ES3069890T3 - Biomarkers predictive of cytokine release syndrome - Google Patents

Biomarkers predictive of cytokine release syndrome

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ES3069890T3
ES3069890T3 ES16775012T ES16775012T ES3069890T3 ES 3069890 T3 ES3069890 T3 ES 3069890T3 ES 16775012 T ES16775012 T ES 16775012T ES 16775012 T ES16775012 T ES 16775012T ES 3069890 T3 ES3069890 T3 ES 3069890T3
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Alfred Garfall
Alex Ganetsky
Saar Gill
Simon Lacey
Jan Melenhorst
David Teachey
Eric Lancaster
Adam David Cohen
Pamela Shaw
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Novartis AG
University of Pennsylvania
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Abstract

La presente divulgación se refiere a la identificación y el uso de biomarcadores (por ejemplo, analitos, perfiles de analitos o marcadores (por ejemplo, perfiles de expresión génica y/o de expresión proteica)) con relevancia clínica para el síndrome de liberación de citoquinas (SLC). (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

[0001] DESCRIPCIÓN
[0002] Biomarcadores predictivos del síndrome de liberación de citocinas
[0003] Campo de la invención
[0004] SOLICITUDES RELACIONADAS
[0005] Esta solicitud reivindica prioridad al documento de EE. UU. n.º de serie 62/214066 presentado el 3 de septiembre de 2015, al documento de EE. UU. n.º de serie 62/263235 presentado el 4 de diciembre de 2015 y al documento de EE. UU. n.º de serie 62/381.153 presentado el 30 de agosto de 2016.
[0006] DECLARACIÓN SOBRE INVESTIGACIÓN O DESARROLLO PATROCINADO POR EL GOBIERNO FEDERAL
[0007] Esta invención se realizó con el apoyo del gobierno con los números de subvención R01CA165206, R01CA193776, R01CA102646, R01CA116660 y K23GM110496 otorgados por los Institutos Nacionales de Salud. El gobierno tiene ciertos derechos en la invención.
[0008] LISTADO DE SECUENCIAS
[0009] La presente solicitud contiene un Listado de secuencias que ha sido presentado electrónicamente en formato ASCII. Dicha copia ASCII, creada el 2 de septiembre de 2016 se denomina N2067-7096WO_SL.txt y tiene 702.117 bytes de tamaño. CAMPO DE LA INVENCIÓN
[0010] La invención se refiere a biomarcadores predictivos del síndrome de liberación de citocinas y a usos de los mismos. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN
[0011] Los linfocitos T-CAR con especificidad anti-CD19 han demostrado ser muy prometedores contra neoplasias hematológicas altamente refractarias. Se han notificado respuestas clínicas significativas con tasas de remisión completa de hasta el 90 % en niños con LLA recidivante/refractaria tratados con CTL019. La proliferación marcada de linfocitos T-CARin vivo(100 a 100.000 veces) conduce a una eficacia mejorada, pero puede asociarse con acontecimientos adversos, incluyendo el síndrome de liberación de citocinas (SLC). El SLC es un efecto secundario adverso grave y común de terapias basadas en células inmunitarias, por ejemplo, tratamiento con linfocitos T-CAR. El SLC grave es una toxicidad potencialmente mortal. Van der Stegen et al. (2013), J Immunol; 191(9):4589-4598 se refiere a modelar SLC en ratón usando linfocitos T reorientados contra ErbB. Maude et al. (2014), Cancer J;20(2):119-122 se refiere al abordaje del SLC asociado con terapias de activación de linfocitos T. El documento de patente CA 2878928 A1 se refiere al abordaje de la toxicidad para terapias con CAR.
[0012] Por lo tanto, existe la necesidad de desarrollar métodos y biomarcadores para predecir el riesgo de un paciente de desarrollar SLC.
[0013] SUMARIO DE LA INVENCIÓN
[0014] La presente invención proporciona un método para evaluar el riesgo de un sujeto de desarrollar síndrome de liberación de citocinas (SLC) grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, que comprende: adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con linfocitos T-CAR, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) o receptor de IL6 soluble (sIL6R) en el sujeto, en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto; en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave.
[0015] La presente invención también proporciona una pluralidad de linfocitos T-CAR, para su uso en un método de tratamiento de un cáncer en un sujeto, en donde se identifica que el sujeto tiene un estado de riesgo de SLC indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto, y en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto.
[0016] Estas realizaciones y realizaciones adicionales se recogen en las reivindicaciones adjuntas.
[0017] DESCRIPCIÓN DETALLADA
[0018] La información técnica que se expone a continuación puede ir en algunos aspectos más allá del alcance de la invención, que se define exclusivamente por las reivindicaciones adjuntas. La información técnica adicional se proporciona para situar la invención real en un contexto técnico más amplio y para ilustrar posibles desarrollos técnicos relacionados. Además, no se debe interpretar que referencias secundarias a métodos para el tratamiento del cuerpo humano o animal mediante cirugía o terapia y los métodos de diagnóstico realizados en el cuerpo humano o animal constituyen una reivindicación de protección para dicho método tal cual, sino que deben ser consideradas como una referencia a productos, en particular sustancias o composiciones, para su uso en cualquiera de estos métodos.
[0020] La divulgación en el presente documento se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de que varios biomarcadores pueden predecir con precisión SLC temprano durante una terapia basada en células inmunitarias, por ejemplo, un tratamiento con linfocitos T-CAR (por ejemplo, antes de que un sujeto se enferme críticamente de SLC, por ejemplo, dentro de los primeros 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 día(s), o menos, de la administración de linfocitos T-CAR). Por consiguiente, la presente invención proporciona un método para evaluar el riesgo de un sujeto de desarrollar síndrome de liberación de citocinas (SLC) grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, que comprende: adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con linfocitos T-CAR, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) o receptor de IL6 soluble (sIL6R) en el sujeto, en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto; en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave. La invención también proporciona una pluralidad de linfocitos T-CAR, para su uso en un método de tratamiento de un cáncer en un sujeto, en donde se identifica que el sujeto tiene un estado de riesgo de SLC indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto, y en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto. En algunas realizaciones, dos citocinas, sgp130 e IFNγ, se asociaron fuertemente con el desarrollo de SLC grave. En realizaciones en sujetos adultos y pediátricos, se podría hacer una predicción temprana precisa de SLC grave usando IFN, sgp130 e IL-1Ra. En realizaciones en sujetos pediátricos, se podría realizar una predicción temprana precisa de SLC grave usando sgp130, IFNγ y una evaluación de la carga de la enfermedad. Por consiguiente, en el presente documento se describen métodos, sistemas y kits para evaluar a un sujeto, por ejemplo, predecir el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC (por ejemplo, SLC grave), así como métodos para tratar a un sujeto que tiene un cáncer que comprenden evaluar el riesgo del sujeto de desarrollar SLC (por ejemplo, SLC grave). Los métodos descritos en el presente documento proporcionan ventajosamente una identificación temprana y precisa (por ejemplo, predicción) de qué sujetos tratados con terapias de células inmunitarias (por ejemplo, linfocitos T o células NK) (por ejemplo, linfocitos T-CAR) tienen una alta probabilidad de enfermarse críticamente a causa de SLC grave. Como la predicción se puede hacer antes de que los sujetos se enfermen, los métodos del presente documento permiten intervenciones tempranas que pueden reducir la morbilidad o mortalidad. Por lo tanto, los métodos, sistemas y kits descritos en el presente documento usando un pequeño número de citocinas y receptores de citocinas para predecir la gravedad del SLC tanto con alta sensibilidad como especificidad son útiles clínicamente y ventajosos respecto a las modalidades de tratamiento actuales. La invención proporciona métodos y células para su uso, de acuerdo con las reivindicaciones.
[0022] Por consiguiente, en un aspecto, la invención presenta un método para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El método incluye adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19), en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave, de acuerdo con las reivindicaciones. En algunas realizaciones, el estado de riesgo de SLC comprende una medida de uno, dos, tres, cuatro, cinco, o más (todos) de lo siguiente:
[0023] (i) el nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) y opcionalmente interferón-gamma (IFN-g) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0024] (ii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o IL1Ra, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma e IL1Ra) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0025] (iii) el nivel o actividad de sgp130 e IFN-gamma, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), y el nivel de enfermedad de la médula ósea en el sujeto, por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico;
[0026] (iv) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o MIP1-alfa, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico; (v) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de MCP1, o eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, MCP1 o eotaxina), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico; o (vi) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IL-2, o eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de las tres de IL-2, eotaxina o sgp130) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico.
[0028] La divulgación también presenta un método para monitorizar el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave, durante el transcurso de una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19). El método incluye adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto, por ejemplo, en respuesta a la terapia, en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave durante el transcurso de la terapia. El estado de riesgo del SLC podrá comprender una medida de uno, dos, tres, cuatro, cinco, o más (todos) de lo siguiente:
[0029] (i) el nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) y opcionalmente interferón-gamma (IFN-g) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0030] (ii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o IL1Ra, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma e IL1Ra) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0031] (iii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente IFN-gamma, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), y el nivel de enfermedad de la médula ósea en el sujeto, por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico; o
[0032] (iv) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o MIP1-alfa, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico; (v) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de MCP1, o eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, MCP1 o eotaxina), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico; o (vi) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IL2, eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de las tres de IL2, eotaxina o sgp130) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico. Por consiguiente, la invención proporciona un método como se define en las reivindicaciones.
[0034] En otro aspecto más, la invención presenta una terapia con células que expresan CAR, por ejemplo, una terapia con CAR19, que es una pluralidad de linfocitos T-CAR, para su uso en el tratamiento de un sujeto que tiene un cáncer, por ejemplo, un cáncer hematológico, en donde se identifica que el sujeto tiene un estado de riesgo de SLC indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida de uno, dos, tres, cuatro, cinco, o más (todos) de lo siguiente:
[0035] (i) el nivel o actividad de sgp130 y opcionalmente IFN-gamma o una combinación de los mismos, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0036] (ii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o IL1Ra, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma e IL1Ra), en el sujeto, por ejemplo, una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0037] (iii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente IFN-gamma, en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), y el nivel de enfermedad de la médula ósea en el sujeto, por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico;
[0038] (iv) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o MIP1-alfa, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa), en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico;
[0039] (v) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de MCP1, o eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, MCP1 o eotaxina), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico; o (vi) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IL2, o eotaxina, o una combinación de las mismas (por ejemplo, una combinación de las tres de IL2, eotaxina o sgp130), en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico.
[0041] La divulgación también presenta un sistema o método para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El sistema incluye al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, en donde el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para adquirir un estado de riesgo de SLC, en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende (i)-(vii) a continuación. El método incluye:
[0042] adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19), en donde dicho estado de riesgo de SLC se determina mediante:
[0043] (i) adquirir un nivel o actividad de sgp130;
[0044] (ii) si el nivel o actividad de sgp130 adquirido está por debajo de un nivel o actividad de sgp130 de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 218.000 pg/ml, entonces identificar el estado de riesgo de SLC como bajo; (iii) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de sgp130 adquirido está por encima del nivel o actividad de sgp130 de referencia) adquirir un nivel o actividad de IFN-gamma;
[0045] (iv) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de sgp130 adquirido está por encima del nivel o actividad de sgp130 de referencia) si el nivel o actividad de IFN-gamma adquirido está por debajo de un nivel o actividad de IFN-gamma de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 10 pg/ml, identificar entonces el estado de riesgo de SLC como bajo;
[0046] (v) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de IFN-gamma adquirido está por encima del nivel o actividad de IFN-gamma de referencia) adquirir un nivel o actividad de IL 1Ra;
[0047] (vi) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de IFN-gamma adquirido está por encima del nivel o actividad de IFN-gamma de referencia) si el nivel o actividad de IL1Ra adquirido está por debajo de un nivel o actividad de IL1Ra de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 658 pg/ml, identificar entonces el estado de riesgo de SLC como alto; y
[0048] (vii) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de IFN-gamma adquirido está por encima del nivel o actividad de IFN-gamma de referencia) si el nivel o actividad de IL1Ra adquirido está por encima del nivel o actividad de IL1Ra de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 658 pg/ml, identificar entonces el estado de riesgo de SLC como bajo;
[0049] evaluando de este modo, por ejemplo, prediciendo, el riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave. Por consiguiente, la invención proporciona un método, o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso, como se define en las reivindicaciones.
[0050] La divulgación también presenta un sistema o método para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El sistema incluye al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, en donde el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para adquirir un estado de riesgo de SLC en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende (i)-(vii) a continuación. El método incluye:
[0051] adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19), en donde dicho estado de riesgo de SLC se determina mediante:
[0052] (i) adquirir un nivel o actividad de sgp130;
[0053] (ii) si el nivel o actividad de sgp130 adquirido está por debajo de un nivel o actividad de sgp130 de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 218.000 pg/ml, entonces identificar el estado de riesgo de SLC como bajo; (iii) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de sgp130 adquirido está por encima del nivel o actividad de sgp130 de referencia) adquirir un nivel o actividad de MCP1;
[0054] (iv) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de sgp130 adquirido está por encima del nivel o actividad de sgp130 de referencia) si el nivel o actividad de MCP1 adquirido está por encima de un nivel o actividad de MCP1 de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 4600 pg/ml, identificar entonces el estado de riesgo de SLC como alto;
[0055] (v) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de MCP1 adquirido está por debajo del nivel o actividad de MCP1 de referencia) adquirir un nivel o actividad de eotaxina;
[0056] (vi) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de MCP1 adquirido está por debajo del nivel o actividad de MCP1 de referencia) si el nivel o actividad de eotaxina adquirido está por debajo de un nivel o actividad de eotaxina de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 29 pg/ml, identificar entonces el estado de riesgo de SLC como alto; y
[0057] (vii) opcionalmente (por ejemplo, si el nivel o actividad de MCP1 adquirido está por debajo del nivel o actividad de MCP1 de referencia) si el nivel o actividad de eotaxina adquirido está por encima del nivel o actividad de eotaxina de referencia, por ejemplo, de aproximadamente 29 pg/ml, identificar entonces el estado de riesgo de SLC como bajo;
[0058] evaluando de este modo, por ejemplo, prediciendo, el riesgo del sujeto de desarrollar SLC, por ejemplo, SLC grave. Por consiguiente, la invención proporciona un método, o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso, como se define en las reivindicaciones.
[0060] La divulgación también presenta un sistema o método para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El sistema incluye al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, en donde el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para adquirir un estado de riesgo de SLC en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende (i)-(vii) a continuación. El método incluye:
[0061] adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto, por ejemplo, en respuesta a una terapia basada en células inmunitarias (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19), en donde dicho estado de riesgo de SLC se determina mediante:
[0062] (i) adquirir un primer nivel o actividad de biomarcador (por ejemplo, citocina o receptor de citocinas, por ejemplo, la citocina o receptor de citocinas descrito en la presente);
[0063] (ii) determinar si el primer nivel o actividad de biomarcador está por encima o por debajo de un primer nivel o actividad de referencia,
[0064] (iii) opcionalmente adquirir un segundo nivel o actividad de biomarcador (por ejemplo, citocina o receptor de citocinas, por ejemplo, la citocina o receptor de citocinas descrito en el presente documento);
[0065] (iv) opcionalmente determinar si el segundo nivel o actividad de biomarcador está por encima o por debajo de un segundo nivel o actividad de referencia,
[0066] (v) opcionalmente adquirir un tercer nivel o actividad de biomarcador (por ejemplo, citocina o receptor de citocinas, por ejemplo, la citocina o receptor de citocinas descrito en la presente); y
[0067] (vi) determinar opcionalmente si el tercer nivel o actividad de biomarcador está por encima o por debajo de un tercer nivel de referencia o actividad,
[0068] evaluando de este modo, por ejemplo, prediciendo, el riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave. Por consiguiente, la invención proporciona un método, o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso, como se define en las reivindicaciones.
[0069] Cualquiera de los métodos mencionados anteriormente puede comprender además, en respuesta a una determinación del estado de riesgo del SLC, realizar uno, dos o más (todos) de:
[0070] identificar al sujeto como de alto riesgo de desarrollar SLC grave o de bajo riesgo de desarrollar SLC grave; administrar una dosis alterada de la terapia con células que expresan CAR;
[0071] alterar el programa o evolución temporal de una terapia con células que expresan CAR; o
[0072] administrar una terapia para tratar SLC, por ejemplo, una terapia elegida de uno o más de: un inhibidor de IL-6 (por ejemplo, un inhibidor del receptor anti-IL6, por ejemplo, tocilizumab), un medicamento vasoactivo, un agente inmunosupresor, un corticosteroide o ventilación mecánica; o
[0073] administrar una terapia alternativa, por ejemplo, para un sujeto con alto riesgo de desarrollar SLC grave, por ejemplo, un tratamiento de referencia para un tipo de cáncer particular.
[0074] En realizaciones de las composiciones para su uso en el presente documento, uno, dos o más (por ejemplo, todos) de: en respuesta a una determinación del estado de riesgo del SLC, se identifica que el sujeto corre un alto riesgo de desarrollar SLC grave o tiene bajo riesgo de desarrollar SLC grave;
[0075] en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una dosis alterada de la terapia con células que expresan CAR;
[0076] en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, se altera el programa o la evolución temporal de la terapia con células que expresan CAR;
[0077] en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una terapia para tratar SLC, por ejemplo, una terapia elegida de uno o más de: un inhibidor de IL-6 (por ejemplo, tocilizumab), un medicamento vasoactivo, un agente inmunosupresor, un corticosteroide o ventilación mecánica, o
[0078] en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una terapia alternativa, por ejemplo, para un sujeto con alto riesgo de desarrollar SLC grave, por ejemplo, un estándar de atención para un tipo de cáncer particular.
[0079] La invención puede utilizar un kit para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El kit incluye un conjunto de reactivos que detecta específicamente el nivel o actividad de uno o más genes o proteínas descritos en el presente documento, por ejemplo, elegidos de: sgp130 e IFN-gamma; sgp130, IFN-gamma e IL1Ra; sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa; sgp130 e IFN-gamma, MIP1-alfa, eotaxina, IL-2, IL-10 o IL-13, o una combinación de los mismos; e instrucciones para usar dicho kit;
[0080] en donde dichas instrucciones de uso proporcionan que si uno o más del nivel o actividad detectados es mayor que un valor de referencia, el sujeto es más probable que desarrolle SLC grave que un sujeto que tiene un nivel o actividad detectado en el valor de referencia. La invención proporciona un método, o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso, como se define en las reivindicaciones.
[0081] La divulgación también presenta un sistema para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar síndrome de liberación de citocinas (SLC) grave. El sistema incluye al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, en donde el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para adquirir un estado de riesgo de SLC en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto. Dicho estado de riesgo de SLC puede comprender una medida de uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete o más (todos) de los biomarcadores descritos en el presente documento. La invención utiliza los biomarcadores definidos en las reivindicaciones.
[0082] En algunos casos, en respuesta a una determinación del estado de riesgo del SIR, el sistema realiza uno, dos, tres, cuatro o más de:
[0083] identificar al sujeto como de alto riesgo de desarrollar SLC grave o de bajo riesgo de desarrollar SLC grave; recomendar una selección o alteración de una dosis de una terapia con células que expresan CAR;
[0084] recomendar una selección o alteración de un programa o evolución temporal de una terapia con células que expresan CAR;
[0085] recomendar administrar una terapia para tratar el SLC, por ejemplo, un inhibidor de IL-6, tal como tocilizumab, un medicamento vasoactivo, un agente inmunosupresor, un corticosteroide o ventilación mecánica;
[0086] recomendar una selección de una terapia alternativa, por ejemplo, para un sujeto con SLC grave, por ejemplo, un tratamiento de referencia para un tipo de cáncer particular. La invención proporciona un método, o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso, como se define en las reivindicaciones.
[0087] Las características adicionales de los métodos, composiciones para su uso, kits y sistemas mencionados divulgados en el presente documento incluyen uno o más de las siguientes.
[0088] En algunas realizaciones de los métodos, o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130, y el nivel o actividad de IFN-gamma, o IL-13, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma e IL-13) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico.
[0089] En la invención, el estado de riesgo de SLC es indicativo de si el sujeto tiene un riesgo alto o bajo de desarrollar SLC grave de grado clínico 4-5.
[0090] En algunas realizaciones, los métodos se realizan en un sujeto que no tiene un síntoma (por ejemplo, un síntoma clínico) de SLC, por ejemplo, uno o más de presión arterial baja o fiebre; o SLC grave, por ejemplo, uno o más de toxicidad orgánica (por ejemplo, toxicidad orgánica de grado 4) o necesidad de ventilación mecánica.
[0091] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, un alto nivel o actividad de sgp130, opcionalmente en combinación con IFN-gamma, MCP1, IL-10 o carga de la enfermedad, o cualquier combinación de los mismos, es indicativo de un alto riesgo de SLC grave. Un bajo nivel o actividad de IL13, IL1Ra, MIP1a o eotaxina, o cualquier combinación de los mismos, puede ser indicativo de un alto riesgo de SLC grave. En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un mayor nivel o actividad de sgp130 e IFN-gamma o una combinación de los mismos en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, con respecto a una referencia, por ejemplo, en comparación con un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0092] En otras realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un mayor nivel o actividad de sgp130, opcionalmente en combinación con un mayor nivel o actividad de IFN-gamma, o un menor nivel o actividad de IL1Ra, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, con respecto a una referencia. En una realización, se identifica que el sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130 y un mayor nivel o actividad de IFN-gamma; un mayor nivel o actividad de sgp130 y un menor nivel o actividad de IL1Ra; o un mayor nivel o actividad de sgp130, un mayor nivel o actividad de IFN-gamma y un menor nivel o actividad de IL1Ra, por ejemplo, en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o un nivel o actividad de control. En algunas realizaciones, la referencia es un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o un nivel o actividad de control. El sujeto puede ser un ser humano, por ejemplo, un sujeto adulto o pediátrico.
[0093] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un mayor nivel o actividad de sgp130 y opcionalmente IFN-gamma, y un mayor nivel de enfermedad de la médula ósea, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, con respecto a una referencia, por ejemplo, en comparación con un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control. En una realización, se identifica que el sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel de sgp130 e IFN-gamma; sgp130 y enfermedad de la médula ósea; o sgp130, IFN-gamma y enfermedad de la médula ósea, por ejemplo, en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o un nivel o actividad de control. El sujeto puede ser un ser humano, por ejemplo, un sujeto pediátrico. En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, se identifica que un sujeto (por ejemplo, un sujeto pediátrico) con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130 y un mayor nivel o actividad de IFN-gamma, o un menor nivel o actividad de MIP1-alfa, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control. En una realización, se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130 y un mayor nivel o actividad de IFN-gamma; un mayor nivel o actividad de sgp130 y un menor nivel o actividad de MIP1-alfa; o un mayor nivel o actividad de sgp130, un mayor nivel o actividad de IFN-gamma y un menor nivel o actividad de MIP1-alfa, por ejemplo, en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave, o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0094] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130, y un mayor nivel o actividad de MCP1, o un menor nivel o actividad de eotaxina, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave, o en comparación con un nivel o actividad de control. En algunas realizaciones, se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene: un mayor nivel o actividad de sgp130 y un mayor nivel o actividad de MCP1; un mayor nivel o actividad de sgp130 y un menor nivel o actividad de eotaxina; o un mayor nivel o actividad de sgp130, un mayor nivel o actividad de MCP1 y un menor nivel o actividad de eotaxina; en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave, o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0095] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130, y un nivel o actividad alterados (por ejemplo, mayor) de IL-2, un menor nivel o actividad de eotaxina, o una combinación de los mismos en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control. En algunas realizaciones, se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene: un nivel o actividad alterado (por ejemplo, mayor) de IL-2 y un mayor nivel o actividad de sgp130; un menor nivel o actividad de eotaxina y un mayor nivel o actividad de sgp130; o un nivel o actividad alterados (por ejemplo, mayor) de IL-2, un menor nivel o actividad de eotaxina y un mayor nivel o actividad de sgp130; en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave, o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0096] En algunas realizaciones, en un panel de 3 biomarcadores que contiene IL2, eotaxina y sgp130 (por ejemplo, en pacientes pediátricos), un mayor nivel o actividad de IL2 indica que un sujeto tiene un alto riesgo de SLC grave. En otras realizaciones, un mayor nivel o actividad de IL2 indica que un sujeto tiene bajo riesgo de SLC grave.
[0097] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, un mayor nivel de un marcador de acuerdo con las reivindicaciones es un nivel mayor o igual que 1, 2, 5, 10, 20, 50, 100, 200, 500, 1000, 2000, 5000, 10.000, 20.000, 50.000, 100.000, 200.000 o 500.000 pg/ml. En algunas realizaciones, un mayor nivel de sgp130 es mayor o igual que 150.000, 200.000, 210.000, 215.000, 218.000, 218.179, 220.000, 225.000, 230.000 o 250.000 pg/ml. En algunas realizaciones, un mayor nivel de IFN-gamma es mayor o igual que 6, 7, 8, 9, 10, 10.4272, 10.5, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 27.6732, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 40, 50, 60, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 94.8873, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 105, 110, 115 o 120 pg/ml. En algunas realizaciones, un mayor nivel de IL-10 es mayor o igual que 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 11.7457, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20 pg/ml. En algunas realizaciones, una mayor carga tumoral es mayor o igual que un 25, 30, 35, 40, 45, 50, 51.9, 55, 60, 65, 70 o 75 %. En algunas realizaciones, un menor nivel de sgp130 y opcionalmente IFN-gamma, IL-10 o carga tumoral es un nivel menor o igual que cualquiera de los valores en este párrafo.
[0098] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso como se define en las reivindicaciones, un menor nivel de un marcador de acuerdo con las reivindicaciones es un nivel mayor o igual que 1, 2, 5, 10, 20, 50, 100, 200, 500, 1000, 2000, 5000, 10.000, 20.000, 50.000, 100.000, 200.000 o 500.000 pg/ml. En algunas realizaciones, un menor nivel de IL1Ra es menor o igual que 550, 575, 600, 625, 650, 657.987, 675, 700, 720 o 750 pg/ml. En algunas realizaciones, un menor nivel de MCP1 es menor o igual que 3500, 4000, 4100, 4200, 4300, 4400, 4500, 4600, 4636.52, 4700, 4800, 4900, 5000 o 5500 pg/ml. En algunas realizaciones, un menor nivel de eotaxina es menor o igual que 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 29.0902, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 o 40 pg/ml. En algunas realizaciones, un menor nivel de MIP1a es menor o igual que 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 30.1591, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 o 40 pg/ml. En algunas realizaciones, un mayor nivel de IL1Ra, MCP1, eotaxina o MIP1a es un nivel mayor o igual que cualquiera de los valores en este párrafo.
[0099] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso definidos en las reivindicaciones, la sensibilidad es de al menos 0,75, 0,79, 0,80, 0,82, 0,85, 0,86, 0,90, 0,91, 0,93, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99 o 1,0. En algunas realizaciones, la especificidad es de al menos 0,75, 0,77, 0,80, 0,85, 0,86, 0,89, 0,90, 0,92, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99 o 1,0. En algunas realizaciones, el VPP es de al menos 0,62, 0,65, 0,70, 0,71, 0,75, 0,80, 0,82, 0,83, 0,85, 0,90, 0,91, 0,92, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99 o 1,0. En algunas realizaciones, el VPN es de al menos 0,80, 0,85, 0,90, 0,92, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99 o 1,0.
[0100] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso definidos en las reivindicaciones, una medida de eotaxina comprende una medida de una o más de (por ejemplo, dos o la totalidad de) eotaxina-1, eotaxina-2 y eotaxina-3. En algunas realizaciones, una medida de eotaxina comprende una medida de eotaxina-1 y eotaxina-2, eotaxina-1 y eotaxina-3, o eotaxina-2 y eotaxina-3.
[0101] En algunas realizaciones de los métodos o composiciones para su uso definidos en las reivindicaciones, los biomarcadores se miden en el plazo de 3 días desde la infusión de la terapia con células que expresan CAR, por ejemplo, 1, 2 o 3 días después de la infusión. En algunas realizaciones, los biomarcadores comprenden IFN-gamma y sgp130. Cualquiera de los métodos de acuerdo con las reivindicaciones puede incluir además la etapa de adquirir una medida del nivel o actividad de uno, dos, tres, cuatro, cinco, diez, veinte o más de una citocina o receptor de citocinas elegido de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β o GM-CSF, o una combinación de los mismos, en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) del sujeto. En algunas realizaciones, un sujeto que padece, o con alto riesgo de padecer, SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un mayor nivel o actividad de una o más (por ejemplo, dos, tres, cuatro, cinco, diez, quince, veinte o todos) de una citocina o receptor de citocinas elegido de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-y, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β o GM-CSF, o una combinación de los mismos, en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0102] Cualquiera de los métodos de acuerdo con las reivindicaciones puede incluir además la etapa de adquirir una medida del nivel o actividad de uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho o todos de una citocina o receptor de citocinas elegido de IFN-y, IL10, IL6, IL8, IP10, MCP1, M1G, sIL2Rα, GM-CSF o TNFα, o una combinación de los mismos, en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) del sujeto. En algunas realizaciones, un sujeto que padece, o con alto riesgo de padecer, SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un mayor nivel o actividad de una o más (por ejemplo, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho o todos) de una citocina o receptor de citocinas elegido de IFN-y, IL10, IL6, IL8, IP10, MCP1, M1G, sIL2Rα, GM-CSF o TNFα, o una combinación de los mismos, en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control. Cualquiera de los métodos de acuerdo con las reivindicaciones puede incluir además la etapa de adquirir una medida del nivel o actividad de uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis o todos de una citocina o receptor de citocinas elegido de IFN-y, IL10, IL6, IL8, IP10, MCP1, M1G o sIL2Rα, o una combinación de los mismos, en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) del sujeto. En algunas realizaciones, un sujeto que padece, o con alto riesgo de padecer, SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un mayor nivel o actividad de uno o más (por ejemplo, dos, tres, cuatro, cinco, seis, o todos) de una citocina o receptor de citocinas elegido de IFN-y, IL10, IL6, IL8, IP10, MCP1, M1G o sIL2Rα, o una combinación de los mismos, en comparación con una referencia, por ejemplo, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0104] En algunas realizaciones, cualquiera de los métodos de acuerdo con las reivindicaciones puede incluir además la etapa de determinar el nivel de proteína C reactiva (CRP) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) del sujeto. En una realización, un sujeto con bajo riesgo de SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un nivel de CRP de menos de 7 mg/dl (por ejemplo, 7, 6,8, 6, 5, 4, 3, 2, 1 mg/dl o menos). En una realización, un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene, o se identifica que tiene, un nivel mayor de CRP en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) en comparación con un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control. En una realización, el mayor nivel o actividad es al menos 2 veces mayor (por ejemplo, al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 100, 500, 1000 veces o más) en comparación con un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0106] En otras realizaciones, los métodos o composiciones para su uso incluyen además la etapa de seleccionar o alterar la terapia con células que expresan CAR para el sujeto, basándose en el estado de riesgo de SLC adquirido. En realizaciones en las que el estado de riesgo de SLC adquirido es que el sujeto está en alto riesgo de SLC grave, la terapia se altera de modo que se interrumpe, o una dosis posterior (por ejemplo, segunda, tercera o cuarta) de las células que expresan CAR está a una dosis menor que la dosis anterior o está a una dosis menor que la que se habría administrado si el paciente no hubiera tenido un riesgo alto de SLC grave. En otras realizaciones, una dosis posterior (por ejemplo, segunda, tercera o cuarta) de células que expresan CAR comprende un CAR diferente o un tipo de célula diferente que la terapia con células que expresan CAR previa administrada al sujeto.
[0108] En la invención, la terapia es una terapia con células que expresan CAR, sola o en combinación con otras terapias. En la invención, la terapia comprende una pluralidad de linfocitos T que expresan CAR. En algunas realizaciones, la terapia con células que expresan CAR comprende, o consiste en, una terapia con CAR19 (por ejemplo, terapia con CTL019 como se describe en el presente documento).
[0110] En algunas realizaciones, la terapia incluye una célula que expresa CAR CD19, por ejemplo, un linfocito T-CART CD19. Un anticuerpo anti-CD19 puede ser un dominio de unión al antígeno humanizado como se describe en el documento de patente WO2014/153270 (por ejemplo, Tabla 3 del documento de patente WO2014/153270), o un conjugado del mismo. Otros anticuerpos anti-CD19 a modo de ejemplo o fragmentos o conjugados de los mismos incluyen, entre otros, blinatumomab, SAR3419 (Sanofi), MEDI-551 (MedImmune LLC), Combotox, DT2219ARL (Masonic Cancer Center), MOR-208 (también denominado XmAb-5574; MorphoSys), XmAb-5871 (Xencor), MDX-1342 (Bristol-Myers Squibb), SGN-CD19A (Seattle Genetics) y AFM11 (Affimed Therapeutics). Véase, por ejemplo, Hammer. MAbs.4.5(2012): 571-77. Blinatomomab es un anticuerpo biespecífico que comprende dos scFv, uno que se une a CD19 y uno que se une a CD3. Blinatomomab dirige los linfocitos T para que ataquen las células cancerosas. Véase, por ejemplo, Hammer et al.; identificador de ensayos clínicos n.º NCT00274742 y NCT01209286. MEDI-551 es un anticuerpo anti-CD19 humanizado con un Fc genomodificado para tener una mejor citotoxicidad mediada por células y dependiente de anticuerpos (ADCC). Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT01957579. Combotox es una mezcla de inmunotoxinas que se unen a CD19 y CD22. Las inmunotoxinas están compuestas por fragmentos de anticuerpo scFv fusionados con una cadena A de ricina desglucosilada. Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y Herrera et al. J. Pediatr. Hematol. Oncol. 31.12(2009):936-41; Schindler et al. Br. J. Haematol. 154.4(2011):471-6. DT2219ARL es una inmunotoxina biespecífica que tiene como diana CD19 y CD22, que comprende dos scFv y una toxina diftérica truncada. Véanse, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT00889408. SGN-CD19A es un conjugado de anticuerpo-fármaco (ADC) que comprende un anticuerpo monoclonal humanizado anti-CD19 ligado a un agente citotóxico sintético que destruye células, monometil auristatina F (MMAF). Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT01786096 y NCT01786135. SAR3419 es un conjugado anticuerpo anti-CD19-fármaco (ADC) que comprende un anticuerpo monoclonal humanizado anti-CD19 conjugado con un derivado de maitansina mediante un conector escindible. Véase, por ejemplo, Younes et al. J. Clin. Oncol. 30.2(2012): 2776-82; Hammer et al.; identificador de ensayos clínicos n.º NCT00549185; y Blanc et al. Clin Cancer Res. 2011;17:6448-58. XmAb-5871 es un anticuerpo anti-CD19 humanizado con Fc genomodificado. Véase, por ejemplo, Hammer. et al. MDX-1342 es un anticuerpo anti-CD19 con Fc genomodificado humano con una mejor ADCC. Véase, por ejemplo, Hammer et al. Una molécula de anticuerpo puede ser una molécula biespecífica anti-CD19 y anti-CD3. Por ejemplo, AFM11 es un anticuerpo biespecífico que tiene como diana CD19 y CD3. Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT02106091. Un anticuerpo anti-CD19 descrito en el presente documento puede conjugarse o unirse de otro modo a un agente terapéutico, por ejemplo, un agente quimioterápico, una vacuna peptídica (como la descrita en Izumoto et al.2008 J Neurosurg 108:963-971), un agente inmunosupresor o un agente inmunoablativo, por ejemplo, ciclosporina, azatioprina, metotrexato, micofenolato, FK506, CAMPATH, anticuerpo anti-CD3, citoxina, fludarabina, rapamicina, ácido micofenólico, esteroide, FR901228 o citocina.
[0112] En realizaciones de los métodos o composiciones para su uso, el cáncer, por ejemplo, el cáncer hematológico, está asociado con la expresión de CD19. Los cánceres a modo de ejemplo, por ejemplo, cánceres hematológicos incluyen, entre otros, leucemia linfocítica aguda de linfocitos B (LLA-B), leucemia linfocítica aguda de linfocitos T (LLA-T), leucemia linfocítica aguda (LLA), leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC), leucemia promielocítica de linfocitos B, neoplasia blástica de células dendríticas plasmocitoides, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, LDLBG CG (centro germinal), LDLBG CNG (de centro no germinal), LF transformado, LDLBG con mutación doble, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular microcítico o macrocítico, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto, linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmoblástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides y macroglobulinemia de Waldenström. En una realización, el cáncer se elige de uno o más de LLC, LLA o LLA-B. En una realización, el sujeto padece LLC. En otra realización, el sujeto padece LLA. En otra realización, el sujeto padece LLA de linfocitos B.
[0114] En otras realizaciones de los métodos o composiciones para su uso, la medida de uno o más de los biomarcadores se obtiene a partir de una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) adquirida del sujeto. En algunas realizaciones, el sujeto, por ejemplo, una muestra del sujeto, se evalúa mientras recibe la terapia con células que expresan CAR. En otras realizaciones, el sujeto, por ejemplo, una muestra del sujeto, se evalúa después de recibir la terapia con células que expresan CAR. Por ejemplo, el sujeto, por ejemplo, una muestra del sujeto, se evalúa 10 días o menos (por ejemplo, 1-10 días, 1-9 días, 1-8 días, 1-7 días, 1-6 días, 1-5 días, 1-4 días, 1-3 días o 1-2 días, 5 días o menos, 4 días o menos, 3 días o menos, 2 días o menos, 1 día o menos, por ejemplo, 1, 3, 5, 10, 12, 15, 20 horas) después de la infusión con la terapia con células que expresan CAR. En algunas realizaciones, el sujeto se evalúa 5 días o menos, 4 días o menos, 3 días o menos, 2 días o menos, 1 día o menos (por ejemplo, pero no antes de 1, 3, 5, 10, 12, 15, 20 horas, después de la infusión de la terapia que expresa CAR). En otras realizaciones, la medida de uno o más de los biomarcadores comprende la detección de uno o más niveles de ácido nucleico (por ejemplo, ARNm) o niveles de proteína.
[0116] En cualquiera de los métodos o composiciones para su uso de acuerdo con las reivindicaciones, en algunas realizaciones, una dosis de células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19 o células que expresan CAR para BCMA) comprende de aproximadamente 10<4>a aproximadamente 10<9>células/kg, por ejemplo, de aproximadamente 10<4>a aproximadamente 10<5>células/kg, de aproximadamente 10<5>a aproximadamente 10<6>células/kg, de aproximadamente 10<6>a aproximadamente 10<7>células/kg, de aproximadamente 10<7>a aproximadamente 10<8>células/kg o de aproximadamente 10<8>a aproximadamente 10<9>células/kg; o al menos aproximadamente uno de: 1 × 10<7>, 1,5 × 10<7>, 2 × 10<7>, 2,5 × 10<7>, 3 × 10<7>, 3,5 × 10<7>, 4 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 1,5 × 10<8>, 2 × 10<8>, 2,5 × 10<8>, 3 × 10<8>, 3,5 × 10<8>, 4 × 10<8>, 5 × 10<8>, 1 × 10<9>, 2 × 10<9>o 5 × 10<9>células. En algunas realizaciones, una dosis de células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende al menos aproximadamente 1-5 × 10<7>a 1-5 × 10<8>células que expresan CAR En algunas realizaciones, al sujeto se le administran aproximadamente 1-5 × 10<7>células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19). En otras realizaciones, al sujeto se le administran aproximadamente 1-5 × 10<8>células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19).
[0118] En realizaciones, las células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19 o células que expresan CAR para BCMA) se administran al sujeto según una pauta posológica que comprende una dosis total de células administradas al sujeto mediante fraccionamiento de la dosis, por ejemplo, una, dos, tres o más administraciones separadas de una dosis parcial. En realizaciones, un primer porcentaje de la dosis total se administra en un primer día de tratamiento, un segundo porcentaje de la dosis total se administra en un día de tratamiento posterior (por ejemplo, segundo, tercero, cuarto, quinto, sexto, o séptimo o posterior), y opcionalmente, un tercer porcentaje (por ejemplo, el porcentaje restante) de la dosis total se administra en un día de tratamiento posterior (por ejemplo, tercero, cuarto, quinto, sexto, séptimo, octavo, noveno, décimo o posterior). Por ejemplo, el 10 % de la dosis total de células se administra el primer día, el 30 % de la dosis total de células se administra el segundo día y el 60 % restante de la dosis total de células se administra el tercer día de tratamiento. Por ejemplo, una dosis celular total incluye de 1 a 5 × 10<7>o de 1 a 5 × 10<8>células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19 o células que expresan CAR para BCMA).
[0120] La divulgación también presenta un método para determinar si un sujeto tiene SLC grave. El método incluye adquirir un estado de riesgo de SLC en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto, en donde dicho estado de riesgo de SLC puede incluir una medida de uno, dos o más (todos) de los siguientes:
[0121] (i) el nivel o actividad de una o más (por ejemplo, 3, 4, 5, 10, 15, 20 o más) citocinas o receptores de citocinas elegidos de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-y, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β o GM-CSF, o analitos elegidos de proteína C reactiva (CRP), ferritina, lactato deshidrogenasa (LDH), aspartato aminotransferasa (AST) o nitrógeno ureico sanguíneo (BUN), alanina aminotransferasa (ALT), creatinina (Cr) o fibrinógeno, o una combinación de los mismos, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre);
[0122] (ii) el nivel o actividad de IL6, IL6R o sgp130, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de dos o de los tres de IL6, IL6R y sgp130), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre); o
[0123] (iii) el nivel o actividad de IL6, IFN-gamma o IL2R, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de dos o de los tres de IL6, IFN-gamma e IL2R), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre);
[0124] en donde el valor es indicativo del estado de SLC grave del sujeto. La invención proporciona un método como se define en las reivindicaciones. En la invención, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto.
[0126] Un nivel elevado de las citocinas o receptores de citocinas (i)-(iii), o todos los analitos excepto el fibrinógeno, puede ser indicativo de SLC grave. Un bajo nivel de fibrinógeno puede ser indicativo de SLC grave.
[0127] La invención puede utilizar un kit para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El kit incluye un conjunto de reactivos que detecta específicamente el nivel o actividad de uno o más genes o proteínas elegidos de: sgp130 e IFN-gamma; sgp130, IFN-gamma e IL1Ra; o sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa; sgp130, MCP1 y eotaxina; IL2, eotaxina y sgp130; o una combinación de los mismos; e instrucciones para usar dicho kit. Las instrucciones de uso pueden proporcionar que si el nivel o actividad detectado de sgp130 y opcionalmente uno o más de IFN-gamma o MCP1 es mayor que un valor de referencia, y opcionalmente si uno o más del nivel o actividad detectado de IL-13, IL1Ra, MIP1alfa o eotaxina es menor que un valor de referencia, o cualquier combinación de los mismos, es más probable que el sujeto desarrolle SLC grave que un sujeto que tiene un nivel o actividad detectado en el valor de referencia.
[0128] El uno o más genes pueden comprender además uno o más de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IL6, IL8, sIL2Rα, sIL6R, MCP1, MIP1β o GM-CSF. El kit puede incluir una mezcla de reacción que incluye uno o más de: tampón/reactivos de extracción, tampón/reactivos de amplificación, tampón/reactivos de hibridación o tampón/reactivos de etiquetado.
[0129] En los kits mencionados anteriormente, el conjunto de reactivos puede detectar el nivel de un producto génico (por ejemplo, ARNm expresado) a partir de dicho conjunto de genes. Por ejemplo, el conjunto de reactivos incluye una sonda de ácido nucleico (por ejemplo, ADNc u oligonucleótidos) complementaria a un ARNm expresado a partir de dicho conjunto de genes. La sonda de ácido nucleico complementaria al ARNm puede inmovilizarse en una superficie del sustrato.
[0130] En los kits mencionados anteriormente, el conjunto de reactivos puede detectar la expresión de polipéptidos codificados por dicho conjunto de genes. Los reactivos pueden comprender moléculas de anticuerpo, por ejemplo, moléculas de anticuerpo no humano. Las moléculas de anticuerpo no humano pueden reconocer proteínas humanas, por ejemplo, sgp130 e IFN-gamma; sgp130, IFN-gamma e IL1Ra; o sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa; sgp130, MCP1 y eotaxina; o IL2, eotaxina y sgp130; o cualquier combinación de los mismos.
[0131] En los sistemas y métodos que implican un árbol de decisión, por ejemplo, un árbol de decisión con tres biomarcadores, el método puede terminar cuando se identifica por primera vez el estado de riesgo del SLC, por ejemplo, como un estado de riesgo de SLC alto o bajo. El método puede comprender realizar las siguientes etapas en el siguiente orden: (i) y (ii); (i), (ii) y (iii); (i), (ii), (iii) y (iv); (i), (ii), (iii), (iv) y (v); (i), (ii), (iii), (iv), (v) y (vi); (i), (ii), (iii), (iv), (v) y (vii); o (i), (ii), (iii), (iv), (v), (vi) y (vii). Se pueden realizar las etapas (i), (iii) y (v). Se pueden realizar simultáneamente las etapas (i), (iii) y (v). Se pueden realizar sustancialmente simultáneamente las etapas (i), (iii) y (v). Se pueden realizar las etapas (i), (iii) y (v) el mismo día, o dentro de 1, 2, 3, 4, 6, 12 o 24 horas entre sí. El método puede comprender, después de realizar las etapas (i), (iii) y (v), realizar las siguientes etapas en el siguiente orden: (ii); (ii) y (iv); (ii), (iv) y (vi); (ii), (iv) y (vii); o (ii), (iv), (vi) y (vii).
[0132] En ciertos sistemas y métodos que implican un árbol de decisión, por ejemplo, un árbol de decisión con dos biomarcadores, el método termina cuando se identifica por primera vez el estado de riesgo de SLC, por ejemplo, como un estado de riesgo de SLC alto o bajo. El método puede comprender realizar las siguientes etapas en el siguiente orden: (i) y (ii); (i), (ii) y (iii); (i), (ii), (iii) y (iv); (i), (ii), (iii) y (v); o (i), (ii), (iii), (iv) y (v). Se pueden realizar las etapas (i) y (iii).
[0133] Se pueden realizar simultáneamente las etapas (i) y (iii). Se pueden realizar sustancialmente simultáneamente las etapas (i) y (iii). Se pueden realizar las etapas (i) y (iii) el mismo día, o dentro de 1, 2, 3, 4, 6, 12 o 24 horas entre sí. El método puede comprender, después de realizar las etapas (i) y (iii), realizar las siguientes etapas en el siguiente orden: (ii); (ii) y (iv); (ii) y (v); o (ii), (iv) y (vi).
[0134] Los sistemas y métodos del presente documento pueden comprender realizar análisis de regresión. Los sistemas y métodos de la presente pueden comprender realizar análisis de árbol de decisión. Los sistemas y métodos del presente documento pueden comprender adquirir niveles de citocinas o de receptores de citocinas (y no actividades).
[0135] La invención puede utilizar un sistema para evaluar, por ejemplo, predecir, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. El sistema incluye al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, en donde el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para adquirir un estado de riesgo de SLC en respuesta a una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida de uno, dos, tres, cuatro, cinco o más (todos) de los siguientes:
[0136] (i) el nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) y opcionalmente interferón-gamma (IFN-gamma), en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0137] (ii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o IL1Ra, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma e IL1Ra), en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0138] (iii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), y el nivel de enfermedad de la médula ósea en el sujeto, por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico;
[0139] (iv) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IFN-gamma, o MIP1-alfa, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico; (v) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de MCP1, o eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, MCP1 o eotaxina), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico; o (vi) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente el nivel o actividad de IL-2, eotaxina, o una combinación de las mismas (por ejemplo, una combinación de las tres de IL-2, eotaxina o sgp130), en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico.
[0140] En algunas realizaciones, en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, realizar uno, dos, tres, cuatro o más de:
[0141] identificar al sujeto como de alto riesgo de desarrollar SLC grave o de bajo riesgo de desarrollar SLC grave; recomendar una selección o alteración de una dosis de una terapia con células que expresan CAR;
[0142] recomendar una selección o alteración de un programa o evolución temporal de una terapia con células que expresan CAR;
[0143] recomendar administrar una terapia para tratar el SLC, por ejemplo, un inhibidor de IL-6, tal como tocilizumab, un medicamento vasoactivo, un agente inmunosupresor, un corticosteroide o ventilación mecánica;
[0144] recomendar una selección de una terapia alternativa, por ejemplo, para un sujeto con SLC grave, por ejemplo, un tratamiento de referencia para un tipo de cáncer particular.
[0145] En algunas realizaciones, el sistema se usa para evaluar el cáncer, por ejemplo, un cáncer hematológico como se describe en el presente documento, en el sujeto. En algunas realizaciones, el cáncer está asociado con la expresión de CD19. Por ejemplo, el cáncer se puede elegir de LLC, LLA o LLA-B.
[0146] En la invención, la terapia con células que expresan CAR comprende una pluralidad de células efectoras inmunitarias que expresan CAR, por ejemplo, como se describe en el presente documento. Por ejemplo, la terapia con células que expresan CAR comprende, o consiste en, una terapia con CAR19 (por ejemplo, terapia con CTL019).
[0147] La presente divulgación también presenta un sistema para evaluar el cáncer, por ejemplo, un cáncer hematológico, en un sujeto, que comprende al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para realizar una cualquiera o más de las etapas mencionadas en el presente documento, por ejemplo, citadas anteriormente.
[0148] A menos que se defina lo contrario, todos los términos técnicos y científicos usados en este documento tienen el mismo significado que comúnmente entiende un experto habitual en la técnica a la que pertenece esta invención. Aunque se pueden usar métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en este documento en la práctica o prueba de la presente invención, a continuación se describen métodos y materiales adecuados. Además, los materiales, métodos y ejemplos son únicamente ilustrativos y no pretenden ser limitantes. Los encabezamientos, subencabezamientos o elementos con números o letras, por ejemplo, (a), (b), (i), etc., se presentan únicamente para facilitar la lectura. El uso de encabezamientos o elementos con números o letras en este documento no requiere que las etapas o elementos se realicen en orden alfabético o que las etapas o elementos sean necesariamente discretos entre sí. Otras características, objetos y ventajas de la invención se desprenderán de la descripción y los dibujos, y de las reivindicaciones. Basándose en la divulgación del presente documento, se proporciona la invención como se define en las reivindicaciones adjuntas. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS
[0149] LaFIG.1representa una curva de rendimiento diagnóstico (ROC) que ilustra la sensibilidad y especificidad de un panel de dos genes (sgp130 e IFN-gamma) para predecir SLC grave. La sensibilidad se refiere a la tasa de positivos verdaderos; la especificidad se refiere a la tasa de positivos falsos. VPP = valor de predicción positivo (precisión). Sens = 12/14 indica que hubo 14 positivos verdaderos y la prueba predijo 12 de ellos correctamente. Espec = 30/35 indica que hubo 35 negativos verdaderos y la prueba predijo correctamente 30 de ellos.
[0150] LaFIG.2representa una curva ROC que muestra la sensibilidad y especificidad de un panel de tres genes (sgp130, IFN-gamma e IL1Ra) para predecir SLC grave en la cohorte combinada. La sensibilidad se refiere a la tasa de positivos verdaderos; la especificidad se refiere a la tasa de positivos falsos. VPP = valor de predicción positivo (precisión). Sens = 12/14 indica que hubo 14 positivos verdaderos y la prueba predijo 12 de ellos correctamente. Espec = 31/35 indica que hubo 35 negativos verdaderos y la prueba predijo correctamente 31 de ellos. Un análisis alternativo de los datos muestra sens = 13/14 y espec = 27/35. Las citocinas se analizaron a partir de los 3 primeros días después de la infusión, enviadas antes de que los pacientes desarrollaran SLC grave. Se usó el modelado mediante árboles de clasificación y logístico para desarrollar predictores de SLC grave. Con un modelo de regresión de 3 variables, encontrado por selección hacia adelante, se predijo con precisión qué pacientes desarrollaron SLC grave usando IFNγ, sgp130 e IL1RA.
[0151] LaFIG.3representa un árbol de decisión que puede usarse cuando se evalúa el panel de 3 marcadores de laFIG.2. Se indican la sensibilidad, especificidad, VPP y VPN de este árbol de decisión.
[0152] LaFIG.4representa un árbol de decisión que puede usarse cuando se evalúa un panel de 3 marcadores que comprende sgp130, MCP1 y eotaxina, basándose en el análisis de la cohorte combinada. Se indican la sensibilidad, especificidad, VPP y VPN de este árbol de decisión.
[0153] LaFIG.5representa una curva ROC que muestra la sensibilidad y especificidad de un panel de IFN-gamma e IL-13 en pacientes pediátricos. Se indican la sensibilidad, especificidad, VPP y VPN de este panel.
[0154] LaFIG. 6representa una curva ROC que muestra la sensibilidad y especificidad de un panel de IFN-gamma, IL-13 y MIP1a en pacientes pediátricos. Se indican la sensibilidad, especificidad, VPP y VPN de este panel.
[0155] LaFIG.7representa una curva ROC que muestra la sensibilidad y especificidad de un panel de sgp130, IFN-gamma y evaluación de la carga de la enfermedad para predecir SLC grave. La sensibilidad se refiere a la tasa de positivos verdaderos; la especificidad se refiere a la tasa de positivos falsos. VPP = valor de predicción positivo (precisión). Sens = 10/11 indica que hubo 11 positivos verdaderos y la prueba predijo 10 de ellos correctamente. Espec = 24/26 indica que hubo 26 negativos verdaderos y la prueba predijo correctamente 24 de ellos.
[0156] LaFIG.8representa un árbol de decisión que puede usarse cuando se evalúa un panel que comprende IFN-gamma (en dos etapas) y MIP1a, por ejemplo, en pacientes pediátricos. Se indican la sensibilidad, especificidad, VPP y VPN de este árbol de decisión. Solo en la cohorte pediátrica, se recogió un aspirado de médula ósea inmediatamente antes de la infusión. Se encontró que la carga de la enfermedad estaba asociada con la gravedad del SLC, pero no mejoró la precisión predictiva de los modelos con respecto a las citocinas por sí solas.
[0157] LaFIG.9representa un árbol de decisión que puede usarse cuando se evalúa un panel que comprende IL-10 y carga tumoral, por ejemplo, en pacientes pediátricos. Se indican la sensibilidad, especificidad, VPP y VPN de este árbol de decisión. Una combinación de una sola citocina, IL10, y carga de la enfermedad usando el modelado del árbol de decisión fue muy precisa para la predicción de SLC. El umbral para la carga de la enfermedad puede ser <51,9 %, como se muestra, o el umbral para la carga de la enfermedad puede ser <50 %.
[0158] LaFIG.10representa un diagrama de bloques a modo de ejemplo de un sistema informático en el que se pueden practicar diversos aspectos.
[0159] LasFIG.11A, 11B, 11Cy11Drepresentan niveles máximos de 24 citocinas durante el primer mes después de la infusión de CTL019 que están altamente asociados con SLC4-5 en comparación con SLC0-3, significativo por el valor de p ajustado de Holm-Bonferroni. Se realizó una evaluación seriada de citocinas de 43 citocinas en 51 pacientes tratados con CTL019. Se compararon los perfiles de citocinas en pacientes que desarrollaron SLC grave con pacientes que no lo hicieron. Estas cifras representan los valores máximos de citocinas durante el primer mes.24 citocinas, que incluyen IFNγ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α y GM-CSF, se asociaron altamente con SLC4-5 en comparación con SLC0-3, significativo por el valor de p ajustado de Holm.
[0160] LasFIG.12A,12B,12Cy12Drepresentan niveles máximos de 19 citocinas durante el primer mes después de la infusión de CTL019 que no fueron elevados diferencialmente en SLC4-5 en comparación con SLC0-3.
[0161] LasFIG.13Ay13Brepresentan citocinas que se espera que estén elevadas en LHH (lado izquierdo de cada una de lasFIG.13Ay13B), citocinas que se espera que sean elevadas en algunos pacientes con LHH y normales en otros (centro de cada una de lasFIG.13Ay13B), y citocinas que se espera que sean normales en LHH (derecha de cada una de lasFIG.13Ay13B).19 de las citocinas evaluadas se han estudiado previamente en el síndrome de activación de macrofágica (SAM)/síndrome hemofagocítico (LHH) en niños. Un patrón casi idéntico de citocinas elevadas diferencialmente en LHH también fue elevado en pacientes con SLC4-5 en comparación con SLC0-3. Estas cifras representan citocinas agrupadas en tres grupos. Las de la izquierda, incluyendo IFNg, IL10, IL6, IL8, IP10, MCP1, MIP1B y IL2RA, se espera que estén elevadas en LHH y también se encontró que estaban elevadas de manera diferente en pacientes con SLC grave. Se ha descubierto que las del medio, incluyendo TNF-A y GM-CSF, están elevadas en algunos pacientes con LHH y son normales en otros. Las de la derecha son citocinas que se espera sean normales en LHH. * = estadísticamente significativo por ajuste de Holm (FIG.13A) Datos presentados en escala lineal. (FIG.13B) Datos presentados en escala log10. LaFIG.14indica que tocilizumab mejora la hipercitocinemia en pacientes con SLC grave.14 de 51 pacientes desarrollaron SLC grave y todos fueron tratados con tocilizumab. Las citocinas se midieron en serie. Esta cifra representa los niveles de citocinas comenzando desde el día de la infusión durante el primer mes. Las líneas discontinuas representan el tiempo de administración de tocilizumab. Después del tratamiento con tocilizumab, hubo un aumento transitorio de IL6 (triángulos), seguido de una rápida disminución. INFγ (x) también disminuyó rápidamente después de la administración de tocilizumab en la mayoría de los pacientes. sIL6R aumentó en todos y los niveles de sgp130 aumentaron en la mayoría de los pacientes después de tocilizumab.
[0162] LaFIG.15representa sCD163 e IP10 en suero de donantes normales, pacientes pediátricos en el momento del ingreso en la UCI debido a septicemia y TODOS los pacientes dentro de las 72 horas posteriores al ingreso en la UCI debido a SLC. Los círculos abiertos en la cohorte de SLC indican pacientes con septicemia.
[0163] LaFIG. 16es una evolución temporal que representa los niveles séricos de IL-6, los niveles de IL-6 en el LCR, la temperatura del paciente y la frecuencia de CART-BCMA en un paciente que experimenta SLC.
[0165] DESCRIPCIÓN DETALLADA ADICIONAL
[0167] El síndrome de liberación de citocinas (SLC) es un efecto secundario adverso grave y común de las terapias basadas en células inmunitarias, por ejemplo, el tratamiento con linfocitos T-CAR. El SLC grave es una toxicidad potencialmente mortal. El diagnóstico y abordaje del SLC en respuesta a terapias basadas en células inmunitarias se basa rutinariamente en parámetros y síntomas clínicos, por ejemplo, véase la escala de clasificación de SLC como se describe por Lee, D. et al. (2014) Blood 124(2):188-195. Antes de la presente invención, la identificación de citocinas o receptores de citocinas predictivos de SLC era particularmente desafiante en pacientes con cáncer, en donde los niveles de citocinas inflamatorias basales eran altos debido a su enfermedad subyacente. Por lo tanto, existe la necesidad de identificar biomarcadores (por ejemplo, productos génicos (por ejemplo, polipéptidos, perfiles de expresión génica y/o de expresión de proteínas) u otros analitos) predictivos de SLC.
[0168] La divulgación en el presente documento se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de que varios biomarcadores pueden predecir con precisión SLC temprano durante el transcurso de una terapia, por ejemplo, una terapia basada en células inmunitarias (por ejemplo, un tratamiento con linfocitos T-CAR). Dicha detección temprana de biomarcadores puede ocurrir antes de que un sujeto muestre síntomas, o se enferme, a partir del SLC, por ejemplo, dentro de los primeros 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 día, o menos, de la administración de linfocitos T-CAR). Como se describe en el presente documento, 24 citocinas y receptores de citocinas, incluyendo sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-y, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, se asociaron con SLC grave (SLC grados 4-5) en comparación con SLC menos grave (SLC grados 0-3). Por consiguiente, la presente invención proporciona un método para evaluar el riesgo de un sujeto de desarrollar síndrome de liberación de citocinas (SLC) grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, que comprende: adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con linfocitos T-CAR, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) o receptor de IL6 soluble (sIL6R) en el sujeto, en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto; en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave. La invención también proporciona una pluralidad de linfocitos T-CAR, para su uso en un método de tratamiento de un cáncer en un sujeto, en donde se identifica que el sujeto tiene un estado de riesgo SLC indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto, y en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto. En algunas realizaciones, dos citocinas, sgp130 e IFNγ, se asociaron fuertemente con el desarrollo de SLC grave. En realizaciones en sujetos adultos y pediátricos, se podría realizar una predicción temprana precisa de SLC grave usando IFN, sgp130 e IL1Ra. En realizaciones en sujetos pediátricos, se podría realizar una predicción temprana precisa de SLC grave usando IFNγ, IL13 y MIP1α; o usando sgp130, IFNγ y una evaluación de la carga de la enfermedad. En el presente documento se describen otros paneles más.
[0169] Por consiguiente, en el presente documento se divulgan métodos, sistemas y kits para evaluar a un sujeto, por ejemplo, predecir el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC (por ejemplo, SLC grave), así como métodos para tratar a un sujeto que tiene un cáncer que comprenden evaluar el riesgo del sujeto de desarrollar SLC (por ejemplo, SLC grave). Los métodos descritos en el presente documento proporcionan ventajosamente una identificación temprana y precisa (por ejemplo, predicción) de qué sujetos tratados con terapias de células inmunitarias (por ejemplo, linfocitos T o células NK) (por ejemplo, linfocitos T-CAR) tienen una alta probabilidad de desarrollar SLC grave. Como la predicción se puede hacer antes de que los sujetos se enfermen, los métodos del presente documento permiten intervenciones tempranas que pueden reducir la morbilidad o mortalidad. La capacidad de predecir qué sujetos pueden desarrollar SLC grave antes de su desarrollo es útil para mitigar la toxicidad. Por ejemplo, la terapia dirigida a citocinas podría instituirse antes del desarrollo del SLC o inmediatamente después del desarrollo del SLC, pero antes de que un sujeto se enferme críticamente. Los sujetos identificados como propensos a desarrollar SLC grave también se pueden monitorizar más estrechamente para permitir el inicio temprano de tratamiento de apoyo intensivo. Por otro lado, la capacidad de predecir qué sujetos es poco probable que desarrollen SLC grave puede prevenir la hospitalización precoz innecesaria y/o la exposición a terapia dirigida a citocinas innecesaria. Por lo tanto, los métodos, sistemas y kits descritos en el presente documento usando un pequeño número de citocinas y receptores de citocinas para predecir la gravedad del SLC tanto con alta sensibilidad como especificidad son clínicamente útiles, y proporcionan ventajas con respecto las modalidades de tratamiento actuales. Por consiguiente, la invención proporciona un método, o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso, como se define en las reivindicaciones.
[0170] Definiciones
[0171] A menos que se defina lo contrario, todos los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado que comúnmente es entendido por un experto habitual en la técnica a la que se refiere la invención. El término "un" y "una" se refieren a uno o más de uno (es decir, al menos a uno) de los objetos gramaticales del artículo. A modo de ejemplo, "un elemento" significa un elemento o más de un elemento.
[0172] El término "aproximadamente", cuando se refiere a un valor medible tal como una cantidad, una duración temporal, y similares, pretende englobar variaciones de ±20 % o en algunos casos ±10 %, o en algunos casos ±5 %, o en algunos casos ±1 %, o en algunos casos 0,1 % del valor especificado, y que dichas variaciones son apropiadas para realizar los métodos desvelados.
[0173] "Adquirir" o "que adquiere", como los términos se usan en el presente documento, se refieren a obtener la posesión de una entidad física (por ejemplo, una muestra, un polipéptido un ácido nucleico o una secuencia), o un valor, por ejemplo, un valor numérico, al "adquirir directamente" o "adquirir indirectamente" la entidad física o valor. "Adquirir directamente" significa realizar un proceso (por ejemplo, realizar un método sintético o analítico) para obtener la entidad física o el valor. "Adquirir indirectamente" se refiere a recibir la entidad física o el valor de otra parte o fuente (por ejemplo, un laboratorio de terceros que adquirió directamente la entidad física o el valor). "Adquirir directamente" una entidad física incluye realizar un proceso que incluye un cambio físico en una sustancia física, por ejemplo, un material de partida. Los cambios a modo de ejemplo incluyen preparar una entidad física partir de dos o más materiales de partida, cizallar o fragmentar una sustancia, separar o purificar una sustancia, combinar dos o más entidades separadas en una mezcla, realizar una reacción química que incluye la rotura o formación de un enlace covalente o no covalente. Adquirir directamente un valor incluye realizar un proceso que incluye un cambio físico en una muestra u otra sustancia, por ejemplo, realizar un proceso analítico que incluye un cambio físico en una sustancia, por ejemplo, una muestra, analito o reactivo (a veces denominado en el presente documento "análisis físico"), realizar un método analítico, por ejemplo, un método que incluye uno o más de los siguientes: separar o purificar una sustancia, por ejemplo, un analito, o un fragmento u otro derivado del mismo, de otra sustancia; combinar un analito, o fragmento u otro derivado del mismo, con otra sustancia, por ejemplo, un tampón, disolvente o reactivo; o cambiar la estructura de un analito, o un fragmento u otro derivado del mismo, por ejemplo, rompiendo o formando un enlace covalente o no covalente, entre un primer y un segundo átomo del analito; o cambiando la estructura de un reactivo, o un fragmento u otro derivado del mismo, por ejemplo, rompiendo o formando un enlace covalente o no covalente, entre un primer y un segundo átomo del reactivo.
[0175] El término "anticuerpo", como se usa en este documento, se refiere a una proteína o secuencia polipeptídica derivada de una molécula de inmunoglobulina que se une específicamente a un antígeno. Los anticuerpos pueden ser policlonales o monoclonales, de cadena múltiple o simple, o inmunoglobulinas intactas, y pueden derivar de fuentes naturales o de fuentes recombinantes. Los anticuerpos pueden ser tetrámeros de moléculas de inmunoglobulina.
[0177] La expresión "nivel alterado de expresión" de un biomarcador como se describe en el presente documento se refiere a un aumento (o disminución) en el nivel de expresión de un marcador en un sujeto, por ejemplo, una muestra, tal como una muestra derivada de un paciente que padece cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC) que es mayor o menor que una referencia, por ejemplo, una referencia descrita en el presente documento. En realizaciones, mayor o menor se compara con el error estándar del ensayo empleado para evaluar la expresión. En realizaciones, la alteración puede ser al menos dos veces, al menos dos veces tres, al menos dos veces cuatro, al menos dos veces cinco o al menos dos veces diez o más veces mayor o menor que el nivel de expresión de los biomarcadores en una muestra de control (por ejemplo, una muestra de un sujeto sano que no tiene SLC), o el nivel de expresión promedio en varias muestras de control. Se puede determinar un "nivel alterado de expresión" a nivel de proteína o ácido nucleico (por ejemplo, ARNm).
[0179] La expresión "fragmento de anticuerpo" se refiere a al menos una parte de un anticuerpo que conserva la capacidad de interactuar específicamente con (por ejemplo, mediante unión, impedimento estérico, estabilización/desestabilización, distribución espacial) un epítopo de un antígeno. Los ejemplos de fragmentos de anticuerpos incluyen, entre otros, Fab, Fab', F(ab')<2>, fragmentos Fv, fragmentos de anticuerpo scFv, Fv con enlaces disulfuro (sdFv), un fragmento Fd que consiste en los dominios VH y CH1, anticuerpos lineales, anticuerpos de dominio único, tales como sdAb (ya sea VL o VH), dominios VHH de camélidos, anticuerpos multiespecíficos formados a partir de fragmentos de anticuerpos, tales como un fragmento bivalente que comprende dos fragmentos Fab ligados por un puente disulfuro en la región bisagra, y una CDR aislada u otros fragmentos de unión a epítopo de un anticuerpo. Un fragmento de unión al antígeno también se puede incorporar en anticuerpos de dominio único, maxicuerpos, minicuerpos, nanocuerpos, intracuerpos, diacuerpos, triacuerpos, tetracuerpos, v-NAR y bis-scFv (véase, por ejemplo, Hollinger y Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136, 2005). También se pueden injertar fragmentos de unión al antígeno en armazones basados en polipéptidos tales como una fibronectina de tipo III (Fn3) (véase la patente de EE. UU. n.º: 6.703.199, que describe minicuerpos de polipéptido de fibronectina). El término "scFv" se refiere a una proteína de fusión que comprende al menos un fragmento de anticuerpo que comprende una región variable de una cadena ligera y al menos un fragmento de anticuerpo que comprende una región variable de una cadena pesada, en donde las regiones variables de cadena ligera y pesada están ligadas de manera contigua a través de un conector polipeptídico flexible corto, y puede expresarse como una única cadena polipeptídica, y en donde el scFv conserva la especificidad del anticuerpo intacto del cual procede. A menos que se especifique, como se usa en el presente documento, un scFv puede tener las regiones variables VL y VH en cualquier orden, por ejemplo, con respecto a los extremos aminoterminal y carboxiterminal del polipéptido, el scFv puede comprender VL-conector-VH o puede comprender VH-conector-VL.
[0181] La expresión "cadena pesada de anticuerpo" se refiere a la mayor de los dos tipos de cadenas polipeptídicas presentes en las moléculas de anticuerpo en sus conformaciones de origen natural y que normalmente determina la clase a la que pertenece el anticuerpo.
[0183] La expresión "cadena ligera de anticuerpo" se refiere al más pequeño de los dos tipos de cadenas polipeptídicas presentes en las moléculas de anticuerpo en sus conformaciones que se producen de forma natural. Cadenas ligeras kappa (κ) y lambda (λ) se refieren a los dos principales isotipos de cadenas ligeras de anticuerpos.
[0185] La expresión "efecto antineoplásico" se refiere a un efecto biológico que puede manifestarse por diversos medios, incluyendo, entre otros, por ejemplo, una disminución en el volumen tumoral, una disminución en el número de células cancerosas, una disminución en el número de metástasis, un aumento en la esperanza de vida, una disminución en la proliferación de células cancerosas, una disminución en la supervivencia de las células cancerosas o una mejora de diversos síntomas fisiológicos asociados con la afección cancerosa. Un "efecto antineoplásico" también puede manifestarse por la capacidad de los péptidos, polinucleótidos, células y anticuerpos en la prevención de la aparición de cáncer en primer lugar. La expresión "efecto antitumoral" se refiere a un efecto biológico que puede manifestarse por diversos medios, incluyendo, entre otros, por ejemplo, una disminución en el volumen tumoral, una disminución en el número de células tumorales, una disminución en la proliferación de células tumorales o una disminución en la supervivencia de células tumorales.
[0186] El término "alogénico" se refiere a cualquier material derivado de un animal diferente de la misma especie que el individuo al que se introduce el material. Se dice que dos o más individuos son alogénicos entre sí cuando los genes en uno o más loci no son idénticos. En algunos aspectos, el material alogénico de los individuos de la misma especie puede ser suficientemente distinto genéticamente para interaccionar antigénicamente.
[0187] El término "aféresis", como se usa en el presente documento, se refiere a un proceso extracorpóreo mediante el cual la sangre de un donante o paciente se extrae del donante o paciente y se pasa a través de un aparato que separa el o los componentes particulares seleccionados y devuelve el resto a la circulación del donante o paciente, por ejemplo, mediante retransfusión. Por lo tanto, en el contexto de "una muestra de aféresis" se refiere a una muestra obtenida usando aféresis. El término "autólogo" se refiere a cualquier material derivado del mismo individuo al que después se le reintroducirá en el individuo.
[0188] Un "biomarcador" o "marcador" es un analito, gen o producto génico (por ejemplo, ARNm o proteína) que está asociado con, o predictivo de, un trastorno o afección. En una realización, un biomarcador o marcador está asociado con SLC. En otra realización, un biomarcador o marcador es predictivo de SLC. En realizaciones, un nivel o actividad de un biomarcador está asociado con, o es predictivo de, SLC. En algunas realizaciones, una alteración en el nivel o actividad de un biomarcador con respecto a una referencia, por ejemplo, un nivel o actividad de control, está asociada con o es predictiva de SLC. En realizaciones, el nivel o actividad del biomarcador o marcador en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre, plasma o suero) obtenida de un sujeto que tiene cáncer, se compara con un nivel o actividad de control.
[0189] En realizaciones, un nivel o actividad de control (también denominado nivel o actividad de referencia) es la cantidad y/o actividad de un biomarcador o marcador en un sujeto, por ejemplo, una muestra biológica obtenida de uno o más de: un valor basal o anterior para el sujeto (por ejemplo, antes del tratamiento con una célula que expresa CAR); el sujeto en un intervalo de tiempo diferente; un valor promedio o la mediana de un valor para una población de pacientes con cáncer; un control sano; o una población de sujetos sanos (por ejemplo, un control), por ejemplo, que no tiene SLC grave. En realizaciones, un nivel de control de una citocina o receptor de citocinas es el nivel de la citocina o receptor de citocinas en un sujeto normal, sano, por ejemplo, de una edad similar (por ejemplo, adulto o pediátrico).
[0190] El término "asociado con" o "asociación con" se refiere a un cambio en uno o más biomarcadores (por ejemplo, un cambio en uno o más productos génicos (por ejemplo, ARNm, proteínas (por ejemplo, citocinas o receptores de citocinas), analitos o alteraciones de los mismos, por ejemplo, mutaciones o diferencias en el nivel o cantidad, por ejemplo, mayor o menor que una referencia) que se produce con una afección, por ejemplo, como una correlación entre el biomarcador y la afección. La asociación se puede realizar en cualquier punto temporal (por ejemplo, antes, durante o después del desarrollo o inicio de la afección). El biomarcador no necesita ser causante de la afección, simplemente presente en cualquier momento durante la evolución temporal de la afección.
[0191] El término "predictivo de" se refiere a un cambio en uno o más biomarcadores (por ejemplo, un cambio en uno o más productos génicos (por ejemplo, ARNm, proteínas (por ejemplo, citocinas o receptores de citocinas), analitos o alteraciones de los mismos, por ejemplo, mutaciones o diferencias en el nivel o cantidad, por ejemplo, mayor o menor que una referencia) que se produce antes del desarrollo o aparición de una afección. En una realización, el cambio se produce antes de la aparición de uno o más síntomas de SLC grave. En una realización, una correlación entre uno o más biomarcadores y la afección (por ejemplo, enfermedades/trastornos) está presente antes del desarrollo o el inicio de SLC grave. En realizaciones, un biomarcador que está asociado con una afección puede no ser predictivo de la afección; un biomarcador que es predictivo de una afección es un ejemplo de un tipo de asociación. En realizaciones, un biomarcador (por ejemplo, nivel y/o actividad de biomarcador) predictivo de una afección tal como SLC grave se correlaciona con SLC grave antes del desarrollo o inicio del SLC grave. Por ejemplo, un biomarcador (por ejemplo, nivel y/o actividad de biomarcador) predictivo del estado de riesgo de SLC grave en un sujeto que no experimenta uno o más síntomas de SLC grave puede significar que hay más de un 50 % de probabilidad (por ejemplo, más de un 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o mayor probabilidad) de que el sujeto tenga una cierta forma de SLC grave.
[0192] La expresión "estado de riesgo del SLC" se refiere al nivel de riesgo o la probabilidad que tiene un sujeto de desarrollar SLC (por ejemplo, SLC grave). En realizaciones, el estado de riesgo de SLC puede ser un estado de alto riesgo o un estado de bajo riesgo. En realizaciones, un estado de alto riesgo puede significar que hay más de un 50 % de probabilidad (por ejemplo, más de un 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o mayor probabilidad) de que el sujeto desarrolle SLC grave. En realizaciones, un estado de bajo riesgo puede significar que hay más de un 50 % de probabilidad (por ejemplo, más de un 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o mayor probabilidad) de que el sujeto desarrolle SLC grave.
[0193] El término "cáncer" se refiere a una enfermedad caracterizada por el crecimiento descontrolado de células aberrantes. Las células cancerosas se pueden diseminar localmente o a través del torrente sanguíneo y el sistema linfático a otras partes del cuerpo. En el presente documento se describen ejemplos de varios tipos de cáncer que incluyen, pero no se limitan a, cáncer de mama, cáncer de próstata, cáncer de ovario, cáncer de cuello uterino, cáncer de piel, cáncer de páncreas, cáncer colorrectal, cáncer renal, cáncer de hígado, cáncer cerebral, linfoma, leucemia, cáncer de pulmón y similares. Los cánceres incluye, entre otros, leucemia linfocítica aguda de linfocitos B (LLA-B), leucemia linfocítica aguda de linfocitos T (LLA-T), leucemia linfocítica aguda (LLA), leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC), leucemia promielocítica de linfocitos B, neoplasia blástica de células dendríticas plasmocitoides, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular microcítico o macrocítico, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto (LCM), linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmoblástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides y macroglobulinemia de Waldenström. En una realización, el cáncer está asociado con la expresión de CD19. Los términos "tumor" y "cáncer" se usan indistintamente en el presente documento, por ejemplo, ambos términos abarcan tumores sólidos y líquidos. Como se usa en este documento, el término "cáncer" o "tumor" incluye cánceres y tumores tanto premalignos como malignos.
