ES2839223T3

ES2839223T3 - Nuevos péptidos y nuevas combinaciones de péptidos para el uso en la inmunoterapia contra el cáncer de ovario y otros tipos de cáncer

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Publication number: ES2839223T3
Application number: ES16733523T
Authority: ES
Inventors: Andrea Mahr; Toni Weinschenk; Helen Hörzer; Oliver Schoor; Jens Fritsche; Harpreet Singh
Original assignee: Immatics Biotechnologies GmbH
Current assignee: Immatics Biotechnologies GmbH
Priority date: 2015-07-01
Filing date: 2016-06-29
Publication date: 2021-07-05
Anticipated expiration: 2036-06-29
Also published as: EA201992664A2; US20210277081A1; SG10202001665QA; US10494413B2; US10280205B2; SI3317296T1; WO2017001491A2; US10000539B2; EA201792632A1; EP3712165A2; US20180066032A1; JP2021168653A; EP3712165A3; AU2016286274A1; EP3317296B1; CR20180001A; PT3317296T; US20200325194A1; US11912748B2; MD3317296T2

Abstract

Peptido consistente en la secuencia de aminoacidos conforme a la SEQ ID N.o 11 o una sal farmaceuticamente aceptable del mismo.

Description

DESCRIPCIÓN

Nuevos péptidos y nuevas combinaciones de péptidos para el uso en la inmunoterapia contra el cáncer de ovario y otros tipos de cáncer

La presente invención se refiere a péptidos, proteínas, ácidos nucleicos y células destinados a la utilización en métodos inmunoterapéuticos. En particular, la presente invención se refiere a la inmunoterapia contra el cáncer. La presente invención da a conocer asimismo epítopos peptídicos para linfocitos T asociados a tumores, solos o en combinación con otros péptidos asociados a tumores que, por ejemplo, pueden servir como principios activos farmacéuticos en composiciones vacunales destinadas a estimular respuestas inmunitarias antitumorales, o a estimular ex vivo linfocitos T que después serán transferidos a los pacientes. Los péptidos unidos a moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC), o los péptidos como tales, también pueden ser dianas de anticuerpos, de receptores de linfocitos T solubles, y de otras moléculas de unión.

La presente invención se refiere a una secuencia peptídica novedosa derivada de una molécula HLA de clase I de células tumorales humanas que pueden ser utilizadas en composiciones vacunales para desencadenar respuestas inmunitarias antitumorales o como dianas para el desarrollo de compuestos y células farmacéutica o inmunológicamente activos.

Antecedentes de la invención

Cáncer de ovario

Con cálculos que cifran en 239.000 los nuevos casos en 2012, el cáncer de ovario constituye el séptimo tipo más común de tumor en las mujeres, lo cual supone el 4% de todos los casos de cáncer que afectan a la población femenina. El índice de mortalidad del cáncer de ovario tiende a ser relativamente alto con respecto a otros tipos de tumores que afectan al aparato reproductor femenino, siendo la mortalidad más alta en contextos de escasos recursos. En consecuencia, el cáncer de ovario es la octava causa de muerte por cáncer en la población femenina, con 152.000 decesos. En 2012, casi el 55% de los nuevos casos se produjeron en países con un nivel de desarrollo alto o muy alto; el 37% de los nuevos casos y el 39% de las muertes se concentran en Europa y Norteamérica. La incidencia alcanza su máximo en Europa septentrional y oriental, Norteamérica y Oceanía, y tiende a ser relativamente baja en África y gran parte de Asia. Los porcentajes de incidencia han descendido en algunos países con muy alto grado de desarrollo, especialmente en Europa y Norteamérica.

El cáncer de ovario más frecuente es el carcinoma ovárico, que es también una de las neoplasias malignas ginecológicas más mortíferas. A tenor de su histopatología y de la genética molecular, el carcinoma de ovario se divide en cinco grandes tipos: seroso de alto grado (70%), endometrioide (10%), de células claras (10%), mucinoso (3%), y seroso de bajo grado (< 5%), que juntos suman más del 95% de los casos. Mucho menos frecuentes son los tumores malignos de células germinales (disgerminomas, tumores del saco vitelino y teratomas inmaduros) con el 3% de todos los casos de cáncer de ovario, y los tumores estromales del cordón sexual potencialmente malignos, con un 1 o 2%, el más frecuente de los cuales es el tumor de células de la granulosa.

Los antecedentes familiares de cáncer de ovario explican el 10% de los casos; el riesgo se triplica cuando dos o más familiares de primer grado han sido afectadas. Las portadoras de mutaciones germinales en BRCA1 o BRCA2 presentan un riesgo del 30% al 70% de sufrir cáncer de ovario, principalmente de carcinomas serosos de alto grado a los 70 años de edad (Risch et al., 2006).

La resección quirúrgica es el tratamiento de elección tanto en el carcinoma de ovario inicial como avanzado. A la extirpación le sigue la quimioterapia sistémica con análogos del platino, excepto en los tumores ováricos de grado muy bajo (estadio IA, grado 1), para los que no está indicada la quimioterapia posquirúrgica. En el cáncer de ovario avanzado, la quimioterapia de primera línea comprende una combinación de carboplatino con paclitaxel, que se puede complementar con bevacizumab. El tratamiento habitual contra los tumores ováricos resistentes al platino consiste en la monoterapia con los siguientes quimioterápicos: doxorrubicina pegilada liposómica, topotecán, gemcitabina o paclitaxel (S3-Leitlinie maligne Ovarialtumore, 2013).

La inmunoterapia parece ser una estrategia prometedora para mejorar el tratamiento de las pacientes con cáncer de ovario, como la presencia de linfocitos infiltrantes en el tumor proinflamatorios, sobre todo los linfocitos T CD8-positivos, se correlaciona con un buen pronóstico y es posible aislar del tejido canceroso linfocitos T específicos para antígenos asociados a tumor.

Por consiguiente, se están invirtiendo mucho esfuerzo en la investigación de inmunoterapias contra el cáncer de ovario. Ya se ha llevado a cabo un considerable número de estudios preclínicos y clínicos y hay más estudios en curso en estos momentos. Hay disponibles datos clínicos de la terapia con citocinas, vacunación, anticuerpos monoclonales, trasplante de células e inmunomodulación.

La terapia con citocinas con interleucina-2, interferón-alfa, interferón-gamma o el factor estimulador de las colonias de granulocitos (GMC-SF) persiguen potenciar la respuesta inmunitaria antitumoral del paciente y han mostrado resultados prometedores en pequeñas cohortes de estudios.

Los estudios de vacunación de fase I y II, con uno o varios péptidos, derivados de varias proteínas asociadas a tumores (Her2/neu, NY-ESO-1, p53, tumor de Wilms-1) o antígenos tumorales enteros, derivados de células tumorales autólogas han revelado un buen perfil de seguridad y tolerabilidad, pero con escaso o moderado efecto clínico.

Se cree que los anticuerpos monoclonales que reconocen específicamente proteínas asociadas a tumores potencian la destrucción de las células tumorales a manos de las células inmunitarias. Los anticuerpos anti-CA-125 oregovomab y abagovomab así como el anticuerpo anti-EpCAM catumaxomab han conseguido resultados prometedores en estudios de fase II y III. En cambio, el anticuerpo anti-MUC1 HMFG1 no logró mejorar claramente la supervivencia en un estudio de fase III.

Otra estrategia alternativa recurre a anticuerpos monoclonales para reconocer y bloquear factores de crecimiento de receptores de supervivencia de las células tumorales. Si bien la administración de trastuzumab (anticuerpo anti-HER2/neu) con MOv18 y MORAb-003 (anticuerpos anti-receptor de folato alfa) solo confirió un escaso beneficio clínico a los pacientes con cáncer de ovario, la adición de bevacizumab (anticuerpo anti-VEGF) a la quimioterapia estándar en el cáncer de ovario avanzado parece ser beneficiosa.

La administración de células inmunitarias de donante se ha saldado con resultados variopintos en ensayos clínicos. La transferencia de linfocitos T infiltrantes del tumor autólogos cultivados in vitro ha demostrado ser un enfoque prometedor en un ensayo piloto. En cambio, la transferencia de linfocitos T portadores de un receptor antigénico quimérico específico del receptor del folato alfa no indujo una respuesta clínica significativa en un ensayo de fase I. La estimulación de las células dendríticas con un lisado de células tumorales o con proteínas asociadas a tumor in vitro potenció la respuesta de los linfocitos T antitumorales tras su transferencia, pero la magnitud de la activación de dichos linfocitos no se correlacionó con efectos clínicos. La transferencia de células NK causó toxicidades significativas en un estudio de fase II.

Tanto la inmunidad antitumoral intrínseca como la inmunoterapia se ven obstaculizadas por el microentorno inmunosupresor del tumor. Para vencer ese obstáculo se han probado fármacos inmunomoduladores como la ciclofosfamida, así como anticuerpos anti-CD25 y doxorrubicina pegilada liposómica en combinación con la inmunoterapia. Los datos más fiables disponibles a día de hoy corresponden al ipilimumab, un anticuerpo anti-CTLA4, que potencia la actividad de los linfocitos T. El ipilimumab ha ejercido efectos antitumorales significativos en pacientes con cáncer de ovario (Mantia-Smaldone et al., 2012).

A la vista de los graves efectos secundarios y del coste que comporta el tratamiento del cáncer, existe la necesidad de descubrir factores que puedan ser usados para el tratamiento del cáncer en general y, en particular, del cáncer de ovario. Existe asimismo la necesidad de descubrir factores que puedan servir como biomarcadores del cáncer en general y del cáncer de ovario en particular, con vistas a mejorar el diagnóstico, la valoración del pronóstico y la predicción del éxito terapéutico.

La inmunoterapia antitumoral representa una opción de tratamiento dirigido contra la células cancerosas que reduce los efectos secundarios. La inmunoterapia antitumoral aprovecha la existencia de los antígenos asociados a tumores. La clasificación actual de los antígenos asociados a tumores (TAA) comprende los siguientes grupos principales:

a) Antígenos cáncer-testículo: Los primeros TAA descubiertos que pueden ser reconocidos por linfocitos T pertenecen a esta clase, que inicialmente se denominó antígenos cáncer-testículo (CT) porque sus miembros se expresan en tumores humanos histológicamente diferentes y en los tejidos normales solo se encuentran en los espermatocitos/espermatogonias del testículo y ocasionalmente en la placenta. Como las células del testículo no expresan moléculas HLA de clase I y II, estos antígenos no pueden ser reconocidos por los linfocitos T de los tejidos normales y, por tanto, se consideran como específicos de tumor desde el punto de vista inmunológico. Ejemplos conocidos de antígenos CT son los miembros de la familia MAGE y el NY-ESO-1.

b) Antígenos de diferenciación: Estos TAA son compartidos por los tumores y por el tejido normal del que deriva el tumor. La mayoría de los antígenos de diferenciación conocidos se halla en los melanomas y en los melanocitos normales. Muchas de esas proteínas relacionadas con el linaje melanocítico participan en la biosíntesis de la melanina y no son específicas de tumor, lo que no impide que sean muy utilizadas en la inmunoterapia contra el cáncer. Algunos ejemplos son la tirosinasa y Melan-A/MART-1 en el melanoma y el PSA en el cáncer de próstata. c) TAA sobreexpresados: Se han detectado genes que codifican TAA de amplia expresión en tumores histológicamente distintos y en numerosos tejidos normales, en general con niveles de expresión más bajos. Es posible que muchos de los epítopos procesados y posiblemente presentados por los tejidos normales lo sean por debajo del límite necesario para ser reconocidos por los linfocitos T, pero que la sobreexpresión por parte de las células tumorales rompa la tolerancia vigente hasta ese momento y desencadene la respuesta antitumoral. Ejemplos destacados de esta clase de TAA son Her-2/neu, survivina, telomerasa o WT1.

d) Antígenos específicos de tumor: Estos TAA únicos son fruto de mutaciones de genes normales (como pcatenina, CDK4, etc.) Algunos de esos cambios moleculares están relacionados con la transformación neoplásica y/o su progresión. Los antígenos específicos de tumor generalmente son capaces de inducir potentes respuestas inmunitarias sin riesgo de reacciones autoinmunitarias contra los tejidos normales. Por otro lado, casi siempre estos TAA solo son relevantes para el mismo tumor exacto en el que fueron identificados y normalmente no se encuentran en muchos otros tumores de su tipo. La especificidad (o asociación) tumoral de un péptido también puede surgir si el péptido procede de un exón del (asociado con) tumor en el caso de proteínas con isoformas específicas de tumor (asociadas con el mismo).

e) TAA resultantes de modificaciones postraduccionales anormales: Estos TAA pueden surgir a partir de proteínas que no son específicas ni se sobreexpresan en los tumores, pese a lo cual aparecen asociados a tumores por procesos postraduccionales que se activan principalmente en los tumores. Ejemplos de este tipo surgen a raíz de patrones de glucosilación alterados que generan epítopos nuevos en tumores, tal y como sucede con MUC1, o de fenómenos como el ayuste de proteínas durante la degradación, que en algunos casos pueden ser específicos de tumor.

f) Proteínas de oncovirus: Estos TAA son proteínas virales que podrían desempeñar un papel crítico en el proceso oncogénico y que, como extrañas a causa de su origen no humano, pueden desencadenar una respuesta de los linfocitos T. Ejemplos de tales proteínas son las proteínas E6 y E7 del virus del papiloma humano de tipo 16, que se expresan en el carcinoma de cuello uterino.

La inmunoterapia basada en los linfocitos T tiene como diana los epítopos peptídicos procedentes de proteínas específicas del tumor o asociadas al mismo, que son presentados por moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC). Los antígenos que son reconocidos por los linfocitos T específicos del tumor, esto es, los epítopos, pueden ser moléculas derivadas de todo tipo de proteínas, tales como enzimas, receptores, factores de transcripción, etc., que son expresadas y que, en comparación con células inalteradas del mismo origen, están reguladas al alza en las células del tumor correspondiente.

Existen dos tipos de moléculas MHC: Las MHC de clase I y las MHC de clase II. Las moléculas MHC de clase I están compuestas por una cadena pesada alfa y una beta-2-microglobulina, y las moléculas de clase II por una cadena alfa y otra beta. Su conformación tridimensional da como resultado una hendidura de unión que interviene en la interacción no covalente con los péptidos.

Las moléculas MHC de clase I se encuentran en la mayoría de las células nucleadas. Presentan péptidos procedentes de la proteólisis mayoritariamente de proteínas endógenas, productos ribosómicos defectuosos (DRIP) y péptidos grandes. No obstante, los péptidos derivados de compartimentos endosómicos o de fuentes exógenas también se encuentran con frecuencia ligados a moléculas MHC de clase I. Esta vía no clásica de presentación por la clase I se denomina presentación cruzada en la bibliografía (Brossart and Bevan, 1997; Rock et al., 1990). Las moléculas MHC de clase II, que se encuentran mayoritariamente en las células presentadoras de antígeno (APC) especializadas, presentan principalmente péptidos de proteínas exógenas o transmembrana que son captadas por las APC mediante endocitosis y después procesadas por las mismas.

Los complejos constituidos por péptidos y moléculas MHC de clase I son reconocidos por los linfocitos T CD8-positivos portadores del receptor de linfocito T (TCR) adecuado, mientras que los complejos formados por péptidos y moléculas MHC de clase II son reconocidos por los linfocitos T cooperadores CD4-positivos portadores del TCR apropiado. Es bien sabido que el TCR, el péptido y el MHC están presentes en una relación estequiométrica de 1:1:1.

Los linfocitos T cooperadores CD4-positivos desempeñan un papel importante en la inducción y en el mantenimiento de respuestas eficaces por parte de los linfocitos T citotóxicos CD8-positivos. La identificación de los epítopos reconocidos por los linfocitos T CD4-positivos derivados de los antígenos asociados a tumor (TAA) reviste gran importancia para el desarrollo de productos farmacéuticos que desencadenen respuestas inmunitarias antitumorales (Gnjatic et al., 2003). Los linfocitos T cooperadores generan en el seno del tumor un entorno de citocinas que es propicio para los linfocitos T citotóxicos (CTL) (Mortara et al., 2006) que atrae a las células efectoras, como por ejemplo los propios CTL, células NK, macrófagos o granulocitos (Hwang et al., 2007).

En ausencia de inflamación, la expresión de las moléculas MHC de clase II se circunscribe principalmente a las células del sistema inmunitario, en concreto a las células presentadoras de antígeno (APC) especializadas, como por ejemplo monocitos, células derivadas de monocitos, macrófagos y células dendríticas. En pacientes con cáncer se ha descubierto que las células del tumor expresan moléculas MHC de clase II (Dengjel y cols., 2006).

Los péptidos alargados de la invención pueden actuar como epítopos activos para las MHC de clase II. Los linfocitos T cooperadores, activados por epítopos de MHC de clase II, desempeñan un papel importante en la coordinación de la función efectora de los c Tl en la inmunidad antitumoral. Los epítopos reconocidos por los linfocitos T cooperadores que desencadenan una respuesta de los linfocitos T cooperadores del tipo TH1 apoyan las funciones efectoras de los linfocitos T citotóxicos CD8-positivos, que incluyen funciones citotóxicas dirigidas contra las células tumorales que muestran en su superficie complejos de MHC/péptido asociado a tumor. De esta forma, los epítopos de los péptidos asociados a tumores que son reconocidos por los linfocitos T cooperadores, solos o en combinación con otros péptidos asociados a tumores, pueden servir como principios activos farmacéuticos en composiciones vacunales destinadas a estimular respuestas inmunitarias antitumorales.

En modelos de mamífero como el ratón se ha demostrado que los linfocitos T CD4-positivos pueden inhibir la manifestación de los tumores aun sin el concurso de los linfocitos T CD8-positivos a través de la inhibición de la angiogenia mediante la secreción de interferón gamma (IFN-y). Existen indicios de que los linfocitos T CD4 actúan directamente como agentes efectores antitumorales (Braumuller et al., 2013; Tran et al., 2014).

Dado que la expresión constitutiva de las moléculas HLA de clase II suele ser exclusiva de las células inmunitarias, la posibilidad de aislar péptidos de clase II directamente de tumores primarios no se consideraba factible. Pero Dengjel y cols. descubrieron varios epítopos de MHC de clase II directamente en tumores (WO 2007/028574, EP 1760 088 B1).

Dado que ambos tipos de respuesta, la dependiente de CD8 y la de CD4, contribuyen conjunta y sinérgicamente al efecto antitumoral, la identificación y caracterización de los antígenos asociados a tumor reconocidos por los linfocitos T CD8+ (ligando: moléculas de MHC de clase I epítopo peptídico) o por los linfocitos T colaboradores CD4+ (ligando: moléculas de MHC de clase II epítopo peptídico) es importante para el desarrollo de vacunas antitumorales.

Para desencadenar la respuesta inmunitaria celular el péptido de MHC de clase I ha de unirse a una molécula de MHC. Este proceso depende del alelo de la molécula MHC y de los polimorfismos específicos de la secuencia de aminoácidos del péptido. Los péptidos que se unen a las MHC de clase I suelen tener una longitud de 8 a 12 residuos de aminoácidos y suelen contener dos residuos conservados (“anclaje") en su secuencia que interactúan con la hendidura de unión correspondiente de la molécula de MHC. De este modo cada alelo MHC posee un “motivo de unión" que determina qué péptidos se pueden unir específicamente a la hendidura de unión.

En la reacción inmunitaria dependiente de las MHC de clase I, los péptidos no solo tienen que ser capaces de unirse a ciertas moléculas MHC de clase I expresadas por las células tumorales, también tienen que ser reconocidos por linfocitos T portadores de receptores TCR específicos.

Para que las proteínas sean reconocidas por los linfocitos T como antígenos específicos o asociados a tumor y puedan ser empleadas como tratamiento, deben cumplir ciertos prerrequisitos. El antígeno debe ser expresado principalmente por células tumorales y no por tejidos sanos normales o, de hacerlo, debe serlo en cantidades comparativamente pequeñas. En una forma de realización preferida, el péptido debe ser presentado en exceso por las células tumorales con respecto a los tejidos sanos normales. Y no sólo es conveniente que el antígeno de interés esté presente únicamente en un tipo de tumor, sino que lo esté también en altas concentraciones (número de copias del péptido por célula). Los antígenos específicos de tumor y asociados a tumor proceden a menudo de proteínas que intervienen directamente en la transformación de una célula normal en una tumoral a causa de su función, por ejemplo porque intervienen en el control del ciclo celular o en la supresión de la apoptosis. Además, también las dianas ulteriores de las proteínas que son las causantes directas de la transformación pueden estar reguladas al alza y, por tanto, estar asociadas indirectamente al tumor. Tales antígenos asociados indirectamente a los tumores también pueden ser las dianas para una estrategia de vacunación (Singh-Jasuja et al., 2004). En ambos casos es esencial que la secuencia de aminoácidos del antígeno contenga epítopos, puesto que el péptido («péptido inmunogénico») derivado de un antígeno asociado a tumor debe desencadenar una respuesta de los linfocitos T en condiciones in vitro o in vivo.

Básicamente, cualquier péptido capaz de unirse a una molécula de MHC puede actuar como un epítopo de linfocito T. Un prerrequisito para la inducción de una respuesta de linfocitos T in vitro o in vivo es la presencia de un linfocito T dotado del correspondiente TCR y la ausencia de tolerancia inmunitaria hacia ese epítopo en particular.

Por consiguiente, los TAA son un punto de partida para el desarrollo de una terapia basada en linfocitos T incluidas, entre otras, las vacunas antitumorales. Los métodos para identificar y caracterizar los TAA están basados en el uso de linfocitos T que pueden aislarse de pacientes o de individuos sanos, o están basados en la generación de perfiles de transcripción diferenciales o patrones de expresión peptídica diferenciales entre los tumores y los tejidos normales. No obstante, la identificación de genes sobreexpresados o expresados selectivamente en tejidos tumorales o en estirpes de células tumorales humanas no aporta información precisa acerca del uso de los antígenos transcritos de esos genes en la inmunoterapia. Ello se explica porque solo una subpoblación individual de epítopos de esos antígenos resulta adecuada para aplicaciones de ese tipo, puesto que ha de haber un linfocito T con el TCR correspondiente y la inmunotolerancia hacia ese epítopo concreto ha de ser mínima o nula. Por tanto, en una forma de realización muy preferida de la invención es importante seleccionar únicamente aquellos péptidos que sean presentados en exceso o de forma selectiva contra los cuales se encuentre un linfocito T funcional y/o proliferativo. Un linfocito T funcional se define como un linfocito T que tras la estimulación con un antígeno específico puede sufrir una expansión clonal y ser capaz de ejecutar funciones efectoras («linfocito T efector»).

W02006/029176 da a conocer un péptido de 69 aa (SEQ ID N.° 6) derivado de la proteína específica del testículo CT45 y que comprende la SEQ ID N.° 11 (KIFEMLEGV) de la presente invención. W02006/029176 concierne a cualquiera de las moléculas antigénicas derivadas de la CT45 que se usan principalmente para generar anticuerpos o fragmentos de unión a antígeno de los mismos destinados a servir como tratamiento. W02006/029176 menciona linfocitos T que reconocen epítopos de un polipéptido aislado que es presentado por moléculas del MHC, pero carece de cualquier dato específico en cuanto a esto.

En el caso de dirigir la acción contra complejos péptido-MHC a través de TCR específicos (p. ej., TCR solubles) y de los anticuerpos conformes a la invención, la inmunogenicidad de los péptidos subyacentes es secundaria. En tales casos, la presentación es el factor determinante.

Resumen de la invención

En un primer aspecto de la presente invención, ésta se refiere a un péptido que consiste en la secuencia de aminoácidos acorde con la SEQ ID N.° 11 o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.

Las tablas siguientes muestran los péptidos dados a conocer, sus respectivas SEQ ID N.°, y los probables genes originarios (subyacentes) de tales péptidos. Todos los péptidos de la Tabla 1 y la Tabla 2 se unen a los alelos HLA-A*02. Los péptidos de la Tabla 2 han sido dados a conocer con anterioridad en grandes listados resultantes del cribado genético ultrarrápido con elevadas tasas de error o son el resultado del cálculo con algoritmos, pero no habían sido vinculados en absoluto con el cáncer hasta ahora. Los péptidos de la Tabla 3 son péptidos adicionales que podrían ser útiles si se combinan con los demás péptidos dados a conocer. Los péptidos de la Tabla 4 son además útiles para el diagnóstico y/o el tratamiento de otros tipos de neoplasias malignas en las que interviene una sobreexpresión o sobrepresentación del respectivo polipéptido originario.

Tabl 1: P i n r l E ID N.° 11 l r n l r n inv n i n. = f f rin

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Tabla 2: Péptidos adicionales conformes a la presente invención sin previa relación conocida con el cáncer. J = fosfoserina.

