ES2614810T3 - Nanoindicadores estables - Google Patents
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Abstract
Una población de sondas de nanoindicador marcadas de forma única, en la que la sonda de nanoindicador comprende: i) una región específica de una diana única; ii) una región que comprende un nanoindicador diseñado, único, en la que dicho nanoindicador comprende una estructura principal de ácido nucleico monocatenario, diseñada de forma única, comprendiendo dicha estructura principal al menos tres regiones de unión al marcador unidas covalentemente entre sí en una combinación lineal única, en la que cada región de unión al marcador de cada estructura principal se selecciona individualmente y es diferente de las otras regiones de unión al marcador de esa misma estructura principal, en la que las regiones de unión al marcador se seleccionan de una población de secuencias polinucleotídicas de diseño racional, en la que la secuencia polinucleotídica se hibrida a una secuencia polinucleotídica complementaria que tiene unidas a la misma una o más moléculas detectables; en la que cada secuencia polinucleotídica complementaria tiene designada una molécula detectable específica; y en la que cada una de dichas regiones de unión al marcador tiene un contenido de G/C del aproximadamente 50 %, y en la que cada una de dichas secuencias polinucleotídicas complementarias tiene una proporción de G/C de al menos 1/1 u, opcionalmente, de aproximadamente 3/2, y en la que cada nanoindicador tiene una señal detectable que lo distingue de otros nanoindicadores de dicha población.
Description
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La invención proporciona nanoindicadores únicos. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento contienen menos del 1 % de repeticiones directas. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento no contienen repeticiones directas. En algunas realizaciones, los nanoindicadores no contienen ninguna repetición directa de 9 nucleótidos o más a lo largo de una secuencia de
1.100 pares de bases de longitud. En algunas realizaciones, los nanoindicadores marcados no contienen ninguna repetición directa de 7 nucleótidos o más a lo largo de ninguna región de 100 pares de bases. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento contienen menos del 1 % de repeticiones directas en cada cadena, en los que las repeticiones directas son de 9 nucleótidos o más a lo largo de una secuencia que 1.100 pares de bases de longitud. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento contienen menos del 1 % de repeticiones directas en cada cadena, en los que las repeticiones directas son de 7 nucleótidos o más a lo largo de cualquier región de 100 pares de bases. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento contienen menos del 85, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10 o 5 % de homología con cualquier otra secuencia usada en las estructuras principales o con cualquier secuencia descrita en la base de datos pública REFSEQ. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento contienen menos del 85 % de homología con cualquier otra secuencia usada en las estructuras principales o con cualquier secuencia descrita en la base de datos pública REFSEQ. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento contienen menos de 20, 16, 15, 10, 9, 7, 5, 3, 2 bases contiguas de homología con cualquier otra secuencia usada en las estructuras principales o con cualquier secuencia descrita en la base de datos pública REFSEQ. En algunas realizaciones, los nanoindicadores descritos en el presente documento no tienen más de 15 bases contiguas de homología y no más del 85 % de identidad a lo largo de toda la longitud del nanoindicador con cualquier otra secuencia usada en las estructuras principales o con cualquier secuencia descrita en la base de datos pública REFSEQ.
En algunas realizaciones, las características de secuencia de las sondas de nanoindicador descritas en el presente documento proporcionan una mejor detección de una molécula diana. Por ejemplo, la unión de las sondas de nanoindicador a moléculas diana que da lugar a la identificación de las moléculas diana se puede realizar mediante la detección de manera individual de la presencia del nanoindicador. Esto se puede realizar mediante el recuento de manera individual de la presencia de una o más de las moléculas nanoindicadoras de una muestra. En algunas realizaciones en las que se usan dichos métodos de recuento, las sondas de nanoindicador descritas en el presente documento permiten un aumento en el número de recuentos. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo de dicho complejo molecular tras la normalización de la muestra es superior a 300, 400, 450, 500, 600, 700, 800, 900 o 1.000 recuentos moleculares. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo de dicho complejo molecular tras la normalización de la muestra es superior a 400 recuentos moleculares. En algunas realizaciones, el porcentaje de recuentos moleculares válidos de las sondas de nanoindicador descritas en el presente documento es superior al aproximadamente 10, 11, 12, 12,5, 14, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80 o 90 %. En algunas realizaciones, el porcentaje de recuentos moleculares válidos de las sondas de nanoindicador descritas en el presente documento es superior al aproximadamente 10 %. En algunas realizaciones, el porcentaje de recuentos moleculares válidos de las sondas de nanoindicador descritas en el presente documento es superior al aproximadamente 12,5 %. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo del nanoindicador descrito en el presente documento tras la normalización de dicha muestra es al menos 2, 3, 5, 6, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 o 100 veces superior al de una sonda de nanoindicador comparable que comprende ADN de M13. Un nanoindicador comparable que comprende ADN de M13 es una nanoindicador que comprende la misma región específica de la diana unida a la estructura principal del ADN de M13. Los ejemplos de sondas de nanoindicador comparables que comprenden ADN de M13 se describen en el apartado de ejemplos. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo del nanoindicador descrito en el presente documento tras la normalización de dicha muestra es al menos 2 veces superior al de un nanoindicador comparable que comprende ADN de M13. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo del nanoindicador descrito en el presente documento tras la normalización de dicha muestra es al menos 6 veces superior al de un nanoindicador comparable que comprende ADN de M13. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo del nanoindicador descrito en el presente documento tras la normalización de dicha muestra es al menos 20 veces superior al de un nanoindicador comparable que comprende ADN de M13. En algunas realizaciones, el número de recuentos moleculares por encima del fondo del nanoindicador descrito en el presente documento tras la normalización de dicha muestra es al menos 100 veces superior al de un nanoindicador comparable que comprende ADN de M13.
Los elementos de un nanoindicador se pueden encontrar en una sola entidad molecular (un nanoindicador "simple")
o en dos entidades moleculares distintas (un nanoindicador "doble"). Cada entidad molecular puede estar compuesta de una molécula o más de una molécula unidas entre sí por medios covalentes o no covalentes. En algunas realizaciones, cada componente de un nanoindicador doble tiene una secuencia específica de la diana que se une a un sitio diferente en la misma molécula diana. Esto permite componentes más pequeños del nanoindicador con cinéticas más eficientes de unión del nanoindicador a la molécula diana y mejores proporciones de señal:ruido como resultado de la mayor especificidad de unión. Cuando se usa un sistema de nanoindicador doble, una de las sondas de nanoindicador puede estar sin marcar. En algunas realizaciones, la sonda de nanoindicador sin marcar puede comprender una región de captura. En algunas realizaciones, la sonda de nanoindicador sin marcar puede comprender una región específica de la diana y una estructura principal que puede ser monocatenaria. En algunas realizaciones, la sonda de nanoindicador sin marcar puede comprender una región específica de la diana y una
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estructura principal que puede ser bicatenaria.
Las secuencias polinucleotídicas complementarias unidas a una estructura principal del nanoindicador sirven para unir moléculas detectables, o monómeros de marcaje, a la estructura principal del nanoindicador. Las secuencias polinucleotídicas complementarias se pueden marcar directamente, por ejemplo, mediante la incorporación covalente de una o más moléculas detectables a la secuencia polinucleotídica complementaria. Como alternativa, las secuencias polinucleotídicas complementarias pueden marcarse indirectamente, tal como mediante la incorporación de biotina u otra molécula capaz de tener una interacción con un ligando específico en la secuencia polinucleotídica complementaria. En dichos casos, el ligando (por ejemplo, la estreptavidina en el caso de la incorporación de biotina a la secuencia polinucleotídica complementaria) se puede unir covalentemente a la molécula detectable. Cuando las moléculas detectables unidas a una región de unión al marcador no se incorporan directamente a la secuencia polinucleotídica complementaria, esta secuencia sirve como un puente entre la molécula detectable y la región de unión al marcador, y se puede denominar molécula puente, por ejemplo, ácido nucleico de puente.
