CN1653080A - 淋巴管和血管的内皮细胞基因 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了在淋巴管内皮细胞和血管内皮细胞中差异表达的多核苷酸和基因。这些基因可用于治疗涉及淋巴管的疾病，所述疾病例如淋巴水肿，各种炎性疾病，和通过淋巴管系统进行的癌转移。

Description

淋巴管和血管的内皮细胞基因
技术领域
本发明涉及在淋巴管内皮细胞中特异性表达的多核苷酸和蛋白。
背景技术
近来关于淋巴血管生长因子(lymphangiogenic growth factors)和癌症的淋巴管内生长和转移(Mandriota等，EMBO J.20：672-682(2001)；Skobe，等，Nat.Med.7：192-198(2001)；Stacker，等，Nat.Med.7：186-191(2001)；Karpanen等，Cancer Res.61：1786-1790(2001))的联系的证据表明，淋巴管可用作肿瘤治疗的又一个靶点。癌细胞通过直接侵入周围组织，扩散到体腔，侵入血管系统(血管源性转移)在体内扩散，也通过淋巴系统扩散(淋巴转移)。局部淋巴结播散是多种常见癌症转移的第一步，并且和疾病的预后高度相关。参与从肿瘤区引流组织液的淋巴结称为哨兵淋巴结(sentinel nodes)，在适当的位置上通过诊断发现这些淋巴结，并在疑有癌细胞转移的情况下，则去除它们。然而，虽然其与临床相关(relevance)，对于导致通过血流或通过淋巴系统转移的机制却知之甚少。
直到最近，尽管淋巴管在医学上很重要，它们受到的重视远小于血管。淋巴管从大多数组织的组织间隙收集富含蛋白质的液体和白细胞，并将它们作为淋巴这种白色不透明的液体运输到血液循环。小淋巴管汇合成较大的淋巴管，将淋巴液通过胸导管引流到颈部的大静脉。淋巴结是沿淋巴管分布的过滤站，收集淋巴管(collecting lymphatic vessels)周围的平滑肌收缩和身体的运动(bodily movements)驱动淋巴的运动，流动的方向由静脉内的瓣膜控制，就像在静脉中一样。淋巴毛细管内覆内皮细胞，它们之间具有很多大的内皮间隙并有明显的接点。淋巴毛细管还缺乏连续的基底膜，而且没有周细胞。锚丝(Anchoring filaments)连接淋巴管内皮细胞的近腔表面和血管周围的细胞外基质，并在组织水肿时锚丝牵引内皮细胞以保持淋巴管的开放。淋巴管缺乏或堵塞通常由感染，外科手术或放疗造成，极少数情况下由遗传缺陷造成，使得蛋白富集液在组织中聚集，即淋巴水肿。淋巴系统对于肠脂肪吸收和免疫应答也很重要。细菌，病毒和其他外来物质被淋巴管吸收并运送到淋巴结，在淋巴结中，外来物质被呈递给免疫细胞，而树突细胞则在此借由淋巴来穿行。对操纵淋巴管的理解和能力进展缓慢。
淋巴管内皮细胞的发育或功能异常可导致淋巴管肿瘤或畸形，例如淋巴管瘤或淋巴管扩张。Witte等，Regulation of Angiogenesis(eds.Goldber，I.D.& Rosen，E.M.)65-112(Birk_user，Basel，Switzerland，1997)。VEGFR-3酪氨酸激酶受体在正常淋巴内皮中表达，并在多种类型的血管肿瘤中发生上调，包括卡波奇肉瘤(Kaposi’s sarcomas)。Jussila等，Cancer Res 58，1955-1604(1998)；Partanen，等，Cancer 86：2406-2412(1999)。由感染，手术，放射治疗或遗传缺陷造成的淋巴管缺失或功能障碍导致淋巴水肿，其特征是富含蛋白的液体在该组织中的慢性累积，从而导致肿胀。VEGFR-3信号对淋巴管生成的重要性在家族性淋巴水肿的遗传学中得到了揭示，所述疾病的特征是皮肤淋巴管发育不全，导致外貌变丑和肢体肿胀致残。Witte，等，Regulationof Angiogenesis(eds.Goldber，I.D.& Rosen，E.M.)65-112(Birk_user，Basel，Switzerland，1997)；Rockson，S.G.，Am.J.Med.110，288-295(2001)。一些患有淋巴水肿的家族成员是编码酪氨酸激酶结构域的VEGFR3外显子的错义突变杂合子，这种突变导致受体蛋白失活。Karkkainen，等，Nature Genet.25：153-159(2000)；Irrthum，等，Am.J.Hum.Genet.67：295-301(2000)。
本领域需要关于控制内皮细胞多样性的转录程序的信息，以及血管生成和淋巴管生成的机制的信息。本领域还需要新的血管标志物，所述标志物可用作研究包括肿瘤转移在内的多种涉及淋巴管的疾病的有价值的靶点。
发明内容
本发明的组合物包括分离的多核苷酸，具体为淋巴管内皮细胞基因，多肽，这些多核苷酸编码的分离的多肽，重组DNA分子，克隆的基因或其简并变体，尤其是天然存在的变体例如等位基因变体，以及特异性识别一种或多种存在于所述多肽上的表位的抗体。
本发明的组合物还包括含有本发明的多核苷酸的载体(包括表达载体)，经遗传改造含有这种多核苷酸的细胞，和经遗传改造表达这种多核苷酸的细胞。
在选定的实施方案中，本发明这种分离的多核苷酸包含序列表中所述的多核苷酸序列，例如SEQ ID NO：1-30之一。
本发明的多核苷酸还包括，但不限于，与SEQ ID NO：1-30的核苷酸序列的互补序列在高度严格的条件下杂交的多核苷酸；与SEQ ID NO：1-30的核苷酸序列的互补序列在中等严格的条件下杂交的多核苷酸；上述任一种多核苷酸的等位基因变体多核苷酸；编码上述任一种蛋白的种同源物(species homologue)的多核苷酸；编码包含SEQ ID NO：1-30之一编码的多肽的特定结构域或截短部分(truncation)的多肽的多核苷酸。示例性的高度严格的杂交条件是在42℃，含有50％甲酰胺，5xSSPE，5x Denhardt′s溶液，0.1％SDS和0.1mg/ml变性的鲑精DNA的溶液中杂交20小时，然后用1xSSC，0.1％SDS在65℃洗涤30分钟。
本发明的另一方面涉及LEC和BEC多肽，包括上述多核苷酸编码的多肽。在一些实施方案中，所述多肽是本发明多肽的成熟形式。特别是经纯化并分离的多肽，所述多肽包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293，和391之一的氨基酸序列；以及经纯化并分离的多肽，所述多肽包含选自以下序列的氨基酸序列：(a)SEQ ID NOs：31-34，46，48，207，676，859，和861；和(b)(a)中的氨基酸序列的包括至少10个氨基酸的胞外区片段。此外，本发明还包括上述纯化并分离的可溶性多肽，所述多肽包含SEQ ID NO：31-34，46，48，207，676，859，和861之一的氨基酸序列的胞外区片段，其中所述多肽缺乏任何跨膜区。这种多肽还缺乏任何细胞内区。本发明还涉及融合蛋白，所述蛋白包含与有含免疫球蛋白恒定区的免疫球蛋白片段融合的上述多肽。
相关地，本发明还提供了一种组合物，所述组合物包含上述的多肽或蛋白，以及可药用的稀释剂，载体或佐剂。本发明的多肽组合物可包含可接受的载体，如亲水的载体例如可药用的载体。还提供了包含这样一种组合物的试剂盒，以及给药受试哺乳动物所述药物组合物来调节受试动物体内的淋巴系统的方案。本发明还提供了特异性结合上述多肽的抗体，在一些实施方案中所述抗体是人源化的。本发明还提供了包含特异性结合上述多肽的抗体的抗原结合区的蛋白，其中所述蛋白与所述多肽特异性结合。
本发明还涉及制备多肽的方法，包括在适宜的培养基中，使本发明的细胞培养物生长，并纯化来自培养物或细胞提取物的蛋白。具体地，本发明涉及制备LEC多肽的方法，包括使得用本文所述的表达载体转化或转染的宿主细胞生长，其中生长的条件使所述细胞表达所述多核苷酸编码的多肽。
本发明还提供了鉴定本文的产物和组合物的方法。具体地，本发明提供了鉴定LEC核酸的方法，包括：(a)使含有候选LEC核酸的生物样品和多核苷酸或其互补体在严格的杂交条件下接触，所述多核苷酸包含：SEQ IDNO：1-30，45，47，49，51，82，93，111，188，208，212，236，242，294，和392之一的至少14个连续核苷酸的片段，所述杂交条件为：(i)42℃，在含有50％甲酰胺，5xSSPE，5x Denhardt′s溶液，0.1％SDS和0.1mg/ml变性的鲑精DNA的溶液中杂交20小时，和(ii)65℃，1xSSC，0.1％SDS中洗涤30分钟；和(b)检测候选LEC核酸和该多核苷酸的杂交，由此鉴定LEC核酸。
本发明还提供了鉴定LEC蛋白的方法，包括(a)使含有候选LEC蛋白的生物样品和选自本文所述抗体或本文所述蛋白或多肽的LEC蛋白结合配偶体在适宜二者结合的条件下接触；和(b)检测候选LEC蛋白和LEC结合配偶体之间的结合，由此鉴定LEC蛋白。
本发明还涉及鉴定LEC的方法，包括(a)使包含细胞的生物样品和LEC结合配偶体在适宜两者结合的条件下接触，其中的LEC结合配偶体包含与多肽结合的抗体或该抗体的抗原结合片段，所述多肽包含SEQ IDNO：31-34，46，48，207，676，859，和861之一；和(b)通过检测细胞和LEC结合配偶体之间的结合鉴定LEC，其中LEC结合配偶体与细胞的结合可鉴定LEC。
本发明的多核苷酸在分子生物学领域的熟练技术人员已知的多种技术中有多种应用。这些技术包括用作杂交探针，作为PCR的引物，用于染色体和基因作图，用于重组制备蛋白，和用于产生反义DNA或RNA、其化学类似物等诸如此类。例如，mRNA的表达主要限于特定的细胞或组织类型例如淋巴管内皮细胞时，本发明的多核苷酸可用作杂交探针，使用例如原位杂交法检测样品中特定细胞或组织mRNA的存在。
另一方面，本发明提供了一种包含分离的多核苷酸的组合物，所述多核苷酸包含编码包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293，和391之一的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列；以及可药用的稀释剂，载体或佐剂。在一些实施方案中，所述组合物包含编码该多肽的多核苷酸或其片段，所述多核苷酸包括SEQ ID NO：14-30，45，47，49，51，82，93，111，188，208，212，222，236，242，294，和392之一的核苷酸序列。
本发明还提供了包含表达控制序列的表达载体，所述序列与包含编码包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293，和391之一的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列可操作地连接。在一些实施方案中，所述表达载体是含所述多核苷酸的复制缺陷的腺病毒或腺伴随病毒载体。本发明另一方面涉及包含上述表达载体和可药用的稀释剂，载体或佐剂的组合物。此外，本发明提供了包含组合物的试剂盒，所述组合物包含上述多核苷酸或载体以及可药用的稀释剂，载体或佐剂，其包装内还有将该组合物给药受试哺乳动物以调节受试动物的淋巴系统的方案。
本发明还提供了由上述表达载体转化或转染的宿主细胞。
本发明的多肽可用于多种传统方法和目前用于其它蛋白的方法中。此外，本发明的多肽还可用于产生特异性结合该多肽的抗体。
本发明还提供了差异调节血管内皮细胞(BEC)或淋巴管内皮细胞(LEC)的生长和分化的方法，包括使内皮细胞和包含差异调节血或淋巴管内皮细胞的试剂的组合物接触，所述试剂选自：(a)包含BEC多肽或LEC多肽的氨基酸序列的多肽，或该多肽的活性片段；(b)包含编码(a)的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；(c)特异性结合(a)的多肽的抗体；(d)包含(c)的抗体的片段的多肽，其中所述片段和抗体与所述多肽结合；(e)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的反义核酸；(f)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的干扰RNA(RNAi)。所述方法包括使内皮细胞与所述组合物在活体外或活体内接触。所述组合物可包含可药用的稀释剂，佐剂或载体，而且所述接触步骤包括将所述组合物给药受试哺乳动物从而差异调节受试哺乳动物的BEC或LEC。
此外，所述方法包括鉴定患有以LEC过度增生为特征的疾病的人类受试者；给药所述人类受试者该组合物，其中的试剂差异性抑制LEC的生长和BEC的生长；可选地该方法可包括鉴定患有以LEC过度增生为特征的疾病的人类受试者；筛选受试者的LEC以便鉴定表3中的多肽的过度表达；将该组合物给药该人类受试者，其中所述试剂通过抑制筛选步骤鉴定的多肽的表达，差异抑制LEC的生长和BEC的生长。
本发明还涉及调节人类受试者的淋巴管内皮细胞的生长的方法，包括以下步骤：鉴定患有增生性淋巴疾病的人类受试者，筛查受试者鉴定表3所示LEC多肽的过低表达或过低活性，其中所述蛋白不在表1或2中；将所述组合物给药所述人类受试者，其中所述试剂包括筛选步骤所鉴定的LEC多肽(a)或该多肽的活性片段，或包括包含编码该多肽的核苷酸序列的多核苷酸(b)。
本发明的另一方面涉及使用一种试剂制备用于差异调节血管内皮细胞(BEC)或淋巴管内皮细胞(LEC)的生长或分化的药物，所述试剂选自：(a)包含BEC多肽或LEC多肽的氨基酸序列的多肽，或该多肽的活性片段；(b)包含编码多肽(a)的核苷酸序列；(c)特异性结合多肽(a)的抗体；(d)包含(c)的抗体的片段的多肽，其中所述片段和抗体与该多肽结合；(e)编码多肽(a)的人基因或mRNA的反义核酸；(f)编码多肽(a)的人基因或mRNA的干扰RNA(RNAi)。
本发明另一方面提供了调节内皮细胞生长的化合物的鉴定方法，包括以下步骤：在存在或缺失一种化合物的条件下培养内皮细胞；测定细胞内BEC或LEC基因的至少一种的表达，其中BEC或LEC基因选自编码表3和4中的多肽的基因，其中存在所述化合物相比于缺失所述化合物时至少一种BEC基因的表达改变表明该化合物是BEC生长的调节物，且其中存在所述化合物相比于缺失所述化合物时至少一种LEC基因的表达改变表明该化合物是LEC生长的调节物。所述方法可用于筛选选择性调节BEC或LEC生长或分化的化合物，其中测定步骤包括测定细胞中至少一种BEC基因和至少一种LEC基因的表达，且其中所述方法包括通过筛选差异调节至少一种BEC基因的表达相比于至少一种LEC基因的表达的化合物，筛选出可选择性调节BEC或LEC生长或分化的化合物。
此外，本发明涉及本发明上述方面的方法或用途，其中所述多肽是表3中的LEC多肽，以及差异调节LEC生长或分化相比于BEC生长或分化的试剂。在一些实施方案中，所述LEC多肽包括SEQ ID NO：81，187，207，211，221，235，241，293，和391之一的氨基酸序列；在另外的实施方案中，所述LEC多肽包括SEQ ID NO：31-34，46和48之一的氨基酸序列。在这些实施方案中，试剂可以是特异性结合上述LEC多肽的抗体，或者这种抗体的多肽片段。此外，该试剂可以是上述多肽的胞外区，或编码胞外区的多核苷酸，或者反义分子或核酸。可选地，所述多肽是表4中的BEC多肽，且该试剂差异调节BEC生长分化相比于LEC生长和分化。优选，所述多肽不在表1或2中。
本发明的方法还涉及检测样品中本发明的多核苷酸或多肽存在的方法。这种方法可例如，被用作上述疾病的预后和诊断评估的一部分，以及鉴定显示易患有所述疾病的受试者。此外，本发明还提供了在用于治疗与淋巴管内皮细胞有关的疾病的临床实验中评估药物有效性，监控病人的病情进展的方法。
本发明还提供了鉴定调节本发明的多核苷酸和/或多肽的表达的化合物。所述方法可用于例如，鉴定可缓解与上述SEQ ID NO：1-30之一的蛋白表达有关的疾病的症状的化合物。这种方法包括，但不限于，用于鉴定与本发明的多肽反应(例如结合)的化合物或其他物质的分析试验。
此外，本发明提供了测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，所述方法包括(a)测定人类受试者中与遗传性淋巴水肿基因型相关的核酸突变，而且与相应的野生型等位基因所编码的多肽的氨基酸序列相比，所述突变改变该人类受试者的至少一种等位基因编码的氨基酸序列，其中所述野生型多肽是表3中鉴定的多肽。可选地，测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括(a)测定人类受试者中与遗传性淋巴水肿基因型相关的核酸突变，而且与相应的野生型等位基因所编码的多肽的氨基酸序列相比，所述突变改变该人类受试者的至少一种等位基因编码的氨基酸序列，其中所述野生型多肽包含SEQ ID NO：31-44，46，48，52，54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列；(b)使核酸中突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中核酸中所述突变的存在与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，且核酸中所述突变缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
测定患淋巴水肿的危险性的另一种方法包括以下步骤：(a)测定人类受试者的核酸的突变，所述突变改变了人类受试者的至少一种转录因子等位基因编码的氨基酸序列，并且与野生型等位基因编码的转录因子多肽的转录调节活性相比，所述突变改变了该等位基因编码的转录因子多肽的转录调节活性，其中所述野生型转录因子多肽包含SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：211，SEQ ID NO：241之一的氨基酸序列，和表5中的序列编码的转录因子；和(b)使核酸中所述突变的存在或缺失和发生遗传性淋巴水肿的危险性相关联，其中核酸中存在所述突变和患淋巴水肿危险性增加相关，而核酸中缺失所述突变和患遗传性淋巴水肿危险性不增加相关。在该方法中，所述野生型转录因子等位基因可包含表述为SEQ ID NO：54的Sox18氨基酸序列。在本方法的一些实施方案中，所述分析鉴定了改变Sox18等位基因编码的蛋白的反式激活区或DNA结合区的氨基酸序列的突变；在本方法的另一些实施方案中，与野生型SOX18对相应基因的转录活化相比，所述突变降低了SOX18反应型基因的转录活化。
本发明另一方面提供了测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括(a)测定人类受试者的核酸中的突变，其中与野生型等位基因编码的野生型粘附多肽相比，所述突变改变至少一种LEC基因的等位基因编码的氨基酸序列，并改变该LEC基因等位基因编码的粘附多肽的结合亲合力，其中所述野生型粘附多肽包含SEQ ID NO：31-34，46，207，676，859，和861之一的氨基酸序列；和(b)使核酸中存在或缺失所述突变和患遗传性淋巴水肿的危险性相关联，其中核酸中存在所述突变和出现淋巴水肿的危险性增加相关联，而核酸中缺失所述突变和患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关联。在本方法的一些实施方案中，至少一种基因相应于编码SEQ ID NO：54所述的氨基酸序列的人Sox18基因。
在测定出现本发明的遗传性淋巴水肿的方法中，所述测定可确定突变的存在，并且关联性步骤可确定病人患遗传性淋巴水肿的危险性的增加。
本发明还涉及筛选患遗传性淋巴水肿的危险性增加的人类受试者的方法，包括测定人类受试者的核酸中的突变，所述突变改变了所述核酸编码的至少一种包含表3中氨基酸序列的多肽的氨基酸序列。在本发明的一些实施方案中，所述多肽包SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859，以及861之一的氨基酸序列，并与患遗传性淋巴水肿的危险性相关联，而且特别涉及包含SEQ ID NO：54的SOX18氨基酸序列的多肽。
本发明的另一方面涉及测定或筛选出现上述遗传性淋巴水肿的危险性的方法，其中该方法包括以下步骤的至少一步：(a)测定人类受试者的至少一种多核苷酸的至少一个密码子的核苷酸序列；(b)进行杂交试验以便测定所述人类受体的核酸具有的核苷酸序列和一种或多种对照序列相同还是不同；(c)进行多核苷酸迁移(migration)试验，确定人类受试者的核酸具有的核苷酸序列和一种或多种对照序列相同还是不同；(d)使用限制性内切酶进行消化，确定人类受试者的核酸具有的核苷酸序列和一种或多种对照序列相同还是不同。
本发明的另一方面提供了测定或筛选出现上述遗传性淋巴水肿的危险性，其中所述方法包括：进行聚合酶链反应(PCR)以便扩增包含LEC多核苷酸编码序列的核酸，并测定所扩增核酸的核苷酸序列。
本发明还提供了筛选人类受试者中的遗传性淋巴水肿基因型的方法，包括(a)提供包含来自所述受试者的核酸的生物样品，和(b)分析所述核酸中存在的突变，与编码SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列的人类基因相比，所述突变改变了人类受试者中的至少一种基因的至少一种等位基因所编码的氨基酸序列，其中当所述突变改变人受试者中编码的氨基酸序列，且这种改变与人类受试者中的淋巴水肿相关时，这种突变的存在指示了遗传性淋巴水肿基因型。在本方法的一些实施方案中，所述生物样品是细胞样品。在本方法的另一些实施方案中，所述分析包括测定所述核酸的一部分的序列。本发明的另一些实施方案中，所述人类受试者通过筛选方法被鉴定为具有遗传性淋巴水肿基因型。
本发明另一方面提供了抑制淋巴管生成的方法，包括给药受试者LEC跨膜多肽的抑制物，其中所述LEC跨膜多肽包括SEQ ID NO：31-34，46 48，207，676，859，和861之一的氨基酸序列，且其中所述抑制物选自：(a)LEC跨膜多肽的可溶性细胞外区片段；(b)与所述LEC跨膜多肽的胞外区结合的抗体；(c)包含(b)的抗体的抗原结合区的多肽；和(d)与编码该LEC跨膜多肽的核酸或其互补链互补的反义核酸。在本方法一些实施方案中，所述抑制物是包含LEC多肽的胞外区片段的多肽，其中胞外区序列选自以下序列：SEQ ID NO：31的氨基酸1-152，SEQ ID NO：32的氨基酸1-695和SEQ IDNO：33的氨基酸1-248。在本方法的一些实施方案中，所述受试者是患有肿瘤的人。
本发明还提供了调节受试哺乳动物的淋巴管生成的方法，包括：将LEC多核苷酸的反义分子给药需要调节淋巴管生成的受试哺乳动物，其量可有效抑制LEC多核苷酸编码的多肽的转录或翻译，其中所述LEC多核苷酸包含选自SEQ ID NO：14-30，45，47，49，51，208，677，860，和862之一的核苷酸序列。
本发明的方法还包括治疗上述与淋巴管内皮细胞相关的疾病的方法，包括将该化合物给药显示与所述疾病相关的症状或有患该病趋势的个体。
本发明另一方面提供了治疗遗传性淋巴水肿的方法，包括：(a)鉴定患有遗传性淋巴水肿的人类受试者，而且与包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列的多肽的氨基酸序列相比，所述人类受试者具有的突变改变了所编码的至少一种多肽的氨基酸序列；和(b)将淋巴管生长因子给药所述受试者，所述淋巴管生长因子选自：VEGF-C多核苷酸，VEGF-C多肽，VEGF-D多核苷酸，和VEGF-D多肽。
本发明还提供了治疗遗传性淋巴水肿的方法，包括：鉴定患有淋巴水肿的人类受试者，所述人类受试者中编码表3所示LEC蛋白的基因的至少一种等位基因具有突变，所述突变与人类受试者中的淋巴水肿相关；且其中LEC蛋白不是VEGFR-3；以及将一种包含淋巴管生长试剂的组合物给药受试者，所述试剂选自；VEGF-C多肽，VEGF-D多肽，VEGF-C多核苷酸，和VEGF-D多核苷酸。本发明还涉及利用选自VEGF-C多肽，VEGF-D多肽，VEGF-C多核苷酸，和VEGF-D多核苷酸的淋巴管生长试剂制备用于治疗遗传性淋巴水肿的药物的用途，其中遗传性淋巴水肿由表3中鉴定的LEC基因的突变造成，且其中的基因不是VEGFR-3。
此外，本发明涉及通过给药调节靶基因产物的总体活性的化合物和其它物质治疗这种疾病或病症的方法。化合物和其它物质可在靶基因表达或靶蛋白活性的水平上起所述调节作用。这些治疗方法包括：将本发明的多肽或多核苷酸给药内皮细胞，例如LEC和/或BEC，或例如人类病人等有机体。本发明的示例性方法是给药以下治疗剂之一：能够调节本发明的至少一种多核苷酸的表达的反义多核苷酸，本发明的多肽，本发明的多核苷酸，特异性识别本发明的多肽的抗体或抗体片段，VEGF-C多核苷酸，VEGF-C多肽，VEGF-D多核苷酸，VEGF-D多肽和可溶性VEGFR-3多肽。
本发明另一方面提供了筛选内皮细胞疾病或患有该疾病的倾向性的方法，包括从人类受试者获得包含内皮细胞mRNA的生物样品；根据样品中由该基因转录的mRNA的量测定BEC或LEC基因的表达，其中BEC或LEC基因编码表3或4中鉴定的多肽。
本发明涉及抑制淋巴管内皮细胞生长的方法，所述方法包括使细胞和组合物接触，所述组合物包含至少一种与能够抑制生长的试剂偶联的抗体，其中所述试剂选自细胞毒性剂和细胞生长抑制剂，其中所述抗体特异性结合由一种多核苷酸编码的多肽，其包含SEQ ID NO：14-17，45，47，860和862之一的序列。本发明的一个具体实施方案中，所述多肽包含SEQ IDNO：31-34，46，48，859和861之一的氨基酸序列。
本发明还涉及检测淋巴管内皮细胞的方法，所述方法包括将细胞和一种组合物接触，所述组合物包含至少一种与可检测的试剂，例如荧光分子或放射标记的分子偶联的抗体。在具体的实施方案中，所述抗体特异性结合包含SEQ ID NO：14-17，45，47，860和862之一的序列的多核苷酸编码的多肽。本方法更具体的实施方案中，所述多肽包含SEQ ID NO：31-34，46，48，859和861之一的氨基酸序列。
本发明还涉及分离淋巴管内皮细胞的方法，其包括将所述细胞域固体基质接触，所述基质含有至少一种能够和细胞的细胞膜中的跨膜蛋白结合的抗体，并分离与该抗体基质特异性结合的细胞。在具体的实施方案中，所述抗体与包含SEQ ID NO：14-17，45，47，860和862之一的序列的多核苷酸编码的多肽特异性结合。本方法更具体的实施方案中，所述多肽包含SEQID NO：31-34，46，48，859和861之一的氨基酸序列。
本发明还涉及将激动剂或拮抗剂给药淋巴管内皮细胞，包括选择能够特异性结合淋巴管内皮细胞特异蛋白的抗体，肽或小分子量化合物，其中的抗体，肽或小分子量的化合物是生长因子受体，细胞因子受体，趋化因子受体，或造血因子受体的激动剂或拮抗剂，并将所述抗体，肽或小分子量的化合物和需要生长刺激或抑制的淋巴管内皮细胞接触。在具体的实施方案中，这种淋巴管内皮细胞与淋巴水肿，淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤(lymphangiomyeloma)，淋巴管肌瘤病(lymphangiomatosis)，淋巴管扩张(lymphangiectasis)，淋巴管肉瘤(lymphosarcoma)和淋巴管硬化(lymphangiosclerosis)有关。
本发明还涉及将细胞毒性或细胞生长抑制性药物给予淋巴管内皮细胞，包括筛选能够特异性结合淋巴管内皮细胞特异性蛋白的抗体，肽或小分子量化合物，其中所述抗体，肽或小分子化合物与细胞毒性或细胞生长抑制性的药物结合。在具体的实施方案中，所述复合物给药可用于治疗易于转移到淋巴系统的恶性肿瘤疾病。
本发明还提供了监测药物对内皮细胞的效力或毒性的方法，包括测定给药前后受试哺乳动物内皮细胞的至少一种BEC或LEC基因的表达，其中所述至少一种BEC或LEC基因编码表3或4中所述的多肽，并且其中BEC或LEC基因的表达的改变和药物对内皮细胞的效力或毒性有关。
所述发明涉及淋巴管内皮细胞标记蛋白，所述蛋白包含SEQ IDNO：14-17之一的多核苷酸；和在严格条件下与SEQ ID NO：14-17之一杂交的多核苷酸编码的多肽。在具体的实施方案中，所述淋巴管内皮细胞标记蛋白包含SEQ ID NO：31-34之一的多肽。
本发明还涉及能够特异性结合淋巴管内皮细胞标记蛋白的抗体，所述标记蛋白包含SEQ ID NO：31-34之一的多肽。
本发明还涉及检测淋巴管内皮细胞的方法，包括使所述细胞和抗体接触，其中所述抗体具有可检测的标记。
本发明还涉及抑制淋巴管内皮细胞的至少一种生物活性的方法，包括使细胞和能够与至少一种由SEQ ID NO：14-17，45，47，860和862之一编码的多肽结合的试剂接触，其中所述多肽与没有和该试剂接触的多肽相比，活性被降低。
本发明还涉及抑制淋巴管内皮细胞生长的方法，所述方法包括将所述细胞和一种反义寡核苷酸接触，所述反义寡核苷酸能够特异性结合至少SEQ ID NOSEQ ID NO：1-30，45，47，860和862之一的多核苷酸。在具体的实施方案中，所述反义寡核苷酸主要由SEQ ID NO：1-30，45，47，860和862之一的约12到约25个连续的核苷酸组成。
根据本申请的全文内容，本发明的其它特征和变化对于本领域熟练技术人员是显而易见的，并且所有这些特征都意图作为本发明的内容。
附图说明
图1：LEC和BEC中差异表达的基因的实例。其转录子的Northern印迹和杂交。通过使用GAPDH测证明加样量相等。在微阵列分析时，从LEC中提取RNA，并在VEGF-C存在的条件下培养(LEC/+C)。验证微阵列结果时，也从没有加入VEGF-C的LEC培养物(LEC/-C)中提取RNA作为对照。
图2：BEC和LEC中表达的细胞骨架结构，钙粘着蛋白复合物和整联蛋白α9。对LEC和BEC的混合培养物进行双染，显示N-钙粘着蛋白(a)，VE-钙粘着蛋白(c)，β-连环蛋白(e)，片珠蛋白(plakoglobin)(g)，F-肌动蛋白(i)和整联蛋白α9(k)，以及LEC特异的标记物podoplanin(绿；b，d，f，h，j，l)。整联蛋白α9在淋巴管内皮中表达(arrow)但不在血管内皮中表达楔形(arrowhead)。人皮肤的连续切片使用整联蛋白α9(m)，VEGFR-3(n)或血管内皮抗原PAL-E(o)的抗体染色。
发明详述
淋巴管系统的一个主要作用是去除丛血毛细血管中不断渗出的过量的富含蛋白的间质液体，并将其引流回血液循环(Witte，M.H.，等，Microsc.Res.Tech.55：122-145.2001；Karpanen，T.，等，J.Exp.Med.194：F37-F42.2001；Karkkainen，M.J.，等，Trends Mol.Med.7：18-22.2001)。此外，所述淋巴系统通过淋巴结链过滤淋巴液及其抗原，提供了持续的免疫监视，并且是从肠道吸收脂类的主要途径之一。长期以来已知多种类型的癌症中，淋巴管提供了肿瘤转移的主要途径，而且局部淋巴结扩散与疾病的进展相关。遗传性淋巴水肿，手术后继发的淋巴水肿，以及丝虫病引起的淋巴管堵塞，其特征都是受损部位的功能丧失和变形肿胀，与淋巴管的不全堵塞相关。Witte，M.J.，等，Microsc.Res.Tech 55：122-145(2001)。
尽管淋巴管在医学上很重要，直到最近，人们对血管系统的这部分细胞生物学的注意仍然很少。过去四年中的研究揭示了淋巴管特异的血管内皮生长因子VEGF-C和VEGF-D的存在，所述生长因子是受体酪氨酸激酶VEGFR-3的配体，并显示了它们对于淋巴管的正常发育的重要性(见，Jeltsch，M.，等，Science 276：1423-1425(1997)；Veikkola，T.，等，EMBO J.20：1223-1231(2001)；M_kinen，T.，等，Nat.Med.7：199-205(2001))。这些分子也参与淋巴水肿和淋巴管转移的发展(Karpanen，T.，等，J.Exp.Med.194：F37-F42(2001)；Karkkainen，M.J.，等，Trends Mol.Med.7：18-22.2001)。
生长因子血管内皮生长因子C(VEGF-C)，以及编码VEGF-C，和VEGF-C变体和类似物的天然人类和非人类哺乳动物，和鸟类多核苷酸序列，在以下文章中详述：1998年2月2日提交的国际专利申请PCT/US98/01973，1998年8月6日公开的国际公开WO98/33917；Joukov等，J.Biol.Chem.，273(12)：6599-6602(1998)；和Joukov等，EMBO J.，16(13)：3898-3911(1997)，所有这些文章的全文内容包含在文中作为参考。如本文详述，人VEGF-C(SEQ ID NO：863)最初是以人类细胞中作为419个氨基酸的前蛋白-VEGF-C多肽的形式产生的。根据布达佩斯条约的规定，将编码人VEGF-C(SEQ ID NO：864)的cDNA保藏在美国典型培养物保藏中心(ATCC)，10801 University Blvd.，Manassas，VA 20110-2209(USA)，(保藏日1995年7月24日，ATCC保藏号97231)。其它物种的VEGF-C序列也有报道。见例如Genbank保藏号MMU73620(Mus musculus)；和CCY15837(Coturnix coturnix)，包含在文中作为参考。
前蛋白(prepro)-VEGF-C多肽经多阶段处理产生成熟的和最活泼的VEGF-C多肽，根据还原条件下的SDS-PAGE估计约为21-23 kD(SEQ IDNO：863)。这样的加工包括单肽(残基1-31)的裂解；裂解羧基末端肽(大约对应于约氨基酸228-419并具有并具有Balbiani环3蛋白(BR3P)序列的隔开的(spaced)半胱氨酸残基[Dignam等，Gene，88：133-40(1990)；Paulsson等，J.Mol.Biol.，211：331-49(1990)])来产生月29kD的部分加工形式；以及裂解(明显在细胞外)氨基末端肽(大约对应于氨基酸32-103)以产生约21-23kD的完全加工形式。实验证据表明，部分加工的VEGF-C(例如，29kD的形式)能够结合VEGFR-3(Flt4受体)，而只有完全加工的VEGF-C才以高亲合力结合VEGFR-2。很明显VEGF-C多肽天然地结合成非二硫化物连接的二聚体。
已证明VEGF-C的氨基酸103-227对于保持VEGF-C的功能不都是必要的。由氨基酸113-213组成(并且缺乏残基103-112和214-227)的多肽保持结合和刺激VEGF-C受体的能力，并且预期包含大约残基131到大约残基211的多肽将保持VEGF-C的生物活性。氨基酸位置156上的半胱氨酸残基显示对于VEGFR-2的结合能力很重要。然而，VEGF-CΔC156多肽(即，由于缺失或替代而缺乏该半胱氨酸的类似物)仍然是VEGFR-3的有效激活物。VEGF-C多肽的位置165上的半胱氨酸对于结合两种受体都很重要，然而缺乏位置83或137上的半胱氨酸的类似物与天然VEGF-C竞争结合两种受体并刺激两种受体。
VEGF-D在结构和功能上与VEGF-C最为接近(见美国专利6,235,713和国际专利WO 98/07832，包含在文中作为参考)。VEGF-D的多核苷酸序列见SEQ ID NO：866；编码的氨基酸序列见SEQ ID NO：865。和VEGF-C一样，VEGF-D最初是作为前蛋白肽表达的，并经过了N末端和C末端的蛋白裂解加工，形成非共价连接的二聚体。VEGF-D刺激体内内皮细胞的有丝分裂反应。在胚胎形成期间，VEGF-D以一种复杂的时间和空间模式表达，且它在成人的心脏，肺和骨骼肌中持续表达。VEGF-D的生物活性片段分离物称为VEGF-DΔNΔC，在国际专利公开WO 98/07832中描述，包含在文中作为参考。VEGF-DΔNΔC由VEGF-D的氨基酸残基93-201(SEQ ID NO：26)组成，可选地与亲合标记肽FLAG_，或其他序列连接。
前蛋白-VEGF-D多肽具有推定的21个氨基酸的信号肽，并且明显通过与加工前蛋白-VEGF-C类似的方式进行蛋白裂解加工。“重组成熟”的VEGF-D缺乏残基1-92和202-354，其保持活化受体VEGFR-2和VEGFR-3的能力，并且和非共价连接的二聚体结合。因此，优选的VEGF-D多核苷酸包括编码氨基酸93-201的核苷酸序列。上述将功能保持性修饰引入VEGF-C多肽的方法也适于将功能保持性的修饰引入VEGF-D多肽。本发明的另一方面还涉及实施本发明的方法，其用VEGF-D多肽代替VEGF-C多肽。
与血管内皮细胞相比，淋巴管内皮显示特殊的形态学和分子特征。例如，淋巴毛细管比毛细血管更大，它们具有无规且塌陷的管腔，其中没有血细胞，不连续的基底层，重叠的细胞间连接复合体和将淋巴内皮细胞连接到细胞外基质的锚丝(Witte，M.H.，等，Microsc.Res.Tech.55：122-145(2001))。和毛细血管不同，没有周细胞覆盖淋巴毛细管。在分子水平上，鉴定了多种淋巴管特异性标记物，包括VEGFR-3，Prox-1转录因子，透明质酸(hyaluronan)受体LYVE-1，膜粘蛋白podoplanin，β趋化因子受体D6，细胞骨架蛋白粒桥蛋白I和II以及举是细胞甘露糖I(Wigle，J.T.& Oliver，G.，Cell 98：769-778(1999)；Banerji，S.，等，J.Cell Biol.144：789-801(1999)：Breitenede r-Geleff，S.，等，Am.J.Pathol.154：385-394(1999)：Nibbs，R.J.，等，Am.J.Pathol.158：867-877(2001)；Ebata，N.，等，Microvasc.Res.61：40-48.(2001)；Irjala，H.，等，J.Exp.Med.194：1033-1041(2001))。本发明还涉及使用基因绘图(gene profiling)的方法，鉴别淋巴毛细管内皮细胞与血管内皮细胞。
“严格的杂交条件”或“严格的条件”指这样一种条件，例如寡核苷酸的核酸在该条件下与其靶序列特异性杂交。严格的条件与序列有关，并且根据环境而不同。较长的核酸比较短的核酸的杂交温度更高。通常，严格的条件被选为在特定的离子强度和PH下，比特定序列的热溶解温度(Tm)低约5℃。Tm是温度(在特定的离子强度，PH和核酸浓度条件下)，在该温度下，约50％的与靶核苷酸互补的核酸与靶核苷酸以等当量杂交。术语“互补”指两个核酸分子的核苷酸之间的标准Watson-Crick碱基配对。通常，严格的条件是：pH7.0-8.3，盐浓度低于约1.0M钠离子，通常为约0.01-1.0M钠离子(或其他盐)，而且对于短探针，引物和寡核苷酸(例如10-50个核苷酸)温度至少约30℃，而对于较长的探针，引物和寡核苷酸温度至少约60℃。如本领域已知，严格的条件可通过加入去稳定剂，例如甲酰胺来实现。示例性的严格条件是在含有50％甲酰胺，5xSSPE，5x Denhardt′s溶液，0.1％SDS和0.1mg/ml变性的鲑精DNA的溶液中，在42℃下杂交20小时，然后在65℃下，1xSSC，0.1％SDS中洗涤30分钟。
根据本发明，发现血管和淋巴管内皮细胞具有不同的基因表达图。这些结果提供了关于内皮细胞基因型多样性的新发现，并揭示了新的潜在的淋巴内皮分子，其中一些还提供了治疗以异常血管生成或淋巴管生成为特征的疾病的重要靶点。
已发现了编码参与炎症过程以及介导细胞-细胞和细胞-基质间相互作用的蛋白的基因的表达不同。此外，内皮细胞生物学领域还鉴定了多种以前未知的基因，它们在两种细胞系中的差异表达。所述基因的一些最初是从神经组织中克隆的，包括参与突触巨分子的吸收和突触形成以及重构的基因(neuronal pentraxins I和II(Kirkpatrick，L.L.，等，J.Biol.Chem.275：17786-17792.2000)，参与突触小泡的运输的基因(NAP-22(Yamamoto，Y.，等，Neurosci.Lett.224：127-130.1997)，piccolo(Fenster，S.D.，等，Neuron25：203-214(2000))以及参与轴突生长和引导的基因(Nr-CAM(Grumet，M.，Cell Tissue Res.290：423-428(1997)，reelin(Rice，D.S.& Curran，T.，Annu.Rev.Neurosci.24：1005-1039(2001))。
此外，LEC还特异性表达一些目前仍未定型的基因，最初在神经组织中克隆并在其中高表达(KIAA基因(Kikuno，R.，等，Nucleic Acids Res.30：166-168.2002)。本文的基因表达profiling数据支持一下观点：控制神经细胞定位，引导轴突生长锥(axonal growth cones)到达它们的特异性靶点，以及突触形成具有相同的分子机制，通常该机制也适用于血管系统形成及BEC和LEC的确定。首先在神经系统发育中描述的一些其他信号分子也参与血管系统的发育，反之也如此(Shima和Mailhos，Curr.Opin.Genet.Dev.10：536-542(2000)；Oosthuyse，等，Nat.Genet.28：131-138(2001)；Sondell，等，Eur.J.Neurosci.12：4243-4254(2000))。
在LEC中，观察到在平滑肌细胞(SMCs)和周细胞中表达的一些基因的表达，例如基质Gla，它是矿质结合的细胞外基质蛋白，参与抑制血管和组织的钙化(Luo，G.，等，Nature 386：78-81(1997))，单胺氧化酶A，它是主要的单胺激素和神经递质的降解酶(Rodriguez，M.J.，等，Cell Tissue Res.304：215-220(2001))，整联蛋白α9(Palmer，E.L.，等，J.Cell Biol.123：1289-1297(1993))和载脂蛋白D(Hu，C.Y.，等，J.Neurocytol.30：209-218(2001))。LEC和SMCs之间类似的基因表达模式与淋巴毛细管周围缺乏SMC有关。LEC还独立执行一些SMC的任务。例如，淋巴流动的保持是由于LEC的内在收缩性(Witte，M.H.，等，Microsc.Res.Tech.55：122-145(2001))，与血管SMCs的收缩能力类似。
淋巴管和血管的分子鉴别在研究涉及血管和/或淋巴管的疾病以及这类疾病的靶向治疗中是重要的。目前，已鉴定了多种淋巴内皮特异的标志物，但其中一些只在部分淋巴管中表达，而另一些也在一些血管内皮或其他细胞类型中表达，而且其表达模式在病理条件下发生改变(例如，VEGFR-3(Valtola，R.，等，Am.J.Pathol.154：1381-1390.1999))。本发明的新的血管标记物的鉴定应提供对病理条件下的血管和淋巴管的更可信的分析，并最终使诊断和治疗更好。此外，抑制参与血管生成和/或淋巴管生成的调控的特定分子的功能已知能够防止肿瘤生长和转移，并且刺激血管和淋巴管的生长显示对多种病理条件有益。因此，本发明鉴定的BEC和LEC特异性分子调节物可提供治疗以异常血管生成和淋巴管生成为特征的疾病的新靶点。
一些新的LEC基因编码跨膜蛋白，它们可能是淋巴管内皮细胞特异的分子标记(表6)。这些基因和编码的蛋白可用于淋巴管疾病的靶向治疗。它们也可用于制备抗体，抗LEC特异性蛋白的抗体可用来鉴别生理和病理条件下的血管和淋巴管。抗体也可用于分离淋巴管内皮细胞。这些蛋白也可调节淋巴管生成，并为淋巴管疾病例如淋巴水肿提供新的候选基因。
淋巴管内皮细胞特异性表面分子可用作靶向抗体，肽和小分子量化合物的分子药物，它们可作为生长因子受体，细胞因子和趋化因子受体，以及造血因子受体信号，细胞粘附和细胞与胞外基质或其他细胞表面分子相互作用的激动剂或拮抗剂。这种分子也可用于将细胞毒性或抑制细胞生长的药物靶向淋巴管内皮细胞，以及用于附着电荷密集的(electron-dense)，不透射线的，或者放射活性的标记物来显像与淋巴管相关的疾病过程。所述疾病包括，淋巴水肿，淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤，淋巴管肌瘤病，淋巴管扩张，淋巴肉瘤和淋巴管硬化.