[0195] Las expresiones "antígeno asociado con el cáncer" o "antígeno tumoral" se refieren indistintamente a una molécula (normalmente una proteína, hidrato de carbono o lípido) que se expresa preferentemente en la superficie de una célula cancerosa, ya sea en su totalidad o como un fragmento (por ejemplo, MHC/péptido), en comparación con una célula normal, y que es útil para el direccionamiento preferente de un agente farmacológico a la célula cancerosa. En algunas realizaciones, un antígeno tumoral es un marcador expresado tanto por células normales como por células cancerosas, por ejemplo, un marcador de linaje, por ejemplo, CD19 en linfocitos B. En algunas realizaciones, un antígeno asociado con el cáncer es una molécula de la superficie celular que se expresa en exceso en una célula cancerosa en comparación con una célula normal, por ejemplo, expresión en exceso de 1 vez, expresión en exceso de 2 veces, expresión en exceso de 3 veces o más en comparación con una célula normal. En algunas realizaciones, un antígeno asociado con el cáncer es una molécula de la superficie celular que se sintetiza de forma inapropiada en la célula cancerosa, por ejemplo, una molécula que contiene eliminaciones, adiciones o mutaciones en comparación con la molécula expresada en una célula normal.
[0197] Como se usa en el presente documento, el término "CD19" se refiere a la proteína de grupo de diferenciación 19, que es un determinante antigénico detectable en las células precursoras de leucemia. Las secuencias de aminoácidos y ácidos nucleicos humanos y murinos se pueden encontrar en una base de datos pública, tal como GenBank, UniProt y Swiss-Prot. Por ejemplo, la secuencia de aminoácidos de CD19 humano se puede encontrar como el n.º de acceso UniProt/Swiss-Prot P15391 y la secuencia de nucleótidos que codifica CD19 humano se puede encontrar en el n.º de acceso NM_001178098. Como se usa en el presente documento, "CD19" incluye proteínas que comprenden mutaciones, por ejemplo, mutaciones puntuales, fragmentos, inserciones, deleciones y variantes de empalme del CD19 natural de longitud completa. CD19 se expresa en la mayoría de los cánceres de linaje B, incluidos, por ejemplo, leucemia linfoblástica aguda, leucemia linfocítica crónica y linfoma no hodgkiniano. Más adelante se proporcionan otras células que expresan CD19 en la definición de "enfermedad asociada con la expresión de CD19". También es un marcador precoz de progenitores de linfocitos B. Véase, por ejemplo, Milone et al., MOL. IMMUN.34 (16-17): 1157-1165 (1997). En un aspecto, la porción de unión al antígeno de la célula que expresa CAR (por ejemplo, linfocito T, célula NK) reconoce y se une a un antígeno dentro del dominio extracelular de la proteína CD19. En un aspecto, la proteína CD19 se expresa en una célula cancerosa. En una realización, CD19 tiene una secuencia natural, por ejemplo, una secuencia humana natural. En otra realización, CD19 tiene una secuencia mutante, por ejemplo, una secuencia humana mutante.
[0199] "Receptor quimérico para el antígeno" o, como alternativa, un "CAR", se refiere a una construcción de polipéptidos recombinante que comprende al menos un dominio de unión al antígeno extracelular, un dominio transmembranario y un dominio de señalización citoplásmica (también denominado en el presente documento "dominio de señalización intracelular") que comprende un dominio de señalización funcional derivado de una molécula estimuladora. En algunas realizaciones, los dominios de la construcción de polipéptidos CAR se encuentran en la misma cadena de polipéptidos, por ejemplo, comprenden una proteína de fusión quimérica. En algunas realizaciones, los dominios en la construcción de polipéptidos CAR no son contiguos entre sí, por ejemplo, están en diferentes cadenas de polipéptidos, por ejemplo, como se proporciona en un RCAR como se describe en el presente documento.
[0201] En un aspecto, la molécula estimuladora del CAR es la cadena zeta asociada con el complejo de receptor de linfocitos T. En un aspecto, el dominio de señalización citoplasmática comprende un dominio de señalización primario (por ejemplo, un dominio de señalización primario de CD3-zeta). En un aspecto, el dominio de señalización citoplasmática comprende además uno o más dominios de señalización funcionales derivados de al menos una molécula coestimuladora, como se define a continuación. En un aspecto, la molécula coestimuladora se elige de 4-1BB (es decir, CD137), CD27, ICOS y/o CD28. En un aspecto, el CAR comprende una proteína de fusión quimérica que comprende un dominio de reconocimiento de antígeno extracelular, un dominio transmembranario y un dominio de señalización intracelular que comprende un dominio de señalización funcional derivado de una molécula estimuladora. En un aspecto, el CAR comprende una proteína de fusión quimérica que comprende un dominio de reconocimiento de antígeno extracelular, un dominio transmembranario y un dominio de señalización intracelular que comprende un dominio de señalización funcional derivado de una molécula coestimuladora y un dominio de señalización funcional derivado de una molécula estimuladora. En un aspecto, el CAR comprende una proteína de fusión quimérica que comprende un dominio de reconocimiento de antígeno extracelular, un dominio transmembranario y un dominio de señalización intracelular que comprende dos dominios de señalización funcional derivados de una o más moléculas coestimuladoras y un dominio de señalización funcional derivado de una molécula coestimuladora. En un aspecto, el CAR comprende una proteína de fusión quimérica que comprende un dominio de reconocimiento de antígeno extracelular, un dominio transmembranario y un dominio de señalización intracelular que comprende dos dominios de señalización funcional derivados de una o más moléculas coestimuladoras y un dominio de señalización funcional derivado de una molécula coestimuladora. En un aspecto, el CAR comprende una secuencia líder opcional en el extremo amino (extremo N) de la proteína de fusión CAR. En un aspecto, el CAR comprende además una secuencia líder en el extremo N del dominio de reconocimiento del antígeno extracelular, en donde la secuencia líder se escinde opcionalmente del dominio de reconocimiento del antígeno (por ejemplo, un scFv) durante el procesamiento celular y la ubicación del CAR en la membrana celular. En una realización, el CAR es un CAR para CD19, por ejemplo, CTL019.
[0203] Un CAR que comprende un dominio de unión al antígeno (ejemplo, un scFv, un anticuerpo de dominio único o TCR (ejemplo, un dominio de unión a TCR alfa o dominio de unión a TCR beta)) que se dirige a un marcador tumoral X específico, en donde X puede ser un marcador tumoral como los descritos en el presente documento, también se denomina XCAR. Por ejemplo, un CAR que comprende un dominio de unión al antígeno que tiene como diana CD19 se denomina CARCD19. El CAR se puede expresar en cualquier célula, por ejemplo, una célula efectora inmunitaria como se describe en el presente documento (por ejemplo, un linfocito T o una célula NK).
[0205] La expresión "dominio de señalización" se refiere a la parte funcional de una proteína que actúa transmitiendo información dentro de la célula para regular la actividad celular a través de vías de señalización definidas generando segundos mensajeros o funcionando como efectores al responder a dichos mensajeros.
[0207] La porción de la composición de CAR que comprende un anticuerpo o fragmento de anticuerpo de este puede existir en diversas formas en las que el dominio de unión al antígeno se expresa como parte de una cadena polipeptídica, por ejemplo, una cadena polipeptídica contigua, que incluye, por ejemplo, un fragmento de anticuerpo de dominio único (sdAb), un anticuerpo monocatenario (scFv) y un anticuerpo humanizado (Harlow et al., 1999, en: USING ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL, COLD SPRING HARBOR LABORATORY PRESS, NY; Harlow et al., 1989, en: ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor, Nueva York; Houston et al., 1988, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426). En un aspecto, el dominio de unión al antígeno de una composición de CAR de uso en la invención comprende un fragmento de anticuerpo. En un aspecto adicional, el CAR comprende un fragmento de anticuerpo que comprende un scFv. Los límites precisos de la secuencia de aminoácidos de una CDR dada pueden determinarse usando cualquiera de varios esquemas bien conocidos, incluidos los descritos por Kabat et al. (1991), "Sequences of Proteins of Immunological Interest", 5.ª Ed. Public Health Service, Institutos Nacionales de la Salud, Bethesda, MD (esquema de numeración de "Kabat"), Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948 (esquema de numeración de "Chothia") o una combinación de los mismos.
[0209] Como se usa en el presente documento, la expresión "dominio de unión" o "molécula de anticuerpo" se refiere a una proteína, por ejemplo, una cadena de inmunoglobulina o fragmento de la misma, que comprende al menos una secuencia del dominio variable de inmunoglobulina. El término "dominio de unión" o "molécula de anticuerpo" abarca anticuerpos y fragmentos de anticuerpos. En una realización, una molécula de anticuerpo es una molécula de anticuerpo multiespecífica, por ejemplo, comprende una pluralidad de secuencias de dominio variable de inmunoglobulina, en donde una primera secuencia de dominio variable de inmunoglobulina de la pluralidad tiene especificidad de unión para un primer epítopo y una segunda secuencia de dominio variable de inmunoglobulina de la pluralidad tiene especificidad de unión para un segundo epítopo. En una realización, una molécula de anticuerpo multiespecífico es una molécula de anticuerpo biespecífico. Un anticuerpo biespecífico tiene especificidad para no más de dos antígenos. Una molécula de anticuerpo biespecífica está caracterizada por una primera secuencia de dominio variable de inmunoglobulina que tiene especificidad de unión para un primer epítopo y una segunda secuencia de dominio variable de inmunoglobulina que tiene especificidad de unión por un segundo epítopo.
[0211] La expresión "enfermedad asociada con la expresión de CD19" incluye, entre otros, una enfermedad asociada con la expresión de CD19 (por ejemplo, CD19 natural o mutante) o afección asociada con células que expresan, o han expresado en algún momento, CD19 incluyendo, por ejemplo, enfermedades proliferativas tales como un cáncer o tumor maligno o una afección precancerosa tal como una mielodisplasia, un síndrome mielodisplásico o una preleucemia; o una indicación no relacionada con el cáncer asociada con células que expresan CD19. Para evitar dudas, una enfermedad asociada con la expresión de CD19 puede incluir una afección asociada con células que actualmente no expresan CD19, por ejemplo, debido a que la expresión de CD19 se ha regulado a la baja, por ejemplo, debido al tratamiento con una molécula que tiene como diana CD19, por ejemplo, CAR para CD19, pero que en algún momento expresó CD19. En un aspecto, un cáncer asociado con la expresión de CD19 es un cáncer hematológico. En un aspecto, el cáncer hematológico es una leucemia o un linfoma.
[0213] En un aspecto, un cáncer asociado con la expresión de CD19 incluye cánceres y neoplasias malignas que incluyen, entre otras, por ejemplo, una o más leucemias agudas, que incluyen, entre otras, por ejemplo, leucemia linfocítica aguda de linfocitos B ("LLA-B"), leucemia linfocítica aguda de linfocitos T ("LLA-T"), leucemia linfocítica aguda (LLA); una o más leucemias crónicas que incluyen, entre otras, por ejemplo, leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC). Los cánceres o afecciones hematológicas adicionales asociados con la expresión de CD19 comprenden, entre otros, por ejemplo, leucemia prolinfocítica de linfocitos B, neoplasia blástica de células dendríticas plasmocitoides, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular microcítico o macrocítico, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto (LCM), linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmoblástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides, macroglobulinemia de Waldenstrom y "preleucemia", que son un conjunto diverso de afecciones hematológicas que tienen en común la producción ineficaz (o displasia) de células sanguíneas mieloides y similares. Las enfermedades adicionales asociadas con la expresión de CD19 incluyen, entre otros, por ejemplo, cánceres atípicos y/o no clásicos, neoplasias malignas, afecciones precancerosas o enfermedades proliferativas asociadas con la expresión de CD19. Las indicaciones no relacionadas con el cáncer asociadas con la expresión de CD19 incluye, entre otras, por ejemplo, enfermedad autoinmunitaria (por ejemplo, lupus), trastornos inflamatorios (alergia y asma) y trasplante. En algunas realizaciones, las células que expresan el antígeno tumoral expresan, o han expresado en algún momento, el ARNm que codifica el antígeno tumoral. En una realización, las células que expresan el antígeno tumoral producen la proteína del antígeno tumoral (por ejemplo, natural o mutante), y la proteína del antígeno tumoral puede estar presente en niveles normales o niveles reducidos. En una realización, las células que expresan el antígeno tumoral produjeron niveles detectables de una proteína antigénica tumoral en un punto y posteriormente no produjeron sustancialmente ninguna proteína antigénica tumoral detectable. En otras realizaciones, la enfermedad es un cáncer CD19-negativo, por ejemplo un cáncer recidivante CD19-negativo. En algunas realizaciones, la célula que expresa el antígeno tumoral (por ejemplo, CD19) expresa, o ha expresado en algún momento, ARNm que codifica el antígeno tumoral. En una realización, la célula que expresa el antígeno tumoral (por ejemplo, CD19) produce la proteína del antígeno tumoral (por ejemplo, natural o mutante), y la proteína del antígeno tumoral puede estar presente en niveles normales o niveles reducidos. En una realización, la célula que expresa el antígeno tumoral (por ejemplo, CD19) produjo niveles detectables de una proteína antigénica tumoral en un punto y posteriormente no produjeron sustancialmente ninguna proteína antigénica tumoral detectable.
[0215] El término "molécula coestimuladora" se refiere al compañero de unión afín en un linfocito T que se une específicamente con un ligando coestimulador, mediando así en una respuesta coestimuladora por parte del linfocito T, tal como, pero no se limita a, la proliferación. Las moléculas coestimuladoras son moléculas de la superficie celular distintas de los receptores de antígenos o sus ligandos que son necesarias para una respuesta inmunitaria eficaz. Las moléculas coestimuladoras incluyen, entre otras, una molécula del MHC de clase I, proteínas receptoras de TNF, proteínas de tipo inmunoglobulina, receptores de citocinas, integrinas, moléculas de activación linfocítica de señalización (proteínas SLAM), receptores activadores de células NK, BTLA, un receptor de ligando Toll, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), 4-1BB (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF 1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8alfa, CD8beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alfa, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a y un ligando que se une específicamente con CD83.
[0217] Un dominio de señalización intracelular coestimulador se refiere a la porción intracelular de una molécula coestimuladora. El dominio de señalización intracelular puede comprender toda la porción intracelular, o todo el dominio de señalización intracelular nativo, de la molécula de la que se deriva, o un fragmento funcional de la misma. Una molécula coestimuladora puede representarse en las siguientes familias de proteínas: proteínas receptoras de TNF, proteínas de tipo inmunoglobulina, receptores de citocinas, integrinas, moléculas de activación linfocítica de señalización (proteínas SLAM) y receptores activadores de células NK. Ejemplos de dichas moléculas incluyen CD27, CD28, 4-1BB (CD137), OX40, GITR, CD30, CD40, ICOS, BAFFR, HVEM, ICAM-1, antígeno asociado con la función linfocítica-1 (LFA-1), CD2, CDS, CD7, CD287, LIGHT, NKG2C, SLAMF7, NKp80, CD160, B7-H3 y un ligando que se une específicamente con CD83, y similares.
[0219] La expresión "función efectora" se refiere a una función especializada de una célula. La función efectora de un linfocito T, por ejemplo, puede ser actividad citolítica o actividad auxiliar que incluye la secreción de citocinas.
[0221] El término "codificación" se refiere a la propiedad inherente de secuencias específicas de nucleótidos en un polinucleótido, tales como un gen, un ADNc o un ARNm, de servir como plantillas para la síntesis de otros polímeros y macromoléculas en procesos biológicos que tienen una secuencia definida de nucleótidos (por ejemplo, ARNr, ARNt y ARNm) o una secuencia definida de aminoácidos y las propiedades biológicas resultantes de ellas. Así, un gen, ADNc o ARN, codifica una proteína si la transcripción y traducción del ARNm correspondiente a ese gen produce la proteína en una célula u otro sistema biológico. Tanto la cadena codificante, cuya secuencia de nucleótidos es idéntica a la secuencia del ARNm y que normalmente se proporciona en los listados de secuencias, como la cadena no codificante, utilizada como plantilla para la transcripción de un gen o ADNc, pueden considerarse como codificantes de la proteína u otro producto de ese gen o ADNc.
[0223] A menos que se especifique otra cosa, una «secuencia de nucleótidos que codifica una secuencia de aminoácidos» incluye todas las secuencias de nucleótidos que son versiones degeneradas entre sí y que codifican la misma secuencia de aminoácidos. La frase secuencia de nucleótidos que codifica una proteína o un ARN también puede incluir intrones en la medida en que la secuencia de nucleótidos que codifica la proteína puede en alguna versión contener un intrón(es).
[0224] El término "endógeno" se refiere a cualquier material procedente o producido dentro de un organismo, célula, tejido o sistema.
[0225] La expresión "cantidad eficaz" o "cantidad terapéuticamente eficaz" se usan indistintamente en el presente documento y se refieren a una cantidad de un compuesto, formulación, material o composición, como se describe en el presente documento, eficaz para lograr un resultado biológico particular.
[0226] El término "exógeno" se refiere a cualquier material introducido o producido fuera de un organismo, célula, tejido o sistema. El término "expresión" se refiere a la transcripción y/o traducción de una secuencia de nucleótidos particular impulsada por un promotor.
[0227] La expresión "conector polipeptídico flexible" o "conector", como se usa en el contexto de un scFv, se refiere a un conector peptídico que consiste en aminoácidos como residuos de glicina y/o serina usados solos o en combinación para unir regiones de cadena pesada variable y de cadena ligera variable. En una realización, el conector polipeptídico flexible es un conector Gly/Ser y comprende la secuencia de aminoácidos (Gly-Gly-Gly-Ser)<n>, en donde n es un número entero positivo igual a o mayor que 1. Por ejemplo, n=1, n=2, n=3. n=4, n=5, n=6, n=7, n=8, n=9 y n=10 (SEQ ID NO: 28). En una realización, los conectores polipeptídicos flexibles incluyen, entre otros, (Gly<4>Ser)<4>(SEQ ID NO:29) o (Gly<4>Ser)<3>(SEQ ID NO:30). En otra realización, los conectores incluyen múltiples repeticiones de (Gly<2>Ser), (GlySer) o (Gly<3>Ser) (SEQ ID NO:31). Dentro del alcance de la invención también se incluyen los conectores descritos en el documento de patente WO2012/138475.
[0228] Los términos "homología" o "identidad", como se usan indistintamente en el presente documento, se refieren a la similitud de secuencia entre dos secuencias polinucleotídicas o entre dos secuencias polipeptídicas, siendo la identidad una comparación más estricta. Las expresiones "porcentaje de identidad u homología" y "% de identidad u homología" se refieren al porcentaje de similitud de secuencia encontrado en una comparación de dos o más secuencias polinucleotídicas o dos o más secuencias polipeptídicas. "Similitud de secuencia" se refiere al porcentaje de similitud en la secuencia de pares de bases (según se determina mediante cualquier método adecuado) entre dos o más secuencias polinucleotídicas. Dos o más secuencias pueden tener una similitud entre cualquiera del 0-100 %, o cualquier valor entero entre ellas. La identidad o similitud se puede determinar comparando una posición en cada secuencia que se puede alinear a efectos de comparación. Cuando una posición en la secuencia comparada está ocupada por la misma base de nucleótidos o aminoácido, entonces las moléculas son idénticas en esa posición. Un grado de similitud o identidad entre las secuencias polinucleotídicas es una función del número de nucleótidos idénticos o coincidentes en las posiciones compartidas por las secuencias polinucleotídicas. Un grado de identidad de las secuencias polipeptídicas es una función del número de aminoácidos idénticos en las posiciones compartidas por las secuencias polipeptídicas. Un grado de homología o similitud de secuencias polipeptídicas es una función del número de aminoácidos en posiciones compartidas por las secuencias polipeptídicas. La expresión "homología sustancial", como se usa en el presente documento, se refiere a una homología de al menos un 50 %, al menos un 60 %, al menos un 65 %, al menos un 70 %, al menos un 75%, al menos un 80 %, al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 95 % o más.
[0229] Las formas "humanizadas" de anticuerpos no humanos (por ejemplo, murinos) son inmunoglobulinas quiméricas, cadenas de inmunoglobulina o fragmentos de las mismas (tales como Fv, Fab, Fab', F(ab')2 u otras subsecuencias de unión al antígeno de anticuerpos) que contienen una secuencia mínima derivada de inmunoglobulina no humana. En su mayor parte, los anticuerpos humanizados y sus fragmentos de anticuerpos son inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor o fragmento de anticuerpo) en los que los residuos de una región determinante de complementariedad (CDR) del receptor se reemplazan por residuos de una CDR de una especie no humana (anticuerpo donante), como ratón, rata o conejo, que tiene la especificidad, afinidad y capacidad deseadas. En algunos casos, los restos de la región estructural Fv (FR) de la inmunoglobulina humana se sustituyen por restos no humanos correspondientes. Además, un anticuerpo/fragmento de anticuerpo humanizado puede comprender residuos que no se encuentran ni en el anticuerpo receptor ni en las secuencias CDR o marco importadas. Estas modificaciones pueden refinar y optimizar aún más el rendimiento del anticuerpo o del fragmento de anticuerpo. En general, el anticuerpo humanizado o fragmento de anticuerpo del mismo comprenderá sustancialmente la totalidad de al menos uno, y normalmente dos, dominios variables, en los que todas o sustancialmente todas las regiones CDR corresponden a las de una inmunoglobulina no humana y todas o una porción significativa de las regiones FR son las de una secuencia de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado o fragmento de anticuerpo también puede comprender al menos una porción de una región constante de inmunoglobulina (Fc), normalmente la de una inmunoglobulina humana. Para más detalles, véase Jones et al., NATURE, 321: 522-525, 1986; Reichmann et al., NATURE, 332: 323-329, 1988; Presta, CURR. OP. STRUCT. BIOL., 2: 593-596, 1992.
[0230] "Célula efectora inmunitaria", como se usa dicha expresión en este documento, se refiere a una célula que participa en una respuesta inmunitaria, por ejemplo, en la promoción de una respuesta efectora inmunitaria. Los ejemplos de células efectoras inmunitarias incluyen linfocitos T, por ejemplo, linfocitos T alfa/beta y linfocitos T gamma/delta, linfocitos B, linfocitos citolíticos naturales (NK), linfocitos T citolíticos naturales (NK-T), mastocitos y fagocitos de origen mieloide. La "función efectora inmunitaria o respuesta efectora inmunitaria", como se usa dicha expresión en el presente documento, se refiere a una función o respuesta, por ejemplo, de una célula efectora inmunitaria, que potencia o promueve un ataque inmunitario de una célula diana. Por ejemplo, una función o respuesta efectora inmunitaria se refiere a una propiedad de un linfocito T o célula NK que promueve la muerte o la inhibición del crecimiento o la proliferación de una célula diana.
[0231] En el caso de un linfocito T, la estimulación primaria y la coestimulación son ejemplos de función o respuesta efectora inmunitaria.
[0232] El término "4-1BB" se refiere a un miembro de la superfamilia TNFR con una secuencia de aminoácidos proporcionada como n.º de acceso de GenBank AAA62478.2, o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, ratón, roedor, mono, simio y similares; y un "dominio coestimulador 4-1BB" se define como los residuos de aminoácidos 214-255 del n.º de acceso de GenBank AAA62478.2, o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, ratón, roedor, mono, simio y similares. En un aspecto, el "dominio coestimulador 4-1BB" es la secuencia proporcionada como SEQ ID NO:16 o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, ratón, roedor, mono, simio y similares.
[0233] Un "dominio de señalización intracelular", como se usa el término en el presente documento, se refiere a una porción intracelular de una molécula. El dominio de señalización intracelular puede generar una señal que fomenta una función efectora inmunitaria de la célula que contiene CAR, por ejemplo, una célula que expresa CAR, por ejemplo, un linfocito T o una célula NK. Los ejemplos de función efectora inmunitaria, por ejemplo en una célula que expresa CAR, incluyen actividad citolítica y actividad auxiliar, incluyendo la secreción de citocinas. En realizaciones, el dominio de señalización intracelular es la porción de una proteína que transduce la señal de la función efectora y dirige a la célula para que realice una función especializada. Aunque puede emplearse todo el dominio de señalización intracelular, en muchos casos no es necesario utilizar toda la cadena. En la medida en que se use una porción truncada del dominio de señalización intracelular, dicha porción truncada puede usarse en lugar de la cadena intacta siempre que transduce la señal de función efectora. Por lo tanto, la expresión dominio de señalización intracelular pretende incluir cualquier porción truncada del dominio de señalización intracelular suficiente para transducir la señal de la función efectora.
[0234] En una realización, el dominio de señalización intracelular puede comprender un dominio de señalización intracelular primaria. Los dominios de señalización intracelular primaria a modo de ejemplo incluyen los derivados de las moléculas responsables de la estimulación primaria o simulación dependiente de antígeno. En una realización, el dominio de señalización intracelular puede comprender un dominio intracelular coestimulador. Los dominios de señalización intracelular coestimuladores a modo de ejemplo incluyen derivados de moléculas responsables de señales coestimuladoras o de estimulación independiente del antígeno. Por ejemplo, en el caso de una célula que expresa CAR (por ejemplo, un linfocito T, una célula NK), un dominio de señalización intracelular primario puede comprender una secuencia citoplásmica de un receptor de linfocitos T, y un dominio de señalización intracelular coestimulador puede comprender una secuencia citoplásmica de un correceptor o una molécula coestimuladora.
[0235] Un dominio de señalización intracelular primario puede comprender un motivo de señalización que es conocido como motivo de activación basado en tirosina del inmunorreceptor o ITAM. Los ejemplos de secuencias de señalización citoplásmicas primarias que contienen ITAM incluyen, pero no se limitan a, aquellos derivados de CD3 zeta, FcR gamma, FcR beta, CD3 gamma, CD3 delta, CD3 épsilon, CD5, CD22, CD79a, CD79b, CD278 ("ICOS"), FcεRI, CD66d, CD32, DAP10 y DAP12.
[0236] Como se usa en el presente documento, el "ARN transcrito in vitro" se refiere a ARN, por ejemplo, ARNm que se ha sintetizado in vitro. Generalmente, el ARN transcritoin vitrose genera a partir de un vector de transcripciónin vitro. El vector de transcripciónin vitrocomprende una plantilla que se usa para generar el ARN transcritoin vitro.
[0237] El término "aislado" significa alterado o eliminado del estado natural. Por ejemplo, un ácido nucleico o un péptido presente de forma natural en un animal vivo no está "aislado", pero el mismo ácido nucleico o péptido separado parcial o completamente de los materiales coexistentes de su estado natural sí está "aislado". Un ácido nucleico o proteína aislado puede existir en forma sustancialmente purificada o puede existir en un entorno no nativo como, por ejemplo, una célula huésped.
[0238] El término "lentivirus" se refiere a un género de la familia Retroviridae. Los lentivirus son únicos entre los retrovirus porque pueden infectar células que no se dividen; pueden suministrar una cantidad significativa de información genética al ADN de la célula huésped, por lo que son uno de los métodos más eficientes de vector de suministro de genes. VIH, VIS y VIF son ejemplos de lentivirus.
[0239] La expresión "vector lentivírico" se refiere a un vector derivado de al menos una porción de un genoma de lentivirus, incluyendo especialmente un vector lentivírico autoinactivante como se proporciona en Milone et al., MOL. THER.17(8): 1453-1464 (2009). Otros ejemplos de vectores lentivíricos que pueden usarse en la clínica incluyen, entre otros, por ejemplo, la tecnología de suministro de genes LENTIVECTOR<®>de Oxford BioMedica, el sistema de vectores LENTIMAX<™>de Lentigen y similares. También están disponibles tipos no clínicos de vectores lentivíricos y serían conocidos por un experto en la técnica.
[0240] La expresión "dosis baja, de potenciación inmunitaria", cuando se usa junto con un inhibidor de mTOR, por ejemplo, un inhibidor de mTOR alostérico, por ejemplo, RAD001 o rapamicina, o un inhibidor de mTOR catalítico, se refiere a una dosis de inhibidor de mTOR que inhibe parcialmente, pero no completamente, la actividad de mTOR, por ejemplo, medida por la inhibición de la actividad cinasa P70 S6. La dosis es insuficiente para producir una supresión inmunitaria completa, pero es suficiente para mejorar la respuesta inmunitaria.
[0241] La expresión "ácido nucleico" o el término "polinucleótido" se refiere a ácido desoxirribonucleico (ADN) o ácido ribonucleico (ARN), o una combinación de ADN o ARN del mismo, y a polímeros del mismo en forma monocatenaria o bicatenaria. La expresión "ácido nucleico" incluye un gen, ADNc o un ARNm. En una realización, la molécula de ácido nucleico es sintética (por ejemplo, sintetizada químicamente) o recombinante. A menos que se limite específicamente, las expresiones engloban ácidos nucleicos que contienen análogos o derivados de nucleótidos naturales que tienen propiedades de unión similares a las del ácido nucleico de referencia y son metabolizados de un modo similar a los nucleótidos naturales. A menos que se indique lo contrario, una secuencia de ácido nucleico particular también abarca implícitamente variantes modificadas de forma conservadora de la misma (por ejemplo, sustituciones de codones degenerados), alelos, ortólogos, SNP y secuencias complementarias, así como la secuencia indicada explícitamente. Específicamente, las sustituciones de codones degenerados se pueden lograr generando secuencias en las que la tercera posición de uno o más codones seleccionados (o todos) está sustituida con residuos de base mixta y/o desoxiinosina (Batzer et al., NUCLEIC ACID RES.
[0242] 19:5081 (1991); Ohtsuka et al., J. BIOL. CHEM. 260:2605-2608 (1985); y Rossolini et al., MOL. CELL. Probes 8:91-98 (1994)). En el contexto de la presente invención, se usan las siguientes abreviaturas para las bases de ácidos nucleicos que aparecen comúnmente. "A" se refiere a adenosina, "C" se refiere a citosina, "G" se refiere a guanosina, "T" se refiere a timidina y "U" se refiere a uridina.
[0244] Un "marcador de ácido nucleico" o "biomarcador de ácido nucleico" es un ácido nucleico (por ejemplo, ADN, ARNm, ADNc) codificado por o correspondiente a un marcador como se describe en el presente documento. Por ejemplo, dichas moléculas de ácido nucleico marcadoras incluyen ADN (por ejemplo, ADN genómico y ADNc) que comprende la secuencia completa o parcial de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico expuestas, o el complemento o fragmento de hibridación de dicha secuencia. Las moléculas de ácido nucleico marcadoras también incluyen ARN que comprende la secuencia completa o parcial de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico expuestas en el presente documento, o el complemento de dicha secuencia, en donde todos los residuos de timidina se reemplazan con residuos de uridina. Una "proteína marcadora" es una proteína codificada por o correspondiente a un marcador de la divulgación. Una proteína marcadora comprende la secuencia completa o parcial de una proteína codificada por cualquiera de las secuencias expuestas en el presente documento, o un fragmento de la misma. Los términos "proteína" y "polipéptido" se usan indistintamente en el presente documento.
[0246] La expresión "unido operativamente" o "control transcripcional" se refiere a un enlace funcional entre una secuencia reguladora y una secuencia de ácido nucleico heteróloga que da como resultado la expresión de esta última. Por ejemplo, una primera secuencia del ácido nucleico está unida operativamente a una segunda secuencia del ácido nucleico cuando la primera secuencia del ácido nucleico se pone en una relación funcional con una segunda secuencia del ácido nucleico. Por ejemplo, un promotor está unido operativamente a una secuencia codificante si el promotor afecta a la transcripción o expresión de la secuencia codificante. Las secuencias de ADN unidas operativamente pueden ser contiguas entre sí y, por ejemplo, cuando es necesario unir dos regiones codificantes de proteínas, están en el mismo marco de lectura.
[0247] Una "sobreexpresión" o "nivel significativamente mayor de expresión" de los productos génicos se refiere a un nivel de expresión o número de copias en una muestra de ensayo que es mayor que el error estándar del ensayo empleado para evaluar el nivel de expresión. En realizaciones, la sobreexpresión puede ser al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o al menos diez o más veces el nivel de expresión del gen en una muestra de control o el nivel de expresión promedio de productos génicos en varias muestras de control.
[0249] Los términos "péptido", "polipéptido" y "proteína" se usan indistintamente y se refieren a un compuesto que comprende residuos de aminoácidos enlazados covalentemente mediante enlaces peptídicos. Una proteína o péptido debe contener al menos dos aminoácidos, y no se establece ninguna limitación en el número máximo de aminoácidos que pueden comprender la secuencia de una proteína o péptido. Los polipéptidos incluyen cualquier péptido o proteína que comprende dos o más aminoácidos unidos entre sí mediante enlaces peptídicos. Como se usa en el presente documento, el término se refiere tanto a cadenas cortas, a las que también se hace referencia comúnmente en la técnica como péptidos, oligopéptidos y oligómeros, por ejemplo, como a cadenas más largas, a las que generalmente se hace referencia en la técnica como proteínas, de las que hay muchos tipos. Los "polipéptidos" incluyen, por ejemplo, fragmentos biológicamente activos, polipéptidos sustancialmente homólogos, oligopéptidos, homodímeros, heterodímeros, variantes de polipéptidos, polipéptidos modificados, derivados, análogos, proteínas de fusión, entre otros. Un polipéptido incluye un péptido natural, un péptido recombinante o una combinación de los mismos.
[0251] Como se usa en el presente documento, una "poli(A)" es una serie de adenosinas unidas mediante poliadenilación al ARNm. En una realización de una construcción para la expresión transitoria, la poliA está entre 50 y 5000 (SEQ ID NO: 34) (por ejemplo, 2000; SEQ ID NO: 32), por ejemplo, 64 (SEQ ID NO: 44), por ejemplo, mayor de 100 (SEQ ID NO: 53), por ejemplo, mayor de 400 (SEQ ID NO: 38). Las secuencias de poli(A) pueden modificarse química o enzimáticamente para modular la funcionalidad del ARNm, como la localización, la estabilidad o la eficacia de la traducción.
[0253] Como se usa en el presente documento, "poliadenilación" se refiere al enlace covalente de un resto de poliadenililo, o su variante modificada, a una molécula de ARN mensajero. En organismos eucariotas, la mayoría de las moléculas de ARN mensajero (ARNm) están poliadeniladas en el extremo 3'. La cola 3' de poli(A) es una larga secuencia de nucleótidos de adenina (frecuentemente varios cientos) añadidos al pre-ARNm a través de la acción de una enzima, la poliadenilato polimerasa. En los eucariotas superiores, la cola poli(A) se añade a las transcripciones que contienen una secuencia específica, la señal de poliadenilación. La cola de poli(A) y la proteína unida a ella ayudan a proteger el ARNm de la degradación por exonucleasas. La poliadenilación también es importante para la terminación de la transcripción, la exportación de ARNm desde el núcleo y la traducción. La poliadenilación ocurre en el núcleo inmediatamente después de la transcripción del ADN en ARN, pero también puede ocurrir más tarde en el citoplasma. Una vez finalizada la transcripción, la cadena de ARNm se escinde mediante la acción de un complejo de endonucleasa asociado con ARN polimerasa. El sitio de escisión se caracteriza generalmente por la presencia de la secuencia de bases AAUAAA cerca del sitio de escisión. Una vez escindido el ARNm, se añaden residuos de adenosina al extremo 3' libre en el sitio de escisión. El término "sonda" se refiere a cualquier molécula que es capaz de unirse selectivamente a una molécula diana específicamente prevista, por ejemplo, un marcador de la divulgación. Las sondas pueden ser sintetizadas por un experto en la técnica o derivarse de preparados biológicos apropiados. Para los fines de detección de la molécula diana, las sondas pueden diseñarse específicamente para etiquetarse, como se describe en el presente documento. Los ejemplos de moléculas que se pueden utilizar como sondas incluyen, entre otros, ARN, ADN, proteínas, anticuerpos y monómeros orgánicos.
[0254] El término "promotor" se refiere a una secuencia de ADN reconocida por la maquinaria sintética de la célula, o maquinaria sintética introducida, necesaria para iniciar la transcripción específica de una secuencia de polinucleótidos.
[0255] El término "secuencia promotora/reguladora" se refiere a una secuencia de ácido nucleico que se requiere para la expresión de un producto genético unido operativamente a la secuencia promotora/reguladora. En algunos casos, esta secuencia puede ser la secuencia promotora central y, en otros casos, esta secuencia también puede incluir una secuencia potenciadora y otros elementos reguladores necesarios para la expresión del producto genético. La secuencia promotora/reguladora puede, por ejemplo, ser una que exprese el producto genético de una manera específica del tejido. El término "profilaxis", como se usa en el presente documento, significa la prevención o el tratamiento protector de una enfermedad o estado patológico.
[0256] "Refractario", como se usa en el presente documento, se refiere a una enfermedad, por ejemplo, cáncer, que no responde a un tratamiento. En algunas realizaciones, un cáncer refractario puede ser resistente a un tratamiento antes o al comienzo del tratamiento. En otras realizaciones, el cáncer refractario se puede volver resistente durante un tratamiento. Un cáncer refractario también se denomina cáncer resistente.
[0257] "Recaída", como se usa en el presente documento, se refiere al regreso de una enfermedad (por ejemplo, cáncer) o los signos y síntomas de una enfermedad como el cáncer después de un periodo de mejora, por ejemplo, después de un tratamiento previo de una terapia, por ejemplo, terapia contra el cáncer.
[0258] Intervalos: a lo largo de esta divulgación, se pueden presentar en un formato de intervalo diversos aspectos de la invención. Se debe entender que la descripción en el formato de intervalo es simplemente por comodidad y brevedad y no se debe interpretar como una limitación inflexible del alcance de la invención. En consecuencia, debe considerarse que la descripción de un intervalo ha divulgado específicamente todos los subintervalos posibles, así como los valores numéricos individuales dentro de ese intervalo. Por ejemplo, la descripción de un intervalo, tal como desde 1 hasta 6, se debe considerar que ha desvelado específicamente subintervalos, tales como desde 1 hasta 3, desde 1 hasta 4, desde 1 hasta 5, desde 2 hasta 4, desde 2 hasta 6, desde 3 hasta 6, etc., así como números individuales dentro de ese intervalo, por ejemplo, 1, 2, 2,7, 3, 4, 5, 5,3 y 6. Como otro ejemplo, un intervalo tal como 95-99 % de identidad incluye algo con 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad, e incluye subintervalos tales como 96-99 %, 96-98 %, 96-97 %, 97-99 %, 97-98 % y 98-99 % de identidad. Esto se aplica independientemente de la amplitud del intervalo.
[0259] La expresión "anticuerpo recombinante" se refiere a un anticuerpo que se genera utilizando tecnología de ADN recombinante, tal como, por ejemplo, un anticuerpo expresado por un bacteriófago o un sistema de expresión en levaduras. El término también debe interpretarse en el sentido de que significa un anticuerpo que ha sido generado por la síntesis de una molécula de ADN que codifica el anticuerpo y cuya molécula de ADN expresa una proteína de anticuerpo, o una secuencia de aminoácidos que especifica el anticuerpo, en el que la secuencia de ADN o de aminoácidos se ha obtenido utilizando tecnología de secuencia de ADN o de aminoácidos recombinante que está disponible y es bien conocida en la técnica.
[0260] "Muestra", "muestra de tejido", "muestra de paciente", "muestra de tejido o célula de paciente" o "espécimen" se refiere una muestra biológica obtenida a partir de un tejido o líquido corporal de un sujeto o paciente. La fuente de la muestra de tejido puede ser tejido sólido a partir de un órgano, muestra de tejido, biopsia o aspirado fresco, congelado y/o conservado; sangre o cualquier constituyente sanguíneo (por ejemplo, suero, plasma); líquidos corporales tales como orina, líquido cefalorraquídeo, sangre entera, plasma y suero. La muestra puede incluir una fracción no celular (por ejemplo, orina, plasma, suero u otro líquido corporal no celular). En una realización, la muestra es una muestra de orina. En otras realizaciones, el líquido corporal a partir del cual se obtiene la muestra de un individuo comprende sangre (por ejemplo, sangre completa). En una realización, la muestra es una muestra de sangre completa obtenida del sujeto. En ciertas realizaciones, la sangre se puede procesar adicionalmente para obtener plasma o suero. En una realización, la muestra es una muestra de aféresis obtenida de la sangre del sujeto. En una realización, la muestra es una muestra de producto fabricado, por ejemplo, linfocitos T modificados genéticamente obtenidos de la sangre del sujeto, por ejemplo, un producto fabricado de células (linfocitos T) que expresan CAR, por ejemplo, un producto fabricado de células que expresan CAR para CD19. En otra realización, la muestra contiene un tejido, células (por ejemplo, células mononucleares de sangre periférica (CMSP)). Por ejemplo, la muestra puede ser una muestra de biopsia con aguja fina, una muestra de archivo (por ejemplo, una muestra archivada con un diagnóstico y/o historial de tratamiento conocido), una sección histológica (por ejemplo, una sección congelada o fijada con formol, por ejemplo, después de un almacenamiento a largo plazo), entre otras. El término muestra incluye cualquier material obtenido y/o derivado de una muestra biológica, incluyendo un polipéptido, y ácido nucleico (por ejemplo, ADN genómico, ADNc, ARN) purificado o procesado a partir de la muestra. La purificación y/o el procesamiento de la muestra puede implicar uno o más de extracción, concentración, aislamiento de anticuerpos, clasificación, concentración, fijación, adición de reactivos y similares. La muestra puede contener compuestos que no se entremezclen de manera natural con el tejido en la naturaleza, tales como conservantes, anticoagulantes, tampones, fijadores, nutrientes, antibióticos o similares.
[0261] El término "producto" o "producto fabricado", como se usa en la presente, se refiere a una composición fabricada que comprende una célula modificada genéticamente (por ejemplo, una célula efectora inmunitaria), por ejemplo, una población de células en la que una pluralidad de células se genomodifican para expresar un CAR, por ejemplo, un CAR descrito en el presente documento. Un producto fabricado puede ser cualquier célula efectora inmunitaria (linfocito T) modificada genéticamente, por ejemplo, células efectoras inmunitarias modificadas genéticamente obtenidas de la sangre del sujeto, por ejemplo, un producto fabricado de células que expresan CAR, por ejemplo, un producto fabricado de células que expresan CAR para CD19. En una realización, una célula (por ejemplo, una célula efectora inmunitaria) genomodificada para expresar un CAR puede obtenerse de una población celular expandida crioconservada activada (por ejemplo, una población de células efectoras inmunitarias expandidas).
[0262] La expresión "dominio de señalización" se refiere a la parte funcional de una proteína que actúa transmitiendo información dentro de la célula para regular la actividad celular a través de vías de señalización definidas generando segundos mensajeros o funcionando como efectores al responder a dichos mensajeros.
[0263] La cantidad de un biomarcador, por ejemplo, la expresión de productos génicos (por ejemplo, uno o más de los biomarcadores descritos en el presente documento), en un sujeto es "significativamente" mayor o menor que la cantidad normal de un marcador, si la cantidad del marcador es mayor o menor, respectivamente, que el nivel normal en una cantidad mayor que el error estándar del ensayo empleado para evaluar la cantidad, o al menos dos, tres, cuatro, cinco, diez o más veces esa cantidad. Alternativamente, la cantidad del marcador en el sujeto se puede considerar "significativamente" mayor o menor que la cantidad normal si la cantidad es al menos aproximadamente 1,5, dos, al menos aproximadamente tres, al menos aproximadamente cuatro o al menos aproximadamente cinco veces, mayor o menor, respectivamente, que la cantidad normal del marcador.
[0264] La expresión "se une específicamente" se refiere a un anticuerpo, o un ligando, que reconoce y se une a una proteína compañera de unión afín presente en una muestra, pero cuyo anticuerpo o ligando no reconoce sustancialmente ni se une a otras moléculas en la muestra.
[0265] El término "estimulación" se refiere a una respuesta primaria inducida por la unión de una molécula estimuladora (por ejemplo, un complejo TCR/CD3) con su ligando afín para mediar con ello en un evento de transducción de señales, tal como, entre otros, la transducción de señales a través del complejo TCR/CD3. La estimulación puede mediar en la expresión alterada de ciertas moléculas, tal como que la regulación por disminución de TGF-β, y/o la reorganización de estructuras citoesqueléticas, y similares.
[0266] La expresión "molécula estimuladora" se refiere a una molécula expresada por un linfocito T que proporciona la secuencia o secuencias de señalización citoplásmica primaria que regulan la activación primaria del complejo TCR de manera estimuladora para al menos algún aspecto de la vía de señalización de linfocitos T. En un aspecto, la señal primaria se inicia, por ejemplo, mediante la unión de un complejo TCR/CD3 con una molécula de MHC cargada con péptido, y que da lugar a la mediación de una respuesta de linfocitos T, que incluye, entre otras, proliferación, activación, diferenciación y similares. Una secuencia de señalización citoplásmica primaria (también denominada "dominio de señalización primaria") que actúa de manera estimuladora puede contener un motivo de señalización conocido como motivo de activación basado en tirosina del inmunorreceptor o ITAM. Los ejemplos de una secuencia de señalización citoplasmática que contiene ITAM que es de uso particular en la invención incluye, entre otras, las derivadas de CD3 zeta, FcR gamma común (FCER1G), Fc gamma RIIa, FcR beta (Fc épsilon R1b), CD3 gamma, CD3 delta, CD3 épsilon, CD79a, CD79b, DAP10 y DAP12. En un CAR específico de uso en la invención, el dominio de señalización intracelular de cualquiera de uno o más CAR de uso en la invención comprende una secuencia de señalización intracelular, por ejemplo, una secuencia de señalización primaria de CD3-zeta. En un CAR específico de uso en la invención, la secuencia de señalización primaria de CD3-zeta es la secuencia proporcionada como SEQ ID NO:17 o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, de ratón, roedor, mono, simio y similares. En un CAR específico de uso en la invención, la secuencia de señalización primaria de CD3-zeta es la secuencia proporcionada como SEQ ID NO:30 o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, de ratón, roedor, mono, simio y similares.
[0267] El término "sujeto" pretende incluir organismos vivos en los que se puede provocar una respuesta inmunitaria (por ejemplo, mamíferos, seres humanos). En una realización, un sujeto es un mamífero. En una realización, un sujeto es un ser humano.
[0268] En una realización, un sujeto es un paciente. Los ejemplos de sujetos incluyen seres humanos, monos, chimpancés, perros, gatos, ratones, ratas y especies transgénicas de estos.
[0269] El término "terapéutico", como se usa en el presente documento, significa un tratamiento. Un efecto terapéutico se obtiene mediante la reducción, supresión, remisión o erradicación de un estado patológico.
[0270] El término "transfectado", "transformado" o "transducido" se refiere a un proceso mediante el cual el ácido nucleico exógeno se transfiere o se introduce en la célula hospedadora. Una célula "transfectada" o "transformada" o "transducida" es una que se ha transfectado, transformado o transducido con ácido nucleico exógeno. La célula incluye la célula objeto primaria y su descendencia.
[0271] Como se usa en el presente documento, "transitorio" se refiere a la expresión de un transgén no integrado durante un periodo de horas, días o semanas, en donde el periodo de tiempo de expresión es menor que el periodo de tiempo para la expresión del gen si está integrado en el genoma o contenido dentro de un replicón plasmídico estable en la célula hospedadora. En realizaciones, una molécula de CAR se expresa transitoriamente en una célula, por ejemplo, una célula hospedadora, durante un periodo finito de tiempo o número de replicaciones celulares, por ejemplo, menos de 50 días (por ejemplo, menos de 40, 30, 25, 20, 15, 10, 5, 4, 3, 2 o menos días). En una realización, la expresión transitoria se efectúa usando un ARN transcrito in vitro.
[0272] Como se usa en el presente documento, "estable" se refiere a la expresión de un transgén que es durante un periodo más largo que la expresión transitoria. En realizaciones, el transgén se integra en el genoma de una célula, por ejemplo, una célula hospedadora, o está contenido dentro de un replicón plasmídico estable en la célula. En una realización, un transgén se integra en el genoma celular usando un vector de suministro génico, por ejemplo, un vector retrovírico tal como un vector de lentivirus.
[0273] La expresión "dominio transmembranario" se refiere a un polipéptido que abarca la membrana plasmática. En una realización, enlaza una secuencia extracelular, por ejemplo, un dominio de conmutación, un elemento de reconocimiento extracelular, por ejemplo, un dominio de unión al antígeno, un dominio de unión a contraligando inhibidor o dominio ECD coestimulador, a una secuencia intracelular, por ejemplo, a un dominio de conmutación o un dominio de señalización intracelular. Un dominio transmembranario puede incluir uno o más aminoácidos adicionales adyacentes a la región transmembranaria, por ejemplo, uno o más aminoácidos asociados con la región extracelular de la proteína de la que se derivó la transmembrana (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 hasta 15 aminoácidos de la región extracelular) y/o uno o más aminoácidos adicionales asociados con la región intracelular de la proteína de la que deriva la proteína transmembranaria (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 hasta 15 aminoácidos de la región intracelular). En el presente documento se divulgan ejemplos de dominios transmembranarios.
[0274] Los términos "tratar", "tratamiento" y "que trata" se refieren a la reducción o mejora de la progresión, gravedad y/o duración de un trastorno proliferativo, o la mejora de uno o más síntomas (por ejemplo, uno o síntomas más discernibles) de un trastorno proliferativo resultante de la administración de una o más terapias (por ejemplo, uno o más agentes terapéuticos, tales como un CAR de uso en la invención). En realizaciones específicas, los términos "tratar", "tratamiento" y "que trata" se refieren a la mejora de al menos un parámetro físico mensurable de un trastorno proliferativo, tal como el crecimiento de un tumor, no necesariamente discernible por el paciente. En otras realizaciones, los términos "tratar", "tratamiento" y "que trata" se refieren a la inhibición de la progresión de un desorden proliferativo, ya sea físicamente mediante, por ejemplo, la estabilización de un síntoma discernible, fisiológicamente mediante, por ejemplo, la estabilización de un parámetro físico o ambos. En otras realizaciones, los términos "tratar", "tratamiento" y "que trata" se refieren a la reducción o la estabilización del tamaño del tumor o del recuento de células cancerosas.
[0275] Una "subexpresión" o "nivel de expresión significativamente inferior" de productos (por ejemplo, los marcadores expuestos en el presente documento) se refiere a un nivel de expresión en una muestra de ensayo que es mayor que el error estándar del ensayo empleado para evaluar la expresión, por ejemplo, al menos 1,5, dos veces, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o al menos diez o más veces menos que el nivel de expresión del gen en una muestra de control, o el nivel de expresión promedio de productos génicos en varias muestras de control.
[0276] El término "xenógeno" se refiere a un injerto derivado de un animal de una especie diferente.
[0277] El término "zeta", o alternativamente "cadena zeta" o "CD3-zeta", se define como la proteína proporcionada como n.º de acceso de GenBank BAG36664.1, o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, ratón, roedor, mono, simio y similares, y un "dominio estimulador zeta", o alternativamente un "dominio estimulador CD3-zeta" o un "dominio estimulador TCR-zeta", se define como los residuos de aminoácidos del dominio citoplasmático de la cadena zeta que son suficientes para transmitir funcionalmente una señal inicial necesaria para la activación de linfocitos T. En un aspecto, el dominio citoplasmático de zeta comprende los residuos 52 a 164 del n.º de acceso de GenBank BAG36664.1 o los residuos equivalentes de una especie no humana, por ejemplo, ratón, roedor, mono, simio y similares, que son ortólogos funcionales del mismo. En un aspecto, el "dominio estimulador zeta" o un "dominio estimulador CD3-zeta" es la secuencia proporcionada como SEQ ID NO:18 (CD3 zeta mutante). En un aspecto, el "dominio estimulador zeta" o un "dominio estimulador CD3-zeta" es la secuencia proporcionada como SEQ ID NO: 20 (CD3 zeta natural).
[0278] A continuación se describen diversos aspectos de la divulgación en más detalle. A lo largo de la memoria descriptiva se exponen definiciones adicionales.
[0279] Síndrome de liberación de citocinas (SLC)
[0280] El síndrome de liberación de citocinas (SLC) es una toxicidad asociada con citocinas potencialmente mortal que puede producirse como resultado de la inmunoterapia contra el cáncer, por ejemplo, terapias con anticuerpos contra el cáncer o inmunoterapias de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T-CAR). El SLC es el resultado de la activación inmunitaria de alto nivel cuando un gran número de linfocitos y/o células mieloides liberan citocinas inflamatorias tras la activación. La gravedad del SLC y el momento de inicio de los síntomas pueden variar dependiendo de la magnitud de la activación de células inmunitarias, el tipo de terapia administrada y/o el grado de carga tumoral en un sujeto. En el caso de la terapia con linfocitos T para el cáncer, el inicio de los síntomas es normalmente de días a semanas después de la administración de la terapia con linfocitos T, por ejemplo, cuando hay un pico de expansión de linfocitos Tin vivo. Véase, por ejemplo, Lee et al. Blood.124.2(2014): 188-95.
[0281] Los síntomas del SLC pueden incluir toxicidad neurológica, coagulación intravascular diseminada, disfunción cardíaca, síndrome de dificultad respiratoria del adulto, insuficiencia renal y/o insuficiencia hepática. Por ejemplo, los síntomas del SLC pueden incluir fiebre con o sin escalofríos, fatiga, malestar, mialgias, vómitos, cefalea, náuseas, anorexia, artralgias, diarrea, erupción cutánea, hipoxemia, taquipnea, hipotensión, aumento de la presión del pulso, gasto cardíaco potencialmente disminuido (tardío), aumento del gasto cardíaco (temprano), azotemia, hipofibrinogenemia con o sin sangrado, dímero D elevado, hiperbilirrubinemia, transaminitis, confusión, delirio, cambios en el estado mental, alucinaciones, temblor, convulsiones, marcha alterada, dificultad para encontrar palabras, afasia franca o dismetría. Se cree que la IL-6 es un mediador de la toxicidad del SLC. Véase, por ejemplo, arriba. Los niveles elevados de IL-6 pueden iniciar una cascada de señalización de IL-6 proinflamatoria, que conduce a uno o más de los síntomas del SLC. Los niveles de IL-6 y sIL-6R se pueden medir, por ejemplo, como se describe en Chen et al., "Measuring IL-6 and sIL-6R in serum from patients treated with tocilizumab and/or siltuximab after CAR T cell therapy" J Immunol Methods. Julio de 2016;434:1-8. doi: 10.1016/j.jim.2016.03.005.
[0282] En algunos casos, el nivel de proteína C reactiva (CRP) (una biomolécula producida por el hígado, por ejemplo, en respuesta a IL-6) puede ser una medida de la actividad de IL-6. En algunos casos, los niveles de CRP pueden aumentar varias veces (por ejemplo, varios logaritmos) durante el SLC. Los niveles de CRP se pueden medir usando métodos descritos en el presente documento y/o métodos estándar disponibles en la técnica
[0283] Graduación del SLC
[0284] En algunas realizaciones, el SLC se puede clasificar en gravedad de 1-5 de la siguiente manera. Los grados 1-3 son menores que el SLC grave. Los grados 4-5 son SLC grave. Para el SLC de grado 1, solo se necesita tratamiento sintomático (por ejemplo, náuseas, fiebre, fatiga, mialgias, malestar, dolor de cabeza) y los síntomas no son potencialmente mortales. Para el SLC de grado 2, los síntomas requieren una intervención moderada y generalmente responden a una intervención moderada. Los sujetos que tienen SLC de grado 2 desarrollan hipotensión que responde a líquidos o a un vasopresor de dosis bajas; o desarrollan toxicidad orgánica de grado 2 o síntomas respiratorios leves que responden a oxígeno de bajo flujo (<40 % de oxígeno). En sujetos con SLC de grado 3, la hipotensión generalmente no puede revertirse con terapia de líquidos o con un vasopresor de dosis bajas. Estos sujetos generalmente requieren más que oxígeno de flujo bajo y tienen toxicidad orgánica de grado 3 (por ejemplo, disfunción renal o cardíaca o coagulopatía) y/o transaminitis de grado 4. Los sujetos de SLC de grado 3 requieren una intervención más agresiva, por ejemplo, oxígeno de un 40 % o más, vasopresor(es) de dosis alta y/o múltiples vasopresores. Los sujetos de SLC de grado 4 sufren síntomas que ponen en peligro la vida inmediatamente, incluyendo toxicidad orgánica de grado 4 o una necesidad de ventilación mecánica. Los sujetos de SLC de grado 4 generalmente no tienen transaminitis. En sujetos de SLC de grado 5, la toxicidad causa la muerte. En el presente documento se proporcionan conjuntos de criterios para clasificar el SLC como laTabla 13, laTabla 15y laTabla 16. A menos que se especifique lo contrario, el SLC, como se usa en el presente documento, se refiere a SLC según los criterios de laTabla 13.
[0285] Terapias para el SLC
[0286] Las terapias para el SLC incluyen inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab o siltuximab), bazedoxifeno, bloqueadores de sgp130, medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores y ventilación mecánica. En la solicitud internacional WO2014011984 se describen terapias a modo de ejemplo para el SLC.
[0287] Tocilizumab es un anticuerpo monoclonal anti-IL-6R humana humanizado de inmunoglobulina G1 kappa. Véase, por ejemplo, arriba. Tocilizumab bloquea la unión de IL-6 a receptores de IL-6 solubles y unidos a membrana (IL-6R) y, por lo tanto, inhibe la señalización clásica y en trans de IL-6. En realizaciones, tocilizumab se administra a una dosis de aproximadamente 4-12 mg/kg, por ejemplo, aproximadamente 4-8 mg/kg para adultos y aproximadamente 8-12 mg/kg para sujetos pediátricos, por ejemplo, administrada a lo largo del transcurso de 1 hora.
[0288] En algunas realizaciones, el agente terapéutico para el SLC es un inhibidor de la señalización de IL-6, por ejemplo, un inhibidor de IL-6 o receptor de IL-6. En una realización, el inhibidor es un anticuerpo anti-IL-6, por ejemplo, un anticuerpo monoclonal quimérico anti-IL-6 tal como siltuximab. En otras realizaciones, el inhibidor comprende una gp130 soluble (sgp130) o un fragmento de la misma que es capaz de bloquear la señalización de IL-6. En algunas realizaciones, la sgp130 o fragmento de la misma se fusiona a un dominio heterólogo, por ejemplo, un dominio Fc, por ejemplo, es una proteína de fusión gp130-Fc tal como FE301. En realizaciones, el inhibidor de la señalización de IL-6 comprende un anticuerpo, por ejemplo, un anticuerpo contra el receptor de IL-6, tal como sarilumab, olokizumab (CDP6038), elsilimomab, sirukumab (CNTO 136), ALD518/BMS-945429, ARGX-109 o FM101. En algunas realizaciones, el inhibidor de la señalización de IL-6 comprende una molécula pequeña tal como CPSI-2364.
[0289] Los medicamentos vasoactivos a modo de ejemplo incluyen, entre otros, angiotensina-11, endotelina-1, agonistas alfaadrenérgicos, rostanoides, inhibidores de la fosfodiesterasa, antagonistas de la endotelina, inótropos (por ejemplo, adrenalina, dobutamina, isoprenalina, efedrina), vasopresores (por ejemplo, noradrenalina, vasopresina, metaraminol, vasopresina, azul de metileno), inodilatadores (por ejemplo, milrinona, levosimendán) y dopamina.
[0290] Los vasopresores a modo de ejemplo incluyen, entre otros, norepinefrina, dopamina, fenilefrina, epinefrina y vasopresina. En algunas realizaciones, un vasopresor de dosis alta incluye uno o más de los siguientes: monoterapia con norpepinefrina a ≥20 ug/min, monoterapia con dopamina a ≥10 ug/kg/min, monoterapia con fenilefrina a ≥200 ug/min y/o monoterapia con epinefrina a ≥10 ug/min. En algunas realizaciones, si el sujeto está tomando vasopresina, un vasopresor de dosis alta incluye vasopresina equivalente de norepinefrina de ≥10 ug/min, donde la dosis equivalente de norepinefrina = [norepinefrina (ug/min)] [dopamina (ug/kg/min) / 2] [epinefrina (ug/min)] [fenilefrina (ug/min) / 10]. En algunas realizaciones, si el sujeto está tomando vasopresores combinados (no vasopresina), un vasopresor de dosis alta incluye equivalente de norepinefrina de ≥20 ug/min, donde la dosis equivalente de norepinefrina = [norepinefrina (ug/min)] [dopamina (ug/kg/min) / 2] [epinefrina (ug/min)] [fenilefrina (ug/min) / 10]. Véase, por ejemplo, arriba.
[0291] En algunas realizaciones, un vasopresor de dosis baja es un vasopresor administrado a una dosis inferior a una o más de las dosis enumeradas anteriormente para vasopresores de dosis alta.
[0292] Los corticosteroides a modo de ejemplo incluyen, entre otros, dexametasona, hidrocortisona y metilprednisolona. En realizaciones, se usa una dosis de dexametasona de 0,5 mg/kg. En realizaciones, se usa una dosis máxima de dexametasona de 10 mg/dosis. En realizaciones, se usa una dosis de metilprednisolona de 2 mg/kg/día.
[0293] Los agentes inmunosupresores a modo de ejemplo incluyen, entre otros, un inhibidor de TNFα o un inhibidor de IL-1. En realizaciones, un inhibidor de TNFα comprende un anticuerpo anti-TNFα, por ejemplo, anticuerpo monoclonal, por ejemplo, infliximab. En realizaciones, un inhibidor de TNFα comprende un receptor de TNFα soluble (por ejemplo, etanercept). En realizaciones, un inhibidor de IL-1 o IL-1R comprende anakinra.
[0294] En algunas realizaciones, al sujeto en riesgo de desarrollar SLC grave se le administra una terapia anti-IFN-gamma o antisIL2Ra, por ejemplo, una molécula de anticuerpo dirigida contra IFN-gamma o sIL2Ra.
[0295] En realizaciones, para un sujeto que ha recibido una molécula de anticuerpo terapéutico tal como blinatumomab y que tiene SLC o está en riesgo de desarrollar SLC, la molécula de anticuerpo terapéutico se administra a una dosis más baja y/o una frecuencia más baja, o se detiene la administración de la molécula de anticuerpo terapéutico.
[0296] En realizaciones, un sujeto que tiene SLC o está en riesgo de desarrollar SLC se trata con un medicamento para reducir la fiebre tal como acetaminofeno.
[0297] En realizaciones, se administra o proporciona a un sujeto en el presente documento una o más terapias para el SLC descritas en el presente documento, por ejemplo, uno o más de inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab), medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores, o ventilación mecánica, en cualquier combinación, por ejemplo, en combinación con una célula que expresa CAR descrita en el presente documento.
[0298] En realizaciones, a un sujeto en riesgo de desarrollar SLC grave (por ejemplo, identificado como que tiene un estado de alto riesgo de desarrollar SLC grave) se le administra una o más terapias para SLC descritas en el presente documento, por ejemplo, uno o más de inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab), medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores, o ventilación mecánica, en cualquier combinación, por ejemplo, en combinación con una célula que expresa CAR descrita en el presente documento.
[0299] En realizaciones, un sujeto en riesgo de desarrollar SLC grave o un sujeto identificado como en riesgo de desarrollar SLC grave se transfiere a una unidad de cuidados intensivos. En algunas realizaciones, un sujeto en riesgo de desarrollar SLC grave o un sujeto identificado como en riesgo de desarrollar SLC grave se monitoriza para uno o más síntomas o afecciones asociados con SLC, tales como fiebre, frecuencia cardíaca elevada, coagulopatía, MODS (síndrome de disfunción orgánica múltiple), disfunción cardiovascular, choque distributivo, miocardiopatía, disfunción hepática, disfunción renal, encefalopatía, convulsiones clínicas, insuficiencia respiratoria o taquicardia. En algunas realizaciones, los métodos del presente documento comprenden administrar una terapia para uno de los síntomas o afecciones asociados con el SLC. Por ejemplo, en realizaciones, por ejemplo, si el sujeto desarrolla coagulopatía, el método comprende administrar un crioprecipitado. En algunas realizaciones, por ejemplo, si el sujeto desarrolla disfunción cardiovascular, el método comprende administrar soporte para la infusión vasoactiva. En algunas realizaciones, por ejemplo, si el sujeto desarrolla shock distributivo, el método comprende administrar terapia con alfa-agonistas. En algunas realizaciones, por ejemplo, si el sujeto desarrolla miocardiopatía, el método comprende administrar terapia con milrinona. En algunas realizaciones, por ejemplo, si el sujeto desarrolla insuficiencia respiratoria, el método comprende realizar ventilación mecánica (por ejemplo, ventilación mecánica invasiva o ventilación mecánica no invasiva). En algunas realizaciones, por ejemplo, si el sujeto desarrolla shock, el método comprende administrar fluidos cristaloides y/o coloides.
[0300] En realizaciones, la célula que expresa CAR se administra antes, de forma concurrente o posterior a la administración de una o más terapias para SLC descritas en el presente documento, por ejemplo, uno o más de inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab), medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores o ventilación mecánica. En realizaciones, la célula que expresa CAR se administra en 2 semanas (por ejemplo, en 2 o 1 semana, o en 14 días, por ejemplo, en 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 día o menos) desde la administración de una o más terapias para SLC descritas en el presente documento, por ejemplo, uno o más de inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab), medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores o ventilación mecánica. En realizaciones, la célula que expresa CAR se administra al menos 1 día (por ejemplo, al menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 1, semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 1 mes, 2 meses, 3 meses, 3 meses, o más) antes o después de la administración de una o más terapias para el SLC descritas en el presente documento, por ejemplo, uno o más de inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab), medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores o ventilación mecánica.
[0302] En realizaciones, a un sujeto en riesgo de desarrollar SLC grave o a un sujeto identificado como en riesgo de desarrollar SLC grave se le administra una dosis única de un inhibidor de IL-6 o inhibidor del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab). En realizaciones, al sujeto se le administra una pluralidad de dosis (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, o más dosis) de un inhibidor de IL-6 o inhibidor del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab).
[0304] En realizaciones, a un sujeto con bajo o ningún riesgo de desarrollar SLC grave (por ejemplo, identificado como que tiene un estado de bajo riesgo de desarrollar SLC grave) no se le administra una terapia para SLC descrita en el presente documento, por ejemplo, uno o más de inhibidores de IL-6 o inhibidores del receptor de IL-6 (IL-6R) (por ejemplo, tocilizumab), medicamentos vasoactivos, corticosteroides, agentes inmunosupresores o ventilación mecánica.
[0306] En realizaciones, se determina que un sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave usando un método de evaluación o predicción de acuerdo con las reivindicaciones. En realizaciones, se determina que un sujeto tiene un bajo riesgo de desarrollar SLC grave usando un método de evaluación o predicción de acuerdo con las reivindicaciones.
[0307] Uso de biomarcadores para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC
[0309] Se pueden usar uno o más biomarcadores para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC. Los biomarcadores a modo de ejemplo que pueden usarse para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC incluyen citocinas y receptores de citocinas tales como sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF. Una o más (por ejemplo, dos o más, o tres o más) de las citocinas y receptores de citocinas, sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, puede usarse para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC. Una o más (por ejemplo, dos o más, o tres o más) de las citocinas y receptores de citocinas, IFN-y, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, puede usarse para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC. Se pueden usar una o más (por ejemplo, ambas) de las citocinas, IFN-γ y sgp130, para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto adulto o pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, dos o más, o las tres) de las citocinas y receptores de citocinas, IFN-γ, sgp130 e IL1Ra, para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto adulto o pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, dos o más, o las tres) de las citocinas, IFN-y, IL13 y MIP1α para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, dos o más, o las tres) de las citocinas, sgp130, MCP1 y eotaxina para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto adulto o pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, dos o más o las tres) de las citocinas, IL2, eotaxina y sgp130 para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico o adulto. Se pueden usar una o más (por ejemplo, dos o más o las tres) de las citocinas, IFN-gamma, IL2 y eotaxina para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, ambas) de IL10 y carga de la enfermedad para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, ambas) de las citocinas, IFN-gamma e IL-13 eotaxina para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, dos o más, o las tres) de las citocinas, IFN-gamma, IL-13 y MIP1-alfa, para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. Se pueden usar una o más (por ejemplo, ambas) de las citocinas IFN-gamma y MIP1-alfa, para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. En la invención, el estado de riesgo del SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto.
[0310] Los biomarcadores a modo de ejemplo usados para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC también pueden incluir evaluaciones de la carga de la enfermedad, por ejemplo, el grado de la enfermedad (por ejemplo, cáncer) en un sujeto. Por ejemplo, se puede realizar una evaluación de la carga de la enfermedad determinando el nivel de enfermedad (por ejemplo, cáncer) en una muestra biológica de un sujeto (por ejemplo, médula ósea de un sujeto). Por ejemplo, una carga de la enfermedad elevada se indica por la presencia de al menos un 25 % (por ejemplo, al menos un 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 % o más) de blastos de médula ósea (por ejemplo, determinados por morfología en un aspirado o biopsia, un ensayo de flujo en un aspirado o biopsia, y/o mediante MRD). En algunas realizaciones, una carga de la enfermedad elevada se indica por la presencia de al menos un 50 % de blastos de médula ósea. Por ejemplo, una carga de la enfermedad baja se indica por la presencia de menos de un 25 % (por ejemplo, un 24 % o menos, por ejemplo, un 24 %, 23 %, 22 %, 21 %, 20 %, 15 %, 10 %, 5 % o menos) de blastos de médula ósea (por ejemplo, determinados por morfología en un aspirado o biopsia, un ensayo de flujo en un aspirado o biopsia, y/o por MRD). En algunas realizaciones, una carga de la enfermedad baja se indica por la presencia de menos de un 0,1 %, 1 %, 5 %, 25 % o 50 % de blastos de médula ósea. En algunas realizaciones, el cáncer es LLA.
[0311] Se pueden usar una o más citocinas o receptores de citocinas en combinación con una evaluación de la carga de la enfermedad para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. En realizaciones, sgp130 y opcionalmente IFN-y, en combinación con la enfermedad de la médula ósea (por ejemplo, cáncer) se usan para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico. En realizaciones, las evaluaciones de la carga de la enfermedad, por ejemplo, a partir de médula ósea, por ejemplo, para el cáncer, se pueden determinar usando los métodos descritos en el presente documento, por ejemplo, como se describe en Borowitz et al. Blood.2008;111(12):5477-85; o Weir et al. Leukemia.1999;13(4):558-67.
[0312] Otro biomarcador a modo de ejemplo usado para evaluar (por ejemplo, predecir) la gravedad del SLC incluye el nivel o actividad de la proteína C reactiva (CRP). En realizaciones, se identifica que un sujeto con bajo riesgo de SLC grave tiene un nivel de CRP de menos de 7 mg/dl (por ejemplo, 7, 6,8, 6, 5, 4, 3, 2, 1 mg/dl o menos). En realizaciones, se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un nivel mayor de CRP en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre) en comparación con un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control. En realizaciones, el mayor nivel o actividad es al menos 2 veces mayor (por ejemplo, al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 100, 500, 1000 veces o mayor) en comparación con un sujeto con bajo riesgo de SLC grave o en comparación con un nivel o actividad de control.
[0313] En realizaciones, los biomarcadores de acuerdo con las reivindicaciones se usan para predecir la gravedad del SLC en un sujeto en una fase temprana después de la administración con un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento tal como, por ejemplo, CTL019). En realizaciones, los biomarcadores de acuerdo con las reivindicaciones se usan para predecir la gravedad del SLC en un sujeto en 2 semanas, por ejemplo, en 1 semana o menos después de la administración del linfocito T-CAR. En realizaciones, los biomarcadores de acuerdo con las reivindicaciones se usan para predecir la gravedad del SLC en un sujeto en 10 días (por ejemplo, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 día o menos después de la administración del linfocito T-CAR. En realizaciones, los biomarcadores de acuerdo con las reivindicaciones se usan para predecir la gravedad del SLC en un sujeto en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración del linfocito T-CAR. En realizaciones, los biomarcadores de acuerdo con las reivindicaciones se usan para predecir la gravedad del SLC en un sujeto antes de que el sujeto experimente uno o más síntomas del SLC de grado 2, 3, 4 o 5 (por ejemplo, antes de que el sujeto experimente uno o más síntomas del SLC de grado 3, 4 o 5, o SLC de grado 4 o 5).
[0314] En realizaciones, las citocinas sgp130 y opcionalmente IFN-γ se usan para predecir la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto adulto o pediátrico, en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración de un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento tal como, por ejemplo, CTL019). En realizaciones, las citocinas y los receptores de citocinas sgp130 y opcionalmente IFN-γ y/o IL1Ra, se usan para predecir la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto adulto o pediátrico, en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración de un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento como, por ejemplo, CTL019).
[0315] En realizaciones, las citocinas sgp130 y opcionalmente IFN-γ, en combinación con una enfermedad de la médula ósea (por ejemplo, cáncer), se usan para predecir la gravedad del SLC, por ejemplo, en un sujeto pediátrico, en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración de un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento tal como, por ejemplo, CTL019).
[0316] En realizaciones, el nivel o actividad de CRP se usa para predecir la gravedad de SLC, por ejemplo, en un sujeto adulto o pediátrico, en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración de un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento tal como, por ejemplo, CTL019).
[0318] Niveles elevados o reducidos de una o más de las citocinas y receptores de citocinas descritos en la presente, por ejemplo, sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-y, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, en relación con un nivel de control, puede indicar que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave. En la invención, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R.
[0320] Niveles de una o más de las citocinas o receptores de citocinas descritos en la presente, por ejemplo, sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, que están elevados o reducidos con respecto a un nivel de referencia, puede indicar que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave. En la invención, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R. En realizaciones, los niveles de una o más de las citocinas o receptores de citocinas de acuerdo con las reivindicaciones que se elevan en al menos 2 veces (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 500, 1000 veces o más) con respecto a un nivel de control (por ejemplo, un nivel basal), indican que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave. En realizaciones, los niveles de una o más de las citocinas o receptores de citocinas de acuerdo con las reivindicaciones que se reducen en al menos un 10 % (por ejemplo, al menos un 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 % o un 99 %) con respecto a un nivel de referencia, indican que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave. En algunas realizaciones, el nivel de referencia es un valor que no depende del nivel basal de la citocina o receptor de citocinas en el sujeto. En algunas realizaciones, el nivel de referencia es un nivel descrito en la Tabla 7 suplementaria de Teachey et al. Cancer Discov. Junio de 2016;6(6):664-79. (valores basales de citocinas o receptores de citocinas) o Tabla 8 suplementaria de Teachey et al. (valores basales de citocinas o receptores de citocinas por carga de la enfermedad). En algunas realizaciones, el nivel elevado o reducido de una citocina o receptor de citocinas es un valor de Peak35 de la Tabla 9 suplementaria de Teachey et al. (valores de citocinas o receptores de citocinas Peak35 en niños y adultos por grado). En algunas realizaciones, el valor elevado o reducido de una citocina o receptor de citocinas es ± 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 % o 95 % de un valor de Peak35 de la Tabla 9 suplementaria de Teachey et al. En algunas realizaciones, el nivel elevado de una citocina o receptor de citocinas dado está entre la mediana del nivel de ese receptor de citocinas o citocinas en la Tabla 7 suplementaria de Teachey et al. (como límite inferior) y el nivel máximo más alto de esa citocina en la Tabla 9 suplementaria de Teachey et al. (como límite superior), por ejemplo, el nivel máximo más alto en pacientes con SLC0-3 o SLC4-5 en la cohorte total. En algunas realizaciones, el nivel elevado de una citocina o receptor de citocinas dado está entre la mediana del nivel de ese receptor de citocinas o citocinas en la Tabla 8 suplementaria de Teachey et al. (como límite inferior) y el nivel máximo más alto de esa citocina o receptor de citocinas en la Tabla 9 suplementaria de Teachey et al. (como límite superior), por ejemplo, el nivel máximo más alto en pacientes con SLC0-3 o SLC4-5 en la cohorte total. En algunas realizaciones, el nivel reducido de una citocina o receptor de citocinas dado está entre el nivel máximo más bajo de esa citocina o receptor de citocinas en la Tabla 9 suplementaria de Teachey et al. (como límite inferior), por ejemplo, el nivel máximo más bajo en pacientes con SLC0-3 o SLC4-5 en la cohorte total, y la mediana del nivel de esa citocina o receptor de citocinas en la Tabla 7 suplementaria de Teachey et al. (como límite superior). En algunas realizaciones, el nivel reducido de una citocina o receptor de citocinas dado está entre el nivel máximo más bajo de ese receptor de citocinas o citocinas en la Tabla Suplementaria 9 de Teachey et al. (Como una unión inferior), por ejemplo, el nivel máximo más bajo en pacientes con SLC0-3 o SLC4-5 en la cohorte total, y la mediana del nivel de esa citocina o receptor de citocinas en la Tabla 8 suplementaria de Teachey et al. (como límite superior).
[0322] Niveles de una o más de las citocinas o receptor de citocinas descrito en la presente, por ejemplo, sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, que están elevados o reducidos con respecto a un nivel de referencia, puede indicar que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave. En la invención, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R.
[0324] En realizaciones, los niveles de las citocinas sgp130 y opcionalmente IFN-y, que están elevados, por ejemplo, en al menos 2 veces (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 500, 1000 veces o más) con respecto a un nivel de control, por ejemplo, cuando se mide en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración con un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019), indican que el sujeto está en alto riesgo de desarrollar SLC grave, por ejemplo, cuando el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico. En realizaciones, el nivel de control es un nivel de sgp130 y opcionalmente IFN-γ de un sujeto adulto o pediátrico normal, sano (por ejemplo, sin SLC); o del sujeto antes de la administración de una célula que expresa CAR.
[0325] En realizaciones, los niveles de las citocinas o receptores de citocinas sgp130 y opcionalmente IFN-y, e IL1Ra, que están alterados, por ejemplo, en al menos 2 veces (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 500, 1000 veces o más) con respecto a un nivel de control, por ejemplo, cuando se mide en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración con un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019), indican que el sujeto está en alto riesgo de desarrollar SLC grave, por ejemplo, cuando el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico. En realizaciones, el nivel alterado es un nivel mayor de sgp130 y opcionalmente un nivel mayor de IFN-gamma, o un nivel inferior de IL1Ra, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones, el nivel de control es un nivel de sgp130 y opcionalmente IFN-γ de un sujeto adulto o pediátrico normal, sano (por ejemplo, sin SLC); o del sujeto antes de la administración de una célula que expresa CAR.