El nanoindicador a base de ácido nucleico y los complejos de nanoindicador-diana de la presente invención comprenden ácidos nucleicos, que se pueden purificar por afinidad o inmovilizar usando un ácido nucleico, tal como un oligonucleótido que sea complementario a la región constante o al nanoindicador o al ácido nucleico diana. Como se ha indicado anteriormente, en algunas realizaciones, los nanoindicadores comprenden al menos una región constante, que puede servir como un marcador de afinidad para la purificación y/o para la inmovilización (por ejemplo, a una superficie sólida). La región constante normalmente comprende dos o más regiones repetidas en tándem de nucleótidos de repetición, tales como una serie de repeticiones de 15 bases. En dichas realizaciones ilustrativas, el nanoindicador, ya esté formando un complejo con una molécula diana o de otra manera, se puede purificar o inmovilizar mediante un reactivo de afinidad recubierto con un oligonucleótido de 15 bases que sea el complemento inverso de la unidad de repetición.
Los nanoindicadores o complejos de nanoindicador-molécula diana se pueden purificar en dos o más etapas de selección por afinidad. Por ejemplo, en una nanoindicador doble, una sonda puede comprender un primer marcador de afinidad y la otra sonda puede comprender un segundo marcador de afinidad (diferente). Las sondas se mezclan con moléculas diana, y los complejos que comprenden las dos sondas del nanoindicador doble se separan de los materiales no unidos (por ejemplo, la diana o las sondas individuales del nanoindicador) mediante purificación por afinidad contra uno o ambos marcadores de afinidad individuales. En la primera etapa, la mezcla se puede unir a un reactivo de afinidad para el primer marcador de afinidad, de modo que solo se purifican las sondas que comprenden el primer marcador de afinidad y los complejos deseados. Los materiales unidos se liberan del primer reactivo de afinidad y, opcionalmente, se unen a un reactivo de afinidad para el segundo marcador de afinidad, lo que permite la separación de los complejos de las sondas que comprenden el primer marcador de afinidad. En este momento, solo se unirían complejos completos. Los complejos se liberan finalmente del reactivo de afinidad para el segundo marcador de afinidad, y luego preferentemente se estiran y se fotografían. El reactivo de afinidad puede ser cualquier superficie sólida recubierta con una pareja de unión para el marcador de afinidad, tal como una columna, una perla (por ejemplo, de látex o perlas magnéticas) o un portaobjetos recubierto con la pareja de unión. La inmovilización y el estiramiento de nanoindicadores usando reactivos de afinidad se describe de manera completa en la solicitud provisional de EE.UU. n.º 60/753.816 por Sean M. Ferree y Dwayne L. Dunaway, titulada "Composiciones que comprenden macromoléculas inmovilizadas, orientadas, y métodos para su preparación", presentada el 23 de diciembre de 2005.
La secuencia de señales proporcionadas por los monómeros marcadores asociados a las diversas regiones de unión al marcador de la estructura principal de un nanoindicador dado permite la identificación única del nanoindicador. Por ejemplo, cuando se usan marcadores fluorescentes, un nanoindicador que tiene una identidad única o una firma espectral única se asocia con una secuencia específica de la diana que reconoce una molécula diana específica o una parte de la misma. Cuando un nanoindicador se expone a una mezcla que contiene la molécula diana en condiciones que permiten la unión de la/s secuencia/s específica/s de la diana del nanoindicador a la molécula diana, la/s secuencia/s específica/s de la diana se une/n preferentemente a la molécula diana. La detección de la señal del nanoindicador, tal como el código espectral de un nanoindicador marcado con fluorescencia, asociada con el nanoindicador permite la detección de la presencia de la molécula diana en la mezcla (análisis cualitativo). El recuento de todos los monómeros marcadores asociados con un código o con una firma espectral dado permite el recuento de todas las moléculas en la mezcla asociada con la secuencia específica de la diana acoplada al nanoindicador (análisis cuantitativo). Los nanoindicadores son, por tanto, útiles para el diagnóstico
o el pronóstico de diferentes estados biológicos (por ejemplo, enfermedad frente a salud) mediante el análisis cuantitativo de los marcadores biológicos conocidos. Por otra parte, la exquisita sensibilidad de detección de moléculas individuales y la cuantificación proporcionada por los nanoindicadores de la invención permite la identificación de nuevos marcadores de diagnóstico y de pronóstico, incluyendo aquellos cuyas fluctuaciones entre los diferentes estados biológicos son demasiado leves para detectar una correlación con un determinado estado biológico usando métodos moleculares tradicionales. La sensibilidad de detección molecular basada en nanoindicadores permite el análisis farmacocinético detallado de agentes terapéuticos y de diagnóstico en muestras biológicas pequeñas.
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Muchos nanoindicadores, denominados nanoindicadores simples, se componen de una entidad molecular. Sin embargo, para aumentar la especificidad de un nanoindicador y/o para mejorar la cinética de su unión a una molécula diana, un nanoindicador puede ser un nanoindicador doble, compuesto de dos entidades moleculares, conteniendo cada una de ellas una secuencia específica de la diana diferente que se une a una región diferente de la misma molécula diana. En un nanoindicador doble, al menos una de las dos entidades moleculares está marcada. La otra entidad molecular no tiene que estar necesariamente marcada. Dichos componentes no marcados de nanoindicadores dobles se pueden usar como sondas de captura (véanse las Figuras 1 y 2) y, opcionalmente, tienen marcadores de afinidad unidos, tal como biotina, que son útiles para inmovilizar y/o estirar el complejo que contiene el nanoindicador doble y la molécula diana para permitir la visualización y/o de formación de imágenes del complejo. Por ejemplo, en algunas realizaciones, se puede usar un nanoindicador doble con un código de nanoindicador en la posición 6, usando un nanoindicador codificado en la posición 6 y una sonda de captura. En algunas realizaciones, se puede usar un nanoindicador doble con un código de nanoindicador en la posición 7, usando un componente nanoindicador en la posición 8 y un componente nanoindicador en una sola posición. En algunas realizaciones, se puede usar un nanoindicador doble con un código de nanoindicador en la posición 6, usando una sonda de captura con un marcador de afinidad y un componente de nanoindicador en la posición 6. En alguna realización, se incluye opcionalmente un marcador de afinidad, y se puede usar para purificar el nanoindicador o inmovilizar el nanoindicador (o complejo de nanoindicador-molécula diana) con el fin de la formación de imágenes.
Debido a sus estructuras modulares, los nanoindicadores se pueden montar y marcar de una variedad de maneras diferentes. Por ejemplo, se puede unir una estructura principal de nanoindicador a una secuencia específica de la diana (por ejemplo, por hibridación y, opcionalmente, ligadura), y unirse la estructura que comprende la estructura principal y la secuencia específica de la diana a una o más secuencias polinucleotídicas complementarias que tengan unida a las mismas, ya sea directa o indirectamente, una molécula detectable. Como alternativa, se puede unir primero la estructura principal del nanoindicador a una o más secuencias polinucleotídicas complementarias, y unirse después la estructura principal a una secuencia específica diana. Por lo tanto, a menos que se indique lo contrario, una descripción o una enumeración de las etapas en el montaje del nanoindicador no implican que haya que seguirse una ruta específica de montaje.
La síntesis de los nanoindicadores se puede realizar mediante cualquier método adecuado conocido en la técnica. Se pueden cultivar plásmidos bicatenarios que porten secuencias de nanoindicador (por ejemplo, secuencias de DV1) en algunas cepas bacterianas en condiciones de temperatura baja (no superior a 34 ºC). Las estructuras principales monocatenarias lineales de los indicadores se pueden fabricar a partir de ADN bicatenario de plásmido usando un protocolo de cuatro etapas, que incluye la linealización con una enzima de restricción, la desfosforilación con una fosfatasa termolábil, la digestión con una segunda enzima de restricción para separar el vector de clonación de la secuencia de la estructura principal , y una digestión con exonucleasa lambda específica de la cadena que deje solo una de las cadenas del fragmento de estructura principal intacta. La Figura 9 muestra un ejemplo de un vector que se puede usar para la síntesis de nanoindicadores.
El montaje y el uso de nanoindicadores se ilustran en el presente documento, en gran parte, a modo de descripción de una variedad de nanoindicadores a base de ácidos nucleicos. A continuación, se presentan realizaciones ilustrativas de nanoindicadores montados parcial y totalmente.