淋巴管内皮细胞表面分子也可用来靶向基因治疗，例如通过抗体包被的脂质体(含有蛋白或基因作为运载物)，或通过病毒转导载体例如具有修饰的衣壳/包膜的腺病毒，腺伴随病毒或慢病毒。淋巴管内皮细胞特异性分子的处理可用于治疗与组织水肿相关的疾病过程，所述治疗通过增加液体通过淋巴管壁的运输，例如通过调节内皮细胞-细胞或细胞-基质相互作用或者通过刺激跨内皮转运。将例如细胞毒性或抑制细胞生长的化合物靶向淋巴管内皮细胞对于治疗可能通过淋巴系统转移的恶性肿瘤有价值。
淋巴管内皮细胞分子可促进淋巴管内皮细胞的体外生长以及淋巴管的体外组织改造，所述淋巴细胞和淋巴管用于其中的淋巴管被破坏的疾病，例如手术后或者多种类型的淋巴水肿。细胞表面蛋白配体可进一步用于包被各种用于细胞粘附的聚合基质，例如生物植入物。
淋巴管内皮细胞特异性分子例如表面分子是调节感染，自身免疫和感染过程的重要工具，所述过程涉及白细胞迁移和免疫识别以及次级免疫应答的刺激。这种过程包括抗原呈递细胞迁移入包括淋巴结的淋巴系统，和淋巴细胞和其他白细胞亚类的跨内皮细胞输送，以及各种类型的白细胞的回巢，存活和功能。
这些分子使得可调节从肠道吸收的包括脂肪酸/乳糜微粒的脂肪酸的代谢，和调控各种器官例如皮下组织和动脉壁的脂肪组织中脂肪的聚集。
淋巴管内皮细胞特异性分子还使得可调节从肠道吸收的包括脂肪酸/乳糜微粒的脂肪酸的代谢，和调控各种器官例如皮下组织和动脉壁的脂肪组织中脂肪的聚集。
淋巴细胞特异性跨膜蛋白据信在细胞粘附(例如淋巴管内皮细胞-淋巴管内皮细胞，淋巴管内皮细胞-平滑肌细胞，淋巴管内皮细胞-免疫系统细胞例如淋巴细胞或树突细胞之间的粘附)，细胞-胞外基质接触中起作用，或者作为生长因子，细胞因子，趋化因子，或者微生物受体或离子通道。所述跨膜蛋白和细胞内分子相连，所述细胞内分子可诱导细胞生长，细胞迁移，细胞凋亡，细胞分化或细胞粘附或其他内皮细胞特异的细胞功能，例如白细胞粘附受体的表达，一氧化氮的释放，抗凝蛋白，吸收周围组织的液体和蛋白以及肠道或脂肪组织的脂肪。具有短细胞内区的TM蛋白可和其他TM蛋白的复合，作为辅助性受体起作用。
跨膜蛋白及其细胞内结合配偶分子可用作正常和疾病状态下的淋巴管内皮细胞的分子标记物，并用于鉴别生理和病理情况下的血管和淋巴管。
淋巴管特异性跨膜蛋白的抗体，以及与淋巴管特异性TM蛋白的胞外区结合的肽和小分子化合物可用于粘附电荷密集的，不透射线的或者放射活性的标记物来显像与淋巴管相关的疾病过程。这种疾病包括淋巴水肿，淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤，淋巴管肌瘤病，淋巴管扩张，淋巴肉瘤和淋巴管硬化。类似地，可在治疗患有淋巴管生长不足例如淋巴水肿的病人时，或者可选地在为防止淋巴管生长的治疗例如肿瘤的治疗时使淋巴管显像，从而易化本发明的治疗方法的监督。
预期LEC-特异性TM蛋白的抗体也可用于分离淋巴管内皮细胞。
淋巴管特异性跨膜蛋白的抗体，或者与淋巴管特异性TM蛋白的胞外区结合的肽或小分子化合物据信可用于将药物递送靶向淋巴管内皮细胞，例如通过将抗体，肽或小分子化合物与细胞毒性或抑制细胞生长的化合物偶联。这种偶联的化合物可用于治疗易于通过淋巴系统转移的恶性肿瘤疾病，以及缓解与任何这种疾病相关的症状的治疗剂。所述抗体，肽或小分子化合物也可和刺激淋巴管内皮细胞的分子偶联以加强刺激，所述分子例如生长因子，细胞因子和趋化因子。
此外，淋巴管特异性TM蛋白或与淋巴管特异性TM蛋白的胞外区结合的肽，或小分子化合物的抗体可用来靶向基因治疗，例如通过抗体包被的脂质体(含有蛋白，基因或其他分子作为运载体)，或者通过病毒转导载体例如具有修饰的衣壳/包膜的腺病毒，腺伴随病毒或慢病毒。淋巴管内皮细胞特异性分子的处理可用于治疗与组织水肿相关的疾病过程，所述疾病是由于淋巴管的相对缺乏，或相对功能不全，可以由感染，手术，放射治疗或基因缺陷导致液体通过淋巴管壁的运输增加，例如通过调节内皮细胞-细胞或细胞-基质相互作用或者通过刺激跨内皮转运。
淋巴管内皮细胞分子可促进淋巴管内皮细胞的体外生长以及淋巴管的体外组织改造，用来治疗其中的淋巴管被破坏的疾病，例如手术后或者多种类型的淋巴水肿，以及本文所述的其他应用。细胞表面蛋白配体可进一步用来包被各种用于细胞粘附的聚合基质，例如生物植入物。
涉及白细胞迁移和免疫识别的炎症，自身免疫和感染过程，例如抗原呈递细胞迁移进入包括淋巴结的淋巴系统，和淋巴细胞和其他白细胞亚类的跨内皮细胞输送，以及各种类型的白细胞的回巢，存活和功能可通过靶向内皮细胞特异性TM蛋白被调节，该蛋白介导这些细胞粘附过程。
本文还涉及将淋巴管特异性基因的上调，例如在癌症中，用作诊断标志物，并使用淋巴管内皮细胞特异性蛋白的抗体来监控这种上调表达，例如通过组织免疫染色或通过使用可以淋巴管内皮细胞特异性mRNA在例如本文的严格杂交条件下杂交的探针。
淋巴管内皮细胞特异性转录因子预期对淋巴管内皮细胞从胚胎干细胞，内皮前体细胞，或者血管内皮细胞的分化有用。
淋巴管内皮细胞特异性转录因子预期可改善淋巴管内皮细胞在体外的生长，以及促进淋巴管的体外组织改造，所述淋巴细胞和淋巴管用于其中的淋巴管被破坏的疾病，例如手术后或者多种类型的淋巴水肿，以及本文公开的其他应用。
细胞内信号蛋白参与调解淋巴管内皮细胞的增殖，分化，凋亡，迁移或粘附的信号通路，预计所述蛋白可用作抑制这些信号事件的小分子化合物的靶点，以及依赖这种信号的细胞功能的靶点。预计信号蛋白还参与VEGFR-3信号通路，并可用于调节至少部分由VEGFR-3信号控制的细胞活性，例如淋巴管生成。
预期淋巴管内皮细胞分子还可改善淋巴管内皮细胞在体外的生长，以及促进淋巴管的体外组织改造，所述淋巴细胞和淋巴管用于其中的淋巴管被破坏的疾病，例如手术后或者多种类型的淋巴水肿，以及本文所述的其他应用。
预期淋巴管特异性转录因子也可用于调节内皮细胞中的基因表达，来诱导其它淋巴管特异性基因在例如血管内皮细胞或内皮前体细胞中的表达。
预期淋巴管特异性基因转录物可提供用于RNA干扰(RNAi)诱导的表达抑制的的靶点。RNAi技术与其可用于本发明的方法，例如有效治疗高和低增殖性内皮细胞相关疾病和病症的治疗方法，以及缓解与任何这种疾病或病症有关的症状。RNAi的方法在本领域已知，且已知的RNAi技术可用于本发明的多个方面。见Fire等，Nature 391：806-811.(1998)和Sharp，P.，Genes和Dev.13：139-141.(1999)，包含在文中作为参考。优选RNAi化合物是与表达所需靶点的的部分或全部编码区对应的双链RNA分子。
多种新的LEC基因编码转录因子，所述转录因子控制细胞的命运(iroquois相关同源框基因)，并且在淋巴管内皮细胞的分化中有重要作用。本文公开的转录因子可控制例如淋巴管内皮细胞的增殖所涉及的基因的转录，并且是淋巴管生长的重要分子调节物(表5)。淋巴管内皮细胞特异性转录因子对淋巴管内皮细胞从胚胎干细胞，内皮前体细胞和从血管内皮细胞中的分化有用。
淋巴内皮转录因子使得淋巴管内皮细胞的体内生长，以及促进淋巴管的体内组织改造，用在其中的淋巴管被破坏的疾病中，例如手术后或者多种类型的淋巴水肿。
本发明的多核苷酸
通常，本发明分离的多核苷酸包括LEC和BEC多核苷酸，它们显示不同的表达并在表3，4，14，15和16中被鉴定。这些多核苷酸的序列以及其可获得的已知的数据库保藏号在表16中提供。在表14和15种，这些保藏号与唯一的序列鉴定物(sequence idenfier)相关，从而可通过每种保藏物(citation)的序列鉴定物确定保藏号。多核苷酸序列可包括一个编码区并包括非编码的侧翼序列，可被本领域熟练技术人员轻易鉴定。本发明涉及的多核苷酸包含一个编码区的部分或全部，具有或不具有侧翼区，例如多腺苷酸序列，5′非编码序列，等等诸如此类。本发明的多核苷酸还包括，但不限于，与SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的核苷酸序列的互补序列在高度严格的杂交条件下杂交的多核苷酸；与SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的核苷酸序列的的互补序列在中度严格的杂交条件下杂交的多核苷酸；上述多核苷酸之一的等位基因变体；编码上述蛋白之一的种同源物的多核苷酸，编码包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50和52之一的特定结构域或截短序列的多肽的多核苷酸。这种多核苷酸在上述条件下与SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的互补序列或者SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的片段杂交，其中所述片段大于至少约10bp，并且可选地在其他实施方案中，大于约20到约50bp，或者在适当的情况下，大于约100bp，200bp，300bp，400bp，500bp，600bp，700bp，或800bp。
本发明的多核苷酸还提供了上述多核苷酸的变体。通常这种变体序列与上述多核苷酸的差异不大于约20％，即，与相应的对照序列相比，类似序列中单个核苷酸替代，添加，和/或缺失的数量除以变体核苷酸序列的总数为约0.2或更小。这种序列据说与所述序列具有80％的序列相同性。这种变体序列可通常通过应用前述算法鉴定。
在一种实施方案中，本发明的变体多核苷酸序列与所述序列的差异不大于10％，即，，与相应的对照序列相比，类似序列中单个核苷酸替代，添加，和/或缺失的数量除以变体核苷酸序列的总数为约0.1或更小。这种序列据说与所述序列具有90％的序列相同性。这种变体序列可通常通过应用前述算法鉴定。
在本发明另一实施方案中，本发明的变体多核苷酸序列与所述序列的差异不大于5％，即，，与相应的对照序列相比，类似序列中单个核苷酸替代，添加，和/或缺失的数量除以变体核苷酸序列的总数为约0.05或更小。这种序列据说与所述序列具有95％的序列相同性。这种变体序列可通常通过应用前述算法鉴定。
在本发明另一实施方案中，本发明的变体多核苷酸序列与所述序列的差异不大于2％，即，，与相应的对照序列相比，类似序列中单个核苷酸替代，添加，和/或缺失的数量除以变体核苷酸序列的总数为约0.02或更小。这种序列据说与所述序列具有98％的序列相同性。这种变体序列可通常通过应用前述算法鉴定
本发明的多核苷酸可以通过已经建立的重组DNA技术(see Sambrook J等(2d Ed.；1989)Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold SpringHarbor Laboratory，Cold Spring Harbor，NY)和其他任何一种核苷酸序列连接。用于连接多肽的核苷酸序列包括各种载体，例如，质粒，粘粒，λ噬菌体衍生物，噬菌粒等本领域已知的载体。相应地，本发明还提供了包含本发明的多核苷酸的载体以及含有该多核苷酸的宿主细胞。通常，载体含有在至少一种生物体中有功能的复制起点，便利的限制性核酸内切酶位点，以及宿主细胞的选择性标记物。本发明的载体包括表达载体，复制载体，探针生成载体，测序载体(sequencing vectors)，和逆转录病毒载体。本发明的宿主细胞可以是原核或真核细胞，并可以是单细胞有机体或者多细胞有机体的一部分。本领域熟练技术人员已知大量适宜的载体和启动子，并且可购得它们用来产生本发明的重组构建体。
本发明范围内的序列不限于本文所述的具体序列，还包括其等位基因变体。等位基因变体的测定通常可通过比较SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的序列，其代表性的中间片段，或者与SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的序列具有至少99.9％的同一性同核苷酸序列和相同物种的另一分离株(isolate)的序列。此外，为了提供密码子多样性，本发明包括的核酸分子编码的氨基酸序列与本文公开的特异性开放阅读框架(ORFs)的氨基酸序列相同。换言之，在ORF的编码区，尤其涉及使用一种密码子替换另外一种编码相同氨基酸的密码子。
除非本文特别指出的，所有定义的术语都是本领域已知的，例如见美国专利6,350,447，包含在文中作为参考。
本发明还涉及根据本发明的LEC或BEC多核苷酸之一的序列的反义多核苷酸。这种反义多核苷酸与在LEC和BEC中差异表达的本发明的多核苷酸序列或其片段是基本互补的(例如，至少90％互补性)，优选完全互补，所述本发明的多核苷酸见序列表，表3，4，14-16，以及本说明书的全文内容。这些多核苷酸序列包括SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一或其包括至少10个连续的核苷酸的片段。所述反义核苷酸包含与编码蛋白质的“有义”核酸互补的核苷酸序列(例如，与双链cDNA分子的编码序列或mRNA序列互补)。设计并最优化反义核苷酸的方法见Lima等，(J Biol Chem；272：626-38.1997)和Kurreck等，(Nucleic Acids Res.；30：1911-8.2002)。一方面，本文的反义核酸分子包括与至少约10，25，50，100，250或500个核苷酸或者整个编码序列互补的序列。本发明的反义核酸通过化学合成或酶偶联反应使用本领域已知的方法构建。
在一种实施方案中，反义核酸分子与编码本发明的多肽的核苷酸序列的编码链的“编码区”反义。术语“编码区”指包含被翻译成氨基酸残基的密码子的核苷酸序列的区。在另一实施方案中，该反义核酸分子与编码该多核苷酸的核苷酸序列的“让步区(conceding region)”反义。术语“让步区”指与编码区侧接的5′和3′序列，它们不被翻译成氨基酸(即，也称为5′和3′非翻译区)。
本发明的反义核酸可根据Watson和Crick或Hoogsteen碱基配对规则进行设计。所述反义核酸分子可以和本发明的多核苷酸的mRNA的整个编码区互补，但更优选仅和mRNA的编码或非编码区的一部分反义的寡核苷酸。反义寡核苷酸的长度可以是例如约5，10，15，20，25，30，35，40，45，or50个核苷酸。本发明的反义核酸可使用化学合成或酶偶联反应使用本领域已知的方法构建。例如，反义核酸(例如，反义寡核苷酸)可利用化学方法，使用天然存在的核苷酸或者经不同的修饰后的核苷酸合成，所述修饰是为了增加分子的生物稳定性或者提高反义和有义核酸之间形成的双链的物理稳定性(例如，可使用硫代磷酸酯衍生物和吖啶取代的核苷酸)。
所述本发明的反义核酸分子通常给药受体或在原位生成使得它们和编码互补多核苷酸的细胞mRNA和/或基因组DNA杂交或结合，从而抑制蛋白的表达(例如通过抑制转录和/或翻译)。杂交反映了形成稳定双链的通常的核苷酸互补性，或者如果反义核苷酸分子与DNA双链结合，表明是通过双螺旋结构的大沟(groove)中的特异性相互作用。
给药本发明的反义核酸分子的途径的实例包括直接注入组织位点。可选地，可修饰反义核酸分子使其靶向选定的细胞然后系统地给药。例如，就系统给药而言，反义核酸分子可被修饰使得它们特异性结合选定的细胞表面表达的受体或抗原(例如，通过连接所述反义核酸分子和结合细胞表面受体或抗原的肽或抗体)。反义治疗的其他途径可用于本发明，例如局部给药，经皮给药[见Brandin Curr.Opin.Mol.Ther.3：244-8.2001]，使用纳米颗粒系统的反义给药[Lambert等，Adv.Drug.Deliv.Rev.47：99-112.2001]，或给药与肽偶联的反义核苷酸[Juliano等，Curr.Opin.Mol.Ther.2：297-303.2000]。
本发明还涉及将本发明的多核苷酸用于基因治疗或用于重组表达载体中，所述载体产生可调节LEC活性的本发明的多核苷酸或多肽，并可用于例如淋巴水肿的LEC疾病的治疗。将编码本发明的多肽的功能性基因递送到适当的细胞可通过使用载体在活体外，原位或活体内实现，所述载体包括病毒载体(例如腺病毒，腺伴随病毒或逆转录病毒)，或在活体外用生理DNA转移方法(例如，脂质体或化学处理)实现。见，例如，Anderson，Nature，supplement to vol.392，no.6679，25-20页(1998)。关于基因治疗技术的其他综述见Friedmann，(Science，244：1275-1281.1989)；Verma，(ScientificAmerican：263：68-72，81-84.1990)；和Miller，(Nature，357：455-460.1992)。将本发明的任何一种核苷酸或者编码本发明的多肽的任何一种基因导入也可通过染色体外基质(substrate)(瞬时表达)或人工染色体(稳定表达)实现。细胞也可在存在本发明的蛋白的条件下离体培养，使所述细胞增殖或在细胞中产生所需的效果或活性。在另一实施方案中，包含表达本发明的多核苷酸或多肽的载体的细胞可在活体外培养，并被给药需要治疗LEC疾病或病症的个体。
根据公开的核酸构建体，可能通过常规的重组DNA/RNA技术制备包含SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的序列的基因之一的基因产物。多种表达载体/宿主系统可用来包含并表达所述编码序列。这些表达载体/宿主系统包括，但不限于，微生物，例如重组噬菌体转化的细菌，质粒，噬菌粒或粘粒DNA表达载体；酵母表达载体转化的酵母菌；病毒表达载体感染的昆虫细胞系统(例如，杆状病毒)；病毒表达载体转染的植物细胞系统(例如，花椰菜花叶病毒，CaMV；烟草花叶病毒，TMV)或细菌表达载体转化的植物细胞系统(例如，Ti或pBR322质粒)；甚至动物细胞系统。用于重组蛋白制备的哺乳动物细胞包括，但不限于，VERO细胞，HeLa细胞，中国藏书卵巢(CHO)细胞，COS细胞(例如COS-7)，WI38，BHK，HepG2，3T3，RIN，MDCK，A549，PC12，K562和HEK 293细胞.
本发明的多肽
通常，本发明的分离LEC和BEC由上述本发明差异表达的LEC和BEC多核苷酸编码。LEC和BEC的序列以及其已知的数据库保藏号在表16中提供。在表14和15中，这些保藏号与唯一的序列鉴定物相关，因此可通过每篇文献的(citation)序列鉴定物进行鉴定。本发明分离的多肽包括，但不限于，包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50和52之一的氨基酸序列或者SEQID NO.：1-30，45，47，49和51之一的核苷酸序列编码的氨基酸序列的多肽，或相应的全长或成熟蛋白。本发明还提供了SEQ ID NO.：31-44，46，48，50和52之一的氨基酸序列的生物活性或免疫活性变体，或保持生物活性的相应全长或成熟蛋白适宜的变体多肽，该多肽具有至少约65％，至少约70％，至少约75％，至少约80％，至少约85％，86％，87％，88％，89％，至少约90％，91％，92％，93％，94％，典型地至少约95％，96％，97％，更典型地至少约98％，或最典型地至少约99％的氨基酸同一性。本发明还涉及本发明的蛋白的片段，所述片段包含本发明公开的序列的至少10个连续的氨基酸，且能够显示相应的全长蛋白的生物活性。
通过公开的核苷酸序列的翻译在序列表中鉴定了蛋白质编码序列。这种蛋白的成熟形式可通过全长多核苷酸在适宜的哺乳动物细胞或者其他宿主细胞中的表达获得。成熟形式的蛋白的序列也可通过全长形式的氨基酸序列确定。本发明的蛋白如果是膜结合的，还提供可溶形式的蛋白。在这种形式中，部分或所有使得蛋白成为膜结合的蛋白的区均被缺失，使得该蛋白能够从表达它的细胞完整地分泌。
本领域已知的多种方法可用来获得本发明分离的多肽或蛋白中的任何一种。最简单的水平上，可使用可购得的肽合成仪来合成所述氨基酸序列。本发明的多肽和蛋白还可任选地从细胞中纯化，所述细胞被改变以表达所需的多肽或蛋白。如果细胞通过基因操纵而产生其通常不产生或者以低水平产生的多肽或蛋白，就称本文的细胞被改变以表达所需的多肽或蛋白。本领域熟练技术人员可轻易采用将重组或合成序列引入真核或原核细胞并在其中表达的方法，以生成可产生本发明的多肽或蛋白之一的细胞。
多肽的“片段”指分子的任何部分，例如肽核(core)，或者肽核的变体，或者多肽的细胞外区。多肽的“变体”指在结构和生物活性上与整个分子，或其片段基本相似的分子。因此，如果两种分子具有类似的活性，即使两种分子之一的组成或次级，三级或四级结构与另一种分子不同，或者即使氨基酸残疾的序列不同，仍认为它们是本发明所述的变体。多肽或遗传序列的“类似物”指与分离的多肽或遗传序列在功能和结构上基本类似的蛋白或遗传序列。
应理解可对纯化的或分离的多肽进行保守的氨基酸取代，所述多肽包含SEQ ID NO.：31-44，46，48，50和52的序列之一，产生保持生物活性或免疫活性的多肽，特别是这种取代的数目较小时。“保守的氨基酸取代”指一种氨基酸被具有类似的化学性质的侧链的氨基酸取代。用来进行保守取代的类似的氨基酸包括具有酸性侧链的氨基酸(谷氨酸，天冬氨酸)；具有碱性侧链的氨基酸(精氨酸，赖氨酸，组氨酸)；具有极性氨基侧链的氨基酸(谷氨酰胺，天冬酰胺)；具有疏水的亲脂的侧链的氨基酸(亮氨酸，异亮氨酸，缬氨酸，丙氨酸，甘氨酸)；具有芳香基侧链的氨基酸(苯丙氨酸，色氨酸，酪氨酸)；具有小侧链的氨基酸(甘氨酸，丙氨酸，丝氨酸，苏氨酸，蛋氨酸)；或者具有脂肪族羟基侧链的氨基酸(丝氨酸，苏氨酸)。
微阵列
本发明的另一方面是一种组合物，所述组合物包含多种用于检测以具体细胞类型为特征的基因表达模式和检测具体细胞类型例如淋巴管内皮细胞的表达模式中的变化的多核苷酸探针。例如，本发明包含阵列，例如微阵列，所述阵列包含具有选自序列表中显示的多核苷酸序列的至少10个连续的核苷酸的多核苷酸。
本发明还涉及这样的微阵列，所述微阵列包含的多核苷酸具有选自SEQ ID NO：1-30，45，47，49和5的至少10个连续的核苷酸。本发明的微阵列包含至少3种多核苷酸，其中每种列举的多核苷酸具有选自SEQ IDNOSEQ ID NO：1-30，45，47，49和51的独特的序列。这种微阵列还具有完全相同的多核苷酸和其它多核苷酸，例如用于使用微阵列的基于杂交的分析中的对照多核苷酸。阵列，包括微阵列，具有三种以上不同的本发明的多核苷酸，例如至少5中，7种，9种，20种，50种或更多这种多核苷酸，所述阵列被认为是本发明的阵列，并具有使生物样品例如各种内皮细胞类型产生细微差的能力，或者在使用这种微阵列的过程中，提供不同的，通常更高水平的置信度，例如用于筛选特定的内皮细胞，用于筛选异常的或疾病细胞和组织，等诸如此类。
术语“微阵列”指可杂交的阵列元件的有序排列。所述阵列元件(arrayelements)的排列使得优选在固体支持物上有至少三种或更多种不同的阵列元件，更有选至少100种阵列元件，并最有选至少1000种阵列元件。优选，所述固体支持物是1cm2的基质表面，珠，纸，尼龙或其他类型的膜，滤纸，芯片，玻璃载玻片，或任何其它适宜的固相支持物。每个阵列元件的杂交信号是独立可识别的。在右选地实施方案中，所述阵列元件包括多核苷酸探针。
杂交的意思是将两种或多种核酸在适宜碱基配对的条件下接触。杂交包括部分或完全互补的核酸之间的相互作用。适宜的杂交条件对于本领域熟练技术人员是已知的。在具体的应用中，需要获得较低程度的严格条件。在这些条件下，即使反应链的序列不是完全互补的，在一个或几个位点是错配的，杂交仍可出现。通过根据本领域的知识调节条件可使反应条件的严格程度较低，例如增加盐浓度和/或降低温度。适宜的杂交条件是允许从可鉴定的表达单位例如基因的基因表达的检测的那些条件。优选的杂交条件是严格的杂交条件，例如在42℃在溶液(即，杂交溶液)中(所述溶液包含50％甲酰胺，1％SDS，1M NaCl，10％葡聚糖硫酸酯)，并在洗涤液中65℃洗涤30分钟，所述洗涤溶液包含1XSSC和0.1％SDS。应理解在本领域中，相同程度的严格条件可通过改变温度和缓冲液，或盐浓度来实现，如Ausubel，等(Eds.)， Protocols in Molecular Biology，John Wiley & Sons(1994)，pp.6.0.3 to 6.4.10所述。杂交条件的修饰可由经验确定或根据探针的鸟嘌呤/胞嘧啶(GC)碱基配对精确计算。杂交条件可如Sambrook，等，(Eds.)，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor Laboratory Press：Cold Spring Harbor，New York(2d.Ed.；1989)，9.47-9.51页所述计算。
使用本发明的探针和引物的一种方法是用于检测人细胞中的基因表达。通常，靶基因将表达RNAs，但也可筛选基因组DNA或cDNA文库。通过改变杂交条件的严格程度和靶结合位点(即探针的序列，相应于SEQ IDNO：1-30，45，47，49和51之一的一部分)，杂交可产生不同程度的同源性。
所述微阵列可用于大量靶多核苷酸的大规模的遗传或基因表达分析。所述微阵列还可用于诊断疾病和监测治疗。此外，所述微阵列还可用于检测个体对疾病的易感性。此外，所述微阵列还可用来检测对感染，药物治疗的细胞反应性，等等诸如此类。
所述核算探针可以是基因组DNA or cDNA or mRNA多核苷酸或寡肽，或者任何RNA样或DNA样物质，例如肽，核酸，分支DNA，等等诸如此类。所述探针可以是有义或反义核苷酸探针。如果靶多核苷酸是双链的，所述探针可以是有义或反义链。如果靶多核苷酸是单链的，所述探针可以是互补的单链。在一种实施方案中，所述探针是cDNAs。目的DNA序列的大小可变，优选具有100-10000个核苷酸，更有选为150-3500个核苷酸。
探针可以用多种合成或酶技术制备，这是本领域已知的。所述探针可以通过使用本领域已知的化学方法(Caruthers等，Nucleic Acids Res.，Symp.Ser.，215-233，1980)合成其全部或部分。
药物配制剂和给药途径
本发明的蛋白(无论其来源，例如来自重组和非重组来源)可被给药需要治疗的病人，可以单独给药，或者与适宜的载体，稀释剂，辅剂或赋形剂以治疗或改善各种疾病的剂量混合，以药物组合物的方式给药。这种组合物可以包括(除了蛋白质和载体以外)稀释剂，滤液，盐，缓冲液，稳定剂，增溶剂，以及其它本领域已知的物质。术语“可药用的”指非毒性物质，它不干扰活性成分的生物活性的有效性。载体的性质有赖于给药途径。本发明的药物组合物还包含细胞因子，趋化因子，淋巴因子，生长因子，或其它生血因子，例如PDGF，VEGF(具体为VEGF-C或VEGF-D)，VEGFR-3(包括含有细胞外区的可溶性VEGFR-3肽)，M-CSF，GM-CSF，TNF，IL-1，IL-2，IL-3，IL-4，IL-5，IL-6，IL-7，IL-8，IL-9，IL-10，IL-11，IL-12，IL-13，IL-14，IL-15，IFN，TNF0，TNF1，TNF2，G-CSF，Meg-CSF，血小板生成素，干细胞因子，和红细胞生成素。也涉及这些多肽的各种形式，例如分离的全蛋白质，亚基，片段(例如可溶性片段)，和蛋白融合物。所述药物组合物还可含有其它试剂，该试剂可增强所述蛋白的活性，补充其活性或在治疗中的用途。这种添加因子和/或试剂可包含在所述药物组合物中，产生与本发明的蛋白协同的作用，或者用以使副作用最小化。相反，本发明的蛋白可以包含在具体的细胞因子，淋巴因子，其它生血因子，血小板生成或抗血小板因子，或者抗炎试剂的制剂中，从而使所述细胞因子，淋巴因子，其它生血因子，血小板生成或抗血小板因子，或者抗炎试剂的副作用最小化。本发明的蛋白可以在多聚体(例如异二聚体或同二聚体)或在与其自身或其它蛋白的复合物中有活性。结果，本发明的药物组合物以这种多聚物形式或复合物形式包含本发明的蛋白。
本申请的组合物的配制和给药见″Remington′s Pharmaceutical Sciences，″Mack Publishing Co.，Easton，Pa.，最新版。治疗有效剂量还指足以缓解症状的化合物的量，例如治疗，治愈预防或缓解相关医学病情的量，或者增加有益改变，治愈，防止或改善这种病情的速率的量。单独给药独立的活性成分时，所述治疗有效剂量指该单独的成分。当联合给药时，治疗有效剂量指产生治疗效果的活性成分的联合用量，可以是联合给药，序贯给药或者同时给药。
进行本发明的治疗方法或用途时，将治疗有效量的本发明的蛋白给药患有待治疗的病情或疾病的哺乳动物。可根据本发明的方法单独或联合其他治疗(例如使用细胞因子，淋巴因子或其它生血因子的治疗)给药本发明的蛋白。与一种或多种细胞因子，淋巴因子或其它生血因子联合给药时，本发明的蛋白可同时和所述细胞因子，淋巴因子，其它生血因子，溶栓因子或抗血小板因子同时给药，或者序贯给药。如果是序贯给药的，主治医师将决定联合给药本发明的蛋白和细胞因子，淋巴因子，其它生血因子，溶栓因子或抗血小板因子的适当顺序。
给药途径
适宜的给药途径可例如，包括经口，经直肠，经粘膜，或经肠道给药；肠道外递送，包括肌肉内，皮下，髓内注射，以及鞘内，直接心室内，静脉内，腹膜内，鼻腔内或眼内注射。给药用于所述药物组合物中或用于进行本发明的方法的本发明的蛋白，可通过多种常用方式进行，例如口服，吸入，局部应用或用于皮肤，皮下，腹膜内，胃肠外或静脉内注射。静脉内给药哺乳动物，例如人类病人，是优选的。可选，可将化合物以局部而非系统的方式给药，例如通过将所述化合物注射入目的作用位点。
组合物/配制剂
用于本发明的药物组合物因此可以使用一种或多种生理上可接受的载体(包扩赋形剂和辅剂)以常见的方式进行配制，所述载体可促进将该活性化合物加工成可药用的制剂。这些药物组合物可以由例如，通过普通的混合，溶解，颗粒化，制备糖衣丸，研磨，乳化，装入胶囊，截留(entrapping)，或冻干法制备。适合的配制剂有赖于所选的给药途径。当治疗有效量的本发明的蛋白口服给药时，本发明的蛋白可为片剂，胶囊，粉末，溶液或酏剂的形式。如果以片剂的形式给药，本发明的药物组合物还可以含有固相载体例如凝胶或辅剂。所述片剂，胶囊，以及粉末含有约5-95％的本发明的蛋白，并有选含有约25-90％的本发明的蛋白。当以液体形式给药时，可添加液体载体例如水，汽油，动物或植物油例如花生油，矿物油，大豆油或芝麻油，或者合成油。液体形式的药物组合物还可包含生理盐水，葡聚糖，或其它糖类的溶液，或者二醇例如乙二醇，丙二醇或聚乙二醇。当以液体形式给药时，该药物组合物含有约0.5-90％重量的本发明的蛋白，并有选含有1-50％重量的本发明的蛋白。
当通过静脉内，皮肤或皮下注射给药治疗有效量的本发明的蛋白时，本发明的蛋白将是不含致热源，可胃肠外给药的水溶液形式。这种胃肠外可接受的具有适当的pH值，等张性，稳定性，等等性质的蛋白溶液的制备物，是本领域熟练技术人员已知的。优选的用于静脉内，皮肤或者皮下注射的药物组合物含有(除本发明的蛋白以外)等张的载体，例如氯化钠注射液，乳酸林格氏注射液，或者本领域已知的其它载体。本发明的药物组合物还包括稳定剂，防腐剂，缓冲液，抗氧化剂，或其它本领域熟练技术人员已知的添加剂。对于注射而言，本发明的试剂可配置成水溶液，优选是生理上相容的缓冲液，所用缓冲液例如汉克氏液(Hank’s solution)，林格氏液，或者生理盐水。对于经粘膜给药，适合待透过的屏障得渗透剂被用于该制剂。这种渗透剂通常是本领域已知的。
对于口服给药，所述化合物可通过将活性化合物与本领域已知的可药用的载体结合而被轻易地配制。这样的载体使得本发明的化合物能够配制成片剂，丸剂，糖衣丸，胶囊，液体，凝胶，糖浆，浆，悬液等等，用于待治疗的病人口服。用于口服的药物制备物可通过与固相赋形剂结合而获得，可选地研磨产生的混合物，并且如需要，在加入适宜的辅剂后加工颗粒的混合物，以获得片剂或糖丸的核心。适宜的赋形剂是，具体为，填充物例如糖类，包括乳糖，蔗糖，甘露糖或山梨糖；纤维素制备物例如，玉米淀粉，小麦淀粉，大米淀粉，土豆淀粉，凝胶，黄芪胶，甲基纤维素，羟丙甲基纤维素，羧甲基纤维素钠，和/或聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。如果需要，可加入分解剂，例如交联的聚乙烯吡咯烷酮，琼脂，或藻酸，或其盐例如藻酸钠。可给糖衣丸核心提供适宜的包衣。为此目的，可是用浓缩的蔗糖溶液，其可选地含有阿拉伯胶，滑石，聚乙烯吡咯烷酮，carbopol凝胶，聚乙二醇，和/或二氧化钛，漆液，以及适宜的有机溶剂或溶剂混合物。染料和色素可加入所述片剂或糖衣丸中，用来鉴别或表征活性化合物制剂的不同组合。
可口服的药物制备物包括凝胶制成的推入式(push-fit)胶囊，以及柔软的密封的凝胶和可塑剂制成的胶囊，所述可塑剂例如甘油或山梨醇。推入式胶囊可以包含活性成分，其与填充物例如乳糖，结合物例如淀粉，和/或润滑剂例如滑石或硬脂酸镁，以及可选的稳定剂混合。在软性胶囊中，所述活性化合物可以溶解或悬浮在适宜的液体中，例如脂肪类油，液体石蜡，或者液体聚乙二醇。此外，还可加入稳定剂。所有口服给药的配制剂应是适宜这种给药的剂型。对于经颊给药，所述组合物可以采用以通常方式配制的片剂或锭剂的形式。
对于通过吸入给药，根据本发明所用的化合物可以来自压缩的包装或雾化器的气溶胶喷雾的形式，使用适宜的推进物方便地递送，所述推进物例如二氯二氟甲烷，三氯氟甲烷，二氯四氟乙烷，二氧化碳或者其他适宜的气体。如果是压缩的气溶胶，所述剂型单位可以通过提供活瓣递送来定量。例如用于吸入器或吹入器的凝胶的胶囊和药筒，可配制成含有化合物的粉末混合物和适宜的粉末基质例如乳糖或淀粉。所述化合物可配置成用于通过注射胃肠外给药，例如通过弹丸注射或者连续输注。用于注射的配制剂可以单位剂量形式存在于，例如安瓿，或多剂型容器中，还可含有加入的防腐剂。所述组合物可以是悬液，溶液或油性或水性载体中的乳液的形式，并且包含配制用试剂(formulatory agents)例如悬浮剂，稳定剂和/或分散剂。
用于胃肠外给药的药物配制剂包括水中可溶形式的活性化合物的水溶液。此外，活性化合物的悬液可制备成适宜的油性注射悬液。适宜的亲脂性溶剂或载体包括脂肪族油类，例如芝麻油，或合成的脂肪酸酯类，例如乙基油酸酯或甘油三酸酯，或者脂质体。含水的注射悬浮液含有适宜的稳定剂或试剂，其可增加所述化合物的溶解性，使得可制备高浓度的溶液。可选地，所述活性成分可以是粉末形式，在使用之前，可用适宜的载体例如无菌的不含致热源的水溶解。
所述化合物也可配制成直肠用组合物的形式，例如栓剂或灌肠剂，例如含有通常的栓剂基质，例如可可油或其它甘油酯。除了前述的配制剂外，所述化合物还可配制成贮存制备物。这种长效配制剂可通过植入(例如皮下或肌肉内)或通过肌肉内注射给药。因此，例如所述化合物可与适宜的聚合物或疏水物质(例如可接受的油中的乳状液)或离子交换树脂配在一起，或者配制成基本不可溶的衍生物，例如配制成基本不可溶的盐类。
本发明的疏水化合物的药物载体是助溶系统，包含苯乙醇，非极性表面活性剂，可与水混合的有机共聚物，以及水相。所述助溶系统可以是VPD助溶系统。VPD是一种溶液，包含3％w/v的苯乙醇，8％w/v的非极性表面活性剂聚山梨醇酯80，和65％w/v的聚乙二醇300，溶于无水乙醇中。VPD助溶系统(VPD：5W)由用5％的葡聚糖水溶液按1∶1稀释的VPD组成。所述助溶系统有效地溶解疏水性化合物，并且其自身在系统给药时产生的毒性较低。通常，助溶系统的比例可在较大范围内变化，而不会破坏其溶解力和毒性。此外，助溶系统的成分也可不同；例如，其它低毒性的非极性表面活性剂可用来代替聚山梨醇酯80；聚乙二醇的比例可以变化；其它生物可相容的聚合物可替代聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯烷酮，以及其它糖或聚糖也可替代葡聚糖。可选地，其它用于疏水性药物化合物的递送系统也可被使用。脂质体和乳剂是已知的疏水药物的递送载体的实例。也可用一些有机溶剂例如二甲基亚砜，但通常其毒性较大。此外，所述化合物可是用持续释放系统递送，例如含有治疗剂的固体疏水聚合物的半透性基质。各种缓释物质已经确立并且是本领域熟练技术人员已知的。缓释胶囊可根据其化学性质在几个星期到超过100天的时间段内释放所述化合物。根据治疗剂的化学性质和生物稳定性，还可使用其它蛋白稳定化的方案。
所述药物组合物还包含适宜的固相或凝胶相载体或赋形剂。这种载体或赋形剂的实例包括但不限于碳酸钙，磷酸钙，各种糖，淀粉，纤维素衍生物，凝胶和聚合物例如聚乙二醇。本发明的许多蛋白酶抑制性化合物可作为具有可药用的抗衡离子的盐。这种可药用的碱加成盐是保持游离酸的生物效力和性质的那些盐，通过与无机或有机碱反应获得，所述无机或有机碱例如氢氧化钠，氢氧化镁，氨水，三烷基胺，二烷基胺，单烷基胺，二价氨基酸，乙酸钠，苯甲酸钾，三乙醇胺，等等诸如此类。
本发明的药物组合物可以是本发明的蛋白与蛋白或肽抗原的复合物的形式。本发明的药物组合物可以是脂质体的形式，其中本发明的蛋白是结合的，其除了可以和其它可药用的载体结合以外，还可以和两性试剂例如以聚合的微束形式，不可溶的单分子层，液体结晶，或薄层的形式存在于水溶液中的脂类。用于脂质体配制剂的适宜的脂类包括，但不限于，单甘油酯，二甘油酯，硫化物，溶血卵磷脂，磷脂，皂角苷，胆酸等。本领域熟练技术人员可以制备这样的脂质体配制剂，如美国专利4,235,871；4,501,728；4,837,028；和4,737,323中所述，每篇文献都包含在文中作为参考。
本发明的蛋白在药物组合物中的量有赖于正在治疗的疾病的病情的性质和严重性，以及病人接受过的治疗的性质。最后，主治医师决定用于治疗每个个体病人的本发明的蛋白的量。开始，主治医师将给药低剂量的本发明的蛋白，并观察病人的反应。较大剂量的本发明的蛋白会在从病人获得乐观的治疗效果时给予，并且在该时间点，所述剂量不再增加。多种用于本发明的治疗方法的药物组合物包含约0.01μg到约100mg(优选约0.1μg到约10mg，更优选about 0.1μg to about 1mg)本发明的蛋白每公斤体重。给药时，本发明所用的药物组合物是不合致热源，生理上可接受的形式。除本发明的蛋白以外的治疗上有用的试剂，可以可选地或额外地，同时或序贯地与本发明的方法中的组合物一起给药。
本发明的多核苷酸也可用于基因治疗。这种多核苷酸可在体内或活体外被引入细胞内用于在受试哺乳动物中表达。本发明的多核苷酸还可通过已知的将核酸引入细胞或有机体的方法(包括，但不限于以病毒载体裸露的DNA的形式)给药。细胞可以在存在本发明的蛋白的条件下离体培养，以进行增殖或者在这种细胞中产生所需的效果或活性。治疗的细胞可被引入体内用于治疗。
有效剂量
适合用于本发明的药物组合物包括一种组合物，它包含实现预期目的的有效量的活性成分。更具体地，治疗有效量指有效预防被治疗的受试者的病情进展或缓解其症状的量。可确定有效剂量的适宜性质包括测定LEC和/或BEC的生长刺激或抑制，细胞分化成LEC和/或BEC的速率或程度，细胞表达模式改变成或偏离LEC或BEC的特定表达模式的倾向性，等等诸如此类。测定有效量在本领域熟练技术人员的能力范围内，尤其是在本发明公开内容的启发下。对于任何用于本发明的方法中的化合物而言，所述治疗有效剂量首先可以通过细胞培养试验来估计。例如，对于抑制性方法，可将药剂给予动物模型，得到包含细胞培养测定的IC50(即检验化合物的浓度是最大抑制浓度的一半)的循环浓度范围。这样的信息可用来更准确地测定人类所用的剂量。
治疗有效剂量指化合物的量导致症状缓解，或者使患有致命性疾病的病人的生存期延长。这种化合物的毒性和治疗有效性可通过标准的药学方法在细胞培养或试验动物中测定，例如用于测定LD50(使50％的数量致死的剂量)或ED50(对50％的数量治疗有效的剂量)的方法。毒性和治疗性效果的剂量比是治疗的指数，并且可表示为LD50和ED50之间的比例。显示高治疗指数的化合物是优选的。从这些细胞培养试验和动物研究获得的数据可用于配制较大范围的用于人类的剂量。这种化合物的剂量优选在包括ED50的循环浓度的范围内，所述范围几乎没有或没有毒性。所述剂量可在该范围内变化，根据所用剂量和给药途径而不同。准确的配制，给药途径和剂量可根据病人的病情由医师决定。见例如，Fingl等，1975，in″ThePharmacological Basis of Therapeutics″，Ch.1 p.1。