[0326] En realizaciones, una combinación de niveles alterados de las citocinas sgp130 y opcionalmente IFN-y, con respecto a un nivel de control, y una carga de la enfermedad elevada (por ejemplo, enfermedad de la médula ósea), por ejemplo, cuando se mide en un plazo de 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración de un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019), indican que el sujeto está en alto riesgo de desarrollar SLC grave, por ejemplo, cuando el sujeto es un sujeto pediátrico. En realizaciones, el nivel alterado es un mayor nivel de sgp130, un mayor nivel de IFN-gamma y un mayor nivel de carga de la enfermedad. En realizaciones, el nivel de control es un nivel de sgp130 y opcionalmente IFN-γ de un sujeto pediátrico normal sano (por ejemplo, sin SLC); o del sujeto antes de la administración de una célula que expresa CAR.
[0327] En realizaciones, un nivel de CRP de menos de 7 mg/dl (por ejemplo, 7, 6,8, 6, 5, 4, 3, 2, 1 mg/dl o menos), por ejemplo, cuando se mide en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración con un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019), indica que el sujeto tiene bajo riesgo de desarrollar SLC grave.
[0328] En realizaciones, un nivel de CRP de 6 mg/dl o superior (por ejemplo, 6, 6,8, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 mg/dl o más), por ejemplo, cuando se mide en 1-10 días (por ejemplo, en 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2 o 1 día después de la administración con un linfocito T-CAR (por ejemplo, un linfocito T-CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019), indica que el sujeto está en alto riesgo de desarrollar SLC grave.
[0329] La divulgación también presenta un método para monitorizar el SLC (por ejemplo, monitorizar a un paciente que tiene SLC0, SLC1, SLC2 o SLC3) o monitorizar el desarrollo de SLC grave, que comprende evaluar uno o más biomarcadores de SLC en el presente documento. El método puede implicar medir el uno o más biomarcadores en una pluralidad de puntos de tiempo, por ejemplo, en 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más puntos de tiempo. La divulgación también presenta un método para abordar el SLC, que comprende evaluar a un sujeto en riesgo de desarrollar SLC grave, y opcionalmente administrar un tratamiento para SLC, por ejemplo, un tratamiento descrito en el presente documento. La invención proporciona un método o pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso como se define en las reivindicaciones.
[0330] Ciertas citocinas o receptores de citocinas pueden ser referidos por uno o más sinónimos. Por ejemplo, IL1R1 e IL1RA, tal como se usan en la presente, son ambos sinónimos para el receptor de IL1. sIL_1RI es un sinónimo de sILR1. sIL_1RII es un sinónimo de sIL1R2.
[0331] Uso de pruebas de laboratorio para determinar si un sujeto tiene SLC grave
[0332] La divulgación también presenta un método para determinar si un sujeto tiene SLC grave. El método incluye adquirir un estado de riesgo de SLC en respuesta a una terapia basada en células inmunitarias, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR19) para el sujeto, en donde dicho estado de riesgo de SLC puede incluir una medida de uno, dos o más (todos) de los siguientes:
[0333] (i) el nivel o actividad de una o más (por ejemplo, 3, 4, 5, 10, 15, 20 o más) citocinas o receptores de citocinas elegidos de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-y, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β o GM-CSF, o analitos elegidos de proteína C reactiva (CRP), ferritina, lactato deshidrogenasa (LDH), aspartato aminotransferasa (AST) o nitrógeno ureico sanguíneo (BUN), alanina aminotransferasa (ALT), creatinina (Cr) o fibrinógeno, o una combinación de los mismos, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre);
[0334] (ii) el nivel o actividad de IL6, IL6R o sgp130, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de dos o de los tres de IL6, IL6R y sgp130), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre); o
[0335] (iii) el nivel o actividad de IL6, IFN-gamma o IL2R, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de dos o de los tres de IL6, IFN-gamma e IL2R), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre);
[0336] en donde el valor es indicativo del estado de SLC grave del sujeto. La invención proporciona un método como se define en las reivindicaciones. En la invención, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto.
[0337] Un nivel de ferritina de al menos aproximadamente 23.500, 25.000, 30.000, 40.000, 50.000, 70.000, 80.000, 90.000, 100.000, 150.000, 200.000 o 250.000 ng/ml, y opcionalmente hasta aproximadamente 299.000 o 412.000 ng/ml, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de ferritina inferior a aproximadamente 23.500, 20.000, 18.000, 16.000, 14.000, 12.000, 10.000, 9.000, 8.000, 7.000, 6.000 5.000, 4.000, 3.000, 2.000 o 1.000 ng/ml, y opcionalmente más de aproximadamente 280 ng/ml, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0338] Un nivel de LDH de al menos aproximadamente 1.700, 2.000, 3.000, 4.000, 5.000, 6.000, 7.000, 8.000, 9.000, 10.000, 15.000 o 20.000 U/l, y opcionalmente hasta aproximadamente 24.000 U/l, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de LDH inferior a aproximadamente 1.700, 1.500, 1.400, 1.300, 1.200, 1.100, 1.000, 900, 800, 700, 600, 500, 400, 300 o 200 U/l, y opcionalmente más de aproximadamente 159 U/l, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0339] En algunas realizaciones, un nivel de CRP de al menos aproximadamente 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 o 35 mg/dl, y opcionalmente hasta aproximadamente 38 mg/dl, es indicativo de SLC grave. En algunas realizaciones, un nivel de CRP de menos de aproximadamente 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 mg/dl, y opcionalmente más de aproximadamente 0,7 mg/dl, es indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave. Un nivel de ALT de al menos aproximadamente 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 980, 900, 950 o 1000 U/l, y opcionalmente hasta 1300 U/l, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de ALT inferior a aproximadamente 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40 o 30 U/l, y opcionalmente más de aproximadamente 25 U/l, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0340] Un nivel de AST de al menos aproximadamente 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 980, 900, 950, 1000 U/l, y opcionalmente hasta aproximadamente 1500 U/l, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de AST inferior a aproximadamente 150, 140, 130, 120, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40 o 30 U/l, y opcionalmente más de aproximadamente 15 U/l, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0341] Un nivel de BUN de al menos aproximadamente 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180 o 190 mg/dl, y opcionalmente hasta aproximadamente 210 mg/dl, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de BUN inferior a aproximadamente 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 o 10 mg/dl, y opcionalmente más de aproximadamente 5 mg/dl, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0342] Un nivel de fibrinógeno inferior a aproximadamente 150, 140, 130, 120, 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40 o 30 mg/dl, y opcionalmente más de aproximadamente 20 mg/dl, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de fibrinógeno de al menos aproximadamente 150, 160, 170, 180, 190, 200 o 210 mg/dl, y opcionalmente hasta aproximadamente 230 mg/dl, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0343] Un nivel de PT de al menos aproximadamente 17, 18, 19, 20, 21 o 22 s, y opcionalmente hasta aproximadamente 24 s, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de PT de menos de aproximadamente 17, 16, 15 o 14 s, y opcionalmente mayor de aproximadamente 12 s, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0344] Un nivel de PTT de al menos aproximadamente 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 60, 65, 70, 75, 80 o 85 s, y opcionalmente hasta aproximadamente 95 s, puede ser indicativo de SLC grave. Un nivel de PTT inferior a aproximadamente 44, 43, 42, 41, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28 o 27 s, y opcionalmente más de aproximadamente 25 s, puede ser indicativo de que el sujeto no tiene SLC grave.
[0345] En algunas realizaciones, un paciente con SLC grave tiene IFN-γ > 75 pg/ml e IL-10 >60 pg/ml. En algunas realizaciones, un paciente con SLC grave tiene IFN-γ mayor o igual que 40, 50, 60, 70 o 75 pg/ml, un nivel de IL-10 superior o igual a 30, 40, 50 o 60 pg/ml, o cualquier combinación de los mismos.
[0346] Sujetos
[0347] Para cualquiera de los métodos y kits divulgados en el presente documento, incluyendo los métodos de la invención como se definen en las reivindicaciones, el sujeto tratado, o el sujeto evaluado, es un sujeto que padece, o que corre el riesgo de padecer, cáncer en cualquier etapa del tratamiento. Los cánceres a modo de ejemplo incluyen, entre otros, leucemia linfocítica aguda de linfocitos B (LLA-B), leucemia linfocítica aguda de linfocitos T (LLA-T), leucemia linfocítica aguda (LLA), leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC), leucemia promielocítica de linfocitos B, neoplasia blástica de células dendríticas plasmocitoides, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular microcítico o macrocítico, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto (LCM), linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmoblástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides y macroglobulinemia de Waldenström. En una realización, el cáncer es un cáncer hematológico. En una realización el cáncer es LLA. En otra realización el cáncer es LLC. En una realización, el cáncer está asociado con la expresión de CD19.
[0348] En otras realizaciones, para cualquiera de los métodos de acuerdo con las reivindicaciones, el sujeto tratado, o el sujeto evaluado, es un sujeto a tratar o que ha sido tratado con un linfocito T-CAR, por ejemplo, una célula que expresa CAR para CD19, por ejemplo, CTL-019.
[0349] En realizaciones, el sujeto es un sujeto adulto, por ejemplo, que tiene una edad mayor de 18 años (por ejemplo, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, años de edad o mayores, 30 a 35, 35 a 40, 40 a 45, 45 a 50, 50-55, 55-60, 60-65, 65-70, 70-75, 75 a 80, 80 a 85, 85 a 90, 90 a 95 o 95-100 años de edad).
[0350] En realizaciones, el sujeto es un sujeto pediátrico, por ejemplo, que tiene una edad menor de 18 años (por ejemplo, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 año de edad o menos).
[0351] En realizaciones, el sujeto está en riesgo (por ejemplo, con alto riesgo) de desarrollar SLC grave. En realizaciones, el sujeto tiene bajo riesgo (por ejemplo, no corre el riesgo) de desarrollar SLC grave.
[0352] En realizaciones, el sujeto tiene SLC0, SLC1, SLC2 o SLC3.
[0353] En realizaciones, el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave se determina usando un método de evaluación o predicción de acuerdo con las reivindicaciones.
[0354] Evaluación de biomarcadores
[0355] En algunas realizaciones, la cantidad del biomarcador determinada en una muestra de un sujeto se cuantifica como una medición absoluta (por ejemplo, ng/ml). Las mediciones absolutas pueden compararse fácilmente con un valor de referencia o valor de corte. Por ejemplo, se puede determinar un valor de corte que representa un estado de progresión de la enfermedad; es probable que cualquier valor absoluto que caiga por encima (es decir, para biomarcadores que aumentan la expresión con progresión de un cáncer, por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC) o que caiga por debajo (es decir, para biomarcadores con expresión reducida con progresión de un cáncer, por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC) del valor de corte presente progresión de la enfermedad.
[0356] Como alternativa, se determina la cantidad relativa de un biomarcador. En una realización, la cantidad relativa se determina comparando la expresión y/o actividad de uno o más biomarcadores en un sujeto con cáncer con la expresión de los biomarcadores en un parámetro de referencia. En algunas realizaciones, se obtiene un parámetro de referencia a partir de uno o más de: un valor basal o anterior para el sujeto, el sujeto en un intervalo de tiempo diferente, un valor promedio o una mediana del valor para una población de sujetos con cáncer (por ejemplo, paciente), un control sano o una población de sujetos sanos.
[0357] La divulgación también se refiere al campo de la medicina predictiva en el que se usan ensayos diagnósticos, farmacogenómica y ensayos clínicos de seguimiento con fines predictivos para tratar así a un individuo de forma profiláctica. Por consiguiente, un aspecto de la presente divulgación se refiere a ensayos para determinar la cantidad, estructura y/o actividad de polipéptidos o ácidos nucleicos correspondientes a uno o más marcadores descritos en el presente documento, con el fin de determinar si un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLC y LLA) o en riesgo de desarrollar cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLC y LLA) será más probable que responda a la terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019).
[0358] Métodos para la detección de la expresión génica
[0359] También se puede ensayar el nivel de expresión de biomarcadores. La expresión de un marcador descrito en el presente documento puede evaluarse mediante cualquiera de una amplia variedad de métodos conocidos para detectar la expresión de una molécula o proteína transcrita. Los ejemplos no limitantes de dichos métodos incluyen métodos inmunológicos para la detección de proteínas secretadas, de la superficie celular, citoplásmicas o nucleares, métodos de purificación de proteínas, ensayos de actividad o función de proteínas, métodos de hibridación de ácidos nucleicos, métodos de transcripción inversa de ácidos nucleicos y métodos de amplificación de ácidos nucleicos.
[0360] En ciertas realizaciones, la actividad de un gen particular se caracteriza por una medida del transcrito génico (por ejemplo, ARNm), por una medida de la cantidad de proteína traducida o por una medida de la actividad del producto génico. La expresión del marcador se puede monitorizar de diversas maneras, que incluyen detectar los niveles de ARNm, los niveles de proteína o la actividad de la proteína, cualquiera de los cuales se puede medir usando técnicas convencionales. La detección puede implicar la cuantificación del nivel de expresión génica (por ejemplo, ADN genómico, ADNc, ARNm, proteína, o actividad enzimática) o, como alternativa, puede ser una evaluación cualitativa del nivel de expresión génica, en particular en comparación con un nivel de control. El tipo de nivel que se detecta será evidente a partir del contexto. Los expertos en la técnica conocen métodos para detectar y/o cuantificar el transcrito génico (ARNm o ADNc elaborado a partir del mismo) usando técnicas de hibridación de ácidos nucleicos (véase, por ejemplo, Sambrook et al. arriba). Por ejemplo, un método para evaluar la presencia, ausencia o cantidad de ADNc implica una transferencia de Southern como se ha descrito anteriormente. Brevemente, el ARNm se aísla (por ejemplo, usando un método de extracción ácida con guanidinio-fenol-cloroformo, Sambrook et al. arriba) y se retrotranscribe para producir ADNc. A continuación, el ADNc se digiere opcionalmente y se somete a electroforesis en gel en tampón y se transfiere a membranas. A continuación, la hibridación se lleva a cabo usando las sondas de ácido nucleico específicas para el ADNc diana.
[0361] Un principio general de dichos ensayos de diagnóstico y pronóstico implica preparar una muestra o mezcla de reacción que puede contener un marcador y una sonda, en condiciones apropiadas y durante un tiempo suficiente para permitir que el marcador y la sonda interactúen y se unan, formando así un complejo que se puede eliminar y/o detectar en la mezcla de reacción. Estos ensayos se pueden llevar a cabo de diversas maneras.
[0362] Por ejemplo, un método para llevar a cabo un ensayo de este tipo implicaría anclar el marcador o sonda sobre un soporte en fase sólida, también denominado sustrato, y detectar complejos marcadores/sonda diana anclados en la fase sólida al final de la reacción. En una realización de un método de este tipo, una muestra de un sujeto, que se va a someter a ensayo para determinar la presencia y/o concentración de marcador, puede anclarse sobre un portador o soporte en fase sólida. En otra realización, la situación inversa es posible, en la que la sonda puede anclarse a una fase sólida y se puede permitir que una muestra de un sujeto reaccione como un componente no anclado del ensayo.
[0364] Con el fin de realizar ensayos con las estrategias mencionadas anteriormente, el componente no inmovilizado se añade a la fase sólida en la que se ancla el segundo componente. Después de que la reacción se haya completado, los componentes no complejados se pueden eliminar (por ejemplo, mediante lavado) en condiciones tales que cualquier complejo formado permanecerá inmovilizado en la fase sólida. La detección de complejos marcador/sonda anclados a la fase sólida se puede lograr en una serie de métodos descritos en el presente documento.
[0366] En otra realización, la sonda, cuando es el componente de ensayo no anclado, puede etiquetarse con el fin de detectar y leer el ensayo, ya sea directa o indirectamente, con etiquetas detectables tratadas en el presente documento y que son bien conocidas por un experto en la técnica.
[0368] También es posible detectar directamente la formación de complejos marcador/sonda sin manipulación ni etiquetado adicional de cualquiera de los componentes (marcador o sonda), por ejemplo, utilizando la técnica de transferencia de energía de fluorescencia (véase, por ejemplo, Lakowicz et al., patente de EE. UU. n.º 5.631.169; Stavrianopoulos, et al., patente de EE. UU. n.º 4.868.103). Se selecciona una etiqueta de fluoróforo en la primera molécula 'donante' de modo que, tras la excitación con luz incidente de longitud de onda apropiada, su energía fluorescente emitida será absorbida por una etiqueta fluorescente en una segunda molécula 'aceptora', que a su vez es capaz de fluorescer debido a la energía absorbida. Alternativamente, la molécula de proteína 'donante' puede utilizar simplemente la energía fluorescente natural de los residuos de triptófano. Se eligen etiquetas que emiten diferentes longitudes de onda de luz, de modo que la etiqueta de la molécula 'aceptora' se puede diferenciar de la de la 'donante'. Dado que la eficiencia de la transferencia de energía entre las etiquetas está relacionada con la distancia que separa las moléculas, se pueden evaluar las relaciones espaciales entre las moléculas. En una situación en la que se produce la unión entre las moléculas, la emisión fluorescente de la etiqueta de la molécula 'aceptora' en el ensayo debe ser máxima. Un evento de unión a FET puede medirse convenientemente a través de medios de detección fluorométrica estándar bien conocidos en la técnica (por ejemplo, usando un fluorímetro).
[0370] En otra realización, la determinación de la capacidad de una sonda para reconocer un marcador se puede lograr sin etiquetar ninguno de los componentes de ensayo (sonda o marcador) utilizando una tecnología tal como análisis de interacción biomolecular (BIA) en tiempo real (véase, por ejemplo, Sjolander, S. y Urbaniczky, C., 1991, ANAL. CHEM.
[0371] 63:2338-2345 y Szabo et al., 1995, CURR. OPIN. STRUCT. BIOL.5:699-705). Como se usa en el presente documento, "BIA" o "resonancia de plasmones superficiales" es una tecnología para estudiar interacciones bioespecíficas en tiempo real, sin etiquetar ninguno de los interactuantes (por ejemplo, BIAcore). Los cambios en la masa en la superficie de unión (indicativos de un evento de unión) dan como resultado alteraciones del índice de refracción de luz cerca de la superficie (el fenómeno óptico de resonancia de plasmones superficiales (SPR)), lo que da como resultado una señal detectable que puede usarse como indicación de reacciones en tiempo real entre moléculas biológicas.
[0373] Como alternativa, en otra realización, se pueden realizar ensayos de diagnóstico y pronóstico análogos con marcador y sonda como solutos en una fase líquida. En un ensayo de este tipo, el marcador y la sonda complejados se separan de componentes no complejados mediante cualquiera de una serie de técnicas estándar, que incluyen, entre otras: centrifugación diferencial, cromatografía, electroforesis e inmunoprecipitación. En la centrifugación diferencial, los complejos marcador/sonda se pueden separar de los componentes de ensayo no complejados a través de una serie de etapas centrífugas, debido a los diferentes equilibrios de sedimentación de los complejos en función de sus diferentes tamaños y densidades (véase, por ejemplo, Rivas, G. y Minton, A.P., 1993, Trends Biochem Sci.18(8):284-7). También se pueden utilizar técnicas cromatográficas estándar para separar moléculas complejadas de las no complejadas. Por ejemplo, la cromatografía de filtración en gel separa las moléculas en función del tamaño, y mediante la utilización de una resina de filtración en gel apropiada en un formato de columna, por ejemplo, el complejo relativamente más grande se puede separar de los componentes no complejados relativamente más pequeños. De manera similar, las propiedades de carga relativamente diferentes del complejo marcador/sonda en comparación con los componentes no complejados se pueden explotar para diferenciar el complejo de componentes no complejados, por ejemplo, mediante la utilización de resinas de cromatografía de intercambio iónico. Dichas resinas y técnicas cromatográficas son bien conocidas por los expertos en la técnica (véase, por ejemplo, Heegaard, N.H., 1998, J. MOL. RECOGNIT. Winter 11(1-6):141-8; Hage, D.S., y Tweed, S.A. J CHROMATOGR B BIOMED SCI APPL.10 de Octubre de 1997;699(1-2):499-525). La electroforesis en gel también se puede emplear para separar componentes de ensayo complejados de componentes no unidos (véase, por ejemplo, Ausubel et al., ed., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, Nueva York, 1987-1999). En esta técnica, los complejos de proteína o ácido nucleico se separan en función del tamaño o la carga, por ejemplo. Con el fin de mantener la interacción de unión durante el proceso electroforético, los materiales y condiciones de la matriz de gel no desnaturalizantes en ausencia de agente reductor son típicos. Los expertos en la técnica estarán muy familiarizados con las condiciones apropiadas para el ensayo particular y sus componentes.
[0374] En una realización particular, el nivel de ARNm correspondiente al marcador se puede determinar tanto por formatosin situcomoin vitroen una muestra biológica usando métodos conocidos en la técnica. La expresión "muestra biológica" pretende incluir tejidos, células, líquidos biológicos y aislados de los mismos, aislados de un sujeto, así como tejidos, células y líquidos presentes dentro de un sujeto. Muchos métodos de detección de expresión usan ARN aislado. Para métodosin vitro, se puede utilizar cualquier técnica de aislamiento de ARN que no seleccione contra el aislamiento de ARNm para la purificación de ARN a partir de células (véase, por ejemplo, Ausubel et al., ed., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, Nueva York 1987-1999). Además, se pueden procesar fácilmente grandes cantidades de muestras de tejido usando técnicas bien conocidas por los expertos en la técnica, tales como, por ejemplo, el proceso de aislamiento de ARN de una sola etapa de Chomczynski (1989, patente de EE. UU. n.º 4.843.155).
[0375] El ácido nucleico aislado se puede usar en ensayos de hibridación o amplificación que incluyen, entre otros, análisis Southern o Northern, análisis de reacción en cadena de la polimerasa y matrices de sondas. Un método de diagnóstico para la detección de los niveles de ARNm implica poner en contacto el ARNm aislado con una molécula de ácido nucleico (sonda) que puede hibridarse con el ARNm codificado por el gen que se está detectando. La sonda de ácido nucleico puede ser, por ejemplo, un ADNc de longitud completa, o una porción del mismo, tal como un oligonucleótido de al menos 7, 15, 30, 50, 100, 250 o 500 nucleótidos de longitud y suficiente para hibridarse específicamente en condiciones rigurosas con un ARNm o ADN genómico que codifica un marcador de la presente divulgación. En el presente documento se describen otras sondas adecuadas para su uso en los ensayos de diagnóstico. La hibridación de un ARNm con la sonda indica que el marcador en cuestión se está expresando.
[0376] En un formato, el ARNm se inmoviliza en una superficie sólida y se pone en contacto con una sonda, por ejemplo, sometiendo a electroforesis el ARNm aislado en un gel de agarosa y transfiriendo el ARNm del gel a una membrana, tal como nitrocelulosa. En un formato alternativo, la sonda o las sondas se inmovilizan en una superficie sólida y el ARNm se pone en contacto con la sonda o las sondas, por ejemplo, en una matriz de chips génicos Affymetrix. Un experto en la técnica puede adaptar fácilmente métodos de detección de ARNm conocidos para su uso en la detección del nivel de ARNm codificado por los marcadores descritos en el presente documento.
[0377] Las sondas pueden ser de longitud completa o menos que la longitud completa de la secuencia de ácido nucleico que codifica la proteína. Las sondas más cortas se prueban empíricamente para determinar la especificidad. Las sondas de ácido nucleico a modo de ejemplo tienen una longitud de 20 bases o más larga (véase, por ejemplo, Sambrook et al. para métodos de selección de secuencias de sonda de ácido nucleico para su uso en la hibridación de ácido nucleico). La visualización de las partes hibridadas permite la determinación cualitativa de la presencia o ausencia de ADNc.
[0378] Un método alternativo para determinar el nivel de un transcrito correspondiente a un marcador de la presente divulgación en una muestra implica el proceso de amplificación de ácidos nucleicos, por ejemplo, mediante rtPCR (la realización experimental expuesta en Mullis, 1987, patente de EE. UU. n.º 4.683.202), reacción en cadena de ligasa (Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:189-193), replicación secuencial autosostenida (Guatelli et al., 1990, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 87:1874-1878), sistema de amplificación transcripcional (Kwoh et al., 1989, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 86:1173-1177), replicasa Q-Beta (Lizardi et al., 1988, BIO/TECHNOLOGY 6:1197), replicación en círculo rodante (Lizardi et al., patente de EE. UU. n.º 5.854.033) o cualquier otro método de amplificación de ácidos nucleicos, seguido de la detección de las moléculas amplificadas usando técnicas bien conocidas por los expertos en la técnica. La rtPCR fluorogénica también se puede usar en los métodos de la invención. En la rtPCR fluorogénica, la cuantificación se basa en la cantidad de señales de fluorescencia, por ejemplo, TaqMan y SYBR Green. Estos esquemas de detección son especialmente útiles para la detección de moléculas de ácido nucleico si dichas moléculas están presentes en números muy bajos. Como se usa en el presente documento, los cebadores de amplificación se definen como un par de moléculas de ácido nucleico que pueden hibridarse con las regiones 5' o 3' de un gen (cadenas más y menos, respectivamente, o viceversa) y contener una región corta entre ellas. En general, los cebadores de amplificación tienen una longitud de aproximadamente 10 a 30 nucleótidos y flanquean una región de aproximadamente 50 a 200 nucleótidos de longitud. En condiciones adecuadas y con reactivos adecuados, dichos cebadores permiten la amplificación de una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos flanqueada por los cebadores.
[0379] Para los métodosin situ, no es necesario aislar ARNm de las células antes de la detección. En dichos métodos, una muestra de células o tejidos se prepara/procesa usando un método histológico. A continuación, la muestra se inmoviliza en un soporte, normalmente un portaobjetos de vidrio, y luego se pone en contacto con una sonda que puede hibridarse con ARNm que codifica el marcador.
[0380] Como alternativa a realizar determinaciones basadas en el nivel de expresión absoluto del marcador, las determinaciones pueden basarse en el nivel de expresión normalizado del marcador. Los niveles de expresión se normalizan corrigiendo el nivel de expresión absoluto de un marcador comparando su expresión con la expresión de un gen que no es un marcador, por ejemplo, un gen constitutivo que se expresa constitutivamente. Los genes adecuados para la normalización incluyen genes constitutivos tales como el gen de la actina, o genes específicos de células epiteliales. Esta normalización permite la comparación del nivel de expresión en una muestra, por ejemplo, una muestra objeto, con otra muestra, por ejemplo, un sujeto sano, o entre muestras de diferentes fuentes.
[0381] Como alternativa, el nivel de expresión se puede proporcionar como un nivel de expresión relativo. Para determinar un nivel de expresión relativo de un marcador, el nivel de expresión del marcador se determina para 10 o más muestras de aislados normales frente a cancerígenos, o incluso 50 o más muestras, antes de la determinación del nivel de expresión para la muestra en cuestión. Se determina el nivel de expresión medio de cada uno de los genes ensayados en el mayor número de muestras y esto se usa como nivel de expresión basal para el marcador. El nivel de expresión del marcador determinado para la muestra de ensayo (nivel absoluto de expresión) se divide entonces por el valor de expresión medio obtenido para ese marcador. Esto proporciona un nivel de expresión relativo.
[0382] En ciertas realizaciones, las muestras usadas en la determinación basal serán de muestras derivadas de un sujeto que tiene cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC) frente a muestras de un sujeto sano del mismo tipo de tejido. La elección de la fuente celular depende del uso del nivel de expresión relativo. El uso de la expresión encontrada en tejidos normales como puntuación de expresión media ayuda a validar si el marcador ensayado es específico para el tejido del que se derivó la célula (frente a células normales). Además, a medida que se acumulan más datos, se puede revisar el valor de expresión medio, proporcionando valores de expresión relativa mejorados basados en datos acumulados. Los datos de expresión de células normales proporcionan un medio para clasificar la gravedad del estado de enfermedad por cáncer.
[0383] En otra realización, la expresión de un marcador se evalúa preparando ADN genómico o ARNm/ADNc (es decir, un polinucleótido transcrito) a partir de células en una muestra objeto, e hibridando el ADN genómico o ARNm/ADNc con un polinucleótido de referencia que es un complemento de un polinucleótido que comprende el marcador, y fragmentos de los mismos. El ADNc puede, opcionalmente, amplificarse usando cualquiera de una diversidad de métodos de reacción en cadena de la polimerasa antes de la hibridación con el polinucleótido de referencia. La expresión de uno o más marcadores también se puede detectar usando PCR cuantitativa (qPCR) para evaluar el nivel de expresión del marcador o de los marcadores. Como alternativa, cualquiera de los muchos métodos conocidos para detectar mutaciones o variantes (por ejemplo, polimorfismos de un solo nucleótido, deleciones, etc.) de un marcador de la divulgación se puede usar para detectar la aparición de un marcador mutado en un sujeto.
[0384] En una realización relacionada, una mezcla de polinucleótidos transcritos obtenida de la muestra se pone en contacto con un sustrato que tiene fijado al mismo un polinucleótido complementario u homólogo con al menos una parte (por ejemplo, al menos 7, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 40, al menos 50, al menos 100, al menos 500, o más residuos nucleotídicos) de un marcador descrito en el presente documento. Si los polinucleótidos complementarios a, u homólogos con, un marcador descrito en el presente documento son detectables diferencialmente en el sustrato (por ejemplo, detectables usando diferentes cromóforos o fluoróforos, o fijados a diferentes posiciones seleccionadas), entonces los niveles de expresión de una pluralidad de marcadores pueden evaluarse simultáneamente usando un único sustrato (por ejemplo, una micromatriz de "chip génico" de polinucleótidos fijados en posiciones seleccionadas). Cuando se usa un método para evaluar la expresión de marcadores que implica la hibridación de un ácido nucleico con otro, la hibridación se puede realizar en condiciones de hibridación rigurosas.
[0385] En otra realización, se utiliza una combinación de métodos para evaluar la expresión de un marcador.
[0386] Debido a que las composiciones, kits y métodos pueden basarse en la detección de una diferencia en los niveles de expresión de uno o más marcadores descritos en el presente documento, en ciertas realizaciones, el nivel de expresión del marcador es significativamente mayor que el límite de detección mínimo del método usado para evaluar la expresión en al menos una de una muestra biológica de un sujeto con cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC) o una referencia (por ejemplo, una muestra biológica de un sujeto sano, por ejemplo, un sujeto sin cáncer).
[0387] Moléculas de ácido nucleico y sondas
[0388] Un aspecto de la divulgación se refiere a moléculas de ácido nucleico aisladas que corresponden a uno o más marcadores descritos en el presente documento, incluyendo ácidos nucleicos que codifican un polipéptido correspondiente a uno o más marcadores descritos en el presente documento o una parte de dicho polipéptido. Las moléculas de ácido nucleico incluyen aquellas moléculas de ácido nucleico que residen en regiones genómicas identificadas en el presente documento. Las moléculas de ácido nucleico aisladas también incluyen moléculas de ácido nucleico suficientes para su uso como sondas de hibridación para identificar moléculas de ácido nucleico que corresponden a un marcador descrito en el presente documento, incluyendo moléculas de ácido nucleico que codifican un polipéptido correspondiente a un marcador descrito en el presente documento, y fragmentos de dichas moléculas de ácido nucleico, por ejemplo, aquellas adecuadas para su uso como cebadores de PCR para la amplificación o mutación de moléculas de ácido nucleico. Como se usa en el presente documento, la expresión "ácido nucleico" pretende incluir moléculas de ADN (por ejemplo, ADNc o ADN genómico) y moléculas de ARN (por ejemplo, ARNm) y análogos del ADN o ARN generados usando análogos de nucleótidos. La molécula de ácido nucleico puede ser monocatenaria o bicatenaria; en ciertas realizaciones, la molécula de ácido nucleico es ADN bicatenario.
[0389] Una molécula de ácido nucleico aislada es una que se separa de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural de la molécula de ácido nucleico. En ciertas realizaciones, una molécula de ácido nucleico "aislada" está libre de secuencias (tales como secuencias codificantes de proteínas) que flanquean de forma natural el ácido nucleico (es decir, secuencias ubicadas en los extremos 5' y 3' del ácido nucleico) en el ADN genómico del organismo del que deriva el ácido nucleico.
[0390] La expresión "sustancialmente libre de otro material celular o medio de cultivo" incluye preparados de molécula de ácido nucleico en los que la molécula se separa de los componentes celulares de las células de las que se aísla o se produce de manera recombinante. Por lo tanto, la molécula de ácido nucleico que está sustancialmente libre de material celular incluye preparados de molécula de ácido nucleico que tienen menos de aproximadamente un 30 %, menos de aproximadamente un 20 %, menos de aproximadamente un 10 % o menos de aproximadamente un 5 % (en peso seco) de otro material celular o medio de cultivo.
[0391] Si se desea así, una molécula de ácido nucleico, por ejemplo, los productos génicos marcadores identificados en el presente documento, puede aislarse usando técnicas de biología molecular estándar y la información de secuencia en los registros de la base de datos descritos en el presente documento. Usando la totalidad o una parte de dichas secuencias de ácido nucleico, las moléculas de ácido nucleico pueden aislarse usando técnicas de hibridación y clonación estándar (por ejemplo, como se describe en Sambrook et al., ed., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 2.ª ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989).
[0392] Una molécula de ácido nucleico puede amplificarse usando ADNc, ARNm o ADN genómico como molde y cebadores de oligonucleótidos apropiados según técnicas estándar de amplificación por PCR. Las moléculas de ácido nucleico así amplificadas pueden clonarse en un vector apropiado y caracterizarse por análisis de secuencia de ADN. Además, los oligonucleótidos correspondientes a la totalidad o una parte de una molécula de ácido nucleico de la divulgación se pueden preparar mediante técnicas sintéticas estándar, por ejemplo, usando un sintetizador de ADN automatizado.
[0393] Se pueden usar sondas basadas en la secuencia de una molécula de ácido nucleico de la divulgación para detectar transcritos (por ejemplo, ARNm) o secuencias genómicas correspondientes a uno o más marcadores descritos en el presente documento. La sonda comprende un grupo de etiqueta unido al mismo, por ejemplo, un radioisótopo, un compuesto fluorescente, una enzima, o un cofactor enzimático. Dichas sondas se pueden usar como parte de un kit de prueba de diagnóstico para identificar células o tejidos que expresan erróneamente la proteína, tal como midiendo los niveles de una molécula de ácido nucleico que codifica la proteína en una muestra de células de un sujeto, por ejemplo, detectando los niveles de ARNm o determinando si un gen que codifica la proteína se ha mutado o eliminado.
[0394] Detección de polipéptidos
[0395] Los métodos para medir los biomarcadores descritos en el presente documento incluyen, pero no se limitan a: transferencia Western, inmunotransferencia, enzimoinmunoanálisis de adsorción (ELISA), radioinmunoensayo (RIA), inmunoprecipitación, resonancia de plasmones superficiales, quimioluminiscencia, polarización fluorescente, fosforescencia, análisis inmunohistoquímico, cromatografía de líquidos-espectrometría de masas (LC-MS), espectrometría de masas por desorción/ionización láser asistida por matriz con tiempo de vuelo (MALDI-TOF), microcitometría, micromatriz, microscopía, clasificación celular activada por fluorescencia (FACS), citometría de flujo, citometría de barrido láser, analizador de hematología y ensayos basados en una propiedad de la proteína, incluyendo, entre otros, unión a ADN, unión a ligando o interacción con otros componentes de proteína.
[0396] La actividad o nivel de una proteína marcadora también se puede detectar y/o cuantificar detectando o cuantificando el polipéptido expresado. Los polipéptidos se pueden detectar y cuantificar mediante cualquiera de varios medios muy conocidos por los expertos en la técnica. Estos pueden incluir métodos bioquímicos analíticos tales como electroforesis, electroforesis capilar, cromatografía de líquidos de alta resolución (HPLC), cromatografía de capa fina (TLC), cromatografía de hiperdifusión y similares, o diversos métodos inmunológicos tales como reacciones de precipitina en fluido o gel, inmunodifusión (simple o doble), inmunoelectroforesis, radioinmunoensayo (RIA), enzimoinmunoanálisis de adsorción (ELISA), ensayos inmunofluorescentes, transferencia Western, inmunohistoquímica y similares. Un experto en la técnica puede adaptar fácilmente métodos de detección de proteínas/anticuerpos conocidos para su uso en la determinación del nivel de expresión de uno o más biomarcadores en una muestra de suero.
[0397] Otro agente para detectar un polipéptido es un anticuerpo capaz de unirse a un polipéptido correspondiente a un marcador descrito en el presente documento, por ejemplo, un anticuerpo con una etiqueta detectable. Los anticuerpos pueden ser policlonales o monoclonales. Puede usarse un anticuerpo intacto, o un fragmento del mismo (por ejemplo, Fab or F(ab')<2>). El término "etiquetado", con respecto a la sonda o anticuerpo, pretende englobar el etiquetado directo de la sonda o anticuerpo por acoplamiento (es decir, enlace físico) de una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como etiquetado indirecto de la sonda o anticuerpo por reactividad con otro reactivo que está etiquetado directamente. Ejemplos de etiquetado indirecto incluyen detección de un anticuerpo primario usando un anticuerpos secundario marcado de forma fluorescente y etiquetado de extremos de una sonda de ADN con biotina de modo que pueda detectarse con estreptavidina etiquetada de forma fluorescente.
[0398] En otra realización, el anticuerpo está etiquetado, por ejemplo, un anticuerpo radioetiquetado, etiquetado con cromóforo, etiquetado con fluoróforo o etiquetado con enzima. En otra realización, se usa un derivado de anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo conjugado con un sustrato o con la proteína o ligando de un par proteína-ligando {por ejemplo, biotinaestreptavidina}), o un fragmento de anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo monocatenario, un dominio hipervariable de anticuerpo aislado, etc.) que se une específicamente a una proteína correspondiente al marcador, tal como la proteína codificada por el marco de lectura abierto correspondiente al marcador o una proteína de este tipo que ha experimentado la totalidad o una parte de su modificación postraduccional normal.
[0399] Las proteínas de las células se pueden aislar usando técnicas que son bien conocidas por los expertos en la técnica. Los métodos de aislamiento de proteínas empleados pueden ser, por ejemplo, tales como los descritos en Harlow y Lane (Harlow y Lane, 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Nueva York).
[0400] En un formato, se pueden utilizar anticuerpos o fragmentos de anticuerpo en métodos tales como técnicas de transferencia Western o inmunofluorescencia para detectar las proteínas expresadas. En dichos usos, se puede inmovilizar el anticuerpo o las proteínas en un soporte sólido. Los soportes o portadores en fase sólida adecuados incluyen cualquier soporte capaz de unirse a un antígeno o un anticuerpo. Los soportes o portadores adecuados incluyen vidrio, poliestireno, polipropileno, polietileno, dextrano, nailon, amilasas, celulosas naturales y modificadas, poliacrilamidas, gabros y magnetita.
[0401] En otra realización, el polipéptido se detecta usando un inmunoensayo. Como se usa en el presente documento, un inmunoensayo es un ensayo que utiliza un anticuerpo para unirse específicamente al analito. Por lo tanto, el inmunoensayo se caracteriza por la detección de la unión específica de un polipéptido a un anti-anticuerpo en lugar del uso de otras propiedades físicas o químicas para aislar, fijar como objetivo y cuantificar el analito.
[0402] El polipéptido se detecta y/o cuantifica usando cualquiera de varios ensayos de unión inmunológica bien reconocidos (véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.º 4.366.241; 4.376.110; 4.517.288; y 4.837.168). Para una revisión de los inmunoensayos generales, véase también Asai (1993) Methods in Cell Biology Volumen 37: Antibodies in Cell Biology, Academic Press, Inc. Nueva York; Stites & Terr (1991) Basic and Clinical Immunology 7.ª edición.
[0403] En otra realización, el polipéptido se detecta y/o cuantifica usando la tecnología de ensayo Luminex<®>. El ensayo Luminex<®>separa pequeñas perlas codificadas por color en, por ejemplo, diferentes conjuntos que están recubiertos cada uno con un reactivo para un bioensayo particular, permitiendo la captura y detección de analitos específicos de una muestra de una manera múltiple. La tecnología de ensayo Luminex<®>se puede comparar con un ensayo ELISA múltiple usando citometría de fluorescencia basada en perlas para detectar analitos tales como biomarcadores.
[0404] La divulgación también abarca kits para detectar la presencia de un polipéptido o ácido nucleico correspondiente a un marcador descrito en el presente documento en una muestra biológica, por ejemplo, una muestra que contiene tejido, sangre completa, suero, plasma, raspadura yugal, saliva, líquido cefalorraquídeo, orina, heces y médula ósea. Dichos kits pueden usarse para determinar el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave. Por ejemplo, el kit puede comprender un compuesto o agente etiquetado capaz de detectar un polipéptido o un ARNm que codifica un polipéptido correspondiente a un marcador descrito en la presente en una muestra biológica y medios para determinar la cantidad del polipéptido o ARNm en la muestra (por ejemplo, un anticuerpo que se une al polipéptido o una sonda oligonucleotídica que se une al ADN o ARNm que codifica el polipéptido). Los kits también pueden incluir instrucciones para interpretar los resultados obtenidos usando el kit.
[0405] Por lo tanto, la divulgación incluye un kit para evaluar el riesgo de un sujeto de desarrollar SLC grave.
[0406] Los reactivos adecuados para la unión con un polipéptido correspondiente a un marcador descrito en el presente documento incluyen anticuerpos, derivados de anticuerpos, fragmentos de anticuerpos y similares. Los reactivos adecuados para la unión con un ácido nucleico (por ejemplo, un ADN genómico, un ARNm, un ARNm cortado y empalmado, un ADNc o similares) incluyen ácidos nucleicos complementarios. Por ejemplo, los reactivos de ácido nucleico pueden incluir oligonucleótidos (etiquetados o no etiquetados) fijados a un sustrato, oligonucleótidos etiquetados no unidos a un sustrato, pares de cebadores de PCR, sondas de balizas moleculares y similares.
[0407] El kit puede comprender opcionalmente componentes adicionales útiles para realizar los métodos descritos en el presente documento. A modo de ejemplo, el kit puede comprender líquidos (por ejemplo, tampón SSC) adecuados para la hibridación con ácidos nucleicos complementarios o para la unión de un anticuerpo con una proteína con la que se une específicamente, uno o más compartimentos de muestra, un material instructivo que describe el rendimiento de un método de la divulgación, una muestra de referencia para la comparación de los niveles de expresión de los biomarcadores descritos en el presente documento y similares.
[0408] Un kit de la divulgación puede comprender un reactivo útil para determinar el nivel de proteína o la actividad proteica de un marcador.
[0409] Agentes Terapéuticos, composiciones y administración
[0410] Los métodos descritos en el presente documento pueden usarse para evaluar el estado de riesgo para desarrollar SLC grave en un sujeto, por ejemplo, donde al sujeto se le administrará o se le ha administrado una célula que expresa un CAR.
[0411] En una realización, la célula expresa una molécula de CAR que comprende un dominio de unión al antígeno (por ejemplo, un anticuerpo o fragmento de anticuerpo que se une específicamente a un antígeno tumoral), un dominio transmembranario y un dominio de señalización intracelular (por ejemplo, un dominio de señalización intracelular que comprende un dominio coestimulador y/o un dominio de señalización primaria). En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende cualquier anticuerpo, o un fragmento del mismo, por ejemplo, un scFv, conocido en la técnica que se dirige o se une específicamente a cualquiera de los antígenos tumorales descritos en el presente documento. Por ejemplo, el antígeno tumoral es CD19. El anticuerpo, o fragmento del mismo, puede ser un anticuerpo murino, humanizado o completamente humano o fragmento del mismo, por ejemplo, un scFv.
[0412] En una realización, el CAR comprende un anticuerpo o fragmento de anticuerpo que incluye un dominio de unión anti-CD19 descrito en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo o fragmento de anticuerpo murino o humanizado que se une específicamente a CD19 como se describe en el presente documento), un dominio transmembranario descrito en el presente documento y un dominio de señalización intracelular descrito en el presente documento (por ejemplo, un dominio de señalización intracelular que comprende un dominio coestimulador y/o un dominio de señalización primaria descrito en el presente documento).
[0413] Dominio de unión al antígeno
[0414] En un aspecto, el CAR comprende un elemento específico de unión a diana denominado de otro modo un dominio de unión al antígeno. La elección del resto depende del tipo y número de ligandos que definen la superficie de una célula diana. Por ejemplo, el dominio de unión al antígeno se puede elegir para reconocer un ligando que actúa como marcador de la superficie celular sobre células diana asociadas con un estado de enfermedad particular. Por lo tanto, los ejemplos de marcadores de la superficie celular que pueden actuar de ligandos para el dominio de unión al antígeno en un CAR de uso en la invención incluyen los asociados con infecciones víricas, bacterianas y parasíticas, enfermedad autoinmunitaria y células cancerosas.
[0415] En un aspecto, la respuesta de linfocitos T mediada por CAR se puede dirigir a un antígeno de interés mediante la genomanipulación de un dominio de unión al antígeno que se une específicamente a un antígeno deseado en el CAR. En un aspecto, la parte del CAR que comprende el dominio de unión al antígeno comprende un dominio de unión al antígeno que tiene como diana un antígeno tumoral, por ejemplo, un antígeno tumoral descrito en el presente documento. El dominio de unión al antígeno puede ser cualquier dominio que se una al antígeno, que incluyen, pero no se limitan a, un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo recombinante, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado y un fragmento funcional de los mismos, que incluyen, pero no se limitan a, un anticuerpo de dominio único tal como un dominio variable de cadena pesada (VH), un dominio variable de cadena ligera (VL) y un dominio variable (VHH) de nanocuerpo derivado de camélido, y a un armazón alternativo conocido en la técnica por actuar como dominio de unión al antígeno, tal como un dominio de fibronectina recombinante, un receptor de linfocitos T (TCR) o un fragmento del mismo, por ejemplo, TCR monocatenario, y similares. En algunos casos, es beneficioso que el dominio de unión al antígeno derive de la misma especie en la que finalmente se usará el CAR. Por ejemplo, para su uso en seres humanos, puede ser beneficioso que el dominio de unión al antígeno del CAR comprenda residuos humanos o humanizados para el dominio de unión al antígeno de un anticuerpo o fragmento de anticuerpo.
[0416] Las construcciones de CAR para CD19 murinas se describen en la publicación PCT WO 2012/079000, y la secuencia de aminoácidos de las construcciones de CAR y scFv para CD19 murinas se muestra en laTabla 1a continuación.
[0417] Tabla 1:Construcciones de CAR ara CD19 murinas
[0419]
[0420]
[0421]
[0424] Las construcciones de CAR para CD19 que contienen dominios scFv anti-CD19 humanizados se describen en la publicación PCT WO 2014/153270.
[0426] En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende un anticuerpo anti-CD19, o fragmento de este, por ejemplo, un scFv. Por ejemplo, el dominio de unión al antígeno comprende una cadena pesada variable y una cadena variable ligera enumeradas en laTabla 2.La secuencia conectora que une las cadenas pesadas variables y ligeras variables puede ser, por ejemplo, cualquiera de las secuencias conectoras descritas en el presente documento o, como alternativa, puede ser GSTSGSGKPGSGEGSTKG (SEQ ID NO:45).
[0427] Tabla 2: Dominios de unión de anticuer os anti-CD19
[0429]
[0430]
[0433] Cualquier CAR para CD19 conocido, por ejemplo, el dominio de unión al antígeno CD19 de cualquier CAR para CD19 conocido en la técnica, se puede usar de acuerdo con la presente divulgación. Por ejemplo, el CAR para CD19 puede ser LG-740, o cualquier CAR descrito en cualquiera de los siguientes: patente de EE. UU. n.º 8.399.645; patente de EE. UU. n.º 7.446.190; Xu et al., LEUK LYMPHOMA.201354(2):255-260(2012); Cruz et al., BLOOD 122(17):2965-2973 (2013); Brentjens et al., BLOOD, 118(18):4817-4828 (2011); Kochenderfer et al., BLOOD 116(20):4099-102 (2010); Kochenderfer et al., BLOOD 122 (25):4129-39(2013); Kochenderfer, J.N. et al., J. IMMUNOTHER.32 (7), 689-702 (2009); número de acceso a Genbank HM852952; 16.ª Reunión Anual de la Am Soc Gen Cell Ther (ASGCT) (15-18 de mayo, Salt Lake City) 2013, Resumen 10; documentos de patente WO2012/129514; y WO2014/031687.
[0435] En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una, dos, tres (por ejemplo, las tres) CDR de la cadena pesada, CDR1 de HC, CDR2 de HC y CDR3 de HC, de un anticuerpo enumerado en el presente documento, por ejemplo, anteriormente, y/o una, dos, tres (por ejemplo, las tres) CDR de la cadena ligera, CDR1 de LC, CDR2 de LC y CDR3 de LC, de un anticuerpo enumerado en el presente documento, por ejemplo, anteriormente. En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una región variable de cadena pesada y/o una región variable de cadena ligera de un anticuerpo enumerado o descrito en el presente documento, por ejemplo, anteriormente.
[0436] En algunas realizaciones, una construcción de CAR completa es un CAR enumerado en laTabla 3. LaTabla 3proporciona las construcciones de CAR para CD19 completas generadas usando los diversos dominios de CAR (por ejemplo, dominios de señalización intracelular y transmembranarios) enumerados en laTabla 2y los dominios de unión al antígeno anti-CD19 enumerados en laTabla 2. Las secuencias de aminoácidos se designan (aa) y las secuencias de ácido nucleico se designan (nt).
[0437] Tabla 3. Construcciones de CAR ara CD19
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[0456] En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende un anticuerpo anti-CD19, o fragmento de este, por ejemplo, un scFv. Por ejemplo, el dominio de unión al antígeno comprende una cadena pesada variable y una cadena variable ligera enumeradas en laTabla 4.La secuencia conectora que une las cadenas pesadas variables y ligeras variables puede ser cualquiera de las secuencias conectoras descritas en el presente documento o, puede ser GSTSGSGKPGSGEGSTKG (SEQ ID NO:84).
[0457] Tabla 4:Dominios de unión de anticuer os anti-CD19
[0459]
[0461] Tabla 5: Dominios de unión de anticuer os anti-CD19 adicionales
[0463]
[0464]
[0465]
[0468] Las secuencias de las secuencias CDR humanizadas de los dominios scFv se muestran en laTabla 6para los dominios variables de cadena pesada y en laTabla 7para los dominios variables de cadena ligera. "ID" representa la respectiva SEQ ID NO para cada CDR.
[0469] Tabla 6. CDR de dominio variable de cadena esada Kabat
[0471]
[0473] Tabla 7. CDR de dominio variable de cadena li era Kabat
[0475]
[0478] En algunas realizaciones, el CAR para CD19 comprende un dominio de unión al antígeno derivado de (por ejemplo, comprende una secuencia de aminoácidos de) un anticuerpo anti-CD19 (por ejemplo, un anticuerpo mono- o biespecífico anti-CD19) o un fragmento o conjugado del mismo. En una realización, el anticuerpo anti-CD19 es un dominio de unión al antígeno humanizado como se describe en el documento de patente WO2014/153270 (por ejemplo, Tabla 3 del documento de patente WO2014/153270), o un conjugado del mismo. Otros anticuerpos anti-CD19 a modo de ejemplo o fragmentos o conjugados de los mismos incluyen, entre otros, un acoplador de linfocitos T biespecífico que se dirige a CD19 (por ejemplo, blinatumomab), SAR3419 (Sanofi), MEDI-551 (MedImmune LLC), Combotox, DT2219ARL (Masonic Cancer Center), MOR-208 (también denominado XmAb-5574; MorphoSys), XmAb-5871 (Xencor), MDX-1342 (Bristol-Myers Squibb), SGN-CD19A (Seattle Genetics) y AFM11 (Affimed Therapeutics). Véase, por ejemplo, Hammer. MAbs.
[0479] 4.5(2012): 571-77. Blinatomomab es un anticuerpo biespecífico que comprende dos scFv, uno que se une a CD19 y uno que se une a CD3. Blinatomomab dirige los linfocitos T para que ataquen las células cancerosas. Véase, por ejemplo, Hammer et al.; identificador de ensayos clínicos n.º NCT00274742 y NCT01209286. MEDI-551 es un anticuerpo anti-CD19 humanizado con un Fc genomodificado para tener una mejor citotoxicidad mediada por células y dependiente de anticuerpos (ADCC). Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT01957579. Combotox es una mezcla de inmunotoxinas que se unen a CD19 y CD22. Las inmunotoxinas están compuestas por fragmentos de anticuerpo scFv fusionados con una cadena A de ricina desglucosilada. Véanse, por ejemplo, Hammer et al.; y Herrera et al. J. Pediatr. Hematol. Oncol.31.12(2009):936-41; Schindler et al. Br. J. Haematol.154.4(2011):471-6. DT2219ARL es una inmunotoxina biespecífica que tiene como diana CD19 y CD22, que comprende dos scFv y una toxina diftérica truncada. Véanse, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT00889408. SGN-CD19A es un conjugado de anticuerpo-fármaco (ADC) que comprende un anticuerpo monoclonal humanizado anti-CD19 ligado a un agente citotóxico sintético que destruye células, monometil auristatina F (MMAF). Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT01786096 y NCT01786135. SAR3419 es un conjugado anticuerpo anti-CD19-fármaco (ADC) que comprende un anticuerpo monoclonal humanizado anti-CD19 conjugado con un derivado de maitansina mediante un conector escindible. Véase, por ejemplo, Younes et al. J. Clin. Oncol. 30.2(2012): 2776-82; Hammer et al.; identificador de ensayos clínicos n.º NCT00549185; y Blanc et al. Clin Cancer Res. 2011;17:6448-58. XmAb-5871 es un anticuerpo anti-CD19 humanizado con Fc genomodificado. Véase, por ejemplo, Hammer. et al. MDX-1342 es un anticuerpo anti-CD19 con Fc genomodificado humano con una mejor ADCC. Véase, por ejemplo, Hammer et al. En realizaciones, la molécula de anticuerpo es una molécula biespecífica anti-CD19 y anti-CD3. Por ejemplo, AFM11 es un anticuerpo biespecífico que tiene como diana CD19 y CD3. Véase, por ejemplo, Hammer et al.; y el identificador de ensayos clínicos n.º NCT02106091. En algunas realizaciones, un anticuerpo anti-CD19 descrito en el presente documento está conjugado o unido de otro modo a un agente terapéutico, por ejemplo, un agente quimioterapéutico, vacuna peptídica (tal como la descrita en Izumoto et al.2008 J Neurosurg 108:963-971), agente inmunosupresor o agente inmunoablativo, por ejemplo, ciclosporina, azatioprina, metotrexato, micofenolato, FK506, CAMPATH, anticuerpo anti-CD3, citoxina, fludarabina, rapamicina, ácido micofenólico, esteroide, FR901228 o citocina.
[0480] En una realización, un dominio de unión al antígeno contra CD19 es una parte de unión al antígeno, por ejemplo, CDR, de un dominio de unión al antígeno descrito en una tabla en el presente documento.
[0481] En realizaciones, el CAR para BCMA comprende un dominio de unión anti-BCMA (por ejemplo, un dominio de unión a anti-BCMA humano o humanizado), un dominio transmembranario y un dominio de señalización intracelular, y en donde dicho dominio de unión anti-BCMA comprende una región determinante de la complementariedad 1 de la cadena pesada (CDR1 de HC), una región determinante de la complementariedad 2 de la cadena pesada (CDR2 de HC) y una región determinante de la complementariedad 3 de la cadena pesada (CDR3 de HC) de cualquier secuencia de aminoácidos del dominio de unión de la cadena pesada anti-BCMA enumerada en laTabla 8 o 9.
[0482] En una realización, el dominio de unión anti-BCMA comprende una región variable de la cadena ligera descrita en el presente documento (por ejemplo, en laTabla 8 o 9) y/o una región variable de la cadena pesada descrita en el presente documento (por ejemplo, en laTabla 8 o 9).
[0483] En una realización, el dominio de unión anti-BCMA codificado es un scFv que comprende una cadena ligera y una cadena pesada de una secuencia de aminoácidos de laTabla 8 o 9.
[0484] En una realización, el dominio de unión anti-BCMA human o humanizado (por ejemplo, un scFv) comprende: una región variable de la cadena ligera que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos una, dos o tres modificaciones (por ejemplo, sustituciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras), pero no más de 30, 20 o 10 modificaciones (por ejemplo, sustituciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras) de una secuencia de aminoácidos de una región variable de la cadena ligera proporcionada en laTabla 8 o 9, o una secuencia con al menos un 95 % (por ejemplo, 95-99 %) de identidad con la misma; y/o una región variable de la cadena pesada que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos una, dos o tres modificaciones (por ejemplo, sustituciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras), pero no más de 30, 20 o 10 modificaciones (por ejemplo, sustituciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras) de una secuencia de aminoácidos de una región variable de la cadena pesada proporcionada en laTabla 8 o 9, o una secuencia al menos un 95 % (por ejemplo, 95-99 %) de identidad con la misma.
[0485] Tabla 8. Secuencias de aminoácidos y ácido nucleico de dominios scFv anti-BCMA a modo de ejemplo y moléculas de CAR ara BCMA
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[0542]
[0543]
[0545] Tabla 9. Secuencias de CAR ara BCMA ilustrativas adicionales
[0546]
[0547]
[0550] Los antígenos diana a modo de ejemplo que pueden ser elegidos como diana usando las células que expresan CAR incluyen, entre otros, CD19, CD123, EGFRvIII, mesotelina, entre otros, como se describe, por ejemplo en los documentos de patente WO 2014/130635, WO 2014/130657 y WO 2015/090230.
[0552] En una realización, el linfocito T-CAR que se une específicamente a CD19 tiene la denominación USAN TISAGENLECLEUCEL-T. CTL019 se produce mediante una modificación génica de linfocitos T mediada por una inserción estable mediante transducción con un vector lentivírico (LV) autoinactivante y deficiente en replicación que contiene el transgén CTL019 bajo el control del promotor EF-1 alfa. CTL019 puede ser una mezcla de linfocitos T positivos y negativos al transgén que se suministran al sujeto en función del porcentaje de linfocitos T positivos al transgén.
[0553] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CD19 humano, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno (por ejemplo, un dominio de unión al antígeno humanizado) según la Tabla 3 del documento de patente WO2014/153270.
[0554] En realizaciones, la molécula de CAR comprende una molécula de CAR para CD19 descrita en el presente documento, por ejemplo una molécula de CAR para CD19 descrita en el documento de patente US-2015-0283178-A1, por ejemplo, CTL019. En realizaciones, el CAR para CD19 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US-2015-0283178-A1.
[0555] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CD123, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR (por ejemplo, cualquiera de CAR1-CAR8) o un dominio de unión al antígeno según las Tablas 1-2 del documento de patente WO 2014/130635.
[0556] En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para CD123 descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CD123 descrito en los documentos de patente US2014/0322212A1 o US2016/0068601A1. En realizaciones, el CAR para CD123 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en los documentos de patente US2014/0322212A1 o US2016/0068601A1.
[0557] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a EGFRvIII, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según la Tabla 2 o SEQ ID NO:11 del documento de patente WO 2014/130657.
[0558] En una realización, la molécula de CAR comprende una molécula de CAR para EGFRvIII descrita en el presente documento, por ejemplo, un CAR para EGFRvIII descrito en el documento de patente US2014/0322275A1.
[0559] En realizaciones, el CAR para EGFRvIII comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US2014/0322275A1.
[0560] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a mesotelina, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según las Tablas 2-3 del documento de patente WO 2015/090230.
[0561] En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para mesotelina descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para mesotelina descrito en el documento de patente WO 2015/090230. En realizaciones, el CAR para mesotelina comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente WO 2015/090230.
[0562] En una realización, la molécula de CAR comprende una molécula de CAR para BCMA descrita en el presente documento, por ejemplo un CAR para BCMA descrito en el documento de patente US-2016-0046724-A1. En realizaciones, el CAR para BCMA comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US-2016-0046724-A1.
[0563] En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para EGFRvIII descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para EGFRvIII descrito en el documento de patente US2016/0051651A1, incorporado en el presente documento por referencia. En realizaciones, el CAR para CLL1 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US2016/0051651A1.
[0564] En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para CD33 descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CD33 descrito en el documento de patente US2016/0096892A1. En realizaciones, el CAR para CD33 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US2016/0096892A1.
[0565] En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una, dos, tres (por ejemplo, las tres) CDR de la cadena pesada, CDR1 de HC, CDR2 de HC y CDR3 de HC, de un anticuerpo enumerado anteriormente, y/o una, dos, tres (por ejemplo, las tres) CDR de la cadena ligera, CDR1 de LC, CDR2 de LC y CDR3 de LC, de un anticuerpo enumerado anteriormente. En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una región variable de cadena pesada y/o una región variable de cadena ligera de un anticuerpo enumerado o descrito anteriormente.
[0566] En algunas realizaciones, el antígeno tumoral es un antígeno tumoral descrito en la solicitud internacional WO2015/142675. En algunas realizaciones, el antígeno tumoral se elige de uno o más de: CD19; CD123; CD22; CD30; CD171; CS-1 (también se hace referencia como CD2 subconjunto 1, CRACC, SLAMF7, CD319 y 19A24); molécula 1 similar a lectina de tipo C (CLL-1 o CLECL1); CD33; variante III del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFRvIII); gangliósido G2 (GD2); gangliósido GD3 (aNeu5Ac(2-8)aNeu5Ac(2-3)bDGalp(1-4)bDGlcp(1-1)Cer); maduración de linfocitos B del miembro de la familia de receptores de TNF (BCMA); antígeno Tn ((Tn Ag) o (GalNAcα-Ser/Thr)); antígeno de membrana específico de la próstata (PSMA); receptor huérfano 1 similar a tirosina cinasa receptora (ROR1); tirosina cinasa 3 similar a Fms (FLT3); glucoproteína 72 asociada a tumores (TAG72); CD38; CD44v6; antígeno carcinoembrionario (CEA); molécula de adhesión celular epitelial (EPCAM); B7H3 (CD276); KIT (CD117); subunidad alfa-2 del receptor de interleucina-13 (IL-13Ra2 o CD213A2); mesotelina; receptor alfa de interleucina 11 (IL-11Ra); antígeno de células madre de próstata (PSCA); serina proteasa 21 (testisina o PRSS21); receptor del factor de crecimiento endotelial vascular 2 (VEGFR2); antígeno de Lewis (Y); CD24; receptor beta del factor de crecimiento derivado de plaquetas (PDGFR-beta); antígeno embrionario específico de estadio 4 (SSEA-4); CD20; receptor alfa de folato; proteína tirosina cinasa receptora ERBB2 (Her2/neu); mucina 1, asociada a la superficie de la célula (MUC1); receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR); molécula de adhesión celular neural (NCAM); prostasa; fosfatasa ácida prostática (PAP); factor de elongación 2 mutado (ELF2M); efrina B2; proteína de activación de fibroblastos alfa (FAP); receptor de factor de crecimiento 1 similar a la insulina (receptor de IGF-I), anhidrasa carbónica IX (CAIX); subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta, 9 (LMP2); glucoproteína 100 (gp100); proteína de fusión a oncogén que consiste de la región agrupada de puntos de rotura (BCR) y homólogo 1 del oncogén vírico de la leucemia murina de Abelson (Abl) (bcrabl); tirosinasa; receptor de efrina tipo-A (EphA2); fucosil GM1; molécula de adhesión de sialil Lewis (sLe); gangliósido GM3 (aNeu5Ac(2-3)bDGalp(1-4)bDGlcp(1-1)Cer); transglutaminasa 5 (TGS5); antígeno asociado a melanoma de alto peso molecular (HMWMAA); O-acetil-gangliósido GD2 (OAcGD2); receptor beta de folato; marcador endotelial tumoral 1 (TEM1/CD248); marcador endotelial tumoral 7 relacionado (TEM7R); claudina 6 (Cldn6); receptor de la hormona estimulante de la tiroides (TSHR); receptor acoplado a proteína G, clase C grupo 5, miembro D (GPRC5D); marco de lectura abierto 61 del cromosoma X (CXORF61); CD97; CD179a; cinasa del linfoma anaplásico (ALK); ácido polisiálico; 1 específica de placenta (PLAC1); porción de hexasacárido de GloboH glucoceramida (GloboH); antígeno de diferenciación de glándula mamaria (NY-BR-1); uroplaquina 2 (UPK2); receptor celular 1 del virus de la hepatitis A (HAVCR1); adrenoceptor beta 3 (ADRB3); panexina 3 (PANX3); receptor 20 acoplado a proteína G (GPR20); complejo de antígeno de linfocitos 6, locus K 9 (LY6K); receptor olfativo 51E2 (OR51E2); proteína del marco de lectura alternativo gamma de TCR (TARP); proteína tumoral de Wilms (WT1); antígeno 1 de cáncer/testículo (NY-ESO-1); antígeno 2 de cáncer/testículo (LAGE-1a); antígeno 1 asociado a melanoma (MAGE-A1); variante del gen 6 de translocación de ETS, situado en el cromosoma 12p (ETV6-AML); proteína del espermatozoide 17 (SPA17); familia de antígeno X, miembro 1A (XAGE1); receptor de la superficie celular 2 de unión a angiopoyetina (Tie 2); antígeno-1 de cáncer de melanoma de testículo (MAD-CT-1); antígeno-2 de cáncer de melanoma de testículo (MAD-CT-2); antígeno 1 relacionado con Fos; proteína tumoral p53 (p53); p53 mutante; prosteína; survivina; telomerasa; antígeno-1 de tumor de carcinoma de próstata (PCTA-1 o galectina 8), antígeno 1 de melanoma reconocido por linfocitos T (MelanA o MART1); sarcoma de rata (Ras) mutante; transcriptasa inversa de la telomerasa humana (hTERT); puntos de interrupción de translocación de sarcoma; inhibidor de melanoma de la apoptosis (ML-IAP); ERG (proteasa transmembranaria, gen de fusión de serina 2 (TMPRSS2) ETS); N-acetil glucosaminil-transferasa V (NA17); proteína de caja emparejada Pax-3 (PAX3); receptor de andrógenos; ciclina B1; homólogo derivado de neuroblastoma de oncogén vírico de mielocitomatosis aviar v-myc (MYCN); miembro C de la familia de homólogos Ras (RhoC); proteína 2 relacionada con tirosinasa (TRP-2); citocromo P4501B1 (CYP1B1); factor de unión a CCCTC similar a (proteína de dedos de zinc) (BORIS o Brother of the Regulator of Imprinted Sites), antígeno 3 de carcinoma de células escamosas reconocido por linfocitos T (SART3); proteína de caja emparejada Pax-5 (PAX5); proteína de unión a proacrosina sp32 (OY-TES1); proteína tirosina cinasa específica de linfocitos (LCK); una proteína 4 de anclaje a cinasa (AKAP-4); sarcoma sinovial, punto 2 de interrupción de X (SSX2); receptor para productos finales de glucación avanzada (RAGE-1); 1 ubicua renal (RU1); 2 ubicua renal (RU2); legumaína; virus del papiloma humano E6 (VPH E6); virus del papiloma humano E7 (VPH E7); carboxilesterasa intestinal; proteína de choque térmico 70-2 mutada (mut hsp70-2); CD79a; CD79b; CD72; receptor 1 similar a la inmunoglobulina asociado a leucocitos (LAIR1); fragmento Fc de receptor de IgA (FCAR o CD89); miembro 2 de la subfamilia A de receptores similares a inmunoglobulina leucocitaria (LILRA2); miembro f de la familia similar a la molécula CD300 (CD300LF); miembro A de la familia 12 del dominio lectina tipo C (CLEC12A); antígeno 2 de las células estromales de la médula ósea (BST2); 2 similar al receptor de hormona similar a mucina que contiene un módulo similar al EGF (EMR2); antígeno linfocitario 75 (LY75); glipicano-3 (GPC3); 5 similar al receptor de Fc (FCRL5); y polipéptido 1 similar a la inmunoglobulina lambda (IGLL1).
[0568] De acuerdo con cualquier método o composición descrito en el presente documento, en realizaciones, a molécula de CAR comprende un CAR para CD123 descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CD123 descrito en los documentos de patente US2014/0322212A1 o US2016/0068601A1. En realizaciones, el CAR para CD123 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en los documentos de patente US2014/0322212A1 o US2016/0068601A1. En otras realizaciones, una molécula de CAR comprende una molécula de CAR para CD19 descrita en el presente documento, por ejemplo, una molécula de CAR para CD19 descrita en el documento de patente US-2015-0283178-A1, por ejemplo, CTL019. En realizaciones, el CAR para CD19 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US-2015-0283178-A1. En una realización, la molécula de CAR comprende una molécula de CAR para BCMA descrita en el presente documento, por ejemplo un CAR para BCMA descrito en el documento de patente US-2016-0046724-A1. En realizaciones, el CAR para BCMA comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US-2016-0046724-A1. En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para CLL1 descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CLL1 descrito en el documento de patente US2016/0051651A1. En realizaciones, el CAR para CLL1 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US2016/0051651A1. En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para CD33 descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CD33 descrito en el documento de patente US2016/0096892A1. En realizaciones, el CAR para CD33 comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US2016/0096892A1. En una realización, la molécula de CAR comprende una molécula de CAR para EGFRvIII descrita en el presente documento, por ejemplo, un CAR para EGFRvIII descrito en el documento de patente US2014/0322275A1. En realizaciones, el CAR para EGFRvIII comprende un aminoácido, o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente US2014/0322275A1. En una realización, la molécula de CAR comprende un CAR para mesotelina descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para mesotelina descrito en el documento de patente WO 2015/090230. En realizaciones, el CAR para mesotelina comprende un aminoácido o tiene una secuencia de nucleótidos mostrada en el documento de patente WO 2015/090230.
[0569] Los CAR para CD19 a modo de ejemplo incluyen los CAR para CD19 descritos en el presente documento, por ejemplo, en una o más tablas descritas en el presente documento, o un CAR anti-CD19 descrito en Xu et al. Blood 123.24(2014):3750-9; Kochenderfer et al. Blood 122.25(2013):4129-39, Cruz et al. Blood 122.17(2013):2965-73, NCT00586391, NCT01087294, NCT02456350, NCT00840853, NCT02659943, NCT02650999, NCT02640209, NCT01747486, NCT02546739, NCT02656147, NCT02772198, NCT00709033, NCT02081937, NCT00924326, NCT02735083, NCT02794246, NCT02746952, NCT01593696, NCT02134262, NCT01853631, NCT02443831, NCT02277522, NCT02348216, NCT02614066, NCT02030834, NCT02624258, NCT02625480, NCT02030847, NCT02644655, NCT02349698, NCT02813837, NCT02050347, NCT01683279, NCT02529813, NCT02537977, NCT02799550, NCT02672501, NCT02819583, NCT02028455, NCT01840566, NCT01318317, NCT01864889, NCT02706405, NCT01475058, NCT01430390, NCT02146924, NCT02051257, NCT02431988, NCT01815749, NCT02153580, NCT01865617, NCT02208362, NCT02685670, NCT02535364, NCT02631044, NCT02728882, NCT02735291, NCT01860937, NCT02822326, NCT02737085, NCT02465983, NCT02132624, NCT02782351, NCT01493453, NCT02652910, NCT02247609, NCT01029366, NCT01626495, NCT02721407, NCT01044069, NCT00422383, NCT01680991, NCT02794961 o NCT02456207.
[0570] En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una, dos tres (por ejemplo, las tres) CDR de cadena pesada, CDR1 de HC, CDR2 de HC y CDR3 de HC, de un anticuerpo descrito en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo descrito en los documentos de patente WO2015/142675, US-2015-0283178-A1, US-2016-0046724-A1, US2014/0322212A1, US2016/0068601A1, US2016/0051651A1, US2016/0096892A1, US2014/0322275A1 o WO2015/090230), y/o uno, dos, tres (por ejemplo, los tres) CDR de cadena ligera, CDR1 de LC, CDR2 de LC y CDR3 de LC, de un anticuerpo descrito en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo descrito en los documentos de patente WO2015/142675, US-2015-0283178-A1, US-2016-0046724-A1, US2014/0322212A1, US2016/0068601A1, US2016/0051651A1, US2016/0096892A1, US2014/0322275A1 o WO2015/090230). En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una región variable de cadena pesada y/o una región variable de cadena ligera de un anticuerpo enumerado anteriormente.
[0571] En realizaciones, el dominio de unión al antígeno es un dominio de unión al antígeno descrito en los documentos de patente WO2015/142675, US-2015-0283178-A1, US-2016-0046724-A1, US2014/0322212A1, US2016/0068601A1, US2016/0051651A1, US2016/0096892A1, US2014/0322275A1 o WO2015/090230.
[0572] En realizaciones, el dominio de unión al antígeno se dirige a BCMA y se describe en el documento de patente US-2016-0046724-A1.
[0573] En realizaciones, el dominio de unión al antígeno se dirige a CD19 y se describe en el documento de patente US-2015-0283178-A1.
[0574] En realizaciones, el dominio de unión al antígeno se dirige a CD123 y se describe en los documentos de patente US2014/0322212A1, US2016/0068601A1.
[0575] En realizaciones, el dominio de unión al antígeno se dirige a CLL y se describe en el documento de patente US2016/0051651A1.
[0576] En realizaciones, el dominio de unión al antígeno se dirige a CD33 y se describe en el documento de patente US2016/0096892A1.
[0577] Los antígenos diana a modo de ejemplo a los que se pueden dirigir usando las células que expresan CAR incluyen, pero no se limitan a, CD19, CD123, EGFRvIII, CD33, mesotelina, BCMA y GFR ALFA-4, entre otros, como se describe, por ejemplo, en los documentos de patente WO2014/153270, WO 2014/130635, WO2016/028896, WO 2014/130657, WO2016/014576, WO 2015/090230, WO2016/014565, WO2016/014535 y WO2016/025880.
[0578] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CD19 humanizado, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno (por ejemplo, un dominio de unión al antígeno humanizado) según la Tabla 3 del documento de patente WO2014/153270. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para CD19 y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO2014/153270.
[0579] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CD123, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR (por ejemplo, cualquiera de CAR1 a CAR8) o un dominio de unión al antígeno según las Tablas 1-2 del documento de patente WO 2014/130635. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para CD123 y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO 2014/130635.
[0580] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CD123, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR (por ejemplo cualquiera de CAR123-1 a CAR123-4 y hzCAR123-1 a hzCAR123-32) o un dominio de unión al antígeno según las Tablas 2, 6 y 9 del documento de patente WO2016/028896. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para CD123 y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO2016/028896.
[0581] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a EGFRvIII, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según la Tabla 2 o SEQ ID NO:11 del documento de patente WO 2014/130657. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para EGFRvIII y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO 2014/130657.
[0582] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CD33, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR (por ejemplo cualquiera de CAR33-1 a CAR-33-9) o un dominio de unión al antígeno según las Tablas 2 o 9 del documento de patente WO2016/014576. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para CD33 y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO2016/014576.
[0583] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a mesotelina, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según las Tablas 2-3 del documento de patente WO 2015/090230. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para mesotelina y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO 2015/090230.
[0584] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a BCMA, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según la Tabla 1 o 16, SEQ ID NO:271 o SEQ ID NO: 273 del documento de patente WO2016/014565. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para BCMA y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO2016/014565.
[0585] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a CLL-1, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según la Tabla 2 del documento de patente WO2016/014535. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para CLL-1 y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO2016/014535.
[0586] En otras realizaciones, las células que expresan CAR se pueden unir específicamente a GFR ALFA-4, por ejemplo, pueden incluir una molécula de CAR o un dominio de unión al antígeno según la Tabla 2 del documento de patente WO2016/025880. Las secuencias de aminoácidos y nucleótidos que codifican las moléculas de CAR para GFR ALFA-4 y los dominios de unión al antígeno (por ejemplo, incluidas una, dos, tres CDR de VH; y una, dos, tres CDR de VL según Kabat o Chothia) se especifican en el documento de patente WO2016/025880.
[0587] En una realización, el dominio de unión al antígeno de cualquiera de las moléculas de CAR descritas en el presente documento (por ejemplo, cualquiera de CD19, CD123, EGFRvIII, CD33, mesotelina, BCMA y GFR ALPHA-4) comprende una, dos, tres (por ejemplo, las tres) CDR de cadena pesada, CDR1 de HC, CDR2 de HC y CDR3 de HC, de un anticuerpo enumerado anteriormente y/o una, dos, tres (por ejemplo, las tres) CDR de cadena ligera, CDR1 de LC, CDR2 de LC y CDR3 de LC, de un dominio de unión al antígeno enumerado anteriormente. En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende una región variable de cadena pesada y/o una región variable de cadena ligera de un anticuerpo enumerado o descrito anteriormente.
[0588] Armazones no de anticuerpo
[0589] En las realizaciones, el dominio de unión al antígeno comprende un armazón no de anticuerpo, por ejemplo, una fibronectina, anquirina, anticuerpo de dominio, lipocalina, inmunofármaco modular pequeño, maxicuerpo, Proteína A o afilina. El armazón no de anticuerpo tiene la capacidad de unirse al antígeno diana en una célula. En las realizaciones, el dominio de unión al antígeno es un polipéptido o fragmento de este de una proteína de origen natural expresada en una célula. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno comprende un armazón no de anticuerpo. Puede emplearse una amplia diversidad de armazones no de anticuerpo, siempre que el polipéptido resultante incluya al menos una región de unión que se una específicamente al antígeno diana en una célula diana.
