ES2435194T3 - Vacunas peptídicas para cánceres que expresan antígenos asociados a tumores - Google Patents

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Abstract

Un péptido aislado de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en dondedicho péptido se selecciona del grupo que consiste en los péptidos que comprenden las secuencias deaminoácidos de SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 o 358.

Description

Vacunas peptídicas para cánceres que expresan antígenos asociados a tumores
Campo técnico
La presente invención se refiere al campo de las ciencias biológicas, más específicamente al campo de terapia contra el cáncer. En particular, la presente invención se refiere a péptidos inmunogénicos novedosos que sirven como vacunas contra cáncer extremadamente eficaces, y fármacos para tratar y prevenir tumores que contienen tales péptidos.
Antecedentes técnicos
Se ha demostrado que los linfocitos T citotóxicos CD8+ (LTC) reconocen péptidos epítopos derivados de antígenos asociados a tumores (AAT) presentados en moléculas de MHC de clase I, y posteriormente lisan las células tumorales. Desde el descubrimiento de la familia MAGE como el primer ejemplo de AAT, se han descubierto muchos otros AAT usando planteamientos inmunológicos (Boon T. (1993) Int J Cancer 54: 177-80; Boon T. et al., (1996) J Exp Med 183: 725-9; van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7; Brichard V et al., (1993) J Exp Med 178: 489-95; Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52). Algunos de ellos están ahora en desarrollo clínico como dianas de inmunoterapia. Los AAT descubiertos hasta la fecha incluyen MAGE (van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7), gp100 (Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347,52), SART (Shichijo S et al., (1998) J Exp Med 187:277-88), y NY-ESO-1 (Chen Y.T. et al., (1997) Proc. Natl. Acd. Sci. USA, 94: 1914-8). Por otra parte, se ha mostrado que ciertos productos génicos que demostraron estar de alguna manera específicamente sobreexpresados en células tumorales son reconocidos como dianas para inducir respuestas inmunitarias celulares. Tales productos génicos incluyen p53 (Umano Y et al., (2001) Br J Cancer, 84:1052-7), HER2/neu (Tanaka H et al., (2001) Br J Cancer, 84: 94-9), CEA (Nukaya I et al., (1999) Int. J. Cancer 80, 92-7) y similares.
A pesar del progreso significativo en la investigación básica y clínica respecto a los AAT (Rosenberg SA et al., (1998) Nature Med, 4: 321-7; Mukherji B. et al., (1995) Proc Natl Acad Sci USA, 92: 8078-82; Hu X et al., (1996) Cancer Res, 56: 2479-83), solo un número muy limitado de AAT candidatos adecuados para el tratamiento de cánceres están disponibles actualmente. Los AAT que se expresan abundantemente en células cancerosas, y cuya expresión está restringida a células cancerosas, serían candidatos prometedores como dianas inmunoterapéuticas.
Tanto HLA-A24 como HLA-A0201 son alelos de HLA comunes en las poblaciones japonesa y blanca (Date Y et al., (1996) Tissue Antigens 47: 93-101; Kondo A et al., (1995) J Immunol 155: 4307-12; Kubo RT et al., (1994) J Immunol 152: 3913-24; Imanishi et al., Proceeding of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference Oxford University Press, Oxford, 1065 (1992); Williams F et al., (1997) Tissue Antigen 49: 129-33). Por tanto, los péptidos antigénicos de cánceres presentados por estos alelos HLA pueden encontrar utilidad particular en el tratamiento de cánceres entre pacientes japoneses y blancos. Además, se sabe que la inducción de LTC de baja afinidad in vitro habitualmente resulta de exposición a altas concentraciones de péptidos, lo que genera un nivel alto de complejos péptido específico/MHC en células presentadoras de antígeno (CPA), que activarán eficazmente estos LTC (Alexander-Miller et al., (1996) Proc Natl Acad Sci USA 93: 4102-7).
Recientemente, se pueden esperar secuencias de péptidos que se unen a HLA de clase I usando algoritmos (Jounal of Immunological Methods, (1995), Vol.185, pp.181-190, J. Immunol., (1994), Vol.152, 163-175, protein science, (2000), Vol.9, pp.1838-1846). Sin embargo, es difícil decir que el péptido epítopo esperado se puede cortar y expresar en la superficie de la célula diana con una molécula de HLA y ser reconocido por LTC. Además, el algoritmo, por ejemplo BIMAS (http://bimas.dcrt.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform) (Parker KC, et al., (1994) J Immunol.;152(1):163-75; Kuzushima K, et al., (2001) Blood.;98(6):1872-81)) puede sugerir el péptido que se une a la molécula HLA, pero el péptido sugerido no es demasiado riguroso (Bachinsky MM, et. al., Cancer Immun. 22 Mar 2005;5:6). Por tanto, el cribado de AAT aún mantiene muchos desafíos y dificultades.
Recientes desarrollos en las tecnologías de micromatrices de ADNc han permitido la construcción de perfiles exhaustivos de expresión génica en células malignas comparadas con células normales (Okabe, H. et al., (2001) Cancer Res., 61, 2129-37; Lin YM. et al., (2002) Oncogene, 21;4120-8; Hasegawa S. et al., (2002) Cancer Res 62:7012-7). Este planteamiento permite un entendimiento más completo de la naturaleza compleja de las células cancerosas y los mecanismos de carcinogénesis y facilita la identificación de genes cuya expresión está desregulada en tumores (Bienz M. et al., (2000) Cell 103, 311-20). Entre los transcritos identificados como aumentados en cánceres, CDH3 (No. de acceso de GenBank NM_001793; SEQ ID Nos.1, 2), EPHA4 (No. de acceso de GenBank L36645; SEQ ID Nos.3, 4), ECT2 (No. de acceso de GenBank AY376439; SEQ ID Nos.5, 6), HIG2 (No. de acceso de GenBank NM_013332; SEQ ID Nos.7, 8) INHBB (No. de acceso de GenBank NM_002193; SEQ ID Nos.9, 10), KIF20A (No. de acceso de GenBank NM_005733; SEQ ID Nos.11, 12), KNTC2 (No. de acceso de GenBank AF017790; SEQ ID Nos.13, 14), TTK (No. de acceso de GenBank NM_003318; SEQ ID Nos.15, 16) y URLC10 (No. de acceso de GenBank NM_017527; SEQ ID Nos.17, 18) se han descubierto recientemente. El contenido entero de las referencias se incorpora mediante referencia en el presente documento. Estos genes son de interés particular para los presentes inventores, estando específicamente aumentados en células tumorales de varios tejidos cancerosos de los casos analizados (véase posteriormente). Por tanto, los péptido inmunogénicos derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 pueden encontrar utilidad en destruir selectivamente células tumorales que expresan tales antígenos. La presente invención aborda estas y otras necesidades.
5 Puesto que los fármacos citotóxicos, tal como M-VAC, con frecuencia producen reacciones adversas graves, está claro que la selección meditada de novedosas moléculas diana en base a mecanismos de acción bien caracterizados debe ser muy útil en el desarrollo de fármacos anticáncer eficaces que tienen un riesgo minimizado de efectos secundarios. Hacia este fin, se realizaron previamente análisis de perfiles de expresión en varios
10 cánceres y tejidos humanos normales. Tales estudios produjeron el descubrimiento de múltiples genes que se sobreexpresan específicamente en cáncer (Lin YM, et al., Oncogene. 13 Jun. 2002;21:4120-8; Kitahara O, et al., Cancer Res. 1 Mayo 2001;61:3544-9; Suzuki C, et al., Cancer Res. 1 Nov. 2003;63:7038-41; Ashida S, Cancer Res. 1 Sep. 2004;64:5963-72; Ochi K, et al., Int J Oncol. Mar 2004,24(3):647-55; Kaneta Y, et al., Int J Oncol. Sep. 2003 23:681-91; Obama K, Hepatology. Jun. 2005;41:1339-48; Kato T, et al., Cancer Res. 1 Jul 2005;65:5638-46;
15 Kitahara O, et al., Neoplasia. Jul-Ag 2002;4:295-303.; Saito-Hisaminato A et al., DNA Res 2002, 9: 35-45). Ejemplos de tales genes identificados como sobreexpresados en varios cánceres incluyen, pero no están limitados a, CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10. CDH3 se ha identificado previamente como sobreexpresado en cáncer de vejiga, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de pulmón no microcítico (NSCLC), cáncer pancreático, tumor
20 de tejidos blandos y tumor testicular. EPHA4 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, endometriosis, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata y tumor de tejidos blandos. ECT2 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, leucemia mieloide crónica (LMC), cáncer colorrectal, cáncer de esófago, NSCLC, linfoma, cáncer de próstata, carcinoma renal y cáncer de pulmón microcítico (SCLC). HIG2 se ha identificado en carcinoma
25 renal y SCLC. INHBB se ha identificado en carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, NSCLC, carcinoma renal, SCLC y tumor de tejidos blandos. KIF20A se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, NSCLC, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal y SCLC. KNTC2 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, cáncer de esófago, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer
30 de próstata, SCLC y tumor de tejidos blandos. TTK se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, cáncer de esófago, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, SCLC y tumor de tejidos blandos. URLC10 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, cáncer gástrico, NSCLC, osteosarcoma, cáncer pancreático y SCLC.
35 Previamente, se ha identificado secernina 1 como una novedosa diana de inmunoterapia para cáncer gástrico (Suda et al., (2006) Cancer Science 97(5):411-419). Además, se han divulgado péptidos derivados de proteínas de la superfamilia de la quinesina con la capacidad de inducir linfocitos T citotóxicos reactivos a glioma en pacientes de glioma con antígeno leucocitario humano A24+ (Harada et al., (2007) Oncology Reports, National Hellenic Research
40 Foundation 17(3):629-636). Se han identificado péptidos epítopo restringidos al antígeno leucocitario humano A24 derivados de productos génicos aumentados en cánceres de pulmón y esófago como dianas novedosas para inmunoterapia (Suda et al., (2007) Cancer Science 98(11):1803-1808). Además, se divulga el complejo antígeno de cáncer de testículo antígeno de linfocito 6 del locus K (LY6K) como un biomarcador serológico y una diana terapéutica para carcinomas de pulmón y esófago (Ishikawa et al., (2007) Cancer Research 67(24):11601-11611).
45 Además, el documento WO02/086443 A2 divulga métodos y composiciones que se pueden usar para el diagnóstico y tratamiento de cáncer de pulmón así como métodos que se pueden usar para identificar moduladores de cáncer de pulmón.
Compendio de la invención
50 La presente invención se basa en parte en el descubrimiento de las dianas aplicables de inmunoterapia. Puesto que los AAT con frecuencia no tienen inmunogenicidad, el descubrimiento de dianas apropiadas es de extrema importancia. Como se ha indicado anteriormente, se han identificado CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 como aumentados en varios cánceres. Más particularmente, estos genes se identificaron
55 usando perfil de expresión génica con una micromatriz de ADNc de amplitud genómica. Como se ha discutido anteriormente, se ha mostrado que la expresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 está específicamente aumentada en varias células tumorales, de células cancerosas pancreáticas a carcinomas de células renales. Como se describe en la tabla 1, la expresión de CDH3 está consistentemente elevada en 26 de 34 cánceres de vejiga, 17 de 19 cánceres cervicales, todos de los 19 carcinomas
60 colangiocelulares, 30 de 34 cánceres colorrectales, 20 de 21 endometriosis, 13 de 20 cánceres gástricos, 7 de 8 cánceres gástricos de tipo difuso, 36 de 37 NSCLC, todos de los 16 cánceres pancreáticos, todos de los 21 tumores de tejidos blandos y todos de los 10 tumores testiculares.
La tabla 1 además demuestra que: 65
La expresión de EPH4 está consistentemente elevada en 14 de 34 cánceres de vejiga, 8 de 14 cánceres cervicales, 10 de 25 carcinomas colangiocelulares, 5 de 15 endometriosis, 5 de 8 cánceres gástricos de tipo difuso, todos de los 5 cánceres de ovario, todos de los 14 cánceres pancreáticos, 20 de 51 cánceres de próstata y 14 de 23 tumores de tejidos blandos.
La expresión de ECT2 está consistentemente elevada en 17 de 19 cánceres de vejiga, 5 de 12 cánceres de mama, todos de los 14 cánceres cervicales, todos de los 13 carcinomas colangiocelulares, todas de las 5 LMC, 7 de 8 cánceres colorrectales, 12 de 16 cánceres esofágicos, 6 de 16 NSCLC, 8 de 10 linfomas, 1 de 1 cáncer pancreático, 10 de 13 cánceres de próstata, 3 de 6 carcinomas renales y 12 de 13 cánceres SCLC.
La expresión de HIG2 está consistentemente elevada en 19 de 20 cánceres renales y 7 de 9 tumores de tejidos blandos.
La expresión de INHBB está consistentemente elevada en 10 de 21 carcinomas colangiocelulares, todos de los 12 cánceres esofágicos, 10 de 13 NSCLC, 22 de 24 carcinomas renales, 8 de 14 cánceres SCLC y 45 de 49 tumores de tejidos blandos.
La expresión de KIF20A está consistentemente elevada en todos de los 31 cánceres de vejiga, 38 de 61 cánceres de mama, 10 de 11 carcinomas colangiocelulares, 7 de 19 cánceres esofágicos, 21 de 22 NSCLC, todos de los 6 cánceres de ovario, 17 de 36 cánceres de próstata, 6 de 11 carcinomas renales y todos de los 15 SCLC.
La expresión de KNTC2 está consistentemente elevada en 30 de 32 cánceres de vejiga, 47 de 56 cánceres de mama, todos de los 10 cánceres cervicales, 16 de 22 carcinomas colangiocelulares, 17 de 37 LMC, 3 de 10 cánceres colorrectales, 11 de 46 cánceres esofágicos, 15 de 19 NSCLC, 7 de 8 linfomas, 20 de 24 osteosarcomas, 3 de 5 cánceres de ovario, todos los 2 cánceres pancreáticos, 15 de 37 cánceres de próstata, 14 de 19 carcinomas renales, todos de los 15 SCLC y 40 de 59 tumores de tejidos blandos.
La expresión de TKK está consistentemente elevada en todos de los 27 cánceres de vejiga, 25 de 30 cánceres de mama, 15 de 16 cánceres cervicales, todos de los 10 carcinomas colangiocelulares, 5 de 7 LMC, 6 de 10 cánceres colorrectales, 24 de 44 cánceres esofágicos, 8 de 15 cánceres de hígado, todos de los 12 NSCLC, todos de los 6 linfomas, 13 de 16 osteoblastomas, 12 de 17 cánceres de próstata, todos de los 15 SCLC y 16 de 33 tumores de tejidos blandos.
La expresión de URLC10 está consistentemente elevada en todos de los 29 cánceres de vejiga, 15 de 16 cánceres cervicales, todos de los 7 carcinomas colangiocelulares, 7 de 19 cánceres esofágicos, todos de los 3 cánceres gástricos, 24 de 27 NSCLC, 15 de 19 osteosarcomas, 4 de 5 cánceres pancreáticos, 33 de 43 tumores de tejidos blandos.
La presente invención se basa, al menos en parte, en la identificación de péptidos epítopos específicos de los productos génicos de estos genes (CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10) que poseen la capacidad de inducir linfocitos T citotóxicos (LTC) específicos a las moléculas correspondientes. Como se discute en detalle posteriormente, se estimularon células mononucleares de sangre periférica (PBMC) de donantes sanos usando péptidos candidatos de unión a HLA-A*2402 o HLA-A*0201 derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10. A continuación se establecieron clones y/o líneas de LTC con citotoxicidad específica contra las células diana positivas para HLA-A24 o HLA-A2 pulsadas con cada uno de los péptidos candidatos. Estos resultados demuestran que estos péptidos son péptidos epítopos restringidos a HLA-A24
o HLA-A2 que pueden inducir respuestas inmunitarias potentes y específicas contra células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10.
Según esto, la presente invención se refiere a las formas de realización caracterizadas en las reivindicaciones. Por tanto, se refiere a los siguientes puntos.
1.
Un péptido aislado de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido se selecciona del grupo que consiste en los péptidos que comprenden las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 o 358.
2.
Un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, en las que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, delecionan o añaden, en donde dicho péptido induce linfocitos T citotóxicos específicos para una célula que expresa CDH3.
3.
El péptido que tiene inducibilidad de células T citotóxicas del punto 2, en donde péptido consiste en una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, en las que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, delecionan o añaden, en donde dicho péptido induce linfocitos T citotóxicos específicos para una célula que expresa CDH3.
4.
El péptido que tiene inducibilidad de células T citotóxicas del punto 2, en donde péptido consiste en una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, en las
que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen o añaden, en donde dicho péptido induce linfocitos T citotóxicos específicos para una célula que expresa CDH3.
5.
El péptido de cualquiera de los puntos 2 a 4, en donde el segundo aminoácido desde el extremo N es fenilalanina, tirosina, metionina o triptófano.
5 6. El péptido de cualquiera de los puntos 2 a 5, en donde el aminoácido C-terminal es fenilalanina, leucina, isoleucina, triptófano o metionina.
7.
Un péptido aislado que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 o 358.
8.
Una composición farmacéutica para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer, dicha composición comprende al menos un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 o un polinucleótido que codificas el péptido.
9.
Uso de al menos un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 o un polinucleótido que codifica el péptido para la preparación de una composición farmacéutica para el tratamiento o la prevención del cáncer.
10.
Un exosoma que presenta en su superficie un complejo que comprende un péptido de cualquiera de los
puntos 1 a 7 y un antígeno HLA. 15 11. El exosoma del punto 10, en donde el antígeno HLA es HLA-A24.
12.
El exosoma del punto 11, en donde el antígeno HLA es HLA-A2402.
13.
Un método in vitro de inducir una célula presentadora de antígeno que tiene una alta inducibilidad de células T citotóxicas que comprende el paso de poner en contacto una célula presentadora de antígeno con un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 o comprende el paso de transferir un gen que comprende un polinucleótido que codifica un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 5 a una célula presentadora de antígeno.
14.
Un método in vitro de inducir una célula T citotóxica poniendo en contacto una célula T con un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7.
15.
Una célula T citotóxica aislada, que se induce poniendo en contacto una célula T con un péptido de
25 cualquiera de los puntos 1 a 7 o que se transduce con un ácido nucleico que codifica polipéptidos de la subunidad TCR que se unen a un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 en el contexto de HLA-A24.
16.
Una célula presentadora de antígeno, que comprende un complejo formado entre un antígeno HLA y un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 o que se induce por el método del punto 11.
17.
Una vacuna para su uso en inhibir la proliferación de una célula que expresa el gen de SEQ ID NO: 1, en donde la vacuna comprende un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 como un principio activo.
18.
Uso de un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7 como un principio activo para la preparación de una vacuna para inhibir la proliferación de una célula que expresa el gen de SEQ ID NO: 1.
19.
La vacuna del punto 17 o el uso del punto 18, en donde la célula que expresa el gen de SEQ ID NO: 1 es una célula cancerosa.
35 20. La vacuna o el uso del punto 19, formulado para la administración a un sujeto cuyo antígeno HLA es HLA-A24.
21.
Una vacuna para su uso en el tratamiento o la prevención del cáncer, dicha vacuna comprende al menos un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7, un fragmento inmunológicamente activo del mismo, o un polinucleótido que codifica dicho péptido o fragmento inmunológicamente activo.
22.
Uso de al menos un péptido de cualquiera de los puntos 1 a 7, un fragmento inmunológicamente activo del mismo, o un polinucleótido que codifica dicho péptido o fragmento inmunológicamente activo para la preparación de una vacuna para el tratamiento o la prevención del cáncer.
23.
La composición farmacéutica del punto 8, el uso de los puntos 9, 19 o 22 o la vacuna del punto 19 o 21, en donde el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical,
45 carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
24. Un método de cribado para un péptido, en donde 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, dicho método comprende los pasos de:
(a)
confirmar homología de secuencia no significativa a la secuencia entera de 1 o 2 aminoácidos sustituidos;
(b)
medir la inducibilidad de LTC del péptido sustituto candidato; y
(c)
seleccionar el péptido cuya inducibilidad de LTC es igual o mayor que la del péptido original.
55 Según esto, se divulgan métodos para el tratamiento o la prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10, por ejemplo, cáncer. Tales métodos implican el paso de administrar a un sujeto en necesidad de ello un polipéptido CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10 como se divulgan en el presente documento. La administración de tal(es) péptido(s) produce la inducción de inmunidad antitumoral se induce por la administración de estos polipéptidos. Por tanto, se divulgan métodos para inducir inmunidad antitumoral en un sujeto, tales métodos implican el paso de administrar al sujeto los polipéptidos CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, así como composiciones farmacéuticas para el tratamiento o la prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por
65 ejemplo, cáncer, que incluye los polipéptidos CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10. Los ejemplos de tales cánceres incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
5 Se divulgan además métodos para prevenir la recaída posoperatoria de la enfermedad mencionada anteriormente.
Respecto a los fines y objetivos específicos enumerados anteriormente, los expertos en la materia entenderán que uno o más aspectos de la invención pueden cumplir ciertos objetivos, mientras que uno o aspectos pueden cumplir ciertos otros objetivos. Cada objetivo puede no aplicarse igualmente, en todos sus respectos, a cada aspecto de esta invención. Como tal, los objetos en el presente documento, se pueden ver en la alternativa con respecto a cualquier aspecto de esta invención.