给药的组合物的剂量有赖于被治疗的受试者，该受试者的体重，病情的严重程度，给药的方式和医师的判断。
包装
如果需要，组合物可以存在于包装或含有一个或多个含活性成分的单位剂量形式的配药器中。所述包装可，例如，包含金属或塑料箔的例如泡状包装。所述包装或配药器可附有给药说明。也可制备配制在相容的药物载体中包含本发明的化合物的组合物，所述组合物置于适宜的容器中，并包含治疗所述指征说明。
此外，本发明包含利用这种组合物制备用于治疗细胞或例如人的有机体的药物，所述细胞或有机体患有LEC和/或BEC过度增生或增殖低下的疾病，例如淋巴水肿，淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤，淋巴管肌瘤病，淋巴管扩张，淋巴肉瘤，或淋巴管硬化，所述治疗包括将有效量或剂量的本发明的组合物给药所述细胞或有机体。适宜的组合物包括，但不限于，任何根据本发明的多核苷酸(例如反义多核苷酸)，和本发明的任何多肽，特异性识别本发明的多核苷酸或多肽的抗体，对于调节本发明的多核苷酸的表达有效的小分子，等等诸如此类。还涉及本发明的组合物用于制备药物来改善与LEC或BEC相关的疾病或病症有关的症状。
抗体
抗体可用于调节本发明的多肽，这是由于可容易地产生具有相关特异性的抗体的能力，以及将抗体用于人类治疗的技术的不断改进。因此本发明涉及使用对本发明的目的多肽特异的抗体(例如单克隆和多克隆抗体，单链抗体，嵌合抗体，双功能、双特异性抗体，人源化抗体，人抗体，以及互补决定区(CDR)移植的抗体，包括含有特异性识别本发明的多肽地CDR序列)。优选的抗体是人抗体，例如在转基因动物中产生的抗体，其可根据WO93/11236，published June 20，1993，其全文包含在文中作为参考所述的方法制备和鉴定。本发明还提供了抗体片段，包括Fab，Fab，F(ab)2，和Fv。术语″对...的特异性″用于描述本发明的抗体时，指本发明的抗体的可变区识别并结合目的多肽的水平与其结合其他物质相比，可见测出有所不同，其水平较高(即，尽管可能存在局部的序列同一性，同源性或相似性，通过测定结合亲合力的差异，能够区别目的多肽和其它已知的同家族多肽)。也应理解特异性抗体也和其它蛋白反应(例如，金黄色葡萄球菌蛋白A或ELISA技术中的其它抗体)，所述反应是通过抗体的可变区以外的序列，具体为该分子的恒定区。测定本发明的抗体的结合特异性的筛选法是本领域已知并常用的。这些方法的详述见Harlow等(Eds.)，Antibodies A Laboratory Manual；Cold Spring Harbor Laboratory；Cold Spring Harbor，NY(1988)，第6章。
非人抗体可以通过本领域已知的任何方法人源化。优选的“人源化”抗体具有人恒定区，而所述抗体的可变区，或至少一个互补决定区(CDR)来自非人物种。人源化非人抗体的方法是本领域已知的(见美国专利5,585,089，和5,693,762)。通常人源化抗体具有一个或多个引入其框架区的来自非人来源的氨基酸。可例如使用Jones等[Nature 321：522-525，(1986)]，Riechmann等，[Nature，332：323-327，(1988)]和Verhoeyen等[Science239：1534-1536，(1988)]所述的方法进行，即通过用人抗体相应区取代至少一部分啮齿类CDR。多种用于制备改造的抗体的方法例如，在Owens和Young，J.Immunol.Meth.，168：149-165(1994)中描述。可将进一步的改变引入所述抗体的框架区来调节其亲合力或免疫源性。
本发明还提供了产生本发明的抗体的杂交瘤。本发明的抗体可用于检测和/或纯化本发明的多肽。
本发明的多肽和/或多核苷酸也可用于免疫动物以获得与所述多肽特异性反应的多克隆或单克隆抗体。这种抗体可使用整个多肽或其片段作为免疫源而获得。所述肽免疫源还包含位于羧基末端的半胱氨酸残基，并且可以和例如匙孔血蓝蛋白(KLH)的半抗原偶联。合成这种多肽的方法是本领域已知的，例如见R.P.Merrifield，J.Amer.Chem.Soc.85：2149-2154(1963)；J.L.Krstenansky，等，FEBS Lett.211：10(1987)。与本发明的蛋白结合的单克隆抗体可用于多肽的免疫检测的诊断性试剂。与所述多肽结合的中和性单克隆抗体可以是用于与所述多肽相关的疾病的治疗剂，以及用于治疗涉及该多肽的异常表达的一些形式的癌症。如果是癌细胞或白血病细胞，该多肽的中和性单克隆抗体可用于检测和防止所述多肽介导的癌细胞的转移性播散。通常，用于制备多克隆和单克隆抗体的技术以及能够产生所需抗体的杂交瘤是本领域已知的(Campbell，A.M.，Monoclonal Antibodies Technology：Laboratory Techniques in Biochemistry和Molecular Biology，Elsevier SciencePublishers，Amsterdam，The Netherl和s(1984)；St.Groth等，J.Immunol.35：1-21(1990)；Kohler和Milstein，Nature 256：495-497(1975))，the trioma技术，人B细胞杂交瘤技术(Kozbor等，Immunology Today 4：72(1983)；Cole等，in Monoclonal Antibodies和Cancer Therapy，Alan R.Liss，Inc.(1985)，77-96页)。
任何已知产生抗体的动物(小鼠，兔子等)可用本发明的肽或多肽来免疫。免疫的方法是本领域已知的。这种方法包括所述多肽的皮下或腹膜内注射。本领域熟练技术人员认识到用于免疫的本发明ORF编码的多肽的量根据被免疫的动物，肽的抗原性，以及注射的部位不同而变化。所述蛋白用作免疫原，可被修饰或在辅剂中给药以提高所述蛋白的抗原性。提高蛋白抗原性的方法是本领域已知的，并且包括，但不限于，将所述抗原和异源性蛋白(例如球蛋白或β-半乳糖苷酶)偶联，或者通过在免疫过程中掺入辅剂。
对于单克隆抗体，来自免疫后动物的脾细胞被取出，与骨髓瘤细胞例如SP2/0-Ag14骨髓瘤细胞融合，使其成为产生单克隆抗体的杂交瘤细胞。本领域已知的方法中的任何一种可用于鉴定可产生具有所需特征的抗体的杂交瘤细胞。这些包括使用ELISA试验，Western印迹，或放射性免疫试验来检测杂交瘤(Lutz等，Exp.Cell Research.175：109-124.1988)。分泌所需抗体的杂交瘤被克隆，并使用本领域已知的方法确定其类型和亚型(Campbell，A.M.，Monoclonal Antibody Technology：Laboratory Techniques inBiochemistry和Molecular Biology，Elsevier Science Publishers，Amsterdam，The Netherl和s(1984))。用于制备单链抗体的技术(美国专利4,946,778)可被用来制备本发明的多肽的单链抗体。
对于多克隆抗体，含有抗体的抗血清从被免疫的动物中分离出来，并使用上述方法之一筛选具有所需特异性的抗体的存在。本发明还提供了上述抗体的可检测的标记形式。抗体的可检测标记可通过使用放射性同位素，亲合标记(例如生物素，抗生物素蛋白，等等诸如此类)，酶标记(例如辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，等等诸如此类)，荧光标记物(例如FITC或罗丹明，等等诸如此类)，顺磁性原子，等等诸如此类。获得这种标记的方法是本领域已知的，例如，见Sternberger，L.A.等，J.Histochem.Cytochem.18：315.1970；Bayer，E.A.等，Meth.Enzym.62：308(1979)；Engval，E.等，Immunol.109：129.1972；和Goding，J.W.J.Immunol.Meth.13：215.(1976)。
本发明的标记的抗体可用在活体外，活体内，以及原位试验中来鉴定表达目的多肽的片段的细胞或组织。所述抗体也可直接用于治疗或其它诊断。本发明还提供了固定在固相支持物上的上述抗体。这种固相支持物的实例包括塑料例如聚碳酸酯，复合碳水化合物例如琼脂糖和琼脂糖凝胶，以及丙烯酸树脂例如聚丙烯酸和乳胶珠。将抗体偶联到这种固相支持物上的技术是本领域已知的(Weir，D.M.等，″H和book of ExperimentalImmunology″″4th Ed.，Blackwell Scientific Publications，Oxford，Engl和，Chapter 10(1986)；Jacoby，W.D.等，Meth.Enzym.34 Academic Press，N.Y.(1974))。本发明的固定的抗体可用在体外，体内以及原位试验中，还用于本发明的蛋白的免疫亲合力纯化。
可机读的序列
在该实施方案的一种应用中，本发明的核苷酸序列可记载在可机读的介质上。本文的“可机读介质”指任何可被计算机阅读并直接获取的介质。这种介质包括，但不限于，磁性储存介质，例如软盘，硬盘储存介质，和磁盘；光学储存介质，例如CD-ROM；电学储存介质，例如RAM和ROM；以及这些种类的杂合介质例如磁性/光学储存介质。熟练技术人员可轻易采用任何已知的将信息记载在计算机可读的介质上的方法来获得包含本发明的核苷酸序列的产品。
多种本领域熟练技术人员可得的数据存储结构可用来产生其上记载了本发明的核苷酸序列的可机读的介质。数据存储结构的选择通常基于所选的获取存储的信息的方法。此外，多种数据处理程序和格式可用来将本发明的核苷酸序列的信息存储在可机读的介质上。序列信息可存在于文字处理文本文件中，在可购得的例如WordPerfect和Microsoft Word中格式化，或作为ASCII文件的形式，存储在数据库应用程序(database application)中，例如DB2，Sybase，Oracle，等诸如此类。本领域熟练技术人员可轻易采用任何数量的数据处理器构建的格式(例如文本文件或数据库)，来获得的其上记载了本发明的核苷酸序列的计算机可读的介质。通过提供SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51的核苷酸序列或其代表性片段，或者可机读形式的与SEQID NO：1-30，45，47，49和51具有99.9％的序列同一性的核苷酸片段，本领域熟练技术人员可常规地获取用于多种目的的序列信息。计算机软件可公开获得，使得熟练技术人员可获取计算机可读介质上的序列信息。下面的实施例显示了如何在Sybase系统上使用执行BLAST(Altschul等，J.Mol.Biol.215：403-410.1990)和BLAZE(Brutlag等，Comp.Chem.17：203-207(1993))搜索算法(search algorithms)的软件来鉴定核酸序列内的开放阅读框架(ORFs)。这种ORFs可以是编码蛋白的片段，并且可用于制备商业上重要的蛋白，例如用于发酵反应中的酶以及制备商业上有用的代谢物。
本文的“基于计算机的系统”指用于分析本发明的核苷酸序列信息的硬件工具，软件工具，以及数据存储工具。本发明的基于计算机的系统的最少硬件工具包括一个中央处理单元(CPU)，输入工具，输出工具和数据存储工具。本领域熟练技术人员可轻易理解目前可得的基于计算机的系统中的任何一种都适宜用于本发明中。如上述，本发明的基于计算机的系统包含其中存储了本发明的核苷酸序列的一种数据存储工具，以及必要的硬件和软件工具用于支持和执行搜索工具(means)。
本文的“搜索工具”指一种或多种能够在基于计算机的系统上执行来比较靶序列或靶结构基序和存储在数据存储工具中的序列信息。搜索工具用来鉴定已知序列的片段或区，所述序列与具体的靶序列或靶基序匹配。各种已知的算法已被公开，并且多种可购得的用于进行搜索方法的软件被用于并且可被用于本发明的基于计算机的系统。这样的软件的实例包括，但不限于，MacPattern(EMBL)，BLASTN和BLASTA(NPOLYPEPTIDEIA)。熟练技术人员可容易地理解任何一种可得的用于进行同源性搜索的算法或执行软件包可用于本发明的基于计算机的系统。本文的“靶序列”可以是6个或更多个核苷酸的核酸或2个或更多个氨基酸的氨基酸序列。熟练技术人员可容易地理解靶序列越长，靶序列在数据库中作为随机出现的序列的可能性就越小。靶序列最优选的序列长度是从约10-100个氨基酸或者从约30-300个核苷酸残基。然而，可以理解搜索商业上重要的片段，例如涉及基因表达和蛋白加工的序列片段可以较短。
本文的“靶结构基序”，或“靶基序”指任何合理选出的序列或序列的组合，其中的序列是基于靶基序的折叠形成的三位结构。本领域已知多种靶基序。蛋白靶基序包括，但不限于，酶活性位点和信号序列。核酸靶基序包括，但不限于，启动子序列，发夹结构，和可诱导的表达元件(蛋白结合序列)。
诊断性试验和试剂盒
本发明还提供了诊断性试验，以及相关的试剂盒，用于过度增殖和/或增殖低下的例如LEC或BEC的内皮细胞的病症或疾病。这些试验包括通过使用本发明的核酸探针或抗体鉴定试验样品中本发明的ORFs之一或其同源物的存在或表达。
通常，检测本发明的多核苷酸的方法包括将样品与结合多核苷酸并形成复合物的化合物接触足够长的时间以形成复合物，并检测所述复合物，使得如果检测到所述复合物，就表示在样品中检测到了本发明的多核苷酸。
这种方法也可包括将样品在严格的杂交条件下和核酸引物接触，，所述核酸引物在这样的条件下退火结合本法发明的多核苷酸，然后扩增退火的多核苷酸，使得如果多核苷酸被扩增，本发明的多核苷酸在样品中被检测出。
通常，检测本发明的多肽的方法包括样品与结合多肽并形成复合物的化合物接触足够长的时间以形成复合物，并检测所述复合物，使得如果检测到所述复合物，就表示在样品中检测到了本发明的多肽。具体而言，这种方法包括将检验样品和本发明的一种或多种抗体或者一种或多种核酸探针一起温育，并测定核酸探针或抗体与检验样品内的成分的结合。
将核酸探针或抗体与检验样品共同温育的条件各异。温育条件有赖于试验使用的模式，采用的检验方法，以及试验所用的核酸探针或抗体的类型和性质。本领域熟练技术人员可认识到任何一种常用的可得的杂交，扩增或免疫试验形式可轻易采用本发明的核酸探针或抗体。这种试验的实例见Chard，T.，An Introduction to Radioimmunoassay and Related Techniques，Elsevier Science Publishers，Amsterdam，The Netherl和s(1986)；Bullock，G.R.等，Techniques in Immunocytochemistry，Academic Press，Orlando，Fla.Vol.1(1982)，Vol.2(1983)，Vol.3(1985)；Tijssen，P.，Practice and Theory ofimmunoassays：Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology，Elsevier Science Publishers，Amsterdam，The Netherlands(1985)。本发明的检验样品包括细胞，细胞的蛋白或膜提取物，或者生物液体例如痰液，血液，血清，血浆或尿液。用于本发明的方法的检验样品可根据试验模式，检验方法的性质，以及被检测的组织，细胞或提取物而不同。制备细胞的蛋白提取物或膜提取物的方法是本领域已知的，并可被用来获得与使用的系统相容的样品。
在本发明的另一个实施方案中，提供了含有必要的反应剂以进行本发明的试验的试剂盒。在一个实施方案中，本发明提供了隔室试剂盒，来容纳紧邻的一个或多个容器，所述容器包括：(a)第一容器，它包含本发明的一种探针或抗体；和(b)一种或多种其它容器，包含一种或多种洗涤剂，能够检测结合的探针或抗体的存在的试剂。
具体而言，隔室试剂盒包括任何其中的反应剂包含在分离的容器中的试剂盒。这种容器包括小的玻璃容器，塑料容器或者塑料或纸的条状容器。这种容器使得技术人员有效地将反应剂从一个隔室转移到另一个隔室，使得样品和试剂不被交叉污染，并且每个容器中的试剂或溶液可以以定量的方式从一个隔室加入另一个隔室中。这样的容器包括能够容纳检验样品的容器，包含试验所用的一种或多种抗体的容器，包含洗涤试剂(例如磷酸盐缓冲的盐溶液，Tris缓冲液，等诸如此类)的容器，以及含有用于检测结合的抗体或探针的试剂的容器。检测试剂的类型包括标记的核酸探针，标记的二级抗体，或者可选地，如果初级抗体被标记，还包括能够和标记的抗体反应的酶或抗体结合剂。本领域熟练技术人员已知，本发明公开的探针和抗体可并入本领域已知的试剂盒形式中。
实施例
用于实施例中的方法如下：
抗体
使用抗VEGFR-3单克隆抗体(克隆2E11D11；见国际申请PCT/US02/22164，由WO 03/006104公开)，PAL-E(MoNOsan)，CD31(Dako)，N-钙粘着蛋白，VE-钙粘着蛋白，β-连环蛋白和片珠蛋白和多克隆兔抗人podoplanin(Breiteneder-Geleff，S.，等，Am.J.Pathol.154：385-394(1999))。小鼠抗人整联蛋白9由Dr.Dean Sheppard(University of California at San Francisco，San Francisco)和Dr.Curzio Rüegg(University of Lausanne Medical School，Lausanne，Switzerland)提供。荧光染料偶联的二级抗体来自JacksonImmunoresearch。
细胞培养和转染
人羊膜上皮细胞在存在5％胎牛血清的Med199培养基中培养。人真皮微血管内皮细胞来自PromoCell(Heidelberg，Germany)。抗Podoplanin抗体，MACS胶质超顺磁MicroBeads和山羊抗兔IgG抗体偶联(Miltenyi Biotech，Bergisch Gladbach，Germany)，根据出厂说明，使用LD及MS分离柱和Midi/MiniMACS分离器(Miltenyi Biotech)进行细胞分类。分离的细胞在纤连蛋白包被的(10μg/ml，Sigma，St.Louis，MO)板上培养(M_kinen，T.，等，EMBOJ.20：4762-4773.2001)。
RNA分离，Northern印迹和微阵列分析
总RNA被分离并在Rneasy中使用DNAseI处理(Qiagen，Valencia，CA)。32P-标记的和Atlas滤纸杂交的探针(Clontech)使用2-5μg总RNA根据出厂说明制备，但探针使用Nick-25柱(Pharmacia Biotech，Uppsala，Sweden)纯化。杂交并洗涤后，该膜用Fuji BAS 100 phosphoimager分析。对于Affymetrix_分析，四种独立的BEC和LEC样品的制备和杂交使用从不同个体中分离的四组细胞提取的RNA进行。对于Affymetrix_表达分析，使用5μg总RNA使用Custom SuperScript ds-cDNA合成试剂盒(Invitrogen，Carlsbad，CA)来合成双链cDNA。随后使用Enzo BioArrayTMHighYieldTMRNA转录标记试剂盒(Affymetrix，Santa Clara，CA)制备生物素标记的cRNA，并用RNeasy柱(Qiagen，Valencia，CA)去除未结合的核苷酸。人基因组95Av2微阵(用于Prox-1试验)和9513-E微阵列(主要是非特异性(uncharacterized)的EST序列)的杂交，洗涤以及染色，是根据出厂说明进行的(Affymetrix，GeneChipExpression Analysis Technical Manual)。所述探针阵列在570nm使用AgilentGeneArray_ Scanner进行检测，并且用Affymetrix_ Microarray Suite version5.0和Data Mining Tool version 3.0分析定量扫描的读数。使用100的总放大强度(global scaling intensity)计算杂交强度。
差异表达的序列用于搜索the National Center for BiotechnologyInformation和the National Library of Medicine的GenBank数据库中的EST重叠群。使用NCBI/NLM提供的orf发现软件预测(NCBI/NLM)和开放阅读框架。SOSUI系统用于预测来自蛋白序列的跨膜螺旋和信号序列，并且使用P fam(比对和HMMs的蛋白家族数据库)预测其它蛋白结构域的构建。
免疫荧光和免疫组织化学
细胞在盖玻片上培养，使用4％的多聚甲醛固定，并用磷酸盐缓冲盐溶液(PBS)中的Triton-X100透化，并用初级抗体进行染色。对于整联蛋白9，染色的活细胞和抗体一起在冰上保持15分钟然后进行固定。细胞可进一步使用FITC或TRITC偶联的二级抗体进行染色。F-肌动蛋白使用得克萨斯红(TexasRed)偶联的鬼笔环肽(Molecular Probes，Eugene，OR)染色。使用Hoechst 33258荧光染料(Sigma)进行复染，并使用Zeiss Axioplan 2荧光显微镜观察。
手术取出的正常人皮肤包埋于Tissue-Tek_(Sakura，The Netherl和s)中，然后进行冷冻和切片。切片(6μm)在冷丙酮中固定10分钟，然后使用初级抗体进行染色，接着使用Vectastain Elite ABC试剂盒(载体Laboratories，Burlingame，CA)和3-氨基-9-乙基咔唑(Sigma，St.Louis，MO)进行染色。
实施例1
鉴定差异表达的基因
血管和淋巴管内皮细胞(分别为BEC和LEC)从人皮肤微血管内皮细胞培养物中，使用微磁珠和抗淋巴管内皮细胞表面标记podoplanin(Breiteneder-Geleff，S.，等，Am.J.Pathol.154：385-394(1999)；M_kinen，T.，等，EMBO J.20：4762-4773(2001))进行分离。分离的BEC和LEC群使用抗VEGFR-3抗体或podoplanin通过免疫荧光评估为大于99％。分离的细胞培养两代后，从培养物中分离RNA并将其和寡核苷酸微阵列杂交，所述微阵列含有约12000已知的基因，即预期人转录物总数的约1/3。
如预期的那样，podoplanin，粒桥蛋白I/II和巨细胞甘露糖受体(已知的淋巴管内皮细胞标记)，被发现在LEC中特异。见，Breiteneder-Geleff，S.，等，Am.J.Pathol.154：385-394(1999)；Ebata，N.，等，Microvasc.Res.61：40-48.(2001)；和Irjala，H.，等，J.Exp.Med.194：1033-1041(2001)。由于这些结果与已知的体内和体外基因表达模式一致，对基因表达模式进行了进一步的表征。当在复制分析中选择的复制的信号与log2的比值为1.0(两倍差异)时，超过400个基因被发现在LEC和BEC中的表达有差异。表达有差异的基因的一些实例在表1中按其功能分别显示，并在表2-4中提供了差异表达的基因的完整列表。表3和4提供了差异表达的基因的完整列表，所述列表包括GenBank的保藏号和独立收获的BEC和LEC的表达水平之间的差异(信号的log2比值±s.d.)。通过对31个选出的基因的Northern印迹和免疫荧光证实了微阵列的数据(见图1)。
表3和4中列出的每种基因都通过基因保藏号鉴定，该保藏号与公开的基因组数据库例如NCBI保管的GenBank数据库中发现的基因的序列相关。这些序列包含在文中作为参考。
                             表1
            选出的在BEC和LEC中差异表达的基因类型
血管内皮细胞 淋巴管内皮细胞
粘附分子 整联蛋白α5整联蛋白β5，β4*ICAM-1*，ICAM-2N-钙粘着蛋白*selectin P，selectin E*原钙粘着蛋白(protocaherin)42*CD44*EphrinB1* 整联蛋白α9*整联蛋白α1巨噬细胞甘露糖受体I*
  血管内皮细胞 淋巴管内皮细胞
细胞骨架蛋白ECM蛋白ECM调节受体酪氨酸激酶和其它蛋白激酶转录因子生长因子细胞因子，趋化因子和受体   粘着斑蛋白claudin 7*肌动蛋白，α2抑制蛋白2胶原蛋白8A1*，6A1*，4A2/13A1*，1A2*层粘连蛋白*多能聚糖*蛋白多糖1MMP-1，MMP-10，MMP-14*uPA*，tPA*组织蛋白酶CVEGFR-1(sVEGFR-1*)STAT6*TFEC*MAD-3*HMGI-C*JUN*GATA2VEGF-C*胎盘生长因子IL-8*，IL-6*干细胞因子*单核细胞趋化蛋白1UFO/axl* 粒桥蛋白I和II*内收蛋白γα-辅肌动蛋白-2相关LIM蛋白*基质Gla蛋白*TIMP-3VEGFR-3*LynDyrk3prox-1*MEF2C*c-maf*叉头盒M1CREM耳(ear)-3造血因子-2IL-7*SDF-1b*
  血管内皮细胞 淋巴管内皮细胞
细胞周期氧化应激其它   CXCR4CCRL2/CKRX*IL-4受体p27*p21gadd45硫氧还原蛋白还原酶β*Neuropilin-1HNMP-1*内皮细胞蛋白C/APC受体Rnase A，胰腺的*TGF-βLTBP-2金属硫蛋白I，II，III环加氧酶2*clusterin/载脂蛋白J神经元(neuronal)pentraxin I* Cdk-抑制物p57KIP2*细胞周期蛋白依赖的激酶抑制物3，CIP2细胞周期蛋白E2*细胞周期蛋白B1，B2*含硒蛋白(selenoprotein)P*podoplanin*MRC OX2载脂蛋白DSemaphorin 3A*脂肪酸结合蛋白4LITAF/Pig7*IGFBP-2*piccolo*单胺氧化酶A神经元(neuronal)pentraxin II*
总数   222个基因 187个基因
粗体显示的基因通过Northern印迹或免疫荧光确定，且用星号(*)标记的基因是仅在两种细胞系之一中特异性表达的基因。
                                     表2
                              已知的LEC特异性基因
            基因                       保藏号
检测* 起始EST 可能的基因
CD36＝COL1/TSP受体，脂肪酸转运蛋白β1-syntrophincollectin亚家族成员12分解蛋白(disintegrin)和金属蛋白酶结构域12细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4niban蛋白 NM_022083 niban蛋白含多个PDZ区的蛋白，LNXMAGE-E1蛋白上游刺激因子1，USF1(基因组匹配)与YRPW基序1相关的分裂的毛状/增强子(hairy/enhancer-of-split  relatedwith YRPW motif 1)α-2，8-聚唾液酸转移酶semaphorin 6A1鸟苷酸核苷酸结合蛋白(G prot)，γ2膜整合蛋白3与小鼠糖皮质激素诱导的基因1类似 Af(S/4，3)Af(S/4，5)Af(S/4，5)Af(S/4，3)Af(S/4，0)Af(S/3，7)Af(S/3，5)Af(S/3，2)Af(S/2，6)Af(NS/2，6)Af(S/2，5)Af(S/2，4)Af(S/2，3)Af(S/2，3)Af(S/2，0) R20784H54254氨基酸447177R74387氨基酸147933AI733018氨基酸554814AI738919AI435112氨基酸701033R61374AI422986W21965氨基酸738022氨基酸128019AI678080 M98399L31529NM_030781NM_003474NM_005214NM_052966NM_032622NM_030801AB017568NM_012258L41680NM_020796NM_030926XM_070471
           基因                        保藏号
检测* 起始EST  可能的基因
YAP65(Yes-相关蛋白，65kDaMW)17kDa胎脑蛋白Kruppel-样因子5降钙素受体样，CGRP类型1受体成纤维细胞生长因子13，同种型1A四区(tetraspan)NET-6蛋白环指(ring finger)蛋白11 Af(NS/2，0)Af(NS/1，9)Af(S/1，8)Af(S/1，7)Af(NS/1，7)Af(NS/1，6)Af(S/1，6) AL048399H92988AI815057AI741128，T94540AW014749W22687AL079648 X80507NM_022343NM_001730NM_005795，L76380NM_004114NM_014399BC020964
*Af＝Affymetrix，S＝对LEC特异，NS＝非特异(也在BEC中表达)，数字代表BEC和LEC之间的信号强度的log2比值值值
实施例2
参与炎症的基因的BEC-特异性表达基因
内皮细胞在炎性反应的多个步骤中起重要作用。它们募集白细胞到炎性灶，并且有专门的内皮细胞(高内皮小静脉)负责使淋巴细胞回到次级淋巴器官中。此外，内皮细胞调节白细胞的活化，反之亦然，所述内皮细胞通过白细胞分泌的分子被活化。与细胞培养中内皮细胞的活化相一致，BEC表达高水平的前感染淋巴因子和趋化因子(干细胞因子，白介素-8，单核细胞趋化蛋白1(MCP-1))和受体(UFO/axl，CXCR4，IL-4R)见表1。CXCR4及其配体，基质细胞来源的因子(SDF-1)，在捕获正常淋巴细胞，单核细胞，以及造血干细胞和造血祖细胞中起重要作用；CXCR4或SDF-1的靶向活化导致心脏发生，造血作用和血管发育受损(Tachibana，等，Nature 393：591-594.1998)。SDF-1b主要是由LEC产生的，表明这一趋化因子可能参与表达CXCR-4的细胞的LEC启动的趋化作用。此外，CXCR4和SDF-1在BEC和LEC上的表达的交互模式表明这两种细胞类型使用这些分子进行旁分泌联络。
实施例3
细胞粘附，细胞-细胞相互作用和细胞骨架分子
检测到BEC和LEC之间的更明显的差异是参与细胞骨架和细胞-细胞或细胞-基质相互作用的基因的表达(见表3和4)。例如，N-钙粘着蛋白，它参与内皮细胞和SMCs以及周细胞之间的相互作用(Gerhardt，等，Dev.Dyn.218：472-479.2000)，在BEC中被特异性检测到。这与淋巴毛细管不是被SMCs包围这一事实一致。在免疫染色中，N-钙粘着蛋白只在BEC中检测得到，而VE-钙粘着蛋白存在于这两种细胞类型中(图2a-d)。钙粘着蛋白的胞质区与β-连环蛋白，片珠蛋白(γ-连环蛋白)和p120ctn反应，并通过α-肌动蛋白，粘着斑蛋白，ZO-1，ZO-2和spectrin将所述胞质区和肌动蛋白骨架相连接(Provost，E.& Rimm，Curr.Op.Cell Biol.11：567-572.1999)。BEC表达非常高水平的β-连环蛋白(图2e，f)和粘着斑蛋白，而片珠蛋白主要存在于LEC上(图2g，h)。LEC和BEC的染色也显示了显著不同的肌动蛋白的结构。BEC显示多种应激纤维，所述纤维在LEC几乎完全缺失，而在LEC中观察到了肌动蛋白在真皮中的分布(图2i，j)。
整联蛋白是重要的细胞粘附介导物(Giancotti & Ruoslahti，Science285：1028-1032.1999)。它们是跨膜蛋白，由两种多肽组成，即α和β亚基。它们的胞外区结合细胞外基质蛋白，而所述胞质区结合细胞骨架和参与信号转导的蛋白。整联蛋白α5是纤连蛋白受体的亚基，主要在BEC中表达。反之，整联蛋白α1和α9，分别为层粘连蛋白和胶原蛋白的受体以及为骨桥蛋白和腱生蛋白的受体提供了亚基，它们在LEC中表达(图1a和图2k，l)。在人皮肤中，整联蛋白α9的抗体特异性染色淋巴毛细管，而血管内皮细胞是阴性的(图2m-o)。此外，已有报道，在动脉平滑肌细胞中检测到整联蛋白α9(Palmer，等，J.Cell Biol.123：1289-1297.1993)。有趣的是，整联蛋白α9已显示duiyu淋巴系统的正常发育是重要的。缺乏整联蛋白α9β1的小鼠由于乳糜胸(可能是淋巴)渗出而出现了呼吸衰竭，并在出生后6-12天死亡(Huang，等，Mol.Cell Biol.20：5208-5215.2000)。
BEC，而不是LEC，产生两种层粘连蛋白和不同类型的胶原蛋白(表4)。在共培养中，这些基底膜成分对于LEC的粘附和生长是必要的(M_kinen，T.，等，EMBO J.20：4762-4773.2001)。此外，许多参与基质降解和重塑的蛋白，包括几种基质金属蛋白酶，组织型和尿激酶纤溶酶原激活物，以及纤溶酶原激活物I主要在BEC中检测到，而while基质金属蛋白酶的组织抑制物-3(TIMP-3)主要在LEC中检测到(表3和图1)。和其它可溶的TIMPs不同，TIMP-3是细胞外基质的成分。据报道重组的TIMP-3可对生血因子应答，从而抑制内皮细胞迁移和管形成，如果是在肿瘤模型中表达，重组的TIMP-3可很可能通过抑制肿瘤的扩张，生长因子从细胞外基质的释放，或者血管生成来抑制肿瘤生长(An和-Apte，等，Biochemistry & Cell Biology 74：853-862.1996)。
其它以前已知的基因在微阵列中被鉴定为LEC-特异性转录因子or跨膜蛋白。见表5和6。
表5
鉴定的转录因子
         基因                      保藏号
检测* 起始EST 可能的基因
与Iroquois相关的同源框2同源与小鼠odd-skipped相关1锌指TF相似来自7q35-qter的PAC克隆RP4-751H13与小鼠糖皮质激素诱导的基因1类似 Af(S/4，2)Af(S/3，3)Af(S/2，3)Af(NS/2) 氨基酸936528AI809953AC004877AI678080 不是从人(18)克隆的(19)XM_070471
*Af＝Affymetrix，S＝对LEC的特异性，NS＝非特异性(也在BEC中表达)，数字代表BEC和LEC之间的信号强度的log2比值值值。
表6
鉴定的跨膜蛋白
    基因                 保藏号
  检测* 起始EST     可能的基因
KIAA0626KIAA0644未知蛋白假想蛋白FLJ20898与layilin相似，未命名的蛋白产物假想蛋白FLJ23403KIAA0062间充质干细胞蛋白DSCD75 Af(S/4，7)Af(S/3，9)Af(S/3，5)Af(NS/1，8)Af(NS/1，7)Af(NS/3，2)Af(S/1，8) AB014526AB014544AI333655AI733570AA447940AI681538D31887AW009871 NM_21647          (14)NM_14817          (15)XM_059074         (16)NM_024600         (862)AK055654，XM_84655(45)NM_022068         (860)XM_46677          (47)NM_16647          (17)
*A＝Affymetrix，S＝对LEC的特异性，NS＝非特异性(也在BEC中表达)，数字代表BEC和LEC之间的信号强度的log2比值值。
此外，表10和11分别描述了鉴定的已知LEC基因及其保藏号，和差异表达的基因及其保藏号，而表12描述了在扫描中鉴定的其它未知蛋白。
                        实施例4
               PROX-1对LEC基因的差异性调节
研究了淋巴分化程序的机制。Prox-1同源框转录因子被发现在LEC中特异性表达，并且小鼠中Prox-1的靶向破坏被报道导致淋巴管发育的阻抑(Wigle等，Cell，98：769-778.1999)。尽管prox-1基因几乎十年前就发现了，Prox-1靶基因仍没有被鉴定。为确定同源区转录因子Prox-1造成了分化的LEC和BEC基因型，分析上述鉴定的基因在原代BEC和LEC中，存在或缺乏Prox-1过度表达的条件下的表达。
腺病毒介导的原代内皮细胞中的prox-1基因转移用来在BEC细胞中诱导基因的表达。为了消除腺病毒感染造成的基因表达变化，将AdLacZ(编码β-半乳糖苷酶)引入BEC作为对照。
prox-1 cDNA通过RT-PCR使用来自人内皮细胞的RNA进行扩增，所用引物为5’-GCCATCTAGACTACTCATG氨基酸GCAGCT-3’(SEQ IDNO：61)和5’-GCGCAG氨基酸TTCGGCCCTGACCATGACAGCACA-3’(SEQ ID NO：62)。PCR产物被克隆到pAMC表达载体中，产生N-末端Myc-标记的Prox-1。所述构建体随后被亚克隆入pAdCMV中，以产生AdProx-1来制备腺病毒。AdProx-1和AdLacZ病毒株如所述方法制备(Laitinen等，Hum.Gene Ther.9：1481-148 6.1998)。腺病毒产生的Prox-1迁移的分子量为约85kDa，并且也被Prox-1 C-末端肽的抗体识别。突变的Prox-1 N625A/R627A，(密码子625处的天冬氨酸变成了丙氨酸，密码子627处的精氨酸变成了丙氨酸)是通过使用QuikChange定点诱变试剂盒(Stratagene，La Jolla，CA)和以下引物制备的：
5’-CTCATC氨基酸GTGGTTTAGCGCTTTCCGTAGTTTTACTAC-3’(SEQ ID NO：63)和
5’-GTAGT氨基酸氨基酸CTCACGG氨基酸GCGCT氨基酸ACCACTTGATGAG-3.(SEQ ID NO：64)。
将人皮肤微血管内皮细胞，冠状动脉内皮细胞(CAECs)，隐静脉内皮细胞(SAVECs)，BEC和LEC铺于板上，24小时后，以8,000细胞/cm2的密度，在不含血清的培养基中以50-100PFU/细胞，用腺病毒感染1小时。孵育期末，洗涤细胞，然后在完全培养基中培养20-24个小时。如上述进行总RNA分离和阵列杂交。
滴定试验显示，人微血管内皮细胞感染AdProx-1 or AdLacZ后导致感染24小时后，＞90％的细胞中的腺病毒编码的蛋白的核表达。为了研究Prox-1诱导的基因表达中的变化，使用了人cDNA滤纸阵列，所述阵列含有约1,000已知对常见细胞代谢重要的基因，以及在调节心血管功能和血细胞生成中特别涉及的基因。AdProx-1上调28LEC基因的表达，而下调63BEC基因的表达(见下表7)，可以通过10个或11个选出的基因Northern印迹确定。与在LEC和BEC中差异表达的基因相比较，Prox调节的15个基因(即，约30％)被被发现在培养的LEC和BEC之间的表达有差异，表明Prox-1是调节内皮细胞身份(identity)。
                                     表7
                           Prox-1调控的LEC/BEC基因
基因                                保藏号           1信号对数比 2s.d.