En su forma más simple, la divulgación proporciona una estructura principal de ácido nucleico que tiene una pluralidad (por ejemplo, 3) de las regiones de unión al marcador que son capaces de ser marcadas y resueltas, estando cada una de ellas hecha de una secuencia de nucleótidos de diseño racional. Estas secuencias abarcan una o más, o todas, las características descritas en el presente documento que hacen que el nanoindicador sea más estable. Los ejemplos de moldes de polinucleótidos que se pueden utilizar para generar estas regiones de unión al marcador diseñadas se exponen en las secuencias polinucleotídicas de SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 , 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 y 24. Las regiones de unión al marcador de cada estructura principal individual están dispuestas en un orden lineal única o combinación, haciendo a cada estructura principal individual única en comparación con el resto de estructuras principales de una población. Dado que cada uno de los nanoindicadores individuales de una población está formado por una estructura principal única, cada nanoindicador es igualmente único en comparación con el resto de nanoindicadores de una población. En algunas realizaciones, cada región de unión al marcador es única en comparación con la otra región de unión al marcador de la estructura principal.
En algunas realizaciones, las secuencias de nucleótidos de las regiones de unión al marcador individuales dentro de cada nanoindicador son diferentes de las secuencias de nucleótidos de las otras regiones de unión al marcador de ese nanoindicador, evitando los reordenamientos, tales como la recombinación, la compartición o el cambio de las secuencias polinucleotídicas del marcador, y mejorando así la estabilidad molecular. El número de regiones de unión al marcador que se van a formar en una estructura principal se basa en la longitud y en la naturaleza de la estructura principal, los medios de marcaje del nanoindicador, así como en el tipo de monómeros marcadores que proporcionan una señal que se va a unir a las regiones de unión al marcador de la estructura principal. En algunas realizaciones, la secuencia de nucleótidos complementaria de cada región de unión al marcador recibe una molécula detectable específica.
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El nanoindicador puede estar asociado a una señal detectable de forma única, tal como un código espectral, determinada por la secuencia de señales proporcionada por los monómeros marcadores unidos (por ejemplo, indirectamente) a las regiones de unión al marcador de la estructura principal del nanoindicador, por lo que la detección de la señal permite la identificación del nanoindicador.
El nanoindicador puede comprender además un marcador de afinidad unido a la estructura principal del nanoindicador, de manera que la unión del marcador de afinidad a un soporte permite a la estructura principal el estiramiento y la resolución de las señales proporcionadas por los monómeros marcadores correspondientes a diferentes regiones de unión al marcador de la estructura principal. El estiramiento del nanoindicador puede implicar cualquier medio de estiramiento conocido en la técnica, incluyendo, pero sin limitación, medios que incluyen medios físicos, hidrodinámicos o eléctricos. El marcador de afinidad puede comprender una región constante.
Un nanoindicador de acuerdo con la invención puede incluir además una secuencia específica de la diana acoplada a la estructura principal. La secuencia específica de la diana se selecciona para permitir que el nanoindicador reconozca, se una o se adhiera a una molécula diana. Los nanoindicadores de la invención son adecuados para la identificación de moléculas diana de todos los tipos. Por ejemplo, las secuencias específicas de la diana apropiadas se pueden acoplar a la estructura principal del nanoindicador para permitir la detección de una molécula diana. Preferentemente, la molécula diana es ADN (incluyendo ADNc), ARN (incluyendo ARNm y ARNc), un péptido, un polipéptido o una proteína.
Una realización de la divulgación proporciona una mayor flexibilidad en la detección de la molécula diana con monómeros marcadores. En dicha realización, una nanoindicador doble que comprende dos entidades moleculares diferentes, cada una con una región específica de la diana separada, al menos una de las cuales está marcada, se une a la misma molécula diana. Por lo tanto, las secuencias específicas de la diana de los dos componentes del nanoindicador doble se unen a diferentes partes de una molécula diana seleccionada, por lo que la detección del código espectral asociado con el nanoindicador doble proporciona la detección de la molécula diana seleccionada en una muestra biomolecular en contacto con dicho nanoindicador doble.
La divulgación también proporciona un método de detección de la presencia de una molécula diana específica en una muestra biomolecular, que comprende: (i) poner en contacto dicha muestra con un nanoindicador como se describe en el presente documento (por ejemplo, un nanoindicador simple o doble) en condiciones que permitan la unión de las secuencias específicas de la diana del nanoindicador doble a la molécula diana y (ii) detectar el código espectral asociado con el nanoindicador doble. Dependiendo de la arquitectura del nanoindicador, el nanoindicador doble se puede marcar antes o después de la unión a la molécula diana.
La singularidad de cada sonda de nanoindicador de una población de la sonda permite el análisis multiplexado de una pluralidad de moléculas diana. Por ejemplo, en algunas realizaciones, cada sonda de nanoindicador contiene seis regiones de unión al marcador, donde cada región de unión al marcador de cada estructura principal es diferente de las otras regiones de unión al marcador de la misma estructura principal. Si las regiones de unión al marcador van a ser marcadas con uno de los cuatro colores, y hay 24 posibles secuencias únicas para las regiones de unión al marcador y a cada región de unión al marcador se le asigna un color específico, cada región de unión al marcador de cada estructura principal consistirá en una de cuatro secuencias. Habrá 4.096 nanoindicadores posibles en este ejemplo. El número de posibles nanoindicadores se puede aumentar, por ejemplo, aumentando el número de colores, aumentando el número de secuencias únicas para las regiones de unión al marcador y/o aumentando el número de regiones de unión al marcador por estructura principal. Del mismo modo, el número de posibles nanoindicadores se puede disminuir reduciendo el número de colores, reduciendo el número de secuencias únicas para las regiones de unión al marcador y/o reduciendo el número de regiones de unión al marcador por estructura principal.
En ciertas realizaciones, los métodos de detección se realizan en ensayos multiplexados, mediante los que se detecta una pluralidad de moléculas diana en el mismo ensayo (una única mezcla de reacción). En una realización preferida, el ensayo es un ensayo de hibridación en el que la pluralidad de moléculas diana se detecta simultáneamente. En ciertas realizaciones, la pluralidad de moléculas diana detectada en el mismo ensayo es al menos 2, al menos 5 moléculas diana diferentes, al menos 10 moléculas diana diferentes, al menos 20 moléculas diana diferentes, al menos 50 moléculas diana diferentes, al menos 75 moléculas diana diferentes, al menos 100 moléculas diana diferentes, al menos 200 moléculas diana diferentes, al menos 500 moléculas diana diferentes o al menos 750 moléculas diana diferentes o al menos 1.000 moléculas diana diferentes. En otras realizaciones, la pluralidad de moléculas diana detectada en el mismo ensayo es de hasta 50 moléculas diana diferentes, de hasta 100 moléculas diana diferentes, de hasta 150 moléculas diana diferentes, de hasta 200 moléculas diana diferentes, de hasta 300 moléculas diana diferentes, de hasta 500 moléculas diana diferentes, de hasta 750 moléculas diana diferentes, de hasta 1.000 moléculas diana diferentes, de hasta 2.000 moléculas diana diferentes o de hasta 5.000 moléculas diana diferentes. En otras realizaciones más, la pluralidad de moléculas diana detectada es cualquier intervalo entre los números anteriores de diferentes moléculas diana, tales como, pero sin limitación, de 20 a 50 moléculas diana diferentes, de 50 a 200 moléculas diana diferentes, de 100 a 1.000 moléculas diana diferentes, de 500 a 5.000 moléculas diana diferentes, etcétera.
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En ciertas realizaciones, la invención se dirige a la detección de diferentes formas de corte y empalme del mismo ARN. Las diferentes formas de corte y empalme se pueden detectar usando una pluralidad de sondas de nanoindicador, cada una con una secuencia específica de la diana diferente complementaria a un exón diferente del mismo gen.
Además de las capacidades analíticas cualitativas proporcionadas por los nanoindicadores de la invención y las técnicas analíticas basadas en las mismas, los nanoindicadores de la invención son especialmente adecuados para la realización de análisis cuantitativos. Al proporcionar una unión de uno a uno entre los nanoindicadores (ya sean nanoindicadores simples o dobles) de la invención y sus moléculas diana en una muestra biomolecular, se puede identificar y contar la totalidad o una parte representativa de las moléculas diana presentes en la muestra. Este recuento individual de las diversas especies moleculares proporciona un método preciso y directo para determinar la concentración absoluta o relativa de la molécula diana en la muestra biomolecular. Por otra parte, la capacidad para dirigirse a cada molécula de la mezcla individualmente potencia los beneficios de la miniaturización incluyendo una elevada sensibilidad, requerimientos de cantidades mínimas de muestra, elevadas velocidades de reacción que son permitidas por la cinética en fase de solución en un pequeño volumen, y por último, costes de reactivos muy bajos.