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T l : P i il r l r mi n nr l n r r m l r mi n r n liz nr l n er

La presente invención, además, se refiere en general al péptido acorde con la presente invención para el uso en el tratamiento de enfermedades proliferativas, como por ejemplo, cáncer de pulmón amicrocítico, cáncer de pulmón microcítico, cáncer de riñón, cáncer de cerebro, cáncer de colon o recto, cáncer de estómago, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de próstata, leucemia, cáncer de mama, carcinoma de células de Merkel, melanoma, cáncer de esófago, cáncer de vejiga urinaria, cáncer de útero, cáncer de vesícula biliar y cáncer de vías biliares.

Se dan a conocer los péptidos -solos o en combinación- en que la SEQ ID N.° 11 es conforme con la presente invención seleccionados del grupo consistente en las SEQ ID N.° 1, 11,427, 408, 198, 512, 519 y 587 y sus usos en la inmunoterapia contra el cáncer de ovario, el cáncer de pulmón amicrocítico, cáncer de pulmón microcítico, cáncer de riñón, cáncer de cerebro, cáncer de colon o recto, cáncer de estómago, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de próstata, leucemia, cáncer de mama, carcinoma de células de Merkel, melanoma, cáncer de esófago, cáncer de vejiga urinaria, cáncer de útero, cáncer de vesícula biliar, cáncer de vías biliares, y preferiblemente el cáncer de ovario.

Tal y como se muestra a continuación en la Tabla 4A y B, muchos de los péptidos dados a conocer también se encuentran en otros tipos de tumores y, por tanto, también pueden formar parte de la inmunoterapia para otras indicaciones. Véase también las Figuras 1 y el Ejemplo 1.

Tabla 4A: Péptidos dados a conocer, la SEQ ID N.° 11 es acorde con la presente invención y usos específicos de los mismos en otras enfermedades proliferativas, especialmente en otras enfermedades cancerosas. La tabla expone los péptidos seleccionados que se han hallado en otros tipos de tumores adicionales bien sobrepresentados en más del 5% de las muestras tumorales analizadas, bien presentados en más del 5% de las muestras tumorales analizadas con un cociente entre las medias geométricas del tejido tumoral y del tejido normal superior a 3. La sobrepresentación se define como una presentación más elevada en la muestra tumoral en comparación con la muestra normal que muestra la presentación más elevada. Los tejidos normales con los que se comparó la sobrepresentación fueron los siguientes: tejido adiposo, glándula suprarrenal, arteria, médula ósea, cerebro, nervio central, colon, duodeno, esófago, vesícula biliar, corazón, riñón, hígado, pulmón, ganglio linfático, leucocito mononuclear, páncreas, nervio periférico, peritoneo, hipófisis, pleura, recto, glándula salival, músculo esquelético, piel, intestino delgado, bazo, estómago, timo, glándula tiroides trá uea uréter vei a urinaria vena. J = fosfoserina

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Tabla 4B: Péptidos dados a conocer, la SEQ ID N.°11 es acorde con la presente invención y usos específicos de los mismos en otras enfermedades proliferativas, especialmente en otros tipos de cáncer (enmienda de la Tabla 4).La tabla presenta, como la Tabla 4A, una relación de los péptidos seleccionados que se han hallado en otros tipos de tumor, sobrepresentados (incluida la presentación específica) en más del 5% de las muestras tumorales analizadas, o presentados en más del 5% de las muestras tumorales analizadas con un cociente de las medias geométricas respecto a las de los tejidos normales superior a 3.La sobrepresentación se define como una presentación más elevada en la muestra tumoral que en la muestra normal con mayor presentación. Los tejidos normales en los que se contrastó la sobrepresentación fueron: Tejido adiposo, glándula suprarrenal, arteria, médula ósea, cerebro, nervio central, colon, duodeno, esófago, ojo, vesícula biliar, corazón, riñón, hígado, pulmón, ganglio linfático, leucocitos mononucleares, páncreas, glándulas paratiroidea, nervio periférico, peritoneo, hipófisis, pleura, recto, glándula salival, músculo esquelético, piel, intestino delgado, bazo, estómago, glándula tiroides, tráquea, uréter, vejiga urinaria y vena.

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Así pues, se da conocer el uso de al menos un péptido conforme con cualquiera de las SEQ ID N.° 1, 11, 17, 27, 45, 57, 58, 61, 62, 65, 72, 74, 79, 84, 97, 98, 104, 105, 125, 126, 143, 150, 157, 161, 167, 176, 179, 183, 184, 195, 198, 201, 204, 213, 217, 222, 228, 234, 248, 263, 264, 268, 285, 287, 303, 313, 319, 323, 333, 335, 338, 343, 347, 348, 355, 356, 359, 373, 385, 394, 395, 403, 415, 421,427, 428, 429, 430, 431,434, 441, 443, 444, 446, 447, 450, 454, 456, 457, 458, 459, 463, 474, 477, 479, 480, 486, 489, 492, 493, 497, 501, 503, 506, 514, 517, 521, 526, 538, 539, 540, 541, 545, 554, 558, 568, 573, 576, 578, 579, 589, 595, 597, 599, 602, 607, 610, 613, 616, 627, 632, 635 y 637 para -en una forma de realización preferida combinada - el tratamiento del cáncer de pulmón amicrocítico.

Así pues, otro aspecto de la presente invención se refiere al uso del péptido acorde con la presente invención para -preferiblemente combinado- el tratamiento de una enfermedad proliferativa seleccionada entre el grupo de cáncer de ovario, cáncer de pulmón amicrocítico, cáncer de pulmón microcítico, cáncer de riñón, cáncer de cerebro, cáncer de colon o recto, cáncer de estómago, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de próstata, leucemia, cáncer de mama, carcinoma de células de Merkel, melanoma, cáncer de esófago, cáncer de vejiga urinaria, cáncer de útero, cáncer de vesícula biliar y de vías biliares.

La presente invención se refiere, además, al péptido acorde con la presente invención en que dicho péptidoincluye enlaces no peptídicos.

La presente invención se refiere, además, al péptido conforme con la presente invención, en que dicho péptido está fusionado con los aminoácidos N-terminales de la cadena invariable asociada al antígeno HLA-DR (li).

La presente invención se refiere, además, a un ácido nucleico, que codifica el péptido acorde con la presente invención. La presente invención se refiere, además, al ácido nucleico acorde con la presente invención que es ADN, ADNc, APN, ARN o combinaciones de los anteriores.

La presente invención se refiere, además, a un vector de expresión que expresa un ácido nucleico conforme a la presente invención.

La presente invención se refiere, además, a un péptido acorde con la presente invención, un ácido nucleico acorde con la presente invención o un vector de expresión acorde con la presente invención para el uso en el tratamiento de enfermedades y en medicina, en concreto para el tratamiento del cáncer.

La presente invención concierne, además, a anticuerpos específicamente dirigidos contra complejos formados por el péptido acorde a la presente invención con el MHC, así como métodos para fabricarlos.

La presente invención concierne, además, a receptores de linfocitos T (TCR), en concreto de TCR solubles (sTCR) y TCR clonados y sintetizados en linfocitos T autólogos o alogénicos, y a métodos para fabricarlos, así como con linfocitos citolíticos naturales (o células NK) u otro tipo de células que sean portadoras de dichos TCR o reaccionen de forma cruzada con dichos TCR.

Los anticuerpos y los TCR constituyen formas de realización adicionales del uso inmunoterapéutico del péptido acorde con la presente invención.

La presente invención se refiere, además, a una célula hospedadora que contiene un ácido nucleico acorde con la presente invención o un vector de expresión tal y como se ha descrito antes. La presente invención se refiere, además, a una célula hospedadora acorde con la presente invención que es una célula presentadora de antígeno, y preferiblemente es una célula dendrítica. La presente invención se refiere, además, a un método para producir un péptido acorde con la presente invención, el cual comprende el cultivo de la célula hospedadora acorde con la presente invención y el aislamiento del péptido de dicha célula hospedadora o de su medio de cultivo.

La presente invención se refiere, además, al método acorde con la presente invención en que el antígeno es cargado en moléculas de MHC de clase I expresadas en la superficie de una célula presentadora de antígeno adecuada o de una célula presentadora de antígeno artificial mediante la puesta en contacto de una cantidad suficiente de antígeno con la célula presentadora de antígeno.

La presente invención se refiere, además, al método acorde con la presente invención, en que la célula presentadora de antígeno comprende un vector de expresión capaz de expresar dicho péptido que contiene la SEQ ID N.° 11.

La presente invención se refiere, además, a linfocitos T activados, producidos con el método acorde con la presente invención, que reconocen selectivamente una célula que expresa un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos conforme a la presente invención.

La presente invención da a conocer un método para destruir células diana en un paciente cuyas células diana expresan de forma aberrante un polipéptido que comprende cualquiera de las secuencias de aminoácidos conformes a la presente invención, comprendiendo el método la administración al paciente de un número eficaz de linfocitos T producidos conforme a la presente invención.

La presente invención se refiere, además, al uso como medicamento o en la fabricación de un medicamento de cualquier péptido como los descritos, del ácido nucleico conforme a la presente invención, del vector de expresión conforme a la presente invención, de la célula conforme a la presente invención, del linfocito T activado, del receptor de linfocitos T o del anticuerpo acordes con la presente invención. Preferiblemente, dicho medicamento es activo contra el cáncer.

Preferiblemente, dicho medicamento servirá como terapia celular, como vacuna o como proteína basada en un TCR soluble o un anticuerpo.

La presente invención concierne, además, al uso acorde con la presente invención, en que dichas células tumorales son de cáncer de ovario, cáncer de pulmón amicrocítico, cáncer de pulmón microcítico, cáncer de riñón, cáncer de cerebro, cáncer de colon o recto, cáncer de estómago, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de próstata, leucemia, cáncer de mama, carcinoma de células de Merkel, melanoma, cáncer de esófago, cáncer de vejiga urinaria, cáncer de útero, cáncer de vesícula biliar, cáncer de vías biliares, y preferiblemente de células de cáncer de ovario.

Opcionalmente el anticuerpo puede estar dotado de otra función efectora, como es un dominio inmunoestimulante o una toxina.

Se ha visto que los genes CT45 podrían ser biomarcadores pronósticos y dianas terapéuticas del cáncer epitelial de ovario (Zhang et al., 2015l). La proteína CT45A1 que normalmente solo se expresa en las células germinales testiculares también se expresa en el cáncer de pulmón, de mama y de ovario (Chen et al., 2009d). También se ha comprobado que CT45A1 está asociado con un pronóstico malo y con desenlaces negativos en el mieloma múltiple (Andrade et al., 2009). Se ha descrito a CT45A1 como un gen que regula al alza la transición epitelio-mesenquimática y a genes metastásicos, promoviendo dicha transición y la diseminación del tumor. Asimismo, se le ha descrito como implicado en el inicio o el mantenimiento de células cancerosas similares a células madre, al promover la oncogenia y la progresión maligna (Yang et al., 2015a). Se ha observado que la sobreexpresión de CT45A1 en un modelo de cáncer de mama derivó en la regulación al alza de varios genes oncógenos y metastásicos, en la activación constitutiva de las vías de señalización de ERK y de CREB y en el aumento de la oncogenia, la invasión y la metástasis. Se ha visto que el silenciamiento de CT45A1 reduce la migración y la invasión de las células cancerosas. Por ello, CT45A1 podría servir como un nuevo protooncogén y podría ser una diana para el descubrimiento de nuevos fármacos y tratamientos antitumorales (Shang et al., 2014).

CT45A2 ha resultado ser una nueva pareja de fusión del gen MLL por empalme en un paciente pediátrico con leucemia aguda bifenotípica de novo y, por tanto, podría tener un papel relevante en la leucemiogenia (Cerveira et al., 2010).

La familia del antígeno de cáncer/testículo 45 se expresa con frecuencia tanto en estirpes de células tumorales como en especímenes de cáncer de pulmón (Chen et al., 2005). Se ha visto que los genes CT45 podrían ser biomarcadores pronósticos y dianas terapéuticas del cáncer epitelial de ovario (Zhang et al., 2015l).

Descripción detallada de la invención

La estimulación de una respuesta inmunitaria depende de la presencia de antígenos que sean reconocidos como extraños por el sistema inmunitario del hospedador. El descubrimiento de la existencia de antígenos asociados a tumores ha suscitado la posibilidad de utilizar el sistema inmunitario del hospedador para intervenir sobre el crecimiento de los tumores. Actualmente se están explorando diversos mecanismos para aprovechar las defensas humorales y celulares del sistema inmunitario en la inmunoterapia contra el cáncer.

Ciertos elementos de la respuesta inmunitaria celular son capaces de reconocer específicamente y de destruir las células tumorales. El aislamiento de linfocitos T entre las células infiltradas en los tumores o en la sangre periférica hace pensar en que tales células desempeñan un papel importante en las defensas inmunitarias naturales contra el cáncer. Los linfocitos T CD8-positivos en particular, que reconocen las moléculas de clase I del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) portadoras de péptidos que suelen tener de 8 a 10 residuos de aminoácidos derivados de proteínas o de productos ribosómicos defectuosos (DRIPS) localizados en el citosol, desempeñan un importante papel en esta respuesta. Las moléculas MHC del ser humano también se denominan antígenos leucocitarios humanos (HLA).

En la presente memoria, salvo que se indique otra cosa, todos los términos corresponden a las definiciones ofrecidas a continuación.

El término «respuesta de linfocitos T» define la proliferación y la activación específicas de las funciones efectoras inducidas por un péptido in vitro o in vivo. En el caso de los linfocitos T citotóxicos restringidos a MHC de clase I, las funciones efectoras pueden consistir en la lisis de células diana presentadoras naturales de péptido o bien sensibilizadas de manera repetida con un péptido o con un precursor del mismo; la secreción de citocinas, preferiblemente de interferón gamma, TNF-alfa o IL-2 inducida por péptido; la secreción de moléculas efectoras, preferiblemente granzimas o perforinas inducidas por péptido; o la desgranulación.

El término «péptido» designa aquí una serie de residuos de aminoácidos conectados entre sí típicamente mediante enlaces peptídicos entre los grupos amino-alfa y carbonilo de los aminoácidos adyacentes. Los péptidos tienen preferiblemente 9 aminoácidos de longitud, pero pueden tener solo 8 aminoácidos de longitud, pero también hasta 10, 11, 12, 13 o 14 o más aminoácidos, y en el caso de los péptidos de MHC de clase II (variantes alargadas de los péptidos de la invención) pueden tener hasta 15, 16, 17, 18, 19 o 20 o más aminoácidos de longitud.

Además, el término «péptido» incluye sales de una serie de residuos de aminoácidos conectados entre sí típicamente por enlaces peptídicos entre los grupos amino-alfa y carbonilo de los aminoácidos adyacentes. Preferentemente las sales son sales farmacéuticamente aceptables de los péptidos, como por ejemplo, sales de cloruro o acetato (trifluoroacetato). Se ha de destacar que las sales de los péptidos conformes a la presente invención difieren sustancialmente de los péptidos en su estado o estados in vivo, puesto que los péptidos no se hallan en forma de sal en tales condiciones in vivo.

El término «péptido» incluye también «oligopéptido». El término «oligopéptido» designa aquí una serie de residuos de aminoácidos conectados entre sí típicamente mediante enlaces peptídicos entre los grupos amino-alfa y carbonilo de los aminoácidos adyacentes. La longitud del oligopéptido no es crucial en la invención, siempre que se mantenga el epítopo o epítopos adecuados. Los oligopéptidos suelen tener una longitud inferior a unos 30 aminoácidos y mayor de 15, aproximadamente.

El término «polipéptido» designa una serie de residuos de aminoácidos conectados entre sí típicamente por enlaces peptídicos entre los grupos amino-alfa y carbonilo de los aminoácidos adyacentes. La longitud del polipéptido no es crucial en la invención, siempre que se mantengan los epítopos adecuados. En contraste con los términos «péptido» y «oligopéptido», el término «polipéptido» se refiere a las moléculas de más de unos 30 residuos de aminoácidos de longitud.

Un péptido, oligopéptido, proteína o polinucleótido que codifica dicha molécula es «inmunogénico» (y, por lo tanto, un «inmunógeno» en la presente invención), si es capaz de inducir una respuesta inmunitaria. En el caso de la presente invención, la inmunogenicidad se define más específicamente como la capacidad para desatar una respuesta por parte de los linfocitos T. Por lo tanto, un «inmunógeno» sería una molécula que es capaz de inducir una respuesta inmunitaria y, en el caso de la presente invención, una molécula capaz de inducir una respuesta de los linfocitos T. En otro aspecto, el inmunógeno puede ser el péptido, el complejo del péptido con MHC, el oligopéptido y/o la proteína que es utilizado para generar anticuerpos o TCR específicos contra él.

Un «epítopo» de clase I de un linfocito T requiere un péptido corto que esté unido a un receptor MHC de clase I, formando un complejo ternario (cadena alfa de MHC de clase I, beta-2-microglobulina y péptido) que puede ser reconocido por un linfocito T que lleve un receptor de linfocito T que coincida y que se una al complejo MHC/péptido con la afinidad adecuada. Los péptidos que se unen a moléculas MHC de clase I suelen tener una longitud de entre 8 y 14 aminoácidos, y más habitualmente de 9 aminoácidos.

En el ser humano hay tres locus genéticos diferentes que codifican las moléculas MHC de clase I (las moléculas MHC del ser humano también se denominan antígenos leucocitarios humanos [HLA]): HLA-A, HLA-B y HLA-C. HLA-A, HLA-B y HLA-C. HLA-A*01, HLA-A*02 y HLA-B*07 son ejemplos de distintos alelos MHC de clase I que se pueden expresar a partir de estos locus.

Tabla 5: Frecuencias de expresión F de HLA-A*02 y HLA-A*24 y los serotipos más frecuentes de1HLA-DR. Las frecuencias se infieren de las frecuencias haplotípicas Gf en la población norteamericana adaptadas de Mori y cols. (Mori et al., 1997) empleando la fórmula de Hardy-Weinberg F=1-(1-Gf)2. Las combinaciones de A*02 o A*24 con determinados alelos HLA-DR podrían ser más o menos abundantes de lo esperado a partir de sus frecuencias aisladas debido al ili ri li mi n . P r m ll v h n k l . h n k l. 2 4.

continuación

Los péptidos dados a conocer, preferiblemente cuando figuren incluidos en una vacuna de la invención tal y como se describe en la presente memoria se unirán a A*02. Una vacuna también podría incluir péptidos que se unan a cualquier MHC de clase II. Por consiguiente, la vacuna de la invención puede ser usada para tratar el cáncer en pacientes que sean A*02 positivos, mientras que la no selección para los alotipos de MHC de clase II es necesaria debido a la naturaleza panunionista de esos péptidos.

Combinar péptidos A*02 dados a conocer con péptidos que se unen a otro alelo, por ejemplo el A*24, tiene la ventaja de que se puede tratar a un porcentaje mayor de cualquier población de pacientes que si ésta solo se dirigiera contra un único alelo MHC de la clase I. Mientras que en la mayoría de poblaciones solo se podría tratar a menos del 50% si se optara por uno solo de los alelos, una vacuna que comprenda epítopos HLA-A*24 y HLA-A*02 de la invención permite tratar como mínimo al 60% de los pacientes de cualquier población relevante. En concreto, los porcentajes de pacientes positivos para al menos uno de tales alelos en diversas regiones son los siguientes: EE. UU. 61%, Europa occidental 62%, China 75%, Corea del Sur 77%, Japón 86% (calculados a partir de www.allelefrequencies.net).

En una forma de realización preferida, el término «secuencia nucleotídica» hace referencia a un heteropolímero de desoxirribonucleótidos.

La secuencia nucleotídica que codifica un péptido, oligopéptido o polipéptido en particular puede ser natural o estar construida de forma sintética. Generalmente, los segmentos de a Dn que codifican los péptidos, polipéptidos y proteínas de la presente invención se ensamblan a partir de fragmentos de ADNc y de oligonucleótidos cortos de enlace, o a partir de una serie de oligonucleótidos, con el fin de proporcionar un gen sintético capaz de ser expresado en una unidad transcripcional recombinante que comprenda elementos reguladores derivados de un operón microbiano o vírico.

Tal y como se utiliza en la presente memoria el término «un nucleótido que codifica un péptido» se refiere a una secuencia de nucleótidos que codifica el péptido y que incluye codones artificiales (sintetizados por el hombre) de inicio y terminación compatibles con el sistema biológico en el que la secuencia va a ser expresada por, por ejemplo, una célula dendrítica u otro sistema celular útil para la producción de TCR.

En la presente memoria, la referencia a una secuencia de ácido nucleico incluye tanto el ácido nucleico monocatenario como bicatenario. Por lo tanto, en lo que concierne por ejemplo al ADN, la secuencia específica, a menos que el contexto indique otra cosa, se refiere al ADN monocatenario de dicha secuencia, a la doble cadena formada por dicha secuencia con su complementaria (ADN bicatenario) y a la cadena complementaria de dicha secuencia.

El término «región codificante» hace referencia a la porción de un gen que, o bien de forma natural o normal, codifica el producto de expresión de dicho gen en su ambiente genómico natural, por ejemplo, la región que codifica in vivo el producto de expresión natural del gen.

La región codificante puede derivar de un gen no mutado («normal»), mutado o alterado, o incluso puede provenir de una secuencia de ADN, o gen, sintetizada íntegramente en el laboratorio con métodos bien conocidos para los expertos en la síntesis de ADN.

El término «producto de expresión» define al polipéptido o a la proteína que es el producto natural de la traducción del gen y cualquier secuencia de ácidos nucleicos que codifiquen los equivalentes resultantes de la degeneración del código genético y, por tanto, que codifican el mismo aminoácido o aminoácidos.

El término «fragmento», cuando se refiere a una secuencia de codificación, define una porción de ADN que no comprende la región codificante entera, cuyo producto de expresión conserva esencialmente la misma actividad o función biológica que el producto de expresión de la región codificante entera.

El término «segmento de ADN» hace referencia a un polímero de ADN, en forma de un fragmento separado o como componente de un constructo de ADN mayor, que deriva de ADN aislado por lo menos una vez en una forma sustancialmente pura, es decir, exento de materiales endógenos contaminantes y en una cantidad o concentración que permite la identificación, la manipulación y la recuperación del segmento y de sus secuencias nucleotídicas constituyentes mediante métodos bioquímicos estándar como, por ejemplo, mediante un vector de clonación. Dichos segmentos se suministran en forma de un marco de lectura abierto sin interrupciones por secuencias internas no traducidas, o intrones, que suelen estar presentes en los genes eucariotas. Las secuencias de ADN no traducidas pueden estar presentes corriente abajo (downstream) desde el marco de lectura abierto, donde no interfieren con la manipulación o la expresión de las regiones codificantes.

El término «cebador» define una secuencia corta de ácidos nucleicos que puede aparearse con una cadena de ADN y que proporciona un extremo 3'-OH libre en el que una polimerasa de ADN puede comenzar la síntesis de una cadena de desoxirribonucleótidos.

El término «promotor» define una región de ADN implicada en la unión de la polimerasa de ARN para iniciar la transcripción.

El término «aislado» define el material que se extrae de su entorno original (por ejemplo, el entorno natural, si ocurre de forma natural). Por ejemplo, un polinucleótido o un polipéptido natural presente en un animal vivo no está aislado, pero ese mismo polinucleótido o polipéptido lo estará si es separado de parte o de todos los materiales coexistentes en el sistema natural. Tales polinucleótidos podrán formar parte de un vector y/o tales polinucleótidos o polipéptidos podrán formar parte de una composición, y seguir estando aislados en dicho vector o composición puesto que estos no forman parte de su entorno natural.

Los polinucleótidos, y los polipéptidos recombinantes o inmunógenos, descritos de acuerdo con la presente invención también pueden presentarse en forma «purificada». El término «purificado» no implica pureza absoluta; más bien, se utiliza como definición relativa y puede incluir preparaciones altamente purificadas o preparaciones tan sólo parcialmente purificadas, tal y como los expertos en la materia entienden dichos términos. Por ejemplo, los clones individuales aislados de una genoteca de ADNc se han purificado de manera convencional hasta obtener una homogeneidad electroforética. Se contempla expresamente la purificación del material de inicio o del material natural hasta, al menos, un orden de magnitud; preferiblemente, dos o tres órdenes de magnitud; y, con mayor preferencia, cuatro o cinco órdenes de magnitud. Además, se contempla expresamente el polipéptido reivindicado que tiene una pureza de, preferiblemente, el 99,999%, o, al menos, del 99,99% o el 99,9%; y, más convenientemente, del 99% por peso o mayor.