AdProx-1诱导的LEC特异性(28种基因)
细胞周期蛋白E2                      AF091433   NM_57735    4.95      1.17
富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白2         U57646     NM_001321   4.58      0.36
Cdk-抑制物p57KIP2                   U22398     NM_000076   3.77      0.68
亲代表达的10                        AB028974   NM_015068   3.54      0.95
血栓烷A2受体                        D38081     NM_001060   2.32      0.13
B-myb                               X13293     NM_002466   2.11      0.28
视网膜母细胞瘤相关蛋白HEC           AF017790   NM_06101    1.86      0.13
胆固醇25羟化酶                      AF059214   NM_003956   1.86      0.56
G蛋白偶联的受体，家族C，组5，成员B  AC004131               1.83      0.32
胸腺嘧啶激酶1                       M15205     NM_003258   1.80      0.39
CREM(cAMP反应性因子调节物)          S68134     NM_001881   1.78      0.30
α-辅肌动蛋白-2-相关LIM蛋白         AF002282   NM_014476   1.77      0.42
基因                                                  保藏号                  1信号对数比 2s.d.
粒桥蛋白(DPI，DPII)                                  AL031058                      1.74      1.03
MCM6微型染色体保持缺陷的6(minichromosome maintenance D84557          NM_005915     1.72      0.06
deficient 6)
红细胞膜蛋白带4.9(dematin)                           U28389          NM_001978     1.71      0.25
GTP环化水解酶 1                                      U19523          NM_000161     1.61      0.04
KlAA0186基因产物                                     D80008          NM_021067     1.47      0.11
细胞分裂周期2蛋白                                    X05360          NM_001786     1.35      0.43
来自克隆643的假想蛋白                                AF091087        NM_020467     1.25      0.22
泛素载体蛋白E2-C                                     U73379          NM_007019     1.23      0.12
有丝分裂检验点(checkpoint)激酶Mad3L                  AF053306        NM_001211     1.22      0.47
V-Erba相关Ear-3蛋白                                  HG3510-HT3704                 1.20      0.20
糖原磷酸化酶(PYGL)                                   AF046798                      1.16      0.54
fms-相关的酪氨酸激酶4，VEGFR-3                       X69878          NM_002020     1.10      0.00
含BTB(POZ)区3(BTB(POZ)domain containing 3)           AB023169        NM_014962     1.10      0.08
SMC4染色体结构保持4样1(structural maintenance of     AB019987        NM_005496     1.09      0.59
chromosomes 4-like 1)(酵母)
高活动性组的蛋白2(high-mobility group protein 2)     X62534          NM_02129      1.07      0.04
基因                                              保藏号             1信号对数比  2s.d.
α拓扑异构酶                                      L47276                  1.04       0.49
基因                                              保藏号             1信号对数比  2s.d.
AdProx-1抑制的BEC特异性(63种基因)
neuropilin-1                                      AF016050 NM_03873       -3.99      0.42
ras-相关的C3肉毒杆菌毒素底物2，RAC2               M64595   NM_002872      -3.87      0.47
含三部分基序的22(tripartite mortif-containing 22) X82200   NM_006074      -3.56      0.28
小的可诱导细胞因子A2(单核细胞趋化蛋白 1)          M26683   NM_002982      -3.56      0.03
锌指蛋白238                                       AJ223321 NM_006352      -3.08      0.13
uPA                                               X02419                  -3.05      0.02
转录因子EC                                        D43945   NM_12252       -3.04      0.08
RNase A，胰腺的                                   D26129   NM_002933      -2.72      0.02
维生素A反应性；细胞骨架调控的                     AF070523 NM_006407      -2.51      0.6
白介素6                                           X04430   NM_000600      -2.42      0.63
Rho GDP解离抑制物(GDI)β                                                      X69549   NM_001175      -2.42      0.03
基质金属蛋白酶14                                  X83535   NM_004995      -2.37      0.08
E3泛素接合酶SMURF2                                氨基酸   NM_22739       -2.22      0.06
                                630312
死亡受体6                       AF068868  NM_014452    -2.16      0.61
蛋白C受体，内皮(EPCR)           L35545    NM_006404    -2.09      0.14
基因                            保藏号            1信号对数比  2s.d.
造血和神经膜蛋白(HNMP-1)        U87947    NM_001425    -2.08      0.63
KIAA0836                        AB020643               -2.07      0.44
硫酸软骨素蛋白多糖2(多能聚糖)   X15998    NM_004385    -1.99      0.65
G蛋白信号4调节物                AI267373  NM_05613     -1.93      0.54
磷酸果糖激酶，肌肉              U24183    NM_000289    -1.93      0.11
IGF-IImRNA-结合蛋白 3           U97188    NM_006547    -1.9       0.23
神经元细胞粘附分子Nr-CAM/hBRAVO AB002341  NM_005010    -1.89      0.13
细胞表面糖蛋白CD44              L05424                 -1.84      0.12
纤溶酶原激活物-1                J03764    NM_000602    -1.83      0.33
AF1Q蛋白                        U16954    NM_006818    -1.79      0.23
人克隆24674mRNA序列             AF070578               -1.76      0.01
烟酰胺N甲基转移酶               U08021    NM_006169    -1.74      0.49
乳酸脱氢酶B                     X13794                 -1.73      0.08
KIAA0537基因产物                AB011109  NM_14840     -1.73      0.08
LIM区(domain)蛋白                X93510    NM_003687    -1.67    0.11
淋巴细胞抗原75，DEC-205          AF011333  NM_002349    -1.61    0.08
自然杀伤细胞转录物4              AA631972  NM_004221    -1.59    0.05
磷脂酶A2                         M72393                 -1.58    0.41
R-ras                            M14949                 -1.56    0.1
腺苷酸环化酶相关蛋白2            N90755    NM_006366    -1.55    0.08
leupaxin                         AF062075  NM_04811     -1.53    0.3
信号转导物和转录激活物6(STAT6)   AF067575               -1.51    0.45
LYL-1                            M22637                 -1.51    0.14
selectin P                       M25322    NM_003005    -1.47    0.37
蛋白激酶，不依赖cAMP，催化的，β   M34181    NM_002731    -1.43    0.49
TRAM样蛋白                       D31762    NM_12288     -1.42    0.43
鸟苷酸结合蛋白2，干扰素可诱导的  M55543    NM_04120     -1.41    0.51
基因                             保藏号           1信号对数比 2s.d.
细胞间粘附分子2                  X15606    NM_000873    -1.38    0.13
蛋白多糖1，分泌性颗粒            X17042    NM_02727     -1.35    0.47
原肌球蛋白1(α)                  Z24727    NM_000366    -1.32    0.1
成纤维细胞活化蛋白，α亚基       U09278    NM_004460    -1.25    0.12
假想蛋白DKFZp564D0462                     AL033377            -1.25   0.23
有丝分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶3   U09578   NM_04635   -1.2    0.35
β淀粉样蛋白(A4)前体蛋白结合的            U62325              -1.2    0.18
AXL受体酪氨酸激酶                         M76125   NM_001699  -1.19   0.3
整联蛋白α5                               X06256   NM_002205  -1.18   0.02
月元病毒蛋白(PrP)                         U29185              -1.18   0.07
TRAF家族成员相关的NFKB激活物(TRAF family  U59863   NM_04180   -1.17   0.13
member-associated NFKB activator)
膜联蛋白VI                                Y00097   NM_01155   -1.16   0.12
钴胺传递蛋白II                            L02648   NM_00355   -1.16   0.12
含寿司重复(sushi-repeat)的蛋白，X染色体   U61374   NM_006307  -1.13   0.09
骨形态发生蛋白6                           M60315   NM_01718   -1.13   0.39
假想蛋白，来自克隆23549和23762            U90908   NM_021226  -1.1    0.6
视网膜cDNA随机引物亚文库，EST             W28438              -1.09   0.36
TU3A蛋白                                  AF035283            -1.06   0.29
角蛋白7                                   AJ238246 NM_005556  -1.05   0.53
潜在的转化型生长因子结合蛋白2             Z37976   NM_00428   -1.04   0.13
N-钙粘着蛋白                              M34064   NM_001792  -1.02   0.12
cDNA DKFZp564J0323(来自克隆DKFZp564J0323)    AL049957    -1.01       0.22
1所述改变表达为log2的比值。
2表达水平改变的标准偏差。
还研究了重组Prox-1在BEC中(通常是缺失的)表达的能力，所述表达可修饰这些细胞对淋巴管内皮细胞的基因型的转录过程。通过寡核苷酸微阵列分析可确定，对照AdLacZ，不显著改变BEC或LEC特异的转录。反之，AdProx-1增强许多LEC特异的mRNA的表达，例如VEGFR-3，p57Kip2，粒桥蛋白I/II和α-肌动蛋白相关的LIM蛋白(见表8)。令人吃惊的是，Prox-1还抑制在BEC中特定表达的基因的表达的大约40％，所述基因例如转录因子STAT6，theUFO/axl受体酪氨酸激酶，neuropilin-1(NRP-1)，单核细胞化学吸引剂蛋白-1(MCP-1)和整联蛋白α5(见表7和表8)。这些基因表达的结果与淋巴管的体内研究一致。例如，在淋巴内皮中发现了VEGFR-3和粒桥蛋白I/II(Ebata等，Microvasc.Res.61：40-48.2001；Kaipainen等，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.92：3566-70.1995)，并且发现在BEC中由Prox-1表达的VEGF辅受体(co-receptor)NRP-1，在小鼠皮肤中的血管表达，而不在其淋巴管中表达。
表8
Prox-1调控的LEC和BEC特异性基因的实例
    LEC-特异性，上调 BEC-特异性，下调
粘附分子细胞骨架蛋白ECM蛋白 粒桥蛋白I和IIα-肌动蛋白-2相关的LIM蛋白 整联蛋白α5ICAM-2CD44Nr-CAMP-selectinleupaxin多能聚糖蛋白多糖1
 ECM蛋白 多能聚糖蛋白多糖1
 LEC-特异性，上调的 BEC-特异性，下调的
ECM调节受体酪氨酸激酶转录因子细胞因子，趋化因子和受体细胞周期控制其它 VEGFR-3CREMear-3p57Kip2细胞周期蛋白E2胆固醇25羟化酶血栓烷A2受体 MMP-14uPAPAI-IUFO/axlSTAT6TFECIL-6MCP-1Neuropilin-1内皮细胞蛋白C受体
总数 28个基因(LEC-特异性基因的19％) 63个基因(BEC-特异性基因的38％)
粗体所示的基因通过Northern印迹或RT-PCR确定。
为确定基因表达中的Prox-1诱导的改变是否细胞类型特异的，分析了其他内皮细胞类型(即冠状动脉内皮细胞(CAECs)和隐静脉奶皮细胞(SAVECs))和非内皮细胞类型(即羊膜内皮细胞(AEC))中，AdProx-1 or AdLacZ感染后基因表达的改变。在所有这些细胞类型中，AdProx-1强烈地上调细胞周期蛋白E1和E2，组蛋白H2B，和PCNA。然而，AdProx-1只在CAECs和SAVECs中诱导VEGFR-3的表达，而不在AECs中诱导该基因的表达。
这些结果和Prox-1胚胎中缺乏淋巴管分化一致。有趣的是，Prox-1在原代内皮细胞中的表达导致VEGFR-3受体酪氨酸激酶的上调，该激酶在孕中期后对淋巴内皮特异，并且对正确的淋巴管生长和功能是必要的(Karkkainen和Petrova，原癌基因19：5598-5605.2000)。例如，人和小鼠中VEGFR-3的活化突变导致淋巴管发育不全和淋巴水肿(Jeltsch等，Science 276：1423-1425.1997；Karkkainen等，Nat.Genet.，25：153-159.2000；Karkkainen等，Trends Mol.Med.7：18-22.2001)。上述结果表明Prox-1对VEGF-3的表达的上调是淋巴管内皮细胞身份的确定中的重要途径之一，还表明成人血管内皮细胞中不同细胞的基因型是可塑的，并且对转录重编(transcriptionalreprogramming)敏感，这对于本发明影响内皮细胞的治疗方法是有用的。
实施例5
使用ADPROX-1转染的细胞进行离体细胞刺激和淋巴水肿的基因治疗
Prox-1调节特异性参与LEC发育的基因的能力为治疗显示LEC疾病的个体或由LEC基因表达水平增加或降低造成的病情提供了方法。Prox-1上调可用于促进LEC发育，治疗以例如淋巴管发育较宽为特征的淋巴管系统发育不良为特征的LEC疾病，例如淋巴水肿。本领域已知，细胞的离体转染和随后将这些细胞转移到病人体内是有效的上调转移的特定基因的体内水平的方法，并可缓解由于这些基因的表达较低导致的疾病。(Gelse等，Arthritis Rheum.48：430-41.2003；Huard等，基因Ther.9：1617-26.2002；Kim等，Mol.Ther.6：591-600 2002)。
为产生治疗LEC发育疾病的疗法，将内皮细胞，例如CAEC，SVEC，LEC或BEC从患有LEC疾病(例如淋巴水肿)的个体中分离出来，并随后将这些细胞置于适当的培养基中(见上文)以促进细胞的生长和存活力。随后如所述使用上述的AdProx-1载体感染这些细胞，来启动非LEC在体外的LEC分化，以及促进培养基中LEC的生长。这些转染后的细胞随后以有效促进LEC在体内的扩增的数量被转入患病的病人。在优选的实施方案中，受操作的细胞是自体细胞。这些细胞通过一种或多种通常包括注射的给药途径来递送。这些细胞被地送到LEC疾病或病症例如淋巴水肿的局部位点或者被系统地递送。
将Prox-1感染的细胞引入患有淋巴水肿的病人提供了补充性的LEC，所述LEC可以并入淋巴系统网络中来促进淋巴管发育和完成淋巴清除来缓解淋巴水肿的症状。还涉及一种方法，包括将AdProx-1转染到内皮细胞内，并给药转染的细胞，这种方法对于治疗任何以LEC数目或活性为特征的疾病是有效的，所述疾病例如淋巴水肿，淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤，淋巴管肌瘤病，淋巴管扩张，淋巴肉瘤，和淋巴管硬化。此外，这种方法还可用来缓解与这种疾病相关的症状(例如，淋巴水肿中由淋巴导致的肿胀)。
实施例6
LEC-特异性基因的表征
使用LEC和BEC基因之间的扣除文库(subtraction library)进一步分析LEC-特异性基因。为构建所述文库，如上述分离总RNA，并且使用SMARTPCR cDNA合成试剂盒(BD Biosciences Clontech)预扩增5μg of总RNA。使用RsaI消化后，PCR-选择的cDNA subtraction以两个方向进行，导致差异表达的序列的选择性扩增，并且制备了subtracted LEC和BEC cDNA文库(BD Biosciences Clontech)。使用1(tester)：30(driver)的比例以两个方向进行扣除杂交，并使用PCR扩增扣除后的cDNA库。50ng纯化的PCR扩增产物被克隆入pAtlas载体(基于PUC的载体)用来构建扣除文库，尽管本领域已知一些其他载体也可用来构建。
扣除的LEC特异性文库的示差筛选如PCR-Select DifferentialScreening Kit User Manual(BD Biosciences Clontech)所述进行。LEC-特异性扣除文库经平板培养，并挑出单个的细菌克隆使其生长。DNA提取后，用PCR扩增插入物并进行测序。等分量的PCR扩增插入物也在尼龙膜上进行排列并用来和32P标记的cDNA探针杂交。扣除的LEC特异性(tester)和扣除的BEC特异性(driver)cDNA探针的杂交结果用于差异表达分析。
BLAST (The Basic Local Alignment Search Tool)用来比较核苷酸，蛋白和EST序列数据库的序列。对于未知的序列，搜索EST重叠群，并使用ORF finder预测开放阅读框架。蛋白结构域构型用Pfam(Protein families database of alignments和HMMs)和Smart(SimpleModular Architecture Research Tool)分析。
在LEC和BEC中差异表达的克隆的核苷酸序列如上述方式分析。首次筛选中多种EST或未知的基因片段被进一步研究来确定其与已知基因序列的相似性，来确定任何开放阅读框架以及功能性结构域的类似性。这些结果见表9。
表9
  克隆命名和(SEQ ID NO)     EST 人基因组保藏号# KIAA名称#和(SEQ ID NO) 预期的基因功能
  LE000100001_A06(SEQ ID NO：61)LE0000100050_A01(SEQ ID NO：59)LE0000100055_H05LE000100017_C02(SEQ ID NO：55)LE0000100049_E10LE0000100054_F09LE0000100056_F07SEQ ID NOs：LE0000100053_A06SEQ ID NO：56LE0000100055_G10LE0000100046_C12SEQ ID NOs：57-58  AB014526AB014544AI333655AI681538氨基酸447940XM_046677XM_047672AI761647D14657  NM_021647NM_014817XM_059074NM_016647XM_084655D31887XM_047672NM_015147NM_014736  KIAA0626SEQ ID NO：14KIAA0644SEQ ID NO：15无KIAA，称为hLyrpSEQ ID NO：16SEQ ID NO：17SEQ ID NO：45KIAA0062SEQ ID NO：47KIAA1673SEQ ID NO：26KIAA0582SEQ ID NO：49KIAA0101SEQ ID NO：51 Ig结构域基序，很可能的细胞粘附功能富含亮氨酸的基序，细胞粘附活性富含亮氨酸的重复序列，细胞粘附蛋白与间克质干细胞蛋白类似与layilin类似，很可能的细胞粘附功能锌转运物基序，金属离子转运RNA-结合区，与RNA结合蛋白类似
发现多种LEC-特异性基因与KIAA基因序列相对应，KIAA是大的核苷酸EST克隆，编码未知的人蛋白。(Kazusa DNA ResearchInstitute，1532-3，Yana Kisarazu，Chiba，292-0812，Japan)。这些LEC特异性基因在多种可得的数据库中进一步分析，以确定物种同源物的存在和这些同源物的相似性百分比，以及揭示显示与保守的蛋白结构域的相似性的氨基酸序列。
LEC克隆序列的分析使用National Institutes of Health提供的U.S.National Center for Biotechnology Information保存的Homolo基因数据库，来确定物种同源物和直向同源物以及其与新分离的人LEC特异性基因的相似性百分比。这些序列的分析使用的的资源是curated和计算后的基因同源物，如由Uni基因代表或基因组序列的注释表示，通常比较EST和来自UniGene的mRNA序列，以及从注释的基因组序列中提取的转录物。(Zhang，等，J.Comp.Biol.7：203-14.2000)。一种有机体中的核苷酸序列与另一种有机体中的核苷酸序列的最佳匹配基于这两个序列之间相似性的程度，其最小比对为100个碱基对。这两个序列之间的相似性通过比对值确定。序列对的比对是被比对的两个序列的部分的相似性得分的总和。
HomoloGene分析表明相应于KIAA0626，KIAA0644，和KIAA0062的人LEC基因，与EST和以下未知的基因序列同源：小鼠(所有)，大鼠(KIAA0062，KIAA0644)，牛(KIAA0062)，猪(KIAA0626，KIAA0644)和非洲爪蟾属(KIAA0644)。所述克隆显示与被鉴定为Homolo基因的同源物的基因大约80％(±3％)的相似性，KIAA0644显示与猪EST序列BE233028.1高达86％的同源性，以及与X.laevis基因较低的72％的相似性。
使用Pfam比较分析LEC基因发现，相应于KIAA0626(SEQ IDNO：14)，KIAA0644(SEQ ID NO：15)，hLyrp(SEQ ID NO：16)，XM_084655(SEQ ID NO：45)和KIAA0062(SEQ ID NO：47)的核苷酸序列显示以编码的跨膜结构域为特征的核苷酸序列，说明相应的多肽(其氨基酸序列分别为SEQ ID NO：31，32，33，46和48)在细胞的表面表达。KIAA1673，KIAA0582和KIAA0101不显示明显的跨膜区并且据预期是胞质的或核蛋白。Northern印迹测定的组织表达显示，KIAA0101在肾，胸腺，结肠和小肠中表达，而KIAA0582在心脏，骨骼肌，和卵巢中强烈表达，在肾和胎盘中表达较低，而在脑，肺，胸腺，小肠和前列腺中表达更低。
KIAA0626转录子的Northern印迹分析表明，KIAA0626在LEC中特异性表达，并且见于心，骨骼肌和肾。原位分析表明KIAA0626在11天的小鼠胚胎(E11)中的肌节间组织和血管周围的周细胞中，以及卵黄囊血管，内皮细胞以及周围的周细胞中表达。KIAA0626(SEQID NO：14)的多核苷酸序列编码409个氨基酸(409氨基酸)的蛋白(SEQ ID NO：31)，所述蛋白具有一个信号序列(氨基酸1-29)，一个Ig超家族结构域(大约氨基酸61-127)，一个短跨膜区(大约氨基酸153-175)，和一个从大约氨基酸176-409的长234个氨基酸的胞质区。预计Ig结构域可支持所述蛋白与其配体的结合，而长胞质结构域表明KIAA0626可能参与LEC的细胞内信号。
通过Northern印迹分析测定，KIAA0644(SEQ ID NO：15)主要在心和脑组织中。E10小鼠胚胎的原位分析表明KIAA0644在整个胚胎中表达。KIAA0644多核苷酸编码811个氨基酸的多肽(SEQ ID NO：32)，显示共有13个富含亮氨酸的区。富含亮氨酸的区包含一个短的序列基序，约20-28个氨基酸，该区在蛋白中起细胞粘附和受体分子的作用。富含亮氨酸的区，下文称为LRRNT和LRRCT，通常侧接富含半胱氨酸的区。所述KIAA0644蛋白含有一个富含亮氨酸的N末端区(LRRNT：氨基酸26-54)，11个内部富含亮氨酸的区(LRR1：氨基酸84-107，LRR2：氨基酸108-131，LRR3：氨基酸132-155，LRR4：氨基酸156-179，LRR5：氨基酸180-203，LRR6：氨基酸204-223，LRR7：氨基酸230-253，LRR8：氨基酸254-277，LRR9：氨基酸278-301，LRR10：氨基酸302-325，和LRR11：氨基酸326-349)以及一个C末端富含亮氨酸的区(LRRCT)，从大约氨基酸359-404。该KIAA0644跨膜区跨大约亮氨酸696-718，其胞质内区大约95个氨基酸，从氨基酸719-811。KIAA0644基因的富含亮氨酸的区使得该基因参与以细胞粘附或配体结合为特征的蛋白-蛋白相互作用。
hLyrp(SEQ ID NO：16)mRNA可在骨骼肌中检测到，并且与E11和小鼠胚胎卵黄囊中的Prox-1染色相比，其可通过与淋巴管原位杂交定位。与KIAA0644相似，hLyrp蛋白(SEQ ID NO：33)含有一系列富含亮氨酸的区，从富含亮氨酸的N末端区(LRRNT：氨基酸27-55)延伸经过5个内部的富含亮氨酸的区(LRR1：氨基酸57-80，LRR2：氨基酸81-104，LRR3：氨基酸105-128，LRR4：氨基酸129-153，LRR5：氨基酸154-176)，以C末端的富含亮氨酸的区(LRRCT)为终点，从大约氨基酸186-240。hLyrp多肽还含有一个跨膜区，从氨基酸249-272，其具有短的22个氨基酸的胞质区。多个连续的富含亮氨酸的区存在于hLyrp多肽中表明，该多肽的作用是细胞粘附分子和/或细胞表面受体。
使用在LEC中特异性表达的全长mRNA序列分离表3所示的多个附加序列。这些序列的结构域预测表明，KIAA0711(SEQ ID NO：81和82)含有一个BPB/POZ结构域，所述结构域长达约氨基酸171-269，该结构域预期在蛋白-蛋白相互作用中起作用。POZ区出现在转录辅助因子例如锌指蛋白中，所述转录因子介导转录抑制并且与组蛋白脱乙酰基酶复合物的组分相互作用。KIAA0711还具有三个Kelch同上，跨氨基酸386-437，439-480，和484-525，并且Kelch基序与β折叠结构的形成有关。此外，KIAA0711 mRNA在多种组织中表达。KIAA0711 mRNA从最高表达水平到最低表达水平见于脑和肾，肝，脾；肺，卵巢，胰腺和心；平滑肌和睾丸。由于这种表达模式从一次RT-PCR ELISA中获得，所述表达模式在循环RT-PCR中可能有变化。相应地，所述表达模式适合筛选以定性的量在组织中特异性表达的基因。如果需要更精确的定量表达模式，应采用在统计学上更加可信的方法(例如，多重RT-PCR ELISA测定，DNA芯片分析，RNA印迹分析，等等)。
对应于cDNA DKFZp5640222(SEQ ID NO：93)的结构域图谱表明，存在N末端信号肽(氨基酸1-23)，两个内部同上结构域和一个可在蛋白例如myocilin，pancortin，和latrophilin中检测到的olfactomedin区(氨基酸361-616)。Myocilin中的OLF区与青光眼相关。
KIAA1233(SEQ ID NO：111)的结构域图谱表明KIAA序列含有六个血小板反应蛋白I型同上，该序列见于细胞外基质蛋白并通常参与细胞-细胞相互作用，并更特异性参与补体途径，抑制血管生成，以及参与凋亡。KIAA1233 mRNA从最高表达水平到最低表达水平，其见于脊髓；心，大脑，肺，肾，胰腺，各种脑组织(杏仁核，胼胝体，尾状核，海马，黑质，丘脑和下丘脑核团)和胎肝；胎脑；脾；和睾丸。
KIAA0846(SEQ ID NO：188)蛋白含有鸟苷酸交换因子中的基序，并因此可能使细胞内蛋白，可能是信号蛋白。KIAA0846还显示两个EF手基序(EF-h和基序s)，见于信号蛋白(例如钙调蛋白，S100B)(所述蛋白经过依赖钙的构像改变)和缓冲/转运蛋白。KIAA0846 mRNA从最高的表达水平到最低的表达水平见于肾；心，脑和肺；肝，脾和卵巢；胰腺，平滑肌和睾丸。
蛋白FLJ13110(SEQ ID NO：207和208)包含TB2/DP1，HVA22超家族蛋白结构域和两个短的跨膜区(SEQ ID NO：207的氨基酸4-22和43-65)。HVA22家族包括来自多种真核细胞的成员，包括TB2/DP1(在严重的家族性腺瘤样息肉病中缺失)蛋白，其在严重的家族性腺瘤样息肉病，常染色体显性的肿瘤性遗传疾病中缺失。
LEC-特异性基因筛选还鉴定了蛋白KIAA0937(SEQ ID NO：211和212)。KIAA0937含有WWE结构域(从SEQ ID NO：211的大约氨基酸30-112，和113-189)，该结构域是根据其三个保守的残基命名的，并被预期介导泛素质和ADP核糖偶联系统中的特异性的蛋白-蛋白相互作用。KIAA0937预期含有锌指结构域(SEQ ID NO：211的氨基酸443-501)，并预期其是细胞内转录因子。KIAA0937 mRNA从最高的表达水平到最低的表达水平见于，脊髓；下丘脑核团和大脑脑干；广泛意义上的脑(包括杏仁核，胼胝体和胎脑)和卵巢；胎肝；心，肺，肾，脾和脑的部分(尾状核和海马)；睾丸和胰腺；以及平滑肌。
KIAA0952(SEQ ID NO：241和242)含有Broad-Complex，Tramtrack和Bric-a-brac结构域，也称为POZ(痘苗病毒和锌指)结构域。这些结构域已知是多种C2H2型转录因子的N末端以及Shaw类型钾通道的蛋白-蛋白相互作用结构域。这些结构域已知的结构显示紧密地互相缠绕的二体，该二体是通过N末端多肽链和螺旋结构之间的相互作用形成的。
命名为KIAA0429(SEQ ID NO：391和392)的蛋白与转移抑制蛋白相似，并含有大约从氨基酸467-484的肌动蛋白-结合WH2区，和从氨基酸348-466的富含脯氨酸的区。
蛋白FLJ23403(氨基酸序列，SEQ ID NO：859；多核苷酸序列，SEQ ID NO：860)显示于未知的小鼠蛋白(GenBank Acc.No.XM 129000)大约85％的同源性，并含有一系列四个跨膜区，即氨基酸44-66，86-108，115-137和452-474。
其它LEC-特异性，上调的基因包括以前未鉴定的蛋白KIAA0186(SEQ ID NO：221和222)，KIAA0513(SEQ ID NO：235和236)和命名为FLJ13910(SEQ ID NO：293和294)的蛋白。
淋巴管内皮细胞特异性分子的操作预期可用于治疗LEC疾病的与组织水肿相关的病症。为不受理论限制，这种分子的操作预期可调节内皮细胞-细胞或细胞-基质蛋白的相互作用，或者通过改变通过淋巴关闭的液体运输的状态类影响跨内皮细胞运输。此外，这种分子还提供了递送治疗性化合物例如生长因子，有丝分裂原等等诸如此类的靶点，以及递送本领域已知的细胞抑制剂或细胞毒剂的靶点。这些治疗性化合物通过将治疗剂与例如LEC表面标志物的结合配偶体(例如抗体)相连靶向这种细胞。本文鉴定的跨膜蛋白，具体为富含亮基酸蛋白，还提供了调节细胞粘附事件整体到淋巴清除的靶点。
实施例7
检测LEC和淋巴相关病症的微阵列分析
本发明鉴定的LEC-特异性基因可用于体内检测LEC和样品中检测淋巴管系统的范围。该LEC-特异性基因也预期可用于诊断淋巴水肿和其它LEC相关的病症。
本发明的另一方面是一种组合物，包含多个多核苷酸探针，用于检测以特定细胞类型为特征的基因表达模式和用于检测特定细胞类型例如淋巴管内皮细胞的基因表达模式的改变。本文术语“多核苷酸探针”指SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的核酸序列或其片段，或者编码SEQ ID NO：31-44，46，48，和50之一的氨基酸序列的核酸序列或其片段。优选，所述片段的长度为至少10个核苷酸；更优选，该片段长度至少为20个核苷酸。这样一种组合物可用于诊断和治疗任何一种病情或疾病，所述疾病涉及或可疑淋巴管内皮细胞功能不良或无功能。在一个实施方案中，本发明提供了一种包含多个多核苷酸探针的组合物，其中至少一部分多核苷酸探针各包含一段独特的序列，所述序列选自SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一。优选，所述组合物包含至少3个多核苷酸子集，每种多核苷酸都具有不同的序列，所述序列选自SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一。优选的组合物还有包含至少5，至少7，至少9，至少15，至少20，或至少25个不同的多核苷酸的组合物，所述多核苷酸具有SEQID NO：1-30，45，47，49和51之一的序列。
所述组合物尤其可用作微阵列中的一套可杂交的阵列元件，用来监控多个靶多核苷酸的表达。所述微阵列包括底物和可杂交的阵列元件。所述微阵列可用于，例如由于异常淋巴管内皮细胞活性造成的疾病的诊断和预后，所述疾病例如淋巴水肿，淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤，淋巴管肌瘤病，淋巴管扩张，淋巴肉瘤，和淋巴管硬化。组合物还可用于鉴定一种以上细胞类型并用于一种以上的疾病，病症或病情的诊断和预后。此外，可从产生信号的那些探针和不产生信号的那些探针获得有用的信息。
包含SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的多核苷酸可用于诊断SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51编码的基因之一的异常表达相关的病情或疾病。例如，包含SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的序列的多核苷酸可用于杂交或体液或组织(例如从活检中获得)的PCR分析，来检测患有淋巴水肿或另一种淋巴相关的疾病的病人的异常基因表达。此外，包含编码SEQ ID NO：31-44，46，48 or 50之一的氨基酸序列的序列的多核苷酸可用于诊断和具有那些氨基酸序列之一的多台的异常表达相关的病情或疾病。包含至少10个核苷酸的片段可用于这些诊断方法中。
表达模式可以使用本发明包含SEQ ID NO：1-30，45，47，49和51之一的组合物产生。由所述微阵列产生的表达模式可用来检测疾病涉及的基因的表达的改变
实施例8
BEC和LEC中的转录因子
在LEC中差异表达的转录因子包括锌指因子c-maf和MADS家族转录因子MEF2C(图1)。MEF2C的靶向诱变导致胚胎在E9.5-10死亡，这是由于初始脉管系统重构缺陷和心内膜异常(Bi，等，Dev.Biol.211：255-267.1999)。据报道MEF2C可结合转录因子Sox18并加强其在内皮细胞中的活性(Hosking，等，Biochem.Biophys.Res.Commun.287：493-500.2001)。在Sox18中具有破坏MEF2C复合物的纯合子突变的幼鼠在一些遗传背景下出现乳糜性腹水(Pennisi，D.，等，Nat.基因t.24：434-437.2000)，表明这两种蛋白可能都参与淋巴管形成的调节。与这一假设一致，MEF2C-/-胚胎的PCR-RT分析显示VEGFR-3的表达降低(Bi，等，Dev.Biol.见上文)。
STAT6转录因子由IL-4激活，并且在BEC中特异性表达。与这一观察一致，本文的结果显示IL-4受体优选在BEC中表达，一些IL-4靶趋化因子和受体例如MCP-1和CXCR4也如此。VEGF刺激和活化VEGFR-2也已知导致STAT6在内皮细胞中磷酸化和活化(Bartoli，等，J.Biol.Chem.275：33189-33192.2000)。因此STAT6在LEC中缺乏表明VEGFR-2的下游信号途径在BEC和LEC中不同。其他转录因子的表达模式见表5。
实施例9
SOX18和遗传性淋巴水肿
转录因子MEF2C的表达在LEC中上调。Sox18(SEQ ID NO：53，以及编码SOX18的SEQ ID NO：54)，据报道与小鼠中的MEF2C反应，并且也显示在淋巴管内皮细胞发育中可能起作用。为了研究Sox18在淋巴水肿中的作用，研究了人Sox18突变体和人遗传性淋巴水肿之间的相互关系。
SOX蛋白，SRY转录因子家族的类似物，是遍在的转录因子，它含有推定的高活动性基团(high-motility group)(HMG)DNA结合区。(Wegner，M.，Nucl.Acids Res.27：1409-20.1999)。SOX蛋白在七聚的SOX共有结合序列[5′-(A/T)(A/T)C氨基酸(A/T)G-3′](Pennisi等，Mol.Cell Bio.20：9331-36.2000)结合其靶DNA，并且在双螺旋的小沟而非大沟处结合DNA，这导致该把基因的转录调节。SOX蛋白还可能参与将其它DNA结合蛋白募集到DNA蛋白复合物，从而支持转录调节(Wegner，见上文)。SOX18和SOX7以及SOX17具有同源性，它们都是F组Sox基因。
SOX18参与血管发育并且局限于发育的心血管系统和生血活性位点。在Sox18中具有Ragged(Ra)突变的小鼠纯合子出现乳糜性腹水和水肿(Pennisi等，Nat.基因t.24：434-37.2000)，这和淋巴水肿的Chy小鼠模型相似(Lyon等，Mouse News Lett.71：26.1984)。Ra小鼠中的突变被确定为移码突变，导致反式激活区的截短(Pennisi等，Nat.基因t.24：434-37.2000)。Sox18无效小鼠却显示毛囊发育中的仅一个微小的基因型变化，并且没有显示人和水肿或无规律的血管发育的迹象(Downes和Koopman，Trends Cardio.Med.11：318-24.2001)。该基因型可能由于F组Sox成员即SOX7和SOX17过多造成。这些蛋白可以在缺乏SOX18时替代其功能，但不能克服Sox18显性的阴性突变体例如Ra突变。因此，敲除整个F组家族可能产生与Ragged小鼠类似的淋巴水肿基因型。
小鼠和人SOX18是同源的蛋白，包含一个大约80个氨基酸的DNA结合HMG-盒子(97％的同源性)，一个在小鼠中大约为93个氨基酸的反式激活区(90％的同源性)，以及一个C末端区(92％的同源性)(Downes和Koopman，见上文)。人SOX18 HMG-盒子可定位于核苷酸395-598，对应氨基酸84-151。小鼠HMG盒子由核苷酸320-532编码，对应氨基酸78-148。目前还没有关于人反式激活区的描述，但本领域熟练技术人员可轻易使用在小鼠SOX18的氨基酸252-346发现的同源小鼠序列(Hosking等，基因262：239-47.2001)获得人反式激活区。尽管人SOX18蛋白显示于小鼠SOX18在初级结构水平上相似，人Sox18突变体与疾病或病情例如遗传性淋巴水肿没有已知的联系。
人Sox18被定位于染色体20q.13.3(Stanojcic等，Biochem.Biophys.Acta.1492：237-41.2000)。阐明与遗传性淋巴水肿相关的在该染色体上或其附近的位点上的可遗传的突变可用于确定该疾病的遗传基础，筛选具有出现遗传性或其他形式的淋巴水肿的倾向性的病人，以及作为克服遗传突变的靶向治疗方案的基础。
为了确定Sox18和淋巴水肿之间的关系，鉴定患有遗传性淋巴水肿的家族来进行连锁和位置候选基因分析(linkage and positionalcandidate gene analyses)。家族成员如果显示一条或两条腿的不对称的或明显的肿胀，或者被诊断为淋巴水肿，或者有个人或家族的四肢肿胀或不对称的报道，则该家族的成员被认为受到遗传性淋巴水肿的影响。
从这样的家族中获得生物样品，来进行遗传分析。使用Miller等的方法(Nucleic Acids Res.16：1215.1998)，从EDTA抗凝的全血中分离DNA，并使用Puregene DNA分离试剂盒(Gentra Systems，Minneapolis，MN)从cytobrush样品中分离DNA。用于基因组筛选的标记物的分析通过本领域已知的方法进行。见Browman等，Am.J.Hum.Genetic.，63：861-869(1998)；也见the NHLBI MammalianGenotyping Service。
为了探索Sox18在淋巴水肿中可能的角色，通过直接测定Sox18基因的部分的序列来筛选淋巴水肿家族的先证者中的变异。所述测序法使用根据Sox18 cDNA序列(SEQ ID NO：53)产生的扩增引物，以及相关的Sox基因的基因组结构的信息(内含子-外显子数据，鉴定的结构域基序)。可变位置(单核苷酸多形性)和独特序列引物用于扩增侧接每个位于用于分析的结构域中的可变位点的序列。
正常和受淋巴水肿影响的个体的Sox18的基因组DNA被测序，并且通过未受影响的个体对比，得到了在淋巴水肿病人的Sox18基因中检测到的突变的图谱。通常在淋巴水肿的病人中检测到的突变，例如保守的或非保守的核苷酸改变，缺失，或插入，表明特定核苷酸中的突变导致出现淋巴水肿的倾向性。受影响的个体的基因组DNA的分析将Sox18中的基因组序列中的突变和淋巴水肿联系起来。
为证实Sox18突变和淋巴水肿的出现之间的相互关系，进行了遗传关系的研究，如美国专利申请US2003026759和PCT/US99/06133(每篇参考文件都包含在文中作为参考)中描述的鉴定遗传多态性的方法。
两点连锁(Two-point linkage)分析使用常染色体显性模型进行，所述模型预期在杂合状态中为80％的外显率，在纯合状态下为99％的外显率，和1％的拟表型率。该疾病等位基因的频率被定为1/10,000，微卫星标记等位基因的频率是通过计数建立者等位基因(founder alleles)来计算的，还加入了非传送的等位基因的计数。多点分析是通过使用University of Southampton School of Medicine提供的distances from the Location Database进行的。多点和两点分析可通过使用VITESSE(vl.1)程序易化(O′Connell，和Weeks，Nature基因t.，11：402-408.1995)。
用于基因组扫描的标记物的分析可通过本领域已知的方法进行。(见Browman等，Am.J.Hum.基因tic.，63：861-869(1998)；也见the NHLBI Mammalian Genotyping Service和the Center for Moleculargenetics提供的数据库(Marshfield，WI))。本领域熟练技术人员可轻易选出染色体20(尤其是20q13.3)中鉴定的遗传连锁标志物，Sox18就位于其中(Stanojcic等，见上文)。
连锁模拟可使用SLINK(Weeks等，Am.J.Hum.基因t.47：A204.1990)进行，并且可使用MSIM(Ott，J.，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，86：4175-4178.1989)分析连锁，来估计两点连锁分析在被评估的家族中的潜力。使用可得的个体模型，标志物基因型被模拟成连锁的(linked)(θ＝0)和非连锁的(unlinked)(θ＝0.5)模型。进行模拟使得检测连锁的力量大于Z(θ)2.0的LOD分数阈值的90％，并且假阳性率低于5％。
与遗传性淋巴水肿相关的突变被预期位于SOX18蛋白的功能结构域内。例如，HMG-盒子结构域或者反式激活结构域。示例性的结构域包括导致非保守型替代的错义突变，导致Sox18编码区移码的核苷酸缺失或插入，框架内缺失或插入例如影响功能结构域的那些，或者影响Sox18表达水平的控制序列的改变。
一旦鉴定了Sox18淋巴水肿相关的突变，含有分离的突变的Sox18等位基因的Sox18突变子表达载体就在例如，293T或内皮细胞中表达。Sox18突变体DNA也可以被整合入用于哺乳动物二杂合子系统中的质粒中(例如pGAL4)，来测定SOX18与其结合配偶体例如MEF2C(Hosking等，Biochem.Biophys.Res.Comm.287：493-500.2001)的相互作用，或者用来筛选SOX18结合配偶体。例如，pGAL4Sox18载体将Sox18基因连接到酵母Gal4 DNA结合结构域，并且转录激活子被连接到分离的载体中的SOX18结合配偶体。将这些载体共引入宿主细胞中将导致由SOX18与该结合配偶体或候选的结合配偶体的相互作用造成的可监测的报道基因的表达。pCMV-BD和pCMV-AD载体分别含有GAL4 DNA结合结构域和NF-κB转录结构域，可用于该方法中(BD Biosciences Clontech)来构建和表达基因融合物，并且使用萤光素酶报道系统检测SOX18的结合活性。
在这样一个双因子杂合子分析(dihybrid assay)中，含有通过反式激活区影响SOX18结合的突变的Sox18淋巴水肿-相关的突变体将降低萤光素酶报道活性的量，表明Sox18淋巴水肿相关的突变将通过其通过反式激活区结合其结合配偶体的能力的缺陷导致淋巴水肿。