Objetos y características adicionales de la invención serán más completamente aparentes cuando se lea la siguiente descripción detallada junto con las figuras y ejemplos acompañantes. Sin embargo, se debe entender que tanto el 15 anterior compendio de la invención como la siguiente descripción detallada son de formas de realización preferidas, y no restrictivas de la invención u otras formas de realización alternativas de la invención. En particular, mientras que la invención se describe en el presente documento con referencia a un número de formas de realización específicas, se apreciará que la descripción es ilustrativa de la invención y no se construye como limitante de la invención. Varias modificaciones y aplicaciones se les pueden ocurrir a los expertos en la materia, como se describe en las reivindicaciones adjuntas. Asimismo, otros objetos, características, beneficios y ventajas de la presente invención serán aparentes a partir de este compendio y ciertas formas de realización descritas posteriormente, y serán fácilmente aparentes para los expertos en la materia. Tales objetos, características, beneficios y ventajas serán aparentes de lo anterior junto con los ejemplos, datos, figuras acompañantes y todas las inferencias razonables de que puedan sacar de los mismos, solo o con consideración a las referencias incorporadas en el presente
25 documento.
Breve descripción de las figuras
Varios aspectos y aplicaciones de la presente invención serán aparentes al experto en la materia tras la consideración de la breve descripción de las figuras y la descripción detallada de la presente invención y formas de realización preferidas que sigue:
[figura 1-1] La figura 1 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34), CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358), CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19), 35 CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30) y CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344) muestran potente producción de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA-A*2402. “b” representa la capacidad de inducir LTC de CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34). CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #4 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358). CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #4 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las
45 células diana pulsadas con el péptido epítopo. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19). CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. El pocillo #6 mostrado en pocillos recuadrados en el panel izquierdo demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos encuadrados en el panel medio, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “e” representa la capacidad de inducción de LTC de CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22). CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #2 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo.
55 [figura 1-2] La figura 1 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34), CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358), CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19), CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30) y CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344) muestran potente producción de IFN-gamma. “f” representa la capacidad de inducción de LTC de CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30). CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y el clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos recuadrados. El clon de LTC establecido generado contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen CDH3 como la molécula HLA-A24 (gráfico derecho inferior). Por otra parte, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud
65 completa de CDH3 pero no con HLA-A24 y COS7 transfectadas con HLA-A24 pero no con la longitud completa de CDH3 para el control negativo. El clon de LTC mostró actividad LTC específica alta contra COS7 transfectadas tanto
con CDH3 como HLA-A24. “g” representa la capacidad de inducción de LTC de CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344). CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se establecieron la línea y el clon de LTC del pocillo positivo #1 mostrado en los pocillos recuadrados. El clon de LTC establecido generado contra el péptido demostró la actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen CDH3 como la molécula HLA-A24 (gráfico derecho inferior). Por otra parte, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de CDH3 pero no con HLA-A24 y COS7 transfectadas con HLA-A24 pero no con la longitud completa de CDH3 para el control negativo. El clon de LTC mostró actividad de LTC específica alta contra COS7 transfectadas tanto con CDH3 como HLA-A24.
[figura 2] La figura 2 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestra que Epha4A24-9-453 (SEQ ID NO: 41), Epha4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44), Epha4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48), Epha4-A24-9869 (SEQ ID NO: 46), Epha4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78) Epha4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376) y Epha4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379) muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41). Epha4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #3 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44). Epha4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #2 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48). Epha4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. El pocillo #6 mostrado en pocillos recuadrados en el panel superior demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #6 mostrado en los pocillos recuadrados en el panel medio, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “e” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46). Epha4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46) demostró potente producción de IFNgamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “f” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78). Epha4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #4 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “g” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376). Epha4A02-9-501 (SEQ ID NO: 376) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea y clon de LTC del pocillo positivo #8 mostrado en los pocillos recuadrados. La actividad citotóxica de la línea de LTC establecida contra las células diana pulsadas con el péptido se midió mediante el ensayo de liberación de Cr (CRA) (gráfico inferior), y la línea de LTC tenía actividad citotóxica específica muy potente contra las células diana pulsadas con los péptidos. “h” representa la capacidad de inducción de LTC de Epha4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379). Epha4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea y clon de LTC del pocillo positivo #3 mostrado en los pocillos recuadrados. La actividad citotóxica de la línea de LTC establecida contra las células diana pulsadas con el péptido se midió mediante el ensayo de liberación de Cr (CRA) (gráfico derecho), y la línea de LTC tenía actividad citotóxica específica muy potente contra las células diana pulsadas con los péptidos.
[figura 3] La figura 3 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80), ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100) y ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101) muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80). ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. Los pocillos #5 y #7 mostrados en los pocillos recuadrados en el panel izquierdo demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #7 mostrado en los pocillos recuadrados en el segundo panel, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. La actividad citotóxica de la línea de LTC contra la línea de células cancerosas, TE6 que expresan endógenamente ECT2 y HLA-A24 se midió mediante ensayo de liberación de Cr (CRA), y el clon tenía una actividad citotóxica muy potente contra TE6. Por otra para, las células efectoras no demostraron la actividad citotóxica de la línea de LTC contra la línea de células cancerosas, TE5 que expresa solo ECT2 no se detectó. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100). ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea y clon de LTC del pocillo positivo #2 mostrado en los pocillos recuadrados. El clon de LTC establecido generado contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen ECT2 como la molécula HLA-A24. Por otra parte, se
prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de ECT2 pero no con HLA-A24, COS7 transfectadas con HLA-A24 y el gen URLC10 como un sustituto para la longitud completa de ECT2 y COS7 transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con ECT2-10-101 para el control negativo. El clon de LTC mostró actividad de LTC específica alta contra COS7 transfectadas tanto con ECT2 como HLA-A24. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101). ECT2-A24-10-101 demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea de LTC del pocillo positivo #1 mostrado en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida generada contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen ECT2 como la molécula HLA-A24. Por otra parte, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de ECT2 pero no con HLA-A24, COS7 transfectadas con HLA-A24 y el gen URLC10 como un sustituto para la longitud completa de ECT2 y COS7 transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con ECT2-10-40 para el control negativo. El clon de LTC mostró actividad de LTC específica alta contra COS7 transfectadas tanto con ECT2 como HLA-A24.
[figura 4-1] La figura 4 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A2410-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117) y HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121) muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110). HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #6 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111). HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFNgamma, y la línea y el clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #7 mostrado en los pocillos recuadrados, demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “d” representa la capacidad de inducción de HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387). HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y el clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos recuadrados, demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “e” representa la capacidad de inducción de HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114). HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea de LTC del pocillo positivo #10 mostrada en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida generada contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra 273T transfectadas tanto con la longitud completa del gen HIG2 como la molécula HLA-A02. Se prepararon 293T transfectadas con la longitud completa de HIG2 pero no con HLA-A02, 293T transfectadas con HLA-A02 y el gen FoxP3 como un sustituto para la longitud completa de HIG2 y 293T transfectadas con HLA-A02 y pulsadas con HIG2-9-15 para el control negativo. La línea de LTC mostró actividad de LTC específica alta contra 293T transfectadas tanto con HIG2 como HLA-A02.
[figura 4-2] La figura 4 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A2410-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117) y HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121) muestran producción potente de IFN-gamma. “f” representa la capacidad de inducción de LTC de HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112). HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea o el clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #1 y #7 mostrados en los pocillos recuadrados, demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “g” representa la capacidad de inducción de LTC de HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394). HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y el clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #7 mostrados en los pocillos recuadrados, demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “h” representa la capacidad de inducción de HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116). HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea de LTC del pocillo positivo #10 mostrada en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida generada contra el péptido demostró la actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen HIG2 como la molécula HLA-A02. Se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de HIG2 pero no con HLA-A02, y COS7 transfectadas con HLA-A02 y pulsadas con HIG2-9-8 para el control negativo. La línea de LTC mostró actividad de LTC específica alta contra COS7 transfectadas tanto con HIG2 como HLA-A02.
[figura 4-3] La figura 4 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A2410-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117) y HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121) muestran producción potente de IFN-gamma. “i” representa la capacidad de inducción de LTC de HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117). HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea de LTC del pocillo positivo #10 mostrada en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida generada contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen HIG2 como la molécula HLA-A02 (gráfico medio). Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de HIG2 pero no con HLA-A02, COS7 transfectadas con HLA-A02 y el gen TTK como sustituto para longitud completa de HIG2 y COS7 transfectadas con HLA-A02 y pulsadas con HIG2-9-8
5 para el control negativo. La actividad citotóxica del clon de LTC contra 293T, transfectadas tanto con la longitud completa de HIG2 como la molécula HLA-A02, y la línea de células cancerosas, Caki-1 que expresa endógenamente HIG2 y HLA-A02 se midió mediante ensayo de liberación de Cr (CRA) (gráficos inferiores), y el clon de LTC tenía actividad citotóxica muy potente contra el transfectante tanto con el gen HIG2 como HLA-A02, y Caki-1. Por otra parte, las células efectoras no demostraron actividad citotóxica de la línea de LTC contra 293T transfectadas solo con HIG2 o solo con HLA-A02 y la línea de células cancerosas, A498 que expresa solo HIG2 no se detectó. “j” representa la capacidad de inducción de LTC de HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121). HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFNgamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #9 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo.
15 [figura 5-1] La figura 5 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137) e INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426) muestran producción potente de IFNgamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395). INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea y clon de LTC del pocillo positivo #7 mostrada en los pocillos recuadrados. Se midió la actividad citotóxica del clon de LTC establecido contra células tumorales, Miapaca2 que expresan tanto INHBB como HLA-A02 mediante ensayo de liberación de Cr (CRA), y las
25 células efectoras mostraron actividad citotóxica específica alta contra Miapaca2. Por otra parte, no mostró actividad citotóxica significativa contra Caki-1 que expresa INHBB pero no HLA-A02. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133). INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea de LTC del pocillo positivo #3 mostrado en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida generada contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra 293T transfectadas tanto con la longitud completa del gen INHBB como la molécula HLA-A24. Además se prepararon 293T transfectadas con la longitud completa de INHBB pero no HLA-A24 y 293T transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con el péptido INHBB-10-305 para el control negativo.
35 [figura 5-2] La figura 5 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), INHBB-A24-l0-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137) y INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426) muestran producción potente de IFNgamma. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de INHBB-A24-l0-305 (SEQ ID NO: 135). INHBB-A24-l0305 (SEQ ID NO: 135) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se estableció una línea y clon de LTC del pocillo positivo #2 mostrado en los pocillos recuadrados. El clon de LTC establecido generado contra el péptido demostró la actividad de LTC específica contra 293T transfectadas tanto con la longitud completa del gen INHBB como la molécula HLA-A24. Además se prepararon 293T transfectadas con la longitud completa de INHBB pero no HLA-A24 y 293T transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con el péptido INHBB-10-180 para el control negativo. “e” representa la capacidad de inducción de
45 LTC de INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137). INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y se establecieron líneas de LTC del pocillo positivo #8 mostrado en los pocillos recuadrados en el panel superior y #2 mostrado en pocillos recuadrados en el panel inferior. La línea de LTC del pocillo #8 mostró la actividad LTC específica contra 293T transfectadas tanto con la longitud completa del gen INHBB como la molécula HLA-A24. Además se prepararon 293T transfectadas con la longitud completa de INHBB pero no HLA-A24 y 293T transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con el péptido INHBB-10-40 para el control negativo. “f” representa la capacidad de inducción de LTC de INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426). INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426) demostró potente producción de IFNgamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #1 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células
55 diana pulsadas con el péptido epítopo.
[figura 6-1] La figura 6 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186), KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194) y KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174) muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186). KIF20A-A24-10304 (SEQ ID NO: 186) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. El pocillo #5 mostrado en pocillos recuadrados en el panel derecho inferior demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, la línea y el clon de LTC, 65 que se establecieron del pocillo positivo #5 mostrado en pocillos recuadrados en el panel izquierdo superior, también demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. El clon de LTC
establecido generado contra el epítopo demostró actividad LTC específica contra 24-LCL transfectadas con la longitud completa del gen KIF20A. Además, se preparó A24-LCL transfectada con el vector vacío para el control negativo. La actividad citotóxica del clon de LTC contra células tumorales Miapaca2 que expresan tanto KIF20A y HLA-A24 se midió mediante ensayo de liberación de Cr (CRA) y el clon de LTC tenía actividad citotóxica muy potente contra Miapaca2 (gráfico derecho inferior). Por otra parte, no mostró actividad citotóxica específica significativa contra PK59 que expresan KIF20A pero no HLA-A24. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178). KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. El pocillo #3 y 4 mostrado en pocillos recuadrados en el panel izquierdo demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, la línea de LTC, que se estableció del pocillo positivo #3 mostrado en pocillos recuadrados en el panel izquierdo, también demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. La línea de LTC establecida demostró alta actividad de LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen KIF20A como la molécula HLA-A24. Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de KIF20A pero no HLA-A24 y COS7 transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con el péptido KIF20A-9-621 para el control negativo.
[figura 6-2] La figura 6 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186), KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194) y KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174) muestran producción potente de IFN-gamma. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194). KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y líneas de LTC que se establecieron del pocillo positivo #6 mostrado en los pocillos recuadrados en el panel izquierdo superior y #3 mostrado en pocillos recuadrados en el panel medio inferior demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, el clon de LTC seleccionado de la línea de LTC del pocillo #6 por dilución limitante demostró actividad LTC específica contra las células diana. El clon de LTC establecido mostró actividad de LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen KIF20A como la molécula HLA-A24. Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de KIF20A pero no HLA-A24, COS7 transfectadas con HLA-A24 y el gen URLC10 como sustituto para la longitud completa de KIF20A y COS7 transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con el péptido KIF20A-10-308 para el control negativo. “e” representa la capacidad de inducción de LTC de KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174). KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y líneas de LTC que se establecieron del pocillo positivo #2 mostrado en los pocillos recuadrados en el panel izquierdo superior y #6 mostrado en pocillos recuadrados en el panel medio inferior demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, el clon de LTC seleccionado de la línea de LTC del pocillo #2 por dilución limitante demostró actividad LTC específica contra las células diana. La actividad citotóxica del clon de LTC contra las células tumorales, PK45P que expresan tanto KIF20A como HLA-A24 se midió mediante ensayo de liberación de Cr (CRA), y el clon de LTC tenía actividad citotóxica muy potente contra PK45P. Por otra parte, no mostró actividad citotóxica específica significativa contra PK59 que expresan KIF20A pero no HLA-A24.
[figura 7-1] La figura 7 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196), KNTC2-A24-9-124 (SEQ ED NO: 202), KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210) KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213), KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217) y KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223) muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196). KNTC2A24-9-309 (SEQ ID NO: 196) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #8 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-9-124 (SEQ ED NO: 202). KNTC2-A24-9-124 (SEQ ED NO: 202) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210). KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y el clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “e” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213). KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #7 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo.
[figura 7-2] La figura 7 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196), KNTC2-A24-9-124 (SEQ ED NO: 202), KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210) KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213), KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217) y KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223) muestran producción potente de IFN-gamma. “f” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214). KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214)
demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las líneas y clon de LTC que se establecieron del pocillo positivo #4 mostrado en los pocillos recuadrados en el panel izquierdo superior y #5 mostrado en pocillos recuadrados en el panel medio, demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. Además, el clon de LTC seleccionado de la línea de LTC del pocillo #5 mediante dilución limitante demostró actividad LTC específica contra las células diana. La línea de LTC establecida del pocillo #4 mostró actividad LTC específica contra HEK293 transfectadas tanto con la longitud completa del gen KNTC2 como la molécula HLA-A24. Además, se prepararon HERK293 transfectadas con la longitud completa de KNTC2 pero no con HLA-A24, HERK293 transfectadas con HLA-A24 pero longitud completa de KNTC2 y HERK293 transfectadas con HLA-A24 y pulsadas con el péptido KNTC-9-309 para el control negativo. “g” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217). KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #1 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “h” representa la capacidad de inducción de LTC de KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223). KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #8 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo.
[figura 8-1] La figura 8 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233), TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228) y TTKA02-10-462 (SEQ ID NO: 254), muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227). TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFNgamma, y la línea y dos clones de LTC que se establecieron del pocillo positivo #4 mostrado en los pocillos recuadrados, demostraron la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. El clon de LTC establecido mostró alta actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen TTK como la molécula HLA-A02. Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de TTK pero no HLA-A02, COS7 transfectadas con HLA-A02 pero no longitud completa de TTK y COS7 transfectadas con HA-A02 y pulsadas con el péptido TTK-9-547 para control negativo. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233). TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233) demostró potente producción de IFNgamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y clones de LTC se establecieron del pocillo positivo #1 mostrados en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida mostró alta actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen TTK como la molécula HLA-A02. Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de TTK pero no HLA-A02, y COS7 transfectadas con HLA-A02 y el gen HIG2 como sustituto para la longitud completa de TTK para control negativo.
[figura 8-2] La figura 8 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233), TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228) y TTKA02-10-462 (SEQ ID NO: 254), muestran producción potente de IFN-gamma. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228). TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y clones de LTC se establecieron del pocillo positivo #2 mostrados en los pocillos recuadrados. La línea de LTC establecida mostró alta actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen TTK como la molécula HLA-A02. Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de TTK pero no HLA-A02, COS7 transfectadas con HLA-A02 pero no longitud completa de TTK y COS7 transfectadas con HA-A02 y pulsadas con el péptido TTK-10-462 para control negativo.
[figura 8-3] La figura 8 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233), TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228) y TTKA02-10-462 (SEQ ID NO: 254), muestran producción potente de IFN-gamma. “e” representa la capacidad de inducción de LTC de TTK-A02-10-462 (SEQ ID NO: 254). TTK-A02-10-462 (SEQ ID NO: 254) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y tres clones de LTC se establecieron del pocillo positivo #8 mostrados en los pocillos recuadrados. El clon de LTC establecido mostró alta actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con la longitud completa del gen TTK como la molécula HLA-A02. Además, se prepararon COS7 transfectadas con la longitud completa de TTK pero no HLA-A02, COS7 transfectadas con HLA-A02 pero no longitud completa de TTK y COS7 transfectadas con HA-A02 y pulsadas con el péptido TTK-9-547 para control negativo.
[figura 9-1] La figura 9 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que URLC10-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271), URLC10-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272) y URLC10-A02-10-211 (SEQ ID NO: 288) muestran producción potente de IFN-gamma. “a” representa el ejemplo de péptidos negativos que no se podrían detectar capacidad de inducir LTC a pesar de posible actividad de unión con HLA. “b” representa la capacidad de inducción de LTC de URLC10-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271). URLC10-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #7 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta
específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “c” representa la capacidad de inducción de LTC de URLC10-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272). URLC10-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea de LTC que se estableció del pocillo positivo #13 mostrado en los pocillos recuadrados, demostró la respuesta específica contra las células diana pulsadas con el péptido epítopo. “d” representa la capacidad de inducción de LTC de URLC10-A02-10211 (SEQ ID NO: 288). URLC10-A02-10-211 (SEQ ID NO: 288) demostró potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y la línea y clones de LTC se establecieron del pocillo positivo #5 mostrado en los pocillos recuadrados.
[figura 9-2] La figura 9 representa los resultados del cribado de péptidos epítopo que, a su vez, demuestran que URLC10-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271), URLC10-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272) y URLC10-A02-10-211 (SEQ ID NO: 288) muestran producción potente de IFN-gamma. “Continuación de d” El clon de LTC establecido mostró alta actividad LTC específica contra COS7, Hek293 y 293T que se transfectaron tanto con la longitud completa del gen URLC10 como la molécula HLA-A02. Además, se prepararon COS7, Hek293 y 293T que se transfectaron con la longitud completa de URLC10 pero no HLA-A02 y COS7, Hek293 y 293T que se transfectaron con HLA-A02 y se pulsaron el péptido URCL10-10-64 para el control negativo. En estas figuras “+” significa la diana pulsada con el péptido, “-” significa la diana sin pulsar con el péptido, “R” significa respondedor, “S” significa estimulador, “E” significa efector y “D” significa diana.
Descripción detallada de la invención
Las palabras “un”, “una”, “el” y “la” como se usan en el presente documento significan “al menos uno” a menos que se indique específicamente de otra manera.
A menos que se defina de otra manera, todos los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado que comúnmente entiende el experto en la materia a la que pertenece esta invención.