[0590] Los armazones no de anticuerpo incluyen: fibronectina (Novartis, MA), anquirina (Molecular Partners AG, Zúrich, Suiza), anticuerpos de dominio (Domantis, Ltd., Cambridge, MA y Ablynx nv, Zwijnaarde, Bélgica), lipocalina (Pieris Proteolab AG, Freising, Alemania), inmunofármacos modulares pequeños (Trubion Pharmaceuticals Inc., Seattle, WA), maxicuerpos (Avidia, Inc., Mountain View, CA), Proteína A (Affibody AG, Suecia) y afilina (gamma-cristalina o ubiquitina) (Scil Proteins GmbH, Halle, Alemania).
[0591] En una realización, el dominio de unión al antígeno comprende el dominio extracelular, o un fragmento de unión a contraligando del mismo, de la molécula que se une a un contraligando en la superficie de una célula diana.
[0592] Dominio transmembranario
[0593] En realizaciones, un CAR descrito en el presente documento comprende un dominio transmembranario que se fusiona a una secuencia extracelular, por ejemplo, un elemento de reconocimiento extracelular, que puede comprender un dominio de unión al antígeno. En una realización, el dominio transmembranario es uno que está asociado de forma natural con uno de los dominios en el CAR. En una realización, el dominio transmembranario es uno que está asociado de forma no natural con uno de los dominios en el CAR.
[0594] Un dominio transmembranario puede incluir uno o más aminoácidos adicionales adyacentes a la región transmembranaria, por ejemplo, uno o más aminoácidos asociados con la región extracelular de la proteína de la que se derivó la transmembrana (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 hasta 15 aminoácidos de la región extracelular) y/o uno o más aminoácidos adicionales asociados con la región intracelular de la proteína de la que deriva la proteína transmembranaria (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 hasta 15 aminoácidos de la región intracelular).
[0595] En realizaciones, el dominio transmembranario es uno que minimiza las interacciones con otros elementos, por ejemplo, otros dominios transmembranarios. En algunos casos, el dominio transmembranario minimiza la unión de dichos dominios a los dominios transmembranarios de las mismas proteínas de la membrana de superficie o diferentes, por ejemplo, para minimizar las interacciones con otros miembros del complejo receptor. Los ejemplos adecuados pueden derivarse mediante selección o modificación de la sustitución de aminoácidos de un dominio transmembranario conocido. En una realización, el dominio transmembranario es capaz de promover la homodimerización con otro CAR en la superficie de la célula.
[0596] El dominio transmembranario puede comprender una secuencia sintética de origen natural o de origen no natural. Cuando es de origen natural, el dominio transmembranario puede derivar de cualquier proteína unida a la membrana o transmembranaria.
[0597] Las regiones transmembranarias adecuadas para su uso en las moléculas descritas en el presente documento pueden derivarse de uno cualquiera o más de, por ejemplo, la cadena alfa, beta o zeta del receptor de linfocitos T, CD28, CD3 épsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137, CD154. En algunas realizaciones, un dominio transmembranario puede incluir al menos la región o regiones transmembranarias de, por ejemplo, KIRDS2, OX40, CD2, CD27, LFA-1 (CD11a, CD18), ICOS (CD278), 4-1BB (CD137), GITR, CD40, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD160, CD19, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R α, ITGA1, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, TNFR2, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, PAG/Cbp, NKG2D, NKG2C. En una realización, el dominio transmembranario se deriva de CD8. En una realización, el dominio transmembranario se deriva de CD28. En un aspecto, el dominio transmembranario es un dominio transmembranario de la secuencia proporcionada como SEQ ID NO: 12 o SEQ ID NO: 42.
[0598] En una realización, una secuencia, por ejemplo, una secuencia bisagra o espaciadora, puede disponerse entre un dominio transmembranario y otra secuencia o dominio al que está fusionada. En realizaciones, también puede emplearse una variedad de bisagras humanas (también denominadas "espaciadores"), por ejemplo, incluyendo, entre otros, la bisagra de Ig (inmunoglobulina) humana. Opcionalmente, un conector oligo- o polipeptídico corto, entre 2 y 10 aminoácidos de longitud, puede formar el enlace entre el dominio transmembranario y otro dominio, por ejemplo, un dominio de señalización intracelular o dominio coestimulador, de un CAR. Un doblete de glicina-serina proporciona un conector particularmente adecuado. En un aspecto, la bisagra o espaciador es la secuencia de aminoácidos proporcionada como SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 o SEQ ID NO: 8. En un aspecto, la bisagra o espaciador comprende una bisagra KIR2DS2. En una realización, el dominio transmembranario puede ser una secuencia de origen no natural, en cuyo caso puede comprender restos predominantemente hidrófobos tales como leucina y valina. En una realización, se puede encontrar un triplete de fenilalanina, triptófano y valina en cada extremo de un dominio transmembranario.
[0599] Opcionalmente, un conector oligo- o polipeptídico corto, entre 2 y 10 aminoácidos de longitud, puede formar el enlace entre el dominio transmembranario y la región citoplásmica del CAR. Un doblete de glicina-serina proporciona un conector particularmente adecuado. Por ejemplo, en un aspecto, el conector comprende la secuencia de aminoácidos de GGGGSGGGGS (SEQ ID NO: 10). En algunas realizaciones, el conector está codificado por una secuencia de nucleótidos de GGTGGCGGAGGTTCTGGAGGTGGAGGTTCC (SEQ ID NO: 11).
[0600] Dominio citoplásmico
[0601] La región o dominio citoplásmico del CAR incluye un dominio de señalización intracelular. Un dominio de señalización intracelular es generalmente responsable de la activación de al menos una de las funciones efectoras normales de la célula inmunitaria en la que se ha introducido el CAR.
[0602] Los ejemplos de dominios de señalización intracelular para su uso en el CAR de uso en la invención incluyen las secuencias citoplásmicas del receptor de linfocitos T (TCR) y los correceptores que actúan en concierto para iniciar la transducción de señales tras el acoplamiento del receptor de antígeno, así como cualquier derivado o variante de estas secuencias y cualquier secuencia recombinante que tenga la misma capacidad funcional.
[0603] Se sabe que las señales generadas a través del TCR por sí solas son insuficientes para la activación completa de la linfocito T y que también se requiere una señal secundaria y/o coestimuladora. Así, se puede decir que la activación de linfocitos T está mediada por dos clases distintas de secuencias de señalización citoplásmica: las que inician la activación dependiente de antígeno mediante el TCR (dominios de señalización intracelular primaria) y las que actúan en un modo independiente de antígeno para proporcionar una señal secundaria o coestimuladora (dominio citoplásmico secundario, por ejemplo, un dominio coestimulador).
[0604] Dominios de señalización primarios
[0605] Un dominio de señalización primario regula la activación primaria del complejo TCR ya sea de forma estimuladora o de forma inhibidora. Los dominios de señalización intracelular primaria que actúan de manera estimuladora pueden contener motivos de señalización que son conocidos como motivos de activación basados en tirosina del inmunorreceptor o ITAM. Los ejemplos de dominios de señalización intracelular primarios que contienen ITAM que son de uso particular en la invención incluyen los de TCR zeta, FcR gamma, FcR beta, CD3 gamma,
[0606] CD3 delta, CD3 épsilon, CD5, CD22, CD79a, CD79b, CD278 (también conocido como "ICOS"), FcεRI, DAP10, DAP12 y CD66d. En una realización, un CAR de uso en la invención comprende un dominio de señalización intracelular, por ejemplo un dominio de señalización primario de CD3-zeta, por ejemplo una secuencia de CD3-zeta descrita en el presente documento.
[0607] En una realización, un dominio de señalización primario comprende un dominio ITAM modificado, por ejemplo, un dominio ITAM mutado que tiene una actividad alterada (por ejemplo, aumentada o disminuida) en comparación con el dominio ITAM nativo. En una realización, un dominio de señalización primario comprende un dominio de señalización intracelular que contiene ITAM, por ejemplo un dominio de señalización intracelular primario que contiene ITAM optimizado y/o truncado. En una realización, un dominio de señalización primario comprende uno, dos, tres, cuatro o más motivos ITAM. Otros ejemplos de moléculas que contienen un dominio de señalización primario que son de uso particular en la invención incluyen los de DAP10, DAP12 y CD32.
[0608] Un dominio de señalización intracelular primario comprende un fragmento funcional, o análogo, de una molécula estimuladora primaria (por ejemplo, CD3 zeta - Acc. de GenBank. n.º BAG36664.1). El dominio de señalización intracelular primario puede comprender toda la región intracelular o un fragmento de la región intracelular que es suficiente para la generación de una señal intracelular cuando un dominio de unión al antígeno al que está fusionado se une al antígeno afín. En realizaciones, el dominio de señalización intracelular primario tiene al menos 70, 75, 80, 85, 90, 95, 98 o 99 % de identidad de secuencia con toda la región intracelular, o un fragmento de la región intracelular que es suficiente para la generación de una señal intracelular, de una molécula estimuladora primaria de origen natural, por ejemplo, una molécula estimuladora primaria intracelular humana (Acc. de GenBank. n.º BAG3664.1) o de otro mamífero, por ejemplo, de una especie no humana, por ejemplo, de roedor, mono, simio o murina. En realizaciones, el dominio de señalización intracelular primario tiene al menos 70, 75, 80, 85, 90, 95, 98 o 99 % de identidad de secuencia con SEQ ID NO: 18 o SEQ ID NO: 20.
[0609] En realizaciones, el dominio de señalización intracelular primario tiene al menos 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 o 99 % de identidad con, o difiere en no más de 30, 25, 20, 15, 10, 5, 4, 3, 2 o 1 residuos aminoacídicos de toda la región intracelular o un fragmento de la región intracelular que es suficiente para la generación de un señal intracelular, o de una molécula estimuladora primaria humana de origen natural, por ejemplo, una molécula estimuladora primaria humana de origen natural divulgada en el presente documento.
[0610] Dominio de señalización coestimulador
[0611] El dominio de señalización intracelular del CAR puede comprender el dominio de señalización CD3-zeta por sí mismo o puede combinarse con cualquier otro dominio o dominios de señalización intracelulares deseados útiles en el contexto de un CAR de uso en la invención. Por ejemplo, el dominio de señalización intracelular del CAR puede comprender una porción de cadena de CD3 zeta y un dominio de señalización coestimulador. El dominio de señalización coestimulador se refiere a una porción del CAR que comprende el dominio intracelular de una molécula coestimuladora. En una realización, el dominio intracelular se diseña para comprender el dominio de señalización de CD3-zeta y el dominio de señalización de CD28. En un aspecto, el dominio intracelular está diseñado para que comprenda el dominio de señalización de CD3-zeta y el dominio de señalización de ICOS.
[0612] Una molécula coestimuladora puede ser una molécula de la superficie celular distinta de un receptor de antígeno o sus ligandos que se requiere para una respuesta de linfocitos eficiente a un antígeno. Los ejemplos de dichas moléculas coestimuladoras incluyen CD27, CD28, 4-1BB (CD137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, antígeno-1 asociado a la función de linfocitos (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3, y un ligando que se une específicamente a CD83, y similares. Por ejemplo, se ha demostrado que la coestimulación de CD27 potencia la expansión, la función efectora y la supervivencia de células que expresan CAR (por ejemplo, linfocitos T, célula NK)in vitroy aumenta la persistencia de linfocitos T humanos y la actividad antitumoralin vivo(Song et al. BLOOD. 2012; 119(3):696-706). Otros ejemplos de dichas moléculas coestimuladoras incluyen CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD160, CD19, CD4, CD8alfa, CD8beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alfa, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, NKG2D, NKG2C y PAG/Cbp.
[0613] En algunas realizaciones, una población de células efectoras inmunitarias, por ejemplo, linfocitos T, comprende una mezcla de células que contienen moléculas de CAR que tienen dos o más dominios de señalización intracelulares. En realizaciones, la población de células efectoras inmunitarias comprende uno o más CAR que comprenden un dominio de señalización de CD28 y un dominio de señalización de 4-1BB. Por ejemplo, una primera célula efectora inmunitaria comprende una molécula de CAR que comprende un dominio de señalización de CD28, y una segunda célula efectora inmunitaria comprende una molécula de CAR que comprende un dominio de señalización de 4-1BB. La expresión de moléculas de CAR que comprenden un dominio de señalización de CD28 y/o un dominio de señalización de 4-1BB puede ser transitoria o estable.
[0614] Las secuencias de señalización intracelular dentro de la porción citoplásmica del CAR de uso en la invención se pueden unir entre sí en un orden aleatorio o especificado. Opcionalmente, un conector oligo- o polipeptídico corto, por ejemplo, de entre 2 y 10 aminoácidos (ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 aminoácidos) de longitud puede formar el enlace entre las secuencias de señalización intracelular. En una realización, se puede usar un doblete de glicina-serina como conector adecuado. En una realización, se puede usar un solo aminoácido, por ejemplo, una alanina, una glicina, como conector adecuado.
[0615] En un aspecto, el dominio de señalización intracelular está diseñado para comprender dos o más, por ejemplo, 2, 3, 4, 5 o más, dominios de señalización coestimuladores. En una realización, los dos o más, por ejemplo, 2, 3, 4, 5 o más dominios de señalización coestimuladores, están separados por una molécula conectora, por ejemplo, una molécula conectora descrita en el presente documento. En una realización, el dominio de señalización intracelular comprende dos dominios de señalización coestimuladores. En algunas realizaciones, la molécula conectora es un residuo de glicina. En algunas realizaciones, el conector es un residuo de alanina.
[0616] Un dominio coestimulador comprende un fragmento funcional, o análogo, de una molécula coestimuladora (por ejemplo, ICOS, CD28 o 4-1BB). Puede comprender toda la región intracelular o un fragmento de la región intracelular que es suficiente para la generación de una señal intracelular, por ejemplo, cuando un dominio de unión al antígeno al que está fusionado se une al antígeno afín. En realizaciones, el dominio coestimulador tiene al menos un 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia con toda la región intracelular, o un fragmento de la región intracelular que es suficiente para la generación de una señal intracelular, de una molécula coestimuladora de origen natural como se describe en el presente documento, por ejemplo, una molécula coestimuladora intracelular humana o de otro mamífero, por ejemplo, de una especie no humana, por ejemplo, roedor, mono, simio o murina. En realizaciones, el dominio coestimulador tiene al menos un 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia con SEQ ID NO: 14 o SEQ ID NO: 16.
[0617] En realizaciones, el dominio de señalización coestimulador tiene al menos 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 o 99 % de identidad con, o difiere en no más de 30, 25, 20, 15, 10, 5, 4, 3, 2 o 1 residuos aminoacídicos de toda la región intracelular o un fragmento de la región intracelular que es suficiente para la generación de un señal intracelular, o de una molécula coestimuladora humana de origen natural, por ejemplo, una molécula coestimuladora humana de origen natural divulgada en el presente documento.
[0618] Cualquiera de los CAR descritos en la presente puede incluir uno o más de los componentes enumerados en laTabla 10.
[0619] Tabla 10. Secuencias de diversos componentes de CAR (aa - aminoácidos, an - ácidos nucleicos que codifican la proteína correspondiente)
[0620]
[0621]
[0622]
[0625] Coexpresión de CAR con otras moléculas o agentes
[0627] Coexpresión de un segundo CAR
[0629] En un aspecto, la célula que expresa un CAR descrita en el presente documento puede comprender además un segundo CAR, por ejemplo, un segundo CAR que incluye un dominio de unión al antígeno diferente, por ejemplo, a la misma diana (por ejemplo, CD19) o a una diana diferente (por ejemplo, una diana distinta de CD19, por ejemplo, una diana descrita en el presente documento). En una realización, la célula que expresa un CAR comprende un primer CAR que se dirige a un primer antígeno e incluye un dominio de señalización intracelular que tiene un dominio de señalización coestimulador pero no un dominio de señalización primario, y un segundo CAR que se dirige a un segundo antígeno diferente e incluye un dominio de señalización intracelular que tiene un dominio de señalización primario pero no un dominio de señalización coestimulador. La colocación de un dominio de señalización coestimulador, por ejemplo 4-1BB, CD28, CD27, OX-40 o ICOS, en el primer CAR, y el dominio de señalización primario, por ejemplo CD3 zeta, en el segundo CAR puede limitar la actividad de CAR a las células donde se expresan ambas dianas. En una realización, la célula que expresa CAR comprende un primer CAR que incluye un dominio de unión al antígeno, un dominio transmembranario y un dominio coestimulador y un segundo CAR que fija como objetivo otro antígeno e incluye un dominio de unión al antígeno, un dominio transmembranario y un dominio de señalización primario. En una realización, la célula que expresa CAR comprende un primer CAR que incluye un dominio de unión al antígeno, un dominio transmembranario y un dominio de señalización primario y un segundo CAR que fija como objetivo otro antígeno e incluye un dominio de unión al antígeno al antígeno, un dominio transmembranario y un dominio de señalización coestimulador.
[0630] En una realización, la célula que expresa CAR comprende un XCAR descrito en el presente documento y un CAR inhibidor. En una realización, el CAR inhibidor comprende un dominio de unión al antígeno que se une a un antígeno que se encuentra en las células normales, pero no en las células cancerosas, por ejemplo células normales que también expresan X. En una realización, el CAR inhibidor comprende el dominio de unión al antígeno, un dominio transmembranario y un dominio intracelular de una molécula inhibidora. Por ejemplo, el dominio intracelular del CAR inhibidor puede ser un dominio intracelular de PPD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina y TGF (por ejemplo, TGFbeta).
[0631] En una realización, cuando la célula que expresa CAR comprende dos o más CAR diferentes, los dominios de unión al antígeno de los diferentes CAR pueden ser tales que los dominios de unión al antígeno no interactúen entre sí. Por ejemplo, una célula que expresa un primer y un segundo CAR pueden tener un dominio de unión al antígeno del primer CAR, por ejemplo como un fragmento, por ejemplo un scFv, que no forma una asociación con el dominio de unión al antígeno del segundo CAR, por ejemplo, el dominio de unión al antígeno del segundo CAR es un VHH.
[0632] En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno comprende una molécula de unión al antígeno de un solo dominio (SDAB). Las moléculas SDAB incluyen moléculas cuyas regiones determinantes complementarias forman parte de un polipéptido de un solo dominio. Los ejemplos incluyen, entre otros, dominios variables de cadena pesada, moléculas de unión naturalmente desprovistas de cadenas ligeras, dominios únicos derivados de anticuerpos de 4 cadenas convencionales, dominios modificados por ingeniería genética y armazones de dominio único diferentes a los derivados de anticuerpos. Las moléculas SDAB pueden ser cualquiera de la técnica, o cualquier molécula futura de dominio único. Las moléculas SDAB se pueden derivar de cualquier especie, incluyendo, pero no se limitan a, ratones, humanos, camellos, llamas, lampreas, peces, tiburones, cabras, conejos y bovinos. Este término también incluye moléculas de anticuerpos de dominio único que se producen naturalmente de especies distintas de camélidos y tiburones.
[0633] En un aspecto, una molécula SDAB puede derivar de una región variable de la inmunoglobulina que se encuentra en el pez, tal como, por ejemplo, la que procede del isotipo de inmunoglobulina conocido como receptor de antígeno nuevo (NAR) que se encuentra en el suero de tiburón. Los métodos de producción de moléculas de dominio único derivadas de una región variable de NAR ("IgNAR") se describen en el documento de patente WO 03/014161 y en Streltsov (2005) Protein Sci.14:2901-2909.
[0634] Según otro aspecto, una molécula SDAB es una molécula de unión al antígeno de dominio único de origen natural conocida como cadena pesada desprovista de cadenas ligeras. Dichas moléculas de dominio único se divulgan en el documento de patente WO 9404678 y en Hamers-Casterman, C. et al. (1993) Nature 363:446-448, por ejemplo. Por razones de claridad, este dominio variable derivado de una molécula de cadena pesada desprovista de forma natural de cadena ligera se conoce en el presente documento como VHH o nanocuerpo para distinguirla del VH convencional de inmunoglobulinas de cuatro cadenas. Una molécula de VHH de este tipo se puede derivar de especies de camélidos, por ejemplo en camello, llama, dromedario, alpaca y guanaco. Otras especies además de camélidos pueden producir moléculas de cadena pesada desprovistas de forma natural de la cadena ligera; las VHH de este tipo están dentro del alcance de la invención.
[0635] Las moléculas SDAB pueden ser recombinantes, injertadas con CDR, humanizadas, camelizadas, desinmunizadas y/o generadas in vitro (por ejemplo, seleccionadas mediante presentación en fagos).
[0636] También se ha descubierto que en células que tienen una pluralidad de receptores quiméricos integrados en la membrana que comprenden un dominio de unión al antígeno las interacciones entre el dominio de unión al antígeno de los receptores pueden ser no deseables, por ejemplo, debido a que se inhibe la capacidad de uno o más de los dominios de unión al antígeno para unirse a su antígeno afín. En consecuencia, en el presente documento se divulgan células que tienen un primer y un segundo receptor quimérico incrustado en la membrana no natural que comprenden dominios de unión al antígeno que minimizan tales interacciones. También se divulgan en el presente documento ácidos nucleicos que codifican un primer y un segundo receptor quimérico integrado en la membrana no natural que comprenden dominios de unión al antígeno que minimizan tales interacciones, así como métodos de fabricación y uso de dichas células y ácidos nucleicos. En una realización, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y el segundo receptores quiméricos integrados en la membrana no naturales comprende un scFv, y el otro comprende un dominio de VH único, por ejemplo un dominio de VH único de camélido, tiburón o lamprea, o un dominio de VH único derivado de una secuencia humana o de ratón. En algunas realizaciones, una composición del presente documento comprende un primer y un segundo CAR, en donde el dominio de unión al antígeno de uno del primer y del segundo CAR no comprende un dominio ligero variable ni un dominio pesado variable. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y del segundo CAR es un scFv, y el otro no es un scFv. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y el segundo CAR comprende un dominio de VH único, por ejemplo un dominio de VH único de camélido, tiburón o lamprea, o un dominio de VH único derivado de una secuencia humana o de ratón. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y del segundo CAR comprende un nanocuerpo. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y del segundo CAR comprende un dominio VHH de camélido.
[0637] En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y el segundo CAR comprende un scFv, y el otro comprende un dominio de VH único, por ejemplo un dominio de VH único de camélido, tiburón o lamprea, o un dominio de VH único derivado de una secuencia humana o de ratón. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y del segundo CAR comprende un scFv, y el otro comprende un nanocuerpo. En algunas realizaciones, el dominio de unión al antígeno de uno del primer y del segundo CAR comprende un scFv, y el otro comprende un VHH de camélido.
[0638] En algunas realizaciones, cuando está presente en la superficie de una célula, la unión del dominio de unión al antígeno del primer CAR a su antígeno afín no se ve reducida sustancialmente por la presencia del segundo CAR. En algunas realizaciones, la unión del dominio de unión al antígeno del primer CAR a su antígeno afín en presencia del segundo CAR es un 85 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de la unión del dominio de unión al antígeno del primer CAR a su antígeno afín en ausencia del segundo CAR.
[0639] En algunas realizaciones, cuando están presentes en la superficie de una célula, los dominios de unión al antígeno del primer CAR y del segundo CAR, se asocian entre sí menos que si ambos fueran dominios de unión al antígeno scFv. En algunas realizaciones, los dominios de unión al antígeno del primer y del segundo CAR se asocian entre sí un 85 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97%, 98 % o 99 % menos que si ambos fueran dominios de unión al antígeno scFv.
[0640] Coexpresión de un agente que potencia la actividad del CAR
[0641] En otro aspecto, la célula que expresa CAR descrita en el presente documento puede expresar además otro agente, por ejemplo, un agente que potencia la actividad o idoneidad de una célula que expresa CAR.
[0642] Por ejemplo, en una realización, el agente puede ser un agente que inhibe una molécula que modula o regula, por ejemplo, inhibe, la función de linfocitos T. En algunas realizaciones, la molécula que modula o regula la función de linfocitos T es una molécula inhibidora. Las moléculas inhibidoras, por ejemplo, PD1, pueden, en algunas realizaciones, disminuir la capacidad de una célula que expresa CAR de organizar una respuesta efectora inmunitaria. Los ejemplos de moléculas inhibidoras incluyen PD1, PD-L1, CTLA4, TIM3, LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina o TGF beta.
[0643] En realizaciones, un agente, por ejemplo un ácido nucleico inhibidor, por ejemplo un ARNbc, por ejemplo un ARNip o ARNhc; o por ejemplo una proteína inhibidora o sistema, por ejemplo repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente espaciadas (CRISPR), nucleasa efectora similar a un activador de la transcripción (TALEN) o una endonucleasa con dedos de zinc (ZFN), por ejemplo como se describe en el presente documento, se puede usar para inhibir la expresión de una molécula que modula o regula, por ejemplo inhibe, la función de linfocitos T en la célula que expresa CAR. En una realización, el agente es un ARNhc, por ejemplo, un ARNhc descrito en el presente documento. En una realización, el agente que modula o regula, por ejemplo, inhibe, la función de los linfocitos T es inhibido dentro de una célula que expresa CAR. Por ejemplo, una molécula de ARNbc que inhibe la expresión de una molécula que modula o regula, por ejemplo, inhibe, la función de linfocitos T está ligada al ácido nucleico que codifica un componente, por ejemplo, todos los componentes, del CAR.
[0644] En una realización, el agente que inhibe una molécula inhibidora comprende un primer polipéptido, por ejemplo, una molécula inhibidora, asociado con un segundo polipéptido que proporciona una señal positiva a la célula, por ejemplo, un dominio de señalización intracelular descrito en el presente documento. En una realización, el agente comprende un primer polipéptido, por ejemplo de una molécula inhibidora como PD1, PD-L1, CTLA4, TIM3, LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina o TGF beta, o un fragmento de cualquiera de estos (por ejemplo, al menos una porción de un dominio extracelular de cualquiera de estos), y un segundo polipéptido que es un dominio de señalización intracelular descrito en el presente documento (por ejemplo que comprende un domino coestimulador (por ejemplo 41BB, CD27 o CD28, por ejemplo, como se describe en el presente documento) y/o un dominio de señalización primario (por ejemplo, un dominio de señalización de CD3 zeta descrito en el presente documento). En una realización, el agente comprende un primer polipéptido de PD1 o un fragmento del mismo (por ejemplo, al menos una porción de un dominio extracelular de PD1), y un segundo polipéptido de un dominio de señalización intracelular descrito en el presente documento (por ejemplo un dominio de señalización de CD28 descrito en el presente documento y/o un dominio de señalización de CD3 zeta descrito en el presente documento). PD1 es un miembro inhibidor de la familia de receptores CD28 que también incluye CD28, CTLA-4, ICOS y BTLA. PD-1 se expresa en linfocitos B activados, linfocitos T y células mieloides (Agata et al.1996 Int. Immunol 8:765-75). Se ha mostrado que dos ligandos para PD1, PD-L1 y PD-L2, regulan por disminución la activación de linfocitos T tras unirse a PD1 (Freeman et a.2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al.2001 Nat Immunol 2:261-8; Carter et al.2002 Eur J Immunol 32:634-43). PD-L1 es abundante en los cánceres humanos (Dong et al.2003 J Mol Med 81:281-7; Blank et al.2005 Cancer Immunol. Immunother 54:307-314; Konishi et al.2004 Clin Cancer Res 10:5094). La inmunosupresión se puede revertir inhibiendo la interacción local de PD1 con PD-L1. En una realización, el agente comprende el dominio extracelular (ECD) de una molécula inhibidora, por ejemplo, muerte programada 1 (PD1), que puede fusionarse con un dominio transmembranario y dominios de señalización intracelular tales como 41BB y CD3 zeta (también denominados en el presente documento CAR para PD1). En una realización, el CAR para PD1, cuando se usa en combinaciones con un XCAR descrito en el presente documento, mejora la persistencia del linfocito T. En una realización, el CAR es un CAR para PD1 que comprende el dominio extracelular de PD1 indicado como subrayado en SEQ ID NO: 40. En una realización, el CAR para PD1 comprende la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 40.
[0645] En una realización, el agente comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica el CAR para PD1, por ejemplo, el CAR para PD1 descrito en el presente documento. En una realización, la secuencia de ácido nucleico para el CAR para PD1 se muestra en SEQ ID NO: 42, con el ECD de PD1 subrayado en SEQ ID NO: 42.
[0646] En otro ejemplo, en una realización, el agente que potencia la actividad de una célula que expresa CAR puede ser una molécula coestimuladora o un ligando de molécula coestimuladora. Los ejemplos de moléculas coestimuladoras incluyen la molécula de MHC de clase I, BTLA y un receptor de ligando Toll, así como OX40, CD27, CD28, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), ICOS (CD278) y 4-1BB (CD137). Otros ejemplos de dichas moléculas coestimuladoras incluyen CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD160, CD19, CD4, CD8alfa, CD8beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alfa, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (táctil), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a y un ligando que se une específicamente con CD83, por ejemplo, como se describe en el presente documento. Los ejemplos de ligandos de moléculas coestimuladoras incluyen CD80, CD86, CD40L, ICOSL, CD70, OX40L, 4-1BBL, GITRL y LIGHT. En realizaciones, el ligando de la molécula coestimuladora es un ligando para una molécula coestimuladora diferente del dominio de la molécula coestimuladora del CAR. En algunas realizaciones, el ligando de la molécula coestimuladora es un ligando para una molécula coestimuladora que es el mismo que el dominio de la molécula coestimuladora del CAR. En una realización, el ligando de la molécula coestimuladora es 4-1BBL. En una realización, el ligando coestimulador es CD80 o CD86. En una realización, el ligando de la molécula coestimuladora es CD70. En realizaciones, una célula efectora inmunitaria que expresa CAR descrita en el presente documento se puede modificar adicionalmente para expresar una o más moléculas coestimuladoras adicionales o ligandos de moléculas coestimuladoras.
[0647] Coexpresión de CAR con un receptor de quimiocinas
[0648] En realizaciones, la célula que expresa CAR descrita en el presente documento, por ejemplo la célula que expresa CAR para CD19, comprende además una molécula receptora de quimiocinas. La expresión transgénica de los receptores de quimiocinas CCR2b o CXCR2 en los linfocitos T aumenta el tráfico hacia los tumores sólidos secretores de CCL2 o CXCL1, incluidos el melanoma y el neuroblastoma (Craddock et al., J Inmunother. octubre de 2010; 33(8):780-8 y Kershaw et al., Hum Gene Ther.1 de noviembre de 2002; 13(16):1971-80). Por lo tanto, sin desear quedar ligado a teoría, se cree que los receptores de quimiocinas expresados en células que expresan CAR que reconocen quimiocinas secretadas por tumores, por ejemplo tumores sólidos, pueden mejorar la migración dirigida de la célula que expresa CAR al tumor, facilitar la infiltración de la célula que expresa CAR en el tumor y potenciar la eficacia antitumoral de la célula que expresa CAR. La molécula receptora de quimiocinas puede comprender un receptor de quimiocinas de origen natural o recombinante o un fragmento de unión a quimiocinas de este. Una molécula receptora de quimiocinas adecuada para la expresión en una célula que expresa CAR (por ejemplo CAR-Tx) descrita en el presente documento incluye un receptor de quimiocinas CXC (por ejemplo, CXCR1, CXCR2, CXCR3, CXCR4, CXCR5, CXCR6 o CXCR7), un receptor de quimiocinas CC (por ejemplo, CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR6, CCR7, CCR8, CCR9, CCR10 o CCR11), un receptor de quimiocinas CX3C (por ejemplo, CX3CR1), un receptor de quimiocinas XC (por ejemplo, XCR1) o un fragmento de unión a quimiocinas del mismo. En una realización, la molécula receptora de quimiocinas a expresar con un CAR descrito en el presente documento se selecciona en base a la quimiocina o quimiocinas secretadas por el tumor. En una realización, la célula que expresa CAR descrita en el presente documento comprende además, por ejemplo expresa, un receptor de CCR2b o un receptor de CXCR2. En una realización, el CAR descrito en el presente documento y la molécula receptora de quimiocinas están en el mismo vector o están en dos vectores diferentes. En realizaciones en las que el CAR descrito en el presente documento y la molécula receptora de quimiocinas están en el mismo vector, el CAR y la molécula receptora de quimiocinas están en cada caso bajo el control de dos promotores diferentes o están bajo el control del mismo promotor. Células que expresan CAR
[0649] Los CAR descritos en el presente documento se expresan en células, por ejemplo, células efectoras inmunitarias, por ejemplo, linfocitos T. Por ejemplo, una construcción de ácido nucleico de un CAR descrito en el presente documento se transduce a un linfocito T. En realizaciones, las células que expresan los CAR descritos en el presente documento son un linfocito T-CAR de ARN transcritoin vitro.
[0650] FUENTES DE CÉLULAS
[0651] En realizaciones, antes de la expansión y modificación genética u otra modificación, se puede obtener una fuente de linfocitos T a partir de un sujeto. Los linfocitos T se pueden obtener de varias fuentes, que incluyen células mononucleares de sangre periférica, médula ósea, tejido de ganglio linfático, sangre del cordón, tejido de timo, tejido de un sitio de infección, ascitis, derrame pleural, tejido del bazo y tumores.
[0652] En realizaciones, las células efectoras inmunitarias (por ejemplo, una población de células efectoras inmunitarias), por ejemplo, linfocitos T, derivan de (por ejemplo, se diferencian de) una célula madre, por ejemplo, una célula madre embrionaria o una célula madre pluripotente, por ejemplo, una célula madre pluripotente inducida (iPSC). En realizaciones, las células son autólogas o alogénicas. En realizaciones en donde las células son alogénicas, las células, por ejemplo, derivadas de células madre (por ejemplo, iPSC), se modifican para reducir su alorreactividad. Por ejemplo, las células pueden modificarse para reducir la alorreactividad, por ejemplo, modificando (por ejemplo, alterando) su receptor de linfocitos T. En realizaciones, puede usarse una nucleasa específica de sitio para alterar el receptor de linfocitos T, por ejemplo, después de la diferenciación de linfocitos T. En otros ejemplos, las células, por ejemplo, los linfocitos T derivados de iPSC, pueden generarse a partir de linfocitos T específicos de virus, que son menos propensos a provocar enfermedad injerto contra huésped debido a su reconocimiento de un antígeno derivado de patógeno. En otros ejemplos más, la alorreactividad se puede reducir, por ejemplo, minimizar, generando iPSC a partir de haplotipos HLA comunes de modo que sean histocompatibles con sujetos receptores emparejados no relacionados. En otros ejemplos más, la alorreactividad se puede reducir, por ejemplo, minimizar, reprimiendo la expresión de HLA mediante modificación genética. Por ejemplo, los linfocitos T derivados de iPSC pueden procesarse como se describe en, por ejemplo, Themeli et al. NAT. Biotechnol.
[0653] 31.10(2013):928-35. En algunos ejemplos, las células efectoras inmunitarias, por ejemplo, linfocitos T, derivadas de células madre, pueden procesarse/generarse usando los métodos descritos en el documento de patente WO2014/165707. En el presente documento se describen realizaciones adicionales relativas a células alogénicas, por ejemplo, en la sección "Células efectoras inmunitarias CAR alogénicas" del presente documento.
[0655] En realizaciones, los métodos, por ejemplo, métodos de fabricación, comprenden además poner en contacto una población celular con IL-15 y/o IL-7. Por ejemplo, la población celular se expande en presencia de IL-15 y/o IL-7. En realizaciones, la población celular se trata como se describe en la página 145 de la solicitud internacional WO2016/109410.
[0656] LINFOCITOS T
[0658] En la invención, las células son linfocitos T. Pueden usarse líneas de linfocitos T disponibles en la técnica. En realizaciones, los linfocitos T se pueden obtener de una unidad de sangre extraída de un sujeto usando cualquier número de técnicas conocidas por el experto en la materia, tal como la separación de Ficoll<™>. En una realización preferida, se obtienen células de la sangre circulante de un individuo por aféresis. El producto de aféresis contiene normalmente linfocitos, que incluyen linfocitos T, monocitos, granulocitos, linfocitos B, otros glóbulos blancos nucleados, glóbulos rojos y plaquetas. En una realización, las células recogidas por aféresis pueden lavarse para eliminar la fracción de plasma y colocar las células en un tampón o medio apropiado para las etapas de procesamiento posteriores. En una realización, las células se lavan con solución salina tamponada con fosfato (PBS). En una realización alternativa, la disolución de lavado carece de calcio y puede carecer de magnesio o puede carecer de muchos, si no todos, los cationes divalentes. En una realización, las etapas de activación inicial en ausencia de calcio conducen a una activación de señales amplificada. Se puede realizar una etapa de lavado mediante métodos conocidos por los expertos en la técnica, tales como usando una centrífuga de "flujo continuo" semiautomatizada (por ejemplo, el procesador de células Cobe 2991, el Baxter CytoMate o el Haemonetics Cell Saver 5) según las instrucciones del fabricante. Después del lavado, las células pueden resuspenderse en una variedad de tampones biocompatibles, tales como, por ejemplo, PBS sin Ca, sin Mg, PlasmaLyte A u otra solución salina con o sin tampón. Alternativamente, se pueden eliminar los componentes no deseables de la muestra de aféresis y resuspender las células directamente en el medio de cultivo.
[0660] En una realización, los linfocitos T se aíslan de linfocitos de sangre periférica mediante lisis de glóbulos rojos y reducción de monocitos, por ejemplo mediante centrifugación a través de un gradiente de PERCOLL<™>o mediante elutriación centrífuga en contraflujo. Una subpoblación específica de linfocitos T, tal como los linfocitos T CD3+, CD28+, CD4+, CD8+, CD45RA+ y CD45RO+, puede aislarse adicionalmente mediante técnicas de selección positiva o negativa. Por ejemplo, en una realización, los linfocitos T se aíslan mediante incubación con perlas conjugadas con anti-CD3/anti-CD28 (es decir, 3x28), tales como DYNABEADS<®>M-450 CD3/CD28 T, durante un periodo de tiempo suficiente para una selección positiva de los linfocitos T deseados. En una realización, el periodo de tiempo es de aproximadamente 30 minutos. En una realización adicional, el periodo de tiempo varía de 30 minutos a 36 horas o más y todos los valores enteros intermedios. En una realización adicional, el periodo de tiempo es al menos de 1, 2, 3, 4, 5 o 6 horas. En otra realización más, el periodo de tiempo es de 10 a 24 horas. En una realización, el periodo de tiempo de incubación es de 24 horas. Para el aislamiento de linfocitos T de pacientes con leucemia, el uso de tiempos de incubación más largos, tales como 24 horas, puede aumentar el rendimiento celular. Se pueden usar tiempos de incubación más largos para aislar linfocitos T en cualquier situación en la que haya pocos linfocitos T en comparación con otros tipos de células, tal como en el aislamiento de linfocitos infiltrantes tumorales (TIL) del tejido tumoral o de individuos inmunocomprometidos. Además, el uso de tiempos de incubación más largos puede aumentar la eficiencia de captura de linfocitos T CD8+. De este modo, mediante un simple acortamiento o prolongación del tiempo que se permite que los linfocitos T se unan a las perlas CD3/CD28 y/o mediante aumento o disminución de la relación de perlas respecto a linfocitos T (como se describe adicionalmente en el presente documento), as subpoblaciones de linfocitos T se pueden seleccionar preferentemente a favor o en contra del inicio del cultivo o en otros puntos de tiempo durante el proceso. Adicionalmente, mediante un aumento o disminución de la relación de anticuerpos anti-CD3 y/o anti-CD28 en las perlas u otra superficie, las subpoblaciones de linfocitos T se pueden seleccionar preferentemente a favor o en contra al inicio del cultivo o en otros puntos temporales deseados. El experto reconocería que también se pueden usar múltiples rondas de selección. En ciertas realizaciones, puede ser deseable realizar el procedimiento de selección y usar las células "no seleccionadas" en el proceso de activación y expansión. Las células "no seleccionadas" también se pueden someter a rondas adicionales de selección.
[0661] El enriquecimiento de una población de linfocitos T mediante selección negativa se puede lograr con una combinación de anticuerpos dirigidos a marcadores superficiales únicos para las células seleccionadas de manera negativa. Un método es la clasificación y/o selección de células mediante inmunoadherencia magnética negativa o citometría de flujo que usa una mezcla de anticuerpos monoclonales dirigidos a marcadores de superficie celular presentes en las células seleccionadas negativamente. Por ejemplo, para enriquecer las células CD4+ mediante selección negativa, una mezcla de anticuerpos monoclonales incluye normalmente anticuerpos contra CD14, CD20, CD11b, CD16, HLA-DR y CD8. En ciertas realizaciones, puede ser deseable enriquecer o seleccionar positivamente linfocitos T reguladores que expresan normalmente CD4+, CD25+, CD62LAlto, GITR+ y FoxP3+.
[0662] Alternativamente, en ciertas realizaciones, los linfocitos T reguladores se reducen mediante perlas conjugadas anti-CD25 u otro método similar de selección. Los métodos de disminución de linfocitos T<REG>incluyen, entre otros, ciclofosfamida, anticuerpo anti-GITR, agotamiento de CD25, inhibidor de mTOR y combinaciones de los mismos. En realizaciones, los linfocitos T<REG>se agotan, por ejemplo, como se describe en la solicitud internacional WO2016/109410 presentada el 28 de diciembre de 2015 (por ejemplo, en las páginas 1-6 y 152-153 de la misma).
[0663] En realizaciones, las células, por ejemplo, linfocitos T, expresan ectópicamente una subunidad de telomerasa, por ejemplo, la subunidad catalítica de telomerasa, por ejemplo, TERT, por ejemplo, hTERT, por ejemplo, como se describe en las páginas 62-66 de la solicitud internacional WO2016/109410 presentada el 28 de diciembre de 2015.
[0664] Para aislar una población deseada de células mediante selección positiva o negativa, se puede variar la concentración de células y superficie (por ejemplo, partículas tales como perlas). En ciertas realizaciones, puede ser deseable disminuir significativamente el volumen en el que se mezclan las perlas y las células (es decir, aumentar la concentración de células), para asegurar el máximo contacto de las células y las perlas. En una realización, se usa una concentración de 2.000 millones de células/ml. En una realización, se usa una concentración de 1.000 millones de células/ml. En una realización adicional, se usan más de 100 millones de células/ml. En una realización adicional, se usa una concentración de células de 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45 o 50 millones de células/ml. En una realización, se usa una concentración de células de 75, 80, 85, 90, 95 o 100 millones de células/ml. En realizaciones adicionales, se pueden usar concentraciones de 125 o 150 millones de células/ml. El uso de altas concentraciones puede resultar en un mayor rendimiento celular, activación celular y expansión celular. Además, el uso de altas concentraciones de células permite una captura más eficiente de células que pueden expresar débilmente antígenos diana de interés, tales como linfocitos T CD28-negativos, o de muestras en las que hay muchas células tumorales presentes (decir, sangre leucémica, tejido tumoral, etc.). Dichas poblaciones de células pueden tener valor terapéutico y sería deseable obtenerlas. Por ejemplo, el uso de una concentración elevada de células permite una selección más eficaz de linfocitos T CD8+ que normalmente tienen una expresión de CD28 más débil.
[0665] En una realización relacionada, puede ser deseable usar concentraciones más bajas de células. Al diluir significativamente la mezcla de linfocitos T y la superficie (por ejemplo, partículas tales como perlas), se minimizan las interacciones entre las partículas y las células. Esto selecciona células que expresan elevadas cantidades de antígenos deseados para que se unan a las partículas. Por ejemplo, los linfocitos T CD4+ expresan niveles más altos de CD28 y se capturan más eficientemente que los linfocitos T CD8+ en concentraciones diluidas. En una realización, la concentración de células usada es de 5 × 10<6>/ml. En otras realizaciones, la concentración usada puede ser de aproximadamente 1 × 10<5>/ml a 1 × 10<6>/ml, y cualquier valor entero intermedio. En otras realizaciones, las células pueden incubarse en un agitador rotacional durante distintos periodos de tiempo y a distintas velocidades, ya sea a 2-10 °C o a temperatura ambiente. Los linfocitos T para estimulación también se pueden congelar después de una etapa de lavado. Sin desear quedar ligado a teoría, la etapa de congelación y posterior descongelación proporciona un producto más uniforme al eliminar los granulocitos y, en cierta medida, los monocitos de la población celular. Después de la etapa de lavado que elimina el plasma y las plaquetas, las células pueden suspenderse en una disolución de congelación. Si bien se conocen en la técnica muchas soluciones y parámetros de congelación que serán útiles en este contexto, un método implica el uso de PBS que contiene 20 % de DMSO y 8 % de albúmina sérica humana, o medios de cultivo que contienen 10 % de dextrano 40 y 5 % de dextrosa, 20 % de albúmina sérica humana y 7,5 % de DMSO, o 31,25 % de Plasmalyte-A, 31,25 % de dextrosa al 5 %, 0,45 % de NaCl, 10 % de dextrano 40 y 5 % de dextrosa, 20 % de albúmina sérica humana y 7,5 % de DMSO u otros medios de congelación de células adecuados que contienen, por ejemplo, Hespan y PlasmaLyte A; luego, las células se congelan a -80 °C a una velocidad de 1 ° por minuto y se almacenan en la fase de vapor de un tanque de almacenamiento de nitrógeno líquido. Se pueden usar otros métodos de congelación controlada además de la congelación no controlada inmediatamente a -20 °C o en nitrógeno líquido.
[0666] En ciertas realizaciones, las células crioconservadas se descongelan y se lavan como se describe en el presente documento y se dejan reposar durante una hora a temperatura ambiente antes de la activación usando los métodos descritos en el presente documento.
[0667] En una realización, la recogida de muestras de sangre o producto de aféresis de un sujeto se realiza en un periodo de tiempo antes de cuando las células expandidas podrían ser necesarias. Como tal, la fuente de las células que se va a expandir se puede recoger en cualquier punto de tiempo necesario y las células deseadas, tales como los linfocitos T, se pueden aislar y congelar para su uso posterior en la terapia en, por ejemplo, la terapia con linfocitos T, para cualquier número de enfermedades o afecciones que se beneficiarían de dicha terapia con linfocitos T. En una realización, se toma una muestra de sangre o una aféresis de un sujeto generalmente sano. En ciertas realizaciones, se toma una muestra de sangre o una aféresis de un sujeto generalmente sano que está en riesgo de desarrollar una enfermedad, pero que aún no ha desarrollado una enfermedad, y las células de interés se aíslan y se congelan para su uso posterior. En ciertas realizaciones, los linfocitos T pueden expandirse, congelarse y usarse en un momento posterior. En ciertas realizaciones, se recogen muestras de un paciente poco después del diagnóstico de una enfermedad particular, pero antes de cualquier tratamiento. En una realización adicional, las células se aíslan de una muestra de sangre o una aféresis de un sujeto antes de cualquier número de modalidades de tratamiento relevantes, que incluyen, pero no se limitan a, el tratamiento con agentes tales como natalizumab, efalizumab, agentes antivíricos, quimioterapia, radiación, agentes inmunosupresores, tales como ciclosporina, azatioprina, metotrexato, micofenolato y FK506, anticuerpos u otros agentes inmunoablativos tales como CAMPATH, anticuerpos anti-CD3, citoxano, fludarabina, ciclosporina, FK506, rapamicina, ácido micofenólico, esteroides, FR901228 e irradiación. Estos fármacos inhiben la fosfatasa dependiente de calcio calcineurina (ciclosporina y FK506) o inhiben la cinasa p70S6 que es importante para la señalización inducida por el factor de crecimiento (rapamicina). (Liu et al., Cell 66:807-815, 1991; Henderson et al., Immun. 73:316-321, 1991; Bierer et al., Curr. Opin. Immun.5:763-773, 1993). En una realización adicional, las células se aíslan de un paciente y congelarse para su uso posterior junto con (por ejemplo, antes, simultáneamente o después) un trasplante de médula ósea, terapia ablativa de linfocitos T usando agentes de quimioterapia tales como fludarabina, terapia con radiación de haz externo (XRT), ciclofosfamida o anticuerpos tales como OKT3 o CAMPATH. En una realización adicional, las células se aíslan previamente y pueden congelarse para su uso posterior para el tratamiento después de la terapia ablativa de linfocitos B, tales como agentes que reaccionan con CD20, por ejemplo, Rituxan.
[0668] En una realización adicional, los linfocitos T se obtienen de un paciente directamente después del tratamiento que deja al sujeto con linfocitos T funcionales. En este sentido, se ha observado que después de ciertos tratamientos contra el cáncer, en particular tratamientos con fármacos que dañan el sistema inmunitario, poco después del tratamiento durante el periodo en el que los pacientes normalmente se estarían recuperando del tratamiento, la calidad de los linfocitos T obtenidos puede ser óptima o mejorada por su capacidad de expandirseex vivo. Asimismo, después de la manipulaciónex vivousando los métodos descritos en el presente documento, estas células pueden estar en un estado preferido para un mejor injerto y expansiónin vivo. Por lo tanto, se contempla dentro del contexto de la presente invención recoger corpúsculos sanguíneos, incluidos linfocitos T, células dendríticas u otras células del linaje hematopoyético, durante esta fase de recuperación. Además, en ciertas realizaciones, se pueden usar pautas de movilización (por ejemplo, la movilización con GM-CSF) y acondicionamiento para crear una condición en un sujeto en donde se favorezca la repoblación, la recirculación, la regeneración y/o la expansión de tipos de células particulares, especialmente durante una ventana de tiempo definida después de la terapia.
[0669] CAR alogénico
[0670] En realizaciones, la célula efectora inmunitaria puede ser un linfocito T alogénico. Por ejemplo, la célula puede un linfocito T alogénico que carece de expresión de un receptor de linfocitos T funcional (TCR) y/o antígeno leucocitario humano (HLA), por ejemplo, HLA de clase I y/o HLA de clase II.
[0671] Un linfocito T que carece de un TCR funcional se puede, por ejemplo, modificar por ingeniería genética de manera que no exprese ningún TCR funcional en su superficie, modificar por ingeniería genética de manera que no exprese una o más subunidades que comprenden un TCR funcional (por ejemplo, modificar por ingeniería genética de manera que no exprese (o muestre una expresión reducida) de TCR alfa, TCR beta, TCR gamma, TCR delta, TCR épsilon y/o TCR zeta), o modificar por ingeniería genética de manera que produzca muy poco TCR funcional en su superficie. Alternativamente, la linfocito T puede expresar un TCR sustancialmente alterado, por ejemplo, mediante la expresión de formas mutadas o truncadas de una o más de las subunidades del TCR. La expresión "TCR sustancialmente alterado" significa que este TCR no provocará una reacción inmunitaria adversa en un huésped.
[0672] Un linfocito T descrito en el presente documento se puede, por ejemplo, modificar por ingeniería genética de manera que no exprese un HLA funcional en su superficie. Por ejemplo, un linfocito T descrito en este documento se puede modificar por ingeniería genética de manera que la expresión de HLA en la superficie celular, por ejemplo, HLA de clase 1 y/o HLA de clase II, se regule por disminución. En algunas realizaciones, la regulación por disminución de HLA se puede lograr reduciendo o eliminando la expresión de microglobulina beta-2 (B2M).
[0673] En algunas realizaciones, el linfocito T puede carecer de un TCR funcional y un HLA funcional, por ejemplo, HLA de clase I y/o HLA de clase II.
[0674] Los linfocitos T modificados que carecen de expresión de un TCR y/o HLA funcional se pueden obtener por cualquier medio adecuado, incluida la eliminación o supresión de una o más subunidades de TCR o HLA. Por ejemplo, el linfocito T puede incluir una atenuación de TCR y/o HLA usando ARNip, ARNhc, repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente espaciadas (CRISPR), nucleasa efectora similar al activador de la transcripción (TALEN) o endonucleasa con dedos de zinc (ZFN). En algunas realizaciones, la célula alogénica puede ser una célula que no expresa o expresa a niveles bajos una molécula inhibidora, por ejemplo, por cualquier método descrito en el presente documento. Por ejemplo, la célula puede ser una célula que no expresa o expresa en niveles bajos una molécula inhibidora, por ejemplo, que puede disminuir la capacidad de una célula que expresa CAR para organizar una respuesta efectora inmunitaria. Los ejemplos de moléculas inhibidoras incluyen PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina y TGF (por ejemplo, TGF beta). La inhibición de una molécula inhibidora, por ejemplo mediante inhibición del nivel de ADN, ARN o proteína, puede optimizar un rendimiento de célula que expresa CAR. En algunas realizaciones, se puede usar un ácido nucleico inhibidor, por ejemplo, un ácido nucleico inhibidor, por ejemplo, un ARNbc, por ejemplo, un ARNip o ARNhc, una repetición palindrómica corta agrupada y regularmente espaciada (CRISPR), una nucleasa efectora similar a un activador de la transcripción (TALEN) o una endonucleasa con dedos de zinc (ZFN), por ejemplo, como se describe en este documento.
[0675] ARNip y ARNhc para inhibir TCR o HLA
[0676] En algunas realizaciones, se puede inhibir la expresión de TCR y/o la expresión de HLA usando ARNip o ARNhc que tiene como diana un ácido nucleico que codifica un TCR y/o HLA, y/o una molécula inhibidora descrita en la presente (por ejemplo, PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina y TGFR beta), en una célula, por ejemplo, linfocito T. Se describen sistemas de expresión para ARNip y ARNhc, y ARNhc a modo de ejemplo, por ejemplo, en los párrafos 649 y 650 de la solicitud internacional WO2015/142675, presentada el 13 de marzo de 2015.
[0677] CRISPR para inhibir TCR o HLA
[0678] Como se usan en el presente documento, "CRISPR" o "CRISPR con respecto a TCR y/o HLA" o "CRISPR para inhibir TCR y/o HLA" se refieren a un conjunto de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente espaciadas, o un sistema que comprende dicho conjunto de repeticiones. "Cas", como se usa en el presente documento, se refiere a una proteína asociada a CRISPR. Un sistema "CRISPR/Cas" se refiere a un sistema derivado de CRISPR y Cas que se puede usar para silenciar o mutar un gen TCR y/o HLA, y/o una molécula inhibidora descrita en la presente (por ejemplo, PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina y TGFR beta), en una célula, por ejemplo, linfocito T.
[0679] El sistema CRISPR/Cas y usos del mismo se describen, por ejemplo, en los párrafos 651-658 de la solicitud internacional WO2015/142675, presentada el 13 de marzo de 2015.
[0680] TALEN para inhibir TCR y/o HLA
[0681] "TALEN" o "TALEN contra HLA y/o TCR" o "TALEN para inhibir HLA y/o TCR" se refieren a una nucleasa efectora de tipo activador de la transcripción, una nucleasa artificial que se puede usar para editar el gen de HLA y/o TCR, y/o una molécula inhibidora descrita en la presente (por ejemplo, PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina y TGFR beta), en una célula, por ejemplo, linfocito T.
[0682] Los TALEN y usos de los mismos se describen, por ejemplo, en los párrafos 659-665 de la solicitud internacional WO2015/142675, presentada el 13 de marzo de 2015.
[0683] Nucleasa con dedos de zinc para inhibir HLA y/o TCR
[0684] "ZFN" o "nucleasa con dedos de zinc" o "ZFN contra HLA y/o TCR" o "ZFN para inhibir HLA y/o TCR" se refieren a una nucleasa con dedos de zinc, una nucleasa artificial que se puede usar para editar el gen de HLA y/o TCR, y/o una molécula inhibidora descrita en la presente (por ejemplo, PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC de clase I, MHC de clase II, GAL9, adenosina y TGFR beta), en una célula, por ejemplo, linfocito T.
[0685] Los TALEN y usos de los mismos se describen, por ejemplo, en los párrafos 666-671 de la solicitud internacional WO2015/142675, presentada el 13 de marzo de 2015.
[0686] ACTIVACIÓN Y EXPANSIÓN DE LINFOCITOS T
[0687] En la invención, la célula efectora inmunitaria es un linfocitos T. Los linfocitos T se activan y expanden generalmente usando métodos como los descritos, por ejemplo, en las patentes de EE. UU.6.352.694; 6.534.055; 6.905.680; 6.692.964; 5.858.358; 6.887.466; 6.905.681; 7.144.575; 7.067.318; 7.172.869; 7.232.566; 7.175.843; 5.883.223; 6.905.874; 6.797.514; 6.867.041; y la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.º 20060121005.
[0688] En una realización, los linfocitos T se expanden por contacto con una superficie que tiene unido a ella un agente que estimula una señal asociada al complejo CD3/TCR y un ligando que estimula una molécula coestimuladora en la superficie de los linfocitos T. En un linfocito T, una molécula coestimuladora es un compañero de unión en un linfocito T que se une a un ligando coestimulador, mediando una respuesta coestimuladora en el linfocito T, es decir, una molécula de MHC clase I, por ejemplo, CD28. En particular, las poblaciones de linfocitos T se pueden estimular como se describe en el presente documento, por ejemplo, mediante contacto con un anticuerpo anti-CD3 o un fragmento de unión al antígeno del mismo, o un anticuerpo anti-CD2 inmovilizado en una superficie, o mediante el contacto con un activador de proteína cinasa C (ejemplo, briostatina) junto con un ionóforo de calcio. Para la estimulación de una molécula accesoria (por ejemplo, CD3) sobre la superficie de los linfocitos T, se usa un ligando que se une a la molécula accesoria. Una población de linfocitos T puede expandirse con un anticuerpo anti-CD3 y un anticuerpo anti-CD28, en condiciones apropiadas para estimular la proliferación de los linfocitos T. Para estimular la proliferación de linfocitos T CD4+ o linfocitos T CD8+ se podría usar un anticuerpo anti-CD3 y un anticuerpo anti-CD28. Ejemplos de un anticuerpo anti-CD28 incluyen 9.3, B-T3, XR-CD28 (Diaclone, Besançon, Francia; (Berg et al., Transplant Proc.30(8):3975-3977, 1998; Haanen et al., J. Exp. Med.
[0689] 190(9):13191328, 1999; Garland et al., J. Immunol Meth.227(1-2):53-63, 1999).
[0691] En ciertas realizaciones, la señal de activación primaria y la señal coestimuladora para el linfocito T pueden proporcionarse mediante protocolos diferentes. Por ejemplo, los agentes que proporcionan cada una de las señales pueden estar en disolución o acoplados a una superficie. Cuando se acoplan a una superficie, los agentes pueden estar acoplados a la misma superficie (por ejemplo, en formación "cis") o a superficies separadas (por ejemplo, en formación "trans"). Alternativamente, un agente puede estar acoplado a una superficie y el otro agente en disolución. En una realización, el agente que proporciona la señal coestimuladora está unido a la superficie de una célula y el agente que proporciona la señal de activación primaria está en disolución o acoplado a la superficie. En ciertas realizaciones, ambos agentes pueden estar en disolución. En una realización, los agentes pueden estar en forma soluble y luego reticularse a una superficie, tal como una célula que expresa receptores Fc o un anticuerpo u otro agente de unión que se unirá a los agentes. A este respecto, véanse, por ejemplo, las publicaciones de solicitudes de patente de EE. UU. n.º 20040101519 y 20060034810 para células presentadoras de antígenos artificiales (aAPC) que se contemplan para su uso en la activación y expansión de linfocitos T.
[0693] En una realización, los dos agentes se inmovilizan en perlas, ya sea en la misma perla, es decir, "cis", o en perlas separadas, es decir, "trans". A modo de ejemplo, el agente que proporciona la señal de activación primaria es un anticuerpo anti-CD3 o un fragmento de unión al antígeno del mismo y el agente que proporciona la señal coestimuladora es un anticuerpo anti-CD28 o un fragmento de unión al antígeno del mismo; y ambos agentes están coinmovilizados en la misma perla en cantidades moleculares equivalentes. En una realización, se usa una relación de 1:1 de cada anticuerpo unido a las perlas para la expansión de linfocitos T CD4+ y el crecimiento de linfocitos T. En ciertas realizaciones, se usa una relación de anticuerpos anti CD3:CD28 unidos a las perlas de modo que se observa un aumento en la expansión de linfocitos T en comparación con la expansión observada usando una relación de 1:1. En una realización, se observa un aumento de aproximadamente 1 a aproximadamente 3 veces en comparación con la expansión observada usando una relación de 1:1. En una realización, la relación de anticuerpos CD3:CD28 unidos a las perlas varía de 100:1 a 1:100 y todos los valores enteros intermedios. En una realización, se une más anticuerpo anti-CD28 a las partículas que anticuerpo anti-CD3, es decir, la relación CD3:CD28 es menor que uno. En ciertas realizaciones, la proporción de anticuerpo anti-CD28 a anticuerpo anti-CD3 unido a las perlas es mayor que 2:1. En una realización, se usa una relación de 1:100 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a perlas. En una realización, se usa una relación de 1:75 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a perlas. En una realización adicional, se usa una relación de 1:50 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a perlas. En una realización, se usa una relación de 1:30 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a perlas. En una realización, se usa una relación de 1:10 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a perlas. En otra realización, se usa una relación de 1:3 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a las perlas. En otra realización más, se usa una relación de 3:1 de anticuerpo contra CD3:CD28 unido a las perlas.
[0695] Se pueden usar relaciones de partículas con respecto a células de 1:500 a 500:1 y cualquier valor entero intermedio para estimular los linfocitos T u otras células diana. Como aquellos con conocimientos ordinarios en la técnica pueden apreciar fácilmente, la relación entre partículas y células puede depender del tamaño de partícula con respecto a la célula diana. Por ejemplo, las perlas de tamaño pequeño solo podrían unir unas pocas células, mientras que las perlas de tamaño más grande podrían unir muchas. En ciertas realizaciones, la relación de células con respecto a partículas varía de 1:100 a 100:1 y cualquier valor entero intermedio y, en realizaciones adicionales, la relación comprende de 1:9 a 9:1 y cualquier valor entero intermedio; también se puede usar para estimular los linfocitos T. La relación de partículas acopladas anti-CD3 y anti-CD28 con respecto a linfocitos T que dan lugar a la estimulación de linfocitos T puede variar como se indicó anteriormente, sin embargo, determinados valores adecuados incluyen 1:100, 1:50, 1:40, 1:30, 1:20, 1:10, 1:9, 1:8, 1:7, 1:6, 1:5, 1:4, 1:3, 1:2, 1:1, 2:1, 3:1, 4:1, 5:1, 6:1, 7:1, 8:1, 9:1, 10:1 y 15:1, siendo una relación adecuada al menos 1:1 de partículas por linfocito T. En una realización, se usa una relación de partículas con respecto a células de 1:1 o menos. En una realización particular, una relación adecuada de partículas:células es 1:5. En realizaciones adicionales, la relación de partículas con respecto a células puede variar dependiendo del día de estimulación. Por ejemplo, en una realización, la relación de partículas con respecto a células es de 1:1 a 10:1 el primer día y se añaden partículas adicionales a las células todos los días o cada dos días a partir de entonces durante hasta 10 días, en relaciones finales de 1:1 a 1:10 (basándose en los recuentos de células el día de la adición). En una realización particular, la relación de partículas con respecto a células es de 1:1 el primer día de estimulación y se ajusta a 1:5 el tercer y quinto día de estimulación. En una realización, las partículas se añaden diariamente o cada dos días hasta una relación final de 1:1 el primer día y 1:5 el tercer y quinto día de estimulación. En una realización, la relación de partículas con respecto a células es de 2:1 el primer día de estimulación y se ajusta a 1:10 el tercer y quinto día de estimulación. En una realización, las partículas se añaden diariamente o cada dos días hasta una proporción final de 1:1 el primer día y 1:10 el tercer y quinto día de estimulación. Un experto en la técnica apreciará que una variedad de otras relaciones pueden ser adecuadas para su uso. En particular, las relaciones variarán dependiendo del tamaño de las partículas y del tamaño y tipo de célula. En una realización, las relaciones de uso más habituales están en torno a 1:1, 2:1 y 3:1 el primer día.
[0697] En realizaciones adicionales, las células, por ejemplo, los linfocitos T, se combinan con perlas revestidas de agente, las perlas y las células se separan posteriormente y luego se cultivan las células. En una realización alternativa, antes del cultivo, las perlas revestidas de agente y las células no se separan, sino que se cultivan juntas. En una realización adicional, las perlas y las células se concentran primero mediante la aplicación de una fuerza, tal como una fuerza magnética, lo que da como resultado una mayor ligadura de los marcadores de la superficie celular, induciendo así la estimulación celular.
[0699] A modo de ejemplo, las proteínas de la superficie celular se pueden ligar permitiendo que perlas paramagnéticas a las que están unidos anti-CD3 y anti-CD28 (perlas 3x28) entren en contacto con los linfocitos T. En una realización, las células (por ejemplo, 10<4>a 10<9>linfocitos T) y las perlas (por ejemplo, perlas paramagnéticas M-450 CD3/CD28 T DYNABEADS<®>en una relación de 1:1) se combinan en un tampón, por ejemplo PBS (sin cationes divalentes, tales como calcio y magnesio). Nuevamente, aquellos con conocimientos ordinarios en la técnica pueden apreciar fácilmente que se puede usar cualquier concentración celular. Por ejemplo, la célula diana puede ser muy rara en la muestra y comprender solo 0,01 % de la muestra o la muestra entera (es decir, el 100 %) puede comprender la célula diana de interés. En ciertas realizaciones, puede ser deseable disminuir significativamente el volumen en el que se mezclan las partículas y las células (es decir, aumentar la concentración de células), para asegurar el máximo contacto de las células y las partículas. Por ejemplo, en una realización, se usa una concentración de aproximadamente 2.000 millones de células/ml. En una realización, se usa más de 100 millones de células/ml. En una realización adicional, se usa una concentración de células de 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45 o 50 millones de células/ml. En aún otra realización, se usa una concentración de células de 75, 80, 85, 90, 95 o 100 millones de células/ml. En realizaciones adicionales, se pueden usar concentraciones de 125 o 150 millones de células/ml. El uso de altas concentraciones puede resultar en un mayor rendimiento celular, activación celular y expansión celular. Además, el uso de altas concentraciones de células permite una captura más eficiente de células que pueden expresar débilmente antígenos de interés, tales como los linfocitos T CD28-negativos. Dichas poblaciones de células pueden tener valor terapéutico y sería deseable obtenerlas en ciertas realizaciones. Por ejemplo, el uso de una concentración elevada de células permite una selección más eficaz de linfocitos T CD8+ que normalmente tienen una expresión de CD28 más débil.
[0701] En una realización, la mezcla se puede cultivar durante de varias horas (aproximadamente 3 horas) a aproximadamente 14 días o cualquier valor entero por hora entre ellos. En una realización, la mezcla se puede cultivar durante 21 días. En una realización, las perlas y los linfocitos T se cultivan juntos durante aproximadamente ocho días. En una realización, las perlas y los linfocitos T se cultivan juntos durante 2-3 días. También pueden desearse varios ciclos de estimulación de modo que el tiempo de cultivo de los linfocitos T pueda ser de 60 días o más. Las condiciones apropiados para el cultivo de linfocitos T incluyen un medio apropiado (por ejemplo, medio esencial mínimo o medio RPMI 1640 o X-vivo 15 (Lonza)) que puede contener factores necesarios para la proliferación y viabilidad, que incluye suero (por ejemplo, suero bovino fetal o humano), interleucina-2 (IL-2), insulina, IFN-γ, IL-4, IL-7, GM-CSF, IL-10, IL-12, IL-15, TGFβ y TNF-α, o cualquier otro aditivo para el crecimiento de células conocidas por el experto. Otros aditivos para el crecimiento de células incluyen, pero no se limitan a, tensioactivo, plasmanato y agentes reductores, tales como N-acetil-cisteína y 2-mercaptoetanol. Los medios pueden incluir RPMI 1640, AIM-V, DMEM, MEM, α-MEM, F-12, X-Vivo 15 y X-Vivo 20, Optimizer, con aminoácidos añadidos, piruvato de sodio y vitaminas, ya sean sin suero o complementadas con una cantidad apropiada de suero (o plasma), o un conjunto definido de hormonas, y/o una cantidad de citocina(s) suficiente para el crecimiento y la expansión de linfocitos T. Los antibióticos, por ejemplo, penicilina y estreptomicina, se incluyen únicamente en cultivos experimentales, no en cultivos de células que deben infundirse en un sujeto. Las células diana se mantienen en condiciones necesarias para soportar el crecimiento, por ejemplo, una temperatura apropiada (por ejemplo, 37 °C) y atmósfera (por ejemplo, aire más 5 % de CO<2>).
[0703] Los linfocitos T que se han expuesto a tiempos de estimulación variados pueden presentar diferentes características. Por ejemplo, los productos típicos de sangre o de células mononucleares de sangre periférica de aféresis tienen una población de linfocitos T auxiliares (T<H>, CD4+) que es mayor que la población de linfocitos T citotóxicos o supresores (Tc, CD8+). La expansiónex vivode linfocitos T mediante la estimulación de los receptores de CD3 y CD28 produce una población de linfocitos T que antes de aproximadamente los días 8-9 consiste predominantemente en linfocitos T<H>, mientras que después de aproximadamente los días 8-9, la población de linfocitos T comprende una población cada vez mayor de linfocitos T<C>. En consecuencia, dependiendo del propósito del tratamiento, puede ser ventajoso infundir a un sujeto una población de linfocitos T que comprende predominantemente linfocitos T<H>. De manera similar, si se ha aislado un subconjunto de linfocitos T<C>específicos de antígeno, puede ser beneficioso ampliar este subconjunto en mayor grado.
[0704] Además, además de los marcadores CD4 y CD8, otros marcadores fenotípicos varían significativamente, pero en gran parte, de manera reproducible durante el transcurso del proceso de expansión celular. Por lo tanto, dicha reproducibilidad permite adaptar un producto de linfocitos T activados para propósitos específicos.
[0705] Se pueden usar diversos ensayos para evaluar la actividad de la molécula de CAR, tal como, entre otros, la capacidad de expandir linfocitos T después de la estimulación con el antígeno, mantener la expansión de linfocitos T en ausencia de reestimulación y actividades antineoplásicas en modelosin vitroy animales apropiados. Los ensayos para evaluar los efectos del CAR se describen con más detalle a continuación.
[0707] El análisis de transferencia Western de la expresión de CAR en linfocitos T primarios se puede usar para detectar su presencia usando métodos publicados para CAR. Véase, ejemplo, Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009). Muy brevemente, los linfocitos T (mezcla 1:1 de linfocitos T CD4<+>y CD8<+>) que expresan los CAR se expandenin vitrodurante más de 10 días, seguido de lisis y SDS-PAGE en condiciones reductoras. Los CAR que contienen el dominio citoplásmico TCR-ζ de longitud completa y la cadena TCR-ζ endógena se detectan mediante transferencia Western usando un anticuerpo contra la cadena TCR-ζ. Los mismos subconjuntos de linfocitos T se usan para el análisis SDS-PAGE en condiciones no reductoras para permitir la evaluación de la formación de dímeros covalentes.
[0709] La expansiónin vitrode linfocitos T-CAR<+>(es decir, linfocitos T-CAR) después de la estimulación con antígeno se puede medir mediante citometría de flujo. Por ejemplo, se estimula una mezcla de linfocitos T CD4<+>y CD8<+>con aAPC αCD3/αCD28 seguida de transducción con vectores lentivíricos que expresan GFP bajo el control de los promotores a analizar. Promotores a modo de ejemplo incluyen los genes IE del CMV, EF-1α, ubiquitina C o promotores de fosfoglicerocinasa (PGK). La fluorescencia de GFP se evalúa el día 6 de cultivo en los subconjuntos de linfocitos T CD4+ y/o CD8+ mediante citometría de flujo. Véase, ejemplo, Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009). Alternativamente, una mezcla de linfocitos T CD4+ y CD8+ se estimula con perlas magnéticas revestidas de αCD3/αCD28 el día 0 y se transducen con CAR el día 1 usando un vector lentivírico bicistrónico que expresa CAR junto con eGFP usando una secuencia de omisión ribosómica 2A. Los cultivos se reestimulan con construcciones de CAR en presencia de anticuerpo anti-CD3 y anti-CD28 (K562-BBL-3/28) después del lavado. Se añade IL-2 exógena a los cultivos cada dos días a razón de 100 UI/ml. Los linfocitos T GFP<+>se enumeran mediante citometría de flujo usando un recuento basado en perlas. Véase, ejemplo, Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009).
[0711] También se puede medir la expansión sostenida de linfocitos T-CAR<+>en ausencia de reestimulación. Véase, ejemplo, Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009). Brevemente, el volumen medio de linfocitos T (fl) se mide el día 8 de cultivo usando un contador de partículas Coulter Multisizer III, tras la estimulación con perlas magnéticas revestidas de αCD3/αCD28 el día 0 y transducción con el RCAR indicado el día 1.
[0713] La evaluación de la proliferación celular y la producción de citocinas se ha descrito previamente, por ejemplo, en Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009). Brevemente, la evaluación de la proliferación mediada por CAR se realiza en placas de microtitulación mezclando linfocitos T lavados con células diana, tales como células U87MG, BHK o CHO que expresan un antígeno tumoral, por ejemplo, EGFRvIII o EGFR natural (wt) o CD32 y CD137 (KT32-BBL) para una relación final de linfocitos T:células diana de 1:1. Se añaden anticuerpos monoclonales anti-CD3 (clon OKT3) y anti-CD28 (clon 9.3) a cultivos con células KT32-BBL para que actúen como control positivo para estimular la proliferación de linfocitos T, dado que estas señales propician la expansión a largo plazo de linfocitos T CD8+ex vivo. Los linfocitos T se enumeran en cultivos usando perlas fluorescentes CountBright<™>(Invitrogen, Carlsbad, CA) y citometría de flujo según lo descrito por el fabricante. Los linfocitos T-CAR<+>se identifican mediante la expresión de GFP usando linfocitos T que se han genomanipulado con vectores lentivíricos que expresan CAR unido a eGFP-2A. Para los linfocitos T-CAR<+>que no expresan GFP, los linfocitos T-CAR<+>se detectan con proteína recombinante biotinilada, por ejemplo, EGFRvIII y un conjugado secundario de avidina-PE. La expresión de CD4+ y CD8+ en linfocitos T también se detecta simultáneamente con anticuerpos monoclonales específicos (BD Biosciences). Las mediciones de citocinas se realizan en sobrenadantes recogidos 24 horas después de la reestimulación usando el kit de matriz de perlas citométricas de citocinas TH1/TH2 humanas (BD Biosciences, San Diego, CA) según las instrucciones del fabricante. La fluorescencia se evalúa utilizando un citómetro de flujo FACScalibur, y los datos se analizan según las instrucciones del fabricante.
[0715] La citotoxicidad se puede evaluar mediante un ensayo convencional de liberación de<51>Cr. Véase, ejemplo, Milone et al., Molecular Therapy 17(8): 1453-1464 (2009). Brevemente, se cargan células diana (células U87MG, BHK o CHO que expresan RCAR, por ejemplo, EGFRvIII o EGFR natural (wt), con<51>Cr (como NaCrO<4>, New England Nuclear, Boston, MA) a 37 °C durante 2 horas con agitación frecuente, se lavan dos veces en RPMI completo y se siembran en placas de microtitulación. Los linfocitos T efectores se mezclan con las células diana en los pocillos en RPMI completo con relaciones variables de célula efectora:célula diana (E:D). También se preparan pocillos adicionales que contienen solo medio (liberación espontánea, SR) o una disolución al 1 % de detergente Triton-X 100 (liberación total, TR). Después de 4 horas de incubación a 37 °C, se extrae el sobrenadante de cada uno de los pocillos. El<51>Cr liberado se mide luego usando un contador de partículas gamma (Packard Instrument Co., Waltham, MA). Cada condición se realiza al menos por triplicado y el porcentaje de lisis se calcula usando la fórmula: % de lisis = (ER - SR)/(TR - SR), donde ER representa el<51>Cr promedio liberado para cada condición experimental. También se pueden usar ensayos de citotoxicidad alternativos, tales como ensayos de citotoxicidad basados en flujo. También se pueden usar otros ensayos, incluidos los descritos en la sección de Ejemplos en el presente documento, así como aquellos que se conocen en la técnica, para evaluar las construcciones de RCAR.
[0717] Construcciones de ácido nucleico que codifican un CAR
[0718] Las moléculas de ácido nucleico que codifican una o más construcciones de CAR se pueden introducir en una célula efectora inmunitaria (por ejemplo, un linfocito T) como se describe en el presente documento. En un aspecto, la molécula de ácido nucleico se proporciona como un transcrito de ARN mensajero. En un aspecto, la molécula de ácido nucleico se proporciona como una construcción de ADN.
[0719] Las moléculas de ácido nucleico descritas en el presente documento pueden ser una molécula de ADN, una molécula de ARN o una combinación de las mismas. En una realización, la molécula de ácido nucleico es un ARNm que codifica un polipéptido de CAR descrito en el presente documento. En otras realizaciones, la molécula de ácido nucleico es un vector que incluye cualquiera de las moléculas de ácido nucleico mencionadas anteriormente.
[0720] Las moléculas de ácido nucleico pueden codificar, por ejemplo, una molécula de CAR descrita en el presente documento, y pueden comprender, por ejemplo, una secuencia de ácido nucleico descrita en el presente documento, por ejemplo, en laTabla 1, Tabla 2oTabla 3.
[0721] Las secuencias de ácido nucleico que codifican las moléculas deseadas se pueden obtener usando métodos recombinantes conocidos en la técnica, tales como, por ejemplo, cribando bibliotecas de células que expresan el gen, obteniendo el gen de un vector que se sabe que la incluye o aislando directamente de células y tejidos que la contienen, usando técnicas convencionales. Alternativamente, el gen de interés puede producirse sintéticamente, en lugar de clonarse.
[0722] También se describen vectores en los que se inserta un ácido nucleico de la presente divulgación. Los vectores derivados de retrovirus, tales como el lentivirus, son herramientas adecuadas para conseguir la transferencia de genes a largo plazo, ya que permiten la integración estable a largo plazo de un transgén y su propagación en células hijas. Los vectores lentivíricos tienen la ventaja añadida sobre los vectores derivados de oncorretrovirus, como virus de leucemia murina, de que pueden transducir células no proliferativas, como hepatocitos. También tienen la ventaja añadida de una baja inmunogenicidad.