还通过一些技术评估了Sox18等位基因中HMG-box DNA结合区中的突变。在单杂合子实验中评估DNA结合，在该实验中DNA序列与SOX18连接，例如5′-(A/T)(A/T)C氨基酸(A/T)G-3′及其变换，被置于与双杂合子是严重的靶质粒相似的启动子/报道基因构建体之前(即上游或5’端)。报道基因试验随后检测了SOX18蛋白及其推定DNA结合序列之间的结合。DNA结合也使用凝胶？实验(gelshift assay)进行，即将纯化的SOX18蛋白和含有SOX18 DNA结合序列的32P末端标记的DNA片段一同温育。反应产物随后在非变性的聚丙烯酰胺凝胶上进行分析，来测定DNA结合的或游离的SOX18的移动性。SOX18多肽对推定的结合位点的特异性是通过使用含有SOX18的结合位点的DNA片段或者寡肽，或者其他无关的DNA序列进行竞争试验确定的。
此外，应用了用于检测DNA/蛋白结合的基于荧光的试验。SOX18 DNA结合是通过检测与DNA或蛋白结合的单个荧光团的荧光测定的。在这些试验中，蛋白结合是通过DNA-蛋白复合体形成时荧光强度或极性的改变测定的。可选地，两种各含有半个该蛋白结合位点地DNA片段产生了。这两个双链DNA片段具有包含部分蛋白结合位点的互补的单链突出端。一个DNA片段用荧光供体标记，而另一个用受体标记，其荧光只能在荧光共振能量转移(fluorescenceresonance energy transfer)(FRET)是检测到。发生蛋白结合时，两个DNA片段的突出端退火并使得荧光供体和受体接近，导致荧光能量的转移，从而使得受体的荧光可被检测。见Heyduk，等，Nat.Biotechnol.20：171-6.2002。
人Sox18基因组合出现淋巴水肿的危险性的关系提供了另一种诊断和/或治疗受到遗传性淋巴水肿影响的个体的方法。阐明与淋巴水肿相关的Sox18突变使得可以确定SOX18蛋白的活性被突变干扰，即DNA结合或蛋白结合，并提供了治疗患有淋巴水肿的病人的指导。
此外，还涉及使用淋巴管生长因子例如VEGF-C和/或VEGF-D治疗患有Sox18-诱导的淋巴水肿的病人，来治疗受损害的淋巴管发育。例如，使用VEGF-C和/或VEGF-D治疗VEGFR-3缺陷的动物克服了VEGFR-3不能起信号作用的缺陷，从而促进了淋巴管生成并缓解了淋巴水肿的症状。Sox18-诱导的淋巴水肿病人用治疗有效量的VEGF-C和/或VEGF-D治疗。在另一个实施方案中，将VEGF-C和/或VEGF-D和其他设计为缓解淋巴水肿症状的治疗联合治疗给药上述病人。
实施例10
VEGF-C和VEGF-D敲除小鼠显示的异常血管发育可以通过给药外源性VEGF-C和/或VEGF-D多肽克服。为确定Sox18转录调节是否能够由于其与VEGFR-3启动子的可能的相互作用，以及对VEGFR-3的转录影响而克服这一缺陷，VEGF-C or VEGF-D敲除小鼠通过和从细胞特异的启动子(例如K-14角蛋白启动子)过度表达Sox18的小鼠进行杂种繁殖，进行遗传杂交。Sox18活性对淋巴水肿的效果通过入实施例10所述测定淋巴水肿和血管发育进行评估。
基因敲出小鼠的存活和VEGF-C和/或VEGF-D敲除/Sox18-过度表达小鼠中淋巴管发育的检测表明Sox18诱导VEGFR-3信号并在淋巴管生成中起关键作用。
VEGF-C过度表达小鼠(K-14-VEGF-C Tg)显示广泛的淋巴管系统网络，并易于发生肿瘤转移，还显示上调的VEGFR-3表达和淋巴水肿症状(美国专利6,361,946)。为确定Sox18是否通过VEGFR-3调节VEGF-C信号，使K-14-VEGF-C Tg小鼠与表达天然突变的Sox18(Ragged突变)的动物或者实验室设计的突变体杂交，产生K-14-VEGF-C Tg/Sox18-/-小鼠，所述突变体是使用定点诱变和本领域已知的技术在SOX蛋白的DNA结合或反式激活区中产生突变构建的。
与K-14-VEGF-C Tg单突变动物相比，K-14-VEGF-C Tg/Sox18-/-双突变动物显示降低的淋巴管生成，降低的肿瘤转移范围，和降低的VEGFR-3水平，表明Sox18分子通过VEGFR-3干扰VEGF-C信号，而且Sox18突变体中VEGFR-3信号的抑制下调了活化的VEGFR-3的淋巴管生成作用。
可选地，K-14-VEGF-C Tg小鼠与过度表达的Sox18等位基因的转基因小鼠(见上文)杂交，并测定Sox18上调的作用。与K-14-VEGF-C Tg单突变动物相比，K-14-VEGF-C Tg/Sox18过度表达的双突变动物显示的淋巴管生成，降低的肿瘤转移范围，和降低的VEGFR-3水平，表明Sox18转录调节抑制VEGFR-3信号，并且很可能是淋巴管生成的负向调节中的因子。
表明Sox18是淋巴管生成的负向调节物的结果提供了一种治疗由广泛的淋巴管系统介导的疾病的方法，例如肿瘤生长或淋巴管肉瘤中的淋巴管生成，所述方法通过给药提供过量的SOX18转录因子的载体，来防止淋巴管生成信号的诱导。
实施例11
SOx18在淋巴管发育中的作用
淋巴管内皮细胞显示独特的由例如VEGFR-3和Prox-1的多种LEC特异性基因高度调节的发育模式。Sox18是DNA结合蛋白和转录因子，预期参与这些LEC特异性基因的调节，与LEC细胞的命运相关。多条证据表明Sox18参与VEGFR-3转录调节，SOX18与小鼠中的转录因子MEF2C结合，Sox18突变体和MEF2C缺陷的小鼠显示于VEGFR-3突变小鼠相似的淋巴水肿症状，而且VEGFR-3启动子含有MEF2C结合位点(Iljin等，FASEB J.15：1028-36.2001)。这些观察支持SOX18在淋巴管发育中的作用。
为分析SOX18影响LEC特异性生长因子的能力，通过加入AdProx-1载体，诱导血管内皮细胞发育成LEC。Sox18 mRNA和蛋白水平在加入所述Prox-1载体前后测定。Sox-18在加入Prox-1载体之后的上调预期和淋巴管内皮细胞的发育相关，表明Sox-18是LEC分化中的因子。可选地，Sox18的DNA结合和反式激活活性被定点诱变破坏，从而产生显性阴性或失活的SOX-18蛋白。含有Sox-18破坏的等位基因的质粒和AdProx-1载体一起被共转染到BEC中，来评估存在无功能Sox-18基因时LEC的发育。LEC特异性标志物例如LYVE-1和podoplanin的检测也用于这些试验中来测定Sox18调节淋巴管发育的能力。此外，突变体Sox-18还和编码LEC特异性蛋白(例如，VEGFR-3，Prox-1，LYVE-1)的载体共转染到293T细胞中，并评估了突变的Sox18调节所述基因的活性的能力。例如，存在或缺乏Sox18的条件下，VEGF-C刺激的VEGFR-3共转染的293T细胞中的信号使用磷酸化试验评估。
淋巴管系统的发育也可以在Sox-18突变小鼠中评估，所述小鼠包括Ra小鼠，Sox18裸鼠，和具有本文所述的与易患淋巴水肿相关的突变的Sox18转基因小鼠。显示淋巴水肿症状的转基因Sox-18小鼠，经改造表达与人突变同源的小鼠基因突变，或者被改造表达含有淋巴水肿特异性突变的Sox-18基因。分析了这些动物中淋巴管系统的发育，如美国专利6,361,946(也见Kaipainen等，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)，92：3566-70.1995)所述，使用本领域已知的技术，例如原位杂交来检测VEGF-C和/或VEGFR-3 mRNA的表达，检测活体内的a VEGF-C和/或VEGFR-3蛋白的抗体，以及使用Evan’s蓝染料检测来测定LEC发育的程度，并显示活体内有效的琳巴引流。
显性失活的Sox-18突变体转染体中的VEGFR-3信号表明，Sox18表达对VEGFR-3介导的活性有损伤效应。本发明涉及克服这种类型的突变的治疗，包括给药例如人类病人的哺乳动物一种包含SOX18抑制物的组合物，例如显性失活的基因或显性失活的Sox18配体，所述组合物影响SOX18干扰VEGFR-3信号的能力。可选地，如果Sox18活化促进VEGFR-3活性，则表明淋巴水肿的治疗包含促进SOX18转录活性的组合物，例如在活体外给予过度表达Sox18的细胞。
实施例12
SOX18介导的淋巴水肿治疗
本发明的另一方面提供是使用Sox18制备以细胞为基础的治疗组合物，具体是以LEC细胞为基础的组合物。在一个实施方案中，所述细胞是自体细胞，即接受淋巴管系统疾病或病症的治疗的有机体(例如人类病人)的细胞。本发明涉及通过例如同源重组的重组技术增加Sox18的内源性表达，例如通过修饰表达控制区，即启动子。可选地，所述细胞被分离的Sox18即异源性Sxo18转化或转染所述细胞，来进行活体内或者活体外的同源Sox18表达。
例如，SOX18与转录因子MEF2C相互作用，形成的复合物与VEGFR-3启动子结合，从而诱导VEGFR-3转录并影响VEGFR-3蛋白表达和信号水平。预期逆转录病毒或腺病毒载体驱使SOX18基因插入表达LEC的VEGFR-3，从而上调VEGFR-3介导的信号。
这些Sox18表达细胞随后用作治疗性组合物，治疗患有LEC疾病或病症例如遗传性淋巴水肿或外伤诱导的淋巴水肿的病人。这些细胞用于治疗任何与VEGFR-3的表达相关的疾病或病症，例如淋巴管瘤，淋巴管骨髓瘤，淋巴管肌瘤病，淋巴管扩张，淋巴肉瘤，和淋巴管硬化.
此外，将SOX18多肽或多肽片段给药患有淋巴水肿的病人来缓解淋巴水肿的症状。给药的含有DNA结合区或反式激活区的全长SOX18多肽或SOX18的片段，将结合其体内的关联结合配偶体并促进VEGFR-3信号，或者将启动淋巴管生成过程的下游事件，从而回避淋巴水肿相关的VEGFR-3信号或者VEGF-C配体结合的缺陷。
在相关的方面，如果SOX18表达通过降低的转录因子结合或者DNA结合抑制VEGFR-3信号，预期SOX18的抑制将导致VEGFR-3的补偿性上调，减轻与VEGFR-3表达过低相关的有害症状。在Sox18负向调节VEGFR-3活性的情形下，给予对Sox18基因特异的反义治疗将抑制SOX18的活性，从而使VEGFR-3介导信号和淋巴管生长。但由于F组SOX蛋白(SOX7/17/18)的潜在功能性冗余(potentialfunctional redundancy)，可能需要通过以至所有F组蛋白的DNA结合活性的机制使所有三种蛋白失活。这一过程是通过例如靶向在所有所述蛋白中高度同源的DNA结合区来实现的。认为重组，表达突变的DNA结合区的SOX7/17/18蛋白作为药物组合物(含有所有三种突变肽)给药时，将抑制SOX18对VEGFR-3的下调，并诱导或促进VEGFR-3信号的活性。从上文可见，尽管本发明的具体实施例是为举例而描述，可进行各种修饰而不偏离本发明的精神和范围。
本发明所有上述美国专利申请公开出版物，美国专利申请，外国专利，外国专利申请和非专利出版物的全文内容都包含在本文中作为参考。
                                    表3
                            淋巴内皮细胞(187种基因)
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
肺I型细胞膜相关蛋白，podoplanin肺I型细胞膜相关蛋白，podoplanin细胞视黄醇结合蛋白巨噬细胞甘露糖受体(MRC1)转录因子C-MAF转录因子C-MAF含硒蛋白(selenoprotein)PKLA0466，免疫球蛋白超家族，成员3II型膜蛋白，与HIV gp120-结合的C-型凝集素类似，CD209抗原样KIAA0626 AF030428AI660929M11433M93221AF055376AF055376Z11793AB007935AB015629AB014526  NM_006474NM_006474NM_002899NM_005360NM_005360NM_005410NM_001542NM_014257NM_021647  41870_at41871_at38634_at36908_at41504_s_at41505_ r_at34363_at38086_at39270_at33241_at  AAAAPAAAAA  PPPPPPPPPP  7.46.17.37.15.13.95.04.94.94.7     0.9250.1500.2550.6820.5220.5880.3312.0280.8460.212   ++
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
KIAA0711整联蛋白α9整联蛋白α9松弛素H2KIAA0644Cdk-抑制物p57KIP2(KIP2)Cdk-抑制物p57KIP2(KIP2)瞬时受体电压通道(transientreceptor potential channel)TRPC6cDNA DKFZp564O222(来自克隆DKFZp564O222)枯草杆菌蛋白酶(subtilisin)样蛋白(PACE4)，配对的碱性氨基酸裂解系统4G-蛋白信号16调节物，  AB018254D25303D25303X00948AB014544U22398U22398AJ006276AL050002M80482U70426  NM_014867NM_002207NM_002207NM_005059NM_014817NM_000076NM_000076NM_004621NM_002570NM_002928  36453_at1508_at35948_at31732_at34214_at1787_at39545_at36365_at38312_at32001_s_at41779_at AAAAAAAAAPA   PPPPPPPPPPP  4.64.33.64.13.93.83.03.83.63.63.6     0.0550.7121.0860.4320.8032.0200.1500.9880.8760.3340.673   ++++++ ++ 3.31.4
保藏号     缺失1Affymetrix  BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB       IF 信号对数比
A28-RGS14p二氢嘧啶酶相关蛋白1，脑衰蛋白反应介导物蛋白1粒桥蛋白(DPI，DPII)pendrin，溶质载体(solute carrier)家族，成员4reelin(RELN)整联蛋白，α1整联蛋白，α1胆固醇25羟化酶抑制素β-B亚单位前体KIAA1233前-B细胞刺激因子类似物(SDF1b)V-Erba相关Ear-3蛋白 D78012AL031058AF030880U79716X68742X68742AF059214M31682AL109724L36033HG3510-HT37 NM_001313NM_004415NM_000441NM_005045NM_003956NM_002193NM_000609 40272_at36133_at36376_at37530_s_at120_at37484_at32363_at38545_at38856_at33834_at1147_at AAAPPMAPAAP PPPPPPPPPPP 3.53.53.33.33.32.43.33.23.13.02.9 1.1920.4261.1560.1420.0800.3450.1370.0561.5400.8600.398 ++RT-PCR + 1.01.53.01.7
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
单克隆抗体MRC OX-2鉴定的抗原载脂蛋白DTIMP3，基质金属蛋白酶的组织抑制物TIMP3乙醛脱氢酶1prospero-相关的同源框1(prox 1)基质Gla蛋白神经元pentraxin II(NPTX2)histatin 2(HIS2)内收蛋白(adducin)样蛋白的ADDLmRNA，内收蛋白3(γ)内收蛋白3(γ)  04X05323J02611U14394U14394K03000U44060AI953789U29195M26665D67031U37122 NM_001647NM_000362NM_000362NM_000689NM_002763NM_000900NM_000200NM_016824NM_016824 37716_at36681_at1035_g_at1034_at37015_at31918_at36683_at35663_at41148_at33102_at33103_s_at PMAPPAAAAPM PPPPPPPPPPP 2.92.92.81.92.82.82.62.62.62.62.4 0.2830.1500.5280.2240.2750.2990.2501.2671.0090 2770.397 ++++++++ + 1.0(5，6)2.9
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
转录增强因子2，多肽C(肌细胞增强因子2C)MADS框转录增强因子2，(肌细胞增强因子2C)MADS框转录增强因子2，多肽C(肌细胞增强因子2C)葡萄糖磷酸变位酶5细胞周期蛋白E2白介素7(IL7)白介素7cDNA DKFZp586L0120(来自克隆DKFZp586L0120)过氧化物酶体增生活化的受体(peroxisome proliferative activatedreceptor)，γ，PPARG L08895S57212L40933AF102778M29053J04156AL050154L40904  NM_002397NM_002397NM_002397NM_021965NM_004702NM_000880NM_005037  37710_at37712_g_at37711_at33694_at35249_at33966_at1159_at38351_at37104_at  AAAAAAAPA  PPPPPPPPP 2.51.91.42.52.52.41.92.42.4     0.5400.1970.4420.4310.9060.1910.9210.1350.502 +++ 5.8
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
脂肪酸结合蛋白4蛋白激酶Cζ46kDa柯萨奇病毒和腺病毒受体(CAR)蛋白来自7q35-qter的PAC克隆RP4-751H13，锌指样胸腺嘧啶激酶1，可溶胸腺嘧啶激酶1Pig7(PIG7)，LPS诱导的TNF-α因子LPS诱导的TNF-α因子脂肪酶A，溶酶体酸，胆固醇酯酶泛素特异性蛋白酶13(异肽酶T-13) 氨基酸128249Z15108Y07593AC004877M15205K02581AF010312AL120815X76488U75362  NM_001442NM_002744NM_001338NM_003258NM_003258NM_004862NM_004862NM_000235NM_003940 38430_at362_at37534_at39837_s_at910_at41400_at37024_at37025_at38745_at40701_at  PPPAPMAPPA   PPPPPPPPPP   2.42.42.32.32.31.72.31.32.32.2     0.1320.0080.1370.7140.2050.1930.2330.3270.2810.334 2.22.11.44.63.8
保藏号     缺失1Affymetrix    BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
癌胚抗原相关的细胞粘附分子1(胆汁糖蛋白)CEACAM1cDNA DKFZp586D0918(来自克隆DKFZp586D0918)KIAA0598，B细胞RAG相关蛋白RAMP2(受体(降钙素)活性修饰的蛋白2)胆固醇酯转移蛋白前体上皮膜蛋白2MHC II型淋巴细胞抗原(HLA-DP)β链MHC II型淋巴细胞抗原(HLA-DP)β链β-抑制蛋白(抑制蛋白)2有丝分裂检验点激酶Bub1 X16354AL049370AB011170AJ001015M30185U52100M83664M83664AF106941AF053305  NM_001712NM_014863NM_005854NM_000078NM_001424NM_002121NM_002121NM_004313NM_004336 988_at41856_at35350_at38177_at40741_at39631_at38095_i_at38096_f_at33283_at41081_at  PPPPAPAAAA  PPPPPPPPPP 2.22.12.12.12.12.02.01.22.02.0     0.0480.3850.1540.3610.1910.1411.3680.0340.2730.195 1.0
保藏号     缺失1Affymetrix  BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB  IF 信号对数比
(BUB1)KIAA0229，与人锚蛋白1(S08275)相似Sprouty 1同源物(FGF信号的拮抗物)Rap1的鸟苷酸核苷酸交换因子；M-Ras-调节的GEF，KIAA0277translin红细胞膜蛋白带4.9(dematin)KIAA0846蛋白神经胶质成熟因子，γ胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)平滑肌肌球蛋白重链同种型Smemb D86982AF041037X78627U28389AB020653W07033X16302S67247 NM_012294NM_004622NM_001978NM_015376NM_004877NM_000597 40971_at38767_at38062_at36177_at37192_at34748_at35261_at40422_at32838_at PPPAPAPAA PPPPPPPPP 2.02.02.02.02.02.01.91.91.9 0.1950.2090.4970.1400.2650.4570.0831.1570.179 1.62.11.91.0
保藏号     缺失1Affymetrix     BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
TTG-2(具有LIM基序的富含半胱氨酸的蛋白)，LIM区only 2(rhombotin样1)细胞周期蛋白B2KIAA0353KIAA0559，piccolo(突触前细胞基质蛋白)G蛋白偶联的受体，家族C，组5，成员BG蛋白偶联的受体，家族C，组5，成员BCREM(环AMP-反应性元件调节物β同种型)CREM(环AMP-反应性元件调节物β同种型) X61118AL080146AB002351AB011131AC004131AI801872S68134S68134  NM_005574NM_004701NM_016235NM_016235NM_001881NM_001881  32184_at32263_at39544_at37780_at40240_at40239_g_at32066_g_at32065_at  PAPAPPPP  PPPPPPPP   1.91.91.91.91.91.41.91.8     0.2210.2760.1580.3300.0470.3030.0980.241   1.01.82.11.72.0
保藏号     缺失1Affymetrix  BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
CREM(环AMP-反应性元件调节物β同种型)假想蛋白FLJ13110肌醇(myo)-1(或4)-单磷酸酶2KIAA0937蛋白有丝分裂纺锤体卷曲螺旋(coiled-coil)相关蛋白富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白2(CSRP2)拓扑异构酶(DNA)IIα(170kD)DNA拓扑异构酶II蛋白磷酸酶抑制物2(PPP1R2)KIAA0186双重特异性酪氨酸(Y)-磷酸化调 S68271AL080222AF014398AB023154AF063308U57646AI375913J04088U68111D80008Y12735  NM_001881NM_022912NM_014214NM_006461NM_001321NM_001067NM_001067NM_021067NM_003582 32067_at36096_at36496_at35369_at32120_at41401_at40145_at1592_at33180_at39677_at39931_at  PAAPAAPPPAP PPPPPPPPPPP   1.51.91.81.81.81.81.81.21.81.81.8     0.1820.3870.5900.1850.2570.4310.2390.1620.3190.2690.146  2.03.24.31.01.4
保藏号     缺失1Affymetrix       BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
节激酶3(Dyrk3)驱动蛋白样纺锤蛋白HKSP(HKSP)亨廷顿(Huntingtin)相关蛋白反应蛋白(duo)diubiquitinbikunin，丝氨酸蛋白酶抑制物，Kunitz型，2细胞色素P-450-1(TCDD-可诱导的)细胞色素P(1)-450KIAA0513蛋白磷酸酶抑制物2(PPP1R2)RAMP3(受体(降钙素)活性修饰蛋白3) U37426U94190AL031983U78095K03191X02612U68111AJ001016 NM_004523NM_003947NM_006398NM_021102NM_000499NM_000499NM_014732NM_005856 40726_at40655_at39959_at34348_at36767_at1025_g_at38735_at812_at35152_at MPAAAPAPP PPPPPPPPP 1.81.81.81.81.71.11.71.71.7 0.4390.5290.8410.3980.1650.1250.2970.1850.228 1.42.01.7
保藏号     缺失1Affymetrix      BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
B-mybKIAA0952干扰素刺激的基因(20kD)，HEM45GS3955GS3955GRB2相关的接合体(adaptor)蛋白(Grap)KIAA1071蛋白具有多重剪接(multiple splicing)的RNA结合蛋白基因，RBP-MS/类型5具有多重剪接的RNA结合蛋白基因，RBP-MS/类型5RBP-MS/类型4，具有多重剪接 X13293AB023169U88964D87119D87119U52518AB028994D84111D84111D84110  NM_002466NM_014962NM_002201NM_021643NM_021643NM_006613NM_006867NM_006867NM_006867 1854_at37755_at33304_at717_at40113_at805_at38286_at34162_at34163_g_at1276_g_at MPAPPAAPPP  PPPPPPPPPP 1.71.71.71.71.31.71.71.71.61.5     0.4550.2540.1780.1070.0980.1470.6250.3470.1470.263 2.31.01.61.3
保藏号     缺失1Affymetrix      BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
的RNA结合蛋白基因RBP-MS/类型4，具有多重剪接的RNA结合蛋白基因RBP-MS/类型3，具有多重剪接的RNA结合蛋白基因α-辅肌动蛋白-2相关的LIM蛋白semaphorin-III(Hsema-I)，semaphorin 3A含IQ基序的GTPase活化蛋白2抑制蛋白，B2视网膜母细胞瘤相关蛋白HECLIM区结合蛋白(LDB1)双重特异性磷酸酶5人cDNA3’，mRNA序列 D84110D84109AF002282L26081U51903HG2059-HT2114AF017790AF052389U15932AI557322 NM_006867NM_006867NM_014476NM_006080NM_006633NM_006101NM_001290NM_004419 38049_g_at38047_at39690_at33461_at1647_at957_at40041_at36065_at529_at39611_at PPAAMPPPPP PPPPPPPPPP 1.31.21.71.61.61.61.61.61.61.6 0.2680.2250.7280.4450.3950.3420.1530.1530.2070.081 1.52.01.9
保藏号     缺失1Affymetrix     BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
单胺氧化酶A(MAOA)单胺氧化酶ANECDIN相关蛋白调节(regulatory)溶质载体蛋白，家族1，成员1TTK蛋白激酶fms相关的酪氨酸激酶4，VEGFR-3TSC403，与溶酶体相关的膜糖蛋白类似HMG-2人克隆24416 mRNA序列降钙素受体样KIAA0582蛋白  M68840氨基酸420624U35139X82877M86699X69878AB013924X62534AF052159L76380AI761647  NM_000240NM_000240NM_002487NM_006511NM_003318NM_002020NM_014398NM_005795NM_015147  41772_at41771_g_at36073_at31695_g_at572_at403_s_at37168_at38065_at35342_at34995_at40191_s_at PPPAPAPPPPM   PPPPPPPPPPP 1.61.41.61.61.61.51.51.51.51.51.5     0.1480.2300.2450.9160.1960.4030.1640.1050.2530.5090.558 + + 1.11.11.41.4
保藏号     缺失1Affymetrix BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
cDNA DKFZp434B102(来自克隆DKFZp434B102)cDNA DKFZp586G1922(来自克隆DKFZp586G1922)乙酰-CoA合酶3脂肪酸辅酶A接合酶，长链3STAT诱导的STAT抑制物-2同源异型蛋白Hox5.4假想蛋白FLJ13910，cDNADKFZp586M141(来自克隆DKFZp586M141)cDNA DKFZp586N012(来自克隆DKFZp586N012)UbcH10，泛素载体蛋白E2-C  AL080192AL080110D89053氨基酸977580AF037989HG3502-HT3696AL050139AL049471U73379 NM_004457NM_004457NM_022780NM_007019  38630_at39600_at33880_at33881_at38994_at696_at36580_at41690_at1651_at APPPAPPPP  PPPPPPPPP  1.51.51.51.01.51.51.51.41.4     0.7190.1600.2640.1200.3910.1810.2280.3200.022 1.71.1
保藏号     缺失1Affymetrix    BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
细胞周期蛋白依赖的激酶抑制物3，蛋白酪氨酸磷酸酶(CIP2)糖原磷酸化酶(PYGL)造血因子-2造血因子-2叉头盒(forkhead box)M1可能的异戊二烯化的蛋白酪氨酸磷酸化酶hPRL-3RAB31，Rab亚家族的Low MrGTP结合蛋白RAB31，RAS原癌基因家族成员肌球蛋白VILAGrb2-相关结合物-1，与IRS-1相关的停靠(docking)蛋白  L25876AF046798AF004327AF004327U74612AF041434U59877AI189226U39226U43885  NM_005192NM_001147NM_001147NM_021953NM_007079NM_006868NM_006868NM_000260NM_002039  1599_at37215_at1951_at37461_at34715_at36008_at33371_s_at33372_at33197_at1249_at  PPPPMAPPPA  PPPPPPPPPP  1.41.41.41.21.41.41.41.21.41.4     0.4310.4230.1750.1340.3670.0940.2990.4440.0380.073 ++ 1.51.21.42.31.2
保藏号     缺失1Affymetrix    BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
核纤层蛋白B1微型染色体保持缺陷的(mis5，S.pombe)6 HsMcm6细胞周期蛋白B1细胞周期蛋白B1RTP，N-myc下游调节的α2，3-唾液酸转移酶ADP-核糖基化因子样蛋白4中心粒蛋白F(350/400kD，分裂激素)亲代表达的10，KIAA1051微管蛋白，α1(睾丸特异性)KIAA0101KLAA0128，septin 2蛋白磷酸酶2，调节性亚基B  L37747D84557M25753M25753D87953AB022918U73960U30872AB028974X06956D14657D50918Z69030 NM_005915NM_006096NM_006100NM_005738NM_016343NM_015068NM_014736NM_002719  37985_at40117_at1945_at34736_at36933_at39298_at33796_at37302_at39696_at36591_at38116_at38826_at40785_g_a PPPPPPPAPMPPP  PPPPPPPPPPPPP 1.41.41.41.31.41.41.41.41.41.41.41.41.4     0.6430.1700.3980.1600.1310.1500.2810.2450.3000.3000.4090.3810.453 1.84.21.81.8
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2   确认NB    IF 信号对数比
(B56)，γ脱氧胞苷激酶整联蛋白β3结合蛋白(β3-内联蛋白)TAL1(SCL)中断位点KIAA0666cAMP-特异性磷酸二酯酶8A，PDE8A1有丝分裂检验点激酶Mad3L(MAD3L)，BUB1B核糖体S6激酶HPTPε(蛋白酪氨酸磷酸酶ε)Lyn酪氨酸激酶，v-yes-1Yamaguchi肉瘤病毒相关的原癌基因同源物 M60527U37139M74558AB014566AF056490AF053306X85106X54134M79321 NM_000788NM_014288NM_003035NM_001211NM_021135NM_006504NM_002350  t886_at38501_s_at32767_at33753_at37676_at35699_at32892_at32916_at2024_s_at APMPPPPPP PPPPPPPPP 1.31.31.31.31.31.31.31.31.3 0.4550.1710.1500.3560.2220.2160.1450.1000.054 + 1.61.0
保藏号     缺失1Affymetrix     BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
lyn酪氨酸激酶，v-yes-1Yamaguchi肉瘤病毒相关的原癌基因同源物lyn酪氨酸激酶brachyury变体A(TBX1)，T-盒(box)1转录因子单克隆抗体Ki-67的抗原的mki67amRNA(长链型)蛋白酪氨酸磷酸酶受体pi(PTPRP)cbl-b细胞周期蛋白A2核苷磷酸化酶TNF-相关的凋亡诱导配体TRAIL磷酸二酯酶4B，cAMP-特异性 M16038M16038AF012130X65550U81561U26710X51688X00737U37518L20971  NM_002350NM_002350NM_005992NM_002417NM_002847NM_004351NM_001237NM_000270NM_003810NM_002600 1402_at32616_at32285_g_at418_at36160_s_at514_at1943_at430_at1715_at33705_at  PPPAPAPPPP PPPPPPPPPP 1.31.21.31.31.31.31.31.31.31.3     0.3820.0660.3520.3570.1930.4820.2770.2720.3160.275 ++ 1.5
保藏号     缺失1Affymetrix      BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
  巢蛋白(议定菌素)HYA22蛋白磷脂酸磷酸酶2A型KIAA0512.ALEX2血栓烷A2受体三叶(trefoil)因子3(小肠)G-2和S期表达的1(G-2和S期表达的1)ADP-核糖基转移酶(NAD+；多(ADP-核糖)聚合酶)-样2丝氨酸/苏氨酸激酶12微管蛋白，A1，同种型44核纤层蛋白B受体  M30269D88153AF014402AB011084D38081AI985964AL031588AJ236876AF015254HG2259-HT2348L25931  NM_002508NM_005808NM_003711NM_014782NM_001060NM_003226NM_016426NM_005484NM_004217NM_002296 35366_at40196_at34797_at36057_at336_at37897_s_at41660_at34756_g_at33266_at330_s_at288_s_at  PPPPMPAMPPP   PPPPPPPPPPP   1.31.31.31.21.21.21.21.21.21.21.2     0.0500.1500.1910.2680.3850.1830.4240.3620.1260.0960.141 1.32.43.11.11.1
保藏号     缺失1Affymetrix   BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
KIAA0429转录因子4多配体聚糖3(N-多配体聚糖)，KIAA0468RECK蛋白前体推定的前列腺癌肿瘤抑制物蛋白磷酸酶1，调节性(抑制物)亚基PDZ和LIM区1(elfin)假想蛋白来自克隆643p53-调节的DDA3KIAA0062中链乙酰辅酶A脱氢酶间隙连接蛋白，α1，43kD(连接  AB007889M74719AB007937氨基酸099265U42349AB020630U90878AF091087氨基酸926959D31887M91432M65188  NM_014751NM_003199NM_014654NM_021111NM_006765NM_020992NM_020467NM_000165  37363_at36605_at32092_at35236_g_at36852_at41577_at36937_s_at34176_at37347_at38797_at37532_at2018_at PPPPPPPPPPPP  PPPPPPPPPPPP 1.21.21.21.21.11.11.11.11.11.11.11.1     0.1500.0500.2060.1730.0820.0820.0960.0960.0580.0580.3080.329   2.51.11.01.11.1
保藏号     缺失1Affymetrix  BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
蛋白(connexin)43)MyoD家族抑制物核酸内切/外切酶Mre11(MRE11A)核受体超家族2，F组，1号成员(nuclear receptor subfamily 2，groupF，成员1) U78313AF073362X16155 NM_005586NM_005591NM_005654 38156_at32869_at39294_at PPA PPP 1.11.11.0 0.3810.6420.446
1一种测定，表明转录子是否被检测到(存在，P)，未检测到(缺失，A)，或勉强检测到(勉强，M；如果一次试验中为P，另一次为A也用M表示)。
2两种独立采集的BEC和LEC(＝共4组比较)的转录子的表达水平的变化。以log2比值表示所述变化。
3所述表达水平(四组比较)变化的标准偏差。
NB＝Northern印记，IF＝免疫荧光
                                            表4
                                    血管内皮细胞(222基因)
保藏号     检测1Affymetrix     BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
p27 mRNA，干扰素α-诱导的蛋白27核糖核酸酶A(RNase A)，胰腺的造血性神经膜蛋白(hematopoietic neural membraneprotein)(HNMP-1)N-钙粘着蛋白N-钙粘着蛋白白介素8(IL8)白介素8，β-血小板球蛋白样蛋白前体 X67325D26129U87947M34064M34064M28130M17017   NM_005532NM_002933NM_001425NM_001792NM_001792NM_000584NM_000584  425_at37402_at39182_at2054_g_at2053_at1369_s_at35372_r_at  PPPPPPP   AAAAPAP  8.37.25.95.73.75.32.8     0.6200.2080.3811.3450.5141.4770.406 ++ ++     1.52.71.61.1
保藏号     检测1Affymetrix     BEC  LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
酪氨酸激酶受体(axl)酪氨酸激酶，受体Axl，Alt.Splice2细胞表面糖蛋白CD44(CD44)细胞粘附分子(CD44)透明质酸受体(CD44)血管内皮生长因子相关蛋白VRP，VEGF-C血管内皮生长因子C胶原蛋白XIII型，α1(＝COL4A2)胶原蛋白XIII型，α-1胶原蛋白α-2，I型胶原蛋白α-2，I型 M76125HG162-HT3165L05424M59040L05424U43142X94216M33653M59217K01079K01079  NM_001699NM_000610NM_005429NM_005429NM_005203NM_005203  38433_at1278_at1126_s_at2036_s_at40493_at159_at1934_s_at38952_s_at38951_at32306_g_at32305_at  PPPPPPPPPPP   AAAAPAAAAAA  5.14.74.91.91.94.64.44.53.64.52.8     1.1120.9371.5270.4020.1360.8501.3420.2131.6832.1611.464   ++++     1.01.11.92.62.02.71.1
保藏号     检测1Affymetrix       BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
胶原蛋白，I型，α2蛋白多糖1磷酸脂肪酶A2，组IVA，钙依赖的磷脂结合蛋白(PLA2)碳水化合物(硫酸角蛋白Gal-6)磺基转移酶原肌球蛋白2(β)，原纤维细胞原肌球蛋白硫酸软骨素蛋白多糖2(多能聚糖)硫酸软骨素蛋白多糖2(多能聚糖)潜在的转化长因子r-β结合蛋白(LTBP-2)白介素6(干扰素，β2) V00503X17042M72393AB003791M12125X15998X15998Z37976X04430  NM_000089NM_002727NM_003654NM_003289NM_004385NM_004385NM_000428NM_000600  32307_s_at32227_at35938_at41 395_at32314_g_at38111_at38112_g_at37906_at38299_at PPPPPPPPP   APAPAAAPA  2.44.34.34.24.24.12.04.14.0     1.3940.3852.3980.2321.8451.7461.2190.3810.776 1.01.91.51.12.0
保藏号     检测1Affymetrix BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
骨形态发生蛋白-4(hBMP-4)骨形态发生蛋白2B，BMP-4sarcolectin，角蛋白7神经元细胞粘附分子，KIAA0343神经元细胞粘附分子，hBRAVO/Nr-CAM前体基质金属蛋白酶1(基质胶原酶)，皮肤胶原酶干细胞因子，KIT配体uPA纤溶酶原激活物-1纤溶酶原激活物1selectin P，CD62，颗粒膜蛋白-140(GMP-140)前体 U43842M22490AJ238246AB002341U55258M13509M59964X02419J03764M14083M25322  NM_001202NM_001202NM_005556NM_005010NM_005010NM_002421NM_000899NM_002658NM_000602NM_000602NM_003005 40333_at1114_at41294_at37286_at37288_g_at38428_at597_at37310_at672_at38125_at40366_at  PPPPPPPPPPP     AAPAAPAAPPP 4.02.63.93.91.53.93.93.83.72.93.6     0.8831.1460.6311.6420.3090.5210.5540.2820.1610.1181.869 ++ 1.83.01.61.91.2
保藏号     检测1Affymetrix   BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
latrophilin-2肌动蛋白，α2成纤维细胞活化蛋白，αG蛋白信号10的调节物20IGF-II mRNA-结合蛋白3视网膜cDNA随机引物亚文库，EST脑酸可溶性蛋白1，神经元组织富集的酸性蛋白(NAP-22)抑制蛋白2抑制蛋白2Na，K-ATPaseβ-1亚基Claudin-7正常牙龈(normal gingiva) AJ131581X13839U09278AF060877U97188W28438AF039656AL096719L10678U16799AJ011497U51712  NM_012302NM_001613NM_004460NM_003702NM_006547NM_006317NM_002628NM_002628NM_001677NM_001307 34174_s_at32755_at39945_at41086_at37558_at36497_at32607_at38839_at38840_s_at37669_s_at38482_at39698_at  PPPPPPPPPPPP   APAAPAAPPAAA  3.63.63.63.53.53.53.43.43.13.43.43.4     0.0981.0670.7890.6150.5280.4140.1040.1110.0760.2490.7980.391   1.11.22.11.61.61.61.1
保藏号     检测1Affymetrix  BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
分解蛋白(disintegrin)和金属蛋白酶(metalloproteinase)结构域23α1(VIII)胶原蛋白的COL8A1mRNA信号转导物和转录激活物6(STAT6)转录因子IL-4 Stat，STAT6脂皮质蛋白-III，膜联蛋白A3细胞内粘附分子1(CD54)，主要组(major group)鼻病毒受体前体溶质载体家族1(神经/上皮高亲合力谷氨酸转运子，系统Xag)溶质载体家族1(神经/上皮高亲合力谷氨酸转运子，系统Xag) AB009672X57527AF067575U16031M20560M24283U08989AI928365  NM_003812NM_001850NM_003153NM_005139NM_000201NM_004170NM_004170  40350_at37459_at41222_at845_at31792_at32640_at38268_at38267_at  PPPPPPPP   AAPAPAAA 3.43.33.32.13.33.23.22.6     0.6000.8190.3380.4930.2650.1840.6870.524 ++++ ++ 1.71.81.61.11.31.2
保藏号     检测1Affymetrix   BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
p53诱导的蛋白二氢嘧啶脱氢酶，DPYD自然杀伤细胞转录物4PFTAIRE蛋白激酶1，KIAA0834RGP4，G蛋白信号调节物4G蛋白信号调节物4原癌基因Aml1-Evi-1，融合活化的原癌基因Aml1-Evi-1，融合活化的腺苷酸环化酶相关蛋白2clusterin(补体裂解抑制物，SP-40，40，硫酸糖蛋白2，载脂蛋白J)ADP核糖基化因子样7 L47738U20938氨基酸631972AB020641U27768AI267373HG4058-HT4328HG4058-HT4328N90755M25915AB016811 NM_000110NM_004221NM_012395NM_005613NM_005613NM_006366NM_001831NM_005737 37579_at38220_at39119_s_at36502_at34272_at34273_at1882_g_at1881_at33405_at36780_at39829_at PPPPPPPPPPP   AAPAAAMAAPA 3.23.23.13.13.02.62.92.02.82.82.7     0.2490.3060.0820.8410.3960.4730.5900.3740.5960.1610.531   1.01.61.51.51.51.5
