JP2000508177A - 人工染色体、該染色体の使用および人工染色体の製造方法 - Google Patents

人工染色体、該染色体の使用および人工染色体の製造方法

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Abstract

(57)【要約】 人工染色体を有する細胞系の製造方法、人工染色体の製造方法、人工染色体の精製方法、異種DNAの人工染色体への標的挿入方法、ならびに特定の細胞および組織への染色体の導入方法が提供される。さらに、これらの方法で使用される細胞系、ならびにこれら方法によって生産される細胞系および染色体も提供される。特に、挿入異種DNAを除き、実質的に異質染色質から構成される付随人工染色体が提供される。遺伝子療法、遺伝子産生物の生産および遺伝子導入植物・動物の生産などの人工染色体の使用方法も提供される。

Description

【発明の詳細な説明】 人工染色体、該染色体の使用および人工染色体の製造方法 関連出願 米国の国内段階に関して本出願は、発明の名称「ARTIFICIAL CHROMOSOMES,US ES THEREOF AND METHODS FOR PREPARING ARTIFICAL CHROMOSOMES」で1996年 8月7日に出願された同時係属中の米国特許出願08/695191号(GYULAH ADLACZKYおよびALADAR SZALAY)の一部継続出願である。本出願はさらに、発明 の名称「ARTIFICIAL CHROMOSOMES,USES THEREOF AND METHODS FOR PREPARING A RTIFICAL CHROMOSOMES」で1996年7月15日に出願された同時係属中の米国 特許出願08/682080号(GYULA HADLACZKYおよびALADAR SZALAY)の一部 継続出願でもあり、発明の名称「ARTIFICIAL CHROMOSOMES,USES THEREOF AND M ETHODS FOR PREPARING ARTIFICAL CHROMOSOMES」で1996年4月10日に出願 された同時係属中の米国特許出願08/629822号(GYULA HADLACZKYおよ びALADAR SZALAY)の一部継続出願でもある。 国際段階に関しては、これら各出願に対する優先権の恩恵が 請求されており、その出願の主題はその全体が、本明細書に組み込まれるものと する。 米国特許出願08/695191号は、米国特許出願08/682080号の 一部継続出願であり、米国特許出願08/629822号の一部継続出願でもあ る、米国特許出願08/682080号は、米国特許出願08/629822号 の一部継続出願である。 本出願は、現在米国特許5288625号である米国特許出願07/7595 58号に関係し、1996年10月21日出願の米国特許出願08/73434 4号に関係し、1995年1月19日出願の認可された米国特許出願08/37 5271号に関係するものであり、該米国特許出願08/375271号は19 93年6月23日出願の米国特許出願08/080097号の継続出願であり、 該出願は1992年6月3日出願の米国特許出願07/892487号の継続出 願であり、該出願は1990年5月9日出願の米国特許出願07/521073 号の継続出願である。 許容される範囲まで、米国特許出願08/734344号、08/69519 1号、08/682080号、08/629 822号、08/375271号、08/080097号、07/892487 号および07/521073号ならびに米国特許5288625号のそれぞれの 主題は、それに対する引用によって、全体が本明細書に組み込まれるものとする 。発明の属する技術分野 本発明は、人工染色体を含む細胞系の製造方法、人工染色体の単離方法、異種 DNAの該染色体への標的挿入、特定の細胞および組織への該染色体の導入、な らびに該染色体の単離および大量生産方法に関するものである。さらには、上記 方法で使用される細胞系、該方法によって製造される細胞系および染色体も提供 される。さらには、人工染色体を使用した、異種蛋白の細胞に基づく製造方法、 遺伝子治療および遺伝子導入動物、特には人間以外の遺伝子導入動物の形成方法 も提供される。発明の背景 遺伝子治療および異種核酸の組換え体発現のためのいくつかのウィルスベクタ ー、非ウイルス性導入系および物理的導入系が開発されている(例えば、Mitani et al.(1993)Trends Biotech.11:162-166参照)。しかしながら現在使用できる 系には、特に持続的、安定または制御された遺伝子発現が必要な場合に多 くの制限がある。その制限には、(1)ウィルスベクターが許容できるDNA挿 入物[遺伝子]の大きさに、多くて約10キロ塩基[kB]程度の制限があるた めの大きさ上の制限(それに対して、治療上重要と考えられる多くの哺乳動物遺 伝子は、特に全ての制御要素が含まれる場合、その限界よりかなり高い)、(2 )組み込みの標的を特異的に定めることができないため、ランダムな組み込みが 起こって、重要な遺伝子または癌抑制遺伝子を破壊する危険性があること、(3 )ランダムに組み込まれた治療遺伝子の発現が、核における機能的区画化によっ て影響を受けると考えられ、しかも染色質に基づく位置効果によって影響を受け ること、(4)コピー数と従ってゲノムに組み込まれる所定の遺伝子の発現を制 御できないことなどがある。従って、遺伝子導入における改善と安定な発現系が 望まれている(例えば、Mulligan(1993)Science 260:926-932参照)。 さらに、安全かつ有効なベクターおよび遺伝子治療には、現在使用可能な系で は保証されない多くの特徴がなければならない。例えば、安全なベクターは、宿 主の遺伝物質において組換えもしくは突然変異によって望ましくない変化を促進 し得るDNA要素を含んでいてはならず;ベクターを有する細胞、組織 もしくは生物において有害効果を起こす可能性のあるものであってはならず;し かもゲノムの機能を妨害するものであってはならない。さらに、ベクターが非組 み込み型であるか、あるいは部位特異的組み込み用であることが有利であると考 えられる。さらに、ベクターが有する治療遺伝子のコピー数を制御して安定なも のとする必要があり;ベクターは導入される遺伝子の独立かつ制御された機能を 確保すべきであり;ベクターは大きい(Mbまで)挿入物を受け入れ、その挿入 物の機能的安定性を確保するものでなければならない。 しかしながら、既存の遺伝子導入技術の限界があるために、大きい(Mb以上 の大きさ)遺伝子および遺伝子複合体を、治療遺伝物質の安全で、制御された、 持続的な発現を提供する調節要素とともに転移させるのに好適な別のベクター系 の開発が望まれる。 現在、利用可能なベクターでこれらの要件を全て満たすものはない。しかしな がら、これらの特徴のほとんどを染色体が有している。そこで人工染色体は、遺 伝子治療だけでなく、多くの遺伝子発現の調整を必要とするかまたは大きい遺伝 子によってコードされる遺伝子産生物の安定で高レベルな制御された生 産および他の用途に理想的なベクターであると考えられる。酵母での異種遺伝子 の発現のための人工染色体が利用可能であるが、所定の哺乳動物の人工染色体の 構築は達成されていない。単離された機能的哺乳動物動原体がなく、それの産生 および安定複製のための必須条件の解明が不十分であることが、そのような構築 の障害となっている。酵母の場合とは異なり、哺乳動物の動原体に非常に近い選 択可能な遺伝子はなく、非常に反復性の高い挟動原体異質染色質DNAが長く続 くことで、染色体歩行などの現在利用できる方法を用いた哺乳動物動原体の単離 が実質的に不可能となる。哺乳動物の人工染色体生産には他の戦略が必要であり 、いくつか開発されている。例えば、米国特許5288625号には、人工染色 体、すなわち約20〜30メガ塩基であるミニ染色体を含む細胞系が提供されて いる。しかしながら、その染色体の単離に用いられている方法では、わずか約1 0〜20%の純度のものしか得られない。そこで、別の人工染色体の開発および 単離・精製方法の完成、ならびにより多用途な染色体の開発およびミニ染色体の さらなる特性決定が、この技術の可能性を実現する上で必要である。 従って本発明の目的は、哺乳動物の人工染色体ならびに外来 DNAをそのような染色体に導入する方法を提供することにある。さらに本発明 の目的は、当該染色体の単離・精製方法を提供することにある。本発明の目的は さらに、特定の細胞に哺乳動物の人工染色体を導入する方法を提供すること、な らびにそうして得られる細胞と、人工染色体を含む遺伝子導入の人間以外の動物 、鳥、魚および植物を提供することにある。本発明の目的はさらに、人工染色体 を用いる遺伝子療法および遺伝子産物の発現方法を提供することにある。本発明 の目的はさらに、生物特異的な人工染色体を新規に(デノボ)構築する方法を提 供することにある。本発明のさらに別の目的は、デノボ哺乳動物人工染色体を形 成する方法を提供することにある。発明の概要 哺乳動物人工染色体[MAC]が提供される。MACおよび本発明の方法を用 いて製造される昆虫、鳥、ニワトリおよび魚などの他の高等真核生物についての 人工染色体も提供される。そのような染色体の形成方法および単離方法も提供さ れる。昆虫、鳥、ニワトリおよび魚類などの他の動物から、MACを用いて人工 染色体を構築する方法も提供される。人工染色体は、十分機能的に安定な染色体 である。2種類の人工染色体が提供 される。1種類は、本明細書においてSATACと称するもので(付随人工染色 体または付随DNAに基づく人工染色体(これら用語は本明細書では互換的に使 用する))、安定な異質染色質染色体であり、他方の種類は真正染色質の増幅に 基づくミニ染色体である。 人工染色体は、1個のプロモーターに機能的に連結された1個の遺伝子の複数 コピーあるいは各個別のプロモーターに連結された各コピーまたはいくつかのコ ピーなどの1個もしくは複数の遺伝子を含むメガ塩基[Mb]対の大きさのDN A断片の標的組み込みのためのゲノム外座を提供するものである。そこで、MA Cを用いて、細胞、組織および動物ならびに鳥、ニワトリ、魚および植物などの 生物に遺伝子を導入する方法も提供される。組み込み異種DNAを有する人工染 色体は、遺伝子治療;遺伝子産生物、特には複遺伝子性生合成経路の発現を必要 とし、遺伝子導入(人間以外の)動物、鳥、鶏および魚を生産するための、胚幹 細胞[ES細胞]などの生殖細胞系細胞の核への導入のための産生物の製造方法 で使用することができる。単子葉植物および双子葉植物などの遺伝子導入植物も 、本発明では想到される。 哺乳動物人工染色体は、対象とする蛋白をコードする遺伝子の導入のためのゲ ノム外特異的組み込み部位を提供し、メガ塩基の大きさのDNA組み込みが可能 であることから、例えば、代謝経路全体をコードする遺伝子あるいは嚢胞性繊維 症[CF;約250kb]ゲノムDNA遺伝子、多価ワクチン製造のための一連 の抗原をコードする多重遺伝子などのいくつかの遺伝子などの非常に大きい遺伝 子を安定に細胞に導入することができる。p53などの腫瘍抑制遺伝子、嚢胞性 繊維症膜貫通調節蛋白質[CFTR]のcDNA、および抗HIVgagリボザ イム(ribozyme)遺伝子などの抗HIVリボザイムの遺伝子等のそのような遺伝 子を人工染色体に標的導入するためのベクターも提供される。 本発明で提供される染色体は、細胞、好ましくは安定な細胞系に、1個または 複数の選択可能なマーカーをコードするDNAを含む異種DNAを導入し;細胞 を選択条件で成長させ;得られたクローンの中から、1以上の動原体および/ま たはそれの断片を有する染色体を含むクローンを確認することで形成される。追 加の動原体を製造する増幅が、染色体の挟動原体領域の動原体付近で異種DNA が組み込まれた染色体を含む細胞で 起こる。次に、特定のクローン細胞を用いて、人工染色体を形成する。 DNAの非標的導入によって適切な座への組み込みをいくらかの頻度で生じる が、標的導入が好ましい。そこで好ましい実施態様では、細胞に導入されて人工 染色体の形成を行う選択可能マーカーを有するDNAが、挟動原体領域、異質染 色質および特には染色体のrDNAなどの増幅可能領域を標的としてそれを導入 する配列を有する。例えば、それぞれマウス付随DNAおよびヒト付随DNAに 特異的なそのようなDNAを含むpTEMPUDおよぴpHASPUD(本発明 で提供)のようなベクターが提供される。プラスミドpHASPUDは、ヒト染 色体を特異的に標的とするヒト付随DNA配列を含むpTEMPUDの誘導体で ある。好ましい標的配列には、異種DNAを標的として、rDNAを含む染色体 のrDNA領域に組み込む哺乳動物リボソームRNA(rRNA)遺伝子配列( 本明細書においてはrDNAと称する)などがある。例えば、マウスrDNAを 含むpTERPUDなどのベクターが提供される。細胞に存在する染色体に組み 込む際、これらのベクターは増幅を誘発することができ、それによって追加の動 原体が形成される。 人工染色体は、細胞を多動原体染色体、代表的には二動原体染色体とともに、 染色体が切断されてミニ染色体と元二動原体(formerly dicentric)染色体とを 形成する条件下に培養することで形成される。本発明で提供されるMACの中に は、主として短い付随DNAの反復単位からなり、ほぼ完全に異質染色性である ことから、異種もしくは異質のDNAの挿入がなければ、染色体が好ましくは遺 伝情報を持たないか、あるいはrDNA配列などの非蛋白コード遺伝子配列のみ を有するSATACがある。そこで、それは有害である可能性のある遺伝子を持 たないことから、哺乳動物宿主へのDNA組み込みのための「安全な」ベクター として使用することができる。SATACは、例えば米国特許5288625号 におけるようなミニ染色体断片からではなく、元二動原体染色体の断片から形成 される。 さらに、真正染色質ミニ染色体の形成方法およびそれの使用方法も本発明で提 供される。ある種のMAC、すなわち米国特許5288625号にすでに記載さ れているミニ染色体の形成方法ならびに異種DNAの発現のためのそれの使用方 法が提供される。ミニ染色体などのMACを形成するための本発明で提供される 特定の方法では、哺乳動物rDNAを含む異種DNA および1以上の選択可能マーカー遺伝子を細胞に導入し、それを次に、選択条件 下に成長させる。複数の動原体を有する染色体を含む得られた細胞を選別し、染 色体が分裂しでミニ染色体およびミニ染色体が放出される元多動原体(代表的に は二動原体)染色体を形成する条件下で培養する。 ミニ染色体を含む細胞系およびそれの細胞融合への使用も提供される。1実施 態様において、哺乳動物ミニ染色体を含む細胞系を、特定の遺伝子または複数遺 伝子をコードするドナーDNAに対する受容細胞として使用する。ドナーDNA のミニ染色体への組み込みを容易にするため、受容細胞系には好ましくはミニ染 色体を含ませるが、やはり元二動原体染色体は含ませない。これは、細胞融合な らびにミニ染色体を含むが元二動原体染色体を含まない細胞の選別などの本明細 書に開示の方法によって行うことができる。ドナーDNAを、第2の選択可能マ ーカーに連結し、ミニ染色体を標的とし、それに組み込む。得られた染色体を、 細胞融合によって、チャイニーズ・ハムスター細胞系[CHO]などの適切な受 容細胞系に転移させる。遺伝子操作染色体を有する細胞の大量生産後、その染色 体を単離する。詳細には、コルヒチン添加などによって中期染色体を得 て、それを細胞溶解物から精製する。その染色体を、異種DNAのクローニング 、配列決定および細胞への組み込みに使用する。 選択条件下での反復培養ならびに元二動原体染色体から生産される染色体を含 む細胞のサブクローニングによって形成される各種大きさのSATACも提供さ れる。SATACの例としては、約15Mb[2個の約7.5Mbブロック]で ある反復DNA単位に基づいたものである。他の生物および他の染色体から形成 されるSATACの反復DNA単位は変動し得るが、代表的には、約7〜約20 Mb程度であると考えられる。反復DNA単位は本明細書ではメガレプリコンと 称するが、それは例示のSATACでは、異種DNAおよび非付随DNAなどの 非DNAが隣接する付随DNAの縦列ブロックを含む。増幅によって、異種[「 外来」]DNAと接する2個の反転メガレプリコンを含む1列の染色体部分(そ れぞれアンプリコンと称される)が生産される。細胞融合、選択培地での成長お よび/またはBrdU[5−ブロモデオキシウリジン]処理または他のゲノム不 安定化試薬または不安定化剤による他の処理(X線などによるイオン化放射線照 射等)ならびにサブクローニングを 繰り返すことで、150〜200Mbの「ソーセージ」染色体、500〜100 0Mbのギガ染色体、安定な250〜400Mbのメガ染色体ならびにそれらか ら誘導される各種の相対的に小さい安定な染色体などの安定な異質染色性または 部分的に異質染色性の染色体を有する細胞系が得られる。これらの染色体は、こ れらの反復単位に基づいたものであり、発現される異種DNAを含み得るもので ある。 そこで、両方の種類のMAC(すなわち、SATACSおよびミニ染色体)の 製造方法が提供される。その方法は、哺乳動物、鳥、鶏、魚、昆虫および植物な どの高等真核生物細胞由来の動原体を有する人工染色体の製造に利用される。 得られる染色体を本発明で提供される方法によって精製して、異種DNAを特 定細胞に導入して異種DNAによってコードされた遺伝子産生物の生産、遺伝子 導入(人間以外)の動物、鳥、鶏、魚および植物の生産あるいは遺伝子治療を行 うためのベクターを提供することができる。 さらに、ミニ染色体およびSATACの断片化のための方法およびベクターが 提供される。そのような方法およびベクターは、比較的小さく安定な人工染色体 のin vivoでの形成に使用 することができる。染色体断片化のためのベクターを用いて、メガレプリコン、 動原体および2個の末端小粒を有し、約7.5Mb〜約60Mb、好ましくは約 10Mb〜15Mbおよび30〜50Mbのものである人工染色体を製造する。 例を挙げると、好ましい範囲は約7.5Mb〜50Mbである。そのような人工 染色体は、他の方法によって製造することもできる。 15Mb(または2個の反転繰り返し単位を有する30Mbアンプリコン)ま たは30Mb以上のそれのマルティマー(例:60Mb)の単離は、in vitroで 操作できる安定な染色体ベクターを提供するものでなければならない。MACを 小さくしてより安定な自己再生人工染色体を形成する方法も提供される。 さらに本発明では、本明細書で提供のもののような哺乳動物人工染色体をin v itroで製造する方法ならびに得られる染色体も提供される。その方法では、構造 要素および機能要素をin vitroで組み立てて、安定な人工染色体を提供する。そ のような要素には、動原体、2個の末端小粒、1個以上の複製源ならびに付随D NAなどの充填物異質染色質などがある。その後の選択のための選択可能マーカ ーなどもあり得る。これらの特異的DNA要素は、異種DNAの細胞への導入な らびに人工染色 体、特にはSATACを生じるその後の増幅によって形成されたものなどの本発 明で提供される人工染色体から得ることができる。人工染色体のin vitroでの構 築に使用する動原体配列も、本発明で提供される動原体クローニング法を用いる ことで得ることができる。好ましい実施態様においては、複製源、特にはメガレ プリケータを提供する配列はrDNA由来のものである。これらの配列には好ま しくは、rDNA複製源および増幅促進配列などがある。 異種DNAを人工染色体に狙って組み込む方法およびベクターも、相対的に小 さいが安定で自己再生性の人工染色体を製造するための染色体の断片化方法およ びそのためのベクターと同様に提供される。 前記染色体を細胞に導入して、細胞源に応じて、安定な形質転換細胞系または 細胞を得る。導入は、エレクトロポレーション;リン酸カルシウム沈殿などによ る直接取り込み;リポフェクション(lipofection)、微小核体融合、脂質介在 キャリア系その他の好適な方法による単離染色体の取り込みなど(ただし、これ らの方法に限定されるものではない)の好適な方法によって行われる。得られる 細胞は、細胞中での蛋白生産に使用する ことができる。その染色体は単離して、遺伝子取り込みに使用することができる 。基準染色体と比較してMACにおいて異なる染色体のDNA含有量に基づく染 色体の単離方法が提供される。さらに、MACの含有量、特に密度および大きさ によって決まる方法も提供される。 これらの人工染色体は、遺伝子治療;遺伝子産生物生産系;人化した遺伝子形 質転換動物臓器の生産;遺伝子導入した植物および哺乳動物、鳥、鶏、魚、無脊 椎動物、脊椎動物、は虫類および昆虫なとの動物(人間以外)、臓器または情報 保存媒体として染色体要素を使用すると考えられる機器の生産;ならびに、動原 体機能の分析および研究;in vitroで構築できる人工染色体ベクターの生産;お よび生物特異的人工染色体の製造で使用することができる。人工染色体は、微量 注入法、細胞融合、微小核体融合、エレクトロポレーション、核転移、電気融合 、粒子衝撃法(projectile bombardment)、核転移、リン酸カルシウム沈殿、脂 質介在転移系および他のそのような方法を用いて、細胞に導入することができる 。人工染色体とともに使用するのに特に好適な細胞には、特にトマト、シロイヌ ナズナ(arabidopsis)およびその他のような植物細胞;カイコ細胞な どの昆虫細胞;昆虫の幼虫;魚;は虫類;両生類;蜘蛛;哺乳動物細胞;鳥の細 胞;胚幹細胞;造血幹細胞;胚ならびに養子免疫療法で使用されるリンパ球およ び神経もしくは神経細胞などの遺伝子療法で使用される細胞などがあるが、これ らに限定されるものではない。そこで、遺伝子産生物および遺伝子導入(人間以 外)動物および植物を生産する方法も提供される。得られる遺伝子導入動物・植 物も提供される。 これらの染色体を含む細胞系の例も提供される。 特定生物についての人工染色体を製造する方法および動原体のクローニング方 法も提供される。例えば、異なる生物で使用される人工染色体を形成するために 提供される2つの方法の例を以下に示す。第1に、本発明の方法を異なる生物に 適用することができる。第2に、生物特異的人工染色体の形成手段および動原体 をクローニングする手段が提供される。詳細には、動物または植物からの動原体 をクローニングする方法は、その植物もしくは動物のゲノムを含むDNA断片の ライブラリを得て、各断片を、選択した植物もしくは動物(通常は非哺乳動物) と異なる生物(通常は哺乳動物)からの動原体および選択可能なマーカーを含む 哺乳動物付随人工染色体[SATAC]に導入 することで得られる。選択される植物または動物は、哺乳動物動原体が機能しな いものである。各SATACを、選択条件下で成長する細胞に導入し、それを選 択条件下に成長させ、SATACを有する細胞を確認する。そのようなSATA CはライブラリからのDNAによってコードされた動原体を有するはずであるか 、あるいは選択された生物における安定な複製に必要な要素を有するはずである 。 比較的大きいDNA断片が人工染色体に含まれているライブラリも提供される 。 遺伝子導入(人間以外)動物、無脊椎動物および脊椎動物、植物および昆虫、 魚、は虫類、両生類、蜘蛛、烏、鶏および哺乳動物も提供される。特に興味深い ものは、耐性を与えるか疾患に対する感受性を低下させる遺伝子を発現する遺伝 子導入(人間以外)動物および植物である。例えば転移遺伝子(transgene)は 、ウイルス、細菌または害虫などの病原体に対して毒性があるが、遺伝子導入宿 主には毒性を持たない蛋白をコードすることができる。さらに、複数の遺伝子を MACに導入できることから、抗原をコードする一連の遺伝子を導入し、それが 発現時に、抗原への曝露によって免疫または何らかの保 護を与える疾患に対して宿主動物を免疫感作する[多価ワクチンと同様にして] 上で役立つ。 さらには、疾患の研究ならびにそれの治療および治癒法を開発する上で使用さ れるある種の疾患および障害のモデルとして役立つ遺伝子導入(人間以外)動物 も興味深い。そのような疾患の動物モデルは、MACで動物に導入され、その動 物において疾患もしくは障害を誘発する遺伝子[代表的には、疾患関連の突然変 異を有する遺伝子]を発現する。同様に、アンチセンスRNAをコードする遺伝 子を有するMACを動物細胞に導入して、条件的「ノックアウト」遺伝子導入( 人間以外)動物を得ることができる。そのような動物では、アンチセンスRNA の発現によって、アンチセンスRNAに相当する遺伝子の産生物が減少するか完 全になくなる。さらに興味深いものとしては、動物の母乳で発現される治療蛋白 をコードする含MAC遺伝子を有している遺伝子導入哺乳動物がある。動物の臓 器を人化するのに役立つ含MAC遺伝子を発現する、異物移植術用の遺伝子導入 (人間以外)動物も興味深い。動物臓器の人化で使用可能と考えられる遺伝子に は、ヒト表面抗原をコードするものなどがある。 哺乳動物動原体などの動原体のクローニング方法も提供される。詳細には、1 実施態様において、SATACの断片から構成されるライブラリを、チロシナー ゼをコードするDNAなどの検出可能なマーカーを有するYAC[酵母人工染色 体]にクローニングし、次にアルビノマウス胎仔などの哺乳動物細胞に導入する 。哺乳動物で機能する動原体を含むようなYACを有する胎仔から得られるマウ スは、前記の検出可能マーカーを発現する。そこで、機能性の哺乳動物動原体が 導入されたアルビノマウス胎仔からマウスを得た場合、そのマウスは有色である か、または有色領域を有する。 DNAの反復縦列配置を製造する方法も提供される。本明細書ではテロメアD NAを用いた例を示しているこの方法は、いかなる反復配列にも適用可能であり 、特に複雑さの小さい反復に適用可能である。縦列DNAの配置の合成のために 本発明で提供される方法は、一連の延長段階に基づくものであり、その延長段階 では、反復配列を連続的に倍化することで、縦列反復の配置が級数的に延長する 。縦列反復を有するDNA断片を合成する方法の1実施態様について、以下に説 明する。出発原料としては、2個のオリゴヌクレオチドを用いる。オリゴヌクレ オチド1は、長さkの反復配列(その横は無関係である)のものであり、反復配 列の比較的短い長さのもの(60〜90ヌクレオチド)を有し、それに隣接して 適切に選択された制限部位がある。 5'-S1>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>S2 -3' ここでS1はE1によって開裂する制限部位1であり、S2はE2によって開 裂する第2の制限部位であり、>は簡単な反復単位を表し、「 」は下記のオリ ゴヌクレオチド2と相補的な配列が隣にある短い(8〜10)ヌクレオチドを示 す。 3'- S3-5' ここで、S3は酵素E3についての第3の制限部位であり、構築の際に使用さ れるベクターに存在する。その方法では次の段階を行う。(1)オリゴヌクレオ チド1および2をアニーリングする;(2)アニーリングされたオリゴヌクレオ チドを埋めて、二本鎖(ds)配列を得る;(3)二本鎖DNAを制限酵素E1 およびE3で開裂させ、次に、同じ酵素E1およびE3で開裂させてあったベク ター(例:pUC19または酵母ベクター)に連結する;(4)制限酵素E1お よびE3で消化さ せることで、プラスミドの第1の部分から挿入物を単離し、プラスミドの第2の 部分を酵素E2(3’の突出を除くための処理)およびE3で切断し、大きい断 片(プラスミドDNAと挿入物)を単離する;(5)2個のDNA断片(S1〜 S3挿入物断片とベクター+挿入物)を連結する;(6)段階4および5を必要 な回数繰り返して、所望の反復配列の大きさとする。各延長サイクルで、反復配 列の大きさは倍化する。すなわち、mを延長サイクルの回数とすると、反復配列 の大きさはk×2mヌクレオチドとなる。図面の説明 図1は、MMCneo[ミニ染色体]染色体の生成を描いた模式図である。A 〜Gは、当該ミニ染色体の形成および安定化に至ると考えられる観察データと一 致する連続事象を表す。 図2には、認められた新たな染色体の生成形態の模式的概要と、異なるデノボ 生成染色体間の関係を示してある。詳細にはこの図は、マウス7番染色体の動原 体領域で開始するデノボ染色体形成の模式図を示している。(A)7番染色体の 動原体領域における1回のE型増幅によって、組み込まれた「外来」DNAに連 結したneo−動原体が形成され、二動原体染色体が 形成される。複数回のE型増幅によって、λneo−染色体が形成され、それは 二動原体染色体の動原体間の特異的切断によって、マウス7番染色体の残りの部 分から分離され、マウス−ハムスター雑種細胞系で安定化した。(B)二動原体 7番染色体の動原体間の特異的切断によって、neo−動原体を有する染色体断 片と、末端に異種DNAの痕跡を有する7番染色体が生成する。(C)neo− 動原体を有する断片の反転複製によって、安定なneo−ミニ染色体が生成する 。(D)元二動原体7番染色体の異種DNA領域への外来DNAの組み込みによ ってH型増幅が開始し、異質染色質腕が生成する。真正染色質末端部分を捕捉す ることで、その新たな染色体腕が「ソーセージ」染色体の形で安定化する。(E )BrdU[5−ブロモデオキシウリジン]処理および/または薬剤選別によっ て、さらにH型増幅が誘発され、それによって不安定なギガ染色体が生成する。 (F)BrdU処理および/または薬剤選別を繰り返すことで、動原体複製を含 むさらなるH型増幅が誘発され、それによってさらに別の染色体腕が生成する。 それは染色体切断によって7番染色体から切り離され、末端部分を獲得すること で、安定なメガ染色体が生成する。 図3は、レプリコン構造の模式図であって、メガ染色体が生成すると考えられ る図式である。 図4は、本明細書に記載の細胞系例の一部のものの間の関係を説明する図であ る。 図5は、プラスミドpTEMPUDの図である。好ましい実施態様の詳細な説明 定義 別段の定義がない限り、本明細書で使用の全ての技術用語および科学用語は、 本発明が属する技術分野の当業者が一般に理解するものと同じ意味を有するもの とする。本明細書で引用の全ての特許および刊行物は引用によって本明細書に含 まれるものとする。 本明細書で使用する場合、哺乳動物人工染色体[MAC]とは、内因性染色体 とともに、安定に複製および分離できるDNA片である。それは、染色体に挿入 された異種遺伝子を収容および発現できるものである。それは活性な哺乳動物動 原体を有することから、哺乳動物人工動原体と称する。植物人工染色体、昆虫人 工染色体および鳥人工染色体は、それぞれ植物および昆虫の動原体を含む染色体 と称する。ヒト人工染色体[HAC] とは、ヒト動原体を含む染色体を指し、BUGACとは昆虫人工染色体を指し、 AVACとはトリ人工染色体を指す。本発明で提供されるMAC中、SATAC 、ミニ染色体およびin vitro合成人工染色体がある。各種類の構築方法が本発明 で提供される。 本明細書で使用する場合、in vitro合成人工染色体とは、必須構成要素(少な くとも動原体、複製源)をin vitroで結合することで得られる人工染色体である 。 本明細書で使用する場合、内因性染色体とは、MACの形成または導入以前に 細胞で認められるゲノム染色体を指す。 本明細書で使用する場合、安定な染色体維持とは、約85%以上、好ましくは 90%、より好ましくは95%の細胞が染色体を保持する場合のものである。安 定性は、選択剤の存在下に測定する。好ましくは、それらの染色体は、選択剤不 在下でも維持される。安定な染色体はさらに、細胞培養時にそれの構造を保持し 、染色体内や染色体間の再配列を起こすことがない。 本明細書で使用する場合、選択条件下での成長とは、生残についての選択可能 マーカーの発現を必要とする条件下での細胞の成長を意味する。 本明細書で使用する場合、染色体を不安定化させる薬剤は、増幅事象、突然変 異を促進することが、当業者には公知のいずれかの薬剤である。BrdUを含む そのような薬剤は、当業者には公知である。 本明細書で使用する場合、動原体に関して「デノボ(新規の)」という用語は 、本発明の方法を用いて異種DNA断片を組み込んだことで生じる過剰の動原体 形成を指す。 本明細書で使用する場合、真正染色質および異質染色質は、それらの一般に認 められた意味を有する。すなわち真正染色質は、広範に染色し、代表的には遺伝 子を含む染色質を指し、異質染色質とは、異常に凝縮したままで、転写的には不 活性であると考えられている染色質を指す。少なくとも哺乳動物細胞に関して、 非常に反復性の高いDNA配列[付随DNA]は通常、動原体周囲の異質染色質 [挾動原体異質染色質]の領域にある。構成異質染色質とは、構成上凝縮してお り、遺伝的に不活性である非常に反復性の高いDNAを含む異質染色質を指す。 本明細書で使用する場合、BrdUとは、複製時にチミジンに代わって挿入さ れる5−ブロモデオキシウリジンを指す。 BrdUは、突然変異原として使用される。それはさらに、細 胞分裂時の中期染色体の凝縮を阻害する。 本明細書で使用する場合、二動原体染色体とは、2個の動原体を有する染色体 である。多動原体染色体は、2個より多い動原体を有する。 本明細書で使用する場合、元二動原体染色体とは、二動原体染色体が断片化し 、新たな末端小粒を獲得することで、それぞれが一方の動原体を有する2個の染 色体を生成する時に生成する染色体である。各断片は複製可能な染色体である。 染色体の一方について真正染色質DNAの増幅を行って、新たに導入された異質 DNAおよび主として[少なくとも50%超]真正染色質を含む完全に機能性の 染色体が得られる場合、それはミニ染色体である。残りの染色体は、元二動原体 染色体である。一方の染色体について増幅を行うことで、異質染色質[付随DN A]が増幅され、真正染色質部分[または腕]が残っている場合、それはソーセ ージ染色体と称される。異種DNAの部分を除く実質的に全ての異質染色質であ る染色体はSATACと称される。そのような染色体[SATAC]は、Brd U処理および/または選択条件下での増殖のように、染色体を不安定化させるこ とで、付随人工染色体[SATAC]を生成する条件 下でソーセージ染色体を含む細胞を培養することで、ソーセージ染色体から生成 することができる。本明細書に関しては、SATACは必ずしも複数段階で生成 するとは限らないが、最初に異種DNAを導人し、選択条件下に成長させた後に 生じるか、あるいは選択条件下でのいくつかの成長サイクルおよびBrdU処理 後に生じ得るものであることは明らかである。 本明細書で使用する場合、SATACとは異種DNAの部分を除く実質的に全 て異質染色質である染色体を指す。代表的には、SATACは不随DNAに基づ く人工染色体であるが、その用語は、真正染色質より異質染色質を多く含む本発 明の方法によって得られる染色体を含むものである。 本明細書で使用する場合、染色体に関して使用する際、特には本発明によって 提供されるSATAC形成方法について使用する際の「増幅可能」という用語は 、増幅を起こしやすい染色体領域を指す。増幅は代表的には、複製および他の組 換えが関与する細胞事象の際に生じる。そのような領域は代表的には、付随DN A、rDNAおよび他のそのような配列などの縦列反復を含む染色体領域である 。 本明細書で使用する場合、DNAに関しての「増幅」とは、 DNAの部分を複製して、実質的に縦列もしくは連続反復単位または反転反復単 位としてつながっているのが普通の同一もしくはほぼ同一のDNA部分の2個以 上のコピーを生じるプロセスである。 本明細書で使用する場合アンプリコンとは、メガレプリコンの1組の反転反復 単位を有する反復DNA増幅単位である。メガレプリコンは、比較的高次の複製 単位を代表するものである。 例えば、SATACに関して、メガレプリコンは、それぞれが非付随DNAの隣 接する付随DNAを有する1組の縦列DNAブロックを有する。挟動原体異質染 色質および恐らくは動原体の複製の調整および促進に関与すると考えられるメガ レプリケータと称される一次複製部位が、メガレプリコン内にある。メガレプリ コン内には、相対的に小さい[例:一部の哺乳動物細胞で50〜300kb]二 次レプリコンがある場合がある。例示のSATACでは、メガレプリコンは、2 個の約7.5Mbの縦列DNAブロックによって決定されている[例えば図3参 照]。各人工染色体[AC]内で、あるいはそれの群において、各アンプリコン はほぼ同じ構造を有するが、配列が異なっている場合がある。そのような配列の 差異は、特に培養時に生じる 移動性遺伝要素の運動、欠失もしくは挿入または突然変異の結果生じるものであ る。そのような差異は、本明細書に記載のACの使用やその全体的構造に影響を 与えるものではない。 本明細書で使用する場合、リボソームRNA[rRNA]とは、リボソーム構 造の一部を形成し、蛋白合成に関与する特殊化したRNAである。リボソームR NAは、真核生物細胞において複数コピーに存在する遺伝子の転写によって産生 される。ヒト細胞においては、一倍体ゲノム当たり約250コピーのrRNA遺 伝子が、5以上の異なる染色体(13、14、15、21および22番染色体) 上のクラスターで広がっている。マウス細胞では、リボソームDNA[rDNA ]の存在は、20個のマウス染色体中の11以上の対[5、6、9、11、12 、15、16、17、18、19番染色体およびX染色体]で確認されている( Rowe et al(1996)Mamm.Genome 7:886-889およびJohnson et al(1993)Mamm.G enome 4:49-52参照)。真核生物細胞では、高度に保存されたrRNAの複数コ ピーが、縦列に配置された一連のrDNA単位にあり、該rDNA単位は長さが 約40〜45kbであり、転写領域ならびに長さおよび配列において多様であり 得るスペーサ(すなわち、遺伝子間 スペーサ)DNAとして知られる非転写領域を有する。ヒトおよびマウスにおい て、これらの縦列配置のrDNA単位は、挟動原体付随DNA配列(異質染色質 )に隣接している。rDNAかあるこれら染色体領域は、核小体形成部位(NO R)と称され、細胞核中のリボソーム産生部位である核仁に輪状に存在する。 本明細書で使用する場合、ミニ染色体とは、異質染色質DNAより多くの真正 染色質DNAを含む多動原体染色体、代表的には二動原体染色体(例えば図1参 照)由来の染色体を指す。 本明細書で使用する場合、メガ染色体とは、導入された異種DNAを除き、実 質的に異種染色質から構成される染色体を指す。メガ染色体は、導入された異種 DNAに隣接する2個の反転メガレプリコンを有する反復アンプリコン配置から なる(例えば、メガ染色体の模式図については図3参照)。本発明に関しては、 メガ染色体は、約50〜400Mb、一般には約250〜400Mbである。相 対的に短いものは切断メガ染色体[約90〜120もしくは150Mb]、矮小 メガ染色体[約150〜200Mb]および細胞系、ならびにミクロメガ染色体 [約50〜90Mb、代表的には50〜60Mb]とも称される。 本発明に関しては、メガ染色体という用語は、いずれかの挿入異種DNAに隣接 する2個の反転メガレプリコンを有する反復染色体部分[アンプリコン]の配に 基づいた全体的に反復性の構造を指す。その大きさを指定する。 本明細書で使用する場合、遺伝子治療には、ある種の細胞すなわち標的細胞へ の異種DNAの転移もしくは挿入による、疾患の改善もしくは調節に関与する具 体的な遺伝子産生物の取得が関与する。異種DNAが発現され、それによってコ ードされた産生物を産生するような形で、特定の標的細胞に、そのDNAを導入 する。別法として、異種DNAは何らかの形で、治療性生成物をコードするDN Aの発現に介在する。それは、何らかの形で、直接もしくは間接に治療性生成物 の発現に介在する、ペプチドもしくはRNAなどの生成物をコードすることがで きる。さらに、遺伝子治療を用いて、宿主では通常は産生されないか、あるいは 治療上有効な量または治療上有用な時期に産生されないTNFなどの治療性化合 物を導入することも可能である。標的細胞によって疾患を患っている生体内での その標的細胞による異種DNAの発現によって疾患の調節を行うことができる。 治療性生成物をコードする異種DNAに修飾を行ってか ら、疾患を患っている宿主の細胞に導入して、それの産生物もしくは発現を促進 その他の形で変えることができる。 本明細書で使用する場合、異種または外来のDNAおよびRNAは互換的に使 用され、天然に生じるものとは異なるゲノムの位置に存在もしくは認められるゲ ノムの一部として天然には生じないDNAまたはRNAを指す。それは、細胞に 対しては内因性ではなく、細胞に外部から導入されたDNAもしくはRNAであ る。異種DNAの例としては、遺伝子治療またはコードされた蛋白の産生を目的 として導入された、対象とする遺伝子産物または複数の遺伝子産物をコードする DNAなどがあるが、それに限定されるものではない。異種DNAの他の例とし ては、薬剤耐性を与える蛋白などの追跡可能なマーカー蛋白をコードするDNA 、抗癌剤、酵素およびホルモンなどの治療上有効な物質をコードするDNA、抗 体などの他の種類の蛋白をコードするDNAなどがあるが、それらに限定される ものではない。異種DNAによってコードされる抗体は、その異種DNAを導入 した細胞の表面で分泌または発現され得る。 本明細書で使用する場合、治療上有効な生成物とは、DNAを宿主に導入した 際に、先天性疾患もしくは後天性疾患の症状、 発現を効果的に緩和もしくは解消する生成物またはその疾患を治癒させる生成物 が発現される異種DNAによってコードされた生成物である。 本明細書で使用する場合、遺伝子導入植物とは、異種もしくは外来DNAが発 現される植物、あるいは植物に天然に存在する遺伝子の発現に変化が生じた植物 を指す。 本明細書で使用する場合、プロモーター、エンハンサー、転写・翻訳終止部位 、他の信号配列などのヌクレオチドの調節配列およびエフェクタ配列に対する異 種DNAの機能的(operative)連結とは、そのようなDNAとそのようなヌタ レオチド配列との間の関係を指す。例えば、プロモーターに対する異種DNAの 機能性連結とは、そのようなDNAの転写が、読み取り枠でそのDNAの認識、 結合および転写を行うRNAポリメラーゼによって、プロモーターから開始する ような、異種DNAとプロモーターの間の物理的関係を指す。好ましいプロモー ターには、哺乳動物腺特異的プロモーターなどの組織特異的プロモーター;TK 、CMW、アデノウイルスプロモーターなどのウイルスプロモーター;ならびに 当業者に公知の他のプロモーターなどがある。 本明細書で使用する場合、単離された実質的に純粋なDNAとは、当業者が用 いる標準的方法に従って精製されるDNA断片を指す(例えば、Maniatis et al .(1982)Molecular Cloning:A Laborator Manual,Cold Spring Harbor Labora tory Press,Cold Spring Harbor,NYにあるもの)。 本明細書で使用する場合、発現とは、核酸がmRNAに転写され、ペプチド、 ポリペプチドまたは蛋白に翻訳されるプロセスを指す。核酸がゲノムDNA由来 のものである場合、適切な真核生物宿主細胞または生体を選択すると、発現には mRNAのスプライシングか含まれる場合がある。 本明細書で使用する場合、ベクターもしくはプラスミドは、異種DNAの発現 またはクローニングされた異種DNAの複製のいずれかを目的として細胞中に異 種DNAを導入するのに使用される別個の要素を指す。そのようなベクターおよ びプラスミドの選択および使用は、当業界の技術レベルの範囲内である。 本明細書で使用する場合、形質転換/トランスフェクションとは、DNAまた はRNAを細胞に導入するプロセスを指す。トランスフェクションとは、実際に いずれのコード配列が発現されるかとは無関係に、宿主細胞による発現ベクター などの外 来核酸の取り込みを指す。多くのトランスフェクション法が当業者には知られて おり、例えば、リン酸カルシウムを用いた直接取り込み[CaPO4;例えば、W igler et al.(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.76:1373-1376]、ポリエチレ ングリコール[PEG]介在DNA取り込み、エレクトロポレーション、リボフ ェクション[例えば、Strauss(1996)Meth.Mol.Biol.54:307-327]、微小核体 融合[実施例参照、さらにはLambert(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A88:59 07-5911;米国特許5396767号;Sawford et al.(1987)Somatic Cell Mo l.Genet13:279-284;Dhar et al.(1984)Somatic Cell Mol.Genet10:547- 559;およびMcNeill-Killary et al.(1995)Meth.Enzymol.254:133-152参照] 、脂質介在キャリア系[例えば、Teifel et al.(1995)Biotechniques 19:79- 80;Albrecht et al.(1996)Ann.Hematol72:73-79;Holmen et al.(1995)I n Vitro Cell Dev.Biol.Anim31: 347-351;Remy et al.(1994)Bioconjug.C hem. 5:647-654;Le Bolch et al.(1995)Tetrahedron Lett.36:6681-6684;Loe ffler et al.(1993)Meth.Enzymol.217:599-618参照]その他の好適な方法に よって行うことができる。トランスフェクションが奏功し たか否かは、宿主細胞内でのベクターの機能指示などの、トランスフェクション した細胞内での異種核酸の存在検出によって確認されるのが普通である。形質転 換とは、DNAを生体に導入して、そのDNAを、染色体外要素としてあるいは 染色体組み込みによって複製可能とすることを意味する。 本明細書で使用する場合、「注入(された)」とは、細胞へのDNAの微量注 入[小型注射器を使用]を指す。 本明細書で使用する場合、実質的に均一なDNAとは、別のそのような配列と 十分類似していて、特定条件下に安定なハイブリッドを形成するヌクレオチド配 列を含むDNAを指す。 同じ条件下に、異なる配列を有する核酸断片が検出可能な形で同一の「標的」 核酸にハイブリダイゼーションし得ることは当業者には公知である。1個の断片 が、他の核酸断片における1以上の部分の配列に対して相補的(またはほぼ相補 的)である配列に少なくとも約14のヌクレオチドを有する部分を持つことから 、十分長いハイブリダイゼーション期間にわたって緊縮条件下では、2個の核酸 断片は検出可能な形でハイブリダイゼーションする。ハイブリダイゼーションが 起こり得る時間が、所定の緊縮条件下に、正確に相補的な塩基対合部分を有す る2個の核酸断片が検出可能な形で互いに対してハイブリダイゼーションするだ けの時間で一定に保たれた場合、正確な相補性からの逸脱が塩基対合部分にあっ ても良く、そのような場合であっても、塩基対合はハイブリダイゼーションを検 出可能とするのに十分な程度に起こる。2個の核酸の塩基対合部分間の相補性か らの逸脱が大きくなり、ハイブリダイゼーション条件がさらに厳しくなるに連れ て、2個の部分が検出可能な形で互いに対してハイブリダイゼーションする確率 が低下する。 2個の一本鎖核酸部分は、(a)その両方が同一部分と塩基対合二体鎖を形成 し、(b)前記2つの二体鎖の0.5×SSPE溶液での融点差が10℃未満で ある場合、それらの部分は本明細書の意味の範囲内で、「実質的に同一の配列」 を有する。比較する部分が同数の塩基を有していて、「実質的に同じ配列」を有 するという場合、それは代表的には10個中1個未満の配列が異なるというもの である。核酸二体鎖の融点測定方法は公知である[例えば、Meinkoth and Wahl (1984)Anal.Biochem138:267-284およびその文献中で引用の参考文献を参照 )。 本明細書で使用する場合、核酸プローブとは、同一もしくは非常に関係の深い ヌクレオチド配列を有するDNAもしくはR NAに対して特異的にハイブリダイゼーションするだけの数のヌクレオチドを有 するDNA断片もしくはRNA断片である。プローブは、約10という少数から 数十万という多数のヌクレオチドまで、いかなる数のヌクレオチドを有していて も良い。そのようなハイブリダイゼーション反応の条件およびプロトコールは、 プローブの大きさ、温度、不適正対合の程度、塩濃度およびハイブリダイゼーシ ョン反応についての他のパラメータの効果のように、当業者には公知である。例 えば、ハイブリダイゼーションを行う場合の温度が低く、塩濃度が高いほど、ハ イブリッド分子中に存在する不適合対合の程度は大きくなる。 ハイブリダイゼーションプローブとして使用するには、核酸を例えば32P、3 Hおよび14Cなどの検出可能な部分もしくは標識で標識することで、またはウラ シル部分の5’位でビオチン化されたデオキシウリジレートの存在下でのニック 翻訳などの化学的標識のような他の手段によって検出できるようにするのが普通 である。得られたプローブには、チミジレート残基に代わってビオチン化ウリジ レートがあり、ストレプトアビジンのビオチンへの結合に基づく多くの市販検出 システムのいずれかによって検出することができる(ビオチン部分を介して)。 そのような市販の検出システムは、エンゾ・バイオケミカルズから入手可能であ る(Enzo Biochemicals,Inc.,New York,NY)。非放射能標識などの当業者に 公知の他の標識は、それがプローブを十分検出可能とする限りにおいて使用可能 であり、それはアッセイの感度、使える時間[細胞培養、DNA抽出およびハイ ブリダイゼーションアッセイに対して]、プローブ源として利用可能なDNAも しくはRNAの量、特定の標識およびその標識を検出するのに使用される手段に よって決まる。 プローブに対して十分高い程度で相同性を有する配列が確認されたら、それは 標準法(例えばManiatis et al.(1982)Molecular Cloning:A Laboratory Man ual ,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NYに記載の もの)によって容易に単離することができる。 本明細書で使用する場合、DNA分子が安定なハイブリッドを形成し、実質的 に相同性であると考えられる条件とは、少なくとも約60%の相補性を有するD NA分子が安定なハイブリッドを形成するような条件を言う。そのようなDNA 断片はこの場合、「実質的に相同」であると考えられる。