[0723] En otra realización, el vector que comprende el ácido nucleico que codifica el CAR deseado de la invención es un vector adenovírico (A5/35). En otra realización, la expresión de ácidos nucleicos que codifican CAR puede realizarse usando transposones como la bella durmiente, CRISPR, CAS9 y nucleasas con dedos de zinc. Véase a continuación June et al.
[0724] 2009 NATURE REVIEWS IMMUNOLOGY 9.10: 704-716.
[0725] En un breve resumen, la expresión de ácidos nucleicos naturales o sintéticos que codifican CAR se logra normalmente uniendo operativamente un ácido nucleico que codifica el polipéptido CAR o porciones del mismo a un promotor e incorporando la construcción en un vector de expresión. Los vectores pueden ser adecuados para replicación e integración en eucariotas. Los vectores de clonación típicos contienen terminadores de la transcripción y de la traducción, secuencias de iniciación, y promotores útiles para la regulación de la expresión de la secuencia de ácido nucleico deseada.
[0726] Las construcciones de expresión también se pueden usar para la inmunización de ácidos nucleicos y la terapia génica, usando protocolos de administración de genes estándar. Se conocen en la técnica métodos de suministro de genes. Véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.º 5.399.346 y 5.589.466. En otro caso, la divulgación proporciona un vector de terapia génica.
[0727] El ácido nucleico se puede clonar en varios tipos de vectores. Por ejemplo, el ácido nucleico se puede clonar en un vector que incluye, entre otros, un plásmido, un fagémido, un derivado de fago, un virus de animal y un cósmido. Vectores de interés particular incluyen vectores de expresión, vectores de replicación, vectores de generación de sondas y vectores de secuenciación.
[0728] Además, el vector de expresión puede proporcionarse a una célula en forma de un vector vírico. La tecnología de vectores víricos es muy conocida en la técnica y se describe, por ejemplo, en Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volúmenes 1-4, Cold Spring Harbor Press, NY), y en otros manuales de virología y biología molecular. Virus que son útiles como vectores incluyen, entre otros, retrovirus, adenovirus, virus adenoasociados, virus del herpes y lentivirus. En general, un vector adecuado contiene un origen de replicación funcional en al menos un organismo, una secuencia promotora, sitios de endonucleasa de restricción convenientes y uno o más marcadores de selección (por ejemplo, los documentos de patente WO 01/96584; WO 01/29058; y la patente de EE. UU. n.º 6.326.193). Se ha desarrollado un cierto número de sistemas basados en virus para la transferencia de genes a células de mamíferos. Por ejemplo, los retrovirus proporcionan una plataforma conveniente para los sistemas de suministro de genes. Un gen seleccionado se puede insertar en un vector y encapsidarse en partículas retrovíricas usando técnicas conocidas en la materia. El virus recombinante puede luego aislarse y suministrarse a las células del sujetoin vivooex vivo. Se conocen en la técnica varios sistemas retrovíricos. En algunas realizaciones, se usan vectores adenovíricos. En la técnica se conocen varios vectores adenovíricos. En una realización, se usan vectores lentivíricos.
[0729] Elementos promotores adicionales, por ejemplo, potenciadores, regulan la frecuencia del inicio de la transcripción. Normalmente, estos están ubicados en la región 30-110 pb aguas arriba del sitio de inicio, aunque se ha demostrado que una serie de promotores también contienen elementos funcionales aguas abajo del sitio de inicio. El espaciado entre elementos promotores suele ser flexible, de modo que la función promotora se conserva cuando los elementos se invierten o se mueven respectivamente. En el promotor de timidina cinasa (tk), el espaciado entre elementos promotores puede aumentar a 50 pb de distancia antes de que la actividad comience a disminuir. Dependiendo del promotor, parece que los elementos individuales pueden funcionar de manera cooperativa o independiente para activar la transcripción. Promotores a modo de ejemplo incluyen los genes IE del CMV, EF-1α, ubiquitina C o promotores de fosfoglicerocinasa (PGK).
[0730] Un ejemplo de un promotor que es capaz de expresar un transgén de CAR en un linfocito T de mamífero es el promotor EF1a. El promotor nativo EF1a impulsa la expresión de la subunidad alfa del complejo del factor de elongación-1, que es responsable del suministro enzimático de ARNt aminoacilados al ribosoma. El promotor EF1a se ha usado ampliamente en plásmidos de expresión de mamíferos y se ha demostrado que es eficaz para impulsar la expresión de CAR a partir de transgenes clonados en un vector lentivírico. Véase, por ejemplo, Milone et al., MOL. THER.17(8): 1453-1464 (2009). En un aspecto, el promotor EF1a comprende la secuencia proporcionada como SEQ ID NO:11.
[0731] Otro ejemplo de promotor es la secuencia del promotor temprano inmediato del citomegalovirus (CMV). Esta secuencia promotora es una secuencia promotora constitutiva fuerte capaz de impulsar altos niveles de expresión de cualquier secuencia polinucleotídica unida operativamente a ella. Sin embargo, también se pueden usar otras secuencias promotoras constitutivas, que incluye, pero no se limitan a, el promotor temprano del virus de simios 40 (SV40), el promotor del virus del tumor mamario del ratón (MMTV), el promotor de repetición terminal larga (LTR) del virus de inmunodeficiencia humana (VIH), el promotor MoMuLV, un promotor del virus de la leucemia aviar, un promotor temprano inmediato del virus de Epstein-Barr, un promotor del virus del sarcoma de Rous, así como promotores de genes humanos tales como, pero no se limitan a, el promotor de actina, el promotor de miosina, el promotor del factor de elongación-1α, el promotor de hemoglobina y el promotor de la creatina cinasa. Además, la invención no debe limitarse al uso de promotores constitutivos. Los promotores inducibles también se contemplan como parte de la invención. El uso de un promotor inducible proporciona un interruptor molecular capaz de conectar la expresión de la secuencia polinucleotídica a la que está unida operativamente cuando se desea una expresión de este tipo, o desconectar la expresión cuando no se desea la expresión. Ejemplos de promotores inducibles incluyen, pero no se limitan a, un promotor de metalotioneína, un promotor de glucocorticoides, un promotor de progesterona y un promotor de tetraciclina.
[0732] Otro ejemplo de promotor es el promotor de la fosfoglicerato cinasa (PGK). En realizaciones, puede resultar deseable un promotor de PGK truncado (por ejemplo, un promotor de PGK con una o más, por ejemplo, 1, 2, 5, 10, 100, 200, 300 o 400, eliminaciones de nucleótidos en comparación con la secuencia del promotor de PGK natural). En realizaciones, el promotor de PGK truncado es uno descrito en la solicitud internacional WO2016/115482 presentada el 15 de enero de 2016 (por ejemplo, en las páginas 43-44 de la misma).
[0733] Para evaluar la expresión de un polipéptido CAR o porciones del mismo, el vector de expresión que se va a introducir en una célula también puede contener un gen marcador de selección o un gen indicador o ambos para facilitar la identificación y selección de células expresoras de la población de células que se busca transfectar o infectar a través de vectores víricos. En otros aspectos, el marcador de selección puede transportarse en un trozo separado de ADN y usarse en un procedimiento de cotransfección. Tanto los marcadores de selección como los genes indicadores pueden estar flanqueados por secuencias reguladoras apropiadas para permitir la expresión en las células hospedadoras. Marcadores de selección útiles incluyen, por ejemplo, genes de resistencia a antibióticos, tales como neo y similares.
[0734] Se usan genes indicadores para identificar células potencialmente transfectadas y para evaluar la funcionalidad de las secuencias reguladoras. En general, un gen indicador es un gen que no está presente ni es expresado por el organismo o tejido receptor y que codifica un polipéptido cuya expresión se manifiesta por alguna propiedad fácilmente detectable, por ejemplo, actividad enzimática. La expresión del gen indicador se analiza en un momento adecuado después de que el ADN se haya introducido en las células receptoras. Los genes indicadores adecuados pueden incluir genes que codifican luciferasa, beta-galactosidasa, cloranfenicol acetil transferasa, fosfatasa alcalina secretada o el gen de la proteína fluorescente verde (por ejemplo, Ui-Tei et al., 2000 FEBS LETTERS 479: 79-82). Los sistemas de expresión adecuados son bien conocidos y pueden prepararse usando técnicas conocidas u obtenerse comercialmente. En general, la construcción con la región flanqueante 5' mínima que muestra el mayor nivel de expresión del gen indicador se identifica como el promotor. Dichas regiones promotoras pueden estar vinculadas a un gen indicador y usarse para evaluar la capacidad de los agentes para modular la transcripción impulsada por el promotor.
[0735] En realizaciones, el vector puede comprender dos o más secuencias de ácido nucleico que codifican un CAR, por ejemplo, un CAR descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CD19 y un segundo CAR, por ejemplo, un CAR inhibidor o un CAR que se une específicamente a un antígeno distinto de CD19. En dichas realizaciones, las dos o más secuencias de ácido nucleico que codifican el CAR están codificadas por una única molécula de ácido nucleico en el mismo marco y como una única cadena polipeptídica. En este aspecto, los dos o más CAR pueden, por ejemplo, estar separados por uno o más sitios de escisión peptídica (por ejemplo un sitio de autoescisión o un sustrato para una proteasa intracelular). Los ejemplos de sitios de escisión peptídica incluyen sitios T2A, P2A, E2A o F2A.
[0736] Se conocen en la técnica métodos de introducción y expresión de genes en una célula. En el contexto de un vector de expresión, el vector se puede introducir fácilmente en una célula huésped, por ejemplo, una célula de mamífero, bacteriana, de levadura o de insecto, mediante cualquier método de la técnica. Por ejemplo, el vector de expresión se puede transferir a una célula hospedadora por medios físicos, químicos o biológicos.
[0737] Los métodos físicos para introducir un polinucleótido en una célula hospedadora incluyen precipitación con fosfato de calcio, lipofección, bombardeo de partículas, microinyección, electroporación y similares. Los métodos para producir células que comprenden vectores y/o ácidos nucleicos exógenos son bien conocidos en la técnica. Véase, por ejemplo, Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volúmenes 1-4, Cold Spring Harbor Press, NY). Un método para la introducción de un polinucleótido en una célula hospedadora es la transfección con fosfato de calcio.
[0738] Los métodos biológicos para introducir un polinucleótido de interés en una célula hospedadora incluyen el uso de vectores de ADN y ARN. Los vectores víricos, y especialmente los vectores retrovíricos, se han convertido en el método más usado para insertar genes en células de mamíferos, por ejemplo, humanas. Otros vectores víricos pueden proceder de lentivirus, poxvirus, virus del herpes simple I, adenovirus y virus adenoasociados, y similares. Véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.º 5.350.674 y 5.585.362.
[0739] Los medios químicos para introducir un polinucleótido en una célula hospedadora incluyen sistemas de dispersión coloidal, tales como complejos de macromoléculas, nanocápsulas, microesferas, perlas y sistemas basados en lípidos que incluyen emulsiones de aceite en agua, micelas, micelas mixtas y liposomas. Un sistema coloidal a modo de ejemplo para uso como vehículo de administraciónin vitroein vivoes un liposoma (por ejemplo, una vesícula de membrana artificial). Están disponibles otros métodos de suministro dirigido de ácidos nucleicos, tales como el suministro de polinucleótidos con nanopartículas dirigidas u otro sistema de suministro adecuado de tamaño submicrométrico.
[0740] En el caso de que se utilice un sistema de suministro no vírico, un vehículo de administración a modo de ejemplo es un liposoma. Se contempla el uso de formulaciones lipídicas para la introducción de los ácidos nucleicos en una célula hospedadora (in vitro, ex vivo o in vivo). En otro aspecto, el ácido nucleico puede estar asociado con un lípido. El ácido nucleico asociado con un lípido puede estar encapsulado en el interior acuoso de un liposoma, intercalado dentro de la bicapa lipídica de un liposoma, unido a un liposoma a través de una molécula de enlace que está asociada tanto con el liposoma como con el oligonucleótido, atrapado en un liposoma, complejado con un liposoma, dispersado en una disolución que contiene un lípido, mezclado con un lípido, combinado con un lípido, contenido como una suspensión en un lípido, contenido o complejado con una micela, o asociado de otro modo con un lípido. Las composiciones asociadas a lípidos, lípidos/ADN o lípidos/vectores de expresión no se limitan a ninguna estructura particular en disolución. Por ejemplo, pueden estar presentes en una estructura de bicapa, como micelas o con una estructura "colapsada". También pueden estar simplemente intercaladas en una disolución, posiblemente formado agregados que no son uniforme en tamaño o forma. Los lípidos son sustancias grasas que se pueden producir naturalmente o son lípidos sintéticos. Por ejemplo, los lípidos incluyen las gotas de grasa que se producen naturalmente en el citoplasma, así como la clase de compuestos que contiene hidrocarburos alifáticos de cadena larga y sus derivados, tales como ácidos grasos, alcoholes, aminas, aminoalcoholes y aldehídos.
[0741] Se pueden obtener lípidos adecuados para su uso de fuentes comerciales. Por ejemplo, la dimiristil fosfatidilcolina ("DMPC") se puede obtener de Sigma, St. Louis, MO; el fosfato de dicetilo ("DCP") se puede obtener de K & K Laboratories (Plainview, NY); el colesterol ("Choi") se puede obtener de Calbiochem-Behring; el dimiristil fosfatidilglicerol ("DMPG") y otros lípidos se pueden obtener de Avanti Polar Lipids, Inc. (Birmingham, AL.). Las disoluciones madre de lípidos en cloroformo o cloroformo/metanol se pueden almacenar a aproximadamente -20 °C. Se puede usar cloroformo como disolvente, ya que se evapora más fácilmente que el metanol. "Liposoma" es un término genérico que abarca una variedad de vehículos lipídicos monolaminares y multilaminares formados por la generación de bicapas o agregados lipídicos cerrados. Los liposomas se pueden caracterizar por tener estructuras vesiculares con una membrana bicapa de fosfolípidos y un medio acuoso interno. Los liposomas multilaminares tienen múltiples capas de lípidos separadas por un medio acuoso. Se forman espontáneamente cuando los fosfolípidos se suspenden en un exceso de disolución acuosa. Los componentes lipídicos experimentan una autorreorganización antes de la formación de estructuras cerradas y atrapan agua y solutos disueltos entre las bicapas lipídicas (Ghosh et al., 1991 GLYCOBIOLOGY 5: 505-10). Sin embargo, también están englobadas las composiciones que tienen diferentes estructuras en disolución a la estructura vesicular normal. Por ejemplo, los lípidos pueden adoptar una estructura micelar o simplemente existir como agregados no uniformes de moléculas lipídicas. También se contemplan complejos lipofectamina-ácido nucleico.
[0742] Independientemente del método usado para introducir ácidos nucleicos exógenos en una célula hospedadora o exponer de otro modo una célula al inhibidor de la presente divulgación, con el fin de confirmar la presencia de la secuencia de ADN recombinante en la célula hospedadora, se pueden realizar varios ensayos. Dichos ensayos incluyen, por ejemplo, ensayos "biológicos moleculares" bien conocidos por los expertos en la materia, tales como transferencia de Southern y Northern, RT-PCR y PCR; ensayos "bioquímicos", tales como detectar la presencia o ausencia de un péptido particular, por ejemplo, por medios inmunológicos (ELISA y transferencias de Western) o por ensayos descritos en el presente documento para identificar agentes que quedan dentro del alcance de la divulgación.
[0743] Métodos terapéuticos
[0744] Se divulgan en el presente documento métodos de tratamiento de una enfermedad asociada con la expresión de un antígeno tumoral descrito en el presente documento. La invención proporciona una pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso en el tratamiento del cáncer en un sujeto de acuerdo con las reivindicaciones.
[0745] En un aspecto, la presente divulgación describe células para uso en los métodos de tratamiento del cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC) suministrando al sujeto que las necesita células efectoras inmunitarias (linfocitos T) que se genomodifican para expresar un CAR (por ejemplo, un CAR para CD19, en donde las células del cáncer expresan CD19). En una realización, el cáncer que se va a tratar es una neoplasia maligna de linfocitos B. En una realización, el cáncer que se va a tratar es LLA (leucemia linfoblástica aguda), LLC (leucemia linfocítica crónica), LDLBG (linfoma difuso de linfocitos B grandes), LCM (linfoma de células del manto) o MM (mieloma múltiple). En una realización, el cáncer que se va a tratar es LLA, por ejemplo, LLA refractaria o recidivante.
[0746] Los métodos para tratar el cáncer descritos en el presente documento pueden comprender etapas de evaluación del sujeto, como se describe en el presente documento (por ejemplo, evaluar, por ejemplo, predecir el riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave). La invención proporciona una pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso en el tratamiento del cáncer en un sujeto de acuerdo con las reivindicaciones.
[0747] La divulgación incluye un tipo de terapia celular donde las células efectoras inmunitarias (por ejemplo, linfocitos T, células NK) se modifican genéticamente (por ejemplo, mediante la transducción de un vector lentivírico) para expresar un CAR y se infunde la célula que expresa CAR al receptor que lo necesita. La célula infundida es capaz de matar las células tumorales en el receptor. A diferencia de las terapias con anticuerpos, las células efectoras inmunitarias modificadas con CAR (por ejemplo, linfocitos T, células NK) son capaces de replicarsein vivo, lo que da lugar a una persistencia a largo plazo que puede conllevar un control tumoral sostenido. Las células que expresan CAR (por ejemplo, linfocitos T o células NK) generadas usando vectores lentivíricos tendrán una expresión estable de CAR. En diversos aspectos, las células efectoras inmunitarias (por ejemplo, linfocitos T, células NK) que se administran al paciente, o su descendencia, persisten en el paciente durante al menos cuatro meses, cinco meses, seis meses, siete meses, ocho meses, nueve meses, diez meses, once meses, doce meses, trece meses, catorce meses, quince meses, dieciséis meses, diecisiete meses, dieciocho meses, diecinueve meses, veinte meses, veintiún meses, veintidós meses, veintitrés meses, dos años, tres años, cuatro años o cinco años después de la administración del linfocito T o célula NK al paciente.
[0748] La divulgación también incluye un tipo de terapia celular donde las células efectoras inmunitarias (por ejemplo, linfocitos T, células NK) se modifican, por ejemplo, mediante ARN transcritoin vitro, para expresar de manera transitoria un CAR y la célula que expresa CAR se infunde a un receptor que lo necesite. Las células que expresan CAR (por ejemplo, linfocitos T, células NK) generadas mediante la transducción de ARN de CAR (por ejemplo, mediante transfección o electroporación) expresan de manera transitoria CAR del ARN durante 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 días después de la transducción. La célula infundida es capaz de matar las células tumorales en el receptor. Por tanto, en diversos aspectos, las células efectoras inmunitarias (por ejemplo, linfocitos T, células NK) que se administran al paciente están presentes durante menos de un mes, por ejemplo, tres semanas, dos semanas, una semana, después de la administración del linfocito T al paciente.
[0749] En una realización, las células efectoras inmunitarias (linfocitos T) se genomodifican para expresar CAR para CD19, para tratar a un sujeto que padece cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC), en donde las células cancerosas expresan CD19. En una realización, el cáncer que se va a tratar es LLA o LLC. Las moléculas de CAR para CD19 que se van a expresar en una célula efectora inmunitaria pueden comprender cualquier dominio de unión al antígeno anti-CD19 de la técnica (por ejemplo, los proporcionados en laTabla 2o4) en combinación con cualquiera de los dominios CAR descritos en el presente documento para generar una construcción de CAR completa.
[0750] Enfermedades y/o trastornos asociados a CD19
[0751] En un aspecto, la divulgación proporciona métodos para el tratamiento de un cáncer, por ejemplo, un cáncer asociado con la expresión de CD19 con una terapia con células que expresan CAR (linfocitos T). Los cánceres a modo de ejemplo incluyen, entre otros, por ejemplo, una o más leucemias agudas, que incluyen, entre otras, por ejemplo, leucemia linfocítica aguda de linfocitos B ("LLA-B"), leucemia linfocítica aguda de linfocitos T ("LLA-T"), leucemia linfocítica aguda (LLA); una o más leucemias crónicas que incluyen, entre otras, por ejemplo, leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC). Los cánceres o afecciones hematológicas adicionales asociados con la expresión de CD19 incluyen, entre otros, por ejemplo, leucemia prolinfocítica de linfocitos B, neoplasia blástica de células dendríticas plasmocitoides, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular microcítico o macrocítico, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto (LCM), linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmoblástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides, macroglobulinemia de Waldenstrom y "preleucemia", que son un conjunto diverso de afecciones hematológicas que tienen en común la producción ineficaz (o displasia) de células sanguíneas mieloides y similares. Además, una enfermedad asociada con la expresión de CD19 incluye, entre otras, por ejemplo, cánceres atípicos y/o no clásicos, neoplasias malignas, afecciones precancerosas o enfermedades proliferativas asociadas con la expresión de CD19.
[0752] En una realización, la divulgación se refiere al tratamiento de LLC.
[0753] En otra realización, la divulgación se refiere al tratamiento de LLA.
[0754] En otra realización, la divulgación se refiere al tratamiento de LLA de linfocitos B.
[0755] En realizaciones, la divulgación se refiere al tratamiento de LLA refractaria o recidivante.
[0756] En una realización, el tratamiento de referencia para la LLA incluye, entre otros, las terapias a modo de ejemplo descritas en el presente documento, por ejemplo, descritas en laTabla 11, y combinaciones de las mismas.
[0757] Tabla 11: Tera ias a modo de eem lo ara LLC
[0759]
[0762]
[0763] En una realización, el tratamiento de referencia para la LLC incluye (1) radioterapia, (2) quimioterapia, (3) cirugía (por ejemplo, extirpación del bazo), (4) terapia dirigida, (5) trasplante de células madre y combinaciones de los mismos. En una realización, el tratamiento de referencia comprende radioterapia externa. En una realización, el tratamiento referencia comprende radioterapia interna (por ejemplo, una sustancia radiactiva sellada en agujas, alambres o catéteres, por ejemplo, que se colocan directamente en el cáncer o cerca de este).
[0765] En una realización, el tratamiento de referencia para la LLA incluye, entre otros, las terapias a modo de ejemplo descritas en el presente documento, por ejemplo, descritas en laTabla 12, y combinaciones de las mismas.
[0766] Tabla 12: Tera ias a modo de eem lo ara LLA
[0768]
[0771]
[0774] En una realización, el tratamiento de referencia para la LLA incluye (1) quimioterapia, (2) radioterapia, (3) trasplante de células madre, (4) terapia biológica, (5) terapia dirigida y combinaciones de los mismos.
[0776] En una realización, el tratamiento de referencia incluye, entre otros, fludarabina con ciclofosfamida (FC); fludarabina con rituximab (FR); fludarabina, ciclofosfamida y rituximab (FCR); ciclofosfamida, doxorubicina, vincristina y prednisona (CHOP); y combinaciones de los mismos. Los agentes antineoplásicos generales considerados para su uso en incluyen, entre otros, anastrozol (Arimidex<®>), bicalutamida (Casodex<®>), sulfato de bleomicina (Blenoxane<®>), busulfán (Myleran<®>), busulfán inyectable (Busulfex<®>), capecitabina (Xeloda<®>), N4-pentoxicarbonil-5-desoxi-5-fluorocitidina, carboplatino (Paraplatin<®>), carmustina (BiCNU<®>), clorambucilo (Leukeran<®>), cisplatino (Platinol<®>), cladribina (Leustatin<®>), ciclofosfamida (Cytoxan<®>o Neosar<®>), citarabina, citosina arabinosida (Cytosar-U<®>), citarabina liposomal inyectable (DepoCyt<®>), dacarbazina (DTIC-Dome<®>), dactinomicina (actinomicina D, Cosmegan), clorhidrato de daunorrubicina (Cerubidine<®>), citrato de daunorrubicina liposomal inyectable (DaunoXome<®>), dexametasona, docetaxel (Taxotere<®>), clorhidrato de doxorrubicina (Adriamycin<®>, Rubex<®>), etopósido (Vepesid<®>), fosfato de fludarabina (Fludara<®>), 5-fluorouracilo (Adrucil<®>, Efudex<®>), flutamida (Eulexin<®>), tezacitibina, gemcitabina (difluorodeoxicitidina), hidroxiurea (Hydrea<®>), idarubicina (Idamycin<®>), ifosfamida (IFEX<®>), irinotecán (Camptosar<®>), L-asparaginasa (ELSPAR<®>), leucovorina cálcica, melfalán (Alkeran<®>), 6-mercaptopurina (Purinethol<®>), metotrexato (Folex<®>), mitoxantrona (Novantrone<®>), mylotarg, paclitaxel (Taxol<®>), phoenix (Itrio 90/MX-DTPA), pentostatina, polifeprosan 20 con implante de carmustina (Gliadel<®>), citrato de tamoxifeno (Nolvadex<®>), tenipósido (Vumon<®>), 6-tioguanina, tiotepa, tirapazamina (Tirazone<®>), clorhidrato de topotecán inyectable (Hycamptin<®>), vinblastina (Velban<®>), vincristina (Oncovin<®>) y vinorelbina (Navelbine<®>).
[0778] En una realización, la quimioterapia comprende un antimetabolito incluidos, entre otros, antagonistas del ácido fólico (también denominados en el presente documento antifolatos), análogos de pirimidina, análogos de purina e inhibidores de la adenosina··desaminasa): metotrexato (Rheumatrex<®>, Trexall<®>), 5-fluorouracilo (Adrucil<®>, Efudex<®>, Fluoroplex<®>), floxuridina (FUDF<®>), citarabina (Cytosar-U<®>, Tarabina PFS), 6-mercaptopurina (Puri-Nethol<®>)), 6-tioguanina (Thioguanine Tabloid<®>), fosfato de fludarabina (Fludara<®>), pentostatina (Nipent<®>), pemetrexed (Alimta<®>), raltitrexed (Tomudex<®>), cladribina (Leustatin<®>), clofarabina (Clofarex<®>, Clolar<®>), citarabina liposómica (también conocida como Ara-C Liposómica, DepoCyt<™>); decitabina (Dacogen<®>); hidroxiurea (Hydrea<®>, Droxia<™>y Mylocel<™>); mercaptopurina (Puri-Nethol<®>), pralatrexato (Folotyn<™>); capecitabina (Xeloda<®>), nelarabina (Arranon<®>), azacitidina (Vidaza<®>) y gemcitabina (Gemzar<®>). Los antimetabolitos preferidos incluyen, por ejemplo, 5-fluorouracilo (Adrucil<®>, Efudex<®>, Fluoroplex<®>), floxuridina (FUDF<®>), capecitabina (Xeloda<®>), pemetrexed (Alimta<®>), raltitrexed (Tomudex<®>) y gemcitabina (Gemzar<®>), y combinaciones de los mismos. En una realización, el análogo de purina es fludarabina.
[0780] En una realización, la quimioterapia comprende un agente alquilante que incluye, entre otros, mostazas nitrogenadas, derivados de etilenimina, alquilsulfonatos, nitrosoureas y triazenos: mostaza de uracilo (Aminouracil Mustard<®>Chlorethaminacil<®>, Demethyldopan<®>, Desmethyldopan<®>, Haemanthamine<®>, Nordopan<®>, Uracil nitrogen mustard<®>, Uracillost<®>, Uracilmostaza<®>, Uramustin<®>, Uramustine<®>), clormetina (Mustargen<®>), ciclofosfamida (Cytoxan<®>, Neosar<®>, Clafen<®>, Endoxan<®>, Procytox<®>, Revimmune™), ifosfamida (Mitoxana<®>), melfalán (Alkeran<®>), clorambucilo (Leukeran<®>), pipobroman (Amedel<®>, Vercyte<®>), trietilenmelamina (Hemel<®>, Hexalen<®>, Hexastat<®>), trietilentiofosforamina, temozolomida (Temodar<®>), tiotepa (Thioplex<®>), busulfán (Busilvex<®>, Myleran<®>), carmustina (BiCNU<®>), lomustina (CeeNU<®>), estreptozocina (Zanosar<®>) y dacarbazina (DTIC-Dome<®>) y combinaciones de los mismos. Los agentes alquilantes a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, oxaliplatino (Eloxatin<®>); temozolomida (Temodar<®>y Temodal<®>); dactinomicina (también conocida como actinomicina-D, Cosmegen<®>); melfalán (también conocido como L-PAM, L-sarcolisina y mostaza de fenilalanina, Alkeran<®>); altretamina (también conocida como hexametilmelamina (HMM), Hexalen<®>); carmustina (BiCNU<®>); bendamustina (Treanda<®>); busulfán (Busulfex<®>y Myleran<®>); carboplatino (Paraplatin<®>); lomustina (también conocida como CCNU, CeeNU<®>); cisplatino (también conocido como CDDP, Platinol<®>y Platinol<®>-AQ); clorambucilo (Leukeran<®>); ciclofosfamida (Cytoxan<®>y Neosar<®>); dacarbazina (también conocida como DTIC, DIC e imidazolcarboxamida, DTIC-Dome<®>); altretamina (también conocida como hexametilmelamina (HMM), Hexalen<®>); ifosfamida (Ifex<®>); prednumustina; procarbazina (Matulane<®>); mecloretamina (también conocida como mostaza nitrogenada, mustina y clorhidrato de mecloroetamina, Mustargen<®>); estreptozocina (Zanosar<®>); tiotepa (también conocida como tiofosfamida, TESPA y TSPA, Thioplex<®>); ciclofosfamida (Endoxan<®>, Cytoxan<®>, Neosar<®>, Procytox<®>, Revimmune<®>); HCl de bendamustina (Treanda<®>) y combinaciones de los mismos. En una realización, el agente alquilante es bendamustina. En una realización, el agente alquilante es ciclofosfamida.
[0782] En una realización, el agente quimioterápico es un inhibidor de cinasas, por ejemplo, un inhibidor de tirosina··cinasas incluidos, entre otros, clorhidrato de erlotinib (Tarceva<®>); linifanib (N-[4-(3-amino-1H-indazol-4-il)fenil]-N'-(2-fluoro-5-metilfenil)urea, también conocida como ABT 869, disponible de Genentech); malato de sunitinib (Sutent<®>); bosutinib (4-[(2,4-dicloro-5-metoxifenil)amino]-6-metoxi-7-[3-(4-metilpiperazin-1-il)propoxi]quinolin-3-carbonitrilo, también conocido como SKI-606, y descrito en la patente de EE. UU. n.º 6.780.996); dasatinib (Sprycel<®>); pazopanib (Votrient<®>); sorafenib (Nexavar<®>); zactima (ZD6474); e imatinib o mesilato de imatinib (Gilvec<®>y Gleevec<®>). En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de BTK seleccionado de ibrutinib (PCI-32765); GDC-0834; RN-486; CGI-560; CGI-1764; HM-71224; CC-292; ONO-4059; CNX-774; y LFM-A13. En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de CDK4 seleccionado de aloisina A; flavopiridol o HMR-1275, 2-(2-clorofenil)-5,7-dihidroxi-8-[(3S,4R)-3-hidroxi-1-metil-4-piperidinil]-4-cromenona; crizotinib (PF-02341066; clorhidrato de 2-(2-clorofenil)-5,7-dihidroxi-8-[(2R,3S)-2-(hidroximeti1)-metil-1-4-pirrolidinil]-4-ona (P276-00); 1-metil-5-[[2-[5-(trifluorometil)-1H-imidazol-2-il]-4-piridinil]oxi]-N-[4-(trifluorometil)fenil]-1H-bencimidazol-2-amina (RAF265); indisulam (E7070); roscovitina (CYC202); palbociclib (PD0332991); dinaciclib (SCH727965); N-[5-[[(5-terc-butiloxazol-2-il)metil]tio]tiazol-2-il]piperidin-4-carboxamida (BMS 387032); ácido 4-[[9-cloro-7-(2,6-difluorofenil)-5H-pirimido[5,4-d][2]benzazepin-2-il]amino]-benzoico (MLN8054); 5-[3-(4,6-difluoro-1H-bencimidazol-2-il)-1H-indazol-5-il]-N-etil-4-metil-3-piridinametanamina (AG-024322); N-(piperidin-4-il)amida del ácido 4-(2,6-diclorobenzoilamino)-1H-pirazol-3-carboxílico (AT7519); 4-[2-metil-1-(1-metiletil)-1H-imidazol-5-il]-N-[4-(metilsulfonil)fenil]-2-pirimidinamina (AZD5438); y XL281 (BMS908662). En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de MNK seleccionado de CGP052088; 4-amino-3-(p-fluorofenilamino)pirazolo[3,4-d]pirimidina (CGP57380); cercosporamida; ETC-1780445-2; y 4-amino-5-(4-fluoroanilino)pirazolo[3,4-d]pirimidina.
[0784] En una realización, la terapia dirigida incluye, entre otros, un anticuerpo anti-CD20 o fragmento funcional de este, tal como, por ejemplo, rituximab (Riuxan<®>y MabThera<®>); tositumomab (Bexxar<®>); y ofatumumab (Arzerra<®>), y combinaciones los mismos. En una realización, la terapia dirigida incluye, entre otros, un anticuerpo anti-CD52 o fragmento funcional de este tal como, por ejemplo, alemtuzumab (Campath<®>).
[0786] En una realización, la terapia biológica comprende inmunoterapia. Las antraciclinas a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, la doxorrubicina (Adriamycin<®>y Rubex<®>); bleomicina (Ienoxane<®>); daunorrubicina (clorhidrato de daunorrubicina, daunomicina y clorhidrato de rubidomicina, Cerubidine<®>); daunorrubicina liposomal (liposoma de citrato de daunorrubicina, DaunoXome<®>); mitoxantrona (DHAD, Novantrone<®>); epirubicina (Ellence™); idarubicina (Idamycin<®>, Idamycin PFS<®>); mitomicina C (Mutamycin<®>); geldanamicina; herbimicina; ravidomicina; desacetilravidomicina y combinaciones los mismos.
[0787] En una realización, el trasplante de células madre comprende un trasplante de células madre autógenas. En una realización, el trasplante de células madre comprende un trasplante de células madre alogénicas. En una realización, el trasplante de células madre comprende un trasplante de médula ósea alogénica. En una realización, el trasplante de células madre comprende un trasplante de células madre hematopoyéticas (TCMH). En una realización, las células madre hematopoyéticas proceden de diversos tejidos incluidos, entre otros, médula ósea, sangre periférica, sangre del cordón umbilical y combinaciones de las mismas.
[0788] En un aspecto, la divulgación se refiere al tratamiento de una enfermedad asociada con la expresión de CD19. En un aspecto, la invención se refiere al tratamiento de una enfermedad en donde parte del tumor es negativo para CD19 y parte del tumor es positivo para CD19. Por ejemplo, los métodos divulgados son útiles para tratar sujetos que han recibido tratamiento para una enfermedad asociada con una expresión elevada de CD19, en donde el sujeto que ha recibido tratamiento para niveles elevados de CD19 presenta una enfermedad asociada con niveles elevados de CD19.
[0789] En un aspecto, los tratamientos divulgados comprenden un vector que comprende un CAR para CD19 ligado operativamente a un promotor para la expresión en linfocitos T de mamífero. En un aspecto, los tratamientos divulgados comprenden un linfocito T recombinante que expresa un CAR para CD19 para su uso en el tratamiento de tumores que expresan CD19, en donfde el linfocito T recombinante que expresa el CAR para CD19 se denomina una célula que expresa CAR para CD19. En un aspecto, un linfocito T que expresa CAR para CD19 administrado según los tratamientos divulgados es capaz de poner en contacto una célula tumoral con al menos un CAR para CD19 expresado en su superficie de modo que la célula que expresa CAR se dirige a la célula tumoral y se inhibe el crecimiento del tumor.
[0790] En un aspecto, la divulgación se refiere a inhibir el crecimiento de una célula tumoral que expresa CD19, que comprende poner en contacto la célula tumoral con una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento de modo que la célula que expresa CAR se activa en respuesta al antígeno y se dirige a la célula cancerosa, en donde se inhibe el crecimiento del tumor.
[0791] En un aspecto, la divulgación incluye un tipo de terapia celular donde los linfocitos T se modifican genéticamente para expresar un CAR y la célula que expresa CAR (por ejemplo, linfocito T, célula NK) se infunde a un receptor que lo necesita. La célula infundida es capaz de matar las células tumorales en el receptor. A diferencia de las terapias con anticuerpos, las células modificadas con CAR (por ejemplo, linfocitos T o células NK) son capaces de replicarse in vivo, lo que da lugar a una persistencia a largo plazo que puede conllevar un control tumoral sostenido. En diversos aspectos, las células administradas al paciente, o su descendencia, persisten en el paciente durante al menos cuatro meses, cinco meses, seis meses, siete meses, ocho meses, nueve meses, diez meses, once meses, doce meses, trece meses, catorce meses, quince meses, dieciséis meses, diecisiete meses, dieciocho meses, diecinueve meses, veinte meses, veintiún meses, veintidós meses, veintitrés meses, dos años, tres años, cuatro años o cinco años después de la administración de la célula al paciente.
[0792] La divulgación también incluye un tipo de terapia celular donde las células (por ejemplo, linfocitos T, células NK) se modifican, por ejemplo, mediante ARN transcritoin vitro, para expresar de manera transitoria un receptor quimérico para el antígeno (CAR) y la célula que expresa CAR (por ejemplo, linfocito T, célula NK) se infunde a un receptor que lo necesite. La célula infundida es capaz de matar las células tumorales en el receptor. Por lo tanto, en varios aspectos, las células administradas al paciente están presentes durante menos de un mes, por ejemplo, tres semanas, dos semanas, una semana, después de la administración de la célula (por ejemplo, linfocito T, célula NK) al paciente.
[0793] Sin desear quedar ligado a ninguna teoría en particular, la respuesta inmunitaria antitumoral inducida por las células modificadas con CAR (por ejemplo, linfocitos T, células NK) puede ser una respuesta inmunitaria activa o pasiva o, como alternativa, puede deberse a una reacción inmunitaria directa frente a indirecta. En un aspecto, los linfocitos T transducidos con un CAR presentan una secreción de citocinas proinflamatorias específicas y una potente actividad citolítica en respuesta a células cancerosas humanas que expresan el CD19, resisten la inhibición de CD19 soluble, median en la muerte de células vecinas y median en la regresión de un tumor humano establecido. Por ejemplo, las células tumorales sin antígeno dentro de un campo heterogéneo de un tumor que expresa CD19 pueden ser susceptibles a la destrucción indirecta por linfocitos T redirigidos a CD19 que han reaccionado previamente contra las células cancerosas positivas para el antígeno adyacentes.
[0794] En un aspecto, las células modificadas con CAR totalmente humanas (linfocitos T) descritas en el presente documento pueden ser un tipo de vacuna para la inmunizaciónex vivoy/o terapiain vivoen un mamífero. En un aspecto, el mamífero es un ser humano.
[0795] Con respecto a la inmunizaciónex vivo, ocurre al menos una de las siguientesin vitroantes de administrar la célula a un sujeto: i) expansión de las células, ii) introducción de un ácido nucleico que codifica un CAR en las células o iii) crioconservación de las células.
[0796] Los procedimientosex vivoson bien conocidos en la técnica y se analizan con más detalle más adelante. Brevemente, las células se aíslan de un sujeto (por ejemplo, un ser humano) y se modifican genéticamente (es decir, se transducen o transfectanin vitro) con un vector que expresa un CAR divulgado en el presente documento. La célula modificada con un CAR se puede administrar a un receptor mamífero para proporcionar un beneficio terapéutico. El receptor mamífero puede ser un ser humano y la célula modificada con un CAR puede ser autóloga con respecto al receptor. Como alternativa, las células pueden ser alogénicas, singénicas o xenogénicas con respecto al receptor.
[0797] Cáncer hematológico
[0798] Las afecciones de cáncer hematológico son tipos de cáncer tales como la leucemia y las afecciones linfoproliferativas malignas que afectan la sangre, la médula ósea y el sistema linfático.
[0799] La leucemia se puede clasificar como leucemia aguda y leucemia crónica. La leucemia aguda se puede clasificar además como leucemia mielógena aguda (LMA) y leucemia linfoide aguda (LLA). La leucemia crónica incluye la leucemia mielógena crónica (LMC) y la leucemia linfoide crónica (LLC). Otras afecciones relacionadas incluyen los síndromes mielodisplásicos (SMD, anteriormente conocidos como "preleucemia"), que son un conjunto diverso de afecciones hematológicas unidas por la producción ineficaz (o displasia) de células sanguíneas mieloides y el riesgo de transformación a LMA.
[0800] La presente divulgación se refiere a composiciones y métodos para tratar el cáncer. La invención proporciona una pluralidad de linfocitos T-CAR para su uso en el tratamiento de un cáncer en un sujeto de acuerdo con las reivindicaciones. En un aspecto, el cáncer es un cáncer hematológico que incluye, entre otros, una leucemia o un linfoma. En un aspecto, las células que expresan CAR (linfocitos T) de uso en la invención pueden usarse para tratar cánceres y tumores malignos tales como, entre otros, leucemias agudas que incluyen, entre otras, por ejemplo, leucemia mieloide aguda (LMA), leucemia linfoide aguda de linfocitos B ("LLA-B"), leucemia linfoide aguda de linfocitos T ("LLA-T"), leucemia linfoide aguda (LLA); una o más leucemias crónicas que incluyen, entre otras, por ejemplo, leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC); cánceres hematológicos o afecciones hematológicas adicionales que incluyen, entre otras, leucemia prolinfocítica de linfocitos B, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides blásticas, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular de células pequeñas o células grandes, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto (LCM), linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmablástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides, macroglobulinemia de Waldenstrom, neoplasia mieloproliferativa y trastorno histiocítico (por ejemplo, un trastorno de mastocitos o un neoplasia de células dendríticas plasmocitoides blásticas); un trastorno de mastocitos, por ejemplo, mastocitosis sistémica o leucemia de mastocitos; leucemia prolinfocítica de linfocitos B, mieloma de células plasmáticas y "preleucemia" que son una colección diversa de afecciones hematológicas unidas por una producción ineficaz (o displasia) de células sanguíneas mieloides, y similares. Además, una enfermedad asociada con la expresión de CD19 incluye, entre otras, por ejemplo, cánceres atípicos y/o no clásicos, neoplasias malignas, afecciones precancerosas o enfermedades proliferativas que expresan CD19.
[0801] La presente divulgación también se refiere a la inhibición de la proliferación o la reducción de una población de células que expresan CD19, que comprende poner en contacto una población de células que comprenden una célula que expresa CD19 con una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19. En un aspecto específico, la divulgación se refiere a la inhibición de la proliferación o la reducción de la población de células cancerosas que expresan CD19, que comprende poner en contacto la población de células cancerosas que expresan CD19 con una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19. En un aspecto, la presente divulgación se refiere a la inhibición de la proliferación o la reducción de la población de células cancerosas que expresan CD19, que comprende poner en contacto la población de células cancerosas que expresan CD19 con una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19. En ciertos aspectos, la célula que expresa CAR anti-CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) reduce la cantidad, el número, la magnitud o el porcentaje de células y/o células cancerosas en al menos un 25 %, al menos un 30 %, al menos un 40 %, al menos un 50 %, al menos un 65 %, al menos un 75 %, al menos un 85 %, al menos un 95 % o al menos un 99 % en un sujeto con o modelo en animales de leucemia mieloide u otro cáncer asociado con células que expresan CD19 con respecto a un control negativo. En un aspecto, el sujeto es un ser humano.
[0802] La presente divulgación también se refiere a la prevención, el tratamiento y/o el abordaje de una enfermedad asociada con células que expresan CD19 (por ejemplo, un cáncer hematológico o cáncer atípico que expresa CD19), que comprende la administración a un sujeto que lo necesita de una célula que expresa CAR (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19. En un aspecto, el sujeto es un ser humano. Los ejemplos no limitantes de trastornos asociados con células que expresan CD19 incluyen trastornos autoinmunitarios (tales como el lupus), trastornos inflamatorios (tales como alergias y asma) y cánceres (tales como cánceres hematológicos o cánceres atípicos que expresan CD19).
[0803] La presente divulgación también se refiere a la prevención, el tratamiento y/o el abordaje de una enfermedad asociada con células que expresan CD19, que comprende la administración a un sujeto que lo necesita de una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19. En una realización, el sujeto es un ser humano.
[0804] La presente divulgación se refiere a la prevención de la recaída de un cáncer asociado con células que expresan CD19 (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC), que comprende la administración a un sujeto que lo necesita una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19. En un aspecto, los métodos divulgados comprenden administrar al sujeto que lo necesita una cantidad eficaz de una célula que expresa CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK) descrita en el presente documento que se une a la célula que expresa CD19 en combinación con una cantidad eficaz de otra terapia.
[0805] En algunas realizaciones, una célula que expresa CAR (por ejemplo, célula que expresa CAR para CD19) descrita en el presente documento se usa para agotar un linfocito B (por ejemplo, una población de linfocitos B, por ejemplo, linfocitos B reguladores). Sin desear quedar ligado a teoría, se cree que el agotamiento de linfocitos B, por ejemplo, linfocitos B reguladores, puede mejorar el microentorno tumoral de modo que las terapias antineoplásicas (por ejemplo, terapias descritas en el presente documento) pueden ser más eficaces (por ejemplo, que sin agotamiento de los linfocitos B). Por lo tanto, en el presente documento se divulga un método para reducir, por ejemplo, agotar, células reguladoras (por ejemplo, linfocitos B reguladores). El método incluye administrar una célula que expresa CAR (por ejemplo, célula que expresa CAR para CD19) descrita en el presente documento en una cantidad suficiente para reducir las células reguladoras. En algunas realizaciones, los métodos pueden usarse para modular un microentorno tumoral, por ejemplo, para potenciar la eficacia de una terapia descrita en el presente documento.
[0807] En algunas realizaciones, una dosis de células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19 descritas en el presente documento) comprende de aproximadamente 10<4>a aproximadamente 10<9>células/kg, por ejemplo, de aproximadamente 10<4>a aproximadamente 10<5>células/kg, de aproximadamente 10<5>a aproximadamente 10<6>células/kg, de aproximadamente 10<6>a aproximadamente 10<7>células/kg, de aproximadamente 10<7>a aproximadamente 10<8>células/kg, o de aproximadamente 10<8>a aproximadamente 10<9>células/kg. En algunas realizaciones, la dosis de células que expresan CAR comprende aproximadamente 0,6 × 10<6>células/kg a aproximadamente 2 × 10<7>células/kg. En algunos casos, una dosis de células que expresan CAR descritas en el presente documento (por ejemplo, células CAR para CD19) comprende aproximadamente 2 × 10<5>, 1 × 10<6>, 1,1 × 10<6>, 2 × 10<6>, 3 × 10<6>, 3,6 × 10<6>, 5 × 10<6>, 1 × 10<7>, 1,8 × 10<7>, 2 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>, 3 × 10<8>o 5 × 10<8>células/kg. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende al menos aproximadamente 1 × 10<6>, 1,1 × 10<6>, 2 × 10<6>, 3,6 × 10<6>, 5 × 10<6>, 1 × 10<7>, 1,8 × 10<7>, 2 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>, 3 × 10<8>o 5 × 10<8>células/kg. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende hasta aproximadamente 1 × 10<6>, 1,1 × 10<6>, 2 × 10<6>, 3,6 × 10<6>, 5 × 10<6>, 1 × 10<7>, 1,8 × 10<7>, 2 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>, 3 × 10<8>o 5 × 10<8>células/kg. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende aproximadamente 1,1 × 10<6>- 1,8 × 10<7>células/kg. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende aproximadamente 1 × 10<7>, 2 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>, 3 × 10<8>, 5 × 10<8>, 1 × 10<9>, 2 × 10<9>, o 5 × 10<9>células. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende al menos aproximadamente 1 × 10<7>, 2 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>, 3 × 10<8>, 5 × 10<8>, 1 × 10<9>, 2 × 10<9>o 5 × 10<9>células. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende hasta aproximadamente 1 × 10<7>, 2 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>, 3 × 10<8>, 5 × 10<8>, 1 × 10<9>, 2 × 10<9>o 5 × 10<9>células.
[0809] En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) comprende hasta aproximadamente 1 × 10<7>, 1,5 × 10<7>, 2 × 10<7>, 2,5 × 10<7>, 3 × 10<7>, 3,5 × 10<7>, 4 × 10<7>, 5 × 10<7>, 1 × 10<8>, 1,5 × 10<8>, 2 × 10<8>, 2,5 × 10<8>, 3 × 10<8>, 3,5 × 10<8>, 4 × 10<8>, 5 × 10<8>, 1 × 10<9>, 2 × 10<9>o 5 × 10<9>células. En algunas realizaciones, una dosis de células CAR (por ejemplo, células CAR que expresan CD19) comprende hasta aproximadamente 1-3 × 10<7>a 1-3 × 10<8>células/kg. En algunas realizaciones, al sujeto se le administra aproximadamente 1-3 × 10<7>células que expresan CAR para CD19. En otras realizaciones, al sujeto se le administra aproximadamente 1-3 × 10<8>células que expresan CAR para CD19.
[0811] En algunas realizaciones, una dosis de células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR descritas en el presente documento, por ejemplo, células que expresan CAR para CD19 descritas en el presente documento) comprende aproximadamente 1 × 10<6>células/m<2>a aproximadamente 1 × 10<9>células/m<2>, por ejemplo, aproximadamente 1 × 10<7>células/m<2>a aproximadamente 5 × 10<8>células/m<2>, por ejemplo, aproximadamente 1,5 × 10<7>células/m<2>, aproximadamente 2 × 10<7>células/m<2>, aproximadamente 4,5 × 10<7>células/m<2>, aproximadamente 10<8>células/m<2>, aproximadamente 1,2 × 10<8>células/m<2>o aproximadamente 2 × 10<8>células/m<2>.
[0813] En realizaciones, las células que expresan CAR para CD19 se administran en una pluralidad de dosis, por ejemplo, una primera dosis, una segunda dosis y opcionalmente una tercera dosis. En realizaciones, el tratamiento comprende tratar a un sujeto (por ejemplo, un sujeto adulto) que tiene un cáncer (por ejemplo, leucemia linfoide aguda (LLA)), que comprende administrar al sujeto una primera dosis, una segunda dosis y opcionalmente una o más dosis adicionales, comprendiendo cada dosis células efectoras inmunitarias que expresan una molécula de CAR, por ejemplo, una molécula de CAR para CD19, por ejemplo, la secuencia de aminoácidos completa de CTL019 como se expone en laTabla 1en el presente documento.
[0815] En realizaciones, el tratamiento comprende administrar una dosis de 2-5 × 10<6>células que expresan CAR viables/kg, en donde el sujeto tiene una masa corporal de menos de 50 kg; o
[0816] administrar una dosis de 1,0 -2,5 × 10<8>células que expresan CAR viables, en donde el sujeto tiene una masa corporal de al menos 50 kg.
[0817] En realizaciones, se administra una dosis única al sujeto, por ejemplo, un sujeto pediátrico.
[0818] En realizaciones, las dosis se administran en días consecutivos, por ejemplo, la primera dosis se administra el día 1, la segunda dosis se administra el día 2 y la tercera dosis opcional (si se administra) se administra el día 3.
[0819] En realizaciones, se administran una cuarta, quinta o sexta dosis, o más dosis.
[0820] En realizaciones, la primera dosis comprende aproximadamente un 10 % de la dosis total, la segunda dosis comprende aproximadamente un 30 % de la dosis total y la tercera dosis comprende aproximadamente un 60 % de la dosis total, en donde los porcentajes mencionados anteriormente tienen una suma de un 100 %. En realizaciones, la primera dosis comprende aproximadamente un 9-11 %, 8-12 %, 7-13 % o 5-15 % de la dosis total. En realizaciones, la segunda dosis comprende aproximadamente 29-31 %, 28-32 %, 27-33 %, 26-34 %, 25-35 %, 24-36 %, 23-37 %, 22-38 %, 21-39 % o 20-40 % de la dosis total. En realizaciones, la tercera dosis comprende aproximadamente 55-65 %, 50-70 %, 45-75 % o 40-80 % de la dosis total. En realizaciones, la dosis total se refiere al número total de células que expresan CAR viables administradas durante el transcurso de 1 semana, 2 semanas, 3 semanas o 4 semanas. En algunas realizaciones en donde se administran dos dosis, la dosis total se refiere a la suma del número de células que expresan CAR viables administradas al sujeto en la primera y segunda dosis. En algunas realizaciones en donde se administran tres dosis, la dosis total se refiere a la suma del número de células que expresan CAR viables administradas al sujeto en la primera, segunda y tercera dosis.
[0821] En realizaciones, la dosis se mide según el número de células que expresan CAR viables en la misma. La expresión de CAR se puede medir, por ejemplo, mediante citometría de flujo usando una molécula de anticuerpo que se une a la molécula de CAR y un marcador detectable. La viabilidad se puede medir, por ejemplo, mediante un celómetro.
[0822] En realizaciones, las células que expresan CAR viables se administran en dosis ascendentes. En realizaciones, la segunda dosis es mayor que la primera dosis, por ejemplo, mayor en un 10 %, 20 %, 30 % o 50 %. En realizaciones, la segunda dosis es dos veces, tres veces, cuatro veces o cinco veces el tamaño de la primera dosis. En realizaciones, la tercera dosis es mayor que la segunda dosis, por ejemplo, mayor en un 10 %, 20 %, 30 % o 50 %. En realizaciones, la tercera dosis es dos veces, tres veces, cuatro veces o cinco veces el tamaño de la segunda dosis.
[0823] En ciertas realizaciones, el tratamiento incluye uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete o la totalidad de a)-h) de lo siguiente: a) el número de células viables que expresan CAR administradas en la primera dosis no es superior a 1/3 del número de células viables que expresan CAR administradas en la segunda dosis;
[0824] b) el número de células viables que expresan CAR administradas en la primera dosis no es superior a 1/X, en donde X es 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40 o 50, del número total de células viables que expresan CAR administradas; c) el número de células viables que expresan CAR administradas en la primera dosis no es superior a 1 × 10<7>, 2 × 10<7>, 3 × 10<7>, 4 × 10<7>, 5 × 10<7>, 6 × 10<7>, 7 × 10<7>, 8 × 10<7>, 9 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>3 × 10<8>, 4 × 10<8>o 5 × 10<8>células viables que expresan CAR, y la segunda dosis es mayor que la primera dosis;
[0825] d) el número de células viables que expresan CAR administradas en la segunda dosis no es superior a 1/2 del número de células viables que expresan CAR administradas en la tercera dosis;
[0826] e) el número de células viables que expresan CAR administradas en la segunda dosis no es superior a 1/Y, en donde Y es 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40 o 50, del número total de células viables que expresan CAR administradas; f) el número de células viables que expresan CAR administradas en la segunda dosis no es superior a 1 × 10<7>, 2 × 10<7>, 3 × 10<7>, 4 × 10<7>, 5 × 10<7>, 6 × 10<7>, 7 × 10<7>, 8 × 10<7>, 9 × 10<7>, 1 × 10<8>, 2 × 10<8>3 × 10<8>, 4 × 10<8>o 5 × 10<8>células viables que expresan CAR, y la segunda tercera es mayor que la segunda dosis;
[0827] h) las dosis y los periodos de tiempo de administración de la primera, segunda y opcionalmente tercera dosis se seleccionan de modo que el sujeto experimente SLC a un nivel no mayor de 4, 3, 2 o 1.
[0828] En realizaciones, la dosis total es de aproximadamente 5 × 10<8>células viables que expresan CAR. En realizaciones, la dosis total es de aproximadamente 5 × 10<7>- 5 × 10<8>células viables que expresan CAR. En realizaciones, la primera dosis es de aproximadamente 5 × 10<7>(por ejemplo, ± 10 %, 20 % o 30 %) células viables que expresan CAR, la segunda dosis es de aproximadamente 1,5 × 10<8>(por ejemplo, ± 10 %, 20 % o 30 %) células viables que expresan CAR, y la tercera dosis es aproximadamente 3 × 10<8>(por ejemplo, ± 10 %, 20 % o 30 %) células viables que expresan CAR.
[0829] En realizaciones, el sujeto se evalúa en cuanto a SLC después de recibir una dosis, por ejemplo, después de recibir la primera dosis, la segunda dosis y/o la tercera dosis.
[0830] En realizaciones, el sujeto recibe un tratamiento para SLC, por ejemplo, tocilizumab, un corticosteroide, etanercept o siltuximab. En realizaciones, el tratamiento para SLC se administra antes o después de la primera dosis de células que comprenden la molécula de CAR. En realizaciones, el tratamiento para SLC se administra antes o después de la segunda dosis de células que comprenden la molécula de CAR. En realizaciones, el tratamiento para SLC se administra antes o después de la tercera dosis de células que comprenden la molécula de CAR. En realizaciones, el tratamiento para SLC se administra entre la primera y la segunda dosis de células que comprenden la molécula de CAR, y/o entre la segunda y tercera dosis de células que comprenden la molécula de CAR.
[0831] En realizaciones, en un sujeto que padece SLC después de la primera dosis, por ejemplo, SLC de grado 1, 2, 3, o 4, la segunda dosis se administra al menos 2, 3, 4 o 5 días después de la primera dosis. En realizaciones, en un sujeto que padece SLC después de la segunda dosis, por ejemplo, SLC de grado 1, 2, 3, o 4, la tercera dosis se administra al menos 2, 3, 4 o 5 días después de la segunda dosis. En realizaciones, en un sujeto que padece SLC después de la primera dosis, la segunda dosis de células que expresan CAR se retrasa con respecto a cuando se habría administrado la segunda dosis si el sujeto no hubiera padecido SLC. En realizaciones, en un sujeto que padece SLC después de la segunda dosis, la tercera dosis de células que expresan CAR se retrasa con respecto a cuando se habría administrado la tercera dosis si el sujeto no hubiera padecido SLC.
[0832] En realizaciones, el sujeto padece un cáncer con una carga de la enfermedad elevada antes de administrar la primera dosis. En realizaciones, el sujeto tiene niveles de blastos de médula ósea de al menos un 1 %, 2 %, 3 %, 4 %, 5 %, 6 %, 7 %, 8 %, 9 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 % o 50 %, por ejemplo, al menos 5 %. En realizaciones, el sujeto tiene un cáncer en estadio I, II, III o IV. En realizaciones, el sujeto tiene una masa tumoral de al menos 1, 2, 5, 10, 20, 50, 100, 200, 500 o 1000 g, por ejemplo, en un solo tumor o una pluralidad de tumores.
[0833] En algunas realizaciones, el sujeto padece cáncer (por ejemplo, un cáncer sólido o un cáncer hematológico como se describe en el presente documento). En una realización, el sujeto padece LLC. En realizaciones, el sujeto padece LLA. En otras realizaciones, el sujeto padece mieloma múltiple.
[0834] En una realización, el cáncer es una enfermedad asociada con la expresión de CD19, por ejemplo, como se describe en el presente documento. En otras realizaciones, el cáncer es una enfermedad asociada con un antígeno tumoral, por ejemplo, como se describe en el presente documento. En realizaciones, la molécula de CAR es una molécula de CAR como se describe en el presente documento.
[0835] En algunas realizaciones, un sujeto tratado con una célula que expresa CAR descrita en el presente documento se evalúa después del tratamiento mediante un método de obtención de imágenes moleculares, por ejemplo, FDG-PET/CT. En realizaciones, el sujeto se somete a obtención de imágenes moleculares 1, 2 o 3 meses después del tratamiento. En realizaciones, el sujeto se somete a obtención de imágenes moleculares cuando el sujeto no tiene síntomas de SLC. En realizaciones, el sujeto padece LDLBG o LF.
[0836] Terapia de combinación
[0837] Se apreciará que cualquier terapia contra el cáncer como se ha descrito en el presente documento se puede administrar en combinación con una o más terapias adicionales para tratar y/o reducir los síntomas de un cáncer descrito en el presente documento. Las composiciones farmacéuticas se pueden administrar simultáneamente con, antes de, o después de, una o más de otras terapias adicionales o agentes terapéuticos. En una realización, se puede usar una célula que expresa CAR descrita en el presente documento en combinación con otros agentes y terapias conocidos. Administrado "en combinación", como se usa en el presente documento, significa que se administran dos (o más) tratamientos diferentes al sujeto durante el transcurso de la afección del sujeto por el trastorno; por ejemplo, los dos o más tratamientos se administran después de que al sujeto se le haya diagnosticado el trastorno y antes de que el trastorno se haya curado o eliminado o de que el tratamiento haya cesado por otras razones. En algunas realizaciones, la administración de un tratamiento está todavía ocurriendo cuando empieza la administración del segundo, de manera que existe un solapamiento en términos de administración. Esto se denomina algunas veces en el presente documento suministro "simultáneo" o "concurrente". En otras realizaciones, la administración de un tratamiento termina antes de que empiece la administración del otro tratamiento. En algunas realizaciones de cualquier caso, el tratamiento es más eficaz debido a la administración combinada. Por ejemplo, el segundo tratamiento es más eficaz, por ejemplo, se observa un efecto equivalente con menos del segundo tratamiento, o el segundo tratamiento reduce los síntomas en mayor medida, de lo que se observaría si el segundo tratamiento se administrara en ausencia del primer tratamiento o se observa la situación análoga con el primer tratamiento. En algunas realizaciones, la administración es tal que la reducción en un síntoma, u otro parámetro relacionado con el trastorno, es mayor que lo que se observaría con un tratamiento administrado en ausencia del otro. El efecto de los dos tratamientos puede ser parcialmente aditivo, completamente aditivo, o superior a aditivo. La administración puede ser tal que un efecto del primer tratamiento administrado siga siendo detectable cuando se administra el segundo.
[0838] Una célula que expresa CAR descrita en el presente documento y el al menos un agente terapéutico adicional se pueden administrar simultáneamente, en las mismas composiciones o en composiciones separadas, o secuencialmente. Para la administración secuencial, la célula que expresa CAR descrita en el presente documento puede administrarse primero, y el agente adicional puede administrarse en segundo lugar, o bien puede invertirse el orden de administración.
[0839] En aspectos adicionales, una célula que expresa CAR descrita en el presente documento puede usarse en una pauta de tratamiento en combinación con cirugía, quimioterapia, radiación, agentes inmunosupresores, tales como ciclosporina, azatioprina, metotrexato, micofenolato y FK506, anticuerpos u otros agentes inmunoablativos, tales como CAMPATH, anticuerpos anti-CD3 u otras terapias con anticuerpos, citoxina, fludarabina, ciclosporina, FK506, rapamicina, ácido micofenólico, esteroides, FR901228, citocinas e irradiación, vacuna peptídica, tal como se describe en Izumoto et al.2008 J NEUROSURG 108:963-971.
[0841] En una realización, una célula que expresa CAR descrita en el presente documento se puede usar en combinación con un agente quimioterápico. Los agentes antineoplásicos a modo de ejemplo incluyen una antraciclina (por ejemplo, doxorrubicina (por ejemplo, doxorrubicina liposomal)), un alcaloide de la vinca (por ejemplo, vinblastina, vincristina, vindesina, vinorelbina), un agente alquilante (por ejemplo, bendamustina, ciclofosfamida, decarbazina, melfalán, ifosfamida, temozolomida), un anticuerpo contra células inmunitarias (por ejemplo, alemtuzumab, gemtuzumab, rituximab, tositumomab), un antimetabolito (incluidos, por ejemplo, antagonistas del ácido fólico, análogos de la pirimidina, análogos de la purina e inhibidores de la adenosina desaminasa (por ejemplo, fludarabina)), un inhibidor de mTOR, un agonista de la proteína relacionada con el TNFR inducida por glucocorticoides (GITR), un inhibidor del proteasoma (por ejemplo, aclacinomicina A, gliotoxina o bortezomib), un inmunomodulador como la talidomida o un derivado de la talidomida (por ejemplo, lenalidomida) y combinaciones de los mismos.
[0843] Los agentes quimioterápicos generales que se consideran para su uso en terapias de combinación incluyen anastrozol (Arimidex<®>), bicalutamida (Casodex<®>), sulfato de bleomicina (Blenoxane<®>), busulfán (Myleran<®>), busulfán inyectable (Busulfex<®>), capecitabina (Xeloda<®>), N4-pentoxicarbonil-5-desoxi-5-fluorocitidina, carboplatino (Paraplatin<®>), carmustina (BiCNU<®>), clorambucilo (Leukeran<®>), cisplatino (Platinol<®>), cladribina (Leustatin<®>), ciclofosfamida (Cytoxan<®>o Neosar<®>), citarabina, citosina arabinosida (Cytosar-U<®>), citarabina liposomal inyectable (DepoCyt<®>), dacarbazina (DTIC-Dome<®>), dactinomicina (actinomicina D, Cosmegan), clorhidrato de daunorrubicina (Cerubidine<®>), citrato de daunorrubicina liposomal inyectable (DaunoXome<®>), dexametasona, docetaxel (Taxotere<®>), clorhidrato de doxorrubicina (Adriamycin<®>, Rubex<®>), etopósido (Vepesid<®>), fosfato de fludarabina (Fludara<®>), 5-fluorouracilo (Adrucil<®>, Efudex<®>), flutamida (Eulexin<®>), tezacitibina, gemcitabina (difluorodeoxicitidina), hidroxiurea (Hydrea<®>), idarubicina (Idamycin<®>), ifosfamida (IFEX<®>), irinotecán (Camptosar<®>), L-asparaginasa (ELSPAR<®>), leucovorina cálcica, melfalán (Alkeran<®>), 6-mercaptopurina (Purinethol<®>), metotrexato (Folex<®>), mitoxantrona (Novantrone<®>), mylotarg, paclitaxel (Taxol<®>), phoenix (Itrio 90/MX-DTPA), pentostatina, polifeprosan 20 con implante de carmustina (Gliadel<®>), citrato de tamoxifeno (Nolvadex<®>), tenipósido (Vumon<®>), 6-tioguanina, tiotepa, tirapazamina (Tirazone<®>), clorhidrato de topotecán inyectable (Hycamptin<®>), vinblastina (Velban<®>), vincristina (Oncovin<®>) y vinorelbina (Navelbine<®>).
[0845] Los agentes alquilantes a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, mostazas nitrogenadas, derivados de etilenimina, alquilsulfonatos, nitrosoureas y triazenos, mostaza de uracilo (Aminouracil Mustard<®>Chlorethaminacil<®>, Demethyldopan<®>, Desmethyldopan<®>, Haemanthamine<®>, Nordopan<®>, Uracil nitrogen mustard<®>, Uracillost<®>, Uracilmostaza<®>, Uramustin<®>, Uramustine<®>), clormetina (Mustargen<®>), ciclofosfamida (Cytoxan<®>, Neosar<®>, Clafen<®>, Endoxan<®>, Procytox<®>, Revimmune™), ifosfamida (Mitoxana<®>), melfalán (Alkeran<®>), clorambucilo (Leukeran<®>), pipobroman (Amedel<®>, Vercyte<®>), trietilenmelamina (Hemel<®>, Hexalen<®>, Hexastat<®>), trietilentiofosforamina, temozolomida (Temodar<®>), tiotepa (Thioplex<®>), busulfán (Busilvex<®>, Myleran<®>), carmustina (BiCNU<®>), lomustina (CeeNU<®>), estreptozocina (Zanosar<®>) y dacarbazina (DTIC-Dome<®>) y combinaciones los mismos. Agentes alquilantes a modo de ejemplo adicionales incluyen, sin limitación, oxaliplatino (Eloxatin<®>); telemozolomida (Temodar<®>y Temodal<®>); dactinomicina (también conocida como actinomicina-D, Cosmegen<®>); melfalán (también conocido como L-PAM, L-sarcolisina y mostaza de fenilalanina, Alkeran<®>); altretamina (también conocida como hexametilmelamina (HMM), Hexalen)<®>; carmustina (BiCNU<®>); bendamustina (Treanda<®>); busulfán (Busulfex<®>y Myleran<®>); carboplatino (Paraplatin<®>); lomustina (también conocida como CCNU, CeeNU<®>); cisplatino (también conocido como CDDP, Platinol<®>y Platinol<®>-AQ); clorambucilo (Leukeran<®>); ciclofosfamida (Cytoxan<®>y Neosar<®>); dacarbazina (también conocida como DTIC, DIC e imidazol carboxamida, DTIC-Dome<®>); altretamina (también conocida como hexametilmelamina (HMM), Hexalen<®>); ifosfamida (IFEX<®>); prednumustina; procarbazina (Matulane<®>); mecloretamina (también conocida como mostaza de nitrógeno, mustina y clorhidrato de mecloroetamina, Mustargen<®>); estreptozocina (Zanosar<®>); tiotepa (también conocida como tiofosfoamida, TESPA y TSPA, Thioplex<®>); ciclofosfamida (Endoxan<®>, Cytoxan<®>, Neosar<®>, Procytox<®>, Revimmune<®>); HCl de bendamustina (Treanda<®>) y combinaciones de los mismos.
[0847] Los inhibidores de mTOR a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, temsirolimus; ridaforolimus (anteriormente conocido como deferolimus, dimetilfosfinato de (1R,2R,4S)-4-[(2R)-2 [(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R, 23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)-1,18-dihidroxi-19,30-dimetoxi-15,17,21,23,29,35-hexametil-2,3,10,14,20-pentaoxo-11,36-dioxa-4-azatriciclo[30.3.1.0<4,9>]hexatriaconta-16,24,26,28-tetraen-12-il]propil]-2-metoxiciclohexilo, también conocido como AP23573 y MK8669, y descrito en la publicación PCT n.º WO 03/064383); everolimus (Afinitor<®>o RAD001); rapamicina (AY22989, Sirolimus<®>); simapimod (CAS 164301-51-3); emsirolimus, (5-{2,4-Bis[(3S)-3-metilmorfolin-4-il]pirido[2,3-d]pirimidin-7-il}-2-metoxifenil)metanol (AZD8055); 2-amino-8-[trans-4-(2-hidroxietoxi)ciclohexil]-6-(6-metoxi-3-piridinil)-4-metil-pirido[2,3-d]pirimidin-7(8H)-ona (PF04691502, CAS 1013101-36-4) y N<2>-[1,4-dioxo-4-[[4-(4-oxo-8-fenil-4H-1-benzopiran-2-il)morfolinio-4-il]metoxi]butil]-L-arginilglicil-L-α-aspartil-L-serina-, sal interna (SF1126, CAS 936487-67-1) (SEQ ID NO: 337), XL765 y combinaciones de los mismos.
[0849] Los inmunomoduladores a modo de ejemplo incluyen, por sin limitación, afutuzumab (disponible a través de Roche<®>); pegfilgrastim (Neulasta<®>); lenalidomida (CC-5013, Revlimid<®>); talidomida (Thalomid<®>), actimid (CC4047); IRX-2 (mezcla de citocinas humanas que incluyen interleucina 1, interleucina 2 e interferón y, CAS 951209-71-5, disponible de IRX Therapeutics) y combinaciones de los mismos.
[0850] Las antraciclinas a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, la doxorrubicina (Adriamycin<®>y Rubex<®>); bleomicina (Ienoxane<®>); daunorrubicina (clorhidrato de daunorrubicina, daunomicina y clorhidrato de rubidomicina, Cerubidine<®>); daunorrubicina liposomal (liposoma de citrato de daunorrubicina, DaunoXome<®>); mitoxantrona (DHAD, Novantrone<®>); epirubicina (Ellence™); idarubicina (Idamycin<®>, Idamycin PFS<®>); mitomicina C (Mutamycin<®>); geldanamicina; herbimicina; ravidomicina; desacetilravidomicina y combinaciones de los mismos.
[0852] Los alcaloides de la vinca a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, tartrato de vinorelbina (Navelbine<®>), vincristina (Oncovin<®>), vindesina (Eldisine<®>); vinblastina (también conocida como sulfato de vinblastina, vincaleucoblastina y VLB, Alkaban-AQ<®>y Velban<®>); vinorelbina (Navelbine<®>) y combinaciones de los mismos.
[0854] Los inhibidores del proteasoma a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, bortezomib (Velcade<®>); carfilzomib (PX-171-007, (S)-4-metil-N-((S)-1-(((S)-4-metil-1-((R)-2-metiloxiran-2-il)-1-oxopentan-2-il)amino)-1-oxo-3-fenilpropan-2-il)-2-((S)-2-(2-morfolinoacetamido)-4-fenilbutanamido)pentanamida); marizomib (NPI-0052); citrato de ixazomib (MLN-9708); delanzomib (CEP-18770);O-metil-N-[(2-metil-5-tiazolil)carbonil]-L-seril-O-metil-N-[(1S)-2-[(2R)-2-metil-2-oxiranil]-2-oxo-1-(fenilmetil)etil]-L-serinamida (ONX-0912) y combinaciones de los mismos.
[0856] Los agonistas de GITR a modo de ejemplo incluyen, sin limitación, proteínas de fusión de GITR y anticuerpos anti-GITR (por ejemplo, anticuerpos anti-GITR bivalentes), tales como, por ejemplo, una proteína de fusión de GITR descrita en la patente de EE. UU. n.º: 6.111.090, patente europea n.º: 090505B1, patente de EE. UU. n.º: 8.586.023, publicación PCT n.º: WO 2010/003118 y 2011/090754, o un anticuerpo anti-GITR descrito, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.º: 7.025.962, patente europea n.º: 1947183B1, patente de EE. UU. n.º: 7.812.135, patente de EE. UU. n.º: 8.388.967, patente de EE. UU. n.º: 8.591.886, patente europea n.º: EP 1866339, publicación PCT n.º: WO 2011/028683, publicación PCT n.º: WO 2013/039954, publicación PCT n.º: WO2005/007190, publicación PCT n.º: WO 2007/133822, publicación PCT n.º: WO2005/055808, publicación PCT n.º: WO 99/40196, publicación PCT n.º: WO 2001/03720, publicación PCT n.º: WO99/20758, publicación PCT n.º: WO2006/083289, publicación PCT n.º: WO 2005/115451, patente de EE. UU. n.º: 7.618.632, y publicación PCT n.º: WO 2011/051726.
[0858] En una realización, una célula que expresa CAR descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, una célula que expresa CAR para CD19 (linfocito T), por ejemplo, CTL019 se administra a un sujeto, por ejemplo, un sujeto identificado usando los métodos divulgados en el presente documento, en combinación con un inhibidor de mTOR descrito en el presente documento, por ejemplo, una diana de la vía de señalización de la rapamicina, tal como RAD001. En una realización, el inhibidor de mTOR se administra antes que la célula que expresa CAR. Por ejemplo, en una realización, el inhibidor de mTOR se puede administrar antes de la aféresis de las células. En una realización, el sujeto padece cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA o LLC). En una realización, el sujeto padece LLA. En una realización, el sujeto padece LLC.
[0860] En una realización, una célula que expresa CAR descrita en el presente documento, tal como, por ejemplo, una célula que expresa CAR para CD19 (linfocito T), por ejemplo, CTL019, se administra a un sujeto, por ejemplo, un sujeto identificado usando los métodos divulgados en el presente documento, en combinación con un agonista de GITR, por ejemplo, un agonista de GITR descrito en el presente documento. En una realización, el agonista de GITR se administra antes que la célula que expresa CAR. Por ejemplo, en una realización, el agonista de GITR se puede administrar antes de la aféresis de las células. En una realización, el sujeto padece cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA o LLC). En una realización, el sujeto padece LLA. En una realización, el sujeto padece LLC.
[0862] En realizaciones, al sujeto se le administra un agente adicional (en combinación adicional con una célula que expresa CAR y opcionalmente una terapia para tratar SLC), donde el agente adicional es un inhibidor de una molécula inhibidora, por ejemplo, molécula de punto de control, por ejemplo, PD-1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 o CD270), KIR, A2aR, MHC clase I, MHC clase II, GAL9, adenosina o TGF (por ejemplo, TGF beta). En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de PD-L1, por ejemplo, FAZ053 (un anticuerpo monoclonal anti-PD-L1 humanizado con hIgG4), MPDL3280A, durvalumab (DEMI-4736), avelumab (MSB-0010718C) o BMS-936559. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor adicional de PD-1, por ejemplo, pembrolizumab, nivolumab, PDR001, MEDI-0680 (AMP-514), AMP-224, REGN-2810 o BGB-A317. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de CTLA-4, por ejemplo, ipilimumab. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de LAG-3, por ejemplo, LAG525 (un anticuerpo monoclonal hIgG4 anti-LAG-3 humanizado). En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de TIM-3, por ejemplo, MBG453 (un anticuerpo monoclonal hIgG4 anti-TIM-3 humanizado). En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de la enzima, B-Raf, por ejemplo, dabrafenib (GSK2118436;N-{3-[5-(2-aminopirimidin-4-il)-2-terc-butil-1,3-tiazol-4-il]-2-fluorofenil}-2,6-difluorobencenosulfonamida). En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de MEK1 y/o MEK2, por ejemplo, trametinib (N-(3-{3-ciclopropil-5-[(2-fluoro-4-yodofenil)amino]-6,8-dimetil-2,4,7-trioxo-3,4,6,7-tetrahidropirido[4,3-d]pirimidin-1(2H)-il}fenil)acetamida). En realizaciones, el agente adicional comprende dabrafenib y trametinib. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de GITR, por ejemplo, GWN323. En realizaciones, el agente adicional es un agonista de STING (estimulador de genes de interferón), por ejemplo, MIW815. En realizaciones, el agente adicional es un agonista de IL-15, por ejemplo, NIZ985. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor del receptor de adenosina, por ejemplo, NIR178. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor del factor estimulante de colonias de macrófagos (CSF-1), por ejemplo, MCS110. En otras realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de cMet, por ejemplo, INC280. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de porcupina (PORCN), por ejemplo, WNT974. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de histona desacetilasa, por ejemplo, panobinost. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de mTOR, por ejemplo, everolimus. En realizaciones, el agente adicional es un segundo mimético de activador derivado de mitocondrias de caspasas (SMAC) y/o un inhibidor de la familia de proteínas IAP (proteína inhibidora de la apoptosis), por ejemplo, LCL161. En realizaciones, el agente adicional es un receptor inhibidor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR), por ejemplo, EGF816. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de IL-17, por ejemplo, CJM112. En realizaciones, el agente adicional es un inhibidor de IL-1beta, por ejemplo, ILARIS.