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
H因子(补体)样1RNA解旋酶相关的蛋白，金属硫蛋白-If活化的反式肌动蛋白g因子(50kDa)Staf50环加氧酶-2(hCox-2)GRO1原癌基因，黑素瘤生长刺激活性(MGSA)NRGN，neurogranin小鼠dkk-1同源物胃肠道肿瘤相关抗原GA733-1，肿瘤相关的钙信号转导物2层粘连蛋白transgelin，22kDa平滑肌蛋白(SM22)  M65292H68340X82200U04636X54489X99076AB020315J04152Z15008M95787  NM_002113NM_007372NM_006074NM_000963NM_001511NM_006176NM_002353NM_005562NM_003186 32249_at41446_f_at36825_at1069_at408_at33925_at35977_at291_s_at35280_at36931_at  PPPPPMPPPP   APAAAAAPAA 2.72.72.72.62.62.62.52.52.52.5     0.5890.2960.7301.2810.3691.2370.3980.1390.8240.980 6.2
保藏号     检测1Affymetrix   BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
编码单核细胞分泌蛋白的JE基因锌指蛋白238，RP58组织蛋白酶C组织型凝血酶原激活物(t-PA)寿司重复蛋白膜联蛋白A6EphrinB1EphrinB1TFEC同种型(转录因子EC)小的可诱导细胞因子A2，(单核细胞趋化蛋白1)小的可诱导细胞因子A2(单核细胞趋化蛋白1)内皮细胞蛋白C/APC受体 M28225AJ223321X87212M15518AF060567D00510U09303U09303D43945M26683M26683L35545 NM_006352NM_001814NM_000930NM_014467NM_001155NM_004429NM_004429NM_012252NM_002982NM_002982NM_006404  34375_at35824_at133_at33452_at37805_at39082_at39721_at188_at34470_at875_g_at874_at647_at PPPPPPPPPPPP     PAPAAAAAAPAP  2.42.42.42.42.42.42.41.22.42.31.22.3     0.1860.4980.2440.4790.6700.1810.9460.4890.0280.2830.3850.259   3.63.21.23.13.52.2
保藏号     检测1Affymetrix   BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
(EPCR)转谷氨酶(transglutaminase)2(TGase)转谷氨酶(transglutaminase)(TGase)人金属硫蛋白-If转化生长因子β诱导的(BIGH3)神经元特异性(γ)烯醇酶的ENO2基因FAT肿瘤抑制物(果蝇(Drosophila))同源物恶性细胞表达增强的基因/肿瘤进展增强的基因恶性细胞表达增强的基因/肿瘤进展增强的基因 M55153M55153M10943M77349X51956X87241S82470S82470 NM_004613NM_004613NM_000358NM_005245NM_024298NM_024298 231_at38404_at31622_f_at1385_at40193_at40454_at181_g_at180_at PPPPPPPP MPMAAAPA 2.31.62.32.32.32.32.21.7 0.4130.0930.2300.9510.1211.20404690.420 1.6
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
cDNA DKFZp566G0746(来自克隆DKFZp566G0746)赖氨酰氧化酶样2ras-相关的C3肉毒杆菌毒素底物2(rho家族，小GTP结合蛋白Rac2)内皮白细胞粘附分子1(ELAM-1)，selectin E层粘连蛋白，α5，KIAA0533胎盘生长因子(PlGF)来自染色体的ALL1融合基因1q，AF1q溶基质素-2，MMP-10金属硫蛋白-I-A胶原蛋白VIα-1 AL050078U89942M64595M24736AB011105X54936U16954X07820K01383X15880 NM_002318NM_002872NM_000450NM_002632NM_006818NM_002425  39324_at33127_at32737_at265_s_at41610_at793_at36941_at1006_at31623_f_at38722_at  PPPPPPPPPP   APPAPPPPPA   2.22.22.22.22.22 22.22.12.12.1     1.2810.2740.1430.4480.1460.3010.5920.1590.2380.898 + 3.51.01.0
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
mad蛋白同源物(hMAD-3)mad蛋白同源物(hMAD-3)mad蛋白同源物(hMAD-3)膜整合蛋白2A白介素1受体样1高度活动性组(非组蛋白染色体)蛋白同种型I-C(HMGI-C)表皮生长因子r受体激酶底物(Eps8)乳酸脱氢酶B未知产物的mRNA假想蛋白DKFZp564D0462赖氨酰羟化酶同种型2(PLOD2)follistatin样3，follistatin相关蛋白 U68019U68019U68019AL021786D12763X92518U12535X13794D29810AL033377U84573U76702   NM_005902NM_005902NM_005902NM_003856NM_004447NM_002300NM_000935NM_005860   1433_g_at38944_at1454_at40775_at40322_at35200_at1467_at33819_at40227_at36014_at34795_at33900_at PPPPPPPPPPPP   AAAPAAAPAAPA 2.11.82.02.12.12.02.02.02.02.02.02.0     0.2690.3670.3040.5700.7180.1770.7100.0291.1700.1370.1570.075   1.11.41.01.61.12.6
保藏号     检测1Affymetrix   BEC   LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
(FLRG)人克隆24674 mRNA序列L-艾杜糖醇-2脱氢酶神经元pentraxin 1来自克隆23549和23762的假想蛋白UDP-N-乙酰葡糖胺焦磷酸化酶锌指蛋白185(LIM区)四个半LIM结构域2，心蛋白(FHL-2)有丝分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶3，MAPKAP激酶(3pK)金属硫蛋白1E(功能型)TU3A蛋白 AF070578L29254U61849U90908AB011004Y09538U29332U09578R92331AF035283 NM_002522NM_021226NM_003115NM_007150NM_001450NM_004635NM_007177 36758_at38763_at37921_at34010_at41242_at32139_at38422_s_at1637_at36130_f_at38044_at PPPPPPPPPP AAAAPAPAPA 2.01.91.91.91.91.81.81.81.81.8 0.6120.1400.7440.8700.3420.0620.2290.4540.1310.298 1.82.51.61.41.8
保藏号     检测1Affymetrix        BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
金属硫蛋白1H鸟氨酸结合蛋白同种型II(GBP-2)可溶性血管内皮细胞生长因子r受体1(sVEGFR-1)R-RasR-ras肌氨酸转运物(SLC6A8)，可溶性载体家族6，成员8myb1(小鸡)同源物靶点，血红素加氧酶1(HO-1)前胶原-赖氨酸，2-氧化戊二酸5-双加氧酶，赖氨酰羟化酶(PLOD)KIAA0836 R93527M55543U01134M14949M14949U36341Z82244L06419AB020643  NM_005951NM_004120NM_002019NM_005629NM_005488NM_000302 39594_f_at32700_at1 964_g_at38338_at1879_at40926_at33802_at36184_at33296_at PPPPPPPPP   PPMPPAPPP 1.81.81.81.81.21.81.81.81.8     034150.3040.3840.1190.3300.3050.1490.3100.203 + 1.11 51.8
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NBIF 信号对数比
cDNA DKFZp434C171(来自克隆DKFZp434C171)白介素4受体的IL-4-R mRNA趋化因子(C-C基序)受体样2(CCRL2)，趋化因子受体X(CKRX)磷酸脂肪酶C，β3(磷脂酰肌醇特异性)LIM区蛋白蛋白激酶(cAMP-依赖的，催化的)抑制物βrho GDP解离抑制物2KIAA0975，咪唑受体候选物(candidate)脊髓灰质炎病毒受体 AL080169X52425AF014958Z16411X93510M34181X69549AB023192X64116 NM_000418NM_003965NM_000932NM_003687NM_002731NM_001175NM_007184NM_006505  34183_at404_at1445_at364_s_at32610_at36215_at1984_s_at33916_at32698_at  PPPPPPPPP   APAAPAPAP  1.81.71.71.71.71.71.71.71.7     0.6060.2440.3860.0980.0670.3150.1630.3430.173   1.21.81.91.02.4
保藏号     检测1Affymetrix     BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB IF 信号对数比
脊髓灰质炎病毒受体即刻早期反应(immediate earlyresponse)3金属硫蛋白2A原肌球蛋白1(α)原肌球蛋白1(α)原肌球蛋白1(α)TRAM样蛋白E3泛素接合酶SMURF2含EGF的fibulin样细胞外基质蛋白1G蛋白偶联的56c-jun第一(proto)原癌基因(JUN)G蛋白信号调节物10，RGS10 X64116S81914A1547258M19267Z24727M19267D31762氨基酸630312U03877AJ011001J04111AF045229  NM_006505NM_003897NM_005953NM_000366NM_000366NM_000366NM_012288NM_022739NM_004105NM_005682NM_002228NM_002925 32699_s_at1237_at39081_at36791_g_at36792_at36790_at40051_at33354_at32551_at35769_at32583_at33121_g_a PPPPPPPPPPPP   PPAPPPpPPPAA 1.31.71.71.61.41 21.61.61.61.61.61.6     0.1020.1710.2470.1840.0940.2130.2440.2440.1520.0750.3770.064 1.01.31.12.2
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
β淀粉样蛋白(A4)前体蛋白结合的，家族B，成员2(Fe65样)ras相关的rho蛋白蛋白酶体(prosome，macropain)26S亚基，非-ATPase，10KIAA0537溶酶体相关的膜蛋白-2磷脂转移蛋白N-豆蔻酰转移酶2磷酸果糖激酶(PFKM)整联蛋白，β4leupaxin内皮素转化酶1野生型p53活化的片段 U62325M12174AL031177AB011109X77196L26232AF043325U24183X53587AF062075Z35307U03106 NM_004040NM_002814NM_014840NM_002294NM_006227NM_004808NM_000289NM_000213NM_004481NM_001397NM_000389  t40148_at1826_at37957_at33787_at38403_at40081_at41656_at36196_at406_at36062_at41726_at2031_s_at PPPPPPPPPPPP PPAPPPPPAAPP 1.61.61.51.51.51.51.51.51.51.51.51.5 0.3120.2810.2650.1350.4320.0460.0380.3740.1950.2310.1800.399 1.31.41.82.01.3
保藏号     检测1Affymetrix      BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
-1(WAF1)，细胞周期蛋白依赖的激酶抑制物1A(p21，Cip1)ICAM-2，LFA-1的细胞粘附配体ICAM-2，LFA-1的细胞粘附配体细胞间粘附分子2(ICAM-2)真核细胞翻译起始因子2B，eIF-2Bβ亚单位鸟苷磷酸化酶整联蛋白，β5N-磺基葡糖胺磺基水解酶(磺酰胺酶)synaptojanin 2金属硫蛋白1L巨噬细胞加帽蛋白，凝溶胶蛋白 X15606X15606M32334AF035280X90858X53002U30894AF039945氨基酸224832M94345 NM_000873NM_000873NM_014239NM_003364NM_002213NM_000199NM_002450NM_001747 38453_at38454_g_at590_at40515_at37351_at39754_at35626_at36532_at39120_at38391_at PPPPPPPPPP PPPPMPPAAP 1.51.51.41.51.51.51.51.51.41.4 0.0240.1530.1520.1080.0640.0680.0770.1640.6640.281 1.52.01.51.1
保藏号     检测1Affymetrix      BEC LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
样HSPC022蛋白人克隆137308 mRNA，部分cds原钙粘着蛋白42，PC42，原钙粘着蛋白1(钙粘着蛋白样1)caspase样凋亡调节性蛋白2(CLARP2)caspase样凋亡调节性蛋白2(CLARP2)主要穹隆(major vault)蛋白，lrp范可尼贫血(Fanconi anemia)，互补组G月元病毒蛋白(PrP)干扰素刺激的蛋白，15kDa丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制 W68830AW006742L11370AF005775AF005775X79882AC004472U29185氨基酸203213L40377 NM_014029NM_002587NM_003879NM_003879NM_005115NM_004629NM_000311NM_005101NM_002640 32736_at38207_at37562_at1867_at1868_g_at38064_at33842_at36159_s_at38432_at36312_at PPPPPPPPPP PAAPPPAPAA 1.41.41.41.41.21.41.41.41.41.3 0.0620.4420.1660.3630.3250.2520.2330.3420.2440.360 2.71.52.21.01.12.2
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
物，分化枝B(卵清蛋白)，细胞质抗蛋白酶2(CAP2)双糖链蛋白聚糖趋化因子(C-X-C基序)，受体4(fusin)泛素羧基末端酯酶L1(泛素硫酯酶)KIAA0469TNF(配体)超家族，成员4(tax-转炉活化的糖蛋白1，34kD)KIAA1053NAD(P)H-醌氧化还原酶含寿司重复的蛋白整联蛋白，α5enigma(LIM区蛋白) J04599L06797X04741AB007938AL022310AB028976M81600U61374X06256L35240 NM_001711NM_003467NM_004181NM_014851NM_003326NM_006307NM_002205NM_005451 38126_at649_s_at36990_at37230_at32319_at40855_at38066_at31855_at39753_at39530_at PPPPPPPPPP PPPPAPPPPP 1.31.31.31.31.31.31.31.31.31.3 0.1010.1770.1170.1240.3490.2420.0580.6100.1790.396 + + 1.61.81.21.2
保藏号     检测1Affymetrix BEC    LECID   基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
  核苷外切三磷酸二磷酸水解酶1(ectonucleoside triphosphatediphosphohydrolase 1)转化生长因子r-β(tgf-β)，骨形态发生蛋白6转化生长因子r-β(tgf-β)，骨形态发生蛋白6烟酰胺N甲基转移酶，NNMTcDNA DKFZp564J0323(来自克隆DKFZp564J0323)硫氧还原蛋白还原酶βf-盒和富含氨基酸重复的蛋白2转钴蛋白II(TCN2)乙醛脱氢酶2，线粒体的GTP结合蛋白ragB   AJ133133M60315M60315U08021AL049957AB019694AL049953L02648X05409X90530   NM_001776NM_001718NM_001718NM_006169NM_006440NM_000355NM_000690NM_006064   32826_at39279_at1733_at37032_at39170_at41711_at36525_at37922_at32747_at39989_at  PPPPPPPPPP   APPPPAAAPM  1.31.31.01.21.21.21.21.21.21.2     0.4120.2060 3080.0830.2640.2060.3000.3420.1170.602   1.52.11.21.21.2
保藏号     检测1Affymetrix    BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
淋巴细胞抗原75GM2激活物蛋白3型肌醇1，4，5-三磷酸受体(ITPR3)KIAA0284金属硫蛋白I-BBTG2腺苷酸激酶1肿瘤坏死因子受体超家族，成员12，WSL-LR，WSL-S1和WSL-S2蛋白氨基肽酶N/CD13生长抑制和DNA损伤诱导的蛋白(gadd45)KIAA0638蛋白  AF011333X62078U01062AI828210M13485U72649J04809Y09392M22324M60974AB014538  NM_002349NM_002224NM_006763NM_000476NM_003790NM_001150NM_001924  38160_at35820_at182_at38592_s_at609_f_at36634_at36997_at41189_at39385_at1911_s_at37375_at  PPPPPPPPPPP   APPPPPAPPPP 1.21.21.21.21.21.21.21.21.21.21.2     0.1320.1010.0520.0780.2660 2100.2460.3500.3980.1770.680   1.71.51.51.9
保藏号     检测1Affymetrix   BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
粘着斑蛋白前胶原蛋白-脯氨酸，2-氧化戊二酸(oxoglutarate)4-双加氧酶(dioxygenase)(脯氨酸4-羟化酶)，α多肽IImsg1相关的基因1(mrg1)，Cbp/p300-相互作用的反式激活物微粒体谷胱甘肽S-转移酶3维生素A反应性；细胞骨架相关的17-kDa蛋白，干扰素刺激的蛋白，15kDa基质金属蛋白酶14(插入膜的)4F2细胞表面抗原，溶质载体家  M33308U90441U65093AF026977AF070523M13755X83535J02939   NM_003373NM_004199NM_006079NM_004528NM_006407NM_005101NM_004995NM_002394 36601_at34390_at33113_at39018_at39091_at1107_s_at34747_at38029_at   PPPPPPPP     PPPPPPAP 1.21.11.11.11.11.11.11.1     0.0780.3470.1640.1910.2160.1190.4870.143   + 1.21.12.92.4
保藏号     检测1Affymetrix       BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
族3，成员2金属硫蛋白-III蛋白激酶(cAMP-依赖的，催化的)抑制物α蛋白激酶(cAMP-依赖的，催化的)抑制物αreticulocalbin 1，EF-手钙(handcalcium)结合区lipin 1，KIAA0188蛋白酶，丝氨酸，23hect结构域和RLD 2GATA结合蛋白(GATA2)agrin前体均衡(equilibrative)核苷转运物1(hENT1) M93311S76965S76965D42073D80010AF015287AF041080M68891AF016903U81375 NM_005954NM_006823NM_006823NM_002901NM_007173NM_004667NM_002050NM_004955 870_f_at36202_at546_at40556_at38098_at40078_at40877_s_at37194_at33454_at33901_at PPPPPPPPPP PPPPPPPPPP 1.11.11.01.11.11.01.01.01.01.0 0.3340.0460.3670.0350.0800.0990.1040.3250.2720.352 1.11.41.31.0
保藏号     检测1Affymetrix      BEC    LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
coronin，肌动蛋白结合蛋白2B，KIAA0925f盒(和WD-40结构域蛋白3非综合症(nonsyndromic)听力障碍蛋白(DFNA5)肌动蛋白丝结合的蛋白TNFR相关的死亡受体-6(DR6)血清/糖皮质激素调节的激酶DNase XDNase X脂肪酸去饱和酶3LYL-1ATP结合盒，亚家族C(CFTR/MRP)，成员1  AB023142U07000AF073308D25248AF068868Y10032X90392X90392AC004770M22637X78338 NM_012165NM_004403NM_021638NM_014452NM_005627NM_006730NM_006730NM_021727NM_004996  34772_at537_f_at41872_at37578_at35402_at973_at37214_g_at37213_at34224_at39971_at34016_s_at  PPPPPPPPPPP   AMPPAAPPPpA 1.01.01.01.01.01.01.01 01.01.01.0     0.4590.2120.5350.2180.2350.1740.5070.3760.2940 3130.258 1.01.71.42.3
保藏号     检测1Affymetrix      BEC LECID 基因表达分析信号对数s.d.3比2 确认NB    IF 信号对数比
跨膜蛋白(CD59)fms相关的酪氨酸激酶1，VEGFR-1  M84349S77812 NM_002019 39351_at1545_g_at  PP   PP   1.01.0     0.1410.535 +  1.11.9
1一种测定方法，表明转录子是否被检测到(存在，P)，未检测到(缺失，A)，或勉强检测到(勉强，M；如果一次试验中为P，另一次为A也用M表示)。
2两种独立采集的BEC和LEC(＝共4组比较)的转录子的表达水平的变化。以log2比值表示所述变化。
3所述表达水平(四组比较)变化的标准偏差。
NB＝Northern印记，IF＝免疫荧光
                                       表10
                             已知的LEC-特异性基因
          基因                       保藏号
   检测*   起始EST   可能的基因
CD36＝COL1/TSP受体，脂肪酸转运蛋白β1-syntrophincollectin亚家族成员12分解蛋白和金属蛋白酶结构域12细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4niban蛋白NM_022083 niban蛋白含多个PDZ区的蛋白，LNXMAGE-E1蛋白上游刺激因子1，USF1(基因组匹配)与YRPW基序1相关的毛状/分裂增强子α-2，8-聚唾液酸转移酶semaphorin 6A1鸟苷酸核苷酸结合蛋白(G prot)，γ2膜整合蛋白3与小鼠糖皮质激素诱导的基因1类似YAP65(65kDa MW的Yes相关蛋白)17kDa胎脑蛋白Kruppel-样因子5降钙素受体样，CGRP type 1受体 Af(S/4，3 )Af(S/4，5)Af(S/4，5)Af(S/4，3)Af(S/4，0)Af(S/3，7)Af(S/3，5)Af(S/3，2)Af(S/2，6)Af(NS/2，6)Af(S/2，5)Af(S/2，4)Af(S/2，3)Af(S/2，3)Af(S/2，0)Af(NS/2，0)Af(NS/1，9)Af(S/1，8)Af(S/1，7)   R20784H54254氨基酸447177R74387氨基酸147933AI733018氨基酸554814AI738919AI435112氨基酸701033R61374AI422986W21965氨基酸738022氨基酸128019AI678080AL048399H92988AI815057AI741128，   M98399L31529NM_030781NM_003474NM_005214NM_052966NM_032622NM_030801AB017568NM_012258L41680NM_020796NM_030926XM_070471X80507NM_022343NM_001730NM_005795，L76380
         基因                      保藏号
检测* 起始EST 可能的基因
成纤维细胞生长因子13，同种型1A四区(tetraspan) NET-6蛋白环指蛋白11 Af(NS/1，7)Af(NS/1，6)Af(S/1，6)   T94540AW014749W22687AL079648 NM_004114NM_014399BC020964
*Af＝Affymetrix，S＝对LEC的特异性，NS＝非特异性(也在BEC中表达)，数字代表BEC和LEC之间的信号强度的log2比值。
                         表11
        根据保藏号鉴定的差异表达的基因
基因     检测* 起始EST   SEQ ID NO：
ESTESTESTESTESTESTESTESTESTESTESTESTESTESTESTEST     Af(S/4，9)Af(S/3，7)Af(S/3，2)Af(S/2，9)Af(S/2，8)Af(NS/2，6)Af(S/2，3)Af(S/2，2)Af(S/2，1)Af(NS/2，0)Af(S/1，9)Af(NS/1，9)Af(S/1，8)Af(S/1，7)Af(S/1，6)Af(S/1，6)  AL079386N21555AL119027H05299AA973128AI128820AW044647AI333058AI536067AA156409AI770080AA456099AI692645AL119265AI478114AI817448     12345678910111213
*Af＝Affymetrix，S＝对LEC的特异性，NS＝非特异性(也在BEC中表达)，数字代表BEC和LEC之间的信号强度的log2比值。
                                                 表12
                                            其它鉴定的蛋白
             基因                       保藏号
    检测*   起始EST 可能的基因
KIAA1392，假想蛋白DKFZp762K222与葡萄糖磷酸变位酶5相似与跨膜受体Unc5H1类似假想蛋白MGC21854KIAA1877与未命名的蛋白产物相似未知蛋白KIAA1058(+从ests起缺失N-末端)与KIAA1673相似与溶酶体氨基酸转运子1相似与KIAA1673蛋白相似的人蛋白KIAA0493假想蛋白MGC2780跨膜蛋白2新的人染色体1基因作图 Af(S/5，3)Af(S/4，5)Af(S/4，5)Af(S/3，7)Af(S/3，4)Af(NS/3，1)Af(S/2，9)Af(S/2，6)Af(S/2，3)Af(S/2，3)Af(S/2，3)Af(S/2，3)Af(S/2，3)Af(NS/2，3)Af(S/2，2) N50545AL046941R56359AI659418AW004016氨基酸036952氨基酸846091氨基酸007697AI948598AI692279AI948598氨基酸532655AI734962NM_013390氨基酸651889 XM_048721    (20)XM_047649    (21)XM_030300    (22)NM_52862     (23)XM_85235XM_38314     (24)AB028981     (25)XM_059607    (26)XM_058449    (27)XM_59607AB007962     (28)NM_25266     (29)57094_atHS455J72(30)
*Af＝Affymetrix，S＝对LEC的特异性，NS＝非特异性(也在BEC中表达)，数字代表BEC和LEC之间的信号强度的log2比值。
在表5，6和12中，括号里的数字表示序列表里的SEQ ID NO：。下表13将这些序列与多肽序列SEQ ID NO：31-44和46(开放阅读框架，ORF’s)。
                             表13
                对应于LEC-特异性多核苷酸的多肽
    保藏号     多核苷酸     多肽
    NM_021647     SEQ ID NO：14     SEQ ID NO：31
    NM_014817     SEQ ID NO：15     SEQ ID NO：32
    XM_059074     SEQ ID NO：16     SEQ ID NO：33
    NM_016647     SEQ ID NO：17     SEQ ID NO：34
    XM_048721     SEQ ID NO：20     SEQ ID NO：35
    XM_047649     SEQ ID NO：21     SEQ ID NO：36
    XM_030300     SEQ ID NO：22     SEQ ID NO：37
    NM_052862     SEQ ID NO：23     SEQ ID NO：38
    XM_039314     SEQ ID NO：24     SEQ ID NO：39
    AB028981     SEQ ID NO：25     SEQ ID NO：40
    XM_059607     SEQ ID NO：26     SEQ ID NO：41
    XM_058449     SEQ ID NO：27     SEQ ID NO：42
    NM_25266     SEQ ID NO：29     SEQ ID NO：43
    AL137762/HS455J72     SEQ ID NO：30     SEQ ID NO：44
    XM_084655     SEQ ID NO：45     SEQ ID NO：46
                                             表14
                                    表3中序列的序列鉴定物
         保藏号 氨基酸SEQID NO：  核苷酸SEQID NO：
肺I型细胞膜相关蛋白，podoplanin  AF030428  NM_006474 SEQ ID NO：65  SEQ ID NO：66
肺I型细胞膜相关蛋白，podoplanin  AI660929  NM_006474 同上
细胞视黄醇结合蛋白  M11433  NM_002899 SEQ ID NO：67  SEQ ID NO：68
巨噬细胞甘露糖受体(MRC1)  M93221 SEQ ID NO：69  SEQ ID NO：70
转录因子C-MAF  AF055376  NM_005360 SEQ ID NO：71  SEQ ID NO：72
转录因子C-MAF  AF055376  NM_005360 同上
含硒蛋白P  Z11793  NM_005410 SEQ ID NO：73  SEQ ID NO：74
KIAA0466，免疫球蛋白超家族，成员3  AB007935  NM_001542 SEQ ID NO：75  SEQ ID NO：76
II型膜蛋白，与HIV gp120-结合C-型凝集素类似，CD209抗原样  AB015629  NM_014257 SEQ ID NO：77  SEQ ID NO：78
KIAA0626  AB014526  NM_021647 SEQ ID NO：79  SEQ ID NO：80
KIAA0711  AB018254  NM_014867 SEQ ID NO：81  SEQ ID NO：82
整联蛋白α9  D25303  NM_002207 SEQ ID NO：83  SEQ ID NO：84
整联蛋白α9  D25303  NM_002207 同上
 松弛素H2 X00948  NM_005059 SEQ ID NO：85 SEQ ID NO：86
 KIAA0644 AB014544  NM_014817 SEQ ID NO：87 SEQ ID NO：88
 Cdk-抑制物p57KIP2(KIP2) U22398  NM_000076 SEQ ID NO：89 SEQ ID NO：90
 Cdk-抑制物p57KIP2(KIP2) U22398  NM_000076 同上
 暂时受体电压通道TRPC6 AJ006276  NM_004621 SEQ ID NO：91 SEQ ID NO：92
 cDNA DKFZp564O222(来自克隆DKFZp564O222) AL050002 SEQ ID NO：93
M80482  NM_002570 SEQ ID NO：94 SEQ ID NO：95
 G-蛋白信号16调节物，A28-RGS14p U70426  NM_002928 SEQ ID NO：96 SEQ ID NO：97
 二氢嘧啶酶相关蛋白-1，脑袁蛋白反应介导物蛋白1 D78012  NM_001313 SEQ ID NO：98 SEQ ID NO：99
 粒桥蛋白(DPI，DPII) AL031058  NM_004415 SEQ ID NO：100 SEQ ID NO：101
 pendrin，溶质载体家族，成员4 AF030880  NM_000441 SEQ ID NO：102 SEQ ID NO：103
 reelin(RELN) U79716  NM_005045 SEQ ID NO：104 SEQ ID NO：105
 整联蛋白，α1 X68742 SEQ ID NO：106
 整联蛋白，α1 X68742 同上
 胆固醇25羟化酶 AF059214  NM_003956 SEQ ID NO：107 SEQ ID NO：108
 抑制素β-B亚单位前体 M31682  NM_002193 SEQ ID NO：109 SEQ ID NO：110
KIAA1233 AL109724  SEQ ID NO：111
前-B细胞刺激因子类似物(SDF1b) L36033  NM_000609  SEQ ID NO：112  SEQ ID NO：113
V-Erba相关Ear-3蛋白 HG3510-HT3704  SEQ ID NO：114
单克隆抗体MRC OX-2鉴定的抗原 X05323  SEQ ID NO：115  SEQ ID NO：116
载脂蛋白D J02611  NM_001647  SEQ ID NO：117  SEQ ID NO：118
TIMP3，基质金属蛋白酶的组织抑制物 U14394  NM_000362  SEQ ID NO：119  SEQ ID NO：120
TIMP3 U14394  NM_000362  同上
乙醛脱氢酶1 K03000  NM_000689  SEQ ID NO：121  SEQ ID NO：122
prospero相关同源框1(prox 1) U44060  NM_002763  SEQ ID NO：123  SEQ ID NO：124
基质Gla蛋白 AI953789  NM_000900  SEQ ID NO：125  SEQ ID NO：126
神经元pentraxin II(NPTX2) U29195  SEQ ID NO：127  SEQ ID NO：128
histatin 2(HIS2) M26665  NM_000200  SEQ ID NO：129  SEQ ID NO：130
ADDL mRNA for内收蛋白样蛋白，内收蛋白3(γ) D67031  NM_016824  SEQ ID NO：131  SEQ ID NO：132
内收蛋白3(γ) U37122  NM_016824  同上
MADS框转录增强因子2，多肽C(肌细胞增强因子2C) L08895  NM_02397  SEQ ID NO：133  SEQ ID NO：134
MADS框转录增强因子2，(肌细胞增强因子2C) NM_002397  同上
MADS框转录增强因子2，多肽C(肌细胞增强因子2C)  S57212  NM_002397 同上
葡萄糖磷酸变位酶5  L40933  NM_021965 SEQ ID NO：135 SEQ ID NO：136
细胞周期蛋白E2  AF102778  NM_004702 SEQ ID NO：137 SEQ ID NO：138
白介素7(IL7)  M29053 SEQ ID NO：139 SEQ ID NO：140
白介素7  J04156  NM_000880 同上
cDNA DKFZp586L0120(来自克隆DKFZp586L0120)  AL050154 SEQ ID NO：141
过氧化物酶体增生活化的受体，γ，PPARG  L40904  NM_005037 SEQ ID NO：142 SEQ ID NO：143
脂肪酸结合蛋白4  氨基酸128249  NM_001442 SEQ ID NO：144 SEQ ID NO：145
蛋白激酶Cζ  Z15108  NM_002744 SEQ ID NO：146 SEQ ID NO：147
46kDa柯萨奇病毒和腺病毒受体(CAR)蛋白  Y07593  NM_001338 SEQ ID NO：148 SEQ ID NO：149
来自7q35-qter的PAC克隆RP4-751H13，锌指样  AC004877 SEQ ID NO：150 SEQ ID NO：151
胸腺嘧啶激酶1，可溶  M15205  NM_003258 SEQ ID NO：152 SEQ ID NO：153
胸腺嘧啶激酶1  K02581  NM_003258 同上
Pig7(PIG7)，LPS诱导的TNF-α因子  AF010312  NM_004862 SEQ ID NO：154 SEQ ID NO：155
LPS诱导的TNF-α因子  AL120815  NM_004862 同上
脂肪酶A，溶酶体酸，胆固醇酯酶  X76488  NM_000235 SEQ ID NO：156 SEQ ID NO：157
泛素特异性蛋白13(异肽酶T-13)  U75362  NM_003940 SEQ ID NO：158 SEQ ID NO：159
癌胚抗原相关的细胞粘附分子1(胆汁糖蛋白)CEACAM1  X16354  NM_001712 SEQ ID NO：160 SEQ ID NO：161
cDNA DKFZp586D0918(来自克隆DKFZp586D0918)  AL049370 SEQ ID NO：162
KIAA0598，B细胞RAG相关蛋白  AB011170  NM_014863 SEQ ID NO：163 SEQ ID NO：164
RAMP2(受体(降钙素)活性修饰蛋白2)  AJ001015  NM_005854 SEQ ID NO：165 SEQ ID NO：166
胆固醇酯转移蛋白前体  M30185  NM_000078 SEQ ID NO：167 SEQ ID NO：168
上皮膜蛋白2  U52100  NM_001424 SEQ ID NO：169 SEQ ID NO：170
MHC II型淋巴细胞抗原(HLA-DP)β链  M83664  NM_002121 SEQ ID NO：171 SEQ ID NO：172
MHC II型淋巴细胞抗原(HLA-DP)β链  M83664  NM_002121 同上
β-抑制蛋白(抑制蛋白)2  AF106941  NM_004313 SEQ ID NO：173 SEQ ID NO：174
有丝分裂检验点激酶Bub1(BUB1)  AF053305  NM_004336 SEQ ID NO：175 SEQ ID NO：176
KIAA0229，与人锚蛋白1(S08275)相似  D86982 SEQ ID NO：177 SEQ ID NO：178
Sprouty 1类似物(FGF信号的拮抗物)  AF041037 SEQ ID NO：179 SEQ ID NO：180
Rap1的鸟苷酸核苷酸交换因子；M-Ras-调节的GEF，KIAA0277  NM_012294 SEQ ID NO：181 SEQ ID NO：182
translin  X78627  NM_004622 SEQ ID NO：183 SEQ ID NO：184
红细胞膜蛋白带4.9(dematin)  U28389  NM_001978 SEQ ID NO：185 SEQ ID NO：186
KIAA0846蛋白  AB020653  NM_015376 SEQ ID NO：187 SEQ ID NO：188
神经胶质成熟因子，γ  W07033  NM_004877 SEQ ID NO：189 SEQ ID NO：190
胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)  X16302  NM_000597 SEQ ID NO：191 SEQ IDNO：192
平滑肌肌球蛋白重链同种型Smemb  S67247 SEQ ID NO：193 SEQ ID NO：194
TTG-2(具有LIM基序的富含半胱氨酸的蛋白)，LIM区only 2(rhombotin样1)  X61118  NM_005574 SEQ ID NO：195 SEQ ID NO：196
细胞周期蛋白B2  AL080146  NM_004701 SEQ ID NO：197 SEQ ID NO：198
KIAA0353  AB002351 SEQ ID NO：199 SEQ ID NO：200
KIAA0559，piccolo(突触前细胞基质蛋白)  AB011131 SEQ ID NO：201 SEQ ID NO：202
G蛋白偶联的受体，家族C，组5，成员B  AC004131  NM_016235 SEQ ID NO：203 SEQ ID NO：204
G蛋白偶联的受体，家族C，组5，成员B  AI801872  NM_016235 同上 同上
CREM(环AMP-反应性元件调节物β同种型)  S68134  NM_001881 SEQ ID NO：205 SEQ ID NO：206
CREM(环AMP-反应性元件调节物β同种型)  S68134  NM_001881 同上 同上
CREM(环AMP-反应性元件调节物β同种型)  S68271  NM_001881 同上 同上
假想蛋白FLJ13110  AL080222  NM_022912 SEQ ID NO：207 SEQ ID NO：208
肌醇(myo)-1(或4)-单磷酸酶2 AF014398  NM_014214 SEQ ID NO：209 SEQ ID NO：210
KIAA0937蛋白 AB023154 SEQ ID NO：211 SEQ ID NO：212
有丝分裂纺锤体卷曲螺旋相关蛋白 AF063308  NM_006461 SEQ ID NO：213 SEQ ID NO：214
富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白2(CSRP2) U57646  NM_001321 SEQ ID NO：215 SEQ ID NO：216
拓扑异构酶(DNA)IIα(170kD) AI375913  NM_001067 SEQ ID NO：217 SEQ ID NO：218
DNA拓扑异构酶II J04088  NM_001067 同上 同上
蛋白磷酸酶抑制物2(PPP1R2) U68111 SEQ ID NO：219 SEQ ID NO：220
KIAA0186 D80008  NM_021067 SEQ ID NO：221 SEQ ID NO：222
双重特异性酪氨酸(Y)-磷酸化调节激酶3(Dyrk3) Y12735  NM_003582 SEQ ID NO：223 SEQ ID NO：224
驱动蛋白样纺锤蛋白HKSP(HKSP) U37426  NM_004523 SEQ ID NO：225 SEQ ID NO：226
亨廷顿相关蛋白反应蛋白(duo) U94190  NM_003947 SEQ ID NO：227 SEQ ID NO：228
diubiquitin AL031983  NM_006398 SEQ ID NO：229 SEQ ID NO：230
bikunin，丝氨酸蛋白酶抑制物，Kunitz型，2 U78095  NM_021102 SEQ ID NO：231 SEQ ID NO：232
细胞色素P-450-1(TCDD-可诱导的) K03191  NM_000499 SEQ ID NO：233 SEQ ID NO：234
细胞色素P(1)-450 X02612  NM_000499 同上 同上
KIAA0513  NM_014732 SEQ ID NO：235 SEQ ID NO：236
蛋白磷酸酶抑制物2(PPP1R2)  U68111 同上
RAMP3(受体(降钙素)活性修饰蛋白3)  AJ001016  NM_005856 SEQ ID NO：237 SEQ ID NO：238
B-mvb  X13293  NM_002466 SEQ ID NO：239 SEQ ID NO：240
KIAA0952  AB023169  NM_014962 SEQ ID NO：241 SEQ ID NO：242
干扰素刺激的基因(20kD)，HEM45  U88964  NM_002201 SEQ ID NO：243 SEQ ID NO：244
GS3955  D87119  NM_021643 SEQ ID NO：245 SEQ ID NO：246
GS3955  D87119  NM_021643 同上 同上
GRB2相关的接合体蛋白(Grap)  U52518  NM_006613 SEQ ID NO：247 SEQ ID NO：248
KIAA1071蛋白  AB028994 SEQ ID NO：249 SEQ ID NO：250
具有多重剪接的RNA结合蛋白基因，RBP-MS/类型5  D84111  NM_006867 SEQ ID NO：251 SEQ ID NO：252
具有多重剪接的RNA结合蛋白基因，RBP-MS/类型5  D84111  NM_006867 同上 同上
RBP-MS/类型4，具有多重剪接的RNA结合蛋白基因  D84110  NM_006867 同上
RBP-MS/类型4，具有多重剪接的RNA结合蛋白基因  D84110  NM_006867 同上 同上
RBP-MS/类型3，具有多重剪接的RNA结合蛋白基因  D84109  NM_006867 同上 同上
α-辅肌动蛋白-2相关的LIM蛋白  AF002282  NM_014476 SEQ ID NO：253 SEQ ID NO：254
semaphorin-III(Hsema-I)，semaphorin 3A  L26081  NM_006080 SEQ ID NO：255 SEQ ID NO：256
含IQ基序的GTPase活化蛋白2  U51903  NM_006633 SEQ ID NO：257 SEQ ID NO：258
抑制蛋白，β2  HG2059-HT2114 同上
视网膜母细胞瘤相关蛋白HEC  AF017790  NM_006101 SEQ ID NO：259 SEQ ID NO：260