例えば、特定の蛋白を コードするDNAは、そのDNAが安定なハイブリッ ドを形成して、断片の配列が少なくとも約60%相補的である場合、ならびにD NAによってコードされる蛋白がその活性を保持する場合に、別のDNA断片に 対して実質的に相同である。 本明細書に関して、緊縮条件は以下のように規定される。 1)高緊縮性:0.1×SSPE、0.1%SDS、65℃ 2)中緊縮性:0.2×SSPE、0.1%SDS、50℃ 3)低素縮性:1.0×SSPE、0.1%SDS、50℃ あるいは、塩および温度ならびに他の試薬の組み合わせによって、同程度の不 適合または適合を選択することができる。 本明細書で使用する場合、「免疫保護(性)」とは、ワクチンまたは抗原もし くは免疫誘発剤への曝露が、ワクチンもしくは抗原を投与もしくは導入した宿主 に対して、疾患の原因となる病原体による感染に抵抗する能力または症状を軽減 させる能力を与えることができる能力を指す。選択される抗原は、病原体によっ て提供される抗原であるのが普通である。 本明細書で使用する場合、ハイブリダイゼーション反応および抗体−抗原反応 などの全てのアッセイおよび手順は、別段の断りがない限り、当業者が標準的条 件と考える条件下に実施する。A.MACを含む細胞系の製造 1.メガレプリコン 本発明で提供される方法、細胞およびMACは、動原体領域に比較的高次の複 製単位[メガレプリコン]が存在することを発見したことによって得られたもの である。このメガレプリコンは、一次複製開始部位[メガレプリケータ]を境界 とし、動原体異質染色質および最も可能性の高いものとして動原体の複製を促進 するように思われる。異種DNAのメガレプリケータ領域またはそのごく近くへ の組み込みによって、メガ塩基サイズの染色体部分の大量増幅が開始し、それに よって生存細胞においてデノボ染色体形成が起こるようになる。 好ましいメガレプリケータを提供するDNA配列は、リボソームRNA(rR NA)を生じるrDNA単位である。哺乳動物、特にマウスおよびヒトでは、そ のrDNA単位には、複製源(またはマウスにおける二方向複製源、すなわちO BR)ならひに増幅促進配列(APS)および増幅制御要素(ACE)などの特 殊化要素がある(例えば、Gogel et al.(1996)Chromosoma 104:511-518;Coff man et al.(1993)Exp.Cell.Res209:123-132;Little et al.(1993)Mol.C ell.Biol13:6600-6613;Yoon et al.(1995)Mol.Cell.Biol15:2482-2489; Gonzalez and Sylvester (1995) Genomics 27: 320-328;Miesfeld and Arnhei m(1982)Nuc.Acids Res10:3933-3949;Maden et al.(1987)Biochem.J246 :519-527参照)。 上記のように、理論は別として、これらの特殊化要素は、細胞における本明細 書に記載のような染色体のデノボ形成で、メガ塩基の大きさの染色体部分の複製 および/または増幅を促進することができる。これらの特殊化要素は代表的には 、rDNAの転写領域の上流にある非転写遺伝子間スペーサ領域にある。遺伝子 間スペーサ領域はそれ自体、縦列に反復したブロックおよび非縦列ブロックとし て分類することができる反復配列を内部に有し得るものである(Gonzalez and S ylvester(1995)Genomics 27:320-328参照)。マウスrDNAでは、二方向複 製源は、転写開始部位の約1.6kb上流を中心とする3kbの開始ゾーン内に 認めることができる(例えば、Gogel et al.(1996)Chromosoma 104:511-518 参照)。これらの特殊化要素の配列は、例えばヌクレアーゼ過敏または曲がった DNA構造を生じ得るAT豊富領域の存在によって検出可能な、変化した染色質 構造を有する傾向がある。複製源を含む配列の例が、ほぼ位置2430〜543 5で配列番号16およびGENBAN K受託番号X82564に示してある。増幅促進配列を含む配列の例としては、 配列番号16のヌクレオチド690〜1060および1105〜1530などが ある。 ヒトrDNAでは、一次複製開始部位は、転写領域上流の数キロ塩基対に認め られ、二次開始部位は、非転写遺伝子間スペーサ領域全体に認められる(例えば 、Yoon et al.(1995)Mol.Cell.Biol15:2482-2489参照)。完全なヒトrD NA反復単位は、GENBANKに受託番号U13369で示されており、本明 細書では配列番号17に示してある。複製開始部位を含む別の配列例は、配列番 号17のヌクレオチド35355〜42486の配列内、特にはヌクレオチド3 7912〜42486の配列内、さらに詳細には配列番号17のヌクレオチド3 7912〜39288の配列内にある(Coffman et al.(1993)Exp.Cell.Res209:123-132参照)。 MACを含む細胞系は、細胞、好ましくは安定な細胞系を、選択可能なマーカ ーをコードする異種DNA断片で形質転換し;選択条件下に培養し;多動原体染 色体、好ましくは二動原体染色体を有する細胞を確認することで得ることができ る。その細胞を次に、本明細書に記載の方法に従って操作して、本明 細書に記載のようなミニ染色体および他のMAC、特には異質染色質SATAC を生成することができる。 多動原体染色体、特には二動原体染色体の形成は、挟動原体異質染色質、好ま しくはrDNA配列を有する染色体の動原体領域における異種DNAの組み込み によって行われるのが普通である。そこで、取り込みの頻度は、選択可能なマー カーをコードする異種断片におけるrDNAまたは付随DNAなどの(これらに 限定されるものではないが)DNA等によって、それらの領域を標的とすること で上昇させることかできる。異種DNAを挟動原体異質染色質に向かわせるため の好ましい標的配列には、rRNA遺伝子を有する染色体の動原体領域を標的と するrDNA配列がある。そのような配列には、配列番号16およびGENBA NK受託番号X82564のDNAおよびそれの一部、配列番号17およびGE NBANK受託番号U13369のDNAおよびそれの部分、配列番号18〜2 4のDNAなどがあるが、これらに限定されるものではない。異種DNAを染色 体rDNAに組み込む上で使用される配列番号16内からのDNAを組み込む特 定ベクターは、pTERPUDである(実施例12参照)。付随DNA配列を用 いて、異種DNA を挟動原体異質染色質に組み込むこともできる。例えば、マウスおよびヒトの付 随DNAをそれぞれ有するベクターpTEMPUDおよびpHASPUDが、デ ノボ人工染色体形成のために異種DNAを細胞に導入するためのベクター例とし て本明細書にある(実施例12参照)。 次に、得られた細胞系を本発明で例示の細胞同様に処理して、二動原体染色体 が断片化した細胞を得ることができる。次に、その細胞を用いて、別の選択的マ ーカーを断片化二動原体染色体(すなわち、元二動原体染色体)に導入して、挟 動原体異質染色質を増幅して、異質染色質染色体を得ることができる。 以下の考察では、EC3/7細胞系と得られる細胞を参照して、このプロセス について説明する。他の細胞、特に細胞系に対して同じ手順を適用して、SAT ACおよび真正動原体ミニ染色体を得ることができる。2.デノボ染色体の形成 ヒトおよび細菌のDNAを有するλ構築物[λCM8およびλgtWESne o]の同時組み込み後の形質転換マウスLMTK-線維芽細胞系[EC3/7] でのデノボ動原体形成[Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.88 : 8106-8110および米国特許出願08/375271号参照)が報告されている。 「異種」操作ヒト、細菌およびファージDNAの組み込みと、その後のマウスお よび異種DNAの増幅による二動原体染色体形成が、マウス染色体の短腕の動原 体領域で起こった。G分染によって、この染色体はマウス7番染色体であること が確認された。同じ染色体上に2個の機能的に活性な動原体が存在することから 、動原体間では一定の切断が起こる。そのような特異的染色体切断によって、n eo−動原体を有する染色体断片が認められるようになった(細胞の約10%で )。EC3/7細胞系[受託番号90051001でEuropean Collection of A nimal Cell Culture(以下ECACCと称する)に寄託された米国特許5288 625号参照;Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 88:8106- 8110および米国特許出願08/375271号ならびに相当する公開欧州出願E P0473253号も参照]から、2つの亜細胞系[EC3/7C5およびEC 3/7C6]を反復単一細胞クローニングによって選別した。これらの細胞系で は、neo−動原体は専らミニ染色体[neo−ミニ染色体]で認められたが、 元二動原体染色体には「異種」DNAの痕跡を有していた。 現在、動原体の異質染色質領域への選択可能マーカーをコードするDNAの組 み込みによって二動原体染色体が形成されたことがわかっている。3.neo−ミニ染色体 neo−動原体をマウス染色体から分離するEC3/7細胞での染色体切断が Gバンド陽性「異種」DNA領域で起こった。これは、元二動原体染色体の切断 末端にλおよびヒトDNA配列の痕跡が認められたことで裏付けられる。neo −動原体を有する染色体断片のGバンドパターンを安定なneo−ミニ染色体の ものと比較することで、neo−ミニ染色体が、neo−動原体を有する染色体 断片の反転複製物であることが明らかである。これは、neo−ミニ染色体が機 能性動原体1個のみを有するが、ミニ染色体のいずれの末端も異質染色性であり 、in situハイブリダイセーションによって、これらの異質染色性領域において マウス付随DNA配列が認められたことで裏付けられる。 例示の実施例ではλDNAおよびネオマイシン耐性遺伝子である異種DNAの 複数反復単位を有するミニ染色体を含むマウス細胞を、細胞形質転換における受 容細胞として用いることが できる。ハイグロマイシン(hygromycin)耐性を与えるハイグロマイシンホスホ トランスフェラーゼ[hyg]をコードする遺伝子などの第2の選択可能マーカ ーに連結されたλDNAを有する特定の異種DNAなどのドナーDNAをマウス 細胞に導入し、ドナーDNA中のλDNAをミニ染色体におけるものと相同的に 組み換えることで、ミニ染色体に組み込むことができる。組み込みは、in situ ハイブリダイゼーションおよびサザンブロッティング分析によって確認される。 異種DNAの転写および翻訳は、プライマー延長および免疫ブロッティング分析 によって確認される。 例えば、やはりハイグロマイシン耐性をコードするDNAおよびサイトメガロ ウイルス[CMV]初期プロモーターなどのプロモーターに連結したRenillaル シフェラーゼ遺伝子ならびに細菌性ネオマイシン耐性コードDNAを含有するλ DNA構築物[pNem1ruc]を用いて、EC3/7C5細胞で、DNAが neo−ミニ染色体に導入されている。特定の細胞[PHN4と称される]にお ける染色体へのドナーDNAの組み込みか、核酸増幅[PCR]およびin situ ハイブリダイゼーションによって確認されている。neo−ミニ染色体を生じる と 考えられる事象を図1に描いてある。 異種DNAを含む得られた遺伝子操作ミニ染色体は次に、チャイニーズハムス ター卵巣細胞[CHO]などの受容細胞系への細胞融合によって転移させること ができ、異種DNAの正しい発現を確認することができる。細胞生産に続いて、 例えばコルヒチンを加えることで中期染色体を得て、二重レーザー光に基づくセ ルソーターでAT特異染料およびGC特異染料を加えることで染色体を精製する (人工染色体の単離方法の説明については、実施例10B参照)。純度95%以 上の分取量の染色体[染色体5×104〜5×107個/mL]が得られる。得ら れた染色体を用いて、微量注入およびリボソーム介在転移などの方法によって、 細胞に導入する。 そうして、neo−ミニ染色体は細胞中で安定に維持され、自己複製し、非選 択的培養条件下でneo遺伝子の持続的な長期発現を可能とする。それはさらに 、対象DNAの相同的組み換えおよび組み込みのための標的部位として役立つメ ガ塩基の公知の異種DNA[例示の実施態様におけるλDNA]も有する。そこ でneo−ミニ染色体は、細胞の遺伝子操作のためのベクターとなる。それをS CIDマウスに導入したところ、内 因性染色体と同様に複製することが明らかになっている。 本発明の方法は、選択的マーカー[好ましくは、優性の選択可能マーカー]を 有する異種DNAを細胞に導入し、選択条件下にその細胞を培養することで、n eo−ミニ染色体を形成する事象を誘発する手段を提供するものである。結果的 に、増幅によって生じる多動原体染色体(例えば二動原体染色体)およびそれの 断片を有する細胞が得られる。次に、二動原体染色体を有する細胞を、BrdU などの薬剤で処理するおよび/あるいは選択条件下で培養することで染色体を不 安定化させて、二動原体染色体が2個の染色体を生成する細胞を得ることができ る。その2個の染色体は、いわゆるミニ染色体と元二動原体染色体であり、後者 は通常、異種DNAが組み込まれた異質染色質中で増幅されて、SATACまた はソーセージ染色体を与える[これについては後述する]。その細胞を他の細胞 と融合させて、ミニ染色体を元二動原体染色体から分離して別の細胞に導入して 、各種類のMACを別個に操作することができる。4.SATACの製造 SATAC製造のためのプロトコール例を図2[特にD、EおよびF]および 図3[実施例、特に実施例4〜7も参照]に 図示してある。 SATACを得るには、出発原料は細胞、好ましくは線維芽細胞系などの安定 な細胞系および選択的マーカーをコードするDNAを含むDNA断片である。リ ン酸カルシウムを用いる直接取り込み、エレクトロポレーションおよび脂質介在 転移などの(これらに限定されるものではないが)DNA転移方法によって、D NA断片を細胞に導入する。異質染色質におけるDNA断片の組み込みを確実に 行うには、λCM8ならびに付随DNAを含むpTEMPUD[図5]およびp HASPUD[実施例12参照]のような本発明で提供されるベクターなどの染 色体の挟動原体異質染色質領域に、あるいは具体的にはrDNA配列を有する染 色体の動原体領域におけるrDNAに導入されるDNAを原料とするのが好まし い。DNAを導入した後、細胞を選択条件下で成長させる。得られた細胞につい て調べて、多動原体染色体、特には二動原体染色体[または異質染色質染色体ま たはソーセージ染色体その他のそのような構造;図2D、2Eおよび2F参照] を選別する。 詳細には、二動原体染色体を有する細胞を選別した場合、それを選択条件下で 成長させることができるか、あるいは好まし くは、第2の選択可能マーカーをコードする別のDNAを導入し、その第2のマ ーカーに対して選択的な条件下に細胞を成長させる。得られた細胞には、図2D 、2Eおよび2Fに図示したものと同様の構造を有する染色体が含まれているは ずである。図2Dのソーセージ染色体のような構造を有する細胞を選別し、第2 の細胞系と融合させて、対象外の他の染色体を除去することができる。所望に応 じて、他の染色体を有する細胞を選別し、本明細書に記載の方法に従って処理す ることができる。ソーセージ染色体を有する細胞を選別した場合、それをBrd Uなどの薬剤で処理して、染色体を不安定化させて、異質染色質腕が実質的に異 質染色性である染色体[すなわち、メガ染色体。図2F参照]を形成するように することができる。異質染色質腕を増幅したがneo−染色質腕から切り離して いないギガ染色体などの構造も認められる。メガ染色体は安定な染色体である。 融合および選択条件での増殖および/またはBrdU処理その他のそのような処 理等のさらなる操作を行って、メガ染色体の断片化を行って、基本的反復単位と してアンプリコンを有する相対的に小さい染色体を形成することができる。 pTEMPUD[図5および実施例12参照]、pHASP UDまたはpTERPUD(実施例12参照)などの染色体断片化ベクターを用 いてメガ染色体をin vivoでさらに断片化して、最終的に、1〜4個のメガレプ リコンを含む約15Mb〜60Mbの相対的に小さい安定な複製可能単位を有す る染色体を得ることができる。 そうして、マウス7番染色体の短腕由来のデノボ生成した安定な染色体を分析 した。この染色体領域は、大きい染色体部分の増幅能力を示し、デノボ染色体生 成を促進する。同じ染色体領域での大量増幅によって、二動原体および多動原体 染色体、ミニ染色体、150〜200Mbの大きさのλneo−染色体、「ソー セージ」染色体、500〜1000Mbギガ染色体および安定な250〜400 Mbメガ染色体が生成する。 メガ染色体の腕に沿って明らかな分断が認められ、分析によって、この染色体 の構成単位は、両末端に組み込まれた「外来」DNA配列を有するマウスの主要 付随DNAから構成される約30Mbのアンプリコンであることが明らかになっ ている。その約30Mbアンプリコンは、約7.5Mbのマウス主要付随DNA ブロックからなる2個の約15Mbの反転二重線からなり、それらは非付随配列 の狭い帯によって互いに分離されてい る[例えば図3参照]。アンプリコンの境界にある比較的広い非付随領域には組 み込まれた外来[異質]DNAがあるが、アンプリコン内の非付随DNA配列の 狭い帯は、マウス染色体の挟動原体異質染色質の重要な部分である。これらの結 果は、非付随DNAに隣接する約7.5Mbのブロックがマウス染色体の挟動原 体異質染色質の構成単位であり、マウス染色体の約15Mbの大きさの挟動原体 領域には2個の約7.5Mb単位があることを示している。 真正染色質末端部分は別として、メガ染色体全体は異質染色性であり、構造的 に均一である。従って、この大きい染色体は、増幅プロセスについてのデータを 得る上で、さらには異種DNAにおけるベクターとしておよびさらなる断片化に おける標的として挟動原体構成異質染色質のいくつかの基本的特徴を分析する上 で、ユニークな可能性を提供するものである。 本明細書に示すように、この現象は普遍的に起こるもので、他の染色体でも認 めることができる。さらに、これらのデノボ生成染色体部分および染色体は外観 は異なっているが、同様の増幅機序がその生成においてある役割を果たしている 。すなわち、(i)各場合において、増幅はマウス染色体の動原体領域 で開始し、大きい(Mbの大きさ)アンプリコンが生成する。(ii)マウスの 主要付随DNA配列は、異質染色質アンプリコンの大部分を提供するか[H型増 幅]、あるいは真正染色質アンプリコンに境界を設ける[E型増幅]ことで、ア ンプリコンの一定の構成要素となる。(iii)反転部分の生成を、λneo− 染色体およびメガ染色体で示すことができる。(iv)増幅によって形成される 染色体腕および染色体は、安定かつ機能性である。 反転染色体断片が存在することは、マウス7番染色体の動原体領域でデノボで 形成される染色体において一般に見られると考えられる。neo−ミニ染色体生 成の際、neo−動原体を有するマウス7番染色体の遠位部分の安定化を生じる 事象が、その反転複製物の形成であった。メガ染色体のアンプリコンは、約7. 5Mbのマウス主要付随DNAブロックの反転二本線である。5.細胞系 ミニ染色体、λneo−染色体およびSATACなどのMACを有する細胞系 が本発明で提供されるか、あるいはそれを本発明の方法によって得ることができ る。そのような細胞系は、 これら染色体の簡便な入手源を提供するものであり、細胞融合または特定細胞系 との融合における微小核体の生産などによって操作して、対象とする染色体をハ イブリッド細胞系に導入することができる。本明細書では細胞系の例を記載して おり、一部はECACCに寄託されている。a.EC3/7C5およびEC3/7C6 細胞系EC3/7C5およびEC3/7C6を、EC3/7の単一細胞クロー ニングによって得た。例を挙げるとEC3/7C5はECACCに寄託されてい る。これらの細胞系には、EC3/7からのミニ染色体および元二動原体染色体 が含まれている。細胞系EC3/7C5およびEC3/7C6における安定なミ ニ染色体は同一であるように思われ、それらは二動原体染色体の約10〜15M bの「分裂」断片の複製誘導体であるように思われる。これらの独立に得られた 細胞系でそれらの大きさが同様であることは、約20〜30Mbが、安定なミニ 染色体の最小または最小に近い物理的大きさであることを示していると考えられ る。b.TF1004G19 第2の選択可能マーカー、ハイグロマイシンホスホトランス フェラーゼ(すなわち、ハイグロマイシン耐性遺伝子)および検出可能なマーカ ーβ−ガラクトシダーゼ(すなわち、lacZ遺伝子)をコードするDNAなど の別の異種DNAをEC3/7C5細胞系に導入し、選択条件下に増殖させて、 TF1004G19と称する細胞を得た。詳細にはこの細胞系は、抗HIVリボ ザイム(ribozyme)およびハイグロマイシン耐性遺伝子を持つプラスミドpH1 32、pCH110[β−ガラクトシダーゼをコード]およびλファージ[λc 1875Sam7]DNAとの共トランスフェクションおよびハイグロマイシン Bによる選別によって、EC3/7C5細胞系から得られた。 λファージおよびプラスミドDNA配列を用いたin situハイブリダイゼーシ ョンによるTF1004G19細胞系の詳細な分析により、ソーセージ染色体の 形成が明らかになった。EC3/7C5細胞系の元二動原体染色体を別の末端動 原体染色体の末端に転座させた。異種DNAを元二動原体染色体の狭異質染色質 に組み込み、メガ塩基のマウス挟動原体異質染色質付随DNA配列[図2D]を 用いて数回増幅して、「ソーセージ」染色体を得る。その後、末端動原体マウス 染色体を真正染色質末端小粒によって置換した。 ハイグロマイシン耐性遺伝子およびβ−ガラクトシダーゼ遺伝子のビオチン標 識した小断片を用いたin situハイブリダイゼーションによって、ソーセージ染 色体の異質染色質腕のみにハイブリッド信号が生じ、TF1004G19形質転 換細胞では、これらの遺伝子が挟動原体異質染色質に局在していることが示され た。 しかしながら、高レベルの遺伝子発現が検出された。異質染色質はショウジョ ウバエ、酵母で、さらにはマウス動原体で付随DNAに導入されたHSV−tk 遺伝子に対して沈黙効果を有する。そこで、TF1004G19形質転換細胞系 を調べて、異質染色質に局在する遺伝子が一般に認められている定説とは対照的 に実際に発現したことが確認されたことは興味深いものであった。 それに関して、異なるソーセージ染色体[図2D参照]を有するTF1004 G19のサブクローンを単一細胞クローニングによって得た。ハイグロマイシン ホスホトランスフェラーゼ遺伝子とlacZ遺伝子の小断片を有するサブクロー ンから単離されたDNAのサザンハイブリダイゼーションから、ハイブリダイゼ ーションの強さとソーセージ染色体の長さとの間に密接な相関関係があることが 明らかになった。この所見は、これ らの遺伝子がソーセージ染色体の異質染色質腕に局在するという結論を裏付ける ものである。(1)TF1004G−19C5 TF1004F−19C5は、neo−ミニ染色体および安定な「ソーセージ 」染色体を含むマウスLMTK-線維芽細胞系である。それは、TF1004G 19のサブクローンであり、TF1004G19細胞系の単一細胞クローニング によって形成されたものである。それは、細胞系の例およびソーセージ染色体源 の例としてECACCに寄託してある。その後、この細胞系とCHO K20細 胞との融合を行い、ハイグロマイシンおよびG418およびHAT(ヒボキサン チン、アミノプテリア(aminopteria)およびチミジン培地;Szybalski et al. (1962)Proc.Natl.Acad.Sci48:2026参照)による選別を行って、ソーセージ 染色体とneo−ミニ染色体を有するハイブリッド細胞(19C5×Ha4と称 する)を得た。ハイブリッド細胞のBrdU処理とそれに続く単一細胞クローニ ングおよびG418および/またはハイグロマイシンによる選別によって、GB 43およびG3D5などの対象とする染色体を有する各種細胞を得た。(2)他のサブクローン 19C5×Ha4細胞をBrdU処理し、次にG418を含有する選択培地で 成長させ、BrdUで再度処理することで、細胞系GB43およびG3D5を得 た。その2つの細胞系を、所定細胞の単一細胞クローニングによって単離した。 GB43細胞にはneo−ミニ染色体のみが含まれている。ECACCに寄託し たG3D5には、neo−ミニ染色体およびメガ染色体がある。この細胞系を単 一細胞クローニングし、次にサブクローンをG418およびハイグロマイシンを 含む培地で成長させて、neo−ミニ染色体およびメガ染色体を有するGHB4 2細胞系などのサブクローンを得た。H1D3は、メガ染色体を有するが、ne o−ミニ染色体を持たないマウス−ハムスターハイブリッド細胞系であり、19 C5×Ha4細胞をBrdUで処理し、次にハイグロマイシンを含む選択培地で 増殖させ、特定細胞の単一細胞サブクローニングを行って得た。この細胞系を、 やはり別の選択(selection)遺伝子であるネオマイシン耐性遺伝子をコードす るDNAを有するCD4+HeLa細胞系と融合させて、メガ染色体とCD4n eoを有するヒト染色体を持った細胞[H1×HE41細胞]を生成した。さら にB rdU処理を行い、単一細胞クローニングを行うことで、切断メガ染色体を有す る細胞を含む1B3などの細胞系を得た。5.細胞の転換に使用するDNA構築物 染色体製造時のいずれかの段階で、トランスフェクションその他の適切な方法 によって、異種DNAを細胞に導入することができる[例えば図4参照]。一般 に、そのようなDNAのMACへの導入は、異種DNAでのλ−DNAの封入( 例示の染色体について)、および別の選択的マーカー遺伝子によって行うことが できるように、部位指向性組み込みによって確保される。例えば、ミニ染色体ま たはSATACなどのMACを含む細胞は、HIVリボザイムをコードするDN A、嚢胞性繊維症遺伝子およびハイグロマイシン耐性などの第2の選択可能マー カーをコードするDNA等の所望の異種DNAを有するプラスミドと共トランス フェクションすることができる。次に、新たな選択可能マーカーを発現しない細 胞には有害である薬剤に細胞を曝露することで、細胞に選択圧をかける。そのよ うにして、異種DNAをMACに封入した細胞が確認される。第2の細胞系との 融合によって、一つの特定の種類の染色体構造またはMACを有する細胞系を形 成する手段を提供することができる。 本発明ではそのための各種ベクターが提供され[実施例参照]、他のものは容 易に構築することができる。そのベクターは好ましくは、MAC内に含まれるD NAに対して相同性のDNAを有することで、DNAをMACに向かわせて、そ こに組み込むようにする。そのベクターにはさらに、選択可能マーカー遺伝子お よび対象となる特定の異種遺伝子もある。本明細書の開示および当業者の知識に 基づいて、当業者はそのようなベクターを構築することができる。 DNAを特定染色体の異質染色質領域に組み込むことができるベクターpTE MPUDとそれの誘導体が、ここでは特に興味深い。これらのベクターはまた、 断片化ベクターとしても役立ち得る[例えば、実施例12参照]。 対象とする異種遺伝子には、治療効果のある物質をコードする遺伝子ならびに 対象とする遺伝子生成物をコードするDNAなどがある。これらの遺伝子および DNAには、嚢胞性繊維症遺伝子[CF]、嚢胞性繊維症膜貫通調節蛋白質(C FTR)遺伝子などがあるが、これらに限定されるものではない(米国特許52 40846号;Rosenfeld et al.(1992)Cell 68:143-155;Hyde et al.(19 93)Nature 362:250-255;Kerem et al .(1989)Science 245:1073-1080;Riordan et al.(1988)Science 245:10 66-1072;Rommens et al.(1989)Science 245:1059-1065;Osborne et al.( 1991)Am.J.Hum.Genetics 48:6989-6122;White et al.(1990)Nature 344:66 5-667;Dean et al.(1990)Cell 61:863-870;Erlich et al.(1991)Scienc e252 :1643;ならびに米国特許5453357号、5449604号、5434 086号および5240846号(正常なCFTR遺伝子をコードするレトロウ ィルスベクターを提供)など参照)。B.人工染色体の単離 本発明で提供されるMACは、当業者に公知の好適な方法によって単離するこ とができる。さらに、本発明では、特にSATACのかなりの精製を行う方法が 提供される。SATACは、蛍光活性化細胞選択[FACS]によって単離され ている。この方法は、高い異質染色質DNA含量により、細胞中の他の染色体と は異なるSATACのヌクレオチド塩基含有量を利用するものである。特定の実 施態様では、中期染色体を単離し、ヘキスト(Hoechst)33258およ びクロモマイシンA3などの塩基特異的染料で染色する。蛍光活性化細胞選択は 、SATACを内因性染色体と分けるものである。2つのレーザ が染料を別個に励起するよう設定されている二重レーザ細胞選択機[FACS Vanta ge Becton Dickinson Immunocytometry Systems]によって、塩基対の組成およ び大きさごとに染色体の二変量分析を行うことができた。そのようなSATAC を含む細胞を同様に選別することができる。 内因性染色体から人工染色体を単離する本発明で提供される別の方法には、S ATACなどの人工染色体の大量単離に特に好適な方法などがある。その方法で は、SATACと内因性染色体との間の大きさおよび密度の差を利用して、それ らの2種類の染色体を分離する。そのような方法には、スウィングバケット(sw inging bucket)遠心、ゾーン遠心および速度沈降などの方法が関与する。内因 性染色体から人工染色体を分離するための親和性、特に免疫親和性に基づく方法 も、本発明で提供される。例えば、主として異質染色質であるSATACは、ハ ムスター細胞におけるように、内因性染色体が比較的少ない異質染色質を含む場 合に、特異的に異質染色質および/またはそれに関連する蛋白を認識する抗体が 関与する免疫親和性法によって、内因性染色体から分離することができる。C.人工染色体のin vitro構築 人工染色体は、細胞における安定な複製および分離を内因性染色体とともに行 うことができる完全染色体に寄与する構造的および機能的要素を組み立てること で、in vitroで構築することができる。共同で機能性染色体を生じる別個の要素 を確認することで、人工染色体のin vitro形成が可能となった。厳重に制御可能 な人工染色体のin vitro構築のプロセスは、例えば大量に必要な染色体または遺 伝子導入動物系での特定用途に向けた染色体の形成において望まれる利点を提供 するものである。 例えば、in vitro構築は、時間および規模の効率が人工染色体製造において重 要な考慮事項である場合に有利であると考えられる。in vitro構築法には広範囲 の細胞培養法が関与しないことから、in vitroの細胞に基づく生産系で使用され る細胞を形質転換、供給、培養および回収するのに必要な時間および労力が使え ない場合に、それらを利用することができる。 in vitro構築は、所望の人工染色体のいくつかの要素を組み合わせる正確な方 法、ならびにそれらを組み立てて正確な規格の染色体を生成するのにどの配列お よび割合とするかに関して、厳しく制御することができる。これらの側面は、特 定量の非常に純粋かつ特異的なDNA配列のみが宿主動物に導入されるよ うにすることが望ましい生存動物で使用される人工染色体の製造において重要で あると考えられる。 以下に、出発原料の例としてメガ染色体を利用して、in vitroで人工染色体の 構築に関与する方法について説明する。1.人工染色体の成分の確認および単離 本発明で提供されるMAC、特にSATACは、人工染色体のin vitro構築で 使用される成分の確認および単離で使用するのに好都合な簡単な染色体である。 本明細書に記載のように、非常に高レベルの純度までMACを精製する能力によ り、これらの用途での使用が促進される。例えば、メガ染色体、特にはそれの切 断型[すなわち、H1D3(受託番号96040929下にEuropean Collectio n of Animal Cell Culture(ECACC)に寄託したもの;以下の実施例参照)由来の 1B3およびmM2C1等の細胞系]は原料として役立つ。 例えば、mM2C1細胞系には、有利には1個のみの動原体、隣接するrDN A配列を有する組み込み異種DNAの2つの領域があり、染色体DNAの残りは マウスの主要付随DNAであるミクロメガ染色体(約50〜60kB)を有する 。他の切断メガ染色体は、末端小粒源として役立ち得るか、あるいは末端 小粒が提供できる(縦列の反復末端小粒配列を有するプラスミドの構築に関して は、下記の実施例参照)。mM2C1細胞系の動原体は、マウスの少量付随DN Aを含み、それが動原体DNAの単離において有用な標識を提供する。 mM2C1細胞系のミクロメガ染色体などの本発明で提供される特定SATA Cの別の特徴で、それらSATACを染色体成分の単離および確認における出発 原料として役立つよう特に適合させるものとしては、単一の特異的細胞系内の各 メガ染色体の動原体が同一であるという事実である。均一な動原体源を用いて開 始できることで(異なる動原体配列を有する異なった染色体の混合物とは対照的 に)、動原体DNAのクローニングは非常に促進される。適切な制限エンドヌク レアーゼを用いての精製メガ染色体、特にミクロメガ染色体などの切断メガ染色 体を消化し、市販で公知のYACベクター(例えば、Burke et al.(1987)Sci ence 236:806-812参照)、BACベクター(例えば、Shizuya et al.(1992)P roc.Natl.Acad.Sci .U.S.A. 89:8794-8797(0.9〜1MbのDNAを組み込む 能力を有する細菌人工染色体)参照)またはPACベクター(300kbのDN Aを組み込む能力を有し、バクテリオファージパッケージン グ(packaging)ではなくエレクトロポレーションによって大腸菌宿主細胞に導 入されるP1人工染色体ベクター;例えば、Ioannou et al.(1994)Nature Ge netics 6:84-89;Pierce et al.(1992)Meth.Enzymol216:549-574;Pierce et al .(1992)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A89:2056-2060;米国特許53004 31号および国際PCT出願WO92/14819号参照)に断片をクローニン グすることで、わずか50個のクローンがミクロメガ染色体全体を代表すること ができる。a.動原体 哺乳動物人工染色体の構築に使用される動原体の例には、例えばH1D3など の本発明で提供される含メガ染色体細胞系およびmM21C1細胞などのそれの 誘導体のメガ染色体内に含まれるものがある。メガ染色体は、例えば本明細書に 記載の手順を利用してそのような細胞系から単離され、動原体配列はその単離メ ガ染色体から抽出される。例えばメガ染色体は、例えば主として複製部位および /または異種DNA組み込み部位および/または付随DNAにある部位で認識お よび切断する特定の制限エンドヌクレアーゼを利用して、断片に分離することが できる。得られた断片の大きさに基づいて、含動原体配列から、 ある種の望ましくない要素を分離することができる。含動原体DNAは、1Mb 程度の大きさであると考えられる。 マウスの少量付随DNAに基づくプローブ[例えば、Wong et al.(1988)Nu cl.Acids Res.16:11645-11661参照]などの動原体配列を特異的に認識するプロ ーブを用いて、メガ染色体由来の含動原体YAC、BACまたはPACクローン を単離することができる。別法にて、あるいは含動原体メガ染色体DNAの直接 確認を併用して、マウスの主要付随DNA、異種DNAおよび/またはrDNA に特異的なプローブなどの非動原体要素を特異的に認識するプローブを用いて、 含非動原体DNAクローンを確認・除去することができる。 さらに、本明細書に記載の動原体クローニング法を利用して、メガ染色体の含 動原体配列を単離することができる。例えば実施例12には、動原体配列の確認 のために、マウスチロシナーゼ遺伝子およびNMRI/Hanマウスとの併用で YACベクターを使用することが記載されている。 動原体断片を単離したら、それの配列決定を行い、次にその配列データを、メ ガ染色体その他の動原体源からの動原体配列のPCR増幅に使用することができ る。単離された動原体につ いて、DNAを宿主哺乳動物細胞に転移させることで、in vivoでの機能を調べ ることもできる。機能分析には例えば、動原体配列が動原体結合蛋白に結合する 能力の検査などがあり得る。クローニングされた動原体は、選択可能マーカー遺 伝子を有する哺乳動物細胞に転移され、抗動原体抗体などの動原体特異蛋白(例 えばLU851;Hadlaczky et al.(1986)Exp.Cell Res167:1-15参照)の 結合を用いて、動原体の機能を評価することができる。b.末端小粒 好ましい末端小粒は、本発明で提供される1kB合成末端小粒である(実施例 参照)。変わりなく反転配向のままである優性な選択可能マーカー遺伝子に連結 した1kB合成末端小粒を含む二重合成末端小粒構成物を用いて、操作しやすく することができる。そのような二重構成物には、マーカー遺伝子の一連のTTAGGG 反復3’と反転配列の一連の反復、すなわちGGGATTであるマーカー遺伝子の5’ を、(GGGATTT)n---優性マーカー遺伝子---(TTAGGG)nのように有する。適切に配 向した断片のみを選択することから、反転マーカーの使用により、例えば平滑末 端連結による等の簡単な挿人方法が提供される。c.メガレプリケータ 本発明で提供されるrDNAなどのメガレプリケータ配列は、in vitro構築物 での使用で好ましい。rDNAは複製源を提供し、in vitroでの人工染色体の増 幅を促進して染色体を大きくし、例えば、対象とする異種遺伝子のコピーを多く 有し、その異種遺伝子を連続的に高レベルで発現する配列も提供する。d.充填異質染色質 充填異質染色質、特には付随DNAを含有させて、人工染色体の構造的完全性 および安定性を維持し、染色体内に遺伝子を有するための構造的基礎を提供する 。付随DNAは、マウス主要付随DNAなどのA/T豊富DNA配列またはハム スター天然付随DNAなどのG/C豊富DNA配列であるのが普通である。その ようなDNA源には、十分なA/TもしくはG/C組成を有する非コード付随D NAを有して、FACSまたは密度勾配などによって、配列ごとの容易な分離を 促進する真核生物などがある。付随DNAはさらに、非常にA/TもしくはG/ C豊冨なDNA単位の単調な縦列反復を含む配列を形成することで合成すること もできる。 人工染色体の構築に使用される充填異質染色質の最も好適な 量は、例えば大きさを増しながら構築プロセスに各種長さの部分を含めることで 、経験的に求めることができる。小さすぎて使用には適さない断片は、細胞に基 づく発現試験で評価できる機能性染色体を提供しないか、あるいは機能の寿命ま たは有糸分裂および構造の安定性が限られた染色体を生じる。e.選択可能マーカー 簡便な選択可能マーカーを、MACの簡便な座で用いることができる。2.単離染色体要素の組み合わせ 単離要素を得たら、それらを組み合わせて、完全で機能的な人工染色体を形成 する。この組立は、例えば溶液、LMPアガロースまたはマイクロビーズでin v itro連結を行うことができる。連結を行って、動原体の一端が末端小粒に直接結 合するようにする。遺伝子保有染色体腕として機能する動原体の他端は、付随D NAとrDNA配列の組み合わせから形成され、やはり選択可能マーカー遺伝子 を有することができる。別の末端小粒は、遺伝子保有染色体腕の末端に結合させ る。遺伝子保有腕とは、例えばそれによってコードされた所望の蛋白の発現で、 対象の異種遺伝子が染色体のin vitro構築時またはその後のいずれかの時点で組 み込まれる部位である。3.人工染色体の分析および試験 in vitroで構築された人工染色体は、SATAC、ミニ染色体について本明細 書に記載の方法、または当業者に公知の方法のいずれかを用いて、in vivoの哺 乳動物細胞系で機能性を調べることができる。4.in vitro合成染色体への所望の異種DNAの導人 異種DNAは、分子生物学の常法を用いてin vitro合成染色体に導入すること ができ、SATACについて本明細書に記載の方法を用いて導入することができ 、あるいは異質染色質などの合成要素の一つの一部として、in vitro合成染色体 に組み込むことができる。異種DNAは、特定の反復断片に連結することができ 、次に得られた構築物は、本発明で提供されるようなin vitro増幅法を用いてin vitroで増幅することができる(実施例参照)。D.細胞、組織、動物および植物への人工染色体の導入 本発明で提供されるMACの導入に好適な宿主には、動物もしくは植物、それ らの細胞もしくは組織などがあるが、これらに限定されるものではなく、例とし ては、哺乳動物、鳥、は虫類、両生類、昆虫、魚、蜘蛛、タバコ、トマト、小麦 、植物お よびソウ類等が挙げられるが、これらに限定されるものではない。細胞に含まれ る場合、MACは細胞融合もしくは微小核体融合によって導入することができる 。あるいはMACが細胞から単離されている場合、直接DNA転移、エレクトロ ポレーション、脂質介在転移(例:リポフェクションおよびリポソーム)、微小 粒子衝撃法(microprojectile bombardment)、細胞および胚での微量注入、原 形質体の植物への再生および他の好適な方法など(これらに限定されるものでは ない)を含む当業者には公知の方法によって、これらは宿主細胞に導入すること ができる[例えば、Weissbach et al.(1988)Methods for Plant Molecular B iology,Academic Press,N.Y.,Section VIII,pp.421-463;Grierson et al. (1988)Plant Molecular Biology,2d Ed.,Blackie,London,Ch.7-9参照; さらに、米国特許5491075号、5482928号および5424409号 も参照;哺乳動物の分離細胞の粒子介在形質転換について記載した米国特許54 70708号も参照]。 細胞にDNAを導入する他の方法には、核微量注入および無傷の細胞との細菌 原形質体融合などがある。ポリブレンおよびポリオルニチンなどの多価カチオン も用いることができる。哺 乳動物細胞の形質転換のための各種技術については、例えばケオウンらの報告( Keown et al.Methods in Enzymology(1990)Vol.185,pp.527-537)およびマン ソールらの報告(Mansour et al.(1988)Nature 336:348-352)を参照する。 例えば、単離・精製された人工染色体を、ヒト腎臓初期胚細胞系[ATCC受 託番号CRL1573]または胚幹細胞[例えば、Hogan et al.(1994)Manip ulating the Mouse Embryo,A:Labotatory Manual,Cold Spring Harbor Laborat ory Press,Cold Press Harbor,NY参照、特には255-264ページおよび添付資料3 を参照]などの胎仔細胞系に注入することができる。 好ましくは、エッペンドルフ(Eppendorf)自動微量注入システムなどのシス テムを用いる微量注入によって染色体を導入し、ハイグロマイシンBまたはネオ マイシンの存在下等の選択条件下に成長させる。1.宿主への染色体の導入方法 使用する宿主細胞に応じて、そのような細胞に適した標準的方法を用いて形質 転換を行う。その方法には、当業者には公知である以下に記載のものなどがある 。a.DNA取り込み 細胞壁を持たない哺乳動物細胞の場合、異種DNA導入のためのリン酸カルシ ウム沈殿法が好ましい場合が多い[例えば、Graham et al.(1978)Virology 5 2 :456-457;Wigler et al.(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A76 1373-1376; およびCurrent Protocols in Molecular Biology Vol.1,Wiley Inter-Science, Supplement 14,Unit 9.1.1-9.1.9(1990)参照)。 DNA取り込みは、DNA単独でまたは融合剤であるポリエチレングリコール存 在下に[PEG介在遺伝子転移]、あるいは当業者に公知のそのような方法の変 法[例えば、米国特許4684611号参照]によって行うことができる。 細胞へのDNA導入の好ましい方法には脂質介在キャリア系もある[例えば、 Teifel et al.(1995)Biotechniques 19:79-80;Albrecht et al.(1996)Ann .Hematol .72:73-79;Holmen et al.(1995)In Vitro Cell Dev.Biol.Anim31: 347-351;Remy et al.(1994)Bioconjug.Chem. 5:647-654;Le Bolc'h et al. (1995)Tetrahedron Lett36:6681-6684;Loeffler et al.(1993)Meth.Enz ymol217:599-618参照]。リポフェクション[例えば、Strauss(1996)Meth.M ol.Biol54: 307-327参照]を用いて、DNAを細胞に導入することもできる。 この方 法は特に、ニワトリ細胞への外来DNAの転移に好適である(例えば、ニワトリ 胚葉細胞および主要なニワトリ線維芽細胞;Brazolot et al.(1991)Mol.Repr o.Dev30:304-312参照)。詳細には、対象とするDNAを、リソチームおよび 卵白アルブミンなどの遺伝子からのプロモータと機能的連結でニワトリに導入し 、それを卵で発現させることによって、卵で異種DNAを発現させることができ る。 細胞へのDNAの直接転移に有用な別の方法には、粒子銃電気融合[例えば、 米国特許4955378号、4923814号、4476004号、49065 76号および4441972号参照]およびビリオン介在遺伝子転移などがある 。 陸上植物における遺伝子転移に対して一般に用いられるアプローチには、精製 DNAの原形質体への直接導入が関与する。植物細胞への直接遺伝子転移の3つ の基本的方法には、1)ポリエチレングリコール[PEG]介在DNA取り込み 、2)エレクトロポレーション介在DNA取り込みおよび3)微量注入などがあ る。さらに、超音波処理を行って、植物を形質転換させることができる[例えば 、国際PCT出願公開WO91/00358号参照]。b.エレクトロポレーション エレクトロポレーションでは、原形質体と外来DNAとの混合物を含む溶液に 高電圧の電気パルスを印加して、植物原形質体および他の細胞の膜に可逆的な穴 を設ける段階が関与する。エレクトロポレーションは、強固な細胞壁障壁を有す る植物などの原核生物その他の細胞に用いられる[例えば、米国特許47847 37号、5501967号、5501662号、5019034号、55039 99号参照;さらには、Fromm et al.(1985)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A82 :5824-5828も参照]。 例えば、エレクトロポレーションは多くの場合、植物の形質転換に使用される [例えば、Ag Biotechnology News 7:3および17(1990年9月/10月)参 照]。この方法では、植物原形質体に対して、やはり表現型マーカーを含む対象 DNAの存在下にエレクトロポレーションを行う。高電界強度の電気衝撃波が生 体膜を可逆的に浸透性とすることで、プラスミドの導入を行うことができるよう になる。エレクトロポレーションされた植物原形質体は細胞壁を修復し、分裂し 、植物カルスを形成する。形質転換植物細胞は、発現される表現型マーカーによ って確認される。外来DNAは、例えば露出した直線、環状もしくは超らせんD NA、リポソームに包み込まれたDNA、スフェロプラスト中のDNA、他の植 物原形質体中のDNA、塩と複合体形成したDNAおよび他の方法などのいずれ かの形で、原形質体に加えることができる。c.微小核体 人工染色体を含む微小核体を製造し、次に特定の標的細胞と融合させることで 、染色体を転移させることができる。そのような微小核体の製造および融合の方 法は公知である[実施例参照。さらには、米国特許5240840号、4806 476号、5298429号、5396767号、Fournier(1981)Proc.Natl. Acad.Sci.U.S.A. 78:6349-6353;およびLambert et al(1991)Proc.Natl.Acad.S ci .U.S.A. 88:5907-59参照]。人工染色体を含む微小核体を用いた微小核体融 合は、DT40ニワトリB前駆細胞などのトリ細胞へのMAC導入の特に有用な 方法である[例えば、Dieken et al.(1996)Nature Genet. 12:174-182参照] 。2.宿主 好適な宿主には、異種DNAの導入および発現に有用である ことが知られている宿主などがある。ここで特に興味深いものとしては、動物お よび植物の細胞および組織があり、それには昆虫の細胞および幼虫、植物および 動物などがあり(これらに限定されるものではない)、特には遺伝子導入(人間 以外)動物ならびに動物細胞がある。他の宿主には、哺乳動物、鳥(特にはニワ トリなどの家禽)、は虫類、両生類、昆虫、魚、蜘蛛、タバコ、トマト、小麦、 単子葉植物、双子葉植物および藻類、ならびに異種DNAの導入が望ましいあら ゆる宿主などがあるが、これらに限定されるものではない。そのような導入は、 本発明で提供されるMACを用いて行うことができるか、あるいは必要に応じて 、本発明で提供されるMACを用いて、生物固有の動原体および/または機能性 染色体単位を確認し、次に得られた動原体もしくは染色体単位を人工染色体とし て用いるか、あるいは別法として、MACの製造に関して本明細書に例示の方法 を行って生物固有の人工染色体を製造することで行うことができる。