Los productos de expresión de los polipéptidos y los ácidos nucleicos descritos conforme a la presente invención, así como los vectores de expresión que contienen dichos ácidos nucleicos y/o dichos polipéptidos, pueden utilizarse en «forma enriquecida». Tal y como se usa aquí, el término «enriquecido» significa que la concentración del material es, al menos, unas 2, 5, 10, 100 o 1000 veces su concentración natural (por ejemplo), más ventajosamente 0,01% por peso, y, preferiblemente, aproximadamente de 0,1% al menos, por peso. También se contemplan preparaciones enriquecidas de alrededor del 0,5%, 1%, 5%, 10% y 20% por peso. Las secuencias, constructos, vectores, clones y otros materiales que comprenden la presente invención pueden utilizarse, según convenga, en su forma enriquecida o aislada. El término «fragmento activo» define un fragmento, normalmente un péptido, polipéptido o secuencia de ácidos nucleicos, que genera una respuesta inmunitaria (es decir, que posee actividad inmunógena) cuando se administra -solo u, opcionalmente, con un adyuvante adecuado o en un vector- a un animal, que puede ser un mamífero como, por ejemplo, un conejo o un ratón, sin excluir a un ser humano; dicha respuesta inmunitaria adopta la forma de estimulación de una respuesta de linfocitos T en el animal receptor como, por ejemplo, el ser humano. De forma alternativa, el “fragmento activo" también se puede usar para inducir una respuesta de linfocitos T in vitro.

Tal y como se usan en la presente memoria, los términos «porción», «segmento» y «fragmento», cuando se utilizan en relación a los polipéptidos, hacen referencia a una secuencia continua de residuos, como residuos de aminoácidos, secuencia que es un subconjunto de una secuencia mayor. Por ejemplo, si un polipéptido se somete a un tratamiento con cualquiera de las endopeptidasas habituales, como la tripsina o la quimiotripsina, los oligopéptidos resultantes de dicho tratamiento representarán porciones, segmentos o fragmentos del polipéptido inicial. Utilizados en relación con los polinucleótidos, estos términos se refieren a los productos producidos por el tratamiento de dichos polinucleótidos con cualquiera de las endonucleasas.

Conforme a la presente invención, el término «identidad porcentual» o «porcentaje de identidad», al referirse a una secuencia, significa que una secuencia se compara con una secuencia reivindicada o descrita después de alinear la secuencia que se va a comparar (la «secuencia comparada») con la secuencia descrita o reivindicada (la «secuencia de referencia»). La identidad porcentual se determina entonces con la siguiente fórmula:

Identidad porcentual = 100 [1 -(C/R)]

donde C es el número de diferencias entre la secuencia de referencia y la secuencia comparada a lo largo de la alineación entre la secuencia de referencia y la secuencia comparada, donde

(i) cada base o aminoácido de la secuencia de referencia que no tiene una base o aminoácido alineados en la secuencia comparada y

(ii) cada hueco (gap) de la secuencia de referencia y

(iii) cada base o aminoácido alineado de la secuencia de referencia que difiere de una base o aminoácido alineado de la secuencia comparada, constituye una diferencia; y

(iiii) la alineación tiene que comenzar en la posición 1 de las secuencias alineadas;

y R es el número de bases o aminoácidos de la secuencia de referencia a lo largo de la alineación con la secuencia comparada con cualquier hueco creado en la secuencia de referencia, también contabilizado como una base o un aminoácido.

Si existe una alineación entre la secuencia comparada y la secuencia de referencia para la que la identidad porcentual, calculada como se ha especificado arriba, es aproximadamente igual o mayor que una identidad porcentual mínima especificada, entonces la secuencia comparada guarda la identidad porcentual mínima especificada con la secuencia de referencia, aunque puedan existir alineaciones en las que la identidad porcentual calculada arriba resulte menor que la identidad porcentual especificada.

Tal y como se ha dicho antes, la presente invención se refiere por tanto a un péptido consistente en la SEQ ID N.° 11. El péptido de la invención tiene la capacidad de unirse a una molécula del complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) de clase I.

En la presente invención el término «homólogo» se refiere al grado de identidad (véase antes Identidad porcentual) entre las secuencias de dos secuencias de aminoácidos, es decir secuencias peptídicas o polipeptídicas. La susodicha «homología» se determina comparando las dos secuencias alineadas en condiciones óptimas con las secuencias a comparar. La homología de secuencia se puede calcular creando una alineación con el algoritmo ClustalW, por ejemplo. Habitualmente las bases de datos públicas proporcionan software para el análisis de secuencias, en concreto, Vector NTI, GENETYX u otras herramientas.

Una persona versada en la materia será capaz de valorar si los linfocitos T inducidos por una variante del péptido específico serán capaces de reaccionar con el propio péptido (Appay et al., 2006; Colombetti et al., 2006; Fong et al., 2001; Zaremba et al., 1997).

Los linfocitos T pueden después reaccionar con células y matar las que expresen un polipéptido que contenga la secuencia de aminoácidos natural del péptido afín definido en los aspectos de la invención. Como se puede deducir de la bibliografía y de las bases de datos científicas, ciertas posiciones de los péptidos de unión a HLA son normalmente residuos de anclaje que forman una secuencia central que encaja en el motivo de unión del receptor HLA, que está definida por las propiedades polares, electrofísicas, hidrofóbicas y espaciales de las cadenas polipeptídicas que constituyen la hendidura de unión.

Por supuesto, el péptido conforme con la presente invención tiene la capacidad de unirse a una molécula del complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) de clase I. La unión de un péptido o una variante a un complejo del MHC se puede analizar con métodos conocidos en la materia.

Preferiblemente, cuando los linfocitos T específicos para un péptido acorde con la presente invención se prueben contra los péptidos sustituidos, la concentración de péptido a la cual los péptidos sustituidos consiguen la mitad del aumento máximo de la lisis respecto al valor de fondo es como máximo de alrededor de 1 mM, preferiblemente como máximo de alrededor de 1 |jM, más preferiblemente como máximo de alrededor de 1 nM, y aún más preferentemente como máximo de alrededor de 100 pM, y más preferentemente como máximo de alrededor de 10 pM. También se prefiere que el péptido sustituido sea reconocido por los linfocitos T de más de un individuo, de al menos dos, y más preferiblemente de tres individuos.

En una forma de realización preferida de la invención el péptido consiste en una secuencia de aminoácidos conforme a las SEQ ID N.° 11.de la presente invención, el péptido está fusionado con los 80 aminoácidos N-terminales de la cadena invariable asociada al antígeno HLA-DR (p33, en lo sucesivo “Ii") tal y como aparece en el NCBI, número de acceso de GenBank X00497.

Además, el péptido puede ser modificado aún más para mejorar la estabilidad y/o la unión a las moléculas de MHC con el fin de desencadenar una respuesta inmunitaria más potente.

Enlaces no peptídicos son, por ejemplo: -CH2-NH, -CH2S-, -CH2CH2-, -CH=CH-, -COCH2-, -CH(OH)CH2- y -CH2SO-. La patente de EE. UU. 4.897.445 proporciona un método para la síntesis en fase sólida de enlaces no peptídicos (-CH2-NH) en cadenas polipeptídicas que implica la obtención de polipéptidos con procedimientos estándar y la síntesis del enlace no peptídico mediante la reacción de un aminoaldehído y un aminoácido en presencia de NaCNBH3.

Péptidos que comprenden las secuencias descritas arriba pueden ser sintetizados con otros grupos químicos añadidos en los extremos amino y/o carboxi, con el fin de mejorar la estabilidad, la biodisponibilidad y/o la afinidad de los péptidos. Por ejemplo, grupos hidrofóbicos como los grupos carbobenzoxilo, dansilo, o t-butiloxicarbonilo pueden añadirse a los extremos amino de los péptidos. De manera similar, se puede colocar un grupo acetilo o un grupo 9-fluorenilmetoxi-carbonilo en los extremos amino de los péptidos. Asimismo, p. ej., el grupo hidrofóbico tbutiloxicarbonilo, o un grupo amido pueden ser añadidos en los extremos carboxi de los péptidos.

Un péptido o variante que incluye enlaces no peptídicos es una forma de realización preferida de la invención. En general, péptidos (al menos aquellos que contienen enlaces peptídicos entre los residuos de aminoácidos) pueden ser sintetizados p. ej., utilizando la síntesis de péptidos en fase sólida por el método de Fmoc-poliamida, como muestra Lukas y cols. (Lukas et al., 1981) y las referencias que aparecen en el mismo. La protección provisional del grupo N-amino se consigue con el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc). La escisión repetida de este grupo protector muy sensible al pH básico se lleva a cabo con piperidina al 20% en N,N-dimetilformamida. Los grupos funcionales de las cadenas laterales se podrían proteger si se transformaran en éteres de butilo (en el caso de la serina, treonina y tirosina), ésteres de butilo (en el caso del ácido glutámico y aspártico), derivados butiloxicarbonílicos (en el caso de la lisina y la histidina), derivados tritilados (en el de la cisteína) y derivados 4-metoxi-2,3,6-trimetilbencenosulfonílicos (en el de la arginina). Cuando los residuos C-terminales son glutamina o asparragina se utiliza el grupo 4,4'-dimetoxibenzhidrilo para proteger los grupos funcionales amido de la cadena lateral. El soporte en fase sólida se basa en un polímero de polidimetil-acrilamida constituido por los tres monómeros dimetilacrilamida (monómero estructural), bisacriloiletilendiamina (entrelazante) y acriloilsarcosina metiléster (funcionalizador). El agente escindible que mantiene unido el péptido a la resina es un derivado del ácido 4-hidroximetilfenoxiacético, sensible a pH ácido. Todos los derivados de aminoácidos se añaden en forma de derivados anhídridos simétricos preformados salvo la asparragina y la glutamina, que se añaden utilizando un procedimiento de acoplamiento inverso con N,N-diciclohexilcarbodiimida/1-hidroxibenzotriazol. Todas las reacciones de acoplamiento y desprotección se controlan con procedimientos de ensayo con ninhidrina, ácido trinitrobencenosulfónico o isotina. Una vez completada la síntesis, los péptidos se separan del soporte de resina y al mismo tiempo se eliminan los grupos protectores de las cadenas laterales mediante el tratamiento con ácido trifluoroacético al 95% con una mezcla de capturadores (scavengers) al 50%. Los capturadores (scavengers) utilizados normalmente son etanditiol, fenol, anisol y agua, dependiendo de la elección exacta de los aminoácidos constituyentes del péptido que se está sintetizando. La síntesis de péptidos también es posible combinando metodologías de fase sólida y de fase en solución (véase por ejemplo (Bruckdorfer et al., 2004) y las referencias citadas en la misma).

El ácido trifluoroacético se elimina por evaporación en vacío y se procede a la trituración con dietiléter para obtener el péptido bruto. Todos los capturadores (scavengers) se eliminan con un procedimiento de extracción simple que con la liofilización de la fase acuosa proporciona el péptido bruto exento de ellos. Los reactivos para la síntesis de péptidos se pueden conseguir en general por ejemplo de Calbiochem-Novabiochem (Nottingham, Reino Unido).

La purificación puede llevarse a cabo mediante cualquier técnica o combinación de técnicas como la recristalización, cromatografía por exclusión de tamaño, cromatografía de intercambio iónico, cromatografía por interacción hidrofóbica, y (normalmente) cromatografía de líquidos de alto rendimiento con fase inversa utilizando p. ej., la separación con gradiente de acetonitrilo/agua.

El análisis de los péptidos puede efectuarse utilizando cromatografía de capa fina, electroforesis, en particular electroforesis capilar, extracción en fase sólida (CSPE), cromatografía de líquidos de alto rendimiento con fase inversa, análisis de aminoácidos tras hidrólisis ácida y análisis con espectrometría de masas por bombardeo con átomos rápidos (FAB), así como análisis con espectrometría de masas MALDI y ESI-Q-TOF.

Para seleccionar los péptidos sobrepresentados se calcula un perfil de presentación que muestra la presentación mediana de la muestra así como la variación de los duplicados. El perfil yuxtapone muestras de la entidad tumoral de interés con muestras de tejido normal de referencia. Cada uno de esos perfiles se puede después consolidar en una puntuación de sobrepresentación calculando el valor p de un modelo lineal de efectos mixtos (Pinheiro et al., 2015) ajustando para el análisis múltiple con la Tasa de descubrimiento falso (False Discovery Rate) (Benjamini and Hochberg, 1995).

Para la identificación y la cuantificación relativa de los ligandos HLA mediante espectrometría de masas se purificaron moléculas HLA de muestras de tejido criogenizadas y se aislaron los péptidos asociados a HLA. Los péptidos aislados se separaron y se identificaron sus secuencias mediante cromatografía de líquidos-espectrometría de masas con ionización por nano-electronebulización (nanoESI) en línea. Las secuencias peptídicas resultantes se verificaron comparando el patrón de fragmentación de los péptidos asociados a tumor natural (TUMAP) registrados a partir de muestras de cáncer de ovario (N= 20 muestras positivas para A*02) con los patrones de fragmentación de péptidos sintéticos de referencia de secuencia idéntica. Dado que los péptidos se identificaron directamente como ligandos de moléculas HLA de células primarias, estos resultados proporcionan pruebas directas del procesamiento y de la presentación de los péptidos identificados en tejido de cáncer primario obtenido de 20 pacientes con cáncer de ovario.

La plataforma para el descubrimiento de fármacos patentada XPRESIDENT® v2.1 (véase por ejemplo US 2013 0096016) permite la identificación y la selección de candidatos a vacuna peptídica que están sobrepresentados en función de la cuantificación relativa de los niveles de péptidos restringidos a HLA en tejidos cancerosos respecto a diversos tejidos y órganos normales. Ello se consiguió mediante el desarrollo de la cuantificación diferencial sin marcador con los datos adquiridos de CL-EM procesados con una plataforma de análisis de datos patentada que combina algoritmos para la identificación de secuencias, agrupamiento de espectros, recuento iónico, alineamiento del tiempo de retención, deconvolución del estado de carga y normalización.

Se calcularon los niveles de presentación incluyendo estimaciones de error para cada péptido y cada muestra. Se identificaron los péptidos presentados exclusivamente en tejido tumoral y los péptidos sobrepresentados en tejido tumoral respecto a los tejidos y órganos no cancerosos.

Los complejos HLA-péptido de muestras de tejido de cáncer de ovario se purificaron y los péptidos asociados a1HLA se aislaron y se analizaron con cromatografía de líquidos y espectrometría de masas en tándem (CL-EM) (véanse los ejemplos). Todos los TUMAP contenidos en la presente solicitud se identificaron con esta estrategia en muestras de cáncer de ovario primario, que confirman su presentación en el cáncer de ovario primario.

Los TUMAP identificados en múltiples tejidos de cáncer de ovario y normales se cuantificaron con recuento iónico de los datos de CL-EM sin marcador. El método supone que las áreas de señal de CL-EM de un péptido están correlacionadas con su abundancia en la muestra. Todas las señales cuantitativas producidas por cada péptido en varios experimentos de CL-EM se normalizaron con medidas de tendencia central, se promediaron por muestra y se combinaron en un diagrama de barras, llamado perfil de presentación. El perfil de presentación combina diversos métodos de análisis como la búsqueda en bases de datos de proteínas, agrupación de espectros, deconvolución del estado de carga (descarga) y alineamiento del tiempo de retención y normalización.

Además, la plataforma para el descubrimiento de fármacos XPRESIDENT® v2.x permite la cuantificación absoluta directa de niveles de péptidos restringidos a MHC, y preferiblemente restringidos a HLA, en los tejidos cancerosos o en otros tejidos infectados. En resumen, el número total de células se calculó a partir del contenido de ADN total de la muestra de tejido analizada. La cantidad total de péptido de un TUMAP en una muestra de tejido se midió con nanoCL-EM/EM como el cociente entre el TUMAP natural y una cantidad conocida de una versión del TUMAP marcada con isótopos, que constituye el llamado patrón interno. La eficacia del aislamiento de TUMAP se determinó mediante adiciones (spiking), a los complejos de péptido:MHC, de todos los TUMAP al lisado del tejido lo antes posible durante el procedimiento de aislamiento de TUMAP y su detección por nanoCL-EM/EM después de finalizar el procedimiento de aislamiento del péptido. El número total de células y la cantidad total de péptido se calcularon a partir de mediciones por triplicado de cada muestra de tejido. Se calcularon las eficacias del aislamiento específicas de péptido como promedio de 10 experimentos de adición, medido cada uno de ellos por triplicado (véanse el Ejemplo 6 y la Tabla 12).

Además de la sobrepresentación del péptido, también se analizó la expresión del ARNm del gen originario. Los datos del ARNm se obtuvieron mediante análisis RNASeq de tejidos normales y tejidos cancerosos (véase el ejemplo 2). Otra fuente adicional de datos de tejidos normales fue una base de datos de la expresión de ARNm de acceso público, compuesta por unas 3000 muestras de tejido normal (Lonsdale, 2013). Los péptidos derivados de proteínas cuyo ARNm codificante se expresa con profusión en el tejido canceroso, pero en cambio su expresión es ínfima o nula en los tejidos sanos (normales), quedaron incluidos como preferidos en la presente invención.

La presente invención proporciona un péptido que es útil para el tratamiento de cánceres/tumores, preferentemente del cáncer de ovario, que sobrepresentan o presentan exclusivamente el péptido de la invención. La espectrometría de masas ha revelado que ese péptido es presentado de forma natural por moléculas HLA en muestras humanas de cáncer de ovario primario.

Se ha demostrado que el gen o genes/proteína o proteínas originarios (también denominadas «proteínas enteras» o «proteínas subyacentes») del cual derivan los péptidos aparecen notablemente sobreexpresados en los tejidos cancerosos con respecto a los tejidos normales -en la presente invención «tejidos normales» significa que son células sanas del ovario o células de otros tejidos normales- lo cual demuestra el alto grado de relación con el tumor de los genes originarios (véase el Ejemplo 2). Asimismo, los propios péptidos aparecen sobrepresentados intensamente en el tejido tumoral - «tejido tumoral» significa en relación con la presente invención una muestra procedente de una paciente aquejada de cáncer de ovario, pero no de tejidos normales (véase el Ejemplo 1).

Los péptidos de unión a HLA pueden ser reconocidos por el sistema inmunitario, específicamente por los linfocitos T.

Los linfocitos T pueden destruir las células que presentan el complejo HLA/péptido reconocido, por ejemplo células de cáncer de ovario que presenten los péptidos derivados.

El péptido de la presente invención ha demostrado su capacidad para estimular las respuestas de los linfocitos T y/o está sobrepresentado y, por tanto, puede ser utilizado para la producción de anticuerpos y/o TCR, en concreto t Cr solubles, conforme a la presente invención (véanse el Ejemplo 3 y el Ejemplo 4).Asimismo, cuando el péptido está formando un complejo con el MHC correspondiente puede ser utilizado también para la producción de anticuerpos y/o TCR, en concreto TCR solubles, conforme a la presente invención. Los métodos pertinentes son conocidos por los expertos y también se pueden hallar en la bibliografía pertinente. Así pues, el péptido de la presente invención es útil para generar en un paciente una respuesta inmunitaria con la que destruir células tumorales. La respuesta inmunitaria se puede inducir en el paciente con la administración directa de los péptidos descritos o de sustancias precursoras adecuadas (p. ej., péptidos alargados, proteínas o ácidos nucleicos que codifiquen dichos péptidos), idealmente en combinación con un agente que potencie la inmunogenicidad (un adyuvante). Cabe esperar que la respuesta inmunitaria generada por esa vacunación terapéutica sea muy específica contra las células tumorales porque los tejidos normales no contienen el péptido diana de la presente invención en un número comparable de copias, lo cual evita el riesgo de reacciones autoinmunitarias perjudiciales contra las células normales del paciente.

La presente descripción también se refiere a los receptores de los linfocitos T (TCR) que comprenden una cadena alfa y una cadena beta (“TCR alfa/beta”). La presente descripción también se refiere a ácidos nucleicos, vectores y células huésped para la expresión de TCR y del péptido de la presente descripción; y métodos para la utilización de los mismos.

El término “receptor de los linfocitos T” (abreviado TCR) se refiere a una molécula heterodimérica que comprende una cadena polipeptídica alfa (cadena alfa) y una cadena polipeptídica beta (cadena beta), en la que el receptor heterodimérico es capaz de unirse a un antígeno polipeptídico presentado por una molécula de HLA. El término también incluye los llamados TCR gamma/delta.

En una realización, la descripción proporciona un método para producir un TCR como se ha descrito en la presente memoria, en el que dicho método comprende cultivar una célula huésped capaz de expresar el TCR en condiciones adecuadas para estimular la expresión del TCR.

En otro aspecto, la descripción se refiere a métodos según la descripción en los que el antígeno se carga en moléculas del MHC de clase I expresadas en la superficie de una célula adecuada presentadora de antígeno o una célula presentadora de antígeno artificial poniendo en contacto una cantidad suficiente del antígeno con una célula presentadora de antígeno, o cargando el antígeno en tetrámeros de MHC de clase I mediante la conversión en tetrámeros de los monómeros del complejo formado por antígeno/MHC de clase I.

Las cadenas alfa y beta de los TCR alfa/beta, y las cadenas gamma y delta de los TCR gamma/delta, se considera generalmente que tienen dos "dominios", a saber: los dominios variable y constante. El dominio variable consiste en una concatenación de región variable (V) y de región de unión (J). El dominio variable puede incluir también una región líder (L). Las cadenas beta y delta pueden incluir también una región de diversidad (D). Los dominios constantes alfa y beta pueden incluir también dominios transmembranarios (TM) en el extremo C-terminal, que anclan las cadenas alfa y beta a la membrana celular.

En lo que se refiere a los TCR gamma/delta, el término "dominio variable gamma del TCR", tal como se utiliza en la presente memoria, se refiere a la concatenación de la región gamma V del TCR (TRGV) sin la región líder (L), y la región gamma J del TCR (TRGJ), y el término dominio constante gamma del TCR se refiere a la región Tr GC extracelular, o a una secuencia TRGC truncada en el extremo C-terminal. Asimismo, el término "dominio variable delta del TCR" se refiere a una concatenación de la región delta V del TCR (TRDV) sin la región líder (L) y la región delta D/J del TCR (TRDD/TRDJ), y el término “dominio constante delta del TCR” se refiere a la región TRDC extracelular, o a una secuencia TRDC truncada en el extremo C-terminal.

Los TCR de la presente descripción se unen preferiblemente a un complejo de péptido-molécula de HLA con una afinidad de unión (KD) de aproximadamente l0o |jM o menos, aproximadamente 50 |jM o menos, aproximadamente 25 j M o menos, o aproximadamente 10 j M o menos. Son más preferidos los TCR de elevada afinidad, que presentan afinidades de unión de aproximadamente 1 j M o menos, aproximadamente 100 nM o menos, aproximadamente 50 nM o menos, aproximadamente 25 nM o menos. Los ejemplos no limitantes de los intervalos preferidos de afinidades de unión de los TCR de la presente invención incluyen desde aproximadamente 1 nM hasta aproximadamente 10 nM; desde aproximadamente 10 nM hasta aproximadamente 20 nM; desde aproximadamente 20 nM hasta aproximadamente 30 nM; desde aproximadamente 30 nM hasta aproximadamente 40 nM; desde aproximadamente 40 nM hasta aproximadamente 50 nM; desde aproximadamente 50 nM hasta aproximadamente 60 nM; desde aproximadamente 60 nM hasta aproximadamente 70 nM; aproximadamente 70 nM hasta aproximadamente 80 nM; desde aproximadamente 80 nM hasta aproximadamente 90 nM; y desde aproximadamente 90 nM hasta aproximadamente 100 nM.

Tal como se utiliza en la presente memoria en relación con los TCR de la presente descripción, «unión específica» y las variantes gramaticales de su expresión, se utilizan para referirse a TCR que tienen una afinidad de unión (KD) para un complejo de péptido-molécula de HLA de 100 |jM o menos.

Los TCR heterodiméricos alfa/beta de la presente descripción pueden incorporar un enlace disulfuro entre los dominios constantes. Los TCR preferidos de este tipo incluyen aquellos que tienen una secuencia de dominio constante TRAC y una secuencia de dominio constante TRBC1 o TRBC2, con la salvedad de que la Thr 48 de TRAC y la Ser 57 de TRBC1 o TRBC2 están sustituidas por residuos de cisteína, y dichas cisteínas forman un enlace disulfuro entre la secuencia de dominio constante TRAC y la secuencia de dominio constante TRBC1 o TRBC2 del TCR.

Independientemente de la inserción del enlace entre cadenas mencionado anteriormente, los TCR alfa/beta heterodiméricos de la presente descripción pueden tener una secuencia de dominio constante TRAC y una secuencia de dominio constante TRBC1 o TRBC2, y la secuencia de dominio constante TRAC y la secuencia de dominio constante TRBC1 o TRBC2 del TCR pueden estar unidas por el enlace disulfuro natural entre la Cys4 del exón 2 de TRAC y la Cys2 del exón 2 de TRBC1 o TRBC2.