LIM区结合蛋白(LDB1)  AF052389  NM_001290 SEQ ID NO：261 SEQ ID NO：262
双重特异性磷酸酶5  U15932  NM_004419 SEQ ID NO：263 SEQ ID NO：264
人cDNA 3’，mRNA序列  AI557322 SEQ ID NO：265
单胺氧化酶A(MAOA)  M68840  NM_000240 SEQ ID NO：266 SEQ ID NO：267
单胺氧化酶A  氨基酸420624  NM_000240 同上
NECDIN相关蛋白  U35139  NM_002487 SEQ ID NO：268 SEQ ID NO：269
调节(调节性)溶质载体蛋白，家族1，成员1  X82877  NM_006511 SEQ ID NO：270 SEQ ID NO：271
TTK蛋白激酶  M86699  NM_003318 SEQ ID NO：272 SEQ ID NO：273
fms相关的酪氨酸激酶4，VEGFR-3  X69878  NM_002020 SEQ ID NO：274 SEQ ID NO：275
TSC403，与溶酶体相关的膜糖蛋白类似  AB013924  NM_014398 SEQ ID NO：276 SEQ ID NO：277
HMG-2  X62534 SEQ ID NO：278 SEQ ID NO：279
人克隆24416mRNA序列  AF052159 SEQ ID NO：280空序列 SEQ ID NO：281
降钙素受体样  L76380  NM_005795 SEQ ID NO：282 SEQ ID NO：283
KIAA0582蛋白 AI761647  NM_015147 SEQ ID NO：284 SEQ ID NO：285
cDNA DKFZp434B102(来自克隆DKFZp434B102) AL080192 SEQ ID NO：286
cDNA DKFZp586G1922(来自克隆DKFZp586G1922) AL080110 SEQ ID NO：287
乙酰-CoA合酶3 D89053  NM_004457 SEQ ID NO：288 SEQ ID NO：289
脂肪酸辅酶A接合酶，长链3 AA977580  NM_004457 同上
STAT诱导的STAT抑制物-2 AF037989 SEQ ID NO：290 SEQ ID NO：291
同源异型蛋白Hox5.4 HG3502-HT3696 SEQ ID NO：292
假想蛋白FLJ13910，cDNADKFZp586M141(来自克隆DKFZp586M141) AL050139  NM_022780 SEQ ID NO：293 SEQ ID NO：294
cDNA DKFZp586N012(来自克隆DKFZp586N012) AL049471 SEQ ID NO：295
UbcH10，泛素载体蛋白E2-C U73379  NM_007019 SEQ ID NO：296 SEQ ID NO：297
细胞周期蛋白依赖的激酶抑制物3，蛋白酪氨酸磷酸酶(CIP2) L25876  NM_005192 SEQ ID NO：298 SEQ ID NO：299
糖原磷酸化酶(PYGL) AF046798 SEQ ID NO：300 SEQ ID NO：301
造血因子-2 AF004327  NM_001147 SEQ ID NO：302 SEQ ID NO：303
造血因子-2 AF004327  NM_001147 同上 同上
叉头盒M1 U74612  NM_021953 SEQ ID NO：304 SEQ ID NO：305
可能的异戊二烯化的蛋白酪氨酸磷酸化酶hPRL-3 AF041434  NM_007079 SEQ ID NO：306 SEQ ID NO：307
RAB31，Rab亚家族的Low MrGTP结合蛋白 U59877  NM_006868 SEQ ID NO：308 SEQ ID NO：309
RAB31，RAS原癌基因家族成员 AI189226  NM_006868
肌球蛋白VIIA U39226  NM_000260 SEQ ID NO：310 SEQ ID NO：311
Grb2-相关结合物-1，与IRS-1相关的停靠蛋白 U43885  NM_002039 SEQ ID NO：312 SEQ ID NO：313
核纤层蛋白B1 L37747 SEQ ID NO：314 SEQ ID NO：315
微型染色体保持缺陷的(mis5，S.pombe)6 HsMcm6 D84557  NM_005915 SEQ ID NO：316 SEQ ID NO：317
细胞周期蛋白B1 M25753 SEQ ID NO：318
细胞周期蛋白B1 M25753 同上 同上
RTP，N-myc下游调节的 D87953  NM_006096 SEQ ID NO：319 SEQ ID NO：320
α2，3-唾液酸转移酶 AB022918  NM_006100 SEQ ID NO：321 SEQ ID NO：322
ADP-核糖基化因子样蛋白4 U73960  NM_005738 SEQ ID NO：323 SEQ ID NO：324
中心粒蛋白F(350/400kD，分裂激素) U30872  NM_016343 SEQ ID NO：325 SEQ ID NO：326
亲代表达的10，KIAA1051 AB028974  NM_015068 SEQ ID NO：327 SEQ ID NO：328
微管蛋白，α1(睾丸特异性) X06956 SEQ ID NO：329 SEQ ID NO：330
KIAA0101  D14657  NM_014736 SEQ ID NO：331 SEQ ID NO：332
KIAA0128，septin2  D50918 SEQ ID NO：333 SEQ ID NO：334
蛋白磷酸酶2，调节性亚基B(B56)，γ  Z69030  NM_002719 SEQ ID NO：335 SEQ ID NO：336
脱氧胞苷激酶  M60527  NM_000788 SEQ ID NO：337 SEQ ID NO：338
整联蛋白β3结合蛋白(β3-内联蛋白)  U37139  NM_014288 SEQ ID NO：339 SEQ ID NO：340
TAL1(SCL)中断位点  M74558  NM_003035 SEQ ID NO：341 SEQ ID NO：342
KIAA0666  AB014566 SEQ ID NO：343 SEQ ID NO：344
cAMP-特异性磷酸二酯酶8A，PDE8A1  AF056490 SEQ ID NO：345 SEQ ID NO：346
有丝分裂检验点激酶Mad3L(MAD3L)，BUB1B  AF053306  NM_001211 SEQ ID NO：347 SEQ ID NO：348
核糖体S6激酶  X85106  NM_021135 SEQ ID NO：349 SEQ ID NO：350
HPTPε(蛋白酪氨酸磷酸酶ε)  X54134  NM_006504 SEQ ID NO：351 SEQ ID NO：352
Lyn酪氨酸激酶，v-yes-1Yamaguchi肉瘤病毒相关的原癌基因同源物  M79321  NM_002350 SEQ ID NO：353 SEQ ID NO：354
lyn酪氨酸激酶，v-yes-1Yamaguchi肉瘤病毒相关的原癌基因同源物  M16038  NM_002350 同上
lyn酪氨酸激酶  M16038  NM_002350 同上
brachyury变体A(TBX1)，T-box1转录因子r AF012130  NM_005992 SEQ ID NO：355 SEQ ID NO：356
单克隆抗体Ki-67的抗原的mki67a mRNA(长链型) X65550  NM_002417 SEQ ID NO：357 SEQ ID NO：358
蛋白酪氨酸磷酸酶受体pi(PTPRP) U81561  NM_002847 SEQ ID NO：359 SEQ ID NO：360
cbl-b U26710  NM_004351 SEQ ID NO：361 SEQ ID NO：362
细胞周期蛋白A2 X51688  NM_001237 SEQ ID NO：363 SEQ ID NO：364
核苷磷酸化酶 X00737  NM_000270 SEQ ID NO：365 SEQ ID NO：366
TNF-相关的凋亡诱导配体TRAIL U37518  NM_003810 SEQ ID NO：367 SEQ ID NO：368
磷酸二酯酶4B，cAMP-特异性 L20971  NM_002600 SEQ ID NO：369 SEQ ID NO：370
巢蛋白(议定菌素) M30269  NM_002508 SEQ ID NO：371 SEQ ID NO：372
HYA22蛋白 D88153  NM_005808 SEQ ID NO：373 SEQ ID NO：374
磷脂酸磷酸酶2A型 AF014402  NM_003711 SEQ ID NO：375 SEQ ID NO：376
KIAA0512，ALEX2 AB011084  NM_014782 SEQ ID NO：377 SEQ ID NO：378
血栓烷A2受体 D38081  NM_001060 SEQ ID NO：379 SEQ ID NO：380
三叶草因子(trefoil factor)3(小肠) AI985964  NM_003226 SEQ ID NO：381 SEQ ID NO：382
G-2和S-期表达的1 AL031588  NM_016426 SEQ ID NO：383 SEQ ID NO：384
ADP-核糖基转移酶(NAD+；多(ADP-核糖)聚合酶)-样2  AJ236876  NM_005484 SEQ ID NO：385 SEQ ID NO：386
丝氨酸/苏氨酸激酶12  AF015254  NM_004217 SEQ ID NO：387 SEQ ID NO：388
微管蛋白，A1，同种型44  HG2259-HT2348 同上
核纤层蛋白B受体  L25931  NM_002296 SEQ ID NO：389 SEQ ID NO：390
KIAA0429  AB007889  NM_014751 SEQ ID NO：391 SEQ ID NO：392
转录因子4  M74719  NM_003199 SEQ ID NO：393 SEQ ID NO：394
多配体聚糖3(N-多配体聚糖)，KIAA0468  AB007937  NM_014654 SEQ ID NO：395 SEQ ID NO：396
RECK蛋白前体  氨基酸099265  NM_021111 SEQ ID NO：397 SEQ ID NO：398
推定的前列腺癌肿瘤抑制物  U42349  NM_006765 SEQ ID NO：399 SEQ ID NO：400
蛋白磷酸酶1，调节性(抑制物)亚基  AB020630 SEQ ID NO：401 SEQ ID NO：402
PDZ和LIM区1(elfin)  U90878  NM_020992 SEQ ID NO：403 SEQ ID NO：404
假想蛋白来自克隆643  AF091087  NM_020467 SEQ ID NO：405 SEQ ID NO：406
p53-调节的DDA3  氨基酸926959 SEQ ID NO：407
KIAA0062  D31887 SEQ ID NO：408 SEQ ID NO：409
中链乙酰辅酶A脱氢酶  M91432 SEQ ID NO：410 SEQ ID NO：411
间隙连接蛋白，α1，43kD(连接蛋白(connexin)43) M65188  NM_000165 SEQ ID NO：412 SEQ ID NO：413
MyoD家族抑制物 U78313  NM_005586 SEQ ID NO：414 SEQ ID NO：415
核酸内切/外切酶Mre11(MRE11A) AF073362  NM_005591 SEQ ID NO：416 SEQ ID NO：417
核受体超家族2，F组，1号成员 X16155  NM_005654 SEQ ID NO：418 SEQ ID NO：419
                                表15
                    表4中的序列的序列鉴定物
          保藏号 氨基酸SEQ IDNO： 核苷酸SEQID NO：
p27mRNA，干扰素α-诱导的蛋白27 X67325  NM_005532 420 421
核糖核酸酶A(RNase A)，胰腺 D26129  NM_002933 422 423
造血性神经膜蛋白(hematopoietic    neuralmembrane protein)(HNMP-1) U87947  NM_001425 424 425
N-钙粘着蛋白 M34064  NM_001792  426  427
N-钙粘着蛋白 M34064  NM_001792  同上
白介素8(IL8) M28130  NM_000584  428  429
白介素8，β血小板球蛋白样蛋白前体 M17017  NM_000584 同上，SEQ IDNO：430，空  同上，SEQID NO：431，空
酪氨酸激酶受体(axl) M76125  NM_001699  432  433
HG162-HT3165  同上
细胞表面糖蛋白CD44(CD44) L05424  434  435
细胞粘附分子(CD44)  M59040  NM_000610 同上
透明质酸盐受体(CD44)  L05424 同上
血管内皮生长因子related蛋白VRP，VEGF-C  U43142  NM_005429 436 437
血管内皮生长因子C  X94216  NM_005429 同上
XIII型胶原蛋白，α1(＝COL4A2)  M33653  NM_005203 438 439
XIII型胶原蛋白，α-1  M59217  NM_005203 同上
胶原蛋白α-2I型  K01079  440
胶原蛋白α-2I型  K01079 同上
胶原蛋白，I型α2  V00503  NM_000089 同上
蛋白多糖1  X17042  NM_002727 441  442
磷酸脂肪酶A2，IVA组，钙依赖的磷脂结合蛋白(PLA2)  M72393 443 444
碳水化合物(硫酸角蛋白Gal-6)磺基转移酶  AB003791  NM_003654 445 446
原肌球蛋白2(β)，成纤维细胞原肌球蛋白  M12125  NM_003289 447 448
硫酸软骨素蛋白多糖2(多能聚糖)  X15998  NM_004385 449 450
硫酸软骨素蛋白多糖2(多能聚糖)  X15998  NM_004385 同上
潜在的转化长因子r-β结合蛋白(LTBP-2)  Z37976  NM_000428 451 452
白介素6(干扰素，β2)  X04430  NM_000600 453  454
骨形态发生蛋白-4(hBMP-4)  U43842  NM_001202 455  456
骨形态发生蛋白2B，BMP-4  M22490  NM_001202 同上
sarcolectin，角蛋白7  AJ238246  NM_005556 457  458
神经元细胞粘附分子，  AB002341  NM_005010 459  460
KIAA0343
神经元细胞粘附分子，hBR4VO/Nr-CAM前体 U55258  NM_005010 同上
基质金属蛋白酶1(基质胶原酶)，皮肤胶原酶 M13509  NM_002421 461 462
干细胞因子，KIT配体 M59964  NM_000899  463  464
uPA X02419  NM_002658  465  466
纤溶酶原激活物1 J03764 NM_000602 467 468
纤溶酶原激活物1 M14083  NM_000602  同上
selectin P，CD62，颗粒膜蛋白-140(GMP-140)前体 M25322  NM_003005 469 470
latrophilin-2 AJ131581  NM_012302  471  472
肌动蛋白，α2 X13839  NM_001613  473  474
成纤维细胞活化蛋白，α U09278  NM_004460  475  476
G蛋白信号10的调节物20 AF060877  NM_003702  477  478
IGF-II mRNA-结合蛋白3 U97188  NM_006547  479  480
视网膜cDNA随机引物亚文库，EST W28438 481
脑酸溶性蛋白1，神经组织富集的酸性蛋白(NAP-22) AF039656  NM_006317 482 483
抑制蛋白2 AL096719  NM_002628  484  485
抑制蛋白2 L10678  NM_002628  同上
Na，K-ATPaseβ-1亚基 U16799  NM_001677  486  487
Claudin-7 AJ011497  NM_001307  488  489
正常齿龈 U51712  490
分解蛋白和金属蛋白结构域23 AB009672  NM_003812 491 492
α1(VIII)胶原蛋白的COL8A1 mRNA X57527  NM_001850 493 494
信号转导物和转录激活物6(STAT6) AF067575 495 496
转录因子IL-4 Stat，STAT6 U16031  NM_003153  同上
脂皮质蛋白-III，膜联蛋白A3 M20560  NM_005139  497  498
细胞内粘附分子1(CD54)，主要组(major group)鼻病毒受体前体 M24283  NM_000201 499 500
溶质载体家族1(神经/上皮高亲合力谷氨酸转运子，系统Xag) U08989  NM_004170 501 502
溶质载体家族1(神经/上皮高亲合力谷氨酸转运子，系统Xag) AI928365  NM_004170 同上
p53诱导的蛋白 L47738  503  504
二氢嘧啶脱氢酶，DPYD U20938  NM_000110  505  506
自然杀伤细胞转录物4 氨基酸631972  NM_004221  507  508
PFTAIRE蛋白激酶1，KIAA0834 AB020641  NM_012395 509 510
RGP4，G蛋白信号10的调节物4 U27768  NM_005613 511 512
G蛋白信号的调节物4 A1267373  NM_005613  同上
原癌基因Aml1-Evi-1，融合活化的(Fusion Activated) HG4058-HT4328 513 514
原癌基因Aml1-Evi-1，融合活化的 HG4058-HT4328 同上
腺苷酸环化酶相关蛋白2 N90755  NM_006366  515  516
clusterin(补体裂解抑制物，SP-40，40，硫酸糖蛋白2，载脂蛋白J) M25915  NM_001831 517 518
ADP核糖基化因子样7 AB016811  NM_005737  519  520
H因子(补体)样1  M65292  NM_002113  521  522
RNA解旋酶相关的蛋白，金属硫蛋白-If  H68340  NM_007372 523 524
活化的反式肌动蛋白g因子(50kDa)Staf50  X82200  NM_006074 525 526
环加氧酶-2(hCox-2)  U04636  NM_000963  527  528
GRO1原癌基因，黑素瘤生长刺激活性(MGSA)  X54489  NM_001511 529 530
NRGN，neurogranin  X99076  NM_006176  531  532
小鼠dkk-1同源物  AB020315  533  534
胃肠道肿瘤相关抗原GA733-1，肿瘤相关的钙信号转导物2  J04152  NM_002353 535 536
层粘连蛋白  Z15008  NM_005562  537  538
transgelin，22kDa平滑肌蛋白(SM22)  M95787  NM_003186 539 540
编码单核细胞分泌蛋白的JE基因  M28225 541 542
锌指蛋白238，RP58  AJ223321  NM_006352  543  544
组织蛋白酶C  X87212  NM_001814  545  546
组织型凝血酶原激活物(t-PA)  M15518  NM_000930  547  548
寿司重复蛋白  AF060567  NM_014467  549  550
膜联蛋白A6  D00510  NM_001155  551  552
EphrinB1  U09303  NM_004429  553  554
EphrinB1  U09303  NM_004429  同上
TFEC同种型(转录因子EC)  D43945  NM_012252  555  556
小的可诱导细胞因子A2，(单核细胞趋化蛋白1)  M26683  NM_002982 557 558
小的可诱导细胞因子A2(单核  M26683  NM_002982  同上
细胞趋化蛋白1)
内皮细胞蛋白C/APC受体(EPCR) L35545  NM_006404 559 560
转谷氨酶(transglutaminase)2(TGase) M55153  NM_004613 561 562
转谷氨酶(TGase) M55153  NM_004613  同上
人金属硫蛋白-If M10943  563  564
转化生长因子β-诱导的(BIGH3) M77349  NM_000358 565 566
神经元特异性(γ)烯醇酶的ENO2基因 X51956 567 568
FAT肿瘤抑制物(果蝇(Drosophila))同源物 X87241  NM_005245 569 570
恶性细胞表达增强的基因/肿瘤进展-增强的基因 S82470  NM_024298 571 572
恶性细胞表达增强的基因/肿瘤进展-增强的基因 S82470  NM_024298 同上，SEQ 1DNO：573，空  同上，SEQID NO：574，空
cDNA DKFZp566G0746(来自克隆DKFZp566G0746) AL050078 575
赖氨酰氧化酶样2 U89942  NM_002318  576  577
ras-相关的C3肉毒杆菌毒素底物2(rho家族，小GTP结合蛋白Rac2) M64595  NM_002872 578 579
内皮白细胞粘附分子1(ELAM-1)，selectin E M24736  NM_000450 580 581
层粘连蛋白，α5，KIAA0533 AB011105  582  583
胎盘生长因子(PIGF) X54936  NM_002632  584  585
染色体的ALL1融合基因1q，AF1q U16954  NM_006818 586 587
溶基质素-2，MMP-10 X07820  NM_002425  588  589
金属硫蛋白-I-A K01383  590  591
胶原蛋白VIα-1 X15880  592  593
mad蛋白同源物(hMAD-3) U68019  NM_005902  594  595
mad蛋白同源物(hMAD-3) U68019  NM_005902  同上
mad蛋白同源物(hMAD-3) U68019  NM_005902  同上
膜整合蛋白2A AL021786  596
白介素1受体样1 D12763  NM_003856  597  598
高度活动性组(非组蛋白染色体)蛋白同种型I-C(HMGI-C) X92518 599 600
表皮生长因子r受体激酶底物(Eps8) U12535  NM_004447 601 602
乳酸脱氢酶B X13794  NM_002300  603  604
未知产物的mRNA D29810  605  606
假想蛋白DKFZp564D0462 AL033377  607
赖氨酰羟化酶同种型2(PLOD2) U84573  NM_000935 608 609
Follistatin样3，follistatin相关蛋白(FLRG) U76702  NM_005860 610 611
人克隆24674 mRNA序列 AF070578  612
 L-艾杜糖醇-2脱氢酶 L29254  613  614
神经元pentraxin 1 U61849  NM_002522  615  616
来自克隆23549和23762的假想蛋白 U90908  NM_021226 617 618
UDP-N-乙酰葡糖胺焦磷酸化酶 AB011004  NM_003115 619 620
锌指蛋白185(LIM结构域) Y09538  NM_007150  621  622
四个半LIM结构域2，心蛋白(FHL-2) U29332  NM_001450 623 624
有丝分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶3，MAPKAP激酶(3pK) U09578  NM_004635 625 626
金属硫蛋白1E(功能性) R92331  627
TU3A蛋白 AF03 5283  NM_007177  628  629
金属硫蛋白1H R93527  NM_005951  630  631
鸟氨酸结合蛋白 同种型II(GBP-2) M55543  NM_004120 632 633
可溶血管内皮细胞生长因子r受体1(sVEGFR-1) U01134  NM_002019 634 635
R-Ras M14949  636  637
R-ras M14949  638  639
肌氨酸转运物(SLC6A8)，可溶性载体家族6，成员8 U36341  NM_005629 同上，SEQ IDNO：638，空  同上，SEQIDNO：639，空
myb1(小鸡)同源物靶点，血红素加氧酶1(HO-1) Z82244  NM_005488 642 643
前胶原-赖氨酸，2-氧化戊二酸5-双加氧酶，赖氨酰羟化酶(PLOD) L06419  NM_000302 644 645
KIAA0836 AB020643  646  647
cDNA DKFZp434C171(来自克隆DKFZp434C171) AL080169 648 649
白介素4受体的IL-4-RmRNA X52425  NM_000418  650  651
趋化因子(C-C基序)受体样2(CCRL2)，趋化因子受体X(CKRX) AF014958  NM_003965 652 653
磷酸脂肪酶C，β3(磷脂酰肌醇-特异性) Z16411  NM_000932 654 655
LIM区蛋白 X93510  NM_003687  656  657
蛋白激酶(cAMP-依赖的，催化的)抑制物β  M34181  NM_002731 658 659
rho GDP-解离抑制物2  X69549  NM_001175  660  661
KIAA0975，咪唑受体候选物(c和idate)  AB023192  NM_007184 662 663
脊髓灰质炎病毒受体  X64116  NM_006505  664  665
脊髓灰质炎病毒受体  X64116  NM_006505  同上
即刻早期反应3  S81914  NM_003897  666  667
金属硫蛋白2A  AI547258  NM_005953  668  669
原肌球蛋白1(α)  M19267  NM_000366  670  671
原肌球蛋白1(α)  Z24727  NM_000366  同上
原肌球蛋白1(α)  M19267  NM_000366  同上
TRAM样蛋白  D31762  NM_012288  672  673
E3泛素接合酶SMURF2  氨基酸630312  NM_022739  674  675
含EGF的fibulin样细胞外基质蛋白1  U03877  NM_004105 676 677
G蛋白偶联的56  AJ011001  NM_005682  678  679
c-jun第一原癌基因(JUN)  J04111  NM_002228  680  681
G蛋白信号调节物10，RGS10  AF045229  NM_002925  682  683
β淀粉样蛋白(A4)前体蛋白结合的，家族B，成员2(Fe65-样)  U62325 684 685
ras-相关的rho蛋白  M12174  NM_004040  686  687
蛋白酶体(前体，macropain)26S亚基，非-ATPase，10  AL031177  NM_002814 688 689
KIAA0537  AB011109  NM_014840  690  691
溶酶体相关的膜蛋白-2  X77196  NM_002294  692  693
磷脂转移蛋白  L26232  NM_006227  694  695
N-豆蔻酰转移酶2  AF043325  NM_004808  696  697
磷酸果糖激酶(PFKM)  U24183  NM_000289  698  699
整联蛋白，β4  X53587  NM_000213  700  701
leupaxin  AF062075  NM_004811  702  703
内皮素转化酶1  Z35307  NM_001397  704  705
野生型p53活化的片段-1(WAF1)，细胞周期蛋白依赖的激酶抑制物1A(p21，Cip1)  U03106  NM_000389 706 707
ICAM-2，LFA-1的细胞粘附配体  X15606  NM_000873 708 709
ICAM-2，LFA-1的细胞粘附配体  X15606  NM_000873 同上
细胞内粘附分子2(ICAM-2)  M32334  710  711
真核细胞翻译起始因子2B，eIF-2Bβ亚基  AF035280  NM_014239 712 713
鸟苷磷酸化酶  X90858  NM_003364  714  715
整联蛋白，β5  X53002  NM_002213  716  717
N-磺基葡糖胺磺基水解酶(磺酰胺酶)  U30894  NM_000199 718 719
synaptojanin 2  AF039945  720  721
金属硫蛋白1L  氨基酸224832  NM_002450  722  723
巨噬细胞加帽(capping)蛋白，凝溶胶蛋白样  M94345  NM_001747 724 725
HSPC022蛋白  W68830  NM_014029  726  727
人克隆137308 mRNA，部分cds  AW006742 728
原钙粘着蛋白42，PC42，原钙粘着蛋白1(钙粘着蛋白样1)  L11370  NM_002587 729 730
caspase样凋亡调节性蛋白2(CLARP2)  AF005775  NM_003879 731 732
caspase样凋亡调节性蛋白2(CLARP2)  AF005775  NM_003879 同上
主要穹隆(major vault)蛋白，lrp  X79882  NM_005115  733  734
范可尼贫血(Fanconi anemia)，互补组G  AC004472  NM_004629 735 736
月元病毒蛋白(PrP)  U29185  NM_000311  737  738
干扰素刺激的蛋白，15kDa  氨基酸203213  NM_005101  739  740
丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制物，分化枝B(卵清蛋白)，细胞质抗蛋白酶2(CAP2)  L40377  NM_002640 741 742
双糖链蛋白聚糖  J04599  NM_001711  743  744
趋化因子(C-X-C基序)，受体4(fusin)  L06797  NM_003467 745 746
泛素羧基末端酯酶L1(泛素硫酯酶)  X04741  NM_004181 747 748
KIAA0469  AB007938  NM_014851  749  750
TNF(配体)超家族，成员4(tax-转炉活化的糖蛋白1，34kD)  AL022310  NM_003326 751 752
KIAA1053  AB028976  753  754
NAD(P)H-醌氧化还原酶  M81600  755  756
含寿司重复的蛋白  U61374  NM_006307  757  758
整联蛋白，α5  X06256  NM_002205  759  760
enigma(LIM区蛋白)  L35240  NM_005451  761  762
核苷外切三磷酸二磷酸水解酶1(ectonucleoside triphosphatediphosphohydrolase 1)  AJ133133  NM_001776 763 764
转化生长因子r-β(tgf-β)，骨形态发生蛋白6  M60315  NM_001718 765 766
转化生长因子r-β(tgf-β)，骨形态发生蛋白6  M60315  NM_001718 同上
烟酰胺N甲基转移酶，NNMT  U08021  NM_006169  767  768
cDNA DKFZp564J0323(来自克隆DKFZp564J0323)  AL049957 769
硫氧还原蛋白还原酶β  AB019694  NM_006440  770  771
f-盒和富含氨基酸repeat蛋白2  AL049953 772 773
钴胺传递蛋白II(TCN2)  L02648  NM_000355  774  775
乙醛脱氢酶2，线粒体的  X05409  NM_000690  776  777
GTP-结合蛋白ragB  X90530  NM_006064  778  779
淋巴细胞抗原75  AF011333  NM_002349  780  781
GM2活化物蛋白  X62078  782  783
3型肌醇1，4，5-三磷酸受体(ITPR3)  U01062  NM_002224 784 785
KIAA0284  AI828210  786
金属硫蛋白I-B  M13485  787  788
BTG2  U72649  NM_006763  789  790
腺苷酸激酶1  J04809  NM_000476  791  792
肿瘤坏死因子受体超家族，成员12，WSL-LR，WSL-S1和WSL-S2蛋白  Y09392  NM_003790 793 794
氨基肽酶N/CD13  M22324  NM_001150  795  796
生长抑制和DNA损伤诱导的蛋白(gadd45)  M60974  NM_001924 797 798
KIAA0638蛋白  AB014538  799  800
粘着斑蛋白  M33308  NM_003373  801  802
前胶原蛋白-脯氨酸，2-氧化戊二酸4-双加氧酶(脯氨酸4-羟化酶)，α多肽II  U90441  NM_004199 803 804
msg1-相关基因1(mrg1)，与  U65093  NM_006079  805  806
Cbp/p300相互作用的反式激活物
微粒体谷胱甘肽S-转移酶3  AF026977  NM_004528  807  808
维生素A反应性；细胞骨架相关的  AF070523  NM_006407 809 810
17-kDa蛋白，干扰素刺激的蛋白，15kDa  M13755  NM_005101 811 812
基质金属蛋白酶14(插入膜的)  X83535  NM_004995 813 814
4F2细胞表面抗原，可溶性载体家族3，成员2  J02939  NM_002394 815 816
金属硫蛋白-III  M93311  NM_005954  817  818
蛋白激酶(cAMP-依赖的，催化的)抑制物α  S76965  NM_006823 819 820
蛋白激酶(cAMP-依赖的，催化的)抑制物α  S76965  NM_006823 同上
reticulocalbin 1，EF-h和钙结合区  D42073  NM_002901 821 822
lipin 1，KIAA0188  D80010  823  824
蛋白酶，丝氨酸，23  AF015287  NM_007173  825  826
hect结构域和RLD 2  AF041080  NM_004667  827  828
GATA-结合蛋白(GATA2)  M68891  NM_002050  829  830
agrin前体  AF016903  831  832
均衡核苷转运物1(均衡核苷转运物1)(hENT1)  U81375  NM_004955 833 834
coronin，肌动蛋白结合蛋白2B，KIAA0925  AB023142 835 836
f-盒和WD-40结构域蛋白3  U07000  NM_012165  837  838
非综合症性听力障碍蛋白(DFNA5)  AF073308  NM_004403 839 840
肌动蛋白丝结合蛋白 D25248  NM_021638  841  842
TNFR-相关的死亡受体-6(DR6) AF068868  NM_014452 843 844
血清/糖皮质激素调节的激酶 Y10032  NM_005627  845  846
DNase X X90392  NM_006730  847  848
DNase X X90392  NM_006730  同上
脂肪酸去饱和酶3 AC004770  NM_021727  849  850
LYL-1 M22637  851  852
ATP-结合盒，亚家族C(CFTR/MRP)，成员1 X78338  NM_004996 853 854
跨膜蛋白(CD59) M84349  855  856
fms-相关的酪氨酸激酶1，VEGFR-1 S77812 857 858
假想蛋白FLJ23403 AI681538  NM_022068  859  860
假想蛋白FLJ20898 AI733570  NM_024600  861  862
权利要求书
(按照条约第19条的修改)
(于2003年10月15日(15.10.03)被国际局接受；修改了原始权利要求7，10，15，18，54，55，76和77；加入了新权利要求94-99；余下的权利要求未改变(7页))。
1.差异调节血管内皮细胞(BEC)或淋巴管内皮细胞(LEC)的生长或分化的方法，包括使内皮细胞和一种组合物接触，所述组合物包含差异调节血管和淋巴管内皮细胞的制剂，所述制剂选自以下物质：
(a)包含BEC多肽或LEC多肽的氨基酸序列的多肽，或者所述多肽的活性片段；
(b)包含编码(a)的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；
(c)特异性结合(a)的多肽的抗体；
(d)包含(c)的抗体的片段的多肽，其中所述片段和抗体与该多肽结合；
(e)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的反义核酸；
(f)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的干扰RNA(RNAi)。
2.权利要求1的方法，其中所述内皮细胞与所述组合物在活体外接触。
3.权利要求1方法，其中所述组合物包含可药用的稀释剂，佐剂或载体，且所述接触步骤包括将所述组合物给药受试哺乳动物，以差异调节受试哺乳动物的BEC或LEC。
4.权利要求3方法，包括：
鉴定患有以LEC的过度增生为特征的病症的人类受试者；和
将所述组合物给药该人类受试者，其中所述制剂差异抑制LEC的生长和BEC的生长。
5.权利要求3方法，包括：
鉴定患有以LEC的过度增生为特征的病症的人类受试者；
筛选受试者的LEC，以鉴定表3中的多肽的过度表达；和
将所述组合物给药该人类受试者，其中所述制剂通过抑制筛选步骤所鉴定的多肽的表达，差异抑制LEC的生长和BEC的生长。
6.根据权利要求3的调节人类受试者的淋巴管内皮细胞的生长的方法，包括以下步骤：
鉴定患有增生性淋巴疾病的人类受试者；
筛选受试者以鉴定表3中所述的LEC多肽的低表达或低活性，其中所述蛋白不在表1或2中；
将所述组合物给药人类受试者，其中所述制剂包含筛选步骤鉴定的LEC多肽(a)或者所述多肽的活性片段，或者包含编码该多肽的核苷酸序列的多核苷酸(b)。
7.一种制剂在制备差异调节血管内皮细胞(BEC)或淋巴管内皮细胞(LEC)的生长或分化的药物中的用途，所述制剂选自：
(a)包含BEC多肽或LEC多肽的氨基酸序列的多肽，或者所述多肽的活性片段；
(b)包含编码(a)的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；
(c)特异性结合(a)的多肽的抗体；
(d)包含(c)的抗体的片段的多肽，其中所述片段和抗体与该多肽结合；
(e)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的反义核酸；和
(f)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的干扰RNA(RNAi)。
8.权利要求1-7之一的方法或用途，其中所述多肽是选自表3的LEC多肽，而且所述制剂差异调节LEC和BEC的生长或分化。
9.权利要求1-7的方法或用途，其中所述多肽是选自表4的BEC多肽，而且所述制剂差异调节BEC和LEC的生长或分化。
10.权利要求8的方法或用途，其中所述多肽不在表1或2中。
11.权利要求8的方法或用途，其中所述LEC多肽包含选自SEQ ID NO：81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列。
12.权利要求8的方法或用途，其中所述LEC多肽包含选自SEQ ID NO：31-34，46或48的氨基酸序列。
13.权利要求12的方法和用途，其中所述制剂包含(c)的抗体或(d)的多肽。
14.权利要求的方法12，其中所述制剂包含(a)的多肽的细胞外区片段，或者编码所述细胞外区片段的多核苷酸。
15.权利要求1-7之一的方法或用途，其中所述制剂包含反义分子。
16.治疗遗传性淋巴水肿的方法，包括：
鉴定患有淋巴水肿的人类受试者，该受试者的编码表3中鉴定的LEC蛋白的基因的至少一个等位基因中具有突变，其中所述突变和人类受试者中的淋巴水肿相关，并且所述LEC蛋白不是VEGFR-3；且
给药所述受试者一种组合物，所述组合物包含选自VEGF-C多肽，VEGF-D多肽，VEGF-C多核苷酸，或VEGF-D多核苷酸的淋巴管生长制剂。
17.选自VEGF-C多肽，VEGF-D多肽，VEGF-C多核苷酸，或VEGF-D多核苷酸的淋巴管生长制剂在制备药物中的用途，所述药物用于治疗表3中鉴定的LEC基因突变造成的遗传性淋巴水肿，且所述基因不是VEGFR-3。
18.筛选内皮细胞疾病或患该疾病的倾向性的方法，包括：
从人类受试者获得含有内皮细胞mRNA样品；
根据样品中从所述基因转录的mRNA的量测定BEC或LEC基因的表达，其中所述BEC或LEC基因编码表3或4中鉴定的多肽。
19.监测药物对内皮细胞的效力或毒性的方法，包括以下步骤：
将药物给药受试动物前后，测定受试哺乳动物内皮细胞中至少一种BEC或LEC基因的表达，其中至少一种BEC或LEC基因编码表3中所述的多肽，并且其中BEC或LEC基因的表达的改变与药物对内皮细胞的效力或毒性相关。
20.鉴定调节内皮细胞的生长的化合物的方法，包括：
在存在或缺乏化合物的条件下培养内皮细胞；
测定细胞中至少一种BEC或LEC基因的表达，其中的BEC或LEC基因选自编码表3和4中的多肽的基因；与缺乏该化合物的情况相比，存在该化合物时至少一种BEC基因的表达改变表明该化合物是BEC生长的调节物；且与缺乏该化合物的情况相比，存在该化合物时至少一种LEC基因的表达改变表明该化合物是LEC生长的调节物。
21.权利要求20的筛选选择性调节BEC或LEC的生长或分化的化合物的方法，
其中所述测定步骤包含测定细胞内至少一种BEC基因和至少一种LEC基因的表达，和
所述方法包含通过筛选差异调节至少一种BEC基因的表达和至少一种LEC基因的表达的化合物，筛选选择性地调节BEC或LEC的生长或分化的化合物。
22.一种组合物，包含：
一种分离的多核苷酸，包含编码含有选自Q ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列；和
可药用的稀释剂，载体或佐剂。
23.权利要求22的组合物，包含含有选自Q ID NO：14-30，45，47，49，51，82，93，111，188，208，212，222，236，242，294或392的核苷酸序列的多核苷酸，或编码所述多肽的所述多核苷酸的片段。
24.一种表达载体，包含与一种多核苷酸可操作地连接的表达控制序列，所述多核苷酸包含编码含有选自SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列。
25.权利要求24的表达载体，是含有该多核苷酸的复制缺陷的腺病毒或腺伴随病毒载体。
26.一种组合物，包含权利要求24或25的表达载体以及可药用的稀释剂，载体或佐剂。
27.一种试剂盒，包含权利要求22，23或26之一的组合物，所述组合物与将其给药受试哺乳动物来调节该受试动物的淋巴系统的说明包装在一起。
28.使用权利要求24的表达载体转化或转染的宿主细胞。
29.制备LEC多肽的方法，包括在细胞表达该多核苷酸编码的多肽的条件下，使权利要求28的宿主细胞生长。
30.纯化并分离的多肽，包含选自选自Q ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列。
31.纯化并分离的多肽，其包含的氨基酸序列选自以下序列：
(a)SEQ ID NO：31-34，46，48，207，676，859或861；以及
(b)(a)的氨基酸序列的至少10个氨基酸的细胞外区片段。
32.权利要求31的纯化并分离的可溶性多肽，包含选自ID NO：31-34，46，48，207，676，859或861的氨基酸序列的胞外区片段，其中所述多肽缺乏任何跨膜区。
33.权利要求32的多肽，所述多肽缺乏任何细胞内区。
34.一种融合蛋白，包含权利要求32或33的多肽，所述多肽与包含免疫球蛋白恒定区的免疫球蛋白片段融合。
35.一种组合物，包含权利要求30-34之一的多肽或蛋白，以及可药用的稀释剂，载体或佐剂。
36.一种试剂盒，包含权利要求35的组合物，以及将所述药物组合物给药受试哺乳动物以调节所述受试动物的淋巴系统的说明。
37.一种抗体，其与权利要求30-34之一的多肽特异性结合。
38.权利要求37的抗体，其是一种人化的抗体。
39.一种蛋白质，包含与权利要求30-34之一的多肽特异性结合的抗体的抗原结合区，其中所述蛋白与该多肽特异性结合。
40.鉴定LEC核酸的方法，包括：
(a)使含有候选LEC核酸的生物样品与一种多核苷酸或其互补序列在严格的杂交条件下接触，所述多核苷酸包含SEQ ID NO：1-30，45，47，49，51，82，93，111，188，208，212，236，242，294或392的序列的至少14个连续核苷酸的片段，所述严格的杂交条件是：
(i)42℃，在含有50％甲酰胺，5xSSPE，5x Denhardt′s溶液，0.1％SDS和0.1mg/ml变性的鲑精DNA的溶液中杂交20小时，和
(ii)5℃，在1xSSC，0.1％SDS中洗涤30分钟；和
(b)检测所述候选LEC核酸和所述多核苷酸的杂交，由此鉴定LEC核酸。
41.鉴定LEC蛋白的方法，包括：
(a)使含有候选LEC蛋白的生物样品与权利要求37的抗体或权利要求39的蛋白之一的LEC蛋白结合配偶体在适合二者结合的条件下接触；和
(b)检测所述候选LEC蛋白和所述LEC结合配偶体之间的结合，从而鉴定LEC。
42.鉴定LEC的方法，包括：
(a)使含有细胞的生物样品和LEC结合配偶体在适宜两者结合的条件下接触，其中所述LEC结合配偶体包含与一种多肽结合的抗体，所述多肽含有SEQ ID NO：31-34，46，48，207，676，859或861的序列，或包含所述抗体的抗原结合片段；和
(b)通过检测细胞和所述LEC结合配偶体之间的结合鉴定LEC，其中LEC结合配偶体与细胞的结合鉴定LEC。
43.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸突变，所述突变与遗传性淋巴水肿基因型相关，并且与相应的野生型等位基因编码的多肽的氨基酸序列相比，所述突变改变人类受试者的至少一种等位基因编码的氨基酸序列，其中所述野生型多肽是表3中鉴定的多肽。
44.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸中的突变，所述突变与遗传性淋巴水肿基因型相关，并且与相应的野生型等位基因编码的多肽的氨基酸序列相比，所述突变改变人类受试者的至少一种等位基因编码的氨基酸序列，其中所述野生型多肽包含选自SEQ ID NO：31-44，46，48，52，54，207，676，859或861的氨基酸序列；
(b)使核酸中的所述突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中核酸中存在所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性增加相关，并且核酸中缺乏所述的突变与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
45.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸的突变，其中与野生型等位基因编码的转录因子多肽的转录调节活性相比，所述突变改变了该人类受试者的至少一种转录因子的等位基因编码的氨基酸序列，还改变该等位基因编码的转录因子多肽的转录调节活性，
其中所述野生型转录因子多肽包含SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：211，或SEQ ID NO：241的氨基酸序列，以及表5中的序列编码的转录因子；和
(b)使核酸中所述突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中核酸中存在所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性增加相关，并且核酸中缺乏所述的突变与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
46.权利要求45的方法，其中所述野生型转录因子等位基因包含表示为SEQ ID NO：54的Sox18氨基酸序列。
47.权利要求46的方法，其中与所述测定鉴定了改变反式激活或Sox18等位基因编码的蛋白的DNA结合区氨基酸序列的突变。
48.权利要求46的方法，其中与野生型SOX18对所述基因的转录活化相比，所述突变减少SOX18应答型基因的转录活化。
49.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸的突变，其中与野生型等位基因编码的粘附多肽的结合亲合力相比，所述突变改变了该人类受试者的至少一种转录因子的等位基因编码的氨基酸序列，还改变了该LEC等位基因编码的粘附多肽的结合亲合力，