a.遺伝子導入(人間以外)動物生産のための胚へのDNAの導入および動物細 胞へのDNAの導入 遺伝子導入(人間以外)動物は、微量注入によって、哺乳動 物接合体の卵核に外来遺伝子材料を導入することで得ることができる[例えば、 米国特許4873191号および5354674号参照;さらに、米国特許出願 08/159084号に基づく国際PCT出願公開WO95/14769も参照 ]。接合体は、哺乳動物へ発達することができる。胚または接合体を宿主の雌子 宮中に移植し、発達させる。詳細なプロトコールおよび例を以下に説明する。 核転移[Wilmut et al.(1997)Nature 385:810-813、国際PCT出願WO9 7/07669およびWO97/07668参照]。すなわちこの方法では、対 象の遺伝子を含むSATACを、好適な方法によって、哺乳動物腺細胞のように 、分化全能核を有する適切なドナー細胞に導入することができる。次に、細胞融 合または微量注入などによって、第2減数分裂の中期で停止している不活性な卵 母細胞、好ましくは、除核細胞に、G0期またはG1期である細胞の二倍体核を 導入する。実際の除去などの好適な方法によるか、あるいは機能的に核を除去す る紫外線などの手段による処理を行うことによって、除核を行うことができる。 次に、正しい倍数性を維持しながら、好ましくは新たな核と細胞質とのある一定 の接触期間後に(畜牛の場合、 約6〜20時間)、卵母細胞を活性化し、胚を再構築し、宿主に導入する。例え ば、ノコダゾール、コルヒチン、コセミド(cocemid)およびタキソールなどの 微小管阻害剤の存在下に、再生細胞をインキュベーションすることで、倍数性を 維持し、それによってDNAを1回複製する。 遺伝子導入ニワトリは、発達段階Xの受容胚に同様の段階のニワトリ肝からの 分散胚葉細胞を注射することで得ることができる[例えば、Etches et al.(19 93)Poultry Sci.72:882-889;Petitte et al.(1990)Development 108:185-18 9参照]。最初に、例えばリポフェクション[例えば、Brazolot et al.(1991 )Mol.Repro.Dev.30:304-312参照]または微小核体融合[例えば、Dieken et al .(1996)Nature Genet12:174-182参照]などの方法を用いて、ドナー胚葉細 胞に、異種DNAを導入する。次に、トランスフェクションしたドナー細胞を、 受容体であるニワトリ胚に注入する[例えば、Carsience et al.(1993)Devel opment 117:669-675参照]。殻体内の受容体ニワトリ胚を明かりに透かして観察 し、孵化して、生殖細胞キメラニワトリを得るようにする。 直接取り込み、ポリエチレングリコール[PEG]とのイン キュベーション、微量注入、エレクトロポレーション、リポフェクション、細胞 融合、微小核体融合、微小粒子衝撃法などの粒子衝撃法[例えば、粒子衝撃を介 して、分離した哺乳動物細胞の形質転換を行う方法を提供する米国特許5470 708号参照]、他のそのような方法などの(これらに限定されないが)公知の 方法を用いて、DNAを動物細胞に導入することができる。例えば、リポソーム 中のプラスミドDNAのin situでのヒト細胞への直接転移が、ヒトでの使用に ついてFDAによって承認されている[例えば、Nabel et al.(1990)Science 249:1285-1288および米国特許5461032号参照]。b.異種DNAの植物への導入 遺伝子導入植物の製造または開発については、多くの方法が当業者には利用可 能である。使用される方法は主として、植物の種類によって決まる。これらの方 法には、PEG誘発DNA取り込み、原形質体融合、微量注入、エレクトロポレ ーションおよび微小粒子衝撃法などのDNAの直接転移などがあるが、これらに 限定されるものではない[例えば、そのような方法についての総説に関してはUc himiya et al.(1989)J.of.Biotech.12:1-20参照;さらに、米国特許5436 392号および54 89520号ならびに多くの他の特許も参照]。この場合、MACの導入に際し ては、微量注入、原形質体融合および粒子銃衝撃が好ましい。 タバコ、米、トウモロコシ、ライ麦、大豆、Brassica napus、綿、レタス、ジ ャガイモおよびトマトなどの植物を用いて、遺伝子導入植物が得られている。タ バコおよびツクバネアサガオなどの他の植物は、それらの方法を開発し、遺伝子 を最初に導入および発現させる実験モデルとして役立つことが多かった。 DNA取り込みは、植物原形質体を用いて、DNA単独または融合剤であるP EGの存在下に行うことができるか、あるいは当業者に公知のそのような方法の 変法によって行うことができる[例えば、Schilperootらに対する米国特許46 84611号参照]。原形質体と外来DNAの混合物を含む溶液に対する高電圧 電気衝撃波印加を行って、可逆的穴を形成するエレクトロポレーションを用いて 、例えば外来遺伝子を米およびBrassica napusに導入して奏功している。培養細 胞および無傷の植物器官の細胞ならびに組織培養および微小粒子衝撃法[粒子銃 装置を用いて、DNAを含む高密度微小粒子を高速まで加速して、その粒子を植 物の細胞壁および細胞膜を貫通させる] における胚葉体などの植物細胞へのDNAの微量注入も用いられている。DNA を導入することができ、形質転換細胞から再形成することができる全ての植物細 胞を用いて、転移人工染色体を有する形質転換した植物全体を作ることができる 。植物宿主にDNAを導入する特定のプロトコールおよび手段を、特定の植物ま たは栽培品種に適合するよう適応または改善する必要がある場合がある。c.昆虫細胞 (a)有用な蛋白をコードする遺伝子の増幅を人工染色体で行って、昆虫細胞 での蛋白収量を高めることができる;(b)蛋白の生理的機能に必要である可能 性のある糖付加およびリン酸化などの必要な翻訳後修飾を、昆虫細胞が支持し; (c)昆虫細胞が、哺乳動物ウィルスを支持せず、従ってそのような感染源によ る生成物の交差汚染の問題がなくなり;(d)その方法は、昆虫細胞系における 栄養蛋白、工業用蛋白または医療用蛋白の製造のための従来の組換えバキュロウ ィルス系より優れており;(e)昆虫細胞の成長に最適な温度が低いことから( 28℃)、生産のエネルギーコストが低く;(f)昆虫細胞に対する血清を含ま ない成長培地によって生産コストが低くなり; (g)人工染色体を含む細胞は、低温でいくらでも保存でき、(h)昆虫の幼虫 は、受精昆虫卵の微量注入により栄養蛋白、医療用蛋白または工業用蛋白の生物 工場となる等(これらに限定されるものではないが)の多くの理由により、昆虫 は人工染色体の導入に有用な宿主である[Bombyx morjの卵に異種DNAを微量 注入する方法を提供するJoy et al.(1991)Current Science 66:145-150参照 ]。 MACまたは昆虫固有の人工染色体[BUGAC]を用いて、遺伝子を昆虫に 導入する。実施例に記載したように、MACは昆虫において機能して、それに含 まれる異種DNAを発現させるように思われる。例えば、実施例に記載のように 、lacZ遺伝子に融合したB.moriアクチン遺伝子プロモータを有するMACが 、融合遺伝子を含むプラスミドによるEC3/7C5細胞のトランスフェクショ ンによって得られている。その後、選別を生き残ったトランスフェクションEC 3/7C5細胞とB.mori細胞を融合させることで、β−ガラクトシダーゼ発現が 検出される含MAC昆虫−マウスハイブリッド細胞系を得ている。 昆虫宿主細胞には、Spodoptera frugiperda[青虫]、Aedes asegypti[蚊]、Aedes albopictus[蚊]、Drosphila melanogaster[ミバエ] 、Bombyx morj[蚕]、Manduca sexta[スズメガ幼虫]およびTrichoplusia ni [イラクサキンウワバ]などの宿主があるが、これらに限定されるものではない 。培養での昆虫細胞の繁殖に向けた努力が行われている。そのような努力は行列 毛虫ヨトウガSpodoptera frugiperdaに集中している。イラクサキンウワバTrich oplusia niおよび蚕Bombyx moriなどの他の昆虫からも細胞系が開発されている 。スズメガ幼虫Manduca sextaを用いて、類似の細胞系を得ることができること も提案されている。昆虫にDNAを導入するには、それを幼虫に導入し、増殖さ せ、次に血リンパ液を幼虫から回収して、それから蛋白を単離できるようにする 。 昆虫細胞への人工染色体導入のための本発明における好ましい方法は微量注入 である[例えば、Tamura et al.(1991)Bio Ind.8:26-31;Nikolaev et al.( 1989)Mol.Biol.(Moscow)23:1177-87;および本明細書で例示・考察してある 方法参照]。E.人工染色体の応用および使用 人工染色体は簡便かつ有用なベクターを提供し、場合によっては(例えば、非 常に大きい異種遺伝子の場合)、宿主への異 種遺伝子の導入のための唯一のベクターである。実質的にあらゆる対象遺伝子が 、人工染色体を介しての宿主への導入を行いやすい。そのような遺伝子には、受 容体、サイトカイン、酵素、プロテアーゼ、ホルモン、成長因子、抗体、腫瘍抑 制遺伝子、治療物質および多重遺伝子経路をコードする遺伝子などがあるが、こ れらに限定されるものではない。 本発明で提供される人工遺伝子は、蛋白および遺伝子産生物の生産方法で、特 にそのような産生物の生成における宿主細胞として昆虫を用いて、さらには人工 染色体(特にはMAC)が医療用および工業用の重要な化合物の生物製造を至適 化するための高信頼性で安定な有効な手段を提供する細胞(例えば、哺乳動物細 胞)生産系で用いられる。それらはさらに、遺伝子治療での使用、ならびに遺伝 子導入植物および動物の生産を目的としたものでもある[上記、以下および実施 例で述べてある]。1.遺伝子治療 治療遺伝子産生物または多重遺伝子経路の産生物をコードする核酸は、治療を 目的として、ヒトなどの宿主動物に、あるいは動物への導入のために標的細胞系 に導入することができる。そのような治療目的には、治癒することまたは欠如も しくは欠 陥のある遺伝子産生物を提供して抗腫瘍剤などの薬剤を標的細胞もしくは動物に 提供すること、ならびに病原体に対する抵抗性を提供するかもしくは感受性を低 下させるか、または疾患もしくは障害の症状を緩和する遺伝子産生物を提供する ことなどがある。以下に、遺伝子および遺伝子産生物の例をいくつか示す。その ような例示は本発明を限定するものではない。a.抗HIVリボザイム 以下に例示のように、抗HIVリボザイムをコードするDNAを、真正染色質 に基づくミニ染色体およびSATACなどのMACを用いて、細胞に導入し、そ こで発現させることができる。これらのMACを用いて、リボザイムを発現する 遺伝子導入マウスを作ることができる。従ってそれらMACは、そのようなリボ ザイムの活性を調べるためのモデルとして、あるいはリボザイム産生細胞系を作 ることができるモデルとして役立つ。さらに、抗HIVリボザイムをヒト細胞中 にコードするMACの導入は、HIV感染の治療として役立つ。そのような系は さらに、疾患特異的リボザイムの使用が特定の疾患を治療もしくは緩和する上で 有効であることを示すものである。b.腫瘍抑制遺伝子 腫瘍抑制遺伝子は、それの野生型対立遺伝子において、異常な細胞増殖を抑制 する蛋白を発現する遺伝子である。腫瘍抑制蛋白をコードする遺伝子に突然変異 もしくは欠失が生じると、生じた突然変異蛋白または腫瘍抑制蛋白発現の完全な 喪失のために、細胞増殖が正しく調節されなくなる場合がある。その結果、特に 細胞調節機序に対してすでに損傷がある場合には、異常な細胞増殖が起こる場合 がある。多くのかなり研究されているヒト腫瘍および腫瘍細胞系が、腫瘍抑制細 胞の欠如または機能喪失を有することが明らかになっている。 腫瘍抑制遺伝子の例としては、網膜芽細胞腫遺伝子すなわちRB遺伝子、p5 3遺伝子、結腸癌において欠失している遺伝子[すなわち、DCC遺伝子]およ び神経線維腫症1型[NF−1]腫瘍抑制遺伝子などがあるが、これらに限定さ れるものではない[例えば、米国特許5496731号、Weinberg et al.(19 91)254:1138-1146参照]。腫瘍抑制遺伝子の機能喪失または失活は、かなりの 数のヒト癌の発生および/または進行において中心的な役割を果たすと考えられ る。p53遺伝子 p53遺伝子の体細胞突然変異は、ヒト癌に関連する遺伝子 突然変異で最も高頻度のものであると言われている[例えば、Weinberg et al. (1991)Science 254:1138-1146参照]。正常もしくは野生型p53遺伝子は、 損傷を受けた場合に細胞形質転換を指向する細胞増殖の陰性調節因子である。p 53発現産生物は核で認められ、そこでは他の遺伝子産生物と同時にあるいは共 動的に作用し得る。p53が欠失した腫瘍細胞系を野生型p53ベクターで治療 することで、腫瘍形成性を低下させることに成功している[Baker et al.(199 0)Science 249:912-915参照]。 p53遺伝子をコードするDNAおよびそのDNAを含むプラスミドは公知で ある[例えば、米国特許5260191号参照;さらに、Chen et al.(1990)Science 250:1576;Farrel et al.(1991)EMBO J10:2879-2887も参照;その 遺伝子を有するプラスミドはATCCから入手可能であり、その配列はGenBank Databaseにあり、受託番号X54156、X60020、M14695、M16 494、K03199である]。c.CFTR遺伝子 嚢胞性繊維症[CF]は、気道、汗腺、膵臓その他の臓器の上皮組織に発症す る常染色体劣性疾患である。それは、塩素イ オン輸送における欠陥と関連する致死性遺伝病であり、各種真核細胞における塩 素伝導性の発現と関連していた1480アミノ酸の蛋白である嚢胞性繊維症膜貫 通伝導性調節蛋白質[CFTR]をコードする遺伝子における突然変異が原因で 生じる。CFTRにおける欠陥によって、気道、汗腺、膵臓その他の組織におけ る上皮細胞が、cAMP介在作働薬に反応して塩素イオンを輸送する能力を破壊 もしくは低下させ、cAMP依存性蛋白キナーゼA[PKA]による頂端膜チャ ンネルの活性化を障害する。この疾患の発生率が高いことおよび破壊的性質を考 慮すると、有効なCF治療の開発が急務である。 CFTR遺伝子[約250kb]をMAC中にトランスフェクションし、それ を例えば以下のように遺伝子治療に用いることができる。CF−YAC[Green et alScience 250:94-98参照]を変性させて、プロマイシンもしくはハイグロ マイシンに対する耐性を提供する蛋白をコードする遺伝子などの選択可能マーカ ー、およびneo−ミニ染色体もしくはSATACへの部位特異的組み込みで使 用されるλ−DNAを持たせるようにすることができる。そのような変性CF− YACは、変性C F−YACを有する酵母原形質体との融合あるいは変性CF−YACを有する酵 母核の細胞への微量注入によって、EC3/7C5細胞もしくは19C5×Ha 4細胞などの含MAC細胞に導入することができる。次に、抗生物質耐性に基づ いて、安定な形質転換体を選択する。その形質転換体は、細胞に含まれるMAC 中に変性CF−YACを有する。2.遺伝子的に変化を受けて、疾患に対する抵抗性などの望ましい形質を有する 動物、鳥、魚および植物 人工染色体は、例えば、疾患抵抗性、苛酷な環境条件に対する抵抗性、異なっ た成長パターンおよび物理的特徴向上などのある種の所望の形質を有する鳥およ び魚ならびに哺乳動物のような脊椎動物および無脊椎動物を含む動物を得るのに 、理想的に適している。 疾患抵抗性生物を得る上での人工染色体のある使用例には、多価ワクチンの製 造が関与する。そのようなワクチンには、MACもしくは生物固有の人工染色体 に含ませ、宿主に組み込んで免疫性を誘発するか、あるいは胚に組み込んで、あ る種の疾患に対して免疫性であるかもしくは感受性が低い遺伝子導入(人間以外 )動物および植物を形成することができる複数抗原 をコードする遺伝子などがある。 病原体を破壊もしくは弱毒化するあるいは病原体が宿主に接触するのを抑制す る遺伝子産物(ある種の病原体に対して有毒であるリボザイムおよび蛋白など) をコードするDNAを有する人工染色体の宿主生物または胚に導入することで、 疾患に対する抵抗性を与え、またはそれに対する感受性が低下した疾患抵抗性の 動物および植物も得ることができる。 例えば、農業用および装飾用植物の産業などの分野における生物の有用性、加 工可能性および商業的価値を高めると考えられる所望の形質を有する動物および 植物も、疾患抵抗性の動物および植物の生産について上記と同様の方法で人工染 色体を用いて得ることができる。そのような場合、生物または胚に導入される人 工染色体は、生物において所望の形質を与える上で役立つ遺伝子産生物をコード するDNAを有する。 特にニワトリなどの家禽のような鳥、魚および甲殻類は、人工染色体を用いた 遺伝的に変化させた生物の製造用のモデル宿主として役立つ。3.ライブラリーの取得およびスクリーニングへのMACおよび他の人工染色体 の使用 大きいDNA断片を各人工染色体に組み込むことができるこ とから、その染色体は、ゲノムDNAライブラリの取得において全ゲノムを有す ることができるクローニング媒体として用いるのに適しており、スクリーニング を容易に行うことができる。例えはMACを用いて、各種生物から機能性動原体 DNAを確認および単離するのに有用なゲノムDNAライブラリを得ることがで きる。そのような利用分野では、特定生物からゲノムDNAライブラリを得るの に使用されるMACは、その生物の細胞中では機能性ではないものである。すな わちそのMACは、その生物の細胞におけるMAC内にある遺伝子を安定に複製 せす、分離せず、その発現を行わない。好ましくはMACには、生物の細胞中の 指標遺伝子の転写を促進することができるプロモーターに連結した指標遺伝子( 例えば、β−ガラクトシダーゼをコードするlacZ遺伝子またはネオマイシン 、プロマイシン、ハイグロマイシンなどの抗生物質に対する耐性を与える産生物 をコードする遺伝子など)を持たせる。生物からのゲノムDNAの断片をMAC に組み込み、MACを生物からの細胞に転移させる。ゲノムDNA断片内に含ま れる機能性動原体を組み込んだMACを有する細胞は、マーカー遺伝子発現を検 出することで確認される。4.安定で高レベルの蛋白産生のためのMACおよび他の人工染色体の使用 本発明で提供されるMACおよび/または他の人工染色体は、蛋白の製造、特 には生化学的経路もしくは多価ワクチンに関与する複数蛋白などの1つの細胞系 からのいくつかの蛋白の製造に使用され、有効である。蛋白をコードする遺伝子 を人工染色体に導入し、次にそれを細胞に導入する。別法として、対象の異種遺 伝子を、その遺伝子が人工染色体に向かうような形で、すでに人工染色体を有す る生産細胞系に転移させる。異種蛋白が発現される条件下で細胞を培養する。蛋 白は安定で永久的なゲノム外染色体系において高レベルで発現されることから、 選択的条件は必要ない。 細胞培養系での連続増殖に適応できる組換え宿主として役立ち得るトランスフ ェクション可能な細胞[例えば、McLean(1993)Trends In Biotech11:232-23 8]は、人工染色体に基づく蛋白生産系での使用に好適である。宿主細胞系の例 としては、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞[例えば、Zang et al. (1995)Biotechnolgy 13:389-392参照]、HEK293、Ltk-、COS−7 、DG44およびBHK細胞な どがあるが、これらに限定されるものではない。CHO細胞は特に好ましい宿主 細胞である。人工染色体に基づく蛋白生産系で使用する宿主細胞系の選択は当業 界の技術範囲に含まれるものであるが、多くの場合、生産される異種蛋白の性質 、宿主細胞における蛋白の毒性の可能性、蛋白の翻訳後修飾(例えば、糖化、ア ミノ化、リン酸化)の必要条件、細胞で利用できる転写因子、異種遺伝子の発現 を推進するのに使用されるプロモーター要素の種類、産生が完全に細胞内である かまたは異種蛋白が好ましくは細胞から分泌されるか、ならびに細胞における酵 素処理の種類などの各種因子によって決まる。 異種蛋白生産のための人工染色体に基づく系は多くの有利な特徴を有する。例 えば上述のように、異種DNAは独立のゲノム外人工染色体(宿主細胞ゲノムの 未知領域にランダムに挿入されたものや、一時的発現のみを与える染色体外要素 として局在するものとは異なって)に局在することから、それは活性転写単位で 安定に維持され、細胞分裂時の組み換えや脱離を介して放出されることはない。 従って、宿主細胞に選択遺伝子を含める必要はなく、従って選択条件下での増殖 も必要ない。さらに、人工染色体はDNAの大きい部分を組み込むことができる ことから、染色体に複数の異種遺伝子および連結プロモータ要素のコピーを保持 することができ、それによって外来蛋白を高レベルで発現させることができる。 別法として、遺伝子の複数のコピーを1個のプロモータ要素に連結することがで き、いくつかの異なる遺伝子を融合した多遺伝子複合体で単一のプロモータに連 結して、例えば完全な代謝経路を構成する全ての重要な蛋白を発現させることが できる[例えば、Beck von Bodman et al.(1995)Biotechnology 13:587-591 参照]。別法として、単一遺伝子の複数のコピーを単一のプロモーターに機能的 に連結させることができるか、あるいは個々のまたは1個もしくは数個のコピー を異なるプロモータまたは同じプロモータの複数のコピーに連結させることがで きる。さらに、人工染色体は外来遺伝子の組み込みおよび発現に関してほとんど 無限の能力を有することから、対象とする最終生成物をコードする遺伝子の発現 だけでなく、宿主細胞の最適な維持および代謝管理に関連する遺伝子(例:成長 因子をコードする遺伝子)ならびに所望の異種蛋白生成物の本来の構造における 迅速な合成を容易にすることができる遺伝子(例:プロセシング酵素および転写 因子をコードする遺伝子)の発現にも使用可能である。MACSは、 生理活性にin vivoでの翻訳後修飾を必要とする蛋白およびペプチドなどのあら ゆる蛋白もしくはペプチドの発現に好適である。そのような蛋白には、抗体断片 、全長抗体および多重結合抗体、腫瘍抑制蛋白、天然もしくは人工の抗体および 酵素、熱ショック蛋白その他などがあるが、これらに限定されるものではない。 そこで、そのような細胞に基づくMACを用いる「蛋白工場」を、適切なプロ モーターを有する蛋白コード遺伝子、あるいは単一のプロモータによって作用す る複数の遺伝子、すなわち融合遺伝子複合体[植物発現系における完全代謝経路 など;Beckvon Bodman(1995)Biotechnology 13:587-591参照]の複数コピー[ 理論的には、無限数または得られるMACが、ほぼゲノム染色体(すなわち内因 性)の大きさ以下である数字以上]で構成されるMACを用いて形成することが できる。そのようなMACが構築されると、蛋白を含まない培地[例えば、(19 95)Biotechnology 13:389-39参照]でのCHO細胞系、または連続生産を確定 することができる他の不死化細胞系[例えば、(1993)TIBTECH 11:232-238参照 ]などの好適な細胞培養系に転移させることができる。 MACが宿主細胞において高レベルの異種蛋白発現を行う能力は、例えば、本 明細書に記載されECACCに寄託されたH1D3およびG3D5細胞系の分析 によって示される。これらの細胞から得られるmRNAのノーザンブロッティン グ分析によって、細胞におけるハイグロマイシン抵抗性遺伝子およびβ−ガラク トシダーゼ遺伝子の発現が、それに含まれるメガ染色体のアンプリコン数と相関 していることが明らかである。F.反復DNA単位を含むDNA配列の合成方法 一般に、縦列反復DNAの組立により、相補的オリゴの明瞭なアニーリングな どの問題が生じる。例えば、別個にアニーリングされた生成物を、逆の配向で連 結することができる。さらに、縦列もしくは反転した反復単位は、その配列を乱 し得る組み換えおよび欠失事象を特に受けやすい。縦列反復DNA単位の配列合 成のクローニング段階で使用する適切な宿主生物(例:rec株)の選択は、そ のような事象の減少および排除に役立ち得るものである。 本発明においては、反復DNA単位を有する延長DNA配列の合成方法が提供 される。その方法は特に、縦列に反復したDNA単位の配置の合成に適用できる が、通常そのような配列は、 他の公知の遺伝子組立戦略を用いて構築することは困難であるか、不可能である 。これらの方法の具体的な用途は、単純な(例えば、2〜6個のヌクレオチド) 縦列反復(臨床的意義を持つ可能性のある末端小粒および付随DNA反復単位お よびトリヌクレオチド反復単位など)ならびに複雑な反復DNA配列の合成にお けるものである。これらの方法を用いた150を超える連続反復ヘキサマーを有 する末端小粒配列の合成の特定の例を、本明細書に示してある。 縦列DNA反復配置の合成について本発明で提供される方法は、反復の配列を 連続的に倍化することで、縦列反復の配置を級数的に延長する一連の延長段階に 基づくものである。これらの方法は、遺伝子組立の既知の方法より勝る利点をい くつか提供するものである。例えば、原料のオリゴヌクレオチドは1回だけ使用 する。本明細書に記載のDNA配置の最終生成物とともに、それの構築における 中間体は、微生物(例:大腸菌および酵母)におけるクローニング型で得ること ができる。これらの方法に関して、特に重要な点としては、この方法ではわずか 2つのオリゴヌクレオチドを必要とするだけであるにもかかわらず、この手順の 各延長段階で、配列の長さは直線的にではな く級数的に増加するという点である。制限部位は組立手順中にごく一時的に使用 されることから、その構築プロセスは、制限酵素認識配列および反復DNAの配 列の適合性の影響を受けない。アダプターは必要ない。ただし、同様の機能を有 する領域が、このプロセスで使用される2つの制限部位間にある。制限部位使用 に関係する唯一の制限は、この方法で使用される2個の部位がいずれのクローニ ング段階でも使用されるベクターの他の筒所にあってはならないという点である 。その方法を利用して、ヒトアポリポ蛋白B100遺伝子(30bpの反復単位 、100%AT)またはアルホイド付随DNAの各種数の縦列反復(VNTR) 3’などの完全に同一の反復単位を有する複雑な反復を構築することができる。 縦列反復を有するDNA配列の合成方法について、以下に説明する。1.原料 原料として2個のオリゴヌクレオチドを使用する。オリゴヌクレオチド1は、 長さkの反復配列のものであり(隣接部分とは無関係)、適切に選択された制限 部位に隣接している比較的短い長さ(60〜90ヌクレオチド)の反復単位を有 する。 5'-S1>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>S2 -3' ここで、S1はE1[好ましくは3’−突出(例:PacI,PstI,SphI,NsiIな ど)または平滑末端を形成する酵素]によって開裂する制限部位1であり;S2 はE2(好ましくは、3’−突出を形成する酵素またはTspRIなどの認識部 位外で開裂するもの]によって開裂する第2の制限部位であり;>は簡単な反復 単位を表し、「 」は下記のオリゴヌクレオチド2に相補的な配列に隣接する短 い(8〜10)ヌクレオチドを示す。 3'- S3-5' ここで、S3は酵素E3についての第3の制限部位であり、構築時に使用され るベクターに存在する部位である。 多くの異なるDNA配列を開裂部位として認識する非常に多様な制限酵素があ ることから、いずれかの特定の反復配置の合成に関連して、これらの方法に好適 な部位および酵素(好ましくは3’−突出末端を形成するもの)を常に選択でき なければならない。ほとんどの場合、反復配列には、制限部位の1個のみの(ま たは恐らくは2個の)ヌクレオチドが存在することが必要であり、制限部位の残 りのヌクレオチドは、以下の例のよ うに除去することができる。Pac I:TTAAT/TAA--(クレノウ/dNTP)TAA--Pst I:CTGCA/G--(クレノウ/dNTP)G--Nsi I: ATGCA/T--(クレノウ/dNTP)T--Kpn I: GGTAC/C--(クレノウ/dNTP)C-- 1個のAを残す公知の制限酵素はないが、この問題は、以下のように全く残さ ない酵素によって解決できる。Tai I: ACGT/(クレノウ/dNTP)--Nla III: CATG/(クレノウ/dNTP)-- さらに、クレノウに代えてヤエナリヌタレアーゼを用いた場合、次のようにな る。Xba l: T/CTAGAヤエナリヌクレアーゼ A-- さらに、認識配列外で切断する多くの制限酵素があり、その場合には全く制限 はない。Tsp RI NNCAGTGNN/--(クレノウ/dNTP)--Bsm I GAATG CN/--(クレノウ/dNTP)-- CTTAC/GN--(クレノウ/dNTP)--2.段階1−アニーリング オリゴヌクレオチド1および2を、重複の長さに応じて選択 した温度でアニーリングする(代表的には、30〜65℃の範囲)。3.段階2−二本鎖分子の形成 アニーリングしたオリゴヌクレオチドを、dNTPの存在下にクレノウポリメ ラーゼで充填して、二本鎖(ds)配列を得る。 4.段階3−二本鎖DNAのベクターへの組み込み 二本鎖DNAを、制限酵素E1およびE3で開裂し、次に同じ酵素E1および E3で開裂させてあったベクター(例pUC19または酵母ベクター)に連結さ せた。連結生成物を用いて、使用するベクターに適合する適正な宿主細胞を形質 転換し(例:pUC19を用いる場合、大腸菌DH5αなどの細菌細胞が好適な 宿主である)、次にそれを選択平板で平板培養する。組換え体は、色(例えば、 β−ガラクトシダーゼ発現の場合はXga1染色によって)または32P標識オリ ゴヌクレオチド2を用いるコロニーハイブリダイゼーション(オリゴヌクレオチ ドへのハイブリダイゼーションによる検出が好ましい。その理 由としては、それの配列はその後の各延長段階で除去され、反復配列の延長が奏 功したDNAを含む組み換え体のみに存在するからである)によって確認するこ とができる。5.段階4−プラスミドからの挿入物の単離 k個のヌクレオチドの反復配列を有する組換えプラスミドの少量サンプルを、 制限酵素E1およびE3で消化させ、挿入物をゲルで単離する(挿入物が短い時 はポリアクリルアミドであるが、その後の段階での比較的長い挿入物の単離では アガロースを用いることができる)。組換えプラスミドの第2の少量サンプルを 酵素E2(クレノウおよびdNTPで処理して、3’−突出を除去)およびE3 で切断し、大きい断片(プラスミドDNAと挿入物)を単離する。6.段階5−k個反復のDNA配列の延長 2個のDNA(S1〜S3挿入物断片とベクター+挿入物)を連結し、選択的 平板で平板培養し、段階3のように延長組み換え体についてスクリーニングを行 う。ここで、制限部位間の反復配列の長さは、前の段階における反復配列の2倍 、すなわち2×kである。7.段階6−2×k個反復のDNA配列の延長 段階4および段階5を必要な回数繰り返して、所望の反復配列サイズを得る。 各延長サイクルにおいて、反復配列の大きさは倍化する。すなわち、mを延長サ イクル数とすると、反復配列の大きさはk×2mヌクレオチドとなる。 以下に実施例を示すが、これらは例示のみを目的としたものであり、本発明を 限定するものではない。実施例1 全般的な材料および方法 以下の材料および方法は、下記の実施例で使用され、人工染色体を含む細胞系 を得るのに使用することができる方法の例である。当業者に公知である他の好適 な材料および方法を使用することも可能である。当業者に公知のこれら材料およ び方法に対する変更も行うことができる。A.細胞系の培養、細胞融合および細胞のトランスフェクション 1.チャイニーズハムスターK−20細胞およびマウスA9線維芽細胞をF− 12培地で培養した。EC3/7[米国特許5288625号参照、受託番号9 0051001下にEuropean Collection of Animal Cell Culture(ECACC)に 寄託; さらに、Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.SciU.S.A.88:8106-8110 および米国特許出願08/375271号も参照]およびEC3/7C5[米国 特許5288625号およびPraznovszky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.SciU.S.A88:11042-11046参照]マウス細胞系ならびにKE1−2/4ハイブリ ッド細胞系を、400μg/mLのG418を含むF−12培地[SIGMA,St.Lo uis,MO]で維持した。 2.以下に記載のTF1004G19およびTF1004G−19C5マウス 細胞と以下に記載の19C5×Ha4ハイブリッドおよびそれの亜細胞系を、4 00μg/mL以下のハイグロマイシンB[Calbiochem]を含むF−12培地で 培養した。LP11細胞を、3〜15μg/mLのプロマイシン[SIGHA,St.Lou is,MO]を含むF−12培地で維持した。 3.EC3/7C5細胞とプラスミド[ファルマシアから入手のpH132、 pCH110;Hall et al.(1983)J.Mol.Appl.Gen2:101-109も参照]とλ DNAとの共トランスフェクションを、受容体細胞5×106個当たりプラスミ ドDNA2〜5μgおよびλファージDNA20μgを用いて、リン酸カルシウ ムDNA沈殿法[例えば、Chen et al.(1987)Mol.Cell.Biol7:2745-2752参照]によって行った。 4.細胞融合 マウスおよびハムスターの細胞を、ポリエチレングリコールを用いて融合した [Davidson et al.(1976)Som.Cell.Genet2:165-176]。400μg/mL のハイグロマイシンBを含むHAT培地中で、ハイブリッド細胞を選別した。 約2×107個の受容体細胞および2×106個のドナー細胞を、ポリエチレン グリコールを用いて融合した[Davidson et al.(1976)Som.Cell.Genet2:16 5-176参照]。ハイブリッドを選別し、10%FCSおよび400μg/mL G418を含むF−12/HAT培地で維持した[Szybalsky et al.(1962)N atl.Cancer Inst.Monogr7: 75-89]。ハイブリッド細胞系における「親」染色 体の存在が、ビオチン標識したヒトおよびハムスターのゲノムDNAならびにマ ウスの長い分散反復DNA[pMCPE1.51]を用いた、生物特異的プロー ブによるin situハイブリダイゼーションによって確認された。5.微小核体融合 EC3/7C5細胞から受容体細胞への人工染色体の微小核体介在転移を、グ ッドフェローら[Goodfellow et al.(1989) Techniques for mammalian genome transfer,Genome Analysis a Practical Ap proach,K.E.Davies,ed.,IRL Press,Oxford,Washington DC.pp.1-17]お よびヤマダら[Yamada et al.(1990)Oncogene 5:1141-1147]の変法を用い、 サキソンらの方法に従って[Saxon et al.(1985)Mol.Cell.Biol1:140-146 ]行った。すなわち、T25フラスコ中の5×106個のEC3/7C5細胞を 、最初に0.05μg/mLのコルセミドで48時間、次に10μg/mLのサ イトカラシンBで30分間処理した。T25フラスコを端で遠心し、ペレット化 した微小核体を血清を含まないDME培地中に懸濁させた。最初に5ミクロン、 次に3ミクロンのポリカーボネートフィルターによって微小核体を篩い、50μ g/mLのフィトヘマグルチニンで処理し、受容体細胞とのポリエチレングリコ ール介在融合に用いた。MMCneoを含む細胞の選別を、400〜800μg /mLのG418を含む培地中で、融合から48時間後に開始した。 微小核体を、以下のようにして1B3およびGHB42ドナー細胞からも得て 、E2D6K細胞と融合させた[プロマイシンN−アセチルトランスフェラーゼ 遺伝子を有するCHO K−20細胞系、すなわち、SV40初期プロモーター の制御下 でのプロマイシン耐性遺伝子]。ドナー細胞を接種して、24〜36時間以内に 60〜75%の集密度を得た。その後、12時間もしくは24時間にわたってコ ルヒチン(10μg/mL)に曝露することで、細胞を有糸分裂で停止させ、微 小核化を誘発した。GHB42細胞の小核化を促進するため、細胞を低張処理し た(37℃で10分間)。コルヒチン処理後、またはコルヒチンと低張処理後に 、細胞をコルヒチンを含まない培地で成長させた。 ドナー細胞をトリプシン処理および速心し、ペレットを1:1パーコール培地 に懸濁させ、37℃で30〜40分間インキュベーションした。インキュベーシ ョン後、1〜3×107個の細胞(60〜70%微小核化指数)を各パーコール 勾配に負荷した(各融合を1〜2勾配に分配した)。これらの勾配をSorva ll SS−34ローター中34〜37℃で80分間19000rpmにて遠心 した。遠心後、2つの細胞可視帯域を除去し、4℃で10分間2000rpmに て遠心し、再懸濁させ、8μm孔径ヌクレオポアフィルターで濾過した。 1B3およびGHB42細胞から得た微小核体を、E2D6Kと融合させた。 E2D6K細胞は、pCHTV2によるCH O K−20細胞のCapo4トランスフェクションによって得られた。プラス ミドpCHTV2は、SV40プロモータおよびポリアデニル化信号、Saccharo myces cerevisiae URA3遺伝子、チャイニーズハムスター2番染色体特異的付 随DNAの2.4および3.2kb断片(HC−2付随体;Fatyol et al.(19 94)Nuc.Acids Res22:3728-3736参照)、ジフテリア毒A鎖遺伝子の2個のコ ピー(1個は単純庖疹ウィルスチミジンキナーゼ(HSV−TK)遺伝子プロモ ータおよびSV40ポリアデニル化信号に連結したものであり、他方はポリアデ ニル化信号を持たずにHSV−TKプロモータに連結したものである)、アンピ シリン耐性遺伝子およびColE1複製開始点を有する。トランスフェクション 後、プロマイシン耐性コロニーを単離した。E2D6K細胞系におけるpCHT V2プラスミドの存在が、細胞から単離されたDNAの核酸増幅によって確認さ れた。 精製微小核体を前述と同様にして遠心し、フィトヘマグルチニン−P(PHA −P、100μg/mL)2mLに再懸濁した。次にその微小核体懸濁液をE2 D6K細胞の60〜70%集密度受容体培養物に加えた。それを室温で30〜4 0分間イ ンキュベーションして、微小核体を凝集させた。PHA−Pを除去した後、細胞 を50%ポリエチレングリコール(PEG)1mLとともに1分間インキュベー ションした。PEGを除去し、培養物を血清を含まないF−12培地で3回洗浄 した。細胞を非選択的培地中で48〜60時間インキュベーションした。その後 、細胞培養物をトリプシン処理し、400μg/mLのハイグロマイシンBおよ び10g/mLのプロマイシンを含むF−12培地で平板培養して、親細胞系に 対して選別を行った。 ハイブリッド細胞を、選択培地で培養しておいた細胞から単離した。これらの クローンを次に、X−gal染色法によってβ−ガラクトシダーゼの発現につい て分析した。GHB42微小核体とE2D6K細胞との融合によって得られてい た5つのハイブリッドクローン中の4個が、染色結果が陽性で、GHB42細胞 が与えたメガ染色体に含まれるlacZ遺伝子がβ−ガラクトシダーゼを発現し ていることを示している。同様に、1B3微小核体とE2D6K細胞との融合に よって形成していたハイブリッドクローンからは陽性の染色結果が得られ、1B 3細胞が与えたメガ染色体に含まれるlacZ遺伝子がβ−ガラクトシダーゼを 発現していることを示唆していた。ハイブリ ッドクローンのin situハイブリダイゼーションも行って、マウス−ハムスター ハイブリッド細胞のマウス染色体含有量も分析した。B.染色体分染 染色体のトリプシンG分染を、ワンらの方法(Wang & Fedoroff(1972)Nature 235:52-54]を用いて行い、BSGによる構成異質染色質の検出を行った。C分 染法をサムナーの方法(Sumner(1972)Exp.Cell Res.75:304-306)に従って実 施した。ブロモデオキシウリジン[BrdU]組み込みによる染色体複製の検出 には、ペリーらの(Perry & Wolff(1974)Nature 251:156-158)フルオレセイ ン−ギムザ[FPG]染色法を用いた。C.染色体の免疫標識およびin situハイブリダイゼーション ヒト抗動原体血清LU851[Hadlaczky et al.(1986)Exp.Cell.Res167 :1-15]による間接免疫蛍光標識および同じ試料に対する間接免疫蛍光およびin situハイブリダイゼーションを、既報の方法に従って行った[Hadlaczky et al .(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 88:8106-8110参照;さらに、米国特許出 願08/375271号も参照]。マウスA9染色体の処理に関して2M塩酸を 37℃で25分間行い、ハイブリッド細胞の 染色体に関して、1M塩酸を37℃で30分間用いた以外は、メーカー推奨の手 順に従って、フルオレセイン標識抗BrdUモノクローナル抗体[Boehringer] による免疫標識を行った。D.走査型電子顕微鏡検査 オスミウム含浸を用いた走査型電子顕微鏡検査のための有糸分裂染色体製造を 、既報の方法に従って行った[Sumner(1991)Chromosoma 100:410-418]。その 染色体を、加速電圧25kVで動作する日立S−800電界放出走査型電子顕微 鏡で観察した。E.DNA操作、プラスミドおよびプローブ 1.一般的方法 DNA操作はいずれも、標準的方法によって行った[例えば、Sambrook et al .(1989)Molecular cloning:A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Labor atory Press,Cold Spring Harbor,NY参照]。マウスの主要付随体プローブを 、ラトナー博士の方法によって得た[Dr.J.B.Rattner,University of Calgary ,Alberta,Canada]。カルガリー大学のラトナー博士から、マウスの主要付随 体プローブなどのクローニングしたマウス付随DNAプローブ[Wong et al.( 1988)Nucl.Acids Res16 :11645-11661参照]の提供を受けた。完全ハムスターゲノムDNAを用いてハ ムスター染色体の着色を行い、2番染色体 (1994)Nucl.Acids Res22:3728-3736]も用いた。マウス染色体の着色を、マ ウス真正染色質に固有のクローニングした長い分散反復配列[pMCP1.51 ]を用いて行った。 共トランスフェクションおよびin situハイブリダイゼーションには、pCH 110β−ガラクトシダーゼ構築物[PharmaciaまたはInvitrogen]およびλc 1875Sam7ファージDNA[New England Biolabs]を用いた。2.プラスミドpPuroTelの構築 プロマイシン耐性遺伝子およびクローン化2.5kbヒト末端小粒配列[配列 番号3]を、pBabe−puroレトロウイルスベクターから構築した[Morg enstern et al.(1990) and Tumorbiology Center,Karolinska Institutet,Stockholm)によって提供 ;さらに、Tonghua et al.(1995)Chin.Med.J.(Beijing,Engl.Ed.)108:65 3-659;Couto et al.(1994)Infect.Immun62:2375-2378;Dunckley et al.( 1992)FEBS Lett296:128-34;French et al.(1995)Anal.Biochem228:354-355;Li u et al.(1995)Blood 85:1095-1103;国際PCT出願WO9520044号、 WO9500178号およびWO9419456号も参照]。F.寄託細胞系 細胞系KE1−2/4、EC3/7C5、TF1004G19C5、19C5 ×Ha4、G3D5およびH1D3を、ブダペスト条約に従って、ECACC( European Collection of Animal Cell Culture)に、それぞれ受託番号9604 924、9604925、9604926、9604927、9604928お よび9604929下に寄託した。これらの細胞系の寄託は1996年4月9日 に行った(European Collection of Animal Cell Culture(ECACC)Vaccine Resea rch and Production Laboratory,Public Health Laboratory Service,Centre for ApplicedMicrobiology and Research,Porton Down,Salisbury,Wiltshire SP4 OJG,United Kingdom)。寄託は、本願において寄託細胞系に対する正式の 証明書を有し、欧州特許協定の規則28(1)(d)に従って、寄託細胞系を一 般に利用可能とすることに対して無条件かつ最終的同意を与えたハドラツキー (Gyula Hadlaczky,H.6723,SZEGED,SMAMOS U.1.A.IX.36.HUNGARY)の名前 で行った。実施例2 EC3/7、EC3/7C5および関連細胞系の取得 EC3/7細胞系は、neo−動原体を有するLMTK-マウス細胞系である 。EC3/7C5細胞系は、neo−ミニ染色体を有するEC3/7の単一細胞 サブクローンである。A.EC3/7細胞系 米国特許5288625号[さらに、Praznovszky et al.(1991)Proc.Natl .Acad.Sci .U.S.A88: 11042-11046およびHadlaczky et al.(1991)Proc.Na tl.Acad.Sci .U.S.A. 88:8106-8110も参照]に記載の方法に従って、ヒトおよび 細菌のDNAを有するλ構築物[λCM8およびλgtWESneo]の共組み 込み後に、デノボ動原体形成を、形質転換マウスLMTK-線維芽細胞系[EC 3/7]で行う。 λ中でクローニングした14kbのヒトDNA断片[λCM8]および優性マ ーカー遺伝子[λgtWESneo]の共トランスフェクションにより、優性マ ーカー遺伝子[neo−動原体]に連結した選択可能動原体を、マウスLMTK- 細胞系E C3/7で形成した[Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 8 8 :8106-8110;図1参照]。異種DNA[λDNAおよびマーカー遺伝子をコー ドするDNA]の組み込みを、末端動原体染色体[7番染色体(図1B参照)] の短腕に行い、そこで増幅プロセスを行うことで、新たな動原体が形成された[ neo−動原体(図1C参照)]。二動原体染色体(図1C)については、新た に形成された動原体領域に、細胞および活性動原体に導入される全ての異種DN A[ヒト、λおよび細菌]か含まれる。 同じ染色体に2つの機能的に活性な動原体があることで、動原体間で規則的切 断が生じる[図1E参照]。二動原体染色体上の2個の動原体間の距離は約10 〜15Mbと推定され、ミニ染色体を分離する切断が2つの動原体間で起こった 。そのような固有染色体切断により、neo−動原体を有する染色体断片が生じ る(細胞の約10%で)(図1F)。この染色体断片は主として、ヒト、λ、プ ラスミドおよびネオマイシン耐性遺伝子DNAから構成されるが、若干のマウス 染色体DNAも有する。細胞学的証拠から、MMCneoの安定化時にneo− 動原体を有する染色体断片の反転複製があったことが示唆され る。MMCneoを含む細胞系におけるミニ染色体の大きさは約20〜30Mb である。この所見は、大きさが倍化したことを示している。 二動原体染色体[図1E]を有するEC3/7細胞系から、反復単−細胞クロ ーニングによって、2個の亜細胞系[EC3/7C5およびEC3/7C6]を 選別した。これらの細胞系では、neo−動原体は専ら小さい染色体[neo− ミニ染色体]上に認められたが、元二動原体染色体は、検出可能な量の外来DN A配列を有しており、活性なneo−動原体は持たなかった[図1Fおよび1G ]。 細胞系EC3/7C5およびEC3/7C6のミニ染色体は類似している。細 胞レベルおよび分子レベルのいずれにおいても、それらの構成に相違は認められ ない。これらのミニ染色体は、従来の制限エンドヌクレアーゼマッピングやパル スフィールド電気泳動およびサザンハイブリダイゼーションを用いる広範囲マッ ピングによっては区別できなかった。EC3/7C6系の細胞の細胞骨格はコル ヒチンに対する感受性が高いことを示していたことから、EC3/7C5系を用 いてさらに詳細な分析を行った。B.EC3/7C5およびEC3/7C6細胞系の取得 neo−ミニ染色体を有するEC3/7C5細胞を、高濃度のG418[致死 用量の40倍]でのEC3/7細胞系の350世代にわたるサブクローニングに よって得た。2つの単一細胞由来の安定な細胞系[EC3/7C5およびEC3 /7C6]を得た。これらの細胞系は、ミニ染色体上にneo−動原体を有し、 二動原体染色体の残りの断片も有する。抗動原体抗体による間接免疫蛍光および その後のin situハイブリダイゼーション実験から、ミニ染色体が二動原体染色 体由来であることが示された。EC3/7C5およびEC3/7C6細胞系(そ れぞれ、140個および128個の中期)において、無傷の二動原体染色体は認 められず、それぞれ細胞の97.2%および98.1%でミニ染色体が検出され た。これらのミニ染色体は、150細胞世代にわたって維持したものである。こ れらは、元二動原体染色体の残りの部分を有する。 末端小粒DNA配列の複数コピーを、in situハイブリダイゼーションによっ て、元二動原体染色体の残りの部分のマーカー動原体領域で検出した。