Los TCR de la presente descripción pueden comprender un marcador detectable seleccionado a partir del grupo formado por un radionúclido, un fluoróforo y biotina. Los TCR de la presente descripción pueden estar conjugados con un agente terapéuticamente activo, tal como un radionúclido, un agente de quimioterapia, o una toxina.

En una realización, un TCR de la presente descripción que porta al menos una mutación en la cadena alfa y/o que porta al menos una mutación en la cadena beta tiene un patrón de glucosilación modificado en comparación con el TCR no mutado.

En una realización, un TCR que comprende al menos una mutación en la cadena alfa del TCR y/o la cadena beta del TCR tiene una afinidad de unión a, y/o una semivida de unión a, un complejo de péptido-molécula de HLA, que es por lo menos el doble de la de un TCR que comprende una cadena alfa no mutada del TCR y/o una cadena beta no mutada del TCR. El aumento de la afinidad de los TCR específicos de tumores, y su aprovechamiento, se basa en la existencia de un intervalo de afinidades óptimas del TCR. La existencia de dicho intervalo se basa en observaciones que indican que los TCR específicos para los patógenos restringidos por HLA-A2 tienen valores de KD que son aproximadamente 10 veces menores que los de los TCR específicos para autoantígenos asociados a tumores restringidos por HLA-A2. En la actualidad se sabe que, aunque los antígenos tumorales pueden ser inmunogénicos, debido a que los tumores se desarrollan a partir de las propias células del individuo, sólo las proteínas mutadas o que porten alteraciones debidas a procesamiento traduccional serán reconocidas como extrañas por el sistema inmunitario. Los antígenos que están regulados al alza o sobreexpresados (los llamados autoantígenos) no inducirán necesariamente una respuesta inmunitaria funcional contra el tumor: los linfocitos T que expresan TCR que son muy reactivos contra estos antígenos habrán sido seleccionados negativamente en el interior del timo en un proceso conocido como tolerancia central, lo que significa que solo permanecen los linfocitos T con TCR de baja afinidad para los autoantígenos. Por consiguiente, la afinidad de los TCR o de las variantes de la presente descripción por HAVCR1-001 puede aumentarse por métodos bien conocidos en la técnica.

La presente descripción se refiere también a un método para la identificación y el aislamiento de un TCR según la presente descripción, en el que dicho método comprende la incubación de PBMC procedentes de donantes sanos negativos para HLA-A*02 con monómeros de A2/péptido, la incubación de las PBMC con los tetrámeros conjugados con ficoeritrina (PE), y el aislamiento de los linfocitos T de elevada afinidad mediante análisis y selección de células activada por fluorescencia (FACS)-Calibur.

La presente descripción también se refiere a un método para la identificación y el aislamiento de un TCR según la presente descripción, en que dicho método comprende la obtención de un ratón transgénico que porta todo el locus genético TCRap humano (1,1 y 0,7 Mb), cuyos linfocitos T expresan un repertorio diverso de TCR humanos que compensan la deficiencia de t Cr de los ratones, la inmunización del ratón con péptido, la incubación de las PBMC obtenidas a partir de ratones transgénicos con tetrámeros conjugados con ficoeritrina (PE), y el aislamiento de los linfocitos T de elevada afinidad mediante análisis y selección de células activada por fluorescencia (FACS)-Calibur.

En un aspecto, para obtener linfocitos T que expresan TCR de la presente descripción, se clonan ácidos nucleicos que codifican las cadenas TCR-alfa y/o TCR-beta de la presente descripción en vectores de expresión, tales como retrovirus gamma o lentivirus. Se generan virus recombinantes y después se analizan para comprobar sus características funcionales, tales como la especificidad antigénica y la afinidad funcional. Después se utiliza una parte alícuota del producto final para la transducción de la población diana de linfocitos T (purificada generalmente a partir de las del paciente), que se expande antes de su infusión en el paciente.

En otro aspecto, para obtener linfocitos T que expresen los TCR de la presente descripción, se sintetizan ARN de los TCR con métodos conocidos en la técnica, por ejemplo: sistemas de transcripción in vitro. Los ARN de los TCR sintetizados in vitro se introducen después en los linfocitos CD8+ primarios obtenidos a partir de donantes sanos mediante electroporación para volver a expresar las cadenas, específicas del tumor, TCR-alfa y/o TCR-beta.

Para aumentar la expresión, los ácidos nucleicos que codifican los TCR de la presente descripción pueden conectarse de forma funcional con promotores potentes, tales como las repeticiones terminales largas (LTR) de retrovirus, citomegalovirus (CMV), virus U3 de las células madre de ratón (MSCV), fosfoglicerato-cinasa (PGK), p-actina, ubiquitina, y un promotor compuesto del virus de los simios 40 (SV40)/CD43, factor de elongación (EF)-1a y el promotor del virus productor de focos esplénicos (SFFV). En una realización preferida, el promotor es heterólogo respecto al ácido nucleico que se va a expresar.

Además de promotores potentes, las casetes de expresión de TCR de la presente descripción pueden contener otros elementos que pueden potenciar la expresión transgénica, incluida una región central de polipurinas (cPPT), que facilita la traslocación al núcleo de los constructos lentivíricos (Follenzi et al., 2000), y el elemento regulador postranscripcional del virus de la hepatitis de la marmota americana (wPRE), que incrementa el nivel de la expresión transgénica al aumentar la estabilidad del ARN (Zufferey et al., 1999).

Las cadenas alfa y beta de un TCR de la presente invención pueden estar codificadas por ácidos nucleicos localizados en vectores separados, o pueden estar codificadas por polinucleótidos situados en el mismo vector.

Para obtener un elevado nivel de expresión superficial de TCR es necesario que ambas cadenas TCR-alfa y TCR-beta del TCR introducidos se transcriban a niveles elevados. Con este fin, las cadenas TCR-alfa y TCR-beta de la presente descripción pueden clonarse en constructos bicistrónicos en un solo vector, una estrategia que ha demostrado ser capaz de superar este obstáculo. La utilización de un sitio de entrada intrarribosómico vírico (IRES) entre las cadenas TCR-alfa y TCR-beta permite la expresión coordinada de ambas cadenas, ya que las cadenas TCR-alfa y TCR-beta se generan a partir de un solo transcrito que se escinde en dos proteínas durante la traducción, con lo que se garantiza la producción de cadenas TCR-alfa y TCR-beta con la misma relación molar. (Schmitt et al.2009).

Los ácidos nucleicos que codifican los TCR de la presente descripción pueden tener los codones optimizados para aumentar la expresión en una célula huésped. La redundancia del código genético permite que algunos aminoácidos estén codificados por más de un codón, pero algunos codones son menos “óptimos" que otros debido a la disponibilidad relativa de los correspondientes ARNt, así como a otros factores (Gustafsson et al., 2004). La modificación de las secuencias de los genes de TCR-alfa y TCR-beta de modo que cada aminoácido esté codificado por el codón óptimo para la expresión genética en mamíferos, así como la eliminación de los motivos de inestabilidad del ARNm o de sitios de ayuste crípticos, ha demostrado aumentar significativamente la expresión de los genes TCR-alfa y TCR-beta (Scholten et al., 2006).

Además, la falta de emparejamiento (mispainng) entre las cadenas de TCR introducidas y las endógenas puede dar lugar a la adquisición de características específicas que puedan constituir un riesgo significativo de respuestas autoinmunitarias. Por ejemplo, la formación de dímeros mixtos de TCR puede reducir el número de moléculas de CD3 disponibles para formar complejos de TCR con el emparejamiento adecuado, por lo que puede disminuir significativamente la afinidad funcional de las células que expresan el TCR introducido (Kuball et al., 2007).

Para reducir la falta de emparejamiento, el dominio C-terminal de las cadenas de TCR introducidas según la presente descripción pueden modificarse con el objeto de estimular la afinidad entre las cadenas, mientras se disminuye la capacidad de las cadenas introducidas de emparejarse con las cadenas endógenas de TCR. Estas estrategias pueden incluir la sustitución de los dominios C-terminales de TCR-alfa y TCR-beta humanos con sus dominios equivalentes en ratones (dominio C-terminal “murinizado”); la generación de un segundo enlace disulfuro entre las cadenas en el dominio C-terminal mediante la introducción de un segundo residuo de cisteína en ambas cadenas TCR-alfa y TCR-beta del TCR introducido (modificación de cisteínas); el intercambio de los residuos que interaccionan en los dominios C-terminales de las cadenas TCR-alfa y TCR-beta (“saliente en hueco”, knob-in-hole); y la fusión de los dominios variables de las cadenas TCR-alfa y TCR-beta directamente con CD3Z (fusión con CD3Z). (Schmitt et al. 2009).

En una realización, una célula huésped se modifica para que exprese un TCR de la presente descripción. En realizaciones preferidas, la célula huésped es un linfocito T o un progenitor de linfocitos T humano. En algunas realizaciones el linfocito T o progenitor de linfocitos T se obtiene a partir de un paciente aquejado de cáncer. En otras realizaciones el linfocito T o progenitor de linfocitos T se obtienen a partir de un donante sano. Las células huésped de la presente descripción pueden ser alogénicas o autólogas respecto al paciente que se va a tratar. En una realización la célula huésped es un linfocito T gamma/delta transformado para que exprese un TCR alfa/beta.

Una «composición farmacéutica» es una composición apta para la administración a un ser humano en un contexto médico. Preferiblemente, dicha composición farmacéutica es estéril y se fabrica conforme a las directrices de Buenas Prácticas de Fabricación (BPF).

Las composiciones farmacéuticas pueden comprender los péptidos en forma libre o en forma de una sal farmacéuticamente aceptable (véase también más arriba). Tal y como se utiliza en la presente memoria, «sal farmacéuticamente aceptable» se refiere a un derivado de los péptidos descritos en el que el péptido es modificado para obtener sales ácidas o básicas del agente. Por ejemplo, las sales ácidas se preparan a partir de la base libre (normalmente la forma neutra del fármaco posee un grupo -NH2 neutro) haciéndola reaccionar con un ácido adecuado. Ácidos adecuados para la preparación de sales ácidas incluyen tanto ácidos orgánicos, p. ej., ácido acético, ácido propiónico, ácido glicólico, ácido pirúvico, ácido oxálico, ácido málico, ácido malónico, ácido succínico, ácido maleico, ácido fumárico, ácido tartárico, ácido cítrico, ácido benzoico, ácido cinnámico, ácido mandélico, ácido metanosulfónico, ácido etanosulfónico, ácido p-toluensulfónico, ácido salicílico y similares, como ácidos inorgánicos, como por ejemplo ácido clorhídrico, ácido bromhídrico, ácido sulfúrico, ácido nítrico, ácido fosfórico y similares. A la inversa, la preparación de sales básicas a partir de grupos ácidos que pueden estar presentes en un péptido se preparan empleando una base farmacéuticamente aceptable como hidróxido de sodio, hidróxido de potasio, hidróxido de amonio, hidróxido de calcio, trimetilamina o similares.

En una forma de realización especialmente preferida, las composiciones farmacéuticas comprenden los péptidos en forma de sales de ácido acético (acetatos), trifluoroacetatos o ácido clorhídrico (cloruros).

Preferiblemente, el medicamento de la presente invención es un agente inmunoterapéutico como una vacuna. La vacuna puede administrarse directamente al paciente, en el órgano afectado o por vía sistémica de forma i.d., i.m, s.c., 1. p. e i.v., o aplicarse ex vivo a células derivadas del paciente o a una línea celular humana que después se administra al paciente, o utilizarse in vitro para seleccionar una subpoblación de células inmunitarias derivadas del paciente que después se le vuelven a administrar. Si el ácido nucleico se administra a células in vitro, puede ser útil que estas células sean transfectadas para que expresen simultáneamente citocinas inmunoestimuladoras, como la interleucina-2. El péptido puede ser sustancialmente puro, o combinarse con un adyuvante inmunoestimulador (véase abajo) o utilizarse en combinación con citocinas inmunoestimuladoras, o bien administrarse mediante otro sistema de liberación adecuado, como por ejemplo liposomas. El péptido también se puede conjugar con un transportador adecuado como la hemocianina de lapa californiana (KLH) o el manano (véase WO 95/18145 y (Longenecker et al., 1993)).El péptido también puede estar marcado, o ser una proteína de fusión, o ser una molécula híbrida. Se espera que los péptidos cuya secuencia se ofrece en la presente invención estimulen a los linfocitos T CD4 o CD8. No obstante, la estimulación de los linfocitos T CD8 es más eficiente si cuentan con la ayuda de los linfocitos T cooperadores CD4. Así pues, en el caso de los epítopos de MHC de clase I que estimulan a los linfocitos T CD8 la pareja de fusión o las secciones de una molécula híbrida adecuada proporcionan epítopos que estimulan a los linfocitos T CD4-positivos. Los epítopos estimuladores de los CD4 y los CD8 son bien conocidos en la técnica e incluyen los identificados en la presente invención.

En un aspecto, la vacuna comprende al menos un péptido dotado de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID N.° 11 y al menos otro péptido adicional dado a conocer, preferiblemente dos a 50, más preferiblemente dos a 25, incluso más preferiblemente dos a 20 y más preferiblemente aún dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete o dieciocho péptidos. Los péptidos pueden derivar de uno o más TAA específicos y se pueden unir a moléculas MHC de clase I.

Otro aspecto de la invención proporciona un ácido nucleico (por ejemplo un polinucleótido) que codifica un péptido de la invención. El polinucleótido puede ser, por ejemplo, ADN, ADNc, APN, ARN o combinaciones de los mismos, monocatenarios y/o bicatenarios, o formas nativas o estabilizadas de polinucleótidos, como por ejemplo, polinucleótidos con un esqueleto de fosforotioato y que pueden contener intrones siempre que codifique el péptido. Por supuesto, sólo los péptidos que contengan residuos de aminoácidos naturales unidos por enlaces peptídicos naturales pueden ser codificados por un polinucleótido. Otro aspecto más de la invención proporciona un vector de expresión que exprese un polipéptido conforme a la invención.

Se han desarrollado diversos métodos para unir polinucleótidos, especialmente ADN, a vectores, por ejemplo a través de extremos cohesivos complementarios. Por ejemplo, al segmento de ADN se le pueden añadir prolongaciones de homopolímeros complementarios para insertarlo en el vector de ADN. El vector y el segmento de ADN se unen a continuación por medio de puentes de hidrógeno entre las colas homopoliméricas complementarias para formar moléculas de ADN recombinante.

Otro método alternativo para unir el segmento de ADN a los vectores son los ligadores sintéticos que contienen uno o más sitios de restricción. Existen ligadores sintéticos comerciales que contienen diversas dianas para las endonucleasas de restricción que facilitan varios proveedores como International Biotechnologies Inc. New Haven, CN, EE.UU.

Un método deseable para modificar el ADN que codifica el polipéptido de la invención emplea la reacción en cadena de la polimerasa tal y como exponen Saiki RK y cols. (Saiki et al., 1988).Este método puede ser utilizado para introducir el ADN en un vector adecuado, por ejemplo diseñando las dianas de restricción adecuadas, o puede ser empleado para modificar el ADN de otros modos útiles conocidos en la técnica. Si se opta por vectores virales, son preferibles los vectores poxvíricos o adenovíricos.

El ADN (o ARN en el caso de los vectores retrovíricos) se puede expresar en un hospedador adecuado para producir un polipéptido que comprenda el péptido o variante de la invención. Así pues, el ADN que codifica el péptido o variante de la invención puede ser utilizado conforme a técnicas conocidas, modificado adecuadamente siguiendo las enseñanzas contenidas en la presente memoria para construir un vector de expresión que se emplee para transformar una célula hospedadora a fin de que exprese y produzca el polipéptido de la invención. Tales técnicas incluyen las dadas a conocer en las patentes de EE.UU. N.° 4.440.859, 4.530.901, 4.582.800, 4.677.063, 4.678.751, 4.704.362, 4.710.463, 4.757.006, 4.766.075 y 4.810.648.

El ADN (o ARN en el caso de los vectores retrovíricos) que codifica el polipéptido que constituye el compuesto de la invención se puede unir con una amplia variedad de secuencias de ADN distintas para introducirlo en un hospedador adecuado. El ADN acompañante dependerá de la naturaleza del hospedador, el modo de introducir el ADN en su interior y de si se pretende que se integre o que se mantenga como un episoma.

En general, el ADN se inserta en un vector de expresión, como un plásmido, con la orientación apropiada y el marco de lectura correcto para asegurar la expresión. Si es necesario, el a Dn se puede enlazar con secuencias nucleotídicas de control que regulan la transcripción o la traducción y que son reconocidas por el hospedador deseado, aunque en general tales controles ya suelen estar incluidos en el propio vector de expresión. A continuación, el vector se introduce en el hospedador mediante técnicas estándar. En general, el vector no consigue transformar todos los hospedadores, lo que hará necesario seleccionar las células hospedadoras que hayan quedado transformadas. Una técnica de selección consiste en incorporar en el vector de expresión una secuencia de ADN con los elementos de control necesarios que codifique un rasgo seleccionable en la célula transformada, como por ejemplo de resistencia a antibióticos.

Otra alternativa consiste en incorporar el gen de ese rasgo seleccionable en otro vector con el que se cotransforma la célula hospedadora.

Las células hospedadoras que hayan sido transformadas con el ADN recombinante de la invención se cultivarán durante el tiempo suficiente y en las condiciones apropiadas que las personas versadas en la técnica conocen a la vista de las enseñanzas descritas en la presente memoria para que el polipéptido pueda expresarse y, finalmente, ser recuperado.

Son muchos los sistemas de expresión conocidos, como bacterias (E. coli, Bacillus subtilis, etc.), levaduras (Saccharomyces cerevisiae, etc.), hongos filamentosos (género Aspergillus, etc.), células vegetales, animales o de insectos. Preferiblemente el sistema consistirá en células de mamífero, como las células CHO disponibles de la ATCC Cell Biology Collection.

Un típico vector plasmídico de expresión constitutiva para células de mamífero comprende el promotor del CMV o el del SV40 con una cola poli-A adecuada y un marcador de resistencia como la neomicina. Un ejemplo es el pSVL que ofrece Pharmacia, Piscataway, NJ, EE.Uu . Un ejemplo de vector de expresión inducible para mamífero es el pMSG, también suministrado por Pharmacia. Otros vectores plasmídicos de levadura son pRS403-406 y pRS413-416, en general proveídos por Stratagene Cloning Systems, La Jolla, CA 92037, EE.UU. Los plásmidos pRS403, pRS404, pRS405 y pRS406 son plásmidos integrativos de levadura (YIp) que incorporan los marcadores seleccionables de levadura HIS3, TRP1, LEU2 y URA3. Los plásmidos pRS413-416 son plásmidos centroméricos de levadura (Ycp). Los vectores dotados del promotor del CMV (por ejemplo de Sigma-Aldrich) proporcionan una expresión transitoria o estable, expresión en el citoplasma o secreción, y marcador de los extremos N-terminal o C-terminal en varias combinaciones de FLAG, 3xFLAG, c-myc o MAT. Estas proteínas de fusión permiten la detección, la purificación y el análisis de la proteína recombinante. Las fusiones con doble etiqueta aportan flexibilidad a la detección.

La potente región reguladora promotora del citomegalovirus (CMV) humano ofrece niveles de expresión constitutiva de la proteína muy elevados, de hasta 1 mg/l en células COS. En estirpes celulares menos potentes los niveles de proteínas suelen rondar ~0,1 mg/l. La presencia del origen de replicación del SV40 genera niveles elevados de replicación del ADN en células COS que toleran la replicación del SV40. Los vectores de CMV, por ejemplo, pueden contener el origen pMB1 (derivado del pBR322) para la replicación en células bacterianas, el gen de la b-lactamasa para la selección por resistencia a la ampicilina, hGH poliA, y el origen f 1. Los vectores que contienen la secuencia líder de la preprotripsina (PPT) pueden canalizar la secreción de las proteínas de fusión FLAG hacia el medio de cultivo, donde se pueden purificar por medio de anticuerpos anti-FLAG, resinas y placas. En la técnica se conocen otros vectores y sistemas de expresión aptos para el uso con una variedad de células hospedadoras.

En otra forma de realización dos o más péptidos dados a conocer se codifican y se expresan en orden sucesivo (similar a constructos de «collar de cuentas»). Al hacerlo, los péptidos se pueden enlazar o fusionar juntos mediante segmentos de aminoácidos enlazantes, como por ejemplo LLLLLL, o se pueden unir sin ningún otro péptido adicional entre ellos. Estos constructos también pueden ser utilizados para la terapia contra el cáncer, y podrían inducir respuestas inmunitarias en las que intervengan tanto el MHC I como el MHC II.

La presente invención también se refiere a una célula hospedadora transformada con un vector polinucleotídico de la presente invención. La célula hospedadora puede ser procariota o eucariota. Las células bacterianas pueden ser las células hospedadoras procariotas más adecuadas en determinadas circunstancias; normalmente son cepas de E. coli, como por ejemplo las cepas DH5 disponibles de Bethesda Research Laboratories Inc., Bethesda, MD, EE.UU., y RR1 disponibles de la American Type Culture Collection (ATCC) de Rockville, MD, EE.UU. (N.° ATCC 31343).Las células hospedadoras eucariotas preferidas son células de levadura, de insecto y de mamífero, preferiblemente células de vertebrado como estirpes celulares de colon y de fibroblastos de ratón, rata, mono o ser humano. Las células hospedadoras de levadura incluyen YPH499, YPH500 y YPH501, que en general pueden obtenerse de Stratagene Cloning Systems, La Jolla, CA 92037, EE.UU. Las células hospedadoras de mamífero preferidas incluyen las células de ovario de hámster chino (CHO) disponibles de la ATCC como CCL61, las células embrionarias de ratón suizo NIH/3T3 disponibles de la ATCc como CRL 1658, las células COS-1 de riñón de mono disponibles de la ATCC como CRL 1650 y las células 293 que son células renales embrionarias humanas. Las células de insecto preferidas son las células Sf9 que se pueden transfectar con vectores de expresión baculovíricos. Se puede encontrar una revisión general referente a la elección de las células hospedadoras más adecuadas por ejemplo en el manual de Paulina Balbás y Argelia Lorence “Methods in Molecular Biology Recombinant Gene Expression, Reviews and Protocols,” Part One, Second Edition, ISBN 978-1-58829-262-9, y otra bibliografía conocida por las personas versadas.

La transformación de las células hospedadoras adecuadas con el constructo de ADN de la presente invención se consuma con métodos consabidos que normalmente dependen del tipo de vector utilizado. En lo referente a la transformación de células hospedadoras procariotas, véanse por ejemplo Cohen y cols. (Cohen et al., 1972) y (Green and Sambrook, 2012). La transformación de células de levadura se describe en Sherman y cols. (Sherman et al., 1986). El método de Beggs (Beggs, 1978) también resulta útil. En lo que concierne a los reactivos adecuados para transfectar las células de vertebrados, por ejemplo el fosfato de calcio y el DEAE-dextrano o las formulaciones con liposomas, se pueden adquirir de Stratagene Cloning Systems, o Life Technologies Inc., Gaithersburg, MD 20877, EE.UU. La electroporación también es útil para la transformación y/o transfección de las células y es perfectamente conocida su aplicación en la transformación de células de levadura, bacteria, insecto y vertebrado.

Las células transformadas con éxito, es decir, las que contengan un constructo de ADN de la presente invención, se pueden identificar con técnicas bien conocidas como la PCR. Otra alternativa consiste en detectar la presencia de la proteína en el sobrenadante por medio de anticuerpos.

Se apreciará que ciertas células hospedadoras de la invención son útiles para la preparación del péptido de la invención, por ejemplo las células bacterianas, de levadura e insecto. Con todo, para ciertos métodos terapéuticos pueden ser útiles otras células hospedadoras. Por ejemplo, se pueden utilizar células presentadoras de antígeno como las células dendríticas para expresar el péptido de la invención de tal forma que pueda ser cargado en las moléculas MHC oportunas. Así pues, la presente invención proporciona una célula hospedadora que comprende un ácido nucleico o un vector de expresión conforme a la invención.

En una forma de realización preferida la célula hospedadora es una célula presentadora de antígeno, en particular una célula dendrítica o célula presentadora de antígeno. Las APC cargadas con una proteína de fusión recombinante que contiene fosfatasa ácida prostática (PAP) fueron aprobadas por la Administración de Alimentos y Fármacos de los EE.UU. (FDA) el 29 de abril de 2010 para tratar el cáncer de próstata hormonorrefractario metastásico asintomático o mínimamente sintomático (Sipuleucel-T) (Rini et al., 2006; Small et al., 2006).

Otro aspecto de la invención proporciona un método para la producción de un péptido, comprendiendo dicho método el cultivo de una célula hospedadora y el aislamiento del péptido a partir de dicha célula o de su medio de cultivo.