Como se apreciará a partir de la descripción y de los ejemplos proporcionados más adelante, la presente invención proporciona numerosas ventajas. Por ejemplo, la modularidad del complejo al formar los nanoindicadores de acuerdo con la invención permite la creación sistemática de genotecas de nanoindicadores únicos que tienen un grado de diversidad muy elevado (por ejemplo, millones de nanoindicadores reconocibles de manera única). Dicha modularidad permite la flexibilidad en la adaptación de las poblaciones de nanoindicadores a las aplicaciones específicas que, a su vez, proporcionan eficacias de fabricación significativas. Otra ventaja que se apreciará a través de la siguiente descripción proviene de la flexibilidad en el ensamblaje de los nanoindicadores de la invención. Es decir, debido a su estructura modular, los nanoindicadores de la invención se pueden ensamblar antes del envío a un punto de uso o ensamblarse en el punto de uso.
Nanoindicadores dobles
Las Figuras 1 y 2 ilustran ciertas realizaciones que implican nanoindicadores dobles. En algunas realizaciones, cada uno de los dos componentes del nanoindicador se marca, de manera que el código espectral del nanoindicador solo se forma cuando los dos componentes del nanoindicador se juntan tras la unión del nanoindicador doble a su molécula diana. Sin embargo, en un nanoindicador doble, no es necesario que ambos componentes estén marcados. Por ejemplo, como se representa en las Figuras 1 y 2, un componente de un nanoindicador doble se marca con el código de nanoindicador, y el otro componente se une a un marcador de afinidad (flecha) que es útil para inmovilizar el nanoindicador para el estiramiento y la visualización.
Definiciones
A menos que se defina lo contrario, todos los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado comúnmente entendido por los expertos habituales en la materia a la que pertenece la invención. Para los fines de la presente invención, a continuación, se definen los siguientes términos.
Los artículos "un" y "una" se usan en el presente documento para referirse a uno o a más de una (por ejemplo, a al menos uno) del objeto gramatical del artículo. A modo de ejemplo, "un elemento" significa un elemento o más de un elemento.
Los términos "complementarios" con respecto a polinucleótidos se refieren a polinucleótidos relacionados por las reglas de apareamiento de bases. Por ejemplo, la secuencia "A-G-T" es complementaria a la secuencia "T-C-A". La complementariedad puede ser parcial, en la que solo algunas de las bases de los ácidos nucleicos se emparejan de acuerdo con las reglas de apareamiento de bases; o puede haber complementariedad completa o total entre los ácidos nucleicos. El grado de complementariedad entre las cadenas de ácido nucleico tiene efectos significativos sobre la eficiencia y la fuerza de hibridación entre las cadenas de ácido nucleico.
Los términos "polinucleótidos", "ácidos nucleicos", "nucleótidos" y "oligonucleótidos" se usan indistintamente. Se refieren a una forma polimérica de nucleótidos de cualquier longitud, ya sean desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos, o análogos de los mismos. Los siguientes son ejemplos de polinucleótidos no limitantes: regiones codificantes o no codificantes de un gen o fragmento de gen, locus definidos a partir del análisis de enlaces, exones, intrones, ARN mensajero (ARNm), ARN de transferencia, ARN ribosomal, ribozimas, ADNc, polinucleótidos recombinantes, polinucleótidos ramificados, plásmidos, vectores, ADN aislado de cualquier secuencia, ARN aislado de cualquier secuencia, sondas de ácido nucleico y cebadores. Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y análogos de nucleótidos. Si están presentes, se pueden conferir modificaciones en la estructura de nucleótidos antes o después de la formación del polímero. La secuencia de nucleótidos se puede interrumpir con componentes no nucleótidos. Un polinucleótido puede modificarse además tras la polimerización, tal como mediante la conjugación con un componente de marcaje.
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de dicha región. En algunas realizaciones, las bases no están separadas de forma regular, pero las bases son están, al menos, una media de 8, 9, 10, 12, 15, 16, 18, 20, 30 o 50 nucleótidos de separación. En algunas realizaciones, las bases no están separadas de forma regular, pero las bases están, al menos, una media de 8 nucleótidos de separación.
En ciertas realizaciones, la base repetida de forma regular en una región de unión al marcador dada está separada al menos aproximadamente cada 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o más bases de nucleótidos. En ciertos aspectos, la base repetida de forma regular está espaciada aproximadamente cada 5 a 15 bases de nucleótidos, aproximadamente cada 6 a 12 bases de nucleótidos, aproximadamente cada 7 a 10 bases de nucleótidos o aproximadamente cada 8 a 10 bases de nucleótidos. En ciertos aspectos, la base repetida de forma regular está separada aproximadamente cada 8 bases de nucleótidos. En ciertas realizaciones específicas, una base adenina se repite al menos cada 8 bases de nucleótidos. En ciertas realizaciones específicas, una base de adenina se repite aproximadamente cada 15 a 20 bases de nucleótidos. En ciertas realizaciones específicas, una base de adenina se repite aproximadamente cada 16 bases de nucleótidos.
La base repetida de forma regular puede estar presente en una la secuencia polinucleotídica de una región de unión al marcador dada en un contenido de nucleótidos del aproximadamente 5 %, 6 %, 7 %, 8 %, 9 %, 10 %, 11 %, 12 %, 13 %, 14 %, 15 %, 16 %, 17 %, 18 %, 19 %, 20 %. La presencia de una base repetida de forma regular en una media de aproximadamente cada 8 a 16 nucleótidos en una región de unión al marcador representa un contenido de nucleótidos del aproximadamente 12,5 %. En ciertos aspectos, el contenido de nucleótidos de la base repetida de forma regular puede ser del aproximadamente 12,5 %. En ciertos aspectos, la región de unión al marcador comprende un número seleccionado o porcentaje seleccionado de bases repetidas de forma regular por región, que se distribuyen aleatoriamente a excepción de que deben estar separadas al menos una cierta distancia mínima, tal como al menos aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 o más bases de separación.
La base repetida de forma regular puede ser cualquier base de nucleótido de adenina, timina, guanina, citosina o uracilo. En ciertas realizaciones, la base repetida de forma regular en la región de unión al marcador monocatenaria es adenina.
En ciertos aspectos, la secuencia polinucleotídica de las regiones de unión al marcador también está diseñada para que tenga un cierto contenido de guanina/citosina (G/C). Por ejemplo, ciertas regiones de unión al marcador están diseñadas para tener un contenido total de G/C del aproximadamente 45 %, 46 %, 47 %, 48 %, 49 %, 50 %, 51 %, 52 %, 54 %, 55 %, 56 %, 57 %, 58 %, 59 %, 60 %, más preferentemente aproximadamente un 50 %, ya que esto proporciona una Tf bastante uniforme entre las numerosas secuencias polinucleotídicas, únicas, de las regiones de unión al marcador. En ciertos aspectos, las secuencias polinucleotídicas tienen no más de tres guanines en una fila, para reducir al mínimo los problemas de síntesis. El contenido de GC total también es preferentemente uniforme en tramos relativamente cortos para hacer Tf locales similares. Sin pretender limitarse a ninguna teoría, cuando el nanoindicador es un ácido nucleico bicatenario, la Tf de los nanoindicadores descritos en el presente documento proporciona enlaces más fuertes entre la estructura principal del nanoindicador y la secuencia polinucleotídica complementaria que tiene unida a la misma una molécula detectable, evitándose así la disociación durante los procedimientos de síntesis y de hibridación. Además, la Tf uniforme entre la población de nanoindicadores permite la buena optimización de los procedimientos de síntesis y de hibridación, ya que las condiciones óptimas son las mismas para todas las manchas y posiciones. En algunas realizaciones, las secuencias de los nanoindicadores tienen aproximadamente el 50 % de guanina/citosina (G/C), con no más de tres G en una fila.