La presente invención se basa en parte en el descubrimiento de dianas aplicables de inmunoterapia. La identificación de nuevos AAT, particularmente esos que inducen respuestas antitumorales potentes y específicas, garantiza el desarrollo adicional de la aplicación clínica de la estrategia de vacunación con péptidos en varios tipos de cáncer (Boon T et al., (1996) J Exp Med 183: 725-9; van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7; Brichard V et al., (1993) J Exp Med 178: 489-95; Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52; Shichijo S et al., (1998) J Exp Med 187:277-88; Chen YT et al., (1997) Proc.Natl.Acd. Sci.USA, 94: 1914-8; Harris CC, (1996) J Natl Cancer Inst 88:1442-55; Butterfield LH et al., (1999) Cancer Res 59:3134-42; Vissers IL et al., (1999) Cancer Res 59: 5554-9; van der Burg SH et al., (1996) J. Immunol 156:3308-14; Tanaka F et al., (1997) Cancer Res 57:4465-8; Fujie T et al., (1999) Int J Cancer 80:169-72; Kikuchi M et al., (1999) Int J Cancer 81 : 459-66; Oiso M et al., (1999) Int J Cancer 81:387-94). Puesto que con frecuencia los AAT no tienen inmunogenicidad, el descubrimiento de dianas ajustadas es un asunto extremadamente importante.
Como se ha indicado anteriormente,
CDH3 (No. de acceso de GenBank NM_001793; SEQ ID Nos.1, 2), EPHA4 (No. de acceso de GenBank L36645; SEQ ID Nos.3, 4), ECT2 (No. de acceso de GenBank AY376439; SEQ ID Nos.5, 6), HIG2 (No. de acceso de GenBank NM_013332; SEQ ID Nos.7, 8) INHBB (No. de acceso de GenBank NM_002193; SEQ ID Nos.9, 10), KIF20A (No. de acceso de GenBank NM_005733; SEQ ID Nos.11, 12), KNTC2 (No. de acceso de GenBank AF017790; SEQ ID Nos.13, 14), TTK (No. de acceso de GenBank NM_003318; SEQ ID Nos.15, 16) y URLC10 (No. de acceso de GenBank NM_017527; SEQ ID Nos.17, 18) se identificaron previamente como sobreexpresados en varios cánceres usando tecnologías de micromatriz de ADNc.
En el presente documento, se muestran que péptidos derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10 son epítopos de AAT restringidos por HLA-A24 y HLA-A2, un alelo de HLA comúnmente encontrado en las poblaciones japonesa y blanca. Específicamente, usando sus afinidades de unión a HLA-A24 o HLA-A2, se identificaron candidatos de péptidos de unión a HLA-A24 o HLA-A2 derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10. Después de la estimulación in vitro de células T por células dendríticas (CD) cargadas con estos péptidos, se establecieron con éxito LTC usando los siguientes péptidos.
CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19), CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30), CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34), CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344), CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358), EphA4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41),
EphA4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44), EphA4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46), EphA4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48), EphA4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78), 5 EphA4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376), EphA4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379), ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80), ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100), ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101), HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), 15 HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117), HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121), INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137), INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426), KIF20A-A249-305 (SEQ ID NO: 174), 25 KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186), KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194), KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196), KNTC2-A24-9-124 (SEQ ID NO: 202), KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210), KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213), KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217), KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223), 35 TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228), TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233), TTK-A02-10-462 (SEQ ID NO: 254), URLC-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271), URLC-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272) y URLC-A02-10-211 (SEQ ID NO: 288).
Estos péptidos son péptidos epítopos de cada AAT restringidos por HLA-A24 o HLA-A2. Puesto que estos antígenos se sobreexpresan en la mayoría de los cánceres y están asociados con proliferación de células tumorales,
45 encuentran utilidad como dianas inmunoterapéuticas contra cánceres. Los cánceres ejemplares incluyen, pero no están limitadas a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
Según esto, se divulgan métodos de tratamiento o prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres en un sujeto, tales métodos incluyen los pasos de administrar al sujeto un péptido inmunogénico de menos de aproximadamente 40 aminoácidos, con frecuencia de menos de aproximadamente 20 aminoácidos, habitualmente menos de
55 aproximadamente 15 aminoácidos y que tienen las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288.
De forma alternativa, el péptido inmunogénico puede tener una secuencia de aminoácidos como se muestra en SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 en las que 1, 2 o varios (por ejemplo, hasta 5) aminoácidos se sustituyen, delecionan o añaden, siempre que el péptido variante resultante retenga la actividad inmunogénica (es decir, la capacidad de inducir LTC específicos para células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo,
65 cánceres).
El número de residuos que se va a sustituir, delecionar o añadir, generalmente es 5 aminoácidos o menos, preferiblemente 4 aminoácidos o menos, más preferiblemente 3 aminoácidos o menos, incluso más preferiblemente uno o dos aminoácidos. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer
5 gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular. Además se divulgan métodos para prevenir la recaída posoperatoria de estas enfermedades mencionadas anteriormente.
Los péptidos variantes (es decir, los péptidos que tienen una secuencia de aminoácidos modificada mediante sustitución, deleción o adición de uno, dos o varios residuos de aminoácidos a una secuencia original de aminoácidos) se sabe que retienen la actividad biológica original (Mark DF et al., (1984) Proc Natl Acad Sci USA 81: 5662-6; Zoller MT y Smith M, (1982) Nucleic Acids Res 10:6487-500; Dalbadie-McFarland G et al., (1982) Proc Natl Acad Sci USA 79: 6409-13). En el contexto de la presente invención, es preferible que la modificación de aminoácidos produzca conservación de las propiedades de la cadena lateral del aminoácido (un proceso conocido
15 como sustitución conservadora de aminoácidos). Los ejemplos de propiedades de cadenas laterales de aminoácidos incluyen aminoácidos hidrofóbicos (A, I, L, M, F, P, W, Y, V), aminoácidos hidrofílicos (R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T) y las cadenas laterales que tienen los siguientes grupos funcionales o características en común: una cadena lateral alifática (G, A, V, L, I, P); una cadena lateral que contiene un grupo hidroxilo (S, T, Y); una cadena lateral que contiene un átomo de azufre (C, M); una cadena lateral que contiene ácido carboxílico y amida (D, N, E, Q); una cadena lateral que contiene una base (R, K, H); y una cadena lateral que contiene un aromático (H, F, Y, W). Nótese que las letras entre paréntesis indican los códigos de una letra de los aminoácidos.
En formas de realización preferidas, el péptido inmunogénico es un nonapéptido (9-mero) o un decapéptido (10mero).
25 También se divulga un método de inducir inmunidad antitumoral para una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, en un sujeto, tal método incluye los pasos de administrar al sujeto un péptido inmunogénico de la presente invención, es decir, uno que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 o una variante del mismo (es decir, incluyendo 1, 2 o varias (por ejemplo, hasta 5) sustituciones, deleciones o adiciones de aminoácidos) al sujeto en necesidad de ello. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer
35 gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
En el contexto de la presente invención, el sujeto es preferiblemente un mamífero. Los mamíferos ejemplares incluyen, pero no están limitados a, por ejemplo, un ser humano, primate no humano, ratón, rata, perro, gato, caballo
o vaca.
En la presente invención el péptido se puede administrar a un sujeto a través de un protocolo in vivo o ex vivo. Además, también se divulga el uso de un nonapéptido o decapéptido seleccionado de péptidos que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110,
45 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 (y variantes de los mismos) para fabricar una composición inmunogénica para el tratamiento o la prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
Los análisis de homología de los siguientes péptidos demuestran que no tienen homología significativa con los 55 péptidos derivados de cualquier producto génico humano conocido.
CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19), CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30), CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34), CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344), CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358), EphA4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41), EphA4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44),
65 EphA4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46), EphA4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48),
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Según esto, la posibilidad de respuestas inmunitarias desconocidas o indeseables con inmunoterapia contra estas moléculas se reduce significativamente.
Respecto a los antígenos HLA, los datos presentados aquí demuestran que los usos de antígenos de tipo A-24 o tipo A-2 (que se dice que se expresan altamente entre los japoneses) son favorables para obtener resultados eficaces. Los usos de subtipos tales como A-2402 y A-0201 son incluso más preferibles. Típicamente, en clínica, el tipo de antígeno HLA del paciente que requiere tratamiento se investiga por adelantado, lo que a su vez, permite la selección de péptidos apropiados que tienen niveles altos de afinidad de unión al antígeno del paciente, o que tienen inducibilidad de células T citotóxicas (LTC) por presentación de antígeno. Además, para obtener péptidos que tienen alta afinidad de unión e inducibilidad de LTC, se pueden realizar la sustitución, deleción o adición de 1, 2 o varios (por ejemplo, hasta 5) aminoácidos basada en la secuencia de aminoácidos de los péptidos parciales de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 naturales. En el presente documento, el término “varios” significa que se refiere a 5 o menos, más preferiblemente 3 o menos. Por otra parte, además de los péptidos que se muestran de forma natural, puesto que la regularidad de péptidos mostrados por unión a antígenos HLA ya se conoce (Kubo RT, et al., (1994) J. Immunol., 152, 3913-24; Rammensee HG, et al., (1995) lmmunogenetics. 41:178-228; Kondo A, et al., (1995) J. Immunol. 155:4307-12), se pueden realizar modificaciones basadas en tal regularidad en los péptidos inmunogénicos de la invención. Por ejemplo, se pueden usar favorablemente péptidos que poseen alta afinidad de unión a HLA-24 en los que el segundo aminoácido desde el extremo N se sustituye con fenilalanina, tirosina, metionina o triptófano. Asimismo, se pueden usar favorablemente péptidos cuyo aminoácido Cterminal se sustituye con fenilalanina, leucina, isoleucina, triptófano o metionina. Por otra parte, se pueden usar favorablemente péptidos con alta afinidad de unión a HLA-A2 en los que el segundo aminoácido desde el extremo N se sustituye con leucina o metionina, y péptidos cuyo aminoácido C-terminal se sustituye con valina o leucina. La sustitución se realiza no solo en los aminoácidos terminales sino también en la posición de potencial reconocimiento de TCR de péptidos. Varios estudios han demostrado que las sustituciones de aminoácidos en un péptido pueden ser igual o mejor que el original, por ejemplo CAP-1, p53 (264-272), Her-2/neu (369-377) o gp100 (209-117) (Zaremba et al. Cancer Res. 57, 4570-4577, 1997, T. K. Hoffmann et al. J Immunol. (2002) 1 Feb;168(3):1338-47., S. O. Dionne et
al. Cancer Immunol immunother. (2003) 52: 199-206 y S. O. Dionne et al. Cancer Immunology, Immunotherapy (2004) 53, 307-314). Además, se pueden añadir 1 o 2 aminoácidos al extremo N y/o extremo C del péptido.
Sin embargo, cuando la secuencia peptídica es idéntica a una parte de la secuencia de aminoácidos de una proteína endógena o exógena que tiene una función diferente, se pueden inducir efectos secundarios tales como trastornos autoinmunes o síntomas alérgicos contra sustancias específicas. Por tanto, es preferible evitar la situación en donde la secuencia inmunogénica coincide con la secuencia de aminoácidos de una proteína conocida. Esta situación se debe evitar realizando una búsqueda de homología usando bases de datos disponibles. Si las búsquedas de homología confirman que péptidos en los que 1, 2 o varios aminoácidos diferentes no existen en la naturaleza, entonces se puede evitar el peligro que las modificaciones de la secuencia de aminoácidos mencionada anteriormente que, por ejemplo, aumente la afinidad de unión con antígenos HLA, y/o aumente la inducibilidad de LTC.
Aunque se espera que los péptidos que tienen alta afinidad de unión a los antígenos HLA como se ha descrito anteriormente sean altamente eficaces como vacunas contra cáncer, los péptidos candidatos, que se seleccionan según la presencia de alta afinidad de unión como un indicador, se deben examinar para la presencia real de inducibilidad de LTC. La inducibilidad de LTC se puede confirmar rutinariamente induciendo células presentadoras de antígeno que tienen antígenos de MHC humanos (por ejemplo, linfocitos B, macrófagos y células dendríticas), o más específicamente células dendríticas derivadas de leucocitos mononucleares de sangre periférica humana, y, después de la estimulación con el péptido de interés, mezclando con células CD8 positivas y midiendo la actividad citotóxica contra las células diana. Como sistema de reacción, se pueden usar animales transgénicos producidos para que expresen un antígeno HLA humano (por ejemplo, los descritos en BenMohamed L, et al., (2000) Hum. Immunol.; 61(8):764-79 artículos relacionados, libros, Linkout). Por ejemplo, las células diana se pueden marcar radioactivamente con 51Cr y similares, y se puede calcular la actividad citotóxica a partir de la radioactividad liberada de las células diana. De forma alternativa, se puede examinar midiendo el IFN-gamma producido y liberado por LTC en presencia de células presentadoras de antígeno que tienen péptidos inmovilizados, y visualizar la zona de inhibición en el medio usando anticuerpos monoclonales anti-IFN-gamma.
Como resultado de examinar la inducibilidad de LTC de péptidos como se ha descrito anteriormente, se descubrió que esos péptidos que tienen alta afinidad de unión a un antígeno HLA no tienen necesariamente alta inducibilidad. Sin embargo, los nanopéptidos o decapéptidos seleccionados del grupo de péptidos que tienen las secuencias de aminoácidos indicadas por los siguientes péptidos mostraron inducibilidad de LTC particularmente alta.
CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19), CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30), CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34), CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344), CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358), EphA4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41), EphA4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44), EphA4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46), EphA4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48), EphA4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78), EphA4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376), EphA4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379), ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80), ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100), ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101), HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117), HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121), INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137), INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426), KIF20A-A249-305 (SEQ ID NO: 174), KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186),
KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194), KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196), KNTC2-A24-9-124 (SEQ ID NO: 202), KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210),
5 KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213), KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217), KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223), TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228), TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233), TTK-A02-10-462 (SEQ ID NO: 254), URLC-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271), URLC-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272) y
15 URLC-A02-10-211 (SEQ ID NO: 288).
Como se ha indicado anteriormente, se divulgan péptidos que tienen inducibilidad de células T citotóxicas, es decir los que tienen la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 o una variante de los mismos (es decir, esos en los que se sustituyen, delecionan o añaden 1, 2 o varios aminoácidos).
Es preferible que las secuencias de aminoácidos compuestas de 9 o 10 aminoácidos indicadas en SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395,
25 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 o una variante de las mismas no coincidan con una secuencia de aminoácidos asociada con otra proteína endógena.
En particular, la sustitución de aminoácido a leucina o metionina en el segundo aminoácido desde el extremo N, la sustitución de aminoácido a valina o leucina en el aminoácido C-terminal, y la adición de aminoácido de 1 o 2 aminoácidos en el extremo N y/o en el extremo C son ejemplos de variantes preferidas.
El experto en la materia reconocerá que además de las sustituciones y adiciones de aminoácidos, también se pueden usar fragmentos inmunológicamente activos de los péptidos en los métodos de la invención. Los métodos para determinar fragmentos activos se conocen bien en la técnica. Los clones de LTC obtenidos mediante
35 estimulación por estos péptidos modificados pueden reconocer los péptidos originales y producir daño a células que expresan los péptidos originales.
Los péptidos de la presente invención se pueden preparar usando técnicas bien conocidas. Por ejemplo, los péptidos se pueden preparar sintéticamente, usando bien tecnología de ADN recombinante o síntesis química. Los péptidos de la presente invención se pueden sintetizar individualmente o como polipéptidos más largos compuestos de dos o más péptidos. Los péptidos de la presente invención preferiblemente están aislados, es decir, sustancialmente libres de otras proteínas naturales de la célula huésped y fragmentos de las mismas.
Los péptidos de la presente invención pueden contener modificaciones, tales como glicosilación, oxidación de
45 cadenas laterales, o fosforilación; siempre que las modificaciones no destruyan la actividad biológica de los péptidos como se describe en el presente documento, es decir, la capacidad de unión a un antígeno HLA y de inducir LTC. Otras modificaciones incluyen la incorporación de D-aminoácidos u otros miméticos de aminoácidos que se pueden usar, por ejemplo, para aumentar la semivida en suero de los péptidos.
Además, se divulga un método de cribado para un péptido en el que 1, 2 o varios aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217 o 223, dicho método comprende los pasos de:
55 (a) confirmar homología de secuencia no significativa a la secuencia entera de 1, 2 o varios sustitutos de aminoácidos;
(b)
medir la inducibilidad de LTC del péptido sustituto candidato; y
(c)
seleccionar el péptido cuya inducibilidad de LTC es igual o mayor que la del péptido original.
Por ejemplo, se divulga un método de identificar un péptido que tiene una capacidad de inducir LTC contra células que expresan al menos un antígeno asociado a tumor, en donde el antígeno asociado a tumor es un antígeno seleccionado del grupo que consiste en CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10, dicho método comprende los pasos de:
65 (i) proporcionar o generar al menos una secuencia candidata que consiste en una secuencia de aminoácidos modificada por sustitución, deleción o adición de uno, dos o varios residuos de aminoácidos a una secuencia original de aminoácidos, en donde la secuencia original de aminoácidos se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217 o 223;
(ii) seleccionar la secuencia candidata que no tiene homología sustancial significativa con los péptidos derivados 5 de cualquier producto génico humano diferente de dichos antígenos asociados a tumor;
(iii) poner en contacto un péptido que consiste en la secuencia candidata seleccionada en el paso (ii) con células presentadoras de antígeno;
(iv) poner en contacto las células presentadoras de antígeno del paso (iii) con células T para evaluar la capacidad del péptido para estimular las células T; y
10 (v) identificar el péptido cuya inducibilidad de LTC es igual o mayor que la de un péptido que consiste en la secuencia original de aminoácidos.
Preferiblemente, el aminoácido se sustituye por un aminoácido diferente en el que las propiedades de la cadena lateral del aminoácido se conservan (un proceso conocido como sustitución conservadora de aminoácidos). Los 15 ejemplos de propiedades de cadenas laterales de aminoácidos son aminoácidos hidrofóbicos (A, I, L, M, F, P, W, Y, V), aminoácidos hidrofílicos (R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T) y las cadenas laterales que tienen los siguientes grupos funcionales o características en común: una cadena lateral alifática (G, A, V, L, I, P); una cadena lateral que contiene un grupo hidroxilo (S, T, Y); una cadena lateral que contiene un átomo de azufre (C, M); una cadena lateral que contiene ácido carboxílico y amida (D, N, E, Q); una cadena lateral que contiene una base (R, K, H); y una cadena
20 lateral que contiene un aromático (H, F, Y, W). Nótese que las letras entre paréntesis indican los códigos de una letra de los aminoácidos. En la presente invención, una homología significativa sustancial es, por ejemplo, más del 90%, preferiblemente del 95%, más preferiblemente del 99% o 100% de identidad con un producto génico humano conocido que se va a comparar.
25 Los péptidos divulgados en el presente documento se pueden preparar como una combinación, que incluye dos o más péptidos como se divulgan en el presente documento, para su uso como una vacuna para una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10; por ejemplo cánceres, tal vacuna induce LTC in vivo. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal,
30 endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular. Los péptidos pueden estar en una mezcla o se pueden conjugar entre sí usando técnicas estándar. Por ejemplo, los péptidos se pueden expresar como una única secuencia polipeptídica. Los péptidos en la combinación pueden ser iguales o diferentes.
35 Mediante la administración de los péptidos de esta invención, los péptidos se presentan en una alta densidad en los antígenos HLA de células presentadoras de antígeno que, a su vez, inducen LTC que específicamente reaccionan hacia el complejo formado entre el péptido presentado y el antígeno HLA. De forma alternativa, células presentadoras de antígeno que tienen inmovilizados los péptidos de esta invención en su superficie celular,
40 obtenidas retirando células dendríticas de los sujetos, se pueden estimular por los péptidos de esta invención. La readministración de estas células a los respectivos sujetos induce LTC y, como resultado, se puede aumentar la agresividad hacia las células diana.
Más específicamente, se divulgan fármacos para el tratamiento y/o la prevención de proliferación, metástasis y
45 similares, de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10; por ejemplo cánceres, que incluyen uno o más péptidos como se divulgan en el presente documento o un polinucleótido que codifica los péptidos. Los péptidos o polinucleótidos como se divulgan en el presente documento encuentran utilidad particular en el tratamiento de una enfermedad que se asocia a CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10; por ejemplo cánceres. Los cánceres contemplados
50 incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
55 Los péptidos de esta invención se pueden administrar a un sujeto directamente, como una composición farmacéutica que se ha formulado por métodos de formulación convencionales. En tales casos, además de los péptidos de esta invención, se pueden incluir soportes, excipientes y similares, que se usan habitualmente para fármacos según sea apropiado, sin limitaciones particulares. Las composiciones inmunogénicas como se divulgan en el presente documento se pueden usar para el tratamiento y la prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión
60 de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10; por ejemplo cánceres. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
Las composiciones inmunogénicas para el tratamiento y/o la prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10; por ejemplo cánceres, que incluye como principio activo uno o más péptidos como se divulgan, puede incluir además un adyuvante de modo que se pueda establecer la inmunidad celular eficazmente. De forma alternativa, se pueden administrar con otros principios activos, tales como agentes anticáncer.
Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular. Las formulaciones adecuadas incluyen gránulos. Los adyuvantes adecuados se describen en la bibliografía (Johnson AG. (1994) Clin. Microbiol. Rev., 7:277-89).
Los adyuvantes ejemplares incluyen, pero no están limitados a, fosfato de aluminio, hidróxido de aluminio y alumbre. Además, se pueden usar convenientemente formulaciones de liposomas, formulaciones granulares en las que el fármaco está unido a bolas de unos pocos micrómetros, y formulaciones en las que un lípido está unido al péptido. El método de administración puede ser oral, intradérmico, subcutáneo, inyección intravenosa, o similar, y puede incluir administración sistémica o administración local en la vecindad del tumor atacado.
La dosis del/de los péptido(s) de la invención se puede ajustar apropiadamente según la enfermedad que se va a tratar, la edad del paciente, peso, método de administración, y similares. Aunque la dosis es habitualmente de 0,001 mg a 1000 mg, preferiblemente de 0,01 mg a 100 mg, más preferiblemente de 0,1 a 10 mg, preferiblemente administrada una vez en unos pocos días a pocos meses, el experto en la materia puede seleccionar fácilmente la dosis y método de administración apropiados ya que la selección y optimización de estos parámetros están dentro de las capacidades rutinarias.
La presente invención proporciona además vesículas intracelulares llamadas exosomas, que presentan complejos formados entre los péptidos de esta invención y antígenos HLA en su superficie. Los exosomas se pueden preparar, por ejemplo, usando los métodos descritos en detalle en la traducción japonesa publicada de la publicación internacional No. Hei 11-510507 y 2000-512161, y se preparan preferiblemente usando células presentadoras de antígeno obtenidas de sujetos que son dianas de tratamiento y/o prevención. Los exosomas de esta invención se pueden inocular como vacunas contra el cáncer, de forma similar a los péptidos de esta invención.
El tipo de antígenos HLA usados debe coincidir con el del sujeto que requiere tratamiento y/o prevención. Por ejemplo, en la población japonesa, HLA-A24 o HLA-A2, particularmente HLA-A2402 o HLA-A0201, es con frecuencia apropiado.
En algunas formas de realización, las composiciones de vacuna de la presente invención incluyen un componente que ceba linfocitos T citotóxicos. Se han identificado lípidos como agentes que pueden cebar LTC in vivo contra antígenos víricos. Por ejemplo, se pueden unir residuos de ácido palmítico a los grupos épsilon y alfa amino de un residuo de lisina y después unirlo a un péptido inmunogénico de la invención. El péptido lipidado se puede administrar después directamente, en una micela o partícula, incorporado en un liposoma o emulsionado en un adyuvante. Como otro ejemplo de un lípido que ceba respuestas de LTC, se pueden usar lipoproteínas de E. coli, tal como tripalmitoil-S-glicerilcistinilseril-serina (P3CSS) para primar LTC cuando se une covalentemente a un péptido apropiado (véase, por ejemplo, Deres K, et al., (1989) Nature 342:561-4).
Las composiciones inmunogénicas de la presente invención también pueden incluir ácidos nucleicos que codifican uno o más de los péptidos inmunogénicos divulgados en el presente documento. Véase, por ejemplo, Wolff JA et al., (1990) Science 247:1465-8; Patentes en los EE UU Nos. 5.580.859; 5.589.466; 5.804.566; 5.739.118; 5.736.524; 5.679.647; y documento WO 98/04720. Los ejemplos de tecnologías de administración basadas en ADN incluyen “ADN desnudo”, administración facilitada (bupivicaína, polímeros, mediada por péptidos), complejos de lípidos catiónicos, y mediada por partículas (“cañón génico”) o administración mediada por presión (véase, por ejemplo, la patente en EE UU No. 5.922.687).
Los péptidos inmunogénicos de la invención también se pueden expresar mediante vectores víricos o bacterianos. Los ejemplos de vectores de expresión adecuados incluyen huéspedes víricos atenuados, tal como vaccinia o viruela aviar. Este planteamiento implica el uso del virus vaccinia, por ejemplo, como un vector para expresar secuencias de nucleótidos que codifican el péptido. Tras la introducción en un huésped, el virus vaccinia recombinante expresa el péptido inmunogénico, y de esta manera induce una respuesta inmunitaria. Los vectores vaccinia y métodos útiles en protocolos de inmunización se describen en, por ejemplo, la patente en EE UU No.
4.722.848. Otro vector adecuado es BCG (bacilo Calmette Guerin). Los vectores BCG se describen en Stover CK, et al., (1991) Nature 351:456-60. En la técnica se conocen una amplia variedad de otros vectores útiles para la administración terapéutica o inmunización, por ejemplo, vectores de virus adenoasociados, vectores de Salmonella typhi, vectores de la toxina del carbunco detoxificada, y similares. Véase, por ejemplo, Shata MT, et al., (2000) Mol. Med. Today 6:66-71; Shedlock DJ y Weiner DB., et al., (2000) J. Leukoc. Biol. 68:793-806; y Hipp JD, et al., (2000) In Vivo 14:571-85.
La presente invención también proporciona métodos in vitro de inducir células presentadoras de antígeno usando uno o más péptidos de esta invención. Las células presentadoras de antígeno se pueden inducir mediante inducción de células dendríticas de monocitos de sangre periférica y después poniéndolas en contacto (estimulándolas) con
5 uno o más péptidos de esta invención in vitro, ex vivo o in vivo. En el presente documento se divulga que cuando se administran péptidos de la presente invención a los sujetos, las células presentadoras de antígeno que tienen los péptidos de la invención inmovilizados sobre ellas se inducen en el cuerpo del sujeto. De forma alternativa, se divulga que después de inmovilizar los péptidos de esta invención a las células presentadoras de antígeno, las células se pueden administrar al sujeto como una vacuna. Por ejemplo, la administración ex vivo puede incluir los pasos de:
a: recoger células presentadoras de antígeno de un sujeto, y
b: poner en contacto las células presentadoras de antígeno del paso a con el péptido de la presente invención.
15 De forma alternativa, según la presente divulgación, se proporciona el uso de los péptidos de esta invención para la fabricación de una composición farmacéutica que induce células presentadoras de antígeno. Además, se divulga el péptido de la presente invención para inducir células presentadoras de antígeno. Se divulga que las células presentadoras de antígeno obtenidas mediante el paso b se pueden administrar al sujeto como una vacuna. Esta invención también proporciona un método in vitro para inducir células presentadoras de antígeno que tienen un alto nivel de inducibilidad de células T citotóxicas, método que incluye el paso de transferir genes compuestos de polinucleótido(s) que codifica(n) uno o más péptidos de esta invención a células presentadoras de antígeno in vitro. Los genes introducidos pueden estar en forma de ADN o ARN. Para el método de introducción, sin limitaciones particulares, se pueden usar adecuadamente varios métodos convencionalmente realizados en este campo, tales como lipofección, electroporación y método del fosfato de calcio. Más específicamente, la transfección se puede
25 realizar como se describe en Reeves ME, et al., (1996) Cancer Res., 56:5672-7; Butterfield LH, et al., (1998) J. Immunol., 161:5607-13; Boczkowski D, et al., (1996) J. Exp. Med., 184:465-72; traducción japonesa publicada de la publicación internacional No. 2000-509281. Transfiriendo el gen a células presentadoras de antígeno, el gen experimenta transcripción, traducción, y similares en la célula, y después la proteína obtenida se procesa mediante MHC de clase I o clase II, y sigue a través de un ruta de presentación para presentar péptidos parciales. La presente invención proporciona métodos in vitro para inducir LTC usando uno o más péptidos de esta invención. Se divulga que cuando se administran a un sujeto los péptidos de esta invención, se inducen LTC en cuerpo del sujeto, y la fuerza del sistema inmunitario que se dirige a las células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, células cancerosas en los tejidos tumorales, por tanto aumenta.
35 Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
De forma alternativa, se divulga que los péptidos de la presente invención se pueden usar en el contexto de un método terapéutico ex vivo, en el que células presentadoras de antígeno derivadas del sujeto y células CD8 positivas o leucocitos mononucleares de sangre periférica se ponen en contacto (estimulan) con uno o más péptidos de esta invención in vitro y, después de inducir LTC, las células se devuelven al sujeto, por ejemplo, el método puede incluir los pasos de:
a: recoger células presentadoras de antígeno de un sujeto,
b: poner en contacto las células presentadoras de antígeno del paso a con el péptido de la presente invención,
c: mezclar las células presentadoras de antígeno del paso b con células T CD8+ y cocultivar de modo que se induzcan células T citotóxicas, y
d: recoger las células T CD8+ del cocultivo del paso c.
De forma alternativa, según la presente divulgación, se proporciona el uso de los péptidos de esta invención para la fabricación de una composición farmacéutica que induce LTC. Además, se divulga el péptido de la invención para inducir LTC. Se divulga que las células T CD8+ que tienen actividad citotóxica obtenidas mediante el paso d se
55 pueden administrar al sujeto como una vacuna.
La presente invención proporciona además células T citotóxicas aisladas inducidas usando los péptidos de esta invención. Las células T citotóxicas, inducidas por estimulación con una célula presentadora de antígeno que presenta uno o más péptidos de esta invención, preferiblemente derivan de sujetos que son dianas de tratamiento y/o prevención, y se pueden administrar solas o en combinación con otros fármacos, incluyendo uno o más péptidos de esta invención o exosomas que tienen actividad antitumoral. Las células T citotóxicas obtenidas actúan específicamente contra células diana que presentan los péptidos de esta invención, o preferiblemente el/los mismo(s) péptido(s) usado(s) para la inducción. Las células diana pueden ser células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10 endógenamente, o células que se transfectan con los genes 65 CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10. Las células que presentan los péptidos de
esta invención en la superficie celular, debido a la estimulación con estos péptidos, también se pueden convertir en dianas de ataque.
La presente invención también proporciona células presentadoras de antígeno que presentan complejos formados entre antígenos HLA y uno o más péptidos de esta invención. Se divulga que las células presentadoras de antígeno, obtenidas mediante contacto con los péptidos de esta invención o los nucleótidos que codifican tales péptidos, derivan preferiblemente de sujetos que son diana de tratamiento y/o prevención, y se pueden administrar como vacunas, solas o en combinación con otros fármacos, incluyendo los péptidos, exosomas o células T citotóxicas de la presente invención.
También se divulga una composición compuesta de ácidos nucleicos que codifican polipéptidos que son capaces de formar una subunidad de un receptor de célula T (TCR), y métodos de usar la misma. Las subunidades de TCR tienen la capacidad de formar TCR que confieren especificidad a las células T para células tumorales que presentan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10. Usando el método conocido en la técnica, se pueden identificar los ácidos nucleicos de las cadenas alfa y beta de las subunidades de TCR de los LTC inducidos con uno o más péptidos de esta invención (documento WO2007/032255 y Morgan et al., J Immunol, 171, 3288 (2003)). Los TCR derivados preferiblemente se unen a células que presentan el péptido CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10 con gran avidez, y opcionalmente median la destrucción eficaz de células diana que presentan el péptido CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10 in vivo e in vitro.
Los ácidos nucleicos que codifican las subunidades de TCR se pueden incorporar en vectores adecuados, por ejemplo, vectores retrovíricos. Estos vectores se conocen bien en la técnica. Los ácidos nucleicos o los vectores que los contienen útilmente se pueden transferir a una célula T, célula T que es preferiblemente de un paciente. Ventajosamente, se divulga una composición lista para usar que permite la modificación rápida de las propias células T de un paciente (o las de otro mamífero) para producir rápida y fácilmente células T modificadas que tienen excelentes propiedades de destrucción de células cancerosas.
Además, se divulgan LTC que se preparan mediante transducción con los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos de las subunidades del TCR que se unen al péptido CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10, por ejemplo, SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 en el contexto de HLA-A24 o HLA-A2. Los LTC transducidos son capaces de retorno dirigido hacia células cancerosas in vivo, y se expanden por métodos de cultivo bien conocidos in vitro (por ejemplo, Kawakami et al., J Immunol., 142, 3452-3461 (1989)). Las células T de la invención se pueden usar para formar una composición inmunogénica útil en el tratamiento o la prevención de cáncer en un paciente en necesidad de terapia o protección (documento WO2006/031221).
En el contexto de la presente invención, el término “vacuna” (también denominada una composición inmunogénica) se refiere a una sustancia que induce inmunidad antitumoral o suprime cánceres tras la inoculación en animales. Según la presente divulgación, se sugirió que los polipéptidos que tienen la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217 o 223 eran péptidos epítopos restringidos a HLA-A24 y se sugirió que los de SEQ ID NO: 376, 379, 114, 116, 117, 121, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 eran péptidos epítopo restringidos a HLA-A2 que podían inducir una respuesta inmunitaria potente y específica contra células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, células cancerosas que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
Por tanto, se divulga un método de inducir inmunidad antitumoral usando polipéptidos que tienen la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 o una variante de las mismas (es decir, incluyendo 1, 2 o varias (por ejemplo, hasta 5) sustituciones, deleciones o adiciones de aminoácidos). En general la inmunidad antitumoral incluye respuestas inmunitarias tal como sigue:
-
una inducción de linfocitos T citotóxicos contra tumores que contienen células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, -una inducción de anticuerpos que reconocen tumores que contienen células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, y -una inducción de producción de citoquinas antitumorales.
Por tanto, cuando un cierto péptido induce cualquiera de estas respuestas inmunitarias tras la inoculación en un animal, se decide que el péptido tiene efecto inductor de inmunidad antitumoral. La inducción de la inmunidad antitumoral por un péptido se puede detectar observando in vivo o in vitro la respuesta del sistema inmunitario en el huésped contra el péptido.
Por ejemplo, se conoce bien un método para detectar la inducción de linfocitos T citotóxicos. Una sustancia exógena que entra en el cuerpo vivo se presenta a las células T y las células B mediante la acción de células presentadoras de antígeno (CPA). Las células T que responden al antígeno presentado por las CPA de forma específica de antígeno se diferencian a células T citotóxicas (también denominadas linfocitos T citotóxicos o LTC) debido a la estimulación por el antígeno, y después proliferan; este proceso se denomina en el presente documento como “activación” de células T. Por tanto, la inducción de LTC por un cierto péptido se puede evaluar presentando el péptido a una célula T por CPA, y detectando la inducción de LTC. Además, las CPA tienen el efecto de activar células T CD4+, células T CD8+, macrófagos, eosinófilos y células NK. Puesto que las células T CD4+ también son importantes en la inmunidad antitumoral, la acción inductora de inmunidad antitumoral del péptido se puede evaluar usando el efecto de activación de estas células como indicadores.
Un método para evaluar la acción inductora de LTC usando células dendríticas (CD) como CPA se conoce bien en la técnica. CD es una CPA representativa que tiene la acción inductora de LTC más fuerte entre las CPA. En este método, el polipéptido de prueba inicialmente se pone en contacto con una CD y después esta CD se pone en contacto con células T. La detección de células T que tienen efectos citotóxicos contra las células de interés después del contacto con CD muestra que el polipéptido de prueba tiene actividad de inducción de células T citotóxicas. La actividad de LTC contra tumores se puede detectar, por ejemplo, usando la lisis de células tumorales marcadas con 51Cr como el indicador. De forma alternativa, se sabe bien evaluar el grado de daño a células tumorales usando la actividad de captación de 3H-timidina o liberación de LDH (lactosa deshidrogenasa) como el indicador. Además, también se puede examinar midiendo el IFN-gamma producido y liberado por LTC en presencia que tienen péptidos inmovilizados visualizando usando anticuerpos anti-IFN-gamma, tal como un ensayo ELISPOT.
Aparte de CD, también se pueden usar células mononucleares de sangre periférica (PBMC) como la CPA. Se describe que la inducción de LTC aumenta cultivando PBMC en presencia de GM-CSF e IL-4. De forma similar, se ha mostrado que los LTC se inducen cultivando PBMC en presencia de hemocianina de lapa californiana (KLH) e IL
7.
Los polipéptidos de prueba que se confirma poseen actividad inductora de LTC por estos métodos son polipéptidos que tienen efecto de activación de CD y posterior actividad inductora de LTC. Por tanto, los polipéptidos que inducen LTC contra células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10 son útiles como vacunas contra enfermedades asociadas con CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres. Además, las CPA que han adquirido la capacidad de inducir LTC contra una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, poniéndolas en contacto con los polipéptidos son útiles como vacunas contra la enfermedad. Además, LTC que han adquirido citotoxicidad debido a la presentación de los antígenos polipeptídicos por CPA también se pueden usar como vacunas contra una enfermedad que se asocia con CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, usando inmunidad antitumoral debida a CPA y LTC, se denominan inmunoterapia celular. Los cánceres contemplados incluyen, pero no están limitados a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
Generalmente, cuando se usa un polipéptido para inmunoterapia celular, la eficacia de la inducción de LTC se puede aumentar combinando una pluralidad de polipéptidos que tienen diferentes estructuras y poniéndolos en contacto con CD. Por tanto, cuando se estimula CD con fragmentos de proteínas, es ventajoso usar una mezcla de múltiples tipos de fragmentos.
La inducción de inmunidad antitumoral por un polipéptido se puede confirmar adicionalmente observando la inducción de producción de anticuerpos contra tumores. Por ejemplo, cuando se inducen anticuerpos contra un polipéptido en un animal de laboratorio inmunizado con el polipéptido, y cuando se suprime el crecimiento, proliferación y/o metástasis de las células tumorales por esos anticuerpos, se determina que los polipéptidos inducen inmunidad antitumoral.
La inmunidad antitumoral se puede inducir administrando una vacuna como se divulga en el presente documento, y la inducción de inmunidad antitumoral permite el tratamiento y la prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres. La terapia contra o la prevención del inicio de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, puede incluir la inhibición del crecimiento de células que expresan CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, células cancerosas, involución de estas células y supresión de la aparición de estas células, por ejemplo,
células cancerosas. La disminución en la mortalidad de individuos que tienen una enfermedad que se asocia a CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, la disminución de los marcadores de la enfermedad en sangre, alivio de síntomas detectables que acompañan a la enfermedad y similares también se incluyen en la terapia o prevención de la enfermedad, por ejemplo, cánceres. Tales efectos terapéuticos y preventivos son preferiblemente estadísticamente significativos, por ejemplo, observados a un nivel de significación del 5% o menos, en donde el efecto terapéutico o preventivo de una vacuna contra una enfermedad que se asocia a CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, se compara con un control sin administración de vacuna. Por ejemplo, se pueden usar, la prueba de la t de Student, la prueba U de Mann-Whitney o ANOVA para determinar la significación estadística.
En eso se divulga un método para tratar o prevenir una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, los compuestos o composiciones terapéuticas se pueden administrar profiláctica o terapéuticamente a sujetos que padecen o en riesgo de (o susceptibles de) desarrollar la enfermedad. Tales sujetos se pueden identificar usando métodos clínicos estándar. En el contexto de la presente invención, la administración profiláctica se produce antes de la manifestación de síntomas clínicos evidentes de la enfermedad, de modo que se previene una enfermedad o trastorno o de forma alternativa se retrasa su progresión. En el contexto del campo de la medicina, el término “prevenir” abarca cualquier actividad que reduce la carga de mortalidad o morbilidad de una enfermedad. La prevención puede ocurrir a niveles de prevención primaria, secundaria o terciaria. Mientras que la prevención primaria evita el desarrollo de una enfermedad, los niveles secundario y terciario de prevención, abarcan actividades dirigidas a prevenir la progresión de una enfermedad y el surgimiento de síntomas así como la reducción del impacto negativo de una enfermedad ya establecida restableciendo función y reduciendo las complicaciones de la enfermedad.
En el contexto del tratamiento del cáncer, el término “eficaz” se refiere a un tratamiento que produce una disminución en tamaño, prevalencia o potencial metastásico del cáncer en un sujeto. Cuando se aplica un tratamiento profilácticamente, “eficaz” significa que el tratamiento retrasa o previene la aparición de no cáncer o alivia un síntoma del cáncer. La evaluación del cáncer se puede hacer usando protocolos clínicos estándar. Además, la eficacia de un tratamiento se puede determinar en asociación con cualquier método conocido para diagnosticar o tratar el cáncer. Por ejemplo, el cáncer se puede diagnosticar histopatológicamente o identificando anomalías sintomáticas.
El péptido mencionado anteriormente, que tiene actividad inmunológica, o un polinucleótido o vector que codifica tal péptido, se puede combinar con un adyuvante. Un adyuvante se refiere a un compuesto que aumenta la respuesta inmunitaria contra el péptido cuando se administra junto (o sucesivamente) con el péptido que tiene actividad inmunológica. Los ejemplos de adyuvantes adecuados incluyen la toxina del cólera, toxina de salmonella, alumbre y similares, pero no están limitados a los mismos. Además, una vacuna de esta invención se puede combinar apropiadamente con un soporte farmacéuticamente aceptable. Los ejemplos de tales soportes son agua esterilizada, solución salina fisiológica, tampón fosfato, líquido de cultivo y similares. Además, la vacuna puede contener según sea necesario, estabilizantes, suspensiones, conservantes, tensioactivos y similares. La vacuna se administra sistémica o localmente. La administración de la vacuna se puede realizar mediante administración única o reforzada por múltiples administraciones.