其中所述野生型粘附多肽包含SEQ ID NO：31-34，46，207，676，859和861之一的氨基酸序列；和
(b)使核酸中所述突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中核酸中存在所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性增加相关，并且核酸中缺乏所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
50.权利要求43-49之一的方法，其中所述测定鉴定了突变的存在，并且所述相关步骤鉴定了所述病人患遗传性淋巴水肿的危险性增加。
51.筛选人类受试者患遗传性淋巴水肿的危险性增加的方法，包括测定人类受试者的核酸突变，所述突变改变了该核酸编码的至少一种多肽的氨基酸序列，所述多肽包含表3的氨基酸序列。
52.权利要求51的方法，其中所述多肽包含选自SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，和54，207，676，859或861的氨基酸序列，并且与患遗传性淋巴水肿的危险性相关。
53.权利要求52的方法，其中所述多肽包含以SEQ ID NO：54表示的SOX18氨基酸序列。
54.权利要求43-49，51，52和53之一的方法，其中所述方法包括以下步骤中的至少一步：
(a)测定人类受试者的至少一种多核苷酸的至少一种密码子的核苷酸序列；
(b)进行杂交试验以测定来自人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同；
(c)进行多核苷酸迁移试验来测定来自人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同；和
(d)进行限制性核酸内切酶消化试验确定人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同。
55.权利要求43-49，51，52和53之一的方法，其中所述方法包括：进行聚合酶链反应(PCR)来扩增包含所述LEC多核苷酸的编码序列的核酸，并测定所扩增的核酸的核苷酸序列。
56.筛选人类受试者的遗传性淋巴水肿基因型，包括：
(a)提供包括来自所述人类受试者的核酸的生物样品；和
(b)分析所述核酸中突变的存在，与编码SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列的人类基因相比，所述突变改变了人类受试者中至少一种基因的至少一种等位基因所编码的氨基酸序列，其中人类受试者中存在的突变改变上述氨基酸序列的方式与人类受试者的淋巴水肿相关可鉴定遗传性淋巴水肿。
57.权利要求56的方法，其中所述生物样品是细胞样品。
58.权利要求56的方法，其中所述分析包括测定所述核酸的部分序列。
59.权利要求56的方法，其中所述人类受试者具有由筛选法所鉴定的遗传性淋巴水肿基因型。
60.权利要求49的方法，其中至少一种基因对应于编码SEQ ID NO：54的氨基酸序列的人Sox18基因。
61.抑制淋巴管生成的方法，包括：
给药受试者LEC跨膜多肽的抑制物，
其中所述LEC跨膜多肽包含选自SEQ ID NO：31-34，46 48，207，676，859或861的氨基酸序列，而且
其中所述抑制物选自：
(a)LEC跨膜多肽的可溶性细胞外区片段；
(b)与LEC跨膜多肽胞外区结合的抗体；
(c)一种多肽，包含(b)的抗体的抗原结合区；和
(d)一种反义核酸，与编码LEC跨膜多肽和其互补物的核酸互补。
62.权利要求61的方法，其中所述抑制物是包含LEC多肽的胞外区片段的多肽，其中所述胞外区的序列选自SEQ ID NO：31的氨基酸1-152，SEQ ID NO：32的氨基酸1-695或SEQ ID NO：33的氨基酸1-248。
63.权利要求61或62的方法，其中所述受试者是患有肿瘤的人。
64.调节哺乳动物受试者的淋巴管生成的方法，包括：将LEC多核苷酸的反义分子以有效抑制LEC多核苷酸编码的多肽的转录或翻译的量，给药需要调节淋巴管生成的受试哺乳动物，其中所述LEC多核苷酸包含选自SEQ ID NO：14-30，45，47，49，51，208，677，860或862的核苷酸序列。
65.治疗遗传性淋巴水肿的方法，包括：
(a)鉴定患有遗传性淋巴水肿的人类受试者，与包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列的多肽的氨基酸序列相比，该人类受试者具有的突变改变了其至少一种多肽的氨基酸序列；并且
(b)将VEGF-C多核苷酸，VEGF-C多肽，VEGF-D多核苷酸或VEGF-D多肽的淋巴管生长因子给药所述受试者。
66.调节内皮细胞或者内皮前体细胞的生长的方法，包括将内皮细胞或内皮前体细胞与包含调节细胞内的prox-1转录调控的试剂接触，其中所述试剂选自：
(a)prox-1多肽；
(b)编码prox-1多肽的多核苷酸；或
(c)prox-1的反义分子。
67.权利要求66的方法，其中所述细胞包括培养的内皮细胞或内皮前体细胞，而且接触是离体进行的。
68.权利要求67的方法，其中所述接触包括将所述试剂加入培养基中。
69.权利要求66-68之一的方法，其中所述细胞包括内皮前体细胞。
70.权利要求66-69之一的方法，其中所述细胞在接触步骤之后被引入受试哺乳动物中。
71.权利要求70的方法，其中所述受试者是人。
72.权利要求71的方法，其中的人类受试者患有LEC疾病。
73.提高人类受试者中的LEC的功能的方法，包括：
从人类受试者中分离内皮细胞或内皮前体细胞；
用包含编码prox-1多肽的核苷酸序列的表达载体转化或转染所述内皮细胞，以促进LEC的分化或生长；和
转化或转染步骤后，将LEC细胞给予人类受试者。
74.权利要求73的方法，其中所述分离和给药步骤中的人类受试者相同。
75.权利要求73或74的方法，其中所述人类受试者患有淋巴水肿。
76.权利要求73-74之一的方法，其中所述载体和转化或转染方法被选用于prox-1的瞬时表达。
77.权利要求73-74之一的方法，其中所述表达载体是复制缺陷的腺病毒载体。
78.分离的多肽，其包含的氨基酸序列与SEQ ID NO：31的氨基酸61-127具有至少95％的同一性。
79.权利要求78的多肽，其包含的氨基酸序列与SEQ ID NO：31的氨基酸30-152具有至少95％的同一性。
80.一种可溶性多肽，包含SEQ ID NO：31中的氨基酸序列的片段，其中所述片段缺乏SEQ ID NO：31的跨膜和细胞内氨基酸。
81.一种分离的多肽，包含SEQ ID NO：32的至少一个富含亮氨酸的区。
82.权利要求81的分离的多肽，其中所述多肽缺乏SEQ ID NO：32的跨膜氨基酸。
83.一种分离的多肽，包含SEQ ID NO：33的至少一个富含亮氨酸的区。
84.权利要求81的分离的多肽，其中所述多肽缺乏SEQ ID NO：33的跨膜氨基酸。
85.一种分离的多肽，其包含的氨基酸序列与包含SEQ ID NO：111的氨基酸序列的多肽的片段具有至少95％的同一性，
其中所述片段包含至少一个血小板反应蛋白I型同上序列。
86.权利要求85的分离的多肽，其中所述片段包括SEQ ID NO：111的六个血小板反应蛋白I型重复序列。
87.一种分离的多肽，其包含的氨基酸序列与包含SEQ ID NO：111的氨基酸序列的多肽的片段具有至少95％的同一性，
其中所述片段包括至少一个免疫球蛋白C-2型结构域。
88.权利要求85的分离的多肽，其中所述片段包含SEQ ID NO：111的三个免疫球蛋白C-2类型结构域序列。
89.一种融合蛋白，包含权利要求78-88之一的多肽和一种异源性多肽。
90.一种抗体，其特异性地与权利要求78-88之一的多肽结合。
91.一种多核苷酸，其包含编码权利要求78-89之一的多肽的核苷酸序列。
92.包含权利要求91的多核苷酸的表达载体，其可操作地连接于表达控制序列。
93.权利要求92的表达载体，其是复制缺陷的腺病毒载体。
94.权利要求9的方法，其中所述多肽不在表1或2中。
95.权利要求1-7之一的方法，其中所述试剂包含一个反义分子，且其中的多肽不在表1或2中。
96.权利要求43-49之一的方法，其中所述测定鉴定了所述突变的存在，并且所述相关步骤鉴定了所述患者患遗传性淋巴水肿的增加的危险性，而且其中所述方法包含至少以下步骤之一：
(a)测定该人类受试者的至少一种多核苷酸的至少一种密码子的核苷酸序列；
(b)进行杂交试验来确定该人类受试者的核酸的核苷酸序列于一种或多种对照序列相同还是不同；
(c)进行多核苷酸迁移试验来测定来自人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同；和
(d)进行限制性核酸内切酶消化试验确定人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同。
97.权利要求43-39之一的方法，其中所述测定鉴定了所述突变的存在，而且该相关步骤鉴定了所述病人出现淋巴水肿的危险性增加，所述方法包括以下步骤：进行聚合酶链反应(PCR)来扩增包含所述LEC多核苷酸的编码序列的核酸，并测定该扩增的核酸的核苷酸序列。
98.权利要求73-74之一的方法，其中所述人类受试者患有淋巴水肿，而且其中所选载体以及转化或转染方法用于prox-1的瞬时表达。
99.权利要求73-74之一的方法，其中所述人类受试者患有淋巴水肿，而且所述载体包含复制缺陷的腺病毒载体。

Claims (93)

1.差异调节血管内皮细胞(BEC)或淋巴管内皮细胞(LEC)的生长或分化的方法，包括使内皮细胞和一种组合物接触，所述组合物包含差异调节血管和淋巴管内皮细胞的制剂，所述制剂选自以下物质：
(a)包含BEC多肽或LEC多肽的氨基酸序列的多肽，或者所述多肽的活性片段；
(b)包含编码(a)的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；
(c)特异性结合(a)的多肽的抗体；
(d)包含(c)的抗体的片段的多肽，其中所述片段和抗体与该多肽结合；
(e)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的反义核酸；
(f)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的干扰RNA(RNAi)。
2.权利要求1的方法，其中所述内皮细胞与所述组合物在活体外接触。
3.权利要求1方法，其中所述组合物包含可药用的稀释剂，佐剂或载体，且所述接触步骤包括将所述组合物给药受试哺乳动物，以差异调节受试哺乳动物的BEC或LEC。
4.权利要求3方法，包括：
鉴定患有以LEC的过度增生为特征的病症的人类受试者；和
将所述组合物给药该人类受试者，其中所述制剂差异抑制LEC的生长和BEC的生长。
5.权利要求3方法，包括：
鉴定患有以LEC的过度增生为特征的病症的人类受试者；
筛选受试者的LEC，以鉴定表3中的多肽的过度表达；和
将所述组合物给药该人类受试者，其中所述制剂通过抑制筛选步骤所鉴定的多肽的表达，差异抑制LEC的生长和BEC的生长。
6.根据权利要求3的调节人类受试者的淋巴管内皮细胞的生长的方法，包括以下步骤：
鉴定患有增生性淋巴疾病的人类受试者；
筛选受试者以鉴定表3中所述的LEC多肽的低表达或低活性，其中所述蛋白不在表1或2中；
将所述组合物给药人类受试者，其中所述制剂包含筛选步骤鉴定的LEC多肽(a)或者所述多肽的活性片段，或者包含编码该多肽的核苷酸序列的多核苷酸(b)。
7.一种制剂在制备差异调节血管内皮细胞(BEC)或淋巴管内皮细胞(LEC)的生长或分化的药物中的用途，所述制剂选自：
(a)包含BEC多肽或LEC多肽的氨基酸序列的多肽，或者所述多肽的活性片段；
(b)包含编码(a)的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；
(c)特异性结合(a)的多肽的抗体；
(d)包含(c)的抗体的片段的多肽，其中所述片段和抗体与该多肽结合；
(e)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的反义核酸；
(f)编码(a)的多肽的人基因或mRNA的干扰RNA(RNAi)。
8.权利要求1-7之一的方法或用途，其中所述多肽是选自表3的LEC多肽，而且所述制剂差异调节LEC和BEC的生长或分化。
9.权利要求1-7的方法或用途，其中所述多肽是选自表4的BEC多肽，而且所述制剂差异调节BEC和LEC的生长或分化。
10.权利要求8或9的方法或用途，其中所述多肽不在表1或2中。
11.权利要求8的方法或用途，其中所述LEC多肽包含选自SEQ ID NO：81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列。
12.权利要求8的方法或用途，其中所述LEC多肽包含选自SEQ ID NO：31-34，46，或48的氨基酸序列。
13.权利要求12的方法和用途，其中所述制剂包含(c)的抗体或(d)的多肽。
14.权利要求的方法12，其中所述制剂包含(a)的多肽的细胞外区片段，或者编码所述细胞外区片段的多核苷酸。
15.权利要求1-10之一的方法，其中所述制剂包含反义分子。
16.治疗遗传性淋巴水肿的方法，包括：
鉴定患有淋巴水肿的人类受试者，该受试者的编码表3中鉴定的LEC蛋白的基因的至少一个等位基因中具有突变，其中所述突变和人类受试者中的淋巴水肿相关，并且所述LEC蛋白不是VEGFR-3；且
给药所述受试者一种组合物，所述组合物包含选自VEGF-C多肽，VEGF-D多肽，VEGF-C多核苷酸，或VEGF-D多核苷酸的淋巴管生长制剂。
17.选自VEGF-C多肽，VEGF-D多肽，VEGF-C多核苷酸，或VEGF-D多核苷酸的淋巴管生长制剂在制备药物中的用途，所述药物用于治疗表3中鉴定的LEC基因突变造成的遗传性淋巴水肿，且所述基因不是VEGFR-3。
18.筛选内皮细胞疾病或患该疾病的倾向性的方法，包括：
从人类受试者获得含有内皮细胞mRNA样品；
根据样品中从所述基因转录的mRNA的量测定BEC或LEC基因的表达，其中所述BEC或LEC基因编码表3或4中鉴定的多肽。
19.监测药物对内皮细胞的效力或毒性的方法，包括以下步骤：
将药物给药受试动物前后，测定受试哺乳动物内皮细胞中至少一种BEC或LEC基因的表达，其中至少一种BEC或LEC基因编码表3中所述的多肽，并且其中BEC或LEC基因的表达的改变与药物对内皮细胞的效力或毒性相关。
20.鉴定调节内皮细胞的生长的化合物的方法，包括：
在存在或缺乏化合物的条件下培养内皮细胞；
测定细胞中至少一种BEC或LEC基因的表达，其中的BEC或LEC基因选自编码表3和4中的多肽的基因；与缺乏该化合物的情况相比，存在该化合物时至少一种BEC基因的表达改变表明该化合物是BEC生长的调节物；且与缺乏该化合物的情况相比，存在该化合物时至少一种LEC基因的表达改变表明该化合物是LEC生长的调节物。
21.权利要求20的筛选选择性调节BEC或LEC的生长或分化的化合物的方法，
其中所述测定步骤包含测定细胞内至少一种BEC基因和至少一种LEC基因的表达，和
所述方法包含通过筛选差异调节至少一种BEC基因的表达和至少一种LEC基因的表达的化合物，筛选选择性地调节BEC或LEC的生长或分化的化合物。
22.一种组合物，包含：
一种分离的多核苷酸，包含编码含有选自SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293，或391的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列；和
可药用的稀释剂，载体或佐剂。
23.权利要求22的组合物，包含含有选自SEQ ID NO：14-30，45，47，49，51，82，93，111，188，208，212，222，236，242，294，或392的核苷酸序列的多核苷酸，或编码所述多肽的所述多核苷酸的片段。
24.一种表达载体，包含与一种多核苷酸可操作地连接的表达控制序列，所述多核苷酸包含编码含有选自SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列。
25.权利要求24的表达载体，是含有该多核苷酸的复制缺陷的腺病毒或腺伴随病毒载体。
26.一种组合物，包含权利要求24或25的表达载体以及可药用的稀释剂，载体或佐剂。
27.一种试剂盒，包含权利要求22，23或26之一的组合物，所述组合物与将其给药受试哺乳动物来调节该受试动物的淋巴系统的说明包装在一起。
28.使用权利要求24的表达载体转化或转染的宿主细胞。
29.制备LEC多肽的方法，包括在细胞表达该多核苷酸编码的多肽的条件下，使权利要求28的宿主细胞生长。
30.纯化并分离的多肽，包含选自SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，81，187，207，211，221，235，241，293或391的氨基酸序列。
31.纯化并分离的多肽，其包含的氨基酸序列选自以下序列：
(a)SEQ ID NO：31-34，46，48，207，676，859或861；以及
(b)(a)的氨基酸序列的至少10个氨基酸的细胞外区片段。
32.权利要求31的纯化并分离的可溶性多肽，包含选自SEQ ID NO：31-34，46，48，207，676，859或861的氨基酸序列的胞外区片段，其中所述多肽缺乏任何跨膜区。
33.权利要求32的多肽，所述多肽缺乏任何细胞内区。
34.一种融合蛋白，包含权利要求32或33的多肽，所述多肽与包含免疫球蛋白恒定区的免疫球蛋白片段融合。
35.一种组合物，包含权利要求30-34之一的多肽或蛋白，以及可药用的稀释剂，载体或佐剂。
36.一种试剂盒，包含权利要求35的组合物，以及将所述药物组合物给药受试哺乳动物以调节所述受试动物的淋巴系统的说明。
37.一种抗体，其与权利要求30-34之一的多肽特异性结合。
38.权利要求37的抗体，其是一种人化的抗体。
39.一种蛋白质，包含与权利要求30-34之一的多肽特异性结合的抗体的抗原结合区，其中所述蛋白与该多肽特异性结合。
40.鉴定LEC核酸的方法，包括：
(a)使含有候选LEC核酸的生物样品与一种多核苷酸或其互补序列在严格的杂交条件下接触，所述多核苷酸包含SEQ ID NO：1-30，45，47，49，51，82，93，111，188，208，212，236，242，294或392的序列的至少14个连续核苷酸的片段，所述严格的杂交条件是：
(i)42℃，在含有50％甲酰胺，5xSSPE，5x Denhardt′s溶液，0.1％SDS和0.1mg/ml变性的鲑精DNA的溶液中杂交20小时，和
(ii)5℃，在1xSSC，0.1％SDS中洗涤30分钟；和
(b)检测所述候选LEC核酸和所述多核苷酸的杂交，由此鉴定LEC核酸。
41.鉴定LEC蛋白的方法，包括：
(a)使含有候选LEC蛋白的生物样品与权利要求37的抗体或权利要求39的蛋白之一的LEC蛋白结合配偶体在适合二者结合的条件下接触；和
(b)检测所述候选LEC蛋白和所述LEC结合配偶体之间的结合，从而鉴定LEC。
42.鉴定LEC的方法，包括：
(a)使含有细胞的生物样品和LEC结合配偶体在适宜两者结合的条件下接触，其中所述LEC结合配偶体包含与一种多肽结合的抗体，所述多肽含有SEQ ID NO：31-34，46，48，207，676，859或861的序列，或包含所述抗体的抗原结合片段；和
(b)通过检测细胞和所述LEC结合配偶体之间的结合鉴定LEC，其中LEC结合配偶体与细胞的结合鉴定LEC。
43.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸突变，所述突变与遗传性淋巴水肿基因型相关，并且与相应的野生型等位基因编码的多肽的氨基酸序列相比，所述突变改变人类受试者的至少一种等位基因编码的氨基酸序列，其中所述野生型多肽是表3中鉴定的多肽。
44.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸中的突变，所述突变与遗传性淋巴水肿基因型相关，并且与相应的野生型等位基因编码的多肽的氨基酸序列相比，所述突变改变人类受试者的至少一种等位基因编码的氨基酸序列，其中所述野生型多肽包含选自SEQ ID NO：31-44，46，48，52，54，207，676，859或861的氨基酸序列；
(b)使核酸中的所述突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中核酸中存在所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性增加相关，并且核酸中缺乏所述的突变与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
45.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸的突变，其中与野生型等位基因编码的转录因子多肽的转录调节活性相比，所述突变改变了该人类受试者的至少一种转录因子的等位基因编码的氨基酸序列，还改变该等位基因编码的转录因子多肽的转录调节活性，
其中所述野生型转录因子多肽包含SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：211，或SEQ ID NO：241的氨基酸序列，以及表5中的序列编码的转录因子；和
(b)使核酸中所述突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中其中核酸中存在所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性增加相关，并且核酸中缺乏所述的突变与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
46.权利要求45的方法，其中所述野生型转录因子等位基因包含表示为SEQ ID NO：54的Sox18氨基酸序列。
47.权利要求46的方法，其中与所述测定鉴定了改变反式激活或Sox18等位基因编码的蛋白的DNA结合区氨基酸序列的突变。
48.权利要求46的方法，其中与野生型SOX18对所述基因的转录活化相比，所述突变减少SOX18应答型基因的转录活化。
49.测定患遗传性淋巴水肿的危险性的方法，包括：
(a)检测人类受试者的核酸的突变，其中与野生型等位基因编码的粘附多肽的结合亲合力相比，所述突变改变了该人类受试者的至少一种转录因子的等位基因编码的氨基酸序列，还改变了该LEC等位基因编码的粘附多肽的结合亲合力，
其中所述野生型粘附多肽包含选自SEQ ID NO：31-34，46，207，676，859或861的氨基酸序列；和
(b)使核酸中所述突变的存在或缺失与患遗传性淋巴水肿的危险性相关，其中核酸中存在所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性增加相关，并且核酸中缺乏所述突变与患遗传性淋巴水肿的危险性不增加相关。
50.权利要求43-49之一的方法，其中所述测定鉴定了突变的存在，并且所述相关步骤鉴定了所述病人患遗传性淋巴水肿的危险性增加。
51.筛选人类受试者患遗传性淋巴水肿的危险性增加的方法，包括测定人类受试者的核酸突变，所述突变改变了该核酸编码的至少一种多肽的氨基酸序列，所述多肽包含表3的氨基酸序列。
52.权利要求51的方法，其中所述多肽包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，和54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列，并且与患遗传性淋巴水肿的危险性相关。
53.权利要求52的方法，其中所述多肽包含以SEQ ID NO：54表示的SOX18氨基酸序列。
54.权利要求43-53之一的方法，其中所述方法包括以下步骤中的至少一步：
(a)测定人类受试者的至少一种多核苷酸的至少一种密码子的核苷酸序列；
(b)进行杂交试验以测定来自人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同；
(c)进行多核苷酸迁移试验来测定来自人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同；和
(d)进行限制性核酸内切酶消化试验确定人类受试者的核酸具有的核苷酸序列与一种或多种对照序列相同还是不同。
55.权利要求43-53之一的方法，其中所述方法包括：进行聚合酶链反应(PCR)来扩增包含所述LEC多核苷酸的编码序列的核酸，并测定所扩增的核酸的核苷酸序列。
56.筛选人类受试者的遗传性淋巴水肿基因型的方法，包括：
(a)提供包括来自所述人类受试者的核酸的生物样品；和
(b)分析所述核酸中突变的存在，与编码选自SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859或861的氨基酸序列的人类基因相比，所述突变改变了人类受试者中至少一种基因的至少一种等位基因所编码的氨基酸序列，其中人类受试者中存在的突变改变上述氨基酸序列的方式与人类受试者的淋巴水肿相关可鉴定遗传性淋巴水肿。
57.权利要求56的方法，其中所述生物样品是细胞样品。
58.权利要求56的方法，其中所述分析包括测定所述核酸的部分序列。
59.权利要求56的方法，其中所述人类受试者具有由筛选法所鉴定的遗传性淋巴水肿基因型。
60.权利要求49的方法，其中至少一种基因对应于编码SEQ ID NO：54的氨基酸序列的人Sox18基因。
61.抑制淋巴管生成的方法，包括：
给药受试者LEC跨膜多肽的抑制物，
其中所述LEC跨膜多肽包含选自SEQ ID NO：31-34，46 48，207，676，859或861的氨基酸序列，而且
其中所述抑制物选自：
(a)LEC跨膜多肽的可溶性细胞外区片段；
(b)与LEC跨膜多肽胞外区结合的抗体；
(c)一种多肽，包含(b)的抗体的抗原结合区；和
(d)一种反义核酸，与编码LEC跨膜多肽和其互补物的核酸互补。
62.权利要求61的方法，其中所述抑制物是包含LEC多肽的胞外区片段的多肽，其中所述胞外区的序列选自SEQ ID NO：31的氨基酸1-152，SEQ ID NO：32的氨基酸1-695或SEQ ID NO：33的氨基酸1-248。
63.权利要求61或62的方法，其中所述受试者是患有肿瘤的人。
64.调节哺乳动物受试者的淋巴管生成的方法，包括：将LEC多核苷酸的反义分子以有效抑制LEC多核苷酸编码的多肽的转录或翻译的量，给药需要调节淋巴管生成的受试哺乳动物，其中所述LEC多核苷酸包含选自SEQ ID NO：14-30，45，47，49，51，208，677，860或862的核苷酸序列。
65.治疗遗传性淋巴水肿的方法，包括：
(a)鉴定患有遗传性淋巴水肿的人类受试者，与包含SEQ ID NO：31-44，46，48，50，52，54，207，676，859，和861之一的氨基酸序列的多肽的氨基酸序列相比，该人类受试者具有的突变改变了其至少一种多肽的氨基酸序列；并且
(b)将VEGF-C多核苷酸，VEGF-C多肽，VEGF-D多核苷酸或VEGF-D多肽的淋巴管生长因子给药所述受试者。
66.调节内皮细胞或者内皮前体细胞的生长的方法，包括将内皮细胞或内皮前体细胞与包含调节细胞内的prox-1转录调控的试剂接触，其中所述试剂选自：
(a)prox-1多肽；
(b)编码prox-1多肽的多核苷酸；或
(c)prox-1的反义分子。
67.权利要求66的方法，其中所述细胞包括培养的内皮细胞或内皮前体细胞，而且接触是离体进行的。
68.权利要求67的方法，其中所述接触包括将所述试剂加入培养基中。
69.权利要求66-68之一的方法，其中所述细胞包括内皮前体细胞。
70.权利要求66-69之一的方法，其中所述细胞在接触步骤之后被引入受试哺乳动物中。
71.权利要求70的方法，其中所述受试者是人。
72.权利要求71的方法，其中的人类受试者患有LEC疾病。
73.提高人类受试者中的LEC的功能的方法，包括：
从人类受试者中分离内皮细胞或内皮前体细胞；
用包含编码prox-1多肽的核苷酸序列的表达载体转化或转染所述内皮细胞，以促进LEC的分化或生长；和
转化或转染步骤后，将LEC细胞给予人类受试者。
74.权利要求73的方法，其中所述分离和给药步骤中的人类受试者相同。
75.权利要求73或74的方法，其中所述人类受试者患有淋巴水肿。
76.权利要求73-75之一的方法，其中所述载体和转化或转染方法被选用于prox-1的瞬时表达。
77.权利要求73-75之一的方法，其中所述表达载体是复制缺陷的腺病毒载体。
78.分离的多肽，其包含的氨基酸序列与SEQ ID NO：31的氨基酸61-127具有至少95％的同一性。
79.权利要求78的多肽，其包含的氨基酸序列与SEQ ID NO：31的氨基酸30-152具有至少95％的同一性。
80.一种可溶性多肽，包含SEQ ID NO：31中的氨基酸序列的片段，其中所述片段缺乏SEQ ID NO：31的跨膜和细胞内氨基酸。
81.一种分离的多肽，包含SEQ ID NO：32的至少一个富含亮氨酸的区。
82.权利要求81的分离的多肽，其中所述多肽缺乏SEQ ID NO：32的跨膜氨基酸。
83.一种分离的多肽，包含SEQ ID NO：33的至少一个富含亮氨酸的区。
84.权利要求81的分离的多肽，其中所述多肽缺乏SEQ ID NO：33的跨膜氨基酸。
85.一种分离的多肽，其包含的氨基酸序列与包含SEQ ID NO：111的氨基酸序列的多肽的片段具有至少95％的同一性，
其中所述片段包含至少一个血小板反应蛋白I型同上序列。
86.权利要求85的分离的多肽，其中所述片段包括SEQ ID NO：111的六个血小板反应蛋白I型重复序列。
87.一种分离的多肽，其包含的氨基酸序列与包含SEQ ID NO：111的氨基酸序列的多肽的片段具有至少95％的同一性，
其中所述片段包括至少一个免疫球蛋白C-2型结构域。
88.权利要求85的分离的多肽，其中所述片段包含SEQ ID NO：111的三个免疫球蛋白C-2类型结构域序列。
89.一种融合蛋白，包含权利要求78-88之一的多肽和一种异源性多肽。
90.一种抗体，其特异性地与权利要求78-88之一的多肽结合。
91.一种多核苷酸，其包含编码权利要求78-89之一的多肽的核苷酸序列。
92.包含权利要求91的多核苷酸的表达载体，其可操作地连接于表达控制序列。
93.权利要求92的表达载体，其是复制缺陷的腺病毒载体。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109716129A (zh) * 2016-09-16 2019-05-03 戴埃克斯有限公司 用于遗传性血管性水肿的rna生物标记

Families Citing this family (56)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030236209A1 (en) * 1998-03-18 2003-12-25 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of lung cancer
US6639064B1 (en) 1999-09-17 2003-10-28 New York University NRIF3, novel co-activator for nuclear hormone receptors
US20030114410A1 (en) * 2000-08-08 2003-06-19 Technion Research And Development Foundation Ltd. Pharmaceutical compositions and methods useful for modulating angiogenesis and inhibiting metastasis and tumor fibrosis
WO2003027230A2 (en) * 2001-08-03 2003-04-03 Incyte Genomics, Inc. Cell adhesion and extracellular matrix proteins
US9597395B2 (en) 2001-12-07 2017-03-21 Cytori Therapeutics, Inc. Methods of using adipose tissue-derived cells in the treatment of cardiovascular conditions
US7771716B2 (en) 2001-12-07 2010-08-10 Cytori Therapeutics, Inc. Methods of using regenerative cells in the treatment of musculoskeletal disorders
US7651684B2 (en) 2001-12-07 2010-01-26 Cytori Therapeutics, Inc. Methods of using adipose tissue-derived cells in augmenting autologous fat transfer
US7585670B2 (en) 2001-12-07 2009-09-08 Cytori Therapeutics, Inc. Automated methods for isolating and using clinically safe adipose derived regenerative cells
JP4653952B2 (ja) 2001-12-07 2011-03-16 サイトリ セラピューティクス インコーポレイテッド 処理済み脂肪吸引細胞で患者を治療するためのシステムと方法
US8105580B2 (en) 2001-12-07 2012-01-31 Cytori Therapeutics, Inc. Methods of using adipose derived stem cells to promote wound healing
US20050095228A1 (en) 2001-12-07 2005-05-05 Fraser John K. Methods of using regenerative cells in the treatment of peripheral vascular disease and related disorders
WO2005014854A1 (en) 2003-08-08 2005-02-17 Licentia, Ltd. Materials and methods for colorectal cancer screening, diagnosis, and therapy
WO2005047478A2 (en) * 2003-11-12 2005-05-26 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Compositions and methods for regulation of tumor necrosis factor-alpha
US20050272651A1 (en) 2004-02-26 2005-12-08 New York University Methods for treating breast cancer using NRIF3 related molecules
EP1751188A1 (en) * 2004-06-04 2007-02-14 Applied Research Systems ARS Holding N.V. Splice variant of unc5h2
WO2006095086A2 (fr) * 2005-03-07 2006-09-14 Laurence Faure Traçabilite des anomalies du cycle cellulaire ciblant l'oncologie et la neurodegenerescence.
US7608413B1 (en) 2005-03-25 2009-10-27 Celera Corporation Kidney disease targets and uses thereof
WO2007030930A1 (en) 2005-09-13 2007-03-22 National Research Council Of Canada Methods and compositions for modulating tumor cell activity
EP1948244A4 (en) * 2005-11-17 2010-10-06 Tel Hashomer Medical Res Infrastructure & Services Ltd PHARMACEUTICAL COMPOSITION AND METHOD FOR REGULATING ABNORMAL CELL PROLIFERATION
US9347945B2 (en) 2005-12-22 2016-05-24 Abbott Molecular Inc. Methods and marker combinations for screening for predisposition to lung cancer
US20080051644A1 (en) * 2006-02-17 2008-02-28 Raymond Tabibiazar Lymphedema associated genes and model
GB0606269D0 (en) * 2006-03-29 2006-05-10 Bioinvent Int Ab Biological materials and uses thereof
US20090304644A1 (en) * 2006-05-30 2009-12-10 Cytori Therapeutics, Inc. Systems and methods for manipulation of regenerative cells separated and concentrated from adipose tissue
PL2035581T3 (pl) * 2006-06-21 2013-01-31 Scripps Research Inst Kompozycja DNA przeciwko FAP - antygenowi zrębowemu nowotworu i sposoby jej stosowania
WO2008013863A2 (en) * 2006-07-26 2008-01-31 Cytori Therapeutics, Inc. Generation of adipose tissue and adipocytes
GB0620695D0 (en) * 2006-10-18 2006-11-29 Opsona Therapeutics Composition and methods for the treatment of nurdegenerative disease
GB0620705D0 (en) 2006-10-18 2006-11-29 Opsona Therapeutics Compounds for the modulation of toll-like receptor activity and assay methods for the identification of said compounds
TWI596109B (zh) * 2007-02-21 2017-08-21 腫瘤療法 科學股份有限公司 表現腫瘤相關抗原之癌症的胜肽疫苗
WO2008104803A2 (en) 2007-02-26 2008-09-04 Oxford Genome Sciences (Uk) Limited Proteins
CN101835490A (zh) 2007-08-02 2010-09-15 阿雷斯托生物科学股份有限公司 Lox和loxl2抑制剂及其应用
JP5110580B2 (ja) * 2007-12-10 2012-12-26 独立行政法人産業技術総合研究所 リンパ管可視化トランスジェニックメダカ及び該メダカを用いたリンパ管新生阻害薬のスクリーニング法
DK2257299T3 (en) * 2008-03-07 2018-10-22 Res Found Dev Modulation of SRPX2-mediated angiogenesis
JP5428527B2 (ja) * 2008-06-03 2014-02-26 住友化学株式会社 化学物質が有する発生毒性の予測方法
TW201008574A (en) 2008-08-19 2010-03-01 Oncotherapy Science Inc INHBB epitope peptides and vaccines containing the same
WO2010021993A1 (en) * 2008-08-19 2010-02-25 Cytori Therapeutics, Inc. Methods of using adipose tissue-derived cells in the treatment of the lymphatic system and malignant disease
WO2010080769A2 (en) 2009-01-06 2010-07-15 Arresto Biosciences, Inc. Chemotherapeutic methods and compositions
KR101087617B1 (ko) * 2009-03-19 2011-11-29 한국생명공학연구원 Ｅｎｉｇｍａ―Ｍｄｍ２ 상호작용 및 그 용도
KR101644534B1 (ko) * 2009-05-01 2016-08-01 비미니 테크놀로지스 엘엘씨 조직 및 세포 부유화 이식편의 최적화 시스템, 방법 및 조성물
MX2012002271A (es) * 2009-08-21 2012-07-20 Gilead Biologics Inc Metodos y composiciones terapeuticas.
WO2011022670A1 (en) * 2009-08-21 2011-02-24 Arresto Biosciences, Inc In vivo screening assays
EP2470218A4 (en) * 2009-08-21 2013-04-03 Gilead Biologics Inc METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF PULMONARY FIBROGEN DISORDERS
JP2013502226A (ja) * 2009-08-21 2013-01-24 ギリアド バイオロジクス，インク． リシル酸化酵素及びｌｏｘｌ２由来の触媒ドメイン
AU2010284000A1 (en) * 2009-08-21 2012-03-22 Gilead Biologics, Inc. In vitro screening assays
CA2928846A1 (en) 2009-11-24 2011-06-03 Alethia Biotherapeutics Inc. Anti-clusterin antibodies and antigen binding fragments and their use to reduce tumor volume
JP6134142B2 (ja) 2010-02-04 2017-05-24 ギリアド バイオロジクス, インク.Gilead Biologics, Inc. リシルオキシダーゼ様２（ｌｏｘｌ２）に結合する抗体及びその使用方法
WO2012016070A2 (en) 2010-07-30 2012-02-02 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Lymphedema associated genes and model
CN104159611A (zh) 2012-02-22 2014-11-19 阿莱斯亚生物疗法股份有限公司 共使用簇集蛋白抑制剂和egfr抑制剂以治疗癌症
EP3501550A1 (en) * 2012-04-02 2019-06-26 Moderna Therapeutics, Inc. Modified polynucleotides for the production of proteins associated with human disease
JO3623B1 (ar) 2012-05-18 2020-08-27 Amgen Inc البروتينات المرتبطة بمولد المستضاد st2
US9498540B2 (en) 2013-03-15 2016-11-22 Novartis Ag Cell proliferation inhibitors and conjugates thereof
US10081682B2 (en) 2013-10-11 2018-09-25 Oxford Bio Therapeutics Ltd. Conjugated antibodies against LY75 for the treatment of cancer
US10563171B2 (en) * 2015-06-29 2020-02-18 Kyoto University Method for inducing differentiation of pluripotent stem cells into germ cells
CN109295069B (zh) * 2018-09-19 2021-08-20 昆明理工大学 珠子参转录因子基因PjMYB1的应用
CN111337666B (zh) * 2020-02-12 2021-04-02 山东大学 I-motif重组介导的FRET探针及其原位成像癌细胞表面蛋白质同源二聚化的应用
WO2022051265A1 (en) * 2020-09-04 2022-03-10 The Trustees Of Indiana University In vivo lymphovenous anastomosis
WO2024026099A1 (en) * 2022-07-29 2024-02-01 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Lymphatic targeted anti-coagulant for the prevention of lymphatic thrombosis

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4235871A (en) * 1978-02-24 1980-11-25 Papahadjopoulos Demetrios P Method of encapsulating biologically active materials in lipid vesicles
US4501728A (en) * 1983-01-06 1985-02-26 Technology Unlimited, Inc. Masking of liposomes from RES recognition
US4737323A (en) * 1986-02-13 1988-04-12 Liposome Technology, Inc. Liposome extrusion method
US4946778A (en) * 1987-09-21 1990-08-07 Genex Corporation Single polypeptide chain binding molecules
US4837028A (en) * 1986-12-24 1989-06-06 Liposome Technology, Inc. Liposomes with enhanced circulation time
US5530101A (en) * 1988-12-28 1996-06-25 Protein Design Labs, Inc. Humanized immunoglobulins
WO1998033917A1 (en) * 1994-11-14 1998-08-06 The Ludwig Institute For Cancer Research Vascular endothelial growth factor c (vegf-c) protein and gene, mutants thereof, and uses thereof
US6361946B1 (en) * 1997-02-05 2002-03-26 Licentia Ltd Vascular endothelial growth factor C (VEGF-C) protein and gene, mutants thereof, and uses thereof
DK0956339T3 (da) * 1996-08-23 2006-01-30 Licentia Oy Rekombinant vaskulær endotelcellevækstfaktor D (VEGF-D)
US6350447B1 (en) * 1999-01-29 2002-02-26 Hyseq, Inc. Methods and compositions relating to CD39-like polypeptides and nucleic acids
US6764820B2 (en) * 1999-03-26 2004-07-20 Ludwig Institute For Cancer Research Screening for lymphatic disorders involving the FLT4 receptor tyrosine kinase (VEGFR-3)
US7192587B2 (en) * 2001-04-03 2007-03-20 Genentech, Inc. Secreted and transmembrane polypeptides and nucleic acids encoding the same

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109716129A (zh) * 2016-09-16 2019-05-03 戴埃克斯有限公司 用于遗传性血管性水肿的rna生物标记
CN109716129B (zh) * 2016-09-16 2023-10-03 武田药品工业株式会社 用于遗传性血管性水肿的rna生物标记
US11884979B2 (en) 2016-09-16 2024-01-30 Takeda Pharmaceutical Company Limited RNA biomarkers for hereditary angioedema

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