これは、 マウス末端小粒配列が外来DNA配列によって共増幅されたことを示している。 これらの 安定なミニ染色体を有する細胞系は、別の動原体が機能して、ミニ染色体を維持 することができることを示す直接の証拠を提供するものである[米国特許528 8625号]。 neo−動原体をマウス染色体から分離するEC3/7細胞での染色体切断が 、Gバンド陽性「外来」DNA領域で起こった。これは、元二動原体染色体の切 断末端でλおよびヒトDNA配列の痕跡が認められたことで裏付けられる。ne o−動原体を有する染色体断片のGバンドパターンを安定なneo−ミニ染色体 のものと比較することで、neo−ミニ染色体が、neo−動原体を有する染色 体断片の反転複製であることが明らかになっている。それはさらに、neo−ミ ニ染色体が1個の機能性動原体のみを有するが、ミニ染色体のいずれの末端も異 質染色性であり、マウス付随DNA配列が、in situハイブリダイゼーションに よってこれらの異質染色質領域で認められた。 そこで、これらの2つの細胞系EC3/7C5およびEC3/7C6は、優性 マーカー遺伝子に連結した動原体を有する選択可能な哺乳動物ミニ染色体[MM Cneo]を有する[Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A88 :8106-8110]。MMCneoは、ミニ染色体介在遺伝子転移のベ クターとして使用するためのものであり、ミニ染色体に基づくベクター系のモデ ルとして使用されてきた。 MMCneoの広範囲マッピング研究から、ヒトDNAおよびネオマイシン耐 性遺伝子構築物が、マウス染色体に別個に組込まれ、次に外来DNAを含む染色 体領域が増幅されることが明らかになっている。MMCneoは、約160kb の反復ブロックの形でλCM8およびλgtWESneoDNAの約30〜50 個のコピーを有し、それらが一緒になって、3.5Mb以上の領域を網羅してい る。これに加えて、マウス末端小粒配列[Praznovszky et al.(1991)Proc.Na tl.Acad.Sci.U.S.A88:11042-11046]ならびに染色分体の正確で高次の構造構 成に必要なマウス由来DNAがある。 専ら真正染色質マウスDNAを認識する染色体着色プローブmCPE1.51 [マウスの長い分散反復DNA]を用いたら、検出可能な量の分散反復配列が、 in situハイブリダイゼーションによってMMCneoで認められた。neo− 動原体は、少量であるが検出可能な量の付随DNAと関連している。neo−動 原体をマウス染色体と分ける染色体切断が、「外来」DNA領域で起こる。これ は、元二動原体染色体の切断末端にλ およびヒトDNAが存在することで明らかである。しかしながら、MMCneo の両末端には、in situハイブリダイゼーションによって明らかなマウスの主要 付随DNAの痕跡がある。この所見は、MMCneoの安定化の際にneo−動 原体を有する染色体断片の大きさが倍化するのは、反転複製の結果であることを 示唆するものである。neo−動原体形成時に外来DNA配列で共増幅したマウ ス末端小粒配列は十分なMMCneo用末端小粒を提供できるが、複製によって 、ミニ染色体用の機能性末端小粒が得られたものと考えられる。 neo−ミニ染色体の部分のヌクレオチド配列を次のようにして決定した。標 準的方法に従って、EC3/7C5細胞から全長DNAを単離した。DNAにつ いて、メーカーの手順に従って、PCRシステム(Expand Long Template PCR)[ Boehringer Mannheim]を用いて核酸増幅を行った。その増幅方法では、neo −ミニ染色体に含まれるファージλ右腕の領域にある配列に相当する単一の33 量体オリゴヌクレオチドプライマーのみが必要であった。このオリゴヌクレオチ ドの配列は、配列番号13の最初の33個のヌクレオチドとして示してある。n eo−ミニ染色体には、この配列の一連の反転反復があることから、 その単一のオリゴヌクレオチドを正および逆のプライマーとして用いて、ファー ジλDNAの反転反復集合間にあるDNAが増幅された。一つの増幅反応から3 つの生成物が得られ、反転反復の異なる群の間にあるDNAの配列が異なってい る可能性のあることが示唆された。人工染色体中の反復核酸単位において、わず かな相違がある可能性があり、人工染色体を有する細胞の培養時にそれが起こる ものと考えられる。例えば、移動性遺伝要素の組み込みと反復配列の欠失ととも に、塩基対変化が起こる可能性がある。 これら3つの生成物のそれぞれについて、DNA配列分析を行った。3つの生 成物の配列はそれぞれ、配列番号13、14および15に示してある。配列決定 した生成物がneo−ミニ染色体から増幅されたことを確認するため、ミニ染色 体および元二動原体染色体を持たない陰性対照細胞系(マウスLtk-細胞)な らびにneo−ミニ染色体のみを有する陽性対照細胞系[19C5×Ha4細胞 (図4参照)をBrdUで処理し、次にG418を含む選択培地で成長させ、B rdUで再処理する事で得られたマウス−ハムスターハイブリッド細胞系GB4 3]から単離したDNAについて、同じプライマーを用いて対照増 幅を行った。陽性対照細胞系のみが3つの増幅生成物を与え、陰性対照反応では 、増幅生成物は検出されなかった。陽性対照増幅で得られた結果も、neo−ミ ニ染色体DNAが増幅され、元二動原体マウス染色体の断片は増幅されなかった ことを示している。 3つの増幅生成物の配列を、Genbank/EMBLデータベースにある配 列と比較した。配列番号13および14は、マウスからの槽内A粒子からのDN Aの部分に対して高い(約96%)相同性を示していた。配列番号15は、デー タベースに入手できる配列とほとんど相同性を示さなかった。これら3つの配列 を全て用いて、neo−ミニ染色体に対する相同性DNAとして遺伝子標的ベク ターを得ることができる。C.ミニ染色体の単離および部分精製 EC3/7C5細胞の有糸分裂染色体を、グリシンーヘキシレングリコール緩 衝液系[Hadlaczky et al.,(1982)Chromosoma 86: 643-659]を用いて、ハドラ ツキーら(Hadlaczky et al.,(1981)Chromosoma 81:537-555]記載の方法に従 って単離した。染色体懸濁液を1200×gで30分間遠心した。ミニ染色体を 含む上清を5000×gで30分間遠心し、ペレットを適切な緩衝液に再懸濁さ せた。部分的に精製したミニ染色体を−2 0℃で50%グリセリン中にて保存した。D.MMCneo維持およびneo発現の安定性 284日にわたって非選択培地中で成長させ、次に400μg/mLのG41 8を含む選択培地に転移させたEC3/7C5細胞は、G418の存在下に永久 的に培養された対照細胞と比較して、96%平板培養効率[コロニー形成]を示 した。細胞形成分析では、選択および非選択培養条件下では、MMCneoが細 胞当たり1個のコピーで安定に維持されることが示された。分析した2270個 の分裂中期で、2個のMMCneoを有する分裂中期は2個のみ認められた。 サザンハイブリダイゼーション分析では、DNA制限パターンに検出可能な変 化は示されず、選択または非選択培養条件下で成長させた細胞からのDNAを比 較した場合、同様のハイブリダイゼーション強度がneoプローブで認められた 。 選択および非選択条件下に成長させた細胞から単離したneo遺伝子からのR NA転写物のノーザン分析では、ごくわずかで重要性の低い相違のみが示された 。neo遺伝子の発現は、非選択培養条件下で290日間G418を含まないF −12培地で維持されたEC3/7C5細胞で持続した。ミニ染色体か らのneo遺伝子の長期発現は、MMCneoの核位置によって影響を受ける可 能性がある。in situハイブリダイゼーション実験では、中間期核において、M MCneoの周辺位置が優先することが明らかになった。2500の核分析中6 0%を超えるもので、核外膜付近の核の周囲で、ミニ染色体が認められた。実施例3 ミニ染色体転移とλneo染色体の製造 A.ミニ染色体転移 neo−ミニ染色体[MMCneoと称する、図2C]は、ハムスターおよび ヒトなどの異なる哺乳動物細胞とミニ染色体を有する細胞[EC3/7C5また はEC3/7C6]との融合による遺伝子転移に使用されている。37個の安定 なハイブリッド細胞系が得られている。得られたハイブリッド細胞系はいずれも 、「染色体着色」用のビオチン化ヒトおよびハムスターのゲノムまたはpMCP E1.51マウス長分散反復DNAプローブを用いるin situハイブリダイゼー ションによって明らかなように、真正のハイブリッドであることがわかっている 。MMCneoはさらに、EC3/7C5細胞由来の微小核体の融合によってマ ウスA9、L929および多分化能F9テラト カルシノーマに転移させて奏功している。転移は、PCR、サザンブロッティン グおよびミニ染色体特異的プローブを用いたin situハイブリダイゼーションに よって確認した。細胞形成分析から、微小核体融合について予想されるように、 わずかな細胞[1〜5%]がMMCneoを受けた(または保持した)ことが確 認された。 これらの結果は、MMCneoが広範囲の細胞によって耐容されることを示し ている。原核生物遺伝子およびミニ染色体上にあるヒトおよびλの配列について の過量投与は、組織培養細胞には不利ではないと考えられる。 MMCneoは、EC3/7C5ゲノムの最も小さい染色体であり、約20〜 30Mbと推定され、それは大半の宿主細胞(マウス)染色体よりかなり小さい 。大きさが小さくなることで、簡単な分別遠心によって、単離染色体の懸濁液か らミニ染色体を部分的に精製することができる。このようにして、純度15〜2 0%のミニ染色体懸濁液が得られている。これらのミニ染色体豊富物を用いて、 微量注入もしくはリポフェクションなどによって、ミニ染色体を特定の標的細胞 に導入することができる。標的細胞には、遺伝子療法で使用できる治療細胞、さ らには遺伝子導入(人間以外)動物を得るための胚細胞などがある。 MMCneoは、自己複製することができ、細胞中で安定に維持され、非選択 条件下に長期培養した後であっても、neo遺伝子の持続的発現を可能とするも のである。核外膜付近の領域を占有しているように思われるのは非組み込みベク ターである。核においてそれが周辺部に局在していることは、MMCneoの機 能的完全性および安定性を維持する上で重要な役割を有する。宿主核の機能的区 画化は、外来配列の機能に効果を有すると考えられる。さらに、MMCneoは メガ塩基のλDNA配列を有し、それは相同的組換えと従って所望の遺伝子のM MCneoへの組み込みのための標的部位として役立つはずである。それは、細 胞および微小核体の融合、微量注入、エレクトロポレーション、脂質介在キャリ ア系または染色体取り込みによって転移させることができる。MMCneoのn eo−動原体は、比較的大きい150〜200Mbのλneo染色体の正常な分 離を維持および支持することができる。この結果は、MMCneo染色体が異種 DNAの大きい断片を持つのに有用であるに違いないことを示している。B.λneo染色体の製造 EC3/7およびチャイニーズハムスター卵巣細胞[図2]によって得られた ハイブリッド細胞系KE1−2/4では、二動原体染色体からのneo−動原体 の分離は、さらなる増幅プロセスと関連していた。この増幅によって、平均的な 大きさの安定な染色体が形成された[すなわち、λneo染色体;Praznovszky et al .(1991)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A88:11042-11046参照]。λneo 染色体は、末端に位置する機能性動原体を有し、λ、ヒト、細菌およびマウスの DNA配列の複数コピーを有する7個の大きいアンプリコンから構成されている [図2参照]。これらのアンプリコンは、アンプリコン間の構成異質染色質の狭 いバンドを形成するマウスの主要な付随DNA[Praznovszky et al.(1991)P roc.Natl.Acad.SciU.S.A88:11042-11046]によって分離される。実施例4 「ソーセージ染色体」(SC)の形成 上記の実施例に記載の所見は、マウス7番染色体の動原体領域が大量増幅能力 を有することを示している[他の結果は、この能力が7番染色体に固有のもので はないことを示している]。 この結論は、元二動原体7番染色体とneo−ミニ染色体を有するEC3/7C 5に第2の優性選択可能マーカー遺伝子および非選択マーカー遺伝子を導入した 共トランスフェクション実験からの結果によってさらに裏付けられる。EC3/ 7C5細胞系を、λファージDNA、ハイグロマイシン耐性遺伝子構築物[pH 132]およびβ−ガラクトシダーゼ遺伝子構築物[pCH110]で形質転換 した。安定な形質転換体を、高濃度[400μg/mL]ハイグロマイシンBの 存在下に選別し、サザンハイブリダイゼーションによって分析した。取り込まれ た外来DNAの複数コピーを示す得られた形質転換細胞系について、in situハ イブリダイゼーションによって調べて、取り込み部位の位置を決定し、LacZ 染色によってβ−ガラクトシダーゼ発現を検出した。A.材料および方法 1.pH132の構築 pH132プラスミドは、β−アクチンプロモーターの制御下に、ハイグロマ イシンB耐性遺伝子および抗HIV−1gagリボザイム[リボザイムの配列に 相当するDNA配列については配列番号6参照]を有する。このプラスミドは、 pHyg プラスミド[Sugden et al.(1985)Mol.Cell.Biol5:410-413;リッグ博士( Dr.A.D.Riggs,Beckman Research Institute,Duarte)から提供;例えば米国特 許4997764号参照]およびpPC−RAG12プラスミド[Chang et al .(1990)Clin Biotech 2:23-31;ロッシ博士(Dr.J.J.Rossi,Beckman Research Institute,Duarte)から提供;抗HIVgagリボザイムならびにβ−アクチ ンプロモーターとSV40後期遺伝子転写終止およびポリAの信号に連結したリ ボザイム挿入物を有する哺乳動物発現ベクターの構築について記載している米国 特許5272262号、5149796号および5144019号も参照]から 構築した。BamHIリンカーが隣接しているリボザイム挿入物の挿入が関与す るpPC−RAG12の構築を、BamHI消化pHβ−Apr−1gptに行 った[Gunning et al.(1987)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A84:4831-4835参照 、米国特許5144019号も参照]。 プラスミドpH132を以下のようにして構築した。最初に、pPC−RAG 12[Chang et al.(1990)Clin.Biotech2:23-31に記載]をBamHIで消 化させて、遺伝子の5’末端にヒトβ−アクチンプロモーターが隣接し、遺伝子 の3’末端 にSV40後期転写終止信号およびポリアデニル化信号が隣接している抗HIV リボザイム遺伝子[リボザイムDと称する(Chang et al.(1990)Clin.Biotec h2:23-31による);ロッシ(Rossi)らに対する米国特許5144019号、 特にその特許の図4も参照]を有する断片を切り取った。チャンら(Chang et a l .(1990)Clin.Biotech2:23-31)の報告に記載のように、リボザイムDを標 的として、HIVgag遺伝子の翻訳開始領域の開裂を行う。このpPC−RA G12の断片をpBluescript−KS(+)[Stratagene,La Jolla, CA]にサブクローニングして、プラスミド132を得た。次に、プラスミド13 2をXhoIおよびEcoRIで消化させて、遺伝子の5’末端にβ−アクチン プロモーターが隣接し、遺伝子の3’末端にSV40終止信号およびポリアデニ ル化信号が隣接しているリボザイムD遺伝子を有する断片を得た。この断片を、 pHyg[Sugden et al.(1985)Mol.Cell.Biol5:410-413]のEcoRIお よびSalIによる消化によって得られた最大断片に連結して、pH132を得 た。そこで、pH132は、抗HIVリボザイム遺伝子と次にSV40終止信号 およびポリアデニル化信号に連結したβ−アクチンプロモーター、 ハイグロマイシン耐性遺伝子と次にチミジンキナーゼ遺伝子ポリアデニル化信号 に連結したチミジンキナーゼ遺伝子プロモーター、ならびに大腸菌ColE1複 製開始点およびアンピリシン耐性遺伝子という要素を有する約9.3kbのプラ スミドである。 HSV−1tk遺伝子からの転写対照を用いてハイグロマイシンBに対する耐 性を与えるプラスミドpHyg[例えば、米国特許4997764号、4686 186号および5162215号参照]は最初は、pKan2[Yates et al. (1984)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A81:3806-3810]およびpLG89[Gritz et al.(1983)Gene 24:179-188参照]から構築されたものである。すなわち 、pKan2をSmaIおよびBglIIで消化させて、トランスポゾンTn5 由来の配列を取り出した。SnaI部位での平滑末端連結およびBglII部位 での「突出末端」連結[容量20mL中、T4DNAリガーゼ(BRL)1ワイ ス単位を使用]を用いて、ハイグロマイシン耐性hph遺伝子を消化したpKa n2に挿入した。pKan2のSmal部位およびBglII部位は連結時に失 われた。 pHygへのプロモーターおよびポリA部位を有する抗HI Vリボザイム構築物の導入から得られるプラスミドpH132には、β−アクチ ンプロモーターの制御下での抗HIVリボザイムならびにTKプロモーターの制 御下でのハイグロマイシン耐性遺伝子がある。2.染色体分染法 染色体のトリプシンG分染を、実施例1に記載の方法に従って実施した。3.細胞培養 以下に記載のTF1004G19およびTF1004G−19C5マウス細胞 と19C5×Ha4ハイブリッドならびにそれの亜細胞系を、400μg/mL のハイグロマイシンB[Calbiochem]を含むF−12培地で培養した。B.EC3/7C5の共トランスフェクションによるTF1004G19の生成 プラスミド[ファルマシアから入手可能なpH132、pCH110;Hall e t al .(1983)J.Mol.Appl.Gen2:101-109も参照]およびλDNA[λcl8 75Sam7(New England Biolabs)とEC3/7C5との共トランスフェク ションを、5×106個の受容体細胞当たりプラスミドDNA2〜5μgお よびλファージDNA20μgを用いて、リン酸カルシウムDNA沈殿法[例え ば、Chen et al.(1987)Mol.Cell.Biol7:2745-2752参照]によって行った。C.ソーセージ染色体を有する細胞系 TF1004G19と称される形質転換体の一つの分析から、それがかなりの コピー数の組み込みpH132配列およびpCH110配列を有し、高レベルの β−ガラクトシダーゼ発現を有していることが明らかになった。G分染およびヒ トプローブ[CM8;例えば、米国特許出願08/375271号参照]を用い たin situハイブリダイゼーションによって予想外に、EC3/7C5細胞系の 元二動原体7番染色体で組み込みが起こったことが明らかになった。さらにこの 染色体は、新たに形成された異質染色質染色体腕を有していた。この異質染色質 腕の大きさは、個々の分裂中期で約150〜約800Mbの範囲であった。 TF1004G19細胞系からの単一細胞クローニングによって、約100〜 150Mbの異質染色質腕を有する安定な7番染色体[ソーセージ染色体]を持 つサブクローンTF1004G−19C5[図2D]を得た。この細胞系は、受 託番号9 6040926下にECACCに寄託してある。この染色体腕は、付随DNA豊 富な4〜5個の付随部分と、等間隔に組み込まれた異種「外来」DNA配列から 構成されている。ソーセージ染色体のコンパタトな異質染色質腕の末端には、凝 縮度の比較的小さい真核末端部分が規則的に認められる。このサブクローンを用 いて、さらに分析を行った。D.ソーセージ染色体が元二動原体染色体由来であることの明示 TF1004G−19C5細胞系におけるλファージおよびpH132DNA によるin situハイブリダイゼーションにより、ミニ染色体上ならびに「ソーセ ージ」染色体の異質染色質腕上のみでの陽性のハイブリダイゼーションが明らか になった[図2D]。「ソーセージ」染色体[以下、SCとも称する]がEC3 /7C5細胞系の元二動原体染色体(FD)から形成されたように思われる。 これを確認するため、pCH110およびpH132プラスミドの組み込み部 位を決定した。これは、ハイグロマイシン耐性遺伝子およびβ−ガラクトシダー ゼ遺伝子のビオチン標識小断片によるこれら細胞でのin situハイブリダイゼー ションによって行った。両方の実験により、ソーセージ染色体の異質染 色質腕での狭いハイブリダイゼーションバンドが生じた。同じハイブリダイゼー ションパターンが、ビオチン標識λプローブおよびpH132プラスミドの混合 物を用いて、ソーセージ染色体で検出されて、λファージ、pH132プラスミ ドおよびpCH110プラスミドの共組み込みか明らかになった。 これをさらに調べるため、DNA結合染料ヘキスト33258の存在下に細胞 を培養した。この染料存在下でのマウス細胞の培養により、中期染色体の挟動原 体異質染色質の低凝縮が生じ、ハイブリダイゼーションパターンを比較的良好に 観察することができる。この方法を用いると、TF1004G−19C5細胞の ソーセージ染色体の異質染色質腕は規則的な低凝縮を示し、in situでのハイブ リダイゼーションによる「ソーセージ」染色体の構造が詳細にわかる。ハイグロ マイシン耐性遺伝子およびβ−ガラクトシダーゼ遺伝子のビオチン標識小断片を 有するヘキスト処理TF1004G−19C5細胞でのin situでのハイブリダ イゼーションの結果は、これらの遺伝子がソーセージ染色体の異質染色質腕のみ に局在することを示している。さらに、等しい分染ハイブリダイゼーションパタ ーンが認められた。この反復単位[アンプリコン]パターンは明瞭に、増幅プ ロセスによってソーセージ染色体が形成されたこと、ならびにλファージ、pH 132およびpCH110プラスミドDNA配列がアンプリコンに隣接している ことを示している。 マウス挟動原体異質染色質の主要構成分であるマウスの主要付随DNAを用い て実施された蛍光in situハイブリダイセーション[FISH]を用いた別の系 統の実験では、結果から、ソーセージ染色体のアンプリコンが主として付随DN Aから構成されることが確認された。E.ソーセージ染色体の1個の動原体 マウス動原体配列が「ソーセージ」染色体を形成する増幅プロセスに関与して いたか否かならびにアンプリコンが不活性動原体を有するか否かを決定するため 、マウスの少量付随DNAを用いてin situハイブリダイゼーションを行った。 マウスの少量付随DNAは特に、全てのマウス染色体の動原体付近に局在してい る。ソーセージ染色体を含む全ての動原体で陽性のハイブリダイゼーションが検 出されたが、それは異質染色質腕の開始時に陽性の信号を示すのみであった。 機能性動原体[例えば、Hadlaczky et al.(1989)Chromosoma 97:282-288参 照]のみを認識するヒト抗動原体抗体[LU 851]を用いた間接免疫蛍光では、ソーセージ染色体が活性動原体を1個のみ 有することが明らかになった。動原体は、染色体の元二動原体部分から来るもの で、マウスの少量DNAプローブのin situハイブリダイゼーション信号ととも に局在している。F.ソーセージ染色体の異質染色質における選択および非選択異種DNAの発現 1.高レベル異種遺伝子の発現 そうしてTF1004G−19C5細胞系は、ソーセージ染色体の異質染色質 腕にのみ局在するハイグロマイシン耐性遺伝子およびβ−ガラクトシダーゼ遺伝 子の複数コピーを有する。TF1004G−19C5細胞は、200μg/mL のハイグロマイシンBの存在下で、あるいは400μg/mLの場合でさえ、非 常に良好に成長することができる[発現レベルは、ハイグロマイシン耐性遺伝子 および単一コピー遺伝子の小断片によるノーザンハイブリダイゼーションによっ て求めた。]。 TF1004G−19C5形質転換体における非選択β−ガラクトシダーゼ遺 伝子の発現を、細胞のLacZ染色によって検出した。この方法により、100 %の細胞が暗青色に染色さ れ、全てのTF1004G−19C5細胞において高レベルのβ−ガラクトシダ ーゼ発現があることを示している。2.発現される異種遺伝子のソーセージ染色体の異質染色質での存在 ソーセージ染色体の構成異質染色質に局在する遺伝子が、TF1004G−1 9C5形質転換体[すなわち、β−gal発現]のハイグロマイシン耐性および LacZ染色能力を提供することを示すため、TF1004G−19C5マウス 細胞とチャイニーズハムスター卵巣細胞との間のPEG誘発細胞融合を行った。 ハイブリッドを選別し、G418[400μg/mL]およびハイグロマイシン [200μg/mL]を含むHAT培地で維持した。19C5×Ha3および1 9C5×Ha4と称される2個のハイブリッドクローン(これらは受託番号96 040927下にECACCに寄託してある)を選別した。そのいずれも、ソー セージ染色体とミニ染色体を有している。 19C5×Ha4ハイブリッドの単一細胞由来コロニー27個を維持し、個々 のサブクローンについて分析した。ハムスターおよびマウスの染色体着色プロー ブおよびハムスター2番染色体特異的プローブを用いたin situハイブリダイゼ ーション により、19C5×Ha4クローンが完全チャイニーズハムスターゲノムおよび 部分的マウスゲノムを有することが確認された。19C5×Ha4サブクローン はいずれも、ハムスターゲノムを保持したが、異なるサブクローンは、異なる数 のマウス染色体を示し、マウス染色体の優先的脱離を示している。 マウス染色体のさらなる脱離を促進するため、ハイブリッド細胞をBrdUで 繰り返し処理した。ゲノムを不安定化させるBrdU処理によって、マウス染色 体が大幅に失われる。BrdU処理19C5×Ha4ハイブリッド細胞を3つの 群に分けた。一つのハイブリッド細胞群(GH)を、ハイグロマイシン(200 μg/mL)およびG418(400μg/mL)の存在下に維持し、他の2つ の細胞群は、G418(G)もしくはハイグロマイシン(H)選択条件下で培養 して、ソーセージ染色体もしくはミニ染色体の脱離を促進させた。 1ケ月後、単一細胞由来サブクローンを、19C5×Ha4ハイブリッド系の これら3個の継代培養物から得た。ビオチン標識λファージおよびハムスター染 色体着色プローブによるin situハイブリダイゼーションによってサブクローン をモニタリングした。ソーセージ染色体を失っていたかミニ染色体を保 持したG418の存在下に選別された4つの個々のクローン[G2B5、G3C 5、G4D6、G2B4]が認められた。ハイグロマイシン選別下では、1個の サブクローン[H1D3]のみがミニ染色体を失った。このクローンには、メガ 染色体[実施例5参照]が存在していた。 ハイグロマイシン耐性遺伝子およびβ−ガラクトシダーゼ遺伝子はソーセージ 染色体から発現されると考えられたことから、これら遺伝子の発現を、ソーセー ジ染色体を失っている4つのサブクローンで分析した。200μg/mLハイグ ロマイシンの存在下に、4つの個々のサブクローンの細胞の100%が死んだ。 β−ガラクトシダーゼ発現ハイブリッドを検出するため、LacZ染色によって サブクローンを分析した。ソーセージ染色体を失った4つのサブクローンの細胞 の100%が、LacZ染色能力も失った。非選択培養条件下でソーセージ染色 体を失わなかった他のいずれのハイブリッドサブクローンも、LacZ染色は陽 性であった。 これらの所見は、ハイグロマイシン耐性遺伝子およびβ−ガラクトシダーゼ遺 伝子の発現がソーセージ染色体の存在に関連していることを示すものである。in situハイブリダイゼーシ ョンの結果は、異種DNAがソーセージ染色体の構成異質染色質から発現される ことを示している。 他の3つのハイブリッドサブクローン[G2C6、G2D1およびG4D5] のin situハイブリダイゼーション研究では、ソーセージ染色体の存在は検出さ れなかった。LacZ染色法によって、これらハイブリッド系で染色した細胞が 一部検出され、これらのサブクローンについてハイグロマイシン選別を行ったと ころ、一部のクローンが生残した。これらハイグロマイシン耐性コロニーの細胞 学的分析およひin situハイブリダイゼーションからソーセージ染色体の存在が 明らかになり、ソーセージ染色体を失っていないG2C6、G2D1およびG4 D5ハイブリッドの細胞のみがハイグロマイシン耐性およびβ−ガラクトシダー ゼ発現を保持できたことが示唆された。この結果は、これら遺伝子がソーセージ 染色体の存在に関連していることを確認するものであった。β−ガラクトシダー ゼ発現のレベルを、モノクローナル抗体を用いる免疫ブロッティング法によって 測定した。 ソーセージ染色体を有する細胞のハイグロマイシン耐性およびβ−ガラクトシ ダーゼが、マウス挟動原体異質染色質に局在 する遺伝子によって発現された。これは、ハイグロマイシン耐性遺伝子およびβ −ガラクトシダーゼ遺伝子のPCR増幅小断片をプローブとして用いて、ソーセ ージ染色体を持たないハイブリッド細胞でサザンDNAハイブリダイゼーション を行うことで示された。いずれのサブクローンも、これらプローブとのハイブリ ダイゼーションを示さなかった。しかしながら、分析したクローンのいずれにも ミニ染色体があった。ソーセージ染色体を有する他のハイブリッドクローンは、 これらDNAプローブとの強力なハイブリダイゼーションを示した。これらの結 果から、ソーセージ染色体を有する細胞のハイグロマイシン耐性およびβ−ガラ クトシダーゼ発現がマウス挟動原体異質染色質に局在する遺伝子によって行われ たと言うことができる。実施例5 ギガ染色体 実施例4で説明した通りに、ソーセージ染色体を細胞融合によってチャイニー ズハムスター細胞に転移させた。ハイグロマイシンB/HATおよびG418選 別を用いて、ソーセージ染色体を有する2つのハイブリッドクローン19C5× Ha3および19C5×Ha4を得た。ハムスターおよびマウス染色体 着色プローブおよびハムスター2番染色体特異的プローブを用いたin situハイ ブリダイゼーションにより、19C5×Ha4が完全なチャイニーズハムスター ゲノムと一部のマウスゲノムを有することが確認された。27個の19C5×H a4コロニーを維持し、個々のサブクローンとして分析した。27個のサブクロ ーン中26個が形態的に未変化のソーセージ染色体を有していた。 19C5×Ha3細胞系の1個のサブクローン、19C5×Ha47[図2E 参照]では、ソーセージ染色体の異質染色質腕が不安定となり、継続的な染色体 内成長を示した。極端な場合、増幅染色体腕の大きさは1000Mbを超えてい た(ギガ染色体)。実施例6 安定なメガ染色体 A.メガ染色体を有する細胞系の形成 すべての19C5×Ha4サブクローンは完全なハムスターゲノムを保持した が、異なるサブクローンは異なった数のマウス染色体を示したことから、マウス 染色体の優先的脱離が示された。実施例4に記載のように、マウス染色体のさら なる脱離 を促進するためには、ハイブリッド細胞をBrdUで処理し、G418(G)も しくはハイグロマイシン(H)選択条件下に培養し、次に10-4MのBrdUで 16時間の再処理を行い、単一細胞サブクローンを得た。BrdU処理がゲノム を不安定化させて、同様にソーセージ染色体における変化を引き起こしたように 思われた。さらに増幅を行った細胞群で、徐々に増加するのが認められた。ソー セージ染色体の約150〜250Mb異質染色質染色体腕が形成され、それはマ ウス7番染色体のものとは異なっていた。別の真正染色質終端部分を獲得するこ とで、新たな次中部動原体染色体(メガ染色体)が形成された。79個の個々の サブクローンを、単一細胞クローニングによって、これらのBrdU処理培地か ら得た。42個のサブクローンが無傷のメガ染色体を有し、5個のサブクローン がソーセージ染色体を有し、32個のサブクローンで、メガ染色体の断片もしく は転位部分が認められた。メガ染色体を有する26個のサブクローンを、2ケ月 間にわたって、非選択条件下で培養した。26個のサブクローン中19個で、メ ガ染色体が保持された。メガ染色体を失ったサブクローンはいずれも、ハイグロ マイシンBに感受性となり、β−ガラクトシダーゼ発現がなく、 両方のマーカーがメガ染色体に連結していることを示していた。 さらなる実験用に選択した2つの亜細胞系(G3D5およびH1D3)は、選 択条件下で100を超える世代でメガ染色体の形態に変化はなかった。G3D5 細胞は、G418含有培地での19C5×Ha4細胞の成長と、それに続く再度 のBrdU処理によって得られたものであったが、H1D3細胞は、ハイグロマ イシン含有培地での19C5×Ha4細胞の培養とそれに続く再度のBrdU処 理によって得られたものであった。B.メガ染色体の構造 以下の結果は、真正染色質終端部分、組み込み外来DNA(および例示の実施 態様の場合にはrDNA配列)は別として、メガ染色体全体が構成異質染色質で あり、40ブロック[約7.5Mb]以上のマウス主要付随DNA[図2および 3参照]の縦列配置を有する。4つの付随DNAブロックは、各末端に組み込み 外来DNA配列を有する巨大な回文構造[アンプリコン]に構成されている。次 中部動原体染色メガ染色体の長腕および短腕はそれぞれ、6個のアンプリコンお よび4個のアンプリコンを有する。当然のことながら、各成分の固有の構成およ び大きさは生物および増幅事象が開始する染色体によって異な り得るものである。1.主として異質染色質で構成されたメガ染色体 終端領域および組み込み外来DNAを除き、メガ染色体は主として、異質染色 質から構成される。これはメガ染色体のC分染法によって明らかになっており、 構成異質染色質の染色特性が陽性となっている。終端領域および組み込み外来D NAは別として、メガ染色体全体は異質染色性であるように思われる。マウス主 要付随DNAはマウス染色体の挟動原体構成異質染色質の主要成分であり、総D NAの約10%である[Waring et al.(1966)Science 154:791-794]。in si tuハイブリタイゼーションにマウス主要付随DNAプローブを用いると、終端領 域を除いて、メガ染色体全体に強力なハイブリダイゼーションが認められた。そ のハイブリダイゼーションは、分割パターンを示した。4つの大きいブロックが 短腕に現れ、通常は4〜7ブロックが長腕に認められた。これらの部分を、約1 5Mbの主要付随DNAを有する正常マウス染色体の挟動原体領域と比較するこ とで、メガ染色体上の主要付随DNAのブロックの大きさが、約30Mbである と推定された。 真正染色質に特異的なマウスプローブ[pMCPE1.51; マウス長分散反復DNAプローブ]を用いたら、H1D3ハイブリッド亜細胞系 のメガ染色体の終端部分のみで、ハイブリダイゼーション陽性が検出された。G 3D5ハイブリッドでは、ハムスター特異的プローブによるハイブリダイゼーシ ョンによって、いくつかのメガ染色体が長腕にハムスター起源の終端部分を有す ることが明らかになった。この所見は、これら染色体での終端部分の獲得がハイ ブリッド細胞で起こっていること、ならびにメガ染色体の長腕が形成されて間も ない腕であることを示していた。マウス染色体の動原体に特異的なマウスの少量 付随プローブを用いると[Wong et al.(1988)Nucl.Acids Res16:11645-116 61]、強力なハイブリダイゼーション信号がメガ染色体の一次くびれのみで検出 され、それはヒト抗動原体血清[LU851]によって生じる陽性の免疫蛍光信 号と同じ位置であった。 pH132、pCH110およびλDNAプローブを用いたin situハイブリ ダイゼーション実験からは、全ての異種DNAがマウス主要付随DNA部分間の ギャップにあることが明らかになった。マウス主要付随DNAの各部分の境界に は、二重バンドの異種DNAが存在する長腕の第2の部分を除き、狭バンドの組 み込み異種DNAがあり、そこには主要付随DNA部 分がないか、あるいはかなり少ないことを示していた。この染色体領域は、メガ 染色体の長腕を確認する上での有用な細胞学的マーカーとして役立った。1個の 染色分体で部分全体の形成が起こった場合は、これら欠落付随DNAブロックの 「復旧」が10-4の頻度で認められた。 ヘキスト33258処理(50μg/mLで16時間)後、メガ染色体は、終 端部分を除き、それの全長にわたって低凝縮を示した。これによって、比較的高 い分解能で、メガ染色体の構造を調べることが可能となった。低凝縮メガ染色体 でのマウス主要付随プローブによるin situハイブリダイゼーションでは、約3 0Mbの主要付随部分が、狭バンドの非ハイブリダイゼーション配列によって互 いに分離された約7.5Mbの4個のブロックから構成されていることが示され た[図3]。LMTK-細胞系およびA9細胞系からの中部動原体マウス染色体 における挟動原体異質染色質の大きいブロックで、同様の分割化を認めることが できる。2.2個の縦列約7.5Mbブロックとそれに続く反転ブロックを有する部分か ら構成されたメガ染色体 マウス細胞を単一S期の間、BrdUの存在下に成長させた 場合、マウス主要付随体のDNAの2個の鎖の間でチミジン含有量に非対称性が あることから、構成異質染色質はFPG染色後に側面非対称を示す。さらに、1 9C5×Ha4ハイブリッドでは、マウス線維芽細胞のチミジン−キナーゼ[T k]欠乏が、ハムスターTk遺伝子によって補完されて、BrdU組み込み実験 が可能であった。 メガ染色体の驚くべき構造上の規則性が、FPG法を用いて検出された。いず れの染色分体においても、メガ染色体の外観を格子模様とする暗および明の交互 の染色が認められた。同様の見かけが、フルオレセイン接合抗BrdU抗体によ る標識によって得られた。これらの外観をメガ染色体の分割された外観と比較す ることで、1個の暗および1個の明FPGバンドが、約30Mbのメガ染色体部 分1個に相当することが明らかになった。これらの結果は、約30Mb部分の両 半分が反転した配向を有することを示唆している。これは、in situでのハイブ リダイゼーションと同じ染色体でのフルオレセイン接合抗BrdU抗体による取 り込みBrdUの免疫標識とを併用することで確認された。このメガ染色体の約 30Mbの部分[またはアンプリコン]はマウス主要付随DNAの4個のブロッ クから構 成されていることから、一つの部分内に、縦列の約7.5Mbブロック2個に続 いて、2個の反転ブロックがあると言うことができる。 パルスフィールド電気泳動および「外来」DNAプローブを用いたサザンハイ ブリダイゼーションによるメガ染色体DNAの大量マッピングにより、簡単なパ ターンの制限断片が明らかになった。組み込み外来DNA配列において開裂部位 がないか一つだけであるエンドヌクレアーゼを用い、次にhygプローブによる ハイブリダイゼーションを行ったところ、1〜4個の主要断片が検出された。メ ガ染色体には10〜12個のアンプリコンがあり、そのアンプリコン当たり推定 で3〜8個のhyg配列のコピーがあることから(メガ染色体当たり30〜90 個のコピー)、ハイブリダイゼーション断片数が小さいということは、増幅部分 においてDNAが均一であることを示している。3.メガ染色体の走査型電子顕微鏡測定による上記所見の確認 メガ染色体の異質染色質腕の均一な構成が、高分解能走査型電子顕微鏡観察に よって確認された。ヘキスト33258で処理したメガ染色体の延長腕およびマ ウス染色体の挟動原体異質染色質領域は同様の構造を示した。構成異質染色質領 域は、真 正染色質部分よりコンパクトであるように見えた。終端領域は別として、メガ染 色体の両方の腕は完全に延長され、かすかな窪みを示しており、それは非増幅染 色体とメガ染色体における付随DNAブロックの境界に相当するはずである。ヘ キスト処理を行わない場合、その溝はメガ染色体腕におけるアンプリコン境界に 相当するように思われた。さらに動原体は、周囲の異質染色質よりコンパクトで 細かい繊維状外観を示していた。4.rRNA遺伝子配列を有する1B3細胞のメガ染色体 異種DNAの組み込み部位の領域におけるメガ染色体の配列を、クローニング 法を用いたその領域の単離および得られたクローンの配列分析によって調べた。 この分析の結果は、異種DNAが、メガ染色体に含まれるマウスリボソームRN A遺伝子(すなわち、rDNA)付近に異種DNAが局在することを示していた 。a.異種DNAを組み込んだメガ染色体の領域のクローニング 本明細書に記載の方法(実施例10参照)に従った蛍光活性化細胞選別法を用 いて、メガ染色体を1B3細胞(反復BrdU処理とH1×HE41細胞(図4 参照)の単一細胞クローニングによって得られ、切断メガ染色体を有するもの) から単離 した。内因性染色体からのSATAC(メガ染色体)の分離後、単離したメガ染 色体をGH緩衝液(100mMグリシン、1%へキシレングリコール、飽和水酸 化カルシウム溶液でpH8.4〜8.6に調節したもの;実施例10参照)に保 存し、0.5M EDTA中のアガロース床に遠心して入れた。 異種DNAの組み込み部位の領域周囲のメガ染色体の大量マッピングから、そ れがNotI用の認識部位のようなレアカッティング(rare-cutting)酵素部位 を有する配列で豊富であることが明らかになった。さらに、マウス主要付随DN A(メガ染色体の大部分を構成する)は、NotI認識部位を持たない。従って 、異種DNA組み込み部位と関連するメガ染色体領域の単離を容易にするため、 単離したメガ染色体を8bpのGC認識部位を有するレアカッティング制限エン ドヌクレアーゼであるNotIで開裂させた。メガ染色体の断片を次のように、 プラスミドpWE15(Stratagene,La Jolla,California)に挿入した。単離 SATACを有する100μLの低融点アガロースブロック(メガプラグ)の半 量を、NotIで37℃にて終夜消化させた。次に、メガプラグを溶融させ、消 化プラスミド、連結緩衝液およびT4リガーゼと混合した。連結は16℃ で終夜実施した。細菌DH5α細胞を連結生成物によって形質転換させ、形質転 換した細胞をLB/Amp平板で平板培養した。15〜20個のコロニーを各平 板で増殖させて、計189個のコロニーを得た。プラスミドDNAを、LB/A mp培地での増殖を生き残ったコロニーから単離し、サザンブロッティングハイ ブリダイゼーションにより、pUC19プローブに対してハイブリダイゼーショ ンしたDNAの存在について分析した。このスクリーニング方法によって、全て のクローン、挿入物を持たないがpWE15プラスミドを有するクローンさえも 検出されるようになった。挿入DNAを有するクローンは、異種DNAの組み込 み部位にある非付随GC豊富メガ染色体DNA配列を有すると予想されよう。い ずれのコロニーも、ハイブリダイゼーションDNAについては陽性であった。 189の全ての形質転換体の液体培養物を用いてコスミドの微小サンプルを得 て、挿入DNA内の制限部位分析に供した。最初の189のコスミドコロニー中 6コロニーが挿入物を有していた。これらのクローンは28(約9kbの挿入物 )、30(約9kbの挿入物)、60(約4kbの挿入物)、113(約9kb の挿入物)、157(約9kbの挿入物)および161 (約9kbの挿入物)と称した。制限酵素分析から、これらクローン中で3個( 113、157および161)が同じ挿入物を有していることがわかった。b.プローブとしてメガ染色体の単離部分を用いるin situハイブリダイゼーシ ョン実験 クローン30、113、157および161からの挿入DNAを精製し、標識 し、いくつかの細胞系のin situハイブリダイゼーション試験におけるプローブ として使用した。ヨウ化プロピジウムを用いた細胞の対比染色によって、ハイブ リダイゼーションの細胞部位を確認しやすくした。細胞中で検出された信号の位 置を、以下の表にまとめてある。 c.プローブとしてメガ染色体の単離部分を用いるサザンブロッティングハイブ リダイゼーション マウス脾臓組織、マウスLMTK-細胞、K20チャイニーズ ハムスター卵巣細胞、EJ30ヒト線維芽細胞およびH1D3細胞からDNAを 単離した。単離したDNAとラムダファージDNAについて、メガ染色体クロー ンNo.30、113、157および161から単離した挿入物をプローブとし て用いるサザンブロッティングハイブリダイゼーションを行った。プラスミドp WE15を陰性対照プローブとして用いた。4つのメガ染色体クローン挿入物の それぞれを、ラムダファージDNAを除くDNAサンプル全てに、多コピー法で ハイブリダイゼーションした(ハイブリダイゼーションの強度およびハイブリダ イゼーションバンド数によって示される)。プラスミドpWE15はラムダDN Aのみにハイブリダイゼーションした。d.メガ染色体クローンNo.161の配列分析 メガ染色体クローンNo.161は、in situ実験およびサザンハイブリダイ ゼーション実験で最強のハイブリダイゼーションを示すように思われ、挿入配列 の分析に選択した。配列分析は、最初にコスミドクローンNo.161のサブク ローニングを行って、次のような5個のサブクローンを得ることで行った。 クローンNo.161の挿入物の末端断片を得るため、タローンをNotIお よびBamHIで消化させ、NotI/Bam HI消化pBluescriptKS(Stratagene,La Jolla,California)と連 結させた。クローンNo.161の挿入物の2個の断片、0.2kbおよび0. 7kb挿入物断片を得た。クローンNo.161の挿入物の内部断片のサブクロ ーニングを行うため、同じ消化物をBamHI消化pUC19と連結させた。ク ローンNo.161の挿入物の3個の断片、0.6kb、1.8kbおよび4. 8kb挿入物断片を得た。 サブクローニングした挿入物断片全ての末端について、最初に手技にて配列決 定した。しかしながら、極めて高いGC含有量のため、オートラジオグラフは解 釈が困難で、ABIシーケンサおよび染料終止暗号サイクルプロトコールを用い て配列決定を繰り返した。その配列データとGENBANKデータベースにある 配列とを比較したところ、クローンNo.161の挿入物がGENBANK受託 番号X82564(本明細書では配列番号16として示してある)で示された位 置7551〜15670の間のマウスリボソームRNA遺伝子(rDNA)反復 単位の内部部分に相当することがわかった。クローンNo.161の挿入物につ いて得られた配列データを配列番号18〜24に示してある。具体的には、個々 のサブクローンが、GENBA NK受託番号X82564(すなわち、配列番号16)および配列番号18〜2 4における以下の位置に相当していた。 配列番号18〜24に示した配列は、GENBANK受託番号X82564の 位置7551〜15670で示された配列とは一部の位置が異なっている。その ような相違は、rDNAの反復単位間のランダム突然変異が原因であると考えら れる。クローン161の配列分析の結果はそれがrDNAに相当することを示し たか、それはそのクローンがヒトリンパ球およびマウス脾臓細胞で形成したin s ituハイブリダイゼーション信号の外観と相関性がある。ハイブリダイゼーショ ン信号は、これら 細胞における末端動原体染色体で明瞭に認められ、そのような種類の染色体は、 その染色体の短腕にある挾動原体付随DNAに隣接するrDNAを含むことが知 られている。さらに、rRNA遺伝子は哺乳動物において非常に保存度が高く、 それはヒト染色体DNAに対するクローンNo.161の生物間交差ハイブリダ イゼーションによって裏付けられる。 rDNAで認められるもののような増幅−複製制御領域を単離するため、H1 D3細胞などのメガ染色体を有する細胞から単離したDNAに対して、例えば以 下のプライマーを用いるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって、核酸増幅を 行うことが可能である。 増幅制御要素順プライマー(1〜30) 増幅制御要素逆プライマー(2142〜2111) 複製領域順プライマーの起源(2116〜2141) 複製領域逆プライマーの起源(5546〜5521) C.メガ染色体形成の概要 図2に、マウスLMTK-細胞系における二動原体染色体の形成から始まる安 定なメガ染色体の形成に至る事象を示してある。(A)λCM8およびλgtW ESneoによるLMTK-細胞のトランスフェクション後のマウス7番染色体 の動原体領域での1回のE型増幅により組み込み外来DNAに連結したneo− 動原体を得て、二動原体染色体を形成する。複数回のE型増幅によってλneo 染色体を形成する。それは7番染色体由来のものであり、マウスーハムスターハ イブリッド細胞系で安定化したものである。(B)二動原体7番染色体の動原体 間の特異的切断により、neo−動原体を有する染色体断片と、末端に外来DN Aの痕跡を有する7番染色体とを形成する。(C)neo−動原体を有する断片 の反転複製により、安定なneo−ミニ染色体を形成する。(D)元二動原体7 番染色体の外来DNA領域への外因性DNAの組み込みによってH型増幅を行い 、異質染色質腕を形成する。真正染色質終端部分を捕捉することで、この新たな 染色体腕を「ソーセージ」染色体の形で安定化させる。(E)BrdU処理およ び/または薬剤選別によってさらにH型増幅が誘発され、それによって不安定な ギガ染 色体が形成されるように見える。(F)繰り返しBrdU処理および/または薬 剤選別により、動原体複製を含むさらなるH型増幅を誘発し、それによって別の 異質染色質染色体腕を形成する。染色体切断によって、それを7番染色体から切 り離し、終端部分を獲得させて、安定なメガ染色体を形成する。D.メガ染色体またはそれの誘導体を有する細胞系でのβ−ガラクトシダーゼ遺 伝子およびハイグロマイシントランスフェラーゼ遺伝子の発現 メガ染色体またはそれの誘導体を有する細胞系での異種遺伝子(すなわち、β −ガラクトシダーゼ遺伝子およびハイグロマイシントランスフェラーゼ遺伝子) 発現のレベルを量的に測定した。異種遺伝子のコピー数間の関係およびそれから 発現される蛋白のレベルも測定した。1.材料および方法 a.細胞系 上記のような250〜400Mbのメガ染色体を有するH1D3細胞と50〜 60Mbのミクロメガ染色体を有するmM2C1細胞の異種遺伝子発現レベルを 量的に評価した。