En otra forma de realización el péptido, el ácido nucleico o el vector de expresión de la invención se emplean en medicina. Por ejemplo, el péptido puede ser preparado para la inyección por vía intravenosa (i.v.), subcutánea (s.c.), intradérmica (i.d.), intraperitoneal (i.p.) o intramuscular (i.m.). Los métodos preferidos para la inyección del péptido incluyen s.c., i.d., i.p., i.m. e i.v. Los métodos preferidos para la inyección del ADN incluyen i.d., i.m., s.c., i.p. e i.v. Según el péptido o ADN de que se trate se pueden administrar dosis de, por ejemplo, entre 50 |jg y 1,5 mg, preferiblemente de 125 jg a 500 jg de péptido o ADN. Dosis en esos intervalos se han empleado con éxito en varios ensayos (Walter et al., 2012).

El polinucleótido usado para la vacunación activa puede ser sustancialmente puro, o estar contenido en un vector o en un sistema de liberación adecuado. El ácido nucleico puede ser ADN, ADNc, APN, ARN o una combinación de los mismos. Los métodos para diseñar e introducir ese ácido nucleico son bien conocidos por los expertos en la materia. Una perspectiva general se puede consultar por ejemplo en Teufel y cols.(Teufel et al., 2005).Las vacunas polinucleotídicas son fáciles de preparar, pero el mecanismo por el cual tales vectores inducen la respuesta inmunitaria no se conoce con exactitud. Los vectores y sistemas de liberación adecuados incluyen los de ADN y/o ARN viral, como los sistemas basados en adenovirus, virus vacunal, retrovirus, herpesvirus, virus adeno-asociados o híbridos que contienen elementos de varios virus. Los sistemas de liberación no virales incluyen lípidos catiónicos y polímeros catiónicos que son bien conocidos como técnicas para la introducción de ADN. Los métodos de introducción físicos, como la “pistola génica”, también pueden utilizarse. El péptido o péptidos codificados por el ácido nucleico pueden ser una proteína de fusión, por ejemplo con un epítopo que estimule los linfocitos T para el respectivo CDR opuesto tal y como se ha indicado antes.

El medicamento de la invención también puede incluir uno o varios adyuvantes. Los adyuvantes son sustancias que potencian o estimulan de forma inespecífica la respuesta inmunitaria (p. ej., respuestas inmunitarias mediadas por linfocitos T CD8-positivos y linfocitos T cooperadores (TH) contra un antígeno, por lo que podrían ser considerados útiles en el medicamento de la presente invención. Entre los adyuvantes adecuados se incluyen, entre otros: 1018 ISS, sales de aluminio, AMPLIVAX®, AS15, BCG, CP-870.893, CpG7909, CyaA, dSLIM, ligandos de flagelina o TLR5 derivados de flagelina, ligando de FLT3, GM-CSF, IC30, IC31, imiquimod (Al DARA®), resiquimod, ImuFact IMP321, interleucinas como IL-2, IL-13, IL-21, interferón alfa o beta o derivados pegilados de los mismos, IS Patch, ISS, ISCOMATRIX, ISCOMs, JuvImmune®, LipoVac, MALP2, MF59, lípido monofosforilo A, Montanide IMS 1312, Montanide ISA 206, Montanide ISA 50V, Montanide ISA-51, emulsiones de agua en aceite y de aceite en agua, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, OspA, sistema de vectores PepTel®, micropartículas de dextrano y poli(láctido co-glicólido) [PLG], talactoferrina SRL172, virosomas y otras partículas similares a virus, YF-17D, VEGF trap, R848, beta-glucano, Pam3Cys, estimulón QS21 de Aquila, que deriva de la saponina, extractos de micobacterias y miméticos sintéticos de la pared bacteriana, y otros adyuvantes patentados como Detox de Ribi, Quil o Superfos. Se prefieren los adyuvantes como el adyuvante de Freund o el GM-CSF. Con anterioridad se han descrito varios adyuvantes inmunológicos (p. ej., MF59) específicos para las células dendríticas, así como la preparación de los mismos (Allison and Krummel, 1995).También pueden utilizarse citocinas. A varias citocinas se les ha atribuido una influencia directa en la migración de las células dendríticas hacia los tejidos linfoides (p. ej., el TNF-), como parte de un proceso que acelera su maduración hasta convertirlas en células presentadoras antígeno de los linfocitos T (p. ej., GM-CSF, IL-1 e IL-4) (Patente de EE.UU. N.° 5.849.589) y en el que actúan como inmunoadyuvantes (p. ej., la IL-12, IL-15, IL-23, IL-7, IFN-alfa, IFN-beta) (Gabrilovich et al., 1996).

También se ha descrito que los oligonucleótidos de CpG inmunoestimuladores potencian los efectos de los adyuvantes en las vacunas. Sin limitarse a la teoría, los oligonucleótidos de CpG actúan activando el sistema inmunitario innato (no adaptativo) a través de los receptores de tipo Toll (TLR), principalmente el TLR9. La activación del TLR9 desencadenada por los CpG potencia las respuestas humorales y celulares específicas de antígeno contra una amplia gama de antígenos, incluidos antígenos peptídicos o proteicos, virus vivos o muertos, vacunas de células dendríticas, vacunas de células autólogas y conjugados de polisacáridos, tanto en vacunas profilácticas como terapéuticas. Más importante aún, potencian la maduración y la diferenciación de las células dendríticas, lo cual resulta en una mayor activación de los linfocitos TH1 y una generación más potente de linfocitos T citotóxicos (CTL), incluso sin la ayuda de los linfocitos T CD4. La tendencia hacia la respuesta TH1 provocada por la estimulación del TLR9 se mantiene incluso en presencia de adyuvantes vacunales como el aluminio o el adyuvante de Freund incompleto (IFA) que normalmente promueven un sesgo hacia la respuesta TH2. Los oligonucleótidos de CpG muestran incluso una mayor actividad adyuvante cuando se formulan o administran conjuntamente con otros adyuvantes o en formulaciones como micropartículas, nanopartículas, emulsiones de lípidos o formulaciones similares, que son especialmente necesarias para inducir una respuesta potente cuando el antígeno es relativamente débil. También aceleran la respuesta inmunitaria y permiten reducir las dosis de antígeno aproximadamente en dos órdenes de magnitud, y se han obtenido en algunos experimentos respuestas de anticuerpos comparables a las conseguidas con la dosis completa de vacuna sin CpG (Krieg, 2006). La patente de EE. UU. N.° 6.406.705 B1 describe el uso combinado de oligonucleótidos de CpG, adyuvantes sin ácidos nucleicos y un antígeno para inducir una respuesta inmunitaria específica de antígeno. Un componente preferido de la composición farmacéutica de la presente invención es un antagonista CpG del TLR9 conocido como dSLIM (inmunomodulador en horquilla doble), fabricado por Mologen (Berlín, Alemania). También se pueden utilizar otras moléculas que se unen a los TLR como ARN que se unen a TLR 7, TLR 8 y/o TLR 9.

Entre los ejemplos de adyuvantes útiles también se incluyen CpG modificados químicamente (p. ej., CpR, Idera), análogos de ARNdc como poli(I:C) y derivados de los mismos (p. ej., AmpliGen®, Hiltonol®, poli-(ICLC), poli(IC-R), poli(I:C12U), ARN o ADN bacteriano sin CpG, así como anticuerpos y moléculas pequeñas inmunoactivas como ciclofosfamida, sunitinib, Bevacizumab®, celebrex, NCX-4016, sildenafilo, tadalafilo, vardenafilo, sorafenib, temozolomida, temsirolimús, XL-999, CP-547632, pazopanib, VEGF Trap, ZD2171, AZD2171, anti-CTLA4, otros anticuerpos que reconocen estructuras clave del sistema inmunitario (p. ej., anti-CD40, anti-TGF-beta, anti-receptor TNF-alfa) y SC58175, que pueden actuar de forma terapéutica y/o como adyuvantes. Las cantidades y concentraciones de adyuvantes y de aditivos útiles en el contexto de la presente invención pueden ser determinadas fácilmente por las personas versadas en la técnica sin demasiada experimentación.

Los adyuvantes preferidos son anti-CD40, imiquimod, resiquimod, GM-CSF, ciclofosfamida, sunitinib, bevacizumab, interferón-alfa, oligonucleótidos CpG y derivados, poli-(I:C) y derivados, ARN, sildenafilo, y formulaciones de partículas con PLG o virosomas.

En una forma de realización preferida de la composición farmacéutica conforme a la invención el adyuvante es seleccionado del grupo consistente en factores estimuladores de colonias, como el factor estimulador de las colonias de granulocitos-macrófagos (GM-CSF, sargramostim), ciclofosfamida, imiquimod, resimiquimod e interferón-alfa.

En una forma de realización preferida la composición farmacéutica conforme a la invención el adyuvante es seleccionado del grupo consistente en factores estimuladores de colonias, como el factor estimulador de las colonias de granulocitos-macrófagos (GM-CSF, sargramostim), ciclofosfamida, imiquimod y resiquimod. En otra forma de realización preferida de la composición farmacéutica conforme a la invención, el adyuvante es ciclofosfamida, imiquimod o resiquimod. Los adyuvantes más preferidos son: Montanide IMS 1312, Montanide ISA 206, Montanide ISA 50V, Montanide ISA-51, poli-ICLC (Hiltonol®) y AcM anti-CD40 o combinaciones de los anteriores.

Esta composición está destinada a la administración parenteral, como por vía subcutánea, intradérmica o intramuscular, o bien para la administración oral. Para ello, los péptidos y opcionalmente otras moléculas se disuelven o se suspenden en un vehículo farmacéuticamente aceptable, preferiblemente acuoso. Además, la composición puede contener excipientes, tales como tampones, aglutinantes, disgregantes, diluyentes, sabores, lubricantes, etc. Los péptidos también se pueden administrar junto con sustancias inmunoestimuladoras, como citocinas. En una composición tal se puede usar una amplia lista de excipientes, como por ejemplo, los tomados de A. Kibbe, Handbook of Pharmaceutical Excipients, (Kibbe, 2000). La composición se puede utilizar para la prevención, profilaxis y/o tratamiento de enfermedades adenomatosas o cancerosas. Las formulaciones preferidas se pueden encontrar en EP2112253, por ejemplo.

Es importante tener presente que la respuesta inmunitaria desencadenada por la vacuna conforme a la invención ataca el cáncer en diferentes estadios celulares y en diferentes estadios de desarrollo. Además, se atacan diferentes vías de señalización relacionadas con el cáncer. Esto supone una ventaja con respecto a las vacunas que solo van dirigidas contra una o pocas dianas, que pueden permitir que el tumor se adapte con facilidad al ataque (evasión tumoral). Además, no todos los tumores expresan el mismo patrón de antígenos, por lo que la combinación de varios péptidos asociados a tumor asegura que el tumor en cuestión contenga al menos alguna de las dianas. La composición ha sido diseñada de modo tal que se espera que exprese varios de los antígenos y abarque varias vías independientes necesarias para el crecimiento y el mantenimiento del tumor. Así pues, la vacuna puede ser utilizada con facilidad en la forma ya preparada (off-the-shelf) para una población de pacientes más amplia. Esto significa que no será preciso ninguna otra evaluación de biomarcadores de la expresión de los antígenos aparte del tipado del h La para seleccionar a los pacientes que acabarán siendo tratados con la vacuna, pero que, aun así, está asegurado que la respuesta inmunitaria estimulada atacará simultáneamente a varias dianas, lo que es importante para la eficacia (Banchereau et al., 2001; Walter et al., 2012).

El péptido de la presente invención puede usarse para generar y desarrollar anticuerpos específicos contra complejos MHC/péptido. Estos pueden ser utilizados como terapia, dirigiendo toxinas o sustancias radiactivas contra el tejido enfermo. Otra aplicación de estos anticuerpos consistiría en dirigir radionúclidos contra el tejido enfermo en aplicaciones de diagnóstico por la imagen como la TEP. Este uso puede ayudar a detectar metástasis pequeñas o determinar el tamaño y la ubicación precisa de los tejidos enfermos.

Por tanto, existe otro aspecto de la invención que proporciona un método para producir un anticuerpo recombinante que se une específicamente a un complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) de clase I que forma un complejo con un antígeno restringido a HLA, comprendiendo dicho método: inmunizar un mamífero no humano genéticamente modificado que comprenda células que expresen dicho complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) de clase I con una forma soluble de una molécula MHC de clase I unida a dicho antígeno restringido a HLA; aislamiento de moléculas de ARNm a partir de células productoras de anticuerpos de dicho mamífero no humano; producción de una fagoteca que contenga moléculas proteicas codificadas por dichas moléculas de ARNm; y aislamiento de al menos un fago de dicha fagoteca, en que al menos ese fago contenga dicho anticuerpo que se une específicamente al citado complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) de clase I unido con dicho antígeno restringido a HLA.

Existe otro aspecto más de la invención que proporciona un anticuerpo que se une específicamente a un complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) de clase I que forma un complejo con un antígeno restringido a HLA, en el que el anticuerpo es preferentemente un anticuerpo policlonal, anticuerpo monoclonal, anticuerpo biespecífico y/o un anticuerpo quimérico.

En WO 03/068201, WO 2004/084798, WO 01/72768, WO 03/070752, y en publicaciones (Cohen et al., 2003a; Cohen et al., 2003b; Denkberg et al., 2003) se dan a conocer métodos para producir tales anticuerpos y complejos mayores de histocompatibilidad de clase I monocatenarios, así como otras herramientas para la producción de tales anticuerpos.

Preferiblemente el anticuerpo se une al complejo con una afinidad de unión inferior a 20 nanomolar, preferentemente inferior a 10 nanomolar, lo cual se considera «específico» en el contexto de la presente invención.

La presente invención se refiere a un péptido que consiste en la SEQ ID N.° 11.

La presente invención se refiere, además, al péptido acorde con la invención que tiene la capacidad de unirse a una molécula del complejo mayor de histocompatibilidad humana (MHC) de clase I.

La presente invención se refiere, además, al péptido acorde con la presente invención en que el péptido incluye enlaces no peptídicos.

La presente invención se refiere, además, a los péptidos conformes a la presente invención, en que dichos péptidos son parte de una proteína de fusión con aminoácidos N-terminales de la cadena invariable asociada al antígeno HLA-DR (Ii).

La presente invención se refiere, además, a un ácido nucleico, que codifica el péptido acorde con la presente invención.

La presente invención se refiere, además, al ácido nucleico acorde con la presente invención que es ADN, ADNc, APN, ARN o combinaciones de los anteriores.

La presente invención se refiere, además, a un vector de expresión que exprese un ácido nucleico conforme a la presente invención.

La presente invención se refiere, además, a un péptido acorde con la presente invención, un ácido nucleico acorde con la presente invención o un vector de expresión acorde con la presente invención para el uso en medicina, en concreto para el tratamiento del cáncer de ovario.

La presente invención se refiere, además, a una célula hospedadora que comprende un ácido nucleico acorde con la presente invención o un vector de expresión acorde con la invención.

La presente invención se refiere, además, a una célula hospedadora acorde con la presente invención que es una célula presentadora de antígeno, y preferiblemente una célula dendrítica.

La presente invención se refiere, además, a un método para producir un péptido acorde con la presente invención, que comprende el cultivo de la célula hospedadora acorde con la presente invención y el aislamiento del péptido de la célula hospedadora o de su medio de cultivo.

La presente invención se refiere, además, al método acorde con la presente invención en que el antígeno es cargado en moléculas de MHC de clase I expresadas en la superficie de una célula presentadora de antígeno mediante la puesta en contacto de una cantidad de antígeno suficiente con una célula presentadora de antígeno.

La presente invención se refiere, además, al método acorde con la invención, en que la célula presentadora de antígeno comprende un vector de expresión que expresa dicho péptido que contiene la SEQ ID N.° 11.

Se da a conocer un método para destruir células diana en un paciente cuyas células diana expresan de forma aberrante un polipéptido que comprende cualquiera de las secuencias de aminoácidos conformes a la presente invención, comprendiendo el método la administración al paciente de un número eficaz de linfocitos T conforme a la presente invención.

La presente invención se refiere, además, al uso como medicamento o en el proceso de fabricación de un medicamento del péptido acorde con la presente invención, de un ácido nucleico conforme a la presente invención, de un vector de expresión conforme a la presente invención, de una célula conforme a la presente invención, o de un linfocito T citotóxico activado conforme a la presente invención. La presente invención se refiere, además, a un uso conforme a la presente invención en el que el medicamento es activo contra el cáncer.

La presente invención se refiere, además, a un uso conforme a la presente invención en el que dicho medicamento es una vacuna. La presente invención se refiere, además, a un uso conforme a la invención en el que el medicamento es activo contra el cáncer.

La presente invención concierne además al uso acorde con la presente invención, en que dichas células tumorales son células de cáncer de ovario o células de otro tumor sólido o hematológico como el cáncer de pulmón amicrocítico, cáncer de pulmón microcítico, cáncer de riñón, cáncer de cerebro, cáncer de colon o recto, cáncer de estómago, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de próstata, leucemia, cáncer de mama, carcinoma de células de Merkel, melanoma, cáncer de esófago, cáncer de vejiga urinaria, cáncer de útero, cáncer de vesícula biliar y cáncer de vías biliares.

El término «anticuerpo» o «anticuerpos» se utiliza en la presente memoria en sentido amplio e incluye tanto anticuerpos policlonales como monoclonales. Además de las moléculas de inmunoglobulina intactas o «enteras», el término «anticuerpos» también incluye los fragmentos (p. ej., fragmentos CDRs, Fv, Fab y Fc) o polímeros de esas moléculas de inmunoglobulina y versiones humanizadas de las mismas, siempre que exhiban alguna de las propiedades deseadas (p. ej., unión específica de un polipéptido marcador del cáncer de ovario que exprese un gen marcador del cáncer con un nivel elevado, y/o que inhiba la actividad de un polipéptido marcador del cáncer de ovario conforme a la invención.

Si es posible los anticuerpos de la invención se podrán adquirir de fuentes comerciales. Los anticuerpos de la invención también se pueden fabricar con métodos consabidos. La persona versada en la técnica entiende que para fabricar los anticuerpos de la invención se pueden emplear tanto polipéptidos marcadores enteros de cáncer de ovario, como fragmentos de los mismos. El polipéptido necesario para generar un anticuerpo de la invención se puede purificar parcial o completamente de una fuente natural o se puede producir con técnicas de ADN recombinante.

Por ejemplo, un ADNc que codifique un péptido acorde con la presente invención, como un péptido acorde con la SEQ ID N.° 11, se puede expresar en células procariotas (p. ej., bacterias) o eucariotas (p. ej., células de levadura, insecto o mamífero), a partir de las cuales se purificará la proteína recombinante con la que se generará una preparación de anticuerpo monoclonal o policlonal que se una específicamente al polipéptido marcador del cáncer de ovario utilizado para generar el anticuerpo conforme a la invención.

Una persona versada en la técnica sabrá que la generación de dos o más conjuntos diferentes de anticuerpos monoclonales o policlonales maximiza la probabilidad de obtener un anticuerpo dotado de la especificidad y la afinidad necesarias para el uso previsto (p. ej., ELISA, inmunohistoquímica, técnicas de imagen in vivo, tratamiento con inmunotoxinas). Los anticuerpos son analizados para buscar la actividad deseada con métodos conocidos, de acuerdo con el fin previsto para los anticuerpos (p. ej., ELISA, inmunohistoquímica, inmunoterapia, etc.; para más detalles sobre la generación y el análisis de anticuerpos, véase por ejemplo, Greenfield, 2014 (Greenfield, 2014). Por ejemplo, los anticuerpos pueden ser analizados con pruebas ELISA, inmunotransferencia (Western blot), tinción inmunohistoquímica de cortes de tejido de cáncer congelados o fijados en formol. Después de la caracterización inicial in vitro, los anticuerpos destinados a uso terapéutico o diagnóstico in vivo se analizan con métodos de ensayo clínicos conocidos.

El término «anticuerpo monoclonal» tal y como se utiliza en la presente memoria se refiere a un anticuerpo obtenido a partir de una población notablemente homogénea de anticuerpos, es decir, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos excepto por mutaciones posiblemente naturales que pueden estar presentes en pequeño número. Los anticuerpos monoclonales de la presente memoria incluyen específicamente anticuerpos «quiméricos» en los que una parte de la cadena pesada y/o ligera es idéntica u homóloga a secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de una especie concreta o pertenecientes a una clase o subclase concreta de anticuerpos, mientras que el resto de la cadena o cadenas es idéntica u homóloga a secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de otras especies o pertenecientes a otra clase o subclase de anticuerpos, así como a fragmentos de tales anticuerpos, en tanto que exhiban la actividad antagonista deseada (N.° pat. de EE.UU.

4.816.567).

Los anticuerpos monoclonales de la invención se pueden preparar con métodos basados en hibridomas. En el método del hibridoma, un ratón u otro animal hospedador adecuado es vacunado con un agente inmunizante que estimula a los linfocitos para que produzcan o sean capaces de producir anticuerpos que se unan específicamente al agente inmunizante. Otra alternativa consiste en inmunizar los linfocitos in vitro.

Los anticuerpos monoclonales también se pueden fabricar con métodos de ADN recombinante, como los descritos en la Pat. de Ee .UU. N.° 4.816.567. El ADN que codifica los anticuerpos monoclonales de la invención puede ser fácilmente aislado y secuenciado con procedimientos convencionales (p. ej., con sondas oligonucleotídicas capaces de unirse específicamente a los genes que codifican las cadenas pesadas y ligeras de anticuerpos de ratón).

Los métodos in vitro también son adecuados para la preparación de anticuerpos monovalentes. La digestión de anticuerpos para producir fragmentos de los mismos, en particular fragmentos Fab, se puede llevar a cabo con técnicas ordinarias conocidas por los expertos en la materia. Por ejemplo, la digestión se puede realizar con papaína. Ejemplos de la digestión con papaína aparecen descritos en WO 94/29348 y en la Pat. de EE. UU. N.° 4.342.566. La digestión de anticuerpos con papaína normalmente produce dos fragmentos de unión a antígeno idénticos llamados fragmentos Fab, cada uno dotado de un sitio de unión al antígeno, así como un fragmento residual Fc. El tratamiento con pepsina da como resultado un fragmento F(ab')2 y un fragmento pFc'.

Los fragmentos de anticuerpo, estén unidos a otras secuencias o no, también pueden incluir inserciones, deleciones, sustituciones y otras modificaciones seleccionadas de regiones particulares o de residuos de aminoácidos específicos, siempre que la actividad de los fragmentos no se vea significativamente alterada o afectada respecto al anticuerpo o el fragmento de anticuerpo intactos. Estas modificaciones pueden ofrecer alguna propiedad adicional, como eliminar o añadir aminoácidos capaces de establecer puentes de sulfuro para aumentar la biolongevidad, alterar las características de secreción, etc. En cualquier caso el fragmento de anticuerpo debe poseer una propiedad bioactiva, como actividad de unión, regulación de unión al dominio de unión, etc. Las regiones activas o funcionales del anticuerpo pueden ser identificadas por mutagenia de una región específica de la proteína, seguida por la expresión y el análisis del polipéptido expresado. Tales métodos son obvios para toda persona versada en la técnica y pueden incluir la mutagenia dirigida del ácido nucleico que codifica el fragmento de anticuerpo.

Los anticuerpos de la invención también pueden comprender anticuerpos humanizados o anticuerpos humanos. Las formas humanizadas de anticuerpos no humanos (p. ej., de ratón) son formas quiméricas de inmunoglobulinas, de cadenas de inmunoglobulina o de fragmentos de las mismas (como Fv, Fab, Fab' u otras secuencias de unión a antígeno de los anticuerpos) que contienen una pequeña secuencia derivada de inmunoglobulinas no humanas. Los anticuerpos humanizados incluyen inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor) en las que los residuos de una región determinante de complementariedad (CDR) del receptor son sustituidos por residuos de una CDR de una especie no humana (anticuerpo donante) como ratón, rata o conejo que está dotada de la especificidad, la afinidad y la capacidad deseadas. En algunos casos, los residuos estructurales (FR) del fragmento Fv de la inmunoglobulina humana son sustituidos por residuos no humanos correspondientes. Los anticuerpos humanizados también pueden comprender residuos que no están presentes ni en el anticuerpo receptor ni en el CDR importado o en las secuencias estructurales. En general, el anticuerpo humanizado comprenderá prácticamente la totalidad de al menos uno, y normalmente de dos dominios variables, en los que todas o casi todas las regiones CDR corresponderán a las de la inmunoglobulina no humana y todas o casi todas las regiones FR serán las de una secuencia consenso de la inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado idealmente también comprenderá al menos una porción de una región constante de la inmunoglobulina (Fc), normalmente de una inmunoglobulina humana.