En ciertos aspectos, la secuencia polinucleotídica de las regiones de unión al marcador también está diseñada para que tenga una cierta proporción de G/C en una cadena dada. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, la secuencia polinucleotídica de las regiones de unión al marcador están diseñadas de modo que las secuencias polinucleotídicas complementarias tengan una proporción de G/C de aproximadamente 1/1, 2/1, 3/2, aproximadamente 5/3 o aproximadamente 7/5. En ciertos aspectos, la proporción de G/C es de al menos 1/1. En ciertos aspectos, la proporción de G/C es de aproximadamente 1/1, 2/1, 3/2, 5/3 o aproximadamente 7/5 en una cadena dada. En ciertos aspectos, la proporción de G/C es de al menos 1/1 en la secuencia polinucleotídica complementaria. En ciertos aspectos, la proporción de G/C es de aproximadamente 3/2 en la secuencia polinucleotídica complementaria.
En ciertas realizaciones específicas, en las que la adenina es la base repetida de forma regular, espaciada al menos aproximadamente cada 8 nucleótidos (aproximadamente un contenido de adenina del 12,5 %), y el contenido de G/C es del aproximadamente 50 %, el contenido de timina puede ser del aproximadamente 37-38 % o del aproximadamente 37,5 %. En ciertas realizaciones específicas, en las que la adenina es la base repetida de forma regular, y el contenido de G/C es del aproximadamente 50 %, en algunas realizaciones, el contenido de timina puede ser del aproximadamente 35-45 %. En una región de unión al marcador ilustrativa, en la que el nucleótido repetido de forma regular es adenina y un contenido de GC del aproximadamente 50 %, el exceso de adeninas se puede utilizar para compensar la pérdida en la abundancia de T. Para generar la secuencia seleccionada, se pueden crear secuencias aleatorias con patrones fijos de adeninas que varían de cada 4 bases a cada 25 bases, y explorarse para reducir al mínimo la presencia de repeticiones invertidas y directas.
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En algunas realizaciones, la presente divulgación proporciona poblaciones de nanoindicadores o de unidades marcadoras de nanoindicadores, por ejemplo, bibliotecas de nanoindicadores o de unidades marcadoras de nanoindicadores que contienen al menos 3, al menos 5, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50, al menos 60, al menos 70, al menos 80, al menos 90, al menos 100, al menos 200, al menos 300, al menos 400, al menos 500, al menos 750 o al menos 1.000 nanoindicadores únicos, unidades marcadoras de nanoindicadores únicas o nanoindicadores marcados únicos. Como se usa en el presente documento, el término "único" cuando se usa en referencia a un nanoindicador o unidades marcadoras de nanoindicadores de una población pretende significar un nanoindicador que tiene un código que lo distingue de otros nanoindicadores de la misma población, por ejemplo, cada nanoindicador tiene una señal detectable que lo distingue de otros nanoindicadores de dicha población. Por lo general, un nanoindicador se vuelve "único" por la combinación lineal particular de las regiones de unión al marcador, teniendo cada una unido a la misma un monómero marcador seleccionado.
En realizaciones específicas, las poblaciones de nanoindicadores comprenden al menos 1.000, 5.000, al menos 10.000, al menos 20.000 o al menos 50.000 nanoindicadores únicos o unidades marcadoras de nanoindicadores únicas.
Los nanoindicadores de una población de nanoindicadores pueden ser nanoindicadores simples, nanoindicadores dobles o una combinación de los mismos. Los nanoindicadores pueden estar marcados o no marcados. La población de nanoindicadores descrita en el presente documento puede comprender dos o más nanoindicadores.
En algunas realizaciones, la invención proporciona una población de estructuras principales de nanoindicador en la que una base (por ejemplo, adenina) está espaciada de forma regular, los nanoindicadores no tienen ninguna formación significativa de estructuras secundarias y la Tf entre los nanoindicadores de la población es bastante uniforme. En algunas realizaciones, la invención proporciona una población de nanoindicadores en la que la Tf de las secuencias polinucleotídicas complementarias cuando se hibridan a sus regiones de unión al marcador es de aproximadamente 80 ºC o superior.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona una población de estructuras principales de nanoindicador en la que cada estructura principal de nanoindicador comprende una región que comprende una pluralidad de regiones de unión al marcador unidas covalentemente entre sí en una combinación lineal, en la que cada región de unión al marcador comprende aproximadamente de 800 a 1.300 bases de nucleótidos y tiene un contenido de G/C del aproximadamente 50 %, en la que cada región de unión al marcador seleccionada es diferente de las otras regiones de unión al marcador seleccionadas, y en la que cada región de unión al marcador se hibrida con una secuencia polinucleotídica complementaria que tiene unidas a la misma una o más moléculas detectables, en la que la secuencia polinucleotídica complementaria tiene una proporción de G/C de al menos 1/1. En algunas realizaciones, la secuencia polinucleotídica complementaria tiene una proporción de G/C de aproximadamente 3/2. En algunas realizaciones, la estructura principal del nanoindicador está diseñada para sesgar el contenido específico de la cadena de la estructura principal de manera que la estructura principal sea rica en CT. En algunas realizaciones aproximadamente el 60 % de la estructura principal del nanoindicador se compone de regiones de CT.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona una población de estructuras principales de nanoindicador en la que cada estructura principal de nanoindicador comprende una estructura principal de ácido nucleico monocatenario, comprendiendo dicha estructura principal una pluralidad de regiones de unión al marcador unidas covalentemente entre sí en una combinación lineal única, en la que dicha estructura principal del nanoindicador comprende una base (por ejemplo, adenina) espaciada de forma regular, las estructuras principales de los nanoindicadores no tienen ninguna formación significativa de estructuras secundarias y contienen menos del 85 % de homología con cualquier otra secuencia usada en otras estructuras principales de la población o con cualquier secuencia descrita en la base de datos pública REFSEQ.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona una población de estructuras principales de nanoindicador en la que cada estructura principal de nanoindicador comprende una estructura principal de ácido nucleico monocatenario, comprendiendo dicha estructura principal una pluralidad de regiones de unión al marcador unidas covalentemente entre sí en una combinación lineal única, en la que dicha estructura principal del nanoindicador tiene un contenido de G/C del aproximadamente 50 %, las estructuras principales de nanoindicadores no tienen ninguna formación significativa de estructuras secundarias y contienen menos del 85 % de homología con cualquier otra secuencia usada en otras estructuras principales de la población o con cualquier secuencia descrita en la base de datos pública REFSEQ.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona una población de estructuras principales de nanoindicador en la que cada estructura principal de nanoindicador comprende una estructura principal de ácido nucleico monocatenario, comprendiendo dicha estructura principal una pluralidad de regiones de unión al marcador unidas covalentemente entre sí en una combinación lineal única, en la que dicha estructura principal de nanoindicador tiene un contenido de G/C del aproximadamente 50 %, las estructuras principales de los nanoindicadores no tienen ninguna formación significativa de estructuras secundarias y contienen menos del 1 % de secuencias de repetición directa.