H1×He41細胞系(メガ染色体ならびにCD4およびne o遺伝子を 有する単一のヒト染色体を有するマウス−ハムスター−ヒトハイブリッド細胞系 ;図4参照)の再度のBrdU処理および単一細胞クローニングによって、mM 2C1細胞を形成した。F12培地中で、選択条件(120μg/mLハイグロ マイシン)もしくは非選択条件下に、その細胞系を成長させた。b.β−ガラクトシダーゼアッセイのための細胞抽出物の取得 mM2C1もしくはH1D3細胞培養物の単層を、リン酸緩衝生理食塩水(P BS)で3回洗浄した。細胞をゴム製ポリスマンで掻き取り、懸濁させて、再度 PBSで洗浄した。洗浄した細胞を0.25Mトリス−HCl(pH7.8)に 再憑濁させ、液体窒素中での冷凍および37℃での解凍を3サイクル行って破壊 した。抽出液を4℃にて12000rpmで5分間遠心することで透明とした。c.β−ガラクトシダーゼアッセイ β−ガラクトシダーゼアッセイ混合物は、1mMのMgCl2、45mMのβ −メルカプトエタノール、0.8mg/mLのo−ニトロフェニル−β−D−ガ ラクトピラノシドおよび66mMのリン酸ナトリウム(pH7.5)を含んでい た。反応混合物を細胞抽出物とともに時間を長<して37℃でインキュベー ションした後、3倍容量の1M Na2CO3を加えることで反応を停止し、42 0nmで光学密度を測定した。細胞抽出物を加えずにインキュベーションしたア ッセイ混合物を対照として用いた。反応の直線範囲を測定したところ、0.1〜 0.80D420であった。β−ガラクトシダーゼ活性1単位を、37℃で1分間 に3nmolのo−ニトロフェニル−β−D−ガラクトピラノシドを加水分解す る酵素量と定義する。d.ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼアッセイのための細胞抽出物の 取得 細胞を上記のように洗浄し、20mMのヘペス(Hepes)緩衝液(pH7.3 )、100mMの酢酸カリウム、5mMの酢酸マグネシウムおよび2mMのジチ オトレイトールに再懸濁させた。微小先端プローブを用い、MSE超音波破砕機 中0℃で10秒間印加を6回行うことで、細胞を破壊した。各超音波印加後1分 間、細胞を放冷した。抽出物を微量遠心管中、2000rpmで1分間遠心する ことで透明とした。e.ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼアッセイ ホスホセルロース紙結合アッセイ(Haas and Dowding(1975),Meth.Enzmol43:611-628に記載のもの)によって、酵素活 性を測定した。細胞抽出物に、0.1Mの塩化アンモニウムおよび1mMのアデ ノシン−γ−32P−トリホスフェート(比放射能:300Ci/mmol)を補 給した。0.1mg/mLのハイグロマイシンを加えて反応開始し、長い時間に わたって37℃でインキュベーションした。水浴で75℃にて5分間サンプルを 加熱することで反応停止し、沈殿した蛋白を微量遠心管中で5分間遠心すること で除去した後、上清の少量サンプルをワットマン(Whatman)P−81ホスホセ ルロース紙(2cm2)にスポットとしてしみ込ませた。室温で30秒後、紙を 高温(75℃)蒸留水500mLに3分間入れた。この条件下で放射性ATPが 溶液中に残っている間、ハイグロマイシンホスフェートはホスホセルロースに強 力かつ定量的に結合している。紙を蒸留水500mL中で3回すすぎ、ベックマ ン(Beckman)液体シンチレーションカウンタで、トルエンシンチレーションカ クテル中にて、結合している放射能を測定した。ハイグロマイシンを加えずにイ ンキュベーションした反応混合物を対照とした。f.異種遺伝子のコピー数の測定 細胞のSDS溶解とそれに続くプロテイナーゼK処理および フェノール/クロロホルム抽出が関与する標準的な精製プロトコールを用いて、 DNAをH1D3およびmM2C1細胞から得た。単離DNAを適切な制限エン ドヌクレアーゼで消化させ、アガロースゲルで分別し、ナイロンフィルターに吸 い取らせ、β−ガラクトシダーゼ遺伝子もしくはハイグロマイシンホスホトラン スフェラーゼ遺伝子由来の放射性プローブとハイブリダイゼーションさせた。ハ イブリダイゼーションのレベルを定量した(Molecular Dynamics Phosphorlmage Analyzerにて)。異なった細胞系から負荷したDNAの総量を補正するため、 フィルターを単一コピー遺伝子で再プロービングし、β−ガラクトシダーゼ遺伝 子およびハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子を単一コピー遺伝子 ハイブリダイゼーションに対して正規化した。g.蛋白濃度の測定 細胞抽出物の総蛋白量を、標準としてウシ血清アルブミンを用いるブラッドフ ォード比色分析によって測定した。2.H1D3細胞およびmM2C1細胞で発現されるβ−ガラクトシダーゼおよ びハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ活性の特性決定 量的条件を確立するため、β−ガラクトシダーゼおよびハイ グロマイシンホスホトランスフェラーゼ活性の最も重要な動力学的パラメータに ついて調べた。この比色分析で測定したβ−ガラクトシダーゼ活性は、nM2C 1およびH1D3細胞系の両方について、0.1〜0.8OD420の範囲で線形 であった。β−ガラクトシダーゼ活性は、いずれの細胞系においても、総蛋白濃 度範囲5〜100μg以内で反応混合物に加えた蛋白量にも比例していた。nM 2C1およびH1D3細胞系のハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ活性 は、β−ガラクトシダーゼについて記載の条件下での反応時間または加えた細胞 抽出物の総量にも比例していた。a.mM2C1およびH1D3細胞系のβ−ガラクトシダーゼ活性の比較 対数増殖期mM2C1およびH1D3細胞系から得られた細胞抽出物について β−ガラクトシダーゼ活性を調べ、10回の独立の実験で比活性を比較した。H 1D3細胞抽出物のβ−ガラクトシダーゼ活性は、440±25U/mg総蛋白 であった。同じ条件下で、mM2C1細胞抽出物のβ−ガラクトシダーゼ活性は 1/4.8であり、92±13U/mg総蛋白であった。 H1D3およびmM2C1細胞系の高分散、分散およびほぼ 集密の培養液のβ−ガラクトシダーゼ活性も比較した。これらの実験では、対数 的に細胞数が異なったH1D3細胞およびmM2C1細胞を、一定容量の培地に 接種し、標準的条件下に3日間成長させた。異なる細胞密度で成長させた細胞培 養物のβ−ガラクトシダーゼ比活性に有意差は認められず、H1D3/mM2C 1β−ガラクトシダーゼ比活性も、3つの細胞密度のいずれにおいても同様であ った。しかしながら、H1D3もしくはmM2C1細胞の集密で静止した細胞培 養物では、恐らくは接触阻害の結果としての細胞分裂停止のためにβ−ガラクト シダーゼの発現は有意に低かった。b.H1D3およびmM2C1細胞系のハイグロマイシンホスホトランスフェラ ーゼ活性の比較 細菌ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼは、H1D3またはmM2C 1細胞系に膜結合型で存在する。これは、ハイグロマイシンホスホトランスフェ ラーゼ活性を、これら細胞抽出物の高速遠心によって完全に取り除くことができ 、その酵素活性は高速ペレットを再懸濁することで回復できるという所見による ものである。 H1D3およびmM2C1細胞系における酵素の比活性の比 は、β−ガラクトシダーゼ活性と同様であった。すなわち、H1D3細胞は、m M2C1細胞と比較して4.1倍の比活性を有している。c.非選択条件下で成長させたH1D3およびmM2C1細胞におけるハイグロ マイシンホスホトランスフェラーゼ活性 ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子の発現レベルを、30世代 にわたって非選択条件下で成長させたH1D3およびmM2C1細胞系における 比酵素活性定量に基づいて測定した。培地にハイグロマイシンがないことは、ハ イグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子の発現に影響しなかった。3.H1D3およびmM2C1細胞系におけるβ−ガラクトシダーゼおよびハイ グロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子コピー数の定量 前述のように、β−ガラクトシダーゼ遺伝子およびハイグロマイシンホスホト ランスフェラーゼ遺伝子は、メガ染色体、すなわちH1D3およびmM2C1細 胞におけるミクロメガ染色体内のみにある。H1D3およびmM2C1細胞系か ら単離したDNAのゲノムサザンブロットの定量分析(Phosphorlmage Analyzerによる)から、メガ染色体に組込んだβ−ガラクトシダーゼ遺伝子のコ ピー数は、mM2C1細胞の場合と比較してH1D3細胞での方が約10倍であ ることがわかった。ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子のコピー 数は、mM2C1細胞の場合と比較してH1D3細胞での方が約7倍である。4.メガ染色体またはそれの誘導体を有する細胞での異種遺伝子発現の定量結果 の概要と結論 異質染色質メガ染色体における細菌β−ガラクトシダーゼ遺伝子を有する高等 真核生物(例:H1D3細胞)のβ−ガラクトシダーゼ活性の定量測定により、 細胞染色法によって検出される組込み細菌遺伝子が高レベルで発現するのが認め られることが確認された。遺伝子導入動物における外来遺伝子の発現についての 研究の報告では、導入遺伝子発現は正確な組織および発達の特異性を示すが、発 現レベルは低いのが普通であり、広範囲の位置依存性の変動性を示す(すなわち 、導入遺伝子発現のレベルは、染色体組込みの部位によって決まる)ことが明ら かになっている。導入遺伝子の発現が低レベルであるのは、導入遺伝子を周囲の 染色質の阻害効果から絶縁し、有効な遺伝子 発現に必要な活性染色質構造の形成を促進する特殊なDNA配列がないためであ ると仮定されている。この位置依存的変動性を無効にし得て、高等真核生物にお ける導入遺伝子座作用性領域(LAR)配列および下等真核生物における固有の 染色質構造(scs)要素の高レベル発現を保証できるいくつかのシス作用性D NA配列要素が確認されている(例えば、Eissenbergand Elgin(1991)Trends in Genet7:335-340参照)。これらのシス作用性DNA配列がない場合、導入 遺伝子発現のレベルは低く、コピー数依存性である。 H1D3およびmM2C1細胞の異質染色質メガ染色体に含まれる細菌β−ガ ラクトシダーゼ受容体遺伝子は強力な真核生物プロモーターエンハンサー要素に よって作用するが、特異的シス作用性DNA配列要素を設計したり、それを境界 要素として機能すると考えられる細菌DNA構築物に組み込んではいない。そこ で、特にメガ染色体におけるβ−ガラクトシダーゼ遺伝子が、遺伝子発現を遮断 できることが知られている長くコンパクトな異質染色質環境にあることから、こ れらの細胞で測定される高レベルβ−ガラクトシダーゼ発現は重要である。メガ 染色体は、遺伝子発現に対する異質染色質の阻害効果を克服 するよう機能する細菌DNA配列に関連して、DNA配列要素を有するように思 われる。 メガ染色体における異種遺伝子発現の特異性は、β−ガラクトシダーゼ発現レ ベルがコピー数依存性であるという所見によっても裏付けられる。全長メガ染色 体を有するH1D3細胞系では、β−ガラクトシダーゼの比活性は、比較的小さ く切断された形のメガ染色体のみを有するmM2C1細胞の約5倍である。定量 的ハイブリダイゼーション法によるH1D3およびmM2C1細胞系におけるβ −ガラクトシダーゼ遺伝子コピーの数の比較から、β−ガラクトシダーゼの発現 がコピー数依存性であることが確認された。組込みβ−ガラクトシダーゼ遺伝子 コピー数は、H1D3細胞の方がmM2C1細胞の約10倍である。そこで、β −ガラクトシダーゼ遺伝子のコピー数を多く有する細胞系では、β−ガラクトシ ダーゼ活性レベルは高くなり、それは発現のコピー数依存性を裏付けるものであ る。メガ染色体の異なる誘導体を有する細胞系におけるβ−ガラクトシダーゼレ ベルおよびハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ酵素レベルのコピー数依 存性は、細菌遺伝子の組込み部位を囲む染色質配置およびメガ染色体の異質染色 質環境のいずれも 遺伝子発現を抑制しないことを示している。 H1D3細胞で発現されるβ−ガラクトシダーゼ蛋白の相対量を、この酵素の Vmax[均一な結晶化細菌β−ガラクトシダーゼ(Naider et al.(1972)Bioch emistr 11: 3202-3210)の場合500]およびH1D3細胞蛋白の比活性に基づ いて推定することができる。500というVmaxは、均一なβ−ガラクトシダー ゼ蛋白が37℃で酵素蛋白1mg当たり1分間に基質500μmolを加水分解 することを意味している。総H1D3細胞蛋白抽出物1mgが、37℃で毎分1 .4μmolの基質を加水分解することができる。すなわちH1D3細胞抽出物 中に存在する蛋白の0.28%がβ−ガラクトシダーゼである。 ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼは、H1D3およびmM2C1細 胞中に膜結合した形で存在する。その酵素が高等真核生物細胞で膜中に組込まれ る傾向は、それが原核生物細胞において細胞周辺に局在することと関係があると 考えられる。細菌ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼは、均一になるま で精製されたことはない。従って、それのVmaxは測定されていない。従って、 その細胞系で発現されるハイグロマ イシンホスホトランスフェラーゼ蛋白の総量について推定を行うことはできない 。しかしながら、mM2C1細胞と比較してH1D3細胞におけるハイグロマイ シンホスホトランスフェラーゼの比活性が4倍であることは、それの発現もコピ ー数依存性であることを示している。 特にβ−ガラクトシダーゼ遺伝子の発現に対する選択圧がない場合におけるH 1D3およびmM2C1細胞でのその遺伝子の発現が一定で高レベルであること は、異質染色質メガ染色体で生じる遺伝子発現が安定であることを明瞭に示して いる。この結論はさらに、H1D3およびmM2C1細胞を非選択条件下に増殖 させた場合、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ発現レベルが変化しな かったという所見によっても裏付けられる。細菌マーカー遺伝子の常に高レベル な、安定した、コピー数依存的発現は、メガ染色体が外来遺伝子の発現に対する 理想的ベクター系であることを明瞭に示している。実施例7 構築されたSATACおよびミニ染色体を有する細胞系の一部についての概要 1.EC3/7由来細胞系 マウス線維芽細胞系であるLMTK-由来細胞系を、λCM8およびλgtW ESneoDNAでトランスフェクションして[実施例2参照]、形質転換細胞 系を得た。これらの細胞系には、受託番号90051001下にECACC(Eu ropean Collection of Animal Cell Culture)に寄託されたEC3/7があった [米国特許5288625号参照;Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad. Sci .U.S.A88:8106-8110および米国特許出願08/375271号も参照]。 この細胞系は、neo−動原体を有する二動原体染色体を有する。再クローニン グおよび選別によって、安定なneo−ミニ染色体および元二動原体染色体を有 する細胞系であるEC3/7C5などの細胞系を得た[図2C参照]。2.KE1−2/4細胞 EC3/7のCHO−K20細胞との融合およびG418/HATによる選別 によってハイブリッド細胞系が得られ、その 中にKE1−2/4があって、それは受託番号96040924下にECACC に寄託してある。KE1−2/4は、λneo染色体を有する安定な細胞系であ り[図2D参照;米国特許5288625号も参照]、E型増幅によって得られ たものである。KE1−2/4は、λDNA、プロマイシン耐性遺伝子などの選 択可能マーカー、p53および抗HIVリボザイム遺伝子などの対象遺伝子を有 するベクターでトランスフェクションされている。これらのベクターは、染色体 中の異種DNAによる相同組換えによってλneo染色体中に対象遺伝子を導入 する。3.C5pMCT53細胞 EC3/7C5細胞系をpH132、pH110およびλDNAならびに他の 構築物と共トランスフェクションしている(実施例2参照)。各種クローンおよ びサブクローンが選別されている。例えば、p53をコードするDNAを有する 構築物による形質転換によって、C5pMCT53と称される細胞を得た。4.TF1004G24細胞 前述のように、プラスミド[ファルマシアから入手のpH 132、pCH110;Hall et al.(1983)J.Mol.Appl.Gen2:101-109も参照 ]およびλDNA[λc1875Sam7(New England Biolabs)]とのEC 3/7C5細胞の共トランスフェクションによって、形質転換細胞を得た。これ らの中には、neo−ミニ染色体中で抗HIVリボザイムをコードするDNAを 有するTF1004G24がある。TF1004G24の再クローニングによっ て、多くの細胞系が得られた。その中にはNHHL24細胞系がある。この細胞 系も、neo−ミニ染色体に抗HIVリボザイムを有し、高レベルのβ−gal を発現する。それをCHO−K20細胞と融合させて、各種ハイブリッドを得た 。5.TF1004G19由来細胞 TF1004G形質転換体の再クローニングおよび選別によって、不安定なソ ーセージ染色体およびneo−ミニ染色体を有する、実施例4で前述した細胞系 TF1004G19を得た。単一細胞クローニングによって、安定なソーセージ 染色体およびneo−ミニ染色体を有するTF1004G−19C5[図4参照 ]細胞系を得た。TF1004G−19C5をCHO細胞と融合させて、ハイブ リッドを選択条件下に成長させて、1 9C5×Ha4および19C5×Ha3細胞系[実施例4参照]およびその他の 細胞系を得た。19C5×Ha3細胞系の再クローニングによって、ギガ染色体 を有する細胞系、すなわち細胞系19C5×Ha47(図2E参照)を得た。1 9C5×Ha4細胞のBrdU処理および選択条件下[ネオマイシン(G)およ び/またはハイグロマイシン(H)]での成長によって、G3D5およびG4D 6細胞系ならびに他の細胞系などのハイブリッド細胞系が得られている。G3D 5はneo−ミニ染色体およびメガ染色体を有している。G4D6は、neo− ミニ染色体のみを有する。 H培地での19C5×Ha4細胞の再クローニングによって多くのクローンが 得られた。その中には、安定なメガ染色体を有するH1D3[図4参照]がある 。再度のBrdU処理およびH1D3細胞の再クローニングによってHB31細 胞系が得られており、それをpTEMPUD、pTEMPU、pTEMPU3お よびpCEPUR−132ベクターによる形質転換に用いた[以下の実施例12 および14参照]。 H1D3を、プラスミドにCD4およびネオマイシン耐性をコードするDNA を有するCD4+Hela細胞系と融合させ ている[例えば、そのHela細胞について記載している米国特許541391 4号、5409810号、5266600号、5223263号、521591 4号、5144019号参照]。GHによる選別によって、メガ染色体とCD4 neo構築物を含む単一のヒト染色体を有するH1×HE41[図4参照]など のハイブリッドを得ている。再度のBrdU処理および単一細胞クローニングに よって、メガ染色体を有する細胞系を得ている[細胞系1B3;図4参照]。1 B3細胞の約25%が切断メガ染色体[約90〜120Mb]を有する。これら サブクローンの別のものである2C5と称されるものを、含ハイグロマイシン培 地で培養し、メガ染色体を含まない細胞系を得て、G418を含む培地で成長さ せた。これら細胞の再クローニングによって、矮小メガ染色体[約150〜20 0Mb]を有するIB4その他の細胞系、ならびにミクロメガ染色体[約50〜 90Mb]を有するI1C3およびmM2C1などの細胞系を得た。細胞系mM 2C1のミクロメガ染色体は末端小粒を持たない。しかしながら、所望に応じて 、本明細書で記載および生成したものなどの合成末端小粒をmM2C1細胞ミク ロメガ染色体に付加することができる。ミクロメガ染色体を有するm M2C1細胞系などの比較的小さい切断メガ染色体を有する細胞系を用いて、さ らに小さいメガ染色体(例えば、大きさが約10〜30Mb)を形成することが できる。これは例えば、これら細胞をX線照射、BrdUもしくは末端小粒指向 in vivo染色体断片化に曝露することで、その細胞におけるミクロメガ染色体を 切断および断片化することで行うことができる。実施例8 メガ染色体の複製 メガ染色体の均一構造により、構成異質染色質の複製についての詳細な分析を 行う特有の機会が得られる。A.材料および方法 1.細胞系の培養 メガ染色体を有するH1D3マウス−ハムスターハイブリッド細胞[実施例4 参照]を、10%ウシ胎仔血清[FCS]および400μg/mLハイグロマイ シンB[Calbiochem]を含むF−12培地で培養した。G3D5ハイブリッド細 胞[実施例4参照]を、10%のFCS、400μg/mLのハイグロマイシン B(Calbiochem)および400μg/mLのG418[SIGMA]を含むF−12 培地で維持した。マウスA9線維芽細 胞を、10%FCSを補給したF−12培地で培養した。2.BrdU標識 代表的な実験では、並行して20〜24個の半集密細胞培養物を10cmシャ ーレに準備した。ブロモデオキシウリジン(BrdU)(Fluka)を、NaOH 1滴でアルカリ性とした蒸留水に溶かして、10-2M原液を得た。このBrdU 原液10〜50μLずつを各10mL培地に加えて、BrdUの最終濃度を10 〜50μMとした。細胞をBrdU存在下に30分間培養し、温完全培地で洗浄 し、用時までBrdU不在下にインキュベーションした。この時点で、5μg/ mLのコルヒチンをサンプル培養物に1時間ごとまたは2時間ごとに加えた。1 〜2時間のコルヒチン処理後、有糸分裂細胞を「振り落とし(shake-off)」に よって回収し、通常の染色体調製物を得て、免疫標識に供した。3.染色体の免疫標識およびin situハイブリダイゼーション マウスA9染色体の場合には2M塩酸を37℃で25分間使用し、ハイブリッ ド細胞の染色体については1M塩酸を37℃で30分間使用した以外は、メーカ ーの説明に従って、フルオレセイン接合抗BrdUモノクローナル抗体(Boehri nger)に よる免疫標識を行った。ビオチン標識プローブによるin situハイブリダイゼー ション、ならびに同一調製物についての間接免疫蛍光およびin situハイブリダ イゼーションを、既報の方法に従って行った[Hadlaczky et al.(1991)Proc.N atl.Acad.Sci .U.S.A88:8106-8110;米国特許5288625号も参照]。4.顕微鏡検査 観察および顕微鏡写真撮影はいずれも、顕微鏡(Vanox AHBS;Olympus)を用い て行った。写真には、フジカラー400SuperGまたはフジカラー1600 SuperHG高速カラーネガを用いた。B.結果 BrdUパルス標識とそれに続く免疫標識によって、メガ染色体の複製を分析 した。最初にin vivoでのDNA標識についての基本的パラメータを決定した。 並行培地で50μMBrdUの30分間パルスを用いて、パルス開始から5分間 隔で、さらにはBrdU除去から15分〜1時間ごとにサンプリングおよび固定 を行った。組み込まれたBrdUを、フルオレセイン接合抗BrdUモノクロー ナル抗体を用いる免疫標識によって検出した。最初の時点で(5分間)、38% の核が標識され、 BrdU存在下でのインキュベーション中は標識核の数が徐々に増加するのが認 められ、BrdU除去の時点で30分サンプルにおいて46%という最高値を得 た。それ以上の時点(60分、75分および90分)において、変化はほとんど 認められず、標識核の割合は一定のままであった[44.5〜46%]。 この結果は、(i)BrdUの取り込みが急速なプロセスであること、(ii )30分間のパルス時間がS期核の高信頼性標識には十分であること、(iii )BrdUは洗浄によって、培地から効果的に除去できることを示している。 最終複製染色体部分での最も早いBrdU信号の出現と1回の完了した細胞周 期後に染色体の染色分体の一つのみでの同一パターンの出現との間の時間を測定 することで、H1D3およびG3D5細胞の細胞周期の長さを推定した。前期染 色体での最初の検出可能BrdU信号の時間と標識有糸分裂法によって、G2期 の長さを求めた[Qastler et al.(1959)Exp.Cell Res.17:420-438]。(i) 細胞周期長さと30〜120分間のパルス中に標識された核の割合に基づき、( ii)最終複製染色体の複製の丁度終了した時点とS期開始時の染色体での最初 の信号検出との間の時間を測定することで、(iii)標識有糸分 裂法によってという3つの方法で、S期の長さを求めた。実験を繰り返して、細 胞周期の期間が22〜26時間であり、S期か10〜14時間であり、G2期が 3.5〜4.5時間であることが認められた。 メガ染色体の複製分析を、コルヒチン処理の2時間後に2時間間隔で有糸分裂 細胞を回収することで、並行培養にて行った。再実験で、1時間のサンプリング 間隔と1時間のコルヒチン処理を行って同じ分析を行った。それら2回の方法と も同等の結果を与えたが、約30%の細胞が平均よりかなり短いかもしくは長い 細胞周期を有することが認められたことから、2時間サンプリング間隔の方が適 切であるように見えた。個々の染色体、特に後期複製ハムスター染色体の一部の 特徴的な複製パターンが、S期の異なる段階についての有用な内部マーカーとし て役立った。異なった実験で細胞周期の長さが異なることで生じるエラーを低減 するため、第2のS期開始時に1個の染色分体に最初の信号が認められるまで、 全細胞周期にわたってサンプリングおよび分析を行った。 メガ染色体の複製順序は次の通りである。S期の最も初期では、メガ染色体の 複製が染色体末端で開始する。中間位置での 最初の複製開始は通常、動原体領域で検出することができる。間もなく、なおも S期の最初の1/4期において、短腕の終端領域がほとんどそれの複製を完了し た時に、染色体腕に沿って明瞭な開始信号が現れる。S期の第2の1/4期では 、複製が進行するに連れて、BrdU標識領域が徐々に広がり、メガ染色体の格 子パターンが明瞭になる[例えば、図2F参照]。同時に、マウス染色体の挟動 原体領域もBrdUの強力な取り込みを示す。メガ染色体の複製はS期の第2の 1/4期と第3の1/4期で最高となる。S期の第3の1/4期終了後および最 終1/4期の丁度開始時に、メガ染色体およびマウス染色体の狭動原体異質染色 質が複製を完了する。S期終了までに、マウスおよびハムスターの最後の複製部 分のみがなお、BrdU取り込みを行っている。 ゲノム全体の複製は、明瞭な段階で起こる。S期の前半終了まで取り込みBr dUの信号が連続的に増加したが、S期の第3の1/4期が開始すると、異質染 色質領域以外の染色体部分はほとんどBrdUを取り込まなかった。S期の最終 1/4期では、BrdU信号が再度増加し、その際に最終複製部分が非常に強い 取り込みを示した。 対照として、マウスA9細胞における複製について同様の分析を行った。免疫 標識パターンの分解能を上げるため、ヘキスト33258処理によってA9染色 体の挟動原体領域を分散させた。周囲の真正染色質配列の強力な複製があるため に、低凝集のマウス染色体であっても、異質染色質における最初のBrdU信号 の正確な位置決定は通常は困難であった。最初の信号の位置が明瞭に決定された 染色体では、A9染色体の挟動原体異質染色質の複製は、メガ染色体の場合と同 様であった。A9細胞の染色体も、ハイブリッド細胞におけるマウス染色体の物 と同様の複製パターンおよび配列を示した。これらの結果は、メガ染色体および マウス染色体が、ハイブリッド細胞においてその元のタイミングと特異性を保持 していたことを示している。 BrdU取り込み後に得られた聞始部位のパターンと、S期の第1の1/4期 の詳細な分析における「外来」DNAの組込み部位の位置とを比較することで、 メガ染色体のアンプリコン構造に関係する複製起源(開始部位)の確認を試みた 。メガ染色体の長腕での組込みDNAの二重バンドが細胞マーカーとして役立っ た。得られた結果は、細胞レベルで認められたBrdUとin situハイブリダイ ゼーション信号とが同じ位置にある ことを示しており、「外来」DNA配列が複製起源のごく近傍にあって、レプリ ケータと付随配列との間の非付随配列に組込まれていると推定されることを示し ていた[図3参照]。実施例6.B.4に記載のように、メガ染色体で検出され るrDNA配列も、「外来」DNA配列の組込み部位のアンプリコン境界に位置 し、メガ染色体の複製開始を起こす複製起源にrDNA配列が関与していること が示唆される。いくつかの他の染色体の挟動原体領域では、メガ染色体における 開始信号と同様の点のようなBrdU信号を認めることができる。その信号は、 通常の染色体の異質染色質領域における同様の開始部位を表している可能性があ る。 頻度10-4で、組込みDNA配列の「未制御」増幅が、メガ染色体で認められ た。「外来」配列がレプリケータに近接しているという仮定(上述)と一致して 、この空間的に制限された増幅は、複製起源の未制御の反復点火(firing)の結 果として部分全体の複製が完了しないためであると考えられる。C.考察 染色体の挾動原体領域の構成異質染色質は後期複製性であると考えられている [例えば、Miller(1976)Chromosoma 55: 165-170参照]。それとは対照的に、それらの実験から、異質染色質ブロックの 複製がS期の前半で明瞭な開始部位にて開始し、S期のほぼ3/4期にわたって 続くことが明らかになっている。この差は、次のようにして説明することができ る。(i)通常の染色体では、付随DNA周囲にある活発に複製する真正染色質 配列によって開始信号が不明瞭となることから、開始部位の正確な位置がわかり にくい。(ii)異質染色質の複製は、異質染色質複製物の大部分と他のほとん どの染色体領域がすでにその複製を完了しているかまたはそれをまだ開始してい ないS期の後半期にのみ明瞭に検出することができる。そこで、オートラジオグ ラフィーによる放射能標識前駆体の取り込みの分析などの低分解能の細胞学的方 法では、隣接する真正染色質部分がもはや複製を行っていないS期の後半で、異 質染色質における顕著な複製信号を検出するのみである。 メガ染色体では、複製の最初の開始部位は、「外来」DNA配列およびrDN A配列がアンプリコン境界で組み込まれる部位で同じ位置を占めている。同様の 開始信号が、「外来」DNAを持たないマウス染色体の一部の挟動原体異質染色 質において、同時に認められ、アンプリコンの境界での複製開始部位が 付随DNAブロックの非付随隣接配列にある可能性のあることを示している。各 付随DNA二本鎖に第1の開始部位が存在することは、この大きい染色体部分が 、第1の開始部位とその単位の各末端における終止点によって区切られた単一の 巨大な複製単位[メガサイクロン]であることを示唆している。いくつかの系統 の証拠から、この高次複製単位内で、「二次」起源およびレプリコンがメガレプ リコンの完全な複製に寄与することが示されている。 1.メガ染色体の異質染色質領域の総複製時間は約9〜11時間であった。真 核生物染色体では代表的である複製フォークの運動速度毎分0.5〜5kbでは [Kornberg et al.(1992)DNA Replication.2nd.Ed.,New York:W.H.Freema n and Co.,p.474]、約15Mbのレプリコンの複製には50〜500時間を要 すると考えられる。別法として、1個のみの複製開始点を使用した場合、平均複 製速度は毎分25kbとなって、10時間以内に複製が完了するはずであると考 えられる。真正染色質および異質染色質の染色体部分におけるBrdU信号の強 度を比較することで、それらの複製速度が5〜50倍異なることを示す証拠は認 められなかった。 2.短いBrdUパルス標識を用いると、単一の複製開始点によって、複製フ ォークの動きを反映して、レプリコンに沿って移動する複製バンドが生じる。そ れとは対照的に、最終的にメガ染色体の格子パターンを生じた複製ゾーンの拡大 が認められ、複製期間中では、ほとんどの強力なBrdU取り込みがS期の後半 で起こった。これは、メガレプリケータが活性化されたら、それによって「二次 」開始点の活性化および点火ができ、付随DNAの大部分の複製が、S期の後半 でそれらの「二次」開始点から起こることを示唆するものである。これは、メガ 染色体の複製のある種の段階で、アンプリコン全体が短いBrdUパルスによっ て見かけ上標識され得るという所見によって裏付けられる。 メガレプリケータおよび二次複製開始点は、厳格な時間的および空間的制御下 にあると思われる。メガ染色体内での最初の開始は動原体で起こるのが普通であ り、その後間もなくして、メガレプリケータ全てが活性となる。複製を完了する メガ染色体の最後の部分は、長腕の第2の部分であるのが普通であった。マウス A9染色体を用いた対照実験の結果からは、マウス染色体の異質染色質の複製が 、メガ染色体アンプリコンの複製に相 当することが示される。従って、異質染色質ブロックにすでに存在する複製の時 間的制御が、メガ染色体で保存されている。転写活動と複製開始との間の正の相 関[Hassan et al.(1994)J.Cell.Sci107:425-434]および負の相関[Haase et al.(1994)Mol.Cell.Biol14:2516-2524]が提案されている。メガ染色 体では、組込み遺伝子の転写は、複製開始点の元のタイミングに対して影響しな いと思われる。異なるアンプリコンでのメガレプリケータ開始の統一的で正確な タイミングは、特異的でシス作用性の配列、複製起源の存在を示唆するものであ る。 マウス染色体の挟動原体異質染色質が、7〜15Mbの範囲の数千の短く簡単 な反復単位を有し、動原体自体も数百のキロ塩基を有し得ることを考慮すると、 高次の複製単位が存在する可能性が高いと思われる。メガ染色体の複製開始領域 に制限された未制御染色体内複製が認められたことは、ローリングサークル型増 幅を強く示唆するものであり、この領域における複製開始点の存在に対する証拠 を追加するものである。 特異的複製開始部位がアンプリコンの境界で生じるという所見は、複製が増幅 プロセスで何らかの役割を果たす可能性のあることを示唆するものである。その 結果は、メガ染色体の各ア ンプリコンを、複製の「二次」開始点を有する一次開始部位[メガレプリケータ ]によって規定される巨大なメガレプリコンと見なすことができることを示唆す るものである。メガレプリコン内における二方向性複製の異なる起源からの複製 バブル(bubble)の融合[DePamphilis(1993)Ann.Rev.Biochem.62:29-63]に よって、メガレプリコン全体に相当する巨大な複製バブルが形成されると考えら れる。これを考慮すると、複製指向的な増幅機序によって、メガベースの大きさ のアンプリコンを形成することができる。H型およびE型増幅では、アンプリコ ンの染色体内増加が認められ[上記の実施例参照]、それは不均一姉妹染色分体 交換モデルと一致する。構成異質染色質におけるメガレプリコンの誘発もしくは 自然の不定期複製によっても新たなアンプリコンが形成されて、それが増幅の拡 大または「正常」染色体の異質染色質多形を生じる可能性がある。メガ染色体の 長腕の失われた部分の「復旧」は、1本鎖に限定された1個のアンプリコンの再 複製の結果であると考えられる。 これらを併せて考えると、理論は別として、複製指向機序によって、マウス染 色体の動原体領域における大量複製開始とデノボ染色体形成に対して妥当な説明 が得られる。特異的[増幅 配列、すなわち増幅を制御する配列]配列が増幅プロセスを促進する上で何らか の役割を果たす場合、メガレプリコンの一次複製開始部位[メカレプリケータ] での配列が候補として考えられる。 メガ染色体における外来DNA付近のアンプリコン境界におけるrRNA遺伝 子配列の存在は、この配列が一次複製開始部位に寄与し、SATACのデノボ形 成における挟動原体異質染色質の大量増幅に関与することを示唆するものである 。リボソームRNA遺伝子は、縦列遺伝子の複数コピーを提供する固有の増幅機 序を有する。そこで、本発明に関しては、細胞でのSATACの構築で、rDN Aは標的組込みのための領域として、さらにはin vitroで構築されるSATAC の成分として役立つ。実施例9 マウス1番染色体由来の増幅領域を有する染色体の形成 実施例2〜7に記載の事象がマウス7番染色体に固有のものではないこと、な らびに人工染色体形成にEC7/3細胞系が必要条件というわけではないことを 示すため、異なる初期細胞系およびDNA断片を用いて実験を繰り返した。いか なる細胞または細胞系も使用が可能であるか、あるいは使用できないこ とを容易に決定することができる。A.材料 5×106個の受容体細胞についてプラスミドDNA25μgを用いて、「掻 き取り負荷」トランスフェクション法[Fechheimer et al.(1987)Proc.Natl. Acad.Sci .U.S.A .84:8463-8467]によって、LP11細胞系を得た。LP11細 胞を、3〜15μg/mLのプロマイシン[SIGMA]を含むF−12培地で維持 した。B.LP11細胞での増幅 上記の実施例に記載の大量増幅は、形質転換EC3/7細胞系やマウスの7番 染色体に限定されるものではない。独立の形質転換実験で、選択可能なプロマイ シン耐性遺伝子を含む構築物でpPuroTelと称されるもの[このプラスミ ドの記載については、実施例1.E.2参照]を用いたリン酸カルシウム沈殿法 によって、LMTK-細胞をトランスフェクションして、細胞系LP11を得た 。細胞系LP11は、異なった長さ[約150〜600Mb]の増幅染色体部分 のある染色体を有する。LP11細胞の細胞学的分析から、増幅は、ロバートソ ン(Robertsonian)転座によって生成する次中部動原体染色体の 長腕の挟動原体領域で起こることが示された。この染色体腕は、G分染によって 1番染色体であると確認された。C分染およびマウス主要付随DNAプローブと のin situハイブリダイゼーションは、E型増幅が起こっていることを示してお り、新たに形成された領域は、異なる量の異質染色質を含む真正染色質染色体部 分の配置から構成されていた。増幅部分の大きさおよびCバンドパターンは不均 一であった。いくつかの細胞で、これら増幅単位の数は50を超えていた。しか しながら、LP11細胞系の単一細胞サブクローンは、10〜15個の部分と一 定のCバンドパターンを有する安定なマーカー染色体を有する。 LP11細胞の単一細胞クローニングによって得られたチミジンキナーゼ欠乏 LP11細胞の亜細胞系(例:LP11−15P 1C5/7細胞系)を、チミ ジンキナーゼ遺伝子構築物でトランスフェクションした。安定なTK+トランス フェクション体を得た。実施例10 異型塩基含有量および/または大きさによるSATACおよび他の染色体の単離 1.内因性染色体からの人工染色体の単離 SATACなどの人工染色体は、好適な方法を用いて内因性染色体から分ける ことができ、代表的には中期染色体の単離、人工染色体と内因性染色体との識別 および人工染色体と内因性染色体との分離が関与する。そのような方法には通常 、(1)好ましくは1×106個程度で人工染色体を得ることができるだけの数 の細胞(代表的には、約2×107個の有糸分裂細胞)を培養する段階、(2) コルヒチンなどの有糸分裂停止剤を用いて、有糸分裂の段階、好ましくは中期で 、細胞の細胞周期を停止する段階、(3)特には、細胞を低張緩衝液中で膨張さ せることで処理して、破壊に対する細胞の感受性を高める段階、(4)放出され た染色体を安定化させるための単離緩衝液の存在下に、物理的力を加えて細胞を 破壊する段階、(5)遊離染色体を安定化させるための単離緩衝液の存在下で染 色体を分散させる段階、(6)人工染色体と内因性染色体とを分離する段階、( 7)単離した染色体を適切な緩衝液中で保存する段階(および所望に応じて輸送 する段階)という基本的段階がある。例えば、成長の特性および要件が異なる各 種細胞型を扱い、停止剤による有糸分裂遮断の期間を至適化して染色体収量と残 屑レベルの望ましい均衡を得るための人工染色体の一般的単離方法 の改良法および変法を経験的に決定することができる。 段階1〜5は、中期染色体の単離に関係するものである。人工染色体と内因性 染色体との分離(段階6)は、各種方法で行うことができる。例えば、染色体は 、ヘキスト33258およひタロモマイシンA3などのDNA特異的染料で染色 し、蛍光活性化細胞選別法(FACS)を行うことで、染料含有量に基づいて人 工染色体と内因性染色体に選別した。人工染色体の大量単離を容易にするため、 スイングバケット遠心(染色体の大きさおよび密度に基づいた分離を行うため) [Mendelsohn et al.(1968)J.Mol.Biol.32:101-108参照]、ゾーナルローター 遠心(染色体の大きさおよび密度に基づいた分離を行うため)[例えば、Burki e t al .(1973)Prep.Biochem.3:157-182;Stubblefield et al.(1978)Biochem.B iophys.Res.Commun .83:1404-1414参照]、速度沈降(染色体の大きさおよび形状 に基づいた分離を行うため)[例えば、Collard et al.(1984)Cytometry 5:9- 19参照]などの各種分離方法を用いることができる。免疫親和性精製法も、大量 人工染色体単離法で用いることができる。その方法では、人工染色体を含む細胞 (非同期または有系分裂豊富)の大きい群をまとめて回収し、固体状態基体(例 :カラム樹脂 または磁気ビーズなど)に結合した抗体に結合させることで、有糸分裂染色体( 低張緩衝液中での細胞のインキュベーションおよび/または処理した細胞の物理 的破壊と併用した細胞の洗剤処理などの標準的方法を用いて、細胞から放出させ ることができる)が豊富となる。この方法での使用に好適な抗体を、凝集動原体 蛋白または凝集およびDNA結合ヒストン蛋白に結合させる。例えば、哺乳動物 動原体を認識する自己抗体LU851(Hadlaczky et al.(1989)Chromosoma 97 :282-288参照)を用いて染色体の大量単離を行ってから、FACSなどの方法 を用いて内因性染色体から人工染色体を分離することができる。結合した染色体 を洗浄し、最終的に溶離して選別することになろう。免疫親和性精製法を用いて 、人工染色体を内因性染色体と直接分離することもできる。例えば、ハムスター 細胞(例:V79細胞もしくはCHO−K1細胞)などの比較的少量の異質染色 質を含む染色体を有する細胞系でSATACを形成することができるか、あるい はその細胞系にSATACをトランスフェクションすることができる(例:本明 細書に記載のような微量注入または微小核体融合によって)。次に、固体基体に 接合した抗異質染色質結合蛋白(ショウジョウバエHP−1)抗 体を利用することで、主として異質染色質であるSATACを内因性染色体から 分離する。そのような基体は、ハムスター染色体と比較してSATACと優先的 に結合する。末結合のハムスター染色体を基体から洗い出し、SATACを標準 法によって溶離する。A.細胞系および細胞培養手順 ある単離方法では、メガ染色体または切断メガ染色体を有する1B3マウス− ハムスター−ヒトハイブリッド細胞[図4参照]を、10%ウシ胎仔血清、15 0μg/mLハイグロマイシンBおよび400μg/mL G418を補給した F−12培地で増殖させた。メガ染色体およびミニ染色体を有するGHB42[ G3D5細胞から再クローニングした細胞系]マウス−ハムスターハイブリッド 細胞も、10%ウシ胎仔血清、150μg/mLハイグロマイシンBおよび40 0μg/mL G418を含むF−12培地で培養した。両方の細胞系の倍化時 間は約24〜40時間、代表的には約32時間であった。 代表的には、細胞単層が約60〜80%の集密度に達した時に継代培養し、4 8〜72時間ごとに分けた。80%を超える集密度に達した細胞は培養で老化し ており、染色体回収には好 ましくない。細胞を、約50〜70%集密度で12〜30時間にわたって100 〜200個の100mLシャーレ中で平板培養してから、有糸分裂停止を行うこ とができる(下記参照)。 人工染色体のための宿主として使用することができ、人工染色体を単離するこ とができる他の細胞系には、PtK1(NBL−3)有袋動物腎臓細胞(ATC C受託番号CCL35)、CHO−K1チャイニーズハムスター卵巣細胞(AT CC受託番号CCL61)、V79−4チャイニーズハムスター肺細胞(ATC C受託番号CCL93)、インドムンチャク(Indianmuntjac)皮膚細胞(AT CC受託番号CCL157)、LMTK(-)チミジンキナーゼ欠乏マウスL細胞 (ATCC受託番号CCL1.3)、Sf9行列毛虫ヨトウガ(fall armyworm )(Spodoptera frugiperda)卵巣細胞(ATCC受託番号CRL1711)な らびにMAC、特にSATACを構築するのに使用することができる、例えば本 明細書に記載のハムスター−マウスハイブリッド細胞などの形成ヘテロカリオン (ハイブリッド)細胞系などがあるが、これらに限定されるものではない。 細胞系を選択して、例えば大量生産プロセスで望まれるような人工染色体の生 産および単離の効率を高めることができる。 例えば、宿主細胞選択における考慮事項の一つとしては、細胞の人工染色体/総 染色体比があり得る。人工染色体と内因性染色体との分離を容易にするため、人 工染色体/総染色体比は高い方が望ましいと考えられる。例えばH1D3細胞( マウス/ハムスターヘテロカリオン;図4参照)の場合、この比は1:50、す なわち総染色体50個に対して人工染色体(メガ染色体)1個である。それとは 対照的に、インドムンチャク皮膚細胞(ATCC受託番号CCL157)は、染 色体総数(7本の染色体の二倍数)が相対的に少なく、同様にカンガルーネズミ 細胞(12本の染色体の二倍数)でも、細胞での人工染色体の導入または形成時 における人工染色体/総染色体比が相対的に高いと考えられる。 人工染色体の生産および単離について宿主細胞を選択する上での別の考慮事項 としては、人工染色体の大きさと比較した内因性染色体の大きさがあると考えら れる。染色体の大きさの差を利用して、人工染色体と内因性染色体との分離を容 易にすることができる。例えば、インドムンチャク皮膚細胞染色体は、ミニ染色 体や切断メガ染色体よりかなり大きいことから、人工染色体とムンチャク染色体 との分離は、一変量(1個の染料、 ヘキスト33258またはクロモマイシンA3)FACS分離法を用いて行うこ とができると考えられる。 人工染色体の生産および単離のための宿主細胞を選択する上での別の考慮事項 としては、細胞の倍化時間があり得る。例えば、人工染色体を単離する手順で使 用するのに十分な数の人工染色体含有細胞を形成するのに必要な時間は、大量生 産にとっては重要であると考えられる。そこで、倍化時間が相対的に短い宿主細 胞が望ましいと考えられる。例えば、V79ハムスター肺細胞の倍化時間は約9 〜10時間であるのに対してH1D3細胞の倍化時間は約32時間である。 従って、いくつかの点について考慮して、人工染色体の生産および単離のため の宿主細胞選択を行うことができる。人工染色体のデノボ形成に最も望ましいと して選択される宿主細胞は、細胞系で形成される人工染色体の大量生産向けに至 適化されていない場合がある。そのような場合、最初の宿主細胞系で人工染色体 を形成したら、人工染色体の有効で高レベルな生産および単離に比較的好適な産 生細胞系にそれを転移させることが可能であると考えられる。そのような転移は 、例えば本明細書に記載のような微小核体融合または本明細書に記載のような手 順 を用いる形成細胞系から精製した人工染色体の生産細胞系への微量注入などのい くつかの方法によって行うことができる。生産細胞系は好ましくは、細胞当たり 2個以上の人工染色体コピーを有するものとする。B.染色体単離 一般に、細胞は級数的成長で2世代にわたって培養してから、有糸分裂停止を 行うのが普通である。ある特定の単離法で有糸分裂1B3およびGHB42細胞 を蓄積するため、5μg/mLコルヒチンを培地に12時間加えた。得られた有 糸分裂指数は60〜80%であった。有糸分裂細胞を、単層細胞での培地の慎重 なピペット採取による選択的分離によって回収した。集めた(有糸分裂)細胞を 平板から放出させる手段として、機械的振り落としを利用することも可能である 。200×gで10分間の遠心によって、細胞を沈降させた。 細胞(プラスチック上または懸濁液で成長)は、ヒドロキシ尿素、ビンブラス チン、コルセミドまたはアフィジコリンなどのコルヒチン以外の化学薬剤によっ て、細胞周期の各種段階で停止させることができる。ヒドロキシ尿素およびアフ ィジコリンなどの有糸分裂以外の段階に細胞を停止させる化学薬剤を用 いて、その群における全ての細胞の周期を同期させてから、細胞培地から取り出 して、細胞をほぼ同時に有糸分裂まで進めて、その時点で細胞を回収して、染色 体を分散させることができる。有糸分裂細胞を豊富として、機械的振り落とし( 付着細胞)に供することができると考えられる。MAC含有細胞の群内での細胞 の細胞周期を、養分、成長因子またはホルモン遮断によって同期させて、G1ま たはG0段階の細胞を蓄積することもできる。次に、養分または成長因子を再度 加えることで、静止細胞を約1世代において同期された細胞周期に再度入らせる ことができる。このようにしてホルモン遮断に対して反応することが知られてい て、人工染色体のための宿主として好適である細胞系には、増殖刺激をプロラク チンに全面的に依存しているNb2ラットリンパ腫細胞系などがある(Gout et al .(1980)Cancer Res.40:2433-2436参照)。細胞をプロラクチン欠乏培地で1 8〜24時間培養することで増殖を停止し、細胞を細胞周期のG1期初期で蓄積 する。プロラクチンを加えると、90%を超える細胞が有糸分裂状態にあると考 えられるM期まで、全ての細胞がその細胞周期を進む(コルヒチンを加えること で、有糸分裂細胞の量を95%超とすることができると考えられる)。