Cuando se usan CPA o LTC como la vacuna como se divulga en el presente documento, se puede tratar o prevenir una enfermedad asociada con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres, por ejemplo, mediante el método ex vivo. Más específicamente, se recogen PBMC del sujeto que recibe tratamiento o prevención, se ponen en contacto ex vivo con un péptido de la presente invención. Después de la inducción de CPA o LTC, las células se pueden administrar al sujeto. También se puede inducir la CPA introduciendo un vector que codifica el péptido en PBMC ex vivo. Las CPA o LTC inducidos in vitro se pueden clonar antes de la administración. Al clonar y hacer crecer células que tienen alta actividad de dañar células diana, la inmunoterapia celular se puede realizar más eficazmente. Además, las CPA y LTC aislados de esta manera se pueden usar para inmunoterapia celular no solo contra individuos de los que derivan las células, sino también contra tipos similares de enfermedades en otros individuos.
Se describen aspectos de la presente invención en los siguientes ejemplos, que se presentan solo para ilustrar la presente invención y para ayudar al experto en la materia en hacer y usar la misma. No se pretende de ninguna manera que los ejemplos limiten de otra forma el ámbito de la invención.
Aunque se pueden usar métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en el presente documento en la práctica o prueba de la presente invención, a continuación se describen métodos y materiales adecuados.
Ejemplos
De aquí en adelante, la presente invención se ejemplifica, pero no restringe, mediante los siguientes ejemplos. Sin embargo, los materiales, métodos y similares descritos en el presente documento solo ilustran aspectos de la invención y no se pretende en modo alguno que limiten el ámbito de la presente invención. Como tal, los materiales,
métodos y tales similares o equivalentes a los descritos en el presente documento se pueden usar en la práctica o ensayo de la presente invención.
Materiales y Métodos
Líneas celulares
Células A24-LCL (HLA-A24), línea celular linfoblastoide B humana, se estableció transformando con el virus de Epstein-Barr. Las células T2, COS7, A498, Caki-2 y HEK 293 se compraron de la ATCC. Caki-1 y MIAPaca2 se compraron de JCRB. PK-45P, PK-59, TE-5 y TE-6 se compraron de TKG. 293 T se compró de GenHunter.
Selección de candidatos de péptidos derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10
Se predijeron péptidos 9-meros y 10-meros derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK
o URLC10 que se unen a la molécula HLA-A*2402 o HLA_A*0201 usando el software de predicción de unión "BIMAS" (http://bimas.dcrt.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform) (Parker KC, et al., (1994) J Immunol.;152(1):163-75; Kuzushima K, et al., (2001) Blood.;98(6):1872-81). Estos péptidos fueron sintetizados por Sigma (Sapporo, Japón) según el método de síntesis en fase sólida estándar y purificados mediante HPLC de fase reversa. La pureza (>90%) y la identidad de los péptidos se determinaron por HPLC analítica y análisis de espectrometría de masas, respectivamente. Los péptidos se disolvieron en dimetilsulfóxido (DMSO) a 20 mg/ml y se almacenaron a -80 grados C.
Inducción de LTC in vitro
Se usaron células dendríticas derivadas de monocitos (CD) como células presentadoras de antígeno (CPA) para inducir respuestas LTC contra los péptidos presentados en HLA. Las CD se generaron in vitro como se describe en otro lugar (Nukaya I et al., (1999) Int. J. Cancer 80, 92-7, Tsai V et al., (1997) J. Immunol 158:1796-802). Brevemente, células mononucleares de sangre periférica (PBMC) aisladas de un voluntario normal (HLA-A*2402 y/o HLA-A*0201) por solución de Ficoll-Paque (Pharmacia) se separaron por adherencia a una botella de cultivo de células de plástico (Becton Dickinson) de modo que se enriquecieran para la fracción de monocitos. La población enriquecida en monocitos se cultivó en presencia de 1000 U/ml de GM-CSF (Genzyme) y 1000 U/ml de IL-4 (Genzyme) en AIM-V (Invitrogen) que contenía suero autólogo inactivado por calor al 2% (SA). Después de 7 días en cultivo, las CD generadas con citoquinas se pulsaron con 20 micro g/ml de péptidos sintetizados en presencia de 3 micro g/ml de beta 2-microglobulina durante 4 horas a 20 grados C en AIM-V. Estas CD pulsadas con péptidos se inactivaron después mediante MMC (30 micro g/ml durante 30 min) y se mezclaron a una relación 1:20 con células T CD8+ autólogas, obtenidas por selección positiva con Dynabeads M-450 CD8 (Dynal) y DETACHa BEAD™ (Dynal). Estos cultivos se pusieron en placas de 48 pocillos (Corning); cada pocillo contenía 1,5x104 CD pulsadas con péptido, 3x105 células T CD8+ y 10 ng/ml de IL-7 (Genzyme) en 0,5 ml de AIM-V/SA al 2%. Tres días después, estos cultivos se suplementaron con IL-2 (CHIRON) a una concentración final de 20 UI/ml. El día 7 y 14, las células T se reestimularon adicionalmente con CD autólogas pulsadas con péptidos. Las CD se prepararon cada vez de la misma manera descrita anteriormente. Se probó LTC contra células A24-LCL pulsadas con péptido o células T2 después de la 3ª ronda de estimulación con péptido el día 21.
Procedimiento de expansión de LTC
Los LTC se expandieron en cultivo usando el método similar al descrito por Riddell SR, et al., (Walter EA et al., (1995) N Engl J Med 333:1038-44; Riddel SR, et al., (1996) Nature Med. 2:216-23). Se resuspendieron un total de 5x104 LTC en 25 ml de AIM-V/SA al 5% con dos tipos de líneas celulares linfoblastoides B humanas, inactivadas por MMC, en presencia de 40 ng/ml de anticuerpo monoclonal anti-CD3 (Pharmingen). Un día después de iniciar los cultivos, se añadieron 120 UI/ml de IL-2 a los cultivos. Los cultivos se alimentaron con AIM-V/SA al 5% reciente que contenía 30 UI/ml de IL-2 los días 5, 8 y 11.
Establecimiento de clones de LTC
Se hicieron diluciones para tener 0,3, 1 y 3 LTC/pocillo en placas de microtitulación de 96 pocillos de fondo redondeado (Nalge Nunc International). Los LTC se cultivaron con 7x104 células/pocillo de 2 tipos de líneas celulares linfoblastoides B humanas, 30 ng/ml de anticuerpo monoclonal anti-CD3 y 125 U/ml de IL-2 en un total de 150 micro l/pocillo de AIM-V que contenía SA al 5%. Se añadieron al medio 50 micro l/pocillo de IL-2 10 días después de modo que la IL-2 fuera 125 U/ml en la concentración final. Se probó la actividad LTC de los LTC el 14º día, y los clones de LTC se expandieron usando el mismo método anterior.
Actividad LTC específica
Para examinar la actividad LTC específica, se realizaron ensayo ELISPOT de IFN-gamma y ensayo ELISA de IFNgamma.
Brevemente, se prepararon células A-24-LCL o T2 pulsadas con péptido (1x104/pocillo) como células estimuladoras. Se usaron células cultivadas en 48 pocillos o clones de LTC después de dilución limitante como células respondedoras. Se realizaron ensayo ELISPOT de IFN-gamma y ensayo ELISA de IFN-gamma según el
5 procedimiento de fabricación.
Establecimiento de células que expresan enérgicamente uno o ambos de los genes diana y HLA-A02 o HLA-A24
Se amplificó el ADNc que codifica un marco abierto de lectura de los genes diana o HLA-A02 o HLA-A24 por PCR.
10 El producto amplificado por PCR se clonó en el vector pcNDA3.1 myc-His (Invitrogen). Los plásmidos se transfectaron en las células diana, línea celular humana nula para HLA-A02 y HLA-A24 COS7 o 293T usando lipofectamina (Invitrogen) según los procedimientos recomendados por el fabricante. De forma alternativa, se transfectaron los plásmidos que contenían los genes diana en A24-LCL por electroporación usando GenePulserII (BioRad). Brevemente, se pulsaron 2,5x106 células A24-LCL con 10 μg de plásmido a 140V y 1000 micro F.
15 Después de 2 días de la transfección, las células transfectadas se trataron con solución de disociación de células y se usaron como las células diana para el ensayo de actividad LTC.
Ensayo de citotoxicidad
20 La actividad citotóxica se evaluó mediante un ensayo de liberación de 51Cr de cuatro horas. Las células diana se pulsaron con una concentración de 20 micro g/ml de péptido durante la noche. Las células diana se marcaron con 100 micro Ci de Na251CrO4 a 37 grados C durante una hora, y después se lavaron tres veces con RPMI1640. Las células diana (1x104/100 micro l) y 100 micro l de células efectoras a varios números con un volumen total de 200 micro l se colocaron en una placa de microtitulación de 96 pocillos de fondo redondeado (Corning) y se cultivaron a
25 37 grados C en un incubador de CO2 durante cuatro horas. Después de cultivar, se recogieron 100 micro l del sobrenadante de cada pocillo, y se midió la radioactividad usando un contador gamma. La liberación espontánea fue la radioactividad de las células diana con medio en ausencia de células efectoras, y la liberación máxima fue la radioactividad de las células efectoras con HCl 1 M.
30 El porcentaje de citotoxicidad específica se determinó calculando con la siguiente fórmula:
% de lisis específica = [(liberación experimental -liberación espontánea) / (liberación máxima -liberación espontánea)] x 100.
35 Resultados
Expresión aumentada de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 en cánceres
Los datos del perfil de expresión génica global obtenidos de varios cánceres usando micromatriz de ADNc reveló 40 que la expresión de los siguientes genes estaba elevada.
CDH3 (No. de acceso de GenBank NM_001793; SEQ ID Nos.1, 2), EPHA4 (No. de acceso de GenBank L36645; SEQ ID Nos.3, 4), ECT2 (No. de acceso de GenBank AY376439; SEQ ID Nos.5, 6),
45 HIG2 (No. de acceso de GenBank NM_013332; SEQ ID Nos.7, 8) INHBB (No. de acceso de GenBank NM_002193; SEQ ID Nos.9, 10), KIF20A (No. de acceso de GenBank NM_005733; SEQ ID Nos.11, 12), KNTC2 (No. de acceso de GenBank AF017790; SEQ ID Nos.13, 14), TTK (No. de acceso de GenBank NM_003318; SEQ ID Nos.15, 16) y
50 URLC10 (No. de acceso de GenBank NM_017527; SEQ ID Nos.17, 18).
La expresión de CDH3 estaba fuertemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente 26 de 34 cánceres de vejiga,
55 17 de 19 cánceres cervicales 19 de19 carcinomas colangiocelulares, 30 de 34 cánceres colorrectales, 20 de 21 endometriosis, 13 de 20 cánceres gástricos,
60 7 de 8 cánceres gástricos de tipo difuso, 36 de 37 NSCLC, 16 de 16 cánceres pancreáticos, 21 de 21 tumores de tejidos blandos y 10 de 10 tumores testiculares.
La expresión de EPH4 estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente 14 de 34 cánceres de vejiga, 8 de 14 cánceres cervicales,
5 10 de 25 carcinomas colangiocelulares, 5 de 15 endometriosis, 5 de 8 cánceres gástricos de tipo difuso, 5 de 5 cánceres de ovario, 14 de 14 cánceres pancreáticos, 20 de 51 cánceres de próstata y 14 de 23 tumores de tejidos blandos.
La expresión de ECT2 estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente
15 17 de 19 cánceres de vejiga, 5 de 12 cánceres de mama, 14 de 14 cánceres cervicales, 13 de 13 carcinomas colangiocelulares, 5 de 5 LMC, 7 de 8 cánceres colorrectales, 12 de 16 cánceres esofágicos, 6 de 16 NSCLC, 8 de 10 linfomas, 1 de 1 cáncer pancreático,
25 10 de 13 cánceres de próstata, 3 de 6 carcinomas renales y 12 de 13 cánceres SCLC.
La expresión de HIG2 estaba consistentemente elevada en 19 de 20 cánceres renales y 7 de 9 tumores de tejidos blandos en comparación con el tejido normal correspondiente.
La expresión de INHBB estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente 10 de 21 carcinomas colangiocelulares,
35 12 de 12 cánceres esofágicos, 10 de 13 NSCLC, 22 de 24 carcinomas renales, 8 de 14 cánceres SCLC y 45 de 49 tumores de tejidos blandos.
La expresión de KIF20A estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente 31 de 31 cánceres de vejiga, 38 de 61 cánceres de mama,
45 10 de 11 carcinomas colangiocelulares, 7 de 19 cánceres esofágicos, 21 de 22 NSCLC, 6 de 6 cánceres de ovario, 17 de 36 cánceres de próstata, 6 de 11 carcinomas renales y 15 de 15 SCLC.
La expresión de KNTC2 estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente
55 30 de 32 cánceres de vejiga, 47 de 56 cánceres de mama, 10 de 10 cánceres cervicales, 16 de 22 carcinomas colangiocelulares, 17 de 37 LMC, 3 de 10 cánceres colorrectales, 11 de 46 cánceres esofágicos, 15 de 19 NSCLC, 7 de 8 linfomas, 20 de 24 osteosarcomas,
65 3 de 5 cánceres de ovario, 2 de 2 cánceres pancreáticos,
15 de 37 cánceres de próstata, 14 de 19 carcinomas renales, 15 de 15 SCLC y 40 de 59 tumores de tejidos blandos.
5 La expresión de TKK estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente 27 de 27 cánceres de vejiga, 25 de 30 cánceres de mama,
10 15 de 16 cánceres cervicales, 10 de 10 carcinomas colangiocelulares, 5 de 7 LMC, 6 de 10 cánceres colorrectales, 24 de 44 cánceres esofágicos,
15 8 de 15 cánceres de hígado, 12 de 12 NSCLC, 6 de 6 linfomas, 13 de 16 osteoblastomas, 12 de 17 cánceres de próstata,
20 15 de 15 SCLC y 16 de 33 tumores de tejidos blandos.
La expresión de URLC10 estaba consistentemente elevada en los siguientes cánceres en comparación con el tejido normal correspondiente
25 29 de 29 cánceres de vejiga, 15 de 16 cánceres cervicales, 7 de 7 carcinomas colangiocelulares, 7 de 19 cánceres esofágicos, 3 de 3 cánceres gástricos, 24 de 27 NSCLC,
30 15 de 19 osteosarcomas, 4 de 5 cánceres pancreáticos, 33 de 43 tumores de tejidos blandos.
[Tabla 1]
35 Relación de casos de aumento observados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK o URLC10 en tejido cancerosos comparado con tejido normal correspondiente
CDH3
EPHA4 ECT2 HIG2 INHBB KIF20A KNTC2 TTK URLC10
Cáncer vejiga
26/34 14/34 17/19 - - 31/31 30/32 27/27 29/29
Cáncer de mama
- - 5/12 - - 38/61 47/56 25/30 -
Cáncer cervical
17/19 8/14 14/14 - - - 10/10 15/16 15/16
Carcinoma colangiocelular
19/19 10/25 13/13 - 10/21 10/11 16/22 10/10 7/7
LMC
- - 5/5 - - - 17/37 5/7 -
Cáncer colorrectal
30/34 - 7/8 - - - 3/10 6/10 -
Endometriosis
20/21 5/15 - - - - - - -
Cáncer esofágico
- - 12/16 - 12/12 7/19 11/46 24/44 7/19
Cáncer gástrico
13/20 - - - - - - - 3/3
Cáncer gástrico de tipo difuso
7/8 5/8 - - - - - - -
Cáncer de hígado
- - - - - - - 8/15 -
Cáncer de pulmón no microcítico
36/37 - 6/16 - 10/13 21/22 15/19 12/12 24/27
Linfoma
- - 8/10 - - - 7/8 6/6 -
Osteosarcoma
- - - - - - 20/24 13/16 15/19
Cáncer ovárico
- 5/5 - - - - 3/5 - -
Cáncer pancreático
16/16 14/14 1/1 - - 6/6 2/2 - 4/5
Cáncer de próstata
- 20/51 10/13 - - 17/36 15/37 12/17 -
Carcinoma renal
- - 3/6 19/20 22/24 6/11 14/19 - -
Cáncer de pulmón microcítico
- - 12/13 - 8/14 15/15 15/15 15/15 -
Tumor de tejido blando
21/21 14/23 - 7/9 45/49 - 40/59 16/33 33/43
Tumor testicular
10/10 - - - - - - - -
Predicción de péptidos que se unen a HLA-A24 o HLA-A2 derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10
La tabla 2 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 para CDH3 en orden de afinidad de unión. La tabla 2A muestra péptidos 9-meros derivados de CDH3 y la tabla 2B muestra péptidos 10-meros derivados de CDH3.
La tabla 3 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 y HLA-A*0201 para EPHA4 en orden de afinidad de unión. La tabla 3A muestra péptidos 9-meros de unión a HLA-A*2402 derivados de EPHA4, la tabla 3B muestra péptidos 10-meros de unión a HLA-A*2402 derivados de EPHA4 y la tabla 3C muestra péptidos 9-meros de unión a HLAA*0201 derivados de EPHA4.
La tabla 4 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 para ETC2 en orden de afinidad de unión. La tabla 4A muestra péptidos 9-meros derivados de ETC2 y la tabla 2B muestra péptidos 10-meros derivados de ETC2.
La tabla 5 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 y HLA-A*0201 para HIG2, la tabla 5A muestra péptidos 9meros de unión a HLA-A*2402 derivados de HIG2, la tabla 5B muestra péptidos 10-meros de unión a HLA-A*2402 derivados de HIG2, la tabla 5C muestra péptidos 9-meros de unión a HLA-A*0201 derivados de HIG2 y la tabla 5D muestra péptidos 10-meros de unión a HLA-A*0201 derivados de HIG2.
La tabla 6 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 y HLA-A*0201 para INHBB, la tabla 6A muestra péptidos 9meros de unión a HLA-A*2402 derivados de INHBB, la tabla 6B muestra péptidos 10-meros de unión a HLA-A*2402 derivados de INHBB, la tabla 6C muestra péptidos 9-meros de unión a HLA-A*0201 derivados de INHBB y la tabla 6D muestra péptidos 10-meros de unión a HLA-A*0201 derivados de INHBB.
La tabla 7 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 para KIF20A en orden de afinidad de unión. La tabla 7A muestra péptidos 9-meros derivados de KIF20A y la tabla 7B muestra péptidos 10-meros derivados de KIF20A.
La tabla 8 muestra los péptidos de unión a HLA-A*2402 para KNTC2 en orden de afinidad de unión. La tabla 8A muestra péptidos 9-meros derivados de KNTC2 y la tabla 8B muestra péptidos 10-meros derivados de KNTC2.
La tabla 9 muestra los péptidos de unión a HLA-A*0201 para TTK en orden de afinidad de unión. La tabla 9A muestra péptidos 9-meros derivados de TTK y la tabla 9B muestra péptidos 10-meros derivados de TTK.
La tabla 10 muestra los péptidos de unión a HLA-A*0201 para URLC10 en orden de afinidad de unión. La tabla 10A muestra péptidos 9-meros derivados de URLC10 y la tabla 10B muestra péptidos 10-meros derivados de URLC10.
Explicación y definición sobre los términos en las tablas
La posición de partida indica el número de aminoácido desde el extremo N.
La puntuación de unión deriva de “BIMAS” descrito en Materiales y Métodos.
El número de donantes positivos indica el número de donantes cuyas células T CD8+ se pueden inducir a los LTC específicos por la estimulación ex vivo con células presentadoras de antígeno. Esto se muestra como (número de donantes positivos / número de donantes total).
El número de pocillos positivos indica el número de pocillos donde se puede detectar producción específica de IFNgamma mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. Se pueden preparar de 4 a 8 pocillos de un donante. Esto se muestra como (número de pocillos positivos / número de pocillos total probados por ensayo ELISPOT de IFNgamma).
Línea de LTC positiva indica el número de líneas de LTC establecidas de pocillos positivos. La generación de la línea de LTC se determina mediante ELISA. Esto se muestra como (número de línea celular establecida / número de pocillos positivos probados por ensayo ELISPOT de IFN-gamma).
El donante no positivo no se define mediante pocillos de células no detectables, sino por líneas de LTC no establecidas.
Los péptidos mostrados en caracteres en negrita en las tablas poseen la actividad de estimulación de células T.
Sin datos en el número de donante positivo, número de pocillos positivos y línea de LTC positiva que indica “-” significa que los péptidos no se pueden sintetizar por alguna razón.