Los métodos para humanizar anticuerpos no humanos son bien conocidos en la técnica. En general, un anticuerpo humanizado tiene uno o varios residuos de aminoácidos de origen no humano. Estos residuos de aminoácidos no humanos con frecuencia son denominados residuos «importados», que normalmente se extraen del dominio variable «importado». La humanización se puede llevar a cabo básicamente sustituyendo las CDR o las secuencias de CDR de roedor por las secuencias correspondientes de un anticuerpo humano. Por tanto, tales anticuerpos «humanizados» son anticuerpos quiméricos (Pat. de EE.UU. N.° 4.816.567), en los que una parte notablemente más pequeña que un dominio variable humano intacto ha sido sustituida por la secuencia correspondiente de una especie no humana. En la práctica, los anticuerpos humanizados normalmente son anticuerpos humanos en los que se han sustituido algunos residuos de CDR y posiblemente algunos residuos de FR por residuos de sitios análogos de anticuerpos de roedor.

Se pueden emplear animales transgénicos (p. ej., ratones) que tras la inmunización sean capaces de producir un repertorio completo de anticuerpos humanos sin producir inmunoglobulinas endógenas. Por ejemplo, se ha descrito que la deleción homocigota del gen de la región de unión de la cadena pesada del anticuerpo en ratones quiméricos y mutantes germinales provoca la inhibición completa de la producción endógena de anticuerpos. La transferencia de la matriz génica de la inmunoglobulina de la línea germinal humana a dichos ratones mutantes de la línea germinal dará como resultado la producción de anticuerpos humanos tras la exposición al antígeno. También se pueden producir anticuerpos humanos en fagotecas.

Los anticuerpos de la invención se administran preferiblemente a un sujeto incorporándolos en un vehículo farmacéuticamente aceptable. Normalmente a la formulación se le añade una cantidad apropiada de una sal farmacéuticamente aceptable para que sea isotónica. Ejemplos de vehículos farmacéuticamente aceptables son solución salina, solución de Ringer y solución de dextrosa. Es preferible que el pH de la solución está situado aproximadamente entre 5 y 8, y más preferiblemente entre 7 y 7,5 aproximadamente. Otros vehículos incluyen preparaciones de liberación prolongada como matrices semipermeables de polímeros hidrofóbicos sólidos que contengan el anticuerpo, en matrices con forma modelada, p. ej., películas, liposomas o micropartículas. Para las personas versadas en la técnica será evidente que son preferibles ciertos vehículos dependiendo, por ejemplo, de la vía de administración y de la concentración del anticuerpo que se va a administrar.

Los anticuerpos se pueden administrar al sujeto, al paciente o a las células mediante inyección (intravenosa, intraperitoneal, subcutánea, intramuscular, etc.), o con otros métodos como la infusión que aseguren su liberación efectiva en el torrente sanguíneo. Los anticuerpos también se pueden administrar por vía intratumoral o peritumoral para ejercer un efecto terapéutico a la par sistémico y local. Se prefiere la inyección local o intravenosa.

Las dosis y pautas de administración más adecuadas se pueden determinar empíricamente; la toma de decisiones a este respecto forma parte de los conocimientos de la materia. Las personas versadas en la materia saben que la dosis de anticuerpos a administrar depende, por ejemplo, del sujeto que va a recibir al anticuerpo, la vía de administración, el tipo concreto de anticuerpo y de otros medicamentos que se le estén administrando. La dosis diaria típica de anticuerpo cuando se utiliza solo puede oscilar entre 1 jg/kg y 100 mg/kg de peso corporal o más por día, dependiendo de los susodichos factores. Tras la administración del anticuerpo, preferiblemente para tratar el cáncer de ovario, la eficacia del anticuerpo terapéutico se puede evaluar de varios modos bien conocidos por el médico especialista. Por ejemplo se puede controlar el tamaño, el número y/o la distribución del cáncer en el sujeto receptor del tratamiento utilizando técnicas de imagen oncológicas estándar. Todo anticuerpo administrado con fines terapéuticos que detenga el crecimiento del tumor, reduzca su extensión y/o impida la aparición de nuevos tumores en contraste con la evolución de la enfermedad si no se produjera la administración del anticuerpo, es un anticuerpo eficaz para el tratamiento del cáncer.

Otro aspecto de la invención proporciona un método para producir un receptor de linfocito T soluble (sTCR) que reconoce un complejo de péptido-MHC específico. Dichos receptores de linfocitos T solubles se pueden generar a partir de clones de linfocitos T específicos, cuya afinidad se puede incrementar por mutagenia dirigida a las regiones determinantes de complementariedad. Para la selección del receptor de linfocito T se puede utilizar una fagoteca (US 2010/0113300, (Liddy et al., 2012)). A fin de estabilizar los receptores de linfocito T en la fagoteca y en caso de uso práctico como fármaco, las cadenas alfa y beta se pueden enlazar por ejemplo mediante enlaces disulfuro no nativos, otros enlaces covalentes (receptor de linfocito T monocatenario), o mediante dominios de dimerización (Boulter et al., 2003; Card et al., 2004; Willcox et al., 1999). El receptor de linfocito T se puede enlazar con toxinas, fármacos, citocinas (véase, por ejemplo, US 2013/0115191), y con dominios que recluten células efectoras como un dominio anti-CD3, etc., con el fin de ejecutar funciones particulares en células diana. Asimismo, se puede expresar en linfocitos T destinados a la transferencia a un receptor. Se puede encontrar más información en WO 2004/033685A1 y WO 2004/074322A1.En WO 2012/056407A1 se describe una combinación de sTCR. Otros métodos de producción se revelan en WO 2013/057586A1.

Otro aspecto de la presente invención incluye un método in vitro para producir linfocitos T activados, comprendiendo dicho método la puesta en contacto en condiciones in vitro de linfocitos T con moléculas MHC humanas cargadas con antígeno expresadas en la superficie de una célula presentadora de antígeno adecuada por tiempo suficiente para activar los linfocitos T de una manera específica de antígeno, siendo el antígeno un péptido conforme a la invención. Preferentemente se emplea una cantidad suficiente del antígeno con una célula presentadora de antígeno.

Preferiblemente, la célula de mamífero carece del transportador de péptidos TAP o bien este se presenta en un nivel reducido o funciona defectuosamente. Las células adecuadas que carecen del transportador de péptidos TAP incluyen las células T2, RMA-S y de Drosophila. TAP es el transportador relacionado con el procesamiento de los antígenos.

La estirpe celular humana deficiente en carga de péptidos T2 está disponible en la American Type Culture Collection, 12301 Parklawn Drive, Rockville, Maryland 20852, EE.UU. con el N.° de catálogo CRL 1992; la estirpe de células de Drosophila Schneider line 2 está disponible en la ATCC con el N.° de catálogo CRL 19863; la estirpe de células de ratón RMA-S está descrita en Ljunggren y cols. (Ljunggren and Karre, 1985).

Preferentemente, la célula hospedadora no expresa sustancialmente moléculas MHC de clase I antes de la transfección. También es preferible que la célula estimuladora exprese una molécula importante que proporcione una señal coestimuladora para los linfocitos T, como B7.1, B7.2, ICAM-1 y LFA 3.Las secuencias de ácidos nucleicos de numerosas moléculas MHC de clase I y de las moléculas co-estimuladoras están disponibles públicamente en las bases de datos GenBank y EMBL.

Si se utiliza como antígeno un epítopo de MHC de clase I, los linfocitos T serán linfocitos T CD8-positivos.

Si una célula presentadora de antígeno es transfectada para expresar un epítopo de ese tipo, la célula comprenderá preferentemente un vector de expresión que expresa un péptido que contenga la SEQ ID N.° 11.

Existen otros métodos para generar linfocitos T in vitro. Por ejemplo, emplear linfocitos autólogos infiltrados en el tumor para generar los CTL. Plebanski et al. (Plebanski et al., 1995) utilizan linfocitos de sangre periférica autóloga (PLB) para la preparación de los linfocitos T.

Asimismo, es posible la producción de linfocitos T autólogos estimulando células dendríticas con el péptido o el polipéptido, o a través de la infección con virus recombinantes. También se pueden usar linfocitos B para la producción de linfocitos T autólogos. Asimismo, para la preparación de linfocitos T autólogos se pueden usar macrófagos estimulados con péptido o polipéptido o infectados con virus recombinantes. S. Walter y cols. (Walter et al., 2003) describen la estimulación in vitro de linfocitos T con células presentadoras de antígeno (aAPC), que también es una forma adecuada de generar linfocitos T contra el péptido de elección. En la presente invención, las aAPC se generaron adhiriendo complejos MHC:péptido preformados a la superficie de partículas de poliestireno (microperlas) con biotina:estreptavidina. Este sistema permite controlar con exactitud la densidad de MHC en las aAPC, lo que permite desencadenar respuestas de linfocitos T específicas de antígeno con una avidez alta o baja a partir de muestras de sangre, de una forma selectiva y altamente eficaz. Además de los complejos MHC:péptido, las aAPC deben incorporar acopladas en su superficie otras proteínas con actividad co-estimuladora como anticuerpos anti-CD28. Tales sistemas de aAPC también precisan a menudo el concurso de factores solubles adecuados, por ejemplo citocinas, como la interleucina-12.

Para la preparación de linfocitos T también se pueden utilizar células alogénicas; en WO 97/26328 se describe detalladamente un método. Por ejemplo, además de células de Drosophila y de células T2, para presentar antígenos se pueden usar otras células tales como células CHO, células de insecto infectadas con baculovirus, bacterias, levaduras y células diana infectadas con virus vacunal. Asimismo se pueden usar virus vegetales (véase, por ejemplo, Porta y cols. (Porta et al., 1994) que describen el desarrollo del virus del mosaico del chícharo como una sistema de alto rendimiento para la presentación de péptidos foráneos.

Los linfocitos T activados que están dirigidos contra el péptido de la invención son útiles como tratamiento. Así pues, otro aspecto de la invención proporciona linfocitos T activados obtenibles por los susodichos métodos de la invención.

Los linfocitos T activados producidos con el susodicho método reconocerán selectivamente una célula que exprese de forma aberrante un polipéptido que comprenda la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID N.° 11.

Preferiblemente el linfocito T reconoce la célula interaccionando a través de su TCR con el complejo HLA/péptido, por ejemplo uniéndosele. Los linfocitos T son útiles en un método para destruir células diana en un paciente cuyas células diana expresen de forma aberrante un polipéptido que comprenda una secuencia de aminoácidos de la invención y al cual se le administre un número eficaz de linfocitos T activados. Los linfocitos T que se le administren pueden proceder del mismo paciente y ser activados del modo antes descrito, es decir, ser linfocitos T autólogos. Otra alternativa consiste en que los linfocitos T no sean del paciente y procedan de otro individuo. Por supuesto, es preferible que dicho individuo esté sano. Por «individuo sano» los inventores entienden un individuo que goce de buen estado de salud general, preferentemente con un sistema inmunitario competente y, más preferentemente, no sufra ninguna enfermedad que pueda detectarse mediante análisis.

En condiciones in vivo, las células diana de los linfocitos T CD8-positivos conformes a la presente invención pueden ser células del tumor (que a veces expresan MHC de clase II) y/o células estromales circundantes al tumor (células tumorales) (que en ocasiones también expresan MHC de clase II; (Dengjel et al., 2006)).

Los linfocitos T de la presente invención se pueden usar como principios activos de una composición terapéutica. Por tanto, la invención también proporciona un método para destruir células diana de un paciente que expresan de forma aberrante un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos de la invención, comprendiendo dicho método la administración al paciente de un número eficaz de linfocitos T como los definidos arriba.

Por «expresado de forma aberrante» los inventores también quieren decir que el polipéptido está sobreexpresado en comparación con los niveles normales de expresión o que el gen está reprimido en los tejidos normales (sanos) . Por «sobreexpresado» los inventores quieren decir que el nivel del polipéptido es como mínimo 1,2 veces mayor que el nivel en el tejido normal; preferiblemente como mínimo 2 veces mayor, y más preferiblemente como mínimo 5 o 10 veces mayor que el del tejido normal.

Los linfocitos T se pueden obtener por métodos conocidos en la materia, como, por ejemplo, los antes descritos.

Los protocolos para la llamada transferencia de linfocitos T a un receptor son perfectamente conocidos. Se pueden encontrar revisiones en: Gattioni y cols. y Morgan y cols. (Gattinoni et al., 2006; Morgan et al., 2006).

Otro aspecto de la presente invención incluye el uso de los péptidos formando un complejo con MHC para generar un receptor de linfocito T cuyo ácido nucleico se clona y se introduce en una célula hospedadora, preferiblemente un linfocito T. Ese linfocito T modificado se puede entonces transferir a un paciente como tratamiento contra el cáncer.

Cualquier molécula de la invención, ya sea péptido, ácido nucleico, anticuerpo, vector de expresión, célula, linfocito T activado, receptor de linfocito T o el ácido nucleico que lo codifique es útil para el tratamiento de trastornos caracterizados por células que eluden la respuesta inmunitaria. Por consiguiente, cualquier molécula de la presente invención puede ser utilizada como medicamento o en la fabricación de un medicamento. La molécula puede ser utilizada sola o combinada con otra molécula o moléculas de la invención o con cualquier o cualesquier moléculas conocidas.

La presente invención también proporciona un medicamento que es útil para el tratamiento del cáncer, en particular del cáncer de ovario y de otras neoplasias malignas.

La presente invención también contempla un equipo que comprende:

(a) un envase con una composición farmacéutica como la descrita más arriba, en forma de solución o liofilizada; (b) opcionalmente, un segundo envase que contiene un diluyente o solución de reconstitución para la formulación liofilizada; y

(c) opcionalmente, al menos un péptido más seleccionado del grupo consistente en las SEQ ID n.° 1 a 10, y 12 a 640, y

(d) opcionalmente, (I) instrucciones de uso de la solución o (II) de la reconstitución y/o uso de la formulación liofilizada.

El equipo puede comprender, además, uno o más de los siguientes componentes: (III) un tampón, (IV) un diluyente, (V) un filtro, (VI) una aguja, o (V) una jeringa. El envase es preferiblemente un frasco, un vial, una jeringa o un tubo de ensayo; puede ser un envase multiusos. Se prefiere que la composición farmacéutica esté liofilizada.

Los equipos de la presente invención comprenden, preferiblemente, una formulación liofilizada de la presente invención en un envase adecuado e instrucciones para su reconstitución y/o uso. Los envases adecuados incluyen, por ejemplo, frascos, viales (p. ej., viales con doble cámara), jeringas (como jeringas con doble cámara) y tubos de ensayo. El envase puede estar formado por materiales diversos como vidrio o plástico. Preferiblemente el kit y/o envase contienen o van acompañados de instrucciones de reconstitución y/o uso. Por ejemplo, el prospecto puede indicar que la formulación liofilizada debe reconstituirse para obtener ciertas concentraciones de péptidos como las descritas en páginas precedentes. La etiqueta puede indicar, además, que la formulación puede administrarse o está destinada a la administración subcutánea.

El envase que contiene la formulación puede ser un vial multiuso que permita varias administraciones (p. ej., de 2 a 6 administraciones) de la formulación reconstituida. El equipo puede comprender, además, un segundo envase que contenga un diluyente adecuado (p. ej., una solución de bicarbonato sódico).

Después de mezclar el diluyente y la formulación liofilizada, la concentración final del péptido en la formulación reconstituida es preferiblemente como mínimo de 0,15 mg/ml/péptido (=75 |jg) y preferiblemente como máximo de 3 mg/ml/péptido (=1500 jg ). El equipo puede incluir además otros materiales deseables desde el punto de vista comercial y del usuario, tales como otros tampones, diluyentes, filtros, agujas, jeringas y prospectos con instrucciones de uso.

Los equipos de la presente invención pueden tener un solo envase que contenga la formulación de las composiciones farmacéuticas acordes con la presente invención, acompañado o no de otros componentes (p. ej., otros compuestos o composiciones farmacéuticas de estos otros compuestos) o pueden contar con un envase distinto para cada componente.

Preferiblemente, los equipos de la invención incluyen una formulación de la invención acondicionada para ser utilizada y administrada conjuntamente con un segundo compuesto (como adyuvantes (p. ej., GM-CSF), un agente de quimioterapia, un producto natural, una hormona o un antagonista, un inhibidor o agente anti-angiogenia, un inductor de la apoptosis o un quelante) o una composición farmacéutica de los mismos. Los componentes del equipo pueden estar preagrupados o cada componente puede estar en un envase separado antes de la administración al paciente. Los componentes del equipo pueden proporcionarse en una o varias soluciones líquidas, preferiblemente en una solución acuosa y, con mayor preferencia, en una solución acuosa estéril. Los componentes del equipo también pueden facilitarse en forma de sólidos, y pueden convertirse en líquidos añadiendo los disolventes adecuados, que preferiblemente se proporcionan en otro envase distinto.

El envase de un equipo terapéutico puede ser un vial, tubo de ensayo, matraz, frasco, jeringa, o cualquier otro medio para contener un sólido o líquido. Si hay más de un componente, normalmente el equipo contendrá un segundo vial u otro envase para permitir la dosificación por separado. El equipo también puede contener otro envase para un líquido farmacéuticamente aceptable. Preferiblemente el equipo terapéutico contendrá un aparato (p. ej., una o varias agujas, jeringas, cuentagotas, pipeta, etc.) para permitir la administración de los agentes de la invención que son componentes del presente equipo.

La presente formulación puede ser toda aquella que sea adecuada para la administración de los péptidos a través de cualquier vía aceptable como la oral (enteral), nasal, oftálmica, subcutánea, intradérmica, intramuscular, intravenosa o transdérmica. Se prefiere la administración subcutánea y, con mayor preferencia, la intradérmica tal vez a través de una bomba de infusión.

Puesto que los péptidos de la invención se aislaron del cáncer de ovario, el medicamento de la invención se usa preferentemente para tratar ese tipo de cáncer.

A continuación se describirá la presente invención con los ejemplos siguientes con alusión a las figuras adjuntas que describen las formas de realización preferidas de los mismos, sin que con ello se pretenda limitar la invención.