プロ ラクチン添加による増殖の再開と染色体分離のための有糸分裂細胞回収の間の時 間は経験的に決定することができる。 別法として、V79細胞などの付着細胞を、ローラーボトルで増殖させ、ロー ラーボトルを200rpm超で回転させることで、有糸分裂細胞をプラスチック 表面から放出させる(Shwarchuk et al.(1993)Int.J.Radiat.Biol64: 601- 612)。ある所定の時点で、級数的に成長する同期群中の細胞の約1%がM期と なる。コルヒチンを加えない場合であっても、200rpmでの5分間の遠心に よって、4個の1750cm2ローラーボトルから2×107個の有糸分裂細胞が 回収されている。コルヒチンを2時間加えることで、収量を6×108個の細胞 まで上昇させることができる。 いくつかの方法を用いて、これらの細胞から中期染色体を単離することができ 、その方法には、ポリアミン緩衝液系に基づくもの[Cram et al.(1990)Meth ods in Cell Biology 33:377-382]、修正ヘキシレングリコール緩衝液系に基づ くもの[Hadlaczky et al.(1982)Chromosoma 86:643-65]、硫酸マグネシウ ム緩衝液系に基づくもの[Van den Engh et al.(1988)Cytometry 9:266-270 およびVan den Engh et al.(1984)Cytometry 5:108]、酢酸固定緩衝液系に基づくもの[Stoehr et al.(1982)H istochemistry 74:57-61]ならびに低張KClおよびヨウ化プロピジウムを利用 する方法に基づくもの[Cram et al.(1994)XVII meeting of the Internatio nal Society forAnalytical Cytology,October 16-21,Tutorial IV Chromosom e Analysis and Sorting with Commercial Flow Cytometer s;Cram et al.(199 0)Methods in Cell Biology 33: 376]などがあるが、これらに限定されるもの ではない。1.ポリアミン法 1B3またはGHB42細胞から人工染色体を単離するのに使用したポリアミ ン法では、約107個の有糸分裂細胞を低張緩衝液(75mM KCl、0.2 mMスペルミン、0.5mMスペルミジン)10mL中で室温にて10分間イン キュベーションすることで、細胞を膨張させた。細胞は低張緩衝液中で膨張して 、中期染色体を放出するが、細胞溶解には至らない。次に細胞を、代表的には室 温で、100×gで8分間遠心した。細胞ペレットを注意深く取り出し、約107 個の細胞をポリアミン緩衝液[15mMトリス−HCl、20mM NaCl 、80mM KCl、2mM EDTA、0.5mM EGTA、 14mM β−メルカプトエタノール、0.1%ジギトニン、0.2mMスペル ミン、0.5mMスペルミジン]1mLに再懸濁させて、中期染色体を物理的に 分散させた。次に、細胞懸濁液を慎重に抜き取り、それを3mLプラスチック注 射器に取り付けた22G針から排出することで、染色体を放出させた。染色体濃 度は、染色体約1〜3×108個/mLであった。 ポリアミン緩衝液単離プロトコールは、高分子量染色体DNAを得るのに好適 である[Sillar and Young(1981)J.Histochem.Ctochem.29:74-78;VanDilla et al .(1986)Biotechnology 4:537-552;Bartholdi et al.(1988)In”Molecu lar Genetics of Mammalian Cells”(M.Goettsman,ed.),Methods in Enzymolog y 151:252-267.Academic Press,Orlando]。染色体安定化緩衝液は、ポリアミ ンであるスペルミンおよびスペルミジンを用いて、染色体構造を安定化させ[Bl umenthal et al.(1979)J.Cell Biol.81:255-259;Lalande et al.(1985)Can cer Genet Cytogenet23:151-157]、重金属キレート化剤を用いてヌクレアー ゼ活性を低下させるものである。 しかしながらポリアミン緩衝液プロトコールは、他のプロト コールの場合同様に広い適用範囲を持ち、遮断時間、細胞濃度、低張膨張緩衝液 の種類、膨張時間、低張緩衝液の容量、および渦攪拌時間という変量を各細胞種 について至適化しなければならない。このプロトコールを用いて製造される染色 体は非常に凝縮しているのが普通である。 細胞を膨張させるのに使用できるいくつかの低張緩衝液があり、その例として は、75mM KCl;75mM KCl、0.2mMスペルミン、0.5mM スペルミジン;16.2mM亜硝酸ナトリウム、6.5mM酢酸ナトリウム、3 2.4mM KClのオーヌキ(Ohnuki)の緩衝液[Ohnuki(1965)Nature 208 :916-917およびOhnuki(1968)Chromosoma 25:402-428]ならびにさらに0.2 mMスペルミンおよび0.5mMスペルミジンを含むオーヌキの緩衝液の変種な どがある。加える緩衝液の量および低張性は、細胞の種類および細胞濃度によっ て変動する。量は細胞107個当たり2.5〜5.5mLの範囲またはそれ以上 とすることができる。膨張時間は10〜90分で変動させることができ、細胞の 種類およびどの膨張緩衝液を使用するかで決まる。 ポリアミン単離緩衝液の組成も変動し得る。例えば、ある修 正緩衝液では、15mMトリス−HCl(pH7.2)、70mM NaCl、 80mM KCl、2mM EDTA、0.5mM EGTA、14mMβ−メ ルカプトエタノール、0.25%トリトン−X、0.2mMスペルミンおよび0 .5mMスペルミジンを含む。 染色体分散は、各種物理的手段によって行うこともできる。例えば、細胞懸濁 液を慎重に抜き取り、22ゲージ針を取り付けた3mL注射器に排出することが でき[Cram et al.(1990)Methods in Cell Biology 33:377-382];細胞懸濁 液は卓上渦攪拌機で攪拌することができ[Cram et al.(1990)Methods in Cel l Biology 33:377-382];細胞懸濁液は、ホモジナイザーによって破壊すること ができ[Sillar and Young(1981)J.Histochem.Cytochem29:74-78;Carrano e t al .(1979)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A76:1382-1384];細胞懸濁液は卓 上超音波浴で破壊することができる[Stoehr et al.(1982)Histochemistry 7 4 :57-61]。2.ヘキシレングリコール緩衝液系 1B3またGHB42細胞から人工染色体を単離するのに用いたヘキシレング リコール緩衝液法では、約8×106個の有 糸分裂細胞を、グリシン−ヘキシレングリコール緩衝液[100mMグリシン、 1%ヘキシレングリコール、飽和水酸化カリウム溶液でpH8.4〜8.6に調 節]10mLに再懸濁させ、37℃で10分間インキュベーションし、次に10 分間遠心することで、核をペレット化した。上清を再度、200×gで20分間 遠心して、染色体をペレットとした。染色体を単離緩衝液中に再懸濁させた(染 色体1〜3×108個/mL)。 ヘキシレングリコール緩衝液組成も変更可能である。例えば、ある修正緩衝液 では、25mMトリス−HCl(pH7.2)、750mMヘキシレングリコー ル、0.5mM CaCl2、1.0mM MgCl2を含有させる[Carrano et al .(1979)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A. 76:1382-1384]。3.硫酸マグネシウム緩衝液系 この緩衝液系は、ポリアミンおよびヘキシレングリコール緩衝液系との関連で 上述したような細胞膨張法および染色体分散法のいずれにおいても使用すること ができる。この方法では、有糸分裂細胞を、4.8mM HEPES(pH8. 0)、9.8mM MgSO4、48mM KCl、2.9mMジチオトレイト ールからなる緩衝液に再懸濁させる[Van den Engh et al. (1985)Cytometry 6:92およびVan den Engh et al.(1984)Cytometry 5: 108 ]。4.酢酸固定緩衝液系 この緩衝液系は、ポリアミンおよびヘキシレングリコール緩衝液系との関連で 上述したような細胞膨張法および染色体分散法のいずれにおいても使用すること ができる。この方法では、有糸分裂細胞を、25mMトリス−HCl(pH3. 2)、750mM(1,6)−ヘキサンジオール、0.5mM CaCl2、1 .0%酢酸からなる緩衝液に再懸濁させる[Stoehr et al.(1982)Histochemi str 74:57-61]。5.KCl−ヨウ化プロピジウム緩衝液系 この緩衝液系は、ポリアミンおよびヘキシレングリコール緩衝液系との関連で 上述したような細胞膨張法および染色体分散法のいずれにおいても使用すること ができる。この方法では、有糸分裂細胞を、25mM KCl、50μg/mL ヨウ化プロピジウム、0.33%トリトンX−100、333μg/mL RN aseからなる緩衝液に再懸濁させる[Cram et al.(1990)Methods in Cell Biology 33:376]。 蛍光染料ヨウ化プロピジウムを用いるが、これは染色体安定 化剤としても役立つ。顕微鏡のスライドグラス上に懸濁液の小滴を乗せ、位相差 顕微鏡/蛍光顕微鏡によって細胞を観察することで、低張媒体(これもヨウ化プ ロピジウムを含むことができる)中での細胞の膨張をモニタリングすることがで きる。細胞は膨張しながらヨウ化プロピジウムを排除するはずであるが、一部は 早期に溶解して、染色体蛍光を示す。細胞を遠心し、KCl−ヨウ化プロピジウ ム緩衝液系に再懸濁させた後、その細胞は、緩衝液中に洗剤が存在するために溶 解する。次に、染色体を分散させてから、37℃にて30分以下でインキュベー ションして、RNaseを活性化させることができる。次に、染色体取得物をフ ローサイトメーターによって分析する。ヨウ化プロピジウムの蛍光を、アルゴン レーザの488nm波長で励起させ、1個の光電子増倍管によってOG570光 ファイバーを介して検出することができる。一変量ヒストグラムで、単一パルス を、統合・獲得することができる。小さい(直径1.5μm)ミクロスフェアを 用いて、流動細胞計測法を2%以下のCVに配置することができる。染色体取得 物を60μmナイロンメッシュで濾過して、分析に供する。C.DNA特異的染料による染色体の染色 単離後、染色体取得物を6μg/mLのヘキスト33258および200μg /mKLのクロモマイシンA3で染色した。分析の15分前に、25mMの亜硫 酸ナトリウムおよび10mMのクエン酸ナトリウムを染色体懸濁液に加えた。D.染色体の流動選別 1B3およびGHB42細胞から得られ維持された染色体を、ポリアミンに基 づくシース(sheath)緩衝液(0.5mM EGTA、2.0mM EDTA、 80mM KC、70mMNaCl、15mMトリス−HCl(pH7. 2) 、0.2mMスペルミンおよび0.5mMスペルミジン)に懸濁させた[Sillar and Young(1981)J.Histochem.Cytochem29:74-78]。次に染色体を、2個の レーザが染色体を別個に励起して、大きさと塩基対組成によって染色体の二変量 解析ができるようになっている二重レーザセルソーター[FACStar PlusまたはFA XStar Vantage Becton Dickinson Immunocytometry System;Coulter Electronic s製造のもの(Elite ESP)およびCytomation製造のもの(MoFlo)などの他の二 重レーザ選別機も使用可能である]に通した。SATACと他の染色体の塩基組 成の差と結果 的に生じる染料との相互作用における差、ならびに大きさの差があることから、 SATACは他の染色体と分離された。E.選別した人工染色体の保存 選別した染色体を遠心によってペレットとし、各種緩衝液中に懸濁させ、4℃ で保存した。例えば、単離した人工染色体をGH緩衝液(100mMグリシン、 1%ヘキシレングリコール(飽和水酸化カルシウム溶液でpH8.4〜8.6に 調節したもの)[例えば、Hadlaczky et al.(1982)Chromosoma 86:643-659参照 ]中で1日間保存して、遠心によってアガロースに包埋することができる。選別 された染色体を遠心してアガロース床に入れ、固形物を500mM EDTA中 4℃で保存する。別の保存緩衝液には、CMB−I/ポリアミン緩衝液(17. 5mMトリス−HCl(pH7.4)、1.1mM EDTA、50mM ε− アミノカプロン酸、5mMベンズアミドHCl、0.40mMスペルミン、1. 0mMスペルミジン、0.25mM EGTA、40mM KCl、35mM NaCl)ならびにCMB−II/ポリアミン緩衝液(100mMグリシン(p H7.5)、78mMヘキシレングリコール、0.1mM EDTA、50mM ε−アミノカプロン酸、5mMベンズアミド−HCl、 0.40mMスペルミン、1.0mMスペルミジン、0.25mM EGTA、 40mM KCl、35mM NaCl)などがある。 微量注入が所期の用途である場合、選別した染色体を30%グリセリンで−2 0℃にて保存する。選別した染色体は、短い期間であれば(3〜6日間)、グリ セリンを用いずに保存緩衝液中4℃で保存することもできる。微量注入用の緩衝 液の例としては、CBM−I(10mMトリス−HCl(pH7.5)、0.1 mM EDTA、50mM ε−アミノカプロン酸、5mMベンズアミドHCl 、0.30mMスペルミン、0.75mMスペルミジン)、CBM−II(10 0mMグリシン(pH7.5)、78mMヘキシレングリコール、0.1mM EDTA、50mM ε−アミノカプロン酸、5mMベンズアミド−HCl、0 .30mMスペルミン、0.75mMスペルミジン)などがある。 分離染色体の長期保存には、上記の緩衝液に50%グリセロールを加え、−2 0℃で保存するのが好ましい。F.品質管理 1.純度分析 選別された染色体の純度を、ビオチン標識マウス付随DNA プローブによる蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)によって調べ た[Hadlaczky et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci .U.S.A. 88:8106-8110参照 ]。単離染色体の純度は約97〜99%であった。2.選別染色体の特性 パルスフィールドゲル電気泳動およびサザンハイブリダイゼーションを行って 、選別された人工染色体のDNA含有量の大きさ分布を求めた。G.純粋人工染色体の機能性 これら染色体の活性が保存されているか否かを調べるため、純粋な人工染色体 を、初代培養細胞、体細胞および幹細胞に微量注入し(実施例13に記載のよう な方法によって)、次にそれについて、選択培地での増殖に関する分析およびβ −ガラクトシダーゼ活性のアッセイなどの人工染色体が有する異種遺伝子の発現 を分析する。II.哺乳動物人工染色体を含む微小核体の分離 A.小核化 細胞を、4T150フラスコ中で、80〜90%集密度となるまで増殖させた 。コルセミドを、最終濃度0.06μg/ mLとなるまで加え、次に37℃で細胞と24時間インキュベーションした。B.核摘出 10μg/mLのサイトカラシンBを加え、得られた微小核体を28〜33℃ で15000rpmにて70分間遠心した。C.濾過による微小核体の精製 スイネックス(Swinnex)フィルターユニットおよびヌクレオポア(Nucleopor e)フィルター[5μmおよび3μm]を用いて、微小核体を精製した。D.微小核体の染色および選別 上述のように、細胞をヘキストおよびクロモマイシンA3染料を用いて染色し た。微小核体は、セルソーターによって選別し、哺乳動物人工染色体を含む微小 核体を単離した。E.融合 人工染色体を含む微小核体を、例えば実施例1.A.5に記載の方法に従って 、所定の初代培養細胞、体細胞、胚幹細胞に融合させて、遺伝子導入(人間以外 )動物を形成して遺伝子療法に用いたり、他の細胞に融合させてその染色体を細 胞に導入する。実施例11 哺乳動物人工染色体の昆虫細胞への導入 昆虫細胞は、MAC用、特に遺伝子産生物の生産で使用するのに有用な宿主で あるが、それには以下のような多くの理由がある。 1.哺乳動物人工染色体は、対象の蛋白をコードする遺伝子導入のためのゲノ ム外特異的組み込み部位を提供する[生産系での突然変異の確率低下]。 2.人工染色体が大きいと、メガ塩基の大きさのDNA組み込みが可能となり 、蛋白またはアルカロイド[ジギタリス、モルヒネ、タキソール]などの治療的 価値のある非蛋白を生じる経路全体をコードする遺伝子を人工染色体に持たせる ことができる。 3.有用な蛋白をコードする遺伝子の増幅を、人工哺乳動物染色体で行って、 昆虫細胞での蛋白収量を上昇させることができる。 4.昆虫細胞は、蛋白の生理機能に必須の必要な翻訳後修飾(糖付加、リン酸 化)を支持する。 5.昆虫細胞は、哺乳動物ウィルスを支持せず、ヒト感染因 子による生成物の交差汚染が起こらない。 6.染色体を導入する能力は、昆虫細胞系における栄養用、工業用または医療 用蛋白の生産に向けた従来の組換えバキュロウィルス系より優れている。 7.昆虫細胞成長に最適な低い温度(28℃)により、生産のエネルギーコス トを下げることができる。 8.昆虫細胞用の血清を含まない成長培地により、生産コストが低くなる。 9.人工染色体を含む細胞は、低温で無期限に保存することができる。 10.昆虫の幼虫は、受精昆虫卵の微量注入によって、栄養用蛋白、医療用蛋 白または工業用蛋白の生産のための生物工場として役立つ。A.昆虫細胞による哺乳動物プロモーターの認識 検出可能なマーカー遺伝子[Renillaルシフェラーゼ遺伝子(Renillaルシフェ ラーゼをコードするDNAならびにそのようなベクターの構築のための原料を提 供し得るプラスミドpTZrLuc−1の説明については、例えば米国特許52 92658号参照。さらに、配列番号10も参照)]に連結されたC MVプロモーターや、さらにはβ−ガラクトシダーゼ遺伝子に機能的に連結され たサルウィルス40(SV40)プロモーターなどの哺乳動物プロモータを有す る遺伝子構築物を、2種類の動物Trichoplusia ni[イラクサキンウワバ]およ びBombyx mori[カイコ]の細胞に導入した。 エレクトロボレーションまたは微量注入によって昆虫細胞を構築物に転移させ た後、24時間のインキュベーション後に、マーカー遺伝子の発現をルシフェラ ーゼアッセイ(例えば、実施例12.C.3)およびβ−ガラクトシダーゼアッ セイ(lacZ染色アッセイなど)によって検出した。これら遺伝子を含まない サンプルに対し、遺伝子を有するサンプルでのみ、陽性の結果が得られた。さら に、B.moriβ−アクチンプロモータ−Renillaルシフェラーゼ遺伝子融合体を、T .niおよびB.mori細胞に導入したところ、トランスフェクション後にこれらは発 光した。すなわち、ある種の哺乳動物プロモーターは、昆虫細胞でのこれらマー カー遺伝子を直接発現させるように機能する。従って、MACは昆虫細胞におけ る異種遺伝子の発現の候補である。B.昆虫細胞で使用するためのベクターの構築および哺乳動物細胞との融合 1.発現ベクターを有するLMTK-細胞を下記のもので形質転換する。 a.B.moriβ−アクチンプロモーター昆虫細胞におけるHygr選択可能マー カー遺伝子 b.哺乳動物細胞におけるプロマイシンr選択可能マーカー遺伝子を制御する SV40またはCMVプロモーター。 2.LMTK細胞(プロマイシン rLMTK細胞)で哺乳動物プロモータの 発現を検出する。 3.Bombyx細胞およびTrichoplusia細胞との融合実験でプロマイシンr細胞を 用い、Hygr細胞を選別する。C.昆虫細胞へのMACの挿入 これらの実験は、昆虫細胞に導入されたMACにある検出可能マーカー遺伝子 [pSV40などの哺乳動物プロモータの制御下に発現されるβ−ガラクトシダ ーゼ遺伝子など]を検出するためのものである。データは、β−galが発現さ れたことを示している。 例えばミニ染色体[EC3/7C5]もしくはミニおよびメ ガ染色体[G3D5から再クローニングされる細胞系であるGHB42など]の 哺乳動物人工染色体を有する哺乳動物細胞あるいはメガ染色体[H1D3または それの再クローニング体など]のみを有する細胞系と、昆虫細胞を融合させる。 融合は次のように行う。 1.対数増殖期にある哺乳動物と昆虫細胞を混合する(50%/50%)。 2.カルシウム/PEG細胞融合:(10分間〜0.5時間) 3.ヘテロカ リオン(+72時間)を選別する。 MACを含む昆虫細胞について選別を行う以下の選別条件を用いることができ る[+=陽性選別」、−=陰性選別]。 1.28℃での成長(+昆虫細胞、−哺乳動物細胞); 2.グレーシズ(Graces)昆虫細胞培地[SIGMA](−哺乳動物細胞] 3.外因性CO2がないこと(−哺乳動物細胞)および/または 4.抗生物質選択(HygまたはG418)(+形質転換昆虫細胞) 融合プロトコールの直後に、哺乳動物と各昆虫細胞の間に多 くのヘテロカリオン[融合事象]が認められる[90%以下のヘテロカリオン] 。形質転換哺乳動物細胞の選別に使用される選別レベルでG418および/また はハイグロマイシンを含む昆虫培地での増殖[2週間以上]後、個々のコロニー について、融合平板での増殖を検出する。MACによって与えられる抗生物質耐 性の選択および昆虫細胞の選択によって、これらのコロニーはMACを有するは ずである。 B.moriβ−アクチン遺伝子プロモータは、B.mori細胞および哺乳動物細胞(例 :EC3/7C5細胞)中でβ−ガラクトシダーゼ遺伝子の発現を指向すること が明らかになっている。そこで、プロモータに連結されたマーカー遺伝子の存在 を哺乳動物細胞系および得られる昆虫細胞系で測定できることから、B.moriβ− アクチン遺伝子プロモータは、後に昆虫細胞に転移される哺乳動物細胞で形成さ れるMACに入れるのに特に有用である。実施例12 染色体断片化用ベクター及びMACにDNAをターゲット化組込みするために用 いられるその他のベクターの調製 メガ染色体の断片化によって最終的には、ベクターとして使 用するために操作し易いサイズである約15Mb〜50Mbに短縮された安定な 染色体が得られる。このような断片化用ベクターはまた、in vitro産生 される人工染色体の調製に必要な要素を容易に決定及び同定するために使用でき る。 異なる多くの方法によってメガ染色体のサイズを短縮し得る。このような短縮 方法としては例えば、貧栄養化または低温処理もしくは熱処理などのストレス処 理、BrdU、クマリン、EMSなどのゲノムを不安定化するもしくはDNAに 切れ目を入れる物質による処理、イオン化放射線による処理(例えば、Brow n(1992)Curr.Opin.Genes Dev.2:479−486 参照〕、テロメア特異的in vivo染色体断片化〔例えば、Farrら(1 995)EMBO J. 14:5444−5454参照〕などがある。 A.人工染色体断片化のため及び選択された遺伝子産物のターゲット化組込みの ために用いるベクターの調製 1.pTEMPUDの構築 プラスミドpTEMPUD(図5参照)は、in vivo染色体断片化を行 うため及び部位特異的組込みによって大規模増幅を誘発するために用いられるマ ウス相同組換え“キラー” ベクターである。図5を参照すると、〜3,625bpのSa11−PstIフ ラグメントはpBabe−puroレトロウィルスベクターから得られた(Mo rgensternら(1990)Nucleic Acids Res.18 :3587−3596参照)。このフラグメントは、アンピシリン耐性をコード するDNAと、pUC複製起点と、SV40初期プロモーターのコントロール下 のピューロマイシンN−アセチルトランスフェラーゼ遺伝子とを含む。URA3 遺伝子部分はpYAC5クローニングベクター(SIGMA)に由来する。UR A3をSalI−XhoI消化によってpYAC5から切出し、pNEB193 (New England Biolabs)にクローニングし、次いでEco RI−SalIで切断し、pBabepuroのSalI部位に結合させてpP Uを作製した。 マウスの主要サテライトをコードする1293bpのフラグメント(配列1参 照)を、マウスLMTK−線維芽細胞から調製したDNAライブラリーからEc oRIフラグメントとして単離し、pPUのEcoRI部位に挿入してpMPU を作製した。 TKプロモーターに駆動されるジフテリア毒素遺伝子(DT−A)を、pMC 1DT−A(Maxwellら(1986)Cancer Res.46:46 60−4666参照)のBglII−XhoI消化によって誘導し、ネオマイシ ン耐性遺伝子をコードする配列を置換することによってpMC1neoポリA発 現ベクター(STRATAGENE,La Jolla,CA)にクローニング した。TKプロモーター、DT−A遺伝子及びポリA配列をこのベクターから除 去し、付着末端をクレノウで埋め戻し、得られたフラグメントの平滑末端を結合 させ、pMPUのSnaBI(TACGTA)に結合させてpMPUDを作製し た。 Hute1の2.5kbのフラグメント(配列3参照)をpMPUDのPSt 1部位に挿入し(pTEMPUDの6100Pst1−3625pstIフラグ メント参照)、pTEMPUDを作製した。このフラグメントは、ヒトのテロメ アを含んでいる。このフラグメントは、非反復BglII部位(配列3のヌクレ オチド1042−1047参照)を含み、BamHIオーバーハングはBglI I部位と適合性なので、この非反復BglII部位は合成テロメアの導入部位と して使用される。 合成テロメアは、非反復に維持されているBglII部位に挿入するためのBa mHI末端及びBglII末端を備えた配列TTAGGGの多数(80)の反復 を含む。BamHIフラグメントがBglII結合すると、BglII部位が破 壊され、単一のBglII部位が残存する。非反復BglII部位を選択するこ とによって合成テロメアの正しい方向の挿入が確保される。非反復BglII部 位でベクターは直鎖化されている。 配列TTAGGGの多数の反復から成る合成テロメアを作製するために、この 配列の反復を含む30量体のオリゴヌクレオチドの結合産物のクローニングまた は増幅を試みた。一方が配列TTAGGGの4つの反復と反復全鎖の各末端の1 /2の配列とを含み、他方が相補配列AATCCCの5つの反復を含む2つの3 0量体オリゴヌクレオチドをアニーリングした。得られた二重鎖分子は1/2の 配列を各々が表す3bpの突出末端を有しており、それ自体で結合してn×30 bpのコンカテマーを生じると予測された。しかしながら恐らくは、Gに富む鎖 から4本鎖DNAが形成されるという理由で、この方法は成功しなかった。5量 体の形態のヒトサテライトII及びIIIのユニットの長い反復配列を作製する 試みでも同様の困難に直面 した。従って一般的に、定期的な間隔で出現する一連のグアニンヌクレオチドを 含むオリゴマー配列は、この配列を含む長い二重鎖DNAの構築を妨害するよう な望ましくない4本鎖を形成し易いと考えられる。 従って、pTEMPUDのBglII部位に挿入すべき合成テロメアを構築す るための別の試みでは、4本鎖構造の形成に感受性でない相補的Cに富む反復配 列(即ちAATCCC)に基づく出発材料を使用した。pTEL280110及 びpTe1280111と命名した2つのプラスミドを以下の手順で構築し、出 発材料として使用した。 最初に、逆方向配列AATCCC(即ち、テロメア配列TTAGGGの相補配 列)の9個の反復を含み反復全鎖の各末端に1/2配列が結合されており(従っ て、実質的に10個の反復を含む)かつ制限酵素pstI及びPacIの認識部 位を含む長いオリゴヌクレオチドを標準方法によって合成した。オリゴヌクレオ チドは、配列: 5’−AAACTGCAGGTTAATTAACCCTAACCCTAACCC TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCT AACCCGGGAT− 3’(配列29)を有している。 また、配列:3’−TTGGGCCCTAGGCTTAAGG−5’(配列3 0)の部分的に相補的な短いオリゴヌクレオチドを合成した。オリゴヌクレオチ ドをゲル精製し、アニーリングし、クレノウポリメラーゼで修復し、EcoRI 及びPstIで消化した。得られたEcoRI/PstIフラグメントを、Ec oRI/PstI消化したpUC19に結合させた。得られたプラスミドを使用 して大腸菌DH5αコンピテント細胞を形質転換させ、LB/アンピシリン選択 に生き残った形質転換体の1つに由来のプラスミドDNA(pTe1102)を PacIで消化し、クレノウ及びdNTPで平滑末端を形成し、HindIII で消化した。得られた2.7kbのフラグメントをゲル精製した。 同時に、伸長したより遠位の26量体のM13配列決定プライマーを用いたポ リメラーゼ連鎖反応によって同じプラスミドを増幅させた。増幅産物をSmaI 及びHindIIIで消化し、60bpのテロメア反復配列(と24bpのリン カー配列と)を含む84bpの二重鎖フラグメントを6%の生ポリアタリルアミ ドゲルで単離し、二重消化したpTel102に結合 させて120bpのテロメア配列を作製した。このプラスミドを用いてDH5α 細胞を形質転換させた。得られた組換え体のうち、アンピシリン(100μg/ ml)選択に生き残った2つの組換え体に由来のプラスミドDNAをABI D NAシークエンサーで色素ターミネーション法によって配列決定した。pTel 29と命名された一方のプラスミドは、配列TTAGGGの20個の反復を含む (即ち、配列TTAGGGの連続する19個の反復と反復全鎖の各末端に結合し た1/2配列とから成る)。pTel28と命名された他方のプラスミドは、本 質的には配列TTAGGGの10個の反復を各々が含む2つの配列が結合し、こ の結合部で2bp(TA)が欠失したプラスミドである。この結果として、pT el28は接合部にモチーフGGGTGGGを有している。この突然変異はテロ メア特異的染色体断片化の実験のタグとして役立つ。従って、普通よりも幾分長 くポリリンカーから遠い配列、例えば配列: 5’−GCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGT−3’(配列31 )の使用、または、いくつかの実験では、 m13順方向プライマーとして配列: 5’−GCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAA C−3’(配列32)、逆方向プライマーとして配列: 5’−TATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGAT−3’(配列3 3)の使用に基づくpUC/M13配列決定プライマーを用いたPCRによって pTel29インサートを増幅させた。 増幅産物をSmaI及びHindIIIで消化した。得られた144bpのフ ラグメントを6%の生ポリアクリルアミドゲルでゲル精製し、PacIで消化し 、クレノウ及びdNTPで平滑末端を形成し、HindIII消化によってリン カーを除去しておいたpTel28に結合させた。この結合によって得られたプ ラスミドをpTel2801と命名した。プラスミドpTel2801は、配列 TTAGGGの40個の反復から成り、1つの配列(即ち30番目の配列)の2 個のヌクレオチド(TA)が欠失して配列TGGGとなっているテロメア配列を 含む。 次の伸長段階では、pTel2801をSmaI及びHindIIIで消化し 、264bpのインサートフラグメントをゲル精製し、Pac1で消化し、平滑 末端を形成し、HindIIIで消化しておいたpTel2801に結合させた 。得られ たプラスミドでDH5α細胞を形質転換させ、得られた形質転換体のうちアンピ シリン選択に生き残った12の形質転換体に由来のプラスミドDNAを制限酵素 分析によって試験して、0.5kbのEcoRI/pstIインサートフラグメ ントの有無を判定した。11個の組換え体が、予想された0.5kbのインサー トを含んでいた。2つの組換え体のインサートを配列決定すると予想通りである ことが判明した。これらのプラスミドをpTel280110及びpTel28 0111と命名した。これらのプラスミドは同一であり、双方ともが配列TTA GGGの80個の反復を含み、pTel28で生じていた欠失を原因として2つ の配列(即ち、30番及び70番目の配列)の2個のヌクレオチド(TA)が欠 失して配列TGGGが生じていた。従って、(最初の段階を除く)各クローニン グ段階で合成テロメアの長さは倍加した。即ち、テロメアのサイズは指数関数的 に増大した。テロメアは60×2nbpの長さを有しており、nは実施した伸長 クローニング段階の数を表す。従って、原則的には(大腸菌、または、例えば酵 母のような任意の他の微生物宿主が長いタンデム型反復DNAを許容すると想定 すると)、所望の任意のサイズの安全なテロメアを形成するために配列を 反復させることが可能である。 更に別の伸長段階では、pTel280110をPacIで消化し、dNTP の存在下のクレノウポリメラーゼで平滑末端を形成し、次いでHindIIIで 消化した。得られた0.5kbのフラグメントをゲル精製した。プラスミドpT el280111をSmaイ及びHindIIIで開裂し、3.2kbのフラグ メントをゲル精製し、pTel280110に由来の0.5kbのフラグメント に結合させた。得られたプラスミドを用いてDH5α細胞を形質転換させた。ア ンピシリン選択に生き残った形質転換体からプラスミドDNAを精製した。選択 した組換え体の9個を制限酵素分析によって試験して、1.0kbのEcORI /PstIフラグメントの有無を判定した。この結果、4つの組換え体(pTl k2、pTlk6、pTlk7及びpTlk8と命名)が配列TTAGGGの1 60個の反復を含む所望の960bpのテロメアDNAインサート配列を含み、 pTel28で生じた欠失を原因として2つのヌタレオチド(TA)が欠失した 配列TGGGを有している4つの反復が存在することが判明した。フラグメント の両端から約300bpが解明されたこれらのプラスミドのうちの2つのプラス ミド(即ちpTlk2及びpTlk6)のEcoRI/PstIフラグメントの 部分的DNA配列解析によって、この配列が配列TTAGGGの連続反復から構 成されていることを確認した。 合成テロメア配列にPmeI部位及びBglII部位を付加するために、pT lk2をPacI及びPstIによって消化し、3.7kbのフラグメント(即 ち2.7kbのpUC19と1.0kbの反復配列)をゲル精製し、配列:5’ −GGGTTTAAACAGATCTCTGCA−3’(配列34)のオリゴヌ クレオチドによってPstI付着末端に結合させた。次いで、結合産物をクレノ ウポリメラーゼ及びdNTPによって修復し、それ自体で結合させ、大腸菌DH 5α株を形質転換させた。アンピシリン選択に生き残った合計14個の組換え体 が得られた。各組換え体に由来のプラスミドDNAはBglIIで開裂可能であ り、これは、この付加された非反復制限部位が各組換え体によって保存されてい たことを示す。14個の組換え体のうちの4個の組換え体が1kbの完全合成テ ロメアインサートを含んでいたが、残りの10個の組換え体は種々の長さの欠失 を有していた。1kbの合成テロメア配列が完全に(i ntact)保存されていた4個のプラスミドをpTlkV2、pTlkV5、 pTlkV8及びpTlkV12と命名した。これらのプラスミドの各々はまた PmeIで消化することが可能であった。更に、BglII部位とPmeI部位 との双方が存在することが配列解析によって確認された。これらの4個のプラス ミドはいずれもBamHI及びBglIIによって消化されて、1kbの合成テ ロメア配列を含むフラグメントを遊離でき、このテロメア配列を次にBglII 消化したpTEMPUDに結合し得る。 2.in vivo染色体断片化のためのpTEMPUDの使用 BglIIによってpTEMPUDを直鎖化すると、一端にヒトテロメアをも つ直鎖状分子が得られる。この直鎖状フラグメントを染色体、例えばハイブリッ ド細胞のメガ染色体またはマウス主要サテライト配列の反復を含む任意のマウス 染色体に組込むと、選択可能マーカーであるピューロマイシン耐性遺伝子が組込 まれ、テロメア末端によってプラスミドが開裂される。DT遺伝子は組込み及び 発現のときに毒性であるため、完全直鎖状フラグメントがランダムイベントによ って組込まれること を阻止する。従ってランダム組込みは毒性であり、このため、ターケットされた DNAに対する部位特異的組込みが選択されるであろう。このような組込みが、 断片化された染色体を産生させる。 新規なテロメアをもつ断片化された欠失染色体は生き残り、動原体をもたない 他のフラグメントは消滅するであろう。in vivo断片化を繰返すことによ って最終的には、可能な最小の機能性人工染色体が選択される。従ってこのベク ターは、マウス染色体からミニクロモソームを作製するため、または、メガ染色 体を断片化するために使用できる。原則として、このベクターは、断片化を行う ために任意の染色体中の選択された任意のDNA配列をターゲットするために使 用できる。 3.pTERPUDの構築 染色体をin vivo断片化するため、及び、部位特異的組込みによる大規 模増幅を誘発するために好適であるがマウス主要サテライトDNAでなくマウス rDNA配列に基づく、pTEMPUDに類似の断片化/ターゲッティングベク ターはpTERPUDと命名されている。このベクターにおいては、pTEMP UDのマウス主要サテライトDNA配列が、配列1 6のヌクレオチド10,232−15,000に対応する配列を含むメガ染色体 クローン161の4770bpのBamHIフラグメントによって置換されてい る。 4.pHASPUD及びpTEMPhu3 ヒト染色体を特異的にターゲットするベタターをpTEMPUDから構築でき る。これらのベクターは、選択されたサテライト配列に従って特異的ヒト染色体 を断片化し、ヒトミニクロモソームを作製し、またヒト動原体を単離するために 使用できる。 a.pHASPUD pTEMPUDがヒト染色体の断片化に好適なプラスミドとなるようにに、マ ウス主要サテライト配列をヒトサテライト配列によって置換する。マウス染色体 と違って、ヒト染色体の各々は、非反復サテライト配列を有している。例えば、 マウス主要サテライトをヒト6量体αサテライト(またはアルホイド(alph oid)サテライト)DNA配列によって置換した。この配列はヒト結腸癌細胞 系Colo320(受託番号ATCCCCL 220.1で寄託)から単離され EMBLデータベースに受託番号X60716で寄託されたタローンpS12に 由 来の813bpのフラグメント(配列2のヌクレオチド232−1044)であ る。813bpのアルホイドフラグメントは、各々がEcoRI部位を含む合成 プライマーを用いた核酸増幅によってpS12クローンから得られる。合成プラ イマーは、配列: GGGGAATTCAT TGGGATGTTT CAGTTGA(配列4)の 順方向プライマーと、配列: CGAAAGTCCCC CCTAGGAGAT CTTAAGGA(配列5) の逆方向プライマーとから成る。 増幅産物のEcoRI消化によってヒトαサテライト配列を含むEcoRI末 端をもつフラグメントが得られる。この配列をマウス主要サテライトを含むEc oRIフラグメントに置換してpTEMPUDに挿入しpHASPUDを作製す る。 ベクターpHASPUDをBglIIによって直鎖化し、画線添加(scra pe Ioading)によってEJ30(ヒト線維芽)細胞の形質転換に使用 する。27個のピューロマイシン耐性形質転換株が得られた。 b.pTEMPhu3 pTEMPhu3中では、マウス主要サテライト配列がD3Z1(ATCC受 託番号85434で寄託;Yrokov(1 989)Cytogenet.Cell Genet.51:1114も参照) に由来の3kbのヒト染色体3特異的αサテライトによって置換されている。 5.ヒト3番染色体における増幅を誘発するためのpTEMPHU3の使用 ヒト染色体の各々は非反復染色体特異的アルホイド配列を含む。従って、3番 染色体特異的αサテライトにターゲットされたpTEMHU3は、3番染色体の 動原体領域の大規模増幅と新規な染色体の産生とが確保される選択条件下でヒト 細胞に導入できる。このような誘発された大規模増幅は、新規な(denovo )染色体形成を誘発する手段を提供し、また、規定されたヒト染色体フラグメン トをメガ塩基のサイズまでin vivoクローニングする手段を提供する。 例えば、3番ヒト染色体の破断点は動原体の近傍の短いアーム上に存在する。 この領域は腎細胞癌の形成に関与する。pTEMPhu3をこの領域にターゲッ ティングすることによってこの領域に大規模増幅が誘発され、pTEMPhu3 ベクター中の細菌マーカー及び酵母マーカーを用いてこの領域をクローニングで きる。 pTEMPhu3クローニングベクターは、相同組換え体の選択を可能にする だけでなく、YAC中で取込み部位の直接クローニングを可能にする。このベク ターはまた、マウス−ヒトモノ染色体マイタロセルハイブリッド系中で、好まし くは欠失した短いアームをもつヒト3番染色体をターゲットするために使用でき る。相同組換え体を核酸増幅(PCR)によってスクリーニングし、増幅をDN Aハイブリダイゼーション、サザンハイブリダイゼーション、及びin sit uハイブリダイゼーションによってスクリーニングし得る。増幅領域をYACに クローニングできる。このベクター及びこれらの方法はまた、クローニングされ た染色体領域の機能性分析を行うために、クローニングされた増幅領域を哺乳類 細胞に再導入することによって使用できる。 B.動原体のクローニング及び機能性染色体ユニットの同定に使用できるYAC ベクター中のライブラリーの調製 縮小されたサイズの機能性哺乳類人工染色体ユニットを作製し、このユニット を動原体DNAのクローニングに使用する別の方法では、YACベクターに基づ く哺乳類DNAのライブラリーをスクリーニングし、トランスジェニックマウス モデル系 で潜在的陽性クローンの機能性を分析する。マウスのチロシナーゼ遺伝子を含む 哺乳類DNAライブラリーを、YRT2(Schedlら(1993)Nuc. Acids Res.21:4783−4787参照)のようなYACベクター 中で調製する。哺乳類のテロメア及び動原体の配列プローブに対するハイブリダ イゼーションによってライブラリーをスクリーニングする。標準方法に従って陽 性クローンを単離し、NMRI/Hanマウスの受精卵母細胞の前核に微量注入 する。次に、胚をNMRI/Hanの養母に移入する。トランスジェニック子孫 中でのチロシナーゼ遺伝子の発現は同定可能な表現型(色素沈着)を与える。従 って、チロシナーゼを発現するトランスジェニックマウスを生じるクローンは機 能性哺乳類人工染色体ユニットを含むことが確認される。 あるいは、上記の標準方法に従って、SATACのフラグメントをYACベク ターに導入し、次いでNMRI/Hanマウスの受精卵母細胞の前核に導入して もよい。これによって、チロシナーゼを発現するトランスジェニックマウスを生 じるクローンは、機能性哺乳類人工染色体ユニット、特に動原体を含むことが確 認される。 C.相同ターゲッティングベクターを用いた哺乳類人工染色体によるヘテロロガ ス遺伝子の取込み 上述のように、ヘテロロガス遺伝子を発現させるために哺乳類人工染色体を使 用すると、レシピエント細胞ゲノム内へのヘテロロガスプラスミドDNAのラン ダム組込みに起因するいくつかの不利な効果が回避される。ランダム組込みに伴 う不利な効果を回避するための有効なツールとなり得る哺乳類人工染色体の本質 的な特徴は、この染色体がレシピエント細胞中にゲノム外遺伝子ソースとして存 在することにある。従って、哺乳類人工染色体からヘテロロガス遺伝子を発現さ せるためには、レシピエント細胞ゲノム内への不要なランダム組込みを生じるこ となく、哺乳類人工染色体に限定されたヘテロロガス遺伝子の特異的なターゲッ ト化取込みが望ましい。 ヘテロロガス遺伝子を人工染色体に部位特異的に組込む1つの手段では、相同 ターゲッティングベクターを使用する。人工染色体に存在するヌタレオチドに相 同な核酸配列を含むターゲッティングベクターに、有益なヘテロロガス遺伝子を サブクローニグする。次に、ベタターと染色体との相同部位の組換えイベントに よって人工染色体で部位特異的組込みが生じるような 方法でベクターを人工染色体含有細胞に導入する。相同ターゲッティングベクタ ーはまた、人工染色体にベクターを取込んだ細胞を容易に同定するための選択可 能マーカーと、レシピエント細胞ゲノム内への不要なベクター組込みが生じたと きにのみ発現される致死選択遺伝子とを含み得る。代表的な2つの相同ターゲッ ティングベクター、λCF−7及びpλCF−7−DTAを以下に記載する。 1.ベクターλCF−7の構築 ベクターλCF−7は、遺伝子治療に使用される哺乳類人工染色体に取込まれ 得る治療用分子をコードする代表的な核酸として嚢胞性線維症トランスメンブラ ンコンダクタンス調節因子(CFTR)遺伝子を含む。選択可能マーカーとして ピューロマイシン耐性遺伝子を含み、またパン酵母(Saccharomyce s cerevisiae)のura3遺伝子(オロチジン−5−ホスフェート デカルボキシラーゼ)を更に含むこのベクターを以下の一連段階で構築した。 a.pURAの構築 S.cerevisiae ura3遺伝子を含む酵母人工染色体ベクターp YAC5(Sigma;YACベタターの記 述に関してはBurkeら(1987)Science 236:806−81 2参照;pYAC5の完全配列に関してはGenBank受託番号U01086 参照)に由来の2.6kbのSalI/XhoIフラグメントを、pHygの3 .3kbのSalI/SmaIフラグメント(例えば、米国特許第4,997, 764号、第4,686,186号及び第5,162,215号、並びに前記参 照)に結合させることによってプラスミドpURAを調製した。結合に先立って 、pHygの3.3kbフラグメントのSmaI末端に平滑末端結合できるよう にXhoI末端をクレノウポリメラーゼによって処理した。従って、pURAは S.cerevisiae ura3遺伝子と大腸菌ColE1の複製起点とア ンピシリン耐性遺伝子とを含む。組込まれた構築物をYACクローンとして哺乳 類細胞から回収する手段を提供するためにuraE遺伝子が含まれている。 b.pUP2の構築 プラスミドpURAをSalIで消化し、pCEPURの1.5kbのSal Iフラグメントに結合させた。プラスミドpCEPURは、pCEP4(Inv itrogen)のNheI−NruIフラグメントに、pBabe−puro の1.1k bのSnaBI−NhaIフラグメントを結合させることによって調製した(M orgensternら(1990)Nucl.Acids Res.18:3 587−3596;Dr.L.Szekely(Microbiology a nd Tumorbiology Center,Karolinska In stitutet,Stockholm)によって提供された;また、Tong huaら(1995)Chin.Med.J.(Beijing,Engl.E d.)108:653−659;Coutoら(1994)Infect.Im mun.62:2375−2378;Dunckleyら(1992)FEBS Lett.296:128−34;Frenchら(1995)Anal.B iochem.228:354−355;Liuら(1995)Blood 8 5:1095−1103;国際PCT出願WO9520044;WO95001 78及びWO9419456参照)。 得られたプラスミドpUP2は、pURAの全部の要素に加えて、pCEPU Rに由来のSV40プロモーター及びポリアデニル化シグナルに連結されたピュ ーロマイシン耐性遺伝子を含む。 c.pUP−CFTRの構築 1つのプラスミド中でpUP2の要素をCFTR遺伝子と組合わせるために中 間プラスミドpUP−CFTRを作製した。先ず、エプスタイン・バールウイル ス(EBV)に基づくベクターpCEP4(Invitrogen,San D iego,CA;Yatesら(1985)Nature 313:812−8 15参照;また、米国特許第5,468,615号参照)の多数クローニング部 位のCMVプロモーターとSV40ポリアデニル化シグナルとの間にCFTR遺 伝子を挿入するために、CFTRをコードするDNA(Riordanら(19 89)Science 245:1066−1073参照;CFTR遺伝子の配 列に関しては米国特許第5,240,846号及びGenbank受託番号M2 8668参照)を含むpCMV−CFTRのCFTR遺伝子だけを含んでいる4 .5kbのSalIフラグメントを、XhoI消化したpCEP4(Invit rogen及び本文中にも記載)に結合させた。得られたプラスミドをpCEP −CFTRと命名した。プラスミドpCEP−CFTRを次にSalIで消化し 、CMVプロモーターとSV40ポリアデニル化シグナルとが隣接したCFTR 遺伝子 を含む5.8kbのフラグメントを、SalI消化したpUP2に結合させてp UP−CFTRを作製した。従って、pUP−CFTRは、pUP2の全部の要 素に加えて、CMVプロモーター及びSV40ポリアデニル化シグナルに連結さ れたCFTR遺伝子を含む。 d.λCF−7の構築 次に、プラスミドpUP−CFTRをEcoRIで部分消化することによって 直鎖化し、CFTR遺伝子を含む13kbのフラグメントを、EcoRI消化し たCharon 4Aλに結合させた(Charon 4Aλの記述に関しては 、Blattnerら(1977)Science 196:161;Will iams and Blattner(1979)J.Virol.29:55 5;及びSambrookら(1989)Molecular Cloning ,A Laboratory Manual,Second Ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Volu me 1,Secion 2.18参照)。