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| EP3578669B1 (en) | 2012-08-08 | 2024-07-10 | F. Hoffmann-La Roche AG | Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells |
| USRE50065E1 (en) | 2012-10-17 | 2024-07-30 | 10X Genomics Sweden Ab | Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample |
| WO2014121177A1 (en) | 2013-02-01 | 2014-08-07 | H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. | Biomarkers and methods for predicting benefit of adjuvant chemotherapy |
| EP2971184B1 (en) | 2013-03-12 | 2019-04-17 | President and Fellows of Harvard College | Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix |
| CA2907050C (en) | 2013-03-15 | 2023-09-26 | Prognosys Biosciences, Inc. | Methods for detecting peptide/mhc/tcr binding |
| KR102701095B1 (ko) * | 2013-04-30 | 2024-08-29 | 캘리포니아 인스티튜트 오브 테크놀로지 | 순차적 하이브리드화 바코딩에 의한 분자의 멀티플렉스 표지화 |
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| ES2887726T3 (es) | 2013-06-12 | 2021-12-27 | Massachusetts Gen Hospital | Métodos, kits, y sistemas para la detección multiplexada de moléculas diana y sus usos |
| US9944923B2 (en) | 2013-06-12 | 2018-04-17 | Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University | Methods for obtaining information from single cells within populations using DNA origami nanostructures without the need for single cell sorting |
| EP3434784A1 (en) | 2013-06-14 | 2019-01-30 | Nanostring Technologies, Inc | Multiplexable tag-based reporter system |
| DK3013984T3 (da) | 2013-06-25 | 2023-06-06 | Prognosys Biosciences Inc | Metode til bestemmelse af spatiale mønstre i biologiske targets i en prøve |
| JP2016537010A (ja) | 2013-09-09 | 2016-12-01 | ブリティッシュ コロンビア キャンサー エージェンシー ブランチ | 予後を予測するための方法及びキット、並びに、放射線照射療法を用いた乳癌の治療方法及びキット |
| US10288608B2 (en) | 2013-11-08 | 2019-05-14 | Prognosys Biosciences, Inc. | Polynucleotide conjugates and methods for analyte detection |
| AU2014373792A1 (en) | 2013-12-30 | 2016-07-07 | Genomatix | Genomic rearrangements associated with prostate cancer and methods of using the same |
| WO2015156964A1 (en) | 2014-03-16 | 2015-10-15 | H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. | Microrna signature for predicting progression of barrett's esophagus |
| WO2015153679A1 (en) | 2014-03-31 | 2015-10-08 | H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. | Microrna assay for detection and management of pancreatic cancer precursors |
| US10179932B2 (en) | 2014-07-11 | 2019-01-15 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for high-throughput labelling and detection of biological features in situ using microscopy |
| AU2015301244A1 (en) | 2014-08-08 | 2017-03-02 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods for deconvolution of mixed cell populations using gene expression data |
| KR102417849B1 (ko) * | 2014-11-21 | 2022-07-07 | 나노스트링 테크놀로지스, 인크. | 무효소 및 무증폭 시퀀싱 |
| EP3223947B1 (en) | 2014-11-24 | 2019-10-30 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods and apparatuses for gene purification and imaging |
| WO2016092045A1 (en) | 2014-12-11 | 2016-06-16 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods and kits for predicting medically refractory acute severe colitis |
| FI3901281T3 (fi) | 2015-04-10 | 2023-01-31 | Biologisten näytteiden spatiaalisesti eroteltu moninkertainen nukleiinihappoanalyysi | |
| WO2017004394A1 (en) * | 2015-06-30 | 2017-01-05 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods and kits for simultaneously detecting gene or protein expression in a plurality of sample types using self-assembling fluorescent barcode nanoreporters |
| US10501777B2 (en) | 2015-07-17 | 2019-12-10 | Nanostring Technologies, Inc. | Simultaneous quantification of a plurality of proteins in a user-defined region of a cross-sectioned tissue |
| CN114350752A (zh) | 2015-07-17 | 2022-04-15 | 纳米线科技公司 | 在横切面组织的用户定义区域中的基因表达的同时定量 |
| ES2887201T3 (es) | 2015-09-01 | 2021-12-22 | Eisai R&D Man Co Ltd | Variantes de empalme asociadas con mutantes neomórficos de SF3B1 |
| WO2017055324A1 (en) | 2015-09-29 | 2017-04-06 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for quantifying the population of cells of monocytic origin in a tissue sample |
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| WO2017055326A1 (en) | 2015-09-29 | 2017-04-06 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for quantifying the population of myeloid dendritic cells in a tissue sample |
| WO2017055327A1 (en) | 2015-09-29 | 2017-04-06 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for quantifying the population of endothelial cells in a tissue sample |
| WO2017067944A1 (en) | 2015-10-19 | 2017-04-27 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for predicting the survival time of subjects suffering from triple negative breast cancer |
| WO2017079406A1 (en) | 2015-11-03 | 2017-05-11 | President And Fellows Of Harvard College | Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix |
| US10760135B2 (en) | 2016-01-13 | 2020-09-01 | Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) | Methods for predicting pancreatic cancer treatment response |
| CN116200465A (zh) | 2016-04-25 | 2023-06-02 | 哈佛学院董事及会员团体 | 用于原位分子检测的杂交链反应方法 |
| EP4324929A1 (en) | 2016-05-16 | 2024-02-21 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods for detecting target nucleic acids in a sample |
| US11383240B2 (en) | 2016-05-22 | 2022-07-12 | Cornell University | Single cell whole genome amplification via micropillar arrays under flow conditions |
| US20190292259A1 (en) | 2016-05-24 | 2019-09-26 | Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) | Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of non small cell lung cancer (nsclc) that coexists with chronic obstructive pulmonary disease (copd) |
| JP2019520071A (ja) | 2016-06-14 | 2019-07-18 | アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル | 急性重症大腸炎の処置応答を予測するための方法 |
| CN109642252A (zh) | 2016-06-17 | 2019-04-16 | 加州理工学院 | 核酸反应及相关方法和组合物 |
| WO2017222453A1 (en) | 2016-06-21 | 2017-12-28 | Hauling Thomas | Nucleic acid sequencing |
| EP3480320A4 (en) * | 2016-06-30 | 2020-03-11 | Biois Co., Ltd. | BICATENARY NUCLEIC ACID SIGNAL PROBE AND TARGET MOLECULE DETECTION METHOD USING THE SAME |
| WO2018011107A1 (en) | 2016-07-11 | 2018-01-18 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Use of er-alpha 46 in methods and kits for assessing the status of breast cancer |
| WO2018011166A2 (en) | 2016-07-12 | 2018-01-18 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for quantifying the population of myeloid dendritic cells in a tissue sample |
| EP4428536A2 (en) | 2016-08-31 | 2024-09-11 | President and Fellows of Harvard College | Methods of combining the detection of biomolecules into a single assay using fluorescent in situ sequencing |
| JP7239465B2 (ja) | 2016-08-31 | 2023-03-14 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | 蛍光ｉｎ ｓｉｔｕ配列決定による検出のための核酸配列ライブラリの作製法 |
| WO2018046736A1 (en) | 2016-09-12 | 2018-03-15 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for predicting the survival time of patients suffering from cancer |
| WO2018046738A1 (en) | 2016-09-12 | 2018-03-15 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for predicting the survival time of patients suffering from cancer |
| WO2018054960A1 (en) | 2016-09-21 | 2018-03-29 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for predicting and treating resistance to chemotherapy in npm-alk(+) alcl |
| WO2018055080A1 (en) | 2016-09-22 | 2018-03-29 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods and pharmaceutical compositions for reprograming immune environment in a subject in need thereof |
| US10415080B2 (en) | 2016-11-21 | 2019-09-17 | Nanostring Technologies, Inc. | Chemical compositions and methods of using same |
| WO2018122249A1 (en) | 2016-12-28 | 2018-07-05 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for predicting the survival time of patients suffering from a microsatellite stable colorectal cancer |
| WO2018122245A1 (en) | 2016-12-28 | 2018-07-05 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods of predicting the survival time of patients suffering from cms3 colorectal cancer |
| WO2018178171A1 (en) | 2017-03-29 | 2018-10-04 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for assessing pregnancy outcome |
| EP3448396A4 (en) | 2017-04-14 | 2020-01-22 | President and Fellows of Harvard College | METHOD FOR PRODUCING A MICROFILAMENT NETWORK FROM CELLS |