[0863] Inhibidor de cinasas
[0864] En una realización, una célula que expresa CAR descrita en el presente documento puede usarse en un régimen de tratamiento en combinación con un inhibidor de cinasas, por ejemplo, un inhibidor de CDK4, un inhibidor de BTK, un inhibidor de MNK, un inhibidor de mTOR, un inhibidor de ITK, etc.
[0865] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de CDK4, por ejemplo, un inhibidor de CDK4 descrito en el presente documento, por ejemplo, un inhibidor de CDK4/6, tal como, por ejemplo, el clorhidrato de 6-acetil-8-ciclopentil-5-metil-2-(5-piperazin-1-ilpiridin-2-ilamino)-8H-pirido[2,3-d]pirimidin-7-ona (también denominado palbociclib o PD0332991). En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de BTK, por ejemplo, un inhibidor de BTK descrito en este documento, tal como, por ejemplo, ibrutinib. En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de mTOR, por ejemplo, un inhibidor de mTOR descrito en este documento, tal como, por ejemplo, rapamicina, un análogo de rapamicina, OSI-027. El inhibidor de mTOR puede ser, por ejemplo, un inhibidor de mTORC1 y/o un inhibidor de mTORC2, por ejemplo, un inhibidor de mTORC1 y/o un inhibidor de mTORC2 descritos en este documento. En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de MNK, por ejemplo, un inhibidor de MNK descrito en el presente documento, tal como, por ejemplo, 4-amino-5-(4-fluoroanilino)pirazolo[3,4-d]pirimidina. El inhibidor de MNK puede ser, por ejemplo, un inhibidor de MNK1a, MNK1b, MNK2a y/o MNK2b.
[0866] En una realización el inhibidor de cinasas es un inhibidor de CDK4 seleccionado de aloisina A; flavopiridol o HMR-1275, 2-(2-clorofenil)-5,7-dihidroxi-8-[(3S,4R)-3-hidroxi-1-metil-4-piperidinil]-4-cromenona; crizotinib (PF-02341066; clorhidrato de 2-(2-clorofenil)-5,7-dihidroxi-8-[(2R,3S)-2-(hidroximetil)-1-metil-3-pirrolidinil]-4H-1-benzopiran-4-ona (P276-00); 1-metil-5-[[2-[5-(trifluorometil)-1H-imidazol-2-il]-4-piridinil]oxi]-N-[4-(trifluorometil)fenil]-1H-bencimidazol-2-amina (RAF265); indisulam (E7070); roscovitina (CYC202); palbociclib (PD0332991); dinaciclib (SCH727965); N-[5-[[(5-terc-butiloxazol-2-il)metil]tio]tiazol-2-il]piperidina-4-carboxamida (BMS 387032); ácido 4-[[9-cloro-7-(2,6-difluorofenil)-5H-pirimido[5,4-d][2]benzazepin-2-il]amino]-benzoico (MLN8054); 5-[3-(4,6-difluoro-1H-bencimidazol-2-il)-1H-indazol-5-il]-N-etil-4-metil-3-piridinametanamina (AG-024322); N-(piperidin-4-il)amida del ácido 4-(2,6-diclorobenzoilamino)-1H-pirazol-3-carboxílico (AT7519); 4-[2-metil-1-(1-metiletil)-1H-imidazol-5-il]-N-[4-(metilsulfonil)fenil]-2-pirimidinamina (AZD5438); y XL281 (BMS908662).
[0867] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de CDK4, por ejemplo, palbociclib (PD0332991), y el palbociclib se administra en una dosis de aproximadamente 50 mg, 60 mg, 70 mg, 75 mg, 80 mg, 90 mg, 100 mg, 105 mg, 110 mg, 115 mg, 120 mg, 125 mg, 130 mg, 135 mg (por ejemplo, 75 mg, 100 mg o 125 mg) al día durante un periodo de tiempo, por ejemplo, diariamente durante 14-21 días de un ciclo de 28 días, o diariamente durante 7-12 días de un ciclo de 21 días. En una realización, se administran 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o más ciclos de palbociclib.
[0868] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de BTK seleccionado de ibrutinib (PCI-32765); GDC-0834; RN-486; CGI-560; CGI-1764; HM-71224; CC-292; ONO-4059; CNX-774; y LFM-A13.
[0869] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de BTK, por ejemplo, ibrutinib (PCI-32765), y el ibrutinib se administra en una dosis de aproximadamente 2250 mg, 300 mg, 350 mg, 400 mg, 420 mg, 440 mg, 460 mg, 480 mg, 500 mg, 520 mg, 540 mg, 560 mg, 580 mg, 600 mg (por ejemplo, 250 mg, 420 mg o 560 mg) diariamente durante un periodo de tiempo, por ejemplo, diariamente durante un ciclo de 21 días o diariamente durante un ciclo de 28 días. En una realización, se administran 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o más ciclos de ibrutinib.
[0870] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de mTOR seleccionado de temsirolimus; ridaforolimus dimetilfosfinato de(1R,2R,4S)-4-[(2R)-2 [(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R,23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)-1,18-dihidroxi-19,30-dimetoxi-15,17,21,23,29,35-hexametil-2,3,10,14,20-pentaoxo-11,36-dioxa-4-azatriciclo[30.3.1.0<4,9>] hexatriaconta-16,24,26,28-tetraen-12-il]propil]-2-metoxiciclohexilo, también conocido como AP23573 y MK8669; everolimus (RAD001); rapamicina (AY22989); simapimod; (5-{2,4-bis[(3S)-3-metilmorfolin-4-il]pirido[2,3-d]pirimidin-7-il}-2-metoxifenil)metanol (AZD8055); 2-amino-8-[trans-4-(2-hidroxietoxi)ciclohexil]-6-(6-metoxi-3-piridinil)-4-metil-pirido[2,3-d]pirimidin-7(8H)-ona (PF04691502); yN2
-[1,4-dioxo-4-[[4-(4-oxo-8-fenil-4H-1-benzopiran-2-il)morfolinio-4-il]metoxi]butil]-L-arginilglicil-L-α-aspartil-L-serina-, sal interna (SF1126) (SEQ ID NO: 337); y XL765.
[0871] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de mTOR, por ejemplo, rapamicina, y la rapamicina se administra en una dosis de aproximadamente 3 mg, 4 mg, 5 mg, 6 mg, 7 mg, 8 mg, 9 mg, 10 mg (por ejemplo, 6 mg) diariamente durante un periodo de tiempo, por ejemplo, diariamente durante un ciclo de 21 días o diariamente durante un ciclo de 28 días. En una realización, se administran 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o más ciclos de rapamicina. En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de mTOR, por ejemplo, everolimus y el everolimus se administra en una dosis de aproximadamente 2 mg, 2,5 mg, 3 mg, 4 mg, 5 mg, 6 mg, 7 mg, 8 mg, 9 mg, 10 mg, 11 mg, 12 mg, 13 mg, 14 mg, 15 mg (por ejemplo, 10 mg) diariamente durante un periodo de tiempo, por ejemplo, diariamente durante un ciclo de 28 días. En una realización, se administran 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o más ciclos de everolimus.
[0872] En una realización, el inhibidor de cinasas es un inhibidor de MNK seleccionado de CGP052088; 4-amino-3-(pfluorofenilamino)pirazolo[3,4-d]pirimidina (CGP57380); cercosporamida; ETC-1780445-2; y 4-amino-5-(4-fluoroanilino)pirazolo[3,4-d]pirimidina.
[0873] Combinación con una dosis baja, de potenciación inmunitaria, de un inhibidor de mTOR
[0874] Los métodos descritos en el presente documento usan dosis bajas, de potenciación inmunitaria, de inhibidores de mTOR, por ejemplo, inhibidores de mTOR alostéricos, incluidos rapálogos tales como RAD001. La administración de una dosis baja, de potenciación inmunitaria, de un inhibidor de mTOR (por ejemplo, una dosis que es insuficiente para suprimir completamente el sistema inmunitario, pero suficiente para mejorar la función inmunitaria) puede optimizar el rendimiento de las células efectoras inmunitarias, por ejemplo, linfocitos T o células que expresan CAR, en el sujeto. En la solicitud de patente de EE. UU. n.º 2015/0140036 se describen métodos para medir la inhibición de mTOR, dosis, pautas de tratamiento y composiciones farmacéuticas adecuadas.
[0875] Inhibidores de moléculas inhibidoras/inhibidores del punto de control
[0876] En una realización, al sujeto se le puede administrar un agente que potencia la actividad de una célula que expresa CAR. Por ejemplo, en una realización, el agente puede ser un agente que inhibe una molécula del punto de control. Las moléculas del punto de control, por ejemplo, muerte programada 1 (PD1), pueden, en algunas realizaciones, disminuir la capacidad de una célula que expresa CAR de organizar una respuesta efectora inmunitaria. Los ejemplos de moléculas del punto de control incluyen PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4 y TGF (por ejemplo, TGF beta).
[0877] Los métodos descritos en el presente documento pueden incluir la administración de una célula que expresa CAR en combinación con un inhibidor del punto de control. En algunas realizaciones, el inhibidor del punto de control se administra antes de la célula que expresa CAR, por ejemplo, dos semanas, 12 días, 10 días, 8 días, una semana, 6 días, 5 días, 4 días, 3 días, 2 días o 1 día antes de la administración de la célula que expresa CAR. En algunas realizaciones, el inhibidor del punto de control se administra simultáneamente con la célula que expresa CAR.
[0878] La inhibición de una molécula del punto de control, por ejemplo mediante inhibición del nivel de ADN, ARN o proteína, puede optimizar el rendimiento de células que expresan CAR. En realizaciones, un ácido nucleico inhibidor, por ejemplo, un ácido nucleico inhibidor, por ejemplo, un ARNdc, por ejemplo, un ARNip o ARNsh, puede utilizarse para inhibir la expresión de una molécula inhibidora en la célula que expresa CAR. En una realización, el inhibidor es un ARNhc. En una realización, la molécula del punto de control es inhibida dentro de una célula que expresa CAR. En estas realizaciones, una molécula de ARNbc que inhibe la expresión de la molécula del punto de control está ligada al ácido nucleico que codifica un componente, por ejemplo, todos los componentes, del CAR. En una realización, el inhibidor de una señal inhibidora puede ser, por ejemplo, un anticuerpo o fragmento de anticuerpo que se une a una molécula del punto de control. Por ejemplo, el agente puede ser un anticuerpo o un fragmento de anticuerpo que se une a PD1, PD-L1, PD-L2 o CTLA4 (por ejemplo, ipilimumab (al que también se hace referencia como MDX-010 y MDX-101, y comercializado como Yervoy<®>; Bristol-Myers Squibb; Tremelimumab (anticuerpo monoclonal IgG2 disponible de Pfizer, conocido anteriormente como ticilimumab, CP-675,206)). En una realización, el agente es un anticuerpo o fragmento de anticuerpo que se une a TIM3. En una realización, el agente es un anticuerpo o fragmento de anticuerpo que se une a LAG3. En una realización, el agente es un anticuerpo o fragmento de anticuerpo que se une a CEACAM.
[0879] PD1 es un miembro inhibidor de la familia de receptores CD28 que también incluye CD28, CTLA-4, ICOS y BTLA. PD1 se expresa en linfocitos B activados, linfocitos T y células mieloides (Agata et al.1996 INT. IMMUNOL 8:765-75). Se ha mostrado que dos ligandos para PD1, PD-L1 y PD-L2, regulan por disminución la activación de linfocitos T tras unirse a PD1 (Freeman et a.2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al.2001 NAT IMMUNOL 2:261-8; Carter et al.2002 EUR J IMMUNOL 32:634-43). PD-L1 es abundante en cánceres humanos (Dong et al.2003 J MOL MED 81:281-7; Blank et al.
[0880] 2005 CANCER IMMUNOL. IMMUNOTHER. 54:307-314; Konishi et al. 2004 CLIN CANCER RES 10:5094). La inmunosupresión se puede revertir inhibiendo la interacción local de PD1 con PD-L1. Están disponibles en la técnica anticuerpos, fragmentos de anticuerpo y otros inhibidores de PD1, PD-L1 y PD-L2, y se pueden usar combinados con un CAR CD19 descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR para CD19 descrito en el presente documento. Por ejemplo, nivolumab (al que también se hace referencia como BMS-936558 o MDX1106; Bristol-Myers Squibb) es un anticuerpo monoclonal IgG4 completamente humano que bloquea específicamente PD1. Nivolumab (clon 5C4) y otros anticuerpos monoclonales humanos que se unen específicamente a PD1 se divulgan en los documentos de patente US 8.008.449 y WO2006/121168. Pidilizumab (CT-011; Cure Tech) es un anticuerpo monoclonal IgG1k humanizado que se une a PD1. Pidilizumab y otros anticuerpos monoclonales anti-PD1 humanizados se divulgan en el documento de patente WO2009/101611. Lambrolizumab (al que también se hace referencia como MK03475; Merck) es un anticuerpo monoclonal IgG4 humanizado que se une a PD1. Lambrolizumab y otros anticuerpos anti-PD1 humanizados se divulgan en los documentos de patente US 8.354.509 y WO2009/114335. MDPL3280A (Genentech / Roche) es un anticuerpo monoclonal IgG1 optimizado para Fc humano que se une a PD-L1. MDPL3280A y otros anticuerpos monoclonales humanos contra PD-L1 se divulgan en la patente de EE. UU. n.º: 7.943.743 y publicación de EE. UU. n.º: 20120039906. Otros agentes de unión anti-PD-L1 incluyen YW243.55.S70 (las regiones variables de la cadena pesada y ligera se muestran en SEQ ID NO 20 y 21 en el documento de patente WO2010/077634) y MDX-1105 (al que también se hace referencia como BMS-936559, y, por ejemplo, agentes de unión anti-PD-L1 divulgados en el documento de patente WO2007/005874). AMP-224 (B7-DCIg; Amplimmune; por ejemplo, divulgado en los documentos de patente WO2010/027827 y WO2011/066342), es un receptor soluble de fusión de PD-L2 Fc que bloquea la interacción entre PD1 y B7-H1. Otros anticuerpos anti-PD1 incluyen AMP 514 (Amplimmune), entre otros, por ejemplo, anticuerpos anti-PD1 divulgados en los documentos de patente US 8.609.089, US 2010028330 y/o US 20120114649.
[0882] En una realización, el anticuerpo anti-PD-1 o fragmento del mismo es una molécula de anticuerpo anti-PD-1 como se describe en el documento de patente US2015/0210769, titulado "Antibody Molecules to PD-1 and Uses Thereof". En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 incluye al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis CDR (o colectivamente todas las CDR) de una región variable de cadena pesada y ligera de un anticuerpo elegido de cualquiera de BAP049-hum01, BAP049-hum02, BAP049-hum03, BAP049-hum04, BAP049-hum05, BAP049-hum06, BAP049-hum07, BAP049-hum08, BAP049-hum09, BAP049-hum10, BAP049-hum11, BAP049-hum12, BAP049-hum13, BAP049-hum14, BAP049-hum15, BAP049-hum16, BAP049-Clon-A, BAP049-Clon-B, BAP049-Clon-C, BAP049-Clon-D o BAP049-Clon-E; o como se describe en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769, o codificado por la secuencia de nucleótidos en la Tabla 1; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idénticas) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente, o CDR estrechamente relacionadas, por ejemplo, CDR que son idénticas o que tienen al menos una alteración de aminoácidos, pero no más de dos, tres o cuatro alteraciones (por ejemplo, sustituciones, deleciones o inserciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras).
[0884] En otra realización más, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 comprende al menos una, dos, tres o cuatro regiones variables de un anticuerpo descrito en el presente documento, por ejemplo, un anticuerpo elegido de cualquiera de BAP049-hum01, BAP049-hum02, BAP049-hum03, BAP049-hum04, BAP049-hum05, BAP049-hum06, BAP049-hum07, BAP049-hum08, BAP049-hum09, BAP049-hum10, BAP049-hum11, BAP049-hum12, BAP049-hum13, BAP049-hum14, BAP049-hum15, BAP049-hum16, BAP049-Clon-A, BAP049-Clon-B, BAP049-Clon-C, BAP049-Clon-D o BAP049-Clon-E; o como se describe en la Tabla 1, o codificado por la secuencia de nucleótidos en la Tabla 1; o como se describe en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769; o codificado por la secuencia de nucleótidos en la Tabla 1; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idéntica) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente.
[0886] En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 incluye:
[0887] (a) una región variable de cadena pesada (VH) que comprende una secuencia de aminoácidos VHCDR1 de SEQ ID NO: 4, una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 5 y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3; y una región variable de cadena ligera (VL) que comprende una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 13, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 14 y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 33, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769;
[0888] (b) una VH que comprende una secuencia de aminoácidos VHCDR1 elegida de SEQ ID NO: 1, una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 2 y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3; y una VL que comprende una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 10, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 11 y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 32, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769;
[0889] (c) una VH que comprende una secuencia de aminoácidos VHCDR1 de SEQ ID NO: 224, una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 5 y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3; y una VL que comprende una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 13, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 14 y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 33, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769; o
[0890] (d) una VH que comprende una secuencia de aminoácidos VHCDR1 de SEQ ID NO: 224, una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 2 y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3; y una VL que comprende una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 10, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 11 y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 32, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769.
[0892] En las combinaciones que figuran a continuación en el presente documento, en otra realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 comprende (i) una región variable de cadena pesada (VH) que comprende una secuencia de aminoácidos VHCDR1 elegida de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4 o SEQ ID NO: 224; una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 2 o SEQ ID NO: 5; y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3; y (ii) una región variable de cadena ligera (VL) que comprende una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 10 o SEQ ID NO: 13, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 11 o SEQ ID NO: 14, y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 32 o SEQ ID NO: 33, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0210769.
[0893] En ciertas realizaciones, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra por inyección (por ejemplo, por vía subcutánea o intravenosa) en una dosis de aproximadamente 1 a 30 mg/kg, por ejemplo, de aproximadamente 5 a 25 mg/kg, de aproximadamente 10 a 20 mg/kg, de aproximadamente 1 a 5 mg/kg o de aproximadamente 3 mg/kg. La pauta posológica puede variar, por ejemplo, de una vez a la semana a una vez cada 2, 3 o 4 semanas. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 1 a 20 mg/kg en semanas alternas.
[0894] En algunas realizaciones, la dosis de un inhibidor de PD-1, por ejemplo, una molécula de anticuerpo anti-PD-1, es una dosis fija. En algunas realizaciones, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra por inyección (por ejemplo, por vía subcutánea o intravenosa) en una dosis (por ejemplo, una dosis fija) de aproximadamente 200 mg a 500 mg, por ejemplo, de aproximadamente 250 mg a 450 mg, de aproximadamente 300 mg a 400 mg, de aproximadamente 250 mg a 350 mg, de aproximadamente 350 mg a 450 mg, o de aproximadamente 300 mg o de aproximadamente 400 mg. La pauta posológica (por ejemplo, pauta posológica fija) puede variar de, por ejemplo, una vez a la semana a una vez cada 2, 3, 4, 5 o 6 semanas. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 300 mg a 400 mg una vez cada tres semanas o una vez cada cuatro semanas. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 300 mg una vez cada tres semanas. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 400 mg una vez cada cuatro semanas, por ejemplo, mediante infusión i.v. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 300 mg una vez cada cuatro semanas, por ejemplo, mediante infusión i.v. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-1 se administra en una dosis de aproximadamente 400 mg una vez cada tres semanas por ejemplo, mediante infusión i.v.
[0895] En otra realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 incluye al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis CDR (o colectivamente todas las CDR) de una región variable de cadena pesada y ligera de cualquiera de BAP058-hum01, BAP058-hum02, BAP058-hum03, BAP058-hum04, BAP058-hum05, BAP058-hum06, BAP058-hum07, BAP058-hum08, BAP058-hum09, BAP058-hum10, BAP058-hum11, BAP058-hum12, BAP058-hum13, BAP058-hum14, BAP058-hum15, BAP058-hum16, BAP058-hum17, BAP058-Clon-K, BAP058-Clon-L, BAP058-Clon-M, BAP058-Clon-N o BAP058-Clon-O; o como se describe en la Tabla 1, o codificado por una secuencia de nucleótidos mostrada en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123. En una realización, una o más de las CDR (o colectivamente todas las CDR) tienen uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis o más cambios, por ejemplo, sustituciones o deleciones de aminoácidos, respecto a la secuencia de aminoácidos mostrada en la Tabla 1, o están codificadas por una secuencia de nucleótidos mostrada en la Tabla 1.
[0896] En otra realización más, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 incluye al menos uno o dos dominios variables de cadena pesada (que incluyen opcionalmente una región constante), al menos uno o dos dominios variables de cadena ligera (que incluyen opcionalmente una región constante), o ambos, que comprenden la secuencia de aminoácidos de cualquiera de BAP058-hum01, BAP058-hum02, BAP058-hum03, BAP058-hum04, BAP058-hum05, BAP058-hum06, BAP058-hum07, BAP058-hum08, BAP058-hum09, BAP058-hum10, BAP058-hum11, BAP058-hum12, BAP058-hum13, BAP058-hum14, BAP058-hum15, BAP058-hum16, BAP058-hum17, BAP058-Clon-K, BAP058-Clon-L, BAP058-Clon-M, BAP058-Clon-N o BAP058-Clon-O; o como se describe en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123, o está codificada por la secuencia de nucleótidos en la Tabla 1; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idéntica) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente. En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 incluye:
[0897] (i) una región variable de cadena pesada (VH) que incluye una secuencia de aminoácidos VHCDR1 elegida de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4 o SEQ ID NO: 195; una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 2; y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123; y
[0898] (ii) una región variable de cadena ligera (VL) que incluye una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 9, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 10 y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 11, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123.
[0899] En otra realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 incluye:
[0900] (i) una región variable de cadena pesada (VH) que incluye una secuencia de aminoácidos VHCDR1 elegida de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4 o SEQ ID NO: 195; una secuencia de aminoácidos VHCDR2 de SEQ ID NO: 5 y una secuencia de aminoácidos VHCDR3 de SEQ ID NO: 3, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123; y
[0901] (ii) una región variable de cadena ligera (VL) que incluye una secuencia de aminoácidos VLCDR1 de SEQ ID NO: 12, una secuencia de aminoácidos VLCDR2 de SEQ ID NO: 13 y una secuencia de aminoácidos VLCDR3 de SEQ ID NO: 14, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123.
[0902] En una realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 comprende la secuencia de aminoácidos VHCDR1 de SEQ ID NO: 1. En otra realización, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 comprende la secuencia de aminoácidos VHCDR1 de SEQ ID NO: 4. En otra realización más, la molécula de anticuerpo anti-PD-L1 comprende la secuencia de aminoácidos VHCDR1 de SEQ ID NO: 195, cada una divulgada en la Tabla 1 del documento de patente US-2016/0108123.
[0903] TIM3 (inmunoglobulina-3 de linfocitos T) también regula de manera negativa la función de los linfocitos T, particularmente en linfocitos T1 citotóxicos CD8+ y T1 auxiliares CD4+ que secretan IFN-g, y desempeña una función crucial en el agotamiento de los linfocitos T. La inhibición de la interacción entre TIM3 y sus ligandos, por ejemplo, galectina-9 (Gal9), fosfatidilserina (PS) y HMGB1, puede incrementar la respuesta inmunitaria. Están disponibles en la técnica anticuerpos, fragmentos de anticuerpos y otros inhibidores de TIM3 y sus ligandos, y se pueden usar combinados con un CAR para CD19 descrito en el presente documento. Por ejemplo, los anticuerpos, fragmentos de anticuerpos, moléculas pequeñas o inhibidores peptídicos que se dirigen a TIM3 se unen al dominio IgV de TIM3 para inhibir la interacción con sus ligandos. Los anticuerpos y péptidos que inhiben TIM3 se divulgan en los documentos de patente WO2013/006490 y US20100247521. Otros anticuerpos anti-TIM3 incluyen versiones humanizadas de RMT3-23 (divulgadas en Ngiow et al., 2011, Cancer Res, 71:3540-3551) y el clon 8B.2C12 (divulgado en Monney et al., 2002, Nature, 415:536-541). En el documento de patente US20130156774 se divulgan anticuerpos biespecíficos que inhiben TIM3 y PD-1.
[0905] En una realización, el anticuerpo anti-TIM3 o fragmento del mismo es una molécula de anticuerpo anti-TIM3 como se describe en el documento de patente US2015/0218274, titulado "Antibody Molecules to TIM3 and Uses Thereof". En una realización, la molécula de anticuerpo anti-TIM3 incluye al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis CDR (o colectivamente todas las CDR) de una región variable de la cadena pesada y ligera de un anticuerpo elegido de cualquiera de ABTIM3, ABTIM3-hum01, ABTIM3-hum02, ABTIM3-hum03, ABTIM3-hum04, ABTIM3-hum05, ABTIM3-hum06, ABTIM3-hum07, ABTIM3-hum08, ABTIM3-hum09, ABTIM3-hum10, ABTIM3-hum11, ABTIM3-hum12, ABTIM3-hum13, ABTIM3-hum14, ABTIM3-hum15, ABTIM3-hum16, ABTIM3-hum17, ABTIM3-hum18, ABTIM3-hum19, ABTIM3-hum20, ABTIM3-hum21, ABTIM3-hum22, ABTIM3-hum23; o como se describe en las Tablas 1-4 del documento de patente US 2015/0218274; o codificada por la secuencia de nucleótidos de las Tablas 1-4; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idéntica) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente, o CDR estrechamente relacionadas, por ejemplo, CDR que son idénticas o que tienen al menos una alteración aminoacídica, pero no más de dos, tres o cuatro alteraciones (por ejemplo, sustituciones, deleciones o inserciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras).
[0907] En otra realización más, la molécula de anticuerpo anti-TIM3 comprende al menos una, dos, tres o cuatro regiones variables de un anticuerpo descrito en el presente documento, por ejemplo, un anticuerpo elegido de cualquiera de ABTIM3, ABTIM3-hum01, ABTIM3-hum02, ABTIM3-hum03, ABTIM3-hum04, ABTIM3-hum05, ABTIM3-hum06, ABTIM3-hum07, ABTIM3-hum08, ABTIM3-hum09, ABTIM3-hum10, ABTIM3-hum11, ABTIM3-hum12, ABTIM3-hum13, ABTIM3-hum14, ABTIM3-hum15, ABTIM3-hum16, ABTIM3-hum17, ABTIM3-hum18, ABTIM3-hum19, ABTIM3-hum20, ABTIM3-hum21, ABTIM3-hum22, ABTIM3-hum23; o como se describe en las Tablas 1-4 del documento de patente US 2015/0218274; o está codificada por la secuencia de nucleótidos en las Tablas 1-4; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idéntica) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente.
[0909] En otras realizaciones, el agente que potencia la actividad de una célula que expresa CAR es un inhibidor de CEACAM (por ejemplo, un inhibidor de CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5). En una realización, el inhibidor de CEACAM es una molécula de anticuerpo anti-CEACAM. Se describen anticuerpos anti-CEACAM-1 a modo de ejemplo en los documentos de patente WO 2010/125571, WO 2013/082366 WO 2014/059251 y WO 2014/022332, por ejemplo, un anticuerpo monoclonal 34B1, 26H7 y 5F4; o una forma recombinante de los mismos, como se describe, por ejemplo, en los documentos de patente US 2004/0047858, US 7.132.255 y WO 99/052552. En otras realizaciones, el anticuerpo anti-CEACAM se une a CEACAM-5 como se describe, por ejemplo, en Zheng et al. PLoS One.2 de septiembre de 2010;5(9). pii: e12529 (DOI:10:1371/journal.pone.0021146), o presenta reactividad cruzada con CEACAM-1 y CEACAM-5 como se describe en, por ejemplo, los documentos de patente WO 2013/054331 y US 2014/0271618.
[0911] Sin desear quedar ligado a teoría, se cree que las moléculas de adhesión celular relacionadas con el antígeno carcinoembrionario (CEACAM), tales como CEACAM-1 y CEACAM-5, median, al menos en parte, en la inhibición de la respuesta inmunitaria antitumoral (véase, por ejemplo, Markel et al. J Immunol.2002 Mar 15;168(6):2803-10; Markel et al. J Immunol.1 de noviembre de 2006;177(9):6062-71; Markel et al. Immunology. febrero de 2009;126(2):186-200; Markel et al. Cancer Immunol Immunother. febrero de 2010;59(2):215-30; Ortenberg et al. Mol Cancer Ther. junio de 2012;11(6):1300-10; Stern et al. J Immunol.1 de junio de 2005;174(11):6692-701; Zheng et al. PLoS One.2 de septiembre de 2010;5(9). pii: e12529). Por ejemplo, se ha descrito CEACAM-1 como un ligando heterófilo para TIM-3 y que desempeña una función en la tolerancia y el agotamiento de los linfocitos T mediada por TIM-3 (véanse, por ejemplo, el documento de patente WO 2014/022332; Huang, et al. (2014) Nature doi:10.1038/nature13848). En realizaciones, se ha mostrado que el bloqueo conjunto de CEACAM-1 y TIM-3 potencia una respuesta inmunitaria antitumoral en modelos de xenoinjerto de cáncer colorrectal (véanse, por ejemplo, el documento de patente WO 2014/022332; Huang,et al.(2014), mencionado anteriormente). En otras realizaciones, el bloqueo conjunto de CEACAM-1 y PD-1 reduce la tolerancia de los linfocitos T como se describe, por ejemplo, en el documento de patente WO 2014/059251. Por lo tanto, se pueden usar inhibidores de CEACAM con los otros inmunomoduladores descritos en el presente documento (por ejemplo, inhibidores anti-PD-1 y/o anti-TIM-3) para potenciar la respuesta inmunitaria contra un cáncer, por ejemplo, un melanoma, un cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), un cáncer de vejiga, un cáncer de colon, un cáncer ovárico y otros cánceres como se describe en el presente documento.
[0913] LAG3 (gen 3 de activación de linfocitos o CD223) es una molécula de la superficie celular expresada en linfocitos T y linfocitos B activados que ha demostrado desempeñar una función en el agotamiento de los linfocitos T CD8+. Están disponibles en la técnica anticuerpos, fragmentos de anticuerpos y otros inhibidores de LAG3 y sus ligandos, y se pueden usar combinados con un CAR para CD19 descrito en el presente documento. Por ejemplo, BMS-986016 (Bristol-Myers Squib) es un anticuerpo monoclonal que tiene como diana LAG3. IMP701 (Immutep) es un anticuerpo antagonista contra LAG3 e IMP731 (Immutep y GlaxoSmithKline) es un anticuerpo de agotamiento de LAG3. Otros inhibidores de LAG3 incluyen IMP321 (Immutep), que es una proteína de fusión recombinante de una porción soluble de LAG3 e Ig que se une a moléculas del MHC de clase II y activa las células presentadoras de antígenos (APC). Otros anticuerpos se divulgan, por ejemplo, en el documento de patente WO2010/019570.
[0915] En una realización, el anticuerpo anti-LAG3 o fragmento del mismo es una molécula de anticuerpo anti-LAG3 como se describe en el documento de patente US2015/0259420, titulado "Antibody Molecules to LAG3 and Uses Thereof". En una realización, la molécula de anticuerpo anti-LAG3 incluye al menos una, dos, tres, cuatro, cinco o seis CDR (o colectivamente todas las CDR) de una región variable de cadena pesada y ligera de un anticuerpo elegido de cualquiera de BAP050-hum01, BAP050-hum02, BAP050-hum03, BAP050-hum04, BAP050-hum05, BAP050-hum06, BAP050-hum07, BAP050-hum08, BAP050-hum09, BAP050-hum10, BAP050-hum11, BAP050-hum12, BAP050-hum13, BAP050-hum14, BAP050-hum15, BAP050-hum16, BAP050-hum17, BAP050-hum18, BAP050-hum19, BAP050-hum20, huBAP050(Ser) (por ejemplo, BAP050-hum01-Ser, BAP050-hum02-Ser, BAP050-hum03-Ser, BAP050-hum04-Ser, BAP050-hum05-Ser, BAP050-hum06-Ser, BAP050-hum07-Ser, BAP050-hum08-Ser, BAP050-hum09-Ser, BAP050-hum10-Ser, BAP050-hum11-Ser, BAP050-hum12-Ser, BAP050-hum13-Ser, BAP050-hum14-Ser, BAP050-hum15-Ser, BAP050-hum18-Ser, BAP050-hum19-Ser, or BAP050-hum20-Ser), BAP050-Clon-F, BAP050-Clon-G, BAP050-Clon-H, BAP050-Clon-I o BAP050-Clon-J; o como se describe en la Tabla 1 del documento de patente US 2015/0259420, o codificado por la secuencia de nucleótidos en la Tabla 1; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idénticas) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente, o CDR estrechamente relacionadas, por ejemplo, CDR que son idénticas o que tienen al menos una alteración de aminoácidos, pero no más de dos, tres o cuatro alteraciones (por ejemplo, sustituciones, deleciones o inserciones, por ejemplo, sustituciones conservadoras).
[0917] En otra realización más, la molécula de anticuerpo anti-LAG3 comprende al menos una, dos, tres o cuatro regiones de un anticuerpo descrito en el presente documento, por ejemplo, un anticuerpo elegido entre cualquiera de BAP050-hum01, BAP050-hum02, BAP050-hum03, BAP050-hum04, BAP050-hum05, BAP050-hum06, BAP050-hum07, BAP050-hum08, BAP050-hum09, BAP050-hum10, BAP050-hum11, BAP050-hum12, BAP050-hum13, BAP050-hum14, BAP050-hum15, BAP050-hum16, BAP050-hum17, BAP050-hum18, BAP050-hum19, BAP050-hum20, huBAP050(Ser) (por ejemplo, BAP050-hum01-Ser, BAP050-hum02-Ser, BAP050-hum03-Ser, BAP050-hum04-Ser, BAP050-hum05-Ser, BAP050-hum06-Ser, BAP050-hum07-Ser, BAP050-hum08-Ser, BAP050-hum09-Ser, BAP050-hum10-Ser, BAP050-hum11-Ser, BAP050-hum12-Ser, BAP050-hum13-Ser, BAP050-hum14-Ser, BAP050-hum15-Ser, BAP050-hum18-Ser, BAP050-hum19-Ser, or BAP050-hum20-Ser), BAP050-Clon-F, BAP050-Clon-G, BAP050-Clon-H, BAP050-Clon-I o BAP050-Clon-J; o como se describe en la Tabla 1 del documento de patente US2015/0259420, o está codificada por la secuencia de nucleótidos en la Tabla 1; o una secuencia sustancialmente idéntica (por ejemplo, al menos un 80 %, 85 %, 90 %, 92 %, 95 %, 97 %, 98 %, 99 % o más idéntica) a cualquiera de las secuencias mencionadas anteriormente.
[0919] En algunas realizaciones, el agente que potencia la actividad de una célula que expresa CAR puede ser, por ejemplo, una proteína de fusión que comprende un primer dominio y un segundo dominio, en donde el primer dominio es una molécula del punto de control, o fragmento de la misma, y el segundo dominio es un polipéptido que está asociado con una señal positiva, por ejemplo, un polipéptido que comprende un dominio de señalización intracelular como se describe en el presente documento (también denominado en el presente documento un CAR inhibidor o CARi). En algunas realizaciones, el polipéptido que se asocia con una señal positiva puede incluir un dominio coestimulador de CD28, CD27, ICOS, por ejemplo, un dominio de señalización intracelular de CD28, CD27 y/o ICOS, y/o un dominio de señalización primaria, por ejemplo, de CD3 zeta, por ejemplo, descrito en el presente documento. En una realización, la proteína de fusión es expresada por la misma célula que expresó el CAR. En otra realización, la proteína de fusión es expresada por una célula, por ejemplo, un linfocito T que no expresa un CAR, por ejemplo, un CAR para CD19.
[0921] En una realización, el dominio extracelular (ECD) de una molécula del punto de control, por ejemplo, una molécula del punto de control descrita en el presente documento tal como, por ejemplo, muerte programada 1 (PD1), puede fusionarse a un dominio transmembranario y dominio de señalización intracelular descritos en el presente documento, por ejemplo, un dominio de señalización intracelular que comprende un dominio de señalización coestimulador tal como, por ejemplo, 41BB OX40, Cd28, CD27, y/o un dominio de señalización primario, por ejemplo, de CD3 zeta. En una realización, el CAR inhibidor, por ejemplo, CAR para PD1, puede usarse en combinación con otro CAR, por ejemplo, CAR para CD19 (por ejemplo, un CAR para CD19). En una realización, el RCAR para PD1 (o CAR para PD1) mejora la persistencia del linfocito T. Los ejemplos de moléculas inhibidoras incluyen PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4 y TGF (por ejemplo, TGF beta). En una realización, la molécula inhibidora CAR comprende un primer polipéptido, por ejemplo de una molécula inhibidora tal como PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (por ejemplo, CEACAM-1, CEACAM-3 y/o CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4 y TGF (por ejemplo, TGF beta), o un fragmento de cualquiera de los mismos (por ejemplo, al menos una porción de un dominio extracelular de cualquiera de estos), y un segundo polipéptido que es un dominio de señalización intracelular descrito en el presente documento (por ejemplo que comprende un domino coestimulador (por ejemplo 41BB, CD27 o CD28, por ejemplo, como se describe en el presente documento) y/o un dominio de señalización primario (por ejemplo, un dominio de señalización de CD3 zeta descrito en el presente documento).
[0923] En una realización, la molécula inhibidora CAR comprende el dominio extracelular (ECD) de PD1 fusionado con un dominio transmembranario y dominios de señalización intracelular tales como 41BB y CD3 zeta (también denominado en el presente documento CAR para PD1). En una realización, el CAR para PD1 mejora la persistencia de la célula que expresa CAR. En una realización, el CAR para PD1 comprende el dominio extracelular de PD1 indicado como subrayado en SEQ ID NO: 40. En una realización, el CAR para PD1 comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO:40.
[0925]
[0928] En una realización, el CAR para PD1 comprende la secuencia de aminoácidos proporcionada a continuación.
[0930]
[0933] En una realización, el CAR para PD1, por ejemplo, el CAR para PD1 descrito en el presente documento, está codificado por una secuencia de ácido nucleico mostrada a continuación, o al menos comprende la secuencia de ácido nucleico que codifica el dominio extracelular de PD1 (mostrada en subrayado a continuación).
[0935]
[0936] En realizaciones, el dominio extracelular inhibidor tiene al menos un 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 o 99 % de identidad con, o difiere en no más de 30, 25, 20, 15, 10, 5, 4, 3, 2 o 1 residuos aminoacídicos de los residuos correspondientes de una molécula inhibidora humana de origen natural, por ejemplo, una molécula estimuladora primaria humana de origen natural divulgada en el presente documento.
[0938] Estrategias para regular los receptores quiméricos para el antígeno
[0940] Hay muchas formas de regular las actividades de CAR. En realizaciones, una terapia para SLC en el presente documento se usa en combinación con una estrategia para regular los receptores quiméricos para el antígeno como se describe en esta sección. Por ejemplo, la apoptosis inducible usando, por ejemplo, una caspasa fusionada con un dominio de dimerización (véase, por ejemplo, Di Stasa et al., N Egnl. J. Med.3 de noviembre de 2011; 365 (18): 1673-1683), se puede usar como un interruptor de seguridad en la terapia con CAR de la presente invención. En una realización, las células (linfocitos T) que expresan un CAR de uso en la presente invención comprenden además un interruptor de apoptosis inducible, en donde una caspasa humana (por ejemplo, la caspasa 9) o una versión modificada se fusiona con una modificación de la proteína FKB humana que permite la dimerización condicional. En presencia de una molécula pequeña, tal como un rapálogo (por ejemplo, AP 1903, AP20187), la caspasa inducible (por ejemplo, la caspasa 9) se activa y conduce a la rápida apoptosis y muerte de las células (linfocitos T) que expresan un CAR de uso en la presente invención. Se han descrito ejemplos de un interruptor de la apoptosis inducible basado en caspasa (o uno o más aspectos de dicho interruptor), por ejemplo, en los documentos de patente US2004040047; US20110286980; US20140255360; WO1997031899; WO2014151960; WO2014164348; WO2014197638; WO2014197638.
[0942] En otro ejemplo, las células que expresan CAR también pueden expresar una molécula de caspasa-9 inducible (caspasa-9i) que, tras la administración de un fármaco dimerizador (por ejemplo, rimiducid (también llamado AP1903 (Bellicum Pharmaceuticals) o AP20187 (Ariad)) conduce a la activación de la caspasa-9 y a la apoptosis de las células. La molécula de caspasa-9i contiene un dominio de unión al inductor químico de dimerización (CID) que media la dimerización en presencia de un CID. Esto da como resultado un agotamiento inducible y selectivo de las células que expresan CAR. En algunos casos, la molécula de caspasa-9i está codificada por una molécula de ácido nucleico separada del vector o vectores que codifican CAR. En algunos casos, la molécula caspasa-9i está codificada por la misma molécula de ácido nucleico que el vector codificador CAR. La caspasa-9i puede proporcionar un interruptor de seguridad para evitar cualquier toxicidad de las células que expresan CAR. Véanse, por ejemplo, Song et al. Cancer Gene Ther.2008; 15(10):667-75; Id. de Clinical Trials n.º NCT02107963; y Di Stasi et al. N. Engl. J. Med.2011; 365:1673-83.
[0944] Estrategias alternativas para regular la terapia con CAR incluyen utilizar moléculas pequeñas o anticuerpos que desactivan o deshabilitan la actividad de CAR, por ejemplo, mediante el agotamiento de células que expresan CAR, por ejemplo, mediante inducción de la citotoxicidad mediada por células y dependiente de anticuerpos (ADCC).
[0946] En una realización, la terapia con CAR incluye la administración de un agente de agotamiento de linfocitos T. En una realización, el agente de agotamiento de linfocitos T es un agente que agota las células que expresan CAR, por ejemplo, induciendo citotoxicidad mediada por células y dependiente de anticuerpos (ADCC) y/o muerte celular inducida por el complemento. Por ejemplo, las células que expresan CAR descritas en el presente documento también pueden expresar un antígeno (por ejemplo un antígeno diana) que es reconocido por moléculas capaces de inducir la muerte celular, por ejemplo ADCC o muerte celular inducida por el complemento. Por ejemplo, las células que expresan CAR descritas en este documento también pueden expresar una proteína diana (por ejemplo, un receptor) capaz de ser elegido como diana por un anticuerpo o fragmento de anticuerpo. Los ejemplos de dichas proteínas diana incluyen, pero no se limitan a, EpCAM, VEGFR, integrinas (por ejemplo, integrinas αvβ3, α4, αI3/4β3, α4β7, α5β1, αvβ3, αv), miembros de la superfamilia del receptor de TNF (por ejemplo, TRAIL-R1, TRAIL-R2), receptor de PDGF, receptor de interferón, receptor de folato, GPNMB, ICAM-1, HLA-DR, CEA, CA-125, MUC1, TAG-72, receptor de IL-6, 5T4, GD2, GD3, CD2, CD3, CD4, CD5, CD11, CD11a/LFA-1, CD15, CD18/ITGB2, CD19, CD20, CD22, receptor de CD23/lgE, CD25, CD28, CD30, CD33, CD38, CD40, CD41, CD44, CD51, CD52, CD62L, CD74, CD80, CD125, CD147/basigina, CD152/CTLA-4, CD154/CD40L, CD195/CCR5, CD319/SLAMF7 y EGFR, y versiones truncadas de los mismos (por ejemplo, versiones que conservan uno o más epítopos extracelulares pero que carecen de una o más regiones dentro del dominio citoplásmico).
[0948] En otras realizaciones, una célula que expresa CAR descrita en la presente también puede expresar un receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) truncado que carece de capacidad de señalización pero mantiene el epítopo que es reconocido por moléculas capaces de inducir ADCC, por ejemplo, cetuximab (ERBITUX<®>), de modo que la administración de cetuximab induce ADCC y el posterior agotamiento de células que expresan CAR (véase, por ejemplo, el documento de patente WO2011/056894, y Jonnalagadda et al., Gene Ther.2013; 20(8)853-860). Otra estrategia incluye la expresión de un gen marcador/suicida altamente compacto que combina epítopos diana de los antígenos CD32 y CD20 en las células que expresan CAR descritas en este documento, que se une a rituximab, lo que da como resultado un agotamiento selectivo de las células que expresan CAR, por ejemplo, mediante ADCC (véase, por ejemplo, Philip et al., Blood.2014; 124(8)1277-1287). Otros métodos para agotar las células que expresan CAR descritos en este documento incluyen la administración de CAMPATH, un anticuerpo monoclonal anti-CD52 que se une y se dirige selectivamente a los linfocitos maduros, por ejemplo, células que expresan CAR, para su destrucción, por ejemplo, induciendo ADCC. En otras realizaciones, la célula que expresa CAR puede ser elegida selectivamente como diana usando un ligando de CAR, por ejemplo, un anticuerpo antiidiotípico. En algunas realizaciones, el anticuerpo antiidiotípico puede causar actividad de células efectoras, por ejemplo, actividades de ADCC o ADC, reduciendo de este modo el número de células que expresan CAR. En otras realizaciones, el ligando de CAR, por ejemplo, el anticuerpo anti-idiotipo, se puede acoplar a un agente que induce la muerte celular, por ejemplo, una toxina, reduciéndose de este modo el número de células que expresan CAR. Alternativamente, las propias moléculas de CAR se pueden configurar de manera que la actividad se pueda regular, por ejemplo, activar y desactivar, como se describe más adelante.
[0949] En otras realizaciones, una célula que expresa CAR descrita en el presente documento también puede expresar una proteína diana reconocida por un agente de agotamiento de linfocitos T. En una realización, la proteína diana es CD20 y el agente de agotamiento de linfocitos T es un anticuerpo anti-CD20, por ejemplo rituximab. En dicha realización, el agente de agotamiento de linfocitos T se administra una vez que es deseable reducir o eliminar la célula que expresa CAR, por ejemplo, para mitigar la toxicidad inducida por CAR. En otras realizaciones, el agente de agotamiento de linfocitos T es un anticuerpo anti-CD52, por ejemplo alemtuzumab, como se describe en los Ejemplos en el presente documento. En algunas realizaciones, los tratamiento de acuerdo con las reivindicaciones incluyen además la administración de un agente de agotamiento de linfocitos T después del tratamiento con la célula (por ejemplo, una célula efectora inmunitaria como se describe en el presente documento), reduciendo de este modo (por ejemplo, agotando) las células que expresan CAR (por ejemplo, las células que expresan CAR para CD19). Pueden usarse dichos agentes de agotamiento de linfocitos T para agotar eficazmente las células que expresan CAR (por ejemplo, células que expresan CAR para CD19) para mitigar la toxicidad. En algunas realizaciones, las células que expresan CAR se fabricaron según un método del presente documento, por ejemplo, se sometieron a ensayo (por ejemplo, antes o después de la transfección o transducción) según un método del presente documento.
[0950] En algunas realizaciones, el agente de agotamiento de linfocitos T se administra una, dos, tres, cuatro o cinco semanas después de la administración de la célula, por ejemplo, la población de células efectoras inmunitarias, descrita en el presente documento.
[0951] En algunas realizaciones, la célula que expresa CAR coexpresa el CAR y la proteína diana, por ejemplo, expresa de manera natural la proteína diana o se genomodifica para que exprese la proteína diana. Por ejemplo, la célula, por ejemplo la población de células efectoras inmunitarias, puede incluir un ácido nucleico (por ejemplo, vector) que comprende el ácido nucleico del CAR (por ejemplo, un ácido nucleico del CAR como se describe en el presente documento) y un ácido nucleico que codifica la proteína diana.
[0952] En una realización, el agente de agotamiento de linfocitos T es un inhibidor de CD52, por ejemplo, una molécula de anticuerpo anti-CD52, por ejemplo, alemtuzumab.
[0953] En otras realizaciones, la célula, por ejemplo la población de células efectoras inmunitarias, expresa una molécula de CAR como se describe en el presente documento (por ejemplo, CAR para CD19) y la proteína diana reconocida por el agente de agotamiento de linfocitos T. En una realización, la proteína diana es CD20. En realizaciones, cuando la proteína diana es CD20, el agente de agotamiento de linfocitos T es un anticuerpo anti-CD20, por ejemplo, rituximab.
[0954] En realizaciones adicionales de cualquiera de los métodos mencionados anteriormente, los métodos incluyen además trasplantar una célula, por ejemplo, una célula madre hematopoyética, o médula ósea, al mamífero.
[0955] En otro aspecto, la divulgación presenta un método de acondicionamiento de un sujeto antes del trasplante de células. El método incluye administrar al sujeto una cantidad eficaz de la célula que comprende un ácido nucleico o polipéptido de CAR, por ejemplo un ácido nucleico o polipéptido de CAR para CD19. El algunos casos de la divulgación, el trasplante de células es un trasplante de células madre, por ejemplo, un trasplante de células madre hematopoyéticas, o un trasplante de médula ósea. En otros casos, el acondicionamiento de un sujeto antes del trasplante de células incluye la reducción del número de células que expresan diana en un sujeto, por ejemplo, células normales que expresan CD19 o células cancerosas que expresan CD19.
[0956] RCAR
[0957] En algunas realizaciones, se desea un CAR regulable (RCAR) en el que la actividad CAR se puede controlar para optimizar la seguridad y eficacia de una terapia con CAR.
[0958] En un aspecto, un RCAR comprende un conjunto de polipéptidos, normalmente dos en las realizaciones más simples, en las que los componentes de un CAR estándar descrito en el presente documento, por ejemplo un dominio de unión al antígeno y un dominio de señalización intracelular, se dividen en polipéptidos o miembros separados. En algunas realizaciones, el conjunto de polipéptidos incluye un interruptor de dimerización que, cuando está presente una molécula de dimerización, puede acoplar los polipéptidos entre sí, por ejemplo, puede acoplar un dominio de unión al antígeno con un dominio de señalización intracelular. En una realización, un CAR para su uso en la presente invención utiliza un interruptor de dimerización como los descritos, por ejemplo, en los documentos de patente WO2014127261 o WO2015090229. Se proporcionan una descripción adicional y configuraciones a modo de ejemplo de dichos CAR regulables en el presente documento y en, por ejemplo, los párrafos 527-551 de la publicación internacional n.º WO 2015/090229 presentada el 13 de marzo de 2015.
[0959] CAR dividido
[0960] En algunas realizaciones, la célula que expresa CAR comprende un CAR dividido. El enfoque de CAR dividido se describe con más detalle en las publicaciones WO2014/055442 y WO2014/055657. Brevemente, un sistema de CAR dividido comprende una célula que expresa un primer CAR que tiene un primer dominio de unión al antígeno y un dominio coestimulador (por ejemplo, 41BB), y la célula también expresa un segundo CAR que tiene un segundo dominio de unión al antígeno y un dominio de señalización intracelular (por ejemplo, CD3 zeta). Cuando la célula se encuentra con el primer antígeno, el dominio coestimulador se activa, y la célula prolifera. Cuando la célula encuentra el segundo antígeno, el dominio de señalización intracelular se activa y comienza la actividad de destrucción celular. Por lo tanto, la célula que expresa CAR solo se activa completamente en presencia de ambos antígenos.
[0961] Subconjunto de CAR optimizados
[0962] En algunos aspectos y realizaciones, las composiciones y métodos del presente documento se optimizan para un subconjunto específico de linfocitos T, por ejemplo, como se describe en la serie de EE. UU. n.º PCT/US2015/043219, presentada el 31 de julio, 2015. En algunas realizaciones, los subconjuntos optimizados de linfocitos T muestran una persistencia mejorada en comparación con un linfocito T de control, por ejemplo un linfocito T de un tipo diferente (por ejemplo, CD8+ o CD4+) que expresa la misma construcción. En algunas realizaciones, un linfocito T CD4+ comprende un CAR descrito en el presente documento, comprendiendo dicho CAR un dominio de señalización intracelular adecuado para (por ejemplo, optimizado para, por ejemplo, que da lugar a una persistencia mejorada en) un linfocito T CD4+, por ejemplo, un dominio de ICOS. En algunas realizaciones, una linfocito T CD8+ comprende un CAR descrito en el presente documento, comprendiendo dicho CAR un dominio de señalización intracelular adecuado para (por ejemplo, optimizado para, por ejemplo, que da lugar a una persistencia mejorada de) un linfocito T CD8+, por ejemplo un dominio de 4-1BB, un dominio de CD28, u otro dominio coestimulador diferente de un dominio de ICOS. En algunas realizaciones, el CAR descrito en el presente documento comprende un dominio de unión al antígeno descrito en el presente documento, por ejemplo, un CAR que comprende un dominio de unión al antígeno.
[0963] Composiciones y tratamientos farmacéuticos
[0964] Las composiciones farmacéuticas pueden comprender una célula que expresa CAR, por ejemplo una pluralidad de células que expresan CAR, como se describe en el presente documento, o una terapia para SLC, en combinación con uno o más portadores, diluyentes o excipientes farmacéutica o fisiológicamente aceptables. Dichas composiciones pueden comprender tampones, tales como solución salina tamponada neutra, solución salina tamponada con fosfato y similares; hidratos de carbono, tales como glucosa, manosa, sacarosa o dextranos, manitol; proteínas; polipéptidos o aminoácidos, tales como glicina; antioxidantes; agentes quelantes, tales como EDTA o glutatión; adyuvantes (por ejemplo, hidróxido de aluminio); y conservantes. Las composiciones se pueden formular, por ejemplo, para la administración intravenosa. Las composiciones farmacéuticas de la presente divulgación se pueden administrar de una manera apropiada para la enfermedad a tratar (o prevenir). La cantidad y frecuencia de administración estarán determinadas por factores como la afección del paciente y el tipo y gravedad de la enfermedad del paciente, aunque las dosis apropiadas podrán determinarse mediante ensayos clínicos.
[0965] En una realización, la composición farmacéutica está sustancialmente libre de, por ejemplo, no hay niveles detectables de un contaminante, por ejemplo, seleccionado del grupo que consiste en endotoxina, micoplasma, lentivirus competente para la replicación (RCL), p24, ácido nucleico VSV-G, gag del VIH, perlas revestidas de anti-CD3/anti-CD28 residuales, anticuerpos de ratón, mezcla de sueros humanos, albúmina de suero bovino, suero bovino, componentes de medios de cultivo, componentes de plásmidos o células de encapsidación de vectores, una bacteria y un hongo. En una realización, la bacteria es al menos una seleccionada del grupo que consiste enAlcaligenes faecalis, Candida albicans, Escherichia coli, Haemophilus influenza, Neisseria meningitides, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniayStreptococcus pyogenesgrupo A.
[0966] Cuando se indica "una cantidad inmunológicamente eficaz", "una cantidad antitumoral eficaz", "una cantidad eficaz inhibidora del cáncer" o "cantidad terapéutica", la cantidad precisa de las composiciones de su uso en la presente invención a administrar puede ser determinada por un médico teniendo en cuenta las diferencias individuales en edad, peso, tamaño del tumor, extensión de la infección o metástasis y el estado del paciente (sujeto). En general, se puede establecer que una composición farmacéutica que comprende las células efectoras inmunitarias (linfocitos T) descritas en el presente documento se puede administrar a una dosis de 10<4>a 10<9>células/kg de peso corporal, en algunos casos 10<5>a 10<6>células/kg de peso corporal, que incluye todos los valores de número entero dentro de los intervalos. También se puede administrar composiciones de linfocitos T múltiples veces a estas dosis. Las células se pueden administrar usando técnicas de infusión que son comúnmente conocidas en inmunoterapia (véase, por ejemplo, Rosenberg et al., NEW ENG. J. OF MED.319:1676, 1988).
[0967] En realizaciones, la dosis de células efectoras inmunitarias (linfocitos T) administrada a un sujeto se altera dependiendo del estado de riesgo del sujeto para desarrollar SLC grave. En realizaciones, la dosis de células efectoras inmunitarias (linfocitos T) administrada a un sujeto es menor en un sujeto identificado como de alto riesgo de desarrollar SLC grave que un sujeto identificado como de bajo riesgo de desarrollar SLC grave. En realizaciones, la dosis de células efectoras inmunitarias (linfocitos T) administrada a un sujeto identificado como de alto riesgo de desarrollar SLC grave es de 10<4>a 10<8>células/kg de peso corporal, en algunos casos 10<4>a 10<7>, 10<4>a 10<6>, 10<5>a 10<7>o 10<5>a 10<6>células/kg de peso corporal, incluidos todos los valores enteros dentro de esos intervalos. En realizaciones, la dosis de células efectoras inmunitarias (linfocitos T) administrada a un sujeto identificado como con bajo riesgo de desarrollar SLC grave es de 10<4>a 10<9>células/kg de peso corporal, en algunos casos de 10<5>a 10<6>células/kg de peso corporal, incluyendo todos los valores enteros dentro de esos intervalos.
[0969] En ciertos aspectos, puede ser deseable administrar a un sujeto células efectoras inmunitarias activadas (linfocitos T) y a continuación volver a extraer sangre (o realizar una aféresis), activar células efectoras inmunitarias (linfocitos T) de las mismas de acuerdo con la presente divulgación, y reinfundir al paciente estas células efectoras inmunitarias activadas y expandidas (linfocitos T). Este proceso se puede llevar a cabo múltiples veces a las pocas semanas. En ciertos aspectos, las células efectoras inmunitarias (linfocitos) pueden activarse a partir de extracciones de sangre de 10 ml a 400 ml. En ciertos aspectos, las células efectoras inmunitarias (linfocitos T) se activan a partir de extracciones de sangre de 20 ml, 30 ml, 40 ml, 50 ml, 60 ml, 70 ml, 80 ml, 90 ml o 100 ml.
[0971] La administración de las composiciones objeto puede llevarse a cabo de cualquier manera conveniente, incluyendo mediante inhalación de aerosol, inyección, ingestión, transfusión, implante o trasplante. Las composiciones descritas en el presente documento se pueden administrar a un paciente por vía transarterial, subcutánea, intradérmica, intratumoral, intranodal, intramedular, intramuscular, por inyección intravenosa (i.v.) o por vía intraperitoneal. En un aspecto, las composiciones de linfocitos T descritas en el presente documento se administran a un paciente mediante inyección intradérmica o subcutánea. En un aspecto, las composiciones de linfocitos T descritas en el presente documento se administran mediante inyección i.v. Las composiciones de células efectoras inmunitarias (linfocitos T) se pueden inyectar directamente en un tumor, ganglio linfático o sitio de infección.
[0973] En un aspecto a modo de ejemplo particular, los sujetos pueden someterse a leucocitaféresis, en donde los leucocitos se recolectan, enriquecen o agotanex vivopara seleccionar y/o aislar las células de interés, por ejemplo, linfocitos T. Estos aislados de linfocitos T pueden expandirse mediante métodos conocidos en la técnica y tratarse de manera que se puedan introducir una o más construcciones de CAR descritas en el presente documento, creando así un linfocito T-CAR de la presente divulgación. Los sujetos que lo necesiten pueden someterse posteriormente a un tratamiento estándar con quimioterapia de alta dosis seguido de un trasplante de células madre de sangre periférica. En ciertos aspectos, después o de forma concomitante con el trasplante, los sujetos reciben una infusión de linfocitos T-CAR expandidos descritos en el presente documento. En un aspecto adicional, las células expandidas se administran antes o después de la cirugía.
[0974] La dosis de los tratamientos anteriores que se administrará a un paciente variará en función de la naturaleza precisa de la afección que se esté tratando y del receptor del tratamiento. El ajuste de las dosis para la administración en humanos puede realizarse según las prácticas aceptadas en la técnica. La dosis de CAMPATH, por ejemplo, estará generalmente en el intervalo de 1 a aproximadamente 100 mg para un paciente adulto, habitualmente administrada diariamente durante un periodo de entre 1 y 30 días. Una dosis diaria adecuada es de 1 a 10 mg al día, aunque en algunos casos se pueden usar dosis mayores de hasta 40 mg al día (descritas en la patente de EE. UU. n.º 6.120.766).
[0976] En una realización, el CAR se introduce en células efectoras inmunitarias (linfocitos T), por ejemplo, usando transcripciónin vitro, y el sujeto (por ejemplo, ser humano) recibe una administración inicial de células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) de uso en la invención, y una o más administraciones posteriores de las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) de uso en la invención, en donde la una o más administraciones posteriores se administran menos de 15 días, por ejemplo, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 o 2 días después de la administración previa. En una realización, se administra más de una administración de las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) descritas en el presente documento al sujeto (por ejemplo, ser humano) a la semana, por ejemplo, se administran 2, 3 o 4 administraciones de las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) de uso en la invención a la semana. En una realización, el sujeto (por ejemplo, sujeto humano) recibe más de una administración de las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) a la semana (por ejemplo, 2, 3 o 4 administraciones a la semana) (también denominadas en el presente documento un ciclo), seguidas de una semana sin administraciones de células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T), y después se administran al sujeto una o más administraciones adicionales de las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) (por ejemplo, más de una administración de las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) a la semana). En otra realización, el sujeto (por ejemplo, un sujeto humano) recibe más de un ciclo de células efectoras inmunitarias que expresan CAR (linfocitos T), y el tiempo entre cada ciclo es inferior a 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4 o 3 días. En una realización, las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) se administran en días alternos para tener 3 administraciones a la semana. En una realización, las células efectoras inmunitarias CAR (linfocitos T) descrito en el presente documento se administran durante al menos dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho o más semanas.
[0978] En realizaciones, si se identifica que un sujeto tiene un riesgo alto de desarrollar SLC grave, al sujeto se le administra una terapia con células que expresan CAR alterada en un programa o transcurso temporal alterado. Por ejemplo, al sujeto identificado como de alto riesgo de desarrollar SLC grave se le administra una terapia con células que expresan CAR con baja frecuencia (por ejemplo, menor frecuencia que un sujeto identificado como de bajo riesgo de desarrollar SLC grave). Por ejemplo, al sujeto identificado como de alto riesgo de desarrollar SLC grave se le administra una terapia con células que expresan CAR donde la una o más administraciones posteriores se administran al menos 1 semana (por ejemplo, al menos 1, 2, 3, 4, 5 o 6 semanas, o al menos 1 mes, 2 meses, 3 meses o 3 meses o más) después de la administración previa. Por ejemplo, al sujeto identificado como de alto riesgo de desarrollar SLC grave se le administra una terapia con células que expresan CAR donde la una o más administraciones posteriores se administran al menos 7 días (por ejemplo, al menos 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20 días o más) después de la administración previa.
[0979] En un aspecto, se generan células que expresan CAR (linfocitos T) como se describe en el presente documento tales como, por ejemplo, células que expresan CAR para CD19, por ejemplo, CTL019, usando vectores víricos lentivíricos, tales como lentivirus. Las células que expresan CAR pueden generarse de forma que tengan expresión de CAR estable. En un aspecto, las células que expresan CAR (linfocitos T) expresan transitoriamente vectores de CAR durante 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 días después de la transducción. La expresión transitoria de CAR puede efectuarse mediante la administración de vectores de CAR de ARN. En un aspecto, el ARN de CAR se transduce en la célula mediante electroporación.
[0980] Un posible problema que puede surgir en pacientes que están siendo tratados usando linfocitos T-CAR que se expresan de manera transitoria (particularmente con células que expresan CAR portadoras de scFv murinos) es la anafilaxia después de múltiples tratamientos. Sin desear quedar ligado a esta teoría, se cree que dicha respuesta anafiláctica podría ser causada por un paciente que desarrolla una respuesta humoral anti-CAR, es decir, anticuerpos anti-CAR que tienen un isotipo anti-IgE. Se cree que las células productoras de anticuerpos de un paciente experimentan un cambio de clase del isotipo IgG (que no causa anafilaxia) al isotipo IgE cuando hay una pausa de diez a catorce días en la exposición al antígeno.
[0981] Si un paciente tiene un alto riesgo de generar una respuesta de anticuerpos anti-CAR durante el transcurso de una terapia CAR transitoria (como las generadas por las transducciones de ARN), las pausas en la infusión de células que expresan CAR (linfocitos T) no deben durar más de diez a catorce días.
[0982] Métodos de suministro de biopolímeros
[0983] En algunas realizaciones, una o más células que expresan CAR divulgadas en el presente documento se pueden administrar o suministrar al sujeto mediante un armazón biopolimérico, por ejemplo, un implante biopolimérico. Los armazones biopoliméricos pueden apoyar o mejorar el suministro, la expansión y/o la dispersión de las células que expresan CAR descritas en el presente documento. Un armazón biopolimérico comprende un polímero biocompatible (por ejemplo, no induce sustancialmente una respuesta inflamatoria o inmunitaria) y/o biodegradable que puede ser de origen natural o sintético. Se describen biopolímeros a modo de ejemplo, por ejemplo, en los párrafos 1004-1006 de la solicitud internacional WO2015/142675, presentada el 13 de marzo de 2015.
[0984] Sistema informático a modo de ejemplo
[0985] Varios sistemas informáticos pueden configurarse especialmente para aprovechar la información devuelta sobre el posible estado de riesgo de gravedad del SLC (por ejemplo, el estado de riesgo de gravedad del SLC como se describe en el presente documento, tal como riesgo alto o riesgo bajo). En algunas realizaciones, el sistema informático puede determinar y presentar información sobre los niveles de confianza asociados con diversos biomarcadores para la gravedad de SLC, por ejemplo, biomarcadores descritos en el presente documento. Por ejemplo, los sistemas informáticos pueden evaluar si una prueba realizada en un sujeto indica un estado de riesgo de gravedad de SLC alto o bajo, junto con un grado de confianza asociado con la clasificación. En ejemplos adicionales, el sistema puede proporcionar una indicación y/o recomendación sobre el aumento del grado de confianza asociado con la clasificación prevista. En una realización, el sistema se puede configurar para evaluar cualquier prueba y biomarcadores ensayados que se han realizado para un sujeto frente a otra característica identificada como independiente y/o aditiva de los datos existentes. El sistema puede determinar cuándo un biomarcador adicional aumentaría la confianza asociada con, por ejemplo, un cambio en el estado de riesgo de gravedad del SLC. El sistema puede recomendar pruebas de cualquier característica identificada en consecuencia.
[0986] En algunas realizaciones, se puede utilizar un sistema interactivo para la identificación, evaluación y/o tratamiento de un sujeto que padece cáncer (por ejemplo, un cáncer hematológico tal como LLA y LLC). Según una realización, el sistema se puede configurar para aceptar la entrada del usuario con respecto al grado de confianza de una evaluación del sujeto. Respondiendo al grado de confianza introducido por el usuario, el sistema puede determinar las características de prueba para incluirlas en un modelo de evaluación. En un ejemplo, el sistema incluye la especificación de indicadores independientes para la actividad de la enfermedad en una población de sujetos (por ejemplo, pacientes). El sistema se puede configurar para estimar un grado de confianza en una determinación de la actividad de la enfermedad (por ejemplo, gravedad del SLC) o una predicción de la actividad futura de la enfermedad (por ejemplo, gravedad del SLC) basándose en qué biomarcadores/indicadores independientes se usan. El sistema se puede configurar además para determinar y/o recomendar diversas combinaciones de los biomarcadores/indicadores independientes determinados para mejorar un grado de confianza en una evaluación.
[0987] Según otro aspecto, un sistema informático se puede configurar especialmente para evaluar biomarcadores/indicadores del estado de riesgo de gravedad del SLC. El sistema se puede configurar para generar un modelo multivariante, en donde el modelo multivariante excluye biomarcadores/indicadores correlacionados. En algunos ejemplos, el sistema puede configurarse para identificar biomarcadores/indicadores correlacionados que respondan a evaluar los resultados de la prueba devueltos dentro de una población de sujetos (por ejemplo, pacientes) que tiene uno o más de los biomarcadores/indicadores. Por ejemplo, el sistema puede ejecutar análisis de modelos de regresión para controlar diversos parámetros, incluyendo, por ejemplo, edad del sujeto, raza, sexo y presencia de otros biomarcadores/indicadores. Respondiendo a la eliminación de biomarcadores/indicadores correlacionados, el sistema puede generar un modelo de uno o más biomarcadores/indicadores independientes. En algunas realizaciones, el sistema puede configurarse para seleccionar diversas combinaciones del uno o más biomarcadores/indicadores independientes y puede acceder además a evaluaciones (incluyendo, por ejemplo, evaluar la combinación directamente) para presentar información en un nivel de confianza asociado con selecciones respectivas. Los modelos seleccionados del sistema pueden usarse para generar un cambio esperado en la actividad de la enfermedad (por ejemplo, estado de riesgo de gravedad del SLC) con el nivel de confianza determinado.
[0989] En el presente documento se divulga un sistema para evaluar el riesgo de un sujeto de SLC grave, que comprende: al menos un procesador conectado operativamente a una memoria, el al menos un procesador cuando se ejecuta está configurado para:
[0990] adquirir un valor de estado de riesgo de SLC grave en respuesta a una terapia basada en células inmunitarias, por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 (por ejemplo, linfocito T, célula NK)) para el sujeto.
[0992] El valor de la situación de riesgo de SLC grave puede comprender una medida de uno, dos, tres, cuatro, cinco, o más (por ejemplo, todos) de: (i) el nivel o actividad de sgp130 y opcionalmente IFN-gamma o una combinación de los mismos, en un sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0993] (ii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente IFN-gamma, o IL1Ra, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma e IL1Ra) en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico;
[0994] (iii) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente IFN-gamma o una combinación de los mismos, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), y el nivel de enfermedad de la médula ósea en el sujeto, por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico;
[0995] (iv) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente IFN-gamma, o MIP1-alfa, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, IFN-gamma y MIP1-alfa), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto pediátrico;
[0996] (v) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente MCP1, o eotaxina, o una combinación de los mismos (por ejemplo, una combinación de los tres de sgp130, MCP1 o eotaxina), en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un adulto o un sujeto pediátrico;
[0997] (vi) el nivel o actividad de sgp130, y opcionalmente IL2, o eotaxina, o una combinación de las mismas (por ejemplo, una combinación de las tres de IL2, eotaxina o sgp130), en el sujeto, por ejemplo, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), por ejemplo, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico; o
[0998] (vii) el nivel o actividad de una citocina o receptor de citocinas elegido de uno o más de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, o una combinación de los mismos, en una muestra (por ejemplo, una muestra de sangre), cuando el valor sea indicativo del estado de riesgo grave de SLC del sujeto. En la invención, el estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto.
[1000] En una realización, en respuesta a una determinación del valor del estado de riesgo de SLC grave del sujeto, los métodos de acuerdo con las reivindicaciones comprenden realizar uno, dos, tres, cuatro o más de: identificar al sujeto como que tiene un riesgo alto o bajo de desarrollar SLC grave; recomendar una selección o alteración de una dosis de una terapia con células que expresan CAR (por ejemplo, una terapia con células que expresan CAR para CD19 como se describe en el presente documento, tal como, por ejemplo, CTL019); recomendar una selección o alteración de un programa o transcurso temporal de una terapia con células que expresan CAR; recomendar la administración de una terapia para tratar SLC (por ejemplo, un inhibidor de IL-6, tal como tocilizumab, un medicamento vasoactivo, un corticosteroide, un agente inmunosupresor y/o ventilación mecánica; o recomendar una selección de una terapia alternativa (por ejemplo, para un sujeto con SLC grave, por ejemplo, un tratamiento de referencia para un tipo de cáncer particular, por ejemplo, LLA o LLC).
[1002] LaFIG.10es un diagrama de bloques de un sistema informático distribuido 200, en el que se pueden poner en práctica diversos aspectos y funciones de acuerdo con la presente divulgación. El sistema informático distribuido 200 puede incluir uno o más sistemas informáticos. Por ejemplo, como se ilustra, el sistema informático distribuido 200 incluye tres sistemas informáticos 202, 204 y 206. Como se muestra, los sistemas informáticos 202, 204 y 206 están interconectados por, y pueden intercambiar datos a través de, una red de comunicación 208. La red 208 puede incluir cualquier red de comunicación a través de la cual los sistemas informáticos puedan intercambiar datos. Para intercambiar datos a través de la red 208, los sistemas informáticos 202, 204 y 206 y la red 208 pueden usar diversos métodos, protocolos y estándares que incluyen, entre otros, anillo de token, Ethernet, Ethernet inalámbrico, Bluetooth, señalización por radio, señalización infrarroja, TCP/IP, UDP, HTTP, FTP, SNMP, SMS, MMS, SS2, JSON, XML, REST, SOAP, CORBA IIOP, RMI, DCOM y servicios web.
[1003] Según algunas realizaciones, las funciones y operaciones abordadas para evaluar (por ejemplo, predecir) el estado de riesgo de SLC grave en un sujeto pueden ejecutarse en sistemas informáticos 202, 204 y 206 individualmente y/o en combinación. Por ejemplo, los sistemas informáticos 202, 204 y 206 soportan, por ejemplo, la participación en operaciones colaborativas, que pueden incluir analizar los datos de tratamiento capturados en una población de pacientes. En una alternativa, un único sistema informático (por ejemplo, 202) puede analizar los datos de tratamiento capturados en una población de sujetos (por ejemplo, pacientes) para desarrollar modelos de caracterización y/o identificar indicadores independientes de actividad de la enfermedad. Los sistemas informáticos 202, 204 y 206 pueden incluir dispositivos informáticos personales tales como teléfonos celulares, teléfonos inteligentes, tabletas, etc., y también pueden incluir ordenadores de sobremesa, ordenadores portátiles, etc.
[1005] Se pueden implementar diversos aspectos y funciones de acuerdo con la presente divulgación como hardware o software especializado que se ejecuta en uno o más sistemas informáticos que incluyen el sistema informático 202 mostrado en la FIG. 10. En una realización, el sistema informático 202 es un dispositivo informático configurado especialmente para ejecutar los procesos y/u operaciones abordados anteriormente. Por ejemplo, el sistema puede presentar interfaces de usuario a usuarios finales que presenten información de tratamiento, información de diagnóstico y niveles de confianza asociados con biomarcadores, entre otras opciones. Como se representa, el sistema informático 202 incluye al menos un procesador 210 (por ejemplo, un procesador de un solo núcleo o de múltiples núcleos), una memoria 212, un bus 214, interfaces de entrada/salida (por ejemplo, 216) y almacenamiento 218. El procesador 210 puede incluir uno o más microprocesadores u otros tipos de controladores, y puede realizar una serie de instrucciones que manipulan datos (por ejemplo, datos de tratamiento, datos de prueba, etc.). Como se muestra, el procesador 210 está conectado a otros componentes del sistema, incluida una memoria 212, mediante un elemento de interconexión (por ejemplo, el bus 214).
[1006] La memoria 212 y/o el almacenamiento 218 pueden usarse para almacenar programas y datos durante el funcionamiento del sistema informático 202. Por ejemplo, la memoria 212 puede ser una memoria de acceso aleatorio, volátil y de rendimiento relativamente alto tal como una memoria de acceso aleatorio dinámica (DRAM) o una memoria estática (SRAM). Además, la memoria 212 puede incluir cualquier dispositivo para almacenar datos, tal como una unidad de disco u otro dispositivo de almacenamiento no volátil, tal como memoria flash, de estado sólido o de cambio de fase (PCM). En realizaciones adicionales, las funciones y operaciones abordadas con respecto a evaluar (por ejemplo, predecir) el estado de riesgo de SLC grave en un sujeto pueden incorporarse en una aplicación que se ejecuta en el sistema informático 202 desde la memoria 212 y/o el almacenamiento 218.
[1008] El sistema informático 202 también incluye una o más interfaces 216 tales como dispositivos de entrada, dispositivos de salida y dispositivos de entrada/salida combinados. Las interfaces 216 pueden recibir entrada, proporcionar salida o ambas. El almacenamiento 218 puede incluir un medio de almacenamiento no volátil legible por ordenador y grabable por ordenador en el que se almacenan instrucciones que definen un programa que se va a ejecutar por el procesador. El sistema de almacenamiento 218 también puede incluir información que se registra, en o dentro del medio, y esta información puede ser procesada por la aplicación. Un medio que se puede usar con diversas realizaciones puede incluir, por ejemplo, disco óptico, disco magnético o memoria flash, SSD, entre otros.
[1010] Además, la divulgación no se limita a un sistema de memoria o sistema de almacenamiento particular. Aunque el sistema informático 202 se muestra a modo de ejemplo como un tipo de sistema informático sobre el cual pueden ponerse en práctica diversas funciones para evaluar (por ejemplo, predecir) el estado de riesgo para SLC grave en un sujeto, los aspectos de la invención no se limitan a ser implementados en el sistema informático, mostrado en laFIG.10. Se pueden poner en práctica diversos aspectos y funciones de acuerdo con la presente invención en uno o más ordenadores que tienen arquitecturas o componentes diferentes a los mostrados en laFIG.10.
[1012] En algunas realizaciones, el sistema informático 202 puede incluir un sistema operativo que gestiona al menos una parte de los componentes de hardware (por ejemplo, dispositivos de entrada/salida, pantallas táctiles, cámaras, etc.) incluidos en el sistema informático 202. Uno o más procesadores o controladores, tales como el procesador 210, pueden ejecutar un sistema operativo que puede ser, entre otros, un sistema operativo basado en Windows (por ejemplo, Windows NT, ME, XP, Vista, 2, 8 o RT) disponible de Microsoft Corporation, un sistema operativo disponible en Apple Computer (por ejemplo, MAC OS, incluyendo System X), una de las muchas distribuciones de sistemas operativos basados en Linux (por ejemplo, el sistema operativo Enterprise Linux disponible en Red Hat Inc.), un sistema operativo Solaris disponible en Sun Microsystems, o un sistema operativo UNIX disponible de varias fuentes. Se pueden usar muchos otros sistemas operativos, incluyendo sistemas operativos diseñados para dispositivos informáticos personales (por ejemplo, iOS, Android, etc.) y las realizaciones no se limitan a ningún sistema operativo particular.