[Tabla 2A-1]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de CDH3
Posición inicial
Secuencia de aminoácidos Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
513
IYEVMVLAM 37,5 1/3 19
667
LFLLLVLLL 36 - - - 20
30
VFREAEVTL 24 0/3 1/22 0/1 21
406
LYVEVTNEA 16,632 1/3 22
332
KYEAHVPEN 16,5 0/3 1/22 0/1 23
180
KYELFGHAV 15 0/3 1/22 0/1 24
85
RSLKERNPL 14,4 0/3 1/22 0/1 25
5
RGPLASLLL 12 0/3 2/22 0/2 26
652
KGGFILPVL 11,2 0/3 0/22 - 27
248
TYNGVVAYS 10,5 0/3 2/22 0/2 28
65
LFSTDNDDF 10 0/3 0/22 - 29
94
KIFPSKRIL 9,6 0/1 0/8 - 306
221
RGSVLEGVL 9,6 0/1 0/8 - 307
668
FLLLVLLLL 8,4 - - - 308
754
IGNFIIENL 8,4 - - - 309
311
TAVAVVEIL 8,4 0/1 0/8 - 310
557
NQSPVRQVL 8,064 0/1 0/8 - 311
611
KQDTYDVHL 8 0/1 0/8 - 312
781
DYEGSGSDA 7,5 0/1 0/8 - 313
165
GWLLLNKPL 7,2 0/1 0/8 - 314
[Tabla 2A-2]
656
ILPVLGAVL 7,2 0/1 0/8 - 315
770
TAPPYDTLL 7,2 0/1 0/8 - 316
602
VVLSLKKFL 7,2 0/1 0/8 - 317
665
ALLFLLLVL 7,2 - - - 318
410
VTNEAPFVL 7,2 0/1 0/8 - 319
662
AVLALLFLL 7,2 - - - 320
613
DTYDVHLSL 6,72 0/1 0/8 - 321
6
GPLASLLLL 6 0/1 0/8 - 322
564
VLNITDKDL 6 0/1 0/8 - 323
159
AVEKETGWL 6 0/1 0/8 - 324
511
NNIYEVMVL 6 0/1 0/8 - 325
11
LLLLQVCWL 6 - - - 326
57
GCPGQEPAL 6 0/1 0/8 - 327
293
EYTLTIQAT 6 0/1 0/8 - 328
79
ETVQERRSL 6 0/1 0/8 - 329
475
SYRILRDPA 6 0/1 0/8 - 330
493
GQVTAVGTL 6 0/1 0/8 - 331
661
GAVLALLFL 6 0/1 0/8 - 332
388
GILTTRKGL 6 0/1 0/8 - 333
382
HPESNQGIL 6 0/1 0/8 - 334
663
VLALLFLLL 5,76 - - - 335
598
EGDTVVLSL 5,6 0/1 0/8 - 336
278
TISVISSGL 5,6 0/1 2/8 0/2 337
659
VLGAVLALL 5,6 0/1 0/8 - 338
811
EWGSRFKKL 5,28 0/1 0/8 - 339
445
KVVEVQEGI 5,04 0/1 0/8 - 340
614
TYDVHLSLS 5 0/1 0/8 - 341
142
FYSITGPGA 5 0/1 0/8 - 342
246
IYTYNGVVA 5 0/1 0/8 - 343
[Tabla 2B-1]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de CDH3
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
807
DYLNeWGSRF 150 1/3 30
248
TYNGvVAYSI 105 0/3 4/22 0/4 31
667 397
LFLLIVLLLL DFEAkNQHTL 42 30 -0/3 -2/22 -0/2 32 33
332
KYEAhVPENA 21 1/3 34
180
KYELFGHAVS 15 0/3 2/22 0/2 35
510
RNNIYEVMVL 12 0/3 4/22 0/4 36
5
RGPLASLLLL 12 0/3 1/22 0/1 37
477
RILRDPAGWL 12 0/3 1/22 0/1 38
556
CNQSPVRQVL 10,08 0/3 2/22 0/2 39
655
FILPvLGAVL 8,64 1/3 344
662
AVLAILFLLL 8,64 - - - 345
[Tabla 2B-2]
277
GTISvISSGL 8,4 0/3 0/20 - 346
781
DYEGsGSDAA 7,5 0/3 0/20 - 347
601
TVVLsLKKFL 7,2 0/3 3/20 0/3 348
158
FAVEkETGWL 7,2 0/3 0/20 - 349
665
ALLFILLVLL 7,2 - - - 350
259
SQEPkDPHDL 7,2 0/3 0/20 - 351
664
LALLfLLLVL 7,2 - - - 352
42
GAEQePGQAL 7,2 0/3 1/20 0/1 353
661
GAVLaLLFLL 7,2 - - - 354
595
VNEEgDTVVL 7,2 0/2 0/12 - 355
340
NAVGhEVQRL 7,2 0/2 0/12 - 356
411
TNEApFVLKL 6,6 0/2 0/12 - 357
470
ENQKiSYRIL 6 1/2 358
10
SLLLIQVCWL 6 0/2 1/12 0/1 359
721
GLEArPEVVL 6 0/2 2/12 0/2 360
345
EVQRITVTDL 6 0/2 4/12 0/4 361
2
GLPRgPLASL 6 0/2 3/12 0/3 362
657
LPVLgAVLAL 6 - - - 363
563
QVLNiTDKDL 6 0/2 1/12 0/1 364
159
AVEKeTGWLL 6 0/2 2/12 0/2 365
492
SGQVtAVGTL 6 0/2 - - 366
387
QGILtTRKGL 6 0/2 - - 367
525
SPPTtGTGTL 6 0/2 2/12 0/2 368
358
NSPAwRATYL 6 0/2 2/12 0/2 369
122
GPFPqRLNQL 5,76 0/2 3/12 0/3 370
753
EIGNfIIENL 5,6 0/2 1/12 0/1 371
310
TTAVaVVEIL 5,6 - - - 372
246
IYTYnGVVAY 5 0/2 2/12 0/2 373
805
DYDYINEWGS 5 0/2 0/12 - 374
[Tabla 3A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de EPHA4
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
97
VYIEIKFTL 504 0/2 1/16 0/1 40
453
RYSVALAWL 400 2/3 41
25
VYPANEVTL 300 0/3 0/22 - 42
384
HYTPQQNGL 288 0/3 1/22 0/1 43
5
FYFALFSCL 288 1/2 44
519
GYGDFSEPL 240 0/3 3/22 0/3 45
869
KFGQIYNML 67,2 1/3 46
777
AYTTRGGKI 55 0/3 1/22 0/1 47
420
KYNPNPDQS 18 1/3 48
749
RNILVNSNL 16,8 0/3 1/22 0/1 49
734
KYLSDMSYV 15 0/3 0/22 - 50
879
KLIRNPNSL 14,4 0/3 0/22 - 51
926
RYICDNFTAA 14,4 0/3 0/22 - 52
834
KAIEEGYRL 14,4 0/3 0/22 - 53
574
KYSKAKQEA 13,2 0/3 0/22 - 54
184
AFQDVGACI 12,6 0/3 1/22 0/1 55
252
WLVPIGNCL 12,096 0/3 0/22 - 56
326
RPPSAPLNL 12 0/3 0/22 - 57
203
KCPLTVRNL 12 0/3 0/22 - 58
360
SYNVVCKKC 11,55 0/3 0/22 - 59
[Tabla 3B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de EPHA4
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
25
VYPANEVTLL 300 0/3 0/22 - 60
244
MYCGADGEWL 200 0/3 1/22 0/1 61
657
GYTDKQRRDF 120 0/3 1/22 0/1 62
5
FYFAIFSCLF 100 - - - 63
102
KFTLRDCNSL 48 0/3 1/22 0/1 64
818
SYGERPYWDM 30 0/3 2/22 0/2 65
4
IFYFALFSCL 28,8 - - - 66
808
SYGIVMWEVM 25 - - - 67
630
EFGEVCSGRL 24 0/3 0/22 - 68
420
KYNPNPDQSV 21,6 0/3 0/22 - 69
930
NFTAAGYTTL 20 0/2 0/16 - 70
675
QFDHPNIIHL 20 0/3 0/22 - 71
708
AFLRKNDGRF 15 0/3 0/22 - 72
579
KQEADEEKHL 12 0/3 1/22 0/1 73
727
RGIGSGMKYL 12 0/3 0/22 - 74
96
RVYIEIKFTL 11,2 0/2 1/16 0/1 75
507
SYVFHVRART 10,5 0/3 1/22 0/1 76
251
EWLVPIGNCL 10,08 0/3 0/22 - 77
24
RVYPANEVTL 9,6 1/3 78
699
EYMENGSLDA 9 0/3 0/22 - 79
[Tabla 3C]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de EPHA4
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
8
ALFSCLFGI 514,942 - - - 375
501
GLNPLTSYV 382,536 1/1 376
12
CLFGICDAV 126,098 0/1 1/5 0/1 377
977
QMHGRMVPV 115,534 0/1 1/5 0/1 378
165
KLNTEIRDV 111,979 1/1 379
252
WLVPIGNCL 98,267 0/1 1/5 0/1 380
879
KLIRNPNSL 74,768 0/1 1/5 0/1 381
559
VVILIAAFV 56,902 - - - 382
812
VMWEVMSYG 39,386 0/1 0/5 - 383
728
GIGSGMKYL 37,157 0/1 0/5 - 384
750
NILVNSNLV 35,385 0/1 1/5 0/1 385
937
TTLEAVVHV 33,705 0/1 1/5 0/1 386
10 [Tabla 4A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de ECT2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
515
TYPPFVNFF 216 1/1 80
140
LYCTSMMNL 200 0/1 0/8 - 81
298
LYVVKQEWF 150 0/1 0/8 - 82
435
NYVNILATI 105 0/1 0/8 - 83
773
IYTADPESF 100 0/1 0/8 - 84
110
LYKADCRVI 50 0/1 0/8 - 85
739
SFQMTSDEL 33 0/1 0/8 - 86
504
IFLKYSKDL 30 0/1 0/8 - 87
867
FFERRSHTL 30 0/1 0/8 - 88
178
DFNSKVTHL 30 0/1 0/8 - 89
61
KQEELIKAL 17,28 0/1 0/8 - 90
657
RGEQVTLFL 16,8 0/1 2/8 0/2 91
568
RLPSVALLL 16,8 0/1 0/8 - 92
550
KPECGRQSL 14,4 0/1 0/8 - 93
470
IFGSIPDIF 14 0/1 0/8 - 94
116
RVIGPPVVL 12 0/1 0/8 - 95
507
KYSKDLVKT 11 0/1 0/8 - 96
223
DFYAAVDDF 10 0/1 0/8 - 97
[Tabla 4B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de ECT2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
322
LYEKaNTPEL 330 0/1 0/8 - 98
435
NYVNiLATII 90 0/1 0/8 - 99
40
SYVEeEMPQI 90 1/1 100
101
DFQDsVFNDL 72,576 1/1
101
866
SFFErRSHTL 24 0/1 0/8 - 102
811
SFSKtPKRAL 20 0/1 1/8 0/1 103
268
KYLPIGDERC 18 0/1 0/8 - 104
84
EFEGIDSPEF 16,5 0/1 1/8 0/1 105
236
KVPPfQDCIL 14,4 0/1 0/8 - 106
728
RPPTeQANVL 14,4 0/1 0/8 - 107
507
KYSKdLVKTY 12 0/1 0/8 - 108
281
VVEEnIVKDL 10,08 0/1 0/8 - 109
[Tabla 5A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de HIG2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
19
IFVRVMESL 42 1/3 110
22
RVMESLEGL 14,4 1/3 111
8
YLLGVVLTL 8,4 1/3 387
7
LYLLGVVLT 7,5 0/2 3/15 0/3 388
23
VMESLEGLL 7,2 0/2 0/16 - 389
9
LLGVVLTLL 5,6 - - - 390
10 [Tabla 5B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de HIG2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
7
LYLLGVVLTL 420 1/3 112
22
RVMESLEGLL 17,28 0/3 4/24 0/4 113
8 5
YLLGVVLTLL LNLYLLGVVL 8,4 7,2 -0/2 -0/12 -- 391 392
46
LANTEPTKGL 6 0/2 0/14 - 393
18
SIFVRVMESL 5,6 1/2 394
[Tabla 5C]
15
32
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de HIG2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
8
YLLGVVLTL 836,253 1/1 114
13
VLTLLSIFV 650,311 0/1 0/12 - 115
15
TLLSIFVRV 488,951 1/1 116
4
VLNLYLLGV 271,948 1/1 117
9
LLGVVLTLL 83,527 0/1 0/12 - 118
22
RVMESLEGL 31,957 0/1 0/12 - 119
6
NLYLLGVVL 28,027 0/1 0/12 - 120
[Tabla 5D]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de HIG2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
8
YLLGvVLTLL 836,253 1/1 121
12
VVLTILSIFV 210,538 - - - 122
29
GLLEsPSPGT 113,047 0/1 0/12 - 123
6
NLYLIGVVLT 54,847 - - - 124
4
VLNLyLLGVV 14,495 0/1 0/12 - 125
15
TLLSiFVRVM 13,174 0/1 0/12 - 126
18
SIFVrVMESL 12,248 0/1 0/12 - 127
14
LTLLsIFVRV 11,545 - - - 128
[Tabla 6A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de INHBB
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
383
LYFDDEYNI 60 0/3 0/20 - 129
238
LFERGERRL 30 0/3 1/19 0/1 130
7
RALGAACLL 12 0/3 0/21 - 131
388
EYNIVKRDV 10,5 0/3 0/18 - 132
180
LYLKLLPYV 9 1/2 395
163
ISNEGNQNL 8,64 0/1 0/8 - 396
223
RSGWHTFPL 8 0/1 0/6 - 397
176
ASLWLYLKL 7,92 0/1 0/7 - 398
338
AYLAGVPGS 7,5 0/1 1/7 0/1 399
213
NMVEKRVDL 7,2 0/1 0/8 - 400
102
AMVTALRKL 6,6 0/1 0/8 - 401
250
VQCDSCQEL 6,336 0/1 0/8 - 402
369
NSCCIPTKL 6,16 0/1 0/8 - 403
330
NYCEGSCPA 6 0/1 0/7 - 404
172
FVVQASLWL 6 0/1 0/8 - 405
355
VNQYRMRGL 6 0/1 0/8 - 406
307
QFFIDFRLI 6 0/1 0/7 - 407
14
LLLLAAGWL 6 - - - 408
306
QQFFIDFRL 5,6 0/1 0/6 - 409
170
NLFVVQASL 5,6 0/1 0/7 - 410
327
YYGNYCEGS 5 0/1 1/8 0/1 411
[Tabla 6B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de INHBB
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
180
LYLKLLPYVL 360 1/3 133
171
LFVVQASLWL 30 - - - 134
305
RQQFFIDFRL 16,8 1/3 135
73
DFLEAVKRHI 12,6 0/3 4/20 0/4 136
7
RALGAACLLL 12 1/3 137
273
RPFVVVQARL 11,2 0/3 1/20 0/1 138
338
AYLAGVPGSA 10 0/3 2/20 0/2 139
169
QNLFvVQASL 8,4 0/1 1/6 0/1 412
249
DVQCdSCQEL 7,92 0/1 4/6 0/4 413
173
VVQAsLWLYL 7,2 0/1 0/6 - 414
383
LYFDdEYNIV 7,2 0/1 0/6 - 415
229
FPLTeAIQAL 7,2 0/1 1/6 0/1 416
299
RTNLcCRQQF 7,2 0/1 5/6 0/5 417
101
AAMVtALRKL 6,6 0/1 2/6 0/2 418
368
VNSCcIPTKL 6,16 0/1 2/6 0/2 419
13
CLLLIAAGWL 6 - - - 420
354
VVNQyRMRGL 6 0/1 0/6 - 421
150
DGLAsSRVRL 6 0/1 2/6 0/2 422
293
GLECdGRTNL 6 0/1 0/6 423
330
NYCEgSCPAY 6 0/1 1/6 0/1 424
176
ASLWIYLKLL 6 0/1 1/6 0/1 425
212
WNMVeKRVDL 6 1/1 426
74
FLEAvKRHIL 6 0/1 2/6 0/2 427
331
YCEGsCPAYL 6 0/1 1/6 0/1 428
77
AVKRhILSRL 5,6 0/1 1/6 0/1 429
175
QASLwLYLKL 5,28 0/1 2/6 0/2 430
326
GYYGnYCEGS 5 0/1 1/6 0/1 431
159
LYFFiSNEGN 5 0/1 4/6 0/4 432
327
YYGNyCEGSC 5 0/1 1/6 0/1 433
[Tabla 6C]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de INHBB
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
177
SLWLYLKLL 407,808 0/1 0/8 140
14
LLLLAAGWL 96,074 - - - 141
170
NLFVVQASL 79,041 0/1 0/8 142
213
NMVEKRVDL 63,256 0/1 0/8 143
172
FVVQASLWL 47,291 0/1 0/8 144
306
QQFFIDFRL 46,48 0/1 0/8 145
281
RLGDSRHRI 42,774 0/1 0/8 146
174
VQASLWLYL 34,427 0/1 0/8 147
257
ELAVVPVFV 28,69 0/1 1/8 0/1 148
313
RLIGWNDWI 28,116 0/1 1/8 0/1 149
139
RVSEIISFA 22,546 0/1 3/8 0/3 150
151
GLASSRVRL 21,362 0/1 0/8
151
8
ALGAACLLL 21,362 0/1 1/8 0/1 152
250
VQCDSCQEL 15,096 0/1 1/8 0/1 153
[Tabla 6D]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de INHBB
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
179
WLYLKLLPYV 12951,1 0/1 1/8 0/1 154
301
NLCCRQQFFI 332,806 0/1 0/8 155
237
ALFERGERRL 64,814 0/1 0/8 156
382
MLYFDDEYNI 56,754 0/1 0/8 157
13
CLLLLAAGWL 56,514 - - - 158
8
ALGAACLLLL 49,134 - - - 159
313
RLIGWNDWII 32,081 0/1 0/8 160
173
VVQASLWLYL 29,711 0/1 2/8 0/2 161
256
QELAVVPVFV 27,521 0/1 0/8 162
162
FISNEGNQNL 13,512 0/1 1/8 0/1 163
305
RQQFFIDFRL 12,562 0/1 0/8 164
362
GLNPGTVNSC 11,426 0/1 0/7 165
85
RLQMRGRPNI 10,433 0/1 1/8 0/1 166
69
RVDGDFLEAV 10,425 0/1 0/8 167
[Tabla 7A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de KIF20A
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
308
IYNELLYDL 432 0/2 0/14 - 168
621
MYEEKLNIL 432 0/2 0/14 - 169
67
VYLRVRPLL 420 0/2 0/14 - 170
499
KFSAIASQL 56 0/2 0/14 - 171
304
SFFEIYNEL 44,352 0/2 0/14 - 172
187
IFNSLQGQL 36 0/2 0/14 - 173
305
FFEIYNELL 30 1/2 174
23
MFESTAADL 30 0/2 0/14 - 175
256
SFDSGIAGL 20 0/2 0/14 - 176
298
RFSIWISFF 20 - - - 177
383
IFSIRILHL 20 1/2 178
647
KIEELEALL 17,28 0/2 0/14 - 179
625
KLNILKESL 14,4 0/2 0/14 - 180
695
KLQQCKAEL 13,2 0/2 0/14 - 181
726
FTIDVDKKL 11,088 0/2 0/14 - 182
688
QLQEVKAKL 11,088 0/2 0/14 - 183
[Tabla 7B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de KIF20A
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
308
IYNEILYDLL 432 0/2 0/14 - 184
182
RSLAIIFNSL 24,192 0/2 1/14 0/1 185
304
SFFEiYNELL 24 1/2 186
742
RLLRtELQKL 15,84 0/2 0/14 - 187
739
KNIRILRTEL 15,84 0/2 0/14 - 188
218
RQEEmKKLSL 14,4 0/2 2/14 0/2 189
70
RVRPILPSEL 12,672 0/2 0/14 - 190
871
RILRsRRSPL 12 0/2 0/14 - 191
89
RIENvETLVL 12 0/2 1/14 0/1 192
364
KNQSfASTHL 12 0/2 0/14 - 193
66
KVYLrVRPLL 11,2 1/2 194
60
DSMEkVKVYL 10,08 0/2 0/14 - 195
10 [Tabla 8A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de KNTC2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
309
KYQAYMSNL 600 1/3 196
457
VYVPLKELL 432 0/3 0/18 - 197
414
EYHKLARKL 264 0/3 0/18 - 198
139
SYELPDTKF 165 0/3 0/18 - 199
629
KYEKKATLI 150 0/3 0/18 - 200
400
KYARGKEAI 100 0/3 1/18 0/1 201
124
DFLKIFTFL 50,4 1/3 202
134
GFLCPSYEL 33 0/3 0/18 - 203
257
LFNVDAFKL 33 0/3 0/18 - 204
242
SFDEMNAEL 26,4 0/3 0/18 - 205
128
IFTFLYGFL 24 0/3 0/18 - 206
146
KFEEEVPRI 18 0/3 1/18 0/1 207
368
RINHERNEL 15,84 0/3 1/18 0/1 208
235
SFMSGADSF 15 0/3 0/18 - 209
154
IFKDLGYPF 14,4 1/3 210
563
EYQLVVQTT 12,6 0/3 0/18 - 211
474
KALNKKMGL 12 0/3 1/18 0/1 212
150
EVPRIFKDL 10,08 1/3 213
[Tabla 8B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*2402 derivados de KNTC2
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
452
KYRAQVYVPL 560 2/3 214
610
EYEECMSEDL 360 0/3 1/18 0/1 215
360
KYSVADIERI 100 0/3 0/18 - 216
227
DYTIKCYESF 100 1/3 217
146
KFEEEVPRIF 50,4 0/3 0/18 - 218
90
AFIQQCIRQL 30 0/3 0/18 - 219
20
RSQDVNKQGL 17,28 0/3 1/18 0/1 220
501
RTLKEEVQKL 15,84 0/3 0/18 - 221
403
RGKEAIETQL 13,44 0/3 1/18 0/1 222
273
RALNEQIARL 12 1/3 223
563
EYQLVVQTTT 10,5 0/3 3/22 0/3 224
467
ETEEEINKAL 10,08 0/3 1/22 0/1 225
541
LLESTVNQGL 10,08 0/3 1/22 0/1 226
[Tabla 9A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de TTK
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
462
YMSCFRTPV 878,055 1/1 227
547
KQIYAIKYV 312,218 1/1 228
630
NMLEAVHTI 262,897 0/1 1/8 0/1 229
278
LLNSPDCDV 118,238 0/1 1/8 0/1 230
498
ILATPLQNL 83,527 0/1 0/8 - 231
811
YVLGQLVGL 73,172 0/1 0/8 - 232
719
SLGCILYYM 62,845 1/2 233
670
QMQPDTTSV 50,232 0/1 0/8 - 234
804
GTTEEMKYV 50,102 0/1 0/8 - 235
654
LIVDGMLKL 47,088 0/1 1/8 0/1 236
363
SLLAKLEET 31,074 0/1 0/8 - 237
790
YVQIQTHPV 27,995 0/1 0/8 - 238
785
LLAHPYVQI 26,604 0/1 0/8 - 239
86
KLIGRYSQA 26,082 0/1 0/8 - 240
186
NLNLQKKQL 21,362 0/1 0/8 - 241
671
MQPDTTSVV 20,152 0/1 0/8 - 242
577
KLQQHSDKI 17,892 0/1 0/8 - 243
142
FAFVHISFA 14,856 0/1 0/8 - 244
322
CELRNLKSV 11,509 0/1 0/8 - 245
824
SILKAAKTL 10,868 0/1 0/8 - 246
10 [Tabla 9B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de TTK
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
68
LLLKLEKNSV 437,482 0/1 0/8 - 247
277
NLLNSPDCDV 257,342 0/1 0/8 - 248
653
FLIVDGMLKL 226,014 0/1 0/8 - 249
423
TTFEQPVFSV 195,487 0/1 0/8 - 250
542
VLNEKKQIYA 190,448 0/1 0/8 - 251
658
GMLKLIDFGI 161,697 0/1 0/8 - 252
194
LLSEEEKKNL 148,896 0/1 0/8 - 253
462
YMSCFRTPVV 94,738 1/1 254
57
MMANNPEDWL 70,685 0/1 0/8 - 255
600
MVMECGNIDL 48,205 0/1 0/8 - 256
689
YMPPEAIKDM 37,961 0/1 0/8 - 257
86
KLIGRYSQAI 36,515 0/1 0/8 - 258
669
NQMQPDTTSV 26,092 0/1 1/8 0/1 259
497
QILATPLQNL 24,997 0/1 0/8 - 260
654
LIVDGMLKLI 22,997 0/1 0/8 - 261
186
NLNLQKKQLL 21,362 0/1 1/8 0/1 262
670
QMQPDTTSVV 20,595 0/1 0/8 - 263
803
KGTTEEMKYV 20,102 0/1 0/8 - 264
11
LTIDSIMNKV 15,486 0/1 0/8 - 265
577
KLQQHSDKII 14,971 0/1 0/8 - 266
[Tabla 10A]
Péptidos 9-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de URLC10
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
131
KIFPRFFMV 1364,78 0/1 0/8 - 267
204
GLWLAILLL 407,808 0/1 0/8 - 268
65
LLVVALPRV 271,948 0/1 0/8 - 269
60
ALLALLLVV 242,674 - - - 270
206
WLAILLLLA 52,561 1/1 271
212
LLASIAAGL 36,316 1/1 272
210
LLLLASIAA 31,249 0/1 0/8 - 273
137
FMVAKQCSA 16,505 0/1 2/8 0/2 274
58
TMALLALLL 15,428 0/1 2/8 0/2 275
59
MALLALLLV 13,975 0/1 2/8 0/2 276
209
ILLLLASIA 12,812 0/1 0/8 - 434
208
AILLLLASI 12,208 - - - 277
69
ALPRVWTDA 8,446 0/1 0/8 - 278
197
SMGESCGGL 8,223 0/1 0/8 - 279
61
LLALLLVVA 7,964 - - - 280
67
VVALPRVWT 6,097 0/1 0/8 - 281
72
RVWTDANLT 5,412 0/1 0/8 - 282
160
FLLEEPMPF 5,2 0/1 1/8 0/1 283
62
LALLLVVAL 4,292 0/1 0/8 - 284
57
GTMALLALL 2,525 0/1 1/8 0/1 285
[Tabla 10B]
Péptidos 10-meros que se unen a HLA-A*0201 derivados de URCL10
Posición inicial
Secuencia Puntuación de unión Número de donantes positivos Número de pocillos positivos Línea de LTC positiva SEQ ID NO.