| CA3061429A1 (en) | 2017-05-05 | 2018-11-08 | Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) | Microtubule-targeting drugs as immune checkpoint inhibitors and methods of screening novel immune checkpoint inhibitors for the treatment of cancers and infectious diseases |
| WO2019023551A1 (en) * | 2017-07-28 | 2019-01-31 | Nanostring Technologies, Inc. | IMMUNO-ONCOLOGY BIOMARKERS AND METHODS OF USE |
| US11579147B2 (en) | 2017-09-25 | 2023-02-14 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Use of VNN1 as a biomarker and a therapeutic target in sarcomas |
| CA3078158A1 (en) | 2017-10-06 | 2019-04-11 | Cartana Ab | Rna templated ligation |
| WO2019104070A1 (en) | 2017-11-21 | 2019-05-31 | Nanostring Technologies, Inc. | O-nitrobenzyl photocleavable bifunctional linker |
| EP3729090A4 (en) | 2017-12-22 | 2021-09-22 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | MODIFIED BIOTIN-BINDING PROTEINS FOR IMMOBILIZATION |
| EP3752635A1 (en) | 2018-02-12 | 2020-12-23 | Nanostring Technologies, Inc. | Biomolecular probes and methods of detecting gene and protein expression |
| EP3530758A1 (en) | 2018-02-23 | 2019-08-28 | Université de Bordeaux | Method for determining the in vitro presence of a target molecule in a biological sample, and its use for the in vitro analysis of cancers, in particular soft-tissue sarcomas and gastrointestinal stromal tumors |
| WO2019207030A1 (en) | 2018-04-26 | 2019-10-31 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for predicting a response with an immune checkpoint inhibitor in a patient suffering from a lung cancer |
| WO2019213478A1 (en) | 2018-05-04 | 2019-11-07 | Nanostring Technologies, Inc. | Gene expression assay for measurement of dna mismatch repair deficiency |
| SG11202011274YA (en) | 2018-05-14 | 2020-12-30 | Nanostring Technologies Inc | Chemical compositions and methods of using same |
| US20210363590A1 (en) | 2018-05-21 | 2021-11-25 | Nanostring Technologies, Inc. | Molecular gene signatures and methods of using same |
| WO2019229489A1 (en) | 2018-05-31 | 2019-12-05 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Use of mir-146a-5p and mir-186 as biomarkers of osteoarthritis |
| SG11202101934SA (en) | 2018-07-30 | 2021-03-30 | Readcoor Llc | Methods and systems for sample processing or analysis |
| US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
| EP4043015A1 (en) | 2018-09-04 | 2022-08-17 | H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. | Delta-tocotrienol for treating cancer |
| WO2020076976A1 (en) | 2018-10-10 | 2020-04-16 | Readcoor, Inc. | Three-dimensional spatial molecular indexing |
| EP3894587A1 (en) | 2018-12-10 | 2021-10-20 | 10X Genomics, Inc. | Resolving spatial arrays by proximity-based deconvolution |
| US20220073626A1 (en) | 2019-01-03 | 2022-03-10 | Institut National De La Santé Et De La Recheche Médicale (Inserm) | Methods and pharmaceutical compositions for enhancing cd8+ t cell-dependent immune responses in subjects suffering from cancer |
| US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
| US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
| EP3924520A1 (en) | 2019-02-13 | 2021-12-22 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods and compositions for selecting a cancer treatment in a subject suffering from cancer |
| WO2020182932A1 (en) | 2019-03-13 | 2020-09-17 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | New gene signatures for predicting survival time in patients suffering from renal cell carcinoma |
| JP2022527972A (ja) | 2019-04-02 | 2022-06-07 | アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル | 前悪性病変を有する患者において癌を予測及び予防する方法 |
| US20220211741A1 (en) | 2019-04-18 | 2022-07-07 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for the treatment and prognosis of cancer |
| WO2020243579A1 (en) | 2019-05-30 | 2020-12-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
| AU2020282024A1 (en) | 2019-05-31 | 2021-11-11 | 10X Genomics, Inc. | Method of detecting target nucleic acid molecules |
| WO2021074391A1 (en) | 2019-10-17 | 2021-04-22 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for diagnosing nasal intestinal type adenocarcinomas |
| CN110646417B (zh) * | 2019-10-24 | 2021-10-15 | 福建医科大学 | 以纳米金为显色探针的磷酸吡哆醛快速测定方法 |
| EP4025711A2 (en) | 2019-11-08 | 2022-07-13 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
| EP4424843A3 (en) | 2019-12-23 | 2024-09-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rna-templated ligation |
| WO2021133842A1 (en) | 2019-12-23 | 2021-07-01 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for using fixed biological samples in partition-based assays |
| US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
| US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
| US12076701B2 (en) | 2020-01-31 | 2024-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics |
| US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
| US12110541B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-10-08 | 10X Genomics, Inc. | Methods for preparing high-resolution spatial arrays |
| US12110548B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-10-08 | 10X Genomics, Inc. | Bi-directional in situ analysis |
| US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
| US20210254140A1 (en) | 2020-02-17 | 2021-08-19 | 10X Genomics, Inc. | Situ analysis of chromatin interaction |
| US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
| US20230113705A1 (en) | 2020-02-28 | 2023-04-13 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for diagnosing, prognosing and managing treatment of breast cancer |
| CN115916999A (zh) | 2020-04-22 | 2023-04-04 | 10X基因组学有限公司 | 用于使用靶向rna耗竭进行空间分析的方法 |
| AU2021275906A1 (en) | 2020-05-22 | 2022-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
| EP4414459A3 (en) | 2020-05-22 | 2024-09-18 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
| WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
| US12031177B1 (en) | 2020-06-04 | 2024-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods of enhancing spatial resolution of transcripts |
| WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
| EP4165207B1 (en) | 2020-06-10 | 2024-09-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
| WO2021257795A1 (en) | 2020-06-18 | 2021-12-23 | Nanostring Technologies, Inc. | Compositions and methods for in situ single cell analysis using enzymatic nucleic acid extension |
| EP4450639A2 (en) | 2020-06-25 | 2024-10-23 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of dna methylation |
| JP2023531290A (ja) | 2020-06-30 | 2023-07-21 | アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル | 術前補助療法及び根治手術後の固形がんを患っている患者の再発及び／又は死亡のリスクを予測するための方法 |
| JP2023531305A (ja) | 2020-06-30 | 2023-07-21 | アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル | 術前補助療法後の固形癌患者の再発及び／又は死亡のリスクを予測するための方法。 |
| US11981960B1 (en) | 2020-07-06 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis utilizing degradable hydrogels |
| US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
| WO2022008973A2 (en) | 2020-07-10 | 2022-01-13 | Covid Diagnostics Ltd. | Compositions, methods, and systems for detecting immune response |
| US11981958B1 (en) | 2020-08-20 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using DNA capture |
| US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
| CA3199753A1 (en) | 2020-11-04 | 2022-05-12 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Biomarkers for myelodysplastic syndrome (mds) and methods of using the same |
| US12071667B2 (en) | 2020-11-04 | 2024-08-27 | 10X Genomics, Inc. | Sequence analysis using meta-stable nucleic acid molecules |
| US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
| CN114544826B (zh) * | 2020-11-24 | 2023-12-08 | 重庆医科大学 | 检测血浆中组氨酸的试剂在制备抑郁症检测试剂盒中的用途 |
| EP4012046A1 (en) | 2020-12-11 | 2022-06-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for multimodal in situ analysis |
| AU2021409136A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-06-29 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
| US12060603B2 (en) | 2021-01-19 | 2024-08-13 | 10X Genomics, Inc. | Methods for internally controlled in situ assays using padlock probes |
| CN116724125A (zh) | 2021-01-26 | 2023-09-08 | 10X基因组学有限公司 | 用于原位分析的核酸类似物探针 |
| WO2022187366A1 (en) | 2021-03-03 | 2022-09-09 | 10X Genomics, Inc. | Analyte detection in situ using nucleic acid origami |
| EP4326903A1 (en) | 2021-04-23 | 2024-02-28 | Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) | Methods and compositions for treating cell senescence accumulation related disease |