[1014] Según una realización, el procesador y el sistema operativo definen juntos una plataforma informática en la que se pueden ejecutar las aplicaciones. Además, se pueden implementar diversas funciones para evaluar (por ejemplo, predecir) el estado de riesgo para el SLC grave en un sujeto en un entorno no programado (por ejemplo, documentos creados en HTML, XML u otro formato que, cuando se visualizan en una ventana de un programa de navegador, representan aspectos de una interfaz gráfica de usuario o realizan otras funciones). Además, se pueden implementar diversas realizaciones de acuerdo con aspectos de la presente divulgación como componentes programados o no programados, o cualquier combinación de los mismos. Por lo tanto, la divulgación no se limita a un lenguaje de programación específico y también podría usarse cualquier lenguaje de programación adecuado.
[1015] EJEMPLIFICACIÓN
[1016] La divulgación se describe con más detalle haciendo referencia a los siguientes ejemplos experimentales. Estos ejemplos se proporcionan únicamente a título ilustrativo y no pretenden ser limitativos, a menos que se especifique lo contrario. Por lo tanto, la divulgación no debe interpretarse en modo alguno como limitada a los siguientes ejemplos, sino que debe interpretarse de manera que abarque todas y cada una de las variaciones que se hagan evidentes como resultado de la enseñanza proporcionada en el presente documento.
[1017] Sin una descripción adicional, se cree que un experto en la técnica puede, usando la descripción anterior y los siguientes ejemplos ilustrativos, preparar y utilizar los compuestos de la presente divulgación y poner en práctica los métodos reivindicados. Los siguientes ejemplos de trabajo señalan específicamente diversos aspectos de la presente divulgación, y no deben interpretarse como limitantes de modo alguno del resto de la divulgación.
[1018] Ejemplo 1: Los biomarcadores predicen con precisión el síndrome de liberación de citocinas (SLC) después de la terapia con linfocitos T con receptor quimérico para el antígeno (CAR) para la leucemia linfoblástica aguda (LLA)
[1019] Los linfocitos T-CAR con especificidad anti-CD19 han demostrado ser muy prometedores contra neoplasias hematológicas altamente refractarias. Se han notificado respuestas considerables con tasas de remisión completa de hasta el 90 % en pacientes (pts) con LLA recidivante/refractaria tratados con CTL019 (Maude et al., NEJM 2014). La marcada proliferación de linfocitos T-CARin vivo(100 a 100.000x) conduce a una eficacia mejorada, pero puede asociarse con acontecimientos adversos, incluyendo el síndrome de liberación de citocinas (SLC). Para comprender mejor las manifestaciones del SLC, se estudiaron datos clínicos, de laboratorio y de biomarcadores de 39 niños y 12 adultos con LLA recidivante/refractaria tratados con linfocitos T-CAR anti-CD19.
[1020] Los linfocitos T se transdujeron lentivíricamente con un CAR compuesto por fragmento variable monocatenario anti-CD19/4-1BB/CD3 (Porter, NEJM 2011). Se midieron en serie 43 citocinas, quimiocinas y receptores solubles (denominados colectivamente citocinas en este ejemplo), usando una matriz de perlas Luminex. Se ensayaron otros biomarcadores en un laboratorio certificado por CLIA/CAP.
[1021] 48 de 51 pts desarrollaron SLC de grado 1-5 (SLC1-5) (véase laTabla 13a continuación). La mayoría de los pacientes desarrollaron SLC de leve (grado 1-2) a moderado (grado 3) (34/51).14 pts desarrollaron SLC grave (grado 4-5) (12 grado 4, 2 adultos con grado 5). Se trataron 21 pts con el inhibidor de IL-6 tocilizumab, y la mayoría presentaron una mejoría clínica marcada rápida en el SLC evidenciada por resolución rápida de la fiebre y retirada gradual de medicamentos vasoactivos.
[1022] Tabla 13:Clasificación de SLC.
[1024]
[1026] El análisis encontró niveles máximos de 24 citocinas, incluyendo IFN-gamma, IL6, IL8, sIL2Ra, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1a y GM-CSF durante el primer mes después de la infusión de CTL019 y se asoció estrechamente con SLC grave (SLC4-5) en comparación con SLC0-3, significativo por el valor de p ajustado de Holm-Bonferroni(FIG.11A, 11B, 11C y 11D). Las citocinas que no fueron elevadas diferencialmente se muestran en lasFIG.12A, 12B, 12C y 12D.
[1027] Analizando las citocinas a partir de los 3 primeros días después de la infusión, enviadas antes de que los pacientes desarrollaran SLC grave, solo 2 citocinas, sgp130 e IFN-gamma, se asociaron fuertemente con el desarrollo posterior de SLC grave (p <0,001) y fueron significativas por Holm-Bonferroni(FIG.1).Con un modelo de regresión de 3 variables, encontrado por selección hacia adelante, los presentes inventores predijeron con precisión qué pacientes desarrollaron SLC grave usando IFN-gamma, sgp130 e IL1Ra (VPP 75 %, VPN 94 %, sensibilidad 86 %, especificidad 89 %, AUC = 0,93)(FIG.2). Para la cohorte pediátrica, el modelado fue aún más preciso; una combinación de IFN-gamma, IL13 y MIP1a tuvo VPP 92 %, VPN 100 %, sensibilidad 100 % y especificidad 96 % (AUC = 0,98)(FIG.6). Solo en la cohorte pediátrica, se recogió un aspirado de médula ósea inmediatamente antes de la infusión. Se encontró que la carga de la enfermedad estaba asociada con la gravedad del SLC, pero no mejoró la precisión predictiva de los modelos con respecto a las citocinas por sí solas. Una combinación de sgp130, IFN-gamma y carga de la enfermedad proporcionó VPP 77 %, VPN 96 %, sensibilidad 91 % y especificidad 88 % (AUC 0,95)(FIG.7). La exactitud de estos modelos fue validada en una cohorte de 12 pacientes adicionales.
[1028] El pico de 1 mes de varias pruebas clínicas de laboratorio se asoció fuertemente con SLC grave, incluyendo CRP, ferritina, LDH, AST y BUN; sin embargo, no fueron predictivos de SLC grave(Tabla 14). El fibrinógeno también se asoció con SLC grave. Algunas de las pruebas clínicas de laboratorio, incluyendo CRP, tuvieron un buen VPN para la predicción temprana, pero ninguna tuvo un buen VPP.
[1029] Tabla 14.Asociación de ruebas clínicas de laboratorio con SLC rave.
[1031]
[1033] Se planteó la hipótesis y se demostró que los niños con SLC grave desarrollan manifestaciones clínicas y de laboratorio similares al síndrome de activación de macrófagos (SAM)/síndrome hemofagocítico (LHH), incluyendo hiperferritinemia (>10.000 ng/ml), esplenomegalia e hipofibrinogenemia. De las citocinas ensayadas, 18 se han estudiado previamente en niños con LHH. También se encontró que un patrón casi idéntico de citocinas elevadas diferencialmente en LHH estaba elevado en pacientes con SLC4-5 en comparación con SLC0-3. Las citocinas se agrupan en tres grupos(FIG.13A y 13B). Las de la izquierda de cada panel son citocinas que se espera que estén elevadas en LHH. Los que están en el centro de cada panel son los que son elevados en algunos pacientes con LHH y normales en otros. Las de la derecha de cada panel son citocinas que se espera sean normales en LHH.
[1034] IL6, sIL6R y sgp130 fueron marcadamente elevados en pacientes con SLC4-5; este patrón de citocinas IL6, junto con la respuesta pronunciada a tocilizumab, establece que la señalización en trans de IL6 es clínicamente relevante.
[1035] Estos datos representan el perfil más grande y más completo de las manifestaciones clínicas y de laboratorio de SLC relacionado con linfocitos T-CAR y proporcionan nuevos conocimientos sobre la biología del SLC. Representan los primeros datos que pueden predecir con precisión qué pts tratados con linfocitos T-CAR tienen una alta probabilidad de enfermarse críticamente. Estos datos tienen relevancia terapéutica directa y pueden guiar la terapia dirigida a citocinas en el futuro.
[1036] Ejemplo 2: Identificación de biomarcadores predictivos para el síndrome de liberación de citocinas tras la terapia con linfocitos T con receptor quimérico para el antígeno para leucemia linfoblástica aguda
[1037] Introducción
[1038] Los linfocitos T modificados con receptor quimérico para el antígeno (CAR) con especificidad anti-CD19 son una terapia inmunitaria altamente eficaz para la leucemia linfoblástica aguda (LLA) recidivante/refractaria. El síndrome de liberación de citocinas (SLC) es la toxicidad más significativa y potencialmente mortal. Para mejorar la comprensión del SLC, se midieron citocinas y clínicos en 51 pacientes tratados con CTL019. Los niveles máximos de 24 citocinas, incluyendo IFNy, IL6, sgp130 y sIL6R, en el primer mes después de la infusión se asociaron altamente con SLC grave. Usando el modelado de regresión, se podría predecir con precisión qué pacientes desarrollarían SLC grave con una firma compuesta por tres citocinas. Los resultados fueron validados en una cohorte independiente. Los cambios en los marcadores bioquímicos séricos, incluyendo la proteína C reactiva y la ferritina, se asociaron con SLC, pero no pudieron predecir el desarrollo de SLC grave. Estos datos de perfiles completos proporcionan nuevos conocimientos sobre la biología de SLC y, de manera importante, representan los primeros datos que pueden predecir con precisión qué pacientes tienen una alta probabilidad de enfermarse críticamente.
[1039] Los linfocitos T modificados con receptores quiméricos para el antígeno (CAR) con especificidad contra CD19 han demostrado ser muy prometedores contra neoplasias hematológicas altamente refractarias. En niños y adultos con leucemia linfoblástica aguda (LLA) recidivante/refractaria se han notificado respuestas clínicas significativas con tasas de remisión completa de hasta el 90 %. Los pacientes han sido tratados con CTL019, linfocitos T modificados genéticamente compuestos por un fragmento variable monocatenario anti-CD19 (scFv), dominio de activación de CD3ζ y dominio coestimulador de 4-1BB. La marcada proliferación de linfocitos T-CARin vivo(100 a 100.000x) conduce a una eficacia, pero puede conducir a citotoxicidad, incluyendo el síndrome de liberación de citocinas (SLC). El SLC es la toxicidad potencialmente grave más común asociada con los linfocitos T-CAR. El SLC no es exclusivo de los linfocitos T-CAR y se produce con otras terapias que acoplan linfocitos T para destruir células cancerosas, incluyendo anticuerpos de acoplamiento de linfocitos T biespecíficos (BiTETM) tales como blinatumomab.
[1040] A pesar de la frecuencia de SLC después de la infusión de linfocitos T-CAR, se sabe relativamente poco acerca de la biología subyacente del síndrome. Una mejor comprensión del SLC puede conducir a un mejor reconocimiento, un mejor tratamiento y tal vez la capacidad de prevenir o derogar las complicaciones más graves del SLC. La capacidad de predecir qué pacientes se enfermarán con SLC grave es importante para el desarrollo de la terapia con linfocitos T-CAR, sin embargo, no hay predictores precisos publicados para SLC grave. El SLC se puede mejorar con éxito con el inhibidor de IL6R, tocilizumab, y también se usa después de terapias de acoplamiento de linfocitos T. A pesar de su eficacia, el mecanismo de tocilizumab para aliviar el SLC sigue estando mal definido. Actualmente, tocilizumab se usa para tratar SLC después de que los síntomas se vuelvan graves. Se desconoce si el tocilizumab puede prevenir el SLC o, si se usa demasiado temprano, podría disminuir la eficacia de los linfocitos T-CAR.
[1041] Para caracterizar mejor y predecir potencialmente SLC, este Ejemplo describe la evaluación de datos de 39 niños y 12 adultos con LLA refractaria/recidivante tratados con CTL019. Se obtuvieron datos clínicos y completos de biomarcadores, midiendo 43 citocinas, quimiocinas y receptores solubles diferentes (en lo sucesivo denominados colectivamente 'citocinas'), así como varios otros marcadores de laboratorio. Las mediciones en serie de estos pacientes permitieron una serie de observaciones novedosas que mejoran la comprensión de la biología del SLC y afectarán directamente a la práctica clínica.
[1042] Los resultados que se discutirán en la presente incluyen: (1) un modelo de predicción para SLC grave; (2) una descripción general del momento y patrón de aumento y caída de citocinas después del tratamiento con linfocitos T-CAR; (3) una comparación completa de perfiles de citocinas entre pacientes que desarrollan SLC grave frente a los que no lo desarrollan, que revela detalles significativos de la biología subyacente de SLC grave; (4) análisis que muestra que los pacientes que desarrollan SLC grave desarrollan perfiles clínicos, de laboratorio y de citocinas que reflejan linfohistiocitosis hematofagocítica (LHH)/síndrome de activación de macrófagos (SAM); y, (5) una caracterización de los efectos de tocilizumab sobre el SLC, que establece que la toxicidad del SLC está mediada por una señalización en trans de IL6 que se deroga rápidamente después del tratamiento con tocilizumab en la mayoría de los pacientes.
[1043] Métodos
[1044] Se recogieron datos clínicos y de laboratorio de 39 pacientes con LLA tratados consecutivamente con CTL019 en un ensayo clínico de fase 1/2a (NCT01626495). Se recogieron datos clínicos y de laboratorio de 12 adultos tratados con CTL019 en dos ensayos (NCT02030847 y NCT01029366). Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de todos los sujetos o de su tutor legal de acuerdo con la Declaración de Helsinki y todos los protocolos fueron aprobados por las juntas institucionales de revisión (IRB). También se recogió un conjunto limitado de datos clínicos y de laboratorio en 12 pacientes consecutivos adicionales tratados con CTL019 en NCT01626495. Este conjunto de datos proporcionó una cohorte de validación para los modelos predictivos. El SLC se clasificó como se ha descrito previamente y como se define en las Tablas suplementarias 1A y 1B de Teachey et al. Cancer Discovery. Esta escala de clasificación se desarrolló a priori y antes de cualquier análisis de datos. Los marcadores de citocinas se midieron en muestras de suero de 10 voluntarios sanos (véase el Ejemplo 3 para más detalles).
[1045] Todos los datos fueron decodificados y mantenidos en bases de datos seguras. Se monitorizaron en serie 43 citocinas únicas y un panel de pruebas clínicas de laboratorio, incluyendo químicas, ferritina y proteína C reactiva (CRP). Las células CTL019 se midieron en serie en sangre periférica mediante PCR cuantitativa. El análisis se restringió al primer mes después de la infusión de CTL019. Se recogieron aspirados de médula ósea basales y biopsias en la cohorte pediátrica. La MRD se realizó en el Laboratorio de Referencia de Citometría de Flujo Occidental del Grupo Oncológico de Niños aprobado por la CLIA y el CAP en la Universidad de Washington (Seattle, WA).
[1046] Métodos estadísticos
[1047] Los marcadores clínicos, de laboratorio y de citocinas asociados con SLC se resumen en general y por la aparición de SLC grave (grado 4-5) para las cohortes pediátricas, de adultos y combinadas. Para los marcadores medidos en serie, los valores se resumieron tanto como el máximo durante los primeros 3 días como durante el mes después de la infusión con el fin de capturar los valores máximos tempranos y globales de estos biomarcadores durante el periodo en que los pacientes experimentaron SLC. Además, se evaluaron los cambios relativos desde el nivel basal (factor de multiplicación) durante los primeros 3 días después de la infusión. El mes se definió como los primeros 35 días, permitiendo una ventana de 1 semana más allá de la evaluación esperada de 28 días. Las comparaciones entre grupos se realizaron utilizando la prueba exacta de Fisher para la prueba discreta y exacta del orden de Wilcoxon para factores continuos. El fibrinógeno y la CRP, debido a unos pocos valores registrados como superiores a un límite de detección que estaba dentro del intervalo de otros valores observados, fueron analizados con la prueba generalizada de Wilcoxon para datos censurados a la derecha. Los valores inferiores al límite inferior de detección se registraron como la mitad del límite inferior. Todas las pruebas estadísticas fueron bilaterales y generalmente se realizaron a nivel de 0,05. Al examinar las hipótesis de los 43 biomarcadores de citocinas, se consideraron las comparaciones múltiples, tal como se describe a continuación. Los análisis estadísticos se realizaron usando el software R (versión 3.2.1; R Development Core Team, Viena, Austria) y SAS (versión 9.4; SAS Institute Inc, Cary, NC).
[1048] Análisis de citocinas
[1049] Se investigaron varias hipótesis sobre los niveles de citocinas, y las asociaciones estadísticas se declararon significativas sólo si siguieron siendo significativas en el nivel de 0,05, después del ajuste de Holm para las 43 comparaciones múltiples. Todas las hipótesis que fueron probadas fueron desarrolladas a priori. Las comparaciones de los niveles de citocinas analizadas de esta manera incluyeron: máximo de 1 mes y máximo de 3 días entre aquellos con SLC grave frente a sin, el nivel basal del paciente entre aquellos con carga de la enfermedad alta frente a baja y pacientes basales frente a sujetos adultos sanos; se realizaron análisis de máximos de 1 mes y 3 días para las cohortes combinadas, de adultos y pediátricas por separado. Múltiples estudios publicados han demostrado que si bien las citocinas pueden variar entre niños y adultos con enfermedad o después de la estimulación con antígeno, los valores basales en niños y adultos sanos normales son similares. Por lo tanto, no se incluyó una cohorte pediátrica sana separada. Con el fin de descartar que cualquier variación en torno a la frecuencia de muestreo de los niveles de citocinas entre pacientes podría estar sesgando estas comparaciones, se repitieron análisis de 1 mes incluyendo mediciones de un esquema de muestreo común reducido que fue compartido por casi todos los sujetos. Se planteó la hipótesis de que los pacientes tratados con terapias de acoplamiento de linfocitos T, incluyendo CTL019, que experimentan SLC grave, desarrollan una activación anormal de macrófagos con linfohistiocitosis hemofagocítica (LHH) secundaria. Esta hipótesis se hizo basándose en la sintomatología clínica e hiperferritinemia marcada. Numerosos estudios han demostrado que la ferritina >10.000 ng/ml es altamente sensible y específica para la LHH en niños. Para establecer si los pacientes con SLC grave estaban manifestando LHH, se compararon los perfiles de citocinas de pacientes que desarrollaron SLC grave con los informes publicados de perfiles de citocinas en pacientes con LHH primaria asociada a una predisposición genética. De las 43 citocinas evaluadas, 19 se han estudiado previamente en niños con LHH. Este subconjunto de citocinas se reconsideró para la asociación con SLC grave para comparar el patrón de LHH, con ajuste de Holm para 19 comparaciones múltiples.
[1050] Con el fin de comprender qué factores pueden estar más intrínsecamente involucrados con el síndrome de SLC y la respuesta inicial del sistema inmunitario, se desarrolló un modelo de predicción para SLC grave que consideró factores clínicos y de laboratorio medidos en los primeros 3 días después de la infusión. Modelos y 10% en general: ALT, AST, BUN, CR, ferritina, qPCR, LDH, los 43 marcadores de citocinas, también se mantuvieron pequeños debido al número limitado de casos graves de SLC (14 en general y 11 en la cohorte pediátrica). Las variables candidatas incluyeron aquellos factores para los que faltaba el máximo de 3 días en no más de 2/14 casos de síntomas definitorios de SLC en los primeros 2 días después de la infusión (sí/no) y la edad en la infusión. También se consideró el factor de multiplicación del máximo de 3 días para las 43 citocinas y la carga de la enfermedad basal fue una variable candidata adicional para la cohorte pediátrica. Dos pacientes (ambos en la cohorte pediátrica) desarrollaron SLC grave el Día 3; sin embargo, todos los datos incluidos en los modelos se recopilaron al menos 12 horas antes del desarrollo de SLC grave. Los modelos de árbol de regresión logística y clasificación se ajustaron en las cohortes combinadas y pediátricas, denominada en lo sucesivo la cohorte de descubrimiento. La cohorte de adultos era demasiado pequeña para modelar por separado. Para los modelos de regresión logística, se usó la selección hacia adelante usando el criterio de información de Akaike (AIC) para seleccionar los modelos finales. La estadística de desviación se usó para seleccionar los modelos de árboles. Los modelos fueron validados en una cohorte independiente de 12 pacientes pediátricos, denominada la cohorte de validación.Resultados
[1051] Descripción clínica de los pacientes
[1052] Se trató un total de 51 pacientes con LLA, 39 pacientes en la cohorte pediátrica, de 5-23 años, y 12 en la cohorte adulta, de 25-72 años. Las dos cohortes se definieron basándose en los ensayos clínicos y las instituciones de tratamiento.47 pacientes (37 pediátricos; 10 adultos) presentaron LLA-B en la primera a la cuarta recaída, 1 niño presentó LLA-T recidivante con expresión de CD19 aberrante y 3 pacientes (1 pediátrico; 2 adultos) presentaron LLA-B refractaria primaria.
[1053] 31 pacientes (27 pediátricos; 4 adultos) (61 %) habían recaído después de un trasplante alogénico de hemocitoblastos (SCT) previo. 4 pacientes (todos pediátricos) habían sido tratados previamente con blinatumomab, un anticuerpo BITE contra CD19. Ningún paciente fue tratado con ninguna otra terapia dirigida a CD19 antes de CTL019. Recientemente se publicaron datos sobre la respuesta a CTL019 en los primeros 30 pacientes (25 niños y 5 adultos), demostrando una tasa de remisión completa (CR) del 90 % y una supervivencia libre de eventos (EFS) del 67 % a 6 meses.
[1054] Descripción clínica del síndrome de liberación de citocinas (SLC)
[1055] 48 de 51 pacientes (94 %) desarrollaron SLC; los tres que no eran niños. Los pacientes con SLC normalmente presentaron enfermedad similar a la gripe. La mayoría de los pacientes desarrollaron SLC de leve (grado 1-2) (18/51; 35 %) a moderado (grado 3) (16/51; 31 %), y 14 pacientes (27 %) desarrollaron SLC grave (grado 4-5) (grado 4 y 2 grado 5) (véase la Tabla 1 de Teachey et al., Cancer Discov. Junio de 2016;6(6):664-79). Para los pacientes que desarrollaron fiebre, el inicio del SLC se definió como el día con la primera fiebre >= 38,0 °C (100,5 °F) en relación con la infusión de CTL019. La interrupción del SLC se definió como 24 horas sin fiebre ni medicamentos vasoactivos, lo que indica recuperación del choque. Cuatro pacientes desarrollaron SLC sin fiebre: el inicio y el fin del SLC se definieron en el primer día con síntomas similares a los de la gripe y el primer periodo de 24 horas sin síntomas, respectivamente.
[1056] Nueve pacientes requirieron ventilación mecánica y veinte pacientes requirieron medicamentos vasoactivos para choque distributivo (19/20) o cardiógeno (1/20). Catorce pacientes requirieron dosis altas de vasoactivos. Solo 6 pacientes desarrollaron una infección comórbida documentada y solo 2 de estas infecciones, ambas en adultos, fueron clínicamente indicativas de septicemia. Los factores clínicos relacionados con SLC se resumen en la Tabla 1 de Teachey et al. Tres adultos fallecieron en los primeros 30 días después del tratamiento con CTL019. Algunos niños con SLC grave desarrollaron organomegalia, incluyendo hepatomegalia y esplenomegalia, y varios pacientes desarrollaron encefalopatía.Descripción de laboratorio del SLC
[1057] Los marcadores de laboratorio de inflamación e insuficiencia orgánica se evaluaron repetidamente en pacientes tratados con CTL019. Las ferritinas basales (N = 48) fueron elevadas en la mayoría de los pacientes (mediana: 1580 mg/dl, intervalo 232-14.673) como consecuencia de la inflamación sistémica y/o la sobrecarga de hierro. Solo seis niños de los 37 medidos y ningún adulto presentaron ferritinas basales <500 mg/dl. Los máximos de ferritina (definidos como el valor más alto en el primer mes después de la infusión de CTL109) fueron muy altos en todos los pacientes independientemente del grado, pero la mediana fue significativamente mayor en pacientes con SLC de grado 4-5 (p <0,001): SLC de grado 0-3 (mediana 8.290 mg/dl, intervalo 280 - 411.936) y SLC de grado 4-5 (mediana 130.000 mg/dl, rango 11.200 - 299.000). Se observaron tendencias similares en adultos y niños. Todos los pacientes con SLC de grado 4-5 tenían un máximo de ferritina >10.000 mg/dl, un valor que se considera sensible y específico para la activación de macrófagos/síndrome de LHH en niños. Treinta pacientes, incluyendo 20 de 39 (51 %) niños y 10 de 12 (83 %) adultos con SLC de grado 0-3 tuvieron un pico de ferritina >10.000 mg/dl.
[1058] La CRP basal fue elevada en la mayoría de los pacientes (mediana de 1,20 mg/dl, intervalo 0,12-29,4). Tres niños y 2 adultos no se sometieron a prueba de CRP en el nivel basal.24 de 36 niños (67 %) y 1 de 10 adultos presentaron una CRP basal >1 mg/dl. Similar a la ferritina, el máximo de CRP de 1 mes fue muy alto en la mayoría de los pacientes con SLC de grado 4-5 (mediana 22,9, intervalo 16,0-37,1) y SLC de grado 0-3 (mediana 16,2, intervalo 0,7-56,5), con una mediana de la diferencia estadísticamente significativa en SLC de grado 4-5 frente a de grado 0-3 (p = 0,010). Se observaron tendencias similares en adultos y niños. En consonancia con la inflamación y la hipotensión generalizables, ALT, AST, BUN, LDH y Cr aumentaron notablemente en la mayoría de los pacientes con SLC con un aumento estadísticamente significativo en el SLC de grado 4-5 frente a 0-3. Mientras que los valores máximos de estos análisis clínicos se correlacionaron con la gravedad de SLC, ninguno de estos análisis fue útil para predecir SLC en los primeros 3 días. La elevación temprana de CRP se asoció con SLC de grado 4-5 (p = 0,02), pero, contrariamente a otro informe publicado, la evaluación temprana de CRP en los tres primeros días después de la infusión de CTL019 no se encontró útil para predecir la gravedad del SLC (AUC = 0,73). Por ejemplo, considerando la CRP como un cribado para casos de alto riesgo, una CRP >6,8 mg/dl habría identificado solo el 72 % de los casos y tenía un valor predictivo positivo (VPP) del 43 %. De manera similar, la elevación temprana de la ferritina se asoció con SLC de grado 4-5, pero no fue útil para predecir SLC.
[1059] El fibrinógeno <150 mg/dl se usa en los criterios diagnósticos de LHH ya que es un marcador sensible del síndrome. Se encontró una fuerte asociación con fibrinógeno bajo y SLC de grado 4 en la cohorte pediátrica pero no en adultos. Los niños se volvieron ligeramente coagulopáticos con una coagulopatía más significativa con SLC grave. Los adultos también desarrollaron hipofibrinogenemia y coagulopatía leve; sin embargo, esto se observó a través de los grados de SLC. Aunque el sangrado fue raro, comprender la coagulopatía tiene implicaciones clínicas directas, ya que muchos de los pacientes necesitaron crioprecipitado además de plasma congelado en fresco para mantener la hemostasia.
[1060] Perfiles de citocinas
[1061] Con el fin de entender la biología del SLC después de la terapia con linfocitos T-CAR, se realizó una evaluación de citocinas en serie en los 51 pacientes. La mediana de los valores basales de 50 pacientes con LLA (un sujeto no tenía un valor basal) se comparó con una cohorte de donantes normales de 10 pacientes. Cabe destacar que se encontró que un número de citocinas, incluyendo sIL2Rα y MCP1, fueron consistentemente elevadas en la mayoría de los pacientes con LLA en comparación con los donantes normales y significativas por el valor de p ajustado de Holm. Se determinó si ciertas citocinas estaban asociadas con la carga basal de la enfermedad en niños (las médulas óseas no se recogieron en el momento de la infusión en muchos adultos). Solo EGF, IL12 e IL13 se asociaron con una mayor carga de la enfermedad en el nivel basal por el valor de p de Holm.
[1062] Se compararon los perfiles de citocinas en pacientes que padecían SLC grave con pacientes que no. Se descubrió que los niveles máximos de 24 citocinas, incluyendo IFNγ, IL6, IL8, sIL2Rα, sgp130, sIL6R, MCP1, MIP1α, MIP1β y GM-CSF, enviados en el primer mes después de CTL019 se asociaron con SLC de grado 4-5 en comparación con SLC de grado 0-3 y significativos por el valor de p ajustado de Holm(FIG.11A, 11B, 11C, 11D, 12A, 12 B, 12C y 12D).Comoanálisis de sensibilidad, este análisis se repitió con un conjunto reducido de medidas de citocinas, manteniendo solo una medida por ventana de evaluación objetivo especificada en el protocolo, para igualar el número de mediciones entre sujetos. Los resultados fueron similares; 23 citocinas fueron significativas, todas entre las 24 previamente encontradas. Solo IL1RA, el resultado significativo más débil de los 24 originales, no permaneció significativo.
[1063] Ciertas citocinas alcanzaron su máximo antes que otras en pacientes con SLC grave. Comprender el momento de la subida y caída mejora la comprensión no solo de la biología subyacente, sino que también tiene relevancia terapéutica potencial. IFNγ y sgp130, por ejemplo, se elevan muy temprano. Estas dos citocinas fueron las únicas elevadas de manera diferente para el SLC grave frente a no grave en los primeros 3 días después de la infusión y antes de que los pacientes se enfermaran críticamente después del ajuste para comparaciones múltiples (Holm). Por el contrario, mientras que IL6 es la citocina más fuertemente asociada con SLC grave durante el primer mes, los niveles tempranos de IL6 (días 0-3) no fueron diferentes por SLC después del ajuste para comparaciones múltiples.
[1064] Se descubrió que la gravedad de SLC estaba débilmente asociada con la máxima expansión de linfocitos T-CAR por copias/microgramos por qPCR durante un mes (p = 0,058); sin embargo, el máximo en los primeros 3 días después de la infusión no se asoció con la gravedad del SLC.
[1065] Modelado predictivo
[1066] Se desarrollaron y analizaron 16 modelos predictivos (8 de cohorte combinada y 8 de cohorte pediátrica únicamente) ajustados basándose en datos de la cohorte principal (descubrimiento) de 51 pacientes. La Tabla 3 de Teachey et al. enumera los mejores modelos de regresión general y modelos de árbol de decisión para las cohortes combinadas y pediátricas únicamente. El modelo de regresión logística de selección hacia adelante predijo con precisión qué pacientes desarrollaron SLC de grado 4-5 usando IFNy, sgp130 y sIL1RA con una sensibilidad del 86 % (IC del 95 %: 57, 98), especificidad del 89 % (IC del 95 %: 73, 97) y AUC = 0,93 (IC del 95 %: 0,86, 1,0)(FIG.2). Usando un árbol de decisión, una combinación de sgp130, MCP1 y eotaxina tuvo sensibilidad del 86 % (IC del 95 %: 57, 98) y especificidad del 97 % (IC del 95 %: 85, 100). Véase laFIG. 4. Para la cohorte pediátrica, el modelado fue aún más preciso; el modelo de regresión logística de selección hacia adelante incluyendo IFNy, IL13 y MIP1α tuvo sensibilidad del 100 % (IC del 95 %: 72, 100), especificidad del 96 % (IC del 95 %: 81, 100) (AUC = 0,98; IC del 95 %: 0,93, 1,0). Véase laFIG.6. La carga de la enfermedad antes de la infusión puede predecir SLC grave. Solo en la cohorte pediátrica, se recogió un aspirado de médula ósea inmediatamente antes de la infusión. Se encontró que la carga de la enfermedad no mejoró la precisión predictiva de los modelos sobre las citocinas solas usando el modelado de regresión; sin embargo, se identificó como una variable predictiva importante en la cohorte pediátrica usando el modelado del árbol de decisión. Una combinación de IL10 y carga de la enfermedad tuvo sensibilidad al 91 % (IC del 95 %: 59, 100) y especificidad del 96 % (IC del 95 %: 81,100)(FIG.9). Dado que muchos ensayos no miden la carga de la enfermedad, se observa que un clasificador basado en predictores del modelo logístico del candidato más adecuado incluyó una combinación de IFNγ y MIP1α y tuvo sensibilidad del 82 % (IC del 95 %: 48, 98) y especificidad del 93 % (IC del 95 %: 76, 99). Véase laFIG.8.
[1067] La exactitud de los modelos se probó usando la cohorte de validación de 12 pacientes pediátricos adicionales. Se encontró que todos los modelos funcionaron extremadamente bien en la cohorte de validación. Por lo tanto, la cohorte de validación no cambió el orden de rango del modelo.
[1068] Síndrome hemofagocítico/síndrome de activación de macrófagos como consecuencia deCTL019
[1069] Se han estudiado 19 citocinas estudiadas en los pacientes de los inventores en niños con LHH. Se encontró un patrón casi idéntico de aquellas citocinas que tienen valores máximos de 1 mes diferencialmente elevados en pacientes con LHH también elevados en pacientes con SLC grave frente a sin SLC(FIG. 13A y 13B). Hubo diferencias estadísticamente significativas en IFNy, IL10, sIL2Rα, IL6, IL8, IP10, MCP1, MIG y MIP1β en SLC de grado 4-5 frente a SLC de grados 0-3. Se espera que todas estas citocinas estén elevadas en pacientes con LHH. No se observaron diferencias significativas por el valor de p ajustado de Holm en IL1β, IL2, IL5, IL7, IL12, IL13 e IL17, citocinas que se espera sean normales en LHH basándose en el trabajo publicado. GM-CSF y TNFα fueron diferencialmente elevados en el estudio de los presentes inventores en aquellos con SLC grave. Se ha demostrado que GM-CSF y TNFα están elevados con LHH en algunos estudios mientras que en otros son normales. IL4 suele ser normal en pacientes con LHH. Fue diferencialmente elevado en este estudio en los pacientes con SLC grave, aunque los niveles fueron bajos en ambos grupos.
[1070] Señalización de IL6 y terapia dirigida a IL6
[1071] 21 pacientes fueron tratados con tocilizumab para SLC.7 de 15 sujetos con SLC de grado 3 y los 14 sujetos con SLC de grado 4-5 recibieron tocilizumab.10 de los 21 sujetos (4 pediátricos; 6 adultos) recibieron más de una dosis. También se trataron 12 pacientes con corticosteroides y 2 pacientes recibieron etanercept. Ningún paciente recibió siltuximab. Tocilizumab se administró una mediana de 5 días después de la infusión con CTL019 (intervalo de 2 a 12 días). La Tabla suplementaria 15 de Teachey et al. detalla el tiempo hasta el inicio de tocilizumab en relación con la infusión, la primera fiebre, el uso de vasoactivos y la intubación, si procede. La respuesta a tocilizumab fue rápida. Muchos pacientes se volvieron afebriles inmediatamente después de la primera dosis. La mayoría de los pacientes fueron capaces de retirar gradualmente los vasoactivos durante las 24-36 horas posteriores a la administración de tocilizumab y se interrumpieron una mediana de 4,5 días después de la administración de tocilizumab. Aunque todos los niños con SLC sobrevivieron y respondieron a tocilizumab, 3 adultos tratados con CTL019 murieron.
[1072] La FIG.14 representa los niveles de 4 citocinas (IFNγ, IL6, sIL6R y sgp130) a lo largo del tiempo en los 14 sujetos de grado 4-5 tratados con tocilizumab. Después de la primera dosis de tocilizumab, hubo generalmente un aumento transitorio de los niveles de IL6, seguido de una disminución rápida. sIL6R generalmente aumentó y continuó siendo elevado durante al menos 2-3 semanas después de tocilizumab, y sgp130 pareció aumentar en algunos pacientes, pero no en otros después de tocilizumab.
[1073] Discusión
[1075] Este Ejemplo describe una serie de observaciones. En primer lugar, se desarrollaron modelos que pueden predecir qué pacientes tratados con linfocitos T-CAR es probable que se enfermen críticamente antes de enfermarse, lo que posiblemente permite intervenciones tempranas que podrían reducir la morbilidad o mortalidad. En segundo lugar, establece que las concentraciones de sIL6R y sgp130 son probablemente relevantes clínica y biológicamente, ya que este es el primer trabajo que ha evaluado sistémicamente sIL6R y sgp130 después de linfocitos T-CAR. En tercer lugar, se identificaron 24 citocinas distintas que se expresan diferencialmente en pacientes con SLC grave frente a sin SLC grave, añadiendo una nueva visión de la biología subyacente a SLC grave. Finalmente, confirma que los pacientes que desarrollan SLC grave desarrollan un perfil clínico, de laboratorio y de biomarcadores consistente con LHH secundario.
[1076] La toxicidad más común y potencialmente grave observada en los ensayos que usan terapia con linfocitos T modificadas con CAR es SLC. Los datos sugieren una correlación entre el desarrollo de SLC y la respuesta a los linfocitos T-CAR. Sin embargo, no parece haber una fuerte asociación entre el grado de SLC y el resultado. De manera similar a los datos con otras terapias de acoplamiento de linfocitos T, incluyendo blinatumomab, se ha descubierto que la gravedad del SLC puede estar asociada con la carga de la enfermedad en el momento del tratamiento. Aunque esta asociación existe, como hemos demostrado en el presente documento, la carga de la enfermedad por sí sola no es suficiente para predecir qué pacientes desarrollarán SLC grave. El VPP de alta carga de la enfermedad por sí solo fue escaso, ya que solo 10 de 23 pacientes con una médula M3 (>25 % blastos) desarrollaron SLC grave. Sin embargo, la baja carga de la enfermedad tiene un fuerte valor predictivo negativo (VPN). En la cohorte pediátrica de los presentes inventores, solo uno de 15 pacientes que tenían médula que demostró <5 % de blastos en el momento de la infusión de CTL019 desarrolló SLC grave. La carga de la enfermedad basal no se obtuvo en la mayoría de los adultos y en los ensayos pediátricos de los presentes inventores en curso ya no están evaluando la carga de la enfermedad en el momento de la infusión. Estos datos demuestran que el riesgo de SLC puede predecirse con precisión sin necesidad de evaluar la carga de la enfermedad en el momento de la infusión.
[1078] El SLC grave es una toxicidad potencialmente mortal. De hecho, 2 adultos en esta serie murieron como consecuencia de SLC. La capacidad de predecir qué pacientes pueden desarrollar SLC grave antes de su desarrollo puede ser útil para mitigar la toxicidad, ya que la terapia dirigida a citocinas podría instituirse antes de que un paciente se enferme críticamente. Los pacientes que predijeron desarrollar SLC grave podrían ser monitorizados más estrechamente para permitir el inicio temprano de cuidados de apoyo intensivos. Por el contrario, la capacidad de predecir qué pacientes es poco probable que desarrollen SLC grave puede prevenir la hospitalización temprana innecesaria y/o la exposición a una terapia dirigida a citocinas innecesaria. Por consiguiente, los modelos que han desarrollado los presentes inventores usando un pequeño número de citocinas para predecir la gravedad del SLC con alta sensibilidad y especificidad tienen relevancia clínica y terapéutica directa. Se desconoce si la intervención temprana o la prevención del SLC limitarán la eficacia. Los ensayos prospectivos que inicien una intervención temprana basada en modelos de perfil de citocinas deberán llevarse a cabo cuidadosamente.
[1080] No se encontró que las pruebas de laboratorio clínicas estándar fueran útiles para predecir la gravedad del SLC, ya que muchas (ferritina, CRP, LDH, AST, ALT, BUN y CR) alcanzaron su máximo después de que los pacientes enfermaran. A diferencia de los informes anteriores de otro grupo, este trabajo no demostró que la evaluación temprana de la CRP pudiera predecir con precisión la gravedad del SLC. Aunque no se desea quedar ligado a la teoría, en algunos casos, los perfiles tempranos predictivos de citocinas identificados en el presente documento también son relevantes para otras terapias de acoplamiento de linfocitos T tales como BiTE, así como también después de linfocitos T citotóxicos dirigidos a virus.
[1082] Además de desarrollar modelos predictivos precisos, este estudio aporta una serie de ideas clave sobre la comprensión biológica del SLC. Al analizar las citocinas enviadas antes de que los pacientes desarrollaran SLC grave, se demostró que sgp130 y IFNγ estaban fuertemente asociados con el desarrollo posterior de SLC grave. Se confirmó la observación anterior de que IFNy, IL6 y sIL2Rα muestran un marcado aumento diferencial en pacientes con SLC grave en comparación con pacientes sin SLC grave. Se encontraron diferencias marcadas en varias citocinas adicionales no estudiadas previamente después de la terapia con linfocitos T-CAR. En general, las citocinas que estaban diferencialmente elevadas basándose en el grado de SLC incluían citocinas liberadas de linfocitos T activados (sIL2Rα, IFNγ, IL6, sIL6R, GM-CSF) o monocitos/macrófagos activados (IL1RA, IL10, IL6, IP10, MIG, INFα, MIP1α, MIP1β, sIL6R), así como quimiocinas que son quimiotácticas para monocitos/macrófagos (MCP1, MIP1β) y citocinas que a menudo son elevadas después de daño tisular e inflamación (IL8, GCSF, GMCSF, VEGF, IL6, sRAGE).
[1084] Se encontró que los pacientes que desarrollan SLC grave desarrollan un fenotipo clínico que se asemeja a SAM/LHH, así como evidencia de laboratorio de activación anormal de macrófagos, incluyendo ferritina elevada, fibrinógeno bajo y un perfil de citocinas que se asemeja al observado en las formas genéticas de LHH. Un nivel de IFNγ de 75 pg/ml y un nivel de IL10 >60 pg/ml tiene una especificidad del 98,9 % y una sensibilidad del 93 % para LHH cuando se miden los niveles de citocinas en niños críticamente enfermos (con y sin neoplasias malignas) con septicemia o LHH. No se espera que IFNy esté elevado en pacientes con septicemia. Todos los pacientes con SLC 4-5 en esta serie presentaron un IFNγ > 75 pg/ml e IL10 >60 pg/ml. IL4 es la única citocina probada que fue atípica de la hipótesis a priori; sin embargo, los valores absolutos fueron muy pequeños en todos los pacientes. Por lo tanto, se plantea la hipótesis de que IL4 probablemente no sea relevante clínica ni biológicamente en esta cohorte. El trabajo futuro determinará si existe alguna asociación genotipofenotipo entre el desarrollo de SAM/LHH después de linfocitos T-CAR y mutaciones en genes que predisponen al desarrollo de LHH, incluyendo PRF1.
[1086] La terapia dirigida a IL6 es la piedra angular de la terapia basada en citocinas después del tratamiento con linfocitos T-CAR. Se ha demostrado que es eficaz y, de manera importante, no parece disminuir la eficacia de los linfocitos T-CAR. Dicho esto, como IL6 no aumenta apreciablemente antes del desarrollo de SLC, la evaluación clínica de IL6 en los primeros días después de la infusión no ayudará a determinar qué pacientes desarrollarán SLC grave o requerirán terapia dirigida a IL6. Se desconoce si el tratamiento temprano con tocilizumab antes del desarrollo de SLC sería beneficioso. Tocilizumab tiene una semivida muy larga (11-14 días). Por lo tanto, si se administra temprano, el fármaco estaría presente en el momento del máximo de IL6 y en teoría podría prevenir el SLC grave.
[1088] Este estudio demuestra la importancia de la señalización en trans de IL6 en SLC. IL6 señaliza a través de dos mecanismos, ya sea a través del receptor IL6 unido a membrana o soluble (sIL6R). En la señalización clásica de IL6, IL6 se une a su receptor unido a membrana. La mayoría de las células no expresan IL6R y no responden a la señalización clásica de IL6. En la señalización en trans de IL6, sIL6R se une a IL6 y el complejo se asocia con gp130 unido a membrana. gp130 unido a membrana está asociado con JAK1, JAK2 y TYK2. Por consiguiente, la señalización en trans de IL6 activa la ruta de Jak/Stat. La señalización en trans de IL6 se produce en células que NO expresan la IL6R. Normalmente, los altos niveles de gp130 soluble (sgp130) y sIL6R en la sangre sirven como tampón, bloqueando la señalización en trans de IL6. En personas sanas, los niveles de IL6 son normalmente del orden de pg/ml, sin embargo, los niveles de sIL6R y sgp130 son normalmente 1000 veces más altos a niveles de ng/ml. Por consiguiente, la señalización en trans de IL6 solo ocurre cuando los niveles de IL6 aumentan de niveles de pg/ml a ng/ml. La señalización en trans de IL6 se puede bloquear reduciendo los niveles de IL6, bloqueando la interacción de IL6 con IL6R, aumentando los niveles de sIL6R, aumentando los niveles de sgp130 o bloqueando la interacción de IL6-IL6R con sgp130. Tocilizumab es un anticuerpo monoclonal anti-IL6R. En otras enfermedades mediadas por IL6, los niveles de IL6 a menudo aumentan y los niveles de sIL6R aumentan o disminuyen después del tratamiento a medida que se bloquea la interacción entre IL6R e IL6. Después del tratamiento con tocilizumab, parecía haber un aumento transitorio de IL6 seguido de una rápida disminución de la cohorte de SLC. Los niveles de sIL6R también parecieron aumentar significativamente después de tocilizumab, debido a que el complejo de sIL6R y tocilizumab no puede ser eliminado por el riñón debido a su tamaño. Estos datos sugieren que tocilizumab está bloqueando la señalización en trans de IL6 a través de múltiples mecanismos: bloqueando la interacción de IL6R con IL6, elevando sIL6R para aumentar el tampón IL6 y, eventualmente, reduciendo los niveles de IL6. Cabe destacar que la recogida de muestras no fue uniforme entre los pacientes antes y después del tratamiento con tocilizumab, ya que tocilizumab se administró en días diferentes con respecto al tiempo de infusión y algunos pacientes recibieron más de una dosis. Uno y colaboradores publicaron datos recientemente que sugieren que los pacientes con artritis reumatoide que tienen niveles elevados de sgp130 son más propensos a responder a tocilizumab ya que los niveles más altos de sgp130 neutralizarán más complejos de IL-6/sIL-6R, dejando menos complejos que necesitan ser neutralizados por tocilizumab. Por lo tanto, se cree que los altos niveles de sgp130 que se observan antes del tratamiento con tocilizumab son clínica y biológicamente relevantes; sin embargo, se necesita un trabajo futuro que investigue la importancia y función de la señalización en trans de IL6.
[1090] Otros agentes que se dirigen a la señalización de IL6 están disponibles en el mercado o están en desarrollo clínico, incluyendo inhibidores directos de IL6 tales como siltuximab y el bloqueador de la señalización en trans de IL6 sgp130Fc. Estos agentes tienen el potencial de ser eficaces para el SLC, pero se necesitan estudios futuros. El perfil extenso de citocinas de los presentes inventores no apoya el uso de bloqueo de TNFα después de linfocitos T-CAR. Aunque algunos de los receptores de TNF solubles estaban marcadamente elevados en pacientes con SLC grave, los niveles máximos de TNFα fueron bastante bajos. Curiosamente, recientemente se ha demostrado que la inducción de eliminación de receptores de TNF conduce a una falta de respuesta completa de las células diana TNFα. Estudios publicados que demuestran la eficacia del bloqueo de TNFα usaron inhibidores en enfermedades con niveles elevados de TNFα en suero o tejido. Aunque algunos agentes bloqueantes de TNFα, tales como etanercept, también se dirigen a los receptores de TNF, se desconoce si es eficaz dirigirse a los receptores de TNF en pacientes con niveles bajos de TNFα. Para los pacientes que se enferman críticamente después de los linfocitos T-CAR y no responden al bloqueo de IL6, los inhibidores de Jak/Stat, IFNy o sIL2Rα podrían ser potencialmente eficaces para mejorar los síntomas de SLC. Desafortunadamente, estos probablemente afectarían la función de los linfocitos T-CAR.
[1092] Las variables de confusión que pueden afectar la producción de citocinas siempre deben ser consideradas cuando se interpretan patrones de citocinas para entender la biología de la enfermedad o desarrollar modelos predictivos. Pueden ocurrir diferencias leves en los valores basales de citocinas en sujetos sanos normales basándose en la edad, el sexo y el origen étnico. Los factores relacionados con la enfermedad, incluyendo el tipo de neoplasia maligna o la carga de la enfermedad, también pueden afectar a la producción de citocinas. También es importante evaluar los cambios relativos y absolutos en la producción de citocinas. Las diferencias entre las poblaciones a veces se notifican como factores de multiplicación sin tener en cuenta los valores absolutos, pero esto puede ser engañoso, ya que las diferencias estadísticamente significativas pueden no ser biológica o clínicamente significativas. Se consideraron los valores en el contexto del grado de variación observado en poblaciones sanas y los niveles notificados en pacientes con enfermedades inflamatorias y/o infección. Se consideraron las diferencias absolutas y relativas entre grupos.
[1093] A pesar de varias observaciones importantes, este estudio tiene varias limitaciones. Aunque describe SLC después de linfocitos T-CAR en la mayor cohorte de pacientes hasta la fecha, el número total de pacientes con SLC de grado 4-5 fue relativamente pequeño. Sin embargo, los resultados tuvieron ajustes para comparaciones múltiples y los modelos de predicción permanecieron exactos en una cohorte de validación independiente. Los datos reflejan pacientes tratados en dos centros con productos de linfocitos T-CAR generados usando el mismo proceso de fabricación, y se desconoce si los modelos serán generalizables. Los únicos biomarcadores de laboratorio que fueron robustos para la predicción de SLC fueron las citocinas y las pruebas de citocinas no están disponibles con resultados rápidos en muchos laboratorios clínicos. Los datos permiten el diseño de un panel enfocado de analitos que se puede usar para predecir y rastrear el SLC. Las escalas de clasificación de los criterios comunes de terminología para acontecimientos adversos (CTCAE) no definen adecuadamente o con precisión el SLC después de las terapias de acoplamiento de linfocitos T. Por lo tanto, diferentes sitios y diferentes publicaciones usan diferentes escalas de clasificación, lo que puede hacer que las comparaciones entre estudios sean difíciles. Lee y colaboradores y Davila y colaboradores también publicaron escalas de clasificación de SLC para pacientes tratados con linfocitos T-CAR (véanse las Tablas suplementarias 16 y 17 de Teachey et al.). Una comparación de la escala de clasificación de SLC con otras escalas de clasificación publicadas se describe en la Discusión suplementaria de Teachey et al. Los sistemas de clasificación son lo suficientemente similares como para que los modelos predictivos sean relevantes en los otros sistemas de clasificación. Independientemente del "grado numérico", los modelos del presente documento identifican pacientes que desarrollan complicaciones potencialmente mortales de SLC (ventilación mecánica y/o choque descompensado).
[1095] La necesidad de modelos predictivos es distinguir a los pacientes que se enferman críticamente del SLC de aquellos que no lo harán. La demarcación se basó en pacientes que desarrollaron complicaciones potencialmente mortales del SLC, incluyendo choque descompensado o insuficiencia respiratoria (grado 4-5). Los pacientes con SLC de grado 0-2 desarrollaron solo una enfermedad leve. Por el contrario, el SLC de grado 3 representa un espectro clínico heterogéneo, ya que algunos pacientes solo necesitaban líquidos IV u oxígeno suplementario mínimo, mientras que otros requerían dosis bajas de medicamentos vasoactivos o desarrollaron hipoxemia más significativa. De cara a ciertos ensayos, puede ser importante suavizar nuestra definición de "SLC grave" e incluir pacientes que se enfermaron mucho, pero que no desarrollaron SLC potencialmente mortal. Se realizaron análisis adicionales que subdividieron a los pacientes con SLC de grado 3 basándose en la necesidad de cualquier medicamento vasoactivo o requerimiento significativo de oxígeno (>=40 % de FiO2) en dos grupos (3a y 3b) y volvieron a dividir la cohorte en grave y no grave definida como SLC 0-3a frente a SLC 3b-5. Se usaron regresión logística y modelado de árboles de decisión para desarrollar nuevos modelos con esta categorización alternativa y también se probó la exactitud de los modelos "originales" usando la categorización alternativa. Estos modelos adicionales y los análisis adicionales se incluyen en los Resultados suplementarios y como Tablas suplementarias 18 y 19 y Figuras suplementarias 5a-e de Teachey et al.
[1097] Se estudió la biología del SLC y se investigó si ciertas citocinas medidas en una fase temprana podían predecir la gravedad del SLC. Variables adicionales no estudiadas en el presente documento pueden predecir SLC grave y estas serán investigadas en trabajos futuros. Estas incluyen el fenotipo de linfocitos T del producto, la función de linfocitos T del producto, polimorfismos CD19 que pueden activar diferencialmente CTL019, la expresión tumoral de CD19 o PD-L1 y polimorfismos de genes inmunitarios. Se ha publicado previamente que los productos generados a partir de la mayoría de los pacientes muestran una alta actividad citolítica y producen nivelesin vitromuy similares en la mayoría de las citocinas. Dado que hay poca variabilidad en la composiciónex vivoy la producción de citocinas del producto CTL019, pero considerable heterogeneidad en SLC en pacientes, se planteó la hipótesis de que el estudio probablemente no encontraría diferencias en el producto CTL019 que se correlacionarán con la gravedad del SLC.
[1099] En conclusión, estos datos representan el análisis más grande y más completo hasta la fecha de las manifestaciones clínicas y biológicas de SLC después de la terapia con linfocitos T-CAR. Este estudio identificó y caracterizó citocinas que están asociadas con SLC grave y citocinas que pueden predecir qué pacientes probablemente desarrollarán SLC grave antes de que ocurra. La predicción temprana permitirá a los ensayos determinar si la intervención temprana mitigará la toxicidad sin afectar la eficacia. Basándose en la emocionante eficacia observada con linfocitos T-CAR en ensayos de fase temprana, su uso se está expandiendo rápidamente de un número selecto de instituciones de atención terciaria a un mayor número de centros. Por consiguiente, es primordial comprender y reducir la toxicidad y estos datos proporcionan información novedosa significativa que puede ayudar a lograr ese objetivo.
[1101] Ejemplo 3: Métodos y resultados suplementarios
[1103] Diseño del ensayo
[1105] Se recopilaron datos clínicos y de laboratorio de pacientes tratados en 3 ensayos clínicos diseñados para evaluar la seguridad y viabilidad de la terapia con linfocitos T CTL019 en neoplasias CD19+ recidivantes/refractarias. ClinicalTrials.gov: NCT01626495, NCT 02030847 y NCT01029366. Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de todos los sujetos o de su tutor legal de acuerdo con los criterios de elegibilidad para los tres ensayos que se incluyen en el sitio web ClinicalTrials.gov y también se publican previamente. Cabe destacar que se excluyeron los pacientes con enfermedad injerto contra huésped activa, afectación activa del SNC con leucemia (CNS3), una infección no controlada, hepatitis B o C activa o VIH. Los pacientes que habían sido sometidos a un trasplante de células madre alogénicas previo eran aptos siempre que hubieran transcurrido al menos 6 meses desde el trasplante y el paciente no requiriera inmunosupresión en el momento de la inscripción. Los procedimientos del estudio que incluyen detalles de la leucocitaféresis y tipos de quimioterapia linforreductora se publicaron previamente (Maude, NEJM Oct 16 2014;371(16):1507-1517). Se infundió a los pacientes con 1-10 × 10<7>linfocitos T/kg (5-50 × 10<8>linfocitos T para pacientes de más de 50 kg) durante 1-3 días como se ha descrito previamente. También se han publicado previamente detalles sobre la respuesta a la terapia para los primeros 30 sujetos incluidos en este informe.
[1106] Declaración general de laboratorio
[1107] Los linfocitos T CTL019 se produjeron bajo los principios de las Buenas Prácticas de Fabricación actuales. Se realizaron estudios clínicos de laboratorio, incluyendo ferritina, proteína C reactiva (CRP), alanina aminotransferasa (ALT), aspartato aminotransferasa (AST), nitrógeno ureico en sangre (BUN), creatinina (Cr), hemograma completo (CBC) con tiempo de protrombrina (PT) diferencial, tiempo de tromboplastina parcial (PTT) y fibrinógeno en laboratorios clínicos certificados por Enmiendas para el Mejoramiento de Laboratorios Clínicos (CLIA) y acreditados por el Colegio Americano de Patólogos (CAP).
[1108] Producción de linfocitos T CTL019
[1109] Se recogieron células mononucleares de sangre periférica (CMSP) mediante leucocitaféresis. Los linfocitos T se enriquecieron, se lavaron y se expandieron mediante la adición de perlas paramagnéticas recubiertas con anti-CD3/CD28 para la activación de linfocitos T. El vector lentivírico que contenía el transgén anti-CD19-BB-ζ descrito previamente se añadió en el momento de la activación celular y se lavó el día 3 después del inicio del cultivo. Las células se expandieron en un dispositivo de plataforma oscilante (WAVE Bioreactor System) durante 8 a 12 días. En el último día de cultivo, las perlas se retiraron haciéndolas pasar sobre un campo magnético y las células CTL019 se recogieron y crioconservaron en criomedio infusible. Los criterios de liberación del producto final en el IND incluían los siguientes: viabilidad celular ≥ 70 %, células CD3+ ≥ 80 %, perlas paramagnéticas recubiertas con anti-CD3/CD28 paramagnéticas residuales ≤ 100 por cada 3 × 10<6>células, endotoxina ≤ 3,5 UE/ml, Mycoplasma negativo, cultivos bacterianos y fúngicos negativos, seroalbúmina bovina residual ≤ 1 µg/ml, ADN de VSV-G como marcador sustituto para la replicación de lentivirus competente ≤ 50 copias por µg de ADN, eficacia de transducción por citometría de flujo ≥ 2 %, eficiencia de transducción por secuencia de ADN de vector 0,02 a 4 copias por célula.
[1110] Procesamiento de muestras para estudios de laboratorio no clínicos
[1111] Se recogieron muestras de sangre periférica y médula ósea en tubos Vacutainer (Becton Dickinson) de tapón violeta (K2EDTA) o tapón rojo (sin aditivo). Los tubos de tapón violeta se entregaron al laboratorio en las 2 horas posteriores a la extracción de la muestra, o se enviaron durante la noche a temperatura ambiente en recipientes aislados tal como se describe. Las muestras se procesaron en las 16 horas posteriores a la extracción según el SOP establecido. Las células mononucleares de sangre periférica (CMSP) y médula ósea (CMMO) se purificaron, procesaron y almacenaron en -140 °C. Los tubos de tapón rojo se procesaron en las 2 horas posteriores a la extracción, incluyendo el tiempo de coagulación; el suero se aisló por centrifugación, se separó en alícuotas de 130 µl de un solo uso y se almacenaron a -80 °C.
[1112] Métodos para los ensayos Luminex 14-ple y 30-ple
[1113] El número de catálogo del panel magnético 30-ple de citocinas humanas LHC6003M se adquirió de Life Technologies (Carlsbad, CA). Los siguientes analitos están en el panel (IL-1RA, FGF-básico, MCP-1, G-CSF, IFN-γ, IL-12, IL-13, IL-7, GM-CSF, TNF-α, IL-1β, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IFN-α, IL-15, IL-10, MIP-1α, IL-17, IL-8, EGF, HGF, VEGF, MIG, RANTES, eotaxina, MIP-1β, IP-10, IL-2R). El número de catálogo del panel 14-ple de perlas magnéticas del receptor de citocinas soluble humano HSCRMA32KPX14 se adquirió de EMD Millipore (Darmstadt, Alemania). Los siguientes analitos están en el panel (sCD30, sEGFR, sgp130, sIL-1RI, sIL-1RII, sIL-2Rα, sIL-4R, sIL-6R, sRAGE, sTNFRI, sTNFRII, sVEGFR1, sVEGFR2, sVEGFR3). Las muestras de suero crioconservadas a -80 °C desde el día -4 hasta el día 28 se descongelaron y analizaron según los protocolos del fabricante. Las placas de ensayo se midieron usando un instrumento FlexMAP 3D (Luminex, Austin, TX), y la adquisición y el análisis de datos se realizaron usando el software xPONENT (Luminex). La calidad de los datos se examinó basándose en los siguientes criterios. La curva estándar para cada analito tiene un valor R2 > 0,95 con o sin ajuste menor usando el software xPONENT. Se marcaron datos no extrapolados de recuentos bajos de perlas que también tienen CV (coeficiente de variación) >20 %. Para el kit 14-ple, se requería que > 90 % de los resultados para las dos muestras de control incluidas en el kit estuvieran dentro de los intervalos esperados proporcionados por el fabricante. No se realizaron pruebas adicionales en muestras con resultados fuera del intervalo bajo (<OOR) y sustituidos con la mitad del extremo inferior de la curva patrón para el análisis de datos. Las muestras con resultados que estaban fuera del intervalo alto (>OOR) o mayores que dos veces el valor máximo de la curva estándar (SC máx.) se volvieron a evaluar a diluciones más altas. Los resultados que superaron los controles de calidad o los reanálisis anteriores se usaron en estudios de correlación traslacional.
[1114] Puntos de tiempo de recogida.
[1115] Se recogieron citocinas, CBC, ALT, AST, BUN, Cr, ferritina, CRP y LDH en los siguientes días basándose en el estudio. Los protocolos también permitieron la recogida adicional de muestras cuando los pacientes estaban enfermos. Cabe destacar que la ferritina y la CRP no se incluyeron cuando se abrió el estudio por primera vez. No se obtuvo ferritina basal en 2 niños. No se obtuvo CRP basal en 3 niños y 2 adultos. La ferritina se recogió en CHP959 con el primer sujeto inscrito, pero no hasta el día 11 y este sujeto solo tuvo 3 puntos temporales recogidos en los primeros 35 días. Después de conocer la importancia de la ferritina, la ferritina de los sujetos segundo, tercero y cuarto de CHP959 se controló con más frecuencia, 8, 24 y 9 veces, respectivamente durante los primeros 35 días. En el sujeto 5, la ferritina se recogió rutinariamente con el mismo programa que los otros análisis clínicos y de citocinas. No se envió CRP en los dos primeros sujetos en ningún momento. En el sujeto 3, la CRP se ensayó con el mismo programa que los otros análisis clínicos. A continuación se proporcionan detalles sobre los estudios de coagulación.
[1116] Carga de la enfermedad basal
[1117] A los niños en este estudio se les realizó un aspirado de médula ósea y una biopsia, así como pruebas de enfermedad residual mínimas enviadas inmediatamente antes de la infusión. Los hematopatólogos cuantificaron los aspirados y las biopsias para determinar la cantidad de carga de enfermedad. La MRD se realizó como se ha descrito previamente (Borowitz MJ, et al. Clinical significance of minimal residual disease in childhood acute lymphoblastic leukemia and its relationship to other prognostic factors: a Children's Oncology Group study. Blood. 15 de Junio de 2008;111(12):5477-5485, Weir EG, et al. A limited antibody panel can distinguish B-precursor acute lymphoblastic leukemia from normal B precursors with four color flow cytometry: implications for residual disease detection. Leukemia. Abril de 1999;13(4):558-567). A un niño no se le realizó una biopsia de médula ósea y a 4 niños se les realizaron biopsias de médula ósea en las que la enfermedad no pudo cuantificarse con precisión. A todos los niños se les realizó aspirados de médula ósea para morfología y a 5 niños no se les realizó MRD central. La carga de la enfermedad se consideró como una variable continua y dicotómica. La carga de la enfermedad basal se definió tomando el valor más alto (porcentaje de blastos) ya sea por MRD o morfología en aspirado o biopsia.
[1118] Aplicación del modelo de predicción de SLC: Un ejemplo
[1119] Esta sección muestra cómo aplicar los modelos de predicción descritos en el presente documento para obtener una predicción del estado de SLC grave para el sujeto 136 a partir del protocolo pediátrico. Este sujeto tenía SLC grave (grado 4).
[1120] Modelo A: Modelo de regresión óptimo para la cohorte combinada
[1121] El sujeto 136 tuvo un máximo el día 1-3 (PK3) de 272.292,6, 59,9067 y 57,0324 para sgp130, IFNy e IL1RA, respectivamente. Después de tomar el logaritmo común (base 10) y usar las estimaciones respectivas en la primera fila de la Tabla 3 de Teachey et al., x = (13,8712 * 5,4350) (2,4626 * 1,7775) (-1,6559 * 1,7561) - 75,3502 = 1,5095, exp(x) = 4,5245 y exp(x) / (1 exp(x)) = la probabilidad predicha = 0,8190. Dado que esto es mayor que el límite de 0,3623 en la Tabla 3, el modelo predice (correctamente) SLC grave.
[1122] Modelo B: Modelo de árbol óptimo para la cohorte combinada
[1123] Sgp130Pk3 = 272.292,6 es mayor que el límite de 218.179, y MCP1Pk3 = 1.053,2294 es menor que el límite de 4.636,52, y eotaxinaPk3 = 18,0830 es menor que el límite de 29,0902, por lo que el modelo predice (correctamente) SLC grave. Modelo C: Modelo de regresión óptimo para la cohorte pediátrica
[1124] IFNyPk3 como anteriormente; IL13Pk3 fue 1,556 y MIP1αPk3 fue 25,886. Después de tomar el logaritmo común y usar las estimaciones de la tercera fila de la Tabla 3, x = (8,483 * 1,777) (-5,599 * 0,192) (-16,343 * 1,413) 15.742 = 6,652, exp(6,652) = 774,38, y exp(x) / (1 exp(x)) = la probabilidad predicha = 0,999. Dado que esto es mayor que el límite de 0,3288, el modelo predice (correctamente) SLC grave.
[1125] Modelo D: Modelo de árbol óptimo para cohorte pediátrica
[1126] El sujeto 136 tuvo IL10Pk3 = 37,4598, que fue mayor que el límite de 11,747; y una carga de la enfermedad de 98,5 es mayor que un límite de 51 %, por lo que el modelo predice (correctamente) SLC grave.
[1127] Modelo E: Clasificador usando factores del modelo de regresión logística pediátrica óptimo
[1128] IFNyPk3=59,9067 fue mayor que el límite de 27,6732 y MIP1αPk3= 25,8859 fue menor que el límite de 30,1591, por lo que el modelo predice (correctamente) SLC grave.
[1129] Resultados suplementarios
[1130] Definición, tiempo y duración de la fiebre
[1131] El inicio de SLC se definió como el día de la primera fiebre para los pacientes que tenían fiebre en relación con la infusión de CTL019. Por protocolo, para la cohorte pediátrica una fiebre se definió como 38,6 °C (101,5 °F) o más. Por protocolo, para la cohorte adulta una fiebre se definió como 38,0 °C (100,5 °F) o más. En aras de la consistencia, para los fines del análisis, el inicio de SLC se definió como el día con la primera fiebre >=38,0 °C para todos los sujetos. Cabe destacar que el primer día de SLC no cambiaría para ningún sujeto pediátrico usando una definición de >=38,0 °C o >=38,5 °C. La interrupción del SLC se definió como el primer día de ausencia de fiebre >38,0 °C.
[1132] La mediana del tiempo hasta la primera fiebre fue más temprana en pacientes con SLC de grado 4-5 en comparación con SLC de grado 1-3. Esta diferencia no fue estadísticamente significativa en la cohorte total o en los adultos, pero hubo diferencia significativa en los niños (mediana 4 días frente a 1 día; p <0,05). Si bien la mediana del tiempo hasta la primera fiebre fue estadísticamente significativa en los niños, el tiempo hasta la primera fiebre no es un marcador clínicamente significativo de la gravedad del SLC, ya que había demasiados valores atípicos. No hubo diferencia en el número total de días febriles basándose en el grado de SLC en niños o adultos. Los pacientes con SLC grave se trataron con el inhibidor de IL6R tocilizumab, que normalmente provocó defervescencia rápida.
[1133] Detalles sobre infecciones comórbidas
[1134] Un total de 6 pacientes presentaron nuevas infecciones comórbidas que se identificaron en el primer mes después de la infusión con CTL019. En la cohorte pediátrica estos no parecían afectar la gravedad del SLC. En la cohorte de adultos, las infecciones probablemente contribuyeron a la mortalidad.
[1135] Detalles adicionales sobre la utilidad de CRP en la predicción de SLC
[1136] La elevación de CRP temprana se asoció con SLC de grado 4-5 (p=0,02), pero, contrariamente a otros informes publicados, no se encontró que la evaluación temprana de la CRP en los tres primeros días después de la infusión de CTL019 fuera útil para predecir la gravedad del SLC (AUC = 0,73). Por ejemplo, considerando la CRP como un cribado para casos de alto riesgo, una CRP >6,8 mg/dl habría identificado solo el 72 % de los casos y tenía un valor predictivo positivo (VPP) del 43 %. Los límites más altos produjeron un VPP más bajo. La mediana de CRP durante los primeros 3 días después de la infusión fue de 4,8 mg/dl (intervalo: <0,50 - 36,3) en el grado 0-3 y 13,6 mg/dl (2,9 - 33,2) en el SLC de grado 4-5 (p = 0,022). Hubo pacientes con SLC de grado 0-3 que tenían una elevación temprana y marcada de la CRP, incluyendo 10/34 pacientes con SLC de grado 0-3 cuya CRP máxima en los primeros 3 días de la infusión fue >10 mg/dl, mientras que 6/11 pacientes con SLC de grado 4-5 tuvieron una CRP máxima >10 mg/dl (VPP = 0,375). La medición temprana de la PCR no se realizó de forma rutinaria cuando se abrió el estudio por primera vez y no se disponía de una PCR entre los días 1-3 para 3 pacientes con SLC de grado 4-5 y 3 pacientes con SLC de grado 0-3.
[1137] Detalles sobre la cohorte de donantes normales
[1138] Se recogió suero de 10 voluntarios sanos normales.5 eran varones y 5 eran mujeres. Mediana de la edad (intervalo): 40 (25-65).
[1139] Detalles adicionales sobre la coagulopatía
[1140] PT, PTT y fibrinógeno solo se obtuvieron cuando se indicó clínicamente. En consecuencia, hay un sesgo de selección definido hacia los niños y adultos que se enfermaron. Se envió fibrinógeno a 10 de 11 pacientes en la cohorte pediátrica y un subconjunto de pacientes en la cohorte adulta con SLC 4-5 y 15 de 28 pacientes en la cohorte pediátrica y un subconjunto de en la cohorte adulta con SLC 0-3. El fibrinógeno se comprobó una vez en un subconjunto de pacientes, dos veces en un subgrupo de pacientes, 3 veces en un subconjunto de pacientes, 4 o más veces en un subconjunto de pacientes. PT y PTT fueron enviados a un subconjunto de niños y un subconjunto de adultos con SLC4-5 y un subconjunto de niños y un subconjunto de adultos con SLC 0-3. PT y PTT se comprobaron una vez en un subconjunto de pacientes, dos veces en un subgrupo de pacientes, 3 veces en un subconjunto de pacientes y 4 o más veces en un subconjunto de pacientes. A diferencia de los pacientes que desarrollan CID o insuficiencia hepática, los pacientes con LHH a menudo desarrollan una coagulopatía que es llamativa para el marcado grado de hipofibrinogenemia en relación con elevaciones modestas de PT/INR o PTT. Este patrón también se observó en la cohorte pediátrica con SLC de grado 4. Los adultos también desarrollaron coagulopatía; sin embargo, no hubo diferencias al comparar SLC 4-5 frente a SLC 0-3.
[1141] Análisis estadísticos adicionales
[1142] Cabe destacar que para un subconjunto de pacientes el SLC fue muy corto y la secuencia cronometrada de recogida de citocinas no incluyó la ventana corta que el paciente era febril. Con el fin de garantizar que estos pacientes no distorsionaran los resultados falsamente, también se completó el análisis estadístico excluyendo a estos pacientes y se encontró que no cambió ninguno de los resultados. El protocolo clínico requería la recogida de citocinas en los puntos temporales programados (ver métodos suplementarios). A los pacientes que desarrollaron SLC grave a menudo se les realizaron valores de laboratorio adicionales. Con el fin de garantizar que los resultados no fueran sesgados por las mediciones adicionales, se realizó un análisis por protocolo y se encontró las mismas citocinas que estaban diferencialmente elevadas en función del grado de SLC (datos no mostrados).
[1143] Ejemplo 4: Perfilado de biomarcadores para diferenciar septicemia del síndrome de liberación de citocinas en la terapia con linfocitos T con receptores quiméricos para el antígeno para la leucemia linfoblástica aguda (LLA)Los linfocitos T modificados con receptor quimérico para el antígeno (CAR) con especificidad por CD19 (CTL019) son una novedosa terapia inmunitaria altamente eficaz para la LLA recidivante/refractaria. El síndrome de liberación de citocinas (SLC) es la toxicidad más significativa y en algunos casos potencialmente mortal. Estos pacientes son a menudo neutropénicos e inmunodeprimidos y tienen un alto riesgo de septicemia. Además, ha habido casos en los que complicaciones infecciosas concurrentes potencialmente alimentaron el SLC subyacente que conducen a hipotensión e hipoxia refractarias a terapias dirigidas anti-citocinas (Frey et al. Resumen 2296, ASH 2014). La discriminación entre septicemia y SLC puede ser un desafío clínico significativo en la ventana de tiempo crítica requerida para iniciar una terapia eficaz, especialmente debido a que los tratamientos para SLC, incluyendo terapias anti-citocinas y corticosteroides, pueden empeorar las infecciones graves. Un estudio extenso de 43 citocinas y receptores de citocinas solubles, y biomarcadores clínicos en una cohorte de 63 pacientes con LLA tratados con CTL019 mostró que los niveles máximos de 24 citocinas en el primer mes después de la infusión estaban altamente asociados con SLC grave, y se describieron modelos predictivos de SLC (Teachey et al. Cancer Discovery, 1 de junio de 20166; 664).
[1144] Este Ejemplo compara los perfiles de biomarcadores en SLC y sepsis, e identifica un perfil para discriminar entre los dos síndromes clínicos, particularmente en el momento del ingreso en la UCI. El Ejemplo evalúa 50 citocinas, receptores solubles y otros biomarcadores séricos en 66 pacientes adultos y pediátricos tratados con CTL019 (cohorte de LLA-SLC), 15 pacientes no tratados con CTL019 pero que desarrollaron septicemia que conduce a ingreso en la UCI (cohorte de sepsis) y 10 niños sanos normales (cohorte de control). De los 66 pacientes tratados con CTL019 y que desarrollaron SLC, 30 (45 %) requirieron ingreso en la UCI. Los biomarcadores evaluados incluían los descritos en el presente documento más un panel de siete biomarcadores asociados a la septicemia adicionales (angiopoyetina 2, [ANG2] sCD163, pentraxina 3 [PTX3], sCD14, PAI-1, P-selectina, ICAM-1).
[1145] Después de ajustar para comparaciones múltiples, los siguientes biomarcadores fueron significativamente elevados en septicemia en comparación con sujetos normales: ANG2, GCSF, IFNα, IL1RA, IL4, IL6, MIG, MIP1α, PTX3, TNFα, sCD163, sCD30, sIL-1RI, sIL-1RII, sIL-2Rα, sIL-4R, sRAGE, sTNFRI, sTNFRII, sVEGFR1, sVEGFR2, sVEGFR3 y VEGF, mientras que IL13 y RANTES fueron significativamente más bajos en septicemia. En sujetos con LLA-SLC en las 72 horas posteriores al ingreso en la UCI después de la terapia con CTL019 (N = 29), 23 biomarcadores fueron significativamente diferentes en comparación con la septicemia después de ajustar para comparaciones múltiples; 16 fueron elevados en SLC: GM-CSF, HGF, IFN-y, IFN-α, IL-10, IL-15, IL-5, IL-6, IL-8, IP-10, MCP1, MIG, MIP-1β, sIL-2Rα, sTNFRI y sTNFRII; mientras que 7 fueron elevados en sujetos con septicemia: CD163, IL-1β, sCD30, sIL-4R, sRAGE, sVEGFR-1 y sVEGFR-2. LaFIG. 15muestra gráficos representativos para sCD163 (elevado en septicemia) e IP-10 (elevado en SLC). Estos datos de perfiles completos proporcionan novedosos conocimientos sobre la biología del SLC y, lo que es importante, ayudan a discriminar entre el SLC y la septicemia en pacientes que se vuelven críticamente enfermos después de recibir terapia con linfocitos T-CAR. Estos datos tienen relevancia terapéutica traslacional directa.
[1146] Ejemplo 5: Síndrome de encefalopatía posterior reversible (PRES) tras infusión de linfocitos T-CAR anti-BCMA (CART-BCMA) para mieloma múltiple: tratamiento satisfactorio con ciclofosfamida
[1147] Se ha observado toxicidad neurológica en pacientes tratados con linfocitos T con receptor quimérico para el antígeno (CAR) anti-CD19 y el acoplador de linfocitos T biespecífico anti-CD19/anti-CD3 blinatumomab. Las neurotoxicidades notificadas incluyen tanto déficits focales (por ejemplo, parálisis o hemiparesia del nervio craneal) como anomalías globales (por ejemplo, convulsiones generalizadas, confusión), a menudo asociadas con el síndrome de liberación de citocinas (SLC) sistémico, pero también observadas después de la recuperación de o en ausencia de SLC. CART-BCMA implica linfocitos T autólogos expandidosex vivotransducidos mediante vector lentivírico para expresar un CAR basado en 4-1BB/CD3-zeta específico para el antígeno de maduración de linfocitos B. Este Ejemplo informa las características clínicas y el abordaje de una neurotoxicidad grave observada durante un estudio de fase 1 de CART-BCMA en mieloma múltiple (MM) (NCT02546167).