得られたベクターλCF8は、Ch aron 4Aλバクテリオフアージの左アームと、CMVプロモーター及びS V40ポリア デニル化シグナルに連結されたCFTR遺伝子と、ura3遺伝子と、SV40 プロモーター及びポリアデニル化シグナルに連結されたピューロマイシン耐性遺 伝子と、チミジンキナーゼプロモーター(TK)と、ColE1複製起点と、ア ンピシリン耐性遺伝子と、Charon 4Aλバクテリオファージの右アーム とを含む。λCF8構築物を次にXhoIで消化し、得られた27.1kbを、 SV40ポリAシグナルとEcoRI消化したCharon 4Aλの右アーム とを含むpJBP86(後述)の0.4kbのXhoI/EcoRIフラグメン トに結合させた。得られたベクターλCF−7は、Charon 4Aλの左ア ームと、CMVプロモーター及びSV40ポリAシグナルに連結されたCFTR のコーディングDNAと、ura3遺伝子と、SV40プロモーター及びポリア デニル化シグナルに連結されたピューロマイシン耐性遺伝子と、Charon 4Aλの右アームとを含む。λDNAフラグメントは、代表的な人工染色体に存 在するヌクレオチドに相同なコード配列を提供する。 次に、本文中に例示した人工染色体を含む細胞にベタターを導入する。例えば 、本文中に記載のようなメガ染色体を担持す る融合細胞系に直鎖状λCF−7ベクターを導入するとき、このベクターは、ベ クターと人工染色体との相同バタテリオファージλ配列間の組換えによってメガ 染色体に特異的に組込まれるであろう。 2.ベクターλCF−7−DTAの構築 ベクターλCF−7−DTAもまた、λCF−7に含まれている全部の要素を 含み、加えて、致死選択マーカーとジフテリア毒素A(DT−A)遺伝子とアン ピシリン耐性遺伝子と複製起点とを含む。このベクターを以下の一連段階で構築 した。 a.pJBP86の構築 上記λCF−7の構築にプラスミドpJBP86を使用した。SV40プロモ ーター及びポリアデニル化シグナルに連結されたピューロマイシン耐性遺伝子を 含むpCEPURの1.5kbのSalIフラグメントを、HindIII消化 したpJB8に結合させた(例えばIsh−Horowitzら(1981)N ucleic Acids Res.9:2989−2998参照;ATCC受 託番号37074から入手可能;Amersham,Arlington He ights,ILの市販製品)。結合に先立って、pCEPURの1.5kbフ ラ グメントのSalI末端とHindIII直鎖化したpJB8末端とをクレノウ ポリメラーゼによって処理した。得られたベクターpJBP86は、SV40プ ロモーター及びポリAシグナルに連結されたピューロマイシン耐性遺伝子と、C haron 4Aλの1.8kbのCOS領域と、ColE1複製起点と、アン ピシリン耐性遺伝子とを含む。 b.pMEP−DTAの構築 ジフテリア毒素−A遺伝子を含むpMC1−DT−A(例えばMaxwell ら(1986)Cancer Res.46:4660−4666参照)の1. 1kbのXhoI/SalIフラグメントを、XhoI消化したpMEP4(I nvitrogen,San Diego,CA)に結合させてpMEP−DT Aを作製した。pMC1−DT−Aを作製するためには、DTA遺伝子のコーデ ィング領域をp2249−1から800bpのPstI/HindIIIフラグ メントとして単離し、pMC1neopolyA(Stratageneから入 手可能なpMC1)のneo遺伝子に置換してTKプロモーターのコントロール 下に導入した。得られた構築物pMC1DT−AをHindIIIで消化し、ク レノウで末端を埋め戻し、Sa IIリンカーを結合させて、XhoI末端(5’)と、270bpのTKプロモ ーターと、〜790bpのDT−Aフラグメントとを含むSalI末端とをもつ 1061bpのTK−DTA遺伝子カセットを作製した。このフラグメントをX hoI消化したpMEP4に結合させた。 従って、プラスミドpMEP−DTAは、TKプロモーター及びSV40に連 結されたDT−A遺伝子と、ColE1複製起点とアンピシリン耐性遺伝子とを 含む。 c.pJB83−DTA9の構築 プラスミドpJB8をHindIII及びClaIで消化し、オリゴヌクレオ チド(オリゴヌクレオチドのセンス鎖としては配列7参照、アンチセンス鎖とし ては配列8参照)に結合させてpJB83を作製した。ClaI/HindII I消化したpJB8に結合したオリゴヌタレオチドは、制限エンドヌタレアーゼ SwaI、PacI及びSrfIの認識部位を含んでいた。これらの部位はpλ CF−7−DTA構築物の直鎖化を容易にする。 次に、DT−A遺伝子を含むpMEP−DTAの1.4kbのXhoI/Sa lIフラグメントを、SalI消化したpJ B83に結合させてpJB83−DTA9を作製した。 d.λCF−7−DTAの構築 λCF−7の12bpのオーバーハングを、Mung beanヌタレアーゼ 及びT4ポリメラーゼを順次用いた処理によって除去した。得られた41.1k bの直鎖状λCF−7ベクターを、ClaIで消化しT4ポリメラーゼで処理し ておいたpFB83−DTA9に結合させた。得られたベクターλCF−7−D TAは、λCF−7の全部の要素と、TKプロモーター及びSV40ポリアデニ ル化シグナルに連結されたDT−A遺伝子と、1.8kbのCharon 4A λ COS領域と、アンピシリン耐性遺伝子(pJB83−DTA9に由来)と 、ColE1複製起点(pJB83−DT9Aに由来)とを含む。 D.ルシフェラーゼマーカーを用いるターゲッティングベクター:プラスミドp MCT−RUC 哺乳類人工染色体にRenillaルシフェラーゼ遺伝子を部位特異的にター ゲットするプラスミドpMCT−RUC(14kbp)を構築した(Renil laルシフェラーゼをコードするDNA及びこのようなベクターを構築するため の出発物質を提供し得るプラスミドpTZrLuc−1の記述に関して は米国特許第5,292,658号及び第5,418,155号参照)。このプ ラスミドの有利な特徴は、Renillaルシフェラーセ遺伝子がヒトサイトメ ガロウイルスの前初期遺伝子エンハンサー/プロモーターの転写調節下に維持さ れていること、及び、正の選択可能マーカーであるヒグロマイシン耐性遺伝子が チミジンキナーゼプロモーターの転写調節下に維持されていることである。特に このプラスミドは、ミニクロモソームに相同のDNA(即ちネオマイシン耐性遺 伝子)を含むプラスミドpAG60(米国特許第5,118,620号、第5, 021,344号、第5,063,162号及び第4,946,952号参照; また、Colbert−Gapapinら(1981)J.Mol.Biol. 150:1−14参照)と、Renilla遺伝子及びヒグロマイシン耐性遺伝 子と、相同組換えの負の選択可能マーカーであるtkプロモーターのコントロー ル下のHSG−tk遺伝子と、プラスミドを直鎖化するための非反復HpaI部 位とを含む。 この構築物を、リン酸カルシウムトランスフェクションによってEC3/7C 5細胞に導入した(Lorenzら(1996)J.Biolum.Chemi lum.11:31−37 参照)。EC3/7C5細胞を単層として維持した(Gluzman(1981 )Cell 23;175−183参照)。プレートあたり10μgの直鎖化し たpMCT−RUCを用いるリン酸カルシウムトランスフェクション(Harp erら(1981)Chromosoma 83:431−439参照)を行うた めに、100mmのシャーレ中で50%集密度の細胞を使用した。単一のトラン スフェクト細胞に由来するコロニーを単離し、ヒグロマイシン(300μg/m l)と10%ウシ胎仔血清とを含むF−12培地に維持した。Renillaル シフェラーセアッセイに先立って細胞を100mmのシャーレで増殖させた。 Renillaルシフェラーゼアッセイを実施した(例えば、Matthew sら(1977)Biochemistry 16:85−91参照)。in vivo及びin vitroの発光を測定するために、直鎖化したプラスミド pMCT−RUCをEC3/7C5細胞(“B”細胞系)にトランスフェクトし た後に得られたヒグロマイシン耐性細胞系を、100%集密度まで増殖させた。 約30世代後のin vivoの発光を以下の手順で測定した。増殖培地を除去 し、コエレンテラジン (coelenterazine)(最終濃度1ミリモル/リットル)を含む1 mlのRPMI 1640で置換した。次に、シャーレを弱光の映像解析装置( Hamamatsu Argus−100)に配置することによって細胞から放 出された発光を可視化した。100%感度の光子計数管を用いて5分間の光子蓄 積後に画像を形成した。in vitroの発光を測定するために、細胞をトリ プシン処理し、1つのシャーレから採取し、ペレット化し、1mlのアッセイバ ッファ(0.5モル/リットルのNaCl、1ミリモル/リットルのEDTA、 0.1モル/リットルのリン酸カルシウム,pH7.4)に再懸濁させ、氷上で 10秒間音波処理した。次に、1ミリモル/リットルの濃度のコエレンテラジン 0.5mlを速やかに注入後、溶解液をTurner TD−20eルミノメー ターで10秒間検定し、発光の平均値をLUとして記録した(この器具で1LU =1.6×106hu/秒)。 直鎖化したプラスミドpMCT−RUCによってトランスフェクトされたEC 3/7C5細胞の独立細胞系は異なるレベルのRenillaルシフェラーゼ活 性を示した。同じ細胞系の溶解液を用いて測定試験を行ったときにも発光は同様 の違いを 示した。発光のこの違いは、マウスゲノム内へのプラスミドpMCT−RUCの ランダム組込みによって生じた位置効果に起因すると考えられる。何故なら、こ の実験ではルシフェラーゼ遺伝子の部位ターゲッティングを目的とした濃縮を行 わなかったからである。 ミニクロモソームに組込まれたルシフェラーゼ遺伝子を含む細胞が濃縮された トランスフェクタント集団を得るために、トランスフェクト細胞をガンシクロビ ルの存在下で増殖させた。この負の選択培地は、添加されたpMCT−RUCプ ラスミドがゲノムに組込まれた宿主細胞EC3/7C5の増殖を抑制する。従っ てこの選択に生き残ったトランスフェクト集団中では、pMCT−RUCが組込 まれたミニクロモソームを含む細胞が濃縮されている。この選択に生き残った細 胞をルシフェラーゼアッセイによって試験すると、より均一なレベルのルシフェ ラーゼ発現を示した。更に、in situハイブリダイゼーションアッセイの 結果は、Renillaルシフェラーゼ遺伝子がこれらの細胞のミニクロモソー ムに含まれていることを示し、これは更に、ミニタロモソームに対するpMCT −RUCのターケッティングが成功したことを示す。 また、ミニクロモソームに相同な伸長領域を与えるために更にλ DNAを含 むpMCT−RUCの変種(後述の“他のターゲッティングベクター”の項参照 )をEC3/7C5細胞にトランスフェクトした。レシピエントEC3/7C5 細胞中のミニクロモソームに対してpNEM−1中のRenillaルシフェラ ーゼ遺伝子及びヒグロマイシン耐性遺伝子の部位特異的ターゲッティングを行っ た。これを、DNA増幅分析及びin situハイブリダイゼーションによっ て確認した。更に、トランスフェクタントのルシフェラーゼアッセイによってル シフェラーゼ遺伝子発現を確認した。 E.タンパク質分泌用ターゲッティングベクター 哺乳類細胞発現系において細胞内産生されたヘテロロガスタンパク質を単離す るためには、苛酷にもなり得る条件下で細胞破壊を行うこと、及び、細胞夾雑物 から組換えタンパク質を精製することが必要である。組換え産生されたタンパク 質を、精製による除去を要する夾雑物の少ない細胞外媒質に分泌させることによ って、タンパク質単離のプロセスを簡単にすることができる。従って、哺乳類の 人工染色体系と共に使用するための分泌用ターゲッティングベタターを構築した 。 哺乳類細胞中のヘテロロガスタンパク質の産生及び分泌を示す有用なモデルベ クターは、タンパク質を細胞膜に輸送すること及び細胞からタンパク質を分泌す ることを指令する有効な分泌シグナルに融合した検出容易なリポータータンパタ 質をコードするDNAを含む。後述するベクターpLNCX−ILRUC及びp LNCX−ILRUCλはこのようなベクターの例である。これらのベクターは 、インターロイキン−2(IL2)のシグナルペプチドとRenilla re niformisルシフェラーゼとの融合タンパク質をコードするDNAを含む 。IL−2のシグナルペプチド(配列9に示す配列によってコードされている) は、該ペプチドに連結されたルシフェラーゼタンパク質を哺乳類細胞から分泌す るように指令する。宿主哺乳類細胞から分泌されると、IL−2のシグナルペプ チドが融合タンパク質から切断され、活性ルシフェラーゼタンパク質が細胞外媒 質に放出される。このヘテロロガスタンパク質の産生及び分泌の成否は、媒質に ルシフェラーゼ酵素の生物発光ルシフェリン基質を接触させたときに生じる発光 を測定するルシフェラーゼアッセイによって容易に検出できる。この特徴は、人 工染色体を遺伝子治療に使用するときに有用であろう。治療用遺 伝子に融合したIL−RUCを担持する機能性人工染色体の存在を容易にモニタ ーできる。体液または体組織のサンプルを採取し、ルシフェリンと適正な補因子 とを添加し、生物発光を観察することによってルシフェラーゼ発現を試験し得る 。 1.タンパク質分泌用ベクターpLNCX−ILRUCの構築 ベクターpLNCX−ILRUCは、哺乳類細胞中で遺伝子を構成的に発現さ せるためにヒトサイトメガロウイルス(CMV)の前初期プロモーターに連結さ れたヒトIL−2シグナルペプチド−R.reniformis融合遺伝子を含 む。構築物を以下の手順で調製した。 a.TL−2シグナル配列をコードするDNAの調製 適当なIL−2プライマーを用いたHEK 293細胞系の核酸増幅によって 、ヒトIL−2シグナルペプチドをコードするDNAを含む69bpのDNAフ ラグメントが得られた(例えば、IL−2をコードするDNAに関しては米国特 許第4,518,584号及び配列9参照;IL−2遺伝子及び対応するアミノ 酸配列はGenbank Sequence Databaseで受託番号K0 2056及ひJ00264として提供される)。シグナルペプチドは、双方のG enbankに収 録された翻訳産物及び配列9の最初の20個のアミノ酸を含む。最初の20個の アミノ酸をコードする対応するヌクレオチド配列は、上記の収録された翻訳産物 の配列(例えば、受託番号K02056のヌタレオチド293−52及び受託番 号J00264のヌクレオチド478−537)中に示されており、また、配列 9に示されている。増幅プライマーは、pGEMT(Promega)に結合後 のDNAフラグメントをサブクローニングするためのEcoRI部位(GAAT TC)を含んでいた。順方向プライマーを配列11に示し、逆方向プライマーを 配列12に示す。 b.R.reniformisルシフェラーゼをコードするDNAの調製 R.reniformisルシフェラーゼ遺伝子の出発ソースはプラスミドp LXSN−RUCであった。ベタターpLXSN(例えば、米国特許第5,32 4,655号、第5,47 0,730号、第5,468,634号及び第5,358,866号並びにMi llerら(1989)Biotechniques 7:980参照)は、ヘ テロロガスDNAをレトロウイルスLTRの転写調節下に発現させ得るレトロウ イルスベクターである。このベクターは更に、SV40初期領域プロモーターに 発現動作可能に連結されたネオマイシン耐性遺伝子を含む。R.renifor misルシフェラーゼ遺伝子をプラスミドpTZrLuc−1(例えば、米国特 許第5,292,658号参照;また、Genbank Sequence D atabase受託番号M63501参照;また、Lorenzら(1991) Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.88:4438−444 2参照)から入手し、配列10に示す。pTZrLuc−1の0.97kbのE coRI/SmaIフラグメントは、Renillaルシフェラーゼをコードす るDNAのコーディング領域を含む。ベクターpLXSNを消化し、pLXSN −RUCに含まれたルシフェラーゼ遺伝子に結合させた。pLXSN−RUCは 、ネオマイシン耐性遺伝子の発現を指令するSV40プロモーターの上流でウイ ルスLTRに作動可能に連結されたルシフェラーゼ遺伝子を含ん でいた。 c.pLXSN−ILRUCを作製するためのIL−2シグナルペプチドをコー ドするDNAとR.reniformisルシフェラーゼ遺伝子との融合 項1.aで前述したIL−2シグナルペプチドをコードするDNAを含むベク ターpGEMTをEcoRIで消化し、得られたシグナルペプチドをコードする フラグメントを、EcoRI消化したpLXSN−RUCに結合させた。得られ たプラスミドをpLXSN−ILRUCと命名したが、このプラスミドは、pL XSN−RUC中のR.reniformis遺伝子の直ぐ上流にIL−2シグ ナルペプチドをコードするDNAを含む。次に、融合遺伝子の3’端にSmaI 部位を付加するために融合遺伝子の核酸増幅鋳型としてプラスミドpLXSN− ILRUCを使用した。直鎖化した(EcoRI/SmaI消化した)pGEM T(Promega)に増幅産物をサブクローニングしてILRUC−pGEM Tを作製した。 d.哺乳類細胞中で発現させる調節要素を含むベクターへの融合遺伝子の導入 プラスミドILRUC−pGEMTをKspI及びSmaI で消化し、IL−2シグナルペプチド−ルシフェラーゼ融合遺伝子を含むフラグ メントを遊離させ、これをHpaI消化したpLNCXに結合させた。ベクター pLNCX(例えば、米国特許第5,324,655号及び第5,457,18 2号参照;また、Miller and Rosman(1989)Biote chniques 7:980−990参照)は、ヘテロロガスDNAをCMV プロモーターのコントロール下に発現させるレトロウイルスベクターである。こ のベクターはまた、ウイルスプロモーターの転写調節下のネオマイシン耐性遺伝 子を含む。結合反応によって得られたベクターをpLNCX−ILRUCと命名 した。ベクターpLNCX−ILRUCは、pLNCX中のCMVプロモーター の直ぐ下流でウイルス3’LTR及びポリアデニル化シグナルの上流にIL−2 シグナルペプチド−ルシフェラーゼ融合遺伝子を含む。この配置によって融合遺 伝子がCMVプロモーターのコントロール下で発現し得る。ヘテロロガスタンパ ク質をコードするDNA(即ち、ルシフェラーゼ遺伝子)がIL−2シグナルペ プチドをコードするDNAに作動可能に連結された配置によって、ベクターがト ランスフェクトされた哺乳類細胞中で融合タンパク質が発現され、 ヘテロロガスタンパク質が宿主細胞から細胞外媒質に分泌される。 2.タンパク質分泌用ターゲッティングベクターpLNCX−ILRUCλの構 築 IL−2シグナルペプチド−ルシフェラーゼ融合遺伝子を宿主細胞の哺乳類人 工染色体に導入するために、ベクターpLNCX−ILRUCを修飾して使用す るとよい。pLNXC−ILRUC発現ベクターによる哺乳類人工染色体の特異 的取込みを促進するために、人工染色体に存在するヌクレオチドに相同な核酸配 列を部位特異的組換え可能な状態でベクターに付加する。 本文中に記載の代表的人工染色体はλファージDNAを含む。従って、分泌ベ クターpLNCX−ILRUCを作製するために、λファージDNA(Char on 4Aアームに由来)を添加することによってタンパク質分泌用ターゲッテ ィングベクターpLNCX−ILRUCを調製した。 3.哺乳類細胞からのR.reniformisルシフェラーゼの発現及び分泌 a.pLNCX−ILRUCを用いるR.reniformisル シフェラーゼの発現 エレクトロポレーション(BIORAD、製造業者の指示通りに実施)によっ て、哺乳類細胞(LMTK−、ACTTから入手)にベクターpLNCX−IL RUC(〜10μg)を一過性にトランスフェクトした。また、neo選択用G 418中の増殖によって産生された安定なトランスフェクタントも調製した。 トランスフェクタントを増殖させ、次いでルシフェラーゼの発現を分析した。 トランスフェクト細胞から活性ルシフェラーゼが分泌されたか否かを判定するた めに、コエレントラジンの添加によって培養培地のルシフェラーゼを検定した( 例えば、Matthewsら(1977)Biochemistry 16:8 5−91参照)。 これらのアッセイの結果は、ベクターpLNCX−ILRUCが哺乳類宿主細 胞中でヘテロロガスDNAを構成的に発現し得ることを確認する。これらの結果 は更に、ヒトIL−2シグナルペプチドはペプチドのC末端に融合したタンパク 質の分泌を指令し得ることを証明する。加えて、これらのデータは、R.ren iformisルシフェラーゼタンパク質か極めて有効なリポーター分子であり 、哺乳類細胞環境で安定であり、高感 度の容易な遺伝子発現アッセイの基礎となることを示す。 b.LMTK−細胞から分泌されると考えられるRenilla renifo rmisルシフェラーゼ (i)細胞ペレットのRenillaルシフェラーゼアッセイ 以下の細胞を試験した: ベクター非含有細胞:陰性対照としてベクター非含有のLMTK−細胞; pLNCX単独をトランスフェクトした細胞: RUC−pLNCX(pLNCXベクター中にRenillaルシフェラーゼ 遺伝子を含むベクター)をトランスフェクトした細胞; pLNCX−ILRUC(pLNCXベクター中にIL−2リーダー配列+R enillaルシフェラーゼ融合遺伝子を含むベタター)をトランスフェクトし た細胞。 エレクトロポレーションの48時間後、細胞及び培養培地を収集した。4つの プレートの細胞から得られた細胞ペレットを1mlのアッセイバッファに再懸濁 させ、音波処理によって溶解した。200μlの再懸濁細胞ペレットを各ルシフ ェラーゼ活性アッセイに使用した(例えば、Matthewsら(19 77)Biochemistry 16:85−91参照)。アッセイを3回繰 返し、生物発光の平均測定値を算出した。 結果は、pLNCXをトランスフェクトした細胞または陰性対照細胞中に比較 的低いバックグラウンド生物発光が存在することを示した。IL−2リーダー配 列−ルシフェラーゼ遺伝子融合ベクターを含む細胞に由来の細胞ペレット中では 低レベルが観察され、RUC−pLNCXを含む細胞サンプル中では5,000 RLUを上回る値が観察された。 (ii)細胞培地のRenillaルシフェラーゼアッセイ 4つの細胞プレートに由来の40ミリリットルの培地を採取して遠心沈殿させ た。各ルシフェラーゼ活性アッセイに200マイクロリットルの培地を使用した 。アッセイを数回繰返し、生物発光の平均測定値を算出した。これらの結果は、 pLNCX−ILRUCで形質転換させた細胞の細胞培地中で比較的高いレベル の生物発光が検出されることを示した。RUC−pLNCXをトランスフェクト した細胞中の検出レベルは約1/10という低い値(ベクター非含有またはpL NCX単独をトランスフェクトした細胞の培地中のバックグラウンドレベルをや や上回る値)であった。 (iii)結論 これらの実験の結果は、RenillaルシフェラーゼがIL−2シグナルペ プチドの指令下でLMTK−細胞から分泌されると考えられることを示した。I L−2分泌シグナルをコードするDNAに連結されたRenillaルシフェラ ーゼをコードするDNAをトランスフェクトした細胞の培地は、対照またはルシ フェラーゼをコードするDNAを含むがシグナルペプチドをコードするDNAを 含まない細胞よりも実質的に高いレベルのRenillaルシフェラーゼ活性を 有していた。また、対照とルシフェラーゼをコードするDNAを含む細胞との差 は、ルシフェラーゼ活性がルシフェラーゼ特異的であり、非特異的反応に由来し ないことを示す。更に、RUC−pLNCXをトランスフェクトした細胞の培地 から得られた結果がバックグラウンドと同様であることは、培地中のルシフェラ ーゼ活性が細胞溶解に由来するのでなく分泌ルシフェラーゼに由来することを示 す。 c.pLNCX−ILRUCλを用いたR.reniformisルシフェラー ゼの発現 哺乳類人工染色体からIL−2シグナルペプチド−R.re niformis融合遺伝子を発現させるために、ベクターpLNCX−ILR UCλは、哺乳類人工染色体に含まれているλDNA配列との相同組換えによっ て哺乳類人工染色体に部位特異的に組込まれるようにターゲットされる。これは 、哺乳類人工染色体を担持している融合細胞系または哺乳類人工染色体を含む哺 乳類宿主細胞にpLNCX−ILRUCλを導入することによって行われる。例 えばベクターのマイクロインジェクションまたはベクターによる融合細胞系のト ランスフェクションを介して人工染色体を担持している融合細胞系にベクターが 導入される場合、細胞を選択的条件下で増殖させる。ベクターpLNCX−IL RUCλを取込んだ人工染色体を、前述のような精製手順を用いて生存細胞から 単離し、次いで哺乳類宿主細胞に注入する。 あるいは、融合細胞系から単離しておいた哺乳類人工染色体を最初に哺乳類宿 主細胞に注入してもよい。次に、宿主細胞にベクターpLNCX−ILRUCλ をトランスフェクトして増殖させる。 次に、組換え宿主細胞のルシフェラーゼ発現を上述の手順で検定する。 F.他のターゲッティングベクター ベクターpMCT−RUCに基づくこれらのベクターは二重組換え体の挿入及 び選択を確保するために正の選択及び負の選択に依存する。1回の交差によって 細胞を殺傷するDT−Aが取込まれ、2回の交差組換えによってDT−1遺伝子 が欠失する。 1.プラスミドpNEM1は以下の要素を含む。 DT−A:ジフテリア毒素遺伝子(負の選択可能マーカー)と、 Hyg:ヒグロマイシン遺伝子(正の選択可能マーカー)と、 ruc:Renillaルシフェラーゼ遺伝子(非選択可能マーカー)と、 1:LTR−MMTVプロモーターと、 2:TKプロモーターと、 3:CMVプロモーターと、 MMR:相同領域(プラスミドpAG60)。 2.プラスミドpNEM−2及び−3は異なる負の選択可能マーカーを有する以 外はpNEM1に等しい。 pNEM−1:“−”選択可能マーカーとしてジフテリア毒素遺伝子、 pNEM−2:“−”選択可能マーカーとしてヒグロマイシンアンチセンス遺伝 子、 pNEM−3:“−”選択可能マーカーとしてチミジンキナーゼHSV−1遺伝 子。 3.プラスミドλDNAに基づく相同 pNEMλ−1:ベースベクター、 pNEMλ−2:p5=遺伝子を含むベースベクター、 1:LTR MMTVプロモーター、 2:SV40プロモーター、 3:CMVプロモーター、 4:μTIIAプロモーター(メタロチオネイン遺伝子プロモーター)。 −相同領域(プラスミドpAG60) λの左右のアームのλL.A.及びλR.A.相同領域(λgt−WES)。実施例13 哺乳類細胞に対するプラスミドDNAのマイクロインジェクション これらの手順は、哺乳類細胞、昆虫類細胞などの真核細胞に MACを微量注入するために使用される。 マイクロインジェクション技術は、細胞内デリバリーシステムとして小さいガ ラス毛細管を使用する技術であり、DNAフラグメントを核に導入するために使 用されている(例えば、Chalfieら(1994)Science 263 :802−804参照)。この技術によって、ホルモン、タンパク質、DNA及 びRNAなどのほぼすべての種類の分子をレシピエント細胞の細胞質または核に 導入することが可能である。この技術では、扱う細胞の種類の制限もなく、Ca2 +仲介型遺伝子導入及びリポソーム仲介型遺伝子導入のような他の方法よりも 効率が高い。注入された細胞の約20〜30%が形質転換に成功する。 マイクロインジェクションは位相差顕微鏡の観察下で行う。マイクロマニピュ レータを用い、予めDNAサンプルを充填したガラス微量毛細管を注入対象細胞 に向ける。毛細管に接続されたトランスジェクターから適度な空気圧を作用させ ることによって適量のサンプル(1〜10μl)を細胞に移入する。注入された 細胞の位置を特定し易いように、番号を付けた方眼をプリントしたガラススライ ド上でレシピエント細胞を増殖させ る。 a.材料及び装置 35×10mmのNunclon組織培養皿、マウス細胞系EC3/7C5プ ラスミドDNA pCH110(Pharmacia)、精製した緑色蛍光タン パク質(Purified Green Fluorescent Prote in,GFP)(Aequorea及びRenillaに由来のGFPは精製さ れており、GFPをコードするDNAもクローニングされている。例えば、Pr asherら(1992)Gene 111:229−233;米国特許出願0 8/119,678及び08/192,264に基づく国際PCT出願WO95 /07463参照)、ZEISS Axiovert 100顕微鏡、エッペン ドルフトランスジェクター5246、エッペンドルフマイタロマニピュレータ5 171、エッペンドルフのセロケート・カバースライド、エッペンドルフ微量充 填器、エッペンドルフのフェムトチップス及びその他の標準装置。 b.注入プロトコル (1)35mmの組織培養皿(37℃、5%CO2)で細胞密度が80%集密度 に達するまで線維芽細胞を増殖させる。インキ ュベータから皿を取出し、培地を深さ約5mmまで加える。 (2)皿ホルダーに皿を載せ、倍率10×の対物レンズで細胞を観察する。細胞 表面上方に焦点を合わせるのが望ましい。 (3)微粒状落屑を完全に除去するために十分な遠心力でDNAサンプルを遠心 (典型的には微量遠心管で約10,000rpmで10分間)することによって 、プラスミドまたは染色体DNA溶液(1ng/μl)及びGFPタンパク質溶 液を更に精製する。 (4)2つの2μlのDNA溶液(1ng/μl)をエッペンドルフ微量充填器 で微量毛細管に充填する。充填中、微量毛細管の先端に充填器を挿入する。GF P(1mg/ml)を同じ手順で充填する。 (5)微量毛細管から保護シースを外し、微量毛細管をマイクロマニピュレータ に接続した毛細管ホルダーに固定する。 (6)毛細管の先端を培地の表面まで下降させ、徐々に細胞に焦点を合わせてい きながら毛細管の先端を細胞の表面に到達させる。更に下降させて毛細管を細胞 に挿入する。毛細管のレベル、時間及び圧力のような種々のパラメーターは特定 装置毎に決定される。例えば、線維芽細胞系C5と上記装置とを使用し たときの最良条件は、注入時間0.4秒、圧力80psiである。DNAは次に 細胞の核に自動的に注入される。 (7)注入後、細胞をインキュベータに戻し、約18〜24時間インキュベート する。 (8)インキュベーション後、選択マーカーに依存する適当な方法で形質転換体 の数を測定し得る。例えば、緑色蛍光タンパク質を使用する場合、UV光源及び 注入後0〜24時間に設定した蛍光フィルターを使用してアッセイを実施し得る 。pHC110に由来のDNAのようなβ−gal含有DNAを注入した場合、 形質転換体のβ−galを検定し得る。 (c)プラスミドDNAが注入された細胞中のβ−ガラクトシターゼの検出 培養プレートから培地を除去し、5mlの定着溶液(1%のグルタルアルデヒ ド;0.1Mのリン酸ナトリウムバッファ溶液;1mMのMgCl2)を加えて 細胞を定着させ、37℃で15分間インキュベートする。定着溶液1を、5ml のX−gal溶液II(0.2%のX−gal;10mMのリン酸ナトリウムバ ッファ(pH7.0);150mMのNaCl;1mMのMgCl2;3.3m MのK4Fe(CN)6H20;3.3 mMのK3Fe(CN)6)で置換し、プレートを37℃で30〜60分間インキ ュベートする。X−gal溶液を除去し、2mlの70%グリセロールを各プレ ートに添加する。青色に染色された細胞を光学顕微鏡で確認する。 この方法は、MAC、特に抗HIVメガ染色体をもつMACを導入して、抗H IV活性マウスモデルを作製するために使用されるであろう。実施例14 (ヒト以外の)トランスジェニック動物 動物体に所望の形質、例えば疾病耐性を与えるヘテロロガス遺伝子を発現する (ヒト以外の)トランスジェニック動物を作製し得る。疾病耐性動物のモデルと して役立つトランスジェニックマウスを作製する。ワクチンをコードしているか または治療用分子をコードしている遺伝子を胚または胚幹細胞(ES細胞)に導 入して遺伝子産物を発現させ、特定の疾病に耐性または低感受性の動物を作製し 得る。 哺乳類の人工メガ染色体及びその他の人工染色体、特にSATACを使用して 、病原性ウイルス耐性のような所望の形質を与える遺伝子を安定に発現させる哺 乳類及び鳥類のような(ヒ ト以外の)トランスジェニック動物を作製し得る。人工染色体はまた、免疫的に ヒト化された異種移植用器官を作製するために、ブタのような(ヒト以外の)ト ランスジェニック動物を作製するために使用され得る。 例えば、抗HIVリボザイムをコードするトランスジーンを含むトランスジェ ニックマウスは、これらの方法を用いて作製された安定な(ヒト以外の)トラン スジェニック動物の有用な発育モデルである。(ヒト以外の)トランスジェニッ ク動物、特に、乳汁中に有益なタンパタ質を産生する雌牛、ヤギ、マウス、雄牛 、ラタダ、ブタ及びヒツジ、卵中に治療用タンパク質または他の有益なタンパク 質を産生するトランスジェニックニワトリ及び他の産卵性家禽、などが人工染色 体を用いて作製され得る。例えば、乳汁中にヘテロロガスDNAを発現させるた めに乳腺特異的プロモーターを使用することが公知である(例えば、米国特許第 4,873,316号参照)。特に、乳汁特異的プロモーター、または好ましく は乳房組織中で特異的に活性化される乳汁特異的シグナルペプチドに連結された プロモーターは有益なDNAに作動可能に連結され、これによって乳汁中でこの DNA配列を発現させる。 1.抗HIVリボザイムを発現する対照トランスジェニックマウスの発育 ベクターに担持されたトランスジーンDNAを用いて発育させたマウス(対照 マウス)中のトランスジーン発現と、人工メガ染色体に担持されたトランスジー ンを用いて発育させたマウス中の発現との安定性及び量を比較するために対照ト ランスジェニックマウスを作製する。 a.β−ガラクトシダーゼを発現する対照トランスジェニックマウスの発育 β−ガラタトシダーゼ遺伝子を単独でマウス胚にマイタロインジェクションす ることによって1組の対照トランスジェニックマウスを作製した。プラスミドD NAをマウス胚に導入するために使用したマイクロインジェクション手順は実施 例13に記載の手順を胚を使用するように修正したものである(例えば、Hog anら(1994)Manipulating the Mouse Embr yo,A Laboratory Manual,Cold Spring H arbor Laboratory Press,Cold Spring H arbor,NY,特にpp255−264及び付録3参照)。受 胎マウス肝(Charles River Co.から得られたCB6株)に、 BamHI消化によって直鎖化しておいた1ngのプラスミドpCH110(P harmacia)を注入した。このプラスミドは、SV40後期プロモーター に連結されたβ−ガラクトシダーゼ遺伝子を含んでいる。β−ガラクトシダーゼ 遺伝子産物は、トランスジーン発現の成否を知るための検出容易なマーカーを提 供する。更に、これらの対照マウスは、プラスミドを胚に導入するために使用し たマイクロインジェタション手順を追認する。更に、モデル系(下記参照)のマ ウス胚に導入されるメガ染色体がβ−ガラタトシダーゼ遺伝子も含むので、pC H110の胚注入によって作製された対照トランスジェニックマウスは、プラス ミドに由来のヘテロロガス遺伝子の発現と人工染色体に担持された遺伝子に由来 のヘテロロガス遺伝子の発現とを比較するための相似的な系として役立つ。 注入後、胚が分裂して2細胞を形成するまで胚を改質HTF培地中で、5%C O2下、37℃で1日間培養する。2細胞の胚を代理母となる雌マウスに移植す る(手順に関しては、Manipulating the Mouse Emb ryo,A Laboratory Manual(1994)Hoganら,eds.,C old Spring Harbor Laboratory Press,C old Spring Harobor,NY,pp.127以降参照)。 b.抗HIVリボザイムを発現する対照トランスジェニックマウスの発育 異なる3つの遺伝子、即ち、(1)抗HIVリボザイムをコードするDNAと 、(2)ピューロマイシン耐性遺伝子と、(3)ヒグロマイシン耐性遺伝子とを含む プラスミドpCEPUR−132をマイクロインジェクションによってマウス胚 に導入し1組の抗HIVリボザイム遺伝子含有対照トランスジェニックマウスを 作製した。プラスミドpCEPUR−132は、抗HIVリボザイム遺伝子(以 後、Changら(1990)Clin.Biotech.2:23−31に準 じてリボザイムDと呼ぶ;他の参考文献としてはRossiらの米国特許第5, 144,019号、特に図4)とヒグロマイシン耐性遺伝子とを含むプラスミド pCEP−132の部分をピューロマイシン耐性遺伝子を含むプラスミドpCE PURの部分に結合させることによって構築された。 プラスミドpCEP−132を以下の手順で構築した。ベクターpCEP4( Invitrogen,San Diego,CA;また、Yatesら(19 85)Nature 313:812−815参照)を、ベクターの多数クロー ニング部位領域を開裂するXhoIで消化した。この〜10.4kbのベクター は、チミジンキナーゼ遺伝子プロモーター及びポリアデニル化シグナルに連結さ れたヒグロマイシン耐性遺伝子を含み、更にアンピシリン耐性遺伝子とColE 1複製起点とEBNA−1(エプスタイン・バールウイルス核抗原)遺伝子とO riPとを含む。サイトメガロウイルスプロモーターとSV40ポリアデニル化 シグナルとが多数クローニング部位に隣接している。 XhoI消化したpCEP4を、プラスミド132(このプラスミドの記述に 関しては実施例4参照)のXhoI及びSalIによる消化によって得られたフ ラグメントに結合させた。このXhoI/SalIフラグメントは、3’端にS V40ポリアデニル化シグナルが連結された抗HIVリボザイム遺伝子を含んで いる。この結合によって得られたプラスミドをpCEP−132と命名した。従 って詳細にはpCEP−132は、 抗HIVリボザイム遺伝子のCMVプロモーター駆動発現のために多数タローニ ング部位に挿入された抗HIVリボザイム遺伝子とSV40ポリアデニル化シグ ナルとを含むpCEP4から成る。 pCEPUR−132を作製するために、pCEP−132をpCEPURの フラグメントに結合させた。pCEPURは、pCEP4のNheI/NruI 消化によって生じた7.7kbのフラグメントを、5’端にSV40プロモータ ーが連結されたピューロマイシン耐性遺伝子を含むpBabeの1.1kbのN heI/SnaBIフラグメントに結合させることによって調製した(pBab eの記述に関しては、Morgenstern and Land(1990) Nucleic Acids Res.18:3587〜3596参照)。従っ て、pCEPURは、pCEP4に由来のアンピシリン耐性遺伝子及びEBNA 1遺伝子と、ColE1及びOriP要素と、pBabeに由来のピューロマイ シン耐性遺伝子とから構成されている。pCEPUR中のピューロマイシン遺伝 子の5’端にSV40プロモーター(pBabeに由来)が隣接し、3’端にS V40ポリアデニル化シグナル(pCEP4に由来)が隣 接している。 プラスミドpCEPURをXhoI及びSalIで消化し、5’端にSV40 プロモーターが連結されたピューロマイシン耐性遺伝子を、XhoI消化したp CEP−132に結合させて、〜12.1kbのプラスミドを作製し、pCEP UR−132と命名した。従って詳細にはpCEPUR−132は、XhoI部 位に挿入されたピューロマイシン耐性遺伝子とSV40プロモーターとを含むp CEP−132から成る。pCEPUR−132の主要要素は、チミジンキナー ゼプロモーター及ひポリアデニル化シグナルに連結されたヒグロマイシン耐性遺 伝子と、CMVプロモーター及びSV40ポリアデニル化シグナルに連結された 抗HIVリボザイム遺伝子と、SV40プロモーター及びポリアデニル化シグナ ルに連結されたピューロマイシン耐性遺伝子とから成る。プラスミドはまた、ア ンピシリン耐性遺伝子及びEBNA1遺伝子とColE1複製起点及びOriP とを含む。 (C57BL/6JxCBA/J)F1雄マウスと予め交配した(C57BL /6JxCBA/J)F1雌マウス(例えば、Manipulating th e Mouse Embry o,A Laboratory Manual(1994)Hoganら,ed s.,Cold Spring Harbor Laboratory Pre ss,Cold Spring Harbor,NY,p.429参照)から受 精卵を調製した。これらのF2受精卵の雄性前核に、NruI消化によって直鎖 化しておいたpCEPUR−132(〜3μg/ml)を注入した(Manip ulating the Mouse Embryo,A Laborator y Manual(1994)Hoganら,eds.,Cold Sprin g Harbor Laboratory Press,Cold Sprin g Harbor,NY)。注入を受けた卵を代理母となる雌マウスに移植し、 トランスジェニック子孫を発育させた。 これらの一次キャリアの子孫の尾細胞から単離したDNA中のトランスジーン の存在を分析した(後述の手順)。尾細胞中にトランスジーンを含んでいた(し かし全身の細胞にトランスジーンを含まなくてもよい、即ちキメラでもよい)7 体のキャリアマウスを交配して非キメラまたは生殖系のヘテロ接合体を産生させ 得る。ヘテロ接合体を更に交配してホモ接合体である トランスジェニック子孫を産生させ得る。 2.哺乳類人工染色体を用いるモデルトランスジェニックマウスの発育 受精マウス胚に、融合細胞系G3D5またはH1D3(前出)から単離したメ ガ染色体(1plあたり0−1個の染色体を含む1−10plの材料)を前述の 手順で微量注入する。メガ染色体は本文中に記載の手順で単離する。どちらの細 胞系から単離したメガ染色体も、抗HIVリボザイム(リボザイムD)遺伝子と ヒグロマイシン耐性遺伝子及びβ−ガラタトシダーゼ遺伝子とを含む。注人を受 けた胚を発育させ、前述のようなトランスジェニックマウスを得る。 あるいは、メガ染色体含有細胞系G3D5*またはH1D3*を、マウス胚幹細 胞(例えば、米国特許第5,453,357号参照、市販物質;他の参考文献と してManipulating the Mouse Embryo,A La boratory Manual(1994)Hoganら,eds.,Col d Spring Harbor Laboratory Press,Col d Spring Harbor,NY,253−289ページ)に、標準手順 (例えば、Guid e to Techniques in Mouse Development in Methods in Enzymology Vol.25,Was sarman and De Pamphilis,eds.(1993),8 03−932ページ参照)で融合させる。(また、(前出のような)マイクロセ ル手順を用いて単離メガ染色体を胚幹細胞に導入することも可能である)。幹細 胞を線維芽細胞(例えば、ヒグロマイシン及びピューロマイシンに耐性のSTO 線維芽細胞)の存在下で培養する。得られた融合細胞系の細胞はトランスジーン (即ち、抗HTVリボザイム遺伝子、ヒグロマイシン耐性遺伝子及びβ−ガラク トシダーゼ遺伝子)を担持するメガ染色体を含む。この細胞を次にマウス線維芽 細胞に移植し、次いで代理母となる雌マウスに移植して発育させ、トランスジェ ニックマウスを得る。 この方法によって作製されたマウスはキメラである。トランスジーンの発現は マウスのいくつかの領域、例えば、頭部に限定され、従って全部の細胞で発現さ れることはない。 3.トランスジーン発現用トランスジェニックマウスの分析 上述のように作製したトランスジェニックマウスが3〜4週 齢に成長したときに、発育場所である胚(または受精卵)に導入されたトランス ジーンの安定な発現を分析する。以下のような複数の方法でトランスジェニック マウスを分析し得る。 a.トランスジェニックマウスから得られた細胞の分析 トランスジェニックマウスから細胞サンプル(例えば、脾臓、肝臓及び腎臓の 細胞、リンパ球、尾細胞)を採取する。どの細胞を用いてトランスジーン発現を 試験してもよい。しかしながら、メガ染色体含有細胞を受精卵にマイクロインジ ェクションするかまたは胚幹細胞と融合させることによって作製したキメラマウ スの場合、トランスジーンを担持する領域のマウス細胞だけがトランスジーンを 発現すると予想される。細胞がヒグロマイシン(細胞が2つの抗生物質耐性遺伝 子の導入によって作製されたマウスに由来する場合にはヒグロマイシンとピュー ロマイシンまたはネオマイシン)上で増殖を維持する場合、この増殖維持は、こ れらの細胞がトランスジーンを安定に発現しているという指標となる。標準方法 に従って細胞から単離したRNAをノーザンブロット手順によって分析し、細胞 が、抗生物質耐性遺伝子に基づく核酸プローブにハイブリダイズする転写物を発 現するか否かを判断し得る。更に、トランスジェニック マウスから得られた細胞によるβ−ガラクトシダーゼ発現の分析は、このマーカ ー酵素用の標準アッセイ(例えば、β−ガラクトシダーゼ及びX−gal基質が 関与する反応の産物の直接染色、例えば、Jones(1986)EMBO 5 :3133−3142、またはβ−ガラクトシダーゼ活性の測定、例えばMil ler(1972)Experiments in Molecular Ge netics pp.352−355,Cold Spring Harbor Press参照)を用いて行うとよい。特に、胚に導入されたトランスジーン がβ−ガラタトシダーセ遺伝子だけであるような対照トランスジェニックマウス から得られた細胞中のトランスジーン発現を評価するときは、β−ガラクトシダ ーゼ発現の分析を使用する。 トランスジェニックマウスから得られた細胞中の抗HIVリボザイム遺伝子の 安定な発現は複数の方法で評価できる。第一の方法では、標準手順に従って細胞 から単離したDNAを、リボザイム遺伝子配列に対応するプライマーを用いて核 酸増幅する。遺伝子が細胞に含まれているとき、反応混合物とリボザイム遺伝子 配列に基づく核酸プローブとのハイブリダイゼーショ ンによって所定のサイズの増幅産物が検出される。更に、このような核酸プロー ブに対するハイブリダイゼーションについて、細胞から単離したDNAをサザン ブロット法を用いて分析してもよい。第二の方法では、細胞がリボザイム遺伝子 に基づく核酸プローブにハイブリダイズするRNAを発現するか否かを判断する ために、細胞から単離したRNAをノーザンブロットハイブリダイゼーションで 処理し得る。第三の方法では、例えば、Changら(1990)Clin.B iotech.2:23−31に記載されているように、細胞中の抗HIVリボ ザイム活性の存在を分析し得る。この分析では、細胞から単離したRNAを、放 射性標識したHIV gagターゲットRNAと混合する。このターゲットRN Aは、Changら(1990)Clin.Biotech.2:23−31に 記載のようなgagターゲットのin vitro開裂に有利な反応条件下でg ag遺伝子鋳型のin vitro転写によって得られる。反応の停止後、完全 鋳型よりもサイズの小さい開裂産物が検出されるか否かを判断するために混合物 をゲル電気泳動によって分析する。このような開裂フラグメントの存在は安定に 発現されたリボザイムの存在の指標となる。 b.完全トランスジェニックマウスの分析 抗HIVリボザイム遺伝子(並びに選択及びマーカー遺伝子)を胚または受精 卵に導入することによって作製した完全トランスジェニッタマウスにおけるトラ ンスジーンの発現は、マウスをHIV感染で攻撃することによってを分析し得る 。高生産性HIV感染U937細胞(例えば、Locardiら(1992)J .Virol.66:1649−1654参照)の腹膜組織内注入によってマウ スをHIV感染させることが可能である。感染の成否は、HTV感染ヒト細胞を 注入したトランスジェニッタマウスから得られた末梢血単核細胞のような細胞か ら単離したDNAの分析によって確認し得る。例えば、HIV特異的プライマー を用いる核酸増幅によって証明されるように、感染トランスジェニックマウス細 胞のDNAはHIV特異的gag及びenv配列を含むであろう。細胞が抗HI Vリボザイムも安定に発現させているならば、細胞のRNA抽出物を分析したと きに、リボザイムによるgag転写物の開裂によって生じた短縮gagフラグメ ントが検出されるであろう。 更に、抗HIVリボザイム遺伝子を担持するトランスジェニックマウスを、ヒ トCD4(即ち、HIVの細胞性レセプター) (ヒトCD4を発現するトランスジェニックマウスの記述に関してはGille spieら(1993)Mol.Cell.Biol.13:2952−295 8;Hannaら(1994)Mol.Cell.Biol.14:1084− 1094;及びYeungら(1994)J.Exp.Med.180:191 1−1920参照)を発現するトランスジェニックマウスと交配し得る。CD4 及び抗HIVリボザイムの双方のトランスジーンを発現するこれらの交配トラン スジェニックマウスの子孫は、(抗HIVリボザイムを発現することなく)CD 4を単独に発現するマウスよりも(細胞中の活性HIVレベルが低下した結果) 感染に対して耐性であるに違いない。 4.人工染色体を用いるトランスジェニックニワトリの発育 トランスジェニックニワトリの発育は、商業的に重要な農畜産品種である家禽 を病気耐性遺伝子及び治療用タンパタ質をコードする遺伝子によって改良するな どの多くの用途を有している。この分野では、トランスジェニックニワトリの作 製を目指す研究が、ランダム導入によってレシピエント細胞に遺伝子を導入する 従来の方法でニワトリ細胞にトランスジーンを安定に発現させることが難しいと いう問題に直面していた。人工染色 体は、宿主細胞中でトランスジーンを安定に維持させるので、トランスジェニッ クニワトリの発育に特に有用である。 a.レシピエントニワトリ細胞にトランスジーンを導入するための人工染色体の 調製 (i)哺乳類人工染色体 本文中に記載のSATAC及びミニクロモソームのような哺乳類人工染色体は 、検出可能なリポーター遺伝子及び/またはトランスジェニックニワトリの発育 に使用される有益なトランスジーンを取込むように修飾され得る。あるいは、本 文中に記載の方法を使用してニワトリ特異的人工染色体を構築し得る。より特定 的には、本文中に記載のMACの作製方法を用いてニワトリ人工染色体(CAC )を調製し得る。また、上述のように、本発明によって提供されるMACにニワ トリライブラリーを導入し、得られたMACをニワトリ細胞に導入し、ニワトリ 細胞中で機能性のMACを選択し得る。 実施例4及び7並びに本文の他の筒所で記載したように、人工染色体を含むマ ウスLMTK−由来の細胞系またはミニクロモソームを含む細胞系とそのハイブ リッドに、選択されたDNAをトランスフェタトし、DNA内部に含まれている ヘテロロ ガス遺伝子を機能的に発現させる外来DNAを組込んだMAC(またはCAC) を作製し得る。 ニワトリ細胞中で発現させるべきトランスジーンを含むMACまたはCACを 作製するために、MAC含有細胞系に、λDNAとニワトリ細胞中の遺伝子発現 を駆動し得るプロモーターに作動可能に連結された有益なトランスジーンとを含 むDNAをトランスフェクトし得る。あるいは、上述のように作製したミニクロ モソームまたはMAC(またはCAC)を単離し、細胞に導入し、次いで選択さ れたDNAのターゲット化組込みを行うとよい。ターゲット化組込み用のベタタ ーは本発明によって提供されるかまたは本文中に記載の手順で構築され得る。 有益なプロモーターは、ニワトリ細胞中の遺伝子発現を促進するために当業界 で公知の構成性、誘発性の組織(または細胞)特異的プロモーターである。例え ば、ニワトリ胞胚葉性細胞及び初代ニワトリ線維芽細胞中のlacZ遺伝子の発 現が、マウス熱ショックタンパク質68(hsp68)プロモーター(phsp PTlacZpA;Brazolotら(1991)Mol.Reprod.D evel.30:304−312参照)、Zn2+誘発性ニワトリメタロチオネ イン(cMt)プロモー ター(pCBcMtlacz;Brazolotら(1991)Mol.Rep rod.Devel.30:304−312参照)、タンデム配置のラウス肉腫 ウイルス及びニワトリβ−アクチンプロモーター(pmiwZ;Brazolo tら(1991)Mol.Reprod.Devel.30:304−312参 照)、構成性サイトメガロウイルス(CMV)プロモーターを用いて証明された 。本発明に特に有益なプロモーターは、卵白アルブミン及びリゾチームのような 卵中で発現される遺伝子に由来の卵特異的プロモーターである。 プロモーターの選択は、種々の要因、例えば、トランスジーン産物をトランス ジェニックニワトリの全身で発現させるべきかまたは卵のような特定場所に限定 するべきかなどの要因に左右される。ニワトリ体内で機能性の細胞特異的プロモ ーターとしては、卵白アルブミンタンパク質をコードする遺伝子のステロイド応 答性プロモーター(Gaubら(1987)EMBOJ.6:2313−232 0;Toraら(1988)EMBO J.7:3771−3778;Park ら(1995)Biochem.Mol.Biol.Int.(Austral ia)36:811−816)がある。 (ii)ニワトリ人工染色体 更に、ニワトリ人工染色体を本文中に記載の方法を用いて作製し得る。例えば 、初代ニワトリ線維芽細胞(例えば、Brazolotら(1991)Mol. Reprod.Devel.30:304−312)のようなニワトリ細胞に、 選択可能マーカー(例えば、抗生物質耐性を与えるタンパク質)をコードし且つ 導入DNAを内在性ニワトリ染色体の動原体周囲領域にターゲットするDNA( 例えばニワトリサテライトDNA)を含むDNAをトランスフェクトするとよい 。次に、選択培地で増殖を維持するトランスフェクタントを本文中に記載の方法 を用いて分析し、ミニクロモソーム及び特にSATACのような人工染色体の有 無を判定する。次に、人工染色体含有トランスフェクタント細胞に、有益なトラ ンスジーン(適当なプロモーターに融合)をコードするDNAを、外来DNAを ニワトリ人工染色体にターゲットするDNAと共にトランスフェクトする。 b.有益なトランスジーンを担持する人工染色体のレシピエントニワトリ細胞内 導入 染色体をレシピエント細胞に導入するために、有益な(1つまたは複数の)ト ランスジーンを担持している人工染色体を含 む細胞系(即ち、ドナー細胞)をレシピエントニワトリ細胞に融合し得る。ある いは、例えば本文中に記載の方法(例えば実施例10参照)を用いて人工染色体 をドナー細胞から単離し、レシピエント細胞に直接導入してもよい。 代表的なニワトリレシピエント細胞系の非限定例は、X期胞胚葉細胞(例えば 、Brazolotら(1991)Mol.Reprod.Dev.30:30 4−312;Etchesら(1993)Poultry Sci.72:88 2−889:Petitteら(1990)Development 108: 185−189参照)及びニワトリ受精卵(例えば、Loveら(1994)B iotechnology 12:60−63参照)である。 例えば、マイクロセル融合は、人工染色体を烏類細胞に導入するための1つの 方法である(マイクロセルをDT40ニワトリプレB細胞と融合させる方法に関 しては例えば、Diekenら(1996)Nature Genet.12: 174−182参照)。この方法では、人工染色体含有細胞系からマイタロセル を調製し(例えば、実施例1.A.5に記載の手順を用いる)、ニワトリレシピ エント細胞に融合させる。 単離した人工染色体を、リポフェクション手順(例えば、Brazolotら (1991)Mol.Reprod.Dev.30:304−312参照)のよ うな脂質仲介キャリア系を介してニワトリレシピエント細胞系に直接導入しても よく、または直接マイクロインジェクションを使用してもよい。人工染色体をニ ワトリ受精卵に導入する場合には概してマイクロインジェクションが好ましい( 例えば、Loveら(1994)Biotechnology 12:60−6 3参照)。 c.トランスジェニックニワトリの発育 レシピエント細胞として(人工染色体を受容した)X期胞胚葉細胞を同じ発生 期の胚に注入することによってトランスジェニックニワトリを発育させ得る(例 えば、Etchesら(1993)Poultry Sci.72:882−8 89;Petitteら(1990)Development 108:185 −189;Carsienceら(1993)Development 117 :669−675参照)。卵殻内のレシピエントニワトリ胚を明りに透かして良 否を判定して孵化させ、いずれかの細胞が(1つまたは複数の)トランスジーン を発現している生殖系キメラニワトリを産生させる。 あるいは、例えば直接マイクロインジェクションによって(例えば、Love ら(1994)Biotechnology 12:60−63参照)、人工染 色体をニワトリ受精卵に直接導入してもよい。この場合、人工染色体はニワトリ の細胞の少なくとも一部分に取込まれる。卵特異的プロモーターのような組織特 異的プロモーターを組込むことによって、作動可能に連結されたヘテロロガスD NAの適正な発現が確保される。 また、本発明で提供される方法によって有益なDNAをミニクロモソームに導 入してもよい。ミニタロモソームは本発明によって提供されるものでもよく、ま たは本文中に記載の方法を用いてニワトリ細胞中で作製したものでもよい。ヘテ ロロガスDNAは、本発明で提供されるかまたは本発明の方法によって構築され たターゲッティングベクターを用いて導入される。 いくつかの変形は当業者に自明であると考えられるので、本発明の範囲は請求 の範囲の記載のみに限定されることを理解されたい。