| EP4347879A1 (en) | 2021-06-03 | 2024-04-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, kits, and systems for enhancing analyte capture for spatial analysis |
| WO2022266416A1 (en) | 2021-06-17 | 2022-12-22 | Nanostring Technologies, Inc. | Compositions and methods for in situ single cell analysis using enzymatic nucleic acid extension |
| WO2023280790A1 (en) | 2021-07-05 | 2023-01-12 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Gene signatures for predicting survival time in patients suffering from renal cell carcinoma |
| US20230026886A1 (en) | 2021-07-13 | 2023-01-26 | 10X Genomics, Inc. | Methods for preparing polymerized matrix with controllable thickness |
| US20230057571A1 (en) | 2021-08-03 | 2023-02-23 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid concatemers and methods for stabilizing and/or compacting the same |
| EP4196605A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-06-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
| WO2023131866A1 (en) | 2022-01-05 | 2023-07-13 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Biomarkers for myelodysplastic syndrome (mds) and methods of using the same |
| WO2023141588A1 (en) | 2022-01-21 | 2023-07-27 | 10X Genomics, Inc. | Multiple readout signals for analyzing a sample |
| WO2023144206A1 (en) | 2022-01-27 | 2023-08-03 | Sanofi Pasteur | Modified vero cells and methods of using the same for virus production |
| WO2023229988A1 (en) | 2022-05-23 | 2023-11-30 | 10X Genomics, Inc. | Tissue sample mold |
| WO2024020395A2 (en) | 2022-07-19 | 2024-01-25 | Digital Biology Inc. | Barcode diffusion-based spatial omics |
| WO2024040060A1 (en) | 2022-08-16 | 2024-02-22 | 10X Genomics, Inc. | Ap50 polymerases and uses thereof |
| US20240167081A1 (en) | 2022-11-08 | 2024-05-23 | 10X Genomics,Inc. | Immobilization methods and compositions for in situ detection |
| US20240158852A1 (en) | 2022-11-16 | 2024-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for assessing performance of in situ assays |
| WO2024110088A1 (en) | 2022-11-22 | 2024-05-30 | Leica Microsystems Cms Gmbh | Method and marker for analyzing a sample |
| WO2024130203A1 (en) | 2022-12-16 | 2024-06-20 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for assessing performance |
Family Cites Families (47)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US644435A (en) * | 1899-08-10 | 1900-02-27 | Ferdinand Maguolo | Cigar-case. |
| US2922008A (en) | 1957-07-31 | 1960-01-19 | Westinghouse Electric Corp | Circuit breaker |
| US5137819A (en) | 1988-07-08 | 1992-08-11 | University Of British Columbia | Cellulose binding fusion proteins for immobilization and purification of polypeptides |
| US5320814A (en) | 1991-01-25 | 1994-06-14 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently visualizing and chemically detecting multiple analytes of interest in a fluid sample |
| US5293050A (en) * | 1993-03-25 | 1994-03-08 | International Business Machines Corporation | Semiconductor quantum dot light emitting/detecting devices |
| US5496934A (en) | 1993-04-14 | 1996-03-05 | Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem | Nucleic acids encoding a cellulose binding domain |
| US5543838A (en) | 1993-08-31 | 1996-08-06 | Xerox Corporation | Signal multiplexing system for an image sensor array |
| WO1997007245A1 (en) | 1995-08-14 | 1997-02-27 | Ely Michael Rabani | Methods and devices for parallel multiplex polynucleotide sequencing |
| ATE496288T1 (de) | 1995-10-11 | 2011-02-15 | Luminex Corp | Gleichzeitige mehrfachanalyse klinischer proben |
| US7144119B2 (en) | 1996-04-25 | 2006-12-05 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
| US6387707B1 (en) | 1996-04-25 | 2002-05-14 | Bioarray Solutions | Array Cytometry |
| US5804384A (en) * | 1996-12-06 | 1998-09-08 | Vysis, Inc. | Devices and methods for detecting multiple analytes in samples |
| US20020034737A1 (en) | 1997-03-04 | 2002-03-21 | Hyseq, Inc. | Methods and compositions for detection or quantification of nucleic acid species |
| CA2280794A1 (en) | 1997-02-20 | 1998-08-27 | The Regents Of The University Of California | Plasmon resonant particles, methods and apparatus |
| US7115884B1 (en) | 1997-10-06 | 2006-10-03 | Trustees Of Tufts College | Self-encoding fiber optic sensor |
| US7348181B2 (en) | 1997-10-06 | 2008-03-25 | Trustees Of Tufts College | Self-encoding sensor with microspheres |
| WO1999019515A1 (en) | 1997-10-14 | 1999-04-22 | Luminex Corporation | Precision fluorescently dyed particles and methods of making and using same |
| US6207392B1 (en) | 1997-11-25 | 2001-03-27 | The Regents Of The University Of California | Semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
| EP2360271A1 (en) | 1998-06-24 | 2011-08-24 | Illumina, Inc. | Decoding of array sensors with microspheres |
| EP0990903B1 (en) | 1998-09-18 | 2003-03-12 | Massachusetts Institute Of Technology | Biological applications of semiconductor nanocrystals |
| US7079241B2 (en) | 2000-04-06 | 2006-07-18 | Invitrogen Corp. | Spatial positioning of spectrally labeled beads |
| US6429027B1 (en) | 1998-12-28 | 2002-08-06 | Illumina, Inc. | Composite arrays utilizing microspheres |
| US6908737B2 (en) | 1999-04-15 | 2005-06-21 | Vitra Bioscience, Inc. | Systems and methods of conducting multiplexed experiments |
| US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
| EP1179185B1 (en) | 1999-05-07 | 2009-08-12 | Life Technologies Corporation | A method of detecting an analyte using semiconductor nanocrystals |
| US20020051971A1 (en) | 1999-05-21 | 2002-05-02 | John R. Stuelpnagel | Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays |
| AU5764500A (en) | 1999-06-25 | 2001-01-31 | Motorola, Inc. | Novel methods and products for arrayed microsphere analysis |
| US6942968B1 (en) | 1999-08-30 | 2005-09-13 | Illumina, Inc. | Array compositions for improved signal detection |
| CA2399908A1 (en) | 2000-02-10 | 2001-08-16 | Todd Dickinson | Array of individual arrays as substrate for bead-based simultaneous processing of samples and manufacturing method therefor |
| US20020028457A1 (en) | 2000-02-16 | 2002-03-07 | Quantum Dot Corporation | Single target counting assays using semiconductor nanocrystals |
| AU6291301A (en) | 2000-02-22 | 2001-09-03 | Genospectra, Inc. | Microarray fabrication techniques and apparatus |
| US20030186426A1 (en) | 2000-03-15 | 2003-10-02 | The Regents Of The University Of California | Multichannel flow cell for interacting single optically trapped, DNA molecules with different chemical species |
| GB2363360B (en) * | 2000-06-16 | 2004-09-15 | Design Product Ltd | A method of shaping heat-shrinkable materials |
| AU2001278133A1 (en) | 2000-08-01 | 2002-02-13 | Surromed, Inc. | Methods for solid phase nanoextraction and desorption |
| US6777244B2 (en) | 2000-12-06 | 2004-08-17 | Hrl Laboratories, Llc | Compact sensor using microcavity structures |
| US7473767B2 (en) * | 2001-07-03 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures |
| EP1463829A1 (en) * | 2001-12-19 | 2004-10-06 | Quantibact A/S | A method and a kit for determination of a microbial count |
| US20050064435A1 (en) * | 2003-09-24 | 2005-03-24 | Xing Su | Programmable molecular barcodes |
| ES2374788T3 (es) * | 2005-12-23 | 2012-02-22 | Nanostring Technologies, Inc. | Nanoinformadores y métodos para su producción y uso. |
| CA2635215C (en) * | 2005-12-23 | 2016-08-30 | Nanostring Technologies, Inc. | Compositions comprising oriented, immobilized macromolecules and methods for their preparation |
| JP5081232B2 (ja) | 2006-05-22 | 2012-11-28 | ナノストリング テクノロジーズ， インコーポレイテッド | ナノレポーターを分析するためのシステムおよび方法 |
| AU2008237018B2 (en) * | 2007-04-10 | 2014-04-03 | Bruker Spatial Biology, Inc. | Methods and computer systems for identifying target-specific sequences for use in nanoreporters |
| EP3162900B1 (en) | 2008-08-14 | 2018-07-18 | Nanostring Technologies, Inc | Stable nanoreporters |
| CN102197632A (zh) | 2008-10-29 | 2011-09-21 | 杜比实验室特许公司 | 网络互联域和密钥系统 |
| DE102009002653B3 (de) | 2009-04-27 | 2010-05-27 | Federal-Mogul Nürnberg GmbH | Verfahren und Vorrichtung zur Herstellung eines Kolbens für einen Verbrennungsmotor sowie Kolben für einen Verbrennungsmotor |
| US20110229888A1 (en) * | 2010-03-16 | 2011-09-22 | Hengen Paul N | Compositions and Methods for the Detection of Genomic Features |
| WO2016085092A1 (en) | 2014-11-28 | 2016-06-02 | Samsung Electronics Co., Ltd. | Method and system for controlling transmission of code words during handover in a wireless network |
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