64
LLLVVALPRV 1006,21 0/1 0/8 - 286
204
GLWLAILLLL 407,808 0/1 1/8 0/1 287
211
LLLASIAAGL 134,369 1/1 288
258
TMALLALLLV 115,534 - - - 289
61
LLALLLVVAL 83,527 - - - 290
160
FLLEEPMPFF 65,782 0/1 0/8 - 291
209
ILLLLASIAA 31,249 0/1 0/8 - 292
131
KIFPRFFMVA 26,186 0/1 0/8 - 293
60
ALLALLLVVA 17,334 - - - 294
66
LVVALPRVWT 6,097 0/1 0/8 - 295
59
MALLALLLVV 5,73 - - - 296
2
RLQRPRQAPA 4,968 0/1 1/8 0/1 297
112
CQNPRRCKWT 4,156 0/1 0/8 - 298
72
RVWTDANLTA 3,608 0/1 0/8 - 299
53
WAPLGTMALL 3,139 0/1 0/8 - 300
121
TEPYCVIAAV 3,111 0/1 0/8 - 301
162
LEEPMPFFYL 2,739 0/1 1/8 0/1 302
181
LEGPPINSSV 2,299 0/1 2/8 0/2 303
170
YLKCCKIRYC 2,024 0/1 0/8 - 304
130
VKIFPRFFMV 1,81 0/1 0/8 - 305
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de CDH3 restringidos con HLA-A*2402 y establecimiento de líneas de LTC estimulados con péptidos derivados de CDH3
5 Se generaron LTC para esos péptidos derivados de CDH3 según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 1. En particular, CDH3-A24-9513 (SEQ ID NO: 19), CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30), CDH3-A24-10-332
10 (SEQ ID NO: 34), CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344) y CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358) demostraron potente producción de IFN-gamma comparado con el control mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #5 estimuladas con SEQ ID NO: 19, #2 con SEQ ID NO: 22, #5 con SEQ ID NO: 30, #4 con SEQ ID NO: 34, #1 con SEQ ID NO: 344 y #4 con SEQ ID NO: 358 se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con
15 péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Los resultados se muestran en la figura 1. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 2 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión a HLA-A*2402. Por ejemplo, el péptido negativo típico (CDH3-A24-10-248) se mostraron en la figura 1a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
20 Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de CDH3
Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de LTC de la línea de LTC CDH3-A24-10-807
25 (SEQ ID NO: 30) #5 y CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344) #1 se muestra en la figura 1f y 1g. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan CDH3 y HLA-A*2402
30 Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan CDH3 y HLA-A*2402. Se probó la actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con del gen CDH3 de longitud completa como la molécula HLA-A*2402, que sirve como un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente CDH3 y HLA-A*2402, usando como células efectoras las líneas de
35 LTC generadas contra CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30) y CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344). COS7 transfectadas con CDH3 de longitud completa pero no HLA-A*2402 y COS7 transfectadas con HLA-A*2402 pero no CDH3 de longitud completa se prepararon como controles. Los clones de LTC que demuestran la actividad LTC específica más alta contra COS7 era esa transfectada tanto con CDH3 como HLA-A2402 (figura 1f y g).
40 Estos resultados demuestran claramente que CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30) y CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344) se expresan de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2402 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son péptidos epítopos, que pueden servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan CDH3.
45 Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de EPHA4 restringidos con HLA-A*2402 o HLA-A*0201 y establecimiento de líneas de LTC estimulados con péptidos derivados de EPHA4
Se generaron LTC para esos péptidos derivados de EphA4 mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN
50 gamma, se muestran en la figura 2. En particular, EphA4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41), EphA4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44), EphA4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46), EphA4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48), EphA4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78), EphA4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376) y EphA4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379) demostraron potente producción de IFN-gamma mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #3 estimuladas con EphA4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41), #2 con EphA4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44), #5 con EphA4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46), #6 con EphA4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48), #4 con EphA4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78), #8 con EphA4A02-9-501 (SEQ ID NO: 376) y #3 con EphA4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA.
5 Especialmente, líneas celulares estimuladas con EphA4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376) y EphA4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379) se probaron mediante el ensayo de liberación de 51Cr según los protocolos mostrados en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los resultados se muestran en la figura 2a-h. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 3 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLAA*2402 o HLA-A*0201. Por ejemplo, el péptido negativo típico (EphA4-A24-9-384) se mostraron en la figura 2a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptidos potentes de estimulación de LTC.
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de ECT2 restringidos con HLA-A*2402 y establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de ECT2
15 Se generaron LTC para esos péptidos derivados de ECT2 según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 3. En particular, ECT2-A24-9515 (SEQ ID NO: 80), ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100) y ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101) demostraron potente producción de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #7 estimuladas con ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80), #2 con ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100) y #1 con ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Los resultados se muestran en la figura 3a-d. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 4 no
25 pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLA-A*2402. Por ejemplo, el péptido negativo típico (ECT2-A24-10-322, ECT2-A24-9-657 y ECT2-A24-10-811) se mostraron en la figura 3a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de ECT2
Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de la línea de LTC ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100) #2 se muestra en la figura 3c. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la
35 diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan ECT2 y HLA-A*2402
Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan ECT2 y HLA-A*2402. Se probó la actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con del gen ECT2 de longitud completa como la molécula HLA-A*2402, que sirve como un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente ECT2 y HLA-A*2402, usando como células efectoras el clon de LTC generado contra ECT-A24A10-40 (SEQ ID NO: 100) y la línea de LTC generada contra ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101). COS7 transfectadas con ECT2 de longitud completa pero no HLA-A*2402 y COS7 transfectadas con HLA
45 A*2402 pero no ECT2 de longitud completa (sustituido por otro gen, por ejemplo, URCL10 o INHBB) se prepararon como controles. La línea de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra COS7 era esa transfectada tanto con ECT2 como HLA-A2402 (figura 3c y d).
Estos resultados demuestran claramente que ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100) y ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101) se expresan de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2402 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son péptidos epítopos, que pueden servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan ECT2.
Actividad citotóxica contra una línea de células cancerosas que expresa endógenamente HLA-A*2402 y ECT2
55 Además, se realizó la actividad citotóxica mediante el ensayo de citotoxicidad según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Como resultado, como se muestra en la figura 3b, el clon de LTC estimulado con ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80) mostró efecto citotóxico notablemente alto hacia líneas de células cancerosas HLA-A2402 positivas y ECT2 positivas, TE6, comparado con esa hacia líneas de células cancerosas HLA-A2402 negativas y ECT2 positivas, TE5.
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de HIG2 restringidos con HLA-A*2402 o HLA-A*0201 y establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de HIG2
65 Se generaron LTC para esos péptidos derivados de HIG2 según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable,
determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 4. En particular, HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ 1D NO: 117) y HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121) demostraron potente producción de IFNgamma mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #6 estimuladas con HIG2-A249-19 (SEQ ID NO: 110), #7 con HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), #5 con HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), #1 con HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112), #7 con HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), #10 con HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), #10 con HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), #10 con HIG2-A02-9-4 (SEQ 1D NO: 117) y #9 con HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Los resultados se muestran en la figura 4a-j. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 5 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLAA*2402. Por ejemplo, el péptido negativo típico (HIG2-A24-9-7) se mostraron en la figura 4a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de HIG2
Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de la línea de LTC HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111) #7, línea de LTC HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387) #5, línea de LTC HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112) #1, línea de LTC HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394) #7 y línea de LTC HIG2-A02-9-4 (SEQ 1D NO: 117) #10 se muestra en la figura 4c, e, f, g, e i. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan HIG2 y HLA-A*0201
Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan HIG2 y HLA-A*0201. Se probó la actividad LTC específica contra 293T o COS7 transfectadas tanto con del gen HIG2 de longitud completa como la molécula HLA-A*0201, que sirve como un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente ECT2 y HLA-A*0201, usando como células efectoras las líneas de LTC generadas contra HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116) y el clon de LTC generado por HIG2-A02-9-4 (SEQ 1D NO: 117). 293T o COS7 transfectadas con HIG2 de longitud completa pero no HLA-A*0201 y 293T o COS7 transfectadas con HLA-A*0201 pero no ECT2 de longitud completa (o sustituido por otro gen, por ejemplo, FoxP3 o TTK) se prepararon como controles. La línea de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra 293T o COS7 era esa transfectada tanto con ECT2 como HLA-0201 (figura 4e, h e i).
Estos resultados demuestran claramente que HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), y HIG2-A02-9-4 (SEQ 1D NO: 117) se expresan de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2402 o HLA-A0201 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son péptidos epítopos, que pueden servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan HIG2.
Actividad citotóxica contra una línea de células cancerosas que expresa endógenamente HLA-A*0201 y HIG2
Además, se realizó la actividad citotóxica mediante el ensayo de citotoxicidad según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Como resultado, como se muestra en la figura 4i, el clon de LTC estimulado con HIG2-A02-9-4 (SEQ 1D NO: 117) mostró efecto citotóxico notablemente alto hacia líneas de células cancerosas HLA-A02 positivas y HIG2 positivas, CAki-1, comparado con esa hacia líneas de células cancerosas HLA-A02 negativas y HIG2 positivas, A498.
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de INHHB restringidos con HLA-A*2402 o HLA-A*0201 y establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de INHBB
Se generaron LTC para esos péptidos derivados de INHBB según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 5. En particular, INHBB-A24-9180 (SEQ ID NO: 395), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A2410-7 (SEQ ID NO: 137) e INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426) demostraron potente producción de IFN-gamma mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #7 estimuladas con INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395), #3 con INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), #2 con INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), #8 y #3 con INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137) y #1 con INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Los resultados se muestran en la figura 5b-e. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 6 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLA-A*2402 y HLA-A*0201. Por ejemplo, el péptido negativo típico (INHBB-A24-9-238) se mostraron en la figura 5a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de INHBB
Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de
5 “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de la línea de LTC INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395) #7 y la línea de LTC INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135) #2 se muestra en la figura 5b y d. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan INHBB y HLA-A*2402
Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan INHBB y HLA-A*2402. Se probó la actividad LTC específica contra 293T transfectadas tanto con el gen INHBB de longitud completa como la molécula HLA-A*2402, que sirve como un modelo específico para las
15 células diana que expresan endógenamente INHBB y HLA-A*2402, usando como células efectoras las líneas de LTC generadas contra INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133) y INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137) y el clon de LTC citotóxicos generado por INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135). 293T transfectadas con INHBB de longitud completa pero no HLA-A*2402 y 293T transfectadas con HLA-A*2402 pero no INHBB de longitud completa se prepararon como controles. La línea de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra 293T era esa transfectada tanto con INHBB como HLA-A*2402 (figura 5c, d y e).
Estos resultados demuestran claramente que INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133) e INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137) se expresan de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2402 o HLA-A0201 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son péptidos epítopos, que pueden
25 servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan INHBB.
Actividad citotóxica contra una línea de células cancerosas que expresa endógenamente HLA-A*2402 e INHBB
Además, se realizó la actividad citotóxica mediante el ensayo de citotoxicidad según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Como resultado, como se muestra en la figura 5b, el clon de LTC estimulado con INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395) mostró efecto citotóxico notablemente alto hacia líneas de células cancerosas HLA-A2402 positivas e INHBB positivas, MIAPaca2, comparado con esa hacia líneas de células cancerosas HLA-A24 negativas e INHBB positivas, CAki-2.
35 Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de KIF20A restringidos con HLA-A*2402 y establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de KIF20A
Se generaron LTC para esos péptidos derivados de KIF20A según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 6. En particular, KIF20A-A24-9305 (SEQ ID NO: 174), KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) y KIF20A-A2410-66 (SEQ ID NO: 194) demostraron potente producción de IFN-gamma mediante ensayo ELISPOT de IFNgamma, y las células en el pocillo positivo #2 estimuladas con KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174), #3 con KIF20AA24-9-383 (SEQ ID NO: 178), #5 con KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) y #6 con KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID
45 NO: 194) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Los resultados se muestran en la figura 6a-e. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 7 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLAA*2402. Por ejemplo, el péptido negativo típico (KIF20A-A24-9-647 y KIF20A-A24-10-182) se mostraron en la figura 6a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de KIF20A
55 Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de la línea de LTC KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174) #2, la línea de LTC KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) #5 y la línea de LTC KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194) #6 se muestra en la figura 6b, d y e. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan KIF20A y HLA-A*2402
Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan KIF20A y HLA-A*2402. Se probó la actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto 65 con del gen KIF20A de longitud completa como la molécula HLA-A*2402, que sirve como un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente KIF20A y HLA-A*2402, usando como células efectoras las líneas de
LTC generadas contra LTC KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178) y KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) y el clon de LTC generado por KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194). COS7 transfectadas con KIF20A de longitud completa pero no HLA-A*2402, COS7 transfectadas con HLA-A*2402 pero no KIF20A de longitud completa (o sustituido por el gen URCL10 de longitud completa), COS7 transfectadas con HLA-A*2402 y pulsadas con KIF20A-10-308 y A24-LCL
5 transfectadas con el vector vacío se prepararon como controles. La línea de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra COS7 era esa transfectada tanto con KIF20A como HLA-A*2402 (figura 6b, c y d). De forma alternativa, la línea de LTC estimulada con KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) demostró contra A24-LCL transfectada con KIF20A.
Estos resultados demuestran claramente que KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) y KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194) se expresan de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2402 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son péptidos epítopos, que pueden servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan KIF20A.
15 Actividad citotóxica contra una línea de células cancerosas que expresa endógenamente HLA-A*2402 y KIF20A
Además, se realizó la actividad citotóxica mediante el ensayo de citotoxicidad según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Como resultado, como se muestra en la figura 6b y e, el clon de LTC estimulado con KIF20A-A24-9-305 (SEQ ID NO: 174) o KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186) mostró efecto citotóxico notablemente alto hacia líneas de células cancerosas HLA-A2402 positivas y KIF20A positivas, PK45P o MIAPaca2, respectivamente, comparado con esa hacia líneas de células cancerosas HLA-A24 negativas y KIF20A positivas, PK59.
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de KNTC2 restringidos con HLA-A*2402 y 25 establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de KNTC2
Se generaron LTC para esos péptidos derivados de KNTC2 según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 7. En particular, KNTC2-A24-9309 (SEQ ID NO: 196), KNTC2-A24-9-124 (SEQ ID NO: 202), KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210), KNTC2-A24-9150 (SEQ ID NO: 213), KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217) y KNTC2A24-10-273 (SEQ ID NO: 223) demostraron potente producción de IFN-gamma mediante ensayo ELISPOT de IFNgamma, y las células en el pocillo positivo #8 estimuladas con KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196), #5 con KNTC2A24-9-124 (SEQ ID NO: 202), #5 con KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210), #7 con KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO:
35 213), #4 y #5 con KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), #1 con KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217) y #8 con KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Los resultados se muestran en la figura 7a-h. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 8 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLA-A*2402. Por ejemplo, el péptido negativo típico (KNTC2-A24-10-610) se mostraron en la figura 7a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de KNTC2
45 Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de la línea de LTC KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210) #5 y la línea de LTC KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214) # 5 se muestra en la figura 7d y f. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan KNTC2 y HLA-A*2402
Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células
55 diana que expresan KNTC2 y HLA-A*2402. Se probó la actividad LTC específica contra HEK293 transfectadas tanto con del gen KNTC2 de longitud completa como la molécula HLA-A*2402, que sirve como un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente KNTC2 y HLA-A*2402, usando como células efectoras los clones de LTC generados por LTC KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214). HEK293 transfectadas con KNTC2 pero no HLAA*2402, HEK293 transfectadas con HLA-A*2402 pero no KNTC2 de longitud completa y HEK293 transfectadas con HLA-A*2402 y pulsadas con KNTC2-9-309 se prepararon como controles. La línea de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra HEK293 era esa transfectada tanto con KNTC2 como HLA-A*2402 (figura 7f).