FIGURAS

Las Figuras 1A hasta 1AE muestran la sobrepresentación de varios péptidos en tejidos normales (barras blancas) y de cáncer de ovario (barras negras). Figura 1A): Símbolo de gen: ClSR2; Péptido: VLVSDGVh Sv (SEQ ID N.°: 6); tejidos de izquierda a derecha: 1 tejido adiposo, 3 glándulas suprarrenales, 6 arterias, 5 médulas óseas, 7 cerebros, 3 mamas, 1 nervio central, l3 colones, 1 duodeno, 8 esófagos, 2 vesículas biliares, 5 corazones, 16 riñones, 2 ganglios linfáticos, 21 hígados, 46 pulmones, 1 metástasis ganglionar, 4 muestras de leucocitos, 7 páncreas, 4 nervios periféricos, 1 peritoneo, 3 hipófisis, 2 placentas, 3 pleuras, 3 próstatas, 6 rectos, 7 glándulas salivales, 3 músculos esqueléticos, 5 pieles, 2 intestinos delgados, 4 bazos, 7 estómagos, 4 testículos, 3 timos, 4 glándulas tiroides, 7 tráqueas, 3 uréteres, 6 vejigas urinarias, 2 úteros, 2 venas, 3 ovarios, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido ha sido detectado además en 1/6 cánceres de mama y en 1/2 carcinomas de células de Merkel, 3/17 cánceres de esófago, 3/91 cánceres de pulmón, 10/29 cánceres de cerebro, 1/22 cánceres de riñón y 1/15 cánceres de pulmón microcíticos (no mostrados). Figura 1B) Símbolo de gen: CCNA1, Péptido: SLMEPPAVLLL (SEQ ID N.° 1); tejidos de izquierda a derecha: 1 tejido adiposo, 3 glándulas suprarrenales, 6 arterias, 5 médulas óseas, 7 cerebros, 3 mamas, 1 nervio central, 13 colones, 1 duodeno, 8 esófago, 2 vesículas biliares, 5 corazones, 16 riñones, 2 ganglios linfáticos, 21 hígados, 46 pulmones, 1 metástasis ganglionar, 4 muestras de leucocitos, 7 páncreas, 4 nervios periféricos, 1 peritoneo, 3 hipófisis, 2 placentas, 3 pleuras, 3 próstatas, 6 rectos, 7 glándulas salivales, 3 músculos esqueléticos, 5 pieles, 2 intestinos delgados, 4 bazos, 7 estómagos, 4 testículos, 3 timos, 4 glándulas tiroides, 7 tráqueas, 3 uréteres, 6 vejigas urinarias, 2 úteros, 2 venas, 3 ovarios, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido ha sido detectado además en 1/2 leucemias mieloides agudas, 1/28 cánceres colorrectales, 2/17 cánceres de esófago, 7/91 cánceres de pulmón, 1/29 cánceres de cerebro, 1/22 cánceres de riñón y 2/15 cánceres de pulmón microcíticos (no mostrados). Figura 1C) Símbolo de gen: VTCN1, Péptido: ALLPLSPYL (SEQ ID N.°: 427); tejidos de izquierda a derecha: 1 tejido adiposo, 3 glándulas suprarrenales, 6 arterias, 5 médulas óseas, 7 cerebros, 3 mamas, 1 nervio central, 13 colones, 1 duodeno, 8 esófagos, 2 vesículas biliares, 5 corazones, 16 riñones, 2 ganglios linfáticos, 21 hígados, 46 pulmones, 1 metástasis ganglionar, 4 muestras de leucocitos, 7 páncreas, 4 nervios periféricos, 1 peritoneo, 3 hipófisis, 2 placentas, 3 pleuras, 2 próstatas, 6 rectos, 7 glándulas salivales, 3 músculos esqueléticos, 5 pieles, 2 intestinos delgados, 4 bazos, 7 estómagos, 4 testículos, 3 timos, 4 glándulas tiroides, 7 tráqueas, 3 uréteres, 6 vejigas urinarias, 2 úteros, 2 venas, 3 ovarios, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido ha sido detectado además en 1/43 cánceres de próstata, 3/6 cánceres de mama, 4/16 cánceres de hígado, 1/17 cánceres de esófago, 4/19 cánceres de páncreas, 19/91 cánceres de pulmón, 1/15 cánceres de pulmón microcíticos, 1/4 cánceres de vejiga urinaria y 3/4 cánceres de útero (no mostrados). Figura 1D) Símbolo del gen: AP1B1, Péptido: FLDTLKDLI SEQ ID N.° 514); tejidos de izquierda a derecha: 6 estirpes celulares (1 linfocítica, 1 riñón, 1 pancreática, 2 PBMC, K562-A2), 4 tejidos normales (2 médulas óseas, 2 bazos), 49 tejidos cancerosos (1 cáncer de mama, 3 cánceres de colon, 2 cánceres de esófago, 1 cáncer de la vesícula biliar, 2 leucemias, 3 cánceres de hígado, 21 cánceres de pulmón, 7 cánceres de ovario, 23 cánceres de recto, 1 cáncer de piel, 4 cánceres de estómago, 1 cáncer de testículo, 1 cáncer de la vejiga urinaria). El grupo con tejido normal y las estirpes celulares cancerosas y xenoinjertos analizados fueron los mismos que los utilizados en la Figura 1A-C, y está formado por: 1 tejido adiposo, 3 glándulas suprarrenales, 6 arterias, 5 médulas óseas, 7 cerebros, 3 mamas, 1 nervio central, 13 cólones, 1 duodeno, 8 esófagos, 2 vesículas biliares, 5 corazones, 16 riñones, 2 ganglios linfáticos, 21 hígados, 46 pulmones, 1 metástasis en ganglios linfáticos, 4 muestras de leucocitos, 7 páncreas, 4 nervios periféricos, 1 peritoneo, 3 hipófisis, 2 placentas, 3 pleuras, 3 próstatas, 6 rectos, 7 glándulas salivales, 3 músculos esqueléticos, 5 pieles, 2 intestinos delgados, 4 bazos, 7 estómagos, 4 testículos, 3 timos, 4 glándulas tiroideas, 7 tráqueas, 3 uréteres, 6 vejigas urinarias, 2 úteros, 2 venas, 3 ovarios, 20 OC. El péptido se ha detectado, además, en 2/12 leucemias linfocíticas crónicas, 5/28 cánceres colorrectales, 2/16 cánceres de hígado, 1/2 melanomas, 2/17 cánceres de esófago, 17/91 cánceres de pulmón, 4/46 cánceres de estómago, 4/15 cánceres de pulmón microcíticos y 1/4 cánceres de la vejiga urinaria. Las discrepancias relativas a la lista de tipos de tumores entre la figura 1D y la tabla 4 pueden ser debidas a los criterios de selección más rigurosos aplicados en el caso de la tabla 4 (pueden consultarse los detalles en la tabla 4). La figura 1D enumera todas las muestras con presentación detectable del péptido Y, independientemente de los parámetros de sobrerrepresentación y de la prueba de calidad técnica de la muestra. Figura 1E) Símbolo(s) del(de los) gen(es): CELSR2, Péptido: VL^vS^dGVHSV (SEC. ID N.°: 6). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 4 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 15/34 cánceres de cerebro, 3/18 cánceres de mama, 3/18 cánceres de esófago, 4/12 cánceres de cabeza y cuello, 1/23 cánceres renales, 6/107 cánceres de pulmón, 5/18 cánceres de piel, 5/15 cánceres de la vejiga urinaria, 3/16 cánceres de útero. Figura 1F) Símbolo(s) del(de los) gen(es): SUCO, Péptido: LLLDITPEI (SEC. ID N.°: 143). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 24 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 2/34 cánceres de cerebro, 4/18 cánceres de mama, 2/18 cánceres de esófago, 1/12 cánceres de cabeza y cuello, 2/21 cánceres de hígado, 6/107 cánceres de pulmón, 2/18 cánceres de piel, 1/45 cánceres de estómago, 2/15 cánceres de la vejiga urinaria. Figura 1G) Símbolo(s) del(de los) gen(es): PLAUR, Péptido: RLWEEGEELEL (SEC. ID N.°: 150). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 24 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 4/17 cánceres de la vesícula biliar y colangiocarcinomas, 1/18 cánceres de mama, 1/29 cánceres de colon, 2/18 cánceres de esófago, 1/12 cánceres de cabeza y cuello, 10/107 cánceres de pulmón, 2/18 cánceres de piel, 1/16 cánceres de útero. Figura 1H) Símbolo(s) del(de los) gen(es): HEATR2, Péptido: SLNDEVPEV (SEC. ID N.°: 157). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 24 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 1/17 colangiocarcinomas, 5/34 cánceres de cerebro, 1/18 cánceres de mama, 1/29 cánceres de colon, 2/18 cánceres de esófago, 1/12 cánceres de cabeza y cuello, 2/23 cánceres renales, 1/21 cánceres de hígado, 4/107 cánceres de pulmón, 2/20 cánceres de los ganglios linfáticos, 1/18 cánceres de piel, 1/15 cánceres de la vejiga urinaria, 1/16 cánceres de útero. Figura 1I) Símbolo(s) del(de los) gen(es): VTCN1, Péptido: ALLPLSPYL (SEC. ID N.°: 427). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 24 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 7/17 cánceres de la vesícula biliar y colangiocarcinomas, 9/18 cánceres de mama, 2/18 cánceres de esófago, 1/12 cánceres de cabeza y cuello, 7/21 cánceres de hígado, 22/107 cánceres de pulmón, 4/19 cánceres de páncreas, 4/87 cánceres de próstata, 2/15 cánceres de la vejiga urinaria, 11/16 cánceres de útero. Figura 1J) Símbolo(s) del(de los) gen(es): DDX11, DDX12P, LOC642846, Péptido: GLLRDEALAEV (SEC. ID N.°: 444). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 24 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 2/18 cánceres de mama, 3/29 cánceres de colon o de recto, 1/18 cánceres de esófago, 1/12 cánceres de cabeza y cuello, 1/23 cánceres renales, 2/17 leucemias leucocíticas, 9/107 cánceres de pulmón, 6/20 cánceres de los ganglios linfáticos, 1/18 cáncer de células mieloides, 2/18 cánceres de piel, 2/15 cánceres de la vejiga urinaria, 1/16 cánceres de útero. Figura 1K) Símbolo(s) del(de los) gen(es): KD^m1^b, Péptido: KLAEGLDIQL (S^eC. ID N.°: 449). Tejidos de izquierda a derecha: 6 tejidos adiposos, 8 glándulas suprarrenales, 24 células sanguíneas, 15 vasos sanguíneos, 10 médulas óseas, 13 cerebros, 7 mamas, 9 esófagos, 2 ojos, 3 vesículas biliares, 16 corazones, 17 riñones, 25 intestinos gruesos, 24 hígados, 49 pulmones, 7 ganglios linfáticos, 12 nervios, 3 ovarios, 13 páncreas, 6 glándulas paratiroideas, 1 peritoneo, 6 hipófisis, 7 placentas, 1 pleura, 4 próstatas, 7 glándulas salivales, 9 músculos esqueléticos, 11 pieles, 9 intestinos delgados, 12 bazos, 8 estómagos, 5 testículos, 3 timos, 5 glándulas tiroideas, 16 tráqueas, 7 uréteres, 8 vejigas urinarias, 6 úteros, 20 muestras de cáncer de ovario. El péptido se ha encontrado también en 3/29 cánceres de colon o de recto, 6/107 cánceres de pulmón, 1/20 cánceres de los ganglios linfáticos. Figura 1L) Símbolo(s) del(de los) gen(es): CCNA1, Péptido: SLm Ep PAVLLL (SEC. ID N.°: 1). Tejidos de izquierda a derecha: 1 estirpe celular cancerosa, 1 tejido normal (1 ganglio linfático), 45 tejidos cancerosos (3 cánceres de médula ósea, 1 cáncer de cerebro, 1 cáncer de mama, 2 cánceres de esófago, 1 cáncer de cabeza y cuello, 1 cáncer renal, 3 leucemias leucocíticas, 12 cánceres de pulmón, 1 cáncer de células mieloides, 11 cánceres de ovario, 2 cánceres de la vejiga urinaria, 7 cánceres de útero. El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1M) Símbolo(s) del(de los) gen(es): CT45A5, LOC101060208, CT45A3, CT45A1, LOC101060211, CT45A6, CT45A4, LOC101060210, CT45A2, Péptido: KIFEMLEGV (SEC. ID N.°: 11). Tejidos de izquierda a derecha: 3 tejidos normales (1 cerebro, 1 pulmón, 1 uréter), 21 tejidos cancerosos (1 colangiocarcinoma, 1 cáncer de esófago, 1 cáncer de hígado, 10 cánceres de pulmón, 1 cáncer de los ganglios linfáticos, 5 cánceres de ovario, 2 cánceres de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1N) Símbolo(s) del(de los) gen(es): FGFR1OP, Péptido: KLDDLTQDLTV (SEC. ID N.°: 32). Tejidos de izquierda a derecha: 1 estirpe celular, 1 tejido normal (1 hígado), 29 tejidos cancerosos (2 colangiocarcinomas, 1 cáncer de esófago, 2 cánceres de cabeza y cuello, 4 cánceres de hígado, 4 cánceres de pulmón, 3 cánceres de los ganglios linfáticos, 8 cánceres de ovario, 1 cáncer de próstata, 1 cáncer de recto, 2 cánceres de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 10) Símbolo(s) del(de los) gen(es): TSEN15, Péptido: FLLEDDIHVS (SEC. ID N.°: 38). Tejidos de izquierda a derecha: 1 cultivo primario, 1 tejido normal (1 tráquea), 28 tejidos cancerosos (2 cánceres de mama, 1 cáncer de cabeza y cuello, 4 leucemias leucocíticas, 5 cánceres de pulmón, 6 cánceres de los ganglios linfáticos, 1 cáncer de células mieloides, 2 cánceres de ovario, 1 cáncer de recto, 3 cánceres de piel, 2 cánceres de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1P) Símbolo(s) del(de los) gen(es): ZNF527, ZNF829, ZNF383, ZNF850, ZNF583, Péptido: SLLEQGKEPWMV (SEC. ID N.°: 54). Tejidos de izquierda a derecha: 1 estirpe celular, 18 tejidos cancerosos (2 cánceres de cerebro, 1 cáncer de mama, 1 cáncer de la vesícula biliar, 1 leucemia leucocítica, 2 cánceres de hígado, 7 cánceres de pulmón, 1 cáncer de los ganglios linfáticos, 2 cánceres de ovario, 1 cáncer de la vejiga urinaria). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1Q) Símbolo(s) del(de los) gen(es): c A m SAP1, Péptido: TLAELQPPVQL (SEC. ID N.°: 57). Tejidos de izquierda a derecha: 4 estirpes celulares y cultivos primarios, 32 tejidos cancerosos (1 colangiocarcinoma, 1 cáncer de cerebro, 2 cánceres de esófago, 3 cánceres de cabeza y cuello, 2 leucemias leucocíticas, 1 cáncer de hígado, 9 cánceres de pulmón, 4 cánceres de los ganglios linfáticos, 5 cánceres de ovario, 2 cánceres de piel, 1 cáncer de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1R) Símbolo(s) del(de los) gen(es): STK38L, Péptido: ILVEADGAWVV (SEC. ID N.°: 77). Tejidos de izquierda a derecha: 4 estirpes celulares, 19 tejidos cancerosos (1 cáncer de cerebro, 2 cánceres de mama, 1 cáncer de colon, 1 leucemia leucocítica, 4 cánceres de pulmón, 3 cánceres de los ganglios linfáticos, 3 cánceres de ovario, 1 cáncer de próstata, 1 cáncer de piel, 1 cáncer de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1S) Símbolo(s) del(de los) gen(es): PIGA, Péptido: ALNPEIVSV (SEC. ID N.°: 148). Tejidos de izquierda a derecha: 3 estirpes celulares, 20 tejidos cancerosos (1 cáncer de esófago, 2 cánceres de cabeza y cuello, 1 leucemia leucocítica, 5 cánceres de pulmón, 3 cánceres de los ganglios linfáticos, 2 cánceres de ovario, 2 cánceres de piel, 4 cánceres de la vejiga urinaria). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1T) Símbolo(s) del(de los) gen(es): NPL0C4, Péptido: YLNHLEPPV (SEC. ID N.°: 166). Tejidos de izquierda a derecha: 2 estirpes celulares, 20 tejidos cancerosos (3 cánceres de cerebro, 1 cáncer de mama, 1 cáncer de esófago, 3 leucemias leucocíticas, 2 cánceres de hígado, 4 cánceres de pulmón, 2 cánceres de los ganglios linfáticos, 1 cáncer de células mieloides, 3 cánceres de ovario). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1U) Símbolo(s) del(de los) gen(es): RNF213, Péptido: YLMDINGKMWL (SEC. ID N.°: 184). Tejidos de izquierda a derecha: 1 estirpe celular, 19 tejidos cancerosos (1 cáncer de mama, 1 cáncer de la vesícula biliar, 1 leucemia leucocítica, 6 cánceres de pulmón, 2 cánceres de los ganglios linfáticos, 5 cánceres de ovario, 2 cánceres de piel, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1V) Símbolo(s) del(de los) gen(es): SKIL, Péptido: KTINKVPTV (SEC. ID N.°: 198). Tejidos de izquierda a derecha: 2 estirpes celulares y cultivos primarios, 1 tejido normal (1 pulmón), 36 tejidos cancerosos (3 cánceres de cerebro, 2 cánceres de mama, 2 cánceres de colon, 1 cáncer de cabeza y cuello, 1 cáncer de hígado, 14 cánceres de pulmón, 1 cáncer de los ganglios linfáticos, 8 cánceres de ovario, 1 cáncer de recto, 2 cánceres de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1W) Símbolo(s) del(de los) gen(es): SEC24C, Péptido: FLFPNQYVDV (SEC. ID N.°: 248). Tejidos de izquierda a derecha: 3 estirpes celulares y cultivos primarios, 1 tejido normal (1 bazo), 24 tejidos cancerosos (1 colangiocarcinoma, 2 cánceres de mama, 2 leucemias leucocíticas, 1 cáncer de hígado, 9 cánceres de pulmón, 2 cánceres de los ganglios linfáticos, 3 cánceres de ovario, 1 cáncer de próstata, 2 cánceres de piel, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1X) Símbolo(s) del(de los) gen(es): PDIK1L, STK35, Péptido: ALLENPKMEL (SEC. ID N.°: 441). Tejidos de izquierda a derecha: 5 estirpes celulares y cultivos primarios, 1 tejido normal (1 glándula suprarrenal), 26 tejidos cancerosos (1 cáncer de mama, 1 cáncer de colon, 1 cáncer de esófago, 1 cáncer de cabeza y cuello, 2 cánceres de hígado, 10 cánceres de pulmón, 5 cánceres de ovario, 1 cáncer de próstata, 1 cáncer de recto, 2 cánceres de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1Y) Símbolo(s) del(de los) gen(es): EMC10, Péptido: SLVESHLSDQLTL (s Ec . ID N.°: 463). Tejidos de izquierda a derecha: 1 cultivo primario, 32 tejidos cancerosos (1 colangiocarcinoma, 2 cánceres de cerebro, 2 cánceres de mama, 2 cánceres de cabeza y cuello, 3 leucemias leucocíticas, 1 cáncer de hígado, 8 cánceres de pulmón, 3 cánceres de los ganglios linfáticos, 5 cánceres de ovario, 2 cánceres de piel, 2 cánceres de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1Z) Símbolo(s) del(de los) gen(es): ZYG11A, Péptido: VLIANLEKL (SEC. ID N.°: 466). Tejidos de izquierda a derecha: 5 estirpes celulares, 17 tejidos cancerosos (3 cánceres de mama, 2 cánceres de esófago, 1 cáncer de hígado, 2 cánceres de pulmón, 5 cánceres de los ganglios linfáticos, 3 cánceres de ovario, 1 cáncer de la vejiga urinaria). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1AA) Símbolo(s) del(de los) gen(es): CEP192, Péptido: SLFGNSGILENV (SEC. ID N.°: 479). Tejidos de izquierda a derecha: 7 estirpes celulares, 1 tejido normal (1 bazo), 33 tejidos cancerosos (1 cáncer de mama, 1 cáncer de colon, 1 cáncer de esófago, 1 cáncer de cabeza y cuello, 1 leucemia leucocítica, 3 cánceres de hígado, 10 cánceres de pulmón, 1 cáncer de los ganglios linfáticos, 1 cáncer de células mieloides, 7 cánceres de ovario, 2 cánceres de piel, 3 cánceres de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K. Figura 1AB) Símbolo(s) del(de los) gen(es): CCNA1, Péptido: SLSEIVPCL (SEC. ID N.°: 512). Tejidos de izquierda a derecha: 9 tejidos cancerosos (1 cáncer de cabeza y cuello, 2 cánceres de pulmón, 1 cáncer de células mieloides, 3 cánceres de ovario, 2 cánceres de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1AC) Símbolo(s) del(de los) gen(es): GNB1, Péptido: ALWDIETGQQTTT (SEC. ID N.°: 560), Tejidos de izquierda a derecha: 5 estirpes celulares y cultivos primarios, 26 tejidos cancerosos (1 cáncer de cerebro, 1 cáncer de esófago, 1 cáncer de esófago y estómago, 1 cáncer de la vesícula biliar, 2 cánceres de cabeza y cuello, 1 leucemia leucocítica, 1 cáncer de hígado, 5 cánceres de pulmón, 6 cánceres de los ganglios linfáticos, 3 cánceres de ovario, 1 cáncer de próstata, 1 cáncer de piel, 1 cáncer de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1AD) Símbolo(s) del(de los) gen(es): k Lh L14, Péptido: VMNDRLYAI (SEC. ID N.°: 587), Tejidos de izquierda a derecha: 5 tejidos normales (1 páncreas, 3 bazos, 1 glándula tiroidea), 38 tejidos cancerosos (14 leucemias leucocíticas, 10 cánceres de los ganglios linfáticos, 9 cánceres de ovario, 1 cáncer de próstata, 4 cánceres de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1E-K. Figura 1AE) Símbolo(s) del(de los) gen(es): URB1, Péptido: KLLNKIYEA (SEC. ID N.°: 620), Tejidos de izquierda a derecha: 3 estirpes celulares y cultivos primarios, 2 tejidos normales (1 pulmón, 1 útero), 27 tejidos cancerosos (5 cánceres de cerebro, 2 cánceres de mama, 2 cánceres de esófago, 5 cánceres de pulmón, 1 cáncer de los ganglios linfáticos, 1 cáncer de células mieloides, 5 cánceres de ovario, 3 cánceres de próstata, 1 cáncer de recto, 1 cáncer de la vejiga urinaria, 1 cáncer de útero). El grupo con tejido normal analizado fue el mismo que se usó en la Figura 1 E-K.

Las Figuras 2A hasta 2D muestran ejemplos de perfiles de expresión de los genes originalesdados a conocer, que están profusamente sobreexpresados o que se expresan exclusivamente en el cáncer de ovario, en un grupo de tejidos normales (barras blancas) y en 20 muestras de cáncer de ovario (barras negras). Tejidos de izquierda a derecha: 7 arterias, 1 cerebro, 1 corazón, 2 hígados, 2 pulmones, 2 venas, 1 tejido adiposo, 1 glándula suprarrenal, 4 médulas óseas, 1 colon, 2 esófagos, 2 vesículas biliares, 1 riñón, 6 ganglios linfáticos, 1 páncreas, 1 hipófisis, 1 recto, 1 músculo esquelético, 1 piel, 1 intestino delgado, 1 bazo, 1 estómago, 1 timo, 1 glándula tiroidea, 5 tráqueas, 1 vejiga urinaria, 1 mama, 3 ovarios, 3 placentas, 1 próstata, 1 testículos, 1 útero. Figura 2A) CT45A1, CT45A3, CT45A5, CT45A6, CT45A2, RP11-342L5.1, Figura 2B) CLDN16; Figura 2C) ESR1; Figura 2D) IDO1.

En las Figuras 3A hasta F se presentan ejemplos de datos de inmunogenicidad: resultados de citometría de flujo tras la tinción de multímeros específica del péptido. Los linfocitos T CD8+ se sensibilizaron utilizando APC artificiales recubiertas con mAb anti-CD28 y HLA-A*02 formando un complejo con el péptido de SEC. ID N.° 662 (A, recuadro izquierdo), el péptido de SEC. ID N.° 663 (B, recuadro izquierdo), el péptido de SEC. ID N.° 11 (C, recuadro izquierdo), el péptido de SEC. ID N.° 198 (D, recuadro izquierdo), el péptido de SEC. ID N.° 587 (e , recuadro izquierdo) y el péptido de SEC. ID N.° 427 (F, recuadro izquierdo), respectivamente. Después de tres ciclos de estimulación la detección de las células reactivas respecto al péptido se llevó a cabo por tinción de multímeros 2D con A*02/SEC. ID N.° 662 (A), A*02/SEC. ID N.° 663 (B) A*02/SEC. ID N.° 11 (C), A*02/SEC. ID N.° 198 (D), A*02/SEC. ID N.° 587 (E) o A*02/SEC. ID N.° 427 (F). Los recuadros de la derecha (A, B, C, D, E y F) muestran la tinción de control de células estimuladas con complejos irrelevantes de A*02/péptido. Las células viables aisladas fueron seleccionadas atendiendo a la presencia de linfocitos CD8+. Se utilizaron compuertas booleanas para excluir los positivos falsos detectados con multímeros específicos para los diferentes péptidos. Se indican las frecuencias de multímeros específicos en los linfocitos CD8+.

Ejemplos

Ejemplo 1

Identificación y cuantificación de los péptidos asociados a tumor presentados en la superficie celular

Muestras de tejido

Los tejidos tumorales y las estirpes celulares de los pacientes procedían de Asterand (Detroit, EE. UU. y Royston, Herts, Reino Unido); Hospital Universitario de la Val d'Hebron (Barcelona, España); ProteoGenex Inc., (Culver City, CA, EE. UU.); Stanford Cancer Center (Stanford, CA, EE. UU.), Hospital Universitario de Tubinga, Alemania. Los tejidos normales se obtuvieron de Asterand (Detroit, EE. UU. y Royston, Herts, Reino Unido); Bio-Options Inc, California, EE.UU.; BioServe, Beltsville, Maryland, EE. UU.; Capital BioScience Inc, Rockville, Maryland, EE.UU.; Geneticist Inc., Glendale, California, EE. UU.; Hospital Universitario de Ginebra; Hospital Universitario de Heidelberg; Hospital Universitario de Múnich; ProteoGenex Inc., Culver City, California, EE. UU.; Hospital Universitario de Tubinga, Alemania; Universidad de Medicina de la Prefectura de Kioto (KPUM). Los pacientes otorgaron su consentimiento informado por escrito antes de la intervención quirúrgica o la autopsia. Los tejidos se criogenizaron en nitrógeno líquido inmediatamente después de la extirpación y permanecieron a -70°C hasta el aislamiento de los TUMAP.

Aislamiento de los péptidos HLA de las muestras de tejido

Las mezclas de péptidos HLA de las muestras de tejido congeladas instantáneamente se obtuvieron por inmunoprecipitación de tejidos sólidos siguiendo un protocolo ligeramente modificado (Falk et al., Nature 351 (1991): 290-296; Seeger et al., Immunogenetics 49 (1999): 571-576) con el anticuerpo específico de HLA-A*02 BB7.2, el anticuerpo específico de HLA-A, B y C W6/32, sefarosa activada con CNBr, tratamiento con ácido y ultrafiltración.

Análisis por espectrometría de masas

Las mezclas de péptidos HLA se separaron en función de su hidrofobicidad con cromatografía en fase inversa (sistema nanoAcquity UPLC, Waters) y los péptidos eluidos se analizaron con un espectrómetro de masas híbrido LTQ-Orbitrap (ThermoElectron) equipado con una fuente de ESI. Las mezclas de péptidos se cargaron directamente en una columna microcapilar de sílice fundido (75 |jm de d.i. x 250 mm) rellena con material de fase inversa C18 de 1,7 |jm (Waters) aplicando un caudal de 400 nl por minuto. Posteriormente los péptidos se separaron con un gradiente binario de 180 minutos en dos fases con 10% al 33% de B con un caudal de 300 nl por minuto. El gradiente estaba compuesto por solvente A (ácido fórmico al 0,1% en agua) y solvente B (ácido fórmico al 0,1% en acetonitrilo). Para la introducción en la fuente nano-ESI se empleó un capilar de vidrio recubierto de oro (PicoTip, New Objective). Los espectrómetros de masas LTQ-Orbitrap se hicieron funcionar en el modo dependiente de datos con el método TOP5. En resumen, se inició un ciclo de barrido con un barrido completo de alta precisión de masa en el orbitrap (R = 30000), al que siguieron barridos EM/EM también en el orbitrap (R = 7500) con los 5 iones precursores más abundantes y exclusión dinámica de los iones preseleccionados. Los espectros de masas en tándem se interpretaron con SEQUEST y control manual adicional. La secuencia peptídica identificada se confirmó comparando el patrón de fragmentación generado por el péptido natural con el patrón de fragmentación de un péptido de referencia sintético de idéntica secuencia.

La cuantificación relativa de la CL-EM sin marcador se efectuó por recuento iónico, es decir por extracción y análisis de las características de CL-EM ( (Mueller et al., 2007). El método supone que las áreas de señal de CL-Em de un péptido están correlacionadas con su abundancia en la muestra. Las características extraídas se procesaron además con deconvolución del estado de carga y alineamiento del tiempo de retención (Mueller et al., 2008; Sturm et al., 2008). Por último, todas las características CL-EM se cotejaron con los resultados de la identificación de secuencias para combinar los datos cuantitativos de muestras y tejidos diferentes con los perfiles de presentación de péptidos. Los datos cuantitativos se normalizaron en proporción dos tercios de acuerdo con la tendencia central para tener en cuenta la variación entre los duplicados técnicos y biológicos. De ese modo, cada péptido identificado se puede asociar con datos cuantitativos que permiten la cuantificación relativa entre muestras y tejidos. Asimismo, todos los datos cuantitativos adquiridos de los candidatos peptídicos se revisaron manualmente para comprobar la coherencia de los datos y verificar la exactitud del análisis automático. Se calculó un perfil de presentación de cada péptido que mostraba la presentación media de la muestra así como las variaciones de los duplicados. Los perfiles superponen muestras de cáncer de ovario con muestras de tejido normal de referencia. La Figura 1 muestra perfiles de presentación de péptidos sobrepresentados y mostrados aquí a título de ejemplo. Las puntuaciones de presentación de péptidos mostrados a título de ejemplo se exponen en la Tabla 8.

Tabla 8: Puntuaciones de presentación. La tabla enumera péptidos sobrepresentados muchísimo más en los tumores que en el grupo de tejidos normales (+++), sobrepresentados mucho más en los tumores que en el grupo de tejidos normales (++), o sobrepresentados más en los tumores que en el grupo de tejidos normales (+). El conjunto de tejidos normales consistió en: tejido adiposo, glándula suprarrenal, arteria, vena, médula ósea, cerebro, nervio central y periférico, colon, recto, intestino delgado incluido el duodeno, esófago, vesícula biliar, corazón, riñón, hígado, pulmón, ganglio linfático, leucocitos mononucleares, páncreas, peritoneo, hipófisis, pleura, glándula salival, músculo esquelético, bazo, est m im l n l ir i r r r v i rin ri .

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Ejemplo 2

Perfiles de expresión de genes que codifican los péptidos dados a conocer

La sobrepresentación o la presentación específica de un péptido en las células tumorales con respecto a las células normales es suficiente para que sea de utilidad en la inmunoterapia, y algunos péptidos son específicos de tumor aunque la proteína de la que proceden esté presente también en los tejidos normales. Además, la obtención de los perfiles de expresión del ARNm añade otro nivel de seguridad a la selección de las dianas peptídicas para la inmunoterapia. Concretamente para las opciones terapéuticas sujetas a un alto riesgo de seguridad, como los TCR madurados por afinidad, el péptido diana ideal será todo aquel derivado de una proteína que sea exclusiva del tumor y no se halle en los tejidos normales.

