ｘ軸は、接種後の経過時間である。
【引用文献】
【００４６】
以下の文献は、引用を持って本書に繰り込まれ記載されているものとする。
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Winzeler, EA, Shoemaker, DD, Astromoff, A, Liang, H, Anderson, K, Andre, B, Bangham, R, Benito, R, Boeke, JD, Bussey, H, Chu, AM, Connelly, C, Davis, K, Dietrich, F, Dow, SW, EI Bakkoury, M, Foury, F, Friend, SH, Gentalen, E, Giaever, G, Hegemann, JH, Jones, T, Laub, M, Liao, H, Davis, RW: Functional characterization of the S. cerevisiae genome by gene deletion and parallel analysis. Science 285: 901-906(1999).
Claims (20)
- 発酵状態下で当該酵母株によって発現される尿素分解酵素活性の窒素カタボライト抑制を減少するよう形質転換された酵母株。
- 前記尿素分解酵素活性は、尿素カルボキシラーゼ活性又は尿素アロファナート加水分解酵素活性であること
を特徴とする請求項１に記載の酵母株。 - 前記尿素分解酵素活性をコードするコード配列を含む組換え核酸によって形質転換されること
を特徴とする請求項１又は２に記載の酵母株。 - 発酵状態下で前記尿素分解酵素活性の発現の媒介に適合されたプロモータを含む組換え核酸によって形質転換されること
を特徴とする請求項１又は２に記載の酵母株。 - 前記コード配列は、ＤＵＲ１，２オープンリーディングフレームに相同的なオープンリーディングフレームを有すること
を特徴とする請求項３に記載の酵母株。 - 前記発酵状態下において、エチルアルコールを生産するための炭水化物を発酵すること
を特徴とする請求項１〜５の何れか一項に記載の酵母株。 - サッカロミセス・セレビシエ株であること
を特徴とする請求項１〜６の何れか一項に記載の酵母株。 - 前記発酵状態下において、３０ｐｐｂ未満の濃度のエチルカルバメートを含むワインを生産すること
を特徴とする請求項１〜７の何れか一項に記載の酵母株。 - 実質的に明細書に記載された及び実施例及び図面に関連する酵母株。
- 発酵アルコール飲料を製造するための請求項１〜９の何れか一項に記載の酵母株の使用。
- 発酵状態下で請求項１〜９の何れか一項に記載の酵母株を維持すること
を含む発酵アルコール飲料の製造方法。 - 請求項１０又は１１により製造された発酵アルコール飲料。
- 前記発酵アルコール飲料は、ワイン又は蒸留酒であること
を特徴とする請求項１２に記載の発酵アルコール飲料。 - 前記発酵アルコール飲料は、ワインであること、及び該ワインは、３０ｐｐｂ未満の濃度のエチルカルバメートを含むこと
を特徴とする請求項１３に記載の発酵アルコール飲料。 - 発酵産物を製造するための請求項１〜９の何れか一項に記載の酵母株の使用。
- 発酵状態下で請求項１〜９の何れか一項に記載の酵母株を維持すること
を特徴とする発酵産物の製造方法。 - 請求項１５又は１６により製造された発酵産物。
- 発酵状態下で当該酵母株によって発現される尿素分解酵素活性の窒素カタボライト抑制を減少するよう当該酵母株を形質転換すること
を含む酵母株の改変方法。 - 天然型ＤＵＲ１，２プロモータ配列と適切に整列させたとき９５％同一であるプロモータ配列を含むと共に、該プロモータ配列は、宿主細胞内における発酵状態下で機能的に連関するコード配列の窒素カタボライト抑制を媒介しないこと
を特徴とする単離核酸。 - 天然型ＤＵＲ１，２コード配列と適切に整列させたとき８０％同一であるコード配列を含むと共に、該コード配列は、宿主細胞内における発酵状態下で該コード配列の窒素カタボライト抑制を媒介しないプロモータ配列と機能的に連関すること
を特徴とする単離核酸配列。
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