Estos resultados demuestran claramente que LTC KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214) se expresa de forma 65 natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2402 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son
péptidos epítopos, que pueden servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan KNTC2.
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de TTK restringidos con HLA-A*0201 y establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de TTK
Se generaron LTC para esos péptidos derivados de TTK según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 8. Como se representa en la figura 8b-d, TTK-A2-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A2-9-547 (SEQ ID NO: 228), TTK-A2-9-719 (SEQ ID NO: 233) y TTK-A2-10-462 (SEQ ID NO: 254) demostraron potente producción de IFN-gamma mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #4 estimuladas con TTK-A2-9-462 (SEQ ID NO: 227), #2 con TTK-A29-547 (SEQ ID NO: 228), #1 con TTK-A2-9-719 (SEQ ID NO: 233) y #8 con TTK-A2-10-462 (SEQ ID NO: 254) se expandieron y se establecieron líneas de LTC. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 9 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLA-A*0201. Por ejemplo, el péptido negativo típico (TTK-A2-9-278) se mostraron en la figura 8a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Establecimiento de clones de LTC estimulados con péptidos derivados de TTK
Además, se realizó la dilución limitante de estas líneas de LTC según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. El establecimiento de clones de la línea de LTC TTK-A2-9-462 (SEQ ID NO: 227) #4, la línea de LTC TTK-A2-9-547 (SEQ ID NO: 228) #2, la línea de LTC TTK-A2-9-719 (SEQ ID NO: 233) #1 y la línea de LTC TTK-A2-10-462 (SEQ ID NO: 254) # 8 se muestra en la figura 8d, c, d y e. Los clones de LTC tenían actividades LTC potentes y específicas contra la diana pulsada con el péptido comparado con las actividades con la diana sin el pulso de péptido.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan TTK y HLA-A*0201
Se examinó la capacidad de los clones de LTC establecidos generados contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan TTK y HLA-A*0201. Se probó la actividad LTC específica contra COS7 transfectadas tanto con del gen TTK de longitud completa como la molécula HLA-A*0201, que es un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente TTK y HLA-A*0201, usando como células efectoras los clones de LTC generados contra TTK-A2-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A2-9-547 (SEQ ID NO: 228), TTK-A2-9-719 (SEQ ID NO: 233) y TTK-A2-10-462 (SEQ ID NO: 254). COS7 transfectadas con TTK pero no HLA-A*0201, COS7 transfectadas con HLA-A*0201 pero no TTK de longitud completa (o sustituido por el gen HIG2 de longitud completa) y COS7 transfectadas con HLA-A*0201 y pulsadas con diferentes péptidos epítopos se prepararon como controles. El clon de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra COS7 era ese transfectado tanto con TTK como HLA-A*0201 (figura 8b, c, d y e).
Estos resultados demuestran claramente que TTK-A2-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A2-9-547 (SEQ ID NO: 228), TTK-A2-9-719 (SEQ ID NO: 233) y TTK-A2-10-462 (SEQ ID NO: 254) se expresan de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A2 y reconocen LTC. Además, estos péptidos son péptidos epítopos, que pueden servir como vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan TTK.
Estimulación de las células T usando los péptidos predichos de URCL10 restringidos con HLA-A*0201 y establecimiento de líneas de LTC estimuladas con péptidos derivados de URCL10
Se generaron LTC para esos péptidos derivados de URCL10 según los protocolos expuestos en la sección de “Materiales y Métodos” anteriormente. Los LTC resultantes que tienen actividad LTC específica detectable, determinada mediante el ensayo ELISPOT de IFN-gamma, se muestran en la figura 9. Como se representa en la figura 9b-d, URLC-A2-9-206 (SEQ ID NO: 271), URLC-A2-9-212 (SEQ ID NO: 272) y URLC-A2-10-211 (SEQ ID NO: 288) demostraron potente producción de IFN-gamma mediante ensayo ELISPOT de IFN-gamma, y las células en el pocillo positivo #7 estimuladas con URLC-A2-9-206 (SEQ ID NO: 271), #3 con URLC-A2-9-212 (SEQ ID NO: 272) y #5 con URLC-A2-10-211 (SEQ ID NO: 288) se expandieron. Se determinaron esas líneas de LTC que tenían mayores actividades LTC específicas contra la diana pulsada con péptido comparadas con las actividades contra diana sin pulso de péptido mediante ELISA. Mientras, otros péptidos mostrados en la tabla 10 no pudieron establecer las líneas de LTC a pesar de la posible actividad de unión con HLA-A*0201. Por ejemplo, el péptido negativo típico (URLC-A2-9-58) se mostraron en la figura 9a. En esta invención, los péptidos que pudieron establecer líneas de LTC se seleccionaron como péptido potente de estimulación de LTC.
Actividad LTC específica contra las células diana que expresan URCL10 y HLA-A*0201
Se examinó la capacidad de las líneas de LTC establecidas generadas contra estos péptidos de reconocer células diana que expresan de forma endógena URCL10 y HLA-A*0201. Se probó la actividad LTC específica contra COS7, Hek293 y 293T transfectadas tanto con del gen URCL10 de longitud completa como la molécula HLA-A*0201, que sirve como un modelo específico para las células diana que expresan endógenamente URCL10 y HLA-A*0201, 5 usando como células efectoras la línea de LTC generada por URLC-A2-10-211. COS7, Hek293 o 293T transfectadas con URCL10 pero no HLA-A*0201 (sustituida por HLA-A*2402), COS7, Hek293 o 293T transfectadas con HLA-A*0201 pero no URCL10 de longitud completa y COS7 transfectadas con HLA-A*0201 y pulsadas con un péptido epítopo diana diferente (URLC10-A02-10-64) se prepararon como controles. La línea de LTC que demuestra la actividad LTC específica más alta contra COS7, Hek293 o 293T era esa transfectada tanto con URCL10 como HLA-A*0201 (figura 9-2).
Estos resultados demuestran claramente que URLC-A2-10-211 se expresa de forma natural en la superficie de la célula diana con la molécula HLA-A*0201 y reconoce LTC. Además, este péptido era péptido epítopo, que pueden utilizar vacunas contra el cáncer que se dirigen contra tumores que expresan URCL10.
15 Análisis de homología de los péptidos antigénicos
Los clones de LTC citotóxicos establecidos contra los siguientes péptidos mostraron potente actividad LTC específica.
CDH3-A24-9-513 (SEQ ID NO: 19), CDH3-A24-9-406 (SEQ ID NO: 22), CDH3-A24-10-807 (SEQ ID NO: 30), CDH3-A24-10-332 (SEQ ID NO: 34),
25 CDH3-A24-10-655 (SEQ ID NO: 344), CDH3-A24-10-470 (SEQ ID NO: 358), EphA4-A24-9-453 (SEQ ID NO: 41), EphA4-A24-9-5 (SEQ ID NO: 44), EphA4-A24-9-869 (SEQ ID NO: 46), EphA4-A24-9-420 (SEQ ID NO: 48), EphA4-A24-10-24 (SEQ ID NO: 78), EphA4-A02-9-501 (SEQ ID NO: 376), EphA4-A02-9-165 (SEQ ID NO: 379), ECT2-A24-9-515 (SEQ ID NO: 80),
35 ECT2-A24-10-40 (SEQ ID NO: 100), ECT2-A24-10-101 (SEQ ID NO: 101), HIG2-A24-9-19 (SEQ ID NO: 110), HIG2-A24-9-22 (SEQ ID NO: 111), HIG2-A24-9-8 (SEQ ID NO: 387), HIG2-A24-10-7 (SEQ ID NO: 112), HIG2-A24-10-18 (SEQ ID NO: 394), HIG2-A02-9-8 (SEQ ID NO: 114), HIG2-A02-9-15 (SEQ ID NO: 116), HIG2-A02-9-4 (SEQ ID NO: 117),
45 HIG2-A02-10-8 (SEQ ID NO: 121), INHBB-A24-9-180 (SEQ ID NO: 395), INHBB-A24-10-180 (SEQ ID NO: 133), INHBB-A24-10-305 (SEQ ID NO: 135), INHBB-A24-10-7 (SEQ ID NO: 137), INHBB-A24-10-212 (SEQ ID NO: 426), KIF20A-A249-305 (SEQ ID NO: 174), KIF20A-A24-9-383 (SEQ ID NO: 178), KIF20A-A24-10-304 (SEQ ID NO: 186), KIF20A-A24-10-66 (SEQ ID NO: 194),
55 KNTC2-A24-9-309 (SEQ ID NO: 196), KNTC2-A24-9-124 (SEQ ID NO: 202), KNTC2-A24-9-154 (SEQ ID NO: 210), KNTC2-A24-9-150 (SEQ ID NO: 213), KNTC2-A24-10-452 (SEQ ID NO: 214), KNTC2-A24-10-227 (SEQ ID NO: 217), KNTC2-A24-10-273 (SEQ ID NO: 223), TTK-A02-9-462 (SEQ ID NO: 227), TTK-A02-9-547 (SEQ ID NO: 228), TTK-A02-9-719 (SEQ ID NO: 233),
65 TTK-A02-10-462 (SEQ ID NO: 254), URLC-A02-9-206 (SEQ ID NO: 271),
URLC-A02-9-212 (SEQ ID NO: 272) y URLC-A02-10-211 (SEQ ID NO: 288).
Esto sugiere que las secuencias de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 son homólogas a los péptidos derivados de otras moléculas que se sabe sensibilizan el sistema inmunitario humano.
Para excluir esta posibilidad, se realizó un análisis de homología con las secuencias de péptidos como secuencias problemas usando el algoritmo BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi). No se reveló homología de secuencia significativa.
Estos resultados sugieren que las secuencias de SEQ ID NO: 19, 22, 30, 34, 344, 358, 41, 44, 46, 48, 78, 376, 379, 80, 100, 101, 110, 111, 387, 112, 394, 114, 116, 117, 121, 395, 133, 135, 137, 426, 174, 178, 186, 194, 196, 202, 210, 213, 214, 217, 223, 227, 228, 233, 254, 271, 272 o 288 son únicas y por tanto poseen un bajo riesgo de generar una respuesta inmunológica indeseada hacia cualquier molécula no relacionada.
Discusión
La identificación de nuevos AAT, particularmente los que inducen respuestas inmunitarias antitumorales potentes y específicas, garantiza el desarrollo adicional de la aplicación clínica de las estrategias de vacunación con péptidos en varios tipos de cáncer (Boon T. et al., (1996) J Exp Med 183: 725-9; van der Bruggen P et al., (1991) Science
254: 1643-7; Brichard V et al., (1993) J Exp Med 178: 489-95; Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52; Shichijo S et al., (1998) J Exp Med 187:277-88; Chen YT et al., (1997) Proc.Natl.Acd. Sci. USA, 94: 1914-8; Harris CC., (1996) J Natl Cancer Inst 88:1442-5; Butterfield LH et al., (1999) Cancer Res 59:3134-42; Vissers IL et al., (1999) Cancer Res 59: 5554-9; van der Burg SH et al., (1996) J. Immunol 156:3308-14; Tanaka F et al., (1997) Cancer Res 57:4465-8; Fujie T et al., (1999) Int Cancer 80:169-72; Kikuchi M et al., (1999) Int J Cancer 81: 459-66; Oiso Met al., (1999) Int J Cancer 81:387-94).
Las tecnologías de micromatrices de ADNc pueden divulgar perfiles extensos de expresión génica en células malignas (Lin YM, et al., Oncogene. 13 junio 2002;21:4120-8; Kitahara O, et al., Cancer Res. 1 mayo 2001;61:35449; Suzuki C, et al., Cancer Res. 1 Nov. 2003;63:7038-41; Ashida S, Cancer Res. 1 Sep. 2004;64:5963-72; Ochi K, et al., Int J Oncol. Mar. 2004,24(3):647-55; Kaneta Y, et al., Int J Oncol. Sep. 2003;23:681-91; Obama K, Hepatology. Jun. 2005;41:1339-48; Kato T, et al., Cancer Res. 1 Jul. 2005;65:5638-46.; Kitahara O, et al., Neoplasia. Jul.-Ag 2002;4:295-303; Saito-Hisaminato A et al., DNA Res 2002, 9: 35-45) y encontrar utilidad en la identificación de potenciales AAT. Entre los transcritos que aumentan en varios cánceres se identificaron genes humanos novedosos, denominados CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10, usando estas tecnologías.
Como se ha demostrado anteriormente, CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 se sobreexpresan en varios cánceres pero muestran expresión mínima en tejidos normales. Además, se ha mostrado que estos genes tienen una función significativa relacionada con la proliferación celular. Por tanto, péptidos derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 pueden servir como epítopos AAT que, a su vez, se pueden usar para inducir respuestas inmunitarias significativas y específicas contra células cancerosas.
Por tanto, como CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 son AAT novedosos, las vacunas que usan estos péptidos epítopos encuentran utilidad como agentes inmunoterapéuticos contra varios carcinomas u otras enfermedades que expresan estas moléculas.
Aplicabilidad industrial
La presente invención identifica nuevos AAT, particularmente esos que inducen respuestas inmunitarias antitumorales potentes y específicas. Tales AAT garantizan el desarrollo adicional como vacunas peptídicas contra enfermedades asociadas con la sobreexpresión de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y/o URLC10, por ejemplo, cánceres. Todas las patentes, solicitudes de patente y publicaciones citadas en el presente documento se incorporan mediante referencia.
Mientras que la invención se ha descrito en detalle y con referencia a formas de realización específicas de la misma, se debe entender que la descripción anterior es de naturaleza ejemplar y explicativa y se pretende para ilustrar la invención y sus formas de realización preferidas. Mediante experimentación de rutina, el experto en la materia reconocerá fácilmente que se pueden hacer en la misma varios cambios y modificaciones. Por tanto, se pretende que la invención esté definida por la anterior descripción, sino por las siguientes reivindicaciones y sus equivalentes.
Lista de secuencias
<110> ONCOTHERAPY SCIENCE, INC <120> VACUNAS PEPTÍDICAS PARA CÁNCERES QUE EXPRESAN ANTÍGENOS ASOCIADOS A TUMORES
<130> R2514 EP S3 5
<140> EP 08 71 0443.6
<141> 10 <150> US 60/902.949
<151>
<160> 434 15 <170> PatentIn versión 3.4
<210> 1
<211> 3649
<212> ADN 20 <213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (508).. (2997) 25
<400> 1
<210> 2
<211> 829
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 2
<210> 3
<211> 3107 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (34) .. (2994)
<400> 3
<210> 4
<211> 986
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 4
<210> 5
<211> 4349 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (445)..(3039)
<400> 5
<210> 6
<211> 882
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 6
<210> 7
<211> 1372 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (206)..(397)
<400> 7
<210> 8
<211> 63
<213> PRT
<214> Homo sapiens
<400> 8
<210> 9
<211> 3516 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (767)..(1990)
<400> 9
<210> 10
<211> 407
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 10
<210> 11
<211> 2972 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (28)..(2700)
<400> 11
<210> 12
<211> 890
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 12
<210> 13
<211> 2150 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (105)..(2033)
<400> 13
<210> 14
<211> 642
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 14
<210> 15
<211> 2984 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (75)..(2648)
<400> 15
<210> 16
<211> 857
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 16
<210> 17
<211> 1735 5 <212> ADN
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS 10 <222> (242)..(913)
<400> 17
<210> 18
<211> 223
<213>
PRT
<213>
Homo sapiens
<400> 18
<210> 19
<210> 19
<211> 9 5 <212> PRT
<213> Secuencia artificial
<220>
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Claims (24)

  1. REIVINDICACIONES
    1.
    Un péptido aislado de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido se selecciona del grupo que consiste en los péptidos que comprenden las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 o 358.
  2. 2.
    Un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, en las que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, delecionan o añaden, en donde dicho péptido induce linfocitos T citotóxicos específicos para una célula que expresa CDH3.
  3. 3.
    El péptido que tiene inducibilidad de células T citotóxicas de la reivindicación 2, en donde dicho péptido consiste en una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, en las que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, delecionan o añaden, en donde dicho péptido induce linfocitos T citotóxicos específicos para una célula que expresa CDH3.
  4. 4.
    El péptido que tiene inducibilidad de células T citotóxicas de la reivindicación 2, en donde dicho péptido consiste en una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358, en las que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen o añaden, en donde dicho péptido induce linfocitos T citotóxicos específicos para una célula que expresa CDH3.
  5. 5.
    El péptido de cualquiera de las reivindicaciones 2 a 4, en donde el segundo aminoácido desde el extremo N es fenilalanina, tirosina, metionina o triptófano.
  6. 6.
    El péptido de cualquiera de las reivindicaciones 2 a 5, en donde el aminoácido C-terminal es fenilalanina, leucina, isoleucina, triptófano o metionina.
  7. 7.
    Un péptido aislado que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 o 358.
  8. 8.
    Una composición farmacéutica para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer, dicha composición comprende al menos un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 o un polinucleótido que codifica el péptido.
  9. 9.
    Uso de al menos un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 o un polinucleótido que codifica el péptido para la preparación de una composición farmacéutica para el tratamiento o la prevención del cáncer.
  10. 10.
    Un exosoma que presenta en su superficie un complejo que comprende un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 y un antígeno HLA.
  11. 11.
    El exosoma de la reivindicación 10, en donde el antígeno HLA es HLA-A24.
  12. 12.
    El exosoma de la reivindicación 11, en donde el antígeno HLA es HLA-A2402.
  13. 13.
    Un método in vitro de inducir una célula presentadora de antígenos que tiene una alta inducibilidad de células T citotóxicas que comprende el paso de poner en contacto una célula presentadora de antígenos con un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 o comprende el paso de transferir un gen que comprende un polinucleótido que codifica un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 a una célula presentadora de antígenos.
  14. 14.
    Un método in vitro de inducir una célula T citotóxica poniendo en contacto una célula T con un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7.
  15. 15.
    Una célula T citotóxica aislada, que se induce poniendo en contacto una célula T con un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 o que se transduce con un ácido nucleico que codifica polipéptidos de las subunidades de TCR que se unen a un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 en el contexto de HLA-A24.
  16. 16.
    Una célula presentadora de antígenos, que comprende un complejo formado entre un antígeno HLA y un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 o que se induce por el método de la reivindicación 13.
  17. 17.
    Una vacuna para su uso en inhibir la proliferación de una célula que expresa el gen de SEQ ID NO: 1, en donde la vacuna comprende un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 como principio activo.
  18. 18.
    Uso de un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 como principio activo para la preparación de una vacuna para inhibir la proliferación de una célula que expresa el gen de SEQ ID NO: 1.
  19. 19.
    La vacuna de la reivindicación 17 o el uso de la reivindicación 18, en donde la célula que expresa el gen de SEQ ID NO: 1 es una célula cancerosa.
  20. 20.
    La vacuna o el uso de la reivindicación 19, formulados para la administración a un sujeto cuyo antígeno HLA es HLA-A24.
  21. 21.
    Una vacuna para su uso en el tratamiento o la prevención del cáncer, dicha vacuna comprende al menos un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, o un polinucleótido que codifica dicho péptido.
  22. 22.
    Uso de al menos un péptido de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, o un polinucleótido que codifica dicho péptido para la preparación de una vacuna para el tratamiento o la prevención del cáncer.
  23. 23.
    La composición farmacéutica de la reivindicación 8, el uso de la reivindicación 9, 19 o 22 o la vacuna de la reivindicación 19 o 21, en donde el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.
  24. 24.
    Un método de identificar un péptido que tiene una capacidad de inducir LTC contra células que expresan CDH3, en donde dicho método comprende los pasos de:
    (i)
    proporcionar o generar al menos una secuencia candidata que consiste en una secuencia de aminoácidos modificada mediante sustitución de uno o dos residuos de aminoácidos en una secuencia de aminoácidos original, en donde la secuencia de aminoácidos original se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID NO: 30, 19, 22, 34 y 358;
    (ii)
    seleccionar la secuencia candidata que no tiene homología significativa sustancial con los péptidos derivados de cualquier producto génico humano conocido diferente de CDH3;
    (iii) poner en contacto un péptido que consiste en la secuencia candidata seleccionada en el paso (ii) con células presentadoras de antígenos;
    (iv)
    poner en contacto las células presentadoras de antígenos del paso (iii) con células T para evaluar la capacidad del péptido de estimular las células T; e
    (v)
    identificar el péptido cuya inducibilidad de LTC es igual o mayor que la de un péptido que consiste en la secuencia de aminoácidos original.
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