[1148] El sujeto es una mujer de 55 años de edad con MM de IgA lambda de alto riesgo que progresa después de 4 líneas de tratamiento previas. Las manifestaciones de la enfermedad previas al tratamiento incluyeron citopenias y plasmocitomas extramedulares de la pleura y la musculatura paravertebral. La médula ósea (BM) estaba ocupada >95 % por células plasmáticas BCMA+. La IRM cerebral previa al tratamiento mostró engrosamiento y aumento paquimeníngeo sobre la convexidad cerebral izquierda, posiblemente debido a la extensión directa de las lesiones calvariales de MM. El examen previo al tratamiento realizado por un neurólogo y la citología del LCR no mostró evidencia de MM del SNC
[1149] El sujeto recibió 2 × 10<8>células CART-BCMA, 40 % de la dosis planificada, durante dos días consecutivos, sin quimioterapia linforreductora previa; se mantuvo una tercera infusión planificada debido a fiebres. Durante los siguientes 4 días, las fiebres persistieron, y se desarrollaron hipoxia, pancitopenia y delirio. La IRM cerebral y la punción lumbar en el día 4 no mostraron nuevas anomalías. La evaluación de la infección fue negativa. Estos síntomas correspondieron con el aumento de la IL-6 sérica y otros biomarcadores asociados a SLC. El día 6 después de la infusión de CART-BCMA, se administraron dos dosis de tocilizumab para el SLC, lo que condujo a la disminución de la IL-6 sérica y la resolución de fiebres e hipoxia (FIG.16, círculos y triángulos).
[1150] El día 8, el sujeto se obnubiló, lo que provocó la intubación y el inicio de corticosteroides (metilprednisolona 1 × 1000 mg, luego hidrocortisona 100 mg cada 8 horas). Su estado mental mejoró en los dos días siguientes, y para el día 11 fue extubada, estaba consciente y no tomaba esteroides. El día 12 desarrolló una convulsión generalizada y fue nuevamente intubada para la protección de las vías respiratorias y tratada con medicamentos antiepilépticos (AED). Mejoró de nuevo y fue extubada pero, en el día 15, desarrolló estatus epiléptico que requería cinco AED para controlarlo. La IRM cerebral repetida mostró una nuevas anomalías difusas en la señal T2/FLAIR sulcal, cortical y subcortical que implicaba a los hemisferios bilateral frontal, parietal, occipital, posterior temporal y cerebeloso, con borramiento de surcos referente al edema cerebral. Este deterioro no se asoció con la recurrencia de fiebre, otros signos/síntomas sistémicos de SLC o hipertensión, pero coincidió con un aumento sorprendente de la frecuencia de células CART-BCMA activadas (HLA-DR+) circulantes (FIG. 16, triángulos invertidos). Los niveles séricos de citocinas relacionadas con SLC continuaron disminuyendo, pero el LCR obtenido el día 16 mostró una elevación marcada en IL-6, IL-8 y otras citocinas asociadas con SLC en comparación con el suero del día-16 y el CSF del día-4(FIG.16, cuadrados). Se detectaron células CART-BCMA en LCR. La dosis alta de metilprednisolona se reinició el día 15 sin mejoría clínica. El día 17, se administraron ciclofosfamida 1,5 g/m<2>para reducir las células CART-BCMA. A partir del día 18, la alerta y la capacidad de respuesta mejoraron sustancialmente, y fue extubada el día 20. Se redujeron gradualmente los corticosteroides. La IRM en el día 23 mostró casi resolución de anomalías de señal cerebral y cerebelosa, que desaparecieron completamente 4 semanas después en la repetición de la IRM. El funcionamiento cognitivo se recuperó sin secuelas neurológicas a largo plazo distintas de la fatiga y dificultad de concentración leve atribuidas a los efectos de los AED. El último síntoma neurológico en recuperarse fue una dificultad leve para procesar la información visual. A pesar de la administración de ciclofosfamida y un ciclo prolongado de corticosteroides, las células CART-BCMA siguieron siendo detectables tanto en sangre como en médula en la última evaluación, 164 días después de la infusión, y el paciente logró una VGPR que duró 5 meses.
[1151] Dada la rápida reversibilidad y el aspecto en la IRM, se consideró que este síndrome neurológico era más consistente con el síndrome de leucoencefalopatía posterior reversible (PRES), posiblemente debido a altos niveles de citocinas relacionadas con SLC en LCR, en comparación con la encefalitis por citotoxicidad directa de CART-BCMA contra tejido neuronal. PRES se desarrolló en medio de una mejora en el SLC sistémico, lo que sugiere un SLC localizado en el SNC, que puede haberse debido a MM oculto del SNC encontrado por el aumento de la frecuencia de CART-BCMA y/o el fracaso de tocilizumab para bloquear el receptor de IL-6 en el SNC. Mientras que los esteroides lograron solo una mejoría clínica transitoria, el síndrome se resolvió rápidamente después de la citorreducción con ciclofosfamida, sin erradicar completamente las células CART-BCMA infundidas, lo que sugiere que esta estrategia podría considerarse para casos de neurotoxicidad de linfocitos T-CAR potencialmente mortales.
[1153] Ejemplo 6: El tratamiento con linfocitos T modificados con receptores quiméricos para el antígeno dirigidos contra CD19 (CTL019) da como resultado remisiones duraderas en pacientes con linfomas difusos de linfocitos B grandes recidivantes o refractarios de origen del centro germinal y centro no germinal, linfomas difusos de linfocitos B grandes "con mutación doble" y linfomas de linfocitos B grandes transformados de foliculares a difusos
[1155] ANTECEDENTES:La célula de origen (COO) del linfoma difuso de linfocitos B grandes (LDLBG), de centro germinal (CG) o centro no germinal (CNG), puede tener significación pronóstica para el resultado del tratamiento en entornos de primera línea y recidivantes (Lenzet al.NEJM 2008; Thieblemontet al.JCO 2011). El LDLBG "con mutación doble" (LMD), definido por puntos de rotura cromosómicos que afectan al locus MYC/8q24 y a un segundo locus oncogénico y que surgen de la transformación de linfoma folicular (LF) o de novo, no tiene una terapia eficaz en el entorno recidivante. Dado que se necesitan nuevas terapias para grupos pronósticos deficientes de pacientes (pts) con LDLBG recidivante, los presentes inventores examinaron la eficacia del tratamiento con linfocitos T autólogos modificados genéticamente para expresar un receptor de antígeno quimérico que consiste en un dominio de anticuerpo murino monocatenario anti-CD19 externo con dominios de señalización CD3ζ y 4-1BB (células CTL019) en pts con LDLBG-CG y LDLBG-CNG recidivante o refractario, LMD y LF transformado como parte de un ensayo clínico en curso de fase IIa (NCT02030834).
[1157] MÉTODOS: Los pts idóneos tenían LDLBG CD19+ con enfermedad residual medible después de terapias primarias y de rescate, no eran idóneos para trasplante autólogo de células madre (TACM) o padecían enfermedad recidivante/residual después de TACM, tenían un pronóstico limitado (<2 años de supervivencia anticipada) y tenían enfermedad sensible o estable con la terapia más reciente. El COO de LDLBG se determinó mediante inmunohistoquímica usando el algoritmo de Hans (Hans et al. Blood 2004). La hibridaciónin situde fluorescencia se realizó en tejido de diagnóstico usando sondas de fragmentación de Vysis MYC (8q24), BCL2 (18q21) y BCL6 (3q27) para determinar LMD. El LMD se definió mediante una translocación cromosómica del locus MYC con una segunda translocación que implicaba BCL2 o BCL6. Después de la aféresis en estado estacionario para recoger leucocitos de la sangre periférica, los pts recibieron quimioterapia linforreductora basada en características clínicas y terapias anteriores. De uno a 4 días después de la quimioterapia, los pts recibieron una dosis intravenosa única de células CTL019. Después de las células CTL019, los pts no recibieron terapia adicional. La evaluación inicial de la respuesta tumoral se realizó 3 meses después de la infusión de linfocitos T usando criterios de respuesta del Grupo Internacional de Trabajo. La inscripción comenzó en febrero de 2014; los datos se notifican hasta el 24 de julio de 2016.
[1159] RESULTADOS:Se inscriben 13 pts con LDLBG y se pueden evaluar para la respuesta (7 pts CG, 5 pts CNG, 1 indeterminado). La mediana de edad es de 59 años (intervalo: 25-77), relación varones: mujeres 10:3, mediana del número de terapias previas 5 (intervalo: 2-8) y número de pts con trasplante previo 7 (54 %). En el momento de la inscripción, los estadios de Ann Arbor fueron: estadio IV 8 pts (61 %), estadio III 1 pt (8 %) y estadio II 3 pts (23 %) estadio IE 1 pt (8 %); 3 pts (23 %) presentaron afectación de la médula ósea. El LMD aumentó en 8 pts (62 %). ECOG PS fue 0 en 4 pts (31 %) y 1 en 9 pts (69 %). Los ciclos de quimioterapia linforreductora fueron bendamustina (90 mg/m<2>× 2; 1 pt), ciclofosfamida (1 gm/m<2>; 2 pts), radiación-ciclofosfamida (4.000 cGy-750 mg/m<2>; 1 pt), EPOCH modificado (3 pts) y ciclofosfamida hiperfraccionada (300 mg/m<2>q12 horas × 6; 6 pts). 12 pts recibieron 5,00E+08 (5,10 - 6,75E+06 células/kg) células CTL019; 1 pt recibió 1,93E+08 (3,10E+06 células/kg). La mediana de la expansión máxima de células CTL019 en sangre se produjo 7 días después de la infusión (intervalo: 2-28 días); no hay diferencia en la expansión máxima entre los respondedores y los no respondedores o pts con LDLBG-CG o LDLBG-CNG. El síndrome de liberación de citocinas ocurrió en 9 pts (8 grado 2; 1 grado 3) y no predijo la respuesta. La neurotoxicidad transitoria incluyó delirio en 2/13 pts (1 grado 2; 1 grado 3) y alteración cognitiva en 1/13 pts (1 grado 1).3 meses después de la infusión de CTL019, la tasa de respuesta global (ORR) es del 52 % (7/13 pts); ORR para CG del 71 % (5/7 pts) y CNG del 40 % (2/5 pts). La tasa de respuesta completa (CR) a los 3 meses es del 38 % (5/13 pts); CR para GC 43 % (3/7 pts) y CNG 40 % (2/5 pts). La mejor respuesta para todos los pts es CR en 6 de 13 pts (46 %); CR para CG 57 % (4/7 pts) y CNG 40 % (2/5 pts).3 de 7 pts con LDLBG-CG padecían LF transformado y los 3 lograron CR; 2 de 7 pts con LDLBG-CG padecían LMD y ambos lograron CR. Hasta la fecha, no ha recaído ningún pt logrando la CR.2 de 5 pts con LDLBG-CNG tenían LDLBG rico en linfocitos T; ninguno de los pacientes respondió a CTL019. La mediana de la supervivencia sin progresión (PFS) es de 5,8 meses (m) para todos los pts, 3,0 meses para pts CNG, y no se alcanzó para pts CG (PFS 57,1 % [IC del 95 %: 17,2 %-83,7 %] a mediana de seguimiento de 21,9 m).
[1160] CONCLUSIONES:Estos resultados indican que un único tratamiento con células CTL019 es seguro y eficaz en LDLBG-CG y LDLBG-CNG, DHL y LF transformado recidivantes o refractarios.
[1161] Ejemplo 7: Los polimorfismos del receptor de IL-6 predicen el desarrollo del síndrome de liberación de citocinas refractario al tratamiento después de la terapia con CART19
[1162] Usando un conjunto de datos de pacientes adultos con LLA tratados con CART19, se identificaron polimorfismos de un solo nucleótido en IL-6R que predicen si el síndrome de liberación de citocinas (SLC) es refractario al tratamiento con el antagonista del receptor de IL-6 tocilizumab. Los SNP evaluados fueron: rs2228145 (variante genética principal), rs4329505 (SNP de sustitución de transición que conduce a niveles más altos de sIL-6 con C/T frente a T/T), rs12083537, rs4129267 y rs7529229 (Galicia JC, et al. Genes and Immunity 2004;5:513-16; Ferreira RC, et al. PLOS ONE 2013;9:e1003444). Los alelos principales y secundarios, frecuencias e impacto sobre IL6 se exponen en laTabla 17. El SNP rs2228145 (que está ubicado en el exón 9 del gen de IL-6r en el cromosoma 1q21) representa una sustitución de Asp358Ala dentro del dominio extracelular de IL-6R. Se determinó la sensibilidad a tocilizumab de los pacientes y se comparó con su genotipo en este locus(Tabla 18). Este experimento indicó que tener un haplotipo A/A en rs2228145 era predictivo de la respuesta a tocilizumab. Este efecto puede deberse a niveles superiores de sIL-6R en haplotipos no A/A. Se determinó la sensibilidad a tocilizumab de los pacientes y se comparó con su genotipo en cuatro loci SNP adicionales en IL-6R(Tabla 19).
[1163] TABLAS ADICIONALES
[1164] Tabla 15.Escala de clasificación de SLC CTCAE v 4.0.
[1166]
[1168] Tabla 16.Escala de clasificación del SLC del NCI.
[1170]
[1171] Tabla 17.Resumen del SNP de IL-6R
[1173]
[1175] Tabla 18.Sensibilidad a tocilizumab en acientes basados en el enoti o rs2228145.
[1177]
[1179] Tabla 19.Sensibilidad a tocilizumab de pacientes basada en el genotipo en rs4329505, rs12083537, rs4129267 o rs7529229.
[1181]

Claims (33)

1. REIVINDICACIONES
1. Un método para evaluar el riesgo de un sujeto de desarrollar síndrome de liberación de citocinas (SLL) grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, que comprende:
adquirir un estado de riesgo de SLC para el sujeto en respuesta a una terapia con linfocitos T-CAR, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de gp130 soluble (sgp130) o receptor de IL6 soluble (sIL6R) en el sujeto, en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto; y en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave.
2. Una pluralidad de linfocitos T-CAR, para su uso en un método de tratamiento de un cáncer en un sujeto, en donde se identifica que el sujeto tiene un estado de riesgo de SLC indicativo del riesgo del sujeto de desarrollar SLC grave, en donde el SLC grave es de grado clínico 4-5, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida del nivel o actividad de sgp130 o sIL6R en el sujeto, y en donde el método comprende obtener dicha medida a partir de una muestra adquirida del sujeto.
3. El método de la reivindicación 1, o linfocitos T-CAR para su uso según la reivindicación 2, en donde dicho estado de riesgo de SLC comprende una medida de uno, dos, tres, cuatro o cinco de los siguientes:
(i) el nivel o actividad de sgp130, y el nivel o actividad de IFN-gamma o IL1Ra, o una combinación de los mismos, en una muestra del sujeto;
(ii) el nivel o actividad de sgp130 e IFN-gamma, en una muestra del sujeto, y el nivel de enfermedad de la médula ósea en una muestra del sujeto;
(iii) el nivel o actividad de sgp130, y el nivel o actividad de IFN-gamma o MIP1-alfa, o una combinación de los mismos, en una muestra del sujeto;
(iv) el nivel o actividad de sgp130, y el nivel o actividad de MCP1 o eotaxina, o una combinación de los mismos, en una muestra del sujeto; o
(v) el nivel o actividad de sgp130, y el nivel o actividad de IL2 o eotaxina, o una combinación de los mismos, en una muestra del sujeto.
4. Los linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2 o 3, en donde uno, dos o más (todos) de: en respuesta a una determinación del estado de riesgo del SLC, se identifica que el sujeto corre un alto riesgo de desarrollar SLC grave o tiene bajo riesgo de desarrollar SLC grave;
en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una dosis alterada de las células que expresan CAR;
en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, se altera el programa o la evolución temporal de la administración de linfocitos T-CAR;
en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una terapia para tratar SLC; en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una terapia elegida de uno o más de: un inhibidor de IL-6, un medicamento vasoactivo, un agente inmunosupresor, un corticosteroide o ventilación mecánica, o
en respuesta a una determinación del estado de riesgo de SLC, al sujeto se le administra una terapia alternativa para un sujeto con alto riesgo de desarrollar SLC grave.
5. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1 o 3, o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-4, en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo de si el sujeto está en alto riesgo o bajo riesgo de desarrollar SLC grave.
6. Los linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-5, en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo de que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave, y en donde:
(i) el tratamiento se altera de modo que una dosis posterior de los linfocitos T-CAR esté a una dosis menor que la dosis anterior, o
(ii) el tratamiento se altera de modo que una dosis posterior de los linfocitos T-CAR esté a una dosis más baja de la que se habría administrado si el paciente no hubiera estado en alto riesgo de SLC grave.
7. Los linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-6, en donde el estado de riesgo de SLC es indicativo de que el sujeto tiene un alto riesgo de desarrollar SLC grave, y en donde al sujeto se le administra uno o más de un inhibidor de IL-6, un medicamento vasoactivo, un corticosteroide o ventilación mecánica.
8. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3 o 5, donde el sujeto no tiene:
(i) un síntoma de SLC;
(ii) una o más de presión arterial baja o fiebre;
(iii) un síntoma de SLC grave; o
(iv) una o más de toxicidad por órganos de grado 4 o necesidad de ventilación mecánica.
9. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 u 8 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, en donde se identifica que el sujeto está en riesgo de tener, o se predice que desarrolle, SLC grave si se determina que dicho nivel o actividad es mayor que un nivel o actividad de referencia.
10. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-9 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9, en donde:
(i) se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130 en relación con un nivel o actividad de referencia, o
(ii) se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de una combinación de sgp130 e IFN-gamma en relación con un nivel o actividad de referencia.
11. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-10 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-10, en donde se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene:
(i) un mayor nivel o actividad de sgp130 en una muestra del sujeto; y
(ii) un mayor nivel o actividad de IFN-gamma, y/o un menor nivel o actividad de IL1Ra, en una muestra del sujeto; en comparación con un nivel o actividad de referencia.
12. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-11 o linfocitos T-CAR para su uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-11, en donde se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sgp130 en una muestra del sujeto, y un mayor nivel de enfermedad de médula ósea en una muestra del sujeto en comparación con un nivel o actividad de referencia.
13. El método o linfocitos T-CAR para su uso según la reivindicación 12, en donde se identifica además que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de IFN-gamma en una muestra del sujeto en comparación con un nivel o actividad de referencia.
14. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-13 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-13, en donde se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene:
(i) un mayor nivel o actividad de sgp130 en una muestra del sujeto; y
(ii) un mayor nivel o actividad de IFN-gamma, y/o un menor nivel o actividad de MIP1-alfa, en una muestra del sujeto; en comparación con un nivel o actividad de referencia.
15. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-14 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-14, en donde se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene:
(i) un mayor nivel o actividad de sgp130 en una muestra del sujeto; y
(ii) un mayor nivel o actividad de MCP1, y/o un menor nivel o actividad de eotaxina, en una muestra del sujeto;
en comparación con un nivel o actividad de referencia.
16. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-15 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-15, en donde se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene:
(i) un mayor nivel o actividad de sgp130 en una muestra del sujeto; y
(ii) un mayor nivel o actividad de IL-2, y/o un menor nivel o actividad de eotaxina, en una muestra del sujeto;
en comparación con un nivel o actividad de referencia.
17. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 u 8-7 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9, en donde se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel o actividad de sIL6R con respecto a un nivel o actividad de referencia.
18. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-17 o linfocitos T-CAR para su uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-17, en donde:
(i) la medida comprende la detección de uno o más niveles de ARNm o niveles de proteína;
(ii) la muestra comprende una muestra de sangre, una muestra de suero o una muestra de plasma; y/o
(iii) la muestra comprende una muestra de sangre.
19. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-18 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-18, en donde el método comprende además adquirir una medida del nivel o actividad de uno, dos, tres, cuatro, cinco, diez, veinte o más de una citocina o receptor de citocinas elegido de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, MCP1, MIP1α, MIP1β o GM-CSF, o una combinación de los mismos, en una muestra del sujeto, en donde se identifica que el sujeto tiene un alto riesgo de SLC grave por tener un mayor nivel o actividad de uno o más de una citocina o receptor de citocinas elegido de sTNFR2, IP10, sIL1R2, sTNFR1, M1G, VEGF, sILR1, TNFα, IFNα, GCSF, sRAGE, IL4, IL10, IL1R1, IFN-γ, IL6, IL8, sIL2Rα, MCP1, MIP1α, MIP1β, o GM-CSF o una combinación de los mismos, en comparación con un nivel o actividad de referencia.
20. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-19 o linfocitos T-CAR para su uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-19, en donde el método comprende además determinar el nivel de proteína C reactiva (CRP) en una muestra del sujeto.
21. El método o las células para su uso según la reivindicación 20, en donde:
(i) se identifica que un sujeto con bajo riesgo de SLC grave tiene un nivel de CRP inferior a 7 mg/dl, o 7, 6,8, 6, 5, 4, 3, 2, 1 mg/dl o menos en una muestra del sujeto y/o
(ii) se identifica que un sujeto con alto riesgo de SLC grave tiene un mayor nivel de CRP en una muestra del sujeto en comparación con un nivel o actividad de referencia.
22. El método o linfocitos T-CAR para su uso según la reivindicación 21, en donde el mayor nivel o actividad es al menos 2 veces mayor, o al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 100, 500, 1000 veces o más, en comparación con un nivel o actividad de referencia.
23. El método o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 9-22, en donde:
(i) el sujeto se evalúa después o mientras el sujeto está recibiendo el linfocito T-CAR, y el nivel o actividad de referencia es el nivel o actividad en una muestra obtenida antes del tratamiento con el linfocito T-CAR; o
(ii) el nivel o actividad de referencia es el nivel o actividad en un sujeto sano.
24. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-23 o linfocitos T-CAR para su uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-23, en donde:
(i) la terapia con linfocitos T-CAR comprende una pluralidad de células efectoras inmunitarias que expresan CAR;
(ii) el linfocito T-CAR es una célula que expresa CAR para CD19; y/o
(iii) el linfocito T-CAR es una célula CTL019.
25. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-24, en donde el sujeto tiene un cáncer.
26. El método de la reivindicación 25 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7 o 9-24, en donde el cáncer es un cáncer hematológico y/o un cáncer asociado con la expresión de CD19.
27. Él método de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 26 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26, en donde el cáncer o cáncer hematológico se selecciona del grupo que consiste en leucemia linfocítica aguda de linfocitos B (LLA-B), leucemia linfocítica aguda de linfocitos T (LLA-T), leucemia linfocítica aguda (LLA), leucemia mielógena crónica (LMC), leucemia linfocítica crónica (LLC), leucemia promielocítica de linfocitos B, neoplasia blástica de células dendríticas plasmocitoides, linfoma de Burkitt, linfoma difuso de linfocitos B grandes, linfoma folicular, tricoleucemia, linfoma folicular microcítico o macrocítico, afecciones linfoproliferativas malignas, linfoma MALT, linfoma de células del manto, linfoma de la zona marginal, mieloma múltiple, mielodisplasia y síndrome mielodisplásico, linfoma no hodgkiniano, linfoma de Hodgkin, linfoma plasmoblástico, neoplasia de células dendríticas plasmocitoides y macroglobulinemia de Waldenström.
28. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-27 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26-27, en donde el sujeto se evalúa después o mientras el sujeto está recibiendo el linfocito T-CAR.
29. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-28 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26-28, en donde el sujeto se evalúa 10 días o menos después de la infusión con el linfocito T-CAR.
30. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-29 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26-29, en donde el sujeto es un ser humano.
31. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 5 o 8-30 o linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26-30, en donde el sujeto es un sujeto adulto o pediátrico.
32. Los linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26-31, en donde si se identifica que el sujeto está en riesgo de SLC grave y se identifica que es sensible a un inhibidor del receptor IL6, dicho sujeto se trata con un inhibidor del receptor de IL6 tal como tocilizumab.
33. Los linfocitos T-CAR para su uso según cualquiera de las reivindicaciones 2-7, 9-24 o 26-31, en donde si se identifica que el sujeto está en riesgo de SLC grave y se identifica que tiene sensibilidad reducida a un inhibidor del receptor IL6, dicho sujeto se trata con una terapia de SLC distinta de un inhibidor del receptor de IL6.
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Families Citing this family (99)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SG11201505896YA (en) 2013-02-20 2015-09-29 Novartis Ag Treatment of cancer using humanized anti-egfrviii chimeric antigen receptor
WO2014130635A1 (en) 2013-02-20 2014-08-28 Novartis Ag Effective targeting of primary human leukemia using anti-cd123 chimeric antigen receptor engineered t cells
ES2769574T3 (es) 2013-03-15 2020-06-26 Michael C Milone Reconocimiento de células citotóxicas con receptores quiméricos para inmunoterapia adoptiva
UY35468A (es) 2013-03-16 2014-10-31 Novartis Ag Tratamiento de cáncer utilizando un receptor quimérico de antígeno anti-cd19
ES2918501T3 (es) 2013-12-19 2022-07-18 Novartis Ag Receptores de antígenos quiméricos de mesotelina humana y usos de los mismos
WO2015090229A1 (en) 2013-12-20 2015-06-25 Novartis Ag Regulatable chimeric antigen receptor
EP3097117B1 (en) 2014-01-21 2023-10-04 Novartis Ag Enhanced antigen presenting ability of car t cells by co-introduction of costimulatory molecules
SG10202109752XA (en) 2014-04-07 2021-10-28 Novartis Ag Treatment of cancer using anti-cd19 chimeric antigen receptor
AU2015292744C1 (en) 2014-07-21 2021-01-21 Novartis Ag Treatment of cancer using humanized anti-BCMA chimeric antigen receptor
BR112017000939A2 (pt) 2014-07-21 2017-11-14 Novartis Ag tratamento de câncer usando um receptor antigênico quimérico de cll-1
WO2016014553A1 (en) 2014-07-21 2016-01-28 Novartis Ag Sortase synthesized chimeric antigen receptors
JP6831777B2 (ja) 2014-07-21 2021-02-17 ノバルティス アーゲー Ｃｄ３３キメラ抗原受容体を使用する癌の処置
EP3712171A1 (en) 2014-08-19 2020-09-23 Novartis AG Treatment of cancer using a cd123 chimeric antigen receptor
US10577417B2 (en) 2014-09-17 2020-03-03 Novartis Ag Targeting cytotoxic cells with chimeric receptors for adoptive immunotherapy
AU2015330898B2 (en) 2014-10-08 2022-03-10 Novartis Ag Biomarkers predictive of therapeutic responsiveness to chimeric antigen receptor therapy and uses thereof
RU2751362C2 (ru) 2014-12-29 2021-07-13 Новартис Аг Способы получения экспрессирующих химерный антигенный рецептор клеток
US11459390B2 (en) 2015-01-16 2022-10-04 Novartis Ag Phosphoglycerate kinase 1 (PGK) promoters and methods of use for expressing chimeric antigen receptor
WO2016126608A1 (en) 2015-02-02 2016-08-11 Novartis Ag Car-expressing cells against multiple tumor antigens and uses thereof
PL3280729T3 (pl) 2015-04-08 2022-08-22 Novartis Ag Terapie cd20, terapie cd22 i terapie skojarzone komórką eksprymującą chimeryczny receptor antygenowy (car) cd19
WO2016168595A1 (en) 2015-04-17 2016-10-20 Barrett David Maxwell Methods for improving the efficacy and expansion of chimeric antigen receptor-expressing cells
WO2016172583A1 (en) 2015-04-23 2016-10-27 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric antigen receptor and protein kinase a blocker
US10829735B2 (en) 2015-07-21 2020-11-10 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Methods for improving the efficacy and expansion of immune cells
US11667691B2 (en) 2015-08-07 2023-06-06 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric CD3 receptor proteins
WO2017040930A2 (en) 2015-09-03 2017-03-09 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Biomarkers predictive of cytokine release syndrome
WO2017093969A1 (en) 2015-12-04 2017-06-08 Novartis Ag Compositions and methods for immunooncology
PT3393504T (pt) 2015-12-22 2025-12-30 Novartis Ag Recetor de antigénio quimérico (car) de mesotelina e anticorpo contra o inibidor de pd-l1 para utilização combinada em terapia anticancerígena
CN109476743A (zh) * 2016-03-22 2019-03-15 西雅图儿童医院(以西雅图儿童研究所名义营业) 预防或缓解毒性的早期干预方法
EP3432924A1 (en) 2016-03-23 2019-01-30 Novartis AG Cell secreted minibodies and uses thereof
JP7467117B2 (ja) 2016-10-07 2024-04-15 ノバルティス アーゲー 癌の治療のためのキメラ抗原受容体
US20190030073A1 (en) * 2016-12-02 2019-01-31 Cartesian Therapeutics, Inc. Cancer immunotherapy with highly enriched cd8+ chimeric antigen receptor t cells
US20200078400A1 (en) * 2016-12-03 2020-03-12 Juno Therapeutics, Inc. Methods for determining car-t cells dosing
US11535662B2 (en) 2017-01-26 2022-12-27 Novartis Ag CD28 compositions and methods for chimeric antigen receptor therapy
MX2019010171A (es) 2017-02-27 2019-10-15 Juno Therapeutics Inc Composiciones, articulos de fabricacion y metodos relacionados con la dosificacion en la terapia celular.
KR20190130608A (ko) 2017-03-22 2019-11-22 노파르티스 아게 면역종양학을 위한 조성물 및 방법
US11959925B2 (en) 2017-04-17 2024-04-16 The Jackson Laboratory Method of determining toxicity of an immunomodulatory drug for use in humans
WO2018204413A1 (en) * 2017-05-01 2018-11-08 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Targeted cytokine blockades for car-t therapy
CN107245500B (zh) * 2017-05-27 2019-05-17 上海优卡迪生物医药科技有限公司 一种基于octs技术的淋系白血病car-t治疗载体及其构建方法和应用
EP3631468A1 (en) 2017-06-02 2020-04-08 Juno Therapeutics, Inc. Articles of manufacture and methods related to toxicity associated with cell therapy
US10899831B2 (en) * 2017-10-02 2021-01-26 Humanigen, Inc. Method of reducing the level of non-GM-CSF cytokines/chemokines in immunotherapy-related toxicity
US10927168B2 (en) * 2017-10-02 2021-02-23 Humanicen, Inc. Method of reducing tumor relapse rate in immunotherapy by administration of lenzilumab
CN111757744A (zh) 2017-10-02 2020-10-09 人源股份有限公司 使用gm-csf拮抗剂治疗免疫疗法相关毒性的方法
US11130805B2 (en) 2017-10-02 2021-09-28 Humanigen, Inc. Methods of treating CART-T cell therapy-induced neuroinflammation using a GM-CSF antagonist
SG11202003415XA (en) 2017-10-18 2020-05-28 Novartis Ag Compositions and methods for selective protein degradation
WO2019089858A2 (en) 2017-11-01 2019-05-09 Juno Therapeutics, Inc. Methods of assessing or monitoring a response to a cell therapy
MA49911A (fr) * 2017-11-01 2020-06-24 Juno Therapeutics Inc Anticorps et récepteurs antigéniques chimériques spécifiques de l'antigene de maturation des lymphocytes b
US11066475B2 (en) 2017-11-01 2021-07-20 Juno Therapeutics, Inc. Chimeric antigen receptors specific for B-cell maturation antigen and encoding polynucleotides
WO2019089848A1 (en) * 2017-11-01 2019-05-09 Juno Therapeutics, Inc. Methods associated with tumor burden for assessing response to a cell therapy
AU2018359907A1 (en) 2017-11-06 2020-05-07 Fred Hutchinson Cancer Center Combination of a cell therapy and a gamma secretase inhibitor
MA51210A (fr) * 2017-12-01 2020-10-07 Juno Therapeutics Inc Procédés de dosage et de modulation de cellules génétiquement modifiées
WO2019136432A1 (en) 2018-01-08 2019-07-11 Novartis Ag Immune-enhancing rnas for combination with chimeric antigen receptor therapy
US12247060B2 (en) 2018-01-09 2025-03-11 Marengo Therapeutics, Inc. Calreticulin binding constructs and engineered T cells for the treatment of diseases
US10805821B2 (en) * 2018-02-19 2020-10-13 Qualcomm Incorporated Signaling availability during a measurement window
WO2019178085A1 (en) * 2018-03-14 2019-09-19 Seattle Children's Hospital (dba Seattle Children's Research Institute) Il-13 receptor alpha 2 targeted, zetakine directed t cell immunotherapy
JP7438123B2 (ja) 2018-03-14 2024-02-26 シアトル チルドレンズ ホスピタル （ディービーエイ シアトル チルドレンズ リサーチ インスティテュート） 腫瘍特異的Ｔ細胞免疫療法用のＩＬ－１３受容体α２（ＩＬ１３Ｒα２）標的キメラ抗原受容体
IL279367B2 (en) 2018-06-13 2026-05-01 Novartis Ag BCMA chimeric antigen receptors and their uses
WO2020010250A2 (en) 2018-07-03 2020-01-09 Elstar Therapeutics, Inc. Anti-tcr antibody molecules and uses thereof
SI3844267T1 (sl) 2018-08-31 2025-10-30 Novartis Ag Postopki izdelave celic, ki izražajo receptorje himernega antigena
US12331320B2 (en) 2018-10-10 2025-06-17 The Research Foundation For The State University Of New York Genome edited cancer cell vaccines
US12624086B2 (en) * 2018-10-31 2026-05-12 Mayo Foundation For Medical Education And Research Materials and methods for treating cancer
US12473345B2 (en) 2018-11-01 2025-11-18 Juno Therapeutics, Inc. Methods for treatment using chimeric antigen receptors specific for B-cell maturation antigen
JP7700039B2 (ja) * 2019-01-04 2025-06-30 マレンゴ・セラピューティクス，インコーポレーテッド 抗ｔｃｒ抗体分子およびその使用
JP7579795B2 (ja) 2019-02-21 2024-11-08 マレンゴ・セラピューティクス，インコーポレーテッド ＮＫｐ３０に結合する抗体分子およびその使用
AU2020226893B2 (en) 2019-02-21 2025-02-27 Marengo Therapeutics, Inc. Multifunctional molecules that bind to T cell related cancer cells and uses thereof
CN109825528A (zh) * 2019-02-21 2019-05-31 北京呈诺医学科技有限公司 一种针对多发性骨髓瘤的car-nk细胞制备方法
CN109884313A (zh) * 2019-02-22 2019-06-14 武汉康圣达医学检验所有限公司 急性b淋巴细胞白血病微小残留的检测试剂盒
ES3070946T3 (en) 2019-03-12 2026-06-18 Arcus Biosciences Inc Treatment of an oncogenene driven cancer having a kras or egfr mutation by decreasing adenosine production or antagonizing adenosine activation
CA3135487A1 (en) 2019-03-29 2020-10-08 Arcus Biosciences, Inc. Treatment of cancer utilizing an identified adenosine fingerprint
WO2021028469A1 (en) * 2019-08-12 2021-02-18 Sitokine Limited Compositions and methods for treating cytokine release syndrome and neurotoxicity
JP7805928B2 (ja) 2019-11-26 2026-01-26 ノバルティス アーゲー Ｃｄ１９及びｃｄ２２キメラ抗原受容体及びその使用
WO2021108661A2 (en) 2019-11-26 2021-06-03 Novartis Ag Chimeric antigen receptors and uses thereof
WO2021113776A1 (en) 2019-12-06 2021-06-10 Juno Therapeutics, Inc. Anti-idiotypic antibodies to bcma-targeted binding domains and related compositions and methods
WO2021138474A2 (en) 2020-01-03 2021-07-08 Marengo Therapeutics, Inc. Anti-tcr antibody molecules and uses thereof
EP4103192A4 (en) 2020-02-12 2024-02-21 Cytoagents, Inc. Compositions and methods for treating coronavirus infections
JP2023518814A (ja) * 2020-03-23 2023-05-08 ジェネンテック， インコーポレイテッド Ｃｏｖｉｄ－１９肺炎における、ｉｌ－６アンタゴニストに対する応答を予測するためのバイオマーカー
WO2021206766A1 (en) * 2020-04-09 2021-10-14 Children's Hospital Medical Center Sars-cov-2 infection biomarkers and uses thereof
US11324750B2 (en) 2020-04-09 2022-05-10 Children's Hospital Medical Center Compositions and methods for the treatment of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection
WO2021250267A1 (en) * 2020-06-11 2021-12-16 Scailyte Ag A method for early detection of propensity to severe clinical manifestations
US20230253117A1 (en) * 2020-08-14 2023-08-10 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Estimating patient risk of cytokine storm using knowledge graphs
AU2021347320A1 (en) 2020-09-24 2023-05-11 The Jackson Laboratory Humanized mouse models for assessing immune cell therapy
CN114252625A (zh) * 2020-09-24 2022-03-29 首都医科大学附属北京世纪坛医院 尿液肥大/干细胞生长因子受体及其多肽片段在过敏性疾病中的应用
CA3202891A1 (en) 2021-01-28 2022-08-04 Kara Olson Compositions and methods for treating cytokine release syndrome
CN112924679A (zh) * 2021-01-29 2021-06-08 沈阳金域医学检验所有限公司 Ptx-3在医学检测中的新应用
JP7432190B2 (ja) * 2021-03-01 2024-02-16 勝彦 山▲崎▼ 抗うつ薬抵抗性の大うつ病患者を識別するための、データの取得方法およびキット
CN112698044B (zh) * 2021-03-23 2021-06-22 信纳克(北京)生化标志物检测医学研究有限责任公司 靶向治疗后免疫状态评价装置及方法
CN113406334A (zh) * 2021-06-02 2021-09-17 浙江省人民医院 一种dlbcl相关的生物标记组合物及其应用、dlbcl预后的效果预测模型
CN113373214B (zh) * 2021-06-18 2024-03-29 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 Cd30在诊断脑神经相关疾病中的用途
WO2023287663A1 (en) * 2021-07-13 2023-01-19 Genentech, Inc. Multi-variate model for predicting cytokine release syndrome
KR20240027077A (ko) * 2021-07-30 2024-02-29 카이트 파마 인코포레이티드 세포 요법-유도 독성의 모니터링 및 관리
EP4463549A2 (en) 2022-01-14 2024-11-20 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for programming t cell phenotypes through targeted gene repression
US20250134999A1 (en) 2022-01-14 2025-05-01 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for programming t cell phenotypes through targeted gene activation
US20230242679A1 (en) * 2022-01-31 2023-08-03 Cytoagents, Inc. Bispecific antibody therapies
US20240006067A1 (en) * 2022-06-29 2024-01-04 Biosigns Pte. Ltd. System by which patients receiving treatment and at risk for iatrogenic cytokine release syndrome are safely monitored
JP2025531268A (ja) 2022-09-19 2025-09-19 チューン セラピューティクス インコーポレイテッド Ｔ細胞機能を調節するための組成物、システム、および方法
CN117129550A (zh) * 2023-03-17 2023-11-28 安徽省立医院(中国科学技术大学附属第一医院) 一种区分car-t治疗之后crs重轻症的临床标志物及其应用
TW202444922A (zh) 2023-03-31 2024-11-16 國立大學法人大阪大學 用於預測敗血症患者之預後的生物標記及其用途
CN116754774B (zh) * 2023-05-12 2026-03-06 浙江大学医学院附属第一医院 一种细胞因子组合物及应用
EP4754248A1 (en) 2023-07-31 2026-06-10 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for multiplexed activation and repression of t cell gene expression
CN121909284A (zh) 2023-07-31 2026-04-21 图恩疗法股份有限公司 用于调节il-2基因表达的组合物和方法
WO2026049057A1 (ja) * 2024-09-02 2026-03-05 国立大学法人九州大学 リスク値の検出方法、ｉｃａｎｓ発症可能性の予測を補助する方法、医薬およびｉｃａｎｓ発症予測用キット

Family Cites Families (256)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR901228A (fr) 1943-01-16 1945-07-20 Deutsche Edelstahlwerke Ag Système d'aimant à entrefer annulaire
US4376110A (en) 1980-08-04 1983-03-08 Hybritech, Incorporated Immunometric assays using monoclonal antibodies
US4366241A (en) 1980-08-07 1982-12-28 Syva Company Concentrating zone method in heterogeneous immunoassays
US4517288A (en) 1981-01-23 1985-05-14 American Hospital Supply Corp. Solid phase system for ligand assay
GB2116183B (en) 1982-03-03 1985-06-05 Genentech Inc Human antithrombin iii dna sequences therefore expression vehicles and cloning vectors containing such sequences and cell cultures transformed thereby a process for expressing human antithrombin iii and pharmaceutical compositions comprising it
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
CA1291031C (en) 1985-12-23 1991-10-22 Nikolaas C.J. De Jaeger Method for the detection of specific binding agents and their correspondingbindable substances
US4868103A (en) 1986-02-19 1989-09-19 Enzo Biochem, Inc. Analyte detection by means of energy transfer
US4843155A (en) 1987-11-19 1989-06-27 Piotr Chomczynski Product and process for isolating RNA
US5906936A (en) 1988-05-04 1999-05-25 Yeda Research And Development Co. Ltd. Endowing lymphocytes with antibody specificity
US6303121B1 (en) 1992-07-30 2001-10-16 Advanced Research And Technology Method of using human receptor protein 4-1BB
US5858358A (en) 1992-04-07 1999-01-12 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Methods for selectively stimulating proliferation of T cells
US6534055B1 (en) 1988-11-23 2003-03-18 Genetics Institute, Inc. Methods for selectively stimulating proliferation of T cells
US6905680B2 (en) 1988-11-23 2005-06-14 Genetics Institute, Inc. Methods of treating HIV infected subjects
US6352694B1 (en) 1994-06-03 2002-03-05 Genetics Institute, Inc. Methods for inducing a population of T cells to proliferate using agents which recognize TCR/CD3 and ligands which stimulate an accessory molecule on the surface of the T cells
US5703055A (en) 1989-03-21 1997-12-30 Wisconsin Alumni Research Foundation Generation of antibodies through lipid mediated DNA delivery
US5399346A (en) 1989-06-14 1995-03-21 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Gene therapy
US5585362A (en) 1989-08-22 1996-12-17 The Regents Of The University Of Michigan Adenovirus vectors for gene therapy
US6319494B1 (en) 1990-12-14 2001-11-20 Cell Genesys, Inc. Chimeric chains for receptor-associated signal transduction pathways
ATE145428T1 (de) 1990-12-14 1996-12-15 Cell Genesys Inc Chimärische ketten zur transduktion von rezeptorverbundenen signalwegen
US7049136B2 (en) 1991-03-07 2006-05-23 The General Hospital Corporation Redirection of cellular immunity by receptor chimeras
IE920716A1 (en) 1991-03-07 1992-09-09 Gen Hospital Corp Redirection of cellular immunity by receptor chimeras
US6004811A (en) 1991-03-07 1999-12-21 The Massachussetts General Hospital Redirection of cellular immunity by protein tyrosine kinase chimeras
GB9125768D0 (en) 1991-12-04 1992-02-05 Hale Geoffrey Therapeutic method
EP0552108B1 (en) 1992-01-17 1999-11-10 Lakowicz, Joseph R. Energy transfer phase-modulation fluoro-immunoassay
IL104570A0 (en) 1992-03-18 1993-05-13 Yeda Res & Dev Chimeric genes and cells transformed therewith
US8211422B2 (en) 1992-03-18 2012-07-03 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Chimeric receptor genes and cells transformed therewith
DE69334275D1 (de) 1992-08-21 2009-05-20 Univ Bruxelles Immunoglobuline ohne Leichtkette
US5350674A (en) 1992-09-04 1994-09-27 Becton, Dickinson And Company Intrinsic factor - horse peroxidase conjugates and a method for increasing the stability thereof
US7211259B1 (en) 1993-05-07 2007-05-01 Immunex Corporation 4-1BB polypeptides and DNA encoding 4-1BB polypeptides
ES2185705T3 (es) 1994-05-02 2003-05-01 Bernd Groner Proteina bifuncional, preparacion y uso.
US7175843B2 (en) 1994-06-03 2007-02-13 Genetics Institute, Llc Methods for selectively stimulating proliferation of T cells
US5712149A (en) 1995-02-03 1998-01-27 Cell Genesys, Inc. Chimeric receptor molecules for delivery of co-stimulatory signals
US6103521A (en) 1995-02-06 2000-08-15 Cell Genesys, Inc. Multispecific chimeric receptors
AU708339B2 (en) 1995-02-24 1999-08-05 General Hospital Corporation, The Redirection of cellular immunity by receptor chimeras
US6692964B1 (en) 1995-05-04 2004-02-17 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Methods for transfecting T cells
US7067318B2 (en) 1995-06-07 2006-06-27 The Regents Of The University Of Michigan Methods for transfecting T cells
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
GB9526131D0 (en) 1995-12-21 1996-02-21 Celltech Therapeutics Ltd Recombinant chimeric receptors
WO1997031898A1 (en) 1996-02-28 1997-09-04 Ariad Gene Therapeutics, Inc. Synthetic derivatives of rapamycin as multimerizing agents for chimeric proteins with immunophilin-derived domains
US5874240A (en) 1996-03-15 1999-02-23 Human Genome Sciences, Inc. Human 4-1BB receptor splicing variant
DK0920505T3 (da) 1996-08-16 2008-09-08 Schering Corp Pattedyrcelleoverfladeantigener og tilhörende reagenser
US6111090A (en) 1996-08-16 2000-08-29 Schering Corporation Mammalian cell surface antigens; related reagents
EP0937095A4 (en) 1996-10-25 1999-12-22 Cell Genesys Inc TARGETED CYTOLYSIS OF CANCER CELLS
DE69834257T2 (de) 1997-04-30 2007-01-04 Klingemann, Hans Natürliche killerzelllinien und verfahren zu ihrer verwendung
JP3614866B2 (ja) 1997-06-12 2005-01-26 リサーチ コーポレイション テクノロジーズ，インコーポレイティド 人工抗体ポリペプチド
GB9713473D0 (en) 1997-06-25 1997-09-03 Celltech Therapeutics Ltd Biological products
US20030060444A1 (en) 1997-06-25 2003-03-27 Celltech Therapeutics, Ltd. Cell activation process and reagents therefor
CA2308114A1 (en) 1997-10-21 1999-04-29 Human Genome Sciences, Inc. Human tumor necrosis factor receptor-like proteins tr11, tr11sv1, and tr11sv2
JP2002502607A (ja) 1998-02-09 2002-01-29 ジェネンテク・インコーポレイテッド 新規な腫瘍壊死因子レセプター相同体及びそれをコードする核酸
US20040040047A1 (en) 1998-03-30 2004-02-26 Spencer David M. Regulated apoptosis using chemically induced dimerization of apoptosis factors
ATE298248T1 (de) 1998-04-15 2005-07-15 Brigham & Womens Hospital T-zell inhibierende rezeptorzusammensetzungen sowie deren verwendung
GB9809658D0 (en) 1998-05-06 1998-07-01 Celltech Therapeutics Ltd Biological products
WO2000014257A1 (en) 1998-09-04 2000-03-16 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Fusion receptors specific for prostate-specific membrane antigen and uses thereof
AU2472400A (en) 1998-10-20 2000-05-08 City Of Hope CD20-specific redirected T cells and their use in cellular immunotherapy of CD20+ malignancies
JP2002541845A (ja) 1999-04-16 2002-12-10 セルテック セラピューティックス リミテッド 合成膜貫通成分
ATE376837T1 (de) 1999-07-12 2007-11-15 Genentech Inc Stimulierung oder hemmung von angiogenese und herzvaskularisierung mit tumor nekrose faktor ligand/rezeptor homologen
EP1235842A4 (en) 1999-10-15 2003-04-23 Univ Massachusetts Rna interference pathway genes as tools for targeted genetic interference
GB9925848D0 (en) 1999-11-01 1999-12-29 Celltech Therapeutics Ltd Biological products
US6326193B1 (en) 1999-11-05 2001-12-04 Cambria Biosciences, Llc Insect control agent
US7572631B2 (en) 2000-02-24 2009-08-11 Invitrogen Corporation Activation and expansion of T cells
HK1052372A1 (zh) 2000-02-24 2003-09-11 Xcyte Therapies, Inc. 细胞的同步刺激和富集
US6797514B2 (en) 2000-02-24 2004-09-28 Xcyte Therapies, Inc. Simultaneous stimulation and concentration of cells
US6867041B2 (en) 2000-02-24 2005-03-15 Xcyte Therapies, Inc. Simultaneous stimulation and concentration of cells
IL136511A0 (en) 2000-06-01 2001-06-14 Gavish Galilee Bio Appl Ltd Genetically engineered mhc molecules
WO2001096584A2 (en) 2000-06-12 2001-12-20 Akkadix Corporation Materials and methods for the control of nematodes
GB0025307D0 (en) 2000-10-16 2000-11-29 Celltech Chiroscience Ltd Biological products
US7446179B2 (en) 2000-11-07 2008-11-04 City Of Hope CD19-specific chimeric T cell receptor
US7070995B2 (en) 2001-04-11 2006-07-04 City Of Hope CE7-specific redirected immune cells
US7514537B2 (en) 2001-04-30 2009-04-07 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human gliomas
US20030171546A1 (en) 2001-04-30 2003-09-11 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human cancers
US20090257994A1 (en) 2001-04-30 2009-10-15 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human cancers
AU2002319544B2 (en) 2001-08-10 2008-07-10 Aberdeen University Antigen binding domains from fish
US20030148982A1 (en) 2001-11-13 2003-08-07 Brenner Malcolm K. Bi-spcific chimeric T cells
US7638326B2 (en) 2002-01-03 2009-12-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Activation and expansion of T-cells using an engineered multivalent signaling platform
WO2003057171A2 (en) 2002-01-03 2003-07-17 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Activation and expansion of t-cells using an engineered multivalent signaling platform
US7745140B2 (en) 2002-01-03 2010-06-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Activation and expansion of T-cells using an engineered multivalent signaling platform as a research tool
EP1478648B1 (en) 2002-02-01 2014-04-30 ARIAD Pharmaceuticals, Inc. Phosphorus-containing compounds and uses thereof
TWI275390B (en) 2002-04-30 2007-03-11 Wyeth Corp Process for the preparation of 7-substituted-3- quinolinecarbonitriles
US7446190B2 (en) 2002-05-28 2008-11-04 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Nucleic acids encoding chimeric T cell receptors
US20040047858A1 (en) 2002-09-11 2004-03-11 Blumberg Richard S. Therapeutic anti-BGP(C-CAM1) antibodies and uses thereof
ES2367430T3 (es) 2002-12-23 2011-11-03 Wyeth Llc Anticuerpos contra pd-1 y sus usos.
US20050129671A1 (en) 2003-03-11 2005-06-16 City Of Hope Mammalian antigen-presenting T cells and bi-specific T cells
AU2004244626A1 (en) 2003-05-23 2004-12-09 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services GITR ligand and GITR ligand-related molecules and antibodies and uses thereof
EP1660126A1 (en) 2003-07-11 2006-05-31 Schering Corporation Agonists or antagonists of the clucocorticoid-induced tumour necrosis factor receptor (gitr) or its ligand for the treatment of immune disorders, infections and cancer
US8198020B2 (en) 2003-08-22 2012-06-12 Potentia Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for enhancing phagocytosis or phagocyte activity
US20050113564A1 (en) 2003-11-05 2005-05-26 St. Jude Children's Research Hospital Chimeric receptors with 4-1BB stimulatory signaling domain
US7435596B2 (en) 2004-11-04 2008-10-14 St. Jude Children's Research Hospital, Inc. Modified cell line and method for expansion of NK cell
EP1692318A4 (en) 2003-12-02 2008-04-02 Genzyme Corp COMPOSITIONS AND METHODS FOR DIAGNOSIS AND TREATMENT OF LUNG CANCER
GB0409799D0 (en) 2004-04-30 2004-06-09 Isis Innovation Method of generating improved immune response
AU2005250408B2 (en) 2004-05-27 2010-09-23 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Novel artificial antigen presenting cells and uses therefor
EP1765402A2 (en) 2004-06-04 2007-03-28 Duke University Methods and compositions for enhancement of immunity by in vivo depletion of immunosuppressive cell activity
WO2006036445A2 (en) 2004-09-24 2006-04-06 Trustees Of Dartmouth College Chimeric nk receptor and methods for treating cancer
EP3530321A1 (en) 2004-12-10 2019-08-28 Peter MacCallum Cancer Institute Methods and compositions for adoptive immunotherapy
JP5238936B2 (ja) 2005-03-25 2013-07-17 ジーアイティーアール，インク． Ｇｉｔｒ結合分子およびその使用
EP3530736A3 (en) 2005-05-09 2019-11-06 ONO Pharmaceutical Co., Ltd. Human monoclonal antibodies to programmed death 1 (pd-1) and methods for treating cancer using anti-pd-1 antibodies alone or in combination with other immunotherapeutics
KR101704734B1 (ko) 2005-07-01 2017-02-09 이. 알. 스퀴부 앤드 선즈, 엘.엘.씨. 예정 사멸 리간드 1 (피디-엘1)에 대한 인간 모노클로날 항체
US20070036773A1 (en) 2005-08-09 2007-02-15 City Of Hope Generation and application of universal T cells for B-ALL
WO2007133822A1 (en) 2006-01-19 2007-11-22 Genzyme Corporation Gitr antibodies for the treatment of cancer
WO2007147623A2 (en) * 2006-06-22 2007-12-27 Cellact Pharma Gmbh A novel target in the treatment of cytokine release syndrome
US20100105136A1 (en) 2006-10-09 2010-04-29 The General Hospital Corporation Chimeric t-cell receptors and t-cells targeting egfrviii on tumors
US20080131415A1 (en) 2006-11-30 2008-06-05 Riddell Stanley R Adoptive transfer of cd8 + t cell clones derived from central memory cells
US8389282B2 (en) 2007-03-30 2013-03-05 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Constitutive expression of costimulatory ligands on adoptively transferred T lymphocytes
PT2170959E (pt) 2007-06-18 2014-01-07 Merck Sharp & Dohme Anticorpos para o receptor humano de morte programada pd-1
PT2175884T (pt) 2007-07-12 2016-09-21 Gitr Inc Terapias de combinação empregando moléculas de ligação a gitr
US9416165B2 (en) 2007-10-26 2016-08-16 The Regents Of The University Of California Methods of inhibiting viral replication and improving T cell function employing soluble Tim-3 inhibitors
WO2009091826A2 (en) 2008-01-14 2009-07-23 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Compositions and methods related to a human cd19-specific chimeric antigen receptor (h-car)
US10059923B2 (en) 2008-01-30 2018-08-28 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Methods for off-the-shelf tumor immunotherapy using allogeneic T-cell precursors
PT2242773T (pt) 2008-02-11 2017-09-15 Cure Tech Ltd Anticorpos monoclonais para o tratamento de tumores
US8379824B2 (en) 2008-03-06 2013-02-19 At&T Intellectual Property I, Lp Methods and apparatus to provide a network-based caller identification service in a voice over internet protocol network
US8168757B2 (en) 2008-03-12 2012-05-01 Merck Sharp & Dohme Corp. PD-1 binding proteins
JP2011526794A (ja) 2008-07-02 2011-10-20 エマージェント プロダクト デベロップメント シアトル， エルエルシー ＴＧＦ−βアンタゴニスト多重標的結合性分子
AR072999A1 (es) 2008-08-11 2010-10-06 Medarex Inc Anticuerpos humanos que se unen al gen 3 de activacion linfocitaria (lag-3) y los usos de estos
WO2010098788A2 (en) 2008-08-25 2010-09-02 Amplimmune, Inc. Pd-i antagonists and methods for treating infectious disease
EA201500417A1 (ru) 2008-08-25 2015-11-30 Эмплиммьюн, Инк. Композиции антагонистов pd-1 и способы применения
CA2735456C (en) 2008-08-26 2021-11-16 City Of Hope Method and compositions for enhanced anti-tumor effector functioning of t cells
JPWO2010030002A1 (ja) 2008-09-12 2012-02-02 国立大学法人三重大学 外来性ｇｉｔｒリガンド発現細胞
MX356367B (es) 2008-12-09 2018-05-25 Genentech Inc Anticuerpos anti-pd-l1 y su uso para mejorar la funcion de celulas t.
EP2389443B1 (en) 2009-01-23 2018-11-14 Roger Williams Hospital Retroviral vectors encoding multiple highly homologous non-viral polypeptides and the use of same
WO2010089411A2 (en) 2009-02-09 2010-08-12 Universite De La Mediterranee Pd-1 antibodies and pd-l1 antibodies and uses thereof
ES2668874T3 (es) 2009-04-30 2018-05-22 Tel Hashomer Medical Research Infrastructure And Services Ltd. Anticuerpos anti-CEACAM1 y métodos de uso de los mismos
IN2015DN02826A (es) 2009-09-03 2015-09-11 Merck Sharp & Dohme
JP5934099B2 (ja) 2009-10-01 2016-06-15 アメリカ合衆国 抗血管内皮増殖因子受容体−２キメラ抗原受容体及び癌の治療のためのその使用
WO2011059836A2 (en) 2009-10-29 2011-05-19 Trustees Of Dartmouth College T cell receptor-deficient t cell compositions
GB0919054D0 (en) 2009-10-30 2009-12-16 Isis Innovation Treatment of obesity
JP5956342B2 (ja) 2009-11-03 2016-07-27 シティ・オブ・ホープＣｉｔｙ ｏｆ Ｈｏｐｅ 形質導入Ｔ細胞選択のためのトランケート上皮増殖因子レセプタ（ＥＧＦＲｔ）
EP2504028A4 (en) 2009-11-24 2014-04-09 Amplimmune Inc SIMULTANEOUS INHIBITION OF PD-L1 / PD-L2
US20130089554A1 (en) 2009-12-29 2013-04-11 Emergent Product Development Seattle, Llc RON Binding Constructs and Methods of Use Thereof
CA2791975C (en) 2010-02-04 2021-02-09 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Icos critically regulates the expansion and function of inflammatory human th17 cells
US9089520B2 (en) 2010-05-21 2015-07-28 Baylor College Of Medicine Methods for inducing selective apoptosis
US9163087B2 (en) 2010-06-18 2015-10-20 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Bi-specific antibodies against TIM-3 and PD-1 for immunotherapy in chronic immune conditions
CA2816379A1 (en) 2010-10-27 2012-05-03 Baylor College Of Medicine Chimeric cd27 receptors for redirecting t cells to cd70-positive malignancies
PH12013501201A1 (en) 2010-12-09 2013-07-29 Univ Pennsylvania Use of chimeric antigen receptor-modified t cells to treat cancer
JP5897035B2 (ja) 2010-12-14 2016-03-30 ユニバーシティ オブ メリーランド，ボルチモア 汎用の抗タグキメラ抗原受容体発現ｔ細胞及びがんを治療する方法
CN102539745B (zh) 2010-12-31 2013-03-06 中国人民解放军第三〇九医院 移植肾排斥反应早期诊断及预警试剂盒
JP2014509841A (ja) 2011-01-18 2014-04-24 ザ トラスティーズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ペンシルバニア 癌を治療するための組成物および方法
WO2012129514A1 (en) 2011-03-23 2012-09-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Method and compositions for cellular immunotherapy
WO2012127464A2 (en) 2011-03-23 2012-09-27 Gavish-Galilee Bio Applications Ltd Constitutively activated t cells for use in adoptive cell therapy
ES2785081T3 (es) 2011-04-01 2020-10-05 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Anticuerpos biespecíficos similares a receptores de células T específicos para un péptido de WT1 presentado por HLA-A2
EP3459560B1 (en) 2011-04-08 2021-02-24 The United States of America, as represented by The Secretary, Department of Health and Human Services Anti-epidermal growth factor receptor variant iii chimeric antigen receptors and use of same for the treatment of cancer
EP2694640B1 (en) 2011-04-08 2017-10-18 Baylor College Of Medicine Reversing the effects of the tumor microenvironment using chimeric cytokine receptors
US20130071414A1 (en) 2011-04-27 2013-03-21 Gianpietro Dotti Engineered cd19-specific t lymphocytes that coexpress il-15 and an inducible caspase-9 based suicide gene for the treatment of b-cell malignancies
WO2013006490A2 (en) 2011-07-01 2013-01-10 Cellerant Therapeutics, Inc. Antibodies that specifically bind to tim3
CA2842798C (en) 2011-07-25 2021-02-23 Nationwide Children's Hospital, Inc. Recombinant virus products and methods for inhibition of expression of dux4
MX2014001222A (es) 2011-07-29 2014-09-15 Univ Pennsylvania Receptores coestimuladores de cambio.
US9833476B2 (en) 2011-08-31 2017-12-05 The Trustees Of Dartmouth College NKP30 receptor targeted therapeutics
US20130108641A1 (en) 2011-09-14 2013-05-02 Sanofi Anti-gitr antibodies
KR20140060541A (ko) 2011-09-16 2014-05-20 더 트러스티스 오브 더 유니버시티 오브 펜실바니아 암을 치료하기 위한 rna 조작된 t 세포
EP3692794A1 (en) 2011-09-16 2020-08-12 Baylor College of Medicine Targeting the tumor microenvironment using manipulated nkt cells
WO2013054320A1 (en) 2011-10-11 2013-04-18 Tel Hashomer Medical Research Infrastructure And Services Ltd. Antibodies to carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule (ceacam)
JP6267644B2 (ja) 2011-10-20 2018-01-24 アメリカ合衆国 抗ｃｄ２２キメラ抗原受容体
ES2753614T3 (es) 2011-12-01 2020-04-13 Brigham & Womens Hospital Inc Anticuerpos recombinantes anti-CEACAM1 para terapia contra el cáncer
BR112014020502A2 (pt) 2012-02-22 2019-09-24 Univ Pennsylvania sequência de ácido nucleico isolada, receptor quimérico de antígeno isolado, célula, vetor, e, métodos para estimular uma resposta imune, para fornecer uma imunidade antitumoral, para tratamento de um mamífero, para gerar e para expandir uma população de células - t, e para modular a quantidade de citocina secretada por uma célula -t
CA3285826A1 (en) 2012-02-22 2026-03-02 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Compositions and methods for generating a persisting population of t cells useful for the treatment of cancer
EP2817330B1 (en) 2012-02-22 2020-07-08 The Trustees of the University of Pennsylvania Use of icos-based cars to enhance antitumor activity and car persistence
KR20150029714A (ko) 2012-07-13 2015-03-18 더 트러스티스 오브 더 유니버시티 오브 펜실바니아 이중특이적 항체의 공-도입에 의한 ｃａｒ 세포의 활성 증강
PL4019041T3 (pl) 2012-07-13 2023-05-08 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Kontrola toksyczności wobec aktywności przeciwnowotworowej CAR
EP2872617A4 (en) 2012-07-13 2015-12-09 Univ Pennsylvania EPITOP SPREADING IN CONNECTION WITH CAR T CELLS
MX382772B (es) 2012-07-13 2025-03-11 Univ Pennsylvania Composición para usarse para prevenir o retardar el rechazo de trasplante de un tejido u órgano trasplantado en un sujeto.
IN2014DN10889A (es) 2012-07-13 2015-09-11 Univ Pennsylvania
KR20210149195A (ko) 2012-07-13 2021-12-08 더 트러스티스 오브 더 유니버시티 오브 펜실베니아 형질도입된 ｔ 세포의 투여 적합성을 평가하는 방법
US10634687B2 (en) * 2012-07-16 2020-04-28 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Serum biomarker screen for the diagnosis of clinical and preclinical alzheimer's disease
JP2015525781A (ja) 2012-07-31 2015-09-07 ザ ブリガム アンド ウィメンズ ホスピタル インコーポレイテッドＴｈｅ Ｂｒｉｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｏｍｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ， Ｉｎｃ． 免疫応答の調節
LT2884999T (lt) 2012-08-20 2021-04-12 Fred Hutchinson Cancer Research Center Ląstelinės imunoterapijos būdas ir kompozicijos
WO2014039513A2 (en) 2012-09-04 2014-03-13 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Inhibition of diacylglycerol kinase to augment adoptive t cell transfer
US10316289B2 (en) 2012-09-06 2019-06-11 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods of producing T memory stem cell populations
WO2014055442A2 (en) 2012-10-01 2014-04-10 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Compositions and methods for targeting stromal cells for the treatment of cancer
US10117896B2 (en) 2012-10-05 2018-11-06 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Use of a trans-signaling approach in chimeric antigen receptors
WO2014059251A1 (en) 2012-10-12 2014-04-17 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Enhancement of the immune response
IL305629A (en) 2013-02-15 2023-11-01 Univ California Chimeric antigen receptor and methods of using it
WO2014130635A1 (en) 2013-02-20 2014-08-28 Novartis Ag Effective targeting of primary human leukemia using anti-cd123 chimeric antigen receptor engineered t cells
SG11201505896YA (en) 2013-02-20 2015-09-29 Novartis Ag Treatment of cancer using humanized anti-egfrviii chimeric antigen receptor
US9434935B2 (en) 2013-03-10 2016-09-06 Bellicum Pharmaceuticals, Inc. Modified caspase polypeptides and uses thereof
CA2905352A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 Bellicum Pharmaceuticals, Inc. Methods for controlling t cell proliferation
ES2769574T3 (es) 2013-03-15 2020-06-26 Michael C Milone Reconocimiento de células citotóxicas con receptores quiméricos para inmunoterapia adoptiva
UY35468A (es) 2013-03-16 2014-10-31 Novartis Ag Tratamiento de cáncer utilizando un receptor quimérico de antígeno anti-cd19
EP3789487A1 (en) 2013-04-03 2021-03-10 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Effective generation of tumor-targeted t-cells derived from pluripotent stem cells
EP3569253A1 (en) 2013-06-05 2019-11-20 Bellicum Pharmaceuticals, Inc. Methods for inducing partial apoptosis using caspase polypeptides
EA201690987A1 (ru) 2013-11-13 2016-10-31 Новартис Аг Низкодозовые иммуностимулирующие ингибиторы mtor и их применения
ES2918501T3 (es) 2013-12-19 2022-07-18 Novartis Ag Receptores de antígenos quiméricos de mesotelina humana y usos de los mismos
WO2015090229A1 (en) 2013-12-20 2015-06-25 Novartis Ag Regulatable chimeric antigen receptor
EP3097117B1 (en) 2014-01-21 2023-10-04 Novartis Ag Enhanced antigen presenting ability of car t cells by co-introduction of costimulatory molecules
UA122479C2 (uk) 2014-01-24 2020-11-25 Дана-Фарбер Кенсер Інстітьют, Інк. Виділена молекула антитіла, яка зв’язується з людським білком програмованої смерті-1 (pd-1)
PL3099717T3 (pl) 2014-01-31 2019-10-31 Novartis Ag Cząsteczki przeciwciała dla TIM-3 i ich zastosowanie
EA201691765A1 (ru) 2014-03-14 2016-12-30 Новартис Аг Молекулы антител против lag-3 и их применения
WO2015142661A1 (en) 2014-03-15 2015-09-24 Novartis Ag Regulatable chimeric antigen receptor
CN122399016A (zh) 2014-03-15 2026-07-17 诺华股份有限公司 使用嵌合抗原受体治疗癌症
SG10202109752XA (en) 2014-04-07 2021-10-28 Novartis Ag Treatment of cancer using anti-cd19 chimeric antigen receptor
WO2015193740A2 (en) 2014-06-17 2015-12-23 Acerta Pharma B.V. Therapeutic combinations of a btk inhibitor, a pi3k inhibitor and/or a jak-2 inhibitor
US20170274014A1 (en) 2014-07-21 2017-09-28 Jennifer Brogdon Combinations of low, immune enhancing, doses of mtor inhibitors and cars
JP2017528433A (ja) 2014-07-21 2017-09-28 ノバルティス アーゲー 低い免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤とＣＡＲの組み合わせ
EP3194585A1 (en) 2014-07-21 2017-07-26 Novartis AG Sortase molecules and uses thereof
BR112017000939A2 (pt) 2014-07-21 2017-11-14 Novartis Ag tratamento de câncer usando um receptor antigênico quimérico de cll-1
AU2015292744C1 (en) 2014-07-21 2021-01-21 Novartis Ag Treatment of cancer using humanized anti-BCMA chimeric antigen receptor
JP6831777B2 (ja) 2014-07-21 2021-02-17 ノバルティス アーゲー Ｃｄ３３キメラ抗原受容体を使用する癌の処置
WO2016014553A1 (en) 2014-07-21 2016-01-28 Novartis Ag Sortase synthesized chimeric antigen receptors
WO2016019300A1 (en) 2014-07-31 2016-02-04 Novartis Ag Subset-optimized chimeric antigen receptor-containing t-cells
EP3180359A1 (en) 2014-08-14 2017-06-21 Novartis AG Treatment of cancer using gfr alpha-4 chimeric antigen receptor
EP3712171A1 (en) 2014-08-19 2020-09-23 Novartis AG Treatment of cancer using a cd123 chimeric antigen receptor
US10577417B2 (en) 2014-09-17 2020-03-03 Novartis Ag Targeting cytotoxic cells with chimeric receptors for adoptive immunotherapy
AU2015330898B2 (en) 2014-10-08 2022-03-10 Novartis Ag Biomarkers predictive of therapeutic responsiveness to chimeric antigen receptor therapy and uses thereof
SG11201702401RA (en) 2014-10-14 2017-04-27 Novartis Ag Antibody molecules to pd-l1 and uses thereof
US20170239294A1 (en) 2014-10-15 2017-08-24 Novartis Ag Compositions and methods for treating b-lymphoid malignancies
US20180334490A1 (en) 2014-12-03 2018-11-22 Qilong H. Wu Methods for b cell preconditioning in car therapy
RU2751362C2 (ru) 2014-12-29 2021-07-13 Новартис Аг Способы получения экспрессирующих химерный антигенный рецептор клеток
US11459390B2 (en) 2015-01-16 2022-10-04 Novartis Ag Phosphoglycerate kinase 1 (PGK) promoters and methods of use for expressing chimeric antigen receptor
WO2016126608A1 (en) 2015-02-02 2016-08-11 Novartis Ag Car-expressing cells against multiple tumor antigens and uses thereof
US20180140602A1 (en) 2015-04-07 2018-05-24 Novartis Ag Combination of chimeric antigen receptor therapy and amino pyrimidine derivatives
PL3280729T3 (pl) 2015-04-08 2022-08-22 Novartis Ag Terapie cd20, terapie cd22 i terapie skojarzone komórką eksprymującą chimeryczny receptor antygenowy (car) cd19
WO2016168595A1 (en) 2015-04-17 2016-10-20 Barrett David Maxwell Methods for improving the efficacy and expansion of chimeric antigen receptor-expressing cells
WO2016172583A1 (en) 2015-04-23 2016-10-27 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric antigen receptor and protein kinase a blocker
US10829735B2 (en) 2015-07-21 2020-11-10 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Methods for improving the efficacy and expansion of immune cells
US11667691B2 (en) 2015-08-07 2023-06-06 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric CD3 receptor proteins
WO2017040930A2 (en) 2015-09-03 2017-03-09 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Biomarkers predictive of cytokine release syndrome
CA2999070A1 (en) 2015-09-17 2017-03-23 Novartis Ag Car t cell therapies with enhanced efficacy
WO2017096331A1 (en) 2015-12-04 2017-06-08 Juno Therapeutics, Inc. Methods and compositions related to toxicity associated with cell therapy
PT3393504T (pt) 2015-12-22 2025-12-30 Novartis Ag Recetor de antigénio quimérico (car) de mesotelina e anticorpo contra o inibidor de pd-l1 para utilização combinada em terapia anticancerígena
CA3009852A1 (en) 2015-12-28 2017-07-06 Novartis Ag Methods of making chimeric antigen receptor-expressing cells
KR20180099768A (ko) 2015-12-30 2018-09-05 노파르티스 아게 증진된 효능을 갖는 면역 이펙터 세포 요법
SG11201807489PA (en) 2016-03-04 2018-09-27 Novartis Ag Cells expressing multiple chimeric antigen receptor (car) molecules and uses therefore
EP3432924A1 (en) 2016-03-23 2019-01-30 Novartis AG Cell secreted minibodies and uses thereof
WO2017210617A2 (en) 2016-06-02 2017-12-07 Porter, David, L. Therapeutic regimens for chimeric antigen receptor (car)- expressing cells
EP3484455A2 (en) 2016-07-15 2019-05-22 Novartis AG Treatment and prevention of cytokine release syndrome using a chimeric antigen receptor in combination with a kinase inhibitor
KR20230100748A (ko) 2016-07-28 2023-07-05 노파르티스 아게 키메라 항원 수용체 및 pd-1 억제제의 조합 요법
SG11201900885VA (en) 2016-08-01 2019-02-27 Novartis Ag Treatment of cancer using a chimeric antigen receptor in combination with an inhibitor of a pro-m2 macrophage molecule
WO2018059549A1 (en) 2016-09-30 2018-04-05 Novartis Ag Immune effector cell therapies with enhanced efficacy
JP7467117B2 (ja) 2016-10-07 2024-04-15 ノバルティス アーゲー 癌の治療のためのキメラ抗原受容体
US11535662B2 (en) 2017-01-26 2022-12-27 Novartis Ag CD28 compositions and methods for chimeric antigen receptor therapy
US20190375815A1 (en) 2017-01-31 2019-12-12 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric t cell receptor proteins having multiple specificities
WO2018160731A1 (en) 2017-02-28 2018-09-07 Novartis Ag Shp inhibitor compositions and uses for chimeric antigen receptor therapy
RU2019133286A (ru) 2017-03-22 2021-04-22 Новартис Аг Биомаркеры и средства терапии на основе т-клеток с car с повышенной эффективностью
EP3615068A1 (en) 2017-04-28 2020-03-04 Novartis AG Bcma-targeting agent, and combination therapy with a gamma secretase inhibitor
EP3615055A1 (en) 2017-04-28 2020-03-04 Novartis AG Cells expressing a bcma-targeting chimeric antigen receptor, and combination therapy with a gamma secretase inhibitor
SG11202003415XA (en) 2017-10-18 2020-05-28 Novartis Ag Compositions and methods for selective protein degradation
WO2019084288A1 (en) 2017-10-25 2019-05-02 Novartis Ag METHODS FOR DESIGNING CHIMERIC ANTIGENIC RECEPTOR EXPRESSION CELLS
WO2019099639A1 (en) 2017-11-15 2019-05-23 Navartis Ag Bcma-targeting chimeric antigen receptor, cd19-targeting chimeric antigen receptor, and combination therapies
MX2020005651A (es) 2017-11-30 2020-10-28 Novartis Ag Receptor de antigeno quimerico dirigido a bcma y usos del mismo.
WO2019136432A1 (en) 2018-01-08 2019-07-11 Novartis Ag Immune-enhancing rnas for combination with chimeric antigen receptor therapy
WO2019160956A1 (en) 2018-02-13 2019-08-22 Novartis Ag Chimeric antigen receptor therapy in combination with il-15r and il15
US20200061113A1 (en) 2018-04-12 2020-02-27 Novartis Ag Chimeric antigen receptor therapy characterization assays and uses thereof
US20210047405A1 (en) 2018-04-27 2021-02-18 Novartis Ag Car t cell therapies with enhanced efficacy
US20210396739A1 (en) 2018-05-01 2021-12-23 Novartis Ag Biomarkers for evaluating car-t cells to predict clinical outcome
US20210123016A1 (en) 2018-05-02 2021-04-29 Novartis Ag Regulators of human pluripotent stem cells and uses thereof
US20200085869A1 (en) 2018-05-16 2020-03-19 Novartis Ag Therapeutic regimens for chimeric antigen receptor therapies
US20210213063A1 (en) 2018-05-25 2021-07-15 Novartis Ag Combination therapy with chimeric antigen receptor (car) therapies
WO2019232244A2 (en) 2018-05-31 2019-12-05 Novartis Ag Antibody molecules to cd73 and uses thereof
IL279367B2 (en) 2018-06-13 2026-05-01 Novartis Ag BCMA chimeric antigen receptors and their uses
US20210171909A1 (en) 2018-08-31 2021-06-10 Novartis Ag Methods of making chimeric antigen receptor?expressing cells
SI3844267T1 (sl) 2018-08-31 2025-10-30 Novartis Ag Postopki izdelave celic, ki izražajo receptorje himernega antigena
US20210347851A1 (en) 2018-09-28 2021-11-11 Novartis Ag Cd19 chimeric antigen receptor (car) and cd22 car combination therapies
WO2020069405A1 (en) 2018-09-28 2020-04-02 Novartis Ag Cd22 chimeric antigen receptor (car) therapies
US20220152150A1 (en) 2019-02-25 2022-05-19 Novartis Ag Mesoporous silica particles compositions for viral delivery
WO2020210678A1 (en) 2019-04-12 2020-10-15 Novartis Ag Methods of making chimeric antigen receptor-expressing cells
WO2020219742A1 (en) 2019-04-24 2020-10-29 Novartis Ag Compositions and methods for selective protein degradation
JP7805928B2 (ja) 2019-11-26 2026-01-26 ノバルティス アーゲー Ｃｄ１９及びｃｄ２２キメラ抗原受容体及びその使用
WO2021108661A2 (en) 2019-11-26 2021-06-03 Novartis Ag Chimeric antigen receptors and uses thereof

Also Published As

Publication number Publication date
EP4775994A2 (en) 2026-07-15
JP6905163B2 (ja) 2021-07-21
WO2017040930A3 (en) 2017-04-20
EP3344996B1 (en) 2026-03-11
JP2021152540A (ja) 2021-09-30
US11747346B2 (en) 2023-09-05
CN108780084B (zh) 2022-07-22
US20240288444A1 (en) 2024-08-29
JP2024045316A (ja) 2024-04-02
EP3344996A2 (en) 2018-07-11
US20180252727A1 (en) 2018-09-06
CN116334205A (zh) 2023-06-27
CN108780084A (zh) 2018-11-09
JP2018533744A (ja) 2018-11-15
WO2017040930A2 (en) 2017-03-09