Fuentes de ARN y preparación

Las muestras de tejido extirpado fueron facilitadas por diversas instituciones (véase el Ejemplo 1); todos los pacientes otorgaron su consentimiento informado por escrito. Las muestras de tejido tumoral se congelaron rápidamente en nitrógeno líquido inmediatamente después de la operación y se homogeneizaron a mano en un mortero con nitrógeno líquido. El ARN total se preparó a partir de estas muestras con TRI Reagent (Ambion, Darmstadt, Alemania) y después se purificó con RNeasy (QIAGEN, Hilden, Alemania); ambos métodos se efectuaron siguiendo las instrucciones del fabricante.

El ARN total procedente de tejidos humanos sanos destinado a los experimentos RNASeq se obtuvo de: Asterand, Detroit, EE. UU. y Royston, Herts, Reino Unido; ProteoGenex Inc. Culver City, CA, EE. UU.; Geneticist Inc, Glendale, CA, EE. UU.; Istituto Nazionale Tumori "Pascale", Struttura Complessa Biologia Molecolare e Oncogenesi Virale (IRCCS), Nápoles, Italia; Hospital Universitario de Heidelberg, Alemania; BioCat GmbH, Heidelberg, Alemania.

La calidad y la cantidad de las muestras de ARN se valoró con Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, Waldbronn, Alemania) y el RNA 6000 Pico LabChip Kit (Agilent).

Experimentos de RNAseq

El análisis de la expresión génica de las muestras de ARN procedentes de tejidos tumorales y normales se efectuó con secuenciación de nueva generación (RNAseq) en CeGaT (Tübingen, Alemania). En resumen, se prepararon bibliotecas de secuenciación con el kit de reactivos Illumina HiSeq v4 siguiendo el protocolo del fabricante (Illumina Inc, San Diego, CA, EE.UU.), que incluye la fragmentación del ARN, su conversión a ADNc y la adición de adaptadores de secuenciación. Las bibliotecas derivadas de múltiples muestras se mezclaron equimolarmente y se secuenciaron en un secuenciador Illumina HiSeq 2500 siguiendo las instrucciones del fabricante, dando como resultado lecturas desde un solo extremo de 50 bp. Las lecturas procesadas se cartografiaron en el genoma humano (GRCh38) con el software STAR. Los datos de expresión se proporcionan a nivel de transcrito en forma de RPKM (lecturas por kilobase por cada millón de lecturas cartografiadas, generadas con el software Cufflinks) y a nivel de exón (lecturas totales, generadas con el software Bedtools), basada en anotaciones de la base de datos de secuencias Ensembl (Ensembl77). Las lecturas de los exones se normalizaron para la longitud del exón y el tamaño de alineación para obtener los valores en RPKM.

En las Figuras 2A hasta 2D se exponen ejemplos de perfiles de expresión de genes originarios dados a conocer que aparecen muy sobreexpresados o que se expresan exclusivamente en el cáncer de ovario. La Tabla 9 muestra las puntuaciones de expresión de otros genes mostrados a título de ejemplo.

Tabla 9: Puntuaciones de expresión. La tabla enumera péptidos derivados de genes que se sobreexpresan muchísimo más en los tumores que en el grupo de tejidos normales (+++), se sobreexpresan mucho más en los tumores que en el grupo de tejidos normales (++), y se sobreexpresan más en los tumores que en el grupo de tejidos normales (+). El valor inicial de esta puntuación se calculó con las mediciones de los siguientes tejidos normales: tejido adiposo, glándula suprarrenal, arteria, médula ósea, cerebro, colon, esófago, vesículas biliares, corazón, riñón, hígado, pulmón, ganglio linfático, páncreas, hipófisis, recto, músculo esquelético, piel, intestino delgado, bazo, estómago, timo, glándula tir i r v i rin ri v n .

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Ejemplo 3

Inmunogenicidad in vitro de los péptidos presentados por MHC de clase I

A fin de recabar información sobre la inmunogenicidad de los TUMAP dados a conocer, los inventores llevaron a cabo estudios con un ensayo de sensibilización in vitro de linfocitos T basado en estimulaciones reiteradas de linfocitos T CD8+ con células presentadoras de antígeno artificiales (aAPC) cargadas con complejos péptido/MHC y anticuerpo anti-CD28. De este modo los inventores han podido demostrar hasta el momento la inmunogenicidad de 22 TUMAP restringidos a HLA-A*0201 dados a conocer, lo cual demuestra que estos péptidos son epítopos de linfocitos T contra los cuales existen linfocitos T precursores CD8+ en humanos (Tabla 11).

Sensibilización in vitro de linfocitos T CD8+

Para realizar las estimulaciones in vitro con células presentadoras de antígenos artificiales cargadas con el complejo péptido-MHC (pMHC) y el anticuerpo anti-CD28, los inventores aislaron primero los linfocitos T CD8+ de productos de leucoféresis frescos HLA-A*02 mediante la selección positiva con microperlas con CD8 (Miltenyi Biotec, Bergisch-Gladbach, Alemania) procedentes de donantes sanos obtenidas de la Clínica Universitaria de Mannheim, Alemania, tras obtener el consentimiento informado.

Los linfocitos CD8+ o PBMC aislados se incubaron hasta su utilización en medio para linfocitos T (TCM) consistente en RPMI-Glutamax (Invitrogen, Karlsruhe, Alemania) complementado con suero AB humano termoinactivado al 10% (PAN-Biotech, Aidenbach, Alemania), penicilina 100 U/ml / estreptomicina 100 |jg/ml (Cambrex, Colonia, Alemania), piruvato sódico 1 mM (CC Pro, Oberdorla, Alemania), gentamicina 20 jg/m l (Cambrex). En este paso al medio TCM también se le añadieron IL-7 2,5 ng/ml (PromoCell, Heidelberg, Alemania) e IL-2 10 U/ml (Novartis Pharma, Núremberg, Alemania).

La fabricación de las microperlas tapizadas con pMHC/anti-CD28, la estimulaciones de los linfocitos T y la lectura se llevaron a cabo en un sistema in vitro muy definido con cuatro moléculas pMHC distintas en cada condición de estimulación y 8 moléculas pMHC distintas en cada condición de lectura.

El anticuerpo coestimulador purificado Ab 9.3, una IgG2a de ratón anti-CD28 humano (Jung et al., 1987) se biotiniló químicamente con sulfo-N-hidroxisuccinimidobiotina siguiendo las recomendaciones del fabricante (Perbio, Bonn, Alemania). Las microperlas utilizadas consistían en partículas de poliestireno de 5,6 jm de diámetro recubiertas de estreptavidina (Bangs Laboratories, Illinois, EE.UU.).

Los pMHC usados en las estimulaciones de control positivo y negativo fueron A*0201/MLA-001 (péptido ELAGIGILTV (SEQ ID N.° 664) de Melan-A modificado/MART-1) y A*0201/DDX5-001 (YLLPAIVHI de DDX5, SEQ ID N.° 665), respectivamente.

Placas de 96 pocillos se tapizaron con 800.000 microperlas / 200 j l en presencia de 4 x 12,5 ng de diferentes pMHC biotinilados, se lavaron y después se les añadió 600 ng de anti-CD28 biotinilado en un volumen de 200 j l . Las estimulaciones se iniciaron en placas de 96 pocillos en las que se incubaron simultáneamente 1x106 linfocitos T CD8+ con 2x105 microperlas recubiertas y lavadas en 200 j l de TCM suplementado con IL-12 5 ng/ml (PromoCell) durante 3 días a 37 °C. La mitad del medio se renovó con TCM fresco suplementado con IL-280 U/ml y la incubación continuó otros 4 días a 37 °C. Este ciclo de estimulación se efectuó en total tres veces. Para la lectura de los multímeros pMHC con 8 moléculas pMHC distintas por condición se empleó una estrategia de codificación combinatoria bidimensional según lo descrito en otro lugar (Andersen et al., 2012), con pequeñas modificaciones que comprenden el acoplamiento con 5 fluorocromos distintos. Por último, los análisis de los multímeros se llevaron a cabo tiñendo las células con el colorante vital Live/dead® del IR cercano (Invitrogen, Karlsruhe, Alemania), con anticuerpo anti-CD8-FITC clon SK1 (BD, Heidelberg, Alemania) y multímeros pMHC fluorescentes. Para el análisis se equipó un citómetro BD LSRII SORP con los filtros y láseres adecuados. Las células específicas de péptido se calcularon en forma de porcentaje respecto al total de linfocitos T CD8+. La evaluación del análisis multimérico se efectuó con el software FlowJo (Tree Star, Oregón, EE. UU.). La sensibilización in vitro de los linfocitos CD8+ multímero+ específicos se detectó comparando los resultados con las estimulaciones del control negativo. La inmunogenicidad para un antígeno dado quedaba confirmada si al menos un pocilio estimulado in vitro y evaluable de un donante sano contenía una línea de linfocitos T CD8+ específica después de la estimulación in vitro (esto es, el pocillo contenía al menos un 1% de multímero+ específico entre los linfocitos T CD8+ y el porcentaje de células multímero+ específicas era al menos 10x de la mediana de las estimulaciones del control negativo).

Inmunogenicidad in vitro de péptidos del cáncer de ovario

En el caso de los péptidos de HLA de clase I analizados, la inmunogenicidad in vitro se puede demostrar con la generación de líneas de linfocitos T específicos de ese péptido. En la Figura 3 se muestran a título de ejemplo los resultados de la citometría de flujo de dos péptidos dados a conocer tras la tinción de multímeros específicos de TUMAP junto con la de los controles negativos correspondientes. Los resultados de seis péptidos dados a conocer se resumen en la Tabla 10A y B.

Tabla 10A: Inmunogenicidad in vitro de los péptidos HLA de clase I dados a conocer. Resultados a título de ejemplo de los experimentos de inmunogenicidad in vitro llevados a cabo por el solicitante de los péptidos dados a conocer. <20 % = 20 % - 49 % = + 50 % - 69 %= ++ >= 70 % = +++

Tabla 10B: Inmunogenicidad in vitro de los péptidos HLA adicionales de clase I dados a conocer. Resultados a título de ejemplo de los experimentos de inmunogenicidad in vitro llevados a cabo por el solicitante de los péptidos dados a conocer. Se indican los resultados de los experimentos de inmunogenicidad in vitro. El porcentaje de pocillos positivos y de donantes (entre los evaluables) se resumen como se indica <20 % = ; 20 % - 49 % = +; 50 % - 69 %= ++; >= 70 % = +++

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Ejemplo 4

Síntesis de péptidos

Todos los péptidos se sintetizaron mediante síntesis en fase sólida estándar con el contrastado método de Fmoc. La identidad y la pureza de cada péptido se determinaron con espectrometría de masas y RP-HPLC analítica. Se obtuvieron los péptidos en forma de liofilizados blancos o blancuzcos (sal de trifluoroacetato) con una pureza superior al 50%. Todos los TUMAP se administraron preferiblemente como sales de trifluoroacetato o de acetato, aunque también es factible con otros tipos de sales.

Ejemplo 5

Ensayos de unión a MHC

Los péptidos candidatos para los tratamientos basados en linfocitos T dados a conocer se analizaron también para comprobar su capacidad de unión a MHC (afinidad). Los complejos individuales de péptido-MHC se produjeron mediante intercambio de UV-ligando, un proceso en el que un péptido sensible a la luz UV se escinde tras ser irradiado con luz UV, y se intercambia con el péptido de interés según el análisis. Sólo los péptidos candidatos que pueden unirse de forma eficaz y estabilizar las moléculas de péptido-MHC receptor impiden la disociación de los complejos de MHC. Para determinar el rendimiento de la reacción de intercambio se llevó a cabo una prueba de ELISA basada en la detección de la cadena ligera (p2m) de los complejos MHC estabilizados. La prueba se realizó como se describe de forma general en Rodenko et al. (Rodenko et al., 2006).

Se recubrieron placas MAXISorp de 96 pocillos (NUNC) durante toda la noche con 2 ug/ml de estreptavidina en PBS a temperatura ambiente, se lavaron 4x y se bloquearon durante 1 h a 37 °C en tampón de bloqueo con BSA al 2%. Los monómeros de HLA-A*02:01/MLA-001 replegados sirvieron como patrones, y cubrían un intervalo de 15-500 ng/ml. Los monómeros de péptido-MHC de la reacción de intercambio con UV se diluyeron 100 veces en tampón de bloqueo. Las muestras se incubaron durante 1 h a 37 °C, se lavaron cuatro veces, se incubaron con 2 ug/ml de HRP conjugada con anti-p2m durante 1 h at 37 °C, se lavaron de nuevo y se detectaron con solución de TMB que contenía NH2SO4 para parar la reacción. La absorción se midió a 450 nm. Los péptidos candidatos que presentan un elevado rendimiento de intercambio (preferiblemente superior al 50%, lo más preferible: superior al 75%) son generalmente preferidos para la generación y producción de anticuerpos o fragmentos de los mismos, y/o receptores de linfocitos T o fragmentos de los mismos, ya que presentan suficiente afinidad por las moléculas de MHC e impiden la disociación de los complejos de MHC.

Tabla 11: Puntuaciones de unión a MHC de clase I. La unión de péptidos restringidos a HLA de clase I a HLA-A*02:01 se clasifi > = > = + > = ++ > = +++.

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Ejemplo 6

Cuantificación absoluta de péptidos asociados a tumores presentes en la superficie celular

La generación de moléculas de unión tales como anticuerpos y/o TCR es un proceso laborioso que solo puede llevarse a cabo con algunas dianas selectas. En el caso de los péptidos asociados a tumores, o específicos de los mismos, los criterios de selección incluyen, sin limitación, la exclusividad de la presentación y la densidad del péptido presentado en la superficie celular. Además del aislamiento y la cuantificación relativa de los péptidos descritos en el EJEMPLO 1, los inventores analizaron también el número absoluto de copias de los péptidos por célula como se describe en la solicitud de patente PCT/EP2015/79873. La cuantificación de las copias de TUMAP por célula en muestras de tumores sólidos requiere la cuantificación absoluta de los TUMAP aislados, la medición de la eficacia del aislamiento de TUMAP, y el recuento de células en la muestra de tejido analizada. A continuación se describen las etapas experimentales.

Cuantificación de los péptidos por nano-CL-EM/EM

Para llevar a cabo una cuantificación precisa de los péptidos por espectrometría de masas se generó una curva de calibración para cada péptido utilizando el método con patrón interno. El patrón interno es una variante, marcada con dos isótopos, de cada péptido, es decir: se incluyeron dos aminoácidos marcados con isótopos en la síntesis de los TUMAP. La diferencia con el péptido asociado al tumor reside solo en su masa, sin que haya diferencias en otras propiedades fisicoquímicas (Anderson et al., 2012). Se hicieron adiciones del patrón interno a cada muestra de EM y todas las señales de EM se normalizaron para tener en cuenta la señal de EM del patrón interno y contrarrestar posibles variaciones técnicas entre los experimentos de EM.

Las curvas de calibración se prepararon en un mínimo de tres matrices distintas, a saber: las muestras eluidas de HLA-péptido procedentes de muestras naturales similares a las muestras habituales de EM, y cada preparación se midió en tandas duplicadas de EM. Para la evaluación, se normalizaron las señales de EM para tener en cuenta la señal del patrón interno, y se calculó una curva de calibración mediante regresión logística.

Para la cuantificación de los péptidos asociados a tumores procedentes de las muestras de tejido, las muestras respectivas recibieron también adiciones del patrón interno, se normalizaron las señales de EM para tener en cuenta el patrón interno, y se cuantificaron utilizando la curva de calibración del péptido.

Eficacia del aislamiento de péptido/MHC

Como en cualquier proceso de purificación de proteínas, el aislamiento de proteínas procedentes de las muestras de tejido conlleva una determinada pérdida de la proteína en cuestión. Para determinar la eficacia del aislamiento de TUMAP se generaron complejos péptido/MHC de todos los TUMAP seleccionados para la cuantificación absoluta. Con el fin de discriminar entre los complejos de péptido/MHC naturales y los procedentes de adiciones, se utilizaron versiones de los TUMAP marcadas con un solo isótopo, es decir: se incluyó un aminoácido marcado con isótopo en la síntesis de TUMAP. Estos complejos se añadieron a los lisados de tejido recién preparados, es decir: lo antes posible durante el procedimiento de aislamiento de TUMAP, y después se capturaron como se hace con los complejos péptido/MHC naturales en la purificación posterior por afinidad. Por lo tanto, la medición de la recuperación de los TUMAP con marcador único permite alcanzar conclusiones relativas a la eficacia del aislamiento de los TUMAP individuales naturales.

La eficacia del aislamiento se analizó en unas pocas muestras y resultó comparable entre estas muestras de tejido. En contraposición, la eficacia del aislamiento es distinta entre péptidos individuales. Esto indica que la eficacia del aislamiento, aunque se ha determinado solo en un escaso número de muestras de tejido, puede extrapolarse a la de cualquier otra preparación de tejido. Sin embargo, es necesario analizar cada TUMAP de forma individual, ya que la eficacia del aislamiento no puede extrapolarse de un péptido a los otros.

Determinación del recuento de células en tejido sólido congelado

Con objeto de determinar el recuento de células de las muestras de tejido sometidas a la cuantificación absoluta de péptidos, los inventores utilizaron el análisis del contenido de ADN. Este método es aplicable a una amplia gama de muestras de diversos orígenes y, lo que es más importante, a muestras congeladas (Forsey and Chaudhuri, 2009; Alcoser et al., 2011; Silva et al., 2013). Durante el protocolo de aislamiento de los péptidos se procesa una muestra de tejido hasta obtener un lisado homogéneo, y de este lisado se extrae una pequeña cantidad alícuota. La cantidad alícuota se divide en tres partes, de las que se aísla el ADN (QiaAmp DNA Mini Kit, Qiagen, Hilden, Alemania). El contenido de ADN total de cada tanda de aislamiento de ADN se cuantifica utilizando un ensayo de cuantificación de ADN basado en fluorescencia (Qubit dsDNA HS Assay Kit, Life Technologies, Darmstadt, Alemania) como mínimo por duplicado.

Con el fin de calcular el número de células se generó una curva estándar de ADN a partir de muestras alícuotas de células sanguíneas sanas únicas, con un intervalo de números de células definidos. La curva estándar se utilizó para calcular el contenido total de células a partir del contenido total de ADN de cada aislamiento de ADN. La media del recuento total de células de la muestra de tejido utilizada para el aislamiento del péptido se extrapola teniendo en cuenta el volumen conocido de las partes alícuotas del lisado y el volumen total del lisado.

Copias del péptido por célula

Con los datos de los experimentos mencionados anteriormente los inventores calcularon el número de copias de TUMAP por célula dividiendo la cantidad total de péptido por el recuento total de células de la muestra, seguido por la división por la eficacia del aislamiento. En la Tabla 12 se muestran los números de copias por célula correspondientes a péptidos seleccionados.

Tabla 12: Números absolutos de

péptidos en las muestras tumorales de NSCLC. Las medianas de los números de copias por célula se indican para cada péptido: <100 = ; >=100 = +; >=1000 ++; >=10 000 = +++. Se indican los números de muestras para las que se dis onía de datos evaluables de EM de alta calidad.

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Claims

REIVINDICACIONES

1. Péptido consistente en la secuencia de aminoácidos conforme a la SEQ ID N.° 11 o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.

2. El péptido acorde con la reivindicación 1, en el que dicho péptido incluye enlaces no peptídicos.

3. El péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, en que dicho péptido está fusionado con los aminoácidos N-terminales de la cadena invariable (Ii) asociada al antígeno HLA-DR.

4. Un receptor de linfocito T, preferiblemente un receptor de linfocito T recombinante, soluble o unido a membrana, que es reactivo específicamente con un ligando HLA, en que dicho ligando consiste en la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID N.° 11.

5. Un anticuerpo, en particular un anticuerpo soluble o unido a membrana, que reconoce específicamente el péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2 cuando está unido a una molécula del m Hc .

6. Un ácido nucleico, que codifica un péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 o un TCR acorde con la reivindicación 4, o un anticuerpo acorde con la reivindicación 5, opcionalmente enlazado a una secuencia promotora heteróloga, o un vector de expresión que exprese dicho ácido nucleico.

7. Una célula hospedadora recombinante que comprende el péptido acorde con la reivindicación 1 o 3, o el ácido nucleico o el vector de expresión acorde con la reivindicación 6, en que dicha célula hospedadora es preferiblemente una célula presentadora de antígeno como una célula dendrítica, o en que dicha célula hospedadora es preferentemente un linfocito T o una célula NK.

8. Un método para producir el péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, o para producir el receptor de linfocito T acorde con la reivindicación 4, o un anticuerpo acorde con la reivindicación 5, método que comprende el cultivo de la célula hospedadora acorde con la reivindicación 7 que presenta el péptido acorde con la reivindicación 1 a 3, o que expresa el ácido nucleico o el vector de expresión acorde con la reivindicación 6, y el aislamiento del péptido o del TCR o del anticuerpo a partir de la célula hospedadora o de su medio de cultivo.

9. Un método in vitro para producir linfocitos T activados, método que comprende la puesta en contacto de linfocitos T in vitro con antígeno cargado en moléculas MHC de clase I humanas que se expresan en la superficie de una célula presentadora de antígeno adecuada o en un constructo artificial que emula a una célula presentadora de antígeno durante un período de tiempo suficiente para activar dichos linfocitos T de un modo específico de antígeno, siendo dicho antígeno un péptido acorde con la reivindicación 1.

10. Un linfocito T activado, producido con el método acorde con la reivindicación 9, que reconoce selectivamente una célula que presenta un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos dada en la reivindicación 1.

11. Una composición farmacéutica que comprende al menos un ingrediente activo seleccionado del grupo consistente en el péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, el ácido nucleico o el vector de expresión acordes con la reivindicación 4, la célula acorde con la reivindicación 7, el linfocito T activado acorde con la reivindicación 10 o el anticuerpo acorde con la reivindicación 5 o el receptor de linfocito T acorde con la reivindicación 4, y un vehículo farmacéuticamente aceptable, y opcionalmente, excipientes y/o estabilizantes adicionales que sean farmacéuticamente aceptables.

12. El péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, el ácido nucleico o el vector de expresión acordes con la reivindicación 4, la célula acorde con la reivindicación 7, el linfocito T activado acorde con la reivindicación 10 o el anticuerpo acorde con la reivindicación 5 o el receptor de linfocito T acorde con la reivindicación 4 para el uso en medicina, preferentemente para el uso en el diagnóstico y/o el tratamiento del cáncer, o para el uso en la fabricación de un medicamento contra el cáncer.

13. El péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, el ácido nucleico o el vector de expresión acordes con la reivindicación 4, la célula acorde con la reivindicación 7, el linfocito T activado acorde con la reivindicación 10 o el anticuerpo acorde con la reivindicación 5 o el receptor de linfocito T acorde con la reivindicación 4 para el uso en el diagnóstico y/o el tratamiento del cáncer, o para el uso en la fabricación de un medicamento contra el cáncer acorde con la reivindicación 13, en que dicho cáncer es seleccionado entre el grupo consistente en cáncer de ovario, cáncer de pulmón amicrocítico, cáncer de pulmón microcítico, cáncer de riñón, cáncer de cerebro, cáncer de colon o recto, cáncer de estómago, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de próstata, leucemia, cáncer de mama, carcinoma de células de Merkel, melanoma, cáncer de esófago, cáncer de vejiga urinaria, cáncer de útero, cáncer de vesícula biliar, cáncer de vía biliar y otros tumores que presenten una sobreexpresión de una proteína de la cual derive un péptido acorde con la SEQ ID N.° 11.

14. Un equipo que comprende:

a) Un envase que comprende una composición farmacéutica que contiene el péptido acorde con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, el ácido nucleico o el vector de expresión acorde con la reivindicación 4, la célula acorde con la reivindicación 7, el linfocito T activado acorde con la reivindicación 10 o el anticuerpo acorde con la reivindicación 5 o el receptor de linfocito T acorde con la reivindicación 4, en solución o en forma liofilizada; b) opcionalmente, un segundo envase que contiene un diluyente o solución de reconstitución para la formulación liofilizada;

c) opcionalmente, al menos un péptido más seleccionado del grupo consistente en las SEQ ID N.° 1 a 10, y 12 a 640, y

d) opcionalmente, instrucciones de (I) uso de la solución o (II) de la reconstitución y/o uso de la formulación liofilizada, y

e) opcionalmente puede comprender, además, uno o más de los siguientes componentes: (III) un tampón, (IV) un diluyente, (V) un filtro, (VI) una aguja, o (V) una jeringa.