【手続補正書】特許法第184条の8第1項 【提出日】1997年6月23日(1997.6.23) 【補正内容】 請求の範囲 1.選択可能マーカーを含む1つまたはそれ以上のDNAフラグメントを細胞に 導人する段階と、 前記1つまたは複数のDNAフラグメントをゲノムDNAに取込んだ細胞が産 生されるような選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 サテライト人工染色体を含む細胞を選択する段階とから成る人工染色体の製造 方法。 2.1つまたは複数のDNAフラグメントを細胞の染色体の増幅可能領域の内部 またはその近傍に導入することを特徴とする請求項1に記載の方法。 3.増幅可能領域がrDNAから成ることを特徴とする請求項2に記載の方法。 4.増幅可能領域が異質染色質から成ることを特徴とする請求頃2に記載の方法 。 5.細胞の染色体の挟動原体異質染色質にDNAを導入することを特徴とする請 求項1または2に記載の方法。 6.細胞が哺乳類細胞であることを特徴とする請求項1に記載 の方法。 7.更に、サテライト人工染色体を単離する段階を含むことを特徴とする請求項 1または2に記載の方法。 8.1つまたは複数のDNAフラグメントが、当該フラグメントを染色体の異質 染色質領域にターゲットするヌタレオチドの配列を含むことを特徴とする請求項 1から7のいずれか一項の方法。 9.ターゲッティングヌクレオチド配列がサテライトDNAから成ることを特徴 とする請求項8に記載の方法。 10.細胞がヒト細胞であることを特徴とする請求項1から9のいずれか一項に 記載の方法。 11.細胞が、魚類、昆虫類、爬虫類、両棲類、蜘蛛類または齧歯類の細胞であ ることを特徴とする請求項1から5及び7から9のいずれか一項に記載の方法。 12.請求項1から11のいずれか一項に記載の方法によって製造されるサテラ イト人工染色体。 13.実質的に純粋な単離されたサテライト人工染色体。 14.約50〜約450メガ塩基から成るメガ染色体であることを特徴とする請 求項13に記載のサテライト人工染色体。 15.約250〜約400Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサ テライト人工染色体。 16.約150〜約200Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサ テライト人工染色体。 17.約90〜約120Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサテ ライト人工染色体。 18.約15〜約60Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサテラ イト人工染色体。 19.請求項1から11のいずれか一項に記載の方法によって製造される人工染 色体を含む細胞。 20.請求項12から19のいずれか一項に記載のサテライト人工染色体を含む 細胞。 21.哺乳類細胞であることを特徴とする請求項19または20に記載の細胞。 22.サテライト人工染色体がメガ染色体であり、方法が更に、 断片化用ベクターを導入し、これによって細胞内のメガ染色体のサイズを小さ くする段階と、 約15〜約60Mbのサテライト人工染色体を含む細胞を同定する段階とを含 むことを特徴とする請求項1から11のいず れか一項に記載の方法。 23.サテライト人工染色体がメガ染色体であり、方法が、 欠失形メガ染色体を含む細胞が産生される条件を細胞に作用させる段階を更に 含むことを特徴とする請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。 24.前記条件が、X線照射と、染色体内部の塩基対合を不安定化する物質の存 在下の増殖とから選択されることを特徴とする請求項23に記載の方法。 25.前記物質がブロモデオキシウリジンであることを特徴とする詰求項24に 記載の方法。 26.更に、約15〜約60Mbから成るサテライト人工染色体を含んでいる細 胞を選択する段階を含むことを特徴とする請求項22から25のいずれか一項に 記載の方法。 27.請求項22から25のいずれか一項に記載の方法によって製造された人工 染色体を含む細胞。 28.人工染色体か約10〜約60Mbから成るサテライト人工染色体であるこ とを特徴とする請求項19から21及び25から27のいずれか一項に記載の細 胞。 29.約10〜約60Mbから成ることを特徴とする請求項1 3に記載の実質的に純粋な単離されたサテライト人工染色体。 30.細胞からサテライト人工染色体を単離する段階を更に含むことを特徴とす る詰求項1から11及び22から26のいずれか一項に記載の方法。 31.単離が、 中期染色体を単離し、 内因性染色体からサテライト人工染色体を識別し、 内因性染色体からサテライト人工染色体を分離することによって行われること を特徴とする請求項30に記載の方法。 32.DNA配列特異的染料で染色体を染色することによってサテライト人工染 色体を内因性染色体から識別し、フローセルソーターによって分離することを特 徴とする請求項31に記載の方法。 33.選択可能マーカーを含む1つまたは複数のDNAフラグメントを細胞に導 入する段階と、 前記1つまたは複数のDNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞 が産生されるような選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 増殖した細胞から新規な動原体を含む二動原体型染色体を有 する細胞を選択する段階と、 サテライト人工染色体が産生される条件下で細胞を増殖させる段階とから成る 人工染色体の製造方法。 34.選択可能マーカーを含む1つまたは複数のDNAフラグメントを細胞に導 入する段階と、 前記1つまたは複数のDNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞 が産生されるような選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 増殖した細胞から新規な動原体を含む二動原体型染色体を有する細胞を選択す る段階と、 サテライト人工染色体が産生される条件下で細胞を増殖させる段階と、 二動原体型染色体が分裂して元二動原体型染色体を産生する細胞を産生させる ために細胞を増殖させる段階と、 元二動原体型染色体を有する細胞を選択する段階と、 ソーセージ型染色体が産生される条件下で細胞を増殖させる段階とから成る人 工染色体の製造方法。 35.1つまたは複数のDNAフラグメントを細胞内の染色体の増幅可能領域の 内部またはその近傍に導入することを特徴と する請求項33または34に記載の方法。 36.増幅可能領域がrDNAから成ることを特徴とする請求項35に記載の方 法。 37.増幅可能領域が異質染色質から成ることを特徴とする請求項35に記載の 方法。 38.DNAを細胞の染色体の挟動原体異質染色質に導入することを特徴とする 請求項34または35に記載の方法。 39.更に、 サテライト人工染色体にターゲットされる断片化用べクターを導入する段階と 、細胞を増殖させる段階と、断片化用べクターが導入された細胞のサテライト人 工染色体よりも小さいサテライト人工染色体を含む細胞を選択する段階とから成 ることを特徴とする請求項33に記載の方法。 40.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞が産生されるよう な選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 増殖した細胞から二動原体型染色体を産生した細胞を選択する段階と、 異質染色質アームをもつ染色体を含んでいる細胞が産生されるような選択条件 下で細胞を増殖させる段階とから成る人工染色体の製造方法。 41.更に、異質染色質アームをもつ染色体を含んでいる細胞を選択する段階と 、染色体を不安定化する物質の存在下で前記細胞を増殖させる段階とを含むこと を特徴とする請求項40に記載の方法。 42.更に、約50〜約400Mbの異質染色質性の染色体を有している細胞を 同定する段階を含むことを特徴とする請求項41に記載の方法。 43.細胞内の染色体の増幅可能領域の内部またはその近傍にDNAフラグメン トを導入することを特徴とする請求項40から42のいずれか一項に記載の方法 。 44.増幅可能領域がrDNAから成ることを特徴とする請求項43に記載の方 法。 45.増幅可能領域が異質染色質から成ることを特徴とする請求項43に記載の 方法。 46.DNAを細胞の染色体の挟動原体異質染色質に導入することを特徴とする 請求項43に記載の方法。 47.サテライト人工染色体を胚細胞に導入する段階から成る(ヒト以外の)ト ランスジェニック動物の産生方法。 48.胚細胞が幹細胞であることを特徴とする請求項47に記載の方法。 49.胚細胞が胚に存在することを特徴とする請求項47に記載の方法。 50.サテライト人工染色体が遺伝子産物をコードするヘテロロガスDNAであ ることを特徴とする請求項47から49のいずれか一項に記載の方法。 51.サテライト人工染色体が治療用物質をコードするヘテロロガスDNAを含 むことを特徴とする請求項47から50のいずれか一項に記載の方法。 52.抗HIVリボザイムが抗gagリボザイムであり、腫瘍抑制遺伝子がp5 3であることを特徴とする請求項51に記載の方法。 53.産生物が、発現によって(ヒト以外の)トランスジエニック動物中の病原 体に対する免疫防御応答を誘発する抗原を含むことを特徴とする請求項50に記 載の方法。 54.産生物が、発現によって複数の病原体に対する免疫防御 応答を誘発する複数の抗原を含むことを特徴とする請求項50に記載の方法。 55.(ヒト以外の)トランスジェニック動物が魚類、昆虫類、爬虫類、両棲類 、蜘蛛類または哺乳類であることを特徴とする請求項47から54のいずれか一 項に記載の方法。 56.サテライト人工染色体が、細胞融合、キャリア系による脂質仲介トランス フェクション、マイクロインジェクション、マイクロセル融合、エレクトロポレ ーション、マイクロプロジェクティル、核移入、衝撃または直接DNA移入によ って導入されることを特徴とする請求項47から55のいずれか一項に記載の方 法。 57.請求項47から56のいずれか一項に記載の方法によって産生される(ヒ ト以外の)トランスジェニック動物。 58.魚類、昆虫類、爬虫類、両棲類、蜘蛛類または哺乳類であることを特徴と する請求項57に記載のトランスジェニック動物。 59.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをそのケノムDNAに取込んだ細胞 が産生されるような選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 新規な動原体と選択可能マーカーと真正染色質とを含む約10Mb〜約50M bのミニ染色体を含む細胞を選択する段階と、 ミニ染色体を単離する段階と、 ミニ染色体を植物または動物の細胞に導人する段階と、 トランスジェニック動物または植物が発生する条件下で動物または植物の細胞 を培養する段階とから成るトランスジェニック植物または動物の産生方法。 60.細胞の選択後に、1つまたは複数の遺伝子産物をコードするDNAを細胞 に導人し、(1つまたは複数の)遺伝子産物をコードするDNAを含むミニ染色 体を有している細胞が産生される選択条件下で細胞を増殖させることを特徴とす る請求項59に記載の方法。 61.動物または植物の動原体のクローニング方法であって、 植物または動物のゲノムを含むDNAフラグメントのライブラリーを調製する 段階と、 選択された植物または動物の異なる種に由来の動原体と選択可能マーカーとを 各々が含む哺乳類サテライト人工染色体に前記フラグメントの各々を導入する段 階と、 前記サテライト人工染色体の各々を細胞内に導人して選択条件下で細胞を増殖 させる段階と、 サテライト人工染色体を有している細胞を同定する段階と、 これらの細胞から出発サテライト人工染色体の動原体とは異なる動原体を含む サテライト人工染色体を有している細胞を選択する段階とから成る方法。 62.それぞれ受託番号96040926、96040927、9604092 9及び96040928でECACCに寄託されたTF1004G19C5、1 9C5xHa4、H1D3及びG3D5のいずれかの同定形質を有する細胞系。 63.約50〜400Mbから成るメガ染色体を含む細胞系。 64.メガ染色体が250〜約400Mbから成ることを特徴とする請求項63 に記載の細胞系。 65.メガ染色体が約150〜約200Mbから成ることを特徴とする請求項6 3に記載の細胞系。 66.メガ染色体が約90〜約120Mbから成ることを特徴とする請求項63 に記載の細胞系。 67.メガ染色体が約60〜約100Mbから成ることを特徴とする請求項63 に記載の細胞系。 68.治療用物質のDNAを含むサテライト人工染色体をターゲット細胞に導入 する段階と、 得られたターゲット細胞を宿主動物に導入する段階とから成る遺伝子治療方法 。 69.ターゲット細胞が、リンパ球、幹細胞、神経細胞、昆虫細胞、ニワトリ細 胞または筋肉細胞であることを特徴とする請求項68に記載の方法。 70.ミニ染色体がEC3/7C5細胞系に存在するミニ染色体であることを特 徴とする請求項59に記載の方法。 71.染色体がKE1 2/4細胞系に存在するλ neo染色体であることを 特徴とする請求項59に記載の方法。 72.動物が哺乳動物または卵生動物であり、サテライト人工染色体がタンパク 質と、動物の母乳または動物の卵の内部で遺伝子を発現させる調節要素とを含む ことを特徴とする請求項47に記載の方法。 73.動物が、雌ウシ、ヤギ、雄ウシ、ブタ及びヒツジから選択されることを特 徴とする請求項72に記載の方法。 74.動物が家禽から選択されることを特徴とする請求項72に記載の方法。 75.サテライト人工染色体がヒト細胞表面タンパク質発現用遺伝子をコードす るDNAを含み、それにより動物の器官がヒトタンパタ質を発現し、ヒトに移植 されたときに拒絶が生じないことを特徴とする請求項47に記載の方法。 76.配列13、14または15で示される配列を有するDNAから成る単離D NA。 77.配列13、14または15で示される配列を有するDNAから成る単離D NA。 78.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有する単離D NAフラグメント。 79.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有することを 特徴とする請求項14に記載のサテライト人工染色体。 80.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有することを 特徴とする請求項13に記載のサテライト人工染色体。 81.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有することを 特徴とする請求項13に記載のサテライト人工染色体。 82.ヘテロロガス遺伝子の多数コピーまたは複数のヘテロロガス遺伝子から成 る人工染色体を含んでいる細胞から成る細胞性産生系。 83.ヘテロロガス遺伝子が代謝経路を構成するタンパク質をコードすることを 特徴とする請求項82に記載の系。 84.代謝経路の発現によって産生される物質の発現方法であって、代謝経路を 構成するタンパク質が発現されて前記物質を産生する条件下で請求項83に記載 の系を培養する段階から成る方法。 85.産生物がビタミン、ホルモン、ヌクレオチド、アミノ酸、タンパク質また はペプチドであることを特徴とする請求項84に記載の方法。 86.動物が卵生であることを特徴とする請求項47に記載の方法。 87.動物がニワトリであることを特徴とする請求項47に記載の方法。 88.動物が昆虫であることを特徴とする請求項47に記載の方法。 89.請求項13から18または79から81のいずれか一項 に記載のサテライト人工染色体を植物細胞に導入する段階と、植物が発生する条 件下で細胞を培養する段階とから成るトランスジェニック植物の産生方法。 90.プロトプラスト融合、マイクロインジェクション、マイクロセル融合、脂 質仲介遺伝子導入、エレクトロポレーション、微粒子衝撃、または、直接DNA 導入によってサテライト人工染色体を導入することを特徴とする請求項89に記 載の方法。 91.請求項13から18または79から81のいずれか一項に記載のサテライ ト人工染色体を細胞に導入する段階と、(1つまたは複数の)遺伝子産物が発現 される条件下で細胞を培養する段階とから成る、(1つまたは複数の)遺伝子産 物の産生方法。 92.代謝経路を構成するタンパク質をコードする一連の遺伝子の発現によって 遺伝子産物が産生されること、及び、サテライト人工染色体がこれらの遺伝子の 各々を含むことを特徴とする請求項91に記載の方法。 93.動原体とテロメアとメガレプリケーターと選択可能マーカーとから成り、 動原体が請求項12から18及び79から81のいずれか一項に記載のサテライ ト人工染色体に由来し、真 正染色質DNAを含む染色体が50%末満であることを特徴とするin vit ro合成された哺乳類人工染色体。 94.サテライト人工染色体から動原体を単離する段階と、 単離した動原体をテロメアとメガレプリケーターと選択可能マーカーと共に組 合せる段階とから成る哺乳類人工染色体〔ISMAC〕のin vitro合成 方法。 95.更に、異質染色質を含むことを特徴とする請求項93に記載の哺乳類人工 染色体。 96.メガレプリケーターがrDNAから成ることを特徴とする請求項93また は105に記載の哺乳類人工染色体。 97.動原体がヒト動原体であることを特徴とする請求項93、95または96 に記載の哺乳類人工染色体。 98.動原体がメガ染色体に由来することを特徴とする請求項93、95、96 または97に記載の哺乳類人工染色体。 99.動原体がヨーロッピアン・コレタション・オブ・アニマル・セル・カルチ ャー・(ECACC)に受託番号96040929で寄託された細胞系の同定形 質の全部を有する細胞系に由来することを特徴とする請求項93、95、96ま たは98に記載の哺乳類人工染色体。 100.産生物がホルモン、抗体、サイトカイン、成長因子、調節タンパク質、 分泌タンパク質であることを特徴とする請求項50に記載の方法。 101.産生物が嚢胞性線維症トランスメンブラン調節タンパタ質(CFTR) 、抗HIVリボザイムまたは腫瘍抑制遺伝子であることを特徴とする請求項50 に記載の方法。 102.動物がヒトであることを特徴とする請求項61に記載の方法。 103.複製可能な哺乳類人工染色体を製造するために、動原体とテロメアとメ ガレプリケーターと選択可能マーカーとを組合せる段階から成り、動原体が請求 項12から18及び79から81のいずれか一項に記載のサテライト人工染色体 に由来することを特徴とするin vitro合成された哺乳類人工染色体〔I SMAC〕の製造方法。 104.更に、哺乳類人工染色体中にrDNAを含むことを特徴とする詰求項1 03に記載の方法。 105.テロメアが配列29の複数の反復を含むことを特徴とする請求項103 に記載の方法。 106.テロメアが約1kB〜約1Mbであり、好ましくは約 1kB〜約500kBであることを特徴とする請求項105に記載の方法。 107.テロメアが配列29の複数の反復を含むことを特徴とする請求項93か ら98のいずれか一項に記載の哺乳類人工染色体。 108.テロメアが約1kB〜約1Mbであり、好ましくは約1kB〜約500 kBであることを特徴とする請求項107に記載の哺乳類人工染色体。 109. 選択可能マーカーを含む1つまたは複数のDNAフラグメントを細胞 に導入する段階と、 前記1つまたは複数のDNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞 が産生されるような選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 異質染色質よりも多い真正染色質を含む人工染色体を有している細胞を選択す る段階とから成り、 1つまたは複数のDNAフラグメントが細胞の染色体の増幅可能領域の内部ま たは近傍に導入されることを特徴とする人工染色体の製造方法。 110.増幅可能領域がrDNAであることを特徴とする請求 項109に記載の方法。 111.更に、人工染色体を単離する段階を含むことを特徴とする請求項109 または110に記載の方法。 112.請求項109から111のいずれか一項に記載の方法によって産生され る人工染色体。 113.更に、遺伝子産物をコードするDNAを導入する段階を含み、遺伝子産 物をコードするDNAが、選択可能マーカーを含むフラグメントに存在するかま たは第二のDNAフラグメントに存在すること、及び、得られたサテライト人工 染色体が遺伝子産物をコードするヘテロロガスDNAを含むことを特徴とする請 求項1に記載の方法。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (31)優先権主張番号 695,191 (32)優先日 平成8年8月7日(1996.8.7) (33)優先権主張国 米国(US) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(GH,KE,LS,MW,S D,SZ,UG),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ ,MD,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU ,AZ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH, CN,CU,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,G B,GE,GH,HU,IL,IS,JP,KE,KG ,KP,KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT, LU,LV,MD,MG,MK,MN,MW,MX,N O,NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG ,SI,SK,TJ,TM,TR,TT,UA,UG, US,UZ,VN,YU (71)出願人 クロモス・モレキユラー・システムズ・イ ンコーポレーテツド カナダ国、ビー・シー・ブイ・6・テイ ー・1・ゼツト・4、バンクーバー、ノー ス・ウエスト・マリン・ドライブ・6660 (72)発明者 ハドラツキー,ジユラ ハンガリー国、ハー―6723・セゲド、ポス テユエニ・ウ・6 (72)発明者 サーレイ,アラダー・エイ アメリカ合衆国、カリフオルニア・92346、 ハイランド、フエアーウツド・7327

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをゲノムDNAに取込んだ細胞が産生されるような選 択条件下で細胞を増殖させる段階と、 サテライト人工染色体〔SATAC〕を含む細胞を選択する段階とから成る人 工染色体の製造方法。 2.細胞の染色体の増幅可能領域の内部またはその近傍にDNAフラグメントを 導入することを特徴とする請求項1に記載の方法。 3.増幅可能領域がrDNAから成ることを特徴とする請求項2に記載の方法。 4.増幅可能領域が異質染色質から成ることを特徴とする請求項2に記載の方法 。 5.細胞の染色体の挟動原体異質染色質にDNAを導入することを特徴とする請 求項1または2に記載の方法。 6.細胞が哺乳類細胞であることを特徴とする請求項1に記載の方法。 7.更に、サテライト人工染色体を単離する段階を含むことを特徴とする請求項 1または2に記載の方法。 8.DNAフラグメントが、当該フラグメントを染色体の異質染色質領域にター ゲットするヌクレオチドの配列を含むことを特徴とする請求項1から7のいずれ か一項の方法。 9.ターゲッティングヌクレオチド配列がサテライトDNAから成ることを特徴 とする請求項8に記載の方法。 10.細胞がヒト細胞であることを特徴とする請求項1から9のいずれか一項に 記載の方法。 11.細胞が、魚類、昆虫類、爬虫類、両棲類、蜘蛛類または齧歯類の細胞であ ることを特徴とする請求項1から5及び7から9のいずれか一項に記載の方法。 12.請求項1から11のいずれか一項に記載の方法によって製造されるサテラ イト人工染色体。 13.実質的に純粋な単離されたサテライト人工染色体。 14.約50〜約450メガ塩基〔Mb〕から成るメガ染色体であることを特徴 とする請求項13に記載のサテライト人工染色体。 15.約250〜約400Mbから成ることを特徴とする請求 項13に記載のサテライト人工染色体。 16.約150〜約200Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサ テライト人工染色体。 17.約90〜約120Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサテ ライト人工染色体。 18.約15〜約60Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載のサテラ イト人工染色体。 19.請求項1から11のいずれか一項に記載の方法によって製造される人工染 色体を含む細胞。 20.請求項12から19のいずれか一項に記載のサテライト人工染色体を含む 細胞。 21.哺乳類細胞であることを特徴とする請求項19または20に記載の細胞。 22.サテライト人工染色体がメガ染色体であり、方法が更に、 断片化用ベクターを導入し、これによって細胞内のメガ染色体のサイズを小さ くする段階と、 約15〜約60Mbのサテライト人工染色体を含む細胞を同定する段階とを含 むことを特徴とする請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。 23.サテライト人工染色体がメガ染色体であり、方法が、 欠失形メガ染色体を含む細胞が産生される条件を細胞に作用させる段階を更に 含むことを特徴とする請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。 24.前記条件が、X線照射と、染色体内部の塩基対合を不安定化する物質の存 在下の増殖とから選択されることを特徴とする請求項23に記載の方法。 25.前記物質がブロモデオキシウリジンであることを特徴とする請求項24に 記載の方法。 26.更に、約15〜約60Mbから成るサテライト人工染色体を含んでいる細 胞を選択する段階を含むことを特徴とする請求項22から25のいずれか一項に 記載の方法。 27.請求項22から25のいずれか一項に記載の方法によって製造された人工 染色体を含む細胞。 28.人工染色体が約10〜約60Mbから成るサテライト人工染色体であるこ とを特徴とする請求項19から21及び25から27のいずれか一項に記載の細 胞。 29.約10〜約60Mbから成ることを特徴とする請求項13に記載の実質的 に純粋な単離されたサテライト人工染色体。 30.細胞からサテライト人工染色体を単離する段階を更に含むことを特徴とす る請求項1から11及び22から26のいずれか一項に記載の方法。 31.単離が、 中期染色体を単離し、 内因性染色体からサテライト人工染色体を識別し、 内因性染色体からサテライト人工染色体を分離することによって行われること を特徴とする請求項30に記載の方法。 32.DNA配列特異的染料で染色体を染色することによってサテライト人工染 色体を内因性染色体から識別し、フローセルソーターによって分離することを特 徴とする請求項31に記載の方法。 33.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞が産生されるよう な選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 増殖した細胞から新規な動原体を含む細胞を選択する段階と、から成る人工染 色体の製造方法。 34.更に、新規な動原体を含む染色体を有している細胞を単 離する段階と、ソーセージ型染色体を有している細胞が産生される条件下で細胞 を増殖させる段階とを含むことを特徴とする請求項33に記載の方法。 35.更に、ソーセージ型染色体を有している細胞を単離する段階と、第一のサ テライト人工染色体が製造される条件下で細胞を増殖させる段階とを含むことを 特徴とする請求項34に記載の方法。 36.細胞内の染色体の増幅可能領域の内部またはその近傍にDNAフラグメン トを導入することを特徴とする請求項35に記載の方法。 37.増幅可能領域がrDNAから成ることを特徴とする請求項36に記載の方 法。 38.増幅可能領域が異質染色質から成ることを特徴とする請求項36に記載の 方法。 39.DNAを細胞の染色体の挟動原体異質染色質に導入することを特徴とする 請求項35または36に記載の方法。 40.更に、 第一サテライト人工染色体にターゲットされる断片化用ベタターを導入する段 階と、細胞を増殖させる段階と、第一サテラ イト人工染色体よりも小さい第二サテライト人工染色体を含む細胞を選択する段 階とを含むことを特徴とする請求項33から39のいずれか一項に記載の方法。 41.選択された細胞が、新規な動原体を含む二動原体型染色体を有しているこ とを特徴とする請求項40に記載の方法。 42.選択された細胞が、元二動原体型染色体と、新規な動原体を含むミニ染色 体とを有していることを特徴とする請求項40に記載の方法。 43.選択された細胞が、元二動原体型染色体を有していることを特徴とする請 求項40に記載の方法。 44.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞が産生されるよう な選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 増殖した細胞から二動原体型染色体を産生した細胞を選択する段階と、 異質染色質アームをもつ染色体を含んでいる細胞が産生されるような選択条件 下で細胞を増殖させる段階とから成る人工染色体の製造方法。 45.更に、異質染色質アームをもつ染色体を含んでいる細胞を選択する段階と 、染色体を不安定化する物質の存在下で前記細胞を増殖させる段階とを含むこと を特徴とする請求項44に記載の方法。 46.更に、約50〜約400Mbの異質染色質性の染色体を有している細胞を 同定する段階を含むことを特徴とする請求項45に記載の方法。 47.細胞内の染色体の増幅可能領域の内部またはその近傍にDNAフラグメン トを導入することを特徴とする請求項44から46のいずれか一項に記載の方法 。 48.増幅可能領域がrDNAから成ることを特徴とする請求項47に記載の方 法。 49.増幅可能領域が異質染色質から成ることを特徴とする請求項47に記載の 方法。 50.DNAを細胞の染色体の挟動原体異質染色質に導入することを特徴とする 請求項47に記載の方法。 51.サテライト人工染色体を胚細胞に導入する段階から成る(ヒト以外の)ト ランスジェニック動物の産生方法。 52.胚細胞が幹細胞であることを特徴とする請求項51に記 載の方法。 53.胚細胞が胚に存在することを特徴とする請求項51に記載の方法。 54.サテライト人工染色体が遺伝子産物をコートするヘテロロガスDNAであ ることを特徴とする請求項51から53のいずれか一項に記載の方法。 55.サテライト人工染色体が治療用物質をコードするヘテロロガスDNAを含 むことを特徴とする請求項51から54のいずれか一項に記載の方法。 56.抗HIVリホザイムが抗gagリボザイムであり、腫瘍抑制遺伝子がp5 3であることを特徴とする請求項55に記載の方法。 57.産生物が、発現によって(ヒト以外の)トランスジェニツク動物中の病原 体に対する免疫防御応答を誘発する抗原を含むことを特徴とする請求項54に記 載の方法。 58.産生物が、発現によって複数の病原体に対する免疫防御応答を誘発する複 数の抗原を含むことを特徴とする請求項54に記載の方法。 59.(ヒト以外の)トランスジェニック動物が魚類、昆虫類、 爬虫類、両棲類、蜘蛛類または哺乳類であることを特徴とする請求項51から5 8のいずれか一項に記載の方法。 60.サテライト人工染色体が、細胞融合、キャリア系による脂質仲介トランス フェクション、マイクロインジェクション、マイクロセル融合、エレクトロポレ ーション、マイクロプロジェクティル、核移入、衝撃または直接DNA移入によ って導入されることを特徴とする請求項51から59のいずれか一項に記載の方 法。 61.請求項51から60のいずれか一項に記載の方法によって産生される(ヒ ト以外の)トランスジェニック動物。 62.魚類、昆虫類、爬虫類、両棲類、蜘蛛類または哺乳類であることを特徴と するトランスジェニック動物。 63.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞が産生されるよう な選択条件下で細胞を増殖させる段階と、 選択可能マーカーと真正染色質とを含む約10Mb〜約50Mbのミニ染色体 を有している細胞を選択する段階と、 ミニ染色体を単離して植物または動物の細胞に導入する段階 とから成るトランスジェニック植物または動物の産生方法。 64.細胞の選択後に、1つまたは複数の遺伝子産物をコードするDNAを細胞 に導入し、(1つまたは複数の)遺伝子産物をコードするDNAを含むミニ染色 体を有している細胞が産生される選択条件下で細胞を増殖させることを特徴とす る請求項63に記載の方法。 65.細胞の選択後に、1つまたは複数の遺伝子産物をコードするDNAを細胞 に導入し、(1つまたは複数の)遺伝子産物をコードするDNAを含むサテライ ト人工染色体を有している細胞が産生される選択条件下で細胞を増殖させること を特徴とする請求項64に記載の方法。 66.動物または植物の動原体のクローニング方法であって、 植物または動物のゲノムを含むDNAフラグメントのライブラリーを調製する 段階と、 選択された植物または動物の異なる種に由来の動原体と選択可能マーカーとを 各々が含む哺乳類サテライト人工染色体に前記フラグメントの各々を導入する段 階と、 前記サテライト人工染色体の各々を細胞内に導入して選択条件下で細胞を増殖 させる段階と、 サテライト人工染色体を有している細胞を同定する段階と、 これらの細胞から出発サテライト人工染色体の動原体とは異なる動原体を含む サテライト人工染色体を有している細胞を選択する段階とから成る方法。 67.それぞれ受託番号96040926、96040927、9604092 9及び96040928でECACCに寄託されたTF1004G19C5、1 9C5xHa4、H1D3及びG3D5のいずれかの同定形質を有する細胞系。 68.約50〜400Mbから成るメガ染色体を含む細胞系。 69.メカ染色体が250〜約400Mbから成ることを特徴とする請求項68 に記載の細胞系。 70.メガ染色体が約150〜約200Mbから成ることを特徴とする請求項6 8に記載の細胞系。 71.メガ染色体が約90〜約120Mbから成ることを特徴とする請求項68 に記載の細胞系。 72.メガ染色体が約60〜約100Mbから成ることを特徴とする請求項68 に記載の細胞系。 73.治療用物質のDNAを含むサテライト人工染色体をターゲット細胞に導入 する段階と、 得られたターゲット細胞を宿主動物に導入する段階とから成る遺伝子治療方法 。 74.ターゲット細胞が、リンパ球、幹細胞、神経細胞、昆虫細胞、ニワトリ細 胞または筋肉細胞であることを特徴とする請求項73に記載の方法。 75.ミニクロモソームがEC3/7C5細胞系に存在するミニ染色体であるこ とを特徴とする請求項73に記載の方法。 76.染色体がKE1 2/4細胞系に存在するλ neo染色体であることを 特徴とする請求項73に記載の方法。 77.約20Mb〜約200Mbであることを特徴とする請求項76に記載の人 工染色体。 78.約100Mb〜約200Mbであることを特徴とする請求項76に記載の 人工染色体。 79.約20Mb〜約200Mbであることを特徴とする請求項76に記載の人 工染色体。 80.約1Mb〜約15Mbであることを特徴とする請求項76に記載の人工染 色体。 81.動物が哺乳動物または卵生動物であり、サテライト人工染色体がタンパク 質と、動物の母乳または動物の卵の内部で遺 伝子を発現させる調節要素とを含むことを特徴とする請求項51に記載の方法。 82.動物が、雌ウシ、ヤギ、雄ウシ、ブタ及びヒツジから選択されることを特 徴とする請求項81に記載の方法。 83.動物が家禽から選択されることを特徴とする請求項81に記載の方法。 84.サテライト人工染色体がヒト細胞表面タンパク質発現用遺伝子をコードす るDNAを含み、それにより動物の器官がヒトタンパク質を発現し、ヒトに移植 されたときに拒絶が生じないことを特徴とする請求項51に記載の方法。 85.配列13、14または15で示される配列を有するDNAから成る単離D NA。 86.配列13、14または15で示される配列を有するDNAから成る単離D NA。 87.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有する単離D NAフラグメント。 88.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有することを 特徴とする請求項14に記載のサテライト人工染色体。 89.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有することを 特徴とする請求項13に記載のサテライト人工染色体。 90.配列18から24のいずれかで示されるヌクレオチド配列を有することを 特徴とする請求項13に記載のサテライト人工染色体。 91.ヘテロロガス遺伝子の多数コピーまたは複数のヘテロロガス遺伝子から成 る人工染色体〔AC〕を含んでいる細胞から成る細胞性産生系。 92.人工染色体がサテライト人工染色体であることを特徴とする請求項91に 記載の細胞性産生系。 93.ヘテロロガス遺伝子が代謝経路を構成するタンパク質をコードすることを 特徴とする請求項91または92に記載の系。 94.代謝経路の発現によって産生される物質の発現方法であって、代謝経路を 構成するタンパク質が発現されて前記物質を産生する条件下で請求項93に記載 の系を培養する段階から成る方法。 95.産生物がビタミン、ホルモン、ヌクレオチド、アミノ酸、タンパク質また はペプチドであることを特徴とする請求項94 に記載の方法。 96.動物が卵生であることを特徴とする請求項51に記載の方法。 97.動物がニワトリであることを特徴とする請求項51に記載の方法。 98.動物が昆虫であることを特徴とする請求項51に記載の方法。 99.請求項13から18または88から90のいずれか一項に記載のサテライ ト人工染色体を植物細胞に導入する段階と、植物が発生する条件下で細胞を培養 する段階とから成るトランスジェニック植物の産生方法。 100.プロトプラスト融合、マイクロインジェクション、マイクロセル融合、 脂質仲介遺伝子導入、エレクトロポレーション、微粒子衝撃、または、直接DN A導入によってサテライト人工染色体を導入することを特徴とする請求項99に 記載の方法。 101.請求項13から18または88から90のいずれか一項に記載のサテラ イト人工染色体を細胞に導入する段階と、(1つまたは複数の)遺伝子産物が発 現される条件下で細胞を培養 する段階とから成る、(1つまたは複数の)遺伝子産物の産生方法。 102.代謝経路を構成するタンパク質をコードする一連の遺伝子の発現によっ て遺伝子産物が産生されること、及び、サテライト人工染色体がこれらの遺伝子 の各々を含むことを特徴とする請求項102に記載の方法。 103.動原体とテロメアとメガレプリケーターと選択可能マーカーとから成り 、動原体が請求項12から18及び88から90のいずれか一項に記載のサテラ イト人工染色体に由来することを特徴とするin vitro合成された哺乳類 人工染色体〔ISMAC〕。 104.動原体とテロメアとメガレプリケーターと選択可能マーカーとから成り 、動原体が請求項12から18及び88から90のいずれか一項に記載のサテラ イト人工染色体に由来することを特徴とするin vitro合成された哺乳類 人工染色体〔ISMAC〕。 105.更に、異質染色質を含むことを特徴とする請求項103または104に 記載のISMAC。 106.メガレプリケーターがrDNAから成ることを特徴と する請求項103から105のいずれか一項に記載のISMAC。 107.動原体がヒト動原体であることを特徴とする請求項103から106の いずれか一項に記載のISMAC。 108.動原体がメガ染色体に由来することを特徴とする請求項103から10 7のいずれか一項に記載のISMAC。 109.動原体がヨーロッピアン・コレクション・オブ・アニマル・セル・カル チャー・(ECACC)に受託番号96040929で寄託された細胞系の同定 形質の全部を有する細胞系に由来することを特徴とする請求項103、105、 106または108に記載のISMAC。 110.産生物がホルモン、抗体、サイトカイン、成長因子、調節タンパク質、 分泌タンパク質であることを特徴とする請求項54に記載の方法。 111.産生物が嚢胞性線維症トランスメンブラン調節タンパタ質(CFTR) 、抗HIVリボザイムまたは腫瘍抑制遺伝子であることを特徴とする請求項54 に記載の方法。 112.動物がヒトであることを特徴とする請求項66に記載の方法。 113.動原体とテロメアとメガレプリケーターと複製可能な ISMACと産生する選択可能マーカーとを組合せる段階から成り、動原体が請 求項12から18及び88から90のいずれか一項に記載のサテライト人工染色 体に由来することを特徴とするin vitro合成された哺乳類人工染色体〔 ISMAC〕の製造方法。 114.更に、ISMAC中にrDNAを含むことを特徴とする請求項113に 記載の方法。 115.テロメアが配列29の複数の反復を含むことを特徴とする請求項113 に記載の方法。 116.テロメアが約1kB〜約1Mbであり、好ましくは約1kB〜約500 kBであることを特徴とする請求項115に記載の方法。 117.テロメアが配列29の複数の反復を含むことを特徴とする請求項103 から108のいずれか一項に記載のISMAC。 118.テロメアが約1kB〜約1Mbであり、好ましくは約1kB〜約500 kBであることを特徴とする請求項117に記載のISMAC。 119.選択可能マーカーを含むDNAフラグメントを細胞に導入する段階と、 前記DNAフラグメントをそのゲノムDNAに取込んだ細胞が産生されるよう な選択条件下で細胞を増殖させる段階とから成り、 DNAフラグメントが細胞内の染色体の増幅可能領域の内部または近傍に導入 され、増幅可能領域に由来のDNAを含むミニ染色体が産生され、ミニ染色体が 異質染色質よりも多い真正染色質を含む人工染色体であることを特徴とする人工 染色体の製造方法。 120.増幅可能領域がrDNAであることを特徴とする請求項119に記載の 方法。 121.更に、ミニ染色体を単離する段階を含むことを特徴とする請求項119 または120に記載の方法。 122.請求項119から121のいずれか一項に記載の方法によって産生され るミニ染色体。 123.更に、遺伝子産物をコードするDNAを導入する段階を含み、遺伝子を コードするDNAが、選択可能マーカーを含むフラグメントに存在するかまたは 第二のDNAフラグメントに存在すること、及び、得られたサテライト人工染色 体が遺伝子産物をコードするヘテロロガスDNAを含むこどを特徴とする請求項 1に記載の方法。
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